【事件の表示】
　特願２０１３−５２０２４９「修飾された単一ドメイン抗原結合分子及びその使用」拒絶査定不服審判事件〔平成２４年　１月１９日国際公開、ＷＯ２０１２／００７８８０、平成２５年　９月１９日国内公表、特表２０１３−５３６１７５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯、本願発明  
　本願は、平成２３年７月６日（パリ条約による優先権主張　平成２２年７月１６日　米国）を国際出願日とする出願であって、 平成２８年３月１６日付けで拒絶査定がなされ、同年７月２８日に拒絶査定不服審判の請求がなされるとともに、同日に手続補正書が提出されたものである。
　本願の請求項１〜３０に係る発明は、平成２８年７月２８日に提出された手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜３０に記載の事項により特定される発明であり、そのうち、本願の請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、特許請求の範囲の請求項１に記載される以下のとおりのものと認める。 
　
「【請求項１】
　修飾された単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子であって、
　（ｉ）１つ又は複数の標的に結合する、１つ又は複数の単一抗原結合ドメインと、
　（ｉｉ）非ペプチドリンカーと、
　（ｉｉｉ）１つ又は複数のポリマー分子と、
を含み、該非ペプチドリンカーが式（Ｉ）：
　
（式中、
Ｗ１及びＷ２はそれぞれ独立して、結合又はＮＲ１から選択され、
Ｙは結合、０〜２個のＲａで置換されたＣ１〜４アルキレン、又はピロリジン−２，５−ジオンであり、
ＸはＯ又は結合であり、
ＺはＯ、ＮＲ３、Ｓ、又は結合であり、
Ｒ１及びＲ３はそれぞれ独立して、水素又はＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ２は１つ若しくは複数のポリマー部分であり、
Ｒａはヒドロキシル、Ｃ１〜４アルキル又はＣ１〜４アルコキシから選択され、
ｍは０又は１であり、
ｎは０、１、２又は３であり、
ｐは０、１、２又は４である）の部分であり、１つ又は複数のポリマー分子がポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）モノマー又はその誘導体を含み、そしてＰＥＧポリマー分子が分岐している、単一ドメイン抗原結合分子。」
第２　原査定の概要
　原査定は、請求項１に係る発明は、引用文献１に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない、という理由を含むものである。
第３　当審の判断
１．引用文献１
　拒絶査定において引用された、本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開第２００６／１２２７８６号（以下、「引用文献１」という。）には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから、引用文献１のパテントファミリーである特表２００８−５３９７７２号公報の記載を翻訳文とする。また、下線は当審による。
　
ア　「【請求項１】
  四つのフレームワーク領域（それぞれＦＲ１からＦＲ４）および三つの相補性決定領域（それぞれＣＤＲ１からＣＤＲ３）からなる
ＴＮＦ‐アルファに対するナノボディ
ｄ）ＣＤＲ１が：
      −  アミノ酸配列ＤＹＷＭＹ；または
      −  アミノ酸配列ＤＹＷＭＹと少なくとも８０％、好ましくは少なく　　　　　とも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、さらに好ましく　　　　　は少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列；または
      −  アミノ酸配列ＤＹＷＭＹと１つだけアミノ酸が異なるアミノ酸配　　　　　列；
を含み、
ｅ）ＣＤＲ２が：
      −  アミノ酸配列ＥＩＮＴＮＧＬＩＴＫＹＰＤＳＶＫＧ；または
      −  アミノ酸配列ＥＩＮＴＮＧＬＩＴＫＹＰＤＳＶＫＧと少なくとも　　　　　８０％、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくと　　　　　も９５％、さらに好ましく
          は少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列；または
      −  アミノ酸配列ＥＩＮＴＮＧＬＩＴＫＹＰＤＳＶＫＧと２つ、また　　　　　は１つだけアミノ酸が異なるアミノ酸配列；
を含み、
ｆ）ＣＤＲ３が：
      −  アミノ酸配列ＳＰＳＧＦＮ；または
      −  アミノ酸配列ＳＰＳＧＦＮと少なくとも８０％、好ましくは少な　　　　　くとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、さらに好まし　　　　　くは少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列；また　　　　　は
      −  アミノ酸配列ＳＰＳＧＦＮと１つだけアミノ酸が異なるアミノ酸　　　　　配列、
を含む、
ナノボディ。
・・・・
【請求項４０】
  請求項１〜３９のいずれかに記載のナノボディを含む、または主成分とするタンパク質またはポリペプチド。
・・・・
【請求項４２】
  請求項１〜３９のいずれかに記載の２つのナノボディを含む、請求項４０〜４１のいずれかに記載のタンパク質またはポリペプチド。
　・・・・
【請求項５０】
  前記ポリペプチドＴＮＦ５５（配列番号：４１９）もしくは
ＴＮＦ５６（配列番号：４２０）を含む
【請求項５１】
 
 ペグ化された
イ　「実施例５６： 二価長半減期ヒト化Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）の発現および精製
ピキア・パストリスにおける産生
  実施例４９を参照されたい。
二価ナノボディの精製
  遠心分離および０．２２μm のろ紙によるろ過で培地を無細胞状態にした。該滅菌培地を４℃で保存し、さらに処理した。低分子汚染物質を、１０kDaの限外ろ過（UF）膜（HydroSart Sartocon Slice Cassette ,Sartorius）で以下のように限外ろ過することで削減した：４Ｌの培地を０．５〜１Ｌに濃縮し、次いで５ＬのＰＢＳで希釈し、０．５Ｌに再度濃縮した。この作業を２回行った。
ＵＦの残留物をナイロン製４７mmの０．４５μm膜（Alltech ＃2024）でろ過した。
  次のステップでは、プロテインＡアフィニティー精製（ＭａｂＳｅｌｅｃｔＸｔｒａＴＭ、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅを使用）で、濃縮培地から二価のＮａｎｏｂｏｄｙ（商標）を得た。カラム[３５Ｘ１００mm]をＰＢＳ中で平衡化し、試料添加後、ＰＢＳで広範囲に洗浄した。
ＴＮＦ５６
  ＭａｂＳｅｌｅｃｔＸｔｒａＴＭの溶出画分を、Ｔｒｉｓ  [１，５Ｍ、ｐＨ８，８] で中和し、４℃で保存した。
ＴＮＦ５６
ピキア・パストリスで発現した二価Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）のペグ化
Ｃ末端システインの還元
  ジチオスレイトール（ＤＴＴ、Aldrich Ｃａｔ １５，０４６−０）を中和画分に添加し、Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）（通常およそ２０%）のカルボキシ末端システイン間に形成した潜在的なジスルフィド架橋を還元した。ＤＴＴの終濃度は１０ｍＭ、およびインキュベートは４℃一晩が最適であることが分かった。分析的サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）で還元を評価した。したがって、２５μlの還元Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）を７５μlのＤ‐ＰＢＳに添加し、ＤｕｌｂｅｃｃｏのＰＢＳ（Ｄ‐ＰＢＳ、Gibco（商標）、ＲＥＦ １４１９０〜０９４）中で平衡化したＳｕｐ７５ １０／３００ ＧＬカラムで注入した。
  非還元Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）およびＤＴＴを、Ｄ‐ＰＢＳ中で平衡化したHiload 26/60 Superdex75 prep gradeカラムで、調製ＳＥＣによって除去した。
  ２８０nmで吸光度を測定し、還元Ｎａｎｏｂｏｄｙ商標）の濃度を測定した。Uvikon 943 Double Beam UV/VIS分光光度計（使用法：SOP ABL-0038を参照）を使用した。２４５〜３３０nmでの波長走査で吸収を測定した。Quartz Suprasil（登録商標）セルで調製した二つの精密なセルを使用した（Hellma、型番：104-QS；光路長：１０mm）。初めに、２８０nmで、９００μlのＤ‐ＰＢＳが入った２つのセルを設置して、ブランクの吸収を測定した。最初のセルに１００ l の試料を添加し、試料を希釈した（１／１０）。試料の吸収を２８０nmで測定した。
  濃度を以下の式で算出した：
ＴＮＦ５５では：ε＝１，８５
ＴＮＦ５６
ペグ化
  
Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）をペグ化するために、新しく調製した１mMのＰＥＧ４０溶液
  （
NEKTAR（商標）のTransforming Therapeutics（2D3YOTO1）Ｍｗ＝４０，０００g/molのMPEG2-MAL-40K
  Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）‐ＰＥＧ混合物を、室温（ＲＴ）で１時間軽く攪拌しながらインキュベートした後、４°C に移した。分析的ＳＥＣによってペグ化を評価した。したがって、２５μlのＮａｎｏｂｏｄｙ（商標）を７５μlのＤ‐ＰＢＳに添加し、Ｄ‐ＰＢＳ中で平衡化したＳｕｐ７５ＨＲ １０／３００カラムで注入した。ペグ化Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）は、カラムの体積を排除した範囲（＞７５kDa）で溶出した。
　ペグ化および非ペグ化Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）を陽イオン交換クロマトグラフィー（Source30Sを用いたＣＥＸ、GE Healthcare；Ａバッファー＝２５mMのクエン酸、ｐＨ＝４およびＢ＝１ＭのＮａＣｌを含むＰＢＳ）によって分離した。伝導率が＜５mS/cmになるように試料を希釈し、ｐＨを４，０に調整した。カラム［２５Ｘ１００mm］を平衡化し、試料添加後、Ａバッファーで広範囲に洗浄した。ペグ化Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）を3 CV勾配で溶出した。Ｄ‐ＰＢＳで平衡化したHiload 26/60 Superdex 75 prep gradeカラムでＳＥＣによって、回収したＮａｎｏｂｏｄｙ（商標）をＤ‐ＰＢＳへとバッファー交換した。
  最後に陰イオン交換カラム（Source30Q）を経由した方法でＮａｎｏｂｏｄｙ（商標）からＬＰＳを除去した。カラム（１０ｘ１００mm）をＮａＯＨ［１Ｍ］中で一晩消毒し、その後、エンドトキシンを含まないＤ−ＰＢＳ中で平衡化した。」（第２５７頁２５行〜第２５９頁２９行）
　
ウ　「実施例５７： 二価長半減期ヒト化Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）の特徴づけ
生化学的特徴づけ
  ＴＮＦ５５は２６０個のアミノ酸から成る。タンパク質の分子量は、２７，１０６Daである。ｐＩは８．６７である。２８０nmでの吸光係数は１．８５０である。
  
ＴＮＦ５６
　
質量分光光度法
  ＴＮＦ５５の理論的質量は２７，１０６Daである。ＴＮＦ５５‐ビオチンタンパク質は２つのＳ‐Ｓ 架橋を有し、ビオチンを変性すると質量は、ＥＳＩ‐ＭＳの測定で２７，６２７Daになることが好ましい。ＴＮＦ５５‐ビオチンの質量を実験的に測定すると、２７，６２７Daである。
  
ＴＮＦ５６
Ｎ末端配列
  
ＴＮＦ５６‐ＰＥＧ４０
分析的サイズ決定
  ＰＢＳ中での
ＴＮＦ５６‐ＰＥＧ４０
　
２．参考文献３
　拒絶査定において引用された、本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開第２００４／０６０９６６号（以下、「参考文献３」という。）には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから、参考文献３のパテントファミリーである特表２００６−５２２１６７号公報の記載を翻訳文とする。また、下線は当審による。
エ　「例えば、
Nektar(Huntsville, AL)から得られるｍＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋ、以下の構造ＶＩＩ
は、対応するマレアミド酸を形成するための或る特定の条件下で、極めて制限された度合いのマレイミド環の加水分解を受ける。」（第２３頁末行〜第２４頁２行）
３．引用発明
　上記ア〜ウの記載より、引用文献１には、以下の発明が記載されていると認められる。
「ＴＮＦ‐アルファに対するナノボディＴＮＦ５６（配列番号：４２０）をNEKTAR（商標）のTransforming Therapeutics（2D3YOTO1）Ｍｗ＝４０，０００g/molのMPEG2-MAL-40Kでペグ化した、ＴＮＦ５６‐ＰＥＧ４０ポリペプチド。」
４．対比・判断
　本願の請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）と引用発明を対比する。
　本願発明における「単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子」とは、本願明細書の段落【０００６】の記載からみてナノボディを包含すると認められ、また、本願明細書の実施例１には、本願の図１に示されるアミノ酸配列を有し、「４つのグリシン及び１つのセリンの６つの反復からなる３０個のアミノ酸のフレキシブルリンカーを介した２つの同一のＴＮＦα抗原結合ドメイン」を有する「ＳＤＡＢ−０１（二価ヒト化ＳＤＡＢポリペプチド）」分子を、本願発明の
「単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子であって、
　（ｉ）１つ又は複数の標的に結合する、１つ又は複数の単一抗原結合ドメイン」として用い、この「ＳＤＡＢ−０１」分子のＣ末端のＣ（システイン）のチオール基に、図２に示される化学構造を有する試薬のマレイミド基を反応させ、図３に示される２つの抗ＴＮＦドメインを有するＳＤＡＢ−０１と呼ばれる分子を製造したことが記載されていると認められる。
　そして、引用発明の「ＴＮＦ‐アルファに対するナノボディＴＮＦ５６（配列番号：４２０）」は、本願の図１に示されるアミノ酸配列と同じアミノ酸配列を有するポリペプチドであると認められる。
　そうすると、引用発明の「ＴＮＦ‐アルファに対するナノボディＴＮＦ５６」は、本願発明の「単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子であって、
　（ｉ）１つ又は複数の標的に結合する、１つ又は複数の単一抗原結合ドメイン」を含むものに相当すると認められる。
　また、引用発明の「NEKTAR（商標）のTransforming Therapeutics（2D3YOTO1）Ｍｗ＝４０，０００g/molのMPEG2-MAL-40K」は、ＮＥＫＴＡＲ社の「MPEG2-MAL-40K」という商品であると認められるところ、同じくＮＥＫＴＡＲ社の出願に係る参考文献３には、ＮＥＫＴＡＲ社の「ｍＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋ」の化学構造式が上記エのとおり示されており、「MPEG2-MAL-40K」と「ｍＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋ」は同じものであると認められる。
　そうすると、引用発明において「MPEG2-MAL-40K」を用いて「ＴＮＦ‐アルファに対するナノボディＴＮＦ５６」をペグ化した場合、「ＴＮＦ‐アルファに対するナノボディＴＮＦ５６」以外の部分の化学構造は、本願発明における、非ペプチドリンカーの式（Ｉ）において、Ｗ１が結合であり、Ｗ２がＮＨであり、Ｙがピロリジン−２，５−ジオンであり、Ｘが結合であり、ＺがＮＨであり、Ｒ２が分岐しているポリ（エチレングリコール）の誘導体からなるポリマー部分であり、ｍが０であり、ｎが２であり、ｐが２である場合に相当する化学構造になると認められる。なお、本願の図４Ａの記載からみて、本願の実施例１においても、配列番号１のＴＮＦ５６のＣｙｓ２６４（Ｃ末端のシステイン）を修飾するために、この「MPEG2-MAL-40K」に相当する試薬「Nektar;Branched」が分岐ｍＰＥＧ−マレイミドのひとつとして使用されていると認められる。
　そうすると、引用発明の「MPEG2-MAL-40K」で「ＴＮＦ‐アルファに対するナノボディＴＮＦ５６」をペグ化して得られる、「ＴＮＦ５６‐ＰＥＧ４０ポリペプチド」分子は、本願発明の
「修飾された単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子であって、
　（ｉ）１つ又は複数の標的に結合する、１つ又は複数の単一抗原結合ドメインと、
（ｉｉ）非ペプチドリンカーと、
　　（ｉｉｉ）１つ又は複数のポリマー分子と、
を含み、該非ペプチドリンカーが式（Ｉ）：
（式中、
Ｗ１及びＷ２はそれぞれ独立して、結合又はＮＲ１から選択され、
Ｙは結合、０〜２個のＲａで置換されたＣ１〜４アルキレン、又はピロリジン−２，５−ジオンであり、
ＸはＯ又は結合であり、
ＺはＯ、ＮＲ３、Ｓ、又は結合であり、
Ｒ１及びＲ３はそれぞれ独立して、水素又はＣ１〜６アルキルであり、
Ｒ２は１つ若しくは複数のポリマー部分であり、
Ｒａはヒドロキシル、Ｃ１〜４アルキル又はＣ１〜４アルコキシから選択され、
ｍは０又は１であり、
ｎは０、１、２又は３であり、
ｐは０、１、２又は４である）の部分であり、１つ又は複数のポリマー分子がポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）モノマー又はその誘導体を含み、そしてＰＥＧポリマー分子が分岐している、単一ドメイン抗原結合分子。」に相当すると認められる。
　そうすると、本願発明と引用発明との間に相違点はない。
　したがって、本願発明は引用文献１に記載された発明と同一である。
　
５．審判請求人の主張について
　審判請求人は審判請求書において以下の主張をしている。
「引用文献１に記載されているＭＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋは、本願請求項に記載されるものとは異なる。添付資料１を参照されたい。添付資料１には、引用文献１に記載されるＭＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋが記載されている。「ＭＡＬ」とは、マレイミド又は２，５−ピロールジオンを意味している。本願請求項１に係る物と比べると、引用文献１に記載されるＭＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋには、リンカー部にケトン部分がない。それに対し、本願請求項に係る発明では、リンカー部のケトン部分が必須である。」
　
　そこで、以下検討する。
　添付資料１は、ＮＥＫＴＡＲ社が販売するＰＥＧ化試薬に関するカタログであると認められ、分岐ＰＥＧマレイミドに分類される商品として、商品番号「２Ｄ３Ｙ０Ｔ０１」の「ｍＰＥＧ２−ＭＡＬ　ＭＷ　４０Ｄａ」について、以下のとおり記載されている。
　しかし、添付資料１はカタログであることから、各種のＰＥＧ化試薬の特徴点（マレイミド基の数やＰＥＧに対する結合位置など）が分かりやすいようにした構造式が記載されていると考えられ、完全な化学構造式を記載するものとは認められない。
　すなわち、添付資料１に記載される各種のＰＥＧ化試薬の構造式は、メトキシ化ポリエチレングリコールが「ｍＰＥＧ」と省略して記載されており、「ｍＰＥＧ」とマレイミド基との間には線が記載されているが、この線が単なる結合を意味し、線の交点が炭素原子を表しているとは認められず、添付資料１に示された構造式は、マレイミド基以外の化学構造については、分かりやすく簡略化したものと認められる。
　一方、参考文献３は、ＮＥＫＴＡＲ社の特許出願に係る文献であり、そこに示された「ｍＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋ」の化学構造式は、引用発明の「NEKTAR（商標）のTransforming Therapeutics（2D3YOTO1）Ｍｗ＝４０，０００g/molのMPEG2-MAL-40K」の具体的な化学構造式であると認められる。
　したがって、添付資料１を根拠とする審判請求人の主張は誤りである。
　
　なお、同じくＮＥＫＴＡＲ社の特許出願に係る公知の文献であり、タンパク質のシステイン残基に含まれるチオール基に反応して、ＰＥＧのような水溶性ポリマーを結合させる技術に関する特表２００６−５１７６００号公報（参考文献Ａ）には、水溶性ポリマーセグメントと求電子基Ｅを有するポリマー反応分子「ＰＯＬ−Ｅ」と、求核基ＮＵとマレイミド基のようなチオール選択基Ｓの両方を有する反応分子「ＮＵ−Ｙ−Ｓ」とを反応させて「ＰＯＬＹ−Ｓ」を製造すること（【０００８】）、「求電子基Ｅ」はＮ−ヒドロキシスクシンイミジル基を有すること（【００１３】）、「求電子基ＮＵ」として第一級アミノ基等、分岐状のポリマー反応分子「ＰＯＬ−Ｅ」として下記式ＩＸ−Ａ（【０１２４】）が記載され、また、下記の【化１０】には、「ＰＯＬ−Ｅ」と「ＮＵ−Ｙ−Ｓ」の反応スキームと、反応物「ＰＯＬＹ−Ｓ」（チオール選択的ポリマー産物）（【０１４７】）が記載されていると認められる。
　そして、【化１０】の「ＰＯＬＹ−Ｅ」として、式ＩＸ−Ａのものを用いた場合の反応物「ＰＯＬＹ−Ｓ」の化学構造は、参考文献３の「ｍＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋ」の化学構造になると認められる。
　
　さらに、ＮＥＫＴＡＲ社の別の特許出願に係る公知の文献であり、やはりタンパク質のチオール基に反応して、ＰＥＧを結合させる技術に関して記載される特表２００８−５０６７０４号公報（参考文献Ｂ）の第４１頁の【表１２】にも、参考文献３の「ｍＰＥＧ２−ＭＡＬ−４０Ｋ」の化学構造と同じ化学構造を有する「分岐ｍＰＥＧマレイミド試薬」が記載されている。
　
　したがって、参考文献３に記載された化学構造が正しいものであることは、これら参考文献Ａ、Ｂの記載からも明らかである。
６．小活
　よって、本願発明は引用文献１に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない。
第４　むすび
　以上のとおり、本願の請求項１に係る発明は、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明について言及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。  
　よって、結論のとおり審決する。