【手続補正書】
【提出日】平成28年8月4日(2016.8.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)(i)選択的ストリンジェンシー条件下ヒトパピローマウイルス(HPV)E6遺伝子にハイブリダイズすることができ、SEQ ID NO:344またはその相補物のヌクレオチド配列を含む、40ヌクレオチド以下の全長を有する単離された核酸を含み、および任意で、
(ii)検出可能な標識および/もしくはリガンドを含むか、または該核酸が固体支持体に結合している、
第一の核酸プローブ、ならびに
(b)(i)選択的ストリンジェンシー条件下HPV L1遺伝子にハイブリダイズすることができ、SEQ ID NO:553〜556およびそれらの相補物からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、40ヌクレオチド以下の全長を有する単離された核酸を含み、および任意で、
(ii)検出可能な標識および/もしくはリガンドを含むか、または該核酸が固体支持体に結合している、
第二の核酸プローブ
を含み、該第一の核酸プローブおよび該第二の核酸プローブが、ストリンジェントな条件下同一のHPV2ゲノムの少なくとも一部分にハイブリダイズすることができ、かつストリンジェントな条件下HPV3、HPV6、HPV10、HPV11、HPV16、HPV18、HPV26、HPV27、HPV28、HPV29、HPV30、HPV31、HPV32、HPV33、HPV34、HPV35、HPV39、HPV42、HPV45、HPV51、HPV52、HPV53、HPV54、HPV56、HPV57、HPV58、HPV59、HPV64、HPV66、HPV67、HPV68、HPV69、HPV70、HPV73、HPV82、HPV84、HPV85、HPV86、HPV87、およびHPV94のHPVゲノムにはハイブリダイズすることができない、核酸プローブセット。
【請求項２】
第一の核酸プローブの単離された核酸が、SEQ ID NO:344、そのRNA同等物もしくはDNA同等物、またはそれらの相補物のヌクレオチド配列を含むもしくはからなり、かつ/または第二の核酸プローブの単離された核酸が、SEQ ID NO:533〜556、それらのRNA同等物もしくはDNA同等物、およびそれらの相補物からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むもしくはからなる、請求項1記載の核酸プローブセット。
【請求項３】
以下の段階を含む、少なくとも1種のヒトパピローマウイルス(HPV)標的核酸の遺伝子型を決定するための方法：
(a)該少なくとも1種のHPV標的核酸に特異的な少なくとも1種の第一の核酸プローブを含むハイブリッドプローブセットに、該少なくとも1種のHPV標的核酸をハイブリダイズさせることによって、該少なくとも1種のHPV標的核酸の二本鎖核酸ハイブリッドを生成すること、
該二本鎖核酸ハイブリッドに結合することができる少なくとも第一の抗体に、該二本鎖核酸ハイブリッドを接触させかつ該少なくとも第一の抗体を第一の固体支持体に結合することによって、該二本鎖核酸ハイブリッドを該第一の固体支持体に固定化すること、および
サンプルから該二本鎖核酸ハイブリッドを分離して、少なくとも1種の精製された核酸を生成すること
を含む、精製する段階；
(b)該少なくとも1種の精製された核酸の少なくとも一部分を増幅して増幅核酸を生成する、増幅する段階；ならびに
(c)該少なくとも1種のHPV標的核酸に特異的な少なくとも1種のポリヌクレオチドプローブを含む固定化プローブセットに、該増幅核酸をハイブリダイズさせることによって、少なくとも第二の固体支持体に該増幅核酸を固定化すること、および
該少なくとも1種の標的核酸に特異的な少なくとも1種のポリヌクレオチドプローブを含む検出プローブセットを用いて、該少なくとも1種のHPV標的核酸の存在を検出すること
を含む、遺伝子型を決定する段階、
ここで、該固定化プローブセットおよび/または該検出プローブセットは、請求項1または2に記載のプローブセットである。
【請求項４】
固定化プローブセットが、懸濁状態におかれた複数種の固体支持体に結合している、請求項3記載の方法。
【請求項５】
複数種の固体支持体が検出可能に標識されている、請求項4記載の方法。
【請求項６】
複数種の標的核酸の存在を検出するように適合されている、請求項4または5記載の方法。
【請求項７】
複数種の固体支持体の各々に複数種の標的核酸のうちの1種の核酸のみが結合するように、該複数種の固体支持体の各固体支持体が、該複数種の標的核酸のうちの該1種の核酸に特異的なプローブのみを含有している、請求項6記載の方法。
【請求項８】
複数種の標的核酸のうち第一の核酸に特異的な固体支持体が、該複数種の標的核酸のうち第二の核酸に特異的な固体支持体とは異なる標識を有するように、複数種の固体支持体の各々が検出可能に標識されている、請求項6または7記載の方法。
【請求項９】
以下の段階を含む、非標的核酸を含むサンプルにおいてHPV核酸である複数種の標的核酸のうち少なくとも1種の標的核酸を検出するための、請求項3記載の方法：
(a)（i）該サンプルと、
複数種の精製プローブであって、各精製プローブの少なくとも一部分が複数種の標的核酸のうち1種の標的核酸にハイブリダイズしてDNA：RNAハイブリッドを形成する、該複数種の精製プローブと
を接触させること、
（ii）該DNA:RNAハイブリッドと、
該DNA：RNAハイブリッドに結合することができ、第一の固体支持体に結合しているかまたは結合するように適合されている、少なくとも第一の抗体と
を接触させることを含む方法によって、該DNA:RNAハイブリッドを該第一の固体支持体に固定化すること、および
（iii）該第一の固体支持体を該サンプルから分離して少なくとも1種の精製された標的核酸を生成すること、
を含む方法によって、サンプルから標的核酸を精製する段階；
(b)（i）該精製された標的核酸の少なくとも一部分を増幅してアンプリコンを生成すること、
（ii）該アンプリコンと、固定化プローブセットに含まれている複数種の固定化プローブとを接触させることを含み、
（α）各固定化プローブが、複数種の第二の固体支持体の1種に結合しているかまたは結合するように適合されており、かつ
（β）該固定化プローブの少なくとも一部分が該少なくとも1種の標的核酸にハイブリダイズする、方法によって、該アンプリコンを該複数種の第二の支持体の1種に固定化すること、
（iii）固定化されたアンプリコンと、
検出プローブの少なくとも一部分が該少なくとも1種の標的核酸にハイブリダイズして検出複合体を生成する、該少なくとも1種の検出プローブセットと
を接触させること、および
（iv）該標的核酸の遺伝子型を示す、該検出複合体によって生成される少なくとも第一の検出可能なシグナルを検出すること
を含む方法によって、該精製された標的核酸の遺伝子型を決定する段階。
【請求項１０】
精製された核酸が
(i)増幅の前に断片化される、
(ii)等温増幅を含む方法によって増幅される、かつ/または
(iii)全ゲノム増幅を含む方法によって増幅される、
請求項9記載の方法。
【請求項１１】
第二の固体支持体が第一の検出可能なシグナルを生成する、請求項9または10記載の方法。
【請求項１２】
複数種の別個の精製された標的核酸が生成される、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
複数種の別個の第二の固体支持体を含み、
（α）各第二の固体支持体が、1種の標的核酸に特異的な少なくとも2種の固定化プローブを含み、かつ他の複数種の標的核酸のいずれかに特異的ないかなる固定化プローブも含まず、かつ
（β）各第二の固体支持体が、該標的核酸の遺伝子型を示す固有の第一の検出可能なシグナルを生成する、
請求項9〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
第二の固体支持体へのアンプリコンの固定化を示す第二の検出可能なシグナルが生成される、請求項9〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
検出プローブが、第二の検出可能なシグナルを生成する検出可能な標識を含む、かつ/または第二の検出可能なシグナルが、標的核酸の遺伝子型および/または各固体支持体に固定化されたアンプリコンの量をさらに示す、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
第一の検出可能なシグナルが、高リスクHPV（HR-HPV）16、18、26、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68、および82型ならびに低リスクHPV（LR-HPV）2、3、6、7、10、11、13、27、28、30、32、40、42、43、53、54、55、61、62、67、69、70、71、72、74、81、83、84、85、86、87、89、90、および91型からなる群より選択されるヒトパピローマウイルス（HPV）の遺伝子型を示す、請求項9〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
固定化プローブが、前記高リスクHPV以外の他のHPV型の最大106コピーまでに対し、特異的である、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
すべての非特異的HPV型のシグナル対ノイズ比が2.0未満であり、かつ/またはすべての特異的HPV型のシグナル対ノイズ比が少なくとも5である、請求項14〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
複数種の精製プローブが2種以上のHPV核酸に結合することができる少なくとも1種の精製プローブを含み、かつ各第二の固体支持体が1種のHPV型に特異的な複数種の固定化プローブであって、該HPV型のE6/E7領域に特異的な少なくとも1種の固定化プローブと該HPV型のL1領域に特異的な少なくとも1種の固定化プローブとを含む、該複数種の固定化プローブを含む、請求項9記載の方法。