【手続補正書】
【提出日】平成28年6月3日(2016.6.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチドのアレイを調製する方法であって、該方法は、
基材の表面に共有結合したポリマーコーティングを含む該基材を提供する工程であって、該ポリマーコーティングは、式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）：
【化２７】
2016027959.tif 000001
（式中、Ｒ１は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ＲＡは、水素、アミン、任意選択的に置換されているアルケン、任意選択的に置換されているアルキン、オキソ−アミン、アジド、ホルミル、ハロ、ヒドロキシ、ヒドラジニル、ヒドラゾニル、塩化シアヌル、チオシアネート、カルボン酸、グリシジル、活性型エステル、エポキシ、アジリジン、トリアゾリン、およびチオールからなる群より選択され；
各−（ＣＨ２）−ｏは任意選択的に置換されていてもよく；
ｏは、１〜５０の範囲の整数であり；
Ｒ５は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ｎは、１〜５０，０００の範囲の整数であり；
ｍは、１〜１００，０００の範囲の整数である；
ただし、Ｒ１とＲ５がＨであり、ｏが５である場合、ＲＡはブロモ基になり得ないものとする）
に由来するポリマーを含む、工程、および
複数の第１のオリゴヌクレオチドと複数の第２のオリゴヌクレオチドを、該ポリマーコーティングの反応性部位と反応させる工程
を含み、
ここで、該ポリマーコーティングは、該表面に結合している一連の官能基に共有結合しており、該官能基が、アクリルアミド、アルケン、アルキン、ナイトレン、アルデヒド、ヒドラジン、活性型エステル、グリシジルエーテル、アミン、マレイミド、およびオルト位にシュタウディンガーライゲーションのためのホスフィン置換基を有するベンゾイルエステルからなる群より選択される、方法。
【請求項２】
前記ポリマーコーティングに結合された前記複数の第１のオリゴヌクレオチドを、増幅対象の鋳型と接触させる工程をさらに含み、各鋳型が、３’末端に、該第１のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし得る配列、および５’末端に、その相補鎖が該第２のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし得る配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記鋳型を前記第１のオリゴヌクレオチドと前記第２のオリゴヌクレオチドを用いて増幅させ、それによりポリヌクレオチドのクラスター化アレイを作製する工程をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ＲＡがアジドである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
Ｒ１が水素であり、ｏが５である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）に由来する前記ポリマーコーティングが、式（ＩＩＩａ）または（ＩＩＩｂ）：
【化２８】
2016027959.tif 000002
（式中、ｎは１〜２０，０００の範囲の整数であり、ｍは１〜１００，０００の範囲の整数である）
で表されるものでもある、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記第１のオリゴヌクレオチドまたは前記第２のオリゴヌクレオチドが、アルキン、アミン、およびアルデヒドからなる群より選択される１つまたは１つより多くの官能基を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ポリヌクレオチドのアレイを調製する方法であって、該方法は、
基材の表面に共有結合したポリマーコーティングを有する該基材を提供する工程であって、該ポリマーコーティングは、式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）：
【化２７】
2016027959.tif 000003
（式中、Ｒ１は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ＲＡは、水素、アミン、任意選択的に置換されているアルケン、任意選択的に置換されているアルキン、オキソ−アミン、アジド、ホルミル、ハロ、ヒドロキシ、ヒドラジニル、ヒドラゾニル、塩化シアヌル、チオシアネート、カルボン酸、グリシジル、活性型エステル、エポキシ、アジリジン、トリアゾリン、およびチオールからなる群より選択され；
各−（ＣＨ２）−ｏは任意選択的に置換されていてもよく；
ｏは、１〜５０の範囲の整数であり；
Ｒ５は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ｎは、１〜５０，０００の範囲の整数であり；
ｍは、１〜１００，０００の範囲の整数である；
ただし、Ｒ１とＲ５がＨであり、ｏが５である場合、ＲＡはブロモ基になり得ないものとする）
に由来するポリマーを含む、工程、および
複数の第１のオリゴヌクレオチドを該ポリマーコーティングの反応性部位と反応させて、該ポリマーコーティングに結合された複数の第１のオリゴヌクレオチドを生成する工程
を含み、
ここで、該ポリマーコーティングは、該表面に結合している一連の官能基に共有結合しており、該官能基が、アクリルアミド、アルケン、アルキン、ナイトレン、アルデヒド、ヒドラジン、活性型エステル、グリシジルエーテル、アミン、マレイミド、およびオルト位にシュタウディンガーライゲーションのためのホスフィン置換基を有するベンゾイルエステルからなる群より選択される、方法。
【請求項９】
前記ポリマーコーティングに結合された前記複数の第１のオリゴヌクレオチドを、増幅対象の鋳型と接触させる工程をさらに含み、各鋳型が、３’末端に、該第１のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし得る配列を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記鋳型を前記第１のオリゴヌクレオチドを用いて増幅させ、それによりポリヌクレオチドのアレイを作製する工程をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ＲＡがアジドである、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
Ｒ１が水素であり、ｏが５である、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）に由来する前記ポリマーが、式（ＩＩＩａ）または（ＩＩＩｂ）：
【化２８】
2016027959.tif 000004
（式中、ｎは１〜２０，０００の範囲の整数であり、ｍは１〜１００，０００の範囲の整数である）
で表されるものでもある、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
複数の前記第２のオリゴヌクレオチドを前記ポリマーコーティングの反応性部位と反応させて、それにより前記ポリマーコーティングに結合された複数の第２のオリゴヌクレオチドを生成する工程をさらに含む、請求項１０〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
鋳型の各々は、５’末端に、その相補鎖が複数の第２のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし得る配列をさらに含み、前記増幅は、該鋳型を前記第１のオリゴヌクレオチドと前記第２のオリゴヌクレオチドを用いて増幅させて、それによりポリヌクレオチドのアレイを作製する工程を含む、請求項９〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記第１のオリゴヌクレオチドまたは前記第２のオリゴヌクレオチドがアルデヒドまたはアルキン基を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
基材を備えたフローセルであって、
該基材は、該基材に共有結合したポリマーコーティングを含む表面を有し、
該ポリマーコーティングは、式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）：
【化２７】
2016027959.tif 000005
（式中、Ｒ１は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ＲＡは、アミン、任意選択的に置換されているアルケン、任意選択的に置換されているアルキン、オキソ−アミン、アジド、ホルミル、ヒドロキシ、ヒドラジニル、ヒドラゾニル、塩化シアヌル、チオシアネート、カルボン酸、グリシジル、活性型エステル、エポキシ、アジリジン、トリアゾリン、およびチオールからなる群より選択され；
各−（ＣＨ２）−ｏは任意選択的に置換されていてもよく；
ｏは、１〜５０の範囲の整数であり；
Ｒ５は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ｎは、１〜５０，０００の範囲の整数であり；
ｍは、１〜１００，０００の範囲の整数である）
に由来するポリマーを含み、
ここで、該ポリマーコーティングは、該表面に結合している一連の官能基に共有結合しており、該官能基が、アクリルアミド、アルケン、アルキン、ナイトレン、アルデヒド、ヒドラジン、活性型エステル、グリシジルエーテル、アミン、マレイミド、およびオルト位にシュタウディンガーライゲーションのためのホスフィン置換基を有するベンゾイルエステルからなる群より選択される、
フローセル。
【請求項１８】
ＲＡがアジドである、請求項１７に記載のフローセル。
【請求項１９】
Ｒ１が水素であり、ｏが５である、請求項１７または１８に記載のフローセル。
【請求項２０】
式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）に由来する前記ポリマーが、式（ＩＩＩａ）または（ＩＩＩｂ）：
【化２８】
2016027959.tif 000006
（式中、ｎは１〜２０，０００の範囲の整数であり、ｍは１〜１００，０００の範囲の整数である）
で表されるものでもある、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載のフローセル。
【請求項２１】
前記ポリマーコーティングを介して前記基材の前記表面に結合されるポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１７〜２０のいずれか一項に記載のフローセル。
【請求項２２】
前記ポリヌクレオチドがポリヌクレオチドクラスターで存在している、請求項２１に記載のフローセル。
【請求項２３】
単一のポリヌクレオチドクラスター内のポリヌクレオチドが同じヌクレオチド配列を有する、請求項２２に記載のフローセル。
【請求項２４】
異なるポリヌクレオチドクラスターのポリヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を有する、請求項２２に記載のフローセル。
【請求項２５】
ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、該方法は、
（ａ）ポリヌクレオチドポリメラーゼを、基材の表面に共有結合したポリマーコーティングを介して、該基材の該表面に結合されたポリヌクレオチドクラスターと接触させる工程；
（ｂ）該基材の該表面にヌクレオチドを、ヌクレオチドの１個または１個より多くが該ポリヌクレオチドポリメラーゼによって利用されると検出可能なシグナルが発生するように、備える工程；
（ｃ）１つまたは１つより多くのポリヌクレオチドクラスターにおいてシグナルを検出する工程；ならびに
（ｄ）工程（ｂ）と（ｃ）を反復し、それにより、該１つまたは１つより多くのポリヌクレオチドクラスターに存在するポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する工程
を含み、
該ポリマーコーティングは、式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）：
【化２７】
2016027959.tif 000007
（式中、Ｒ１は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ＲＡは、アミン、任意選択的に置換されているアルケン、任意選択的に置換されているアルキン、オキソ−アミン、アジド、ホルミル、ヒドロキシ、ヒドラジニル、ヒドラゾニル、塩化シアヌル、チオシアネート、カルボン酸、グリシジル、活性型エステル、エポキシ、アジリジン、トリアゾリン、およびチオールからなる群より選択され；
各−（ＣＨ２）−ｏは任意選択的に置換されていてもよく；
ｏは、１〜５０の範囲の整数であり；
Ｒ５は、Ｈまたはアルキルから選択され；
ｎは、１〜５０，０００の範囲の整数であり；
ｍは、１〜１００，０００の範囲の整数である）
に由来するポリマーを含み、
ここで、該ポリマーコーティングは、該表面に結合している一連の官能基に共有結合しており、該官能基が、アクリルアミド、アルケン、アルキン、ナイトレン、アルデヒド、ヒドラジン、活性型エステル、グリシジルエーテル、アミン、マレイミド、およびオルト位にシュタウディンガーライゲーションのためのホスフィン置換基を有するベンゾイルエステルからなる群より選択される、
方法。
【請求項２６】
ＲＡがアジドである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
Ｒ１が水素であり、ｏが５である、請求項２５または２６に記載の方法。
【請求項２８】
式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）に由来する前記ポリマーが、式（ＩＩＩａ）または（ＩＩＩｂ）：
【化２８】
2016027959.tif 000008
（式中、ｎは１〜２０，０００の範囲の整数であり、ｍは１〜１００，０００の範囲の整数である）
で表されるものでもある、請求項２５〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記基材の前記表面がフローセル内に存在する、請求項２５〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記検出可能なシグナルが光学的シグナルを含む、請求項２５〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記検出可能なシグナルが非光学的シグナルを含む、請求項２５〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記非光学的シグナルがｐＨの変化である、請求項３１に記載の方法。