(57)【要約】ガランタミン処置に対する認知応答に関連するＣＨＲＮＡ２遺伝子のハプロタイプが、開示される。種々の臨床適用においてこれらのＣＨＲＮＡ２ハプロタイプを検出および使用するための組成物および方法が、開示される。このような適用としては、これらＣＨＲＮＡ２ハプロタイプの一つを有する患者に対する処置が認可されるガランタミンまたはその誘導体を含む製造物、個体のハプロタイププロファイルに基づいてガランタミンに対する個体の応答を予測するための方法およびキット、ならびに患者のハプロタイププロファイルに基づいてアルツハイマー患者を処置するための方法が挙げられる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体が発症年齢マーカーＩを有するかまたは発症年齢マーカーＩＩを有するかを決定するための方法であって、該方法は、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程であって、ここで、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）の多型部位（ＰＳ）は、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；４６６８（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応し、ここで、該個体は、該個体が
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有す場合おいて応答マーカーＩを有し、そして該個体は、該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合において応答マーカーＩＩを有する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記決定する工程は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかを含むＰＳセットにおける各ＰＳについて前記個体の遺伝子型を得る工程、ならびに、
該ＰＳセットについてハプロタイプ対を同定するために、該個体の遺伝子型を得る工程の結果を用いる工程
を包含する、方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、前記ＰＳセットについての前記個体の遺伝子型は、
（ａ）プライマー伸長アッセイ；
（ｂ）対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイ；
（ｃ）核酸増幅アッセイ；
（ｄ）ハイブリダイゼーションアッセイ；
（ｅ）ミスマッチ検出アッセイ；
（ｆ）酵素的核酸切断アッセイ；および、
（ｇ）配列決定アッセイ
のうちのいずれかによって得られる、方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、前記決定する工程は、
表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ
のうちのいずれかについて前記個体のコピー数に関する情報を提供するデータレポジトリを調べる工程
を包含する、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法であって、前記方法は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程
を包含する、方法。
【請求項７】
請求項６に記載の方法であって、前記方法は、
表１におけるハプロタイプ（１）のコピーを有さないか、または、少なくとも１コピーを有するかを決定する工程
を包含する、方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちの少なくとも一つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプは、表１のハプロタイプ（１）についてであり、そして前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記置換ＰＳにある対立遺伝子と前記表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記個体は、白色人種である、方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、前記個体は、認知障害を有するとして診断される、方法。
【請求項１４】
請求項１に記載の方法であって、前記個体は、ガランタミン化合物で処置するための候補者である、方法。
【請求項１５】
個体を第一の応答マーカー群に割り当てるかまたは第二の応答マーカー群に割り当てるかを決定するための方法であって、該方法は、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程であって、ここで、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）の多型部位（ＰＳ）は、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；４６６８（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応する工程、ならびに、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有す場合おいて該第一の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合において該第二の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、
を包含する、方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法であって、前記決定する工程は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかを含むＰＳセットにおける各ＰＳについて前記個体の遺伝子型を得る工程、ならびに、
該ＰＳセットについてハプロタイプ対を同定するために、該個体の遺伝子型を得る工程の結果を用いる工程
を包含する、方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、前記ＰＳセットについての前記個体の遺伝子型は、
（ａ）プライマー伸長アッセイ；
（ｂ）対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイ；
（ｃ）核酸増幅アッセイ；
（ｄ）ハイブリダイゼーションアッセイ；
（ｅ）ミスマッチ検出アッセイ；
（ｆ）酵素的核酸切断アッセイ；および、
（ｇ）配列決定アッセイ
のうちのいずれかによって得られる、方法。
【請求項１８】
請求項１５に記載の方法であって、前記決定する工程は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ
のうちのいずれかについて前記個体のコピー数に関する情報を提供するデータレポジトリを調べる工程
を包含する、方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
【請求項２０】
請求項１５に記載の方法であって、該方法は、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程；ならびに、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有す場合に、前記第一の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合に、前記第二の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の方法であって、該方法は、
該個体が、表１におけるハプロタイプ（１）のいずれのコピーも有さないか、少なくとも１コピーを有するかを決定する工程；ならびに、
該個体が、表１におけるハプロタイプ（１）の少なくとも１コピーを有す場合に、前記第一の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
該個体が、表１におけるハプロタイプ（１）のいずれのコピーも有さない場合に、前記第二の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、
を包含する、方法。
【請求項２２】
請求項１５に記載の方法であって、前記個体は、白色人種である、方法。
【請求項２３】
請求項１５に記載の方法であって、前記個体は、認知障害を有するとして診断される、方法。
【請求項２４】
請求項１５に記載の方法であって、前記個体は、ガランタミン化合物で処置するための候補者である、方法。
【請求項２５】
請求項１５に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちの少なくとも一つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についてであり、そして前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項２７】
請求項１５に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプ中の置換ＰＳ上にある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれか中の置換ＰＳ上にある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項２８】
請求項２７に記載の方法であって、置換ＰＳ上にある前記対立遺伝子と表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳ上にある前記対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項２９】
個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを決定するためのキットであって、該キットは、一つ以上の多型部位（ＰＳ）のうちの各ＰＳにある対立遺伝子のうちの少なくとも一つを同定するために設計された、１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、該１以上のＰＳからなるセットは、
（ａ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｂ）ＰＳ２、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｃ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｄ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｅ）ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｆ）ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｇ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｈ）ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｉ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｊ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｋ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｌ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかについて連鎖ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット、または、
（ｍ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかについて置換ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット
を含み、ここで、（ａ）〜（ｋ）セット中の列挙されたＰＳは、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；４６６８（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応する、キット。
【請求項３０】
請求項２９に記載のキットであって、前記キットは、前記一つ以上の多型部位（ＰＳ）のうちの各ＰＳにある対立遺伝子のうちの少なくとも一つを同定するために設計された、１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、該１以上のＰＳからなるセットは、
（ａ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｂ）ＰＳ２、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｃ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｄ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｅ）ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｆ）ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｇ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｈ）ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｉ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｊ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｋ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｌ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかにおける連鎖ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット、または、
（ｍ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかにおける置換ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット
のうちのいずれかであり、ここで、（ａ）〜（ｋ）セット中の列挙されたＰＳは、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；１２４９０（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応する、キット。
【請求項３１】
請求項２９に記載のキットであって、前記１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットは、前記１以上のＰＳからなるセットのうちの各ＰＳにある対立遺伝子の両方を同定するために設計される、キット。
【請求項３２】
請求項２９に記載のキットであって、前記１以上のＰＳからなるセットは、（ａ）、（ｌ）、または（ｍ）であり、
ここで、該セットが（１）である場合、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプであり、
該セットが（ｍ）である場合、
前記置換ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプである、キット。
【請求項３３】
請求項３２に記載のキットであって、前記１以上のＰＳからなるセットが（ａ）である、キット。
【請求項３４】
請求項２９に記載のキットであって、前記個体が白色人種である、キット。
【請求項３５】
請求項２９に記載のキットであって、該キットは、
（ａ）前記１以上のＰＳからなるセットのうちの各ＰＳにある前記個体中に存在する該対立遺伝子を同定するために、ヒト核酸サンプルついて、反応を一つ以上実施する工程、および
（ｂ）前記個体が、応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを、該同定された対立遺伝子に基づいて決定する工程
のための使用指示書をさらに備える、キット。
【請求項３６】
請求項２９に記載のキットであって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちの少なくとも一つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、キット。
【請求項３７】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）または（ｌ）であり、該セットが（１）である場合、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプであり、そして前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、キット。
【請求項３８】
請求項２９に記載のキットであって、前記置換ハプロタイプ中の置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、キット。
【請求項３９】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）または（ｍ）であり、ここで、該セットが（ｍ）である場合、前記置換ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプであり、前記置換ＰＳにある対立遺伝子と前記表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、キット。
【請求項４０】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含む対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブであり、ここで、該配列は、配列番号２〜６およびそれらの相補配列のいずれかである、キット。
【請求項４１】
請求項４０に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）であり、そして前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、第一のＡＳＯプローブ、第二のＡＳＯプローブ、第三のＡＳＯプローブ、第四のＡＳＯプローブ、第五のＡＳＯプローブ、および第六のＡＳＯプローブであり、
該第一のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号３またはその相補配列であり、配列番号３中のＹはＴであり、そして
該第二のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号３またはその相補配列であり、配列番号３中のＹはＣであり、
該第三のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号４またはその相補配列であり、配列番号４中のＹはＴであり、
該第四のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号４またはその相補配列であり、配列番号４中のＹはＣであり、
該第五のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号５またはその相補配列であり、配列番号５中のＳはＧであり、そして
該第六のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号５またはその相補配列であり、配列番号５中のＳはＣである、キット。
【請求項４２】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含むプライマー伸長オリゴヌクレオチドであり、該配列は、配列番号７〜２６のうちのいずれかである、キット。
【請求項４３】
請求項４２に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）であり、そして、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、第一のプライマー伸長オリゴヌクレオチド、第二のプライマー伸長オリゴヌクレオチド、および第三のプライマー伸長オリゴヌクレオチドであり、
該第一のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号１８および配列番号２３のいずれかであり、
該第二のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号１９および配列番号２４のいずれかであり、
該第三のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号２０および配列番号２５のいずれかである、キット。
【請求項４４】
認知機能の維持または改善を必要としている個体を処置する処置方法であって、該方法は、
該個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを決定する工程；および
該決定する工程の結果に基づき該個体のための処置を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項４５】
請求項４４に記載の方法であって、前記個体が応答マーカーＩを有する場合に、前記選択された処置は、該個体に対して、有効成分としてガランタミン化合物を含む薬剤を認可された投与量のうちの最小用量で処方することであり、そして、前記個体が応答マーカーＩＩを有する場合に、前記選択された処置は、
（ａ）該個体に対して、有効成分としてガランタミン化合物を含む薬剤を、該認可された投与量のうちの最小用量より多い投与量で処方すること；および
（ｂ）該個体に対して、該個体の認知機能の維持または改善において有効である薬物を処方すること
からなる群より選択される、方法。
【請求項４６】
請求項４４に記載の方法であって、前記決定する工程は、前記個体は、応答マーカーＩを有するか応答マーカーＩＩを有するかを示す、データレポジトリを調べる工程を包含する、方法。
【請求項４７】
請求項４６に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
【請求項４８】
ガランタミン化合物による処置に対する個体の認知応答を予測する方法であって、該方法は、
該個体が、応答マーカーＩを有するか応答マーカーＩＩを有するかを決定する工程；および、
該決定する工程の結果に基づいて応答を予測する工程
を包含する、方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法であって、前記個体が応答マーカーＩを有すると決定される場合、前記応答予測は、前記ガランタミン化合物による処置後に該個体は認知機能が改善する可能性があるということであり、そして、前記個体が応答マーカーＩＩを有すると決定される場合、前記応答予測は、前記ガランタミン化合物による処置後に該個体は認知機能が改善する可能性がないということである、方法。
【請求項５０】
請求項４８に記載の方法であって、前記決定する工程は、前記個体が応答マーカーＩを有するか応答マーカーＩＩを有するかを示すデータレポジトリを調べる工程を包含する、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
【請求項５２】
薬学的処方物と該薬学的処方物を必要とする集団を同定する少なくとも一つの標識を含む製品であって、該薬学的処方物は、少なくとも一種の有効成分としてガランタミン化合物を含み、該同定された個体数は、認知障害を有し、そして該同定された集団は、応答マーカーＩを有することにより部分的にまたは全体的に定義される、製品。
【請求項５３】
請求項５２に記載の製品であって、前記薬学的処方物の販売は、規制され、そして前記標識が前記薬学的処方物の承認標識を含む、製品。
【請求項５４】
請求項５３に記載の製品であって、前記承認標識が、前記同定された集団に対して期待される認知機能の変化を記載する、製品。
【請求項５５】
請求項５２に記載の製品であって、前記ガランタミン化合物が、応答マーカーＩを有する集団において認知機能を改善するために有効な量で前記薬学的処方物中に存在する、製品。
【請求項５６】
請求項５２に記載の製品であって、前記応答マーカーＩが、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する、製品。
【請求項５７】
請求項５６に記載の製品であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項５８】
請求項５７に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項５９】
請求項５６に記載の製品であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項６０】
請求項５９に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項６１】
請求項５２に記載の製品であって、前記薬学的処方物は、徐放性処方物である、製品。
【請求項６２】
請求項５２に記載の製品であって、前記集団を同定する追加の標識をさらに含む、製品。
【請求項６３】
請求項６２に記載の製品であって、前記薬学的処方物は、錠剤またはカプセル剤であり、そして前記追加の標識が、該錠剤または該カプセル剤の色もしくは形状を含む、製品。
【請求項６４】
請求項６２に記載の製品であって、前記薬学的処方物は、錠剤またはカプセル剤であり、そして前記追加の標識が、該錠剤または該カプセル剤上に貼られた符号を含む、製品。
【請求項６５】
請求項５２に記載の製品であって、前記同定された集団は白色人種であるとしてさらに定義される、製品。
【請求項６６】
包装材料と、該包装材料中に含まれる薬学的処方物とを含む製品であって、該薬学的処方物は、少なくとも一種の有効成分としてガランタミン化合物を含み、そして、該包装材料は、認知障害を有する集団に該薬学的処方物が必要とされることを記載する標識を備え、該集団は、応答マーカーＩを有することにより部分的にまたは全体的に定義される、製品。
【請求項６７】
請求項６６に記載の製品であって、前記応答マーカーＩが、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する、製品。
【請求項６８】
請求項６７に記載の製品であって、前記応答マーカーＩが、表１におけるハプロタイプ（１）の少なくとも１コピーを有する、製品。
【請求項６９】
請求項６７に記載の製品であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項７０】
請求項６９に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項７１】
請求項６７に記載の製品であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項７２】
請求項７１に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項７３】
薬物製品を製造する方法であって、該方法は、少なくとも一種の有効成分としてガランタミン化合物を含む薬学的処方物と、認知障害を有する集団に該薬学的処方物が必要とされることを記載する標識とを、包装内で合わせる工程を包含し、該集団は、応答マーカーＩを有することにより部分的にまたは全体的に定義される、方法。
【請求項７４】
請求項７３に記載の方法であって、前記応答マーカーＩが、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する、方法。
【請求項７５】
請求項７４に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項７６】
請求項７５に記載の方法であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、方法。
【請求項７７】
請求項７４に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項７８】
請求項７７に記載の方法であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、方法。
【請求項７９】
請求項７３に記載の方法であって、前記標識は、前記同定された集団が白色人種であるとしてさらに定義されることをさらに記載する、方法。
【請求項８０】
請求項４５に記載の方法であって、前記ガランタミン化合物が、ガランタミン臭化水素酸塩である、方法。
【請求項８１】
請求項４８に記載の方法であって、前記ガランタミン化合物が、ガランタミン臭化水素酸塩である、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の援用）
本出願は、２００３年７月１１日に出願された米国特許出願第６０／４８６，３３１号の利益を主張する。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、ゲノム学および薬理遺伝学の分野に関連する。より具体的には、本発明は、ニコチン様コリン作動性レセプターαポリペプチド２（神経）（ＣＨＲＮＡ２）の遺伝子の改変体、および、ガランタミンに対する個体の応答の予測因子としてのＣＨＲＮＡ２の使用に関連する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
アルツハイマー病（ＡＤ）は、中枢神経系の致死的な変性疾患であり、米国の６５歳より高齢の人口のうち推定３％〜４％に発症する（Ｋａｔｚｍａｎ，Ａｒｃｈ．Ｎｅｕｒｏｌ．３３：２１７−８（１９７６））。ＡＤは、著しい記憶障害、情緒不安定、および、末期における人格の変化によって特徴付けられる（Ｂａｒｔｏｌｕｃｃｉら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ４２：１８２−９１（２００１））。分子的な症状としては、ニューロンの欠損、シナプスの損傷、および増加した神経原線維変化レベル、神経炎性局面、および顆粒空胞変性が挙げられる。ＡＤを有する患者にみられる減少した認知機能は、大脳皮質内および海馬内のコリン作動性ニューロンの変性に、主に関連すると考えられ、それによって、コリン作動性伝達の欠損が生じ、かつアセチルコリンレベルが減少する（Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００））。研究によって、ＡＤはコリンアセチルトランスフェラーゼ（ＣＨＡＴ）およびニコチン性アセチルコリンレセプター（ｎＡＣｈＲ）に関連することが示されている（Ｂａｒｔｏｌｕｃｃｉら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ４２：１８２−９１（２００１））。
【０００４】
ＡＤの治療法は現時点では存在しないので、ＡＤ患者に対する現在の処置は、この疾患に関連するいくつかの症状を軽減することに集中している。主な方針としては、脳内のアセチルコリンのレベルを一時的に高めることによって中枢コリン作動性機能を増加すること（コリン療法）を中心に展開している。アセチルコリンレベルを高める現在の薬剤は、ＡＣｈＥインヒビターであり、このＡＣｈＥインヒビターは、シナプス間隙でのアセチルコリンの分解を減少し、ニューロンの伝達を増加させ、そしてｎＡＣｈＲの機能を直接的に促進するニコチン作動薬となる（Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００）；Ｂａｒｔｏｌｕｃｃｉら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ４２：１８２−９１（２００１））。
【０００５】
コリン療法（Ｃｈｏｌｉｎｅｒｇｉｃ  ｔｈｅｒａｐｙ）はまた、軽い認知障害または最小認知障害（ｍｉｎｉｍａｌ  ｃｏｇｎｉｔｉｖｅ  ｉｍｐａｉｒｍｅｎｔ）（ＭＣＩ）のための有益な効能を有し得る。ＭＣＩとは、本当の痴呆として分類されて扱われるほど十分には重篤ではないが多くの患者においてＡＤの初期段階を示す微妙な認知障害として特徴付けられる状態である（Ａｌｍｋｖｉｓｔら、Ｊ．Ｎｅｕｒａｌ  Ｔｒａｎｓｍ．Ｓｕｐｐｌ．５４：２１−２９（１９９８））。従って、痴呆の症状が最初に現れたときに、認知を高めるための薬物治療が始められた場合、ＡＤの臨床的診断の前であっても、ＡＤの発症を遅らせ得ることが可能である（Ｓｍａｌｌ，Ｈｉｐｐｏｃｒａｔｅｓ  １４（９）（２０００））。コリン療法から利益を得る可能性のある他の認知障害は、血管性痴呆およびレヴィー小体痴呆である。
【０００６】
アルツハイマー型の軽度〜中度の痴呆の処置のために米国で認可された化合物の一つは、ガランタミンである。このガランタミンは、第三級アルカロイドであり、Ｒｅｍｉｎｙｌ（登録商標）（ガランタミンハイドロブロマイド）としてＪａｎｓｓｅｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ（Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００））から販売されている。臨床試験は、プラシーボ処置と比較した場合に、ＡＤ患者における日常の認知機能および認知活動の重要な改善を生み出すガランタミンの効能を確立したが（Ｒａｓｋｉｎｄら、Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５４：２２６１−８（２０００）；Ｃｏｙｌｅら、Ｂｉｏｌ．Ｐｈｙｓｈｉａｔｒｙ  ４９：２８９−９９（２００１）；Ｒｏｃｋｗｏｏｄら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｌ．Ｎｅｒｕｒｏｓｕｒｇ．Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ  ７１：５８９−５９５（２００１））、５〜６ヶ月間にわたる２回の多施設臨床試験においてガランタミンで処置した軽度〜中度のＡＤを有する患者のうちの５０％より多くは、診断的に意味のある改善を示さなかった（ＦＤＡを含む規制当局によって設けられた認知機能基準を使用）（Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００））。しかしながら、医師は、現在のところ、ガランタミン療法の効能が弱まったというリスクまたは効能が欠如するというリスクがある患者を、同定することができない。このガランタミン処置は、高価であり得、そして、副作用のリスク（最も一般的な副作用は、吐き気、嘔吐、下痢、眩暈および食欲不振）を避けられない（Ｗｉｌｃｏｃｋら、ＢＭＪ  ３２１：１−７（２０００）；Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００））。従って、ガランタミンに対する応答の変動性についての生物学的基礎を理解することは、有用であり得る。
【０００７】
数多くの薬物の効能および毒性における変動性は、薬物代謝に関与するタンパク質における遺伝的変異と相関している（Ｅｖａｎｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８６：４８７−９１（１９９９））。ガランタミンの代謝は、シトクロムｐ−４５０酵素系（具体的には、アイソザイム２Ｄ６およびアイソザイム３Ａ４（ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ３Ａ４））によって主に媒介される（Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００））。ＣＹＰ２Ｄ６低代謝者は、ＣＹＰ２Ｄ６高代謝者よりも約２５％少ないガランタミンクリアランスを示すが、この違いは、臨床的に関連するとは考えられない。なぜなら、推奨される投与レジメンは、許容可能な程度まで用量を個別に滴定することである（Ｒｅｍｉｎｙｌ（登録商標）ｔａｂｌｅｔｓ  ｐｒｅｓｃｒｉｂｉｎｇ  ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，Ｊａｎｓｓｅｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、Ｍａｒｃｈ  ２００１）。加えて、ガランタミンのいくつかの代謝産物がインビトロでＡＣｈＥを阻害するが、それらの代謝産物のインビボでの活性は、臨床的に関連するとは考えられない（Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００））。
【０００８】
ガランタミンに対する応答の変動性についての別の可能性のある原因は、ＡＤの病因またはＡＤの重篤度に関与するタンパク質における遺伝的変異であり得る。例えば、７０％程度もの多くのＡＤ患者が、アポリポタンパクＥをコードする遺伝子（ＡｐｏＥ４対立遺伝子）中に特定の一塩基多型を有する。この一塩基多型は、コリン作動性機能の大きな欠陥と相関するように見える。そして、ＡＣｈＥインヒビターであるタクリンに関する研究は、この多型の存在が、処置に対する減少した応答と相関することを示唆した（Ｆａｒｌｏｗら、Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５０：６６９−７７（１９９８））。しかしながら、ガランタミンに関する他の研究は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子のコピーを何も有さない患者、１コピーを有する患者または２コピーを有する患者の間での応答の効力において、意味のある差異を何も示さなかった（Ｒａｓｋｉｎｄら、Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５４：２２６１−８（２０００）；Ａｅｒｓｓｅｎｓら、第七回Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｗｏｒｌｄ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  Ｃｏｎｇｒｅｓｓ，２０００年、７月９日〜１８日、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，ＤＣにて発表されたポスター）。
【０００９】
調査され得る第三の分野は、ガランタミンに対する応答における個体間変動の生物学的基礎を同定する際に、ガランタミンの作用機序によって影響される生化学的経路内の遺伝的変異である。ガランタミンは、ＡＣｈＥの可逆的競合インヒビターであり、そして、ブチリルコリンエステラーゼ（ｂｕｔｙｒｙｌｃｈｏｌｉｎｅｒｓｔｅｒａｓｅ）に対してＡＣｈＥについて１０倍高い選択性を示す（Ｃｏｙｌｅら、Ｂｉｏｌ．Ｐｈｙｓｈｉａｔｒｙ  ４９：２８９−９９（２００１））。ガランタミンによるＡＣｈＥの阻害は、神経筋接合部でのアセチルコリンの異化作用を遅くし、従って、シナプス間隙でのアセチルコリンレベルを増加させる。加えて、十分な数の一連の証拠は、ＡＤにおけるガランタミンの効力はまた、ｎＡＣｈＲに対するアロステリックに促進するリガンドとしてのガランタミンの作用に起因することを示唆する（Ｂａｒｔｏｌｕｃｃｉら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ４２：１８２−９１（２００１）；Ｃｏｙｌｅら、Ｂｉｏｌ．Ｐｈｙｓｈｉａｔｒｙ  ４９：２８９−９９（２００１）；Ｓａｍｏｃｈｏｃｋｉら、Ａｃｔａ．Ｎｅｕｒａｌ．Ｓｃａｎｄ．（補足）１７６：６８−７３（２０００）；Ｓｔｏｒｃｈら、Ｅ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ−Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２９０章：２０７−１９（１９９５））。
【００１０】
ｎＡＣｈＲは、５つのサブユニットから構成されるいくつかのサブタイプとして存在するリガンド型イオンチャネルであり、このサブタイプの配置は、組織特異的であるようである。哺乳動物類の脳内で発現するｎＡＣｈＲサブタイプは、αサブユニットのみから構成されるか、またはαサブユニットおよびβサブユニットの両方から構成されるようである。現在までに、１３個のαサブユニットならびにβサブユニット（α１〜α７およびα９〜α１０；ならびにβ１〜β４）が、発見された。哺乳動物類の脳内で見出される最も豊富なｎＡＣｈＲサブタイプは、報告されたところによれば、α４β２サブタイプである（Ｓａｍｏｃｈｏｃｋｉら、Ａｃｔａ．Ｎｅｕｒａｌ．Ｓｃａｎｄ．（補足）１７６：６８−７３（２０００））。αサブユニットは、ニコチンのためのおよびアセチルコリンのための個別の結合部位を含み、一方で、βサブユニットは構造的であるようである。アセチルコリンまたはニコチンが、αサブユニットに対して結合することによって、ｎＡＣｈＲが開き、そして、Ｎａ＋イオン、Ｋ＋イオン、およびいくらかのＣａ２＋イオンを通し、それによって、ニューロン伝達を引き起こしかつ調節し、そして、対応するニューロン膜電位の変化を引き起こす。
【００１１】
ガランタミンが、アセチルコリンのための結合部位とは異なる部位でｎＡＣｈＲのα４サブユニットに結合することが示されている。このような結合によって、レセプターに対する構造変化を生じ、この変化によりこのレセプターは、利用可能なアセチルコリンに対してより敏感になり（Ｓｃｏｔｔら、Ｄｒｕｇｓ６０（５）：１０９５−１１２２（２０００）３）、従って、シナプス前のｎＡＣｈＲ機能およびシナプス後のｎＡＣｈＲ機能を増強する（Ｃｏｙｌｅら、Ｂｉｏｌ．Ｐｈｙｓｈｉａｔｒｙ  ４９：２８９−９９（２００１））。他のｎＡＣｈＲαサブユニットが、同じアロステリック結合部位を含むこと、および、このようなサブユニットを含むｎＡＣｈＲサブタイプのいずれもガランタミンの増強効果に対して応答することがまた示唆されている（Ｓａｍｏｃｈｏｃｋｉら、Ａｃｔａ．Ｎｅｕｒａｌ．Ｓｃａｎｄ．（補足）１７６：６８−７３（２０００））。
【００１２】
αサブユニットのうちの一つは、α２であり、ＣＨＲＮＡ２遺伝子によってコードされる。ハムスター／ヒトの体細胞ハイブリッドＤＮＡをゲノミックサザン分析することにより、ＣＨＲＮＡ２遺伝子は、８番染色体にマッピングされた（Ａｎａｎｄら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １３（４）：９６２−７（１９９２））。この遺伝子は、続いて、Ｗｏｏｄらにより８ｐ２１にマッピングされた（Ｓｏｍａｔ．Ｃｅｌｌ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．２１（２）：１４７−５０（１９９５））。ＣＨＲＮＡ２は、ヒトの脳内の異なる領域で発現される。視床、海馬、黒質、および外側膝状体では、高いレベルで発現が観察され、一方で、大脳皮質および脊髄では、それよりも低いレベルで発現が観察されている。Ｘｅｎｏｐｕｓ  ｏｏｃｙｔｅｓで発現するＣＨＲＮＡ２にコードされたサブユニットは、ＣＨＲＮＢ２遺伝子またはＣＨＲＮＢ４遺伝子によってコードされたサブニットとともに共発現する場合のみ、機能的であることが観察された（Ｓｔａｕｄｅｒｍａｎら、Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒａ．２８４：７７７−８９（１９９８）。
【００１３】
ＣＨＲＮＡ２遺伝子中のいくつかの多型が、同定されている。これら報告された多型のうちのいくつかは、日本人の集団において１５０，０００個を超す一塩基多型（ＳＮＰ）を同定した未発表の研究において発見された（ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅ、送信者ハンドル名：ＹＵＳＵＫＥ）。この一塩基多型は、
図１中のヌクレオチド２２７４８（ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅ  参照ＳＮＰ番号２２９２９７６、２００１年１０月１日）に対応する位置にあるシトシンまたはチミン（本明細書中においてＰＳ６として呼ばれる）；
図１中のヌクレオチド２２８６５（ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅ  参照ＳＮＰ番号２２９２９７５、２００１年１０月１日）に対応する位置にあるチミンまたはグアニン（本明細書中においてＰＳ７として呼ばれる）；および
図１中のヌクレオチド２２８９９（ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  Ｄａｔａｂａｓｅ  参照ＳＮＰ番号２２９２９７４、２００１年１０月１日）に対応する位置にあるグアニンまたはアデニン（本明細書中においてＰＳ８として呼ばれる）を含む。これら三つの多型部位、および本明細書中においてＰＳ１〜ＰＳ５と呼ばれる多型部位は、民族的に多様なヒトの参照集団中において同定されている１８個の多型部位という、より大きなセットのうちの一部である。現在のところ、しかしながら、ｎＡＣｈＲ  αサブユニット（ＣＨＲＮＡ２遺伝子を含む）をコードする遺伝子のうちのいずれかにおける変化が、ガランタミン応答に影響を与えるかどうかということに取り組んだいかなる研究も公表された報告はない。
【００１４】
個体間の遺伝的変動性を測定するための基準は、集団中に存在する遺伝子の各形態の配列中にある多型の規則正しい組合せであるハプロタイプである。ハプロタイプは、遺伝子の各形態を間での変化を表すので、それらのハプロタイプは、個々の多型よりも遺伝的変動性について正確かつ信頼のおける測定を提供する。例えば、遺伝子配列中の特定の変化が、特定の表現型（例えば、疾患感受性）に関連し（Ｒｏｓｅｓ，Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ．７０（１３）：１４７１−８０（２００２）；Ｕｌｂｒｅｃｈｔら、Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．１６１：４６９−７４（２０００））、かつ薬物応答にも関連している（Ｗｏｌｆｅら、ＢＭＪ  ３２０：９８７−９０（２０００）、Ｄａｈｌ，Ａｃｔａ．Ｐｓｙｃｈｉａｔｒ．Ｓｃａｎｄ．９６（Ｓｕｐｐ．３９１）：１４−２１（１９９７））一方で、他の多くの場合、個々の多型は、種々の遺伝的バックグラウンド（すなわち、異なるハプロタイプ）中に見出され得、そしてそれゆえに、その多型と表現型の原因となる部位との間の決定的な関連をなにも示さない（Ｃｌａｒｋｒａ，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６３：５９５−６１２（１９９８）；Ｕｌｂｒｅｃｈｔら、Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｒｉｔ．Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．１６１：４６９−７４（２０００）；Ｄｒｙｓｄａｌｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９７：１０４８３−８（２０００））。従って、種々のｎＡＣｈＲαサブユニット遺伝子についてのどのハプロタイプがアルツハイマー患者に存在するかを決定し、かつ、これらのハプロタイプのうちのいずれかがガランタミン処置に対する応答に関連するかどうかを決定することは、有用である。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１５】
（発明の要旨）
従って、本発明者らは、本明細書中において、ガランタミンに対する応答と関連するＣＨＲＮＡ２遺伝子におけるハプロタイプセットを発見している。本発明者らはまた、これらＣＨＲＮＡ２ハプロタイプの各々のコピー数がガランタミン応答レベルに影響することを発見した。上記ＣＨＲＮＡ２ハプロタイプは、以下の表１において示される。
【００１６】
【表１】
2007528716.tif 000002
ある個体が、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する場合、その個体は、「応答マーカーＩ」を有すると定義され、かつ、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれのコピーも有さない個体（このような個体は、「応答マーカーＩＩを有すると定義される」）よりも、ガランタミンに応答する可能が大きい。ハプロタイプ（１）〜（１１）の各々の組成物についての情報（すなわち、多型部位（ＰＳ）の各々のＣＨＲＮＡ２遺伝子中の位置）、ならびに、各ＰＳにある参照対立遺伝子および改変体対立遺伝子の正体についての情報が、以下に示される表２において見出され得る。
【００１７】
【表２】
2007528716.tif 000003
加えて、以下により詳細に記載されるように、本発明者らは、さらなるハプロタイプが、上記ＣＨＲＮＡ２ハプロタイプのうちのいずれかと、ＣＨＲＮＡ２遺伝子または別の遺伝子中に位置する別のハプロタイプとの間の連鎖不均衡か、あるいは、上記ハプロタイプ中のＰＳのうちの１つ以上にある対立遺伝子と、ＣＨＲＮＡ２遺伝子または別の遺伝子中に位置する別のＰＳ上にある対立遺伝子との間の連鎖不均衡に基づいて容易に同定され得ると考える。特に、このようなハプロタイプとしては、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかに対して連鎖不均衡であるハプロタイプ（本明細書中以下で「連鎖ハプロタイプ」として呼ばれる）ならびに、元のハプロタイプ中の多型部位（ＰＳ）のうちの一つ以上が別のＰＳで置換されるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかについての「置換ハプロタイプ」（上記置換されるＰＳ上にある対立遺伝子は、上記置換するＰＳ上にある対立遺伝子に対して連鎖不均衡である）が挙げられる。
【００１８】
一つの局面において、本発明は、個体が、応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかどうかを決定するための方法およびキットを提供する。これらの方法およびキットは、ガランタミンを用いる処置に対する個体の予期される治療的応答を予測するために、有用である。
【００１９】
一つの実施形態において、個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかどうかを決定するための方法が、提供される。この方法は、
個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程を、包含する。
【００２０】
本発明の別の実施形態において、個体を第一の応答マーカー群または第二の応答マーカー群に割り当てるための方法が、提供される。この方法は、
個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程；ならびに
その個体を、そのハプロタイプのコピー数に基づいて応答マーカー群に割り当てる工程、
を包含する。上記個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する場合、上記第一の応答マーカー群にその個体が割り当てられる。上記個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合、上記第二の応答マーカー群にその個体が割り当てられる。
【００２１】
個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するどうかを決定するためのキットの一つの実施形態は、一つ以上のＰＳセット中の各ＰＳ上に存在する対立遺伝子のうちの少なくとも一つを同定するために設計されたオリゴヌクレオチドセットを含む。この一つ以上のＰＳからなるセットは、
表１におけるハプロタイプのうちのいずれかについての一つ以上のＰＳからなるセット、
連鎖ハプロタイプについての一つ以上のＰＳからなるセット、または、
置換ハプロタイプについての一つ以上のＰＳからなるセット、
を含む。さらなる実施形態において、上記キットは、上記個体中に存在する上記セット中の各ＰＳ上にある対立遺伝子を同定するためのヒト核酸サンプルに対する一つ以上の反応を実施すること、およびその個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかどうかを、同定された対立遺伝子に基づいて決定することについての指示を含むマニュアルを備える。
【００２２】
本発明はさらに、認知障害（アルツハイマー型の軽度〜中度の痴呆、およびパーキンソン病に関連する痴呆を含む）を有する個体を処置する方法を提供する。この方法は、
その個体が、応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを決定する工程、および
この決定の結果に基づき上記個体のための処置を選択する工程、
を包含する。上記個体が応答マーカーＩを有する場合は、上記選択された処置は、この個体に対して、有効成分としてガランタミン化合物を含む薬物を認可された投与量のうちの最小用量で処方することであり、そして、上記個体が応答マーカーＩＩを有する場合には、上記選択された処置は、この個体に対して、有効成分としてガランタミン化合物を含む薬物を、認可された投与量のうちの最小用量よりも多い投与量で処方することか、あるいはこの個体に対して、認知障害（アルツハイマー型の軽度〜中度の痴呆、およびパーキンソン病に関連する痴呆を含む）を処置するために効果的な薬物を処方すること、である。上記ガランタミン化合物は、ガランタミン、ガランタミン誘導体、およびガランタミンまたはガランタミン誘導体の薬学的に受容可能な塩から選択される。好ましい実施形態において、上記ガランタミン化合物は、ガランタミン臭化水素酸塩である。別の好ましい実施形態において、上記認知障害を有する個体は、これまでに、異なるＡＣｈＥインヒビターでの処置の際に認知機能における改善を何も示さなかった。
【００２３】
なお別の実施形態において、本発明は、ガランタミンを用いる処置に対する個体の応答を予測するための方法を提供する。この方法は、
この個体が、応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかどうかを決定する工程、および
この決定する工程の結果に基づいて応答予測を行う工程、
を包含する。上記個体が応答マーカーＩを有すると決定された場合、上記応答予測とは、この個体が、応答マーカーＩＩを有する個体よりも、ガランタミン処置に対して応答しやすいというものである。そして、上記個体が、応答マーカーＩＩを有すると決定された場合、上記応答予測とは、この個体が、応答マーカーＩを有する個体よりも、ガランタミン処置に対して応答しにくいというものである。
【００２４】
他の局面において、本発明は、
（ｉ）認知障害を有する集団に対してガランタミン薬学的処方物を販売（ｍａｒｋｅｔｉｎｇ）するための規制当局からの認可を求めるための方法、
（ｉｉ）上記薬学的処方物を含む製品、
（ｉｉｉ）上記薬学的処方物を含む薬物製品を製造するための方法、および
（ｉｖ）上記薬物製品を販売（ｍａｒｋｅｔｉｎｇ）するための方法
を提供する。好ましい実施形態において、上記認知障害は、アルツハイマー型の軽度〜中度の痴呆、パーキンソン障害に関連した痴呆、ＭＣＩ、血管性痴呆、またはレビー小体痴呆である。
【００２５】
規制当局からの認可を求めるための方法は、認知障害を有する個体の第一の処置群または第二の処置群のそれぞれに対して上記薬学的処方物および偽薬を投与することを含む臨床試験を少なくとも一回は行う工程（この工程において、第一の処置群のうちの各個体は、応答マーカーＩを有し、そして、第二の処置群のうちの各個体は、応答マーカーＩを欠く。このことは、上記第一の処置群が、上記第二の処置群よりも上記薬学的処方物に対して応答しやすいことを示す）、および標識付きで上記薬学的処方物の販売認可（ｍａｒｋｅｔｉｎｇ  ａｐｐｒｏｖａｌ）を、規制当局に申請する工程を包含し、この標識は、上記薬学的処方物が、認知障害を有する集団に使用されることを提示し、そしてさらに、応答マーカーＩを有する個体が、応答マーカーＩを欠く個体よりも、上記薬学的処方物に対して応答しやすいことを提示する。好ましい実施形態において、上記規制当局とは、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）または欧州医薬品審査庁（ＥＭＥＡ）、あるいはこれらに相当する将来の機関である。
【００２６】
一つの実施形態において、製品は、上記薬学的処方物、およびその薬学的処方物が使用される集団を同定する少なくとも一つの印を有する。この同定された集団は、認知障害を有する集団であり、そしてこの同定された集団は、応答マーカーＩを有することによって、部分的にかまたは全体的に定義される。応答マーカーＩを有する個体の治験集団は、応答マーカーＩを欠く治験集団よりも上記処方物に対して応答しやすい。製品の別の実施形態は、包装材料、およびその包装材料内に含まれた上記薬学的組成物を含む。この包装材料は、規制当局によって上記薬学的組成物のついて認められた標識を備える。この標識は、上記薬学的組成物が、認知障害を有する集団において認知機能を改善するために使用されることを提示し、この集団は、応答マーカーＩを有することによって、部分的にかまたは全体的に定義される。そして、さらに、その標識は、応答マーカーＩを有する集団の成員が、応答マーカーＩを欠く集団の成員よりも上記薬学的処方物に対して応答しやすいことを提示する。好ましくは、上記薬学的処方物は、ガランタミン化合物を少なくとも一種の活性成分として含む。このガランタミン化合物は、ガランタミン、ガランタミン誘導体、およびガランタミンまたはそのガランタミン誘導の薬学的に受容可能な塩である。
【００２７】
上記薬物製品を製造するための方法は、ガランタミン化合物を少なくとも一種の活性成分として含むガランタミン化合物と、認知障害を有する集団のためにこの薬物製品が使用されることを提示する標識とを、包装中で組み合わせる工程を包含する。この集団は、応答マーカーＩを有することにより定義される。応答マーカーＩを有する集団の成員は、応答マーカーＩを欠く集団の成員よりも上記薬物製品に対して応答しやすい。このガランタミン化合物は、ガランタミン、ガランタミン誘導体、およびガランタミンまたはそのガランタミン誘導の薬学的に受容可能な塩である。
【００２８】
上記薬学製品を販売（ｍａｒｋｅｔｉｎｇ）するための方法は、対象者（ｔａｒｇｅｔ  ａｕｄｉｅｎｃｅ）に対して、上記に定義された集団に属する個体を処置するための上記薬物製品の使用を宣伝する工程を包含する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２９】
（定義）
本開示の文脈において、以下の用語は、他に指示されない限り以下の通りに定義される。
【００３０】
対立遺伝子：  その特定のヌクレオチド配列によって他の形態から区別される遺伝子座の特有な形態、または多型部位で見出される二者択一型多型のうちの一つである。
【００３１】
遺伝子：  タンパクについてのコード配列を含むＤＮＡの断片であり、この断片は、プロモーター、エキソン、イントロン、および発現を制御する他の非翻訳領域を含み得る。
【００３２】
遺伝子型：  個体中の一対の相同染色体上の遺伝子座内にある一つ以上の多型部位からなるセットにて見出されるヌクレオチド対の非位相的（ｕｎｐｈａｓｅｄ）５’→３’配列。
【００３３】
遺伝子型決定：  個体の遺伝子型を決定するためのプロセス。
【００３４】
ハプロタイプ：  単一個体由来の単一染色体上の遺伝子座内にある一つ以上の多型部位からなるセットで見出される５’→３’ヌクレオチド配列。
【００３５】
ハプロタイプ対：  単一個体中の遺伝子座について見出される、２つのハプロタイプ
ハプロタイプ型決定：  個体中の一つ以上のハプロタイプを決定するためのプロセスであって、そしてこのプロセスは、家系図、分子技術、および／または、統計学的推測の使用を包含する。
【００３６】
ハプロタイプデータ：  特定の遺伝子についての以下の事項：
個体中または集団中の各個体におけるハプロタイプ対を列挙すること；
集団中の異なるハプロタイプを列挙すること；
その集団または他の集団における各ハプロタイプの頻度；および
一つ以上のハプロタイプと遺伝形質との間の何らかの既知の関連性
のうちの一つ以上に関する情報。
【００３７】
単離された：  生物学的分子（例えば、ＲＮＡ、ＤＮＡ，オリゴヌクレオチド、またはタンパク質）に対して適用される場合、「単離された」とは、その分子が、他の生物学的分子（例えば、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、または他の物質（例えば、細胞片および培養培地））を実質的に含まないことを意味する。一般に、用語「単離された」とは、そのような物質が完全に存在しないことも、あるいは水が存在しないことも、緩衝液が存在しないことも、または塩が存在しないことも、それらが本発明の方法を実質的に妨害する量で存在しない限りは表すことを意図されない。
【００３８】
遺伝子座：  遺伝子または物理的特徴もしくは表現型特徴に対応する、染色体またはＤＮＡ分子上の位置であり、この物理的特徴は、多型部位を含む。
【００３９】
核酸対：  個体由来の染色体の２つのコピー上にある多型部位で見出されるヌクレオチド。
【００４０】
位相的（ｐｈａｓｅｄ）：  遺伝子座中の２つ以上の多型部位についてのヌクレオチド対の配列に適用される場合、位相的とは、その遺伝子座のうちの１つのコピー上の多型部位に存在するヌクレオチドの組合せが既知であることを意味する。
【００４１】
多型部位（ＰＳ）：  染色体またはＤＮＡ分子上の位置であって、集団中において少なくとも２つの二者択一的な配列が見出される位置である。
【００４２】
多型：  個体において多型部位で観察される配列の多様性。多型は、ヌクレオチドの置換、ヌクレオチドの挿入、ヌクレオチドの欠失、およびマイクロサテライトを含み、そして、多型は、遺伝子発現またはタンパク質機能において、検出可能な差異を生じ得るが、必ずしもその差異を生じる必要はない。
【００４３】
ポリヌクレオチド：  一本鎖ＲＮＡまたは一本鎖ＤＮＡから構成されるか、または相補的な二本鎖ＤＮＡから構成される、核酸分子。
【００４４】
集団群：  共通の民族地理学的起源を共有する個体の群。
【００４５】
参照集団：  一般的な集団において見出される遺伝的多様性の代表であると予測される被験体または個体の群。代表的に、この参照集団は、少なくとも８５％、好ましくは９０％、さらに好ましくは少なくとも９５％、およびなおさらに好ましくは少なくとも９９％の確実性レベルで、その集団における遺伝的多様性を表す。
【００４６】
一塩基多型（ＳＮＰ）：  代表的に、一塩基多型部位上で観察される特定のヌクレオチド対。まれに、三つまたは四つのヌクレオチドが、見出され得る。
【００４７】
被験体：  その個体の遺伝子型またはハプロタイプが決定されるか、あるいは、処置または疾患状態に対するその個体の応答が決定される、ヒト個体。
【００４８】
処置：  被験体に対して内部からかまたは外部から与えられる、刺激。
【００４９】
非位相的（ｕｎｐｈａｓｅｄ）：  遺伝子座中の２つ以上の多型部位についてのヌクレオチド対の配列に適用される場合、非位相的とは、その遺伝子座の一つのコピー上の多型部位に存在するヌクレオチドの組合せが既知ではないことを、意味する。
【００５０】
（好ましい実施形態の説明）
本発明の各応答マーカーは、特定のハプロタイプとそのハプロタイプのコピー数との組合せである。好ましくは、このハプロタイプは、表１に示されるハプロタイプのうちの一つである。これらのハプロタイプ中のＰＳまたはＰＳ群は、本明細書中において、ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８と呼ばれる。そして、これらのハプロタイプは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子中の、図１／配列番号１において同定された位置（ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ４、ＰＳ５、ＰＳ６、ＰＳ７、およびＰＳ８の概要ならびに位置について表２を参照のこと）と対応する位置上に位置する。本発明の応答マーカーにおいてＰＳを記載する場合において、便宜上、遺伝子のセンス鎖に対して言及がなされる。しかしながら、当業者によって認識されるように、特定の遺伝子を含む核酸分子は、相補的な二本鎖分子であり得、そして従って、そのセンス鎖上の特定の部位またはハプロタイプに対しての言及は、相補的なアンチセンス鎖上の対応する部位またはハプロタイプに対しても指す。さらに、一方の鎖についての遺伝子マーカーまたはハプロタイプを検出するために言及がなされ得、そして、これがもう一方の鎖上の相補的なハプロタイプの検出をも含むことが、当業者によって理解される。
【００５１】
以下の実施例においてより詳細に記載されるように、本発明の応答マーカーは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子中の特定のハプロタイプと、アルツハイマー病と診断された個体のコホートにおけるガランタミン処置に対する応答との間の関連についての、本発明者らによる発見に基づいている。
【００５２】
特に、本発明者らは、本明細書中において、ＰＳ２にシトシン、ＰＳ３にシトシン、およびＰＳ５にグアニンを含むハプロタイプ（表１におけるハプロタイプ（１））が、その研究に関与する患者のガランタミンに対する応答に影響することを発見した。少なくとも１コピーのこのハプロタイプを有する患者群は、このハプロタイプのコピーを何も有さない患者群よりも良好に、ガランタミンに対する応答を経験した。本発明中で使用される場合、用語「ガランタミン応答」および「ガランタミンに対する応答」は、個体の認知機能における変化を指すことが意図される。好ましくは、この変化は、ガランタミン処置／ガランタミン投与の後のアルツハイマー病評価の認知のサブスケール（ｓｕｂｓｃａｌｅ）（ＡＤＡＳ−ｃｏｇ）（Ｒｏｓｅｎら、Ａｍ．Ｊ．Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ  １４１：１３５６−６４（１９８４）；Ｒｏｃｋｗｏｏｄら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｌ．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ  ７１：５８９−９５（２００１）；Ｔａｒｉｏｔら、Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５４：２２６９−７６（２０００）；Ｗｉｌｃｏｃｋら、ＢＭＪ  ３２１：１−７（２０００））に関するスコアによって測定されるような変化である。ＡＤＡＳ−ｃｏｇは、認知機能を測定する。この認知機能としては、口語能力、口語理解力、試験的な指示に対する想起力、自発的な発言における単語発見難易度、指示に従う能力、物体および指を呼称すること、構築的な習慣、概念的な習慣、方向感覚、単語想起タスク、および単語認識タスクが挙げられる（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  Ｉｎｓｉｇｈｔｓ  Ｏｎｌｉｎｅ，Ｖｏｌ．３，Ｎｏ．１，１９９７）。ＡＤＡＳ−ｃｏｇに関しては、スコアが低ければ低いほど、認知機能は優れている。従って、ガランタミン処置／ガランタミン投与の後のＡＤＡＳ−ｃｏｇにおける下向きの変化は、ガランタミンに対して「良い」応答または「肯定的な」応答または「より良い」応答（あるいは、単に、「応答」）を示し、そして、ガランタミン処置／ガランタミン投与の後のＡＤＡＳ−ｃｏｇにおける上向きの変化または変化がないことは、「悪い」応答または「否定的な」応答または「より悪い」応答（あるいは、単に、「応答なし」）を示す。加えて、ガランタミンに対する個体の応答は、認知機能についての他の科学的に認められた評点尺度によって測定され得る。この評点尺度としては、アルツハイマー病評点尺度における行動病理学（Ｂｅｈａｖｉｏｒａｌ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ｉｎ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒａｔｉｎｇ  Ｓｃａｌｅ）（ＢＥＨＡＶＥ−ＡＤ）、Ｂｌｅｓｓｅｄ試験、ＣＡＮＴＡＢ（ケンブリッジ神経心理学試験自動装置）（ＣＡｍｂｒｉｇｅ  Ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｔｅｓｔ  Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  Ｂａｔｔｅｒｙ）、ＣＥＲＡＤ（Ｔｈｅ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ｔｏ  Ｅｓｔａｂｌｉｓｈ  ａ  Ｒｅｇｉｓｔｒｙ  ｆｏｒ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ）臨床および神経心理試験、Ｃｌｏｃｋ  Ｄｒａｗ試験、痴呆における鬱病についてのコーネル尺度（Ｃｏｒｎｅｌｌ  Ｓｃａｌｅ  ｆｏｒ  Ｄｅｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  Ｄｅｍｅｎｔｉａ）（ＣＳＤＤ）、高齢者鬱病尺度（Ｇｅｒｉａｔｒｉｃ  Ｄｅｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｓｃａｌｅ）（ＧＤＳ）、ミニメンタルステート試験（Ｍｉｎｉ  Ｍｅｎｔａｌ  Ｓｔａｔｅ  Ｅｘａｍ）（ＭＭＳＥ）、神経精神医学的目録（Ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｉａｔｒｉｃ  Ｉｎｖｅｎｔｏｒｙ）（ＮＰＩ）、および７分間スクリーン（Ｔｈｅ  ７  Ｍｉｎｕｔｅ  Ｓｃｒｅｅｎ）が挙げられるが、限定はされない。
【００５３】
さらに、以下の表１０に示されるように、ガランタミン応答に関するハプロタイプ（１）のコピー数の異なる効果が、統計的に有意である。従って、このハプロタイプは、そのハプロタイプのコピー数と組合わせて、ガランタミンでの処置後に個体または治験集団において観察され得るガランタミン応答を区別するために用いられ得る。その結果として、表１における少なくとも１コピーのハプロタイプ（１）は、本明細書中において応答マーカーＩと呼ばれ、一方で、表１におけるハプロタイプ（１）のコピーが無いものは、本明細書中において応答マーカーＩＩと呼ばれる。
【００５４】
加えて、当業者は、ＣＨＲＮＡ２遺伝子中か、または８番染色体上のどこかにさらなるＰＳが存在し得ることを予測する。そのＰＳにおける対立遺伝子は、応答マーカーＩかまたは応答マーカーＩＩを含むハプロタイプ中のＰＳのうちの一つ以上にある対立遺伝子に対して、高い連鎖不均衡（ＬＤ）にある。異なるＰＳ上にある２つの特定の対立遺伝子は、それらの部位のうちの一つにある対立遺伝子のうちの一つの存在が、同じ染色体上の他の部位にあるもう一方の対立遺伝子の存在を予測しやすい場合に、ＬＤ中にあると言われる（Ｓｔｅｖｅｎｓ，Ｍｏｌ．Ｄｉａｇ．４：３０９−１７（１９９９））。連鎖不均衡についての最も頻繁に用いられる尺度のうちの一つは、Δ２である。これは、Ｄｅｖｌｉｎら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２９（２）：３１１−２２（１９９５））によって記載された式を用いて計算される。Δ２は、第一のＰＳにある対立遺伝子Ｘが、同じ染色体上の第二のＰＳにある対立遺伝子Ｙの出現頻度を予測するのにいかに良いかについての尺度である。その予測が完璧である場合のみ、この尺度は、１．０に達する（例えば、Ｙの場合に限りＸ）。従って、本発明者らは、本明細書中で、表２におけるＰＳ１〜８に加えて、ＣＨＲＮＡ２遺伝子中に別の多型部位（表１／配列番号１の位置１２７８３に位置する）があることを発見した。参照対立遺伝子（すなわち、シトシン（改変体対立遺伝子は、チミンである））は、ＰＳ５にあるシトシンに対して、完璧な連鎖不均衡（ＬＤ）にある（本明細書中において調べられた全実験集団ついて、Δ２＝１．００）。従って、当業者は、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ９の各々にあるシトシンのハプロタイプの存在または欠如は、表１におけるハプロタイプ（１）の存在または欠如の予測となり、そしてそれゆえに、ガランタミンに対する個体の応答の予測となることを期待していた。
【００５５】
従って、当業者は、本明細書中に記載される本発明の実施例すべてが、応答マーカーにおいて特異的に同定されたＣＨＲＮＡ２のＰＳのうちのいずれか（またはすべて）を、別のＰＳで置換することにより頻繁に実施され得ることを期待する。置換ＰＳ上にある対立遺伝子は、その「置換する」ＰＳにある対立遺伝子に対してＬＤ状態にある。この「置換する」ＰＳは、現在既知であるかまたはその後発見されるＰＳであり得、かつ、ＣＨＲＮＡ２遺伝子中か、ＣＨＲＮＡ２遺伝子に及ぶ約１００キロベースのゲノム領域中か、または８番染色体上のどこかに存在し得る。
【００５６】
さらに、本発明者らは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子中か、または８番染色体上のどこかに,
他のハプロタイプがあることを企図する。そのハプロタイプは、表１における一つ以上のハプロタイプ対してＬＤであり、従って、それがまた、ガランタミン応答の予測となる。好ましくは、連鎖ハプロタイプは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子中か、または、ＣＨＲＮＡ２遺伝子に及ぶ約１００キロベースのゲノム領域中に存在する。表１におけるハプロタイプと、このような連鎖ハプロタイプとの間の連鎖不均衡はまた、Δ２を用いて測定し得る。
【００５７】
好ましい実施形態において、表１におけるハプロタイプのうちのいずれかにある多型部位の対立遺伝子と、「置換する」多型部位にある対立遺伝子との間の連鎖不均衡か、または、表１におけるハプロタイプのうちのいずれかと連鎖ハプロタイプとの間の連鎖不均衡は、適切な参照集団中において測定された場合、少なくとも０．７５、より好ましくは、少なくとも０．８０、さらにより好ましくは少なくとも０．８５または少なくとも０．９０、なおさらにより好ましくは少なくとも０．９５、および最も好ましくは、１．０である、Δ２値を有する。このΔ２測定のための適切な参照集団は、好ましくは、ガランタミンで処置されるべき患者集団を反映するメンバー分布を有する集団から選択され、上記集団は、一般的な集団、ガランタミンを用いる集団、アルツハイマー病またはアルツハイマー病の危険因子を有する集団などであり得る。
【００５８】
ゲノム領域におけるＬＤのパターンは、任意の２つの対立遺伝子（異なるＰＳにある２つの多型、または２つのハプロタイプのいずれか）が、連鎖不均衡であるかどうかを決定するための当該分野において公知の種々の技術（ＧＥＮＥＴＩＣ  ＤＡＴＡ  ＡＮＡＬＹＳＩＳ  ＩＩ，Ｗｅｉｒ，Ｓｉｎａｕｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｉｎｃ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，ＭＡ，１９９６）を用いて、適切に選択されたサンプル中で経験的に容易に決定される。当業者は、ＬＤを決定するためのどの方法が、特定のサンプルサイズおよびゲノム領域のために適しているかを容易に選択し得る。
【００５９】
上記および以下の実施例において記載されるように、本発明の応答マーカーは、ガランタミン処置に対して応答するアルツハイマー病評価尺度の認知サブスケール（ＡＤＡＳ−ｃｏｇ）における変化に関連する。従って、本発明は、個体が、応答マーカーＩかまたは応答マーカーＩＩを有するかどうかを決定するための方法およびキットを提供する。
【００６０】
一つの実施形態において、本発明は、個体が、応答マーカーＩかまたは応答マーカーＩＩを有するかどうかを決定するための方法を提供する。この方法は、
その個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程を包含する。好ましくは、上記方法は、
上記個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程を包含する。
【００６１】
いくつかの実施形態において、上記個体は、白色人種であり、そして認知障害（例えば、アルツハイマー型の軽度〜中度の痴呆、およびパーキンソン病に関連する痴呆、ＭＣＩ、血管性痴呆、およびレビー小体痴呆）と診断され得る。この個体は、認知障害に関連する危険因子を有し得るか、または、別の理由のためにガランタミンを用いる処置のための候補者であり得る。
【００６２】
別の実施形態において、本発明は、個体を第一の応答マーカー群または第二の応答マーカー群に割り当てるための方法を提供する。この方法は、
上記個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程、ならびに
上記個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する場合、上記第一の応答マーカー群に上記個体を割り当てる工程、ならびに
上記個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合、上記第二の応答マーカー群に上記個体を割り当てる工程、
を包含する。
【００６３】
いくつかの実施形態において、上記個体は、白色人種であり、そして認知障害（例えば、アルツハイマー型の軽度〜中度の痴呆、およびパーキンソン病に関連する痴呆、ＭＣＩ、血管性痴呆、およびレビー小体痴呆）と診断され得る。この個体は、認知障害に関連する危険因子を有し得るか、または、別の理由のためにガランタミンを用いる処置のための候補者であり得る。
【００６４】
個体における応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩの存在は、その個体のゲノムの一つまたは両方のコピー中の一つ以上のＰＳからなるセットについてのハプロタイプまたはハプロタイプ対（以下に議論されるものを含む）を決定するための、当該分野において周知である種々の間接的または直接的な方法によって、決定され得る。
【００６５】
個体中にハプロタイプのコピーが存在しないか、一つのコピーが存在するか、または２つのコピーが存在するかを決定するための間接的な方法の一つは、そのハプロタイプを含むＰＳのうちの１つ以上で決定されたその個体の遺伝子型に基づき、ならびに、上記個体中に存在するハプロタイプを決定するために各部位上の決定された遺伝子型を用いる、予測によるものである。目的とするハプロタイプが０コピー、１コピー、または２コピー存在することは、そのハプロタイプを含むＰＳにおける対立遺伝子を眼で検討することによって、決定され得る。そのハプロタイプ対は、その個体の遺伝子型を、一般的な集団または特定の集団群中に存在することが既知であるハプロタイプ対に対応する同じＰＳセットの遺伝子型と比較することによってか、あるいは、その個体の遺伝子型を、各ＰＳ上にあり得る二者択一的な対立遺伝子に基づいて理論的に可能なハプロタイプ対と比較すること、そして、どのハプロタイプ対が、その個体中に最も存在する可能性があるかを決定することによって、割り当てられる。
【００６６】
関連する間接的なハプロタイプ型決定方法において、個体におけるハプロタイプのコピーの欠如、１つのコピーの存在、または２つのコピーの存在は、参照集団中に存在することが既知であるハプロタイプ対に関する情報を用いて、選択されたハプロタイプを含むＰＳセットについてのその個体の遺伝子型から予測される。一つの実施形態において、このハプロタイプ対の予測方法は、
選択されたハプロタイプを含むＰＳセットにおけるその個体についての遺伝子型を同定する工程、
その選択されたハプロタイプ対のＰＳを含むＰＳセットについての参照集団において同定されたハプロタイプ対を含むデータにアクセスする工程、および
その個体の遺伝子型と一致するハプロタイプ対をその個体に割り当てる工程
を包含する。その個体が応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩを有するかどうかは、割り当てられたハプロタイプ対に基づいて、後に決定され得る。そのハプロタイプ対は、その個体の遺伝子型を、一般的な集団または特定の集団群中に存在することが既知であるハプロタイプ対に対応する同じＰＳセット上の遺伝子型と比較すること、そして、どのハプロタイプ対が、その個体の遺伝子型と一致するのかを決定することによって、割り当てられ得る。いくつかの実施形態において、上記比較する工程は、目視検査によって実施され得る。その個体の遺伝子型が、１つよりも多くのハプロタイプ対と一致する場合、これらのハプロタイプ対のうちのどれがその個体中に最も存在する可能性が高いかを決定するために、頻度データが用いられ得る。その個体の遺伝子型と一致する特定のハプロタイプ対が、その遺伝子型と一致する他の対よりも参照集団中に頻繁に存在する場合、最高頻度のハプロタイプ対は、その個体中に存在する可能性が最も高い。この決定に用いられるハプロタイプ対の頻度データは、好ましくは、その個体と同じ民族地理学的群を含む参照集団のためのデータである。この決定はまた、目視検査によっていくつかの実施形態において実施され得る。他の実施形態において、上記比較は、コンピューター読取り可能な形式で保存されたその個体の遺伝子型および参照ハプロタイプを用いて、コンピューターにより実施されるアルゴリズムによって行われ得る。例えば、ＷＯ  ０１／８０１５６において記載されるように、この比較を実施するためのコンピューターにより実施されるアルゴリズムの一つは、その遺伝子型と一致する可能性のある全てのハプロタイプ対を列挙し、参照集団中おいて決定されたハプロタイプ対頻度データを含むデータにアクセスして可能なハプロタイプ対をその個体が有する確率を決定し、そして決定された確率を分析してハプロタイプ対をその個体に割り当てる。
【００６７】
代表的に、上記参照集団は、世界の主要な民族地理学的群を表す無作為に選択された個体から構成される。本発明の方法に用いる好ましい参照集団は、白色人種の個体からなり、それらの個体の数は、ハプロタイプが、当業者が見ることを確実にしたいハプロタイプである程度の稀さに基づいて選択される。例えば、当業者が、上記集団中に存在するハプロタイプ（このハプロタイプは、参照集団においてｐ％の頻度で存在する）を欠失しない確率ｑ％を有することを望む場合、標本抽出されなければならない個体の数（ｎ）は、２ｎ＝ｌｏｇ（１−ｑ）／ｌｏｇ（１−ｐ）（ここで、ｐおよびｑは分数として表される）によって与えられる。好ましい参照集団は、約９９％の確実度で少なくとも１０％である頻度を有する任意のハプロタイプの検出を可能にする。特に好ましい参照集団としては、ハプロタイプ型決定の精度を検査するためのコントロールとして役立つ、３世代にわたる白色人種の家族が挙げられる。
【００６８】
上記参照集団が一つより多くの民族地理学的群を含む場合、各群についての頻度データは、その参照集団がハーディ・ワインベルク平衡に一致するかどうかを決定するために調べられる。ハーディ・ワインベルク平衡（ＰＲＩＮＣＩＰＬＥＳ  ＯＦ  ＰＯＰＵＬＡＴＩＯＮ  ＧＥＮＯＭＩＣＳ、第３版、Ｈａｒｔｌ，Ｓｉｎａｕｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，ＭＡ，１９９７）は、ハプロタイプ対（Ｈ１／Ｈ２）を見出す頻度が、
Ｈ１≠Ｈ２である場合には、ＰＨ−Ｗ（Ｈ１／Ｈ２）＝２ｐ（Ｈ１）ｐ（Ｈ２）、そして、
Ｈ１＝Ｈ２である場合には、ＰＨ−Ｗ（Ｈ１／Ｈ２）＝ｐ（Ｈ１）ｐ（Ｈ２）
と同じであると仮定する。観察されたハプロタイプ頻度と予測されたハプロタイプ頻度との間の統計学的に有意な差は、一つ以上の要因（その集団群における有意な同系交配、その遺伝子に対する強い選択圧、標本抽出の偏り、および／または遺伝子型決定プロセスにおける誤りを含む）が原因であり得る。ハーディ・ワインベルク平衡からの大きな偏差が民族地理学的群において観察される場合、その偏差が標本抽出の偏りによるものであるかどうか調べるために、その個体の数は増加され得る。より大きな標本のサイズによっても、観察されたハプロタイプ頻度と予測されたハプロタイプ頻度との間の差が減少しない場合、当業者は、直接的なハプロタイプ型決定方法を用いてその個体をハプロタイプ型決定することを考慮することを望み得る。この直接的なハプロタイプ型決定方法は、例えば、ＣＬＡＳＰＥＲ  ＳｙｓｔｅｍＴＭ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（米国特許第５，８６６，４０４号）、単一分子希釈（ｓｉｎｇｌｅ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｄｉｌｕｔｉｏｎ）、または対立遺伝子特異的長距離ＰＣＲ（Ｍｉｃｈａｌｏｔｏｓ−Ｂｅｌｏｉｎら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２４：４８４１−３（１９９６）である。
【００６９】
個体についてハプロタイプ対を予測するためのこの方法の一実施形態において、割り当てる工程は、その後の分析を実施することに関する。第一に、上記の可能なハプロタイプ対の各々が、上記参照集団中のハプロタイプ対と比較される。一般に、その参照集団中のハプロタイプ対のうちの一つだけが、可能なハプロタイプ対と一致し、そして、その対が、上記個体に割り当てられる。時折、上記参照ハプロタイプ対において示される１つだけのハプロタイプが、個体についての可能なハプロタイプ対と一致する。そしてこのような場合、その個体に、この既知ハプロタイプと、上記の可能なハプロタイプ対からこの既知のハプロタイプ対を差し引くことにより生成された新たなハプロタイプとが、割り当てられる。あるいは、個体中のハプロタイプ対は、報告された方法（例えば、Ｃｌａｒｋら、Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｅｖｏｌ．７：１１１−２２（１９９０）またはＷＯ  ０１／８０１５６）を用いてか、または、Ｇｅｎａｉｓｓａｎｃｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（Ｎｅｗ  Ｈａｖｅｎ，ＣＴ）から提供されるような市販のハプロタイプ型決定サービスを介して、その遺伝子についてのその個体の遺伝子型から予測され得る。まれに、上記参照集団中のどのハプロタイプも、上記の可能なハプロタイプ対に一致しないか、あるいは、複数の参照ハプロタイプ対が、上記の可能なハプロタイプ対と一致するかのいずれかである。このような場合において、上記個体は、好ましくは、直接的な分子ハプロタイプ型決定方法（例えば、ＣＬＡＳＰＥＲ  ＳｙｓｔｅｍＴＭ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（米国特許第５，８６６，４０４号）、ＳＭＤ、または対立遺伝子特異的長距離ＰＣＲ（Ｍｉｃｈａｌｏｔｏｓ−Ｂｅｌｏｉｎら、上記））を用いて、ハプロタイプ型決定される。
【００７０】
上記遺伝子型からの上記個体中に存在するハプロタイプ数の決定が、本明細書中において表１におけるハプロタイプ（１）について例証される。以下の表３は、個体由来の両方の染色体コピーを用いてＰＳ２、ＰＳ３およびＰＳ５で検出され得る、２７個（３ｎ、ここでｎ個の二対立遺伝子多型部位の各々は、存在する３つの異なる遺伝子型のうちの一つを有し得る）の遺伝子型を示す。上記の２つの部位についての２７個の可能な遺伝子型のうちの２４個は、その個体中に存在する表１におけるハプロタイプ（１）のコピー数を明白に決定することを可能にし、そして従って、その個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを明確に決定させる。しかしながら、Ｃ／Ｃ  Ｃ／Ｔ  Ｇ／Ｃの遺伝子型を有する個体は、以下の遺伝子型対：ＣＣＧ／ＣＴＣ、ＣＴＣ／ＣＣＧ、ＣＴＧ／ＣＣＣ、またはＣＣＣ／ＣＴＧのうちの一つを保有し得、そして従って、この個体は、応答マーカーＩに対応する表１におけるハプロタイプ（１）（ＣＣＧ／ＣＴＣ、ＣＴＣ／ＣＣＧ）を１コピー有するか、または応答マーカーＩＩに相当する表１におけるハプロタイプ（１）（ＣＴＧ／ＣＣＣ、ＣＣＣ／ＣＴＧ）を何も有さないかのいずれかであり得る。このことは、遺伝子型Ｃ／Ｔ  Ｃ／Ｃ  Ｇ／Ｃを有する個体、または遺伝子型Ｃ／Ｔ  Ｃ／Ｔ  Ｇ／Ｃを有する個体についても同様である。決定された遺伝子型の基礎となるハプロタイプにおいて曖昧さがある場合（すなわち、２つ以上のＰＳが、そのハプロタイプに含まれる場合）、頻度情報が、最も可能性が高いハプロタイプ対を決定するため、従って、その個体中のそのハプロタイプの最も可能性が高いコピー数を決定するために、用いられ得る。その個体の遺伝子型と一致する特定のハプロタイプ対が、その遺伝子型と一致する他の対よりも頻繁に参照集団中に存在する場合、最高頻度を有するハプロタイプ対は、その個体中に存在する可能性が最も高い。次いで、このハプロタイプ中の対象ハプロタイプのコピー数が、その対中の各ハプロタイプについての応答マーカーを含むＰＳにある対立遺伝子を目視検査することによって、決定され得る。
【００７１】
あるいは、曖昧な遺伝子型について、ＣＨＲＮＡ２中の１つ以上のさらなる部位の遺伝子型決定が、特定のＰＳにある遺伝子型に基礎となるハプロタイプ対を逆重量積分すること（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｉｎｇ）における曖昧さを排除するために実施され得る。これらの１つ以上のさらなる部位にある対立遺伝子は、ハプロタイプ対の明白な割り当てを可能にするために十分な連鎖を、その可能なハプロタイプのうちの少なくとも１つにおける対立遺伝子に対して有する必要があることを、当業者は認める。この例証は、個体中に存在する表１におけるハプロタイプ（１）のコピー数を決定する特定の場合に関するが、このプロセスは、表１において示されるほかのハプロタイプについても同様であるか、または表１におけるハプロタイプのうちのいずれかについての連鎖ハプロタイプもしくは置換ハプロタイプについても同様である。
【００７２】
【表３−１】
2007528716.tif 000004
【００７３】
【表３−２】
2007528716.tif 000005
所望のＰＳセットについてのその個体の遺伝子型は、当該分野において周知の種々の方法を用いて決定され得る。このような方法は、代表的に、
目的とする遺伝子もしくは遺伝子座の両方のコピーを含むゲノムＤＮＡサンプルをその個体から単離する工程、
遺伝子型決定されるべき多型部位を含む１つ以上の標的領域をそのサンプルから増幅する工程、および
この増幅された標的領域中の目的とする各ＰＳに存在するヌクレオチド対を検出する工程、
を包含する。目的とする各ＰＳについての遺伝子型を決定するために同じ手順を用いることは、必ずしも必要ではない。
【００７４】
加えて、本明細書中に記載される新規ＰＳのうちのいずれかに存在する対立遺伝子の正体は、目的とするＰＳの対立遺伝子と連鎖不均衡にある対立遺伝子を有する別のＰＳをハプロタイプ型決定または遺伝子型決定することによって、間接的に決定され得る。現在開示されたＰＳの対立遺伝子と連鎖不均衡状態にある対立遺伝子を有するＰＳは、その遺伝子領域中に位置し得るか、または本明細書中において検査しなかった他のゲノム領域中に位置し得る。ＰＳに存在する対立遺伝子の検出（この対立遺伝子は、本明細書中に記載された新規ＰＳの対立遺伝子と連鎖不均衡状態にある）は、ＰＳにある対立遺伝子の正体を検出するための上述の方法のうちのいずれかによって実施され得るが、限定はされない。
【００７５】
あるいは、応答マーカーを含むＰＳセットについてのハプロタイプもしくはハプロタイプ対が個体において存在するかは、その個体の対象ゲノム領域のコピーのうちの少なくとも１コピーまたはその適切な断片を直接的にハプロタイプ型決定することによって、当該分野において公知の方法を用いて決定され得る。このような直接的なハプロタイプ型決定方法は、代表的に、
その個体から単離されたゲノム核酸サンプルを、同じ対立遺伝子または異なる対立遺伝子であり得る（当業者によって容易に理解される）その個体のゲノム領域の２つの「コピー」のうちの１つだけを有するヘミ接合性ＤＮＡサンプルを生成する様式で処理する工程、
遺伝子型決定されるべきＰＳを含む１つ以上の標的領域を、そのサンプルから増幅する工程、および
その増幅された標的領域中の対象とする各ＰＳに存在するヌクレオチドを検出する工程、
を包含する。核酸サンプルは、ヘミ接合性ＤＮＡサンプルを調製するための当該分野において公知の種々の方法を用いて、得られ得る。この種々の方法としては、ＷＯ  ９８／０１５７３、米国特許第５，８６６，４０４号、および米国特許第５，９７２，６１４号に記載されるような、酵母における標的化インビボクローニング（ＴＩＶＣ）、米国特許第５，９７２，６１４号に記載されるような、プライマー伸長およびエキソヌクレアーゼ分解と組み合わせて、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを用いてヘミ接合性ＤＮＡ標的を生成すること、Ｒｕａｎｙｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８７：６２９６−３００（１９９０）に記載されるような、単一分子希釈（ＳＭＤ）、ならびに対立遺伝子特異的ＰＣＲ（Ｒｕａｎｙｏら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １７：８３９２（１９８９）；Ｒｕａｎｙｏら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １９：６８７７−８２（１９９１）；Ｍｉｃｈａｌａｔｏｓ−Ｂｅｌｏｉｎら、上記）が挙げられる。
【００７６】
当業者によって容易に認識されるように、どの個々のクローンも、代表的には、個体中に存在する２つのゲノムコピーのうちの１つに関するハプロタイプ情報のみを提供する。ハプロタイプ情報がその個体の他のコピーのために所望される場合、通常、さらなるクローンが、検査される必要がある。代表的に、少なくとも５つのクローンが、個体中のゲノムの遺伝子座の両方のコピーをハプロタイプ型決定することについて９０％より高い確率を有するように検査されるべきである。しかし、ある場合には、一旦、一方のゲノムの対立遺伝子についてのハプロタイプが直接的に決定されると、他方の対立遺伝子についてのハプロタイプは、その個体が目的のＰＳについての既知の遺伝子型を有するかどうか、またはその個体の集団群についてのハプロタイプ頻度もしくはハプロタイプ対頻度が既知であるかどうかが、推測され得る。
【００７７】
その遺伝子の両方のコピーの直接的ハプロタイプ型決定は、好ましくは、その遺伝子の各々のコピーが別々の容器内に配置されている状態で実施される一方で、その２つのコピーが異なるタグで標識される場合か、または他の様式で、この２つのコピーが、別々に識別可能もしくは同定可能な場合、直接的ハプロタイプ型決定が同じ容器内で実施され得ることもまた、想定される。例えば、その遺伝子の第一のコピーおよび第二のコピーが、異なる第一の蛍光色素および第二の蛍光色素でそれぞれ標識され、さらに第三の異なる蛍光色素で標識された対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが、上記ＰＳをアッセイするために用いられる場合、その第一の色素と第三の色素との組合せを検出することによって、上記第一の遺伝子コピー中の多型が同定され、一方で、上記第二の色素と第三の色素との組合せを検出することによって、上記第二の遺伝子コピー中の多型が同定される。
【００７８】
上述の間接的および直接的なハプロタイプ型決定方法において用いられる核酸サンプルは、代表的に、上記個体から採取された生物学的サンプル（例えば、血液サンプルまたは組織サンプル）から単離される。適切な組織サンプルとしては、全血、唾液、涙、尿、および毛が挙げられる。
【００７９】
目的のＰＳを含む標的領域は、任意のオリゴヌクレオチド指向性増幅方法を用いて増幅され得る。この増幅方法としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（米国特許第４，９６５，１８８号）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（Ｂａｒａｎｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９−９３（１９９１）；ＷＯ  ９０／０１０６９）、およびオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）（Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−８０（１９８８））が挙げられるが、限定はされない。他の公知の核酸増幅手順は、標的領域を増幅するために用いられ得る。この手順としては、転写ベースの増幅システム（米国特許第５，１３０，２３８号；欧州特許第ＥＰ  ３２９，８２２号；米国特許第５，１６９，７６６号；ＷＯ  ８９／０６７００）、および等温方法（Ｗａｌｋｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：３９２−６（１９９２））が挙げられる。
【００８０】
直接的ハプロタイプ型決定方法および間接的ハプロタイプ型決定方法の両方において、増幅された標的領域内のＰＳにおけるヌクレオチド（またはヌクレオチド対）の正体は、その増幅領域を従来の方法を用いて配列決定することよって決定され得る。増幅された標的中において上記遺伝子の両方のコピーが示される場合、１つのヌクレオチドのみが、その部位においてホモ接合性である個体の中のＰＳで検出される一方で、その個体がその部位についてホモ接合性である場合、２つの異なるヌクレオチドが検出されることが、当業者によって容易に認識される。その多型は、直接的に同定され得るか（ポジティブタイプ同定として公知）、または、推測によって同定され得る（ネガティブタイプ同定と呼ばれる）。例えば、多型が参照集団中のグアニンおよびシトシンであることが既知である場合、部位は、その部位においてホモ接合性である個体についてグアニンまたはシトシンのいずれかであるとポジティブに決定され得、あるいは、その個体がその部位においてホモ接合性である場合、グアニンとシトシンの両方であるとポジティブに決定され得る。あるいは、その部位が、グアニンでない（従って、シトシン／シトシン）とネガティブに決定され得るか、またはシトシンでない（従って、グアニン／グアニン）とネガティブに決定され得る。
【００８１】
上記標的領域中のＰＳはまた、当該分野において公知のいくつかのハイブリダイゼーションベースの方法のうちの１つを用いて、増幅前または増幅後にアッセイされ得る。代表的には、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが、このような方法の実施において利用される。この対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、差次的に標識されたプローブ対として用いられ得、このプローブ対の一方のメンバーは、標的配列の１つの改変体に対する完全なマッチを示し、もう一方のメンバーは、異なる改変体に対する完全なマッチを示す。いくつかの実施形態において、１つよりも多いＰＳが、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドセットまたは対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド対セットを用いて、同時に検出され得る。好ましくは、このセットのメンバーは、検出される多型部位の各々が検出される場合、互いに５℃以内の融解温度、より好ましくは互いに２℃以内の融解温度を有する。
【００８２】
標的ポリヌクレオチドに対する対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは、溶液中の両方の実態を用いて実施され得るか、あるいは、このようなハイブリダイゼーションは、そのオリゴヌクレオチドまたは標的ポリヌクレオチドが固体支持体に共有結合的に付着されるかまたは非共有的に付着される場合に、実施される。付着は、例えば、抗体−抗原相互作用、ポリ−Ｌ−Ｌｙｓ、ストレプトアビジン−ビオチンまたはアビジン−ビオチン、塩橋、疎水性相互作用、化学的連結、ＵＶ架橋ベーキングなどによって媒介され得る。対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、固体支持体上で直接的に合成されても、合成後にその固体の支持体に付着されてもよい。本発明の検出方法において用いるのに適切な固体−支持体としては、シリコン製の基材、ガラス製の基材、プラスチック製の基材、紙製の基材などが挙げられ、これらは例えば、ウェル（９６ウェルプレートにおけるような）、スライド、シート、膜、繊維、チップ、皿、およびビーズへと形成され得る。この固体支持体は、上記対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドまたは標的核酸の固定を促進するために、処理、コーティング、または誘導体化され得る。
【００８３】
目的のＰＳにおけるヌクレオチドまたはヌクレオチド対の検出はまた、ミスマッチ検出技術を用いて決定され得、このミスマッチ検出技術としては、リボプローブ（Ｗｉｎｔｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：７５７５（１９８５）；Ｍｅｙｅｒｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２（１９８５））、およびヌクレオチドミスマッチを認識するタンパク質（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ  ｍｕｔＳタンパク質（Ｍｏｄｒｉｃｈ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．２５：２２９−５３（１９９１）））を用いるＲＮアーゼプロテクション法が挙げられるが、これらに限らない。あるいは、改変体対立遺伝子が、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析（Ｏｒｉｔａら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ５：８７４−９（１９８９）；Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＤＩＡＧＮＯＳＩＳ  ＯＦ  ＧＥＮＥＴＩＣ  ＤＩＳＥＡＳＥＳ内、Ｅｌｌｅｓ、編、３２１−３４０頁、１９９６）または、変性濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｗａｒｔｅｌｌら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１８：２６９９−７０６（１９９０）；Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：２３２−６（１９８９））によって同定され得る。
【００８４】
ポリメラーゼ媒介性プライマー伸長法もまた、多型の同定に用いられ得る。いくつかのこのような方法が特許および科学文献に記載され、それには、「遺伝的ビット解析（Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｂｉｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）」法（ＷＯ  ９２／１５７１２）およびリガーゼ／ポリメラーゼ媒介性遺伝的ビット解析（米国特許第５，６７９，５２４号）が挙げられる。関連した方法は、ＷＯ  ９１／０２０８７、ＷＯ  ９０／０９４５５、ＷＯ  ９５／１７６７６、ならびに米国特許第５，３０２，５０９号および同第５，９４５，２８３号に開示される。多型の相補体を含む伸長されたプライマーは、米国特許第５，６０５，７９８号に記載されるように、質量分析法によって検出され得る。別のプライマー伸長法は、対立遺伝子特異的ＰＣＲ（Ｒｕａｎｙｏら、１９８９、上記；Ｒｕａｎｙｏら、１９９１、上記；ＷＯ  ９３／２２４５６；Ｔｕｒｋｉら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９５：１６３５−４１（１９９５））である。さらに、複数のＰＳが、ＷＯ  ８９／１０４１４に記載されるような対立遺伝子特異的プライマーのセットを用いて、核酸の複数の領域を同時に増幅することによって、調査され得る。
【００８５】
個体のＣＨＲＮＡ２遺伝子についての遺伝子型またはハプロタイプはまた、その遺伝子の１コピーまたは両方のコピー、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、あるいはそれらの断片を含む核酸サンプルを、核酸アレイおよび核酸サブアレイ（例えば、ＷＯ  ９５／１１９９５に記載されるような）にハイブリダイズすることによって決定され得る。このアレイは、上記ＰＳの各々がその遺伝子型またはハプロタイプに含まれることを表す、一連の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む。
【００８６】
本発明はまた、個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを決定するためのキットを提供する。このキットは、１つ以上のＰＳからなるセット中のそれぞれのＰＳにおける対立遺伝子のうちの少なくとも１つを同定するために設計された、１つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、上記１つ以上のＰＳからなるセットは、
（ａ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｂ）ＰＳ２、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｃ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｄ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｅ）ＰＳ２およびＰＳ５；
（ｆ）ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｇ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｈ）ＰＳ２およびＰＳ６；
（ｉ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｊ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｋ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｌ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ中の１つ以上のＰＳからなるセット、または
（ｍ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ中の１つ以上のＰＳからなるセット
を含む。好ましくは、このキットは、１つ以上のＰＳからなるセット中のそれぞれのＰＳにおける対立遺伝子のうちの少なくとも１つを同定するために設計された、１つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、上記１つ以上のＰＳからなるセットは、
（ａ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｂ）ＰＳ２、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｃ）ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ６；
（ｄ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｅ）ＰＳ２およびＰＳ５；
（ｆ）ＰＳ２，ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｇ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｈ）ＰＳ２およびＰＳ６；
（ｉ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｊ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｋ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｌ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ中の１つ以上のＰＳからなるセット、および
（ｍ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ中の１つ以上のＰＳからなるセット
のいずれかである。
【００８７】
本発明のキットの好ましい実施形態において、上記の１つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセットは、その１つ以上のＰＳからなるセット中のそれぞれのＰＳにおける両方の対立遺伝子を同定するために設計される。別の好ましい実施形態において、上記個体は、白色人種である。別の好ましい実施形態において、このキットはさらに、
（ａ）１つ以上のＰＳからなるセット中のそれぞれのＰＳにおいて上記個体中に存在する対立遺伝子（単数または複数）を同定するために、ヒト核酸サンプルに対して１つ以上の反応を行うこと、および
（ｂ）同定した対立遺伝子に基づいて、その個体が、応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩを有するかを決定すること
のための指示を含む指示書を含む。別の好ましい実施形態において、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプと、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する。なお別の好ましい実施形態において、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての、置換するＰＳにおける対立遺伝子と、置換されるＰＳにおける対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する。
【００８８】
本明細書中で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」は、目的のＰＳを含む標的領域またはその近くに位置する標的領域にハイブリダイズし得るプローブまたはプライマーである。好ましくは、上記オリゴヌクレオチドは、約１００ヌクレオチド未満である。より好ましくは、上記オリゴヌクレオチドは、１０〜３５ヌクレオチド長である。なおより好ましくは、上記ヌクレオチドは、長さが１５〜３０ヌクレオチドであり、最も好ましくは、長さが２０〜２５ヌクレオチドである。上記オリゴヌクレオチドの正確な長さは、上記ＰＳを含むゲノム領域の性質、および行われるべき遺伝子型決定アッセイに依存し、そして当業者によって容易に決定される。
【００８９】
本発明の実行に用いられるオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、ならびに非環式ヌクレオチド誘導体、および他の機能的に等価な誘導体の、任意のリン酸化状態を含み得る。あるいは、オリゴヌクレオチドは、リン酸を含まない骨格を有し得、これは結合（例えば、カルボキシメチル結合、アセトアミデート結合、カルバメート結合、ポリアミド結合（ペプチド核酸（ＰＮＡ））など）を含み得る（Ｖａｒｍａ、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ中、Ａ  ＣＯＭＰＲＥＨＥＮＳＩＶＥ  ＤＥＳＫ  ＲＥＦＥＲＥＮＣＥ、Ｍｅｙｅｒｓ、編、６１７−２０頁、ＶＣＨ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．、１９９５）。本発明のオリゴヌクレオチドは、当該分野で公知の適切な任意の方法論を用いた化学合成によって調製されても、生物学的サンプルから、例えば制限消化によって誘導されてもよい。上記オリゴヌクレオチドは、当該分野で公知の任意の技術に従って標識され得、その技術としては、放射標識、蛍光標識、酵素標識、タンパク質、ハプテン、抗体、配列タグなどの使用が挙げられる。
【００９０】
本発明のオリゴヌクレオチドは、所望の遺伝子座を含むポリヌクレオチドの標的領域に特異的にハイブリダイズする能力がなければならない。本明細書中で使用される場合、特異的なハイブリダイゼーションとは、オリゴヌクレオチドが、標的領域と、特定のハイブリダイズ条件下で逆平行の二本鎖構造を形成し、一方で、そのポリヌクレオチド中の別の領域とも、所望の遺伝子座を欠いたポリヌクレオチドとも、同じハイブリダイズ条件下でインキュベートされた場合にこのような構造を形成し得ないことを意味する。好ましくは、上記オリゴヌクレオチドは、従来の高ストリンジェンシー条件下にて標的領域と特異的にハイブリダイズする。
【００９１】
核酸分子（例えば、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド）は、それらの分子のうちの１つのどのヌクレオチドも、他の分子の対応する位置においてそのヌクレオチドに相補的である場合に、別の核酸分子の「完全な（ｐｅｒｆｅｃｔ）」または「完全な（ｃｏｍｐｌｅｔｅ）」相補体であると言われる。核酸分子は、別の分子に対して、従来の低ストリンジェンシー条件下で二重鎖形態のままであり続けるのに十分な安定性でハイブリダイズする場合、この核酸分子は上記分子に対して「実質的に相補的」である。従来のハイブリダイゼーション条件は、例えば、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ、Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ、第２版、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９８９、および、ＮＵＣＬＥＩＣ  ＡＣＩＤ  ＨＹＢＲＩＤＩＺＡＴＩＯＮ、Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ、Ｈａｙｍｅｓら、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．、１９８５に記載される。多型を検出するためには、完全に相補的なオリゴヌクレオチドが好ましいが、一方で、完全な相補性からの逸脱が、その分子が標的領域へ特異的にハイブリダイズすることを妨げない場合、そのような逸脱が企図される。例えば、あるオリゴヌクレオチドプライマーは、その５’末端において非相補的な断片を有し得、そのプライマーの残りの部分は、標的領域に対して相補的である。あるいは、結果としてできるプローブまたはプライマーが標的領域に対して依然として特異的にハイブリダイズし得る限り、そのプローブまたはプライマー中に非相補的なヌクレオチドが散在し得る。
【００９２】
個体が応答マーカーＩを有するか応答マーカーＩＩを有するかを決定する場合に有用な本発明の好ましいオリゴヌクレオチドは、対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドである。本明細書中で使用される場合、用語「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）」は、十分にストリンジェントな条件下で、ＰＳを含む標的領域における遺伝子の１つの対立遺伝子または他の遺伝子座に特異的にハイブリダイズし得るが別の対立遺伝子中の対応する領域にハイブリダイズしない、オリゴヌクレオチドを意味する。当業者に理解されるように、対立遺伝子特異性は、塩濃度およびホルムアミド濃度、ならびにハイブリダイゼーション工程および洗浄工程の両方についての温度を含む、種々の容易に最適化されるストリンジェンシー条件に依存する。ＡＳＯプローブについて代表的に用いられるハイブリダイゼーション条件および洗浄条件の例は、Ｋｏｇａｎら、ＰＣＲ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ、Ａ  ＧＵＩＤＥ  ＴＯ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ中の「Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｅｍｏｐｈｉｌｉａ  Ａ」、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９９０、および、Ｒｕａｎｙｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：６２９６−３００（１９９０）に見出される。代表的には、あるＡＳＯは、ある対立遺伝子に完全に相補的である一方で、別の対立遺伝子について単一のミスマッチを含む。
【００９３】
本発明の対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドとしては、ＡＳＯプローブおよびＡＳＯプライマーが挙げられる。異なる対立遺伝子間で良好な区別を通常提供するＡＳＯプローブは、そのオリゴヌクレオチドプローブの中央部分（例えば、１５マー中でおよそ第７位またはおよそ第８位、１６マー中でおよそ第８位またはおよそ約第９位、および２０マー中でおよそ第１０位またはおよそ第１１位）が、標的領域中の多型部位に並ぶものである。本発明のＡＳＯプライマーは、３’末端ヌクレオチドを有するか、または好ましくは、３’側の最後から２番目のヌクレオチドを有し、これらのヌクレオチドは、特定のＳＮＰのヌクレオチド対立遺伝子のただ１つのみに相補的であり、それゆえ、そのヌクレオチド対立遺伝子が、遺伝子型を決定されるサンプル中のＰＳに存在する場合のおいてのみ、ポリメラーゼ媒介性伸長のためのプライマーとして作用する。コード鎖または非コード鎖のいずれかにハイブリダイズするＡＳＯプローブおよびＡＳＯプライマーが、本発明によって企図される。以下に列挙されるＡＳＯプローブおよびＡＳＯプライマーは、そのＡＳＯが、そのＰＳにおいて観察される２つの二者択一式対立遺伝子改変体のいずれかを含むことを表すために、そのＰＳの位置において適切なヌクレオチド記号（Ｒ＝ＧまたはＡ、Ｙ＝ＴまたはＣ、Ｍ＝ＡまたはＣ、Ｋ＝ＧまたはＴ、Ｓ＝ＧまたはＣ、およびＷ＝ＡまたはＴ；ＷＩＰＯ標準ＳＴ．２５）を用いる。
【００９４】
ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ５、およびＰＳ６のそれぞれにおける対立遺伝子を検出するための好ましいＡＳＯプローブを、表４に列挙する。さらに、ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ５、およびＰＳ６のそれぞれにおける対立遺伝子の検出は、これらのＡＳＯプローブの相補体の利用によって達成され得る。
【００９５】
ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ５、およびＰＳ６のそれぞれにおける対立遺伝子を検出するための好ましいＡＳＯフォワードプライマーおよびＡＳＯリバースプライマーを、表４に列挙する。
【００９６】
【表４】
2007528716.tif 000006
本発明を実行する上で有用な他のオリゴヌクレオチドは、応答マーカー中のＰＳの１ヌクレオチド〜数個のヌクレオチド下流に位置する標的領域にハイブリダイズする。このようなオリゴヌクレオチドは、本明細書中に記載されるマーカー中のＰＳのうちの１つにおける対立遺伝子を検出するためのポリメラーゼ媒介性プライマー伸長法において有用であり、そしてそれゆえ、このようなオリゴヌクレオチドは、本明細書中で「プライマー伸長オリゴヌクレオチド」と呼ばれる。好ましい実施形態において、プライマー伸長オリゴヌクレオチドの３’末端は、そのＰＳにすぐに隣接して位置するヌクレオチドに相補的なデオキシヌクレオチドである。ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、ＰＳ５、およびＰＳ６のそれぞれにおける対立遺伝子を検出するための特に好ましいフォワードプライマー伸長オリゴヌクレオチドおよびリバースプライマー伸長オリゴヌクレオチドを、表５に列挙する。終止混合物は、目的のＰＳにおけるオリゴヌクレオチドまたはその１塩基後ろにあるオリゴヌクレオチドの伸長を、上記ＰＳに存在する二者択一型ヌクレオチドに依存して終結させるために選ばれる。
【００９７】
【表５】
2007528716.tif 000007
いくつかの実施形態において、本発明のキット中のオリゴヌクレオチドは、２つ以上のＰＳにおいてヌクレオチドまたはヌクレオチド対の正体を同時に探索することを可能とする、異なる標識を有する。
【００９８】
本発明のキット中のオリゴヌクレオチドはまた、固体表面（例えば、マイクロチップ、ビーズ、またはガラススライド）上に固定されても、合成されてもよい（例えば、ＷＯ  ９８／２００２０およびＷＯ  ９８／２００１９を参照のこと）。このような固定化されたオリゴヌクレオチドは、種々の多型検出アッセイにおいて用いられ得る。このようなアッセイとしては、プローブハイブリダイゼーションアッセイおよびポリメラーゼ伸長アッセイが挙げられるが、これらに限らない。本発明を実行する上で有用な固定されたオリゴヌクレオチドは、複数の遺伝子中の多型について、同時に核酸サンプルを迅速にスクリーニングするために設計された、規則正しいオリゴヌクレオチドアレイを含み得る。
【００９９】
本発明のキットはまた、他の構成成分（例えばハイブリダイゼーション緩衝液（例えば、オリゴヌクレオチドが対立遺伝子特異的プローブとして用いられる場合）、またはジデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄｄＮＴＰ；例えば、多型部位における対立遺伝子をプライマー伸長によって検出する場合））を含み得る。好ましい実施形態において、上記のオリゴヌクレオチドのセットは、プライマー伸長オリゴヌクレオチドからなる。このキットはまた、ポリメラーゼ、およびそのポリメラーゼによって媒介されるプライマー伸長に最適化された反応緩衝液を含む。好ましいキットはまた、検出試薬（例えば、ビオチンタグ化または蛍光タグ化されたオリゴヌクレオチドもしくはｄｄＮＴＰ、ならびに／あるいは、酵素標識された抗体およびその酵素によって作用された場合に検出可能なシグナルを発生する１つ以上の基質）を含む。遺伝子型決定アッセイまたはハプロタイプ決定アッセイを行うためのオリゴヌクレオチドおよび試薬のセットが、生物学的活性または化学的活性を保持するために適切でありかつそのアッセイにおける適切な使用を可能とする場合には、容器中に入れられた別々の器中において提供されることが、当業者に理解される。
【０１００】
特に好ましい実施形態において、そのキット中のオリゴヌクレオチド各々および他の試薬全ては、応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩを含むＰＳのセットにおける対立遺伝子を決定するためのアッセイにおける最適な性能について試験された品質を有する。
【０１０１】
本発明の方法およびキットは、医師がいかに個体を処置するかについて決定することを助けるために有用である。これらは、ガランタミンに対する個体の認知応答を予測するため、最適な認知応答を達成するための個体に対するガランタミン処置を選択する際、そしてその認知機能を維持または増進することを必要とする個体に適切なガランタミン処置を選択する際に、有用であり得る。
【０１０２】
このように、本発明は、ガランタミン処置に対する個体の認知応答を予測するための方法を提供する。この方法は、応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩをその個体が有するかどうか決定する工程、および上記の決定する工程の結果に基づいて応答を予測する工程を包含する。応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれか少なくとも１コピーである。応答マーカーＩＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれのコピーもないことである。好ましくは、応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
の少なくとも１コピーであり、そして応答マーカーＩＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
のいずれのコピーもないことである。より好ましくは、応答マーカーＩは、少なくとも１コピーの表１におけるハプロタイプ（１）であり、そして応答マーカーＩＩは、表１におけるハプロタイプ（１）のコピーを有さないことである。表１におけるハプロタイプ（１）は、ＰＳ２においてシトシンを、ＰＳ３においてシトシンを、そしてＰＳ５においてグアニンを含む。個体に存在する応答マーカーの決定は、本明細書中に記載される直接的な方法または間接的な方法の１つを用いてなされ得る。いくつかの好ましい実施形態において、上記の決定する工程は、その個体に存在するゲノム遺伝子座の１コピーまたは両方のコピーについて、選択した応答マーカーを含むＰＳのセットにおけるヌクレオチドまたはヌクレオチド対の正体を同定する工程を包含する。あるいは、上記の決定する工程は、応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩの１つを含むハプロタイプについてのその個体のコピー数を示すデータレポジトリを調べる工程を包含し得る。このデータレポジトリは、個体の医療記録であっても、医療データカードであってもよい。好ましい実施形態において、この個体は白色人種である。
【０１０３】
いくつかの実施形態において、その個体が応答マーカーＩを有すると決定される場合、その応答の予測は、上記個体がガランタミンに応答する可能性が高いことであり、そしてその個体が応答マーカーＩＩを有すると決定される場合、その応答の予測は、上記個体がガランタミンに対して応答する可能性が低いことである。
【０１０４】
本発明はさらに、その認知機能を維持または増進する必要のある個体を処置するための方法を提供する。この方法は、上記個体が応答マーカーＩを有するか、または応答マーカーＩＩを有するかを決定する工程、および、上記決定する工程の結果に基づいてその個体のための処置を選択する工程を包含する。応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれかの少なくとも１コピーである。応答マーカーＩＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれのコピーもないことである。好ましくは、応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
のいずれかの少なくとも１コピーであり、そして、応答マーカーＩＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
のいずれのコピーもないことである。より好ましくは、応答マーカーＩは、少なくとも１コピーの表１におけるハプロタイプ（１）であり、そして応答マーカーＩＩは、表１におけるハプロタイプ（１）のコピーを有さないことである。表１におけるハプロタイプ（１）は、ＰＳ２においてシトシンを、ＰＳ３においてシトシンを、そしてＰＳ５においてグアニンを含む。いくつかの実施形態において、上記決定する工程は、その個体中に存在する遺伝子座の１コピーまたは両方のコピーについて、選択したハプロタイプを含むＰＳのセットにおけるヌクレオチドまたはヌクレオチド対の正体を同定する工程を包含する。あるいは、上記決定する工程は、応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩを含むハプロタイプについての個体のコピー数を示すデータレポジトリを調べる工程を包含し得る。上記データレポジトリは、個体の医療記録であっても、医療データカードであってもよい。好ましい実施形態において、上記個体は白色人種である。
【０１０５】
その個体が応答マーカーＩを有する場合、選択される処置は、活性成分としてガランタミン化合物を含む薬物の認可された最低用量をその個体に対して処方することであり、そしてその個体が応答マーカーＩＩを有する場合、選択される処置は、活性成分としてガランタミン化合物を含む薬物を、認可された最低用量よりは多い用量でその個体に対して処方することか、または、認知障害（アルツハイマー型の軽度〜中程度の痴呆、およびパーキンソン病に関連した痴呆が挙げられる）を処置するために効果的な異なる薬物をその個体に対して処方することである。上記ガランタミン化合物は、ガランタミン、ガランタミン誘導体、およびガランタミンまたはガランタミン誘導体の薬学的に受容可能な塩から選択される。種々のガランタミン誘導体が、アルツハイマー痴呆および関連した痴呆の処置に有用であることが報告されており、米国特許第６，１５０，３５４号、同第６，２６８，３５８号、同第６，３１９，９１９Ｂ１号、同第６，３２３，１９６号、および同第６，３２６，１９６号に記載されかつ特許請求されている化合物；ならびに、欧州特許出願第ＥＰ  ２３６６８４号に記載されかつ特許請求されている化合物が挙げられるが、これらに限定しない。アルツハイマー病および関連した痴呆の処置に有用であると報告されるガランタミンの薬学的に受容可能な塩としては、米国特許第４，６６３，３１８号、および同第６，３５８，９４１号、ならびにＷＯ  ００／３８６８６に記載される塩が挙げられる。好ましい実施形態において、上記ガランタミン化合物は、ガランタミン臭化水素酸塩である。他の好ましい実施形態において、処置を必要とする個体は、異なるＡＣｈＥインヒビターによる処置の際に、認知機能の増進を以前には全く示さなかった。
【０１０６】
他の局面において、本発明は、製品を提供する。一実施形態において、製品は、薬学的処方物、および上記薬学的処方物が使用される集団を同定する少なくとも１つの印を含み、ここで同定された集団は認知障害を有する。上記薬学的処方物は、少なくとも１つの活性成分としてガランタミン化合物を含む。さらに、上記薬学的処方物は、調節され得、そして上記印は、上記薬学的処方物についての認可された標識を含み得る。上記同定された集団は、応答マーカーＩを有することによって部分的または全体的に定義され、ここで、応答マーカーＩを有する治験集団は、応答マーカーＩを欠く治験集団よりも上記処方物に対して応答する可能性が高い。上記の同定された集団は、好ましくは、白色人種としてさらに定義され得る。応答マーカーＩを有することによって全体的に定義された集団は、上記薬学的処方物が使用される集団を同定する際に考慮されるべき他の要因が存在しない集団である。対照的に、応答マーカーＩを有することによって部分的に定義された集団は、他の要因が、上記薬学的処方物が使用される集団の同定に適切であり得る集団である。他のこのような要因の例は、年齢、体重、性別、疾患の状態、他の遺伝学的マーカーまたは生物マーカーの保有などである。上記認知障害としては、アルツハイマー型の軽度または中程度の痴呆、およびパーキンソン病に関連した痴呆が挙げられる。
【０１０７】
応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれかの少なくとも１コピーである。好ましくは、応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
のいずれかの少なくとも１コピーである。なおより好ましくは、応答マーカーＩは、少なくとも１コピーの表１におけるハプロタイプ（１）である。表１におけるハプロタイプ（１）は、ＰＳ２においてシトシンを、ＰＳ３においてシトシンを、そしてＰＳ５においてグアニンを含む。
【０１０８】
上記薬学的処方物は、当該分野で公知の任意の方法によって、任意の送達方法（すなわち、経口送達）において、そして任意の放出様式（すなわち、持続的放出）のために、処方され得る。いくつかの実施形態において、上記薬学的処方物は、錠剤またはカプセルであり、そして上記物品はさらに、上記錠剤またはカプセルの色または形を含む、追加の印を有し得る。他の実施形態において、上記物品はさらに、上記錠剤またはカプセル上に刻印された記号、または認可された標識上に印刷された記号または意匠を含む、追加の印を含み得る。
【０１０９】
この物品のいくつかの実施形態において、上記の認可された標識は、同定された集団に関する記載を含み得る。これらの実施形態のいくつかまたは全てにおいて、上記標識は、上記の同定された集団に予期される認知機能の変化を記載し得る。さらに、これらの実施形態のいくつかまたは全てにおいて、上記の同定された集団における認知機能の増進に効果的な量で、上記薬学的処方物中にガランタミンが存在する。上記薬学的処方物中に存在する上記ガランタミン化合物は、ガランタミン、ガランタミン誘導体、およびガランタミンまたはガランタミン誘導体の薬学的に受容可能な塩から選択される。種々のガランタミン誘導体が、アルツハイマーの痴呆および関連する痴呆の処置に有用であると報告されており、これらとしては、米国特許第６，１５０，３５４号、同第６，２６８，３５８号、同第６，３１９，９１９Ｂ１号、同第６，３２３，１９６号、および６，３２６，１９６号に記載されかつ特許請求されている化合物；ならびに、欧州特許出願第ＥＰ  ２３６６８４号に記載されかつ特許請求されている化合物が挙げられるが、これらに限定しない。アルツハイマー病および関連する痴呆の処置に有用であると報告されたガランタミンの薬学的に受容可能な塩としては、米国特許第４，６６３，３１８号、および同第６，３５８，９４１号、ならびにＷＯ  ００／３８６８６に記載される塩が挙げられる。好ましい実施形態において、上記ガランタミン化合物は、ガランタミン臭化水素酸塩である。
【０１１０】
本発明により提供される製品のさらなる実施形態は、包装材料、および上記包装材料に含まれる薬学的処方物を含む。上記薬学的処方物は、少なくとも１つの活性成分としてガランタミン化合物を含む。上記包装材料は、上記薬学的処方物が、認知障害を有する集団に使用されることを記載する標識を含み得、ここで、上記集団は、応答マーカーＩを有することによって部分的または全体的に定義される。示された集団は、好ましくは、白色人種としてさらに定義される。応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれか少なくとも１コピーである。好ましくは、応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
のいずれか少なくとも１コピーである。なおより好ましくは、応答マーカーＩは、少なくとも１コピーの表１におけるハプロタイプ（１）である。表１におけるハプロタイプ（１）は、ＰＳ２においてシトシンを、ＰＳ３においてシトシンを、およびＰＳ５においてグアニンを含む。上記標識は、指定の試験が、示された集団のメンバーを同定するために用いられ得ることを、さらに記載する。好ましくは、上記の指定の試験は、遺伝的試験である。上記認知障害としては、アルツハイマー型の軽度または中程度の痴呆、およびパーキンソン病に関連した痴呆が挙げられ得る。
【０１１１】
さらに、本発明の他の局面において、少なくとも１つの活性成分としてガランタミン化合物を含む薬物製品を製造する方法が提供される。この方法は、上記ガランタミン化合物を含む薬学的処方物と、上記処方物が認知障害を有する集団に使用されることを記載した標識とを、包装中で合わせる工程を包含し、ここで、上記集団は、応答マーカーＩを有することによって部分的または全体的に定義され、ここで、応答マーカーＩを有する治験集団は、応答マーカーＩを欠く治験集団よりも、上記処方物に対して応答する可能性が高い。上記の示された集団は、上記薬学的処方物において、上記標識において、または上記包装において、少なくとも１つの印（例えば、記号または意匠、色など）によって識別され得る。応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれか少なくとも１コピーである。好ましくは、応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
のいずれか少なくとも１コピーである。なおより好ましくは、応答マーカーＩは、少なくとも１コピーの表１におけるハプロタイプ（１）である。表１におけるハプロタイプ（１）は、ＰＳ２においてシトシンを、ＰＳ３においてシトシンを、そしてＰＳ５においてグアニンを含む。上記の示された集団は、好ましくは、白色人種としてさらに定義され得る。上記認知障害としては、アルツハイマー型の軽度または中程度の痴呆、およびパーキンソン病に関連する痴呆が挙げられ得る。上記ガランタミン化合物は、ガランタミン、ガランタミン誘導体、および、ガランタミンまたはガランタミン誘導体の薬学的に受容可能な塩から選択される。
【０１１２】
個体中の応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩの存在の検出はまた、認知障害を有する集団における認知機能を増進させるための薬学的処方物を販売（ｍａｒｋｅｔｉｎｇ）するために規制当局の許可を求める方法においても有用であり、ここで、上記集団は、応答マーカーＩを有することによって部分的または全体的に定義される。この方法は、上記薬学的処方物およびプラシーボを、認知障害を有する個体の第一の処置群および第二の処置群のそれぞれに投与する工程を含む少なくとも１つの臨床試験を実施する工程（ここで、上記第一の群のそれぞれの個体は応答マーカーＩを有し、そして上記第二の群のそれぞれの個体は応答マーカーＩを欠いており、このことは、この第一の処置群が第二の処置群よりも、上記薬学的処方物に対して応答する可能性が高いことを示す）、ならびに認知障害を有する集団に上記薬学的処方物が使用されることを記載し、かつ応答マーカーＩを有する個体が応答マーカーＩを欠く個体よりも上記薬学的処方物に対して応答する可能性が高いことをさらに記載する標識を有する、上記薬学的処方物の販売認可のための申請を規制当局に提出する工程を包含する。好ましい実施形態において、上記規制当局は、米国食品医薬品庁（ＦＤＡ）または欧州医薬品審査庁（ＥＭＥＡ）、あるいはこれらの機関の将来的に相当するものである。応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のいずれかについての置換ハプロタイプ
のいずれか少なくとも１コピーである。好ましくは、応答マーカーＩは、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプ、および
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプ
のいずれか少なくとも１コピーである。なおより好ましくは、応答マーカーＩは少なくとも１コピーの表１におけるハプロタイプ（１）である。表１におけるハプロタイプ（１）は、ＰＳ２においてシトシンを、ＰＳ３においてシトシンを、そしてＰＳ５においてグアニンを含む。
【０１１３】
上記臨床試験は、認知障害を有する個体を募集すること、それらの個体が応答マーカーＩを有するか否か決定すること、そしてこの決定工程の結果に基づいて、それらの個体を第一の処置群および第二の処置群に割り当てることによって、実施され得る。それぞれの処置群の個体は、好ましくは、上記薬学的処方物を同用量投与される。この薬学的処方物は、少なくとも１つの活性成分として、認知機能を増進させるのに効果的な化合物（例えば、ガランタミン化合物（ガランタミン、ガランタミン誘導体、および、ガランタミンまたはガランタミン誘導体の薬学的に受容可能な塩が挙げられる））を含む。上記薬学的処方物は、他の活性成分を含み得、そのような活性成分は、例えば、認知機能の増進に効果的であることが既知であるかまたはそう考えられる他の化合物である。上記認知障害としては、アルツハイマー型の軽度または中程度の痴呆、およびパーキンソン病に関連した痴呆が挙げられ得る。
【０１１４】
上記規制当局は、その国における薬物の販売（ｍａｒｋｅｔｉｎｇ）または流通を制御するように、世界中の任意の場所の国の政府によって権限を与えられた任意の人またはグループであり得る。好ましくは、上記規制当局は、主要な先進工業国（例えば、オーストラリア、カナダ、中国、欧州連合のメンバー、日本など）の政府によって権限を与えられる。最も好ましくは、上記規制当局は、米国政府によって権限を与えられ、そして、提出される認可のための申請の型は、上記薬学的処方物に適用され、かつまた、他の考慮すべき事柄（例えば、上記組成物についての規制申請を行うための費用および販売戦略）、食品医薬品化粧品法の最新の制定版に示された法的要件に依存する。例えば、上記薬学的処方物が、過去に同じ認知機能について認可されていた場合、その申請は、印刷されたＮＤＡ、補足のＮＤＡ、または簡略版ＮＤＡであり得るが、しかし、上記薬学的処方物が以前に全く認可されてない場合、その申請は、完全なＮＤＡであり得る；これらの用語は、薬学分野における当業者によって適用される意味、または１９８４年の医薬品の価格競争と特許期間回復法に定義された意味を有する。
【０１１５】
さらに、本発明の別の局面において、標的の対象に対して、認知障害を有する集団における認知機能を増進させるための薬物製品の利用の促進を含む薬物製品の販売の方法が提供され、ここで、上記集団は、応答マーカーＩを有することによって部分的または全体的に定義され、ここで、上記薬物製品は、認知機能を促進するに有効な化合物を含み、そしてここで、応答マーカーＩを有する治験集団は、応答マーカーＩを欠く治験集団よりも上記薬物製品に対して応答する可能性が高い。上記薬物製品は、認知機能を増進させるに十分な任意の化合物（例えば、ガランタミン化合物（ガランタミン、ガランタミン誘導体、および、ガランタミンまたはガランタミン誘導体の薬学的に受容可能な塩が挙げられる））を含み得る。標的の対象は、上記薬物製品の処方または購入に影響を与える立場にあるグループのメンバーであり得る。このようなグループとしては、医師、薬剤師、保険会社および健康維持組織、アルツハイマー病（ＡＤ）を発症する危険のある個体、ならびに、政府機関（例えば、健康保険の提供または制御に関与する機関、および薬物の販売の制御に関与する機関）が挙げられる。
【０１１６】
上記の販売促進工程は、印刷された刊行物（例えば、医学雑誌および消費者雑誌）、ラジオおよびテレビの広告、および公共の発表（例えば、医学会議および科学会議における発表）を利用し得る。好ましい実施形態において、上記薬物製品は、集団のアルツハイマー病（ＡＤ）の発症を遅らせるために、発売について認可され、そして上記販売促進工程は、上記認可された薬物製品を、その外観（例えば、錠剤またはカプセル処方物の色または形、あるいは、その上に刻印または浮き彫りにされたいくつかの図案）に関連させる記載を含む。
【０１１７】
本明細書中に記載された本発明の実施形態のいずれかを実行する上で、ガランタミン化合物の治療的有効用量、および／または投与の適切な経路の決定は、十分に当業者の能力の範囲内にある。例えば、上記用量は、まず、細胞培養アッセイ、または認知障害の動物モデルにおいて見積もられ得る。次いで、このような情報が、ヒトについておよその濃度範囲および投与経路を決定するために用いられ得る。正確な用量は、処置を必要とする患者に関連した要因（例えば、患者の疾患の状況、身体全体の健康、年齢、体重および性別、食事、投与の時間および頻度、患者が服用している他の薬物、ならびにその処置に対する許容性／応答が挙げられるが、これらに限定しない）を考慮して、開業医によって決定される。
【０１１８】
ヒトのアルツハイマー病についての１つの公知の動物モデルが、Ｈａｒｏｕｔｕｎｉａｎら、Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ３７：９４５−５２（１９８５）に記載される。このラットモデルは、皮質下核（マイネルト（Ｍｅｙｎｅｒｔ）の核底部）に位置する選択的病変を有し、これは結果として皮質性コリン作用性欠損症を招き、その重篤性は、アルツハイマー病の初期〜中期に見られるものと類似する。数々の行動の欠損（新たな情報の学習および保持をできないことを含む）が、この障害を特徴付ける。これらの異常を正常化し得る薬物は、アルツハイマー病における効力が合理的に予期される。
【０１１９】
本発明を実行する上で用いられるガランタミン化合物およびガランタミン組成物は、経口的に、あるいは、皮下注射または静脈内注射によって、患者に投与され得る。持続放出送達機構は、例えば、持続放出カプセルを用いた移植リザーバを用いてか、または経皮パッチを用いて、脳室内に、特に有用であり得る。最終的に効果的であるよりも低い用量から始めることが必要であり得る。
【０１２０】
本発明の異なる実施形態を実行する上で用いられる特定のガランタミン化合物は、室温において水中へ難溶性であり得、それゆえ、注射用組成物は、通常は水性懸濁液形態である。必要に応じて、薬学的に受容可能な懸濁物助剤が、用いられ得る。代表的には、このような懸濁物は、目的のガランタミン化合物の濃度が１〜５０ｍｇ／ｍｌで用いられ、より一般的には５〜４０ｍｇ／ｍｌであり、例えば５〜３０ｍｇ／ｍｌまたは１０〜４０ｍｇ／ｍｌであり、代表的には２０〜３０ｍｇ／ｍｌである。
【０１２１】
ガランタミン化合物を投与した場合の代表的な投薬量は、上記化合物の活性ならびに、患者の正確な性質および状態に依存する。例えば、注射による投与の代表的な投薬量は、患者に依存して、１日あたり５〜１，０００ｍｇの範囲である。いくつかの場合において、より低い投薬量（例えば１日あたり０．５ｍｇまたは１ｍｇ）が有益であり得る。例えば、１日あたり０．５〜５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲にある分割投薬量が、有用であると示され得る。代表的には、４０〜１００ｋｇの体重の患者に、１日あたり５０〜３００ｍｇの投薬量を投与し得るが、適切な場合には、このような投薬量は、この範囲外の体重を有する患者にとって有用であると示され得る。他の場合において、０．１ｍｇ程度の低い投薬量および５００ｍｇ程度の高い投薬量が、この体重の範囲の人に適切であり得る。
【０１２２】
本発明を実行する上で用いられるガランタミン化合物はまた、経口的に（例えば、水性懸濁液またはエタノール水溶液中の溶液として、あるいは固体（例えば、錠剤またはカプセル）として、投与され得る。経口投与のための懸濁物または溶液は、代表的には、注射に用いられる濃度とほぼ同じ濃度である。しかし、上記薬物を経口的に投与する場合には、注射によって投与する場合よりも高い投薬量を用いることが望ましい。例えば、１日あたり２００ｍｇまでの投薬量（例えば、１日あたり１０〜６０ｍｇの範囲の投薬量）が、用いられ得る。このような錠剤またはカプセルを調製する際に、標準の錠剤製造技術またはカプセル製造技術が、使用され得る。本発明の化合物またはその薬学的に受容可能な塩の投薬量は、通常、液体の経口投与のためと同じ範囲である。望ましいのであれば、薬学的に受容可能なキャリア（例えば、デンプンまたはラクトース）が、錠剤の調製に用いられ得る。軟らかいゼラチンをカプセル化剤として用いて、カプセルが調製され得る。望ましいのであれば、このようなカプセルは、主要なカプセルが、数時間にわたって内容物を放出することによって患者の血流中の活性化合物の一定レベルを維持する活性化合物のマイクロカプセルを有する、持続的放出カプセルの形態をとり得る。
【０１２３】
以下の具体的な処方物は、本発明の１つ以上の実施形態を実行する上での用途を見出し得る：
（１）１日に４回摂取される、ガランタミンまたはガランタミン誘導体の臭化水素酸塩を、０．１ｍｇ、０．５ｍｇ、１．０ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇおよび２５ｍｇ含む錠剤またはカプセル、あるいは、等価な１日量を送達する持続的放出調製物；
（２）上記ガランタミン化合物を５ｍｇ／ｍｌ含む非経口溶液；および
（３）５ｍｇ／５ｍｌおよび２５ｍｇ／５ｍｌの濃度で使用可能な経口投与のための液体処方物。
【０１２４】
ガランタミンが心臓の不整脈の原因となり得ることが、報告されている。本発明の実施形態を実行した場合に、このような問題が危険となると考えられる場合、上記ガランタミン化合物を、このような不整脈を制御する別の薬物（例えば、臭化プロパンテリン）と併せて投与することが、望ましくあり得る。他の副作用（例えば、吐き気）は、中枢神経系に作用する薬物と共通であるので、本発明で用いられるガランタミン化合物またはガランタミン組成物は、このような副作用を制御するための因子と併せて投与され得る。
【０１２５】
さらに、個体のハプロタイプ内容物に関する情報（すなわち、応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩを含むハプロタイプ中の多型部位に関する、その個体中に存在するハプロタイプおよびハプロタイプのコピー数）を必要とするか、またはその個体中に応答マーカーＩが存在するのか応答マーカーＩＩが存在するのかを知ることを必要とする、本明細書中に記載された方法のいずれかを実行する上で、その個体のＣＨＲＮＡ２ハプロタイプ内容物または応答マーカーは、データレポジトリ（例えば、その個体の患者記録、医療データカード、コンピューターによってアクセス可能なファイル（例えば、フラットなＡＳＣＩＩファイル）、あるいはその個体のＣＨＲＮＡ２ハプロタイプ内容物または応答マーカーに関する情報が保存され得る他の電気的媒体もしくは非電気的媒体）を調べることによって、決定し得る。本明細書中で使用される場合、医療データカードは、携帯型の記憶装置（例えば、磁気データカード、スマートカード（オンボード（ｏｎ−ｂｏａｒｄ）処理装置を有し、ベンダー（例えば、Ｓｉｅｍｅｎｓ（Ｍｕｎｉｃｈ、Ｇｅｒｍａｎｙ））から販売される）、またはフラッシュメモリーカード）である。上記医療データは、手帳、財布、および個体が持ち運ぶ他の物体に容易に適合するようなサイズの、クレジットカードであり得るが、必ずしもこれに限らない。上記医療データカードは、データカードに貯蔵された情報にアクセスするために設計されたデバイスを通してデータを取られ得る。代わりの実施形態において、データカード以外の携帯型のデータ記憶装置が用いられ得る。例えば、タッチ−メモリー（ｔｏｕｃｈ−ｍｅｍｏｒｙ）デバイス（例えば、Ｄａｌｌａｓ  Ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ（Ｄａｌｌａｓ、Ｔｅｘａｓ）が生産する「ｉ−ｂｕｔｔｏｎ」）は、個体のＣＨＲＮＡ２ハプロタイプ内容物または応答マーカーに関する情報を貯蔵し得、そしてこのデバイスは、物体（例えば宝石類）中に組み入れ得る。データ記憶装置は、ＩＥＥＥ８０２．１１ワイヤレスネットワーク技術、または当業者に周知の他の方法を通して、経路指定／情報デバイスとワイヤレスに連絡し得るように、組み合わせられ得る。さらに、上に記したように、個体のハプロタイプ内容物または応答マーカーに関する情報はまた、コンピューターによってアクセス可能なファイルにも保存され得る；このようなファイルは、種々の媒体（サーバー、クライアント、ハードディスク、ＣＤ、ＤＶＤ、個人用デジタル補助機（例えばＰａｌｍ  Ｐｉｌｏｔ）、テープ、ｚｉｐディスク、コンピューターの内部ＲＯＭ（読み出し専用記憶）、あるいはインターネットまたはワールドワイドウェブが挙げられる）に位置し得る。コンピューターによりアクセス可能なファイルの保存のための他の媒体は、当業者に明らかである。
【０１２６】
本発明の方法の実行に関与する分析操作および数学的操作のいずれかまたは全てが、コンピューターによって実行され得る。例えば、そのコンピューターは、研究室の技術者または主治医によって入力された遺伝子型データに基づいて、ＣＨＲＮＡ２ハプロタイプ対および／あるいは応答マーカーＩまたは応答マーカーＩＩを個体に割り当てるプログラムを実行し得る。さらに、そのコンピューターは、その個体のＣＨＲＮＡ２ハプロタイプ内容物または応答マーカー（コンピュータープログラムによって決定されたかあるいは技術者または医師によって入力されたかのどちらかである）の入力後に、ガランタミンに応答した認知機能の予測される変化を出力し得る。個体中で応答マーカーが検出されたデータは、その個体についての他の離床データおよび／またはハプロタイプデータを含むリレーショナルデータベース（例えば、ＯｒａｃｌｅデーターベースまたはＡＳＣＩＩフラットファイルのセットの例）の一部として保存され得る。これらのデータは、そのコンピューターのハードドライブに保存されても、例えば、ＣＤ  ＲＯＭまたはコンピューターによってアクセス可能な１つ以上のその他の保存装置に保存されてもよい。例えば、上記データは、ネットワークを介して、そのコンピューターと連絡する１つ以上のデータベースに保存され得る。
【０１２７】
本発明の上記の方法および組成物が、他のゲノム領域についての遺伝子型および／またはハプロタイプの同定と合わせて利用され得ることもまた、企図される。
【０１２８】
本発明の好ましい実施形態は、以下の実施例に記載される。本明細書中の特許請求の範囲の範囲内にある他の実施形態は、本明細書の考察または本明細書中に開示された本発明の実行から、当業者にとって明らかである。本明細書は実施例と共に、例示に過ぎないと見なされることが意図される。本発明の範囲および趣旨は、特許請求の範囲によって示される。
【実施例】
【０１２９】
本明細書中の実施例は、本発明を実行する種々の局面を例示し、これらの実施例は、本発明の範囲を限定することは全く意図しない。これらの実施例は、使用される従来の方法（例えば、オリゴヌクレオチドの合成、またはポリメラーゼ連鎖反応において使用される方法）の詳細な記載を含まない。このような方法は、当業者にとって周知であり、そして数々の刊行物（例えば、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ、第２版、上記）に記載される。
【０１３０】
（実施例１）
本実施例は、アルツハイマー病と診断された４４９人の白色人種患者のコホート中の選択された個体の臨床的および生化学的な特徴づけを例証する。
【０１３１】
上記患者コホートを、世界および米国で行われたガランタミンの３種の臨床試験（ＧＡＬ−ＩＮＴ２、ＧＡＬ−ＵＳＡ  １０、およびＧＡＬ−ＩＮＴ−１）（Ｒｏｃｋｗｏｏｄら、上記；Ｔａｒｉｏｔら、上記；Ｗｉｌｃｏｃｋら、上記）、および同様の疾患集団における４種目の臨床試験に参加した患者から選択した。手短に言えば、上記のガランタミン試験は、その試験に依存して、患者にガランタミンを一日量８ｍｇ、１６ｍｇ、２４ｍｇ、または３２ｍｇで送達することによって行った。ＧＡＬ−ＩＮＴ２試験、ＧＡＬ−ＵＳＡ  １０試験、ＧＡＬ−ＩＮＴ−１試験およびＳＡＢ−ＵＳＡ−２５試験における、３ヶ月間、５ヶ月間、６ヶ月間、または１２ヶ月間の処置の後、それぞれ、患者における症状の重篤度を、アルツハイマー病評価スケール（ＡＤＡＳ−ｃｏｇ）の認知サブスケールを用いて評価した（Ｒｏｓｅｎら、上記；Ｒｏｃｋｗｏｏｄら、上記；Ｔａｒｉｏｔら、上記；Ｗｉｌｃｏｃｋら、上記）。上記ＡＤＡＳ−ｃｏｇは、認知機能を測定する。この認知機能としては、口語能力、口語理解力、試験的な指示に対する想起力、自発的な発言における単語発見難易度、指示に従う能力、物体および指を呼称すること、構築的な習慣、概念的な習慣、方向感覚、単語想起タスク、および単語認識タスクが挙げられる（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  Ｉｎｓｉｇｈｔｓ  Ｏｎｌｉｎｅ、上記）。
【０１３２】
以下の実施例２で記載される臨床的な関連研究のために、２６３人の患者を選択し、集団中の薬物応答に相関する対立遺伝子を富化することを意図して、両側サンプリング戦略において２つのグループに場所を占めさせるために使用した。この集団は、１２８人の応答者と１３５人の非応答者とからなった。上記した４回の臨床試験での処置時間の差に基づいて選択したカットオフ値を満たす、ＡＤＡＳ−ｃｏｇスコア（ΔＡＤＡＳ−ｃｏｇ）における変化の保有に基づいて、患者を、応答者と非応答者とに割り当てた。上記の４回の臨床試験のそれぞれに由来する各応答者および非応答者について用いたΔＡＤＡＳ−ｃｏｇカットオフ値および処置回数を、以下の表６に示す。
【０１３３】
【表６】
2007528716.tif 000008
以下の表７は、臨床的関連解析グループのそれぞれにおける４回の臨床試験の各々からの患者の数を示す。
【０１３４】
【表７】
2007528716.tif 000009
（実施例２）
本実施例は、解析のために本明細書中の発明者らによって選択された、８つのＣＨＲＮＡ２多型部位についての患者コホートの遺伝子型決定を例示する。
【０１３５】
ゲノムＤＮＡサンプルを、コホートのそれぞれのメンバーから得た血液サンプルから単離し、そしてＳｅｑｕｅｎｏｍ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）から使用許可されたＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術を用いて、ＰＳ１〜ＰＳ８（表２）のそれぞれにおいて遺伝子型決定した。手短に言えば、この遺伝子型決定技術は、均質ＭａｓｓＥＸＴＥＮＤアッセイ（ｈＭＥ）の実行に関与し、このアッセイにおいて、最初のポリメラーゼ連鎖反応に引き続いて、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド伸長反応を同じチューブまたはプレートウェルで行い、次いで伸長したオリゴヌクレオチドをＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって検出した。
【０１３６】
目的の８つのＣＨＲＮＡ２多型部位のそれぞれについて、ゲノムＤＮＡサンプルを、２．５ｎｇのゲノムＤＮＡ（０．３ｎｇ／μＬ）、０．８５μＬの１０×反応緩衝液、０．３２ユニットのＴａｑポリメラーゼ、５セットまでの０．４ｐｍｏｌのフォワードＰＣＲプライマー（５’→３’）および０．４ｐｍｏｌのリバースＰＣＲプライマー（３’→５’）、ならびに１．６ｎｍｏｌのｄＡＴＰ、１．６ｎｍｏｌのｄＣＴＰ、１．６ｎｍｏｌのｄＧＴＰ、および１．６ｎｍｏｌのｄＴＴＰからなる、８．０μＬの多重ＰＣＲ反応中で増幅した。合計５つの反応を実施した。これは、以下の多型部位群を含んでいた：
（１）ＰＳ１；
（２）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（３）ＰＳ５およびＰＳ７；
（４）ＰＳ８；ならびに
（５）ＰＳ４。
８つのＣＨＲＮＡ２多型部位のそれぞれについて用いられたフォワードＰＣＲプライマーおよびリバースＰＣＲプライマーは、１０塩基ユニバーサルタグ（５’−ＡＧＣＧＧＡＴＡＡＣ−３’；配列番号２７）と、その後に続く、以下の表８Ａおよび表８Ｂに示したＣＨＲＮＡ２−特異的配列の１つとからなった。
【０１３７】
【表８】
2007528716.tif 000010
ＰＣＲサーモサイクリング（ｔｈｅｒｍｏｃｙｃｌｉｎｇ）条件は：最初の変性を９５℃で１５分間、続いて、４５サイクルの「９４℃で２０秒間、５６℃で３０秒間、および７２℃で１分間」、続いて、最後の伸長を７２℃で３分間、であった。最後の伸長に続いて、取り込まれなかったデオキシヌクレオチドを、ＰＣＲ反応にエビアルカリホスファターゼ（ＳＡＰ）を０．４８ユニット加え、３７℃で２０分間インキュベートすることによって分解し、続いてＳＡＰを不活性化させるために８５℃で５分間インキュベートした。
【０１３８】
次いで、テンプレート依存性プライマー伸長反応を、多重ＰＣＲ産物において、２．０μＬ容量のｈＭＥカクテル（７２０ｐｍｏｌの３種のジデオキシヌクレオチドの各々と、７２０ｐｍｏｌの１種のデオキシヌクレオチドと、８．６ｐｍｏｌの伸長プライマーと、０．２μＬの５×Ｔｈｅｒｍｏｓｅｑｕｅｎｓｅ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  Ｂｕｆｆｅｒと、ＮａｎｏＰｕｒｅグレードの水とからなる）を加えることによって行った。質量増加反応のためのサーモサイクリング条件は：最初の変性を９４℃で２分間、続いて、４０サイクルの「９４℃で５秒間、４０℃で５秒間、および７２℃で５秒間」であった。８つのＣＨＲＮＡ２多型部位のそれぞれの遺伝子型決定に用いた伸長プライマーを、下記の表９に示す。
【０１３９】
【表９】
2007528716.tif 000011
その伸長産物を、質量分析による解析に先立って、ＡＧ５０Ｘ８  ＮＨ４ＯＡｃカチオン交換樹脂と混ぜることによって、脱塩した。
【０１４０】
脱塩した多重伸長産物を、ＳｐｅｃｔｒｏＰＯＩＮＴＴＭ２４ピンアプリケーターツールを製造業者の指示（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，Ｉｎｃ．Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）に従って用いることによって、ＳｐｅｃｔｒｏＣＨＩＰＴＭに適用した。このＳｐｅｃｔｒｏＣｈｉｐＴＭを、ＳＣＯＵＴ３８４イオン源を装備したＢｒｕｋｅｒ  Ｂｉｆｌｅｘ  ＩＩＩＴＭ直線飛行時間質量分析計に装填した。Ｕｌｔｒａ５ＴＭワークステーション（Ｓｕｎ  Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）上のＸＡＣＱ  ４．０ソフトウェア、ＭＯＣＴＬ  ２．１ソフトウェア、ＡｕｔｏＸｅｃｕｔｅ  ４．２ソフトウェア、およびＸＭＡＳＳ／ＸＴＯＦ  ５．０．１ソフトウェアを用いて、データを取得した。引き続いて、質量分析データを、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）  ＮＴ  ４．０（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ、Ｓｅａｔｔｌｅ  ＷＡ）をＳｐｅｃｔｒｏＴＹＰＥＲＴＭ遺伝子型コーリング（ｃａｌｌｉｎｇ）ソフトウェア（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，Ｉｎｃ．Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）とともに起動しているＰＣ上で解析した。
【０１４１】
（実施例３）
本実施例は、実施例２で作成されたＣＨＲＮＡ２遺伝子型決定のデータからのハプロタイプの推定を例示する。
【０１４２】
ハプロタイプを、集団サンプル中の無関係の個体にハプロタイプを割り当てるためのコンピューター実行型アルゴリズムを用いて、非位相的遺伝子型から推定した。基本的に、ＷＯ  ０１／８０１５６（Ｇｅｎａｉｓｓａｎｃｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ  Ｈａｖｅｎ、ＣＴ）に記載される通りである。この方法において、ハプロタイプを、全ての部位においてホモ接合性である個体、または変動部位のうちのわずか１つにおいてヘテロ接合性である個体から、直接的に割り当てる。次いで、このハプロタイプの一覧を、残り（多重ヘテロ接合性）の個体中の非位相的な遺伝子型を逆重畳積分するために用いる。
【０１４３】
品質管理分析を、推定したハプロタイプについて行った。これは、ハーディ・ワインベルク平衡の原理に従った、そのハプロタイプの頻度の分析およびそのハプロタイプ中の個々のＳＮＰの分析を含んだ。
【０１４４】
（実施例４）
本実施例は、ガランタミンに対する個体の応答に関連する、表１におけるＣＨＲＮＡ２ハプロタイプの分析を例示する。
【０１４５】
統計分析により、臨床応答を特定のハプロタイプに関連付けるための自由度２のロジスティック回帰分析を用いて、特定の対立遺伝子のコピーを（患者のゲノム中に）有さない患者と、その特定の対立遺伝子を少なくとも１コピー（患者のゲノム中に）有する患者とにおいて、ΔＡＤＡＳ−ｃｏｇを比較した。以下の共変量もまた含んだ：年齢、性別、病歴、喫煙、ＡＤＡＳ−ｃｏｇベースライン、投薬量（ＢＩＤ）、肥満度指数、およびＣＹＰ２Ｄ６。上記のロジスティック回帰は、そのハプロタイプと、臨床応答の二成分による結果との間の関連の評価を含んだ。
【０１４６】
この分析において得られる結果について、並べかえ検定（ＭＵＬＴＩＶＡＲＩＡＴＥ  ＰＥＲＭＵＴＡＴＩＯＮ  ＴＥＳＴＳ：ＷＩＴＨ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ  ＩＮ  ＢＩＯＳＴＡＴＩＳＴＩＣＳ、Ｐｅｓａｒｉｎ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、２００１）を用いて、多重比較について調整を行った。この検定において、それぞれの知見についてのサブハプロタイプのデータを一定に保ち、一方で、残りの変数（結果および共変量）すべてを、共変量が常に同じ結果となるようにランダムに順序を変えた。上記の並べ替えのモデルを、いくつかのハプロタイプのそれぞれに適合させ、そして最も低いｐ値が保たれた。全体として、１０００回の並べ替えを行った。少なくとも１つの多型についての１１個のＣＨＲＮＡ２ハプロタイプが、個体がガランタミンに応答する能力との相関性を示すことを確認した。これらのＣＨＲＮＡ２ハプロタイプを上の表１に示し、そして、これらの１１個のハプロタイプについての調整していない（「ｒａｗ」）ｐ値および調整した（「ｐｅｒｍ．」）ｐ値を、下の表１０に示す。
【０１４７】
【表１０】
2007528716.tif 000012
表１０に見られるように、上記の１１個のハプロタイプのそれぞれが、ガランタミンに対する個体の応答との相関を示す。ｐ値を複数の比較について調整した場合、ハプロタイプ（１）およびハプロタイプ（２）は、最も強い相関を示した。オッズ比（Ｏ．Ｒ．）の列は、少なくとも１コピーの特定のハプロタイプを有する個体が、そのハプロタイプのコピーを有さない個体に比べてガランタミンに応答する可能性を示す。１よりも大きいＯ．Ｒ．は、少なくとも１コピーを有する個体が、１コピーも有さない個体よりも応答する可能性が高いことを示し、そして１未満のＯ．Ｒ．は、少なくとも１コピーを有する個体が、１コピーも有さない個体よりも応答する可能性が低いことを示す。
【０１４８】
要約すると、本明細書中に記載した研究は、個体がガランタミンに対して認知応答を示すかどうかの可能性に相関する、ＣＨＲＮＡ２ハプロタイプを同定した。このような情報は、アルツハイマー病（ＡＤ）および、痴呆または認知障害の原因となる他の疾患を処置するために患者にガランタミンを処方すべきかどうかを決定する際に医師にとって、ガランタミンおよびその誘導体の臨床試験を実行する際、ならびに認知障害の原因となる疾患を処置するためのガランタミンの販売認可を得る際に、有用である。
【０１４９】
上記を考慮して、本発明のいくつかの利点が達成され、他の有利な結果が達成されることが、分かる。本発明の範囲から逸脱することなく、上記の方法および組成物において種々の変化がなされ得るので、上記の記載に含まれそして添付の図面において示される全ての事柄は、例示的として解釈されるべきであり、限定する意味で解釈されるべきではないことが、意図される。
【０１５０】
本明細書において引用された全ての参考文献（特許および特許出願を含む）は、本明細書中でその全体が参考として援用される。本明細書中の参考文献の考察は、単にその著者らによってなされた主張の概要を述べるに過ぎないことを意図する。いかなる参考文献も先行技術を構成することを承認するものではない。本出願人は、引用した参考文献の正確さおよび適切さに意義を申し立てる権利を保有する。
【図面の簡単な説明】
【０１５１】
【図１Ａ】図１Ａ〜図１Ｊは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子についての参照配列（連続する線；配列番号１）を図示する。コード配列の各領域の開始コドンおよび終止コドンが、この配列の下に、括弧（［  または  ］）と位置番号とで示され、患者コホートにおいて出願人によって同定された多型部位および多型が、その配列中の多型部位の下に位置する改変体ヌクレオチドによって示される。
【図１Ｅ】図１Ａ〜図１Ｊは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子についての参照配列（連続する線；配列番号１）を図示する。コード配列の各領域の開始コドンおよび終止コドンが、この配列の下に、括弧（［  または  ］）と位置番号とで示され、患者コホートにおいて出願人によって同定された多型部位および多型が、その配列中の多型部位の下に位置する改変体ヌクレオチドによって示される。
【図１Ｆ】図１Ａ〜図１Ｊは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子についての参照配列（連続する線；配列番号１）を図示する。コード配列の各領域の開始コドンおよび終止コドンが、この配列の下に、括弧（［  または  ］）と位置番号とで示され、患者コホートにおいて出願人によって同定された多型部位および多型が、その配列中の多型部位の下に位置する改変体ヌクレオチドによって示される。
【図１Ｈ】図１Ａ〜図１Ｊは、ＣＨＲＮＡ２遺伝子についての参照配列（連続する線；配列番号１）を図示する。コード配列の各領域の開始コドンおよび終止コドンが、この配列の下に、括弧（［  または  ］）と位置番号とで示され、患者コホートにおいて出願人によって同定された多型部位および多型が、その配列中の多型部位の下に位置する改変体ヌクレオチドによって示される。
【図１Ａ】
2007528716.tif 000013
【図１Ｂ】
2007528716.tif 000014
【図１Ｃ】
2007528716.tif 000015
【図１Ｄ】
2007528716.tif 000016
【図１Ｅ】
2007528716.tif 000017
【図１Ｆ】
2007528716.tif 000018
【図１Ｇ】
2007528716.tif 000019
【図１Ｈ】
2007528716.tif 000020
【図１Ｉ】
2007528716.tif 000021
【図１Ｊ】
2007528716.tif 000022
【配列表】
2007528716000001.xml
【手続補正書】
【提出日】平成18年4月20日(2006.4.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2007528716000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成19年7月11日(2007.7.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体が発症年齢マーカーＩを有するかまたは発症年齢マーカーＩＩを有するかを決定するための方法であって、該方法は、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程であって、ここで、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）の多型部位（ＰＳ）は、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；４６６８（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応し、ここで、該個体は、該個体が
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有す場合おいて応答マーカーＩを有し、そして該個体は、該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合において応答マーカーＩＩを有する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記決定する工程は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかを含むＰＳセットにおける各ＰＳについて前記個体の遺伝子型を得る工程、ならびに、
該ＰＳセットについてハプロタイプ対を同定するために、該個体の遺伝子型を得る工程の結果を用いる工程
を包含する、方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、前記ＰＳセットについての前記個体の遺伝子型は、
（ａ）プライマー伸長アッセイ；
（ｂ）対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイ；
（ｃ）核酸増幅アッセイ；
（ｄ）ハイブリダイゼーションアッセイ；
（ｅ）ミスマッチ検出アッセイ；
（ｆ）酵素的核酸切断アッセイ；および、
（ｇ）配列決定アッセイ
のうちのいずれかによって得られる、方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、前記決定する工程は、
表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ
のうちのいずれかについて前記個体のコピー数に関する情報を提供するデータレポジトリを調べる工程
を包含する、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
【請求項６】
請求項１に記載の方法であって、前記方法は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程
を包含する、方法。
【請求項７】
請求項６に記載の方法であって、前記方法は、
表１におけるハプロタイプ（１）のコピーを有さないか、または、少なくとも１コピーを有するかを決定する工程
を包含する、方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちの少なくとも一つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプは、表１のハプロタイプ（１）についてであり、そして前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記置換ＰＳにある対立遺伝子と前記表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記個体は、白色人種である、方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、前記個体は、認知障害を有するとして診断される、方法。
【請求項１４】
請求項１に記載の方法であって、前記個体は、ガランタミン化合物で処置するための候補者である、方法。
【請求項１５】
個体を第一の応答マーカー群に割り当てるかまたは第二の応答マーカー群に割り当てるかを決定するための方法であって、該方法は、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程であって、ここで、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）の多型部位（ＰＳ）は、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；４６６８（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応する工程、ならびに、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有す場合おいて該第一の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合において該第二の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、
を包含する、方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法であって、前記決定する工程は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかを含むＰＳセットにおける各ＰＳについて前記個体の遺伝子型を得る工程、ならびに、
該ＰＳセットについてハプロタイプ対を同定するために、該個体の遺伝子型を得る工程の結果を用いる工程
を包含する、方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、前記ＰＳセットについての前記個体の遺伝子型は、
（ａ）プライマー伸長アッセイ；
（ｂ）対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイ；
（ｃ）核酸増幅アッセイ；
（ｄ）ハイブリダイゼーションアッセイ；
（ｅ）ミスマッチ検出アッセイ；
（ｆ）酵素的核酸切断アッセイ；および、
（ｇ）配列決定アッセイ
のうちのいずれかによって得られる、方法。
【請求項１８】
請求項１５に記載の方法であって、前記決定する工程は、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ハプロタイプ
のうちのいずれかについて前記個体のコピー数に関する情報を提供するデータレポジトリを調べる工程
を包含する、方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
【請求項２０】
請求項１５に記載の方法であって、該方法は、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さないか、または、（ａ）〜（ｃ）のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有するかを決定する工程；ならびに、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有す場合に、前記第一の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
該個体が、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のいずれのコピーも有さない場合に、前記第二の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の方法であって、該方法は、
該個体が、表１におけるハプロタイプ（１）のいずれのコピーも有さないか、少なくとも１コピーを有するかを決定する工程；ならびに、
該個体が、表１におけるハプロタイプ（１）の少なくとも１コピーを有す場合に、前記第一の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、および、
該個体が、表１におけるハプロタイプ（１）のいずれのコピーも有さない場合に、前記第二の応答マーカー群に該個体を割り当てる工程、
を包含する、方法。
【請求項２２】
請求項１５に記載の方法であって、前記個体は、白色人種である、方法。
【請求項２３】
請求項１５に記載の方法であって、前記個体は、認知障害を有するとして診断される、方法。
【請求項２４】
請求項１５に記載の方法であって、前記個体は、ガランタミン化合物で処置するための候補者である、方法。
【請求項２５】
請求項１５に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちの少なくとも一つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についてであり、そして前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項２７】
請求項１５に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプ中の置換ＰＳ上にある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれか中の置換ＰＳ上にある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項２８】
請求項２７に記載の方法であって、置換ＰＳ上にある前記対立遺伝子と表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳ上にある前記対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、方法。
【請求項２９】
個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを決定するためのキットであって、該キットは、一つ以上の多型部位（ＰＳ）のうちの各ＰＳにある対立遺伝子のうちの少なくとも一つを同定するために設計された、１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、該１以上のＰＳからなるセットは、
（ａ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｂ）ＰＳ２、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｃ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｄ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｅ）ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｆ）ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｇ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｈ）ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｉ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｊ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｋ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｌ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかについて連鎖ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット、または、
（ｍ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかについて置換ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット
を含み、ここで、（ａ）〜（ｋ）セット中の列挙されたＰＳは、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；４６６８（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応する、キット。
【請求項３０】
請求項２９に記載のキットであって、前記キットは、前記一つ以上の多型部位（ＰＳ）のうちの各ＰＳにある対立遺伝子のうちの少なくとも一つを同定するために設計された、１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットを含み、ここで、該１以上のＰＳからなるセットは、
（ａ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｂ）ＰＳ２、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｃ）ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｄ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ５；
（ｅ）ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｆ）ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｇ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ３、およびＰＳ６；
（ｈ）ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｉ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ５；
（ｊ）ＰＳ１、ＰＳ２、ＰＳ５、およびＰＳ６；
（ｋ）ＰＳ１、ＰＳ２、およびＰＳ６；
（ｌ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかにおける連鎖ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット、または、
（ｍ）表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかにおける置換ハプロタイプ中の１以上のＰＳからなるセット
のうちのいずれかであり、ここで、（ａ）〜（ｋ）セット中の列挙されたＰＳは、配列番号１のヌクレオチド位置：４２５５（ＰＳ１）；４３２２（ＰＳ２）；１２４９０（ＰＳ３）；１９６９５（ＰＳ５）、および２２７４８（ＰＳ６）に対応する、キット。
【請求項３１】
請求項２９に記載のキットであって、前記１以上のオリゴヌクレオチドからなるセットは、前記１以上のＰＳからなるセットのうちの各ＰＳにある対立遺伝子の両方を同定するために設計される、キット。
【請求項３２】
請求項２９に記載のキットであって、前記１以上のＰＳからなるセットは、（ａ）、（ｌ）、または（ｍ）であり、
ここで、該セットが（１）である場合、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプであり、
該セットが（ｍ）である場合、
前記置換ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプである、キット。
【請求項３３】
請求項３２に記載のキットであって、前記１以上のＰＳからなるセットが（ａ）である、キット。
【請求項３４】
請求項２９に記載のキットであって、前記個体が白色人種である、キット。
【請求項３５】
請求項２９に記載のキットであって、該キットは、
（ａ）前記１以上のＰＳからなるセットのうちの各ＰＳにある前記個体中に存在する該対立遺伝子を同定するために、ヒト核酸サンプルついて、反応を一つ以上実施する工程、および
（ｂ）前記個体が、応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを、該同定された対立遺伝子に基づいて決定する工程
のための使用指示書をさらに備える、キット。
【請求項３６】
請求項２９に記載のキットであって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちの少なくとも一つとの間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、キット。
【請求項３７】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）または（ｌ）であり、該セットが（１）である場合、前記連鎖ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての連鎖ハプロタイプであり、そして前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、キット。
【請求項３８】
請求項２９に記載のキットであって、前記置換ハプロタイプ中の置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）〜（１１）のうちのいずれかの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、キット。
【請求項３９】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）または（ｍ）であり、ここで、該セットが（ｍ）である場合、前記置換ハプロタイプは、表１におけるハプロタイプ（１）についての置換ハプロタイプであり、前記置換ＰＳにある対立遺伝子と前記表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．９５のΔ２値を有する、キット。
【請求項４０】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含む対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブであり、ここで、該配列は、配列番号２〜６およびそれらの相補配列のいずれかである、キット。
【請求項４１】
請求項４０に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）であり、そして前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、第一のＡＳＯプローブ、第二のＡＳＯプローブ、第三のＡＳＯプローブ、第四のＡＳＯプローブ、第五のＡＳＯプローブ、および第六のＡＳＯプローブであり、
該第一のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号３またはその相補配列であり、配列番号３中のＹはＴであり、そして
該第二のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号３またはその相補配列であり、配列番号３中のＹはＣであり、
該第三のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号４またはその相補配列であり、配列番号４中のＹはＴであり、
該第四のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号４またはその相補配列であり、配列番号４中のＹはＣであり、
該第五のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号５またはその相補配列であり、配列番号５中のＳはＧであり、そして
該第六のＡＳＯプローブは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号５またはその相補配列であり、配列番号５中のＳはＣである、キット。
【請求項４２】
請求項２９に記載のキットであって、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含むプライマー伸長オリゴヌクレオチドであり、該配列は、配列番号７〜２６のうちのいずれかである、キット。
【請求項４３】
請求項４２に記載のキットであって、前記一つ以上のＰＳからなるセットは、（ａ）であり、そして、前記一つ以上のオリゴヌクレオチドからなるセット中の前記少なくとも一つのオリゴヌクレオチドは、第一のプライマー伸長オリゴヌクレオチド、第二のプライマー伸長オリゴヌクレオチド、および第三のプライマー伸長オリゴヌクレオチドであり、
該第一のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号１８および配列番号２３のいずれかであり、
該第二のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号１９および配列番号２４のいずれかであり、
該第三のプライマー伸長オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド配列を含み、該配列は、配列番号２０および配列番号２５のいずれかである、キット。
【請求項４４】
認知機能の維持または改善を必要としている個体を処置するためのシステムであって、該システムは、
該個体が応答マーカーＩを有するかまたは応答マーカーＩＩを有するかを決定するための手段を備え、
該決定する工程の結果に基づき該個体のための処置が選択される、システム。
【請求項４５】
請求項４４に記載のシステムであって、前記個体が応答マーカーＩを有する場合に、前記選択された処置は、該個体に対して、有効成分としてガランタミン化合物を含む薬剤を認可された投与量のうちの最小用量で処方することであり、そして、前記個体が応答マーカーＩＩを有する場合に、前記選択された処置は、
（ａ）該個体に対して、有効成分としてガランタミン化合物を含む薬剤を、該認可された投与量のうちの最小用量より多い投与量で処方すること；および
（ｂ）該個体に対して、該個体の認知機能の維持または改善において有効である薬物を処方すること
からなる群より選択される、システム。
【請求項４６】
請求項４４に記載のシステムであって、前記決定するための手段は、前記個体は、応答マーカーＩを有するか応答マーカーＩＩを有するかを示す、データレポジトリを備える、システム。
【請求項４７】
請求項４６に記載のシステムであって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、システム。
【請求項４８】
ガランタミン化合物による処置に対する個体の認知応答を予測する方法であって、該方法は、
該個体が、応答マーカーＩを有するか応答マーカーＩＩを有するかを決定する工程；および、
該決定する工程の結果に基づいて応答を予測する工程
を包含する、方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法であって、前記個体が応答マーカーＩを有すると決定される場合、前記応答予測は、前記ガランタミン化合物による処置後に該個体は認知機能が改善する可能性があるということであり、そして、前記個体が応答マーカーＩＩを有すると決定される場合、前記応答予測は、前記ガランタミン化合物による処置後に該個体は認知機能が改善する可能性がないということである、方法。
【請求項５０】
請求項４８に記載の方法であって、前記決定する工程は、前記個体が応答マーカーＩを有するか応答マーカーＩＩを有するかを示すデータレポジトリを調べる工程を包含する、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、前記データレポジトリは、前記個体の医療記録または前記個体の医療データカードである、方法。
【請求項５２】
薬学的処方物と該薬学的処方物を必要とする集団を同定する少なくとも一つの標識を含む製品であって、該薬学的処方物は、少なくとも一種の有効成分としてガランタミン化合物を含み、該同定された個体数は、認知障害を有し、そして該同定された集団は、応答マーカーＩを有することにより部分的にまたは全体的に定義される、製品。
【請求項５３】
請求項５２に記載の製品であって、前記薬学的処方物の販売は、規制され、そして前記標識が前記薬学的処方物の承認標識を含む、製品。
【請求項５４】
請求項５３に記載の製品であって、前記承認標識が、前記同定された集団に対して期待される認知機能の変化を記載する、製品。
【請求項５５】
請求項５２に記載の製品であって、前記ガランタミン化合物が、応答マーカーＩを有する集団において認知機能を改善するために有効な量で前記薬学的処方物中に存在する、製品。
【請求項５６】
請求項５２に記載の製品であって、前記応答マーカーＩが、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する、製品。
【請求項５７】
請求項５６に記載の製品であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項５８】
請求項５７に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項５９】
請求項５６に記載の製品であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項６０】
請求項５９に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項６１】
請求項５２に記載の製品であって、前記薬学的処方物は、徐放性処方物である、製品。
【請求項６２】
請求項５２に記載の製品であって、前記集団を同定する追加の標識をさらに含む、製品。
【請求項６３】
請求項６２に記載の製品であって、前記薬学的処方物は、錠剤またはカプセル剤であり、そして前記追加の標識が、該錠剤または該カプセル剤の色もしくは形状を含む、製品。
【請求項６４】
請求項６２に記載の製品であって、前記薬学的処方物は、錠剤またはカプセル剤であり、そして前記追加の標識が、該錠剤または該カプセル剤上に貼られた符号を含む、製品。
【請求項６５】
請求項５２に記載の製品であって、前記同定された集団は白色人種であるとしてさらに定義される、製品。
【請求項６６】
包装材料と、該包装材料中に含まれる薬学的処方物とを含む製品であって、該薬学的処方物は、少なくとも一種の有効成分としてガランタミン化合物を含み、そして、該包装材料は、認知障害を有する集団に該薬学的処方物が必要とされることを記載する標識を備え、該集団は、応答マーカーＩを有することにより部分的にまたは全体的に定義される、製品。
【請求項６７】
請求項６６に記載の製品であって、前記応答マーカーＩが、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する、製品。
【請求項６８】
請求項６７に記載の製品であって、前記応答マーカーＩが、表１におけるハプロタイプ（１）の少なくとも１コピーを有する、製品。
【請求項６９】
請求項６７に記載の製品であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項７０】
請求項６９に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項７１】
請求項６７に記載の製品であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、製品。
【請求項７２】
請求項７１に記載の製品であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、製品。
【請求項７３】
薬物製品を製造する方法であって、該方法は、少なくとも一種の有効成分としてガランタミン化合物を含む薬学的処方物と、認知障害を有する集団に該薬学的処方物が必要とされることを記載する標識とを、包装内で合わせる工程を包含し、該集団は、応答マーカーＩを有することにより部分的にまたは全体的に定義される、方法。
【請求項７４】
請求項７３に記載の方法であって、前記応答マーカーＩが、
（ａ）表１におけるハプロタイプ（１）、
（ｂ）表１におけるハプロタイプ（１）の連鎖ハプロタイプ、および、
（ｃ）表１におけるハプロタイプ（１）の置換ハプロタイプ、
のうちのいずれかの少なくとも１コピーを有する、方法。
【請求項７５】
請求項７４に記載の方法であって、前記連鎖ハプロタイプと表１におけるハプロタイプ（１）との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項７６】
請求項７５に記載の方法であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、方法。
【請求項７７】
請求項７４に記載の方法であって、前記置換ハプロタイプのうちの置換ＰＳにある対立遺伝子と、表１におけるハプロタイプ（１）のうちの置換ＰＳにある対立遺伝子との間の連鎖不均衡は、少なくとも０．７５、少なくとも０．８０、少なくとも０．８５、少なくとも０．９０、少なくとも０．９５、および１．０からなる群より選択されるΔ２値を有する、方法。
【請求項７８】
請求項７７に記載の方法であって、前記Δ２値が少なくとも０．９５である、方法。
【請求項７９】
請求項７３に記載の方法であって、前記標識は、前記同定された集団が白色人種であるとしてさらに定義されることをさらに記載する、方法。
【請求項８０】
請求項４５に記載のシステムであって、前記ガランタミン化合物が、ガランタミン臭化水素酸塩である、システム。
【請求項８１】
請求項４８に記載の方法であって、前記ガランタミン化合物が、ガランタミン臭化水素酸塩である、方法。
【国際調査報告】
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2007528716.tif 000045
2007528716.tif 000046
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