(57)【要約】プリオン蛋白のＰｒＰＳＣ型と優先的に相互作用するペプチド試薬を記載する。プリオンおよびプリオン関連疾患の検出、診断、精製、治療および予防のための試薬または試薬に対する抗体を使用する方法も記載する。これらのペプチド試薬は広範な用途において、例えば病原性プリオンを単離するため、または、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための道具として、治療用または予防用の組成物の成分として、および／または、プリオン特異的抗体の作成のために使用できる。例えば、ＰｒＰＣと比較してＰｒＰＳｃと優先的に相互作用するペプチド試薬は例えば疾患の診断のため、または、献血試料のスクリーニングまたは器官提供に関する器官のスクリーニングのために生体被験体から得た試料中の病原性形態の直接の検出のために有用である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたペプチド試薬であって、該ペプチド試薬は、コンホーメーション疾患蛋白の非病原性形態と比較した場合、該コンホーメーション疾患蛋白の病原性形態と優先的に相互作用する、ペプチド試薬。
【請求項２】
前記コンホーメーション疾患がプリオン関連疾患であり、病原性蛋白がＰｒＰＳＣであり、そして前記非病原性形態がＰｒＰＣである、請求項１に記載のペプチド試薬。
【請求項３】
前記ペプチド試薬が、プリオン蛋白のフラグメントに由来する、請求項２に記載のペプチド試薬。
【請求項４】
前記ペプチド試薬が、ポリプロリンＩＩ型ヘリックスモチーフを含む、請求項３に記載のペプチド試薬。
【請求項５】
前記ペプチド試薬が、配列モチーフＰＸＸＰを含み、ここでＰは、プロリンまたはＮ置換グリシンであり、そして、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項１に記載のペプチド試薬。
【請求項６】
前記ペプチド試薬が、配列モチーフＰＸＸＰを含み、ここでＰは、プロリンまたはＮ置換グリシンであり、そして、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項２に記載のペプチド試薬。
【請求項７】
前記ペプチド試薬が、遺伝子的にコードされている、請求項１に記載のペプチド試薬。
【請求項８】
前記ペプチド試薬が、配列番号１２〜１３２を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項２に記載のペプチド試薬。
【請求項９】
前記ペプチド試薬が、配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、５６、５７、６５、８２および８４を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１０】
前記ペプチド試薬が、配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０，１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および１２７を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１１】
前記ペプチド試薬が、Ｎ末端および／またはＣ末端においてアミノ酸配列（Ｇ）ｎを含み、ここでｎは、１、２、３または４である、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１２】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項９または１０に記載のペプチド試薬。
【請求項１３】
前記ペプチド試薬が、配列番号１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１および１３２を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１４】
前記ペプチド試薬が、Ｎ末端および／またはＣ末端においてアミノ酸配列（Ｇ）ｎを含み、ここでｎは、１、２、３または４である、請求項１３に記載のペプチド試薬。
【請求項１５】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項１３または１４に記載のペプチド試薬。
【請求項１６】
前記ペプチド試薬が、配列番号１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５，１２６、１２９、１３０、１３１および１３２を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１７】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項１６に記載のペプチド試薬。
【請求項１８】
前記ペプチド試薬が、配列番号５６、５７、６５，８２および８４を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１９】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項１８に記載のペプチド試薬。
【請求項２０】
請求項７に記載のペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド。
【請求項２１】
請求項２〜１９の何れかに記載のペプチド試薬および病原性プリオン蛋白を含む複合体。
【請求項２２】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオン蛋白に結合し得る条件下において、病原性プリオンを含有することが疑われる試料に該第１のペプチド試薬を接触させて、第１の複合体を形成する工程；および
（ｂ）該病原性プリオンが存在する場合に、該第１のペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２３】
前記第１のペプチド試薬が、検出可能に標識されている、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記第１のペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記第１のペプチド試薬が、固体支持体に結合している、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）病原性プリオンが存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該第１のペプチド試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第２のペプチド試薬が、該第１の複合体中の病原性プリオンに結合し得る条件下において、該第１の複合体を該第２のペプチド試薬に接触させる工程であって、ここで該第２のペプチド試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｃ）該病原性プリオンが存在する場合に、該第２のペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２７】
前記第１のペプチド試薬および前記第２のペプチド試薬が異なる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第１のペプチド試薬および前記第２のペプチド試薬が同じである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記第１のペプチド試薬が、固体支持体に結合している、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記第１のペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）病原性プリオンが存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該第１のペプチド試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）未結合の試料物質を除去する工程；
（ｃ）該第１の複合体から該病原性プリオンを解離させる工程；
（ｄ）請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第２のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該解離された病原性プリオンを該第２のペプチド試薬に接触させる工程であって、ここで該第２のペプチド試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｅ）該病原性プリオンが存在する場合に、該第２のペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３２】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該第１のペプチド試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）未結合の試料物質を除去する工程；
（ｃ）該第１の複合体から該病原性プリオンを解離させる工程；
（ｄ）プリオン結合試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該解離された病原性プリオンを該プリオン結合試薬に接触させる工程であって、ここで該プリオン結合試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｅ）該病原性プリオンが存在する場合に、該プリオン結合試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３３】
前記プリオン結合試薬が、抗プリオン抗体、モチーフグラフト化ハイブリッドポリペプチド、カチオン系またはアニオン系の重合体、増殖触媒およびプラスミノーゲンからなる群より選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）病原性プリオンが存在する場合に、プリオン結合試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該プリオン結合試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）未結合の試料物質を除去する工程；
（ｃ）請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該第１の複合体を該ペプチド試薬に接触させる工程であって、ここで該ペプチド試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｄ）該病原性プリオンが存在する場合に、該ペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３５】
試料中の病原性プリオンを検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）固体支持体を提供する工程であって、該固体支持体は、請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬を含む、工程；
（ｂ）試料中に存在する場合に、病原性プリオンが該第１のペプチド試薬に結合し得る条件下において、該固体支持体を該試料に接触させる工程；
請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第２のペプチド試薬が、該第１のペプチド試薬により結合された病原性プリオンに結合し得る条件下において、該固体支持体を検出可能に標識された第２のペプチド試薬に接触させる工程；ならびに
（ｃ）該第１のペプチド試薬、該試料由来の病原性プリオンおよび該第２のペプチド試薬の間に形成された複合体を検出することにより、該試料中の病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３６】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）プリオン結合試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）試料中に存在する場合に、プリオン蛋白が該プリオン結合試薬に結合し得る条件下において、該固体支持体試料を該試料に接触させる工程；
（ｃ）該固体支持体を、請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の検出可能に標識された第２のペプチド試薬に接触させる工程；ならびに
（ｄ）該プリオン結合試薬、該生物学的試料由来の病原性プリオンおよび該第２のペプチド試薬の間に形成された複合体を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３７】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）該固体支持体を検出可能に標識された第１のリガンドと組み合わせる工程であって、ここで該検出可能に標識された第１のリガンドに対する該第１のペプチド試薬の結合親和性は、病原性プリオンに対する該第１のペプチド試薬の結合親和性より弱い、工程；
（ｃ）試料中に存在する場合に、病原性プリオンが該第１のペプチド試薬に結合し、該第１のリガンドを置き換え得る条件下において、該試料を該固体支持体と組み合わせる工程；
（ｄ）該第１のペプチド試薬および該試料由来の病原性プリオンの間に形成された複合体を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３８】
前記固体支持体が、ニトロセルロース、ポリスチレンラテックス、ポリビニルフロリド、ジアゾ化紙、ナイロンメンブレン、活性化ビーズおよび磁気応答性ビーズからなる群より選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項３９】
前記試料が、生物学的試料である、請求項２２に記載の方法。
【請求項４０】
前記生物学的試料が、器官、全血、血液画分、血液成分、血漿、血小板、血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）、脳組織、神経系組織、筋肉組織、骨髄、尿、涙液、非神経系の組織、器官および／または生検試料もしくは剖検試料からなる群より選択される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記生物学的試料が、全血、血漿、血小板、血液画分または血清である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載のペプチド試薬のうちの少なくとも１つを含む、固体支持体。
【請求項４３】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するためのキットであって、該キットは、以下：
（ａ）請求項４２に記載の固体支持体；ならびに
他の必要な試薬、および必要に応じて、陽性対照および陰性対照、
を備える、キット。
【請求項４４】
請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載のペプチド試薬を含む、組成物。
【請求項４５】
請求項２０に記載のポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項４６】
プリオン疾患を治療または防止する方法であって、該方法は、請求項４４に記載の組成物の１つ以上を動物に投与する工程を包含する、方法。
【請求項４７】
被験体が、哺乳動物である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記哺乳動物が、ヒトである、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記組成物が、筋肉内、粘膜内、鼻内、皮下、皮内、経皮、膣内、直腸内、経口または静脈内に投与される、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
プリオン疾患を治療または防止する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）プライミング工程において、請求項４４の何れかに記載の組成物を含む第１の組成物を投与する工程、および
（ｂ）被験体において免疫応答を誘導するのに十分な量のブースターとして、請求項４４の何れかに記載の組成物を含む第２の組成物を投与する工程、
を包含する、方法。
【請求項５１】
試料由来の病原性プリオン蛋白を単離するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れか１項に記載のペプチド試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）該試料中に存在する場合に、病原性プリオン蛋白が第１のペプチド試薬へ結合し得る条件下において、該試料を該固体支持体に接触させて、第１の複合体を形成する工程；および
（ｃ）未結合の試料物質を除去する工程、
を包含する、方法。
【請求項５２】
前記第１の複合体から前記病原性プリオン蛋白を解離させる工程をさらに包含する、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
試料由来の病原性プリオン蛋白を排除するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れか１項に記載のペプチド試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、該病原性プリオン蛋白が該ペプチド試薬に結合し得る条件下において、該固体支持体を該病原性プリオン蛋白を含むことが疑われる試料に接触させる工程；および
（ｃ）未結合の試料物質を除去する工程、
を包含する、方法。
【請求項５４】
病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を調製する方法であって、該血液製品は、全血、血漿、血小板または血清を含み、該方法は、以下：
（ａ）請求項２２に記載の方法により、収集された血液試料から全血、血漿、血小板または血清のアリコートをスクリーニングする工程；
（ｂ）病原性プリオンが検出された試料を排除する工程；および
（ｃ）病原性プリオンが検出されない試料を合わせて、病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項５５】
病原性プリオンを実質的に伴わない食糧の調製する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項２２に記載の方法により、該食糧に投入される生物から収集した試料、または該食糧に投入されることが意図される食品から収集した試料をスクリーニングする工程；
（ｂ）病原性プリオンが検出された試料を排除する工程；および
（ｃ）病原性プリオンが検出されない試料を合わせて、病原性プリオンを実質的に伴わない食糧を提供する工程、
を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明はプリオン蛋白と相互作用するペプチド試薬、このようなペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド、このようなペプチド試薬およびポリヌクレオチドを使用して抗体を作成する方法、および、このような方法で作成した抗体に関する。本発明は更に、試料中の病原性プリオンの存在を検出するためにこれらのペプチド試薬を使用する方法、および、治療用または予防用の組成物中の成分としてこれらのペプチド試薬を使用する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
（背景）
蛋白コンホーメーション疾患には、後に異常蛋白形態の自己会合をもたらし、結果的に組織の付着および損傷をもたらすような、蛋白の異常なコンホーメーション遷移から生じる伝染性海綿状脳障害を包含する種々の未関連の疾患を包含する。これらの疾患はまた臨床状態における顕著な同様性、典型的には種々の長さのインキュベーションの後に死に至る診断後の急速な進行を共有している。
【０００３】
コンホーメーション疾患の１つのグループは「プリオン疾患」または「伝染性海綿状脳障害（ＴＳＥ）と称される。ヒトにおいては、これらの疾患はクロイツフェルト−ヤコブ病（ＣＪＤ）、ゲルストマン−シュトロイスラー−シェンカー症候群（ＧＳＳ）、胎児家族性不眠症およびクールーを包含する（例えば、非特許文献１；非特許文献２参照）。動物において、ＴＳＥはヒツジスクラピー、ウシ海綿状脳障害（ＢＳＥ）、伝染性ミンク脳障害、および、係留ラバ、シカおよびヘラジカの慢性消耗病を包含する（非特許文献３）。伝染性海綿状脳障害は同様の特質、即ち霊長類、げっ歯類およびトランスジェニックマウスを含む実験動物に実験的に接種した場合に疾患を伝染するプリオン蛋白の異常（ベータリッチ、プロテイナーゼＫ耐性）なコンホーメーションの存在を特徴とする。
【０００４】
近年、ウシ海綿状脳障害の急速な蔓延およびそのヒト海綿状脳障害発生率上昇との相関が非ヒト動物における伝染性海綿状脳障害の検出への関心を顕著に高めている。これらの疾患の偶発的伝染の悲劇的結末（例えば、非特許文献４；非特許文献５）、脱汚染の困難さ（非特許文献６）および最近のウシ海綿状脳障害への関心（非特許文献７）は、伝染性海綿状脳障害を有するヒトおよび動物を発見する診断法、および、感染被験体のための治療法の両方を保有する緊急性の根拠となっている。
【０００５】
プリオンは海綿状脳障害（プリオン疾患）を誘発する感染性の病原体である。プリオンは細菌、ウィルスおよびウイロイドとは大きく異なる。優勢な仮説は、全ての他の感染性病原体とは異なり、鋳型として機能し、正常なプリオンのコンホーメーションを異常なコンホーメーションに変換するプリオン蛋白の異常なコンホーメーションにより感染が誘発されるとしている。プリオン蛋白は１９８０年代初頭に最初に特性化された。（例えば、非特許文献８；非特許文献９；非特許文献１０参照）。完全なプリオン蛋白コード遺伝子がその後クローニングされ、配列決定され、そしてトランスジェニック動物において発現されている。例えば、非特許文献１１参照。
【０００６】
プリオン疾患の重要な特徴はプリオン蛋白の正常（細胞性または非病原性）の形態（ＰｒＰＣ）からの異常な形状の蛋白（ＰｒＰＳｃ）、別称スクラピー蛋白の形成である。例えば、非特許文献１２；非特許文献１３；非特許文献１４；非特許文献１５を参照のこと。光学顕微鏡および結晶学的な研究によれば、プリオンの疾患関連の形態は優勢にはアルファヘリックスの折りたたみ非疾患形態と比較してベータシート構造が実質的にリッチ化されていることがわかった。例えば、非特許文献１６；非特許文献１７；非特許文献１８を参照のこと。構造上の変化には生化学的特性の改変が後続すると考えられ：ＰｒＰＣは非変性洗剤中で可溶であり、ＰｒＰＳｃは不溶であり；ＰｒＰＣはプロテアーゼにより容易に消化されるが、ＰｒＰＳｃは部分的に耐性であり、「ＰｒＰｒｅｓ」（非特許文献１９）、「ＰｒＰ２７−３０」（２７−３０ｋＤａ）または「ＰＫ−耐性」（プロテイナーゼＫ耐性）の形態として知られるＮ末端トランケーションされたフラグメントの形成をもたらす。更にまた、ＰｒＰＳｃはＰｒＰＣを病原性のコンホーメーションに変換することができる。例えば、非特許文献２０；非特許文献２１を参照のこと。
【０００７】
生体被験体および生体被験体から得た試料におけるコンホーメーション疾患蛋白の病原性アイソフォームの検出は困難であることがわかっている。即ち、決定的な診断および被験体の死亡の前のこれらの伝染性およびアミロイド含有条件の緩和治療は未だなお大きな問題となっている。脳の生検の組織病理学的検査は被験体にとって危険を伴い、患部およびアミロイドの付着は生検試料が採取された部位によっては見逃される場合がある。しかしながら生検に関わる危険はなお動物、患者および医療担当者に対して存続している。更にまた、動物に対する脳の検査で得られる結果は動物が食料に供されるまで通常は得ることができない。更にまた、プリオン蛋白に対して作成された抗体は変性したＰｒＰＳｃおよびＰｒＰＣの両方を認識するが、感染性（未変性）ＰｒＰＳｃを選択的に認識することは不可能である。（例えば非特許文献２２参照）。
【非特許文献１】Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｎａｌ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｉｓｓｅｌｂａｃｈｅｒら（編）ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，（１９９４）
【非特許文献２】Ｍｅｄｏｒｉら（１９９２）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３２６：４４４−９
【非特許文献３】Ｇａｊｄｕｓｅｋ（１９９０）Ｓｕｂａｃｕｔｅ  Ｓｐｏｎｇｉｆｏｒｍ  Ｅｎｃｅｐｈａｌｏｐａｔｈｉｅｓ：Ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｂｌｅ  Ｃｅｒｅｂｒａｌ  Ａｍｙｌｏｉｄｏｓｅｓ  Ｃａｕｓｅｄ  ｂｙ  Ｕｎｃｏｎｖｅｎｔｉｏｎａｌ  Ｖｉｒｕｓｅｓ，Ｐｐ．２２８９−２３２４，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｆｉｅｌｄｓ（編）Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｔｄ．
【非特許文献４】Ｇａｊｄｕｓｅｋ，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ａｍｙｌｏｉｄｓ，ａｎｄ  Ｐｒｕｓｉｎｅｒ  Ｐｒｉｏｎｓ  Ｉｎ  Ｆｉｅｌｄｓ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｆｉｅｌｄｓら（編）Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ−Ｒａｖｉｎ，Ｐｕｂ．Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（１９９６）
【非特許文献５】Ｂｒｏｗｎら（１９９２）Ｌａｎｃｅｔ，３４０：２４−２７
【非特許文献６】Ａｓｈｅｒら（１９８６）５９−７１頁，Ｉｎ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｓａｆｅｔｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅｓ，Ｍｉｌｌｅｒ（編）Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｍｉｃｒｏｂ．
【非特許文献７】Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｍｅｄ．Ｊ．（１９９５）３１１：１４１５−１４２１
【非特許文献８】Ｂｏｌｔｏｎ，ＭｃＫｉｎｌｅｙら（１９８２）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２１８：１３０９−１３１１
【非特許文献９】Ｐｒｕｓｉｎｅｒ，Ｂｏｌｔｏｎら（１９８２）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２１：６９４２−６９５０
【非特許文献１０】ＭｃＫｉｎｌｅｙ，Ｂｏｌｔｏｎら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３５：５７−６２
【非特許文献１１】Ｂａｓｌｅｒ，Ｏｅｓｃｈら（１９８６）Ｃｅｌｌ  ４６：４１７−４２８
【非特許文献１２】Ｚｈａｎｇら（１９９７）Ｂｉｏｃｈｅｍ．３６（１２）：３５４３−３５５３
【非特許文献１３】ＣｏｈｅｎおよびＰｒｕｓｉｎｅｒ（１９９８）Ａｎｎ  Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６７：７９３−８１９
【非特許文献１４】Ｐａｎら（１９９３）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９０：１０９６２−１０９６６
【非特許文献１５】Ｓａｆａｒら（１９９３）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６８：２０２７６−２０２８４
【非特許文献１６】Ｗｉｌｌｅら（２００１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９９：３５６３−３５６８
【非特許文献１７】Ｐｅｒｅｔｚら（１９９７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：６１４−６２２
【非特許文献１８】ＣｏｈｅｎおよびＰｒｕｓｉｎｅｒ，Ｃｈａｐｔｅｒ  ５：Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｉｏｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｉｎ  ＰＲＩＯＮ  ＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＤＩＳＥＡＳＥＳ（編）Ｓ．Ｐｒｕｓｉｎｅｒ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９９９，ｐｐ：１９１−２２８
【非特許文献１９】Ｂａｌｄｗｉｎら（１９９５）；ＣｏｈｅｎおよびＰｒｕｓｉｎｅｒ（１９９５）
【非特許文献２０】Ｋａｎｅｋｏら（１９９５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９２：１１１６０−１１１６４
【非特許文献２１】Ｃａｕｇｈｅｙ（２００３）Ｂｒ  Ｍｅｄ  Ｂｕｌｌ．６６：１０９−２０
【非特許文献２２】Ｍａｔｓｕｎａｇａら（２００１）ＰＲＯＴＥＩＮＳ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４４：１１０−１１８
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
即ち、種々の試料、例えば生体被験体から得られた試料、血液製品、牧場動物および他のヒトおよび動物の食料中の病原性プリオン蛋白の存在を検出するための組成物および方法がなお必要とされている。更にまた、プリオン関連疾患の診断および治療のための方法および組成物がなお必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
（発明の要旨）
本発明は部分的には、プリオン蛋白と相互作用するペプチド試薬に関する。より詳しくは、本明細書に記載するペプチド試薬はプリオン蛋白の病原性アイソフォームと優先的に相互作用する。これらのペプチド試薬は広範な用途において、例えば病原性プリオンを単離するため、または、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための道具として、治療用または予防用の組成物の成分として、および／または、プリオン特異的抗体の作成のために使用できる。例えば、ＰｒＰＣと比較してＰｒＰＳｃと優先的に相互作用するペプチド試薬は例えば疾患の診断のため、または、献血試料のスクリーニングまたは器官提供に関する器官のスクリーニングのために生体被験体から得た試料中の病原性形態の直接の検出のために有用である。
【００１０】
より広範な態様において、本発明はコンホーメーション疾患蛋白の病原性形態と優先的に相互作用するペプチド試薬を包含する。特定の実施形態においては、本明細書に記載したペプチド試薬はプリオン蛋白の非病原性形態と比較してプリオン蛋白の病原性形態と優先的に相互作用する。本明細書に記載したペプチド試薬は部分的または完全に合成であってよく、例えば以下の部分、即ち、環化された残基またはペプチド、ペプチドの多量体、標識、および／または、他の化学部分の１つ以上を含んでよい。適当なペプチド試薬の例は、配列番号１２〜１３２のペプチド、例えば、配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、５６、５７、６５、８２および８４に示したもののようなペプチド、およびその類縁体および誘導体から誘導されたものを包含する。本明細書に記載したペプチド試薬は何れかのコンホーメーション疾患蛋白、例えばプリオン蛋白（例えば病原性蛋白ＰｒＰＳｃおよび非病原性形態のＰｒＰＣ）と相互作用してよい。特定の実施形態においては、ペプチド試薬はＰｒＰＣと比較してＰｒＰＳｃと優先的に相互作用する。ペプチド試薬は一般的に１つ以上の種に由来するＰｒＰＳｃに特異的であるが、単一の種に由来するＰｒＰＳｃに特異的であってもよい。
【００１１】
別の実施形態においては、本明細書に記載した配列の何れかで示すペプチドから誘導したペプチド試薬が提供される。特定の実施形態においては、ペプチド試薬はプリオン蛋白の領域から誘導され、例えば、残基２３〜４３または８５〜１５６（例えば配列番号２に示すマウスプリオン配列に相当する番号付けで２３〜３０、８６〜１１１、８９〜１１２、９７〜１０７，１１３〜１３５および１３６〜１５６）に相当する領域を使用する。簡便のために、上記したアミノ酸残基番号は配列番号２のマウスプリオン蛋白配列に相当するものであり；当業者は当該分野で知られた配列および本明細書の記載に基づく他の種のプリオン蛋白における相当領域を容易に発見できる。例示されるペプチド試薬は配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７を有するペプチドから；または配列番号１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２９、１３０、１３１、１３２または１２８を有するペプチドから；または配列番号５６、５７、６５、８２および８４を有するペプチドから誘導したものを包含する。
【００１２】
別の態様において、本発明は本明細書に記載したペプチド試薬１つ以上およびプリオン蛋白を含む複合体を包含する。
【００１３】
別の態様において、プリオン蛋白を認識する抗体を作成する方法が提供され、該方法は本明細書に記載したペプチド試薬の何れか（またはペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド）を被験体（例えば動物）に投与する工程を含む。特定の実施形態においては、該方法は更に動物に由来する抗体を単離する工程を含む。本発明の関連する態様は該方法により作成される抗体を包含する。好ましい抗体は病原性の形態に特異的である。
【００１４】
更に別の態様において、本発明は本明細書に記載した抗体の何れかおよびプリオン蛋白を含む複合体を包含する。特定の実施形態において、プリオン蛋白は非病原性の形態であり、他の実施形態において、それは病原性のアイソフォームである。
【００１５】
本明細書に記載したペプチド試薬および／または抗体の何れかは例えば全体または部分的にポリヌクレオチド１つ以上によりコードされてよく、これもまた本発明の部分を構成する。
【００１６】
更に別の態様において、プリオン蛋白の存在を検出するための方法が提供される。検出方法は、特に、プリオン関連疾患を診断（例えばヒト被験体または非ヒト動物被験体において）するため、実質的にＰｒＰＳｃを伴わない血液製品、血液製剤または食料を確保するため、移植のための器官および組織の試料を分析するため、手術器具および装置の脱汚染をモニタリングするため、並びに、病原性プリオンの存在または非存在を知ることが重要である他の状況における方法と組み合わせてよい。
【００１７】
検出方法は病原性プリオンアイソフォームとの本発明のペプチド試薬の優先的相互作用に依存している。特定の実施形態においては、生物学的試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法が提供される。
【００１８】
１つの実施形態においては、方法は病原性プリオン蛋白が存在する場合にそれと本明細書に記載したペプチド試薬の相互作用を可能にする条件下にペプチド試薬１つ以上に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させること；および試料中の病原性プリオンの存在、または非存在をそのペプチド試薬への結合により検出することを包含する。ペプチド試薬および病原性プリオンの相互作用は溶液中で実施することができ、或いは、反応体１つ以上を固相中または固相上に提供することができる。本発明のペプチド試薬がキャプチャー試薬、検出試薬または両方として使用できるサンドイッチ型の試験を実施することができる。他のプリオン結合試薬（例えば抗体または変性されたプリオン蛋白に結合する他の結合分子）を本発明のペプチド試薬と組み合わせて本態様において使用してよい。
【００１９】
本実施形態の１つの態様において、本発明のペプチド試薬１つ以上を固体支持体上に提供し、病原性プリオンが存在する場合にそれのペプチド試薬への結合を可能にする条件下に病原性プリオンを含有することが疑われる試料に接触させる。未結合の試料物質、例えば何れか非病原性プリオンは除去でき、そして病原性プリオンはペプチド試薬に結合したまま残存する間、または、ペプチド試薬から解離した後に、検出することができる。病原性プリオンは検出可能に標識されたペプチド試薬（病原性プリオンを「キャプチャー：するために使用するものと同じペプチド試薬か、または、本発明の第２のペプチド試薬）または検出可能に標識された抗プリオン抗体または他のプリオン結合試薬を用いて検出することができる。本抗体またはプリオン結合試薬はプリオンの病原性形態に対して特異的である必要はない。
【００２０】
本実施形態の別の態様において、プリオン結合試薬は固体支持体上に提供され、そして病原性プリオンが存在する場合にはそのプリオン結合試薬との結合を可能にする条件下に病原性プリオンを含有することが疑われる試料に接触させる。未結合の試料物質は除去でき、そして病原性プリオンは、ペプチド試薬に結合したまま残存する間、または、ペプチド試薬から解離した後に、検出することができる。病原性プリオンは本発明の検出可能に標識されたペプチド試薬１つ以上を用いて検出できる。
【００２１】
本実施形態の別の態様において、試料中の病原性プリオンは固体支持体（例えばＥＬＩＳＡプレート）に非特異的に結合させることができ、そして、病原性プリオンアイソフォームに優先的に相互作用する本発明の検出可能に標識されたペプチド試薬１つ以上の結合により検出される。
【００２２】
別の実施形態において、方法は、病原性プリオンが存在する場合はそれへの配列番号１２〜１３２の配列を有するペプチドおよびその類縁体および誘導体からなる群より選択されるペプチド試薬の結合を可能にする条件下、そのようなペプチド試薬１つ以上に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させること；および、試料中の病原性プリオンの存在または非存在をペプチド試薬へのその結合により検出することを包含する。好ましい実施形態においては、試料は配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、５６、５７、６５、８２および８４の配列を有するペプチドからなる群より選択されるペプチド試薬１つ以上に接触させる。
【００２３】
更に別の実施形態においては、試料中の病原性プリオンを検出するための方法が提供され、方法は、第１のペプチドを含む固体支持体を提供すること、ここで第１のペプチドはＰｒＰＳｃと優先的に相互作用する本明細書に記載したペプチド試薬１つ以上を含むこと；試料中に病原性プリオンが存在する場合に第１のペプチドへの結合を可能にする条件下で試料に固体支持体を接触させること；第１のペプチドにより結合された病原性プリオンに検出可能に標識された第２のペプチドが結合できるような条件下で、第２のペプチドに固体支持体を接触させること、ここで第２のペプチドはＰｒＰＳｃと優先的に相互作用する本明細書に記載したペプチド試薬１つ以上を含むこと；および、第１のペプチド、試料由来の病原性プリオンおよび第２のペプチドの間に形成された複合体を検出することにより、試料中の病原性プリオンの存在を検出すること、を含む。
【００２４】
更に別の実施形態においては、プリオン結合試薬を含む固体支持体を準備すること、ここでプリオン結合試薬はプリオン蛋白に結合すること；プリオン蛋白が試料中に存在する場合にそれがプリオン結合試薬に結合できるような条件下に試料に固体支持体を接触させること；本発明の検出可能に標識されたペプチド試薬に固体支持体を接触させること、ここでペプチド試薬は病原性プリオン蛋白と優先的に相互作用すること；および、プリオン結合試薬、試料由来の病原性プリオンおよびペプチド試薬の間に形成された複合体を検出すること、を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法が提供される。
【００２５】
別の実施形態においては、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法が提供され、方法は、本明細書に記載した第１のペプチド試薬を含む固体支持体を準備し、ここで第１のペプチド試薬は病原性プリオンに優先的に相互作用し；検出可能に標識されたペプチド試薬リガンド複合体の形成を可能にする条件下で検出可能に標識されたリガンド（例えばプラスミノーゲン、ラミニン受容体およびヘパランスルフェート）に固体支持体を接触させ、ここで第１のペプチド試薬の検出可能に標識された第１のリガンドに対する結合親和性が第１のペプチド試薬の病原性プリオンに対する結合親和性よりも弱く；病原性プリオンが試料中に存在する場合に第１のペプチド試薬に結合して第１のリガンドを置き換えることができるような条件下に固体支持体に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させる；そして、固体支持体上の検出可能に標識されたリガンドの減少により試料中の病原性プリオンの存在を検出するという工程を含む。
【００２６】
病原性プリオンを検出する上記した方法の何れもプリオン関連疾患を診断する方法において使用できる。
【００２７】
本発明はまた、本発明のペプチド試薬１つ以上を含む固体支持体を準備すること、病原性プリオンが存在する場合にそのペプチド試薬への結合を可能にする条件下、病原性プリオンを含有することがわかっている、またはその疑いのある試料に固体支持体を接触させること；および未結合の試料物質がある場合はそれを除去することを含む病原性プリオンを単離するための方法を提供する。別の実施形態は更に、ペプチド試薬から結合病原性プリオンを解離させ、そして場合により解離した病原性プリオンを回収する工程を含む。
【００２８】
本発明はまた本発明のペプチド試薬１つ以上を含む固体支持体を準備すること、病原性プリオンが存在する場合にそのペプチド試薬への結合を可能にする条件下、病原性プリオンを含有することがわかっている、またはその疑いのある試料に固体支持体を接触させること；および未結合の試料物質を回収することを含む試料から病原性プリオンを除去するための方法を提供する。
【００２９】
本発明のペプチド試薬１つ以上を含む固体支持体を準備する上記した実施形態のすべてにおいて、代替の実施形態が意図され、それにおいては、ペプチド試薬はペプチド試薬を固体支持体に結合させるよりも前に試料にペプチド試薬を接触させる。これらの実施形態においては、ペプチド試薬は結合対の一方のメンバーを含み、そして、固体支持体は結合対の第２のメンバーを含む。例えば、本発明のペプチド試薬はビオチンを含有するか、または含有するように修飾してよい。ビオチニル化ペプチド試薬はペプチド試薬の病原性プリオンへの結合を可能にする条件下、病原性プリオンを含有することが疑われる試料と接触させる。次にアビジンまたはストレプトアビジンを含む固体支持体をビオチニル化ペプチド試薬に接触させる。他の適当な結合対は本明細書に記載するとおりである。
【００３０】
本明細書に記載した固体支持体を用いる方法のいずれにおいても、固体支持体は例えばニトロセルロース、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックス、ポリビニルフロリド、ジアゾ化紙、ナイロン膜、活性化ビーズおよび／または磁気応答性ビーズ、ポリ塩化ビニル；ポリプロピレン、ポリスチレンラテックス、ポリカーボネート、ナイロン、デキストラン、キチン、砂、シリカ、軽石、アガロース、セルロース、ガラス、金属、ポリアクリルアミド、シリコン、ゴム、多糖類；ジアゾ化紙；活性化ビーズ、磁気応答性ビーズ、および、固相合成、アフィニティー分離、精製、ハイブリダイゼーション反応、イムノアッセイおよび他のこのような用途のために一般的に使用される何れかの物質であることができる。支持体は、粒子状であることができ、または、連続表面の形態であることもでき、そして、メンブレン、メッシュ、プレート、ペレット、スライド、ディスク、キャピラリー、中空糸、針状物、ピン、チップ、固体繊維、ゲル（例えばシリカゲル）およびビーズ、（例えば多孔性ガラスビーズ、シリカゲル、場合によりジビニルベンゼンと交差結合したポリスチレンビーズ、グラフト化共重合ビーズ、ポリアクリルアミドビーズ、ラテックスビーズ、場合によりＮ，Ｎ’−ビス−アクリロイルエチレンジアミンと交差結合したジメチルアクリルアミドビーズ、酸化鉄磁気ビーズおよび疎水性重合体でコーティングしたガラス粒子を包含する。
【００３１】
更にまた、本明細書に記載した方法のいずれにおいても、試料は生物学的試料であることができ、即ち、生存中、またはかつて生存していた生物から得た、または誘導した資料、例えば、器官、全血、血液画分、血液成分、血漿、血小板、血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）、脳組織、神経系組織、筋肉組織、骨髄、尿、涙液、非神経系組織、器官および／または生検または剖検試料である。好ましい実施形態において、生物学的試料は血液、血液画分、または血液成分を含む。試料は非生物学的試料であってもよい。
【００３２】
別の態様において、本発明は本明細書に記載した検出方法の何れかにより被験体由来の生物学的試料中の病原性プリオンの存在を検出することにより被験体におけるプリオン関連疾患を診断する方法を提供する。
【００３３】
別の態様において、本発明は病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品の調製する方法を包含し、方法は、本明細書に記載した方法のいずれかにより収集血液試料由来の血液（例えば全血、血漿、血小板または血清）のアリコートをスクリーニングし、病原性プリオンが検出された試料は何れも排除し、そして、病原性プリオンが検出されなかった試料を合わせて病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を提供するという工程を含む。
【００３４】
更に別の態様において、本発明は病原性プリオンを実質的に伴わない食糧、特に畜肉補給物（例えばヒトおよび動物の消費に供される牛肉、ラム、マトンまたは豚肉）を調製する方法を包含し、方法は、食糧に投入されることになる生存または死滅した生物から採取した試料または食糧に進入させることを意図する食品から採取した試料を、本明細書に記載した方法の何れかを用いてスクリーニングし、病原性プリオンが検出された試料を識別し、そして病原性プリオンが検出された試料中の食糧に投入されることが意図される生存または死滅の生物または食品を食糧から除去し、これにより病原性プリオンを実質的に伴わない食糧を提供するという工程を含む。
【００３５】
別の態様において、本発明は本明細書に記載したペプチド試薬１つ以上を含む固体支持体を包含する。固体支持体は特に、試料中の病原性プリオン蛋白を検出するため、試料からプリオン蛋白を単離するため、および試料から病原性プリオン蛋白を排除するための本発明の方法において使用できる。固体支持体は上記した通りである。
【００３６】
別の態様においては、本発明は試料中の病原性プリオンの存在を検出するため、試料から病原性プリオンを単離するため、試料から病原性プリオンを排除するための種々のキットを包含し、キットは本明細書に記載したペプチド試薬１つ以上および／または本明細書に記載したペプチド試薬１つ以上を含む固体支持体および他の必要な試薬および場合により陽性および陰性の対照の何れかを含む。ペプチド試薬は検出可能に標識されていてよい。
【００３７】
別の態様において、本明細書に記載したペプチド試薬、ポリヌクレオチドおよび／または抗体の１つ以上を含む組成物が提供される。
【００３８】
更に別の態様において、プリオン疾患を治療または防止する方法が提供され、例えば、方法は、本明細書に記載した組成物１つ以上を動物（例えば非ヒトまたはヒト動物）に投与することを含む。別の実施形態においては、方法はプライミング工程において本明細書に記載した組成物のいずれかを含む第１の組成物を投与すること、および、例えば被験体において免疫応答を誘導するのに十分な量のブースターとしての本明細書に記載した組成物のいずれかを含む第２の組成物を投与することを含む。組成物は筋肉内、粘膜内、鼻内、皮下、皮内、経皮、膣内、直腸内、経口および／または静脈内に投与してよい。
【００３９】
上記およびその他の要件発明の実施形態は本明細書の開示を参考にすれば当業者が容易に知りえるものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４０】
（詳細な説明）
本発明は比較的小型のペプチド（５０〜１００アミノ酸長未満、好ましくは５０アミノ酸長未満、およびより好ましくは約３０アミノ酸長未満）が非病原性および病原性プリオン蛋白の間の識別のために使用できるという意外であり、そして、予期せぬ発見に関する。即ち、本発明はこれらのペプチドおよびその誘導体（総称して「ペプチド試薬」と称する）が異なる特異性および／または親和性で病原性および非病原性の蛋白型に結合し、従って、診断／検出用試薬または治療用組成物において、またはそれ自体として、使用できるという意外な発見に関する。本発明の開示に先立ち、大型の分子（例えば抗体、ＰｒＰＣ、α型ｒＰｒＰおよびプラスミノーゲン）のみが病原性および非病原性の形態を差別化するために使用できると考えられていた。そのため、以前に記載されている抗原ペプチドを用いて抗体を作成し、それが病原性および非病原性の形態の間を識別する能力を評価した。しかしながら、プリオン蛋白の比較的非免疫原性の性質のため、病原性形態に特異的な抗体を作成することが困難であることが判明した。例えばＲ．Ａ．Ｗｉｌｌｉａｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｓ  Ｔｏｏｌｓ  ｔｏ  Ｐｒｏｂｅ  Ｐｒｉｏｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ」，ｉｎ  ＰＲＩＯＮ  ＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＤＩＳＥＡＳＥＳ，  ｅｄ．  Ｓ．Ｐｒｕｓｉｎｅｒ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９９，  ｐｐ：７１７−７４１を参照のこと。
【００４１】
本明細書に記載した特定のペプチドが病原性（ＰｒＰＳｃ）プリオン蛋白と優先的に相互作用するということの発見は特に診断、検出試験および治療のための新規な試薬の開発を可能にする。即ち、本発明はペプチド試薬に関し、更には、これらのペプチド試薬を利用した検出試験および診断試験、これらのペプチド試薬を利用した精製または単離方法、および、これらのペプチド試薬を含む治療用組成物に関する。同様に、これらのペプチド試薬をコードするポリヌクレオチドおよびこれらのペプチド試薬を使用して作成された抗体も提供される。本明細書に記載したペプチド試薬、ポリヌクレオチドおよび／または抗体は例えば生物学的試料中の病原性プリオンの存在を検出するための組成物および方法において有用である。そのうえ、本発明は更に治療または予防用の組成物中の成分としてこのようなペプチド試薬、抗体および／またはポリヌクレオチドを使用する方法に関する。
【００４２】
本発明において使用するペプチド試薬（およびこれらのペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド）は非病原性アイソフォームと比較して病原性アイソフォームと優先的に相互作用するペプチドを含む。例えば、特定の実施形態においては、本明細書に記載したペプチド試薬は病原性コンホーメーション疾患蛋白形態に特異的に結合し、そして、非病原性形態には結合しない（またはより低い程度で結合する）。本明細書に記載したペプチド試薬（およびそれをコードするポリヌクレオチド）は例えば抗体を作成するために使用してよい。これらの抗体は病原性形態、非病原性形態または両方を認識してよい。これらの分子は診断試験および／または予防用または治療用の組成物において、単独または種々の組み合わせで有用である。
【００４３】
本発明の実施は、特段の記載が無い限り、当業者の知る化学、生化学、分子生物学、免疫学および薬理学の従来の方法を使用する。このような手法は文献において十分説明されている。例えばＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  （Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  １９９０；  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  （Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ  ａｎｄ  Ｎ．Ｋａｐｌａｎ，  ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；およびＨａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，  Ｖｏｌｓ．Ｉ−ＩＶ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ  ａｎｄ  Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，  ｅｄｓ．，１９８６，  Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ）；  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  （２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  １９８９）；  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｄ  Ｃｏｌｌｏｉｄａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  （Ｂｉｒｄｉ，  Ｋ．Ｓ．ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９７）；  Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ４ｔｈ  ｅｄ．（Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，１９９９，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ）；  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ：  Ａｎ  Ｉｎｔｅｎｓｉｖｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｃｏｕｒｓｅ，  （Ｒｅａｍ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９８，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）；  ＰＣＲ（Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  Ｓｅｒｉｅｓ），  ２ｎｄ  ｅｄ．（Ｎｅｗｔｏｎ＆Ｇｒａｈａｍ  ｅｄｓ．，１９９７，  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ）；Ｐｅｔｅｒｓ  ａｎｄ  Ｄａｌｒｙｍｐｌｅ，  Ｆｉｅｌｄｓ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２ｄ  ｅｄ），  Ｆｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｂ．Ｎ．Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  ＮＹを参照のこと。
【００４４】
本発明のペプチド試薬、抗体および方法は特定の製剤または工程のパラメーターに限定されず、それ自体当然ながら変動してよい。本明細書において使用する用語は本発明の特定の実施形態の説明を目的としているのみであり、限定を意図していない。
【００４５】
本明細書において引用した全ての出版物、特許および特許出願は参照により全体が本明細書に組み込まれる。
【００４６】
（Ｉ．定義）
本発明の理解を容易にするために、本出願において使用する選択された用語を以下に説明する。
【００４７】
「プリオン」、「プリオン蛋白」、「ＰｒＰ蛋白」および「ＰｒＰ」という用語は、本明細書においては、互換的に使用し、病原性の蛋白形態（多様な呼称、即ちスクラピー蛋白、病原性蛋白形態、病原性アイソフォーム、病原性プリオンおよびＰｒＰＳｃと称される）および非病原性形態（多様な呼称、即ち細胞性蛋白形態、細胞性アイソフォーム、非病原性アイソフォーム、非病原性プリオン蛋白およびＰｒＰＣ）の両方、並びに病原性コンホーメーションおよび正常な細胞コンホーメーションの何れも有さないプリオン蛋白の変性形態および種々の組み換え形態を指すものとする。病原性蛋白形態はヒトおよび動物における疾患状態（海綿状脳障害）に関連し、非病原性形態は通常は動物の細胞中に存在し、そして、適切な条件下で病原性ＰｒＰＳｃコンホーメーションに変換される。プリオンは天然にはヒト、ヒツジ、ウシおよびマウスを含む広範な種類の哺乳動物種において生産される。ヒトプリオン蛋白の代表的なアミノ酸配列を配列番号１に示す。マウスプリオン蛋白の代表的アミノ酸配列を配列番号２に示す。他の代表的配列番号は図２に示すとおりである。
【００４８】
本明細書においては、「病原性」という用語は、蛋白が疾患を実際に誘発することを指すか、または、単に蛋白が疾患に関連しており、従って疾患が存在する場合に存在することも意味する。即ち、本開示に関連して使用する場合に病原性蛋白は必ずしも疾患の特定の起因物質である蛋白である必要はない。病原性形態は感染性であっても無くてもよい。「病原性プリオン形態」という用語は、哺乳動物、トリまたは組み換えのプリオン蛋白のコンホーメーションおよび／またはベータシートリッチのコンホーメーションをより特定して指すものとする。一般的に、ベータシートリッチコンホーメーションはプロテイナーゼＫ耐性である。「非病原性」および「細胞性」という用語は、コンホーメーション疾患蛋白形態に関して使用する場合は、その存在が病気と関連しない蛋白の正常なアイソフォームも互換的に指すために使用する。
【００４９】
更にまた「プリオン蛋白」または「コンホーメーション疾患蛋白」とは本明細書においては本明細書に記載した配列と厳密に同一のものを有するポリペプチドに限定されない。用語は発見または未発見の種または疾患（例えばアルツハイマー、パーキンソン等）の何れかのコンホーメーション疾患蛋白形態を包含することは自明である。当業者は本発明の開示および当該技術を鑑み、例えば配列比較プログラム（例えばＢＬＡＳＴおよび本明細書に記載した他のもの）または構造的特徴またはモチーフの同定およびアライメントを用いて、何れかの他のプリオン蛋白における図に示す配列に相当する領域を決定することができる。
【００５０】
「ＰｒＰ遺伝子」という用語は本明細書においては既知の多形および病原性突然変異を含むプリオン蛋白を発現する何れかの遺伝的物質を指すものとする。「ＰｒＰ遺伝子」という用語は一般的にはＰｒＰ蛋白の何れかの形態をコードする何れかの種の何れかの遺伝子を指す。いくつかの共通して知られているＰｒＰ配列は、このような配列を開示して説明するものとして参照により本明細書に組み込まれるＧａｂｒｉｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８９：９０９７−９１０１（１９９２）および米国特許第５，５６５，１８６号、同第５，７６３，７４０号、同第５，７９２，９０１号および国際公開ＷＯ９７／０４８１４号に記載されている。ＰｒＰ遺伝子は本明細書に記載した「宿主」および「被験」動物を含む何れかの動物から得ることができ、そして全てのその多形および突然変異であることができ、未だ発見されていない他のこのようなＰｒＰ遺伝子も用語は含むものとして認識される。このような遺伝子により発現される蛋白はＰｒＰＣ（非疾患）またはＰｒＰＳｃ（疾患）形態のいずれかであると推測できる。
【００５１】
「プリオン関連疾患」とは本明細書においては、病原性プリオン蛋白（ＰｒＰＳｃ）により完全または部分的に誘発される疾患を指す。プリオン関連疾患は例えばスクラピー、ウシ海綿状脳障害（ＢＳＥ）、狂牛病、ネコ海綿状脳障害、クールー、クロイツフェルトヤコブ病（ＣＪＤ）、新変異体クロイツフェルトヤコブ病（ｎｖＣＪＤ）、慢性疲労疾患（ＣＷＤ）、ゲルストマン‐シュトロイスラー症候群（ＧＳＳ）および胎児家族性不眠症（ＦＦＩ）を包含するがこれらに限定されない。
【００５２】
「ペプチド試薬」という用語は本明細書においては、例えば唯一のアミノおよび／またはイミノ分子を含むがそれだけに限定されない化合物を包含するアミノ酸またはアミノ酸様分子の天然または合成の重合体を含む何れかの化合物を一般的に指すものとする。本発明のペプチド試薬は病原性プリオン蛋白と優先的に相互作用し、そして典型的にはプリオン蛋白のフラグメントから誘導される。「ペプチド」は「オリゴペプチド」または「ポリペプチド」と互換的に使用するものとし、これらの用語の使用により如何なる特定の大きさも意図しないものとする。定義に包含されるものは例えばアミノ酸の類縁体（例えば非天然アミノ酸、ペプトイド等）１つ以上を含有するペプチド、置換された連結部または天然または非天然（例えば合成）の当該分野で知られた他の修飾を有するペプチドである。即ち合成のペプチド、２量体、多量体（例えば直列リピート、多重抗原性ペプチド（ＭＡＰ）形態、直線状連結ペプチド）、環化、分枝鎖分子等が定義に包含される。用語はまたＮ置換グリシン残基（「ペプトイド」）および他の合成アミノ酸またはペプチド１つ以上を含む分子も包含する。（ペプトイドの説明に関しては例えば米国特許第５，８３１，００５号；同第５，８７７，２７８号；および同第５，９７７，３０１号；Ｎｇｕｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．７（７）：４６３−４７３；およびＳｉｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８９（２０）：９３６７−９３７１参照）。本発明において使用するのに適するペプチドの非限定的な長さは３〜５残基長、６〜１０残基長（またはその間の何れかの整数）、１１〜２０残基長（またはその間の何れかの整数）、２１〜７５残基長（またはその間の何れかの整数）、７５〜１００残基長（またはその間の何れかの整数）、または１００残基長より大きいポリペプチドを包含する。典型的には本発明において有用なペプチドは意図する用途に適する最大長を有することができる。好ましくは、ペプチドは約３〜１００残基長である。一般的に、当業者は本明細書の記載に鑑みて最大長を容易に選択できる。更にまた、本明細書に記載したペプチド、例えば合成ペプチドは別の分子、例えば標識、リンカー、または別の化学部分（例えばビオチン、アミロイド特異的染料、例えばコントロールレッドまたはチオフラビン）を含んでもよい。このような部分は更にプリオン蛋白とのペプチドの相互作用を増強し、および／または、プリオン蛋白を更に検出可能とする場合がある。
【００５３】
ペプチド試薬はまた、非天然のアミノ酸１つ以上を含む、置換、付加および／または欠失１つ以上を有する本発明のアミノ酸配列の誘導体を包含する。好ましくは、誘導体は何れかの野生型または比較対照用の配列と少なくとも約５０％の同一性、本明細書に記載した何れかの野生型または比較対照用の配列と好ましくは少なくとも約７０％の同一性、より好ましくは少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を示す。配列（またはパーセント）同一性は後述する通り測定できる。このような誘導体はポリペプチドの発現後修飾、例えばグリコシル化、アセチル化、ホスホリル化等を包含することができる。
【００５４】
ペプチド誘導体はまた、ポリペプチドが所望の活性を維持する限り、欠失、付加および置換（一般的には保存的な性質）を含むネイティブの配列への修飾を包含する。これらの修飾は部位指向性突然変異を介するなど意図的であってよく、或いは、蛋白を生産する宿主の突然変異またはＰＣＲ増幅によるエラーを介するなど偶発的であってよい。更に、以下の作用、即ち、毒性の低下；プリオン蛋白に対する親和性および／または特異性の増大；細胞プロセシングの促進（例えば分泌、抗原提示等）；およびＢ細胞および／またはＴ細胞への提示の促進の１つ以上を有するような修飾を行ってもよい。本明細書に記載したポリペプチドは組み換え、合成、天然原料からの精製、または組織培養において作製できる。
【００５５】
「フラグメント」とは、本明細書においては、天然に存在する未損傷の完全長の蛋白および構造の一部分のみよりなるペプチドを指す。例えばフラグメントは蛋白のＣ末端の欠失および／またはＮ末端の欠失を包含することができる。典型的には、フラグメントはその誘導元である完全長ポリペプチド配列の機能の１種、数種または全てを保有している。典型的には、フラグメントはネイティブの蛋白の少なくとも５連続アミノ酸残基、好ましくは少なくとも８連続アミノ酸残基、より好ましくはネイティブの蛋白の少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０連続アミノ酸残基を含む。
【００５６】
「ポリヌクレオチド」という用語は当該技術分野で知られる通り一般的に核酸分子を指す。「ポリヌクレオチド」は２本鎖および１本鎖の配列の両方を包含し、そして、例えば原核生物の配列、真核生物のｍＲＮＡ、ウィルス由来のｃＤＮＡ、原核生物または真核生物のｍＲＮＡ、ゲノムＲＮＡおよびウィルス由来のＤＮＡ配列（例えばＲＮＡおよびＤＮＡウィルスおよびレトロウィルス）、原核生物のＤＮＡまたは真核生物（例えば哺乳動物）のＤＮＡ、特に合成のＤＮＡ配列を指すがこれらに限定されない。用語は更に、ＤＮＡおよびＲＮＡの既知塩基類縁体の何れかを包含する配列も捕獲し、そして、欠失、付加および置換（一般的には保存的な性質）を含むネイティブの配列への修飾を包含する。これらの修飾は部位指向性突然変異を介するなど意図的であってよく、或いは、プリオンコードポリヌクレオチドを含む宿主の突然変異を介するなど偶発的であってよい。ポリヌクレオチドの修飾は例えば宿主細胞内のポリペプチド産物の発現を促進することを含む作用をいくらでも有してよい。
【００５７】
ポリヌクレオチドは生物学的に活性な（例えば免疫原性または治療用の）蛋白またはポリペプチドをコードすることができる。ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの性質に応じて、ポリヌクレオチドは例えばポリヌクレオチドが抗原またはエピトープをコードする場合には僅か１０ヌクレオチドを含むことができる。典型的には、ポリヌクレオチドは少なくとも１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０またはそれ以上のアミノ酸のペプチドをコードする。
【００５８】
「ポリヌクレオチドコーディング配列」または選択されたポリペプチドを「コードする」配列とは、適切な調節配列（または「制御エレメント」）の制御下におかれた場合にインビボでポリペプチドに転写（ＤＮＡの場合）および翻訳（ｍＲＮＡの場合）される核酸分子である。コーディング配列の境界は５’（アミノ）末端の開始コドンおよび３’（カルボキシ）末端の翻訳終止コドンにより決定される。転写終止配列はコーディング配列に対して３’側に位置してよい。典型的な「制御エレメント」は例えば、転写調節部、例えばプロモーター、転写エンハンサーエレメント、転写終止シグナルおよびポリアデニル化配列；および翻訳調節部、例えば翻訳の開始の最適化のための配列、例えばＳｈｉｎｅ−Ｄａｌｇａｒｎｏ（リボソーム結合部位）配列、コサック配列（即ち例えばコーディング配列の５’側に位置する翻訳の最適化のための配列）、リーダー配列（異種またはネイティブ）、翻訳開始コドン（例えばＡＴＧ）および翻訳終止配列を包含するがこれらに限定されない。プロモーターは誘導性プロモーター（プロモーターに作動可能に連結したポリヌクレオチド配列の発現が分析対象、コファクター、調節蛋白等により誘導される場合）、抑制性プロモーター（プロモーターに作動可能に連結したポリヌクレオチド配列の発現が分析対象、コファクター、調節蛋白等により誘導される場合）および構成性プロモーターを包含する。
【００５９】
「作動可能に連結した」とは、記載した成分がその通常の機能を行うように配置されているエレメントの配置を指す。即ち、コーディング配列に作動可能に連結したあるプロモーターは、適切な酵素が存在する場合にコーディング配列の発現を起こすことが可能である。プロモーターはそれがコーディング配列の発現を指向するように機能する限りそれと連続している必要はない。即ち、例えば介在する未翻訳であるが転写されている配列はプロモーター配列とコーディング配列の間に存在することができ、そして、コーディング配列およびプロモーター配列はなおコーディング配列に「作動可能に連結している」と考えることができる。
【００６０】
核酸分子を説明するために本明細書において使用する「組み換え」核酸分子はゲノム、ｃＤＮＡ、半合成または合成起源のポリヌクレオチドを意味し、これらはその起源または操作に基づき、（１）それが天然に会合しているポリヌクレオチドの全体または部分と会合していない；および／または（２）それが天然に連結しているものとは異なるポリヌクレオチドに連結している。蛋白またはポリペプチドに関して使用する場合の「組み換え」という用語は組み換えポリヌクレオチドの発現により生産されるポリペプチドを意味する。「組み換え宿主細胞」、「宿主細胞」、「細胞」、「細胞系統」、「細胞培養」および単細胞の実態として培養される原核生物の微生物または真核生物の細胞系統を指す他のこのような用語は互換的に使用され、そして組み換えベクターまたは他の転移ＤＮＡのためのレシピエントとして使用できるか、使用されていた細胞を指し、そしてトランスフェクトされている起源細胞の子孫を包含する。単一の親細胞の子孫は、偶発的または意図的な突然変異があり得るため、必ずしも形態において、または、ゲノムまたは全ＤＮＡ相補体において、起源親に完全に同一である必要はない。関連の特性、例えば所望のペプチドをコードするヌクレオチド配列の存在により特性化されるほど十分に親と同様である親細胞の子孫はこの定義により意図される子孫に包含され、上記した用語に含まれる。
【００６１】
「単離された」とは、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを指す場合には、記載した分子が、その分子が天然に共存する全生物体から分離され区別されているか、または、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが天然に存在しない場合は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドがその意図する用途のために使用できるほど十分に他の生物学的巨大分子を伴っていないことを意味する。
【００６２】
当該技術分野で知られる「抗体」は、化学的または物理的手段により目的のポリペプチドのエピトープに結合または会合できる生物学的部分１つ以上を包含する。例えば、本発明の抗体は病原性のプリオンのコンホーメーションと優先的に相互作用（例えば特異的に結合）してよい。「抗体」という用語はポリクローナルおよびモノクローナルの調製物の両方から得られる抗体、並びに、以下のもの、即ちハイブリッド（キメラ）抗体分子（例えばＷｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３−２９９；および米国特許第４，８１６，５６７号参照）；Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）フラグメント；Ｆｖ分子（非共有結合ヘテロ２量体、例えばＩｎｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９７２）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ６９：２６５９−２６６２；およびＥｈｒｌｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９：４０９１−４０９６参照）；１鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）（例えばＨｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：５８９７−５８８３参照）；２量体および３量体の抗体フラグメントコンストラクト；ミニボディー（例えばＰａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９−１５８４；Ｃｕｍｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １４９Ｂ：１２０−１２６）；ヒト化抗体分子（例えばＲｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６；および１９９４年９月２１日公開の英国特許公開ＧＢ２，２７６，１６９参照）；およびこのような分子から得られる何れかの機能的フラグメント、ただしそのフラグメントは親抗体分子の免疫学的結合特性を保持しているものを包含する。「抗体」という用語は更に非従来の工程、例えばファージディスプレイにより得られる抗体も包含する。
【００６３】
本明細書においては、「モノクローナル抗体」という用語は均質な抗体集団を有する抗体組成物を指す。用語は抗体の種または原料に関して限定的なものではなく、またそれが作成される方法により限定する意図もない。即ち、用語はネズミハイブリドーマから得られる抗体、並びにネズミではなくヒトハイブリドーマを用いて得られるヒトモノクローナル抗体を包含する。例えばＣｏｔｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，  Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，  １９８５，ｐ７７を参照のこと。
【００６４】
ポリクローナル抗体が望ましい場合は、選択された哺乳動物（例えばマウス、ウサギ、ヤギ、ウマ等）を免疫原性の組成物（例えば本明細書に記載したペプチド試薬）で全身免疫化する。免疫化動物から得た血清を収集し、既知の手法に従って投与する。選択されたペプチド試薬に対するポリクローナル抗体を含有する血清が他の抗原に対する抗体を含有する場合は、ポリクローナル抗体はイムノアフィニティークロマトグラフィーにより精製できる。ポリクローナル抗血清を作成しプロセシングするための方法は当該技術分野で知られており、例えばＭａｙｅｒ  ａｎｄ  Ｗａｌｋｅｒ，  ｅｄｓ．（１９８７）ＩＭＭＵＮＯＣＨＥＭＩＣＡＬ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＣＥＬＬ  ＡＮＤ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｌｏｎｄｏｎ）を参照されたい。
【００６５】
本明細書に記載したペプチド試薬に対して指向されるモノクローナル抗体は当業者が容易に製造できるものである。ハイブリドーマによりモノクローナル抗体を作成するための一般的方法は周知である。不朽化抗体生産細胞系統は細胞融合により、または、癌原性ＤＮＡによりＢリンパ球の直接の形質転換またはエプスタイン−バーウィルスによりトランスフェクションのような他の手法によっても創生できる。例えばＭ．Ｓｃｈｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）ＨＹＢＲＩＤＯＭＡ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ；  Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（１９８１），ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  Ｔ−ＣＥＬＬ  ＨＹＢＲＩＤＯＭＡＳ；  Ｋｅｎｎｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）  ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳを参照。更に、米国特許第４，３４１，７６１号；同第４，３９９，１２１号；同第４，４２７，７８３号；同第４，４４４，８８７号；同第４，４６６，９１７号；同第４，４７２，５００号；同第４，４９１，６３２号；および同第４，４９３，８９０号も参照のこと。
【００６６】
本明細書においては、「１ドメイン抗体」（ｄＡｂ）とは指定された抗原に特異的に結合するＶＨドメインより構成される抗体である。ｄＡｂはＶＬドメインを含有しないが、抗体について存在既知の他の抗原結合ドメイン、例えばカッパおよびラムダドメインを含有してよい。ｄａｂｓを調製するための方法は当該技術分野で知られている。例えばＷａｒｄ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：５４４（１９８９）を参照のこと。
【００６７】
抗体はＶＨおよびＶＬドメイン並びに他の既知の抗原結合ドメインより構成することもできる。これらの型の抗体およびその調製方法の例は当該技術分野で知られている（例えば参照により本明細書に組み込まれる米国特許第４，８１６，４６７号を参照）。例えば「脊椎動物抗体」とは、通常は「Ｙ」配置に凝集しており、そして、鎖の間に共有結合を有していても有さなくてもよい、軽鎖および重鎖を含む４量体またはその凝集物である抗体を指す。脊椎動物の抗体においては、鎖のアミノ酸配列は脊椎動物においてインサイチュまたはインビトロ（例えばハイブリドーマ中）で生産される抗体に存在する配列と相同である。脊椎動物の抗体は例えば精製されたポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を包含し、その調製方法は後述する通りである。
【００６８】
「ハイブリッド抗体」とは、鎖が個別に哺乳動物の抗体鎖に対して相同であり、その新規な組立物を呈し、これにより２つの異なる抗原が４量体または凝集物により沈殿可能となる抗体である。ハイブリッド抗体において、重鎖および軽鎖の１対が第１の抗原に対して作成された抗体中に存在するものと相同であり、鎖の第２の対は第２の抗体に対して作成された抗体中に存在するものに相同である。これにより「２価性」の特性、即ち同時に２抗原に結合する能力が生じる。このようなハイブリッドはまた後述するようなキメラ鎖を用いて形成できる。
【００６９】
「キメラ抗体」は重鎖および／または軽鎖が融合蛋白である抗体を指す。典型的には、鎖のアミノ酸配列の１部分が特定の種または特定のクラスから誘導された抗体における相当配列に相同であり、鎖の残余のセグメントは別の種および／またはクラスから誘導した配列に相同である。通常は軽鎖および重鎖の両方の可変領域が脊椎動物の１種から誘導した可変領域または抗体を模倣し、定常部分は脊椎動物の別の種から誘導した抗体における配列に相同である。しかしながら、定義はこの特定の例に限定されない。同様に包含されるものは、重鎖または軽鎖の一方または両方が異なる原料の抗体内の配列を模倣する配列の組み合わせより構成される何れかの抗体であり、その場合のこれらの原料は起源が異なるクラスまたは異なる種に由来するものであってよく、そして融合点は可変／定常の境界にあっても無くてもよい。即ち、定常領域および可変領域の何れも既知の抗体配列を模倣していない抗体を作成することが可能である。次に例えば自身の可変領域が特定の抗原に対してより高い特異的親和性を有するか、または自身の定常領域が増強された補体固定を示すような抗体を構築すること、または、特定の定常領域により保有される特性のその他の改良が可能となる。
【００７０】
別の例は「改変された抗体」であり、これは脊椎動物抗体中の天然に存在するアミノ酸配列が変異している抗体を指す。組み換えＤＮＡ手法を利用することにより、所望の特性が得られるように抗体を再設計することができる。可能な変異は多く、そしてアミノ酸１つ以上の変化から領域、例えば定常領域の完全な再設計までに渡る。所望の細胞過程の特徴を得るための一般的には定常領域の変化、例えば補体固定、膜との相互作用および他のエフェクター機能の変化、可変領域の変化は抗原結合特性を改変するために行うことができる。抗体はまた特定の細胞または組織の部位に対する分子または物質の特異的な送達を支援するように操作することもできる。所望の改変は分子生物学における既知の手法、例えば組み換え手法、部位指向性の突然変異誘発等により行うことができる。
【００７１】
更に別の例は「１価の抗体」であり、これは第２の重鎖のＦｃ（即ち幹）領域に結合した重鎖／軽鎖２量体より構成される凝集物である。この種の抗体は抗原性モジュレーションを回避する。例えばＧｌｅｎｎｉｅ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎａｔｕｒｅ  ２９５：７１２（１９８２）を参照。抗体の定義内にやはり包含されるものは、「抗体のＦａｂフラグメント」である。「Ｆａｂ」領域は重鎖および軽鎖の分枝鎖部分を含む配列に概ね等価または類似であり、そして、特定の抗原に対して免疫学的結合を示すことがわかっているがエフェクターＦｃ部分を欠いている重鎖および軽鎖の部分を指す。「Ｆａｂ」は１重鎖および１軽鎖の凝集物（一般的にはＦａｂ’として知られている）並びに２Ｈおよび２Ｌ鎖（Ｆ（ａｂ）２として知られている）を含有する４量体を包含し、これらは指定の抗原または抗原ファミリーと選択的に反応することができる。Ｆａｂ抗体は上記したものと類似のサブセット、即ち「脊椎動物Ｆａｂ」、「ハイブリッドＦａｂ」、「キメラＦａｂ」および「改変Ｆａｂ」に分割できる。抗体のＦａｂフラグメントを作成する方法は当該技術分野で知られており、例えば蛋白分解および組み換え手法による合成が包含される。
【００７２】
「抗原−抗体複合体」は抗原上のエピトープに特異的に結合した抗体により形成される複合体を指す。
【００７３】
ペプチド（またはペプチド試薬）はそれが特異的、非特異的、または、特異的および非特異的な結合の何らかの組み合わせにおいて結合する場合に他のペプチドまたは蛋白と「相互作用する」という。ペプチド（またはペプチド試薬）は非病原性アイソフォームよりも病原性アイソフォームにより大きいアフィニティーおよび／またはより大きい特異性で結合する場合に病原性プリオン蛋白と「優先的に相互作用する」という。病原性プリオン蛋白と優先的に相互作用するペプチド試薬はまた本明細書においては病原性プリオン特異的ペプチド試薬とも称する。優先的相互作用とは各ペプチドの特定のアミノ酸残基および／またはモチーフの間の相互作用を必ずしも要さない。例えば特定の実施形態においては、本明細書に記載したペプチド試薬は病原性アイソフォームと優先的に相互作用するが、しかしなお、弱いがなお検出可能な水準（例えば目的のポリペプチドに対して示される結合の１０％以下）で非病原性アイソフォームと結合することが可能である。典型的には弱い結合、またはバックグラウンド結合は、例えば適切な対照を使用することにより、目的の化合物またはポリペプチドとの優先的な相互作用から容易に識別できる。一般的には、本発明のペプチドは非病原性形態の１０６倍過剰の存在下で病原性プリオンに結合する。
【００７４】
「親和性」という用語は結合の強度を指し、解離定数（Ｋｄ）として定量的に表すことができる。好ましくは、病原性アイソフォームと優先的に相互作用するペプチド（またはペプチド試薬）は好ましくは、それが非病原性アイソフォームと相互作用するよりも、少なくとも２倍高値の親和性、より好ましくは少なくとも１０倍高値の親和性、そしてさらにより好ましくは少なくとも１００倍高値の親和性で病原性アイソフォームと相互作用する。結合親和性（即ちＫｄ）は標準的な手法を用いて測定することができる。
【００７５】
アミノ酸配列の「同様性」または「パーセント同一性」を測定するための手法は当該技術分野で周知である。一般的に、「同様性」とは、アミノ酸は電荷または疎水性のような化学的および／または物理的な特性が同一または同様であるような、適切な場所におけるポリペプチド２個以上のアミノ酸とアミノ酸の対比を示す。次に所謂「パーセント同一性」は対比されたポリペプチド配列の間で求めることができる。核酸およびアミノ酸配列の同一性を測定するための方法も当該技術分野で周知であり、そしてその遺伝子に対するｍＲＮＡのヌクレオチド配列を調べること（通常はｃＤＮＡ中間体を介する）およびそれによりコードされたアミノ酸配列を調べること、およびこれを第２のアミノ酸配列と比較することを包含する。一般的に、「同一性」は２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列の、それぞれ、厳密なヌクレオチドとヌクレオチド、または、アミノ酸とアミノ酸の対応性を指す。
【００７６】
２つ以上のアミノ酸またはポリヌクレオチドの配列はその「パーセント同一性」を測定することにより比較できる。パーセント同一性は２分子（比較対照配列および比較対照配列と未知の％同一性を有する配列）との間の配列情報の直接の比較により、配列をアラインすること、２つのアラインされた配列の間のマッチの厳密な数を計数すること、比較対照配列の長さで割ること、および結果に１００をかけることによって、求めることができる。容易に入手できるコンピュータープログラム、例えばペプチド分析のためにＳｍｉｔｈ  ａｎｄ  ＷａｔｅｒｍａｎのＡｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２−４８９，１９８１の局所的相同性アルゴリズムを採用したＡＬＩＧＮ，Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．、Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ｍ．Ｏ．Ｄａｙｈｏｆｆ  ｅｄ．，５  Ｓｕｐｐｌ．３：３５３−３５８，Ｎａｔｉｏｎａｌ  ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  ＤＣを用いて分析を支援することができる。ヌクレオチド配列同一性を測定するためのプログラムはＷｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ，  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩより入手可能）、例えばやはりＳｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎのアルゴリズムに基づいているＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡおよびＧＡＰプログラムから入手可能である。これらのプログラムは製造元により推奨され上記したＷｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ内に記載されているデフォルトパラメーターを用いて容易に利用される。例えば比較対照配列に対する特定のヌクレオチド配列のパーセント同一性はデフォルトスコアリングテーブルおよびギャップペナルティー６ヌクレオチド位置でＳｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎの相同性アルゴリズムを用いて測定することができる。
【００７７】
本発明の範囲内でパーセント同一性を確立する別の方法はＪｏｈｎ  Ｆ．Ｃｏｌｌｉｎｓ  ａｎｄ  Ｓｈａｎｅ  Ｓ．Ｓｔｕｒｒｏｋにより開発され多くの情報源、例えばインターネットから入手可能なＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｅｄｉｎｂｕｒｇｈの著作権によるＭＰＳＲＣＨ（商標）プログラムパッケージを使用することである。この一連のパッケージから、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを用い、その際、スコアリングテーブルに対してデフォルトパラメーターを使用する（例えばギャップオープンペナルティー１２、ギャップエクステンションペナルティー１および１ギャップ６）。発生したデータのうち、「Ｍａｔｃｈ」の数値が「配列同一性」を反映している。配列間のパーセント同一性または同様性を計算するための他の適当なプログラムは当該技術分野で知られており、例えば別のアライメントプログラムはデフォルトパラメーターとともに使用するＢＬＡＳＴである。例えばＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＰを以下のデフォルトパラメーター、即ち、遺伝子コード＝スタンダード；フィルター＝なし；鎖＝両方；カットオフ＝６０；エクスペクト＝１０；マトリックス＝ＢＬＯＳＵＭ６２；デスクリプション＝５０配列；ソート＝ＨＩＧＨ  ＳＣＯＲＥによる；データベース＝非冗長、ＧｅｎＢａｎｋ＋ＥＭＢＬ＋ＤＤＢＪ＋ＰＤＢ＋ＧｅｎＢａｎｋＣＤＳ翻訳＋Ｓｗｉｓｓ蛋白＋Ｓｐｕｐｄａｔｅ＋ＰＩＲを用いながら使用することができる。これらのプログラムの詳細は容易に入手できる。
【００７８】
「免疫原性組成物」とは本明細書においては被験体への組成物の投与が体液性および／または細胞性の免疫応答の被験体における発生をもたらすような、何れかの組成物（例えばペプチド、抗体および／またはポリヌクレオチド）を指す。免疫原性組成物は注射、吸入、経口、鼻内または何れかの他の非経腸または粘膜（例えば直腸内または膣内）の投与経路による等、レシピエント被験体内に直接導入することができる。
【００７９】
「エピトープ」とは特定のＢ細胞および／またはＴ細胞が応答して、エピトープのような分子が免疫学的反応を示すことができようにする、または、生物学的試料中に存在する抗体と反応することができるようにする抗原上の部位を意味する。用語はまた「抗原決定基」または「抗原決定部位」と互換的に使用される。エピトープはエピトープに独特の空間的コンホーメーションにおける３アミノ酸以上を含むことができる。一般的に、エピトープは少なくとも５個のこのようなアミノ酸よりなり、より通常では８〜１０個のこのようなアミノ酸よりなる。アミノ酸の空間的コンホーメーションを測定する方法は当該技術分野で知られており、そして例えばＸ線結晶分析および２次元核磁気共鳴が包含される。更にまたある蛋白におけるエピトープの識別は、疎水性試験または部位指向性血清学的によるなど、当該技術分野で周知の手法を用いて容易に行える。またＧｅｙｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８４）８１：３９９８−４００２（ある抗原中の免疫原性エピトープの位置を測定するためにペプチドを迅速に合成する一般的な方法）；米国特許第４，７０８，８７１号（抗原のエピトープを発見して化学的に合成するための操作法）；およびＧｅｙｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  （１９８６）２３：７０９−７１５（ある抗体に対する高親和性を有するペプチドを識別するための手法）を参照のこと。同じエピトープを認識する抗体は、ある抗体が標的抗原への別の抗体の結合をブロックする能力を示す単純なイムノアッセイにおいて識別することができる。
【００８０】
「免疫学的応答」または「免疫応答」とは、本明細書においては、ポリペプチドがワクチン組成物中に存在する場合に本明細書に記載したペプチドに対する体液性および／または細胞性の免疫応答の被験体における発生である。これらの抗体はまた、感染性の中和および／または抗体補体性または抗体依存性の細胞毒性の媒介を行うことにより免疫化された宿主に対して保護を与える場合がある。免疫学的反応性は当該技術分野で周知の競合試験のような標準的イムノアッセイにおいて測定してよい。
【００８１】
「遺伝子転移」または「遺伝子送達」とは宿主細胞内に目的のＤＮＡを信頼性高く挿入するための方法または系を指す。このような方法は非組み込み転移ＤＮＡの一過性の発現、転移レプリコン（例えばエピソーム）の染色体外複製および発現、または、宿主細胞のゲノムＤＮＡ内への転移遺伝子物質の組み込みをもたらすことができる。遺伝子送達発現ベクターは例えばアルファウィルス、ポックスウィルスおよびワクシニアウィルスを包含するがこれらに限定されない。免疫化のために使用する場合は、このような遺伝子送達発現ベクターはワクチンまたはワクチンベクターと称される場合がある。
【００８２】
「試料」という用語は生物学的および非生物学的な試料を包含する。生物学的試料は生存中またはかつて生存していた生物から得られた、または誘導されたものである。非生物学的試料は生存中またはかつて生存していた生物から誘導されない。生物学的試料は例えば動物（生存中または死亡）から誘導した試料、例えば器官（例えば脳、肝臓、腎臓等）、全血、血液画分、血漿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、尿、涙液、組織、器官、生検試料を包含するがこれらに限定されない。非生物学的試料の例は医薬品、食品、化粧品等を包含する。
【００８３】
「標識」および「検出可能な標識」という用語は、検出が可能な分子、例えば放射性同位体、蛍光物質、発光物質、化学発光物質、酵素、酵素基質、酵素コファクター、酵素阻害剤、発色団、染料、金属イオン、金属ゾル、リガンド（例えばビオチンまたはハプテン）等を包含するがこれらに限定されない。「蛍光物質」という用語は検出可能な範囲の蛍光を示すことができる物質またはその部分を指す。本発明と共に使用してよい標識の特定の例は、例えばフルオレセイン、ローダミン、ダンシル、ウンベリフェロン、テキサスレッド、ルミノール、アクラジマムエステル、ＮＡＤＰＨ、ベータ−ガラクトシダーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、アルカリホスファターゼおよびウレアーゼを包含するがこれらに限定されない。標識はまた、エピトープタグ（例えばＨｉｓ−Ｈｉｓタグ）、抗体または増幅可能かその他の検出が可能なオリゴヌクレオチドであってもよい。
【００８４】
（ＩＩ．一般的概要）
本明細書に記載するものはペプチド試薬がプリオン蛋白の病原性および非病原性のアイソフォームの間において、例えば一方の形態と優先的に相互作用するがもう一方とはしないことにより、これらの識別が可能であるようなペプチド試薬（および／またはこれらのペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド）を含む組成物である。これらのペプチド試薬を用いて作成された抗体、並びに、これらのペプチド試薬および／または抗体を含む組成物およびその製造および使用方法も提供される（例えば病原性プリオン蛋白の単離および／または検出用）。
【００８５】
本発明は部分的にはプリオン蛋白の比較的小型のフラグメントがプリオンの病原性形態と優先的に相互作用できるという本発明者等による発見に立脚している。これらのフラグメントは、病原性プリオンアイソフォームとのこの優先的相互作用を示すためにより大型の構造や他の型のスカホールド分子の部分である必要は無い。特定の理論に拘泥するものではないが、ペプチドフラグメントは、おそらくは非病原性アイソフォームに存在するコンホーメーションを模倣することにより、病原性プリオンアイソフォームへの結合は可能とするが非病原性プリオンアイソフォームへは不可能であるコンホーメーションを自発的にとると考えられる。コンホーメーション疾患蛋白の特定のフラグメントが、ここではプリオンについて示されるそのコンホーメーション疾患蛋白の病原性形態と優先的に相互作用するというこの一般的な原理は、病原性形態と優先的に相互作用するペプチド試薬を製造するため他のコンホーメーション疾患蛋白にも容易に適用できる。当業者に明らかなように、フラグメントは出発点（例えば大きさ、または特性の点において）を与えるが、より望ましい属性（例えばより高いアフィニティー、より高い安定性、より高い溶解度、低いプロテアーゼ感受性、より高い特異性、より容易な合成等）を有するペプチド試薬を製造するために多くの修飾をフラグメントに対して行うことができる。
【００８６】
一般的に本明細書に記載したペプチド試薬はプリオン蛋白の病原性形態と優先的に相互作用することができる。即ち、これらのペプチド試薬は病原性プリオン蛋白の存在の容易な検出を可能とし、従って、生存中または死亡後の脳、脊髄または他の神経系の組織並びに血液を包含する本質的に如何なる生物学的または非生物学的な試料中のプリオン関連疾患の診断も可能とする。
【００８７】
更にまた、本明細書に記載したペプチド試薬は診断用または治療用の組成物および方法において使用してよい抗体の作成のために使用できる。特に、ペプチド試薬および／または抗体が病原性蛋白と優先的に相互作用する場合、例えば疾患形態の蛋白を、定序化、凝集、またはその他の方法で誘導して後に検出できるような状態とすることにより、病原性アイソフォームの存在を検出するために使用できる。本明細書に記載したペプチド試薬は血液含有試料中の病原性形態の検出を含む種々の診断試験において有用である。抗体および／またはペプチド試薬（またはその成分の部分の１つ以上）を標識またはマーキングすることにより検出の促進および／またはプリオン蛋白の相互作用の増強を行うことができる。
【００８８】
更にまた、何れかの適当なシグナル増幅系、例えばシグナル増幅用の分枝鎖ＤＮＡの使用（例えば米国特許第５，６８１，６９７号；同第５，４２４，４１３号；同第５，４５１，５０３号；同第５，４５４７，０２５号；および同第６，２３５，４８３号）；標的増幅法の適用、例えばＰＣＲ、ローリングサークル増幅、Ｔｈｉｒｄ  Ｗａｖｅのインベーダー（Ａｒｒｕｄａ  ｅｔ  ａｌ．２００２  Ｅｘｐｅｒｔ．Ｒｅｖ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．２：４８７；米国特許第６０９０６０６号、同第５８４３６６９号、同第５９８５５５７号、同第６０９０５４３号、同第５８４６７１７号）、ＮＡＳＢＡ、ＴＭＡ等（米国特許第６，５１１，８０９号；ＥＰ０５４４２１２Ａ１）；および／またはイムノＰＣＲ法（例えば米国特許５，６６５，５３９；国際公開ＷＯ９８／２３９６２号；ＷＯ００／７５６６３号；およびＷＯ０１／３１０５６号）等を行うことにより更に検出を容易にすることができる。
【００８９】
更にまた、本明細書に記載したペプチド試薬および抗体は単独または何れかの組み合わせにおいて疾患の治療または防止のために使用できる。
【００９０】
（ＩＩＩ．Ａ．ペプチド試薬）
コンホーメーション疾患蛋白の病原性形態と相互作用するペプチド試薬を記載する。コンホーメーション疾患蛋白はここではプリオン蛋白により例示する。
【００９１】
以下に示すものは、２種以上の異なるコンホーメーションが推定される関連蛋白を有する疾患の非限定的な一覧である。
【００９２】
【化１】
2007502120.tif 000002
【００９３】
【化２】
2007502120.tif 000003
更にまた、上記列挙したコンホーメーション疾患蛋白は各々、本発明により全て包含される異なる系統をもたらす多くの変異体、または突然変異体を包含する。マウスプリオン蛋白の種々の領域および配列の機能的分析は後述するとおりである。また例えばＰｒｉｏｌａ（２００１）Ａｄｖ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｈｅｍ．５７：１−２７を参照のこと。マウス（Ｍｏ）、ハムスター（Ｈａ）、ヒト（Ｈｕ）、トリ（Ａ）およびヒツジ（Ｓｈ）に関して以下に示すものに相当する領域および残基は標準的な操作法および本明細書の記載に従って他種について容易に決定できる。
【００９４】
【化３】
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【００９５】
【化４】
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【００９６】
【化５】
2007502120.tif 000006
プリオン蛋白（および他のコンホーメーション疾患蛋白）は同じアミノ酸配列を有する２つの異なる３次元のコンホーメーションを有している。１つのコンホーメーションは疾患の特性に関連し、一般的に不溶性であるが、他のコンホーメーションは疾患の特性に関連せず、可溶である。例えばＷｉｌｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｓｃｒａｐｉｅ  Ｐｒｉｏｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｂｙ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ」，  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９９（６）：３５６３−３５６８（２００２）を参照。プリオン蛋白に関して例示したが、本発明は列挙した疾患、蛋白および系統に限定されない。
【００９７】
即ち、特定の態様において、本明細書に記載したペプチド試薬は天然の蛋白、例えばコンホーメーション疾患蛋白（例えばプリオン蛋白）またはプリオン蛋白に対する相同性を示すモチーフまたは配列を含有する蛋白から誘導されたアミノ酸配列を含む。特に本発明のペプチド試薬は典型的には天然のプリオン蛋白から誘導される。ペプチド試薬は好ましくはプリオン蛋白の特定の領域に由来するアミノ酸配列から誘導される。これらの好ましい領域はマウスプリオン配列（配列番号２）に関して例示され、アミノ酸残基２３〜４３および８５〜１５６の領域およびそのサブ領域にある。本発明はマウス配列から誘導されたペプチド試薬に限定されないが、ヒト、ウシ、ヒツジ、シカ、ヘラジカ、ハムスターを含む何れかの種のプリオン配列から本明細書に記載したものと同様の方法で誘導されるペプチド試薬を包含する。プリオン蛋白から誘導される場合、本明細書に記載したペプチド試薬はポロプロリンＩＩ型ヘリックスモチーフを含んでよい。このモチーフは、他の配列、特にアラニンテトラペプチドが同様にポリプロリンＩＩ型ヘリックスを形成することが示唆されている（例えばＮｇｕｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｌ．２０００  ７：４６３；Ｎｇｕｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９８  ２８２：２０８８；Ｓｃｈｗｅｉｔｚｅｒ−Ｓｔｅｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．２００４  １２６：２７６８参照）が、典型的には一般的配列ＰｘｘＰ（例えば配列番号１の残基１０２〜１０５）を含有する。ＰｘｘＰ配列において、「ｘ」は何れかのアミノ酸であり、そして「Ｐ」が天然の配列内のプロリンであるが本発明のペプチド試薬においてはプロリン代替物で置き換えられていてよい。このようなプロリン代替物は通称ペプトイドのＮ置換グリシンを包含する。即ち、ＰｘｘＰ配列を基にしたポリプロリンＩＩ型ヘリックスを含む本発明のペプチド試薬においては、「Ｐ」はプロリンまたはＮ置換グリシン残基を示し、そして「ｘ」は何れかのアミノ酸またはアミノ酸類縁体を示す。特に好ましいＮ置換グリシンは本明細書に記載するとおりである。
【００９８】
更にまた、ヒト、マウス、ヒツジおよびウシを含む多くの異なる種により生産されるプリオン蛋白のポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列が知られている。これらの配列の変異体も各種内に存在する。即ち、本発明において使用されるペプチド試薬は何れかの種または変異体のアミノ酸配列のフラグメントまたは誘導体を含むことができる。例えば、特定の実施形態においては、本明細書に記載したペプチド試薬は図２に示す配列（配列番号３〜１１）の何れかから誘導される。本明細書に特に開示するペプチド試薬の配列は一般的にはマウスのプリオン配列に基づいているが、当業者は適宜、他の種に由来する相当配列で容易に置換することができる。例えばヒトの診断または治療が望まれる場合は、マウスの配列を相当するヒトの配列のものと置き換えることは容易に行える。特定の実施例において、概ね残基８５〜残基１１２に由来する領域から誘導したペプチド試薬（配列番号３５、３６、３７、４０）において、残基１０９に相当する位置のロイシンはメチオニンで置き換えてよく、残基１１２に相当する位置のバリンはメチオニンで置き換えてよく、そして９７に相当する位置のアスパラギンはセリンで置き換えてよい。同様に、ウシの診断が望まれる場合は、ウシプリオン配列を反映するように開示したペプチド配列において適切な置換を行ってよい。即ち、概ね残基８５〜残基１１２の領域から誘導したペプチド試薬に関する上記例をやはり用いて、残基１０９に相当する位置のロイシンはメチオニンで置き換えてよく、そして９７に相当する位置のアスパラギンはグリシンで置き換えてよい。これらの配列におけるアミノ酸の置き換え、欠失、付加および他の突然変異を含むプリオン蛋白の誘導体もまた使用できる。好ましくは、プリオン蛋白の配列と対比した場合のアミノ酸の置き換え、付加および欠失は病原性形態と相互作用するペプチド試薬の能力に影響しない。
【００９９】
本明細書に記載したペプチド試薬のためにどのような原料を用いるかに関わらず、そのようなペプチド試薬は既知のプリオン蛋白との配列同一性を必ずしも示さない。即ち、本明細書に記載したペプチド試薬は、それらがコンホーメーション疾患蛋白の病原性形態と優先的に相互作用する能力を保持している限り、本明細書に記載した天然のプリオン蛋白または配列と比較して１つ以上のアミノ酸の置き換え、付加および欠失を含むことができる。特定の実施形態においては、保存的なアミノ酸の置き換えが好ましい。保存的なアミノ酸の置き換えは側鎖において関連しており、アミノ酸のファミリー内で起こるものである。遺伝子コードされたアミノ酸は一般的には以下の４ファミリー、即ち（１）酸性＝アルパルテート、グルタメート；（２）塩基性＝リジン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性＝アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；および（４）未荷電極性＝グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシンに分類される。フェニルアラニン、トリプトファンおよびチロシンは場合により一括して芳香族アミノ酸に分類される。例えばロイシンをイソロイシンまたはバリンで、アスパルテートをグルタメートで、スレオニンをセリンで個別に置き換えること、または、同様にアミノ酸を構造的に関連するアミノ酸で保存的に置き換えることは、生物学的活性に多大な影響は与えないと推測するのは合理的である。
【０１００】
また、天然のアミノ酸および非天然のアミノ酸類縁体の何れかの組み合わせを用いて本明細書に記載したペプチド試薬を作成できことも明らかである。遺伝子コードされていない共通して遭遇するアミノ酸の類縁体は、例えばオルニチン（Ｏｒｎ）；アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）；ベンゾチオフェニルアラニン（ＢｔＰｈｅ）；アルビジン（Ａｂｚ）；ｔ−ブチルグリシン（Ｔｌｅ）；フェニルグリシン（ＰｈＧ）；シクロヘキシルアラニン（Ｃｈａ）；ノルロイシン（Ｎｌｅ）；２−ナフチルアラニン（２−Ｎａｌ）；１−ナフチルアラニン（１−Ｎａｌ）；２−チエニルアラニン（２−Ｔｈｉ）；１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸（Ｔｉｃ）；Ｎ−メチルイソロイシン（Ｎ−ＭｅＩｌｅ）；ホモアルギニン（Ｈａｒ）；Ｎα−メチルアルギニン（Ｎ−ＭｅＡｒｇ）；ホスホチロシン（ｐＴｙｒまたはｐＹ）；ピペコリン酸（Ｐｉｐ）；４−クロロフェニルアラニン（４ＣｌＰｈｅ）；４−フルオロフェニルアラニン（４−ＦＰｈｅ）；１−アミノシクロプロパンカルボン酸（１−ＮＣＰＣ）；およびサルコシン（Ｓａｒ）を包含するがこれらに限定されない。本発明のペプチド試薬において使用するアミノ酸の何れもＤまたは、より典型的にはＬ異性体の何れかであってよい。
【０１０１】
本明細書に記載したペプチド試薬を形成するために使用してよいアミノ酸の他の非天然の類縁体は、生物学的に機能的な等価物であり、本発明の化合物において有用であるアミノ酸のスルホン酸およびボロン酸類縁体のようなペプトイドおよび／またはペプチドミメテッィク化合物を包含し、そして、イソスターにより場合により置き換えられたアミド結合１つ以上を有する化合物を包含する。本発明の範囲内においては、例えば−−ＣＯＮＨ−−は−−ＣＨ２ＮＨ−−、−−ＮＨＣＯ−−、−−ＳＯ２ＮＨ−−、−−ＣＨ２Ｏ−−、−−ＣＨ２ＣＨ２−−、−−ＣＨ２Ｓ−−、−−ＣＨ２ＳＯ−−、−−ＣＨ−−ＣＨ−−（シスまたはトランス）、−−ＣＯＣＨ２−−、−−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２−−および１，５−ジ置換テトラゾールで置き換えてよく、その際にはこれらのイソスターにより連結された基が−−ＣＯＮＨ−−により連結された基と同様の方向に保持されるようにする。本明細書に記載したペプチド試薬の残基１つ以上はペプトイドを含んでよい。
【０１０２】
即ち、ペプチド試薬はまたＮ置換グリシン残基１つ以上を含んでよい（Ｎ置換グリシン残基１つ以上を有するペプチドは「ペプトイド」と称してよい）。例えば特定の実施形態においては、本明細書に記載したペプチド試薬の何れかのプロリン残基１つ以上はＮ置換グリシン残基で置き換えられる。この点に関して、適当な特定のＮ置換グリシンは例えば、Ｎ−（Ｓ）−（１−フェニルエチル）グリシン；Ｎ−（４−ヒドロキシフェニル）グリシン；Ｎ−（シクロプロピルメチル）グリシン；Ｎ−（イソプロピル）グリシン；Ｎ−（３，５−ジメトキシベンジル）グリシン；およびＮ−ブチルグリシン（例えば図３）を包含するがこれらに限定されない。他のＮ置換グリシンもまた本明細書に記載したペプチド試薬配列中のアミノ酸残基１つ以上を置き換えるのに適している場合がある。これらおよび他のアミノ酸類縁体およびペプチドミメティックに関する一般的考察はＮｇｕｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．７（７）：４６３−４７３；Ｓｐａｔｏｌａ，  Ａ．Ｆ．，  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ａｍｉｎｏ  Ａｃｉｄｓ，  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，  Ｂ．Ｗｅｉｎｓｔｅｉｎ，  ｅｄｓ．，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  ｐ．２６７（１９８３）を参考のこと。更にまた、Ｓｐａｔｏｌａ，  Ａ．Ｆ．，Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｂａｃｋｂｏｎｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ（一般的考察），Ｖｅｇａ  Ｄａｔａ，  Ｖｏｌ．１，  Ｉｓｓｕｅ  ３，  （１９８３年３月）；Ｍｏｒｌｅｙ，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｐｈａｒｍ  Ｓｃｉ（一般的考察），ｐｐ．４６３−４６８（１９８０）；Ｈｕｄｓｏｎ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｐｅｐｔ  Ｐｒｏｔ  Ｒｅｓ，１４：１７７−１８５（１９７９）（−−ＣＨ２ＮＨ−−、ＣＨ２ＣＨ２−−）；Ｓｐａｔｏｌａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ，３８：１２４３−１２４９（１９８６）（−−ＣＨ２−−Ｓ）；Ｈａｎｎ  Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｐｅｒｋｉｎ  Ｔｒａｎｓ．Ｉ，３０７−３１４（１９８２）（−−ＣＨ−−ＣＨ−−、シスまたはトランス）；Ａｌｍｑｕｉｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２３：１３９２−１３９８（１９８０）  （−−ＣＯＣＨ２−−）；Ｊｅｎｎｉｎｇｓ−Ｗｈｉｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ，２３：２５３３（１９８２）（−−ＣＯＣＨ２−−）；Ｓｚｅｌｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，欧州特許出願ＥＰ４５６６５ＣＡ：９７：３９４０５（１９８２）（−−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２−−）；Ｈｏｌｌａｄａｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ，２４：４４０１−４４０４（１９８３）（−−Ｃ（ＯＨ）ＣＨ２−−）；およびＨｒｕｂｙ，  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ，３１：１８９−１９９（１９８２）（−−ＣＨ２−−Ｓ−−）も参考にでき；これらの各々は参照により本明細書に組み込まれる。Ｃ末端カルボン酸は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，２８８，７０７号に開示されている通り、ボロン酸−−Ｂ（ＯＨ）２またはボロン酸エステル−−Ｂ（ＯＲ）２または他のこのようなボロン酸誘導体で置き換えられることができる。
【０１０３】
本明細書に記載したペプチド試薬は単量体、多量体、環化分子、分枝鎖分子、リンカー等を含んでよい。本明細書に記載した配列の何れかまたはその生物学的機能の等価物の多量体（即ち２量体、３量体等）もまた意図される。多量体はホモ多量体、即ち同一の単量体よりなるものであってよく、例えば各単量体は同じペプチド配列である。或いは、多量体はヘテロ多量体であってもよく、これは多量体を構成する単量体全てが同一ではないことを意味する。
【０１０４】
多量体は単量体の相互の、または支持体への直接の結合により形成でき、例えば多重抗原ペプチド（ＭＡＰＳ）（例えば対称ＭＡＰＳ）、重合体スカホールド、例えばＰＥＧスカホールドに結合したペプチド、および／または、スペーサー単位を伴うか伴うことなく直列に連結したペプチドが包含される。
【０１０５】
或いは、連結基を単量体配列に付加することにより単量体を統合して多量体を形成することができる。連結基を用いた多量体の非限定的な例は、グリシンリンカーを使用した直列リピート；支持体にリンカーを介して結合したＭＡＰＳおよび／またはスカホールドにリンカーを介して結合した線状連結ペプチドを包含する。連結基は当業者の知る通り２官能性のスペーサー単位（ホモ２官能性またはヘテロ２官能性の何れか）を用いる場合がある。限定せずに例示すれば、スクシンイミジル−４−（ｐ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、スクシンイミジル−４−（ｐ−マレイミドフェニル）ブチレート等のような試薬を用いながらペプチドを連結する場合にこのようなスペーサー単位を組み込むための多くの方法は、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  （Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，  Ｉｌｌ）に記載されており、そして更に、Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，  Ｍｏ．）およびＡｌｄｒｉｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（Ｍｉｌｗａｕｋｅｅ，  Ｗｉｓ）より入手可能であり、そして、「Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ」，  ＶＣＫ−Ｖｅｒｌａｇｓｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ，  Ｗｅｉｎｈｅｉｍ／Ｇｅｒｍａｎｙ（１９８９）に記載されている。単量体配列を統合して連結するために使用してよい連結基の１例は−−Ｙ１−−Ｆ−−Ｙ２−−であり、ここでＹ１およびＹ２は同じかまたは異なっていて、そして炭素原子０〜２０個、好ましくは０〜８個、より好ましくは０〜３個のアルキレン基であり、そしてＦは−−Ｏ−−、−−Ｓ−−、−−Ｓ−−Ｓ−−、−−Ｃ（Ｏ）−−Ｏ−−、−−ＮＲ−−、−−Ｃ（Ｏ）−−ＮＲ−−、−−ＮＲ−Ｃ（Ｏ）−−Ｏ−−、−−ＮＲ−−Ｃ（Ｏ）−−ＮＲ−−、−−ＮＲ−−Ｃ（Ｓ）−−ＮＲ−−、−−ＮＲ−−Ｃ（Ｓ）−−Ｏ−−のような官能基１つ以上である。Ｙ１およびＹ２は場合によりヒドロキシ、アルコキシ、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノ、カルボキシル、カルボキシアルキル等で置換されていてよい。単量体のいずれかの適切な原子が連結基に結合することができると考えられる。
【０１０６】
更にまた、本発明のペプチド試薬は直鎖、分枝鎖または環化していてよい。単量体単位は環化することができるか、または、共に連結して直鎖または分枝鎖の状態、環の形態（例えばマクロ環）、星状の形態（樹状体）または球状形態（例えばフラーレン）の多量体を提供してよい。本明細書に記載した単量体配列から形成できる重合体の多重度は当業者の知る通りである。特定の実施形態においては、多量体は環状２量体である。上記した用語定義に従えば、２量体はホモ２量体またはヘテロ２量体であってよい。
【０１０７】
環状の形態は、単量体または多量体に関わらず上記した結合の何れかにより作成でき、その非限定的な例は（１）窒素とＣ末端カルボニルの間の直接のアミド結合の形成を介して、または、例えばイプシロンアミノカルボン酸との縮合によるなどしてスペーサー基の介在を介して、Ｃ末端カルボン酸とともにＮ末端アミンを環化すること；（２）例えばアスパルテートまたはグルタメート側鎖およびリジン側鎖の間のアミド結合の形成によるか、またはシステイン側鎖２個の間、または、ペニシラミンとシステイン側鎖の間、またはペニシラミン側鎖２個の間のジスルフィド結合の形成によるかして２残基の側鎖の間の結合の形成を介して環化すること；（３）側鎖（例えばアスパルテートまたはリジン）およびそれぞれＮ末端アミンまたはＣ末端カルボキシルの何れかとの間のアミド結合の形成を介して環化すること；および／または（４）短炭素スペーサー基の介在を介して２側鎖を連結すること、である。
【０１０８】
好ましくは本明細書に記載したペプチド試薬は病原性および／または感染性ではない。
【０１０９】
本発明のペプチド試薬は３〜約１００残基長（またはその間の数値）またはそれより長く、好ましくは約４〜７５残基（またはその間の数値）、好ましくは約５〜約６３残基（またはその間の数値）、更により好ましくは約８〜約３０残基（またはその間の数値）の長さであり、そして最も好ましくはペプチド試薬は１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０残基である。
【０１１０】
本明細書に記載した組成物および方法において有用なペプチド試薬の非限定的な例は表１および表４に示す配列から誘導される。表中のペプチド試薬は従来の１文字アミノ酸コードにより表示し、そしてそのＮ末端を左側、Ｃ末端を右側に示す。四角括弧内のアミノ酸は異なるペプチド試薬においてその位置で使用できる代替残基を示す。丸括弧は残基がペプチド試薬から存在または非存在であってよいことを示す。何れかのプロリン残基がＮ置換グリシン残基で置き換えられてペプトイドを形成してよい。表中の配列の何れも場合によりＧｌｙリンカー（Ｇｎ、ここでｎ＝１、２、３または４）をＮおよび／またはＣ末端に含んでよい。
【０１１１】
【化６】
2007502120.tif 000007
【０１１２】
【化７】
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【０１１３】
【化８】
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【０１１４】
【化９】
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【０１１５】
【化１０】
2007502120.tif 000011
１つの態様において、本発明のペプチド試薬は本明細書に開示したペプチドの各々およびその誘導体（本明細書に記載したもの）を包含する。即ち本発明は配列番号１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１または１３２のペプチドから誘導されたペプチド試薬を包含する。
【０１１６】
本発明は好ましくは配列番号１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、７２、７４、７６、７７、７８、８１、８２、８４、８９、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１または１３２のペプチドから誘導されたペプチド試薬を包含する。
【０１１７】
特定の好ましい実施形態においては、ペプチド試薬は病原性プリオンに特異的に結合し、例えばペプチド試薬は配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、５６、５７、６５、８２および８４のペプチドおよびその類縁体（例えばＮ置換グリシンによるプロリン１つ以上の置換）および誘導体から誘導する。
【０１１８】
上記した通り、本明細書に記載したペプチド試薬は置換、付加および／または突然変異１つ以上を含んでよい。例えば残基１つ以上は、ペプトイドが形成されるように、ペプチド試薬中において他の残基、例えばアラニン残基で、または、アミノ酸類縁体またはＮ置換グリシン残基で置き換えられてよい（例えばＮｇｕｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．７（７）：４６３−４７３参照）。
【０１１９】
更にまた、本明細書に記載したペプチド試薬は別のペプチドまたは非ペプチドの成分を含んでよい。別のペプチド成分の非限定的な例は、スペーサー残基、例えば２個以上のグリシン（天然または誘導体）残基または一方または両方の末端上のアミノヘキサン酸リンカー、または、ペプチド試薬の可溶化を支援する残基、例えば酸性の残基、例えば配列番号８３および８６に示すようなアスパラギン酸（ＡｓｐまたはＤ）を包含する。特定の実施形態においては、例えばペプチド試薬は多重抗原性ペプチド（ＭＡＰ）として合成される。典型的には、ペプチド試薬の複数のコピー（例えば２〜１０コピー）を分枝鎖リジンのようなＭＡＰ担体または他のＭＡＰ担体コア上に直接合成する。例えばＷｕ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．２００１  １２３（２８）：６７７８−８４；Ｓｐｅｔｚｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）  Ｉｎｔ  Ｊ  Ｐｅｐｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．４５（１）：７８−８５を参照。
【０１２０】
本明細書に記載したペプチド試薬内に含んでよい非ペプチド成分（例えば化学部分）の非限定的な例は、ペプチド試薬の何れかの末端または内部にある検出可能な標識、タグ（例えばビオチン、Ｈｉｓ−Ｔａｇ、オリゴヌクレオチド）、染料、結合対のメンバー等の１つ以上を包含する。非ペプチドの成分はまた、定量的構造−活性データおよび／または分子モデリングにより非妨害性であると推定される化合物上の位置に、直接またはスペーサー（例えばアミド基）を介して結合（例えば標識１つ以上の共有結合を介して）してよい。本明細書に記載したペプチド試薬はまたアミロイド特異的染料（例えばコンゴレッド、チオフラビン等）のようなプリオン特異的化学部分を包含してよい。化合物の誘導体化（例えば標識、環化、化学部分の結合等）はペプチド試薬の結合特性、生物学的機能および／または薬理学的活性を実質的に妨害（そして場合によっては増強）してはならない。
【０１２１】
本発明のペプチド試薬は典型的には本明細書に記載するプリオン蛋白フラグメントまたはペプチド配列に対して少なくとも約５０％の配列同一性を有する。好ましくは、ペプチド試薬は本明細書に記載するプリオン蛋白フラグメントまたはペプチド配列に対して少なくとも７０％の配列同一性：より好ましくは、少なくとも約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％の配列同一性を有する。
【０１２２】
本明細書に記載したペプチド試薬は病原性形態と優先的に相互作用し、従って広範な単離、精製、検出、診断および治療用途において有用である。例えばペプチド試薬が病原性形態に優先的に相互作用する実施形態においては、ペプチド試薬自体が血液、神経系組織（脳、脊髄、ＣＳＦ等）のような試料中または他の組織または器官の試料中の病原性形態を検出するために使用できる。ペプチド試薬はまた病原性形態に関連する疾患の存在を診断するため、病原性形態を単離するため、および、病原性形態を除去することにより試料を脱汚染するためにも有用である。
【０１２３】
プリオン蛋白とのペプチド試薬の相互作用の何れかの知られた結合試験、例えばＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット等のような標準的なイムノアッセイを用いて試験できる。
【０１２４】
本発明のペプチド試薬の特異性を試験する１つの好都合な方法は病原性および非病原性のプリオンを含有する試料を選択することである。典型的なこのような試料は罹患動物の脳または脊髄の組織を包含する。病原性形態に特異的に結合する本明細書に記載したペプチド試薬を固体支持体に結合（当該技術分野で周知の、更に後述する方法）し、そして他の試料成分から病原性プリオンを分離（プルダウン）して固体支持体上のペプチド−プリオン結合の相互作用の数に直接関係する定量的数値を得るために使用する。当該技術分野で知られた変法および他の試験法を用いて本発明のペプチド試薬の特異性を明らかにすることもできる。実施例を参照。
【０１２５】
本明細書に記載したペプチド試薬を使用する場合には必要とされないが、これらの試験は病原性コンホーメーションを有するプリオンが一般的にプロテイナーゼＫのような特定のプロテアーゼに対して耐性であるという事実を利用する場合がある。同じプロテアーゼは非病原性コンホーメーションのプリオンを分解することも可能である。従って、プロテアーゼを使用する場合は、試料を２等分することができる。プロテアーゼを第２の試料に添加し、同じ試験を実施する。第２の試料中のプロテアーゼは非病原性プリオン全て分解することになるため、第２の試料中の如何なるペプチド−プリオン結合相互作用も病原性プリオンに起因するものとなる。
【０１２６】
即ち、本明細書に記載したペプチド試薬の結合の特異性および／または親和性を評価する方法の非限定的な例は標準的なウエスタンおよびファーウエスタンブロットの操作法；標識ペプチド；ＥＬＩＳＡ様試験；および／または細胞系の試験を包含する。ウエスタンブロットは例えば典型的にはニトロセルロースまたはＰＶＤＦに電子ブロッティングされている「プルダウン」試験（本明細書に記載）から得られた試料上のＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルから変性したプリオン蛋白を検出するタグ付けされた一次抗体を使用する。変性したプリオン蛋白を認識する抗体は記載（例えば特に、Ｐｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．１９９７  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：６１４；Ｐｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．２００１  Ｎａｔｕｒｅ  ４１２：７３９；Ｗｉｌｌｉａｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．１９９８  Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：９４１３；米国特許第６，７６５，０８８号；米国特許第６，５３７５４８号）されており、一部は市販されている。他のプリオン結合分子、例えばモチーフグラフトハイブリッドポリペプチド（ＷＯ０３／０８５０８６参照）、特定のカチオンまたはアニオン系の重合体（ＷＯ０３／０７３１０６参照）、「増殖触媒」である特定のペプチド（ＷＯ０２／０９７４４４参照）およびプラスミノーゲンも記載されている。次にこの一次抗体をタグに対するプローブ（例えばストレプトアビジンコンジュゲートアルカリホスファターゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、ＥＣＬ試薬および／または増殖可能なオリゴヌクレオチド）で検出（および／または増幅）する。結合はまた、標識され、そして、アフィニティータグに対するプローブ（例えばストレプトアビジンコンジュゲートアルカリホスファターゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、ＥＣＬ試薬および／または増殖可能なオリゴヌクレオチド）で増幅されるアフィニティータグ（例えばビオチン）を有するペプチドのような検出試薬を用いて評価できる。更にまた、サンドイッチＥＬＩＳＡと同様のマイクロプレートの操作法を使用してよく、例えば本明細書に記載したプリオン特異的ペプチド試薬を用いてプリオン蛋白を固体支持体（例えばマイクロプレートのウェル、ビーズ等）に固定し、そしてコンジュゲートアルカリホスファターゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、ＥＣＬ試薬または増幅可能なオリゴヌクレオチドのようなアフィニティーおよび／または検出ラベルを有する別のプリオン特異的等量的ペプチド試薬を包含するがこれに限定されない別の検出試薬を使用する。細胞系の試験はまた、例えばプリオン蛋白を個々の細胞上で直接検出するようなものも使用できる（例えば蛍光に基づく細胞ソーティング、計数または特異的標識細胞の検出を可能にする蛍光標識プリオン特異的試薬を使用）。
【０１２７】
（ＩＩＩ．Ｂ．ペプチド試薬の作製）
本発明のペプチド試薬は全て当該技術分野で周知の多くの方法で作製できる。
【０１２８】
ペプチド試薬が全体または部分的に遺伝子的にコードされたペプチドである１つの実施形態においては、ペプチドは当該技術分野で周知の組み換え手法を用いて作成できる。当業者は、標準的な方法および本明細書の記載を用いて所望のペプチドをコードするヌクレオチド配列を容易に決定できる。単離後、組み換えペプチドは場合により本明細書に記載する通り、そして当該技術分野で周知のように、非遺伝子コード成分（例えば検出可能な標識、結合対メンバー等）を含むように修飾することによりペプチド試薬を作製することができる。
【０１２９】
オリゴヌクレオチドプローブは既知配列に基づいて設計でき、そして、ゲノムまたはｃＤＮＡライブラリをプローブするために使用できる。次に、配列を更に標準的な方法および例えば完全長配列の所望の部分で遺伝子をトランケーションするために用いられる制限酵素を用いて単離することができる。同様に、フェノール抽出のような既知の手法を用いて目的の配列を細胞およびそれを含有する組織から直接単離することができ、そして配列を更に操作することにより所望のトランケーションを行うことができる。ＤＮＡを獲得し単離するために使用する手法の説明については前掲のＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．を参照のこと。
【０１３０】
ペプチドをコードする配列はまた例えば既知配列に基づいて合成により製造できる。ヌクレオチド配列は所望の特定のアミノ酸配列のための適切なコドンを用いて設計できる。完全な配列は一般的に標準的な方法により調製された重複するオリゴヌクレオチドから組立てられ、そして完全なコーディング配列に組立てられる。例えばＥｄｇｅ（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ  ２９２：７５６；Ｎａｍｂａｉｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９８４）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２３：１２９９；Ｊａｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９８４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５９：６３１１；Ｓｔｅｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）Ｇｅｎｅ  １６４：４９−５３を参照。
【０１３１】
要件のペプチド試薬において有用なポリペプチドをコードする配列をクローニングするために組み換え手法が容易に使用され、これを次に適切な塩基対の置き換えによりインビトロで突然変異誘発させ、これにより所望のアミノ酸に対するコドンを得る。このような変化には１アミノ酸の変化をもたらす僅か１塩基対が包含されるか、または、数個の塩基対の変化が含まれる場合がある。或いは、突然変異はミスマッチの２重鎖の融点より低い温度で親ヌクレオチド配列（一般的にはＲＮＡ配列に相当するｃＤＮＡ）にハイブリダイズするミスマッチプライマーを用いて行うことができる。プライマーは比較的狭い限界内にプライマー長と塩基組成を維持することにより、そして突然変異塩基を中央に保持することにより特異的なものとすることができる。例えばＩｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）ＰＣＲ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ：Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｆｏｒ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ；Ｚｏｌｌｅｒ  ａｎｄ  Ｓｍｉｔｈ，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９８３）１００：４６８を参考。プライマー伸長はＤＮＡポリメラーゼ、クローニングされた産物および突然変異したＤＮＡを含有するクローンを用いて行い、プライマー伸長鎖の分離により誘導し、選択する。選択はハイブリダイゼーションプローブとして突然変異体のプライマーを用いて行うことができる。手法はまた複数の点突然変異を行うためにも適用される。例えばＤａｌｂｉｅ−ＭｃＦａｒｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ（１９８２）７９：６４０９を参照。
【０１３２】
コーディング配列を単離および／または合成した後、それらを発現のための何れかの適当なベクターまたはレプリコンにクローニングすることができる（実施例も参照）。本明細書の記載から明らかな通り、欠失または突然変異を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを種々の組み合わせで作動可能に連結する発現コンストラクトを作成することにより、広範な種類の修飾ポリペプチドをコードするベクターが生成できる。
【０１３３】
多くのクローニングベクターが当業者に知られており、適切なクローニングベクターの選択を所望に応じて行う。クローニングのための組み換えＤＮＡベクターおよびそれらが形質転換することができる宿主細胞の例は、バクテリオファージλ（Ｅ．ｃｏｌｉ）、ｐＢＲ３２２（Ｅ．ｃｏｌｉ）、ｐＡＣＹＣ１７７（Ｅ．ｃｏｌｉ）、ｐＫＴ２３０（グラム陰性細菌）、ｐＧＶ１１０６（グラム陰性細菌）、ｐＬＡＦＲ１（グラム陰性細菌）、ｐＭＥ２９０（非Ｅ．ｃｏｌｉグラム陰性細菌）、ｐＨＶ１４（Ｅ．ｃｏｌｉおよびバチルス・サブチルス）、ｐＢＤ９（バチルス）、ｐＩＪ６１（ストレプトマイセス）、ｐＵＣ６（ストレプトマイセス）、ＹＩｐ５（サッカロマイセス）、ＹＣｐ１９（サッカロマイセス）およびウシ乳頭腫ウィルス（哺乳動物細胞）を包含する。一般的に上掲ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ｖｏｌｓ．Ｉ＆ＩＩ；上掲Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，：上掲Ｂ．Ｐｅｒｂｅｌを参照。
【０１３４】
昆虫細胞発現系、例えばバキュロウィルス系もまた使用でき、そして当業者が知る通りであり、そして例えばＳｕｍｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｓｍｉｔｈ，  Ｔｅｘａｓ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ  Ｓｔａｔｉｏｎ  Ｂｕｌｌｅｔｉｎ  Ｎｏ．１５５５（１９８７）に記載されている。バキュロウィルス／昆虫細胞発現系のための材料および方法は特にＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ  ＣＡからキット形態（ＭａｘＢａｃキット）で販売されている。
【０１３５】
植物発現系もまた本明細書に記載したペプチド試薬を製造するために使用できる。一般的にこのような系は異種の遺伝子で植物細胞をトランスフェクトするためにウィルス系ベクターを使用する。このような系の説明については、例えばＰｏｒｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．（１９９６）５：２０９−２２１；およびＨａｃｋｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９４）１３９：１−２２を参考のこと。
【０１３６】
Ｔｏｍｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９３）６７：４０１７−４０２６およびＳｅｌｂｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９３）７４：１１０３−１１１３に記載のワクシニアウィルス系感染／トランスフェクション系のようなウィルス系も本発明において使用できる。この系においては、細胞をまずバクテリオファージＴ７ＲＮＡポリメラーゼをコードするワクシニアウィルス組み換え体でインビトロでトランスフェクトする。このポリメラーゼはそれがＴ７プロモーターを担持した鋳型のみ転写するという点において明らかな特異性を示す。感染の後、Ｔ７プロモーターにより駆動される目的のＤＮＡでトランスフェクトする。ワクシニアウィルス組み換え体に由来する原形質中で発現されるポリメラーゼはトランスフェクトされたＤＮＡをＲＮＡに転写し、次にこれが宿主翻訳機序により蛋白に翻訳される。方法は大量のＲＮＡおよびその翻訳産物の高水準の一過性の原形質生産をもたらす。
【０１３７】
遺伝子はプロモーター、リボソーム結合部位（細菌発現の場合）および場合によりオペレーター（本明細書においては総称して「制御」エレメントと称する）の制御下にあることにより、この発現コンストラクトを含有するベクターにより形質転換された宿主細胞内のＲＮＡ内に所望のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を転写できるようなる。コーディング配列はシグナルペプチドまたはリーダー配列を含有してもしなくてもよい。本発明においては、天然のシグナルペプチドまたは非相同の配列の両方を使用できる。リーダー配列は翻訳後プロセシングにより宿主から除去できる。例えば米国特許第４，４３１，７３９号；第４，４２５，４３７号；第４，３３８，３９７号を参照。このような配列は例えばＴＰＡリーダー配列並びにミツバチメリチンシグナル配列を包含するがこれらに限定されない。
【０１３８】
宿主細胞の生育と対比して蛋白の配列の発現を調節することができる他の調節配列もまた望ましい場合がある。このような調節配列は当業者の知る通りであり、そして、その例には調節化合物の存在を含む化学的または物理的な刺激に応答して遺伝子の発現のスイッチを入り切りするものが包含される。他の型の調節エレメント、例えばエンハンサー配列もベクター内に存在してよい。
【０１３９】
制御配列および他の調節配列はベクター内への挿入の前にコーディング配列にライゲーションしてよい。或いは、コーディング配列は制御配列および適切な制限部位を既に含んでいる発現ベクター内に直接クローニングすることができる。
【０１４０】
一部の場合において、コーディング配列が適切な方向で制御配列に連結されるように、即ち適切な読み枠を維持するために、これを修飾する必要がある。突然変異体または類縁体は蛋白をコードする配列の部分の欠失により、配列の挿入により、および／または、配列内のヌクレオチド１つ以上の置換により、調製してよい。部位指向性突然変異のようなヌクレオチド配列を修飾するための手法は当該分野で周知である。例えば上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ；上掲のＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ｖｏｌｓ．Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ；上掲のＮｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎを参照。
【０１４１】
次に発現ベクターを用いて適切な宿主細胞を形質転換する。多くの哺乳動物細胞系統が当該技術分野で知られており、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  （ＡＴＣＣ）から入手可能な不朽化細胞系統、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＨｅＬａ細胞、ベビーハムスター腎（ＢＨＫ）細胞、サル腎細胞（ＣＯＳ）、ヒト肝細胞癌細胞（例えばＨｅｐＧ２）、Ｖｅｒｏ２９３細胞並びにその他のものを包含する。同様に細菌の宿主、例えばＥ．ｃｏｌｉ、バチルス・サブチルスおよびストレプトコッカス・エスピーが本発明の発現コンストラクトと共に使用される。本発明において有用なコウボの宿主は特に、サッカロマイセス・セレビシアエ、カンジダ・アルビカンス、カンジダ・マルトーサ、ハンセヌラ・ポリモルファ、クルイベロマイセス・フラジリス、クルイベロマイセス・ラクティス、ピチア・グレリモンジ、ピチア・パストリス、スキゾサッカロマイセス・ポンベおよびヤロウイア・リポリティカを包含する。バキュロウィルス発現ベクターと共に使用するための昆虫細胞は特にＡｅｄｅｓ  ａｅｇｙｐｔｉ、Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ  ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ，  Ｂｏｍｂｙｘ  ｍｏｒｉ，  Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ，  Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａおよびＴｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ  ｎｉを包含する。
【０１４２】
選択される発現系と宿主に応じて、本発明の蛋白は目的の蛋白が発現される条件下に上記した発現ベクターで形質転換されている生育中の宿主細胞により生産される。適切な生育条件の選択は当業者の知る通りである。
【０１４３】
１つの実施形態において、形質転換された細胞は周囲の培地中にポリペプチド産物を分泌する。特定の調節配列を例えば、組織プラスミノーゲン活性化物質（ＴＰＡ）リーダー配列、インターフェロン（γまたはα）シグナル配列、または既知分泌蛋白由来の他のシグナルペプチド配列を用いながらベクター内に含めることにより蛋白産物の分泌を増強することができる。次に分泌されたポリペプチド産物を本明細書に記載した種々の手法、例えば標準的な精製手法、例えばヒドロキシアパタイト樹脂、カラムクロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズエクスクルージョンクロマトグラフィー、電気泳動、ＨＰＬＣ、免疫吸着法、アフィニティークロマトグラフィー、免疫沈降法等で単離することができる。
【０１４４】
或いは、形質転換された細胞を、細胞を溶解するが組み換えポリペプチドは実質的に未損傷のまま維持できる化学的、物理的または機械的手段を用いて破壊する。細胞内蛋白はまた、例えばポリペプチドの連結が起こるような洗剤または有機溶媒の使用により、細胞壁または細胞膜から成分を除去することにより得ることができる。このような方法は当業者の知る通りであり、例えばＰｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ：  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  （Ｅ．Ｌ．Ｖ．Ｈａｒｒｉｓ  ａｎｄ  Ｓ．Ａｎｇａｌ，  Ｅｄｓ．，１９９０）に記載されている。
【０１４５】
例えば、本発明と共に使用するための細胞を破壊する方法は、音波処理または超音波処理；振動；液体または固体押出；熱処理；凍結解凍；乾燥；爆発的脱圧縮；浸透圧ショック；トリプシン、ノイラミニダーゼおよびリゾチームのようなプロテアーゼを含む溶解性酵素による処理；アルカリ処理；および胆汁酸塩、ドデシル硫酸ナトリウム、Ｔｒｉｔｏｎ、ＮＰ４０およびＣＨＡＰＳのような洗剤および溶媒の使用を包含するがこれらに限定されない。細胞を破壊するために使用する特定の手法は概ね所望により選択され、そしてポリペプチドが発現される細胞の型、培養条件および使用される何れかの前処理に応じて異なる。
【０１４６】
細胞の破壊の後、細胞破砕物を一般的に遠心分離により除去し、そして細胞内生産ポリペプチドを標準的な精製手法、例えばカラムクロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズエクスクルージョンクロマトグラフィー、電気泳動、ＨＰＬＣ、免疫吸着法、アフィニティークロマトグラフィー、免疫沈降法等を用いて更に精製する。
【０１４７】
例えば本発明の細胞内ポリペプチドを得るための１つの方法では、抗体（例えば予め作成されている抗体）を用いたイムノアフィニティークロマトグラフィーによるか、またはレクチンアフィニティークロマトグラフィーにより、アフィニティー精製を行う。特に好ましいレクチン樹脂は、マンノース部分を認識するものであり、例えばＧａｌａｎｔｈｕｓ  ｎｉｖａｌｉｓアグルチニン（ＧＮＡ）、Ｌｅｎｓ  ｃｕｌｉｎａｒｉｓアグルチニン（ＬＣＡまたはレンチルレクヒン）、Ｐｉｓｕｍ  ｓａｔｉｖｕｍアグルチニン（ＰＳＡまたはピーレクチン）、Ｎａｒｃｉｓｓｕｓ  ｐｓｅｕｄｏｎａｒｃｉｓｓｕｓアグルチニン（ＮＰＡ）およびＡｌｌｉｕｍ  ｕｒｓｉｎｕｍアグルチニン（ＡＵＡ）を包含するがこれらに限定されない。適当なアフィニティー樹脂の選択は当業者の知る通りである。アフィニティー精製の後、上記した手法の何れかのような当該技術分野で周知の従来手法を用いてポリペプチドを更に精製することができる。
【０１４８】
ペプチド試薬は例えばペプチド分野の当業者が知る数種の手法の何れかにより好都合に化学合成できる。一般的に、これらの方法は成長中のペプチド鎖へのアミノ酸１つ以上の逐次的付加を使用する。通常は第１のアミノ酸のアミノまたはカルボキシ基の何れかを適当な保護基で保護する。次に、保護された、または誘導体化されたアミノ酸を不活性の固体支持体に結合するか、または、アミド結合の形成を可能にする条件下適当に保護された相補（アミノまたはカルボキシル）基を有する配列内の次のアミノ酸を添加することにより、溶液中において利用する。次に保護基を新しく付加したアミノ酸残基から除去し、次のアミノ酸（適当に保護されている）の添加等を行う。所望のアミノ酸が適切な配列で連結された後、残存する保護基（および固相合成手法を使用する場合は固体支持体）があればこれを逐次的または同時に除去することにより最終的なポリペプチドとする。一般的操作法の単純な変法により、例えば、保護されたトリペプチドを適切に保護されたジペプチドにカップリング（キラル中心をラセミ化しない条件下）させ脱保護後にペンタペプチドを得ることにより、成長中の鎖に一度に１個以上のアミノ酸を付加させることもできる。固相ペプチド合成手法については、例えばＪ．Ｍ．Ｓｔｅｗａｒｔ  ａｎｄ  Ｊ．Ｄ．  Ｙｏｕｎｇ，  Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  （Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，  ＩＬ，  １９８４）およびＧ．Ｂａｒａｎｙ  ａｎｄ  Ｒ．Ｂ．Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，  Ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：  Ａｎａｌｙｓｉｓ，  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ｅｄｉｔｏｒｓ．Ｅ．Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｊ．Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，  Ｖｏｌ．２（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  １９８０），ｐｐ．３−２５４；そして伝統的な溶液合成についてはＭ．Ｂｏｄａｎｓｋｙ，  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，  Ｂｅｒｌｉｎ  １９８４）およびＥ．Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｊ．Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，  Ｅｄｓ．，Ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：  Ａｎａｌｙｓｉｓ，  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｖｏｌ．１を参照。これらの方法は典型的には比較的小型のポリペプチド、即ち約５０〜１００アミノ酸長のものを使用するが、より長いポリペプチドにも適用される。
【０１４９】
典型的な保護基はｔ−ブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）、９−フルオレニルメトキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）ベンジルオキシカルボニル（Ｃｂｚ）；ｐ−トルエンスルホニル（Ｔｘ）；２，４−ジニトロフェニル；ベンジル（Ｂｚｌ）；ビフェニルイソプロピルオキシカルボキシ−カルボニル、ｔ−アミルオキシカルボニル、イソボルニルオキシカルボニル、ｏ−ブロモベンジルオキシカルボニル、シクロヘキシル、イソプロピル、アセチル、ｏ−ニトロフェニルスルホニル等を包含する。
【０１５０】
典型的な固体支持体は交差結合重合体支持体である。これらはジビニルベンゼン交差結合スチレン系重合体、例えばジビニルベンゼン−ヒドロキシメチルスチレン共重合体、ジビニルベンゼン−クロロメチルスチレン共重合体およびジビニルベンゼン−ベンズヒドリルアミノポリスチレン共重合体を包含する。
【０１５１】
重合体を含有するペプチドの合成は例えば米国特許第５，８７７，２７８号；同第６，０３３，６３１号；Ｓｉｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８９：９３６７に従って行うことができる。
【０１５２】
本発明のペプチド試薬はまた同時多重ペプチド合成の方法によるなど、他の方法によって化学的に調製することもできる。例えばＨｏｕｇｈｔｅｎ  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８５）８２：５１３１−５１３５；米国特許第４，６３１，２１１号を参照。
【０１５３】
（ＩＶ．抗体）
更に、本発明において使用する本明細書に記載したペプチド試薬は抗体を作成するために使用できる。特定の実施形態においては、これらのペプチド試薬に対して形成した抗体は病原性プリオンに特異的である。別の実施形態においては、抗体は病原性および非病原性の形態の両方に結合する。更に別の実施形態においては、抗体は非病原性のアイソフォームに特異的である。場合により本明細書に記載した抗体は非病原性形態から病原性のコンホーメーションへの変換を抑制する。典型的には本発明の抗体は動物に対し本明細書に記載したペプチド試薬（またはそのようなペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド）を投与することにより作成する。方法はまた動物から抗体を単離することも包含する。
【０１５４】
本発明の抗体はポリクローナルまたはモノクローナル抗体の調製物、単独特異的な抗血清、ヒト抗体であってよく、または、ハイブリッドまたはキメラ抗体、例えばヒト化抗体、改変抗体（Ｆａｂ’）２フラグメント、Ｆ（ａｂ）フラグメント、Ｆｖフラグメント、単ドメイン抗体、２量体その機能的フラグメントであって、または３量体の抗体のフラグメントまたはコンストラクト、ミニボディー、または対象となる抗原に結合するこれらの機能的フラグメントであってよい。
【０１５５】
抗体は当該技術分野で周知の手法を用いて製造でき、例えば米国特許第４，００１，３０８号；同第４，７２２，８９０号；同第４，０１６，０４３号；同第３，８７６，５０４号；同第３，７７０，３８０号および同第４，３７２，７４５号に開示されている。例えば、ポリクローナル抗体は一般的に適当な動物、例えばマウス、ラット、ウサギ、ヒツジまたはヤギを目的の抗原（例えば本明細書に記載したペプチド試薬）で免疫化することにより作成する。免疫原性を増大させるために、抗原を免疫化前に担体に連結することができる。このような担体は当業者には周知である。免疫化は一般的に食塩水、好ましくはＦｒｅｕｎｄの完全アジュバントのようなアジュバント中に抗原を混合または乳化し、そして混合物または乳化物を非経腸的（一般的には皮下または筋肉内）に注射することにより行われる。動物は一般的には２〜６週間後に食塩水中、好ましくはＦｒｅｕｎｄの不完全アジュバントを用いて抗原を１回以上注射することによりブーストする。抗原はまた当該技術分野で既知の方法を用いたインビトロの免疫化により作成してよい。次にポリクローナル抗血清を免疫化動物から得る。
【０１５６】
モノクローナル抗体は一般的にはＫｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７の方法またはその変法を用いて調製する。典型的には、マウスまたはラットを本明細書に記載するとおり免疫化する。しかしながら、血清を抽出するために動物を出血させるよりはむしろ、脾臓（及び場合により数個のリンパ節）を摘出し、解離させて単細胞化する。所望により、細胞懸濁液を、抗原をコーティングしたプレートまたはウェルに適用することにより、脾細胞をスクリーニング（非特異的付着細胞除去後）してよい。抗原に特異的な膜結合免疫グロブリンを発現するＢ細胞はプレートに結合し、懸濁液の残余と共に洗い出されることはない。次に得られたＢ細胞または全解離脾細胞をハイブリドーマ形成の為の骨髄腫細胞に融合するように誘導し、選択培地（例えばヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン培地、「ＨＡＴ」）中で培養する。得られたハイブリドーマを制限希釈によりプレーティングし、免疫化抗原に特異的に結合する（そして未関連の抗原には結合しない）抗体の生産について試験する。次に選択されたモノクローナル抗体分泌ハイブリドーマをインビトロ（例えば組織培養ビンまたは中空糸の反応器中）で、またはインビボ（例えばマウス腹水として）で培養する。
【０１５７】
ヒト化およびキメラ抗体もまた本発明において有用である。ハイブリッド（キメラ）抗体分子は一般的にはＷｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３−２９９および米国特許第４，８１６，５６７号において考察されている。ヒト化抗体分子は一般的にはＲｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ２３９：１５３４−１５３６；および１９９４年９月２１日公開の英国特許公開ＧＢ２，２７６，１６９において考察されている。ヒト化抗体を操作する１つの方法では、マウス抗体遺伝子由来のプロモーター、リーダーおよび可変領域配列、および、ヒト抗体由来の定常領域エクソンを含有する組み換えＤＮＡをクローニングすることによりマウス−ヒト抗体、ヒト化抗体を作成する。一般的には、Ｋｕｂｙ，  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，  ３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９８），ｐ１３６を参照。
【０１５８】
本明細書に記載したペプチド試薬に対して指向されたモノクローナルおよびポリクローナルの両方の抗体は診断および治療用途において得に有用であり、例えば中和するこれらの抗体は受動免疫療法において有用である。モノクローナル抗体は特に抗イディオタイプ抗体を形成するために使用してよい。
【０１５９】
抗イディオタイプ抗体は、対抗して保護することが望まれる物質の抗原の「内部イメージ」を保有する免疫グロブリンである。抗イディオタイプ抗体を形成するための方法は当該技術分野で知られている。例えばＧｒｚｙｃｈ（１９８５），  Ｎａｔｕｒｅ  ３１６：７４；  ＭａｃＮａｍａｒａ  ｅｔ  ａｌ．（１９８４），  Ｓｉｅｎｃｅ  ２２６：１３２５，  Ｕｙｔｄｅｈａａｇ  ｅｔ  ａｌ（１９８５），  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３４：１２２５を参照。これらの抗イディオタイプ抗体はまたコンホーメーション疾患の治療および／または診断のために有用である。
【０１６０】
抗体フラグメントもまた本発明の範囲に包含される。未損傷の抗体分子の免疫学的結合特性を示すことができる抗原結合部位を含む多くの抗体フラグメントが当該技術分野で知られている。例えば機能的抗体フラグメントは、例えばペプシンを用いて抗体分子から抗原結合に関与しない定常領域を切断してＦ（ａｂ’）２フラグメントを形成することにより製造できる。これらのフラグメントは２抗原結合部位を含有するが、重鎖の各々に由来する定常領域の部分は欠いている。同様に、所望により単一の抗原結合部位を含むＦａｂフラグメントを例えばパパインでポリクローナルまたはモノクローナル抗体を消化することにより製造できる。重鎖および軽鎖の可変領域のみを含む機能的フラグメントもまた、組み換え体の製造または免疫グロブリン分子の優先的蛋白分解のような標準的な手法を用いて製造できる。これらのフラグメントはまたＦｖとしても知られている。例えばＩｎｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９７２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ６９：２６５９−２６６２；Ｈｏｃｈｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，）１９７６）Ｂｉｏｃｈｅｍ１５：２７０６−２７１０；およびＥｈｒｌｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９：４０９１−４０９６を参照。
【０１６１】
単鎖Ｆｖ（「ｓＦｖまたはｓｃＦｖ」）ポリペプチドはペプチドコードリンカーにより連結されるＶＨ−およびＶＬ−コード遺伝子を含む遺伝子融合物から発現される共有結合ＶＨ−ＶＬヘテロ２量体である。Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：５８７９−５８８３。抗体Ｖ領域由来の天然には凝集しているが化学的には分離している軽鎖および重鎖のポリペプチドを、抗原結合部位の構造と実質的に同様である三次元構造に折りたたまれるｓＦｖ分子に変換するための化学構造（リンカー）を識別して開発するための多くの方法が報告されている。例えば米国特許第５，０９１，５１３号；同第５，１３２，４０５号；および同第４，９４６，７７８号を参照できる。ｓＦｖ分子は当該技術分野で知られた方法を用いて製造してよい。例えばＨｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ８５：５８７９−５３３８；米国特許第５，０９１，５１３号；同第５，１３２，４０５号および同第４，９４６，７７８号を参照。配列設計の基準は一方の鎖のＣ末端と他方のＮ末端の間の距離に渡る適切な長さを決定することを含み、この場合、リンカーはコイル化または二次構造の形成を行わない小型親水性アミノ酸残基から形成される。このような方法は当該技術分野で報告されている。例えば米国特許第５，０９１，５１３号；第５，１３２，４０５号および第４，９４６，７７８号を参照。適当なリンカーは一般的にグリシンおよびセリン残基の交互のセットのポリペプチド鎖を含み、溶解度を向上させるために挿入されたグルタミン酸およびリジンの残基を含んでよい。
【０１６２】
「ミニ抗体」または「ミニボディー」も本発明で使用される。ミニボディーはヒンジ領域によりｓＦｖから分離された自身のＣ末端におけるオリゴマー化ドメインを含むｓＦｖポリペプチド鎖である。Ｐａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ３１：１５７９−１５８４。オリゴマー化ドメインは別のジスルフィド結合により更に安定化できる自己会合αヘリックス、例えばロイシンジッパーを含む。オリゴマー化ドメインは機能的結合蛋白へのポリペプチドのインビボの折り込みを促進すると考えられている過程である膜を経由するベクター性の折り込みと適合するように設計される。一般的に、ミニボディーは当該技術分野で周知の組み換え法を用いて製造される。例えばＰａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）  Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９−１５８４；Ｃｕｍｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １４９Ｂ：１２０−１２６を参照。
【０１６３】
非従来の手段もまた抗体の作成と発見のために使用できる。例えば、ファージディスプレイライブラリをスクリーニングして非病原性形態よりも病原性形態により高度に結合する、或いはその逆の抗体を探すことができる。一般的にＳｉｅｇｅｌ，  「Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｏｄｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ」，  Ｔｒａｎｓｆｕｓ，  Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｌ．（２００２）９（１）：１５−２２；Ｓｉｄｈｕ，「Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ  ｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ」，  Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０００）１１（６）：６１０−６１６；Ｓｈａｒｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，「Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｐｏｌｙｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ」，  Ｃｏｍｂ．Ｃｈｅｍ．Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ｓｃｒｅｅｎ（２０００）３（３）：１８５−１９６；およびＳｃｈｍｉｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ：Ａ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ−Ｒｅｖｉｅｗ」，  Ｐｌａｃｅｎｔａ，（２０００）２１ＳｕｐｐｌＡ：Ｓ１０６−１２を参照。
【０１６４】
上記した通り、抗体はまた、動物に本明細書に記載したペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド配列を投与することにより作成してよい。ペプチドをインビボで発現する場合は、抗体はインビボで形成される。ポリヌクレオチドの送達のための方法は後述する通りである。
【０１６５】
本発明の抗体の特異性はペプチド試薬に関して上記した通り試験できる。上記の通り、病原性コンホーメーションを有するプリオンは一般的にプロテイナーゼＫのような特定のプロテアーゼに対して耐性である。同様のプロテアーゼは非病原性コンホーメーションにあるプリオンも分解することができる。本発明の抗体の特異性を試験する１つの方法は病原性および非病原性のプリオンの両方を含有する生物学的試料を選択することである。試料は２等分の容量に分割できる。本発明の抗体を固体支持体（後述）上に添加吸着させ、そして、固体支持体上の多くの抗体−プリオン結合相互作用に直接関連する定量的数値を得るために使用できる。プロテアーゼを第２の試料に添加し、同じ試験を実施する。第２の試料中のプロテアーゼは如何なる非病原性プリオンも分解するため、第２の試料中の如何なる抗体−プリオン結合相互作用も病原性プリオンに帰属させることができる。変法および当該技術分野で知られる他の試験も本発明の抗体の特異性を明らかにするために使用できる。
【０１６６】
（Ｖ．試験）
本発明のペプチド試薬は、試料（例えば生物学的試料、例えば血液、脳、脊髄、ＣＳＦまたは器官の試料）をスクリーニングするための種々の試験において、例えばこれらの試料中のコンホーメーション疾患蛋白の病原性形態の有無を検出するために使用できる。多くの現在のプリオン診断試薬とは異なり、本明細書に記載したペプチド試薬は、実質的に何れの型の生物学的または非生物学的な試料、例えば血液試料、血液製剤または生検試料における検出も可能とする。
【０１６７】
即ち本発明は、病原性プリオン蛋白が存在する場合にそれへの本発明のペプチド試薬の結合を可能にする条件下にペプチド試薬に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させること；および、病原性プリオン蛋白が存在する場合にペプチド試薬へのその結合によりその存在を検出すること、を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。
【０１６８】
本発明の方法において使用するために試料は、病原性プリオン蛋白を含有することがわかっている、または、その疑いがある何れかのものであることができる。試料は生物学的試料（即ち生存中、またはかつて生存していた生物から調製した試料）または非生物学的試料であることができる。適当な生物学的試料は器官、全血、血液画分、血液成分、血漿、血小板、血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）、脳組織、神経系組織、筋肉組織、骨髄、尿、涙液、非神経系の組織、器官および／または生検試料もしくは剖険試料を包含するがこれらに限定されない。好ましい生物学的試料は全血、血液画分、血液成分、血漿、血小板および血清を包含する。
【０１６９】
試料は試料中に病原性プリオン蛋白が存在する場合にそれへの本発明のペプチド試薬の結合を可能にする条件下、ペプチド試薬１つ以上と接触させる。本発明の開示に基づいて特定の条件を決定することは当業者の能力の範囲内である。典型的には、試料およびペプチド試薬を共に適当な概ね中性のｐＨの緩衝液中（例えばｐＨ７．５のＴＢＳ緩衝液中）、適当な温度（例えば約４℃）において、適当な時間（例えば約１時間〜一夜）インキュベートすることにより結合を起こさせる。
【０１７０】
試料中の病原性プリオン蛋白の存在はペプチド試薬へのその結合により検出する。本発明のペプチド試薬へのその結合による病原性プリオン蛋白の存在の検出は多くの方法で達成できる。例えば本発明のペプチド試薬は、ペプチド試薬と病原性プリオン蛋白の間の第１の複合体の形成により病原性プリオン蛋白を特異的に「キャプチャー」するために使用でき、この場合の第１の複合体は試料中に存在する病原性プリオン蛋白を含む未結合の試料物質から分離できる。次に本発明のペプチド試薬１つ以上の添加および結合により病原性プリオン蛋白を検出でき、ここでペプチド試薬は予め検出可能に標識されている（即ち標識ペプチド試薬）。病原性プリオン蛋白は、第１の複合体内において検出され、或いは、病原性プリオン蛋白は第１の複合体から解離し、その後本発明の標識ペプチド試薬の添加および結合を行うこともできる。
【０１７１】
或いは、本発明のペプチド試薬を用いて上記した病原性プリオン蛋白をキャプチャーし、そして第１の複合体を未結合の試料物質から分離する場合は、検出可能に標識された試薬を用いて、病原性プリオン蛋白が第１の複合体内にある間、または、第１の複合体から病原性プリオン蛋白を解離させた後に、病原性プリオン蛋白を検出することができる。「プリオン結合試薬」とは、何れかのコンホーメーションのプリオン蛋白に結合する試薬であり、典型的には、プリオン結合試薬はプリオン蛋白の変性型に結合する。このような試薬は報告されており、そして例えば抗プリオン抗体（特にＰｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．１９９７  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：６１４；Ｐｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．２００１  Ｎａｔｕｒｅ  ４１２：７３９；Ｗｉｌｌｉａｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．１９９８  Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：９４１３；米国特許第６，７６５，０８８号；米国特許第６，５３７５４８号に記載）、モチーフグラフト化ハイブリッドポリペプチド（ＷＯ０３／０８５０８６参照）、特定のカチオンまたはアニオン性の重合体（ＷＯ０３／０７３１０６参照）、「増殖触媒」である特定のペプチド（ＷＯ０２／０９７４４４４参照）およびプラスミノーゲンを包含する。当然ながら、使用される特定のプリオン結合試薬がプリオンの変性形態に結合する場合は、「キャプチャーされた」病原性プリオン蛋白はプリオン結合試薬を用いた検出の前に変性されなければならない。
【０１７２】
別の代替例においては、プリオン結合試薬を用いて試料中に存在する何れかのプリオン（病原性または非病原性）をキャプチャーすることにより第１の複合体を形成し、そして本発明の検出可能に標識されたペプチド試薬１つ以上を用いて第１の複合体中または第１の複合体から解離後の病原性プリオンを検出する。
【０１７３】
更に別の代替においては、試料は固体支持体上に直接（即ちプリオン結合試薬を使用しない）キャプチャーすることができ、そして、病原性プリオン蛋白が存在する場合は、これは本発明の検出可能に標識されたペプチド試薬１つ以上を用いて検出できる。
【０１７４】
上記したキャプチャーおよび検出の工程は溶液中で実施でき、または、固体支持体の中または上において、または溶液と固相の何れかの組み合わせにおいて実施できる。一部の適当な溶液相のフォーマットは例えば蛍光相関スペクトル分析（Ｇｉｅｓｅ  ｅｔ  ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｖｉｒｏｌ．Ｓｕｐｐｌ．２０００  １６：１６１；Ｂｉｅｓｃｈｋｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ２０００  ９７：５５４６８参照）および蛍光共鳴エネルギー転移を包含する。典型的には、本発明のペプチド試薬はこれらの溶液相のフォーマットにおいて検出可能に標識される。好ましくは、ペプチド試薬は２種以上の識別可能な検出可能標識で標識される。病原性プリオン蛋白の存在は第１の複合体内の検出可能な標識２つ以上が一致することにより検出できる。適当な固相試験フォーマットは本明細書に記載する通りである。一般的に、固相フォーマットについては、キャプチャー試薬（本発明のペプチド試薬１つ以上またはプリオン結合試薬１つ以上であることができる）を固体支持体に結合させるか、結合に適合させる。キャプチャー試薬は当該技術分野で既知の何れかの手段により固体支持体への結合に適合させることができ、例えば、キャプチャー試薬および固体支持体は各々１数量の結合対を含み、これによりキャプチャー試薬が固体支持体と接触した場合に、キャプチャー試薬は結合対のメンバーの結合を介して固体支持体に結合する。例えばキャプチャー試薬はビオチンを含むことができ、そして、支持体はアビジンまたはストレプトアビジンを含むことができる。ビオチン−アビジンおよびビオチン−ストレプトアビジンのほかに、本実施形態のための他の適当な結合対は例えば抗原−抗体、ハプテン−抗体、ミメトープ−抗体、受容体−ホルモン、受容体−リガンド、アゴニスト−拮抗剤、レクチン−炭水化物、プロテインＡ−抗体Ｆｃを包含する。このような結合対は周知であり（例えば米国特許第６，５５１，８４３号および第６，５８６，１９３号参照）、そして適当な結合対を選択してそれらを本発明の使用に適合させることは当業者の能力の範囲内である。キャプチャー試薬を上記した支持体への結合に適合させる場合は、キャプチャー試薬を支持体に結合する前または後に、試料をキャプチャー試薬に接触させることができる。
【０１７５】
即ち本発明は、下記工程：
（ａ）病原性プリオン蛋白が存在する場合にそれへの第１のペプチド試薬の結合を可能にする条件下に第１のペプチド試薬に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させて第１の複合体を形成すること；および、
（ｂ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に第１のペプチド試薬へのその結合によりその存在を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。
ペプチド試薬は本明細書に記載する通りであり、好ましくは、ペプチド試薬は配列番号１２〜１３２を有するペプチドから、より好ましくは、配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１、１３２の１つの配列を有するペプチドから；または、配列番号１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８または１２８を有するペプチドから；または、配列番号５６、５７、６５、８２および８４を有するペプチドから誘導される。ペプチド試薬はビオチニル化できる。ペプチド試薬は固体支持体に結合できる。一部の実施形態においては、ペプチド試薬は検出可能に標識できる。
【０１７６】
本発明はまた下記工程：
（ａ）病原性プリオンが存在する場合にそれへの第１のペプチド試薬の結合を可能にする条件下に第１のペプチド試薬に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させて第１の複合体を形成すること；
（ｂ）該第１の複合体中の病原性プリオンへの第２のペプチド試薬の結合を可能にする条件下に第２のペプチド試薬に該第１の複合体を接触させること、ここで該第２のペプチド試薬は検出可能な標識を含むこと；および、
（ｃ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に第２のペプチド試薬へのその結合により試料中のその存在を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。
【０１７７】
第１のペプチド試薬および第２のペプチド試薬を利用する方法の場合、第１および第２のペプチド試薬は同じかまたは異なっていることができる。「同じ」とは、第１および第２のペプチド試薬が、第２のペプチド試薬に検出可能な標識が含まれている点においてのみ異なることを意味する。
【０１７８】
第１のペプチド試薬および第２のペプチド試薬はプリオン蛋白の同じ領域に由来するペプチドフラグメントから、または、プリオン蛋白の異なる領域に由来するペプチドフラグメントから誘導することができる。第１のペプチド試薬および第２のペプチド試薬は各々独立して、配列番号１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１または１３２を有するペプチドから誘導されたペプチド試薬から選択できる。
【０１７９】
第１のペプチド試薬および第２のペプチド試薬は各々独立して、配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、５６、５７、６５、８２および８４を有するペプチドから誘導されたペプチド試薬から選択できる。
【０１８０】
第１のペプチド試薬は配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０，１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および１２７を有するペプチドから誘導されるペプチド試薬から選択でき、そして第２のペプチド試薬は、配列番号１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１および１３２を有するペプチドから誘導されたペプチド試薬から選択でき、その逆も可である。第１のペプチド試薬は配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０，１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および１２７を有するペプチドから誘導されるペプチド試薬から選択でき、そして第２のペプチド試薬は、配列番号５６、５７、６５、８２および８４を有するペプチドから誘導されたペプチド試薬から選択でき、その逆も可である。第１のペプチド試薬は配列番号１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１および１３２を有するペプチドから誘導されるペプチド試薬から選択でき、そして第２のペプチド試薬は、配列番号５６、５７、６５、８２および８４を有するペプチドから誘導されたペプチド試薬から選択でき、その逆も可である。
【０１８１】
第１のペプチド試薬はビオチニル化でき、そして固体支持体に結合してよい。
【０１８２】
本発明はまた、下記工程：
（ａ）病原性プリオンが存在する場合にそれへの第１のペプチド試薬の結合を可能にする条件下に第１のペプチド試薬に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させて第１の複合体を形成すること；
（ｂ）未結合の試料物質を除去すること；
（ｃ）該第１の複合体から該病原性プリオンを解離させること；
（ｄ）病原性プリオンへの第２のペプチド試薬の結合を可能にする条件下に第２のペプチド試薬に該解離した病原性プリオンを接触させること、ここで該第２のペプチド試薬は検出可能な標識を含むこと；および、
（ｅ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に第２のペプチド試薬へのその結合により試料中のその存在を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。第１および第２のペプチド試薬は同じかまたは異なっていることができる。
【０１８３】
本発明はまた、下記工程：
（ａ）病原性プリオンが存在する場合にそれへの第１のペプチド試薬の結合を可能にする条件下に第１のペプチド試薬に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させて第１の複合体を形成すること；
（ｂ）未結合の試料物質を除去すること；
（ｃ）該第１の複合体から該病原性プリオンを解離させること；
（ｄ）病原性プリオンへのプリオン結合試薬の結合を可能にする条件下にプリオン結合試薬に該解離した病原性プリオンを接触させること、ここで該プリオン結合試薬は検出可能な標識を含むこと；および、
（ｅ）病原性プリオン蛋白が存在する場合にプリオン結合試薬へのその結合により試料中のその存在を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。プリオン結合試薬は抗プリオン抗体、モチーフグラフト化ハイブリッドポリペプチド、カチオン系またはアニオン系の重合体、増殖触媒およびプラスミノーゲン、またはプリオン蛋白に結合することがわかっている何れかの他の部分であることができる。
【０１８４】
本発明はまた、下記工程：
（ａ）病原性プリオンが存在する場合にそれへのプリオン結合試薬の結合を可能にする条件下にプリオン結合試薬に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させて第１の複合体を形成すること；
（ｂ）未結合の試料物質を除去すること；
（ｃ）病原性プリオンへのペプチド試薬の結合を可能にする条件下にペプチド試薬に該第１の複合体を接触させること、ここで該ペプチド試薬は検出可能な標識を含むこと；および、
（ｄ）病原性プリオン蛋白が存在する場合にペプチド試薬へのその結合により試料中のその存在を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。
【０１８５】
本発明はまた、下記工程：
（ａ）第１のペプチド試薬を含む固体支持体を準備すること；
（ｂ）病原性プリオンが試料中に存在する場合にそれが第１のペプチド試薬に結合できるような条件下に試料に固体支持体を接触させること；
（ｃ）検出可能に標識された第２のペプチド試薬が第１のペプチド試薬により結合された病原性プリオンに結合できるようにする条件下に第２のペプチド試薬に固体支持体を接触させること；および、
（ｄ）第１のペプチド試薬、試料由来の病原性プリオンおよび第２のペプチド試薬の間に形成された複合体を検出することにより試料中の病原性プリオンの存在を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンを検出するための方法を提供する。
【０１８６】
或いは、プリオン結合試薬は固体支持体上で提供できる。即ち本発明は、下記工程：
（ａ）プリオン結合試薬を含む固体支持体を準備すること；
（ｂ）プリオン蛋白が試料中に存在する場合にそれがプリオン結合試薬に結合できるような条件下に試料に固体支持体を接触させること；
（ｃ）検出可能に標識された第２のペプチド試薬に固体支持体を接触させること；および、
（ｄ）プリオン結合試薬、生物学的試料由来の病原性プリオンおよび第２のペプチド試薬の間に形成された複合体を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。
【０１８７】
試験は競合的フォーマットにおいて提供でき；即ち本発明は、下記工程：
（ａ）第１のペプチド試薬を含む固体支持体を準備すること；
（ｂ）検出可能に標識された第１のリガンドに固体支持体を組み合わせること、ここで検出可能に標識された第１のリガンドへの第１のペプチド試薬の結合親和性は病原性プリオンへの第１のペプチド試薬の結合親和性より弱いこと；
（ｃ）病原性プリオンが試料中に存在する場合にこれを第１のペプチド試薬に結合させて第１のリガンドを置き換えることができるような条件下に固体支持体に試料を組み合わせること；
（ｄ）第１のペプチド試薬および試料由来の病原性プリオンの間に形成された複合体を検出すること、
を含む、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法を提供する。
【０１８８】
一般的に、本明細書に記載したペプチド試薬は試料中のプリオン蛋白に結合するため（例えばキャプチャー試薬として）、および／またはプリオン蛋白の存在を検出するため（検出試薬として）使用される。キャプチャー試薬および検出試薬は個別の分子であってよく、または、一方の分子がキャプチャーおよび検出機能の両方の作用を有してよい。特定の実施形態においてはキャプチャーおよび／または検出試薬はプリオン蛋白と優先的に相互作用する（即ち病原性プリオン蛋白特異的である）本明細書に記載したペプチド試薬である。別の実施形態においては、キャプチャー試薬は病原性プリオンに特異的であり、そして検出試薬は病原性および非病原性の形態の両方に結合し、例えばプリオン蛋白に結合する抗体である。このようなプリオン結合試薬は上記したものである。或いは、別の実施形態においては、キャプチャー試薬は病原性プリオンに特異的でなく、そして検出試薬は病原性プリオンに特異的である。
【０１８９】
次に検出のための何れかの適当な手段を用いて本明細書に記載したペプチド試薬とプリオン蛋白の間の結合を識別する。例えば本明細書に記載した試験では、標識されたペプチド試薬または抗体を使用する。本発明において使用するのに適する検出可能な標識は、検出が可能な何れかの分子、例えば放射性同位体、蛍光物質、化学発光物質、発色団、蛍光半導体ナノ結晶、酵素、酵素基質、酵素コファクター、酵素阻害剤、発色団、染料、金属イオン、金属ゾル、リガンド（例えばビオチン、ストレプトアビジンまたはハプテン）等を包含するがこれらに限定されない。別の標識は、例えば検出可能な範囲の蛍光を示すことができる物質またはその部分を包含する、蛍光を使用するものであるがこれらに限定されない。本発明で使用してよい標識の特定の例は、セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、フルオレセイン、ＦＩＴＣ、ローダミン、ダンシル、ウンベリフェロン、ジメチルアクリジニウムエステル（ＤＭＡＥ）、テキサスレッド、ルミノール、ＮＡＤＰＨおよびβ−ガラクトシダーゼを包含するがこれらに限定されない。更に、検出可能な標識はオリゴヌクレオチドタグを包含してよく、そのタグはＰＣＲ、ＴＭＡ、ｂ−ＤＮＡ、ＮＡＳＢＡ等を含む核酸検出のための何れかの知られた方法により検出できるものである。
【０１９０】
標識された試薬（上記）の使用のほかに、免疫沈降を用いてプリオン蛋白（例えば病原性プリオン）に結合したペプチド試薬を分離してよい。好ましくは、免疫沈降は沈降増強剤の添加により促進される。沈降増強剤は、病原性プリオンに結合しているペプチド試薬の沈降を増強または増大させることができる部分を含む。このような沈降増強剤はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、プロテインＧ、プロテインＡ等を包含する。沈降増強剤としてプロテインＧまたはプロテインＡを使用する場合は、蛋白は場合によりビーズ、好ましくは磁気ビーズに結合することができる。沈降は遠心分離の使用によるか、または磁力の使用により更に増強できる。そのような沈降増強剤の使用は当業者の知る通りである。
【０１９１】
検出試薬からのシグナルを増幅させる試験も知られている。その例はビオチンおよびアビジンを利用する試験、および酵素標識および媒介のイムノアッセイ、例えばＥＬＩＳＡである。
【０１９２】
本明細書に記載した試験の工程の１つ以上は溶液中（例えば液体媒体）または固体支持体上で実施してよい。固体支持体は、本発明の目的のためには不溶性のマトリックスであり、合成または半合成の表面を有し、その上に目的の分子（例えば本発明のペプチド試薬、プリオン蛋白、抗体等）を連結または結合できるような何れかの物質である。例示される固体支持体は、基板、例えばニトロセルロース、ポリ塩化ビニル；ポリプロピレン、ポリスチレン、ラテックス、ポリカーボネート、ナイロン、デキストラン、キチン、砂、シリカ、軽石、アガロース、セルロース、ガラス、金属、ポリアクリルアミド、シリコン、ゴム、多糖類、ポリフッ化ビニル；ジアゾ化紙；活性化ビーズ、磁気応答性ビーズ、および、固相合成、アフィニティー分離、精製、ハイブリダイゼーション反応、イムノアッセイおよび他のこのような用途のために一般的に使用される何れかの物質であることができる。支持体は、粒子状であることができ、または、連続表面の形態であることもでき、そして、メンブレン、メッシュ、プレート、ペレット、スライド、ディスク、キャピラリー、中空糸、針状物、ピン、チップ、固体繊維、ゲル（例えばシリカゲル）およびビーズ、（例えば多孔性ガラスビーズ、シリカゲル、場合によりジビニルベンゼンと交差結合したポリスチレンビーズ、グラフト化共重合ビーズ、ポリアクリルアミドビーズ、ラテックスビーズ、場合によりＮ，Ｎ’−ビス−アクリロイルエチレンジアミンと交差結合したジメチルアクリルアミドビーズ、酸化鉄磁気ビーズおよび疎水性重合体でコーティングしたガラス粒子を包含する。
【０１９３】
本明細書に記載したペプチド試薬は標準的方法を用いて固体支持体に容易にカップリングできる。支持体への固定化は蛋白へのペプチド試薬の第１のカップリングにより増強してよい（例えば蛋白がより良好な固体支持体結合特性を有する場合）。適当なカップリング蛋白は、例えば巨大分子、例えばアルブミン、例えばウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、キーホールリンペットヘモシアニン、免疫グロブリン分子、タイログロブリン、オブアルブミンおよび当業者に周知の他の蛋白を包含するがこれらに限定されない。支持体への分子の結合のために使用できる他の試薬は多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、重合体アミノ酸、アミノ酸共重合体等を包含する。このような分子およびこのような分子を蛋白にカップリングする方法は当業者に周知である。例えばＢｒｉｎｋｌｅｙ，  Ｍ．Ａ．，（１９９２）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．３：２−１３；Ｈａｓｈｉｄａ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８４）Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，６：５６−６３；およびＡｎｊａｎｅｙｕｌｕ  ａｎｄ  Ｓｔａｒｏｓ  （１９８７）Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊ．  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．３０：１１７−１２４を参照。
【０１９４】
所望により、固体支持体に付加すべき分子を容易に官能性付与してスチレンまたはアクリレートの部分を形成することができ、これにより分子のポリスチレン、ポリアクリレートまたは他の重合体、例えばポリイミド、ポリアクリルアミド、ポリエチレン、ポリビニル、ポリジアセチレン、ポリフェニレン−ビニレン、ポリペプチド、多糖類、ポリスルホン、ポリピロール、ポリイミダゾール、ポリチオフェン、ポリエステル、エポキシ、シリカガラス、シリカゲル、シロキサン、ポリホスフェート、ヒドロゲル、アガロース、セルロース等への取り込みが可能となる。
【０１９５】
ペプチド試薬は分子の結合対の相互作用を介して固体支持体に結合できる。このような結合対はよく知られており、その例は明細書に記載する通りである。結合対の一方のメンバーを上記した手法により固体支持体にカップリングさせ、そして結合対の他方のメンバーをペプチド試薬に結合する（合成前、合成中、合成後）。このようにして修飾されたペプチド試薬は試料に接触でき、そして病原性プリオンが存在すればそれとの相互作用が溶液中で起こり、その後、固体支持体をペプチド試薬（またはペプチド−プリオン複合体）に接触させる。この実施形態のための好ましい結合対はビオチンとアビジン、およびビオチンとストレプトアビジンを包含する。
【０１９６】
適当な対照もまた本発明の試験において使用できる。例えばＰｒＰＣの陰性対照を試験に使用できる。ＰｒＰＳｃ（またはＰｒＰｒｅｓ）の陽性対照もまた試験で使用できる。このような対照は場合により検出可能に標識できる。
【０１９７】
本発明のペプチド試薬を使用したいくつかの変法および組み合わせを本発明の試験に適用してよい。以下の非限定的な例を説明のために示す。
【０１９８】
特定の実施形態においては、試験は生物学的試料中の病原性プリオンの検出に関して説明される。このような方法において、本発明のペプチド試薬は生物学的または非生物学的な試料中の病原性プリオンに対するキャプチャー試薬として使用できる。このような実施形態において、固体支持体（例えば磁気ビーズ）はまず、病原性プリオンと優先的に相互作用する本明細書に記載したペプチド試薬が支持体に十分固定化されるように、ペプチド試薬と反応させる。次に固体支持体をペプチド試薬が病原性プリオンに結合できるような条件下、病原性プリオンを含有することが疑われる試料と接触させる。未結合の試料物質を除去した後、結合した病原性プリオンをペプチド試薬から解離させ、そして、例えば実施例およびその引用文献に記載する通り、ウエスタンブロットやＥＬＩＳＡを含む何れかの知られた検出機序を用いて検出する。或いは、結合した病原性プリオンはペプチド試薬から解離することなく検出できる。
【０１９９】
或いは、本発明のペプチド試薬は固体支持体への結合よりも前に病原性プリオンを含有することが疑われる試料と接触させてよく、その後、固体支持体へのペプチド試薬の結合を行う（例えばペプチド試薬をビオチニル化し、そして固体支持体がアビジンまたはストレプトアビジンを含む）。未結合の試料物質を除去した後、病原性プリオンをペプチド試薬から解離させ、そして、例えば実施例およびその引用文献に記載する通り、ウエスタンブロットやＥＬＩＳＡを含むがこれらに限定されない何れかの知られた検出機序を用いて検出する。或いは、結合した病原性プリオンはペプチド試薬から解離することなく検出できる。或いは病原性プリオンは検出前にペプチド試薬から解離させる必要はない。
【０２００】
試料中の病原性プリオンの検出は病原性形態と優先的に相互作用する本明細書に記載したペプチド試薬を用いて行ってよい。或いは、病原性プリオンは非特異的検出試薬（例えば一般的にＰｒＰに結合するペプチドまたは抗体）により検出してよい。特定の実施形態においては、固体支持体からの解離の後、キャプチャーされた病原性プリオンを変性した後に検出することにより、非特異的検出試薬の使用が可能となることにより検出が容易になる場合がある。或いは、キャプチャーされた病原性プリオンは、例えば、ペプチド試薬と病原性プリオンを共有結合させるために使用できる活性化可能な反応性の基（例えば光反応性の基）を含有するようにペプチド試薬を修飾する場合は、ペプチド試薬から解離させることなく変性できる。
【０２０１】
Ｒｙｏｕ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）  Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ．８３（６）：８３７−４３に記載のＥＬＩＳＡのようなプロトコルを実施することにより固体支持体から溶離した病原性プリオンの量を定量することができる（実施例参照）。慨すれば、マイクロプレートのウェルを固体支持体から解離（溶出）されているキャプチャーされた病原性プリオンでコーティングする。プレートを洗浄して未結合の物質を除去し、抗プリオン抗体または本発明のペプチド（キャプチャー用と同様か異なるもの）のような検出可能に標識された結合分子を添加する。この結合分子はキャプチャーされた試料プリオンと反応することができ、プレートを洗浄し、標識された抗体および／または標識されたペプチド試薬の存在を当該技術分野で周知の方法を用いて検出する。結合分子は病原性プリオン形態に特異的である必要はないが、キャプチャー試薬が病原性プリオン形態に特異的である限り両方のアイソフォームまたは変性されたＰｒＰに結合できる。
【０２０２】
別の例示される試験においては、キャプチャー試薬およびプリオンは検出前に解離させない。例えば固体支持体（例えばマイクロプレートのウェル）をまず病原性プリオン特異的分子（ペプチド試薬）に連結する。次に病原性プリオンを含有するか、含有することが疑われる生物学的試料を固体支持体に添加する。第１の分子に全ての病原性プリオンが結合するのに十分なインキュベート時間の後、固体支持体を洗浄して未結合の分子を除去し、そして第２の抗ＰｒＰ抗体またはプリオン特異的ペプチド試薬のような上記した検出可能に標識された二次結合分子を添加する。或いは、病原性および非病原性形態に結合する分子（例えば非特異的キャプチャー試薬）を固体支持体にカップリング（例えばマイクロプレートのウェル上にコーティング）し、病原性プリオン特異的検出試薬（例えば本明細書に記載したペプチド試薬）を用いて検出を行うことができる。
【０２０３】
別の例示される試験は「２ペプチドサンドイッチ」試験であり、プリオン（例えば病原性プリオン）を検出するために使用できる。この手法においては、固体支持体を本明細書に記載した本発明の第１のペプチド試薬１つ以上に反応させ、洗浄して未反応の第１のペプチド試薬を除去し、次に第１のペプチド試薬と試料中に存在する何れかの病原性プリオン蛋白との間の相互作用を可能にする条件下に病原性プリオン蛋白を含有することが疑われる被験試料（例えば生物学的試料）に曝露する。未反応の試料成分を除去し、本発明の第２のペプチド試薬の相互作用を可能にする条件下に第２のペプチド試薬１つ以上を添加することにより存在する何れかの病原性プリオン蛋白と相互作用させる。第１のペプチドプリオン蛋白−第２のペプチドの間の相互作用は当該技術分野で知られた何れかの手段で検出できる。典型的には第２のペプチド試薬は検出可能な標識を含む。この試験のためには、第１のペプチド試薬および／または第２のペプチド試薬は病原性プリオン蛋白と優先的に相互作用する。
【０２０４】
特定の実施形態においては、抗ＰｒＰ抗体を用いてプリオン蛋白を検出する。プリオン蛋白、特にＰｒＰＣ、または他の変性ＰｒＰに結合する抗体、修飾抗体および他の試薬は文献に記載されており、その一部は市販されている（例えばＰｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．１９９７  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：６１４；Ｐｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００１  Ｎａｔｕｒｅ  ４１２：７３９；Ｗｉｌｌｉａｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．１９９８  Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：９４１３；米国特許第６，７６５，０８８号に記載されている抗プリオン抗体を参照されたい。これらの一部または他のものは特にＩｎＰｒｏ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，  ＣＡ，  Ｃａｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，  Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ  ＭＩ；Ｐｒｉｏｎｉｃｓ  ＡＧ，  Ｚｕｒｉｃｈより購入でき；また修飾抗体の説明についてはＷＯ０３／０８５０８６を参照のこと）。
【０２０５】
本発明のペプチド試薬はまた競合試験において使用してよい。ＰｒＰＳｃに弱く結合するリガンドがＰｒＰＳｃに特異的な本明細書に記載したペプチド試薬により置き換えられる場合の検出手段を使用して識別できる。例えば、ＰｒＰＳｃを含有することが疑われる試料を固体支持体上に吸着させる。その後、固体支持体を検出可能に標識されたリガンド（例えばプラスミノーゲン、ラミニン受容体およびヘパランスルフェート）がＰｒＰＳｃに結合するような条件下、ＰｒＰＳｃに結合する検出可能に標識されたリガンドと組み合わせる。リガンド−ＰｒＰＳｃ複合体を検出する。次に本明細書に記載したＰｒＰＳｃ結合ペプチド試薬を添加する。検出可能に標識されたリガンドの結合親和性は病原性プリオンに対するペプチド試薬の結合親和性より弱い。従って、ＰｒＰＳｃ結合ペプチド試薬は標識されたリガンドを置き換え、そして標識されたリガンドの検出量の減少はペプチド試薬と生物学的試料に由来する病原性プリオンの間に複合体が形成されたことを示し、検出できる。
【０２０６】
上記した試験の試薬、例えば本明細書に記載したペプチド試薬は上記した検出試験を実施するための適当な説明書および他の必要な試薬とともにキットとして提供できる。ペプチド試薬を固体支持体上に吸着させる場合、キットは更に、または代替として、固体支持体１つ以上の上に吸着されたペプチド試薬を含む。キットは更に、上記した通り適当な陽性および陰性の対照を含んでよい。キットはまた使用する特定の検出試験に応じて、適当な標識および他のパッケージされた試薬および材料（即ち洗浄緩衝液等）を含有できる。
【０２０７】
更に別の実施形態において、本発明は病原性プリオン特異的ペプチド試薬を含む固体支持体に関する。例えば（ａ）固体支持体を準備すること；および（ｂ）それに病原性プリオン特異的ペプチド試薬１つ以上を結合させることにより、これらの固体支持体を製造する方法も提供される。
【０２０８】
プリオン特異的ペプチド試薬は更にアフィニティー支持体を用いて病原性プリオン蛋白を単離するために使用してよい。ペプチド試薬は、ペプチド試薬がプリオン選択的結合活性を保持できるように、例えば吸着、共有結合等により固体支持体に固定することができる。場合により、例えばペプチド試薬の結合部位が使用可能なまま維持されるようにスペーサー基を含めてもよい。次に固定化された分子を用いて血液、血漿、脳、脊髄、他の組織のような生物学的試料に由来する病原性プリオン蛋白を結合する。結合したペプチド試薬または複合体は、例えばｐＨの変化により支持体から回収されるか、または、病原性プリオンは複合体から解離させてよい。
【０２０９】
本発明に従って試験できる試料は、抗体試験に適合した何れかの試料、例えば生存中または死亡した対照に由来する神経系組織（例えば脳、脊髄、ＣＳＦ等）、血液および／または他の組織に由来する試料を包含する。上記した通り、好ましい実施形態においては、試料は生存中の被験体より得た血液、血液製剤または組織試料である。
【０２１０】
（ＶＩ．別の用途）
（Ａ．検出）
上記した通り、本明細書に記載したペプチド試薬は被験体中のプリオン疾患を診断するために使用できる。更に、上記したペプチド試薬を用いて血液および／または食料補給物中の病原性プリオン汚染を検出できる。即ち、本明細書に記載した検出試験のいずれかを用いながら個体の採取試料由来の少量、またはプールされた試料をスクリーニングすることにより病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を調製できる。病原性プリオンで汚染された試料またはプールされた試料はそれらを添加する前に排除できる。このようにして病原性プリオン汚染を実質的に伴わない血液製品を提供できる。「病原性プリオンを実質的に伴わない」とは、病原性プリオンの存在が本明細書に記載した試験の何れを用いても検出されないことを意味する。重要な点は、正常組織の１０６倍希釈されている脳組織における病原性蛋白形態を検出することが既にわかっている本明細書に記載したペプチド試薬は、血液中の病原性プリオンを検出することができると考えられる唯一の明確化されている試薬である点である。
【０２１１】
即ち本発明は、病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を調製するための方法であって、該血液製品は全血、赤血球、血清、血小板または血清を含み、該方法は下記工程：
（ａ）病原性プリオンを検出するための本明細書において提供された検出方法の何れかにより、収集された血液試料から全血、赤血球、血漿、血小板または血清のアリコートをスクリーニングすること；
（ｂ）病原性プリオン蛋白が検出された試料を排除すること；および、
（ｃ）病原性プリオンが検出されない試料を合わせることにより病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を提供すること、
を含む上記方法を提供する。
【０２１２】
同様に食糧は病原性プリオンを実質的に伴わない食糧を提供するために病原性プリオンの存在についてスクリーニングすることができる。即ち本明細書に記載した方法の何れかを用いて、ヒトまたは動物の消費のための食品を意図した生物由来の試料に病原性プリオンが存在しないかどうかスクリーニングすることができる。食糧内への進入を意図する食料品から得た試料もスクリーニングできる。病原性プリオンが検出された試料を発見し、そして病原性プリオンが検出された試料の由来元である食糧に投入されることを意図する生物または食品を食糧から排除する。このようにして、病原性プリオンを実質的に伴わない食糧が提供される。
【０２１３】
即ち本発明は、病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品の調製方法であって、該方法が下記工程：
（ａ）病原性プリオンを検出するための本明細書において提供された検出方法のいずれかにより食糧に投入されることになる生物から収集した試料、または、食糧に投入されることを意図する食品から収集した試料をスクリーニング
すること；
（ｂ）病原性プリオンが検出された試料を排除すること；および、
（ｃ）病原性プリオンが検出されない試料を合わせることにより病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を提供すること、
を含む上記方法を提供する。
【０２１４】
（Ｂ．精製）
本発明のペプチドはまた病原性プリオンを単離する目的で（例えば検出の前にプリオン蛋白を濃縮するため）、および、試料から病原性プリオンを排除する目的（例えば病原性プリオンを実質的に伴わない試料を提供する手段として）の両方のために、試料から病原性プリオンを除去するために使用できる。これらの方法において、ペプチド試薬は典型的には固体支持体上に提供される。ペプチド試薬を含む固体支持体を、病原性プリオンを含有する試料に、ペプチド試薬にプリオンが結合する条件下に接触させる。目的が病原性プリオンを単離することである場合は、未結合の試料を除去し、プリオンを含有する固体支持体を収集し、目的が試料からプリオンを排除することであれば、未結合の試料を収集する。
【０２１５】
即ち本発明は、下記工程：
（ａ）本発明によるペプチド試薬を含む固体支持体を準備すること；
（ｂ）病原性プリオン蛋白が試料中に存在する場合に、その第１のペプチド試薬への結合を可能にする条件下に該固体支持体に該試料を接触させることにより、第１の複合体を形成すること；および、
（ｃ）未結合の試料物質を除去すること、
を含む試料から病原性プリオン蛋白を単離するための方法を提供する。
【０２１６】
更に別の実施形態においては、該病原性プリオン蛋白は該第１の複合体から解離させてよい。この解離は蛋白精製分野で周知の手法により行うことができる。
【０２１７】
本発明は、下記工程：
（ａ）本発明のペプチド試薬を含む固体支持体を準備すること；
（ｂ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、そのペプチド試薬への結合を可能にする条件下に病原性プリオン蛋白を含有することが疑われる試料に固体を接触させること；および、
（ｃ）未結合の試料物質を除去すること、
を含む試料から病原性プリオン蛋白を排除するための方法を提供する。
【０２１８】
（Ｃ．組成物）
本発明は更に本明細書に記載したペプチド試薬および／または抗体（およびこれらのペプチド試薬および／または抗体をコードするポリヌクレオチド）を含む組成物、および、プリオン関連疾患の治療または防止のための治療用および予防用の組成物におけるこれらの組成物の使用方法に関する。更にまた、抗体、ペプチド試薬（およびこれらの抗体および／またはペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド）はまた予防的（即ち発症防止）または治療的（感染後の疾患の治療）な目的のために、単独または組み合わせにおいて、組成物中で使用できる。
【０２１９】
本明細書に記載した組成物が疾患を治療または防止するために機能する厳密な機序は重要ではない。ある理論に拘泥するものではないが、本明細書に記載した組成物は以下の機序、即ち、被験体における免疫応答の誘導とそれによるその後の疾患状態の治療または防止；非病原性形態への変換を防止する非病原性形態との相互作用（例えば結合）；病原性帰結を防止する病原性形態への結合；および／または病原性形態が別の非病原性形態を疾患形態へ変換しないようにする病原性形態への結合、の１つ以上によりコンホーメーション疾患を治療または防止する作用を有すると考えられる。（例えばプリオンの増殖を特定のＦａｂが抑制する能力を試験したＰｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  ４１２：７３９−７４３を参照）。
【０２２０】
組成物はペプチド試薬、抗体および／またはポリヌクレオチドの１つ以上の混合物を含むことができる。これらの分子は種々の原料、例えば組み換えにより生産された蛋白、合成により生産された蛋白から得てよい。組成物はまた他の分子、例えば抗原および免疫調節剤、例えば免疫グロブリン、サイトカイン、リンホカインおよびケモカイン、例えばＩＬ−２、修飾ＩＬ−２（ｃｙｓ１２５−ｓｅｒ１２５）、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１２、アルファまたはガンマインターフェロン、ＩＰ−１０、ＭＩＰ１およびＲＡＮＴＥＳと組み合わせて投与してよい。組成物はポリペプチドとして投与するか、または、裸の核酸（例えばＤＮＡ）としてウィルスベクター（例えばレトロウィルスベクター、アデノウィルスベクター、アデン関連ウィルスベクター、アルファウィルスベクター）または非ウィルスベクター（例えばリポソーム、核酸または蛋白をコーティングした粒子）を用いて投与してよい。
【０２２１】
組成物はまた、ペプチド試薬と核酸の混合物を含んでよく、これを同じかまたは異なった用法および／またはベヒクルを用いて送達してよい。同じかまたは異なる組成物は所望の作用を達成するために１回より多く投与（例えば「プライミング」投与後に１回以上の「ブースト」投与を行う）してよい。同じ組成物をプライミングおよび１回以上のブーストとして投与できる。或いは、異なる組成物を用いてプライミングとブーストを行うことができる。
【０２２２】
本発明の組成物は好ましくは製薬上許容しうる、そして、薬理学的に許容しうるものである。特に、組成物は、好ましくは生物学的またはその他の面において望ましくないものであってはならず、即ち、材料は、何れかの望ましくない生物学的作用を起こすか、または、成分が含まれる組成物の何れかの成分と有害な様式において相互作用を起こすことなく、製剤または組成物中において個体に投与される。
【０２２３】
本明細書に記載した組成物は典型的には分子（ペプチド試薬）またはこれをコードするヌクレオチド配列、これらの分子を指向した抗体、および必要に応じて上記した成分の何れか他のものの治療有効量を含む。「治療有効量」とは、投与被験体となる未感染、感染または非曝露の被験体において保護的および／または治療的な応答を誘導する量を意味する。「治療有効量」は日常的治験を介して決定できる比較的広範囲に属する。必要な厳密な量は治療被験体；治療すべき個体の年齢および全身状態；抗体を合成する個体の免疫系の能力；所望の保護の程度；治療すべき状態の重症度；選択される特定の組成物およびその投与様式等の要因に応じて変動する。
【０２２４】
特定の実施形態において、ペプチド試薬は免疫原性であり、本発明の方法は動物に本明細書に記載したペプチド試薬、病原性プリオンに特異的な抗体、および／または、これらのペプチド試薬または抗体をコードするポリヌクレオチドを含む免疫原性の組成物を投与することを含む。本発明において使用される免疫原性の組成物は好ましくはこれらの成分の免疫学的有効量を含む。「免疫学的有効量」とは、プリオン蛋白、好ましくは病原性プリオンへの免疫応答を哺乳動物が起こすことができるようになるのに十分な量である。免疫応答は一般的に被験体において、分泌、細胞および／または抗体媒介性の免疫応答を発生させる。通常はこのような応答は、例えば以下の作用、即ち、免疫学的クラスのいずれかの抗体、例えば免疫グロブリンＡ、Ｄ、Ｅ、ＧまたはＭの生産；ＢおよびＴリンパ球の増殖；免疫学的細胞に対し活性化、生育および分化のシグナルを与えること；ヘルパーＴ細胞、サプレッサーＴ細胞および／または細胞毒性Ｔ細胞の発現、の１つ以上を包含するがこれらに限定されない。生産された抗体の量は使用する動物、アジュバントの存在等を含む数種の因子により異なる。
【０２２５】
本発明の組成物は更にアジュバント１つ以上を含んでよい。本発明において使用するのに適するアジュバントは以下に列挙するものの１つ以上を包含する。
−Ｅ．ｃｏｌｉ熱不安定性テンテロトキシン（ＬＴ）またはその脱毒性突然変異体、例えばＫ６３またはＲ７２突然変異体；
−これら毒素（ＣＴ）またはその脱毒性突然変異対；
−生体分解性および非毒性の物質（例えばポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトン等）から形成された微粒子（即ち直径約１００ｎｍから約１５０μｍ、より好ましくは直径約２００ｎｍから約３０μｍ、最も好ましくは直径約５００ｎｍから約１０μｍ）；
−ポリオキシエチレンエステルまたはポリオキシエチレンエステル（国際特許出願ＷＯ９９／５２５４９号参照）；
−ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤とオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願ＷＯ０１／２１２０７号参照）またはポリオキシエチレンアルキルのエーテルまたはエステルの界面活性剤と少なくとも１つの別のノニオン系界面活性剤、例えばオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願ＷＯ０１／２１１５２号参照）；
−キトサン（例えば国際特許出願ＷＯ９９／２７９６０号参照）；
−免疫刺激性オリゴヌクレオチド（例えばＣｐＧオリゴヌクレオチド）およびサポニン（国際特許出願ＷＯ００／６２８００号参照）；
−免疫刺激性２本鎖ＲＮＡ；
−アルミニウム化合物（例えば水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、ヒドロキシリン酸アルミニウム、オキシ水酸化物、オルトリン酸塩、硫酸塩等（例えばＶａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ：ｔｈｅ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｐｐｒｏａｃｈ，  ｅｄｓ．Ｐｏｗｅｌｌ＆Ｎｅｗｍａｎ，  Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ  １９９５（ＩＳＢＮ０−３０６−４４８６７−Ｘ参照）（以降Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ）または種々のアルミニウム化合物と何れかの適当な形態（例えばゲル、結晶性、不定形等）の化合物との混合物、吸着が好ましいもの；
−ＭＦ５９（５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０および０．５％Ｓｐａｎ８５、マイクロ流動装置を用いてサブミクロン粒子に製剤）（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ  １０参照；また国際特許出願ＷＯ９０／１４８３７号参照）；
−リポソーム（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ１３および１４参照）；
−ＩＳＣＯＭ（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２３参照）；
−ＳＡＦ、１０％スクアレン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０、５％プルロニックブロック重合体Ｌ１２１およびｔｈｒ−ＭＤＰを含有、マイクロ流動装置を用いてサブミクロン乳液とするか、回転混合して大粒径の乳液としたもの（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ１２参照）；
−Ｒｉｂｉ（商標）アジュバント系（ＲＡＳ）、（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）、２％スクアレン、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０およびモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群より選択される細菌細胞壁成分１つ以上、好ましくはＭＰＬ＋ＣＷＳを含有（Ｄｅｔｏｘ（商標））；
−サポニンアジュバント、例えばＱｕｉｌＡまたはＱＳ２１（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２２参照）、別称Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（商標）；
−ＩＳＣＯＭ、別の洗剤を含まないもの（国際特許出願ＷＯ００／０７６２１号）；
−完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）；
−サイトカイン、例えばインターロイキン（例えばＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２等）、インターフェロン（例えばインターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、腫瘍壊死因子等（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２７＆２８参照）；
−モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）または３−Ｏ−脱アセチル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）（例えばＶａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２１参照）；
−３ｄＭＰＬと、例えばＱＳ２１および／または水中油エマルジョンの組み合わせ（欧州特許出願０８３５３１８、０７３５８９８および０７６１２３１）；
−ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド（Ｋｒｉｅｇ（２０００）Ｖａｃｃｉｎｅ，１９：６１８−６２２；Ｋｒｉｅｇ（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３：１５−２４；ＷＯ９６／０２５５５，ＷＯ９８／１６２４７，ＷＯ９８／１８８１０，ＷＯ９８／４０１００，ＷＯ９８／５５４９５，ＷＯ９８／３７９１９およびＷＯ９８／５２５８１等参照）即ち少なくとも１つのＣＧジヌクレオチドを含有；
−ポリオキシエチレンエーテルまたはポリオキシエチレンエステル（国際特許出願第ＷＯ９９／５２５４９号）；
−ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤とオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願ＷＯ０１／２１２０７）またはポリオキシエチレンアルキルのエーテルまたはエステルの界面活性剤と少なくとも１つの別のノニオン系界面活性剤、例えばオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願第ＷＯ０１／２１１５２号）；
−免疫刺激性オリゴヌクレオチド（例えばＣｐＧオリゴヌクレオチド）およびサポニン（国際特許出願第ＷＯ００／６２８００号）；
−免疫刺激剤および金属塩粒子（国際特許出願第ＷＯ００／２３１０５号）；
−サポニンおよび水中油エマルジョン（国際特許出願第ＷＯ９９／１１２４１号）；および、
−サポニン（例えばＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（場合により＋ステロール）（国際特許出願第ＷＯ９８／５７６５９号）。
【０２２６】
ムラミルペプチドは例えばＮ−アセチル−ムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ｎｏｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒロドキシホスホリルオキシ）エチルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）等を包含するがこれらに限定されない。
【０２２７】
粘膜または非経腸投与に適する別のアジュバントもまた入手できる（例えばＶａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ：ｔｈｅ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｐｐｒｏａｃｈ，  ｅｄｓ．Ｐｏｗｅｌｌ＆Ｎｅｗｍａｎ，Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ  １９９５（ＩＳＢＮ０−３０６−４４８６７−Ｘ）のＣｈａｐｔｅｒ７参照）。
【０２２８】
ＬＴの突然変異体、特に「Ｋ６３」および「Ｒ７２」突然変異体が、増強された免疫応答をもたらすことから好ましいアジュバント（例えば粘膜アジュバント）である（例えば国際特許出願第ＷＯ９８／１８９２８号参照）。
【０２２９】
微粒子もまた有用であり、そして好ましくはポリ（α−ヒドロキシ酸）から、特にポリ（ラクチド）（ＰＬＡ）、Ｄ，Ｌ−ラクチドおよびグリコリドまたはグリコール酸の共重合体、例えばポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド−コ−グリコリド）（ＰＬＧまたはＰＬＧＡ）またはＤ，Ｌ−ラクチドおよびカプロラクトンの共重合体から誘導される。微粒子は種々の分子量、そしてＰＬＧのような共重合体の場合は種々のラクチド：グリコリド比を有する種々の重合体原料の何れかから誘導してよく、その選択は所望に応じて行う。本発明のプリオン、抗体および／またはポリヌクレオチドは微粒子内部に捕獲するか、それに吸着させてよい。ＰＬＧ微粒子内の捕獲が好ましい。ＰＬＧ微粒子はＭｏｒｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９４），Ｖａｃｃｉｎｅ，１２：５−１１，Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ，  ｅｄｓ．Ｋｉｙｏｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ  １９９６（ＩＳＢＮ０１２４１０５８７のＣｈａｐｔｅｒ  １３）およびＶａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ：ｔｈｅ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｐｐｒｏａｃｈ，  ｅｄｓ．Ｐｏｗｅｌｌ＆Ｎｅｗｍａｎ，Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ  １９９５（ＩＳＢＮ０−３０６−４４８６７−Ｘ）のＣｈａｐｔｅｒ１６＆１８に更に詳述されている。
【０２３０】
ＬＴ突然変異体は微粒子捕獲抗原と組み合わせて好都合に使用してよく、これにより顕著に増強された免疫応答が得られる。
【０２３１】
アルミニウム化合物およびＭＦ５９は非経腸用の好ましいアジュバントである。
【０２３２】
典型的には、組成物は液体の溶液または懸濁液の何れかの注射用製剤として調製され、注射前に液体ベヒクル中の溶液または懸濁液とするのに適する固体形態も調製してよい。調整物は上記した通り増強されたアジュバント作用のためにリポソーム内に乳化またはカプセル化してもよい。
【０２３３】
製薬上許容しうる塩、例えば無機塩、例えば塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩または硫酸塩、並びに有機酸の塩、例えば酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩または安息香酸塩もまた本発明の組成物中に使用できる。特に有用な蛋白基剤は血清アルブミン、キーホールリンペットヘモシアニン、免疫グロブリン分子、タイログロブリン、オブアルブミン、破傷風トキソイドおよび当業者に周知の他の蛋白である。
【０２３４】
本発明の組成物はまた液体または賦形剤、例えば水、食塩水、グリセロール、デキストロース、エタノール等を、単独または組み合わせにおいて、並びに水和剤、乳化剤またはｐＨ緩衝剤のような物質も含有できる。組成物を投与される個体に対して有害な抗体の生産を自身は誘導しない分子である担体も場合により存在する。適当な担体は典型的には大型の緩徐に代謝される巨大分子、例えば蛋白、多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、重合体アミノ酸、アミノ酸共重合体、脂質凝集物（例えば油滴またはリポソーム）および不活性のウィルス粒子である。このような担体は当該技術分野で周知である。更にまた組成物中のポリペプチド１つ以上は細菌トキソイド、例えばジフテリア、破傷風、コレラ等に由来するトキソイドとコンジュゲートしてよい。
【０２３５】
（Ｄ．送達）
本発明の組成物は単回用量または投与用法の一部として投与してよい。核酸および／またはペプチドは何れかの適当な用法、例えば筋肉内、粘膜内、皮下、皮内、経皮、膣内、直腸内、経口および／または静脈内等を含むがこれらに限定されない用法により投与してよい。用量用法はプライミングおよびブーストの用量を包含してよく、これは粘膜、非経腸またはこれらの種々の組み合わせにより投与してよい。
【０２３６】
特定の実施形態においては、組成物の成分１つ以上を非経腸または粘膜投与する。非経腸投与の適当な経路は、筋肉内（ＩＭ）、皮下、静脈内、腹腔内、皮内、経皮および経皮投与（例えば国際特許出願第ＷＯ９８／２０７３４号参照）経路、並びに組織の間質内への送達を包含する。粘膜投与の適当な経路は経口、鼻内、胃内、肺内、腸内、直腸内、眼内および膣内投与を包含する。組成物は粘膜投与に適合させてよい。例えば組成物を経口投与する場合は、これは場合により腸溶性コーティングされた錠剤またはカプセル、液体、トランスジェニック植物の形態であってよい。組成物を鼻内投与する場合は、それは鼻用スプレー、点鼻液、ゲルまたは粉末の形態であってよい。投薬は単回投与日程または多数回投与日程としてよい。
【０２３７】
組成物（またはその成分）はまた、粒状の担体を用いてカプセル化、吸着または会合させてよい。このような担体は免疫系に対して選択された抗原の複数のコピーを提示し、そして局所リンパ節における抗原の捕獲と貯留を促進する。粒子はマクロファージにより貪食されることができ、そしてサイトカインの放出を介して抗原の提示を増強する。粒状担体の例は、ポリメチルメタクリレート重合体より誘導されたもの、並びにＰＬＧと称されるポリ（ラクチド）およびポリ（ラクチドコグリコリド）より誘導された微粒子を包含する。例えばＪｅｆｆｅｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｈａｒｍ．  Ｒｅｓ．  （１９９３）１０：３６２−３６８；ＭｃＧｅｅＪＰ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｉｃｒｏｅｎｃａｐｓｕｌ．１４（２）：１９７−２１０，１９９７；Ｏ’Ｈａｇａｎ  ＤＴ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ  １１（２）：１４９−５４，１９９３を参照。適当な微粒子はまた、荷電した洗剤、例えばアニオン系またはカチオン系の洗剤の存在下で製造することにより実質負電荷または実質正電荷を有する表面を有する微粒子を得てよい。例えば、アニオン系洗剤、例えば臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）を用いて製造した微粒子、即ちＣＴＡＢ−ＰＬＧ微粒子は負荷電の微粒子、例えばＤＮＡを吸着する（例えば国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ９９／１７３０８参照）。
【０２３８】
更にまた他の粒子系および重合体もインビボまたはエクスビボの送達のために使用できる。例えばポリリジン、ポリアルギニン、ポリオルニチン、スペルミン、スペルミジンのような重合体、並びにこれ等の分子のコンジュゲートも目的の核酸の転移のために有用である。同様に、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム沈降または他の不溶性無機塩、例えばリン酸ストロンチウム、ケイ酸アルミニウム、例えばベントナイトおよびカオリン、酸化クロム、ケイ酸マグネシウム、タルク等を使用した沈降も本発明の方法で使用される。遺伝子転移のために有用な送達系の考察については例えばＦｅｌｇｎｅｒ，  Ｐ．Ｌ．，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（１９９０）５：１６３−１８７を参照のこと。ペプトイド（参照により本明細書に組み込まれる１９９８年１１月３日発行のＺｕｃｋｅｒｍａｎ，  Ｒ．Ｎ．  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，８３１，００５号）もまた本発明のコンストラクトの送達のために有用である。
【０２３９】
上記した通り、ペプチド（または抗体）はこれ等の分子をコードする核酸として送達できる。所望の配列を選択された制御エレメント（例えばプロモーター、エンハンサー等）を含有する単シストロンの多シストロンのベクターに挿入する。終了後、コンストラクトは標準的な遺伝子送達プロトコル、例えば従来のシリンジ（米国特許第５，３９９，３４６号、５，５８０，８５９号、５，５８９，４６６号）または遺伝子銃、例えばＡｃｃｅｌｌ（登録商標）遺伝子送達系（ＰｏｗｄｅｒＪｅｃｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｉｎｃ．，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ）の何れかをもちいた注射；米国特許第５，２１９，７４０号に記載のレトロウィルス系、アデノウィルス系（Ｂａｒｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）１：５１−５８；Ｂｅｒｋｎｅｒ，Ｋ．Ｌ．ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９８８）６：６１６−６２９；およびＲｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９３）４：４６１−４７６）、アデノ関連ウィルス（ＡＡＶ）系（米国特許第５，１７３，４１４号および第５，１３９，９４１号）、ポックスウィルス、ワクシニアウィルス送達系（例えば国際特許出願ＷＯ９４／２６９１１号参照）、アビポックスウィルス系、例えば鶏痘およびカナリア痘ウイルス、アルファウィルス送達系（米国特許第５，８４３，７２３号；第５，７８９，２４５号；第６，３４２，３７２号；第６，３２９，２０１号）並びに他のウィルス系のようなウィルスによる系；非ウィルス系、例えば荷電または未荷電のリポソーム（例えばＨｕｇ  ａｎｄ  Ｓｌｅｉｇｈｔ，  Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．（１９９１）１０９７：１−１７；Ｓｔｒａｕｂｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９８３），Ｖｏｌ．１０１，ｐｐ．５１２−５２７；Ｆｅｌｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８７）８４：７４１３−７４１６））；および／またはＰａｐａｈａｄｊｏｐｏｕｌｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．（１９７５）３９４：４８３−４９１に記載のものと同様のコキレート脂質組成物を用いながら送達できる。また米国特許第４，６６３，１６１号および第４，８７１，４８８号も参照。ポリヌクレオチドは脊椎動物の被験体に直接送達するか、または、被験体から誘導した細胞にエクスビボで送達し、細胞を被験体に再移植することができる。
【０２４０】
本発明の方法は更に本発明の抗体有効量を含む組成物を動物に投与することによるプリオン関連疾患の治療または防止を包含する。
【０２４１】
治療方法は本明細書に記載した組成物の何れか、例えばペプチド含有組成物および／または抗体組成物を組み込むものである。種々の成分は共に、または個別に投与してよい。
【０２４２】
本発明の方法において使用するのに適する動物はヒトおよび他の霊長類、例えば非ヒト霊長類、例えばチンパンジーおよび他の類人猿またはサル類；牧場動物、例えばウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギおよびウマ、家畜動物、例えばイヌおよびネコ；実験動物、例えばげっ歯類、例えばマウス、ラット、ハムスターおよびモルモット；鳥類、例えば家畜、野生または競技用の鳥類、例えばニワトリ、シチメンチョウおよび他のキジ科のトリ、アヒル、ガチョウ等を包含する。本発明で使用するのに適する動物は成熟および新生仔の両方を含む何れかの齢であることができる。トランスジェニック動物もまた本発明において使用できる。プリオン蛋白関連疾患の研究のために現在使用されているトランスジェニック動物の考察については、一般的にはＰｒｕｓｉｎｅｒ「Ｐｒｉｏｎｓ」Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９８）９５：１３３６３−１３３８３を参照のこと。
【０２４３】
本発明の組成物はプリオン関連疾患の治療または防止のために使用できる。このようなプリオン関連疾患は病原性プリオン蛋白（ＰｒＰＳｃ）により全体または部分的に誘発される疾患を包含する。プリオン関連疾患は、スクラピー、ウシ海綿状脳障害（ＢＳＥ）、狂牛病、ネコ海綿状脳障害、クールー、クロイツフェルトヤコブ病（ＣＪＤ）、ゲルストマン−シュトロイスラー−シェンカー症候群（ＧＳＳ）および胎児家族性不眠症（ＦＦＩ）を包含する。
【実施例】
【０２４４】
以下に本発明を実施するための特定の実施形態の実施例を示す。実施例は説明目的のみに示したものであり、如何なる点においても本発明の範囲を限定する意図はない。
【０２４５】
使用した数値（例えば量、温度等）に関しては正確さを確保すべく努力したが、一部の実験誤差および偏移は当然ながら許容されなければならない。
【０２４６】
（実施例１：ペプチド試薬の製造）
プリオン蛋白のペプチドフラグメントは本質的にはＭｅｒｒｉｆｉｅｌｄ（１９６９）Ａｄｖａｎ．Ｅｎｚｙｍｏｌ：３２：２２１およびＨｏｌｍ  ａｎｄ  Ｍｅｄａｌ（１９８９），  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｃｌｕｍｎ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  ｐ．２０８Ｅ，Ｂａｙｅｒ  ａｎｄ  Ｇ．Ｊｕｎｇ（ｅｄ．），Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  １９８８，Ｗａｌｔｅｒ  ｄｅ  Ｇｒｕｙｔｅｒ  ＆  Ｃｏ．Ｂｅｒｌｉｎ−Ｎ．Ｙ．に記載の通り、標準的ペプチド合成手法を用いて化学合成した。ペプチドはＨＰＬＣにより精製し、配列は質量スペクトルで確認した。
【０２４７】
一部の例においては合成したペプチドは、ＮまたはＣ末端に付加的な残基、例えばＧＧＧ残基を含み、また、野生型配列と比較してアミノ酸置換１つ以上を含んでいた。
【０２４８】
（Ａ．ペプトイド置換）
ペプトイド置換は配列番号１４（ＱＷＮＫＰＳＫＰＫＴＮ、配列番号２の残基９７〜１０７に相当）、配列番号６７（ＫＫＲＰＫＰＧＧＷＮＴＧＧ、配列番号２の残基２３〜３６に相当）および配列番号６８（ＫＫＲＰＫＰＧＧ配列番号２の残基２３〜３０に相当）に示すペプチドにおいて行った。特にこれ等のペプチドのプロリン残基１つ以上を種々のＮ置換ペプトイドで置換した。何れかのプロリンに対して置換することができるペプトイドについては図３を参照できる。ペプトイドは共に参照により全体が本明細書に組み込まれる米国特許第５，８７７，２７８号および第６，０３３，６３１号；Ｓｉｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８９：９３６７に記載の通り調製した。
【０２４９】
（Ｂ．多量体化）
特定のペプチド試薬はまた多量体として調製し、例えば直列リピート（ＧＧＧのようなリンカーを介したペプチドの複数コピーの連結）、多重抗原性ペプチド（ＭＡＰＳ）および／または線状連結ペプチドを調製することにより行った。
【０２５０】
特にＭＡＰＳは本質的にはＷｕ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．２００１  １２３（２８）：６７７８−８４；Ｓｐｅｔｚｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）  Ｉｎｔ  Ｊ  Ｐｅｐｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．４５（１）：７８−８５に記載の通り標準的手法を用いて調製した。
【０２５１】
直鎖または分枝鎖のペプチド（例えばＰＥＧリンカー多量体化）もまた標準的手法を用いてポリエチレングリコール（ＰＥＧ）リンカーを用いて調製した。特に分枝鎖多重ペプチドＰＥＧスカホールドは、以下の構造、即ち、ビオチン−ＰＥＧ−Ｌｙｓ−ＰＥＧ−Ｌｙｓ−ＰＥＧ−Ｌｙｓ−ＰＥＧ−Ｌｙｓ−ＰＥＧ−Ｌｙｓ（無ペプチド対照）およびビオチン−ＰＥＧ−Ｌｙｓ（ペプチド）−ＰＥＧ−Ｌｙｓ（ペプチド）−ＰＥＧ−Ｌｙｓ（ペプチド）−ＰＥＧ−Ｌｙｓ（ペプチド）−ＰＥＧ−Ｌｙｓ（ペプチド）として作成した。更にペプチドからＬｙｓへの連結を、Ｌｙｓ−イプシロン−ＮＨ−ＣＯ−（ＣＨ２）３−Ｍａｌ−Ｓ−Ｃｙｓ−ペプチドとして調製した。（図５参照）。
【０２５２】
（Ｃ．ビオチニル化）
ペプチドは合成および精製の後に標準的手法を用いてビオチニル化した。ビオチンはペプチドのＮまたはＣ末端に付加した。
【０２５３】
（実施例２：結合試験）
（Ａ．プルダウン）
本明細書に記載したペプチド試薬のプリオン蛋白に特異的に結合する能力を磁気ビーズプルダウン試験を用いて調べた。この試験のために、ペプチド試薬をビオチンで標識することによりストレプトアビジンコーティング磁気ビーズへの結合が行えるようにした。
【０２５４】
脳ホモジネートはＲＭＬＰｒＰＳｃ＋およびＰｒＰＣ＋Ｂａｌｂ−ｃマウスから調製する。慨すればＴＢＳ緩衝液（５０ｍＭトリスＨＣｌｐＨ７．５および３７．５ｍＭＮａＣｌ）５ｍｌに１％ＴＷ２０および１％トリトン１００を添加したものを約０．５ｇの重量の脳に添加し、１０％ホモジネートとした。脳スラリーを大型粒子が消失するまで処理した。２００μｌのアリコートを緩衝液中１：１希釈し、予備冷却したエッペンドルフ試験管に添加し、試料を各々数秒数回反復して音波処理した。試料を５００ｘで１０〜１５分間遠心分離し、上澄みを除去した。
【０２５５】
プロテイナーゼＫ消化の作用を試験するために、特定の上澄みを２試料に分割し、プロテイナーゼＫ４μｌを一方の試料に添加し、１時間３７℃で回転させた。ＰＭＳＦ８μｌをプロテイナーゼＫの試験管に添加して消化を停止し、試験管を４℃で最低１時間インキュベートした。
【０２５６】
ホモジネートはその後の使用時まで４℃で保存し、必要に応じて上記した通り再度超音波処理した。脳ホモジネートの１０％ｗ／ｖのＰｒＰＣ＋およびＰｒＰＳｃ＋調製物を以下の通りビオチン標識ペプチド試薬と共に４℃で一夜インキュベートした。緩衝液４００μｌ、抽出物５０μｌおよびビオチン標識ペプチド試薬（１０ｍＭ保存溶液）５μｌを含有する試験管を作成した。試験管は室温で最低２時間、または、４℃で一夜、プラットホームロッカー上でインキュベートした。
【０２５７】
インキュベーションの後、ＳＡ−ビーズ（Ｄｙｎａｌ  Ｍ２８０ストレプトアビジン１１２．０６）５０μｌを添加し、試験管を回転混合した。試験管を揺動（ＶＷＲ、Ｒｏｃｋｉｎｇプラットホーム、１００型）を用いて室温で１時間、または、４℃で一夜、インキュベートした。
【０２５８】
試料を振とう装置から取り外し、磁場内に置き、結合したペプチド試薬およびプリオンと共に磁気ビーズを回収し、そして試験緩衝液１ｍｌを用いて５〜６回洗浄した。試料は即座に使用するか、または後述するウエスタンブロットまたはＥＬＩＳＡに供するまで−２０℃で保存した。
【０２５９】
（Ｂ．ウエスタンブロット）
ウエスタンブロット分析は以下の通り実施した。上記した通り沈降させたビーズ−ペプチド−プリオン複合体を、各試験管に添加したＳＤＳ緩衝液（Ｎｏｖｅｘ、トリス−グリシンＳＤＳ−試料緩衝液２Ｘ）２５〜３０μｌを添加することにより最終洗浄の後に変性した。全ビーズが懸濁するまで試験管を回転混合した。上面が開放し始めるまで試験管を煮沸し、標準的ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上で泳動し、ＷＢ分析用の固体メンブレンに移行させた。
【０２６０】
メンブレンを５％乳／ＴＢＳ−Ｔ［５０ｍｌ１Ｍと反応スキームｐＨ７．５；３７．５ｍｌ４ＭＮａＣｌ、１〜１０ｍＬツイーン、乳で容量を１Ｌとする］中室温で３０分間ブロッキングした。「Ｐｒｉｏｎ  Ｃｈｉｍｅｒａｓ  ａｎｄ  Ｕｓｅｓ  Ｔｈｅｒｅｏｆ」と題された２００３年９月３０日出願の国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ０３／３１０５７に記載の通り抗プリオンポリクローナル抗体１０〜１５ｍｌを１：５０倍希釈でメンブレンに添加し、室温で１時間インキュベートした。メンブレンをＴＢＳ−Ｔで数回洗浄した。洗浄後、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）コンジュゲート二次抗体（ヤギ抗ウサギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）抗体（Ｐｉｅｒｃｅ）を１：１０００希釈（ＴＢＳ−Ｔ中）で添加し、室温で２０分間インキュベートした。メンブレンをＴＢＳ−Ｔで数回洗浄した。アルカリホスファターゼ沈降試薬（１工程ＮＢＴ／ＢＣＩＰ（Ｐｉｅｒｃｅ））を添加し、バックグラウンドが生じるかシグナルが明確化するまで発色させた。
【０２６１】
（Ｃ．ＥＬＩＳＡ）
最終洗浄の後、上記したビーズ−ペプチド複合体をグアニジンチオシアネートで変性させ、Ｒｙｏｕ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ．８３（６）：８３７−４３に記載の通り変性蛋白に対してＥＬＩＳＡを実施した。ブランク対照より高値のＯＤ値（．１７２〜．２５９の範囲）を陽性とみなした。
【０２６２】
（Ｄ．結果）
ウエスタンブロットおよびＥＬＩＳＡ結合試験の結果を表２にまとめる。慨すれば、脳ホモジネートのプロテイナーゼＫ消化は本明細書に記載したペプチド試薬がＰｒＰＳｃに結合する特異的結合の検出のためには必要ではなかった。図４に示すとおり、何れの場合も野生型の脳ホモジネートについては、結合は観察されず、ペプチド試薬がＰｒＰＳｃに特異的に結合していたことを示していた。更にまた、上記したウエスタンブロット分析では４対数希釈を超えてＰｒＰＳｃが検出され、一方ＥＬＩＳＡはウエスタンブロットより少なくとも１０Ｘを超えて高感度であった。
【０２６３】
【化１１】
2007502120.tif 000012
【０２６４】
【化１２】
2007502120.tif 000013
１：目視評価の相対シグナル強度
２：環化
３：指定位置でＧＧＧＧ残基付加／挿入
４：指定位置でＧＧＧ残基付加／挿入
５：指定位置でＧＧ残基付加／挿入
６：指定位置でＫＫＫ残基付加／挿入
ＮＤ＝測定せず。
【０２６５】
アラニンスキャニングもまた実施することにより結合に関与する残基を発見した。
【０２６６】
結果を表３に示す。
【０２６７】
【化１３】
2007502120.tif 000014
更にまた、表４に示すとおり、配列番号１４、配列番号６７および配列番号６８を有するペプチド試薬によるＰｒＰＳｃへの結合は多くのＮ置換グリシン（ペプトイド）によるプロリン残基の置換により更に増強された。
【０２６８】
【化１４】
2007502120.tif 000015
【０２６９】
【化１５】
2007502120.tif 000016
１任意のＧＧＧリンカーはこの表の実験のペプチド試薬には存在していなかった。
【０２７０】
更にまたＰｒＰＳｃ結合ペプチド試薬の多量体化もＰｒＰＳｃに対する親和性を向上させた。特に、直列リピートは１コピーよりも強力なシグナル（ウエスタンブロット測定）をもたらした。ビーズ上の予備誘導体化ＭＡＰ形態は特定の例においては２倍まで結合を増大させた。しかしながら、ＭＡＰ形態は溶液中のペプチドの沈降をもたらした。線状連結ペプチドもまた結合を増強する能力について調べたが、沈降は起こらなかった。
【０２７１】
（実施例３：抗体作製）
以下に本発明のペプチド試薬に対する抗体を作成するために使用できるプロトコルの例を示す。
【０２７２】
マウスを第０日においてＩＭ（筋肉内）またはＩＰ（腹腔内）のいずれかで本明細書に記載したペプチド試薬（例えば配列番号１２〜１０８の何れか、好ましくは配列番号１４、３５、５０、５１、５６、５７、６５、６６、６７、６８、７２、７３、７７、８１、８２の何れか）を含む組成物で免疫化し、その後２週おきより高頻度とならない間隔で２〜５回ブーストする。初回免疫化前、その後は各ブースト後７日に採血し、抗原への体液性応答をモニタリングする。各動物から６眼内血液（各眼から３）を各々約０．２ｍｌ以下の量で採取する。最終ブーストはＩＶ（静脈内）注射により送達する。最終ブーストの３日後、マウスをＣＯ２またはイソフルオランに曝露して安楽死させ、その後頸部切断する。次に脾臓を摘出してハイブリドーマ作製に供する。
【０２７３】
フロインド完全アジュバントを初回注射用アジュバントとして使用し、その後、ＩＶ感染を除く残余の感染には不完全フロインドアジュバントを使用する。ＩＶ注射は食塩水中に調整する。
【０２７４】
本要件発明の好ましい実施形態を一部詳述したが、明らかな変形形態が本明細書に記載した本発明の精神と範囲を逸脱することなく実施可能であると考えられる。
【図面の簡単な説明】
【０２７５】
【図１】図１はヒト（配列番号１）およびマウス（配列番号２）のプリオン蛋白のアミノ酸配列を示す。
【図２】図２はヒト（配列番号３）、シリアンハムスター（ハムスター）（配列番号４）、ウシ（配列番号５）、ヒツジ（配列番号６）、マウス（配列番号７）、ヘラジカ（配列番号８）、ファロージカ（ファロー）（配列番号９）、ミュールジカ（ミュール）（配列番号１０）およびホワイトテイルジカ（ホワイト）（配列番号１１）に由来するプリオン蛋白のアライメントを示す。ヘラジカ、ファロージカ、ミュールジカおよびホワイトテイルジカは２残基、Ｓ／Ｎ１２８およびＱ／Ｅ２２６（太字で示す）において相互に相違するのみである。
【図３】図３は、パネルＡ−Ｆは本明細書に記載したペプチド試薬の何れかを調製するために行ってよい例示されるペプトイド置換を示す。ペプトイドは各パネルにおいて丸印で囲んであり、そして本明細書に記載した例示されるペプチド試薬内に示されており（配列番号１４、ＱＷＮＫＰＳＫＰＫＴＮＧ）、ここではプロリン残基（配列番号１４の残基８）がＮ置換グリシン（ペプトイド）残基と置き換えられている。パネルＡはプロリン残基がペプトイド残基：Ｎ−（Ｓ）−（１−フェニルエチル）グリシンで置換されたペプチド試薬を示し、パネルＢはプロリン残基がペプトイド残基：Ｎ−（４−ヒドロキシフェニル）グリシンで置換されているペプチド試薬を示し、パネルＣはプロリン残基がペプトイド残基：Ｎ−（シクロプロピルメチル）グリシンで置換されているペプチド試薬を示し、パネルＤはプロリン残基がペプトイド残基：Ｎ−（イソプロピル）グリシンで置換されているペプチド試薬を示し、パネルＥはプロリン残基がペプトイド残基：Ｎ−（３，５−ジメトキシベンジル）グリシンで置換されているペプチド試薬を示し、そしてパネルＦはプロリン残基がペプトイド残基：Ｎ−ブチルグリシンで置換されているペプチド試薬を示す。
【図４】図４は実施例２に記載したウエスタンブロット実験の結果を示す。レーン１および２は正常マウス脳ホモジネート（レーン１、「Ｃ」標示）および変性感染マウス脳ホモジネート（レーン２、「Ｓｃ」標示）におけるプリオン蛋白の存在を示す。レーン３、４および５はヒト血漿の存在下病原性プリオン形態への本明細書に記載したペプチド試薬（配列番号６８）の特異的結合を示す。特にレーン３はヒト血漿対照であり、レーン４は正常マウス脳ホモジネート試料である。レーン５は感染マウス脳ホモジネート試料におけるＰｒＰＳｃへのペプチド試薬による強力な結合を示している。
【図５】図５は本明細書に記載した例示されるＰＥＧ連結ペプチド試薬の構造を示す。
【図１】
2007502120.tif 000017
【図２】
2007502120.tif 000018
【図３】
2007502120.tif 000019
【図４】
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【図５】
2007502120.tif 000021
【誤訳訂正書】
【提出日】平成18年9月26日(2006.9.26)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたペプチド試薬であって、該ペプチド試薬は、コンホーメーション疾患蛋白の非病原性形態と比較した場合、該コンホーメーション疾患蛋白の病原性形態と優先的に相互作用する、ペプチド試薬。
【請求項２】
前記コンホーメーション疾患がプリオン関連疾患であり、病原性蛋白がＰｒＰＳＣであり、そして前記非病原性形態がＰｒＰＣである、請求項１に記載のペプチド試薬。
【請求項３】
前記ペプチド試薬が、プリオン蛋白のフラグメントに由来する、請求項２に記載のペプチド試薬。
【請求項４】
前記ペプチド試薬が、ポリプロリンＩＩ型ヘリックスモチーフを含む、請求項３に記載のペプチド試薬。
【請求項５】
前記ペプチド試薬が、配列モチーフＰＸＸＰを含み、ここでＰは、プロリンまたはＮ置換グリシンであり、そして、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項１に記載のペプチド試薬。
【請求項６】
前記ペプチド試薬が、配列モチーフＰＸＸＰを含み、ここでＰは、プロリンまたはＮ置換グリシンであり、そして、Ｘは任意のアミノ酸である、請求項２に記載のペプチド試薬。
【請求項７】
前記ペプチド試薬が、遺伝子的にコードされている、請求項１に記載のペプチド試薬。
【請求項８】
前記ペプチド試薬が、配列番号１２〜１３２を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項２に記載のペプチド試薬。
【請求項９】
前記ペプチド試薬が、配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、５６、５７、６５、８２および８４を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１０】
前記ペプチド試薬が、配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０，１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６および１２７を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１１】
前記ペプチド試薬が、Ｎ末端および／またはＣ末端においてアミノ酸配列（Ｇ）ｎを含み、ここでｎは、１、２、３または４である、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１２】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項９または１０に記載のペプチド試薬。
【請求項１３】
前記ペプチド試薬が、配列番号１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１および１３２を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１４】
前記ペプチド試薬が、Ｎ末端および／またはＣ末端においてアミノ酸配列（Ｇ）ｎを含み、ここでｎは、１、２、３または４である、請求項１３に記載のペプチド試薬。
【請求項１５】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項１３または１４に記載のペプチド試薬。
【請求項１６】
前記ペプチド試薬が、配列番号１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５，１２６、１２９、１３０、１３１および１３２を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１７】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項１６に記載のペプチド試薬。
【請求項１８】
前記ペプチド試薬が、配列番号５６、５７、６５，８２および８４を有するペプチドからなる群より選択されるペプチドに由来する、請求項８に記載のペプチド試薬。
【請求項１９】
前記ペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項１８に記載のペプチド試薬。
【請求項２０】
請求項７に記載のペプチド試薬をコードするポリヌクレオチド。
【請求項２１】
請求項２〜１９の何れかに記載のペプチド試薬および病原性プリオン蛋白を含む複合体。
【請求項２２】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：（ａ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオン蛋白に結合し得る条件下において、病原性プリオンを含有することが疑われる試料に該第１のペプチド試薬を接触させて、第１の複合体を形成する工程；および
（ｂ）該病原性プリオンが存在する場合に、該第１のペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２３】
前記第１のペプチド試薬が、検出可能に標識されている、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記第１のペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記第１のペプチド試薬が、固体支持体に結合している、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：（ａ）病原性プリオンが存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該第１のペプチド試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第２のペプチド試薬が、該第１の複合体中の病原性プリオンに結合し得る条件下において、該第１の複合体を該第２のペプチド試薬に接触させる工程であって、ここで該第２のペプチド試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｃ）該病原性プリオンが存在する場合に、該第２のペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２７】
前記第１のペプチド試薬および前記第２のペプチド試薬が異なる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第１のペプチド試薬および前記第２のペプチド試薬が同じである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記第１のペプチド試薬が、固体支持体に結合している、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記第１のペプチド試薬が、ビオチニル化されている、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：（ａ）病原性プリオンが存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該第１のペプチド試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）未結合の試料物質を除去する工程；
（ｃ）該第１の複合体から該病原性プリオンを解離させる工程；
（ｄ）請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第２のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該解離された病原性プリオンを該第２のペプチド試薬に接触させる工程であって、ここで該第２のペプチド試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｅ）該病原性プリオンが存在する場合に、該第２のペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３２】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：（ａ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該第１のペプチド試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）未結合の試料物質を除去する工程；
（ｃ）該第１の複合体から該病原性プリオンを解離させる工程；
（ｄ）プリオン結合試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該解離された病原性プリオンを該プリオン結合試薬に接触させる工程であって、ここで該プリオン結合試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｅ）該病原性プリオンが存在する場合に、該プリオン結合試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３３】
前記プリオン結合試薬が、抗プリオン抗体、モチーフグラフト化ハイブリッドポリペプチド、カチオン系またはアニオン系の重合体、増殖触媒およびプラスミノーゲンからなる群より選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：（ａ）病原性プリオンが存在する場合に、プリオン結合試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該病原性プリオンを含有することが疑われる試料を該プリオン結合試薬に接触させて、第１の複合体を形成する工程；
（ｂ）未結合の試料物質を除去する工程；
（ｃ）請求項２，８、９、１０、１３または１６の何れかに記載のペプチド試薬が、該病原性プリオンに結合し得る条件下において、該第１の複合体を該ペプチド試薬に接触させる工程であって、ここで該ペプチド試薬は、検出可能な標識を含む、工程；および
（ｄ）該病原性プリオンが存在する場合に、該ペプチド試薬への結合によって、該試料中の該病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３５】
試料中の病原性プリオンを検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）固体支持体を提供する工程であって、該固体支持体は、請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬を含む、工程；
（ｂ）試料中に存在する場合に、病原性プリオンが該第１のペプチド試薬に結合し得る条件下において、該固体支持体を該試料に接触させる工程；
請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第２のペプチド試薬が、該第１のペプチド試薬により結合された病原性プリオンに結合し得る条件下において、該固体支持体を検出可能に標識された第２のペプチド試薬に接触させる工程；ならびに
（ｃ）該第１のペプチド試薬、該試料由来の病原性プリオンおよび該第２のペプチド試薬の間に形成された複合体を検出することにより、該試料中の病原性プリオンの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３６】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：（ａ）プリオン結合試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）試料中に存在する場合に、プリオン蛋白が該プリオン結合試薬に結合し得る条件下において、該固体支持体試料を該試料に接触させる工程；
（ｃ）該固体支持体を、請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の検出可能に標識された第２のペプチド試薬に接触させる工程；ならびに
（ｄ）該プリオン結合試薬、該生物学的試料由来の病原性プリオンおよび該第２のペプチド試薬の間に形成された複合体を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３７】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：（ａ）請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載の第１のペプチド試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）該固体支持体を検出可能に標識された第１のリガンドと組み合わせる工程であって、ここで該検出可能に標識された第１のリガンドに対する該第１のペプチド試薬の結合親和性は、病原性プリオンに対する該第１のペプチド試薬の結合親和性より弱い、工程；
（ｃ）試料中に存在する場合に、病原性プリオンが該第１のペプチド試薬に結合し、該第１のリガンドを置き換え得る条件下において、該試料を該固体支持体と組み合わせる工程；
（ｄ）該第１のペプチド試薬および該試料由来の病原性プリオンの間に形成された複合体を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項３８】
前記固体支持体が、ニトロセルロース、ポリスチレンラテックス、ポリビニルフロリド、ジアゾ化紙、ナイロンメンブレン、活性化ビーズおよび磁気応答性ビーズからなる群より選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項３９】
前記試料が、生物学的試料である、請求項２２に記載の方法。
【請求項４０】
前記生物学的試料が、器官、全血、血液画分、血液成分、血漿、血小板、血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）、脳組織、神経系組織、筋肉組織、骨髄、尿、涙液、非神経系の組織、器官および／または生検試料もしくは剖検試料からなる群より選択される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記生物学的試料が、全血、血漿、血小板、血液画分または血清である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載のペプチド試薬のうちの少なくとも１つを含む、固体支持体。
【請求項４３】
試料中の病原性プリオンの存在を検出するためのキットであって、該キットは、以下：
（ａ）請求項４２に記載の固体支持体；ならびに
他の必要な試薬、および必要に応じて、陽性対照および陰性対照、
を備える、キット。
【請求項４４】
請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れかに記載のペプチド試薬を含む、組成物。
【請求項４５】
請求項２０に記載のポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項４６】
試料由来の病原性プリオン蛋白を単離するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れか１項に記載のペプチド試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）該試料中に存在する場合に、病原性プリオン蛋白が第１のペプチド試薬へ結合し得る条件下において、該試料を該固体支持体に接触させて、第１の複合体を形成する工程；および
（ｃ）未結合の試料物質を除去する工程、
を包含する、方法。
【請求項４７】
前記第１の複合体から前記病原性プリオン蛋白を解離させる工程をさらに包含する、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
試料由来の病原性プリオン蛋白を排除するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項２、８、９、１０、１３または１６の何れか１項に記載のペプチド試薬を含む固体支持体を提供する工程；
（ｂ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、該病原性プリオン蛋白が該ペプチド試薬に結合し得る条件下において、該固体支持体を該病原性プリオン蛋白を含むことが疑われる試料に接触させる工程；および
（ｃ）未結合の試料物質を除去する工程、
を包含する、方法。
【請求項４９】
病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を調製する方法であって、該血液製品は、全血、血漿、血小板または血清を含み、該方法は、以下：
（ａ）請求項２２に記載の方法により、収集された血液試料から全血、血漿、血小板または血清のアリコートをスクリーニングする工程；
（ｂ）病原性プリオンが検出された試料を排除する工程；および
（ｃ）病原性プリオンが検出されない試料を合わせて、病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項５０】
病原性プリオンを実質的に伴わない食糧の調製する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項２２に記載の方法により、該食糧に投入される生物から収集した試料、または該食糧に投入されることが意図される食品から収集した試料をスクリーニングする工程；
（ｂ）病原性プリオンが検出された試料を排除する工程；および
（ｃ）病原性プリオンが検出されない試料を合わせて、病原性プリオンを実質的に伴わない食糧を提供する工程、
を包含する、方法。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００２】
（背景）
蛋白コンホーメーション疾患には、後に異常蛋白形態の自己会合をもたらし、結果的に組織の沈着および損傷をもたらすような、蛋白の異常なコンホーメーション遷移から生じる伝染性海綿状脳障害を包含する種々の未関連の疾患を包含する。これらの疾患はまた臨床状態における顕著な同様性、典型的には種々の長さのインキュベーションの後に死に至る診断後の急速な進行を共有している。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００６】
プリオン疾患の重要な特徴はプリオン蛋白の正常（細胞性または非病原性）の形態（ＰｒＰＣ）からの異常な形状の蛋白（ＰｒＰＳｃ）、別称スクラピー蛋白の形成である。例えば、非特許文献１２；非特許文献１３；非特許文献１４；非特許文献１５を参照のこと。光学顕微鏡および結晶学的な研究によれば、プリオンの疾患関連の形態は優勢にはアルファヘリックスの折りたたみ非疾患形態と比較してベータシート構造が実質的にリッチ化されていることがわかった。例えば、非特許文献１６；非特許文献１７；非特許文献１８を参照のこと。構造上の変化には生化学的特性の改変が後続すると考えられ：ＰｒＰＣは非変性界面活性剤中で可溶であり、ＰｒＰＳｃは不溶であり；ＰｒＰＣはプロテアーゼにより容易に消化されるが、ＰｒＰＳｃは部分的に耐性であり、「ＰｒＰｒｅｓ」（非特許文献１９）、「ＰｒＰ２７−３０」（２７−３０ｋＤａ）または「ＰＫ−耐性」（プロテイナーゼＫ耐性）の形態として知られるＮ末端トランケーションされたフラグメントの形成をもたらす。更にまた、ＰｒＰＳｃはＰｒＰＣを病原性のコンホーメーションに変換することができる。例えば、非特許文献２０；非特許文献２１を参照のこと。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００７】
生体被験体および生体被験体から得た試料におけるコンホーメーション疾患蛋白の病原性アイソフォームの検出は困難であることがわかっている。即ち、被験体の死亡の前のこれらの伝染性およびアミロイド含有条件の決定的な診断および緩和治療は未だなお大きな問題となっている。脳の生検の組織病理学的検査は被験体にとって危険を伴い、患部およびアミロイドの沈着は生検試料が採取された部位によっては見逃される場合がある。しかしながら生検に関わる危険はなお動物、患者および医療担当者に対して存続している。更にまた、動物に対する脳の検査で得られる結果は動物が食料に供されるまで通常は得ることができない。更にまた、プリオンペプチドに対して作成された抗体は変性したＰｒＰＳｃおよびＰｒＰＣの両方を認識するが、感染性（未変性）ＰｒＰＳｃを選択的に認識することは不可能である。（例えば非特許文献２２参照）。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２２】
別の実施形態において、方法は、病原性プリオンが存在する場合はそれへの配列番号１２〜１３２の配列を有するペプチドおよびその類縁体および誘導体からなる群より選択されるペプチド試薬の結合を可能にする条件下、そのようなペプチド試薬１つ以上に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させること；および、試料中の病原性プリオンの存在または非存在をペプチド試薬へのその結合により検出することを包含する。好ましい実施形態においては、試料は配列番号６６、６７、６８、７２、８１、９６、９７、９８、１０７、１０８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１４、３５、３６、３７、４０、５０、５１、７７、８９、１００、１０１、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、５６、５７、６５、８２および８４の配列を有するペプチド、ならびにその類縁体および誘導体からなる群より選択されるペプチド試薬１つ以上に接触させる。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２５】
別の実施形態においては、試料中の病原性プリオンの存在を検出するための方法が提供され、方法は、本明細書に記載した第１のペプチド試薬を含む固体支持体を準備し、ここで第１のペプチド試薬は病原性プリオンに優先的に相互作用し；検出可能に標識されたペプチド試薬リガンド複合体の形成を可能にする条件下で検出可能に標識された第１のリガンド（例えばプラスミノーゲン、ラミニン受容体およびヘパランスルフェート）に固体支持体を接触させ、ここで第１のペプチド試薬の検出可能に標識された第１のリガンドに対する結合親和性が第１のペプチド試薬の病原性プリオンに対する結合親和性よりも弱く；病原性プリオンが試料中に存在する場合に第１のペプチド試薬に結合して第１のリガンドを置き換えることができるような条件下に固体支持体に病原性プリオンを含有することが疑われる試料を接触させる；そして、固体支持体上の検出可能に標識されたリガンドの減少により試料中の病原性プリオンの存在を検出するという工程を含む。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３１】
更にまた、本明細書に記載した方法のいずれにおいても、試料は生物学的試料であることができ、即ち、生存中、またはかつて生存していた生物から得た、または誘導した試料、例えば、器官、全血、血液画分、血液成分、血漿、血小板、血清、脳脊髄液（ＣＳＦ）、脳組織、神経系組織、筋肉組織、骨髄、尿、涙液、非神経系組織、器官および／または生検または剖検試料である。好ましい実施形態において、生物学的試料は血液、血液画分、または血液成分を含む。試料は非生物学的試料であってもよい。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０５】
或いは、連結基を単量体配列に付加することにより単量体を統合して多量体を形成することができる。連結基を用いた多量体の非限定的な例は、グリシンリンカーを使用した直列リピート；支持体にリンカーを介して結合したＭＡＰＳおよび／またはスカホールドにリンカーを介して結合した線状連結ペプチドを包含する。連結基は当業者の知る通り２官能性のスペーサー単位（ホモ２官能性またはヘテロ２官能性の何れか）を用いる場合がある。限定せずに例示すれば、スクシンイミジル−４−（ｐ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、スクシンイミジル−４−（ｐ−マレイミドフェニル）ブチレート等のような試薬を用いながらペプチドを連結する場合にこのようなスペーサー単位を組み込むための多くの方法は、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  （Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，  Ｉｌｌ）に記載されており、そして更に、Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ
Ｃｏ．（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，  Ｍｏ．）およびＡｌｄｒｉｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（Ｍｉｌｗａｕｋｅｅ，  Ｗｉｓ）より入手可能であり、そして、「Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ」，  ＶＣＫ−Ｖｅｒｌａｇｓｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ，  Ｗｅｉｎｈｅｉｍ／Ｇｅｒｍａｎｙ（１９８９）に記載されている。単量体配列を統合して連結するために使用してよい連結基の１例は−−Ｙ１−−Ｆ−−Ｙ２−−であり、ここでＹ１およびＹ２は同じかまたは異なっていて、そして炭素原子０〜２０個、好ましくは０〜８個、より好ましくは０〜３個の炭素原子のアルキレン基であり、そしてＦは−−Ｏ−−、−−Ｓ−−、−−Ｓ−−Ｓ−−、−−Ｃ（Ｏ）−−Ｏ−−、−−ＮＲ−−、−−Ｃ（Ｏ）−−ＮＲ−−、−−ＮＲ−Ｃ（Ｏ）−−Ｏ−−、−−ＮＲ−−Ｃ（Ｏ）−−ＮＲ−−、−−ＮＲ−−Ｃ（Ｓ）−−ＮＲ−−、−−ＮＲ−−Ｃ（Ｓ）−−Ｏ−−のような官能基１つ以上である。Ｙ１およびＹ２は場合によりヒドロキシ、アルコキシ、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノ、カルボキシル、カルボキシアルキル等で置換されていてよい。単量体のいずれかの適切な原子が連結基に結合することができると考えられる。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１２０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１２０】
本明細書に記載したペプチド試薬内に含んでよい非ペプチド成分（例えば化学部分）の非限定的な例は、ペプチド試薬の何れかの末端または内部にある検出可能な標識、タグ（例えばビオチン、Ｈｉｓ−Ｔａｇ、オリゴヌクレオチド）、染料、結合対のメンバー等の１つ以上を包含する。非ペプチドの成分はまた、定量的構造−活性データおよび／または分子モデリングにより非妨害性であると推定される化合物上の位置に、直接またはスペーサー（例えばアミド基）を介して結合（例えば標識１つ以上の共有結合を介して）してよい。本明細書に記載したペプチド試薬はまたアミロイド特異的染料（例えばコンゴレッド、チオフラビン等）のようなプリオン特異的化学部分を包含してよい。化合物の誘導体化（例えば標識、環化、化学部分の結合等）はペプチド試薬の結合特性、生物学的機能および／または薬理学的活性を実質的に妨害してはならない（そして場合によってはそれら結合特性、生物学的機能および／または薬理学的活性を増強し得る）。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４４】
或いは、形質転換された細胞を、細胞を溶解するが組み換えポリペプチドは実質的に未損傷のまま維持できる化学的、物理的または機械的手段を用いて破壊する。細胞内蛋白はまた、例えばポリペプチドの連結が起こるような界面活性剤または有機溶媒の使用により、細胞壁または細胞膜から成分を除去することにより得ることができる。このような方法は当業者の知る通りであり、例えばＰｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ：  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  （Ｅ．Ｌ．Ｖ．Ｈａｒｒｉｓ  ａｎｄ  Ｓ．Ａｎｇａｌ，  Ｅｄｓ．，１９９０）に記載されている。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４５】
例えば、本発明と共に使用するための細胞を破壊する方法は、音波処理または超音波処理；撹拌；液体または固体押出；熱処理；凍結解凍；乾燥；爆発的脱圧縮；浸透圧ショック；トリプシン、ノイラミニダーゼおよびリゾチームのようなプロテアーゼを含む溶解性酵素による処理；アルカリ処理；および胆汁酸塩、ドデシル硫酸ナトリウム、Ｔｒｉｔｏｎ、ＮＰ４０およびＣＨＡＰＳのような界面活性剤および溶媒の使用を包含するがこれらに限定されない。細胞を破壊するために使用する特定の手法は概ね所望により選択され、そしてポリペプチドが発現される細胞の型、培養条件および使用される何れかの前処理に応じて異なる。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４７】
例えば本発明の細胞内ポリペプチドを得るための１つの方法では、抗体（例えば予め作成されている抗体）を用いたイムノアフィニティークロマトグラフィーによるか、またはレクチンアフィニティークロマトグラフィーにより、アフィニティー精製を行う。特に好ましいレクチン樹脂は、マンノース部分を認識するものであり、例えばＧａｌａｎｔｈｕｓ  ｎｉｖａｌｉｓアグルチニン（ＧＮＡ）、Ｌｅｎｓ  ｃｕｌｉｎａｒｉｓアグルチニン（ＬＣＡまたはレンチルレクヒン）、Ｐｉｓｕｍ  ｓａｔｉｖｕｍアグルチニン（ＰＳＡまたはピーレクチン）、Ｎａｒｃｉｓｓｕｓ  ｐｓｅｕｄｏｎａｒｃｉｓｓｕｓアグルチニン（ＮＰＡ）およびＡｌｌｉｕｍ  ｕｒｓｉｎｕｍアグルチニン（ＡＵＡ）に由来する樹脂を包含するがこれらに限定されない。適当なアフィニティー樹脂の選択は当業者の知る通りである。アフィニティー精製の後、上記した手法の何れかのような当該技術分野で周知の従来手法を用いてポリペプチドを更に精製することができる。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１６５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１６５】
本発明の抗体の特異性はペプチド試薬に関して上記した通り試験できる。上記の通り、病原性コンホーメーションを有するプリオンは一般的にプロテイナーゼＫのような特定のプロテアーゼに対して耐性である。同様のプロテアーゼは非病原性コンホーメーションにあるプリオンも分解することができる。本発明の抗体の特異性を試験する１つの方法は病原性および非病原性のプリオンの両方を含有する生物学的試料を選択することである。試料は２等分の容量に分割できる。本発明の抗体を固体支持体（後述）上に添加吸着させ、そして、固体支持体上の抗体−プリオン結合相互作用の数に直接関連する定量的数値を得るために使用できる。プロテアーゼを第２の試料に添加し、同じ試験を実施する。第２の試料中のプロテアーゼは如何なる非病原性プリオンも分解するため、第２の試料中の如何なる抗体−プリオン結合相互作用も病原性プリオンに帰属させることができる。変法および当該技術分野で知られる他の試験も本発明の抗体の特異性を明らかにするために使用できる。
【誤訳訂正１５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１７１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１７１】
或いは、本発明のペプチド試薬を用いて上記した病原性プリオン蛋白をキャプチャーし、そして第１の複合体を未結合の試料物質から分離する場合は、検出可能に標識されたプリオン結合試薬を用いて、病原性プリオン蛋白が第１の複合体内にある間、または、第１の複合体から病原性プリオン蛋白を解離させた後に、病原性プリオン蛋白を検出することができる。「プリオン結合試薬」とは、何れかのコンホーメーションのプリオン蛋白に結合する試薬であり、典型的には、プリオン結合試薬はプリオン蛋白の変性型に結合する。このような試薬は報告されており、そして例えば抗プリオン抗体（特にＰｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．１９９７  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：６１４；Ｐｅｒｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．２００１  Ｎａｔｕｒｅ  ４１２：７３９；Ｗｉｌｌｉａｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．１９９８  Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：９４１３；米国特許第６，７６５，０８８号；米国特許第６，５３７５４８号に記載）、モチーフグラフト化ハイブリッドポリペプチド（ＷＯ０３／０８５０８６参照）、特定のカチオンまたはアニオン性の重合体（ＷＯ０３／０７３１０６参照）、「増殖触媒」である特定のペプチド（ＷＯ０２／０９７４４４４参照）およびプラスミノーゲンを包含する。当然ながら、使用される特定のプリオン結合試薬がプリオンの変性形態に結合する場合は、「キャプチャーされた」病原性プリオン蛋白はプリオン結合試薬を用いた検出の前に変性されなければならない。
【誤訳訂正１６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１８８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１８８】
一般的に、本明細書に記載したペプチド試薬は試料中のプリオン蛋白に結合するため（例えばキャプチャー試薬として）、および／またはプリオン蛋白の存在を検出するため（検出試薬として）使用される。キャプチャー試薬および検出試薬は個別の分子であってよく、または、一方の分子がキャプチャーおよび検出機能の両方の作用を有してよい。特定の実施形態においてはキャプチャーおよび／または検出試薬は病原性プリオンと優先的に相互作用する（即ち病原性プリオン蛋白特異的である）本明細書に記載したペプチド試薬である。別の実施形態においては、キャプチャー試薬は病原性プリオンに特異的であり、そして検出試薬は病原性および非病原性の形態の両方に結合し、例えばプリオン蛋白に結合する抗体である。このようなプリオン結合試薬は上記したものである。或いは、別の実施形態においては、キャプチャー試薬は病原性プリオンに特異的でなく、そして検出試薬は病原性プリオンに特異的である。
【誤訳訂正１７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１９４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１９４】
所望により、固体支持体に付加すべき分子を容易に官能性付与してスチレンまたはアクリレートの部分を形成することができ、これにより分子のポリスチレン、ポリアクリレートまたは他の重合体、例えばポリイミド、ポリアクリルアミド、ポリエチレン、ポリビニル、ポリジアセチレン、ポリフェニレン−ビニレン、ポリペプチド、多糖類、ポリスルホン、ポリピロール、ポリイミダゾール、ポリチオフェン、ポリエーテル、エポキシ、シリカガラス、シリカゲル、シロキサン、ポリホスフェート、ヒドロゲル、アガロース、セルロース等への取り込みが可能となる。
【誤訳訂正１８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２１０】
（ＶＩ．別の用途）
（Ａ．検出）
上記した通り、本明細書に記載したペプチド試薬は被験体中のプリオン疾患を診断するために使用できる。更に、上記したペプチド試薬を用いて血液および／または食料補給物中の病原性プリオン汚染を検出できる。即ち、本明細書に記載した検出試験のいずれかを用いながら個体の採取試料由来の少量、またはプールされた試料をスクリーニングすることにより病原性プリオンを実質的に伴わない血液製品を調製できる。病原性プリオンで汚染された試料またはプールされた試料はそれらを添加する前に排除できる。このようにして病原性プリオン汚染を実質的に伴わない血液製品を提供できる。「病原性プリオンを実質的に伴わない」とは、病原性プリオンの存在が本明細書に記載した試験の何れを用いても検出されないことを意味する。重要な点は、正常組織によって１０６倍希釈されている脳組織における病原性蛋白形態を検出することが既にわかっている本明細書に記載したペプチド試薬は、血液中の病原性プリオンを検出することができると考えられる唯一の明確化されている試薬である点である。
【誤訳訂正１９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２１３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２１３】
即ち本発明は、病原性プリオンを実質的に伴わない食糧の調製方法であって、該方法が下記工程：
（ａ）病原性プリオンを検出するための本明細書において提供された検出方法のいずれかにより食糧に投入されることになる生物から収集した試料、または、食糧に投入されることを意図する食品から収集した試料をスクリーニング
すること；
（ｂ）病原性プリオンが検出された試料を排除すること；および、
（ｃ）病原性プリオンが検出されない試料を合わせることにより病原性プリオンを実質的に伴わない食糧を提供すること、
を含む上記方法を提供する。
【誤訳訂正２０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２１７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２１７】
本発明は、下記工程：
（ａ）本発明のペプチド試薬を含む固体支持体を準備すること；
（ｂ）病原性プリオン蛋白が存在する場合に、そのペプチド試薬への結合を可能にする条件下に病原性プリオン蛋白を含有することが疑われる試料に固体支持体を接触させること；および、
（ｃ）未結合の試料物質を除去すること、
を含む試料から病原性プリオン蛋白を排除するための方法を提供する。
【誤訳訂正２１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２２５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２２５】
本発明の組成物は更にアジュバント１つ以上を含んでよい。本発明において使用するのに適するアジュバントは以下に列挙するものの１つ以上を包含する。
−Ｅ．ｃｏｌｉ熱不安定性テンテロトキシン（ＬＴ）またはその脱毒性突然変異体、例えばＫ６３またはＲ７２突然変異体；
−コレラ毒素（ＣＴ）またはその脱毒性突然変異体；
−生体分解性および非毒性の物質（例えばポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトン等）から形成された微粒子（即ち直径約１００ｎｍから約１５０μｍ、より好ましくは直径約２００ｎｍから約３０μｍ、最も好ましくは直径約５００ｎｍから約１０μｍ）；
−ポリオキシエチレンエーテルまたはポリオキシエチレンエステル（国際特許出願ＷＯ９９／５２５４９号参照）；
−ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤とオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願ＷＯ０１／２１２０７号参照）またはポリオキシエチレンアルキルのエーテルまたはエステルの界面活性剤と少なくとも１つの別の非イオン性界面活性剤、例えばオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願ＷＯ０１／２１１５２号参照）；
−キトサン（例えば国際特許出願ＷＯ９９／２７９６０号参照）；
−免疫刺激性オリゴヌクレオチド（例えばＣｐＧオリゴヌクレオチド）およびサポニン（国際特許出願ＷＯ００／６２８００号参照）；
−免疫刺激性２本鎖ＲＮＡ；
−アルミニウム化合物（例えば水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、ヒドロキシリン酸アルミニウム、オキシ水酸化物、オルトリン酸塩、硫酸塩等（例えばＶａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ：ｔｈｅ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｐｐｒｏａｃｈ，  ｅｄｓ．Ｐｏｗｅｌｌ＆Ｎｅｗｍａｎ，  Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ  １９９５（ＩＳＢＮ０−３０６−４４８６７−Ｘ参照）（以降Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ）または種々のアルミニウム化合物と何れかの適当な形態（例えばゲル、結晶性、不定形等）の化合物との混合物、吸着が好ましいもの；
−ＭＦ５９（５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０および０．５％Ｓｐａｎ８５、マイクロ流動装置を用いてサブミクロン粒子に製剤）（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ  １０参照；また国際特許出願ＷＯ９０／１４８３７号参照）；
−リポソーム（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ１３および１４参照）；
−ＩＳＣＯＭ（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２３参照）；
−ＳＡＦ、１０％スクアレン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０、５％プルロニックブロック重合体Ｌ１２１およびｔｈｒ−ＭＤＰを含有、マイクロ流動装置を用いてサブミクロン乳液とするか、回転混合して大粒径の乳液としたもの（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ１２参照）；
−Ｒｉｂｉ（商標）アジュバント系（ＲＡＳ）、（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）、２％スクアレン、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０およびモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群より選択される細菌細胞壁成分１つ以上、好ましくはＭＰＬ＋ＣＷＳを含有（Ｄｅｔｏｘ（商標））；
−サポニンアジュバント、例えばＱｕｉｌＡまたはＱＳ２１（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２２参照）、別称Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（商標）；
−ＩＳＣＯＭ、別の界面活性剤を含まないもの（国際特許出願ＷＯ００／０７６２１号）；
−完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）；
−サイトカイン、例えばインターロイキン（例えばＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２等）、インターフェロン（例えばインターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、腫瘍壊死因子等（Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２７＆２８参照）；
−モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）または３−Ｏ−脱アセチル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）（例えばＶａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎのＣｈａｐｔｅｒ２１参照）；
−３ｄＭＰＬと、例えばＱＳ２１および／または水中油エマルジョンの組み合わせ（欧州特許出願０８３５３１８、０７３５８９８および０７６１２３１）；
−ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド（Ｋｒｉｅｇ（２０００）Ｖａｃｃｉｎｅ，１９：６１８−６２２；Ｋｒｉｅｇ（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３：１５−２４；ＷＯ９６／０２５５５，ＷＯ９８／１６２４７，ＷＯ９８／１８８１０，ＷＯ９８／４０１００，ＷＯ９８／５５４９５，ＷＯ９８／３７９１９およびＷＯ９８／５２５８１等参照）即ち少なくとも１つのＣＧジヌクレオチドを含有；
−ポリオキシエチレンエーテルまたはポリオキシエチレンエステル（国際特許出願第ＷＯ９９／５２５４９号）；
−ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤とオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願ＷＯ０１／２１２０７）またはポリオキシエチレンアルキルのエーテルまたはエステルの界面活性剤と少なくとも１つの別の非イオン性界面活性剤、例えばオクトキシノールの組み合わせ（国際特許出願第ＷＯ０１／２１１５２号）；
−免疫刺激性オリゴヌクレオチド（例えばＣｐＧオリゴヌクレオチド）およびサポニン（国際特許出願第ＷＯ００／６２８００号）；
−免疫刺激剤および金属塩粒子（国際特許出願第ＷＯ００／２３１０５号）；
−サポニンおよび水中油エマルジョン（国際特許出願第ＷＯ９９／１１２４１号）；および、
−サポニン（例えばＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（場合により＋ステロール）（国際特許出願第ＷＯ９８／５７６５９号）。
【誤訳訂正２２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３７】
組成物（またはその成分）はまた、粒状の担体を用いてカプセル化、吸着または会合させてよい。このような担体は免疫系に対して選択された抗原の複数のコピーを提示し、そして局所リンパ節における抗原の捕獲と貯留を促進する。粒子はマクロファージにより貪食されることができ、そしてサイトカインの放出を介して抗原の提示を増強する。粒状担体の例は、ポリメチルメタクリレート重合体より誘導されたもの、並びにＰＬＧと称されるポリ（ラクチド）およびポリ（ラクチドコグリコリド）より誘導された微粒子を包含する。例えばＪｅｆｆｅｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｈａｒｍ．  Ｒｅｓ．  （１９９３）１０：３６２−３６８；ＭｃＧｅｅＪＰ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｉｃｒｏｅｎｃａｐｓｕｌ．１４（２）：１９７−２１０，１９９７；Ｏ’Ｈａｇａｎ  ＤＴ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ  １１（２）：１４９−５４，１９９３を参照。適当な微粒子はまた、荷電した界面活性剤、例えばアニオン系またはカチオン系の界面活性剤の存在下で製造することにより実質負電荷または実質正電荷を有する表面を有する微粒子を得てよい。例えば、アニオン系界面活性剤、例えば臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）を用いて製造した微粒子、即ちＣＴＡＢ−ＰＬＧ微粒子は負荷電の高分子、例えばＤＮＡを吸着する（例えば国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ９９／１７３０８参照）。
【誤訳訂正２３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３９】
上記した通り、ペプチド（または抗体）はこれ等の分子をコードする核酸として送達できる。所望の配列を選択された制御エレメント（例えばプロモーター、エンハンサー等）を含有する単シストロンまたは多シストロンのベクターに挿入する。終了後、コンストラクトは標準的な遺伝子送達プロトコル、例えば従来のシリンジ（米国特許第５，３９９，３４６号、５，５８０，８５９号、５，５８９，４６６号）または遺伝子銃、例えばＡｃｃｅｌｌ（登録商標）遺伝子送達系（ＰｏｗｄｅｒＪｅｃｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｉｎｃ．，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ）の何れかをもちいた注射；米国特許第５，２１９，７４０号に記載のレトロウィルス系、アデノウィルス系（Ｂａｒｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）１：５１−５８；Ｂｅｒｋｎｅｒ，Ｋ．Ｌ．ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９８８）６：６１６−６２９；およびＲｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９３）４：４６１−４７６）、アデノ関連ウィルス（ＡＡＶ）系（米国特許第５，１７３，４１４号および第５，１３９，９４１号）、ポックスウィルス、ワクシニアウィルス送達系（例えば国際特許出願ＷＯ９４／２６９１１号参照）、アビポックスウィルス系、例えば鶏痘およびカナリア痘ウイルス、アルファウィルス送達系（米国特許第５，８４３，７２３号；第５，７８９，２４５号；第６，３４２，３７２号；第６，３２９，２０１号）並びに他のウィルス系のようなウィルスによる系；非ウィルス系、例えば荷電または未荷電のリポソーム（例えばＨｕｇ  ａｎｄ  Ｓｌｅｉｇｈｔ，  Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．（１９９１）１０９７：１−１７；Ｓｔｒａｕｂｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９８３），Ｖｏｌ．１０１，ｐｐ．５１２−５２７；Ｆｅｌｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８７）８４：７４１３−７４１６））；および／またはＰａｐａｈａｄｊｏｐｏｕｌｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．（１９７５）３９４：４８３−４９１に記載のものと同様のコキレート脂質組成物を用いながら送達できる。また米国特許第４，６６３，１６１号および第４，８７１，４８８号も参照。ポリヌクレオチドは脊椎動物の被験体に直接送達するか、または、被験体から誘導した細胞にエクスビボで送達し、細胞を被験体に再移植することができる。
【誤訳訂正２４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２６０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２６０】
メンブレンを５％乳／ＴＢＳ−Ｔ［５０ｍｌ  １Ｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．５；３７．５ｍｌ４ＭＮａＣｌ、１〜１０ｍＬツイーン、乳で容量を１Ｌとする］中室温で３０分間ブロッキングした。「Ｐｒｉｏｎ  Ｃｈｉｍｅｒａｓ  ａｎｄ  Ｕｓｅｓ  Ｔｈｅｒｅｏｆ」と題された２００３年９月３０日出願の国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ０３／３１０５７に記載の通り抗プリオンポリクローナル抗体１０〜１５ｍｌを１：５０倍希釈でメンブレンに添加し、室温で１時間インキュベートした。メンブレンをＴＢＳ−Ｔで数回洗浄した。洗浄後、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）コンジュゲート二次抗体（ヤギ抗ウサギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）抗体（Ｐｉｅｒｃｅ）を１：１０００希釈（ＴＢＳ−Ｔ中）で添加し、室温で２０分間インキュベートした。メンブレンをＴＢＳ−Ｔで数回洗浄した。アルカリホスファターゼ沈降試薬（１工程ＮＢＴ／ＢＣＩＰ（Ｐｉｅｒｃｅ））を添加し、バックグラウンドが生じるかシグナルが明確化するまで発色させた。
【手続補正書】
【提出日】平成18年4月12日(2006.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2007502120000001.app