(57)【要約】  本発明は、配列番号１に構造的に関連したアミノ酸配列を含むポリペプチド、およびそのようなポリペプチドの用途に関する。配列番号１は完全長スタヒロコッカス・アウレウスポリペプチドのトランケート化誘導体である。該完全長ポリペプチドは本明細書中では完全長「ｓａｉ−１」と称される。配列番号１のＨｉｓタグ付き誘導体はスタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫応答を生成することが判明した。2007528217.tif 000004
2007528217.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
スタヒロコッカス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対する防御免疫をもたらす、配列番号１に対して少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列（１以上の追加的なポリペプチド領域が存在する場合には、該追加的領域は、配列番号７のアミノ酸２６１−２９４を含有するカルボキシル末端を与えない）を含んでなるポリペプチド免疫原。
【請求項２】
配列番号１または配列番号２に対して少なくとも９４％同一であるアミノ酸配列よりなる、請求項１記載のポリペプチド。
【請求項３】
配列番号１のアミノ酸３−２６０または配列番号２のアミノ酸３−２６４より実質的になる、請求項１記載のポリペプチド。
【請求項４】
配列番号１のアミノ酸配列よりなる、請求項３記載のポリペプチド。
【請求項５】
請求項１記載のポリペプチドを含んでなる免疫原であって、
該免疫原が、該ポリペプチド、およびカルボキシル末端またはアミノ末端において該ポリペプチドに共有結合した１以上の追加的な領域部分よりなり、ここで、各領域または部分が、独立して、以下の特性、すなわち、免疫応答の増強、精製の促進またはポリペプチド安定性の増強の少なくとも１つを有する領域または部分から選ばれる、前記免疫原。
【請求項６】
請求項１から５のいずれか１項記載の免疫原の免疫学的に有効な量と医薬上許容される担体とを含んでなる、患者において防御免疫応答を誘導しうる組成物。
【請求項７】
アジュバントを更に含む、請求項６記載の組成物。
【請求項８】
請求項１から４のいずれか１項記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組換え遺伝子を含んでなる核酸。
【請求項９】
発現ベクターである、請求項８記載の核酸。
【請求項１０】
請求項１から４のいずれか１項記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組換え遺伝子を含んでなる組換え細胞。
【請求項１１】
（ａ）請求項１０記載の組換え細胞を、ポリペプチドが発現される条件下で増殖させ、
（ｂ）該ポリペプチドを精製する
工程を含んでなる、防御免疫をもたらすスタヒロコッカス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ポリペプチドの製造方法。
【請求項１２】
配列番号１に対して少なくとも８５％同一であるアミノ酸を含むポリペプチド免疫原の免疫学的に有効な量を患者に投与する工程を含んでなる、患者において防御免疫応答を誘導するための方法。
【請求項１３】
患者がヒトである、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
スタヒロコッカス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染に対して前記患者を予防的に治療する、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
前記免疫原が請求項１、２、３、４または５記載の免疫原である、請求項１２記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
本出願の全体において引用されている参考文献は、特許請求されている発明の先行技術であると自認するものではない。
【０００２】
スタヒロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）は多種多様な疾患および状態を引き起こす病原体である。スタヒロコッカス・アウレウスにより引き起こされる疾患および状態の具体例には、菌血症、感染性心内膜炎、毛包炎、フルンケル、カルブンケル、インペチゴ、水疱性インペチゴ、フレグモーネ、ボトリオミセス（ｂｏｔｒｙｏｍｙｏｓｉｓ）症、毒素ショック症候群、火傷様皮膚症候群、中枢神経系感染症、感染性および炎症性眼疾患、骨髄炎および関節および骨の他の感染症、ならびに気道感染症が含まれる（Ｔｈｅ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｄｉｓｅａｓｅ，ＣｒｏｓｓｌｅｙおよびＡｒｃｈｅｒ（編），Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ  Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ  Ｉｎｃ．１９９７）。
【０００３】
スタヒロコッカス・アウレウス感染症およびスタヒロコッカス・アウレウスの蔓延を防除するためには、免疫学に基づく方法を用いることが可能である。免疫学に基づく方法には、受動免疫および能動免疫が含まれる。受動免疫は、スタヒロコッカス・アウレウスを標的とする免疫グロブリンを使用するものである。能動免疫はスタヒロコッカス・アウレウスに対する免疫応答を誘導する。
【０００４】
潜在的なスタヒロコッカス・アウレウスワクチンはスタヒロコッカス・アウレウス多糖およびポリペプチドを標的化する。標的化は、適当なスタヒロコッカス・アウレウス多糖またはポリペプチドをワクチン成分として使用して達成されうる。可能なワクチン成分として使用されうる多糖の具体例には、スタヒロコッカス・アウレウス５型および８型莢膜多糖が含まれる（Ｓｈｉｎｅｆｉｅｌｄら，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４６：４９１−４９６，２００２）。可能なワクチン成分として使用されうるポリペプチドの具体例には、コラーゲンアドヘシン、フィブリノーゲン結合タンパク質およびクランピング因子が含まれる（Ｍａｍｏら，ＦＥＭＳ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  １０：４７−５４，１９９４，Ｎｉｌｓｓｏｎら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１０１：２６４０−２６４９，１９９８，Ｊｏｓｅｆｓｓｏｎら，Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  １８４：１５７２−１５８０，２００１）。
【０００５】
スタヒロコッカス・アウレウスポリペプチド配列に関する情報はスタヒロコッカス・アウレウスゲノムの配列決定から得られている（Ｋｕｒｏｄａら，Ｌａｎｃｅｔ  ３５７：１２２５−１２４０，２００１，Ｂａｂａら，Ｌａｎｃｅｔ  ３５９：１８１９−１８２７，２０００，Ｋｕｎｓｃｈら，欧州特許公開ＥＰ  ０  ７８６  ５１９（１９９７年７月３０日付け公開））。ある程度は、ゲノム配列決定から得られたポリペプチド配列を特徴づけるためにバイオインフォマティクスが用いられている（Ｋｕｎｓｃｈら，欧州特許公開ＥＰ  ０  ７８６  ５１９（１９９７年７月３０日付け公開））。
【０００６】
潜在的抗原をコードする遺伝子を同定するためには、感染患者からの血清およびディスプレイ技術が関わるような技術が用いられている（２００１年１２月２７日付け公開のＦｏｓｔｅｒら，国際公開番号ＷＯ  ０１／９８４９９、２００２年８月１日付け公開のＭｅｉｎｋｅら，国際公開番号ＷＯ  ０２／０５９１４８、Ｅｔｚら，ＰＮＡＳ  ９９：６５７３−６５７８，２００２）。
【発明の開示】
【０００７】
発明の概要
本発明は、配列番号１に構造的に関連したアミノ酸配列を含むポリペプチド、およびそのようなポリペプチドの用途に関する。配列番号１は完全長スタヒロコッカス・アウレウスポリペプチドのトランケート化誘導体である。該完全長ポリペプチドは本明細書中では完全長「ｓａｉ−１」と称される。配列番号１のＨｉｓタグ付き誘導体はスタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫応答を生成することが判明した。
【０００８】
「防御」免疫または免疫応答に対する言及は、スタヒロコッカス・アウレウス感染に対する検出可能なレベルの防御を示す。防御のレベルは、本明細書に記載されているような動物モデルを使用して評価されうる。
【０００９】
したがって、本発明の第１の態様は、配列番号１に対して少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド免疫原を記載し、ここで、該ポリペプチドは、配列番号７のアミノ酸２６１−２９４により示されるカルボキシル末端を含有せず、該ポリペプチドはスタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらす。配列番号７は完全長ｓａｉ−１ポリペプチドを示し、ここで、アミノ酸２６１−２９１は、ＬＰＸＴＧモチーフから始まるカルボキシル末端ドメインを示す。
【００１０】
「免疫原」に対する言及は、防御免疫応答を生成する能力を示す。
【００１１】
配列番号１に対して少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列を含むことについての言及は、配列番号１に関連した領域が存在すること、および追加的なポリペプチド領域が存在しうることを示す。追加的なポリペプチド領域が存在する場合には、該ポリペプチドは、配列番号７のアミノ酸２６１−２９４により示されるカルボキシルＬＰＸＴＧモチーフを有さない。
【００１２】
参照配列に対する同一性（％）（同一であるパーセントとも称される）の測定においては、ポリペプチド配列を参照配列と整列させ、対応領域内の同一アミノ酸の数を決定する。この数を参照配列（例えば、配列番号１）内のアミノ酸の総数で割り算し、ついで１００を掛け算し、最も近い整数に丸める。
【００１３】
本発明のもう１つの態様は、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらすポリペプチドを含んでなる免疫原を記載する。該免疫原は、該ポリペプチド、およびカルボキシル末端またはアミノ末端において該ポリペプチドに共有結合した１以上の追加的な領域または部分よりなり、ここで、各領域または部分は、独立して、以下の特性、すなわち、免疫応答の増強、精製の促進またはポリペプチド安定性の増強の少なくとも１つを有する領域または部分から選ばれる。
【００１４】
「追加的な領域または部分」に対する言及は、ｓａｉ−１領域とは異なる領域または部分を示す。追加的な領域または部分は、例えば、追加的なポリペプチド領域または非ペプチド領域でありうる。
【００１５】
本発明のもう１つの態様は、患者においてスタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫を誘導しうる組成物を記載する。該組成物は、医薬上許容される担体と、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらす免疫原の免疫学的に有効な量とを含む。
【００１６】
免疫学的に有効な量は、スタヒロコッカス・アウレウス感染に対する防御免疫をもたらすのに十分な量である。該量は、スタヒロコッカス・アウレウス感染の可能性または重症化を有意に妨げるのに十分なものであるべきである。
【００１７】
本発明のもう１つの態様は、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらすポリペプチドをコードする組換え遺伝子を含んでなる核酸を記載する。組換え遺伝子は、適切な転写およびプロセシングのための調節要素（これは翻訳および翻訳後要素を含みうる）と共に、ポリペプチドをコードする組換え核酸を含有する。該組換え遺伝子は、宿主ゲノムから独立して存在することが可能であり、宿主ゲノムの一部でもありうる。
【００１８】
組換え核酸は、その配列および／または形態において天然には存在しない核酸である。組換え核酸の具体例には、天然で見出されるものとは異なる核酸を与える、一緒に組合された２以上の核酸領域を有する、および天然で互いに結合している１以上の核酸領域（例えば、上流または下流領域）が存在しない、精製された核酸が含まれる。
【００１９】
本発明のもう１つの態様は組換え細胞を記載する。該細胞は、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらすポリペプチドをコードする組換え遺伝子を含む。
【００２０】
本発明のもう１つの態様は、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらすポリペプチドの製造方法を記載する。該方法は、該ポリペプチドをコードする組換え核酸を含有する組換え細胞を増殖させ、該ポリペプチドを精製することを含む。
【００２１】
本発明のもう１つの態様は、該ポリペプチドをコードする組換え核酸を含有する組換え細胞を宿主内で増殖させ該ポリペプチドを精製することを含む製造方法により製造された、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらすポリペプチドを記載する。
【００２２】
本発明のもう１つの態様は、患者においてスタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫応答を誘導するための方法を記載する。該方法は、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫をもたらす免疫原の免疫学的に有効な量を患者に投与する工程を含む。
【００２３】
個々の用語が互いに排他的でない限り、「または」なる語は一方または両方の可能性を示す。一方または両方の可能性を強調するために「および／または」のような表現が用いられることもある。
【００２４】
「含む（含んでなる）」のような非限定的表現は、追加的な要素または工程を許容するものである。追加的な要素または工程の可能性を強調するために、非限定的表現を伴って又は伴わないで「１以上の」のような語が用いられることもある。
【００２５】
特に明示されていない限り、単数表現は１つのものに限定されるものではない。例えば、「細胞」は、複数の細胞を除外するものではない。複数の存在の可能性を強調するために、１以上のような表現が用いられることもある。
【００２６】
本発明の他の特徴および利点は、種々の実施例を含む本明細書に記載の更なる説明から明らかである。記載されている実施例は、本発明の実施において有用な種々の成分および方法を例示するものである。該実施例は、特許請求されている発明を限定するものではない。本開示に基づき、当業者は、本発明の実施に有用な他の成分および方法を同定し使用することが可能である。
【００２７】
発明の詳細な説明
配列番号１はスタヒロコッカス・アウレウストランスフェリン結合タンパク質のトランケート化誘導体である。配列番号１のアミノＨｉｓタグ付き誘導体は大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）内で良好に発現されスタヒロコッカス・アウレウス感染に対する防御免疫をもたらすことが判明した（後記実施例を参照されたい）。
【００２８】
配列番号１は、アミノシグナル配列を除去しカルボキシル疎水性領域を除去しアミノ末端メチオニンを付加しアミノ末端に制限部位を付加するためにコード化核酸を修飾することにより、完全長トランスフェリン結合タンパク質に基づいて作製された。除去した疎水性領域はＬＰＸＴＧモチーフに続いていた。アミノ末端制限部位の付加はセリンからグリシンへの置換を引き起こした。
【００２９】
配列番号１に構造的に関連したポリペプチドが防御免疫をもたらす能力は、配列番号３のポリペプチドを使用して示される。配列番号３は配列番号１のアミノＨｉｓタグ付き誘導体である。Ｈｉｓタグはポリペプチドの精製および同定を促進する。
【００３０】
配列番号１に構造的に関連したポリペプチドには、異なるスタヒロコッカス・アウレウス株に存在する対応領域および天然に存在する領域の誘導体を含有するポリペプチドが含まれる。配列番号１のアミノ酸配列を図１に示す。図２（配列番号２）は、配列番号１と同様に修飾された、異なるスタヒロコッカス・アウレウス株で見出される対応領域の一例を示す。
【００３１】
配列番号１および配列番号２は、天然に存在する異なる完全長スタヒロコッカス・アウレウスｓａｉ−１配列（配列番号７および８）に基づく。図３は、配列番号１、２および７に基づく異なるＨｉｓタグ付き構築物と共に配列番号７および８を含む配列比較を示す。
【００３２】
Ｓａｉ−１配列
Ｓａｉ−１配列には、参考文献によって様々な名称が与えられている。様々な名称の具体例はＫｕｒｏｄａら，Ｌａｎｃｅｔ  ３５７：１２２５−１２４０，２００１（ＳＡＶ１１３０およびＳＡ０９７７）；Ｂａｂａら，Ｌａｎｃｅｔ  ３５９：１８１９−１８２７，２００２（ＭＷ１０１２）；Ｍａｚｍａｎｉａｎら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ４０（５）：１０４９−１０５７，２００１（ＳａｓＥ）；ＴａｙｌｏｒおよびＨｅｉｎｒｉｃｈｓ  Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４３（６）：１６０３−１６１４（ＳｔｂＡ），２００２；およびＭａｚｍａｎｉａｎら，ＰＮＡＳ  ９９（４）：２２９３−２２９８，２００２およびＭａｚｍａｎｉａｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９９：９０６−９０９，２００３（ＩｓｄＡ）に記載されている。
【００３３】
ｓａｉ−１タンパク質配列に対応するポリペプチド配列は種々の特許公開に記載されているようである（２００２年８月１日付け公開のＭｅｉｎｋｅら，国際公開番号ＷＯ  ０２／０５９１４８、２００２年１１月２８日付け公開のＭａｓｉｇｎａｎｉら，国際公開番号ＷＯ  ０２／０９４８６８、２００２年１２月２７日付け公開のＦｏｓｔｅｒら，国際公開番号ＷＯ  ０２／１０２８２９、および２００３年２月１３日付け公開のＦｏｓｔｅｒら，国際公開番号ＷＯ  ０３／０１１８９９）。
【００３４】
スタヒロコッカス・アウレウス株によって異なるｓａｉ−１配列が存在しうる。ｓａｉ−１配列の２つの例が配列番号７および８により示される。天然に存在する他のｓａｉ−１配列は、公知ｓａｉ−１配列と比較した場合の高い配列類似性の度合または連続的なアミノ酸の存在に基づいて同定されうる。連続的なアミノ酸は特徴的な目印となる。種々の実施形態においては、天然に存在するｓａｉ−１配列は、配列番号１中の少なくとも２０個、少なくとも３０個もしくは少なくとも５０個の連続的なアミノ酸を有する、および／または配列番号１に対して少なくとも８０％の配列類似性もしくは同一性を有する、スタヒロコッカス、好ましくはスタヒロコッカス・アウレウスにおいて見出される配列である。
【００３５】
配列類似性は、当技術分野でよく知られている種々のアルゴリズムおよび技術により測定されうる。一般に、配列類似性は、２つの配列を整列させて最高アミノ酸同一性を得る技術により測定され、この場合、それらの配列の１つにおけるギャップ、付加および置換が許容される。
【００３６】
配列類似性は、例えば、プログラムｌａｌｉｇｎ（＜＜ｓｉｍ＞＞プログラム用にＨｕａｎｇおよびＭｉｌｌｅｒ（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．１２：３３７−３５７，１９９１）により開発された）を利用する局所アライメント手段を用いて測定されうる。オプションおよび環境変数は以下のとおりである：−ｆ  ＃ギャップにおける第１残基に関するペナルティ（デフォルトでは−１４）；−ｇ＃ギャップにおける各付加残基に関するペナルティ（デフォルトでは−４）−ｓ  ｓｔｒ（ＳＭＡＴＲＩＸ）代替的スコアリングマトリックスファイルのファイル名。タンパク質配列の場合には、配列アライメントのためのデフォルト−ｗ＃（ＬＩＮＬＥＮ）出力ライン長（６０）でＰＡＭ２５０を使用する。
【００３７】
配列番号１関連ポリペプチド
配列番号１関連ポリペプチドは、配列番号１に対して少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列を含有する。「ポリペプチド」に対する言及は最小または最大のサイズ限界を示すものではない。
【００３８】
配列番号１に対して少なくとも８５％同一であるポリペプチドは配列番号１からの２６個までのアミノ酸変化を含有する。配列番号２は、配列番号１に構造的に関連したポリペプチドの一例である。種々の実施形態においては、配列番号１関連ポリペプチドは配列番号１に対して少なくとも９０％、少なくとも９４％または少なくとも９９％同一である；配列番号２に対して少なくとも９４％または９９％同一である；０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個のアミノ酸変化だけ配列番号１または配列番号２とは異なる；あるいは配列番号１のアミノ酸３−２６０または配列番号２の３−２６４より実質的になる。各アミノ酸変化は、独立して、付加、欠失または置換である。
【００３９】
示されているアミノ酸より「実質的になる」という表現は、示されているアミノ酸が存在し追加的なアミノ酸が存在しうることを示す。追加的なアミノ酸はカルボキシルまたはアミノ末端に存在しうる。種々の実施形態においては、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個の追加的なアミノ酸が存在する。好ましい追加的なアミノ酸はアミノ末端メチオニンである。
【００４０】
スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫を誘導しうる誘導体を得るために、配列番号１または２を改変することが可能である。改変は、例えば、スタヒロコッカス・アウレウスに対する防御免疫を誘導する能力を保有する誘導体を得るために、または防御免疫をもたらすことに加えて特定の目的を達成しうる領域を有する誘導体を得るために行うことが可能である。
【００４１】
図２は、完全長ｓａｉ−１配列（配列番号７および８）を含む配列比較を示す。該比較は、配列番号１または２に対する潜在的改変の設計の指針として用いられうるスタヒロコッカス・アウレウス分離株間のアミノ酸相違を示す。また、改変は、アミノ酸の公知特性を考慮して行われうる。
【００４２】
一般には、活性を保有するよう異なるアミノ酸を置換する際には、類似した特性を有するアミノ酸を置換するのが好ましい。アミノ酸置換に関して考慮されうる要因には、アミノ酸のサイズ、電荷、極性および疎水性が含まれる。アミノ酸特性に対する異なるアミノ酸Ｒ基の効果が当技術分野においてよく知られている（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ，１９８７−２００２，Ａｐｐｅｎｄｉｘ  １Ｃを参照されたい）。
【００４３】
活性を維持するようアミノ酸を置換する際には、置換アミノ酸は１以上の類似した特性、例えば、ほぼ同じ電荷および／またはサイズおよび／または極性および／または疎水性を有すべきである。例えば、ロイシンからバリンへ、リシンからアルギニンへ、およびグルタミンからアスパラギンへの置換は、ポリペプチドの機能における変化を引き起こさないための良好な候補である。
【００４４】
特定の目的を達成するための改変には、ポリペプチドの産生もしくは効力、またはコード化核酸のクローニングを促進させることを意図したものが含まれる。ポリペプチドの産生は、組換え発現に適した開始コドン（例えば、メチオニンをコードするもの）の使用により促進されうる。メチオニンは後に、細胞プロセシング中に除去されうる。クローニングは、例えば、アミノ酸の付加または変化を伴いうる制限部位の導入により促進されうる。
【００４５】
免疫応答を誘導するポリペプチドの効力はエピトープの増強により増強されうる。エピトープの増強は、ＭＨＣ分子に対するペプチドのアフィニティーを改善するためのアンカー残基の改変を伴う技術、およびＴ細胞受容体に対するペプチド−ＭＨＣ複合体のアフィニティーを増加させる技術などの種々の技術を用いて行われうる（Ｂｅｒｚｏｆｓｋｙら，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗ  １：２０９−２１９，２００１）。
【００４６】
好ましくは、該ポリペプチドは、精製されたポリペプチドである。「精製されたポリペプチド」は、それが天然で付随している１以上の他のポリペプチドを欠く環境中に存在し、および／または、存在する全タンパク質の少なくとも約１０％に相当する。種々の実施形態においては、精製されたポリペプチドはサンプルまたは調製物中の全タンパク質の少なくとも約５０％、少なくとも約７５％または少なくとも約９５％に相当する。
【００４７】
１つの実施形態においては、該ポリペプチドは「実質的に精製されている」。実質的に精製されたポリペプチドは、該ポリペプチドが天然で付随している全ての又はほとんどの他のポリペプチドを欠く環境中に存在する。例えば、実質的に精製されたスタヒロコッカス・アウレウスポリペプチドは、全ての又はほとんどの他のスタヒロコッカス・アウレウスポリペプチドを欠く環境中に存在する。環境は、例えばサンプルまたは調製物でありうる。
【００４８】
「精製（された）」または「実質的に精製（された）」なる語は、ポリペプチドがいずれかの精製を受けることを要するものではなく、例えば、精製されていない化学合成されたポリペプチドを含みうる。
【００４９】
ポリペプチドの安定性は、ポリペプチドのカルボキシルまたはアミノ末端を修飾することにより増強されうる。可能な修飾の例には、アミノ末端保護基、例えばアセチル、プロピル、スクシニル、ベンジル、ベンジルオキシカルボニルまたはｔ−ブチルオキシカルボニル、およびカルボキシル末端保護基、例えばアミド、メチルアミドおよびエチルアミドが含まれる。
【００５０】
ポリペプチドの精製は、精製を促進させるための基をカルボキシルまたはアミノ末端に付加することにより促進されうる。精製を促進させるために使用しうる基の具体例には、アフィニティータグを付与するポリペプチドが含まれる。アフィニティータグの具体例には、６ヒスチジンタグ、ｔｒｐＥ、グルタチオンおよびマルトース結合タンパク質が含まれる。
【００５１】
免疫応答をポリペプチドが引き起こす能力は、免疫応答を一般に増強する基を使用することにより増強されうる。ポリペプチドに対する免疫応答を増強するためにポリペプチドに連結されうる基の具体例には、例えばＩＬ−２のようなサイトカインが含まれる（Ｂｕｃｈａｎら，２０００．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ３７：５４５−５５２）。
【００５２】
ポリペプチドの製造
ポリペプチドは、化学合成を伴う技術および該ポリペプチドを産生する細胞からの精製を伴う技術を含む標準的な技術を用いて製造されうる。ポリペプチドの化学合成のための技術は当技術分野でよく知られている（例えば、Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｐｅｐｔｉｄｅ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，Ｄｅｃｋｅｒ，１９９０を参照されたい）。
【００５３】
細胞からのポリペプチドの精製のための技術は後記実施例に例示されている。精製技術の更なる例は当技術分野でよく知られている（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ，１９８７−２００２を参照されたい）。
【００５４】
細胞からのポリペプチドの入手は、該ポリペプチドを製造するための組換え核酸技術を用いることにより促進される。ポリペプチドを製造するための組換え核酸技術は、該ポリペプチドをコードする組換え遺伝子を細胞内に導入し又は細胞内で産生させ、該ポリペプチドを発現させることを含む。
【００５５】
組換え遺伝子は、ポリペプチドの発現のための調節要素と共に、ポリペプチドをコードする核酸を含有する。組換え遺伝子は細胞ゲノム内に存在することが可能であり、あるいは発現ベクターの一部でありうる。
【００５６】
組換え遺伝子の一部として存在しうる調節要素には、該ポリペプチドをコードする配列に天然で付随している調節要素、および該ポリペプチドをコードする配列に天然では付随していない外因性調節要素が含まれる。組換え遺伝子を特定の宿主内で発現させるためには又は発現レベルを増加させるためには、外因性プロモーターのような外因性調節要素が有用でありうる。一般には、組換え遺伝子中に存在する調節要素には、転写プロモーター、リボソーム結合部位、ターミネーター、および場合によって存在するオペレーターが含まれる。真核細胞内でのプロセシングのための好ましい要素はポリアデニル化シグナルである。
【００５７】
細胞内での組換え遺伝子の発現は発現ベクターの使用により促進される。好ましくは、組換え遺伝子に加えて発現ベクターも、宿主細胞内での自律複製のための複製起点、選択マーカー、一定数の有用な制限酵素部位、および高いコピー数の潜在性を含有する。発現ベクターの具体例としては、クローニングベクター、修飾されたクローニングベクター、特別に設計されたプラスミドおよびウイルスが挙げられる。
【００５８】
遺伝暗号の縮重のため、特定のポリペプチドをコードするために多数の異なるコード化核酸配列が用いられうる。ほとんど全てのアミノ酸は、異なる組合せのヌクレオチドトリプレットまたは「コドン」によりコードされているため、遺伝暗号の縮重が生じる。アミノ酸は、以下のとおりに、コドンによりコードされる。
Ａ＝Ａｌａ＝アラニン：コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、ＧＣＵ。
Ｃ＝Ｃｙｓ＝システイン：コドンＵＧＣ、ＵＧＵ。
Ｄ＝Ａｓｐ＝アスパラギン酸：コドンＧＡＣ、ＧＡＵ。
Ｅ＝Ｇｌｕ＝グルタミン酸：コドンＧＡＡ、ＧＡＧ。
Ｆ＝Ｐｈｅ＝フェニルアラニン：コドンＵＵＣ、ＵＵＵ。
Ｇ＝Ｇｌｙ＝グリシン：コドンＧＧＡ、ＧＧＣ、ＧＧＧ、ＧＧＵ。
Ｈ＝Ｈｉｓ＝ヒスチジン：コドンＣＡＣ、ＣＡＵ。
Ｉ＝Ｉｌｅ＝イソロイシン：コドンＡＵＡ、ＡＵＣ、ＡＵＵ。
Ｋ＝Ｌｙｓ＝リシン：コドンＡＡＡ、ＡＡＧ。
Ｌ＝Ｌｅｕ＝ロイシン：コドンＵＵＡ、ＵＵＧ、ＣＵＡ、ＣＵＣ、ＣＵＧ、ＣＵＵ。
Ｍ＝Ｍｅｔ＝メチオニン：コドンＡＵＧ。
Ｎ＝Ａｓｐ＝アスパラギン：コドンＡＡＣ、ＡＡＵ。
Ｐ＝Ｐｒｏ＝プロリン：コドンＣＣＡ、ＣＣＣ、ＣＣＧ、ＣＣＵ。
Ｑ＝Ｇｌｎ＝グルタミン：コドンＣＡＡ、ＣＡＧ。
Ｒ＝Ａｒｇ＝アルギニン：コドンＡＧＡ、ＡＧＧ、ＣＧＡ、ＣＧＣ、ＣＧＧ、ＣＧＵ。
Ｓ＝Ｓｅｒ＝セリン：コドンＡＧＣ、ＡＧＵ、ＵＣＡ、ＵＣＣ、ＵＣＧ、ＵＣＵ。Ｔ＝Ｔｈｒ＝トレオニン：コドンＡＣＡ、ＡＣＣ、ＡＣＧ、ＡＣＵ。
Ｖ＝Ｖａｌ＝バリン：コドンＧＵＡ、ＧＵＣ、ＧＵＧ、ＧＵＵ。
Ｗ＝Ｔｒｐ＝トリプトファン：コドンＵＧＧ。
Ｙ＝Ｔｙｒ＝チロシン：コドンＵＡＣ、ＵＡＵ。
【００５９】
ｓａｉ−１関連ポリペプチドの組換え核酸発現のための適当な細胞は原核生物および真核生物である。原核生物細胞の具体例には、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）；スタヒロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）属のメンバー、例えばスタヒロコッカス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）；ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）属のメンバー、例えばラクトバシラス・プランタルム（Ｌ．ｐｌａｎｔａｒｕｍ）；ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）属のメンバー、例えばラクトコッカス・ラクティス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）；およびバシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属のメンバー、例えばバシラス・サチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）が含まれる。真核生物細胞の具体例には、哺乳類細胞；昆虫細胞；酵母細胞、例えばサッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）属のメンバー（例えば、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））、ピチア（Ｐｉｃｈｉａ）属のメンバー（例えば、ピチア・パストリス（Ｐ．ｐａｓｔｏｒｓ））、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）属のメンバー（例えば、ハンゼヌラ・ポリモルファ（Ｈ．ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ））、クルイベロミセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）属のメンバー（例えば、クルイベロミセス・ラクティス（Ｋ．ｌａｃｔｉｓ）またはクルイベロミセス・フラジリス（Ｋ．ｆｒａｇｉｌｉｓ））およびシゾサッカロミセス（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）属のメンバー（例えば、シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓ．ｐｏｍｂｅ））が含まれる。
【００６０】
組換え遺伝子の産生、細胞内への導入および組換え遺伝子発現のための技術は当技術分野でよく知られている。そのような技術の具体例はＡｕｓｕｂｅｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ，１９８７−２００２およびＳａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９８９のような参考文献に記載されている。
【００６１】
所望により、特定の宿主内での発現はコドン最適化により増強されうる。コドン最適化は、より好ましいコドンの使用を含む。種々の宿主におけるコドン最適化のための技術は当技術分野でよく知られている。
【００６２】
発現に使用する宿主に応じて、ｓａｉ−１関連ポリペプチドは翻訳後修飾を含有しうる。「ポリペプチド」、またはポリペプチドの「アミノ酸」配列に対する言及は、宿主細胞（例えば、酵母宿主）からの翻訳後修飾の構造を有する１以上のアミノ酸を含有するポリペプチドを含む。
【００６３】
例えば、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）においては、末端前アミノ酸の性質が、Ｎ末端メチオニンが除去されるかどうかを決定するらしい。さらに、末端前アミノ酸の性質は、Ｎ末端アミノ酸がＮα−アセチル化されるかどうかをも決定する（Ｈｕａｎｇら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２６：（１９８７），８２４２−８２４６，１９８７）。したがって、本発明の範囲においては、どのアミノ酸が末端前位置に存在するかに応じて、ｓａｉ−１関連ポリペプチドがＮα−アセチル化Ｎ末端を有することが可能であり、Ｎ末端メチオニンが除去されることが可能である。
【００６４】
また、ｓａｉ−１関連ポリペプチドを分泌リーダー（例えば、シグナルペプチド）の存在により分泌させたい場合には、該タンパク質をＮ結合またはＯ結合グリコシル化により修飾することが可能である（Ｋｕｋｕｒｕｚｉｎｓｋａら，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５６：９１５−９４４，１９８７）。
【００６５】
アジュバント
アジュバントは、免疫応答の生成において免疫原を補助しうる物質である。アジュバントは、以下のうちの１以上のような種々のメカニズムにより機能しうる：抗原の生物学的または免疫学的半減期の延長、抗原提示細胞への抗原の運搬の改善、抗原提示細胞による抗原のプロセシングおよび提示の改善、ならびに免疫調節性サイトカインの産生の誘導（Ｖｏｇｅｌ，Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ３０（ｓｕｐｐｌ．３）：Ｓ２６６−２７０，２０００）。
【００６６】
免疫応答の生成を補助するためには、多種多様なタイプのアジュバントが使用されうる。個々のアジュバントの具体例には、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウムもしくはアルミニウムの他の塩、リン酸カルシウム、ＤＮＡ  ＣｐＧモチーフ、モノホスホリルリピドＡ、コレラ毒素、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）易熱性毒素、百日咳毒素、ムラミルジペプチド、フロインド不完全アジュバント、ＭＦ５９、ＳＡＦ、免疫刺激性複合体、リポソーム、生分解性ミクロスフェア、サポニン、非イオン性ブロック共重合体、ムラミルペプチド類似体、ポリホスファゼン、合成ポリヌクレオチド、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−２およびＩＬ−１２が含まれる（Ｖｏｇｅｌ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ３０（ｓｕｐｐｌ  ３）：Ｓ２６６−２７０，２０００，Ｋｌｅｉｎら，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ８９：３１１−３２１，２０００）。
【００６７】
防御免疫を誘導するための患者
「患者」は、スタヒロコッカス・アウレウスに感染しうる哺乳動物を意味する。患者は予防的または治療的に治療されうる。予防的治療は、スタヒロコッカス・アウレウス感染の可能性または重症度を軽減するのに十分な防御免疫をもたらす。治療的治療は、スタヒロコッカス・アウレウス感染の重症度を軽減するために行われうる。
【００６８】
予防的治療は、本明細書に記載の免疫原を含有するワクチンを使用して行われうる。そのような治療は、好ましくは、ヒトに対して行われる。ワクチンは、一般的集団、またはスタヒロコッカス・アウレウス感染のリスクの高い者に投与されうる。
【００６９】
スタヒロコッカス・アウレウス感染のリスクの高い者には、医療従事者、入院患者、低下した免疫系を有する患者、手術を受ける患者、カテーテルまたは血管装置のような外来インプラントを受ける患者、免疫低下を招く療法を受けている患者、および火傷または創傷損傷のリスクの高い職業の者が含まれる（Ｔｈｅ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｄｉｓｅａｓｅ，Ｃｒｏｓｓｌｅｙ  ａｎｄ  Ａｒｃｈｅｒ（編），Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ  Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ  Ｉｎｃ．１９９７）。
【００７０】
スタヒロコッカス・アウレウスに感染しうる非ヒト患者には、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウサギ、ウマ、イヌ、ネコおよびマウスが含まれる。非ヒト患者の治療は、ペットおよび家畜を防御するのに、および特定の治療の効力を評価するのに有用である。
【００７１】
混合（組合せ）ワクチン
配列番号１関連ポリペプチドは、免疫応答を誘導するために、単独で又は他の免疫原と組合せて使用されうる。存在しうる追加的な免疫原には、１以上の追加的なスタヒロコッカス・アウレウス免疫原、例えば前記の背景技術において記載されているもの、１以上の他のスタヒロコッカス生物、例えばスタヒロコッカス・エピデルミディス（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタヒロコッカス・ヘモリティカス（Ｓ．ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、スタヒロコッカス・ワーネリ（Ｓ．ｗａｒｎｅｒｉ）またはスタヒロコッカス・ラグネンシス（Ｓ．ｌｕｇｕｎｅｎｓｉｓ）を標的化する１以上の免疫原、ならびに他の感染生物を標的化する１以上の免疫原が含まれる。
【００７２】
動物モデル系
スタヒロコッカスに対する防御免疫応答を生成する免疫原の効力を評価するためには、動物モデル系を使用した。防御動物モデルを準備する際に遭遇した２つの問題点は、（１）先天免疫に打ち勝つためには非常に高いチャレンジ用量が必要であったこと、および（２）死亡速度が速すぎて防御応答を検出できなかったことであった。特に、細菌チャレンジ後、マウスは２４時間以内に感染で死亡し、したがって、該感染を消散させるための特異的免疫応答のための十分な時間が得られなかった。用量を低下させると、対照および免疫化マウスの両方が該感染に対して生存した。
【００７３】
定常期の細胞から調製され適切に力価測定され静脈内注射されたスタヒロコッカス・アウレウスが関与する遅速度致死モデルを開発することにより、これらの問題点を検討した。この遅速度の死亡は、細菌感染に打つ勝つための特異的免疫防御のための十分な時間（例えば、２４時間ではなく１０日間）を与える。
【００７４】
定常期のスタヒロコッカス・アウレウス細胞は、固形培地上で増殖させた細胞から入手されうる。それは液体培地からも入手されうるが、固形培地上で増殖させた細胞での結果は、より良好な再現性を示した。細胞は固形培地上で一晩にわたって簡便に増殖されうる。例えば、スタヒロコッカス・アウレウスは、倍加時間が約２０〜３０分間である条件下、約１８〜約２４時間増殖されうる。
【００７５】
スタヒロコッカス・アウレウスは、スタヒロコッカスの効力を維持するために標準的な技術を用いて固形または液体培地から単離されうる。単離されたスタヒロコッカスは、例えば、グリセロールを含有するリン酸緩衝食塩水中の洗浄された高密度懸濁液（＞１０９コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬ）として−７０℃で保存されうる。
【００７６】
スタヒロコッカス・アウレウスチャレンジは、第１日または第２日から約７〜１０日間の期間にわたって動物モデルにおいて約８０〜９０％の死亡率を与える効力を有すべきである。力価測定実験は、保存されたスタヒロコッカス接種物の効力をモニターするために動物モデルを使用して行われうる。該力価測定実験は接種実験の約１〜２週間前に行われうる。
【００７７】
力価測定実験のための初期効力は、これまでの実験に基づくものでありうる。スタヒロコッカス・アウレウスおよび動物モデル系統ベッカー（Ｂｅｃｋｅｒ）の場合には、適当な効力は一般には５×１０８〜８×１０８ＣＦＵ／ｍｌの範囲であることが判明した。
【００７８】
投与
免疫原は、当技術分野でよく知られた技術と共に本明細書に記載の指針を用いて、製剤化され、患者に投与されうる。医薬投与全般に関する指針は、例えばＶａｃｃｉｎｅｓ  ＰｌｏｔｋｉｎおよびＯｒｅｎｓｔｅｉｎ編，Ｗ．Ｂ．Ｓａｎｄｅｒｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９９；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ２０ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇｅｎｎａｒｏ編，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，２０００；ならびにＭｏｄｅｒｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ  ２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＢａｎｋｅｒおよびＲｈｏｄｅｓ編，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，１９９０（これらのそれぞれは参照により本明細書に組み入れられる）に記載されている。
【００７９】
医薬上許容される担体は免疫原の保存および患者への免疫原の投与を促進する。医薬上許容される担体は、バッファー、注射用無菌水、正常食塩水またはリン酸緩衝食塩水、スクロース、ヒスチジン、塩およびポリソルベートのような種々の成分を含有しうる。
【００８０】
免疫原は皮下、筋肉内または粘膜のような種々の経路により投与されうる。皮下および筋肉内投与は、例えば針または噴射式注射器を使用して行われうる。
【００８１】
適当な投与計画は、好ましくは、患者の年齢、体重、性別および医学的状態；投与経路；所望の効果；ならびに使用する個々の化合物を含む、当技術分野でよく知られた要因を考慮して決定される。免疫原は多用量（ｍｕｌｔｉ−ｄｏｓｅ）ワクチン形態で使用されうる。用量は１．０μｇ〜１．０ｍｇの全ポリペプチドの範囲よりなると予想され、本発明の種々の実施形態においては、該範囲は０．０１ｍｇ〜１．０ｍｇおよび０．１ｍｇ〜１．０ｍｇである。
【００８２】
投与の時機は、当技術分野でよく知られた要因に左右される。初回投与後、１以上の追加用量を順次投与して抗体力価を維持または増強することが可能である。投与計画の一例は、第１日、第１ヶ月、第３投与としての第４、６または１２ヶ月の投与、および必要に応じて行う、間隔をあけて投与する追加的な追加投与であろう。
【００８３】
抗体の産生
配列番号１関連ポリペプチドは、該ポリペプチドに又はスタヒロコッカス・アウレウスに結合する抗体および抗体フラグメントを一般化するために使用されうる。そのような抗体および抗体フラグメントは、ポリペプチドの精製、スタヒロコッカス・アウレウスの同定またはスタヒロコッカス・アウレウス感染に対する治療的または予防的治療における用途を含む種々の用途を有する。
【００８４】
抗体はポリクローナルまたはモノクローナルでありうる。抗体を製造し使用するための技術は当技術分野でよく知られている。そのような技術の具体例はＡｕｓｕｂｅｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ，１９８７−２００２，Ｈａｒｌｏｗら，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８，およびＫｏｈｌｅｒら，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７，１９７５に記載されている。
【００８５】
実施例
本発明の種々の特徴を更に詳しく例示するために、以下に実施例を記載する。該実施例は、本発明を実施するための有用な方法をも例示する。これらの実施例は、特許請求されている発明を限定するものではない。
【実施例１】
【００８６】
防御免疫をもたらすための配列番号３の使用
本実施例は、モデルにおいて防御免疫をもたらす配列番号１関連ポリペプチドの能力を例示する。防御免疫を得るために、配列番号１のＨｉｓタグ付き誘導体である配列番号３を使用した。
【００８７】
（ｓａｉ−１のクローニングおよび発現）
ｓａｉ−１  ＤＮＡ配列を、Ｖｅｃｔｏｒ  ＮＴＩソフトウェアを使用して翻訳し、得られた３５５アミノ酸の配列を解析した。最初のアスパラギン残基から終止コドンの前の末端アスパラギン残基まで該遺伝子を増幅するＰＣＲプライマーを設計した。これらのＰＣＲプライマーは、発現ベクター内へのクローニングを容易にする追加的なＮｃｏＩ（フォワードプライマー）およびＸｈｏＩ（リバースプライマー）部位をも有していた。
【００８８】
該タンパク質は、ｐＥＴ２８ベクターから発現されるように設計され、該ベクターは、該ベクターによりコードされる末端Ｈｉｓ残基および終止コドンを含有していた。また、ｓａｉ−Ｎでは、開始残基メチオニンの後に該タンパク質にグリシン残基を付加した。ｓａｉ−Ｃはカルボキシル末端Ｈｉｓタグを有し、３５０アミノ酸のｓａｉ−１タンパク質およびベクター配列およびポリＨｉｓ尾部を含むカルボキシル末端の追加的な８アミノ酸から構成される。ｓａｉ−Ｎはアミノ末端Ｈｉｓタグを有し、３５１アミノ酸のｓａｉ−１タンパク質（グリシンインサートを含む）から構成され、ベクター配列およびポリＨｉｓ尾部を含む追加的な４６アミノ酸を伴う。
【００８９】
ＰＣＲ増幅配列を、ＰＣＲプライマー内に作製されたＮｃｏＩ／ＸｈｏＩ部位を使用してｐＥＴ２８ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）内に連結し、熱ショックにより大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）内に導入した。ＰＣＲ増幅配列を、ＰＣＲプライマー内に作製されたＮｃｏＩ／ＸｈｏＩ部位を使用してｐＥＴ２８ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）内に連結し、熱ショックにより大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）内に導入した。コロニーを選択し、３０μｇ／ｍＬカナマイシンを含有するＬＢ内で成長させ、ＤＮＡミニプレップを作製し（Ｐｒｏｍｅｇａ）、インサートの完全性を制限消化およびＰＣＲにより確認した。正しいインサートサイズを有する４個のミニプレップを、表１に示すプライマーを使用して配列決定した。所望の配列からのＤＮＡ変化を含有しないクローンを選択した。
【００９０】
【表１】
2007528217.tif 000003
【００９１】
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＨＭＳ１７４（ＤＥ３）細胞（Ｎｏｖａｇｅｎ）を形質転換し、カナマイシン（３０ｕｇ／ｍｌ）を含有するＬＢプレート上で増殖させ、３個のコロニーを発現試験用に選択した。液体ＬＢ（カナマイシン）培養を３７℃、２５０ｒｐｍで、Ａ６００が０．６〜１．０になるまでインキュベートし、ついで最終濃度１ｍＭまでのＩＰＴＧの添加により誘導し、さらに３時間のインキュベーションを行った。５０００×ｇ、４℃で５分間の遠心分離により培養を回収した。細胞を５００μｌの細胞溶解バッファー（Ｂｕｇ  Ｂｕｓｔｅｒ；プロテアーゼインヒビターを含有；Ｎｏｖａｇｅｎ）に再懸濁させた。等容量のローディングバッファー（最終容量５％のβ−メルカプトエタノールで補足されたもの）を加え、ついで該サンプルを７０℃で５分間加熱した。抽出物をＮｏｖｅｘ  ４〜２０％  トリス−グリシンゲル上で泳動させ、タンパク質（クーマシーブルーで染色）に関してアッセイし、ニトロセルロース上にブロットし、抗ＨＩＳ６抗体（Ｚｙｍｅｄｄ）でプローブした。観察された発現は極めて低かった。
【００９２】
該タンパク質を再分析した。推定シグナル配列は、ＬＰＸＴＧモチーフの下流領域と同様に除去された。これらのＰＣＲプライマーは、該発現ベクター内へのクローニングを容易にする追加的なＮｄｅＩ（フォワードプライマー）およびＸｈｏＩ（リバースプライマー）部位をも有していた。
【００９３】
該タンパク質は、ｐＥＴ２８ベクターから発現されるように設計され、該ベクターは、該ベクターによりコードされる末端Ｈｉｓ残基および終止コドンを含有していた。また、開始残基メチオニンの後に該タンパク質にグリシン残基を付加した。ｓａｉ−Ｎ２（配列番号３）はアミノＨｉｓタグを含有する。ｓａｉ−Ｃ２（配列番号５）はカルボキシル末端Ｈｉｓタグを含有する。
【００９４】
ＰＣＲ増幅配列を、ＰＣＲプライマー内に作製されたＮｄｅＩ／ＸｈｏＩ部位を使用してｐＥＴ２８ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）内に連結し、熱ショックにより大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）内に導入した。ＰＣＲ増幅配列を、ＰＣＲプライマー内に作製されたＮｄｅＩ／ＸｈｏＩ部位を使用してｐＥＴ２８ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）内に連結し、熱ショックにより大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）内に導入した。コロニーを選択し、３０μｇ／ｍＬカナマイシンを含有するＬＢ内で成長させ、ＤＮＡミニプレップを作製し（Ｐｒｏｍｅｇａ）、インサートの完全性を制限消化およびＰＣＲにより確認した。正しいインサートサイズを有する４個のミニプレップを、表１に示すプライマーを使用して配列決定した。所望の配列からのＤＮＡ変化を含有しないクローンを選択した。
【００９５】
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＨＭＳ１７４（ＤＥ３）細胞（Ｎｏｖａｇｅｎ）を形質転換し、カナマイシン（３０ｕｇ／ｍｌ）を含有するＬＢプレート上で増殖させ、３個のコロニーを発現試験用に選択した。液体ＬＢ（カナマイシン）培養を３７℃、２５０ｒｐｍで、Ａ６００が０．６〜１．０になるまでインキュベートし、ついで最終濃度１ｍＭまでのＩＰＴＧの添加により誘導し、さらに３時間のインキュベーションを行った。５０００×ｇ、４℃で５分間の遠心分離により培養を回収した。細胞を５００μｌの細胞溶解バッファー（Ｂｕｇ  Ｂｕｓｔｅｒ；プロテアーゼインヒビターを含有；Ｎｏｖａｇｅｎ）に再懸濁させた。等容量のローディングバッファー（最終容量５％のβ−メルカプトエタノールで補足されたもの）を加え、ついで該サンプルを７０℃で５分間加熱した。抽出物をＮｏｖｅｘ  ４〜２０％  トリス−グリシンゲル上で泳動させ、タンパク質（クーマシーブルーで染色）に関してアッセイし、ニトロセルロース上にブロットし、抗ＨＩＳ６抗体（Ｚｙｍｅｄｄ）でプローブした。
【００９６】
（配列番号３の精製）
組換え大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞（４６グラムの湿潤細胞重量）を細胞溶解バッファー（５０ｍＭ  リン酸ナトリウム，ｐＨ８．０、０．１５  Ｍ  ＮａＣｌ、２ｍＭ  ＭｇＣｌ２、１０ｍＭ  イミダゾール、０．１％  Ｔｗｅｅｎ（商標）−８０および０．０２％  アジ化ナトリウム）（細胞湿潤重量１グラム当たり３ｍｌ）に懸濁させた。ポリ（ヒスチジン）タグ付きタンパク質と共に使用するためのプロテアーゼインヒビター混合物（Ｒｏｃｈｅ＃１８７３５８０）を、細胞ペースト１５グラム当たり錠剤１個の割合で、該懸濁液に加えた。ベンゾナーゼ（商標）（ＥＭ  Ｉｎｄ．）を１μＬ／ｍＬまで加えた。該懸濁液をマイクロフルイダイザーに１４，０００ＰＳＩ（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ  Ｍｏｄｅｌ  １１０Ｓ）で３回通過させることにより、細胞溶解が達成された。温度を２５℃未満に維持されるよう、各通過の間に該細胞懸濁液を氷上で冷却した。細胞残渣を１１，０００×ｇ、４℃で３０分間ペレット化し、上清を残した。
【００９７】
Ｈｉｓタグを含有するタンパク質を該上清から精製した。該上清を、穏やかに反転させながら１２ｍＬのＮｉ＋−ＮＴＡアガロース（Ｑｉａｇｅｎ）と４℃で１８時間混合した。該混合物を、開いたカラム（１５ｃｍ×２０ｃｍ）内に注ぎ、未結合画分を大量に集めた。該カラムを洗浄バッファー（５０ｍＭ  リン酸ナトリウム，ｐＨ８．０、０．３Ｍ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  イミダゾールおよび０．１％  Ｔｗｅｅｎ（商標）−８０）で洗浄した。Ｈｉｓタグ付きタンパク質を３００ｍＭ  イミダゾール、２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、０．３Ｍ  ＮａＣｌ、０．１％  Ｔｗｅｅｎ（商標）−８０の段階勾配で溶出した。
【００９８】
配列番号３のポリペプチドを含有する画分を、クーマシー染色されたＳＤＳ−ＰＡＧＥにより検出し、プールした。プールした画分を０．２ミクロンのフィルターで濾過して粒状物質を除去し、サイズ排除カラム（Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ  Ｓ−３００  ２６／６０カラム，Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）にアプライし、３０ｍＭ  ＭＯＰＳ（ｐＨ７．０）、０．３Ｍ  ＮａＣｌおよび１０％  グリセロールで１ｍＬ／分で溶出した。配列番号３のポリペプチドを含有する画分をクーマシー染色ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウエスタンブロット法（抗テトラＨｉｓ  Ｍａｂ，Ｑｉａｇｅｎ）により検出した。タンパク質をＢＣＡ（Ｐｉｅｒｃｅ）により確認した。純度をクーマシー染色ゲルのデンシトメトリーにより測定した。
【００９９】
（スタヒロコッカス・アウレウスチャレンジの準備）
スタヒロコッカス・アウレウスをＴＳＡプレート上、３７℃で一晩増殖させた。該細菌をＴＳＡプレートから洗い落とした。これは、５ｍｌのＰＢＳをプレート上に加え、無菌スプレッダーで該細菌を穏やかに再懸濁させることにより行った。Ｓｏｒｖａｌｌ  ＲＣ−５Ｂ遠心機（ＤｕＰｏｎｔ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）を使用して、該細菌懸濁液を６０００ｒｐｍで２０分間遠心した。該ペレットを１６％  グリセロールに再懸濁させ、アリコートを−７０℃で凍結保存した。
【０１００】
使用前に接種物を解凍し、適当に希釈し、感染に使用した。ナイーブマウスにおいて遅速度の死亡を誘発する適当な用量を決定するために、各ストックを少なくとも３回力価測定した。該モデルの再現性が保証されるよう、細菌接種物の効力（８０〜９０％の致死性）を一貫してモニターした。各チャレンジ実験の１０日前に、１０匹の対照動物（アジュバントのみで免疫されたもの）の群をチャレンジし、モニターした。
【０１０１】
（配列番号３のポリペプチドに関する防御研究）
２０匹のＢＡＬＢ／ｃマウスをアルミニウムヒドロキシホスファートアジュバント（４５０μｇ／用量）上の３用量の配列番号３のポリペプチド（２０μｇ／用量）で免疫した。アルミニウムヒドロキシホスファートアジュバント（ＡＨＰ）はＫｌｅｉｎら，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ８９，３１１−３２１，２０００に記載されている。該用量を、第０日、７日および２１日に、２回の５０μｌの注射として投与した。第２８日に該マウスから採血し、それらの血清を配列番号３のポリペプチドに対する反応性に関してＥＬＩＳＡによりスクリーニングした。
【０１０２】
該実験の第３５日に、該マウスを、ある用量（８．０×１０８  ＣＦＵ／ｍｌ）の増殖スタヒロコッカス・アウレウスの静脈内注射によりチャレンジした。該マウスを生存に関して１０日間モニターした。該実験の終了時に、配列番号３ポリペプチド免疫化群においては５匹のマウスが生存し、これに対して、３０匹のマウスを含むＡＨＰ対照群では２匹が生存した。２０匹の免疫化マウスおよび２０匹の対照マウスを使用して、該実験を繰返した。両方の実験に関する結果を図７Ａおよび７Ｂに示す。
【実施例２】
【０１０３】
配列番号１関連タンパク質をコードする核酸からの細胞内発現
図６Ａおよび６Ｂは、配列番号１関連タンパク質をコードする核酸からの細胞内発現を比較する、それぞれＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルおよびウエスタンブロットの典型的なクーマシー染色を示す。抗ｈｉｓ抗体を使用して該ウエスタンブロットをプローブした。レーン１，精製された配列番号３（１００ｎｇ）；２，配列番号３大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；３，配列番号３大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；４，配列番号５大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；５，配列番号５大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；６，配列番号６大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；７，配列番号６大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；８，配列番号９大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；９，配列番号９大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；１０，標準。
【０１０４】
他の実施形態も特許請求の範囲内である。いくつかの実施形態が示され記載されているが、本発明の精神および範囲から逸脱することなく種々の修飾が施されうる。
【図面の簡単な説明】
【０１０５】
【図１】図１は配列番号１のアミノ酸配列を示す。
【図２】図２は配列番号２のアミノ酸配列を示す。
【図３】図３は、配列番号３（ＳＥＱ３）、配列番号４（ＳＥＱ４）、配列番号５（ＳＥＱ５）、配列番号６（ＳＥＱ６）、配列番号７（ＳＥＱ７）、配列番号８（ＳＥＱ８）および配列番号９（ＳＥＱ９）の配列比較を示す。配列番号３は配列番号１のアミノＨｉｓタグ付き構築物である。配列番号４は配列番号２のアミノＨｉｓタグ付き構築物である。配列番号５は配列番号１のカルボキシルＨｉｓタグ付き構築物である。配列番号６は配列番号７のアミノＨｉｓタグ付き構築物である。配列番号７は完全長ＣＯＬ  ｓａｉ−１配列である。配列番号８はｓａｉ−１  ＡＴＣＣ＃ＡＢＯ４２８２６である。配列番号９は配列番号７のカルボキシルＨｉｓタグ付き構築物である。
【図４】図４は、配列番号３をコードする核酸配列を示す。配列番号１のアミノ酸３−２６０をコードする領域が太字で示されている。
【図５】図５は、配列番号４をコードする核酸配列を示す。配列番号２のアミノ酸３−２６４をコードする領域が太字で示されている。
【図６Ａ】図６Ａおよび６Ｂは、配列番号１関連タンパク質をコードする核酸からの細胞内発現を比較する、それぞれＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルおよびウエスタンブロットの典型的なクーマシー染色を示す。抗ｈｉｓ抗体を使用して該ウエスタンブロットをプローブした。レーン１，精製された配列番号３（１００ｎｇ）；２，配列番号３大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；３，配列番号３大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；４，配列番号５大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；５，配列番号５大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；６，配列番号６大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；７，配列番号６大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；８，配列番号９大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；９，配列番号９大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；１０，標準。
【図６Ｂ】図６Ａおよび６Ｂは、配列番号１関連タンパク質をコードする核酸からの細胞内発現を比較する、それぞれＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルおよびウエスタンブロットの典型的なクーマシー染色を示す。抗ｈｉｓ抗体を使用して該ウエスタンブロットをプローブした。レーン１，精製された配列番号３（１００ｎｇ）；２，配列番号３大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；３，配列番号３大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；４，配列番号５大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；５，配列番号５大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；６，配列番号６大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；７，配列番号６大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；８，配列番号９大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴う）；９，配列番号９大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）粗ライセート（誘導を伴わない）；１０，標準。
【図７Ａ】図７Ａおよび７Ｂは、アルミニウムヒドロキシホスファートアジュバント（ＡＨＰ）中で配列番号３ポリペプチドを使用する別々の実験からの生存データを示す。該ポリペプチドは図７Ａにおいては「ＳＥＱ３」、図７Ｂにおいては「ワクチン」と称される。
【図７Ｂ】図７Ａおよび７Ｂは、アルミニウムヒドロキシホスファートアジュバント（ＡＨＰ）中で配列番号３ポリペプチドを使用する別々の実験からの生存データを示す。該ポリペプチドは図７Ａにおいては「ＳＥＱ３」、図７Ｂにおいては「ワクチン」と称される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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