(57)【要約】より大きい生物学的試薬のコレクションから選択される適合生物学的試薬のコレクションであって、生物学的要素に関連するコレクションがここで提供される。適合生物学的試薬のコレクション内の単離生体分子又は生物学的研究試薬を販売する方法、及び、生物学的試薬のコレクションから単離生体分子又は生物学的研究試薬を選択する方法も提供される。さらに、適合生物学的試薬の１００以上のセットを備える適合生物学的試薬のコレクションであって、セットの各々は、異なる標的生体分子に関連するコレクションが提供される。
2007535040.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
適合生物学的試薬の１００以上のセットを備える適合生物学的試薬のコレクションであって、セットの各々は、異なる標的生体分子に関連するコレクション。
【請求項２】
請求項１記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、２５０以上のセットを備えるコレクション。
【請求項３】
請求項１記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、５００以上のセットを備えるコレクション。
【請求項４】
請求項１記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、１０００以上のセットを備えるコレクション。
【請求項５】
請求項１記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、２５００以上のセットを備えるコレクション。
【請求項６】
請求項１記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、５０００以上のセットを備えるコレクション。
【請求項７】
請求項１記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、１００００以上のセットを備えるコレクション。
【請求項８】
請求項１から７いずれか記載のコレクションにおいて、異なる標的生体分子の各々は、異なる遺伝子であるコレクション。
【請求項９】
請求項１から７いずれか記載のコレクションにおいて、異なる標的生体分子の各々は、遺伝子のオープンリーディングフレームであるコレクション。
【請求項１０】
請求項８記載のコレクションにおいて、前記遺伝子は哺乳動物遺伝子であるコレクション。
【請求項１１】
請求項８記載のコレクションにおいて、前記遺伝子はヒト遺伝子であるコレクション。
【請求項１２】
請求項８記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、生物体の知られた全遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含むコレクション。
【請求項１３】
請求項１２記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、知られた全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含むコレクション。
【請求項１４】
請求項１２記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含むコレクション
【請求項１５】
請求項１から７いずれか記載のコレクションにおいて、前記コレクションの前記セットは、前記標的生体分子が関与する生物学的経路に従って分類されるコレクション。
【請求項１６】
請求項１から７いずれか記載のコレクションにおいて、前記コレクションの前記セットは、前記標的生体分子が関与する疾病状態に従って分類されるコレクション。
【請求項１７】
請求項１記載のコレクションにおいて、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる５タイプを備え、タイプの各々は、生体分子の異なるクラス及び／又は生物学的研究製品の異なるタイプであるクラスコレクション。
【請求項１８】
請求項１記載のコレクションにおいて、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０以上のタイプを備えるコレクション。
【請求項１９】
請求項１記載のコレクションにおいて、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる２５以上のタイプを備えるコレクション。
【請求項２０】
請求項１記載のコレクションにおいて、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１００以上のタイプを備えるコレクション。
【請求項２１】
請求項１記載のコレクションにおいて、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０００以上のタイプを備えるコレクション。
【請求項２２】
請求項１記載のコレクションにおいて、適合生物学的試薬のセットの各々は、単離生体分子を備えるコレクション。
【請求項２３】
請求項２２記載のコレクションにおいて、セット内の前記単離生体分子は、タンパク質及び核酸を備えるコレクション。
【請求項２４】
請求項２２記載のコレクションにおいて、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡｉ、ＲＮＡ、ＤＮＡ、酵素、及びペプチドを備えるコレクション。
【請求項２５】
請求項２２記載のコレクションにおいて、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備えるコレクション。
【請求項２６】
請求項２２記載のコレクションにおいて、セット内の前記単離生体分子は、抗体、単離タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備えるコレクション。
【請求項２７】
請求項１記載のコレクションにおいて、前記生物学的試薬は、生物学的研究製品を備えるコレクション。
【請求項２８】
請求項２７記載のコレクションにおいて、セット内の前記生物学的試薬は、細胞培地、検出製品、分離媒体、及びマイクロアレイを備えるコレクション。
【請求項２９】
請求項３から５いずれか記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、異なる５００以上の単離生体分子を備えるコレクション。
【請求項３０】
請求項３から２３いずれか記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、異なる１０００以上の単離生体分子を備えるコレクション。
【請求項３１】
請求項３から２３いずれか記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、異なる１００００以上の単離生体分子を備えるコレクション。
【請求項３２】
請求項３から２３いずれか記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、異なる２５０００以上の単離生体分子を備えるコレクション。
【請求項３３】
請求項３から２３いずれか記載のコレクションにおいて、前記単離生体分子は、ヒト生体分子であり、又はヒト生体分子に選択的に結合するコレクション。
【請求項３４】
請求項１７記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、異なる１００以上の単離核酸、異なる１００以上の単離核酸にコードされる異なる１００以上の単離タンパク質異なる１００以上の単離タンパク質に対する異なる１００以上の抗体、及び異なる１００以上の単離核酸を各々備える異なる１００以上の組換え細胞株を備えるコレクション。
【請求項３５】
請求項１７記載のコレクションにおいて、前記コレクションは、異なる１０００以上の単離核酸、異なる１０００以上の単離核酸にコードされる異なる１０００以上の単離タンパク質異なる１０００以上の単離タンパク質に対する異なる１０００以上の抗体、及び異なる１０００以上の単離核酸を各々備える異なる１０００以上の組換え細胞株を備えるコレクション。
【請求項３６】
請求項３５記載のコレクションにおいて、異なる１０００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１０００以上のプライマー対を更に備えるコレクション。
【請求項３７】
標的生物学的試薬を販売する方法であって、
ａ．複数の生体分子から標的生体分子を特定するための入力機能を顧客に提示すること；
ｂ．前記標的生体分子に関連する適合生物学的試薬の標的セットを特定すること；及び
ｃ．前記適合生物学的試薬を購入するためのリンクを備える購買機能を顧客に提示することを含み、
前記標的セットは、前記入力機能を用いて、適合生物学的試薬の異なる１００以上のセットであって、セットの各々は複数の生体分子の異なる標的生体分子に関連するセットを備える適合生物学的試薬のデータベースを検索する顧客による情報入力を用いて特定され、
前記標的生物学的試薬は、適合生物学的試薬の前記標的セットの生物学的試薬である方法。
【請求項３８】
請求項３７記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５０以上のセットを備える方法。
【請求項３９】
請求項３７記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５００以上のセットを備える方法。
【請求項４０】
請求項３７記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の１００以上のセットを備える方法。
【請求項４１】
請求項３７記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５００以上のセットを備える方法。
【請求項４２】
請求項３７記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５０００以上のセットを備える方法。
【請求項４３】
請求項３７記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の１００００以上のセットを備える方法。
【請求項４４】
請求項３７から４３いずれか記載の方法において、前記標的生体分子は遺伝子である方法。
【請求項４５】
請求項３７から４３いずれか記載の方法において、前記標的生体分子はオープンリーディングフレームである方法。
【請求項４６】
請求項４４記載の方法において、前記遺伝子は哺乳動物遺伝子である方法。
【請求項４７】
請求項４４記載の方法において、前記遺伝子はヒト遺伝子である方法。
【請求項４８】
請求項４４記載の方法において、前記コレクションは、生物体の知られた全遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項４９】
請求項４８記載の方法において、前記コレクションは、知られた全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項５０】
請求項４８記載の方法において、前記コレクションは、全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項５１】
請求項３７から５０いずれか記載の方法において、前記コレクションの前記セットは、前記標的生体分子が関与する生物学的経路に従って分類される方法。
【請求項５２】
請求項３７から５０いずれか記載の方法において、前記コレクションの前記セットは、前記標的生体分子が関与する疾病状態に従って分類される方法。
【請求項５３】
請求項３７記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる５タイプを備え、タイプの各々は、生体分子の異なるクラス及び／又は生物学的研究製品の異なるタイプである方法。
【請求項５４】
請求項３７記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０以上のタイプを備える方法。
【請求項５５】
請求項３７記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる２５以上のタイプを備える方法。
【請求項５６】
請求項３７記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１００以上のタイプを備える方法。
【請求項５７】
請求項３７記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０００以上のタイプを備える方法。
【請求項５８】
請求項３７記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、単離生体分子を備える方法。
【請求項５９】
請求項５８記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、タンパク質及び核酸を備える方法。
【請求項６０】
請求項５８記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡｉ、ＲＮＡ、ＤＮＡ、酵素、及びペプチドを備える方法。
【請求項６１】
請求項５８記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項６２】
請求項５８記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、単離タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項６３】
請求項３７記載の方法において、前記生物学的試薬は、生物学的研究製品を備える方法。
【請求項６４】
請求項６３記載の方法において、セット内の前記生物学的試薬は、細胞培地、検出製品、分離媒体、及びマイクロアレイを備える方法。
【請求項６５】
請求項３９から４１いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる５００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項６６】
請求項３９から４１いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項６７】
請求項３９から４１いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１００００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項６８】
請求項３９から４１いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる２５０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項６９】
請求項３９から４１いずれか記載の方法において、前記単離生体分子は、ヒト生体分子であり、又はヒト生体分子に選択的に結合する方法。
【請求項７０】
請求項５３記載の方法において、前記コレクションは、異なる１００以上の単離核酸、異なる１００以上の単離核酸にコードされる異なる１００以上の単離タンパク質異なる１００以上の単離タンパク質に対する異なる１００以上の抗体、及び異なる１００以上の単離核酸を各々備える異なる１００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項７１】
請求項５３記載の方法において、前記コレクションは、異なる１０００以上の単離核酸、異なる１０００以上の単離核酸にコードされる異なる１０００以上の単離タンパク質異なる１０００以上の単離タンパク質に対する異なる１０００以上の抗体、及び異なる１０００以上の単離核酸を各々備える異なる１０００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項７２】
請求項７０記載の方法において、異なる１００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項７３】
請求項７１記載の方法において、異なる１０００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１０００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項７４】
請求項３７から７３いずれか記載の方法において、検索は１以上の生物学的要素を特定し、前記コレクションの前記適合生物学的試薬は、特定された生物学的要素の１以上に関連する方法。
【請求項７５】
請求項３７から７３いずれか記載の方法において、複数の標的セットは特定され、前記標的セットは共通生物学的経路の要素である標的生体分子に関連する方法。
【請求項７６】
請求項７５記載の方法において、前記標的セットは、前記生物学的経路のマップにリンクされるように顧客に提示される方法。
【請求項７７】
請求項３７から７３いずれか記載の方法において、複数の標的セットは特定され、前記標的セットは同じ遺伝子オントロジーに従って分類される標的生体分子に関連する方法。
【請求項７８】
請求項３７から７３いずれか記載の方法において、前記入力機能は前記顧客にオントロジーによるブラウズを提供し、前記顧客は、一つの標的生体分子遺伝子又は複数の標的生体分子遺伝子を特定するために、オントロジーの複数のカテゴリから選択し得る方法。
【請求項７９】
請求項７８記載の方法において、前記カテゴリは、生物学的過程、細胞成分、又は細胞機能からなる群より選ばれる方法。
【請求項８０】
請求項７９記載の方法において、前記カテゴリはサブカテゴリに関連する方法。
【請求項８１】
請求項７９記載の方法において、前記カテゴリは種名称に関連する方法。
【請求項８２】
請求項７５から８１いずれか記載の方法において、検索は１以上の生物学的要素を特定し、前記コレクションの前記適合生物学的試薬は、特定された生物学的要素の１以上に関連する方法。
【請求項８３】
適合生物学的試薬のコレクションから生物学的試薬を選択する方法であって、
ａ．複数の生体分子から標的生体分子を特定するための入力機能に検索パラメータを入力すること；
ｂ．前記標的生体分子に関連する適合生物学的試薬の標的セットを特定すること；及び
ｃ．適合生物学的試薬の前記標的セットから１以上の生物学的試薬を選択することを含み、
適合生物学的試薬の前記標的セットは、適合生物学的試薬の異なる１００以上のセットであって、セットの各々は複数の生体分子の異なる標的生体分子に関連するセットを備える適合生物学的試薬のコレクションに関する情報のデータベースを検索することにより特定される方法。
【請求項８４】
請求項８３記載の方法において、前記検索パラメータは、標的生体分子の名称又は構造、標的生物学的経路、標的生物学的経路要素、疾病、疾病経路、及び疾病経路要素からなる群より選ばれる方法。
【請求項８５】
請求項８３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５０以上のセットを備える方法。
【請求項８６】
請求項８３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５００以上のセットを備える方法。
【請求項８７】
請求項８３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の１００以上のセットを備える方法。
【請求項８８】
請求項８３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５００以上のセットを備える方法。
【請求項８９】
請求項８３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５０００以上のセットを備える方法。
【請求項９０】
請求項８３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の１００００以上のセットを備える方法。
【請求項９１】
請求項８３から９０いずれか記載の方法において、前記標的生体分子は遺伝子である方法。
【請求項９２】
請求項８３から９０いずれか記載の方法において、前記標的生体分子はオープンリーディングフレームである方法。
【請求項９３】
請求項９１記載の方法において、前記遺伝子は哺乳動物遺伝子である方法。
【請求項９４】
請求項９１記載の方法において、前記遺伝子はヒト遺伝子である方法。
【請求項９５】
請求項９１記載の方法において、前記コレクションは、生物体の知られた全遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項９６】
請求項９５記載の方法において、前記コレクションは、知られた全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項９７】
請求項９１記載の方法において、前記コレクションは、全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項９８】
請求項８３から９７いずれか記載の方法において、前記コレクションの前記セットは、前記標的生体分子が関与する生物学的経路に従って分類される方法。
【請求項９９】
請求項８３から９７いずれか記載の方法において、前記コレクションの前記セットは、前記標的生体分子が関与する疾病状態に従って分類される方法。
【請求項１００】
請求項８３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる５タイプを備え、タイプの各々は、生体分子の異なるクラス及び／又は生物学的研究製品の異なるタイプである方法。
【請求項１０１】
請求項８３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０以上のタイプを備える方法。
【請求項１０２】
請求項８３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる２５以上のタイプを備える方法。
【請求項１０３】
請求項８３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１００以上のタイプを備える方法。
【請求項１０４】
請求項８３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０００以上のタイプを備える方法。
【請求項１０５】
請求項８３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、単離生体分子を備える方法。
【請求項１０６】
請求項１０５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、タンパク質及び核酸を備える方法。
【請求項１０７】
請求項１０５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡｉ、ＲＮＡ、ＤＮＡ、酵素、及びペプチドを備える方法。
【請求項１０８】
請求項１０５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項１０９】
請求項１０５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、単離タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項１１０】
請求項８３記載の方法において、前記生物学的試薬は、生物学的研究製品を備える方法。
【請求項１１１】
請求項８３記載の方法において、セット内の前記生物学的試薬は、細胞培地、検出製品、分離媒体、及びマイクロアレイを備える方法。
【請求項１１２】
請求項８３から８５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる５００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１１３】
請求項８３から８５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１１４】
請求項８３から８５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１００００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１１５】
請求項８３から８５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる２５０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１１６】
請求項８３から８５いずれか記載の方法において、前記単離生体分子は、ヒト生体分子であり、又はヒト生体分子に選択的に結合する方法。
【請求項１１７】
請求項１００記載の方法において、異なる１００以上の単離核酸、異なる１００以上の単離核酸にコードされる異なる１００以上の単離タンパク質異なる１００以上の単離タンパク質に対する異なる１００以上の抗体、及び異なる１００以上の単離核酸を各々備える異なる１００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項１１８】
請求項１００記載の方法において、異なる１０００以上の単離核酸、異なる１０００以上の単離核酸にコードされる異なる１０００以上の単離タンパク質異なる１０００以上の単離タンパク質に対する異なる１０００以上の抗体、及び異なる１０００以上の単離核酸を各々備える異なる１０００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項１１９】
請求項１１７記載の方法において、異なる１００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項１２０】
請求項１１８記載の方法において、異なる１０００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１０００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項１２１】
請求項８３から１２０いずれか記載の方法において、検索は１以上の生物学的要素を特定し、前記コレクションの前記適合生物学的試薬は、特定された生物学的要素の１以上に関連する方法。
【請求項１２２】
請求項８３から１２０いずれか記載の方法において、複数の標的セットは特定され、前記標的セットは共通生物学的経路の要素である標的生体分子に関連する方法。
【請求項１２３】
請求項１２２記載の方法において、前記標的セットは、前記生物学的経路のマップにリンクされるように顧客に提示される方法。
【請求項１２４】
請求項８３から１２０いずれか記載の方法において、複数の標的セットは特定され、前記標的セットは同じ遺伝子オントロジーに従って分類される標的生体分子に関連する方法。
【請求項１２５】
請求項８３から１２０いずれか記載の方法において、前記入力機能は前記顧客にオントロジーによるブラウズを提供し、前記顧客は、一つの標的生体分子遺伝子又は複数の標的生体分子遺伝子を特定するために、オントロジーの複数のカテゴリから選択し得る方法。
【請求項１２６】
請求項１２５記載の方法において、前記カテゴリは、生物学的過程、細胞成分、又は細胞機能からなる群より選ばれる方法。
【請求項１２７】
請求項１２５記載の方法において、前記カテゴリはサブカテゴリに関連する方法。
【請求項１２８】
請求項１２５記載の方法において、前記カテゴリは種名称に関連する方法。
【請求項１２９】
請求項１２２から１２８いずれか記載の方法において、検索は１以上の生物学的要素を特定し、前記コレクションの前記適合生物学的試薬は、特定された生物学的要素の１以上に関連する方法。
【請求項１３０】
単離生物学的試薬を販売する方法であって、標的生体分子を特定するための入力機能を顧客に提示すること；及び標的生体分子を備える生物学的経路のグラフィック表示と、前記生物学的経路の前記グラフィック表示内に提示されるビジュアルリンクとを顧客に提示することを含み、前記ビジュアルリンクは、前記標的生体分子に関連する１以上の生物学的試薬の購買機能へのアクセスを提供する方法。
【請求項１３１】
請求項１３０記載の方法において、複数のビジュアルリンクは、前記生物学的経路の前記グラフィック表示内に提示され、ビジュアルリンクの各々は、生体分子に関連する１以上の生物学的試薬の購買機能へのアクセスを提供する方法。
【請求項１３２】
請求項１３０記載の方法において、前記生物学的試薬は、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培地、検出製品、分離媒体、及びマイクロアレイである方法。
【請求項１３３】
請求項１３０記載の方法において、前記購買機能に関連する前記生物学的試薬は、適合生物学的試薬の標的セットの要素であり、前記標的セットは、適合生物学的試薬の異なる１００以上のセットであって、セットの各々は複数の生体分子の異なる標的生体分子に関連するセットを備える適合生物学的試薬のコレクションに関する情報のデータベースを検索することにより特定される方法。
【請求項１３４】
請求項１３３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５０以上のセットを備える方法。
【請求項１３５】
請求項１３３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５００以上のセットを備える方法。
【請求項１３６】
請求項１３３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の１０００以上のセットを備える方法。
【請求項１３７】
請求項１３３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５００以上のセットを備える方法。
【請求項１３８】
請求項１３３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５０００以上のセットを備える方法。
【請求項１３９】
請求項１３３記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の１００００以上のセットを備える方法。
【請求項１４０】
請求項１３３から１３９いずれか記載の方法において、前記標的生体分子は遺伝子である方法。
【請求項１４１】
請求項１３３から１３９いずれか記載の方法において、前記標的生体分子はオープンリーディングフレームである方法。
【請求項１４２】
請求項１４０記載の方法において、前記遺伝子は哺乳動物遺伝子である方法。
【請求項１４３】
請求項１４２記載の方法において、前記遺伝子はヒト遺伝子である方法。
【請求項１４４】
請求項１４０記載の方法において、前記コレクションは、生物体の知られた全遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項１４５】
請求項１４４記載の方法において、前記コレクションは、知られた全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項１４６】
請求項１４４記載の方法において、前記コレクションは、全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項１４７】
請求項１３３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる５タイプを備え、タイプの各々は、生体分子の異なるクラス及び／又は生物学的研究製品の異なるタイプである方法。
【請求項１４８】
請求項１３３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０以上のタイプを備える方法。
【請求項１４９】
請求項１３０記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる２５以上のタイプを備える方法。
【請求項１５０】
請求項１３３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１００以上のタイプを備える方法。
【請求項１５１】
請求項１３３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０００以上のタイプを備える方法。
【請求項１５２】
請求項１３３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、単離生体分子を備える方法。
【請求項１５３】
請求項１４７記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、タンパク質及び核酸を備える方法。
【請求項１５４】
請求項１４７記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡｉ、ＲＮＡ、ＤＮＡ、酵素、及びペプチドを備える方法。
【請求項１５５】
請求項１４７記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項１５６】
請求項１４７記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、単離タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項１５７】
請求項１３３記載の方法において、前記生物学的試薬は、生物学的研究製品を備える方法。
【請求項１５８】
請求項１５７記載の方法において、セット内の前記生物学的試薬は、細胞培地、検出製品、分離媒体、及びマイクロアレイを備える方法。
【請求項１５９】
請求項１３３から１３５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる５００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１６０】
請求項１３３から１３５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１６１】
請求項１３３から１３５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１００００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１６２】
請求項１３３から１３５いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる２５０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項１６３】
請求項１３３から１３５いずれか記載の方法において、前記単離生体分子は、ヒト生体分子であり、又はヒト生体分子に選択的に結合する方法。
【請求項１６４】
請求項１４７記載の方法において、異なる１００以上の単離核酸、異なる１００以上の単離核酸にコードされる異なる１００以上の単離タンパク質異なる１００以上の単離タンパク質に対する異なる１００以上の抗体、及び異なる１００以上の単離核酸を各々備える異なる１００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項１６５】
請求項１４７記載の方法において、異なる１０００以上の単離核酸、異なる１０００以上の単離核酸にコードされる異なる１０００以上の単離タンパク質異なる１０００以上の単離タンパク質に対する異なる１０００以上の抗体、及び異なる１０００以上の単離核酸を各々備える異なる１０００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項１６６】
請求項１６４記載の方法において、異なる１００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項１６７】
請求項１６５記載の方法において、異なる１０００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１０００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項１６８】
請求項１３３から１６７いずれか記載の方法において、検索は１以上の生物学的要素を特定し、前記コレクションの前記適合生物学的試薬は、特定された生物学的要素の１以上に関連する方法。
【請求項１６９】
生物学的試薬を販売する方法であって、データ入力フィールド又は入力選択リストを備える入力機能を顧客に提示すること；標的生体分子を備える生物学的経路のグラフィック表示と、前記生体分子に関連するビジュアルリンクとを顧客に提示すること；及び前記ビジュアルリンクを介してアクセスされる購入機能を顧客に提示することを含み、
前記標的生体分子は、前記入力機能を用いて特定され、
前記購入機能は、前記標的生体分子に関連する生物学的試薬を購入するために前記顧客に使用される方法。
方法。
【請求項１７０】
請求項１６９記載の方法において、複数のビジュアルリンクは、前記生物学的経路の前記グラフィック表示内に提示され、ビジュアルリンクの各々は、前記標的生体分子に関連する１以上の生物学的試薬の購買機能へのアクセスを提供する方法。
【請求項１７１】
請求項１６９記載の方法において、前記生物学的試薬は、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培地、検出製品、分離媒体、及びマイクロアレイである方法。
【請求項１７２】
請求項１７０記載の方法において、前記標的生体分子に関連する生物学的試薬を購入するために前記購入機能を活性化することを更に含む方法。
【請求項１７３】
請求項１６９記載の方法において、購入された生物学的試薬を前記顧客に発送することを更に含む方法。
【請求項１７４】
請求項１７１記載の方法において、前記ビジュアルリンクは、前記標的生体分子に関連する適合生物学的試薬のセットへのアクセスを提供する方法。
【請求項１７５】
請求項１７０記載の方法において、複数のビジュアルリンクは、適合生物学的試薬のセットへのアクセスを提供する方法。
【請求項１７６】
請求項１７０記載の方法において、前記購買機能に関連する前記生物学的試薬は、適合生物学的試薬の標的セットの要素であり、前記標的セットは、適合生物学的試薬の異なる１００以上のセットであって、セットの各々は複数の生体分子の異なる標的生体分子に関連するセットを備える適合生物学的試薬のコレクションに関する情報のデータベースを検索することにより特定される方法。
【請求項１７７】
請求項１６９記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５０以上のセットを備える方法。
【請求項１７８】
請求項１６９記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５００以上のセットを備える方法。
【請求項１７９】
請求項１６９記載の方法において、適合生物学的試薬の１０００以上のセットを備える方法。
【請求項１８０】
請求項１６９記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の２５００以上のセットを備える方法。
【請求項１８１】
請求項１６９記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の５０００以上のセットを備える方法。
【請求項１８２】
請求項１６９記載の方法において、前記コレクションは、適合生物学的試薬の１００００以上のセットを備える方法。
【請求項１８３】
請求項１７６から１７８いずれか記載の方法において、前記標的生体分子は遺伝子である方法。
【請求項１８４】
請求項１７６から１７８いずれか記載の方法において、前記標的生体分子はオープンリーディングフレームである方法。
【請求項１８５】
請求項１８３記載の方法において、前記遺伝子は哺乳動物遺伝子である方法。
【請求項１８６】
請求項１８３記載の方法において、前記遺伝子はヒト遺伝子である方法。
【請求項１８７】
請求項１８３記載の方法において、前記コレクションは、生物体の知られた全遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項１８８】
請求項１６９記載の方法において、前記コレクションは、知られた全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項１８９】
請求項１６９記載の方法において、前記コレクションは、全ヒト遺伝子に関連する生物学的試薬のセットを含む方法。
【請求項１９０】
請求項１６９記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる５タイプを備え、タイプの各々は、生体分子の異なるクラス及び／又は生物学的研究製品の異なるタイプである方法。
【請求項１９１】
請求項１６９記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０以上のタイプを備える方法。
【請求項１９２】
請求項１６９記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる２５以上のタイプを備える方法。
【請求項１９３】
請求項１６９記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１００以上のタイプを備える方法。
【請求項１９４】
請求項１６９記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、生物学的試薬の異なる１０００以上のタイプを備える方法。
【請求項１９５】
請求項１６９記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、単離生体分子を備える方法。
【請求項１９６】
請求項１９５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、タンパク質及び核酸を備える方法。
【請求項１９７】
請求項１９５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡｉ、ＲＮＡ、ＤＮＡ、酵素、及びペプチドを備える方法。
【請求項１９８】
請求項１９５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項１９９】
請求項１９５記載の方法において、セット内の前記単離生体分子は、抗体、単離タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、及び酵素を備える方法。
【請求項２００】
請求項１６９記載の方法において、前記生物学的試薬は、生物学的研究製品を備える方法。
【請求項２０１】
請求項２００記載の方法において、セット内の前記生物学的試薬は、細胞培地、検出製品、分離媒体、及びマイクロアレイを備える方法。
【請求項２０２】
請求項１７６から１７８いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる５００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項２０３】
請求項１７６から１７８いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項２０４】
請求項１７６から１７８いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる１００００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項２０５】
請求項１７６から１７８いずれか記載の方法において、前記コレクションは、異なる２５０００以上の単離生体分子を備える方法。
【請求項２０６】
請求項１７６から１７８いずれか記載の方法において、前記単離生体分子は、ヒト生体分子であり、又はヒト生体分子に選択的に結合する方法。
【請求項２０７】
請求項１９０記載の方法において、異なる１００以上の単離核酸、異なる１００以上の単離核酸にコードされる異なる１００以上の単離タンパク質異なる１００以上の単離タンパク質に対する異なる１００以上の抗体、及び異なる１００以上の単離核酸を各々備える異なる１００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項２０８】
請求項１９０記載の方法において、異なる１０００以上の単離核酸、異なる１０００以上の単離核酸にコードされる異なる１０００以上の単離タンパク質異なる１０００以上の単離タンパク質に対する異なる１０００以上の抗体、及び異なる１０００以上の単離核酸を各々備える異なる１０００以上の組換え細胞株を備える方法。
【請求項２０９】
請求項２０７記載の方法において、１６４記載の方法において、異なる１００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項２１０】
請求項２０８記載の方法において、異なる１０００以上の単離核酸を増幅させるための異なる１０００以上のプライマー対を更に備える方法。
【請求項２１１】
請求項１６９から２１０いずれか記載の方法において、検索は１以上の生物学的要素を特定し、前記コレクションの前記適合生物学的試薬は、特定された生物学的要素の１以上に関連する方法。
【請求項２１２】
表１、表７、表８、表９、及び表１０に挙げられたヒトタンパク質の群より選ばれる１００以上の発現単離ヒトタンパク質のコレクション。
【請求項２１３】
請求項２１２記載のコレクションにおいて、５００以上の発現単離ヒトタンパク質を備えるコレクション。
【請求項２１４】
請求項２１２記載のコレクションにおいて、１０００以上の発現単離ヒトタンパク質を備えるコレクション。
【請求項２１５】
請求項２１２記載のコレクションにおいて、２０００以上の発現単離ヒトタンパク質を備えるコレクション。
【請求項２１６】
請求項２１２記載のコレクションにおいて、３０００以上の発現単離ヒトタンパク質を備えるコレクション。
【請求項２１７】
請求項２１２記載のコレクションにおいて、前記タンパク質は固体支持体上に固定されているコレクション。
【請求項２１８】
請求項２１２記載のコレクションにおいて、複数の前記タンパク質は１以上の容器に収容されているコレクション。
【請求項２１９】
請求項２１２記載のコレクションにおいて、タンパク質の各々は別々の容器に収容されているコレクション。
【請求項２２０】
電子商品目録ファイル上に挙げられた生物学的コンテンツ及びその製品及び／又はサービス入手する方法であって、前記電子商品目録ファイルは、標的項目の隔離された種々の群の１以上を備える複数のファイルを含む１以上の電子記憶媒体上に記憶され、前記方法は、
ａ．１以上のユーザにより、ユーザ末端及び双方向通信連絡を介して、前記電子記憶媒体にアクセスする１以上の標的項目に接続し、関連する１以上の生物学的性状を含む抽出が、前記電子記憶媒体内の前記標的項目用の前記サーバ内で適切な要求を介して作成され；
ｂ．要求を入力して前記抽出を作成し；前記抽出を回収し；前記電子媒体に記憶された前記標的項目の１以上のサブセットを１以上の前記ユーザに提供し抽出に基づく１以上の階層メニューを含むページを作成することを含み、
１以上の前記メニューは、前記サブセット内の前記標的項目を、ソートされる標的項目の前記関連生物学的性状の類似性の経験計測に基づく標的項目のユーザアクセス可能ファイルへとソートし、１以上の前記階層メニュー出力ページは、１以上の前記関連生物学的性状を共有し、１以上の前記ユーザが前記電子記憶媒体上に記憶された目的の製品及び／又はサービスを識別し、表示された出力ページを含む適切なグラフィックユーザインターフェース（ＧＵＩ）を活性化することにより、識別された前記製品を入手することを可能にし、前記ファイルの各々へとソートされた前記標的項目を特定する方法。
【請求項２２１】
請求項２２０記載の方法において、接続は、１以上のブラウザとの相互作用を含む方法。
【請求項２２２】
請求項２２０記載の方法において、前記製品及び／又は前記サービスは、生物学的に関連する製品及び／又はサービスである方法。
【請求項２２３】
請求項２２０記載の方法において、前記関連生物学的性状は、構造遺伝子又は転写ユニットを備えるクローン化核酸インサート、バイオアッセイ、標識及び検出染料、ベクター、抗体、ペプチド、核酸、酵素、ヌクレオチド、緩衝液、細胞培地、選択分子、並びに発現からなる群より選ばれる方法。
【請求項２２４】
請求項２２０記載の方法において、標的項目のための検索可能な抜き出しの各々は、１以上の固有の名称、１以上の基数テキスト、前記基数テキストに適用する生物学的に関連する１以上の注釈、及び１以上の遺伝子オントロジーカテゴリを必須とするセット要素を有し、命名された注釈が付されたテキスト列の固有のデータセットを更に備える方法。
【請求項２２５】
請求項２２４記載の方法において、検索可能な抜き出しは、生物体、ヌクレオチドアクセス番号、関連アクセス番号、遺伝子名、遺伝子定義、遺伝子記号、遺伝子産物のテキスト概要、表現プロファイル、ｍＲＮＡ記録、参照、塩基対中のインサートの長さ、ヌクレオチド配列、コレクション名、コレクションタイプ、ベクター名、ベクター抗生物質、ホスト名、ステルスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、タンパク質アクセス番号、タンパク質記録、アミノ酸配列、分子量、等電点、プロテアーゼ消化パターン、ドメイン検索、予測される二次構造、周知又は予測される三次または四次構造、タンパク質モデル検索、Ｍａｎデータ中のオンラインメンデル遺伝（ＯＭＩＭ）、製品データ、代謝経路データ、一ヌクレオチド染多型（ＳＮＰ）データ、ＳＮＰマップデータ、ローカス関連ＩＤ、ユニジーンＩＤ、及びゲノム配列データからなる群より選ばれる１以上のローカスを含む別々のカテゴリを更に備える方法。
【請求項２２６】
請求項２２５記載の方法において、前記ローカスは、１以上の内部及び／又は外部データベースサーバへのハイパーリンクを提供する注釈又は対象に関連する方法。
【請求項２２７】
請求項２２０記載の方法において、接続は、主要ウェブページブラウザを介したＨＴＭＬフォーマットである方法。
【請求項２２８】
請求項２２０記載の方法において、要求は、１以上のキーワード、１以上の注釈、１以上の配列、１以上の固有のＩＤ番号を入力するためのサブウィンドウアクセス可能モジュールに生物学的性状を入力することを含む方法。
【請求項２２９】
請求項２２８記載の方法において、生物学的性状は、核酸配列、アミノ酸配列、分子量、等電点、代謝経路及び信号経路への関与、制限地図、生物体、プロテアーゼ断片、エピトープ、ハイドロパシープロファイル、組織配布、発現パターン、反応速度定数、結合定数、アンタゴニスト、アゴニスト、インバースアゴニスト、連鎖地図、基質、リガンド、インヒビター、疾患関連、対立遺伝子、相同性、生物学的機能、リン酸化パターン、細胞内局在、グリコシル化パターン、翻訳後修飾パターン、モチーフコンセンサス、結晶構造、薬動力学特性、薬理学的特性、並びに毒物学的特性からなる群より選ばれる方法。
【請求項２３０】
請求項２２８記載の方法において、キーボードモジュール及び注釈モジュールは、一語一語の検索、ブーリアン検索、近接検索、フレーズ検索、切断検索、又はこれらの組み合わせにより処理される方法。
【請求項２３１】
請求項２２８記載の方法において、配列モジュールは、組織内又は外部のＢｌａｓｔサーバを介した文字列検索により処理される方法。
【請求項２３２】
請求項２２１記載の方法において、要求は、前記ブラウザを介して前記サーバ上に記憶された記録を回収するための適切なコンテクストを前記ユーザが示される、１以上のブラウザへのアクセスからなるキーボードジャンプを含む方法。
【請求項２３３】
請求項２３２記載の方法において、適切な前記コンテクストは、遺伝子オントロジーカテゴリデータベースである方法。
【請求項２３４】
請求項２３３記載の方法において、前記遺伝子オントロジーカテゴリデータベースは、生物学的過程、細胞成分、及び分子機能からなる群より選ばれるグループを含む方法。
【請求項２３５】
請求項２３４記載の方法において、前記遺伝子オントロジーカテゴリデータベースは、１以上のパブリックサーバ上の１以上のデータベースへアクセスすることにより、更新される方法。
【請求項２３６】
請求項２３５記載の方法において、１以上のパブリックサーバへのアクセスは、ワールドワイドウェブを検索するウェブロボットを使用することを含む方法。
【請求項２３７】
請求項２３６記載の方法において、アクセスされた前記パブリックサーバは、ＦｌｙＢａｓｅ（ショウジョウバエ）、サッカロミセスゲノムデータベース、マウスゲノムデータベース（ＭＧＤ）、シロイヌナズナ情報資源（ＴＡＩＲ）、ＷｏｒｍＢａｓｅ；ＥＢＩ  ＧＯＡプロジェクト；ラットゲノムデータベース（ＲＧＤ）；ＤｉｃｔｙＢａｓｅ；ＧｅｎｅＤＢ  Ｓ．ポンベ、原生動物に関するＧｅｎｅＤＢ、ゲノム知識ベース、ゲノム研究所（ＴＩＧＲ）；Ｇｒａｍｅｎｅ（すなわち、単子葉植物に関する比較マッピング資源）、コンピュータ情報およびゼブラフィッシュ情報ネットワーク（ＺＦＩＮ）から選ばれる方法。
【請求項２３８】
請求項２３２記載の方法において、選定されたサブウィンドウは、ページロードをトリガーし、離れたキーボードジャンプブラウザにアクセスする方法。
【請求項２３９】
請求項２３２記載の方法において、離れたキーボードジャンプブラウザは、種によりインデックス化され、ユーザサーバの接続のために階層構造を表示する方法。
【請求項２４０】
請求項２３９記載の方法において、前記階層構造は、ツリーナビゲーション構造である方法。
【請求項２４１】
請求項２２８記載の方法において、作成されたメニュー出力表示は、入力されたよう旧に基づく結果に適合する方法。
【請求項２４２】
請求項２４１記載の方法において、表示されたフォーマットページ上のあらゆるメニュー項目出力は、購入オプショングラフィックユーザインターフェース（ＧＵＩ）と、クローンＩＤ番号、発現産物の定義、遺伝子記号、及びアクセス番号からなる群より選ばれる１以上のカテゴリと、を必須とする方法。
【請求項２４３】
請求項２４２記載の方法において、前記ＧＵＩはユーザにより活性化され、このような活性化は前記ページの前記コンテクストが購入データベースサーバへと移動されるのをトリガーし、更に、
ａ．ｉ）前記購入サーバは、移動が、活性化されたＧＵＩに製品が関連する順序であることを検証し、検証された順序には前記購入サーバによるジョブ番号が割り当てられ、
ｂ．ｉｉ）前記購入サーバは、検証された順序を入力し、前記ユーザにより選択された項目を前記購入サーバのショッピングカートデータベースに保存し、
ｃ．ｉｉｉ）前記購入サーバは、前記ショッピングカートデータベースをリアルタイムで更新して、前記ショッピングカートデータベースを受信する移動に同調させる方法。
【請求項２４４】
請求項２４３記載の方法において、ユーザによる前記ＧＵＩの活性化は、
ａ）購入サーバ内の前記顧客情報を、以前に記憶された顧客データベース情報と比較すること、及び
ｂ）移動された前記データ上の顧客名フィールドと、前記購入サーバに記憶された以前に記憶された顧客データベース情報との間に適合性があるか否かを指示することを含む方法。
【請求項２４５】
請求項２４４記載の方法において、
ｃ）比較ステップ（ａ）が、移動された前記データ上の前記顧客名フィールドと、前記購入サーバ上に記憶され以前に記憶された前記顧客データベース情報との間の適合性を作成しない場合、前記購入サーバ顧客データベースに顧客情報を追加することを更に含む方法。
【請求項２４６】
請求項２４４記載の方法において、
ｃ）前記購入サーバを固有のセッション識別子に関係づけ、前記固有のセッション識別子を普遍的資源ロケータ（ＵＲＬ）に記憶させることを含み、
ｄ）前記ユーザの前記ユーザ活動を前記購入サーバ内に記憶し、
ｅ）ユーザ活動を前記セッション識別子に関連付けることを更に含む方法。
【請求項２４７】
請求項２４２記載の方法において、前記クローンＩＤ番号及びアクセス番号は、離れたサーバへのハイパーリンクとして機能する方法。
【請求項２４８】
請求項２４７記載の方法において、離れたサーバは、組織内サーバ又はパブリックサーバである方法。
【請求項２４９】
請求項２４８記載の方法において、前記パブリックサーバは、政府機関、個人的機関、単科大学もしくは総合大学、共同体、または個人により維持される方法。
【請求項２５０】
電子商品目録ファイルに挙げられた生物学的コンテンツ及び製品及び／又はサービスを入手するためのサーバ構成であって、
前記電子商品目録ファイルは、標的項目の１以上の分離した種々のグループを含む複数のファイルを備える１以上の電子記憶媒体上に記憶され、
１以上のユーザにより、ユーザ末端及び双方向通信連絡を介して、前記電子記憶媒体にアクセスする１以上の標的項目に接続し、関連する１以上の生物学的性状を含む抽出が、前記電子記憶媒体内の前記標的項目用の前記サーバ内で適切な要求を介して作成され；
要求を入力して前記抽出を作成し；
前記抽出を回収し；
前記電子媒体に記憶された前記標的項目の１以上のサブセットを１以上の前記ユーザに提供し抽出に基づく１以上の階層メニューを含むページを作成することを含み、
１以上の前記メニューは、前記サブセット内の前記標的項目を、ソートされる標的項目の前記関連生物学的性状の類似性の経験計測に基づく標的項目のユーザアクセス可能ファイルへとソートし、１以上の前記階層メニュー出力ページは、１以上の前記関連生物学的性状を共有し、１以上の前記ユーザが前記電子記憶媒体上に記憶された目的の製品及び／又はサービスを識別し、表示された出力ページを含む適切なグラフィックユーザインターフェース（ＧＵＩ）を活性化することにより、識別された前記製品を入手することを可能にし、前記ファイルの各々へとソートされた前記標的項目を特定するサーバ構成。
【請求項２５１】
請求項２５０記載の方法において、前記製品及び前記サービスは、生物学的に関連する製品及びサービスである方法。
【請求項２５２】
遠隔位置にいる顧客に製品又はサービスを提供する方法であって、
ｉ)電子データサーバを前記ユーザに遠隔的に供給し、
ｉｉ)前記ユーザから入力を受信し、
ｉｉｉ)前記入力を処理して第１出力を作成し、
ｉｖ)１以上のデータベース所有者を有する１以上のパブリックコンソーシアムデータベースを、前記製品又はサービスの提示に接続し、
ｖ)第１製品もしくはサービス、又は第１製品もしくはサービスのリンクもしくは記述を選択して、抽出を作成し、
ｖｉ)前記抽出を前記ユーザに出力することを更に含む方法。
【請求項２５３】
請求項２５２記載の方法において、前記第１サービスは、前記顧客への情報の送達である方法。
【請求項２５４】
請求項２５２記載の方法において、１以上の製品はデータ製品である方法。
【請求項２５５】
請求項２５２記載の方法において、前記ユーザは、インターネットリンクを含む遠隔アクセスを提供される方法。
【請求項２５６】
請求項２５２記載の方法において、前記ユーザは、電磁波シグナルを介して遠隔アクセスを提供される方法。
【請求項２５７】
請求項２５２記載の方法において、前記ユーザは、金属伝導体を介して遠隔アクセスを提供される方法。
【請求項２５８】
請求項２５７記載の方法において、前記ユーザは、光ファイバーケーブルを介して遠隔アクセスを提供される方法。
【請求項２５９】
請求項２５２記載の方法において、前記ユーザへの前記製品又は前記サービスの送達を更に含む方法。
【請求項２６０】
請求項２５２記載の方法において、前記ユーザにより特定された遠隔位置への前記製品又は前記サービスの送達を更に含む方法。
【請求項２６１】
請求項２５２記載の方法において、１以上の前記製品の包装を更に含む方法。
【請求項２６２】
請求項２５２記載の方法において、メッセージの作成と、前記ユーザ以外の受信者への前記メッセージの送達と、を更に含む方法。
【請求項２６３】
請求項２６２記載の方法において、前記メッセージは商品目録制御に関連する方法。
【請求項２６４】
請求項２６２記載の方法において、前記メッセージは製造要求又はスケジュールに関連する方法。
【請求項２６５】
請求項２６２記載の方法において、前記メッセージは会社内部手順又は規則の遵守に関連する方法。
【請求項２６６】
請求項２６２記載の方法において、前記メッセージは統治手順又は規則に関連する方法。
【請求項２６７】
請求項２６２記載の方法において、前記メッセージは財政的制御に関連する方法。
【請求項２６８】
請求項２６２記載の方法において、前記メッセージは販売代理人に送信される方法。
【請求項２６９】
請求項２６２記載の方法において、前記メッセージは、提示に関するユーザ活動を追跡するデータベースへと組み込まれる方法。
【請求項２７０】
請求項２５２記載の方法において、前記ユーザからの第２入力の受信を更に含む方法。
【請求項２７１】
請求項２７０記載の方法において、前記第２入力は、前記第１出力に応答するものである方法。
【請求項２７２】
請求項２７２記載の方法において、第２製品又はサービスの選択を更に含む方法。
【請求項２７３】
標的生物学的試薬を販売する方法であって、
ａ．研究対象、ワークフロー、及び／又はワークフローの用途を特定するための入力機能を顧客に提示し、
ｂ．特定された研究対象又はワークフローに基づいて適合生物学的試薬の標的セットを特定し、
ｃ．前記適合生物学的試薬を購入するためのリンクを含む購入機能を顧客に提示することを含み、
適合生物学的試薬の前記標的セットは、適合生物学的試薬の５以上のセットを備える適合生物学的試薬のコレクションに関する情報のデータベースを検索することにより特定され、セットの各々は異なるワークフローに関連し、セットの各々は５タイプの生物学的試薬を備え、
前記標的生物学的試薬は、適合生物学的試薬の前記標的セットの標的試薬である方法。
【請求項２７４】
請求項２７３記載の方法において、適合生物学的試薬の前記標的セットは、適合生物学的試薬製品のセットである方法。
【請求項２７５】
請求項２７３記載の方法において、前記標的適合試薬の特定は、特定された研究対象又はワークフローの規則を考慮に入れる方法。
【請求項２７６】
請求項２７３記載の方法において、顧客の技術背景又は顧客の注文履歴は、適合生物学的試薬の前記標的セットの特定において考慮される方法。
【請求項２７７】
請求項２７３記載の方法において、適合生物学的試薬のセットの各々は、ワークフローに関連する異なる用途に適合する方法。
【請求項２７８】
請求項２７７記載の方法において、ワークフロー内の用途の注文は、適合生物学的試薬のセットの特定に用いられる方法。
【請求項２７９】
請求項２７７記載の方法において、用途の各々は、前記用途をワークフローに関連する技術又は方法に関連づけることにより、前記ワークフローに関連づけられる方法。
【請求項２８０】
請求項２７７記載の方法において、前記ワークフローは、遺伝子発現プロファイル、タンパク質発現プロファイル、ＲＮＡｉ、又はタンパク質−タンパク質相互作用から選ばれる法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
優先権は、２００４年４月２３日に出願され、名称「生物学的情報の相互的コンテクスト検索を用いた生物学的関連商品／サービスのオンライン入手」の米国特許出願第１０／８３０，０７４号、Ｊｏｈｎ  Ｃａｒｒｉｎｏにより２００５年２月８日に出願され、名称「適合生物学的試薬のコレクション及び適合試薬の特定方法」の米国仮出願第６０／６５１，３９０号、Ｊｏｈｎ  Ｃａｒｒｉｎｏ及びＦｅｎｇ  Ｌｉａｎｇにより２００５年３月７日に出願され、名称「適合生物学的試薬のコレクション及び適合試薬の特定方法」の米国仮出願第６０／６５９，４９２号、Ｊｏｈｎ  Ｃａｒｒｉｎｏ及びＦｅｎｇ  Ｌｉａｎｇにより２００５年３月２５日に出願され、名称「適合生物学的試薬のコレクション及び適合試薬の特定方法」の米国仮出願第６０／６６５，２００号、Ｊｏｈｎ  Ｃａｒｒｉｎｏ及びＦｅｎｇ  Ｌｉａｎｇにより２００５年４月１９日に出願され、整理番号ＩＮＶ−１００５−ＰＶ７、名称「適合生物学的試薬のコレクション及び適合試薬の特定方法」の米国仮出願、２００４年７月１４日に出願され、名称「実験的なインシリコ設計及びバイオテクノロジー製品の顧客へ提供のための方法及びシステム」の米国仮出願第６０／５８７，９４１号、２００４年９月８日に出願され、名称「実験的なインシリコ設計及びバイオテクノロジー製品の顧客へ提供のための方法及びシステム」の米国仮出願第６０／６０８，２９３号、２００４年７月１４日に出願され、名称「タンパク質マイクロアレイを準備する方法」の米国仮出願第６０／６０８，２９３号、２００４年７月２６日に出願され、名称「タンパク質マイクロアレイを準備する方法」の米国仮出願第６０／５９１，５４１号、２００４年７月２８日に出願され、名称「タンパク質マイクロアレイを準備する方法」の米国仮出願第６０／５９２，２３９号、及び、２００５年２月１５日に出願され、名称「タンパク質マイクロアレイを準備する方法」の米国仮出願第６０／９５３，５８６号、を請求するものであり、これらはすべて参照されて本明細書に援用される。
【０００２】
本発明は、一般に、たとえば生物学的経路、疾患、疾患経路、形而上学もしくは機能などの生物情報またはこれらが関する生体分子のクラスに基づいて分類される生物学的試薬のコレクションに、より大きなコレクションから１つまたは複数の検索基準に適合する試薬のサブグループを同定するための方法および販売するための方法に向けられる。
【背景技術】
【０００３】
医学的状態を診断し、および予測するための新たな医学的診断法、並びに新たな医薬を含むこれらの医学的状態を治療するための新たな医療の発見は、医学的、生物学的および生化学的研究において何年もの間必要とされている。莫大な数のますます強力な研究ツールおよびこれらの研究ツールを使用して得られる莫大な量の生物情報の発見並びに科学者および医師にとっての利用能によって、この研究は、より強力になり、また促進され続けている。本研究ツールには、たとえば、生物調査製品、サービス、プロトコルおよび機器、並びに単離生体分子を含む。この、ますます多くの研究ツールおよび莫大な量の生物学的および医学的情報を利用できることにより、科学者および医師は、彼らが利用できる研究ツール、並びに生物学的および医学的情報の全てを認識し、知ることが困難である。
【０００４】
コンピュータ（たとえば、計算能をもつより小さな装置を含むパーソナルコンピュータ）の人気が増大していること、および遠距離通信ネットワーク技術の進歩により、多くの産業では、多くの市販の操作を改善するためにこれらの新たな技術革新を使用してきた。小売流通業では、たとえば本、音楽、エレクトロニクス、競技用品、その他などの製品の主人は、インターネットを通じたオンライン購入を利用できる。仮想店舗を効率的に利用することよって、小売商では、消費者および小売業者のための購買および配送過程を合理化する。同様にして、遠距離通信ネットワークにより、多くのその他の産業に関してもより効率的な様式で事業を行うことが可能になる。ほんの少数例を挙げると、このような技術革新を利用する産業は、金融機関、旅行代理店およびニュース／媒体ネットワークである。要するに、広範囲にわたる産業で、製品および情報の情報交換、調節適応性、製造スケジュール、セキュリティー、マーケティング、販売および分布を改善するために、コンピュータ技術の使用から利益を受ける。
【０００５】
したがって、ワールドワイドウェブ（ＷＷＷ）は、商業のための有意な新たな媒体になっており、これを電子商取引またはＥ−コマースと称する。売主は、種々のＷＷＷサイトを経て売り出す商品およびサービスを提供する。しかし、初期のＷＷＷシステムの多くは対話型ではなく、典型的には以前に手作業で行われた持続的関係のみが対象とされ、そのための極めて高価な注文システムは、購入者または売主のサイトで開発する必要があった。
【０００６】
エクストラネットウェブ技術は、あたかもその他の会社が会社内部「イントラネット」の一部であったかのように、会社がインターネットまたは別の安全な通信経路を通じてその供給元および売主と「話す」ことができるように開発された。この通信は、たとえば内部基板に基づいて、イントラネットを作製することに向けた最初の段階としてのインターネット、次いでこれらを介して外部へ通信するエクストラネットを使用したクライアント／サーバ技術、ウェブブラウザー、並びにハイパーテキスト技術を使用することによって行われる。
【０００７】
卸売りまたは小売にて販売し、および配給する会社のためには、インターネットを通じて商品を販売するための１つの技術に、購入者がウェブページを介して閲覧して、購入するアイテムを選択するために「ショッピングカート」機能を使用することができるカタログウェブサイトの概念を使用する。これらのカタログウェブサイトの大部分では、対話がかなり限定され、たとえあったにしても、これらは、買い手と売り手との間で可能である（たとえば、米国特許第５，１１７，３５４号）。ジェネラルエレクトリックおよびゼネラルモーターズなどの多くの会社が、入札をとり、部品を発注するために電子通信を使用し、卸売りに基づいた原材料、製品およびサービスを供給する。本システムおよび方法は、任意のスケールかつ任意の段階の情報を提供し、並びに製品および／またはサービスを注文するために適している。
【０００８】
また、生物学的に関連した製品の多くの売主も、購入者に商品およびサービスを売却するためにＥ−コマースを利用してきた。このような製品の消費者としての科学者は、利用能や価格以上に、配列類似性、結合データ、代謝性およびシグナル経路関与、その他の系または分子との適合性、基質または産物のための副経路（および、これらの利用能または供給）、その他などの生物学的性状を含む特定の製品の特徴についてのより詳細な情報に関心がある。また、科学者は、彼らの研究領域に関連がある製品の全て、たとえば遺伝子の発現および機能を決定するために使用され得る製品、たとえば遺伝子の発現が阻害され、もしくは過剰発現される細胞の表現型を決定するために使用することができる製品の全ての利用能、遺伝子またはそれがコードするタンパク質に対する特定の候補薬物分子の効果、または標的タンパク質がそのメンバーである生物学的経路内のタンパク質／タンパク相互作用を決定することにも興味があるかもしれない。
【０００９】
数千年もの間、科学者は、細菌からヒトまでの範囲の生物体の種々のタイプに対する生物学データをコレクションしてきた。現在、コレクションされたデータの多くは、世界中の科学者によって共有される１つまたは複数のデータベースに貯蔵されている。たとえば、Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｌａｂ（ＥＭＢＬ）遺伝子バンクと称する遺伝子配列データベースがドイツで維持されている。遺伝子配列データベースのもう一つの例は、Ｇｅｎｂａｎｋであり、米国政府によって維持されている。
【００１０】
もう一つの有用なデータベースは、ＧＯまたはＧｅｎｅＯｎｔｏｌｏｇｙデータベースとして公知であり、ＧｅｎｅＯｎｔｏｌｏｇｙコンソーシアムによって維持されている。ＧｅｎｅＯｎｔｏｌｏｇｙ（商標）（ＧＯ）コンソーシアムの目標は、細胞における遺伝子およびタンパク質の役割についての知識が蓄積して変化するときにも、全ての生物体に適用することができる制御された体系を作り出すことである。ＧＯは、現在、遺伝子産物性状を記述するために定義された用語の３つの構造ネットワークを提供する。ＧＯは、Ｏｐｅｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｏｎｔｏｌｏｇｉｅｓの制御された体系のうちの１つである。
【００１１】
生物学者は、現在、所望の小さな研究領域について利用できる情報の全てを捜すのに多くの時間および努力を費やしている。検索は、任意の所望の時期での一般的な用法であろう多様な用語法によってさらに妨げられ、これがコンピュータ並びに人々の効率的な検索を阻害する。たとえば、抗生物質のための新たな標的を検索する場合、彼または彼女は、細菌タンパク質合成に関与し、かつヒトなどの別の生物体のものとは有意に異なる配列または構造を有する全ての遺伝子産物を見いだすことを望むかもしれない。しかし、１つのデータベースが、これらの分子を「翻訳」に関与すると記述し、一方で、もう一つのデータベースが、「タンパク質合成」という句を使用する場合、個人が機能的に同等の用語であることを認識することは困難であり、さらにコンピュータではさらに困難である。
【００１２】
Ｇｅｎｅ  Ｏｎｔｏｌｏｇｙプロジェクトは、種々のデータベース全体の遺伝子産物の一致した記述に対する有益な需要に対処するための共同の試みである。プロジェクトは、３つのモデル生物体データベース間：ＦｌｙＢａｓｅ（ショウジョウバエ）、サッカロミセス遺伝子データベースおよびマウスゲノムデータベース（ＭＧＤ）の合作として１９９８年に開始した。それ以来、ＧＯコンソーシアムは発展して、植物、動物および微生物のゲノムに関する世界の主要な貯蔵所のいくつかを含む多くのデータベースを含む。このようなデータベースは、シロイヌナズナ情報資源（ＴＡＩＲ）、ＷｏｒｍＢａｓｅ；ＥＢＩ  ＧＯＡプロジェクト（すなわちＵｎｉＰｒｏｔ  知識ベース（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ／ＴｒＥＭＢＬ／ＰＩＲ−ＰＳＤ）およびＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースの注釈）、ラットゲノムデータベース（ＲＧＤ）、ＤｉｃｔｙＢａｓｅ（すなわち、粘菌細胞性粘菌に関する情報資源）、ＧｅｎｅＤＢ  Ｓ．ポンベ、（Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｔｒｕｓｔ  Ｓａｎｇｅｒ  ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＰａｔｈｏｇｅｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｕｎｉｔの一部）、原生動物に関するＧｅｎｅＤＢ、（Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｔｒｕｓｔ  Ｓａｎｇｅｒ  ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＰａｔｈｏｇｅｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｕｎｉｔの一部）、ゲノム知識ベース（ＧＫ）（すなわち、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  ＬａｂｏｒａｔｏｒｙとＥＢＩとの間の合作）、ＴＩＧＲ、Ｇｒａｍｅｎｅ、（すなわち、単子葉植物に関する比較マッピング資源）、コンピュータ情報およびゼブラフィッシュ情報ネットワーク（ＺＦＩＮ）を含む。
【００１３】
ＧＯ協力者は、現在、種非依存的な様式でこれらに関連する生物学的プロセス、細胞成分および分子機能に関する遺伝子産物を記述する、３つで構成された制御された体系（オントロジー）を開発している。この試みには、３つの別々の態様がある。第一に、オントロジーそれ自体を書き込み、維持すること；第二に、オントロジーと、共同するデータベースの遺伝子および遺伝子産物との間の関連を作製すること、並びに第３にオントロジーの作成、維持および使用を容易にするツールを開発することである。
【００１４】
いくつかの共同するデータベースによるＧＯ用語の使用により、これら全体の一様な問い合わせが促進される。体系が制御されることにより、異なるレベルにてこれらについて問い合わせることができるように構築される。たとえば、シグナル伝達に関与するマウスゲノムの全ての遺伝子産物を見いだすためにＧＯを使用することができ、また全ての受容体チロシンキナーゼに対してズームインすることができる。また、この構造により、注釈者は、遺伝子産物についてどのくらい知っているかに応じて異なるレベルで遺伝子産物に対して特性を割り当てることができる。
【００１５】
これらの生物情報学データベースが有効であるにもかかわらず、科学者は、最初にこれらのデータベースを情報について検索し、彼らの実験をデザインし、次いで彼らの実験のために必要な生物学的試薬の利用能を決定するために、従来の複数の目録方式の売主ウェブサイトを介して検索することが必要とされる。これらの検索に時間がかかる態様とは別に、科学者は、情報を売主ウェブサイトから引きださなければならず、また彼らの研究において彼らを援助することができるが彼らが捜していない製品の有用性に気づかない可能性もある。加えて、売主は、科学者が望む特定の生物学的試薬を知っているだけで、科学者が追求する研究フィールドを知らないため、売主は、関連した製品についての情報を科学者の顧客にあと押しする機会をもっていない。
【００１６】
売主が提供することができるその他の情報と組み合わせてこのような生物情報学データベースの１つまたは複数に利用できる情報の内容には、科学者の顧客に非常に貴重であり得る。このような製品の購入者は、コンピュータ関連技術のより洗練されたユーザである傾向があり、種々のコレクションに利用できる豊富な情報および生物学データの組み合わせを考慮すると、生物学的に関連した製品およびサービスを取得するために、このような生物学データを検索可能な売主に基づいたブラウザと合併することによる利点および効率を得ることができる。
【００１７】
科学者が探求する標的生体分子に適合する生物学的試薬の検索を利用できることにより、科学者は、標的生体分子およびその経路を研究するためのさらなる実験をデザインすることができ、さらにより迅速かつより簡単な様式で必要な試薬を得ることができる。したがって、科学者および医師によって容易に得ることができる研究ツールのより大きな、かつより明らかに構成され、およびより容易に検索可能なコレクションについての需要がある。さらにまた、科学者および医師に対してこれらの研究ツールを提示するより強力な、知的な、カスタマイズされた、ユーザフレンドリーな方法および手段についての需要がある。
【００１８】
本発明は、この需要を満たし、さらなる利点を提供する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１９】
本明細書は、たとえば、少なくとも２つの生体分子クラスおよび／または生物調査製品クラスのそれぞれの少なくとも１００個の異なる単離生体分子および／または生物調査製品を含む、生体分子および／または生物調査製品を含む適合生物学的試薬のコレクションを提供する。共通の生物学的リンクを有する生物学的試薬のマッチングによって、顧客は、彼らの研究に生物学的に関連した種々の入手可能な製品に関する情報を容易に得ることができる。コレクションにおける適合生物学的試薬は、たいてい標的生体分子、標的生体分子経路、標的生体分子経路メンバー、疾患、疾患経路および疾患経路メンバーなどの１つまたは複数の生物学的要素（たとえば、１つまたは複数の検索要素）に関連がある。生物学的試薬は、たとえば、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、酵素、タンパク質、細胞培養産物、検出産物、分離媒体、マイクロアレイ等からなる群より選択してもよい。もう一つの例において、生物学的試薬は、たとえば、抗体、核酸、酵素、タンパク質、細胞培養産物、検出産物、分離媒体、マイクロアレイ等からなる群より選択してもよい。
【００２０】
コレクションは、例えば、それぞれ２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、又は１０以上の生体分子クラスの、２以上、３以上、，５以上、７以上、１０以上、２０以上、２５以上、５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１１００以上、１２００以上、１３００以上、１４００以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２２５０以上、２５００以上、２７５０以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００以上、又は１０，０００以上の異なる単離生体分子を備える。コレクションは、例えば、それぞれ２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、又は１０以上の生体分子クラスの、２以上１０以下、５以上１５以下、１０以上２０以下、１５以上２５以下、２０以上３０以下、２５以上３５以下、３０以上４０以下、３５以上４５以下、４０以上５０以下、４５以上５５，５０以上７０，６０以上８０，７０以上９０以下、８０以上１００以下、９０以上１１０以下、１００以上１５０以下、１２５以上１７５以下、１５０以上２００以下、１７５以上２２５以下、２００以上２５０以下、２２５以上２７５以下、２５０以上３００，２７５以上３２５，３００以上４００以下、３５０以上４５０以下、４００以上５００以下、４５０以上５５０，５００以上６００，５５０以上６５０，６００以上７００，６５０以上７５０以下、７００以上８００，７５０以上８５０，８００以上９００，８５０以上９５０，９００以上１０００，９５０以上１０５０以下、１０００以上１１００以下、１０５０以上１１５０以下、１１００以上１３００以下、１２００以上１４００以下、１３００以上１５００以下、１４００以上１６００以下、１５００以上１７００以下、１６００以上１８００以下、１７００以上１９００以下、又は１８００以上２０００以下の生物学的試薬を備える場合もある。また、コレクションは、例えば、それぞれ２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、又は１０以上の生体分子クラス及び／又は生物学的試薬製品クラスの、２以上１０以下、５以上１５以下、１０以上２０以下、１５以上２５以下、２０以上３０，２５以上３５以下、３０以上４０以下、３５以上４５以下、４０以上５０，４５以上５５以下、５０以上７０以下、６０以上８０以下、７０以上９０以下、８０以上１００以下、９０以上１１０以下、１００以上１５０以下、１２５以上１７５以下、１５０以上２００以下、１７５以上２２５以下、２００以上２５０以下、２２５以上２７５以下、２５０以上３００以下、２７５以上３２５以下、３００以上４００以下、３５０以上４５０以下、４００以上５００以下、４５０以上５５０以下、５００以上６００以下、５５０以上６５０以下、６００以上７００以下、６５０以上７５０以下、７００以上８００以下、７５０以上８５０以下、８００以上９００以下、８５０以上９５０以下、９００以上１０００以下、９５０以上１０５０以下、１０００以上１１００以下、１０５０以上１１５０以下、１１００以上１３００以下、１２００以上１４００以下、１３００以上１５００以下、１４００以上１６００以下、１５００以上１７００以下、１６００以上１８００以下、１７００以上１９００以下、又は１８００以上２０００以下の生物学的試薬を備える場合もある。
【００２１】
コレクションは、例えば、適合生物学的試薬の２、５、１０、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、７５０，１０００、１２５０、１５００、１７５０、又は２０００のセットを含む、２以上、３以上、５以上、７以上、１０以上、２０以上、２５以上、５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１１００以上、１２００以上、１３００以上、１４００以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２２５０以上、２５００以上、２７５０以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００以上、又は１０，０００以上の適合生物学的試薬を備えてよい。コレクションは、例えば、適合生物学的試薬の２以上１０以下、５以上１５以下、１０以上２０以下、１５以上２５以下、２０以上３０以下、２５以上３５以下、３０以上４０以下、３５以上４５以下、４０以上５０以下、４５以上５５以下、５０以上７０以下、６０以上８０以下、７０以上９０以下、８０以上１００以下、９０以上１１０以下、１００以上１５０以下、１２５以上１７５以下、１５０以上２００以下、１７５以上２２５以下、２００以上２５０以下、２２５以上２７５以下、２５０以上３００以下、２７５以上３２５以下、３００以上４００以下、３５０以上４５０以下、４００以上５００以下、４５０以上５５０以下、５００以上６００以下、５５０以上６５０以下、６００以上７００以下、６５０以上７５０以下、７００以上８００以下、７５０以上８５０以下、８００以上９００以下、８５０以上９５０以下、９００以上１０００以下、９５０以上１０５０以下、１０００以上１１００以下、１０５０以上１１５０以下、１１００以上１３００以下、１２００以上１４００以下、１３００以上１５００以下、１４００以上１６００以下、１５００以上１７００以下、１６００以上１８００以下、１７００以上１９００以下、又は１８００以上２０００以下のセットを含む、２以上１０以下、５以上１５，１０以上２０以下、１５以上２５，２０以上３０，２５以上３５以下、３０以上４０以下、３５以上４５以下、４０以上５０以下、４５以上５５以下、５０以上７０以下、６０以上８０以下、７０以上９０以下、８０以上１００以下、９０以上１１０以下、１００以上１５０以下、１２５以上１７５以下、１５０以上２００以下、１７５以上２２５以下、２００以上２５０以下、２２５以上２７５以下、２５０以上３００以下、２７５以上３２５以下、３００以上４００以下、３５０以上４５０以下、４００以上５００以下、４５０以上５５０以下、５００以上６００以下、５５０以上６５０以下、６００以上７００以下、６５０以上７５０以下、７００以上８００以下、７５０以上８５０以下、８００以上９００以下、８５０以上９５０以下、９００以上１０００以下、９５０以上１０５０以下、１０００以上１１００以下、１０５０以上１１５０以下、１１００以上１３００以下、１２００以上１４００以下、１３００以上１５００以下、１４００以上１６００以下、１５００以上１７００以下、１６００以上１８００以下、１７００以上１９００以下、１８００以上２０００以下、１９００以上２５００以下、２０００以上２５００以下、２２５０以上２７５０以下、２５００以上３０００以下、３７５０以上４２５０以下、４０００以上４５００以下、４２５０以上４７５０以下、４５００以上５０００，４７５０以上５２５０以下、５０００以上５５００以下、５２５０以上５７５０以下、５５００以上６０００以下、６２５０以上６７５０以下、６５００以上７５００以下、７０００以上８０００以下、７５００以上８５００以下、８０００以上９０００以下、８５００以上９５００以下、又は９０００以上１００００以下の適合生物学的試薬を備えてよい。
【００２２】
場合によっては、本発明は、２以上の生物学的試薬クラスの２以上の適合試薬の組合せを備える。いくつかの態様において、本発明は、３以上の生物学的試薬製品クラスの１００以上の異なる単離生体分子を備える。コレクションは、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離哺乳動物生体分子を備える。ある態様では、コレクションは、１００以上の異なる単離核酸、１００以上の単離核酸にコードされた１００以上のタンパク質、１００以上のタンパク質に対する１００以上の抗体、及び、各々１００以上の異なる単離核酸を含む１００以上の異なる組換え細胞株を備える。ある態様では、コレクションは、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離核酸；１００以上の異なる単離核酸にコードされた５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０、又は１０００以上の異なる単離タンパク質；１００以上の異なるタンパク質に対する５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる抗体；及び、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離核酸を含む、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる細胞株を備える。いくつかの態様において、コレクションは、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の単離タンパク質を備える。いくつかの態様において、コレクションは、例えば表１１に挙げられた単離タンパク質のような、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の単離タンパク質を備える。いくつかの態様において、コレクションは、例えば、表１０に挙げられるファミリー及びクラスのような、タンパク質の１つのファミリー又はクラスに分類される１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の単離タンパク質を備える。いくつかの態様において、単離タンパク質は、例えば、表１０に挙げられるファミリー及びクラスのような、タンパク質のファミリー又はクラスの全構成物の５％以上、１０％以上、１５％以上、２０％以上、２５％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、６０％、７０％以上、８０％以上、又は９０％以上を示す。適合生物学的試薬は、例えば、それぞれ１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の単離タンパク質への適合試薬を含んでよい。適合試薬コレクションは、例えば、表１１に挙げられるタンパク質のような、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の単離タンパク質を含んでよい。適合試薬コレクションは、例えば、タンパク質の１つのファミリー又はクラスに分類される、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の単離タンパク質への適合試薬を含んでよい。適合試薬コレクションは、例えば、タンパク質の１つのファミリー又はクラスの全構成物の５％以上、１０％以上、１５％以上、２０％以上、２５％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、又は９０％以上を示す単離タンパク質への適合試薬を含んでよい。単離タンパク質は、例えば、翻訳後修飾された、単離未変性タンパク質、単離組換え未変性タンパク質、又は単離組換えタンパク質であってよい。
【００２３】
本明細書では、適合生物学的試薬のコレクションであって、５以上、１０以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００，１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、５５０以上、６００以上、６５０以上、７００以上、７５０以上、８００以上、８５０以上、９００以上、９５０以上、又は１０００以上の適合生物学的試薬を備え、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、４５以上、５０以上、５５以上、６０以上、６５以上、７０以上、７５以上、８０以上、８５以上、９０以上、９５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、又は５００以上の適合生物学的試薬のセットを備えるコレクションも提供される。本明細書では、適合生物学的試薬の組であって、５以上、１０以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、５０以上、７５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、５５０以上、６００以上、６５０以上、７００以上、７５０以上、８００以上、８５０以上、９００以上、９５０以上、又は１０００以上の適合生物学的試薬を備え、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、４５以上、５０以上、５５以上、６０以上、６５以上、７０以上、７５以上、８０以上、８５以上、９０以上、９５以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００，４５０以上、又は５００以上のセット適合生物学的試薬のセットを備える組も提供される。
【００２４】
また、顧客に標的生体分子を同定するための入力機能を提示すること、標的生体分子を含む生物学的経路のグラフィック表現と生物学的経路のグラフィック表現内に提示されるビジュアルリンク（ここで、ビジュアルリンクにより、標的生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される）とを顧客に提示することを含む、単離生体分子または生物調査試薬を販売するための方法が提供される。本発明のいくつかの態様において、複数のビジュアルリンクが、生物学的経路のグラフィック表現内に提示され、それぞれのビジュアルリンクにより、生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される。たとえば、生物学的試薬は、たとえば、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培養培地、検出産物、分離媒体またはマイクロアレイを含む本出願の生物学的試薬のいずれであってもよい。また、本発明は、単離生物学的試薬を販売するための方法であって、顧客にデータ入力フィールドまたは選択可能な入力の一覧を含む入力機能を提示すること（ここで、標的生体分子は、入力機能を使用して同定される）、標的生体分子を含む生物学的経路のグラフィック表現と標的生体分子に関連したビジュアルリンクとを顧客に提示すること、並びにビジュアルリンクを経てアクセスした顧客に購買機能を提示すること（ここで、購買機能は、顧客が標的生体分子に関連した生物学的試薬を購入するために使用される）を含む方法を提供する。一つの態様において、複数のビジュアルリンクが、生物学的経路のグラフィック表現内に提示され、それぞれのビジュアルリンクにより、生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される。たとえば、生物学的試薬は、たとえば、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培養培地、検出産物、分離媒体またはマイクロアレイを含む本出願の生物学的試薬のいずれであってもよい。本方法は、標的生体分子に関連した生物学的試薬を購入するための購買機能を活動化することをさらに含んでいてもよい。本方法は、購入された生物学的試薬を顧客に出荷することをさらに含んでいてもよい。本発明のいくつかの態様において、ビジュアルリンクにより、標的生体分子に関連した適合生物学的試薬のセットへのアクセスが提供される。一定の本発明の態様において、複数のビジュアルリンクにより、適合生物学的試薬のセットへのクセスが提供される。
【００２５】
単離生体分子又は生物学的研究試薬を販売する方法であって、標的生体分子又は標的生物学的経路を入力する機能を顧客に示すこと；及び、それぞれ、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９、又は１０以上の生体分子クラス及び／又は生物学的研究製品クラスの、１０以上、２０以上、２５以上、５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１１００以上、１２００以上、１３００以上、１４００以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２２５０以上、２５００以上、２７５０以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００、又は１０，０００以上の異なる単離生物学的試薬を備える適合生物学的試薬コレクションの適合生物学的試薬の１０以上、２０以上、２５以上、５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１１００以上、１２００以上、１３００以上、１４００以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２２５０以上、２５００以上、２７５０以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００、又は１０，０００以上の単独又は組合せの購入へのリンクを含む購入機能を顧客に示すことを含み、コレクションの単離生物学的試薬は標的生体分子又は生体分子経路に関連する方法も提供される。ある態様は、単離生体分子又は生物学的研究試薬を選択する方法であって、入力機能に検索パラメータを入力すること；それぞれ、２つの生体分子クラス及び／又は生物学的研究製品クラスの１０以上、２０以上、２５以上、５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１１００以上、１２００以上、１３００以上、１４００以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２２５０以上、２５００以上、２７５０以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００以上、１０，０００以上の異なる生物学的試薬を含む生物学的試薬のコレクションからの適合生物学的試薬の１０以上、２０以上、２５以上、５０以上、１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１１００以上、１２００以上、１３００以上、１４００以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２２５０以上、２５００以上、２７５０以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００、又は１０，０００以上の単独又は組合せを特定することを含み、コレクションの単離生物学的試薬は検索パラメータに関連する方法に向けられる。検索パラメータは、標的生体分子、標的生物学的経路、標的生物学的経路要素、疾患、疾患経路、及び疾患経路要素からなる群より選ばれる場合もある。検索パラメータは、遺伝子オントロジーに基いてもよく、標的生体分子は遺伝子ファミリー又はクラスに基いて検索される。生物学的試薬は、抗体、ＲＮＡｉ、酵素、タンパク質、細胞培養製品、検出製品、分離媒体、マイクロアレイ等からなる群より選ばれる場合もある。いくつかの態様において、コレクションは、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、又は１０以上の生体分子クラス及び／又は生物学的研究製品クラスの５００以上の異なる単離生物学的試薬を備える。コレクションは、３以上の生物学的研究製品クラスの１００以上の異なる単離生物学的試薬を備える場合もあり、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離哺乳動物生体分子を備える場合もある。ある態様では、コレクションは、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離核酸；５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離核酸にコードされる、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離タンパク質；５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離タンパク質に対する５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上、の抗体；５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる単離核酸を各々備える５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、３５０以上、４００以上、４５０以上、５００以上、７５０以上、又は１０００以上の異なる組換え細胞株を備える。
【００２６】
また、単離生物学的試薬を販売するための方法であって、標的生体分子を同定するための入力機能を顧客に提示すること、および標的生体分子を含む生物学的経路のグラフィック表現と生物学的経路のグラフィック表現内に提示されるビジュアルリンク（ここで、ビジュアルリンクにより、標的生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される）とを顧客に提示することを含む方法を提供する。本方法のいくつかの態様において、複数のビジュアルリンクが、生物学的経路のグラフィック表現内に提示され、それぞれのビジュアルリンクにより、生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される。生物学的試薬は、たとえば、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培養培地、検出産物、分離媒体またはマイクロアレイを含む本出願の生物学的試薬であってもよいが、これらに限定されるわけではない。
【００２７】
また、単離生物学的試薬を販売するための方法であって、データ入力フィールドまたは選択可能な入力の一覧を含む入力機能を顧客に提示すること（ここで、標的生体分子は、入力機能を使用して同定される）、標的生体分子を含む生物学的経路のグラフィック表現と標的生体分子に関連したビジュアルリンクとを顧客に提示すること、並びにビジュアルリンクを経てアクセスした顧客に購買機能を提示すること（ここで、購買機能は、顧客が標的生体分子に関連した生物学的試薬を購入するために使用される）を含む方法を提供する。本方法のいくつかの態様において、複数のビジュアルリンクが、生物学的経路のグラフィック表現内に提示され、それぞれのビジュアルリンクにより、生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される。生物学的試薬は、たとえば、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培養培地、検出産物、分離媒体またはマイクロアレイを含む本出願の生物学的試薬であってもよいが、これらに限定されるわけではない。本方法のいくつかの態様において、本方法は、標的生体分子に関連した生物学的試薬を購入するために購買機能を活動化することをさらに含む。本方法のいくつかの態様において、本方法は、購入された生物学的試薬を出荷することをさらに含む。
【００２８】
したがって、本発明の第一の態様において、適合生物学的試薬の少なくとも１００個のセットであって、それぞれのセットが、異なる標的生体分子と関連するセットを含む生物学的試薬のコレクションが提供される。本発明のいくつかの態様では、コレクションは、適合生物学的試薬の２５０以上、５００以上、１０００以上、２５００以上、５０００以上、又は１００００以上のセットを備えてよい。
【００２９】
本発明のいくつかの態様において、それぞれの異なる標的生体分子は、たとえば異なる遺伝子、遺伝子、哺乳類遺伝子またはヒト遺伝子からのオープンリーディングフレームである。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、生物体のあらゆる公知の遺伝子に関する一組の生物学的試薬を含む。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、一組の生物学的試薬を含む。ヒト、マウス、ラット、大腸菌、酵母、トウモロコシ、シロイヌナズナ、バシラス属およびショウジョウバエからなる群の生物体から選択される生物体のあらゆる公知の遺伝子に関する。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、あらゆる公知のヒト遺伝子に関する一組の生物学的試薬を含む。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、あらゆるヒト遺伝子に関する一組の生物学的試薬を含む。本発明のいくつかの態様において、コレクションのセットは、標的生体分子が関与する生物学的経路に従って分類される。本発明のいくつかの態様において、コレクションのセットは、標的生体分子が関与する疾病状態に従って分類される。
【００３０】
本発明のいくつかの態様において、コレクションにおける適合生物学的試薬のそれぞれのセットは、生物学的試薬の５つの異なるタイプを含み、それぞれのタイプは、生体分子および／または生物調査製品の異なるタイプの異なるクラスである。本発明のいくつかの態様において、コレクション内の適合生物学的試薬の各セットは、生物学的試薬の異なる１０セットを備える。本発明のいくつかの態様において、コレクション内の適合生物学的試薬の各セットは、生物学的試薬の異なる２５セットを備える。本発明のいくつかの態様において、コレクション内の適合生物学的試薬の各セットは、生物学的試薬の異なる１００セットを備える。本発明のいくつかの態様において、コレクション内の適合生物学的試薬の各セットは、生物学的試薬の異なる１０００セットを備える。
【００３１】
本発明のいくつかの態様において、生物学的試薬は、単離生体分子を含む。セットにおける単離生体分子は、たとえばタンパク質および核酸を含んでいてもよい。セットにおける単離生体分子は、たとえば抗体、ＲＮＡｉ、ＲＮＡ、ＤＮＡ、酵素およびペプチドを含んでいてもよい。セットにおける単離生体分子は、たとえば抗体、ＲＮＡ、ＤＮＡおよび酵素を含んでいてもよい。セットにおける単離生体分子は、たとえば抗体、単離タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡおよび酵素を含んでいてもよい。生物学的試薬は、たとえば生物調査製品を含んでいてもよい。セットにおける生物学的試薬は、たとえば細胞培地、検出産物、分離媒体およびマイクロアレイを含んでいてもよい。
【００３２】
本発明のいくつかの態様において、コレクションは、５００以上の異なる単離生体分子を備える。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、１０００以上の異なる単離生体分子を備える。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、１００００以上の異なる単離生体分子を備える。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、２５０００以上の異なる単離生体分子を備える。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、ヒト生体分子であり、又はヒト生体分子に選択的に結合する。
【００３３】
本発明のいくつかの態様において、コレクションは、少なくとも１００個の異なる単離核酸、少なくとも１００個の異なる単離核酸によってコードされる少なくとも１００個の異なる単離タンパク質、少なくとも１００個の異なるタンパク質に対する少なくとも１００個の異なる抗体および少なくとも１００個の異なる単離核酸のそれぞれを含む少なくとも１００個の異なる組換え細胞株を含む。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、少なくとも１０００個の異なる単離核酸、少なくとも１０００個の異なる単離核酸によってコードされる少なくとも１０００個の異なる単離タンパク質、少なくとも１０００個の異なるタンパク質に対する少なくとも１００個の異なる抗体および少なくとも１０００個の異なる単離核酸のそれぞれを含む少なくとも１０００個の異なる組換え細胞株を含む。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、少なくとも１００個の異なる単離核酸を増幅するための少なくとも１００個の異なるプライマー対をさらに含む。本発明のいくつかの態様において、コレクションは、少なくとも１０００個の異なる単離核酸を増幅するための少なくとも１０００個の異なるプライマー対をさらに含む。
【００３４】
また、本発明において、標的生物学的試薬を販売するための方法であって、複数の生体分子から標的生体分子を同定するための入力機能を顧客に提示すること；標的生体分子に関連した適合生物学的試薬の標的セットを同定すること（ここで、適合生物学的試薬の標的セットは、関連した適合生物学的試薬の少なくとも１００個のセットを含む適合生物学的試薬のコレクションに関する情報のデータベースを検索するための入力機能を使用した顧客による情報入力を使用することによって同定され、それぞれのセットは、複数の生体分子の異なる標的生体分子と関連する）、および適合生物学的試薬を購入するためのリンクを含む購買機能を顧客に提示すること（ここで、標的生物学的試薬は、適合生物学的試薬の標的セットの生物学的試薬である）を含む方法が提供される。標的生物学的試薬を販売するためのこの方法に使用されるコレクションは、たとえば本発明のコレクションのいずれを含んでいてもよい。標的生物学的試薬を販売するためのこの方法に使用されるコレクションは、たとえば、本発明のセットのいずれを含んでいてもよい。
【００３５】
本発明のいくつかの態様において、検索により、少なくとも１つの生物学的要素を同定し、コレクションの適合生物学的試薬は、同定された生物学的要素のうちの少なくとも１つと関連する。本発明のいくつかの態様において、複数の標的セットが同定され、前記標的セットは、共通の生物学的経路のメンバーである標的生体分子と関連する。本発明のいくつかの態様において、前記標的セットは、前記生物学的経路のマップにリンクされて、顧客に提示される。本発明のいくつかの態様において、複数の標的セットが同定され、前記標的セットは、同じ遺伝子オントロジーに従って分類された標的生体分子と関連する。本発明のいくつかの態様において、入力機能は、オントロジーにより閲覧するための選択肢を顧客に提供し、顧客は、標的生体分子または複数の標的生体分子を同定するために、遺伝子の複数のカテゴリからオントロジーを選択してもよい。カテゴリは、たとえば、生物学的プロセス、細胞成分または分子機能からなる群より選択してもよい。カテゴリは、たとえばサブカテゴリに関連していてもよい。カテゴリは、たとえば、種名称と関連していてもよい。本発明のいくつかの態様において、検索により、少なくとも１つの生物学的要素を同定し、コレクションの適合生物学的試薬は、同定された生物学的要素のうちの少なくとも１つと関連する。
【００３６】
本発明は、生物学的試薬を適合生物学的試薬のコレクションから選択するための方法であって、複数の生体分子から標的生体分子を同定するための入力機能に検索パラメータを入力すること、標的生体分子に関連した適合生物学的試薬の標的セットを同定すること（適合生物学的試薬の標的セットは、適合生物学的試薬に関連した適合生物学的試薬の少なくとも１００個のセットを含む情報のデータベースを検索することによって同定され、それぞれのセットは、複数の生体分子の異なる標的生体分子と関連する）、および少なくとも１つの生物学的試薬を適合生物学的試薬の前記標的セットから選択することを含む方法を提供する。検索パラメータは、たとえば標的生体分子の名称または構造、標的生物学的経路、標的生物学的経路メンバー、疾患、疾患経路および疾患経路メンバーからなる群より選択してもよい。標的生物学的試薬を販売するためのこの方法に使用されるコレクションは、たとえば本発明のコレクションのいずれを含んでいてもよい。標的生物学的試薬を販売するためのこの方法に使用されるコレクションは、たとえ本発明のセットのいずれを含んでいてもよい。いくつかの態様において、検索により、少なくとも１つの生物学的要素を同定し、コレクションの適合生物学的試薬が同定された生物学的要素のうちの少なくとも１つと関連する。いくつかの態様において、複数の標的セットが同定され、前記標的セットは、入力標的生体分子に関与する生物学的経路のメンバーである標的生体分子と関連する。いくつかの態様において、前記標的セットは、前記生物学的経路のマップにリンクされて、顧客に提示される。本発明のいくつかの態様において、複数の標的セットが同定され、前記標的セットは、同じ遺伝子オントロジーに従って分類された標的生体分子と関連する。本発明のいくつかの態様において、入力機能は、オントロジーにより閲覧するための選択肢を顧客に提供し、顧客は、標的生体分子または複数の標的生体分子を同定するために、遺伝子の複数のカテゴリからオントロジーを選択してもよい。いくつかの態様において、カテゴリは、生物学的プロセス、細胞の成分または分子機能からなる群より選択される。いくつかの態様において、カテゴリは、サブカテゴリと関連する。いくつかの態様において、カテゴリは、種名称と関連する。いくつかの態様において、検索により、少なくとも１つの生物学的要素を同定し、コレクションの適合生物学的試薬は、同定された生物学的要素のうちの少なくとも１つと関連する。
【００３７】
また、本発明において、単離生物学的試薬を販売するための方法であって、標的生体分子を同定するための入力機能を顧客に提示すること、および標的生体分子を含む生物学的経路のグラフィック表現と生物学的経路のグラフィック表現内に提示されるビジュアルリンク（ここで、ビジュアルリンクにより、標的生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される）とを顧客に提示することを含む方法を提供する。いくつかの態様において、複数のビジュアルリンクが、生物学的経路のグラフィック表現内に提示され、それぞれのビジュアルリンクにより、生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される。生物学的試薬は、いくつかの態様において、生物学的試薬は、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培養培地、検出産物、分離媒体またはマイクロアレイである。いくつかの態様において、前記購入機能と関連する生物学的試薬は、適合生物学的試薬の標的セットのメンバーであり、前記標的セットは、適合生物学的試薬のコレクションに関連した適合生物学的試薬の少なくとも１００個のセットを含む情報のデータベースを検索することによって同定され、それぞれのセットは、複数の生体分子の異なる標的生体分子と関連する。単離生物学的試薬を販売するための方法は、たとえば本発明のコレクションのいずれかの使用を含む。単離生物学試薬的を販売するために方法は、たとえば本発明のセットのいずれかの使用を含む。いくつかの態様において、検索により、少なくとも１つの生物学的要素を同定し、コレクションの適合生物学的試薬は、同定された生物学的要素のうちの少なくとも１つと関連する。
【００３８】
また、本発明は、生物学的試薬を販売するための方法であって、データ入力フィールドまたは選択可能な入力の一覧を含む入力機能を顧客に提示すること（ここで、標的生体分子は、入力機能を使用して同定される）、標的生体分子を含む生物学的経路のグラフィック表現と標的生体分子に関連したビジュアルリンクとを顧客に提示すること、並びにビジュアルリンクを経てアクセスした顧客に購買機能を提示すること（ここで、購買機能は、顧客が標的生体分子に関連した生物学的試薬を購入するために使用される）を含む方法を提供する。いくつかの態様において、複数のビジュアルリンクが、生物学的経路のグラフィック表現内に提示され、それぞれのビジュアルリンクにより、生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能へのアクセスが提供される。いくつかの態様において、生物学的試薬は、抗体、ＲＮＡｉ、核酸、タンパク質、細胞培養培地、検出産物、分離媒体またはマイクロアレイである。いくつかの態様において、本方法は、標的生体分子に関連した生物学的試薬を購入するための購買機能を活動化することをさらに含む。いくつかの態様において、本方法は、顧客に購入された生物学的試薬を出荷することをさらに含む。いくつかの態様において、ビジュアルリンクにより、標的生体分子に関連した適合生物学的試薬のセットへのアクセスが提供される。いくつかの態様において、複数のビジュアルリンクにより、適合生物学的試薬のセットへのアクセスが提供される。いくつかの態様において、該購入機能と関連する生物学的試薬は、適合生物学的試薬の標的セットのメンバーであり、前記標的セットは、一まとまりの適合生物学的試薬に関連した適合生物学的試薬の少なくとも１００個のセットを含む情報のデータベースを検索することによって同定され、それぞれのセットは、複数の生体分子の異なる標的生体分子と関連する。単離生物学的試薬を販売するための方法は、たとえば本発明のコレクションのいずれかの使用を含む。単離生物学試薬的を販売するために方法は、たとえば本発明のセットのいずれかの使用を含む。いくつかの態様において、検索により、少なくとも１つの生物学的要素を同定し、コレクションの適合生物学的試薬は、同定された生物学的要素のうちの少なくとも１つと関連する。
【００３９】
本発明において、表１、表７、表８、表９、及び表１０に挙げられたヒトタンパク質の群より選ばれる１００以上の発現単離ヒトタンパク質のコレクションも提供される。コレクションは、例えば、５００以上、１００以上、２０００以上、又は３０００以上の発現単離ヒトタンパク質を備えてよい。いくつかの態様において、タンパク質は、複数の容器に含まれる。いくつかの態様において、タンパク質は、固体支持体上に固定されている。いくつかの態様において、それぞれのタンパク質は、別々の容器に含まれる。
【００４０】
また、本発明は、好ましくは緻密な電子記憶媒体上に貯蔵された、１つまたは複数の電子商品目録ファイルを使用して生物学的内容およびこれらの生物学的に関連した製品および／またはサービスにアクセスする方法を提供する。たとえば、商品目録ファイルファイルは、１つまたは複数の電子記憶媒体上に貯蔵されており、これらの情報の型式／または内容に従って種々のグループ化に分けられた多数の標的項目を含んでいてもよい。一つの態様において、本方法は、ユーザまたは依頼人による、電子記憶媒体を含むか、またはアクセスするサーバとのユーザ端末および双方向通信連絡を経由した接続を含む。さらに、適切な要求を入力することによって、媒体上に記憶されたそれぞれの標的項目について、生物学的性状の注釈を含む抽出をサーバ内で作製させ、その後、抽出を回収してもよい。
【００４１】
このような抽出は、たとえば、生物体、ヌクレオチドアクセス番号、関連したアクセス番号、遺伝子名、遺伝子定義、遺伝子記号、遺伝子産物のテキスト概要、発現プロフィール、ｍＲＮＡ記録、参照、塩基対における挿入の長さ、核酸配列、コレクション名、コレクション型、ベクター名、ベクター抗生物質、宿主名、ステルスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、タンパク質アクセス番号、タンパク質記録、アミノ酸配列、分子量、等電点、プロテアーゼ消化パターン、ドメイン検索、予測される二次および三次構造、結合部位、酵素のクラス、基質、会合タンパク質（たとえば、タンパク質複合体のその他のメンバー）、阻害剤、遮断薬、アゴニスト、アンタゴニスト、ラベル、タグ、マーカーまたはその他の指標のクラス、タンパク質モデル検索、Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ（ＯＭＩＭ）データ、産物データ、代謝経路データ、一塩基多型（ＳＮＰ）データ、ＳＮＰマップデータ、ローカス関連ＩＤ、ユニジーンＩＤおよびゲノム整列データの見出しに対応する１つまたは複数のデータレジストリまたはローカスを有する別々のカテゴリを含んでいてもよいが、これらに限定されるわけではない。
【００４２】
関連した態様において、標的サーバは、関連する標的項目の内容に基づいて、要求次第抽出を自動的に作製する。
【００４３】
関連した態様において、ローカスは、１つまたは複数の内部および／または外部のデータベースサーバに対するハイパーリンクを提供する注釈または目的と関連する。
【００４４】
このような方法によって生じる出力は、検索された抽出に基づく階層メニューを含むブラウザページとして示され、これが、たとえば記憶された標的項目の１つまたは複数のサブセットまたはコンパイルをユーザに提供する。メニューは、サブセット内の標的項目の各種分類を表し、示された標的項目の内容および／または形式は、各種分類の標的項目の全てについての関連した生物学的性状の類似性の経験的測定に基づく。さらに、階層メニュー出力ディスプレイページは、表示された出力ページ上に含まれる適切なグラフィックユーザインターフェイス（たとえば、チェックボックス）を活動化することによって、たとえばユーザが電子メディアに記憶された関心対象の製品および／またはサービスを区別すること、および１つまたは複数の列記した製品またはサービスを得るか、または購入こと（すなわち、カスタムオーダー、カタログ一覧またサービスが提供されること）ができるように、共通して１つまたは複数の関連する生物学的性状を有するファイルのそれぞれに分類された標的項目のうちの気に入ったもの、または全てを同定する。一つの態様において、表示された形式のページ上のいずれか一つのメニューアイテム出力は、以下の買物選択肢グラフィックユーザインターフェイス（ＧＵＩ）およびクローン識別番号、発現産物の定義、遺伝子記号およびアクセス番号を含む以下の１つまたは複数を含むと考えられる。
【００４５】
関連する態様において、生物学的関連製品には、限定されないが、例えば、オープンリーディングフレーム、構造遺伝子または転写ユニット、酵素、緩衝液、基質、コファクタ、インジケータ分子、バイオアッセイ、ベクター、抗体、ペプチド、合成核酸、例えばＤＮＡ及びＲＮＡプライマー、及びタンパク質を備えるクローン化核酸の挿入が含まれる。
【００４６】
一つの態様において、標的項目に関してそれぞれの検索可能なファイルは、固有の名称もしくは識別子などのセット要素を有する命名された注釈がついたテキスト列、１つまたは複数の基数テキスト、基数テキストに適用される生物学的に関連した注釈および／または遺伝子オントロジーカテゴリの固有のデータセットを含むが、これらに限定されるわけではない。関連した態様において、オントロジーカテゴリは、生物学的プロセス、細胞成分および／または分子機能からなる群より選択される。
【００４７】
一つの態様において、要求は、１つまたは複数のキーワード、注釈、配列または固有の識別番号を入力するためのサブ−ウィンドウアクセス可能モジュールでの構文解析可能な生物学的性状を入力することを含んでいてもよいが、これに限定されるわけではない。さらに、このような要求は、たとえば一語一語の検索、ブーリアン検索、近接検索、フレーズ検索、切断検索または上記の組み合わせとして処理されてもよい。その他の態様において、方法は、Ｂｌａｓｔサーバ（組織体内または外部のサーバを含むが、これらに限定されるわけではない）またはキーワードジャンプナビゲーションを使用して文字列検索する処理を含んでいてもよい。さらに、このような検索は、外部データベース／サーバにアクセスすることを含んでいてもよい。
【００４８】
関連した態様において、このような要求は、手動入力装置または直接データ入力装置（ＤＤＥ）を含むが、これらに限定されるわけではない種々の手段による入力であってもよい。例えば、手動装置は、キーボード、概念キーボード、タッチスクリーン、ライトペン、マウス、コントロールボール、ジョイスティック、図形タブレット、スキャナ、ディジタルカメラ、ビデオデジタイザ、及び音声認知装置を含んでよい。ＤＤＥは、例えば、バーコードリーダ、磁気ストリップコード、スマートカード、磁気インク文字認識、光学文字識別、光マーク認識、及びターンアラウンドドキュメントを含んでよい。一つの態様において、遺伝子またはタンパク質チップリーダーからの出力は、入力信号として貢献してもよい。
【００４９】
別の関連した態様において、生物学的特性には、核酸またはアミノ酸配列、分子量、等電点、代謝信号経路関与、制限地図、有機体、プロテアーゼ断片、エピトープ、水治療プロファイル、分離パターン、例えば電気泳動ゲルクロマトグラフィ出力、質量分析出力、蛍光データ、組織分布、発現パターン、反応速度定数、結合定数、アンタゴニスト、アゴニスト、インバースアゴニスト、連鎖地図、基質、リガンド、インヒビター、疾患関連、対立遺伝子、相同、相互作用する分子、生物学的機能、リン酸化パターン、細胞下局在、グリコシル化パターン、翻訳後修飾パターン、モチーフコンセンサス、結晶構造、薬動力学特性、薬理学的特性、毒物学的特性、二次、三次または四次構造が含まれてよい。
【００５０】
一つの態様において、ＧＵＩがユーザによって活動化されたときに、活動化により、購入データベースサーバに伝達されるページの内容が起動する。さらに、購入サーバが、活動化されたＧＵＩと関連する製品に対する注文であることの送信を検証し、その後、検証された注文には、購入サーバによりジョブ名または識別子が割り当てられる。さらに、購入サーバには、ショッピングカートデータベース内の検証された注文およびユーザによって選択された貯蔵アイテムを入力してもよく、その後に、購入サーバは、ショッピングカートデータベースを、好ましくはリアルタイムで更新して、ショッピングカートデータベースを任意の入ってくる送信と同調させてもよい。
【００５１】
関連した態様において、購入サーバの顧客情報を以前に記憶された顧客データベース情報と比較してユーザを同定し、送信されたデータ（たとえば、人名、会社名、アドレス、組織の名前、パスコード、パスワード、ユーザＩＤ、その他）上の顧客名フィールドと購入サーバ上に記憶された以前に記憶された顧客データベース情報（名前、アドレス、選択、購入パターン、最後にサイトを訪問した日付、最後の注文日、その他）との間が一致するかどうかを示すことができる。
【００５２】
もう一つの関連した態様において、記憶された情報と顧客名フィールドに含まれるものとの間が一致しないときは、顧客情報を購入サーバ顧客データベースに追加することができる。
【００５３】
もう一つの態様において、購入サーバへの送信を使用して、普遍的資源ロケータ（ＵＲＬ）に固有のセッション識別子を組み込むことを含む、固有のセッション識別子をもつユーザを同定することができる。ユーザ活動を購入サーバに記憶し、このような活動をセッション識別子に関連づけるために情報を使用することができる。
【００５４】
もう一つの態様において、遠隔位置においてユーザに製品またはサービスを提供する方法には、遠隔での電子データサーバへのアクセスをユーザに提供することを含むことが想定され、この場合、１つまたは複数のパブリックコンソーシアムデータベースとの接続に基づいて、サーバがユーザからの入力を受けて入力を処理し、第一の出力を生じる（後者のデータベースは、たとえば製品またはサービスの提供者の専売である１つまたは複数のデータベースを有する）。ユーザは、１または複数の製品もしくはサービスまたは抽出を作製するための製品もしくはサービスのリンクまたは記述を選択することができ、この場合、抽出は、ユーザのために出力として役立ち、したがって、送達が提供者／ユーザに遠隔または局地的であるかどうかにかかわらず、ユーザへの製品またはサービスの送達が容易になる。関連した態様において、送達の選択は、提供者またはユーザのものであってもよい。
【００５５】
関連した態様において、最初のサービスでは、ユーザに情報を送達してもよく、この場合、製品は、データ製品であってもよい。さらに、インターネットリンク、電磁波シグナル、金属導体または光ファイバーケーブルにより、このような遠隔アクセスを提供してもよい。
【００５６】
もう一つの関連した態様において、想定される方法により、パッキング機能を容易にしてもよい（たとえば、特別なパッキングの必要性が必要である場合）。
【００５７】
もう一つの関連した態様において、抽出の作成により、メッセージを生じ、この場合、製造要請またはスケジュールに関連した情報のきっかけについての在庫管理についての送信を含むこのようなメッセージが、ユーザ以外のレシピエントに送信される。さらに、このようなメッセージは、会社内部の手順もしくは規則、統治手順もしくは規則または財政的制御メカニズムとのコンプライアンスに関連していてもよい。さらに、このようなメッセージは、販売代理人に送信可能であることが想定され、または提供／促進に関連したユーザの活動を理解するためのデータベーストラッカに取り込まれてもよい。
【００５８】
想定される方法は、組織体内サーバ、公共サーバまたはその他の個人的サーバであるサーバと共に使用される。たとえば、公共サーバには、政府機関、個人的機関、単科大学もしくは総合大学、共同体または個人を含んでいてもよい。その他のデータベースには、商品目録、運送業者、季節的もしくは地域的要求、クレジット歴、有害な製品および相互作用、危険もしくは有害な製品の製造に関連する通知、警告フラグ、その他に関するデータを含んでいてもよい。
【００５９】
ある態様において、本明細書において、ワークフローに基づいて標的生物学的試薬を販売するための方法が提供される。たとえば、本方法は、研究目的、ワークフローおよび／またはワークフローの適用を同定するための入力機能を顧客に提示することを含むことができる。次に、同定された研究目的、適用および／またはワークフローに基づいて、適合生物学的試薬の標的セットが、適合生物学的試薬のセットのコレクションから同定される。適合生物学的試薬の標的セットは、典型的には、適合生物学的試薬の２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、５０以上、７５以上、１００以上、１２５以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、５００以上、又は１０００以上のセットであって、各々が異なるワークフローに関連するセットを含む適合生物学的試薬のコレクションに関する情報のデータベースを検索することにより、特定される。別の例において、コレクションは、適合生物学的試薬の２−１０００、１０−５００、２５−２５０、又は５−５０セットを含んでよい。各セットは、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、５０以上、７５以上、１００以上、１２５以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、５００以上、又は１０００以上のタイプの生物学的試薬を含んでよい。他の例では、セットは、２−１０００、１０−５００、２５−２５０、又は５−５０タイプの生物学的試薬を含んでよい。次いで、適合生物学的試薬を購入するためのリンクを含む購買機能が顧客に提示され、標的生物学的試薬は、適合生物学的試薬の標的セットの生物学的試薬である。典型的には、この態様については、適合生物学的試薬の標的セットは、適合生物調査製品のセットである。
【００６０】
この態様のある態様において、適合試薬の標的セットの同定は、同定された研究目的またはワークフローの学問分野を考慮する。たとえば、学問分野は、機能的ゲノム科学などのゲノム科学または機能的プロテオミクスなどのプロテオミクスであることができる。
【００６１】
この態様、および本明細書に提示される全ての態様のある態様において、実施例７にて図示したように、適合生物学的試薬の標的セットの同定を援助するために顧客プロフィールまたはユーザプロフィールを使用することができる。顧客バックグラウンドは、たとえば、顧客の技術的バックグラウンド、顧客の雇用者または顧客の注文歴を含むことができる。ある態様において、顧客プロフィールは、顧客の注文情報を使用して自動的に更新される。
【００６２】
一定の例において、適合生物学的試薬のそれぞれのセットは、ワークフローに関連した種々の適用に適合する。さらにまた、ワークフロー内のアプリケーションの命令を使用して、適合生物学的試薬のセットを同定することができる。加えて、それぞれのアプリケーションは、適合生物学的試薬のセットに関連がある技術または方法に対してアプリケーションを関連づけることによって、適合生物学的試薬のセットに関連させることができる。
【００６３】
非限定例として、ワークフローは、遺伝子発現プロファイリング、タンパク質表現倣削り、ＲＮＡｉ、またはタンパク質−タンパク相互作用であってよい。
【００６４】
ワークフロー、アプリケーション、技術および方法、並びに関連する生物学的研究用製品の図解の例を図２７〜３０に提示してある。図解の例として、遺伝子発現プロファイリングワークフロー（図２７）には、以下のアプリケーションの分類を含むことができる：遺伝子発現法、マイクロアレイ選択、ＲＮＡ精製、ＲＮＡ品質管理、ｃＤＮＡおよびａＲＮＡ合成、並びに標識化、ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ走査、画像分析、データ解析および解釈、データバリデーション、並びに下流ワークフロー。下流ワークフローを使用して、別々のワークフローに関連づけて、注文することができる。図２８は、機能的プロテオミクス学問分野内のタンパク質発現プロファイリングワークフローのフローチャートを提供する。図解の態様において、このワークフローは、遺伝子発現プロファイリングワークフローに従うことができる。図２７〜３０では、テキストボックスの第一の列が、例示的アプリケーションを提供し、第二の列が、例示的技術および方法を提供し、並びに第三の列が例示的製品およびツールを提供する。図２９は、ＲＮＡｉ学問分野内の遺伝子ＲＮＡｉ解析ワークフローの図を提供する。図３０は、機能的プロテオミクス学問分野内のタンパク質−タンパク相互作用ワークフローの図を提供する。
【００６５】
本出願は、ともに提出した読み取り可能コンパクトディスク（ＣＤ−Ｒ）上に暗号化された以下の各ファイル：「表１」の名称のファイル（３，４２７ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表１、「表２」の名称のファイル（７，３５０ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表２、「表３」の名称のファイル（４，０３７ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表３、「表４」の名称のファイル（２ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表４、「表５」の名称のファイル（６３ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表５、「表６」の名称のファイル（３ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表６、「表７」の名称のファイル（７０ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表７、「表８」の名称のファイル（４ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表８、「表９」の名称のファイル（８４９ＫＢ、２００５年２月１０日に作製）を含まれる表９、「表１０」の名称のファイル（２０５１ＫＢ、２００５年３月２５日に作製）を含まれる表１０、「表１１」の名称のファイル（１，３１６ＫＢ、２００５年３月２５日に作製）を含まれる表１１、「表１２」の名称のファイル（１７３ＫＢ、２００５年４月２２日に作製）を含まれる表１２の全容を参照して援用する。これらファイルの各々は、「コピー１」、「コピー２」、「コピー３」、及び「コピー４」とラベルし４つ一組でともに提出されたＣＤ−Ｒ上に含まれる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００６６】
１つまたは複数の入力生物学的要素と適合生物学的試薬のコレクションが提供される。このような適合生体分子および／または生物学的試薬のコレクションは、１つまたは複数の探索パラメータによって、このような分子のより大きなコレクションを選別することによって作製される。これらの適合試薬のコレクションおよびこれらを選択するための方法は、部分的には、特定の研究目的を遂行するために適した製品のより大きなコレクションから研究用製品のサブセットを同定するために有用である。また、このような適合試薬のコレクションは、購入のための妥当な生物調査試薬を選択するためにも有用である。
【００６７】
本明細書に利用される一定の用語を下文に定義してある。
【００６８】
クローンコレクション：本明細書に使用される「クローンコレクション」は、そのそれぞれが、関心対象の１つまたは複数の核酸配列を含む２つ以上核酸分子をいう。
【００６９】
顧客：本明細書に使用される顧客という用語は、ゲノムおよびプロテオミクスの製品並びにサービスを得ようと努力している個人、設定、会社、大学または組織のいずれかをいう。
【００７０】
提供者：本明細書に使用される提供者という用語は、ゲノムおよびプロテオミクスの製品並びにサービスを提供しようと努力している個人、設定、会社、大学または組織のいずれかをいう。
【００７１】
利用者：本明細書に使用される利用者という用語は、公共および個人的なゲノムおよびプロテオミクスの製品並びにサービスを利用者料金にて得ることについて提供者との合意がある任意の顧客をいう。
【００７２】
非利用者：本明細書に使用される非利用者という用語は、公共および個人的なゲノムおよびプロテオミクスの製品並びにサービスを利用者料金にて得ることについて提供者との合意がない任意の顧客をいう。
【００７３】
宿主：本明細書に使用される「宿主」という用語は、複製可能な発現ベクター、クローニングベクターまたは任意の核酸分子のレシピエントである任意の原核生物または真核生物（哺乳類、昆虫、酵母、植物、鳥、動物、その他など）細胞および／または生物体をいう。核酸分子には、一連の関心対象の転写制御配列（プロモーター、エンハンサー、リプレッサー等）および／または複製開始点を含んでいてもよいが、これらに限定されるわけではない。本明細書に使用される「宿主」、「宿主細胞」、「組換え宿主」および「組換え宿主細胞」という用語は、交換可能に使用してもよい。例えば、このような宿主の例は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照されたい。
【００７４】
関連した製品またはサービス。本明細書に使用される「関連した製品またはサービス」という句は、顧客に提示された、生体分子の領域または全ての生体分子に関する製品またはサービスをいう。関連した製品またはサービスは、典型的には生体分子を研究するために使用され、たとえば生体分子の生体分子クラスに基づいた生体分子に対する関連があることができる。非限定の例として、標的生体分子がタンパク質である場合、関連した製品またはサービスは、タンパク質を研究するためのポリアクリルアミドゲルまたは標的生体分子がキナーゼのための基質であるかどうか決定するためのキナーゼ基質同定アッセイ法であることができる。さらにまた、関連した製品またはサービスは、生体分子の生体分子種に基づくだけでなく、標的生体分子の１つまたは複数の特異的な性状に基づいても同定することができる。たとえば、タンパク質である生体分子に関連したポリアクリルアミドゲルは、標的生体分子のサイズに応じたゲル、たとえば１０％のポリアクリルアミドビス‐トリスゲルの具体的製剤であることができる。さらにまた、関連した製品またはサービスは、具体的に同定された生体分子に関連があることができる。たとえば、同定された生体分子がＰ５３である場合、関連した製品またはサービスは、ｐ５３に対する抗体、Ｐ５３に対するｓｉＲＮＡの１つもしくはセット、Ｐ５３をコードするクローン、Ｐ５３遺伝子が変異されたトランスジェニック動物、Ｐ５３をリン酸化する１つもしくは複数のキナーゼまたはＰ５３に結合する１つもしくは複数のタンパク質を含むことができる。直接関連した製品またはサービスは、顧客に提示される全ての生体分子に関する製品またはサービスである。たとえば、インシリコでのベクターデザイン実験がプライマーのデザインである場合、インシリコでのプライマーデザイン機能によって顧客に提示されるプライマーを合成するためのサービスへのリンクが、直接関連した製品である。
【００７５】
本明細書に使用される「間接的に関連した製品」という句は、顧客に提示される生体分子の領域または特色に関する製品をいうが、顧客に提示される完全な生体分子ではない。本発明の一つの態様において、間接的に関連した製品は、完全な生体分子の一部または特色をいうが、製品は、完全な生体分子に満たない。もう一つの態様において、間接的に関連した製品は、具体的に同定された生体分子にとってあまり重要でなくてもよいが、製品またはサービスが、研究者の究極の実験目標を達成するのに有用および／または必要であるという意味で、同定された生体分子に関連する。たとえば、インシリコベクターデザイン実験において、間接的に関連した製品へのリンクは、インシリコでのバイオテクノロジー実験デザインおよびシミュレーション機能によってデザインされるベクター上にある抗生物質耐性遺伝子に対応する抗生物質の購入へのリンクであってもよい。例示的な特色および関連する製品を列記する表を本願明細書に添付してある（表２）。具体的製品一覧から、本明細書に提供した方法で使用することができる製品の一般的分類が明らかにされる。
【００７６】
「間接的に関連したサービス」という句は、インシリコでのデザインまたはシミュレーション実験によって提供される、工程、生体分子、生体分子の部分または生体分子の特色に関するサービスをいうが、顧客に対してサービスを提示するインシリコでのデザインまたはシミュレーション実験の完全な工程ではない。さらに、間接的に関連したサービスは、インシリコでのデザインまたはシミュレーション実験によって顧客に提示される生体分子の領域に関連があることができるが、顧客に対して提示された完全な生体分子の合成ではない。
生物学的試薬のコレクション
本明細書に使用される「生物学的試薬」という用語は、一般に生物調査手順に利用される単離生体分子および生物調査製品をいう。たとえば、前述のタンパク質、ペプチド、抗体、核酸、ヌクレオチド、炭水化物および変異体を含む（しかし、これらに限定されるわけではない）生体分子は、生体分子の種々の分類を含むが、これらに限定されるわけではない。たとえば、核酸は、オープンリーディングフレーム、構造遺伝子または転写単位を含むことができるが、これらに限定されるわけではない。２つの標的生体分子は、これらが構造的に異なるときに「異なる」。たとえば、２つの異なる核酸は、異なるヌクレオチド配列を有する。２つの異なるタンパク質は、異なるアミノ酸配列を有する。生体分子は、たとえば、表１０に示したタンパク質の機能などの関連したタンパク質もしくは核酸の機能に基づいて、またはたとえば、酵素分類を有するもの（図解の目的のためだけであるが、プロテインキナーゼファミリーは、たとえばチロシンキナーゼおよびセリン／スレオニンキナーゼなどのプロテインキナーゼの種々のサブクラスを有し得るし、それぞれのサブクラスは、それ自体より狭いサブクラスにさらに細分することができる）などの関連したタンパク質もしくは核酸の活性に基づいて、ファミリーまたはサブクラスに分類してもよい。ある態様において、標的生体分子または標的生体分子によってコードされるタンパク質（たとえば、標的生体分子がタンパク質をコードする核酸であるとき）は、シグナル伝達因子、細胞増殖因子、アポトーシス因子、血管形成誘導因子または細胞相互作用因子である。細胞相互作用因子の例には、限定されないが、カドヘリン（例えば、カドヘリンＥ，Ｎ，ＢＲ，Ｐ，Ｒ，及びＭ；デスモコリン；デスモグレイン、及びプロトカドヘリン）；コネキシン；インテグリン；プロテオグリカン；免疫グロブリン（例えば、ＡＬＣＡＭ，ＮＣＡＭ−１（ＣＤ５６），ＣＤ４４，細胞間接着分子（例えば、ＩＣＡＭ−１及びＩＣＡＭ−２），ＬＦＡ−ｌ，ＬＦＡ−２，ＬＦＡ−３，ＬＥＣＡＭ−１，ＶＬＡ−４，ＥＬＡＭ及びＮ−ＣＡＭ）；セレクチン（例えば、Ｌ−セレクチン（ＣＤ６２Ｌ），Ｅ−セレクチン（ＣＤ６２ｅ）、及びＰ−セレクチン（ＣＤ６２Ｐ））；アグリン；ＣＤ３４；及び周期的に内在しまたはリガンド結合に応答して内在化する細胞表面タンパク質が含まれる。シグナル伝達因子には、限定されないが、プロテインキナーゼ（例えば、マイトジェン活性化タンパク質（ＭＡＰ）キナーゼ、及びそれを直接または間接にリン酸化するプロテインキナーゼ、ヤヌスキナーゼ（ＪＡＫ１），サイクリン依存型キナーゼ、上皮細胞成長因子（ＥＧＦ）受容体、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）受容体、繊維芽細胞由来成長因子受容体（線維芽細胞成長因子）、インシュリン受容体、及びインスリン様増殖因子（ＩＧＦ）受容体）；プロテインホスファターゼ（例えば、ＰＴＰＩＢ，ＰＰ２Ａ、及びＰＰ２Ｃ）；ＧＤＰ／ＧＴＰ結合タンパク質（例えば、Ｒａｓ，Ｒａｆ，ＡＲＦ，Ｒａｎ、及びＲｈｏ）；ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質（ＧＡＦｓ）；グアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦｓ）；プロテアーゼ（例えばカスパーゼ３，８及び９）、ユビキチンＤＮＡリガーゼ（例えば、ＭＤＭ２、Ｅ３ユビキチンＤＮＡリガーゼ）、アセチル化及びメチル化タンパク質（例えば、ｐ３００／ＣＢＰ、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ）、及び腫瘍阻害体（例えば、ｐ５３であり、酸素分圧、オンコジーンシグナリング、ＤＮＡ損傷、及びメタボライト減少といった因子で活性化される）が含まれる。あるとき、タンパク質は、核酸結合タンパク質（例えば、ヒストン、転写因子、アクティベーター、リプレッサー、コレギュレーター、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、またはオリジン認識（ＯＲＣ）タンパク質）であり、核酸に直接結合し又は核酸に結合した別のタンパク質に結合する。ある態様では、標的生体分子又はその標的生体分子に関連するタンパク質は、成長因子受容体、ホルモン受容体、神経伝達物質受容体、カテコールアミン受容体、アミノ酸誘導体受容体、サイトカイン受容体、細胞間マトリックス受容体、抗体、レクチン、サイトカイン、セルピン、プロテアーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ラス癌遺伝子のようなＧＴＰアーゼ、ヒドロラーゼ、ステロイドホルモン受容体、転写因子、熱ショック転写因子、ＤＮＡ結合性タンパク質、Ｚｎフィンガータンパク質、ロイシンジッパータンパク質、ホメオドメインタンパク質、細胞内シグナル伝達モジュレータ、細胞内シグナル伝達エフェクタ、アポトーシス関連因子、ＤＮＡ合成因子、ＤＮＡ修復因子、ＤＮＡ組換因子、細胞表面抗原、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）プロテアーゼまたはＨＩＶプロテアーゼである。
【００７７】
生物学的研究製品には、種々のタイプの生物学的研究用製品、プロトコル、機器、及びサービスが含まれ、特に限定されないが、例えば細胞培養製品、検出製品、分離媒体及びシステム、並びにマイクロアレイといった製品、例えば核酸合成、ベクター建築、及び一つ以上のアッセイの実行といったサービス；ベクターを構築し、アッセイを実行し、またはモノクローナル抗体を作るためのプロトコルといったプロトコル；又はマススペクトロメータ、顕微鏡またはマイクロ流体素子といった装置が含まれる。生物学的研究製品の更なる例には、特に限定されないが、ゲル、酵素、緩衝液、基質、コファクタ、インジケータ分子、バイオアッセイ、ベクター、合成核酸（例えば、ＤＮＡ及びＲＮＡプライマー、並びにプライマー対）、クローニング試薬、ＰＣＲ試薬、細胞培養製品、及びバイオアッセイのために必要とされる試薬が含まれる。生物学的試薬は、後でより詳細に説明する。
【００７８】
生物調査製品または単離生体分子は、たとえば、生物調査製品、生物調査製品のコレクションにおけるサービス、機器、プロトコルもしくは単離生体分子、市販の生物調査試薬、サービスおよび／もしくは機器提供者から入手可能なサービス、プロトコル、機器および単離生体分子のいずれを含むこともできる。生物調査製品または単離生体分子は、たとえば、ＵＲＬ  ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．  ｃｏｍ（このインターネットサイトは、本出願の出願時においてその全体が参照により援用される）にてワールドワイドウェブで入手でき、並びにＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，  ＣＡ）の２００５年のカタログ（これは、本出願の出願時においてその全体が参照により援用される）、Ｄｙｎａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）の２００５年のカタログ（これは、本出願の出願時においてその全体が参照により援用される）、およびＺｙｍｅｄ，  Ｉｎｃ．  （Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，  ＵＳＡ）で入手できるインターネットサイトに開示されたか、リンクされた生物調査製品（生物調査製品、サービス、プロトコルおよび単離生体分子のコレクションのサービス、プロトコルまたは単離生体分子のいずれを含むこともできる。
【００７９】
「適合生物学的試薬」は、以下を含む：（ｉ）同じ遺伝子に関連する２つ以上の単離生体分子；（ｉｉ）同じ遺伝子に関連する１つまたは複数の単離生体分子と遺伝子を研究するために使用される１つまたは複数の生物調査製品との組み合わせ、（ｉｉｉ）生体分子のクラスおよび／または生体分子のサブクラス、並びに任意に１つまたは複数の生体分子のクラスおよび／または生体分子のサブクラスの単離生体分子を研究するために使用され、かつ同じ遺伝子に関連する生物調査製品、（ｉｖ）ワークフローの同じか、またはその後の工程および任意にワークフローを使用して研究される１つもしくは複数の単離生体分子において使用され、かつ同じ遺伝子に関する生物調査製品、並びに（ｖ）疾患および任意に疾患の経路に関与する単離生体分子などの疾患に関与する単離生体分子を研究するために使用される生物調査製品。適合生物学的試薬のセットは、複数のタイプの適合生物学的試薬を含む。適合生物学的試薬の５０個のセットは、たとえば５０個の単離タンパク質を含むことができ、５０個の核酸は、それぞれ５０個の単離タンパク質の異なる一つコードし、５０個の抗体は、それぞれ単離タンパク質の異なる一つを認識する。この例では、生体分子の３つのクラスが、適合試薬の１つのセットを構成する。セットは、この例では、たとえば２つのタイプの生物調査製品などの生物調査製品を含むようにさらに拡大することができる。生物調査製品は、たとえばタンパク質を解析するために使用される研究用製品（たとえば、タンパク質ゲル）および／または核酸を解析するために使用される研究用製品（核酸ゲル）および／または抗体を含む研究用製品（酵素結合免疫アッセイキット）であることができる。したがって、異なる適合試薬セットに同じ研究用製品を含むことができる。適合生物学的試薬のコレクションは、適合生物学的試薬の１つまたは複数のセットを含む。
【００８０】
同じ生物学的経路または状態に関与する生物学的試薬のセットを束にすることができる。したがって、たとえば２つの異なる生体分子、たとえばキナーゼＡおよびキナーゼＢが特定の生物学的経路のメンバーであるとして関係付けられた場合、キナーゼＡおよびキナーゼＢのそれぞれに適合生物学的試薬のセットを適合生物学的試薬のコレクション内に束にしてもよい。したがって、適合生物学的試薬のセットは、適合生物学的試薬の２つ以上セットのコレクションを含み、適合生物学的試薬のセットには、同じ疾患に関係するか、または同じ疾患経路のメンバーである生物学的経路のメンバーである生体分子を含む。例えば、このようなセットはセット１及びセット２を含んでよい。セット１は、例えば、プロテインキナーゼＡ、核酸をコードするプロテインキナーゼＡ、プロテインキナーゼＡを認識する抗体、タンパク質ゲル、標識二次抗体、及びプロテインキナーゼＡ活性を測定するバイオアッセイキットを含んでよい。セット２は、例えば、プロテインキナーゼＢ、核酸をコードするプロテインキナーゼＢ、プロテインキナーゼＡを認識する抗体、タンパク質ゲル、標識二次抗体、及びプロテインキナーゼＢ活性を測定するバイオアッセイキットを含んでよい。セット１及びセット２の構成要素が平行である必要はないことは理解される。たとえば、セット２は、プロテインキナーゼＢに対して適合された種々の生物学的試薬、たとえばプロテインキナーゼＢを発現する細胞株、細胞培地、プロテインキナーゼＢを認識する抗体、およびプロテインキナーゼＢ発現に対して向けられたｓｉＲＮＡを含んでいてもよい。
【００８１】
タンパク質、ペプチドおよびこれらの変異体
あるときは、タンパク質は、天然全長タンパク質、そのタンパク質の部分、ポリペプチド、又はペプチドである。タンパク質の部分には、特に限定されないが、Ｎ末端、Ｃ末端、細胞外領域、細胞内領域、膜貫通領域、サブユニット、活性部位（例えば、ヌクレオチド結合領域または基質結合領域）、領域（例えば、ＳＨ２またはＳＨ３領域）が含まれる。あるときは、タンパク質は、例えば、翻訳後修飾（例えば、リン酸化、グリコシル化またはユビキチン化）を含む。
［０１０７］あるときは、タンパク質及びペプチドには、Ｄ−アミノ酸、Ｌアミノ酸、天然アミノ酸、非天然又は非古典的アミノ酸および／またはαアミノ酸ホモログ（例えば、β−、β−および／またはγ−アミノ酸）が含まれる。非古典的アミノ酸には、特に限定されないが、４−メチルフェニルアラニン、ペンタメチル−フェニルアラニン、フェニルアラニン（４−アミノ）、チロシン基（メチル）、フェニルアラニン（４−イソプロピル）、チック（１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボキシル酸）、ジアミノプロピオン酸、フェニルアラニン（４−ベンジル）、４−アミノ酪酸（γ−Ａｂｕ）、２−アミノ酪酸（α−Ａｂｕ）、６‐アミノヘキサン酸（イプシロン−Ａｈｘ）、２−アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）、３−アミノプロピオン酸、ノルバリン、ヒドロキシプロリン、サルコシン、シトルリン、ホモシトルリン、システイン酸、トランスブチルグリシン、ｔ−ブチルアラニン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、フルオロアミノ酸、β−メチルアミノ酸などのデザイナーアミノ酸、などが含まれる。
【００８２】
変異体アミノ酸配列は、時に、アルキル基（たとえば、メチル、エチルまたはプロピル基）またはアミノ酸スペーサー（たとえば、グリシンまたはβアラニン）などの、配列の任意の２つのアミノ酸残基間に挿入される適切なスペーサー基を含む。ペプチド部分は、時に、ペプトイドを含み、またはペプトイドからなる。「ペプトイド」という用語は、α炭素ではなくむしろα炭素置換基がバックボーン窒素原子に連結されている変異体アミノ酸構造をいう（たとえば、Ｓｉｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ＰＮＡＳ  （１９９２）  ８９  （２０），  ａｎｄ  Ｈｏｒｗｅｌｌ，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  （１９９５）  １３（４），  １３２−１３４）。
【００８３】
ある態様において、適合生物学的試薬コレクションのタンパク質は、インビトロで発現することができるヒトタンパク質のコレクションを含む。例えば、コレクションは、発現可能ヒトタンパク質の、１００以上、２００以上、２５０以上、３００以上、４００以上、５００以上、６００以上、７００，７５０，８００以上、９００以上、１０００以上、１２５０以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２２５０以上、２５００以上、２７５０以上、３０００以上、３２５０以上、３５００以上、３７５０以上、４０００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００以上、１０，０００以上、又はすべてを含んでよい。「発現可能なヒトタンパク質」とは、少なくとも０．１マイクログラム／ｍｌ、少なくとも０．５マイクログラム／ｍｌまたは少なくとも１マイクログラム／ｍｌのレベルにて発現することができるタンパク質を意味する。
【００８４】
ある態様において、タンパク質、ペプチド、及びそれらの誘導体は、ともに別々のＣＤで提出した表１又は表２に挙げられる核酸配列の２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、４５以上、５０以上、７５以上、１００以上、１２５以上、１５０以上、１７５以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１２５０以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２５００以上、３０００以上、又はすべてを含む核酸配列のコレクションの一部又は全部にコードされる。「表１」の名前で併せて提出した表１は、昆虫細胞系を用いてインビトロジェン社で発現し、単離した３４６９ヒトタンパク質のコード配列をリストする。併せて提出した表２は、約７６００ヒトタンパク質のコード配列を含んでおり、これらは表１の３４６９コード配列と、上記３４６９クローンを発現するために使用される製品クローンコレクション（インビトロジェン社、カールスバッド、カリフォルニア）の一部として商業的に入手できるコード配列と、を含む。ある態様において、本発明のタンパク質は、表９または表１１の少なくともいくつかのタンパク質の単離形態を含むか、またはタンパク質は、表３のヌクレオチド配列の全てもしくは一部によって、またはアクセス番号を表４、表５、表６、表７もしくは表８の一覧表に記載したヌクレオチド配列によってコードされる。
【００８５】
ハイスループット法を使用して、表１のヌクレオチド配列によってコードされる３４６９個の組換えヒト融合タンパク質をコードするオープンリーディングフレームをクローン化し、発現し、精製し、アレイにした。ヒトｃＤＮＡをＧａｔｅｗａｙエントリーベクターにクローン化し、完全に配列を検証して、ハイスループットバキュロウイルス系システムでＧＳＴおよび／または６×Ｈｉｓ−融合として発現し、アフィニティークロマトグラフィーを使用して精製した。表７、表８、表９および表１１の一覧表に記載したアクセス番号を有するタンパク質を同様にクローン化し、発現し、ハイスループット昆虫細胞発現系を使用して表に示した濃度にて精製した。
【００８６】
本発明のある態様では、表１、表７、表８、表９、又は表１１に挙げられた発現単離ヒトタンパク質の１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、１０００以上、１５００以上、２０００以上、３０００以上、３２００以上、３４００以上、３４６９以上、又はすべてのコレクションが提供される。本発明の別の態様では、表２に挙げられた発現単離ヒトタンパク質の１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、１０００以上、１５００以上、２０００以上、３０００以上、３２００以上、３４００以上、３５００以上、４０００以上、５０００以上、６０００以上、７０００以上、又はすべてのコレクションが提供される。発現単離ヒトタンパク質のコレクションには、別々の容器に含まれたタンパク質を含んでいてもよく、またはコレクションのタンパク質は、固体支持体上に固定されていてもよく、たとえば高密度アレイ上の固体支持体上にアレイにしてもよい。発現単離タンパク質は、例えば、昆虫細胞内で発現可能であってよい。このため、本発明のある態様では、昆虫細胞内で発現可能であり、表１、表７、表８、表９、又は表１１に挙げられた発現単離ヒトタンパク質の１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、１０００以上、１５００以上、２０００以上、３０００以上、３２００以上、３４００以上、３４６９以上、又はすべてのコレクションが提供される。本発明の他の態様では、昆虫細胞内で発現可能であり、表２に挙げられた発現単離ヒトタンパク質の１００以上、２００以上、２５０以上、５００以上、１０００以上、１５００以上、２０００以上、３０００以上、３２００以上、３４００以上、３５００以上、４０００以上、５０００以上、６０００以上、７０００以上、又はすべてのコレクションが提供される。
【００８７】
抗体
二価抗体は、時に、２つの異なる結合特異性を単一の抗体鎖に操作することによって構築され、また時には、２つのＦａｂ’領域を共に連結することによって構築され、この場合、それぞれのＦａｂ’領域は、異なる抗体に由来する（たとえば、米国特許第６，３４２，２２１）。抗体断片は、ＣＤＲグラフトしたが、またはヒト化した断片などの操作された領域を含むことが多い。抗体は、ときには、例えば、検出可能な標識（例えば、染料、蛍光団、ラジオアイソトープ、光散乱剤（例えば銀、金））または結着剤（例えば、ビオチン、ストレプトアビジン）といった機能性分子で誘導体化されている。
【００８８】
生物学的試薬のセットは、例えば、標的生体分子を認識するいかなる抗体を含んでよく、例えば、少なくとも、表１２中の抗体の少なくとも１つを含んでよい。生物学的試薬のコレクションは、例えば、表１２に挙げられる抗体の１以上、５以上、１０以上、２５以上、５０以上、７５以上、１００以上、２００以上、３００以上、４００以上、５００以上、６００以上、７００以上、８００以上、９００以上、１０００以上、１２５０以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２０５０以上、又はすべてを含んでよい。生物学的試薬のコレクションは、例えば、表１２に挙げられる抗体の１，５，１−１０，５−２５，２０−３０，２５−５０，３５−１００，５０−１２５，１００−２００，１５０−２５０，２００−３００，２００−４００，３００−５００，４００−６００，５００−７００，６００−８００，７００−１０００、又はすべてを含んでよい。表１２は、ともに提出されたＣＤ−Ｒ上に含まれ、その全容が参照して本明細書に援用される。
【００８９】
核酸、ヌクレオチドおよびこれらの変異体
核酸は、ＤＮＡ（例えば、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）、及び相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ））、又はＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、及びｓｉＲＮＡ）を含み、又はこれらからなってよい。核酸は、クローン、ベクター（例えば、発現ベクター、シャトルベクター、インビトロ転写／翻訳ベクター）、オープンリーディングフレーム、非翻訳領域、ｔＲＮＡ、サプレッサーｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、プライマー、及びオリゴヌクレオチドを備え、又は、これらである場合もある。ベクターは、プラスミド、直線状である場合もあり、選択マーカー、複製開始点、プロモーター（例えば、ＲＮＡポリメラーゼ、又はＲＮＡポリメラーゼ）、ＰＣＲプライマーハイブリダイゼーション部位、トポイソメラーゼ結合部位、リコンビナーゼ相互作用部位、キャップ、エンハンサー、及び、１以上のストップコドン（例えば、アンバーストップコドン）の１以上を含む場合もある。ヌクレオチドは、コレクション及びそのアナログの形で提供されてよい。核酸が合成オリゴヌクレオチドである態様において、オリゴヌクレオチドは、約８〜約５０ヌクレオチド長であってよく、しばしば約８〜約３５ヌクレオチド長、ときに約１０〜約２５ヌクレオチド長であってよい。核酸は、例えば、本特許出願の出願日において、ｈｔｔｐアドレス  ｈｔｔｐ：  ／／ｏｒｆ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍｌｃｇｉ−ｂｉｎ／ＯＲＦ  Ｂｒｏｗｓｅｒで、開示され、リンクされた核酸のいずれを含んでいてよく、そのコレクションは、その全容を参照して本明細書に援用される。
【００９０】
核酸は、ポリアミド核酸（ＰＮＡ）その他、米国特許第４，４６９，８６３号；第５，５３６，８２１号；第５，５４１，３０６号；第５，６３７，６８３号；第５，６３７，６８４号；第５，７００，９２２号；第５，７１７，０８３号；第５，７１９，２６２号；第５，７３９，３０８号；第５，７７３，６０１号；第５，８８６，１６５号；第５，９２９，２２６号；第５，９７７，２９６号；第６，１４０，４８２号；第５，６１４，６２２号；第５，７３９，３１４号；第５，９５５，５９９号；第５，９６２，６７４号；第６，１１７，９９２号、ＷＩＰＯ公開ＷＯ００／５６７４６号，ＷＯ００／７５３７２号、及びＷＯ０１／１４３９８号パンフレット、及び関連公報に例示されたもののような、アナログ又は誘導体核酸を備え又はこれらからなってよい。また、アナログまたは誘導体核酸は、ｓｉＲＮＡのステルスｓｉＲＮＡまたはその他の合成形態をまた含んでいてもよい。「ｓｉＲＮＡ試薬」という用語は、ｓｉＲＮＡ、並びに修飾されていないｓｉＲＮＡと比較して、ＰＫＲｌインターフェロン反応経路の誘導のレベルの減少、ｓｉＲＮＡに対するストレス応答の回避、より高い特異性またはより大きな安定性を生じさせるなどのさらなる特性を有するｓｉＲＮＡの修飾形態を含む。
【００９１】
本発明の実施の際に使用することができる核酸分子は、干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）およびＲＮＡｉを産生するものを含む。ＲＮＡｉは、特異的ｍＲＮＡの分解を媒介する二重鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）であり、遺伝子発現を下げ、または無くすためにも使用することができる。
【００９２】
ＲＮＡｉは、インビボで細胞において産生しても、またはエキソビボで合成し、次いで細胞に導入してもよい。このような分子が細胞において合成されるときは、これらは、１つまたは複数の核酸分子（たとえば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）の転写によって産生されることが多いと考えられる。多数の発現系は、商業的に入手可能であり、インビトロジェン社、カールスバッド、カリフォルニア（カタログ番号Ｋ４９２５−００）から入手できるｔｈｅ  ＢＬＯＣＫ−ＩＴ＃  Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ＨｌレンチウイルスＲＮＡｉシステムが含まれる。
【００９３】
多くの異なる化学修飾をもつ核酸分子を本発明の実施の際に使用してもよいが、本発明の実施の際に使用してもよい化学修飾された核酸分子の一例はＳＴＥＡＬＴＨ＃  ＲＮＡｉ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．  ，  Ｃａｒｌｓｂａｄ，  ＣＡ）である。
【００９４】
多数の化学修飾された核酸分子、及び化学修飾自体は、米国特許第２００４／００１４９５６号公報（出願番号第１０／３５７，５２９号）、米国特許第１１／０４９，６３６号公報（２００５年２月２日に出願）に記載され、これらの全開示は参照して本明細書で援用される。
【００９５】
本明細書に使用される「短鎖干渉核酸」、「ｓｉＮＡ」、「短鎖干渉ＲＮＡ」、「ｓｉＲＮＡ」、「短鎖干渉核酸分子」、「短鎖干渉オリゴヌクレオチド分子」または「化学修飾された短鎖干渉核酸分子」という用語は、遺伝子に対して向けられた任意の核酸分子をいい、すなわち、ｓｉＲＮＡはたとえば配列特異的様式でＲＮＡ干渉「ＲＮＡｉ」または遺伝子サイレンシングを媒介することによって遺伝子発現またはウイルスの複製を阻害し、またはダウンレギュレートすることができる。例えば、Ｚａｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２５−３３；  Ｂａｓｓ，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４１１，  ４２８−４２９；  Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４１１，  ４９４−４９８；  ａｎｄ  Ｋｒｅｕｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．、国際ＰＣＴＷＯ  ００／４４８９５号公報；  Ｚｅｒｎｉｃｋａ−Ｇｏｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，  国際ＰＣＴＮｏ．  ＷＯ０１／３６６４６号公報；  Ｆｉｒｅ，  国際ＰＣＴＷＯ  ９９／３２６１９号公報；  Ｐｌａｅｔｉｎｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，  国際ＰＣＴＷＯ  ００／０１８４６号公報；  Ｍｅｌｌｏ  ａｎｄ  Ｆｉｒｅ，  国際ＰＣＴＷＯ０１／２９０５８号公報；  Ｄｅｓｃｈａｍｐｓ−Ｄｅｐａｉｌｌｅｔｔｅ，  国際ＰＣＴＷＯ  ９９／０７４０９号公報；  ａｎｄ  Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，  国際ＰＣＴＷＯ  ００／４４９１４号公報；  Ａｌｌｓｈｉｒｅ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８１８−１８１９；  Ｖｏｌｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８３３−１８３７；  Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２１５−２２１８；  ａｎｄ  Ｈａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２３２−２２３７；  Ｈｕｔｖａｇｎｅｒ  ａｎｄ  Ｚａｍｏｒｅ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，２０５６−６０；  ＭｃＭａｎｕｓ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００２，  ＲＮＡ，  ８，  ８４２−８５０；  Ｒｅｉｎｈａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００２，  Ｇｅｎｅ  ＆  Ｄｅｖ．  ，  １６，１６１６−１６２６；  ａｎｄ  Ｒｅｉｎｈａｒｔ  ＆  Ｂａｒｔｅｌ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８３１）を参照されたい。ｓｉＲＮＡの長さは、毒性を示さない限りにおいて、特に限定されない。
【００９６】
ｓｉＮＡは、自己相補センスおよびアンチセンス領域を含む二本鎖ポリヌクレオチド分子であって、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはこれらの一部のヌクレオチド配列に対して相補であり、センス領域は、標的核酸配列またはこれらの一部のヌクレオチド配列を有するヌクレオチド配列である二本鎖ポリヌクレオチド分子を含む。ｓｉＮＡは、２つの別々のオリゴヌクレオチドから構築することができ、一方の鎖がセンス鎖であり、かつ他方がアンチセンス鎖であり、アンチセンスおよびセンス鎖は、自己相補的であり（すなわち、それぞれの鎖が、他方の鎖のヌクレオチド配列に対して相補であるヌクレオチド配列を含み；たとえば、二本鎖領域が、約１９塩基対である場合に、アンチセンス鎖およびセンス鎖が二重鎖または二本鎖構造を形成する場合など）；アンチセンス鎖は、標的核酸分子のヌクレオチド配列またはこれらの一部に対して相補であるヌクレオチド配列を含み、およびセンス鎖は、標的核酸配列またはこれらの一部に対応するヌクレオチド配列を含む。あるいは、ｓｉＮＡは、ｓｉＮＡの自己相補的センス領域とアンチセンス領域とが、核酸に基づいたか、または非核酸に基づいたリンカーによって連結されている単一のオリゴヌクレオチドから構築される。ｓｉＮＡは、自己相補的センスおよびアンチセンス領域を有する、二重鎖、非対称二重鎖、ヘアピンまたは非対称ヘアピン二次構造をもつポリヌクレオチドであることができ、アンチセンス領域は、別々の標的核酸分子のヌクレオチド配列またはこれらの一部に対して相補であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列に対応するヌクレオチド配列またはこれらの一部を有する。ｓｉＮＡは、自己相補的センスおよびアンチセンス領域を含む２つ以上のループ構造を有する環状の一本鎖ポリヌクレオチドおよびステムであることができ、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはこれらの一部のヌクレオチド配列に対して相補であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはこれらの一部に対応するヌクレオチド配列を有し、環状ポリヌクレオチドは、インビボまたはインビトロのいずれかでプロセスされてＲＮＡｉを媒介することができる活性なｓｉＮＡ分子を産生することができる。また、ｓｉＮＡは、標的核酸分子またはこれらの一部のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列を有する単鎖ポリヌクレオチドを含むことができ（たとえば、このようなｓｉＮＡ分子は、標的核酸配列またはこれらの一部に対応するヌクレオチド配列のｓｉＮＡ分子内に存在する必要はない）、単鎖ポリヌクレオチドは、５’−リン酸（例えば、Ｍａｒｔｉｎｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｃｅｌｌ．，  １１０，  ５６３−５７４  ａｎｄ  Ｓｃｈｗａｒｚ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００２，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ，  １０，  ５３７−５６８参照）または５’，３’−二リン酸エステルなどの末端リン酸基をさらに含むことができる。ある態様において、本発明のｓｉＮＡ分子は、分離したセンスおよびアンチセンス配列または領域を含み、センスおよびアンチセンス領域は、当技術分野において公知のようにヌクレオチドまたは非ヌクレオチドリンカー分子によって共有結合性に連結されるか、また���代わりに、イオン相互作用、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用および／またはスタッキング相互作用によって非共有結合性に連結される。ある態様において、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子のヌクレオチド配列に対して相補であるヌクレオチド配列を含む。もう一つの態様において、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子の発現阻害を生じさせる様式で、標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用する。
【００９７】
２つのＲＮＡ鎖がペアになるｓｉＲＮＡｓの二重鎖ＲＮＡ部分は、完全に対のものに限定されるわけではなく、ミスマッチ（対応するヌクレオチドは、相補でない）、バルジ（１つの鎖上の対応する相補ヌクレオチドが欠如する）等による非対形成部分を含んでいてもよい。非対形成部分は、これらがｓｉＲＮＡ形成で妨害しない程度で含むことができる。本明細書に使用される「バルジ」は、好ましくは１〜２つの非対形成ヌクレオチドを含み、２つのＲＮＡ鎖がペアになるｓｉＲＮＡｓの二重鎖ＲＮＡ領域は、好ましくは１〜７、より好ましくは、１〜５のバルジを含む。加えて、加えて、本明細書に使用される「ミスマッチ」は、２つのＲＮＡ鎖が好ましくは１〜７、より好ましくは１〜５の数でペアになる、ｓｉＲＮＡｓの二重鎖ＲＮＡ領域に含まれる。好ましいミスマッチにおいて、ヌクレオチドのうちの一方はグアニンであり、および他方はウラシルである。このようなミスマッチは、がセンスＲＮＡをコードするＤＮＡにおけるＣからＴ、ＧからＡ、または混合への突然変異のためであるが、特にこれらに限定されるわけではない。さらにまた、本発明において、２つのＲＮＡ鎖がペアになるｓｉＲＮＡｓの二重鎖ＲＮＡ領域は、好ましくは１〜７、より好ましくは１〜５の合計のバルジおよびミスマッチの両方を含んでいてもよい。ｓｉＲＮＡの末端構造は、ｓｉＲＮＡがそのＲＮＡｉ効果により標的遺伝子発現をサイレンスすることができる限り、平滑または付着（突出）でもよい。
【００９８】
本明細書に使用される、ｓｉＲＮＡ分子は、ＲＮＡのみを含むこれらの分子に限定される必要はなく、さらに化学修飾されたヌクレオチドおよび非ヌクレオチドを包含する。加えて、本明細書に使用されるＲＮＡｉという用語は、転写遺伝子サイレンシング、翻訳阻害またはエピジェネティクスなどの、配列特異的ＲＮＡ干渉を記述するために使用されるその他の用語と同じであることを意味する。たとえば、本発明のｓｉＲＮＡ分子は、転写後レベルまたは転写前レベルの両方にて後成的に遺伝子をサイレンスするために使用することができる。非限定の例において、本発明のｓｉＲＮＡ分子による遺伝子発現の後成的制御をクロマチン構造のｓｉＲＮＡ媒介した修飾により生じさせて、遺伝子発現を変化させてもよい（例えば、  Ｖｅｒｄｅｌ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００４，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０３，６７２−６７６；  Ｐａｌ−Ｂｈａｄｒａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０３，６６９−６７２；  Ａｌｌｓｈｉｒｅ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８１８−１８１９；  Ｖｏｌｐｅ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８３３−１８３７；  Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，２２１５−２２１８；  ａｎｄ  Ｈａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．  ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，２２３２−２２３７参照）。
【００９９】
ＲＮＡｉは、当業者に公知の方法によってデザインすることができる。一つの例において、ｓｉＲＮＡは、機能性に基づいて、たとえば１０００個の配列を決定したＲＮＡｉ配列を分類することによってデザインしてもよく、機能性群は、８５％を超えるノックダウン活性として分類され、非機能性群は、８５％未満のノックダウン活性である。機能性群および非機能性群の両方に対して、完全な完全ＲＮＡｉ標的配列についての塩基組成の分布を算出した。次いで、機能性群および非機能性群の塩基分布の比を使用して、ＲＮＡｉ配列のそれぞれの位置に関するスコアマトリックスを構築してもよい。所与の標的配列について、それぞれの位置に関する塩基を記録し、次いで、全ての位置のかけ算のログ比を最終スコアとしてとる。このスコア系を使用して、機能的ノックダウン活性とログ比スコアに非常に強力な相関が見いだされるかもしれない。一旦標的配列が選択されると、遺伝子特異的ＲＮＡｉまたはｓｉＲＮＡを同定するために、Ｕｎｉｇｅｎｅデータベースに対してｆａｓｔ  ＮＣＢＩ  ｂｌａｓｔおよびｓｌｏｗ  Ｓｍｉｔｈ  Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム検索の両方を介してフィルターしてもよい。最後の１２塩基に少なくとも１つのミスマッチで配列を選択してもよい。
【０１００】
本発明の適合生物学的試薬のコレクションは、例えば、１以上、２以上、５以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、３００以上、４００以上、５００以上、１０００以上、１５００以上、２０００以上、２５００以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、１００００以上、２００００以上、３００００以上、又は４００００以上のｓｉＲＮＡ分子を含んでよい。適合生物学的試薬のコレクションは、表１３に挙げられたｓｉＲＮＡ分子の１以上、２以上、５以上、１０以上、１５以上、２０以上、又は２４以上を含んでよい。
【０１０１】
ある態様において、適合生物学的試薬コレクションの核酸は、ともに提出した別のＣＤ上の表１又は表２に挙げられる核酸配列の２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、４５以上、５０以上、７５以上、１００以上、１２５以上、１５０以上、１７５以上、２００以上、２５０以上、５００以上、７５０以上、１０００以上、１２５０以上、１５００以上、１７５０以上、２０００以上、２５００以上、もしくは４０００以上、又はすべてを含む拡散配列のコレクションの一部（例えば、５０以上、１００以上、１５０以上、２００以上、２５０以上、３００以上、４００以上、５００以上、６００以上、７００以上、８００以上、９００以上、１０００以上、１５００以上、２０００以上のヌクレオチド）、又は全ヌクレオチド配列を含む。「表１」の名称でともに提出された表１は、昆虫細胞系を用いて発現され単離された３４６９個のヒトタンパク質をコードするコード配列をリストする。「表２」の名称でともに提出された表２は、表１の３４６９個のコード配列を含む約７６００個のヒトタンパク質、及び商業的に入手可能なクローンコレクション（インビトロジェン社、カールスバード、カリフォルニア）の一部として利用可能なコード配列を含む。
をリストする。
【０１０２】
ある態様において、核酸は、表９、表１０もしくは表１１の少なくともいくつかのタンパク質にてコードするか、またはヌクレオチドは、表３のヌクレオチド配列の全てもしくは一部、またはアクセス番号が表４、表５および表６の一覧表に記載されたヌクレオチド配列を含む。あるいは、本発明の核酸のヌクレオチド配列は、アクセス番号が表７、表８、表９、表１０または表１１における一覧表に記載されたである全てまたは一部のタンパク質をコードする。
【０１０３】
本発明の核酸分子は、たとえば、ｄｓＲＮＡを産生するように操作されたものを含む。このような核酸分子の例は、転写されたときに、二本鎖部分を含むヘアピン分子を生じるようにそれ自体によって折れ返された配列をもつものを含む。二本鎖部分の一方の鎖は、サイレンスされる遺伝子から転写されるｍＲＮＡのセンス鎖の全てまたは一部に対応してもよく、一方、二本鎖部分の他方の鎖は、アンチセンス鎖の全てまたは一部に対応してもよい。ｄｓＲＮＡを生じるその他の方を使用してもよく、たとえば核酸分子を、転写されたときに、サイレンスされる遺伝子から転写されるｍＲＮＡのセンス鎖の全てまたは一部に対応する第一の配列と、転写されたときに、サイレンスされる遺伝子から転写されるｍＲＮＡのアンチセンス鎖（すなわち、逆相補対）の全てまたは部分に対応する第二の配列とを有するように操作してもよい。
【０１０４】
また、ＲＮＡｉを媒介する核酸分子は、たとえば、オリゴヌクレオチド合成によってエキソビボで産生されてもよい。オリゴヌクレオチド合成は、たとえばｄｓＲＮＡ分子、並びに１つまたは複数の化学修飾（たとえば、化学修飾は、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−エチル、２’−Ｏ−プロピル、２’−フルオロ、その他の基などの核酸分子に一般に見いだされないもの）をもつその他の核酸分子（たとえば、ＲＮＡｉを媒介するその他の核酸分子）をデザインするために使用してもよい。
【０１０５】
いくつかの態様において、遺伝子をサイレンスするために使用されるｄｓＲＮＡは、サイレンスすべき遺伝子と相同又は同一の領域を１以上（例えば、１，２，３，４，５，６等）含んでよい。相同性及び同一性のある領域は、約２０ｂｐ（塩基対）〜約５ｋｂｐ（キロ塩基対）長、２０ｂｐ〜約４ｋｂｐ長、２０ｂｐ〜約３ｋｂｐ長、２０ｂｐ〜約２．５ｋｂｐ長、２０ｂｐ〜約２ｋｂｐ長、２０ｂｐ〜約１．５ｋｂｐ長、約２０ｂｐ〜約１ｋｂｐ長、２０ｂｐ〜７５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜５００ｂｐ長、２０ｂｐ〜４００ｂｐ長、２０ｂｐ〜約３００ｂｐ長、２０ｂｐ〜約２５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約２００ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約１５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約１００ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約９０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約８０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約７０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約６０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約４０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約３０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約２５ｂｐ長、約１５ｂｐ〜約２５ｂｐ長、約１７ｂｐ〜約２５ｂｐ長、約１９ｂｐ〜約２５ｂｐ長、約１９ｂｐ〜約２３ｂｐ長、又は約１９ｂｐ〜約２１ｂｐ長であってよい。
【０１０６】
二重鎖部分を有する分子を含むヘアピンは、ＲＮＡｉとして使用されてよい。二重鎖部分の長さは、約２０ｂｐ（塩基対）〜約２．５ｋｂｐ（キロ塩基対）長、約２０ｂｐ〜約２ｋｂｐ長、約２０ｂｐ〜約１．５ｋｂｐ長、約２０ｂｐ〜約１ｋｂｐ長、約２０ｂｐ〜約７５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約５００ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約４００ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約３００ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約２５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約２００ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約１５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約１００ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約９０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約８０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約７０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約６０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約５０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約４０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約３０ｂｐ長、約２０ｂｐ〜約２５ｂｐ長であってよい。ヘアピンの非塩基対部分（すなわち、ループ）は、ヘアピンの二本鎖部分を構成する２つの相同領域が互いに折り返されるような任意の長さであることができる。
【０１０７】
あらゆる適切なプロモータが、本発明の核酸分子からのＲＮＡ製造を制御するために使用できる。プロモータは、任意のＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ酵素に認識されるものであってもよい。例えば、プロモータは、ＲＮＡポリメラーゼＩＩまたはＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ（例えば、Ｕ６プロモータ、ＨＩプロモータ、その他）のプロモータであってもよい。他の適切なプロモータには、特に限定されないが、Ｔ７プロモータ、サイトメガロウィルス（ＣＭＶ）プロモータ、マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモータ、メタロチオネイン、ニワトリ肉腫ウイルス（ラウス肉腫ウイルス）末端反復配列、ＳＶ４０プロモータ、ヒト成長ホルモン（ｈＧＨ）プロモータが含まれる。この分野の当業者に知られている他の適切なプロモータは、本発明の範囲に属する。
【０１０８】
本発明の実施の際に使用される二重鎖ＲＮＡは、大きさを非常に変化させしてもよい。さらに、使用されるｄｓＲＮＡのサイズは、ｄｓＲＮＡと接触する細胞型に依存することが多い。一例として、線虫およびキイロショウジョウバエのものなどの動物細胞は、長さが約３０ヌクレオチドよりも大きいｄｓＲＮＡ（すなわち、３０ヌクレオチドの二本鎖領域）と接触したときに、一般にアポトーシスを受けないが、一方、哺乳動物細胞は、このようなｄｓＲＮＡに曝露されたときに、典型的にはアポトーシスを受ける。したがって、特定の実験の設計では、使用されるｄｓＲＮＡのサイズを決定することが多い。
【０１０９】
多くの例において、本発明の実施において使用される核酸分子に含まれ又はコードされる二重鎖部分は、約２０〜約３０ヌクレオチド、約２０〜約４０ヌクレオチド、約２０〜約５０ヌクレオチド、約２０〜約１００ヌクレオチド、約２２〜約３０ヌクレオチド、約２２〜約４０ヌクレオチド、約２０〜約２８ヌクレオチド、約２２〜約２８ヌクレオチド、約３０〜約１００ヌクレオチド、約３０〜約２００ヌクレオチド、約３０〜約１０００ヌクレオチド、約３０〜約２０００ヌクレオチド、約５０〜約１００ヌクレオチド、約５０〜約１０００ヌクレオチド、又は約５０〜約２０００ヌクレオチド、の範囲にあるであろう。上記の範囲は、二本鎖領域に存在するヌクレオチドの数をいう。したがって、これらの範囲は、それ自体ｄｓＲＮＡの全長を反映しない。一例として、６ヌクレオチドループをもつ全長が５０ヌクレオチドの単一の転写物から形成される平滑末端ｄｓＲＮＡは、２３ヌクレオチドの二本鎖領域を有する。
【０１１０】
前述したように、本発明の実施に使用されるｄｓＲＮＡｓは平滑末端でよく、１つ平滑末端を有してよく、又は、両末端に突出を有してもよい。更に、１以上の突出が存在する場合、突出は、一端又は両端の３’鎖及び／又は５’鎖上でよい。更に、これら突出は、独立して任意の長さ（例えば、１，２，３，４，５ヌクレオチド等）でよい。一例として、ＳＴＥＡＬＴＨ＃  ＲＮＡｉは、両端が平滑である。
【０１１１】
また、本発明は、ＲＮＡｉおよびＲＮＡｉを産生するもののセットを含む。このようなセットは、いずれも同じ標的遺伝子に向けられた複数のｄｓＲＮＡを（１）産生するように、または（２）含むようにデザインされているものを含む。一例として、本発明は、一つ以上のＳＴＥＡＬＴＨ＃  ＲＮＡｉが同じ標的遺伝子の異なる領域に対して配列相同性または同一性を共有するＳＴＥＡＬＴＨ＃  ＲＮＡｉのセットを含む。
細胞培養製品
細胞（たとえば、細菌、酵母、昆虫および哺乳動物細胞）を増殖し、および／または維持するための、細胞、細胞培地、並びにたとえば血清、栄養素、塩、抗生物質およびその他の添加物などの細胞培養成分を含む細胞培養製品が、コレクションに提供される。培地は、豊富な栄養素または乏しい栄養素であってもよく、時には、増殖され、または維持される細胞に基づいて選択される。また、コレクションには、核酸のトランスフェクション能がある細胞および細胞アッセイ法に使用するために修飾された細胞を含む細胞（たとえば、細菌、酵母、昆虫および哺乳動物細胞）も提供される。たとえば、洗浄剤および電気穿孔法装置などの細胞内に核酸をトランスフェクトするための試薬および装置もコレクションに含まれる。また、細胞培養製品は、フラスコ、ディッシュ、プレートおよび発酵槽などの、細胞を増殖し、および／または維持するための容器および装置も含む。細胞培養製品は、たとえば、図１８の一覧表に記載したものを含んでいてもよい。
【０１１２】
検出製品、分離媒体およびマイクロアレイ
コレクションにおいて、例えば、エピトープ特異的抗体、検出可能な標識（例えば、蛍光体、ラジオアイソトープ、光散乱化合物（例えば金または銀を含んでいる分子）、染料）、代謝標識、酵素標識、光産生性標識、例えば、ルシフェラーゼ、検出剤を分子に結合可能な分子（例えば誘導化ビオチンまたはストレプトアビジン）を含む抗体といった、例えばバイオアッセイ用の検出製品、及び、抗体のようなバイオアッセイに使用される製品が、コレクションにおいて提供される。バイオアッセイには、例えば、インビトロアッセイ及び細胞系アッセイが含まれる。検出製品の他の例には、カルシウム、マグネシウム、ナトリウム、カリウム、塩化物または重金属指示薬、キレート剤、及びｐＨ指示薬のような指示薬が含まれる。検出製品の他の例には、例えば、フローサイトメータやマススペクトロメータといったバイオアッセイその他のアッセイにおいて使用する機器装備、これら機器装備とともに使用される、例えば、管、フラスコ、スライド、プレート、ミクロスフィア及びナノスフィアといった消費及び非消費製品が含まれる。検出製品の他の例には、例えば、ゲル電気泳動機器装備、サプライ、プレキャストゲル、ブロッティング、たとえばウエスタンブロット製品、標品、染色剤、及び染料のような電気泳動製品が含まれる。検出製品には、例えば、タンパク質−タンパク質相互作用を検出するための製品が含まれる。コレクションには、平面固定担体（ウェル付きマイクロタイタープレート、ピットまたはウェル付きウェハ）、クロマトグラフィーレジン、生体分子を分離するためのビーズ（例えば、磁気ビーズ）が含まれる。このような分離媒体は、ときには、リガンド、検体、タンパク質及びオリゴヌクレオチドといった親和性剤で誘導される。コレクションは、核酸アレイ及び／又はタンパク質又はペプチドアレイを備える、１以上のマイクロアレイ、ときには、高密度マイクロアレイを含んでよい。マイクロアレイには、例えば、細胞マイクロアレイも含まれる。検出製品は、本特許出願の出版ビにおいて、ｈｔｔｐアドレス  ｈｔｔｐｓ：Ｈｃａｔａｌｏｇ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ／ｉｎｄｅｘ．ｃｆｍ？ｆｕｓｅａｃｔｉｏｎ＝ｖｉｅｗＣａｔａｌｏｇ．ｖｉｅｗＣａｔｅｇｏｒｉｅｓ＆ｎｐｃ＝９２＆ｐｃ＝２３２＆  ｎｃ＝２３２  で開示された製品のような製品を含む。そのコレクションは、その全容が参照して本明細書で援用される。
【０１１３】
データベース、検索要素、検索インターフェース、及びデータベース出力
本明細書に使用される「獲得」（これらの文法バリエーションを含む）は、得ること、入手すること、アクセスすること、受けること、取得すること、または買うことを意味する。
【０１１４】
本明細書に使用される「適切な」（これらの文法バリエーションを含む）は、作用すること、または作用を実施することができることを意味する。たとえばダイアログボックスに入力されたときに、適切な要求またはコマンドにより、データベースの検索を開始して、要求またはコマンドに合致する目的を見いだし、または同定することとなる（たとえば、入力されたキーワードを含む目的を回収するためのキーワード検索）。
【０１１５】
本明細書に使用される「生物学的に関連した」（これらの文法バリエーションを含む）は、生命および生命プロセスに関連することを意味する。たとえば、嫌気呼吸は、生物学的に関連した代謝作用である。タンパク質発現（インビトロでの）は、もう一つの例である。
【０１１６】
本明細書に使用される「電子記憶媒体」（これらの文法バリエーションを含む）は、情報を後で使用するために保持される電子メモリの空間を意味する。例えば、これには、特に限定されないが、磁気テープ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、光学ディスク、フラッシュドライブ、ＲＡＭ、又はフロッピー（登録商標）ディスクが含まれる。
【０１１７】
本明細書に使用される「電子商品目録」（これらの文法バリエーションを含む）は、売主によって提供される製品およびまたはサービスのいくつか又は全部に対応するデジタルカタログを意味する。
【０１１８】
本明細書に使用される「標的項目」（これらの文法バリエーションを含む）は、作用により影響を受けるデータまたはファイルを意味する。たとえば、標的項目は、ユーザによる要求により検索可能である電子メディア上に貯蔵されたファイル名、語、イメージ、テキスト列、数または値であることができる。
【０１１９】
本明細書に使用される「種々のグループ化」（これらの文法バリエーションを含む）は、電子記憶媒体からこのようなデータの秩序だったアクセスのために指定されたファイルに分離された種々のデータのコレクションを意味する。
【０１２０】
本明細書に使用される「インターフェーシング」（これらの文法バリエーションを含む）は、人とコンピュータとの間、またはコンピュータと周辺装置との間、または２台のコンピュータ間の相互作用の方法を意味する。関連した態様において、ユーザインターフェースは、コンピュータ（たとえば、ワールドワイドウェブ、ＷｉＦｉ、ブラウザ、ウェブページ）と対話することができる環境を含む。
【０１２１】
本明細書に使用される「ユーザ」（これらの文法バリエーションを含む）は、サーバからのサービスを要求する実体を意味する。実体は、ヒトまたは装置（たとえば、上記入力装置を参照されたい）であることができる。
【０１２２】
本明細書に使用される「ユーザ端末」（これらの文法バリエーションを含む）は、サーバにアクセスするノードまたはハードウェアを意味する。
【０１２３】
本明細書に使用される「双方向通信」（これらの文法バリエーションを含む）は、情報が２つのシステムの間で両方の方向に交換され、それぞれのシステムが、情報を送受信する処理を意味する。
【０１２４】
本明細書に使用される「検索可能な」（これらの文法バリエーションを含む）は、データまたはファイルがこのようなデータまたはファイルを評価し、見いだし、発見する試みにおける調査能力を意味する。
【０１２５】
本明細書に使用される、「抽出」（これらの文法バリエーションを含む）は、データベースまたはサーバからファイルまたはデータを検索することによって準備されたプロダクトを意味する。
【０１２６】
本明細書に使用される「関連した生物学的性状」（これらの文法バリエーションを含む）は、生きものおよび／または生きものの過程に関連した具体的特色（インビトロで実施されるこのような特色を含む）を意味する。
【０１２７】
本明細書に使用される「要求する」（これらの文法バリエーションを含む）は、サーバまたはデータベースからの情報を検索するための１つまたは一連のユーザ入力またはコマンドを意味する。
【０１２８】
本明細書に使用される「入力」（これらの文法バリエーションを含む）は、データを要求または入力する行為を意味する。たとえば、キーボードポインティングのタイピング、話すこと、その他。
【０１２９】
本明細書に使用される「階層的メニュー出力」（これらの文法バリエーションを含む）は、順位またはランクに組織化され、それぞれがそれより上のものに下位に置かれた、オペレーターまたはユーザによる選択のために利用できる選択肢のうちのユーザに送信される一覧（たとえば、コンピュータスクリーン上のディスプレイに限定されるわけではない）を意味する。
【０１３０】
本明細書に使用される「ディスプレイ」（これらの文法バリエーションを含む）は、ユーザがＣＲＴユニットまたはモニター上に見るものを意味する。より大まかには、視力障害者のための聴覚シグナルまたは情報連絡のその他のいずれかの手段などの代用をディスプレイとして使用してもよい。
【０１３１】
本明細書に使用される「サブセット」（これらの文法バリエーションを含む）は、その要素のそれぞれが包括的なセットの要素であるセットを意味する。
【０１３２】
本明細書に使用される「類似性の経験的基準」（これらの文法バリエーションを含む）は、このようなアイテムまたは目的を含む抽出間の標的項目または目的を比較する方法を意味し、抽出は、抽出を含むアイテムまたは目的間の距離が、標的ファイルにおけるアイテムもしくは目的と関連した性状または注釈の任意の値に従って小さな場合に、類似するとみなされる。例えば、値は、分子量、等電点、代謝経路関与、制限地図、有機体、プロテアーゼ断片、エピトープ、水治療のプロファイル、電気泳動ゲル、クロマトグラフィの出力、質量分析出力のような分離パターン、蛍光データ、組織分布、発現パターン、反応速度定数、結合定数、アンタゴニスト、アゴニスト、インバースアゴニスト、連鎖地図、基質、リガンド、インヒビター、疾患関連、対立遺伝子、相同、相互作用分子、生物学的機能、リン酸化パターン、細胞内局在、グリコシル化パターン、翻訳後修飾パターン、モチーフコンセンサス、結晶構造、薬動力学的特性、薬理学的特性及び毒物学的特性、二次、三次及び／または四次構造）として与えられてよい。したがって、たとえば、それぞれの性状には、数値を与えることができる。さらに、それぞれの生物学的に関連した製品は、たとえば、これらの性状／注釈の一部または全てに対して異なる値のセットを有する。１つまたは複数の性状／注釈に対して、数値が類似する値をもつ抽出は、類似すると判断される。このような類似性を使用し、値の間の距離が大きくなるにつれて、抽出が類似しないと判断される。ソフトウェア設計の選択肢に基づいて、類似性の範囲に関するランクが決定され、生じる関心対象の抽出の出力には、類似性の上下の値に従って階層的様式で反映される。たとえば、このような類似性を決定するためのシステムは、米国特許第５，８３５，０８７号に開示されており、参照により本明細書に援用される。
【０１３３】
本明細書に使用される「グラフィックユーザインターフェイス（ＧＵＩ）」（これらの文法バリエーションを含む）は、文書およびプログラムなどのアイテムを表すためにアイコンを使用し、ユーザが位置指示装置またはその他のシグナルトランスデューサーにアクセスし、操作することができる、コンピュータに対するユーザインターフェースを意味する。
【０１３４】
本明細書に使用される「注釈をつけたテキスト列」（これらの文法バリエーションを含む）は、テキストまたはテキスト内に埋め込まれたコメントもしくは説明を意味し、これは、印刷してもよく、またはしなくてもよいが、これは、オペレーターまたはユーザが見て、および参照し得るもので、コマンドによって特定される文字の連続を含む。
【０１３５】
本明細書に使用される「基数テキスト」（これらの文法バリエーションを含む）は、ページ上の本体コピーに対応するそれぞれの桁位置（たとえば、二進数または２進数）によって表すことができる種々の値の数を意味する。
【０１３６】
本明細書に使用される「ローカス」（これらの文法バリエーションを含む）は、関連した情報が見いだされ得る部位または１つもしくは複数のデジタルアドレスを意味する。
【０１３７】
本明細書に使用される「目的」（これらの文法バリエーションを含む）は、ローカスの一部である検索可能な要素を意味する。たとえば、「生物体」ローカス下の注釈は、目的とみなされるであろう。
【０１３８】
本明細書に使用される「ハイパーリンク」（これらの文法バリエーションを含む）は、別の文書を示す（リンクする）ハイパーテキスト文書内のポインタを意味し、これはハイパーテキスト文書であっても、またはなくてもよい。
【０１３９】
本明細書に使用される「サーバ」（これらの文法バリエーションを含む）は、ネットワークを通じてワークステーション／クライアント／ユーザに対する共有サービスを提供する機能単位；たとえば、ファイルサーバ、プリントサーバ、メールサーバを意味する。サーバは、内部もしくは外部の、シングルまたはマルチタスクでもよい。
【０１４０】
本明細書に使用される「ウェブページブラウザ」（これらの文法バリエーションを含む）は、ファイルを読むためか、またはハイパーメディア文書を介して操縦するたに使用されるプログラムを意味する。
【０１４１】
本明細書に使用される「構文解析可能な」（これらの文法バリエーションを含む）は、コマンドで入力されたオペランドにより、情報からコマンドプロセッサーにおいてパラメータ一覧を作製するという解析に従うことを意味する。
【０１４２】
本明細書に使用される「下位ウィンドウ」（これらの文法バリエーションを含む）は、ユーザが一次ブラウザウインドウ上で作業を行うことができるようにユーザに提示される二次ウィンドウを意味する。たとえば、ダイアログボックスは、下位ウィンドウである。
【０１４３】
本明細書に使用される「モジュール」（これらの文法バリエーションを含む）は、より大きなシステムで使用される自己が含まれる機能単位を意味する  。たとえば、ソフトウェアモジュールは、特定の作業を行うプログラムの一部である。
【０１４４】
本明細書に使用される「一語一語の検索」（これらの文法バリエーションを含む）は、検索が行われる情報を表す主要ユニットとして役立つキーワードを意味し、検索システムは、語列、並びに個々の語を検索する。このようなシステムは、自動的に語を句として一緒に保持しない。さらに、一語一語の検索方法は、ワイルドカードの使用を想定する（すなわち、任意の語の要求に対する可変語尾を含む）。
【０１４５】
本明細書に使用される「ブーリアン検索」（これらの文法バリエーションを含む）は、検索ステートメントにおいて検索用語を連結するために論理演算子、ＡＮＤ、ＯＲ  ＆  ＮＯＴを使用する検索構造を意味する。オペレーターは、どの関係が用語検索間にあるかをデータベースに対して述べる。さらに、ブールの検索方法は、ワイルドカードの使用を想定する（すなわち、任意の語の要求に対する可変語尾を含む）。
【０１４６】
本明細書に使用される「近接検索」（これらの文法バリエーションを含む）は、検索ステートメントにおいて問い合わせ語または文字の相対的位置および距離を使用する検索構造を意味する。位置および距離オペレーター（たとえば、「近い」（「付近」）「範囲内」）は、どの関係が用語検索間にあるかについてデータベースに対して述べる。さらに、近接検索法は、ワイルドカードの使用を想定する（すなわち、任意の語の要求に対する可変語尾を含む）。
【０１４７】
本明細書に使用される「フレーズ検索」（これらの文法バリエーションを含む）は、検索が行われる情報を表す主要ユニットとして役立つキーワードを意味し、検索システムは、語列について検索する。このようなシステムは、自動的に語をフレーズとして共に保持する。さらに、フレーズ検索法は、ワイルドカードの使用を想定する（すなわち、任意の語の要求に対する可変語尾を含む）。
【０１４８】
本明細書に使用される「打切り」（これらの文法バリエーションを含む）は、その語の可変語尾終了を検索しなさいという後の終わりに記号を使用する検索システムを意味する。
【０１４９】
本明細書に使用される「キーワードジャンプ」（これらの文法バリエーションを含む）は、その内容／記録で関連づけられたキーワードまたはコードを入力することによって、ユーザをデータベース上に貯蔵された内容／記録に移送するナビゲーションの方法を意味する。
【０１５０】
本明細書に使用される「Ｂｌａｓｔサーバ」（これらの文法バリエーションを含む）は、問い合わせがタンパク質または核酸であるかにかかわらず、利用できる配列データベースの全てを探索するようにデザインされた類似性検索プログラムのセットであるＢａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌを意味する。
【０１５１】
本明細書に使用される「遺伝子オントロジー」（これらの文法バリエーションを含む）は、細胞における遺伝子およびタンパク質の役割の知識が蓄積し、変化するにつれて、全ての生物体に対して適用することができる、制御された、かつ動的な語彙を意味する。
【０１５２】
本明細書に使用される「一般コンソーシアム」（これらの文法バリエーションを含む）は、共同体のメンバーが自由に引用し、共同体のメンバーが理解することができる権限を有することが共同体によって認識された個人またはグループを意味する。
【０１５３】
本明細書に使用される「タブをつけた」（これらの文法バリエーションを含む）は、ＤＨＴＭＬダイアログボックス等（ＨＴＭＬ、ＸＨＴＭＬ、ＸＭＬ）、またはこのようなサブ−ウィンドウをロードするための一種のインターフェーシングとしてのサブ−ウィンドウを作製する方法を意味する。
【０１５４】
本明細書に使用される「トリガーする」（これらの文法バリエーションを含む）は、プログラムを開始し、動作し、または始めることを意味する。
【０１５５】
本明細書に使用される「ツリーナビゲーション」（これらの文法バリエーションを含む）は、ユーザがウェブサイトを介して自分の方法を見いだすことができる上下反対のツリーの枝分れに類似するディレクトリ（またはフォルダ）およびファイルの構成を使用することを意味する。
【０１５６】
一部の態様において、本明細書において、標的生体分子または標的生物学的経路を同定するための入力機能を顧客に提示すること、および適合生体分子および／または適合生体分子のコレクションの生物調査製品および／または少なくとも１００個の異なる単離生体分子を含む生物調査製品および／または少なくとも２つの生体分子クラスのそれぞれの生物調査製品および／または生物調査製品クラスの、少なくとも５、１０、２０、２５、５０、１００、２００、２５０、５００、７５０、１０００、１２５０、１５００、１７５０、２０００、２５００、５０００、７５００、１００００、１２５００、１５０００、１７５００、２００００＜／ＲＴＩ＞個の種々の個体または種々のセットの購入品に対するリンクを含む購買機能を顧客に提示することを含む、単離生体分子またはこれに関連した生物調査試薬もしくはサービスを販売するための方法であって、コレクションの単離生体分子および／または生物調査製品は、標的生体分子または生体分子の経路に関連がある方法が提供される。
【０１５７】
このような態様の方法は、提供者が顧客からの収入を発生させることによって行われる。製造者により提供される製品例には、クローンコレクション、及び個々のクローン、酵素等のポリペプチド、抗体、ライブラリー（例えば、ｃＤＮＡライブラリー、ゲノムライブラリーなど）、緩衝液、培地、精製システム、プライマー、細胞系、化学化合物、蛍光標識、機能的アッセイ、及びＤＮＡ及びタンパク質精製、増幅、及び修飾を含む種々のキットが含まれていてよい。更に、これらの例示的製品は、例示のためにのみ提供され、本発明を限定することを意図するものではない。
【０１５８】
ある態様において、提供者のための収入を発生させる複数の関連した製品およびサービスを販売するための方法が提供される。提供者によって提供される例示的なサービスは、クローン構築サービス、タンパク質発現サービス、抗体産生サービス、ライブラリー（たとえば、ｃＤＮＡライブラリー、ゲノムライブラリー、その他）構築サービスおよび研究開発コンサルティングサービスを含む。
【０１５９】
本明細書に記述した１つまたは複数の入力機能は、典型的には、生物学的要素によって生物学的試薬のコレクションを検索して、生物学的要素に適合生物学的試薬のサブ−コレクションを同定する。生物学的要素は、生体分子、経路、ワークフロー、発生状態または疾患を含むが、これらに限定されるわけではなく、適合試薬を同定するために生物学的試薬のコレクションを検索するために利用されることが多い。本明細書に使用される「適合」という用語は、一般に、生物学的要素に関連した試薬のセットをいう。特定の好ましい実施例において、生物学的要素は、遺伝子配列のコレクション由来の遺伝子の核酸配列である。１つまたは複数の生物学的要素をコレクションを検索するために利用してもよく、標的生体分子、標的生体分子の経路、標的生体分子の経路メンバー、疾患、疾患経路、および疾患経路メンバーからなる群より選択することができる。標的生体分子は、時に、本明細書に記述したものの１つまたは複数などの核酸またはタンパク質である。また、検索パラメータは、遺伝子オントロジーに基づいてもよく、この場合、標的生体分子は、そのタンパク質または遺伝子ファミリーに基づいて検索される。たとえば、タンパク質サブクラスまたはファミリーのメンバーである標的タンパク質をそのサブクラスまたはファミリー内で検索してもよい。タンパク質サブクラス又はファミリーは、例えば、Ｇ−蛋白質結合受容体、キナーゼ、プロテインキナーゼ、核ホルモン受容体、プロテインホスファターゼ、ホスホジエステラーゼを含んでよい。タンパク質サブクラス又はファミリーの他の例は、例えば表１０に挙げられ、表１０は参照して本明細書で援用される。発現単離タンパク質の例は、例えば表１１に挙げられ、表１１は参照して本明細書で援用される。標的生体分子経路は、しばしば、生物体の細胞又は組織内で互いに相互作用する（例えば、結合する、リン酸化する、脱リン酸化する、プロテオリシスにより切断する）生体分子の関連群である。疾患は、あらゆる公知の症状又は障害であり、疾患経路は、しばしば、疾患組織又は細胞内で互いに相互作用する生体分子の群である。生物学的要素の追加的例には、限定されないが、核酸配列又はアミノ酸配列、アミノ酸配列、分子量、等電点、代謝で信号経路関与、制限地図、有機体、プロテアーゼ断片、エピトープ、水治療のプロファイル、電気泳動ゲル、クロマトグラフィ出力、質量分析出力、蛍光データのような分離パターン、電気泳動ゲル、クロマトグラフィの出力、大量の仕様出力、蛍光データ、組織分布、発現パターン、反応速度定数、結合定数、アンタゴニスト、アゴニスト、インバースアゴニスト、連鎖地図、基質、リガンド、インヒビター、疾患関連、対立遺伝子、相同、相互作用している分子、生物学的機能、リン酸化パターン、細胞下局在、グリコシル化パターン、翻訳後修飾パターン、モチーフコンセンサス、結晶構造、薬動力学の特性、薬理学的特性、毒物学的特性、二次、三次または四次構造のような生物学的特性が含まれる。１つまたは複数の生物学的要素に加えて、貯蔵した情報と顧客名フィールドに含まれるものとの間に適合がないときは、顧客情報を購入サーバカスタマーデータベースに追加することができる。
【０１６０】
物理的生物学的試薬のコレクションに対応する記述子は、一般に１つまたは複数のデータベース中に維持される。コレクションに対応する記述子を維持するために公知のデータベース構造を利用することができる。記述子は、たとえば、生物学的試薬を記述した学名、生物学的試薬を記述した取引名、生物学的試薬の化学的の表現、生物学的試薬に対応するアミノ酸またはヌクレオチド配列、生物学的試薬を使用するために有用な研究プロトコル、１つまたは複数の試薬に関する作用機構を示すフローチャートおよび価格情報を含むが、これらに限定されるわけではない。記述子の更なる例には、限定されないが、有機体、ヌクレオチド受入れ番号、関連した受入れ番号、遺伝子名、遺伝子定義、遺伝子記号、遺伝子産物のテキスト概要、表現プロファイル、メッセンジャーＲＮＡ記録、参照、塩基対中のインサートの長さ、核酸配列、コレクション名、コレクションタイプ、ベクター名、ベクター抗生物質、ホスト名、ステルスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、タンパク質アクセス番号、タンパク質記録、アミノ酸配列、分子量、等電点、プロテアーゼ消化パターン、領域検索、予測二次及び三次構造、結合部位、酵素のクラス、基質のクラス、関連タンパク質（例えば、タンパク質複合体の他の構成物）、インヒビター、遮断薬、アゴニスト、アンタゴニスト、標識、タグ、標識その他指示薬、タンパク質モデル検索、Ｍａｎ（ＯＭＩＭ）データ中のＯｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ、製品データ、代謝経路データ、一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）データ、ＳＮＰ地図データ、ローカスリンクＩＤ、ユニジーンＩＤ及びゲノム配列データが含まれる。生物学的試薬に対応する記述子は、しばしば、コレクションを検索するために用いられる入力生物学的要素に対応する１以上の記述子にリンクされており、以下でより詳細に述べる。
【０１６１】
当業者であれば、それぞれの標的生体分子に関する情報が定期的に更新されることを保証するために、プロトコルを開発してもよいことを認識する。たとえば、適合試薬コレクションにおける標的生体分子の遺伝子配列またはタンパク質配列を定期的に更新するために、プロトコルを開発してもよい。また、たとえば、それぞれの標的生体分子の機能、並びに標的生体分子が関係する生物学的経路および／または疾患経路についての情報を定期的に更新してもよい。更新は、たとえば自動であってもよい。この態様において、データベースは、売主の実験結果などの、インターネット上で利用できる情報または他で利用できる情報をシークしてもよい。更新に関し参考となり得る参照データセットには、例えば、ＲｅｆＳｅｑ  （ｈｔｔｐ：  ／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＲｅｆＳｅｑｎ，  （Ｐｒｕｉｔｔ  ＫＤ，  ｅｔ  ａｌ．  ，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ  ２００５  Ｊａｎ  １；３３（１）：Ｄ５０１−Ｄ５０４；  Ｐｒｕｉｔｔ  ＫＤ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．  ２０００Ｊａｎ；１６（ｌ）：４４−４７；  ＭＧＣ  （Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，ｈｔｔｐ：／／ｍｇｃ．ｎｃｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）（ＭＧＣ  Ｐｒｏｊｅｃｔ  Ｔｅａｍ，  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．  ２００４；  １４：  ２１２１−７；  Ｂａｒｏｓｓ，  Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．  ，  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．  ２００４，１４：２０８３−９２；  Ｗｕ，  ＪＱ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，  ２００４，３６（４）：６９０−６，  ６９８−７００；  ＭＧＣ  Ｐｒｏｇｒａｍ  Ｔｅａｍ，  Ｄｅｃｅｍｂｅｒ  １１，  ２００２，  １０：１０７３；  Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ，  ＲＬ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９９，２８６：４５５−４５７）；  Ｅｎｓｅｍｂｌ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／，  Ｈｕｂｂａｒｄ，  Ｔ．  ｅｔ  ａｌ．  ２００２，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ３０：  ３８−４１）；  ＵｎｉＰｒｏｔ  （  ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｉｒ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｄａｔａｂａｓｅ／ＤＢＤｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．ｓｈｔｍｌ  （  Ａｐｗｉｅｌｅｒ，  Ｒ．  ，  ｅｔ  ａｌ．  ２００４，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．  ３２：Ｄ１１５−１１９；  Ｌｅｉｎｏｎｅｎ，  Ｒ．  ，  ｅｔ  ａｌ．  ２００４，  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２００４  Ｍａｒ．  ２５；  Ａｐｗｅｉｌｅｒ，  Ｒ．  ，  ｅｔ  ａｌ．  ２００４，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｌ．  ８（１）：７６−８０；  ＳＮＰ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／）；  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  （ｈｔｔｐ：  ／／ｗｗｗ．ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍ／ｓｕｐｐｏｒｔ／ｔｅｃｈｎｉｃａｌ／ｔｅｃｈｎｏｔｅｓ／ａｎｎｏｔ  ｍｅｔｈｏｄ  ｔｅｃｈｎｏｔｅ．ａｆｆｘ）、及びＵｎｉｇｅｎｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｔｒｅｚ／ｑｕｅｒｙ．ｆｃｇｉ？ｄｂ＝ｕｎｉｇｅｎｅ）（Ｗｈｅｅｌｅｒ，  ＤＬ．  ，  ｅｔ  ａｌ．  ２００３，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．  ３１：  ２８−３３；  Ｓｃｈｕｌｅｒ，  ＧＤ，  １９９７，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｍｅｄ．  ７５：  ６９４−６９８；  Ｓｃｈｕｌｅｒ，  ＧＤ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９６，  ２７４：５４０−５４６；  Ｂｏｇｕｓｋｉ，  ＭＳ．  Ａｎｄ  Ｓｃｈｕｌｅｒ，  ＧＤ，  １９９５，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １０：３６９−３７１）が含まれる。
【０１６２】
一般に、１つまたは複数の生物学的要素を入力インターフェースまたは入力機能に入力することより、生物調査試薬のコレクションが、本明細書に提供される方法に従って検索される。入力インターフェースおよび入力機能は公知であり、ユーザのために便利な装置、向きおよび位置で提供され、ポータルサイトなどのワイドエリアネットワークを経て提供することができる。生物学的要素は、限定されないが、手動入力装置又歯直接データ入力装置（ＤＤＥ）を含む種々の手段による入力であってよい。例えば、手動装置には、キーボード、コンセプトキーボード、タッチスクリーン、ライトペン、マウス、コントロールボール、ジョイスティック、図形タブレット、スキャナ、ディジタルカメラ、ビデオデジタイザ、及び音声認知装置が含まれてよい。ＤＤＥには、例えば、バーコードリーダ、磁気ストリップコード、スマートカード、磁気インク文字認識、光学文字識別、光マーク認識、及びターンアラウンドドキュメントが含まれてよい。
【０１６３】
遠隔位置のユーザは、入力インターフェースに情報を入力することが多く、この場合、１つまたは複数のパブリックコンソーシアムデータベースとの接続に基づいて、サーバがユーザからの入力を受けて入力を処理し、第一の出力を生じる（後者のデータベースは、たとえば製品またはサービスの提供者の専売である１つまたは複数のデータベースを有する）。ユーザは、１つもしくは複数の製品もしくはサービスまたは抽出を作製するための、製品もしくはサービスのリンクまたは記述を選択することができ、この場合、抽出は、ユーザのために出力として役立ち、したがって送達が提供者／ユーザに遠隔または局地的であるかどうかにかかわらず、ユーザへの製品またはサービスの配送が容易になる。関連した態様において、送達の選択は、提供者またはユーザのものであってもよい。サーバは、時に組織体内サーバ、公共サーバまたはその他の個人的サーバであるサーバと共に使用される。たとえば、公共サーバには、政府機関、個人的機関、単科大学もしくは総合大学、共同体または個人を含んでいてもよい。その他のデータベースには、在庫表、運送業者、季節的もしくは地域的要求、クレジット歴、有害な製品および相互作用、危険もしくは有害な製品の製造に関連する通知、警告フラグ、その他に関するデータを含んでいてもよい。
【０１６４】
より大きなコレクションから生物学的要素に適合生物学的試薬のサブグループを同定するために有用ないずれの検索またはソーティング特色を利用することもできる。このような検索は、前述の一語一語の検索、ブーリアン検索、付近検索、フレーズ検索、切断検索または組み合わせを含むが、これらに限定されるわけではない。その他の態様において、方法は、ＢＬＡＳＴサーバ（組織体内または外部のサーバを含むが、これらに限定されるわけではない）またはキーワードジャンプナビゲーションを使用して文字列検索する処理を含んでいてもよい。さらに、このような検索は、外部データベース／サーバにアクセスすることを含んでいてもよい。検索アルゴリズムは、たとえば、時に、骨格または帰納的要素を伴うＤｉｊｋｓｔｒａおよびＢｅｌｌｍａｎ−Ｆｏｒｄアルゴリズムを含むことができるが、これらに限定されるわけではない。
【０１６５】
検索からの出力である適合コレクションは、ユーザに有用な形態（たとえば、一覧、表）であり、ユーザによって選択される記述のセット（たとえば、研究試薬の価格情報およびヌクレオチド配列）を含んでいてもよい。また、出力形式は、入力パラメータと出力コレクションの適合試薬との間で関係の程度をユーザに示す関連指標を含んでいてもよい。
【０１６６】
たとえば、生じる出力は、たとえば記憶された標的項目の１つまたは複数のサブセットまたはコンパイルと共にユーザに提供する検索された抽出に基づいた階層メニューを含むブラウザページとして示される。メニューは、サブセット内の標的項目の各種分類を表し、示された標的項目の内容および／または形式は、各種分類の標的項目の全てについての関連した生物学的性状の類似性の経験的測定に基づいている。さらに、階層メニュー出力表示ページでは、表示された出力ページ上に含まれる適切なグラフィックユーザインターフェイス（たとえば、チェックボックス）を活動化することによって、たとえばユーザが電子メディアに記憶された関心対象の製品および／またはサービスを区別すること、および１つまたは複数の列記した製品またはサービスを得るか、または購入こと（すなわち、カスタムオーダー、カタログ一覧またサービスが提供されること）ができるように、共通して１つまたは複数の関連する生物学的性状を有するファイルのそれぞれに分類された標的項目の気に入ったもの、または全てを同定する。一つの態様において、表示された形式のページ上のいずれか一つのメニューアイテム出力は、買物選択肢グラフィックユーザインターフェイス（ＧＵＩ）およびクローン識別番号、発現産物の定義、遺伝子記号およびアクセス番号を含む、上記の１つまたは複数を含むと考えられる。たとえば、階層メニューでは、最初のページにて、所与の経路と関連する適合生物学的試薬コレクションから複数の標的生体分子の名称をユーザに提供してもよい。標的生体分子のそれぞれを、標的生体分子のそれぞれに対して適合適合生物学的試薬コレクションからのアイテムと共に、次のレベルのページに連結してもよい。一つの例において、ユーザがハイパーリンクをクリックするときに、製品および／またはサービスの一覧を顧客に提示することができ、または同定された標的タンパク質に基づいてカスタマイズすることができる適合製品および／またはサービスと共にインターネットページへのリンクが選択されたときに、「単離タンパク質」、「抗体」、「核酸プローブ」、「クローン」、「生物調査製品」、「細胞培養製品」または「サービス」などの一連の選択肢を提示することができる。
【０１６７】
または、疾患に基づいた検索後、その疾患と関連する複数の経路または標的生体分子を列記するブラウザページを、さらに適合生物学的試薬へのさらなるリンクと共に最初に出力してもよい。
【０１６８】
ユーザがハイパーリンクをクリックするときに、製品および／またはサービスの一覧を顧客に提示することができ、または同定された標的タンパク質に基づいてカスタマイズすることができる適合製品および／またはサービスと共にインターネットページへのリンクが選択されたときに、「単離タンパク質」、「抗体」、「核酸プローブ」、「クローン」、「生物調査製品」、「細胞培養製品」または「サービス」などの一連の選択肢を提示することができる。
【０１６９】
便利で有用なデータベース構造、入力インターフェース、サーチアルゴリズム、出力仕様書、ユーザインターフェース、及び情報伝達システムが知られており、全容が参照して本明細書で援用される、Ｆｅｎｇ  Ｌｉａｎｇにより２００４年４月２３日に出願され、名称「生物学的情報の相互コンテクスト検索を用いた生物学的関連製品／サービスのオンライン取得」の米国特許出願第１０／８３０，０７４号、全容が参照して本明細書で援用される、Ｐａｕｌ  Ｐｒｅｄｋｉ  ｅｔ  ａｌ．により２００４年７月２６日に出願され、名称「タンパク質マイクロアレイを準備する方法」の米国特許出願第６０／５９１，５４１号、及び、全容が参照して本明細書で援用される、Ｓｉａｍａｋ  Ｂａｈａｒｌｏｏ  ｅｔ  ａｌ．により２００４年９月８日に出願され、名称「実験的にインシリコにおいて設計する、及びバイオテクノロジー製品を顧客に提供するための方法及びシステム」の米国特許出願第６０／６０８，２９３号のように、別途記述されている。これらの全容は、参照して本明細書で援用される。
【０１７０】
本明細書に提供した方法に含まれる購買機能は、関連した製品またはサービスへの１つまたは複数のハイパーリンクを提供することができる。購買機能により、顧客は、顧客が標的生体分子または標的生物学的経路を同定した後で、顧客に提示された関連した製品またはサービスを購入することができる。購買機能は、インターネットに基づいたショッピングカートにリンクすることができる。したがって、顧客は、関連したバイオテクノロジー製品を購入するためのリンクと共に提示されることにより、リンクをクリックしてバイオテクノロジー製品についてさらに学習すること、および／またはインターネットショッピングカートに関連したバイオテクノロジー製品を追加することができる。したがって、提供者は、購入者が購買機能を使用して１つまたは複数の製品および／またはサービスを購入するときに収入を得る。
【０１７１】
当業者であれば、多くのデータベース設計ストラテジーを使用して本明細書に提供される方法を実施するために使用することができることを理解するであろう。データベースは、以下の表を含むリレーショナルデータベースであることができる。
【０１７２】
ａ）以下を含むそれぞれの製品ラインのための製品表：その本来アクセッションおよびバージョンを含む製品ライン自体の固有の性状、
ｂ）共通の特色（ｓｋｕ、サイズ、名前、記述）と共に全ての異なる製品型をリンクし、かつ製品ｉｄおよびｓｋｕによる検索を強化し、かつデータ検索の速度を上げるマスター製品表、
ｃ）異なる製品ラインの遺伝子関連（製品関連）を管理し、かつ遺伝子に関連したｉｄによる検索を強化する製品アクセッション関連表、
ｄ）遺伝子およびその製品関連の毎日の更新を管理し、かつそれぞれの製品ラインについてのマッピング状態をマネージャに報告する製品報告表、
ｅ）パイプラインにおける製品と共に店頭製品に対してリンクして、遺伝子標的の特定のセットに関連した製品ポートフォリオの統合された報告図（適合試薬セットを開発するため重要な特色）を提供するＬＩＭＳ（パイプライン）表。
【０１７３】
表に対する更新の全てを追跡して、時間をスタンプすることができる。
【０１７４】
データベース構造、入力インターフェース、検索アルゴリズム、出力形式、ユーザインターフェースおよび情報送信システムの例を実施例に提示してある。
【実施例】
【０１７５】
下記の実施例では、本発明を例証するが、限定しない。
【０１７６】
実施例１
ｓｉＲＮＡ試薬を含む生物学的試薬のコレクション
生物学的試薬のコレクションには、たとえばｓｉＲＮＡ試薬を含んでいてもよい。当業者であれば、ｓｉＲＮＡ試薬に関する本実施例をたとえばその他の核酸、タンパク質および抗体を含む生物学的試薬のコレクションを例示するために使用してもよいことを認識するであろう。生物学的試薬のコレクションは、たとえば図１７において本明細書に提示したｓｉＲＮＡおよびｓｉＲＮＡ試薬または本特許出願の出願時においてｈｔｔｐ  ａｄｄｒｅｓｓｒｎａｉｄｅｓｉｇｎｅｒ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ／ｓｉｒｎａ／ｓｅａｒｃｈＶａｌｉｄａｔｅｄＳｔｅａｌｔｈ．  ｊｓｐに開示され、およびリンクされたいずれのｓｉＲＮＡ試薬を含んでいてもよく、そのコレクションは、その全体が参照により本明細書に援用される。ｓｉＲＮＡ試薬を含む生物学的試薬のコレクションは、たとえば入力インターフェースまたは入力機能に検索語を入力することによって検索してもよい。このような検索語は、たとえ、ｓｉＲＮＡ、その標的、標的を含む細胞経路または標的もしくは細胞経路と関連する疾患を同定するために使用し得るいずれの用語を含んでいてもよい。探索語には、たとえば遺伝子記号、アクセス番号、キーワード、ローカスＩＤ、ユニジーンＩＤ、カタログ番号、標的生体分子、標的生物学的経路、疾患、疾患経路、疾患経路メンバー、細胞過程またはヌクレオチド配列を含んでいてもよい。入力検索用語には、ＮＭ−１３０７８６、ＮＭ〜１３０７８６．２，ＮＰ〜５７０６０２、ＮＰ〜５７０６０２．２；ＮＭ〜００００１４、ＮＭ〜０００１４．３、ＮＰ〜０００００５，ＮＰ〜０００００５．１；ＮＭ〜０００６６２，ＮＭ〜０００６６２．４、ＮＰ〜０００６５３，ＮＰ〜０００６５３．３；ＮＭ〜００００１５、ＮＭ〜００００１５．１、ＮＰ〜０００００６、及びＮＰ−０００００６．１のフォーマットを有するようなＮＣＢＩ遺伝子アクセス番号が含まれる。ユニジーンＩＤの例には、例えば、Ｈｓ．５２９１６１、Ｈｓ２１２８３８、Ｈｓ．１５５９５６、Ｈｓ．２、Ｈｓ．５３４２９３、Ｈｓ．５４６８２２、Ｈｓ．５０６９０８、Ｈｓ．８３３４７、Ｈｓ．３１５１３７、Ｈｓ．３３６７６８、Ｈｓ．４２９２９４、及びＨｓ．４２１２０２のフォーマットを有するものが含まれる。遺伝子記号の例には、例えば、ＡＤＨ６、ＡＤＨ７、ＡＤＫ、ＡＤＯＲＡ１，ＡＤＯＲＡ２Ａ、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＡＤＯＲＡ３、ＡＤＰＲＨ、ＰＡＲＰ１，ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＤＲＡ１Ｂ、ＡＤＲＡ２Ａ、ＡＤＲＢ２、ＡＤＲＢ３、ＡＤＲＢＫ１、ＡＤＲＢＫ２、ＡＤＳＬ、ＡＤＳＳ、ＡＰ２Ａ１、及びＡＰ２Ａ２のフォーマットを有するものが含まれる。
【０１７７】
一つの例において、ユーザが検索語を入力してもよい。一旦ユーザが検索語を入力すると、検索またはソーティング機能を使用して、特定の検索語に適合し、または関連したコレクションからのｓｉＲＮＡ試薬のサブグループが同定される。ユーザは、たとえば多くの検索語に対して適合したｓｉＲＮＡ試薬、たとえば最も密接に適合したｓｉＲＮＡ試薬、またはたとえば、３つ、５つ、１０、１５、２０、３０、５０もしくは１００個の最も密接に適合したｓｉＲＮＡ試薬を提示してもよい。これらは、たとえば遺伝子記号と最も密接にマッチしたｓｉＲＮＡ試薬を含んでいてもよく、また、たとえば遺伝子記号と関連する遺伝子と同じ細胞経路上の上流もしくは下流に含まれる遺伝子と関連するｓｉＲＮＡ試薬を含んでいてもよい。ユーザは、出力ｓｉＲＮＡ試薬のうちの少なくとも１つを選択してもよく、次いで、適合生物学的試薬コレクションから適合生物学的試薬と共に提示される。ｓｉＲＮＡ試薬および適合生物学的試薬は、たとえばｓｉＲＮＡ試薬および適合生物学的試薬の購入へのリンクを含む購買機能と共に提示されてもよい。
【０１７８】
もう一つの例において、ユーザは、特注のｓｉＲＮＡを注文してもよい。特注のｓｉＲＮＡの注文が入ると即座に、ユーザにはｓｉＲＮＡ標的に適合生物学的試薬、並びに標的に関連がある任意の経路および細胞と共に提供される。
【０１７９】
実施例２
単離タンパク質を含む生物学的試薬のコレクション
生物学的試薬のコレクションは、たとえば単離タンパク質を含んでいてもよい。当業者であれば、当業者であれば、ｓｉＲＮＡ試薬に関する本実施例を、たとえばその他の核酸、タンパク質および抗体を含む生物学的試薬のコレクションを例示するために使用してもよいことを認識するであろう。たとえば、生物学的試薬のコレクションは、たとえば細菌、昆虫、植物および動物を含む任意の生物体から単離タンパク質を含んでいてもよい。単離タンパク質は、たとえば単離された天然のタンパク質、単離された組換え天然のタンパク質および単離された翻訳後修飾をもつ組換えタンパク質を含む。このようなコレクションは、たとえば哺乳類の単離タンパク質、もしくはたとえば、本明細書において表１１に提示したものなどのヒト単離タンパク質、または本特許出願の出願時にｈｔｔｐアドレスｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．  ｃｏｍに開示され、およびリンクされた任意の単離タンパク質を含んでいてもよく、コレクションは、その全体が参照により本明細書に援用される。このようなコレクションは、たとえば本明細書において表１０（タンパク質は、タンパク質機能的ファミリーによって並べてある）に提示したものなどの種々のタンパク質ファミリーおよびクラスの代表を含んでいてもよい。そのようなタンパク質機能ファミリーには、例えば、生物過程、挙動、細胞通信、細胞シグナリング、信号伝達、発現、細胞分化、胚発生、成長、細胞発育、形態形成、再生、生理的方法、細胞死、細胞ホメオスタシス、細胞増殖、細胞周期、輸送、イオン輸送、タンパク質輸送、死、代謝、生合成、タンパク質生合成、炭水化物代謝、異化、電子伝達、エネルギー経路、脂質代謝、ＤＮＡ代謝、転写、タンパク質代謝、タンパク質生合成、タンパク質修正、二次代謝、細胞構成要素、細胞、細胞エンベロープ、細胞壁、菌体内、染色体、核染色体、細胞原形質、細胞質内ベシクル、細胞骨格、サイトゾル、小胞体、エンドソーム、ゴルジ装置、ミトコンドリア、ペルオキシソーム、リボソーム、液胞、ライソソーム、核、核染色体、核膜、核小体、核液、リボソーム、核膜、形質膜、細胞外、細胞間マトリックス、細胞外空間、非局在化、分子機能、抗酸化剤活性、結合、カルシウムイオン結合、炭水化物結合、脂質結合、核酸結合、ＤＮＡ結合、クロマチン結合、転写因子活性、リボゾームリボ核酸結合、ヌクレオチド結合、タンパク質結合、アクチン結合、受容体結合、触媒活性、ヒドロラーゼ活性、ヌクレアーゼ活性、ペプチダーゼ活性、キナーゼ活性、プロテインキナーゼ活性、トランスフェラーゼ活性、エンザイムレギュレータ活性、運動活動性、信号トランスデューサ活性、レセプタ活性、受容体結合、構造分子活性、輸送体活性及びイオンチャネル活性に関与するタンパク質が含まれる。
【０１８０】
単離タンパク質を含む生物学的試薬のコレクションは、たとえば入力インターフェースまたは入力機能に検索語を入力することによって検索してもよい。このような検索語は、たとえば単離タンパク質、タンパク質をコードする核酸または遺伝子、タンパク質と結合するか、またはさもなければ相互作用するタンパク質などの生体分子、単離タンパク質がメンバーであるタンパク質機能的ファミリー、タンパク質を含む細胞経路またはタンパク質もしくは細胞経路と関連する疾患を同定するために使用し得る任意の用語を含んでいてもよい。探索語は、たとえば遺伝子記号、アクセス番号、ＦＡＳＴＡ見出し、キーワード、ローカスＩＤ、ユニジーンＩＤ、カタログ番号、タンパク質名、生物学的経路、疾患、疾患経路、疾患経路メンバー、細胞過程、アミノ酸配列またはヌクレオチド配列を含んでいてもよい。
【０１８１】
一つの例において、ユーザが検索語を入力してもよい。一旦ユーザが検索語を入力すると、検索またはソーティング機能を使用して、特定の検索語に適合し、または関連したコレクションからの単離タンパク質のサブグループが同定される。ユーザは、たとえば多くの検索語に適合単離タンパク質、たとえば最も密接に適合単離タンパク質、またはたとえば、３つ、５つ、１０、１５、２０、３０、５０もしくは１００個の最も密接に適合単離タンパク質を提示してもよい。これらは、たとえば遺伝子記号と最も密接にマッチした単離タンパク質を含んでいてもよく、また、たとえば遺伝子記号と関連する遺伝子と同じ細胞経路上の上流もしくは下流に含まれる遺伝子と関連するｓｉＲＮＡ試薬を含んでいてもよい。ユーザは、出力ｓｉＲＮＡ試薬のうちの少なくとも１つを選択してもよく、次いで、適合生物学的試薬コレクションから適合生物学的試薬と共に提示される。単離タンパク質および適合生物学的試薬は、たとえば単離タンパク質および適合生物学的試薬の購入へのリンクを含む購買機能と共に提示されてもよい。
【０１８２】
もう１つの例において、ユーザは、特注の単離タンパク質を注文してもよい。特注の単離タンパク質の注文が入ると即座に、ユーザには単離タンパク質に適合生物学的試薬、並びに単離タンパク質に関連がある任意の経路および細胞と共に提供される。
【０１８３】
昆虫細胞におけるタンパク質発現
単離タンパク質は、たとえば天然のタンパク質をこれらの天然の供与源から単離すること、または組換えタンパク質を、インビトロでこれらを合成することによるか、もしくはたとえば、細菌植物、昆虫もしくは哺乳類などの動物細胞などの組換え供与源からこれらを単離することによって単離することを含む、当業者に公知のいずれの方法に従って単離していてもよい。昆虫細胞由来の組換えタンパク質の発現および単離の例を本明細書に提示してあるが、適合生物学的試薬コレクションの単離タンパク質は、昆虫細胞から単離されたものに、または本明細書に提示した特定のプロトコルに限定されるわけではない。
【０１８４】
移行クローン調製およびプラスミド単離：ヒトクローンの大腸菌培養を２ｍｌの深いウェルの培養プレートに５０μｇ／ｌのアンピシリンおよび５０μｇ／ｌのカルベニシリンを含む９００μｌの２×ＹＴ培地を接種し、３７℃のフロアシェーカーにおいて一晩増殖の間インキュベートした（２２０ｒｐｍ）。翌日、ｈＯＲＦクローンを含むプラスミドをＥｐｐｅｎｄｏｒｆｓ  Ｐｅｒｆｅｃｔｐｒｅｐ  Ｐｌａｓｍｉｄ  ９６  Ｖａｃ  Ｄｉｒｅｃｔ  Ｂｉｎｄキット（エッペンドルフ）によって単離する。プラスミドＤＮＡを７０ｖｌのＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｇｒａｄｅ  Ｗａｔｅｒで溶出する。ＤＮＡの品質および量は、１％のＥ−Ｇｅｌ  ９６アガロースゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上で５μｌの単離プラスミドＤＮＡを泳動することによって視覚化する。
【０１８５】
ｐＤＥＳＴ  ２０ベクター内のＬＲ反応：
ＬＲ反応は、上記移行クローンおよび以下の混合物の目的ベクターｐＤＥＳＴ２０．２．５μｌと共に、１０μｌの体積で９６ウェルＰＣＲプレートにて行う：１００μｌのＬＲ反応緩衝液（５×貯蔵物、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、５０μｌの再懸濁されたｐＤＥＳＴ２０  ＤＮＡ（６μｇ）および１００μｌのＬＲ  クローン（５×貯蔵物）を９６ウェルＰＣＲプレートのそれぞれのウェルに分注し、２．５μｌの単離移行クローンプラスミドをそれぞれのウェルに添加する。プレートをアルミ箔カバーで封着し、簡単に３０００ｒｐｍにて遠心沈殿させ、２５℃にて一晩インキュベートする。
【０１８６】
ｐＤＥＳＴ２０  ＬＲのＤＨｌＯＢａｃへのトランスフォーメーション：
４０μｌのＤＨ１  ＯＢａｃ受容細胞を、一晩ＬＲ混合物を含む９６ウェルプレートのそれぞれのウェルに分配する。細胞混合物を含むプレートを４℃にて１５分間インキュベートし、次いで細胞に４２℃にて４０秒間熱ショックを与える。冷却後、１２０μｌのＬＢ培地をそれぞれのウェルに添加し、プレートを振盪せずに３７℃にて５時間インキュベートする。５時間のインキュベーション終了後、５０μｌの細胞を２ｍｌの９６の深いウェル培養プレート中のゲンタマイシン（μｇ／ｌ）、カナマイシン（５０μｇ／ｌ）およびテトラサイクリン（１２μｇ／ｌ）を含む５００μｌのＬＢ培地に希釈する。培養を２２０ｒｐｍにて振盪しながら３７℃にて一晩（１２〜１８時間）インキュベートする。翌朝、一晩培養物を、９６ピンレプリケーターを使用して８００μｌの蒸留水中に希釈する。９６ウェルプレートのそれぞれのウェルからの２０μｌの希釈した一晩培養物をゲンタマイシン、カナマイシンおよびテトラサイクリンに加えてＬＢ培地を含む１枚のＮｕｎｃ四角プレート上にまく。プレートを３７℃にて一晩インキュベートする。翌日、それぞれのウェルに６０μｌのＬＢさらにゲンタマイシン（１４μｇ／ｌ）およびカナマイシン（１００μｇ／ｌ）を含む２つのＭａｎｔｉｓ  ３８４−ウェル出力プレートを調製し、それぞれのトランスフォーメーションプレートから８個のコロニーをＭａｎｔｉｓコロニーピッカーによって出力プレートのそれぞれのウェル内に採集する。出力プレートを３７℃にて一晩インキュベートする。
【０１８７】
青−白コロニーＱＣ：
出力プレートにおける培養を、３８４ピンレプリケーターを使用してＬＢ／Ｂｌｕｏ−Ｇａｌ寒天板上に複製し、プレートを３７℃にて少なくとも１〜２日間、または青色が発色するまでインキュベートする。青および白のコロニーをＡｌｐｈａ  Ｆｌｕｏｒ  Ｃｈｅｍ  ８１００を使用して解析する。増殖がないか、または明るく、もしくは青いコロニーのいずれかがあるウェルは、次の手順を行わなかった。それぞれのクローンからの１継代コロニーを選択し、３８４−ウェル出力プレートから９００μｌの２×  ＹＴ培地さらにカナマイシン５０μｇ／ｌおよびゲンタマイシン７μｇ／ｌを含む９６ウェルの２ｍｌの深いウェルプレート内に再び並べる。
【０１８８】
Ｂａｃｍｉｄ単離：
培養プレートを１８０ｒｐｍにて振盪しながら３７℃にて約２０〜２２時間培養する。翌日、ｂａｃｍｉｄ  ＤＮＡを、Ｐｅｒｆｅｃｔｐｒｅｐ  ＢＡＣ  ９６キットを使用して製造業者（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）のプロトコルに従って単離する。５μｌの精製したｂａｃｍｉｄ  ＤＮＡを１％のＥ−Ｇｅｌ  ９６アガロースゲルで解析する。
【０１８９】
トランスフェクションおよび増幅：
昆虫Ｓｆ９細胞を１０％（ｖ／ｖ）ウシ胎児血清（ＦＢＳ）および１％（ｖ／ｖ）ペニシリン／ストレプトマイシンを補ったＳＦ−９００  ＳＦＭ培地中で培養し、１００ｒｐｍにて一定攪拌しながら２６℃にてクモ型フラスコにおいてインキュベートした。トランスフェクションの日に、細胞を計数し、グレースの昆虫非補充培地中に５×１０５細胞／ｍｌの最終菌体濃度に希釈する。１００μｌの細胞を９６ウェル平底組織培養プレートのそれぞれのウェルに分注し、２６℃にて１時間プレートの表面に付着させる。一方、新たな９６ウェルＰＣＲプレートに、ＤＮＡおよびセルフェクション混合物を以下のとおりに調製する。
【０１９０】
混合物Ａ：３μｌのグレース昆虫培地を、最初に９６ウェルＰＣＲプレートのそれぞれのウェルに添加し、次いで上記ステップからの３μｌの精製したｂａｃｍｉｄ  ＤＮＡを同じプレートのそれぞれのウェルに添加して培地と混合する。
【０１９１】
混合物Ｂ：それぞれのトランスフェクションについて、０．３μｌのセルフェクションを５μｌのグレース昆虫非補充培地に希釈する。
【０１９２】
混合物Ａに混合物Ｂを添加した後、ＤＮＡ：セルフェクション混合物を室温で４５〜６０分間インキュベートする。４５〜６０分のインキュベーション時間後、それぞれのトランスフェクションについて、５０μｌのグレース昆虫培地を混合物ＡおよびＢに添加する。一方、Ｓｆ９細胞を１００μｌのグレース昆虫培地で  一度洗浄し、最後に希釈した混合物ＡおよびＢ（約６０μｌの体積）と置き換える。細胞を２６℃において５時間インキュベートする。インキュベーション後、トランスフェクション混合物を含む上清を除去し、１０％のＦＢＳを含む１００μｌのＳＦ−９００  ＳＦＭ培地および１％（ｖ／ｖ）ペニシリン／ストレプトマイシンと置き換える。細胞をさらに２６℃にて７２時間インキュベートする。形質移入後の７２時間に、本来のウイルス（１００ｌ）を含む上清を収集し、無菌の丸底９６ウェルプレートに移す。プレートを封着して、暗がりで４℃にて貯蔵する。長期保存のために、ウイルスを貯蔵することができる（−８０℃）。本来のウイルスは、ウイルス力価を増大させるために一度増幅する。１００μｌのＳｆ９細胞を９６ウェル組織培養プレートのそれぞれのウェルに１×１０６細胞／ｍｌ密度にてプレートにまき、２６℃にて少なくとも半時間プレートの表面に付着させる。２μｌの本来のウイルスを細胞に添加し、細胞を２６℃にて７２時間インキュベートする。感染の７２時間後に、増幅されたウイルスを新たな無菌の丸底９６ウェルプレートに収集し、４℃  または−８０℃にて貯蔵するか、またはタンパク質発現のために直接使用する。
【０１９３】
タンパク質発現：
Ｓｆ９細胞を計数し、１０％のＦＢＳ  ＋１％ペニシリン／ストレプトマイシンを含むＳＦ−９００  ＩＩ  ＳＦＭ培地に２×１０６細胞／ｍｌの最終細胞密度に希釈する。６００μｌのＳｆ９細胞を９６ウェルまでの深さの細胞培養プレートのそれぞれのウェルに分注し、６μｌの増幅されたウイルス株をウェルに添加する。プレートを微孔質密封フィルムで封着し、これに空気を加圧して、インキュベーションの間に浸透させ、Ｈｉｇｒｏ（商標）カセットに充填する。Ｈｉｇｒｏ（商標）は、４５０ｒｐｍにて振盪しながら２６℃にて７２時間実行する。
【０１９４】
タンパク質精製：
ボックスを、Ｈａｒｂｉｌペイントシェーカを使用してプロテアーゼ阻害剤を含む６５０μＬのＴｒｉｓ溶解緩衝液中で３０秒間溶解し、１５分間振盪してインキュベートして、次いで再び３０秒間溶解する。可溶化液を遠心分離によって透明にする。３８μＬのグルタチオン−セファロース４Ｂ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を添加し、振盪しながら６℃にて１時間インキュベートし、次いで、９６ウェルＰＶＤＦフィルター板（Ｗｈａｔｍａｎ）へ転写したスラリーを２００μＬのＨＥＰＥＳ洗浄液緩衝液１で２回洗浄して、２００μｌ  ＨＥＰＥＳ緩衝液２で２回洗浄する。タンパク質を６５μＬのＥｌｕｔｉｏｎ  Ｂｕｆｆｅｒで溶出し、３８４枚のウェルプレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ、ポリプロピレン／平底）に圧密化する。
【０１９５】
ウェスタンＱＣ試料調製：
発現期間の終わりに、深いウェルの培養プレートのそれぞれのウェルから５０μｌの細胞を新たな９６ウェルＰＣＲプレートに移す。細胞を遠心分離して、溶解緩衝液中で溶解し、細胞全体の可溶化液としてさらなる解析の準備をする。タンパク質を精製後、１０μｌの精製したタンパク質を新たな９６ウェルＰＣＲプレートに移す。１０μｌの２×  ＳＤＳ試料緩衝液をそれぞれのウェルに添加し、ＰＣＲ装置中で１０分間沸騰した。
【０１９６】
ＳＤＳ−ＰＡＧＥ：
購入した成型ゲルを１５０ボルトにて３０分間プレランする。それぞれのゲルは、２６レーンを有し、したがって、９６ウェルプレートの２列からの１０μｌの変性させた精製したタンパク質を１２−チャンネルピペットマンを使用して同じゲルに充填する。同じゲル上で、１０μｌの適切なタンパク質分子量マーカーおよび１０μｌの標準的ＧＳＴタンパク質（１０μｇ／ｌ）を２本の別々のレーン上に充填する。ゲルを１５０ボルトの定電圧にて１時間か、またはブロムフェノールブルーマーカー色素がゲルの底端部に近くなるまで泳動する。
【０１９７】
ブロッティング：
それぞれのニトロセルロース膜を標識して、Ｗｈａｔｍａｎｎ３  ＭＭ紙に加えて数分間転写緩衝液に浸漬する。成型ゲルを開けて、ニトロセルロース膜をゲルの上面に配置し、２つのＷｈａｔｍａｎｎ３ＭＭ紙をゲル−膜のそれぞれの側に配置する。ゲルサンドウイッチをゲルの上面にニトロセルロース膜を備えたセミドライブロッティング装置の表面上に配置する。それぞれのゲルサンドウイッチについて、エレクトロブロッティングを定電流２５０ｍＡにて２０分間行う。ブロッティング後、装置をディセンブルし、以下に記述したように膜を免疫化学的にプローブする。
【０１９８】
＊  非特異的タンパク質結合は、膜を遮断緩衝液（ＴＢＳ、０．５％  Ｔｗｅｅｎおよび５％  粉乳）中で室温にて２時間または４℃にて一晩インキュベートすることによって遮断する。
【０１９９】
＊  遮断緩衝液を捨て、膜を室温１〜２時間または４℃にて一晩にての遮断緩衝液中の一次抗体（ウサギポリクローンＧＳＴ、１：５０００希釈）と共にインキュベートする。
【０２００】
＊  膜を洗浄緩衝液で、それぞれについて１５分間の洗浄で３回洗浄する。
【０２０１】
＊  膜をＴＢＳ、０．２％  ＢＳＡ中の第二抗体（ＨＲＰ抱合ヤギ抗ウサギＩｇＧに対して１：５０００希釈）と共に室温にて１〜２時間インキュベートする。
【０２０２】
＊  膜を洗浄緩衝液で、それぞれについて１５分間の洗浄で３回洗浄する。
【０２０３】
膜発色：
３回目の膜の洗浄後、これを発色するための準備をする。膜から過剰の緩衝液を洗浄し、これを紙塔上に５秒間置くことによって遮断する。ＲＡＤＴａｐｅの小片を膜上の予め染色された分子量マーカーのそばに配置し、マーカーのそれぞれのバンドの位置を手でテープにマークする。透明シートの透明な表面上に、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ  Ｗｅｓｔ  Ｐｉｃｏ  Ｍａｘｉｍｕｍ  Ｓｉｇｎａｌ基質の１７０μｌの溶液Ａを１７０μｌの溶液Ｂと混合する。膜をこの混合物上に配置し、これが溶液によって完全にカバーされたことを確認する。膜をＡｌｐｈａ  Ｉｎｎｏｔｅｃｈ  Ｆｌｕｏｒｏ  Ｃｈｅｍ  Ａｐｐａｒａｔｕｓで閲覧し、イメージをデータベースに保存する。
【０２０４】
ウェスタンＱＣデータ分析：
ウエスタンブロットイメージをＷｅｓｔｅｒｎ  Ｋｏｄａｋ  １Ｄ  ３．５ソフトウェアにロードし、ソフトウェアによって解析する。分子量マーカー上のタンパク質のサイズに基づいて、イメージのそれぞれのタンパク質についてのそれぞれのバンドのサイズをソフトウェアによって算出する。全てのデータファイルを保存し、ＰｒｏｔｏＭｉｎｅにアップロードし、Ｗｅｓｔｅｒｎ  ＱＣでタンパク質を以下の基準に基づいて通すか、または不合格にする：
１．  算出分子量が予測される分子量の２０％の範囲内にある場合、これを通す。
【０２０５】
２．  算出分子量が予測される分子量の２０％の範囲より上にある場合、これを通す。
【０２０６】
３．  算出分子量が予測される分子量の２３％の範囲より下にある場合、これを不合格にする。
【０２０７】
４．  強力なタンパク質バンドがＧＳＴタグについて予想される分子量で観察される場合、これを不合格にする。
【０２０８】
５．  タンパク質バンドがウエスタンブロットから観察されない場合、これを不合格にする。
【０２０９】
濃度ＱＣ−ヒトタンパク質の濃度は、マイクロアレイを使用して測定する。ヒトタンパク質および対照をＳ＆Ｓ  ＦＡＳＴスライド上にプリントする。アレイを抗ＧＳＴ抗体で、続いてＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７抗体によってプローブする。タンパク質濃度は、アレイ上のＧＳＴ標準勾配およびヒトタンパク質のスポットの強度に由来する。
【０２１０】
実施例３
生体分子経路検索の実施例
生体分子経路検索の例証の目的で、カルシウムシグナリング経路を本実施例では使用するが、本発明は、いずれの特定の経路にも限定されるわけではない。カルシウム（Ｃａ２＋）は、多くの異なる細胞反応に関与する有力なシグナリング分子である。受容体活性化に続いて、ホスファチジルイノシトール特異的ＰＬＣ（ＰＩ−ＰＬＣ）ファミリーのメンバーがホスファチジルイノシトール４，５二リン酸エステル（ＰＥＰ２）を加水分解して、イノシトール１，４，５三リン酸エステル（ＩＰ３）およびジアシルグリセロール（ＤＡＧ）を産生する。ＩＰ３は、小胞体からの細胞内Ｃａ２＋の放出を開始する。その後に、容量性カルシウム流入と呼ばれるプロセスによって、Ｃａ２＋放出で活性化されたカルシウムチャネル（ＣＲＡＣ）の活性化を介して細胞外カルシウム流入が起動される。
【０２１１】
カルモジュリン（細胞内Ｃａ２＋センサー）は、Ｃａ２＋と結合し、セリン−スレオニンホスファターゼカルシニューリンを活性化する。カルシニューリンは、核転位置を活性化するＮＦＡＴｃ転写因子のＮ末端のセリン残基を脱リン酸化する。核において、ＮＦＡＴｃタンパク質は、その他の関連する転写因子（ＮＦＡＴｎ）と組み合わさってＤＮＡと結合し、遺伝子発現を調節する。Ｃａ２＋およびＤＡＧによって調節されるもう一つのタンパク質ファミリーは、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）である。ＰＫＣは、細胞周期、増殖、分化、細胞骨格の組織、遊走およびアポトーシスを含む多くの異なる細胞プロセスを調節するセリン−スレオニンキナーゼである。ＰＫＣ酵素ファミリーは、従来の（α１、β１、β２、γ）、新規（δ、ε、η、θ、μ）、および非典型的アイソフォーム（ξ、λ）に対応する３つのサブグループを含む。従来のＰＫＣアイソフォームだけがＣａ２＋によって活性化されるが、従来の、および新規のＰＫＣアイソフォームは、両方ともＤＡＧによって活性化される。
【０２１２】
カルシウムシグナリング経路に関連したデータベースからの製品が必要なユーザは、この経路に関連した検索語を入力してもよい。たとえば、ユーザは、「カルシウムシグナリング経路」という用語を入力してもよい。その検索の結果として、出力は、たとえば、その経路に適合する生物学的試薬コレクションの全てのメンバーであってもよい。たとえば、出力は、核酸、タンパク質、ｓｉＲＮＡ試薬、抗体、並びにホスファチジルイノシトール−ＰＬＣ、カルモジュリン、カルシニューリン、ＮＦＡＴおよびプロテインキナーゼＣの少なくとも一つを発現する細胞株、並びにホスファチジルイノシトール４，５二リン酸エステル（ＰＩＰ２）、細胞培養製品、検出製品、アッセイ法キット、酵素、酵素基質、分離媒体、特異的マイクロアレイおよびその他の適合生物学的試薬などのアッセイ試薬を含んでいてもよい。
【０２１３】
一つの例において、ユーザには、最初に経路メンバーの名称と共に提示されてもよく、経路メンバーは、その他のその経路メンバーに適合生物学的試薬にそれぞれリンクされる。または、ユーザは、経路のただ１つのメンバー、たとえば「カルシニューリン」を入力してもよく、経路についての全ての情報およびリンクか、またはカルシニューリンに関連した経路および適合生物学的試薬の単なるメンバーのいずれかのとして出力が得られる。もう一つの検索において、ユーザは、カルシウムシグナリング経路が関係する疾患の名称を入力し、出力として経路のために生物学的に適合試薬を受けてもよい。
【０２１４】
実施例４
疾患経路検索の実施例
疾患経路検索の例証の目的で、特定の疾患に関連した検索語を入力してもよい。しかし、本発明は、いずれの特定の経路に限定されるわけではないことが理解される。たとえば、アルツハイマー病に関係する経路に含まれる生物学的要素に関連した検索において、キーワード「アルツハイマーの」を入力することにより、出力は、たとえばその経路に適合する生物学的試薬コレクションの全てのメンバーであってもよい。たとえば、出力は、核酸、タンパク質、ｓｉＲＮＡ試薬、抗体およびＡＣＰ、アシル−ＡＣＰシンセターゼ、ＡｐｏＥ２、ＡｐｏＥｌ、ＡｐｏＥ３、ＢＡＣＥ１、ＧＧＴａｓｅ−１、Ｒａｃ−１、Ｒａｓ、Ｒａｂ、タウおよびＶＥＧＦの少なくとも一つを発現する細胞株を含んでいてもよい。また、出力は、細胞培養製品、検出製品、アッセイキット、酵素、酵素基質、分離媒体、特異的マイクロアレイおよびその他の適合生物学的試薬などのアッセイ試薬を含んでいてもよい。一つの例において、ユーザには、最初に経路メンバーの名称と共に提示されてもよく、経路メンバーは、その他のその経路メンバーに適合生物学的試薬にそれぞれリンクされる。
【０２１５】
実施例５
図表により集積された生物学的経路または機能検索の例
顧客が生物学的試薬にアクセスするのをより容易にするために、種々の生物学試薬的を表すビジュアルリンクを生物学的経路の一部として図表形態で提示してもよい。本実施例は、本出願の適合生物学的試薬などの生物学的試薬を生物学的に関連した状況で顧客に提示する販売方法を提示する。顧客には、生物学的経路、たとえば生物学的経路マップのグラフィック表現と共に提示され、次いで、顧客は、経路をたどって個々の遺伝子に、次いで関連した製品に進んでもよい。さらにまた、顧客は、入力機能の一部である検索機能を使用して、多数の検索基準（たとえば、キーワード、遺伝子名、遺伝子記号、Ｇｅｎｅ  ＩＤ）を使用して適合試薬同一性および特徴のデータベースに問い合わせること、構造的および／または生物学的状況において互いに関連がある生物学的試薬を同定するだけでなく、これらの生物学的製剤を含む経路をも同定することができる。したがって、顧客は、データベースに問い合わせて、たとえば関心対象の１つまたは複数の遺伝子、タンパク質または経路を同定してもよい。また、遺伝子、タンパク質、その他の生物学的試薬または経路は、たとえば売主によって提供されるもの、または公的に利用され得るものなどの、たとえば機能的な注釈にリンクされていてもよい。一旦顧客に標的生体分子または経路を同定するための入力機能を提示して、入力情報を提供したならば、顧客には、購買機能と共に提示してもよい。購買機能は、たとえば、標的生体分子を含む生物学的経路のグラフィック表現を含んでいてもよい。グラフィック表現は、たとえば少なくとも１つのビジュアルリンクを含んでいてもよく、このビジュアルリンクは、標的生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能に関連がある。生物学的経路のグラフィック表現は、当業者に公知の任意の供与源から、およびたとえば、Ｇｅｎｅ  Ｇｏ，  Ｉｎｃ．（５００  Ｒｅｎａｉｓｓａｎｃｅ  Ｄｒｉｖｅ，  Ｓｕｉｔｅ  １０６，  Ｓｔ．  Ｊｏｓｅｐｈ，  ＭＩ  ４９０８５；ワールドワイドウェブアドレス、ｗｗｗ．ｇｅｎｅｇｏ．ｃｏｍ）から得てもよい。
【０２１６】
本実施例では、顧客には、これらの生体分子（図２０）を含む生体分子および経路のコレクションに関連した情報のデータベースを検索するための入力ページと共に示される。入力情報のタイプは、特定の標的生体分子または生物学的経路を同定するために十分ないずれの識別子を含んでいてもよく、たとえば本出願のいずれの識別子を含んでいてもよい。さらに、入力情報は、タンパク質またはＤＮＡ発現アレイから得られるデータを含んでいてもよい。次いで、顧客がウィンドウに入力情報を入れる。この方法を使用し、顧客は、たとえばＤＮＡ発現アレイデータを含むファイルを、たとえばアップロードしてもよく、データを、示したデータが発現される特定の標的分子に関連があるプロテオミクス経路にマップする。また、顧客は、顧客のショッピングカート内の製品を利用でき、またはリンクする標的生体分子の一覧を閲覧し得る。一旦検索が行われ、標的生体分子および経路がデータベースから同定されたら、ユーザは、たとえば遺伝子名、経路名および遺伝子記述を示す検索結果のリストからユーザの研究に関連する特異的な経路を同定してもよい（図２１）。次いで、これらの特定の経路のグラフィック表現には、標的生体分子に関連した１つまたは複数の生物学的試薬の購入機能に関連した少なくとも１つのビジュアルリンクを含める。また、顧客は、関連した生物学的試薬を有し得る生物学的経路の一覧または機能を介して閲覧してもよい（図２２）。
【０２１７】
前述したディスプレイ上の１つの経路名をクリッキングすると、標的経路に関与する遺伝子およびタンパク質など分子、並びにこれらの間の相互作用を図示する生物学的経路マップのディスプレイが開く。さらにまた、出力情報が、生物学的経路マップの形態である場合、マップは、たとえば顧客が特定のセクションにズームインし、またはズームアウトし、およびスクロール可能である形態でインターフェースに示されてもよい（図２３）。マップは、ユーザの選択に基づいて、遺伝子記号などの特定の標的生体分子に関連した記号を示してもよい。たとえば、特定の標的生体分子を示すために使用される種々の名称または識別子のいずれをマップ上で使用してもよい。ユーザには、関連する製品およびツールと共に全ての遺伝子が強調表示され得るという選択肢があり得るし、またはユーザは、特定の関連する製品およびツールがある遺伝子のみが強調表示されることを要求してもよい。たとえば、ユーザは、ハイライトに、生物学的試薬のコレクションに関連するクローンを有するマップ上の遺伝子のみを強調表示するように選択することができる。一つの例において、ユーザは、コンピュータマウス使用することにより、種々の標的生体分子記号のためのビジュアルリンクと関連した情報にアクセスしてもよい。この方法では、一回のマウスクリックにより、たとえば簡単な遺伝子記述ボックスを提供してもよく、一方で簡単な遺伝子記述ボックスから完全な遺伝子記述にアクセスできる。この例において、完全な遺伝子記述ボックスは、購入し得る種々の生物学的試薬を示し、または製品ページにリンクされていてもよい（図２６）。また、簡単な遺伝子記述ボックスは、製品ページに辛苦されていてもよい。場合によっては、多くの生物学的試薬を利用できる場合は、完全な遺伝子記述ボックスでは、生物学的試薬に関する要約した情報を提供し、次いで、種々の生物学的試薬のためにより具体的なページにリンクしていてもよい。
【０２１８】
標的生体分子ビジュアルリンクは、図２４または２５に示したものなどの、機能的注釈にリンクされていてもよい。図２４は、その遺伝子のための標準物質として役立つ標的遺伝子のために利用できる一般的情報の多くを要約するＧｅｎｅｌｎｆｏｒｍａｔｉｏｎまたはＧｅｎｅＣａｒｄページを図示する。本ページには、１つまたは複数の外部のウェブサイトへの１つまたは複数のリンクを含むことができる。
【０２１９】
ユーザには、関連するマップおよび利用できる製品およびサービスを後で見るために、彼らの標的生体分子、経路または関心対象の検索結果を、たとえばショッピングカートデータベースまたは顧客同定機能と関連したその他のデータベースなどのデータベース上に格納する選択肢があってもよい。また、売主は、そのユーザに対してその他の関連した製品を市販するために、ユーザの検索または購入品を追跡してもよい。
【０２２０】
一つの例において、顧客は、タンパク質ｐ５３に関連した生物学的試薬の購入を望んでいてもよい。図２０に示したように、顧客は、アレイデータまたはヌクレオチドまたはタンパク質配列を入力することを含む、適合試薬のコレクションに関して情報のデータベースを検索するために、任意のキーワードまたはｐ５３の識別名を入力してもよい。次いで、顧客には、図２１に示したように、成分としてｐ５３を含む種々の生物学的経路マップを示すページが示される。生物学的経路マップへのリンクの１つをクリッキングすることにより、顧客には、その経路のマップが種々の生物学的試薬（図２３）へのハイパーリンクと共に示される。経路上のビジュアルリンクのうちの１つをクリッキングすることにより、機能的注釈を出力する（図２４および２５）。機能的注釈は、たとえば遺伝子およびその可能性または公知の機能に関する情報を含んでいてもよい。この注釈ページは、製品ページにリンクされていてもよく、または経路ビジュアルリンクは、たとえば図２６に示すように製品ページにリンクされていてもよい。製品ページは、購買機能へのリンクを提供する。したがって、顧客は、次いで製品を製品ページから選択して、ショッピングカートにそれを追加して、製品を購入してもよく、次いでこれを売主が顧客に出荷してもよい。
【０２２１】
実施例６
データベースシステム
当業者には、コンピュータ１０１がより大きなシステムの一部であることができることを認識するであろう（図１）。たとえば、コンピュータ１０１は、その他のコンピュータとデータ通信されているサーバコンピュータであることができる。図１に図示したように、コンピュータ１０１は、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）またはインターネットなどのネットワーク１０３を経て、クライアントコンピュータ１０２とデータ通信される。
【０２２２】
特に、コンピュータ１０１は、本発明の教示に従って、インバウンドソースからネット販売へのセッショントラッキングを行うためのセッショントラッキング回路を含むことができる。一つの態様において、当業者に認識されるように、本発明は、コンピュータ１０１によって実行されるソフトウェアにおいて実行することができ、これは、さらに後述するように、それはネットワーク１０３を経てクライアントコンピュータ１０２とデータ通信されるサーバコンピュータである（たとえば、ソフトウェアは、メモリ１０４に貯蔵して、ＣＰＵ  １０５で実行することができる）。
【０２２３】
本発明は、ハードウェア、ソフトウェアまたはこれらの組み合わせを使用して実行してもよく、コンピュータシステムまたはその他の処理システムで実行してもよい。例示のコンピュータシステム１００を図１に示してある。コンピュータシステム１００は、１つまたは複数のプロセッサを含む。プロセッサは、コミュニケーションバスに接続することができる。種々のソフトウェア態様を本実施例のコンピュータシステムに関して記述してある。この記述を読んだ後には、関連技術の当業者には、その他のコンピュータシステムおよび／またはコンピュータキテクチャを使用して本発明をどのように実行するかが明らかになるであろう。
【０２２４】
また、コンピュータシステム１００は、メインメモリ、たとえば１０４、好ましくはランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）および二次記憶を含むことができる。二次記憶は、たとえばハードディスクドライブおよび／またはフロッピー（登録商標）ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、メモリカードなどを示す着脱可能記憶ドライブを含むことができる。着脱可能記憶ドライブは、周知の様式で着脱可能記憶ユニットから読み込み、および／または書き込む。着脱可能記憶ユニットは、フロッピー（登録商標）ディスク、磁気テープ、光ディスク、その他を含むが、これらに限定されるわけではなく、たとえば着脱可能記憶ドライブによって読み込まれ、書き込まれる。明らかなように、着脱可能記憶ユニットは、計算機が使用可能な記憶媒体有する貯蔵されたその中にコンピュータソフトウェアおよび／またはデータを含む。
【０２２５】
代わりの態様において、二次記憶は、コンピュータプログラムまたはその他の命令をコンピュータシステム１００にロードさせるためのその他の同様の手段を含んでいてもよい。このような手段には、たとえば着脱可能記憶ユニットおよびインターフェース装置を含むことができる。このようなものの例には、プログラムカートリッジおよびカートリッジインターフェイス（テレビゲーム装置で見られるものなど）、着脱可能メモリチップ（ＥＰＲＯＭまたはＰＲＯＭなど）および関連するソケット、並びにソフトウェアおよびデータを着脱可能記憶ユニットからコンピュータシステム１００に移すことができるその他の着脱可能記憶ユニットおよびインターフェースを含むことができる。
【０２２６】
また、コンピュータシステム１００は、通信インターフェイス（１０６）を含むことができる。通信インターフェースは、ソフトウェアおよびデータをコンピュータシステムと外部デバイスとの間で移動することができる。通信インターフェースの例は、モデム、ネットワークインターフェース（イーサネット（登録商標）カードなど）、通信ポート、ＰＣＭＣＩＡスロット、およびカード、その他を含むことができる。通信インターフェースを経て移動されるソフトウェアおよびデータは、シグナルの形態であり、これは通信インターフェースが受けることができる電子、電磁気、光学またはその他のシグナルであることができる。これらのシグナルは、チャンネルを経て通信インターフェースに提供される。このチャンネルがシグナルを運び、ワイヤーまたはケーブル、ファイバーオプティックス、電話回線、携帯電話リンク、ＲＦリンクおよびその他の通信チャンネルを使用して運ぶことができる。
【０２２７】
この文書において、「電子記憶媒体」という用語は、一般に、着脱可能記憶装置、ハードディスク装置に取り付けられたハードディスクおよびシグナルなどの媒体をいうために使用される。これらのコンピュータプログラム製品は、コンピュータシステム１００にソフトウェアを提供するための手段である。
【０２２８】
コンピュータプログラム（また、コンピュータ制御ロジックとも呼ばれる）は、主記憶装置および／または二次記憶装置に貯蔵される。また、コンピュータプログラムは、通信インターフェースを経て受けることができる。このようなコンピュータプログラムにより実行されたときに、コンピュータシステムが本明細書に論議したような本発明の特色を行うことができる。特に、コンピュータプログラムにより実行されたときに、プロセッサが本発明の特色を行うことができる。したがって、このようなコンピュータプログラムは、コンピュータシステム１００のコントローラを表す。
【０２２９】
本発明がソフトウェアを使用して実行される態様において、ソフトウェアは、コンピュータプログラム製品に記憶され、着脱可能記憶ドライブ、ハードドライブまたは通信インターフェースを使用してコンピュータシステム１００にロードされてもよい。制御ロジック（ソフトウェア）は、プロセッサによって実行されたときに、プロセッサに本明細書に記述したような本発明の機能を行わせる。
【０２３０】
もう一つの態様において、本発明は、たとえば特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）などのハードウェアコンポーネントを使用して、主にハードウェアにおいて実行される。本明細書に記述した機能を行うためのハードウェアステートマシンの実施態様は、関連技術の当業者に明らかであろう。
【０２３１】
さらにもう一つの態様において、本発明はハードウェアおよびソフトウェアの、両方の組み合わせを使用して実行される。加えて、データコンピュータシステムには、好ましくはディスプレイ（これは、グラフィック形態で情報を示すための任意の装置（１０１）ことができる）、キーボード（１０７）（これは、文字を入力するための任意の装置であることができる）およびボタンをもつマウス（これは、スクリーン位置を示すための任意の装置であることができる）を含む。
【０２３２】
本発明によって想定されるように、コンピュータシステムは、本発明の適合生物学的試薬情報を含むデータベースを有する。関連した態様において、特定のフィールドがもつ特性の選択には、検索可能かつ表示可能であるか、または表示可能なだけのフィールドを含んでいてもよい。
【０２３３】
関連した態様において、データベースは、構文解析可能である。構文解析は、検索のために情報が分けられている様式である。さらに関連した態様において、構文解析は、２つの方法の少なくとも１つにおいて見られてもよい。一つの方法は、コンピュータがあらゆる空間にて中断する一語一語である（語構文解析）。たとえば、「Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ  Ｍａｉｌ  Ｂｏｘ」などの表題では、コンピュータは、「Ｔｈｅ」、「Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ  」、「Ｍａｉｌ」および「Ｂｏｘ」の後に中断すると考えられる。したがって、それぞれの語を検索可能である。さらに語構文解析系では、コンピュータは、「ｔｈｅ」、「ｏｆ」および「ｂｕｔ」その他などの語を無視するようにプログラムすることができる。さらに、ハイフンでつないだ語は、コンピュータにより一語として読み込まれてもよく、システムが効率的に作動する場合は、テキストが完ぺきに一致していなければならない。
【０２３４】
第二の方法は、フレーズ構文解析である。このシステムでは、中断は、「中断」が示された場合にのみ生じる。それぞれのフレーズが中断されている場合を中断管理またはサブフィールド区切り文字が決定する。フレーズ構文解析により、二重語記述子の問題が解決する。これらの中断内では、検索を容易にするために情報が一致していなければならない。また、本発明によって想定されるように、システムは、より広範かつ完全な検索ができるように、語構文解析およびフレーズ構文解析の両方のためにプログラムすることができる。
【０２３５】
あるいは、データベースからファイルを検索するために、ブール演算式がユーザにより供給されてもよい（たとえば、米国特許第４，３８４，３２５号を参照されたい）。たとえば、このような演算式には、データベースの内の記録のフィールドを算術、論理的比較を引き出すための参照語を含む記録の対応するフィールドと算術的に比較する処理を含む。比較結果を、ユーザが供給したブール演算式（たとえば、ＡＮＤ、ＯＲ、ＡＮＤ  ＮＯＴ、その他を含むもの）の入力と比較して、ユーザが供給したブール演算式を比較が満たすかどうかが決定されるであろう。一つの態様において、ブール演算式のヒットが、適切な記録の同定に基づいて決定される場合は、対応する指標が存在し、またブール演算式が比較を決定することによって満たされないときは常に、ブール演算式としての個別の指標はない。
【０２３６】
本発明は、Ｕｎｉｘ（登録商標）および／またはＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）オペレーティングシステム下で作動するデータ処理システムに属するソフトウエアプログラムで実施してもよい。一つの態様において、ソフトウエアプログラムは、ｐｅｒｌ、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、およびＪａｖａ（登録商標）プログラミング言語で記述され、データ記憶として、リレーショナルデータベース管理システムを使用する。
【０２３７】
本発明に従って、データ処理システムは、ユーザから自然言語問い合わせなどの問い合わせを受け、ディスプレイスクリーニング上に問い合わせの用語を示す。それぞれの用語は、好ましくはボックスに囲まれて示される。示された用語およびそれを囲むボックスは、「タイル」と呼ばれるが、「タイル」という用語は、ボックスに囲まれている用語における使用のみに限定されるべきではない。その代わりに、「タイル」は、さらに一般的にいえば、示された問い合わせ語に対応するグラフィック表現をいう。
【０２３８】
また、想定されるデータ処理システムは、好ましくは、別の補助記憶装置（これは、好ましくは外部のハードディスクドライブであるが、また外部ＣＤ  ＲＯＭまたは同様のデバイスであることができる）に記憶された辞書およびシソーラスを含む。辞書は、たとえばブールの問い合わせの用語として使用され、それぞれの語についての品詞を同定することができる語の一覧を含む。語は、用語の多数のバリエーションに関連がある語形論的に語形変化がない形態である「引用形態」で辞書に貯蔵されていてもよい。たとえば、「ｃｏｐｙ」という用語は、好ましくは辞書に貯蔵され、動詞または名詞のいずれを同定してもよい。メモリには、これらが辞書で調べられる前に、「ｃｏｐｉｅｄ」、「ｃｏｐｙｓ」および「ｃｏｐｙｉｎｇ」などの変化語をこれらの引用形態の「ｃｏｐｙ」に変更するための語形規則を含む。同様に、小文字の文字を使用する一定の問い合わせ語は、全て大文字を有する引用形態で辞書に貯蔵される。したがって、「ｓｑｌ」は、「ＳＱＬ」として貯蔵される。このようなシステムは、メモリ内に語をこれらの引用形態に短くするための語形規則の一覧や、メモリ内に統語的解析のための構文解析規則の一覧を維持する。
【０２３９】
標的項目および問い合わせは、非ユーザマネージャ／システム（たとえば、販売、製造、ニュースリリース、ＩＴメンテナンスおよびセキュリティー、課金、財政管理または支援など）の通知をトリガーする単一フラグなどの通知を作製し、送信するためのフラグとしてのタグを伴っていていてもよい。関連した態様において、フラグのセットが標的項目または問い合わせに付随しており、次いでこれが上記のとおりのこのような通知をトリガーするという多フラグ通知が想定される。さらに関連した態様において、たとえば問い合わせが、特定の供与源または供与源の一覧からのものではないときに、セキュリティー機能に通知しないなど、フラグを置き換える。もう一つの関連した態様において、多フラグタギングには、非ユーザマネージャ／システムのいずれかに通知するかどうかを決定するための決定樹の使用を含む。
【０２４０】
語のシソーラス記憶一覧は、引用用語に関連する。関連した語は、好ましくはより特化された／より一般的な語、同義語の一覧、代わりの用語および関連語の一覧を含む。辞書およびシソーラスの正確な構成は、本発明に重要ではない。本発明に適応するいずれの構成を使用してもよい。
【０２４１】
関連した態様において、大きな時分割売主によって作製されたものなどの大部分のファイルは、「基本インデックス」または「デフォルトファイル」として公知であるものを有する。このファイルインデックスは、基本的な被制御項語彙、並びにこれらの明確な簡略記憶記号（「生物体」のためにはＯＲ、「ヌクレオチドアクセッション」のためにはＮＡ、「遺伝子名」のためにはＧＮまたはＲＦのためには「ＲＦ」など）の後の用語からなる。一つの態様において、検索は、記憶のタグまたもしくはコードを使用して、または一般的もしくは普通の言語用語によって処理することができる。一つの態様において、それぞれのインデックスについて、転置ファイルが作製される。転置ファイルの利点は、その速度にある。
【０２４２】
一つの態様において、データベースは、名前付き注釈があるテキスト列のセットを含む。セットのそれぞれの要素が定義されている（たとえば、固有の同定、基本テキスト、その他）。注釈は、セット（たとえば、基本テキスト）の任意の要素に適用することができる。
【０２４３】
データセット項目の例を図２に図示してある。項目１は、固有要素（同定）名２、基本テキストセクション３および注釈セクション４を含む。
【０２４４】
もう一つの態様において、さらにさらなる索引を添付してもよい。たとえば、基本インデックスに加えて、フルテキストの検索を提供する。このようなフルテキストの検索により、検索の適用範囲が増大する。関連した態様において、検索では、絶対的に適用すること（サイトの一定部分のみに限定される）、または主題、カテゴリまたはアイデアを適用することができる。
【０２４５】
「ダイアログボックス」は、選択肢から選択をするユーザに選択肢のセットを提供するために開くサブウィンドウをいう。ダイアログボックスは、２つ以上のタブに分割された対照選択肢を含んでいてもよい。タブは、Ｓｅａｒｃｈ  Ｂｙ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ、Ｓｅａｒｃｈ  Ｂｙ  Ｋｅｙｗｏｒｄ／ＩＤ、Ｂｒｏｗｓｅ  Ｂｙ  ＯｎｔｏｌｏｇｙおよびＯＲＦ  ＦＡＱ（よく尋ねられる質問）を含んでもよいが、これらに限定されるわけではない。さらに、ダイアログボックスは、２つ以上の排他的選択肢をユーザに示す１つまたは複数のボタンを含んでいてもよい。たとえば、配列検索のために検索をヒトまたはマウス種に限定するために、ユーザは、検索前にダイアログボックスの適切なボタンをチェックしてもよい。
【０２４６】
アイテムが何であるか、またはそのショートカットメニューを見るために何をすることができるかについてすばやく手がかりを得るために、右クリックおよびショートカットメニューも利用できる。ショートカットメニューは、選択肢の一覧、たとえば特性、印刷、新たなウィンドウを開く、目標を保存する、お気に入りに追加する、アイテムがどのように機能するかを定義する、および／またはインターフェースする適当な方法を提供することができる。
【０２４７】
ユーザは、ユーザインターフェースを介してシステムと対話する。ユーザインターフェースは、デバイスを制御するためにシークするユーザとデバイスを実際に制御するソフトウェアおよび／またはハードウェアとの間のギャップを埋めるものである。コンピュータのためのユーザインターフェースは、典型的には、一定のユーザが入力したコマンドに応答するコンピュータの中央処理装置においてソフトウエアプログラムを実行することである。オーダエントリーシステム（図３）では、好ましいユーザインターフェースとしてオブジェクトベースウィンドウを使用する。関連した態様において、Ｐｏｗｅｒｓｏｆｔ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによるＰｏｗｅｒＢｕｉｌｄｅｒ＠をウィンドウ開発ツールとして使用する。
【０２４８】
一つの態様において、本発明は、データベース問い合わせを特定し、参照するための対話型グラフィカルユーザインターフェースを使用して実行することができる。このようなインターフェースの一つの例は、Ｗａｌｔｈａｍ  ＭａｓｓのＡｄｖａｎｃｅｄ  Ｖｉｓｕａｌ  Ｓｙｓｔｅｍ，  Ｉｎｃ．によって製造される「ＡＶＳＴＭ（商標）」視覚的アプリケーション開発環境によって提供される。もう一つの視覚的アプリケーション開発環境の例は、Ａｒｍｏｎｋ，  Ｎ．  ＹのＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｕｓｉｎｅｓｓ  Ｍａｃｈｉｎｅｓ，  Ｉｎｃ．によって提供されるＩＢＭ（登録商標）Ｄａｔａ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒである。
【０２４９】
ＡＶＳなどの視覚的プログラミング環境を使用することは、本発明の態様を実行するための手段の単に一例であることに留意されたい。利用できる任意のコンピュータ言語を使用してカスタマイズされたコードを含む、多くのその他のプログラミング環境を使用して、本発明の別の実施例を実行することができる。したがって、ＡＶＳプログラミング環境の使用は、本発明の範囲および幅を限定するものと解釈されるべきではない。
【０２５０】
一つの態様において、このようなシステムを使用して、カスタムプログラミングの必要条件を減少させ、開発サイクルが加速する。加えて、ＡＶＳシステムによって提供されたビジュアルプログラミングツールにより、データベースおよびプログラム言語について必ずしも知っているというわけではない研究者によるデータベース問い合わせの形成が容易になる。加えて、ＡＶＳなどのプログラミング環境を使用することの利点は、本システムが、要求されたデータベース問い合わせを実行するために必要とされ得るデータのフロー、モジュール実行、並びに任意の一時的データファイルおよび記憶要求を自動的に管理することである。
【０２５１】
ＡＶＳは、使いやすいユーザインターフェースを提供するため、これが特に有用である。データベース問い合わせを行うために、ユーザは、実行モジュールのグラフィック表現と対話して、接続することによって「ネットワーク」を構築する。実行モジュールは、ＡＶＳによって提供されるか、または熟練したコンピュータプログラマーによって構築されるカスタムモジュールか、いずれかである。たとえば、カスタマイズされたＡＶＳモジュールは、Ｃ、Ｃ＋＋またはフォートランなどの高レベルのプログラム言語を使用して、記述したような原理に従って構築することができる。
【０２５２】
ＡＶＳでネットワークを構築する目的は、１台のモジュールの出力が別の入力にすることができるというデータ処理パイプラインを提供することである。本発明の一つの態様において、データベース問い合わせは、このように形成される。「フローエグゼクティブ」と称するＡＶＳシステムのコンポーネントは、モジュールの実行タイミングを自動的に管理する。フローエグゼクティブは、モジュール間のデータフローを監視し、データが送信される場所のトラックを保持する。モジュールは、必要とされる入力値の全てが計算された場合にだけ、実行される。
【０２５３】
１つの想定されるユーザインターフェースを図４に示してある。ユーザインターフェースは、ウィンドウ１２０を、好ましくは複数のタブまたはボタンＡからＤによって表された標準的メニュー選択肢のセットを提供する上部全体のツールバー１２１を有する矩形型のボックスの形態で使用する。
【０２５４】
また、ウィンドウ１２０は、好ましくは検索オプションとして表された複数のその他のタブ／ボタンを含む。タブＡは、典型的には、作用または選択を表し、これは、ユーザがこれらを選択することにより直ちに活動化する。ウィンドウ１２０上のタブ／ボタンは、テキスト、グラフィックスまたは両方を含んでいてもよい。関連した態様において、ボタンＡからＤは、ユーザがこれらの示す機能を容易に決定し得るように、グラフィックス（すなわち、アイコン）を含む。
【０２５５】
ウィンドウ１２０は、好ましくはデータを収集するための複数のデータ収集フィールド１２２および１２３を含む。データ収集フィールドは、長さ不定のテキストを収集することができる。データは、システム間通信によって、またはキーボードを介してなどユーザによって、自動的に収集することができる。
【０２５６】
図５は、記録を検索するために使用することができる開始処理を示すフローチャート（１１０）である。処理は、工程１１１で開始し、制御は、直ちに工程１１２に渡る。工程１１２において、本処理では、次のＯＲＦファイルを開く。典型的には、最初の工程１１２が実行されて、ファイルマップの一覧表に記載された最初のファイルが開かれる。ファイルマップの例は、図６にて参照することができる。図６は、本発明の態様に従ったインデックスファイルおよびファイルマップの内容を形成するブロック図を図示する。
【０２５７】
示したように、インデックスファイル１４０は、たとえばデータベースのそれぞれの要素における固有名称１（たとえば、図２を参照されたい）、およびそれぞれの要素に割り当てられている固有のＩＤ１４２を含む。典型的には、割り当てられた固有ＩＤ１４２は、単に注文番号であり、入力がデータベースに出力される。典型的には、複数のファイルを使用するときに、これらの注文が下記のファイルマップに従って行われる。
【０２５８】
ファイルマップ１４３は、データベースにおけるそれぞれのファイルのファイル名およびそれぞれのファイル内の入力（ローカス）番号を含んでいてもよい。したがって、ローカス番号（すなわち、上記のとおりにそれぞれのローカスに割り当てられた固有ＩＤ１４２）が与えられ、ファイルマップ１４３に相談することによってどのファイルが入力を含むかを容易に決定することができる。
【０２５９】
一旦図５に戻り、次に工程１１３において、本処理では、ファイルを解析して、ファイルの次のローカスを読み込む。もちろん、最初の工程１１３が、それぞれのファイルについて実行され、ファイルの最初のローカスが読み込まれる。次に、工程１１４によって示されるように、工程１１３において読み込み、かつ構文解析されたローカスのオフセットおよび長さを関連づけられたカードファイルに記憶させる（カードファイルは、関連づけられたローカス内の検索可能な目的に属するロードマップを含む）。典型的には、たとえばカードファイルは、同定目的のための関連づけられた配列ファイルと同じ名称を有する。たとえば、「ＭＵＳＭＳ．  ＳＥＱ」と名づけられるマウスファイルについては、関連づけられたカードファイルは、「ＭＵＳＭＳ．ＣＲＤ」と名づけられる。
【０２６０】
次に、工程１１５によって示したように、次の検索可能な目的が読み込まれる。たとえば、最初にこの工程が実行されるときに、ＬＯＣＵＳセクションが読み込まれ、そのオフセットおよび長さが決定される。次に、工程１１６によって示したように、このオフセットおよび長さを、関連づけられたオブジェクトファイルに記憶させる。典型的には、たとえば、オブジェクトファイルは、同定目的のための関連づけられた配列ファイルと同じファイル名（しかし、異なるファイルタイプ）を有する。たとえば、「ＭＵＳＭＳ．ＳＥＱ」という名づけられたマウスファイルについては、関連づけられたパラメータファイルは、「ＭＵＳＭＳ．ＯＢＪＴＳ」と名づけられる。
【０２６１】
次に、工程１１７によって示したように、本処理では、ローカスにさらなる検索可能な目的があるかどうかを決定する。その場合、制御がループバックして、工程１１５および１１６が実行され、これにより全ての検索可能な目的が処理されるまで、ローカス内の全ての検索可能な目的についてのオフセットおよび長さが記憶される。
【０２６２】
工程１１７によって示したように、一旦全ての検索可能な目的が処理されれば、制御が工程１１８へ渡される。工程１１８において、本処理では、工程１１７で読み込んだファイルに残っている何らかのさらなるローカスがあるかどうかを決定する。その場合、制御が工程１１３に渡し戻され、次のローカスでも、上記と同様に処理される。一旦ファイル内の最後のローカスが処理されれば、示したように、制御が工程１１９に渡される。
【０２６３】
工程１１９において、本処理では、処理する必要があるファイルマップの一覧表に記載されたにファイルがあるかどうかを決定する。その場合、制御が工程１１２に渡し戻され、次のファイルが開かれる。次に、上記した様式で全てのファイルが処理されるまで、本処理それ自体を上記のとおりに繰り返す。最後に、示したように、処理は工程１２０で終わる。
【０２６４】
図５に示した処理の最終結果は、本発明の特定の実施に使用されるそれぞれのファイルのための、インデックスファイルおよびオブジェクトファイルの生成（すなわち、抽出）となる。
【０２６５】
一旦システムが特定のローカスに対して検索を行うための要求を受けると、インデックスファイルおよびオブジェクトファイルがそれぞれメモリに読み込まれて、ファイル名がそれぞれの固有ＩＤに関連づけられる。
【０２６６】
インデックスファイルおよびオブジェクトファイルの使用のためのフローチャートを図７に示してある。ユーザインターフェース３０１により、ユーザは、構文解析可能／検索可能な情報（たとえば、語、フレーズ、配列、ＩＤ番号）を入力することができる。任意に、構文解析可能／検索可能な情報３０５を入力する前に、ＧＵＩ３０４を活動化することによって検索を適用することができる。次の段階で、適用した検索により、データベース３０２（たとえば、それぞれが固有ＩＤと関連づけられた全てのマウスデータ）上で利用できる全ての製品のうちの特定部分のみにアクセスを制限する。ソフトウェア３０６は、入力されたコマンドが適用した製品のうちでキーワードに適合するファイル、たとえば３１１ページのみに出力を制限するように処理する。
【０２６７】
出力ページは、入力コマンドに対応するヒット３０７の一覧を含み、ここでは、ユーザが、埋め込まれたハイパーリンクをポイントして、たとえば固有ＩＤ番号３０８またはアクセス番号３０９と関連づけられた注釈データにアクセスすることができる。固有ＩＤ番号３１０のためのハイパーリンクが活動化された場合、この番号を使用してインデックスファイルを検索し、対応するデータをオブジェクトファイルに突合せる。インデックスおよびオブジェクトファイルの突合せにより、ＯＲＦファイルデータベース３１２から適切なローカスを回収し、固有ＩＤ番号に関する注釈がついた文書をユーザに表示する。
【０２６８】
図８は、本発明の一つの態様に従って、インバウンドソースからネット販売への対話型セッショントラッキングにおける購入フローチャートである。演算は、新たなユーザが対話型ネットワークサイトへのアクセスを開始することに応答して、工程４０１にて開始する。工程４０１では、固有のセッションＩＤ（識別子）がフロントエンドのセッションデータベースから割り当てられ、および関連したユーザデータが、セッションＩＤと関連づけられたセッションデータベースに記録される。たとえば、関連したユーザデータには、上検索エンジンＷＷＷサイトのバナー（広告）の固有のソースＩＤなどのユーザのインバウンドソース（起源）を含む（たとえば、これは、ＨＴＴＰプロトコルを経て渡される標準的な名称−値の対を使用して決定することができる）。
【０２６９】
工程４０２では、ユーザは、ネットワークサイトのユーザインターフェースと対話する。たとえば、ユーザは、アイテムを仮想ショッピングカートに追加し、もしくは除去することによって、またはＷＷＷサイトの異なる動的に作製されたＨＴＭＬページへジャンプすることによって、ＷＷＷオンラインサイトと対話する。工程４０３では、工程４０２の間にユーザが行ったあらゆる動作をセッションデータベースに記録し、セッションＩＤと関連づける。
【０２７０】
工程４０４では、ユーザが、工程４０２の間にショッピングカートにアイテムを添加したか、または修正変更したかどうかを決定する。その場合、演算は、工程４０６へ進む。さもなければ、演算は、工程４０５へ進む。工程４０６では、アイテムがショッピングカートから除去されたかどうかを決定する。その場合は、演算、工程４０７へ進む。さもなければ、演算は、工程４０８へ進む。工程４０７では、除去されたアイテムを購入サーバショッピングカートデータベースのセッションＩＤから分離する。次いで、演算は工程４０９へ進むが、これは後述する。工程４０８では、追加されたアイテムの在庫があるかどうかを決定する。その場合、演算は、工程４１０へ進む。さもなければ、演算は、工程４１１へ進む。工程４１０では、追加されたアイテムをショッピングカートデータベースのセッションＩＤと関連づける。また、在庫のある状態も、ショッピングカートデータベースのセッションＩＤと関連づける。工程４１１では、在庫のないアイテムを受注残に配置する。次いで、工程４０９にて、セッションＩＤと関連づけられたショッピングカートデータベースのアイテムを適切に更新する。工程４０９では、ユーザにショッピングカートの変更を知らせる。たとえば、ユーザがショッピングカートを追加したか、または修正変更したアイテムを適切に知らせる。
【０２７１】
一つの態様において、アイテムの在庫がないか、またはアイテムのカスタムサービスが必要である場合（たとえば、抗体産生、クローン作製、ベクター設計、核酸／プライマー設計、その他（しかし、限定されるわけではない））、ユーザは、このようなカスタムサービスのための製品サービスページにリンクすることができる。さらに、ユーザは、サービス、技術または顧客代表に直接リンクすることもできる。
【０２７２】
工程４０５では、示されたユーザのショッピングカートの内容を所有することをユーザが望むかどうかを決定する。たとえば、ユーザは、ユーザのショッピングカートに現在追加されたアイテムを見たいかもしれない。その場合、演算は、工程４１２へ進む。さもなければ、演算は、工程４１３へ進む。工程４１２では、ユーザのセッションＩＤと関連づけられたアイテムについて、ショッピングカートデータベースに問い合わせる。これには、ショッピングカート（たとえば、酵素、クローン、ベクター、タンパク質問い合わせで使用することができる抗体、プラスミドのためのカスタムデザイン、マップ、宿主生物、その他）の内容と共に使用することができるアイテムまたはサービスを含むことができる。工程４１５では、選択されたアイテムおよび関連づけられた在庫がある状態をユーザに表示する。たとえば、購入のためにユーザが選択したアイテムをユーザのディスプレイに出力する。
【０２７３】
工程４１３では、ユーザが現在選択したアイテムを購入する用意があるかどうかを決定する。その場合、演算は、工程４１６へ進み、（安全な）購入サブシステム（たとえば、感知可能金融データを保護するために暗号化されたプロトコルを使用して、インターネットを経て通信する購入サブシステム）に移行する。さもなければ、演算は、工程４０２に戻る。特に、図８に水平の破線で示したように、ユーザが、ユーザのショッピングカート内の選択されたアイテムの購入品に進むことに決める場合、演算は、ネットワークサイト（たとえば、ＷＷＷサーバ）の第一のサブシステムと第二のサブシステムとの間の縫い目を横切って移行する。一つの態様において、第一のサブシステムは、標準的なＨＴＴＰプロトコルを使用するカタログサブシステムであり、第二のサブシステムは、標準的なＳＳＬ（Ｓｅｃｕｒｅ  Ｓｏｃｋｅｔｓ  Ｌａｙｅｒ）プロトコル（すなわち、セキュリティー目的のために暗号化されたプロトコル）を使用する安全な購入サブシステムである。
【０２７４】
工程４１７では、選択されたアイテムの正味の販売処理（たとえば、顧客注文）を実行するために、デジタル申請が作成される。たとえば、１つまたは複数のデジタル申請（たとえば、製品あたり１つのデジタル申請）を作成するために、ショッピングカートデータベースに貯蔵されたショッピングカートデータをＯｐｅｎ  Ｍａｒｋｅｔの市販のＴＲＡＮＳＡＣＴソフトウェアに渡すことができる。その後の（たとえば、オフラインの）相関および解析のために、インバウンドソース、ネットワークサイトでのユーザの活動およびネット販売データが、全て同じ固有セッションＩＤに関連づけられるように、セッションＩＤをそれぞれのデジタル申請のドメインフィールド（また、固有ＩＤフィールドとも呼ばれる）に組み込む。
【０２７５】
工程４１８では、デジタル申請が、市販のＯｐｅｎ  Ｍａｒｋｅｔ  ＴＲＡＮＳＡＣＴデータベースなどの処理データベースに投入される。したがって、ユーザのショッピングカートデータは、購入サブシステムの処理データベースにも維持され、ユーザの固有セッションＩＤと関連づけられる。
【０２７６】
ユーザは、購入サブシステムに入った後にもユーザのショッピングカートのアイテムを修正変更することができる。たとえば、ユーザは、ユーザのショッピングカートからアイテムを除去することを決めてもよい。したがって、工程４１８では、Ｏｐｅｎ  Ｍａｒｋｅｔ  ＴＲＡＮＳＡＣＴデータベースに貯蔵されているセッションＩＤと関連づけられたショッピングカートデータを全てのＴＲＡＮＳＡＣＴの注文に関連した動作から得て、ショッピングカートデータベースを適切に更新する。したがって、カタログサブシステムのショッピングカートデータベースは、購入サブシステムの処理データベースに貯蔵されたショッピングカートデータと同期する。ユーザが、ＷＷＷオンラインサイトのユーザインターフェースとなんらかのさらなる対話を実行する場合、演算は、工程４０２に戻る。さもなければ、演算は、終了する（すなわち、ユーザが、ブラウザセッションを出る）。
【０２７７】
関連した態様において、それぞれの新たな記録には、新たなセッションＩＤ、ソースＩＤ（すなわち、インバウンドソース）、タイムスタンプ、照会者ＵＲＬ（普遍的資源ロケータ）、ＩＰ（インターネットプロトコル）アドレスおよび入口点（たとえば、ＷＷＷオンラインサイトのスタートページ）を含む。セッションＩＤは、標準的な一過性（ＨＴＴＰ）クッキー（すなわち、ユーザのコンピュータ上に貯蔵されたクッキーが、セッションＩＤを含む）を使用して、ユーザのブラウザセッションと関連づけられる。したがって、ユーザのその後の動作（たとえば、ＨＴＴＰ要求）は、少なくともユーザがユーザのブラウザを出るまで、ユーザの固有セッションＩＤに関連づけられる（すなわち、ユーザのセッションは、ユーザのブラウザセッションの寿命と考えられる）。
【０２７８】
一つの態様において、このようなユーザ情報は、違法目的（たとえば、バイオテロリズム）のための材料の蓄積を追跡するために使用することができ、アセンブリーのために別々のサイトに転送された命令は、同じＵＲＬにトラックバックされ得る。
【０２７９】
もう一つの関連した態様において、閲覧されるあらゆるＷＷＷページ（たとえば、ＨＴＭＬページ）は、セッションデータベースにトラックされて、セッションＩＤと関連づけられる。さらに、あらゆるショッピングカートに関連した活動がセッションデータベースにトラックされて、セッションＩＤと関連づけられる。特に、セッションデータベース記録は、以下を含む：セッションＩＤ、タイムスタンプ、閲覧されるページまたは対話の性質、および（ショッピングカート関連した活動に関して）追加され、または修正変更されたオンライン製品またはサービス。
【０２８０】
さらに関連した態様において、ショッピングカートに製品を追加するときに、新たな記録がショッピングカートデータベースに追加される。たとえば、新たな記録には、セッションＩＤ、モデル識別子、在庫の指標（たとえば、在庫または在庫切れについて、それぞれＹまたはＮ、次いで、追加されたアイテムが受注残であるかどうかを決定するために解釈することができる）および量を含む。さらに、すでにショッピングカートのアイテムの量を修正変更しているときは、基準としてセッションＩＤ、モデルおよび在庫指標を使用して、アイテムを含むショッピングカートデータベースの記録を突きとめる。次いで、適切な基準を更新することができる。量が調整されたことにより、量が利用できる目録を上回る場合には、在庫切れの指標への変更をトリガーすることができる。工程４０６では、ショッピングカートから製品を除去するときに、上で論議したのと同様に、適切な記録を突きとめる。次いで、突きとめた記録を除去することができる。
【０２８１】
たとえば、本発明に使用されるデータベースをデザインするために、以下のデザイン事項を使用してもよい：製品表：それぞれの製品ラインには、その本来のアクセッションおよびバージョンを含むそれ自体の固有の性状を伴った表がある。主な製品表は、共通の特色（ｓｋｕ、サイズ、名称、記述）を伴った全ての異なる製品タイプにリンクしており、製品ｉｄおよびｓｋｕによる検索を強化し、データ検索の速度を上げる。製品目録関連表により、種々の製品ラインの遺伝子連関を管理し、製品関連を作製し、遺伝子に関連した同定による検索を強化する。製品報告表により、遺伝子およびその製品関連の毎日の更新を管理し、それぞれの製品ラインについてのマッピング状態をマネージャに報告する。ＬＩＭＳ（パイプライン）表をパイプラインにおいて製品と棚製品にリンクして、たとえば適合試薬セットを開発するために必要な、遺伝子標的の特定のセットと関連した製品ポートフォリオが強化された報告ビューを提供する。加えて、更新は、たとえば追跡しても、タイムスタンプしてもよい。
【０２８２】
実施例７
アドバンスドサーチモジュール
本実施例は、生物学的要素を検索し、適合生物学的試薬を得るために使用し得るアドバンスドサーチモジュールの例証を提供する。このような検索モジュールは、出力に適合生物学的試薬を含むように、またはたとえば、最初のページの初期出力に検索の結果である特異的標的分子だけを含むようにデザインしてもよい（それぞれが、その標的分子に適合生物学的試薬に対するハイパーリンクを含む）。
【０２８３】
アドバンスドサーチモジュール１２０は、ユーザが調達の興味の対象であるものについてサーバから対象を検索し得る方法を同定する。アドバンスドサーチモジュールのためのダイアログフローを図９に示してある。
【０２８４】
図９では、マウスについてトロポニンＣを検索するために、マウスデータベースで検索を行う。示したように、最初の工程は、読み込んだデータベースモジュール９０を実行することである。出力は、データベースのうちのマウス部分である。次に、示したように、検索データベースモジュール９１を実行する。この場合、ユーザは、探索パラメータを入力して、データベースから全ての「マウス」（ネズミ）項目を抽出する。出力ブロック９８によって示されるように、これにより合計６０，０５５の項目が生じる。
【０２８５】
次に、検索データベースモジュール９２を再び実行する。今度は、入力は、モジュール８１からの５，０４４のマウスローカスである。今度は、コード配列（ＣＤＳ）を見いだすために検索を行う。リードラインモジュール９３は、トロポニンｃ配列と名づけられた事前に適合された一覧を読み取るために平行して実行される。次に、示したように、ゲットワードモジュールを使用して、名づけられたトロポニンＣ配列のそれぞれから配列を抽出する。
【０２８６】
次に、検索データベースモジュール９５を実行する。検索データベースモジュール９５は、３つの入力パラメータを有する。第一の入力パラメータは、５，０４４のマウスローカスを含むヒット一覧１００である。第二のパラメータは、２００１のコード配列を含むヒット一覧９９である。コード配列９９は、注釈モジュール９５に対して文脈を提供するために使用される。この注釈は、注釈に対する関係を定義する売主からのパラメータと組み合わせて使用される。たとえば、売主は、経路情報９９と関連づけられたトロポニンｃ配列９３のための検索指定することができる。
【０２８７】
検索を開始するためには、ユーザがシステムから標的項目のサブセットを引き上げることができなければならない。この点に関しては、使用されるアドバンスドサーチモジュールは、少なくとも３つの機能（図１０）、すなわちキーワード／ＩＤ（これは、テキストファイル検索を含む）、配列による検索およびオントロジーによる閲覧による検索から構成され、これらの全てを、種の選択によってさらに構文解析してもよい（５０１（ａ）および（ｂ））。これらの機能は、図１０のユーザインターフェースのタブ５０４（Ａ）、（Ｂ）および（Ｃ）によって表されてもよい。たとえば、このようなダイアログボックスは、キーワードによる検索（種を選択ボタン５０１（ａ）および（ｂ）を含むように）５０１、ＩＤによる検索（種を選択ボタンを含むように）５０２およびを検索のためのアップロードテキストファイル５０３を含んでいてもよい。
【０２８８】
キーワードによる検索５０４の活動化より前に、種の選択のために、ボタンを利用できる（５０１（ａ）および（ｂ））。さらに、ページあたりの結果の数は、ブラウザの最初のページ上で区切ることができる。
【０２８９】
適切なダイアログボックスのキーワードの入力に応じて、図１１に示したようなウィンドウ６００が開き、ユーザは、キーワードと関連づけられた生物学的性状に合致する製品を見ることができる。検索結果ウィンドウ６００は、ユーザの検索基準に合致する頁数および記録を定義する。図１１の検索結果ウィンドウ６００から示されるように、好ましくは５つの検索基準データフィールドが同定される。これらは、以下を含む：クローンＩＤフィールド６０１、種フィールド６０２、定義フィールド６０３、遺伝子記号フィールド６０４およびアクセッション数フィールド６０５。また、生物材料を買う選択肢のためのボタン検索の基準（６０６）も含まれる。
【０２９０】
検索基準は、選択されるキーワードおよび種によって変化することが理解される。キーワードおよび種を選択することにより、ウィンドウ６００は、現在使用されるキーワードと関連づけられた多くの記録を表す結果の少なくとも１つのページを表示する。たとえば、トロポニンＣ（ヒト）の場合、ウィンドウ６００は、記録を包含する頁数を示す結果ページ、記録の数、買う選択肢、クローンＩＤ、種、クローンの定義、遺伝子記号およびクローン化された遺伝子と関連づけられたアクセス番号を提供する（図１１）。
【０２９１】
ＩＤによる検索
ＩＤ５０２の活動化の前に、種の選択のためにボタンを利用できる（５０２（ａ）および（ｂ））。適切なダイアログボックスにおいて、適切なＩＤ（たとえば、カタログ番号、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション記号、ローカスリンクＩＤ、固有クラスターＩＤの入力に応じて、図１２に示したようなウィンドウ７００が開き、ユーザがキーワードと関連づけられた生物学的性状に合致する製品を見ることができる。検索結果ウィンドウ７００は、ユーザの検索基準に合致する頁数および記録を定義する。図１２の検索結果ウィンドウ７００から示されるように、好ましくは６つの検索基準データフィールドが同定される。これらは、以下を含む：問い合わせＩＤフィールド７０１、クローンＩＤフィールド７０２、種フィールド７０３、定義フィールド７０４、遺伝子記号フィールド７０５およびアクセス番号フィールド７０６。また、生物材料を買う選択肢のためのボタン検索の基準（７０７）も含まれる。
【０２９２】
また、検索基準は、選択されるキーワードおよび種によって変化することが理解される。さらに、テキストファイルは、その後の検索のための「検索のためのテキストファイルを更新」フィールドにてユーザのコンピュータからブラウザにページを更新することができる（図１０、５０３）。
【０２９３】
配列による検索の活動化の前に、種の選択のためにボタンを利用できる（図１３、８０１（ａ）および（ｂ））。適切なダイアログボックス（８０１）において、適切な配列の入力に応じて（たとえば、入力配列ウィンドウは、ＦＡＳＴＡ、ＧｅｎＢａｎｋおよびテキスト形式の５０〜１０，０００残基の間のヌクレオチド／アミノ酸配列を認め、ｂｌａｓｔｎは、クローンデータベースを検索するために使用され、および０．０１未満のｅ値をもつ結果が報告され、その他）、図１４に示したようなウィンドウ９００が開き、ユーザがキーワードと関連づけられた生物学的性状に合致する製品を見ることができる。検索結果ウィンドウ９００は、ユーザの検索基準に合致する頁数および記録を定義する。検索結果ウィンドウ９０００から示されるように、好ましくは４つの検索基準データフィールドが同定される。これらは、以下を含む：クローンＩＤフィールド９０１、コレクションフィールド９０２、記載フィールド９０３およびｅ値９０４。さらに、ユーザを９０４に記述された特異的配列にリンクするためにフィールドを利用できる。また、生物材料を買う選択肢のためのボタン検索の基準（９０５）も含まれる。
【０２９４】
オントロジーによる閲覧
オントロジーによる閲覧タブの活動化により、キーワードジャンプをトリガーし、別々の限定された範囲のページをロードする（図１５、１１５）。図１６の例証は、フロー（１１６）を図解する。樹木ナビゲーション（１１９）を使用すると、遺伝子オントロジーページは、たとえばユーザによる視聴／活動化のための３つのカテゴリ（たとえば、生物学的プロセス、細胞成分または分子機能）を示す。次いで、ユーザは、カテゴリ内の多くの見出し（挙動、未知の生物学的プロセス、細胞過程、発生、退化、生理学的プロセス、ウイルスのライフサイクル、その他）を表示するＧＵＩ（たとえば、ボタン１２０）を活動化する。任意の指標には、それぞれのカテゴリ下のサブカテゴリの数を含んでもよいが、これらに限定されるわけではない。見出しは、選択可能な種名称（たとえば、ヒト、マウス、その他）を伴い、これをユーザが活動化して上記のとおりに検索結果ウィンドウを生じることができる。
【０２９５】
また、検索結果ウィンドウには、別のＷＷＷサイト（１２６）または同じブラウザ（１２１）内の別の場所に導き得るハイパーリンクを含む（１２４（ａ）および（ｂ））。例示されたシステムでは、クローンが選択された後に、ユーザは、選択されたクローン（１２３）のための電子（ＯＲＦ）カードに導くクローンＩＤフィールド（１２４（ａ））のハイパーリンクをクリックすることができる。カードは、遺伝子情報、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）情報、クローン情報、タンパク質情報、一塩基多型情報およびゲノムのリンクなどの見出しを含んでいてもよい。好ましいシステムでは、見出しは、見出しによって表示されるカテゴリについてのさらなる情報を提供する市販および個人的データベース（たとえば、政府、大学、コンソーシアム、その他（１２６））へのハイパーリンクを含むフィールドを伴う。
【０２９６】
オントロジーデータベースは、新たなデータの手動入力によって、またはこのような新たなデータについてワールドワイドウェブを検索するためのウェブロボットを使用するトラッキングによって、定期的に更新される（たとえば、米国特許第６，７１８，３６３号を参照されたい）。
【０２９７】
一つの態様において、選択データベースは、ユーザに対してプロフィールデータを含むように作製してもよい。関連した態様において、選択データベースを構築するための装置のタイプは、ユーザの見地からの受動的なものである。ユーザは、単に正常な様式で選択するだけであり（たとえば、読み取り装置に組み込まれたブラウザのメニュー選択）、本システムは、ユーザの行動のモデルを選択から抽出することによって、徐々に個人の選択データベースを構築する。次いで、ユーザが将来どんな製品またはサービスを好むかの予測を作製し、またはユーザを分類（たとえば、産業的科学者または学術的科学者）するための推論を描くために、モデルを使用する。この抽出過程では、同じ製品またはサービスを繰り返しの要求を検出することによって明らかな選択を同定することなどの、単純なアルゴリズムに従うことができ、または多数の入力（自由度）による決定樹技術などの高度な機械学習プロセスであることができる。このようなモデルでは、一般的にいって、ユーザの対話行動（すなわち、選択を行うためのＵＩ［ユーザインターフェース］との対話）のパターンを捜す。また、このようなデータベースは、在庫管理、マーケティング、製造、セールススタッフへの警告または通知の送信、転送および／またはセキュリティー、ＩＴ維持、促進、その他を制御するために使用することができる。さらに、たとえば電子メールまたはその他の通信形態（すなわち、電子回路または非電子回路手段）によってこのような通知書を送るために、データベースをトリガーすることができる。
【０２９８】
上記したように、検索結果ウィンドウには、また、検索（図１１）で同定された選択されたアイテムを購入するために活動化することができるＧＵＩ（たとえば、チェックボックス、６０６）を含む。ボタン６０６は、一旦活動化されたら、アイテム、注文された量、注文された製品の量の価格および合計を示すショッピングカートページをロードする。さらに、ページには、ユーザに有用であろう申し込み、サービスおよび広告を含む。次いで、ユーザは、注文をキャンセルし（カートをクリアし）、利用できる任意の割引に基づいて注文を再計算し、または適切なＧＵＩ（たとえば、ボタン）を活動化することによってチェックアウトへ進んでいてもよい。
【０２９９】
一旦適切なＧＵＩが活動化されると、新たなウェブページがロードされ、ユーザは、顧客フィールド（ダイアログボックス）において、購入およびトラッキングのためのユーザ特定情報に導かれる。
【０３００】
【表１３−１】
2007535040.tif 000003
【０３０１】
【表１３−２】
2007535040.tif 000004
本明細書において参照したそれぞれの特許、特許出願、刊行物および文書の全体が、本明細書により、参照により援用される。上記の特許、特許出願、刊行物および文書の引用は、前述のいずれもが関連する従来技術であることを承認するのではなく、またこれらの刊行物もしくは文書の内容または日付に関して何らの承認も構成しない。
【０３０２】
単数形「１つ」および「その」は、他に文脈がはっきりと指示していない限り複数の言及を含む。したがって、たとえば、「サブセット」に対する言及は、複数のこのようなサブセットを含み、「核酸」に対する言及は、１つまたは複数の核酸およびこれらの当業者に公知の均等物その他を含む。「または」という用語は、それが示すものまたは用語に専用であることは意味されない。たとえば、これが構造の句に使用されるように、「ＡまたはＢ」は、他に定義され限り、Ａ単独、Ｂ単独またはＡおよびＢの両方を示し得る。
【０３０３】
他に定義され限り、本明細書に使用される全ての技術的および科学的用語は、本発明が属する当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記述したものと類似するか、または同等のいずれの方法および装置も、本発明の実施または試験に使用することができるが、その方法、装置および材料は、今回記述されている。本明細書で言及した全ての刊行物は、刊行物において報告されている方法、システムおよび方法論を記述し、また開示するための参照として本明細書に援用され、これらは、本発明と組み合わせて使用されるかもしれな。本明細書には、本発明が従来の発明によるこのような開示に先だつ権利がないことを承認するものとして解釈されることはない。
【０３０４】
本発明の基本的態様から逸脱することなく、前述のものに対して修正変更を行ってもよい。本発明は、１つまたは複数の特定の態様に関して実質的に詳細にて記述してあるが、当業者であれば、本出願に具体的に開示される態様に対して変更を行ってもよいこと、並びにさらにこれらの修飾変更および改善が、本発明の範囲および趣旨の範囲内であることを認識するであろう。本明細書に実例として記述された本発明は、最適には本明細書に具体的に開示されたいずれかの要素の非存在下で実施してもよい。したがって、たとえば、本明細書に各例において、「含むこと」、「本質的になる」、「なる」という用語はいずれも、その他の２つの用語のいずれと置き換えてもよい。したがって、使用された用語および表現は、記述の用語として使用され、限定の用語ではなく、示され、および記載された特色の均等物、またはこれらの一部も除外されることなく、種々の修正変更が、本発明の範囲内でありうることが認識される。本発明の態様は、特許請求の範囲に記載してある。
【図面の簡単な説明】
【０３０５】
【図１】ネットワーク化されたコンピュータシステムの例証。
【図２】データセットエントリーの例証。
【図３】ショッピングカート／購入注文のためのウィンドウ。
【図４】検索ブラウザのためのウィンドウ。
【図５】処理検索のためのフローチャート。
【図６】索引ファイルおよびファイルマップのブロック線図。
【図７】キーワード、配列およびＩＤ検索のためのネットワーク検索フローの例証。
【図８】購入処理のためのフローチャート。
【図９】処理キーワード検索のためのフローチャート。
【図１０】キーワードおよび／またはＩＤ検索のためのブラウザウインドウ。
【図１１】キーワード検索のための結果ウィンドウ。
【図１２】ＩＤ検索のための結果ウィンドウ。
【図１３】配列検索のためのブラウザウインドウ。
【図１４】配列検索のための結果ウィンドウ。
【図１５】オントロジー検索のためのブラウザウインドウ。
【図１６】遺伝子オントロジー検索のためのネットワーク検索フローの例証。
【図１７】適合生物学的試薬のコレクションに含まれ得るｓｉＲＮＡ試薬の例の表。表のそれぞれのｓｉＲＮＡについての情報は、以下の順序で構成される：ｓｉＲＮＡ名称、カタログ番号、標的遺伝子記号、定義、一次標的目録、その他の標的アクセッション識別子。
【図１８Ａ】適合生物学的試薬のコレクションに含まれ得る細胞培養製品の例の一覧。
【図１８Ｂ】適合生物学的試薬のコレクションに含まれ得る細胞培養製品の例の一覧。
【図１８Ｃ】適合生物学的試薬のコレクションに含まれ得る細胞培養製品の例の一覧。
【図１８Ｄ】適合生物学的試薬のコレクションに含まれ得る細胞培養製品の例の一覧。
【図１８Ｅ】適合生物学的試薬のコレクションに含まれ得る細胞培養製品の例の一覧。
【図１９】本発明のコレクションおよび方法に含めることができる適合試薬の種々のタイプの非限定の一覧の図表翻訳。
【図２０】経路情報およびその他の生物情報を含むデータベースの検索を行うためのブラウザウインドウ。
【図２１】データベース検索を行った後の結果ウィンドウ。
【図２２】機能に基づいて経路をグループ化する経路ツリーウィンドウ。
【図２３】標的経路の図示。
【図２４】詳細な遺伝子情報の注釈ウィンドウ。
【図２５】一般のデータベースアクセスウィンドウ。
【図２６】列記した製品を注文するためのチェックボックスをもつ、経路検索のための製品結果ウィンドウ。
【図２７Ａ】機能的ゲノム科学の学問分野内の遺伝子発現プロファイリングワークフローの図。テキストボックスの第一列は、例示的用途を提供し、第二列は、例示的技術および方法を提供し、並びに第三列は、例示的製品およびツールを提供する。
【図２７Ｂ】機能的ゲノム科学の学問分野内の遺伝子発現プロファイリングワークフローの図。テキストボックスの第一列は、例示的用途を提供し、第二列は、例示的技術および方法を提供し、並びに第三列は、例示的製品およびツールを提供する。
【図２８Ａ】機能的プロテオミクス学問分野内のタンパク質発現プロファイリングワークフローの図。例示的態様において、このワークフローは、遺伝子発現プロファイリングワークフローに従うことができる。テキストボックスの第一列は、例示的用途を提供する、第二列は、例示的技術および方法を提供し、並びに第三列は、例示的製品およびツールを提供する。
【図２８Ｂ】機能的プロテオミクス学問分野内のタンパク質発現プロファイリングワークフローの図。例示的態様において、このワークフローは、遺伝子発現プロファイリングワークフローに従うことができる。テキストボックスの第一列は、例示的用途を提供する、第二列は、例示的技術および方法を提供し、並びに第三列は、例示的製品およびツールを提供する。
【図２９】ＲＮＡｉ学問分野内の遺伝子ＲＮＡｉ解析ワークフローの図。テキストボックスの第一列は、例示的用途を提供し、第二列は、例示的技術および方法を提供し、並びに第三列は、例示的製品およびツールを提供する。
【図３０Ａ】機能的プロテオミクス学問分野内のタンパク質−タンパク相互作用ワークフロー。テキストボックスの第一列は、例示的用途を提供し、第二列は、例示的技術および方法を提供し、並びに第三列は、例示的製品およびツールを提供する。
【図３０Ｂ】機能的プロテオミクス学問分野内のタンパク質−タンパク相互作用ワークフロー。テキストボックスの第一列は、例示的用途を提供し、第二列は、例示的技術および方法を提供し、並びに第三列は、例示的製品およびツールを提供する。
【図１】
2007535040.tif 000005
【図２】
2007535040.tif 000006
【図３】
2007535040.tif 000007
【図４】
2007535040.tif 000008
【図５】
2007535040.tif 000009
【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１４Ｃ】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ】
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【図１７Ｃ】
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【図１７Ｄ】
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【図１７Ｅ】
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【図１７Ｆ】
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【図１７Ｇ】
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【図１７Ｈ】
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【図１７Ｉ】
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【図１７Ｊ】
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【図１７Ｋ】
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【図１７Ｌ】
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【図１７Ｍ】
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【図１７Ｎ】
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【図１７Ｏ】
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【図１７Ｐ】
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【図１７Ｑ】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７Ａ】
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【図２７Ｂ】
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【図２８Ａ】
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【図２８Ｂ】
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【図２９】
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【図３０Ａ】
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【図３０Ｂ】
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【図１８Ａ】
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【図１８Ｂ】
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【図１８Ｃ】
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【図１８Ｄ】
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【図１８Ｅ】
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