(57)【要約】本発明は、第一群および第二群の、配列番号１５９の配列を含む群から選択される配列、または、該ポリペプチドの配列全体との最小２５％の同一性を有する第一群および／または第二群のポリペプチドの相同配列を有する少なくとも１種のポリペプチドを含む、病原株に特有のポリペプチドの組成物に関する。大腸菌腸外感染症に特異的なワクチン組成物の調製の適用。
2007530022.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
病原株に特有のポリペプチドの組成物であって、該組成物は、第一群の少なくとも１種のポリペプチドおよび第二群の少なくとも１種のペプチド、または、前記のポリペプチドの全体的な配列との最小２５％の同一性を有する第一群および／または第二群のポリペプチドの相同配列を含み、第一群のポリペプチドは、配列番号１〜６６または１３３〜１４５の配列を有し、第二群のペプチドは、配列番号１５９の配列を有する、組成物。
【請求項２】
第二群のポリペプチドは、配列番号１５９の配列を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
第一群のポリペプチドは、配列番号１４、１５、１７、２１、２２、２３、２８、２９、３０、３２、３６、３８、３９、４１〜４４、４６、４９、５０、５２〜５５、５８、６０、６３または１３３〜１３８の配列を有する、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項４】
２種のポリペプチドの組合せは、配列番号１５９の配列を有するポリペプチドと、配列番号２、２６、２８、３６、３４、１３４、１４１および１４５の配列を有するペプチドを含む群から選択される少なくとも１種のポリペプチドとを含む、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項５】
前記第一群の相同の単離された抗原ポリペプチドは、初期設定パラメータによりＢＬＡＳＴＰまたはＢＬＡＳＴＸを用いて測定された場合に、請求項１において規定された前記の配列、より特定的には、配列番号１４、１５、１７、２１、２２、２３、２８、２９、３０、３２、３６、３８、３９、４１〜４４、４６、４９、５０、５２〜５５、５８、６０、６３、１３３〜１３８の配列を有するポリペプチドに対して少なくとも２５％の同一性、または、前記配列番号に相当する配列を有するポリペプチドの少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０または６０超の連続的なアミノ酸を含むフラグメントに対して少なくとも２５％の同一性を有する、請求項１〜４のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項６】
前記第二群の相同の単離された抗原ポリペプチドは、配列番号１５９の配列を有するポリペプチドに対して少なくとも２５％の同一性を有する、請求項１〜５のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項７】
普遍遺伝子コードに従い、かつ、このコードの縮重を考慮して、請求項１において規定された、第一群のポリペプチドをコード化する単離されたポリヌクレオチドと、第二群のポリペプチドをコード化する単離されたポリヌクレオチドとの組合せの使用。
【請求項８】
第一群の配列番号６７〜１３２または１４６〜１５８に相当する配列を有するポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドを、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組合せて含む、請求項７に記載の使用。
【請求項９】
配列番号８０、８１、８３、８７、８８、８９、９４、９５、９６、９８、１０２、１０４、１０５、１０７〜１１０、１１２、１１５、１１６、１１８、１１９、１２６、１２７、１３０、１３２、１３５、１４６〜１５１に相当する配列を有するヌクレオチドを、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組合せて含む、請求項８に記載の使用。
【請求項１０】
配列番号６８、９２、８９、９４、１００、１５４、１４７および１４６の配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組合せて含む、請求項７に記載の使用。
【請求項１１】
初期設定パラメータによりＢＬＡＳＴＮを用いて測定された場合に、前記配列番号の配列の一つを有するポリヌクレオチドの少なくとも１５、少なくとも３０、少なくとも６０、少なくとも９０、少なくとも１２０、少なくとも１５０、少なくとも１８０または１８０超の連続のヌクレオチドを含むフラグメントに対して少なくとも２５％の同一性を有する前記ポリヌクレオチドのホモログを、本発明によるものの抗原特性を有するポリペプチドをコード化することが可能である程度まで含む、請求項７〜１０のいずれか１つに記載の使用。
【請求項１２】
普遍の遺伝子コードに従い、かつ、このコードの縮重を考慮して、前記第一群のポリペプチドをコード化する少なくとも１種の単離されたポリヌクレオチドと、前記第二群の少なくとも１種のポリペプチドとを含み、前記各群は、請求項１〜６のいずれか１つに規定される、発現ベクター。
【請求項１３】
第一群のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドは、配列番号６７〜１３２または１４６〜１５８に相当する配列を有する、請求項１２に記載の発現ベクター。
【請求項１４】
ポリヌクレオチドは、配列番号８０、８１、８３、８７、８８、８９、９４、９５、９６、９８、１０２、１０４、１０５、１０７〜１１０、１１２、１１５、１１６、１１８、１１９、１２６、１２７、１３０、１３２、１３５または１４６〜１５１に相当する配列を有する、請求項１２または１３に記載の発現ベクター。
【請求項１５】
第二群のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドは、配列番号１６０の配列を有する、請求項１２〜１４のいずれか１つに記載の発現ベクター。
【請求項１６】
配列番号６８、９２、８９、９４、１００、１５４、１４７および１４６の配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組合せて含む、請求項１３または１４に記載の発現ベクター。
【請求項１７】
前記ポリヌクレオチドに対するホモログを含み、該ホモログは、初期設定のパラメータによりＢＬＡＳＴＮを用いて測定される場合に、前記配列番号の一つの配列を有するポリヌクレオチドの少なくとも１５、少なくとも３０、少なくとも６０、少なくとも９０、少なくとも１２０、少なくとも１５０、少なくとも１８０または１８０超の連続するヌクレオチドを含むフラグメントに対して少なくとも２５％の同一性を有し、本発明によって、本発明によるものの抗原特性を有するポリペプチドをコード化することが可能である程度まで包含される、請求項１２〜１６のいずれか１つに記載の発現ベクター。
【請求項１８】
配列番号６８、９２、８９、９４、１００、１５４、１４７、１４６の配列を有するポリヌクレオチドと、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドとを含む、請求項１２に記載の発現ベクター。
【請求項１９】
請求項１２〜１８のいずれか１つに記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項２０】
大腸菌腸外感染症に特異的なワクチン組成物であって、該ワクチン組成物は、第一群の少なくとも１種の抗原ポリペプチドまたはそのフラグメントと、第二群の少なくとも１種の抗原ポリペプチドまたはそのフラグメントとの有効量を担体と共に含み、特に、配列番号１〜６６または１３３〜１４５の配列の少なくとも１種のポリペプチドおよび相同ポリペプチドと、配列番号１５９の配列の少なくとも１種のポリペプチドおよび相同ポリペプチドとを含む、ワクチン組成物。
【請求項２１】
泌尿器系感染症、腎盂腎炎、敗血症、菌血症または新生児髄膜炎を予防するための、請求項１４に記載のワクチン組成物。
【請求項２２】
黄色ブドウ球菌、Ｂ群連鎖球菌等の他の細菌または全身性の感染症に関与する他の細菌に対抗するように仕向けられた成分と組合せて、特定の適応症に適応させられる、請求項２０または２１に記載のワクチン組成物。
【請求項２３】
病原性株、特に、腸外大腸菌株のポリペプチド性抗原に特異的な抗体組成物であって、該抗体組成物は、請求項１〜６のいずれか１つに規定された、第一群の少なくとも１種のポリペプチドに対抗するように仕向けられた抗体と、第二群の少なくとも１種のポリペプチドに対抗するように仕向けられた抗体との組合せを含む、抗体組成物。
【請求項２４】
前記抗体はモノクローナル抗体である、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
請求項２３または２４に記載の抗体の組合せを含む医薬組成物。
【請求項２６】
新生児感染症を治療するために、請求項２３または２４に記載の抗体の組合せの有効量を、黄色ブドウ球菌に対抗する抗体および／またはＢ群連鎖球菌に対抗する抗体と関連して含む、請求項２５に記載の医薬組成物。
【請求項２７】
腸外株ＥｘＰＥＣに起因する深刻な感染症の治療または予防のための、このような感染症の危険がある新生児および患者における、請求項２５または２６に記載の医薬組成物の使用。
【請求項２８】
大腸菌の望みでない生育を軽減および／または予防および／または治療するための、請求項１〜６のいずれか１つに記載の少なくとも１種の組成物の有効量を、医薬上許容される担体と組合せて含む医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、病原性株、特に腸外大腸菌株に特有のポリペプチドの新しい組成物に関する。
【０００２】
本発明は、より詳細には、抗原ポリペプチドの組合せおよび該ポリペプチドに対抗するように仕向けられた抗体の組合せおよびワクチンとしておよび免疫療法におけるそれらの使用に関する。
【０００３】
大腸菌（Escherichia coli）は、おそらく、最もよく知られた細菌種であり、臨床微生物学研究所において単離される最も一般的なものの一つであるにもかかわらず、種々のタイプの大腸菌およびそれらが引き起こす感染症に関して誤解が多い。
【０００４】
人間にとって生物学的な重要性を有する大腸菌株は、概して、３つの主要な群に分類され得る：
１．共生株（正常叢の部分）；
２．腸の病原性株（正常叢の部分ではない）：この群は、種々の病原型（ＥＰＥＣ、ＥＨＥＣ、ＥＴＥＣ、ＥＩＥＣ）を含むが、赤痢菌（Shigella）を含まない；
３．腸外株（ＥｘＰＥＣ）（胃腸（gastro-intestinal：ＧＩ）管の外部の感染症の原因となるが、正常叢の部分でもあり得る）；免疫機能が低下したまたは低下していない全ての宿主がこれらの感染症に感染しやすい。
【０００５】
ＥｘＰＥＣ株は、大部分の尿路感染症（urinary tract infection：ＵＴＩ）、特に、膀胱炎、腎盂腎炎およびカテーテルが関連する感染症の原因となる。
【０００６】
それらは、腹部感染症、院内肺炎、新生児髄膜炎、軟部組織感染症および骨感染症の原因にもなる。これらの局在化のいずれもが、臓器不全の場合には敗血症の危険を伴う菌血症につながり得る。ＥｘＰＥＣ株は、実際に、血液培養から単離される最も一般的なグラム陰性桿菌である。
【０００７】
７５００００の細菌性敗血症の事例が、毎年米国において起こっており、２２５０００人の死の原因となっている。敗血症の１６９０の事例についての最近の研究において、確認された主要な細菌性敗血症がＥｘＰＥＣであり（事例の１６％）、次いで、黄色ブドウ球菌（S.aureus）である（事例の１４％）ことが示された。
【０００８】
これらの数は、病院および共同体において罹る感染症におけるＥｘＰＥＣ株の重要性を証明する。
【０００９】
ＥｘＰＥＣ株は、大腸菌株の同種亜集団に相当する。大腸菌株中の系統発生関係のＭＬＥＥによる分析は、大腸菌がＡ、Ｂ１、Ｂ２およびＤと称される４つの主要な系統発生群に属することを示した。
【００１０】
ＥｘＰＥＣ株の病因は、細胞外微生物の病因であり、すなわち、それらは、細胞外の流体中での生育によく適応させられ、多形核（polymorphonuclear）による貪食に効果的に抵抗する。初期の研究は、細胞外生育にとって重要であることが知られている毒性因子（virulence factor）が主としてＢ２／Ｄの大腸菌において見られることを示し、これにより、Ｂ２／ＤのサブグループがＥｘＰＥＣ株の大部分を含むことが示唆される。これは、動物について行われた、Ｂ２／Ｄ株がＡおよびＢ１株より毒性が強いことを示す実験によって補足された。続く疫学的研究により、実際に、これらの仮説が確認された。Ｂ２／Ｄ分離株は、主に、新生児髄膜炎（８７％）および共同体または院内獲得型の尿路性敗血症（それぞれ９３％および８５％）の原因となるものである。
【００１１】
類似の結果が、膀胱炎について報告され（７０％が単独のＢ２大腸菌に起因している）、これにより、ＥｘＰＥＣ株の重要性が証明された。
【００１２】
これらの最近の所見により、株のＢ２／Ｄサブグループが細胞外流体における生育に最もよく適応させられる大腸菌のコアゲノムであることが証明される。
【００１３】
このコアゲノムに加えて、ＥｘＰＥＣ株は、腸外大腸菌感染症（ＵＴＩ、尿路性敗血症、新生児髄膜炎等）の異なる病因に関連する毒性因子をエンコードする種々の病原性島を有する。主要な毒性因子の中に、細胞外生育にとって重要であることが周知である莢膜（capsule）と、鉄のキレーション系（例えば、アエロバクチンおよびエンテロチェリン（enterochelin））とがある。加えて、病因に応じて、これらの株は、毒素（ＣＮＦ、溶血素等）、付着因子（ｐａｐ、ｓｆａ等）および他の鉄キレーション系を産生し得る。
【００１４】
Ｂ２／Ｄ大腸菌が病原性大腸菌株の異なったサブセットに相当するという概念は、Ｂ２／Ｄ大腸菌が概して人間の糞便から単離されないという事実によって補強される。それらは各人の１１％だけから回収され、これに対して、ＡおよびＢ１のサブグループは、人間の集団の各人の７４％の糞便中に存在する。
【００１５】
上記のように、ＥｘＰＥＣ株の病因は、細胞外流体でのそれらの増殖能および補体の殺菌作用および多形核による貪食に抵抗する能力に依存する。したがって、他の細胞外病原体（インフルエンザ菌、肺炎球菌および髄膜炎菌）に関して、ＥｘＰＥＣに対する防御抗原は、血清のオプソニン作用および／または殺菌活性を促進する抗体を誘導しなければならない。
【００１６】
上記記載を考慮すると、効果的な抗原は、Ｂ２／Ｄ大腸菌の集団の中で大きく提示されなければならない。
【００１７】
他の細胞外病原体と同様に、莢膜多糖体が理想的な抗原であろうが、しかしながら、大抵の病原性Ｂ２株は、Ｋ１多糖体を発現する。Ｋ１多糖体は、Ｂ群髄膜炎菌の構造と同一の構造を有する。Ｂ群髄膜炎菌は、非免疫原性であり、共通の抗原を脳と共有する。別の可能なターゲットは、リポ多糖（Lipopolysaccharide：ＬＰＳ）であり得る。しかしながら、種々のサブグループによって共有される多数の異なるＬＰＳ抗原型がある。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１８】
本発明者らは、現在、Ｂ２／Ｄゲノムによってコード化されるが、ＡおよびＢ１大腸菌株にはないポリペプチドのいくつかの特定の組成物が、抗原として特に有用であり、かつ、具体的には、ＥｘＰＥＣ株に起因する病状を予防し得ることを見出した。これらの抗原成分のホモログは、他の病原性細菌種において見出され得、したがって、これらの細菌によって引き起こされる病状を予防するために有用である。したがって、ＥｘＰＥＣ株に特有の産物およびそれらの用途に対するあらゆる参照は、これらの種における構成要素を包含する。
【００１９】
例えば、相同抗原は、下記種において予防し得、かつ、細菌に起因する疾患の予防のためにそれ自体で用いられ得た：
緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、ペスト菌（Yersinia pestis）、コレラ菌（Vibrio cholerae）、レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophia）、サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）、サルモネラ・ティフィムリウム（Salmonella typhimurium）、インフルエンザ菌（Haemophilus influenzae）、髄膜炎菌（Neisseria meningitidis）、淋菌（Neisseria gonorrhoeae）、炭疽菌（Bacillus anthracis）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）、肺炎クラミジア（Chlamydia pneumoniae）、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、ボツリヌス菌（Clostridium botulium）、クロストリジウム・ディフィシル（Clostridium difficile）、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Cryptococcus neoformans）、エンテロバクター・クロアカエ（Enterobacter cloacae）、エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）、肺炎桿菌（Klebsiella pneumoniae）、らい菌（Mycobacterium leprae）、結核菌（Mycobacterium tuberculosis）、緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）、パラチフス菌（Salmonella paratyphi）、チフス菌（Salmonella typhi）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、肺炎桿菌（Klebsiella pneumoniae）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、モラクセラ・カタラーリス（Moraxella catarrhalis）、Ａ群赤痢菌（Shigella dysenteriae）、Ｂ群赤痢菌（Shigella flexneri）、Ｄ群赤痢菌（Shigella sonnei）、麦皮ブドウ球菌（Staphylococcus epidermidis）、肺炎球菌（Streptococcus pneumoniae）および上記種のいずれかの属の範囲に入る任意の種。
【００２０】
そこで、本発明の目的は、単離された抗原ポリペプチドの新しい組合せおよびコアＢ２／Ｄゲノムに属するが共生大腸菌に存在しない、単離されたポリヌクレオチドの新しい組合せを提供することである。
【００２１】
本発明の別の目的は、前記組合せの抗原ポリペプチドまたはそれらのペプチドのフラグメントに対抗してもたらされた抗体の新しい組合せを提供することである。
【００２２】
本発明のさらに別の目的は、前記ポリヌクレオチドを含有するベクターおよび宿主細胞を提供することである。
【００２３】
本発明の別の目的は、ＥｘＰＥＣによって引き起こされる腸外感染症およびＥｘＰＥＣ抗原ポリペプチドと相同の抗原ポリペプチドを発現する他の病原性株によって引き起こされる病状に特異的なワクチン組成物を提供することである。
【００２４】
本発明は、ヒトまたは動物の腸外である区画内の大腸菌の進展（全身性および非下痢性の感染症、例えば、敗血症、腎盂腎炎、新生児髄膜炎）を検出および治療する手段にも関する。
【課題を解決するための手段】
【００２５】
本発明にしたがって用いられた単離された抗原ポリペプチドの組合せは、Ｂ２／Ｄ大腸菌株に特有であり、大腸菌のＡおよびＢ１分離株には存在しないポリペプチドの中から選択される。それらは、コアＢ２／Ｄゲノムに属する遺伝子によってエンコードされ、共生大腸菌には存在しない。
【００２６】
それらは、少なくとも１種の第一群ポリペプチドおよび少なくとも１種の第二群ペプチド、または、前記のポリペプチドの全体的な配列との最小２５％の同一性を有する第一群および／または第二群のポリペプチドの相同配列を含む。第一群のポリペプチドは、配列番号１〜６６または１３３〜１４５の配列を含む群から選択される配列を有し、第二群のペプチドは、配列番号１５９の配列を有する。
【００２７】
好ましい組成物は、配列番号１５９の配列を有する第二群のポリペプチドとの組合せを含む。
【００２８】
他の好ましい組成物は、第一群のポリペプチドが配列番号１４、１５、１７、２１、２２、２３、２８、２９、３０、３２、３６、３８、３９、４１〜４４、４６、４９、５０、５２〜５５、５８、６０、６３および１３３〜１３８を含む群から選択される配列を有する組合せを含む。
【００２９】
他の好ましい組成物は、配列番号１５９の配列を有するポリペプチドと、配列番号２、２６、２８、３６、３４、１３４、１４１および１４５の配列を有するペプチドを含む群から選択されるポリペプチドとを含む。
【００３０】
上記の第一群のポリペプチドおよびそのポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドは、ＷＯ０３／０７４５５３にＭｕｔａｂｉｌｉｓ  ＳＡの名において開示されている。
【００３１】
配列番号１５９の配列のポリペプチドおよび配列番号１６０の配列を有し、前記ポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドは、ＷＯ０１／２１６３６においてニューヨーク大学の名で開示されている。
【００３２】
本発明は、前記第一群の相同の単離された抗原ポリペプチドが、初期設定のパラメータによりＢＬＡＳＴＰまたはＢＬＡＳＴＸを用いて測定される場合に、上記に規定された配列番号、より特定的には、配列番号１４、１５、１７、２１、２２、２３、２８、２９、３０、３２、３６、３８、３９、４１〜４４、４６、４９、５０、５２〜５５、５８、６０、６３、１３３〜１３８の配列を有するポリペプチドに対して少なくとも２５％の同一性を有するか、または、前記の諸配列番号に相当する配列を有するポリペプチドの少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０または６０超の連続アミノ酸を含むフラグメントに対して少なくとも２５％の同一性を有する組合せにも関する。
【００３３】
本発明は、第二群の相同の単離抗原ペプチドであって、配列番号１５９の配列を有するポリペプチドに対して少なくとも２５％の同一性を有するものを含む組合せにも関する。
【００３４】
本発明は、普遍遺伝子コードに従い、かつ、このコードの縮重を考慮して上記に規定されたような、第一群のポリペプチドをコード化する単離されたポリヌクレオチドおよび第二群のポリペプチドをコード化する単離されたポリヌクレオチドの組合せでの使用にも関する。用語「ポリヌクレオチド」は、ｃＤＮＡを含むＤＮＡ、ｍＲＮＡを含むＲＮＡ等のあらゆるヌクレオチド配列を包含する。
【００３５】
第一群のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドは、好ましくは、配列番号６７〜１３２または１４６〜１５８に相当する配列を有し、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組み合わされる。
【００３６】
より好ましくは、前記のポリヌクレオチドは、配列番号８０、８１、８３、８７、８８、８９、９４、９５、９６、９８、１０２、１０４、１０５、１０７〜１１０、１１２、１１５、１１６、１１８、１１９、１２６、１２７、１３０、１３２、１３５、１４６〜１５１に相当する配列を有し、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組み合わされる。
【００３７】
他の好ましい組合せは、配列番号６８、９２、８９、９４、１００、１５４、１４７および１４６を有するポリヌクレオチドを、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組合せて含む。
【００３８】
第二群のポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドは、好ましくは、配列番号１６０の配列を有する。
【００３９】
本発明は、前記のポリヌクレオチドに対するホモログの組合せにも関する。前記ホモログは、初期設定のパラメータによりＢＬＡＳＴＮを用いて測定される場合に、前記配列を有するポリヌクレオチドに対して少なくとも２５％の同一性、または、前記配列の一つを有するポリヌクレオチドの少なくとも１５、少なくとも３０、少なくとも６０、少なくとも９０、少なくとも１２０、少なくとも１５０、少なくとも１８０または１８０超の連続的なヌクレオチドを含むフラグメントに対して少なくとも２５％の同一性を有してもよく、本発明によるものの抗原特性を有するポリヌクレオチドをコード化することが可能である程度まで本発明によって包含される。
【００４０】
本出願はまた、普遍の遺伝子コードに従い、かつ、このコードの縮重を考慮した、前記第一群のポリペプチドをコード化する少なくとも１種の単離されたポリヌクレオチドと、前記第二群のポリペプチドをコード化する少なくとも１種のポリヌクレオチドとを含むあらゆる発現ベクターを目的とする。用語「ポリヌクレオチド」は、ｃＤＮＡを含むＤＮＡ、ｍＲＮＡを含むＲＮＡ等の任意のヌクレオチド配列を包含する。
【００４１】
好ましいベクターは、第一群、好適には、配列番号７７〜１３２または１４６〜１５８に相当する配列を有するポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドを含む。
【００４２】
より好ましいベクターは、配列番号８０、８１、８３、８７、８８、８９、９４、９５、９６、９８、１０２、１０４、１０５、１０７〜１１０、１１２、１１５、１１６、１１８、１１９、１２６、１２７、１３０、１３２、１３５、１４６〜１５１に相当する配列を有するポリヌクレオチドを含む。
【００４３】
より好ましいベクターは、第二群の配列番号１６０の配列を有するポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドをさらに含む。
【００４４】
他の好ましい発現ベクターは、配列番号６８、９２、８９、９４、１００、１５４、１４７および１４６の配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号１６０の配列を有するポリヌクレオチドと組合せて含む。
【００４５】
前記ベクターはまた、前記ポリヌクレオチドに対するホモログを含んでもよい。前記ホモログは、初期設定のパラメータによりＢＬＡＳＴＮを用いて測定される場合に、前記配列を有するポリヌクレオチドに対して少なくとも２５％の同一性、または、前記諸配列番号の一つの配列を有するポリヌクレオチドの少なくとも１５、少なくとも３０、少なくとも６０、少なくとも９０、少なくとも１２０、少なくとも１５０、少なくとも１８０または１８０超の連続的なヌクレオチドを含むフラグメントに対して少なくとも２５％の同一性を有してよく、本発明によるものの抗原特性を有するポリペプチドをコード化することが可能である程度まで本発明によって包含される。
【００４６】
本発明は、遺伝子工学によって形質転換されたあらゆる細胞であって、トランスフェクションによって、前記第一群のポリペプチドをコード化する少なくとも１種のポリヌクレオチドおよび前記第二群のポリペプチドをコード化する少なくとも１種のポリヌクレオチド、および／または、本発明による少なくとも１種のベクターを含むこと、および／または、前記の形質転換は、この細胞による前記ポリペプチドの産生を誘導することを特徴とするものにも関する。
【００４７】
前記抗原ポリペプチドの組合せは、病状および感染部位（ＵＴＩ、腎盂腎炎、敗血症、菌血症、新生児髄膜炎）を問わずＥｘＰＥＣ株に起因する感染症の予防のための抗体応答を誘導することが可能である。
【００４８】
本発明は、それ故に、大腸菌腸外感染症に特異的なワクチン組成物であって、第一群の少なくとも１種の抗原ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび第二群の少なくとも１種の抗原ポリペプチドまたはそのフラグメントの有効量を担体と共に、特には、配列番号１〜６６および１３３〜１４５の配列の少なくとも１種のペプチドおよび相同ポリペプチド、および配列番号１５９の配列の少なくとも１種のポリペプチドを含む、ものに関する。
【００４９】
このようなワクチン組成物は、泌尿器系の感染症、腎盂腎炎、敗血症、菌血症、新生児髄膜炎を予防するために特に有用である。
【００５０】
本発明のワクチン組成物は、以下の治療に適用される：
−  免疫抑制された患者（理想的には、免疫抑制療法の開始前）：癌、糖尿病、白血病を患う患者、移植患者、長期ステロイド療法を受けている患者；
−  大腸菌感染症の危険が大きい外科手術（腹部の外科手術）前の患者；
−  全てのこれらの事例において、本発明の大腸菌ワクチンは、黄色ブドウ球菌ワクチンまたはＢ群連鎖球菌ワクチンと関連して投与され得る；
−  再発ＵＴＩを有する、特に、１回腎盂腎炎をしたことがあった後の患者；
−  新生児感染症の予防は母親の予防接種を必要とするだろう；これは、潜在的な問題を避けるため妊娠のずっと前の予防接種を意味する；理想的には、このようなワクチンは、遅発性の新生児感染症をも予防するために、Ｂ群連鎖球菌多糖類ワクチンと関連付けられるべきである；妊婦におけるＢ２／Ｄ大腸菌に対する抗体のレベルの誘導もＵＴＩを予防するだろうが、これは、常時、妊娠の関係で危険であることも指摘されるべきである。
【００５１】
前記ワクチン組成物の製剤形態および用量は、目標とされる適応症、所望の投与方法および対象となる患者（年齢、体重）に応じて当業者によって開発および調節され得る。
【００５２】
これらの組成物は、１以上の生理的に不活性な賦形剤、特に、その目的に適したあらゆる賦形剤を含む。
【００５３】
例えば、ワクチンは、アルミニウムをベースとする無機塩を免疫補助剤として含む滅菌水中の精製ポリペプチド懸濁液であり得、および、最初のおよび二次免疫（boosting）の注射により皮下投与され得る。
【００５４】
前記第一群の少なくとも１種のポリペプチドおよび前記第二群の少なくとも１種のポリペプチドに対抗してそれぞれもたらされる抗体の組合せも、本発明の一部である。
【００５５】
それらは、ヒトまたは動物の生物体に投与された場合には生理的タイプの条件（インビトロまたは擬似的なインビボ）、結合産物がインビトロのアッセイおよび方法において用いられることが意図される場合にはＥＬＩＳＡタイプの条件下に前記ポリペプチドに結合することが可能である。抗体のこのような組合せは、都合よく、ヒトまたは動物内のＥｘＰＥＣ株の腸外生育を阻害する。
【００５６】
本発明は、それ故に、上記に規定されたような抗体の組合せの有効量を含む医薬組成物に関する。
【００５７】
このような医薬組成物は、新生児または外科手術の処置を受ける、または尿路感染症を有する患者等の危険な集団における深刻な感染症の治療および予防のための免疫療法の適用に敗血症を予防するために特に有用である。これらの適用のために、特異的なヒトモノクローナル抗体（Ｍａｂ）が前記のペプチドまたはポリペプチドから誘導される。
【００５８】
上記に規定されたような抗体の組合せの有効量を含むこのような医薬組成物はまた、黄色ブドウ球菌に対する抗体および／またはＢ群連鎖球菌に対する抗体と関連して、新生児の感染症を治療するために有用である。
【００５９】
本発明による組合せのポリペプチドを用いてこのような抗体を製造する方法は、当業者に利用可能である。それらは、特に、ウサギ等の動物の免疫処置、生じた血清の採取および場合によっては得られた血清の精製を含む従来法である。モノクローナル抗体の生産に適した技術は、KohlerおよびMilsteinの技術である（Nature  1975，256：495-497）。
【００６０】
前記抗体は、それが向けられたヒトまたは動物の細胞を認識しない。
【００６１】
抗体またはそのフラグメントは、有利には、ヒトの投与に提供するように意図される場合にはヒト化される。
【００６２】
あるいは、ヒト化されたＭａｂは、抗原に特異的なマウスまたはラットのＭａｂから誘導され得る。これらの完全にヒト化されたＭａｂは、親マウスまたはラットの抗細菌抗体からヒトＩｇＧ１κの重および軽鎖骨格に相補的な決定領域を移植する従来の分子レベルの技術を用いて構築される。
【００６３】
本発明はまた、望ましくない腸外大腸菌の有無の診断および／または腸外大腸菌感染の診断ための、前記の、第一群、特に、配列番号１４、１５、１７、２１、２２、２３、２８、２９、３０、３２、３６、３８、３９、４１〜４４、４６、４９、５０、５２〜５５、５８、６０、６３、１３３〜１３８の配列を有する少なくとも１種のポリペプチドおよび第二群、特に、配列番号１５９の配列を有する１種のポリペプチドの組合せ、前記の、前記ポリペプチドに対抗してもたらされた抗体、または、前記ポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドの使用を目的とする。
【００６４】
本発明は、特に、望みでない腸外大腸菌の有無の診断および／または腸外大腸菌感染の診断のための、配列番号１４、１５、１７、２１、２２、２３、２８、２９、３０、３２、３６、３８、３９、４１〜４４、４６、４９、５０、５２〜５５、５８、６０、６３または１３３〜１３８の配列を有する少なくとも１種のポリペプチドおよび配列番号１５９の配列を有するポリペプチドの組合せの使用、前記ポリペプチドに対抗してもたらされた抗体の使用、またはポリペプチドをコード化するポリヌクレオチドの使用に関する。
【００６５】
本発明は、配列番号１５９の配列を有するポリペプチドと、配列番号２、２６、２８、３６、３４、１３４、１４１および１４５の配列を有するペプチドを含む群から選択される少なくとも１種のポリペプチドとを含むポリペプチドの組合せの使用にも関する。
【００６６】
このような化合物の有無の検出は、特に、ヌクレオチドのハイブリッド形成、ＰＣＲ増幅またはそれらのポリペプチド産物の検出によって行われ得る。このような化合物の存在の検出は、Ｂ２／Ｄ大腸菌株が存在すると結論を出すことを可能にする。
【００６７】
本発明は、大腸菌の望ましくない生育を軽減および／または予防および／または治療するための、第一群について配列番号１〜６６または１３３〜１４５の配列を、第二群について配列番号１５９の配列を特に有する前記の各群の少なくとも１種のポリペプチドの有効量を、医薬上許容される担体と組合せて含む医薬組成物にも関する。
【００６８】
好ましい医薬組成物は、配列番号１４、１５、１７、２１、２２、２３、２８、２９、３０、３２、３６、３８、３９、４１〜４４、４６、４９、５０、５２〜５５、５８、６０、６３、１３３〜１３８の配列を有する少なくとも１種のポリペプチドと、配列番号１５９の配列を有する少なくとも１種のポリペプチドとを含む。
【００６９】
他の好ましい医薬組成物は、配列番号２、２６、２８、３６、３４、１３４、１４１および１４５の配列を有する少なくとも１種のポリペプチドと、配列番号１５９の配列を有するポリペプチドとを含む。
【００７０】
本出願はまた、上記に規定されたようなポリペプチドの組合せの、大腸菌感染症（例えば全身性および非下痢性の感染）等の大腸菌の望みでない生育、腸外大腸菌の存在または公衆衛生の汚染を軽減および／または予防および／または治療することを意図する組成物、特に、医薬組成物の製造のためのあらゆる使用を目的とする。
【００７１】
本発明は、後述の制限しない容量で与えられる実施例によって例示される。この実施例において、ポリペプチドの組合せが予防接種された動物の生存率の増加を示す結果のヒストグラムを表す図１が参照される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００７２】
ポリペプチドの免疫原性を証明するための予防接種の実施例：
（実施例１：抗原ペプチドの組合せの調製）
配列番号２８の配列を有するポリペプチドが、大腸菌株、または組み換え発現プラスミドを含有する宿主細胞から精製された。
【００７３】
配列番号２８および配列番号１５９の配列を有するポリペプチドが、それぞれ、精製され、そして、毒素により包合された。
【００７４】
生理的に不活性な担体が調製物に加えられ、これは殺菌され、そして、非経口、皮下または筋肉内注射され得る。
【００７５】
前記組成物はまた、スプレーを用いて粘膜上に噴霧され得る。
【００７６】
ポリペプチドの前記組合せは、児童用ワクチンに加えられてもよい。
【００７７】
（大腸菌が感染したマウスにおける前記組合せの保護効果）
合計１００μｇの前記精製されたポリペプチドの組合せは、通常の免疫化の手順にしたがって、ＢａｌｂＣマウスに投与された。
【００７８】
感作されていない動物と比較して感作された動物における死亡率の減少が観察された。
【００７９】
（実施例２）
大腸菌の病原性株（ＥｘＰＥＣ）による実験的な抗原投与の後にマウスを保護する免疫応答を誘導する抗原の組合せの実施例：
実験のプロトコール：
−  Ｂａｌｂ／ｃマウス（雌、６週齢）が、第１日に、２種の精製されたポリペプチドの組合せ（各２０マイクログラム）および完全フロイントアジュバント（Complete Freund’s adjuvant  ＣＦＡ）を含有するＰＢＳ溶液の皮下注射によって免疫化され、コントロールのマウスには、ＰＢＳ緩衝液中のＣＦＡが注射された；
−  ３週間後に、不完全フロイントアジュバントを伴うポリペプチドの同一の組合せ（各１０マイクログラム）の溶液の二次免疫注射が行われた；
−  第４２日の抗原投与の前に、第４１日に血清が集められ、予防接種された動物における抗体応答が分析された；
−  免疫化されたマウスからの血清のＷＢ分析が行われ、上記の免疫処置のために用いられた組み換えタンパク質に対する抗体応答が検出された。
【００８０】
−  予防接種された動物において得られた、ポリペプチドに特異的な抗体の抗体価を測定するためにＥＬＩＳＡアッセイが用いられた。
【００８１】
抗原の組合せによって誘導された保護を測定するための実験的な抗原投与：
第４２日に、予防接種されたマウスおよびコントロールのマウスに、Ｂ２群に属する大腸菌ＥｘＰＥＣ毒性株が、ＬＤ５０に等しい用量（５×１０５ｃｆｕ／マウス）で、腹腔内注射によって抗原投与された。アッセイの終点は、致死抗原投与に対する生存率であった。動物の各群において観察された死亡率が、４８時間および１２０時間において記録された。結果は、表１に示され、ワクチン群の生存率対コントロールのマウス群の生存率の百分率として表されている。
【００８２】
【表１】
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【００８３】
図１は、その結果のヒストグラムを表し、本発明によるポリペプチドの組合せにより予防接種された動物において生存率の増加を示す。
【図面の簡単な説明】
【００８４】
【図１】ポリペプチドの組合せが予防接種された動物における生存数の増加を示す結果のヒストグラムである。
【図１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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