【事件の表示】
　特願２０１０−５４５４１７「抗体又は標的の同定のための方法」拒絶査定不服審判事件〔平成２１年　８月２０日国際公開、ＷＯ２００９／１００８９６、平成２３年　８月１１日国内公表、特表２０１１−５２３３４８〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　この出願は、平成２１年（２００９年）２月１１日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２００８年２月１１日、欧州）を国際出願日とする出願であって，以降の手続の経緯は以下のとおりのものである。
　
　平成２５年　６月１９日付け　拒絶理由通知書
　平成２５年１２月　２日　　　意見書・手続補正書
　平成２６年　６月２５日付け　拒絶査定
　平成２６年１１月　４日　　　審判請求書・手続補正書
　平成２６年１２月１８日　　　手続補正書（請求の理由の補充）
　平成２８年　２月　５日付け　当審の拒絶理由通知書
　平成２８年　６月　９日　　　意見書・手続補正書　
第２　本願発明の認定
　この出願の請求項１〜１５に係る発明は、平成２８年６月９日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１〜１５に記載された事項により特定されるとおりのものと認められ、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、次のとおりである。
　
【請求項１】
　サンプル中の抗体を同定する方法であって、
　　ａ）少なくとも１０６個のＢ細胞のサンプルを取得し、前記サンプル中の免疫グロブリンをコード化するｍＲＮＡのｃＤＮＡを取得するステップであって、これによって前記ｃＤＮＡの混合物を取得するステップと；
　　ｂ）直接的に並列に配列決定するために、単一で広範囲の並列型配列決定技術を用いて、前記サンプル中にある前記免疫グロブリンの可変重（ＶＨ）鎖及び可変軽（ＶＬ）鎖のうちの少なくとも１０００個を、事前のクローニングステップなしに配列決定するステップであって、これによって配列データを取得するステップと；
　　ｃ）コンピュータに実装されるアルゴリズムを用いて、前記サンプル中にある最も豊富なＶＨ及びＶＬ鎖を決定するステップと；
　　ｄ）前記サンプル中にある最も豊富なＶＨ及びＶＬ鎖をコード化するポリヌクレオチドを合成し、発現ベクタを用いて前記ＶＨ及びＶＬ鎖を含む抗体を産生するステップと；
　　ｅ）前記抗体を試験するステップであって、これによって前記抗体又は前記標的を同定するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
第３　当審の拒絶理由通知で引用した刊行物に記載された事項
　平成２８年２月５日付け当審の拒絶理由通知で引用した下記の刊行物について、以下「引用文献１」〜「引用文献４」という。
引用文献１：国際公開第０３／５２４１６号（原査定の引用文献１）
引用文献２：BIOCHEMICA, 2005, No.4, p.11-14
引用文献３：Nature, 2005, Vol.437, p.376-380
引用文献４：特表２００７−５２３６２７号公報
１．引用文献１：国際公開第０３／５２４１６号
　引用文献１には、以下の記載がある（原文は英語のため、当審による翻訳文で示す）。なお、下線は当審で付した。
（１）「抗体を産生するＢ細胞の特定および配列決定と結果の解析は、以下の基本的なステップからなる：
１）
ヒト患者の血中Ｂ細胞からの、ＶＨおよびＶＬコード領域の単離
２）
ＶＨおよびＶＬレパートリーの塩基配列の決定
３）
ＶＨおよびＶＬ一次アミノ酸配列の決定
４）
コンピューターによるＣＤＲ領域の抽出
５）
ＶＨおよびＶＬレパートリー中の優勢なＣＤＲおよびフレームワーク領域の検出
６）
優性抗体配列に基づく治療用組み換え抗体の設計と生産
（２）「・・・単離されたＶＨおよびＶＬ配列は、感染の中での抗体レパートリーのゆがみを論証し、そして成熟した、免疫を与えるＶＨおよびＶＬ配列を明らかにする。
これは典型的にはそれぞれ5,000〜15,000のＶＨおよびＶＬ配列を用いて行われる。
（３）「１．ヒト患者の血中Ｂ細胞からの、ＶＨおよびＶＬコード領域の単離
・・・ＲＮＡは、QuickPrep　ｍＲＮＡ精製キット（Pharmacia）を用い、製品指示に正確に従って末梢Ｂ細胞リンパ球から準備された。単離されたｍＲＮＡは、逆転写酵素反応によってｃＤＮＡを準備するために使用された（Promega cDNA synthesis kit）。」（２３頁４〜２６行）
（４）「ＶＨおよびＶＬ遺伝子フラグメントは、ＤＮＡ配列決定を容易にするためにクローニングベクターpGEM-T easy（Promega Corporation）中にクローニングされた。・・・ライゲーションは、エレクトロポレーションにより、エレクトロコンピテント大腸菌 TG1細胞中に形質転換した。」（２５頁１〜７行）
（５）「２）ＶＨおよびＶＬレパートリーの塩基配列の決定
ＤＮＡは最初にＶＨおよびＶＬを形質転換した大腸菌クローンから用意された。」（２５頁１３〜１４行）
（６）「抽出されたＣＤＲはそれからCLUSTAL Xを用いたマルチプルアライメントの対象となり、同一のまたは非常に似たＣＤＲはブロックに集められた。・・・これにより、繰り返すＣＤＲの頻度が決定され、イムノグロブリンレパートリー中の優性ＣＤＲが確立された。」（２８頁１８〜２４行）
（７）「６）優性抗体配列に基づく治療用組み換え抗体の設計と生産
与えられたレパートリー中の優性抗体配列が一度認識されると、その情報は免疫を与えるＣＤＲおよびフレームワークの存在を推測するために用いられる。選択されたＶＨおよびＶＬ配列が特定され、これらの遺伝子配列が合成オリゴヌクレオチドを用いて再合成された
優性ＶＨおよびＶＬ配列
組み換えｓｃＦＶは大腸菌株 JM109中で過剰発現され、生化学的および生物学的な特徴付けを可能にするために精製された
２．引用文献２：BIOCHEMICA, 2005, No.4, p.11-14
　引用文献２には、以下の記載がある（原文は英語のため、当審による翻訳文で示す）。
（１）「４５４ライフサイエンスシークエンスシステムは、新しいゲノムおよび以前にシークエンスされたゲノムの株変異体のシークエンスのための迅速で低コストな手段を提供する。」（１１頁左欄Introductionの１〜３行）
（２）「ＤＮＡライブラリーの準備・・・
エマルジョンベースのクローン増幅
１．増幅混合物の準備
２．ｓｓｔＤＮＡライブラリーの固定
３．エマルジョン化
４．増幅
５．ビーズ回収
６．ｓｓｔＤＮＡライブラリービーズ濃縮
７．配列決定プライマーのアニーリング
配列決定・・・
図２：バクテリアゲノムショットガンシークエンシングおよびアセンブリのための４５４ライフサイエンスアプローチの流れ図」（Figure 2）
（３）「全ゲノムショットガンシークエンシングのための４５４プロセスの流れ図は、図２に示されている。このプロセスは物理的なクローニングおよびサンガー法に必要とされるロボットプレートハンドリングに依存しない。」（１２頁右欄Sequencing and Assembly of Microbial Genomes with 454 Technologyの２〜６行）
（４）「４５４法は、サンガー法でしばしば見られる非クローン化領域によって生じるクローニングバイアスを有さない。」（１４頁左欄Conclusionの５〜７行）
３．引用文献３：Nature, 2005, Vol.437, p.376-380
　引用文献３には、以下の記載がある（原文は英語のため、当審による翻訳文で示す）。
（１）「ここで我々は、全ゲノムシークエンシングを含む、数百万塩基の配列情報を必要とするアプリケーションを常に可能とするスループットを有する、統合されたシステムについて述べる。」（３７６頁左欄１６〜１８行）
（２）「エマルジョンベースのサンプル準備
我々は全ゲノムを切断し、限定希釈によって単一ＤＮＡ分子を単離することにより、ＤＮＡ断片のランダムライブラリーを作成する（補足の方法）。具体的には、我々は全ゲノムをランダムに断片化し、該断片に特殊な共通のアダプターを加え、個々の断片をそれら自身のビーズ上に、そしてエマルジョンの小滴の中に捕らえ、個々の断片をクローン的に増幅する（図１ａ、ｂ）。従来のシークエンス技術と違い、我々のアプローチはバクテリアへのサブクローニングまたは個々のクローンの取り扱いを必要としない；鋳型はエマルジョンの中のバルク中で扱われる。」（３７６頁右欄〜３７７頁左欄のEmulsion-based sample preparation）
４．引用文献４：特表２００７−５２３６２７号公報
　引用文献４には、以下の記載がある。
（１）「【請求項１】
　（a）大きなテンプレート核酸分子を断片化して、複数の断片化核酸を産出する工程；
  （b）複数の水性マイクロリアクターが、断片化核酸の単一コピー、断片化核酸に結合することができる単一のビーズ、および核酸増幅を行うのに必要な試薬を含む増幅反応溶液を含むように、断片化核酸を油中水型エマルジョン中の水性マイクロリアクター中に送達する工程；
  （c）マイクロリアクター中の断片化核酸を増幅して、該核酸の増幅コピーを形成し、増幅コピーをマイクロリアクター中のビーズに結合させる工程；
  （d）ビーズを、平坦表面上の少なくとも10,000個の反応チャンバーのアレイに送達する工程であって、複数の反応チャンバーが、単一のビーズのみを含む、工程；および
  （e）複数の反応チャンバーにおいて配列決定反応を同時に実行する工程
を含む、核酸の配列を決定する方法。」（特許請求の範囲）
（２）「クローニングにより増幅された数千の標的の大規模平行配列決定は、時間を消費するサンプル調製プロセスおよび高価で間違いを起こしやすいクローニングプロセスを用いることなく、大規模の全ゲノムライブラリー分析を著しく容易にする。」（【００１２】）
第４　当審の判断
１．引用文献１に記載された発明
　第３　１．（１）〜（７）の記載から、引用文献１には、次のとおりの発明が記載されていると認められる。
　「サンプル中の抗体を同定する方法であって、以下の工程を含む方法。
　　ａ）Ｂ細胞のサンプルを取得し、前記サンプル中のＶＨおよびＶＬをコード化するｍＲＮＡのｃＤＮＡを取得する工程であって、これによって前記ｃＤＮＡの混合物を取得する工程；
　　ｂ）大腸菌にクローニングを行った後、前記サンプル中のＶＨおよびＶＬのうちの5,000〜15,000個の配列を決定する工程であって、これによって配列情報を取得する工程；
　　ｃ）CLUSTAL Xを用いたマルチプルアライメントを行い、前記サンプル中の優勢なＣＤＲを決定し、その情報を基に優性ＶＨおよびＶＬ配列を決定する工程；
　　ｄ）前記サンプル中の優性なＶＨ及びＶＬ鎖をコード化するポリヌクレオチドを合成し、発現ベクタを用いて前記ＶＨ及びＶＬを含む抗体を産生する工程」（以下、「引用発明１」という。）
２．本願発明と引用発明１の対比
　引用発明１における「優勢な」は、本願発明における「最も豊富な」に相当する。
　したがって、本願発明と、引用発明１とを対比すると、両者は、
「サンプル中の抗体を同定する方法であって、
　　ａ）Ｂ細胞のサンプルを取得し、前記サンプル中の免疫グロブリンをコード化するｍＲＮＡのｃＤＮＡを取得するステップであって、これによって前記ｃＤＮＡの混合物を取得するステップと；
　　ｂ）前記サンプル中にある前記免疫グロブリンの可変重（ＶＨ）鎖及び可変軽（ＶＬ）鎖のうちの少なくとも１０００個を配列決定するステップであって、これによって配列データを取得するステップと；
　　ｃ）前記サンプル中にある最も豊富なＶＨ及びＶＬ鎖を決定するステップと；
　　ｄ）前記サンプル中にある最も豊富なＶＨ及びＶＬ鎖をコード化するポリヌクレオチドを合成し、発現ベクタを用いて前記ＶＨ及びＶＬ鎖を含む抗体を産生するステップと；
を具えることを特徴とする方法。」である点で一致し、以下の点で相違している。
（相違点１）
　本願発明は、ステップａ）において、少なくとも１０６個のＢ細胞のサンプルを取得すると特定されているのに対し、引用発明１は、そのような特定がされていない点。
（相違点２）
　本願発明は、ステップｃ）を、コンピュータに実装されるアルゴリズムを用いて行うことが特定されているのに対し、引用発明１は、CLUSTAL Xを用いて行う点。
（相違点３）
　本願発明は、ステップｂ）において、直接的に並列に配列決定するために、単一で広範囲の並列型配列決定技術を用い、事前のクローニングステップなしに配列決定を行うことが特定されているのに対し、引用発明１は、事前に大腸菌にクローニングを行った後、配列決定を行う点。
（相違点４）
　本願発明は、ステップｅ）として、前記抗体を試験するステップであって、これによって前記抗体を同定するステップを備えていることが特定されているのに対し、引用発明１は、そのような特定がされていない点。
３．判断
（１）相違点１について
　引用発明１においては、第４　１．で述べたとおり、5,000〜15,000個という多数のＶＨおよびＶＬの塩基配列を行うと特定されているから、そのような多数のＶＨおよびＶＬを得るために、多数のＢ細胞を採取することは、当業者が容易になし得ることであり、必要なＢ細胞のサンプル数を少なくとも１０６個とすることも当業者が適宜なし得ることである。
　そして、そのことにより奏される本願発明の効果についても、当業者が予測し得る程度のものである。
（２）相違点２について
　引用発明１の「CLUSTAL X」は、コンピュータに実装されるアルゴリズムの一種であるから、当該相違点２は、実質的な相違点に当たらない。
（３）相違点３について
　引用発明１は、第４　１．で述べたとおり、大腸菌にクローニングを行った後、前記サンプル中のＶＨおよびＶＬの配列を決定する工程を含むものである。
　一方、本願優先日前、引用文献２〜４に記載されるシークエンス法は、大量の配列決定をする際に事前のクローニングが不要であり、効率的な手法として、当業者にとって周知の技術であった。
　また、引用文献２には、該手法はクローニングが不要であるため、クローニングによるバイアスが生じないことも記載されている。
　そうすると、5,000〜15,000個という多数のＶＨおよびＶＬの塩基配列を網羅的に決定する必要がある引用発明１において、効率良く配列決定を行うとともに、サンプル中に含まれるＶＨおよびＶＬをバイアスが生じないように配列決定するために、大腸菌にクローニングした後にＶＨおよびＶＬの塩基配列を決定する方法に換えて、引用文献２〜４に記載されるような周知の事前クローニングが不要な効率的なシークエンス法を採用することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　そして、引用文献２〜４に記載されたような手法により大量の配列決定を効率的に行うことができることは、本願優先日前に周知であったから、事前クローニングが不要であるため、より簡単に配列決定を行うことができるという本願発明の効果についても、当業者が予測し得る程度のものである。
（４）相違点４について
　本願優先日前、組み換え抗体を作成後、該抗体が目的とする結合活性や性質等を有していることを確認するために試験を行うことは周知慣用の技術であったから、引用発明１において、工程ｄ）の後に、得られた抗体の結合活性や性質等を試験する工程を行うことは、当業者が容易になし得ることである。
　そして、そのことにより奏される本願発明の効果についても、当業者が予測し得る程度のものである。
４．審判請求人の主張について
　審判請求人は、平成２８年６月９日付け意見書において、「引用文献１はどれほどの数のＶＨ鎖およびＶＬ鎖が配列決定されるのかには言及していません。また、引用文献１は、バクテリアに感染した患者由来の抗体しか分析しておらず、患者から単離された優勢な抗体のごく少数しか同定していません（第３２頁，第３段落）。引用文献１は、バクテリアに感染した患者からは異なったＣＤＲ３配列のごく少数しか見出せなかったと結論しています。以上に加えて、引用文献１は、バクテリアに感染した患者に焦点を当て、クローニングステップを採用し、優勢の異なったＣＤＲ３配列が少数だけ存在すると結論しています。よって、数少ない異なった優勢の配列を同定するためにさらに配列を網羅的に解析する必要はないので、当業者は引用文献１に基づいて代替の配列決定法に想到することはありません。」と主張している。
　しかしながら、引用発明１においては、5,000〜15,000個という多数のＶＨおよびＶＬの塩基配列を行うことが特定されているから、「引用文献１はどれほどの数のＶＨ鎖およびＶＬ鎖が配列決定されるのかには言及していません。」という審判請求人の主張は、採用できない。
　そして、第４　３．（３）で述べたとおり、本願優先日前、大量の配列決定をする際に効率的な手法として、事前のクローニングが不要な手法は、当業者にとって周知の技術であったから、5,000〜15,000個という多数のＶＨおよびＶＬの塩基配列を網羅的に決定する必要がある引用発明１において、効率良く配列決定を行うために、大腸菌にクローニングした後にＶＨおよびＶＬの塩基配列を決定する方法に換えて、引用文献２〜４に記載されるような周知の事前クローニングが不要な効率的なシークエンス法を採用することは、当業者が容易に想到し得ることであると認められる。
　よって、上記審判請求人の主張は採用できない。
　さらに、審判請求人は、上記意見書において、本願発明の方法は、
「１）離散的配列の頻度および比は維持されます。本願発明は必要なＰＣＲサイクル数が２から３と極めて少なく、よって、サンプルした配列の頻度および比は維持され、ＰＣＲに起因するエラーを回避することが可能です。
２）高処理技術では、１０６個よりも多い個別のｃＤＮＡについて並列的に配列決定を行うことが可能です。
３）このような高処理技術により、最も豊富なＶＨ鎖およびＶＬ鎖の決定には統計学上の意義があります。
４）配列が失われたり改変されたりすることはありません。」
という点で引用発明１とは異なる旨、主張している。
　しかしながら、上記１）〜４）は、引用文献２〜４に記載されたような本願優先日前に周知であった、事前のクローニングが不要な効率的なシークエンス法が有する特徴であるから、引用発明１において上記周知の手法を採用した場合には、これら１）〜４）の効果も当然奏されるものと認められる。
　よって、上記審判請求人の主張も採用できない。
５．まとめ
　したがって、本願発明は、引用文献１〜４に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
第５　むすび
　以上のとおりであるから、請求項１に係る発明は、引用文献１〜４に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　したがって、その他の請求項に係る発明についての判断を示すまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。