【事件の表示】
　上記当事者間の特許第４７６６５２８号発明「自己組織化ペプチドおよびそれより得られるゲル」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　特許第４７６６５２８号の明細書及び特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正明細書及び特許請求の範囲のとおり請求項１〜７について訂正することを認める。
　本件審判の請求は、成り立たない。
　審判費用は、請求人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本件特許第４７６６５２８号についての手続の経緯の概要は以下のとおりである。
平成１８年６月２６日　　特許出願
平成２３年６月２４日　　特許権の設定登録
平成２６年１２月１０日　　特許無効審判請求
平成２７年２月１６日　　手続補正書
平成２７年４月２７日　　答弁書及び訂正請求
平成２７年７月８日　　弁駁書
平成２７年７月１０日　　参加申請書
平成２７年１０月１６日　参加許否の決定
平成２７年１１月２７日　　口頭審理陳述要領書（請求人及び被請求人）
平成２７年１２月１１日　　口頭審理
　
第２　訂正請求について
１．平成２７年４月２７日付け訂正請求（以下、「本件訂正」という。）の内容
　本件訂正における訂正事項は、以下のとおりである。なお、下線は、訂正箇所を示す。
（１）訂正事項１
　特許請求の範囲の請求項１に「極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを有する、８〜３２個のアミノ酸残基からなる自己組織化ペプチドであって、該極性アミノ酸残基として酸性アミノ酸残基及び塩基性アミノ酸残基を含み、中性領域において、該酸性アミノ酸残基の電荷と該塩基性アミノ酸残基の電荷との総和が−３〜−２、又は＋２〜＋３であり、中性水溶液中において自己組織化した際に該非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうるものであり、該非極性アミノ酸残基が、アラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基及びグリシン残基からなる群より選択されたアミノ酸残基である自己組織化ペプチド。」とあるのを、「極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを有する、
１２個又は１６
以下の表１〜６に記載されるいずれかのアミノ酸配列で表される
（表１〜６中、Ｘはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基、グリシン残基、チロシン残基、セリン残基、トレオニン残基、アスパラギン残基、グルタミン残基またはシステイン残基を示し、Ｚはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基またはグリシン残基を示す）
」と訂正する。
（２）訂正事項２
　特許請求の範囲の請求項２に「中性水溶液中において自己組織化した際に、非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置され、極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とが他方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうる、請求項１記載の自己組織化ペプチド。」とあるのを、「
前記表１〜６中、Ｘはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基またはグリシン残基を示す
（３）訂正事項３
　特許請求の範囲の請求項３に「前記極性アミノ酸残基として、少なくとも１個の中性アミノ酸残基をさらに含有してなる、請求項１記載の自己組織化ペプチド。」とあるのを、「
前記表１〜６中、Ｘはチロシン残基、セリン残基、トレオニン残基、アスパラギン残基、グルタミン残基またはシステイン残基を示す
（４）訂正事項４
　特許請求の範囲の請求項４に「前記中性アミノ酸残基が、アスパラギン残基、グルタミン残基、セリン残基、トレオニン残基、チロシン残基及びシステイン残基からなる群から選択されたアミノ酸残基である、請求項３記載の自己組織化ペプチド。」とあるのを、「
前記表１〜６中、Ｘはアスパラギン残基またはセリン残基を示す
（５）訂正事項５
　明細書の段落【０００５】に「すなわち、本発明は〔１〕極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを有する、８〜３２個のアミノ酸残基からなる自己組織化ペプチドであって、該極性アミノ酸残基として酸性アミノ酸残基及び塩基性アミノ酸残基を含み、中性領域において、該酸性アミノ酸残基の電荷と該塩基性アミノ酸残基の電荷との総和が−３〜−２、又は＋２〜＋３であり、中性水溶液中において自己組織化した際に該非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうるものであり、該非極性アミノ酸残基が、アラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基及びグリシン残基からなる群より選択されたアミノ酸残基である自己組織化ペプチドに関する。」とあるのを、「すなわち、本発明は〔１〕極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを有する、
１２個又は１６
後述する表２〜７に記載されるいずれかのアミノ酸配列で表される、
（６）訂正事項６
　特許請求の範囲の請求項５を削除する。
（７）訂正事項７
　特許請求の範囲の請求項６を削除する。
（８）訂正事項８
　特許請求の範囲の請求項７を削除する。
　
２．訂正請求の適否
（１）訂正事項１
　訂正前の請求項１では、自己組織化ペプチドが８個〜３２個のアミノ酸残基からなるペプチドであることを特定しているが、どのようなアミノ酸残基がどのように配列しているかについては具体的に特定していないのに対し、訂正後の請求項１では、自己組織化ペプチドが１２個又は１６個のアミノ酸残基からなるペプチドであって、表１〜表６に記載されたいずれかのアミノ酸配列で表されるペプチドであることを限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項１は、特許法第１３４条の２第１項ただし書き第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、願書に添付した明細書の段落【００３５】〜【００４０】には、自己組織化ペプチドの例として、表２〜表７に記載のアミノ酸配列で特定される、１２個又は１６個のアミノ酸残基からなるペプチドが記載されており、訂正後の請求項１に記載の表１〜表６はそれぞれ当該表２〜表７に対応しているから、訂正事項１は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項１は、発明特定事項の限定であり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　本件特許無効審判事件においては、全ての請求項が無効審判の請求の対象とされているので、訂正事項１に関して、第１３４条の２第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
（２）訂正事項２
　訂正前の請求項２では、自己組織化ペプチドが、中性水溶液中で自己組織化した際に、非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置され、極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とが他方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうることを特定しているが、極性アミノ酸残基及び非極性アミノ酸残基がどのように配列しているかについては具体的に特定していないのに対し、訂正後の請求項２では、極性アミノ酸残基及び非極性アミノ酸残基が表１〜表６に記載されたように配列していることを特定し、中性アミノ酸残基がアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基またはグリシン残基であることを限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項２は、特許法第１３４条の２第１項ただし書き第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、願書に添付した明細書の段落【００３４】には、表２〜７に記載のアミノ酸配列中のＸはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基、グリシン残基、チロシン残基、セリン残基、トレオニン残基、アスパラギン残基、グルタミン残基又はシステイン残基を示すことが記載されているから、訂正事項２は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項２は、発明特定事項の限定であり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　本件特許無効審判事件においては、全ての請求項が無効審判の請求の対象とされているので、訂正事項２に関して、第１３４条の２第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
（３）訂正事項３
　訂正前の請求項３では、自己組織化ペプチドが、極性アミノ酸残基として、少なくとも１個の中性アミノ酸残基をさらに含有してなることを特定しているが、中性アミノ酸残基を含む極性アミノ酸残基及び非極性アミノ酸残基がどのように配列しているかについては具体的に特定していないのに対し、訂正後の請求項３では、中性アミノ酸残基を含む極性アミノ酸残基及び非極性アミノ酸残基が表１〜表６に記載されたように配列していることを特定し、中性アミノ酸残基がチロシン残基、セリン残基、トレオニン残基、アスパラギン残基、グルタミン残基またはシステイン残基であることを限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項３は、特許法第１３４条の２第１項ただし書き第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、願書に添付した明細書の段落【００３４】には、表２〜７に記載のアミノ酸配列中のＸはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基、グリシン残基、チロシン残基、セリン残基、トレオニン残基、アスパラギン残基、グルタミン残基又はシステイン残基を示すことが記載されているから、訂正事項３は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項３は、発明特定事項の限定であり、カテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　本件特許無効審判事件においては、全ての請求項が無効審判の請求の対象とされているので、訂正事項３に関して、第１３４条の２第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
（４）訂正事項４
　訂正前の請求項４では、請求項３記載の自己組織化ペプチドにおいて、中性アミノ酸残基が、アスパラギン残基、グルタミン残基、セリン残基、トレオニン残基、チロシン残基及びシステイン残基からなる群より選択されたアミノ酸残基であることを特定しているのに対し、訂正後の請求項４では、中性アミノ酸残基がアスパラギン残基またはセリン残基であることを限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項４は、特許法第１３４条の２第１項ただし書き第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、願書に添付した明細書の段落【００２１】には、より好ましい中性アミノ酸残基としてセリン残基またはアスパラギン残基が記載されているから、訂正事項４は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項４は、実質的に択一的記載の要素の削除であり、カテゴリーや対象、目的を変更するものでないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。
　本件特許無効審判事件においては、全ての請求項が無効審判の請求の対象とされているので、訂正事項４に関して、第１３４条の２第９項で読み替えて準用する第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
（５）訂正事項５
　訂正事項５は、上記訂正事項１に係る訂正に伴い特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載との整合を図るための訂正であるから、特許法第１３４条の２第１項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　また、願書に添付した明細書の段落【００３５】〜【００４０】には、自己組織化ペプチドの例として、表２〜表７に記載のアミノ酸配列で特定される、１２個又は１６個のアミノ酸残基からなるペプチドが記載されているから、訂正事項５は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項５は、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
（６）訂正事項６
　訂正事項６は、訂正前の請求項５を削除するものであるから、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、訂正事項６は、請求項の削除であるから、明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項６は、請求項の削除を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
（７）訂正事項７
　訂正事項７は、訂正前の請求項６を削除するものであるから、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、訂正事項７は、請求項の削除であるから、明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項７は、請求項の削除を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
（８）訂正事項８
　訂正事項８は、訂正前の請求項７を削除するものであるから、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、訂正事項８は、請求項の削除であるから、明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項８は、請求項の削除を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第６項に適合するものである。
　
３．訂正請求に対する結論
　以上のとおり、本件訂正は、特許法第１３４条の２第１項ただし書き第１号及び第３号に掲げる事項を目的とするものであり、同法同条第９項で準用する同法第１２６条第５項及び６項に適合するものである。
　よって、本件訂正を認める。
　
第３　本件特許発明
　本件訂正により訂正された請求項１〜４に係る発明は、訂正明細書等の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１〜４に記載された次のとおりのものである（以下、それぞれ「本件特許発明１」〜「本件特許発明４」という。）。なお、請求項５〜７は削除された。下線は、訂正箇所を示す。
　「【請求項１】極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを有する、
１２個又は１６
該極性アミノ酸残基として酸性アミノ酸残基及び塩基性アミノ酸残基を含み、
中性領域において、該酸性アミノ酸残基の電荷と該塩基性アミノ酸残基の電荷との総和が−３〜−２、又は＋２〜＋３であり、
中性水溶液中において自己組織化した際に該非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうるものであり、
以下の表１〜６に記載されるいずれかのアミノ酸配列で表される、
（表１〜６中、Ｘはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基、グリシン残基、チロシン残基、セリン残基、トレオニン残基、アスパラギン残基、グルタミン残基またはシステイン残基を示し、Ｚはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基またはグリシン残基を示す）
【請求項２】
前記表１〜６中、Ｘはアラニン残基、バリン残基、ロイシン残基、イソロイシン残基、メチオニン残基、フェニルアラニン残基、トリプトファン残基またはグリシン残基を示す
【請求項３】
前記表１〜６中、Ｘはチロシン残基、セリン残基、トレオニン残基、アスパラギン残基、グルタミン残基またはシステイン残基を示す
【請求項４】
前記表１〜６中、Ｘはアスパラギン残基またはセリン残基を示す
　
第４　当事者の主張の概要
１．請求人の主張
　請求人は、本件特許第４７６６５２８号の特許請求の範囲の請求項１〜７に記載された発明について特許を無効とする、審判費用は被請求人の負担とする、との審決を求め、以下のように主張したが、平成２７年７月８日付け弁駁書において無効理由１を取り下げたので、審理の対象となるのは無効理由２−１、２−２、３及び４である。
（無効理由１）本件特許発明は、甲第４号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないものである。
（無効理由２−１）本件特許発明は、甲第５号証、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
（無効理由２−２）本件特許発明は、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
（無効理由３）
　本件発明の詳細な説明は、当業者が本件特許発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているとはいえないから、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていないものである。
（無効理由４）
　本件特許発明は、発明の詳細な説明に記載されたものとはいえないから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていないものである。
　そして、請求人が提出した証拠方法は、以下のとおりである。
　甲第１号証：Ｚｈａｎｇ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　１９９３，９０：３３３４−３３３８
　甲第２号証：米国特許第５，６７０，４８３号明細書
　甲第３号証：Ｚｈａｎｇ　ｅｔ　ａｌ．，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ　１９９４，３４：６６３−６７２
　甲第４号証：Ｄａｄｏ　ｅｔ　ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．　１９９３，１１５，１２６０９−１２６１０
　甲第５号証：Ａｌｔｍａｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　２０００，９：１０９５−１１０５
　甲第６号証：Ｃａｐｌａｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ　２０００，１：６２７−６３１
　甲第７号証：Ｙｏｋｏｉ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　２００５，１０２：８４１４−８４１９
　甲第８号証：国際公開第２００４／００７５３２号
　甲第９号証：宣誓書（Ｓｈｕｎｇｕａｎｇ　Ｚｈａｎｇ，Ｐｈ．Ｄ．）
　甲第１０号証：宣誓書（Ｅｕｎ　Ｓｅｏｋ　Ｇｉｌ）
　甲第１１号証：Ｚｈａｎｇ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　１９９７，９４：２３−２８
　甲第１２号証：Ｎａｇａｉ　ｅｔ　ａｌ．，Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ　２０１２，３３（４）：１０４４−１０５１
　甲第１３号証：米国特許第８，２９９，０３２号明細書
　甲第１４号証：米国特許出願公開第２０１２／００５８０６６号明細書
　甲第１５号証：Ａｇｇｅｌｉ　ｅｔ　ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ　１９９７，３８６：２５９−２６２
　甲第１６号証：Ｚｈａｎｇ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ａｄｖａｎｃｅｓ　２００２，２０：３２１−３３９
　甲第１７号証：米国特許第７，１７９，７８４号明細書
　甲第１８号証：Ｋｉｓｉｄａｙ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　２００２，９９：９９９６−１０００１
　甲第１９号証：米国特許第５，７９８，２４３号明細書
　甲第２０号証：Ｋｏｍａｔｓｕ　ｅｔ　ａｌ．，ＰＬｏＳ　ＯＮＥ　２０１４，９（７）：ｅ１０２７７８
　
２．被請求人の主張
　被請求人は、本件無効審判請求は成り立たない、審判費用は請求人の負担とする、との審決を求め、請求人の主張する無効理由及び証拠によっては、本件特許発明を無効にすることはできないと主張した。
　そして、被請求人の提出した証拠方法は以下のとおりである。
　乙第１号証：Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．　１９８４，２５９，５５０７−５５１３
　乙第２号証：Ｊ．Ｎａｎｏｍａｔｅｒ．　２０１２，Ａｒｔｉｃｌｅ　ＩＤ　５３７２６２
　乙第３号証：Ｍｅｔｈｏｄｓ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．　２０１２，５０８：１７７−１９０
　乙第４号証：Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓ　２００９，３０：１１５６−１１６５
　
第５　甲号証の記載事項
　甲第１〜３、５〜８号証には、以下の事項が記載されている（英語で記載されているため、日本語訳で摘記する。下線は、当審にて付与したものである。）。
　
１．甲第１号証
（甲１−１）「安定な巨視的膜を形成するための自己相補的なオリゴペプチドの自発的会合
要旨　１６残基のペプチド［（Ａｌａ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ｌｙｓ−Ａｌａ−Ｌｙｓ）２］は、水中で、特徴的なβ−シート円二色性スペクトルを有する。塩の添加により、このペプチドは巨視的膜を形成するように自発的に会合する。膜は、加熱又は酸性若しくはアルカリ性溶液中で溶解せず、グアニジン塩酸、ＳＤＳ／尿素又は種々のタンパク質分解酵素の添加によっても溶解しない。」（第３３３４頁、表題及び要旨第１行〜第７行）
（甲１−２）「この膜は、１％ＳＤＳ中、９０℃にて４時間以上安定である。これらの観察結果は、β−シートのＣＤスペクトルが、ＥＡＫ１６溶液を９０℃で加熱により、又は様々なｐＨ（１．５、３．０、７．０及び１１）により、又は０．１％ＳＤＳ、７Ｍグアニジン塩酸若しくは８Ｍ尿素により、有意に変化しないことを示す他の研究と一致している。」（第３３３５頁左欄第１行〜第６行）
（甲１−３）「塩の効果　この自発的な会合過程において、塩は重要な役割を果たすように思われる。種々のカチオンが試された。膜形成の誘導における有効性は、Ｌｉ＋＞Ｎａ＋＞Ｋ＋＞Ｃｓ＋の順であろう。Ｃｓ＋は、構造的な膜というよりも、ほとんど沈殿を生成した。水溶液中において、Ｌｉ＋は、最も大きな水和半径（３．４Å）を有し、一方、Ｎａ＋（２．７６Å）、Ｋ＋（２．３２Å）及びＣｓ＋（２．２８Å）は、より小さな水和半径を有する（１１）。膜の形成は、一価の金属イオンのエンタルピーの順に相関しているようである。」（第３３３５頁左欄第１０行〜第１９行）
　
２．甲第２号証
（甲２−１）「発明の概要
　ＥＡＫ１６と名付けられた小
ペプチド
ＡＥＡＥＡＫＡＫＡＥＡＥＡＫＡＫ
自己組織化
（甲２−２）「その親水性側鎖間のイオン化対を形成することが可能なペプチドは、本明細書において、相補的であると参照される。相補対相互作用は、親水性側鎖間の水素結合の結果によっても生じ得る。したがって、ＡｓｎまたはＧｌｎは、膜形成ペプチドにおける荷電残基の代わりの親水性アミノ酸として機能し得る。イオン化対相互作用は水素結合よりも強いので、酸性及び／または塩基性アミノ酸側鎖を有するペプチドは、水素結合性側鎖を有するペプチドよりも安定な膜を形成すると予期されるだろう。」（第５欄第１行〜第１１行）
（甲２−３）「ペプチドは、完全には相補的または構造的に互換的でないと、核酸のハイブリダイゼーションにおけるミスマッチ塩基対と類似のミスマッチを含有しているとみなすことができる。ミスマッチを含有するペプチドは、ミスマッチ対の破壊力よりもペプチド間相互作用の全体的な安定性の方が支配的な場合は、膜を形成可能である。機能的に、係るペプチドもまた、相補的または構造的に互換的であるとみなすことができる。例えば、ミスマッチアミノ酸対は、両側でいくつかの完全にマッチしたペアに囲まれている場合、寛容であり得る。ミスマッチペプチドは、本明細書記載の方法を用いて、巨視的膜に自己組織化する能力についてテストを受けることができる。」（第６欄第１２行〜第２４行）
（甲２−４）「要約すると、巨視的膜を形成すると予期されるペプチドは、疎水性及び親水性のアミノ酸を交互に有し、１２アミノ酸よりも大きく、そして好ましくは少なくとも１６アミノ酸長であり、相補的かつ構造的に互換性である。疎水性アミノ酸は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ及びＧｌｙを含む。親水性アミノ酸は、塩基性アミノ酸、例えばＬｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ｏｒｎ；酸性アミノ酸、例えばＧｌｕ、Ａｓｐ；または水素結合を形成するアミノ酸、例えばＡｓｎ、Ｇｌｎであり得る。酸性及び塩基性アミノ酸は、ＥＡＫ１６及びＡＲＤ１６のように、ペプチド上でクラスター化され得る。末端残基のカルボキシル基及びアミノ基は、保護化または非保護化され得る。膜は、自己相補的及び自己互換的なペプチドの均質な混合物中で、または互いに相補的で構造的に互換的なペプチドの不均質な混合物中で形成され得る。上記基準に合致するペプチドは、適切な条件下（下記に記載）で巨視的膜に自己組織化し得る。」（第６欄第２５行〜第４２行）
（甲２−５）「巨視的膜の形成
　ＥＡＫ１６の新規な自己組織化は、仔ウシ血清含有組織培養培地（ダルベッコ改変イーグル培地、ＧｉｂｃｏＢＲＬ、ゲイザースバーグ、メリーランド）中で最初に観察された。膜は、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ：１５０ｍＭ　ＮａＣｌ：に１０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ７．４）中でもＥＡＫ１６から形成し得る。巨視的膜は、水中では形成しないが、リン酸ナトリウムを水−ペプチド水溶液に終濃度約１００ｍｇ／ｍｌまで添加すると表れる。したがって、塩が、自己組織化プロセスにおいて重要な役割を果たしているようである。」（第６欄第４７行〜第５７行）
　
３．甲第３号証
（甲３−１）「イオン性自己相補的なオリゴペプチドにおける異常に安定なβ−シート形成
要旨　１６残基の両親媒性オリゴペプチド（ＥＡＫ１６）は、一残基おきにアラニンを、そしてまたグルタミン酸及びリジンを含み（Ａｃ−ＮＨ−ＡＥＡＥＡＫＡＫＡＥＡＥＡＫＡＫ−ＣＯＮＨ２）、異常に安定なβ−シート構造を形成しうる。そのβ−シート構造は、水中の極めて低濃度、かつ高温で安定である。そのβ−シート構造は、０．１％ＳＤＳ、７Ｍ塩酸グアニジン又は８Ｍ尿素の存在下でさえ有意な変化を受けない。」（第６６３頁、表題及び要旨第１行〜第７行）
（甲３−２）「ペプチドストック溶液は、水中で約０．５７ｍＭ（１ｍｇ／ｍＬ）の濃度で調製された（ＥＡＫ１６の分子量は１７６０である）。ＥＡＫ１６は、水中で３ｍＭ（約５ｍｇ／ｍＬ）の最大溶解度を有するが、２３％アセトニトリルには、６ｍＭ（約１０ｍｇ／ｍＬ）まで溶解しうる。」（第６６４頁左欄下から第６行〜右欄第１行）
（甲３−３）「
本研究で用いられた交互の両親媒性ペプチドの構造特性
」（第６６８頁、表２）
　
４．甲第５号証
（甲５−１）「
」（第１０９６頁、表１）
（甲５−２）「同様に、ペプチドＤＡＲ１６−ＩＶ、ＤＡＲ１６−ＩＶ＊及びＤＡＲ３２−ＩＶはすべてＮ末端に向けて負に荷電した残基のクラスターを有する。ＤＡＲ１６−ＩＶ及びＤＡＲ１６−ＩＶ＊の両方はまた、β−シートからα−ヘリックスへ二次構造の変換を起こしうる。」（第１０９７頁左欄第３０行〜第３３行）
（甲５−３）「ＤＡＲ１６−ＩＶの場合は、ｐＨ１〜２でらせん状の構造を形成し、ｐＨ３で移行して、ｐＨ５以上でβ−シートに変化する。ＥＡＫ１２−ｄは、ｐＨ１〜３でβ−シートを形成し、ｐＨ４で移行して、ｐＨ５以上でよりらせん状の構造に変化する。」（第１１００頁右欄第５行〜第９行）
（甲５−４）「β−シート構築の推定構造
　伸長したβ−シート主鎖（β−ストランド）をもつ単量体ペプチドは、本質的に不安定であり、それ故、両方の面で会合体を形成するように安定化されなければならない。
自己相補的イオン性ペプチド
　
５．甲第６号証
（甲６−１）「ファンデアワールス引力に比較して静電反発力の解放により支配されるβ−シートタンパク質の自己会合
　三次元マトリクス生体材料へ自己会合し得る一群のペプチドの代表例である、合成オリゴペプチド、ｎ−ＦＫＦＥＦＫＦＥＦＫＦＥ−ｃ（ＫＦＥ１２）を用いて、我々は、自己会合が、ＤＬＶＯ理論に従って、溶液条件が、電気二重層反発力をフアンデアワールス引力よりも低下させるときに起こることを示す。この理論は、対イオンの臨界凝集濃度が会合を許すために必要であり、この濃度は、対イオンの価数の６乗に反比例することを予測する。我々の実験結果は、ＫＦＥ１２が、低ｐＨにおいて、ＫＣｌ、Ｋ２ＳＯ４及びＫ３Ｆｅ（ＣＮ）６の３つの異なる塩溶液のそれぞれについて臨界凝集濃度を示し、これらの臨界濃度の相対値はアニオンの価数に予測された依存性に従うことが示す。この理論は、オリゴペプチドが、外因性の塩の非存在下でさえ、電気的に中性の場合に、自己組織化すべきであることをさらに予測する。我々の実験結果は、ＫＦＥ１２がＮａＯＨで中和されたときに、確かにゲルを形成することを示す。したがって、我々は、この種のオリゴペプチドに基づく生体材料の会合をいかにコントロールするかについての基礎的理論的な理解を獲得した。」（第６２７頁、表題及び要約）
（甲６−２）「ＫＦＥ１２（図１に示される）と称される特定のオリゴペプチドは、ズオチン（Ｚｕｏｔｉｎ）タンパク質中にＺｈａｎｇらによって最初に発見された配列の誘導体であって、疎水性側鎖のフェニルアラニンと、荷電した側鎖のリジン及びグルタミン酸を交互に有する。十分な濃度の塩の添加により、弾性ゲルとして挙動する線維状のネットワークが形成される５。我々の目的は、人体の外では可溶性状態（粘性のある溶液を形成）から、人体に注入されるとゲルに転移を起こす材料を製造することである。」（第６２７頁左欄第１１行〜第２０行）
（甲６−３）「我々は、ＫＦＥ１２は、疎水性効果（水のエントロピーが疎水性側鎖と接触しないときにより大きくなること）により会合するが、この会合は荷電した面からの同種の電荷の反発力によって妨げられるであろうと仮定する。それ故、オリゴペプチドは、同種の電荷の反発力が疎水性効果を上回っているときは会合せずにいるが、静電反発力のエネルギーが疎水性引力のそれより小さくなったとき、自己会合が起こるであろう。」（第６２８頁左欄第６行〜第１４行）
　
６．甲第７号証
（甲７−１）「ＲＡＤＡ１６−Ｉの溶液は、ペプチド粉末をミロＱ水及びトリス塩酸緩衝液（ｐＨ７．５）に溶解して調製した。２０ｍＭトリス塩酸緩衝液中のペプチドの最終濃度は、３ｍＭ又は０．５％（５ｍｇ／ｍｌ）であった。このペプチド溶液を、各測定前に、超音波洗浄機（５０Ｔ、ＶＷＲサイエンティフィック）を用いて最大出力に設定して３０分間超音波振盪に付した。」（第８４１４頁右欄第２５行〜第３１行）
（甲７−２）「
」（第８４１５頁、図１）
（甲７−３）「
」（第８４１５頁、図２）
（甲７−４）「足場ヒドロゲルは完全に透明であり、これは、３次元組織細胞培養における正確な画像作成に重要な要件である。」（第８４１５頁右欄第１０行〜第１３行）
（甲７−５）「ＡＦＭ画像により、ナノファイバーは、超音波処理前に、数百ナノメートルから数ミクロンの長さの範囲であることが判明した。」（第８４１６頁左欄第２２行〜第２４行）
（甲７−６）「生物学的材料としてのいくつかのペプチド及びタンパク質のナノファイバー構造は広く研究されてきたが、自己アセンブリ及びリアセンブリのその分子機序は依然として明らかではない。我々はここで、明確に定義されたナノファイバー骨格を形成するイオン性自己相補性ペプチドＲＡＤＡＲＡＤＡＲＡＤＡＲＡＤＡ（ＲＡＤＡ１６−Ｉ）のリアセンブリを報告する。」（第８４１４頁、要旨第１行〜第６行）
　
７．甲第８号証
（甲８−１）「数多く（数十個）の系統的に変化させたペプチド（典型的には７〜３０残基長）は、我々の実験室で細胞培地中での可溶性ポリマー及びゲル形成について研究された。これらのペプチドのすべては、特定の低イオン強度培地中でβ−シ−トポリマーを形成するために自己組織化しうるが、それらのほとんどは、細胞培地中にて溶液から沈殿することを見出した。我々は、生理的なｐＨ＝７．５で、ペプチドあたり正味で約＋２又は−２の電荷を持つペプチドのみが可溶性のポリマー及び細胞培地においてゲルを形成することができると結論付けた（細胞培地中で、そのポリマーを可溶性に保つために必要なペプチドあたりの正味の電荷量は、そのペプチドが形成するペプチドテープの全体の表面特性及び可溶性に依存して変化するであろう。）。我々が研究したペプチドの中で、分子あたり＋３又は−３の正味の電荷を有するペプチドは、ペプチド濃度が１０ｍｇ／ｍ１以上で細胞培地中、わずかに限定された自己組織化能を示し、どのようなペプチド濃度においてもゲルマトリクスを生成しなかった。分子あたり＋４又は−４の正味の電荷を有するペプチドは、細胞培地中で自己組織化しなかった。」（第８頁第５行〜第１７行）
（甲８−２）「同じような挙動が、細胞培地中における合理的にデザインされたペプチド（表１）について見出された。Ｐ１１−３及びＰ１１−５の線維間での主な相違は、ｐ１１−３によって形成される線維がｐＨ＝７．５でペプチドあたり正味で−２の負電荷を有するのに対し、Ｐ１１−５によって形成される線維は、ｐＨ＝７．５でペプチドあたり正味で＋２の電荷を有する点である。
　したがって、様々な化学的性質を有するペプチド線維やゲルがペプチドデザインによって製造されうることは明らかである。例えば、ポリマーの電荷の種類（正又は負）は、ポリマーマトリクスと細胞との相互作用のために極めて重要であろう。中性の極性側鎖の性質もまた、好ましいポリマー−細胞相互作用に微調整し、そして生体内でのポリマーの安定性を最大化するために変化させることができる。」（第９頁第６行〜第１５行）
（甲８−３）「
」（図面１／１０、表１）
（甲８−４）「細胞培地中、可溶性のβシート重合体足場およびゲル足場を形成させるためのペプチド設計の段階は、
１）単独テープ生成のため、国際特許出願第ＰＣＴ／ＧＢ９６／００７４３号の基準に従ってペプチドを設計する。細胞培地中安定な単独テープを生成するため、テープの両面は、優勢的に極性基で保護（ｃｏｖｅｒｅｄ）されなければならない。
２）リボン、微小繊維、および繊維生成のため、例えば一方は優勢的に極肢でもう一方は優勢的に無極性といったように、テープの一面は他方の面と異なっていなければならない。極性面はまた、例えば、グルタミンまたはアスパラギン側鎖により提供される水素結合部位を通して、互いに弱く相互作用することが可能でなければならない。
３）これら重合体が全て細胞培地に可溶性であることを確実にするために、重合体間にある程度の反発が作り出されなければならない。これは、重合体の同じ電荷間の静電反発であり得る。あるいは、これは、ペプチド重合体を修飾する柔軟な親溶媒性（ｓｏｌｖｏｐｈｉｌｉｃ）鎖（水が好適な溶媒の場合はポリエチレングリコール鎖など）により作り出される立体反発であり得る。これらＰＥＧ部分は、アミノ酸側鎖に、またはペプチド末端に結合され得る。」（第７頁第１６行〜第８頁第２行）
　
第６　当審の判断
１．無効理由２−１について
（１）甲第５号証に記載された発明
　上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−４）によると、甲第５号証には、「ＡＤＡＤＡＤＡＤＡＲＡＲＡＲＡＲのアミノ酸配列で表される、１６個のアミノ酸残基からなる自己相補的ペプチド。」の発明（以下、「甲５発明」という）が記載されていると認められる。
　
（２）本件特許発明１について
ア　本件特許発明１と甲５発明との対比
　本件特許発明１のうちの、表１に「１−ＸＺ」として記載されているアミノ酸配列からなる自己組織化ペプチドに係る発明（以下、「本件特許発明１−１」という。）と甲５発明とを対比する。甲５発明の「自己相補的ペプチド」は、本件特許発明１−１の「自己組織化ペプチド」に相当する。
　甲５発明のペプチドのアミノ酸配列中、Ｄは極性アミノ酸残基の酸性アミノ酸残基であり、Ｒは極性アミノ酸残基の塩基性アミノ酸残基であり、Ａは非極性アミノ酸残基である。また、甲５発明のペプチドのアミノ酸配列中、Ｄは４個、Ｒは４個存在するから、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和は０であり、また、非極性アミノ酸残基を交互に有することから、甲５発明のペプチドは、中性水溶液中において自己組織化した際に該非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうるものと認められる。
　本件特許発明１−１のペプチドのアミノ酸配列中、Ｄは２個、Ｒは４個存在するから、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和は＋２であり、また、本件特許発明１−１の３及び７位のＸの選択肢の中にＡがある。
　そうすると、両者は、
　極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを有する、１６個のアミノ酸残基からなる自己組織化ペプチドであって、
　該極性アミノ酸残基として酸性アミノ酸残基及び塩基性アミノ酸残基を含み、
　中性水溶液中において自己組織化した際に該非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうるものであり、
　３及び７位にＡを有するアミノ酸配列で表される、自己組織化ペプチドである点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）１、５、９及び１３位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＲであるのに対し、甲５発明はＡである点。
（相違点２）１１及び１５位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＤであるのに対し、甲５発明はＡである点。
（相違点３）２、４、６及び８位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＺであるのに対し、甲５発明はＤである点。
（相違点４）１０、１２、１４及び１６位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＺであるのに対し、甲５発明はＲである点。
（相違点５）中性領域において、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和が、本件特許発明１−１は＋２であるのに対し、甲５発明は０である点。
　
　また、本件特許発明１のうちの、表１〜６に「２−ＸＺ」〜「４３２−ＸＺ」として記載されているアミノ酸配列からなる自己組織化ペプチドに係る発明（以下、「本件特許発明１−２」〜「本件特許発明１−４３２」という。）は、非極性アミノ酸残基（Ｚ）の位置（２、４、６、８、１０、１２、１４及び１６位）が本件特許発明１−１と共通しており、２個又は３個の極性アミノ酸残基が非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基（Ｘ）に置換されている位置以外は、極性アミノ酸残基（Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ）の位置（１、３、５、７、９、１１、１３及び１５位のいずれかの位置）は本件特許発明１−１と共通しているので、本件特許発明１−２〜本件特許発明１−４３２についても、同様の対比ができる。
　
イ　相違点についての検討
　相違点１及び相違点２について検討する。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）をみても、甲５発明のペプチドにおいて、１、５、９、１１、１３及び１５位の非極性アミノ酸残基であるＡ（アラニン）を、極性アミノ酸残基であるＲ（アルギニン）やＤ（アスパラギン酸）に置換することの動機付けとなるような記載はなく、上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）の他、上記記載事項（甲２−２）〜（甲２−３）、（甲２−５）、（甲３−１）〜（甲３−３）、（甲６−１）〜（甲６−３）、（甲７−１）〜（甲７−６）、（甲８−１）〜（甲８−４）に基づいても、甲５発明の１、５、９、１１、１３及び１５位のＡ（アラニン）を、Ｒ（アルギニン）やＤ（アスパラギン酸）に置換することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点３及び相違点４について検討する。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）をみても、甲５発明のペプチドにおいて、２、４、６及び８位の極性アミノ酸残基であるＤ（アスパラギン酸）、１０、１２、１４及び１６位の極性アミノ酸残基であるＲ（アルギニン）を、非極性アミノ酸残基であるＺに置換することの動機付けとなるような記載はなく、上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）の他、上記記載事項（甲２−２）〜（甲２−３）、（甲２−５）、（甲３−１）〜（甲３−３）、（甲６−１）〜（甲６−３）、（甲７−１）〜（甲７−６）、（甲８−１）〜（甲８−４）に基づいても、甲５発明の２、４、６及び８位のＤ（アスパラギン酸）、１０、１２、１４及び１６位のＲ（アルギニン）を、非極性アミノ酸残基であるＺに置換することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　最後に、相違点５について検討する。
　上記記載事項（甲８−１）、（甲８−２）及び（甲８−３）から、甲第８号証には、生理的なｐＨ＝７．５で、ペプチドあたり正味で約＋２又は−２の電荷を持つペプチドのみが可溶性のポリマー及び細胞培地においてゲルを形成することができることが記載されており、ｐＨ＝７．５でペプチドあたり正味で＋２の正電荷を有するペプチドとして、Ｐ１１−５（ＱＱＲＦＯＷＯＦＥＱＱ）が、ｐＨ＝７．５でペプチドあたり正味で−２の負電荷を有するペプチドとして、Ｐ１１−３（ＱＱＲＦＥＷＥＦＥＱＱ）が記載されている。そして、上記記載事項（甲８−３）をみると、Ｐ１１−５は、３、５及び７位のアミノ酸残基が＋、９位のアミノ酸残基が−であるアミノ酸配列からなる１１アミノ酸残基のペプチドであり、Ｐ１１−３は、３位のアミノ酸残基が＋、５、７及び９位のアミノ酸残基が−であるアミノ酸配列からなる１１アミノ酸残基のペプチドである。
　一方、甲５発明は、ＡＤＡＤＡＤＡＤＡＲＡＲＡＲＡＲのアミノ酸配列からなる自己組織化ペプチドであり、親水性のアミノ酸残基（Ｄ、Ｒ）、疎水性のアミノ酸残基（Ａ）を交互に有するアミノ酸配列で構成される１６アミノ酸残基のペプチドである。
　ペプチドあたりの正味電荷を＋２又は−２にする方法としては、様々な方法が存在するが、上記記載事項（甲８−１）、（甲８−２）、（甲８−３）及び（甲８−４）をみても、どのようにしてペプチドあたりの正味電荷を＋２又は−２にするのか何ら具体的に記載されておらず、甲第８号証に具体的に記載されているペプチドは、交互配列のアミノ酸配列を基にしたペプチドではないから、上記記載事項（甲８−１）、（甲８−２）、（甲８−３）及び（甲８−４）の他、上記記載事項（甲２−１）〜（甲２−５）、（甲３−１）〜（甲３−３）、（甲６−１）〜（甲６−３）、（甲７−１）〜（甲７−６）に基づいても、甲５発明の交互配列のアミノ酸配列で構成されるペプチドにおいて、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和を＋２とすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　また、本件特許発明１−２〜本件特許発明１−４３２も、本件特許発明１−１の相違点１〜５において検討したように、甲５発明の１、３、５、７、９、１１、１３又は１５位のＡ（アラニン）を、極性アミノ酸残基であるＤ（アスパラギン酸）、Ｅ（グルタミン酸）、Ｒ（アルギニン）、Ｋ（リジン）又はＨ（ヒスチジン）に置換すること、甲５発明の２、４、６、８、１０、１２、１４又は１６位のＤ（アスパラギン酸）やＲ（アルギニン）を、非極性アミノ酸残基であるＺに置換すること、及び、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和を＋２とすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
ウ　本件特許発明１の効果について
　本件明細書の実施例１〜３０及び比較例１〜３の記載から、本件特許発明１は、優れたゲル形成性を発揮し、優れた安定性を有するという、甲５発明に比べて格別顕著な効果を奏するといえる。
　
エ　まとめ
　したがって、本件特許発明１は、甲第５号証、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（３）本件特許発明２〜４について
　本件特許発明２〜４は、本件特許発明１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（２）で述べたように、本件特許発明１が、甲第５号証、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件特許発明２〜４も、甲第５号証、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
２．無効理由２−２について
（１）甲第２号証に記載された発明
　上記記載事項（甲２−１）によると、甲第２号証には、「ＡＥＡＥＡＫＡＫＡＥＡＥＡＫＡＫのアミノ酸配列で表される、１６個のアミノ酸残基からなる自己組織化ペプチド。」の発明（以下、「甲２発明」という。）が記載されていると認められる。
　
（２）本件特許発明１について
ア　本件特許発明１と甲２発明との対比
　本件特許発明１−１と甲２発明とを対比する。
　甲２発明のペプチドのアミノ酸配列中、Ｅは極性アミノ酸残基の酸性アミノ酸残基であり、Ｋは極性アミノ酸残基の塩基性アミノ酸残基であり、Ａは非極性アミノ酸残基である。また、甲２発明のペプチドのアミノ酸配列中、Ｅは４個、Ｋは４個存在するから、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和は０であり、また、非極性アミノ酸残基を交互に有することから、甲２発明のペプチドは、中性水溶液中において自己組織化した際に該非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうるものと認められる。
　本件特許発明１−１のペプチドのアミノ酸配列中、Ｄは２個、Ｒは４個存在するから、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和は＋２であり、また、本件特許発明１−１の３及び７位のＸの選択肢の中にＡがある。
　そうすると、両者は、
　極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを有する、１６個のアミノ酸残基からなる自己組織化ペプチドであって、
　該極性アミノ酸残基として酸性アミノ酸残基及び塩基性アミノ酸残基を含み、
　中性水溶液中において自己組織化した際に該非極性アミノ酸残基のみが一方の面に配置されたβ−シート構造を形成しうるものであり、
　３及び７位にＡを有するアミノ酸配列で表される、自己組織化ペプチドである点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）１、５、９及び１３位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＲであるのに対し、甲２発明はＡである点。
（相違点２）１１及び１５位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＤであるのに対し、甲２発明はＡである点。
（相違点３）２、４、１０及び１２位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＺであるのに対し、甲２発明はＥである点。
（相違点４）６、８、１４及び１６位のアミノ酸が、本件特許発明１−１はＺであるのに対し、甲２発明はＫである点。
（相違点５）中性領域において、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和が、本件特許発明１−１は＋２であるのに対し、甲２発明は０である点。
　
　また、本件特許発明１のうちの、本件特許発明１−２〜本件特許発明１−４３２は、非極性アミノ酸残基（Ｚ）の位置（２、４、６、８、１０、１２、１４及び１６位）が本件特許発明１−１と共通しており、２個又は３個の極性アミノ酸残基が非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基（Ｘ）に置換されている位置以外は、極性アミノ酸残基（Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ）の位置（１、３、５、７、９、１１、１３及び１５位のいずれかの位置）は本件特許発明１−１と共通しているので、本件特許発明１−２〜本件特許発明１−４３２についても、同様の対比ができる。
　
イ　相違点についての検討
　相違点１及び相違点２について検討する。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）をみても、甲２発明のペプチドにおいて、１、５、９、１１、１３及び１５位の非極性アミノ酸残基であるＡ（アラニン）を、極性アミノ酸残基であるＲ（アルギニン）やＤ（アスパラギン酸）に置換することの動機付けとなるような記載はなく、上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）の他、上記記載事項（甲２−２）〜（甲２−３）、（甲２−５）、（甲３−１）〜（甲３−３）、（甲６−１）〜（甲６−３）、（甲７−１）〜（甲７−６）、（甲８−１）〜（甲８−３）に基づいても、甲２発明の１、５、９、１１、１３及び１５位のＡ（アラニン）を、Ｒ（アルギニン）やＤ（アスパラギン酸）に置換することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点３及び相違点４について検討する。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）をみても、甲２発明のペプチドにおいて、２、４、１０及び１２位の極性アミノ酸残基であるＥ（グルタミン酸）、６、８、１４及び１６位の極性アミノ酸残基であるＫ（リジン）を、非極性アミノ酸残基であるＺに置換することの動機付けとなるような記載はなく、上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）の他、上記記載事項（甲２−２）〜（甲２−３）、（甲２−５）、（甲３−１）〜（甲３−３）、（甲６−１）〜（甲６−３）、（甲７−１）〜（甲７−６）、（甲８−１）〜（甲８−３）に基づいても、甲２発明の２、４、１０及び１２位のＥ（グルタミン酸）、６、８、１４及び１６位のＫ（リジン）を、非極性アミノ酸残基であるＺに置換することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　最後に、相違点５について検討する。
　上記記載事項（甲８−１）、（甲８−２）及び（甲８−３）から、甲第８号証には、生理的なｐＨ＝７．５で、ペプチドあたり正味で約＋２又は−２の電荷を持つペプチドのみが可溶性のポリマー及び細胞培地においてゲルを形成することができることが記載されており、ｐＨ＝７．５でペプチドあたり正味で＋２の正電荷を有するペプチドとして、Ｐ１１−５（ＱＱＲＦＯＷＯＦＥＱＱ）が、ｐＨ＝７．５でペプチドあたり正味で−２の負電荷を有するペプチドとして、Ｐ１１−３（ＱＱＲＦＥＷＥＦＥＱＱ）が記載されている。そして、上記記載事項（甲８−３）をみると、Ｐ１１−５は、３、５及び７位のアミノ酸残基が＋、９位のアミノ酸残基が−であるアミノ酸配列からなる１１アミノ酸残基のペプチドであり、Ｐ１１−３は、３位のアミノ酸残基が＋、５、７及び９位のアミノ酸残基が−であるアミノ酸配列からなる１１アミノ酸残基のペプチドである。
　一方、甲２発明は、ＡＥＡＥＡＫＡＫＡＥＡＥＡＫＡＫのアミノ酸配列からなる自己組織化ペプチドであり、親水性のアミノ酸残基（Ｅ、Ｋ）、疎水性のアミノ酸残基（Ａ）を交互に有するアミノ酸配列で構成される１６アミノ酸残基のペプチドである。
　ペプチドあたりの正味電荷を＋２又は−２にする方法としては、様々な方法が存在するが、上記記載事項（甲８−１）、（甲８−２）、（甲８−３）及び（甲８−４）をみても、どのようにしてペプチドあたりの正味電荷を＋２又は−２にするのか何ら具体的に記載されておらず、甲第８号証に具体的に記載されているペプチドは、交互配列のアミノ酸配列を基にしたペプチドではないから、上記記載事項（甲８−１）、（甲８−２）、（甲８−３）及び（甲８−４）の他、上記記載事項（甲２−１）〜（甲２−５）、（甲３−１）〜（甲３−３）、（甲６−１）〜（甲６−３）、（甲７−１）〜（甲７−６）に基づいても、甲２発明の交互配列のアミノ酸配列で構成されるペプチドにおいて、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和を＋２とすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　また、本件特許発明１−２〜本件特許発明１−４３２も、本件特許発明１−１の相違点１〜５において検討したように、甲２発明の１、３、５、７、９、１１、１３又は１５位のＡ（アラニン）を、極性アミノ酸残基であるＤ（アスパラギン酸）、Ｅ（グルタミン酸）、Ｒ（アルギニン）、Ｋ（リジン）、Ｈ（ヒスチジン）に置換すること、甲２発明の２、４、６、８、１０、１２、１４又は１６位のＥ（グルタミン酸）やＫ（リジン）を、非極性アミノ酸残基であるＺに置換すること、及び、酸性アミノ酸残基の電荷と塩基性アミノ酸残基の電荷との総和を＋２とすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
ウ　本件特許発明１の効果について
　本件明細書の実施例１〜３０及び比較例１〜３の記載から、本件特許発明１は、優れたゲル形成性を発揮し、優れた安定性を有するという、甲２発明に比べて格別顕著な効果を奏するといえる。
　
エ　まとめ
　したがって、本件特許発明１は、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（３）本件特許発明２〜４について
　本件特許発明２〜４は、本件特許発明１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（２）で述べたように、本件特許発明１が、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件特許発明２〜４も、甲第２号証、甲第３号証、甲第６号証、甲第７号証及び甲第８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
３．無効理由３について
　請求人は、本件特許について、ゲル化することが証明されているのは、ペプチドＮｏ．１〜９のみであり、ペプチドの設計方法が具体的に本件明細書に記載されていないことから、ペプチドＮｏ．１〜９以外の表１〜６に記載のぺプチドについて、当業者といえども、アミノ酸の一次構造を見ただけでは、自己組織化ペプチドとして使用できるか否かを理解することはできないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件特許の請求項１〜４に係る発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているとはいえない、と主張している。
　本件特許の請求項１の表１〜６の記載から、本件特許の請求項１〜４に係る自己組織化ペプチドは、酸性アミノ酸残基又は塩基性アミノ酸残基の極性アミノ酸残基（Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ）、非極性アミノ酸残基（Ｚ）を交互に有するアミノ酸配列からなる自己組織化ペプチドにおいて、２個又は３個の極性アミノ酸残基が非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基に置換されている構造を有するものといえる。そして、表１〜６に記載のアミノ酸配列は、２個又は３個の極性アミノ酸残基が非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基に置換されている位置以外は、非極性アミノ酸残基（Ｚ）の位置（２、４、６、８、１０、１２、１４及び１６位）、極性アミノ酸残基（Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ）の位置（１、３、５、７、９、１１、１３及び１５位のいずれかの位置）は共通しているから、極性アミノ酸残基と非極性アミノ酸残基とを交互に有するアミノ酸配列からなるペプチドが、β−シート構造を形成し、自己組織化するという性質を有することを考慮すれば、２個又は３個の極性アミノ酸残基が非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基に置換されても、β−シート構造を形成する性質を維持できるか否かを検討すればよいことになる。
　一方、本件発明の詳細な説明には、配列番号１〜９のいずれかのアミノ酸配列で表されるペプチド（ペプチドＮｏ．１〜９）が、自己組織化してゲルを形成すること及びβ−シート構造を形成することを確認したことが記載されている（実施例１、試験例１及び参考例２）。本件発明の詳細な説明の表８の記載から、配列番号１〜３、４、５、６、７、８及び９のアミノ酸配列で表されるペプチドは、それぞれ本件特許の請求項１の表１〜６の「２−ＸＺ」、「３−ＸＺ」、「４−ＸＺ」、「７−ＸＺ」、「１２−ＸＺ」、「２１８−ＸＺ」及び「２３１−ＸＺ」として記載されているアミノ酸配列からなる自己組織化ペプチドに対応すると認められる。そして、それらの自己組織化ペプチドにおいて、２個又は３個の極性アミノ酸残基が非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基に置換されている位置は、３、１１位（「２−ＸＺ」）、３、１５位（「３−ＸＺ」）、７、１１位（「４−ＸＺ」）、３、７、１１位（「７−ＸＺ」）、３、１１位（「１２−ＸＺ」）、３、１１位（「２１８−ＸＺ」）、１、９位（「２３１−ＸＺ」）であり、すべての位置ではないにしても、大部分の位置において極性アミノ酸残基を非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基へ置換しても、自己組織化してβ−シート構造を形成する性質をペプチドが維持することができたものと認められる。
　また、酸性アミノ酸残基のアスパラギン酸及びグルタミン酸、塩基性アミノ酸残基のアルギニン、リジン及びヒスチジン、非極性アミノ酸残基のアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン及びグリシン、中性アミノ酸残基のチロシン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン及びシステインが、その構造及び親水性、疎水性、酸性、塩基性などの性質により各グループに分類されていることは、出願時の技術常識である。そして、自己組織化ペプチドにおいては、構成するアミノ酸の親水性、疎水性、酸性、塩基性の性質が自己組織化してβ−シート構造を形成する性質に大きく寄与するものであるから、自己組織化ペプチドにおいては、同じ酸性アミノ酸残基のＤ（アスパラギン酸）とＥ（グルタミン酸）の置換、同じ塩基性アミノ酸残基のＲ（アルギニン）とＫ（リジン）とＨ（ヒスチジン）の置換、非極性アミノ酸残基内での置換、中性アミノ酸残基内での置換が、自己組織化ペプチドの自己組織化してβ−シート構造を形成する性質に大きな変化を生じさせるものとは認められない。
　よって、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件特許の請求項１〜４に係る自己組織化ペプチドを使用できるように記載されているといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件特許の請求項１〜４に係る発明の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえるから、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
４．無効理由４について
　請求人は、β−シ−ト構造を形成することが明らかであるのは、実施例に記載されたペプチドＮｏ．１〜９のペプチドのみに過ぎず、出願時の技術常識に照らしても、ペプチドＮｏ．１〜９以外の表１〜６に記載のペプチドについてまで、請求項に係る発明の範囲を拡張ないし一般化できるとはいえないから、本件特許の請求項１〜４に係る発明は、発明の詳細な説明に記載されたものとはいえない、と主張している。
　上記３．で述べたように、本件発明の詳細な説明に具体的に記載されているペプチドＮｏ．１〜９の結果から、大部分の位置において極性アミノ酸残基を非極性アミノ酸残基又は中性アミノ酸残基へ置換しても、自己組織化してβ−シート構造を形成する性質をペプチドが維持することができたものと認められる。
　そして、自己組織化ペプチドにおいては、構成するアミノ酸の親水性、疎水性、酸性、塩基性の性質が自己組織化してβ−シート構造を形成する性質に大きく寄与するものであるから、自己組織化ペプチドにおいては、同じ酸性アミノ酸残基のＤ（アスパラギン酸）とＥ（グルタミン酸）の置換、同じ塩基性アミノ酸残基のＲ（アルギニン）とＫ（リジン）とＨ（ヒスチジン）の置換、非極性アミノ酸残基内での置換、中性アミノ酸残基内での置換が、自己組織化ペプチドの自己組織化してβ−シート構造を形成する性質に大きな変化を生じさせるものとは認められない。
　よって、本件特許の請求項１〜４に係る発明の範囲まで、発明の詳細な説明に開示された内容を拡張ないし一般化できるといえる。
　したがって、本件特許の請求項１〜４に係る発明は、発明の詳細な説明に記載されたものといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
５．請求項５〜７に対する無効理由について
　訂正請求により請求項５〜７が削除されたため、請求項５〜７に対する無効理由はいずれも理由がない。
　
第７　むすび　
　以上のとおり、請求人の主張するいずれの無効理由にも理由がない。
　
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、請求人が負担すべきものとする。
　
　よって、結論のとおり審決する。