(57)【要約】【課題】本発明は、炎症状態を有するかその発症の危険がある被験者についての予後を得るための、及び、抗炎症剤若しくは抗血液凝固剤治療によるより大きな恩恵を受ける被験者を同定するための、方法及びキットを提供する。【解決手段】当該方法は一般的には、プロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ遺伝子における多型について被験者の該遺伝子の遺伝子型の判定、前記判定された遺伝子型と前記被験者の前記炎症状態から回復する能力に対応する多型に関して既知の遺伝子型との比較、及び、それらの予後に基づく被験者の同定、を含む。本発明はまた、炎症状態にある潜在的な被験者（該被験者は、抗炎症剤又は抗血液凝固剤治療による恩恵がより見込まれ、及び、治療後の該炎症状態からの回復がより見込まれる）の同定方法を提供する。本発明はまた、そのような被験者の遺伝子型に基づき抗炎症剤又は抗血液凝固剤で該被験者を治療する方法を提供する。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
炎症状態を有するか、又はその発症危険性のある被験者についての予後を得る方法であって、当該方法は前記被験者のプロテインＣ配列、ＥＰＣＲ配列又はそれらの組み合わせにおける１つ以上の多型部位を含む遺伝子型を判定することを含み、
前記遺伝子型は前記被験者の炎症状態から回復する能力を示すことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記多型部位が、配列番号１の位置４７３２、又は配列番号２の位置４０５４、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位である請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記プロテインＣ配列及びＥＰＣＲ配列の両方からの多型部位が組み合わされ、それらの多型部位が配列番号１の位置４７３２、又は配列番号２の位置４０５４、又は配列番号１の位置２４１８、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の２ヶ所以上である請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記位置４７３２と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号１の位置４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５又は１２２２８である請求項２又は３に記載の方法。
【請求項５】
前記位置４０５４と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号２の位置２９７３、３０６３、３４０２、４９４６、５５１５又は６１９６である請求項２又は３に記載の方法。
【請求項６】
前記位置２４１８と連鎖不平衡にある多型部位が、配列番号１の位置１３８６、２５８３又は３９２０である請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記位置４７３２と連鎖不平衡にある多型部位が、２つの多型部位の組み合わせを含み当該部位が配列番号１における以下の位置の組み合わせの何れかに生ずる請求項２又は３に記載の方法：
９１９８と５８６７；
９１９８と４８００；
３２２０と５８６７；及び
３２２０と４８００。
【請求項８】
前記位置２４１８と連鎖不平衡にある多型部位が、２つの多型部位の組み合わせを含み当該部位が配列番号１における以下の位置の組み合わせの何れかに生ずる請求項３に記載の方法：
５８６７と２４０５；
５８６７と４９１９；
５８６７と４９５６；
５８６７と６１８７；
５８６７と１２１０９；
４８００と２４０５；
４８００と４９１９；
４８００と４９５６；
４８００と６１８７；及び
４８００と１２１０９。
【請求項９】
前記判定された遺伝子型と、（ｉ）前記被験者の炎症状態の型；又は（ｉｉ）他の炎症状態、からの回復の予後の指標として知られている既知遺伝子型とを比較することを更に含む請求項１〜８何れか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記被験者についてプロテインＣ配列情報又はＥＰＣＲ配列情報を取得することを更に含む請求項１〜９何れか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記遺伝子型が、前記被験者からの核酸試料を用いて判定される請求項１〜９何れか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記被験者から前記核酸試料を取得することを更に含む請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記遺伝子型が以下の技法の１以上を用いて判定されることを特徴とする請求項１〜１２何れか一項に記載の方法：
（ａ）制限酵素断片長分析；
（ｂ）配列決定；
（ｃ）ハイブリダイゼーション；
（ｄ）オリゴヌクレオチド連結反応アッセイ；
（ｅ）連結反応ローリングサークル増幅；
（ｆ）５’ヌクレアーゼアッセイ；
（ｇ）ポリメラーゼプルーフリーディング法；
（ｈ）アレル特異的ＰＣＲ；及び
（ｉ）配列データの読み取り。
【請求項１４】
前記被験者の遺伝子型が炎症状態から回復する能力の低下を示す請求項１〜１３何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記被験者が重症であり、且つ前記遺伝子型が重篤な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示すことを特徴とする請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記遺伝子型が、配列番号１に示された位置において以下の単一の多型塩基又は多型塩基の組み合わせの少なくとも１つを含む請求項１４又は１５に記載の方法：
４７３２Ｃ；
４８１３Ａ；
６３７９Ｇ；
６７６２Ａ；
７７７９Ｃ；
８０５８Ｔ；
８９１５Ｔ；
１２２２８Ｔ；
９１９８Ｃ及び５８６７Ａ；
９１９８Ｃ及び４８００Ｇ；
３２２０Ａ及び５８６７Ａ；及び
３２２０Ａ及び４８００Ｇ
又は
１３８６Ｔ；
２４１８Ａ；
２５８３Ａ；
３９２０Ｔ；
５８６７Ａ及び２４０５Ｔ；
５８６７Ａ及び４９１９Ａ；
５８６７Ａ及び４９５６Ｔ；
５８６７Ａ及び６１８７Ｃ；
５８６７Ａ及び１２１０９Ｔ；
４８００Ｇ及び２４０５Ｔ；
４８００Ｇ及び４９１９Ａ；
４８００Ｇ及び４９５６Ｔ；
４８００Ｇ及び６１８７Ｃ；及び
４８００Ｇ及び１２１０９Ｔ。
【請求項１７】
前記遺伝子型が、配列番号２に示された位置における以下のＥＰＣＲ多型塩基の少なくとも１つを含む請求項１４又は１５に記載の方法：
６１９６Ｇ；
５５１５Ｔ；
４９４６Ｔ；
４０５４Ｔ；
３４０２Ｇ；
３０６３Ｇ；及び
２９７３Ｃ。
【請求項１８】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態から回復する能力の増加を示す請求項１〜１３何れか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記被験者が重症であり、前記遺伝子型が軽度な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示す請求項１８の方法。
【請求項２０】
前記遺伝子型が、配列番号１に示された位置における以下の単一の多型塩基又は多型塩基の組み合わせの少なくとも１つを含む請求項１８又は１９の方法：
４７３２Ｔ；
４８１３Ｇ；
６３７９Ａ；
６７６２Ｇ；
７７７９−；
８０５８Ｃ；
８９１５Ｇ；
１２２２８Ｃ；
９１９８Ａ及び５８６７Ｇ；
９１９８Ａ及び４８００Ｃ；
３２２０Ｇ及び５８６７Ｇ；及び
３２２０Ｇ及び４８００Ｃ
又は
１３８６Ｇ；
２４１８Ｇ；
２５８３Ｔ；
３９２０Ｃ；
５８６７Ｇ及び２４０５Ｃ；
５８６７Ｇ及び４９１９Ｇ；
５８６７Ｇ及び４９５６Ｃ；
５８６７Ｇ及び６１８７Ｔ；
５８６７Ｇ及び１２１０９Ｃ；
４８００Ｃ及び２４０５Ｃ；
４８００Ｃ及び４９１９Ｇ；
４８００Ｃ及び４９５６Ｃ；
４８００Ｃ及び６１８７Ｔ；及び
４８００Ｃ及び１２１０９Ｃ。
【請求項２１】
前記遺伝子型が、配列番号２に示された位置における以下のＥＰＣＲ多型塩基の少なくとも１つを含む請求項１８又は１９に記載の方法：
６１９６Ｃ；
５５１５Ｃ；
４９４６Ｃ；
４０５４Ｃ；
３４０２Ｃ；
３０６３Ａ；及び
２９７３Ｔ。
【請求項２２】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、ＨＩＶ／エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変 から成る群より選択されることを特徴とする請求項１〜２１の何れか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記炎症状態が、ＳＩＲＳであることを特徴とする請求項１〜２２の何れか一項に記載の方法。
【請求項２４】
炎症状態からの回復の予後と相関するプロテインＣ配列の多型を同定する方法であって、当該方法は：
ａ）炎症状態を有する被験者のグループからプロテインＣ又はＥＰＣＲ配列情報を取得する工程、
ｂ）前記被験者のプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列における少なくとも１つの多型ヌクレオチド位置を同定する工程、
ｃ）前記グループ内の個々の被験者について前記多型部位における遺伝子型を判定する工程、
ｄ）前記グループ内の個々の被験者の炎症状態から回復する能力を判定する工程、及び
ｅ）工程（ｃ）で判定された遺伝子型と工程（ｄ）で判定された回復能力とを互いに関係付ける工程、
を含み、回復と相関するプロテインＣ又はＥＰＣＲ多型を同定することを特徴とする方法。
【請求項２５】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、ＨＩＶ／エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変から成る群より選択されることを特徴とする請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
炎症状態から回復する被験者能力の予後を提供するための、当該被験者のプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列の多型部位内における所定のヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するためのキットであって、当該キットは：
（ａ）前記多型部位における変化したヌクレオチドを識別しうる制限酵素、又は
（ｂ）前記変化に特徴的にハイブリダイズ可能なように前記多型部位に十分な相補性を有する標識されたオリゴヌクレオチド
を含むことを特徴とするキット。
【請求項２７】
前記多型部位が配列番号１の位置４７３２、配列番号２の位置４０５４、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の１以上の位置である請求項２６のキット。
【請求項２８】
前記キットがプロテインＣ配列若しくはＥＰＣＲ配列の何れかの中にある１以上のヌクレオチド位置における遺伝子型を判定するために適したものであり、前記多型部位が配列番号１の位置４７３２、配列番号２の位置４０５４、配列番号１の位置２４１８又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位の１以上の位置である請求項２６のキット。
【請求項２９】
前記多型部位を含む領域を増幅可能なオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのセットをさらに含む請求項２６、２７又は２８のキット。
【請求項３０】
さらに重合試薬を含む請求項２９のキット。
【請求項３１】
遺伝子型を判定するためのキットの使用説明書をさらに含む請求項２６〜３０の何れか１つのキット。
【請求項３２】
炎症状態の治療に有用であることが既知か又は推測される薬剤候補の効果を判定するために被験者グループを選択するための方法であって、当該方法は、各被験者についてのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列中の１以上の多型部位の遺伝子型を判定すること、ここで、当該遺伝子型は炎症状態から回復する当該被験者の能力の指標となり、そして、その遺伝子型に基づいて被験者を分類することを含む方法。
【請求項３３】
前記被験者又は被験者のサブセット（部分集合）へ前記候補薬剤を投与すること、及び各被験者が前記炎症状態から回復する能力判定すること、を更に含む請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記被験者の遺伝子型に基づいて、前記候補薬剤に対する該被験者の反応を比較すること、を更に含む請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
治療を必要としている被験者における炎症状態を治療する方法であって、そのような被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することを含み、前記被験者がプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列のリスク遺伝子型を有することを特徴とする方法。
【請求項３６】
治療を必要としている被験者における炎症状態を治療する方法であって、
（ａ）そのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列中にリスク遺伝子型を有する被験者を選択すること、及び
（ｂ）当該被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与すること
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３７】
炎症状態の被験者を抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することにより治療する方法であって、当該方法は、プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有する被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を投与することを含み、当該リスク遺伝子型が抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項３８】
抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を有する被験者を同定する方法であって、プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定するための被験者の集団をスクリーニングする工程を含み、当該プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有する被験者の同定が抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項３９】
抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療のための被験者を選択する方法であって、プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定する工程を含み、当該リスク遺伝子型を有する被験者の同定が、抗炎症剤又は抗凝固剤を用いた炎症状態の治療への増大する応答性を予測するものである方法。
【請求項４０】
被験者の炎症状態を治療する方法であって、当該方法は、前記被験者に抗炎症剤又は抗凝固剤を当該被験者に投与することを含み、前記被験者がプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする方法。
【請求項４１】
（ａ）プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有する被験者を同定する工程；及び
（ｂ）抗炎症剤又は抗凝固剤を当該被験者に投与する工程、
を含む、被験者の炎症状態を治療する方法。
【請求項４２】
炎症状態の治療のための医薬の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、当該治療を受ける被験者が、そのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする使用。
【請求項４３】
被験者のサブセットにおける炎症状態の治療のための医薬の製造における抗炎症剤又は抗凝固剤の使用であって、当該被験者のサブセットが、そのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型を有することを特徴とする使用。
【請求項４４】
被験者の危険性の評価として当該被験者のＡＰＡＣＨＥＩＩスコアを決定することをさらに含む請求項３５〜４３何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項４５】
被験者の危険性の評価として当該被験者の臓器システム不全の数を決定することをさらに含む請求項３５〜４３何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項４６】
前記被験者のＡＰＡＣＨＥＩＩスコアが２５以上のときに危険性の増大を示唆する請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
２以上の臓器システム不全が被験者の危険性の増大を示唆する請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
前記炎症状態が、敗血症(sepsis)、敗血症(septicemia)、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、ＨＩＶ／エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、エプスタイン−バーウイルス、脳炎、 関節リウマチ、骨関節炎、汎発性強皮症、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、肝硬変から成る群より選択されることを特徴とする請求項３５〜４７何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項４９】
前記炎症状態が全身性炎症反応症候群である請求項３５〜４８何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項５０】
前記リスク遺伝子型が、１以上の以下の位置における多型部位に局在していることを特徴とする請求項３５〜４９何れか一項に記載の方法又は使用：
配列番号１の位置４７３２、配列番号２の位置４０５４、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位。
【請求項５１】
前記リスク遺伝子型が配列番号１の位置２４１８に対応する多型部位又はそれと連鎖不平衡にある多型部位に局在していることを特徴とする請求項３５〜５０何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項５２】
前記プロテインＣ配列及びＥＰＣＲ配列からのリスク遺伝子型が１以上の以下の位置における多型部位に局在していることを特徴とする請求項３５〜５１何れか一項に記載の方法又は使用：
配列番号１の４７３２、配列番号２の４０５４、配列番号１の２４１８、又はそれらと連鎖不平衡にある多型部位。
【請求項５３】
位置４７３２と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、配列番号１の位置４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５、又は１２２２８である請求項５０又は５２に記載の方法又は使用。
【請求項５４】
位置４０５４と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、配列番号２の位置２９７３、３０６３、３４０２、４９４６、５５１５、又は６１９６である請求項５０又は５２に記載の方法又は使用。
【請求項５５】
位置２４１８と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記危険遺伝子型が、配列番号１の位置１３８６、２５８３、又は３９２０である請求項５１又は５２に記載の方法又は使用。
【請求項５６】
位置４７３２と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、２つのプロテインＣ多型部位の組み合わせであり、当該組み合わせが配列番号１の位置における以下の群から選択される請求項５１又は５３に記載の方法又は使用：
９１９８と５８６７；
９１９８と４８００；
３２２０と５８６７；及び
３２２０と４８００。
【請求項５７】
位置２４１８と連鎖不平衡にある多型部位に局在する前記リスク遺伝子型が、２つのプロテインＣ多型部位の組み合わせであり、当該組み合わせが配列番号１の位置における以下の群から選択される請求項５１又は５２に記載の方法又は使用：
５８６７と２４０５；
５８６７と４９１９；
５８６７と４９５６；
５８６７と６１８７；
５８６７と１２１０９；
４８００と２４０５；
４８００と４９１９；
４８００と４９５６；
４８００と６１８７；及び
４８００と１２１０９。
【請求項５８】
前記リスク遺伝子型が、プロテインＣの１つの多型部位及び配列番号１における多型部位の組み合わせからなる以下の群から選択されることを特徴とする請求項５０、５１、５２、５２、５５、５６及び５７何れか一項に記載の方法又は使用：
４７３２Ｃ；
４８１３Ａ；
６３７９Ｇ；
６７６２Ａ；
７７７９Ｃ；
８０５８Ｔ；
８９１５Ｔ；
１２２２８Ｔ；
９１９８Ｃ及び５８６７Ａ；
９１９８Ｃ及び４８００Ｇ；
３２２０Ａ及び５８６７Ａ；及び
３２２０Ａ及び４８００Ｇ
又は
１３８６Ｔ；
２４１８Ａ；
２５８３Ａ；
３９２０Ｔ；
５８６７Ａ及び２４０５Ｔ；
５８６７Ａ及び４９１９Ａ；
５８６７Ａ及び４９５６Ｔ；
５８６７Ａ及び６１８７Ｃ；
５８６７Ａ及び１２１０９Ｔ；
４８００Ｇ及び２４０５Ｔ；
４８００Ｇ及び４９１９Ａ；
４８００Ｇ及び４９５６Ｔ；
４８００Ｇ及び６１８７Ｃ；及び
４８００Ｇ及び１２１０９Ｔ。
【請求項５９】
前記危険性の増大した遺伝子型又はリスク遺伝子型が、配列番号２の以下のＥＰＣＲ多型部位からなる群より選択される請求項５０、５２及び５４の何れか一項に記載の方法又は使用：
６１９６Ｇ；
５５１５Ｔ；
４９４６Ｔ；
４０５４Ｔ；
３４０２Ｇ；
３０６３Ｇ；及び
２９７３Ｃ。
【請求項６０】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態からの不良な結果の増大した危険性を示すものである請求項５８又は５９の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項６１】
炎症状態からの不良な結果の増大した危険性を有する前記被験者が、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与のために優先的に選択されることを特徴とする請求項５８、５９又は６０の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項６２】
危険性が減少した遺伝子型が、プロテインＣの１つの多型部位及び配列番号１における多型部位の組み合わせからなる以下の群から選択されることを特徴とする請求項５０、５１、５２、５２、５５、５６又は５７何れか一項に記載の方法又は使用：
４７３２Ｔ；
４８１３Ｇ；
６３７９Ａ；
６７６２Ｇ；
７７７９−；
８０５８Ｃ；
８９１５Ｇ；
１２２２８Ｃ；
９１９８Ａ及び５８６７Ｇ；
９１９８Ａ及び４８００Ｃ；
３２２０Ｇ及び５８６７Ｇ；及び
３２２０Ｇ及び４８００Ｃ
又は
１３８６Ｇ；
２４１８Ｇ；
２５８３Ｔ；
３９２０Ｃ；
５８６７Ｇ及び２４０５Ｃ；
５８６７Ｇ及び４９１９Ｇ；
５８６７Ｇ及び４９５６Ｃ；
５８６７Ｇ及び６１８７Ｔ；
５８６７Ｇ及び１２１０９Ｃ；
４８００Ｃ及び２４０５Ｃ；
４８００Ｃ及び４９１９Ｇ；
４８００Ｃ及び４９５６Ｃ；
４８００Ｃ及び６１８７Ｔ；及び
４８００Ｃ及び１２１０９Ｃ。
【請求項６３】
前記危険性の減少した遺伝子型が、配列番号２の以下のＥＰＣＲ多型部位からなる群より選択される請求項５０、５２又は５４の何れか一項に記載の方法又は使用：
６１９６Ｃ；
５５１５Ｃ；
４９４６Ｃ；
４０５４Ｃ；
３４０２Ｃ；
３０６３Ａ；及び
２９７３Ｔ。
【請求項６４】
前記被験者の遺伝子型が、炎症状態からの不良な結果の減少した危険性を示すものである請求項６２又は６３の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項６５】
炎症状態からの不良な結果の減少した危険性を有する前記被験者が、抗炎症剤又は抗凝固剤の投与のために優先的に選択されないことを特徴とする請求項６２、６３又は６４の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項６６】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、以下の１以上から選択されることを特徴とする請求項３５から６５の何れか一項に記載の方法又は使用：
（ａ）活性化プロテインＣ；
（ｂ）組織因子経路阻害剤；
（ｃ）血小板活性化因子加水分解酵素；
（ｄ）ＰＡＦ−ＡＨ酵素類似体；
（ｅ）腫瘍壊死因子αに対する抗体；
（ｆ）可溶性腫瘍壊死因子受容体−免疫グロブリンＧ１；
（ｇ）プロシステイン；
（ｈ）エラスターゼ阻害剤；
（ｉ）ヒト組換えインターロイキン１受容体アンタゴニスト；及び
（ｊ）エンドトキシン、腫瘍壊死因子受容体、インターロイキン−６、高移動度群ボックス、組織プラスミノーゲン活性化因子、ブラジキニン、ＣＤ−１４及びインターロイキン−１０に対する抗体、阻害剤及びアンタゴニスト。
【請求項６７】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、活性化プロテインＣである請求項３５から６６の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項６８】
前記抗炎症剤又は抗凝固剤が、ドロテコギンアルファ（活性化）である請求項３５から６７の何れか一項に記載の方法又は使用。
【請求項６９】
配列番号１からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約１０個ないし約４００個のヌクレオチドからなり、該オリゴヌクレオチドは配列番号１の位置４７３２、４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５、１２２２８、９１９８、５８６７、４８００、３２２０、１３８６、２４１８、２５８３、３９２０、２４０５、４９１９、４９５６、６１８７又は１２１０９において多型遺伝子型を判定する際に使用可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項７０】
配列番号２からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約１０個ないし約４００個のヌクレオチドからなり、該オリゴヌクレオチドは配列番号２の位置６１９６、５５１５、４９４６、４０５４、３４０２、３０６３又は２９７３において多型遺伝子型を判定する際に使用可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項７１】
配列番号１からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する約１０個ないし約４００個のヌクレオチドからなり、当該ハイブリッド形成は配列番号１の位置４７３２、４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５、１２２２８、９１９８、５８６７、４８００、３２２０、１３８６、２４１８、２５８３、３９２０、２４０５、４９１９，４９５６、６１８７又は１２１０９において多型遺伝子型を判定する際に実施可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項７２】
配列番号２からなるヒト標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物に含まれる配列に特異的にハイブリッド形成する約１０個ないし約４００個のヌクレオチドからなり、当該ハイブリッド形成は配列番号２の位置６１９６、５５１５、４９４６、４０５４、３４０２、３０６３又は２９７３において多型遺伝子型を判定する際に実施可能であることを特徴とするオリゴヌクレオチド。
【請求項７３】
以下の（ａ）〜（ｚ）からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブ：
（ａ）高緊縮条件下に、位置４７３２にＣを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４７３２にＴを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｂ）高緊縮条件下に、位置４７３２にＴを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４７３２にＣを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｃ）高緊縮条件下に、位置４８１３にＡを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４８１３にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｄ）高緊縮条件下に、位置４８１３にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４８１３にＡを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｅ）高緊縮条件下に、位置６３７９にＡを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置６３７９にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｆ）高緊縮条件下に、位置６３７９にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置６３７９にＡを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｇ）高緊縮条件下に、位置６７６２にＡを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置６７６２にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｈ）高緊縮条件下に、位置６７６２にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置６７６２にＡを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｉ）高緊縮条件下に、位置７７７９にＣを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置７７７９にＴを有する配列番号４６の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｊ）高緊縮条件下に、位置７７７９にＴを有する配列番号４６の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置７７７９にＣを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｋ）高緊縮条件下に、位置８０５８にＴを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置８０５８にＣを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｌ）高緊縮条件下に、位置８０５８にＣを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置８０５８にＴを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｍ）高緊縮条件下に、位置８９１５にＴを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置８９１５にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｎ）高緊縮条件下に、位置８９１５にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置８９１５にＴを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｏ）高緊縮条件下に、位置１２２２８にＴを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置１２２２８にＣを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｐ）高緊縮条件下に、位置１２２２８にＣを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置１２２２８にＴを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｑ）高緊縮条件下に、位置５８６７にＡを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置５８６７にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｒ）高緊縮条件下に、位置５８６７にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置５８６７にＡを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｓ）高緊縮条件下に、位置９１９８にＣを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置９１９８にＡを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｔ）高緊縮条件下に、位置９１９８にＡを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置９１９８にＣを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｕ）高緊縮条件下に、位置４８００にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４８００にＣを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｖ）高緊縮条件下に、位置４８００にＣを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４８００にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｗ）高緊縮条件下に、位置３２２０にＡを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置３２２０にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｘ）高緊縮条件下に、位置３２２０にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置３２２０にＡを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｙ）高緊縮条件下に、位置２４１８にＡを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置２４１８にＧを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｚ）高緊縮条件下に、位置２４１８にＧを有する配列番号１の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置２４１８にＡを有する配列番号１の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【請求項７４】
以下の（ａ）〜（ｎ）からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブ：
（ａ）高緊縮条件下に、位置２９７３にＣを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置２９７３にＴを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｂ）高緊縮条件下に、位置２９７３にＴを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置２９７３にＣを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｃ）高緊縮条件下に、位置３０６３にＧを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置３０６３にＡを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｄ）高緊縮条件下に、位置３０６３にＡを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置３０６３にＧを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｅ）高緊縮条件下に、位置３４０２にＧを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置３４０２にＣを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｆ）高緊縮条件下に、位置３４０２にＣを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置３４０２にＧを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｇ）高緊縮条件下に、位置４０５４にＴを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４０５４にＣを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｈ）高緊縮条件下に、位置４０５４にＣを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４０５４にＴを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｉ）高緊縮条件下に、位置４９４６にＴを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４９４６にＣを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｊ）高緊縮条件下に、位置４９４６にＣを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置４９４６にＴを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｋ）高緊縮条件下に、位置５５１５にＴを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置５５１５にＣを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｌ）高緊縮条件下に、位置５５１５にＣを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置５５１５にＴを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；
（ｍ）高緊縮条件下に、位置６１９６にＧを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置６１９６にＣを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；および
（ｎ）高緊縮条件下に、位置６１９６にＣを有する配列番号２の核酸分子にはハイブリッド形成するが、位置６１９６にＧを有する配列番号２の核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【請求項７５】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の（ａ）〜（ｚ）からなる群より選択される１以上のオリゴヌクレオチドを含む：
（ａ）配列番号１を含み、４７３２位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、４７３２位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｂ）配列番号１を含み、４７３２位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、４７３２位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｃ）配列番号１を含み、４８１３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、４８１３位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｄ）配列番号１を含み、４８１３位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、４８１３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｅ）配列番号１を含み、６３７９位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、６３７９位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｆ）配列番号１を含み、６３７９位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、６３７９位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｇ）配列番号１を含み、６７６２位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、６７６２位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｈ）配列番号１を含み、６７６２位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、６７６２位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｉ）配列番号１を含み、７７７９位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号４６を含み、７７７９位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｊ）配列番号４６を含み、７７７９位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、７７７９位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｋ）配列番号１を含み、８０５８位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、８０５８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｌ）配列番号１を含み、８０５８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、８０５８位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｍ）配列番号１を含み、８９１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、８９１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｎ）配列番号１を含み、８９１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、８９１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｏ）配列番号１を含み、１２２２８位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、１２２２８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｐ）配列番号１を含み、１２２２８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、１２２２８位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｑ）配列番号１を含み、５８６７位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、５８６７位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｒ）配列番号１を含み、５８６７位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、５８６７位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｓ）配列番号１を含み、９１９８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、９１９８位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｔ）配列番号１を含み、９１９８位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、９１９８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｕ）配列番号１を含み、４８００位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、４８００位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｖ）配列番号１を含み、４８００位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、４８００位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｗ）配列番号１を含み、３２２０位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、３２２０位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｘ）配列番号１を含み、３２２０位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、３２２０位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｙ）配列番号１を含み、２４１８位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、２４１８位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び
（ｚ）配列番号１を含み、２４１８位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含み、２４１８位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項７６】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の（ａ）〜（ｎ）からなる群より選択される１以上のオリゴヌクレオチドを含む：
（ａ）配列番号２を含み２９７３位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、２９７３位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｂ）配列番号２を含み２９７３位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、２９７３位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｃ）配列番号２を含み３０６３位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、３０６３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｄ）配列番号２を含み３０６３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、３０６３位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｅ）配列番号２を含み３４０２位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、３４０２位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｆ）配列番号２を含み３４０２位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、３４０２位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｇ）配列番号２を含み４０５４位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、４０５４位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｈ）配列番号２を含み４０５４位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、４０５４位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｉ）配列番号２を含み４９４６位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、４９４６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｊ）配列番号２を含み４９４６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、４９４６位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｋ）配列番号２を含み５５１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、５５１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｌ）配列番号２を含み５５１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、５５１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｍ）配列番号２を含み６１９６位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、６１９６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び
（ｎ）配列番号２を含み６１９６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含み、６１９６位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項７７】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の（ａ）〜（ｊ）からなる群より選択される１以上のオリゴヌクレオチドを含む：
（ａ）配列番号３を含み２０１位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、２０１位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｂ）配列番号３を含み２０１位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｃ）配列番号４、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１８、配列番号１９、または配列番号２０を含み２０１位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、２０１位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｄ）配列番号４、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１８、配列番号１９、または配列番号２０を含み２０１位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、２０１位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｅ）配列番号５、配列番号１７、又は配列番号２１を含み２０１位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｆ）配列番号５、配列番号１７、又は配列番号２１を含み２０１位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、２０１位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｇ）配列番号１２を含み２０１位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１２を含み、２０１位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｈ）配列番号１２を含み２０１位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１２を含み、２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｉ）配列番号１２を含み２０１位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１２を含み、２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び
（ｊ）配列番号１３を含み２０１位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１３を含み、２０１位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項７８】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、当該アレイは以下の（ａ）〜（ｊ）からなる群より選択される１以上のオリゴヌクレオチドを含む：
（ａ）配列番号２２、配列番号２３、又は配列番号４１を含み１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｂ）配列番号２２、配列番号２３、又は配列番号４１を含み１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｃ）配列番号２４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３９、又は配列番号４４を含み１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｄ）配列番号２４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３９、又は配列番号４４を含み１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｅ）配列番号２５又は配列番号４５を含み１５位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｆ）配列番号２５又は配列番号４５を含み１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｇ）配列番号２６、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３８、又は配列番号４０を含み１５位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｈ）配列番号２６、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３８、又は配列番号４０を含み１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；
（ｉ）配列番号３０、配列番号３２、配列番号３７、配列番号４２、又は配列番号４３を含み１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び
（ｊ）配列番号３０、配列番号３２、配列番号３７、配列番号４２、又は配列番号４３を含み１５位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され、１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【請求項７９】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該アレイは、配列番号１を含み、その位置４７３２のヌクレオチドがＣである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号１を含むが位置４７３２のヌクレオチドがＴである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項８０】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号１を含み、その４７３２位置のヌクレオチドがＴである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号１を含むが４７３２位置のヌクレオチドがＣである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項８１】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号２を含み、その４０５４位置のヌクレオチドがＴである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号：２を含むが４０５４位置のヌクレオチドがＣである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項８２】
固体支持体に付着させた核酸分子のアレイであって、該配列は、配列番号１を含み、その４０５４位置のヌクレオチドがＣである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下に、配列番号：１を含むが４０５４位置のヌクレオチドがＴである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチドを含むことを特徴とするアレイ。
【請求項８３】
検出可能な標識、消光剤、移動度修飾因子、標的配列に対して５’又は３’に位置するか、または標的配列に対して５’及び３’に位置する隣接する非標的配列のうち１以上のものを更に含むことを特徴とする請求項６９〜８２何れか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項８４】
表１ＥのプロテインＣ及びＥＰＣＲ遺伝子型の相関から選択した複数のデジタル記号化した遺伝子型相関を有し、該複数のそれぞれの相関は炎症状態から回復する能力を表す数値を示し、また抗炎症剤又は抗血液凝固剤による炎症状態の処置に対する反応についての指標を示すことを特徴とするコンピューター読取可能媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の分野は、炎症状態を有する被験者の評価及び／又は治療に関する。
【背景技術】
【０００２】
遺伝子型は、炎症性疾患及び感染症の被験者における結果の予測に重要な役割を果たすことが示されている（MCGUIRE W. et al. Nature (1994) 371:508-10; NADEL S et al., Journal of Infectious Diseases (1996) 174:878-80; MIRA JP. et al., JAMA (1999) 282:561-8; MAJETSCHAK M. et al. Ann Surg (1999) 230:207-14; STUBER F. et al. Crit Care Med (1996) 24:381-4; STUBER F. et al. Journal of Inflammation (1996) 46:42-50; 及び WEITKAMP JH. et al. Infection (2000) 28:92-6）。さらに、細菌内毒素及び人工心肺（ＣＰＢ）などの敗血症及び非敗血症の刺激は、それぞれ凝血系を活性化し、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）の引き金を引く。プロテインＣ及び内皮細胞プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）は、共に炎症反応において役割を果たしている。
【０００３】
プロテインＣが活性化されて活性化プロテインＣ（ＡＰＣ）を形成した場合、プロテインＣは３つの生物学的過程又は状態、すなわち、凝固、繊維素溶解及び炎症において主たる役割を演じている。急性の炎症状態はプロテインＳの遊離型のレベルを低下させ、それがＡＰＣ機能を低下させる；その理由は遊離型のプロテインＳがＡＰＣにとっての重要な補助因子だからである。敗血症、急性炎症及びサイトカインは、内皮細胞上のトロンボモジュリンの発現を低下させ、それが結果としてＡＰＣの活性又はレベルを低下させる。敗血症ショックはまたトロンボモジュリンの循環レベルを増大させるが、それは上皮細胞トロンボモジュリンの切断の増加に関連している。敗血症における低下したＡＰＣ機能についての別のメカニズムは、内毒素及びＴＮＦ−αなどのサイトカインが、内皮細胞プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）の発現をダウンレギュレーションし、それによってプロテインＣをＡＰＣに活性化するのを低下させることである。髄膜炎菌血症などの重篤な敗血症状態はまた結果としてプロテインＣを消費するに至る。抑制されたプロテインＣレベルは、髄膜炎菌血症における紫斑、指状梗塞及び死と相関する。
【０００４】
プロテインＣはまた人工心肺（ＣＰＢ）の非敗血症被験者においても変化する。総プロテインＣ、ＡＰＣ及びプロテインＳはＣＰＢに際して低下する。大動脈から鉗子を外すと（ＣＰＢ末端での再灌流）、プロテインＣがさらに活性化されて、その結果、残りの非活性化プロテインＣの割合が大きく低下する。ＣＰＢに際し、またその後にプロテインＣが低下することは、血栓症、散在性血管内凝集（ＤＩＣ），臓器虚血及び手術中及び術後の炎症の危険を増大させる。被験者の活性化プロテインＣが少ないと、一般に心臓機能の回復が障害され、このことは低レベルのプロテインＣが微小血管血栓症と心筋虚血の危険性を増大させるという考えと矛盾しない。アプロチニンは、ＡＰＣの競合的阻害剤であり、心臓外科手術とＰＣＢにおいて時たま使用される。アプロチニンは超低体温循環停止後の術後血栓合併症の一因とされている。
【０００５】
細菌内毒素及び人工心肺（ＣＰＢ）などの敗血症及び非敗血症の刺激は、凝血系を活性化し、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）の引き金を引く。プロテインＣレベルの低下が、敗血症ショックの被験者において（GRIFFIN JH. et al. (1982) Blood 60:261-264; TAYLOR FB. et al. (1987) J. Clin. Invest. 79:918-925; HESSELVIK JF. et al. (1991) Thromb. Haemost. 65：126-129; FIJNVANDRAAT K. et al. (1995) Thromb. Haemost. 73(1):15-20）; 重症感染症の場合（HESSELVIK JF. et al. (1991) Thromb. Haemost. 65:126-129）；及び、大手術の場合（BLAMEY SL. et al. (1985) Thromb. Haemost. 54:622-625）、に示されている。この低下はプロテインＣ転写の低下によって惹き起こされることが示唆されている（SPEK CA, et al. J. Biological Chemistry (1995) 270(41):24216-21 at 24221）。また、プロテインＣ活性化に必要な内皮経路は、重症の髄膜炎菌敗血症で損なわれていることが証明されている（FAUST SN. et al. New Eng. J. Med. (2001) 345:408-416）。敗血症被験者における低プロテインＣレベルは、予後があまり良くないことと関連している（YAN SB, and DHAINAUT J-F. Critical Care Medicine (2001) 29(7):S69-S74; FISHER CJ. and YAN SB. Critical Care Medicine (2000) 28(9 Suppl): S49-S56; VERVLOET MG. et al. Semin Thromb Hemost. (1998) 24(1):33-44; LORENTE JA. et al. Chest (1993) 103(5): 1536-42）。組換えヒト活性化プロテインＣは重症の敗血症又は敗血症ショックの被験者の死亡率を低下させる（BERNARD GR. et al. New Eng. J. Med. (2001) 344:699-709）。このように、プロテインＣは全身性炎症反応症候群において、重要且つ有益な役割を演じると思われる。
【０００６】
ヒトのプロテインＣ遺伝子は、染色体の２ｑ１３−ｑ１４に位置し、１１ｋｂにわたる。代表的なホモサピエンスのプロテインＣ遺伝子配列は、ジェンバンクに受託番号ＡＦ３７８９０３として掲載されている。３つの一塩基多型（ＳＮＰ）は、プロテインＣ遺伝子の５’非翻訳プロモーター領域に同定されており、−１６５４Ｃ／Ｔ、−１６４１Ａ／Ｇ及び−１４７６Ａ／Ｔとして（フォスター（FOSTER DC et al. Proc Natl Acad Sci USA (1985) 82(14): 4673-4677）らの番号付け分類表に従った）、又は−１５３Ｃ／Ｔ、−１４０Ａ／Ｇ及び＋２６Ａ／Ｔとしてそれぞれ特徴付けられている（MILLAR DS. et al. Hum. Genet. (2000) 106: 645-653 at 651）。
【０００７】
−１６５４Ｃ／−１６４１Ｇ／−１４７６Ｔについてホモ接合性の遺伝子型は、−１６５４Ｔ／−１６４１Ａ／−１４７６Ａについてホモ接合性の遺伝子型に比較した場合、プロテインＣ遺伝子の転写速度が遅くなるということと関連している（SCOPES D. et al. Blood Coagul. Fibrinolysis (1995) 6(4):317-321）。−１６５４Ｃ／−１６４１Ｇ／−１４７６Ｔ遺伝子型についてホモ接合性の被験者は、−１６５４Ｔ／−１６４１Ａ／−１４７６Ａ遺伝子型についてホモ接合性の被験者に比較して、血漿プロテインＣレベルとプロテインＣ活性レベルで２２％の低下を示す（SPEK CA. et al. Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology (動脈硬化症、血栓症、及び脈管生物学)(1995) 15:214-218）。−１６５４Ｃ／−１６４１Ｇハプロタイプは、−１６５４Ｔ／−１６４１Ａと比べた場合、ホモ接合体及びヘテロ接合体の両方において、低いプロテインＣ濃度と関連している（AIACH M. et al. Arterioscler Thromb Vasc Biol. (1999) 19(6):1573-1576）。
【０００８】
ヒト内皮プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）遺伝子配列は染色体２０に位置し、染色体２０ｑ１１.２に配置されている。プロモーターを有する代表的なヒトＥＰＣＲの遺伝子配列は、受託番号ＡＦ１０６２０２（８１６７ｂｐ）としてジェンバンクに掲載されている。ＥＰＣＲ遺伝子には多数の多型が観察されている（BIGUZZI E. et al. Thromb Haemost (2002) 87:1085-6 and FRANCHI F. et al. Br J Haematol (2001) 114:641-6）。さらに、ＥＰＣＲの多型は以下の文献にも記載されている（BIGUZZI E. et al. Thromb Haemost (2001) 86:945-8; GALLIGAN L. et al. Thromb Haemost (2002) 88:163-5; ZECCHINA G. et al. Br J Haematol (2002) 119:881-2; FRENCH JK. et al. Am Heart J (2003) 145:118-24; and VON DEPKA M. et al. Thromb Haemost (2001) 86:1360-2; and SAPOSNIK B. et al. Blood (2004 Feb 15) 103(4):1311-8）。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明の一部は、プロテインＣ又は内皮プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）のいずれか単独からのＳＮＰよりも、プロテインＣとＥＰＣＲからのＳＮＰの組合せが、被験者からの結果について、より正確な予測因子たり得るという驚くべき発見に基づくものである。
【００１０】
本発明の一部はまた、炎症状態をもつ被験者において、改善された予後又は被験者の結果との関連性に関してこれまで特徴付けられていなかったプロテインＣのＳＮＰについてなされた驚くべき発見に基づくものでもある。さらに、様々なプロテインＣ多型が提供されるが、これらの多型は被験者の結果を予測するための被験者のスクリーニングに、又は炎症状態からの回復についての予測のために有用である。
【００１１】
本発明の一部はまた、炎症状態をもつ被験者において、改善された予後又は被験者からの結果との関連性に関してこれまで特徴付けられていなかったＥＰＣＲのＳＮＰについてなされた驚くべき発見に基づくものでもある。さらに、様々なＥＰＣＲ多型が提供されるが、これらの多型は被験者からの結果を予測するための被験者のスクリーニングのために、又は炎症状態からの回復についての予測のために有用である。
【００１２】
本発明の一部はまた、所定のＳＮＰ部位にある特定のヌクレオチド（アレル又は対立遺伝子）が、炎症状態からの回復の可能性が低下していること（「リスク遺伝子型」）、又は炎症状態からの回復の可能性が上昇していること（「プロテクティブ遺伝子型」）と関連があり得ることを同定確認したことに基づいている。さらに、本発明の一部は、リスク遺伝子型又はアレルが、炎症状態を抗炎症剤又は抗血液凝固剤で治療することに対し、高い反応性を示すことを予測させ得るという発見に基づいている。抗炎症剤又は抗血液凝固剤はプロテインＣを活性化させ得る。炎症状態とは、ＳＩＲＳ、敗血症又は敗血症ショックであり得る。
【００１３】
本発明の一部はまた、ＥＰＣＲ及びプロテインＣ両方のＳＮＰが、単独又はその組合せにおいて、炎症状態を有する被験者が活性化プロテインＣでの治療又は別の抗炎症剤もしくは抗血液凝固剤での治療に反応するか否かを予測するのに有用であるとの驚くべき発見に基づくものでもある。これによって、リスク遺伝子型をもつ被験者は、プロテインＣでの治療又は別の抗炎症剤もしくは抗血液凝固剤での治療から利益を受け、また反応が改善される可能性がより高くなる；またプロテクティブ遺伝子型をもつ被験者は同様の治療から利益を受ける可能性は低いこととなる。
【００１４】
本発明の一側面によると、炎症状態をもつか、又はその発症するリスクのある被験者について予後を得る方法を提供する；該方法は、被験者のプロテインＣ配列、ＥＰＣＲ配列又はその組合せ中に存在する１個以上の多型部位を含む当該被験者の遺伝子型を判定することを含み、その場合に、当該遺伝子型が被験者の炎症状態からの回復可能性を示す。前記方法はさらに被験者について、プロテインＣ配列における１つ以上の多型部位について、及びＥＰＣＲ配列の１つ以上の多型部位について遺伝子型を判定することを含む。プロテインＣ配列及びＥＰＣＲ配列の遺伝子型は、単一で、又は組合せで決め得る。
【００１５】
前記プロテインＣの多型部位は、配列番号１の位置４７３２にあるか、又はそれに連鎖している多型部位にあり得る。前記４７３２位置と連鎖不平衡にある多型部位は、配列番号１の位置４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５又は１２２２８にあり得る。前記位置４７３２と連鎖不平衡にある多型部位は、配列番号１中の以下から選択される２ヶ所の位置の組合せで存在し得る：９１９８と５８６７；９１９８と４８００；３２２０と５８６７；及び３２２０と４８００、又は、プロテインＣ遺伝子（配列番号１）に対し５’（ｒｓ９０８７８７）と３’（ｒｓ７７７５６６、ｒｓ３３４１３５、ｒｓ７７７５６９、ｒｓ３３４１４２、ｒｓ３３４１６０、ｒｓ３３４１５９、ｒｓ３３４１５１、ｒｓ３３４１４６、ｒｓ７７７５５６、ｒｓ３３４１４４）。かかるＳＮＰはプロテインＣのＳＮＰ４７３２又は配列番号１内での他のプロテインＣのＳＮＰを遺伝子型決定するための代替として遺伝子型決定し得る；このものは本明細書に記載のように、炎症状態をもつ被験者において、又は被験者のリスク遺伝子型を評価する際に、改善された予後又は被験者からの結果の指標となる。
【００１６】
前記ＥＰＣＲの多型部位は配列番号２の位置４０５４にあるか、又はそれに連鎖している多型部位に存在し得る。前記位置４０５４と連鎖不平衡にあるＥＰＣＲの多型部位は、配列番号２の位置２９７３、３０６３、３４０２、４９４６、５５１５又は６１９６に、又はＥＰＣＲ遺伝子（配列番号２）に対し５’（ｒｓ２２９５８８７、ｒｓ１５３５４６６、ｒｓ０３３７９７、ｒｓ１０３３７９８、ｒｓ１０３３７９９、ｒｓ２２９５８８８、ｒｓ６６６２１０、ｒｓ１４１５７７１、ｒｓ９４５９５９）及び３’(ｒｓ１０５１０５６、ｒｓ６３２６８８、ｒｓ６３３１９８、ｒｓ６６３５５０)である。これらのＳＮＰは、ＥＰＣＲのＳＮＰ４０５４もしくは６１９６又は配列番号２内での他のＥＰＣＲのＳＮＰを遺伝子型決定するための代替として遺伝子型決定し得る；このものは本明細書に記載のように、炎症状態をもつ被験者において、又は被験者のリスク遺伝子型を評価する際に、改善された予後又は被験者からの結果の指標となる。
【００１７】
本発明の別の側面によると、前記プロテインＣ配列及びＥＰＣＲ配列の両方からの多型部位の組合わせを判定する方法が提供される；その場合、該多型部位は配列番号１の位置４７３２、又は配列番号２の位置４０５４、又は配列番号１の位置２４１８或いはそれらの位置と連鎖不平衡にある多型部位の２ヶ所以上に存在し得る。
【００１８】
前記位置２４１８と連鎖不平衡にある多型部位は、配列番号１の位置１３８６、２５８３、又は３９２０に存在し得る。前記位置２４１８と連鎖不平衡にある多型部位は、２つの多型部位の組合せでもよく、その部位は配列番号１にある位置の以下の組合せのいずれに存在してもよい：５８６７と２４０５；５８６７と４９１９；５８６７と４９５６；５８６７と６１８７；５８６７と１２１０９；４８００と２４０５；４８００と４９１９；４８００と４９５６；４８００と６１８７；４８００と１２１０９。
【００１９】
前記方法はさらに、判定された遺伝子型と既知遺伝子型とを比較することをも含む；但し、該既知遺伝子型とは前記被験者の炎症状態の型からの、又は、別の炎症状態からの、回復の予後について示すことの知られている遺伝子型である。
【００２０】
前記方法はさらに前記被験者についてのプロテインＣ配列情報又はＥＰＣＲ配列情報を得る方法を含み、該被験者からの核酸サンプルを用いて判定し得る。該方法はさらに被験者から核酸サンプルを取得する方法を含み得る。遺伝子型の判定は、１つ以上の以下の技法により実施しうる：制限酵素断片長分析；配列決定；ハイブリダイゼーション（ハイブリッド形成）；オリゴヌクレオチド連結反応アッセイ；連結反応ローリングサークル増幅；５’ヌクレアーゼアッセイ；ポリメラーゼプルーフリーディング法；アレル特異ＰＣＲ；及び、配列データの読み取り。
【００２１】
前記被験者の遺伝子型は、炎症状態から回復する能力の低下していることを示し得る（リスク遺伝子型）。前記被験者は重症（危篤状態）にある場合があり、その遺伝子型は重篤な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示し得る。その遺伝子型は、前記配列番号１中の指定された位置にある、以下の単一の多型ヌクレオチド又は多型ヌクレオチドの組合せの内の少なくとも１つを含み得る：４７３２Ｃ；４８１３Ａ；６３７９Ｇ；６７６２Ａ；７７７９Ｃ；８０５８Ｔ；８９１５Ｔ；１２２２８Ｔ；９１９８Ｃと５８６７Ａ；９１９８Ｃと４８００Ｇ；３２２０Ａと５８６７Ａ；及び３２２０Ａと４８００Ｇ；１３８６Ｔ；２４１８Ａ；２５８３Ａ；３９２０Ｔ；５８６７Ａと２４０５Ｔ；５８６７Ａと４９１９Ａ；５８６７Ａと４９５６Ｔ；５８６７Ａと６１８７Ｃ；５８６７Ａと１２１０９Ｔ；４８００Ｇと２４０５Ｔ；４８００Ｇと４９１９Ａ；４８００Ｇと４９５６Ｔ；４８００Ｇと６１８７Ｃ；及び４８００Ｇと１２１０９Ｔ。
【００２２】
前記遺伝子型は、前記配列番号２中の指定された位置にある、以下のＥＰＣＲ多型ヌクレオチドの少なくとも１つを含み得る：６１９６Ｇ；５５１５Ｔ；４９４６Ｔ；４０５４Ｔ；３４０２Ｇ；３０６３Ｇ；及び２９７３Ｃ。
【００２３】
前記被験者の前記遺伝子型は炎症状態から回復する能力が上昇していることを示し得る。前記被験者は危篤状態にある場合があり、その遺伝子型は軽度な心臓血管又は呼吸器機能不全の予後を示し得る。その遺伝子型は、前記配列番号１中の指定された位置にある、以下の単一の多型ヌクレオチド又は多型ヌクレオチドの組合せの内の少なくとも１つを含み得る：４７３２Ｔ；４８１３Ｇ；６３７９Ａ；６７６２Ｇ；７７７９−；８０５８Ｃ；８９１５Ｇ；１２２２８Ｃ；９１９８Ａと５８６７Ｇ；９１９８Ａと４８００Ｃ；３２２０Ｇと５８６７Ｇ；及び３２２０Ｇと４８００Ｃ；１３８６Ｃ；２４１８Ｇ；２５８３Ｔ；３９２０Ｃ；５８６７Ｇと２４０５Ｃ；５８６７Ｇと４９１９Ｇ；５８６７Ｇと４９５６Ｃ；５８６７Ｇと６１８７Ｔ；５８６７Ｇと１２１０９Ｃ；４８００Ｃと２４０５Ｃ；４８００Ｃと４９１９Ｇ；４８００Ｃと４９５６Ｃ；４８００Ｃと６１８７Ｔ；及び４８００Ｃと１２１０９Ｃ。あるいは、配列番号４６の７７７９位置の軽度な心臓血管系又は呼吸器系機能不全の予後を告知する遺伝子型はＴであり得る。
【００２４】
前記遺伝子型は、前記配列番号２中の指定された位置にある、以下のＥＰＣＲ多型ヌクレオチドの少なくとも１つを含み得る：６１９６Ｃ；５５１５Ｃ；４９４６Ｃ；４０５４Ｃ；３４０２Ｃ；３０６３Ａ；及び２９７３Ｔ。
【００２５】
前記の配列番号１の４７３２位置にあるヌクレオチドに相当する前記被験者の遺伝子型がシトシン（Ｃ）である場合、危篤状態にある被験者における予後は、炎症状態から回復する可能性が低下していること、又は重症の心臓血管系又は呼吸器系機能不全となることを示し得る。
【００２６】
前記の配列番号１の４７３２位置にあるヌクレオチドに相当する前記被験者の遺伝子型がチミン（Ｔ）である場合、危篤状態にある被験者における予後は、炎症状態から回復する可能性が高くなっていること、又はあまり重症ではない心臓血管系又は呼吸器系機能不全となることを示し得る。
【００２７】
前記の配列番号２の４０５４位置にあるヌクレオチドに相当する被験者の遺伝子型がＴである場合、危篤状態にある被験者において、予後は炎症状態から回復する可能性が低下していること、又は重症の心臓血管系又は呼吸器系機能不全となり得ることを示し得る。
【００２８】
前記の配列番号２の４０５４位置にあるヌクレオチドに相当する前記被験者の遺伝子型がシトシン（Ｃ）である場合、危篤状態にある被験者において、予後は炎症状態から回復する可能性が高くなっていること、又はあまり重症ではない心臓血管系又は呼吸器系機能不全となることを示し得る。
【００２９】
本発明の別の側面によると、プロテインＣ及びＥＰＣＲ多型部位遺伝子型情報を組合わせる方法が提供される；これによって、被験者を遺伝子型に従ってグループ分けし、被験者が炎症状態から回復する能力を決定する予測値が、プロテインＣ又はＥＰＣＲのＳＮＰの単独使用の場合を上回り、改善される。
【００３０】
グループ１の被験者はＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）のコピーをもたず且つプロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）のコピーをもたない；グループ２の被験者は少なくとも１個のＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）のコピーを有し且つ少なくとも１個のプロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）のコピーを有する。グループ３の被験者は少なくとも１個のＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）のコピーをもち且つプロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）のコピーはもたないことが可能であり、又は、それらはＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）のコピーをもたず且つ少なくとも１個のプロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）のコピーを有することが可能である。炎症状態からの回復に関して、グループ１の被験者は最良の結果をもつことが期待され、グループ２は最悪の結果をもつことが期待され、またグループ３は中間の結果をもつことが期待される。
【００３１】
炎症状態は以下の群から選択され得る：敗血、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺傷害、吸引間質性肺炎、感染症、膵臓炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症性疾患、虚血、臓器又は組織の虚血−再灌流傷害、疾患による組織損傷；化学療法又は放射線療法による組織障害、及び経口摂取、吸入、注入、注射又は送達した物質に対する反応；糸球体腎炎、腸管感染、日和見感染；及びより大きな外科手術又は透析を受けている被験者、免疫無防備である被験者、免疫抑制剤投与の被験者、ＨＩＶ／ＡＩＤＳの被験者、心内膜炎の疑いのある被験者、熱のある被験者、原因不明の熱のある被験者、のう胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張症の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、気腫又は喘息の被験者、有熱性好中球減少症の被験者、髄膜炎の被験者、敗血関節炎の被験者、尿路感染症の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他のグループＡ連鎖球菌感染症の被験者、脾摘出術を受けたことのある被験者、腸球菌感染症再発又は疑いのある被験者；感染リスクの高い他の医学的及び外科的条件、グラム陽性敗血、グラム陰性敗血、培養陰性敗血症、真菌性敗血症、髄膜炎菌血症、ポストパーフュージョン症候群、心臓一時停止症候群、心筋梗塞、発作、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疽、トキシックショック症候群、子癇全症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、結核菌、ニューモシステス症、肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、腰部炎症性疾患、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、エプシュタイン−バーウイルス、脳炎；リウマチ様関節炎、骨関節症、進行性全身性硬化症、全身性紅斑性狼瘡、炎症性腸疾患、特発性肺腺維症、サルコイドーシス、過敏症性肺炎、全身性脈管炎、ヴェゲナー肉芽腫症などの炎症性疾患及び自己免疫疾患；心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄などの移植；移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、ＯＫＴ３などの薬剤の毒性、サイトカイン療法、及び硬変。炎症状態とはＳＩＲＳ、敗血症又は敗血症ショックであり得る。炎症性症状は重症の心臓血管系又は呼吸器系機能不全であり得る。
【００３２】
本発明の別の態様によると、炎症状態からの回復の予後と相関するプロテインＣ配列における多型を同定する方法が提供され、該方法は、炎症状態をもつ一群の被験者からプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列の情報を取得すること；該被験者において、プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列における少なくとも１個の多型ヌクレオチド位置を同定すること；該グループ内の個々の被験者について、多型部位の遺伝子型を決定すること；該グループ内の個々の被験者について、炎症状態からの回復能力を決定すること；及び決定した遺伝子型と決定した回復能力とを相関させ、それによって回復と相関する当該プロテインＣ又はＥＰＣＲ多型を同定すること；を含む。
【００３３】
本発明の別の態様によると、被験者の炎症状態から回復する能力の予後を提供するために、該被験者におけるプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列の多型部位内における所定のヌクレオチド位置の遺伝子型を決定するためのキットが提供され、該キットは、多型部位の変化したヌクレオチドを識別し得る制限酵素；又は多型部位に十分な相補性を有し、当該変化した部位に差別的にハイブリダイズし得る標識されたオリゴヌクレオチド、を含む。前記多型部位は、配列番号１の位置４７３２、配列番号２の位置４０５４の１ヶ所以上に、又はそれに対する連鎖不平衡の多型部位に存在し得る。前記キットはプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列内のそれぞれ１ヶ所以上のヌクレオチド位置での遺伝子型を決定するのに適しており、その場合、該多型部位は配列番号１の４７３２、配列番号２の４０５４、配列番号１の２４１８の１ヶ所以上の位置に、又はそれに対する連鎖不平衡の多型部位に存在する。前記キットは多型部位を含む領域を増幅するために使用可能なオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのセットをさらに含む。前記キットはさらに重合剤を含み、また遺伝子型を決定するためのキットの使用に際しての説明書をも含み得る。前記キットはまた１つ以上の以下のものを含み得る：包装；遺伝子型を決定するためのキットの使用に際しての説明書；緩衝液、ヌクレオチド及び酵素などの試薬類。本明細書に記載のキットは以下のものを組合わせて含み得る：プロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ多型部位における変化したヌクレオチドを識別し得る制限酵素；及び／又はプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ多型部位に十分な相補性を有し、かつ当該変化したヌクレオチドを識別し得る標識したオリゴヌクレオチド；及び／又はプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ多型部位を含む領域を増幅するのに適したオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのセット。前記キットはまた１つ以上の以下のものを含み得る：包装；遺伝子型を決定するためのキットの使用に際しての説明書；緩衝液、ヌクレオチド及び酵素などの試薬類；及び／又は容器。制限酵素を含有してなる該キットはまた、多型部位の周囲の領域を増幅するのに適したオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのセット、重合剤、及び遺伝子型を決定するためにキットを使用する際の説明書を含み得る。
【００３４】
本発明の別の態様によると、本明細書記載の方法に従って、プロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ多型を同定する際に使用し得るオリゴヌクレオチドが提供される；該オリゴヌクレオチドは通常のハイブリッド形成条件下で、配列番号１、配列番号２などにより同定される配列、又はその相補体の１つの領域とハイブリッド形成することが特徴である。
【００３５】
前記遺伝子型の決定は、以下の１つ以上の技術上既知の技法、例えば、制限されるものではないが、制限酵素断片長分析；配列決定；ハイブリッド形成；オリゴヌクレオチド連結反応アッセイ；連結反応ローリングサークル増幅；５’ヌクレアーゼアッセイ；ポリメラーゼプルーフリーディング法；アレル特異的ＰＣＲ；マトリックス介助レーザーデソープションイオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析ミクロシークエンシングアッセイ法；遺伝子チップハイブリッド形成アッセイ；及び配列データの読み取りなどにより実施し得る。
【００３６】
本発明の別の態様によると、炎症状態の治療に有用であることの知られた、又はそのように推測されている薬剤候補の有効性を判定するために、被験者グループを選択する方法が提供される；該方法は各被験者のプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列における１ヶ所以上の多型部位に存在する遺伝子型を判定することを含み、その場合、遺伝子型は炎症状態から回復する該被験者の能力の指標となり、その遺伝子型に基づいて被験者を分類する。前記方法はさらに候補薬剤を被験者又は被験者のサブセットに投与すること、及び炎症状態から回復する各被験者の能力を判定することを含む。さらに該方法は被験者の遺伝子型に基づく候補薬剤に対する被験者の反応の比較を含み得る。
【００３７】
本発明の別の態様によると、治療を必要とする哺乳動物の炎症状態を治療する方法が提供される；該方法は該哺乳動物に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することを含み、その場合、該哺乳動物はプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列のリスク遺伝子型をもつ。
【００３８】
本発明の別の態様によると、治療を必要とする哺乳動物の炎症状態を治療する方法であって、それらのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型をもつ哺乳動物を選択し、それら哺乳動物に、抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することを含む方法が提供される。
【００３９】
本発明の別の態様によると、治療を必要とする被験者の炎症状態を治療する方法であって、該被験者に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することを含む方法が提供されるが、その場合の被験者はプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列のリスク遺伝子型を有する。
【００４０】
本発明の別の態様によると、治療を必要とする被験者の炎症状態を治療する方法であって、該被験者のプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型をもつ被験者を選択し、当該被験者に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することを含む方法が提供される。
【００４１】
本発明の別の態様によると、炎症状態にある被験者に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することにより被験者を治療する方法が提供される；該方法は被験者のプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型をもつ被験者に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することを含み、その場合のリスク遺伝子型は、炎症状態の抗炎症剤又は抗血液凝固剤による治療の反応性が上昇していることを予測するものである。
【００４２】
本発明の別の態様によると、抗炎症剤又は抗血液凝固剤による炎症状態の治療に高い反応性をもつ被験者を同定する方法であって、該被験者のプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型をもつ被験者を同定するために、一群の被験者をスクリーニングする工程を含み、その場合、プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型をもつ被験者を同定することは、該炎症状態の抗炎症剤又は抗血液凝固剤での治療に対し反応性が高まっていることを予測する方法が提供される。
【００４３】
本発明の別の態様によると、被験者のスクリーニング方法であって、（ａ）プロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ配列情報を被験者から得る工程；及び（ｂ）該配列の１つ以上の多型の個性を決定する工程を含み、その場合、１つ以上の多型が炎症状態から回復する被験者の能力を示し得ることを特徴とする方法が提供される。
【００４４】
本発明の別の態様によると、被験者のスクリーニング方法であって、（ａ）炎症状態を発症するリスクに基づき、又は炎症症状をもつ被験者を選択する工程、（ｂ）該被験者からプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ配列の情報を得る工程、及び（ｃ）プロテインＣ配列及び／又はＥＰＣＲ配列において１つ以上の多型の個性を検出する工程を含んでなり、その場合、該多型が炎症状態から回復する被験者の能力を示す方法が提供される。
【００４５】
本発明の別の態様によると、炎症状態の治療に有用であることの知られた、又はそう推測される候補医薬の有効性を判定するために１群の被験者を選択する方法であって、各被験者について、プロテインＣ配列及び／又はＥＰＣＲ配列の１つ以上の多型部位について遺伝子型を決定することを含み、その場合、当該遺伝子型は炎症状態から回復する該被験者の能力を示すものとし、その遺伝子型に基づき被験者を分類することを含む方法が提供される。前記方法はまた被験者又は被験者のサブセット（部分集合）に候補薬剤を投与し、炎症状態から回復する各被験者の能力を判定することをも含み得る。前記方法はまた被験者の遺伝子型に基づく候補薬剤に対する被験者の反応を比較するさらなる工程も含み得る。前記候補薬剤に対する反応は、炎症状態から回復する各被験者の能力を決定することにより判定し得る。
【００４６】
本発明の別の態様によると、抗炎症剤又は抗血液凝固剤による炎症状態の治療のために被験者を選択する方法であって、そのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列にリスク遺伝子型をもつ被験者を同定する工程を含み、その場合、リスク遺伝子型をもつ被験者を同定することが抗炎症剤又は抗血液凝固剤による炎症状態の治療への反応性が高いことの予測であることを特徴とする方法が提供される。
【００４７】
本発明の別の態様によると、被験者において炎症状態を治療する方法であって、該被験者に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することを含み、その場合、当該被験者がそのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列中にリスク遺伝子型をもつことを特徴とする方法が提供される。
【００４８】
本発明の別の態様によると、被験者において炎症状態を治療する方法であって、プロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列中にリスク遺伝子型をもつ被験者を同定し、該被験者に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与することを含む方法が提供される。
【００４９】
本発明の別の態様によると、炎症状態を治療するための医薬の製造における抗炎症剤又は抗血液凝固剤の使用であって、その場合の治療される被験者がそのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列中に、リスク遺伝子型をもつものであることを特徴とする使用が提供される。
【００５０】
本発明の別の態様によると、被験者のサブセットにおいて炎症状態を治療するための医薬の製造における抗炎症剤又は抗血液凝固剤の使用であって、その場合の被験者のサブセットがそのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列中に、リスク遺伝子型をもつものであることを特徴とする使用が提供される。
【００５１】
本発明の別の態様によると、治療を必要とする被験者において炎症状態を治療する方法であって、（ａ）そのプロテインＣ配列又はＥＰＣＲ配列中にリスク遺伝子型をもつ被験者を選択すること；及び（ｂ）当該被験者に抗炎症剤又は抗血液凝固剤を投与すること；を含む方法が提供される。工程（ａ）は工程（ｂ）の前又はそれと同時に実施し得る。あるいは、工程（ａ）は、もし患者が非リスク遺伝子型をもつか、及び／又は治療に反応していないことがはっきりしているならば、抗炎症剤又は抗血液凝固剤による連続する治療を止めるために、工程（ｂ）に引き続き実施し得る。
【００５２】
前記方法はさらに被験者のリスクを評価するものとして、被験者のアパッチ（APACHE）IIスコアを決定することを含み得る。前記方法又は使用は、被験者のリスクを評価するものとして、被験者について臓器系不全の数を決定することを含み得る。前記被験者のアパッチIIスコアは、≧２５の場合、リスクが上昇していることを示し得る。２つ以上の臓器系不全は、被験者のリスクが増大していることを示し得る。
【００５３】
前記リスク遺伝子型は、以下の位置の１ヶ所以上にある多型部位に位置し得る：配列番号１の４７３２；配列番号２の４０５４；又はそれに連鎖不平衡の多型部位。前記リスク遺伝子型は配列番号１の２４１８位置に相当する多型部位に、又はそれに連鎖不平衡の多型部位に位置し得る。前記のプロテインＣ配列及びＥＰＣＲ配列からのリスク遺伝子型は、１ヶ所以上の以下の位置の多型部位に位置し得る：配列番号１の４７３２; 配列番号２の４０５４；配列番号１の２４１８；又はそれに連鎖不平衡の多型部位。前記の４７３２位置と連鎖不平衡の多型部位に位置し得るリスク遺伝子型は、配列番号１の４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５又は１２２２８位置に存在する。前記の４０５４位置と連鎖不平衡の多型部位に位置し得るリスク遺伝子型は、配列番号２の２９７３、３０６３、３４０２、４９４６、５５１５又は６１９６位置に存在する。前記の２４１８位置と連鎖不平衡の多型部位に位置し得るリスク遺伝子型は、配列番号１の１３８６、２５８３又は３９２０位置に存在する。前記リスク遺伝子型は４７３２位置と連鎖不平衡の多型部位に存在するか、又は２ヶ所のプロテインＣ多型部位の組み合わせであり得、該組合せは配列番号１の以下の位置の群から選択される：９１９８と５８６７；９１９８と４８００；３２２０と５８６７；及び３２２０と４８００。２４１８位置と連鎖不平衡のリスク遺伝子型は、２つのプロテインＣ多型部位の組合せであり得、該組合せは配列番号１の位置の以下の群から選択される：５８６７と２４０５；５８６７と４９１９；５８６７と４９５６；５８６７と６１８７；５８６７と１２１０９；４８００と２４０５；４８００と４９１９；４８００と４９５６；４８００と６１８７；及び４８００と１２１０９。
【００５４】
前記リスク遺伝子型は配列番号１の多型部位及び組合わせた多型部位から選択され、以下のものを含み得る：４７３２Ｃ；４８１３Ａ；６３７９Ｇ；６７６２Ａ；７７７９Ｃ；８０５８Ｔ；８９１５Ｔ；１２２２８Ｔ；９１９８Ｃと５８６７Ａ；９１９８Ｃと４８００Ｇ；３２２０Ａと５８６７Ａ；及び３２２０Ａと４８００Ｇ；１３８６Ｔ；２４１８Ａ；２５８３Ａ；３９２０Ｔ；５８６７Ａと２４０５Ｔ；５８６７Ａと４９１９Ａ；５８６７Ａと４９５６Ｔ；５８６７Ａと６１８７Ｃ；５８６７Ａと１２１０９Ｔ；４８００Ｇと２４０５Ｔ；４８００Ｇと４９１９Ａ；４８００Ｇと４９５６Ｔ；４８００Ｇと６１８７Ｃ；及び４８００Ｇと１２１０９Ｔ。
【００５５】
前記リスク遺伝子型は配列番号２のＥＰＣＲ多型部位の群から選択され、以下のものを含み得る：６１９６Ｇ；５５１５Ｔ；４９４６Ｔ；４０５４Ｔ；３４０２Ｇ；３０６３Ｇ；及び２９７３Ｃ。
【００５６】
前記リスク遺伝子型は炎症状態からの結果が不良で、リスクが上昇していることを示し得る。前記方法又は使用は、抗炎症剤又は抗血液凝固剤の投与について、炎症状態からの結果が不良でリスクの上昇している被験者を優先的に選択することを含み得る。
【００５７】
プロテクティブ遺伝子型又は低下したリスク遺伝子型は、配列番号１のプロテインＣ単一多型部位及び組合わせた多型部位の群から選択され、以下のものを含み得る：４７３２Ｔ；４８１３Ｇ；６３７９Ａ；６７６２Ｇ；７７７９−；８０５８Ｃ；８９１５Ｇ；１２２２８Ｃ；９１９８Ａと５８６７Ｇ；９１９８Ａと４８００Ｃ；３２２０Ｇと５８６７Ｇ；及び３２２０Ｇと４８００Ｃ；１３８６Ｃ；２４１８Ｇ；２５８３Ｔ；３９２０Ｃ；５８６７Ｇと２４０５Ｃ；５８６７Ｇと４９１９Ｇ；５８６７Ｇと４９５６Ｃ；５８６７Ｇと６１８７Ｔ；５８６７Ｇと１２１０９Ｃ；４８００Ｃと２４０５Ｃ；４８００Ｃと４９１９Ｇ；４８００Ｃと４９５６Ｃ；４８００Ｃと６１８７Ｔ；及び４８００Ｃと１２１０９Ｃ。プロテクティブ遺伝子型又は低下したリスク遺伝子型は、配列番号２のＥＰＣＲ多型部位の群から選択され、以下のものを含み得る：６１９６Ｃ；５５１５Ｃ；４９４６Ｃ；４０５４Ｃ；３４０２Ｃ；３０６３Ａ；及び２９７３Ｔ。あるいは、配列番号４６の７７７９位置のプロテクティブ遺伝子型はＴであってもよい。
【００５８】
前記被験者の前記遺伝子型は、炎症状態からの不良な結果からリスクが低下していることを示し得るものであり、炎症状態からの不良な結果からリスクが低下しているとされる被験者は、抗炎症剤又は抗血液凝固剤の投与対象として優先的には選択し得ない。抗炎症剤又は抗血液凝固剤は、以下の１つ以上のものから選択され得る：活性化プロテインＣ；組織因子経路阻害剤；血小板活性化因子加水分解酵素；ＰＡＦ−ＡＨ酵素類似体；腫瘍壊死因子アルファに対する抗体；可溶性腫瘍壊死因子受容体−免疫グロブリンＧ１；プロシステイン；エラスターゼ阻害剤；ヒト組換えインターロイキン１受容体アンタゴニスト；及びエンドトキシン、腫瘍壊死因子受容体、インターロイキン−６、高移動度群ボックス、組織プラスミノーゲン活性化因子、ブラジキニン、ＣＤ−１４及びインターロイキン−１０に対する抗体、阻害剤及びアンタゴニスト。抗炎症剤又は抗血液凝固剤は、活性化したプロテインＣ又は活性化したドロテコギンアルファでよい。
【００５９】
本発明の別の態様によると、適格の被験者において炎症状態を治療する方法であって、最初に被験者が本明細書に開示した遺伝子配列情報又は遺伝子型情報に基づき適格な被験者であるかどうかを判定した後、治療剤投与などの選択した治療を施すことにより治療する方法が提供される。この場合、適格被験者における炎症状態の治療方法は以下を含み得る：ａ）プロテインＣ配列及び／又はＥＰＣＲ配列における１つ以上のリスク遺伝子型の存在又は不存在に基づき、被験者が適格被験者であるかどうかを判定すること；及び、ｂ）適格被験者に治療薬を投与すること。より詳しくは、適格被験者における炎症状態を治療する方法は：ａ）プロテインＣ配列及び／又はＥＰＣＲ配列における１つ以上のリスク遺伝子型の存在又は不存在に基づき、被験者が適格被験者であるかどうかを判定すること；及び、ｂ）以下の治療薬を適格被験者に投与することを含み得る：活性化プロテインＣ（例えば、キシグリス（XIGRISTM）−ドロテコギンアルファ−組換えヒト活性化プロテインＣ（イーライ・リリー））、組織因子経路阻害剤（例えば、チファコギン（TIFACOGINTM）−アルファ（カイロン）など）、血小板活性化因子加水酵素（例えば、ＰＡＦアーゼＴＭ（ＩＣＯＳ）及び他のＰＡＦ−ＡＨ酵素類似体）、腫瘍壊死因子−アルファに対する抗体（例えば、セガード（SEGARDTM）−アフェリモマブ（afelimomab）（アボット））、又は他の抗炎症性治療薬。さらに、前記治療薬は活性化プロテインＣ及び／又はその誘導体（グリコシル化変異体も含む）の単独もしくは組合せ、又は本明細書に記載の他の治療薬と組合わせでもよい。治療剤に対し改善された反応は、治療薬の投与に続く改善をも含み得、それによって該被験者は生存の可能性が増大し、臓器損傷もしくは臓器機能不全の可能性が低下し（ブリュッセルスコア）、アパッチIIスコアが改善し、生存及び血圧上昇剤、筋変力剤不使用日数増大、全身の機能不全（心臓血管系、呼吸器系、換気、ＣＮＳ，凝固［ＩＮＲ＞１．５］、腎臓及び／又は肝臓の）が減少する。
【００６０】
本発明の別の態様によると、適格被験者に治療薬を投与することを特徴とする適格被験者における炎症状態を治療する方法が提供される。前記適格被験者とは、本明細書に開示されるように、又は後に見出されるように、炎症状態からの回復の可能性が低下していることと関連するプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲにおける１つ以上の多型を有する被験者である。治療の選択肢は以下を含み得る：活性化プロテインＣ（例えば、キシグリス（XIGRISTM）−ドロテコギンアルファ−組換えヒト活性化プロテインＣ（イーライ・リリー））、組織因子経路阻害剤（例えば、チファコギン（TIFACOGINTM）−アルファ（カイロン）など）、血小板活性化因子加水酵素（例えば、ＰＡＦアーゼＴＭ（ＩＣＯＳ）及び他のＰＡＦ−ＡＨ酵素類似体）、腫瘍壊死因子−アルファに対する抗体（例えば、セガード（SEGARDTM）−アフェリモマブ（afelimomab）（アボット））、可溶性腫瘍壊死因子受容体−免疫グロブリンＧ１（ロシュ）、プロシステイン、エラスターゼ阻害剤、ヒト組換えインターロイキン１受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１ＲＡ）、及び以下に対する抗体、阻害剤及びアンタゴニスト：内毒素（すなわち、リポポリサッカライド、ＬＰＳ、リポテイコ酸など、例えば、Ｅ−５５３１（エーザイ）、腫瘍壊死因子受容体、ＩＬ−６、高速移動群ボックス１（ＨＭＧＢ−１又はＨＭＧ−１）、組織プラスミノーゲン活性化因子、ブラジキニン、ＣＤ−１４、及び／又はＩＬ−１０。当業者はこれらの及びその他の治療選択肢の用量及び投与について詳しい。被験者の適格性を決定するために、プロテインＣ配列及び／又はＥＰＣＲ配列における多型の有無は、本明細書に記載のように決定し得る。
【００６１】
活性化プロテインＣ（例えば、キシグリス（XIGRISTM）−ドロテコギンアルファ−組換えヒト活性化プロテインＣ（イーライ・リリー））、組織因子経路阻害剤（例えば、チファコギン（TIFACOGINTM）アルファ（カイロン）など）、血小板活性化因子加水酵素（例えば、ＰＡＦアーゼＴＭ（ＩＣＯＳ）及び他のＰＡＦ−ＡＨ酵素類似体）、腫瘍壊死因子−アルファに対する抗体（例えば、セガード（SEGARDTM）−アフェリモマブ（afelimomab）（アボット））、又はその他の抗炎症性治療薬は、炎症状態からの回復の可能性が低下していることと関連するプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲに１つ以上の多型を有する被験者において、炎症状態を治療するための医薬の製造に有用であり得る。さらにこれらの治療薬は、炎症状態からの回復の可能性が低下していることと関連するプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲに１つ以上の多型を有する被験者において、敗血症を治療又は予防するための、用時調製形状の抗敗血症薬の調製に有用であり得る。
【００６２】
本発明の別の態様によると、本明細書に記載の方法に従い、プロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ多型の同定に使用し得るオリゴヌクレオチドが提供される；該オリゴヌクレオチドは当該オリゴヌクレオチドが通常のハイブリッド形成条件下で配列番号１、配列番号２などにより同定される配列又はその相補体の１つの領域とハイブリッド形成するという特徴を有する。
【００６３】
本発明の別の態様によると、配列番号１、配列番号２、又はその相補体の一部を含んでなるオリゴヌクレオチドプライマーが提供され、その場合、当該プライマーは長さが１２個ないし５４個のヌクレオチドであり、また配列番号１、配列番号２、又はその相補体の領域に特異的にハイブリッド形成し、本明細書に記載のプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲ多型を同定することができる。あるいは、該プライマーは長さが１６個ないし２４個のヌクレオチドであってもよい。
【００６４】
本発明の別の態様によると、配列番号１の配列を含むヒトの標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物に含まれる配列と特異的にハイブリッド形成する凡そ１０個ないし凡そ４００個のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドが提供され、その場合、該オリゴヌクレオチドは配列番号１の以下の位置で多型遺伝子型を決定する際に使用可能である：４７３２、４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５、１２２２８、９１９８、５８６７、４８００、３２２０、１３８６、２４１８、２５８３、３９２０、２４０５、４９１９，４９５６、６１８７又は１２１０９。
【００６５】
本発明の別の態様によると、配列番号２の配列を含むヒトの標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物 に含まれる配列に特異的にハイブリッド形成する凡そ１０個ないし凡そ４００個のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドが提供され、その場合、該オリゴヌクレオチドは配列番号２の以下の位置で多型遺伝子型を決定する際に操作可能である：６１９６、５５１５、４９４６、４０５４、３４０２、３０６３又は２９７３。
【００６６】
本発明の別の態様によると、配列番号１の配列を含むヒトの標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物 に含まれる配列に特異的にハイブリッド形成する凡そ１０個ないし凡そ４００個のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドが提供され、その場合、当該ハイブリッド形成は配列番号１の以下の位置で多型遺伝子型を決定する際に操作可能である：４７３２、４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５、１２２２８、９１９８、５８６７、４８００、３２２０、１３８６、２４１８、２５８３、３９２０、２４０５、４９１９，４９５６、６１８７又は１２１０９。
【００６７】
本発明の別の態様によると、配列番号２の配列を含むヒトの標的配列、該標的配列の相補性配列、又は該標的配列のＲＮＡ相当物 に含まれる配列に特異的にハイブリッド形成する凡そ１０個ないし凡そ４００個のヌクレオチドからなるオリゴヌクレオチドが提供され、その場合、当該ハイブリッド形成は配列番号２の以下の位置で多型遺伝子型を決定する際に操作可能である：６１９６、５５１５、４９４６、４０５４、３４０２、３０６３又は２９７３。
【００６８】
本発明の別の態様によると、以下を含む群から選択され得るオリゴヌクレオチドプローブが提供される：（ａ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む４７３２位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４７３２位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｂ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む４７３２位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４７３２位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｃ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む４８１３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８１３位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｄ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む４８１３位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８１３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｅ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む６３７９位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６３７９位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｆ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む６３７９位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６３７９位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｇ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む６７６２位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６７６２位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｈ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む６７６２位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６７６２位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｉ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む７７７９位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号４６を含む７７７９位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｊ）高緊縮条件下で、配列番号４６を含む７７７９位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む７７７９位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｋ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む８０５８位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８０５８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｌ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む８０５８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８０５８位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｍ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む８９１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８９１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｎ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む８９１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８９１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｏ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む１２２２８位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２２２８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｐ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む１２２２８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２２２８位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｑ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む５８６７位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む５８６７位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｒ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む５８６７位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む５８６７位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｓ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む９１９８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む９１９８位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｔ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む９１９８位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む９１９８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｕ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む４８００位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８００位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｖ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む４８００位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８００位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｗ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む３２２０位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３２２０位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｘ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む３２２０位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３２２０位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｙ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む２４１８位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４１８位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；及び、（ｚ）高緊縮条件下で、配列番号１を含む２４１８位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４１８位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【００６９】
あるいは、プローブは、以下のプローブから選択され得る：高緊縮条件下で、配列番号１を含む１３８６位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１３８６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む１３８６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１３８６位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む２５８３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２５８３位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む２５８３位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２５８３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む３９２０位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３９２０位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む３９２０位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３９２０位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む２４０５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４０５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む２４０５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４０５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む４９１９位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９１９位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む４９１９位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９１９位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む４９５６位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９５６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む４９５６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９５６位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む６１８７位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６１８７位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む６１８７位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６１８７位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；高緊縮条件下で、配列番号１を含む１２１０９位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２１０９位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；及び、高緊縮条件下で、配列番号１を含む１２１０９位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２１０９位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【００７０】
本発明の別の態様によると、以下を含む群から選択され得るオリゴヌクレオチドプローブが提供される：（ａ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む２９７３位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む２９７３位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｂ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む２９７３位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む２９７３位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｃ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む３０６３位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３０６３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｄ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む３０６３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３０６３位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｅ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む３４０２位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３４０２位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｆ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む３４０２位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３４０２位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｇ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む４０５４位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４０５４位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｈ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む４０５４位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４０５４位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｉ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む４９４６位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４９４６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｊ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む４９４６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４９４６位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｋ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む５５１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む５５１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｌ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む５５１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む５５１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；（ｍ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む６１９６位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む６１９６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ；及び、（ｎ）高緊縮条件下で、配列番号２を含む６１９６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む６１９６位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないプローブ。
【００７１】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイ（ａｒｒａｙ）が提供される；該アレイは、以下の群から選択される１つ以上のオリゴヌクレオチドを含み得る：（ａ）配列番号１を含む４７３２位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４７３２位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｂ）配列番号１を含む４７３２位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４７３２位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｃ）配列番号１を含む４８１３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８１３位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｄ）配列番号１を含む４８１３位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８１３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｅ）配列番号１を含む６３７９位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６３７９位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｆ）配列番号１を含む６３７９位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６３７９位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｇ）配列番号１を含む６７６２位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６７６２位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｈ）配列番号１を含む６７６２位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６７６２位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｉ）配列番号１を含む７７７９位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号４６を含む７７７９位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｊ）配列番号４６を含む７７７９位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む７７７９位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｋ）配列番号１を含む８０５８位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８０５８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｌ）配列番号１を含む８０５８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８０５８位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｍ）配列番号１を含む８９１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８９１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｎ）配列番号１を含む８９１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む８９１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｏ）配列番号１を含む１２２２８位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２２２８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｐ）配列番号１を含む１２２２８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２２２８位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｑ）配列番号１を含む５８６７位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む５８６７位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｒ）配列番号１を含む５８６７位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む５８６７位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｓ）配列番号１を含む９１９８位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む９１９８位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｔ）配列番号１を含む９１９８位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む９１９８位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｕ）配列番号１を含む４８００位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８００位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｖ）配列番号１を含む４８００位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４８００位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｗ）配列番号１を含む３２２０位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３２２０位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｘ）配列番号１を含む３２２０位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３２２０位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｙ）配列番号１を含む２４１８位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４１８位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び、（ｚ）配列番号１を含む２４１８位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４１８位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７２】
あるいは、前記オリゴヌクレオチドは、以下のオリゴヌクレオチドから選択され得る：配列番号１を含む１３８６位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１３８６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む１３８６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１３８６位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む２５８３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２５８３位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む２５８３位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２５８３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む３９２０位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３９２０位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む３９２０位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む３９２０位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む２４０５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４０５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む２４０５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む２４０５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む４９１９位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９１９位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む４９１９位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９１９位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む４９５６位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９５６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む４９５６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む４９５６位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む６１８７位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６１８７位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む６１８７位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む６１８７位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；配列番号１を含む１２１０９位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２１０９位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び、配列番号１を含む１２１０９位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１を含む１２１０９位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７３】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイが提供される；該アレイは以下を含む群から選択される１個以上のオリゴヌクレオチドを含み得る：（ａ）配列番号２を含む２９７３位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む２９７３位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｂ）配列番号２を含む２９７３位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む２９７３位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｃ）配列番号２を含む３０６３位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３０６３位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｄ）配列番号２を含む３０６３位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３０６３位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｅ）配列番号２を含む３４０２位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３４０２位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｆ）配列番号２を含む３４０２位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む３４０２位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｇ）配列番号２を含む４０５４位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４０５４位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｈ）配列番号２を含む４０５４位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４０５４位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｉ）配列番号２を含む４９４６位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４９４６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｊ）配列番号２を含む４９４６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む４９４６位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｋ）配列番号２を含む５５１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む５５１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｌ）配列番号２を含む５５１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む５５１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｍ）配列番号２を含む６１９６位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む６１９６位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び、（ｎ）配列番号２を含む６１９６位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む６１９６位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７４】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイが提供される；該アレイは、以下を含む群から選択される１個以上のオリゴヌクレオチドを含み得る：（ａ）配列番号３を含む２０１位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号２を含む２０１位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｂ）配列番号３を含む２０１位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｃ）配列番号４、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１８、配列番号１９、又は配列番号２０を含む２０１位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され２０１位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｄ）配列番号４、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１８、配列番号１９、又は配列番号２０を含む２０１位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され２０１位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｅ）配列番号５、配列番号１７、又は配列番号２１を含む２０１位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｆ）配列番号５、配列番号１７、又は配列番号２１を含む２０１位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され２０１位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｇ）配列番号１２を含む２０１位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１２を含む２０１位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｈ）配列番号１２を含む２０１位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１２を含む２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｉ）配列番号１２を含む２０１位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１２を含む２０１位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び、（ｊ）配列番号１３を含む２０１位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、配列番号１３を含む２０１位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７５】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイが提供される；該アレイは、以下を含む群から選択される１個以上のオリゴヌクレオチドを含み得る：（ａ）配列番号２２、配列番号２３、又は配列番号４１を含む１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｂ）配列番号２２、配列番号２３、又は配列番号４１を含む１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｃ）配列番号２４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３９、又は配列番号４４を含む１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｄ）配列番号２４、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３９、又は配列番号４４を含む１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｅ）配列番号２５又は配列番号４５を含む１５位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＴを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｆ）配列番号２５又は配列番号４５を含む１５位置にＴを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｇ）配列番号２６、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３８、又は配列番号４０を含む１５位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＧを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｈ）配列番号２６、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３８、又は配列番号４０を含む１５位置にＧを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；（ｉ）配列番号３０、配列番号３２、配列番号３７、配列番号４２、又は配列番号４３を含む１５位置にＣを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＡを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド；及び、（ｊ）配列番号３０、配列番号３２、配列番号３７、配列番号４２、又は配列番号４３を含む１５位置にＡを有する核酸分子にはハイブリッド形成するが、同じ配列番号で示され１５位置にＣを有する核酸分子とはハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７６】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイが提供される；該アレイは、以下のオリゴヌクレオチドを含む：配列番号１を含むその４７３２位置のヌクレオチドがＣである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下で、配列番号１を含み４７３２位置のヌクレオチドがＴである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７７】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイが提供される；該アレイは、以下のオリゴヌクレオチドを含む：配列番号１を含むその４７３２位置のヌクレオチドがＴである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下で、配列番号１を含み４７３２位置のヌクレオチドがＣである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７８】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイが提供される；該アレイは、以下のオリゴヌクレオチドを含む：配列番号２を含むその４０５４位置のヌクレオチドがＴである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下で、配列番号２を含み４０５４位置のヌクレオチドがＣである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００７９】
本発明の別の態様によると、固体支持体に付着させた核酸分子のアレイが提供される；該アレイは、以下のオリゴヌクレオチドを含む：配列番号２を含むその４０５４位置のヌクレオチドがＣである核酸分子にはハイブリッド形成するが、その条件下で、配列番号２を含み４０５４位置のヌクレオチドがＴである核酸分子には実質的にハイブリッド形成しないオリゴヌクレオチド。
【００８０】
前記オリゴヌクレオチドはさらに以下のうち１つ以上のものを含み得る：検出可能な標識；消光剤；移動性修飾因子；前記標的配列の５’若しくは３’に位置するか、又は、前記標的配列に対して５’及び３’に位置する隣接する非標的配列。前記オリゴヌクレオチドは、プロテインＣ及びＥＰＣＲのＳＮＰの遺伝子型を決定する本明細書に記載の方法及びキットと組合わせて使用し得る。
【００８１】
本発明の別の態様によると、表１Ｅにおける、前記プロテインＣ及びＥＰＣＲ遺伝子型の関連より選択される複数の数値的に符号化された遺伝子型関連を含み得るコンピューターで読み取り可能な媒体が提供される；但し、前記複数の各関連は、炎症状態から回復する能力表す数値及び抗炎症剤若しくは抗血液凝固剤による炎症状態の治療に対する反応性の指標を有する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００８２】
１．定義
以下の説明においては、多くの用語が広範に使用されるが、本発明の理解を容易にするために、以下にその定義を提供する。
【００８３】
「遺伝物質」とは核酸であり、一本鎖又は二本鎖の形状のデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド・ポリマーであり得る。
【００８４】
「プリン」とは融合したピリミジン環とイミダゾール環を含んでなるヘテロ環状有機化合物であり、プリン塩基、アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）の親化合物として働く。
【００８５】
「ヌクレオチド」は一般に、ペントース（通常は、リボース又はデオキシリボース）に共有結合したプリン（Ｒ）又はピリミジン（Ｙ）塩基であり、その場合の糖は１個以上のリン酸エステル基を担持する。核酸は一般に３’−５’ホスホジエステル結合を介して結合するヌクレオチドのポリマーである。本明細書にて使用する「プリン」とは、プリン塩基、Ａ及びＧをいうために使用するものであり、より広い意味では、ヌクレオチドモノマー、デオキシアデノシン−５’−リン酸及びデオキシグアノシン−５’−リン酸をポリヌクレオチド鎖の成分として含む。
【００８６】
「ピリミジン」とは単環状有機塩基であり、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）及びウラシル（Ｕ）である。本明細書にて使用する場合の「ピリミジン」は、ピリミジン塩基、Ｃ、Ｔ及びＵをいうために使用し、より広い意味では、プリンヌクレオチドと共に前記ポリヌクレオチド鎖の成分となるピリミジンヌクレオチドモノマーを含む。
【００８７】
記号Ｍによって表されるヌクレオチドはＡ又はＣのいずれかであってよく、記号ＷであらわされるヌクレオチドはＴ／Ｕ又はＡのいずれかであってよく、記号Ｙで表されるヌクレオチドはＣ又はＴ／Ｕのいずれかであってよく、記号Ｓで表されるヌクレオチドはＧ又はＣのいずれかであってよい；一方、記号Ｒで表されるヌクレオチドはＧ又はＡであってよく、また記号Ｋで表されるヌクレオチドはＧ又はＴ／Ｕのいずれかであってよい。同様に、記号Ｖで表されるヌクレオチドはＡ又はＧ又はＣのいずれかであり得る。
【００８８】
「多型性部位（polymorphic site）」又は「多型部位（polymorphism site）」又は「多型（polymorphism）」又は「一塩基多型部位」（ＳＮＰ部位）は、本書で使用される場合、所定の配列内において相違が生じている遺伝子座（座位）ないし位置である。「多型」は、集団内において、２以上の遺伝子の型又は遺伝子内の位置の型（アレル）が、最も稀な型の存在が突然変異だけで説明できない程の頻度で、生じていることである。多型性アレルは、宿主において、いくらかの淘汰における利点を享受している可能性がある。好ましい多型性部位は、選択された母集団において１％以上の頻度、好ましくは１０％又は２０％以上の頻度でそれぞれ現れる少なくとも２つのアレルを有する。多型部位は、ある核酸配列内の既知の位置であってもよく、本書に記載した方法によって存在が特定されてもよい。多型は、コーディング領域及び非コーディング領域（例えば、プロモーター、エンハンサー、及び、イントロン）の両者において、出現してよい。
【００８９】
本明細書にて使用する「リスク遺伝子型」とは、本明細書に記載のプロテインＣ配列内又はＥＰＣＲ配列内の１ヶ所以上の多型部位におけるアレル変異体（遺伝子型）をいい、炎症状態からの回復の可能性が低下していること、又は結果不良となるリスクが上昇していることを示すものである。リスクアレルが少なくとも１コピー存在するならば、前記リスク遺伝子型は、一倍体の（ｈａｐｌｏｉｄ）遺伝子型又は二倍体の（ｄｉｐｌｏｉｄ）遺伝子型の何れかについて判定されてもよい。リスク遺伝子型は炎症状態から回復しないリスクが上昇していることを示し得る。１コピー（ヘテロ接合体）又は２コピー（ホモ接合体）のリスクアレル（例えば、４７３２ＣＴ又は４７３２ＣＣ又は代わり得るものとして４０５４ＴＣ又は４０５４ＴＴ又はその組合せ）をもつ被験者は、たとえ炎症状態から回復しないというリスクをもつ被験者の増加する程度がヘテロ接合体よりもホモ接合体でより大きいとしても、「リスク遺伝子型」をもつと考えられる。かかる「リスクアレル」又は「リスク遺伝子型」は、配列番号１内の以下のプロテインＣの単一の多型性部位及び多型性部位の組合せから成る群より選択され得る：
４７３２Ｃ；
４８１３Ａ；
６３７９Ｇ；
６７６２Ａ；
７７７９Ｃ；
８０５８Ｔ；
８９１５Ｔ；
１２２２８Ｔ；
９１９８Ｃと５８６７Ａ；
９１９８Ｃと４８００Ｇ；
３２２０Ａと５８６７Ａ；及び
３２２０Ａと４８００Ｇ
又は、
１３８６Ｔ；
２４１８Ａ；
２５８３Ａ；
３９２０Ｔ；
５８６７Ａと２４０５Ｔ；
５８６７Ａと４９１９Ａ；
５８６７Ａと４９５６Ｔ；
５８６７Ａと６１８７Ｃ；
５８６７Ａと１２１０９Ｔ；
４８００Ｇと２４０５Ｔ；
４８００Ｇと４９１９Ａ；
４８００Ｇと４９５６Ｔ；
４８００Ｇと６１８７Ｃ；及び
４８００Ｇと１２１０９Ｔ。
【００９０】
或いは、かかる「リスクアレル」又は「リスク遺伝子型」は、配列番号２内の以下のＥＰＣＲの単一の多型性部位から成る群より選択され得る：
６１９６Ｇ；
５５１５Ｔ；
４９４６Ｔ；
４０５４Ｔ；
３４０２Ｇ；
３０６３Ｇ；及び
２９７３Ｃ。
【００９１】
さらに、プロテインＣの単一の及び／又は組み合わされた多型性部位、及びＥＰＣＲの単一の及び／又は組み合わされた多型性部位が更に組み合わさって（例えば、プロテインＣ４７３２とＥＰＣＲ４０５４）、抗炎症剤又は抗血液凝固剤により被験者又は哺乳動物を治療するべきかどうかを決定するに際しての予測値を上昇させ、決定値を改善し得る。
【００９２】
「クレード」は系統発生学的に密接に関連する一群のハプロタイプである。例えば、ハプロタイプが系統（進化的な）樹で表される場合、一つのクレードは同じ枝内に含まれる全てのハプロタイプを含む。
【００９３】
本明細書にて使用する場合、、「ハプロタイプ」とは、染色体上の密接に連鎖する遺伝子座のアレルのセット（それらは一緒に遺伝する傾向にある）を言う。かかるアレルセットはハプロタイプと呼ばれるパターンで発生する。ハプロタイプは共通して主要組織適合性複合体の連鎖遺伝子に関連して使用される。「ハプロタイプ」はまた図１及び２に示した表中に列で示される。従って、１つのＳＮＰ部位の特定のＳＮＰアレルは、近傍の第二のＳＮＰ部位の特定のＳＮＰアレルとしばしば関連する。このことが起こると、２つのＳＮＰは、その２つのＳＮＰがまったく無作為に関連したものではない（連鎖平衡）ために、連鎖不平衡にあると言われる。
【００９４】
一般に、サンプル中の核酸の検出は、特異的核酸ハイブリッド形成の技法に依存するものであり、その場合、オリゴヌクレオチドが「高緊縮」条件下で、サンプル中の核酸にアニールし、上手くアニールしたオリゴヌクレオチドは引き続き検出される（参照例；Spiegelman, S., Scientific American, Vol.210, p.48 (1964)）。高緊縮条件下でのハイブリッド形成は主としてハイブリッド形成に使用した方法、オリゴヌクレオチドの長さ、塩基組成及びミスマッチ位置（もしあれば）に依存する。高緊縮ハイブリッド形成は、分子生物学者が常套的に実施する多くの技法（例えば、高緊縮ＰＣＲ、ＤＮＡ配列決定、一本鎖立体配座多型分析、及びin situ ハイブリッド形成）が成功するかどうかに懸かっている。ノーザンハイブリダイゼーション及びサザンハイブリダイゼーションと対照的に、これらの技法は通常比較的短いプローブ（例えば、ＰＣＲ又は配列決定では通常凡そ１６個以上のヌクレオチド、またin situ ハイブリッド形成では凡そ４０個以上のヌクレオチド）により実施し得る。これらの技法に使用される高緊縮条件については分子生物学の当業者に周知であり、その例としては、例えば、文献（Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, N.Y., 1998）に見出し得る。
【００９５】
通常、集団遺伝学において使用される用語「連鎖」とは、同一染色体においてその遺伝子座が近接していることによる、対立遺伝子でない（nonallelic）２以上の遺伝子又は配列の共遺伝を指し、それにより、減数分裂後も、それらの遺伝子は非連鎖遺伝子で期待される５０％より高い頻度で随伴したままになる。しかしながら、減数分裂の間の、個々の染色分体間の物理的交差により組み換えが生じてもよい。「組み換え」は一般にＤＮＡの大きな区域の間で生じ、そのため、近接した区域のＤＮＡと遺伝子が組み換えイベント（交差）において同時に移動させられることが見込まれる。逆に、所与の染色体において離れて存在するＤＮＡ領域は、互いに近接したＤＮＡ領域と比較して交差の過程で別々になる可能性が高い。一塩基多型（ＳＮＰｓ）のような多型性分子マーカーは、染色体における位置的マーカーとして減数分裂の組み換えイベントを追跡するのに有用である。
【００９６】
染色体に沿うマーカーセットのパターンは「ハプロタイプ」という。したがって、同一の小さい染色体区画上のアレル群は、一緒に伝達される傾向にある。所与の染色体区画上にあるハプロタイプは、一般的に、組み換えが生じない限り一緒に子孫に伝達される。組み換えが存在しない場合、ハプロタイプは、マッピングにおいて単一の高度に多型性な遺伝子座のアレルとして扱われ得る。
【００９７】
さらに、ＳＮＰのような連鎖マーカーの特定アレルとの関連において、疾患遺伝子が選択的に見出される事は、「連鎖不平衡」（ＬＤ）と呼ばれる。この種の不平衡は、一般に、前記疾患染色体のほとんどが同じ変異を保有し、また、調べられるべき前記マーカーが前記疾患遺伝子に相対的に近接していることを意味する。
【００９８】
ＳＮＰに基づく関連解析及び連鎖不平衡マッピングにおいて、ＳＮＰは敗血症などの病的状態と関連した多型を同定する関連解析において有用であり得る。連鎖の研究と違って、関連の研究は一般的な集団内で実施可能であり、また罹患家族における親族個々人について実施される研究に限定されるものではない。ＳＮＰ関連解析において、所定のアレル（すなわち、ＳＮＰアレル）の頻度は、目的の状態をもつ多数の被験者において、また適切な対照群において決定される。特定の複数ＳＮＰ又は単一ＳＮＰのハプロタイプ及び表現型特性間の有意な関連は、次いで技術上既知の多くの統計処理法により決定し得る。
【００９９】
関連解析は直接法又はＬＤに基づく。直接関連解析においては、原因となる可能性のあるＳＮＰを病原性配列の候補としてテストする。ＬＤに基づくＳＮＰ関連解析においては、ＳＮＰｓは大きなゲノム領域にわたって又はさらにゲノム幅についても無作為に選択し、病原性配列又は病原性ＳＮＰで、ＬＤにあるＳＮＰをテストする。あるいは、目的の状態と関連する候補配列をＳＮＰ同定と関連解析の標的とすることができる。かかる候補配列は通常、目的の状態の病因に関与している。炎症状態と関連するＳＮＰを同定するに際し、候補配列は目的の状態又は疾患の経路にすでに組み込まれたものから選択され得る。一旦同定すると、かかる配列に見出されるか、又はそれと関連するＳＮＰは、次いでその状態に対する個々人の予後又は罹患率との統計的関連性についてテストし得る。
【０１００】
ＬＤに基づく関連解析にとって、高密度ＳＮＰマップは、未知の病原性遺伝子座に対してランダムなＳＮＰを位置付けるのに有用である。さらに、ＳＮＰｓは、高い頻度で生じる傾向にあり、しばしばゲノム全体に均一に一定間隔に位置している。従って、他のタイプの多型と比較したときに、ＳＮＰｓは目的の遺伝子座に非常に近接して見出される可能性が高い。ＳＮＰｓはまた突然変異において様々な数の縦列反復配列（ＶＮＴＲ）よりもより安定である。
【０１０１】
集団遺伝学において、連鎖不平衡とは、「特定のアレル、例えば、疾患の突然変異アレルと遺伝子座近傍の特定アレルとの偶然に期待されるよりもより高頻度な優先的な関連」をいい、離れた遺伝子座のアレルが一つの単位として遺伝することを意味している（Gelehrter, T.D., Collins, F.S. (1990). Principles of Medical Genetics. Baltimore: Williams & Wilkens）。従って、これらの遺伝子座のアレル及びそれらの種々の組合せから構築されるハプロタイプは、配列番号１の４７３２のような特定の位置における臨床的に意味のある可変性をマークするその能力により、表現型の変動の有用なマーカーとして働く（参照：Akey, J. et al. (2001)。ハプロタイプ対単一マーカー連鎖不平衡テスト：我々は何を得るか？European Journal of Human Genetics. 9:291-300; and Zhang, K. et al. (2002)。ハプロタイプ遮断構造とその関連解析への適用：パワーと研究計画。American Journal of Human Genetics. 71:1386-1394）。この観点はコウリーら（Khoury et al., (1993). Fundamentals of Genetic Epidemiology. New York; Oxford University Press, p.160）により、さらに実証された；彼らが述べるには「マーカーアレルが真の感受性アレルに密に連鎖しており、それと連鎖不平衡にあるならば、該マーカーアレルは基礎となる感受性アレルの代理となって働くと考えることができる」とする。
【０１０２】
本書において、「連鎖不平衡（linkage disequilibrium）」（ＬＤ）とは、遺伝子座におけるアレル頻度から予想されるよりも大きな割合で、連鎖したアレルの確実な結合が、集団内で生じていることを言う。例えば、ＳＮＰのような連鎖マーカーの特定のアレルと関連した又は連鎖マーカーの特定のアレル間における疾患遺伝子の優先的出現は、ＬＤにあるとみなされる。この種の不平衡は、一般に、前記疾患染色体のほとんどが同じ変異を保有し、また、調べられるべき前記マーカーが前記疾患遺伝子に相対的に近接していることを意味する。したがって一つ目の遺伝子座の前記遺伝子型が二つ目の遺伝子座（又は３番目の遺伝子座など）とＬＤにあるのであれば、一つの遺伝子座についてだけアレルを判定すれば、必然的に、他の遺伝子座のアレルも判定可能である。ＬＤについて遺伝子座を評価する場合、高度に連鎖不平衡にある所与の集団内のそれらの部位（すなわち、Ｄ’の絶対値≧０．５又はｒ２≧０．５）は、目的の（すなわち、目的の前記状態と関連する）アレルの個性を予測するのに潜在的に有用である。高度の連鎖不平衡は、Ｄ’の絶対値≧０．６若しくはｒ２≧０．６によって表されてよい。或いは、高度の連鎖不平衡は、Ｄ’の絶対値≧０．７若しくはｒ２≧０．７によって、又は、Ｄ’の絶対値≧０．８又はｒ２≧０．８によって表されてもよい。さらに、高度の連鎖不平衡は、Ｄ’の絶対値≧０．８５若しくはｒ２≧０．８５によって、又は、Ｄ’の絶対値≧０．９又はｒ２≧０．９によって表されてもよい。したがって、高度にＬＤにある二つのＳＮＰｓは、目的のアレル又は疾患アレルの個性を判定するのに同等に有用で有り得る。それゆえ、一つのＳＮＰのアレルの個性を知ることは、ＬＤにあるもう一つのＳＮＰにおけるアレルの個性を代理しているものと想定してよい。したがって、この単一遺伝子座の前記遺伝子型の判定は、それとＬＤにある任意の遺伝子座の前記遺伝子型の個性を提供し、より高い連鎖不平衡にあるほど恐らく二つのＳＮＰｓは互換的に使用されてよい。例えば、本ハプロタイプマップが形成される基となった集団において、配列番号２の４０５４位置のＳＮＰは、配列番号２の６１９６位置と「連鎖不平衡」にあった；そのため該４０５４の遺伝子型がＴである場合、該６１９６の遺伝子型はＧである。同様に、該４０５４の遺伝子型がＣである場合、該６１９６の遺伝子型はＣである。従って、配列番号２の４０５４遺伝子座での遺伝子型の決定は、それと「連鎖不平衡」にある６１９６又は他の遺伝子座の遺伝子型の個性を示すこととなろう。とりわけ、かかる遺伝子座がそれに対し高度の連鎖不平衡をもつ場合にそうである。
【０１０３】
連鎖不平衡は、遺伝子型−表現型関連の研究において有用である。もし１つのＳＮＰ部位（例えば、“Ａ”）において特定のアレルが、遺伝子関連解析における特定の臨床結果（例えば、この臨床結果を“Ｂ”と呼ぶ）の原因であるなら、数学的推論により、第一のＳＮＰと有意な連鎖不平衡にあるいずれのＳＮＰ（例えば“Ｃ”）も臨床結果とある程度の関連性を示すだろう。すなわち、もしＡがＢと関連（〜）しているなら（すなわち、Ａ〜Ｂ及びＣ〜Ａ）、当然の結果としてＣ〜Ｂである。勿論、特定の臨床結果と最も密接に関係するＳＮＰ、Ｂは原因となるＳＮＰであり−機械論的には臨床結果の原因となる遺伝子変化である。従って、ＳＮＰ、Ｃ、及び臨床結果間の関連性の程度は、Ａ及びＢ間の連鎖不平衡に依存する。
【０１０４】
特定の臨床結果に対し遺伝子的寄与の基礎をなすメカニズムが完全に理解されるまで、連鎖不平衡は潜在的な候補原因ＳＮＰ同定の一助となり、また臨床結果の、又は治療効果の予測にとって臨床的に有用であり得るＳＮＰの範囲を同定する一助となっている。もし遺伝子内の１個のＳＮＰが特定の臨床結果と関連していることが判明するなら、連鎖不平衡にある他のＳＮＰもまたある程度の関連性をもち、従って、ある程度の予測の有用性を有しよう。例えば、我々はプロテインＣ ＳＮＰ４７３２とある範囲の連鎖不平衡をもつ多重ＳＮＰについて、我々のＩＣＵ患者のＳＩＲＳ／敗血症コホートにおける２８日間の生存との個々の関連性につきテストした。我々はプロテインＣ４７３２により連鎖不平衡の程度のよってＳＮＰを整理した。我々は、上記の検討から予測したように、プロテインＣ４７３２との高度の連鎖不平衡をもつＳＮＰもまたこの特定の臨床結果と高度の関連性をもつことを見出した。連鎖不平衡が低下するにつれ、ＳＮＰと２８日間生存の関連性の程度も低下した。これらのデータは、もしＡ〜Ｂ及びＣ〜Ａならば、Ｃ〜Ｂであるという論理的結論を支持する。すなわち、ＳＮＰは、それがすでに発見されていようと、又はまだ発見されていなかろうと、プロテインＣ４７３２と連鎖不平衡にあるものは、プロテインＣ４７３２が予測者であったと同じ臨床結果の予測者となるということである。この既知又は未知のＳＮＰとプロテインＣ４７３２間の類似性は、このＳＮＰとプロテインＣ４７３２間の連鎖不平衡の程度に左右される。
【０１０５】
前記「プロモーター」領域は、翻訳開始点の５’又は上流であり、この事例では、翻訳開始点が配列番号１の４０６２位置に位置し、転写開始点は配列番号１の２５５９位置に位置している。
【０１０６】
前記ＥＰＣＲ遺伝子では、多くの部位が多型部位として同定されているが、それらの多型が配列番号２の４０５４位置の多型と連鎖している場合には、それらの多型は被験者の予後の指標たり得る。以下の単一多型部位は、配列番号２の４０５４に連鎖する：
６１９６；
５５１５；
４９４６；
３４０２；
３０６３；及び
２９７３．
【０１０７】
さらに連鎖した単一の多型部位及び組合わせた多型部位を決定し得ることは、当業者が認識し得ることである。プロテインＣ又はＥＰＣＲのハプロタイプは、期待値最大化アルゴリズムをもつプログラム（すなわち、フェーズ（PHASE））を用いて、正常な被験者におけるプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲのＳＮＰを評価することにより創出し得る。プロテインＣ及び／又はＥＰＣＲの構築したハプロタイプは、配列番号１の４７３２及び／又は配列番号２の４０５４と連鎖不平衡にあるＳＮＰの組合せを見出すために使用し得る。従って、個々人のハプロタイプは配列番号１の４７３２及び／又は配列番号２の４０５４と連鎖不平衡にある他のＳＮＰを遺伝子型決定することにより決定し得よう。ＬＤにおける単一多型部位又は組合わせた多型部位は、被験者の予後を評価するために遺伝子型決定し得る。
【０１０８】
プロテインＣ遺伝子において以前に同定した一塩基多型は、国際特許出願ＰＣＴ／ＣＡ０３／００７５１に記載されていた。以前に同定されたプロテインＣ遺伝子の多型部位は配列番号１の２４１８位置又はそれと連鎖不平衡にある多型部位に相当する。かかる多型性は単独で、又は他のプロテインＣ又はＥＰＣＲ遺伝子のリスク遺伝子型と組合わせて、抗炎症剤又は抗血液凝固剤の投与に被験者が適性であるか否かを決定する際に、リスク遺伝子型として使用し得る。
【０１０９】
配列番号２中の単一多型部位についての以下の遺伝子型は、危篤状態の被験者において炎症状態からの回復の可能性が低いことを示しているか、又は重篤な心臓血管系もしくは呼吸器系機能不全を示し得る（リスクアレル又はリスク遺伝子型）：
６１９６Ｇ；
５５１５Ｔ；
４９４６Ｔ；
４０５４Ｔ；
３４０２Ｇ；
３０６３Ｇ；及び
２９７３Ｃ。
【０１１０】
一方で、配列番号２中の単一多型部位についての以下の遺伝子型は、危篤状態の被験者において炎症状態からの回復の可能性が上昇していることを示しているか、又はあまり重篤でない心臓血管系もしくは呼吸器系機能不全を示し得る（プロテクティブアレル又はプロテクティブ遺伝子型）：
６１９６Ｃ；
５５１５Ｃ；
４９４６Ｃ；
４０５４Ｃ；
３４０２Ｃ；
３０６３Ａ；及び
２９７３Ｔ。
【０１１１】
配列内の多型の位置の数値的な指定については、該特異的配列に対し相対的なものであることは、当業者が認識し得ることである。また、前記の同じ位置には、前記配列の番号付記方法及び前記配列の選択方法によって、異なる数値的指定を割り当て得る；等価な多型の別の番号付けについては文献に説明がある（Foster et al. and Millar et al. 上記）。さらに、集団内での配列変化、例えば、挿入又は欠失などは、相対的な位置を変える可能性があり、また従って、多型部位及びその周辺での特定ヌクレオチドの数値的指定を変え得る。
【０１１２】
配列番号１〜４７内の多型部位は、その変異体指定により同定される（すなわち、Ｍ、Ｗ、Ｙ、Ｓ、Ｒ、Ｋ又はＶ）。
【０１１３】
代表的なヒト（Homo sapiens）のプロテインＣ遺伝子配列は、受託番号ＡＦ３７８９０３（配列番号１）としてジェンバンクに掲載された配列を含む。フォスター（Foster）らの番号付けシステムを用い、−１６５４Ｃ／Ｔ、−１６４１Ａ／Ｇ及び１４７６Ａ／Ｔと記載したＳＮＰは、それぞれ配列番号１の２４０５，２４１８及び２５８３に相当する。
【０１１４】
プロテインＣ遺伝子の前記多型部位の幾つかについて、その主要及び非主要アレルは、以下のとおりである（組合せ部位はここに示さない）：
４７３２位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｔであり、また非主要アレルはｃである；
４８１３位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｇであり、また非主要アレルはａである；
６３７９位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はａであり、また非主要アレルはｇである；
９１９８位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はａであり、また非主要アレルはｃである；
５８６７位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｇであり、また非主要アレルはａである；
４８００位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｃであり、また非主要アレルはｇである；
３２２０位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｇであり、また非主要アレルはａである。
【０１１５】
下記表１Ａは、プロテインＣ ＳＮＰを選択するためのフランキング配列を示し、配列番号１内の相対的位置、アレル及び対応する配列番号指定を示す。各ＳＮＰはフランキング配列内中央の２０１位置にあり、太字及び下線で示す。
【０１１６】
【表１Ａ−１】
2007529205.tif 000003
【０１１７】
【表１Ａ−２】
2007529205.tif 000004
【０１１８】
上記表１Ａ（配列番号３〜１４）及び配列番号１に示した配列は、プライマーとプローブ又は本明細書に記載したその他のプロテインＣ ＳＮＰアレル及び／又は遺伝子型を同定するためのオリゴヌクレオチドの設計において、当業者にとって有用である。
【０１１９】
代表的なヒト内皮細胞プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）遺伝子配列は、配列番号２に見出される。前記ＥＰＣＲ遺伝子の主な多型部位の幾つかについての主要及び非主要アレルは以下のとおりである：
６１９６位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｇであり、また非主要アレルはｃである；
５５１５位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｔであり、また非主要アレルはｃである；
４９４６位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｔであり、また非主要アレルはｃである；
４０５４位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｔであり、また非主要アレルはｃである；
３４０２位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｇであり、また非主要アレルはｃ及びａである；
３０６３位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｇであり、また非主要アレルはａである；
２９７３位置において、最も共通のヌクレオチド（主要アレル）はｃであり、また非主要アレルはｔである。
【０１２０】
下記表１Ｂは、ＥＰＣＲ ＳＮＰを選択するためのフランキング配列を示し、配列番号２内の相対的位置、アレル及び対応する配列番号指定を示す。各ＳＮＰはフランキング配列内中央の２０１位置にあり、太字及び下線で示す。
【０１２１】
【表１Ｂ】
2007529205.tif 000005
上記表１Ｂ（配列番号１５〜２１）及び配列番号２に示した配列は、プライマーとプローブ又は本明細書に記載したその他のＥＰＣＲ ＳＮＰアレル及び／又は遺伝子型を同定するためのオリゴヌクレオチドの設計において、当業者にとって有用である。
【０１２２】
【表１Ｃ】
2007529205.tif 000006
【０１２３】
表１Ｃが示すのは、プロテインＣ及びＥＰＣＲ配列（それぞれ配列番号１及び２）の外側に存在する本明細書にて同定した各ＳＮＰについての“ｒｓ”識別名番号である。データベースＳＮＰ＃（ｄｂＳＮＰ＃）は、データベース中にあるＳＮＰを指定する“ｒｓ”接頭語を有し、ＮＣＢＩ ＳＮＰデータベース（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Snp）に見出される。“ｒｓ”番号はＮＣＢＩ｜ｒｓＳＮＰ ＩＤの様式である。前記配列がその上に見られ得る染色体とコンティグ受託番号、各ＳＮＰのアレル、及び、プロテインＣ又はＥＰＣＲ配列に対するＳＮＰの相対的位置も示す。
【０１２４】
【表１Ｄ】
2007529205.tif 000007
【０１２５】
表１Ｄが示すのは、各ＳＮＰのフランキング配列に沿う表１Ｃ中に同定された各ＳＮＰに対する“ｒｓ”識別名番号である。
【０１２６】
「アレル（対立遺伝子）」は、染色体上の特定の遺伝子座における所与の遺伝子の１以上の変わり得る任意の型として定義される。二倍体の細胞又は生物においては、アレル対のメンバー（即ち、所与の遺伝子の２つのアレル）は、一対の相同染色体において対応する位置（座位ないし遺伝子座）を占有し、もしこれらのアレルが遺伝的に同一であるならば、その細胞又は生体は「ホモ接合体」であると言われるが、もし遺伝的に異なれば、その細胞又は生体は特定の遺伝子に関して「ヘテロ接合体」であると言われる。
【０１２７】
「遺伝子」は、特定の機能生成物をエンコードし、コード領域（コーディング配列に対し５’及び３’）に近接する非翻訳及び非転写配列を含み得る特定の染色体上の特定位置に位置するヌクレオチドの定序配列である。かかる非コーディング配列は、配列の転写及び翻訳に必要な調節配列又はイントロンなどを含むか、又は目的ＳＮＰ発生の範囲を超えてそれらに寄与する何らかの機能を今なお有し得る可能性がある。例えば、表１Ｃ及び１Ｄに同定した配列。
【０１２８】
「遺伝子型」とは、通常、特定の状況（すなわち、特定の表現型を担う遺伝子座）に関わる１個の遺伝子又は２〜３個の遺伝子又は遺伝子の領域に関する、生体の遺伝的構成と定義される。
【０１２９】
【表１Ｅ】
2007529205.tif 000008
【０１３０】
「表現型」とは、生物の観察可能な特徴と定義される。
【０１３１】
「一塩基多型」（ＳＮＰ：スニップ）は、１つのヌクレオチドによって占有される多型性部位において生じるが、これは、複数のアレル配列間で相違する部位に相当する。この部位の前後には、通常、アレルの高保存配列（例えば、母集団の１／１００ないし１／１０００未満の構成員において変化する配列）が存在する。一塩基多型は、通常、多型性部位における１つのヌクレオチドの他のヌクレオチドによる置換によって生じる。「トランジション」は、１つのプリンの他の１つのプリンによる置換又は１つのピリミジンの他の１つのピリミジンによる置換である。「トランスバージョン」は、１つのプリンの１つのピリミジンによる置換又は１つのピリミジンの１つのプリンによる置換である。また、一塩基多型は、基準アレル（reference allele）に関連する１つのヌクレオチドの削除（「−」又は「ｄｅｌ」によって表す）又は１つのヌクレオチドの挿入（「＋」又は「ｉｎｓ」によって表す）からも生じ得る。更に、所与の配列内における挿入又は削除により、相対的な位置関係が変化され、従って当該配列内における他の多型の位置番号も変化し得ることは、当業者であれば認識できるであろう。
【０１３２】
「全身性炎症反応症候群」又は（ＳＩＲＳ）は、敗血症（すなわち、敗血症又は敗血症ショック）及び非敗血症全身性炎症反応（すなわち、術後）の両方を含むと定義される。“ＳＩＲＳ”はさらにＡＣＣＰ（アメリカ呼吸器専門医会議）の指針に従い、以下の２項目以上が存在することと定義される：Ａ）体温＞３８℃又は＜３６℃；Ｂ）心拍数＞９０回／分；Ｃ）呼吸数＞２０回／分；及びＤ）白血球細胞数＞１２,０００／ｍｍ３又は＜４,０００／ｍｍ３。以下の説明において、“ＳＩＲＳ”基準の２、３、又は４項目の存在は、観察期間の２８日間毎日記録した。
【０１３３】
「敗血症」は“ＳＩＲＳ”基準及び既知もしくは疑念のある感染源の少なくとも２項目の存在することと定義される。敗血症ショックは、敗血症プラスブリュッセル基準による１つの新たな臓器不全プラス血管収縮剤の必要性として、定義された。
【０１３４】
本明細書にて使用する被験者の結果又は予後は、被験者が炎症状態から回復する能力をいう。炎症状態は以下よりなる群から選択され得る：敗血、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺傷害、吸引性肺炎、感染症、膵臓炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷による炎症、外科手術による炎症、慢性炎症性疾患、虚血、臓器又は組織の虚血−再灌流傷害、疾患による組織損傷；化学療法又は放射線療法、及び経口摂取、吸入、注入、注射又は送達した物質に対する反応による組織傷害；糸球体腎炎、腸管感染、日和見感染；及びより大きな外科手術又は透析を受けている被験者、免疫無防備である被験者、免疫抑制剤投与の被験者、ＨＩＶ／ＡＩＤＳの被験者、心内膜炎の疑いのある被験者、熱のある被験者、原因不明の熱のある被験者、のう胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張症の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、気腫又は喘息の被験者、有熱性好中球減少症の被験者、髄膜炎の被験者、敗血関節炎の被験者、尿路感染症の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他のグループＡ連鎖球菌感染症の被験者、脾摘出術を受けたことのある被験者、腸球菌感染症再発又は疑いのある被験者；感染リスクの高い他の医学的及び外科的条件、グラム陽性敗血、グラム陰性敗血、培養陰性敗血症、真菌性敗血症、髄膜炎菌血症、ポストパーフュージョン症候群、心臓一時停止症候群、心筋梗塞、発作、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疽、トキシックショック症候群、子癇全症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、結核菌、ニューモシステス症、肺炎、リーシュマニア症、溶血性尿毒症症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング出血熱、腰部炎症性疾患、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、エプシュタイン−バーウイルス、脳炎；リウマチ様関節炎、骨関節症、進行性全身性硬化症、全身性紅斑性狼瘡、炎症性腸疾患、特発性肺腺維症、サルコイドーシス、過敏症性肺炎、全身性脈管炎、ヴェゲナー肉芽腫症などの炎症性疾患及び自己免疫疾患；心臓、肝臓、肺、腎臓、骨髄などの移植；移植片対宿主病、移植拒絶反応、鎌状赤血球貧血、ネフローゼ症候群、ＯＫＴ３などの薬剤の毒性、サイトカイン療法、及び硬変。
【０１３５】
被験者の結果又は予後の評価は様々な方法により実施し得る。例えば、「アパッチ（APACHE）II」スコアは、急性生理学及び慢性健康評価（Acute Physiology And Chronic Health Evaluation）と定義され、生の臨床及び研究室変数から毎日を基本として計算した。ビンセントら（Vincent JL. Ferreira F. Moreno R. Scoring systems for assessing organ dysfunction and survival（臓器機能不全と生存を評価するための評点システム）. Critical Care Clinics. 16:353-366, 2000）はアパッチスコアを以下のように要約している：「クナウス（Knaus）らが１９８１年に最初に開発したアパッチスコアは、世界中のＩＣＵにおいて最も一般的に使用される生存予測モデルとなった。アパッチIIスコアは当初のプロトタイプを改定簡素化した版であり、１２の日常的生理的測定の初期値、年齢、及び以前の健康状態に基づく得点を使用し、疾患の重篤度の一般的基準とする。記録される値はＩＣＵにて被験者の最初の２４時間に採った最悪の値である。このスコアは疾患特異的死亡確率を見積もるために、３４種の認められた診断の１つに適用される（アパッチII予測死亡リスク）。可能なアパッチIIスコア最大値は７１であり、高いスコアは死亡率とよく相関している。アパッチIIスコアは、臨床試験に入るに際し、病気の重篤度により、敗血症の被験者を含む様々な群の危篤状態の被験者を階層化比較するために広く用いられている。」さらに、米国での活性化プロテインＣ（キシグリス（XIGRISTM）−ドロトレコギン（drotrecogin）アルファ（活性化））を投与するための基準又は指標は、アパッチIIスコア≧２５である。欧州での活性化プロテインＣを投与するための基準又は指標は、アパッチIIスコア≧２５であるか、又は２つの臓器系不全である。
【０１３６】
「活性化プロテインＣ」はドロトレコギン（drotrecogin）アルファ（活性化）としても知られ、イーライ・リリーがキシグリス（XIGRISTM）として販売している。ドロトレコギンアルファ（活性化）は凡そ５５キロダルトンの分子量のセリンプロテアーゼ糖タンパク質であり、ヒト血漿由来活性化プロテインＣと同じアミノ酸配列を有する。該タンパク質はジスルフィド結合により連結した重鎖と軽鎖からなる。キシグリス（XIGRISTM）、ドロトレコギンアルファ（活性化）は、高い死亡リスク（例えば、アパッチIIスコア＞２５以上又は２つ以上の臓器系不全）をもつ重篤な敗血症（急性臓器機能不全と関連する敗血症）の成人被験者において、死亡率の低下を適応とする。
【０１３７】
キシグリス（XIGRISTM）は５ｍｇ及び２０ｍｇ単回使用バイアルとして入手可能であり、無菌の保存剤不含凍結乾燥薬物を含む。該バイアルは５.３ｍｇ及び２０.８ｍｇのドロトレコギンアルファ（活性化）をそれぞれ収容している。キシグリス（XIGRISTM）の５ｍｇ及び２０ｍｇバイアルはまたそれぞれ４０.３及び１５８.１ｍｇの塩化ナトリウム、１０.９及び４２.９ｍｇのクエン酸ナトリウム、及び３１.８及び１２４.９ｍｇのスクロースを含む。キシグリス（XIGRISTM）は９６時間の全注入期間中、２４ｍｃｇ／ｋｇ／ｈｒの注入速度で静脈内投与することが推奨される。臨床又は研究室パラメータに基づく投与量調節は推奨されない。もし注入が中断されるならば、それを再開する場合、注入速度を２４ｍｃｇ／ｋｇ／ｈｒとすることが推奨される。ドロトレコギンアルファの用量上昇又は大量投与は推奨されない。キシグリス（XIGRISTM）は注射用無菌水で再構築し、さらに無菌正常食塩水注射液で希釈する。これらの溶液は溶液の攪拌が最少となるように取り扱わねばならない（製品情報。キシグリス（XIGRISTM）、ドロトレコギンアルファ（活性化）、イーライ・リリー（株）、２００１年１１月）。
【０１３８】
ドロトレコギンアルファ（活性化）はヒト活性化プロテインＣの組換え型であり、相補性ＤＮＡを不活性なヒト・プロテインＣチモーゲンに発現するヒト細胞株を用いて製造することが可能で、それによって該細胞はタンパク質を発酵培地中に分泌する。該タンパク質はトロンビンでの切断により酵素的に活性化し、次いで精製し得る。組換え活性化ヒト・プロテインＣを製造するための方法、ＤＮＡ化合物及びベクターについては、米国特許ＵＳＰ４,７７５,６２４；４,９９２,３７３；５,１９６,３２２；５,２７０,０４０；５,２７０,１７８；５,５５０,０３６；５,６１８,７１４（これらはすべて参照により本明細書の一部とする）に記載がある。
【０１３９】
活性化プロテインＣを殺菌性内毒素中和剤と組合わせて使用する敗血症の治療については、米国特許ＵＳＰ６,４３６,３９７に記載がある；プロテインＣのプロセシング法については米国特許ＵＳＰ６,１６２,６２９に記載がある；プロテインＣ誘導体は米国特許ＵＳＰ５,４５３,３７３及び６,６３０,１３８に記載されている；グリコシル化突然変異体は米国特許ＵＳＰ５,４６０,９５３に記載されている；そしてプロテインＣ製剤は米国特許ＵＳＰ６,６３０,１３７；６,４３６,３９７；６,３９５,２７０及び６,１５９,４６８に記載されている（これらはすべて参照により本明細書の一部とする）。
【０１４０】
「ブリュッセル・スコア」の評点は、ベースラインに比較しての臓器機能不全を評価する方法である。ブリュッセル・スコアが０である場合（すなわち、中度、重症、又は危篤状態）、臓器不全がその特定の日に存在していたと記録された（下記表２Ａ参照）。以下の説明においては、観察期間中の死の誤りを指摘するために、以前に説明したように、生存及び臓器不全のない日数とを計算した。例えば、急性肺傷害は以下のように計算した。急性肺傷害は被験者がこれら４項目の基準すべてに合致する場合に存在すると定義される。１）機械換気を必要とする；２）胸部Ｘ線上の両側肺浸潤が急性肺傷害と矛盾がない；３）ＰaＯ２／ＦiＯ２比が３００未満である；４）うっ血性心不全の臨床的証拠がないか、又は肺動脈カテーテルを臨床目的で適所に入れるなら、肺毛細管楔入圧が１８ｍｍＨｇ（１）となる。急性肺傷害の重篤度は、２８日間の観察期間の生存及び急性肺傷害非罹患日数を測定することにより評価する。急性肺傷害については、ブリュッセル・スコアに定義されているように、被験者が中度、重症又は危篤状態の機能不全にあった各日に傷害が存在した、と記録する。生存及び急性肺傷害非罹患日数は、規定された観察期間（２８日間）、急性肺傷害の発症後の、被験者が生存し、急性肺傷害のない日数として計算する。従って、生存及び急性肺傷害非罹患日数としてのスコアが低いことは、急性肺傷害がより重篤であることを示している。生存及び急性肺傷害非罹患日数が、単に急性肺傷害が存在するかしないかとすることでよいとする理由は、急性肺傷害が高い急性死亡率を有し、早い段階での死（２８日以内）が、死亡した被験者の急性肺傷害の有無の推定を不可能にするからである。心臓血管、腎臓、神経、肝臓及び凝固系の機能不全は、同様にブリュッセル・スコアで定義されるように、被験者が中度、重症又は危篤状態の機能不全にあった各日に存在したと定義した。生存及びステロイドの不投与日数は、被験者が生存し、外来のコルチコステロイド（例えば、ヒドロコルチゾン、プレドニソン、メチルプレドニソロン）による治療を受けていない日数である。生存及び昇圧剤の不投与日数は、被験者が生存し、静脈内血管収縮剤（例えば、ドーパミン、ノルエピネフリン、エピネフリン、フェニルエフリン）による治療を受けていない日数である。生存日数と国際標準化比（ＩＮＲ）＞１.５とならない日数は、被験者が生存し、ＩＮＲ＞１.５ではない日数である。
【０１４１】
【表２Ａ】
2007529205.tif 000009
【０１４２】
分散分析（ＡＮＯＶＡ）は、一群の測定値間の統計的有意差を検定する標準的統計方法である。
【０１４３】
フィッシャーの正確検定は、異なる群において測定される特徴の比率と比率間の統計的有意差を検定する標準的統計方法である。
【０１４４】
２． 一般的方法
本発明の一態様は、炎症状態の発症の危険を有するか又は既に炎症状態を有する被験者の同定ないし被験者の選択を含み得る。例えば、大手術を受けた又は大手術の予定ないし計画のある被験者は、炎症状態の発症の危険があるとみなすことができる。更に、被験者は、医療分野で既知の診断方法及び臨床評価を用いて炎症状態を有すると決定されてもよい。炎症状態は、腐敗症、敗血症、肺炎、敗血症ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺障害、吸引間質性肺炎（aspiration pneumanitis）、感染、膵炎、菌血症、腹膜炎、腹部膿瘍、外傷に起因する炎症、手術に起因する炎症、慢性炎症疾患、虚血、臓器若しくは組織の虚血‐再灌流損傷、疾患に起因する組織傷害、化学療法若しくは放射線療法に起因する組織傷害、及び、経口摂取された、吸入された、注入された、注射された若しくは送達された物質に対する反応、糸球体腎炎、腸感染、日和見感染、及び、大手術若しくは透析を受ける被験者、免疫無防備状態の被験者、免疫抑制剤を投与された被験者、ＨＩＶ／エイズの被験者、疑わしい心内膜炎の被験者、発熱した被験者、未知の原因で発熱した被験者、嚢胞性線維症の被験者、糖尿病の被験者、慢性腎不全の被験者、気管支拡張の被験者、慢性閉塞性肺疾患、慢性気管支炎、肺気腫若しくは喘息の被験者、熱性好中球減少の被験者、髄膜炎の被験者、敗血性関節炎の被験者、尿路感染の被験者、壊死性筋膜炎の被験者、他の疑わしいグループＡ連鎖球菌感染の被験者、脾臓摘出を受けた被験者、再発性若しくは疑わしい腸球菌感染の被験者に対して、感染リスクの増大と関係するその他の内科的及び外科的状態、グラム陽性敗血症、グラム陰性敗血症、培養陰性敗血症、真菌敗血症、髄膜炎菌血症、ポスト-ポンプ症候群、心臓機能不全症候群、心筋梗塞、脳卒中、うっ血性心不全、肝炎、喉頭蓋炎、大腸菌０１５７：Ｈ７、マラリア、ガス壊疸、毒素ショック症候群、子癇前症、子癇、ＨＥＬＰ症候群、放線菌の結核、カリニ肺炎、肺炎、レーシュマニア症、溶血性尿毒症候群／血栓性血小板減少性紫斑病、デング熱、骨盤炎症性疾病、レジオネラ、ライム病、インフルエンザＡ、ＥＢウイルス、脳炎、 関節リウマチ、汎発性強皮症、骨関節炎、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾病、特発性肺線維症、サルコイドーシス、過感受性間質性肺炎、全身性血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む炎症性及び自己免疫性の疾病、 心臓、肝臓、肺、腎臓及び骨髄を含む移植、 移植片対宿主疾病、移植(片)拒絶反応、鎌形赤血球貧血、ネフローゼ性症候群、ＯＫＴ３のような有毒性薬剤、サイトカイン療法、及び、硬変 から成る群より選択され得る。
【０１４５】
被験者が炎症状態を発症する危険を有するか又は既に有していると同定されると、遺伝子配列情報は、当該被験者から得ることができる。或いは、遺伝子配列情報は、当該被験者から既に（上記同定前に）得られたものであってもよい。例えば、被験者は、他の目的のために生物学的試料を既に提供していてもよく、全部又は一部が決定され且つ将来の使用のために保存された遺伝子配列を有していてもよい。遺伝子配列情報は、種々の異なる方法で得ることができ、遺伝物質を含有する生物学的試料の採取を伴ってもよい。とりわけ、遺伝物質は、１以上の目的の配列を含み得る。身体試料を採取するための及び当該試料から遺伝物質を抽出するための多くの方法が当業者には知られている。遺伝物質は、血液、組織及び毛髪及びその他の試料から抽出することができる。生物物質からＤＮＡ及びＲＮＡを分離単離するための方法は多数知られている。典型的には、ＤＮＡは生物試料から単離され得る。この場合、まず生物試料が溶解され、次いで、時間の長さが変化可能な種々の多段階プロトコールの何れか１つに応じてライセートからＤＮＡが単離される。ＤＮＡ単離法は、フェノールの使用を伴い得る（サンブルック（Sambrook J.）et al., "Molecular Cloning", Vol.2, pp.9.14-9.23, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)及びAusubel, Frederick. et al., "Current Protocols in Molecular Biology", Vol.1, pp. 2.2.1-2.4.5, John Wiley & Sons, Inc. (1994)）。典型的には、生物試料を界面活性剤溶液で溶解し、ライセートのタンパク質成分を１２〜１８時間タンパク質分解酵素で消化する。次に、ライセートをフェノールで抽出して細胞成分の大部分を除去し、残余の水相を更に処理してＤＮＡを単離する。ヴァンネス（Van Ness）et al.（米国特許第5,130,423号）に記載されたような他の方法では、非腐食性フェノール誘導体を用いて核酸を単離する。得られた調製物は、ＲＮＡとＤＮＡの混合物である。
【０１４６】
ＤＮＡ単離の他の方法では、非腐食性カオトロピック試薬を用いる。この方法は、グアニジン塩、尿素及びヨウ化ナトリウムの使用を基礎とするのであるが、カオトロピック水溶液中での生物試料の溶解及びそれに続く低級アルコールによる未精製ＤＮＡフラクションの沈殿を伴う。沈殿された未精製ＤＮＡフラクションの最終精製は、カラムクロマトグラフィー（アナレクツ（Analects）, (1994) Vol. 22, No.4, ファルマシア・バイオテック社）又はコーラー（Koller）（米国特許第5,128,247号）に記載されたような未精製ＤＮＡのポリアニオン含有タンパク質への曝露を含む幾つかある方法のうち何れか１つによって達成することができる。
【０１４７】
ボットウェル（Botwell）, D.D.L.（Anal. Biochem. (1987) 162: 463-465）に記載されているＤＮＡ単離の更なる方法は、６Ｍ塩酸グアニジン中における細胞の溶解、２．５倍量のエタノールの添加による酸性ｐＨでのライセートからのＤＮＡの沈殿、及びエタノールでのＤＮＡの洗浄を伴う。
【０１４８】
チョムジンスキー（Chomezynski）（米国特許第５，９４５，５１５号）によって記載された方法のような、ＲＮＡとＤＮＡの両方を単離するための他の方法も当業者には数多く知られている。チョムジンスキーの方法では、僅かに２０分程度で遺伝物質を効率的に抽出することができる。エバンズ（Evans）とヒュー（Hugh）（米国特許第５，９８９，４３１号）は、中空膜フィルターを用いたＤＮＡの単離方法を記載している。
【０１４９】
被験者の遺伝子配列情報が当該被験者から得られたら、当該情報に対し、プロテインＣ若しくはＥＰＣＲ配列及び関連する配列中の１以上の多型の個性又は遺伝子型を検出ないし決定するために更に評価を行うことができる。例えば、配列番号１の位置４７３２又は配列番号２の位置４０５４に相当するヌクレオチド。また、この目的の配列は、本書に記載されたような、その他のプロテインＣ若しくはＥＰＣＲ遺伝子多型を含み得る。ヌクレオチド個性の検出若しくは決定、又は１以上の前記一塩基多型の遺伝子型決定（ＳＮＰ遺伝子型決定）は、当業者には既知の多数の方法ないしアッセイの任意の１つによって達成することができる。多くのＤＮＡ遺伝子型判定の方法論は、アレルの識別及びＳＮＰｓの検出に有用である。更に、前記アレル識別の反応又はアッセイの生成物は、１以上の検出方法により検出されてもよい。前記の大部分のＳＮＰ遺伝子型判定の反応又はアッセイは、４つの広範なグループ（アレル特異的ハイブリッド形成法、プライマー伸長法、オリゴヌクレオチド連結、及び、侵入型切断）のうちの１つに該当し得る。さらに、前記の各々の型の反応産物を分析／検出する多数の方法が存在する（例えば、蛍光、発光、質量測定、電気泳動法等）。更に、反応は、溶液中で、又は、スライドガラス、チップ、ビーズ等のような固形支持体上で生じ得る。
【０１５０】
一般に、アレル特異的ハイブリッド形成法は、ハイブリッド形成法により、一つのヌクレオチド位置において相違する二つのＤＮＡ標的間の差異を識別し得るハイブリダイゼーションプローブを含む。通常、プローブは、該プローブ配列の中心位置に多型性塩基があるように設計され、それにより、最適化されたアッセイ条件下で、完全に対応するプローブ標的ハイブリッドは安定であり、１塩基のミスマッチがあるハイブリッドは不安定となる。結合の検出及びアレルの識別の戦略は「分子標識（molecular beacon）」の使用であり、それにより、ハイブリダイゼーションプローブ（分子標識）は３’及び５’レポーター並びに消光剤分子を有し、介在配列に対する適切な結合標的を欠くような相補的な３’及び５’配列の該プローブは、ヘアピンループを形成するであろう。前記ヘアピンループは前記レポーターと消光剤とを近接させ、その結果フルオロフォア（レポーター）の消光がもたらされ蛍光の発光が減少する。しかしながら、前記分子標識が前記標的にハイブリッド形成した場合は前記フルオロフォアと消光剤が十分に分離され蛍光が前記フルオロフォアから発光される。
【０１５１】
同様に、プライマー伸長反応法（すなわちミニ配列決定、アレル特異的伸長、又は、単純ＰＣＲ増幅）は、アレルの識別反応において有用である。例えば、ミニ配列決定において、プライマーは、ＳＮＰのすぐ上流にあるその標的ＤＮＡにアニールし、そして、多型性部位に相補的な単一ヌクレオチドへと伸長する。前記ヌクレオチドが相補的でない場合、伸長は起こらない。
【０１５２】
オリゴヌクレオチド連結アッセイは、ＳＮＰごとに二つのアレル特異的プローブと一つの共通連結プローブを必要とする。前記共通連結プローブは、アレル特異的プローブに隣接してハイブリッド形成し、適切なアレル特異的プローブの完全対応がある場合には、連結酵素がアレル特異的プローブと前記共通プローブとを結合させる。完全対応でない場合には、前記連結酵素が前記アレル特異的プローブと前記共通プローブとを結合させることが出来ない。
【０１５３】
或いは、侵襲性切断法は、インベーダープローブと呼ばれるオリゴヌクレオチドと、１ヌクレオチドの重複で前記標的ＤＮＡにアニールするアレル特異的プローブとを、必要とする。前記アレル特異的プローブが前記多型性部位に相補的である場合、前記インベーダーオリゴヌクレオチドの３’末端の重複は、前記アレル特異的プローブの５’腕を遊離するフラップ エンドヌクレアーゼによって認識及び切断される構造を形成する。
【０１５４】
５’エキソヌクレアーゼ活性又はＴａｑＭａｎ（商標）アッセイ（Applied Biosystems）は、Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性に基づいている（ここで、該ポリメラーゼは、前記標的ＤＮＡとハイブリッド形成し且つ蛍光シグナルを生成するオリゴヌクレオチドプローブを、置換及び切断する）。前記多型部位において異なる二つのプローブが必要となる（但し、一つのプローブは前記主要なアレルに相補的であり前記他のプローブは前記主要でないアレルに相補的である）。これらのプローブが、該プローブの蛍光を消光するために蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）により前記フルオロフォアと相互作用する無傷の前記消光剤である場合には、該プローブは、前記５’末端に付着する異なる蛍光色素と前記３’末端に付着する消光剤とを有している。前記ＰＣＲアニーリング過程の間に、前記ハイブリダイゼーションプローブは、標的ＤＮＡとハイブリッド形成する。前記伸長過程において、前記５’蛍光色素は、Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性により切断され、前記レポーター色素の蛍光の増大がもたらされる。ミスマッチなプローブは、断片無しに置換される。ミスマッチなプローブは、断片化無しに置換される。試料の前記遺伝子型は、二つの異なる色素の前記シグナル強度の測定により、判定される。
【０１５５】
アレルの識別及び検出のための多数の他の方法が当業者既知であることが認識されることであろうし、また、それらのうち幾つかは以下に詳述する。配列プライマー伸長法ミニ配列決定、タグマイクロアレイ、及び、アレル特異的伸長法、のような反応が、マイクロアレイにおいて実行可能であることも認識されるであろう。そのようなアレイに基づいた一つの遺伝子型判定プラットフォームが、微粒子ベースtag-itハイスループット遺伝子型判定アレイである（Bortolin S. et al. Clinical Chemistry (2004) 50 (11): 2028-36）。この方法は、ゲノムＤＮＡを、アレル特異的伸長プライマーとユニバーサルタグ付加遺伝子型判定プライマーのＰＣＲにより増幅する。そして、その産物を、tag-itアレイ上で仕分けし、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰシステムを用いて検出する。
【０１５６】
ＳＮＰ遺伝子型判定法は、以下を含むがこれらに限定されるものではない：
【０１５７】
制限フラグメント長多型（ＲＦＬＰ）ストラテジー ―ＲＦＬＰゲル解析は、１つの遺伝子の複数の多型部位における複数のアレル間の識別に使用することができる。要約すれば、ＤＮＡの短セグメント（典型的には数百塩基対）をＰＣＲで増幅する。可能であれば、一方の変異体アレルが存在すれば該短ＤＮＡセグメントを切断し、他方の変異体アレルが存在すれば該短ＤＮＡセグメントを切断しない特異的な制限酵素が選択される。この制限酵素で、ＰＣＲ増幅したＤＮＡをインキュベートした後、反応生成物をゲル電気泳動法を用いて分離する。そのため、このゲルを検査したとき現れる２つのより低分子量のバンド（電気泳動中、分子は、分子量がより小さいほど一層下方にゲル内を進行する。）は、元のＤＮＡ試料が選択された制限酵素によって切断可能なアレルを有していたことを示す。これに対し、（ＰＣＲ産物の分子量に関し）より大きい分子量のバンドが１つしか観察されない場合は、もとのＤＮＡ試料は、選択された制限酵素によっては切断不能なアレル変異体を有していたことを示す。最後に、より大きい分子量の１つのバンドとより小さい分子量の２つのバンドの両方が観察される場合は、元のＤＮＡ試料は、両方のアレルを含んでいた、従って、被験者はこの一塩基多型に対しヘテロ接合体であったことを示す；
【０１５８】
シークエンシング（塩基配列決定法） ―  例えばシークエンシングのためのマクサム−ギルバート法（マクサムAM及びギルバートW. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1977) 74(4): 560-564）は、末端で標識されたＤＮＡの特異的化学的切断を伴う。この方法では、標識された同じＤＮＡの４つの試料が、それぞれ異なる化学反応にかけられて、特異的な塩基個性の１又はそれ以上のヌクレオチドにおいてＤＮＡ分子の優先的な切断が実行される。部分的切断のみが得られるように条件ないし状態が調節されるため、ＤＮＡフラグメントは各試料において生成されるが、その長さは、当該切断にかけられる（１又は複数の）ヌクレオチドのＤＮＡ塩基配列内での位置に依存する。部分的切断が行われた後、各試料は、異なる長さのＤＮＡフラグメントを含むが、各フラグメントは、４つのヌクレオチドのうちの同じ１又は２のフラグメントで終端する。とりわけ、第１の試料では、個々のフラグメントはＣで終端し、第２の試料では、個々のフラグメントはＣ又はＴで終端し、第３の試料では、それぞれＧで終端し、第４の試料では、それぞれＡ又はＧで終端する。これら４つの反応の産物が、ポリアクリルアミドゲルでの電気泳動によりサイズによって分離されるならば、ＤＮＡ配列は、放射性バンドのパターンから読み取ることができる。この方法により、標識部位から少なくとも１００塩基のシークエンシングが可能となる。他の方法としては、サンガー等によって刊行されたシークエンシングのジデオキシ法（Sanger et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1977) 74(12): 5463-5467）がある。サンガー法は、ＤＮＡポリメラーゼの酵素活性に基づいて種々の長さの配列依存性フラグメントを合成する。フラグメントの長さは、ジデオキシヌクレオチド塩基特異的ターミネーターのランダム導入によって決定される。次に、これらのフラグメントは、マクサム−ギルバート法の場合のようにゲルで分離され、視覚化され、配列が決定される。これらの方法を洗練しシークエンシング手順を自動化するために様々な改良が試みられた。また、ＲＮＡシークエンシング法も知られている。例えば、脳心筋炎ウイルスＲＮＡのシークエンシングのためにジデオキシヌクレオチドと共に逆転写酵素が使用された（ツィンメルン（Zimmern）D.及びケースベルク（kaesberg）P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1978) 75(9): 4257-4261）。ミルズ（Mills）DR.及びクラーマー（Kramer）FR.（Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1979) 76(5): 2232-2235）は、連鎖停止反応機構においてＲＮＡのシークエンシングを行うためのＱβレプリカーゼ及びヌクレオチドアナログイノシンの使用を記載している。ＲＮＡシークエンシングのための直接的化学的方法も知られている（ピアッティ（Peattie）DA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1979) 76(4): 1760-1764）。その他の方法としては、例えば、ドニス（Donis）−ケラー（Keller）et al.（1977, Nucl. Acids Res. 4: 2527-2538）、シモンクシッツ（Simoncsits）A. et al.（Nature (1977) 269(5631): 833-836）、アクセルロッド（Axelrod）VD. et al.（Nucl. Acids Res. (1978) 5(10): 3549-3563）、及びクラーマーFR.及びミルズDR.（Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1978) 75(11): 5334-5338）等がある。これらの文献は、引用を以って本書に繰り込み、ここに記載されているものとする。核酸配列は、レーザーによって切断されたヌクレオチドの自然蛍光の刺激によって読み取ることもで��るが、このシングルヌクレオチドは蛍光増強マトリックスに含有されている（米国特許第5,674,743号）；
ミニ配列決定反応においては、ＳＮＰに隣接した標的ＤＮＡにアニールするプライマーが、ＤＮＡポリメラーゼによって、前記多型部位に相補的な単一ヌクレオチドに、伸長する。この方法は、ＤＮＡポリメラーゼによる、ヌクレオチド取り込みの高度な正確さに基づく。前記プライマー伸長産物を解析するための様々な技術が存在する。例えば、前記ミニ配列決定反応における標識された若しくは非標識のヌクレオチド、ｄＮＴＰと組み合わされたｄｄＮＴＰ、又は、ｄｄＮＴＰ単独の使用は、前記産物の検出のために選択される方法に依存する；
【０１５９】
ＳＮＰｓ同定のためのハイブリダイゼーション法については、米国特許第6,270,961号及び同第6,025,136号に記載されている；
【０１６０】
鋳型指向性色素ターミネーター取込蛍光分極検出（template-directed dye-terminator incorporation with fluorscent polarization-detection）（ＴＤＩ−ＦＰ）法は、（FREEMAN BD. et al. J Mol Diagnostics (2002) 4 (4): 209-215）によって、大規模スクリーニングについて記載されている;
【０１６１】
オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）― は、ポリメラーゼ連鎖反応単位複製配列ストランドにアニールしたプローブと検出用オリゴヌクレオチドのライゲーションに基づき、酵素免疫法により検出される（ビヤエルモサ（Villahermosa）ML. J Hum Virol (2001) 4(5): 238-48; ロンパネン（Romppanen）EL. Scand J Clin Lab Invest (2001) 61(2): 123-9; イアノネ（Iannone）MA. et al. Cytometry (2000) 39(2): 131-40）；
【０１６２】
ライゲーション−ローリングサークル増幅法（Ｌ−ＲＣＡ）もまた、チー（Qi）X. et al. Nucleic Acids Res (2001) 29(22): E116に記載されているように、一塩基多型の遺伝子型決定に首尾よく使用することができた；
【０１６３】
５’ヌクレアーゼアッセイもまた、一塩基多型の遺伝子型決定に首尾よく使用することができた（アイディン（Aydin）A. et al. Biotechniques (2001) (4): 920-2, 924, 926-8）；
【０１６４】
ポリメラーゼプルーフリーディング法は、ＷＯ ０１８１６３１に記載されているように、ＳＮＰｓの個性の決定に使用される；
【０１６５】
酵素増幅‐電子的変換による一塩基対変異の検出（Detection of single base pair DNA mutations by enzyme-amplified electronic transduction）は、PATOLSKY F et al. Nat Biotech. (2001) 19 (3): 253-257で、記載されている；
【０１６６】
ジーンチップ技術もまた、一塩基多型識別において知られており、これにより多数の多型を単一アレイ上で同時に調べることが可能である（EP 1120646 and Gilles PN. etal.Nat. Biotechnology (1999) 17 (4): 365-70）；
【０１６７】
マトリックス支援レーザー脱離イオン化法−飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析計もまた、マイクロシークエンス産物の解析を介して一塩基多型の遺伝子型判定において有用である（Haff LA. and Smirnov IP. Nucleic Acids Res. (1997) 25 (18): 3749-50； Haff LA. and Smirnov IP. Genome Res. (1997) 7: 378-388； Sun X. et al. Nucleic Acids Res. (2000) 28 e68; Braun A. et al. Clin. Chem. (1997) 43: 1151-1158； Little DP. et al. Eur.J. Clin. Chem. Clin. Biochem. (1997) 35: 545-548； Fei Z. et al. Nucleic Acids Res. (2000) 26: 2827-2828； 及び、Blondal T. et al.Nucleic 
Acids Res. (2003) 31 (24):e155）；又は
【０１６８】
アレル特異的ＰＣＲ法もまた一塩基多型の遺伝子型決定に首尾よく使用することができた（ホーキンス（Hawkins）JR. et al. Hum Mutat (2002) 19(5): 543-553）。
【０１６９】
また、被験者の配列データが既に分かっている場合には、（遺伝情報の）獲得は、当該被験者の核酸配列データ（例えばデータベースからの）を検索し、前記の１以上の多型部位における当該被験者の核酸配列を読み取ることにより当該多型部位における核酸又は遺伝子型の個性を決定ないし検出することを含んでもよい。
【０１７０】
前記１又は複数の多型の個性が決定ないし検出されると、当該目的多型の前記遺伝子型（前記位置における前記ヌクレオチド）に基づき被験者結果ないし予後に関する指標又は炎症状態から回復する被験者の能力の指標が得られてよい。本発明では、プロテインＣ配列における多型及び／又は内皮細胞プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）配列における多型が、予後を得るために又は前記被験者結果の判定のために使用される。被験者の結果若しくは予後を判定するための方法又は被験者スクリーニングのための方法は、炎症状態から回復する被験者の能力（ないし可能性）を判定するために有用であり得る。また、単独の多型部位又は複数の多型部位の組み合わせは、それらが炎症状態から回復する被験者の能力を示すものとして判定された多型と連鎖しているならば、炎症状態から回復する被験者の能力の指標として使用することも可能である。前記方法は、更に、多型について判定された遺伝子型と既知遺伝子型との比較を含んでもよい（該比較は、前記被験者について同じ炎症状態又は別の炎症状態から回復する予後を示す）。したがって、炎症状態から前記被験者が回復する能力についての判定は、前記多型部位について判定された遺伝子型に基づいてなされてよい。
【０１７１】
被験者結果ないし予後が決定されると、そのような情報は、可能な治療方針の選択を支援し、被験者をモニターすべき程度及び当該モニターの頻度の決定に役立つので、内科医及び外科医によって関心が持たれ得る。究極的には、治療の決定は、特定の被験者に特異的な要因及び被験者の治療に携わる内科医又は外科医の経験に基づく要因の両方に応じてなされ得る。内科医又は外科医が炎症状態の被験者の治療において考慮する治療選択肢には、以下を含むがこれらに限定されない：
（ａ） 抗炎症療法の使用；
（ｂ） ステロイドの使用；
（ｃ） 活性化プロテインＣ（ドロトロコギンα又はキシグリス（商標）（イーライリリー））の使用；
（ｄ） 前記凝固カスケードのモジュレーター（種々の型のヘパリンなど）、組織因子に対する抗体の使用； 
（ｅ） 抗トロンビン又は抗トロンビンＩＩＩの使用；
（ｆ） ストレプトキナーゼ;
（ｇ） クロピデグレルのような血小板凝集阻害剤の使用；及び、
（ｈ） 界面活性物質。
【０１７２】
炎症状態の治療において、現在、開発中及び有用である可能性がある治療の選択肢は、以下を含んでよいがこれらに限定されない：腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）に対する抗体又は内毒素（すなわち、リポ多糖、ＬＰＳ）に対する抗体；腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）；組織因子経路阻害剤（チロンのチファコギン（商標）α）；血小板刺激因子加水分解酵素（ＩＣＯＳのＰＡＦａｓｅ）；ＩＬ‐６に対する抗体；高移動度タンパク質（ＨＭＧＢ‐１又はＨＭＧ‐１）、組織プラスミノーゲンアクチベータに対する抗体、拮抗剤又は阻害剤；ブラジキニン拮抗剤；ＣＤ‐１４に対する抗体；インターロイキン‐１０；組換え型可溶性主要壊死因子受容体‐イムノグロブリンＧ１（ロッシュ）；プロシステイン；エラスターゼ阻害剤；及び、ヒト組換え型インターロイキン１受容体アンタゴニスト（ＩＬ‐１ ＲＡ）。
【０１７３】
治療剤に対する改善された応答と関連したプロテインＣ及び／又はＥＰＣＲにおける１以上のリスク遺伝子型を有する被験者の炎症状態の治療方法は、本書に記載されている。改善された応答には、前記治療剤の投与に続く改善を含んでもよく、それにより、前記被験者は、生存可能性の増加、臓器障害若しくは臓器不全（ブリュッセルスコア）の可能性の減少、ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアの改善、生存していて且つ昇圧剤、変力作用薬（イノトロープ）から免れている日数（の改善）、及び、全身性機能障害（心血管の、呼吸性、人工呼吸の、中枢神経系の、凝固［ＩＮＲ＞１．５）、腎臓の、及び／又は、肝臓の）の減少に至る。
【０１７４】
上述のように、遺伝子配列情報ないし遺伝子型情報は（一つの）被験者から獲得可能であるが、該配列情報は、プロテインＣ配列及び／又はＥＰＣＲ配列中の１又はそれ以上の一塩基多型部位を含む。同様に、上述したように、それから、１又はそれ以上の被験者の、前記プロテインＣ配列及びＥＰＣＲ配列中の１又はそれ以上の一塩基多型の配列個性も検出ないし決定することができる。更に、被験者結果ないし予後は、上述のように、評価することができる。例えば、ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアリングシステム又はブリュッセルスコアを使用して、治療前後における被験者のスコアを比較することにより、被験者結果ないし予後を評価することができる。被験者結果ないし予後が評価されたら、被験者結果ないし予後は、１以上の一塩基多型配列の個性と関連付けることができる。被験者結果ないし予後の関連付けは、更に、複数の被験者の被験者結果スコア及び１若しくは複数の多型の統計解析を含むことができる。
【０１７５】
臨床上の表現型
第一次結果（primary outcome）変数は、病院を退院するまでの生存（日数）であった。第二次結果（secondary outcome）変数は、生存していて且つ心血管（cardiovascular）、呼吸器（respiratory）、腎臓（renal）、肝臓（hepatic）、血液学的（hematologic）、及び、神経学的（neurologic） 器官系の障害から免れている日数、並びに、生存していて且つＳＩＲＳ、敗血症の発生、及び、敗血性ショックの発生から免れている日数であった。４つのＳＩＲＳ診断基準のうち少なくとも２つに被験者が合致した場合、ＳＩＲＳであるとみなした。ＳＩＲＳ診断基準は、１）高熱（＞３８℃）又は低体温（＜３６℃）、２）頻脈（β遮断薬非存在下で心拍数＞１００拍／分）、３）頻呼吸（呼吸数＞２０呼吸／分）又は機械換気の必要、及び、４）白血球数＞１１，０００／μＬ （Anonymous. Critical Care Medicine (1992) 20 (6): 864-74）。ＳＩＲＳ診断基準に合致した暦上の日より、被験者を、このコホートに含めた。
【０１７６】
記録された被験者の基礎統計には、年齢、性別、入院のための内科若しくは外科的診断（ＡＰＡＣＨＥ ＩＩＩ診断コード(KNAUS WA et al. Chest(1991) 100 (6): 1619-36)に従った）、及び、入院時ＡＰＡＣＨＥ ＩＩスコアが含まれた。以下の付加的データを、臓器不全、ＳＩＲＳ、敗血症、及び、敗血性ショックを評価するために、２８日間における各２４時間（午前８時から午前８時）について記録した。
【０１７７】
ブリュッセル（Ｂｒｕｓｓｅｌｓ）診断基準（表２Ａ）（RUSSELL JA et al. Critical Care Medicine (2000) 28 (10): 3405-11）を用いて少なくとも中等度の臓器不全の証拠がある場合に、各器官系における臨床的に重要な臓器不全が、２４時間の間に存在するものと規定した。各臓器不全変数について各２４時間の間、必ずしもデータが有効であるわけではないので、我々は、以前に定義した（Anonymous. New England Journal of Medicine (2000) 342 (18): 1301-8）ように、「進展（carry forward）」仮定を用いた。簡潔に述べると、変数の測定がなされなかった任意の２４時間について、我々は、その前の２４時間の「存在」又は「不存在」を、進展（carried forward）した。任意の変数が、決して測定できなかった場合は、正常であるものと仮定した。
【０１７８】
更に、心血管、呼吸器、及び、腎臓 の機能を評価するために、我々は各２４時間の、昇圧剤のサポート、機械換気、及び、腎臓のサポートの各々についても記録した。昇圧剤の使用は、ド−パミン＞５μｇ／ｋｇ／ｍｉｎ又は任意の用量のノルエピネフリン、エピネフリン、バソプレッシン、若しくはフェニレフリンとして規定した。機械換気は、挿管及び陽性気道内圧（すなわち、T-piece及びマスク 換気は、換気とはみなさない）の必要性として規定した。腎臓のサポートは、血液透析、腹膜透析、又は、任意の連続的な腎臓サポート様式（例えば、veno‐静脈血液透析）として規定した。
【０１７９】
以前に報告した（BERNARD GR et al. New England Journal of medicine (1997) 336 (13): 912-8）ように、２８日の観察期間における臓器不全の期間を評価し、及び、死亡に関わる臓器不全スコアを補正するため、生存していて且つ臓器不全から免れている日数（ＤＡＦ）が算出された。簡潔に説明すると、各変数について各２４時間の間、被験者が生きていて臓器不全を免れている場合（正常か弱い臓器不全、表２Ａ）は、ＤＡＦを１とスコアリングした。２４時間の間、被験者が臓器不全（中程度、重度、又は、極度）を起こすか又は生存していない場合は、ＤＡＦが０であるとスコアリングした。ＩＣＵ入院した後の各２８日、各被験者において、このようにスコアリングをおこなった。ゆえに、各変数について有り得る最も低いスコアは０であり、また、有り得る最も高いスコアは２８であった。より低いスコアは、生存及び臓器不全から免れたのがより少ない日数であるために、より重い臓器不全を示している。
【０１８０】
同様に、生存していて且つＳＩＲＳから免れている日数（ＤＡＦ ＳＩＲＳ）を計算した。各２４時間の間、４つのＳＩＲＳ診断基準の各々についての存在又は非存在を記録した。各２４時間の期間のＳＩＲＳの存在は、４つのＳＩＲＳ診断基準のうち少なくとも２つを有することによって規定した。敗血症については、２４時間の間、４つのＳＩＲＳ診断基準のうち少なくとも２つを有すること、且つ、既知の若しくは疑わしい感染を有することによって、存在するものと規定した（Anonymous. Critical Care Medicine (1992) 20 (6): 864-74）。コンタミネーション又はコロニー形成のために陽性であると判断される培養物は、除外した。敗血性ショックは、同一の２４時間の間の、敗血症の存在と低血圧（収縮期血圧＜９０ｍｍＨｇ又は昇圧剤の必要性）の存在の併存として規定した。
【０１８１】
ハプロタイプ及びｈｔＳＮＰｓの選択
非位相化白人遺伝子型データ（from pga. mbt. washington. edu （RIEDER MJ et al. SeattleSNPs. NHLBI Program for Genomic Applications, UW-FHCRC, Seattle, WA (2001) ）を用いて、ハプロタイプをＰＨＡＳＥソフトウエア（STEPHENS M. et al. Am J Hum Genet (2001) 68: 978-89）により推論した（図１及び２）。それから、ＥＰＣＲの主要なハプロタイプクレードを同定するために、ＭＥＧＡ２（KUMAR S. et al. (2001) 17: 1244-5）を用いて系統樹を推論した。（図３）。ハプロタイプは前記系統樹に従って分類され、そして、ハプロタイプタグＳＮＰｓ（ｈｔＳＮＰｓ）を選択するためにハプロタイプ構造が調べられた（JOHNSON GC. et al. Nat Genet. (2001) 29: 233-7 ; and GABRIEL SB. et al. Science (2002) 296:2225-9）。白人におけるＥＰＣＲの同定された主要なハプロタイプクレードのｈｔＳＮＰｓが、選択された。これらのＳＮＰｓは、それから、ハプロタイプ及びハプロタイプクレードを同定するために、我々の被験者コホートにおいて遺伝子型判定された。
【０１８２】
血液収集／遺伝子型判定過程
全血より、そのバフィーコートを抽出し、試料を１．５ ｍｌのクライオチューブに移し、そして、−８０℃で貯蔵した。ＤＮＡは、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｂｌｏｏｄ Ｍａｘｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ（商標））を用いて、末梢血試料のバフィーコートから抽出した。遺伝子型の解析は、臨床情報無しに、ブラインドで行われた。多型の遺伝子型の同定は、何れかのＭａｓｓｃｏｄｅ標識法（Qiagen Genomics,Inc-KOKORIS M et al Molecular Diagnosis (2000) 5(4): 329-40； BRAY MS. et al. Hum Mutat (2001) 17: 296-304.）を用いて行った。
【０１８３】
データ収集
データは、２８日間又は退院するまでの間、記録された。生の臨床的及び実験上の変数は、Glasgow Comaスコアの例外と共に、各２４時間の間の、最悪な又は最も異常な変数を用いて、記録された。入院日の欠落データは正常値を割り当て、そして、その日以降の欠落データはその前日の値を進展（carrying forward）することにより置換した。個体群統計学的及び微生物学的データを記録した。各被験者についてデータ収集が完了した際に、全ての記録から全ての被験者識別名を除去し、そして、該被験者ファイルに独特の無作為の数字（該数字は血液試料と交差して関連付けられている）を割り当てた。前記完了した生データファイルは、標準的定義を用いた記述的な重症度の疾患スコア（すなわち、ＡＰＡＣＨＥ ＩＩ、及び、生存しており且つブリュッセル判定基準を用いて計算された臓器不全から免れた日数）を算出するために変換された。
【０１８４】
統計解析
我々は、コホート研究デザインを用いた。２分の割合の結果（２８日の死亡率、ＳＩＲＳ発症時の敗血症及びショック）を、優性遺伝モデルを想定したχ二乗検定を用いて、ハプロタイプクレード間で比較した。ハプロタイプクレード間の連続的結果変数における差異を、分散分析を用いて試験した。Kaplan-Meier解析と共にコックス回帰モデルを用いて、他の混乱要因（年齢、性、及び、内科的 vs. 外科的診断）を調整して、２８日の死亡率をハプロタイプクレード間で更に比較した。ハプロタイプクレード相対的リスクを計算した。この解析は、全部のコホートにおいて行われ、そして次に、ＳＩＲＳ発症時に敗血症である被験者及びＳＩＲＳ発症時に敗血症ショックである被験者の下位集団（sub-group）において行われた。遺伝子型の分布は、Hardy-Weinbergの平衡（GUO SW. and THOMPSON EA. (1992) 48: 361-72）について調べた。我々は、平均値、及び、９５％信頼区間について報告する。統計学的有意性は、ｐ＜０．０５と定めた。前記データは、Windows（登録商標）用ＳＰＳＳ １１．５及びＳｉｇｍａＳｔａｔ ３．０ソフトウェア（ＳＰＳＳ Ｉｎｃ、シカゴ、イリノイ州、２００３）を用いて解析された。
【実施例】
【０１８５】
［実施例１］ＥＰＣＲハプロタイプ分析
採用基準
セント・ポール病院集中治療室（ＩＣＵ）に収容されている５００名の継続して危篤状態にある被験者が、４項目のＳＩＲＳの内の少なくとも２項目の採用基準に合致し、我々の研究に採用された。
【０１８６】
内皮プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）遺伝子の７種のハプロタイプは、上記のフェーズ（PHASE）ソフトウエアを用いて推測し、また系統学的分析法を用いてこれらのハプロタイプを３つのクレードに分類した。htＳＮＰ Ａ６１１８Ｇ及びＴ４０５４Ｃは独自に各ハプロタイプ・クレードを同定するためのものである（図２）。ＳＩＲＳで我々のＩＣＵに収容された５００名の白人被験者の内、４９８名はＡ６１１８Ｇ及びＴ４０５４Ｃの多形について成功裏に遺伝子型決定し、本研究に加えた。４０５４の遺伝子型頻度を表３Ａに示す。これらの対立遺伝子は、我々の集団においてハーディ・ワインベルグ（Hardy-Weinberg）平衡にあり、患者のベースライン特性に有意差はなかった。図２はさらなる６種の対象ＳＮＰ（２９７３、３０６３、３４０２、４９４６、５５１５及び６１９６）を示すが、これらはすべて４０５４とＬＤにある。３４０２位置のＳＮＰは３つのアレル（対立遺伝子）を有するが、そのＡアレルは図２に示されていない（Ｇ及びＣのみ）。
【０１８７】
【表３Ａ】
2007529205.tif 000010
【０１８８】
【表４】
2007529205.tif 000011
【０１８９】
アレルの頻度を表４に示す。これらのアレルは、我々の集団においてハーディ・ワインベルグ平衡にあった。内皮プロテインＣ受容体４０５４Ｔ／Ｃを有する被験者のベースライン特性に有意差はなかった（表４）。被験者は同年代であり、同様の男女分布であり、同様の入院時アパッチIIスコアを有していた。これら被験者の略８０パーセントが敗血症を発症し、これら被験者の４５％がＩＣＵに収容されている間のある時点で敗血症ショックを発症した。
【０１９０】
６１１８Ａ／６１９６Ｃにより規定されるハプロタイプ・クレード１は、３７％の頻度で発生した。６１１８Ａ／６１９６Ｇにより規定されるハプロタイプ・クレード２は、我々のコホート（同齢集団）の３９％に発生し、一方、６１１８Ｇ／６１９６Ｇにより規定されるハプロタイプ・クレード３は、我々のコホートの２４％に発生した。ＥＰＣＲハプロタイプ・クレード２及び３は、ＳＩＲＳに罹患する被験者の我々の全コホートにおいて、ハプロタイプ・クレード１よりも生存日数が短く、かつ急性肺傷害／ＡＲＤＳ非傷害日数が少ないことと関連していた。ハプロタイプ・クレード２及び３には、より急性の腎不全（生存日数が短く、急性腎不全非罹患の日数が少ないとして表される）に至る傾向もあった（ｐ＜０.０７）。これらの関連性はＳＩＲＳ発症時、敗血症の被験者のサブグループには見られず、又はＳＩＲＳ発症時、敗血症ショックであった被験者にも見られなかった。２８日の死亡率には、ハプロタイプ・クレード１、２又は３の間に差はなかった。ＥＰＣＲハプロタイプと、心臓血管系、神経系、肝臓又は凝固系の機能不全との関連性はなかった。また、ハプロタイプ又は遺伝子型と、生存日数及び換気、昇圧剤又は腎臓支援不要日数との関連性もなかった。
【０１９１】
個々に試験した場合、htＳＮＰがベースライン特性（年齢、性別、内科／外科の診断、アパッチIIスコア）、２８日間の死亡率、又は生存及び臓器機能不全（ただし、急性肺傷害は除く）非罹患日数における差異との関連性はないことが判明した。ＥＰＣＲ６１９６Ｇ／Ｇ遺伝子型は、６１９６Ｇ／Ｃ及びＣ／Ｃ遺伝子型組み合わせよりも、有意に生存及び急性肺傷害／ＡＲＤＳの非罹患日数が少ないことと関連性があり（１６日対２０日、ｐ＜０．００６）、再度より急性の肺傷害／ＡＲＤＳであることを示していた。６１９６Ｇアレルはハプロタイプ・クレード２及び３内の両方に含まれている。
【０１９２】
図２はＥＰＣＲ４０５４ＳＮＰがＥＰＣＲ６１９６とＬＤにあることを示す。ＥＰＣＲ４０５４Ｔアレルはハプロタイプ・クレード２及び３の両方に含まれ、またＣアレルはクレード１に含まれる。図３ＡはＥＰＣＲ４０５４ＴＴ／ＣＣ遺伝子型（点状棒グラフ）を有する被験者について、ＥＰＣＲ４０５４ＣＣ遺伝子型（黒地棒グラフ）を有する被験者と比較して、生存及び急性肺傷害非罹患日数を示す。急性肺傷害は生存及び急性肺傷害非罹患日数として記録し、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴ又はＣＴ遺伝子型を有する被験者は、生存及び急性肺傷害非罹患日数が有意に少なかった（ｐ＝０.０２３）。
【０１９３】
同様に、図３Ｂにおいては、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴ／ＣＴ遺伝子型（点状棒グラフ）を有する患者についての心臓血管系機能不全と昇圧剤使用を、ＥＯＰＣＲ４０５４ＣＣ遺伝子型（黒地棒グラフ）を有する患者と比較したものである。心臓血管系機能不全は生存及び心臓血管系機能不全非罹患日数として記録した。ＥＰＣＲ４０５４ＴＴ又はＣＴ遺伝子型を有する患者は、生存及び心臓血管系機能不全非罹患日数が有意に少なかった（ｐ＝０.０２９）。
【０１９４】
同様の結果は、図４に見るように、ＥＰＣＲ４０５４のＴアレルを有する被験者における２８日の生存について見出された。ＥＰＣＲ４０５４ＴＴ又はＴＣ遺伝子型を有する被験者は、６４％生存率であり、一方、ＣＣ遺伝子型の被験者は７１％の生存率であった（ｐ＝０.２１）。ＥＰＣＲ４０５４Ｔアレル（ＴＣ及びＴＴ）を有する被験者は、有意により急性の肺傷害を有し、生存及び急性肺傷害非罹患日数の少ないこと、及び機械的呼気に反映されるように、より強い機械的呼気を要する強い傾向があった（表５）。ＥＰＣＲ４０４５のＴアレル（ＴＴ及びＣＴ）を有する被験者もまた示されるように、さらに心臓血管系機能不全を有し、有意に生存及び心臓血管系機能不全非罹患日数がより長く、生存及び昇圧剤不使用日数がより増える傾向があった（表５）。４０５４Ｔ／ＣのＴアレルを有する被験者もまた、さらに神経系機能不全を有し、さらに腎機能不全となる傾向があった（表５）。さらに、全身性炎症反応症候群の重篤度は、生存及び４項目のＳＩＲＳ基準の４項目に適合しない日数が少ないことにより示されるように、ＥＰＣＲ４０５４Ｔアレルを有する被験者においてより大きかった（表５）。従って、ＥＰＣＲ４０５４Ｔアレルは、より急性の肺傷害と機械的呼気の必要性、悪化した心臓血管系と神経系の機能不全、より重篤な全身性炎症反応症候群及び腎機能の悪化傾向と関連があった。
【０１９５】
【表５】
2007529205.tif 000012
【０１９６】
［実施例２］４７３２プロテインＣ多型についての被験者の結果又は予後
プロテインＣ遺伝子の１４種のハプロタイプを上記のフェーズ（PHASE）ソフトウエアにより推論し、系統発生分析を用いてこれらのハプロタイプを図１にしめす３つのクレードに分類した。図１はクレードＣ（４７３２、４８１３、６３７９、６７６２、７７７９、８０５８、８９１５及び１２２２８）を同定するＬＤの８ヶ所のＳＮＰを示す。さらに、４８００及び５８６７のいずれかと組合わせたＳＮＰ３２２０、９１９８のいずれかは４７３２とＬＤにあり、クレードＣに対してユニークである。
【０１９７】
表６はＴ４７３２Ｃの遺伝子型頻度を示す。これらの遺伝子型は、我々の集団においてハーディ−ワインベルグ（Hardy Weinberg）平衡にあった。
【０１９８】
【表６】
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【０１９９】
Ｃ４７３２のＳＮＰハプロタイプは全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）の危篤状態の成人における異なる生存率及び臓器機能不全と関連することが判明した。
【０２００】
下記表７Ａ及び７Ｂについては、少なくともＳＩＲＳの２／４の基準に合致する５００名の白人被験者の当初コホートをＩＣＵにて検討し、敗血症又は敗血症ショックを有する被験者のサブグループと定義した。ベースライン変数は年齢、性別、アパッチII及び内科／外科のＩＣＵ収容許可理由とした。２８日生存（カプラン・マイエル（Kaplan Meier））を判定し、臓器機能不全（ブリュッセル・スコアによる）の重篤度を、２８日間にわたり生存及び臓器機能不全非罹患日数（ＤＡＦ）（呼吸器系、急性肺傷害、心臓血管系、昇圧剤、腎臓、凝固、部分的トロンボプラスチン時間についての国際正規化比（ＩＮＲ）、肝臓、及び神経系（ＣＮＳ）ならびに全身性炎症反応症候群（基準４項目の内の４項目すべてを有するＳＩＲＳ（ＳＩＲＳ４／４）））を計算することにより記録した。フェーズ（PHASE）及びメガ（MEGA）２を用いて白人のプロテインＣハプロタイプを判定した。次いで我々は、各被験者の主要ハプロタイプ・クレードのそれぞれの目印となるハプロタイプタグＳＮＰの遺伝子型を判定した。
【０２０１】
被験者は遺伝子型及びハプロタイプがベースラインでよく一致した。そこにはプロテインＣの３種の主要ハプロタイプ・クレードの存在することが判明した（３７、３９、２４％）。
【０２０２】
新規のクレードをプロテインＣのＴ４７３２Ｃによりタグ化し、低下した２８日生存率（４７３２ＣＣ、ＣＴ、及びＴＴそれぞれで５４％、６０％対６８％；フィッシャーの正確検定によりｐ＜０.０５）と関連付け、また昇圧剤使用、腎臓、凝固（血小板）、ＩＮＲ、及び肝機能不全（以上はすべてｐ＜０.０５）などの上昇した重篤度（減少したＤＡＦとして測定）ならびにより重症の腎機能不全（スピアマンのロー）と関連付けた（下記表７Ａ参照）。
【０２０３】
【表７Ａ】
2007529205.tif 000014
【０２０４】
プロテインＣの４７３２Ｃと、低下した２８日生存率（図５Ａ／５ＢそれぞれのＳＩＲＳ及び敗血症患者におけるプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴ対プロテインＣ４７３２ＴＴについて６２％対６７％及び５８％対６７％）及び増大した臓器機能不全（昇圧剤使用、凝固（血小板）、ＩＮＲ、腎臓、肝臓ＳＩＲＳ４項目の４項目、神経系（ＣＮＳ）機能不全及び陽性変力薬（変力剤）の使用）との関連性が、特に敗血症を有する被験者（ｎ＝３９５人の白人）に顕著であった（下記表７Ｂ参照）。
【０２０５】
【表７Ｂ】
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【０２０６】
プロテインＣの４７３２Ｃにより標識されるプロテインＣの新規クレードは、ＳＩＲＳ及び敗血症における生存率低下及び多臓器機能不全の増加において、有用な予測因子である。
【０２０７】
増加した被験者群の引き続く分析において、敗血症のため我々のＩＣＵに収容し、本研究に登録した６９０名の白人被験者の内、５１８名がプロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ多型について成功裏に遺伝子型決定され、本分析に採用された。アレルの頻度は表８Ａに示す。これらのアレルは我々の集団においてハーディ−ワインベルグ（Hardy Weinberg）平衡にあった。Ｃアレル（ＣＣ又はＣＴ遺伝子型）を有する被験者と、それをもたない被験者（ＴＴ遺伝子型）とのベースライン特性に有意差はなかった（表８Ａ）。被験者は同様の年齢、性別分布のものであり、ＩＣＵ収容についての同様のアパッチIIスコアを有し、同様の内科／外科診断比で収容許可された。
【０２０８】
下記表８Ａ及び８Ｂに示したデータについては、被験者の採用基準は以下のとおりであった。セント・ポール病院のＩＣＵに収容した被験者はすべて採用に際し選抜した。ＩＣＵは大学傘下の教育施設病院所属の内科−外科混合第三次介護用ＩＣＵである。被験者は、ＳＩＲＳ基準４項目：１）高熱（＞３８℃）又は低体温（＜３６℃）；２）頻脈（＞９０心拍／分）；３）呼吸増加（＞２０呼吸／分）、ＰaＣＯ２＜３２ｍｍＨｇ、又は機械的換気必要；及び４）白血球増加（総白血球数＞１２,０００ｍｍ３）又は白血球減少（＜４,０００ｍｍ３）；の内、少なくとも２項目に合致するならば、研究に加えた。被験者はＳＩＲＳ基準が合致した暦日にコホートに加えた。敗血症を有する被験者は、ＳＩＲＳ基準４項目の内、少なくとも２項目を有することに加えて、感染の疑い、又は感染が立証されていること、プラス敗血症に二次的であると信じられる新たな１つの臓器機能不全のあること、と定義した（救命救急診療医学学会の定義による）。血液が遺伝子型分析用に採血できなかった場合には、被験者から除外した。それ以外では、臨床的表現型、ハプロタイプ、遺伝子型及びデータ分析の手法は、上記のとおりであった。
【０２０９】
表８ＡはプロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ多型の遺伝子型による敗血症を有する危篤状態被験者のＴ４７３２Ｃの遺伝子型頻度とベースライン特性を示す。これらのアレルは我々の集団においてハーディ−ワインベルグ（Hardy Weinberg）平衡にあった。Ｃアレル（ＣＣ又はＣＴ遺伝子型）を有する被験者と、それをもたない被験者（ＴＴ遺伝子型）とのベースライン特性に有意差はなかった。被験者は同様の年齢、性別分布のものであり、ＩＣＵ収容についての同様のアパッチIIスコアを有し、同様の内科／外科診断比で収容許可されたものであった。
【０２１０】
【表８Ａ】
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【０２１１】
プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ多型のＣアレルを有する被験者は、二元配置フィッシャー正確検定（表８Ａ）又はカプラン−マイエル２８日生存曲線（図５Ｂ）が示すように、有意に低い２８日生存率を示した。図５Ａは６９０名のＳＩＲＳを有する危篤状態白人の当初コホートにおけるプロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃに対するカプラン−マイエル２８日生存曲線を示す。図５Ｂは６９０名の敗血症を有する危篤状態白人の当初コホートにおけるプロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃに対するカプラン−マイエル２８日生存曲線を示す。プロテインＣ４７３２ＴＣ多型のＣアレル（ＣＣ又はＣＴ遺伝子型）をもつ敗血症被験者は、５８％の２８日生存率を有し（図５Ｂ）、一方、Ｃアレル（ＴＴ遺伝子型）をもたない被験者は６７％の２８日生存率を有していた（ｐ＝０.０３８）。敗血症又はＳＩＲＳを有する危篤状態患者において、少なくとも１コピーのリスクアレル（４７３２Ｃ）を有する患者は、２８日生存率が低下していた。
【０２１２】
表８Ｂは敗血症を有する危篤状態患者において、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ遺伝子型による生存者と、生存及び臓器機能不全非罹患日数（ＤＡＦ）を示す。
【０２１３】
【表８Ｂ】
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【０２１４】
プロテインＣ４７３２多型のＣＣ又はＣＴ遺伝子型をもつ被験者は、生存及び昇圧剤と変力剤非使用日数が有意に減少していることで示されるように、昇圧剤と変力剤の使用が有意に増加していた。プロテインＣ４７３２多型のＣＣ又はＣＴ遺伝子型をもつ被験者は、生存及び３／４及び４／４ＳＩＲＳ基準に合致しない日数が有意に減少していることで示されるように、炎症が有意に拡大していた。プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ多型のＣＣ又はＣＴ遺伝子型をもつ被験者は、生存及び血液凝固のない日数及び生存及びＩＮＲ＞１.５とならない日数が有意に減少していることで示されるように、血液凝固が有意に増大していた。プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ多型のＣアレルをもつ被験者は、生存及び機械的換気と腎機能不全から解放される日数が減少していることで示されるように、より強い換気とより進行した腎機能不全に向かう傾向があった。プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ多型のＣＣ又はＣＴ遺伝子型をもつ被験者は、生存及びＣＮＳと肝機能不全非罹患日数の減少により示されるように、神経系機能不全がより進行に向かう傾向にあり、また肝機能不全がより進行していた。
【０２１５】
４７３２及び４８００の連鎖不平衡
プロテインＣ ＳＮＰ４７３２とＬＤにあるプロテインＣ ＳＮＰ４８００（ｒ２値０.８５）は、４７３２と同じ患者集団内でも評価し、それが以下の表８Ｃ、８Ｄ及び８Ｅに示すように、患者結果の有意な予測を提供することが判明した。
【０２１６】
【表８Ｃ】
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【０２１７】
【表８Ｄ】
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【０２１８】
【表８Ｅ】
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【０２１９】
［実施例３］ＥＰＣＲ及びプロテインＣ多型の組合わせ
プロテインＣ（プロテインＣ４７３２Ｃ）とＥＰＣＲ（ＥＰＣＲ４０５４Ｔ）の新規ハプロタイプ間の相互作用は、全身性炎症反応症候群、敗血症及び敗血症ショックにおける生存率の低下と臓器機能不全の増大と関連する。
【０２２０】
ＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）のコピーを有せず、またプロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）のコピーを有しない被験者は、最良の２８日生存及び最低重篤度の臓器機能不全を示した（プロテクティブ−プロテクティブ）。さらに、少なくとも１コピーのＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）及び少なくとも１コピーのプロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）を有する被験者は、最低の生存率と最大の臓器機能不全を示した（リスク−リスク）。最後に、ＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）を有せず、また少なくとも１コピーのプロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）を有する被験者、又は少なくとも１コピーのＥＰＣＲリスクアレル（４０５４Ｔ）を有し、プロテインＣリスクアレル（４７３２Ｃ）を有しない被験者は、中間段階の生存率と臓器機能不全を示した。これらの知見は興味深いものであり、プロテインＣとＥＰＣＲのＳＮＰハプロタイプ間の相互作用が、ＳＩＲＳに罹患する危篤状態の被験者にとって、重要な予測因子であることを示唆している。
【０２２１】
グループ１、２及び３に分類される被験者のベースライン特性における差異が、この結果を説明しているようには思われない。特に、年齢、アパッチIIスコア、研究開始時に敗血症であった被験者の割合、及び研究開始時に敗血症ショックであった被験者の割合など、その結果からの重要な予測因子には差がないからである。
【０２２２】
これまで、プロテインＣのリスクアレルとＥＰＣＲリスクアレルの相互作用が全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）又は敗血症からの結果の変化と関連するかどうかについては、未知であった。我々は増大したリスクの不良な結果（“リスクアレル”）と関連するプロテインＣとＥＰＣＲのアレル相互作用が、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症及び敗血症ショックにおける死亡と臓器機能不全のリスク増大と関連していることを示す。
【０２２３】
我々の研究は、少なくとも２／４のＳＩＲＳ基準に合致する４８７名の危篤状態にある白人被験者の初期コホートに基づくものであった。我々は敗血症罹患者（ｎ＝３９３）と敗血症ショック罹患者（ｎ＝２６０）のサブグループを規定した。結果は、２８日間生存率と臓器機能不全重篤度について、生存と臓器機能不全非罹患日数（ＤＡＦ）を計算することにより記録した（ブリュッセル・スコア：呼吸器系、心臓血管系、腎臓、血液凝固、部分的トロンボプラスチン・タイムに関する国際正規化比（ＩＮＲ）＜１.５、肝臓及び神経系機能障害；及び昇圧剤、変力剤、及び連続的腎臓置換療法又は透析による腎臓支援（腎臓支援）の使用）。プロテインＣとＥＰＣＲのハプロタイプ及びクレードは白人のフェーズ（PHASE）及びメガ（MEGA）２により決定した。ハプロタイプのタグ標識ＳＮＰは各ハプロタイプ・クレードを標識したものを選択した。プロテインＣ（４７３２Ｃにて標識）及びＥＰＣＲ（４０５４Ｔ）のリスクアレルをもつ、以前に同定した新規ハプロタイプは、死亡と臓器機能不全のリスク増大と関係していた。従って、我々は被験者を以下のように定義するプロテインＣとＥＰＣＲリスクアレルのコピーを有する３つのグループに分類した：
【０２２４】
リスク−リスク・グループ１：少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃのリスクアレル及び少なくとも１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔのリスクアレルを有する確定被験者。
リスク−プロテクティブグループ２：プロテインＣ４７３２Ｃのリスクアレルを有せず、少なくとも１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔのリスクアレルを有するか、又は少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃのリスクアレルを有し、ＥＰＣＲ４０５４Ｔのコピーを有しない確定被験者。
プロテクティブ−プロテクティブグループ３：プロテインＣ４７３２Ｃのコピーを有せず、またＥＰＣＲ４０５４Ｔ（野生型）のコピーを有しない確定被験者。
【０２２５】
ＥＰＣＲ      ＳＮＰ４０５４    表示          
４０５４Ｔ        リスク
４０５４Ｃ        プロテクティブ
プロテインＣ  ＳＮＰ４７３２    表示          
４７３２Ｃ        リスク
４７３２Ｔ        プロテクティブ
【０２２６】
これら３つのグループ（リスク−リスク；リスク−プロテクティブ；プロテクティブ−プロテクティブ）と２８日間生存と、及び臓器機能不全との関連性につき、生存及び臓器機能不全非罹患の日数により計測した場合としてテストした。
【０２２７】
グループによりＳＩＲＳに罹患する被験者の臓器機能不全を表９に示す。プロテクティブ−プロテクティブからリスク−プロテクティブを経てリスク−リスク・グループまでの臓器機能不全には、恒常的増加（生存及び臓器機能不全非罹患の減少日数及び支援日数として記録）があった。
【０２２８】
【表９】
2007529205.tif 000021
【０２２９】
プロテクティブ−プロテクティブグループにおけるＳＩＲＳ罹患被験者は、２８日生存率７３.７％であり、リスク−プロテクティブグループにおける被験者の２８日生存率は６７％であり、リスク−リスク・グループにおける被験者の２８日生存率は５８.４％であった（カイ二乗によるｐ＜０.０２；２８日間のカプラン−マイエル生存分析ではｐ＜０.０３）。
【０２３０】
プロテクティブ−プロテクティブグループにおける敗血症罹患被験者（ｎ＝３９３）は、２８日生存率７０.３％であり、リスク−プロテクティブグループにおける被験者の２８日生存率は６７％であり、リスク−リスク・グループにおける被験者の２８日生存率は５６％であった（図６Ａに示すように、２８日間のカプラン−マイエル生存分析ではｐ＜０.０４）。
【０２３１】
プロテクティブ−プロテクティブグループにおける敗血症ショック罹患被験者（ｎ＝２６０）は、２８日生存率６３％であり、リスク−プロテクティブグループにおける被験者の２８日生存率は６０％であり、リスク−リスク・グループにおける被験者の２８日生存率は５０％であった（図６Ｂに示すように、２８日間のカプラン−マイエル生存分析）。
【０２３２】
グループによる敗血症罹患被験者の臓器機能不全を表１０に示す。プロテクティブ−プロテクティブからリスク−プロテクティブを経てリスク−リスク・グループまでの臓器機能不全には恒常的増加（生存及び臓器機能不全非罹患の減少日数及び支援日数として記録）があった。
【０２３３】
【表１０】
2007529205.tif 000022
【０２３４】
全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症及び敗血症ショックにおいては、プロテインＣ（４７３２Ｃ）とＥＰＣＲ（４０５４Ｔ）（上記定義）のリスクアレル間に相互作用があり、これは死亡及び多臓器機能不全のリスク増大と関係している。
【０２３５】
［実施例４］活性化プロテインＣ（キシグリス（XIGRISTM））による治療に対する改善された反応
敗血症の治療は機械的呼気、昇圧剤と変力剤による循環支援、抗生剤、膿瘍排液術及び必要な場合の外科手術などである。活性化プロテインＣ（ＡＰＣ又はキシグリス（XIGRISTM）（イーライ・リリー社、イリノイ州インディアナポリス、が販売する場合のＡＰＣをいう））は敗血症被験者の生存を改善し得る。プラウイス（PROWESS）治験は、キシグリス（XIGRISTM）が２８日間の死亡率を３１％（偽薬）から２５％（ＡＰＣ／キシグリス（XIGRISTM）により処置）に低下させることを示した。キシグリス（XIGRISTM）は、例えば、アパッチIIスコアが２５より大きいか等しいことで同定されるように、高死亡リスクの被験者に特に有効であった。キシグリス（XIGRISTM）は死亡リスクの上昇した重症敗血症の処置用に承認されている。一部の管轄区において、高死亡リスクはアパッチIIスコアが２５より大きいか又は等しい場合に同定される；他の管轄区において、高死亡リスクは２ヶ所以上の臓器機能不全を有するか、又はアパッチIIスコアが２５より大きいか又は等しい場合に同定される。
【０２３６】
敗血症を背景として生じる臓器機能不全の重篤度は、敗血症に罹患し、プロテインＣ又はＥＰＣＲ（プロテインＣ４７３２Ｃ及びＥＰＣＲ４０５４Ｔ）のリスク遺伝子型を有する被験者において、キシグリス（XIGRISTM）が臓器機能不全を低下させるかどうかを判定するために試験した。
【０２３７】
実施例４：一般法
被験者採用基準
キシグリス（XIGRISTM）処置被験者は、重篤な敗血症の危篤状態患者で、キシグリス（XIGRISTM）禁忌ではない患者であり、この患者をキシグリス（XIGRISTM）で処置した。一方、対照の被験者は重篤な敗血症の危篤状態患者であるが（ＳＩＲＳ４項目の内少なくとも２項目、感染既知又は疑念、及びアパッチII≧２５）、血小板計数＞３０,０００、ＩＮＲ＜３．０、ビリルビン＜２０ｍｍｏｌ／Ｌ（すなわち、慢性の肝機能不全の証拠はない）であり、キシグリス（XIGRISTM）での処置はしていない患者であった。従って、対照群（キシグリス（XIGRISTM）未処理）はキシグリス（XIGRISTM）処置群と比較対照し得る。
【０２３８】
遺伝子型決定
プロテインＣのＴ４７３２Ｃ及びＥＰＣＲのＴ４０５４Ｃは、上記のようにタックマン（TaqManTM）アッセイ（アプライド・バイオシステムズ）により遺伝子型を判定した。
【０２３９】
臨床表現型
結果又は臨床表現型は生存（２８日）と臓器機能不全とし、ブリュッセル・スコア（上記）に従い、生存及び臓器機能不全非罹患の日数として記録した。
【０２４０】
統計分析
ベースライン特性、年齢、性別、アパッチII、及び外科手術患者の割合をすべてのグループで記録し、比較した。プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであった患者の２８日間生存率（％）を、キシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置のプロテインＣ４７３２ＴＴ（野生型）であった患者と比較した。カプラン−マイエル２８日生存曲線及び対数ランク検定を測定してキシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置のプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴを比較し、またキシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置のプロテインＣ４７３２ＴＴを比較した。
【０２４１】
同様に、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴであった患者の２８日間生存率（％）を、キシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置のＥＰＣＲ４０５４ＣＣ／ＣＴであった患者と比較した。カプラン−マイエル２８日生存曲線及び対数ランク検定を測定してキシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置のＥＰＣＲ４０５４ＴＴを比較し、またキシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置のＥＰＣＲ４０５４ＣＣ／ＣＴを比較した。
【０２４２】
少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔ（ＥＰＣＲ４０５４Ｔ）を担持する患者（リスク−リスク）、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれかの１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）、及びプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれものコピーを担持しない患者（プロテクティブ−プロテクティブ）について、キシグリス（XIGRISTM）により処置及び未処置とし、その２８日間生存率（％）を比較した。また、カプラン−マイエル２８日生存曲線及び対数ランク検定を測定して、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔ（ＥＰＣＲ４０５４Ｔ）を担持する患者（リスク−リスク）を、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれかの１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）及びプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれものコピーを担持しない患者（プロテクティブ−プロテクティブ）と比較した。
【０２４３】
プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者と、対するプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者について生存を予測するために、ブートストラップ・シミュレーションを実施した。また、プロテインＣ４７３２ＴＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者と、対するプロテインＣ４７３２ＴＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者についても生存を予測するために、ブートストラップ・シミュレーションを実施した。
【０２４４】
ＥＰＣＲ４０５４ＴＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者と、対するＥＰＣＲ４０５４ＣＣ／ＣＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者について生存を予測するために、ブートストラップ・シミュレーションを実施した。ＥＰＣＲ４０５４ＣＣ／ＣＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者と、対するＥＰＣＲ４０５４ＣＣ／ＣＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者について生存を予測するために、ブートストラップ・シミュレーションを実施した。
【０２４５】
少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔ（ＥＰＣＲ４０５４Ｔ）を担持する患者（リスク−リスク）、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれかの１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）、及びプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれものコピーを担持しない患者（プロテクティブ−プロテクティブ）であって、キシグリス（XIGRISTM）処置した患者と、対する少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔ（ＥＰＣＲ４０５４Ｔ）を担持する患者（リスク−リスク）、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれかの１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）、及びプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれものコピーを担持しない患者（プロテクティブ−プロテクティブ）であって、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者について、生存を予測するためにブートストラップ・シミュレーションを実施した。
【０２４６】
ブートストラップ・シミュレーションの結果は、すべての事例において、中央値及び９５％信頼区間として表された。研究被験者は、ＡＰＣ群及び対照群におけるすべての被験者の併合として標本抽出単位を用い、置換により１０,０００回サンプル採取した。各複製サンプルにつき、コックス比例ハザード（ＣＰＨ）回帰分析を実施、ＣＰＨ回帰パラメータを累乗することにより、相対的リスク（ＡＰＣ対対照）を見積もった。次いで１０,０００回相対的リスクの実験的分布の中間値及び上部と下部２.５パーセンタイル値を用い、相対的リスクの９５％信頼区間を得た。
【０２４７】
下記表の略号は以下のリストに示したとおりに使用する。
Surv：２８日間の生存％（患者数）
ALI.DAF：生存及び急性肺傷害非罹患日数
PRESS,DAF：生存及び昇圧剤非使用日数
INO.DAF：生存及び変力剤非使用日数
MSIRS4.DAF：生存及び４／４ＳＩＲＳ非罹患日数
CVS.DAF：生存及び心臓血管系機能不全非罹患日数
RESP.DAF：生存及び呼吸器系機能不全非罹患日数
CNS.DAF：生存及び神経系機能不全非罹患日数
COAG.DAF：生存及び血液凝固機能不全非罹患日数
INR.DAF：生存及びＩＮＲ＞１.５適用外日数
ACRF.DAF：生存及び急性腎機能不全非罹患日数
ANYREN.DAF：生存及び腎機能不全非罹患日数
RENSUP.DAF：生存及び腎臓支援不要日数
ACHEP.DAF：生存及び急性肝機能不全非罹患日数
ANYHEP.DAF：生存及び肝機能不全非罹患日数
PF300.DAF：生存及びＰaＯ２／ＦiＯ２比＜３００適用外日数
PRESS15.DAF：生存及び１５単位の昇圧剤非使用日数
PRESS5.DAF：生存及び５単位の昇圧剤非使用日数
PRESS2.DAF：生存及び２単位の昇圧剤非使用日数
PRESS.DAF：生存及び昇圧剤非使用日数。
【０２４８】
［実施例４Ａ］プロテインＣＴ４７３２Ｃ改善反応多型及びキシグリス（XIGRISTM）処置
サンプル・サイズ
プロテインＣＴ４７３２Ｃの遺伝子型であって、キシグリス（XIGRISTM）処置していた患者４４名及びプロテインＣＴ４７３２Ｃの遺伝子型である対照患者（キシグリス（XIGRISTM）で未処置）２２６名が存在した。キシグリス（XIGRISTM）処置患者（Ｎ＝４４）の内には、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴである患者１９名及びプロテインＣ４７３２ＴＴである患者２５名が存在した。対照患者（キシグリス（XIGRISTM）未処置）（Ｎ＝２２６）の内には、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴである患者１０２名及びプロテインＣ４７３２ＴＴである患者１２４名が存在した。
【０２４９】
【表１１】
2007529205.tif 000023
【０２５０】
重篤な敗血症であり、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けていた被験者のベースライン特性を表１１に示す。これらの被験者は、年齢、性別及びアパッチIIスコアに関して、重篤な敗血症である患者の典型である。
【０２５１】
【表１２】
2007529205.tif 000024
【０２５２】
図７はプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであり、キシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置である患者についてのカプラン−マイエル生存曲線を示す。実線はプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであり、キシグリス（XIGRISTM）未処置である患者（すなわち、対照）を示し、破線はプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであり、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けた患者を示す。
【０２５３】
コックス比例ハザードによる統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置において、死亡リスクの係数＝−０.６５４（すなわち、キシグリス（XIGRISTM）が死亡リスクを低下させた）、相対的死亡リスクは０.５２であった（プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであるが、キシグリス（XIGRISTM）では処置していない患者に比較した、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者のもの）；プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴ（高リスク遺伝子型）であった患者にキシグリス（XIGRISTM）処置を施した場合の減少した死亡リスクに対する全体のｐ−値＝０.０９７。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置はプロテインＣ４７３２ＣＴ／ＣＣである患者の生存率を（未処置に比較して）上昇させる。
【０２５４】
対数ランク検定による統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置によって、プロテインＣ４７３２Ｃアレル（ＣＣ／ＣＴ）を担持する患者の生存は、プロテインＣ４７３２Ｃアレル（ＣＣ／ＣＴ）を担持するがキシグリス（XIGRISTM）未処置の患者に比較して、増大した（Ｐ−値＝０.１１）。このように、キシグリス（XIGRISTM）による処置は、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴ（高リスク遺伝子型）であった患者の２８日間の生存率を上昇させる。図８とも比較されたい；そこでは、キシグリス（XIGRISTM）による処置がプロテインＣ４７３２ＴＴ（野生型遺伝子型）であった患者の２８日間の生存率に実質的に影響しなかった。
【０２５５】
ブートストラップ分析
リスク・グループ（プロテインＣアレル（ＣＣ／ＣＴ）を担持する患者）：キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった場合に比較してのキシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の相対的死亡リスク；中間値＝０.５１７５；９５％信頼区間はそれぞれ０.１５８９、１.０５５８。これは再度、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴ（高リスク遺伝子型）であった患者の２８日間の生存率が、キシグリス（XIGRISTM）による処置によって、キシグリス（XIGRISTM）処置をしなかったプロテインＣ４７３２ＣＴ／ＣＣ患者に比較して、有意に上昇することを証明している。
【０２５６】
図８はキシグリス（XIGRISTM）処置を受けたプロテインＣ４７３２ＴＴ患者と、受けなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。実線はプロテインＣ４７３２ＴＴであり、キシグリス（XIGRISTM）未処置である患者（すなわち、対照）を示し、破線はプロテインＣ４７３２ＴＴであり、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けた患者を示す。
【０２５７】
コックス比例ハザードによる統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置において、プロテインＣ４７３２ＴＴであるが、キシグリス（XIGRISTM）未処置の患者に比較した、プロテインＣ４７３２ＴＴであり、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者の死亡リスク係数＝−０.１３５である（すなわち、キシグリス（XIGRISTM）は死亡リスクを低下させなかった）；相対的死亡リスクは０.８７３であった；プロテインＣ４７３２ＴＴ（野生型遺伝子型）であった患者にキシグリス（XIGRISTM）処置を施した場合の減少した死亡リスクに対する全体のｐ−値は０.６８９であった。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置はプロテインＣ４７３２ＴＴ（野生型遺伝子型）である患者において、２８日間の生存率に実質的な影響を与えなかった。
【０２５８】
対数ランク検定による統計的検定：プロテインＣ４７３２ＴＴである患者では、キシグリス（XIGRISTM）処置しても、キシグリス（XIGRISTM）処置しなかったプロテインＣ４７３２ＴＴの患者に比較して、生存の上昇はなかった（Ｐ値＝０.９８３）。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置は、プロテインＣ４７３２ＴＴ（野生型遺伝子型）の患者において、２８日間の生存率に実質的に影響を示さなかった。
【０２５９】
ブートストラップ分析
リスク・グループ（プロテインＣ４７３２ＴＴである患者：キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった場合に比較してのキシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の相対的死亡リスク；中間値＝０.８７４２；９５％信頼区間はそれぞれ０.３１３１、１.４７１７。これは再度、キシグリス（XIGRISTM）による処置が、プロテインＣ４７３２ＴＴ（野生型遺伝子型）であった患者の２８日間の生存率に、実質的に影響しなかったことを証明している。
【０２６０】
【表１３】
2007529205.tif 000025
【０２６１】
一般に、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかったプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴの患者は、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかったプロテインＣ４７３２ＴＴ（野生型）の患者に比較して、生存と臓器機能不全非罹患の日数が短いことによって示されるように、臓器機能不全が進行していた。このことは、キシグリス（XIGRISTM）での処置をしない場合、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴである患者が、プロテインＣ４７３２ＴＴである患者に比較して、より高い臓器機能不全のリスクを有していることを示している。
【０２６２】
【表１４】
2007529205.tif 000026
【０２６３】
一般に、プロテインＣ４７３２ＣＴ／ＣＣであって、キシグリス（XIGRISTM）処置した患者は、生存と臓器機能不全非罹患の日数が長いことによって示されるように、臓器機能不全が少なかった。このことは、キシグリス（XIGRISTM）での処置が、高リスク遺伝子型（プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴ）を有する患者の臓器機能不全のリスクを低下させることを示している。表１３に比較して、キシグリス（XIGRISTM）処置しない場合、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴを有する患者は、通常、臓器機能不全の上昇したリスクを有するということを看取されたい。
【０２６４】
【表１５】
2007529205.tif 000027
【０２６５】
［実施例４Ｂ］ＥＰＣＲ４０５４Ｔ改善反応多型及びキシグリス（XIGRISTM）処置
サンプル・サイズ
ＥＰＣＲ Ｔ４０５４Ｃについて遺伝子型判定され、キシグリス（XIGRISTM）処置していた患者４６名及びＥＰＣＲ Ｔ４０５４Ｃについて遺伝子型が判定された対照患者（キシグリス（XIGRISTM）で未処置）２３１名が存在した。キシグリス（XIGRISTM）処置患者（Ｎ＝４６）の内には、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴである患者１９名、ＥＰＣＲ４０５４ＣＴである患者１８名、及びＥＰＣＲ４０５４ＣＣである患者９名が存在した。対照患者（キシグリス（XIGRISTM）未処置）（Ｎ＝２３１）の内には、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴである患者６６名、ＥＰＣＲ４０５４ＣＴである患者１１４名、及びＥＰＣＲ４０５４ＣＣである患者５１名が存在した。
【０２６６】
【表１６】
2007529205.tif 000028
【０２６７】
【表１７】
2007529205.tif 000029
【０２６８】
対照としてのＥＰＣＲ４０５４ＴＴの患者（生存率＝４７％）（キシグリス（XIGRISTM）未処置）に比較して、キシグリス（XIGRISTM）で処置したＥＰＣＲ４０５４ＴＴの患者の生存には、統計的に有意な増大があった（７４％）（第３列）。対照的に、ＥＰＣＲ４０５４ＣＴであった患者及びＥＰＣＲ４０５４ＣＣであった患者には、キシグリス（XIGRISTM）で処置した場合、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった対照患者に比較して、生存にあまり変化はなかった（第１列及び２列）。
【０２６９】
図９はキシグリス（XIGRISTM）処置を受けたＥＰＣＲ４０５４ＴＴ患者と、受けなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。実線はＥＰＣＲ４０５４ＴＴであり、キシグリス（XIGRISTM）未処置である患者（すなわち、対照）を示し、破線はＥＰＣＲ４０５４ＴＴであり、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けた患者を示す。
【０２７０】
コックス比例ハザードによる統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置において、死亡リスクの係数＝−０.８９５（すなわち、キシグリス（XIGRISTM）が死亡リスクを低下させた）、相対的死亡リスクは０.４０８であった（ＥＰＣＲ４０５４ＴＴであるが、キシグリス（XIGRISTM）では処置していない患者に比較した、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴであって、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者のもの）；ＥＰＣＲ４０５４ＴＴ（高リスク遺伝子型）であった患者にキシグリス（XIGRISTM）処置を施した場合の減少した死亡リスクに対する全体のｐ−値＝０.０３７。このことは、キシグリス（XIGRISTM）処置がＥＰＣＲ４０５４ＴＴである患者の生存を（未処置に比較して）有意に上昇させることを示している。
【０２７１】
対数ランク検定による統計的検定
ＥＰＣＲ４０５４ＴＴである患者では、キシグリス（XIGRISTM）での処置が、キシグリス（XIGRISTM）処置しなかったＥＰＣＲ４０５４ＴＴの患者に比較して、生存が上昇した（Ｐ値＝０.０５１）。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置は、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴの患者において、２８日間の生存率に有意な上昇を示した。図１０及び１１にも比較されたい；そこではキシグリス（XIGRISTM）処置がＥＰＣＲ４０５４ＣＴの患者とＥＰＣＲ４０５４ＣＣの患者において、２８日間の生存率に実質的な影響を与えない。
【０２７２】
ブートストラップ分析
リスク・グループ（ＥＰＣＲ４０５４ＴＴである患者）：キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった場合に比較してのキシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の相対的死亡リスク；中間値＝０.４０７；９５％信頼区間はそれぞれ０.０７２５、０.８４３１。これは再度、キシグリス（XIGRISTM）による処置が、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴであった患者の２８日間の生存率を、未処置のＥＰＣＲ４０５４ＴＴ患者に比べて有意に上昇させたことを証明している。
【０２７３】
図１０はキシグリス（XIGRISTM）処置を受けたＥＰＣＲ４０５４ＣＴ患者と、受けなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。実線はＥＰＣＲ４０５４ＣＴであり、キシグリス（XIGRISTM）未処置である患者（すなわち、対照）を示し、破線はＥＰＣＲ４０５４ＣＴであり、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けた患者を示す。
【０２７４】
コックス比例ハザードによる統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置において、ＥＰＣＲ４０５４ＣＴであるが、キシグリス（XIGRISTM）未処置の患者に比較した、ＥＰＣＲ４０５４ＣＴであり、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者の死亡リスク係数＝−０.１７である（すなわち、キシグリス（XIGRISTM）は死亡リスクを低下させなかった）；相対的死亡リスクは０.８４４であった；ＥＰＣＲ４０５４ＣＴであった患者にキシグリス（XIGRISTM）処置を施した場合の減少した死亡リスクに対する全体のｐ−値は０.６６６であった。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置はＥＰＣＲ４０５４ＣＴである患者において、２８日間の生存率に実質的な影響を与えなかった。
【０２７５】
対数ランク検定による統計的検定
ＥＰＣＲ４０５４ＣＴである患者では、キシグリス（XIGRISTM）処置しても、キシグリス（XIGRISTM）処置しなかったＥＰＣＲ４０５４ＣＴの患者に比較して、生存の上昇はなかった（Ｐ値＝０.６７）。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置は、ＥＰＣＲ４０５４ＣＴの患者において、２８日間の生存率に実質的に影響を示さなかった。
【０２７６】
ブートストラップ分析
リスク・グループ（ＥＰＣＲ４０５４ＣＴである患者：キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった場合に比較してのキシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の相対的死亡リスク；中間値＝０.８４２；９５％信頼区間はそれぞれ０.３３１、１.６２１２。これは再度、キシグリス（XIGRISTM）による処置が、ＥＰＣＲ４０５４ＣＴである患者の２８日間の生存率に、実質的に影響しなかったことを証明している。
【０２７７】
図１１はキシグリス（XIGRISTM）処置を受けたＥＰＣＲ４０５４ＣＣ患者と、受けなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。実線はＥＰＣＲ４０５４ＣＣであり、キシグリス（XIGRISTM）未処置である患者（すなわち、対照）を示し、破線はＥＰＣＲ４０５４ＣＣであり、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けた患者を示す。
【０２７８】
コックス比例ハザードによる統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置において、ＥＰＣＲ４０５４ＣＣであるが、キシグリス（XIGRISTM）未処置の患者に比較した、ＥＰＣＲ４０５４ＣＣであり、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者の減少した死亡リスク係数＝０.２５４である（すなわち、キシグリス（XIGRISTM）は死亡リスクを低下させなかった）；相対的死亡リスクは１.２８９であった；ＥＰＣＲ４０５４ＣＣであった患者にキシグリス（XIGRISTM）処置を施した場合の減少した死亡リスクに対する全体のｐ−値は０.６１であった。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置はＥＰＣＲ４０５４ＣＣである患者において、２８日間の生存率に実質的な影響を与えなかった。
【０２７９】
対数ランク検定による統計的検定
ＥＰＣＲ４０５４ＣＣである患者では、キシグリス（XIGRISTM）処置しても、キシグリス（XIGRISTM）処置しなかったＥＰＣＲ４０５４ＣＣの患者に比較して、生存の上昇はなかった（Ｐ値＝０.６１７）。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置は、ＥＰＣＲ４０５４ＣＣの患者において、２８日間の生存率に実質的に影響を示さなかった。
【０２８０】
ブートストラップ分析
リスク・グループ（ＥＰＣＲ４０５４ＣＣである患者：キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった場合に比較してのキシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の相対的死亡リスク；中間値＝１.２７４；９５％信頼区間はそれぞれ０.４３９、２.８４２。これは再度、キシグリス（XIGRISTM）による処置が、ＥＰＣＲ４０５４ＣＣである患者の２８日間の生存率に、実質的に影響しなかったことを証明している。
【０２８１】
【表１８】
2007529205.tif 000030
【０２８２】
一般に、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかったＥＰＣＲ４０５４ＴＴの患者は、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかったＥＰＣＲ４０５４ＣＴ／ＣＣの患者に比較して、生存と臓器機能不全非罹患の日数が短いことによって示されるように、臓器機能不全が進行していた。このことは、キシグリス（XIGRISTM）での処置をしない場合、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴが、臓器機能不全のリスクであることを示している。
【０２８３】
【表１９】
2007529205.tif 000031
【０２８４】
一般に、キシグリス（XIGRISTM）処置した患者は、生存と臓器機能不全非罹患の日数（ＤＡＦ）が長くなることにより示されるように、臓器機能不全が少ない。ＥＰＣＲ４０５４ＴＴである患者のキシグリス（XIGRISTM）処置は、４０５４ＣＴ／ＣＣ（その他）の患者よりも、より高い生存率を有し、また生存と臓器機能不全非罹患日数がより長いことが認められる。従って、キシグリス（XIGRISTM）での処置はリスク遺伝子型（ＥＰＣＲ４０５４ＴＴ）を有する患者において、臓器機能不全のリスクを低下させた。表１８で比較するように、キシグリス（XIGRISTM）処置がない場合、ＥＰＣＲ４０５４ＴＴの患者は、通常、臓器機能不全のリスクが増大する。
【０２８５】
【表２０】
2007529205.tif 000032
【０２８６】
キシグリス（XIGRISTM）未処置の患者（第２、３及び４縦行）について、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴを有する患者の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全をプロテインＣ４７３２ＴＴである患者と比較する；その際、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴの生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全（Ａと記載）をプロテインＣ４７３２ＴＴの生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全（Ｂと記載）から引き算する；それを第４縦行に示す（Ａ−Ｂと記載）。キシグリス（XIGRISTM）未処置の患者、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴを有する患者は、プロテインＣ４７３２ＴＴである患者よりも首尾一貫して生存が悪化し、生存と臓器機能不全非罹患の日数が減少する。
【０２８７】
キシグリス（XIGRISTM）処置の患者（第５、６及び７縦行）について、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴを有する患者の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全をプロテインＣ４７３２ＴＴである患者と比較する；その際、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴの生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全（Ｃと記載）をプロテインＣ４７３２ＴＴの生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全（Ｄと記載）から引き算する；それを第７縦行に示す（Ｃ−Ｄと記載）。キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者においては、プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴを有する患者が、高生存率とより長期の臓器機能不全非罹患の日数で示されるように、プロテインＣ４７３２ＴＴである患者よりも首尾一貫して良好であることが認められる。このことはプロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴを有する患者におけるキシグリス（XIGRISTM）の有益な効果を強調する。
【０２８８】
［実施例４Ｃ］
プロテインＣ４７３２Ｃ及びＥＰＣＲ４０５４Ｔ改善反応多型及びキシグリス（XIGRISTM）処置
サンプル・サイズ
少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持し（リスク−リスク）、キシグリス（XIGRISTM）処置した患者１３名及び少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する（リスク−リスク）対照患者（キシグリス（XIGRISTM）未処置）７８名が存在した。
【０２８９】
プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持し（リスク−プロテクティブ）、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者２８名及びプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持（リスク−プロテクティブ）する対照患者（キシグリス（XIGRISTM）未処置）１２０名が存在した。
プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれのコピーをも担持しない（プロテクティブ−プロテクティブ）、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者３名及びプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれのコピーをも担持しない（プロテクティブ−プロテクティブ）対照患者（キシグリス（XIGRISTM）未処置）２６名が存在した。
【０２９０】
プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれのコピーをも担持しない（プロテクティブ−プロテクティブ）対照患者のサンプル・サイズが比較的小さいために、リスク−プロテクティブグループ及びプロテクティブ−プロテクティブグループを「その他」と呼称する１つのグループにまとめ、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持（リスク−リスク）する患者との比較のためとした。
【０２９１】
【表２１】
2007529205.tif 000033
【０２９２】
【表２２】
2007529205.tif 000034
【０２９３】
少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持し（リスク−リスク）、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者の生存率（８５％）には、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持し（リスク−リスク）、対照（キシグリス（XIGRISTM）未処置）とした患者（生存率４９％）と比較して、実質的な増加があった。
【０２９４】
対照的に、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）及びプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれのコピーをも担持しない患者（プロテクティブ−プロテクティブ）（まとめてその他と呼称）は、キシグリス（XIGRISTM）未処置の対照患者に比較して、キシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の生存率の変化はわずかであった。
【０２９５】
図１２はキシグリス（XIGRISTM）処置を受けた少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）と、処置を受けなかった患者として分類した患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。実線は少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持し（リスク−リスク）、キシグリス（XIGRISTM）未処置である患者と分類した患者（すなわち、対照）を示し、破線は少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持し（リスク−リスク）、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けた患者と分類した患者を示す。
【０２９６】
コックス比例ハザードによる統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置において、死亡リスクの係数＝−１.４３６（すなわち、キシグリス（XIGRISTM）が死亡リスクを低下させた）、相対的死亡リスクは０.２３８であった（少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持し（リスク−リスク）、キシグリス（XIGRISTM）未処置である患者と分類した患者に比較した、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持し（リスク−リスク）、キシグリス（XIGRISTM）処置を受けた患者と分類した患者のもの）；少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）として分類した患者にキシグリス（XIGRISTM）処置を施した場合の減少した死亡リスクに対する全体のｐ−値＝０.０１３。このことは、キシグリス（XIGRISTM）処置が少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）の生存を（未処置に比較して）有意に上昇させることを示唆している。
【０２９７】
対数ランク検定による統計的検定
少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）として分類した患者においては、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）として分類した患者で、キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった患者に比較して、キシグリス（XIGRISTM）での処置が生存率を上昇させた（Ｐ値＝０.０３）。従って、キシグリス（XIGRISTM）処置は、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）として分類した患者において、２８日間の生存率に実質的な影響を与えた。図１３とも比較されたい；そこでは、キシグリス（XIGRISTM）での処置が、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４Ｔのいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）又はプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４Ｔのいずれのコピーをも担持しない患者（プロテクティブ−プロテクティブ）の２８日間の生存率に実質的に影響をもたなかった。
【０２９８】
ブートストラップ分析
リスク・グループ（少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）として分類した患者）：キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった場合に比較してのキシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の相対的死亡リスク；中間値＝０.２３６９；９５％信頼区間はそれぞれ０.００、６６４。このことは再度、キシグリス（XIGRISTM）による処置が、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）として分類した患者の２８日間の生存率を、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）として分類した患者であって、キシグリス（XIGRISTM）未処置の患者に比較して、有意に増大させることを証明する。
【０２９９】
図１３はプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４Ｔのいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめて、キシグリス（XIGRISTM）処置及び未処置とした患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。実線はプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４Ｔのいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめて、キシグリス（XIGRISTM）未処置とした患者（すなわち、対照）を示し、破線はプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４Ｔのいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめて、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者を示す。
【０３００】
コックス比例ハザードによる統計的検定
キシグリス（XIGRISTM）による処置において、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめて、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者と比較した、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめて、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者の減少した死亡リスクの係数＝−０.０４３（すなわち、キシグリス（XIGRISTM）が死亡リスクを低下させなかった）である；相対的死亡リスクは０.９５８；プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者にキシグリス（XIGRISTM）処置を施した場合の減少した死亡リスクに対する全体のｐ−値０.８８。従って、キシグリス（XIGRISTM）での処置はプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者における２８日間の生存率に対し、実質的に影響を有しなかった。
【０３０１】
対数ランク検定による統計的検定
プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者においては、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめて、キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった患者に比較して、キシグリス（XIGRISTM）での処置が生存率を上昇させなかった（Ｐ値＝０.８８１）。このように、キシグリス（XIGRISTM）での処置は、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者において、２８日間の生存率に実質的な影響をもたなかった。
【０３０２】
ブートストラップ分析
リスク・グループ（プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者）。キシグリス（XIGRISTM）により処置しなかった場合に比較してのキシグリス（XIGRISTM）で処置した場合の相対的死亡リスク；中間値＝０.９５２；９５％信頼区間はそれぞれ０.４９７、１.５１９。このことは再度、キシグリス（XIGRISTM）による処置が、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者の２８日間の生存率に対して、実質的に効果のないことを証明する。
【０３０３】
【表２３】
2007529205.tif 000035
【０３０４】
一般に、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）であって、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者は、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者に比較して、生存と臓器機能不全非罹患の日数が少ないことにより示されるように、臓器機能不全がより進行していた。
このことは１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔ（リスク−リスク）が、キシグリス（XIGRISTM）未処置の場合の臓器機能不全のリスクであることを示している。
【０３０５】
【表２４】
2007529205.tif 000036
【０３０６】
一般に、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者は、生存と臓器機能不全非罹患の日数（ＤＡＦ）が多いことにより示されるように、臓器機能不全があまり進行していなかった。このことはキシグリス（XIGRISTM）での処置が、高リスク遺伝子型（すなわち、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク））をもつ患者の臓器機能不全のリスクを低減させることを意味する。
【０３０７】
表２３と比較されるように、キシグリス（XIGRISTM）処置のない場合、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）は、通常、臓器機能不全のリスクが増大している。
【０３０８】
【表２５】
2007529205.tif 000037
【０３０９】
キシグリス（XIGRISTM）未処置の患者（第２、３及び４縦行）について、（リスク−リスク）を有する患者の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全を、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者と比較する；その際、（リスク−リスク）（縦行Ａと記載）の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全をプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全（縦行Ｂと記載）から引き算する；それを第４縦行に示す（縦行Ａ−Ｂと記載）。キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者においては、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）が、より低い生存率とより短期の生存と臓器機能不全非罹患の日数（従って、縦行Ａ−Ｂの値はマイナス）で示されるように、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者よりも首尾一貫して悪化することが認められる。
【０３１０】
キシグリス（XIGRISTM）処置の患者（第５、６及び７縦行）について、（リスク−リスク）を有する患者の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全を、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者と比較する；その際、（リスク−リスク）の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全（縦行Ｃと記載）をプロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者の生存と臓器機能不全非罹患の日数として記録される生存と臓器機能不全（縦行Ｄと記載）から引き算する；それを第７縦行に示す（縦行Ｃ−Ｄと記載）。キシグリス（XIGRISTM）で処置する患者においては、プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４のいずれか１コピーを担持する患者（リスク−プロテクティブ）と、プロテクティブ−プロテクティブグループとを「その他」と呼称するグループにまとめた患者よりも、（リスク−リスク）を有する患者が、より高い生存率とより長期の生存と臓器機能不全非罹患の日数により示されるように、首尾一貫して良好に進行することが認められる。このことは、少なくとも１コピーのプロテインＣ４７３２Ｃ及び１コピーのＥＰＣＲ４０５４Ｔを担持する患者（リスク−リスク）におけるキシグリス（XIGRISTM）の有益な効果を強調する。
【０３１１】
［実施例４Ｄ］プロテインＣ２４１８に対するキシグリス（XIGRISTM）の効果
プロテインＣ４７３２及びＥＰＣＲ４０５４（単独及び組合わせ）についての上記の結果同様に、キシグリス（XIGRISTM）はプロテインＣ２４１８ＡＡ遺伝子型（リスク）による生存予測において明白な増大を示し、キシグリス（XIGRISTM）での処置からの恩恵を予測するのに有用であった。バイアスのかかった対照サンプルにおいても、キシグリス（XIGRISTM）で処置しなかった患者は、５８％の敗血症生存率を示したが、一方、キシグリス（XIGRISTM）で処置した患者の敗血症生存率は６４％であり、６％の絶対値上昇及び１０％の相対的上昇を示した。
【０３１２】
［実施例５］危篤状態のアジア系患者のコホートにおけるプロテインＣＴ４７３２Ｃ
集団に起因する誤差の可能性を低減させるために、アジア系患者集団について層化別分析を実施した。これらの内、１２６名につき、成功裏にプロテインＣ Ｔ４７３２Ｃと遺伝子型決定した。採用基準、遺伝子型決定、臨床的表現型決定、サンプル収集及び統計分析は上記のように実施した。
【０３１３】
プロテインＣ Ｔ４７３２Ｃは１２６名のＩＣＵ患者のコホートにおいて測定したが、その患者のすべてがＳＩＲＳであった。患者の３３％はＴＴホモ接合体であり、患者の５２％がＴＣホモ接合体であり、患者の１５％がＣＣホモ接合体であった。Ｔアレルの頻度は５９％であり、Ｃアレルの頻度は４１％であった；これらのアレルはこの集団においてハーディ−ワインベルグ平衡にあった（表２６）。プロテインＣ４７３２ＴＴ、ＣＴ及びＣＣ間に、年齢、性別及びアパッチIIスコアに、また内科／外科の入院事情の分布に差異はなかった（表２６）。
【０３１４】
【表２６】
2007529205.tif 000038
【０３１５】
危篤状態のアジア系ＳＩＲＳ患者において、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ遺伝子型と２８日間生存には有意な関連性があった。ＣＣ又はＣＴ遺伝子型をもつ患者は、５３％の生存率であり、一方、ＴＴ遺伝子型をもつ患者は６１％の生存率を有していた（表２７、図１４）。この関連性はコックス比例ハザード回帰分析において有意であった（ｐ＝０.０４３、表２８）。
プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ遺伝子型と生存及びステロイド非支援の日数とは関連する傾向があった（ｐ＝０.０８６）（表２７、図１５）。
【０３１６】
【表２７】
2007529205.tif 000039
【０３１７】
【表２８】
2007529205.tif 000040
【０３１８】
敗血症サブグループ
我々は、そのすべてが該方法で定義した敗血症である危篤状態のアジア人１００名のサブグループについて、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ多型現象を検討した。患者の３４％がＴＴホモ接合体であり、４９％がＴＣヘテロ接合体であり、１８％がＣＣホモ接合体であった。Ｔアレルの頻度は５８％であり、Ｃアレルの頻度が４２％であり、またこれらのアレルはハーディ−ワインベルグ平衡にあった。プロテインＣ４７３２ＴＴ、ＴＣ又はＣＣ遺伝子型グループ間に、年齢、性別、アパッチIIスコア、又は内科／外科の入院事情の分布に有意な差はなかった。
【０３１９】
敗血症である危篤状態のアジア系患者であって、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃと遺伝子型決定されたベースライン特性。遺伝子型によるベースライン特性（年齢、性別、％外科手術、アパッチIIスコア）に差はなかった。
【０３２０】
プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ遺伝子型と、敗血症を有する危篤状態のアジア系患者の２８日間の生存率には有意な関連性があった。ＣＣ又はＣＴ遺伝子型をもつ患者は４７％の生存率であり、一方、ＴＴ遺伝子型をもつ患者は５６％の生存率であった（表２９、図１６）。この関連性はコックス比例ハザード回帰分析において有意であった（ｐ＝０.０３５、表３０）。
【０３２１】
【表２９】
2007529205.tif 000041
【０３２２】
【表３０】
2007529205.tif 000042
【０３２３】
敗血症による危篤状態のアジア系患者において、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ遺伝子型と生存及びステロイド剤非使用日数には有意な関連性があり（ｐ＝０.０２０）、また遺伝子型と生存及び血液非凝固の日数間には有意な関連性があった（ｐ＝０.０３８）（表２９、図１７）。
【０３２４】
（要約）
臨床との関わり
敗血症、重篤な敗血症又はＳＩＲＳを有する被験者の遺伝子型を決定し、そのプロテインＣ２４１８、プロテインＣ４７３２及びＥＰＣＲ４０５４の遺伝子型又はプロテインＣ２４１８、プロテインＣ４７３２及びＥＰＣＲ４０５４と連鎖不平衡にある多型部位の遺伝子型を評価し得る。次いで、被験者は遺伝子型により、遺伝子型によるそのユニーク死亡リスクに関してのリスクカテゴリーに分類し得よう。さらに、被験者の遺伝子型はそれらがどのように活性化されたプロテインＣ（キシグリス（XIGRISTM））に上手く反応するか、又は他の抗炎症剤もしくは抗血液凝固剤に反応するかを判定するために使用し得る。ＥＰＣＲ４０５４、プロテインＣ２４１８、プロテインＣ４７３２、及びプロテインＣ４７３２／ＥＰＣＲ４０５４の組合わせリスク−リスク遺伝子型の被験者の遺伝子型に対応する処置としてキシグリス（XIGRISTM）を使用した場合、絶対的な生存に明瞭な段階的上昇のあることが判明した。従って、今や臨床家は被験者に適合するリスク評価に従ってキシグリス（XIGRISTM）を投与することができる。プロテインＣ及びＥＰＣＲの各被験者のユニーク遺伝子型は、死亡リスクのユニーク評価をするために、また被験者がキシグリス（XIGRISTM）での処置から恩恵を受ける可能性があるかどうかを予測するために使用し得る。
【０３２５】
前記の発明については、理解をはっきりさせる目的で説明と例示により一部詳細に記載したが、本発明の教示に鑑みて、添付した請求項の精神と範囲から逸脱することなく、変更と改変を加え得ることは、当業者にとって容易に明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
【０３２６】
【図１】プロテインＣ配列のハプロタイプ及びハプロタイプ・クレードを示す。
【図２】内皮プロテインＣ受容体（ＥＰＣＲ）配列のハプロタイプ及びハプロタイプ・クレードを示す。
【図３】（Ａ）ＥＰＣＲ４０５４Ｔアレル（ＴＣ及びＴＴ）をもつ被験者の急性肺傷害をＣＣ遺伝子型と比較して示す。（Ｂ）ＥＰＣＲ４０５４Ｔアレル（ＴＣ及びＴＴ）をもつ被験者の心臓血管系機能不全をＣＣ遺伝子型と比較して示す。
【図４】危篤状態のＳＩＲＳの被験者において、内皮プロテインＣ受容体４０５４Ｔ／Ｃの遺伝子型による２８日間にわたる生存のカプラン−マイエル曲線を示す。
【図５】（Ａ）危篤状態のＳＩＲＳの被験者において、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃの遺伝子型による２８日間にわたる生存のカプラン−マイエル曲線を示す。（Ｂ）危篤状態の敗血症の被験者において、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃの遺伝子型による２８日間にわたる生存のカプラン−マイエル曲線を示す。
【図６】（Ａ）敗血症サブグループにおいて、プロテインＣ４７３２／ＥＰＣＲ４０５４ハプロタイプのグループ１、２及び３の２８日間にわたる生存のカプラン−マイエル曲線を示す。（Ｂ）敗血症ショック・サブグループにおいて、プロテインＣ４７３２／ＥＰＣＲ４０５４ハプロタイプのグループ１、２及び３の２８日間にわたる生存のカプラン−マイエル曲線を示す。
【図７】プロテインＣ４７３２ＣＣ／ＣＴの患者であって、キシグリス（XIGRISTM）により処置した患者及び処置しなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図８】プロテインＣ４７３２ＴＴの患者であって、キシグリス（XIGRISTM）により処置した患者及び処置しなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図９】ＥＰＣＲ４０５４ＴＴの患者であって、キシグリス（XIGRISTM）により処置した患者及び処置しなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図１０】ＥＰＣＲ４０５４ＣＴの患者であって、キシグリス（XIGRISTM）により処置した患者及び処置しなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図１１】ＥＰＣＲ４０５４ＣＣの患者であって、キシグリス（XIGRISTM）により処置した患者及び処置しなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図１２】プロテインＣ４７３２Ｃの少なくとも１コピーとＥＰＣＲ４０５４Ｔ（リスク−リスク）の１コピーを担持する患者に分類された患者であって、キシグリス（XIGRISTM）により処置した患者及び処置しなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図１３】プロテインＣ４７３２Ｃ又はＥＰＣＲ４０５４（リスク−プロテクティブ）のいずれかの１コピーを担持し、“その他”と呼ばれるグループに組合わされたプロテクティブ−プロテクティブグループの患者であって、キシグリス（XIGRISTM）により処置した患者及び処置しなかった患者のカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図１４】プロテインＣ４７３２ＣＣ又はＣＴ、及びプロテインＣ４７３２ＴＴのアジア系集団患者の２８日間にわたるカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図１５】危篤状態のＳＩＲＳアジア人において、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ遺伝子型と、生存及びステロイド維持なしの日数との関連性を示す（ｐ＝０.０８６）。
【図１６】プロテインＣ４７３２ＣＣ又はＣＴ、及びプロテインＣ４７３２ＴＴを有する患者の２８日間にわたるカプラン−マイエル生存曲線を示す。
【図１７】危篤状態の敗血症アジア人において、プロテインＣ４７３２Ｔ／Ｃ遺伝子型と、生存及びステロイド維持なしの日数との関連性（ｐ＝０.０２０）及び遺伝子型と生存及び凝固なしの日数間の関連性（ｐ＝０.０３８）を示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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