(57)【要約】ＥＧＦＲバイオマーカーは、ＥＧＦＲモジュレーターを投与することからなる癌を治療する方法に対して治療応答する哺乳類を同定するための方法に有用であって、該方法は、（ａ）ＥＧＦＲモジュレーターに哺乳類由来の生物サンプルを曝露し、（ｂ）該生物サンプルにおいて、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することからなり、ＥＧＦＲモジュレーターに曝露されていない哺乳類におけるバイオマーカーのレベルと比較した（ｂ）で測定された少なくとも一つのバイオマーカーのレベルとの差は、該哺乳類が癌の治療方法に対して治療応答することを示す。
2007530954.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＥＧＦＲモジュレーターを投与することからなる、癌の治療方法に対して治療応答する哺乳類を同定するための方法であって、該方法は、
（ａ）哺乳類において、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定し；
（ｂ）該哺乳類由来の生物サンプルをＥＧＦＲモジュレーターに曝露し；
（ｃ）ステップ（ｂ）の曝露に続いて、該生物サンプルにおいて、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、
ステップ（ａ）で測定される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｃ）で測定される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルの差は、該哺乳類が癌の治療方法に対して治療応答することを示す方法。
【請求項２】
ＥＧＦＲモジュレーターを投与することからなる、癌の治療方法に対して治療応答する哺乳類を同定する方法であって、該方法は、
（ａ）哺乳類由来の生物サンプルをＥＧＦＲモジュレーターに曝露し；
（ｂ）ステップ（ａ）の曝露に続いて、該生物サンプルにおいて、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、
該ＥＧＦＲモジュレーターに曝露されていない哺乳類において、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｂ）で測定した少なくとも一つのバイオマーカーのレベルの差は、該哺乳類が癌の治療方法に対して治療応答することを示す方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（配列表）
「コピー１」とラベルしたコンパクトディスクは、10219 PCT.ST25.txt.として配列表を含む。該配列表は、１４５２ＫＢのサイズであり、２００５年３月２４日に記録した。コンパクトディスクは、２枚のコンパクトディスクのうちの１枚である。２枚のコンパクトディスクのコピーは、「コピー２」とラベルし、２枚のコンパクトディスクの２枚目である。コンパクトディスクおよび２枚のコピーは、同一であり、本明細書に参照によって引用する。
（技術分野）
本発明は、一般的にファーマコゲノミクスの分野に関し、より具体的には疾病および障害の治療を補助する個人に合わせた遺伝子プロフィールの同定を可能にするために患者の薬物感受性を決定する方法および手順に関する。
【背景技術】
【０００２】
癌は、広範囲の組織臨床の異質性を持つ疾病である。通常の組織学および臨床特性は予後に相関しているが、腫瘍の見かけの予後のタイプは、治療への応答性および患者のその後の生存において大きく変化する。
【０００３】
各患者に対する治療の個性化を容易にする新規な予後および予測マーカーは、臨床において、小分子または生物分子薬物のような治療に応答する患者を正確に予測するために必要である。その問題は、治療に対する患者の感受性をより良く予測することができる新規なパラメーターの同定によって解決されうる。患者サンプルの分類は、癌の診断および治療の重大な観点である。分子および遺伝子マーカーでの治療に対する患者の応答の関連性は、非応答患者における治療開発のための新しい機会を切り開き、または有効性におけるより高い信頼性のために他の治療の選択肢の中で治療の指標を識別することができる。さらに、薬物、薬剤、または併用療法に対してよく応答しそうな患者の事前選択は、臨床研究における必要な患者数を減少しうるか、または臨床開発プログラム（M. Cockett et al., 2000, Current Opinion in Biotechnology, 11:602-609）を完了するために必要な時間を早めうる。
【０００４】
薬物の応答は、標的細胞に対して固有の特性だけでなく、宿主の代謝特性もまた反映するので、患者における薬物感受性を予測できるようにすることは、特に挑戦的な事項である。薬物感受性を予測するための遺伝子情報を使用する試みは、多剤耐性遺伝子、ｍｄｒ１およびｍｒｐ１（P. Sonneveld, 2000, J. Intern. Med., 247:521-534）のような広い効果を有する個別の遺伝子について、主に重点的に取り組んできている。
【０００５】
遺伝子のｍＲＮＡ発現パターンの大規模な特徴付けのためのマイクロアレイ技術の開発は、分子マーカーを体系的に探索すること、および伝統的な組織病理学的方法では明らかでない独特なサブグループに癌を分類することを可能にさせている（J. Khan et al., 1998, Cancer Res., 58:5009-5013; A.A. Alizadeh et al., 2000, Nature, 403:503-511; M. Bittner et al., 2000, Nature, 406:536-540; J. Khan et al., 2001, Nature Medicine, 7(6):673-679; and T.R. Golub et al., 1999, Science, 286:531-537; U. Alon et al., 1999, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96:6745-6750）。かかる技術および分子ツールは、いずれの所定時間においても細胞分布内で多数の転写の発現レベルをモニターすることを可能にさせる（例えば、Schena et al., 1995, Science, 270:467-470; Lockhart et al., 1996, Nature Biotechnology, 14:1675-1680; Blanchard et al., 1996, Nature Biotechnology, 14:1649; U.S. Patent No. 5,569,588 to Ashby et al.を参照されたい）。
【０００６】
最近の研究では、ヒトの腫瘍のマイクロアレイ分析によって得られる遺伝子発現情報から臨床成果を予測することができることが発表されている（L.J. van't Veer et al., 2002, Nature, 415:530-536; T. Sorlie et al., 2001, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98:10869-10874; M. Shipp et al., 2002, Nature Medicine, 8(1):68-74: G.Glinsky et al., 2004, The Journal of Clin. Invest., 113(6):913-923）。これらの発見は、癌治療が治療に対する個別の腫瘍応答をより良く予測することによって、大いに改善されることの希望をもたらす。
【０００７】
分子レベルでの患者の応答に基づく疾病および障害を治療するために必要である個人に合わせた遺伝子プロフィールの開発を可能にするために、患者の薬物感受性を決定する新規な別の方法および手順が必要とされる。  
【０００８】
（発明の概要）
本発明は、１またはそれ以上の上皮細胞増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）モジュレーターに対する患者の感受性を決定するための方法および手順を提供する。本発明はまた、癌のような病状のための個々に要求される治療が、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターを含むものであって、治療の投与前に、治療に対して応答するかしないかを決定または予測する方法も提供する。１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターは、例えば１またはそれ以上のＥＧＦＲ特異的リガンド、１またはそれ以上の小分子ＥＧＦＲ阻害剤、もしくは１またはそれ以上のＥＧＦＲ結合モノクローナル抗体から選択される化合物である。
【０００９】
一態様として、本発明は、ＥＧＦＲモジュレーターの投与からなる癌を治療する方法に対して治療応答する哺乳類を同定するための方法であって、該方法が、（ａ）哺乳類において、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定し；（ｂ）哺乳類由来の生物サンプルをＥＧＦＲモジュレーターに曝露し；（ｃ）ステップ（ｂ）で曝露に続いて、該生物サンプルにおいて、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、ステップ（ａ）で測定される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｃ）で測定される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルの差は、哺乳類が癌を治療する方法に対して治療応答することを示す方法を提供する。
【００１０】
哺乳類が癌を治療する方法に対して治療応答するかしないかを示すのに充分であるバイオマーカーのレベルにおける差は、公知技術を用いて当業者によって容易に決定され得る。バイオマーカーのレベルにおける増加または減少は、その差が治療応答する哺乳類を同定するのに充分であるかどうかを決定することに関連している。一態様において、充分なバイオマーカーのレベルにおける差は、哺乳類が治療に対して治療応答するかどうかを決定する前に前もって決定することができる。一態様において、バイオマーカーのレベルにおける差は、ｍＲＮＡレベル（例えば、ＲＴ−ＰＣＴまたはマイクロアレイによって測定される）の差であり、例えば発現レベルにおいて、少なくとも２倍の差、少なくとも３倍の差、または少なくとも４倍の差のように表す。他の態様として、バイオマーカーのレベルの差は、ＩＨＣによって決定される。他の態様として、バイオマーカーのレベルの差は、分散分析（Ａｎｏｖａ）において、＜０．０５のｐ値を意味する。さらに他の態様として、その差は、ＥＬＩＳＡアッセイで決定される。
【００１１】
本明細書で使用される治療応答は、癌の軽減または抑止を意味する。この事は、癌で影響される個々の平均余命が上昇するか、または１またはそれ以上の癌の症状が軽減されるか、または改善されることを意味する。該用語は、癌性の細胞増殖または腫瘍体積の減少を含む。哺乳類が治療応答するかどうかは、ＰＥＴ画像のような当該技術分野で周知の多くの方法によって測定されうる。
【００１２】
該哺乳類は、例えば、ヒト、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、ブタ、ヒツジ、ウシ、ウマ、ネコ、霊長類、またはサルであり得る。
【００１３】
本発明の方法は、例えば哺乳類において、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定するステップが哺乳類から生物サンプルを取得すること、次いで生物サンプルにおいて、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを含むインビトロ法であり得る。生物サンプルは、例えば、少なくとも一つの血清、全新鮮血、末梢血単核細胞、凍結全血液、新鮮血漿、凍結血漿、尿、唾液、皮膚、毛嚢、骨髄、または腫瘍組織を含むことができる。
【００１４】
少なくとも一つのバイオマーカーのレベルは、例えば、少なくとも一つのバイオマーカーの蛋白質および／またはｍＲＮＡ転写のレベルであり得る。
【００１５】
他の態様において、本発明は、ＥＧＦＲモジュレーターを投与することからなる癌の治療方法に対して治療応答する哺乳類を同定する方法であって、該方法が、（ａ）哺乳類由来の生物サンプルをＥＧＦＲモジュレーターに曝露し；（ｂ）ステップ（ａ）の曝露に続いて、該生物サンプルにおいて、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、該ＥＧＦＲモジュレーターに曝露されていない哺乳類における少なくとも一つのバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｂ）で測定された少なくとも一つのバイオマーカーのレベルにおける差は、哺乳類が癌を治療する方法に対して、治療応答することを示す方法を提供する。
【００１６】
さらに他の態様において、本発明は、哺乳類がＥＧＦＲモジュレーターを投与することからなる癌の治療方法に対して治療応答するかどうかを試験または予測するための方法であって、該方法が、（ａ）哺乳類において、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定し；（ｂ）哺乳類をＥＧＦＲモジュレーターに曝露し；（ｃ）ステップ（ｂ）の曝露に続いて、哺乳類において、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、ステップ（ａ）で測定された少なくとも一つのバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｃ）で測定された少なくとも一つのバイオマーカーのレベルにおける差は、哺乳類が癌を治療する方法に対して治療応答することを示す方法を提供する。
【００１７】
他の態様において、本発明は、（ａ）哺乳類を化合物に曝露し、（ｂ）ステップ（ａ）の曝露に続いて、哺乳類において、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、該化合物に曝されていない哺乳類におけるバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｂ）で測定されたバイオマーカーのレベルにおける差は、該化合物が哺乳類において、ＥＧＦＲ活性を阻害することを示す、哺乳類において、化合物がＥＧＦＲ活性を阻害するかどうかを決定するための方法を提供する。
【００１８】
さらに他の態様において、本発明は、（ａ）哺乳類を化合物に曝露し；（ｂ）ステップ（ａ）の曝露に続いて、哺乳類において、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、該化合物に曝露されていない哺乳類におけるバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｂ）で測定されたバイオマーカーのレベルにおける差は、哺乳類がＥＧＦＲ活性を阻害する化合物に曝露されてきたことを示す、哺乳類がＥＧＦＲ活性を阻害する化合物に曝されたかどうかを決定するための方法を提供する。
【００１９】
他の態様において、本発明は、（ａ）哺乳類を該化合物に曝露し；（ｂ）ステップ（ａ）の曝露に続いて、哺乳類において、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定することを特徴とし、該化合物に曝露されていない哺乳類における少なくとも一つのバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｂ）で測定された少なくとも一つのバイオマーカーのレベルにおける差は、哺乳類がＥＧＦＲ活性を阻害する化合物に応答していることを示す、哺乳類がＥＧＦＲ活性を阻害する化合物に対して応答しているかどうかを決定するための方法を提供する。
【００２０】
本明細書で使用される、「応答、応答すること」とは、哺乳類において、生物および細胞応答、ならびに臨床応答（症状の改善、治療効果、または有害事象など）の方法によって応答することを含む。
【００２１】
本発明はまた、表１のバイオマーカーから選択される単離されたバイオマーカーも提供する。本発明のバイオマーカーは、表１および配列表に提供されるヌクレオチドおよびアミノ酸配列、ならびにそのフラグメントおよびバリアントから選択される配列を含む。
【００２２】
本発明はまた、表１のバイオマーカーから選択される２またはそれ以上のバイオマーカーを含むバイオマーカーセットも提供する。
【００２３】
本発明はまた、患者が１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターを含む治療に対する感受性または抵抗性があるかどうかを決定または予測するためのキットも提供する。患者は、例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）または腫瘍のような癌または腫瘍を有しうる。
【００２４】
一態様として、該キットは、１またはそれ以上の本発明の特殊化したマイクロアレイ、患者の組織検体または患者のサンプル由来の試験細胞で使用するための１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーター、および使用説明書を含む、適当な容器を含む。該キットは、ｍＲＮＡまたは蛋白質のレベルでのバイオマーカーセットの発現をモニターするための試薬または材料をさらに含みうる。
【００２５】
他の態様として、本発明は、表１のバイオマーカーから選択される２またはそれ以上のバイオマーカーを含むキットを提供する。
【００２６】
さらに他の態様として、本発明は、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーの存在を検出するための少なくとも一つの抗体および核酸を含むキットを提供する。一態様として、該キットは、哺乳類がＥＧＦＲ活性を阻害する化合物を投与することからなる癌を治療する方法に対して治療応答するかしないかを決定するための説明書をさらに含む。他の態様として、該説明書は、（ａ）哺乳類において、表１のバイオマーカーから選択される少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定し、（ｂ）哺乳類を該化合物に曝露し、（ｃ）ステップ（ｂ）の曝露に続いて、哺乳類において、少なくとも一つのバイオマーカーのレベルを測定するステップを含み、ステップ（ａ）で測定された少なくとも一つのバイオマーカーのレベルと比較して、ステップ（ｃ）で測定された少なくとも一つのバイオマーカーのレベルにおける差は、哺乳類が癌を治療する方法に対して治療応答することを示す。
【００２７】
本発明はまた、患者が１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターの治療に対して感受性または抵抗性があるかどうかを決定するためのスクリーニングアッセイも提供する。
【００２８】
本発明はまた、疾病を有する患者の治療をモニターする方法であって、該疾病が１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターを投与することからなる方法によって治療される方法も提供する。
【００２９】
本発明はまた、分子レベルで患者の応答に基づく疾病および障害を治療するために必要である個人に合わせた遺伝子プロフィールも提供する。
【００３０】
本発明はまた、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに対して、感受性または抵抗性のどちらかと関連する発現プロフィールを有する１またはそれ以上のバイオマーカーを含む特殊化したマイクロアレイ、例えば、オリゴヌクレオチド・マイクロアレイまたはｃＤＮＡマイクロアレイも提供する。
【００３１】
本発明はまた、本発明の１またはそれ以上のバイオマーカーに対して向けられたポリクローナルまたはモノクローナルを含む抗体も提供する。
【００３２】
本発明は、添付図と組み合わせて考えると、本発明の詳細な説明の解釈をより良く理解されるだろう。
【００３３】
（発明の詳細な説明）
有効性、薬物曝露、または臨床応答のすぐに利用しやすい読み出しを提供するバイオマーカーの同定は、候補薬物の臨床開発において、ますます重要である。本発明の態様は、バイオマーカーの一分類として表す、分泌された蛋白質、または血漿バイオマーカーのレベルにおける変化を測定することを含む。一態様として、すぐに利用しやすい原料を表す血漿サンプルは、バイオマーカー分析のための代用組織を提供する。
【００３４】
本発明は、特定のシグナル伝達経路の調節に対して応答し、ＥＧＦＲモジュレーター感受性または抵抗性とも関連するバイオマーカーを提供する。これらのバイオマーカーは、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに対して応答を予測するために用いられうる。一態様として、本発明のバイオマーカーは、ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列の両方を含む、表１および配列表で提供されるものである。
【表１】
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【表２】
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【表３】
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【表４】
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【表５】
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【表６】
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【表７】
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【表８】
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【表９】
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【表１０】
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【表１１】
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【表１２】
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【表１３】
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【表１４】
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【表１５】
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【表１６】
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【表１７】
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【表１８】
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【表１９】
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【表２０】
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【表２１】
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【表２２】
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【表２３】
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【表２４】
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【００３５】
表１で与えられるバイオマーカーは、SEQ ID NOS:1-147のヌクレオチド配列およびSEQ ID NOS:148-294のアミノ酸配列を含み、ユニジーン(Unigene)タイトルに関して全部で１４７個のバイオマーカーとして本表では言及され、複数のプローブセットが単独のバイオマーカー（１個のバイオマーカーに対して、多くて３個のプローブセット）の強度を測定する４０例を含む。これらの場合において、この重複性のプローブセットは、同一の全長のｃＤＮＡおよび蛋白質配列を紹会する。表２は、ＮＣＢＩ遺伝子座ＩＤおよびプローブセットＩＤとの間の相関を提供する。
【表２５】
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【表２６】
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【表２７】
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【００３６】
バイオマーカーは、ＥＧＦＲシグナル伝達経路の活性に依存されうる細胞において発現レベルを有し、該細胞によって示されるＥＧＦＲモジュレーター感受性とも高い相関がある。バイオマーカーは、ＥＧＦＲキナーゼ機能または活性の直接的または間接的な阻害または拮抗作用によってＥＧＦＲキナーゼ活性に影響を与える、ＥＧＦＲモジュレーター、好ましくは生物分子、小分子などに対する応答を予測するための有用な分子ツールとして提供される。
【００３７】
ＥＧＦＲモジュレーター
本明細書で使用される、用語「ＥＧＦＲモジュレーター」とは、ＥＧＦＲ活性またはＥＧＦＲシグナル伝達経路を直接的または間接的に調節する生物分子または小分子である化合物または薬物を意味することを意図する。従って、本明細書で使用される化合物または薬物は、小分子および生物分子の両方を含むことを意図する。直接または間接的な調節は、ＥＧＦＲ活性またはＥＧＦＲシグナル伝達経路の活性化または阻害を含む。一態様として、阻害は、例えばＥＧＦのようなＥＧＦＲリガンドに対するＥＧＦＲの結合の阻害を意味する。他の態様として、阻害は、ＥＧＦＲのキナーゼ活性の阻害を意味する。
【００３８】
ＥＧＦＲモジュレーターは、例えば、ＥＧＦＲ特異的リガンド、小分子ＥＧＦＲ阻害剤、およびＥＧＦＲモノクローナル抗体を含む。一態様として、ＥＧＦＲモジュレーターは、ＥＧＦＲ活性を阻害し、および／またはＥＧＦＲシグナル伝達経路を阻害する。他の態様として、該ＥＧＦＲモジュレーターは、ＥＧＦＲ活性を阻害し、および／またはＥＧＦＲシグナル伝達経路を阻害するＥＧＦＲモノクローナル抗体である。
【００３９】
ＥＧＦＲモジュレーターは、生物分子または小分子を含む。生物分子は、すべての脂質および４５０以上の分子量を有する単糖、アミノ酸、およびヌクレオチドのポリマーを含む。従って、生物分子は、例えば、オリゴ糖および多糖類；オリゴペプチド、ポリペプチド、ペプチドおよび蛋白質；およびオリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。
【００４０】
生物分子は、さらに上記分子のいずれの誘導体も含む。例えば、生物分子の誘導体は、オリゴペプチド、ポリペプチド、ペプチド、および蛋白質の脂質およびグリコシル化誘導体を含む。
【００４１】
生物分子の誘導体は、オリゴ糖および例えばリポ多糖類のような多糖類の脂質誘導体をさらに含む。最も典型的には、生物分子は、抗体、または抗体の機能的な等価体である。抗体の機能的な等価体は、抗体と同程度の結合特性を有し、ＥＧＦＲを発現する細胞増殖を阻害する。かかる抗体の機能的な等価体は、例えば、キメラ化、ヒト化、および単鎖抗体ならびにそのフラグメントを含む。
【００４２】
抗体の機能的な等価体は、抗体の可変または超可変領域のアミノ酸配列と実質的に同一のアミノ酸配列を持つポリペプチドも含む。他の配列と実質的に同一であるアミノ酸配列は、１またはそれ以上の置換、付加および／または欠損によって他の配列と異なるが、等価な配列であるとみなされる。配列におけるアミノ酸残基の数の好ましくは５０％以下、より好ましくは２５％以下、さらに好ましくは１０％以下が、蛋白質を置換し、蛋白質に加えられ、蛋白質から欠損される。
【００４３】
抗体の機能的な等価体は、好ましくはキメラ化、またはヒト化抗体である。キメラ化抗体は、ヒト以外の抗体の可変領域およびヒト抗体の定常領域を含む。ヒト化抗体は、ヒト以外の抗体の超可変領域（ＣＤＲ）を含む。例えば、フレームワークの可変領域のような超可変領域以外の可変領域、およびヒト化抗体の定常領域は、ヒト抗体の領域である。
【００４４】
ヒト以外の抗体の適当な可変および超可変領域は、モノクローナル抗体が調製される、いずれのヒト以外の哺乳類によっても産生される抗体から生じうる。ヒト以外の哺乳類の適当な具体例は、例えば、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ヤギ、または霊長類を含む。
【００４５】
機能的な等価体は、抗体全体と同一であるか、または同程度である結合特性を有する抗体のフラグメントをさらに含む。抗体の適当なフラグメントは、かかるレセプターを発現する細胞増殖を阻害するＥＧＦＲチロシンキナーゼに対して特異的に、そして十分な親和性を持って結合する超可変（すなわち、相補性決定）領域のかなりの部分を含むいずれのフラグメントも含む。
【００４６】
該フラグメントは、例えば、ＦａｂフラグメントまたはＦ（ａｂ’）2フラグメントの一つまたは両方を含んでも良い。３、４、または５個のＣＤＲのような、かかる領域のすべてよりも少なく含有する機能的なフラグメントもまた含まれるが、好ましくは抗体フラグメントが抗体全体の６個の相補性決定領域のすべてを含む。
【００４７】
一態様として、フラグメントは、単鎖抗体、またはＦｖフラグメントである。単鎖抗体は、相互接続リンカーを有するか、または有しない軽鎖の可変領域に結合した抗体の重鎖の可変領域を少なくとも含むポリペプチドである。従って、Ｆｖフラグメントは、抗体結合部位の全体を含む。これらの鎖は、細菌または真核細胞中で産生されうる。
【００４８】
抗体および機能的な等価体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、またはＩｇＥ、およびそのサブクラスのような免疫グロブリンのいずれかの分類に属しうる。一態様として、該抗体は、ＩｇＧ１サブクラスに属する。機能的な等価体はまた、上記の分類およびサブクラスのいずれの組合せと等価であってもよい。
【００４９】
一態様として、ＥＧＦＲ抗体は、Mendelsohnらの米国特許第４９４３５３３号に記載されたマウス抗体２２５から生じるキメラ化、ヒト化、完全にヒトの、および単鎖抗体から選択され得る。
【００５０】
他の態様として、ＥＧＦＲ抗体は、Jakobovitsらの米国特許第６２３５８８３号、Bendiらの米国特許第５５５８８６４号、およびMateo de Acosta del Rioらの米国特許第５８９１９９６号に記載された抗体から選択され得る。
【００５１】
上述した生物分子に加えて、本発明で有用なＥＧＦＲモジュレーターはまた、小分子であってもよい。生物分子ではない分子のいずれも小分子であると本明細書でみなされる。小分子の具体例のいくつかは、有機化合物、有機金属化合物、有機および有機金属化合物の塩、糖、アミノ酸、およびヌクレオチドを含む。小分子は、それらの分子量が４５０以下であることを除いて、その他の点では生物分子とみなされる分子をさらに含む。従って、小分子は４５０またはそれ以下の分子量を有する脂質、オリゴ糖、オリゴペプチド、およびオリゴヌクレオチドならびにそれらの誘導体であってもよい。
【００５２】
小分子が任意の分子量を有することができることを強調する。それらが典型的に４５０以下の分子量を有するので、それらは単に小分子と呼ばれる。小分子は、天然に見出される化合物および合成化合物を含む。一態様として、ＥＧＦＲモジュレーターは、ＥＧＦＲを発現する腫瘍細胞の増殖を阻害する小分子である。他の態様として、ＥＧＦＲモジュレーターは、ＥＧＦＲを発現する難治性の腫瘍細胞の増殖を阻害する小分子である。
【００５３】
多数の小分子は、ＥＧＦＲを阻害するために有用であるとして記載されてきた。例えば、Spadaらの米国特許第５６５６６５５号は、ＥＧＦＲを阻害するスチリル置換ヘテロアリール化合物を開示する。ヘテロアリール基は、１または２個のヘテロ原子を持つ単環、または１〜約４個のヘテロ原子を持つ二環式であり、該化合物は、適宜置換されるか、またはポリ置換される。
【００５４】
Spadaらの米国特許第５６４６１５３号は、ＥＧＦＲを阻害するビス単環および／または二環性のアリールヘテロアリール、炭素環およびヘテロ炭素環化合物を開示する。
【００５５】
Bridgesらの米国特許第５６７９６８３号は、ＥＧＦＲを阻害する三環性ピリミジン化合物を開示する。該化合物は、第３カラム、３５行目から第５カラム、６行目までに記載された縮合したピリミジンヘテロ環誘導体である。
【００５６】
Barkerによる米国特許第５６１６５８２号は、レセプターチロシンキナーゼ阻害活性を有するキナゾリン誘導体を開示する。
【００５７】
Fryらの Science 265, 1093-1095 (1994)の図１は、ＥＧＦＲを阻害する構造を有する化合物を開示する。
【００５８】
Osherovらは、ＥＧＦＲ／ＨＥＲ１およびＨＥＲ２を阻害するチロホスチン、とりわけ表Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、およびＩＶの化合物を開示する。
【００５９】
Levitzkiらの米国特許第５１９６４４６号は、ＥＧＦＲを阻害するヘテロアリールエテンジイルまたはヘテロアリールエテンジイルアリール化合物、とりわけカラム２、４２行目からカラム３、４０行目まで開示する。
【００６０】
Panekらの Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics 283, 1433-1444 (1997)は、レセプターのＥＧＦＲ、ＰＤＧＦＲ、およびＦＧＦＲファミリーを阻害するＰＤ１６６２８５として同定される化合物を開示する。ＰＤ１６６２８５は、１４３６ページの図１で示される構造を有する、６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−（２−ジエチルアミノエチルオキシ）フェニルアミノ）−８−メチル−８Ｈ−ピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７−オンとして同定される。
【００６１】
バイオマーカーおよびバイオマーカーセット
本発明は、例えば、癌もしくは腫瘍において、免疫障害、症状もしくは機能不全において、または細胞シグナルおよび／または細胞増殖制御が正常ではないか、または異常である病状において、ＥＧＦＲまたはＥＧＦＲ経路を介するシグナルが重要である疾病領域の診断および予後の価値の両方を有する、個々のバイオマーカーおよびバイオマーカーセットを含む。該バイオマーカーセットは、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに対する抵抗性または感受性と高い相関がある、例えば表１で与えられる多数のバイオマーカーのような多くのバイオマーカーを含む。
【００６２】
本発明のバイオマーカーセットは、異なった生物系において、または細胞応答のための１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターの適当な効果を予測するか、または合理的に予知することを可能にする。該バイオマーカーセットは、インビボでの結果を予測するために試験細胞によってＥＧＦＲモジュレーター応答のインビトロアッセイで使用され得る。本発明によれば、本明細書に記載される種々のバイオマーカーセット、または他のバイオマーカーまたはマーカーとこれらのバイオマーカーセットの組合せは、例えば、癌患者が１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターの治療行為にどのように応答するかを予測するために使用され得る。
【００６３】
細胞を１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに曝露した後、細胞の感受性または抵抗性と相関がある細胞性遺伝子発現パターンのバイオマーカーセットは、ＥＧＦＲモジュレーターの治療前に１またはそれ以上の腫瘍サンプルのスクリーニングのための有用なツールを提供する。該スクリーニングは、腫瘍であるかないか、従って腫瘍を抱える患者がＥＧＦＲモジュレーターの治療に対して応答するかしないかに関するバイオマーカーセットの発現結果に基づいて、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに曝露する腫瘍サンプルの細胞の予測を可能にする。
【００６４】
バイオマーカーまたはバイオマーカーセットはまた、ＥＧＦＲモジュレーターを含む疾病に対して治療を受ける患者において、疾病の処置または治療の進行をモニタリングするためにも、本明細書に記載されるように使用され得る。
【００６５】
該バイオマーカーはまた、疾病処置に関する治療の開発のための標的としても提供される。かかる標的は、とりわけ非小細胞肺癌または腫瘍のような肺疾患の治療に適用可能である。実際には、これらのバイオマーカーが感受性および抵抗性の細胞において、異なって発現されるので、それらの発現パターンは、ＥＧＦＲモジュレーターを用いた治療に対する細胞の感受性の相対強度と相関する。従って、耐性細胞で高度に発現されるバイオマーカーは、ＥＧＦＲモジュレーター、とりわけＥＧＦＲ阻害剤に抵抗する腫瘍のための新規な治療の開発のための標的として提供してもよい。
【００６６】
バイオマーカー蛋白質および／またはｍＲＮＡのレベルは、当業者に周知の方法を用いて決定され得る。例えば、蛋白質の定量は、ＥＬＩＳＡ、２次元ＳＤＳ・ＰＡＧＥ、ウェスタンブロット、免疫沈降法、免疫組織化学、蛍光活性化細胞選別法（ＦＡＣＳ）、またはフローサイトメトリー法のような方法を用いて実施される。ｍＲＮＡの定量は、ＰＣＲ、アレイ・ハイブリダイゼーション法、ノーザンブロット、インシチュ・ハイブリダイゼーション法、ドットブロット法、Ｔａｑｍａｎ、またはＲＮＡ分解酵素保護アッセイのような方法を用いて実施される。
【００６７】
マイクロアレイ
本発明はまた、１またはそれ以上のバイオマーカーを含み、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに対する感受性または抵抗性のどちらかと相関する発現プロフィールを示す、例えば、オリゴヌクレオチド・マイクロアレイまたはｃＤＮＡマイクロアレイのような特殊化したマイクロアレイも含む。かかるマイクロアレイは、腫瘍生検由来の試験細胞において、バイオマーカーの発現レベルを評価するため、およびこれらの試験細胞がＥＧＦＲモジュレーターに対する抵抗性または感受性を示しそうかどうかを決定するためのインビトロアッセイに用いられる。例えば、特殊化したマイクロアレイは、本明細書に記載され、表１に示されるように、バイオマーカーまたはそのサブセットのすべてを用いて調製され得る。組織または器官の生検由来の細胞は、単離され、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに曝露される。未処置および処置した細胞の両方から単離された核酸を１またはそれ以上の特殊化したマイクロアレイに適用した後、試験細胞の遺伝子発現パターンは決定され、マイクロアレイにおいてバイオマーカーセットを作るために使用される細胞のコントロ−ルパネルからのバイオマーカーパターンのそれと比較される。試験を受けた細胞からの遺伝子発現パターンの結果に基づいて、該細胞が遺伝子発現の抵抗性または感受性のプロフィールを示すかどうかが決定される。組織または器官の生検由来の試験細胞が１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターに対して応答してもしなくても、処置または治療のコースは、特殊化したマイクロアレイ分析の結果から収集される情報に基づいて決定または評価される。
【００６８】
抗体
本発明はまた、１またはそれ以上のポリペプチドバイオマーカーに対して配向されるポリクローナルまたはモノクローナルを含む抗体も含む。かかる抗体は、例えばインビトロおよびインビボの両方で、診断、検出、スクリーニングおよび／または治療方法を含む、本発明のバイオマーカーを精製し、検出し、標的とするための多様な方法に用いられうる。
【００６９】
キット
本発明はまた、患者が１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターを含む治療に対して、影響を受けやすいか、または抵抗性であるかどうかを決定または予測するためのキットも含む。患者は、例えば非小細胞肺癌または腫瘍のような癌または腫瘍を有していてもよい。かかるキットは、例えば、患者の腫瘍または癌がＥＧＦＲモジュレーターの所定の処置または治療に対して抵抗性または感受性であるかどうかを決定または予測するために、患者の生検した腫瘍または他の癌サンプルの試験に使用するための臨床設定に有用である。該キットは、ＥＧＦＲモジュレーターに対して抵抗性および感受性と関連するそれらのバイオマーカーを含む、例えば、オリゴヌクレオチド・マイクロアレイまたはｃＤＮＡマイクロアレイのような１またはそれ以上のマイクロアレイ、とりわけＥＧＦＲ阻害剤；患者の組織検体または患者サンプル由来の試験細胞に使用するための１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーター；および使用説明書を含む、適当な容器からなる。また本発明で意図されるキットは、本明細書に記載される１またはそれ以上のバイオマーカー、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）のような免疫アッセイ、例えばウェスタンブロットのような免疫ブロット法、またはインシチュハイブリッド形成法などに基づいて設計されたプライマーを用いる、例えばＲＴ−ＰＣＲアッセイのような当該技術分野で実施される他の技術およびシステムを用いて、例えば、ｍＲＮＡまたは蛋白質のレベルで本発明のバイオマーカーの発現をモニターするための試薬または材料をさらに含むことができる。
【００７０】
バイオマーカーおよびバイオマーカーセットの適用
バイオマーカーおよびバイオマーカーセットは、異なった適用にも使用され得る。バイオマーカーセットは、異なった生物系において、いずれのＥＧＦＲモジュレーターの適当な効果について予測するために表１に記載されたバイオマーカーのいずれの組合せから構築されうる。本明細書に記載される種々のバイオマーカーおよびバイオマーカーセットは、どのように癌患者がＥＧＦＲを調節する化合物と治療行為に応答するかを予測するため、およびどのように患者がＥＧＦＲ制御経路全体を通して、シグナルを調節する治療行為に応答するかを予測するための疾病管理において、例えば診断または予後指標として使用され得る。
【００７１】
バイオマーカーは、ＥＧＦＲまたはＥＧＦＲ経路を介するシグナルが重要である疾患領域、例えば、細胞シグナルおよび／または増殖制御が失敗してきた免疫、または癌または腫瘍において、診断および予後の価値の両方を有する。
【００７２】
本発明によれば、例えば腫瘍または癌生検のような患者の組織サンプル由来の細胞は、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターで治療する前に、１またはそれ以上のバイオマーカーの発現パターンを決定するためにアッセイされうる。一態様として、腫瘍または癌は、ＮＳＣＬＣである。治療が成功するか、または失敗するかは、１またはそれ以上のバイオマーカーのコントロールセットの発現パターンと相対的に類似または異なるか比べて、例えば腫瘍または癌生検のような試験組織（試験細胞）由来の細胞のバイオマーカー発現パターンに基づいて決定される。従って、もし試験細胞がＥＧＦＲモジュレーターに対して感受性がある細胞のコントロールパネルにおいて、バイオマーカーのプロフィールに対応するバイオマーカー発現プロフィールを示すなら、個々の癌または腫瘍は、ＥＧＦＲモジュレーターの治療に対して有効に応答する高い見込みがあるか、または予測される。一方、もし、試験細胞がＥＧＦＲモジュレーターに対して抵抗性がある細胞のコントロールパネルのバイオマーカーの発現パターンに対応するバイオマーカーの発現パターンを示すなら、個々の癌または腫瘍がＥＧＦＲモジュレーターを用いた治療に対して応答しない高い見込みがあるか、または予測される。
【００７３】
本発明はまた、１またはそれ以上のＥＧＦＲモジュレーターによって治療可能な疾病を有する患者の治療をモニターする方法も提供する。例えば、腫瘍生検または腫瘍サンプルのような患者の組織サンプルから単離された試験細胞は、ＥＧＦＲモジュレーターの曝露前後の１またはそれ以上のバイオマーカーの発現パターンを決定するためにアッセイされ、好ましくはＥＧＦＲモジュレーターがＥＧＦＲ阻害剤がよい。処置前後の試験細胞の生じたバイオマーカー発現プロフィールは、ＥＧＦＲモジュレーターに対して、抵抗性または感受性のどちらかである細胞のコントロールパネルで高度に発現される本明細書に記載および示した１またはそれ以上のバイオマーカーと比較される。従って、もし患者の応答がＥＧＦＲモジュレーターまたはバイオマーカーの発現プロフィールの相関に基づいてＥＧＦＲモジュレーターによる治療に対して感受性であるなら、患者の治療の予後診断は、好ましいと認められ、治療は継続することができる。また、もしＥＧＦＲモジュレーターを用いた治療後、試験細胞がＥＧＦＲモジュレーターに対して感受性がある細胞のコントロールパネルに対応するバイオマーカー発現プロフィールにおいて変化を示さないなら、現在の治療が修正され、変更されるか、または中断すらされるべきであることを指標として提供することができる。このモニタリング法は、ＥＧＦＲモジュレーターでの患者の治療の成功または失敗を示すことができ、かかるモニタリング法は、必要または望まれるとおり繰り返される。
【００７４】
本発明のバイオマーカーは、生物系について、いずれの知見も有する前に結果を予測するために使用され得る。本質的にバイオマーカーは、統計ツールであるとみなされる。バイオマーカーは、生物系に分類するために主として使用される表現型を予測するのに有用である。
【００７５】
バイオマーカーのすべての完全な機能は、現在までに知られていないが、バイオマーカーのいくつかは、ＥＧＦＲシグナル経路に直接的または間接的に含まれるようである。また、バイオマーカーのいくつかは、試験されるＥＧＦＲモジュレーターに特有の代謝または他の抵抗経路で機能してもよい。にもかかわらず、バイオマーカーの機能についての知見は、本発明の実施に従うバイオマーカーの正確性を決定するために必須ではない。
【００７６】
実施例
実施例１−バイオマーカーの同定
表１のバイオマーカーは、３つの特定の方法を用いて同定した。原発腫瘍および細胞株からの転写プロフィールデータは、腫瘍および細胞株にわたる多くの変化がある発現を有する遺伝子を同定するために試験した。また、発現プロフィールがＩＣ50値に基づく感受性／抵抗性の分類と関連する遺伝子を同定するために、細胞株のパネルにおけるＩＣ50を決定する試験を行った。さらに、細胞株および異種移植モデルは、キメラＥＧＦＲ抗体のセツキシマブ（エルビタックス(Erbitux)（登録商標）として市販される）および小分子のＥＧＦＲ阻害剤ゲフィチニブで処理し、ＥＧＦＲ阻害剤によって調節される遺伝子を同定した。
【００７７】
ＮＳＣＬＣ腫瘍および患者：
２９個のＮＳＣＬＣ腺癌の腫瘍からＲＮＡを得た(アーデイス社、サマービル、マサチューセッツ州）。腺癌は、ＮＳＣＬＣの最も一般的なサブタイプである。患者の年齢中央値は、６５歳であった（範囲：４３〜８０歳）。腫瘍は、すべてＴ１〜Ｔ４の大きさに属し、ＡＪＣＣ分類では、すべてＩＡ期からＩＶ期までのステージであった。
【００７８】
ＮＳＣＬＣ細胞株における相対的な薬物感受性の決定：
ＮＳＣＬＣ細胞株は、標準的な細胞培養条件を用いて増殖させた：１０％ウシ胎仔血清、１００ＩＵ／ｍｌのペニシリン、１００ｍｇ／ｍｌのストレプトマイシンおよび２ｍＭのＬ−グルタミン（すべて、インビトロジェンライフテクノロジー、カールスバッド、カリフォルニア州から入手した）を含むように補充されたＤＭＥＭ。１４個の非小細胞肺癌細胞株をＥＧＦＲ阻害剤のモノクローナル抗体であるセツキシマブに対するそれらの感受性について試験した。細胞毒性は、ＢｒｄＵ細胞増殖比色ＥＬＩＳＡ（Roche Applied Science、インディアナポリス、インディアナ州）によって細胞において評価した。これは、ＤＮＡ合成の間のＢｒｄＵ導入の測定に基づく細胞増殖の定量のための比色免疫アッセイである。アッセイを実施するために、ＮＳＣＬＣ細胞を９６ウェルマイクロタイタープレートに２５００〜５０００細胞／ウェルにてプレートし、２４時間後、希釈したモノクローナル抗体薬物を加えた。細胞毒性アッセイに用いられるＥＧＦＲ阻害剤セツキシマブの濃度は、５μｇ／ｍｌ、４μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、１μｇ／ｍｌおよび０．５μｇ／ｍｌであった。細胞は、３７℃で４８時間インキュベートし、その時間にＢｒｄＵラベルする試薬を加えた。２時間後、ラベルした培地を除去し、細胞を固定し、ＤＮＡは、ＦｉｘＤｅｎａｔ溶液を用いて変性した。パーオキシダーゼと共役した抗ＢｒｄＵ抗体を加え、続いて基質反応によって免疫複合体を検出した。反応生成物を４５０ｎｍでＥＬＩＳＡ読み取り機にてサンプルの吸収を測定することにより定量した。吸収が大きくなればなるほど、生存細胞数が多くなる。試験した１４個の細胞株のうち２個だけは、４〜５μｇ／ｍｌのＩＣ50を有した。該ＩＣ50は、未処理細胞の細胞増殖の５０％まで細胞増殖を阻害するために必要な薬物濃度である。３〜６個の個別のＢｒｄＵアッセイは、各細胞株に対して実施した。
【００７９】
抵抗性／感受性の分類：
図１は、上記のＢｒｄＵアッセイで試験した１４個のＮＳＣＬＣ細胞株の発現プロファイリングによって決定されるとおり、上皮細胞増殖因子レセプター遺伝子のｍＲＮＡレベルを示す。細胞株は、セツキシマブに対して増加する感受性の順番を示す。図１で示すように、セツキシマブに対するＥＧＦＲレベルおよび感受性の間には相関がない。試験した１４個のＮＳＣＬＣ細胞株のうち、ＣｈａｇｏＫ１およびＬ２９８７は、セツキシマブのＩＣ50濃度で細胞増殖の≧５０％阻害を常に示した唯一の２個の細胞株であった。細胞株ＳＷ９００、Ｃａｌｕ６、ＳＫ−ＭＥＳ１、Ｈ８３８およびＨ６６１は、試験したセツキシマブの投与量において、５０％よりかなり低い細胞増殖阻害を示した。残りの細胞株、ＬＸ１、Ｈ５２２、Ｈ４４１、Ｈ２２６、Ａ５４９、ＳＫ−ＬＵ１およびＨ２３４７は、試験したセツキシマブの投与量で細胞増殖の阻害を全く示さなかった。分析に関して、細胞株ＣｈａｇｏＫ１およびＬ２９８７は、感受性として定義され、残りの１２個の細胞株は、抵抗性として定義した。
【００８０】
遺伝子発現プロファイリング：
ＮＳＣＬＣ腺癌に関するＲＮＡは、上記の製造供給元から購入した。ＮＳＣＬＣ細胞株に関して、ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット（Qiagen、バレンシア、カリフォルニア州）を用いて５０〜７０％の融合細胞から単離された。ＲＮＡの質は、アジレント2100バイオアナライザー（アジレントテクノロジー、ロックビル、メリーランド州）を用いて、２８Ｓ：１８：リボソームＲＮＡ比を測定することによって確認した。ＲＮＡ全体の濃度を分光光度法で決定した。全ＲＮＡの５または１０μｇをアフィメトリックス・ジーンチップ(Affymetrix Genechip)発現分析技術マニュアルに従って、ビオチン化したプローブを調製するために用いた。標的を製造業者の説明書に従ってヒトＨＧ−Ｕ１３３Ａ遺伝子チップとハイブリダイズを形成した。データをＭＡＳ５．０ソフトウェア（アフィメトリックス、サンタクララ、カリフォルニア州）を用いて予備的処理した。各チップについてレベル調整した平均強度は、各サンプルについて全体的な発現レベルを比較するために、全体のチップ強度における小さな差が計上できるように１５００スケールにした。
【００８１】
データ分析
Ｕ１３３Ａチップに存在する２２２１５個のプローブ（遺伝子配列）のすべては、可能性のある予測バイオマーカーとしてみなされた。２９個のＮＳＣＬＣ腫瘍のうち少なくとも２個において、発現される遺伝子配列に対する分析を制限するために、少なくとも２個の腫瘍または細胞株において、アフィメトリックスＭＡＳ５．０ ｐ＞０．０４で遺伝子配列を除去し、それぞれ１４３５４および１３９０９遺伝子配列が残った（図２）。
【００８２】
次に、肺腫瘍における可変発現を持つ遺伝子を同定するために（およびそれ故、治療に対する応答において、変動と相関することができる可能性が高い）、測定の分散（重量の広がり(90-10)測定基準）（WSpread(90-10)測定基準）を、腫瘍および細胞株の発現プロフィールデータにおいてプローブセットの変動を計算するために使用した。
【数１】
2007530954.tif 000030
WSpread(90-10)測定基準＜３０で遺伝子配列を除去し、腺癌腫瘍における４１６７個の遺伝子配列（図３）および細胞株における４２７４個の遺伝子配列（図４）が残った。
【００８３】
次に、同一の発現フィルターは、ＮＳＣＬＣ細胞株データを用いて、４１６７個の遺伝子配列の残基に適用し、分析用の３５７２個の遺伝子配列が残った。この後、同一の測定分散フィルターを適用し、分析用の２４９６個の遺伝子配列が残った。２４９６個の遺伝子配列のうち、７７６個の遺伝子配列は、細胞株の分散分析において、トップ１０００にランクした。これらの７７６個の配列は、さらに統計分析のために選択された。７７６個の遺伝子配列を上記の細胞株（図１）の抵抗性/感受性分類を用いて、両側不等分散ｔ検定に付した。１４７個の遺伝子配列は、ｐ値＜０．０５を持つ感受性および抵抗性の細胞株の間に有意な差のある発現プロフィールを示した（図５）。表１は、両側不等分散Ｔ検定を用いて同定した１４７個の遺伝子配列のリストを提供する。これらの１４７個の遺伝子配列（プローブセット）は、ユニジーンタイトル(Unigene Titles)に関して、１２４個のバイオマーカーを示す。
【００８４】
図１に図示された遺伝子フィルタリングスキームの変動を実施して、図２に図示する。このスキームにおいて、腫瘍および細胞株の両方の分散分析において、３４３個の遺伝子配列は、トップ１０００にランクし、７７６個の遺伝子配列からの３４３個の全体を両側不等分散Ｔ検定に付した。５９個の遺伝子配列は、ｐ値＜０．０５を持つ感受性および抵抗性の細胞株の間に有意な差のある発現プロフィールを示した。これらの５９個のバイオマーカーは、最初の５９個のバイオマーカー、すなわちSEQ ID NOS:1-59および148-206として表１に提供される。
【００８５】
実施例２−バイオマーカー候補品の実験検証：細胞株導入研究
薬物処理した細胞株において、ＥＧＦＲ阻害剤による調節は、応答が予測されるような候補のバイオマーカーをさらに支持する。導入実験を２個の感受性のある細胞株ＣｈａｇｏＫ１（セツキシマブおよびゲフィチニブに対して感受性がある）およびＬ２９８７（セツキシマブに対して感受性、ゲフィチニブに対して抵抗性がある）において実施した。導入実験はまた、両方のＥＧＦＲ阻害剤：Ａ５４９とＨ２２６（ＥＧＦＲ＋）およびＬＸ−１とＨ５２２（ＥＧＦＲ−）細胞株に対して抵抗性があった４個の細胞株でも実施した。
【００８６】
細胞を１０％ＦＢＳ（インビトロジェン、カールスバッド、カリフォルニア州）で補充したＤＭＥＭ中、６ウェルの組織培養皿に播種した。２４時間後、細胞は０．５％ＦＢＳを含む、ＤＭＥＭに取り替えられた。次の日に、細胞を４μｇ／ｍｌのセツキシマブまたは１μＭのゲフィチニブのどちらかで処理した。２４時間後、細胞を１００ｎｇ／ｍｌのヒト組み換え上皮細胞増殖因子ＥＧＦ（バイオソース・インターナショナル、カマリロ、カリフォルニア州）で６時間刺激した。該細胞を培養皿で直接溶解し、ＲＮｅａｓｙミニキット（Qiagen、バレンシア、カリフォルニア州）を用いて、ＲＮＡの単離を行った。プロファイリングは、U133Aジーンチップ（アフィメトリックス、サンタクララ、カリフォルニア州）で行った。データは、ジーンチップ（登録商標）発現分析ソフトウェアＭＡＳ５．０（アフィメトリックス、サンタクララ、カリフォルニア州）を用いて分析した。プロファイリングデータのＡｎｏｖａ分析は、シグナル強度に対する四分正規化アフィメトリックスＭＡＳ５．０の値を用いて、PartekProパターン認識ソフトウェア（Partek、セントチャールズ、ミシシッピ州）で実施した。
【００８７】
試験した１４７個のプローブセットのうち、２１個のプローブセットを表す１８個の異なったバイオマーカー（以下の表３で与えられる）を感受性のある細胞株において、ＥＧＦＲ阻害剤の処置および／またはＥＧＦ刺激によって高度に制御された（Bonferroni、Ａｎｏｖａ分析において、ｐ＜０．０５）。
【表２８】
2007530954.tif 000031
【表２９】
2007530954.tif 000032
【表３０】
2007530954.tif 000033
【表３１】
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【００８８】
これらのバイオマーカーは、ＥＧＦおよび／またはＥＧＦＲ阻害剤の処置によって、それらの発現調節に基づくＥＧＦＲシグナル経路に、直接的または間接的に含まれる可能性が高いことは明らかである。
【００８９】
実施例３−バイオマーカー候補品の実験検証：肺異種移植モデルにおける薬物治療研究
肺異種移植モデルにおいて、ＥＧＦＲ阻害剤による調節は、応答が予測されるような候補マーカーをさらに支持する。薬物治療実験は、Ｌ２９８７（セツキシマブおよびゲフィチニブに対して感受性である）、Ａ５４９（セツキシマブおよびゲフィチニブに対して感受性の境界である）、およびＬＸ１（セツキシマブおよびゲフィチニブに対して抵抗性である）肺異種移植モデルで実施された。
【００９０】
インビボ抗腫瘍試験
腫瘍は、ドナーマウスから得られた腫瘍フラグメントを用いて、皮下（ｓｃ）移植としてヌードマウスで増殖させた。腫瘍経過は、およそ２〜４週間毎に起こった。次いで、腫瘍は所定のサイズ（通常、１００〜２００ｍｇで、その範囲外の腫瘍は除外された）になる時期まで増殖させて、動物は、種々の治療およびコントロール群に一様に分配した。動物は、セツキシマブ（１ｍｇ／マウス、ｑ３ｄ×１０，１４；ｉｐ）またはゲフィチニブ（２００ｍｇ／ｋｇ，ｑ１ｄＸ１４，１４；ｐｏ）で処置した。処置した動物は、処置に関する毒性／死亡率のために毎日確認した。動物の各群は、処置の開始前の重量（Ｗｔ１）を測定し、次いで再び、最後の処置投与後の重量（Ｗｔ２）を測定した。体重差（Ｗｔ２−Ｗｔ１）は、処置に関連した毒性の尺度を提供した。腫瘍が１ｇｍの所定の標的サイズに達するか、または壊死になるまで、腫瘍応答は、１週間に２回キャリパーで腫瘍の測定により決定した。腫瘍重量（ｍｇ）を式：  腫瘍重量＝（長さ×幅2）／２
から測定した。
抗腫瘍活性は、初期の腫瘍増殖阻害に関して測定した。これは、２つの方法：（ｉ）種々の時点での処置したマウス（Ｔ）およびコントロールマウス（Ｃ）の腫瘍重量の相対中央値（ＭＴＷ）を計算すること（効果は、％Ｔ／Ｃとして表した）；および（ｉｉ）所定の標的サイズに達するまで、処置した腫瘍（Ｔ）に必要な時間（日）のコントロール群（Ｃ）の時間と比べた差として定義される、腫瘍増殖遅延（Ｔ−Ｃ値）を計算することで決定された。データの統計評価は、腫瘍の標的サイズに達する時間の比較のためのゲハン(Gehan)が一般化したウィルコキソン(Wilcoxon)試験を用いて実施した(Gehan 1965)。統計の有意差は、ｐ＜０．０５で示した。抗腫瘍活性は、ＴＶＤＴ（腫瘍体積倍加時間）＝コントロール腫瘍が標的サイズに達する中央値（日）−コントロール腫瘍が標的サイズの半分になるまでの中央値（日）である、処置開始後の時間における少なくとも１つの腫瘍体積倍加時間（ＴＶＤＴ）に関する継続的なＭＴＷ ％Ｔ／Ｃ≦５０％として定義した。さらに処置群は、活性があると称される統計的に有意な腫瘍増殖遅延（Ｔ−Ｃ値）（ｐ＜０．０５）によって同時に生じさせる必要があった。
【００９１】
処置した動物を処置に関連する毒性／死亡率について毎日確認した。死亡が生じる場合、死亡日を記録した。それらの腫瘍が標的サイズに到達する前に死亡した処置マウスは、薬物毒性によって死亡したとみなした。コントロールマウスは、標的サイズより小さい腫瘍を有して死亡することはなかった。薬物毒性によって引き起こされた１より多い死亡があった処置群は、過剰に毒性のある処置をしていたとみなし、それらのデータは、化合物の抗腫瘍有効性の評価に含まなかった。
【００９２】
薬物処置実験
Ｌ２９８７およびＡ５４９異種移植動物は、（１）１ｍｇ／マウスのセツキシマブ、ｉｐ；（２）２５０ｍｇ／ｋｇのゲフィチニブ、ｐｏ；（３）ＰＥＧ４００／Ｈ2Ｏベヒクル、ｐｏまたは４）ＰＢＳベヒクル、ｉｐのいずれかの単独投与で投与された。各投与量は、３匹の独立したマウスに与えた。処置３時間および２４時間後、該動物を屠殺し、腫瘍を摘出し、すぐにＲＮＡｌａｔｅｒ溶液(Qiagen, バレンシア、カリフォルニア州）に置いた。
【００９３】
ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット(Qiagen, バレンシア、カリフォルニア州）を用いて、腫瘍から単離した。全ＲＮＡの質および濃度を、前に書いたとおりに測定した。プロファイリングは、U133Aジーンチップ（アフィメトリックス、サンタクララ、カリフォルニア州）で実施した。データは、ジーンチップ（登録商標）発現分析ソフトウェアＭＡＳ５．０（アフィメトリックス、サンタクララ、カリフォルニア州）を用いて分析した。プロファイリングデータのアノーバ分析は、シグナル強度に関して、四分標準化アフィメトリックスＭＡＳ５．０値を用いて、PartekProパターン認識ソフトウェア(Partek, セントチャーチル、ミシシッピ州）で実施した。
【００９４】
試験した１４７個のプローブセットから、４個のプローブセットの代表的な３個の遺伝子は、感受性のＬ２９８７異種移植におけるＥＧＦＲ阻害剤処置で十分調節されるが（アノーバ分析において、ｐ＜０．００５）、境界の感受性を持つＡ５４９異種移植においては調節されなかった。３個の遺伝子は、ジャンピング・トランスロケーション・ブレイクポイント（ＪＴＢ）、３−ホスホアデノシン ５−ホスホスルフェートシンターゼ２（ＰＡＰＳＳ２）およびセリンプロテアーゼ阻害剤、Ｋｕｎｉｔｚ １型（ＳＰＩＮＴ１）である。これらのバイオマーカーは、ＥＧＦＲ阻害剤の処置による、それらの発現調節に基づいてＥＧＦＲシグナル経路に直接的または間接的に含まれやすいことは明らかである。
【００９５】
実施例４−臨床サンプルにおける免疫組織化学（ＩＨＣ）アッセイ
前臨床で同定された１４７個のプローブセットのうち、Ｓ１００Ａ９（カルグラヌリンＢ）を臨床サンプルにおける特定の蛋白質の発現および最良応答データとの間のいずれの相関もあるかどうかを測定するために選択した。
【００９６】
基本的なＩＨＣ方法
ホルマリン固定のパラフィンに埋め込まれた組織は、５μｍの切片のスライドで入手可能であった。該切片を標準キシレンで脱パラフィン化し、等級アルコールによって水に水和した。抗原の回収は、プロテイナーゼＫを用いて行った。染色は、エンビジョン（Envision）パーオキシダーゼマウスシステム（DakoCytomation, カーピンテリア、カリフォルニア州）を用いることによって、室温で自動染色ワークステーションＴｅｃｈＭａｔｅ１０００（BioTek Solutions/Ventana Medical Systems, トゥーソン、アリゾナ州）にて実施した。スライドを過酸化水素遮断培地でそれぞれ２．５分間、３回付して、次いで、マウス抗ヒトカルグラヌリンＢモノクローナル抗体（Bachem Biomedical, ドイツ）で６０分間反応させた。免疫検出は、ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）発色基質でそれぞれ５分間、３回スライドを置くことにより、エンビジョンシステムで行った。１分間のヘマトキシリンとの対比染色が最終段階であった。染色後、スライドを一連のアルコールから無水エタノールで脱水し、次に、キシレンでリンスした。スライドをカバーガラスおよびパーマウント培地で永久にカバースリップした。スライドは、染色を評価するために顕微鏡で試験した。陽性染色は、暗茶色の色素原（ＤＡＢ−セイヨウワサビパーオキシダーゼ反応生成物）の存在によって示される。ヘマトキシリン対比染色は、細胞および組織形態を評価するために青色の核染色を提供する。適当な正および負のコントロールを用いた。スライドを２人の別々の評価者によって臨床データ無しに、ランダムに観察し記録した。単純な記録システムは、組織がマーカーに対して陽性または陰性であるかどうかを反映し、染色の相対的なレベルを指示するために用いた。負、低、中、または高の記録スキームを組織の腫瘍細胞染色の相対的な割合を示すのに用いた（図７）。記録システムは、組織から組織への標的の相対的な発現の指示を単に提供する。
【００９７】
臨床材料および応答に対する判定基準
ホルマリン固定しパラフィンに埋め込んだ肺腫瘍スライドをセツキシマブのフェーズＩＩに登録された患者から得た。この試験において、セツキシマブを再発性の非小細胞肺癌患者（非公開）のための単剤治療として用いた。最良の全体的な応答は、処置の開始から疾病の進行または再発するまでを記録した。応答評価は、ＲＥＣＩＳＴ判定基準（固形腫瘍における応答評価判定基準、ツチダおよび Therasse, 2001)を用いて実施した。部分応答（ＰＲ）は、ベースライン長径の合計を参照として比較して、標的障害の長径
（ＬＤ）の合計において、少なくとも３０％減少と記載した。進行性の疾病（ＰＤ）は、処置の開始または新規障害の出現から最も小さい長径の合計を参照として比較して、標的障害の長径の合計において、２０％またはそれ以上増加することをいう。安定な疾病（ＳＤ）とは、ＰＲに対して適格となるために十分な減少もなく、またはＰＤに対して適格となるために十分な増加もないことを記載するために用いた。
【００９８】
臨床ＦＦＰＥＴスライドにおけるカルグラヌリンＢのＩＨＣアッセイ
カルグラヌリンＢのＩＨＣアッセイは、再発性のＮＳＣＬＣ患者において、セツキシマブのフェーズＩＩ試験に登録された３９人の患者からのＦＦＰＥＴスライドで実施した（表４）。３９人の患者のうち、１０人は、スライドにおいて、検出可能な腫瘍の検体がなかったので、さらなる分析から除いた。カルグラヌリンＢ染色に関して記録した残りの２９人の患者は、臨床応答データに基づいて、２人のＰＲ、１２人のＳＤおよび１５人のＰＤ非応答者からなった。このＩＨＣ分析で使用される３９個のサンプルは、その組織サンプルを入手した患者に由来し、その患者の説明と同意を得ることができた。ここに示す応答データは、全体の研究において、応答速度に影響しないことに留意するべきである。
【００９９】
２９人の患者のスライドのうち、２２人を０として記録し、３人を０．５＋と記録し、３人を１＋として記録し、１人のスライドを２＋として記録した。試験された患者全体の２４％は、カルグラヌリンＢ染色に対して陽性であった（表４）。
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【０１００】
結果は、以下の表５にまとめる。
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カルグラヌリンＢ陽性であった７人の患者のうち、６人は、疾病の安定化を有し、１人は、進行性の疾病を有する非応答者であった（表５）。潜在的な応答者を同定するためのアッセイの感受性は、４０％［６／（６＋９）］であり、特異性は、９３％［１３／（１３＋１）］である。
【０１０１】
潜在的な応答者を同定するためのカルグラヌリンＢのＩＨＣアッセイの陽性の予測値は、８６％［６／（６＋１）］であり、陰性の予測値は、５９％［１３／（１３＋９）］で、｛カイ二乗 ｐ値＝０．０３｝である。
【０１０２】
データセットは小さいけれど、これらの結果は、カルグラヌリンＢ陽性患者が疾病の安定化を有する傾向を示す。
【０１０３】
実施例５−バイオマーカーに対する抗体の生成
バイオマーカーに対する抗体は、多様な方法で調製することができる。例えば、バイオマーカーポリペプチドを発現する細胞は、発現されたポリペプチドに配向するポリクローナル抗体を含む血清の生成を誘導するために動物に投与され得る。一態様において、バイオマーカー蛋白質は、調製され単離されるか、さもなければ当該技術分野における通常の技術を用いて、天然の汚染物を実質的に含まないように精製される。次いで、かかる調製法は、発現し単離されたポリペプチドに対してより強く特異的な活性を持つポリクローナル抗血清を生じさせるために動物に導入した。
【０１０４】
一態様として、本発明の抗体は、モノクローナル抗体（またはその蛋白質結合フラグメント）である。バイオマーカーポリペプチドを発現する細胞は、いずれの適当な組織培養培地においても培養されるが、１０％ウシ胎仔血清（約５６℃で不活性化される）を含むように補充され、約１０ｇ／Ｌの非必須アミノ酸、約１，００Ｕ／ｍＬのペニシリン、および約１００μｇ／ｍＬのストレプトマイシンを含むために補充されたアール変法イーグル培地中細胞を培養することが好ましい。
【０１０５】
免疫性を与えられ（高められた）マウスの脾細胞は、抽出され、適当な骨髄腫細胞株で融合され得る。いずれの適当な骨髄腫細胞株も本発明に従って用いられるが、ＡＴＣＣ（マナッサス、バージニア州）から入手可能な親の骨髄腫細胞株（ＳＰ２／０）を用いるのが好ましい。融合後、生じたハイブリドーマ細胞は、ＨＡＴ培地で選択的に維持され、次いで、Wandsらの文献(1981, Gastroenterology, 80:225-232)で記載されるような限界希釈法でクローン化した。かかる選択によって得られるハイブリドーマ細胞は、次いで、ポリペプチド免疫原またはその部分に結合できる抗体を分泌するそれらの細胞クローンを同定するためにアッセイした。
【０１０６】
またはさらに、バイオマーカーポリペプチドに結合することができる抗体は、抗イディオタイプ抗体を用いる２段階の手順で調製されうる。かかる方法は、抗体がそれら自身の抗原であるという事実を利用しており、それ故、二次抗体に結合する抗体を得ることも可能である。この方法に従って、蛋白質特異的抗体は、動物、好ましくはマウスを免疫化するのに使用され得る。次いで、かかる免疫化された動物の脾細胞は、ハイブリドーマ細胞を生じるために用いられ、該ハイブリドーマ細胞は、蛋白質特異的抗体に結合するための能力がポリペプチドによって遮断されうる抗体を生じるクローンを同定するためにスクリーニングされる。かかる抗体は、蛋白質特異的抗体に対する抗イディオタイプ抗体を含み、さらに蛋白質特異的抗体の形成を誘導するために動物を免疫化するのに使用され得る。
【０１０７】
実施例６−免疫蛍光アッセイ
例えば、細胞におけるＥＧＦＲバイオマーカー蛋白質発現を検証するため、または例えば、細胞表面で発現されるＥＧＦＲバイオマーカーを結合する１またはそれ以上の抗体の存在について確認するために、下記の免疫蛍光プロトコルが用いてもよい。つまり、Ｌａｂ−ＴｅｋＩＩチャンバースライドは、カルシウムおよびマグネシウム（ＤＰＢＳ＋＋）を含むＤＰＢＳ中で、１０μｇ／ｍＬのＩＩ型ウシ・コラーゲンと４℃で終夜コーティングする。次いで、該スライドを冷ＤＰＢＳ＋＋で２回洗浄し、全量１２５μＬで８０００ＣＨＯ−ＣＣＲ５またはＣＨＯ ｐＣ４形質転換細胞を播種し、９５％酸素／５％二酸化炭素の存在下で、３７℃でインキュベートした。
【０１０８】
培養液をアスピレーターでゆっくり除去し、粘着性の細胞を周囲温度でＤＰＢＳ＋＋にて２回洗浄した。該スライドを０〜４℃で１時間、０．２％ＢＳＡ（遮断剤）を含むＤＰＢＳ＋＋で遮断する。遮断溶液をアスピレーターでゆっくり除去し、１２５μＬの抗体含有溶液（抗体含有溶液は、例えば、通常希釈されないで使用されるハイブリドーマ培養液上清、または例えば、約１／１００希釈の希釈液のような通常希釈される血清／血漿であり得る）を得る。該スライドを０〜４℃で１時間インキュベートする。次いで、抗体溶液をアスピレーターでゆっくり除去し、細胞を４００μＬの氷冷遮断溶液で５回洗浄する。次に、遮断溶液中、１２５μＬの１μｇ／ｍＬのローダミンでラベルした二次抗体（例えば、抗ヒトＩｇＧ）を該細胞に加える。再び細胞は、０〜４℃で１時間インキュベートする。
【０１０９】
次いで二次抗体溶液は、アスピレーターでゆっくり除去し、該細胞を４００μＬの氷冷遮断溶液で３回、冷ＤＰＢＳ＋＋で５回洗浄する。次いで、該細胞を周囲温度で１５分間、ＤＰＢＳ＋＋中、１２５μＬの３．７％ホルムアルデヒドで固定した。その後、該細胞を周囲温度で、４００μＬのＤＰＢＳ＋＋にて５回洗浄する。最後に、該細胞を５０％グリセロール水溶液に乗せて、ローダミンフィルターを用いて蛍光顕微鏡で観察する。
【図面の簡単な説明】
【０１１０】
【図１】図１は、表１のバイオマーカーを同定するために使用されるスキームを図示する。
【図２】図２は、表２のバイオマーカーを同定するために使用されるスキームを図示する。
【図３】図３は、１４個のＮＳＣＬＣ細胞株の発現プロファイリングによって決定されるＥＧＦＲのｍＲＮＡレベルを示す。
【図４】図４は、発現プロフィールの分散分析を図示する。
【図５】図５は、腺癌腫瘍のためのプローブセットの測定分散分布を図示する。
【図６】図６は、細胞株のためのプローブセットの測定分散分布を図示する。
【図７】図７は、カルグラヌリンＢのＩＨＣアッセイの染色の記録を図示する。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【国際調査報告】
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