(57)【要約】【解決手段】  カチオン性ポリマーと半導体ナノ結晶を有する半導体ナノ結晶複合体について説明される。コード化細胞を提供するため、生体膜を貫通する半導体ナノ結晶の輸送を向上させる方法についても説明される。前記方法は、多数のコード化細胞がアッセイされる、複合的な条件で特に有用である。そのような方法を実行する試薬を有するキットも提供される。【選択図】      図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
生体膜を貫通して半導体ナノ粒子の輸送の亢進能を有するカチオン性ポリマーと関連した半導体ナノ粒子を有する半導体ナノ粒子複合体。
【請求項２】
請求項１の半導体ナノ粒子複合体において、前記半導体ナノ粒子は半導体ナノ結晶である。
【請求項３】
前記請求項２の半導体ナノ粒子複合体において、前記半導体ナノ結晶は、ＺｎＳ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＨｇＳ、ＨｇＳｅ、ＨｇＴｅ、ＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅ、ＣａＳ、ＣａＳｅ、ＣａＴｅ、ＳｒＳ、ＳｒＳｅ、ＳｒＴｅ、ＢａＳ、ＢａＳｅ、ＢａＴｅ、ＧａＮ、ＧａＰ、ＧａＡｓ、ＧａＳｂ、ＩｎＮ、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＡｌＡｓ、ＡＩＰ、ＡｌＳｂ、ＡＩＳ、Ｇｅ、Ｓｉ、Ｐｂ、ＰｂＳ、ＰｂＳｅ、その合金、およびその混合物から成る群から選択されるコアを有するものである。
【請求項４】
請求項４の半導体ナノ粒子において、前記半導体ナノ結晶はＣｄＳｅである。
【請求項５】
請求項３の半導体ナノ粒子複合体において、前記半導体ナノ結晶コアは半導体シェルで囲まれている。
【請求項６】
請求項５の半導体ナノ粒子複合体において、前記半導体シェルはＺｎＳ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＨｇＳ、ＨｇＳｅ、ＨｇＴｅ、ＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅ、ＣａＳ、ＣａＳｅ、ＣａＴｅ、ＳｒＳ、ＳｒＳｅ、ＳｒＴｅ、ＢａＳ、ＢａＳｅ、ＢａＴｅ、ＧａＮ、ＧａＰ、ＧａＡｓ、ＧａＳｂ、ＩｎＮ、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＡｌＡｓ、ＡＩＰ、ＡｌＳｂ、ＡＩＳ、Ｇｅ、Ｓｉ、Ｐｂ、ＰｂＳ、ＰｂＳｅ、その合金、およびその混合物から成る群から選択された半導体物質を有するものである。
【請求項７】
請求項６の半導体ナノ粒子複合体において、前記半導体シェルはＺｎＳである。
【請求項８】
請求項１の半導体ナノ粒子において、前記カチオン性ポリマーは前記ＨＩＶ  ｔａｔタンパク質のタンパク質形質導入ドメイン質由来のｔａｔペプチドである。
【請求項９】
前記請求項８の半導体ナノ粒子複合体において、前記ｔａｔペプチドが前記配列ＲＫＫＲＲＱＲＲＲ（配列ＩＤ番号：１）を有するものである。
【請求項１０】
請求項１の半導体ナノ粒子複合体において、前記カチオン性ポリマーは５〜２５個連続するＬｙｓおよび／またはＡｒｇ残基を有する。
【請求項１１】
請求項１の半導体ナノ粒子複合体において、前記生体膜は細胞膜である。
【請求項１２】
生体膜を貫通する前記半導体ナノ結晶の輸送の亢進能を有するカチオン性ポリマーと関連した半導体ナノ結晶を有する半導体ナノ結晶複合体において、前記半導体ナノ結晶はコアとシェルを有し、前記コアと前記シェルはＺｎＳ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＨｇＳ、ＨｇＳｅ、ＨｇＴｅ、ＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅ、ＣａＳ、ＣａＳｅ、ＣａＴｅ、ＳｒＳ、ＳｒＳｅ、ＳｒＴｅ、ＢａＳ、ＢａＳｅ、ＢａＴｅ、ＧａＮ、ＧａＰ、ＧａＡｓ、ＧａＳｂ、ＩｎＮ、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＡｌＡｓ、ＡＩＰ、ＡｌＳｂ、ＡＩＳ、Ｇｅ、Ｓｉ、Ｐｂ、ＰｂＳ、ＰｂＳｅ、その合金、およびその混合物から成る群からそれぞれ選択されるものである。
【請求項１３】
請求項１２の半導体ナノ結晶複合体において、前記コアはＣｄＳｅであり、前記シェルはＺｎＳである。
【請求項１４】
請求項１３の半導体ナノ結晶複合体において、前記カチオン性ポリマーは前記ＨＩＶ  ｔａｔタンパク質のタンパク質形質導入ドメイン由来のｔａｔペプチドである。
【請求項１５】
請求項１４の半導体ナノ結晶複合体において、前記ｔａｔペプチドは前記配列ＲＫＫＲＲＱＲＲＲ（配列ＩＤ番号：１）を有するものである。
【請求項１６】
請求項１３の半導体ナノ結晶抱合体において、前記カチオン性ポリマーは５〜２５個連続するＬｙｓおよび／またはＡｒｇ残基を有するものである。
【請求項１７】
生体膜を貫通した前記半導体ナノ粒子の輸送を提供する条件下において、細胞と前記請求項１の半導体ナノ粒子複合体との接触を有する、生体膜を貫通した半導体ナノ粒子の輸送を向上させる方法。
【請求項１８】
前記生体膜を貫通した前記半導体ナノ粒子の輸送を提供する条件下、細胞と前記請求項１２の半導体ナノ結晶複合体との接触を有する、生体膜を貫通した半導体ナノ粒子の輸送を向上させる方法。
【請求項１９】
前記生体膜を貫通した前記半導体ナノ粒子の輸送を提供する条件下、細胞と前記請求項１４の半導体ナノ結晶複合体との接触を有する、生体膜を貫通した半導体ナノ粒子の輸送を向上させる方法。
【請求項２０】
前記生体膜を貫通した前記半導体ナノ粒子の輸送を提供する条件下、細胞と前記請求項１６の半導体ナノ結晶複合体との接触を有する、生体膜を貫通した半導体ナノ粒子の輸送を向上させる方法。
【請求項２１】
上記請求項１８の方法において、前記細胞は原核細胞である。
【請求項２２】
上記請求項１８の方法において、前記細胞は真核細胞である。
【請求項２３】
請求項２２の方法において、前記細胞はヒト細胞、マウス細胞、ラット細胞、ウシ細胞、ハムスター細胞から成る群から選択される哺乳類細胞である。
【請求項２４】
細胞の識別可能な同定方法であって、
（ａ）細胞を提供する工程と、
（ｂ）標識細胞を提供するために、半導体ナノ粒子が前記細胞膜を貫通して輸送される条件下において、前記細胞を請求項１の半導体ナノ粒子複合体と接触させる工程であって、これにより前記細胞を同定する前記接触させる工程とを有する、細胞の識別可能な同定方法。
【請求項２５】
細胞の識別可能な同定方法であって、
（ａ）細胞を提供する工程と、
（ｂ）標識細胞を提供するために、半導体ナノ結晶が前記細胞膜を貫通して輸送される条件下において、前記細胞を請求項１２の半導体ナノ粒子複合体と接触させる工程であって、これにより前記細胞を同定する前記接触させる工程とを有する、細胞の識別可能な同定方法。
【請求項２６】
細胞の識別可能な同定方法であって、
（ａ）細胞を提供する工程と、
（ｂ）標識細胞を提供するために、半導体ナノ結晶が前記細胞膜を貫通して輸送される条件下において、前記細胞を請求項１４の半導体ナノ粒子複合体と接触させる工程であって、これにより前記細胞を同定する前記接触させる工程とを有する、細胞の識別可能な同定方法。
【請求項２７】
細胞の識別可能な同定する方法であって、
（ａ）細胞を提供する工程と、
（ｂ）標識細胞を提供するために、半導体ナノ結晶が前記細胞膜を貫通して輸送される条件下において、前記細胞を請求項１６の半導体ナノ粒子複合体と接触させる工程であって、これにより前記細胞を同定する前記接触させる工程とを有する、細胞の識別可能な同定方法。
【請求項２８】
請求項２５の方法において、前記細胞は原核細胞である。
【請求項２９】
請求項２５の方法において、前記細胞は真核細胞である。
【請求項３０】
請求項２９の方法において、前記細胞はヒト細胞、マウス細胞、ラット細胞、ウシ細胞、ハムスター細胞から成る群から選択される哺乳類細胞である。
【請求項３１】
細胞の混合集団における細胞の同定方法であって、
（ａ）第１細胞を提供する工程と、
（ｂ）コード化された第１細胞を提供するため、半導体ナノ粒子が前記細胞膜を貫通して輸送される条件で、前記細胞を請求項１の半導体ナノ粒子複合体と接触させる工程と、
（ｃ）前記コード化された第１の細胞とそれとは識別可能な第２の細胞を混合する工程であって、これにより混合細胞集団を形成する前記混合する工程と、
（ｄ）前記混合細胞集団を培養する工程と、
（ｅ）前記培養された混合細胞集団を励起エネルギー源に曝露する工程と、
（ｆ）前記コード化された細胞を同定するために半導体ナノ粒子コードを検出する工程とを有する、細胞の混合集団における細胞の同定方法。
【請求項３２】
細胞の混合集団における細胞の同定方法であって、
（ａ）第１細胞を提供する工程と、
（ｂ）コード化された第１の細胞を提供するために、半導体ナノ結晶が前記細胞膜を貫通して輸送される条件で、前記細胞を請求項１２の半導体ナノ粒子複合体と接触させる工程と、
（ｃ）前記コード化された第１細胞とそれとは識別可能な第２細胞を混合する工程であって、これにより混合細胞集団を形成する前記混合する工程と、
（ｄ）前記混合細胞集団を培養する工程と、
（ｅ）前記培養された混合細胞集団を励起エネルギー源に曝露する工程と、
（ｆ）前記コード化された細胞を同定するために半導体ナノ結晶コードを検出する工程とを有する、細胞の混合集団における細胞の同定方法。
【請求項３３】
細胞の混合集団における細胞の同定方法であって、
（ａ）第１細胞を提供する工程と、
（ｂ）コード化された第１細胞を提供するため、半導体ナノ結晶が前記細胞膜を貫通して輸送される条件で、前記細胞を請求項１４の半導体ナノ結晶複合体と接触させる工程と、
（ｃ）前記コード化された第１細胞とそれとは識別可能な第２の細胞を混合する工程であって、これにより混合細胞集団を形成する前記混合する工程と、
（ｄ）前記混合細胞集団を培養する工程と、
（ｅ）前記培養された混合細胞集団を励起エネルギー源に曝露する工程と、
（ｆ）前記コード化された細胞を検出するために半導体ナノ結晶コードを検出する工程とを有する、細胞の混合集団における細胞の同定方法。
【請求項３４】
細胞の混合集団における細胞の同定方法であって、
（ａ）第１細胞を提供する工程と、
（ｂ）コード化された第１の細胞を提供するために、半導体ナノ結晶が前記細胞膜を貫通して輸送される条件で、前記細胞を請求項１６の半導体ナノ粒子複合体と接触させる工程と、
（ｃ）前記コード化された第１細胞とそれとは識別可能な第２細胞を混合する工程であって、これにより混合細胞集団を形成する前記混合する工程と、
（ｄ）前記混合細胞集団を培養する工程と、
（ｅ）前記培養された混合細胞集団を励起エネルギー源に曝露する工程と、
（ｆ）前記コード化された細胞を同定するために半導体ナノ結晶コードを検出する工程とを有する、細胞の混合集団における細胞の同定方法。
【請求項３５】
請求項３２の方法において、前記細胞は原核細胞である。
【請求項３６】
請求項３２の方法において、前記細胞は真核細胞である。
【請求項３７】
請求項３６の方法において、前記細胞はヒト細胞、マウス細胞、ラット細胞、ウシ細胞、ハムスター細胞から成る群から選択される哺乳類細胞である。
【請求項３８】
請求項１の半導体ナノ粒子複合体と、前記半導体ナノ粒子複合体を用いてコード化細胞を調整するための使用説明書とを有するキット。
【請求項３９】
請求項１２の半導体ナノ結晶複合体と、前記半導体ナノ粒子複合体を用いてコード化細胞を調整するための使用説明書とを有するキット。
【請求項４０】
請求項１４の半導体ナノ結晶複合体と、前記半導体ナノ粒子複合体を用いてコード化細胞を調整するための使用説明書とを有するキット。
【請求項４１】
請求項１６の半導体ナノ結晶複合体と、前記半導体ナノ粒子複合体を用いてコード化細胞を調整するための使用説明書とを有するキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、生物学的用途ための半導体ナノ結晶プローブと、コード化細胞を用いた受容体の修飾因子をスクリーニングする方法に関連する。本発明は、生体膜を貫通する半導体ナノ結晶の輸送を向上させるカチオン性ポリマーの使用にも関連している。
【背景技術】
【０００２】
現代の高処理能力のスクリーニング法の需要を満たし、コンビナトリアル・ケミストリーが確立された発見と医薬品の検証システムの需要を一致させるため、多重アッセイ形式が必要である。さらに、拡大を続けるゲノム情報のレパートリーは急速に、効率的で類似の安価なアッセイ形式を必要としている。これらの多重アッセイすべてに対する必要条件は、使い易さ、結果の信頼性、高処理能力の形式、非常に速くかつ安価なアッセイの開発と実行である。
【０００３】
これらの高処理能力の技術に対して、現在、多数のアッセイ形式が利用可能である。しかし、これらの各形式には制限がある。最高に有力な高処理能力技術は、異なるアッセイを異なる空間領域に分離することに基づいている。９６ウェルプレート形式はこの分野では主力製品である。９６ウェルプレートのアッセイにおいて、（互いに壁で仕切られた）個々のウェルには様々な成分が充填され、前記アッセイが実施され、次に前記アッセイにおける各ウェルの測定がもたらされる。どのアッセイ実施されているかに関する情報は、前記ウェルの数、前記プレートにおける位置を用いて実施され、特定の位置での結果によりどのアッセイが陽性であるかを判断する。これらのアッセイは化学発光、シンチレーション、蛍光、吸光度、散乱、または非色測定に基づいており、検出スキームの詳細はアッセイされる反応によって変わる。１プレートあたり１５３６ウェルを適合させるため、アッセイのサイズは縮小されたが、このスケールにおける前記アッセイ溶液の液送と蒸発は極めて問題である。多数のウェル配列に基づく高処理能力の形式には、最適に機能させるため、複雑なロボット工学と液体分注システムが必要である。前記プレートの適切なビンに適切な溶液を分注すると、効率と汚染の観点の両方から問題が生じ、両方の性質について流体工学を最適化するためには苦労も必要である。さらに、前記処理能力は、最終的にプレートに隣接して置くことができるウェルの数と、各ウェルの容量で制限される。任意の小さなウェルは適宜少量の容量を有し、前記容量に対応するシグナルを生じ、Ｒ３に比例して縮小する。各ウェルの空間的隔離、それによる各アッセイは、単一のウェルにおける多重アッセイの実行能力を犠牲にしている。そのような単一ウェルによる多重化技術はあまり広く利用されていないが、これは主に、単一のウェルにおける異なるアッセイの結果を「逆多重化」または分割できないことが原因である。しかしそのような多重化によって、高密度ウェルのアッセイ形式の必要性を除去するものである。
【０００４】
超高処理能力のアッセイ形式に関する現在のそれぞれの技術には、いくつか制限がある。本発明は、高度な多重化アッセイにおいて利用可能な、単一の励起光源で判読可能なスペクトルを細胞にコード化する方法に関するものである。
【０００５】
スペクトルをコード化する本発明の方法は、例えば受容体作動薬または拮抗薬などの薬物候補のスクリーニング、新たな受容体の同定、または希少Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）などの受容体に関する機能的情報の獲得などのために利用されうる。ＧＰＣＲは薬物ターゲットの最も重要なファミリーの１つである。Ｇタンパク質を介したシグナリングシステムは、哺乳類及び酵母など、多くの相違した生物で同定されてきた。ＧＰＣＲは他の細胞外シグナルの中で、神経伝達物質、ホルモン、匂い物質、光に反応する。ＧＰＣＲは、それぞれ長さが約２０〜３０種類のアミノ酸である、７種類の異なる疎水性領域で特徴付けられるタンパク質の大きなスーパーファミリーであると考えられ、膜貫通ドメインを形成する。前記アミノ酸配列は前記スーパーファミリー全体にわたって保存されていないが、それぞれ系統発生学的に関連したサブファミリーには、多数の高度に保存されたアミノ酸モチーフを含み、これを使用して新しいメンバーを同定、分類することができる。個々のＧＰＣＲは特定のシグナル伝達経路を活性化するが、少なくとも１０種類のシグナル伝達経路がＧＰＣＲを介して活性化することが知られている。例えば、β２−アドレナリン受容体（βＡＲ）は哺乳類ＧＰＣＲの原型である。アゴニストの結合に反応し、βＡＲ受容体はＧタンパク質（Ｇｓ）を活性化し、これが今度は前記細胞のアデニル酸シクラーゼと環状アデノシン一リン酸産生を刺激する。
【０００６】
ＧＰＣＲスーパーファミリーのメンバーは、Ｇタンパク質共役受容体キナーゼ（ＧＲＫ）のリン酸化反応の後にアレスチン結合が関与する共通のメカニズムを経由し、脱感作すると想定されてきた。前記タンパク質のβ−アレスチンは、Ｇタンパク質受容体キナーゼでリン酸化されたアゴニスト活性化受容体を結合することで、ＧＰＣＲシグナル伝達を制御する。前記β−アレスチンタンパク質は、受容体の内部移行中に前記ＧＰＣＲに対する結合を維持する。ＧＰＣＲとβ−アレスチンの相互作用は、いくつかの方法を用いて測定することができる。１つの例においては、前記β−アレスチンタンパク質が緑色蛍光タンパク質に融合され、タンパク質融合を作る（Ｂａｒａｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２７２（４４）：２７４９７−５００）。アゴニスト依存的なβ−アレスチンのＧＰＣＲへの結合は、蛍光顕微鏡で視覚化されうる。顕微鏡を用いて、その後のＧＰＣＲ／β−アレスチン複合体のクラスリンコーティングピットへの輸送を視覚化することもできる。生細胞でβ−アレスチンのＧＰＣＲへの結合を測定する他の方法には、ＦＲＥＴ（蛍光共鳴エネルギー移動）、ＢＲＥＴ（生物発光エネルギー移動）または酵素の相補性（Ｒｏｓｓｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９４（１６）：８４０５−１０）などの技術を含む。
【０００７】
現時点では、ほぼ４００種類のＧＰＣＲがあり、天然のリガンドと機能が知られている。内因性リガンドと名付けられたこれらの既知ＧＰＣＲは、５種類の主なカテゴリーに分類されてきた。その分類は、クラス−Ａロドプシン様、クラス−Ｂセクレチン様、クラス−Ｃ代謝調節型グルタミン酸／フェロモン、クラス−Ｄ真菌フェロモン、クラス−Ｅ  ｃＡＭＰ（タマホコリカビ）である。クラス−Ａの代表的なメンバーは、アミン受容体（例えば、ムスカリン性、ニコチン性、アドレナリン作動性、アデノシン、ドーパミン、ヒスタミン、セロトニン）、ペプチド受容体（例えば、アンジオテンシン、ブラジキニン、ケモカイン、エンドセリン、オピオイド）、ホルモン受容体（例えば、卵胞刺激ホルモン、ルトロピン、甲状腺刺激ホルモン）、ロドプシン（光）、嗅覚（臭い）、味覚（味）受容体を含む感覚受容器である。クラス−Ｂの代表例には、セクレチン、カルシトニン、ガストリン、グルカゴン受容体を含む。クラスＣ〜Ｅについてはあまり知られていない。
【０００８】
現在利用されている多くの治療薬は、血管拡張、心拍数、気管支拡張、内分泌、腸の蠕動運動を含む重要な生理的反応を介し、ＧＰＣＲを標的にしている（Ｗｉｌｓｏｎ  ａｎｄ  Ｂｅｒｇｓｍａ（２０００）Ｐｈａｒｍ．Ｎｅｗｓ  ７：１０５−１１４）。例えば、Ｐ−アドレナリン受容体のリガンドは、アナフィラキシー、ショック、高血圧、低血圧、喘息、および他の病状の治療に利用される。また、疾患はＧＰＣＲの自発的活性化を発生させることで生じ得るものであり、ＧＰＣＲ細胞反応はリガンドなしで発生する。ＧＰＣＲのアンタゴニストである薬物は、この自発的活性（逆作動として知られるプロセス）を低下させ重要な治療薬である。一般的に処方されるＧＰＣＲをベースとした薬物の例には、アテノロール（テノルミン（登録商標））、アルブテロール（ベントリン（登録商標））、ラニチジン（ザンタック（登録商標））、ロラタジン（クラリチン（登録商標））、ハイドロコドン（ビコジン（登録商標））、テオフィリン（テオドール（登録商標））、フルオキセチン（プロザック（登録商標））。
【０００９】
ＧＰＣＲは治療に重要であるため、ＧＰＣＲリガンド活性に対する化合物の迅速なスクリーニング方法が望ましい。さらに、そのような受容体を特徴付けるため、既知または推定上のＧＰＣＲリガンドとの相互作用に対する希少ＧＰＣＲのスクリーニング方法が必要である。本発明は、これらと他の必要性に合致する。
【００１０】
ペプチドおよびカチオン性ポリマーは、生体膜を貫通した様々な物質の輸送に使用されてきた。例えば、Ｔｋａｃｈｅｎｋｏら．，Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（２００３）１２５：４７００〜４７０１においては、細胞核に標的分子とする金ナノ粒子−ペプチド複合体について説明している。米国特許第６，４９５，６６３号においては、ポリ−Ａｒｇポリマーなど、輸送される薬物に結合した輸送ポリマーを用いて、生体膜を貫通する薬物と高分子を輸送する方法について説明している。米国特許第４，８４７，２４０号では、細胞膜を貫通する様々な薬物の輸送を亢進するため、高分子量のリジンポリマーの使用について説明している。ＰＣＴ国際公開公報第ＷＯ９４／０４６８６号、及びＦａｗｅｌｌら．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９４）９１：６６４〜６６８では、ｔａｔ基本領域（前記配列ＲＫＫＲＲＱＲＲＲ（配列ＩＤ番号：１）を有する残基４９−５７）を含むｔａｔタンパク質のフラグメントの利用について提案した。
【００１１】
しかし、上述の分野で生体膜を貫通して半導体ナノ粒子を輸送させるカチオン性ポリマーの利用に関連するものはない。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
半導体ナノ結晶、他の蛍光種、またはその他の検出可能な種とその組み合わせなど、半導体ナノ粒子を用いて細胞をコード化する方法と組成物が提供される。１つの観点において、多くの応用分野で非常に有利となる、異なるタイプの細胞混合物中において、個々の細胞集団を別々に同定する能力を有する方法が提供される。この方法は、数回の細胞分裂後、独特のスペクトルコードを介して１若しくはそれ以上の細胞の最初のサンプルに由来する細胞集団を同定する上で、特に有用である。前記方法は、１若しくはそれ以上の遺伝子の有無のみが異なり、機能的なアッセイを受ける多数の或いは同一の細胞の分析を円滑に行うものである。
【００１３】
スペクトルコードに基づき、いくつかの前駆体に由来する細胞の集団を検出する能力は、多くのシステムの高処理能力分析大いに促進する。さらなる実験的プロセシングを行わずに、特定の環境で増加された集団を同定することができる。希釈されたコードを有する細胞の数は、様々なスペクトルのスキャニング装置を用いて決定することができる。
【００１４】
多くの特異的結合相互作用は、結合パートナーの少なくとも１つがその「自然な」環境にある場合にのみ生じる可能性がある。この環境は細胞の膜であることが多い。従って、異なる系統または対象分子の異なる結合パートナーを発現した複数の細胞集団について、同時にデータを問い合わせる方法を有するためには、これらの細胞を個別にコード化する能力を必要とする。本発明では、ＳＣＮＣ、他の蛍光種、またはそれ以外の検出可能な種とその組み合わせを用いることによりこの様なことを行う方法について説明している。これは例えば、高処理能力の細胞を基本としたスクリーニングシステムにおいて有用である。１つの例としては、Ｇ−タンパク質共役受容体とその結合パートナーを分析するものがあり、これらの受容体は脂質二重層に７回掛かり、この立体構造にある時にのみパートナーと結合することができる。
【００１５】
本発明の別の有用性は、混合集団の場合に特定の集団の運命に従うように、個別にコード化した細胞用の方法としてあるものである。
【００１６】
本発明は細胞膜を貫通する半導体ナノ結晶などの半導体ナノ粒子の向上した輸送を提供する方法にも関連し、それによって非常に多重化したアッセイに用いることができる細胞をコード化している。スペクトルをコード化する本発明の方法は、例えば、多数の異なる細胞タイプが表現型についてコード化され、さらに測定される複数の環境で利用することができる。多数の識別可能な半導体ナノ粒子を利用し、同時に異なるスペクトルでコードされた細胞を分析することができる。本発明は、これらに限らないが、真核細胞膜、原核細胞膜、細胞壁を含む多数の生体膜を貫通する半導体ナノ粒子の輸送を亢進するために使用することができる。本法は、細胞の移動度に従うなど、細胞のトラッキングとｉｎ  ｖｉｖｏでの応用についてシングルプレックス（ｓｉｎｇｌｅ−ｐｌｅｘ）タイプのアッセイにおいても有用である。
【００１７】
従って、１つの観点において、生体膜を貫通する半導体ナノ粒子と関連種などの半導体ナノ粒子の輸送を向上させる方法が提供される。前記方法には、関連カチオン性ポリマーとこれらの種の利用を伴う。この方法で細胞を標識することで、個別の細胞集団を個別に同定された様々なタイプの細胞とすることができる。この方法は、数回の細胞分裂後、独特のスペクトルコードを介して１若しくはそれ以上の細胞の最初のサンプルに由来する細胞集団を同定する上で、特に有用である。前記方法は、１若しくはそれ以上の遺伝子の有無のみが異なり、さらに機能的なアッセイを受ける多数の或いは同一細胞の分析を容易にするものである。
【００１８】
スペクトルコードに基づき、いくつかの前駆体に由来する細胞の集団を検出する能力は、多くのシステムの高処理能力分析を非常に促進するものである。これは、さらにいかなる実験処理をも行わずに、特定の環境で増加された集団を同定することができる。希釈されたコードを有する細胞の数は、様々なスペクトル走査装置を用いて決定することができる。
【００１９】
本発明の別の有用性は、混合集団の場合に特定の集団の運命に従うように、個別にコードした細胞用の方法としてあるものである。
【００２０】
従って本発明では、生体膜を貫通して半導体ナノ粒子の輸送を向上することができるカチオン性ポリマーと関連した、半導体ナノ粒子を有する半導体ナノ粒子の複合体を提供する。
【００２１】
特定の実施形態において、前記半導体ナノ粒子は半導体ナノ結晶である。前記半導体ナノ結晶は、コアと選択的ににシェルを有することができる。前記コアおよび前記シェルは、ＺｎＳ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＨｇＳ、ＨｇＳｅ、ＨｇＴｅ、ＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅ、ＣａＳ、ＣａＳｅ、ＣａＴｅ、ＳｒＳ、ＳｒＳｅ、ＳｒＴｅ、ＢａＳ、ＢａＳｅ、ＢａＴｅ、ＧａＮ、ＧａＰ、ＧａＡｓ、ＧａＳｂ、ＩｎＮ、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＡｌＡｓ、ＡＩＰ、ＡｌＳｂ、ＡＩＳ、Ｇｅ、Ｓｉ、Ｐｂ、ＰｂＳ、ＰｂＳｅ、その合金、その混合物から成る群から選択されうる。
【００２２】
さらなる実施形態において、前記カチオン性ポリマーは、配列ＲＫＫＲＲＱＲＲＲ（配列ＩＤ番号：１）を有するペプチドなど、ＨＩＶ  ｔａｔタンパク質のタンパク質形質導入ドメインのｔａｔペプチドである。他の実施形態において、前記カチオン性ポリマーは５〜２５個の隣接するＬｙｓおよび／またはＡｒｇ残基を有する。
【００２３】
またさらなる実施形態において、前記生体膜は細胞膜である。
【００２４】
さらなる実施形態において、本発明は、生体膜を貫通する前記半導体ナノ結晶の輸送を向上することができるカチオン性ポリマーと関連した半導体ナノ結晶を有する半導体ナノ結晶複合体に関するものであり、前記半導体ナノ結晶はコアとシェルを有し、前記コアと前記シェルはＺｎＳ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＨｇＳ、ＨｇＳｅ、ＨｇＴｅ、ＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅ、ＣａＳ、ＣａＳｅ、ＣａＴｅ、ＳｒＳ、ＳｒＳｅ、ＳｒＴｅ、ＢａＳ、ＢａＳｅ、ＢａＴｅ、ＧａＮ、ＧａＰ、ＧａＡｓ、ＧａＳｂ、ＩｎＮ、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＡｌＡｓ、ＡＩＰ、ＡｌＳｂ、ＡＩＳ、Ｇｅ、Ｓｉ、Ｐｂ、ＰｂＳ、ＰｂＳｅ、その合金、その混合物をから成る群からそれぞれ選択されるものである。
【００２５】
特定の実施形態において、前記コアはＣｄＳｅあり、前記シェルはＺｎＳである。
【００２６】
さらなる実施形態において、前記カチオン性ポリマーは、配列ＲＫＫＲＲＱＲＲＲ（配列ＩＤ番号：１）を有するペプチドなど、前記ＨＩＶ  ｔａｔタンパク質のタンパク質形質導入ドメインのｔａｔペプチドである。他の実施形態において、前記カチオン性ポリマーは５〜２５個の隣接するＬｙｓおよび／またはＡｒｇ残基を有する。
【００２７】
またさらなる実施形態において、本発明は、生体膜を貫通する半導体ナノ結晶の輸送を向上させる方法を対象としており、生体膜を貫通して前記半導体ナノ結晶の輸送を提供する条件下において、細胞を上述の前記半導体ナノ粒子と接触する工程を有するものである。
【００２８】
さらなる実施形態において、本発明は、細胞の識別可能な同定方法を対象としており、
（ａ）細胞を提供する工程と、
（ｂ）標識した細胞を提供するため、半導体ナノ結晶が前記細胞膜を貫通して輸送される条件で、前述の半導体ナノ粒子複合体と細胞を接触させる工程、それによって前記細胞を同定する工程を有する。
【００２９】
またさらなる実施形態において、本発明は、混合細胞集団において細胞を同定する方法を対象としており、
（ａ）第１の細胞を提供する工程と、
（ｂ）コ―ド化された第１の細胞を提供するため、半導体ナノ結晶が細胞膜を貫通して輸送される条件で、前述の半導体ナノ粒子複合体と細胞を接触させる工程と、
（ｃ）前記コード化された第１の細胞と第２の細胞を混合し、それから混合細胞集団を形成する、前記混合工程と、
（ｄ）前記混合細胞集団を培養する工程と、
（ｅ）前記培養された混合細胞集団を励起エネルギー源に曝露する工程と、
（ｆ）前記コード化された細胞を同定するために、半導体ナノ粒子コードを検出する工程とを有する。
【００３０】
前述の方法いずれかに関する特定の実施形態において、前記細胞は原核細胞または真核細胞である。さらに、前記細胞はヒト細胞、マウス細胞、ラット細胞、ウシ細胞、ハムスター細胞から成る群から選択される哺乳類細胞であっても良い。
【００３１】
本発明の方法を実行するために有用な試薬を有するキットも提供される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３２】
本発明の実行においては、他に指示されていない限り、合成有機化学、生化学、分子生物学などの従来の手法を利用しており、これらは本分野の技術の範囲内である。そのような技術は、以下の文献で完全に説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ  &  Ｍａｎｉａｔｉｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：４  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（１９８９）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；Ｎｕｃｌｅｉｃ  ，ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｄ．Ｈａｉｎｅｓ  &  ＳＪ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，１９８４）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｋｉｒｋ−Ｏｔｈｍｅｒ’ｓ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ；ａｎｄ  Ｈｏｕｓｅ’ｓ  Ｍｏｄｅｍ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｒｅａｃｔｉｏｎｓを参照。
【００３３】
本明細書において述べたすべての文献は、前記参考文献が引用された特定の物質と方法について開示および説明する目的で、ここに参考文献として組み込まれる。本明細書において考察された参考文献は、本出願の出願日前の開示について単独で提供される。本明細書は、本発明が先行発明に基づき、そのような開示を予期する権利はないことを承認するように解釈されるものではない。
【００３４】
本明細書および添付の請求項に用いられるとおり、内容が明確に他を示していない限り、単数型の「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」は複数の言及も含めることにも留意するべきである。従って、例えば、「細胞」という言及は、２若しくはそれ以上の細胞などを含む。
【００３５】
それ以外に定義されているか、内容が他を明確に示しているのではない限り、本文に用いられるすべての技術的、科学的用語は、本発明が属する分野の通常の当業者の１人によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本文に説明したものと同様またはそれに相当するすべての方法および材料は、本発明を実行または検討するために用いることができるが、好適な方法と材料が以下に記載される。
【００３６】
以下のアミノ酸の略語が本文中で使用される。  
アラニン：Ａｌａ（Ａ）      アルギニン：Ａｒｇ（Ｒ）
アスパラギン：Ａｓｎ（Ｎ）  アスパラギン酸：Ａｓｐ（Ｄ）
システイン：Ｃｙｓ（Ｃ）    グルタミン：Ｇｌｎ（Ｑ）
グルタミン酸：Ｇｌｕ（Ｅ）  グリシン：Ｇｌｙ（Ｇ）
ヒスチジン：Ｈｉｓ（Ｈ）    イソロイシン：Ｉｌｅ（Ｉ）
ロイシン：Ｌｅｕ（Ｌ）      リジン：Ｌｙｓ（Ｋ）
メチオニン：Ｍｅｔ（Ｍ）    フェニルアラニン：Ｐｈｅ（Ｆ）
プロリン：Ｐｒｏ（Ｐ）      セリン：Ｓｅｒ（Ｓ）
トレオニン：Ｔｈｒ（Ｔ）    トリプトファン：Ｔｒｐ（Ｗ）
チロシン：Ｔｙｒ（Ｙ）      バリン：Ｖａｌ（Ｖ）
１．定義
本発明の説明では、以下の用語が使用され、以下に示すとおり定義することを意図している。
【００３７】
本明細書において用いられる「生体膜」という用語は、前記細胞外空間から細胞または細胞群を分離する脂質含有細胞を指す。細胞膜には、これだけに限らないが、ミトコンドリア膜、核膜などの原形質膜、細胞壁、細胞内オルガネラ膜を含む。
【００３８】
半導体ナノ結晶または同種のものなど、半導体ナノ粒子の生体膜を貫通する「輸送を向上する」ことから、カチオン性ポリマーなどの輸送剤が、関連半導体ナノ粒子に程度（つまり量）および／または生体膜を貫通する膜内外輸送率を与える効果があることを意味しており、これは前記輸送剤が関与していない場合の半導体ナノ粒子の前記程度および/または半導体ナノ粒子の膜内外輸送率よりも大きいものである。輸送向上は、同条件で輸送されるカチオン性ポリマーと関連性がない半導体ナノ粒子の輸送と、そのような関連性を有する半導体ナノ粒子を比較することで決定される。
【００３９】
本明細書において用いられる「ポリマー」という用語は、従来の意味で用いられており、２若しくはそれ以上のモノマー単位を有する化合物を指し、直鎖または枝分かれしたポリマーを含むことを意図し、前記「枝分かれしたポリマー」という用語は、簡単な枝分かれ構造と超分岐および樹状ポリマーを含む。前記「モノマー」という用語は、ポリマーではない化合物を指すためにここで用いられている。前記「ポリマー」という用語には、ここで用いるとおり、ホモポリマーと共重合体（ランダムおよびブロック）を含む。ここで用いる「ポリマー」は自然に発生するか、化学的に修飾されているか、化学的に合成されていてもよい。ペプチドは、同一または非同一で、自然に発生させるか、非自然的に発生させ、ペプチド結合で結合されたアミノ酸サブユニットでできるポリマーの例である。
【００４０】
本明細書で用いられる「カチオン性ポリマー」という用語は、前記ポリマーと関連している場合に、選択した生体膜を貫通した半導体ナノ粒子の輸送を向上させるために十分な一連の正電荷を含むポリマーを指す。前記ポリマーは正味の正電荷を有してもよい。代わりに、前記複数の正電荷は一次構造で十分な配列、または三次構造で十分な空間配置、またはその両方を形成し、前記分子が正味の正電荷すべてを有していなくても、細胞取り込みを亢進させることができる。好ましくは、前記カチオン性ポリマーが約５〜約５０のサブユニット、より好ましくは約５〜約２５のサブユニット、または６、７、８、９、１０．．．１５．．．２０．．．２５など、これらの範囲内の数と、正電荷を有する前記サブユニットの少なくとも半数を含む。
【００４１】
本明細書で用いられる「ペプチド」という用語は、Ｄ−またはＬ−アミノ酸の単鎖またはペプチド結合で結合したＤ−またはＬ−アミノ酸の混合物でできた化合物を指すために用いられる。一般に、ペプチドは少なくとも２つのアミノ酸残基を含み、長さ約５０アミノ酸未満である。
【００４２】
「ポリ−アルギニン」、「ポリ−リジン」、「ポリ−Ａｒｇ」、「ポリ−−Ｌｙｓ」といった用語、および他の天然または非天然アミノ酸に関連した同様の用語は、アルギニン、リジン、などの特定のアミノ酸と隣接した残基のポリマー配列を指し、ポリ−Ｌ−アルギニン、ポリ−Ｌ−リジンなどはすべてＬ−アルギニン、Ｌ−リジンなどを指し、ポリ−Ｄ−アルギニン、ポリ−Ｄ−リジンなどはすべてＤ−アルギニン、Ｄ−リジンなどを指す。ポリ−Ｌ−アルギニン、ポリ−Ｌ−リジンなども、この表に示されたアミノ酸の３または１文字コードで略され、前記ペプチドの同様の残基が続く（例えば、Ｄ−Ａｒｇ９は９−ｍｅｒの隣接するＤ−アルギニン残基を示す）。
【００４３】
本明細書においては「グアニジル」、「グアニジニル」、「グアニジノ」という用語を同義的に用い、式−ＨＮ＝Ｃ（ＮＨ２）ＮＨ（非プロトン体）を有する部分を指す。例として、アルギニンにはグアニジル（グアニジノ）部分を含み、２−アミノグアニジノ吉草酸またはα−アミノ−δ−グアニジノ吉草酸も指す。「グアニジニウム」は正電荷の共役酸型を指す。
【００４４】
「アミジニル」および「アミジノ」は、式−Ｃ（＝ＮＨ）（ＮＨ２）を有する部分を指す。「アミジニウム」は正電荷の共役酸型を指す。
【００４５】
「ナノ粒子」という用語は、一般に半導体または金属粒子などの粒子を指し、約１ｎｍ〜約１０００ｎｍの範囲、好ましくは約２ｎｍ〜約５０ｎｍの範囲、より好ましくは約２ｎｍ〜約２０ｎｍの範囲の直径を有する（例えば、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０ｎｍ）。
【００４６】
「半導体ナノ粒子（ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅ）」および「半導体ナノ粒子（ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｉｖｅ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅ）」という用語は、１若しくはそれ以上の半導体保護層内に含まれる無機半導体物質、合金または他の無機半導体物質の混合物、無機半導体物質、または無機または有機半導体コアから成る上述のナノ粒子を指す。
【００４７】
「金属ナノ粒子」は、１若しくはそれ以上の金属保護層内に含まれる金属物質、合金または他の金属物質の混合物、または金属コアから成る上述のナノ粒子を指す。
【００４８】
本明細書において「半導体ナノ結晶」（ＳＣＮＣ）、「量子ドット」、および「Ｑｄｏｔ（登録商標）ナノ結晶」は同義的に用いられ、蛍光の（つまり、励起により電磁波放射を放出することができる）無機結晶物質から成る半導体ナノ粒子を指し、これには第２の半導体物質の保護膜または「シェル」内に任意に含まれる１若しくはそれ以上の第１の半導体物質の内核を含む。半導体シェルで囲まれた半導体ナノ結晶コアは、「コア／シェル」半導体ナノ結晶を指す。前記周囲のシェル物質は、好ましくはバンドギャップエネルギーを有し、これは前記コア物質のバンドギャップエネルギーより大きく、前記コア基質に近い原子間隔を有するように選択されてもよい。前記コアおよび／またはシェルの適切な半導体物質には、これだけに限らないが、周期表の２および１２族から選択した第１の元素と１６族から選択した第２の元素から成る物質（例えば、ＺｎＳ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＣＤｓ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＨｇＳ、ＨｇＳｅ、ＨｇＴｅ、ＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅ、ＣａＳ、ＣａＳｅ、ＣａＴｅ、ＳｒＳ、ＳｒＳｅ、ＳｒＴｅ、ＢａＳ、ＢａＳｅ、ＢａＴｅなど）、周期表の１３族から選択した第１の元素と１５族から選択した第２の元素から成る物質（ＧａＮ、ＧａＰ、ＧａＡｓ、ＧａＳｂ、ＩｎＮ、ＩｎＰ、ＩｈＡｓ、ＩｎＳｂなど）、１４族の元素から成る物質（Ｇｅ、Ｓｉなど）、ＰｂＳ、ＰｂＳｅなどの物質、その合金および混合物を含む。ここで用いるとおり、元素周期表とその族の参照はすべて、Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｐｈｙｓｉｃｓ，８ｌｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２０００）に記載のとおり、元素の族の番号を付けるため、新しいＩＵＰＡＣシステムを参照している。
【００４９】
ＳＣＮＣは、選択的に、有機キャッピング剤の「コーティング」により囲まれているものである。前記有機キャッピング剤はどの数の物質であってもよいが、前記ＳＣＮＣの表面に親和性を有する。一般に、前記キャッピング剤は単離された有機物質、ポリマー（または重合反応のモノマー）、無機複合体、または拡張された結晶構造とすることができる。前記コーティングを利用し、溶解性、例えばコーティングされたＳＣＮＣを均一に選択された溶媒、機能性、結合性などに分散する能力を伝えることができる。さらに、前記コーティングを利用し、前記ＳＣＮＣの光学的性質を調節することができる。
【００５０】
従って、本明細書において用いられる前記「半導体ナノ結晶」、「ＳＣＮＣ」、「量子ドット」、「Ｑｄｏｔ（登録商標）ナノ結晶」という用語には、コーティングされたＳＣＮＣコアと、コア／シェルＳＣＮＣを含む。
【００５１】
「単分散」粒子には粒子の集団を含み、前記集団の粒子の少なくとも約６０％、より好ましくは約７５％〜約９０％若しくはそれ以上、或いはこれらの記載範囲にある任意の割合で、前記集団内の粒子が特定の粒子サイズの範囲内にある。単分散粒子の集団は直径１０％  ｒｍｓ（ルート−平均−二乗）未満の逸脱であり、好ましくは５％  ｒｍｓ未満の逸脱である。
【００５２】
「１若しくはそれ以上のＳＣＮＣのサイズ」という表現は、「１若しくはそれ以上の粒子サイズのＳＣＮＣの分布」という表現と同義語として用いられている。当業者であれば、特定のサイズのＳＣＮＣが実際に粒子サイズの分布として得られることに気付くはずである。
【００５３】
「発光」は、物体からの電磁波放射（光）を発光するプロセスを意味している。発光は、光子の形態で対応するエネルギーを放出しながらシステムが励起状態から低エネルギー状態に移行する場合に生じる。これらのエネルギー状態は、電子、振動、回転、またはその組み合わせとすることができる。発光の原因となる移行は、システムに化学的に保存されるか、外部電源からシステムに追加されたエネルギーを放出することで刺激されうる。外界のエネルギー源は、化学的、熱的、電気的、磁気的、電磁気的、物理的などを含む様々なタイプ、または基底状態よりもエネルギーが高い状態に励起されるシステムを発生できる他のタイプのエネルギーであってもよい。例えば、システムは、光子の吸収、電場に置くこと、または化学的酸化還元反応により、励起されることができる。発光中に放出された光子のエネルギーは、低エネルギーのマイクロ波放射から高エネルギーのＸ線照射の範囲とすることができる。典型的には、発光はＵＶからＩＲ放射の範囲の光子を指す。
【００５４】
「選択的結合」は、サンプル中の他の成分と比べ、結合対の１つが２つ目に結合する傾向が増加することを指す。
【００５５】
「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、「核酸」、「核酸分子」という用語は本明細書において同義的に用いられ、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指し、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、そのアナローグ、またはその混合物を含んでもよい。この用語は、前記分子の一次構造のみを指す。従って、前記用語には三本鎖、二本鎖、一本鎖のデオキシリボ核酸（「ＤＮＡ」）と、三本鎖、二本鎖、一本鎖のリボ核酸（「ＲＮＡ」）を含む。前記ポリヌクレオチドは、例えば、アルキル化、および／またはキャッピングにより修飾された形態と未修飾の形態を含んでいてもよい。より具体的は、前記「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、「核酸」、「核酸分子」は、スプライシングされているか否かにかかわらず、ポリデオキシリボヌクレオチド（２−デオキシ−Ｄ−リボースを含む）とｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｈＲＮＡ、ｍＲＮＡなどの、ポリリボヌクレオチド（Ｄ−リボースを含む）、プリンまたはピリミジン塩基のＮ−またはＣ−グリコシドにある他のタイプのポリヌクレオチド、例えば、ポリアミド（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ））およびポリモルフォリノ（Ａｎｔｉ−Ｖｉｒａｌｓ，Ｉｎｃ．、オレゴン州コーバリスでＮｅｕｇｅｎｅとして販売されている）ポリマーなどの非ヌクレオチド骨格を含むポリマー、他の合成配列特異的核酸ポリマーを含み、前記ポリマーが核酸塩基の配置、ＤＮＡやＲＮＡにみられるような塩基対と塩基の積み重ねが可能な立体配置において核酸塩基を含む前記ポリマーが提供される。「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、「核酸」、「核酸分子」という用語の間において、長さの違いがあることものではなく、これらの用語は本明細書において同義的に用いられる。これらの用語は、前記分子の一次構造のみを指す。従って、これらの用語には、例えば、３’−デオキシ−２’，５’−ＤＮＡ、オリゴデオキシリボヌクレオチドＮ３’−Ｐ５’ホスホロアミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅｓ）、オリゴデオキシリボヌクレオチドＮ３’−Ｐ５’チオホスホロアミデート（ｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅｓ）、２’−Ｏ−アルキル−置換ＲＮＡ、二本鎖および一本鎖ＤＮＡ、および二本鎖および一本鎖ＲＮＡ、例えばＤＮＡとＲＮＡまたはＰＮＡとＤＮＡまたはＲＮＡのハイブリッドなど、そのハイブリッドを含み、既知のタイプの標識、アルキル化、「キャップ」などの修飾、アナローグと１若しくはそれ以上の置換、例えば、非荷電の結合（例えば、メチルホスホン酸塩、ホスホトリエステル、ホスホロアミデート、チオホスホロアミデート、カルバメートなど）、負に帯電した結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）、および正に帯電した結合（例えば、アミノアルキルホスホロアミデート、アミノアルキルホスホトリエステル）を持つもの、例えばタンパク質（酵素を含む（例えばヌクレアーゼ）、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リジンなど）などのペンダント部分を含むもの、挿入剤（例えば、アクリジン、ソラーレンなど）を持つもの、（例えば、金属、放射性金属、ボロン、酸化金属など）のキレートを含むもの、アルキル化剤を含むもの、修飾された結合を持つもの（例えば、αアノマー核酸など）、およびポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの無修飾形態などのヌクレオチド間修飾も含む。
【００５６】
本明細書において用いられているように、「ヌクレオシド」と「ヌクレオチド」は、既知のプリンとピリミジン塩基だけでなく、修飾された他の複素環塩基を含むこれらの部分を含むことが理解される。そのような修飾は、メチル化プリンまたはピリミジン、アシル化プリンまたはピリミジン、または他のヘテロ環を含む。修飾されたヌクレオシドまたはヌクレオチドもまた糖部分における修飾を含む可能性があり、例えば、１若しくはそれ以上の前記ヒドロキシル基はハロゲン、脂肪族基で置換されるか、またはエーテル、アミンなどで官能基化される。「ヌクレオチド単位」という用語は、ヌクレオシドとヌクレオチドを含むことを意図している。
【００５７】
さらに、ヌクレオチド単位の修飾は、それぞれ相補的なピリミジンまたはプリンに対して水素結合を形成するプリンまたはピリミジン塩基において、再配列、付加、置換、或いはそれ以外に変化させた官能基を含む。このようにして得られた修飾ヌクレオチド単位は、選択的に他のそのような修飾ヌクレオチド単位があるが、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、またはＵがない塩基対を形成することができる。前記ポリヌクレオチドの機能を妨げない基底部位を組み込むことができる。前記ポリヌクレオチドの残基の一部またはすべてが、１若しくはそれ以上の方法で修飾される可能性がある。
【００５８】
チミジンのＮ３−ＨおよびＣ４−オキシと、それぞれアデノシンの前記ＮＩおよびＣ６−ＮＨ２の間、シチジンのＣ２−オキシ、Ｎ３、およびＣ４−ＮＨ２，と、それぞれグアノシンのＣ２ＮＨ２、Ｎ’−Ｈ、およびＣ６−オキシの間において水素結合を形成することができる条件下で、標準的なＡ−ＴおよびＧ−Ｃ塩基対が形成する。従って、例えば、グアノシン（２−アミノ−６−オキシｐ−Ｄ−リボフラノシル−プリン）が修飾され、イソグアノシン（２−オキシアミノＰ−Ｄ−リボフラノシル−プリン）を形成してもよい。そのような修飾では、シトシンと標準的な塩基対を効果的に形成することができないヌクレオチド塩基が生じる。しかし、シトシン（１−β−Ｄ−リボフラノシル−２−オキシ−４−アミノ−ピリジン）を修飾し、イソシトシン（１−β−Ｄ−リボフラノシル−２−アミノ−４−オキシ−ピリジン）を形成すると、修飾されたヌクレオチドが生じ、これはグアノシンと効果的に塩基対を形成しないが、イソグアノシンと塩基対を形成する。イソシトシンはＳｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（ミズーリー州、セントルイス）から入手でき、イソシチジンはＳｗｉｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３２：１０４８９−１０４９６およびここで引用した参考文献に記載された方法によって調整されてもよく、２’−デオキシ−５−メチル−イソシチジンはＴｏｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１５：４４６１−４４６７およびここで引用した参考文献の方法で調整されてもよく、イソグアニンヌクレオチドはＳｗｉｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）、上記、Ｍａｎｔｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｂｉｏｃｈｅｍ．１４：５５９３−５６０１で説明された方法を用いるか、Ｃｏｌｌｉｎｓらの米国特許番号第５，７８０，６１０号で報告された方法によって調整されてもよい。他の非天然塩基対は、２，６−ジアミノピリジンとその成分（１−メチルピラゾロ−［４，３］ピリジン−５，７−（４Ｈ，６Ｈ）−ジオンの合成に関してＰｉｃｃｉｒｉｌｌｉら．（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ  ３４３：３３〜３７において報告された方法で合成されてもよい。Ｌｅａｃｈら．（１９９２）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：３６７５〜３６８３および上述のＳｗｉｔｚｅｒら．で報告されるものなど、唯一の塩基対を形成する他のそのような修飾ヌクレオチド単位は既知である。
【００５９】
「核酸プローブ」と「プローブ」は同義的に用いられ、上述で定義されたように、対応する標的に結合することができる核酸配列を含むポリヌクレオチドを有する構造を指す。プローブのポリヌクレオチド領域は、ＤＮＡ、および／またはＲＮＡ、および／または合成ヌクレオチドアナローグから成っていてもよい。
【００６０】
「相補的」または「実質的に相補的」は、例えば、配列決定または増幅された一本鎖核酸で、二本鎖ＤＮＡ分子の二本鎖間、またはポリヌクレオチドプライマーとプライマー結合部位の間など、ヌクレオチドまたは核酸の間でハイブリダイズまたは塩基対を形成する能力を指す。相補的核酸は、一般にＡおよびＴ（またはＡおよびＵ）、またはＣおよびＧである。前記一本鎖ヌクレオチドが好ましくは、配列および比較され、適当なヌクレオチドの挿入または欠失、前記他の鎖のヌクレオチドの少なくとも８０％、通常は少なくとも約９０％〜９５％、より好ましくは約９８〜１００％を有する塩基対を有する場合、２つの一本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡ分子は実質的に相補的であると言える。 
また、その相補体に対して選択的なハイブリダイゼーション条件下において、ＲＮＡまたはＤＮＡ鎖がハイブリダイズする場合、実質的な相補性が存在する。一般的には、少なくとも１４〜２５ヌクレオチドの伸長を超えて、少なくとも約６５％、好ましくは少なくとも約７５％、より好ましくは少なくとも約９０％の相補性がある場合、選択的ハイブリダイゼーションが生じる。Ｋａｎｅｈｉｓａ（１９８４）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１２：２０３を参照。
【００６１】
選択的結合の形態としての「選択的ハイブリダイゼーション」は、あるサンプル中において相補的な標的ポリヌクレオチドに結合するあるポリヌクレオチドが、前記サンプル中の非相補的ポリヌクレオチドと比べて、または少なくとも１セットのハイブリダイゼーション条件下、前記１つのポリヌクレオチドがヘパリンまたはスタイン−ループ構造などの内部二次構造を形成する傾向と比べて、増加傾向であることをことを指す。
【００６２】
厳密なハイブリダイゼーション条件は、一般的には約１Ｍ未満、より一般的には約５００ｍＭ未満、好ましくは約２００ｍＭ未満の塩濃度を含む。ハイブリダイゼーション温度は５Ｃと低くすることができるが、一般的には２２Ｃ以上、より一般的には約３０Ｃ以上、好ましくは約３７Ｃを超える温度である。長いフラグメントでは、特定のハイブリダイゼーションについて、高いハイブリダイゼーション温度を必要とすることもある。他の因子は塩基の組成や相補的な鎖の長さ、有機溶媒の有無、塩基ミスマッチの程度を含むハイブリダイゼーションの厳密性に影響する可能性があり、利用したパラメーターの組み合わせはどれか１つのみよりも重要であるコントロールされうる他のハイブリダイゼーション条件には、緩衝液のタイプと濃度、溶液のｐＨ、ブロッキング試薬の有無と濃度を含み、繰り返し配列やブロッキングタンパク質溶液、界面活性剤タイプや濃度、前記ポリヌクレオチド、金属イオンの相対的な濃度とそれらの濃度、キレート剤とその濃度を上昇させるポリマーなどの分子、当該分野で既知の他の条件など、結合の背景を減少させる。あまり厳密ではない、および／またはより生理的なハイブリダイゼーション条件が利用されており、基質の有無にかかわらず、標識されたポリヌクレオチドの増幅産物サイクルは、分子標識アッセイなどのＰＣＲ増幅中にモニターされるリアルタイムアッセイ中、相補的プローブのポリヌクレオチドと関連する。そのようなあまり厳密ではないハイブリダイゼーション条件も、例えば逆転写またはＰＣＲなど、他の方法の側面について効果的な溶液条件を有することができる。
【００６３】
「アプタマー」（または「核酸抗体」）という用語は、本明細書においては、その形に基づき、望みの標的分子を認識し、これに結合する一本鎖または二本鎖ポリヌクレオチドを指すために用いられている。例えば、ＰＣＴ国際公開公報第ＷＯ  ９２／１４８４３号、第ＷＯ  ９１／１９８１３号、第ＷＯ  ９２／０５２８５号を参照。
【００６４】
「ポリペプチド」と「タンパク質」は本明細書においては同義的に用いられており、ペプチド結合を介して結合したアミノ酸の分子鎖を含む。前記用語は、生成物の特定の長さを指しているわけではない。従って、「ペプチド」、「オリゴペプチド」、「タンパク質」はポリペプチドの定義に含まれる。前記用語はポリペプチドを含み、例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、硫酸化などのポリペプチドの同時および／または翻訳後修飾を含む。さらに、タンパク質フラグメント、類似物（例えばホモシステイン、オルニチン、Ｄ−アミノ酸、クレアチンなど、遺伝子コードでコード化されていないアミノ酸、を含む）、天然または人工変異体またはその組み合わせ、融合タンパク質、誘導体化残渣（例えば、アミノ基のアルキル化、カルボキシル基のアセチル化またはエステル化）などがポリペプチドの意味に含まれる。
【００６５】
「基質」と「支持体」という用語は同義的に用いられ、硬質または半硬質表面を有する物質を指す。
【００６６】
本明細書において用いられるように、「結合対」という用語は、前記サンプル中の他の成分よりも大きな親和性で、互いに特異的に結合した第１および第２の分子を指す。結合対のメンバー間の結合は、一般的には非共有結合である。一般的な結合対には、免疫学的結合対（例えば、対応する抗体または結合タンパク質またはそのフラグメントと組み合わせたハプテンまたは抗原性化合物、例えば、ジゴキシゲニンおよび抗ジゴキシゲニン、フルオレセインおよび抗フルオレセイン、ジニトロフェノールおよび抗ジニトロフェノール、ブロモデオキシウリジンおよび抗ブロモデオキシウリジン、マウス免疫グロブリンおよびヤギ抗マウス免疫グロブリン）および非免疫学的結合対（例えば、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジン、ビオチン−ニュートロアビジン、ホルモン［例えば、チロキシンおよびコルチゾール］−ホルモン結合タンパク質、受容体−受容体作動薬または拮抗薬（例えば、アセチルコリン受容体−アセチルコリンまたはそのアナローグ）ＩｇＧ−タンパク質Ａ、レクチン−炭水化物、酵素−酵素共同因子、酵素−酵素−阻害剤、核酸二本鎖を形成することができる相補的ポリヌクレオチドペア）などを含む。前記結合対の１つまたは両方のメンバーは、追加分子と接合されてもよい。
【００６７】
「接続された」、「接着された」、「結合された」、「接合された」などの用語は、本明細書において同義的に使用され、それ以外で前記内容が明確に影響しているのではない限り、共有および非共有結合、吸収、物理的固定など、直接的および間接的接続、接着、結合、または接合を含む。
【００６８】
値の範囲が列挙されている場合、そのような値の間のそれぞれ部分的な範囲に沿って、それぞれ介在する整数値と、前記範囲の示された上限と下限の間にあるそれぞれその整数値も具体的に開示されることが理解される。一部範囲の上限と下限は前記範囲から独立して含まれるか除外され、いずれか、いずれでもないか、両方の限界が含まれるそれぞれの範囲も、本発明内に含まれる。考察される値は固有の限界を有し、例えば、０〜１００％の濃度で成分が存在することができるか、前記水溶液のｐＨは１〜１４の範囲とすることができ、これらの固有の限度は特に開示される。値が明白に示されている場合、前記示された値とほぼ同量の値が本発明の範囲内にもあることは理解されることとする。
【００６９】
組み合わせが開示されている場合、前記組み合わせの元素それぞれの小結合も具体的に開示され、本発明の範囲内にある。逆に、異なる元素または元素群が開示されている場合、その組み合わせも開示される。本発明のいずれかの元素は複数の代替物を有すると開示され、その発明の例では、各代替物が１つずつまたはいずれかの組み合わせで除外され、前記他の代替物もここで開示されており、本発明の１若しくはそれ以上の元素がそのような除外を有する可能性があり、そのような除外を有する元素の組み合わせすべてがこれによって開示される。
【００７０】
「特異的結合分子」と「親和性分子」という用語は、本明細書において同義的に用いられ、サンプル中にある検出可能な物質の化学的または物理的意味では、選択的に結合する分子を指す。「選択的に結合する」とは、前記分子が対象の標的に選択的に結合するか、他の分子よりも前記標的に対する結合親和性が高いことを意味する。例えば、抗体は生じた前記抗原に選択的に結合し、ＤＮＡ分子は実質的に相補的な配列に結合し、無関係の配列ではない。前記親和性分子はいずれかの分子、またはいずれかの分子の部分を有し、半導体ナノ結晶に結合することができ、そのように結合した場合は、具体的に検出可能な物質を認識することができる。そのような親和性分子には、例えば以下に示すとおり、モノマーまたはポリマー核酸、アプタマー、タンパク質、多糖類、糖など、抗体などの物質クラスを含む。例えば、Ｈａｕｇｌａｎｄの“Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｐｒｏｂｅｓ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ”（第６版）、および上述のとおり結合対を形成することができるいずれかの分子を参照。
【００７１】
「ＳＣＮＣ接合」は上述のとおり、結合ペアの１つに結合したＳＣＮＣまたは、カチオン性ポリマーに結合したＳＣＮＣである。例えば、ＳＣＮＣは前記ＳＣＮＣが結合したか、物理的に前記分子と関連したそのような分子に「連結」または「接合」するか、化学的に「関連」している。従って、これらの用語は、前記ＳＣＮＣがそれぞれ前記分子に直接結合するか、化学的リンカーなどのリンカー分子を介して結合することができることを意図している。前記用語は、例えば、共有化学結合、ファンデルワールス力などの物理的力、または疎水的相互作用などの物理的結合、カプセル化、包埋、非共有相互作用、吸着などの項目を示す。例えば、ナノ結晶はアビジン、ストレプトアビジン、ニュートラアビジンなどのタンパク質と結合することができるビオチンと関連している可能性がある。
【００７２】
細胞とＳＣＮＣまたはその他の検出可能な部分を有する組成物と関して用いられる場合、「関連」という用語は、前記細胞内に含まれる核、細胞質、細胞小器官において、ＳＣＮＣが含まれている前記細胞が含まれており、全体または部分的に前記細胞内において細胞質膜、核膜、または他の膜に埋め込まれ、前記細胞内または前記細胞膜において分子に結合し、または環境に抵抗するか、前記環境が変化し、実験的操作、候補薬剤への曝露など、それ以外に前記細胞に固定されたＳＣＮＣが含まれている前記細胞が含まれていることが意図される。
【００７３】
本明細書において用いらる「抗体」という用語は、ポリクローナルおよびモノクローナル製剤の両方から得られる抗体、およびハイブリッド（キメラ）抗体分子（例えば、Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  Ａ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３−２９９および米国特許第４，８１６，５６７号を参照）、Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）フラグメント、Ｆｖ分子（非共有ヘテロ二量体、例えば、Ｉｎｂａｒら．（１９７２）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ６９：２６５９〜２６６２、およびＥｈｒｌｉｃｈら．（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９：４０９１４０９６）、一本鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）（例えば、Ｈｕｓｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ  Ｎａｄ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：５８７９〜５８８３）、二量体および三量体抗体フラグメント作成物、ミニ抗体（例えば、Ｐａｃｋら（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９〜１５８４；Ｃｕｍｂｅｒ  ｅｔ  Ａ（１９９２）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １４９Ｂ：１２０〜１２６）、ヒト抗体分子（例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｒｍら．（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３〜３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４〜１５３６；および英国特許公開番号第ＧＢ２，２７６，１６９号、１９９４年９月２１日公開）、およびそのような分子から得られる機能性フラグメントを含み、そのようなフラグメントは前記親抗体分子の特異的結合性を保持する。
【００７４】
本明細書において用いられているように、「モノクローナル抗体」は均一系抗体集団を有する抗体組成物を指す。前記用語は、前記抗体の種または供給源について限定されていないか、それが作られる方法によって限定されることを意図するものではない。従って、前記用語は、マウスハイブリドーマから得られた抗体、およびヒトハイブリドーマを用いて得られたか、マウス発現ヒト免疫グロブリン鎖遺伝子またはそのタンパク質から作られたマウスハイブリドーマから得られたヒトモノクローナル抗体を含む。例えば、Ｃｏｔｅら．（１  ９８５）Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７を参照。
【００７５】
本明細書における「多重化」は、スペクトルコードを上回るものを利用することによって、複数の細胞タイプが同時にアッセイされ得るアッセイまたは他の分析法を指し、各細胞タイプ、少なくとも１つの異なる蛍光特性を有する（例えば、励起波長、放射波長、発光強度、ＦＷＨＭ（半値全幅）、または蛍光持続時間）それぞれ異なるコードをコード化する。
【００７６】
例えば、２種類のＳＣＮＣ製剤は同じ成分を有するが、異なる粒子サイズを有し、そのため励起および／または放出長が異なっていても良い。または、２種類の製剤が前記同じ粒子サイズまたは粒子サイズの分布を有するが、異なる組成を有し、従って励起および／または放出波長も異なっていても良い。ＳＣＮＣの異なる組成を有する異なる製剤は異なる蛍光存続期間を有し得るものであり、そのため、同じ放出波長と強度を有する場合でも、例えば励起後異なる回数、コード化された基質から放出をサンプリングすることで、その放出スペクトルが区別されうる。ＦＷＨＭの差は、例えば異なる組成または同じ組成であるが異なる方法で合成されたＳＣＮＣを用い、または新しい製剤を形成するため、放出ピークの重なりを有する異なるＳＣＮＣ「製剤」を混合することで、達成されうる。
【００７７】
既知の放射波長および／または強度を有するＳＣＮＣは、コード化に用いられるＳＣＮＣを含み、接合体に用いられる他のＳＣＮＣの波長および／または強度を較正するための内部標準を提供することができる。さらに、他のナノ粒子、例えば、その例をここで表にした金属または磁気ナノ粒子は、前記コード化に用いることができる。
【００７８】
本発明の表現型アッセイは複合的な形式で行うことができる。２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、５０、１００、２００、５００、１０００種類以上のコード化された細胞タイプを用いて複合的な方法が提供され、表現型のアッセイに同時に利用することができる。
【００７９】
異なるリガンドが複合的アッセイに含まれている場合、前記異なるリガンドがコード化され、区別することができる。任意のコード化スキームを用いることができ、都合良く前記コート化スキームを利用し、１種類以上の蛍光種を利用することができ、ナノ粒子、例えば蛍光半導体ナノ結晶と他の金属または磁気ナノ粒子とすることができる。簡単にするため、以下の考察ではコード化種として半導体ナノ結晶を参照する。ただし、この仕様はいずれかの方法に制限する意図はなく、他のコード化種、例えば、金属または磁気ナノ粒子などの他のナノ粒子と、ＳＣＮＣや他のナノ粒子などのコード化種の組み合わせを利用し、以下の開示に沿って細胞をコード化できることが理解されるものとする。
【００８０】
従って、例えば、ＳＣＮＣに加え、本発明のナノ粒子も光散乱金属ナノ粒子としてもよい。そのような粒子は例えば、表面増強ラマン散乱（ＳＥＲＳ）に有用であり、これはナノメートルサイズの粒子を利用し、ここにラマン活性分子（例えば、色素または顔料、または特徴的なラマンスペクトルを示す機能群）が吸着または付着されている。金属ナノ粒子は金属または金属合金または混合物を含んでいてもよいが、ＳＥＲＳで使用する場合、銀、金、銅、リチウム、アルミニウム、白金、パラジウムなどのＳＥＲＳ活性金属が用いられる。さらに、前記粒子をコア−シェル配置とすることができ、例えば、金のコアを銀のシェルに入れてもよく、これは例えば、Ｆｒｅｅｍａｎら．（１９９６）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１００：７１８〜７２４を参照し、または前記粒子は溶液中で小さな凝集体を形成してもよい。Ｋｎｅｉｐｐ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ  ５２：１４９３。
【００８１】
さらに、有機蛍光種は、細胞のみまたはナノ粒子との組み合わせでコード化するために使用されうる。適切な蛍光種は、これらに限らないが、フルオレセイン、５−カルボキシフルオレセイン（ＰＡＭ）、ローダミン、５−（Ｔ−アミノエチル）アミノナフタレン−ｌ−スルホン酸（ＥＤＡＮＳ）、アントラニル酸、クマリン、テルビウムキレート誘導体、Ｒｅａｃｔｉｖｅ  Ｒｅｄ  ４、ＢＯＤＩＰＹ色素、シアニン色素を含む。好ましい側面では、前記有機蛍光ドナーにＡｌｅｘａ  ４８８、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ＰＥ、テキサスレッド、カスケードブルー、Ｂｏｄｉｐｙ、ＴＭＲ、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）を含む。
【００８２】
他の蛍光種を以下の表１に説明している。当業者には、本発明で使用するのに適した適当な蛍光種は周知である。
【００８３】
【表１】
2007521332.tif 000003
【００８４】
【表２】
2007521332.tif 000004
【００８５】
【表３】
2007521332.tif 000005
【００８６】
【表４】
2007521332.tif 000006
【００８７】
【表５】
2007521332.tif 000007
【００８８】
スペクトルでコード化された１若しくはそれ以上の異なる細胞集団を作成することができ、それぞれの集団は１若しくはそれ以上の異なる半導体ナノ結晶を有する。前記細胞の異なる集団、及び従って異なるアッセイは一緒に混合され、前記アッセイは前記混合された集団の存在下で実施されうる。前記個々の細胞のスペクトルの性質がスキャンされ、スペクトルコードが解読され、それによって前記細胞を同定することができる。多数の異なる半導体ナノ結晶とその組み合わせを区別することができるため、多数の異なるコード化細胞を同時に問い合わせることができる。
【００８９】
「選択」または「選択的に」は、続いて説明されるイベントまたは状況が生じても良いし、生じなくても良いことを意味しており、前記説明には前記イベントまたは状況が発生し、それが発生しない例を含むことを意味する。例えば、ＳＣＮＣを参照した「有機キャッピング剤を「コート」することで選択的に囲まれた」という前記フレーズには、そのようなコートを有するＳＣＮＣ、そのようなコートがないＳＣＮＣを含む。
【００９０】
ＩＩ．本発明を実施する方法
本発明について詳細に説明する前に、本発明が特定の製剤に限られるわけではなく、またプロセスパラメーター自体が当然変化しうることが理解される。本明細書において用いられる専門用語は、本発明の特定の実施形態のみを説明する目的であり、制限する意図はないことも理解される。
【００９１】
本明細書において説明されたものと同等または類似の多数の組成物と方法が本発明の実施に際して用いることができるが、好ましい物質と方法は本明細書において記載される。
【００９２】
上記で説明したように、本発明はＳＣＮＣおよび関連種を用いた細胞のコード化方法と、前記コード化された細胞の使用に関連している。本発明をさらに理解するため、対象方法に利用されるＳＣＮＣ、またコード化細胞を提供する詳細な説明と前記コード化細胞の利用について、より詳細な考察が以下に提供される。
【００９３】
ＳＣＮＣの生産
ＳＣＮＣは、本明細書において教示した方法、商品、組成において有用な放出特性を有するＳＣＮＣを生成する任意の方法と任意の技術によって作られうる。前記ＳＣＮＣは、そのサイズ、サイズ分布、組成に依存した吸収および放出スペクトルを有する。適当な生成法は、例えば米国特許第６，５７６，２９１号、第６，２０７，２２９号、第６，０４８，６１６号、第５，９９０，４７９号、第５，６９０，８０７号、第５，５０５，９２８号、第５，２６２，３５７号、国際公開公報第ＷＯ  ９９／２６２９９号（１９９９年５月２７日公開、発明者Ｂａｗｅｎｄｉら）において開示されており、前記すべて特許および参考文献の開示は、この参照により本明細書に組み込まれる。他の適切な製造方法は、例えば、Ｍｕｒｒａｙら．（１９９３）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１５：８７０６〜８７１５；Ｇｕｚｅｌｉａｎら．（１９９６）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１００：７２１２〜７２１９；Ｐｅｎｇら．（２００１）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１２３：１８３〜１８４；Ｈｉｎｅｓら．（１９９６）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１００：４６８；Ｄａｂｂｏｕｓｉら．（１９９７）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．Ｂ  １０１：９４６３；Ｐｅｎｇら．（１９９７）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１９：７０１９；Ｐｅｎｇら．（１９９８）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１２０：５３４３；およびＱｕら．（２００１）Ｎａｎｏ  Ｌｅｔｔ．１：３３３において説明されている。
【００９４】
ＳＣＮＣが形成され得る物質の例は、ＺｎＳ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅ、ＣａＳ、ＣａＳｅ、ＣａＴｅ、ＳｒＳ、ＳｒＳｅ、ＳｒＴｅ、ＢａＳ、ＢａＳｅ、ＢａＴｅ、ＧａＮ、ＧａＰ、ＧａＡｓ、ＧａＳｂ、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＡＩＳ、ＡＩＰ、ＡｌＳｂ、Ｐｂ、Ｇｅ、Ｓｉなどの、ＩＩ−ＶＩ、ＩＩＩ−Ｖ、ＩＶ族半導体、その他ＰｂＳ、ＰｂＳｅなどの物質、２若しくはそれ以上の半導体物質の混合物、半導体物質の合金を含む。
【００９５】
前記半導体ナノ結晶の組成、サイズ、サイズ分布はその吸収および放出スペクトルに影響する。可視域のエネルギーを放出する模範的なＳＣＮＣには、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＧａＰ、ＧａＡｓを含む。近赤外範囲でエネルギーを放出する模範的ＳＣＮＣは、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＰｂＳ、ＰｂＳｅを含む。青色から近紫外模範的でエネルギーを放出するＳＣＮＣはＺｎＳとＧａＮを含む。任意の集団におけるＳＣＮＣサイズは、利用される合成スキームによって、および／または、例えばサイズ選択的沈殿および／または遠心分離を含む分離スキームの利用を通じて決定されても良い。前記分離スキームは、前記合成スキームの中間工程において、または合成が完了した後に、使用されても良い。任意の組成に対して、より大きなＳＣＮＣは、小さなＳＣＮＣよりも長い波長で光を吸収および放出する。ＳＣＮＣは可視およびＵＶで強く吸収し、その放出ピークよりも短い波長で効率的に励起され得る。この特徴により、単一の励起源のＳＣＮＣ混合集団における使用によって、前記励起源が最も短いＳＣＮＣ放出波長よりも短い波長を有する場合にすべてＳＣＮＣが励起することが可能であり、これは、励起波長の賢明な選択により、前記混合物中でＳＣＮＣの小集団を選択的に励起することができる。
【００９６】
前記ＳＣＮＣの表面は好ましくは修飾され、保護膜層を追加し、前記「コア」ＳＣＮＣの周囲に「シェル」を形成することで放出効率を上昇させるが、これは前記コアＳＣＮＣ表面の欠陥が電子または穴を捉え、その電気的および視覚的特徴を低下することができるためである。絶縁シェル層の追加は前記励起コアの非放射緩和経路を除去し、蛍光効率が高くなる。前記シェルの適切な物質には、前記コアよりもバンドギャップエネルギーが高い半導体物質を含み、好ましくは良好なコンダクタンスと原子価バンドオフセットも有する。従って、前記シェルのコンダクタンスバンドは、望ましくは高エネルギーであり、前記原子価バンドは望ましくは前記コアよりも低エネルギーである。可視（例えば、ＣｄＳ、ＣｄＳｅ、ＣｄＴｅ、ＺｎＳｅ、ＺｎＴｅ、ＧａＰ、ＧａＡｓ）または近赤外（例えば、ＩｎＰ、ＩｎＡｓ、ＩｎＳｂ、ＰｂＳ、ＰｂＳｅ）でエネルギーを放出するＳＣＮＣコアに対しては、例えばＺｎＳ、ＧａＮ、例えばＭｇＳ、ＭｇＳｅ、ＭｇＴｅなどのマグネシウムカルコゲニドなど、前記紫外線でバンドギャップエネルギーを有する物質をシェルに用いてもよい。前記近赤外で放出するＳＣＮＣコアについては、ＣｄＳまたはＣｄＳｅなど、前記可視のバンドギャップエネルギーを有する物質、または前記紫外線を用いてもよい。コア−シェルＳＣＮＣの調整は、例えば、Ｄａｂｂｏｕｓｉら．（１９９７）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．Ｂ  １０１：９４６３；Ｋｕｎｏら．（１９９７）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１０６：９８６９；Ｈｉｎｅｓら．（１９９６）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１００：４６８；国際公開公報第ＷＯ  ９９／２６２９９号；および２００１年３月２７日に公開されたＢａｗｅｎｄｉらの米国特許第６，２０７，２２９号で報告されている。Ｄａｎｅｋら．（１９９６）Ｃｈｅｍ．Ｍａｔ．８（ｌ）：１７３〜１８０およびＰｅｎｇら．（１９９７）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１９：７０１９において記載されているように、前記ＳＣＮＣは、さらに保護膜法で蛍光とすることができる。
【００９７】
好適な実施形態において、前記ナノ結晶をコア／シェル配置で用い、最初の半導体ナノ結晶は、例えば、厚さ１〜１０単層の厚さまでコアナノ結晶上に成長させた別の半導体ナノ結晶物質のシェルを用い、直径のコア範囲が例えば、約２０Å〜約１００Åの範囲で形成する。好適な実施形態において、ＣｄＳの１〜１０単層の厚いシェルは、ＣｄＳｅのコアを覆ってエピタキシャル成長する。
【００９８】
ほとんどのＳＣＮＣは一般的には、ＴＯＰＯおよびトリオクチルホスフィン（ＴＯＰ）など、溶媒を調整する上で調整され、シェルの有無にかかわらず、ＳＣＮＣの表面に保護有機層を形成する。そのような保護されたＳＣＮＣは、例えばトルエン、クロロホルム、ヘキサンなど、有機溶媒中で容易に可溶化されうる。前記保護層の分子を置換または修飾し、例えば、水溶液系など、他の溶媒系で利用できるＳＣＮＣを採用した最外層のコーティングを提供する。
【００９９】
また、シリカなどの無機物質の最外層を前記シェルの周囲に加え、前記ＳＣＮＣの水分分散性を改善することができ、前記シリカ表面を任意に誘導体化することができる（Ｂｒｕｃｈｅｚら．（１９９８）、上記を参照）。水分散性ＳＣＮＣを作成する方法については、この参照により本明細書に完全に組み込まれる米国特許第６，６４９，１３８号も参照。
【０１００】
前記ＳＣＮＣを修飾し、特定の有機溶媒の溶解性を改善するためには、置換反応もまた利用可能である。例えば、前記ＳＣＮＣとピリジンなど、特定の溶媒または液体を関連させることが望ましい場合、溶媒和を確実にするために前記表面はピリジンまたはピリジンに溶解または混和するピリジン様分子で特異的に修飾されても良い。水分散性ＳＣＮＣは、Ｂａｗｅｎｄｉらの米国特許第６，２５１，３０３号、および２０００年３月３０日に公開された国際公開公報第ＷＯ００／１７６５５号で説明されているように調整することができる。
【０１０１】
前記ＳＣＮＣの表層は、特定のカップリング反応に対するＳＣＮＣ反応性を与えるために、置換により修飾されても良い。例えば、トリオクチルホスフィンオキシド（ＴＯＰＯ）部分をカルボン酸部分を含む基で置換することで、アミンを含む部分を用いて修飾ＳＣＮＣの反応が可能であり、これによってアミド結合を提供する。これらの結合反応の詳細については、例えばＷｅｉｓｓらの米国特許第５，９９０，４７９号、上記のＢｒｕｃｈｅｚら（１９９８）、上記のＣｈａｎら（１９９８）、Ｂｒｕｃｈｅｚの博士論文「Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ  ＳＣＮＣｓ：Ｉｎｔｅｒｍｉｔｔｅｎｔ  Ｂｅｈａｖｉｏｒ  ａｎｄ  ｕｓｅ  ａｓ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｐｒｏｂｅｓ」（１９９８）、バークリー、カリフォルニア大学、Ｍｉｋｕｌｅｃの博士論文「ＳＣＮＣ  Ｃｏｌｌｏｉｄｓ：Ｍａｎｇａｎｅｓｅ  Ｄｏｐｅｄ  Ｃａｄｍｉｕｍ  Ｓｅｌｅｎｉｄｅ，（Ｃｏｒｅ）Ｓｈｅｌｌ  Ｃｏｍｐｏｓｉｔｅｓ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｌａｂｅｌｉｎｇ，ａｎｄ  Ｈｉｇｈｌｙ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｃａｄｍｉｕｍ  Ｔｅｌｌｕｒｉｄｅ」（１９９９）、マサチューセッツ工科大学を参照。前記ＳＣＮＣは、リンカーで直接または間接的に他の部分に結合してもよい。
【０１０２】
適切なスペーサーまたはリンカーの例は、ポリエチレングリコール、ジカルボン酸、ポリアミド、アルキレンである。前記スペーサーまたはリンカーは、選択的に、例えば、アミン、カルボン酸、アルコールなどの親水性基、またはメトキシ基およびエトキシ基などの低アルキル基などの官能基で置換される。さらに、前記スペーサーは遠位端またはその近くに活性部位を有することになる。前記活性部位は、選択的に保護基で最初に保護される。多種多様な保護基のなかで有用な保護基は、ＦＭＯＣ、ＢＯＣ、ｔ−ブチルエステル、ｔ−ブチルエーテルなどである。様々な模範的な保護基は、例えばＡｔｈｅｒｔｏｎら．，Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ（１９８９）において説明されている。
【０１０３】
細胞
本明細書において用いられた方法において利用されている細胞は、原核生物、真核生物、古細菌などに由来するものであってもよい。前記細胞は生きていても、死んでいてもよい。多細胞生物から入手した場合、前記細胞はどの細胞タイプであってもよい。前記細胞は培養された細胞株または一次分離株であってもよく、前記細胞は哺乳類、両生類、は虫類、植物、酵母、細菌、スピロヘータ、または原生動物であってもよい。前記細胞は、例えばヒト、マウス、ラット、ハムスター、ニワトリ、ウズラ、ヤギまたはイヌであってもよい。前記細胞は、正常細胞、変異細胞、遺伝子組み換え細胞、腫瘍細胞などであってもよい。
【０１０４】
多細胞生物の典型的な細胞タイプは、好酸球、腺房細胞、松果体細胞、脂肪細胞、エナメル芽細胞、星状細胞、基底（幹）細胞、好塩基球、肝細胞、ニューロン、隆起表面細胞（ｂｕｌｇｉｎｇ  ｓｕｒｆａｃｅ  ｃｅｌｌｓ）、Ｃ細胞、心筋細胞、腺房中心細胞、主細胞、軟骨細胞、クララ細胞、円柱上皮細胞、黄体細胞、脱落膜細胞、樹状突起、内分泌細胞、内皮細胞、腸内分泌細胞、好酸球、赤血球、糸球体外メサンギウム細胞、胎児線維芽細胞、胎児赤血球、線維芽細胞、濾胞上皮細胞、神経節細胞、ベッツ氏巨細胞（ｇｉａｎｔ  Ｂｅｔｚ  ｃｅｌｌｓ）、杯細胞、有毛細胞、内耳有毛細胞、Ｉ型有毛細胞、肝細胞、内皮細胞、ライジッヒ細胞、脂質細胞、肝実質細胞、リンパ球、リゾチーム分泌細胞、マクロファージ、マスト細胞、巨核球、メラニン形成細胞、メサンギウム細胞、単球、筋上皮細胞、筋様細胞、頸筋、神経細胞、好中球、乏突起膠細胞、卵母細胞、骨芽細胞、骨軟骨吸収細胞（ｏｓｔｅｏｃｈｏｎｄｒｏｃｌａｓｔｓ）、破骨細胞、骨細胞、柱細胞、細胞、上皮小体細胞、壁細胞、ペプシノゲン分泌細胞、周皮細胞、松果体細胞、下垂体細胞、形質細胞、血小板、有足細胞、精母細胞、プルキンエ細胞、錐体細胞、赤血球、網状赤血球、シュワン細胞、セルトリ細胞、円柱細胞、骨格筋細胞、平滑筋細胞、ソマトスタチン細胞、腸内分泌細胞、精子細胞、精原細胞、精子、星細胞、支持Ｄｅｉｔｅｒ細胞、支持ハンセン細胞、表面細胞、表面上皮細胞、表面粘膜細胞、汗腺細胞、Ｔリンパ球、卵胞膜ルテイン細胞、胸腺細胞、胸腺上皮細胞、甲状腺細胞、移行上皮細胞、Ｉ型肺細胞（ｐｎｅｕｍｏｎｏｃｙｔｅｓ）、ＩＩ型肺細胞を含む。
【０１０５】
腫瘍生物の典型的な細胞タイプは、腺腫、癌腫、腺癌、線維腺腫、エナメル上皮腫、星状細胞腫、中皮腫、胆管癌、胆管線維腫、胆管細胞癌、軟骨腫、軟骨肉腫、脊索腫、絨毛癌、頭蓋咽頭腫、嚢胞腺癌、嚢胞腺腫、未分化胚細胞腫、上衣細胞腫、上皮腫、赤白血病、線維腺腫、線維腫、線維肉腫、神経節膠腫、神経節細胞腫、神経節芽細胞腫、神経膠腫、顆粒球性白血病、血管腫、血管周囲細胞腫、血管肉腫、冬眠腺腫、組織球腫、ケラトアカントーマ、平滑筋腫、平滑筋肉腫、脂肪腫、脂肪肉腫、黄体腫、リンパ管腫、リンパ管肉腫、リンパ腫、髄芽腫、黒色腫、髄膜腫、中皮腫、骨髄脂肪腫、腎芽細胞腫、神経芽細胞腫、神経筋芽細胞（ｎｅｕｒｏｍｙｏｂｌａｓｔｏｍａｓ）、歯牙腫、乏突起膠腫、骨軟骨腫、骨腫、骨肉腫、乳頭腫、傍神経節腫、褐色細胞腫、松果体腫、下垂体細胞腫、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、肉腫、神経鞘腫、精上皮腫、奇形腫、卵胞膜細胞腫、胸腺腫を含む。
【０１０６】
コード化されうる典型的な細菌は、黄色ブドウ球菌、レジオネラ-ニューモフィラ菌、大腸菌、結核菌、サルモネラ菌、コレラ菌、ウェルシュ菌、破傷風菌、ボツリヌス菌、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒａｔｉｉ、クロストリジウム・ディフィシレ、らい菌、ヘリコバクターピロリ、インフルエンザ菌タイプｂ、ジフテリア菌、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｎｕｔｉｓｓｉｍｕｍ、百日咳菌、肺炎連鎖球菌、淋菌、髄膜炎菌、赤痢菌、緑膿菌、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ、フソバクテリウム、ブタ丹毒菌、リステリア菌、炭疽菌、軟性下疳菌、野兎病菌、ペスト菌、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｈｅｎｓｅｌａｅ、クレブシェラ菌、エンテロバクター属、セラチア属、プロテウス属、赤痢菌を含む。
【０１０７】
コード化されうる典型的なスピロヘータは、梅毒トレポネーマ、Ｔ．ｐｅｒｔｅｎｕｅ、Ｔ．ｃａｒａｔｅｕｍ、回帰熱ボレリア、Ｂ．ｖｉｎｃｅｎｔｉｉ、Ｂ．ブルグドルフェリ、黄疸出血性レプトスピラを含む。
【０１０８】
コード化されうる典型的な真菌は、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｖｉｓ、アスペルギルス・フミガーツス、ブラストミセス・デルマチチジス、カンジダ・アルビカンス、コクシジオイデス・イミティス、クリプトコックス・ネオフォルマンス、ヒストプラスマ・カプスラーツム、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ、イスラエル放線菌、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｖｉｓ、アスペルギルス・フミガーツス、ブラストミセス・デルマチチジス、カンジダ・アルビカンス、コクシジオイデス・イミティス、クリプトコックス・ネオフォルマンス、ヒストプラスマ・カプスラーツム、ノカルジア・アステロイデス、ニューモシスティス・カリニ、スポロトリクス・センキアイ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ、酵母、シゾサッカロミセス・ポンベを含む。
【０１０９】
コード化されうる典型的な原虫と寄生虫は、熱帯熱マラリア原虫、赤痢アメーバ、ｔｒｙｐａｎｓｏｍｅｓ、リーシュマニア属、Ｔｏｘｐｏｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ、ランブル鞭毛虫、クラミジア・トラコマチスを含む。
【０１１０】
スペクトル的にコード化された細胞
半導体ナノ結晶、他の蛍光種、それ以外の検出可能な種とその組み合わせを用いて、単色または混合色を生じるＳＣＮＣが前記細胞表面に特異的または非特異的に結合するか、前記細胞に組み込まれるようにすることで、スペクトル的に細胞をコード化することができる。従って、コード化された細胞集団を、それらをコード化する異なる混合色を持つ他の細胞集団と混合することができる。前記コード化された細胞の混合サンプルを解読することができる。
【０１１１】
ＳＣＮＣをペクトル的に細胞をコード化するために用いることができるいくつかの方法がある。前記ＳＣＮＣを基質、例えばカルボキシルまたはアミン基を含むリガンドでコーティングすることで、前記ＳＣＮＣを細胞のタンパク質性脂質二重層または原核細胞表面に結合させることができる。これは、適切な濃度のＳＣＮＣ（例えば、１ｐＭ〜１Ｍ）で、適切な期間（例えば約１分〜約２４時間）、細胞（例えば１個〜１０１１個）を混合することで行われる。過剰なＳＣＮＣは、ＳＣＮＣをろ過するか、または前記細胞は沈降するのが前記ＳＣＮＣは沈降しない程度の遅い速度で前記細胞を遠心分離することで分離することができる。
【０１１２】
また、ＳＣＮＣは、例えば、前記細胞表面分子に対する親和性が既知の細胞表面マーカー特異的抗体などの特異的分子と結合することができ、この方法により、前記ＳＣＮＣは細胞とＳＣＮＣをインキュベートすることで前記細胞をコード化することができる。前記細胞表面の結合パートナーは、内因性タンパク質または前記細胞に対して通常内因性であるが、前記細胞が発現するように誘導されるタンパク質とすることができる。
【０１１３】
前記ＳＣＮＣは、前記細胞表面にある分子によって認識される分子でコーティングすることにより、活性化取り込み行為の発生を可能にすることにより（例えば、受容体を介した飲食作用）、（一過性の透過性上昇または脂質小胞または高速注入により）前記ＳＣＮＣを細胞内に強制的に入れることにより、或いはカチオン性ポリマーを用いて前記細胞膜を貫通した輸送を促すことによって、前記細胞の内側にＳＣＮＣを導入し、細胞をコード化することができる。
【０１１４】
前記コード化細胞は、前記細胞と相互作用させるために特定の標識を導入するアッセイを受けることができ、例えば、前記標識はＳＣＮＣまたは別の蛍光または非蛍光標識とすることができる。前記特異的相互作用は、受容体−リガンド相互作用、接着分子とその結合パートナー、薬物と薬物が結合する細胞タンパク質、または前記細胞上の実体と導入、標識された分析物の間の他の特異的相互作用を介することができる。検出システムまたは前記細胞を解読し、どの細胞が標識されたかを同定するシステム、例えばフローサイトメトリーまたはここで説明した他の検出システムを用いて、その後前記標識または非標識コード化細胞を調べることができる。
【０１１５】
次に、選択的な力（例えば、熱、紫外線、浸透ストレス、剪断応力、選択培地、細胞増殖抑制剤または細胞毒性薬など）の存在下または非存在下、前記最初のコード化細胞の混合サンプルを増殖することができる。特定の増殖期間後（例えば、前記細胞タイプと実行されたアッセイタイプによって１分〜１週間）、希釈されたコードを有する細胞の数が決定されうる。
【０１１６】
本明細書において説明される技術を利用することで、多数の異なる検体に対して、１本の試験管中で、多数のアッセイを同時に実行することができる。これは、前記同じ試験管に入れた多数の異なるコード化細胞を用いて達成することができる。次に前記細胞を分類し、４８８ｎｍのレーザーに曝露することで検出されうる。前記異なる蛍光チャンネルの前記相対的放出強度を用い、測定されるアッセイ（細胞）を検出および分類する。
【０１１７】
ＳＣＮＣを利用することで、色素分子を用いてコードスキームに出会う困難を大きく減少させるが、これは単一の光源を用い、単純で効率的な分類と検出を同時に可能とするためである。通常は狭い色素分子の励起スペクトルは、前記色素と相対的な量をうまく分類させるため、複数の励起源を要求する。
【０１１８】
細胞は、ナノ粒子、ＳＣＮＣなどの半導体ナノ粒子、または金属ナノ粒子、その他のフルオロフォアを組み込むことでスペクトル的にコード化することができる。前記細胞の望みの蛍光特徴は、固定された量および／または比で異なるサイズおよび／または組成のＳＣＮＣを混合することで得られ、前記細胞と関連させる前に決定されうる望みのスペクトルを得ることができる。その後、（例えば、共有結合または受動的吸収または吸着により）前記染色溶液と前記細胞を処理することで、前記望みの蛍光特徴を有する物質が得られる。
【０１１９】
多数の細胞をコード化或いは染色する溶液が調整され、それぞれ異なるサイズ分布および組成を有し、望みの蛍光特徴を達成することができる。その溶液中に懸濁した異なるＳＣＮＣからの所定の放出率および放射強度を有するスペクトルに達するために、これらの溶液は固定された割合で混合され得る。この溶液を光源に曝露すると、当該分野で十分確立された技術により、前記放出スペクトルを測定することができる。前記スペクトルが望みのスペクトルではない場合、次に、前記望みのスペクトルを達成するために必要な前記ＳＣＮＣ溶液をさらに追加し、前記溶液を「滴定」して前記正しい放出スペクトルを有することができる。これらの溶液は溶媒に分散したＳＣＮＣのコロイド溶液とするか、ポリマーとなる前のコロイド溶液とし、重合させ、その中に含まれるＳＣＮＣで基質を形成することができる。
【０１２０】
前記染色溶液の組成物は、望ましい蛍光特性を有するために、好ましくは解読に用いられる前記正確な励起源下において調整され得る。フィードバック回路に接続したマルチチャンネルのオートピペッタを用い、前述したような望みのスペクトル特徴を有するＳＣＮＣ溶液を調整することができる。前記滴定装置／ピペッタのいくつかのチャンネルに、それぞれが独特の励起および放出スペクトルを有するいくつかのＳＣＮＣの固有溶液をチャージすると、次にこれらは原液を追加することで段階的に組み合わせることができる。
【０１２１】
前記染色溶液が調整されると、これを用いて特定の細胞または細胞集団に固有のスペクトルコードを組み込むことができる。前記染色法は、連続的な工程においてで実施されてもよい。
【０１２２】
別の方法において、通常はフルオロスフェアまたはフルオスフェアなどと呼ばれる、マイクロスフェアまたはビーズセットを作るビーズを組み込むことで、前記細胞または前記細胞集団をスペクトル的にコード化することができる。本発明に沿って使用するために適したフルオロスフェアは当該分野で一般的に知られており、ＳｐｈｅｒｏｔｅｃｈおよびＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓなどの製造業者から入手されうる。フルオロスフェアの例には、励起／放出極大の３５０／４４０ｎｍを有する青色蛍光フルオロスフェア、励起／放出極大の５０５／５１５ｎｍを有する黄色−緑色蛍光フルオロスフェア、５８０／６０５ｎｍの励起／放出極大を有する赤色蛍光フルオロスフェア、７１５／７５５ｎｍの励起／放出極大を有する赤外蛍光フルオロスフェアを含む。また、本発明では、接合のために異なる表面官能基を有するフルオロスフェアを用いることができる。前記表面官能基は、例えばカルボン酸塩、硫酸塩、アルデヒド−硫酸塩、アミンなどを含み得る。さらに、本発明で利用される細胞をコード化するために、ビオチン、ストレプトアビジン、アビジン、ニュートロアビジン、プロテインＡなどで標識されたフルオロスフェアを用いることができる。
【０１２３】
別の方法では、前記細胞または前記細胞集団は、コロイダル・ロッド粒子を組み込むことで、スペクトル的にコード化することができ、これはナノ粒子、ナノロッドまたはナノバーとも呼ばれる。典型的には、ナノバーのコードはナノバー粒子の幅全体が約３０ｎｍ〜約１，０００ナノメートルであり、長さが約１〜１５ミクロンの複数のセグメントを有する。ナノバーコードは、通常は金属、金属カルコゲニド、金属オキシド、金属合金、半導体、または有機または無機物質などの２種類若しくはそれ以上の物質から成る。ナノバーコードとしてのコロイダル・ロッド粒子の製造法は、国際公開公報第ＷＯ  ０１／２５００２号および国際公開公報第ＷＯ  ０１／２５５１０号において説明されている。一般に、前記ナノバーコード粒子は、アルミナまたはポリカーボネートテンプレート中で電気化学的沈着により、次にテンプレート溶解、または金属イオンの電気化学的還元を変化させることで製造される。前記細胞または前記細胞集団は、次に上記に詳細に説明した方法を用い、ナノバーでスペクトル的にコードされる可能性がある。
【０１２４】
前記細胞または細胞集団をスペクトル的にコード化する別の方法では、ラマン活性分子が吸収または結合されるナノメートルサイズの光散乱金属粒子を用い、それによってコードされる前記細胞は表面増強ラマン散乱（ＳＥＲＳ）で次に検出される。前記金属粒子は、銀、金、銅、リチウム、アルミニウム、白金、パラジウムなどのＳＥＲＳ活性金属から作ることができる。さらに、前記粒子はコア−シェル配置、例えば、銀の「シェル」に入れられた金の「コア」などとすることができる（例えば、Ｆｒｅｅｍａｎら．（１９９６）Ｊ．Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１００：７１８〜７２４）。さらに、前記粒子は２若しくはそれ以上の金属の混合物とすることができる。好ましくは、前記金属粒子は銀粒子、金粒子、または金のコア−銀のシェル粒子である。
【０１２５】
前記コロイドは、例えば水または溶媒環境中の金属塩などの溶解性前駆体の還元、クエン酸またはホウ化水素などのコロイド生成剤のコントロールされた追加、または他の従来の粉砕法により調整可能である。例えば、Ｌｅｅら．（１９８２）Ｊ  Ｐｌｚｙｓ．Ｏｚｅｍ．８６：３３９１を参照。前記コロイドのサイズは約２〜１５０ｎｍ、好ましくは約５〜１００ｎｍ、より好ましくは約２０〜１００ｎｍとすることができる。前記還元は、０℃〜１００℃の温度範囲で行うことができる。前記ＳＥＲＳまたはＳＥＲＲＳ活性構造も、前述の粒子の凝集体とすることができる。ＳＥＲＳまたはＳＥＲＲＳ活性を示す単一の粒子および粒子の凝集体は、ＳＥＲＳコロイドとよばれる。
【０１２６】
ラマン活性タグは前記ＳＥＲＳコロイドの表面に吸着される。前記ラマン活性タグは、特徴的なラマンスペクトルを示し、ＳＥＲＳコロイドに吸着または結合することができる化学的分子またはその部分とすることができる。前記タグは、色素または顔料、および／または例えばニトリル、ピリジン、イミダゾール、ピロール、イソニトリル、チオシアネート、ウレア、イソウレア、カルバメート、チオカルバメート、イミド、チオール、アミン、アミド、カーボネート、カルボニル、またはカルボキシレートなどとすることができる。さらなるラマン活性分子については、Ｒａｈｍａｎら．（１９９８）Ｊ  Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．６３：６１９６〜６１９９を参照。前記タグは、約１００〜５０００ｃｍ−１、好ましくは約１０００〜５０００ｃｍ−１、さらに好ましくは約１０００〜２５００ｃｍ−１の範囲の励起光源に対するラマン活性モードを有することができる。前記励起光源が選択され、電子遷移および／またはＳＥＲＳ粒子のＳＥＲＳプラズモン共鳴の頻度に近い周波数を有する光を放出するために適した電子遷移を有するＳＥＲＲＳ活性粒子を用いることができる。
【０１２７】
ラマン活性部分が前記粒子の表面に吸着または結合することができる方法は、当該分野で周知である。例えば、欧州特許第ＥＰ  ０８０６４６０（Ａｌ）号を参照。従って、例えば、前記ラマン活性タグは、固体または溶液として前記ＳＥＲＳコロイドを含む培地に追加されうる。これは、前記溶解性金属前駆体の還元前、還元中、または還元後に追加されうる。
ラマン活性タグの量が追加され、各粒子のラマン活性タグを約１〜１，０００，０００、好ましくは約１０〜１０，０００、より好ましくは約１０〜１００提供することができる。前記細胞または前記細胞集団は、次にここで詳細に説明した方法を用い、ＳＥＲＳおよび／またはＳＥＲＲＳ粒子でスペクトル的にコード化することができる。
【０１２８】
スペクトル的にコード視した細胞は、前述の方法および検出可能な種の組み合わせにより達成されうる。
【０１２９】
ＳＣＮＣの細胞への結合
前記ＳＣＮＣは共有結合および取り込みにより前記細胞に結合されるか、結合ペアの１つのメンバーを前記細胞に結合した他のメンバーに結合させることができる。例えば、ＳＣＮＣは前記ＳＣＮＣの表面にある反応基を生じる多数の方法により調整される。例えば、Ｂｒｕｃｈｅｚら．（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８１：２０１３〜２０１６，Ｃｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８１：２０１６〜２０１８，Ｃｏｌｖｉｎら．（１９９２）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１  １４：５２２１〜５２３０，Ｋａｔａｒｉら．（１９９４）Ｊ．Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．９８：４１０９〜４１１７，Ｓｔｅｉｇｅｒｗａｌｄら．（１９８７）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：３０４６を参照。前記ＳＣＮＣの表面にある反応基は、前記細胞にある反応基に結合することができる。例えば、表面にあるカルボキシレート基を有するＳＣＮＣは、カルボジイミドの活性段階を利用し、アミン基を用いた細胞に結合させることができる。
【０１３０】
ＳＣＮＣを細胞に結合し、前記ＳＣＮＣまたは前記細胞の性質に悪影響を及ぼさない架橋方法を利用することができる。架橋アプローチでは、前記異なるＳＣＮＣの相対量を用い、前記相対強度をコントロールすることができるが、前記絶対強度は前記反応時間を調節することでコントロールし、全体で反応部位の数を制御することができる。前記細胞を前記ＳＣＮＣに架橋した後、前記細胞は選択的にすすぎ、未反応のＳＣＮＣは洗い流される。
【０１３１】
前記フルオロスフェアからの放出強度が使用した検出システムで検出でき、前記異なる強度レベルを区別可能とする必要があるように、十分な量のフルオロフォアを利用し、前記細胞をコード化する必要があり、この場合、前記コード化スキームで強度が利用されるが、前記細胞をコードするために利用した前記ＳＣＮＣまたは他のフルオロフォアの蛍光放出を、前記解読スキームに利用される検出装置が飽和になるような強度としてはならない。
【０１３２】
無変化の細胞構造が望ましい場合、前記細胞のコード化に用いられる方法が、前記細胞の生存度と膜の整合性の破壊を最小限にする。また、前記細胞はルーチン組織化学的または細胞化学的方法で固定および処理することができる。コード化に影響しない固定剤を利用する必要がある。
【０１３３】
様々なコアサイズ（１０〜１５０オングストローム）、組成および／またはサイズ分布の半導体ナノ結晶が、細胞膜または細胞内にある分子に特異的に結合する特異的結合分子に結合されることができる。例えば、抗体、抗体の免疫反応性フラグメントなどの任意の特異的「抗分子」が利用され得る。好ましくは、抗分子は抗体である。半導体ナノ結晶の接合は、ＳＣＮＣを細胞と関連づけるために使用されるか、あるいは前記細胞内に入った時点で、細胞内成分、細胞小器官、分子などを同定するために使用されうる。
【０１３４】
より具体的には、前記特異的結合分子はポリクローナルまたはモノクローナル抗体製剤に由来するか、ヒト抗体であるか、ヒト化抗体、変化した抗体、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆ（ａｂ）フラグメント、Ｆｖフラグメント、単独ドメイン抗体、二量体または三量体抗体フラグメント作成物、ミニ抗体、または前記対象分析物に結合するその機能性フラグメントなど、ハイブリッドまたはキメラ抗体であってもよい。抗体は、当業者に周知で、例えば米国特許第４，０１１，３０８号、第４，７２２，８９０号、第４，０１６，０４３号、第３，８７６，５０４号、第３，７７０，３８０号、第４，３７２，７４５号において開示された方法を用いて生産される。
【０１３５】
例えば、ポリクローナル抗体は、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、またはヤギなど、適切な動物を対象抗原で免役することで作成される。免疫原性を高めるため、免疫化の前に前記抗原をキャリアに結合することができる。そのようなキャリアは当業者に周知である。
【０１３６】
免疫化は、一般に、好ましくはフロイント完全アジュバントなどのアジュバント中で生理食塩水中の前記抗原を混合または乳化し、前記混合物またはエマルジョンを非経口的（一般には皮下または筋肉内に）に注入することによって実施される。前記動物は、好ましくはフロイント完全アジュバントを用い、前記抗原の食塩水溶液を１若しくはそれ以上注入し、一般に２〜６週間後に追加免疫される。抗体は、当該分野で周知の方法を利用し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ免疫化により作成されてもよい。ポリクローナル抗血清は、次に前記免疫性を与えられた動物から入手される。
【０１３７】
モノクローナル抗体は、一般にＫｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５〜４９７の方法またはその変法を用いて調整される。典型的には、マウスまたはラットが前述のとおり免疫化される。しかし、前記動物を出血させ、血清を抽出するよりも、前記脾臓（および選択的にいくつかの大リンパ節）を除去して単一の細胞に解離される。望ましい場合、前記脾臓細胞は、（非特異的接着細胞を除去後）細胞懸濁液をプレートに塗抹するか、十分に抗原でコーティングされることで、スクリーニングされても良い。前記抗原に特異的な膜結合免疫グロブリンを発現したＢ細胞は、前記プレートに結合するものであり、前記残りの懸濁液で洗い流されことはない。得られたＢ細胞または解離された脾臓細胞はすべて、次にミエローマ細胞と融合するために導入され、ハイブリドーマを形成し、選択培地（例えば、ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン培地、「ＨＡＴ」）で培養される。得られたハイブリドーマは希釈を制限することによって播種され、前記免疫化抗原に特異的に結合する抗体（関連性のない抗原には結合しない）を産生するためにアッセイされる。選択されたモノクローナル抗体分泌ハイブリドーマは、次にｉｎ  ｖｉｔｒｏ（例えば、組織培養ボトルまたは中空糸型反応器中）またはｉｎ  ｖｉｖｏ（例えばマウスの腹水で）で培養される。
【０１３８】
ヒトモノクローナル抗体はマウスハイブリドーマよりもヒトを用いて得られる。例えば、Ｃｏｔｅ，ら．Ｍｏｎｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，１９８５，ｐ．７７を参照。
【０１３９】
モノクローナル抗体またはその一部は、Ｈｕｓｅら．（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５〜１２８１において述べられた一般的な方法に従って、まず、ｐ１８５に特異的に結合する抗体をコード化するＤＮＡ分子について、Ｂ細胞ｃＤＮＡライブラリをスクリーニングすることで同定されうる。前記ＤＮＡ分子は次にクローニングおよび増幅され、望ましい特異性の抗体（または結合ドメイン）をコード化する配列を得ることができる。
【０１４０】
上記において説明したとおり、対象分子を認識する能力を保有した抗体フラグメントも、前記対象法で利用される。未処理の抗体分子の免疫結合性を示すことができる抗原結合部位を有する、多数の抗体フラグメントが当該分野で知られている。例えば、機能性抗体フラグメントは、前記抗体分子の抗原結合に関連しない一定の領域を分割し、例えばペプシンなどを用いて産生し、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントを産生することができる。これらのフラグメントは、２つの結合部位を含むが、前記重鎖それぞれの定常領域部分がない。同様に、望ましい場合、単一の抗原結合部位を有するＦａｂフラグメントは、例えばパパインでポリクローナルまたはモノクローナル抗体を消化することで産生されうる。前記重鎖と軽鎖の可変領域のみを含む機能性フラグメントは、組み換え産生または免疫グロブリン分子の優先的タンパク質分解的切断などの標準的な方法を用いて産生されてもよい。これらのフラグメントはＦｖとして知られている。例えば、Ｉｎｂａｒら．（１９７２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ６９：２６５９２６６２；Ｈｏｃｈｍａｎら．（１９７６）Ｂｉｏｃｈｅｍ  １５：２７０６〜２７１０；ａｎｄ  Ｅｈｒｌｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９：４０９１〜４０９６を参照。
【０１４１】
単鎖Ｆｖ（「ｓＦｖ」または「ｓｃＦｖ」）ポリペプチドはＶＨ−ＶＬヘテロダイマーと共有結合し、ペプチド−コード化リンカーで結合したＶＨ−およびＶＬ−コード化遺伝子を含む遺伝子融合により発現される。Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：５８７９５８８３。自然に凝集されたが化学的に分離された軽鎖および重鎖ポリペプチド鎖を抗体Ｖ領域からｓＦｖ分子に変換するため、化学構造（リンカー）を識別、開発する多数の方法について説明され、抗原結合部位の構造と実質的に同等の３次元構造に折りたたまれる。例えば、米国特許番号５，０９１，５１３、５，１３２，４０５、４，９４６，７７８を参照。前記ｓＦｖ分子は当該分野で報告された方法を用いて生産されうる。例えば、Ｈｕｓｔｏｎら．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．，Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：５８７９〜５８８３、米国特許第５，０９１，５１３号、第５，１３２，４０５号、第４，９４６，７７８号を参照。デザインの基準には、片方の鎖のＣ末端ともう片方の鎖のＮ末端の間の距離にわたる適当な長さを決定することを含み、前記リンカーは一般的に、コイルするか、二次構造を形成する傾向がない小さな疎水性アミノ酸で形成される。そのような方法は、当該分野で説明された。例えば、米国特許第５，０９１，５１３号、第５，１３２，４０５号、第４，９４６，７７８号を参照。適当なリンカーは、一般にグリシンおよびセリン残基のセットを変化させるポリペプチド鎖を有し、溶解性を向上させるためにグルタミン酸およびリジン残基を含んでもよい。
【０１４２】
「ミニ−抗体」または「ミニ抗体」も本発明で使用される。ミニ抗体はｓＦｖポリペプチド鎖であり、Ｃ末端にオリゴマー化ドメインを含み、これはヒンジ領域でｓＦｖから分離される。Ｐａｃｋら．（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９。オリゴマー化ドメインはロイシンジーパーなどの自己会合性α-へリックスを有し、これはさらに追加ジスルフィド結合で安定化されうる。前記オリゴマー化ドメインは、膜を貫通するベクトルの折り畳みと適合するようにデザインされ、このプロセスは前記ポリペプチドの機能的な結合タンパク質へのｉｎ  ｖｉｖｏへの折り畳みを促すと考えられる。一般に、ミニ抗体は当該分野で周知の組み換え方法を用いて生産される。例えば、Ｐａｃｋら．（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９〜１５８４；Ｃｕｍｂｅｒら．（１９９２）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １４９Ｂ：１２０〜１２６を参照。
【０１４３】
前記細胞への前記ＳＣＮＣの導入
一般に、細胞への移動方法は３分類、つまり物理的方法（例えば、電気穿孔法、直接移転、微粒子銃）、化学的方法（例えば、プロテイノイド、マイクロエマルジョン、リポソーム）、生物学的方法（例えば、ウイルス由来ベクター、受容体を介した取り込み、食作用）に分けられる。薬物を取り込む細胞受容体のリガンドを誘導体化することは、前記薬物を前記細胞に運ぶ方法として作用する。
【０１４４】
ＳＣＮＣなどの薬物をリガンドに結合する方法は、前記リガンドの化学的構造に沿って変化する。一般に、前記リガンドには様々な官能基を含み、そこに前記薬物を結合する生物学的に活性な分子にある適切な官能基との反応に利用できる。かわりに、前記リガンドおよび／または薬物は誘導体化し、さらなる反応性官能基を曝露または結合することができる。前記誘導体化には、イリノイ州ロックフォードのＰｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙから購入できるものなど、多数のリンカー分子のいずれかの結合が関与する可能性がある。
【０１４５】
リンカーを用い、共有結合または非共有結合で前記リガンドおよび薬物を結合することができる。適切なリンカーは当業者に周知であり、これだけに限らないが、直鎖または枝分かれした鎖の炭素リンカー、複素環炭素リンカー、またはペプチドリンカーを含む。例えば、Ｂｉｒｃｈ  ａｎｄ  Ｌｅｎｎｏｘ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｈａｐｔｅｒ  ４，Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．（１９９５）；米国特許第５，２１８，１１２号および第５，０９０，９１４号；Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ（１９９６）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、カリフォルニア州サンディエゴを参照。
【０１４６】
特定の薬物にある基に反応する１つの官能基を有する二官能性リンカーと、リガンドに反応する別の基を用い、前記望みの官能基を形成する。代わりに、誘導体化には、遊離アルデヒド基を作る過ヨウ素酸塩と糖部分のグリコール開裂など、リガンドおよび／または薬物の化学的処理が関与する可能性がある。前記遊離アルデヒド基は、次に薬物にある遊離アミンまたはヒドラジン基と反応させ、そこに前記薬物を結合させてもよい。米国特許番号４，６７１，９５８を参照。抗体または抗体フラグメントにある遊離スルフヒドリル基の生成法も知られている。米国特許第４，６５９，８３９号を参照。他の分子にタンパク質を結合する多くの方法とリンカー分子が知られている。例えば、欧州特許出願第１８８，２５６号、米国特許第４，６７１，９５８号、第４，６５９，８３９号、第４，４１４，１４８号、第４，６９９，７８４号、第４，６８０，３３８号、第４，５６９，７８９号、第４，５８９，０７１号、およびＢｏｒｌｉｎｇｈａｕｓら．（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．４７：４０７１〜４０７５を参照。
【０１４７】
開裂可能なリンカーを有する抱合体を利用してもよい。前記結合を開裂し、前記リガンドおよび／またはリンカーから前記薬物を放出すると、前記抱合体が受ける酵素活性または条件により促される可能性がある。前記ｃｉｓ−アコニット酸スペーサーを用い、エンドソーム中の前記リガンドから前記薬物を放出することができる。ジスルフィド結合も開裂可能で、前記エンドソームの環境を抑制する。
【０１４８】
多数の異なる開裂可能なリンカーが当業者に知られている。米国特許第４，６１８，４９２号、第４，５４２，２２５号、第４，６２５，０１４号を参照。これらのリンカーグループから薬物を放出するメカニズムには、例えば、感光性結合の放射や酸触媒加水分解を含む。米国特許第５，１４１，６４８号では、特定の化学構造のリンカーを有する抱合体を公開し、前記結合はｉｎ  ｖｉｖｏで開裂され、それによって接着された化合物を放出する。前記リンカーは軽度の酸性ｐＨで開裂しやすく、標的細胞の細胞質に輸送中に開裂すると考えられ、それによって標的細胞内の薬物を放出する。米国特許第４，６７１，９５８号には、前記補足システムのタンパク質分解酵素で開列されるリンカーを有する抱合体の説明を含む。
【０１４９】
代わりに、前記エンドソームからＳＣＮＣを輸送する方法が利用されうる。多数の適切な方法が当該分野で知られている。前記ポリマー免疫グロブリン受容体に特異的に結合するリガンドに結合するＳＣＮＣは、細胞に効率的に導入するために用いることができる。Ｆｅｒｋｏｌら（１９９３）Ｊ  Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９２：２３９４〜２４００；ａｎｄ  Ｆｅｒｋｏｌら（１９９５）Ｊ  Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９５：４９３。例として、ＳＣＮＣはリシンＡに結合し、これはサイトゾルに胚乳の膜を貫通することができる。Ｂｅａｕｍｅｌｌら（１９９３）Ｊ  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：２３６６１〜２３６６９。
【０１５０】
これだけに限らないが、細胞膜を貫通してＳＣＮＣを輸送する人工的な方法の例には、界面活性剤、酵素またはアデノシン酸リン酸などの化学物質、受容体または輸送タンパク質を介した取り込み、リポソームまたはアルギン酸ハイドロゲル、食作用、孔形成タンパク質、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、低浸透圧性ショック、またはこする（ｓｃｒａｐｅ  ｌｏａｄｉｎｇ）、パッチクランプ法、または本発明のＳＣＮＣを用いるか、その存在下、固体粒子を用いた微粒子銃などの最小限の物理的破壊の作用を含む。
【０１５１】
これらの方法には、形質移入、感染、微粒子銃、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、こする、前記宿主細胞に前記遺伝子を導入する他の方法を含む（米国特許第４，７４３，５４８号、米国特許第４，７９５，８５５号、米国特許第５，０６８，１９３号、米国特許第５，１８８，９５８号、米国特許第５，４６３，１７４号、米国特許第５，５６５，３４６号、米国特許第５，５６５，３４７号を参照）。
【０１５２】
ＳＣＮＣを細胞に導入する１つの方法には、ミセルおよびリポソームの使用が関連する。ミセルは、乳化剤、コール酸とその誘導体、リン脂質、界面活性剤、陽イオン性脂質などのミセル形成剤を利用することで、水溶液中に形成されうる。乳化剤には、例えば、登録商標Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒｅ  ＥＬ、Ｔｗｅｅｎｓ、ｐｌｕｒｏｎｉｃｓで販売されているものを含む。コール酸とその誘導体には、グリオコール酸、タウロコール酸、その塩などのトリヒドロキシコール酸を含む。本発明で使用されたリン脂質には、前記ヒドロキシル基の２つがＣ１０〜２０の飽和脂肪酸の残基でエステル化され、少なくとも１つの前記炭素原子がアルキル基を有するグリセロールなど、特に少なくとも１つの枝分かれした飽和脂肪酸残基を含む。そのようなリン脂質の例は、１，２−ジ（８−メチルヘプタデカノイル）−ｓｎ−グリセロホスホコリン、１，２−ジ（１０−メチルステアロイル）−ｓｎ−グリセロホスホコリン、１，２−（１０−メチルノナデカノイル）−ｓｎ−グリセロホスホコリンなどを含む。当業者に明らかとなるとおり、他の化合物は、リポイド成分、胆汁酸塩、ジヘキサノイルレシチンなどのミセル形成剤に追加されうる。
【０１５３】
ＳＣＮＣは、ミセルを基本とした方法またはリポソームを基本とした方法により、トランスフェクションを用いた細胞に導入することができる。溶液中の抱合型または非抱合型ＳＣＮＣ（約１ｆｍ〜約１０ｍＭ）は、様々な濃度で、ミセルまたはリポソームを効果的に形成するために利用できるミセル形成剤または他の種と混合され、前記ミセル中でトラップされたＳＣＮＣを形成する。前記ミセルにトラップされたＳＣＮＣを含む溶液を次に哺乳類または他の真核細胞または原核細胞に追加し、前記脂質およびＳＣＮＣの組成および濃度が変化し、前記ミセル形成剤：ＳＣＮＣ比が変化し、前記細胞密度が変化し、前記ミセルまたはリポソームにトラップされたＳＣＮＣへの曝露時間が変化し（例えば１分から４８時間）、前記最適なトランスフェクション条件を決定することができる。そのようなＳＣＮＣを細胞に導入する効果は、ＳＣＮＣの広帯域の励起および屈曲性放出スペクトルを用いた、標準的な落射蛍光顕微鏡または他の検出システムでアッセイすることができる。
【０１５４】
有用なリポソームには、カチオンリン脂質、中性リン脂質、脂質、その混合物を含む。標的ペプチドまたはタンパク質、融合ペプチド（例えば、センダイ・ウイルス、インフルエンザウイルスｈｅｍａｇｌｕｔｔｉｎａｔｉｎｇ  ｖｉｒｕｓ  ｏｆ  Ｊａｐａｎ（ＨＶＪ））、ウイルスの外被タンパク質、ポリ−Ｌ−リジンまたはＤＥＡＥ−デキストランなどのポリカチオン物質、抗体、接着分子、増殖因子などの気道上皮細胞の表面に結合する分子など、さらなる成分が含まれてもよい。
【０１５５】
前記ＳＣＮＣはＳＣＮＣ−リポソーム複合製剤として製剤化されうる。そのような複合体は前記ＳＣＮＣまたは前記ＳＣＮＣに結合したリガンドに結合する脂質混合物を有し、前記薬物を細胞に到達させることができる疎水性コーティングを提供する。使用できるリポソームには、ＤＯＰＥ（ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン）およびＣＵＤＭＥＤＡ（Ｎ−（５−コレストラム３−オール３−ウレタニル）−Ｎ’，Ｎ’−ジメチルエチレンジアミン）を含む。本発明で使用されうるカチオン性リポソームには、３−［Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノエタン）−カルバモイル］−コレステロール（ＤＣ−Ｃｈｏｌ）、Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチル−２，３−ビス（（１−オキソ−９−オクタデセニル）オキシ）−（Ｚ，Ｚ）−１−プロパンアミニウムメチル硫酸塩（ＤＯＴＡＰ）、リポスペルミン（ＤＯＧＳ）、（＋／−）−Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）−Ｎ，Ｎ−ジメチル−２，３−ビス（ドデシロキシ）プロパンアミニウムブロマイド（ＤＬＲＩＥ）、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＳＰＡ、ＤＭＲＩＥ、ＧＬ−６７、ＧＬ−８９、リポフェクチン、リポフェクタミンなどのリポポリアミンを含む（Ｔｈｉｅｒｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．４：２２６〜２３７；ＦｅＩｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）Ａｎｎａｌｓ  Ｎ．Ｙ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７７２：１２６〜１３  ９；Ｅａｓｔｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｉ  ９９７）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．８：７６５〜７７３）。また、米国特許第５，２６４，６１８号、第５，２２３，２６３号、第５，４５９，１２７号で報告された前記カチオン性リン脂質も含まれる。使用されうる他の適切なリン脂質には、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルエタノールアミン、スフィンゴミエリン、ホスファチジルイノシトールなどを含む。コレステロールまたはＤＣ−コレステロールも含まれる。
【０１５６】
リポソームを調整するためには、Ｋａｔｏら（１９９１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６：３３６１に報告された方法が利用されうる。簡単には、前記ＳＣＮＣを含む脂質および内腔の組成は、適切な水媒体、都合のよいものとしては生理食塩水媒体で合わせ、固体全体が約１〜１０ｗｔ％の範囲とする。約５〜６０秒間という短時間の激しい攪拌後、前記試験管を約２５〜４０℃の暖かい水浴に入れ、このサイクルを約５〜１０回繰り返した。都合の良い時間、一般には約１〜１０秒間、前記組成を次に超音波処理し、さらにボルテックスにより攪拌されうる。前記容量は次に水媒体を追加することで拡大し、一般に約１〜２倍、前記容量を増加し、次に攪拌、冷却する。この方法により、高分子量分子の内腔に取り込むことが可能である。
【０１５７】
受容体を介したエンドサイトーシスのプロセスにより、リポソームの中身がリポソームと融合し、その後分解される。特定のウイルス（例えば、セムリキ森林熱ウイルス）が、エンドソーム−リソソームの融合前に、エンドソームから放出されることで、リポソームに輸送されることを避ける。これらのウイルスは、前記ウイルスコート（例えば、ヘマグルチニン）のタンパク質が導入され、前記エンドソームの酸性環境でウイルス粒子を融合および放出させる方法で行動する。従って、受容体を介したエンドサイトーシスを誘発するＳＣＮＣおよびタンパク質は、リポソームに取り込まれ、それによって酸誘導融合タンパク質を細胞に導入させる（図４）。対象タンパク質またはペプチドのＳＣＮＣ抱合体（例えば、受容体のシグナル形質導入ドメイン）は、標準的な方法でリポソーム内に取り込まれる。前記リポソームの二重層は、すでに説明した方法を利用し、ここに取り込まれるか、表面に接合したタンパク質を有する。リポソーム膜と結合したタンパク質は、受容体を介したエンドサイトーシスを誘導するリガンド列（例えば、トランスフェリン）と、例えばヘマグルチニンなどの酸性条件下、エンドソームに融合を誘導するタンパク質、またはその活性を生じるために十分なタンパク質などの一部を含むことができる。受容体を介したエンドサイトーシスに用いるリガンドは、前記リプソームを混合細胞培地に導入した場合、または生物全体で、または混合血液細胞または組織細胞集団で、特定の細胞標的物質として作用できる。前記ＳＣＮＣ−リポソームは、次に細胞集団に追加され、前記標的細胞の細胞質に取り込まれ、沈着されうる。リポソームは複数のＳＣＮＣ抱合体を充填し、その後、前記細胞が適切な方法で処理され、各タイプのＳＣＮＣの局在が顕微鏡で分析された。
【０１５８】
ＳＣＮＣも、他の物質のみまたはその組み合わせで、人工ウイルスエンベロープを用いて細胞に組み込むことができる。人工膜は、例えば米国特許第５，２５２，３４８号および既発表の欧州特許第０  ５５５  ３３３  Ｂｌ号で説明された二重の界面活性剤分析により調整されうる。これらのウイルスエンベロープは、天然のウイルスエンベロープと類似のコレステロール：リン脂質の比が約０．８：約１．２、好ましくは１．０を有する。前記粒子も、天然ウイルス粒子と同様の同質サイズ構造と物理的に安定した単層膜構造を有する。
【０１５９】
別の方法では、特異的な生体分子に抱合したＳＣＮＣまたは非抱合ＳＣＮＣが、前記細胞に孔を形成することで取り込まれうる。前記孔は、例えばエレクトロポレーション、浸透圧衝撃、またはポロゲン（ｐｏｒｏｇｅｎｓ）を用いて形成されうる。エレクトロポレーションは、ＤＮＡなどの外来物質を細胞に導入する一般的な方法である（Ｈｕｉ，１９９５，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈａｐｔｅｒ  ２，４８：２９〜４０）。本発明のエレクトロポレーション法は、細胞に高電圧パルスを照射することで、前記細胞膜に孔を作り、ＳＣＮＣの細胞への輸送を促す方法から成る。前記エレクトロポレーションプロセスは、細胞膜の可逆的分解と透過性細胞の回復という主に二段階から成る。従って、前記電気的およびインキュベーションパラメーターは、ＳＣＮＣの前記膜を貫通した輸送を促すように最適化される。一般に、懸濁液中の細胞（１〜１０１０細胞）が、様々な濃度（約１ｆｍｏｌ〜約１０ｍＭ）で、適切なサイズのＳＣＮＣ（１０Å〜１５０Å）を持つエレクトロポレーションキュベットに入れられる。前記キュベットが次に適切な電力供給源に接続され、前記細胞／ＳＣＮＣは定義された大きさおよび長さの高電圧パルスを受ける。前記電圧、電気容量、抵抗は、前記細胞または前記プロトコールの効率によって異なる可能性がある。例えば、前記電圧は約１Ｖ〜約１００ｋＶ、好ましくは１〜５ｋＶで変化することができ、前記抵抗は約０．１Ｆｆ〜約１００ｆ、好ましくは約１Ｆｆ〜約５０Ｆｆで変化することができ、前記抵抗は約０．１Ｓ〜ほぼ無限大まで変化することができる。細胞は次に適切な培地で回復させ、形質移入が成功した細胞の検出は、前記ＳＣＮＣに対する適切な検出システムを用いて評価される。
【０１６０】
代わりに、前記ポロゲンは、ジギトニン、サポリン、または補体カスケードの一成分とすることができる。細胞は、Ｈａｇｓｔｒｏｍら（１９９７）Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｓｃｉ．１１０：２３２３〜３１、Ｓｔｅｒｎｅ−Ｍａｒｒ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ  ２１９：９７〜１１１で説明されるジギトニンで透過され、前記ＳＣＮＣを前記細胞に組み込むことができる。
【０１６１】
例えば、マイクロインジェクション、受動的飲作用、またはウイルス融合タンパク質のコーティングを介した再取り込みなど、ＳＣＮＣが細胞に導入されうる多くの他の方法がある。ＳＣＮＣは、マイクロインジェクションされた細胞を同定する可動性マーカーとして利用することができる。このため、ＳＣＮＣは（コントロールとして）単独で、または他の対象分子と一緒にマイクロインジェクションし、特定のマイクロインジェクションされた細胞を色別に同定することができる。前記マイクロインジェクションの方法ではシリンジの針、通常は熱を吸引する先端が鋭いガラス管を用い、前記細胞膜を穿刺し、ＳＣＮＣを含む溶液を送達する。ＳＣＮＣは、必要な濃度で、適切なマイクロインジェクションした緩衝液に懸濁される（１ｆｍ〜１０ｍＭ）。前記針は、マイクロ−マニピュレーターを用いて目標を定めて動かし、顕微鏡下で見る。前記細胞が穿刺されると、シリンジプランジャーに制御圧をかけることで、ＳＣＮＣの制御された量が注入される。マイクロインジェクション後、細胞を回復する。前記ＳＣＮＣのサイズと組成（１０Å〜１５０Å）の放出波長を決定している。このタイプのマーカーを用い、例えば、複数の分子を注入した細胞集団の中で、特定の分子を注入した細胞を区別してマークすることができる（図２）。すべてのＳＣＮＣは共通の光の波長で励起することができ、波長が選択され、利用され、細胞集団をコードしたすべての種を励起することができるため、すべての注入された細胞は同時に観察することができ、前記同時に注入した分子の作用が観察される。さらに、マーカーとしてＳＣＮＣを利用し、多色免疫蛍光染色実験で、柔軟に第３、第４、第５以上の色を使用することができる（図３）。
【０１６２】
カチオン性ポリマーを用いた生体膜を貫通するＳＣＮＣの輸送
ＳＣＮＣと他の半導体ナノ粒子が、細胞膜やミトコンドリア膜、核膜などの細胞内オルガネラ膜などの生体膜を貫通して移動する１つの方法では、ＳＣＮＣの前記細胞への進入を促すペプチドとカチオン性ポリマーを利用する。
【０１６３】
そのようなペプチドの１つは、ウイルスの細胞への進入を促すＨＩＶ−Ｔａｔペプチドである。前記Ｔａｔペプチドを用い、哺乳類細胞に磁気ナノ粒子を導入した。ここで使用されるＴａｔペプチドには、Ｔａｔのタンパク質導入ドメインのペプチドを含むことができる。ここで使用される１つの特定のＴａｔペプチドは、ｔａｔの基本領域を含むｔａｔタンパク質の断片である（残基４９〜５７は前記配列ＲＫＫＲＲＱＲＲＲ（ＳＥＱ  ＥＤ  ＮＯ：１））を有する。ＳＣＮＣはＴａｔペプチド配列のみ、または他のペプチド、オリゴヌクレオチド、または前記細胞によるＳＣＮＣの再取り込みを促す他の親和性分子と組み合わせてコーティングすることができ、適当な結合パートナーまたは細胞成分に送達することができる。接着は、当該分野で周知の標準的な生物学的抱合プロセスにより達成することができる。いずれかのサイズおよび成分のＳＣＮＣは、細胞内タンパク質にある特定の結合モチーフを認識するペプチド、および前記ＨＩＶ−Ｔａｔ配列に対応するペプチドでコーティングすることができる。哺乳類細胞とそのような修飾ＳＣＮＣのインキュベーションでは、好ましくは吸着エンドサイトーシスにより、前記ＳＣＮＣが前記細胞に入ることができる。一度前記細胞内に入ると、前記修飾ＳＣＮＣがオリゴヌクレオチドのタンパク質と相互作用、結合することができ、これにはそれぞれＳＣＮＣの表面にある他のペプチドまたはオリゴヌクレオチドで認識される領域を含む。これは、そのタンパク質の局在化、輸送、量に関する情報を提供する。第２の細胞内タンパク質またはオリゴヌクレオチドに対する親和性分子を有するＳＣＮＣの第２の色が同様の方法で導入されると、前記２分子の相対的な位置が決定されうる（図１を参照）。
【０１６４】
分子の前記細胞の細胞質および核への輸送を亢進するため、他のウイルスを基本としたペプチドが、例えばＴｋａｃｈｅｎｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（２００３）１２５：４７００〜４７０１で説明され、配列ＣＧＧＧＰＫＫＫＲＫＶＧのペプチド（配列ＩＤ番号：２）など、ＳＶ４０ラージＴ  ＮＬＳ由来のペプチド、配列ＣＧＧＦＳＴＳＬＲＡＲＫＡのペプチド（配列ＩＤ番号：３）など、アデノウイルスＮＬＳのペプチド、配列ＣＫＫＫＫＫＫＳＥＤＥＹＰＹＶＰＮのペプチド（配列ＩＤ番号：４）など、アデノウイルスＲＭＥのペプチド、ＣＫＫＫＫＫＫＫＳＥＤＥＹＰＹＶＰＮＦＳＴＳＬＲＡＲＫＡ配列を有するペプチド（配列ＩＤ番号：５）などのアデノウイルス繊維タンパク質のペプチドを含む。
【０１６５】
同様に、他のカチオン性ポリマー、つまり一連の正荷電したモノマーを持つポリマーを用い、生体膜上でＳＣＮＣの輸送を促すことができる。典型的には、排他的ではないが、正荷電した基が１級、２級、または３級アミンであり、中性ｐＨまたはその付近でイオン化する。そのようなアミン基は、ポリ（アミノ酸）として側鎖のアミノ基として存在することができ、アミノ基はポリ（アミン）としてポリマー骨格に含まれ、またはアミノ置換基が非荷電ポリマーに追加され、ジエチルアミノエチル基で置換されたデキストランなどになる。４級アミン、Ｓ−メチルメチオニンの硫黄基など、他の正荷電した基を含むポリマーも適していると考えられる。
【０１６６】
適切な具体的ポリ（アミノ酸）には、これだけに限らないが、ポリ−Ｌ−リジン、ポリ−Ｌ−オルニチン、ポリ−Ｌ−アルギニン、ポリ−Ｌ−ホモアルギニン、ポリ−Ｌ−ジアミノブチル酸、ポリ−Ｌ−ヒスチジン、そのＤ−光学異性体、その共重合体を含む。共重合体には非カチオン性アミノ酸残基を含んでもよい。カチオン性ポリ（アミノ酸）が好ましい。さらに、例えば、ポリ−Ｌ−リジンやポリ−Ｌ−アルギニンなど、哺乳類細胞にあるタンパク質分解酵素で消化されるカチオン性ポリマーを利用することが望ましいと考えられる。
【０１６７】
本方法で利用するために適した他のカチオン性ポリマーには、置換多糖類（例えば、ジエチルアミノエチルデキストラン）、置換セルロース、エチレンと無水マレイン酸の置換共重合体、置換乳酸またはグリコール酸ポリマーなど、カチオン基が結合した天然またはアニオン性骨格を持つポリマーを含む。例えば、ポリ（ビニルアミン）、他のカチオン性合成ポリマーなどのポリアミンもここで利用される。
【０１６８】
さらに、他の正荷電し、天然で発生した高分子も、適切なカチオン性ポリマーとなる。具体的な例には、単純な有無でアルブミンの細胞取り込みを増加させることが分かったものなど、プロタミンとヒストンを含む。Ｒｙｓｅｒら．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９６５）１５０：５０１〜５０３を参照。
【０１６９】
一般に、前記カチオン性ポリマーにある前記複数のプラス帯電は、前記分子に正味のプラス荷電を与える。しかし、他のケースでは、前記分子自体が全体的な正味のプラス荷電を有していない場合でも、前記複数の荷電が前記一次構造に十分な配列、または前記３次元構造の十分な特別配列、またはその両方を形成し、輸送を向上させることができる。例えば、その一次構造に様々な間隔で限られた数のプラスの荷電を含む分子は、プラス荷電のクラスターがその３次構造と同じ空間領域に位置するように、収まることができる。代わりに、天然またはマイナスの正味荷電を有するポリ（アミノ酸）の共重合体は、機能的に重要なプラス荷電のクラスターを含んでもよい。従って、ここで用いられるとおり、前記「カチオン性ポリマー」という用語は、全体的なプラスの正味荷電を有するポリマーを指すだけではなく、正味のプラス荷電を有するカチオン性ポリマーの輸送性をそれらに与えるのに十分な、プラス荷電の経時的部分または空間的配置を含むポリマーを含む。
【０１７０】
好ましくは、前記カチオン性ポリマーが約５〜約５０サブユニット、より好ましくは約５〜約２５のサブユニット、または６、７、８、９、１０．．．１５．．．２０．．．２５など、これらの範囲内の数を含む。いくつかのケースでは、前記サブユニットの少なくとも半数にグアニジノまたはアミジノ側鎖部分を含む。そのようなポリマーは例えば米国特許番号６，４９５，６６３で説明され、その開示はその全文が参考文献としてここに盛り込まれている。約４〜２５の隣接したＡｒｇまたはＬｙｓ残基、好ましくはそのような残基７〜１５個を含むポリマーが特に好ましい。しかし、前記残基は隣接している必要はなく、他のアミノ酸で分離される、例えば２または３残基のＡｒｇまたはＬｙｓ残基の繰り返し単位を含むことが望ましい場合もある。例えば、ここにその全文が盛り込まれている米国特許公開第２００３／００３２５９３号を参照。
【０１７１】
前記ポリマーは、当該分野で周知の方法で作成される。例えば、ペプチドは、ペプチド分野の当業者に周知のいくつかの方法のいずれかにより、化学的に都合良く合成されうる。一般に、これらの方法では、ペプチド鎖を伸長するため、１若しくはそれ以上のアミノ酸を順次追加する方法を採用している。通常は、最初のアミノ酸のアミノ基またはカルボニル基が適切な保護基で保護される。前記保護または誘導体化されたアミノ酸は、アミド結合を形成することができる条件下、適切に保護された相補的（アミノまたはカルボキシル）基を有する配列に次のアミノ酸を追加することで、次に不活性固体支持体に結合するか、溶液中で利用することができる。前記保護基は次に新しく追加されたアミノ酸から除去され、次の（適切に保護された）アミノ酸が追加されるなどの手順が行われる。前記望みのアミノ酸が前記適切な配列に結合された後、残りの保護基(固相合成法が利用できる場合は固体支持体)が連続的にまたは同時に除去され、最終的なペプチドが得られた。この一般的な方法の簡単な変法では、例えば、（キラル中心をラセミ化しない条件で）脱保護した後、ペンタペプチドを形成する適切に保護されたジペプチドで保護されたトリペプチドをカップリングすることで、伸長する鎖に一度に１若しくはそれ以上のアミノ酸を追加することが可能である。例えば、固相ペプチド合成法については、Ｊ．Ｍ．Ｓｔｅｗａｒｔ  ａｎｄ  Ｊ．Ｄ．Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ  １９８４）およびＧ．Ｂａｒａｎｙ  ａｎｄ  Ｒ．Ｂ．Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｅｄｉｔｏｒｓ  Ｅ．Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｊ．Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，Ｖｏｌ．２，（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８０），ｐｐ．３〜２５４、古典的な溶液合成についてはＭ．Ｂｏｄａｎｓｋｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆＰｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｂｅｒｌｉｎ  １９８４）およびＥ．Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｊ．Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，Ｅｄｓ．，Ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１を参照。
【０１７２】
典型的な保護基には、ｔ−ブチロキシカルボニル（Ｂｏｃ）、９−フルオレニルメトキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）ベンジロキシカルボニル（Ｃｂｚ）、ｐ−トルエンスルホニル（Ｔｘ）、２，４−ジニトロフェニル、ベンジル（Ｂｚｌ）、ビフェニルイソプロピロキシカルボキシ−カルボニル、ｔ−アミロキシカルボニル、イソボルニロキシカルボニル、ｏ−ブロモベンジロキシカルボニル、シクロヘキシル、イソプロピル、シクロヘキシル、イソプロピル、アセチル、ｏ−ニトロフェニルスルホニルなどを含む。
【０１７３】
典型的な固体支持体は、架橋ポリマー支持体である。これには、例えばビニルベンゼンヒドロキシメチルスチレン共重合体、ジビニルベンゼン−クロロメチルスチレン共重合体、ジビニルベンゼン−ベンズ比ドリルアミノポリスチレン共重合体などのジビニルベンゼン架橋スチレンを基本としたポリマーを含むことができる。
【０１７４】
Ｎ−メチルおよびヒドロキシ−アミノ酸は、固相ペプチド合成において、従来のアミノ酸と置換されうる。しかし、還元したペプチド結合とポリマーの生産には、前記還元したペプチド結合を含むアミノ酸のダイマー合成を必要とする。そのようなダイマーは、標準的な固相合成法によりポリマーに組み込まれる。他の合成法は周知であり、例えばＦｌｅｔｃｈｅｒら．，Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．（１９９８）９８：７６３〜７９５、Ｓｉｍｏｎら．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９２）８９：９３６７〜９３７１、本明細書において引用された参考文献などにおいて見出されえる。
【０１７５】
代わりに、前記ペプチドは組み換え法により、例えば、前記望みのペプチドをコードするＤＮＡを合成することで、ＡＴＧ開始コドンに沿って生産される。前記ヌクレオチド配列は、特定の望みのアミノ酸配列に適切なコドンでデザインされうる。一般に、前記配列が発現される目的の宿主で好みのコドンを選択する。前記完全な配列は、一般的に標準的な方法で調整され、完全なコード化配列に作られた重複オリゴヌクレオチドから作られる。例えば、Ｅｄｇｅ  Ｎａｔｕｒｅ（１９８１）２９２：７５６；Ｎａｍｂａｉｒら．Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８４）２２３：１２９９；Ｊａｙら．Ｊ  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８４）２５９：６３１１を参照。ホスホロアミド固相合成などの自動合成法を利用し、前記ヌクレオチド配列を作成することができる。例えば、Ｂｅａｕｃａｇｅ，Ｓ．Ｌ．ら．Ｙｅｔ．Ｌｅｔｔ．（１９８１）２２：１８５９〜１８６２；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ，Ｍ．Ｄ．ら．Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（１９８１）１０３：３１８５を参照。次に、従来の方法を用い、前記DNAを原核または真核の適切な発現ベクターにクローニングする。
【０１７６】
本発明の輸送ポリマーは、単純に前記ナノ粒子と特定のポリマーを混合することでＳＣＮＣと関連させ、それによって非共有結合を形成することができる。例えば、本文の例１を参照。代わりに、前記輸送ポリマーは、多数の化学的方法、当該分野で周知の方法（例えば、Ｗｏｎｄ，Ｓ．Ｓ．，Ｅｄ．，Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｒｏｓｓ−Ｌｉｎｋｉｎｇ，（１９９１）ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ）により、直接（例えば、カルボジイミド）または結合部分を介して、ＳＣＮＣに共有結合させることができる。特に、カルバメート、エステル、チオエーテル、ジスルフィド、ヒドラゾン結合は、一般に形成しやすく、ほとんどの応用に適している。前記細胞膜を貫通した基質の輸送後、前記結合が容易に前記サイトゾル中で分解される場合、エステルおよびジスルフィド結合が好ましい。
【０１７７】
様々な官能基（ヒドロキシル、アミノ、ハロゲンなど）を用い、前記輸送ポリマーに前記ＳＣＮＣを結合することができる。
【０１７８】
さらに、前記ＳＣＮＣは、結合ペアの第１因子と第２因子を用い、前記カチオン性ポリマーと結合されうる。好適な実施例では、ストレプトアビジン、アビジン、またはニュートロアビジンが前記ＳＣＮＣと結合し、ビオチンは前記カチオン性ポリマーと結合する。代わりに、ビオチンが前記ＳＣＮＣと結合し、ストレプトアビジン、ストレプトアビジン、またはニュートロアビジンが前記カチオン性ポリマーと結合する。ペプチドをビオチン化する方法は当該分野で周知であり、イリノイ州ロックフォードのＰｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．など、多数の販売業者がそのためのキットを販売している。
【０１７９】
カチオン性ポリマーは、一般にＦＭＯＣなどのアミノ末端保護基で生産される。前記ＦＭＯＣは前記完全な樹脂結合ポリペプチドのＮ−末端から開裂することができ、前記ＳＣＮＣは遊離Ｎ−末端アミンと結合することができる。そのような場合、前記ＳＣＮＣは典型的には当該分野で周知の方法により活性化され、前記ポリマーアミノ基と、それぞれアミドまたはカルバメート結合を形成する活性エステルまたは活性炭酸塩分子を生産する。当然、他の結合化学反応も利用することができる。
【０１８０】
副反応を最小限にするため、グアニジノ部分とアミジノ部分は、カルポベンジロキシ基（ＣＢＺ）、ジ−ｔ−ＢＯＣ、ＰＭＣ、Ｐｂｆ、Ｎ−ＮＯ２などの従来の保護基を用いてブロックすることができる。
【０１８１】
Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ−メチルピロリジノン、ジクロロメタン、水など、多数の溶媒で既知のカップリング法により、カップリング反応が行われる。典型的なカップリング反応には、Ｏ−ベンゾトリアゾイロキシテトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＡＴＵ）、ジクロロヘキシルカルボジイミド、ブロモ−トリス（ピロリジノ）ホスホニウムブロマイド（ＰｙＢｒｏＰ）などを含む。他の試薬には、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）、４−ピロリジノピリジン、Ｎ−ヒドロキシスクシニミド、Ｎ−ヒドロキシベンゾトリアゾールなどを含むことができる。
【０１８２】
前記リンカーは容易に開裂可能なリンカーであってもよく、これはｉｎ  ｖｉｖｏで酵素または溶媒を介した開裂を受けやすいことを意味する。この目的では、カルボン酸エステルとジスルフィド結合を含むリンカーが好ましく、カルボン酸エステル基が酵素的または化学的に加水分解され、ジスルフィド結合はグルタチオン存在下、ジスルフィド交換される。
【０１８３】
１つの実施例では、前記開裂可能なリンカーには、前記ＳＣＮＣの遠位にある最初の開裂可能な基、前記ＳＣＮＣの近位にある第２の開裂可能な基を含み、前記最初の開裂可能な基の開裂により、分子内で反応することができる求核構造を含むリンカー−ＳＣＮＣ抱合体が生じ、第２の開裂可能な基が開裂し、それによって前記リンカーとポリマーから前記ＳＣＮＣが放出する。
【０１８４】
カチオン性ポリマーが輸送される分子に抱合する方法は、例えば米国特許第４，８４７，２４０号および第６，４９５，６６３号、および米国特許公開第２００３／００３２５９３号において既知であり、説明されており、これらの開示は参照として本明細書に完全に組み込まれる。
【０１８５】
コード化スキーム
前記細胞をコード化すると、複合化が可能となるだけではなく、細胞、同一性の素早い分析が可能となる。前記コード化スキームは、好ましくは１若しくはそれ以上の異なるＳＣＮＣを利用しているが、クロモフォア、フルオロフォア、色素、その組み合わせなど、様々な追加試薬を代わりに、またはＳＣＮＣと組み合わせて利用することができる。有機色素については、区別可能な蛍光性を有する異なる色素を用いることができる。十分なスペクトルデータを集め、前記集団を区別できる場合、ピークの放射波長が同じであるが、ピーク幅が異なるＳＣＮＣ集団を用い、異なるコードを作成することができる。そのような異なる集団を混合し、中間の線幅を作り、それによりコードをより固有のものとすることもできる。さらに、前記コード化スキームは、励起波長、放射波長、放射強度、ＦＷＨＭ（半値全幅）、蛍光持続時間、その組み合わせの違いを基本とすることができる。
【０１８６】
単一の細胞の位置をコードするために用いるＳＣＮＣの数は、特定の応用を基本として選択されうる。単一のＳＣＮＣが検出されうるが（例えば、２００１年２月１５日に提出された、タイトル「Ｓｉｎｇｌｅ  Ｔａｒｇｅｔ  Ｃｏｕｎｔｉｎｇ  Ａｓｓａｙｓ  Ｕｓｉｎｇ  Ｓｅｍｉｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  Ｎａｎｏｃｒｙｓｔａｌｓ」、発明者Ｅｍｐｅｄｏｃｌｅｓらの米国出願番号０９／７８４，８６６）、特定集団の多数のＳＣＮＣは、好ましくは単一の細胞に盛り込まれ、各細胞のより強い、連続的な放射シグナルを提供し、それにより分析時間を短縮することができる。
【０１８７】
異なるＳＣＮＣ集団は約１ｎｍで分割されたピーク波長で調整でき、個々のＳＣＮＣの前記ピーク波長は１ｎｍの精度で容易に決定できる。単一のピークスペクトルコードの場合、各波長はコードが異なっている。例えば、ＣｄＳｅ  ＳＣＮＣは約４９０〜６４０ｎｍの放射波長の範囲を有し、そのため、１ｎｍの解像度で約１５０の単一ピークコードを発生させるために利用できる。
【０１８８】
最小限のスペクトル有する高度に分けられたスペクトルピークのみを用い、前記ピーク内で厳密な強度を必要としないスペクトルコード化システムでは、異なるスキームで約１００，０００〜１０，０００，０００またはそれ以上の独特なコードが可能である。
【０１８９】
４９０〜５６５ｎｍの放射波長を有する最初のＳＣＮＣ集団、チャネル、５７５〜６５０ｎｍチャネル内の第２のＳＣＮＣ集団を合わせた２進法のコード化スキームは、最小限のピーク間隔７５ｎｍを用いた場合、１ｎｍの分解ＳＣＮＣ集団を用い、３０００の有効なコードを生み出す。前記システムを拡大し、多くのピークを含むことができ、唯一の要件は、有効なコードのピーク波長間の最小間隔が、本応用に用いる検出法による解像を十分可能とすることである。
【０１９０】
スペクトルのバンド幅３００ｎｍ、コード−ピーク解像度、つまり単一チャネルのピークの最小刻み幅４ｎｍ、最小ピーク間隔５０ｎｍ、各コード６ピークの最大値を用いた２進コードでは、コードが約２００，０００種類となる。これにより純粋な２進コードが仮定され、各チャネルのピークが「オン」または「オフ」となる。第２の「オン」強度、つまり強度が０、１、２を追加することで、可能なコードの数は約５００万種類に増加する。前記コード−ピーク解像度が１ｎｍに減少すると、前記コードの数は約１×１０１０に増加する。
【０１９１】
特定のコード化スキーム内の有効なコードは、アルゴリズムを用いて同定されうる。
考えられるコードは２進コードとして表され、異なるＳＣＮＣ集団の総数に対応するコードの桁数は、前記コードスキームで利用される異なるピークを有する。例えば、１６ビットのコードは５ｎｍ間隔で５００ｎｍ〜５７５ｎｍのピーク放出波長を有する１６種類のＳＣＮＣ集団を表すことができる。このスキームの２進コード１０００  ００００  ００００  ０００１は、５００ｎｍと５７５ｎｍにピークがあることを示している。隣接するピーク間に必要な間隔によって、これらの１６ビットの数それぞれの妥当性を評価することができ、例えば、１５ｎｍ以上の間隔があるピークを解像することができる場合、００１０  ０１００  ００００  ００００は有効なコードであるが、隣接するピークの最小間隔を２０ｎｍとしなければならない場合は有効ではない。幅５００〜５７５ｎｍ、ピーク間隔５ｎｍの１６ビットのコードを用い、隣接するピーク間の異なる最小スペクトル間隔の考えられる有効なコードのことなる数が表２に示されている。
【０１９２】
【表６】
2007521332.tif 000008
【０１９３】
異なる区別可能な強度を用いた場合、有効なコード数は劇的に増加する。例えば、前述の１６ビットのコードを用いると、コード内の隣接するピーク間の最小間隔が１５ｎｍの場合、各ピークに２つの強度、つまり三成分系を利用した場合、７，３７２種類の有効コードが可能であり、四成分系の場合、つまり３種類の「オン」強度が区別可能な場合、３８，１５４種類の有効コードが可能である。
【０１９４】
強度を利用したコードでは、励起源を正確にマッチングし、異なる波長で励起された場合、個々のＳＣＮＣで示される励起計数の変化により、前記細胞内の内部強度基準を組み込むことが必要である。
【０１９５】
コード化法で利用される光源が、解読に用いられる光源と、好ましくは同じ波長と強度で同様に可能であることが好ましい。最終的な物質の放出スペクトルが前記染色溶液のスペクトルから推論されうるように、光源は定量的に関連することができる。
【０１９６】
実質的に重なっていない色のＳＣＮＣを用い、次に固有の比率で前記ＳＣＮＣを合わせることで、または絶対的なレベルに沿って、コードは任意に作られる。代わりのコードは、重なったシグナルのデコンボリューションによって作られることもある。
【０１９７】
前記コードの作成法では、任意にコンピュータプログラムを利用し、コンピュータ内で（つまり、コンピュータモデリングを用い）ＳＣＮＣの放出シグナルを一緒に合わせ、または混合する。これらの個々のマーカーシグナルスペクトルはＳＣＮＣの実際のスペクトルであり、すでに製造されているか、製造できるＳＣＮＣバッチの刺激スペクトルである可能性がある。候補コードスペクトルは次に互いに比較し、互いに十分異なる最適なコードセットを作成し、コード数の要件と器具の解像度など、特定の制約を考え強いコードを割り当てることができるように、前記ライブラリに許容できるコードを追加する。さらなる方法では、未知のスペクトルにコードを割り当てるか、「マッチなし」として削除するため、未知のスペクトルを評価する既知のコードスペクトルの保存されたパターンを用いる。これを行うためには、いくつかの段階が行われ、いくつか任意に、（１）コードの作成、（２）前記コードのテンプレートの作成、（３）考えられるすべてのテンプレートに対するサンプルスペクトルの比較、（４）前記テンプレートの１つの類似性および／または残りの相違点に基づき、前記サンプルに「マッチ」または「マッチなし」を割り当てる。
【０１９８】
コードされた対象は、１つの対象または同時に多くの対象に１若しくはそれ以上のＳＣＮＣバッチを付けることで作成されうる。有用なコードを作成する１つの基準は、コードが分析されると、前記実験の統計的範囲または実際のコード読み取り装置内で独自に同定できることである。一般に、特定の応用で使用されるすべてのコードはスペクトルにより解決すべきであり、つまり製作公差および／または読み間違いの中で、十分にスペクトル的に異なる必要があり、正しい解読率は非常に低い。前記許容できる誤差率は、応用によって異なる。コードはランダムに、または体系的に作成されうる。前記ランダムアプローチを用い、ＳＣＮＣの混合物が作成され、次にコードとして利用される。前記体系的アプローチを利用し、ＳＣＮＣバッチが選択され、前記コードを作成する適切な割合で、一緒に混合される。いずれのアプローチでも、それぞれの新しいコードの複合放射スペクトルが前記応用で使用される他のすべてのコードの放射スペクトルと比較される。これは、前記コードを実際物理的に作成する前に、予測されるスペクトルを用いて行うことができ、または前記対象をコードに接合する前またはその後に前記新しいコードのスペクトルを読み取ることで行うこともできる。前記コードが重なっていない場合、つまりノイズ、老化、リーダーの違い、または他の因子を考慮する場合、前記コードを使用することは妥当である。前記新しいコードの放射スペクトルがデジタルで保存され、推定上の新しいコード、およびコード読み取り中の未知のコードをこれと比較することができる。好ましくは、読み取り精度が新しいコードと事前のコードの比較に組み入れられている場合、前記読み取り精度は、一般に１若しくはそれ以上の前記励起エネルギー源、前記センサー、前記プロセッサで行われるデータ操作の既知の特徴に基づき決定される。
【０１９９】
多くの項目が同じコードでコードされる場合、例えば、バッチモード中、ＳＣＮＣを細胞、ミイクロスフェア、またはビーズに結合する場合、これらの項目の１つ以上を分析し、平均、または代表的な前記コードのスペクトルを保存することが有用である。これが行われると、各サンプル項目の実際のスペクトルが前記平均的なスペクトルと比較され、正しく同定されていることを確認することができる。これらは他のコードのスペクトルと比較し、同定されていないことを確認することもできる。さらに、例えば再現性と信頼性レベルに関する統計情報は、この段階で収集される可能性がある。
【０２００】
前記保存された放出スペクトルは、ここで前記コードの「テンプレート」と呼ぶことができ、コード化された目的またはＳＣＮＣ混合物を分析することで実験的に収集される可能性があり、または必要な補正因子とともに、前記コードを作る前記ＳＣＮＣから放出スペクトルを追加することで、コンピュータ内で作成することができる。
【０２０１】
前記コードを読むために使用される前記装置（または同様の装置、または前記装置のコンピュータモデル）を用い、選択的に装置対装置の変動を補正することで、テンプレートの放出スペクトルが作成されてもよい。例えば、ＳＣＮＣでコード化された細胞アッセイについて、アッセイ条件で処理された、単一または少数の異なる既知のコード化細胞を含むウェルを分析することが望ましい。前記テンプレート放出スペクトルは、各コード化細胞リーダー装置用に作成されてもよく、分析中は、特定のリーダーまたはアッセイに対するテンプレートが使用される。
【０２０２】
コードを作成する多くの異なる合成法を想像することができる。例えば、２色のＳＣＮＣが使用され、色１：色２の比が変化して様々なコードを作ることができる。さらなる色を用い、前記異なる比が変化し、より複雑なコードを作成することができる。
【０２０３】
十分なスペクトルデータが作成され、これが有意に異なると定義することができる場合、前記同じ色つまり同じピーク波長を有するが、異なるピーク幅を有するＳＣＮＣのバッチが利用され、2種類のコードを作成することができる。このようなバッチを混合し、中間の線幅を作り、それによりコードをより固有のものとすることもできる。
【０２０４】
すべて物理的に利用できるＳＣＮＣスペクトルを使用し、またはすべて製造可能なＳＣＮＣバッチの電子的に作成したスペクトルを使用し、コンピュータを基本とした方法を利用することができる。この場合、エネルギーまたは電子移動、放出強度の変化、または発生しうる波長の変化のため、望ましい補正因子に沿って、前記コンピュータがプログラムされ、組織的にまたはランダムに異なる量のこれらのＳＣＮＣスペクトルをコンピュータ内で組み合わせる。前記電子的に作成したスペクトルは現在のコードと比較され、十分区別可能なスペクトルは実際の物理的コードに製造する候補となる。このタイプのアプローチを用い、コードセット、つまり、最小二乗法で合わせた残りの値など、事前に決定した比較基準、または他の当該分野で既知の方法に従い、互いに最大限異なるように選択される、製造可能な放出スペクトルを作成することもできる。
【０２０５】
コードの全体的な放出スペクトルに関するデータは、レーザー、ランプ、発光ダイオードなど、適当な供給源で前記ＳＣＮＣを励起させ、回折格子分光計、プリズム分光計、画像分光計など、前記対象に対してスペクトル情報を提供する装置を用いるか、干渉（帯域通過）フィルターを利用して放射される光を読み取ることで、集めることができる。ＣＣＤカメラなどの２次元領域撮像装置を用い、多くの対象を同時に撮像することができる。スペクトル情報は、異なる帯域通過、ｌｏｎｇｐａｓｓ、またはｓｈｏｒｔｐａｓｓフィルター（干渉フィルター、色ガラスフィルター、または電子チューナブル・フィルターが適切である）により、１若しくはそれ以上の画像を回収することで、作成されうる。。１若しくはそれ以上の撮像装置を利用し、専用フィルターで同時にデータを集めるか、前記フィルターを１つの撮像装置の前で変更することができる。このデータが集められた後、これを処理し、簡単な画像処理法により、前記画像の対象に関するスペクトル情報、または各ピクセルについて、または前記画像のピクセル群を作成することができる 
前記サンプル対象の放出スペクトルがすべての既知テンプレートと比較される。最小二乗法、フーリエ分析、コルモゴルフ・スミルノフ検定、ピアソンの順位相関検定など、当該分野で既知の多数の方法を用いて行うことができる（Ｎｕｉｎｅｒｉｃａｌ  Ｒｅｃｉｐｅｓ  ｉｎ  Ｃ，Ｐｒｅｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９９６を参照）。それぞれ場合、各テンプレートに対して未知の適合度の指標が作成される（例えば、最小二乗法の残りの値、または上記のＰｒｅｓｓらが報告した「強い」または絶対的な大きさの方法の１つなど、使用される適合アルゴリズムに依存した他の適合指標）。前記コードの１つのみについて、この適合度が事前に決定した範囲内にある場合、これは未知のコードの同一性であり、そうでない場合は、前記未知のコードは「マッチなし」として分類されるか、またはマッチしすぎてテンプレートが多くなる。
【０２０６】
絶対的な強度変化に対して、非感受性のマッチプロセスを作ることが望ましいと考えられる。これは、前記マッチプロセス中の線形または非線形強度の正規化を含めることで行うことができ、これを変化させ、最も低い残りの値または各組成の他のマッチパラメータを作成する。前記正規化因子は制限なく変化することができ、または強度変化の補正量を制限するため、特定範囲内に抑制することができる。
【０２０７】
前記スペクトルデータもスペクトル的に正規化することができ、つまり、線形または非線形的にデータをスペクトル的にシフトし、前記装置のため、または温度変化分解、または前記ＳＣＮＣを引き起こし、異なる波長で放出する他の作用のために発生しうる前記は長の変化を補正することができる。また、前記スペクトルのシフト因子は、特定の範囲内に抑制することができる。
【０２０８】
例えば、コード化細胞アッセイの場合など、前記放出スペクトルもレポーターまたは参照ＳＣＮＣのシグナルを含み、これは同時に定量化され、前述の因子に沿って正規化されうる。この方法で、前記コードから前記アッセイシグナルへのスペクトルの重複も接続されうる。
【０２０９】
スペクトルデータも、しばしばよりウインドウから回収され、および／またはＳＣＮＣがある場合の色より離れた波長が可能となる。これにより、ＳＣＮＣは前記コードを作成するために用いたわずかのみ異なる波長が可能となる。さらなるスペクトルデータも、単一の色、１つのデータポイントアプローチよりも強い分類プロセスができる。分析のパターンマッチングアプローチの利点は、コード作成法と独立し、十分に異なるスペクトルを固有のコードとして用いることができる点である。個々の未加工スペクトルに基づく各コードについて、固有の指紋領域が得られるため、適合度、信頼区間、特異性の特定などの測定において、具体的な統計推定値を用いることができる。さらに、この方法ではコードの経験的な測定を可能とし、次にブランクとして化学的な処理を行い、フォーマット済みの理想的なコードセットと関連したあいまいさがほとんど除かれる。
【０２１０】
スペクトル的にコードされたマイクロスフェア 
ここで開示された本発明で使用されるまいクロスフェアは、ＳＣＮＣを組み込むことでスペクトル的にコードされうる。例えば、２００１年３月２７日に発行されたＷｅｉｓｓらの米国特許番号６，２０７，３９２、２０００年３月３０日に発表された国際公開公報第ＷＯ  ００／１７１０３号（発明者Ｂａｗｅｎｄｉら）、Ｈａｎら（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１９：６３２〜６３５を参照。
【０２１１】
好ましくは、細胞をコードするために用いられるマイクロスフェアまたはビーズは、約１マイクロメーター未満、好ましくは０．０１〜約０．５マイクロメーター、より好ましくは０．０１〜約０．１マイクロメーターであり、溶液に懸濁された場合、正常な溶液法で操作することができる。個々の各細胞は、固有のコードを有する単一のマイクロスフェアでコードすることができる。代わりに、独自にコードされた細胞を提供するための必要に応じ、各個々の細胞は１つ以上のマイクロスフェアでコードされうる。前記ビーズを調整し、単一のピーク放出波長を有するＳＣＮＣの集団を含むか、前記ビーズを調整し、１種類以上のＳＣＮＣ集団を含み、それぞれの集団がピーク放出波長、または他の集団と区別可能な他の蛍光特徴（例えば、励起波長、放出波長、放出強度、ＦＷＨＭ（半値全幅）、または蛍光持続時間）を有し、各ビーズが固有のスペクトル特徴を持つ。
【０２１２】
ポリマーマイクロスフェアまたはビーズは、これだけに限らないが、ポリスチレン、架橋ポリスチレン、ポリアクリル酸、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリ（ラクチドコグリコリド）、ポリ無水物、ポリ（メチルメタクリル樹脂）、ポリ（エチレン−コ−ビニル酢酸塩）、ポリシロキサン、ポリマーシリカ、ラテックス、デキストランポリマーおよびエポキシドなど、様々な異なるポリマーから調整することができる。前記物質は、膨張と多孔性に関する様々な異なる性質を有し、当該分野で十分理解されている。前記「ビーズ」、「スフェア」、「マイクロビーズ」、「マイクロスフェア」といった用語は、ここでは交互に使用されている。
【０２１３】
前記マイクロスフェアの望みの蛍光特徴は、固定された量および比で異なるサイズおよび／または組成のＳＣＮＣを混合することで得られ、前記望みのスペクトルが得られ、これはマイクロスフェアとの結合前に決定されうる。その後、（例えば、共有結合、共重合、または受動的吸収または吸着により）前記染色溶液と前記マイクロスフェアを処理することで、前記望みの蛍光特徴を有する物質が得られる。
【０２１４】
それぞれ明確なサイズおよび組成の分布を有する、多数のＳＣＮＣ溶液を調整し、望みの蛍光特徴を達成することができる。これらの溶液を固定された割合で混合し、その溶液に懸濁した明確なＳＣＮＣからの所定の放出率および強度を有するスペクトルに達する可能性がある。この溶液を光源に曝露すると、当該分野で十分確立された技術により、前記放出スペクトルを測定することができる。前記スペクトルが望みのスペクトルではない場合、次に、前記望みのスペクトルを達成するために必要な前記ＳＣＮＣ溶液をさらに追加し、前記溶液を「滴定」して前記正しい放出スペクトルを有することができる。これらの溶液は溶媒に分散したＳＣＮＣのコロイド溶液とするか、ポリマーとなる前のコロイド溶液とし、重合させ、その中に含まれるＳＣＮＣで基質を形成することができる。
【０２１５】
前記染色溶液の組成を調節し、好ましくは解読に用いられる前記正確な励起源で望みの蛍光特徴を有することができる。フィードバック回路に接続したマルチチャンネルのオートピペッタを用い、前述したような望みのスペクトル特徴を有するＳＣＮＣ溶液を調整することができる。前記滴定装置／ピペッタのいくつかのチャンネルに、それぞれが独特の励起および放出スペクトルを有するいくつかのＳＣＮＣの固有溶液をチャージすると、次にこれらは原液を追加することで段階的に組み合わせることができる。
【０２１６】
前記染色溶液が調整されると、これを用い、特定のビーズ集団に固有のスペクトルコードを組み込むことができる。前記ＳＣＮＣを前記ビーズに組み込む方法が吸収または吸着の場合、次に前記染色溶液に用いた溶媒を膨張およびマイクロスフェアに適したものとする必要があり、前記マイクロスフェアの組成に基づき、選択することができる。膨張したマイクロスフェアに対して典型的な溶媒には、例えば、ジクロロメタン、クロロホルム、ジメチルホルムアミド、テトラヒドロフランなど、前記マイクロスフェア物質がより溶解する溶媒を含む。これらは、例えばメタノール、エタノールなど、前記マイクロスフェア物質の溶解性が低い溶媒と混合し、前記物質に前記染色溶液を組み込む程度と割合をコントロールすることができる。
【０２１７】
前記マイクロスフェアは、前記染色溶液に加え、前記染色溶液に存在する相対的な割合の複数のＳＣＮＣを組み込むと、膨張する。前記物質から前記染色溶液を除去後、非膨張溶媒を追加し、前記物質が縮小、つまり非膨張することで、前記物質中に前記ＳＣＮＣを捕捉する。代わりに、ＳＣＮＣが前記物質から前記膨張溶媒を留去することで捕捉されうる。前記ＳＣＮＣが懸濁されうる非膨張溶媒で洗い流した後、前記ＳＣＮＣが前記物質中に捕捉され、さらに非膨張溶媒を使用することで保持されうる。典型的な非膨張溶媒には、エキサンおよびトルエンを含む。そのためにコードされたビーズは、前記光源下の放出スペクトルなしで様々な溶媒に分離、曝露することができる。前記使用された物質がポリマービーズの場合、前記物質は例えば、遠心分離、留去、流動層乾燥などの適切な方法、または方法を組み合わせて洗浄用溶媒から分離することができ、前記懸濁緩衝液中で洗剤を使用することで、水性溶媒と緩衝液に最分散することができる。
【０２１８】
前記染色法は、経時的な段階で実施されてもよい。最初の染色溶液を用い、１つのＳＣＮＣ集団でビーズを染色することができる。前記ビーズを次に最初の染色溶液から分離し、第２の染色溶液に追加し、前記ビーズをＳＣＮＣの第２集団で染色することができる。光源によって励起された時に前記物質から前記望みのスペクトル性が得られるまで、これらの段階は繰り返すことができる。
【０２１９】
前記ＳＣＮＣは共有結合により、また膨張したビーズに取り込むことで、前記ビーズに結合されるか、結合ペアの１つのメンバーを前記ビーズに結合した１つのメンバーに結合させることができる。例えば、ＳＣＮＣは前記ＳＣＮＣの表面にある反応基を生じる多数の方法により調整される。例えば、Ｂｒｕｃｈｅｚ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８１：２０１３〜２０１６，Ｃｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８１：２０１６〜２０１８，Ｃｏｌｖｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：５２２１〜５２３０，Ｋａｔａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）Ｊ  Ｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．９８：４１０９〜４１１７，Ｓｔｅｉｇｅｒｗａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｊ  Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１０：３０４６を参照。前記ＳＣＮＣの表面にある反応基は、前記物質表面にある反応基に結合することができる。例えば、表面にあるカルボキシレート基を有するＳＣＮＣは、カルボジイミドの活性段階を利用し、アミン基を用いたビーズに結合させることができる。
【０２２０】
前記ＳＣＮＣをビーズに結合し、前記ＳＣＮＣまたは前記ビーズの性質に悪影響を及ぼさない架橋方法を利用することができる。架橋アプローチでは、前記異なるＳＣＮＣの相対量を用い、前記相対強度をコントロールすることができるが、前記絶対強度は前記反応時間を調節することでコントロールし、全体で反応部位の数を制御することができる。前記ビーズを前記ＳＣＮＣに架橋した後、前記ビーズは任意にすすぎ、未反応のＳＣＮＣは洗い流される。
【０２２１】
前記フルオロスフェアからの放出強度が使用した検出システムで検出でき、前記異なる強度レベルを区別可能とする必要があるように、十分な量のフルオロフォアを利用し、前記ビーズをコードする必要があり、この場合、前記コード化スキームで強度が利用されるが、前記ビーズをコードするために利用した前記ＳＣＮＣまたは他のフルオロフォアの蛍光放出を、前記解読スキームに利用される検出装置が飽和になるような強度としてはならない。
【０２２２】
前記ビーズをコード化し、その、またそれによってコードされた細胞、同一性の急速な分析を可能とし、複合化を可能とする。前記コード化スキームは、好ましくは１若しくはそれ以上の異なるＳＣＮＣを利用しているが、クロモフォア、フルオロフォア、色素、その組み合わせなど、様々な追加試薬を代わりに、またはＳＣＮＣと組み合わせて利用することができる。有機色素については、区別可能な蛍光性を有する異なる色素を用いることができる。十分なスペクトルデータを集め、前記集団を区別できる場合、ピークの放射波長が同じであるが、ピーク幅が異なるＳＣＮＣ集団を用い、異なるコードを作成することができる。そのような異なる集団を混合し、中間の線幅を作り、それによりコードをより固有のものとすることもできる。
【０２２３】
単一のビーズまたは基質の位置をコードするために用いるＳＣＮＣの数は、特定の応用を基本として選択されうる。単一のＳＣＮＣは検出されうるが、特定集団の複数のＳＣＮＣは好ましくは単一のビーズに組み込まれ、各ビーズからより強力でより持続的な放出スペクトルを提供し、そのため分析時間を短縮することができる。
【０２２４】
前記ビーズは上述のコード化スキームを用いてコードされうる。
【０２２５】
励起源
前述のとおり調整、報告したコード化細胞を励起光源に曝露することで、細胞に配置されたＳＣＮＣが励起され、光を放出する。この励起源は、光を放出するために前記実験に使用される少なくとも１つのＳＣＮＣ集団を励起することができるエネルギーとし、好ましくは、前記使用されたＳＣＮＣの最短放出波長よりも高いエネルギーとして選択される。さらに、前記励起源を選択し、前記サンプル中の最小数のＳＣＮＣを励起して検出可能な光を生じるようにすることができる。好ましくは、前記励起源が十分な数の異なるＳＣＮＣ集団を励起し、前記実験に使用されるコード化物質を唯一同定することができる。例えば、異なる比で赤色と青色のＳＣＮＣを有する２種類の細胞集団を用い、前記細胞を解読するために前記サンプルの緑色光または黄色光を利用するなど、前記赤色放出ＳＣＮＣを励起するのみでは十分ではないと考えられる。例えば、紫または紫外など、青色発光ＳＣＮＣと赤色発光ＳＣＮＣを同時に励起することができる少なくとも１つの波長を有する光源を利用することが必要であろう。異なるＳＣＮＣ集団を同時に励起するために用いられる１若しくはそれ以上の光源があってもよいが、前記吸収スペクトルのため、ＳＣＮＣ特定の光源が前記光源よりも低いエネルギーで放出するＳＣＮＣＳの亜集団を励起するだけである。
【０２２６】
さらに、ランプ源を用いた場合、前記ランプの分解により、前記励起源が変化し、それによって前記コードが損なわれる可能性がある。
【０２２７】
放出の検出
本法と使用するための自動検出用画像システムの例には、励起源、単色光分光器（または前記画像をスペクトル的に解像することができる装置、または狭いバンドフィルターセット）および検出装置の配置を有する。前記励起源は、検出される前記放出波長よりも短い青色またはＵＶ波長を有することができる。これは、前にフィルターを置いた重水素ランプなどの広帯域ＵＶ光源、単色光分光器を通過させ、前記望みの波長を抽出後のキセノンランプまたは重水素ランプなどの白色光源出力、またはこれだけに限らないが、アルゴンイオンレーザーライン（４５７、４８８、５１４ｎｍなど）またはＨｅＣｄレーザーなどの多数の連続波（ｃｗ）ガスレーザーのいずれか、ＧａＮおよびＧａＡｓ（二重）ベースのレーザーまたは二重または三重出力のＹＡＧまたはＹＬＦベースのレーザーなど、青色の固体状態のダイオードレーザー、または青色で出力されるパルスレーザーのいずれかとすることができる。 
前記放出光は、例えば、回折格子分光計、プリズム分光計、画像分光計などの前記基質のスペクトル情報を提供する装置で、または干渉（帯域）フィルターを使用して検出されうる。ＣＣＤカメラなどの２次元領域撮像装置を用い、多数の対象を同時に撮像してもよい。スペクトル情報は、異なる帯域通過、ｌｏｎｇｐａｓｓ、またはｓｈｏｒｔｐａｓｓフィルター（干渉フィルター、または電子チューナブル・フィルターが適切である）により、１若しくはそれ以上の画像を回収することで、作成されうる。。１若しくはそれ以上の撮像装置を利用し、専用フィルターで同時にデータを集めるか、前記フィルターを１つの撮像装置の前で変更することができる。Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃ  Ｉｍａｇｉｎｇシステムなどの撮像を基本としたシステムでは、表面をスキャンし、蛍光シグナルを発見する。
【０２２８】
分析されるサンプルが顕微鏡の対象に対してスキャンされる走査システムを利用することができる。前記発光は単一の単色光分光器または格子またはプリズムを通過され、スペクトル的に色を分光する。前記検出装置はダイオードアレイであり、特定の空間的位置で発光される色を記録する。次に前記ソフトウェアで前記スキャン画像を再現する。
【０２２９】
細胞または細胞集団が光散乱ＳＥＲＳまたはＳＥＲＲＳ粒子で解読される実施例では、可視または赤外励起レーザー、二色ビームスプリッタ、顕微鏡対物、励起カットオフ・フィルター、分光器、ＣＣＤカメラなどの高性能検出装置を有するエピ蛍光レーザー共焦点顕微鏡を用いて、前記ラマンシグナルが検出される。代わりに、前記検出システムでは、励起経路に円柱レンズを加え、２Ｄ検出装置を利用することで、線照明と回収を利用することができる。代わりに、前記検出システムでは面照明と検出を利用し、チューナブル帯域通過フィルターまたは前記検出経路に配置された多数の固定帯域通過フィルターを用い、スペクトルデータを発生させることができる。
【０２３０】
複数の蛍光の発光を解読する
複数のフルオロフォアで標識されたサンプルを撮像する場合、前記サンプル内の各不連続部位から前記蛍光をスペクトル的に分解することが望ましい。そのようなサンプルは、例えば、細胞をコードするために用いる複数タイプのＳＣＮＣ（および／または他のフルオロフォア）、細胞をコードするために用いるが、異なるフルオロスフェアで標識した分子に結合した単一タイプのＳＣＮＣ、または重なり合った異なるタイプのフルオロスフェアで標識した複数の細胞から生じる可能性がある。コード化した基質のスペクトルコードの解読は、前記細胞について実施された機能的アッセイの情報を入手する前、入手と同時に、または入手後に行うことができる。
【０２３１】
フーリエ変換スペクトル画像解析（Ｍａｌｉｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｊ  Ｍｉｃｒｏｓｃ．１８２：１３３；Ｂｒｅｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）Ａｐｐｌ．Ｏｐｔ．３３：７５２０）およびアダマール変換スペクトル画像解析（Ｔｒｅａｄｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６１：７３２Ａ；Ｔｒｅａｄｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）Ａｐｐｌ．Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃ．４４：１〜４；Ｔｒｅａｄｏ  ｅｔ  ａｌ．（１  ９９０）Ａｐｐｌ．Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃ．４４：１２７０；Ｈａｍｍａｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）Ｊ  Ｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．３４８：１３５；Ｍｅｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｊ  Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．３５４：２５０；Ｆｌａｔｅｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃ．４７：１４６４）、可変干渉による撮像（Ｙｏｕｖａｎ（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ  ３６９：７９；Ｇｏｌｄｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：１５５７）、音響光学（Ｍｏｒｔｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）ＩＥＥＥ  Ｔｒａｎｓ．Ｉｎｓｔ．Ｍｅａｓ．４５：３９４；Ｔｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ａｐｐｌ．Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃ．５０：２７７）または液晶フィルター（Ｍｏｒｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）Ａｐｐｌ．Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃ．４８：８５７）またはスリットを単純にスキャンし、前記サンプル表面を指す方法（Ｃｏｌａｒｕｓｓｏ  ｅｔ  Ａ（１９９８）Ａｐｐｌ．Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃ．５２：１０６Ａ）など、この問題を解決するために多数の技術が開発され、すべてサンプルの２次元領域でスペクトルおよび空間的情報を作成することができる。
【０２３２】
１次元スペクトル撮像は、線形分光器の入射スリットに蛍光画像を投影することで、容易に達成されうる。この配置では、空間的情報がｙ軸に保持されるが、スペクトル情報はｘ軸に分散される（Ｅｍｐｅｄｏｃｌｅｓ  ｅｔ  ａｌ（１９９６）Ｐｈｙｓ．Ｒｅｖ．Ｌｅｔｔ．７７（１８）：３８７３）。前記入射スリットは前記分光器に入る光の空間的位置を制限し、各スペクトルの較正を設定する。前記入射スリットの幅は、部分的に前記システムの空間解像度を設定する。
【０２３３】
２次元画像は入射スリットを除去し、個々のポイントの個別の画像が分光器に入る光の空間的位置を定義することができるようにすることで得られる。この場合、前記システムのスペクトル解像度は、一部前記個別画像のサイズによって定義される。しかし、各ポイントの光の空間的位置がx軸で変化するため、各スペクトルの較正は異なり、前記絶対的エネルギー値にエラーが生じる。元の画像を分割し、分散格子から１／２通過させ、別の画像およびスペクトルを作成することで、この較正エラーをなくすことができる。適切な配列により、前記空間的位置と前記絶対的スペクトルエネルギーの間で補正を行うことができる。
【０２３４】
同じ水平線に沿った画像の間が曖昧となるのを避けるため、第２のビーム分割器が追加され、第２の分散素子を前記元の線に対して９０度とすることができる。直交方向に沿って前記画像を分散させることで、前記画像内で各個別のポイントから前記スペクトルを明らかに区別することが可能である。例えば、ホログラフィック透過格子または標準的な反射回折格子などの格子を用い、前記スペクトルの分散を行うことが可能である。例えば、ホログラフィック透過格子を用い、前記スペクトル的に分散された画像により光を提供する割合で、前記元の画像を２（または３）画像に分割し、前記直接画像よりもいくつかの光損失源を有する。この方法は、例えば単一の細胞または基質に固定された細胞集合体など、個別のスペクトル画像の高性能スクリーニングなどの、個別の点シグナルを含むサンプルをスペクトル的に撮像するため、またスペクトル的にコードされた細胞の高度に平行な読み値について、利用できる。前記画像は次に検出器に投影され、前記シグナルは再結合され、各帯域通過内で光量に関する情報を含む画像を生じる。
【０２３５】
代わりに、内部波長基準(「基準チャンネル」)が前記スペクトル的にコードされた細胞に含まれる場合は、２次元画像内の点スペクトルを較正する方法が必要である。前記基準チャンネルは、好ましくは前記コードのフルオロスフェアを発する最長または最短波長であることが好ましい。前記基準チャンネルの既知の放出波長により、前記分散スペクトルコード画像のフルオロスフェアの放出波長を決定することができる。波長の較正に加え、前記基準チャンネルは強度較正として機能し、単一の放出波長における複数の強度を用いたコード化スキームが使用される。さらに、前記基準チャンネルの固定強度を、各ビーズ表面に結合した標識の量に対する内部の較正基準として使用することができる。
【０２３６】
スペクトル的にコードされた細胞を読み取る１つのシステムにおいて、共焦点励起源がサンプルの表面でスキャンされる。前記供給源がコードされた細胞を通過する時に、前記蛍光スペクトルが得られる。前記サンプルの点加振源をラスター走査することで、サンプル内のすべての細胞を経時的に読み取ることができる。
【０２３７】
チップに固定されたコード化細胞
Ｑｃｅｌｌ（登録商標）コード化技術を利用し、膜受容体タンパク質を研究してもよい。膜受容体タンパク質は薬物開発における重要な標的クラスを構成し、さらに、タンパク質チップで精製、固定する事が難しい。ＳＣＮＣコード化細胞の膜タンパク質の自然な発現は、様々なプロテオミクスや診断応用に利用するため、これらのタンパク質を正しく折り畳み、同定することを大きく促す。コード化細胞は前記チップ表面にランダムに堆積され、コード化のため、各受容体を空間的に配置する必要はない。このアッセイプラットフォームは、蛍光標識リガンドのチップ表面タンパク質への結合を測定する様々な検出技術と適合する。
【０２３８】
コード化細胞を基質とともに利用してもよく、前記基質で増殖、結合、配置することができる。前記基質は、生物学的、非生物学的、有機、無機、またはこれらを組み合わせた広範な物質を有することができる。例えば、前記基質は重合化ラングミュアー・ブロジェット膜、機能化ガラス、Ｓｉ、Ｇｅ、ＧａＡｓ、ＧａＰ、ＳｉＯ２、ＳｉＮ４、修飾シリコン、または（ポリ）テトラフルオロエチレン、（ポリ）ビニリデンジフルオリド、ポリスチレン、架橋ポリスチレン、ポリアクリル酸、ポリ酢酸、ポリグリコール酸、ポリ（ラクチドコグリコライド）、ポリ無水物、ポリ（メチルメタクリル樹脂）、ポリ（エチレン−コ−ビニル酢酸）、ポリシロキサン、重合体シリカ、ラテックス、デキストランポリマー、エポキシ、ポリカーボネート、その組み合わせなど、広範なゲルまたはポリマーのいずれか１つとしてもよい。 
基質はシリカを基本とした基質（例えば、ガラス、石英など）などの平面結晶性基質、またはシリコン、ガリウムヒ素など、半導体およびマイクロプロセッサで使用される結晶性基質とすることができる。
【０２３９】
シリカエーロゲルを基質として用い、当該分野で既知の方法により調整することができる。エーロゲル基質を独立した基質として、または別の基質物質の表面コーティングとして利用することができる。
【０２４０】
前記基質はどのような形でもとることができ、典型的にはプレート、スライド、ビーズ、ペレット、ディスク、粒子、ストランド、沈殿物、膜、任意に多孔質のゲル、シート、チューブ、球、容器、毛細管、パッド、スライス、フィルム、チップ、マルチウェルプレートまたはシャーレ、光ファイバーなどである。前記基質は上昇または抑圧された領域を含み、ここにコード化細胞がある。前記基質の表面は周知の技術によりエッチングし、例えば、溝、ｖ字型溝、メ差構造など、望みの表面の特徴を提供することができる。
【０２４１】
前記基質表面は、前記基質と同じ物質から成るか、異なる物質から作られ、化学的または物理的方法で前記基質に結合することができる。そのような結合表面は、例えば、ポリマー、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカ、またはシリカを基本とした物質、炭素、金属、無機ガラス、膜、または上記物質のいずれかなど、様々な物質のいずれかから成る可能性がある。１つの実施例では、前記表面が光学的に透明で、シリカ表面に見られるものなど、表面のＳｉ−ＯＨ機能性を有する。
【０２４２】
前記基質および／またはその光学的表面が選択され、利用された合成および／または検出法に適切な光学的特徴を提供する。前記基質および／または表面が透明で、複数方向から当てられた光によって、前記基質に曝露することができる。前記基質および／または表面は、反射的「ミラー」構造で提供され、前記半導体ナノ結晶または他のラベルから放出される光の回復を亢進することができる。前記基質および／またはその表面がコーティングされ、偽入射光線の量を減少させることができる。
【０２４３】
前記基質および／またはその表面が一般には、利用される状況に耐性を示すか、耐性を示すように処理され、そのような状況に曝露後、耐性のある物質を除去するように光学的に処理することができる。
【０２４４】
細胞内タンパク質／タンパク質相互作用を研究する標識としてのＳＣＮＣ。
【０２４５】
細胞内タンパク質／タンパク質相互作用を測定するため、例えば、ｒｅｎｉｌｌａルシフェラーゼの遺伝子融合や対象タンパク質（プロテインＡ）を発現した細胞株を利用することができる。潜在的相互作用タンパク質（プロテインＢ）に結合したＳＣＮＣは、前記Ｃｈａｒｉｏｔ試薬、つまりＨＩＶ−ｔａｔ配列を基本としたペプチド試薬を用いて細胞に送達される（例えば、例１）。プロテインＡとプロテインＢの結合は、生物発光共鳴エネルギー移動（ＢＲＥＴ）で測定される。図５を参照。プロテインＡがプロテインＢに結合した場合にのみ、ｒｅｎｉｌｌａルシフェラーゼで放出される光は前記ＳＣＮＣに移動され、ルシフェラーゼと前記ＳＣＮＣの距離は１００オングストローム未満となる。代わりに、数種類のＳＣＮＣ／タンパク質抱合体が細胞に送達され、プロテインＡとの相互作用は、前記ＳＣＮＣ放出特性を測定することで、リアルタイムに研究される。このアブロームを利用し、転写因子複合体または生細胞の中にあるスプライソームなど、複雑な構造の集合体を研究することができる。
【０２４６】
コンビナトリアルにスクリーニングするためのＤＮＡ形質移入のコード化、遺伝子発現マイクロアレイ実験で同定される遺伝子の機能。
【０２４７】
上記に説明したとおり、ＳＣＮＣを細胞に送達する明確な方法は多数ある。これらの方法の１つは、細胞にＤＮＡ分子を形質移入する市販の試薬と類似したカチオン性脂質に依存し、ＤＮＡとＳＣＮＣコードを細胞に同時に送達するために利用可能である。ＤＮＡの形質移入のコードは、マイクロアレイ実験で同定される遺伝子の機能的分析を大きく促す。例えば、マイクロアレイ実験は、細胞アポトーシスを誘導する化合物に反応して特異的にオンになる何百もの遺伝子を同定することができる。アポトーシスの表現型に関与する単一の遺伝子または遺伝子の組み合わせを同定するため、例えば、従来の方法により、多数の個別ＤＮＡの形質移入およびアッセイが必要である。コード化ＤＮＡで前記アッセイを複合化すると、これらのアッセイを大きく促すが、これは、容易に読み取られる光学ＳＣＮＣコードで前記遺伝子型が表現型と関連しているためである。前記コード化形質移入体はウェルに混合、追加され、特定の化合物の作用またはインキュベーション条件を、単一のウェル内で多数の遺伝子の組み合わせの表現型に対して同時にスクリーニングすることができる。
【０２４８】
共通の宿主細胞株で発現された異なる薬物標的に関する複合的スクリーニング用のコード化細胞
コード化細胞技術を用い、同じアッセイウェルで同時に複数の標的をスクリーニングする事ができる。各標的は共通の宿主細胞株で発現され、前記受容体の同定は前記半導体ナノ結晶コードでコードされる。高付加価値薬物標的と対応する細胞を基本としたアッセイの例には、以下のものを含み、それは：
Ｇタンパク質共役受容体：競合的結合アッセイ、受容体遺伝子アッセイ、カルシウムアッセイ；
イオンチャネル：競合的結合アッセイ、受容体遺伝子アッセイ、カルシウムアッセイ、膜電位アッセイ；
核受容体：受容体遺伝子アッセイ、カルシウムアッセイ；
サイトカイン受容体：競合的結合アッセイ、受容体遺伝子アッセイ、カルシウムアッセイである。
【０２４９】
異なる細胞タイプにおける複合表現型を比較したコード化細胞
コード化細胞技術は、標的特異的な細胞を基本としたアッセイに限定されない。アポトーシスや細胞移動などの複雑な表現型は、各細胞タイプが固有のＳＣＮＣコードでコードされるため、同じアッセイの異なる細胞タイプ間で比較されうる。同じアッセイにおける複雑な表現型アッセイを複合化することは、動的アッセイに対する、または細胞型特異的反応における単一の化合物の効果を測定する価値が十分にあると考えられる。そのような表現型の例には以下のものが含まれ、それは：アポトーシス、細胞移動、核転位に対する細胞質、逆行性輸送、神経突起伸長、受容体の内在化である。
【０２５０】
細胞内顆粒の撮像用または生細胞内で移動するタンパク質の研究用の標識としてのＳＣＮＣ
特定のペプチド、タンパク質、または抗体に結合したＳＣＮＣの細胞への送達は、生細胞を撮像する新しい、強力な方法を提供することができる（図６では、Ｘが例えばペプチドリガンド、タンパク質、局在化配列、または抗体である）。ペプチド配列は、特異的な細胞内標的に前記ＳＣＮＣを結合するための親和性のハンドルとして機能するか、特定の細胞内顆粒に対して前記ＳＣＮＣを標的とすることができる。生細胞におけるいくつかのタンパク質の複合的分析は、スクリーニングおよび標的検証の応用において貴重である。
【０２５１】
組織化学的応用における固定細胞のコード化
コード化細胞技術を利用し、組織化学的染色アッセイを複合化することもできる。例えば、いくつかの転写因子の核転位を測定するため、キットはが市販されている（Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ）。前記キットはＡｌｅｘａ−４８８抱合型抗体から成り、これは特異的転写因子と、前記細胞を固定、載せるための緩衝液を認識する。細胞は化合物を追加した後、様々な回数でインキュベート、固定し、前記転写因子の核転位に対する細胞質が蛍光顕微鏡で測定される。異なるコード化細胞タイプを利用し、異なる細胞タイプの中で単一のタンパク質の転位を研究することができる。従って、異なる細胞タイプの中でタンパク質の転位を遮断または活性化する能力について、単一の化合物の効果がスクリーニングされうる。
【０２５２】
ＳＣＮＣをコードすることができるＣｅｌｌｏｍｉｃｓのキットの例には、ＮＦεＢ、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ２、ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ５、ｃ−Ｊｕｎ、ＡＴＦ−２、ｐ３８  ＭＡＰＫ、ＪＮＫ／ＳＡＰＫ、ＥＲＫ  ＭＡＰＫを含む。
【０２５３】
コード化細胞とともに利用されうる他の細胞を基本としたアッセイキットには、細胞生存度、神経突起伸長、アポトーシス、分裂指数、細胞運動、受容体の内在化を含む。
【０２５４】
細胞生存度の複合的スクリーニング
単一の化合物は、単一のウェルにおける複数の細胞タイプに対して毒性をスクリーニングすることができる（図７）。
【０２５５】
化合物の毒性を予測するためのツールとしての選択性プロファイリング。
【０２５６】
コード化細胞を利用し、多数の薬物標的および細胞タイプに対して化合物の選択性を測定することができる。この情報を利用し、毒性を予測することができるが、これは多数の化合物が非選択的相互作用のために毒性であるためである。
【０２５７】
リードの最適化効率を上昇させるキットとしての選択性プロファイリング
選択性プロファイリングもリードの最適化を助けることができる。薬物発見パイプラインの初期段階で標的選択性を完全に理解することで、リードの最適化においてよりよい選択が可能となる。
【０２５８】
化合物の体内分布を予測するため、標的の分布と化合物の選択性を組み合わせる
化合物のプロテオーム幅の選択性と標的のプロテオーム幅の組織分布を組み合わせることで、予測的なコンピュータ内での体内分布モデルが可能となる（図８）。
【０２５９】
トランスポーターアッセイ
トランスポータータンパク質は、薬物の再取り込みにおける役割のため、高付加価値の標的クラスである。例えば、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）がセロトニントランスポータータンパク質と相互作用する。ＳＣＮＣはいくつかの方法でトランスポーターアッセイに応用されうる。まず、ＳＣＮＣがトランスポーターリガンドと結合し、競合的再取り込みアッセイで利用され、前記ＳＣＮＣ抱合体の再取り込みを遮断する化合物をスクリーニングすることができる。別の利用は、異なるトランスポーターを発現した細胞株をコードし、異なるトランスポータータイプで蛍光標識リガンドの再取り込み効率を比較することである。
【０２６０】
従って、前記コード化細胞の応用は非常に広範囲である（図９）。
【０２６１】
ＧＰＣＲ経路のアッセイ
本発明では、試験化合物をスクリーニングする方法とＧＰＣＲ経路を調節（活性化または抑制、亢進または抑制）する能力の試験条件を提供し、一般に細胞中のオーファンＧＰＣＲの機能など、ＧＰＣＲ経路の機能を評価する方法を提供する。本法では、上述のとおり、ＳＣＮＣが候補リガンドまたは候補リガンドのライブラリと結合し、細胞外液（天然または人工、つまり、増殖またはアッセイ培地）中、細胞、前記細胞質、細胞膜、または細胞内区画または膜、例えば、細胞内小胞、前記細胞核または細胞膜、ミトコンドリアまたはミトコンドリア膜、ゴルジ装置、他の細胞小器官、または他の細胞内区画または膜中で、前記ＧＰＣＲ経路による前記リガンドの転位の後にＳＣＮＣの空間的位置の検出、またはＳＣＮＣの空間的位置の変化が行われる。様々な試験条件下、ＳＣＮＣの空間的位置の転位または変化の相対度が比較され、または試験条件がコントロール条件または事前に決定した基準と比較されうる。前記アッセイデザインにより、前記リガンドの転位の決定は、調節、例えば、ＧＰＣＲの活性または細胞、細胞膜などにあるＧＰＣＲのアゴニスト刺激の指標である。
【０２６２】
前記リガンドの転位は、前記細胞質、細胞膜、または細胞内区画内にある検出可能なシグナル強度の上昇および／または前記細胞質、膜、または細胞内区画内にある検出可能なシグナル強度の低下によって証明され、前記試験化合物に曝露後、前記変化が生じる。従って、転位は、経時的な同じ細胞内の検出可能なシグナルを比較することで検出されうる（つまり、試験化合物または１若しくはそれ以上の試験化合物ライブラリメンバーへの曝露前後）。代わりに、試験細胞を事前に確立した基準と比較してもよい。既知の修飾因子、例えばアゴニストまたはアンタゴニストのリガンドが利用できる場合、本発明を利用し、化学的化合物ライブラリをスクリーニングし、候補ＧＰＣＲアゴニストとアンタゴニストを研究することができる。
【０２６３】
本発明の方法では、容易に検出可能な結果を提供する。例えば、ＧＰＣＲ活性化または抑制に反応した、ＳＣＮＣに結合したＧＰＣＲリガンドやβ−アレスチンなどのリガンドの転位により、前記細胞質、膜、または細胞内区画にある検出可能なシグナルの空間的位置が相対的に変化する。さらに、前記細胞質、膜、または細胞内区画にある前記シグナルの元の位置から検出可能なシグナルの同時に生じる減少を利用し、前記リガンドの転位を測定することができる。特定の細胞では、前記ＧＰＣＲの活性化により、前記シグナルの元の位置から検出可能なシグナルが本質的に除去され、前記細胞質、膜、または細胞内区画にある検出可能なシグナルが同時に増加する。本発明では、前記アッセイデザインにより、ＧＰＣＲ活性化後の前記細胞質、膜、または細胞内区画にある検出可能なシグナルが増加することが好ましい。好ましくは、前記シグナルが少なくとも２倍、より好ましくは少なくとも３倍、またより好ましくは少なくとも５倍、最も好ましくは少なくとも１０倍増加する。
【０２６４】
１つの実施例では、本発明がＧＰＣＲ活性調節因子をスクリーニングする方法を提供し、ａ）既知または未知のＧＰＣＲを発現する細胞を提供し、前記細胞がＳＣＮＣ、ここで開示された他の検出可能な標識、またはその組み合わせでコードされる方法、ｂ）試験化合物に前記細胞を曝露する方法、ｃ）前記ＳＣＮＣからシグナルを検出する方法、および（ｄ）試験化合物存在下で生じたシグナルと非存在下で生じた前記シグナルを比較し、前記シグナルの空間的位置の変化が前記化合物がＧＰＣＲの修飾因子であることを示している方法を有する。
【０２６５】
別の実施例では、本発明が候補ＧＰＣＲ調節因子をスクリーニングする方法を提供し、ａ）既知または未知のＧＰＣＲを発現する細胞を提供する方法、ｂ）ＳＣＮＣに結合する転位可能なリガンドと前記細胞を接触させる方法、ｃ）事前に決定された濃度の試験化合物または試験化合物のライブラリの各メンバーに前記細胞を曝露する方法、ｄ）前記細胞質、細胞膜、または細胞内区画に前記転位可能なリガンドの転位を検出し、前記候補修飾因子の存在下と非存在下で前記転位を比較する方法を有する。
【０２６６】
さらに別の実施例では、本発明がＧＰＣＲ存在下で細胞または細胞集団をスクリーニングする方法を提供し、この方法は、（ａ）細胞または細胞集団を提供する方法、（ｂ）前記細胞または細胞集団をＳＣＮＣと関連付ける方法、（ｃ）前記細胞または細胞集団を既知のＧＰＣＲアゴニストを含む試験溶液に曝露する方法、および（ｄ）（ｉ）細胞膜から前記細胞の細胞質または細胞内区画、または（ｉｉ）前記細胞の細胞質から前記細胞膜に、その後細胞内区画に、および（ｉｉｉ）前記細胞質から細胞内区画に、または（ｉｖ）１つの細胞内区画から別の細胞内区画に転位可能なリガンドの細胞転位を検出する方法、または（ｅ）前記転位可能なリガンドの転位が発生するこれらの細胞を検出し、前記リガンドの転位がそのようなＧＰＣＲの存在を示す方法を有する。前記リガンドの転位は上述のとおり検出されうる。スクリーニングされる細胞集団は前述のとおり考察され、さらに組織、臓器、または生物体を含むことができる。
【０２６７】
従って、本発明では、オーファンＧＰＣＲの修飾因子を同定する従来の方法を提供する。オーファンＧＰＣＲは新規受容体であり、典型的には前記配列比較を基本とした方法によって同定されるが、その同族リガンドは知られていない。４００から５０００個のオーファンＧＰＣＲが前記ヒトゲノムにコードされ、新薬の開発に大きな可能性を示す可能性があると推定される。
【０２６８】
本発明は、オーファンＧＰＣＲ活性を引き起こす天然または合成リガンドを同定し、そのような活性を抑制するリガンドを同定し、それによって前記オーファンＧＰＣＲの薬理作用を特徴付ける簡便で効果的な方法を提供する。本発明の方法を利用し、それぞれ前記リガンドプロラクチン放出ペプチド、オレキシン−Ａ／オレキシン−Ｂ、メラニン濃縮ホルモンを用い、前記オーファンＧＰＣＲｓ  ＧＰＣＲ１０、ＯＸ１ＲおよびＯＸ２Ｒ、ＧＰＣＲ  ２４を検出することができる。従って、オーファンＧＰＣＲの機能は、食行動をコントロールしながら同定することができる。
【０２６９】
ＧＰＣＲを発現した細胞の調整
ＧＰＣＲを発現した細胞を調整する方法が報告された。例えば、米国特許６，０５１，３８６、６，０６９９，２９６、６，１１,，０７６、および６，２８０，９３４を参照し、この開示はこの参照により本明細書に組み込まれる。一般に、ＧＰＣＲをコード化した相補的ＤＮＡが得られ、当該分野で周知の方法を用い、適切な細胞に発現されうる。典型的には、一度全長のＧＰＣＲ  ｃＤＮＡが得られると、機能的分析では、哺乳類細胞株、酵母細胞、両生類細胞、または昆虫細胞に発現されうる。好ましくは、前記細胞株が哺乳類細胞株であり、ＧＰＣＲ発現について特徴付けられ、任意にＧ−タンパク質の広いレパートリーを含み、下流エフェクターに機能的に結合することができる。そのような細胞株の例には、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）またはヒト胚腎臓２９３（ＨＥＫ２９３）細胞株を含む。前記ｃＤＮＡが発現される細胞は、ここで開示された方法を用いてコードされ、リガンドの複数のスクリーニングを可能とする。前記発現された受容体は次に様々な機能的アッセイでスクリーニングされ、前述および米国特許第６，０５１，３８６号、第６，０６９，２９６号、第６，１１１，０７６号、および第６，２８０，９３４号に開示されたとおり、活性化したリガンドを同定することができる。好ましくは、前記機能的アッセイ方法でＳＣＮＣを利用するが、他の機能的反応がモニターされ、利用されうる。他の機能的反応には細胞内カルシウムまたはｃＡＭＰレベル、代謝活性化の変化を含み、Ｃｙｔｏｓｅｎｓｏｒのミクロ生理機能測定器（ｍｉｃｒｏｐｈｙｓｉｏｍｅｔｅｒ）を用いて測定することができる。別の実施例では、前記受容体が無差別Ｇ−タンパク質が無差別に発現され、それによって、ホスホリパーゼＣとカルシウムの可動化が関与する一般的な経路により、シグナル伝達を統合する。上述のとおりＳＣＮＣを用いて、またはＦＬＩＰＲ（登録商標）（蛍光イメージングプレートリーダー）などの高性能画像かシステムを用い、標準的な蛍光を基本とした技術により、カルシウムの可動化における変化が検出されうる。高性能顕微鏡の例は、Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｉｍａｇｉｎｇ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのＤｉｓｃｏｖｅｒｙ  １、Ａｘｏｎ  ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓのＣｅｌｌＰｉｘ、Ａｍｅｒｓｈａｍ／ＰｈａｒｍａｃｉａのＬｅａｄＳｅｅｋｅｒ、ＡｃｕｍｅｎのＥｘｐｌｏｒｅｒを含む。高性能のスクリーニング能力により、ライブラリに含まれるものなど、広範な候補リガンドに対して、オーファン受容体をスクリーニングすることができる。候補リガンドのライブラリには、既知または疑われるＧＰＣＲリガンドと、前記受容体が未知の分子を含む。さらに、本発明の方法では、組織、体液、細胞上清の生物抽出物をスクリーニング死、それによってＧＰＣＲの新規リガンドを同定することができる。さらに、本発明の方法を利用し、ペプチドライブラリまたは化合物ライブラリをスクリーニングすることができる。一度活性化リガンドが得られると、本発明の高処理能力スクリーニングを利用し、アゴニストやアンタゴニストなどの受容体調節因子をスクリーニングすることができる。従って、本発明では、前記既知およびオーファンＧＰＣＲの様々なアゴニストおよ���アンタゴニストを同定することができ、これを利用し、前記受容体の生理的役割および薬物発見の治療標的としての可能性を評価することができる。
【０２７０】
キット
本発明の方法を実行するために有用な試薬を有するキットも提供される。前記キットの成分はハウジングによって保持される。本発明の方法を実行するために、キットの使用のための使用説明書は、前記ハウジングと共に提供され、前記ハウジングの内側または前記ハウジングの外側にあってもよく、、前記ハウジングを形成する表面の内部または外部に印刷されてもよく、前記使用説明書を読みやすくすることができる。１つの実施例では、キットがＳＣＮＣの集団、および前記ＳＣＮＣ集団を用いて細胞をコード化するために有用な試薬を有する。細胞をコード化するために有用な典型的な試薬は、上記に説明されている。これらの試薬は、単独または組み合わせて使用することができる。さらに、前記キットは複数の応用についてデザインされ、複数の異なる細胞集団を同時にコード化するために有用な複数のＳＣＮＣ集団を含む。
【０２７１】
実施例
以下の実施例は、当該分野で通常の技術を持った者に本発明をどのように作成し、使用するかに関する完全な説明を提供するために示され、本発明として考慮される範囲を制限する意図はない。使用される数（例えば、量、温度など）について精度を保証するための努力は行ってきたが、一部の実験誤差および偏差は説明する必要がある。それ以外に示されていない限り、割合は重量当たりの割合、温度は摂氏、圧力は大気圧またはその付近であり、すべての物質は市販されている。
【０２７２】
ポリマーコーティングされたＳＣＮＣの調整
Ａ．疎水性修飾親水性ポリマーの合成：修飾されたポリアクリル酸は１００ｇ［０．４８ｍｏｌ  ＣＯＯＮａ］のポリ（アクリル酸、ナトリウム塩）（Ａｌｄｒｉｃｈから入手、分子量１２００）を希釈によって調整し、水中に希釈して２倍にし、１．０Ｌの丸底フラスコ中において１５０ｍｌ（１．９ｍｏｌ）の濃縮ＨＣｌを用いて酸性にした。前記酸性化ポリマー溶液はロータリーエバポレーターで濃縮乾固した（１００ｍｂａｒ、８０℃）。前記乾燥ポリマーは１０ｍｂａｒ未満で１２時間排気し、確実に水分を除いた。攪拌棒と４７．０ｇ（０．２４ｍｏｌ）の１−［３−（ジメチル−アミノ）−プロピル］−エチルカルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ−Ａｌｄｒｉｃｈ  ９８％）を前記フラスコに追加し、次に前記フラスコを密閉してＮ２をパージし、バルーンを取り付けた。５００ｍｌの無水Ｎ−Ｎ，ジメチルホルムアミド（Ａｌｄｒｉｃｈ）をこの混合物にカニューレを通じて陽圧下で移し、前記フラスコをゆっくり旋回し、前記固体を溶解した。３２ｍｌ（０．１９ｍｏｌ）のオクチルアミンを陽圧下で滴下してカニューレを通して密閉した炉乾メスシリンダーから攪拌しているポリマー／ＥＤＣ溶液に移し、前記攪拌を１２時間続けた。この溶液はロータリーエバポレーターで１００ｍｌ未満まで濃縮し（３０ｍｂａｒ、８０℃）、前記ポリマーは２００ｍｌのジ−Ｈ２Ｏを前記冷却した濃縮物に追加することで沈殿させることによって、ゴム状の白色物質が生じた。この物質は前記上清から分離し、この後３回１００ｍｌのジ−Ｈ２Ｏで倍散した。前記生成物はゆっくりと加熱しながら４００ｍｌの酢酸エチル（Ａｌｄｒｉｃｈ）に溶解し、２００ｍｌのジ−Ｈ２Ｏおよび１００ｇのＮ−Ｎ−Ｎ−Ｎ−テトラメチルアンモニウム水酸化物五水和物（０．５５  ｍｏ）で１２時間塩基性化した。前記水相を除去し、４００ｍｌの１．２７Ｍ  ＨＣｌを用いてゴム状白色生成物を沈殿させた、。前記生成物をデカントし、１００ｍｌのジ−Ｈ２Ｏで２回以上倍散し、その後前記水性洗浄液が６×１００ｍｌの酢酸エチルで逆抽出した。これらの酢酸エチル溶液を前記生成物のフラスコに加え、濃縮乾固した（１００ｍｂａｒ、６０℃）。前記粗ポリマーを３００ｍｌのメタノールに溶解し、３ｍｌ／分の流速でＬＨ−２０（Ａｍｅｒｓｈａｍ−Ｐｈａｒｍａｃｉａ−５．５ｃｍ×６０ｃｍカラム）で２回に分けて精製した。分画物の純度はＮＭＲで検討し、前記純粋な分画物がプールされたが、前記不純な分画は前記ＬＨ−２０カラムで再度精製した。前記純粋な分画すべてをプールした後、前記ポリマー溶液をロータリーエバポレーターで濃縮乾固し、１２時間、１０ｍｂａｒ未満で排気した。前記生成物は白色粉末（２５．５ｇ、理論収率４５％）であり、これはＣＤ３ＯＤ中、ブロードなＮＭＲピーク［ｄ＝３．ｌｂ（９．４）、２．３ｂ（９．７）、１．９  １．７  １．５  １．３  ｂ（６３．３）０．９  ｂｔ（１１．３）］を示し、カルボン酸（１７１２ｃｍ−１）とアミド基（１６２６ｃｍ−１、１５４４ｃｍ−１）の明確なＩＲシグナルを示した。
【０２７３】
Ｂ．表面修飾ナノ結晶の調整：２０ｍｌの３〜５ｍＭ（３〜５ｎｍｏｌｅｓ）のＴＯＰＯ／ＴＯＰでコーティングしたＣｄＳｅ／ＺｎＳナノ結晶（Ｍｕｒｒａｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１５：８７０６を参照）を２０ｍｌのメタノールで沈殿した。前記凝集物は３０００×ｇで３分間遠心分離し、前記ナノ結晶のペレットを形成した。前記上清はその後除去し、２０ミリリットルのメタノールを再度前記粒子に追加した。前記粒子をボルテックスし、前記凝集物を前記メタノールに分散した。前記凝集物はさらに遠心分離し、前記ナノ結晶のペレットを形成した。この沈殿／遠心分離段階はさらに繰り返し、前記ナノ結晶の合成で残った過剰な反応物を除去した。２０ｍｌのクロロホルムを前記ナノ結晶のペレットに添加し、自由に分散されたゾルが得られた。
【０２７４】
３００ミリグラムの疎水性に修飾されたポリ（アクリル酸）を２０ｍｌのクロロホルムに溶解した。水酸化テトラブチルアンモニウム（メタノール中１．０Ｍ）を前記ポリマー溶液に添加し、前記溶液をｐＨ１０にした（ｐＨはｐＨ紙に前記クロロホルム溶液を少量スポットし、前記溶媒を留去し、その後前記ｐＨ紙を蒸留水で湿らせて測定した）。その後、前記ポリマー溶液を攪拌棒を備えた２５０ｍｌの丸底フラスコ中の２０ｍｌのクロロホルムに添加した。前記溶液を１分間攪拌し、前記ポリマー溶液が完全に混合されたことを確認した。連続的に攪拌しながら、前述の洗浄したナノ結晶の分散を前記ポリマー溶液に１滴ずつ添加した。次に前記分散物を２分間攪拌し、前記成分を完全に混合したことを確認た後、前記クロロホルムを低温で真空除去することによって、前記フラスコの壁に前記粒子−ポリマー複合体の薄いフィルムが生じた。２０ミリリットルの蒸留水を前記フラスコに添加し、水性培地中で前記粒子の分散を補助するために、前記フラスコの壁に沿って旋回した。その後、前記分散物を室温で一晩攪拌した。この時点で、前記ナノ結晶が自由に水性培地に分散され、ペンダント化学官能基を有し、そのためバイオラベリング実験の分野で周知の方法により、対象の親和性分子と結合されうる。さらに、現在、前記ナノ結晶が高度に荷電された表面を有しているという事実は、これが、薄いフィルムと複合物質の形成に対する高分子電解質層化実験で容易に利用できることを意味する。
【０２７５】
Ｃ．ジアミノ架橋剤を用いたポリマー安定化ナノ結晶の架橋：３．５μＭで上述のとおり安定化された１０ミリリットルのナノ結晶が、１リットルの蒸留水と１リットルの５０ｍＭモルホリノエタンスルホン酸緩衝液、ｐＨ５に対して、１００Ｋのポリエーテルエルホン膜を用いて、接線流ろ過で精製した。前記ナノ結晶は１０ミリリットルに濃縮し、０．１Ｍ  ＨＣｌを５０μｌ添加して前記水性分散液のｐＨをｐＨ６．５に下げた。６７ミリグラム（３１５μｍｏｌｅｓ）のＥＤＣを前記攪拌したナノ結晶の分散物に添加した。３．９４μｍｏｌｅｓの架橋試薬リジン（ジアミノカルボン酸）を含む１ミリリットルの０．５Ｍホウ酸塩緩衝剤（ｐＨ８．５）を前記反応混合物に追加する前に、前記反応は１０分間続けた。前記反応混合物は２時間室温で攪拌し、次に５０，０００モル重量のカットオフポリエーテルスルホン透析バッグに移した。透析は２４時間行い、４リットルの水を２回替えた。
【実施例１】
【０２７６】
ＳＣＮＣのペプチドを介した再取り込み
Ｃｈａｒｉｏｔ（活性モチーフ、カリフォルニア州カールズバッド）は、前記ＨＩＶ−ｔａｔ配列を基本としたペプチド試薬であり（Ｓｃｈｗａｒｚｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８５：１５６９〜１５７２）、様々な高分子を細胞に送達するために用いた。Ｃｈａｒｉｏｔは対象分子と非共有複合体を形成し（タンパク質、ペプチド、抗体、またはＳＣＮＣ）、分子を細胞に送達するキャリアとして作用する。
【０２７７】
Ｃｈａｒｉｏｔを用いてＳＣＮＣを細胞に送達するため、組織培養細胞を６ウェルの組織培養プレート（１ウェル当たりの表面積９６２ｍｍ２）に１ウェル当たりの細胞密度３×１０５細胞で播種し、一晩、３７℃、５％ＣＯ２の雰囲気下でインキュベートした。前記形質移入効率は、細胞のパーセント密集度に依存し、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞の最適パーセント密集度は約５０〜７０％であった。
【０２７８】
前記形質移入混合物は、最終用量１００μｌで、まず６１６ｎｍを放射するＳＣＮＣをＰＢＳに希釈することで調整した。前記希釈したＳＣＮＣは９４μｌの滅菌水と６μｌのＣｈａｒｉｏｔ試薬を含む混合物と合わせ、前記２００μｌの形質移入混合物を室温で３０分間インキュベートした。
【０２７９】
形質移入するためには、細胞をＰＢＳで洗い流し、前記２００μｌの形質移入混合物を直接細胞単層に追加し、次に血清なしの増殖培地４００μｌを追加した。前記最終ＳＣＮＣ濃度は、前記細胞タイプとＳＣＮＣ物質によって、１０〜１２０ｎＭの範囲とした。前記細胞は３７℃、５％ＣＯ２で１時間インキュベートし、増殖培地を含む１ｍｌの血清を各ウェルに追加した。前記細胞はさらに２時間インキュベートした。内在化ＳＣＮＣを可視化するため、前記細胞は、適切なフィルターセットを用い、蛍光顕微鏡（図１０）またはフローサイトメトリーで分析した。
【実施例２】
【０２８０】
ＳＣＮＣの非特異的取り込み
ＳＣＮＣは特異的キャリア分子の存在下、細胞によって内在化されうる。
前述のとおり調整した非架橋ポリマーでコーティングしたＳＣＮＣは十分疎水性で、細胞に結合し、非特異的エンドサイトーシス経路によって取り込まれる。前記Ｃｈａｒｉｏｔ試薬が前記形質移入混合物から省略された場合を除き、ＳＣＮＣでコードされた細胞は例１に示すとおり調整した。ＳＣＮＣの非特異的取り込みの例は、図１１に示している。
【実施例３】
【０２８１】
ＳＣＮＣのカチオン性脂質を介し、ミセルを介した取り込み
ＢｉｏＰＯＲＴＥＲ（ＢｉｏＰＯＲＴＥＲ、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カリフォルニア州サンディエゴ）は、ＤＮＡの形質移入に対する他の脂質を基にした試薬と類似のカチオン性脂質である。これは負荷電した分子グループ（タンパク質、ペプチド、抗体、またはＳＣＮＣ）とイオン性相互作用を形成し、前記細胞膜との融合を介し、前記分子を細胞に送達する。
【０２８２】
細胞は実施例１に説明したものと同じ密度で播種した。カルボキシル化ＳＣＮＣとＰＢＳの最終量１００μｌから成る形質移入混合物を１０μｌの乾燥ＢｉｏＰＯＲＴＥＲ試薬に追加した。前記溶液はピペットでゆっくりと混合し、室温で５分間インキュベートし、９００μｌの血清のない培地を追加して希釈した。細胞はＰＢＳで洗浄し、前記希釈ＳＣＮＣ溶液（１ｍｌ）を前記細胞単層に追加した。検討された前記細胞株とＳＣＮＣ物質によって、最終的なＳＣＮＣ濃度は２〜６０ｎＭであった。細胞は３７℃で、５％ＣＯ２下、３時間インキュベートし、内在化ＳＣＮＣは蛍光顕微鏡で可視化された（図１２）。代わりに、３ｍｌの血清を含む培地を各ウェルに追加し、翌日の分析用に前記細胞を一晩インキュベートした。
【０２８３】
ＳＣＮＣのミセルを介した再取り込み
ＳＣＮＣは、疎水的相互作用を介し、特異的ポリマーでホスフィン／ホスフィン・オキシドリガンドをＳＣＮＣの表面に取り込むことで安定化される。ＳＣＮＣの合成に利用される最も一般的なリガンドは、ＴＯＰおよびＴＯＰＯである。ＴＯＰとＴＯＰＯはＰ−金属結合を介してＣｄまたはＳｅの表面に結合し、疎水性オクチル鎖はＳＣＮＣの疎水性面を作る溶媒を向いている。オクチルアミンがアミド結合形成を介してＰＡＡの４０％のカルボキシル基に結合した部分的に移植されたポリ（アクリル酸）（ＰＡＡ）は、疎水性相互作用によりＳＣＮＣの疎水性面に吸着し、水溶性ＳＣＮＣとなった。前記残りのカルボキシル基を用い、生物学的分子に抱合するか、または安定したＳＣＮＣを作るため、互いに架橋するように利用されうる。
【０２８４】
別の方法では、前記ミセルの親水性シェルを化学的に架橋し、前記ミセルの表面がカルボキシル基で作られ、生物学的に応用するため、生物学的抱合体を形成するために利用することができる。前記両親媒性ブロックの共重合体はＳＣＮＣを取り込むか、カプセルに封入し、前記ＳＣＮＣに水溶性を与える。前記ポリマーは２ブロック、３ブロック、またはマルチブロック共重合体とすることができ、これらは少なくとも１ブロックの疎水性セグメントと少なくとも１ブロックの親水性セグメントを含む。前記ブロック共重合体の親水性ブロックにおいて、ミセルまたは官能基の表面がカルボキシル、アルデヒド、アルコール、アミン、または反応基とすることができる。１若しくはそれ以上のＳＣＮＣでコードされたミセルは、さらに親水性シェルを架橋することで安定化された。
【０２８５】
ミセルを介したＳＣＮＣの取り込みでは、ミセルに取り込まれたＳＣＮＣの細胞と水溶液を上述のとおりに調整した。形質移入するためには、ＳＣＮＣ／ミセルと血清のない培地から成る混合物が最終量５００ｕｌで調整され、室温で５分間インキュベートした。
【０２８６】
細胞はＰＢＳで洗浄し、前記形質移入混合物を細胞単層に追加し、前記最終ＳＣＮＣ／ミセル濃度は約２０ｎＭとした。前記細胞を３７℃、５％ＣＯ２で１時間インキュベートし、増殖培地を含む１ｍｌの血清を各ウェルに追加した。前記細胞はさらに２時間インキュベートし、分析した。次の日に細胞を分析するため、培地を含む血清２ｍｌを追加し、前記細胞が一晩インキュベートした。ＳＣＮＣの細胞への組み込みは、５３５ｎｍの放出フィルターまたは６２５ｎｍの放出フィルターを用いて蛍光顕微鏡で検出した。
【実施例４】
【０２８７】
ＤＮＡとＳＣＮＣの同時輸送
コード化ＤＮＡの形質移入の応用において、カチオン性脂質を用いてＳＣＮＣとＤＮＡを同時輸送することが可能である。前述のとおり調整し、架橋した２ｎＭの赤色（６３０ｎｍで発光）ＳＣＮＣポリマーと、ＥＧＦＰ（高感度緑色蛍光タンパク質）／ｒａｃキナーゼの融合配列を有する３μｇのＤＮＡから成る形質移入溶液を調整し、実施例３に説明されたとおり、前記ＢｉｏＰＯＲＴＥＲ試薬に追加した。細胞は２日間、ＥＦＧＰ発現について培養し、蛍光顕微鏡とフローサイトメトリーで分析した。前記顕微鏡の結果は、ＥＧＦＰを発現し、赤色ＳＣＮＣを含む細胞を発見することが可能であることを示している（図１３）。前記ＥＧＦＰ融合ＤＮＡまたは赤色ＳＣＮＣのみを用いたコントロール実験は、前記ＤＮＡ形質移入効率がＳＣＮＣの存在下で低下することを示唆している。これは、前記ＢｉｏＰＯＲＴＥＲ試薬に対し、ＳＣＮＣをＤＮＡと競合することで引き起こされうる。
【実施例５】
【０２８８】
ＳＣＮＣで標識された細胞の解読
ＳＣＮＣコードは、前述のとおり調整された、緑色（５３０ｎｍ）または赤色（６３０ｎｍ）の架橋ポリマーコーティングしたＳＣＮＣを用い細胞内に検出することができ、Ｃｈａｒｉｏｔ試薬を用いて単色または２色の混合物としてＣＨＯ細胞に送達した。１８フィルターセットを用い、５１０ｎｍ〜６８０ｎｍの範囲で個々の細胞を同定、分析した。前記結果は、個々の細胞について、絶対的なＳＣＮＣの蛍光強度が１０倍以上変化する可能性があるが、正規化したスペクトルパターンは緑色または赤色ＳＣＮＣで類似していることを示している（図１４および１５）。前記細胞単層に追加する前に緑色および赤色ＳＣＮＣを混合することで、蛍光の正規化後に非常に類似したスペクトルパターンを有する細胞が生じる（図１６）。従って、これらの結果は、パターン認識が細胞のコード化戦略として利用することができることを示唆している。
【実施例６】
【０２８９】
複数の細胞株のＳＣＮＣを用いたコード化
Ｇ−タンパク質共役受容体、例えばセロトニン受容体を発現した最初の細胞株は懸濁液に採取し、適切な固定剤（例えば、３％パラホルムアルデヒド）に固定した。既知の蛍光性を有する特異的なＳＣＮＣ混合物を利用し、この細胞集団をコード化する。異なるＧ−タンパク質共役受容体、例えばβアドレナリン受容体を発現した第２の細胞株は、同様に第２のスペクトルコードでコード化される。前記第１および第２のスペクトルコードは、区別可能な蛍光性を有する。
【０２９０】
前記別にコード化された細胞は、次にマイクロタイタープレートのウェルで一緒に混合し、この混合集団は標識リガンド（前記コードと異なり、検出可能なフルオロフォアまたはＳＣＮＣで標識）で調査し、前記細胞株でＧタンパク質結合受容体結合していても、結合していなくてもよい。インキュベーション期間後、前記コード化細胞を前記ウェルの底に沈ませ、細胞の各コード化集団を測定し、スキャン分光器を基にした検出システムを用いて標識がそれと結合しているか否かを決定する。
【実施例７】
【０２９１】
酵母突然変異細胞へのＳＣＮＣの組み込み
特定の明確な酵母変異体集団を透過し、特定の色のＳＣＮＣセットを導入する。各酵母変異体集団をＳＣＮＣコードで調整し、他の酵母変異体集団と区別される（図１７を参照）。前記コード化変異体を次に使用し、適当な増殖培地を含む共通プレートを播種する。そのような酵母変異体の混合播種材料を含むいくつかのプレートを調整することができる。
【０２９２】
播種したプレートセットは、標準的な増殖条件と比べ、変化した温度、光源、湿度、または養分利用性を有する選択条件下で播種する。適切な増殖期間後（１時間〜１週間）、形成されたコロニーがスペクトル的に解読され、それが由来する元の変異体を同定することができる。
【実施例８】
【０２９３】
ＳＣＮＣコード化細胞の免疫染色：ＳＫＢＲ３細胞のハーセプチン抗体免疫染色
ＳＫＢＲ３細胞が３０ウェル当たり８０，０００細胞の密度で８ウェルチャンバースライドに播種し、実施例３に説明するとおり、前記カチオン性脂質のＢｉｏＰｏｒｔｅｒを用い、緑色（５３０ｎｍ）ＳＣＮＣでコードする。コード化細胞または非コード化細胞は３７℃、５％ＣＯ２で一晩インキュベートした。細胞はＰＢＳで３回洗浄し、数分間３．７％ホルムアルデヒド存在下で固定した。前記細胞はＰＢＳで３回洗浄し、ＰＢＳ／１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）の存在下、室温で３０分間インキュベートし、非特異的結合を最小限とした。
【０２９４】
各ウェルの細胞は５ｇ／ｍｌのハーセプチン抗体を用い、ＰＢＳ／１％  ＢＳＡ中、総量１５０  １、３０分間、室温にてインキュベートした。前記細胞はＰＢＳで５回洗浄し、１：５００に希釈したビオチン化ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、１．５ｍｇ／ｍｌ）で３０分間インキュベートした。前記細胞はＰＢＳで再度洗浄され、１：４００に希釈したストレプトアビジン結合Ｃｙ３（Ａｍｅｒｓｈａｍ、１ｍｇ／ｍｌ）で３０分間インキュベートした。前記細胞はＰＢＳで再び洗浄し、前記スライドをＰＢＳ中、５０％グリセロールを用いて取り付けた。前記細胞は、Ｃｙ３と緑色ＳＣＮＣフィルターセットを装備したニコン蛍光顕微鏡を用いて画像化した。対照実験は、ハーセプチン結合が前記ＳＣＮＣコードの影響を受けないことを示している。前記結果は、前記ＳＣＮＣコード化プロセスにより、または細胞内ＳＣＮＣの存在下、ハーセプチン結合の影響を受けないことを示している。
【実施例９】
【０２９５】
ＳＣＮＣコード化細胞の免疫染色：ＣＨＯ細胞のコード化抗チューブリン免疫染色
チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞を、１チャンバー当たり１５，０００細胞の密度で８ウェルチャンバースライドに播種した。前記細胞は、実施例１において説明されたとおり、Ｃｈａｒｉｏｔ試薬を用い、緑色（５３０ｎｍ）ＳＣＮＣドットでコードした。前記細胞は、完全培地（ＤＭＥＭ−Ｆ１２、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）、２ｍＭのＬ−グルタミン）で一晩インキュベートした。細胞はＰＢＳで３回洗浄し、３．７％ホルムアルデヒドを用いて、ＰＢＳ中、室温で１０分間固定した。前記細胞はＰＢＳで４回洗浄し、ＰＢＳ／１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）存在下、室温で３０分間インキュベートした。抗チューブリン抗体（ウサギＩｇＧ分画、全脱脂質化ａｎｔｓｅｒａ、Ｓｉｇｍａ）をＰＢＳ／１％  ＢＳＡ中、１：２００に希釈し、室温で３０分間、細胞をインキュベートした。前記細胞はＰＢＳで５回洗浄し、１：５００に希釈し、ＰＢＳ／１％  ＢＳＡ中、３０分間、ビオチン処理したヤギ抗ウサギＩｇＧ（Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、カリフォルニア州バーリンゲイム、原液は１．５  ｍｇ／ｍｌ）でインキュベートした。前記細胞はＰＢＳで５回洗浄し、ＰＢＳ中、３０分間、１：４００に希釈したストレプトアビジン結合Ｃｙ３（Ａｍｅｒｓｈａｍ、１ｍｇ／ｍｌ原液）でインキュベートした。前記細胞はＰＢＳで５回洗浄し、前記スライドがＰＢＳ中、５０％グリセロールを用いて取り付けた。細胞は、Ｃｙ３と緑色ＳＣＮＣフィルターセットを装備したニコン蛍光顕微鏡を用いて画像化した。前記結果は、前記ＳＣＮＣコード化プロセスにより、または細胞内ＳＣＮＣの存在下、抗チューブリン結合の影響を受けないことを示している。
【実施例１０】
【０２９６】
ＳＣＮＣコード化ＣＨＯ細胞を用いた前記２アドレナリン受容体の受容体遺伝子アッセイ
前記２アドレナリン受容体とｒｅｎｉｌｌａルシフェラーゼ受容体遺伝子を発現したチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞は、実施例１に説明されたＣｈａｒｉｏｔ試薬を用い、緑色（５３０ｎｍ）のＳＣＮＣでコード化した。コード化細胞または非コード化細胞が、白色、底が透明な９６ウェルプレートのウェルに、１ウェル当たり１００，０００細胞の播種密度で播種された。前記細胞は完全培地（ＤＭＥＭ−Ｆ１２、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）、２ｍＭのＬ−グルタミン、および１  ｍｇ／ｍｌ  Ｇ４１８（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ））で一晩インキュベートされた。
【０２９７】
前記細胞は、血清とフェノールレッドがないＤＭＥＭ−Ｆ１２培地にインキュベートすることで、２０〜２４時間洗浄し、スタベーションした。前記β受容体アゴニストのイソプロテレノール（Ｓｉｇｍａ）が様々な濃度、ＤＭＥＭ−Ｆ１２培地で希釈し、４時間細胞でインキュベートした。前記受容体遺伝子の発現を測定するため、細胞はＰＢＳで洗浄され、前記ＲｅｎＬｕｃキット（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用い、ｒｅｎｉｌｌａルシフェラーゼ活性でアッセイした。ルシフェラーゼは、Ｔｅｃａｎ  ＳｐｅｃｔｒａＦｌｕｏｒ  Ｐｌｕｓプレートリーダーにより測定した。図１８に示される用量反応曲線は、コード化細胞または非コード化細胞のＥＣ５０値はほぼ同一であるが、前記コード化細胞は同様のシグナル動的範囲を有することを示している。
【実施例１１】
【０２９８】
ＳＣＮＣコード化ＣＨＯ細胞を用いたβ２アドレナリン受容体の蛍光競合的結合アッセイ
ＣＨＯ細胞は、実施例１において説明されたとおり、Ｃｈａｒｉｏｔ試薬を用い、緑色（５３０ｎｍ）ＳＣＮＣでコード化した。コード化されたか或いはコード化されていない細胞は、１チャンバー当たり４０，０００細胞で８ウェルチャンバースライドに播種した。前記細胞は一晩、完全培地でインキュベートした。
【０２９９】
前記チャンバースライドは約２０分間、４℃で冷却し、前記細胞は冷却された結合緩衝液（０．１％ＢＳＡを補充した血清およびフェノールレッドのないＤＭＥＭ−Ｆ１２）で洗浄した。前記細胞は、１Ｍの非標識ＣＧＰ１２１７７リガンド（Ｓｉｇｉｎａ）存在下または非存在下で、結合緩衝液にインキュベートした。前記スライドは４℃で３０分間インキュベートした。前記蛍光リガンドを結合するため、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＴＭＲ（±）ＣＧＰ  １２１７７（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）を結合緩衝液中、最終濃度２５０ｎＭまで追加し、前記スライドはアルミホイルで覆い、４℃で１時間インキュベートした。各ウェルは結合緩衝液で４回洗浄し、前記スライドはＰＢＳ中、５０％グリセロールで取り付けた。細胞は、Ｃｙ３と緑色ＳＣＮＣフィルターセットを装備したニコン蛍光顕微鏡を用いて画像化した（図１９）。コントロール実験は、ＣＧＰ１２１７７の競合的結合がコード化されたか或いはコード化されていない細胞で本質的に同等であることを示している。
【実施例１２】
【０３００】
ＳＣＮＣでコードされたＣＨＯ細胞を用いた、Ｍ１ムスカリン受容体のカルシウムアッセイ
前記Ｍ１ムスカリン受容体ＭＩＷＴ３（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、カタログ番号ＣＲＬ−１９８５）を発現したＣＨＯ細胞は、実施例１において説明されたとおり、前記Ｃｈａｒｉｏｔ試薬を用い、緑色（５３０ｎｍ）ＳＣＮＣでコード化した。コード化されたか或いはコード化されていない細胞は、１ウェル当たり１０，０００細胞の密度で、９６ウェルアッセイプレートのウェルに播種され、完全培地（ハムのＦ１２Ｋ、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）、２ｍＭ  Ｌ−グルタミン）で一晩増殖された。前記ＦＬＥＸｓｔａｔｉｏｎカルシウムアッセイキット（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ）を用いたカルシウム染色添加液は、製造業者の指示に従って調整した。前記添加液に２．５ｍＭプロベネシドが補充され、アニオン交換タンパク質を抑制し、内在化染色の損失を予防した。カルシウム指示染色で細胞を充填するため、１００ｌの添加液が１ウェル当たり１００ｌの培地に追加し、前記プレートが３７℃、５％  ＣＯ２で１時間インキュベートした。
【０３０１】
前記プレートは、前述の蛍光画像を可視化するため、また、画像化のため、２００１年４月５日に提出されたＥｍｐｅｄｏｃｌｅｓらの公有米国出願番号０９／８２７，０７６、表題「Ｔｗｏ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  Ｓｐｅｃｔｒａｌ  Ｉｍａｇｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ」では顕微鏡システムで除去、設置した化合物は完全培地に希釈し、前記ウェルに追加した。前記プレートは室温で５分間インキュベートし、前記細胞は実施例５で説明したとおり、画像化した。前記結果は、アゴニストのカルバコールがコード化されていないか、コード化された細胞のカルシウム反応を刺激することができることを示している。
【実施例１３】
【０３０２】
ＳＣＮＣコード化細胞を用いた、アゴニストまたはアンタゴニストリガンドの複数スクリーニングのＧＰＣＲ内在化アッセイ
ＧＰＣＲ内在化アッセイをコード、複合化するための方法が説明されている。すべてでない場合は多くのＧＰＣＲが細胞表面にアゴニスト依存性に集合し、その後クラスリンでコーティングされた穴を介して内在化された。前記内在化されたＧＰＣＲはエンドソーム内に含まれ、前記膜にリサイクルされるか、分解用リソソームを標的とされる。前記細胞表面からエンドソームコンパートメントへの蛍光標識受容体の動きを可視化することに基づくアッセイがいくつかのＧＰＣＲで示され、前記副甲状腺ホルモン受容体（Ｃｏｎｗａｙら．（１９９９）Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ４（２）：７５〜８６）、コレシストキニン受容体タイプＡ（Ｔａｒａｓｏｖａら．（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２（２３）：１４８１７〜２４）、２アドレナリン受容体（Ｋａｌｌａｌら．（１９９８）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３（ｌ）：３２２８）を含む。細胞質ＧＰＣＲのＣ−末端部に融合した緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）から成る受容体キメラを用い、受容体の輸送を可視化することができる。しかし、その細胞外ループの１つに示された短いエピトープ配列で前記ＧＰＣＲにタグを付け、蛍光染色分子またはＳＣＮＣに結合した抗エピトープ抗体で前記受容体を標識することも可能である。そのようなペプチド配列の例には、８アミノ酸配列のＦＬＡＧペプチド（Ｃｈｕｂｅｔら．（１９９６）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２０（１）：１３６〜４１）、または９アミノ酸配列のインフルエンザウイルス血球凝集素（ＨＡ）ペプチド（Ｋｏｌｌｅｒら．（１９９７）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２５０（１）：５１〜６０）が含まれる。
【０３０３】
エピトープ標識ＧＰＣＲを用いて内在化アッセイを多重化するため、様々なＧＰＣＲを発現した細胞株を、例えば、実施例１、２、または３で説明されたとおりコード化、混合する。前記混合細胞は、底が透明なアッセイプレートの壁に添加する。前記蛍光色素標識抗体を添加し、その後、前記化合物を添加する。前記細胞は３７℃で３０〜６０分インキュベートし、前記アッセイプレートと細胞を蛍光顕微鏡を用いて画像化する。また、前記細胞がパラホルムアミドまたは一部の他の固定剤で固定される可能性があり、前記プレートは後で画像化するため、４℃で保存する。前記ＧＰＣＲにアゴニストリガンドを結合すると、前記ＧＰＣＲとその結合抗体が内在化され、前記細胞表面から細胞内区画への蛍光の動きとして、顕微鏡下で可視化することができる。アンタゴニストをスクリーニングするため、前記化合物の能力をスクリーニングし、前記受容体のアゴニスト依存性の内在化を遮断する。この方法を利用し、オーファンＧＰＣＲのアゴニストリガンドをスクリーニングする事ができる。
【実施例１４】
【０３０４】
マクロ多孔性ゼラチンマイクロキャリアで増殖された細胞をコード化、アッセイする方法
マイクロキャリアビーズの表面に増殖した細胞をコード化、スクリーニングする方法が説明されている。そのようなマイクロキャリアの例は、ＨｙＣｌｏｎｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，ＩｎｃのＣｕｌｔｉＳｐｈｅｒ（登録商標）である。ＣｕｌｔｉＳｐｈｅｒ（登録商標）は、細胞が結合する非常に大きな内面を提供する、マクロ多孔性のゼラチンマイクロキャリアビーズである。前記ビーズの大きな表面と面積の比は、従来の液体細胞培養と比べ、はるかに高細胞収率である。
【０３０５】
マイクロキャリアビーズは化学的方法を用いてコード化することができ（例えば、米国特許第６，２０７，３９２号、国際公開公報第ＷＯ  ００／１７１０３号、Ｈａｎら（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１９：６３２〜６３５）、その後細胞が増殖する基質として使用することができる。この方法の利点は、前記細胞を増殖するために使用したビーズ骨格でコード化し、個々の細胞ではコード化しないことである。前記ビーズをコードする方法には、前記ビーズ表面に固有のＳＣＮＣコードを吸着するか、前記ビーズの内側に前記コードをカプセル化することを含む。
【０３０６】
この方法を利用して複合化アッセイを行うためには、前記マイクロキャリアビーズをコード化し、利用する準備ができるまで保存する。目的の受容体標的を発現した細胞を前記コード化細胞に添加し、培地においてインキュベートし、細胞結合が可能となる。各細胞株が増殖されたビーズを混合し、前記混合物の一定分量をアッセイプレートのウェルに添加する。
【０３０７】
コード化マイクロキャリアビーズと細胞を使用するために適応できる様々なアッセイがある。例えば、細胞表面受容体に蛍光リガンドを結合すると、前記マイクロキャリア／細胞複合体のフローサイトメトリーにより測定することができる。マイクロキャリアビーズ上で増殖した細胞を用い、カルシウムの流れまたは受容体遺伝子の発現を画像化するために、蛍光顕微鏡を用いることができる。
【実施例１５】
【０３０８】
１０−プレックスＳＣＮＣコード化細胞アッセイを用いて６００ＧＰＣＲをスクリーニングする方法
１０プレックスコード化細胞アッセイを用いて、９６化合物に対して６００ＧＰＣＲをスクリーニングする方法を記載する。
【０３０９】
９６ウェル化合物のプレートの化合物は、６０  ９６−ウェル娘プレートに播種したレプリカである。また、２０プレックスのアッセイでは、３０化合物の娘プレートが必要であり、６０プレックスアッセイで必要なのは１０娘プレートのみである。１０プレックスアッセイについて、前記６０娘プレートをそれぞれ１０プレートの６グループに分けた。
【０３１０】
前記６００ＧＰＣＲ細胞株は凍結細胞として保存し、必要に応じて解凍する。この方法の重要な利点は、従来のスクリーニング方法と比べ、はるかに少ない細胞がスクリーニングに利用されていることである。例えば、コード化細胞技術を用い、１ウェル中、ＧＰＣＲ当たり１００細胞未満がスクリーニングされるのに対し、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓの蛍光イメージングプレートリーダー（ＦＬＩＰＲ）などの従来のカルシウムアッセイを利用した場合はＧＰＣＲ当たり５０，０００細胞である。従って、従来のスクリーニングに必要な大きなフラスコまたはバイオリアクターと比べ、前記コード化細胞技術に必要なＧＰＣＲ細胞株のすべては、６ウェル培養プレートで増殖することができる。６ウェル培養プレートで前記細胞を増殖することも、従来のスクリーニングと比べて自動化の影響を受けやすい。
【０３１１】
前記６００ＧＰＣＲ細胞株をコード化するため、前記細胞は１００個の６ウェル培養プレートに移し、１ウェル当たり約０．５−１．０×１０６細胞の細胞密度に増殖される。前記６００ウェルは、前記アッセイの複数化能力に沿って準備される。例えば、１０プレックスアッセイでは６００ウェルが６０ウェルに準備され、各グループは１０ウェルから成る必要があるが、６０プレックスアッセイではそれぞれ６０ウェルの１０グループとして準備する必要がある。前記細胞コードは、事前に混合された色の組み合わせのＳＣＮＣとして保存され、これまでに報告されたとおり使用される。単一の放出強度レベルを用いた１０プレックス、１０プレックス、６０プレックスアッセイに必要なＳＣＮＣの色の数は、それぞれ４、５、６である。
【０３１２】
１０プレックスアッセイでは、１０種類のウェルで増殖する細胞株が、例えば実施例１および３で報告されたとおり、前記１０ＳＣＮＣコードのうち１つでコード化される。前記細胞はコードされ、前記１０ウェルそれぞれから取り上げられ、計数、プールされ、各ＧＰＣＲ細胞株を有する細胞の数がほぼ等しくなるようにする。例えば、各ウェルの０．５×１０６細胞をプールすると、合計５×１０６細胞を含む混合物となる。前記混合物の細胞は、１ウェル当たりの合計細胞数１０，０００の播種密度（ＧＰＣＲ細胞株当たり１０００細胞相当）で、９０ウェルアッセイプレートのウェルすべてに分配される。このプロセスは、６００ＧＰＣＲ細胞株すべてが６０アッセイプレートのウェルに含まれるまで、６０回繰り返される。
【０３１３】
このスクリーニング方法は、様々なアッセイ形式に適応されうる。そのようなアッセイの１つは、エピトープ標識ＧＰＣＲを用いた、上述のＧＰＣＲ内在化アッセイである。前記抗エピトープ蛍光抗体は、前記６０アッセイプレートのウェルに追加される。前記６０化合物のレプリカプレートの化合物は、前記アッセイプレートに移され、前記受容体が内在化するように、前記プレートは３７℃、５％ＣＯ２で３０〜６０分間インキュベートされる。前記細胞はパラホルムアルデヒドで固定され、画像化が準備できるまで、４℃で保存される。
【０３１４】
前記細胞は、自動化高処理能力蛍光顕微鏡を用いて画像化される。Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３２５８（励起３５０ｎｍ、放出４６１ｎｍ）などの各染色を用い、視野内で単一の細胞を同定する。アゴニスト化合物をスクリーニングするため、前記抗体に結合した蛍光受容体の内在化について、前記細胞がスクリーニングされる。複数のフィルターを用いて、陽性の細胞が次にスキャンされ、前記ＳＣＮＣコードを決定される。統計学的に有意な数のデータポイントが集められるまで、1ウェル当たり単数または複数の視野でこのプロセスが繰り返される。前記データを保存、分析するため、画像化とデータ処理が利用される。
【実施例１６】
【０３１５】
結合ペアを利用するペプチドを介したＳＣＮＣの取り込み
１．５ｍＬの微小遠心管に、最大放出６５５ｎｍ（Ｑｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、カリフォルニア州ヘイワード）の量子ドットと結合した１μＬの２μＭストレプトアビジンと、１００μＭのビオチン標識Ｄ−Ａｒｇ９（９つの隣接するＤ−Ａｒｇ分子）（ＣＳ  Ｂｉｏ  Ｃｏ．，Ｉｎｃ．、カリフォルニアサンカルロス）を事前に混合して、標識溶液を作成した。１０％血清（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールズバッド）を用いた２００μＬの新鮮完全増殖培地を添加し、３０秒間ボルテックスした。使用した培地は、ＨｅＬａ細胞用のＡＴＴＣ推奨培地であった。この培地には、２ｍＭのＬ−グルタミンと、１．５ｇ／Ｌの重炭酸ナトリウム、０．１ｍＭの非必須アミノ酸、１．０ｍＭのピルビン酸ナトリウム、１０％ウシ胎児血清を含むように調節されたＥａｒｌｅのＢＳＳとともに、最小必須培地（Ｅａｇｌｅ）を含む。標識溶液の全量は、８ウェルのＬａｂ−Ｔｅｋチャンバーがあるカバーグラスシステム（Ｎｕｎｃ、ニューヨーク州ロチェスター）の１ウェルに一晩継代培養したＨｅＬａ細胞の単層に添加した。空気９５％の湿気のある大気、４５〜６０分間、５％ＣＯ２で、３７℃にてインキュベーション後、前記細胞は新鮮増殖培地で２回洗浄した。図２０に示された画像は、励起４８８ｎｍでＬｅｉｃａ  ＳＰ−２共焦点顕微鏡を用いて捕獲された。
【０３１６】
本発明については好適な実施例を算し容姿、詳細が説明されてきたが、当業者は、本明細書の技術に照らし、本発明の精神と範囲から離れずに、特定の変更と修正が可能であることは理解するだろう。従って、本発明は請求項のみによって制限される。
【図面の簡単な説明】
【０３１７】
【図１】図１は、細胞への通過を促すペプチドを用いて、細胞標的特異的リガンドと接合した半導体ナノ結晶（ＳＣＮＣｓ）を生細胞に導入する方法を説明した図である。
【図２】図２は、微量注入した細胞を同定するためのマーカーとしてのＳＣＮＣの利用を説明した図であり、ここで、ＳＣＮＣは、微量注入された特定の細胞の色分けされた同定を可能とするために単独または他の対象分子と一緒に微量注入された図である。
【図３】図３は、多色免疫蛍光染色のマーカーとして、ＳＣＮＣの利用を示した図であり、（Ａ）はＦｌｕｏ−４またはＳＣＮＣ−５に結合した抗体と間接的な蛍光により検出した同時注入タンパク質を示し、（Ｂ）はＦｌｕｏ−３またはＳＣＮＣ−４で染色した核を示し、（Ｃ）はＳＣＮＣ−１でマークされた細胞を示し、（Ｄ）はファロイジンと接合したＦｌｕｏ−１またはＳＣＮＣ−２で染色したアクチン細胞骨格を示し、（Ｅ）はチューブリンと接合したＦｌｕｏ−２またはＳＣＮＣ−３で染色した微小管を示した図である。
【図４】図４は、生細胞にＳＣＮＣを導入する方法を示した図であり、ここで、前記ＳＣＮＣは、受容体を介したエンドサイトーシスと酸で誘導される融合タンパク質を誘発ために、タンパク質を含むリポソームに取り込まれている図である。
【図５】図５は、目的タンパク質のために予測される結合パートナーと結合した半導体ナノ結晶を用いた生物発光共鳴エネルギー移動実験を示しており、この接合によって目的タンパク質とルシフェラーゼとの間で融合タンパク質を発現する細胞が導入され、ｉｎ  ｖｉｖｏで、蛍光移動が前記ルシフェラーゼから半導体ナノ結晶に発生するか否かを測定している図である。
【図６】図６は、細胞と細胞内構造を標的とする親和性を利用するため、異なるタイプのタンパク質への半導体ナノ結晶の接合を示している図である。
【図７】図７は、本明細書において説明した技術によりコード化された多数の細胞タイプに対し、単一化合物の単一のウェルにおける毒性スクリーニングについて示している図である。
【図８】図８は、これらの標的に対する化合物のプロテオソーム幅の選択性と、予測される標的について、高処理能力の組織学的情報を組み込んだ、シリカの体内分布と毒性モデルの予測を示している図である。
【図９】図９は、半導体ナノ結晶でコード化された細胞の広範な範囲の一部を示している。
【図１０】図１０は、実施例１に示したように、Ｃｈａｒｉｏｔ試薬がある場合（図１０Ａ）またはない場合（図１０Ｂ）にインキュベートされたＣＨＯ細胞とＳＣＮＣの蛍光顕微鏡写真の図である。
【図１１】図１１は、実施例２に示したように、４０ｎＭの非架橋ポリマーＳＣＮＣでインキュベートされたＣＨＯ細胞の蛍光顕微鏡写真の図である。
【図１２】図１２は、実施例３に示したように、ＳＫＩＢＲ３乳癌細胞と、ＢｉｏＰＯＲＴＥＲ試薬を用いて形質移入した緑色ＳＣＮＣの蛍光顕微鏡写真の図である。細胞はハーセプチン抗体でも染色された。
【図１３】図１３は、実施例４に示したように、赤色のポリマー架橋されたＳＣＮＣとＥＧＦＰ／ｒａｃ  ＤＮＡで同時形質移入されたＣＨＯ細胞の蛍光顕微鏡写真の図である。５３５  ｎｍの放射フィルター（図１３Ａ）、６２５  ｎｍの放射フィルター（図１３Ｂ）を用いた画像と、２つの画像を重ねたもの（図１３Ｃ）を示している。
【図１４】図１４は、実施例５で説明したように、Ｃｈａｒｉｏｔ試薬を用いて緑色ＳＣＮＣでコード化された４つの特定のＣＨＯ細胞のスペクトルをグラフ表示した（未処理、図１４Ａ、正規化、図１４Ｂ）図である。
【図１５】図１５は、実施例５で説明したとおり、Ｃｈａｒｉｏｔ試薬を用いて赤色ＳＣＮＣでコード化された５つの特定のＣＨＯ細胞のスペクトルをグラフ表示した（未処理、図１５Ａ、正規化、図１５Ｂ）図である。
【図１６】図１６は、実施例５で説明したように、Ｃｈａｒｉｏｔ試薬を用いて緑色ＳＣＮＣでコードされた５つの特定ＣＨＯ細胞のスペクトルをグラフ表示した（未処理、図１５Ａ、正規化、図１５Ｂ）図である。
【図１７】図１７は、実施例７で説明したように、選択的な条件下で増殖することができるようにコード化された複数の様々な細胞の同時単一プレートスクリーニングを示した図である。
【図１８】図１８は、ＭＩムスカリン性受容体を発現した、コード化またはコード化されていないＣＨＯ細胞のイソプロテレノールの用量反応の図である。
【図１９】図１９は、ｂ２アドレナリン性受容体を発現したコード化されたＣＨＯ細胞への１  ＦＭ  ＣＧＰ  １２１７７の非競合的結合（１９Ａ）と競合的結合（１９Ｂ）を示した図である。
【図２０】図２０は、ビオチン化Ｄ−Ａｒｇ９（９つの隣接するＤ−Ａｒｇ残基）と、ストレプトアビジン共役量子ドットを用い、ＳＣＮＳのペプチドを介した取り込みの結果を示した図である。ＨｅＬａ細胞は、Ｑｔｒａｃｋｅｒ（登録商標）６５５試薬（Ｑｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、カリフォルニア州ヘーワード）を用いて標識化され、Ｌｅｉｃａ  ＳＰ−２共焦点顕微鏡を用いて、励起４８８ｎｍで細胞質中の前記Ｑｔｒａｃｋｅｒ（登録商標）試薬を観察した。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【国際調査報告】
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