(57)【要約】  本発明は、一般に疾患を含む状態及び非疾患状態のバイオマーカーの同定ならびにバイオマーカーの組成物を同定するステップに関する。本発明は、疾患を診断する、疾患の進行を監視する、及び疾患を鑑別診断する方法をさらに提供する。本発明は、疾患を診断する、疾患の進行を監視する、及び疾患を鑑別診断する際に有用なキットをさらに提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象疾患についての１つ以上のバイオマーカーを同定する方法であって、前記１つ以上の各バイオマーカーが１つのＲＮＡ転写産物に対応しており、前記方法は、
ａ）前記対象疾患を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各ＲＮＡ各転写産物が前記対象疾患についての候補バイオマーカーであるステップと、
ｂ）前記ステップａ）からの前記１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを、前記対象疾患を有していない１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｂ）の比較において相違するレベルを提示する前記ＲＮＡ転写産物が前記対象疾患についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、
及び／または
ｃ）前記対象疾患を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各転写産物が前記対象疾患についての候補バイオマーカーであるステップと、
ｄ）前記ステップｃ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記対象疾患を有する１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｄ）の比較において同一レベルを提示する前記ＲＮＡ転写産物が前記対象疾患についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、を含む方法。
【請求項２】
前記疾患が、肝臓癌、膀胱癌、脳腫瘍、前立腺癌、卵巣癌、腎臓癌、胃癌、肺癌、乳癌、鼻咽喉癌、膵臓癌、変形性関節症、うつ病、高血圧、心不全、肥満症、関節リウマチ、高脂質血症、肺疾患、シャーガス病、アレルギー、統合失調症、喘息、躁鬱症候群、強直性脊椎炎、ギラン・バレー症候群、線維筋痛、多発性硬化症、筋ジストロフィー、敗血性関節形成術、肝炎、クローン病もしくはクローン大腸炎、もしくは悪性高熱感受性、乾癬、甲状腺障害、過敏性腸症候群、骨粗鬆症、偏頭痛、湿疹、もしくは心雑音からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対象疾患の進行期もしくは退行期の１つ以上のバイオマーカーを同定する方法であって、前記１つ以上の各バイオマーカーが１つのＲＮＡ転写産物に対応しており、
ａ）前記対象疾患の１つの病期を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の個体が前記対象疾患の同一の進行期もしくは退行期にあり、そして前記１つ以上の各転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期を判定するための候補バイオマーカーであるステップと、及び
ｂ）前記ステップａ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記ステップａ）の前記１つ以上の個体のレベルとは相違する前記対象疾患の進行期もしくは退行期にある１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｂ）の比較において相違するレベルを提示する前記比較された転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、
及び／または
ｃ）前記対象疾患の１つの病期を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の個体が前記対象疾患の同一の進行期もしくは退行期にあり、そして前記１つ以上の各転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期を判定するための候補バイオマーカーであるステップと、及び；
ｄ）前記ステップｃ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記ステップｃ）の前記１つ以上の個体の病期とは相違する前記対象疾患の進行期もしくは退行期にある１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｄ）の比較において同一レベルを提示する前記比較された転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、を含む方法。
【請求項４】
前記対象疾患が、肝臓癌、膀胱癌、脳腫瘍、前立腺癌、卵巣癌、腎臓癌、胃癌、肺癌、乳癌、鼻咽喉癌、膵臓癌、変形性関節症、うつ病、高血圧、心不全、肥満症、関節リウマチ、高脂質血症、肺疾患、シャーガス病、アレルギー、統合失調症及び喘息、躁鬱症候群、強直性脊椎炎、ギラン・バレー症候群、線維筋痛、多発性硬化症、筋ジストロフィー、敗血性関節形成術、肝炎、クローン病もしくはクローン大腸炎、悪性高熱感受性、乾癬、甲状腺障害、過敏性腸症候群、骨粗鬆症、偏頭痛、湿疹、もしくは心雑音、アルツハイマー病、ＣＡＤ、糖尿病、または結腸直腸癌からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
対象状態についての１つ以上のバイオマーカーを同定する方法であって、前記１つ以上の各バイオマーカーが１つのＲＮＡ転写産物に対応しており、
ａ）前記対象状態を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各転写産物が前記対象状態についての候補バイオマーカーであるステップと、
ｂ）前記ステップａ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記対象状態を有していない１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｂ）の比較において相違するレベルを提示する前記比較された転写産物が前記対象状態についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、
及び／または
ｃ）前記対象状態を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各転写産物が前記対象状態についての候補バイオマーカーであるステップと、
ｄ）前記ステップｃ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記対象状態を有する１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｄ）の比較において同一レベルを提示する前記比較された転写産物が前記対象状態についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、を含む方法。
【請求項６】
前記対象状態が薬剤投与の結果として生じる状態であり、前記薬剤が、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ、Ｖｉｏｘｘ、ＮＳＡＩＤ、Ｃｏｒｔｏｚｏｎｅ、ヒアルロン酸、全身性ステロイド剤、ホルモン補充療法、ｐｒｅｇｎａｚｏｎｅ及び経口避妊薬からなる群から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記対象状態が１つの環境条件への曝露の結果として生じる状態であり、前記環境条件が喫煙である、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
１対の疾患及び／または状態間を識別するための１つ以上のバイオマーカーを同定する方法であって、前記対が第１及び第２の対象疾患もしくは状態からなり、そして前記１つ以上の各バイオマーカーが１つのＲＮＡ転写産物に対応しており、
ａ）前記第１対象疾患もしくは状態を有するが前記第２対象疾患もしくは状態を有していない１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各転写産物が前記第２対象疾患もしくは状態から前記第１対象疾患もしくは状態を識別するための候補バイオマーカーであるステップと、及び
ｂ）前記ステップａ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ各転写産物のレベルを、前記第２対象疾患もしくは症状を有するが前記第１対象疾患もしくは状態を有していない１つの個体から入手された血液中の前記１つ以上の遺伝子の各転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｂ）の比較において相違するレベルを提示する前記比較された転写産物が前記第１対象疾患もしくは症状を前記第２対象疾患もしくは状態から識別するためのバイオマーカーであると同定されるステップと、のステップを含む方法。
【請求項９】
前記対の疾患及び／または状態の前記第１及び第２の対象疾患もしくは状態が、関節リウマチ、変形性関節症、統合失調症、躁鬱症候群、肝臓癌、肝炎、膀胱癌、腎臓癌、膀胱癌、睾丸癌、膵臓癌、腎臓癌、肝臓癌、胃癌、大腸癌、シャーガス病、心不全、冠動脈疾患、無症候性シャーガス病、症候性シャーガス病、アルツハイマー病、アレルギー、全身性ステロイド剤、アレルギー、ＩＩ型糖尿病、肥満症、高血圧、高脂質血症、肺疾患、膀胱癌、喘息、乾癬、甲状腺障害、過敏性腸症候群、骨粗鬆症、偏頭痛、湿疹、ＮＡＳＨ、クローン大腸炎、慢性胆嚢炎、子宮頸癌、心血管疾患、及び神経系疾患からなる群から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記対象疾患が高血圧であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ａ、１Ｅ、１Ｐ、及び１Ｑに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肥満症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｂ、１Ｆ、１Ｒ、及び１Ｓに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がアレルギーであって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｃ、１Ｔ、及び１Ｕに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がＩＩ型糖尿病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｇに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写され、そして前記マーカーがインスリン遺伝子を同定しない、または前記対象疾患が高脂質血症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｈに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肺疾患であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｉに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が膀胱癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｊ及び１Ｋに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が冠動脈疾患であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｌに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写され、前記マーカーがＡＮＦ、ＺＦＰ及び□ＭｙＨＣからなる群から選択される遺伝子を同定しない、または前記対象疾患が関節リウマチであって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｍに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が変形性関節症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＢに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がうつ病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｎに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肝臓癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｘに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がシャーガス病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｚに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が喘息であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＡに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が強直性脊椎炎であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＭに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が躁鬱病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＮに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がアルツハイマー病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＯに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写され、そして前記マーカーがＡＰＰ遺伝子を同定しない、または前記対象疾患が子宮頸癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＱに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が胃癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＲに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が腎臓癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＳに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が睾丸癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＴに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が大腸癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＵに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が心不全であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＶに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肝炎であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＷに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がクローン病もしくはクローン大腸炎のいずれかであって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＸに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が骨粗鬆症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＹに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象状態が全身性ステロイド剤を摂取している状態であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｄ、１Ｖ、１Ｗ、及び１ＡＤに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象状態が全身性ステロイド剤の投与であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｄ、１Ｖ、１Ｗ及びＡＤに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、前記対象状態がＣｅｌｅｂｒｅｘの投与であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表７Ｂに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、前記対象状態がＶｉｏｘｘの投与であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表７Ｃに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、前記対象状態がＮＳＡＩＤの投与であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表７Ｅに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、前記対象状態がコルチゾンの投与であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表７Ｆに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、前記対象状態がＬｉｐｉｔｏｒの投与であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表７Ｈに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、及び前記対象状態が喫煙の１つであって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表７Ｉに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、請求項５、６または７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
１群の当該関連疾患及び／または状態に特異的な１つ以上のバイオマーカーを同定する方法であって、前記群の関連疾患及び／または状態が、類似の表現型を提示する、及び／または同一生理系に由来する、及び／または同一生理系に影響を及ぼす、あるいは同一もしくは類似の病因を有する、または医学的に一緒に分類される、そして前記１つ以上の各バイオマーカーが１つの遺伝子転写産物に対応する疾患及び／または状態であり：
ａ）前記群の当該関連疾患及び／または状態によって包含される１つの疾患及び／または状態を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各転写産物が前記群の当該関連疾患及び／または状態についての候補バイオマーカーである遺伝子から転写されるステップと；
ｂ）前記ステップａ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記群の当該関連疾患及び／または状態によって含まれる疾患及び／または状態を有していない１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の遺伝子各転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｂ）の比較において、相違するレベルを提示する前記比較された転写産物が前記群の当該関連疾患及び／または状態に特異的な１つ以上のバイオマーカーを同定するためのバイオマーカーであると同定されるステップと、を含む方法
【請求項１３】
前記群の当該関連疾患及び／または状態が、癌、心血管疾患及び神経系疾患の群の関連疾患及び／または状態から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記癌疾患が、子宮頸癌、胃癌、腎臓癌、睾丸癌、膀胱癌、肝臓癌、肺癌及び大腸癌からなる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記心血管疾患及び／または状態が、冠動脈疾患、心不全及び高血圧からなる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記神経系疾患及び／または状態が、アルツハイマー病、躁鬱病及び統合失調症からなる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記対象状態を有することが疑われる１つの個体において対象状態及び／またはその進行期もしくは退行期を診断もしくは予後診断する方法であって、
ａ）前記個体から入手された、請求項１から１６及び請求項２２のいずれか一項において同定されたバイオマーカーに対応する、血液中で発現した１つ以上の遺伝子転写産物のレベルを決定するステップと、及び
ｂ）前記ステップａ）による前記血液中における前記１つ以上の各遺伝子転写産物のレベルを、前記対象状態を有する１つ以上の個体からの血液中の前記１つ以上の遺伝子各転写産物のレベルと比較するステップと、
ｃ）前記ステップａ）による前記血液中における前記１つ以上の各遺伝子転写産物のレベルを、前記状態を有していない１つ以上の個体からの血液中における前記１つ以上の各遺伝子転写産物のレベルと比較するステップと、
ｄ）前記ステップａ）の前記１つ以上の遺伝子転写産物のレベルが前記ステップｃ）における前記転写産物のレベルと比較して、前記ステップｂ）における前記転写産物のレベルと一緒に分類されるかどうかを決定するステップであって、前記決定が前記ステップａ）の前記個体が前記対象疾患を有することの指標であるステップと、を含む方法。
【請求項１８】
請求項１から１６及び請求項２２のいずれか一項において同定された１つ以上のバイオマーカーを含むキット。
【請求項１９】
対象状態を診断もしくは予後診断するためのキットであって、ａ）請求項１から１６及び請求項２２のいずれか一項において同定された１つ以上のバイオマーカーと相関する１つの転写産物に相補的である二本鎖ＤＮＡを生成するように設計された２つの遺伝子特異的プライミング手段であって、前記第１プライミング手段は前記ＲＮＡ転写産物へハイブリダイズして鎖伸長産物を作製できる配列を含有し、前記第２プライミング手段は前記鎖伸長産物へハイブリダイズすることのできる手段と、ｂ）逆転写酵素活性を備える酵素と、ｃ）熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ活性を備える酵素と、及びｄ）標識手段と、を含み、前記プライマーが、被験者における前記１つ以上のＲＮＡ転写産物の定量的発現レベルを検出するために使用されるキット。
【請求項２０】
対象状態の治療的処置の経過を監視するためのキットであって、ａ）請求項１から１６及び請求項２２のいずれか一項において同定された１つ以上のバイオマーカーと相関する転写産物に相補的である二本鎖ＤＮＡを生成するように設計された２つの遺伝子特異的プライミング手段であって、前記第１プライミング手段は前記ＲＮＡ転写産物へハイブリダイズして鎖伸長産物を作製できる配列を含有し、前記第２プライミング手段は前記鎖伸長産物へハイブリダイズすることのできる手段と、ｂ）逆転写酵素活性を備える酵素と、ｃ）熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ活性を備える酵素と、及びｄ）標識手段と、を含み、前記プライマーが、被験者における前記１つ以上のＲＮＡ転写産物の定量的発現レベルを検出するために使用されるキット。
【請求項２１】
冠動脈疾患の進行もしくは退行を監視するためのキットであって、ａ）請求項１から１６及び請求項２２のいずれか一項において同定された１つ以上のバイオマーカーと相関する１つの転写産物に相補的である二本鎖ＤＮＡを生成するように設計された２つの遺伝子特異的プライミング手段であって、前記第１プライミング手段は前記ＲＮＡ転写産物へハイブリダイズして鎖伸長産物を作製できる配列を含有し、前記第２プライミング手段は前記鎖伸長産物へハイブリダイズすることのできる手段と、ｂ）逆転写酵素活性を備える酵素と、ｃ）熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ活性を備える酵素と、及びｄ）標識手段と、を含み、前記プライマーが、被験者における前記１つ以上のＲＮＡ転写産物の定量的発現レベルを検出するために使用されるキット。
【請求項２２】
前記対の疾患及び／または状態の前記当該第１及び第２疾患または状態が、関節リウマチ及び変形性関節症の各々、統合失調症及び躁鬱症候群の各々、肝臓癌及び肝炎の各々、膀胱癌及び腎臓癌の各々、膀胱癌及び睾丸癌の各々、睾丸癌及び腎臓癌の各々、肝臓癌及び胃癌の各々、肝臓癌及び大腸癌の各々、胃癌及び大腸癌の各々、シャーガス病及び心不全の各々、シャーガス病及び冠動脈疾患の各々、冠動脈疾患及び心不全の各々、無症候性シャーガス病及び症候性シャーガス病の各々、アルツハイマー病及び統合失調症の各々、アルツハイマー病及び躁鬱病の各々からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、血液中のバイオマーカーの同定、同定されたバイオマーカー及びその組成物、ならびに個体の状態を監視するためのバイオマーカーの使用に関連する方法に関する。
【０００２】
表
本出願は、それらの複写文書は省略されているが２００２年９月６日に改正された特許協力条約実施細則第８０１頁及び補遺Ｃによると本出願の一部であるコンパクトディスク２枚（２枚のコンパクトディスク：表のコピー１及び表のコピー２）を含む。各コンパクトディスクは、以下のファイルを含む。
【０００３】
【表１Ａ】
2007528704.tif 000002
【表１Ｂ】
2007528704.tif 000003
【表１Ｃ】
2007528704.tif 000004
【表１Ｄ】
2007528704.tif 000005
【表１Ｅ】
2007528704.tif 000006
【表１Ｆ】
2007528704.tif 000007
【背景技術】
【０００４】
血液は、ヒトの身体のヒト循環器系にとって不可欠な部分である。顆粒球（好中球、好酸球及び好塩基球）及び無顆粒球（リンパ球及び単球）からなる白血球、赤血球、血小板、並びにまだ発見されていないと思われる他の多くの細胞タイプを含む極めて多数の細胞タイプが血液組織を作り上げている。
【０００５】
造血系中での細胞の代謝回転数は極めて多い。ヒトの身体内では毎日、２０００億個の赤血球及び７００億個の好中球を含む１兆個を超える細胞が代謝回転すると報告されている（Ｏｇａｗａ  １９９３）。
【０００６】
先行技術には、疾患の進行及び退行を診断する、予後診断する、及び監視するため、そして１つ以上の状態に関連するマーカーを同定するための単純な非侵襲性方法が欠如している。近年には疾患のバイオマーカーを同定及び／または分類するために発現アレイ表現型解析が使用されてきたが、バイオマーカーの起源が組織中で示差的に発現するものに制限されていたので、侵襲性診断方法を必要とする（例えば、Ａｌｏｎ  Ｕ，Ｂａｒｋａｉ  Ｎ，Ｎｏｔｔｅｒｍａｎ  ＤＡ，Ｇｉｓｈ  Ｋ，Ｙｂａｒｒａ  Ｓ，Ｍａｃｋ  Ｄ，Ｌｅｖｉｎｅ  ＡＪ：Ｂｒｏａｄ  ｐａｔｔｅｒｎｓ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｒｅｖｅａｌｅｄ  ｂｙ  ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｕｍｏｒ  ａｎｄ  ｎｏｒｍａｌ  ｃｏｌｏｎ  ｔｉｓｓｕｅｓ  ｐｒｏｂｅｄ  ｂｙ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ａｒｒａｙｓ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １９９９，９６：６７４５−６７５０；Ｓｃｈｕｍｍｅｒ  Ｍ，Ｎｇ  ＷＶ，Ｂｕｍｇａｒｎｅｒ  ＲＥ，Ｎｅｌｓｏｎ  ＰＳ，Ｓｃｈｕｍｍｅｒ  Ｂ，Ｂｅｄｎａｒｓｋｉ  ＤＷ，Ｈａｓｓｅｌｌ  Ｌ，Ｂａｌｄｗｉｎ  ＲＬ，Ｋａｒｌａｎ  ＢＹ，Ｈｏｏｄ  Ｌ  Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎ  ａｒｒａｙ  ｏｆ  ２１５００  ｏｖａｒｉａｎ  ｃＤＮＡｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  ｇｅｎｅｓ  ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｉｎ  ｏｖａｒｉａｎ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｇｅｎｅ  １９９９，２３８：３７５−３８５；ｖａｎ’ｔ  Ｖｅｅｒ  ＬＪ，Ｄａｉ  Ｈ，ｖａｎ  ｄｅ  Ｖｉｊｖｅｒ  ＭＪ，Ｈｅ  ＹＤ，Ｈａｒｔ  ＡＡ，Ｍａｏ  Ｍ，Ｐｅｔｅｒｓｅ  ＨＬ，ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｋｏｏｙ  Ｋ，Ｍａｒｔｏｎ  ＭＪ，Ｗｉｔｔｅｖｅｅｎ  ＡＴ，ｅｔ  ａｌ．：Ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｐｒｅｄｉｃｔｓ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｏｆ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔｕｒｅ  ２００２，４１５：５３０−５３６を参照されたい）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明は、１つの状態を診断するために有用なバイオマーカーを同定する低侵襲性方法、ならびにバイオマーカー及びその組成物を提供するが、このとき前記状態のバイオマーカーは単純な血液サンプルから同定される。さらにまた、特に疾患及び非疾患状態を含む状態を診断する、予後診断する、及び監視するために、前記バイオマーカーを利用する方法及びキットが含まれる。したがって、疾患を診断する、疾患の進行を監視する、及び疾患を個別診断する方法、ならびに疾患の進行を診断する、監視する、及び疾患を個別診断する際に有用なキットが提供される。
【０００８】
本明細書に記載したプロセスは、血液サンプルの使用を必要とするので、組織サンプルバイオマーカーを使用して疾患を検出するために使用される従来型実践と比較すると低侵襲性である。
【０００９】
さらにまた、第１集団が１つの状態を有し、第２集団が第２状態を有する、または１つの状態を有していない２つの集団間で示差的に発現するバイオマーカーを同定する手段を表す方法が開示される。このようにして同定されたバイオマーカーを使用すると、１つの個体が１つの状態を備えると診断することができる、または１つの個体が第１もしくは第２状態のどちらかを有すると鑑別診断することができる。
【００１０】
本明細書に提示した方法及び生成物の代表のその他及びまた別の態様、特徴、及び長所は、以下に示す現在好ましい実施形態の説明から明白になるであろう。これらの実施形態は、開示する目的で提供される。
【００１１】
本発明の上記の特徴、長所及び目的、ならびに明白になるであろうその他の特徴、長所及び目的は、添付の図面に例示されている特定実施形態を参照すること、そして手短に上記に要約した本発明のより特別な説明によって達成され、細部にわたって理解することができるであろう。これらの図面は本明細書の一部を形成する。しかし、添付の図面は本発明の好ましい実施形態を例示しているのであり、本発明の範囲を限定すると見なすべきではないことに留意されたい。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
本明細書において開示するのは、対象状態にしたがって、血液中で示差的に発現する１つ以上の核酸転写産物と相関するバイオマーカーを同定する代表的手段であると当業者によって理解されるであろう方法であるが、このとき対象状態には、疾患、疾患の病期、ならびに他の非疾患状態が含まれる。さらに本明細書で開示するのは、バイオマーカーであると同定された１つ以上のバイオマーカーを含む組成物、１つ以上のバイオマーカー自体、ならびに前記１つ以上のバイオマーカーを使用する方法である。そのような方法には、個体が対象状態、または対象状態の特定病期を有すると診断するために、及び２つ以上の状態間を識別するためにバイオマーカーを使用するステップが含まれる。１つの個体が１つの対象状態を有すると診断する際に有用なキットの代表である製品もまた開示される。
【００１３】
本発明の１つの実施形態では、血液サンプルが対象状態を有する１つ以上の個体から採取され、そして前記血液サンプルからＲＮＡが単離される。好ましい実施形態では、血液サンプルは事前に分画化されていない全血である。また別の好ましい実施形態では、血液サンプルは末梢血白血球である。また別の好ましい実施形態では、血液サンプルは末梢血単核球（ＰＢＭＣ）である。
【００１４】
バイオマーカーは、対象状態を有する、または前記対象状態を有していない、及び／または健常及び正常である１つ以上の個体から、１種以上のＲＮＡ転写産物もしくはその合成核酸コピー（ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡなど）のレベルを測定するステップによって同定される。１つの実施形態では、１種以上のＲＮＡ転写産物のレベルが、本発明のＲＮＡ種のレベルを定量するステップによって決定される。１つの実施形態では、例えば質量分析法を使用すると、１種以上のＲＮＡ転写産物のレベルを定量することができる（Ｋｏｓｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６；Ｆｕ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）。好ましい実施形態では、１種以上のＲＮＡ転写産物のレベルが、マイクロアレイ分析法を用いて決定される。また別の好ましい実施形態では、１種以上のＲＮＡ転写産物のレベルが定量的ＲＴ−ＰＣＲを用いて測定される。本発明によると、１種以上のＲＮＡ転写産物を定量的もしくは半定量的に測定するために、当分野における技術の範囲内に含まれる他の従来型分子生物学、微生物学、及び組み換えＤＮＡ技術を使用することができる。そのような技術は、文献において十分に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ  ＆  Ｍａｎｉａｔｉｓ，「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８２）；「ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，」Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ（Ｄ．Ｎ．Ｇｌｏｖｅｒ  ｅｄ．１９８５）；「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ  ｅｄ．１９８４）；「Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」［Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ  ｅｄｓ．（１９８５）］；「Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ」［Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ  ｅｄｓ．（１９８４）］；「Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ」［Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．（１９８６）］；「Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  Ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ」［ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）］；Ｂ．Ｐｅｒｂａｌ，「Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ」（１９８４）を参照されたい。好ましい実施形態では、血液中の転写産物を測定／定量するために定量的ＲＴ−ＰＣＲを使用できる。
【００１５】
好ましい実施形態では、対象状態を有するサンプル集団由来の１種以上のＲＮＡ転写産物の発現レベルが、２つの集団間を識別することが可能なバイオマーカーを同定できるように、前記対象状態を有していないサンプル集団由来の１種以上のＲＮＡ転写産物の発現レベルと比較される。また別の好ましい実施形態では、第１対象状態を有するサンプル集団由来の１種以上のＲＮＡ転写産物の発現レベルが、前記状態間を鑑別できるバイオマーカーを同定できるように、第２対象状態を有するサンプル集団由来の１種以上のＲＮＡ転写産物の発現レベルと比較される。また別の好ましい実施形態では、対象状態のバイオマーカーを同定するために２つの個体集団を比較する場合に、前記集団は集団が    の状態ではない少なくとも１つの表現型を共有するように選択される。より好ましくは、前記集団は２つ以上、３つ以上、４つ以上などの表現型を共通して有する。表現型は、対象状態ではないいずれかの形質を意味しており、例えば好ましい実施形態では、１つの状態のバイオマーカーを同定するために使用される集団内の個体は、類似の年齢、性別、肥満度指数（ＢＭＩ）を有する個体である。
【００１６】
同定されたバイオマーカーを使用すると、１つの個体が対象状態を有するかどうかを判定することができる。当業者には理解されるように、同定されたバイオマーカー、または同定されたバイオマーカーの組み合わせを利用すると、当業者には理解されるような「クラス予測」方法にしたがって未知サンプルを特徴付けることができる。
【００１７】
以下の用語は、下記に規定する意味を有する。
【００１８】
「ｃＤＮＡ」は、コピーＤＮＡもしくは相補的ＤＮＡであると規定されており、そしてｍＲＮＡ転写産物からの逆転写反応の産物である。「ＲＴ−ＰＣＲ」は逆転写ポリメラーゼ連鎖反応を意味しており、１つ以上のｍＲＮＡテンプレートに相補的であるｃＤＮＡの産生をもたらす。ＲＴ−ＰＣＲには、ｍＲＮＡ転写のレベルを定量するために標識手段を使用し、そしてｃＤＮＡを作製するための１ステップもしくは２ステップのいずれかのプロトコール及び増幅ステップを使用して実施できる定量的リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応である「ＱＲＴ−ＰＣＲ」が含まれる。標識手段には、ＳＹＢＲ（登録商標）ｇｒｅｅｎ  ｉｎｔｅｒｃｏｌａｔｉｎｇ  ｄｙｅ；ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎｓ（登録商標）ならびに当業者には理解されるであろうその他を含むことができる。
【００１９】
用語「オリゴヌクレオチド」は、２つ以上、好ましくは４つ以上のデオキシリボヌクレオチド及び／またはリボヌクレオチドからなる分子であると規定されている。その正確なサイズは、順にオリゴヌクレオチドの最終的機能及び使用に依存する多数の要素に依存するであろう。上限は、長さが１５、２０、２５、３０、４０もしくは５０ヌクレオチドであってよい。本明細書で使用する用語「プライマー」は、精製制限消化物中におけるように天然に発生しようと合成生成されようと、核酸鎖に対して相補的であるプライマー鎖伸長産物の合成が誘導される条件下に置かれると、すなわちヌクレオチド及び例えばＤＮＡポリメラーゼなどの誘導剤の存在下ならびに適切な温度及びｐＨでは合成の開始点として機能できるオリゴヌクレオチドを意味する。プライマーは一本鎖であっても二本鎖であってもよいが、誘導剤の存在下で所望の鎖伸長産物の合成をプライミングするために十分な長さでなければならない。プライマーの正確な長さは、温度、プライマーの起源及び使用される方法を含む多数の要素に左右されるであろう。例えば、診断的適用のためには、標的配列の複雑性に依存して、オリゴヌクレオチドプライマーは典型的には１５〜２５以上のヌクレオチドを含有しているが、もっと少ないヌクレオチドを含有していてもよい。プライマーの適切な長さを決定する際に関係する要素は、当業者であれば容易に分かる。
【００２０】
本明細書で使用するランダム配列プライマーは、ランダム配列のプライマーの組成物を意味している、すなわち特定配列には向けられていない。これらの配列は、前記ポリヌクレオチドとハイブリダイズするために十分なポリヌクレオチドに対して相補的なヌクレオチドを有しており、プライマー配列はテンプレートの正確な配列を反映する必要はない。
【００２１】
「制限フラグメント長多型」は、制限エンドヌクレアーゼ消化によって生成したＤＮＡフラグメントの長さにおける変動によって検出されるＤＮＡ配列内の変動を意味する。
【００２２】
標準ノーザンブロットアッセイを使用すると、当業者に知られている従来型ノーザンハイブリダイゼーション技術によって、植物もしくはその他の組織から入手された細胞もしくは組織中のｍＲＮＡの相対量を確認することができる。ノーザンブロットはハイブリダイゼーションプローブ、例えば全長、一本鎖ＤＮＡもしくは長さが少なくとも２０（好ましくは少なくとも３０、より好ましくは少なくとも５０、及び最も好ましくは少なくとも１００連続ヌクレオチド）のＤＮＡ配列のフラグメントのいずれかを含有する放射標識ｃＤＮＡを使用する。ＤＮＡハイブリダイゼーションプローブは、当業者に理解されている多数の様々な方法のいずれかによって標識することができる。これらの試験において最も一般的に使用される標識は、放射性元素、酵素、紫外線に曝露すると蛍光を発生する化学物質、及びその他である。多数の蛍光物質が知られており、標識として利用できる。これらには、例えばフルオレセイン、ローダミン、オーラミン、テキサスレッド、ＡＭＣＡブルー及びルシファー・イエロー（Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ）が含まれる。特定の検出用物質は、ヤギにおいて調製されてイソチオシアネートを介してフルオレセインと共役結合した抗ウサギ抗体である。タンパク質は、さらに放射性元素もしくは酵素を用いて標識することもできる。放射性標識は、現在利用できる計数方法のいずれかによって検出することができる。好ましい同位元素は3Ｈ、14Ｃ、32Ｐ、35Ｓ、36Ｃｌ、51Ｃｒ、57Ｃｏ、58Ｃｏ、59Ｆｅ、90Ｙ、125Ｉ、131Ｉ、及び186Ｒｅから選択されてよい。酵素標識は同様に有用であり、現在利用されている比色法、分光測光法、蛍光分光測光法、電流測定法またはガス定量技術のいずれかによって検出することができる。酵素は、カルボジイミド、ジイソシアネート、グルタルアルデヒドその他などの架橋分子との反応によって選択された粒子へ共役結合されている。これらの方法において使用できる多数の酵素は知られており、利用できる。好ましいのは、ペルオキシダーゼ、β−グルクロニダーゼ、β−Ｄ−グルコシダーゼ、β−Ｄ−ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、グルコースオキシダーゼ＋ペルオキシダーゼ及びアルカリホスファターゼである。例としてまた別の標識材料及び方法について開示している米国特許第３，６５４，０９０号、第３，８５０，７５２号、及び第４，０１６，０４３号を挙げておきたい。
【００２３】
本明細書で使用する「核酸アレイ」及び「マイクロアレイ」は、支持体へ取り付けられた複数の固有の核酸（または「核酸メンバー」）を意味しており、このとき核酸メンバーの各々は固有の事前に選択された領域内の支持体へ取り付けられている。１つの実施形態では、前記支持体の表面に取り付けられた核酸プローブはＤＮＡである。好ましい実施形態では、前記支持体の表面に取り付けられた核酸プローブはｃＤＮＡもしくはオリゴヌクレオチドのいずれかである。また別の好ましい実施形態では、前記支持体の表面に取り付けられた核酸プローブはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって合成されたｃＤＮＡである。本明細書で使用する用語「核酸」は、用語「ポリヌクレオチド」と互換可能である。また別の好ましい実施形態では、「核酸アレイ」は、ニトロセルロース膜もしくはサザン及び／またはノーザンブロット技術において使用された他の膜に取り付けられた複数の固有の核酸を意味する。
【００２４】
本明細書で使用する「個体」は、ヒト被験者、ならびに哺乳動物、無脊椎動物、脊椎動物、ラット、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ、ニワトリ、鳥、マウス、齧歯類、霊長類、魚、カエル及びシカなどの非ヒト被験動物を意味する。本明細書の実施例は、本方法が獣医学、動物科学などの分野において有用であるので、本発明の方法をヒト被験者のみに限定することは意図していない。用語「個体」は、状態を含んでいないヒト被験者及び非ヒト被験動物を意味しており、さらに本明細書に規定した１つ以上の状態を有すると診断されたヒト被験者及び非ヒト被験動物も含む。「併存性個体」もしくは「併存性」もしくは「併存性と見なされる個体」は、本明細書に規定した２つ以上の状態を有する個体である。例えば、変形性関節症及び高血圧の両方を有すると診断された患者は、併存性を示すと見なされる。
【００２５】
本明細書で使用する「検出するステップ」は、１種以上のＲＮＡ転写産物、例えばｃＤＮＡ、ＲＮＡもしくはＥＳＴの存在を当業者に知られている、または極めて多数の教科書及び実験マニュアルの中で教示されているいずれかの方法によって決定するステップを意味する（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９５）３ｒｄ  Ｅｄ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．を参照されたい）。例えば、検出方法にはＲＮＡフィンガープリンティング、ノーザンブロッティング、ポリメラーゼ連鎖反応、リガーゼ連鎖反応、Ｑｂｅｔａレプリカーゼ、等温増幅法、ストランド置換増幅法、転写に基づく増幅システム、ヌクレアーゼ保護法（ＳＩヌクレアーゼもしくはＲＮＡｓｅ保護アッセイ）ならびに国際特許第８８／１０３１５号、第８９／０６７００号、国際特許公開第ＰＣＴ／ＵＳ８７／００８８０号、第ＰＣＴ／ＵＳ８９／０１０２５号が含まれるが、それらに限定されない。
【００２６】
本明細書で使用する「状態」は、物理的、情動的、生理学的もしくは病理学的状態を含む存在様式もしくは存在状態を意味する。状態は、「遺伝的」及び／または「環境的」要素の結果である可能性がある。「遺伝的要素」は、遺伝学的に遺伝した要素、または個体の遺伝的構成の結果としての先天的な特性を意味する。「環境的要素」は、遺伝学的に遺伝していないが、内部もしくは外部の影響への曝露の結果である要素を意味する。本発明の１つの実施形態では、状態は本明細書に規定した疾患である。本発明のまた別の実施形態では、状態は本明細書に規定した疾患の病期である。本発明のさらにまた別の実施形態では、状態は疾患ではない存在様式または存在状態である。例えば１つの実施形態では、疾患ではない状態は時間が経過した結果として生じる状態である。時間が経過した結果として生じる状態には、記憶喪失、皮膚弾性の消失、筋緊張の消失、及び性欲の消失が含まれるが、それらに限定されない。本発明のさらに別の実施形態では、疾患ではない状態は治療である。治療には、疾患を修飾する治療ならびに疾患の症状を緩和する際に有用な治療が含まれるが、それらに限定されない。例えば、治療は本発明の疾患に対して特異的な薬剤を含むことができる。好ましい実施形態では、治療は、アルツハイマー病、心血管疾患、躁鬱症候群、統合失調症、糖尿病及び変形性関節症に対して特異的な薬剤を含むことができる。例えば、治療はＶＩＯＸＸ（登録商標）、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）、ＮＳＡＩＤ、コルチゾン、粘性補給剤（Ｖｉｓｃｏ  Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）、Ｌｉｐｉｔｏｒ（登録商標）、Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）、Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標）、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）、Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標）、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）、Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標）、Ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ（登録商標）、Ｌａｒｇａｃｔｉｌ（登録商標）、Ｓｐａｒｉｎｅ（登録商標）、Ｖｅｓｐｒｉｎ（登録商標）、Ｓｔｅｌａｚｉｎｅ（登録商標）、Ｆｅｎｔａｚｉｎｅ（登録商標）、Ｐｒｏｌｉｘｉｎ（登録商標）、Ｃｏｍｐａｚｉｎｅ（登録商標）、Ｔｉｎｄａｌ（登録商標）、Ｍｏｄｅｃａｔｅ（登録商標）、Ｍｏｄｉｔｅｎ（登録商標）、Ｍｅｌｌａｒｉｎ、Ｓｅｒｅｎｔｉｌ、Ｎｏｒｖａｎｅ、（登録商標）、Ｆｌｕａｎｘｏｌ（登録商標）、Ｃｌｏｐｉｘｏｌ（登録商標）、Ｔａｒａｃｔａｎ（登録商標）、Ｄｅｐｉｘｏｌ（登録商標）、Ｃｌｏｐｉｘｏｌ（登録商標）、Ｈａｌｄｏｌ（登録商標）、Ｈａｌｄｏｌ（登録商標）デカノエート、Ｏｒａｐ（登録商標）、Ｉｎａｐｓｉｎｅ（登録商標）、Ｉｍａｐ（登録商標）、Ｓｅｍａｐ（登録商標）、Ｌｏｘｉｔａｎｅ（登録商標）、Ｄａｘｏｌ（登録商標）、リチウム、抗痙攣薬（例えば、カルバマゼピン）ならびに抗うつ薬及びＭｏｂａｎ（登録商標）を含むが、それらに限定されない。より一般的には、そして追加して、治療は、ｔｈｅ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  ａｎｄ  Ｓｐｅｃｉａｌｔｉｅｓ，Ｃａｎａｄｉａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ；２６th  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊｕｎｅ，１９９１；Ｋｒｏｇｈ，Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  ａｎｄ  Ｓｐｅｃｉａｌｔｉｅｓ，Ｃａｎａｄｉａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ；２７th  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｐｒｉｌ，１９９２に記載されたいずれかの治療または薬剤を含むことができる。さらにまた別の実施形態では、疾患ではない本発明の状態は、汚染、環境的毒素、鉛中毒、水銀中毒、遺伝子組み換え微生物への曝露、放射能、除草剤、殺虫剤、及び煙草の煙への曝露、アルコール、または運動への曝露を含むがそれらに限定されない環境的要素に対する反応である。また別の実施形態では、状態は健康状態である。
【００２７】
本明細書で使用するように、本発明の１つの疾患には、血液障害、血中脂質疾患、自己免疫疾患、関節炎（変形性関節症、関節リウマチ、狼瘡、アレルギー、若年性関節リウマチなどを含む）、骨もしくは関節障害、心血管障害（心不全、うっ血性心疾患；リウマチ熱、心臓弁膜症；肺性心、心筋症、心筋炎、心膜疾患；アテローム性動脈硬化症、急性心筋梗塞、虚血性心疾患などの血管性疾患を含む）；肥満症、呼吸器疾患（喘息、間質性肺炎、肺炎、肺感染症、肺疾患、気管支拡張症、結核、嚢胞性線維症、間質性肺疾患、慢性気管気腫、肺動脈高血圧症、肺動脈血栓塞栓症、急性呼吸窮迫症候群などを含む）、高脂質血症、内分泌障害、免疫障害、感染性疾患、筋肉消耗性及び全身消耗性障害、神経変性性及び／または神経精神病疾患を含む神経学障害（偏頭痛、発作、癲癇、脳血管疾患、アルツハイマー病、痴呆、パーキンソン病、運動失調障害、運動ニューロン疾患、脳神経障害、脊髄傷害、髄膜炎などを含む）及び気分障害（統合失調症、不安、双極性障害；躁鬱病などを含む）、皮膚障害、腎臓疾患、強皮症、脳卒中、遺伝性出血性末梢血管拡張症、糖尿病、糖尿病関連性障害（例、ＰＶＤ）、高血圧、ゴーシェ病、嚢胞性線維症、鎌状赤血球貧血、肝臓疾患、膵臓疾患、眼、耳、鼻及び／または喉疾患、生殖器に影響を及ぼす疾患、消化器疾患（結腸の疾患、脾臓、付属器、胆嚢その他の疾患を含む）などが含まれるが、それらに限定されない。ヒト疾患について詳細に考察するためには、それらの全体が本明細書に組み込まれる、例えばＭｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ：Ａ  Ｃａｔａｌｏｇ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ  ｂｙ  Ｖｉｃｔｏｒ  Ａ．ＭｃＫｕｓｉｃｋ（１２ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（３  ｖｏｌｕｍｅ  ｓｅｔ）Ｊｕｎｅ  １９９８，Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，ＩＳＢＮ：０８０１８５７４２２）及びＨａｒｒｉｓｏｎ’ｓ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ｂｙ  Ｂｒａｕｎｗａｌｄ，Ｆａｕｃｉ，Ｋａｓｐｅｒ，Ｈａｕｓｅｒ，Ｌｏｎｇｏ，＆  Ｊａｍｅｓｏｎ（１５ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  ２００１）を参照されたい。
【００２８】
本発明のまた別の実施形態では、疾患は遺伝子の過剰発現もしくは変異体遺伝子の発現に関連する障害（例、糖尿病、関節炎（関節リウマチ、若年性関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎を含む）、多発性硬化症、脳脊髄炎、重症筋無力症、全身性紅斑性エリテマトーデス、自己免疫性甲状腺炎、皮膚炎（アトピー性皮膚炎及び湿疹様皮膚炎）、乾癬、シェーグレン症候群、クローン病、潰瘍性大腸炎、アフタ性潰瘍、虹彩炎、結膜炎、角結膜炎、潰瘍性大腸炎、喘息、アレルギー性喘息、皮膚狼瘡性エリテマトーデス、強皮症、膣炎、直腸炎、薬疹、ハンセン病反転反応、らい性結節性紅斑、自己免疫ブドウ膜炎、アレルギー性脳脊髄炎、急性壊死性出血性脳症、特発性両側性進行性感音難聴、再生不良性貧血、真正赤血球性貧血、特発性血小板減少症、多発性軟骨炎、ヴェーゲナー肉芽腫症、慢性活動性肝炎、スティーヴンズ・ジョンソン症候群、特発性スプルー、扁平苔癬、グレーヴズ病、サルコイドーシス、原発性胆汁性肝硬変、後部ブドウ膜炎、及び間質性肺線維症などの自己免疫疾患）、移植片対宿主病、移植症例、及びアレルギーなどの免疫障害を意味する。
【００２９】
また別の実施形態では、本発明の疾患は、癌、例えば癌腫、肉腫もしくはその他の転移性障害などを含むがそれらに限定されない細胞増殖性及び／または分化性障害である。本明細書で使用する用語「癌」は、自立的増殖のための能力、すなわち迅速に細胞増殖を増加することを特徴とする異常な状態を有する細胞を意味する。「癌」は、組織病理学的タイプまたは侵襲性の段階とは無関係に、あらゆるタイプの癌性増殖もしくは発癌プロセス、転移性組織もしくは悪性変換した細胞、組織、もしくは器官を含むことが意図されている。癌の例には、アプドーマ、分離腫、鰓腫、悪性カルチノイド症候群、カルチノイド心疾患、癌腫（例、ウォーカー癌、基底細胞癌、基底有棘細胞癌、ブラウン・ピアース癌、腺管癌、エールリッヒ腫瘍、インサイチュー癌、クレブス２型癌、メルケル細胞腫、粘液性癌、非小細胞性肺癌、エン麦細胞癌、乳頭癌、硬性癌、細気管支癌、気管支原性癌、扁平上皮癌、及び移行上皮癌）、組織球性障害、白血病（例、Ｂ細胞、混合細胞、ヌル細胞、Ｔ細胞、Ｔ細胞慢性、ＨＴＬＶ−ＩＩ関連性、リンパ球性急性、リンパ球性慢性、マスト細胞性及び骨髄性）、組織球性悪性ホジキン病、免疫増殖性小腸性、非ホジキンリンパ腫、プラスマ細胞腫、細網内皮症、黒色腫、軟骨芽細胞腫、軟骨腫、軟骨肉腫、線維腫、線維肉腫、巨細胞腫瘍、組織球腫、脂肪腫、脂肪肉腫、中皮腫、粘液腫、粘液肉腫、骨腫、骨肉腫、ユーイング肉腫、滑膜腫、腺線維腫、腺リンパ腫、癌肉腫、脊索腫、頭蓋咽頭腫、未分化胚細胞腫、過誤腫、間葉細胞腫、中腎腫、筋肉腫、腺エナメル上皮腫、セメント質腫、歯牙腫、奇形腫、胸腺腫、栄養絨毛腫瘍、腺癌、腺腫、胆管腫、コレステリン腫、円柱腫、嚢胞腺癌、嚢胞腺腫、顆粒膜細胞腫瘍、男女性胚細胞腫、肝腫、汗腺腫、島細胞腫瘍、ライディヒ細胞腫瘍、乳頭腫、セルトリ細胞腫瘍、莢膜細胞腫、平滑筋腫、平滑筋肉腫、筋原細胞腫、ｍｙｍｏｍａ、筋肉腫、黄紋筋腫、黄紋筋肉腫、上衣腫、神経節細胞腫、神経膠腫、骨芽細胞腫、髄膜腫、神経鞘腫、神経芽腫、神経上皮腫、神経線維腫、神経腫、傍神経節腫、非クロム親和性傍神経節腫、角化血管腫、血管リンパ様好酸球増殖、硬化性血管腫、血管腫症、グロムス血管腫、血管内皮腫、血管腫、血管外皮細胞腫、血管肉腫、リンパ管腫、リンパ管筋腫、リンパ管肉腫、松果体腫、癌肉腫、軟骨肉腫、葉状嚢胞性肉腫、線維肉腫、血管肉腫、平滑筋肉腫、白血肉腫症、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、筋肉腫、粘液肉腫、卵巣癌、横紋筋肉腫、肉腫（例、ユーイング肉腫、実験的肉腫、カポジ肉腫、及びマスト細胞肉腫）、新生物（例、骨、胸部、消化器系、結腸直腸、肝臓、膵臓、下垂体、睾丸、眼窩、頭頸部、中枢神経系、聴覚、骨盤呼吸管及び泌尿生殖器）、神経線維腫症、及び子宮頸部形成異常、ならびに細胞が不死化もしくは形質転換され始めた他の状態を含む充実性腫瘍及び白血病が含まれるが、これらに限定されない。
【００３０】
「心血管疾患」は、本明細書では心血管系の疾患もしくは障害であると規定されており、アテローム動脈硬化症、心臓弁膜症、不整脈、及び、起立性低血圧、急性循環不全状態、心内膜炎、大動脈及びその分枝の疾患、末梢血管系の障害、ならびに心臓もしくは血管に影響を及ぼす疾患としてのうっ血性心疾患が含まれる。心血管疾患には、冠動脈疾患、心不全、及び高血圧が含まれる。
【００３１】
本明細書で使用する「神経系疾患」は神経系の障害であると規定されており、中枢神経系（脳、脳幹及び小脳）、末梢神経系（脳神経を含む）、ならびに自律神経系（脳神経系及び末梢神経系の両方に位置する部分）に関係する障害が含まれる。詳細には、神経系疾患には、アルツハイマー病、統合失調症、及び躁鬱症候群が含まれる。
【００３２】
本明細書で使用する本発明の「集団」もしくは「個体の集団」は、前記個体が少なくとも１つの対象状態を共通して有する２つ以上の集団を意味する。本発明の集団は、２つ以上の状態を共通して有している場合もある。本発明の集団は、対象状態を有していない２つ以上の個体から構成される場合もある。
【００３３】
本明細書で使用する「診断」は、１つの個体が特定の１つ以上の状態を有する上昇した可能性を証明する能力を意味する。診断は、１つの個体が特定の状態を有していない可能性の上昇を証明する能力も意味する。より詳細には、「診断」は、１つの個体が第２状態に比較して１つの状態を有する上昇した可能性を証明する能力を意味する。より詳細には、「診断」は、それによって１つの個体が１つの状態を有すると適切に特性付けられる（「真陽性」）、もしくは１つの状態を有していないと適切に特性付けられる（「真陰性」）、他方では前記個体が前記状態を有すると不適切に特性付けられる（「偽陽性」）もしくは前記状態に罹っていないと不適切に特性付けられる（「偽陰性」）の可能性を最小限に抑えるプロセスを意味する。
【００３４】
本明細書で使用する「治療」は、医師によって決定される、前記状態の症状もしくは効果の数もしくは重症度のいずれかを減少もしくは低下させるステップによって測定される、疾患状態の病理を逆転もしくは改善する、状態における変化を生じさせる潜在力を有する薬剤、医薬品、栄養補助食品、またはその他の治療レジメンの形態の投与を意味する。好ましい実施形態では、本発明の治療は疾患に対する治療である。また別の好ましい実施形態では、本発明の治療は、肝臓癌、膀胱癌、胆嚢癌、脳腫瘍、前立腺癌、卵巣癌、子宮頸癌、腎臓癌、胃癌、大腸癌、肺癌、乳癌、鼻咽喉癌、膵臓癌、変形性関節症、うつ病、高血圧、心不全、肥満症、関節リウマチ、高脂質血症、肺疾患、シャーガス病、アレルギー、統合失調症及び喘息、躁鬱症候群、強直性脊椎炎、ギラン・バレー症候群、線維筋痛、多発性硬化症、筋ジストロフィー、敗血性関節形成術、肝炎、クローン病もしくはクローン大腸炎、もしくは悪性高熱感受性、乾癬、甲状腺障害、過敏性腸症候群、骨粗鬆症、偏頭痛、湿疹、もしくは心雑音の群から選択される疾患の治療である。
【００３５】
本明細書で使用する「治療に対する応答」は、１つの状態に対する「治療の適用」の結果としての生理学的変化を意味しており、このとき「治療」には、医薬品、栄養補助食品、及びその他の薬剤もしくは治療レジメンが含まれる。治療に対する応答の相対的成功は医師によって決定される。本明細書で使用する用語「治療レジメン」は、経時的に単一投与もしくは用量から１つ以上の用量の複数回適用に及ぶ治療経過を意味する。
【００３６】
本明細書で使用する「バイオマーカー」は、対象状態の１つの態様に関して血液中に定量的に相違のある濃度もしくはレベルを有する１種の核酸転写産物に対応する分子である。そこで、バイオマーカーには、ｃＲＮＡ、ｃＤＮＡその他などを含む合成核酸及びそのコポリマーが含まれる。１種の核酸転写産物には、例えばミトコンドリアゲノムを含む個体の染色体及び染色体外ゲノムのいずれかの部分から転写されたあらゆる核酸転写産物が含まれる。好ましくは、１種の核酸転写産物はＲＮＡ転写産物であり、好ましくはＲＮＡ転写産物には一次転写産物、スプライシング転写産物、選択的スプライシング転写産物、またはｍＲＮＡが含まれる。対象状態の１つの態様には、それに対して前記バイオマーカーが同定もしくはアッセイされる１つの固体もしくは１つの個体群における前記状態の存在もしくは非存在が含まれ、そしてさらに疾患状態を含む状態の進行期もしくは退行期が含まれる。例えば、バイオマーカーは、少なくとも１つの対象状態を有する１つの固体もしくは１つの個体集団の血液中において、前記対象状態を有していない１つの個体集団由来の血液中における前記転写産物のレベルと比較した場合に、増加したレベルもしくは減少したレベルで存在する１種のＲＮＡ転写産物に対応する分子である。用語「バイオマーカー」によって包含される分子には、ＥＳＴ、ｃＤＮＡ、プライマーなどが含まれる。バイオマーカーは、本明細書に規定した対象状態の診断を可能にするように、単独で、または１つ以上の他の同定されたバイオマーカーと併せてのいずれかで使用できる。
【００３７】
本明細書で使用する用語、１種のＲＮＡ転写産物の「濃度もしくはレベル」は所与のバイオマーカーの測定可能な量を意味する。１種のＲＮＡ転写産物の「濃度もしくはレベル」は、マイクロアレイハイブリダイゼーションなどの半定量的方法または遺伝子が発現する程度と正比例で対応する定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲなどのより定量的測定方法を用いてＲＮＡのレベルを測定するステップによって決定できる。１種のＲＮＡ転写産物の「濃度もしくはレベル」は、当分野において周知の方法によって決定される。本明細書で使用する用語「示差的発現」は、第２サンプルもしくは第２サンプル集団中での同一核酸転写産物のＲＮＡもしくはタンパク質発現の量もしくはレベルと比較して、１つのサンプルもしくはサンプル集団中のＲＮＡの量もしくはレベルによって測定される、１種のＲＮＡ核酸転写産物の発現レベルにおける相違を意味する、またはさらに前記核酸転写産物に対応する遺伝子によってコードされたタンパク質の測定を含むこともできる。用語「示差的に発現した」もしくは「発現レベルにおける変化」は、第２サンプル中の所与のバイオマーカーの測定可能な発現レベルと比較した、サンプル中の所与のバイオマーカーの測定可能な発現レベルにおける上昇または減少を意味する。用語「示差的に発現した」もしくは「発現レベルにおける変化」は、第２サンプル集団中のバイオマーカーの測定可能な発現レベルと比較した、サンプル集団中の所与のバイオマーカーの測定可能な発現レベルにおける上昇または減少も意味する。本明細書で使用する用語「示差的に発現した」は、単一サンプルについて言及する場合は、コントロール集団の所与のバイオマーカーの平均発現レベルと比較した場合に、同一サンプル中の所与のバイオマーカーの発現レベルの比率を用いて測定でき、このとき前記比率は１．０ではない。「示差的に発現した」は、発現レベルの比率またはｐ値のいずれかを使用して、第１サンプル集団を第２サンプル集団と比較するステップ、または単一サンプルをサンプル集団と比較するステップを含むためにも使用できる。ｐ値を使用する場合は、核酸転写産物は、ｐ値が０．１未満である場合に第１集団と第２集団との間で示差的に発現したと同定される。より好ましくは、ｐ値は０．０５未満である。いっそうより好ましくは、ｐ値は０．０１未満である。なおより好ましくは、ｐ値は０．００５未満である。最も好ましくは、ｐ値は０．００１未満である。核酸転写産物が発現レベルの比率に基づいて示差的に発現したかどうかを決定する場合は、核酸転写産物は、第２サンプル中と比較して第１サンプル中の核酸転写産物の発現レベルが１．０超もしくは未満である場合に示差的に発現している。例えば、１．２、１．５、１．７、２、３、４、１０、２０を超える比、または１未満の比、例えば０．８、０．６、０．４、０．２、０．１、０．０５。本発明のまた別の実施形態では、核酸転写産物は、第２集団の平均発現レベルと比較した第１集団の発現レベルの平均値の比が１．０超または未満である場合は示差的に発現している。例えば、１．２、１．５、１．７、２、３、４、１０、２０を超える比、または１未満の比、例えば０．８、０．６、０．４、０．２、０．１、０．０５。本発明のまた別の実施形態では、核酸転写産物は、第２集団の平均値と比較した第１サンプル中の発現レベルの比が１．０超または未満であり、例えば、１．２、１．５、１．７、２、３、４、１０、２０超の比、または１未満、例えば０．８、０．６、０．４、０．２、０．１、０．０５を含む。「示差的に増加した発現」とは、第２集団の発現レベルの平均値などの標準値と比較して、１．１倍、１．２倍、１．４倍、１．６倍、１．８倍以上を意味する。「示差的に減少した発現」とは、第２集団の発現レベルの平均値などの標準値と比較して、１．０倍未満、０．８倍、０．６倍、０．４倍、０．２倍、０．１倍以下を意味する。
【００３８】
核酸転写産物は、２つのサンプル中の１つが前記核酸転写産物の検出可能な発現を含有していない場合に２つのサンプル中で示差的に発現するとも言われる。核酸転写産物の発現レベルの絶対的定量は、１つ以上のコントロール核酸転写産物の１つ以上の知られている濃度を含めるステップと、コントロール核酸転写産物の量に基づいて標準曲線を作製するステップと、そして例えば標準曲線に関して未知のリアルタイムＲＴ−ＰＣＲハイブリダイゼーション強度から「未知の」核酸転写産物の発現レベルを外挿するステップとによって遂行できる。
【００３９】
「血液中で発現した」核酸転写産物は、血液の１つ以上の細胞中で発現した核酸転写産物を意味するが、このとき血液の細胞には、単球、白血球、リンパ球、赤血球、造血細胞もしくは間葉幹細胞から直接的に引き出された全ての他の細胞、または典型的には血液を作り上げる細胞に直接由来する細胞を意味する。
【００４０】
用語「バイオマーカー」には、本発明がＲＮＡもしくはその同等物、すなわちｃＤＮＡもしくはＥＳＴの検出を企図しているので、転写され得るあらゆる領域の核酸から産生する転写産物に相関する、または前記転写産物を反映するあらゆる分子がさらに含まれる。本発明のバイオマーカーには、アポトーシス、分化、ストレス反応、老化、増殖などの特定の生物学的プロセス；例えば細胞周期、シグナル伝達、毒性化合物の代謝などの細胞機序遺伝子；例えば、癌、統合失調症、糖尿病、高血圧、アテローム動脈硬化症、ウイルス宿主相互作用、感染症に関係する遺伝子などの疾患関連遺伝子に対して特異的である、またはそれらに関係するタンパク質内に翻訳される領域が含まれるが、それらに限定されない。本発明のバイオマーカーには、免疫応答遺伝子から転写された転写産物が含まれるが、それらに限定されない。本発明の遺伝子は、本明細書に規定したように、状態のバイオマーカーであり、疾患のバイオマーカー、または非疾患状態のバイオマーカーであってよい。
【００４１】
例えば、生体分子は、細胞内でのそれの発現は細胞が正常細胞から腫瘍細胞へ転換させられることを誘導する腫瘍遺伝子（Ｈａｎａｈａｎ，Ｄ．ａｎｄ  Ｒ．Ａ．Ｗｅｉｎｂｅｒｇ，Ｃｅｌｌ（２０００）１００：５７；及びＹｏｋｏｔａ，Ｊ．，Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ（２０００）２１（３）：４９７−５０３）を含むあらゆる遺伝子由来の転写産物を反映する、または前記転写産物と相関する可能性がある。それにバイオマーカーが相関する、もしくはそれを反映する１つ以上の転写産物を産生する遺伝子の例には、サイトカイン遺伝子（Ｒｕｂｉｎｓｔｅｉｎ，Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｖ．（１９９８）９（２）：１７５−８１）；イディオタイプ（Ｉｄ）タンパク質遺伝子（Ｂｅｎｅｚｒａ，Ｒ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ（２００１）２０（５８）：８３３４−４１；Ｎｏｒｔｏｎ，Ｊ．Ｄ．，Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ．（２０００）１１３（２２）：３８９７−９０５）；プリオン遺伝子（Ｐｒｕｓｉｎｅｒ，Ｓ．Ｂ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ（１９９８）９３（３）：３３７−４８；Ｓａｆａｒ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｓ．Ｂ．Ｐｒｕｓｉｎｅｒ，Ｐｒｏｇ．Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．（１９９８）１１７：４２１−３４）；血管形成を誘導する分子を発現する遺伝子（Ｇｏｕｌｄ，Ｖ．Ｅ．ａｎｄ  Ｂ．Ｍ．Ｗａｇｎｅｒ，Ｈｕｍ．Ｐａｔｈｏｌ．（２００２）３３（１１）：１０６１−３）；接着分子をコードする遺伝子（Ｃｈｏｔｈｉａ，Ｃ．ａｎｄ  Ｅ．Ｙ．Ｊｏｎｅｓ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９７）６６：８２３−６２；Ｐａｒｉｓｅ，Ｌ．Ｖ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｍｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｌ．（２０００）１０（６）：４０７−１４）；細胞表面受容体をコードする遺伝子（Ｄｅｌｌｅｒ，Ｍ．Ｃ．，ａｎｄ  Ｙ．Ｅ．Ｊｏｎｅｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（２０００）１０（２）：２１３−９）；転移性及び／または侵襲性プロセスに関係するタンパク質の遺伝子（Ｂｏｙｄ，Ｄ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  Ｒｅｖ．（１９９６）１５（１）：７７−８９；Ｙｏｋｏｔａ，Ｊ．，Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ（２０００）２１（３）：４９７−５０３）；アポトーシスならびに細胞周期を調節するプロテアーゼ及び分子の遺伝子（Ｍａｔｒｉｓｉａｎ，Ｌ．Ｍ．，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．（１９９９）９（２０）：Ｒ７７６−８；Ｋｒｅｐｅｌａ，Ｅ．，Ｎｅｏｐｌａｓｍａ（２００１）４８（５）：３３２−４９；Ｂａｓｂａｕｍ  ａｎｄ  Ｗｅｒｂ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．（１９９６）８：７３１−７３８；Ｂｉｒｋｅｄａｌ−Ｈａｎｓｅｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｏｒａｌ  Ｂｉｏｌ．Ｍｅｄ．（１９９３）４：１９７−２５０；Ｍｉｇｎａｔｔｉ  ａｎｄ  Ｒｉｆｋｉｎ，Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｒｅｖ．（１９９３）７３：１６１−１９５；Ｓｔｅｔｌｅｒ−Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．（１９９３）９：５４１−５７３；Ｂｒｉｎｋｅｒｈｏｆｆ，Ｅ．，ａｎｄ  Ｌ．Ｍ．Ｍａｔｒｉｓａｎ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（２００２）３：２０７−２１４；Ｓｔｒａｓｓｅｒ，Ａ．，ｅｔ  ａｌ．��Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（２０００）６９：２１７−４５；Ｃｈａｏ，Ｄ．Ｔ．ａｎｄ  Ｓ．Ｊ．Ｋｏｒｓｍｅｙｅｒ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１９９８）１６：３９５−４１９；Ｍｕｌｌａｕｅｒ，Ｌ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．（２００１）４８８（３）：２１１−３１；Ｆｏｔｅｄａｒ，Ｒ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｇ．Ｃｅｌｌ  Ｃｙｃｌｅ  Ｒｅｓ．（１９９６）２：１４７−６３；Ｒｅｅｄ，Ｊ．Ｃ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．（２０００）１５７（５）：１４１５−３０；Ｄ’Ａｒｉ，Ｒ．，Ｂｉｏａｓｓａｙｓ（２００１）２３（７）：５６３−５）；またはＭＤＲ１遺伝子などの多剤耐性遺伝子（Ｃｈｉｌｄｓ，Ｓ．，ａｎｄ  Ｖ．Ｌｉｎｇ，Ｉｍｐ．Ａｄｖ．Ｏｎｃｏｌ．（１９９４）２１−３６）が含まれるが、それらに限定されない。また別の実施形態では、それにバイオマーカーが相関する、もしくはそれを反映する１つ以上の転写産物を産生する遺伝子には、免疫応答遺伝子または非免疫応答遺伝子が含まれるが、それらに限定されない。免疫応答遺伝子は、免疫応答性を調節するために異種抗原に応答して最初に誘発される主要組織適合領域（ＭＨＣ）外に位置する一次防御応答遺伝子を意味する。血液中で発現したその他全ての遺伝子は、非免疫応答遺伝子であると考えられる。例えば、免疫応答遺伝子には次の、ＴＮＦ−α、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＴＧＦ−β、ＩＦＮ−γ；免疫グロブリン、補体などのインターロイキン類及びインターフェロン類を含むサイトカイン類が含まれると当業者には理解されるであろう（例えば、Ｂｅｌｌａｒｄｅｌｌｉ，Ｆ．Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎｓ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ＡＰＭＩＳ．１９９５  Ｍａｒ；１０３（３）：１６１−７９を参照されたい）。
【００４２】
核酸アレイの構築
本発明による核酸マイクロアレイ（ＲＮＡ、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＣＲ産物もしくはＥＳＴ）は、以下のように構築することができる。
【００４３】
４μＬ（１／１０容積）の３Ｍ酢酸ナトリウム（ｐＨ５．２）及び１００μＬ（２．５容積）のエタノールを用いて核酸（ＲＮＡ、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＣＲ産物もしくはＥＳＴ）（約４０μＬ）を沈降させ、−２０℃で一晩保存する。それらを次に４℃で１時間にわたり３，３００ｒｐｍで遠心する。入手したペレットを５０μＬの氷温７０％エタノールで洗浄し、再び３０分間遠心する。これらのペレットを次に風乾し、５０％ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）または２０μＬの３×ＳＳＣ中で一晩かけて十分に再懸濁させる。これらのサンプルを次に、ロボット式ＧＭＳ  ４１７もしくは４２７アレイヤー（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社、カリフォルニア州）を用いて、単独で、または２回ずつガンマ・アミノ・プロピル・シラン（Ｃｏｒｎｉｎｇ製ＣＭＴ−ＧＡＰＳまたはＣＭＴ−ＧＡＰ２、製品番号４０００３、４０００４）またはポリリシン塗布スライド（Ｓｉｇｍａ製、製品番号Ｐ０４２５）上に置いた。ダイアモンド製スクライバーを用いてマイクロアレイ上のＤＮＡスポットの境界をマーキングする。本発明は、アレイを調製するために１０〜２０，０００種のＤＮＡが固体支持体上にスポッティングされる、さらにまた二重もしくは三重のＤＮＡを含むこともできるアレイを提供する。
【００４４】
約１分間にわたり温かい粒子無含有ｄｄＨ２０を入れた培養皿の上方でスライドを浮遊させることによってこれらのアレイを再水和させ（これらのスポットはわずかに膨潤するが、相互に混ざり合うことはないであろう）、３秒間をかけて７０〜８０℃の倒立加熱ブロック上で急速乾燥させる。ＤＮＡを次に、スライドへＵＶ架橋させる（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社、Ｓｔｒａｔａｌｉｎｋｅｒ、６５ｍＪ−ディスプレイを６５０×１００μＪである「６５０」へ設定する）または２〜４時間にわたり８０℃で焼成する。これらのアレイをスライドラック内に配置する。空のスライドチャンバを調製し、以下の溶液を充填する。３．０ｇの無水コハク酸（アルドリッチ社）を１８９ｍＬの１−メチル−２−ピロリジノン中に溶解させる（試薬の迅速な添加が極めて重要である）；無水コハク酸の最後のフレークが溶解した直後に、２１．０ｍＬの０．２Ｍホウ酸ナトリウムを混入し、そしてこの溶液をスライドチャンバ内へ注入する。スライドラックをスライドチャンバ内に迅速かつ均一に差し入れ、スライドに溶液が決して残留しないように数秒間にわたり力強く上下に振とうし、次に１５〜２０分間にわたりオービタルシェーカー上で混合する。スライドラックを次に２分間にわたり９５℃のｄｄＨ2０中に穏やかに差し入れ、その後に９５％エタノール中に５回差し入れる。これらのスライドは、次に過剰なエタノールを紙タオル上へ滴り落ちさせることによって風乾させる。これらのアレイを使用時まで室温でスライドボックス内に保存する。
【００４５】
核酸アレイ
核酸アレイは、血液中に存在する種の核酸転写産物を含む、核酸転写産物から生成された、もしくは核酸転写産物に相補的である核酸配列、またはその領域のあらゆる組み合わせを含む。好ましくは、対象疾患もしくは状態のバイオマーカーを同定するためには、実験の費用及び時間を最小限に抑えられるようにマイクロアレイを利用する。１つの実施形態では、マイクロアレイは、血液中で発現した遺伝子に相補的なＥＳＴを含むＥＳＴマイクロアレイである。本発明によるマイクロアレイは、好ましくは１０、１００、５００、１，０００、５，０００、１０，０００及び１５，０００の間の核酸メンバーを含み、そしてより好ましくは少なくとも５，０００の核酸メンバーを含む。核酸メンバーは、本明細書に記載した知られている、もしくは新規の核酸配列、またはそれらのいずれかの組み合わせである。本発明によるマイクロアレイは、疾患を有する患者と比較して、健常被験者からの血液サンプル中に存在する種の転写産物のＲＮＡ発現プロファイルの相違するレベルについてアッセイするために使用される。
【００４６】
マイクロアレイ
マイクロアレイには、個体において発現する転写産物を包含するアレイが含まれる。１つの実施形態では、マイクロアレイはヒトにおいて発現する転写産物を包含する。好ましい実施形態では、本発明のマイクロアレイはｃＤＮＡに基づくアレイまたはオリゴヌクレオチドに基づくアレイのいずれかであってよい。
【００４７】
オリゴヌクレオチドアレイ
好ましい実施形態では、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）オリゴヌクレオチドに基づくのマイクロアレイが利用される。より詳細には、２つのＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）アレイからなるＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ヒトゲノムＵ１３３（ＨＧ−Ｕ１３３）セットは、約３３，０００個の明確に実証されたヒト遺伝子由来の３９，０００個を超える転写産物を表すおよそ４５，０００個のプローブセットを含有する。このセット設計では、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）、ｄｂＥＳＴ、及びＲｅｆＳｅｑから選択した配列を使用する。より近年には、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）は、４７，０００個を超える転写産物を表すＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）を利用できる。ヒトゲノムシーケンシングプロジェクトの結果としてより多くの遺伝子及び転写産物が同定されると予想されるので、さらに次世代のマイクロアレイが開発されるであろう。
【００４８】
配列クラスターは、ＵｎｉＧｅｎｅデータベースから作製された（Ｂｕｉｌｄ  １３３、２００１年４月２０日）。それらは次に、分析ならびにワシントン大学ＥＳＴ  ｔｒａｃｅ  ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙ及びカリフォルニア大学サンタクルーズ校Ｇｏｌｄｅｎ  Ｐａｔｈヒトゲノムデータベース（２００１年４月公開）を含む多数の他の公的に利用できるデータベースとの比較によって精密化された。
【００４９】
ＨＧ−Ｕ１３３Ａアレイは、ヒトゲノムＵ９５Ａｖ２アレイ上で以前に提示された配列に関連するＲｅｆＳｅｑデータベース配列及びプローブセットの提示を含む。ＨＧ−Ｕ１３３Ｂアレイは、ＥＳＴクラスターを提示するプローブセットを主として含有している。
Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０アレイは、ＧｅｎｅＣｈｉｐヒトゲノムＵ１３３セット（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３Ｂ）上に提示された全てのプローブセットを含む。Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０は、４７，０００個を超える転写産物の分析のために追加して６，５００個の遺伝子を含む。
【００５０】
ｃＤＮＡに基づくアレイ
１５Ｋ  ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）−ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）はＥＳＴに基づくマイクロアレイであり、ヒト軟骨細胞中でも発現する遺伝子に相補的な約１５，０００個のＥＳＴを含む。固有の遺伝子を含むパーセンテージを増加させ、したがって全ゲノムのできる限り多くの提示を含むように、冗長性を減少させたマイクロアレイを利用する努力における実験に依存して、様々なバージョンの１５Ｋ  ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）が使用された。
【００５１】
ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）上のコントロール−マイクロアレイ上で使用されるコントロールには２つのタイプがある。第１に、陽性コントロールは、それらの発現レベルが様々な試験期の間で不変であり、そして以下を監視するために使用される遺伝子である。
ａ）スライドへ結合する標的ＤＮＡ、
ｂ）スライド上への標的ＤＮＡのスポッティング及び結合プロセスの質、
ｃ）ＲＮＡサンプルの質、及び
ｄ）逆転写の効率及びプローブの蛍光標識。
【００５２】
第２に、陰性コントロールは、当該サンプルには関連していない微生物に由来し、このために当該サンプルとクロスハイブリダイズするとは思われない外部コントロールである。これらは、以下を監視するために使用される。
ａ）スライド上のバックグラウンド蛍光における変動、及び
ｂ）非特異的ハイブリダイゼーション。
ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）上には、現在は以下からなる６３個のコントロールスポットが存在する。
【００５３】
タイプ                          数
陽性コントロール：              ２
外来ＤＮＡ                      １２
Ａ．ｔｈａｌｉａｎａ  ＤＮＡ    １０
スポッティングバッファー        ４１
【００５４】
ＢｌｏｏｄＣｈｉｐ（商標）−「ＢｌｏｏｄＣｈｉｐ（商標）」も使用できる。ＢｌｏｏｄＣｈｉｐは、図２４に示したように、末梢血細胞ｃＤＮＡライブラリー由来の１０，３６８個のＰＣＲ産物を含むｃＤＮＡマイクロアレイスライドである。
【００５５】
３０Ｋ  ＢｏｄｙＣｈｉｐ（商標）−ＢｏｄｙＣｈｉｐ（商標）は、ＢｌｏｏｄＣｈｉｐ（商標）及びＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）の両方からの固有のｃＤＮＡクローンを組み込んでいる、ＥＳＴに基づくマイクロアレイである。ＢｏｄｙＣｈｉｐ（商標）は、３０，０００個を超える範囲の遺伝子を含む。
【００５６】
本発明によって有用なバイオマーカーの同定
血液の採取
血液は標準的静脈切開法によって採取する。本発明によって有用な血液サンプルは、１滴の血液という少量から１００ｍＬまでの量の範囲に及ぶ血液サンプルであり、より好ましくは、血液サンプルは１０ｍＬから６０ｍＬであり、いっそうより好ましくは、血液サンプルは２５ｍＬから４０ｍＬの間である。本発明によって有用な血液サンプルは、本発明による１個以上の遺伝子を検出するために十分な量にある。
【００５７】
１つの実施形態では、３０ｍＬの血液を単離し、氷上のＫ3／ＥＤＴＡ試験管内に保存する。また別の実施形態では、米国特許第６，６１７，１７０号に開示されたような安定剤を含有する、血液を保存するための試験管を利用できる。また別の実施形態では、血液を採取するためにＱｉａｇｅｎ／ＢＤ社の１事業部門であるＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸによって提供されるＰＡＸｇｅｎｅ（商標）血中ＲＮＡシステムを使用することができる。ＰＡＸｇｅｎｅ（商標）システムは、便宜的なＢＤ  Ｖａｃｕｔａｉｎｅｒ（商標）テクノロジーで標準化されている。さらにまた別の実施形態では、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社によって提供されるＴｅｍｐｕｓ（商標）血中ＲＮＡ採取試験管を使用できる。Ｔｅｍｐｕｓ（商標）採取試験管は、全血採取、処理及び引き続いてＲＮＡ単離を行なうためにＲＮＡ安定剤試薬を含有するプラスチック製真空密閉型試験管を提供する。
【００５８】
好ましい実施形態では、ＲＮＡは氷上で保存された前記血液サンプルから血液採取の２４時間以内、より好ましくは１０時間以内、いっそうより好ましくは６時間以内、最も好ましくは前記血液の採取直後に単離する。ＰＡＸｇｅｎｅ（商標）システムなどと一緒に安定剤を利用するまた別の好ましい実施形態では、ＲＮＡは前記血液サンプルから単離され、室温で２〜４日間にわたり保存された後に単離できる、または数週間にわたり４℃で保存された血液サンプルから単離できる。
【００５９】
ＲＮＡの単離及び調製
血液サンプル
本発明のまた別の態様では、本明細書で使用する血液サンプルは、事前に分画化されていない全血のサンプル、サブセットの血液細胞のサンプル、及び特定タイプの血液細胞のサンプルを意味する。したがって、血液サンプルには、事前に分画化されていない全血、末梢血白血球（ＰＢＬ）、顆粒球、無顆粒球、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球、単球、マクロファージ、好酸球、好中球、好塩基球、赤血球、及び全血から分離された血小板が含まれるが、それらに限定されない。
【００６０】
全血
１つの実施形態では、本発明の血液サンプルは事前に分画化されていない全血である。全血は、分画化されていない血液を意味する。全血は、針穿刺した血液である１滴の血液を含む。全血は、さらにまたは血清もしくは血漿が除去された血液も含む。事前に分画化されていない全血は直接使用できる、あるいは当分野において周知の方法によって血清もしくは血漿を除去した残りの血液サンプルからＲＮＡもしくはｍＲＮＡを単離することができる。分画化されていない全血の使用は、血液内の他の細胞タイプを分離して取り除くための費用も時間も消費する必要を回避するので好ましい（Ｋｉｍｏｔｏ  Ｋｉｍｏｔｏ  Ｙ（１９９８）Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ  ２５８：２３３−２３９；Ｃｈｅｌｌｙ  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．８６：２６１７−２６２１；Ｃｈｅｌｌｙ  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）．Ｎａｔｕｒｅ  ３３３：８５８−８６０）。好ましい実施形態では、全血サンプルからは、好ましくは５〜１０分間にわたり３００〜８００ｘｇでの穏やかな遠心を用いて、血漿または血清が遠心分離によって除去されていてよい。また別の好ましい実施形態では、溶解バッファーは、ＲＮＡの抽出前に、事前に分画化されていない全血サンプルへ添加される。０．６ｇのＥＤＴＡ；１．０ｇのＫＨＣＯ2、８．２ｇのＮＨ4Ｃｌを含む溶解バッファー（１Ｌ）はｐＨ７．４へ調整した（ＮａＯＨを使用して）。溶解バッファーと混合したら、サンプルを遠心し、ＲＮＡもしくはｍＲＮＡを含有する細胞ペレットを当分野において知られている方法によって抽出する（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．を参照されたい）。
【００６１】
末梢血白血球（ＰＢＬ）
また別の実施形態では、本発明の血液サンプルは末梢血白血球（ＰＢＬ）のサンプルである。事前に分画化されていない全血を、当分野において周知の静脈切開法によって、正常被験者、または疾患もしくは状態を有すると診断された、もしくは疑われる１つの個体から入手する。ＰＢＬは、当分野において知られている方法を用いて残りの血液から分離する。例えば、ＰＢＬはＦｉｃｏｌｌ（登録商標）勾配を用いて分離できる。
【００６２】
また別の実施形態では、本発明の血液サンプルは顆粒球のサンプルである。また別の実施形態では、本発明の血液サンプルは、好中球、好酸球、好塩基球もしくはそれらのいずれかの組み合わせのサンプルである。また別の実施形態では、本発明の血液サンプルは無顆粒球のサンプルである。また別の実施形態では、本発明の血液サンプルは、リンパ球、単球もしくはそれらの組み合わせのサンプルである。さらにまた別の実施形態では、本発明の血液サンプルは、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球もしくはそれらの組み合わせのサンプルである。
【００６３】
１つの態様では、事前に分画化されていない全血サンプルを、当分野において周知の静脈切開法によって、正常被験者、または疾患もしくは状態を有すると診断された、もしくは疑われる１つの個体から入手する。本発明によって有用な事前に分画化されていない全血サンプルは、本発明によって１つ以上の核酸配列を検出するために十分な量にある。好ましい実施形態では、事前に分画化されていない全血サンプルは、１μＬ〜１００ｍＬ、より好ましくは１０μＬ〜５０ｍＬ、いっそうより好ましくは１０μＬ〜２５ｍＬ、及び最も好ましくは１０μＬ〜１ｍＬの範囲内の量である。
【００６４】
マイクロアレイ分析を用いたＲＮＡの定量
本発明の１つの実施形態では、１つの状態を有する、または１つの状態を有していない個体または個体の集団からの転写産物の発現レベルがアレイを用いて測定される。好ましい実施形態では、例えばＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）またはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｕ１３３Ａ、Ｕ１３３ＢもしくはＵ１３３  ＰｌｕｓバージョンなどのｃＤＮＡに基づくマイクロアレイまたはオリゴヌクレオチドに基づくマイクロアレイのいずれかが利用される。
【００６５】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）マイクロアレイを利用したマイクロアレイハイブリダイゼーション実験は、好ましくはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）の取扱説明書にしたがって実施する。
ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を利用するマイクロアレイハイブリダイゼーション実験は、好ましくは以下に記載するように実施する。
【００６６】
ｍＲＮＡからの蛍光ＤＮＡプローブの調製
本発明のアレイを用いた分析のために、蛍光標識標的核酸サンプルを調製する。
【００６７】
本発明の１つの実施形態では、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイへのハイブリダイゼーションのために、総量１５μＬの患者の血液サンプルから単離した２μｇのｍＲＮＡへ、１０分間にわたり７０℃へ加熱するステップによってアニーリングし、次に氷上で冷却した２μｇのＯｌｉｇｏ−ｄＴプライマーを用いて標識ｃＤＮＡを調製する。
【００６８】
本発明のまた別の実施形態では、２０μｇの全ＲＮＡを利用してハイブリダイゼーションのために標識ｃＤＮＡを調製することができる。
【００６９】
本発明のまた別の実施形態では、ＲＮＡは全ＲＮＡもしくはｍＲＮＡのどちらかから増幅させることができる（ａＲＮＡ）。好ましい実施形態では、ａＲＮＡは全ＲＮＡから作製される。全ＲＮＡは以前に記載されたようにＴＲＩｚｏｌを用いて抽出される。次に各サンプルからの０．１〜０．５μｇの全ＲＮＡに、ユーザーガイドにしたがってＲＮＡ増幅キット（Ａｒｃｔｕｒｕｓ社、製品番号ＫＩＴ０２０１）を用いてＲＮＡ増幅を受けさせる。次に１ｍＭのＣｙ３もしくはＣｙ５（ファルマシア社）を用いた逆転写によってプローブ標識するために２．５μｇの増幅ＲＮＡを使用する。ハイブリダイゼーションのために使用したプロトコールは、以前に記載されたプロトコールに基づいていた（Ｈ．Ｚｈａｎｇ  ２００２）。
【００７０】
ｍＲＮＡは、最終濃度５０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．３）、７５ｍＭのＫＣｌ、３ｍＭのＭｇＣｌ2、２５ｍＭのＤＴＴ、２５ｍＭの未標識ｄＮＴＰ、４００単位のＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ（２００Ｕ／μＬ、Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ社）、及び１５ｍＭのＣｙ３もしくはＣｙ５（アマシャム社）を含有する容量１００μＬ中において４２℃で１．５〜２時間にわたりサンプルをインキュベートするステップによって逆転写させる。次にＲＮＡは、１５μＬの０．１Ｎ  ＮａＯＨを添加し、７０℃で１０分間にわたりインキュベーションすることによって分解する。この反応混合液は１５μＬの０．１Ｎ  ＨＣｌを添加することによって中和し、ＴＥ（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ）を加えて容量を５００μＬとし、そして２０μｇのＣｏｔ１ヒトＤＮＡ（Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ社）を添加する。
【００７１】
標識標的核酸サンプルは、Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎ−３０マイクロ濃縮器（Ａｍｉｃｏｎ社）内での遠心分離により精製する。２つの相違する標的核酸サンプル（例えば、健常被験者対疾患を有する患者由来の２つのサンプル）を分析して同一アレイへのハイブリダイゼーションによって比較する場合は、各標的核酸サンプルは相違する蛍光標識（例、Ｃｙ３及びＣｙ５）を用いて標識し、個別に濃縮する。個別に濃縮した標的核酸サンプル（Ｃｙ３及びＣｙ５によって標識された）を新鮮セントリコン中に結合し、５００μＬのＴＥを用いて洗浄し、再び７μＬ未満の容量へ濃縮する。１μＬの１０μｇ／μＬ  ポリＡ  ＲＮＡ（Ｓｉｇｍａ社、製品番号Ｐ９４０３）及び１μＬの１０μｇ／μＬ  ｔＲＮＡ（Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ社、＃１５４０１−０１１）を添加し、蒸留水を用いて容量を９．５μＬへ調整する。最終標的核酸調製のために、２．１μＬの２０×ＳＳＣ（１．５Ｍ  ＮａＣｌ、１５０ｍＭ  クエン酸ナトリウム（ｐＨ８．０））及び０．３５μＬの１０％ＳＤＳを添加する。
【００７２】
ハイブリダイゼーション
標識核酸を１００℃で２分間加熱するステップによって変性させ、２２ｍｍ×２２ｍｍのカバーグラス下の核酸アレイ上に置く前に３７℃で２０〜３０分間インキュベートした。ハイブリダイゼーションは、３×ＳＳＣの小型リザーバーによって湿度を維持しながら６５℃の慣習的スライドチャンバー内で１４〜１８時間で実施する。このアレイを０．１％  ＳＤＳを含む２×ＳＳＣ中、次に１×ＳＳＣ、及び０．１×ＳＳＣ中で２〜５分間にわたり浸漬及び攪拌によって洗浄する。最後に、２分間にわたり６５０ＲＰＭでＭｉｃｒｏｐｌｕｓ担体中でのＢｅｃｋｍａｎ  ＧＳ−６卓上遠心分離機内のスライドラック内での２分間の遠心分離によってアレイを乾燥させる。
【００７３】
シグナル検出及びデータ生成
１つ以上の標識標的核酸サンプルを含むアレイのハイブリダイゼーション後に、直ちにＧＭＳスキャナー４１８及びＳｃａｎａｌｙｚｅｒソフトウエア（Ｍｉｃｈａｅｌ  Ｅｉｓｅｎ、スタンフォード大学）を用いてスキャンし、次にＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア（Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社、カリフォルニア州）分析を実施する。あるいは、ＧＭＳスキャナー４２８及びＪａｇｕａｒソフトウエアを使用し、その後にＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を実施してもよい。
【００７４】
１つの標的核酸サンプルを分析する場合は、前記サンプルを１つの蛍光色素（例、Ｃｙ３もしくはＣｙ５）を用いて標識する。
【００７５】
本明細書に記載したマイクロアレイへのハイブリダイゼーション後に、マイクロアレイ上の関連核酸メンバーでの蛍光強度は、Ｃｙ３もしくはＣｙ５蛍光にとって適切なレーザー励起源及び干渉フィルターを装備した慣習的共焦点顕微鏡を用いて撮影した画像から決定する。
【００７６】
マイクロアレイ上のＣｙ３もしくはＣｙ５蛍光色素の存在は、マイクロアレイ上の標的核酸及び特異的核酸メンバーのハイブリダイゼーションを指摘する。Ｃｙ３もしくはＣｙ５蛍光の強度は、マイクロアレイ上の核酸メンバーへハイブリダイズした標的核酸の量を表しており、そして標的サンプル中での特異的核酸メンバー配列の発現レベルの指標である。
【００７７】
ハイブリダイゼーション後に、マイクロアレイ上の関連核酸メンバーでの蛍光強度は、Ｃｙ３及びＣｙ５蛍光にとって適切なレーザー励起源及び干渉フィルターを装備した慣習的共焦点顕微鏡を用いて撮影した画像から決定する。個別スキャン画像は、各フッ素について１ピクセル当たり２２５μｍ2及び６５，５３６グレーレベルの分解能で撮影する。画像間の標準化を使用して、２種の相違するフッ素を用いた標識及び検出における相違する効率に対して調整する。これは、１セットの内部コントロール遺伝子をほぼ同等の強度にさせて、その後にこの遺伝子セットにマッチする最適強度のために必要とされる残留スカラーをコンピュータによって計算する検出感受性の手動マッチングによって達成する。
【００７８】
マイクロアレイ上のＣｙ３もしくはＣｙ５蛍光色素の存在は、マイクロアレイ上の標的核酸及び特異的核酸メンバーのハイブリダイゼーションを指摘している。Ｃｙ３もしくはＣｙ５蛍光の強度は、マイクロアレイ上の核酸メンバーへハイブリダイズした標的核酸の量を表しており、そして標的サンプル中での特異的核酸メンバー配列の発現レベルの指標である。アレイ上の核酸メンバーが何の色も示さない場合は、前記要素がいずれかのサンプル中で検出するために十分なレベルでは発現しないことを指摘している。アレイ上の核酸メンバーが単一の色を示している場合は、標識遺伝子がその細胞サンプル中でのみ発現することを指摘している。２つの色の出現は、その遺伝子が両方の組織サンプル中で発現したことを指摘する。Ｃｙ３及びＣｙ５蛍光強度の比率は、標準化後には、比較するための２つのサンプル中での関連核酸メンバー配列の発現レベルの相違の指標である。１．０と等価ではない比率は示差的遺伝子発現の指標として使用される。
【００７９】
アレイをＣｙ３及びＣｙ５チャネル内でスキャニングし、個別１６ビットＴＩＦＦ画像として保存する。これらの画像は、アレイ上の各スポットからハイブリダイゼーション強度データを捕捉するためのグリッディング工程を含むＳｃａｎａｌｙｚｅｒ（商標）ソフトウエアを用いて組み込まれて分析される。各スポットについての蛍光強度及びバックグラウンド減算ハイブリダイゼーション強度を収集し、Ｃｙ５対Ｃｙ３の測定された平均強度の比率を計算する。標準化のために線形回帰アプローチが使用されるが、測定したＣｙ５対Ｃｙ３強度のスキャッタープロットはプロットの傾斜を有するはずであると推定される。比率の平均値を計算して、データの倍率を変更し、プロットへの傾斜を調整するために使用する。１．０と同等ではない比率の標準化後カットオフを使用して示差的に発現した遺伝子を同定する。
【００８０】
血液中で示差的に発現したＲＮＡ転写産物を同定するためのアノテーション
本発明の１つの態様では、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）マイクロアレイを使用する。当業者によって理解されるように、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）マイクロアレイ上の各「遺伝子ＩＤ」は転写されたＲＮＡの領域に対応する多数のオリゴヌクレオチドプローブ対を表しており、各プローブ対はマッチ及びミスマッチオリゴヌクレオチドから構成されるが、このときマッチオリゴヌクレオチドはヒトにおいて転写されるＲＮＡと１００％相補的である。ミスマッチオリゴヌクレオチドは、ヒトにおいて転写される遺伝子の１領域またはＲＮＡの１領域との相補性が１００％未満である。ヒトの状態にとってバイオマーカーを同定するために有用な本発明のマイクロアレイには、Ｕ９５アレイ、Ｕ１３３Ａアレイ、Ｕ１３３ＢアレイまたはＵ１３３  ｐｌｕｓ  ２．０アレイが含まれる。当業者によって理解されるように、用語「遺伝子ＩＤ」はさらにまた「スポット数」または「スポットＩＤ」または「プローブセットＩＤ」と呼ぶこともできる。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）によって使用される遺伝子ＩＤの例は、１６００２０＿ａｔ；１４９４＿ｆ＿ａｔ，；または２００００３＿ｓ＿ａｔである。
【００８１】
遺伝子ＩＤはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘによってアノテーションされ、アノテーションの結果はｗｗｗ．ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社ウェブサイト上で入手できる。本明細書で使用するＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）マイクロアレイとの関連で使用する場合の「アノテーション」は、発現したＲＮＡ、及び妥当な場合は、マイクロアレイのプローブ対へのＲＮＡの結合の結果として測定される発現したＲＮＡによって翻訳される結果として生じるタンパク質を同定することを可能にする情報である。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘヒトマイクロアレイについてのアノテーション基本表は、表８Ａに開示されている。表８Ａに提供したアノテーションに関する詳細は、下記の表９に示されている。
【００８２】
【表２】
2007528704.tif 000008
【００８３】
本発明のまた別の態様ではＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）などのｃＤＮＡに基づくアレイが使用される。ＥＳＴ配列に対応する配列はマイクロアレイ上にスポッティングされる。使用される配列には、以前にＨ．Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  Ｃａｒｔｉｌａｇｅ（２００２）１０，９５０−９６０の中で記載された軟骨組織ライブラリークローンを用いて同定された配列が含まれる。本発明のマイクロアレイの示差的に発現したＥＳＴ配列は、既知遺伝子もしくは他のＥＳＴに対するＥＳＴマッチングについての推定同一性を決定するためにＮＣＢＩを通して利用できる「ｎｔ」、「ｎｒ」、「ｅｓｔ」、「ｇｓｓ」及び「ｈｔｇ」データベースを含む利用可能なデータベースに対して検索するステップによってアノテーションされる。既知遺伝子マッチを備えるＥＳＴの機能的特性付けは、いずれかの知られている方法によって実施される。好ましくは、示差的に発現したＥＳＴ配列は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムを用いて非冗長性Ｇｅｎｂａｎｋ／ＥＭＢＬ／ＤＤＢＪ及びｄｂＥＳＴデータベースと比較される（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ＳＦ，Ｇｉｓｈ  Ｗ，Ｍｉｌｌｅｒ  Ｗ，Ｍｙｅｒｓ  ＥＷ，Ｌｉｐｍａｎ  ＤＪ．Ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  １９９０；２１５：４０３−１０）。既知遺伝子もしくは他のＥＳＴに対するＥＳＴマッチングの推定同一性を指定するためにはＰ＝１０-10の最小値及び、＞９５％のヌクレオチド配列同一性が必要とされるが、このとき配列同一性は非連続性もしくは散在性である。ＥＳＴセット内で提示された遺伝子の非冗長性リストの構築は、全米バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）のウエブサイトｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ上のＵｎｉｇｅｎｅ、Ｅｎｔｒｅｚ及びＰｕｂＭｅｄを用いて実施する。
【００８４】
遺伝子は、知られている方法によってＥＳＴから同定する。ＥＳＴ配列から新規遺伝子を同定するためには、ＥＳＴはアノテーションのために、好ましくは長さが少なくとも１００ヌクレオチド、より好ましくは１５０ヌクレオチドでなければならない。好ましくは、ＥＳＴはオープンリーディングフレーム特性を示す（すなわち、推定ポリペプチドをコードできる）。
【００８５】
より大きな配列に対応するＥＳＴが同定されると、そのＥＳＴを含むより大きな配列の他の部分は、遺伝子機能を解明するため、例えばその遺伝子によってコードされたポリペプチドを単離する、これらのポリペプチドと特異的に反応性の抗体を生成する、それらのポリペプチドの結合パートナー（受容体、リガンド、アゴニスト、アンタゴニストなど）を同定する、及び／または健常固体もしくは疾患個体における遺伝子の発現（もしくはその欠如）を検出するためのアッセイにおいて使用できる。
【００８６】
また別の態様では、本発明は、クエリーが実施される時点に配列データベース内の公に知られている配列のいずれかと「有意なマッチ」を示さない核酸配列を提供する。これらのタイプの新規ＥＳＴ配列を含むより長いゲノムセグメントはゲノムライブラリーを調査することによって同定できるが、他方より長い発現した配列はｃＤＮＡライブラリーによって、及び／または当分野において知られているプライマー配列を引き出すためにＥＳＴ配列を使用してポリメラーゼ鎖伸長反応（例、ＲＡＣＥ）を実施することによって同定できる。より長いフラグメントは、ＦＩＳＨ及び他の技術によって特定染色体へマッピングすることができ、それらの配列はゲノム及び／または発現配列データベース内の既知配列と比較することができる。
【００８７】
ＥＳＴによってコードされたアミノ酸配列は、当分野において周知の方法によって対応する全長遺伝子のアミノ酸配列についてＧｅｎＢａｎｋ、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ、ＥＭＢＬデータベース、ＰＩＲタンパク質データベース、Ｖｅｃｂａｓｅ、またはＧｅｎＰｅｐｔなどのデータベースを検索するためにも使用できる。
【００８８】
ＥＳＴを分析するためのまた別の方法もまた利用できる。例えば、ＥＳＴはＰＨＲＥＤ及びＰＨＲＡＰ（本明細書に組み込まれるＥｗｉｎｇ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．３：１７５；及びｂｏｚｅｍａｎ．ｇｅｎｏｍｅ．ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ．ｅｄｕのウエブサイトを参照）などの配列アライメント、エディティング、及びアッセンブリープログラムを用いてコンティーグ内へ集合させることができる。コンティーグ冗長性は、単一ＥＳＴ  ｃＤＮＡクローンに対するノンオーバーラッピング５及び３配列について共通であるＥＳＴクローン同定数を用いてノンオーバーラッピング配列コンティーグをクラスタリングすることによって低下させる。１つの態様では、各クラスターからのコンセンサス配列が、ＮＣＢＩウェブサイトのＵｎｉｇｅｎｅ、Ｅｎｔｒｅｚ及びＰｕｂＭｅｄを使用して、ＢＬＡＳＴアルゴリズムを用いて非冗長性Ｇｅｎｂａｎｋ／ＥＭＢＬ／ＤＤＢＪ及びｄｂＥＳＴデータベースと比較する。
【００８９】
ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）上にスポッティングするために使用されるＥＳＴクローンは、上述した方法を用いてアノテーションされている。結果はクローン名によって報告され、アノテーションはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）アノテーション基本表である表８Ｂに開示されている。本明細書で使用するＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）との関連で使用する場合の「アノテーション」は、発現したＲＮＡ、及び妥当な場合は、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイへのＲＮＡの結合の結果として測定される発現したＲＮＡによって翻訳された結果として生じるタンパク質を同定することを可能にする。アノテーションの詳細は、上記の表９に示されている。
【００９０】
定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲを用いた血液中の１種以上の転写産物のレベルの測定
本発明のまた別の態様では、本発明の１種以上の転写産物のレベルは、定量的逆転写（ＲＴ）をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）と組み合わせて用いることにより、ＱＲＴ−ＰＣＲ、血液由来のＲＮＡ（事前に分画化されていない全血、末梢血白血球、ＰＢＭＣまたはその他の血液の小分画）を含む定量的方法を用いて決定できる。
【００９１】
血液からの全ＲＮＡ、もしくはｍＲＮＡをテンプレートとして使用し、本発明の遺伝子の転写部分に対して特異的なプライマーを使用して逆転写を開始する。プライマーの設計は、市販で入手できるソフトウエア（例えば、Ｐｒｉｍｅｒ  Ｄｅｓｉｇｎｅｒ  １．０、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｓｏｆｗａｒｅなど）を利用して遂行できる。逆転写の産物は、引き続いてＰＣＲのためのテンプレートとして使用する。
【００９２】
ＰＣＲは、標的当該配列を増幅させるために熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼによって触媒される複数サイクルのＤＮＡ複製を用いることによって特定核酸配列を迅速に増幅させるための方法を提供する。ＰＣＲには、増幅される核酸の存在、増幅される配列を両側で挟んでいる２つの一本鎖オリゴヌクレオチドプライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオチドトリホスフェート、バッファー及び塩の存在を必要とする。
【００９３】
ＰＣＲの方法は、当分野において周知である。ＰＣＲについては、参照して本明細書に組み込まれるＭｕｌｌｉｓ  ａｎｄ  Ｆａｌｏｏｎａ，１９８７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１５５：３３５の中に記載されたとおりに実施する。
【００９４】
ＰＣＲは、テンプレートＤＮＡもしくはｃＤＮＡ（少なくとも１ｆｇ；より有用には、１〜１，０００ｎｇ）及び少なくとも２５ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマーを用いて実施する。典型的な反応混合物には、２μＬのＤＮＡ、２５ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、２．５μＬの１０□  ＰＣＲバッファー１（パーキンエルマー社、カリフォルニア州フォスターシティ）、０．４μＬの１．２５μＭ  ｄＮＴＰ、０．１５μＬ（もしくは２．５単位）のＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ社、カリフォルニア州フォスターシティ）及び総量２５μＬまでの脱イオン水が含まれる。鉱油を上に塗布し、ＰＣＲはプログラム可能なサーマルサイクラーを用いて実施する。
【００９５】
ＰＣＲサイクルの各ステップの長さ及び温度ならびにサイクル数は、実質的にストリンジェンシー要件にしたがって調整する。アニーリングの温度及び実施時点は、プライマーがテンプレートへアニーリングすると予想される効率及び許容されるミスマッチ度の両方によって決定される。プライマーのアニーリング条件のストリンジェンシーを最適化する能力は、当分野における中等度の知識の明確な範囲内である。３０℃〜７２℃のアニーリング温度を使用する。テンプレート分子の初期変性は通常は、４分間にわたる９２℃〜９９℃で発生し、次に変性（１５秒間から１分間で９４〜９９℃）、アニーリング（上記で考察したように決定した温度；１〜２分間）、及び鎖伸長（１分間にわたり７２℃）から構成される２０〜４０サイクルが続く。最終鎖伸長ステップは、一般には７２℃で４分間にわたり実施するが、その後に４℃での無期限（０〜２４時間）ステップを続けてもよい。
【００９６】
本質的に定量的であるＱＲＴ−ＰＣＲは、血液中の１種以上のＲＮＡ転写産物のレベルの定量的測定値を提供するために、２ステップ方法での逆転写及びＰＣＲ、または単一ステッププロトコールでの逆転写とＰＣＲとの併用のいずれかを用いて実施することもできる。Ｔａｑｍａｎ（登録商標）（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ社、カリフォルニア州フォスターシティ）などの市販で入手できるキットが存在するこれらの技術の１つは、転写産物特異的アンチセンスプローブを用いて実施される。このプローブはＰＣＲ産物（例、遺伝子由来の核酸フラグメント）に対して特異的であり、クエンチャー及びオリゴヌクレオチドの５’末端へ複合体化した蛍光レポータープローブを用いて調製される。１回の反応において２つの生成物の測定を許容するために、相違する蛍光マーカーが相違するレポーターへ付着させられる。Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼが活性化されると、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼの５’から３’エキソヌクレアーゼ活性によって開裂してテンプレートへ結合したプローブの蛍光レポーターを除去する。クエンチャーが存在しない場合は、レポーターは今度は蛍光を発する。レポーターにおける変色は各特異的産物の量に比例しており、蛍光計によって測定される。このため、各色の量が測定されて、ＰＣＲ産物が定量される。ＰＣＲ反応は、多数の個体由来のサンプルが同時に処理及び測定されるように９６ウエルプレート内で実施される。Ｔａｑｍａｎ（登録商標）システムはゲル電気泳動法を必要としないというさらなる長所を有しており、標準曲線と一緒に使用した場合は定量を可能にする。
【００９７】
ＰＣＲ産物を定量的に検出するために有用な第２の技術は、市販で入手できるＱｕａｎｔｉＴｅｃｔ（商標）ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ  ＰＣＲ（Ｑｉａｇｅｎ社、カリフォルニア州バレンシア）などのｉｎｔｅｒｃｏｌａｔｉｎｇ  ｄｙｅを使用する方法である。ＲＴ−ＰＣＲは、ＰＣＲ段階中にＰＣＲ産物に組み込まれている蛍光標識としてＳＹＢＲ（登録商標）ｇｒｅｅｎを用いて実施され、ＰＣＲ産物の量と比例する蛍光を発生させる。
【００９８】
Ｔａｑｍａｎ（登録商標）及びＱｕａｎｔｉＴｅｃｔ（商標）ＳＹＢＲ（登録商標）システムは、ＲＮＡの逆転写に引き続いて使用できる。
【００９９】
さらに、１種以上の転写産物のレベルを定量的に測定するための蛍光分子及びクエンチャー分子を有するプローブを使用するＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎｓ（登録商標）を含む他のシステムは知られており、前記プローブは、ヘパリン形の場合は蛍光分子がクエンチされ、ハイブリダイズされると蛍光が増加して１種以上のＲＮＡ転写産物の定量的測定を生じさせるようにヘアピン構造を形成することができる。
【０１００】
本発明によると、電気泳動法を使用せずにＰＣＲ産物を定量的に検出するための幾つかの他の技術もまた使用できる（例えば、ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．Ｎ．Ｙ．，（１９９０）を参照されたい）。
【０１０１】
有用なバイオマーカーの同定
本明細書に記載した血液中の１種以上のＲＮＡ転写産物のレベルに関する比較を許容する技術を使用すると、１つの状態の有用なバイオマーカーを同定することができる。例えば、１つの状態を有する１つの個体もしくは個体集団と、１つの状態を有していない１つの個体もしくは個体集団との間で１種以上の転写産物の相違するレベルを同定するバイオマーカーを同定することができる。
【０１０２】
相違について２つ以上のサンプルを比較する場合は、試験された仮説が真実ではない場合に類似の結果が観察される（すなわち、ＲＮＡ転写産物が相違するレベルで発現しない）確率が極めて小さい場合に統計的有意であると報告される。小さな確率は、比較されている結果が有意に相違すると見なされる許容された閾値レベルであると定義できる。許容された下方閾値は、統計的平均値によって決定されるこの閾値以下にある数値が有意と見なされるように０．０５（すなわち、その結果が２つ以上の同一集団間で観察される５％の可能性がある）に設定されるが、それには限定されない。
【０１０３】
類似性について２つ以上のサンプルを比較する場合は、試験された仮説が真実ではない場合に類似の結果が観察される（すなわち、遺伝子が異なるレベルで発現しない）確率が極めて小さい場合に統計的有意であると報告される。小さな確率は、比較されている結果が有意に相違すると見なされる許容された閾値レベルであると定義できる。許容された下方閾値は、この閾値より上方の統計的平均値によって決定されるこの閾値以下にある数値が有意である、したがって類似であると見なされないように０．０５（すなわち、その結果が２つ以上の同一集団間で観察される５％の可能性がある）に設定されるが、それには限定されない。
【０１０４】
好ましくは、バイオマーカーの同定は統計的分析法を用いて実施される。例えば、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定または順列ｔ検定などの標準修正ｔ検定を使用できる。さらに、３つ以上の参照集団が存在する場合は、多群比較もまた実施できる。この場合には、その後にｔ検定、テューキー（Ｔｕｋｅｙ）検定、スチューデント・ニューマン・クールズ検定などの事後ペアワイズ検定を用いて分析できるＡＮＯＶＡまたはクラスカル・ワリス検定などの統計的検定を使用できる。当業者には理解されるであろうが、他のマルチクラス比較検定もまた使用できる。例えば、参照して本明細書に全体として組み込まれる（Ｓｏｋａｌ  ａｎｄ  Ｒｏｈｌｆ（１９８７）Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ２nd  ｅｄｉｔｉｏｎ，ＷＨ  Ｆｒｅｅｍａｎ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、Ｙｅｕｎｇ  ａｎｄ  Ｂｕｍｇａｒｎｅｒ，Ｍｕｌｔｉｃｌａｓｓ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  ｄａｔａ  ｗｉｔｈ  ｒｅｐｅａｔｅｄ  ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ：ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｔｏ  ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２００３，４：Ｒ８３；Ｂｒｅｉｍａｎ，Ｌ．（２００１）Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ，ｔｈｅ  ｔｗｏ  ｃｕｌｔｕｒｅｓ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １６（３）１９９−２３１）を参照されたい。
【０１０５】
例えば比較、精査、回収及び／または修飾のために容易なアクセスを促進するために、１つの状態を有する、または１つの状態を有していない患者の発現プロファイルは、コンピュータ装置または他のフォーマットによってアクセス可能なリレーショナルデータベース内であろうと、または手動でアクセス可能な例えば写真、アナログもしくはデジタルイメージング、読出しスプレッドシートなどプロファイルのインデックスファイルによってアクセス可能なデータベースであろうと、データベース内に記録することができる。典型的には、データベースは、ローカル及び／またはリモートで利用できるアクセスを用いて、中央装置で編集及び維持される。
【０１０６】
当業者には理解されるように、１つの対象状態を有することが疑われる被験個体の発現プロファイルによって例示される血液中の１種以上の転写産物のレベルと、前記対象状態を有する１つ以上の個体の血液中の１種以上の転写産物との比較、ならびに疾患状態の所定の病期もしくは進行度を有する個体と前記状態を有していない個体もしくは健常（「正常」）の個体との間の発現プロファイルの同様の比較は、前記被験個体を診断または予後診断できるように、同時にまたは非同時に生成した発現プロファイルを介して行なうことができる。データベースが前記比較を生成するために有用であろうことは理解されるであろう。
【０１０７】
被験患者からの追加の試験サンプルが臨床試験、その後の調査などを通して入手されると、本明細書に開示した方法にしたがって追加のデータを決定できる、そして健常被験者及び／または非疾患被験者及び／または前記被験患者サンプルと比較した疾患の所定の病期もしくは進行度を比較するためにより優れた参照データを提供するために同様にデータベースへ追加することができる。
【０１０８】
バイオマーカーを結合する能力は、疾患もしくは状態の診断が可能になるように２つの集団間を識別するために役立ついっそう大きな可能性を提供する。有用なバイオマーカーの組み合わせを同定するために、バイオマーカーのそれぞれの潜在的な組み合わせもしくはセットは、特定状態を有する、または有していない未知サンプルを診断する能力について評価される。
【０１０９】
したがって診断または予後診断は、１個の遺伝子、２個以上の遺伝子、３個以上の遺伝子、４個以上の遺伝子、５個以上の遺伝子、６個以上の遺伝子、７個以上の遺伝子、８個以上の遺伝子、９個以上の遺伝子、１０個以上の遺伝子、１５個以上の遺伝子、２０個以上の遺伝子、３０個以上の遺伝子、５０個以上の遺伝子、１００個以上の遺伝子、２００個以上の遺伝子、３００個以上の遺伝子、５００個以上の遺伝子または問題の特異的状態に対して開示された全ての遺伝子の発現レベルを検出するステップによって実施できる。
【０１１０】
診断目的の発現プロファイルの使用
当業者には理解されるように、前記疾患を有する、または前記疾患を有していない未知サンプルを特徴付けるために、上述したような統計的有意であると同定されている１セット以上のバイオマーカーを利用できる。これは一般に、「クラス予測」と呼ばれている。
【０１１１】
クラス予測分析のために使用できる方法は明確に記載されており、一般に知られている分類を備えるサンプルを用いるトレーニング期及び未知のサンプルの分類を予測できるように、トレーニングデータからアルゴリズムがそれから一般化する試験期を含む（例えば、全部が参照して全体として本明細書に組み込まれるＳｌｏｎｉｍ，Ｄ．（２００２），Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｕｐｐ．Ｖｏｌ  ３２  ５０２−８，Ｒａｙｃｈａｕｄｈｕｒｉ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  １９：１８９−１９３；Ｋｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄ．７  ６７３−９．；Ｇｏｌｕｂ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８６：５３１−７．Ｈａｓｔｉｅ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．１（２）Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ０００３．１−０００３．２１を参照されたい）。
【０１１２】
疾患状態を予測するための発現プロファイルの使用
無症候性個体が前記状態の症状を発生するかどうか、または早期の疾患状態を有する個体が後期の疾患状態を発生するかどうかを予測するために、上述したように統計的有意である血液中の転写産物の相違するレベルを産生すると同定されている１セット以上の遺伝子を利用することもできる。
【０１１３】
例えば７８０人の個体を分析した結果として、我々は驚くべきことに、およそ６５歳を超えるカナダ人の５０％は変形性関節症の症状を示していないのに（Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  Ｃａｎａｄａ、カナダ地域健康調査（Ｃａｎａｄｉａｎ  Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｕｒｖｅｙ）、２０００／２００１）、５６歳以上の年齢群のほぼ全員が中等度、高度、もしくは重度いずれかのＯＡを有することを有しており、そしてさらに６１歳以上の年齢群に中のほぼ全個体が高度もしくは重度いずれかのＯＡ単独を有することを証明した（図３５及び表３ＡＥを参照）。このデータは、軽度ＯＡを有する個体は軽度ＯＡを有していない個体に比較して高度もしくは重度ＯＡに進行する機会が有意に増加することを指摘している。
【０１１４】
【表３】
2007528704.tif 000009
【０１１５】
結果として、本明細書に記載したクラス予測分析方法を利用すると、個体が後期ＯＡを発生するかどうかを早期ＯＡを有する個体を同定するステップによって決定することができる。
【０１１６】
例えば臨床試験中には追加のサンプルが入手されるので、それらの発現プロファイルを決定し、データベース内の関連対象データと相関付け、同様に前記データベース内に記録することができる。上述したアルゴリズムを使用すると、ＯＡの予測と１種以上のＲＮＡ転写産物シグニチャーとのいっそうより大きな関連付けを可能にすることによって予測的決定をいっそう精緻化するために現行データベースに対して追加のサンプルをクエリーすることができる。
【０１１７】
したがって後期ＯＡの予測は、２個以上の遺伝子、３個以上の遺伝子、４個以上の遺伝子、５個以上の遺伝子、６個以上の遺伝子、７個以上の遺伝子、８個以上の遺伝子、９個以上の遺伝子、１０個以上の遺伝子、１５個以上の遺伝子、２０個以上の遺伝子、３０個以上の遺伝子、５０個以上の遺伝子、１００個以上の遺伝子、２００個以上の遺伝子、３００個以上の遺伝子、５００個以上の遺伝子または軽度ＯＡを同定するために開示された全ての遺伝子によって発現した転写産物のレベルを検出するステップによって実施できる。
【０１１８】
本明細書では以下の参考文献を引用する。
Ａｌｏｎ  Ｕ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（１９９９），９６：６７４５−６７５０．
Ｃｌａｕｄｉｏ  ＪＯ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ５０：４４−５２．
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Ｃｈｅｌｌｙ  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）．Ｎａｔｕｒｅ  ３３３：８５８−８６０．
Ｄｒｅｗｓ  Ｊ  ＆  Ｒｙｓｅｒ  Ｓ（１９９７）．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１５：１３１８−９．
Ｆｅｒｒｉｅ  ＲＭ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）．Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５１：２５１−６２．
Ｆｕ  Ｄ−Ｊ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ  １６：３８１−４．
Ｇａｌａ  ＪＬ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４４（３）：４７２−８１．
Ｇｅｉｓｔｅｒｆｅｒ−Ｌｏｗｒａｎｃｅ  ＡＡＴ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）．Ｃｅｌｌ  ６２：９９９−１００６．
Ｇｒｏｄｅｎ  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）．Ｃｅｌｌ  ６６：５８９−６００．
Ｈｗａｎｇ  ＤＭ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）．Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ  ９６：４１４６−４２０３．
Ｊａｎｄｒｅｓｋｉ  ＭＡ  ＆  Ｌｉｅｗ  ＣＣ（１９８７）．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．７６：４７−５３．
Ｊｉｎ  Ｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）．Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ  ８２：８−１６．
Ｋｉｍｏｔｏ  Ｙ（１９９８）．Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ  ２５８：２３３−２３９．
Ｋｏｓｔｅｒ  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ  １４：１１２３−８．
Ｌｉｅｗ  ＆  Ｊａｎｄｒｅｓｋｉ（１９８６）．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．８３：３１７５−３１７９．
Ｌｉｅｗ  ＣＣ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１８：３６４７−３６５１．
Ｌｉｅｗ  ＣＣ（１９９３）．Ｊ  Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｃａｒｄｉｏｌ．２５：８９１−８９４．
Ｌｉｅｗ  ＣＣ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．９１：１０６４５−１０６４９．
Ｌｉｅｗ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）．Ｍｏｌ．ａｎｄ  Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１７２：８１−８７．
Ｎｉｉｍｕｒａ  Ｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）．Ｎｅｗ  Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．３３８：１２４８−１２５７．
Ｏｇａｗａ  Ｍ（１９９３）．Ｂｌｏｏｄ  ８１：２８４４−２８５３．
Ｓａｎｔｏｒｏ  ＩＭ  ＆  Ｇｒｏｄｅｎ  Ｊ（１９９７）．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４８８−４９４．
Ｓｃｈｕｍｍｅｒ  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９），Ｇｅｎｅ  ２３８：３７５−３８５．
ｖａｎ’ｔ  Ｖｅｅｒ  ＬＪ  ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ  ４１５：５３０−５３６．
Ｙｅｕｎｇ  ａｎｄ  Ｂｕｍｇａｒｎｅｒ，（２００３）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ４：Ｒ８３．
Ｙｕａｓａ  Ｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）．Ｊａｐａｎｅｓｅ  Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．８９：８７９−８８２．
【０１１９】
表の説明：
表１は、疾患を有する患者もしくは併存性である患者からの血液サンプル中で、健常被験者または前記疾患を有していない、もしくは前記併存性疾患のうちの一方だけを有する患者からの血液サンプルと比較して示差的に発現する遺伝子を示している。
表１Ａは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、変形性関節症及び高血圧を有する患者からの血液サンプル中で正常被験者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｂは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、変形性関節症及び肥満症を有する患者からの血液サンプル中で正常被験者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｃは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、変形性関節症及びアレルギーを有する患者からの血液サンプル中で正常被験者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｄは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、変形性関節症を有し、全身性ステロイド剤療法を受けている患者からの血液サンプル中で正常被験者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｅは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、高血圧を有する患者からの血液サンプル中で非高血圧被験者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｆは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、肥満症を有する患者からの血液サンプル中で非肥満症被験者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｇは、高血圧及びＯＡを有する患者からの血液サンプル中でＯＡ単独を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示しており、高血圧に固有である遺伝子を同定できるように表１Ａにおいて同定された遺伝子は除去されている。
表１Ｈは、高血圧及びＯＡを有する患者からの血液サンプル中でＯＡ単独を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子を共有する表１Ａに同定された遺伝子の同一性を示している。
表１Ｉは、肥満症であってＯＡを有する患者からの血液サンプル中でＯＡ単独を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示しており、肥満症に固有である遺伝子を同定できるように表１Ｂにおいて同定された遺伝子は除去されている。
表１Ｊは、肥満症であってＯＡを有する患者からの血液サンプル中でＯＡを有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子を共有する表１Ｂに同定された遺伝子の同一性を示している。
表１Ｋは、アレルギー及びＯＡを有する患者からの血液サンプル中でＯＡ単独を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示しており、アレルギーに固有である遺伝子を同定できるように表１Ｃにおいて同定された遺伝子は除去されている。
表１Ｌは、アレルギー及びＯＡを有する患者からの血液サンプル中でＯＡ単独を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子を共有する表３Ｃに同定された遺伝子の同一性を示している。
表１Ｍは、全身性ステロイド剤療法を受けていてＯＡを有する患者からの血液サンプル中で、ＯＡ単独を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示しており、全身性ステロイド剤療法を受けている患者に固有である遺伝子を同定できるように表１Ｄにおいて同定された遺伝子は除去されている。
表１Ｎは、全身性ステロイド剤療法を受けていてＯＡを有する患者からの血液サンプル中でＯＡ単独を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子を共有する表１Ｄに同定された遺伝子の同一性を示している。
表１Ｏは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、避妊薬、プレドニゾンもしくはホルモン補充療法のいずれかを受けていてＯＡを提示している患者からの血液サンプル中で示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｐは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、ＩＩ型糖尿病を有する患者からの血液サンプル中でＩＩ型糖尿病を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｑは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、高脂質血症を有する患者からの血液サンプル中で高脂質血症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｒは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、肺疾患を有する患者からの血液サンプル中で肺疾患を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｓは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、膀胱癌を有する患者からの血液サンプル中で膀胱癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｔは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、早期膀胱癌、後期膀胱癌を有する患者または非膀胱癌患者からの血液サンプル中で示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｕは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有する患者からの血液サンプル中でＣＡＤを有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｖは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、関節リウマチを有する患者からの血液サンプル中で関節リウマチを有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｗは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、関節リウマチを有する患者からの血液サンプル中で関節リウマチを有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｘは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、うつ病を有する患者からの血液サンプル中でうつ病を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｙは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、様々な病期の変形性関節症を有する患者からの血液サンプル中で示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１Ｚは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、肝臓癌を有する患者からの血液サンプル中で肝臓癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＡは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、統合失調症を有する患者からの血液サンプル中で統合失調症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＢは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、シャーガス病を有する患者からの血液サンプル中でシャーガス病を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＣは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、喘息を有する患者からの血液サンプル中で喘息を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＤは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、喘息を有する患者からの血液サンプル中で喘息を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＥは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、肺癌を有する患者からの血液サンプル中で肺癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＧは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、高血圧を有する患者からの血液サンプル中で高血圧を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＨは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、肥満症を有する患者からの血液サンプル中で肥満症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表１ＡＩは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、強直性脊椎炎を有する患者からの血液サンプル中で示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表２は、軽度もしくは重度いずれかのＯＡを有する患者からの血液中で示差的に発現する遺伝子の同一性を示しており、喘息、肥満症、高血圧、全身性ステロイド剤療法及びアレルギーに関連する遺伝子は除去されている。
表３は、第１疾患を有する患者からの血液サンプル中で、第２疾患を有する患者からの血液サンプルと比較して、前記第１及び第２疾患の鑑別診断をできるように示差的に発現する遺伝子を示している。
表３Ａは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、統合失調症を有する患者からの血液中で躁鬱症候群（ＭＤＳ）を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｂは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、肝炎を有する患者からの血液中で肝臓癌と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｃは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、膀胱癌を有する患者からの血液中で肝臓癌と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｄは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、膀胱癌を有する患者からの血液中で睾丸癌と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｅは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、睾丸癌を有する患者からの血液中で腎臓癌と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｆは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、肝臓癌を有する患者からの血液中で胃癌と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｇは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、肝臓癌を有する患者からの血液中で大腸癌と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｈは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、胃癌を有する患者からの血液中で大腸癌と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｉは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、関節リウマチを有する患者からの血液中で変形性関節症と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｋは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、シャーガス病を有する患者からの血液中で心不全と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｌは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、シャーガス病を有する患者からの血液中で冠動脈疾患と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｎは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、冠動脈疾患を有する患者からの血液中で心不全と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｐは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、無症候性シャーガス病を有する患者からの血液中で症候性シャーガス病と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｑは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、アルツハイマー病を有する患者からの血液中で統合失調症と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表３Ｒは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、アルツハイマー病を有する患者からの血液中で躁鬱症候群と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４は、１つの病期の変形性関節症を有する患者からの血液サンプル中で、第２病期の変形性関節症を有する患者からの血液サンプルと比較して、前記疾患の進行及び／または退行を監視できるように示差的に発現する遺伝子を示している。
表４Ａは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｂは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｃは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で軽度変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｄは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｅは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、中等度変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｆは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、中等度変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｇは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、高度変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｈは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、高度変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｉは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、重度変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｊは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、重度変形性関節症を有する患者からの血液中で変形性関節症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｋは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で中等度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｌは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で中等度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｍは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で高度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｎは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で高度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｏは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で重度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｐは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、軽度変形性関節症を有する患者からの血液中で重度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｑは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、中等度変形性関節症を有する患者からの血液中で高度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｒは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、中等度変形性関節症を有する患者からの血液中で高度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｓは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、中等度変形性関節症を有する患者からの血液中で重度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｔは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、中等度変形性関節症を有する患者からの血液中で重度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｕは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、高度変形性関節症を有する患者からの血液中で重度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表４Ｖは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、高度変形性関節症を有する患者からの血液中で重度変形性関節症を有する患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５は、対象疾患もしくは対象状態を有する患者からの血液サンプル中で、前記疾患もしくは状態を有していない患者からの血液サンプルと比較して示差的に発現する遺伝子を示している。
表５Ａは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、乾癬を有する患者からの血液サンプル中で高血圧を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｂは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、甲状腺障害を有する患者からの血液サンプル中で甲状腺障害を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｃは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、過敏性腸症候群を有する患者からの血液サンプル中で過敏性腸症候群を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｄは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、骨粗鬆症を有する患者からの血液サンプル中で骨粗鬆症を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｅは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、偏頭痛を有する患者からの血液サンプル中で偏頭痛を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｆは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、湿疹を有する患者からの血液サンプル中で湿疹を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｇは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、ＮＡＳＨを有する患者からの血液サンプル中でＮＡＳＨを有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｈは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、アルツハイマー病を有する患者からの血液サンプル中でアルツハイマー病を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｉは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、躁鬱症候群を有する患者からの血液サンプル中で躁鬱症候群を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｊは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、クローン大腸炎を有する患者からの血液サンプル中でクローン大腸炎を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｋは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、慢性胆嚢炎を有する患者からの血液サンプル中で慢性胆嚢炎を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｌは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、心不全を有する患者からの血液サンプル中で心不全を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｍは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、子宮頸癌を有する患者からの血液サンプル中で子宮頸癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｎは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、胃癌を有する患者からの血液サンプル中で胃癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｏは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、腎臓癌を有する患者からの血液サンプル中で腎臓癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｐは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、睾丸癌を有する患者からの血液サンプル中で睾丸癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｑは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、大腸癌を有する患者からの血液サンプル中で大腸癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｒは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、Ｂ型肝炎を有する患者からの血液サンプル中でＢ型肝炎を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｓは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、膵臓癌を有する患者からの血液サンプル中で膵臓癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｔは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、無症候性シャーガス病を有する患者からの血液サンプル中でシャーガス病を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｕは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、症候性シャーガス病を有する患者からの血液サンプル中でシャーガス病を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表５Ｖは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、膀胱癌を有する患者からの血液サンプル中で膀胱癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表６は、一連の関連状態のいずれか１つを有する患者からの血液サンプル中で、前記関連状態を有していない患者からの血液サンプルと比較して示差的に発現する遺伝子を示している。
表６Ａは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、癌を有する患者からの血液サンプル中で癌を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表６Ｂは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、心血管疾患を有する患者からの血液サンプル中で心血管疾患を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表６Ｃは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて、神経系疾患を有する患者からの血液サンプル中で神経系疾患を有していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７は、１つの状態を有する患者からの血液サンプル中で、前記状態を有していない患者からの血液サンプルと比較して示差的に発現する遺伝子を示している。
表７Ａは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）を摂取している患者からの血液サンプル中でＣｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）ではないＣｏｘ阻害剤を摂取している患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｂは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）を摂取している患者からの血液サンプル中でＣｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）を摂取していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｃは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）を摂取している患者からの血液サンプル中でＶｉｏｘｘ（登録商標）を摂取していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｄは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）を摂取している患者からの血液サンプル中でＶｉｏｘｘ（登録商標）ではないＣｏｘ阻害剤を摂取している患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｅは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、ＮＳＡＩＤを摂取している患者からの血液サンプル中でＮＳＡＩＤを摂取していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｆは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、コルチゾンを摂取している患者からの血液サンプル中でコルチゾンを摂取していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｇは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、粘性補給剤を摂取している患者からの血液サンプル中で粘性補助剤を摂取していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｈは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、Ｌｉｐｉｔｏｒ（登録商標）を摂取している患者からの血液サンプル中でＬｉｐｉｔｏｒ（登録商標）を摂取していない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
表７Ｉは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォームを用いて、喫煙者である患者からの血液サンプル中で喫煙者ではない患者と比較して示差的に発現する遺伝子の同一性を示している。
図８Ａは表１〜７に同定した遺伝子ＩＤ間の関係を示しているアノテーション表であるが、データはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォーム及びＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブによって同定した遺伝子を用いて生成した。
図８Ｂは表１〜７に同定したクローンＩＤ間の関係を示しているアノテーション表であるが、データはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）プラットフォーム及びＥＳＴクローンによって同定した遺伝子を用いて生成した。
表９は、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）及びＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）マイクロアレイ両方の結果について提供された様々なアノテーションに関する説明を示している。
表１０は、様々な病期のＯＡの発生率が男性及び女性における年齢に関連してどのように変動するのかを示している。
表１１は、Ｐａｔｅｎｔ−Ｉｎ  Ｆｏｒｍａｔ内の既知遺伝子配列への「非有意マッチ」を備える表１Ａ−７Ｉの２２３  ＥＳＴ配列を示している。
表１２は、正常血液細胞に比較したＣＡＤ末梢血細胞内での２倍を超える示差的発現を示している遺伝子のリストを示している。
【０１２０】
以下の実施例は、本発明の様々な実施形態を具体的に例示する目的で提供するものであり、決して本発明を限定することは意図していない。
〔実施例１〕
【０１２１】
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した冠動脈疾患を有する個体からの血液サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの血液ｃＤＮＡチップ・マイクロアレイデータ分析。
【０１２２】
本明細書に記載したように、マイクロアレイは、ヒト末梢血液細胞ｃＤＮＡライブラリー由来のｃＤＮＡクローンを用いて構築した。ＧＮＳ  ４１７アレイヤー（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）を用いて、本明細書に記載したヒト末梢血液細胞ｃＤＮＡライブラリー由来クローンの計１０，３６８個のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）産物を整列させた。マイクロアレイ分析のためのＲＮＡは、血管拡張薬を摂取していてバイパス手術を待つ冠動脈性心疾患（狭窄率８０〜９０％）を有する男性患者３例及び女性患者１例、ならびに男性健常被験者３例から入手した、事前に分画化されていない全血サンプルから単離した。
【０１２３】
１ｐｇの全ＲＮＡからの高忠実度ｍＲＮＡ増幅方法を使用した。オリゴ−ｄＴによってプライミングしたアンチセンスＲＮＡの逆転写によって、Ｃｙ５−もしくはＣｙ３−ｄＵＴＰをｃＤＮＡプローブ内に組み込んだ。標識したプローブを精製し、所望容量へ濃縮した。プレハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーションは、Ｈｅｇｄｅのプロトコール（Ｈｅｇｄｅ  Ｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ａ  ｃｏｎｃｉｓｅ  ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｃＤＮＡ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２０００；２９：５４８−５６）にしたがって実施した。一晩にわたるハイブリダイゼーション及び洗浄後に、６３５ｎｍ（Ｃｙ５）及び５３２ｎｍ（Ｃｙ３）波長に設定したＧＭＳ  ４１８スキャナーを用いてハイブリダイゼーションシグナルを検出した（図１７を参照）。２つのＲＮＡプールは、Ｃｙ５−及びＣｙ３−ｄＵＴＰを交互に用いて標識し、各実験は２回ずつ繰り返した。ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）４．１．５（Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社）を用いたクラスター分析により、４例のＣＡＤ及び３例の正常コントロールサンプルからなる２つの別個の群が明らかになった。相違する波長でスキャニングした２枚の画像をスーパーインポーズした。個々のスポットは特性グリッド上で同定した。１０，３６８個のスポット中、不規則な形状を備えるスポットを除去した後に１０，０１２個（９６．６％）のスポットを選択した。データの品質は、ＳｃａｎＡｌｙｚｅによって提供されたＣｈ１ＧＴＢ２及びＣｈ２ＧＴＢ２の数値を用いて評価した。０．５０を超えるＣｈ１ＧＴＢ２及びＣｈ２ＧＴＢ２を備えるスポットだけを選択した。シグナル強度を評価した後に、８，７５０個（８４．４％）のスポットが残った。シグナル強度は、２つのチャネルのシグナル強度のスキャッタープロットを用いて標準化した。標準化後、４枚の画像におけるβ−アクチンの発現比率は１．００＋０  ２１  １  １１＋０．２２、１．１４＋０．２０及び１．３０＋０．１８（β−アクチンの２４サンプルを陽性コントロールとしてこのスライド上にスポッティングした）であった。ＲＮＡの示差的発現は、２種の波長のシグナル強度の比率として評価した。全４種の実験において正常に対する２倍を超える示差的発現を示すスポッティングは、ＣＡＤにおいて末梢血液細胞中で示差的に発現した候補遺伝子であると同定した。ＣＡＤ末梢血細胞内では１０８個の遺伝子が示差的に発現する。ＣＡＤ血液細胞中では４３個の遺伝子がダウンレギュレートされ、６５個の遺伝子がアップレギュレートされる（表１２を参照）。それから示差的に発現したＲＮＡ転写産物が転写されたこれらの遺伝子の機能的特性付けは、ＲＮＡ転写レベルでの示差的発現があらゆる遺伝子機能的カテゴリー内で発生することを証明しており、これはＣＡＤを有する患者由来の末梢血液細胞中で顕著な変化が発生することを指摘している。
【０１２４】
マイクロアレイデータ分析において最初に同定された３個の遺伝子である前血小板塩基タンパク質（ＰＢＰ）、血小板第４因子（ＰＦ４）及び血液凝固因子ＸＩＩＩ  Ａ１（Ｆ１３Ａ）から転写されたＲＮＡの示差的発現を、Ｔｉｔａｎ  Ｏｎｅ−ｔｕｂｅ  ＲＴ−ＰＣＲキット（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｍａｎｎｈｅｉｍ社）を用いて逆転写酵素−ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）によって詳細に試験した。反応溶液は、０．２ｍＭの各ｄＮＴＰ、５ｍＭ  ＤＴＴ、１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ、各サンプルからの０．１ｐｇの全ＲＮＡならびに各２０ｐｍｏｌのＰＢＰ（５’−ＧＧＴＧＣＴＧＣＴＧＣＴＴＣＴＧＴＣＡＴ−３’（配列番号２２４）及び５’−ＧＧＣＡＧＡＴＴＴＴＣＣＴＣＣＣＡＴＣＣ−３’）（配列番号２２５）、Ｆ１３Ａ（５’−ＡＧＴＣＣＡＣＣＧＴＧＣＴＡＡＣＣＡＴＣ−３’（配列番号２２６）及び５’−ＡＧＧＧＡＧＴＣＡＣＴＧＣＴＣＡＴＧＣＴ−３’）（配列番号２２７）、ならびにＰＦ４（５’−ＧＴＴＧＣＴＧＣＴＣＣＴＧＣＣＡＣＴＴ−３’（配列番号２２８）及び５’−ＧＴＧＧＣＴＡＴＣＡＧＴＴＧＧＧＣＡＧＴ−３’）（配列番号２２９）の左右プライマーを含有している。ＲＴ−ＰＣＲステップは次のとおりである。１．逆転写：６０℃で３０分間；２．ＰＣＲ：９４℃で２分間、次に９４℃で３０秒間、最適化アニーリング温度で３０秒間、及び６８℃で２分間を３０〜３５サイクル（各遺伝子に対して最適化して）；３．最終鎖伸長：６８℃で７分間。ＰＣＲ産物を１．５％アガロースゲル上で電気泳動にかけた。内部コントロールとしてヒト（  β−アクチンプライマー（５’−ＧＣＧＡＧＡＡＧＡＴＧＡＣＣＣＡＧＡＴＣＡＴ−３’（配列番号：２３０）及び５’−ＧＣＴＣＡＧＧＡＧＧＡＧＣＡＡＴＧＡＴＣＴＴ−３’（配列番号２３１）を使用した。ＲＴ−ＰＣＲ分析は、ＣＡＤ血液細胞中では３種の分泌タンパク質：ＰＢＰ、ＰＦ４及びＦ１３Ａの全てがアップレギュレートされることを確証した（図２７及び１７を参照）。
【０１２５】
【表４Ａ】
2007528704.tif 000010
【表４Ｂ】
2007528704.tif 000011
【表４Ｃ】
2007528704.tif 000012
【表４Ｄ】
2007528704.tif 000013
【表４Ｅ】
2007528704.tif 000014
〔実施例２〕
【０１２６】
本実施例では、高脂質血症のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。本明細書で使用する「バイオマーカー」は、ＲＮＡ転写産物に対応する、そしてＲＮＡ転写産物を特異的に同定できる、核酸に基づく物質である。
【０１２７】
本明細書で使用する「高脂質血症」は、脂質タンパク質プロファイルの上昇であると規定されており、一般集団と比較して、カイロミクロン、超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、中間密度リポタンパク質（ＩＤＬ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、及び／または高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）の上昇を含む。高脂質血症には、高コレステロール血症及び／または高トリグリセリド血症が含まれる。高コレステロール血症とは、＞２００ｍｇ／ｄＬの上昇した絶食時血漿中総コレステロールレベル、及び／または＞１３０ｍｇ／ｄＬのＬＤＬコレステロールレベルを意味する。所望レベルのＨＤＬ−コレステロールは＞６０ｍｇ／ｄＬである。高トリグリセリド血症は、年齢及び性別に対して９０もしくは９５パーセンタイルを超える血漿中トリグリセリド（ＴＧ）濃度を意味しており、例えば、一晩絶食後に測定した場合のＴＧ＞１６０ｍｇ／ｄＬを含む可能性がある。
【０１２８】
高脂質血症を有する１人以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを以下のように決定した。本明細書に規定した高脂質血症であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、高脂質血症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。ＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて、溶解した血液由来の全ｍＲＮＡを単離した。各血液サンプルに対する蛍光標識プローブは、上述したように生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））及び／またはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）マイクロアレイへハイブリダイズさせた。マイクロアレイ上の蛍光色素の存在は、マイクロアレイ上の標的核酸及び特異的核酸メンバーのハイブリダイゼーションを示している。蛍光色素の強度は、マイクロアレイ上の核酸メンバーへハイブリダイズした標的核酸の量を表しており、そして標的サンプル中での特異的核酸メンバー配列の発現レベルの指標である。
【０１２９】
高脂質血症に罹患していない被験者由来の転写産物のレベルと比較して相違するレベルを提示するそれらの転写産物は、前記対象疾患に対するバイオマーカーであると同定された。健常被験者と比較して高脂質血症を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された。
高血圧及びＯＡのいずれかを有する、または正常であるとの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ａに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１３０】
図１３は、正常個体及び非高脂質血症被験者由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した高脂質血症と同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。正常個体は、既知の医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。しかし上昇したコレステロール値もしくは上昇したトリグリセリド値を提示していない非高脂質血症の個体は、他の医学的状態を提示しており、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。
【０１３１】
デンドグラム（樹系図）分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、上昇した脂質及び／またはコレステロールを有する患者、正常または上昇した脂質またはコレステロールを有していない被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず高脂質血症を有する、正常、または非高脂質血症のいずれかであると異常にクラスター化された患者を示している。高脂質血症患者、非高脂質血症被験者及び正常個体について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、高脂質血症を有していない被験者と比較して高脂質血症を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表に示した。
【０１３２】
高脂質血症を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｄに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１３３】
高脂質血症に加えて、下記の疾患についての１個以上の遺伝子マーカーを同定するための上記の方法のステップを用いて、下記の疾患についてのバイオマーカーを同定した；ＩＩ型糖尿病、高血圧、肥満症、肺疾患、膀胱癌、冠動脈疾患、関節リウマチ、うつ病、変形性関節症、肝臓癌、統合失調症、シャーガス病、喘息、肺癌、心不全、乾癬、甲状腺障害、過敏性腸症候群、骨粗鬆症、偏頭痛、湿疹、ＮＡＳＨ、アルツハイマー病、躁鬱症候群、クローン大腸炎、慢性胆嚢炎、子宮頸癌、胃癌、腎臓癌、膀胱癌、大腸癌、Ｂ型肝炎、及び膵臓癌。
【０１３４】
糖尿病
本実施例では、糖尿病のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１３５】
本明細書で使用する「糖尿病」もしくは「真性糖尿病」には、「１型糖尿病」（インスリン依存型糖尿病（ＩＤＤＭ））及び「２型糖尿病」（インスリン非依存型糖尿病（ＮＩＤＤＭ）の両方が含まれる。１型及び２型糖尿病はどちらも、Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １４ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎによって、一晩絶食後の少なくとも２回の時間をあけた機会に≧１４０ｍｇ／ｄＬの静脈血漿中グルコース濃度ならびに７５ｇのグルコース摂取の２時間後及び２時間の試験中の少なくとも１回のまた別の機会に≧２００ｍｇ／ｄＬの静脈血漿中グルコース濃度を有するヒトであると特性付けられている。本明細書に記載した２型糖尿病を有すると同定される患者は、上述した方法によって決定されるインスリン非依存型糖尿病を示している患者である。本明細書に規定した２型糖尿病であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、２型糖尿病の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図１２は、２型糖尿病を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した２型糖尿病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載した１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅマイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））を使用して実施した。サンプルはクラスター化され、２型糖尿病を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。２型糖尿病を有する患者またはコントロールについて決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、２型糖尿病を有していない被験者と比較して２型糖尿病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｐに示した。
【０１３６】
２型糖尿病を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｐに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１３７】
ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイル  肺疾患
本実施例では、肺疾患のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１３８】
本明細書で使用する「肺疾患」は呼吸器系に影響を及ぼすあらゆる疾患を含み、気管支炎、慢性閉塞性肺疾患、肺気腫、喘息、及び肺癌が含まれる。肺疾患を有すると同定された患者には、上記に明記した１つ以上の状態を有する患者が含まれる。各症例において、肺疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図１４は、正常個体及び非肺疾患個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した肺疾患を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。サンプルはクラスター化され、肺疾患を有する患者、正常被験者または肺疾患を有していない被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず異常にクラスター化された患者を示している。肺疾患患者、非肺疾患被験者及び正常個体について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、肺疾患を有していない被験者と比較して肺疾患を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｒに示した。
【０１３９】
肺疾患を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｒに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１４０】
膀胱癌
本実施例では、膀胱癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１４１】
本明細書で使用する「膀胱癌」には、腎盂から始まって、尿管、膀胱及び尿道の近位３分の２を通って伸びる尿路を内張りしている移行上皮内で発生する癌腫が含まれる。本明細書で使用するように、膀胱癌を有すると診断された患者には下記の方法のいずれかまたはそれらの組み合わせを利用して診断された患者が含まれる。尿の細胞学的評価、悪性腫瘍の存在についての内視鏡評価、転移状態についてのＣＴ（コンピュータ断層撮影法）、ＭＲＩ（磁気共鳴イメージング）。各症例において、膀胱癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図１５は、膀胱癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した膀胱癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。しかし膀胱癌を提示していない非膀胱癌個体は、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップを使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、膀胱癌を有する患者、または膀胱癌を有していない被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず膀胱癌を有する、または膀胱癌を有していないのいずれかであると異常にクラスター化された患者を示している。前記図を作製するために、膀胱癌を有する患者及び膀胱癌を有していない患者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、膀胱癌を有していない被験者と比較して膀胱癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｓに示した。
【０１４２】
膀胱癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｓに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１４３】
冠動脈疾患
本実施例では、冠動脈疾患のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１４４】
本明細書で使用する「冠動脈疾患」（ＣＡＤ）は、冠動脈造影法によって診断されたときに少なくとも１枝の冠動脈が＞５０％の内腔径狭窄率を有する状態であると規定されており、血管のアテローム硬化性狭小化及びその後に閉塞が生じる状態が含まれる。ＣＡＤには、狭心症、無症状虚血症、不安定狭心症、心筋梗塞、不整脈、心不全、及び突然死として現れる状態を含む。ＣＡＤを有すると同定された患者には、１つ以上の上記に明記した状態を有する患者が含まれる。各症例において、冠動脈疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図１７は、非冠動脈疾患個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。しかし冠動脈疾患を提示していない非冠動脈疾患個体は、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップを使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、冠動脈疾患を有する患者または冠動脈疾患を有していない被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず異常にクラスター化された患者を示している。ＣＡＤを有する患者またはＣＡＤを有していない被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、冠動脈疾患を有していない被験者と比較して冠動脈疾患を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｕに示した。
【０１４５】
ＣＡＤを有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｕに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１４６】
関節リウマチ
本実施例では、関節リウマチのバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１４７】
本明細書で使用する「関節リウマチ」（ＲＡ）は、持続性の炎症性滑膜炎の特徴を備える病因が未知の慢性多臓器疾患であると規定されている。前記炎症性滑膜炎は、通常は全身性分布における末梢関節を含む。本明細書に規定したＲＡを有する患者は、下記の、（ｉ）軟骨破壊、（ｉｉ）骨侵食、及び／または（ｉｉｉ）関節変形、のうちの１つ以上を有すると同定された。本明細書に規定した関節リウマチであると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、関節リウマチの診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図１８は、非関節リウマチ個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した関節リウマチを有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。正常個体は、既知の医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。しかし関節リウマチを提示していない非関節リウマチ個体は、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）及びＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップを使用して実施した。ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐを使用したデンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、関節リウマチを有する患者、または関節リウマチを有していない被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず異常にクラスター化された患者を示している。関節リウマチを有する患者または関節リウマチを有していない被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、関節リウマチを有していない被験者と比較して関節リウマチを有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子が示されている。ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）アレイを用いて生成したデータは表１Ｖに示し、他方Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップを用いて生成したデータは表１Ｗに示した。
【０１４８】
関節リウマチを有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｖ及び１Ｗに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１４９】
うつ病
本実施例では、うつ病のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１５０】
本明細書で使用した「うつ病」には、社会学的状態の結果としてのうつ病に加えて内科的疾患または物質乱用に関連する抑うつ性障害もしくはうつ病が含まれる。うつ病を有すると規定された患者は、２週間を超える期間についての毎日抑うつ気分を示す、抑うつ気分エピソードを含む臨床症状に主として基づいて診断された。抑うつ気分エピソードは、悲嘆、無関心、無感動、もしくは被刺激性を特徴とすることがあり、通常は睡眠パターン、食欲及び体重、疲労、集中力障害及び意思決定を含む多数の植物神経機能における変化に関連している。本明細書に規定したうつ病を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、うつ病の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図１９は、非うつ病個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載したうつ病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。正常個体は、知られている医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。しかしうつ病を提示していない非うつ病個体は、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、うつ病を有する患者、うつ病を有していない被験者または正常被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず異常にクラスター化された患者を示している。うつ病を有する患者、非うつ病及び正常被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、うつ病を有していない被験者と比較してうつ病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｘに示した。
【０１５１】
うつ病を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｘに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１５２】
変形性関節症
本実施例では、変形性関節症の様々な病期を識別するバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１５３】
「変性性関節疾患」としても知られる本明細書で使用する「変形性関節症（ＯＡ）」は、可動関節（可動性の滑液で覆われている）の不具合を表している。これは、関節軟骨、及び／または引き続いて基礎にある骨及び支持組織に影響を及ぼし、疼痛、硬直、運動問題及び活動の制限を引き起こす状態である。変形性関節症は、最も頻回には股関節、膝関節、足及び手に影響を及ぼすが、他の関節にも同様に影響を及ぼす可能性もある。ＯＡの重症度は、Ｍａｒｓｈａｌｌ（Ｍａｒｓｈａｌｌ  ＫＷ．Ｊ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ，１９９６：２３（４）５８２−８５）によって記載されたシステムによって等級付けすることができる。手短には、６つの膝関節面各々に各特定表面上で見られる最悪病変に基づくポイントを用いて軟骨グレードを指定した。グレード０は正常であり（０点）、グレードＩは軟らかく膨潤しているが関節表面は無傷である（１点）。グレードＩＩ病変では、軟骨表面は無傷ではないが、病変は軟骨下骨までは伸びていない（２点）。グレードＩＩＩ損傷は、軟骨下骨まで伸びているが、骨は侵食されても象牙質化してもいない（３点）。グレードＩＶ病変では、骨の象牙質化または骨の中への侵食が見られる（４点）。全体的なＯＡスコアは、全６つの軟骨表面からの点数を合計することによって計算される。例えば半月板断裂などの何らかの関連病理が存在する場合は、全体的スコアに割増点が追加されるであろう。総スコアに基づいて、各患者は次の４つのＯＡ群の１つに分類される。軽度（１〜６）、中等度（７〜１２）、高度（１３〜１８）、及び重度（＞１８）。本明細書で使用するように、ＯＡを有すると同定された患者は、上述した４つのＯＡ群のいずれか１つに分類できる。本明細書に規定した変形性関節症を有する、そして変形性関節症の特定病期にあると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、変形性関節症及び変形性関節症の病期の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図２０は、正常な個体のサンプル由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較した、様々な病期の変形性関節症を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。正常個体は、知られている医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、相違する病期の変形性関節症を有する患者または正常被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず異常にクラスター化された患者を示している。変形性関節症を有する患者または正常被験者いずれかについて決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数は図２０に示されている。統計的分析はＡＮＯＶＡ検定を用いて実施され、軽度、��等度、高度、重度の変形性関節症を有する患者または変形性関節症を有していない被験者間のペアワイズ比較において＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｙに示した。
【０１５４】
肝臓癌
本実施例では、肝臓癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１５５】
本明細書で使用する「肝臓癌」は、癌が肝臓から始まっている原発製肝臓癌を意味する。原発性肝臓癌には、肝臓から始まる肝腫瘍もしくは肝細胞癌（ＨＣＣ）及び癌が肝臓の胆管内で発生する胆管腫の両方が含まれる。本明細書に規定した肝臓癌を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、肝臓癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図２１は、肝臓癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した肝臓癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。しかし肝臓癌を提示していないコントロールサンプルは、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）Ｕ１３３Ａチップを使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、肝臓癌を有する患者またはコントロールを表すとマーキングされている。肝臓癌を有する患者またはコントロールについて決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、肝臓癌を有していない被験者と比較して肝臓癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｚに示した。
【０１５６】
肝臓癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｚに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１５７】
統合失調症
本実施例では、糖尿病のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１５８】
本明細書で使用する「統合失調症」は、現実の歪曲及び思考や言語の障害ならびに社会的接触からの引きこもりを特徴とする精神病障害であると規定されている。「統合失調症」を有すると診断された患者は、下記の、急性統合失調症性エピソード、境界型統合失調症、緊張病、緊張型分裂病、緊張型統合失調症、解体型分裂病、解体型統合失調症、破瓜病、破瓜型分裂病、潜伏分裂病、パラノイア型統合失調症、妄想型統合失調症、偏執性痴呆、パラフレニー型統合失調症、精神病、反応性統合失調症などの診断のいずれかを有する患者を含むことができる。本明細書に規定した統合失調症であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、統合失調症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図２２は、非統合失調症個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した統合失調症を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。しかし統合失調症を提示していないコントロールサンプルは、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）Ｕ１３３Ａチップを使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、統合失調症を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。統合失調症を有する患者またはコントロール被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、統合失調症を有していない被験者と比較して統合失調症を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１ＡＡに示した。
【０１５９】
統合失調症を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１ＡＡに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１６０】
シャーガス病
本実施例では、シャーガス病のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１６１】
本明細書で使用した「シャーガス病」は、個体が原虫寄生体であるＴｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｃｒｕｚｉに感染している状態であると規定され、急性及び慢性感染症の両方が含まれる。Ｔ．ｃｒｕｚｉによる急性感染症は、新鮮抗凝固血もしくは軟膜、ギームザ染色薄層及び厚層血液塗抹の顕微鏡検査及び／またはマウス接種ならびに潜在的感染個体の血液の培養のいずれかによる寄生虫の検出によって診断できる。上記からの陽性結果が不在である場合にさえ、感染は、ｒｅｄｕｖｉｉｄ  ｂｕｇ（サシガメ）に患者の血液を摂取させ、引き続いてこの虫が感染について検査される外因診断法によって正確に決定することができる。慢性感染は、Ｔ．ｃｒｕｚｉ抗原に対して特異的な抗体の検出及び／またはＴ．ｃｒｕｚｉ抗原の免疫沈降法及び電気泳動法によって決定できる。
【０１６２】
本明細書で使用した「症候性シャーガス病」には急性症候性シャーガス病及び慢性症候性シャーガス病が含まれる。急性症候性シャーガス病は、下記のうちの１つ以上によって特性付けることができる。紅斑及び腫脹の領域（シャゴーマ）；局所性リンパ節症；全身性リンパ節症；軽度肝脾腫大症；眼瞼及び眼周囲組織の一側性無痛性水腫；倦怠感；発熱；食欲不振及び／または顔面及び下肢の水腫。慢性症候性シャーガス病には、下記の症状の１つ以上が含まれる。心調律障害、心筋症、血栓塞栓症、右脚ブロックを含む心電図異常；房室ブロック；早期心室収縮及び頻拍性不整脈及び徐脈性不整脈；燕下障害；燕下痛、胸痛；逆流；体重減少、悪液質及び肺感染症。
【０１６３】
本明細書で使用した「無症候性シャーガス病」は、Ｔ．ｃｒｕｚｉに感染しているがこの疾患の急性もしくは慢性症状のいずれも示していない個体を意味することが意図されている。
【０１６４】
本明細書に規定した症候性もしくは無症候性シャーガス病であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、シャーガス病の診断は、有資格の医師によって確証された。図２３は、シャーガス病を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載したシャーガス病；無症候性シャーガス病を有すると同定された個体、またはコントロール個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。しかしシャーガス病を提示していないコントロールサンプルは、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）Ｕ１３３Ａチップを使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、症候性シャーガス病；無症候性シャーガス病を有する患者またはコントロール被験者を表すとマーキングされている。シャーガス病；無症候性シャーガス病を有する患者またはコントロール被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。シャーガス病を有していない患者と比較してシャーガス病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子は表１ＡＢに示されている。シャーガス病を有していない患者と比較して無症候性シャーガス病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｔに示した。シャーガス病を有していない患者と比較して症候性シャーガス病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｕに示した。
【０１６５】
症候性シャーガス病を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｕに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。無症候性シャーガス病を有する前記個体を診断するために未知の患者由来の被験サンプルについての分類もしくはクラス予測は、表５Ｔに示したような示差的に発現した遺伝子を用いて実施できる。
【０１６６】
喘息
本実施例では、喘息疾患のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１６７】
本明細書で使用した「喘息」は、収縮（気道を取り囲んでいる筋肉の締め付け）及び炎症（気道の腫脹及び刺激）を特徴とする肺内の気道の慢性疾患を意味する。収縮及び炎症は一緒に、喘鳴、咳、胸苦しさ、及び息切れなどの症状を生じさせる気道の狭小化を引き起こす。本明細書に規定した喘息を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、喘息の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）及びＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップを使用して実施した。サンプルはクラスター化され、喘息を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。喘息を有する患者またはコントロール被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。喘息を有していない患者と比較して喘息を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１ＡＤに示した。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）プラットフォームを用いて喘息を有していない患者と比較して喘息を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１ＡＥに示した。
【０１６８】
喘息を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１ＡＤ及び表１ＡＥに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１６９】
高血圧
本実施例では、高血圧のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１７０】
本明細書で使用した「高血圧」は、高い血圧もしくは上昇した動脈圧であると規定される。本明細書で高血圧を有すると同定された患者には、病的心血管イベントを発生する増加したリスクを有するヒト及び／または高血圧を治療するために設計された医学療法から利益を得るヒトが含まれる。高血圧を有すると同定された患者には、＞１３０ｍｍＨｇの収縮期血圧または＞９０ｍｍＨｇの拡張期血圧を有するヒト、または降圧薬を摂取しているヒトを含むことができる。本明細書に規定した高血圧であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、高血圧の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図５は、非高血圧個体及び正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した高血圧を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。しかし高血圧を提示していない非高血圧個体は、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。正常個体は知られている状態を何も提示していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載した１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅマイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））を使用して実施した。サンプルはクラスター化され、高血圧を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。高血圧を有する患者、高血圧を有していない被験者またはコントロール被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数は図５に示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、高血圧を有していない被験者と比較して高血圧を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｅに示した。表１ＡＧは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）を用いた類似実験によって生成された遺伝子発現プロファイルから、高血圧を有していない患者と比較して高血圧を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を示している。
【０１７１】
高血圧を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｅ及び表１ＡＧに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１７２】
肥満症
本実施例では、肥満症のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１７３】
本明細書で使用した「肥満症」は、健康リスクを与える脂肪組織の過剰であると規定されている。肥満症は、年齢に関連して身長及び体重に関して評価される。肥満症と見なされる患者には、３０．０以上の肥満度指数つまりＢＭＩ（（体重（ｋｇ）を（身長（ｍ））2で割ったものと規定されている）が含まれるが、それらに限定されない。本明細書で規定された肥満症を有する患者は、３０．０以上のＢＭＩを有する患者である。本明細書に規定した肥満症であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、肥満症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。図６は、非肥満症個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した肥満症を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載した１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅマイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））を使用して実施した。サンプルはクラスター化され、肥満症を有する患者、肥満症を有していない被験者、及び正常個体を表すとマーキングされている。肥満症を有する患者、肥満症ではない被験者及び正常個体について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、肥満症を有していない被験者と比較して肥満症を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１Ｆに示されている。表１ＡＨは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を用いた類似実験によって生成された遺伝子発現プロファイルから、肥満症を有していない患者と比較して肥満症を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を示している。
【０１７４】
肥満症を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｆに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１７５】
乾癬
本実施例では、乾癬のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１７６】
本明細書で使用した「乾癬」は、Ｓｔｅｄｍａｎ’ｓ  Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，２７ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎによると、限局性、離散性及び融合性の赤みを帯びた銀色鱗状斑丘疹の萌出；病変は肘、膝、頭皮、及び体幹上で優勢的に発生する；及び顕微鏡検査が減少した環状グアノシン一リン酸に起因する表皮ケラチン細胞移行時間の短縮を伴う乳頭間隆起の特徴的な錯角化症及び伸長を示す、ことを特徴とする一般的多因子性遺伝性状態であると規定されている。本明細書に規定した乾癬であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、乾癬の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した乾癬を有していない個体とは対照的に乾癬を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、乾癬を有していない被験者と比較して乾癬を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ａに示した。
【０１７７】
乾癬を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ａに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１７８】
甲状腺障害
本実施例では、甲状腺障害のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１７９】
本明細書で使用する「甲状腺障害」は、甲状腺ホルモンの過剰産生（甲状腺機能亢進症）、甲状腺ホルモンの過少産生（甲状腺機能減退症）、良性（非癌性）甲状腺病、及び甲状腺癌であると規定されている。甲状腺障害には、ＭＥＤＬＩＮＥ  ｐｌｕｓ  Ｉｌｌｕｓｔｒａｔｅｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａによると、甲状腺未分化癌、慢性甲状腺炎（橋本病）、コロイド結節性甲状腺腫、甲状腺機能亢進症、脳下垂体機能亢進症、原発性甲状腺機能減退症、続発性甲状腺機能減退症、髄様甲状腺癌、無痛性甲状腺炎、甲状腺乳頭状癌、亜急性甲状腺炎、甲状腺癌及び先天性甲状腺腫が含まれる。本明細書に規定した甲状腺障害であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、甲状腺障害の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した甲状腺障害を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、甲状腺障害を有していない被験者と比較して甲状腺障害を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｂに示した。
【０１８０】
甲状腺障害を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｂに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１８１】
過敏腸症候群
本実施例では、過敏性腸症候群のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１８２】
本明細書で使用する「過敏性腸症候群」は、オンラインの医療関係メディア出版会社であるＭｅｄｉｃｉｎｅＮｅｔ，Ｉｎｃ．によると、腹痛、鼓腸、大便中の粘液を特徴とする腸管収縮の異常な状態（運動性）、ならびに下痢便秘交代症を伴う不規則な排便習慣、長年にわたり慢性化し増悪と寛解を繰り返す傾向のある症状を含む一般的胃腸障害であると規定されている。本明細書に規定した過敏性腸症候群であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、過敏性腸症候群の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、過敏性腸症候群を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、過敏性腸症候群を有していない被験者と比較して過敏性腸症候群を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｃに示した。
【０１８３】
過敏性腸症候群を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｃに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１８４】
骨粗鬆症
本実施例では、骨粗鬆症のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１８５】
本明細書で使用した「骨粗鬆症」は、Ｓｔｅｄｍａｎ’ｓ  Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，２７ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎによると、骨の量の減少または骨格組織の萎縮症；減少した骨量及び骨折に対する上昇した感受性を特徴とする年齢関連性障害であると規定されている。本明細書に規定した骨粗鬆性症候群であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、骨粗鬆症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した骨粗鬆症を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルと比較して骨粗鬆症を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、骨粗鬆症を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、骨粗鬆症を有していない被験者と比較して骨粗鬆症を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｄに示した。
【０１８６】
偏頭痛
本実施例では、偏頭痛のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１８７】
本明細書で使用した「偏頭痛」は、周期的に発生する症候群であると規定されており、頭部の疼痛（通常は一側性）、眩暈、悪心及び嘔吐、羞明、及び光線の閃輝外観を特徴とする。Ｓｔｅｄｍａｎ’ｓ  Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，２７ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎによると、古典的偏頭痛、普通偏頭痛、群発性頭痛、片麻痺性偏頭痛、眼筋麻痺性片頭痛、及び眼性片頭痛であると分類される。本明細書に規定した偏頭痛であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、偏頭痛の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した偏頭痛を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して偏頭痛を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、偏頭痛を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、偏頭痛を有していない被験者と比較して偏頭痛を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子は表５Ｅに示されている。
【０１８８】
偏頭痛を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｅに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１８９】
湿疹
本実施例では、湿疹のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１９０】
本明細書で使用した「湿疹」は、Ｓｔｅｄｍａｎ’ｓ  Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，２７ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎによると、詳細には急性期における小胞形成、典型的には紅斑性、浮腫性、丘疹性、及び痂皮性である皮膚の炎症状態であると規定されている；頻回に、苔癬化やスケーリング、及びときには紅斑の黒ずみ、そしてまれには色素過剰症を伴う；頻回にかゆみや熱痛の感覚；表皮内海綿状態による小胞形が付随する；しばしば遺伝性でアレルギー性鼻炎及び喘息に関連すると規定されている。本明細書に規定した湿疹であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、湿疹頭痛の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した湿疹を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して湿疹を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、湿疹を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、湿疹を有していない被験者と比較して湿疹を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｆに示した。
【０１９１】
湿疹を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｆに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１９２】
躁鬱症候群
本実施例では、躁鬱症候群のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１９３】
本明細書で使用した「躁鬱症候群（ＭＤＳ）」は、交代性の躁鬱を特徴とする気分障害を意味する。本明細書に規定した躁鬱病を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。各症例において、躁鬱病の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した躁鬱病を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して躁鬱病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、躁鬱病を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、躁鬱症候群を有していない被験者と比較して躁鬱症候群を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子は表５Ｉに示されている。
【０１９４】
躁鬱症候群を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｉに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１９５】
クローン大腸炎
本実施例では、クローン大腸炎のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１９６】
本明細書で使用した「クローン大腸炎」は、Ｄｏｒｌａｎｄ’ｓ  Ｉｌｌｕｓｔｒａｔｅｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙによると、口から肛門に至る消化管のいずれかの部分を含むが、一般的には瘢痕を伴う回腸末端及び腸壁の肥厚化を含む病因不明の慢性肉芽腫性炎症性疾患であり；頻回に腸閉塞や腸フィステル及び膿瘍形成を引き起こし、治療後の再発率が高いと規定されている。各症例において、クローン大腸炎の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載したクローン大腸炎を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較してクローン大腸炎を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、クローン大腸炎を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、クローン大腸炎を有していない被験者と比較してクローン大腸炎を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｊに示した。
【０１９７】
クローン大腸炎を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｊに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０１９８】
慢性胆嚢炎
本実施例では、慢性胆嚢炎のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０１９９】
本明細書で使用した「慢性胆嚢炎」は、Ｓｔｅｄｍａｎ’ｓ  Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，２７ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎによると、通常は結石症に続発する、顕著な壁の肥厚化を生成する可能性があるリンパ球浸潤症及び線維症を伴う、胆嚢の慢性炎症であると規定されている。各症例において、慢性胆嚢炎の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した慢性胆嚢炎を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して慢性胆嚢炎を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、慢性胆嚢炎を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、慢性胆嚢炎を有していない被験者と比較して慢性胆嚢炎を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｋに示した。
【０２００】
慢性胆嚢炎を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｋに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２０１】
子宮頸癌
本実施例では、子宮頸癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２０２】
本明細書で使用した「子宮頸癌」は、膣の上部に付着した子宮の部分である子宮頸部の癌であると規定されている。子宮頸癌の９０％は、子宮頸部を被覆する扁平もしくは「扁平上皮」細胞から発生する。残り１０％の大半は、子宮内に入る子宮頸管の腺性粘液分泌細胞から発生する。各症例において、子宮頸癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した子宮頸癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して子宮頸癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、子宮頸癌を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、子宮頸癌を有していない被験者と比較して子宮頸癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｍに示した。
【０２０３】
子宮頸癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｍに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２０４】
胃癌
本実施例では、胃癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２０５】
本明細書で使用した「胃癌」は、胃の悪性腫瘍であると規定されており、最も一般的なタイプは腺癌である。胃は  に分けられる。癌は、胃の５つの層のいずれかで発生する可能性がある。各症例において、胃癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した胃癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して胃癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、胃癌を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、胃癌を有していない被験者と比較して胃癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｎに示した。
【０２０６】
胃癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｎに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２０７】
腎臓癌
本実施例では、腎臓癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２０８】
本明細書で使用した「腎臓癌」は、腎臓の悪性腫瘍であると規定されており、最も一般的なタイプは腎細胞癌である。各症例において、腎臓癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した腎臓癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して腎臓癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、胃癌を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、腎臓癌を有していない被験者と比較して腎臓癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｏに示した。
腎臓癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｏに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２０９】
睾丸癌
本実施例では、睾丸癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２１０】
本明細書で使用した「睾丸癌」は、睾丸内の癌性（悪性）細胞の異常で、急速の、そして侵襲性の増殖であると規定されている。各症例において、睾丸癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、睾丸癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを、本明細書に記載した睾丸癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、睾丸癌を有していない被験者と比較して睾丸癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｐに示した。
【０２１１】
睾丸癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｐに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２１２】
大腸癌
本実施例では、大腸癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２１３】
本明細書で使用した「大腸癌」は、結腸の癌であると規定されており、大腸の内層から発生する癌、ならびにリンパ腫、黒色腫、カルチノイド腫瘍、及び肉腫が含まれる。各症例において、大腸癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した大腸癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して大腸癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、大腸癌を有していない被験者と比較して大腸癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｑに示した。
【０２１４】
大腸癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｑに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２１５】
Ｂ型肝炎
本実施例では、Ｂ型肝炎のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２１６】
本明細書で使用した「Ｂ型肝炎」は、ヒト肝臓を攻撃するＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）によって惹起される重篤な疾患である。このウイルスは、生涯にわたる感染、肝臓の硬変（瘢痕性）、肝臓癌、肝不全及び死亡を引き起こす可能性がある。ＨＢＶは、血液及び血液製剤ならびに性感染によって水平伝播する。ＨＢＶは、さらに周産期において母胎から乳児へ垂直伝播する。各症例において、Ｂ型肝炎の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した肝炎を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して肝炎を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、肝炎を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、肝炎を有していない被験者と比較して肝炎を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｒに示した。
【０２１７】
Ｂ型肝炎を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｒに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２１８】
膵臓癌
本実施例では、膵臓癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２１９】
本明細書で使用した「膵臓癌」は、結腸の癌であると規定されており、大腸の内層から発生する癌、ならびにリンパ腫、黒色腫、カルチノイド腫瘍、及び肉腫が含まれる。各症例において、膵臓癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した膵臓癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して膵臓癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、膵臓癌を有していない被験者と比較して膵臓癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｓに示した。
【０２２０】
膵臓癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｓに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）
【０２２１】
本実施例では、非アルコール性脂肪性肝炎のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２２２】
本明細書で使用した「非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）」は、肝臓内での脂肪の蓄積に関連する肝臓の炎症性疾患であると規定されている。ＮＡＳＨは病因不明の、組織学的にはアルコール性肝炎に似ているが、非アルコール性の患者において、最も頻回には非インスリン依存型糖尿病を有する肥満症の女性において発生する；臨床的には、一般的には無症候性もしくは軽度であるが、結果として線維症もしくは肝硬変が発生することがある。診断は、肝生検によって確証される。各症例において、非アルコール性脂肪性肝炎の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した非アルコール性脂肪性肝炎を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して非アルコール性脂肪性肝炎を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、非アルコール性脂肪性肝炎を有していない被験者と比較して非アルコール性脂肪性肝炎を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｇに示した。
【０２２３】
ＮＡＳＨを有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｇに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２２４】
アルツハイマー病
本明細書で使用した「アルツハイマー病」は、特に早期老年性精神変調を特徴とする中枢神経系の変性性疾患を意味する。各症例において、アルツハイマー病の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載したアルツハイマー病を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較してアルツハイマー病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、アルツハイマー病を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、アルツハイマー病を有していない被験者と比較してアルツハイマー病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｈに示した。
【０２２５】
アルツハイマー病を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｈに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２２６】
心不全
本実施例では、心不全のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２２７】
本明細書で使用した「心不全」は、心臓がポンプとして血液循環を維持できなくなり、組織中において鬱血及び浮腫が発生する結果を伴う心臓の不完全な状態であると規定されている；心不全は、うっ血性心不全、心筋不全症、心不全（ｃａｒｄｉａｃ  ｉｎｓｕｆｆｉｃｉｅｎｃｙ、ｃａｒｄｉａｃ  ｆａｉｌｕｒｅ）と同義語であり、右室不全、後方心不全及び左室不全が含まれる。結果として生じる臨床症候群には、様々な組み合わせでの息切れもしくは非陥凹性浮腫、虚弱肝臓肥大、充血性頸静脈、及び肺ラ音が含まれる。各症例において、心不全の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した心不全を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して心不全を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、心不全を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、心不全を有していない被験者と比較して心不全を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｌに示した。
【０２２８】
心不全を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表５Ｌに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２２９】
強直性脊椎炎
本実施例では、強直性脊椎炎のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２３０】
本明細書で使用した「強直性脊椎炎」は、脊椎の椎骨間の関節、及び／または脊椎と骨盤との間の関節を攻撃する慢性炎症性疾患を意味しており、最終的には罹患した椎骨が一緒に融合または生長することを引き起こすことがある。各症例において、心不全の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、本明細書に記載した心不全を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して心不全を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。サンプルはクラスター化され、強直性脊椎炎を有する患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、強直性脊椎炎を有していない被験者と比較した強直性脊椎炎を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１ＡＩに示した。
【０２３１】
強直性脊椎炎を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１ＡＩに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
〔実施例３〕
【０２３２】
１つの状態に関連するバイオマーカーを同定するための方法に加えて、本発明は、同一の個体もしく個体群において１つ以上の第２状態が存在するにもかかわらず、１つの個体もしくは個体群における１つの状態についてのバイオマーカーを同定できるバイオマーカーを同定する方法をさらに含む。本発明は、併存状態のバイオマーカーを同定する方法をさらに含む。以下の実施例では、変形性関節症及び様々な第２状態を提示している個体を含む方法の実施形態を例示するが、本発明はこれらの実施例セットには限定されない。
変形性関節症及び高血圧
【０２３３】
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症及び高血圧を有する併存性個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２３４】
本実施例では、変形性関節症及び高血圧を有する患者のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２３５】
本明細書に規定した変形性関節症及び高血圧であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及び高血圧の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２３６】
各患者から単離した全血からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルからの蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して疾患を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２３７】
図１は、正常個体のサンプル由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、高血圧及び変形性関節症を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。本実施例では、高血圧症患者は、本明細書に記載したＯＡも提示した。正常個体は、知られている医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、高血圧性である患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。「＊」は、逆を提示しているにもかかわらず高血圧性である、または正常のいずれかであると異常にクラスター化された患者を示している。高血圧症患者または正常被験者いずれかについて決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。８６１個の示差的に発現した遺伝子が、高血圧症患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値を有すると示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ａに示した。
【０２３８】
高血圧及びＯＡを有する、または正常であるとの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ａに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２３９】
変形性関節症及び肥満症
変形性関節症及び肥満症ＲＮＡ発現プロファイルのバイオマーカーを同定するための併存性個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２４０】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、肥満症及びＯＡを有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０２４１】
本明細書に規定した変形性関節症及び肥満症であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して疾患を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２４２】
図２は、正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した肥満症と同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。本実施例では、肥満症患者は、本明細書に記載したようにＯＡも提示した。正常個体は、知られている医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、肥満症である患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。「＊」は、逆を提示しているにもかかわらず肥満症である、または正常のいずれかであると異常にクラスター化された患者を示している。ＯＡを有する患者及び正常個体について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。９１３個の遺伝子が、ＯＡを有する肥満症患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値を有すると示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｂに示した。
【０２４３】
肥満症及びＯＡを有する、または正常のいずれかであるとの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｂに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２４４】
変形性関節症及びアレルギー
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症及びアレルギーを有する並存性個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２４５】
本実施例では、変形性関節症及びアレルギーのバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２４６】
本明細書に規定した変形性関節症及びアレルギーであると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。これらの患者は、併存性、または多発性疾患状態を提示すると分類される。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及びアレルギーの診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２４７】
各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して変形性関節症及びアレルギーを有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２４８】
図３は、正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載したアレルギーを有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。本実施例では、アレルギー患者は、本明細書に記載したようにＯＡも提示した。正常個体は、知られている医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、肥満症である患者またはコントロール個体を表すとマーキングされている。「＊」は、逆を提示しているにもかかわらずアレルギーを有する、または正常のいずれかであると異常にクラスター化された患者を示している。アレルギーを有する患者及び正常個体について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。アレルギーを有する患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値が認められる６３３個の遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｃに示した。
【０２４９】
前記個体がアレルギー及びＯＡを有する、または正常のいずれかであるとかどうかを決定するための被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｃに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２５０】
変形性関節症及び全身性ステロイド剤
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症及び全身性ステロイド剤療法を受けている併存性個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２５１】
本実施例では、全身性ステロイド剤療法を受けていて変形性関節症を有する患者の血液中のバイオマーカーを検出するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０２５２】
本明細書で使用した「全身性ステロイド剤」は、医学的介入の結果としての人為的レベルのステロイド剤療法を受けているヒトを意味する。そのような全身性ステロイド剤には、経口避妊薬、プレドニゾン、及びホルモン補充療法の結果としてのホルモン剤が含まれる。全身性ステロイド剤を受けていると同定されるヒトは、上記の治療レジメンの後の１つ以上を受けているヒトである。
【０２５３】
本明細書に規定した変形性関節症を有し、全身性ステロイド剤療法を受けていたと診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及び全身性ステロイド剤療法の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２５４】
各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して変形性関節症を有して全身性ステロイド剤療法を受けていた患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２５５】
図４は、正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した全身性ステロイド剤療法を受けていた個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。本実施例では、全身性ステロイド剤療法を受けていた患者は、本明細書に記載したようにＯＡも提示した。正常個体は、知られている医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を使用して実施した。（デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、全身性ステロイド剤療法を受けていた患者または正常被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、逆を提示しているにもかかわらず全身性ステロイド剤療法を受けている、または正常のいずれかであると異常にクラスター化された患者を示している。全身性ステロイド剤療法を受けている患者及び正常個体について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。全身性ステロイド剤療法を受けている患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値が認められる６０５個の遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｄに示した。
【０２５６】
全身性ステロイド剤療法を受けていてＯＡを有する、または正常であることを示している患者からの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｄに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２５７】
変形性関節症及び高血圧と変形性関節症単独との比較
変形性関節症単独を有する患者由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症及び高血圧を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２５８】
本実施例は、変形性関節症及び高血圧を有する併存性患者由来の血液中の遺伝子発現をＯＡ単独患者からの全血サンプルと比較するステップによる、高血圧症に特異的な全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用を明示する。
【０２５９】
本明細書に規定した変形性関節症及び高血圧であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、ＯＡ単独を有する患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及び／または高血圧の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２６０】
各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。ＯＡ単独患者と比較して疾患を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２６１】
発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した（データは示していない）。この分析から生成した遺伝子リストを同定し、高血圧に固有の遺伝子を同定できるように以前に表１Ａで同定した遺伝子を除去した。ＯＡ個体と比較してＯＡ及び高血圧症患者間で＜０．０５のｐ値を有する７９０個の示差的に発現した遺伝子が、示差的に発現したと同定された。５５７個の遺伝子が高血圧に固有であると同定された。これらの示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｇに示した。表１Ａに同定した遺伝子間で共通して見いだされた２１３個の遺伝子及びＯＡ単独患者から採取された全血サンプルに比較して変形性関節症及び高血圧を有する患者から採取した全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子からなる遺伝子リストも提供されている。これらの交差する示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｈに示されており、様々なグループの遺伝子リスト間の関係を示しているベン図は図７に見いだされる。
【０２６２】
高血圧を有する、もしくは高血圧を有していないとの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表１Ｇに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。ＯＡ及び高血圧の両方を有すると個体の分類も、表１Ｈにおける遺伝子を用いて実施できる。
【０２６３】
変形性関節症及び肥満症と変形性関節症単独との比較
変形性関節症単独を有する患者由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症及び肥満症を有する併存性個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２６４】
本実施例は、変形性関節症及び肥満症を有する併存性患者由来の血液中の遺伝子発現をＯＡ単独患者からの全血サンプルと比較するステップによる、肥満症に特異的な全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用を明示する。
【０２６５】
本明細書に規定した変形性関節症及び肥満症であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、ＯＡ単独に罹患した患者由来のプロファイルと比較した。
【０２６６】
各症例において、疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。ＯＡ単独患者と比較して肥満症及びＯＡを有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２６７】
発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した（データは示していない）。ＯＡを有する肥満症患者とＯＡ単独を有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有する６７１個の遺伝子が、示差的に発現したと同定された。表１Ｂにおいて以前に同定した遺伝子は、肥満症に固有である遺伝子を同定できるように除去した。これらの肥満症に固有の５１９個の遺伝子の同一性は表１Ｉに示した。表１Ｂに同定した遺伝子間で共通して見いだされた遺伝子及びＯＡ単独患者から採取された全血サンプルに比較して変形性関節症及び肥満症を有する患者から採取した全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子からなる遺伝子リストも提供されている。１５２個の遺伝子を表１Ｊに示した。様々な群の遺伝子リスト間の関係を示しているベン図は、図８に見いだされる。
【０２６８】
肥満症を有する、もしくは肥満症を有していないとの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表１Ｉに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。ＯＡ及び高血圧の両方を有すると個体の分類も、表１Ｊにおける遺伝子を用いて実施できる。  変形性関節症及びアレルギーと変形性関節症単独との比較
【０２６９】
ＯＡ単独を有する個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症（ＯＡ）及びアレルギーを有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２７０】
本実施例は、変形性関節症及びアレルギーを有する併存性患者由来の血液中の遺伝子発現をＯＡ単独患者からの全血サンプルと比較するステップによる、アレルギーに特異的な全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用を明示する。
【０２７１】
本明細書に規定した変形性関節症及びアレルギーであると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、ＯＡ単独に罹患した患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及びアレルギーの診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２７２】
各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。ＯＡ単独患者と比較して変形性関節症及びアレルギーを有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２７３】
発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した（データは示していない）。ＯＡ単独を有する患者と比較してアレルギー及びＯＡを有する患者間で＜０．０５のｐ値を有する４９８個の遺伝子が、示差的に発現したと同定された。同定した４９８個の遺伝子中、表１Ｃにおいて以前に同定した遺伝子は、アレルギーに固有である遺伝子を同定できるように除去した。２５７個の示差的に発現した遺伝子は、アレルギーに固有であると同定された。これらの示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｋに示した。表３Ｃに同定した遺伝子間で共通して見いだされた２４１個の遺伝子及びＯＡ単独患者から採取された全血サンプルに比較して変形性関節症及びアレルギーを有する患者から採取した全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子からなる遺伝子リストも提供されている。これらの交差する示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｌに示されており、様々なグループの遺伝子リスト間の関係を示しているベン図は図９に見いだされる。
【０２７４】
アレルギーを有する、もしくはアレルギーを有していないとの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表１Ｋに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。ＯＡ及びアレルギーの両方を有すると個体の分類も、表１Ｌにおける遺伝子を用いて実施できる。
【０２７５】
ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイル  変形性関節症及び全身性ステロイド剤と変形性関節症単独との比較
変形性関節症単独由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症及び全身性ステロイド剤療法を受けている併存性個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２７６】
本実施例は、変形性関節症を有して全身性ステロイド剤を受けている併存性患者由来の血液中の遺伝子発現をＯＡ単独患者からの全血サンプルと比較するステップによる、全身性ステロイド剤に特異的な全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用を明示する。
【０２７７】
本明細書に規定した変形性関節症を有し、全身性ステロイド剤療法を受けていたと診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、ＯＡ単独を有する患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及び全身性ステロイド剤療法の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２７８】
各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。ＯＡ単独患者と比較して変形性関節症を有して全身性ステロイド剤療法を受けていた患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２７９】
発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した（データは示していない）。ＯＡ単独を有する患者と比較して全身性ステロイド剤を摂取していてＯＡを有する患者間で＜０．０５のｐ値を有する５５３個の遺伝子が、示差的に発現したと同定された。同定された５５３個の遺伝子中、表１Ｄにおいて以前に同定された遺伝子は、全身性ステロイド剤に固有である遺伝子を同定できるように除去した。３６２個の示差的に発現した遺伝子は、全身性ステロイド剤に固有であると同定された。これらの示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｍに示した。表３Ｄに同定された遺伝子間で共通して見いだされた１９１個の遺伝子及びＯＡ単独患者から採取された全血サンプルに比較して変形性関節症を有して全身性ステロイド剤療法を受けている患者から採取した全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子からなる遺伝子リストも提供されている。これらの交差する示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｎに示されており、様々なグループの遺伝子リスト間の関係を示しているベン図は図１０に見いだされる。
【０２８０】
全身性ステロイド剤療法を受けている、もしくは全身性ステロイド剤療法を受けていないとの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表１Ｍに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。ＯＡを有して全身性ステロイド剤療法も受けているとの個体の分類も、表１Ｎにおける遺伝子を用いて実施できる。
【０２８１】
全身性ステロイド剤のタイプ間を識別するための変形性関節症及び全身性ステロイド剤と正常個体との比較
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症及び全身性ステロイド剤療法を受けている併存性個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２８２】
本実施例は、変形性関節症を有してプレドニゾン、経口避妊薬もしくはホルモン剤の摂取のいずれかを受けている併存性患者由来の血液中の遺伝子発現をＯＡ単独患者からの全血サンプルと比較するステップによる、全身性ステロイド剤の個別タイプに特異的な全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用を明示する。
【０２８３】
本明細書で使用した「全身性ステロイド剤」は、医学的介入の結果としての人為的レベルのステロイド剤療法を受けているヒトを意味する。そのような全身性ステロイド剤には、経口避妊薬、プレドニゾン、及びホルモン補充療法の結果としてのホルモン剤が含まれる。全身性ステロイド剤を受けていると同定されるヒトは、上記の治療レジメンの１つ以上を受けているヒトである。
【０２８４】
本明細書に規定した変形性関節症を有し、全身性ステロイド剤療法を受けていたと診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較して全身性ステロイド剤間で比較した。各症例において、変形性関節症及び全身性ステロイド剤療法の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２８５】
各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して変形性関節症を有して全身性ステロイド剤療法を受けていた患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２８６】
図１１は、正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した避妊薬、プレドニゾン、もしくはホルモン補充療法のいずれかを受けていた個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。本実施例では、各々の全身性ステロイド剤療法を受けていた患者は、本明細書に記載したようにＯＡも提示した。正常個体は、知られている医学的状態を有しておらず、何らかの知られている薬剤を摂取していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、避妊薬、プレドニゾン、ホルモン補充療法を受けていた患者または正常被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、異常にクラスター化された患者を示している。避妊薬、プレドニゾン、ホルモン補充療法を受けている患者または正常個体について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。全身性ステロイド剤療法を受けている患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値が認められる３９６個の遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性を表１Ｏに示した。
【０２８７】
全身性ステロイド剤療法を受けていてＯＡを有する、または正常であることを示している患者からの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表１Ｏに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０２８８】
変形性関節症及び喘息と変形性関節症単独との比較
ＯＡ単独を有する個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症（ＯＡ）及び喘息を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）マイクロアレイデータ分析。
【０２８９】
本実施例では、喘息に特異的である全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用について明示する。
【０２９０】
本明細書に規定した変形性関節症及び喘息であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、喘息単独に罹患した患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及び喘息の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２９１】
各患者から採取した血液からの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。ＯＡ単独患者と比較して変形性関節症及び喘息を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。図２４は、変形性関節症個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した喘息及び変形性関節症と同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）及びＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップを使用して実施した。（デンドグラム分析は、上記に示されている。）サンプルはクラスター化され、喘息及びＯＡを有する患者またはＯＡだけを有する患者を表すとマーキングされている。喘息を有する患者または喘息を有していない被験者について決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。上述したようにＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）を用いて様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、喘息及びＯＡを有する患者とＯＡだけを有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１ＡＣに示した。ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを用いて本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を用いて追加の実験を実施し、喘息を有する患者と喘息を有していない患者との間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表１ＡＤに示した。
〔実施例４〕
【０２９２】
特定の疾患もしくは状態に関連しているバイオマーカーを同定するための方法に加えて、本発明は様々な前記状態間を識別するバイオマーカーを同定するための方法もさらに含む。以下の実施例は、膀胱癌及び変形性関節症の特定病期と関連しているバイオマーカーを同定するステップに適用された本方法の適用の実施形態を例示しているが、本発明のこの態様はこれらの特定状態には限定されない。
【０２９３】
膀胱癌
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した早期もしくは進行期膀胱癌を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップ・マイクロアレイデータ分析。
【０２９４】
本実施例では、進行期膀胱癌を有する個体と膀胱癌を有していない個体からの血液中の遺伝子発現を比較するステップによって、膀胱癌の１つの病期に特異的である全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用を明示する。
【０２９５】
本明細書で使用した「早期膀胱癌」には、その原発位置及び転移部位両方における腫瘍の解剖学的程度の検出がＨａｒｒｉｓｏｎ’ｓ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １４ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎによるＴＮＭ病期判定システムによって規定されるように早期であると見なせる膀胱癌が含まれる。より詳細には、早期膀胱癌には、癌が主として表在性である例を含むことができる。
【０２９６】
本明細書で使用した「進行期膀胱癌」には、その原発位置及び転移部位両方における腫瘍の解剖学的程度の検出がＨａｒｒｉｓｏｎ’ｓ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １４ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎによるＴＮＭ病期判定システムによって規定されるように進行期であると見なせる膀胱癌が含まれる。より詳細には、進行期癌は、癌が筋肉に浸潤している、そして転移が発生している例を含むことができる。
【０２９７】
本明細書に規定した早期もしくは進行性後期膀胱癌を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、早期もしくは進行性後期膀胱癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０２９８】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップへハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して早期もしくは進行性後期膀胱癌を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０２９９】
図１６は、非膀胱癌個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した進行期膀胱癌または早期膀胱癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。しかし膀胱癌を提示していない非膀胱癌個体は、他の医学的状態を提示していて、様々な治療レジメンを受けている可能性がある。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップを使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、早期膀胱癌、進行期膀胱癌を有する患者、または膀胱癌を有していない被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず異常にクラスター化された患者を示している。早期膀胱癌、進行期膀胱癌または非膀胱癌のいずれかについて決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。ＡＮＯＶＡ分析を用いて＜０．０５のｐ値を備える３，５１８個の遺伝子が、示差的に発現していると同定された。同定された示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｔに示されている。上述したように様々な実験もまた実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、膀胱癌を有していない被験者と比較したいずれかの病期の進行性膀胱癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表５Ｖに示した。
【０３００】
前記個体が進行期膀胱癌、早期膀胱癌を有するか、または膀胱癌を有していないかどうかを決定するための被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表１Ｔ及び／または５Ｖに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３０１】
変形性関節症の病期判定
本実施例では、疾患の監視（進行もしくは退行）を可能にするために変形性関節症の特定の様々な病期にある全血サンプル中のバイオマーカーを同定するための本発明の使用について明示する。
【０３０２】
「変形性関節疾患」としても知られる本明細書で使用する「変形性関節症（ＯＡ）」は、可動関節（可動性の滑液で覆われている）の不具合を表している。これは、関節軟骨、及び／または引き続いて基礎にある骨及び支持組織に影響を及ぼし、疼痛、硬直、運動問題及び活動の制限を引き起こす状態である。変形性関節症は、最も頻回には股関節、膝関節、足及び手に影響を及ぼすが、他の関節にも同様に影響を及ぼす可能性もある。
【０３０３】
ＯＡの重症度は、Ｍａｒｓｈａｌｌ（Ｍａｒｓｈａｌｌ  ＫＷ．Ｊ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ，１９９６：２３（４）５８２−８５）によって記載されたシステムによって等級付けすることができる。手短には、６つの膝関節面各々を各特定表面上で見られる最悪病変に基づくポイントを用いて軟骨グレードが指定された。グレード０は正常であり（０点）、グレードＩは軟らかく膨潤しているが関節表面は無傷である（１点）。グレードＩＩ病変では、軟骨表面は無傷ではないが、病変は軟骨下骨までは伸びていない（２点）。グレードＩＩＩ損傷は、軟骨下骨まで伸びているが、骨は侵食されても象牙質化してもいない（３点）。グレードＩＶ病変では、骨の象牙質化または骨の中への侵食が見られる（４点）。全体的なＯＡスコアは、全６つの軟骨表面からの点数を合計することによって計算される。例えば半月板断裂などの何らかの関連病理が存在する場合は、全体的スコアに割増点が追加されるであろう。総スコアに基づいて、各患者は次の４つのＯＡ群の１つに分類される。軽度（１〜６）、中等度（７〜１２）、高度（１３〜１８）、及び重度（＞１８）。本明細書で使用するように、ＯＡを有すると同定された患者は、上述した４つのＯＡ群のいずれか１つに分類できる。
【０３０４】
本明細書に規定した変形性関節症を有する、そして変形性関節症の特定病期にあると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。各症例において、変形性関節症及び変形性関節症の病期の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０３０５】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して疾患を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０３０６】
図２０は、正常個体のサンプル由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、変形性関節症を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。発現プロファイルは、本明細書に記載したように、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を使用して生成した。各列は、単一個体から結果として生じたハイブリダイゼーションパターンを表している。正常個体は、既知の医学的状態を有しておらず、何らかの既知の薬剤を摂取していなかった。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）及びＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘチップを使用して実施した。デンドグラム分析は、上記に示されている。サンプルはクラスター化され、相違する病期の変形性関節症を有する患者または正常被験者を表すとマーキングされている。「＊」は、実際的提示にもかかわらず異常にクラスター化された患者を示している。変形性関節症患者または正常被験者いずれかについて決定されたハイブリダイゼーションプロファイルの数が示されている。ＡＮＯＶＡ分析を用いて示差的に発現していると同定され、＜０．０５のｐ値を備える遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表１Ｙに示した。さらに、上述したように様々な実験もまた実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、ペアワイズ比較を使用して変形性関節症を有していない被験者と比較したいずれかの病期の変形性関節症を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表４Ａ及び４Ｂに示した。
【０３０７】
変形性関節症を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表４Ａ及び４Ｂに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３０８】
変形性関節症患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｃ及び４Ｄに示した。中等度変形性関節症患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子が、示差的に発現したと同定された。前記個体が軽度変形性関節症を有するかどうかを決定するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｃ及び／または４Ｄに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた  である。
【０３０９】
中等度変形性関節症患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｅ及び４Ｆに示した。前記個体が中等度変形性関節症を有するかどうかを決定するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｅ及び／または４Ｆに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３１０】
高度変形性関節症患者と正常個体との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｇ及び４Ｈに示した。
【０３１１】
前記個体が高度変形性関節症を有するかどうかを決定するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｇ及び／または４Ｈに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３１２】
重度変形性関節症患者と変形性関節症を有していない被験者との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｉ及び４Ｊに示した。
【０３１３】
前記個体が重度変形性関節症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｉ及び／または４Ｊに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３１４】
軽度変形性関節症を有する患者と中等度変形性関節症を有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子がさらに、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｋ及び４Ｌに示されている。前記個体が軽度もしくは中等度変形性関節症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｋ及び／または４Ｌに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３１５】
軽度変形性関節症を有する患者と高度変形性関節症を有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子がさらに、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｍ及び４Ｎに示した。
【０３１６】
前記個体が軽度もしくは高度変形性関節症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｍ及び／または４Ｎに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３１７】
軽度変形性関節症を有する患者と中等度変形性関節症を有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子がさらに、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｏ及び４Ｐに示した。
【０３１８】
前記個体が軽度もしくは重度変形性関節症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｏ及び／または４Ｐに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３１９】
中等度変形性関節症を有する患者と高度変形性関節症を有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子がさらに、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｑ及び４Ｒに示した。
【０３２０】
前記個体が中等度もしくは高度変形性関節症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｑ及び／または４Ｒに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３２１】
中等度変形性関節症を有する患者と重度変形性関節症を有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有する示差的に発現した遺伝子がさらに、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｓ及び４Ｔに示した。
【０３２２】
前記個体が中等度もしくは重度変形性関節症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｓ及び／または４Ｔに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３２３】
示差的に発現した遺伝子はさらに、高度変形性関節症を有する患者と重度変形性関節症を有する患者との間で＜０．０５のｐ値を有すると示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表４Ｕ及び４Ｖに示されている。
【０３２４】
前記個体が高度もしくは重度変形性関節症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表４Ｕ及び／または４Ｖに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
〔実施例５〕
【０３２５】
特定の疾患もしくは状態、またはそれらの病期に関連しているバイオマーカーを同定するための方法に加えて、本発明は２つの状態間を識別するバイオマーカーを同定するための方法もさらに含む。これらの対の状態は密接に関連している可能性がある、非関連性の病因を有するが類似の顕性症状を表出することがある、または非関連性であることがある。以下の実施例では、本発明のこの態様の方法の実施形態を例示するが、本発明はこれらの実施形態には限定されない。
【０３２６】
躁鬱症候群と統合失調症との比較  ＲＮＡ発現プロファイル
本実施例では、躁鬱症候群と統合失調症とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３２７】
本明細書で規定されたＭＤＳであると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして統合失調症であると診断された患者から全血サンプルを採取した。ＲＮＡ発現プロファイルを分析し、ＭＤＳを有する個体について生成されたプロファイルと統合失調症を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、ＭＤＳ及び統合失調症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、統合失調症を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載したＭＤＳを有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、統合失調症を有する患者被験者と比較したＭＤＳを有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ａに示した。
【０３２８】
前記個体が統合失調症もしくはＭＤＳを有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ａに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３２９】
肝臓癌と比較した肝炎のＲＮＡ発現プロファイル
本実施例では、Ｂ型肝炎と肝臓癌とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３３０】
本明細書で規定されたＢ型肝炎であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして肝臓癌であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、Ｂ型肝炎を有する個体について生成されたプロファイルと肝臓癌を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、Ｂ型肝炎または肝臓癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、統合失調症を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載したＢ型肝炎を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、統合失調症を有する患者被験者と比較したＭＤＳを有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｂに示した。
【０３３１】
前記個体が肝炎もしくは肝臓癌を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｂに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３３２】
ＲＮＡ発現プロファイル
腎臓癌と比較した膀胱癌のＲＮＡ発現プロファイル
本実施例では、膀胱癌と腎臓癌とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３３３】
本明細書で規定された膀胱癌であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして腎臓癌であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、プロファイルを生成した。各症例において、膀胱癌及び腎臓癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、腎臓癌を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した膀胱癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、腎臓癌を有する被験者と比較して膀胱癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｃに示した。
【０３３４】
前記個体が膀胱癌もしくは腎臓癌を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｃに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３３５】
ＲＮＡ発現プロファイル
睾丸癌と比較した膀胱癌のＲＮＡ発現プロファイル
本実施例では、膀胱癌と睾丸癌とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３３６】
本明細書で規定された膀胱癌であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして睾丸癌であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、膀胱癌を有する個体について生成されたプロファイルと睾丸癌を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、膀胱癌及び睾丸癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、睾丸癌を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した膀胱癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、睾丸癌を有する被験者と比較して膀胱癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｄに示した。
【０３３７】
前記個体が膀胱癌もしくは睾丸癌を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｄに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
睾丸癌のＲＮＡ発現プロファイルと比較した腎臓癌のＲＮＡ発現プロファイル。本実施例では、腎臓癌と睾丸癌とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３３８】
本明細書で規定された腎臓癌であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして睾丸癌であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、腎臓癌を有する個体について生成されたプロファイルと睾丸癌を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、腎臓癌及び睾丸癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、睾丸癌を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した腎臓癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、睾丸癌を有する被験者と比較して膀胱癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｅに示した。
【０３３９】
前記個体が膀胱癌もしくは睾丸癌を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｅに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３４０】
ＲＮＡ発現プロファイル
胃癌と比較した肝臓癌のＲＮＡ発現プロファイル
本実施例では、肝臓癌と胃癌とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３４１】
本明細書で規定された肝臓癌であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして胃癌であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、肝臓癌を有する個体について生成されたプロファイルと胃癌を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、肝臓癌及び胃癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、胃癌を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した肝臓癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、睾丸癌を有する被験者と比較して膀胱癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｆに示した。
【０３４２】
前記個体が膀胱癌もしくは睾丸癌を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｆに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３４３】
ＲＮＡ発現プロファイル
肝臓癌と大腸癌との比較
本実施例では、肝臓癌と大腸癌とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３４４】
本明細書で規定された肝臓癌であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして大腸癌であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、肝臓癌を有する個体について生成されたプロファイルと大腸癌を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、肝臓癌及び大腸癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、大腸癌を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した肝臓癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、大腸癌を有する被験者と比較して肝臓癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｇに示した。
【０３４５】
前記個体が肝臓癌もしくは大腸癌を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｇに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
３Ｇ．
【０３４６】
胃癌と大腸癌との比較
本実施例では、胃癌と大腸癌とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３４７】
本明細書で規定された胃癌であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして大腸癌であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、胃癌を有する個体について生成されたプロファイルと大腸癌を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、胃癌及び大腸癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、大腸癌を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した胃癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のどちらかを用いて分析し、大腸癌を有する被験者と比較して胃癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｈに示した。
【０３４８】
前記個体が胃癌もしくは大腸癌を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｈに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３４９】
変形性関節症と関節リウマチとの比較
本実施例では、ＯＡとＲＡとを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３５０】
本明細書で規定されたＯＡであると診断された患者から全血サンプルを採取し、そしてＲＡであると診断された患者から全血サンプルを採取した。ＲＮＡ発現プロファイルを分析し、ＯＡを有する個体について生成されたプロファイルとＲＡを有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、ＯＡ及びＲＡの診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、ＲＡを有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載したＯＡを有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、ＲＡを有する被験者と比較してＯＡを有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｉに示した。
【０３５１】
前記個体がＯＡもしくはＲＡを有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｉに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
シャーガス病と心不全との比較  本実施例では、シャーガス病と心不全とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３５２】
本明細書で規定されたシャーガス病であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして心不全であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、シャーガス病を有する個体について生成されたプロファイルと心不全を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、シャーガス病及び心不全の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、心不全を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載したシャーガス病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、心不全を有する被験者と比較したシャーガス病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子は表３Ｉに示されている。
【０３５３】
前記個体がシャーガス病もしくは心不全を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｉに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３５４】
ＲＮＡ発現プロファイル
シャーガス病と冠動脈疾患との比較  本実施例では、シャーガス病と冠動脈疾患とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３５５】
本明細書で規定されたシャーガス病であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして冠動脈疾患であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、胃癌を有する個体について生成されたプロファイルと冠動脈疾患を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、シャーガス病及び冠動脈疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、冠動脈疾患を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載したシャーガス病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、冠動脈疾患を有する被験者と比較したシャーガス病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｌに示した。
【０３５６】
前記個体がシャーガス病もしくは冠動脈疾患を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｌに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３５７】
ＲＮＡ発現プロファイル
ＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイル
冠動脈疾患（ＣＡＤ）と心不全との比較
本実施例では、冠動脈疾患（ＣＡＤ）と心不全とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３５８】
本明細書で規定された冠動脈疾患（ＣＡＤ）であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして心不全であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、ＣＡＤを有する個体について生成されたプロファイルと心不全を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、心不全及び冠動脈疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、心不全を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した冠動脈疾患を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、心不全を有する被験者と比較した冠動脈疾患を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子は表３Ｎに示されている。
【０３５９】
前記個体が冠動脈疾患もしくは心不全を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｎに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３６０】
ＲＮＡ発現プロファイル
無症候性シャーガス病と症候性シャーガス病との比較
本実施例では、無症候性シャーガス病と症候性シャーガス病とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３６１】
本明細書で規定された無症候性シャーガス病であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして症候性シャーガス病であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、無症候性シャーガス病を有する個体について生成されたプロファイルと症候性シャーガス病を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、無症候性シャーガス病及び症候性シャーガス病の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、症候性シャーガス病を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した無症候性シャーガス病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、症候性シャーガス病を有する被験者と比較した無症候性シャーガス病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｐに示した。
【０３６２】
前記個体が無症候性シャーガス病もしくは症候性シャーガス病を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｐに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３６３】
アルツハイマー病と統合失調症との比較
本実施例では、アルツハイマー病と統合失調症とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３６４】
本明細書で規定されたアルツハイマー病であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして統合失調症であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、統合失調症を有する個体について生成されたプロファイルとアルツハイマー病を有する個体について生成されたプロファイルとを比較した。各症例において、アルツハイマー病及び統合失調症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、統合失調症を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載したアルツハイマー病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、統合失調症を有する患者被験者と比較したアルツハイマー病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｑに示した。
【０３６５】
前記個体がアルツハイマー病もしくは統合失調症を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｑに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３６６】
アルツハイマー病と躁鬱病との比較
本実施例では、アルツハイマー病と躁鬱病とを識別できるバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３６７】
本明細書で規定されたアルツハイマー病であると診断された患者から全血サンプルを採取し、そして躁鬱病であると診断された患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、アルツハイマー病を有する個体について生成されたプロファイルを躁鬱病を有する個体について生成されたプロファイルと比較した。各症例において、アルツハイマー病及び躁鬱病の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、躁鬱病を有すると同定された個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載したアルツハイマー病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及び／またはＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、躁鬱病を有する患者被験者と比較したアルツハイマー病を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表３Ｒに示した。
【０３６８】
前記個体がアルツハイマー病もしくは躁鬱病を有するかどうかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３Ｒに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３６９】
ＲＮＡ発現プロファイル
〔実施例５〕
【０３７０】
２つの疾患もしくは状態間を識別するバイオマーカーを同定するための方法に加えて、本発明は３つ以上の関連性の疾患もしくは状態の群にとって特異的なバイオマーカーを同定するための方法もさらに含む。以下の３つの実施例は、以下の疾患群もしくは状態群：癌、心血管疾患及び神経系疾患についてのバイオマーカーを同定するための方法、ならびにそれらの同定されたマーカーを提示する。しかし、本発明はこれら３つの疾患群もしくは状態群には限定されない。
【０３７１】
癌
本実施例では、癌のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３７２】
本明細書で使用した「癌」は、様々なタイプの悪性新生物のいずれかであると規定されており、それらの大部分が周囲組織を侵襲し、数カ所の部位へ転移することもあり、除去しようとしても再発し、適切に治療されない限り患者の死を引き起こす可能性がある。詳細にはいずれかそのような癌腫もしくは肉腫であるが、通常の使用では特に前者である。各症例において、癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、癌を有していない被験者と比較して癌を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表６Ａに示した。
【０３７３】
癌を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表６Ａに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０３７４】
心血管疾患
本実施例では、心血管疾患のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３７５】
本明細書の本実施例で使用した「心血管疾患」は、心臓もしくは血管に影響を及ぼす疾患であると規定されている。心血管疾患には、冠動脈疾患、心不全、及び高血圧が含まれる。各症例において、心血管疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。本明細書に記載したＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標）ソフトウエア分析を用いて、心血管疾患を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して本明細書に記載した心血管疾患を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルを生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、心血管疾患を有していない被験者と比較して心血管疾患を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表６Ｂに示した。
【０３７６】
心血管疾患を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表６Ｂに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。
【０３７７】
神経系疾患
本実施例では、神経系疾患のバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３７８】
本明細書で使用する「神経系疾患」は神経系の障害であると規定されており、中枢神経系（脳、脳幹及び小脳）、末梢神経系（脳神経を含む）、ならびに自律神経系（脳神経系及び末梢神経系の両方に位置する部分）に関係する障害が含まれる。詳細には、神経系疾患には、アルツハイマー病、統合失調症、及び躁鬱症候群が含まれる。各症例において、神経系疾患の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。上述したように様々な実験を実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的分析法のどちらかを用いて分析し、神経系疾患を有していない被験者と比較して神経系疾患を有する患者間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された遺伝子を表６Ｃに示した。
【０３７９】
神経系疾患を有する前記個体を診断するための未知の患者由来の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、表６Ｃに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載したクラス予測についての周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。
〔実施例６〕
【０３８０】
特定の疾患群もしくは状態群に関連するバイオマーカーを同定するための方法に加えて、本発明のまた別の態様には、特定の薬剤もしくは外因性物質、または特定の薬物群もしくは外因性物質群の投与に関連するバイオマーカーを同定する方法が含まれる。本質的に、本発明のこの態様は、個体へ薬剤用法指示を提供する方法を提供する。１種以上の物質もしくは１種以上の薬物の投与はいずれかの経路によってでよく、これらのマーカーを同定する本方法は前記投与後の１つ以上のあらゆる特定時点に適用できる。以下の実施例では、本発明のこの薬物用法指示態様の実施形態を例示するが、しかし本発明は下記に例示する１種以上の薬物及び１種以上の物質、または薬物群及び外因性物質群を含む方法には限定されない。
【０３８１】
Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）
Ｃｅｌｅｂｒｅｘ対他のＣＯＸ阻害剤：
本実施例では、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）に関連するバイオマーカーを同定するための本発明の使用及び同一物の使用について明示する。
【０３８２】
本実施例では、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）を除くいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体から採取した全血サンプルと比較して、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０３８３】
本明細書で使用した「Ｃｏｘ阻害剤」は、シクロオキシゲナーゼ（Ｃｏｘ）を共有結合により修飾する抗炎症薬であると規定されている。Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）以外のいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）以外のいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体と比較してＣｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）以外のいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体と比較してＣｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ａに示した。
Ｃｅｌｅｂｒｅｘ対Ｃｅｌｅｂｒｅｘ非使用：
【０３８４】
本実施例では、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていなかった個体から採取した全血サンプルと比較して、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていなかった個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていなかった個体と比較してＣｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。Ｃｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていなかった個体と比較してＣｅｌｅｂｒｅｘ（登録商標）が投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｂに示した。
【０３８５】
Ｖｉｏｘｘ（登録商標）
Ｖｉｏｘｘ（登録商標）対Ｖｉｏｘｘ（登録商標）非使用：
本実施例では、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていなかった個体から採取した全血サンプルと比較して、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていなかった個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていなかった個体と比較してＶｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていなかった個体と比較してＶｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｃに示した。
【０３８６】
Ｖｉｏｘｘ対他のＣＯＸ阻害剤：
本実施例では、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）を除くいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体から採取した全血サンプルと比較して、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０３８７】
Ｖｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、Ｖｉｏｘｘ（登録商標）以外のいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。Ｖｉｏｘｘ（登録商標）以外のいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体と比較してＶｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。Ｖｉｏｘｘ（登録商標）以外のいずれかのＣｏｘ阻害剤が投与されていた個体と比較してＶｉｏｘｘ（登録商標）が投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｄに示した。
【０３８８】
非ステロイド抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）
本実施例では、非ステロイド抗炎症薬が投与されていなかった個体から採取した全血サンプルと比較して、非ステロイド抗炎症薬が投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。本明細書に規定するように、非ステロイド抗炎症薬は、プロスタグランジンの産生を阻害することによって機能する抗炎症薬の大きな群であると規定されている。それらは、抗炎症性、鎮痛性及び解熱性作用を発揮し、イブプロフェン、ケトプロフェン、ピロキシカム、ナプロキセン、スリンダク、アスピリン、次サリチル酸コリン、ジフルニサル、フェノプロフェン、インドメタシン、メクロフェナム酸塩、サルサレート、トルメチン及びサリチル酸マグネシウムが含まれる。抗炎症活性を発揮するステロイド化合物（ヒドロコルチゾンもしくはプレドニゾンなど）は含まれない。非ステロイド抗炎症薬が投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、非ステロイド抗炎症薬が投与されていなかった個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。非ステロイド抗炎症薬が投与されていなかった個体と比較して非ステロイド抗炎症薬が投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。非ステロイド抗炎症薬が投与されていなかった個体と比較して非ステロイド抗炎症薬が投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｅに示した。
【０３８９】
コルチゾン
本実施例では、コルチゾンが投与されていなかった個体から採取した全血サンプルと比較して、コルチゾンが投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。コルチゾンが投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、コルチゾンが投与されていなかった個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。コルチゾンが投与されていなかった個体と比較してコルチゾンが投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。コルチゾンが投与されていなかった個体と比較してコルチゾンが投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｆに示した。
【０３９０】
粘性補給剤
本実施例では、粘性補給剤が投与されていなかった個体から採取した全血サンプルと比較して、粘性補給剤が投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。粘性補給剤が投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、粘性補給剤が投与されていなかった個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォームプラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。粘性補給剤が投与されていなかった個体と比較して粘性補給剤が投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。粘性補給剤が投与されていなかった個体と比較して粘性補給剤が投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｇに示した。
【０３９１】
Ｌｉｐｉｔｏｒ
本実施例では、Ｌｉｐｉｔｏｒが投与されていなかった個体から採取した全血サンプルと比較して、Ｌｉｐｉｔｏｒが投与されていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。Ｌｉｐｉｔｏｒが投与されていた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、Ｌｉｐｉｔｏｒが投与されていなかった個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。Ｌｉｐｉｔｏｒが投与されていなかった個体と比較してＬｉｐｉｔｏｒが投与されていた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。Ｌｉｐｉｔｏｒが投与されていなかった個体と比較してＬｉｐｉｔｏｒが投与されていた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｈに示した。
【０３９２】
喫煙
本実施例では、煙草及び葉巻を吸っていなかった個体から採取した全血サンプルと比較して、煙草及び葉巻を吸っていた個体から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。喫煙していた個体由来のＲＮＡ発現プロファイルを分析し、喫煙していなかった個体由来のプロファイルと比較した。好ましくは、比較されている前記個体と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。血液サンプルからの全ｍＲＮＡを各個体から採取してＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。前記ＲＮＡ発現プロファイルを作製するためのハイブリダイゼーションは、本明細書に記載したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プラットフォーム（Ｕ１３３Ａ及びＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）プラットフォームを使用して実施した（データは示していない）。様々な実験を上記に略述したとおりに実施し、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定、または本明細書に記載した他の統計的検定のいずれかを使用して分析した。喫煙していなかった個体と比較して喫煙していた個体からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定もしくは本明細書に記載した他の統計的検定を用いて、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を使用する統計分析によって決定した。喫煙していなかった個体と比較して喫煙していた個体間で＜０．０５のｐ値を有すると同定された示差的に発現した遺伝子を表７Ｉに示した。
〔実施例７〕
【０３９３】
併存性及び他の疾患状態に関連する遺伝子を除去することによるＯＡ単独にとって特異的な遺伝子の同定。
【０３９４】
本実施例では、他の疾患状態と比較して変形性関節症に固有的である血液中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０３９５】
軽度ＯＡもしくは重度ＯＡであると診断された患者から全血サンプルを採取し、本明細書に規定された正常個体であると同定された個体と比較した。次に正常個体と比較してＯＡにおいて示差的に発現した遺伝子を同定するために、ＲＮＡ発現プロファイルを分析した。各症例において、ＯＡの診断は、有資格医師によって確証された。
【０３９６】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して軽度もしくは重度ＯＡを有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、Ｗｅｌｔｃｈ  ＡＮＯＶＡ  検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｍｉｃｈｅｌｓｏｎ  ａｎｄ  Ｓｃｈｏｆｉｅｌｄ，１９９６）。（デンドグラム分析は示していない）。
【０３９７】
ＯＡに固有の血液中で示差的に発現するが、高血圧、肥満症、喘息、全身性ステロイド剤の摂取、またはアレルギーを含む可能性のある併存性の結果としては示差的に発現しない遺伝子、両方のＯＡにおいて示差的に発現した遺伝子、例えば表１Ａ（ＯＡ及び高血圧の併存性対正常個体）、表１Ｂ（ＯＡ及び肥満症の併存性対正常個体）、表３Ｃ（ＯＡ及びアレルギーの併存性対正常個体）、表３Ｄ（ＯＡ及び全身性ステロイド剤の摂取の併存性対正常個体）などの併存性の結果として示差的に発現すると同定された遺伝子、ならびに喘息及びＯＡを有すると同定された人々に共通する遺伝子（表３ＡＡ）を除去した。同様に、肥満症（表３Ｒ）、高血圧（表３Ｐ）、アレルギー（表３Ｔ）、全身性ステロイド剤（表３Ｖ）に固有の遺伝子もまた除去した。これらの比較の結果として、ＯＡを有する個体に固有の遺伝子リストが同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表３ＡＢに示した。
【０３９８】
当業者には、他の疾患状態に関連する遺伝子を単純に除去するよりむしろ、より精細な分析を使用して遺伝子発現において同様の傾向を示す遺伝子を除去する、例えば併存状態においてアップレギュレーションを示し、さらに単一疾患状態においてもアップレギュレーションを示す遺伝子を除去するが、遺伝子発現において相違する傾向を示す、例えば単一疾患状態におけるダウンレギュレーションと比較して併存状態においてアップレギュレーションを示す遺伝子を保持することができることは明白であろう。
【０３９９】
前記個体がＯＡを有するか、またはＯＡを有していないかを決定するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として表３ＡＢに示した示差的に発現した遺伝子を用いて、個体が併存性を提示するかどうかとは無関係に、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４００】
脳腫瘍
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した脳腫瘍を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４０１】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、脳腫瘍を有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４０２】
本明細書で使用した「脳腫瘍」は、頭蓋内及び頭蓋外の両方の原発性脳腫瘍のあらゆる形態を意味しており、以下の、神経膠芽細胞腫、上衣細胞腫、神経膠腫、神経膠星状細胞腫、髄芽細胞腫、神経膠腫症、乏突起神経膠腫、髄膜腫、網膜芽細胞腫、及び頭蓋咽頭腫のうちの１つ以上が含まれる。
【０４０３】
本明細書に規定した脳腫瘍を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、脳腫瘍の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）チップへハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して脳腫瘍を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４０４】
前記個体が脳腫瘍を有するか、または脳腫瘍を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４０５】
前立腺癌
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した前立腺癌を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４０６】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、前立腺癌を有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４０７】
本明細書で使用した「前立腺癌」は、前立腺内で発生する悪性の癌を意味する。前立腺癌を有すると同定された患者は、臨床的（直腸内触診もしくはＰＳＡ検査によって）及び／または病理学的に決定されるように、いずれかの病期の前立腺癌を有する可能性がある。前立腺癌の病期判定は、ＴＮＭまたは米国癌合同委員会（ＡＪＣＣ）の病期判定システムによって実施できる。ＴＮＭシステムに加えて、例えばホイットモア・ジューエット（Ｗｈｉｔｍｏｒｅ−Ｊｅｗｅｔｔ）システムなどの他のシステムを使用して前立腺癌の病期判定を実施することもできる。
【０４０８】
本明細書に規定した前立腺癌を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、２つの群間を識別する遺伝子を同定するために、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。同様に、前立腺癌の重症度間を識別できるようにＲＮＡ発現プロファイルを分析することができる。好ましくは、疾患または前記疾患の特定病期を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、前立腺癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４０９】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して前立腺癌を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４１０】
前記個体が前立腺癌を有するか、特定病期の前立腺癌を有するか、または前立腺癌を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４１１】
卵巣癌
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した卵巣癌を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４１２】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、卵巣癌を有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４１３】
本明細書で使用した「卵巣癌」は、卵巣内で発生する悪性癌性増殖を意味する。卵巣癌を有すると同定された患者はいずれかの病期の卵巣癌を有する可能性がある。病期判定は、画像検査からの情報と側腹切開術中に実施された外科的検査の結果とを結び付けることによって実施する。癌の程度及びそれがより遠隔臓器へ広がっている（転移している）かどうかを説明するためには番号付けした病期ＩからＩＶが使用される。
【０４１４】
本明細書に規定した卵巣癌、または特定病期の卵巣癌を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患または前記疾患の特定病期を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、卵巣癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４１５】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して卵巣癌または特定病期の卵巣癌を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４１６】
前記個体が卵巣癌を有するか、特定病期の卵巣癌を有するか、または卵巣癌を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４１７】
胃癌
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した胃癌を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４１８】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、胃癌を有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４１９】
本明細書で使用した「胃癌」は、胃の内部から始まる癌性増殖を意味しており、胃腺癌、原発性胃リンパ腫及び胃非リンパ球性肉腫が含まれる。胃癌を有すると同定された患者は、米国癌合同委員会（ＡＪＣＣ）のシステムによって決定されるように前記癌の病期によって分類することもできる。
【０４２０】
本明細書に規定した胃癌、または特定病期の胃癌を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患または前記疾患の特定病期を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、胃癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４２１】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して胃癌または特定病期の胃癌を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４２２】
前記個体が胃癌を有するか、特定病期の胃癌を有するか、または胃癌を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４２３】
乳癌
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した乳癌を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４２４】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、乳癌を有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４２５】
本明細書で使用した「乳癌」は乳房内から始まる癌性増殖を意味しており、乳管内癌（ＤＣＩＳ）、上皮内小葉癌（ＬＣＩＳ）、浸潤性腺管癌などを含む侵襲性及び非侵襲性乳癌が含まれる。乳癌を有すると同定された患者は、米国癌合同委員会（ＡＪＣＣ）またはＴＮＭ分類のシステムによって決定されるように前記癌の病期によって分類することもできる。
【０４２６】
本明細書に規定した乳癌、または特定病期の乳癌を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患または前記疾患の特定病期を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、乳癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４２７】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して乳癌または特定病期の乳癌を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４２８】
前記個体が乳癌を有するか、特定病期の乳癌を有するか、または乳癌を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４２９】
鼻咽腔癌
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した鼻咽腔癌を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４３０】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、鼻咽腔癌を有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４３１】
本明細書で使用した「鼻咽腔癌」は、鼻咽頭の表面を被覆して内張りする上皮細胞から発生する癌性増殖を意味する。鼻咽腔癌を有すると同定された患者は、米国癌合同委員会（ＡＪＣＣ）またはＴＮＭ分類のシステムによって決定されるように前記癌の病期によって分類することもできる。
【０４３２】
本明細書に規定した鼻咽腔癌、または特定病期の鼻咽腔癌を有すると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患または前記疾患の特定病期を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、鼻咽腔癌の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４３３】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して鼻咽腔癌または特定病期の乳癌を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４３４】
前記個体が鼻咽腔癌を有するか、特定病期の鼻咽腔癌を有するか、または鼻咽腔癌を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４３５】
ギラン・バレー症候群
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較したギラン・バレー症候群を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４３６】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、ギラン・バレー症候群を有する患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４３７】
本明細書で使用した「ギラン・バレー症候群」は、筋肉の衰弱及び軽度の遠位感覚障害を特徴とする、急性の、通常は急速進行性形態の炎症性多発性ニューロパシーを意味する。
【０４３８】
本明細書に規定したギラン・バレー症候群であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、ギラン・バレー症候群の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４３９】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較してギラン・バレー症候群を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４４０】
前記個体がギラン・バレー症候群を有するか、またはギラン・バレー症候群を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４４１】
線維筋痛
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した線維筋痛を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４４２】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、線維筋痛を有すると診断された患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４４３】
本明細書で使用した「線維筋痛」は、広範囲の慢性筋骨格痛及び疲労を意味する。疼痛は、筋肉、腱、及び靱帯などの結合組織から発生するが、関節は含んでいない。本明細書に規定した線維筋痛であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、線維筋痛の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４４４】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して線維筋痛を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４４５】
前記個体が線維筋痛を有するか、または線維筋痛を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４４６】
多発性硬化症
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した多発性硬化症を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４４７】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、多発性硬化症を有すると診断された患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４４８】
本明細書で使用した「多発性硬化症」は、中枢神経系を取り囲むミエリン鞘の消失を含む慢性進行性神経障害を意味する。本明細書に規定した多発性硬化症であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、多発性硬化症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４４９】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して多発性硬化症を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４５０】
前記個体が多発性硬化症を有するか、または多発性硬化症を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４５１】
筋ジストロフィー
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した筋ジストロフィーを有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４５２】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、筋ジストロフィーを有すると診断された患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４５３】
本明細書で使用した「筋ジストロフィー」は、骨格筋の衰弱及び消耗を特徴とする筋肉系の遺伝病を意味する。筋ジストロフィーには、デュシェーヌ型筋ジストロフィー、肢帯筋ジストロフィー、萎縮性ミオトニー、筋緊張性ジストロフィー、偽肥大性筋ジストロフィー、及びスタインハルト病が含まれる。
【０４５４】
本明細書に規定した筋ジストロフィーであると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、筋ジストロフィーの診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４５５】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して筋ジストロフィーを有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４５６】
前記個体が筋ジストロフィーを有するか、または筋ジストロフィーを有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４５７】
敗血性関節形成術
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した敗血性関節形成術を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４５８】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、敗血性関節形成術を有すると診断された患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４５９】
本明細書で使用した「敗血性関節形成術」は、細菌感染によって惹起された関節の炎症を意味する。
本明細書に規定した敗血性関節形成術であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、敗血性関節形成術の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。
【０４６０】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して敗血性関節形成術を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４６１】
前記個体が敗血性関節形成術を有するか、または敗血性関節形成術を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４６２】
肝炎
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した肝炎を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４６３】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、肝炎を有すると診断された患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。本明細書で使用した「肝炎」は、ウイルスもしくは毒素によって惹起される肝臓の炎症を意味しており、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、及びＦ型肝炎を含むことができる。本明細書に規定した肝炎であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、肝炎の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して肝炎を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４６４】
前記個体が肝炎を有するか、または肝炎を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４６５】
悪性高熱感受性
正常個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した悪性高熱感受性を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４６６】
本実施例では、健常被験者から採取した全血サンプルと比較して、悪性高熱感受性を有すると診断された患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。本明細書で使用した「悪性高熱感受性」は、しばしば全身麻酔中もしくは全身麻酔後に発生する骨格筋中カルシウム調節の薬理遺伝学的障害を意味する。
【０４６７】
本明細書に規定した悪性高熱感受性であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、悪性高熱感受性の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常被験者と比較して悪性高熱感受性を有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４６８】
前記個体が悪性高熱感受性を有するか、または悪性高熱感受性を有していないかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４６９】
変形性関節症のウマ
正常もしくは非変形性関節症のウマ由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症を有するウマからの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４７０】
本実施例では、健常ウマから採取した全血サンプルと比較してウマ関節炎を診断できるように、ウマから採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４７１】
本明細書で使用したウマに関連する「関節炎」は、跛行を惹起することによってウマに影響を及ぼす変性性関節疾患を意味する。これはあらゆる関節内で出現する可能性があるが、最も一般的領域は、前脚における上方膝関節、前方距毛、飛節、または蹄関節である。この状態は、外傷、ミネラルもしくは栄養障害、老年、不良な形態、過剰労作もしくは感染症によって惹起されることがある。関節炎において損傷する可能性のある様々な構造は、関節内軟骨、関節内の骨、関節嚢、滑膜、関節周囲靱帯及び最後に「滑膜性の連結」の内側を潤滑する液体である。重度の症例では、これらの構造の全部が罹患する。例えば骨軟骨症では、軟骨だけが罹患することがある。
【０４７２】
原因とは無関係に、疾患は健常関節を潤滑する滑液が薄くなり始めると始まる。潤滑の減少は軟骨クッションの破壊を惹起し、最終的には骨は相互に対して有痛性で摩耗し始める。関節炎を確証するために使用される診断検査には、Ｘ線、滑液の分析、及び超音波が含まれる。
【０４７３】
本明細書に規定した関節炎であると診断されたウマから全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していないウマ由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記ウマと適合する年齢及び性別を有するウマを選択する。各症例において、関節炎の診断は、有資格の医師によって確証された。
【０４７４】
各ウマから採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。ウマゲノムを提示するウマ特異的マイクロアレイもまた使用できる。健常なウマと比較して関節炎を有するウマからの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４７５】
前記ウマが関節炎を有するか、または関節炎を有していないかについて識別するためのウマの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４７６】
変形性関節症のイヌ
正常もしくは非変形性関節症のイヌ由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した変形性関節症を有するイヌからの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４７７】
本実施例では、健常ウマから採取した全血サンプルと比較してウマ関節炎を診断できるように、イヌから採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４７８】
本明細書で使用したイヌに関連する「変形性関節症」は、軟骨及び骨の衰弱及び変化を含む変性性関節疾患の形態である。関節内及び関節周囲での炎症に応答して、身体は関節構造の周囲での骨リモデリングで応答する。このプロセスは、最小限の外向き症状を伴って緩徐及び段階的である、または重大な疼痛及び不快感を伴ってより急速進行性であることがある。変形性関節症性変化は、同様に感染症及び関節の傷害に応答して発生することがある。
【０４７９】
本明細書に規定した変形性関節症であると診断された複数のイヌから全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していないイヌ由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記イヌと適合する年齢、性別及び品種を有するイヌを選択する。各症例において、変形性関節症の診断は、有資格の医師によって確証された。
各イヌから採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。イヌゲノムを提示するイヌ特異的マイクロアレイもまた使用できる。健常なイヌと比較して変形性関節症を有するイヌからの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）。
【０４８０】
前記イヌが変形性関節症を有するか、または変形性関節症を有していないかについて識別するためのイヌの被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４８１】
躁鬱症候群（ＭＤＳ）と統合失調症との比較  ＲＮＡ発現プロファイル
統合失調症を有する個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した躁鬱症候群（ＭＤＳ）を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４８２】
本実施例では、統合失調症患者から採取した全血サンプルと比較して、ＭＤＳを有すると診断された患者から採取した全血サンプル中の示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４８３】
本明細書で使用した「躁鬱症候群（ＭＤＳ）」は、交代性の躁鬱を特徴とする気分障害を意味する。本明細書で使用する「統合失調症」は、現実の歪曲及び思考や言語の障害ならびに社会的接触からの引きこもりを特徴とする精神病障害であると規定されている。「統合失調症」を有すると診断された患者は、下記の診断のいずれかを有する患者を含むことができる。急性統合失調症性エピソード、境界型統合失調症、緊張病、緊張型分裂病、緊張型統合失調症、解体型分裂病、解体型統合失調症、破瓜病、破瓜型分裂病、潜伏分裂病、パラノイア型統合失調症、妄想型統合失調症、偏執性痴呆、パラフレニー型統合失調症、精神病、反応性統合失調症など。
【０４８４】
本明細書に規定したＭＤＳもしくは統合失調症であると診断された複数の患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、いずれの疾患にも罹患していない患者由来のプロファイルと比較した。好ましくは、疾患を有すると診断された前記患者と適合する年齢及び性別を有する健常被験者を選択する。各症例において、ＭＤＳ及び統合失調症の診断は、経験を積んだ委員会認定医師によって確証された。各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。
【０４８５】
各プローブは、変性させて本明細書に記載したようにＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ及び／またはＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標）へハイブリダイズさせた。健常個体と比較して統合失調症を有する患者と比較してＭＤＳを有する患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定された（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．５ｔｈ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，２００２）（データは示していない）。統合失調症患者、ＭＤＳ患者及びコントロール個体との間で＜０．０５のｐ値を有する２９４個の遺伝子が、示差的に発現したと同定された。示差的に発現した遺伝子の同一性は表３ＡＣに示した。
【０４８６】
前記個体がＭＤＳを有するか、統合失調症を有するか、または正常であるかについて識別するための個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４８７】
変形性関節症の進行の予測
変形性関節症の進行を予測できるように個体の全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルの分析。
【０４８８】
本実施例では、変形性関節症の進行を予測するための本発明の使用について明示する。
【０４８９】
本明細書で使用した「変形性関節症」は、軟骨及び骨の衰弱及び変化を含む変性性関節疾患の形態である。関節内及び関節周囲での炎症に応答して、身体は関節構造の周囲での骨リモデリングで応答する。このプロセスは、最小限の外向き症状を伴って緩徐及び段階的である、または重大な疼痛及び不快感を伴ってより急速進行性であることがある。変形性関節症性変化は、同様に感染症及び関節の傷害に応答して発生することがある。
【０４９０】
変形性関節症の症状を有していない被験個体から全血サンプルを採取し、次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、そして軽度変形性関節症を有する個体由来のプロファイルと比較した。
【０４９１】
前記個体が軽度変形性関節症を有するか、または変形性関節症を有していないかについて識別するための前記個体の被験サンプルの分類もしくはクラス予測は、予測遺伝子として上述したように同定された示差的に発現した遺伝子を用いて、当業者には理解され、本明細書に記載した周知の統計的アルゴリズムと併用して実施することができる。クラス予測のためのＳｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社によって提供されるプログラム（例、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ（商標））などの市販で入手できるプログラムもまた利用できる。
【０４９２】
この分類の結果として軽度変形性関節症を有すると同定された個体は、軽度変形性関節症を有していないと診断された個体よりも中等度、高度及び／または重度変形性関節症を発生する有意に大きな機械を有する。
【０４９３】
治療
前記状態を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、１つの状態を有する個体であって、前記個体が前記状態に関して治療を受けている個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのマイクロアレイデータ分析。
【０４９４】
本実施例では、治療を受けていない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した１つの状態の治療を受けている個体から採取された全血サンプル中での示差的遺伝子発現を検出するための本発明の使用を明示する。
【０４９５】
治療を受けている患者から全血サンプルを採取した。次にＲＮＡ発現プロファイルを分析し、治療を受けていない患者由来のプロファイルと比較した。
【０４９６】
各患者から採取した血液サンプルからの全ｍＲＮＡはＴＲＩｚｏｌ（登録商標）試薬（ＧＩＢＣＯ社）を用いて単離し、各血液サンプルのための蛍光標識プローブを上述したとおりに生成した。各プローブは、変性させて本明細書に記載したように例えば１５Ｋ  Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅ製マイクロアレイチップ（ＣｈｏｎｄｒｏＣｈｉｐ（商標））、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐまたはＢｌｏｏｄ  ｃｈｉｐなどのマイクロアレイへハイブリダイズさせた。
【０４９７】
治療を受けていない患者と比較して治療を受けている患者からの全血サンプル中で示差的に発現した遺伝子の同定は、ウィルコックス・マン・ホイットニー順位和検定を用いる統計的分析によって決定され（Ｇｌａｎｔｚ  ＳＡ．Ｐｒｉｍｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．）、次に示差的に発現した遺伝子が＜０．０５のｐ値を有する場合に示差的に発現したと同定された。
【０４９８】
当業者であれば、本発明が本明細書に記載した目的を実行して目標及び長所、ならびに本発明に固有の目的、目標及び長所を入手するために明確に適合させられることを容易に理解するであろう。
【０４９９】
本実施例は、本明細書に記載した方法、手順、処理、分子、及び特定化合物と一緒に、現在は好ましい実施形態の代表であり、例示であり、本発明の範囲についての限定であると見なすことは意図していない。
【０５００】
その中の変化及びその他の使用が特許請求の範囲に規定された本発明の精神の中に含まれることは当業者には思い浮かぶであろう。
【０５０１】
本明細書で言及した全ての特許、特許出願、及び公表された参考文献は、これにより全体として参照して組み込まれる。本発明をその好ましい実施形態を参照しながら詳細に示して説明してきたが、当業者には添付の特許請求の範囲に含まれる本発明の範囲から逸脱せずに形状及び詳細における様々な変化を加えることができることは理解されるであろう。
【図面の簡単な説明】
【０５０２】
【図１】変形性関節症または高血圧のいずれも有していない個体（「正常」）由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、変形性関節症及び高血圧の両方を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２】肥満症または変形性関節症のいずれも有していない個体（「正常」）由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した変形性関節症及び肥満症の両方を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図３】アレルギーまたは変形性関節症のいずれも有していない個体（「正常」）由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した変形性関節症及びアレルギーの両方を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図４】全身性ステロイド剤を摂取しておらず変形性関節症を有していない個体（「正常」）由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した変形性関節症を有して全身性ステロイド剤療法を受けていた個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図５】非高血圧個体及び正常個体両方のサンプル由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、高血圧を有する個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図６】正常個体及び非肥満症個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した肥満症であると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図７】高血圧及びＯＡ患者対高血圧もＯＡも有していない個体（表１Ａ）、高血圧及びＯＡ患者対ＯＡ患者（表１Ｇ）、ならびに２つの遺伝子集団間の交差（表１Ｈ）を比較した分析の要約を表示しているベン図である。
【図８】肥満症及びＯＡ患者対肥満症もＯＡも有していない個体（表１Ｂ）、肥満症及びＯＡ患者対ＯＡ患者（表１Ｉ）、ならびに２つの遺伝子集団間の交差（表１Ｊ）を比較した分析の要約を表示しているベン図である。
【図９】アレルギー及びＯＡ患者対アレルギーもＯＡも有していない個体（表１Ｃ）、アレルギー及びＯＡ患者対ＯＡ患者（表１Ｋ）、ならびに２つの遺伝子集団間の交差（表１Ｌ）を比較した分析の要約を表示しているベン図である。
【図１０】全身性ステロイド剤及びＯＡ患者対ＯＡを有しておらず全身性ステロイド剤投与も受けていない個体（表１Ｄ）、全身性ステロイド剤及びＯＡ患者対ＯＡ患者（表１Ｍ）、ならびに２つの遺伝子集団間の交差（表１Ｎ）を比較した分析の要約を表示しているベン図である。
【図１１】ＯＡを有しており、ホルモン補充療法、避妊薬及びプレドニゾンを含む３つのタイプのうちの１つの全身性ステロイド剤投与を受けていると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１２】正常個体及び非２型糖尿病個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較して、本明細書に記載した２型糖尿病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１３】正常個体及び非高脂質血症患者由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した高脂質血症を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１４】正常個体及び非肺疾患個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した肺疾患を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１５】非膀胱癌個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した膀胱癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１６】非膀胱癌個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した進行期膀胱癌または早期膀胱癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１７】非冠動脈疾患個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した冠動脈疾患（ＣＡＤ）を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１８】非関節リウマチ個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した関節リウマチを有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図１９】非うつ病個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載したうつ病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２０】変形性関節症を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した様々な病期の変形性関節症を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２１】肝臓癌を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した肝臓癌を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２２】統合失調症を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した統合失調症を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２３】シャーガス病を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した症候性または無症候性シャーガス病を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２４】ＯＡを有するが喘息を有していない個体由来のＲＮＡ発現プロファイルと比較した、本明細書に記載した喘息及びＯＡを有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２５】統合失調症を有する個体と比較して躁鬱症候群を有すると同定された個体からの全血サンプルのＲＮＡ発現プロファイルのグラフ表示である。
【図２６】患者の年齢群に関連付けて患者におけるＯＡの様々な病期を提示した図である。
【図２７】ＰＢＰ、ＰＦ４及びＦ１３Ａを含む、マイクロアレイ実験を用いて同定されたＣＡＤ末梢血細胞中で過剰発現した遺伝子のＲＴ−ＰＣＲを示した図である。
【図２８】末梢血細胞ｃＤＮＡライブラリー由来の１０，３６８個のＰＣＲ産物を含むｃＤＮＡマイクロアレイスライドである「Ｂｌｏｏｄ  Ｃｈｉｐ」を示した図である。色は、Ｃｙ３（緑色）もしくはＣｙ５（赤色）を用いて標識したプローブに対するハイブリダイゼーションを表している。黄色スポットは両プローブ間の共通ハイブリダイゼーションを示している。スライドＡでは、正常血液細胞ＲＮＡサンプルはＣｙ３で標識され、そしてＣＡＤ血液細胞ＲＮＡサンプルはＣｙ５で標識された。スライドＢでは、ＲＮＡサンプルを標識するためにＣｙ３及びＣｙ５を取り替えた。（クラスター分析により、正常及びＣＡＤサンプルについての明確な遺伝子発現プロファイルが明らかになった）。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【手続補正書】
【提出日】平成19年6月21日(2007.6.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項１】
対象疾患についての１つ以上のバイオマーカーを同定する方法であって、前記１つ以上の各バイオマーカーが１つのＲＮＡ転写産物に対応しており、前記方法は、
ａ）前記対象疾患を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各ＲＮＡ各転写産物が前記対象疾患についての候補バイオマーカーであるステップと、
ｂ）前記ステップａ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記対象疾患を有していない１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｂ）の比較において相違するレベルを提示する前記ＲＮＡ転写産物が前記対象疾患についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、
及び／または
ｃ）前記対象疾患を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の各転写産物が前記対象疾患についての候補バイオマーカーであるステップと、
ｄ）前記ステップｃ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記対象疾患を有する１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｄ）の比較において同一レベルを提示する前記ＲＮＡ転写産物が前記対象疾患についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、を含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項３】
対象疾患の進行期もしくは退行期の１つ以上のバイオマーカーを同定する方法であって、前記１つ以上の各バイオマーカーが１つのＲＮＡ転写産物に対応しており、
ａ）前記対象疾患の１つの病期を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の個体が前記対象疾患の同一の進行期もしくは退行期にあり、そして前記１つ以上の各転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期を決定するための候補バイオマーカーであるステップと、及び
ｂ）前記ステップａ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記ステップａ）の前記１つ以上の個体のレベルとは相違する前記対象疾患の進行期もしくは退行期にある１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｂ）の比較において相違するレベルを提示する前記比較された転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、及び／または
ｃ）前記対象疾患の１つの病期を有する１つ以上の個体から入手された血液中で発現した１つ以上のＲＮＡ転写産物のレベルを決定するステップであって、前記１つ以上の個体が前記対象疾患の同一の進行期もしくは退行期にあり、そして前記１つ以上の各転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期を決定するための候補バイオマーカーであるステップと、及び；
ｄ）前記ステップｃ）からの前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルを、前記ステップｃ）の前記１つ以上の個体のように前記対象疾患の進行期もしくは退行期にある１つ以上の個体から入手された血液中の前記１つ以上の各ＲＮＡ転写産物のレベルと比較するステップであって、
前記ステップｄ）の比較において同一レベルを提示する前記比較された転写産物が前記対象疾患の進行期もしくは退行期についてのバイオマーカーであると同定されるステップと、を含む方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項１０】
前記対象疾患が高血圧であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ａ、１Ｅ、１Ｐ、及び１Ｑに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肥満症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｂ、１Ｆ、１Ｒ、及び１Ｓに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がアレルギーであって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｃ、１Ｔ、及び１Ｕに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がＩＩ型糖尿病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｇに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写され、そして前記マーカーがインスリン遺伝子を同定しない、または前記対象疾患が高脂質血症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｈに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肺疾患であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｉに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が膀胱癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｊ及び１Ｋに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が冠動脈疾患であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｌに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写され、前記マーカーがＡＮＦ、ＺＦＰ及びβＭｙＨＣからなる群から選択される遺伝子を同定しない、または前記対象疾患が関節リウマチであって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｍに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が変形性関節症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＢに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がうつ病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｎに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肝臓癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｘに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がシャーガス病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｚに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が喘息であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＡに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が強直性脊椎炎であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＭに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が躁鬱病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＮに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がアルツハイマー病であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＯに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写され、そして前記マーカーがＡＰＰ遺伝���を同定しない、または前記対象疾患が子宮頸癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＱに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が胃癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＲに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が腎臓癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＳに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が睾丸癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＴに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が大腸癌であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＵに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が心不全であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＶに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が肝炎であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＷに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患がクローン病もしくはクローン大腸炎のいずれかであって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＸに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象疾患が骨粗鬆症であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１ＡＹに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、または前記対象状態が全身性ステロイド剤を摂取している状態であって、前記１つ以上のＲＮＡ転写産物が表１Ｄ、１Ｖ、１Ｗ、及び１ＡＤに列挙した遺伝子からなる群から選択される１個以上の遺伝子から転写される、請求項１または２のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正４】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項１７】
前記対象状態を有することが疑われる１つの個体において対象状態及び／またはその進行期もしくは退行期を診断もしくは予後診断する方法であって、
ａ）前記個体から入手された、請求項１から１６及び請求項２２のいずれか一項において同定されたバイオマーカーに対応する、血液中で発現した１つ以上の遺伝子転写産物のレベルを決定するステップと、及び
ｂ）前記ステップａ）による前記血液中における前記１つ以上の各遺伝子転写産物のレベルを、前記対象状態を有する１つ以上の個体からの血液中の前記１つ以上の各遺伝子転写産物のレベルと比較するステップと、
ｃ）前記ステップａ）による前記血液中における前記１つ以上の各遺伝子転写産物のレベルを、前記状態を有していない１つ以上の個体からの血液中における前記１つ以上の各遺伝子転写産物のレベルと比較するステップと、
ｄ）前記ステップａ）の前記１つ以上の遺伝子転写産物のレベルが前記ステップｃ）における前記転写産物のレベルと比較して、前記ステップｂ）における前記転写産物のレベルと一緒に分類されるかどうかを決定するステップであって、前記決定が前記ステップａ）の前記個体が前記対象疾患を有することの指標であるステップと、を含む方法。