【手続補正書】
【提出日】平成28年11月11日(2016.11.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
オリゴ糖におけるマンノース−６−リン酸残基をキャップ除去するための方法であって、
ａ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノース結合を有する該オリゴ糖を提供するステップと、
ｂ）該オリゴ糖を、該マンノース−１−ホスホ−６−マンノース残基をホスホ−６−マンノースに加水分解することのできるマンノシダーゼと接触させるステップと、
を含み、ここで、該マンノシダーゼが、グリコシルヒドロラーゼファミリー９２のメンバーであり、ここで、該マンノシダーゼが、アノマー酸素をプロトン化し得る触媒酸残基を含まない、方法。
【請求項２】
Ｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  α−１，２−マンノシダーゼＢｔ３９９０のグルタミン酸残基Ｇｌｕ５３３に対応する前記マンノシダーゼの残基が、非酸性残基である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
Ｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  α−１，２−マンノシダーゼＢｔ３９９０のグルタミン酸残基Ｇｌｕ５３３に対応する前記マンノシダーゼの残基が、グルタミン残基またはアスパラギン残基である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
Ｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  α−１，２−マンノシダーゼＢｔ３９９０のグルタミン酸残基Ｇｌｕ５３３に対応する前記マンノシダーゼの残基が、グルタミン残基であり、該グルタミン残基が、Ｘ１ＹＱＧＸ２モチーフに含まれ、ここで、Ｘ１が、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ｐｈｅ、ＴｙｒまたはＭｅｔであり、そして、Ｘ２が、Ｔｈｒ、ＳｅｒまたはＡｓｎである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
Ｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  α−１，２−マンノシダーゼＢｔ３９９０のグルタミン酸残基Ｇｌｕ５８５に対応する前記マンノシダーゼの残基が、非酸性残基である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記マンノシダーゼが、配列番号５０の残基１〜７４４、または、配列番号５０に対して少なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
以下に列挙する特徴のうちの１つ以上を有する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法：
（Ｉ）前記マンノシダーゼが、以下の特徴のうちの１つ以上を有する：
ａ）該マンノシダーゼが、配列番号５０の残基１〜７７４に対して、または配列番号５０に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む；
ｂ）該マンノシダーゼが、配列番号５０の残基１〜７７４に対して、または配列番号５０に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む；
ｃ）該マンノシダーゼが、配列番号５０の残基１〜７７４に対して、または配列番号５０に対して少なくとも９８％の同一性を有するアミノ酸配列を含む；
ｄ）該マンノシダーゼは、図３３における等価原子の座標の１．５Å偏差内に収まる、最小触媒中心に位置するアミノ酸側鎖中の原子の三次元タンパク質座標を有する；
ｅ）該マンノシダーゼが、（ｉ）ＧＶＧＸＸＧＸＧＧモチーフ（式中、ＸはＧｌｙ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、ＴｈｒまたはＣｙｓである）、（ｉｉ）ＶＲＸＥモチーフ（式中、ＸはＰｒｏ以外の任意のアミノ酸である）、（ｉｉｉ）Ｘ１ＹＱＧＸ２モチーフ（式中、Ｘ１はＬｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ａｌａ、Ｐｈｅ、ＴｙｒまたはＭｅｔであり、Ｘ２はＴｈｒ、ＳｅｒまたはＡｓｎである）または（ｉｖ）ＧＤＸＧＮ（式中、ＸはＰｒｏ以外の任意のアミノ酸であり得る）を有するアミノ酸配列を含む；
ｆ）該マンノシダーゼが、該マンノシダーゼを細胞内区画にターゲッティングするためのターゲティング配列を含む；
ｇ）該マンノシダーゼが、Ｃ．ｃｅｌｌｕｌａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒまたはＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓのマンノシダーゼである；
（ＩＩ）前記接触させるステップが、精製されたマンノシダーゼ、組換えマンノシダーゼ、該組換えマンノシダーゼを含有する細胞溶解産物または該組換えマンノシダーゼを含有する真菌細胞を用いて行われる；
（ＩＩＩ）前記オリゴ糖がタンパク質に連結している；
（ＩＶ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が、真菌生物において発現されるヒトタンパク質である；
（Ｖ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が真菌生物において発現されるヒトタンパク質であり、かつ、該真菌生物が、
ａ）Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａまたはＡｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ；
ｂ）メチロトローフ酵母；
ｃ）Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃａ、Ｏｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａまたはＨａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａであるメチロトローフ酵母；
ｄ）糸状菌；
ｅ）
【数１】
2016104043.tif 000001
である糸状菌；
から選択される；
（ＶＩ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合性断片または融合タンパク質である；
（ＶＩＩ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が真菌生物において発現されるヒトタンパク質であり、かつ、該タンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合性断片または融合タンパク質である；
（ＶＩＩＩ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質がリソソーム酵素である；
（ＩＸ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が真菌生物において発現されるヒトタンパク質であり、かつ、該タンパク質がリソソーム酵素である；
（Ｘ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質がリソソーム貯蔵障害（ＬＳＤ）に関連するリソソーム酵素である；
（ＸＩ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が真菌生物において発現されるヒトタンパク質であり、かつ、該タンパク質がリソソーム貯蔵障害（ＬＳＤ）に関連するリソソーム酵素である；
（ＸＩＩ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質がリソソーム貯蔵障害（ＬＳＤ）に関連するリソソーム酵素であり、かつ、該リソソーム貯蔵障害（ＬＳＤ）が、ファブリ病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シャイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコシドーシス、マンノシドーシス、シンドラー病、シアリドーシス１型、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多種スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸貯蔵病、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン停滞病、ヘルマンスキー・プドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病または幸福顔貌骨異形成症である；
（ＸＩＩＩ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が真菌生物において発現されるヒトタンパク質であり、かつ、該タンパク質がリソソーム貯蔵障害（ＬＳＤ）に関連するリソソーム酵素であり、かつ、該ＬＳＤが、ファブリ病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シャイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコシドーシス、マンノシドーシス、シンドラー病、シアリドーシス１型、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多種スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸貯蔵病、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン停滞病、ヘルマンスキー・プドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病または幸福顔貌骨異形成症である；
（ＸＩＶ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質がポンペ病またはファブリ病に関連するリソソーム酵素である；
（ＸＶ）該オリゴ糖がタンパク質に連結しており、かつ、該タンパク質が真菌生物において発現されるヒトタンパク質であり、かつ、該タンパク質がポンペ病またはファブリ病に関連するリソソーム酵素である。
【請求項８】
キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を有する標的タンパク質を生産する方法であって、
マンノース−１−ホスホ−６−マンノース残基をホスホ−６−マンノースに加水分解することのできるマンノシダーゼをコードする核酸を含みそして発現するように遺伝的に操作されている真菌細胞を提供するステップであって、該マンノシダーゼが、グリコシルヒドロラーゼファミリー９２のメンバーであり、ここで、該マンノシダーゼが、アノマー酸素をプロトン化し得る触媒酸残基を含まない、ステップと、
該細胞に、標的タンパク質をコードする核酸を導入するステップと、
を含み、該細胞が、該細胞において発現された該発現されたマンノシダーゼによって該標的上のマンノース−１−ホスホ−６−マンノース残基がホスホ−６−マンノース残基に変換された該標的タンパク質を生産する、方法。
【請求項９】
前記マンノシダーゼが請求項２〜７のいずれか一項において規定されるものである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
以下に列挙した特徴のうちの１つ以上を有する、請求項８または９に記載の方法：
（Ｉ）前記真菌細胞が、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸をさらに含む；
（ＩＩ）該真菌細胞が、ＯＣＨ１活性を欠損するように遺伝的に操作されている。
【請求項１１】
真菌生物においてキャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を有する標的タンパク質を生産する方法であって、
ａ）マンノース−１−ホスホ−６−マンノースをホスホ−６−マンノースに加水分解することのできるマンノシダーゼをコードする核酸を含みそして発現するように遺伝的に操作されており、標的タンパク質をコードする核酸をさらに含む真菌細胞を提供するステップであって、該マンノシダーゼが、グリコシルヒドロラーゼファミリー９２のメンバーであり、ここで、該マンノシダーゼが、アノマー酸素をプロトン化し得る触媒酸残基を含まず、該標的タンパク質では、該細胞において発現された該発現されたマンノシダーゼによって該標的上のマンノース−１−ホスホ−６−マンノース残基がホスホ−６−マンノース残基に変換されているステップと、
ｂ）該キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を有する該標的タンパク質を単離するステップと、
を含む、方法。
【請求項１２】
前記マンノシダーゼが請求項２〜７のいずれか一項において規定されるものである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記標的タンパク質および前記マンノシダーゼが前記細胞により分泌される、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む糖タンパク質を生産するように遺伝的に操作されている単離された真菌細胞であって、マンノシダーゼをコードする核酸を含み、該真菌細胞における前記マンノシダーゼの発現が、該キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む糖タンパク質の生産をもたらし、ここで、該マンノシダーゼが、グリコシルヒドロラーゼファミリー９２のメンバーであり、ここで、該マンノシダーゼが、アノマー酸素をプロトン化し得る触媒酸残基を含まない、真菌細胞。
【請求項１５】
前記マンノシダーゼが請求項２〜７のいずれか一項において規定されるものである、請求項１４に記載の真菌細胞。
【請求項１６】
以下に列挙した特徴のうちの１つ以上を有する、請求項１４または１５に記載の真菌細胞：
（Ｉ）該真菌細胞が、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸をさらに含む；
（ＩＩ）該真菌細胞が、ＯＣＨ１（外鎖伸長）活性を欠損するように遺伝的に操作されている；
（ＩＩＩ）該真菌細胞が、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸を含み、ＯＣＨ１活性を欠損するように遺伝的に操作されている；
（ＩＶ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含む；
（Ｖ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がヒトタンパク質である；
（ＶＩ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合性断片または融合タンパク質である；
（ＶＩＩ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がヒトタンパク質であり、かつ、該標的タンパク質が、病原体タンパク質、リソソームタンパク質、増殖因子、サイトカイン、ケモカイン、抗体もしくはその抗原結合性断片または融合タンパク質である；
（ＶＩＩＩ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がリソソーム酵素である；
（ＩＸ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がヒトタンパク質であり、かつ、該標的タンパク質がリソソーム酵素である；
（Ｘ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がリソソーム酵素である酸性アルファグルコシダーゼまたはアルファガラクトシダーゼである；
（ＸＩ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がヒトタンパク質であり、かつ、該標的タンパク質がリソソーム酵素である酸性アルファグルコシダーゼまたはアルファガラクトシダーゼである；
（ＸＩＩ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質が、ＬＳＤに関連する；
（ＸＩＩＩ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がヒトタンパク質であり、かつ、該標的タンパク質がＬＳＤに関連する；
（ＸＩＶ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質が、ファブリ病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シャイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコシドーシス、マンノシドーシス、シンドラー病、シアリドーシス１型、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多種スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸貯蔵病、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン停滞病、ヘルマンスキー・プドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病または幸福顔貌骨異形成症に関連する；
（ＸＶ）該真菌細胞が、糖タンパク質である標的タンパク質をコードする核酸をさらに含み、かつ、該標的タンパク質がヒトタンパク質であり、かつ、該標的タンパク質が、ファブリ病、ムコ多糖症Ｉ型、ファーバー病、ゴーシェ病、ＧＭ１ガングリオシドーシス、テイ・サックス病、サンドホフ病、ＧＭ２活性化因子疾患、クラッベ病、異染性白質ジストロフィー、ニーマン・ピック病、シャイエ病、ハンター病、サンフィリポ病、モルキオ病、マロトー・ラミー病、ヒアルロニダーゼ欠損症、アスパルチルグルコサミン尿症、フコシドーシス、マンノシドーシス、シンドラー病、シアリドーシス１型、ポンペ病、濃化異骨症、セロイドリポフスチン沈着症、コレステロールエステル貯蔵病、ウォルマン病、多種スルファターゼ欠損症、ガラクトシアリドーシス、ムコリピドーシス、シスチン症、シアル酸貯蔵病、マリネスコ・シェーグレン症候群を伴うカイロミクロン停滞病、ヘルマンスキー・プドラック症候群、チェディアック・東症候群、ダノン病または幸福顔貌骨異形成症に関連する；
（ＸＶＩ）該真菌細胞が、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａまたはＡｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ細胞である；
（ＸＶＩＩ）該真菌細胞が、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸をさらに含み、該ポリペプチドが、ＭＮＮ４ポリペプチドである；
（ＸＶＩＩＩ）該真菌細胞が、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸をさらに含み、該ポリペプチドが、Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓまたはＣ．ａｌｂｉｃａｎｓのＭＮＮ４ポリペプチドである；
（ＸＩＸ）該真菌細胞が、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸をさらに含み、該ポリペプチドが、Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ  ＰＮＯ１ポリペプチドである；
（ＸＸ）該マンノシダーゼが分泌シグナルを含む；
（ＸＸＩ）該マンノシダーゼが、該マンノシダーゼを細胞内区画にターゲッティングするためのターゲティングシグナルを含む；
（ＸＸＩＩ）該マンノシダーゼが、分泌シグナルおよび該マンノシダーゼを細胞内区画にターゲッティングするためのターゲティングシグナルを含む；
（ＸＸＩＩＩ）該真菌細胞が、単離された形態にある。
【請求項１７】
Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ａｒｘｕｌａ  ａｄｅｎｉｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃａ、Ｏｏｇａｔａｅａ  ｍｉｎｕｔａまたはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒの細胞の実質的に純粋な培養物であって、該細胞は、キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む糖タンパク質を生産するように遺伝的に操作されており、該細胞は、マンノース−１−ホスホ−６−マンノースをホスホ−６−マンノースに加水分解することのできるマンノシダーゼをコードする核酸を含み、ここで、該マンノシダーゼが、グリコシルヒドロラーゼファミリー９２のメンバーであり、ここで、該マンノシダーゼが、アノマー酸素をプロトン化し得る触媒酸残基を含まない、培養物。
【請求項１８】
前記マンノシダーゼが請求項２〜７のいずれか一項において規定されるものである、請求項１７に記載の培養物。
【請求項１９】
以下に列挙した特徴のうちの１つ以上を有する、請求項１７または１８に記載の培養物：
（Ｉ）前記細胞が、マンノシルリン酸化を促進することのできるポリペプチドをコードする核酸をさらに含む；
（ＩＩ）前記細胞が、ＯＣＨ１活性を欠損するように遺伝的に操作されている。
【請求項２０】
糖タンパク質であって、該糖タンパク質上のＮ−グリカンの少なくとも４７％が、キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含み、該キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む該少なくとも４７％のＮ−グリカンが、Ｐ２−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、（ＭａｎＰ）Ｐ−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、Ｐ−Ｍａｎ７ＧｌｃＮＡｃ２およびＰＭａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２から選択される、糖タンパク質。
【請求項２１】
前記糖タンパク質上のＮ−グリカンの少なくとも５０％が、キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む請求項２０に記載の糖タンパク質であって、該キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む該少なくとも５０％のＮ−グリカンが、Ｐ２−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、（ＭａｎＰ）Ｐ−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、Ｐ−Ｍａｎ７ＧｌｃＮＡｃ２およびＰＭａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２から選択される、糖タンパク質。
【請求項２２】
前記糖タンパク質上のＮ−グリカンの少なくとも７５％が、キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む請求項２０に記載の糖タンパク質であって、該キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む該少なくとも７５％のＮ−グリカンが、Ｐ２−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、（ＭａｎＰ）Ｐ−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、Ｐ−Ｍａｎ７ＧｌｃＮＡｃ２およびＰＭａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２から選択される、糖タンパク質。
【請求項２３】
前記糖タンパク質上のＮ−グリカンの少なくとも９０％が、キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む請求項２０に記載の糖タンパク質であって、該キャップ除去されたホスホ−６−マンノース残基を含む該少なくとも９０％のＮ−グリカンが、Ｐ２−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、（ＭａｎＰ）Ｐ−Ｍａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２、Ｐ−Ｍａｎ７ＧｌｃＮＡｃ２およびＰＭａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２から選択される、糖タンパク質。
【請求項２４】
単離された形態にある、請求項２０〜２３のいずれか一項に記載の糖タンパク質。
【請求項２５】
マンノース−１−ホスホ−６−マンノース残基をホスホ−６−マンノースに加水分解することのできるマンノシダーゼポリペプチドであって、該マンノシダーゼは、グリコシルヒドロラーゼファミリー９２のメンバーであり、ここで、該マンノシダーゼが、アノマー酸素をプロトン化し得る触媒酸残基を含まない、マンノシダーゼポリペプチド。
【請求項２６】
前記マンノシダーゼが請求項２〜７のいずれか一項において規定されるものである、請求項２５に記載のマンノシダーゼポリペプチド。
【請求項２７】
核酸であって、
（ａ）請求項２５または２６に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；または
（ｂ）該ヌクレオチド配列の相補体
を含む、核酸。
【請求項２８】
請求項２５または２６に記載のポリペプチドをコードする請求項２７に記載の核酸を含む発現ベクター。
【請求項２９】
請求項２８に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項３０】
ポリペプチドを作製する方法であって、請求項２９に記載の宿主細胞を培養するステップと、該培養物から該ポリペプチドを単離するステップとを含む、方法。