【事件の表示】
　特願２０１１−５２８０１０「マイクロアレイ基板上の生体物質の選択的プロセシング」拒絶査定不服審判事件〔平成２２年　３月２５日国際公開、ＷＯ２０１０／０３３８４４、平成２４年　２月　２日国内公表、特表２０１２−５０２６６０〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成２１年９月１８日（パリ条約による優先権主張　２００８年９月２２日、２００８年１０月１６日、いずれも米国）を国際出願日とする出願であって、その請求項１〜６に係る発明は、平成２８年１１月７日付けの手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜６に記載されたとおりのものであるところ、その請求項１に係る発明は、次のとおりのものと認める（以下、「本願発明」という。）。
「【請求項１】標的配列の核酸物質を回収し、マイクロアレイスライドに結合した該核酸物質を利用する方法であって：
　マイクロアレイスライドから回収されるべき標的配列の核酸物質を選択すること；
　マイクロアレイスライド表面上の個別の（ｄｉｓｔｉｎｃｔ）空間領域内の標的配列の核酸物質を検出すること；
　該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域から選択されていない核酸物質を溶出することなく、標的配列の核酸物質の少なくとも一部を該個別の空間領域から溶出すること；ならびに
　該標的配列の核酸物質をｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーションのためのプローブとして利用することを含み、溶出が、個別の空間領域の実質的に外側のマイクロアレイスライドの領域を除いた、前記個別の空間領域への、マイクロアレイスライドから標的配列の核酸物質の一部を遊離させるように作用する変性バッファーの添加を含む、上記方法。」
　
２．当審における拒絶理由
　一方、当審において平成２８年６月２日付けで通知した拒絶理由の概要は、請求項１〜３に係る発明は、本願優先日前に頒布された刊行物である引用文献１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、というものである。
　
３．引用文献の記載事項
　当審の拒絶理由で引用文献１として引用した、本願優先日前に頒布された刊行物である特開２００２−２５３２３８号公報（以下、「引用文献１」という。）には、以下の事項が記載されている（下線は合議体による。）。
　
ア．「【請求項１】基材と、この基材上にそれぞれ分離して固定された２種以上の一本鎖核酸とを有する核酸固定化基材に試料核酸溶液を接触させることにより、前記一本鎖核酸と相補的な一本鎖核酸をハイブリダイズさせる工程と、前記核酸固定化基材を一体のまま、ハイブリダイズした一本鎖核酸を、前記の固定された一本鎖核酸の場所毎に分離して回収する工程とを含む核酸分離回収法。
　【請求項２】前記核酸固定化基材が、カルボジイミド基を有する化合物を担持した基材である、請求項１記載の核酸分離回収法。
　【請求項３】前記核酸固定化基材がＤＮＡ
マイクロアレイ
　【請求項４】前記基材が平板状である請求項１〜３のいずれか一項に記載の核酸分離回収法。」（【特許請求の範囲】）
　
イ．「本発明者は、上記課題を解決するため、複数種の核酸が固定された基材を用いてハイブリダイゼーションを行い、ハイブリダイズされた核酸のそれぞれを分離して、一体のままの基材から直接回収することによって、核酸を簡便に分離・回収できることを見出し、本発明の完成に至った。」（【０００５】）
　
ウ．「２種以上の一本鎖核酸は互いに分離された状態で固定化される。分離された１つの場所に固定化される一本鎖核酸は、１種類の一本鎖核酸からなるものでもよいし、一本鎖核酸の混合物からなるものでもよい。従って、「２種以上」とは、固定化される一本鎖核酸の塩基配列が相違すること、及び／又は、固定化される一本鎖核酸を構成する混合物の組成が異なることを意味する。また、各核酸の配置等については、得られる核酸固定化基材の使用形態、用途等により適宜選択されうる。」（【００１８】）
　
エ．「核酸固定化基材は、ＤＮＡ
マイクロアレイ
マイクロアレイ
　
オ．「＜核酸分離回収法＞
　本発明の核酸分離回収法は、上述した核酸固定化基材に試料核酸溶液を接触させることにより、核酸固定化基材に担持された２種以上の一本鎖核酸と相補的な一本鎖核酸をハイブリダイズさせる工程と、この核酸固定化基材を一体のまま、ハイブリダイズした一本鎖核酸を、固定された一本鎖核酸の場所毎に分離して回収する工程とを含む。
・・・・・・・・・
　
ハイブリダイズされた一本鎖核酸を回収する方法としては、
以下の方法を用いることができる。
　１．マイクロピペットのチップの先などでハイブリダイゼーション後の核酸固定化基材の核酸が固定された部位のみをこすり取る。
　２．ピン先をシャベル状に変形させたスポッターを用いて基材ごと核酸が固定化された部位（ドット）を削り取る。
　３．
スポッターのピンまたはキャピラリーピペットにアルカリ溶液などのＤＮＡ変性剤を充填し、これらピンまたはキャピラリーピペットの先端を、核酸固定化基材上の回収したい核酸がハイブリダイズされたドットに接触させて核酸を変性させ、ピンまたはキャピラリーピペット内に核酸を移動させる。
　
または、核酸固定化基材のドット上に上記変性剤を滴下することによって核酸を変性させる。
　４．
スポッターのピンまたはキャピラリーピペットに水または緩衝液を充填し、これらピンまたはキャピラリーピペットの先を核酸固定化基材上の回収したい核酸がハイブリダイズされたドットに接触させた状態で基材を加熱するか、またはドット上に上記水または緩衝液を滴下した後に基材を加熱することによって核酸を変性させる
　
カ．「このような本発明の核酸分離回収法は、例えば、以下の用途に用いることができる。
　１．発現頻度情報に基づいたライブラリー作製：発現頻度の差を検出したい複数種のサンプル、例えば、ガン組織と正常組織から抽出したｍＲＮＡをそれぞれハイブリダイズし、
検出した結果が異なるドットのみからハイブリダイズされたサンプルを個々に回収する
検出されたドットから回収された核酸
検出されたドットから回収された核酸
　ガンと正常細胞の両方に発現している遺伝子でも、その発現量に差が見られたドットは、ドット毎に個別に回収を行うことにより、発現頻度の異なる遺伝子としてクローニングする（またはライブラリーを作製する）ことができる。例えば、ガン細胞で正常細胞の５倍発現している遺伝子（群）としてライブラリーを作製することができる。
・・・・・・・・・
　４．ライブラリーチップの作製：核酸固定化基板からの回収物をクローニング処理等を行わずに直接チップ（メンブレン等）に固定化し、ライブラリーチップ等を作製する。例えば、正常組織特異的に発現している遺伝子のライブラリーチップとガン組織特異的に発現している遺伝子のライブラリーチップを、核酸固定化基板からの回収物より作製し、次に、薬剤を投与したガン組織で発現している遺伝子のｍＲＮＡ等をハイブリダイズさせて薬剤の効果を検出する。
・・・・・・・・・
　また、本発明の核酸分離回収法を用いれば、回収した核酸を固相に直接固定し、ハイブリダイゼーションによる調査を行うことが可能となる。」（【００５９】〜【００６７】）
　
キ．「【実施例１】
　（１）オリゴヌクレオチドの準備
　ＤＮＡ合成装置を用いて、配列番号１〜３に示す塩基配列を有するオリゴヌクレオチド（以下、これらを「オリゴマー１〜３」ということがある）を作製した。なお、配列番号３に示す塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、５’末端にアミノリンカーを付けたものを合成した。
　（２）ＤＮＡ固定化基材の作製
　上記（１）で作製したオリゴマー３を含む溶液をＤＮＡ固定用基材（
スライド
・・・・・・・・・
　（４）ハイブリダイゼーション
　上記（３）でＰＣＲ増幅を行ったターゲット３μｌとハイブリダイゼーション溶液（ＡｒｒａｙＩｔＴＭ（Ｔｅｌｅｃｈｅｍ社製））１２μｌをエッペンドルフチューブに入れ、１００℃で５分間加熱処理し、次いで氷中にて５分間冷却し、ターゲットを１本鎖にした。このターゲット溶液をＤＮＡ固定化基材上に滴下し、カバーガラスを被せて４２℃で１時間放置した。
・・・・・・・・・
　（６）ＤＮＡ固定化基材からのＤＮＡ回収
　上記オリゴマー３のスポットされている部分をピペットのチップの先でこすり、ハイブリダイズしたＤＮＡを回収した。また、オリゴマー３のスポットされていない部分（スポットに近い場所と少し離れた場所の２ヶ所）も同様にピペットのチップの先でこすり、ネガティブコントロールとした。
・・・・・・・・・」（【００６９】〜【００７９】）
　
ク．「【実施例２】
　（１）オリゴマーの準備
　ＤＮＡ合成装置を用いて、配列番号１〜６に示す塩基配列を有するオリゴヌクレオチド（以下、これらを「オリゴマー１〜６」ということがある）を作製した。なお、配列番号３および６に示す塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは、５’末端にアミノリンカーを付けたものを合成した。
　（２）ＤＮＡ固定化基材の作製
　上記（１）で作製したオリゴマー３およびオリゴマー６をそれぞれ含む溶液とをＤＮＡ固定用基材（
スライド
・・・・・・・・・
　（４）ハイブリダイゼーション
　上記（３）でＰＣＲ増幅を行ったターゲット（１２４ｂｐ）およびターゲット（１８７ｂｐ）各１．５μｌをエッペンドルフチューブ内にて混合し、ハイブリダイゼーション溶液（ＡｒｒａｙＩｔＴＭ（Ｔｅｌｅｃｈｅｍ社製））１２μｌを添加後、１００℃で５分間加熱処理し、次いで氷中にて５分間冷却し、ターゲットを１本鎖にした。このターゲット溶液をＤＮＡ固定化基材上に滴下し、カバーガラスを被せて４２℃で１時間放置した。
・・・・・・・・・
　（６）ＤＮＡ固定化基材からのＤＮＡ回収
　上記オリゴマー３のスポットされている部分のそれぞれをピペットのチップの先でこすり、ハイブリダイズしたＤＮＡを回収した。また、別のピペットのチップの先でオリゴマー６のスポットされている部分のそれぞれをこすり、ハイブリダイズしたＤＮＡを回収した。さらに、オリゴマーのスポットされていない部分も同様にピペットのチップの先でこすり、ネガティブコントロールとした。
　（７）ＤＮＡ回収の確認
・・・・・・・・・
　オリゴマー３を固定した全ての大きさのスポットから、ハイブリダイゼーションの目的物である１２４ｂｐのＤＮＡのＰＣＲ増幅を確認した。なお、この場合、１８７ｂｐのＤＮＡのＰＣＲ増幅は確認されなかった。また、オリゴマー６を固定した全ての大きさのスポットから、ハイブリダイゼーションの目的物である１８７ｂｐのＤＮＡのＰＣＲ増幅を確認した。なお、この場合、１２４ｂｐのＤＮＡのＰＣＲ増幅は確認されなかった。オリゴヌクレオチドがスポットされていない部分をこすったピペットのチップについては、いずれのＰＣＲ増幅（１２４ｂｐ／１８７ｂｐ）も確認されなかった。これより、ＤＮＡ固定化基材にハイブリダイゼーションした複数種類のＤＮＡをチップ上でそれぞれ分離し、回収できることを確認した。」（【００８０】〜【００９２】）
　
　上記記載事項オ．の記載中、「３．スポッターのピンまたはキャピラリーピペットにアルカリ溶液などのＤＮＡ変性剤を充填し、これらピンまたはキャピラリーピペットの先端を、核酸固定化基材上の回収したい核酸がハイブリダイズされたドットに接触させて核酸を変性させ、ピンまたはキャピラリーピペット内に核酸を移動させ」た場合に、核酸がドットから遊離して溶出されることは明らかである。
　よって、上記記載事項ア．〜ク．によると、引用文献１には、「標的配列の核酸物質を回収し、マイクロアレイスライドに結合した該核酸物質を利用する方法であって：
　マイクロアレイスライド表面上のドット内の標的配列の核酸物質を検出すること；
　標的配列の核酸物質の少なくとも一部を該ドットから溶出すること；ならびに
　溶出が、前記ドットへの、マイクロアレイスライドから標的配列の核酸物質の一部を遊離させるように作用する変性バッファーの添加を含む、上記方法。」の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　
４．対比
　本願発明と引用発明とを対比する。
　本願明細書には、「本明細書において用いられる場合、「個別の空間的位置」という用語は、生体物質が回収され得るマイクロアレイスライド上の個別の空間的位置を指す。１つの態様では、個別の空間的位置は、周囲に明確な境界を有するプローブコレクションであり得る。このような境界は、付着したプローブを含まないスライド表面上の空間を包含し得る。他の態様では、個別の空間的位置は、マイクロアレイスライドの表面上のより大きなプローブ付着領域に位置するプローブコレクションであり得、このような場合には、プローブを含まない、個別の空間的位置の周囲の領域はない場合がある。」（【００１５】）、「プローブのコレクションは様々な方法で定義され得、そのすべては本発明の範囲内に含まれるべきであることに留意しなければならない。１つの態様では、例えば、プローブのコレクションは、マイクロアレイスライド上の個別の空間的位置またはスポットに付着する多数のプローブの混合物を含みうる。このような場合、プローブは、個別の空間的位置全体にわたって均一に混合されうる。このプローブのコレクションにハイブリダイズしている生体物質の回収は、その個別の位置に付着したプローブの混合物に対応する生体物質の混合物を含有するであろう。他の態様では、プローブのコレクションは、個別の空間的位置が多数の単一または複数のプローブスポットを含みうるように、マイクロアレイスライド上に付着され得る。言い換えれば、個別の空間的位置は、多数のより小さいプローブスポットで構成されてもよく、そこでは、それぞれのプローブスポットはプローブのコレクション全体の一部を含有するが、プローブのコレクション全体はプローブスポットのコレクション全体にわたって表される。１つの特定の態様では、各プローブスポットは、単一のプローブ配列を含み得る。他の特定の態様では、各プローブスポットは、コレクション全体に由来するプローブ配列の一部を含み得る。生体物質は、個別の空間的位置全体にわたって、またはある場合には、プローブコレクション内のプローブスポットの一部から回収され得る。個別の空間的位置が、単一のプローブ配列を含有するプローブスポットのコレクション、および２つ以上のプローブ配列を含有するプローブスポットのコレクションで構成され得ることもまた企図される。」（【００２３】）と記載されており、本願発明の「個別の（ｄｉｓｔｉｎｃｔ）空間領域」は、プローブ核酸が付着した領域を示すものと認められ、これは、引用文献１に記載されている「核酸が固定化された部位（ドット）」に該当するといえるから、引用発明の「ドット」は、本願発明の「個別の（ｄｉｓｔｉｎｃｔ）空間領域」に相当する。
　そうすると、本願発明と引用発明とは、「標的配列の核酸物質を回収し、マイクロアレイスライドに結合した該核酸物質を利用する方法であって：
　マイクロアレイスライド表面上の個別の（ｄｉｓｔｉｎｃｔ）空間領域内の標的配列の核酸物質を検出すること；
　標的配列の核酸物質の少なくとも一部を該個別の空間領域から溶出すること；ならびに
　溶出が、前記個別の空間領域への、マイクロアレイスライドから標的配列の核酸物質の一部を遊離させるように作用する変性バッファーの添加を含む、上記方法。」である点で一致し、両者は以下の点で相違する。
　
相違点１：本願発明は、「マイクロアレイスライドから回収されるべき標的配列の核酸物質を選択すること」を含むのに対し、引用発明は、そのような特定がされていない点で相違する。
　
相違点２：本願発明は、「該標的配列の核酸物質をｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーションのためのプローブとして利用すること」を含むのに対し、引用発明は、そのような特定がされていない点で相違する。
　
相違点３：本願発明は、「該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域から選択されていない核酸物質を溶出することなく、」溶出すること、「個別の空間領域の実質的に外側のマイクロアレイスライドの領域を除いた」個別の空間領域への変性バッファーの添加であるのに対し、引用発明は、そのような特定がされていない点で相違する。
　
５．相違点に対する当審の判断
　そこで、上記相違点について検討する。
相違点１について
　引用文献１には、「上記オリゴマー３のスポットされている部分のそれぞれをピペットのチップの先でこすり、ハイブリダイズしたＤＮＡを回収した。また、別のピペットのチップの先でオリゴマー６のスポットされている部分のそれぞれをこすり、ハイブリダイズしたＤＮＡを回収した。」（上記記載事項ク．）と記載されているように、「マイクロアレイスライドから回収されるべき標的配列の核酸物質」は選択されているといえるから、相違点１は、実質的な相違点とはいえない。
　
相違点２について
　引用文献１には、「核酸固定化基板からの回収物をクローニング処理等を行わずに直接チップ（メンブレン等）に固定化し、ライブラリーチップ等を作製する。例えば、正常組織特異的に発現している遺伝子のライブラリーチップとガン組織特異的に発現している遺伝子のライブラリーチップを、核酸固定化基板からの回収物より作製し、次に、薬剤を投与したガン組織で発現している遺伝子のｍＲＮＡ等を
ハイブリダイズさせて
ハイブリダイゼーション
　
相違点３について
　引用文献１には、「２種以上の一本鎖核酸は
互いに分離された状態で
の先端を、
ドットに接触させて
　
６．審判請求人の主張
　審判請求人は、平成２８年１１月７日付け意見書において、以下のア．及びイ．の点を主張しているので、以下この点について検討する。
　
ア．引用文献１では、核酸のドット（方法２において一つの部位として記載されている）に言及している。これらの部位は、標的配列の核酸物質の選択のために制限されていない。核酸の部位をこすり取り、ピン先をシャベル状に変形させたスポッターを用いて核酸の部位を削り取り、あるいはスポンジ等を用いて核酸を回収しても、選択されていない部位を取り除くことなく標的配列の核酸物質を取り除くことはできないだろう。これらの方法は、こすり取り、削り取り、又はスポンジ等を用いて回収される等した領域に存在する全てを取り除く。さらに、引用文献１には、これらの方法により、「複数種の核酸を簡便に分離・回収することが」できると記載されている（段落［００６６］）。引用文献１に記載された方法は、領域中の他の配列を回収することなく、標的配列の核酸物質を簡単に回収することができるものではない。
　
イ．本願発明の方法は、標的配列の核酸物質を単離するだけでなく、さらなる処理を伴わずに核酸物質を利用することを可能にする。これは、（引用文献１の様な）一般に多くの配列を単離し変性させ、したがって標的配列を単離しプローブとして用いる前に増幅が必要となる先行技術とは異なる。本願発明の方法では、マイクロアレイから取り除かれる多数の配列から、標的配列を増幅及び単離する必要性がない。
　
主張ア．について
　引用文献１に記載されている方法は、「ハイブリダイズした一本鎖核酸を、固定された一本鎖核酸の
場所毎に
それぞれを
　
主張イ．について
　本願発明の「該標的配列の核酸物質をｉｎ　ｓｉｔｕハイブリダイゼーションのためのプローブとして利用することを含み、」という記載は、本願出願時の特許請求の範囲の請求項１３及び１５の記載から明らかなように、「プローブとして利用される前に増幅される」ことを排除する記載ではなく、また、引用文献１には、「核酸固定化基板からの回収物を
クローニング処理等を行わずに直接
　
７．むすび
　以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、引用文献１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないので、本願は、その余の請求項について論及するまでもなく、拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。