【手続補正書】
【提出日】平成28年8月25日(2016.8.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
胎児を孕んでいる妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する方法であって、以下の段階:
(a)前記妊娠個体の体液から得られた複数の多型を含む読み取り配列を、参照配列上の複数の多型部位に対してマッピングする段階;
(b)前記マッピングされた読み取り配列のアレル頻度を、前記複数の多型のそれぞれについて決定する段階;および
(c)前記アレル頻度を混合モデルに適用する段階であって、前記胎児を孕む個体の体液から得られたDNA中の前記胎児DNAの画分の推定を得る段階、
を含む、方法。
【請求項２】
前記体液から得られるDNAは、前記妊娠個体の血漿から得られる無細胞DNAを含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
配列決定する段階は、前記複数の多型のいずれかを選択的に増幅させることなく実施される、請求項1記載の方法。
【請求項４】
(c)は、複数の多型配列のそれぞれについてのアレル頻度データの階乗モーメントについての一連の等式を解くことを含み、該一連の等式が、
2016101168.tif 000001
である、請求項1記載の方法：
ここで、Ｆjは、ｊ番目の階乗モーメントであり、αiは、ｉ番目の多型のマイナーアレル頻度であり、ｄiは、ｉ番目の多型の適用範囲であり、およびｎは、多型の数である。
【請求項５】
(c)が、階乗モーメントと接合性の事例におけるマイナーアレルの可能性との間における以下の関係：
2016101168.tif 000002
に基づいて胎児DNAの画分を計算することにより、階乗モーメントを、{αi,pi}に関係付けることを含む、請求項4記載の方法：
ここで、αiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｐiは、接合性の事例(i)におけるマイナーアレルの二項確率であり、ｍは、接合性の事例の数であり、ｇは、計算された階乗モーメントの数であり、ならびに
前記接合性の事例は、以下から選択される：
(i)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、
(ii)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例、
(iii)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、および
(iv)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例。
【請求項６】
該複数の多型が、事例(i)および事例(ii)における多型からなり、且つ以下の関係：
2016101168.tif 000003
に基づいて胎児DNAの画分を計算することをさらに含む、請求項5記載の方法：
ここで、Ｆ1、Ｆ2およびＦ3は、最初の３つの階乗モーメントであり、αiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｅは、未知の配列決定のエラー率であり、およびｆは、胎児DNAの画分である。
【請求項７】
該複数の多型が、事例(i)および事例(ii)における多型からなり、且つ以下の関係：
2016101168.tif 000004
に基づいて胎児DNAの画分を計算することをさらに含む、請求項5記載の方法：
ここで、Ｆ1およびＦ2は、最初の２つの階乗モーメントであり、αiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｅは、既知の配列決定のエラー率であり、およびｆは、胎児DNAの画分である。
【請求項８】
該複数の多型が、事例(i)および事例(ii)における多型からなり、且つ以下の関係：
2016101168.tif 000005
に基づいて胎児DNAの画分を計算することをさらに含む、請求項5記載の方法：
ここで、Ｆ1およびＦ2は、最初の２つの階乗モーメントであり、αiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｅは、事例(i)および事例(ii)に別個に適用される既知の配列決定のエラー率であり、およびｆは、胎児DNAの画分である。
【請求項９】
(c)の前に、胎児および妊娠個体の両方においてホモ接合型であると同定されている多型についてのアレル頻度をコンピューター的に除くことをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
(c)の前に、妊娠個体においてヘテロ接合型であると同定されている多型についてのアレル頻度をコンピューター的に除くことをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
混合モデルは、配列決定エラーを考慮する、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
(a)のマッピングする段階は、複数の両アレル性多型配列を同定することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
胎児を孕んでいる妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を計算する方法であって、以下の段階:
(a)前記体液のサンプルを受け取る段階;
(b)前記サンプルから、前記体液中に存在する母性ゲノムと胎児ゲノムとの両方のDNAを抽出する条件下でDNAを抽出する段階;
(c)前記抽出したDNAを、複数の多型を含むDNA読み取り配列を生成する条件下で、核酸シーケンサーによって配列決定する段階;
(d)前記DNA読み取り配列を、前記複数の多型に対応する、参照配列上の複数の多型部位に対してマッピングする段階であって、
ここで、前記マッピングは、参照配列上の多型部位に対して核酸配列をマッピングするようプログラムされたコンピューター装置を用いて実施される、段階;
(e)前記マッピングされたDNA読み取り配列のアレル頻度を、前記複数の多型について決定する段階;
(f)以下の接合性の事例：
(i)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、
(ii)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例、
(iii)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、および
(iv)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例、
の２つ以上の事例における多型について段階(e)において決定された前記アレル頻度を用いて、前記抽出されたDNA中の胎児DNAの画分を計算する段階、
を含む、方法。
【請求項１４】
段階(f)における２つ以上の接合性の事例における多型についてのアレル頻度が、事例(ii)における多型についてのアレル頻度を含む、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
段階(f)の計算が、事例(ii)および事例(iii)についてのデータを組み合わせて胎児DNAの画分を計算することを含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
事例(ii)および事例(iii)についてのデータの組み合わせが、事例(iii)のデータを、事例(ii)のデータに変換することを含む、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
事例(ii)および事例(iii)についてのデータを組み合わせて胎児DNAの画分を計算することが、事例(ii)のデータおよび変換した事例(iii)のデータに回帰法を適用することを含む、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
胎児DNAの画分が、線形回帰モデルの回帰線の傾斜の倍として計算される、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
胎児DNAの画分が、事例(ii)について2A/Dとして、および事例(iii)について1-2A/Dとして計算される、請求項18記載の方法：
ここで、Aは、問題の多型についてのマイナーアレル頻度であり、およびDは、問題の多型についての適用範囲である。
【請求項２０】
事例(iii)のデータを事例(ii)のデータに変換することが、
A1=0.5D-A
D1=D
として、データ（D、A）を（D1、A1）に変換することを含む、請求項16記載の方法：
ここで、Dは、多型の適用範囲であり、およびAは、多型のマイナーアレルカウントである。
【請求項２１】
事例(iii)のデータを事例(ii)のデータに変換することが、三角法変換または回転行列の使用を含む、請求項16記載の方法。
【請求項２２】
段階(f)の計算が、段階(e)において決定されたアレル頻度を、混合モデルに適用することをさらに含む、請求項13記載の方法。
【請求項２３】
混合モデルは、階乗モーメントを使用し、該４つの接合性の事例の２つ以上からのデータを組み合わせて胎児DNAの画分を計算する、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
(a)(i)母性ゲノムおよび胎児ゲノムの両方のDNAを含む体液のサンプルから抽出されたDNAを受け取り、かつ(ii)前記抽出されたDNAを配列決定して、複数の多型を含むDNA読み取り配列を生成するように構成されたシーケンサーと;
(b)請求項１乃至23のいずれか一項記載の方法を実行するよう、1つまたは複数のプロセッサーに命令するように構成されたコンピューター装置
とを備える、妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定するための装置。
【請求項２５】
コンピューターシステムの１または複数のプロセッサーにより実行された時に、コンピューターシステムに請求項１乃至23のいずれか一項記載の方法を実行させる、コンピューター実行可能な命令が保存された１または複数のコンピューター読み取り可能な非一時的保存媒体を含むコンピュータープログラム製品。