(57)【要約】本発明は、生物学的サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを分析し報告するための、統合したｑＲＴ−ＰＣＲに基づくシステムに関する。特に、本発明は、生物学的サンプル（固定した、パラフィン包埋組織サンプルを含む）における、ＲＮＡの発現プロファイリングのための、完全に最適化されかつ統合した複数分析物の多重測定法に関する。得られた遺伝子発現プロファイルは、種々の病的状態（癌を含む）の臨床診断、分類、および予後のために、使用され得る。
2007509613.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(ｑＲＴ−ＰＣＲ）によって、複数のＲＮＡ種を含む組織サンプルにおいてＲＮＡ発現プロファイルを決定する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該組織サンプル中に存在する転写されたすべてのＲＮＡ種のうちの最大の代表を提供する条件下で、該サンプルからＲＮＡを抽出する工程；
（ｂ）該ＲＮＡを相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）へと転写させる条件下で、得られた該ＲＮＡを、該ＲＮＡ種の少なくとも１つのサブセットに対応する複数の遺伝子特異的オリゴヌクレオチド、ｄＮＴＰ、および逆転写酵素を含む逆転写反応用混合物で処理する工程；
（ｃ）各ｃＤＮＡ転写物を定量的に検出する工程、
を包含し、ここで、工程（ｂ）と工程（ｃ）とは、別々の反応において実施される、方法。
【請求項２】
工程（ｂ）において得られた前記ｃＤＮＡが、工程（ｃ）を実施する前に、増幅される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
増幅が、各ｃＤＮＡ転写物についてのアンプリコンが生成される順方向プライマーおよび逆方向プライマーのセットの存在下でポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって実施されている、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程（ｂ）において使用される前記遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分が、前記ＰＣＲ増幅工程において、逆方向プライマーとしての機能を果たす、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記組織が、断片化されたＲＮＡまたは化学修飾されたＲＮＡを含む、年数を経た組織、保存組織、または処理した組織である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記組織が、ヒトの組織である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記組織が、凍結または固定された、蝋包埋組織である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
工程（ｂ）において、前記逆転写用混合物が、少なくとも約１０のＲＮＡ種についての遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｂ）において、前記逆転写用混合物が、少なくとも約１５のＲＮＡ種についての遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ｂ）において、前記逆転写用混合物が、少なくとも約９０のＲＮＡ種についての遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ｂ）において、前記逆転写用混合物が、少なくとも約４００のＲＮＡ種についての遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｂ）において、前記逆転写用混合物が、少なくとも約８００のＲＮＡ種についての遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
工程（ｂ）において、前記逆転写用混合物が、少なくとも約１６００のＲＮＡ種についての遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１４】
前記逆転写用混合物が、複数のランダムオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１５】
前記ランダムオリゴヌクレオチドが、６ヌクレオチド長〜１０ヌクレオチド長である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ランダムオリゴヌクレオチドが、６ヌクレオチド長である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記ランダムオリゴヌクレオチドが、８ヌクレオチド長である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記ランダムオリゴヌクレオチドが、９ヌクレオチド長である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記逆転写酵素工程（ｂ）または前記ＰＣＲ増幅工程、あるいは両工程において、セルフプライミングまたはクロスプライミング可能なオリゴヌクレオチドの数が、最小化される、請求項７に記載の方法。
【請求項２０】
セルフプライミングまたはクロスプライミングが、コンピューターアルゴリズムによって、最小化される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記逆転写用混合物が、少なくとも１つの正規化用参照配列のＲＮＡを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項２２】
工程（ｂ）における前記逆転写用混合物が、約５〜１０の正規化用参照配列のＲＮＡを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
各ｑＲＴ−ＰＣＲ反応物が、少なくとも１つの内部較正用参照配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項２４】
前記内部較正用参照配列の１つ以上が、ヒトゲノム中のあらゆる配列に対して、有意な相同性を有さない配列を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記組織サンプルが、腫瘍由来の、凍結またはホルマリン固定された、パラフィン包埋（ＦＰＥ）生検サンプルである、請求項７に記載の方法。
【請求項２６】
前記腫瘍が、癌である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記癌が、乳癌、大腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵癌、子宮頚癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳癌からなる群より選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記癌組織が、断片化されたＲＮＡを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
遺伝子標的のアンプリコンが、約１００ヌクレオチド長未満である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
遺伝子標的のアンプリコンが、約９０ヌクレオチド長未満である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
遺伝子標的のアンプリコンが、約８０ヌクレオチド長未満である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
標的遺伝子のアンプリコンの長さと、正規化用参照遺伝子のアンプリコンの長さとの間の差が、約１５％以下である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３３】
標的遺伝子のアンプリコンの長さと、正規化用参照遺伝子のアンプリコンの長さとの間の差が、約１０％未満である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３４】
遺伝子発現レベルが、前記正規化用参照配列に対して正規化される、請求項２１に記載の方法。
【請求項３５】
前記遺伝子発現レベルが、β−ＡＣＴＩＮ、ＣＹＰ１、ＧＵＳ、ＲＰＬＰＯ、ＴＢＰ、ＧＡＰＤＨ、およびＴＦＲＣからなる群より選択される、１つ以上の正規化用参照遺伝子に対して正規化される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記遺伝子発現レベルが、１つ以上の普遍的な内部較正用参照配列と比較して補正される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
１つ以上の遺伝子を同定する工程をさらに包含する方法であって、該遺伝子の発現が、前記癌の存在または再発可能性と相関付けられている、請求項２６に記載の方法。
【請求項３８】
前記遺伝子発現プロファイルを統計分析に供する工程をさらに包含する、請求項２６に記載の方法。
【請求項３９】
癌組織が分析される患者に関する報告書を作成する工程をさらに包含する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記報告書が、癌の再発なしでの生存可能性について、あるいは特定の化学療法薬物または化学療法薬物セットに対する反応可能性についての記載を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法を実施するために適切なキットであって、
（１）抽出用緩衝液／抽出用試薬および抽出用プロトコル；
（２）逆転写用緩衝液／逆転写用試薬および逆転写用プロトコル；ならびに
（３）ｑＰＣＲ用緩衝液／ｑＰＣＲ用試薬およびｑＰＣＲ用プロトコル
のうちの１つ以上を備える、キット。
【請求項４２】
データ検索およびデータ分析のソフトウェアをさらに備える、請求項４１に記載のキット。
【請求項４３】
構成要素（２）が、予め設計されたプライマーを含む、請求項４１に記載のキット。
【請求項４４】
構成要素（３）が、予め設計されたＰＣＲプローブおよびプライマーを含む、請求項４１に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、生物学的サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを分析し報告するための、統合したｑＲＴ−ＰＣＲに基づくシステムに関する。特に、本発明は、生物学的サンプル（固定した、パラフィン包埋組織サンプルを含む）における、ＲＮＡの発現プロファイリングのための、十分に最適化されかつ統合した複数分析物の多重測定法（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ，ｍｕｌｔｉ−ａｎａｌｙｔｅ  ｍｅｔｈｏｄ）に関する。得られた遺伝子発現プロファイルは、種々の病的状態（癌を含む）の臨床診断、分類、および予後のために、使用され得る。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
（関連技術の説明）
この数年間に、いくつかのグループが、マイクロアレイ遺伝子発現分析による種々の癌のタイプの分類に関する研究を発表している（例えば、非特許文献１；非特許文献２；非特許文献３；非特許文献４を参照のこと）。遺伝子発現パターンに基づくヒトの乳癌のある分類もまた、報告されている（非特許文献５；非特許文献６）。これらの研究の大部分は、種々のタイプの癌（乳癌を含む）のすでに確立された分類を、改善および洗練することに焦点を合わせている。いくつかの研究が、予後となり得る遺伝子発現パターンを同定している（非特許文献７；非特許文献８；非特許文献９）が、スクリーニングされた患者の数が不十分であることに起因して、これらの研究は、臨床的に広く用いられるほど十分には、未だ確証されていない。
【０００３】
生検標本を取り扱うための標準的なプロセスは、組織を固定するためにホルマリンにおいてであったのであり、そして今もなおホルマリンにおいてであり、その後、パラフィン中にそれら生検標本は包埋される。従って、臨床記録と関連付けられた固体組織標本の断然、豊富にある供給物は、固定された、パラフィン包埋組織（ＦＰＥＴ）である。この十年の間に、いくつかの研究所が、ＲＮＡ供給源としてＦＰＥＴを使用してｍＲＮＡレベル（すなわち、遺伝子発現）を測定することが可能であることを実証している（例えば、非特許文献１０；非特許文献１１；非特許文献１２；非特許文献１３；非特許文献１４；非特許文献１５；非特許文献１６；および非特許文献１７を参照のこと）。しかしながら、ＤＮＡアレイが効果的にＦＰＥ組織のＲＮＡ分析に適用され得るという証拠が、これまでにほとんど存在しない（非特許文献１８）。
【非特許文献１】Ｇｏｌｕｂら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８６：５３１−５３７（１９９９）
【非特許文献２】Ｂｈａｔｔａｃｈａｒｊａｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９８：１３７９０−１３７９５（２００１）
【非特許文献３】Ｃｈｅｎ−Ｈｓｉａｎｇら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  １７（Ｓｕｐｐｌ．１）：Ｓ３１６−Ｓ３２２（２００１）
【非特許文献４】Ｒａｍａｓｗａｍｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９８：１５１４９−１５１５４（２００１）
【非特許文献５】Ｍａｒｔｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６０：２２３２−２２３８（２０００）
【非特許文献６】Ｗｅｓｔら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９８：１１４６２−１１４６７（２００１）
【非特許文献７】Ｓｏｒｌｉｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９８：１０８６９−１０８７４（２００１）
【非特許文献８】Ｙａｎら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６１：８３７５−８３８０（２００１）
【非特許文献９】Ｖａｎ  Ｄｅ  Ｖｉｖｊｅｒら、Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ３４７：１９９９−２００９（２００２）
【非特許文献１０】ＲｕｐｐおよびＬｏｃｋｅｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：５６−６０（１９９８）
【非特許文献１１】Ｆｉｎｋｅら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：４４８−４５３（１９９３）
【非特許文献１２】Ｒｅｉｃｈｍｕｔｈら、Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１８０：５０−５７（１９９６）
【非特許文献１３】ＳｔａｎｔａおよびＢｏｎｉｎ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２４：２７１−２７６（１９９８）
【非特許文献１４】ＳｈｅｉｌｅおよびＳｗｅｅｎｙ、Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１８８：８７−９２（１９９９）
【非特許文献１５】Ｇｏｄｆｒｅｙら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．２：８４−９１（２０００）
【非特許文献１６】Ｓｐｅｃｈｔら、Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１５８：４１９−４２９（２００１）
【非特許文献１７】Ａｂｒａｈａｍｓｅｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．５：６６−７１（２００２）
【非特許文献１８】Ｋａｒｓｔｅｎら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．３０：Ｅ４（２００２）
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
種々の疾患（例えば、癌）の臨床診断および予後における遺伝子発現分析の使用をさらに前へ進めるために、少量の生物学的サンプルを使用して多数の遺伝子を同時に分析することを可能にする高感度の遺伝子発現プロファイリングのアプローチが、大いに必要とされている。癌の診断および予後の分野においては特に、このような方法には、１回の遺伝子発現プロファイリング実験で、ＦＰＥＴサンプルにおける広範囲の遺伝子発現レベルまたは遺伝子の任意の組合せを分析する能力を有することが必須である。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
（発明の要旨）
本発明は、複数分析物の性能を有し、そして、年数を経た組織サンプル、保存組織サンプル、または処理した組織サンプル（例えば、固定した、パラフィン包埋（ＦＰＥ）組織サンプル）における遺伝子発現の測定に適した、高感度かつ高精度の方法を提供する。
【０００６】
１つの局面において、本発明は、複数のＲＮＡ種を含む組織サンプルにおけるＲＮＡ発現プロファイルを決定する方法に関する。この方法は、以下の工程：
（ａ）この組織サンプル中に存在する転写されたすべてのＲＮＡ種のうちの最大の代表（ｍａｘｉｍｕｍ  ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ）を提供する条件下で、このサンプルからＲＮＡを抽出する工程；
（ｂ）このＲＮＡを相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）へと転写させる条件下で、得られたこのＲＮＡを、このＲＮＡ種の少なくとも１つのサブセットに対応する複数の遺伝子特異的オリゴヌクレオチド、ｄＮＴＰ、および逆転写酵素を含む逆転写用混合物で、処理する工程；
（ｃ）各ｃＤＮＡ転写物を定量的に検出する工程、
を包含し、ここで、工程（ａ）と工程（ｂ）とは、別々の反応において実施される。
【０００７】
必要に応じて、工程（ｂ）において得られた上記転写されたｃＤＮＡは、工程（ｃ）を実施する前に、増幅される。増幅は、アンプリコンを生成するための順方向プライマーおよび逆方向プライマーのセット、ならびに各ｃＤＮＡ転写物についてのプローブの存在下において、種々の方法（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）含む）で実施され得る。
【０００８】
組織は、ヒトの組織（凍結または固定された、蝋包埋組織を含む）であり得る。
【０００９】
工程（ａ）における逆転写用混合物は、少なくとも約１０のＲＮＡ種、または少なくとも約１５のＲＮＡ種、または少なくとも約９０のＲＮＡ種、または少なくとも４００のＲＮＡ種、または少なくとも約８００のＲＮＡ種、または少なくとも約１６００のＲＮＡ種についての遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含み得る。
【００１０】
逆転写用混合物は、代表的には、６ヌクレオチド長〜１０ヌクレオチド長である複数のランダムオリゴヌクレオチドをさらに含み得る。
【００１１】
特定の実施形態において、逆転写酵素工程（ｂ）およびｑＰＣＲ増幅工程のうちの少なくとも１工程において、セルフプライミングまたはクロスプライミング可能なオリゴヌクレオチドの数は、例えば、コンピューターアルゴリズムによって最小化される。
【００１２】
別の実施形態において、逆転写用混合物は、少なくとも１つの正規化用参照配列のＲＮＡを含み、そして、このＲＮＡは、通常、約５〜約１０の正規化用参照配列のＲＮＡを含む。さらなる実施形態において、各ｑＲＴ−ＰＣＲ反応物は、少なくとも１つの内部較正用参照配列を含む。好ましくは、内部較正用参照配列の１つ以上は、ヒトゲノム中のあらゆる配列に対して、有意な相同性を有さない配列を含む。
【００１３】
組織サンプルは、例えば、腫瘍（例えば、癌）由来の、凍結または固定された、このようなホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＰＥ）生検サンプルであり得る。組織サンプルの他の形態としては、限定することなく、エタノール固定組織、ならびに伝統的なホルマリン固定方法および／またはエタノール固定方法のバリエーションによって固定された組織、急速凍結サンプル、ＯＣＴ（最適切削温度化合物）凍結サンプル、ならびに新鮮なサンプルなどが挙げられる。代表的な癌としては、限定することなく、乳癌、大腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵癌、子宮頚癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳癌が挙げられる。
【００１４】
特定の実施形態において、癌組織は、断片化されたＲＮＡを含む。ここで、遺伝子標的のアンプリコンは、約１００ヌクレオチド長未満、または約９０ヌクレオチド長未満、または約８０ヌクレオチド長未満であり得る。
【００１５】
別の実施形態において、標的遺伝子のアンプリコンの長さと、参照遺伝子のアンプリコン長さとの間の差は、約１５％以下、または約１０％未満である。
【００１６】
遺伝子発現レベルは、正規化用参照配列に対して正規化され得る。ここで、適切な正規化用参照遺伝子としては、例えば、β−ＡＣＴＩＮ、ＣＹＰ１、ＧＵＳ、ＲＰＬＰＯ、ＴＢＰ、ＧＡＰＤＨ、およびＴＦＲＣが挙げられる。
【００１７】
さらなる実施形態において、遺伝子発現レベルは、１つ以上の普遍的な内部較正用参照配列に対して補正される。
【００１８】
本発明の方法は、１つ以上の遺伝子を同定する工程であって、この遺伝子の発現が、癌の存在または再発可能性、あるいは化学療法薬物または化学療法薬物セットへの反応可能性と相関付けられている工程、および必要に応じて、この遺伝子発現プロファイルを統計分析に供するさらなる工程をさらに包含し得る。
【００１９】
さらなる実施形態において、上記方法は、癌組織が分析される被験体に関する報告書を作成する工程をさらに包含する。この報告は、癌の再発なしでの生存可能性について、あるいは特定の化学療法薬物または化学療法薬物セットに反応する可能性についての記載を含み得る。
【００２０】
別の局面において、本発明は、以下の構成要素：
抽出用緩衝液／抽出用試薬および抽出用プロトコル；
逆転写用緩衝液／逆転写用試薬（事前に設計されたプライマーを含む）および逆転写用プロトコル；
ｑＰＣＲ用緩衝液／ｑＰＣＲ用試薬（事前に設計されたプライマーおよびプローブを含む）およびｑＰＣＲ用プロトコル；
データ検索およびデータ分析のソフトウェア
のうちの１つ以上を備えるキットに関する。
【００２１】
個々の工程についての更なる詳細は、以下に議論される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２２】
（好ましい実施形態の詳細な説明）
（Ａ．定義）
他に定義されない限り、本明細書中で使用される技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって共通に理解されるのと同じ意味を有する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎら、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  第２版、Ｊ．Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ  １９９４）、およびＭａｒｃｈ，Ａｄａｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  第４版、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ  １９９２）は、当業者に、本願において使用される用語の多くについての一般的な指針を提供する。
【００２３】
当業者は、本明細書中に記載される方法および材料と類似しているかまたは等価である多くの方法および材料が、本発明の実施形態において用いられることを認識する。実際は、本発明は、記載された方法および材料に決して限定はされない。本発明の目的のために、次に続く用語が、以下に定義される。
【００２４】
用語「遺伝子発現プロファイリング」とは、最も広い意味で使用され、そして、生物学的サンプルにおけるｍＲＮＡレベルおよび／またはタンパク質レベルの定量方法を含む。
【００２５】
用語「マイクロアレイ」とは、ハイブリダイズし得るアレイ要素（好ましくは、ポリヌクレオチドプローブ）の基材上での規則正しい配列をいう。
【００２６】
用語「ポリヌクレオチド」とは、単数または複数で使用される場合、一般に、改変されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、または改変されたＲＮＡもしくはＤＮＡであり得る、任意のポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド（ｐｏｌｙｄｅｏｘｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）をいう。従って、例えば、本明細書中に定義されるポリヌクレオチドとしては、限定することなく、一本鎖ＤＮＡおよび二本鎖ＤＮＡ、一本鎖領域および二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡおよび二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖領域および二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖またはより代表的には二本鎖であり得るかあるいは一本鎖領域および二本鎖領域を含み得る、ＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられる。加えて、本明細書中に使用される用語「ポリヌクレオチド」とは、ＲＮＡまたはＤＮＡ、あるいはＲＮＡとＤＮＡとの両方を含む、三本鎖領域をいう。このような領域の鎖は、同じ分子からか、または異なる分子からの鎖であり得る。この領域は、１つ以上の分子の全てを含み得るが、より代表的には、いくつかの分子の一領域のみを含む。三重螺旋領域の分子の１つは、多くの場合、オリゴヌクレオチドである。用語「ポリヌクレオチド」とは、特に、ｃＤＮＡを含む。この用語は、改変された塩基を１つ以上含む、ＤＮＡ（ｃＤＮＡを含む）およびＲＮＡを含む。従って、安定性または他の理由のために改変された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡは、「ポリヌクレオチド」（この用語は、本明細書中でこのように意図される）である。さらに、異常な塩基（例えば、イノシン、または改変された塩基（例えば、トリチウム化された塩基））を含む、ＤＮＡまたはＲＮＡは、本明細書中に定義される用語「ポリヌクレオチド」内に含まれる。一般に、用語「ポリヌクレオチド」は、未改変のポリヌクレオチドの化学的に改変された形態、酵素的に改変された形態、および／または代謝的に改変された形態の全て、ならびに、ウイルスおよび細胞（単純細胞および複雑細胞を含む）に特有のＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。
【００２７】
用語「オリゴヌクレオチド」とは、比較的短いポリヌクレオチドをいう。このオリゴヌクレオチドとしては、限定することなく、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖リボヌクレオチドまたは二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド、および二本鎖ＤＮＡが挙げられる。オリゴヌクレオチド（例えば、一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチド）は、多くの場合、例えば、市販の自動オリゴヌクレオチド合成機を使用するような化学的方法によって、合成される。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、種々の他の方法（インビトロ組換えＤＮＡ媒介技術を含む）によって、ならびに細胞および生物体におけるＤＮＡの発現によって、作製され得る。
【００２８】
用語「差次的に発現した遺伝子」、「差次的な遺伝子発現」、およびそれらの同義語（これらは、交換可能に使用される）とは、その遺伝子の発現が、疾患（特に、癌（例えば、乳癌））に罹患している被験体において、正常な被験体またはコントロールの被験体のその遺伝子発現と比較してより高いレベルまたはより低いレベルへと活性化される遺伝子をいう。この用語はまた、この遺伝子の発現が、同じ疾患の異なる段階でより高いレベルまたはより低いレベルにある遺伝子を含む。上記用語はまた、特定の治療薬に対して顕著に敏感であるかまたは耐性がある患者において、この遺伝子の発現がより高いかまたはより低い、遺伝子を含む。差次的に発現した遺伝子が、核酸レベルまたはタンパク質レベルで、活性化または阻害され得るか、あるいは選択的スプライシングを受けて異なるポリペプチド産物を生じ得ることもまた理解される。このような差異は、例えば、ｍＲＮＡレベル、ポリペプチドの表面発現、分泌、またはポリペプチドの他の分配における変化によって証明され得る。差次的な遺伝子発現としては、２つ以上の遺伝子もしくはそれらの遺伝子産物間での発現の比較、または２つ以上の遺伝子もしくはそれらの遺伝子産物間での発現の比率の比較、または、同じ遺伝子の異なってプロセシングされた２つの産物の比較（この比較は、正常な被験体と疾患（特に、癌）に罹患している被験体との間、もしくは同じ疾患の種々の段階の間で異なる）さえもが挙げられ得る。差次的な発現としては、例えば、正常な細胞と罹患した細胞との間で、あるいは、異なる疾患事象もしくは疾患段階を経験した細胞間または特定の治療薬に対して顕著に敏感であるかもしくは耐性がある細胞間での、遺伝子またはその発現産物における時間パターンまたは細胞発現パターンにおける定量的な差異および定性的な差異の両方が挙げられる。本発明の目的のために、「差次的な遺伝子発現」は、正常な被験体と罹患した被験体とにおいてか、または罹患した被験体における疾患の進行の種々の段階においてか、または特定の治療薬に対して差次的に敏感である患者において、所定の遺伝子の発現の間で、少なくとも約２倍、好ましくは少なくとも約４倍、より好ましくは少なくとも約６倍、最も好ましくは少なくとも約１０倍の差異が存在する場合に、存在すると考えられる。
【００２９】
語句「遺伝子増幅」とは、遺伝子または遺伝子断片の複数のコピーが、特有の細胞または細胞株中で形成されるプロセスをいう。重複した領域（一続きの増幅されたＤＮＡ）は、たいてい、「アンプリコン」と称される。頻繁に、生成されるメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の量（すなわち、遺伝子発現のレベル）はまた、特有の遺伝子から作製されたコピー数に比例して増加する。
【００３０】
用語「予後」とは、腫瘍性疾患（例えば、乳癌）の再発、転移性拡散、および薬物耐性を含む、癌に起因し得る死または進行の可能性の予測をいうために、本明細書中で使用される。
【００３１】
用語「予測」とは、患者が、薬物または薬物セットに対して、好ましく応答するかまたは好ましくなく応答するかのいずれかである可能性を、そしてまた、それらの応答の程度を、あるいは、患者が、原発腫瘍の外科的除去、および／または化学療法の後、癌の再発なしに特定の期間、生存する可能性をいうために本明細書中で使用される。本発明の予測方法は、患者が、処置レジメン（例えば、外科的処置、所与の薬物でもしくは所与の薬物の組み合わせでの化学療法、および／または放射線治療）に対して好ましく応答するようであるかどうか、あるいは、手術後、および／または化学療法もしくは他の処置様式の終了後、この患者が長期間生存しそうかどうかを予測することにおいて、有益なツールである。
【００３２】
用語「長期間」の生存とは、手術後または他の処置後の、少なくとも５年間、より好ましくは少なくとも８年間、最も好ましくは少なくとも１０年間にわたる、生存をいうために、本明細書中で使用される。
【００３３】
本明細書中に使用される用語「腫瘍」とは、悪性または良性であろうと、全ての腫瘍性の細胞成長および細胞増殖、ならびに全ての前癌性細胞および前癌性組織、ならびに癌性細胞および癌性組織をいう。
【００３４】
用語「癌」および「癌性」とは、無秩序な細胞成長によって、代表的に特徴付けられる哺乳動物における生理学的状態をいうか、または記述する。癌の例としては、乳癌、大腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵癌、子宮頚癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳癌が挙げられるが、これに限定されない。
【００３５】
「病態」は、患者の健康を含むすべての現象を含む。癌（腫瘍）の場合は、この病態としては、限定することなく、異常または制御不可能な細胞成長、転移、隣接する細胞の正常な機能の妨害、異常なレベルでのサイトカインまたは他の分泌産物の放出、炎症応答または免疫応答の抑制または悪化、新形成、前悪性腫瘍、悪性腫瘍、周囲の組織または器官あるいは離れた組織または器官（例えば、リンパ節など）の侵襲が挙げられる。
【００３６】
用語「正規化用参照配列」とは、異なる個体、異なる組織、および異なる組織環境内で、比較的一定なレベルで転写されるゲノムＤＮＡ配列をいうために、本明細書中で使用される。そして、この配列は、異なる標本中のＲＮＡの量および質における可変性についてのコントロールとして使用され得、それによって、異なる患者および異なる標本サンプルの間での遺伝子発現プロファイルの比較を可能にする。
【００３７】
用語「内部較正用参照配列」とは、オリゴヌクレオチド配列が、ヒトゲノム中で発現される配列を表すわけではないので、不活性内部アッセイ性能較正用コントロールとして使用され得るオリゴヌクレオチド配列をいう。これらの普遍的な「不活性」アッセイは、これらの構成要素が合成物であり、そして、結果として生じるｑＲＴ−ＰＣＲ反応が、一貫したアッセイの性能ベースライン（このベースラインに対して、付属的な生物学的に情報価値のあるアッセイが比較され得る）をモニターするという目的を提供するという事実により、プロセスの較正のための内部コントロールとして作用し得る。これらのキャリブレーター配列ならびにそれらのプライマーおよびプローブは、標準的なアッセイ条件下で、一貫して予測可能なアッセイの結果を得るために、構築され得そして合わされ得る。推測によるこのベースラインの性能は、同じ反応体積または同じ反応ウェルにおいて、同じ条件下で実行されるアッセイに対して、外挿され得る。期待値からの偏差は、生物学的に情報価値のあるアッセイにおいて生じる並行する偏差（ｐａｒａｌｌｅｌ  ｄｅｖｉａｔｉｏｎ）の尺度を提供する。すなわち、理想的には、テンプレート濃度が既知で、これらの反応の１つが、標準的なプライマー濃度およびプローブ濃度で加えられる場合、反応ＣＴは、１００％の場合に予測可能であるはずである。期待された結果から偏差が生じる場合は、反応の阻害または試薬の不調が起こっているとみなされ得る。
【００３８】
（Ｂ．詳細な説明）
他に指示されない限り、本発明の実施は、当該技術分野内の分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、および生化学の従来技術を利用する。このような技術は、例えば、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ」，第２版、（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９；「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ編、１９８４）；「Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ」（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編、１９８７）；「Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；「Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」，第４版、（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ  ＆  Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ編、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｉｎｃ．，１９８７）；「Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ」（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ  ＆  Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編、１９８７）；「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９８７）；および「ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ」，（Ｍｕｌｌｉｓら編、１９９４）のような文献において、十分に説明される。
【００３９】
本発明は、患者の生物学的サンプルにおけるＲＮＡ発現プロファイルを分析し報告するための、最適化され品質管理されたハイスループットシステムを提供する。本発明の方法は、質の低いＲＮＡ、断片化されたＲＮＡまたは化学的に修飾されたＲＮＡを含む生物学的サンプル（例えば、固定されたパラフィン包埋（ＦＰＥ）組織のサンプル、法医学的サンプル、および病理学的サンプルのような、年数を経たサンプル、保存サンプル、および／または処理したサンプルを含む）の分析に、特に適している。この分析方法による発現プロファイリングは、標的遺伝子の配列では限定されない。そして、このプロファイリングは、生物学的サンプル（例えば、ＦＰＥ組織サンプルのような、質の低いＲＮＡ、断片化されたＲＮＡまたは化学的に修飾されたＲＮＡを含む生物学的サンプルを含む）において、発現した任意の遺伝子または遺伝子の組合せを詳細に分析するために適用され得る。実際、一つの固定されたパラフィン包埋サンプルの発現プロファイル分析に含まれ得る非常に多数の遺伝子標的についての上限は存在しない。
【００４０】
本発明の定量的ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）遺伝子発現プロファイリングシステムは、質、効率、種々の遺伝子への拡張性（ｇｅｎｅ  ｓｃａｌａｂｉｌｉｔｙ）、および生物学的サンプルの保存を改善する、ＲＮＡ抽出、逆転写、ｃＤＮＡ増幅、データ処理、および分析工程におけるいくつかのストラテジーを含む。これらの工程のいくつかは、以下に詳述される。
【００４１】
（１）ＲＮＡ抽出には、組織の破壊、ヌクレアーゼの不活性化、ゲノムＤＮＡの加水分解、およびＲＮＡの選択的な回収が必要である。本発明は、ＦＰＥ組織からのＲＮＡ抽出のための非常に効果的なプロトコル（新しい組織溶解用緩衝液の使用、および溶解後に残存するタンパク質を沈殿する方法の改善を含むプロトコル）を含む。
【００４２】
（２）逆転写（ＲＴ）は、後のｃＤＮＡ増幅工程のための逆方向プライマーとしてもまた機能を果たす遺伝子特異的プライマーで実施される。代表的には、逆転写は、オリゴ−ｄＴプライミングを使用して実施される。しかしながら、抽出したＦＰＥのＲＮＡは、非常に断片化され得るので、このような供給源から得られた大部分のｍＲＮＡ配列は、ポリＡ尾部から分離され得、そしてそれ故に、オリゴ−ｄＴプライミングを介する逆転写に利用可能でなくなり得る。ＲＮＡ断片化に関連する問題を克服するために、ランダム六量体が、ｃＤＮＡ合成のプライミングに一般に使用される。本発明は、遺伝子に特異的なプライミングが可能であって、これは、ランダム六量体のプライミングよりもより効率的であり、そして、ＦＰＥＴのＲＮＡの広範囲にわたる断片化にもかかわらず、効率的に使用され得る。
【００４３】
（３）本発明のプロセスにおいて、ＲＴ工程において使用される遺伝子特異的プライマーはまた、ｃＤＮＡ増幅工程のための逆方向プライマーとしても機能を果たす。これは、本発明者らが知る限り、ＦＰＥ組織のＲＮＡについて最も効率的なプライミングストラテジーである。ＲＴ工程に使用されるプライマーが、ｃＤＮＡ増幅工程において使用される逆方向プライマーと同一ではない場合、（ｉ）ＲＮＡの限定された長さ、および（ｉｉ）ホルマリンで改変された塩基の存在に起因して、作製されたｃＤＮＡ配列がアンプリコンの配列を経て完全には伸長しない可能性が高まると結果、アッセイの感度が減少する。
【００４４】
（４）ＲＴ工程およびｃＤＮＡ増幅工程は、２段階プロセスとして実施される。これは、各々の酵素反応（逆転写酵素、およびＴａｑポリメラーゼ（ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰＣＲの場合））が、各酵素の最適条件（例えば、酵素濃度、ｄＮＴＰ濃度、およびプライマー濃度、温度、緩衝液、およびｐＨ）で、実施されることを可能にする。この特徴はさらに、アッセイの感度を高める。
【００４５】
（５）ＲＴ工程は、特に、多数の逆方向プライマー（代表的には、最大９６個までか、またはさらに最大７６８個まで）を１つの反応において併用することによって、多重化される。このことは、複数分析物のアッセイのための実用的な方法を提供する。１遺伝子あたり１つの反応でＲＴ反応を実施する代替方法は、非常に（ｐｒｏｈｉｂｉｔｉｖｅｌｙ）少ない液体体積の測定、または、より多い量の高価なＲＴ酵素の使用および貴重な患者の生検標本の使用を必要とする。従って、本発明のプロセスにおけるこの多重化されたＲＴ工程は、遺伝子発現の複数分析物アッセイについての最大分析感度を依然として維持しながらも、最適なサンプル保存を提供する。プロトコルは、プロファイルされる遺伝子のための、多重化された遺伝子特異的プライマーのプールの使用を含み、このプールはまた、ランダムオリゴヌクレオチドのプライミング（ほとんどの場合、六量体〜十量体）と組み合わされ得る。
【００４６】
（６）ｑＰＣＲ工程はまた、１反応あたり１つより多く（代表的には３つまで、しかし、より大きい数もまた可能である）のｍＲＮＡ種のアッセイを可能にするために、必要に応じて多重化される。ＲＴ工程中と同様に、多重化は、患者の生検標本を保存し、そして、より多数のｍＲＮＡ種の同時アッセイを可能にし、それによって、プロセス全体についてのスクリーニング能力の効率を上げる。
【００４７】
（７）多重化工程（すなわち、上記工程（５）および上記工程（６））の構成要素とは、オリゴヌクレオチドのクロスプライミングおよびセルフプライミングをチェックするためのプログラムを、プライマー設計およびプローブ設計に組み入れることである。３’領域のオリゴヌクレオチドが別のオリゴヌクレオチドまたはそのオリゴヌクレオチド自体と相補的であり、かつ、この３’領域のオリゴヌクオチドが別のオリゴヌクレオチドまたはそのオリゴヌクレオチド自体と塩基対合する場合に、クロスプライミングまたはセルフプライミングが生じる。５塩基にわたって完全にマッチする状態では、クロスプライミングまたはセルフプライミングは、比較的生じそうであり、この可能性は、マッチする長さが増すほど高まる。本発明のプロセスにおいては、複数の異なるオリゴヌクレオチドプライマーおよびオリゴヌクレオチドプローブは、同じ反応体積で存在するので、クロスプライミングまたはセルフプライミングさえもが生じ得、望まれない重合を引き起こし、反応のバックグラウンドノイズを増加させ、そして、標的シグナルが減少する。本発明のプロセスに組み込まれたプログラムは、クロスプライミングおよびセルフプライミングに関連した人工産物の除去に役立つ。
【００４８】
（８）最後に、本発明の方法は、特有の正規化ストラテジーを利用し、そして、普遍的な参照遺伝子のプライマー／プローブの使用で、感度、信頼性、およびサンプル対サンプルの比較性を最大化することを可能にする。
【００４９】
本発明の遺伝子発現プロファイリング方法中に含まれる特有の工程の結果として、本明細書中の方法は、最小化される量の分析されたＲＮＡサンプルを使用しながらも、改善された感度および効率を提供する。代表的には、５μｌ程度の少ない反応体積（０．８〜１．０ｎｇのＦＰＥ組織のＲＮＡ／ｑＰＣＲ反応ウェルを使用）が、本発明の方法による分析のために使用され得る。さらなる実験は、２．５μｌ程度のさらに少ない反応物が、うまく使用され得ることを示している。この反応物は、反応ウェルあたり０．２５〜１．０ｎｇのＦＰＥのＲＮＡ相当物（ｃＤＮＡ）を含む。この特有の一連の工程は、内部で一貫した性能を有し、かつ低い分析「ノイズ」を有する、複数分析物のアッセイパネルをもたらし、そしてこれらを、臨床診断用のパネルとして役立つようにするというさらなる利点も有する。
【００５０】
（ＲＮＡの抽出および精製）
本発明の遺伝子発現プロファイリング方法の第一の分析工程は、生物学的サンプルからの、分析されるＲＮＡの抽出および精製である。出発材料は、例えば、ヒトの腫瘍またはヒトの腫瘍細胞株、および、それぞれに対応する正常な組織または細胞株から単離された全ＲＮＡであり得る。従って、ＲＮＡは、種々の原発腫瘍（乳房、肺、経腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮、頭部、および頚部などの腫瘍または腫瘍細胞株を含む）から単離され得る。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍である場合、ｍＲＮＡは、例えば、凍結または保管されたパラフィン包埋固定（例えば、ホルマリン固定）組織サンプル（ＦＰＥＴ）から抽出され得る。ＲＮＡ供給源がＦＰＥＴである場合、この方法は、パラフィンの除去を包含する。ＦＰＥ組織の脱パラフィン処理は、溶媒としてキシレンを利用するプロトコルによって達成され得ることが周知である。あるいは、ＲＮＡは、いずれの有機溶媒も使用せずに脱蝋処理が実施されるプロトコルを使用して、抽出および精製され得、それによって、有機溶媒の除去に関連し複数の操作の必要性を排除し、プロトコルの総時間を実質的に縮める。この代替プロトコルに従って、蝋（例えば、パラフィン）は、組織を可溶化しタンパク質を加水分解する溶解緩衝液中で、６５〜７５℃でインキュベーションし、その後、冷却して蝋を凝固させることにより、蝋包埋組織サンプルから除去される。さらなる詳細については、例えば、２００２年３月１２日に出願された同時係属中の出願番号第１０／３８８，３６０号、および２００３年３月１２日に出願された国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ  ０３／０７７１３を参照のこと。これらの出願の全ての開示は、これによって明白に参考として援用される。ＦＰＥ組織からのＲＮＡ抽出のための完全なプロトコルは、実施例３に示される。プロセス中の重要な工程は、組織からの効果的なＲＮＡ抽出である。本発明者らは、ＦＰＥ組織にとって非常に効果的な抽出緩衝液を見出した。この緩衝液は、３３０μｇ／ｍｌのプロテアーゼＫ、４Ｍの尿素、１０ｍＭのＴｒｉｓＣｌ、ｐＨ７．５、および０．５％のラウロイルサルコシンナトリウムから構成される。抽出後、次にＲＮＡは、ＤＮＡを除去するために、標準的な方法によってＤＮａｓｅ  １とともにインキュベートされる。実施例３に記載される方法（特に、記載された抽出緩衝液およびプロトコルの使用）は、６０塩基長未満のオリゴヌクレオチドサイズまでの、組織中に存在する代表的な転写されたＲＮＡ種の回収をもたらす。上記方法としては、特定のサイズ分布のリボ核酸の定量的な回収、ならびに特異的な親和力またはハイブリダイゼーション捕捉技術に基づく、特定された最小長よりも長い選択された特異的なＲＮＡ配列の定量的な回収が挙げられるが、これらに限定はされない。
【００５１】
精製されたすべての核酸の定量的な回収を達成する１つの方法は、精製された材料のキャリア媒介沈殿を使用することである。あるいは、クロマトグラフィー的または親和性の捕捉および放出に基づく方法が、精製された核酸の選択的なフラクションの回収のために使用され得る。これらの方法は、サイズ排除特性を有する種々の膜もしくはマトリックス、または、ハプテンもしくは「捕捉ヌクレオチド配列」を使った精製された核酸の事前の修飾を必要とする親和性の膜もしくはマトリックスを含み得る。これらのタイプの精製は、組織サンプルからの定量的なリボ核酸の回収を可能にする包括的な方法で、サンプル中の全てのリボ核酸を包括的に改変する前処理修飾工程に依存する。
【００５２】
本発明の方法は、ＲＮＡ特異的アッセイ（イントロンまで及ぶ設計）に限定されないので、精製されたＲＮＡ中のＤＮＡのコンタミネーションが、閾値未満で保たれることを保証する工程を包含することが望ましい。この閾値を越えると、ゲノムＤＮＡの存在が、パネルにおけるｍＲＮＡ種の正確なｑＲＴ−ＰＣＲ測定を損なう。特定の閾値を越えるゲノムＤＮＡを依然として有するＲＮＡ抽出物は、ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイがＲＮＡのシグナルのみを報告しＤＮＡのシグナルは報告しないようにするために、ＤＮａｓｅで再度処理される必要がある。
【００５３】
（２．残存ゲノムＤＮＡについての定量的ＰＣＲの一般的な説明）
多くのｑＲＴ−ＰＣＲアッセイは、イントロンスプライス接合部を含むようには設計されず、かなりの量のゲノムＤＮＡがサンプル抽出物中に存在する場合は、定量エラーが生じ得るので、この影響を測定または推定するために、ｑＲＴ−ＰＣＲ反応と並行でコントロール反応を実行することは、一般的な方法である。コントロールを構築する一般的方法の１つは、逆転写が行われていない並行する反応を、ｑＲＴ−ＰＣＲ反応に含むことである。その仮定は、この反応の何らかのポジティブな結果は、ゲノムＤＮＡのテンプレートに起因するということである。残念なことに、逆転写される特異的テンプレートがない場合、ＲＴネガティブコントロールまたは「ＲＴなし」コントロールは、散発生の人工産物を受け得る。この人工産物は、ポジティブな反応のように見えるが、実際は、反応溶液中における、プライマーとプローブとの互いの人為的相互作用、ならびに、プライマーおよびプローブとＲＮＡとの人為的相互作用を示す。サンプル抽出物中の重大な残存ゲノムＤＮＡの存在を制御する好ましいアプローチは、任意のｑＲＴ−ＰＣＲアッセイにおいて測定可能な干渉が生じない程度まで「ゲノムＤＮＡを含まない」ようにＲＮＡ抽出物を事前に調整（ｐｒｅ−ｑｕａｌｉｆｙ）することである。このようなアプローチは、ゲノムＤＮＡに特異的な感度の高いｑＰＣＲアッセイを設計することによって、充たされる。理想的なアッセイの特性は、以下を含む：
発現されないゲノム中（好ましくは、複数の染色体上）で重複するアンプリコン（アッセイの標的のテンプレート）の設計；
重複度は、アッセイの感度が、癌においてよく生じる染色体の欠失および複製によって本質的に影響されないほど、十分に高い多重度であるべきであること；
ｑＰＣＲアッセイの設計は、非常に低濃度のインプットゲノムＤＮＡに対して、非常に高い効率および感度を有すべきであること
を含む。このアッセイは、精製されたＲＮＡをスクリーニングしてｑＰＣＲに適するものにする（ｑｕａｌｉｆｙ）ために使用され、かつ、以下の利点を提供する：
（１）発現スクリーニングにおいては各遺伝子について並行するコントロール（ｐａｒａｌｌｅｌ  ｃｏｎｔｒｏｌ）が必要とされないので、このアッセイは、ＲＮＡサンプルを保存すること；
（２）厳密に規定された閾値を用いる単一のアッセイが、ゲノムＤＮＡの感度については試験されない「ＲＴなし」コントロールによってもたらされる可変かつ散発的な結果を解釈する必要を排除するので、このアッセイは、結果の解釈を単純化すること；および
（３）このアッセイは、ｑＲＴ−ＰＣＲが解釈され得ない場合の、多量の残存ゲノムＤＮＡを有するサンプルの潜在的な無駄使いを排除するサンプルの調整（ｑｕａｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）を、ｑＰＴ−ＰＣＲを行う前に、提供すること
感度の良いゲノムＤＮＡのｑＰＣＲアッセイの例としては、少なくとも７本の染色体上に、ほぼ完全な同一性で存在する標的テンプレートのアンプリコンによって規定されるβアクチン（ＮＭ＿００１１０１）のアッセイ、および、５本の染色体上に、ほぼ完全な同一性で存在する標的テンプレートのアンプリコンによって規定されるＲＰＬＰＯ（ＮＭ＿００１００２）のアッセイが挙げられる。
【００５４】
（３．逆転写酵素ＰＣＲの一般的な説明）
逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）は、おそらく最も感度が高くかつ柔軟な遺伝子発現プロファイリング方法であり、遺伝子発現のパターンを特徴付けるため、密接に関連したｍＲＮＡ間で識別するため、および、ＲＮＡの構造を分析するために、薬物処置を有するかまたは有さない、異なるサンプル（例えば、正常な腫瘍または組織、および罹患した腫瘍または組織）の集団におけるｍＲＮＡレベルを比較するために使用され得る。
【００５５】
ＲＮＡはＰＣＲのためのテンプレートとしては機能を果たし得ないので、ｑＲＴ−ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングにおける第一の工程は、ＲＮＡテンプレートのｃＤＮＡへの逆転写およびその後のＰＣＲ反応におけるｃＤＮＡの指数関数的な増幅である。最も一般的に使用される２つの逆転写酵素は、ニワトリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＶ−ＲＴ）、およびモロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）である。逆転写工程は、発現プロファイリングの環境および目標に依存して、代表的には、遺伝子特異的プライマー、ランダム六量体、またはオリゴ−ｄＴプライマーを使用してプライムされる。例えば、抽出されたＲＮＡは、製造元の説明書に従って、ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ＲＮＡ  ＰＣＲキット（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して、逆転写され得る。その後、生成されたｃＤＮＡは、次のＰＣＲ反応においてテンプレートとして使用され得る。
【００５６】
ＰＣＲ工程は、種々の熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用し得るが、代表的には、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（これは、５’−３’エキソヌクレアーゼ活性を有するが、３’−５’校正エンドヌクレアーゼ活性を欠く）を利用する。従って、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰＣＲは、代表的には、蛍光標識されたハイブリダイゼーション用プローブの標的アンプリコンに結合したこのプローブを加水分解するために、ＴａｑポリメラーゼまたはＴｔｈポリメラーゼの５’エキソヌクレアーゼ活性を利用するが、等価の５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素ならどれでも使用され得る。２つのオリゴヌクレオチドプライマーが、ＰＣＲ反応の代表であるアンプリコンを生成するために使用される。第三のオリゴヌクレオチドまたはプローブは、２つのＰＣＲプライマー間に位置するヌクレオチド配列にハイブリダイズするように設計される。プローブは、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素では伸張可能でなく、そして、このプローブは、レポーター蛍光色素で５’を標識され、かつ蛍光消光色素で３’を標識される。レポーター色素からの任意のレーザー誘起発光は、（それらがプローブ上で位置するように）２つの色素が近接して一緒に位置するときは、消光色素によって消光される。増幅反応の間、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、テンプレートに依存した様式で、プローブを切断する。結果として生じるプローブの断片は、溶液中で解離し、そして、放出されたレポーター色素からのシグナルは、第二の発色団の消光効果に影響されない。レポーター色素の１分子は、新たな分子が合成されるごとに遊離され、そして、消光されなかったレポーター色素の検出は、データの定量的な解釈の根拠を提供する。
【００５７】
ｑＲＴ−ＰＣＲは、例えば、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＴＭ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ＳｙｓｔｅｍＴＭ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）、またはＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，  Ｍａｎｎｈｅｉｍｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）のような市販の機器を使用して、実施され得る。好ましい実施形態において、５’エキソヌクレアーゼ活性処理は、リアルタイム定量的ＰＣＲデバイス（例えば、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＴＭ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ＳｙｓｔｅｍＴＭ、またはこのファミリーの機器における類似するシステムのうちの１つ）で行われる。このシステムは、サーモサイクラー（ｔｈｅｒｍｏｃｙｃｌｅｒ）、レーザー、電荷結合素子（ＣＣＤ）、カメラ、およびコンピューターから構成される。このシステムは、サーモサイクラーにおいて９６ウェルフォーマットまたは３８４ウェルフォーマットでサンプルを増幅する。増幅の間、レーザー誘起蛍光シグナルは、すべての反応ウェルについて光ファイバーケーブルを介してリアルタイムで収集され、そして、ＣＣＤで検出される。このシステムは、機器を作動させるため、およびデータを分析するためのソフトウェアを備える。
【００５８】
エキソヌクレアーゼアッセイのデータは、最初は、ＣＴ（または閾値サイクル）値として表される。上で議論したように、すべてのＰＣＲサイクルの間中、蛍光値が記録され、そして、放出された蛍光プローブの量（この量は、増幅反応中のその時点で増幅された産物に直接的に比例する）を示す。蛍光シグナルが統計的に有意なものとして最初に記録される時点が、閾値サイクル（ＣＴ）である。
【００５９】
エラーならびにサンプル対サンプルのバリエーションおよびプロセスの可変性の影響を最小化するために、ｑＲＴ−ＰＣＲは、通常、内部参照標準を使用して、実施される。理想的な内部標準は、異なる患者または被験体の間で、比較的一定したレベルで発現され、かつ、実験的処理に影響されない転写された配列のセット（「正規化用参照配列」）である。遺伝子発現のパターンを正規化するために頻繁に使用されるＲＮＡとしては、とりわけ、グリセロアルデヒド−３−リン酸−脱水素酵素（ＧＡＰＤＨ）についてのｍＲＮＡおよびβアクチンについてのｍＲＮＡが挙げられる。
【００６０】
ｑＲＴ−ＰＣＲは、各標的配列について内部競合物（ｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒ）が正規化のために使用される定量的競合ＰＣＲアッセイと、ｑＲＴ−ＰＣＲの正規化の参照のための遺伝子としてサンプル中に含まれる正規化遺伝子を使用する定量的比較ＰＣＲアッセイとの両方で、適合性である。さらなる詳細については、例えば、Ｈｅｌｄら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６：９８６−９９４（１９９６）を参照のこと。
【００６１】
ＲＮＡの供給源として固定されたパラフィン包埋組織を使用する、遺伝子発現のプロファイリングのための代表的なプロトコルの工程（ＲＮＡの単離、残存ゲノムＤＮＡの除去、およびＰＣＲ増幅を含む）は、種々の公開された学術論文（例えば：Ｇｏｄｆｒｅｙら（前述）およびＳｐｅｃｈｔら（前述））において掲載される。手短に言えば、代表的なプロセスは、パラフィン包埋された腫瘍組織サンプルから厚さ１０μｍの約３つの切片を切り出すことから始める。その後、ＲＮＡは抽出され、そして、タンパク質およびＤＮＡが除去される。ＲＮＡ濃度の分析の後、ＲＮＡの修復および／または増幅の工程が、必要に応じて含まれ得、そして、ＲＮＡは、遺伝子特異的プライマーを使用して逆転写され、その後ＰＣＲされる。
【００６２】
（４．ｑＲＴ−ＰＣＲプロトコルにおける改善）
上で議論したように、本発明の方法は、標準的なｑＲＴ−ＰＣＲプロトコルのいくつかの工程のおける重要な改善を包含する。この改善は、多重ＲＴ工程で遺伝子特異的プライマーをランダムオリゴマープライマーと組み合わせて使用すること、次のｃＤＮＡ増幅工程における逆方向プライマーとしてＲＴ工程で使用される遺伝子特異的プライマーを使用すること、ＲＴ工程とｃＤＮＡ増幅工程とを分離すること、プライマーおよびプローブの設計を含む。この設計は、多重化、新たな正規化ストラテジー、および得られたデータの分析を、同様に実施する（それらの値がサンプル間で比較されることを可能にする）ために最適化された設計を選択することを含む。これらの改善は、上にまとめられており、そして、より詳細には以下に議論される。
【００６３】
（ａ）複数の遺伝子の同時分析
前に述べたように、本発明のＲＴ工程およびＰＣＲ工程の両方は、多重化され得る（すなわち、同じ反応において複数の遺伝子を分析することにより実施され得る）。従って、逆転写用混合物は、多数の遺伝子についてのプライマーを含み得る。計測機器の適合性のために、９６個の遺伝子についてのプライマーがＲＴ工程において頻繁に反応混合物中に含まれるが、この方法は、そのようには限定されない。ＲＴ工程の多重化は、１つの反応混合物中で、最大４００個まで、または最大８００個まで、またはさらに最大１６００個までの異なる遺伝子についてのプライマーを使用して成功し得る。
【００６４】
同様に、ＰＣＲ工程が多重化され得る（すなわち、増幅のために、同じ反応中に複数の遺伝子を含み得る）。
【００６５】
本発明の方法の特定の実施形態において、最適化されたＰＣＲプライマーと検出用プローブとのセットは、各反応が複数のＰＣＲプライマーおよび検出用プローブ（最大５つまでの異なるｃＤＮＡ、またはｃＤＮＡと内部キャリブレーターとの組合せについて特異的）を含む場合、併用される。
【００６６】
このモジュールにおけるすべてのプライマーおよびプローブは、全体的に最適化されており、部分的には、セルフプライミングおよびクロスプライミングチェック用ソフトウェアプログラム（図５に示されるフローチャートで描かれる）の適用により最適化される。最適化されたプライマーおよびプローブは、非特異的ＰＣＲ産物またはプライマーダイマー種を形成する非特異的相互作用がない単一セットの均質アッセイ条件下で、および、パネル中の各遺伝子について逆方向ＰＣＲプライマーが、前の逆転写工程においてｃＤＮＡを生成するために使用される逆転写用プライマーと実質的に同じである場合に、同様に挙動する。残存ゲノムＤＮＡの含有量が、本発明のｑＲＴ−ＰＣＲアッセイに許容され得る閾値レベル未満で保たれることもまた重要である。ＰＣＲの間の各遺伝子産物の検出は、蛍光、質量分析などを使用する分子アッセイにおける標準形態のシグナル検出のうちのいずれかを使用することにより実施され得る。
【００６７】
（ｂ）プライマーおよびプローブの設計
逆転写反応および次のＰＣＲ増幅は、追加のランダムオリゴマー（代表的には、ランダム六量体〜ランダム十量体）（これは、アッセイの感度を徐々に上げ得る）有りまたは無しで、遺伝子特異的プライマーのプールを用いて実施される。
【００６８】
ＦＰＥ組織サンプル、または他の年数を経たサンプル、保存サンプル、もしくは処理したサンプルが分析される場合、抽出されたＲＮＡは、断片化される傾向にあり、そして、アンプリコンのサイズは、好ましくは約１００塩基未満、より好ましくは約９０塩基未満、よりさらに好ましくは約８０塩基未満の長さに限定される。
【００６９】
プライマーおよびプローブは、代表的には、周知の原理に従って設計される。従って、例えば、イントロン−エキソンスプライス接合部にまたがるプライマーまたはプローブが好ましい。一般に、一連のホモポリマーまたはタンデムリピートのヌクレオチド配列（例えば、ＴＴＴ（配列番号１３）、ＣＡＣＡＣＡ（配列番号１４）、ＧＴＧＴＧＴ（配列番号１５））を有する３’末端を有するプライマーは、他に高品質なプライマー候補またはプローブ候補が全くないのでない限り、避けるべきである。プローブの５’末端は、同じテンプレート鎖を共有するプライマーの３’末端から少なくとも１ヌクレオチド離れるべきである。５’Ｇを有するプローブは、避けるべきである。ＣよりもＧをより多く含むプローブの逆方向相補鎖は、それらが５’Ｇを有するのでない限り、使用されるべきである。後者の場合は、順方向鎖は、プローブとして使用されるべきであり、５’Ｇを含む鎖は、決して使用されるべきではない。これらのルールは、配列組成の考慮よりもＴｍおよびプライミング効率により重点をおいて、階層的であるべきである。プライマー設計およびプローブ設計についての有用な方法の参考文献の例は、Ｒｏｓｅｎ，Ｓ．およびＳｋａｌｅｔｓｋｙ  Ｈ．Ｊ．、Ｐｒｉｍｅｒ３  ｏｎ  ｔｈｅ  ＷＷＷ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｒａｌ  ｕｓｅｒｓ  ａｎｄ  ｆｏｒ  ｂｉｏｌｏｇｉｓｔ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅｒｓ．、Ｋｒａｗｅｔｚ，Ｓ．，Ｍｉｓｅｎｅｒ，Ｓ．（編）、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３６５−３８６．２０００．Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓである。
【００７０】
ＦＰＥＴのＲＮＡに使用するプローブ／プライマーセットを選択するためのプロトコルの重大な部分は、実証的試験である。目的の各遺伝子に関して、好ましくは３つの異なるプローブ／プライマーセットが、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ａｓｓａｙ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．）を使用して、プライマーダイマーについて、設計、合成、および試験される。プライマーダイマーを有するセットは、除外される。次に、プローブプライマーセットが、完全長で高品質なＲＮＡおよびＦＰＥで断片化されたＲＮＡテンプレートを使用して、試験される。プローブ／プライマー選択のための基準は、感度（低いＣＴ）、シグナル対ノイズ（最大ΔＲｎ）、再現性（反復反応の間の最低標準偏差）、およびインプットする標的濃度への応答の直線性を含む。
【００７１】
（ｃ）オリゴヌクレオチドのセルフプライミングおよびクロスプライミングの制御
前に議論したように、本発明の遺伝子発現プロファイリング方法の処理能力および効率を改善するために、好ましくは、複数のオリゴヌクレオチドが、１つの反応において使用される（多重化）。従って、例えば、多重化されたｑＰＣＲ反応は、通常、オリゴのいくつかのセット（各セットは、２つのＰＣＲプライマーおよびプローブから構成される）を含む。同様に、プロセスのＲＴ工程は、代表的には、遺伝子特異的プライマーのプールを利用する。両方の工程において、偏らない結果をもたらすために、存在するオリゴヌクレオチド間でのセルフプライミング活性およびクロスプライミング活性を妨げることが重要である。本明細書中の改善された遺伝子発現プロファイリングシステムの一部として、アルゴリズムが、多重化反応においてオリゴヌクレオチドプライマーおよびオリゴヌクレオチドプローブのクロスプライミングおよびセルフプライミングを最小化するためのＰｅｒｌプログラムとして開発され、そして実行されている。これのためのアルゴリズムは、図５に図示される。手短に言えば、インプットからの各オリゴヌクレオチドについての３’領域は、逆相補的プール中に存在するすべてのオリゴヌクレオチドに対して検査され、マッチが同定される。マッチが存在する場合は、セルフプライミングオリゴヌクレオチドまたはクロスプライミングオリゴヌクレオチドをアウトプットする（プライミングおよび標識オリゴの両方）。従って、マッチが存在しない場合は、インプットは、セルフプライミングまたはクロスプライミングのチェックを通過する。
【００７２】
（ｄ）正規化のストラテジー
異なる組織標本からのｑＲＴ−ＰＣＲデータを比較することを可能にするため、インプットするＲＮＡ量およびＲＮＡの質における相対的な差異を補正する必要がある。このような差異は、外科用組織標本の処理における固有の可変性（組織の相対質量、手術とホルマリン固定との間の時間、および固定後の貯蔵期間を含む）から主に生じる。更なる可変性が、組織固定に使用される方法および／または試薬ならびに固定後の貯蔵期間における差異から生じ得る。更なる考慮事項は、定量化に介するＲＮＡ抽出、ｃＤＮＡへの逆転写、およびＰＣＲからの各サンプルを処理する間に生じた、累積する可変性である。この補正は、異なる組織標本（「正規化用参照遺伝子」）間で中央発現（ｍｅｄｉａｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）がほとんど変化しない遺伝子のセットに対して生の発現値を正規化することにより達成される。本発明のプロセス（使用される正規化ストラテジーを含む）に従って、種々の供給源から抽出されるＲＮＡは、種々の固定用プロトコルおよび試薬を使用してうまく分析され得ることが示されている。
【００７３】
遺伝子発現プロファイリングのためのＦＰＥ組織由来のＲＮＡの使用は、更なる可変性の要素をｑＲＴ−ＰＣＲアッセイに導入する。ＦＰＥ組織標本から抽出されたＲＮＡは、しばしば、約３００塩基未満の長さの断片として存在することが周知である。ＦＰＥ組織が最も広範に利用可能な臨床サンプルであるので、任意のｑＲＴ−ＰＣＲに基づいた診断方法または予後方法は、質の低さとＦＰＥのＲＮＡの可変性に関連する特有の問題に取り組まなければならない。
【００７４】
本発明者らは、ＦＰＥ組織標本中のＲＮＡが、貯蔵期間が長くなるほど分解し続けること、および、この分解が、ｍＲＮＡアッセイのシグナル強度の著しい低下を生じることを観察した（図２および図４を参照のこと）。ＲＮＡ鎖の切断率がアンプリコンの長さに比例することを示すこの観察および関連する実験データ（図４Ａ）に基づき、正規化に使用される正規化用参照遺伝子アンプリコンの長さが、遺伝子発現データの正確さおよび信頼性にとって重大であることが見出されている。貯蔵の間のＦＰＥ組織サンプル中のＲＮＡ鎖の分解は、ランダムである。参照遺伝子アンプリコンが、アッセイパネル中の試験遺伝子に対して短過ぎる場合、標的遺伝子のレベルが過小評価される。
【００７５】
同様に、参照遺伝子アンプリコンが、アッセイパネル中の試験遺伝子の長さに対して長過ぎる場合、標的遺伝子のレベルが過大評価される。従って、長期間貯蔵されたＦＰＥ組織のＲＮＡの増幅に関して、特に約７年間よりも長い貯蔵の場合、標的遺伝子についてのアンプリコンの長さと参照遺伝子についてのアンプリコンの長さ（約１００塩基未満、好ましくは約９０塩基未満、より好ましくは約８０塩基未満）とが、比較的同じ（ｈｏｍｏｇｅｎｅｏｕｓ）であることが重要である。アンプリコンのサイズの下限は、少なくとも約４５塩基、より好ましくは少なくとも約６０塩基である。
【００７６】
本発明者らは、広範に異なる期間（多くの場合、何年も離れている）で保管されたＦＰＥ組織標本中に存在する特定のＲＮＡ種の相対レベルが、図４Ｂに示されるように、異なる標本中で生じている異なる量のＲＮＡ分解を保証する参照遺伝子正規化用ストラテジーを使用して横断比較（ｃｒｏｓｓ−ｃｏｍｐａｒｅｄ）され得ること見出していた。
【００７７】
保管されたＦＰＥ組織中のＲＮＡの断片化率が、ＲＮＡの長さに比例すると決定されているので、保管貯蔵期間の影響についての最適な補正は、試験遺伝子のアンプリコンの長さおよび参照遺伝子のアンプリコンの長さが、狭い範囲（約１５％以下、およびより好ましくは約１０％未満の逸脱する範囲）内に入ることを必要とする。
【００７８】
（ｅ）普遍的な正規化用参照遺伝子
異なる個々の被験体と異なる組織との間において、可変性がほとんどない発現された遺伝子を見出すことは、やりがいのあることである。この問題は、遺伝子および染色体の両方の重複および／または欠失のため異数性が普通である、癌組織においてさらに度合いを増す。本発明は、普遍的に有用な、このような問題を避ける正規化用参照遺伝子を同定する方法を提供する。
【００７９】
本発明の普遍的に適用可能な正規化用参照遺伝子の１つのクラスは、ゲノム（例えば、ヒトゲノム）全体にわたるオープンリーディングフレームにおける重複性が理由で、大量に発現される配列を有する。理想的には、この発現の量は、ゲノム全体にわたる複数の位置からの同時転写を示す。このような特性を有する発現した配列は、１つもしくは数個の発現部位の増幅または欠失に対して、比較的、非感受性である。なぜなら、このような増幅または欠失は、測定された全体の構成的な発現値のほんの少数の構成要素を表す。同様に、この測定された発現は、多くの部位からの発現の平均を表し、そしてそれ故にまた、発現の全体の可変性を平均化しかつ最小化する。
【００８０】
この普遍的な参照スキームのための候補配列は、構造遺伝子である必要はないが、必須の発現パターン（複数の部位から構成的に発現されるパターン）を有するオープンリーディングフレームである必要がある。発現の検出が、ｑＲＴ−ＰＣＲによるものなので、ゲノム中に保存され（高度に多様でなくてよい）かつ高度に発現される任意の配列は、この目的のために潜在的に有用である。このような配列は、発現された配列のデータベースのバイオインフォマティックス分析によって容易に同定され得、その後、マッピングの位置および組織の発現パターンについてフィルタリングされ得る。このようにして同定された候補アンプリコンは、発現における相対可変性を決定するために、ｑＲＴ−ＰＣＲによって機能的に試験され得、組織サンプルおよび個々のサンプルの代表的なセットにおいて機能的にスクリーニングされ得る。
【００８１】
（ｆ）アッセイ用較正配列
不活性内部アッセイ性能校正用コントロールとして使用され得るオリゴヌクオチド配列は、ヒトゲノムにおいて発現されない配列である。このような参照配列（内部キャリブレーターと本明細書中で称される）の同定は、実施例２において記載される。手短に言えば、全体のストラテジーは、およそ８０〜１００ヌクレオチド塩基のランダムに生成されたオリゴヌクレオチド配列の初期バッチの生成に基づいている。その後、これらのオリゴヌクレオチドは、有意な相同性を示さない配列を同定するための公衆利用可能なソフトウェア（例えば、ＢＬＡＳＴ）を使用して、ヒトゲノム中に存在する配列と比較される。あるいは、より短いオリゴヌクレオチドのランダム配列は、生成され得、ヒトゲノム中に存在する配列と比較され得、その結果、有意な配列同一性を有さない配列が同定され得る。次いで、ヒトゲノムにおいて有意なヒットを有さない短いランダムオリゴヌクレオチド配列は、統合されて、より長い（８０〜１００塩基長）オリゴヌクレオチド配列となり、この配列は、以下に記載されるように、内部アッセイ較正用ポジティブコントロールとして、および多くの他の目的のために使用され得る。
【００８２】
後者（「ボトム−アップ」）ストラテジーについての利点が少なくとも２つ存在する：
（１）アンプリコン内の一部（ｓｕｂ−ｓｔｒｉｎｇ）が、ヒトゲノムに対するＢＬＡＳＴのヒットを有する機会を改善する、および
（２）各々のより短いオリゴヌクレオチド配列（例えば、２１マー）はまた、多重化されたＰＣＲフォーマットに使用され得る候補ＰＣＲプライマーとして機能を果たし得る。
【００８３】
本発明の内部キャリブレーターは、複数の潜在的な適用を有する。例えば、
（ｉ）ＰＣＲ試薬が、各反応（ウェル）において作用しているかどうかを決定するためのｑＲＴ−ＰＣＲ反応の内部ポジティブコントロール、
（ｉｉ）複数の構成要素として標準的なｑＲＴ−ＰＣＲ反応に加えられる場合、これらの普遍的な「不活性」アッセイは、プロセス較正のための内部コントロールとして作用し得る。すなわち、テンプレート濃度が既知で、これらの反応のうちの１つが、標準的なプライマー濃度およびプローブ濃度で加えられる場合、反応ＣＴは、１００％の場合に予測可能であるはずである。期待された結果からの偏差が存在する場合は、反応の阻害または試薬の不調が起こっているとみなされ得、そして、推測の結果としてまた、同一程度に多重化された反応に影響するとみなされ得る。
【００８４】
（ｉｉｉ）多重化されたｑＲＴ−ＰＣＲが実施される場合、１つの色素標識をコントロールとして割り当てることが望まれる。この内部キャリブレーターは、この目的のために役立ち得る。
【００８５】
（ｉｖ）分析されるＲＮＡサンプルが、キャリブレーターの相補的ＲＮＡとともに加えられる場合、内部キャリブレーターは、ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイ、および、遺伝子発現分析のためのハイブリダイゼーションアレイを使用する場合の両方において、ポジティブコントロールとして機能を果たし得る。
【００８６】
（ｖ）ＲＮＡサンプルが、相補ＲＮＡとともに加えられない場合、内部キャリブレーターは、非特異的ハイブリダイゼーションの推定値を提供することによって、遺伝子発現分析のためのアレイ上のネガティブコントロールとしての機能を果たし得る。
【００８７】
（５．遺伝子発現プロファイリングの結果の適用）
本発明の重要な局面は、臨床情報および予後情報を提供するために、罹患した組織（例えば、癌組織）中の特定の遺伝子について測定された発現を使用することである。前に議論したように、この目的のためには、アッセイされたＲＮＡの絶対量における差異、および、使用されたＲＮＡの質における可変性の両方について補正する（正規化して差異を取り除く）ことが必要である。従って、アッセイは、代表的には、特定の正規化する遺伝子または参照遺伝子の発現を測定し、そして取り込む。あるいは、正規化は、アッセイされたすべての遺伝子またはそれらの大きなサブセットの平均または中央値のシグナル（ＣＴ）に基づき得る（全体的な正規化アプローチ）。
【００８８】
処置の決定について、または癌の分類もしくは種々のタイプの癌についての価値のある情報を提供するために、遺伝子発現プロファイリングによって得られたデータは、代表的には、統計分析に供される。発現データの有意性を理解するために、代表的には、判別分析が順方向段階的アプローチを使用して実施される。この分析は、遺伝子発現プロファイルを評価するためのモデルの生成を含み、このモデルは、１つの遺伝子だけで得られたものよりもより良い予後情報を提供する。
【００８９】
別のアプローチ（事象までの時間（ｔｉｍｅ−ｔｏ−ｅｖｅｎｔ）のアプローチ）に従って、各遺伝子についての１Ｃｏｘ比例ハザードモデル（例えば、Ｃｏｘ，Ｄ．Ｒ．およびＯａｋｅｓ，Ｄ．（１９８４）、Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  Ｄａｔａ，Ｃｈａｐｍａｎ  ａｎｄ  Ｈａｌｌ，Ｌｏｎｄｏｎ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照のこと）は、従属変数として再発または死までの時間で規定され、そして独立変数として遺伝子の発現レベルで規定される。例えば、Ｃｏｘモデルにおいてｐ値＜０．１０を有する遺伝子が同定される。各遺伝子について、Ｃｏｘモデルは、遺伝子発現における単位変化についての再発または死の相対危険度（ＲＲ）を提供する。（Ｃｔ尺度上で）測定された発現の任意の閾値で、患者をサブグループに分配することを選択し得る。ここで、閾値より高い発現値を有するすべての患者は、より高いリスクを有し、そして、閾値未満の発現値を有するすべての患者は、より低いリスクを有するか、または逆も同じであり、その遺伝子が、悪い（ＲＲ＞１．０１）予後の指標であるか、または良い（ＲＲ＜１．０１）予後の指標であるかどうかに依存する。従って、任意の閾値は、比較的増加したリスクまたは減少したリスクで、患者のサブグループを規定する。
【００９０】
本発明の実行は、キットの提供によって容易にされ得る。このキットは、本発明の方法の実施に適切な以下の構成要素：
（１）抽出用緩衝液／抽出用試薬および抽出用プロトコル；
（２）逆転写用緩衝液／逆転写用試薬および逆転写用プロトコル；ならびに
（３）ｑＰＣＲ用緩衝液／ｑＰＣＲ用試薬およびｑＰＣＲ用プロトコル
のうちの１つ以上を備える。適切な抽出用緩衝液／抽出用試薬および抽出用プロトコルは、例えば、以下の実施例３において記載される。適切な逆転写用緩衝液／逆転写用試薬および逆転写用プロトコルならびにｑＰＣＲ用緩衝液／ｑＰＣＲ用試薬およびｑＰＣＲ用プロトコルは、前述の開示において、および実施例１において記載される。この前述の開示はまた、ＲＴプライマーおよびＰＣＲプライマーおよびプローブの設計に関する情報および指示を提供する。関連ソフトウェアは、議論されており、そして、任意の特有の必要性に容易に適合し得る。試薬は、例えば、封をされたバイアル中に便利に保存され、そして、指示は、バイアルに（例えば、ラベルとして）取り付けられ得るか、またはバイアルと一緒に（例えば、添付文書として）包装化され得る。
【００９１】
本発明のさらなる詳細は、以下の非限定的な実施例において提供される。
【実施例】
【００９２】
（実施例１．保存パラフィン包埋組織における遺伝子発現の測定および正規化の影響）
（材料および方法）
（組織標本）保存乳房腫瘍ＦＰＥブロック、およびマッチする凍結腫瘍切片は、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ  Ｓｔ．Ｊｏｓｅｐｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｂｕｒｂａｎｋ  ＣＡより提供された。切除された組織を、標準的な免疫組織学の手順に従って、１０％の中性緩衝化したホルマリン中で、５〜１０時間、インキュベートした後、アルコールで脱水して、パラフィン中に包埋した。
【００９３】
（ＲＮＡ抽出の手順）ＲＮＡを、各患者の症例ごとに、３つの１０μｍ  ＦＰＥ切片から抽出した。パラフィンを、キシレン抽出によって除去し、続いてエタノールで洗浄した。ＲＮＡを、ＭａｓｔｅｒＰｕｒｅＴＭ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  キット（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を、ＲＮＡ抽出に使用したことを除いて、実施例３に記載されるプロトコルを使用して、切片化した組織ブロックから単離した。凍結組織標本の場合は、ＲＮＡを、業者の使用説明書（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に従い、Ｔｒｉｚｏｌ試薬を使用して抽出した。残存ゲノムＤＮＡのコンタミネーションを、ＴａｑＭａｎ（登録商標）定量的ＰＣＲアッセイ（ＲＴコントロール無し）によって、βアクチンのＤＮＡについてアッセイした。測定可能な残存ゲノムＤＮＡを有するサンプルを、再度、ＤＮａｓｅＩ処理に供し、そして、ＤＮＡのコンタミネーションについて、再度アッセイした。
【００９４】
（ＦＰＥ組織のＲＮＡ分析）ＲＮＡを、ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（登録商標）蛍光方法（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を使用して定量し、そして、ＲＮＡのサイズを、Ａｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）を使用し、マイクロキャピラリー電気泳動によって分析した。
【００９５】
（ＴａｑＭａｎのプライマーおよびプローブの設計）各遺伝子について、適切なｍＲＮＡ参照配列（ＲＥＦＳＥＱ）登録番号を同定し、そして、ＮＣＢＩ  Ｅｎｔｒｅｚヌクレオチドデータベースを介してコンセンサス配列にアクセスした。ｑＲＴ−ＰＣＲプライマーおよびプローブを、Ｐｒｉｍｅｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓ（登録商標）（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）およびＰｒｉｍｅｒ３プログラム（ＲｏｓｅｎおよびＳｋａｌｅｔｓｋｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１３２：３６５−３８６（２０００））を使用して設計した。オリゴヌクレオチドは、Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．（Ｎｏｖａｔｏ，ＣＡ）およびＩｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃｏｒａｌｖｉｌｌｅ，ＩＡ）から供給された。アンプリコンのサイズは、好ましくは、１００塩基未満の長さに限定された（結果を参照のこと）。発蛍光性プローブを、レポーターとして５’−ＦＡＭで、そして、非蛍光発生性消光剤として３’−ＢＨＱ−１で二重に標識した。
【００９６】
（逆転写）逆転写（ＲＴ）を、ｑＲＴ−ＰＣＲ用（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  Ｋｉｔを使用して行った。ＦＰＥの全ＲＮＡおよびプールされた遺伝子特異的プライマーは、それぞれ、１０〜５０ｎｇ／μｌおよび（各）１００ｎＭで存在した。
【００９７】
（ＴａｑＭａｎ遺伝子発現プロファイリング）ＴａｑＭａｎ反応を、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｐｒｉｓｍ（登録商標）７９００ＨＴ  ＴａｑＭａｎ器機を使用して、製造業者の使用説明書に従い、３８４ウェルプレート中で行った。各遺伝子の発現を、反応ウェルごとに１ｎｇの全ＲＮＡから合成されたｃＤＮＡを使用する二連の５μｌの反応においてか、または、示されるように、２ｎｇの全ＲＮＡから合成されたｃＤＮＡを使用する１つの反応のいずれかにおいて、測定した。プライマーおよびプローブの最終濃度は、それぞれ、０．９μＭ（各プライマー）および０．２μＭであった。ＰＣＲサイクリングを、以下のように実施した：９５℃で１０分間を１サイクル、９５℃で２０秒間、そして６０℃で４５秒間を４０サイクル。ｑＲＴ−ＰＣＲのシグナルが、ゲノムＤＮＡではなくＲＮＡから生じたこと確認するために、試験された各遺伝子に関して、試験アッセイと同じであるが、ＲＴ反応（ＲＴコントロール無し）を省略するコントロールを含めた。ｑＲＴ−ＰＣＲの間の所定の増幅曲線についての閾値サイクルは、プローブの切断からの蛍光シグナルが特定の指定の蛍光閾値設定を超えて増加する時点で生じる。より大きい初期テンプレートを有する試験サンプルは、より少ない初期テンプレート量を有するサンプルよりも、増幅サイクル数がより小さい段階で閾値を越える。
【００９８】
（正規化およびデータ分析）標本間で発現プロファイルを比較するために、６個の参照遺伝子に基づく正規化を、ＲＮＡの質および各アッセイ中のＲＮＡの総量における可変性から生じる差異について補正するために使用した。各々の試験された標本についての参照ＣＴ（閾値サイクル）は、６個の参照遺伝子の測定されたＣＴの平均として規定された。試験遺伝子の正規化されたｍＲＮＡレベルは、ΔＣＴ＋１０として規定される（ここで、ΔＣＴ＝ＣＴ（６個の参照遺伝子の平均値）−ＣＴ（試験遺伝子））。
【００９９】
（統計分析）遺伝子発現分析の補正を、ピアソン線形補正を使用して行った。クラスター分析を、１−ピアソンＲ（距離メートルとして）、および最近隣法階層的クラスタリング（ｓｉｎｇｌｅ  ｌｉｎｋａｇｅ  ｈｉｅｒａｒｃｈｉｃａｌ  ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ）を使用して行った。
【０１００】
（結果）
（ＦＰＥ組織のＲＮＡの断片化は、保管貯蔵期間とともに増加する）
保管ＦＰＥ乳癌標本から抽出されたＲＮＡのキャピラリー電気泳動分析は、ＲＮＡが大部分は３００塩基未満の長さの断片として存在することを示す。これは、他者の知見（Ｇｏｄｆｒｅｙら、前述；Ｇｏｌｄｓｗｏｒｔｈｙら、前述）と一致する。図２は、かなり異なる持続期間にわたって保管された標本からＲＮＡのサイズ分けの結果を表す。示されるように、約１年間保管された乳癌組織のＲＮＡは、約６年間または約１７年間保管されたＲＮＡよりも大きい平均分子量を有する（１年経った標本における約２０００塩基の検出可能な１８Ｓ  ＲＮＡに注目）。これらの標本の全ては、１つの供給源（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｅ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｂｕｒｂａｎｋ，ＣＡ）由来であり、そして、この１７年間の期間の間中、全ての標本を同じホルマリン固定化プロトコルを使用して固定した（詳細については材料および方法を参照のこと）。従って、このことは、ＦＰＥ組織の断片化が、標本を脱水し蝋中に包埋した後も、起こり続けることを示唆する。
【０１０１】
（９２個の遺伝子のアッセイからの結果：正規化に対するアンプリコンの長さの影響）
９２個の異なる遺伝子の発現を、１年間〜１７年間保管されていた６２個の異なるＦＰＥ乳癌標本にわたってプロファイリングした（遺伝子あたり１つの反応／ウェル）。全ての標本は、分析に適切な量のＲＮＡを生じた。全ての患者および遺伝子についての平均および中央値の生ＣＴは、それぞれ３３．２および３２．５であった。生ＣＴ値は、２４〜４０の範囲（後者の値は、製造業者によって設定されたようにシグナル検出の失敗を規定する、ＰＣＲサイクル数のデフォルトの上限）に及んだ。
【０１０２】
異なる組織標本からのｑＲＴ−ＰＣＲのデータを比較することを可能にするために、インプットＲＮＡの量および質の相対差異を補正することが必要である。これらの差異は、外科用組織標本の処理における固有の可変性（組織の相対量および手術間の期間、ならびに、ホルマリン固定の質および持続期間を含む）から、主に生じる。二次的考慮事項は、定量化、ｃＤＮＡへの逆転写、およびＰＣＲを介するＲＮＡ抽出からの各サンプルを処理する間に生じた累積する可変性である。この補正は、異なる組織標本間での発現中央値がほとんど変化しない遺伝子（「参照遺伝子」）のセットに対して、生の発現値を正規化することによって慣用的に達成される。
【０１０３】
保管貯蔵が長引くにつれＲＮＡが分解し続けることの観察（図２、上記）は、ｑＲＴ−ＰＣＲシグナルが保管貯蔵が長引くにつれ減衰する傾向にあるのかどうか、そして、もうしそうである場合は、参照遺伝子への正規化は、この傾向を補正し得るかどうかという疑問をもたらした。図３は、９２個すべての遺伝子についての６個の参照遺伝子に対する発現の平均値（±ＳＤ）を示す。
【０１０４】
９２個の遺伝子の研究のために使用した６２個の標本のそれぞれを、３つの時間範囲（具体的には、２００１年、約１９９６年、および約１９８５年）のうちの１つの範囲内で補正した。図４Ａ中の各記号は、６２個の試験された患者標本のそれぞれについての試験された遺伝子のすべてにわたる平均ＣＴを示す。示されるように、最も古い標本からのＣＴ値は、より新しい標本からのＣＴ値（平均値３１．０）よりも、実質的に、高い（平均値３５．３）。なぜなら、ＣＴ尺度はｌｏｇ２であり、２００１年と１９８５年との間の５単位のＣＴ単位の損失は、ｑＲＴ−ＰＣＲシグナルの平均の９０％より高い低下を表すからである。
【０１０５】
正規化（６個の遺伝子の参照セットを使用）は、パネル４Ａに見られる曲線の傾きを平坦化し、そして、ＦＰＥ標本の長期間の保存の結果生じたｑＲＴ−ＰＣＲシグナルの損失を保証して、このバイアスを効果的に補正する（図４Ｂ）。図４Ｂに示される分析に類似する分析はまた、遺伝子毎のベースで行われた（データは示さず）。一般に、生データを生じた個々の遺伝子は、正規化前の図４Ａ中の曲線に、および正規化後の図４Ｂに、おおよそ対応した。しかしながら、１２個の遺伝子について、ブロックの年齢は、正規化された発現の平均値の上昇に相関付けした。これらの１２個の遺伝子について、平均アンプリコンサイズは、パネル中の他の遺伝子の平均アンプリコンサイズ（７８±１１塩基）よりも、大きかった（１０４±１５塩基）。
【０１０６】
従って、可能な場合、プローブセットおよびプライマーセットは、７０〜８５塩基の比較的に狭い範囲内で適合するように、再設計された。再設計されたプローブセットおよびプライマーセットを用いて、正規化は、保管貯蔵関連バイアスを保証したことが見出された。従って、最適には、アンプリコンサイズは、長さで限定されなければならないだけでなく、試験遺伝子および参照遺伝子のアンプリコンの長さでも、効果的に同じでなければならない。
【０１０７】
ｑＲＴ−ＰＣＲは、頻繁に、例えば、ＤＮＡアレイ方法（Ｃｈｕａｑｕｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３２：５０９−５１４（２００２）；Ｒａｊｅｅｖａｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２５：４４３−４５１（２００１））のような他の遺伝子発現の測定方法を試験するための標準として使用される。同様に、本発明者らは、ＦＰＥ組織のＲＮＡからのｑＲＴ−ＰＣＲベースの遺伝子発現プロファイルと、未固定の組織のＲＮＡからのプロファイルとを比べるために努力した。この目的のために、本発明者らは、１９９５年に同じ乳房腫瘍から調製されたＦＰＥサンプルおよび凍結サンプルを同定した。凍結組織からのＲＮＡは、検出可能な２８Ｓおよび１８ＳのリボソームＲＮＡのバンドによって示されたように、比較的インタクトなままであった。対照的に、ＦＰＥ組織由来のＲＮＡの多くは、２００塩基未満の長さであった。対のＦＰＥサンプルと凍結サンプルとからのＲＮＡを、４２個の試験遺伝子および６個の参照遺伝子で構成された４８の遺伝子のアッセイでプロファイリングした。正規化されたプロファイルは、ほとんどの遺伝子について、２つのサンプル間において似ているだけでなく、本質的に同一であった（データは示さず）。試験した全ての遺伝子についてのＦＰＥ組織と凍結組織との間で調整されたピアソン補正（Ｒ）は、９１％であった。
【０１０８】
エストロゲンレセプター、プロゲステロンレセプター、およびＨＥＲ２のｍＲＮＡについての測定されたレベルは、独立の臨床参考研究所でＩＨＣによって測定したときのそれぞれのタンパク質のレベルと一致した。ＥＲおよびＰＲについてのｑＲＴ−ＰＣＲ発現の結果が、ポジティブな値とネガティブな値とに二分され、そして、ＥＲおよびＰＲの、ＩＨＣに基づいたポジティブおよびネガティブな割り当てと比較される場合に、およそ９０％の一致が得られた（データは示さず）。
【０１０９】
現在、ＩＨＣは、その多数の弱点（これは、現場ごとの感度におけるバリエーション、固定条件への依存性、較正された定量化の欠如を含む）にもかかわらず、診断上の臨床適用に広範に用いられる標準的な遺伝子発現アッセイであり続ける（Ｐａｉｋら、Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．９４：８５２−８５４（２００２））。しかしながら、再現性、定量、ダイナミックレンジ、および複数分析物の可能性についてのｑＲＴ−ＰＣＲの利点は、これを近い将来の適用のための有望な診断技術にする。
【０１１０】
（実施例２．内部キャリブレーターの生成）
個々の反応の性能をモニターするため、ならびに、遺伝子プロファイリングのための定量的ｑＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）アッセイの間および後の品質管理およびデータの正規化プロセスを改善するために、内部校正の制御が、多重化されたＰＣＲアッセイの１つの構成要素として実行されることが望ましい。内部校正の制御の目的は、アッセイの構成要素における可変性かまたはサンプル抽出物中の混入物のキャリーオーバーのようなものに起因した、アッセイの性能における可変性をモニターすることである。この目的のために使用される内部キャリブレーターは、以下の基準を満たす必要がある：
（１）同じ長さ、同じプライマー組成およびプローブ組成、ならびに融解温度の設計必要条件（代表的には、ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイのパネルの他のメンバーのために使用される条件）を満たすアンプリコンであるべきである：
（２）そのプライマーおよびプローブが、ヒトのサンプルでの任意のｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを配列の相互作用によって干渉しないべきである：
（３）そのプライマーおよびプローブの配列が、合成アンプリコンに特異的であるためにヒトゲノム中に存在しないべきである：ならびに
（４）アッセイ性能において、ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイの残りの複数のパネルメンバーと、同じ効率、精度、および正確さを提示すべきである
という基準を満たす必要がある。
【０１１１】
上の必要条件を考慮にいれ、一連の内部キャリブレーターを、ポジティブアッセイの校正コントロールとして使用するために開発した。このキャリブレーターは、ランダム配列の合成アンプリコン（８４ヌクレオチド長）であった。これらアンプリコンは、それらが、アッセイの設計必要条件を満たし、そして、ヒトゲノム中のあらゆる配列に対して有意な配列同一性を有さなかったので、選択された。
【０１１２】
このような内部キャリブレーターを生成するための全体的なストラテジーは、ランダム配列のオリゴヌクレオチド（それぞれ、２１ヌクレオチド長）の一群を生成することから始まった。その後、これらの構成要素のオリゴヌクレオチドを、ランダムな８４マーのオリゴヌクレオチドへと組み立てた。このオリゴヌクレオチドを、ヒトゲノムと（例えば、ＢＬＡＳＴソフトウェアを使用して）比較し、そして有意なヒットがない配列を選択した。
【０１１３】
１．２１のオリゴヌクレオチドの１０００のランダム配列を生成した。
【０１１４】
２．この１０００のオリゴヌクレオチドを、ＢＬＡＳＴソフトウェアを使用してヒトゲノムと比較し、そして、有意なヒットがないオリゴヌクレオチドを選択した。
【０１１５】
３．工程２で得られたオリゴヌクレオチドを、４グループに分け、そして、８４のヌクレオチドのオリゴへと鎖状につないだ。その後、プライマー設計およびプローブ設計、そしてさらにスクリーニングが続いた。
【０１１６】
４．結果として生じる８４塩基のオリゴヌクレオチドを、ＢＬＡＳＴによって再度ヒトゲノムと比較し、スクリーニングして完全一致の最も短い一部（ｓｔｒｉｎｇ）を有する上位１６個の配列を選択した。
【０１１７】
５．プローブおよびプライマーを、１６のオリゴのＰＣＲ増幅のために設計し、プライマーダイマーの存在を試験した。上の基準に合格した最終的な１２個の８４マーのオリゴを、内部較正用コントロール配列として選択した。
【０１１８】
選択された１２個の普遍的な参照配列を、以下の表２に示す。
【０１１９】
【表２】
2007509613.tif 000003
【０１２０】
８４マーの内部キャリブレーターを組み立てるために使用した種々の２１マーのオリゴヌクレオチド構成要素の配列を、ＰＣＲのプライミング配列の潜在的な代替ペアとして選択した。これらを、セット間でプライマーのクロスハイブリダイゼーションが存在しなかったことを保証するために再チェックした。各８４マーのキャリブレーター配列内で利用可能な代替ＰＣＲプライマーペアの配列を有することが、８４のヌクレオチドよりも短いアンプリコンの任意のさらなる設計作業または配列相互作用スクリーニングなしでの使用を許容するという更なる利点を提供する。
【０１２１】
（実施例３．ＦＰＥ組織からのＲＮＡ抽出）
ＲＮＡを、以下のプロトコルによってＦＰＥ組織から抽出する：
１）パラフィンブロックから３個〜６個の１０μｍの切片を切リ出す；
２）１ｍｌのキシレンを加え、３分間揺り動かす；
３）２分間遠心分離し、キシレンを除去する；
４）新鮮なキシレンを１ｍｌ加え、上のようにもう２回繰り返す；
５）最後のインキュベーションによって残存するすべてのキシレンを除去する。
【０１２２】
６）１００％エタノールを１ｍｌ加え、３分間揺り動かす；
７）１４，０００ｒｐｍで３０秒間遠心分離し、アルコールを除去する；
８）新鮮な１００％エタノールを１ｍｌ加え、もう２回繰り返す；
９）残存する全てのアルコールを除去し、消化緩衝液中に３００μｌのプロテイナーゼＫを加える；
消化緩衝液の処方：
４Ｍの尿素、１０ｍＭのＴｒｉｓＣｌ、ｐＨ７．５、０．５〜１．０％のラウロイルサルコシンナトリウム、および３３０μｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫ；
あるいは、１Ｍのエタノールアミンまたは１Ｍのグアニジンイソチオシアネートは、尿素と置き換えられて、類似する質および量のＲＮＡを生じ得る；
９）組織切片をプロテイナーゼＫ溶液中で、（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ  Ｔｈｅｒｍｏｍｉｘｅｒを使って）６５℃で９０分間、８５０ｒｐｍで一定に振盪しながらインキュベートする；
１０）７．５ＭのＮＨ４ＯＡｃを１５０μｌ加え、１０秒間ボルテックスする。１４Ｋ  ｒｐｍで１０分間遠心分離する。上清を、底にある白いペレットおよび時々透明なペレットを避けながらピペットで新たなチューブへ移す。これは、細胞溶解の間に溶解したプロイナーゼＫおよび他のタンパク質を除去する；
１１）収集した上清と等容量のイソプロピルアルコールを加え、遠心分離の前に４℃で５分間揺り動かす；
１２）白いＲＮＡペレットは、チューブの下方の側面で可視であるはずである；
１３）１ｍｌの８０％エタノールでペレットを洗浄し、迅速に遠心分離し、エタノールを除去し、繰り返す；
１４）ペレットを風乾し、ヌクレアーゼを含まない水中に再懸濁する；
本発明は、特定の実施形態と考えられているものを参照として記載されてきたが、本発明がこのような実施形態に限定されないことが理解されるべきである。反対に、本発明は、添付の特許請求の範囲の精神および範囲内に含まれる種々の改変および均等物を網羅することを意図している。例えば、本開示は、癌（特に、ＦＰＥＴサンプル）から得られた組織サンプルの遺伝子発現プロファイリングに焦点を合わせるが、本発明の方法は、任意の生物学的サンプル（正常サンプルまたは罹患したサンプルであろうと）の遺伝子発現プロファイルの決定に同等に適している。特に、本発明の方法は、断片化され、そして／または化学的に処理された（修飾された）ＲＮＡを含む全ての生物学的サンプル（例えば、法医学的サンプルおよび病理学的サンプルのような、年数を経たサンプル、保存サンプル、および処理したサンプルを含む）の発現プロファイリングに適している。
【０１２３】
本発明の方法は、２つのＰＣＲプライマーおよび１つの介在する二重に標識されたレポータープローブを必要とする、ＴａｑＭａｎ（登録商標）フォーマットのｑＲＴ−ＰＣＲによって例示されているが、本発明は、そのようには限定されない。代替アッセイのフォーマットは、本発明の最適化された分析アッセイに適合可能である。このフォーマットとしては、限定することなく、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ  ｑＲＴ−ＰＣＲ機器に適合したプローブおよびプライマーのフォーマット、ｑＲＴ−ＰＣＲ用ＳｃｏｒｐｉｏｎＴＭプローブ、ｑＲＴ−ＰＣＲ用ＭＧＢ（登録商標）改変プローブ、ｑＲＴ−ＰＣＲ用ＳＮＰｄｒａｇｏｎＴＭプローブ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎプローブ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析による検出用に設計された伸張プライマー、およびｑＲＴ−ＰＣＲアッセイのフォーマットの他の同様の改変が挙げられる。本発明のｑＲＴ−ＰＣＲベースのアッセイを促進、カスタマイズまたは改変するために役立つ、このような改変および類似する改変の全ては、当業者にとって明らかであり、具体的に本発明の範囲内である。
【０１２４】
本開示全体にわたって引用された全ての参考文献は、これによって明白に参考として援用される。
【０１２５】
本発明は、特定の実施形態を参照して例示されているが、本発明は、そのようには限定されない。当業者は、特定の改変および変更が可能であることを理解し、そして、本質的に同じ方法で本質的に同じ結果を提供することを理解する。このような改変および変更の全ては、本明細書中で主張した本発明の範囲内にある。
【図面の簡単な説明】
【０１２６】
【図１】本発明の遺伝子発現プロファイリング方法のフローチャートである。
【図２】１２個の腫瘍標本由来のＦＰＥ組織のＲＮＡのサイズ分布。全ＲＮＡを、実施例１に記載されるように、乳癌の標本から抽出した。各ＲＮＡ抽出物からの１μｌ（サンプルの３０分の１）を、Ａｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ,ＲＮＡ  ６０００  Ｎａｎｏｃｈｉｐを使用して分析した。レーン１〜４、レーン５〜８、およびレーン９〜１２は、それぞれ、約１年間、約６年間、および約１７年間保管されたサンプル由来のＲＮＡを含む。レーンＭ１およびレーンＭ２は、２つの異なるセットの分子量マーカーのＲＮＡを含む（サイズは、塩基で示される）。
【図３】６２個の乳癌標本中の９２個の遺伝子についての発現の範囲。ＴａｑＭａｎ  ｑＲＴ−ＰＣＲを使用して、実施例１に記載されるようにｍＲＮＡレベルを測定し、そして６個の参照遺伝子と比較して発現を測定した。試験した全ての患者にわたる発現値の平均値および平均値の標準偏差を、各遺伝子について示す。各ボックスは、試験した全ての腫瘍標本についてのｍＲＮＡレベルの平均値を表し、そしてエラーバーは、その遺伝子についての全ての測定値の標準偏差を示す。発現値（Ｙ軸）は、底が２の対数（ｌｏｇ２）値として表される参照遺伝子に対して正規化されている。試験遺伝子の正規化されたｍＲＮＡレベルは、２ΔＣＴ＋１０．０（ここで、ΔＣＴ＝ＣＴ（６個の参照遺伝子の平均値）−ＣＴ（試験遺伝子））として定義される。
【図４Ａ】パラフィンブロックの保管貯蔵期間の関数としての、６２個の患者サンプル中の９２個の遺伝子についてのＣＴ（周期閾値）の平均値。Ｘ軸は、各標本が保管された年数を示す。Ｙ軸は、試験された全ての遺伝子についての発現の平均値を示す。各記号は、別々の患者を表す（パネル４Ａ：全ての標本についてのＣＴ発現の生の平均値）。正規化されたｍＲＮＡレベルは、上記の図３の説明文中に定義されたとおりである。参照遺伝子は、β−ＡＣＴＩＮ、ＣＹＰ１、ＧＵＳ、ＲＰＬＰＯ、ＴＢＰ、およびＴＦＲＣであった（実線：最適の直線回帰）。
【図４Ｂ】パラフィンブロックの保管貯蔵期間の関数としての、６２個の患者サンプル中の９２個の遺伝子についてのＣＴ（周期閾値）の平均値。Ｘ軸は、各標本が保管された年数を示す。Ｙ軸は、試験された全ての遺伝子についての発現の平均値を示す。各記号は、別々の患者を表す（パネル４Ｂ：６個の参照遺伝子に対して正規化した後の発現値）。正規化されたｍＲＮＡレベルは、上記の図３の説明文中に規定されたとおりである。参照遺伝子は、β−ＡＣＴＩＮ、ＣＹＰ１、ＧＵＳ、ＲＰＬＰＯ、ＴＢＰ、およびＴＦＲＣであった（実線：最適の直線回帰）。
【図５】セルフプライミングまたはクロスプライミングする可能性のあるオリゴヌクレオチド配列を同定するためのプログラムについてのフローチャート。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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