(57)【要約】  抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、単離且つ精製された製剤が提供され、ここで、軽鎖及び抗体重鎖遺伝子は、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を有する１体以上の患者間で同じである。これらの遺伝子を含むベクター、及びこれらのベクターを含む細胞もまた、抗体遺伝子によりコードされた単離且つ精製された抗体として提供される。抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する、抗イディオタイプ抗体、ペプチド及びアプタマーがさらに、抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する複数の結合部位を含む多量体分子として提供される。Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を有する患者が、イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有するかを決定する方法も、患者におけるＢ−ＣＬＬの治療の進行を追う方法として提供される。さらに、Ｂ−ＣＬＬを有する患者を治療する方法も、Ｂ−ＣＬＬに対する治療薬を同定する方法として提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体軽鎖（Ｌ鎖）遺伝子と抗体重鎖（Ｈ鎖）遺伝子との結合体(a combination)である、単離且つ精製された製剤であって、
前記抗体軽鎖遺伝子及び前記抗体重鎖遺伝子のファミリー成員は、ＶＨ４−３９／Ｄ６−１３／ＪＨ５／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＩ）、ＶＨ４−３４／Ｄ５−５／ＪＨ６／ＶＬκＡ１７／ＪＬκ１／κ２（セットＩＩ）、ＶＨ３−２１／ＪＨ６／ＶＬλ３ｈ／ＪＬλ３（セットＩＩＩ）、ＶＨ１−６９／Ｄ３−１６／ＪＨ３／ＶＬκＡ２７／ＪＬκ１／κ４（セットＩＶ）、ＶＨ１−６９／Ｄ３−１０／ＪＨ６／ＶＬλ１ｃ／ＪＬλ１（セットＶ）、ＶＨ１−０２／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＶＩａ）、ＶＨ１−０３／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＶＩｂ）、ＶＨ１−１８／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１（セットＶＩｃ）、ＶＨ１−４６／Ｄ６−１９／ＪＨ４（セットＶＩｄ）、ＶＨ５−５１／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ２（セットＶＩｅ）、ＶＨ１−６９／Ｄ３−３／ＪＨ４／ＶＬκＡ１９／ＪＬκ４（セットＶＩＩ）、及びＶＨ１−６９／Ｄ２−２／ＪＨ６／ＶＬκＬ６／２／ＪＬκ３（セットＶＩＩＩ）から成る群より選択される、
抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、製剤。
【請求項２】
前記抗体軽鎖遺伝子及び前記抗体重鎖遺伝子の前記ファミリー成員は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項１に記載の製剤。
【請求項３】
前記抗体軽鎖遺伝子及び前記抗体重鎖遺伝子の前記ファミリー成員は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項１に記載の製剤。
【請求項４】
前記抗体軽鎖遺伝子及び前記抗体重鎖遺伝子の前記ファミリー成員は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項１に記載の製剤。
【請求項５】
前記抗体軽鎖遺伝子及び前記抗体重鎖遺伝子の前記ファミリー成員は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項１に記載の製剤。
【請求項６】
前記抗体遺伝子は単鎖遺伝子である、請求項１に記載の製剤。
【請求項７】
前記抗体遺伝子はベクター上に存在する、請求項１に記載の製剤。
【請求項８】
前記ベクターはクローニングベクターである、請求項７に記載の製剤。
【請求項９】
前記ベクターは発現ベクターである、請求項７に記載の製剤。
【請求項１０】
セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子を含むベクターを含む、培養細胞。
【請求項１１】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項１０に記載の培養細胞。
【請求項１２】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項１０に記載の培養細胞。
【請求項１３】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項１０に記載の培養細胞。
【請求項１４】
前記抗体遺伝子は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項１０に記載の培養細胞。
【請求項１５】
前記培養細胞は、前記抗体遺伝子によりコードされる抗体を発現する、請求項１０に記載の培養細胞。
【請求項１６】
セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子によりコードされる、単離且つ精製された抗体。
【請求項１７】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項１６に記載の抗体。
【請求項１８】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項１６に記載の抗体。
【請求項１９】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項１６に記載の抗体。
【請求項２０】
前記抗体遺伝子は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項１６に記載の抗体。
【請求項２１】
ハイブリドーマに由来する、請求項１６に記載の抗体。
【請求項２２】
クローン抗体遺伝子に由来する、請求項１６に記載の抗体。
【請求項２３】
Ｆａｂ、Ｆａｂ２又はＦｖから基本的に成る、請求項１６に記載の抗体。
【請求項２４】
セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する、抗イディオタイプ抗体。
【請求項２５】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項２６】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項２７】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項２８】
前記抗体遺伝子は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項２９】
マウス抗体である、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項３０】
ヒト抗体である、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項３１】
ヒト化抗体である、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項３２】
請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体の結合部位と、別のＢ細胞抗原に結合する結合部位とを含む、二重特異性抗体。
【請求項３３】
前記Ｂ細胞抗原はシグナル伝達抗原である、請求項３２に記載の二重特異性抗体。
【請求項３４】
前記Ｂ細胞抗原は表面抗原である、請求項３２に記載の二重特異性抗体。
【請求項３５】
前記Ｂ細胞抗原は細胞内抗原である、請求項３２に記載の二重特異性抗体。
【請求項３６】
請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体の２つ以上の混合物。
【請求項３７】
請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体の少なくとも１つを医薬上許容可能な賦形剤中に含む、医薬組成物。
【請求項３８】
セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合するペプチド抗原。
【請求項３９】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項３８に記載のペプチド抗原。
【請求項４０】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項３８に記載のペプチド抗原。
【請求項４１】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項３８に記載のペプチド抗原。
【請求項４２】
前記抗体遺伝子は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項３８に記載のペプチド抗原。
【請求項４３】
請求項３８に記載のペプチド抗原の２つ以上の混合物。
【請求項４４】
請求項３８に記載のペプチド抗原の少なくとも１つを医薬上許容可能な賦形剤中に含む、医薬組成物。
【請求項４５】
セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合するアプタマー。
【請求項４６】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項４５に記載のアプタマー。
【請求項４７】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項４５に記載のアプタマー。
【請求項４８】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項４５に記載のアプタマー。
【請求項４９】
前記抗体遺伝子は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項４５に記載のアプタマー。
【請求項５０】
請求項４５に記載のアプタマーの２つ以上の混合物。
【請求項５１】
請求項４５に記載のアプタマーの少なくとも１つを医薬上許容可能な賦形剤中に含む、医薬組成物。
【請求項５２】
細胞毒をさらに含む、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項５３】
細胞毒をさらに含む、請求項３８に記載のペプチド抗原。
【請求項５４】
細胞特をさらに含む、請求項４５に記載のアプタマー。
【請求項５５】
前記細胞毒は放射性部分である、請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマー。
【請求項５６】
前記細胞毒はリシンである、請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマー。
【請求項５７】
前記細胞毒は化学療法薬である、請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマー。
【請求項５８】
検出可能部分をさらに含む、請求項２４に記載の抗イディオタイプ抗体。
【請求項５９】
検出可能部分をさらに含む、請求項３８に記載のペプチド抗原。
【請求項６０】
検出可能部分をさらに含む、請求項４５に記載のアプタマー。
【請求項６１】
前記検出可能部分は蛍光体である、請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマー。
【請求項６２】
前記検出可能部分は酵素である、請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマー。
【請求項６３】
第一の結合部位と第二の結合部位とを少なくとも含む多量体分子であって、前記第一の結合部位は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合し、前記第二の結合部位は、（ａ）前記第一の結合部位と同じ抗体の抗原結合領域、又は（ｂ）別のＢ細胞抗原のいずれかに結合する、多量体分子。
【請求項６４】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項６５】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項６６】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項６７】
前記抗体遺伝子は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項６８】
５つより多い結合部位を含む、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項６９】
前記結合部位の全ては、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項７０】
前記結合部位の全ては同じエピトープに結合する、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項７１】
前記結合部位の全ては抗体結合部位である、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項７２】
前記結合部位の全てはペプチド抗原である、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項７３】
前記結合部位の全てはアプタマーである、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項７４】
前記結合部位は、抗原結合部位、ペプチド抗原及びアプタマーから成る群より選択される少なくとも２つの結合部位の混合物である、請求項６３に記載の多量体分子。
【請求項７５】
請求項６３に記載の多量体分子を医薬上許容可能な賦形剤中に含む、組成物。
【請求項７６】
請求項１６に記載の抗体を生産するハイブリドーマ。
【請求項７７】
請求項２４に記載の抗体を生産するハイブリドーマ。
【請求項７８】
抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、単離且つ精製された製剤であって、
前記抗体軽鎖遺伝子及び前記抗体重鎖遺伝子の遺伝子ファミリー成員は２体以上の患者のＢ細胞内に存在し、ここで、該Ｂ細胞の抗体鎖はまた同じアイソタイプのＪＨ、Ｄ及びＪＬ領域を共有し、該Ｂ細胞は前記患者内においてリンパ球増殖性であるか、又は前記患者は該Ｂ細胞を伴なう自己免疫疾患を有する、
抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、製剤。
【請求項７９】
前記患者はＢ細胞慢性リンパ性白血病を有する、請求項７８に記載の製剤。
【請求項８０】
前記患者は前記Ｂ細胞を伴なう障害を有し、該障害は、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、骨髄腫、抗体介在性神経学的障害を伴なう単クローン性免疫グロブリン血症、重大さが不明な単クローン性免疫グロブリン血症、及び重大さが未決定な単クローン性リンパ球増加症から成る群より選択される、請求項７８に記載の単離且つ精製された製剤。
【請求項８１】
前記患者は、全身性エリテマトーデス、重症筋無力症、グレーブス病、Ｉ型真性糖尿病、自己免疫性末梢神経障害及び自己免疫性溶血性貧血のいずれかを有する、請求項７８に記載の単離且つ精製された製剤。
【請求項８２】
（ａ）Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を有する患者が、イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有するかを決定する方法、又は
（ｂ）イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有する患者におけるＢ−ＣＬＬの治療の進行を追う方法であって、
前記Ｂ−ＣＬＬ細胞上の前記Ｂ細胞受容体が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有するかを決定することを含む、方法。
【請求項８３】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
前記抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８６】
前記抗体遺伝子は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８７】
セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有するＢ細胞受容体を有する前記細胞が定量化される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８８】
前記決定する過程は、前記抗体遺伝子又はｍＲＮＡのイディオタイプ決定領域を増幅すること、及び、増幅された領域が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩの抗体遺伝子から増幅されるかを評価することを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８９】
前記評価する過程は、前記増幅された領域をシーケンスすることを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記評価する過程は、前記増幅された領域が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの同等な領域とハイブリダイズするかを評価することを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
前記決定する過程は、前記患者が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有する循環抗体を有するかを評価することを含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項９２】
前記評価する過程は、前記患者が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプに特異的な結合薬剤に結合する抗体を有するかを評価することにより実行される、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記結合薬剤は、抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマーである、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記結合薬剤は、検出可能部分をさらに含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記評価する過程は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩから成る群より選択される抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する薬剤であって、検出可能部分をさらに含む剤と、前記患者のリンパ球とを共に混合すること、及び
次いで、前記薬剤に結合するリンパ球が存在するかを決定すること
により実行される、請求項８２に記載の方法。
【請求項９６】
前記薬剤は、抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原及びアプタマーから成る群より選択される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記決定する過程は、コールターカウンター又はフローサイトメーターを利用する、請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
前記患者は前白血病である、請求項８２に記載の方法。
【請求項９９】
前記患者は初期白血病状態にある、請求項８２に記載の方法。
【請求項１００】
前記患者は明らかな白血病状態にある、請求項８２に記載の方法。
【請求項１０１】
前記患者の血液に由来するＢ−ＣＬＬ細胞が評価される、請求項８２に記載の方法。
【請求項１０２】
骨髄、脾臓及び／又はリンパ節に由来するＢ−ＣＬＬ細胞が評価される、請求項８２に記載の方法。
【請求項１０３】
（ａ）Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を有する患者が、イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有するかを決定する方法、又は
（ｂ）イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有する患者におけるＢ−ＣＬＬの治療の進行を追う方法であって、
前記Ｂ−ＣＬＬ細胞上の前記Ｂ細胞受容体が、請求項７８に記載の抗体遺伝子の規準を満たす抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有するかを決定することを含む、方法。
【請求項１０４】
セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子を含むＢ細胞により引き起こされるＢ−ＣＬＬを有する患者を治療する方法であって、該患者に、前記抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する薬剤を投与することを含む、治療する方法。
【請求項１０５】
前記剤は、抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原及びアプタマーから成る群より選択される、請求項１０４に記載の治療する方法。
【請求項１０６】
前記薬剤は細胞毒をさらに含む、請求項１０４に記載の治療する方法。
【請求項１０７】
前記薬剤は、前記抗体遺伝子によりコードされる１つより多い抗体に結合する、請求項１０４に記載の治療する方法。
【請求項１０８】
前記１つより多い抗体のそれぞれは、同じ抗原結合領域を含む、請求項１０７に記載の治療する方法。
【請求項１０９】
前記１つより多い抗体は、少なくとも２つの異なる抗原結合領域を含む、請求項１０７に記載の治療する方法。
【請求項１１０】
Ｂ−ＣＬＬセットを同定する方法であって、Ｂ−ＣＬＬ細胞上に存在する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ、ＪＨ、ＶＬ及びＪＬクラスを同定することを含み、ここで、同じクラスは全て１体より多いＢ−ＣＬＬ患者に存在する、方法。
【請求項１１１】
前記抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原性部位に結合する薬剤を同定することをさらに含む、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
前記薬剤は、前記抗体遺伝子によりコードされる前記抗体の前記抗原性部位に結合する抗イディオタイプ抗体を含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記薬剤は、前記抗体遺伝子によりコードされる前記抗体の前記抗原性部位に結合するペプチド抗原を含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１４】
前記薬剤は、前記抗体遺伝子によりコードされる前記抗体の前記抗原性部位に結合するアプタマーを含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１５】
請求項７８に記載の抗体遺伝子の前記規準を満たす抗体遺伝子を含むＢ細胞により引き起こされるＢ−ＣＬＬを有する患者を治療する方法であって、該患者に、前記抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する薬剤を投与することを含む、方法。
【請求項１１６】
患者が、１つのセットに属するＢ−ＣＬＬを有するかを決定する方法であって、
該患者のＢ−ＣＬＬ細胞上に存在するＢ細胞受容体の抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ、ＪＨ、ＶＬ及びＪＬ領域の配列を決定すること、
これらの領域を有するＩｇ生殖細胞系列遺伝子、又はこれらの配列を有する最も近い遺伝子を同定すること、及び
これらの同定された生殖細胞系列遺伝子を、他の複数のＢ−ＣＬＬ患者からの生殖細胞系列遺伝子のデータベースと比較すること
を含み、Ｂ−ＣＬＬ患者からの該データベース中で、該同定された生殖細胞系列遺伝子の全てを同定することは、該患者が１つのセットに属するＢ−ＣＬＬを有することを示す、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［背景］
本発明は包括的に、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を診断及び治療する方法に関する。より詳細には、本発明は、共通するＢ細胞受容体遺伝子を有するＢ−ＣＬＬ患者セットの存在に基づく、Ｂ−ＣＬＬを診断及び治療する方法に関する。
【０００２】
［関連出願の相互参照］
本出願は、２００３年１０月８日付けで出願された米国仮出願第６０／５０９，４７３号の利益を主張するものである。
【０００３】
［連邦政府による資金提供を受けた研究開発の記載］
米国政府は、本発明に支払済みの実施権（Paid-up license）を有し、且つ米国立衛生研究所により与えられた助成金第ＣＡ８１５５４号及び第ＣＡ８７９５６号の条件により提供されるような妥当な条件で限定された状況において特許所有権者が他者に許可を与えることを要求する権利を有する。
【背景技術】
【０００４】
［（２）関連技術の記載］
Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）は、高齢者において発達する、ゆっくりと増殖するＣＤ５＋Ｂリンパ球が蓄積する疾患である。Ｂ−ＣＬＬを有する患者の一部は痛みを伴なわない経過（indolent course）を有し、長い年月を経てから無関係な原因により死ぬのに対して、他の患者では非常に速く進行し、患者はこの現在不治の白血病により数年内に死ぬ。過去十年にわたり、これらの白血病細胞により使用されるＢ細胞抗原受容体（ＢＣＲ）の構造及び機能の研究が、この疾患の性質を再定義するのに役立ってきた。
【０００５】
Ｂ−ＣＬＬ患者内のＣＤ５＋Ｂリンパ球は、抗原に対する受容体（ＢＣＲ）として役割を果たす表面膜Ｉｇを低いレベルで発現する。可変（Ｖ）領域に突然変異がないＩｇを有する患者は、ＩｇのＶ領域にかなりの数の突然変異を有する患者よりも著しく悪い結果を有するため、このＩｇの遺伝学は臨床的関連を有する。Ｉｇ分子／ＢＣＲがこれらの別個の結果と関連する生物学的根拠は明確ではない。
【０００６】
Ｂ−ＣＬＬの進行（evolution）にＩｇ分子が果たす役割を支持する、いくつかの証拠の系列(lines)が存在する。Ｖ領域遺伝子カセットの使用の解析により、Ｂ−ＣＬＬ細胞上のＩｇ分子は偶然の産物ではないという推論上の証拠がもたらされた。Ｂ−ＣＬＬクローンにより使用される可変領域遺伝子カセットの分布（非特許文献３１）は、正常細胞において見られるものとは異なり（非特許文献３）、増加した頻度のＶＨ３−０７、ＶＨ４−３４及びＶＨ１−６９遺伝子を有する（非特許文献１０）。さらに、これらの特異的ＶＨ遺伝子を使用するＢ−ＣＬＬケース間の突然変異の分布は、選択的であり、且つ著しくバイアスがかかっている。例えば、Ｂ−ＣＬＬケースのＶＨ遺伝子の〜４０％は、最も類似した生殖細胞系列遺伝子と２％より少ない相違を含有し、〜２５％は生殖細胞系列ＶＨ相対物（counterpart）と同一である。しかし、ＶＨ１−６９を使用するケースの８０％は生殖細胞系列であり、これらの〜９０％は２％より少ない突然変異を有する。反対に、９３％のケースにおいて、ＶＨ３−０７遺伝子はかなりの数の突然変異を示す（生殖細胞系列遺伝子と２％以上の相違）。遺伝子使用における偶然性からのこれらの逸脱及び体細胞突然変異の獲得は、抗体分子の構造、及びおそらくはその抗原特異性が、特定のＢ細胞の白血病性突然変異において役割を果たすことを暗示する。
【０００７】
つい最近になって、類似性の高いＩｇ分子を有するＢ−ＣＬＬケースのセットが同定された。本発明者等の研究室では、ＢＣＲの構造が際立って類似した、５つの非突然変異ＩｇＧ発現Ｂ−ＣＬＬケースを同定した（非特許文献１４）。これらのＩｇ分子は同じＶＨ、Ｄ及びＪＨを使用し、ある場合においては全ては同じＶκ−Ｊκを使用した。さらに、ＨＣＤＲ３はそれらの配列において類似性が高く、ＬＣＤＲ３は、インバリアントな非鋳型アルギニンコドンを含有するＶκ−Ｊκ接合部と実質的に同一であった。ＶＨ３−２１／ＪＨ３Ｈ鎖及びＶλ−３ｈ／Ｊλ３Ｌ鎖を発現している患者のより大きいセットが、非特許文献４０により記載されている。これらのケースも、小さく且つ非常に類似した配列であるＨＣＤＲ３を有する。ＶＨ３−２１遺伝子は北ヨーロッパ以外では高頻度で発見されることがなく、環境的又は遺伝的な影響が示唆される。これらの両群からの患者は、患者のＶＨ突然変異状態と必ずしも関連しない厳密でない臨床経過を有する。
【０００８】
機能的な研究から、非突然変異ＩｇのＶ領域を有する患者は、シグナルをＢ細胞受容体（ＢＣＲ）を介して伝達する（transduce）ことができる一方、突然変異ＢＣＲはこれができないということが示された。この発見は、ＢＣＲに結合している抗原がｉｎ  ｖｉｖｏで白血病細胞の生物学に影響を与え得る手段を提供することから、大きな意味を持ち得た。多くのＢ−ＣＬＬケースは、自己反応性Ｉｇ／ＢＣＲ分子を合成するため（非特許文献４；非特許文献２；非特許文献３８）、且つ／又は自己抗体中にしばしば見られるＶＨ遺伝子を使用するため（非特許文献１０）、このことは特に関連する。このことは、正常な個体においては主要な自然抗体源とみなされるＣＤ５＋Ｂ細胞からの白血病細胞の逸脱と一致する（非特許文献５）。
【０００９】
【非特許文献１】ベンデラック，Ａ．、Ｍ．ボニービル及びＪ．Ｆ．カーニー、「設計による自己反応性：生得的なＢ及びＴリンパ球」（Bendelac, A., M. Bonneville, and J. F. Kearney. Autoreactivity by design: innate B and T lymphocytes）、Nat Rev Immunol. 2001: 1:177-186
【非特許文献２】ボルシュ，Ｌ他（Borche L et al.）、Blood， 1990; 76:562-569
【非特許文献３】ブレジンシェック，ＨＰ、フォスター，ＳＪ、ブレジンシェック，ＲＩ、ドーナー，Ｔ、ドミアティ−サード，Ｒ、リプスキー，ＰＥ、「ヒトＶＨ遺伝子レパートリーの解析。選択及び体細胞過剰突然変異のヒト末梢ＣＤ５（＋）／ＩｇＭ＋及びＣＤ５（−）／ＩｇＭ＋Ｂ細胞に対する分化効果」（Brezinschek HP, Foster SJ, Brezinschek RI, Dorner T, Domiati-Saad R, Lipsky PE. Analysis of the human VH gene repertoire. Differential effects of selection and somatic hypermutation on human peripheral CD5(+)/IgM+ and CD5(-)/IgM+ B cells）、J Clin Invest. 1997; 99: 2488-2501
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【非特許文献５】カザリ，Ｐ、シェッチノ，ＥＷ、「自然抗体の構造及び機能。微生物学及び免疫学における最新の主題」（Casali P, Schettino EW. Structure and function of natural antibodies. Current Topics in Microbiology & Immunology）、1996; 210: 167-179
【非特許文献６】チャップマン，ＣＪ、スペラバーグ，ＭＢ、スミス，ＧＡ、カーター，ＳＪ、ハムリン，ＴＪ、スティーブンソン，ＦＫ、「伝染性単核症を有する患者により合成された自己抗赤血球抗体はＶＨ４−２１遺伝子セグメントを利用する」（Chapman CJ, Spellerberg MB, Smith GA, Carter SJ, Hamblin TJ, Stevenson FK. Autoanti-red cell antibodies synthesized by patients with infectious mononucleosis utilize the VH4-21 gene segment）、Journal of Immunology, 1993; 151: 1051-1061
【非特許文献７】チョラッジ，Ｎ．及びＭ．フェラリーニ、「免疫グロブリン可変領域遺伝子の特徴及び表面膜の表現型が、別個の臨床経過を伴なうＢ−ＣＬＬサブグループを規定する」（Chiorazzi, N., and M. Ferrarini. Immunoglobulin Variable Region Gene Characteristics and Surface Membrane Phenotype Define B-CLL Subgroups with Distinct Clinical Courses）、「慢性リンパ性白血病」、Ｂ．Ｄ．チェーソン編、マーセル・デッカー社、ニューヨーク（In Chronic Lymphoid Leukemias. B. D. Cheson, editor. Marcel Dekker, New York）、2001; 81-109
【非特許文献８】チョラッジ，Ｎ．及びＭ．フェラリーニ、「Ｂ細胞慢性リンパ性白血病：Ｂ細胞抗原受容体の研究から分かる教え」（Chiorazzi, N., and M. Ferrarini. B Cell Chronic Lymphocytic Leukemia: Lessons Learned from Studies of the B Cell Antigen Receptor）、Annual Review of Immunology. Ｗ．Ｅ．ポール編（W. E. Paul, editor）、2003; 21: 841-894
【非特許文献９】ダムリ，Ｒ．Ｎ．、Ｔ．ワシル、Ｆ．フェイス、Ｆ．ジオット、Ａ．ヴァレット、Ｓ．Ｌ．アレン、Ａ．バッチバインダー、Ｄ．バッドマン、Ｋ．ディトマー、Ｊ．コリッツ、Ｓ．Ｍ．リッチマン、Ｐ．シュルマン、Ｖ．Ｐ．ヴィンシゲラ、Ｋ．Ｒ．レイ、Ｍ．フェラリーニ及びＮ．チョラッジ、「慢性リンパ性白血病における新規な診断指標としてのＩｇＶ遺伝子突然変異の状態及びＣＤ３８発現」（Damle, R. N.， T. Wasil, F. Fais, F. Ghiotto, A. Valetto, S. L. Allen, A. Buchbinder, D. Budman, K. Dittmar, J. Kolitz, S. M. Lichtman, P. Schulman, V. P. Vinciguerra, K. R. Rai, M. Ferrarini, and N. Chiorazzi. Ig V gene mutation status and CD38 expression as novel prognostic indicators in chronic lymphocytic leukemia）、Blood, 1999; 94: 1840-1847
【非特許文献１０】フェイス，Ｆ、ジオット，Ｆ、ハシモト，Ｓ、セラーズ，Ｂ、ヴァレット，Ａ、アレン，ＳＬ、シュルマン，Ｐ、ヴィンシゲラ，ＶＰ、レイ，Ｋ、ラセンティ，ＬＺ、キップス，ＴＪ、ディジエロ，Ｇ、シュローダー，ＨＷ，Ｊｒ．、フェラリーニ，Ｍ、チョラッジ，Ｎ、「慢性リンパ性白血病Ｂ細胞は、突然変異型及び非突然変異型抗原受容体の制限されたセットを発現する」（Fais F, Ghiotto F, Hashimoto S, Sellars B, Valetto A, Allen SL, Schulman P, Vinciguerra VP, Rai K, Rassenti LZ, Kipps TJ, Dighiero G, Schroeder HW, Jr., Ferrarini M, Chiorazzi N. Chronic lymphocytic leukemia B cells express restricted sets of mutated and unmutated antigen receptors）、J Clin Invest. 1998; 102: 1515-1525
【非特許文献１１】フェイス，Ｆ．、Ｇ．ガイダノ、Ｄ．カペリョ、Ａ．グロギーニ、Ｆ．ジオット、Ｓ．ロンセラ、Ａ．カルボン、Ｎ．チョラッジ及びＭ．フェラリーニ、「免疫グロブリンＶ領域遺伝子の使用及び構造は、ＡＩＤＳ関連原発性浸出液リンパ腫における抗原選択を示唆する」（Fais, F., F. Gaidano, D. Capello, A. Gloghini, F. Ghiotto, S. Roncella, A. Carbone, N. Chiorazzi, and M. Ferrarini. Immunoglobulin V region gene use and structure suggest antigen selection in AIDS-related primary effusion lymphomas）、Leukemia, 1999; 13: 1093-1099
【非特許文献１２】ゲイガー，Ｋ．Ｄ．、Ｕ．クレイン、Ａ．ブロウニンガー、Ｓ．バーガー、Ｋ．リダー、Ｋ．ラジェフスキー、Ｍ．Ｌ．ハンスマン及びＲ．クッパース、「健康な高齢者におけるＣＤ５陽性Ｂ細胞はポリクローナルＢ細胞集団である」（Geiger, K. D., U. Klein, A. Brauninger, S. Berger, K. Leder, K. Rajewsky, M. L. Hansmann, and R. Kuppers. CD5-positive B cells in healthy elderly humans are a polyclonal B cell population）、Eur J Immunol. 2000; 30: 2918-2923
【非特許文献１３】ギア，Ｐ．、Ｇ．プラト、Ｃ．シエルゾ、Ｓ．ステラ、Ｍ．ギュウナ、Ｇ．グイダ及びＦ．カリガリス−カッピオ、「モノクローナルＣＤ５＋及びＣＤ５−Ｂリンパ球増大は、高齢者の末梢血において頻繁である」（Ghia, P., G. Prato, C. Schielzo, S. Stella, M. Geuna, G. Guida, and F. Caligaris-Cappio. Monoclonal CD5+ and CD5- B-lymphocyte expansions are frequent in the peripheral blood of the elderly）、Blood. 2004; 103: 2337-2342
【非特許文献１４】ジオット，Ｆ．、Ｆ．フェイス、Ａ．ヴァレット、Ｅ．アルベシアーノ、Ｓ．ハシモト、Ｍ．ドノ、Ｈ．イケマツ、Ｓ．Ｌ．アレン、Ｋ．Ｒ．レイ、Ｍ．ナルジーニ、Ａ．トラモンターノ、Ｍ．フェラリーニ及びＮ．チョラッジ、「慢性リンパ性白血病を有する患者のサブセットの顕著な類似した抗原受容体」（Ghiotto, F., F. Fais, A. Valetto, E. Albesiano, S. Hashimoto, M. Dono, H. Ikematsu, S. L. Allen, K. R. Rai, M. Nardini, A. Tramontano, M. Ferrarini, and N. Chiorazzi. Remarkable similar antigen receptors among a subset of patients with chronic lymphocytic leukemia）、J Clin Invest. 2004; 113: 1008-1016
【非特許文献１５】ハムリン，Ｔ．Ｊ．、Ｚ．デイビス、Ａ．ガーディナー、Ｄ．Ｇ．オシアー及びＦ．Ｋ．スティーブンソン、「非突然変異型ＩｇＶ（Ｈ）遺伝子は、より進行型の慢性リンパ性白血病に関連する」（Hamblin, T. J., Z. Davis, A. Gardiner, D. G. Oscier, and F. K. Stevenson. Unmutated Ig V(H) genes are associated with a more aggressive form of chronic lymphocytic leukemia）、Blood. 1999; 94: 1848-1854
【非特許文献１６】ハシモト，Ｓ．、Ｍ．ワカイ、Ｊ．シルバー及びＮ．チョラッジ（Hashimoto, S., M. Wakai, J. Silver, and N. Chiorazzi）、Ann. NY. Acad. Sci. 1992; 651: 477-479
【非特許文献１７】ヒ，Ｘ、ゴロンジー，ＪＪ、チョン，Ｗ、シェ，Ｃ、ウェイアンド，ＣＭ、「ＶＨ３−２１Ｂ細胞は、リューマチ関節炎における耐薬性状態から免れ、且つリューマチ因子を分泌する」（He X, Goronzy JJ, Zhong W, Xie C, Weyand CM. VH3-21 B cells escape from a state of tolerance in rheumatoid arthritis and secrete rheumatoid factor）、Mol Med. 1995; 1: 768-780
【非特許文献１８】イサクソン，Ｐ．Ｇ．、「胃のＭＡＬＴリンパ腫：治癒の観点から」（Isaacson, P. G. Gastric MALT lymphoma: from concept to cure）、Ann Oncol. 1999; 10: 637-645
【非特許文献１９】ジャン，Ｓ、シュワブ，Ｊ、ハンセン，Ａ、ヘイダー，Ｈ、シュローダー，Ｃ、ルコフスキー，Ａ、アッチマン，Ｍ、マッテス，Ｈ、キーシグ，ＳＴ、ヴォルク，ＨＤ、「慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を有する患者のＣＤ５＋Ｂリンパ球に由来するヒトハイブリドーマは、多重特異的自然ＩｇＭ（κ）抗体を生産する」（Jahn S, Schwab J, Hansen A, Heider H, Schroeder C, Lukowsky A, Achtman M, Matthes H, Kiessig ST, Volk HD. Human hybridomas derived from CD5+ B lymphocytes of patients with chronic lymphocytic leukemia (B-CLL) produce multi-specific natural IｇM (kappa) antibodies）、Clin Exp Immunol. 1991; 83: 413-417
【非特許文献２０】ジョンソン，ＴＡ、ラセンティ，ＬＺ、キップス，ＴＪ、「Ｂ細胞慢性リンパ性白血病において発現したＩｇのＶＨ１遺伝子は、別個の分子的特徴を示す」、Johnson TA, Rassenti LZ, Kipps TJ. Ig VH1 genes expressed in B cell chronic lymphocytic leukemia exhibit distinctive molecular features）、J Immunol. 1997; 158: 235-246
【非特許文献２１】カークハム，Ｐ．Ｍ．、Ｆ．モルタリ、Ｊ．Ａ．ニュートン及びＨ．Ｗ．シュローダー，Ｊｒ．（Kirkham, P. M., F. Mortari, J. A. Newton, and H. W. Schroeder）、EMBO. J. 1997; 11: 603-609
【非特許文献２２】キップス，ＴＪ、トムハブ，Ｅ、プラット，ＬＦ、デュフィ，Ｓ、チェン，ＰＰ、カーソン，ＤＡ、「慢性リンパ性白血病において高頻度で発現する、発生的に制限された免疫グロブリン重鎖可変領域遺伝子」（Kipps TJ, Tomhave E, Pratt LF, Duffy S, Chen PP, Carson DA. Developmentally restricted immunoglobulin heavy chain variable region gene expressed at high frequency in chronic lymphocytic leukemia）、Proc Natl Acad Sci USA. 1989; 86: 5913-5917
【非特許文献２３】クマー．Ｓ．、Ｓ．ナグル、Ｊ．Ｋ．カルシ、Ｃ．Ｔ．ラビラジャン、Ｄ．アスワル、Ｄ．Ｓ．ラッチマン、Ｌ．Ｈ．パール及びＤ．Ａ．アイゼンバーグ、「抗カルジオリピン／ベータ−２糖タンパク質活性は、ヒト抗ＤＮＡ抗体軽鎖上に共存する」（Kumar, S., S. Nagl, J. K. Kalsi, C. T. Ravirajan, D. Athwal, D. S. Latchman, L. H. Pearl, and D. A. Isenberg. Anti-cardiolipin/beta-2 glycoprotein activities co-exist on human anti-DNA antibody light chains）、Mol Immunol. 2003; 40: 517-530
【非特許文献２４】マン，Ｄ．Ｌ．、Ｐ．ドサンティス、Ｇ．マーク、Ａ．フェイファー、Ｍ．ニューマン、Ｎ．ギッブス、Ｍ．ポポビック、Ｍ．Ｇ．サーンガドハラン、Ｒ．Ｃ．ガリョ、Ｊ．クラーク他、「ＨＴＬＶ−Ｉ関連Ｂ細胞ＣＬＬ：白血病発生におけるレトロウイルスに関する間接的な役割」（Mann, D. L., P. DeSantis, G. Mark, A. Pfeifer, M. Newman, N. Gibbs, M. Popovic, M. G. Sarngadharan, R. C. Gallo, J. Clark, and et al. HTLV-I-associated B-cell CLL: indirect role for retrovirus in leukemogenesis）、Science. 1987; 236: 1103-1106
【非特許文献２５】マーティン，Ｆ．及びＪ．Ｆ．カーニー、「Ｂ細胞サブセット及び成熟した前免疫レパートリー。「自然免疫メモリ」の一部としての周縁帯及びＢ１Ｂ細胞」（Martin, F., and J. F. Kearney. B-cell subsets and the mature preimmune repertoire. Marginal zone and B1 B cells as part of a "natural immune memory"）、Immunol Rev. 2000; 175: 70-79
【非特許文献２６】パスカル、Ｖ．、Ｋ．ビクター、Ｍ．スペラバーグ、Ｔ．Ｊ．ハムリン、Ｆ．Ｋ．スティーブンソン及びＪ．Ｄ．カプラ、「ヒト寒冷凝集素間のＶＨ制限。抗Ｉ及び抗ｉ特異性をコードするためにはＶＨ４−２１遺伝子セグメントが必要である」（Pascual, V., K. Victor, M. Spellerberg, T. J. Hamblin, F. K. Stevenson, and J. D. Capra. VH restriction among human cold agglutinins. The VH4-21 gene segment is required to encode anti-I and anti-i specificities.）、J Immunol. 1992; 149: 2337-2344
【非特許文献２７】ポッター，Ｍ．、「マウスの抗原結合骨髄腫タンパク質」（Potter, M. Antigen-binding myeloma proteins of mice）、Adv Immunol. 1977; 25: 141-211
【非特許文献２８】ピュー−バーナード，ＡＥ、シルバーマン，ＧＪ、カピオーネ，ＡＪ、ヴィラーノ，ＭＥ、ライアン，ＤＨ、インセル，ＲＡ、サンツ，Ｉ．、「ヒトＢ細胞耐薬性の維持における生来自己反応性ＶＨ４−３４Ｂ細胞の制御」（Pugh-Bernard AE, Silverman GJ, Cappione AJ, Villano ME, Ryan DH, Insel RA, Sanz I. Regulation of inherently autoreactive VH4-34 B cells in the maintenance of human B cell tolerance）、The Journal of Clinical Investigation. 2001; 108: 1061-1070
【非特許文献２９】ラディック，Ｍ．Ｚ．及びＭ．ウェイガート、「抗ＤＮＡ抗体の抗原選択に関する遺伝的及び構造的な証拠」（Radic, M. Z., and M. Weigert. Genetic and structural evidence for antigen selection of anti-DNA antibodies）、Annu Rev Immunol. 1994; 12: 487-520
【非特許文献３０】ローストロン，Ａ．Ｃ．、Ｍ．Ｊ．グリーン、Ａ．クズミッキ、Ｂ．ケネディ、Ｊ．Ａ．フェントン、Ｐ．Ａ．エヴァンズ、Ｓ．Ｊ．オコナー、Ｓ．Ｊ．リチャーズ、Ｇ．Ｊ．モーガン、Ａ．Ｓ．ジャック及びＰ．ヒルメン、「「痛みを伴なわない」慢性リンパ性白血病の特徴を有するモノクローナルＢリンパ球は、正常な血球計数を有する成人の３．５％に存在する」（Rawstron, A. C., M. J. Green, A. Kuzmicki, B. Kennedy, J. A. Fenton, P. A. Evans, S. J. O'Connor, S. J. Richards, G. J. Morgan, A. S. Jack, and P. Hillmen. Monoclonal B lymphocytes with the characteristics of "indolent" chronic lymphocytic leukemia are present in 3.5% of adults with normal blood counts）、Blood. 2002; 100: 635-639
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【非特許文献３２】スコット，Ｍ．Ｇ．、Ｄ．Ｌ．クリミンス、Ｄ．Ｗ．マッコート、Ｉ．ゾッチャー、Ｒ．シーブ、Ｈ．Ｇ．ツァッハウ及びＭ．Ｈ．ナム、「ヒトＩｇＧ抗体レパートリーのインフルエンザ菌ｂ型多糖類に対するクローナル特徴化。ＩＩＩ。単一ＶＫＩＩ遺伝子及び複数のＪＫ遺伝子のうちの１つが、インバリアントアルギニンにより結合され、最も一般的なＬ鎖Ｖ領域を形成する」（Scott, M. G., D. L. Crimmins, D. W. McCourt, I. Zocher, R. Thiebe, H. G. Zachau, and M. H. Nahm. Clonal characterization of the human IgG antibody repertoire to Haemophilus influenzae type b polysaccharide. III. A single VKII gene and one of several JK genes are joined by an invariant arginine to form the most common L chain V region）、J Immunol. 1989; 143: 4110-4116
【非特許文献３３】シードル，Ｋ．Ｊ．、Ｊ．Ｄ．マッケンジー、Ｄ．ワン、Ａ．Ｂ．カンター、Ｅ．Ａ．カバット及びＬ．Ａ．ハーゼンバーグ、「同一な重鎖及び軽鎖Ｉｇ再配列の頻繁な発生」（Seidl, K. J., J. D. MacKenzie, D. Wang, A. B. Kantor, E. A. Kabat, and L. A. Herzenberg. Frequent occurrence of identical heavy and light chain Ig rearrangements）、Int Immunol. 1997; 9: 689-702
【非特許文献３４】シルバーマン，Ｇ．Ｊ．、Ｒ．Ｄ．ゴールドフィン、Ｐ．チェン、Ｒ．Ａ．マギード、Ｒ．ジェフェリス、Ｆ．ゴニ、Ｂ．フランジョン、Ｓ．フォン及びＤ．Ａ．カーソン、「ヒトモノクローナルリューマチ因子のイディオタイプ及びサブグループの解析。ヒトにおける自己抗体の構造的及び遺伝的な基礎に関する影響」（Silverman, G. J., R. D. Goldfien, P. Chen, R. A. Mageed, R. Jefferis, F. Goni, B Frangione, S. Fong, and D. A. Carson. Idiotypic and subgroup analysis of human monoclonal rheumatoid factors. Implications for structural and genetic basis of autoantibodies in human）、J Clin Invest. 1988; 82: 469-475
【非特許文献３５】スミス，Ｇ、スペラバーグ，Ｍ、ブルトン，Ｆ、ロールク，Ｄ、スティーブンソン，Ｆ、「免疫グロブリンＶＨ遺伝子であるＶＨ４−２１は、Ｉ又はｉ抗原に対する自己抗赤血球抗体を特異的にコードする」（Smith G, Spellerberg M, Boulton F, Roelcke F, Stevenson F. The immunoglobulin VH gene, VH4-21, specifically encodes autoanti-red cell antibodies against the I or i antigens）、Vox Sang. 1995; 68: 231-235
【非特許文献３６】スティーブンソン，ＦＫ、スペラバーグ，ＭＢ、チャップマン，ＣＪ、ハムリン，ＴＪ、「ヒトＢ細胞腫瘍による自己抗体関連ＶＨ遺伝子、すなわちＶＨ４−２１の差次的な使用」（Stevenson FK, Spellerberg MB, Chapman CJ, Hamblin TJ. Differential usage of an autoantibody-associated VH gene, VH4-21, by human B-cell tumors）、Leukemia & Lymphoma. 1995; 16: 379-384
【非特許文献３７】ストーガー，Ｚ．Ｍ．、Ｍ．ワカイ、Ｄ．Ｂ．ツェ、Ｖ．Ｐ．ヴィンシゲラ、Ｓ．Ｌ．アレン、Ｄ．Ｒ．バッドマン、Ｓ．Ｍ．リッチマン、Ｐ．シュルマン、Ｌ．Ｒ．ワイゼルバーグ及びＮ．チョラッジ、「慢性リンパ性白血病を有する患者からのＣＤ５発現Ｂリンパ球による自己抗体の生産」（Sthoeger, Z. M., M. Wakai, D. B. Tse, V. P. Vinciguerra, S. L. Allen, D. R. Budman, S. M. Lichtman, P. Schulman, L. R. Weiselberg, and N. Chiorazzi. Production of autoantibodies by CD5-expressing B lymphocytes from patients with chronic lymphocytic leukemia）、J Exp Med. 1989; 169: 255-268
【非特許文献３８】ストーガー，ＺＭ他（Sthoeger ZM et al.）、Am J Hematol 1993; 43: 259-264
【非特許文献３９】トビン，Ｇ．、Ｕ．ツンベルグ、Ａ．ジョンソン、Ｉ．ソーン、Ｏ．ソダーバーグ、Ｍ．ハルツィン、Ｊ．ボトリング、Ｇ．エンブラッド、Ｊ．サルストロム、Ｃ．サンドストロム、Ｇ．ルース及びＲ．ローセンクイスト、「体細胞的に突然変異したＩｇＶ（Ｈ）３−２１遺伝子は、慢性リンパ性白血病の新規なサブセットを特徴付ける」（Tobin, G., U. Thunberg, A. Johnson, I. Thorn, O. Soderberg, M. Hultdin, J. Botling, G. Enblad, J. Sallstrom, C. Sundstrom, G. Roos, and R. Rosenquist. Somatically mutated Ig V(H)3-21 genes characterized a new subset of chronic lymphocytic leukemia）、Blood. 2002; 99: 2262-2264
【非特許文献４０】トビン,Ｇ．他（Tobin G et al.）、Blood 2003; 101: 4952-4957
【非特許文献４１】ワカイ,Ｍ、ハシモト,Ｓ、オマタ,Ｍ、ストーガー,ＺＭ、アレン,ＳＬ、リッチマン,ＳＭ、シュルマン,Ｐ、ヴィンシゲラ,ＶＰ、ダイアモンド,Ｂ、ドノ,Ｍ他、「ＩｇＧ＋、ＣＤ５＋ヒト慢性リンパ性白血病Ｂ細胞。減少した自己反応性及びＩｇＧサブクラス傾斜を示すＩｇＧ抗体の生産」（Wakai M, Hashimoto S, Omata M, Sthoeger ZM, Allen SL, Lichtman SM, Schulman P, Vinciguerra VP, Diamond B, Dono M, et al. IgG+, Cd5+ human chronic lymphocytic leukemia B cells. Production of IgG antibodies that exhibit diminished autoreactivity and IgG subclass skewing）、Autoimmunity. 1994: 19: 39-48
【非特許文献４２】ゼムリン,Ｍ．、Ｍ．クリンガー、Ｊ．リンク、Ｃ．ゼムリン、Ｋ．バウアー、Ｊ．Ａ．エングラー、Ｈ．Ｗ．シュローダー,Ｊｒ．及びＰ．Ｍ．カークハム、「発現したマウス及びヒトの等しい長さのＣＤＲ−Ｈ３区間は、アミノ酸組成及び予想された範囲で構造が異なる別個のレパートリーを示す」（Zemlin, M., M. Klinger, J. Link, C. Zemlin, K. Bauer, J. A. Engler, H. W. Schroeder, Jr., and P. M. Kirkham. Expressed murine and human CDR-H3 intervals of equal length exhibit distinct repertoires that differ in their amino acid composition and predicted range of structures）、J Mol Biol. 2003; 334: 733-749
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
Ｂ−ＣＬＬにおける結果と関連するいくつかの生物マーカの最近の同定にもかかわらず、この疾患に対するさらなる診断指標が必要とされている。また、Ｂ−ＣＬＬにおける治療標的及び新規な治療モダリティに対する長年にわたる必要性も存在する。なぜならば、一般的に許容可能な且つ特異的な治癒レジメン（curative regimen）が存在しないからである。本発明はこれらの必要性に取り組む。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
したがって、本発明者等は、進行型の疾患を有するかなりの割合のＢ−ＣＬＬ患者のＢ−ＣＬＬ細胞は、他のＢ−ＣＬＬ患者と同じクラスのＶＨ、Ｄ、ＪＨ、ＶＬ及びＪＬ抗体遺伝子を共有し、相同性の高い複数のＢ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ患者の「セット」を形成することを発見した。この発見は、さまざまな治療及び診断方法を実用的にする。
【００１２】
したがって、いくつかの実施の形態において、本発明は、抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、単離且つ精製された製剤を対象とする。これらの製剤において、抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子のファミリー成員は、ＶＨ４−３９／Ｄ６−１３／ＪＨ５／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＩ）、ＶＨ４−３４／Ｄ５−５／ＪＨ６／ＶＬκＡ１７／ＪＬκ１／κ２（セットＩＩ）、ＶＨ３−２１／ＪＨ６／ＶＬλ３ｈ／ＪＬλ３（セットＩＩＩ）、ＶＨ１−６９／Ｄ３−１６／ＪＨ３／ＶＬκＡ２７／ＪＬκ１／κ４（セットＩＶ）、ＶＨ１−６９／Ｄ３−１０／ＪＨ６／ＶＬλ１ｃ／ＪＬλ１（セットＶ）、ＶＨ１−０２／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＶＩａ）、ＶＨ１−０３／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＶＩｂ）、ＶＨ１−１８／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１（セットＶＩｃ）、ＶＨ１−４６／Ｄ６−１９／ＪＨ４（セットＶＩｄ）、ＶＨ５−５１／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ２（セットＶＩｅ）、ＶＨ１−６９／Ｄ３−３／ＪＨ４／ＶＬκＡ１９／ＪＬκ４（セットＶＩＩ）、及びＶＨ１−６９／Ｄ２−２／ＪＨ６／ＶＬκＬ６／２／ＪＬκ３（セットＶＩＩＩ）から成る群より選択される。
【００１３】
本発明はまた、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子を含む少なくとも１つのベクターを含む培養細胞（cells in culture）を対象とする。
【００１４】
他の実施の形態において、本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされる、単離且つ精製された抗体を対象とする。
【００１５】
さらなる実施の形態において、本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する抗イディオタイプ抗体を対象とする。
【００１６】
本発明は、上記した抗体のいずれかを発現するハイブリドーマをさらに対象とする。
【００１７】
関連する実施の形態において、本発明は、上記した抗イディオタイプ抗体の結合部位と、別のＢ細胞抗原に結合する結合部位とを含む、二重特異性抗体を対象とする。
【００１８】
本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合するペプチド抗原をさらに対象とする。
【００１９】
さらなる実施の形態において、本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合するアプタマーを対象とする。
【００２０】
本発明はまた、第一の結合部位及び第二の結合部位を少なくとも含む多量体分子を対象とする。これらの実施の形態において、第一の結合部位は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合し、第二の結合部位は、（ａ）セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ若しくはセットＶＩＩＩの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域、又は（ｂ）Ｂ細胞抗原のいずれかに結合する。
【００２１】
本発明は、抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、単離且つ精製された製剤をさらに対象とする。これらの実施の形態において、抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子の遺伝子ファミリー成員は２体以上の患者のＢ細胞内に存在し、ここで、Ｂ細胞の抗体鎖はまた同じアイソタイプのＪＨ、Ｄ及びＪＬ領域を共有し、Ｂ細胞は患者内においてリンパ球増殖性であるか、又は患者はＢ細胞を伴なう自己免疫疾患を有する。
【００２２】
他の実施の形態において、本発明は、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を有する患者が、イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有する（bear）Ｂ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有するかを決定する方法を対象とする。この方法は、患者のＢ−ＣＬＬ細胞上のＢ細胞受容体が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有するかを決定することを含む。
【００２３】
関連する実施の形態において、本発明は、上記した方法により、イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有すると同定された患者におけるＢ−ＣＬＬの治療の進行（progression）を追う（following）方法を対象とする。この方法は、Ｂ−ＣＬＬ細胞上のＢ細胞受容体が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有するかを決定することを含む。
【００２４】
さらなる実施の形態において、本発明は、Ｂ−ＣＬＬを有する患者を治療する方法を対象とし、ここで、Ｂ−ＣＬＬはセットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ若しくはセットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子を含むＢ細胞により引き起こされる。この方法は、患者に、上記した抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原若しくはアプタマー、又はこれらの混合物を投与することを含む。
【００２５】
さらなる実施の形態において、本発明は、Ｂ−ＣＬＬセットを同定する方法を対象とする。この方法は、Ｂ−ＣＬＬ細胞上に存在するＶＨ、Ｄ、ＪＨ、ＶＬ及びＪＬ抗体遺伝子ファミリーを同定することを含み、ここで、同じ抗体遺伝子ファミリーは全て１体より多いＢ−ＣＬＬ患者に存在する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２６】
［発明の詳細な説明］
本発明は、進行型の疾患と一致する遺伝子及びタンパク質マーカ、又はマーカにかかわらず明らかに進行型の疾患を有するＢ−ＣＬＬ患者のかなりの割合が、他のＢ−ＣＬＬ患者も有する抗体遺伝子ファミリー成員によりコードされるＢ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を有するという発見に基づく。本発明者等は、少なくとも１０セットの患者（実施例中の表１を参照）を同定し、ここで、各セット内の患者等は、同じＢ−ＣＬＬ細胞受容体抗体遺伝子を有する。これはＢ−ＣＬＬ患者のおよそ１０％を占め、進行型の疾患に一致する遺伝子及びタンパク質マーカを有するこれらの患者等の約２０％を占める。これらのセットの発見に関する詳細は実施例を参照されたい。
【００２７】
知られているように、進行型のＢ−ＣＬＬは、比較的少ないＩｇＶ遺伝子突然変異を有し且つＺＡＰ−７０の細胞間発現を有するＢ細胞、並びにＣＤ３８及びＣＤ２３の細胞表面発現と関連する。これらのマーカは、治療過程を決定するために、どの患者が進行型の疾患を有し得るかを予測する診断として当初は評価されている。共通したＢ細胞受容体遺伝子を有する同定された「セット」に属する患者からのＢ−ＣＬＬ細胞はＩｇＶ突然変異が少ないか又はＩｇＶ突然変異がないため（実施例中の表１を参照）、これらのセットのそれぞれからのＢ−ＣＬＬ細胞を有する患者は進行型の疾患を有するであろうと予測される。
【００２８】
図面は、セット中の数体の患者のＢ−ＣＬＬ細胞のＢ細胞受容体抗体及び抗体遺伝子の関連する配列を提供する。ＶＨ−Ｄ−ＪＨ及びＶＬ−ＪＬ組み換え中に添加されたヌクレオチド数内に、各セット中の比較的少量の変異が存在することに留意されたい。
【００２９】
これらのセットのうちの２つ（セットＩ及びセットＩＩ）が事前に同定されている一方、これらの２つのセットは変則的（anomalous）であると信じられており、Ｂ−ＣＬＬケースの一部よりも多くを占めるとは予期されていなかった。したがって、本明細書中に開示される、Ｂ−ＣＬＬ、特に明白に進行型の疾患を有する患者のかなりの割合を占める複数の他のセットの発見は、同定されたセットに基づいた、Ｂ−ＣＬＬを診断及び治療するさまざまな方法及び組成物の使用を実用的にする。
【００３０】
したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、単離且つ精製された製剤を対象とする。これらの製剤の抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子のファミリー成員は、以下のセットのいずれか１つを構成する：ＶＨ４−３９／Ｄ６−１３／ＪＨ５／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＩ）；ＶＨ４−３４／Ｄ５−５／ＪＨ６／ＶＬκＡ１７／ＪＬκ１／κ２（セットＩＩ）；ＶＨ３−２１／ＪＨ６／ＶＬλ３ｈ／ＪＬλ３（セットＩＩＩ）；ＶＨ１−６９／Ｄ３−１６／ＪＨ３／ＶＬκＡ２７／ＪＬκ１／κ４（セットＩＶ）；ＶＨ１−６９／Ｄ３−１０／ＪＨ６／ＶＬλ１ｃ／ＪＬλ１（セットＶ）；ＶＨ１−０２／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＶＩａ）；ＶＨ１−０３／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１／κ２（セットＶＩｂ）；ＶＨ１−１８／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ１（セットＶＩｃ）；ＶＨ１−４６／Ｄ６−１９／ＪＨ４（セットＶＩｄ）；ＶＨ５−５１／Ｄ６−１９／ＪＨ４／ＶＬκＯ１２／２／ＪＬκ２（セットＶＩｅ）；ＶＨ１−６９／Ｄ３−３／ＪＨ４／ＶＬκＡ１９／ＪＬκ４（セットＶＩＩ）；及びＶＨ１−６９／Ｄ２−２／ＪＨ６／ＶＬκＬ６／２／ＪＬκ３（セットＶＩＩＩ）。いくつかの好ましい実施形態においては、抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子のファミリー成員は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択され、他の好ましい実施形態においては、抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子のファミリー成員は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。さらなる好ましい実施形態において、抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子のファミリー成員は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群より選択される。さらに他の好ましい実施形態において、抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子のファミリー成員は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。
【００３１】
１２個の同定されたセットそれぞれの抗体遺伝子を含むこれらの製剤は、以下に記載される診断及び治療方法用の試薬を調製するのに有用である。このような有用な試薬は、さらに以下に記載されるようなこれらの遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合部位に特異的に結合する化合物を含む。
【００３２】
これらのセット中の抗体遺伝子は、必要以上の実験無しに、例えば実施例中に記載されるような既知の方法により、通常のシーケンス法を使用して同定することができる。抗体遺伝子は、本明細書中では、抗体遺伝子がいくつかの突然変異を有していようとも、特定の生殖細胞系列遺伝子からとして類別される。
【００３３】
抗体遺伝子の組み合わせはいかなる形態であり得、当該技術分野において知られるような単鎖遺伝子を含む。好ましくは、抗体遺伝子は、プラスミド又はウイルスベクター等の１つのベクター又は複数のベクター上に存在し、それにより、クローニングベクターとして抗体遺伝子の維持を容易にし、且つ、発現ベクターとしてこれらの遺伝子によりコードされる抗体を生産することを可能にする。セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子を含むベクターを含む培養細胞も予見される。好ましくは、抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。
【００３４】
他の実施形態において、本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩの１つからの抗体遺伝子によりコードされる、単離且つ精製された抗体を対象とする。好ましくは、抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。すでに検討したように、同定されたセット中の固体からのＢ−ＣＬＬ細胞上のＢ細胞受容体として発現されるこれらの抗体は、抗体の抗原結合部位に結合する試薬を同定するのに使用することができる。これらの抗体は、任意の既知の方法により生産することができる。この非限定的な例として、ＣＬＬ細胞から作られたハイブリドーマからの抗体、及びクローン抗体遺伝子からの抗体が含まれる。本明細書中で使用される場合、抗体は、少なくとも１つの抗原結合領域を含む任意の形態であり得る。したがって「抗体」という用語は、Ｆａｂ、Ｆａｂ２又はＦｖフラグメントを含む。本発明はまた、上記した抗体を生産するハイブリドーマを含む。
【００３５】
当該技術分野において知られているように、各セットに対するコンセンサス配列は、セットの全ての成員の抗体配列に最も類似したアミノ酸配列を提供するものとして同定することができる。このコンセンサス配列は、セットの全ての成員に最も類似した抗体結合部位を同定するのに使用することができ、それにより、このセットの全ての成員に結合する結合パートナー（例えば抗イディオタイプ抗体）を最も効率的に生産する。したがって、本発明は、これらのコンセンサスなアミノ酸配列及びこのコンセンサスな配列をコードするヌクレオチド配列も対象とする。
【００３６】
また本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する抗イディオタイプ抗体を対象とする。好ましくは、抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ又はセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。これらの抗イディオタイプ抗体は、進行型の疾患を有するＢ−ＣＬＬ患者のかなりの部分からのＢ−ＣＬＬ細胞のＢ細胞受容体である、抗体の抗体結合部位に結合するため、抗イディオタイプ抗体は、Ｂ−ＣＬＬに関するさまざまな診断及び治療方法において使用することができる。
【００３７】
これらの実施形態の抗イディオタイプ抗体は、標準方法、例えば、ファージディスプレーライブラリをスクリーニングすること、又は上述したさまざまなＢ−ＣＬＬ遺伝子セットによりコードされる抗体の抗原結合部位に対するモノクローナル抗体を作るハイブリドーマを生産することにより作製することができる。このようなものとして、これらの抗イディオタイプ抗体は、いかなる脊椎動物種に由来し得るが、マウス抗体、ヒト抗体又はヒト化抗体が好ましい。このような抗体は、必要以上の実験無しに既知の方法により作製することができる。本発明は、上記の抗イディオタイプ抗体を生産するハイブリドーマも含む。
【００３８】
関連する実施形態において、本発明は、上述した抗イディオタイプ抗体のいずれかの結合部位、及び別のＢ細胞抗原に結合する結合部位を含む二重特異性抗体を対象とする。Ｂ細胞抗原は、シグナル伝達抗原（表面又は細胞間のいずれか）又は表面抗原等の、Ｂ細胞上に存在する任意の抗原であり得る。多くのケースにおいて、抗イディオタイプ抗体はアビディティーが低いことがあり得るため、Ｂ細胞表面抗原に対する結合部位を有する二重特異性抗体は、２つの抗イディオタイプ結合ドメインを有する抗体よりも、Ｂ細胞により密に結合するであろうことが期待される。シグナル伝達抗原に対する結合部位を有する二重特異性抗体は、末端分化経路又はアポトーシス経路等のシグナル経路を促進し（expedite）、従って、Ｂ−ＣＬＬ疾患に寄与しているＢ細胞の消失を促進することが期待されるであろう。
【００３９】
上記の抗イディオタイプ抗体は、１つ以上のセットからの結合部位を対象とする抗体を提供する混合物において組み合わせることもできる。この混合物は、所望されるかぎり多くの抗イディオタイプ抗体を、これらの任意の組み合わせ又は全セットを含んで、含有することができる。後者の混合物は、ただ１つのセットよりも、全セットに関する診断又は治療方法において効率的であろう。
【００４０】
治療方法に使用される場合、上述した抗イディオタイプ抗体又はその混合物は、医薬上許容可能な賦形剤中に存在するであろう。
【００４１】
上述した抗イディオタイプ抗体組成物は、必要以上の実験無しに、ヒトを含む哺乳類への投与に、特定用途に関して適切であるように、配合され得る。さらに、組成物の適切な投与量を、必要以上の実験無しに、標準的な容量反応プロトコルを使用して決定することができる。
【００４２】
したがって、経口、舌、舌下、頬及び頬内投与用に設計された組成物は、必要以上の実験無しに、当該技術においてよく知られた手段により、例えば、不活性希釈剤又は食用担体を用いて作製することができる。組成物は、ゼラチンカプセル中に封入されるか、錠剤に圧縮されてよい。経口治療投与の目的で、本発明の医薬組成物は、賦形剤と混合し、錠剤、トローチ、カプセル、エリキシル、懸濁液、シロップ、ウエハース及びチューイングガム等の形態で使用してよい。
【００４３】
錠剤、ピル、カプセル及びトローチ等は、結合剤（binder）、レシピエント、崩壊剤、滑沢剤、甘味剤及び香味剤を含有してもよい。結合剤のいくつかの例として、微結晶セルロース、トラガカントゴム又はゼラチンが挙げられる。賦形剤の例としては、スターチ又はラクトースが含まれる。崩壊剤のいくつかの例としては、アルギン酸及びコーンスターチ等が挙げられる。滑沢剤の例としては、ステアリン酸マグネシウム又はステアリン酸カリウムが挙げられる。流動促進剤（glidant）の一例はコロイド状二酸化ケイ素である。甘味剤のいくつかの例として、スクロース及びサッカリン等が挙げられる。香味剤の例としては、ペパーミント、サリチル酸メチル及びオレンジフレーバー等が含まれる。これらのさまざまな組成物を調製するのに使用される材料は、医薬的に純粋であり、且つ使用される量で非毒性であるべきである。
【００４４】
好ましい実施形態において、本発明の抗イディオタイプ抗体組成物は、例えば、筋肉内、くも膜下腔内、皮下的、腹腔内注射等、また最も好ましい実施形態においては、静脈内注射により、容易に非経口的に投与することができる。非経口投与は、本発明の組成物を溶液又は懸濁液中に混合することにより達成することができる。このような溶液又は懸濁液としては、注射用水、食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール類、グリセリン、プロピレングリコール又は他の合成溶媒等の滅菌希釈剤も挙げられる。非経口配合物は、また、例えばベンジルアルコール又はメチルパラベン類等の抗菌剤、例えばアスコルビン酸又は亜硫酸水素ナトリウム等の抗酸化剤、及びＥＤＴＡ等のキレート剤を含む。酢酸、クエン酸又はリン酸等の緩衝剤、及び塩化ナトリウム又はデキストロース等の等張性を調整する薬剤も添加してよい。非経口製剤は、アンプル、使い捨てシリンジ又はガラス製若しくはプラスチック製の複数投与（multiple dose）バイアル中に封入することができる。
【００４５】
直腸投与として、医薬組成物を直腸又は大腸内に投与することが挙げられる。これは、座薬又は浣腸を使用してなされることができる。座薬配合物は、当該技術分野において既知の方法により容易に作製することができる。例えば、グリセリンを約１２０℃に加熱すること、このグリセリン中に組成物を溶解させること、加熱したグリセリンに純水を添加した後混合すること、及び熱い混合物を座薬鋳型（mold）中に注ぐことにより、座薬配合物を調製することができる。
【００４６】
経皮（transdermal）投与としては、抗イディオタイプ抗体組成物を皮膚を介して経皮的（percutaneous）に吸収させることが挙げられる。経皮配合物には、パッチ（よく知られたニコチンパッチ等）、軟膏剤、クリーム及びゲル、軟膏等が含まれる。
【００４７】
本発明は、哺乳類に、治療効果のある量の組成物を経鼻投与することを含む。本明細書中で使用する場合、経鼻投与すること又は経鼻投与は、組成物を、患者の鼻道（nasal passage）又は鼻腔（nasal cavity）の粘膜に投与することを含む。本明細書中で使用する場合、組成物の経鼻投与用の医薬組成物には、よく知られた投与方法、例えば、経鼻スプレー、点鼻薬、懸濁液、ゲル、軟膏剤、クリーム又は粉末により調製される、治療効果のある量の組成物が含まれる。抗イディオタイプ抗体組成物の投与は、経鼻タンポン又はスポンジを使用して行ってもよい。
【００４８】
他の実施形態において、本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合するペプチド抗原を対象とする。好ましくは、抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。このようなペプチド抗原は、よく知られた方法、例えば、ファージディスプレーライブラリ又は高密度ペプチドライブラリにより、必要以上の実験無しに作製することができる。
【００４９】
本明細書中で使用する場合、「ペプチド抗原」という用語は、類似アミノ酸ペプチドと同じ結合能を保持する、ペプチド模倣薬としても知られているペプチド模倣物を含む。ペプチド模倣物は、Ｄ−アミノ酸等のアミノ酸アナログからなるペプチドであり、これらのＬ−アミノ酸ペプチド相対物よりもプロテアーゼ分解に対してより耐性がある。さまざまなペプチド模倣物が当該技術分野において知られているが、いかなるペプチド模倣物も、必要以上の実験無しに生産することができる。
【００５０】
抗イディオタイプ抗体と相同性であるように、これらのペプチド抗原は、Ｂ−ＣＬＬセットのいくつか又はその全てに関して有用な診断又は治療試薬を提供するために、混合物として調製することができる。また、抗イディオタイプ抗体と同様に、ペプチド抗原は、治療用途用、好ましくは非経口投与用の医薬上許容可能な賦形剤に有用に提供することもできる。
【００５１】
さらなる実施形態において、本発明は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合するアプタマーを対象とする。好ましくは、抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。知られているように、アプタマーとは、一本鎖のオリゴヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドアナログであり、特定の標的分子、この場合は抗体結合部位に結合する。したがって、アプタマーは抗体に対するオリゴヌクレオチド類似性（analogy）である。しかし、アプタマーは抗体より小さく、通常は５０〜１００ｎｔの範囲である。これらの結合は、アプタマーオリゴヌクレオチドにより形成される二次構造に非常に依存する。ＲＮＡ及び一本鎖ＤＮＡ（又はアナログ）の両方のアプタマーが知られている。したがって、これらのアプタマーはすでに検討した抗イディオタイプ抗体及びペプチド抗原に対して類似性である。このようなものとして、患者の１つより多いセットを利用することを可能にする試薬を有するため、２つ以上の混合物として提供することもできる。アプタマーは、治療目的用、好ましくは非経口投与用の医薬上許容可能な賦形剤中に提供することもできる。
【００５２】
いくつかの実施形態において、すでに記載されたような抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原、アプタマー又はこれらの混合物を、有用に官能化（functionalize）又は誘導体化することができる。１つの有用な誘導体化としては細胞毒（cellular toxin）が挙げられる。このような試薬は、Ｂ−ＣＬＬ療法の「特効薬」アプローチに有用であり、ここで、毒が抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマーが結合したＢ−ＣＬＬ細胞のみを殺傷することが期待されるであろう。当該技術分野においてこれらの実施形態に関して既知であるいくつかの細胞毒を、このアプローチに使用することができ、放射性部分（moiety）、リシン及び化学療法薬（chemotherapeutic agent）を含む。
【００５３】
他の実施形態において、すでに記載されたような抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原、アプタマー又はこれらの混合物を、有用にさらに官能化して、蛍光体等の検出可能部分、又は着色した反応産物を生産するために基質と処理され得る酵素を含むことができる。後者の酵素の非限定的な例として、ホースラディッシュペルオキシダーゼ及びアルカリホスファターゼがある。このようなラベルされた抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原、アプタマー又は混合物は、診断目的、例えば、蛍光活性化細胞選別解析のために又は細胞の組織学的な観察のためにＢ−ＣＬＬ細胞をラベルすることにおいて、使用することができる。これらの方法を以下により十分に記載する。
【００５４】
さらなる実施形態において、本発明は、第一の結合部位と第二の結合部位とを少なくとも含む多量体分子を対象とし、第一の結合部位は、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合し、第二の結合部位は、（ａ）第一の結合部位と同じ抗体の抗原結合領域に又は（ｂ）別のＢ細胞抗原のいずれかに結合する。好ましくは、抗体遺伝子は、セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群、又はセットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩＩから成る群、又はセットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ及びセットＶＩＩから成る群より選択される。多量体結合部位を特定のセットに提供することにより、これらの多量体組成物が、上述したような、単一結合部位ペプチド抗原若しくは単一結合部位アプタマー、又は二重結合部位抗イディオタイプ抗体よりも効率的に結合することが期待されるであろう。好ましい実施形態において、これらの実施形態の多量体分子は５つより多い結合部位を含む。これらの多量体分子は、必要以上の実験無しに当業者により作成することができる。
【００５５】
いくつかの実施形態において、多量体分子の結合部位の全ては、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合領域に結合する。これらの結合部位は、１つのエピトープを、抗原結合領域の１つより多いエピトープを、又は１つより多いセットの抗原結合領域を対象とすることができる。
【００５６】
これらの多量体分子において、結合部位は、全て抗体結合部位、全てペプチド結合部位、全てアプタマー結合部位又はこれらの組み合わせであり得る。
【００５７】
より一般的には、本発明は、抗体軽鎖遺伝子と抗体重鎖遺伝子との結合体である、単離且つ精製された製剤をさらに対象とし、抗体軽鎖遺伝子及び抗体重鎖遺伝子の遺伝子ファミリー成員は２体以上の患者のＢ細胞内に存在し、ここで、Ｂ細胞の抗体鎖はまた同じアイソタイプのＪＨ、Ｄ及びＪＬ領域を共有し、Ｂ細胞は患者内においてリンパ球増殖性であるか、又は患者はＢ細胞を伴なう自己免疫疾患を有する。
【００５８】
Ｂ−ＣＬＬ患者を、共通した抗体鎖を有するセットに分類することができるという発見は、Ｂ細胞を伴なう他のリンパ球増殖性又は自己免疫性の疾患もセットに分類することができる可能性を提起し、ここで、各患者セットは、同じ抗体遺伝子を有する疾患に伴なうＢ細胞を共有する。この開示はこのことの証拠を提供する。なぜなら、セットＩの患者は免疫細胞腫を有し、セットＩＩの患者は小リンパ球性リンパ腫（small cell lymphocytic lymphoma）（ＳＬＬ）を有し、セットＶＩａの患者は辺縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ）を有するためである（図１）。他のＢ−ＣＬＬセットが存在することもほぼ確実である。
【００５９】
これらの実施形態内の好ましいリンパ球増殖性障害には、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫、骨髄腫、抗体介在性神経学的障害（impairment）を伴なう単クローン性免疫グロブリン血症、重大さが不明な単クローン性免疫グロブリン血症、及び重大さが未決定な単クローン性リンパ球増加症が含まれる。これらの実施形態内の好ましい自己免疫性疾患には、全身性エリテマトーデス、重症筋無力症、グレーブス病、Ｉ型真性糖尿病、自己免疫性末梢神経障害及び自己免疫性溶血性貧血が含まれる。
【００６０】
すでに検討したように、上記の組成物は、本発明の一部として予見されるさまざまな診断及び治療方法に有用である。
【００６１】
したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、
（ａ）Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）を有する患者が、イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有するかを決定する、又は
（ｂ）イディオタイプ特異的Ｂ細胞受容体を有するＢ−ＣＬＬ細胞を消失させることを対象とする治療の影響を受けやすいＢ−ＣＬＬの形態を有する患者におけるＢ−ＣＬＬの治療の進行を追う方法を対象とする。これらの実施形態において、この方法は、Ｂ−ＣＬＬ細胞上のＢ細胞受容体が、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有するかを決定することを含む。Ｂ細胞受容体が特異的イディオタイプを有するということの決定は、患者が明白に進行型のＢ−ＣＬＬを有すること、及びＢ−ＣＬＬを、上述した抗イディオタイプ、ペプチド、アプタマー、混合物若しくは多量体分子、特に細胞毒と共役させたものを使用して治療することができるということを同時に確立する。さらに、患者からのＢ細胞のイディオタイプを継続的にモニタリングすることにより、効果的な治療はＢ−ＣＬＬセットからのイディオタイプを有するＢ細胞の量が減少することを示すであろうため、治療の行程を追うことができる。Ｂ−ＣＬＬセットからのイディオタイプを有するＢ細胞がないということは、患者がＢ−ＣＬＬの一時的な緩和状態（remission）又はＢ−ＣＬＬが治癒したということを意味する。
【００６２】
したがって、Ｂ−ＣＬＬセットからのイディオタイプを有するＢ細胞を定量することにより治療の進行をモニタリングすることは、Ｂ細胞の量の減少が効果的な治療を示す一方、Ｂ細胞の量の増加は非効果的な治療を示すため、有用であることが分かる。
【００６３】
これらの方法において、決定する過程は、当該技術分野において知られるいかなる手段により成すことができる。この非限定的な例として、（ａ）抗体遺伝子又はｍＲＮＡのイディオタイプ決定領域を、例えばポリメラーゼ連鎖反応により増幅し、増幅された領域が問題となっているＢ−ＣＬＬセットから増幅されるかを評価すること；（ｂ）増幅された領域をシーケンスすること；（ｃ）増幅された領域が、問題となっているＢ−ＣＬＬセットからの同等な領域とハイブリダイズするかを評価すること；（ｄ）患者が、問題となっているＢ−ＣＬＬセットからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプを有する循環抗体を有するかを評価すること；（ｅ）患者が、問題となっているセットからの抗体遺伝子によりコードされるイディオタイプに特異的な結合剤（例えば、上述したような抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマー、好ましくは検出可能部分を含む）に結合する抗体を有するかを評価すること；又は（ｆ）ラベルされた抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプタマーを、患者のリンパ球と混合すること及び組成物に結合するリンパ球が存在するかを、例えばコールターカウンター又は細胞ソータを使用して決定することが含まれる。
【００６４】
上記の方法は、前白血病、早期白血病及び明らかな白血病状態を含む、任意の疾患段階にあるＢ−ＣＬＬ患者に使用することができる。さらに、Ｂ−ＣＬＬ細胞は、血液、骨髄、脾臓及び／又はリンパ節から、初期の診断の結果及び疾患の段階に応じて、得ることができる。
【００６５】
本発明はまた、セットＩ、セットＩＩ、セットＩＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ、セットＶＩｂ、セットＶＩｃ、セットＶＩｄ、セットＶＩｅ、セットＶＩＩ又はセットＶＩＩＩからの抗体遺伝子を含むＢ細胞により引き起こされるＢ−ＣＬＬを有する患者を治療する方法を対象とする。この方法は、患者に、上述した抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原、アプタマー又は混合物をすでに記載したように、薬学的に許容可能な賦形剤で投与することを含む。
【００６６】
抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原、アプタマー又は混合物は細胞内でアポトーシスカスケードを促し得るため、それ自体がＢ細胞を消失させるのに有効的にあり得ても、抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原、アプタマー又は混合物は、上述したように細胞を直接殺傷することができる細胞毒を含むことが好ましい。
【００６７】
さらに、本発明は、他のＢ−ＣＬＬセットを同定する方法を対象とする。この方法は、Ｂ−ＣＬＬ細胞上に存在する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ、ＪＨ、ＶＬ及びＪＬクラスを同定することを含み、ここで、同一のクラスは全て１体より多いＢ−ＣＬＬ患者に存在する。データベース及びコンピュータ制御された比較法が、この同定プロセスにおいて採用され得ることが理解される。
【００６８】
さらなるセットが一旦同定されると、抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原性部位に結合する化合物を、すでに記載された方法により同定することができ、ここで、この化合物は治療及び診断目的に有用である。実施例中に提供された結果から、Ｂ−ＣＬＬ患者のかなりの割合が他の患者と同じＢ−ＣＬＬ抗体遺伝子を共有するセット内にあることが確立されるため、他のセットが発見されるであろうことは大いにあり得る。
【００６９】
当業者は、これらの方法における治療剤は、１つの「セット」に特有の抗体遺伝子によりコードされる抗体の抗原結合部位に結合する、抗イディオタイプ抗体、ペプチド抗原又はアプトマーであることが好ましいことを理解するであろう。
【００７０】
本発明の好ましい実施形態を以下の実施例中に記載する。本明細書の特許請求の範囲内の他の実施形態は、本明細書中に開示される本発明の明細又は実施を考慮することにより、当業者に明白であろう。明細書は、実施例と併せて、実施例に続く、請求の範囲により示される本発明の範囲及び精神とともに、例示的にのみ見なされることを意図する。
【実施例】
【００７１】
実施例１．複数の別個のセットのステレオタイプ抗原受容体は、慢性リンパ性白血病の促進において抗原の役割を果たす
実施例の概要
以前の研究は、Ｂ−ＣＬＬ細胞のＩｇのＨ鎖の発現した可変（Ｖ）領域レパートリーの多様性は制限されていることを示唆している。Ｈ及びＬ鎖Ｖ領域の一次構造において著しい制約（marked constraint）の限定された例が存在するにもかかわらず、このレベルの制限はこの疾患において一般原則である可能性は以前には知られていなかった。この報告は、８セットの患者、そのほとんどは非突然変異又は突然変異が最少なＩｇＶ遺伝子を有し、長さ、アミノ酸組成及び組み換え接合部（junction）での固有アミノ酸残基等のＣＤＲ３構造特徴を共有する、共通したＨ及びＬのＶ領域遺伝子セグメントの使用から生じる著しく類似したＢＣＲを有する。したがって、以前に評価されていたよりも、より著しい程度の全ＢＣＲの構造制限、及びより高頻度の受容体共有化が患者間に存在する。このデータは、Ｂ−ＣＬＬ細胞のかなりの割合がその発生のいくつかの時点で抗原エピトープの限定されたセットにより選択されたか、及び／又はこれらは、限定されたＩｇのＶ領域多様性を有する別個のＢ細胞亜集団に由来するかのいずれかを暗示する。これらの共有化されたステレオタイプなＩｇ分子は、抗原同定に対して価値あるプローブであり、且つ交差反応イディオタイプ療法に対して重要な標的であり得る。セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩ及びセットＶＩＩＩはメスマー（Messmer）他（２００４年）において記載され、これらはそれぞれ、セットＩＶ、セットＩ、セットＩＩＩ、セットＶ及びセットＩＩと命名されている。
【００７２】
［初めに］
慢性リンパ性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）において増大したＢリンパ球クローンは、低いレベルの表面膜Ｉｇ、すなわちＢ細胞抗原受容体（ＢＣＲ）を発現する。このＩｇの遺伝学は、Ｉｇ可変（Ｖ）領域に突然変異を有さないか又は少量の突然変異を有するクローンを有する患者は、かなりの数のＩｇＶ突然変異を有する患者よりも著しく悪い結果を示すことから、臨床的関連性を有する（ダムリ（Damle）他、１９９９年；ハムリン（Hamblin）他、１９９９年）。この関連性の基礎を成す生物学は不明瞭である。
【００７３】
Ｂ−ＣＬＬの進行にＢＣＲが果たす役割を支持する、いくつかの証拠の系列が存在する（チョラッジ及びフェラリーニ（Chiorazzi and Ferrarini）、２００３年）。Ｂ−ＣＬＬクローン中の個々のＩｇＶＨの分布は正常細胞において見られるものとは異なり（フェイス（Fais）他、１９９８年）、増加した頻度のＶＨ１−６９、ＶＨ４−３４及びＶＨ３−０７を有する（フェイス他、１９９８年；シュローダー及びディジエロ（Shcroeder and Dighiero）、１９９４年；ジョンソン（Johnson）他、１９９７年）。さらに、これらの特異的ＶＨ遺伝子を使用したＢ−ＣＬＬケース間の突然変異の分布は、選択的にバイアスがかかっている（フェイス他、１９９８年；シュローダー及びディジエロ、１９９４年；キップス（Kipps）他、１９８９年）。
【００７４】
最近、著しく類似した全ＢＣＲ（Ｈ及びＬ鎖のＶ領域）を有する２つＢ−ＣＬＬ亜集団が同定された（トビン（Tobin）他、２００３年；ジオット（Ghiotto）、２００４年）。これらの発見は刺激的であるものの、或る場合においてクローンはＩｇＧを発現し（ジオット、２００４年）、他の地理特性及び民族性が関連し得る（トビン、２００２年）ため、これらは稀であり、変則的であり得ると考えられた。この報告は、Ｈ及びＬ鎖において類似性が高いＩｇＶ領域により特徴付けられる、著しく類似した一次構造、特にＨ及びＬのＣＤＲ３コンフィギュレーションを有するＢＣＲを発現する、別の８つのＢ−ＣＬＬ患者群を記載する。したがって、個体を認識することができる制約された抗原結合部位を有するＢリンパ球に由来するＢ−ＣＬＬクローンのかなりの割合は、構造的に類似したエピトープを有する、別個の抗原（複数可）又はクラスである。
【００７５】
［材料と方法］
ＩｇＶ遺伝子シーケンス
ＶＨＤＪＨ及びＶＬＪＬ配列を、すでに記載した方法（フェイス他、１９９８年；ジオット他、２００４年）により決定した。
【００７６】
データベース検索
本発明者等のコレクション（ｎ＝２５５）からのＢ−ＣＬＬのＩｇＨ鎖Ｖアミノ酸配列と、公共のデータベース（ｎ＝１９７）とを、ヌクレオチド及びタンパク質データベースの両方のＢＬＡＳＴ検索にかけて、類似した配列を同定した。類似した再配列したＶＨＤＪＨの「セット」を定義するのに使用された規準は、Ａ）同じＶＨ、Ｄ及びＪＨ生殖細胞系列遺伝子の使用、Ｂ）同じＤセグメントのリーディングフレーム及びＶＨ＋又は−１コドンに関連する位置の使用、及びＣ）６０％以上の同一性を有するＨＣＤＲ３内でのアミノ酸類似性である。さらに、全てのＢ−ＣＬＬＩｇＨタンパク質配列をアライメントし、ＣｌｕｓｔａｌＷアライメントアルゴリズムを使用してクラスタ化した。密にクラスタ化している配列を、視覚により類似性を調べた。これらの検索の全ては、完全長ＶＨＤＪＨを使用し、このようなものは同じＶＨ遺伝子を使用する配列に重み付けした。類似したＨＣＤＲ３を有するが、異なるＶＨ遺伝子を有する配列を同定するために、さまざまなセットからのＣＤＲ３モチーフを使用して公共のデータベースで、ＰｒｏｔｅｉｎＩｎｆｏ検索エンジン（http://prowl.rockefeller.edu/）を使用して検索した。セットＶの成員に対する規準を改変して、同じＩｇＶＨクランの成員であった異なるＩｇＶＨ遺伝子の使用を可能にする一方、再配列されたＶＬＪＬに対する規準は保持した。同じ特異的ＩｇＶＬ遺伝子及び８５％以上のＬＣＤＲ３同一性の使用が、１つのセット内の再配列された随伴性(companion)のＶＬＪＬの包含に必要であった。
【００７７】
ＣＤ５＋及びＣＤ５−周辺Ｂリンパ球からの５３８個のＶH配列（トビン他、２００２年；ゲイガー（Geiger）他、２０００年）を、公共のデータベースからダウンロードした。これらの５３８個の配列を、それぞれ、コロンビア大学のコロンビアゲノムセンターにあるＡＭＤｅＣバイオインフォマティックス・コア・ファシリティ（AMDeC Bioinformatics Core Facility）で、ＢｌａｓｔＭａｃｈｉｎｅ上のｔｂｌａｓｔｎを使用して翻訳されたデータベースと比較した。
【００７８】
ここに記載される、接合領域の詳細なヌクレオチド及びアミノ酸配列アライメント、及びこの配列の完全長タンパク質配列アライメントを、図面に提供する。
【００７９】
［結果と考察］
非常に制限されたＶＨＤＪＨセグメント及び共有化されたＨＣＤＲ３コンフィギュレーションを有するＢ−ＣＬＬ患者の亜集団の同定
本発明者等のデータベース中の各Ｂ−ＣＬＬ由来のＶＨＤＪＨ配列を、本発明者等のコレクション（ｎ＝２５５）中の全てのＢ−ＣＬＬ配列、並びに公共のＩｇＶ遺伝子データベース（ｎ＝１９７）中の全てのＢ−ＣＬＬ配列と、ヌクレオチド及びタンパク質配列ＢＬＡＳＴを使用して比較した。さらに、全ての可能なＢ−ＣＬＬＨ鎖Ｖ領域配列を、ＣｌｕｓｔａｌＷ法を用いて、すなわち、一緒にクラスタ化された配列をＨＣＤＲ３配列類似性に関してさらに解析して、系統学的にグループ化した。これらのスクリーニング法により、同一なＤ（同定可能な場合）及びＪＨセグメントの使用、Ｄセグメントリーディングフレーム、ＩｇＶＨに対して類似したＤセグメント位置、及びＨＣＤＲ３長、並びに著しい（６０％以上）アミノ酸配列同一性により生じた、同じＩｇＶＨから成る配列のセット（表１）が同定された。
【００８０】
【表１】
2007510622.tif 000002
【００８１】
セットＶＩの１つの３つのサブセット（ＶＩａ、ＶＩｂ及びＶＩｅ）は、異なるＩｇＶＨ遺伝子を利用するが、同じＤ及びＪＨセグメント、同じＶκを使用し、且つ非常に類似したＨＣＤＲ３コンフィギュレーションを有する配列を含有した。したがって、本発明者等は、これらの３つのサブセットに共通したＨＣＤＲ３モチーフを使用して、公共のデータベースを、異なるＩｇＶＨセグメントを伴い得る同じＨＣＤＲ３コンフィギュレーションを有するさらなる配列を検索した。この検索はＢ−ＣＬＬ配列に限定されなかった。このアプローチにより、すでに同定されたサブセットが確認され、２つのさらなるセットＶＩのサブセット（ＶＩｃ及びＶＩｄ）が同定された。
【００８２】
公共のデータベースの検索により、８個の独立したセットのうちの１つに属する、２１個のＶＨＤＪＨ配列が同定され、これらのセット間の配列の総数を４５にした。興味深いことに、公共のデータベースから引き抜かれた２１個の配列のうち２個のみが、Ｂ−ＣＬＬ細胞に由来しなかった。これら２つは、Ｂ細胞を生産する抗カルジオリピン抗体に由来するもの（セットＩＶ）及び脾臓の周縁帯リンパ腫に由来するもの（セットＶＩａ）であった。類似配列の分布は、この検索時に、公共のデータベースは、合計で８，５００個を超えるＨ鎖Ｖ領域配列のうち、Ｂ−ＣＬＬ患者からのＩｇＨ鎖Ｖ領域配列を１９７個しか含有していない（本発明者等の研究室に由来するものは除く）ことから、特に顕著である（「ヒト免疫グロブリン重鎖可変」という用語でＥｎｔｒｅｚを検索し、ヌクレオチドデータベースにおいて８，８７４件のヒット、及びタンパク質データベースにおいて６，１８３件を超えるヒットを生み出した（２００３年１２月１６日））。
【００８３】
セット中のＶＨＤＪＨセグメントとの制限されたＶＬＪＬ再配列のペアリング
５セットの共有化ＶＨＤＪＨに対応するＶＬＪＬ配列は、本発明者等のＢ−ＣＬＬケースのほとんどに、及び公共のデータベースにおいて同定されたもののいくつかに関して利用可能であった。注目すべきことに、利用可能なＩｇＶＬはセット内で高度に保存されており、対応するＪＬは非常に制限されている（表１及び図２）。利用可能なＬ鎖を有する８つのセットのうちの６つが、κアイソタイプを発現した。
【００８４】
独立したセットのＩｇＶ遺伝子突然変異状態とアイソタイプ制限
各セット内のＩｇＶＨ配列のほとんどは、平均突然変異レベルが３．０％であったセットＩＩを除いて、最も類似した生殖細胞系列遺伝子から２．０％未満異なった。とりわけ、通常の２％閾値を使用して「突然変異した」と見なされる、これらの配列中の推定されるタンパク質構造は、生殖細胞系列とは比較的低いレベルで異なった。セットＩＩ（ＣＬＬのＩＤ４７、図２）からのただ１つの配列は、その生殖細胞系列相対物とは５％より多く異なった。各セット内の対応するＩｇＶＬは、低いレベルの突然変異を示し、いくつかの場合において、ＶＬは２．０％より低い違いを示した一方、ＶＨは生殖細胞系列配列とは２％以上の差を有した（表１及び図２）。
【００８５】
Ｈ鎖アイソタイプは、１つのセットの成員間では同じであった。ＩｇＧ＋ケースから成るセットＩＶを除く全てのセットがＩｇＭを発現し、これは、以前に報告された患者群と類似していた（ジオット他、２００４年）。
【００８６】
独立したセットのＨ及びＬのＣＤＲ３の特徴
本発明者等は、Ｈ及びＬのＣＤＲ３を含む残基、特にこれらのＶＨ−Ｄ及びＤ−ＪＨ接合部の化学的、構造的又は機能的特性における傾向を同定した。例えば、これらのセットのＨＣＤＲ３内のＤセグメントは、正常な細胞（ゼムリン（Zemlin）他、２００３年）及びＢ−ＣＬＬ細胞（フェイス他、１９９９年）におけるものよりもより頻繁に疎水性の停止リーディングフレーム内で読み取られた。セットＶＩにおける全てのケースに関して、Ｄ６−１９セグメントがタンパク質を生成しない（non-productive）リーディングフレーム内で読み取られる。しかし、末端ＩｇＶＨ配列と重なる領域内に位置する生殖細胞系列の停止コドンはトリミングされており、それにより、ＪＨ４セグメントとのタンパク質生成可能な（productive）再配列を可能にした（図８）。
【００８７】
また、いくつかのセット内のＤセグメント中にある、非生殖細胞系列にコードされた特定のアミノ酸の繰り返しの出現にも注目すべきである。例えばセットＶＩＩＩの全成員において、Ｍへの変化はＤセグメントの３’末端で見られるが（図５）、これは、多型であることが知られていない位置である。セットＶ中の７つの配列のうちの３つが、また、多型であるとは記載（list）されていないＤ３−１０セグメント内で、ＲからＱへの変化を有した（図６）。セットＩＩ中の５つのケースのうち４つにおいて、正規のＤ５−５セグメントによりコードされるＨＣＤＲ３の一部でＡがＰに置換されていた。このことは共通した突然変異というよりもＤセグメントの多型性であり得るが、このセット中の５つの配列の残り（ＣＬＬのＩＤ４７）もまた、正規のＤ５−５配列とこのコドンで逸脱し、Ｄで置換されている（図７）。したがって、これらのアミノ酸変化が多型性を提示するとしても、各セット内のこれらの相対的な一貫性（relative consistency）は、これらの残基の選択を示唆している。
【００８８】
いくつかのセットの成員は、任意の既知の生殖細胞系列遺伝子セグメントにより鋳型にされず、したがって、おそらくは組み換え構築中のトリミング及び／又は付加に起因する、共通した接合部残基を有する。セットＩＶ中の配列の全ては、ＶＨ−Ｄ接合部に１対のＧ、及びＤ−ＪＨ接合部に１つのＮを含有する（図４）。発見された非常に類似したＶＨ−Ｄ接合部はセットＶＩＩＩ内に存在する（図５）。セットＩＩ中のすべての配列は、ＶＨ−Ｄに芳香族残基、及びＤ−ＪＨ接合部に１対の塩基性残基（Ｒ又はＫ）を含有する（図７）。
【００８９】
Ｈ及びＬのＣＤＲ３の組成物における他の傾向は、他のセット内で見られる。これらの傾向、及び各セットに関するＶＨＤＪＨ及びＶＬＪＬ接合部のヌクレオチド及びアミノ酸配列の詳細を、補足データに示し検討する（図４〜図８を参照）。
【００９０】
セットの成員間のＢＣＲの構造的類似性
ステレオタイプなセットの各成員に関する推定されるＶＨＤＪＨ及びＶＬＪＬタンパク質配列を、図２及び図３に提示する。セットのほとんどの成員が、主に非突然変異形態において、同じＤ及びＪＨセグメントに付随する同じＩｇＶＨを使用するため、及び、これらの再配列は事実上、常に結合したＪＬにおいて制限されている同一のＩｇＶＬと対を成すため、各セットの全ＢＣＲの一次構造の特徴は著しく類似している。さらに、独立したセットの成員のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＬＣＤＲ１及びＬＣＤＲ２のアミノ酸配列は、同一でない場合には極めて類似している（例えば、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩＩＩ及びセットＶＩのサブセット）。セットＩＩにおいて、いくつかのアミノ酸の違いが、体細胞突然変異に応じてこれらの領域内に存在する。
【００９１】
これらのデータは、以前に評価されていたよりも、Ｂ−ＣＬＬにおけるＢＣＲの一次構造のより著しい制約を示す。またこれらは、この原理が相当数の患者において生じることを示す。まとめると、本発明者等の内部研究室Ｂ−ＣＬＬデータベース内の全配列の〜１２％（２５５個のうち３１個：この研究からは２２個、本発明者等の以前の研究（ジオット他、２００４年）からは５個、及び別の記載されたセット（トビン他、２００２年；２００３年）と合致する４個）、及び、ここで記載される８つのステレオタイプセットのうち１つ又は上述した２つの患者群のうち１群に属する非突然変異ＩｇＶを有するもの（トビン他、２００２年；２００３年；ジオット他、２００４年）の〜２０％（１３１個のうち２７個）である。ほぼ同じ総頻度（〜１２％）が、公共のデータベースからの配列間でも見出された（１９７個のうち２１個）が、非突然変異である公共のＢ−ＣＬＬ配列の割合は決定されなかった。これらのセットの再配列のほとんどは、体細胞突然変異を欠くか又はわずかな体細胞突然変異しか有さず、ＶＨが２％閾値を上回るものが、著しいＩｇＶ遺伝子突然変異を規定する基準として共通して使用されても（フェイス他、１９９８年；シュローダー及びディジエロ他、１９９４年）、このレベルをわずかに上回るだけである。このことは、制限されたＢＣＲ構造が、より悪い臨床経過及び結果を有する患者の主な特徴であることを示唆する（ダムリ他、１９９９年；ハムリン他、１９９９年）。非突然変異ＢＣＲを有する５つのＢ−ＣＬＬケースのうち１つは、これらの規定されたセットの１つに適合すると思われる。さらなるセットは、より多くのＩｇＶ領域配列がＢ−ＣＬＬにおいて定義されるに従って明らかにされ得るであろう。そして、すべての非突然変異ケースは、別個の数の原型的セットのうちの１つに類似し得る。セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩＩ及びセットＶＩＩＩは非突然変異１−６９を使用するのにもかかわらず、これらのセットは、特異的Ｄ及びＪＨセグメント会合における制限を有する、以前記載した１−６９発現Ｂ−ＣＬＬケース（フェイス他、１９９８年；ジョンソン他、１９９７年）とは異なる。これらの違いには、ＪＨ（セットＩ中のＪＨ３対ＪＨ６）、Ｄ（セットＶＩＩＩ中の、Ｄ２対Ｄ３ファミリー、及び極めて短いＬＣＤＲ３を有するＶκＬ６）及びＬ鎖（セットＶ中のλ対κ）遺伝子の使用が含まれる。
【００９２】
ＩｇＶＨ又はＶＨＤＪＨのみを検討した初期の研究（フェイス他、１９９８年；シュローダー及びディジエロ、１９９４年；ジョンソン他、１９９７年；チョラッジ及びフェラリーニ、２００１年）は、Ｂ−ＣＬＬの抗原結合部位における限定された構造多様性を指摘した。しかし、本発明者等の結果は、１つのセット内の配列の著しい類似性、及びこの類似性が偶然に生じることは事実上の数学的に不可能であるため、より際立っている。Ｂ−ＣＬＬにおける遺伝子セグメントの使用が無作為であったなら、独立した白血病（又は正常な）Ｂ細胞におけるＶＨＫＪＨとＶＬＪＬセグメントとの同じ組み合わせを見出す可能性は、１×１０−６より大きいであろう。したがって、１００万より多いケースが解析されるまで、同じＶＨＤＪＨ／ＶＬＪＬから成るＢＣＲを有する２体のＢ−ＣＬＬ患者を同定することは期待されないであろう。この計算は、かなり広範なＶＨ−Ｄ、Ｄ−ＪＨ及びＶＬ−ＪＬ接合部での多様性（潜在的に１×１０−９を上回り、１×１０−１２に達し得る）を占めないため、受容体編集及び改訂がこれらの可能性を多少限定し得るにもかかわらず、この計算は保存的である。それにもかかわらず、ここで報告された患者のクラスタ中のＢＣＲ構造制限のレベル及び頻度は、並外れており、今日報告されているＢ又はＴ細胞リンパ球増殖性障害のほかのどれよりも高いように思われる。
【００９３】
類似したＩｇＨ鎖Ｖ領域配列を公共のデータベースのホモロジー検索により発見することは、いくつかのＩｇＶＨはバイアスがかかった様式で発現され、〜６，６００個の異なるＶＨ−Ｄ−ＪＨ組合せが生じ得るため、全く驚くべきことではない。データベースはこの数より多いＩｇＨ鎖Ｖ領域配列を含むため、同じ組み換え遺伝子セグメントを同定することはあり得ないことはない。本発明者等が５３８個のＣＤ５＋及びＣＤ５−のＢ細胞に由来するＨ鎖Ｖ領域配列を解析したところ、本発明者等は多くの類似した配列対及びいくつかの類似した配列群を同定した。しかし、類似性が偶然の産物であることが期待されるように、これらの群は多様な源のＢ細胞に由来した。反対に、本発明者等のデータベースにおいて検出された所定のＢ−ＣＬＬ由来配列に対する類似性は、データベース全体を検索したにもかかわらず、ほぼ他のＢ−ＣＬＬ配列（１９／２１）又は他のリンパ球増殖性障害（１／２１）のみ生じた。ただ１つ同定された配列は、非Ｂ−ＣＬＬクローンに由来し、自己抗体をコードするものであった（表Ｉ及び図２）。Ｂ−ＣＬＬクローンと比較されるべき適切な正常Ｂ細胞レパートリーが未解決のままであるものの（チョラッジ及びフェラリーニ、２００３年）、これらの結果は、制限された細胞源の配列セットは、公共のデータベースにおいて一般化された現象ではないことを実証する。
【００９４】
したがって、Ｂ−ＣＬＬの発達には、制限されたＩｇＶ及び／又はＢＣＲ構造を有するＢ細胞クローンを伴なわなければならない。特定のＢＣＲ遺伝子組合せの発現が白血病誘発の単独促進因子であろうとは考えにくい一方、特にＢ−ＣＬＬの源ととなる細胞はいまだ不特定であるため（チョラッジ及びフェラリーニ、２００３年）、遺伝子セグメント会合における強い固有なバイアス、及びＢ−ＣＬＬを起こすＢ細胞集団におけるＶＨＤＪＨ／ＶＬＪＬ対形成（pairing）は正式には除外することができない。抗原の経験の前に、特定のＩｇＶ遺伝子セグメントの組み換えにおけるバイアスに関する証拠がマウスにおいて存在する（シードル（Seidl）他、１９９７年）ものの、これらの場合におけるＨ鎖及びＬ鎖両方のＶ遺伝子座での、特にＶ−（Ｄ）−Ｊ接合部での組み換えバイアスにより与えられる制限の程度は、ここで記載されるセットにおけるものほど厳密ではない。本発明者等が知る限り、類似した再配列の頻度、すなわち抗原選択の独立性が、これらのＢ−ＣＬＬケース間と同じくらい大きいヒトＢ細胞の亜集団は知られていない。
【００９５】
したがって、抗原選択は、正常なＢリンパ球のＢ−ＣＬＬ細胞への形質転換に強い制限を与える影響を有し得る。単純なモデルは、形質転換事象は抗原特異性と結び付けされる、すなわち多様性の高い集団からの個々のＢリンパ球が結合でき、且つ形質転換剤（例えばウイルス）をそのＢＣＲを介して内在化することができると仮定するであろう。これはあり得ないように見えるが、このようなメカニズムはＢ−ＣＬＬに関して暗示されている（マン（Mann）他、１９８７年）。
【００９６】
さらに、抗原は形質転換の促進因子であり得、もともと多様なＢリンパ球集団からの増大に特異的なクローンを選択し、これらの発達を形質転換状態に及び形質転換状態で助長する（チョラッジ及びフェラリーニ、２００３年）。これは、Ｂ−ＣＬＬの影響を受けやすい細胞集団が、抗原反応性に関して、したがって、これらの発達中に別個の抗原又は抗原クラスにさらされることにより、ＢＣＲ構造に関して予め選択されたケースであろう。これらのクローンは患者間で、特に、選択抗原が外来性又は自己由来で且つ多型性であり得る場合、異なり得る。これらのクローンの増大から、１つの成員は、抗原に依存しない白血病誘発カスケードを広めるであろう初期の形質転換病変を発達させ得る。
【００９７】
最終的に、初期の形質転換事象は、多様性を有するＢ細胞集団又は事前に抗原選択された集団内で無作為に起こり得、それに続く形質転換クローンの臨床的Ｂ−ＣＬＬへの育成には、抗原による継続的なＢＣＲの関与（engagement）が必要であり得る（チョラッジ及びフェラリーニ、２００３年）。最近では、Ｂ−ＣＬＬの表現型特徴を有するＢ細胞のクローン増大が、正常な年配個体において発見された（ローストロン（Rawstron）他、２００２年；ギア（Ghia）他、２００４年）。これらのクローンの臨床的関連はまだ隔離されていない。しかし、これらの発見は、Ｂ−ＣＬＬの遺伝的病変のいくつかを有するが、クローンを臨床的Ｂ−ＣＬＬに成熟させるのに十分な継続的な刺激をもたらすであろうＢＣＲ特異性を欠くクローンを提示し得る。
【００９８】
各セットの成員間でのＢＣＲ全体の著しいタンパク質類似性（図２及び図３）は、これらが同じ又は類似した抗原を認識し得ることを示唆する。抗原（複数可）の性質はここで提示されるＩｇ配列から直接推定することができないが、これらが自己抗原、又は細菌若しくはウイルス外皮（coat）に由来し得る炭水化物、又はこれら２つの組み合わせであることを疑ういくつかの理由が存在する。
【００９９】
ＶＨ１−６９（セットＩ、セットＩＩ及びセットＩＩ）及びＶＨ３−２１（トビン他、２００２年；２００３年において以前に記載されたセット）は、リューマチ因子間で富んでいる（シルバーマン（Silverman）他、１９８８年；ヒ（He）他、１９９５年）。ＶＨ４−３４（セットＩＩ）は、単クローン寒冷凝集素疾患のすべての場合（パスカル（Pascual）他、１９９２年）及び自己免疫性症状においてに使用される。実に、このＶＨセグメントに固有の自己反応性は、４−３４＋Ｂ細胞を高親和性に多様化させること、すなわちＢ細胞をアイソタイプ交換（isotype-switch）させることを避ける免疫系により、主要な阻害プロセスを引き出す（ピュー−バーナード（Pugh-Bernard）他、２００１年）。セットＩＶの一員として同定された抗カルジオリピン抗体は、このセットの他の成員はカルジオリピン又はＤＮＡに対して特異的であり得ることを暗示する。なぜなら、前者に対するいくつかの抗体は後者とも反応するからである（クマー（Kumar）他、２００３年）。さらに、制限されたＶＨＤＪＨ及び／又はＶＬＪＬ遺伝子セグメントは、ヒト（スコット（Scott）他、１９８９年）及びマウス（ポッター（Potter）、１９７７年）における抗炭水化物ｍＡｂを生産するＢ細胞の特徴である。
【０１００】
特徴的な接合部残基もまた、抗炭水化物ｍＡｂ及び自己抗体の特徴であり、塩基性接合部残基は、セットＩＩ、セットＩＶ及びセットＶＩｅ（図２）に示すように、ＤＮＡ等の酸性標的との反応性をしばしば示す（ラディック及びウェイガート（Radic and Weigert）、１９９４年）。多くのＢ−ＣＬＬクローンによる自己反応性Ｉｇ／ＢＣＲ分子の合成（ストーガー他、１９８９年；ボルシュ（Borche）他、１９９０年）は、これらのセット及び自己抗体に特有のＢＣＲ構造特徴間の関連を支持する。
【０１０１】
これらのＢ−ＣＬＬステレオタイプと適合する非Ｂ−ＣＬＬＩｇ配列は、Ｂ−ＣＬＬ前駆細胞（複数可）の同定に対する洞察を与え得る。これらの２つのうち、１つは脾臓周縁帯リンパ腫（ＳＭＺＬ；セットＶＩａ、図２）に由来し、もう一方は自己抗体生産Ｂ細胞（セットＩＶ、図２）に由来する。興味深いことに、正常なＭＺ  Ｂ細胞は、胸腺依存性ＩＩ型抗原及び自己抗原を認識することができるｍＡｂを生産する（ベンデラック（Bandelac）他、２００１年）。さらに、マウスＭＺ  Ｂ細胞のＩｇＶ領域レパートリーは、遺伝子セグメントの使用、及び発生させるために無傷のＢＣＲシグナル伝達を必要とする構造において非常に制限されている（マーティン及びカーネット（Martin and Kearnet）、２０００年）。ＭＺ  Ｂ細胞は、胃のＭＡＬＴリンパ腫に対する前駆体であると考えられ（イサクソン（Isaacson）、１９９９年）、Ｂ−ＣＬＬ細胞の前駆型（precursor）として提唱されている（チョラッジ及びフェラリーニ、２００３年）。１つのセット内の類似した配列に基づいて、共通した抗原反応性を推測する場合、Ｂ−ＣＬＬケース、特に非突然変異ＩｇＶ遺伝子を有するケースのかなりの割合が、限定された別個の抗原又はエピトープアレイのうち１つを認識するｍＡｂを生産する。このような説明で、いくつかのＢ−ＣＬＬケースは、悪性腫瘍の促進における抗原推進源（antigenic drive）（この場合は、ピロリ菌）の役割に関与する胃のＭＡＬＴリンパ腫に似ることがある。ここで報告されたステレオタイプＩｇ分子は、Ｂ−ＣＬＬにおいて、白血病誘発プロセスを推進する抗原を同定するのに価値のあるプローブであり得る。
【０１０２】
最終的に、これらのステレオタイプＩｇ分子セットは、Ｂ−ＣＬＬ細胞上で治療標的として役立ち得る。ＢＣＲを腫瘍特異的抗原として標的化することの概念的な難点は、各患者に対して個別化された試薬を作製する明白な必要性であった。しかし、本発明者等のデータは、Ｂ−ＣＬＬケース群間で、潜在的なＢＣＲ構造及び特異性に広範な重なりが存在することを示すため、このアプローチははるかに易しいものとなり得る。実際、非突然変異ＩｇＶＨ遺伝子を有するケースの〜２０％がこれらのセットのうちの１つに含まれるため、このような標的化は、最も悪い予後を有するケース、治療に対する反応性が最も少ないケース、及び最も進行性の臨床経過を有するケースにおいて最も効果的であり得る（ダムリ他、１９９９年；ハムリン他、１９９９年）。
【０１０３】
上記を鑑みて、本発明のいくつかの利点が達成され、且つ他の利点も獲得されることが示されるであろう。
【０１０４】
本発明の範囲を逸脱することなく、上記した方法及び組成物においてさまざまな変化を作ることができるので、上記した説明に含まれ、且つ添付の図面に示される全ての事柄は、説明的なものと解釈され、限定する意味ではないことが意図される。
【０１０５】
本明細書中で引用した文献の全ては、参照されて本明細書中の一部とする。本明細書中における文献の検討は、著者等により作られた主張を要約しようとするに過ぎず、いかなる文献も従来技術を構成するとは認められない。出願人は、引用文献の正確性及び妥当性に異議を申し立てる権利を留保する。
【図面の簡単な説明】
【０１０６】
【図１−１】セットＩのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−２】セットＩＩのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−３】セットＶＩａのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−４】セットＶＩｂ、セットＶＩｃ及びセットＶＩｄのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−５】セットＩＶのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−６】セットＶのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−７】セットＩＩＩのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−８】セットＶＩｅのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図１−９】セットＩ〜ＶＩｅのＢ−ＣＬＬ細胞に由来する抗体遺伝子のＶＨ、Ｄ及びＪＨ領域を提供する図である。
【図２】セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩａ〜ＶＩｅ及びセットＶＩＩＩにおける全配列のＨ鎖Ｖ領域のアミノ酸アライメントを示す図である。ピリオドは生殖細胞系列遺伝子とのホモロジーを示す。灰色のアミノ酸は、生殖細胞系列にコードされた残基と化学的に類似している。下線位置は、既知の対立遺伝子多型性部位である。セットに対するコンセンサスな配列を、各アライメントの底部に示す。
【図３】セットＩＩ、セットＩＶ、セットＶ、セットＶＩ及びセットＶＩＩＩにおける全配列のＬ鎖可変領域のアミノ酸アライメントを示す図である。詳細は上記の図２を参照。
【図４】セットＩＶの、ＣＤＲ３のアミノ酸配列及びヌクレオチド配列並びにその接合部を示す図である。Ｈ鎖配列を左に示し、Ｌ鎖配列を右に示す。最も類似した生殖細胞系列遺伝子を上部に示す。点は、生殖細胞系列配列とのホモロジーを示す。長点（dash）は、その位置に配列がないことを示す。底部の数字は、参照するときに利便性のためであり、任意である。公共のデータベースからの配列は、ケースＩＤの下の括弧内にＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号を有する。ＶＨ−Ｄ接合部の１対のＧコドン、及びＤ−ＪＨ接合部のＮコドンを含む、特殊な接合部残基が存在する。ＶＨ−Ｄ接合部でのＧコドンの作製には、Ｎの付加と共に、ＩｇＶＨの末端で３’アデノシンヌクレオチドをトリミングすることが必要である。また、Ｄセグメントの５’末端での限定されたトリミングは、全てのケースにおいて第一のＹコドン対を消失させた。２つの場合において、ＤはＹを置換し、２つの他の場合においてはＮが同じことを行った。これらの両方とも、カイト−ドゥーリトル（Kyte-Doolittle）スケールの陰性末端で適合する荷電した残基である。Ｄ遺伝子の３’末端のＹコドンはまた、このセットの全ての配列において消失された。まとめると、これらの保存された接合部調整は、ＨＣＤＲ３構造に関する強い選択を示唆する。３つの再配列されたＬ鎖配列が、このセットに関して利用可能であり、その全てはＪκ１、Ｊκ４又はＪκ５に伴なうＶκＡ２７遺伝子を含有した。
【図５】セットＶＩＩＩの、ＣＤＲ３のアミノ酸及びヌクレオチド配列並びにその接合部を示す図である。ＶＨ−Ｄ接合部は、非鋳型Ｇにより支配される。Ｄ−ＪＨ接合部は、トリミング及び穴埋め（fill-in）の証拠を、Ｄをコードする最後の残基が見つかる、Ｍへの改変とともに、示す。この説明を排除することはできないが、これは既知の多型性部位ではない。ただ１つのＬ鎖配列がこのセット（ＣＯ１３）に利用可能であり、これはＶκＬ６及びＪκ３遺伝子から成る。ＶＬ−ＪＬ接合部で生殖細胞系列セグメント間の著しい重なりが存在した。
【図６】セットＶの、ＣＤＲ３のアミノ酸及びヌクレオチド配列並びにその接合部を示す図である。これらの配列において、生殖細胞系列Ｄ遺伝子の５’末端は、生殖細胞系列ＩｇＶＨセグメントの３’末端と重なって、ＶＨ−Ｄ接合部を形成した。生殖細胞系列配列のいずれとも重なり領域で適合しない複数のヌクレオチドの存在は、トリミング及び付加が生じ、それにより、小さい側鎖（Ａ、Ｓ及びＶ）を有する又は側鎖のない（Ｇ）残基の好ましい挿入が生じることを示唆する。Ｄ−ＪＨ接合部でのアミノ酸は、あまり保存されてない。しかし、ＶＨとＤとの間で重なる領域は、優先（preferential）組み換えに関して予測され得たよりも著しいホモロジーを含有しないため、ＶＨ、Ｄ及びＪＨセグメントの矛盾しない相対位置決めは興味をそそるものである。このことは、ＨＣＤＲ３コンフィギュレーション、及び特異的な接合部残基よりもＤにコードされる残基に対する選択を示唆する。２つの再配列されたＬ鎖配列がこのセットから利用可能であり（ＲＦ２２及びＧＮ１２）、両者はＶλ１．１６（ｌｃ）及びＪλ１セグメントを含んでいた。セットＩＶ、セットＶ及びセットＶＩＩＩの成員におけるＨ及びＬ鎖両方の突然変異レベルは、常に２％未満であり、Ｂ−ＣＬＬにおけるＶＨ１−６９内の突然変異の頻繁な欠如又は欠乏に関する報文と矛盾しない（キップス他、１９８９年；シュローダー他、１９９４年；フェイス他、１９９８年）。
【図７】セットＩＩの、ＣＤＲ３のアミノ酸及びヌクレオチド配列並びにその接合部を示す図である。このセット、５ケース中の配列のＨ鎖接合部はかなり制約されている。ＶＨ（ＶＨ４−３４）とＪＨ（ＪＨ６）セグメントの両方に関係するＤ（Ｄ５−５）の位置は各成員において同一であり、等しいＨＣＤＲ３長が生じる。ＶＨ−Ｄ及びＤ−ＪＨ接合部は両方ともトリミング及び付加の証拠を含んでいる。これらのプロセスは、ＶＨ−Ｄ接合部（位置５）に芳香族残基（Ｗ、Ｙ、Ｆ）、続いて疎水性残基（位置６にＧ、Ｐ又はＡ）に生じさせ、Ｄ−ＪH接合部（位置１２及び１３）に塩基性残基（Ｋ又はＲ）をコードするコドン対を生じさせる。Ｄセグメントの位置９では、５つのＨＣＤＲ３配列中の４つが、公共のデータベースにおいて蓄積されている正規のＤ５−５セグメントにおいて見られるＡではなくＰを示す。これは、共通した突然変異というよりもＤ５−５セグメントの多型性である可能性が最も高いが、このセット中の５つの配列のうちの最後の１つ（ＣＬＬ  ＩＤ４７）は、このコドンでの正規のＤ５−５配列からも逸脱し、Ｄで置換されている。ＶＨ−Ｄ−ＪH接合部のこれらの高度に保存された改変は、非常に特有なＨＣＤＲ３構造の選択を示唆している。このセットの再配列されたＬ鎖もまた非常に類似している。利用可能なＶＬＪＬ配列の３つ全てがＶκＡ１７及びＪκ１又はＪκ２のいずれかを使用する。接合部は、接合部のＰをＣＬＬ２４０から取り除く省略（abbreviated）組み換えにより生じた、ただ１つの違いを有し、非常に類似している。これらのケースはＩｇＧアイソタイプである。交換アイソタイプを示すほとんどのＩｇＧ＋Ｂ−ＣＬＬケース（フェイス他、１９９８年；ハシモト（Hashimoto）他、１９９２年；ジオット他、２００４年）のように、これらのケースは、生殖細胞系列とは２％を超える、わずかではあるが違いを有するため、突然変異したものとして分類される。
【図８】セットＶＩの、ＣＤＲ３のアミノ酸及びヌクレオチド配列並びにその接合部を示す図である。ＶＨ１−０２生殖細胞系列を示す。表示された領域に関して、ＶＨ１−０２と、ＶＨ１−０３、１−１８、１−４６又は５−５１との間には配列の違いは存在しない。Ｊκ１遺伝子が示され、Ｊκ２及びＪκ１の生殖細胞系列配列が違う位置でのＣＬＬ０１１とＣＬＬ−４１２とＪκ２との間のホモロジーを＊印で示す。このセットは５つのサブセットから成り、ＨＣＤＲ３及びＶＬＪＬの特徴を共有するが、異なるＩｇＶＨ遺伝子（１−０２、１−０３、１−１８、１−４６及び５−５１）を含む合計２２体の患者から成る。これらのサブセットＨＣＤＲ３は全て正確なＶＨＤ重なりを共有する。奇妙なことに、Ｄ６−１９セグメントが、タンパク質を生成しないリーディングフレーム内で使用された。しかし、この停止コドンは、末端ＩｇＶＨ配列との重なり領域内に存在し、トリミングされ、それにより、ＪH４セグメントとのタンパク質生成可能な再配列を可能にした。Ｄ−ＪH接合部はトリミング及び付加の証拠を含む。Ｄセグメントの後の第一の非生殖細胞系列により鋳型にされたコドンは、重複（redundant）Ｌコドンに富むが、残りの接合部のコドンは厳密には保存されていない。このセットに利用可能な再配列されたＬ鎖は全て、Ｊκ１及びＪκ２に制限されたＪκの使用とともにＶκ０１２／２遺伝子を使用する。これらの１０配列のうち、９本は、ＬＣＤＲ３中の生殖細胞系列及び接合部領域の配列と基本的に同一である。したがって、このセットは、その共通するＨＣＤＲ３構造及びモチーフだけでなく、非常に制限されたＬＣＤＲ３組成を有する事実上同一なＶＬＪＬパートナーの使用にもよって一つにまとめられる。
【図１−１】
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【図１−２】
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【図１−３】
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【図１−４】
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【図１−５】
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【図１−６】
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【図１−７】
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【図１−８】
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【図１−９】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【国際調査報告】
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2007510622.tif 000020