【事件の表示】
　特願２０１１−１１９７７１「自己Ｔ細胞ワクチン材料および方法」拒絶査定不服審判事件〔平成２３年　９月　１日出願公開、特開２０１１−１６８６１８〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
［第１］手続の経緯
　本願は、平成１４年９月１２日（パリ条約による優先権主張外国庁受理　２００１年９月１４日　米国）を国際出願日とする特願２００３−５２８４９１号の一部を平成１９年６月２８日に新たな特許出願である特願２００７−１７１３０３号とし、さらにその一部を平成２３年５月２７日に新たな特許出願としたものであって、以降の手続の概要は次のとおりである。
　・平成２３年　５月２７日付　　　上申書
　・平成２５年　１月　７日付　　　拒絶理由通知書
　・　同　　年　４月　２日付　　　意見書・手続補正書
　・　同　　年　８月　２日付　　　拒絶理由通知書（最後）
　・　同　　年１２月２５日付　　　意見書
　・平成２６年　６月１８日付　　　拒絶査定
　・　同　　年１０月２０日　　　　審判請求書・手続補正書
　・　同　　年１１月２７日付　　　手続補正書（方式）［審判請求の理由補充書］
　・平成２７年　１月２９日付　　　前置報告書
　・平成２８年　２月　５日付　　　拒絶理由通知書（最後）
　・平成２８年　７月　７日付　　　意見書
　　
［第２］本願発明
　本願の請求項１に係る発明、ならびに請求項９に係る発明は、平成２６年１０月２０日付の手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１ならびに９に記載された事項により特定される、次のとおりのものである。
『　【請求項１】　多発性硬化症の処置のための自己Ｔ細胞ワクチンを調製する方法であって、該方法は、以下の工程：
　（ａ）該ワクチンで処置すべき患者由来のＴ細胞を、１つ以上の多発性硬化症関連抗原の免疫優性フラグメントの組合せを用いてインビトロで一次刺激する工程；
　（ｂ）工程（ａ）において得られたＴ細胞を、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および該免疫優性フラグメントの組合せで刺激する工程；ならびに
　（ｃ）工程（ｂ）を、１回以上繰り返す工程、
を包含し、該多発性硬化症関連抗原が、ミエリン塩基性タンパク質、プロテオリピドタンパク質、およびミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質からなる群より選択される、方法。　』
『　【請求項９】　患者における多発性硬化症を処置するための、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法に従って調製した自己Ｔ細胞ワクチン。　』
　
　ここで、請求項１を引用する請求項９に係る発明は、請求項９の「患者における多発性硬化症を処置するための」と請求項１の「多発性硬化症の処置のための」が重複するので請求項９の記載に統一すると、以下のようになる。これを以下単に「本願発明」ということがある。　
『　患者における多発性硬化症を処置するための、
以下の工程：
　（ａ）該ワクチンで処置すべき患者由来のＴ細胞を、１つ以上の多発性硬化症関連抗原の免疫優性フラグメントの組合せを用いてインビトロで一次刺激する工程；
　（ｂ）工程（ａ）において得られたＴ細胞を、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および該免疫優性フラグメントの組合せで刺激する工程；ならびに
　（ｃ）工程（ｂ）を、１回以上繰り返す工程、
を包含し、該多発性硬化症関連抗原が、ミエリン塩基性タンパク質、プロテオリピドタンパク質、およびミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質からなる群より選択される、方法　
に従って調製した自己Ｔ細胞ワクチン。　』
　
　また、請求項１に係る方法を、以下単に「本願発明の調製方法」ということがある。
　
［第３］当審の判断
　
１．本願発明に包含される自己Ｔ細胞ワクチンの範囲について
（１）　「本願発明の調製方法」により製造されてなる、本願発明の自己Ｔ細胞ワクチンの有効成分（主要構成成分）である自己Ｔ細胞（以下、単に「本願発明の自己Ｔ細胞」」ということがある）が具備していると解される構造、特性等について、以下検討する。
　
（２）　まず、「本願発明の自己Ｔ細胞」は、工程（ａ）〜（ｃ）の「１つ以上の多発性硬化症関連抗原の免疫優性フラグメントの組合せ」、即ち、当該「免疫優性フラグメント」を複数種組み合わせたもの、を用いた刺激工程を経てなるものであることから、
当該「組合せ」を構成する複数種の「免疫優性フラグメント」の少なくともいずれか一種に対し反応性を有する、という性質を当然に有する
　しかしながら、本願発明では、当該複数種の「免疫優性フラグメント」については、「ミエリン塩基性タンパク質、プロテオリピドタンパク質、およびミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質からなる群より選択される」いずれかの「多発性硬化症関連抗原」ポリペプチド由来のものであることが規定されているのみで、それら複数種の「免疫優性フラグメント」の各々が特定の化学構造（例えばアミノ酸配列）からなるものに限定されているわけではない。
　また、「本願発明の自己Ｔ細胞」自体についても、その反応に関与する当該細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の化学構造等について特段の規定はなく、上述のいずれかの「免疫優性フラグメント」に対し如何なる特異性を以て反応するのか（例えば、同自己Ｔ細胞が有するＴＣＲが当該「免疫優性フラグメント」中の如何なるエピトープ部位に対し如何なる程度の親和性を以て結合するのか、や、当該「免疫優性フラグメント」中に「フラグメント」化に伴い顕在化する「隠蔽エピトープ」（請求人による平成２５年１２月２５日付意見書、同平成２８年７月７日付意見書）が存在する場合、当該「隠蔽エピトープ」に対し特異的反応性を有するのか否か、そうであるとすれば如何なる程度の親和性を以て結合するのか）等といった性質／機能についても、特段の限定はない。
　
　そうすると、「本願発明の自己Ｔ細胞」には、上記いずれかの「免疫優性
フラグメント」のみ
例えば、それらいずれかの「免疫優性フラグメント」及び同「免疫優性フラグメント」の由来である全長の多発性硬化症関連抗原ポリペプチド中に存在する形態の当該「免疫優性フラグメント」領域の双方に対し反応性を示す
　
（３）（３−１）　そして、本願発明では、「本願発明の自己Ｔ細胞」が、
必ず
複数種の「免疫優性フラグメント」の各々に反応性の各単一自己Ｔ細胞クローンを複数種併せて含む、複数種のＴ細胞クローン集団の混合物
いずれか一種にのみ
単一のＴ細胞クローン
　
　（３−２）　また、「本願発明の自己Ｔ細胞」の具体的な調製方法について、本願明細書中には以下のような記載がある。［下線は当審による］
（ア）『　【０００７】　本発明の好ましい実施形態は、
直接増大法
　・・・
【００１０】　本発明の別の実施形態は、自己Ｔ細胞ワクチンおよび
「クローニング方法」
【００１１】　このクローニング方法は、・・・いずれかのフラグメントに対して反応性であるＴ細胞株を同定する工程を包含する。５未満のＳ．Ｉ．を有するＴ細胞株は、限界希釈によってクローニングされる。方法は、ＰＢＭＣまたはＣＳＦＭＣを、ＭＢＰまたはそのフラグメント・・・とともに７日間、培地を交換せずにインキュベートすることによって、・・・反応性のＴ細胞を入手する工程を包含する。・・・上記のＭＢＰまたはそのフラグメントを入れながら、ＡＰＣ・・・とともに・・・インキュベートされる。この刺激指数（Ｓ．Ｉ．）は、本明細書中に記載されるとおりの［３Ｈ］チミジン取り込み増殖アッセイを用いて決定される。次いで、抗原を含み、
５未満のＳ．Ｉ．を有するウェルは、限界希釈を用いてクローニングされ、
細胞は、ＭＢＰ（またはそのフラグメント）およびＰＨＡを用いた交互の刺激サイクルによって増大される
（イ）『　【００１８】　本明細書に記載される実施例は、ＭＳの処置のために
クローン選択法によって調製される自己Ｔ細胞ワクチン
直接的増大方法によって調製される自己Ｔ細胞ワクチン
（ウ）『　【００２３】　（実施例１：・・・）
  ・・・、２つの免疫優性領域（アミノ酸残基８３〜９９およびアミノ酸残基１５１〜１７０，・・・）に対応するヒトミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）の２つの合成ペプチド（それぞれ、２０μｇ／ｍｌの濃度）・・・
　・・・
【００２６】　（実施例２：Ｔ細胞ワクチン接種のためのミエリン反応性Ｔ細胞の作製）
　
（ＰＢＭＣの調製および一次刺激）
　新鮮な血液標本を、収集２時間以内に処理した。あるいは、単核細胞は、ＭＳ患者の脳脊髄液（ＣＳＦＭＣ）から入手され得る。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を・・・全血から単離した。・・・。精製したＰＢＭＣを・・・プレート上にプレーティングした。・・・。
実施例１で考察したミエリンペプチドを、それぞれ、２０μｇ／ｍｌで・・・添加した。
【００２７】　
（ＭＢＰペプチド特異的Ｔ細胞株の同定および選択）
　全てのウェル由来の細胞の約５０％を取り出し、そして２つのウェル（抗原ウェルおよびコントロールウェル）に均等に分けた。
新鮮なＰＢＭＣまたは解凍したＰＢＭＣを、・・・照射し、そして供給源の抗原提示細胞（ＡＰＣ）として・・・用いた。上記の実施例１に記載されるミエリンペプチドを、それぞれ、２０μｇ／ｍｌで、この抗原ウェルに対して添加した。
【００２８】　次いで、細胞を・・・収集し・・・。対応するミエリンペプチドに対する各Ｔ細胞株／ウェルの反応性を、［３Ｈ］チミジン取り込み増殖アッセイによって決定した。特に、各ウェル由来の細胞を、・・・ミエリンペプチドの存在下および不存在下で、ＡＰＣの供給源としての・・・自己ＰＢＭＣとともに培養した。・・・。この抗原ウェルの１分間あたりのカウント（ｃｐｍ）／コントロールウェルのｃｐｍの商が、３以上である；およびこの抗原ウェルの総ｃｐｍが１，５００よりも大きいの両方である場合、Ｔ細胞株は、ミエリンペプチド特異的であると定義される。・・・。同定されたミエリン反応性Ｔ細胞株の残りの５０％の細胞を、照射したＰＢＭＣで、増大のために再刺激する。
（エ）『　【００２９】　
（選択したＴ細胞株／クローンの増大および確立）
　Ｔ細胞株が、ミエリンペプチド反応性であると同定され、続いて、１回再刺激された後、これをさらに増殖して、以下の方法のうちの１つを用いて、ワクチン接種のために十分な細胞を産生する：
直接増大法およびＴクローン化方法
増殖方法の選択は、そのミエリンペプチドに対するＴ細胞株の特異性および反応性に依存する。
ＳＩが５以上である場合、この直接増大法が用いられる。ＳＩが５未満である場合、クローニング方法が用いられる。
【００３０】　（直接増大法）
　手短に述べると、次いで、５以上のＳ．Ｉ．を有すると同定されたミエリン反応性Ｔ細胞を、照射した自己ＰＢＭＣの存在下で、対応するミエリンペプチドでの刺激サイクルとＰＨＡでの刺激サイクルとを交互に行う、直接増大法（ＤＥＭ）によって増大させた。各刺激サイクルを、７〜１０日間実施した。・・・。ミエリン反応性Ｔ細胞株を、総細胞数が約２０００万個に達するまで、交互刺激サイクルで増殖させた。
　・・・
【００３２】　・・・
　この
クローニング方法
対応するミエリンペプチドに対する特異的反応性
さらなる増殖を、対応するミエリンペプチドおよびＰＨＡを用いる代替的刺激サイクルにおいて、上記の直接的増殖方法に従って実施した
　
　これらの明細書（ア）〜（エ）の記載によれば、本願発明に係るワクチンの有効成分である「本願発明の自己Ｔ細胞」を実際に調製するには、工程（ａ）〜（ｃ）のみならず、それら（ａ）〜（ｃ）の刺激工程間もしくはその前／後において、「免疫優性フラグメントの組合せ」による刺激に対し、［３Ｈ］チミジン取り込み増殖アッセイを用いて決定される刺激指数（Ｓ．Ｉ．）（（エ）【００１１】）を指標とする増殖応答性、即ち反応性、の高い自己Ｔ細胞を
選択し、当該選択した自己Ｔ細胞をさらに増殖させる工程が当然に要される
　そして、
その際の選択方法としては、
クローニング法（上記刺激に対しある程度高い反応性を示した（ＳＩ：３以上５未満）細胞画分については限界希釈により含有細胞をクローン化し、刺激反応性の高いＴ細胞クローンを特定する方法）が挙げられる
実際の自己Ｔ細胞の調製例（実施例２。（ウ）〜（エ））においても、「本願発明の自己Ｔ細胞」の選択にクローニング法が用いられている
クローン化されてなる単一の
これら「３Ｅ５」「２Ｃ９」はいずれも、各々単独で或いは組み合わせて、本願発明のワクチンの有効成分として採用し得る
　
　（３−３）　これら（３−１）〜（３−２）の検討事項を併せ踏まえると、「本願発明の調製方法」における（ａ）〜（ｃ）の刺激工程で用いられる「免疫優性フラグメントの組合せ」は、「組合せ」、即ち複数種の「免疫優性フラグメント」で構成されてはいるものの、
当該方法により得られる「本願発明の自己Ｔ細胞」は、必ずしも、
　（ｉ）　
上記複数種の「免疫優性フラグメント」の各々に反応性を示す複数種のＴ細胞クローン集団の混合物で構成されるもの
のみに限定されているわけではな
その選択・増殖条件如何では、
　（ｉｉ）　
複数種の「免疫優性フラグメント」中のいずれか一種のフラグメントのみに対し反応性を示すという点では共通するが、その反応の特異性や程度等において互いに異なる、複数種のＴ細胞クローン集団の混合物で構成されるもの
や、
　（ｉｉｉ）　
複数種の「免疫優性フラグメント」中のいずれか一種のフラグメントのみに対し反応性を示す、単一のクローンＴ細胞集団のみで構成されるもの
もまた、上記態様に包含されているものと解される。
　
（４）　なお、請求人自身、平成２８年７月７日付意見書中で
『　例えば、本願請求項に記載されているように、免疫優性フラグメントの組み合わせが、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）およびミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）に由来するものである場合、得られた細胞集団は、
ＭＢＰおよび／またはＭＯＧ
と主張しているところ、ここでいう「ＭＢＰ」「ＭＯＧ」がいずれも
全長でない「免疫優性フラグメント」に特定されているわけではなく
いずれか一方のみ
　
２．引用文献の記載
　他方、原査定の理由で引用され、本願の優先日前に頒布されたことが明らかな刊行物である、引用文献１：特表平９−５００２６１号公報　には、以下の事項が記載されている。［下線は当審による］
　
（１）特許請求の範囲
『　１．ヒトＴ細胞の特異性の対象である抗原の存在下できわめて増殖性が高く、その後の培養進行の全ての段階において汚染細胞をもたない状態にとどまっているという点で完全な生物学的純度を有することを特徴とするヒトＴ細胞モノクローン集団。
　２．単一のTCR Ｖ遺伝子発現を生じさせることを特徴とする、請求の範囲第１項に記載のヒトＴ細胞モノクローン集団。
　３．唯一のTCR Ｖ−Ｄ−Ｊ DNA配列を有することを特徴とする、請求の範囲第１項〜第２項に記載のヒトＴ細胞モノクローン集団。
　・・・
　６．存在した場合に前記集団に増殖性を与える抗原が自己抗原であることを特徴とする請求の範囲第１項〜第５項のいずれか１項に記載のヒトＴ細胞モノクローン集団。
　７．自己抗原が
ミエリン抗原又はその免疫原性部分
　８．ミエリン抗原が、
ミエリン塩基性タンパク質(MBP)、プロテオリピドタンパク質(PLP)、
ミエリン−乏突起膠細胞−糖タンパク質(MOG)及び／又はその混合物
　９．
ミエリン抗原が、ミエリン塩基性タンパク質のアミノ酸配列の84〜102 領域又は 149〜170 領域のエピトープである
　・・・
　13．請求の範囲第１項〜第12項のいずれか１項に記載のヒトＴ細胞モノクローンに向けて導かれた、ヒトＴ細胞モノクローン。
　14．ミエリン塩基性タンパク質特異的ヒトＴ細胞モノクローンに向けて導かれた、請求の範囲第13項に記載のヒトＴ細胞モノクローン。
　15．
ミエリン塩基性タンパク質のアミノ酸配列の84〜102 領域又は 149〜170領域のエピトープに対して特異的なヒトＴ細胞モノクローン
　16．特異性の対象である抗原及び／又はその他のあらゆるＴ細胞剌激剤の存在下できわめて増殖性が高く、その後の培養進行の全ての段階において汚染細胞をもたない状態にとどまっているという点で完全な生物学的純度を有することを特徴とするヒトＴ細胞モノクローン集団の産生方法において、
（１）
前記抗原に対して応答性をもつヒトＴ細胞系を提供する段階、
（２）ヒトＴ細胞モノクローンの集団を産生するべく、前記Ｔ細胞系統を単細胞クローニングし
自己由来の
供給細胞
（３）
望ましいTCR 特異的特性をもつモノクローン集団を選択する段階、
  を含んで成る方法。
　17．前記ヒトＴ細胞系が末梢血リンパ球(PBL)から採取されることを特徴とする、請求の範囲第16項に記載の方法。
　18．Ｔ細胞剌激剤が、レクチン好ましくはPHA 及び／又はConA、リンフォカイン、好ましくはCD3 及びその他の細胞表面分子に対するインターロイキン−２（IL−２）及び／又は組換え型IL−２（ｒ−IL２）マイトジェン抗体及び／又はその混合物から成るグループの中から選ばれることを特徴とする請求の範囲第16項又は第17項に記載の方法。
　・・・
　21．請求の範囲第１項〜第10項のいずれか１項に記載の
Ｔ細胞モノクローンの１集団又は選択された複数の集団の混合物
自己免疫疾患の治療のための治療薬
　・・・
　23．請求の範囲第１項〜第６項のいずれか１項に記載のＴ細胞モノクローンの１集団又は選択された複数の集団の混合物を有効量含む、感染症及びガンの治療のための治療薬。
　・・・
　26．その状態に特異的でかつその
患者の生体試料から得ることのできる単数又は複数の抗原に関連する状態に苦しむ患者
−  前記状態を少なくとも軽減するべく
適切な免疫応答を生成するのに充分な量のヒトＴ細胞モノクローン集団を前記患者にワクチン接種する
前記ヒトＴ細胞モノクローン集団が前記単数又は複数の抗原に対する応答性をもち
　・・・
　41．感染症、
自己免疫疾患
の治療を目的とした薬学組成物の産生のための、
　・・・　』
　
（２）１４頁１４〜２４行
『　 同様に本発明の範囲内に入るのは、ヒトＴ細胞が特異性をもつ抗原及び／又はその他のあらゆるＴ細胞剌激剤の存在下できわめて増殖性が高く、しかもその後の培養発達の全ての段階において汚染細胞をもたない状態にとどまっている点で完全な生物学的純度を有することを特徴とするヒトＴ細胞モノクローン集団の産生方法である。この方法には、
１）抗原に対して応答性をもつヒトＴ細胞系統を提供する段階、
２）ヒトＴ細胞モノクローン集団を産生するべく、Ｔ細胞系統を単細胞クローニングし、自己由来の又は同種異系の供給細胞の存在下でＴ細胞剌激剤を用いて、結果として得られたＴ細胞クローンを剌激する段階、及び
３）望ましいTCR 特異的特性をもつモノクローン集団を選択する段階、
が含まれる。　』
　
（３）１８頁２３行〜１９頁５行
『　 病原性自己反応性Ｔ細胞はＴ細胞媒介自己免疫疾患中に病原として認められるため、照射あるいは圧力及び化学治療により無毒化される場合には、病気を予防し治療するため
ワクチンとして
（４）２１頁２６行〜２３頁２３行
『　本発明によるヒトＴ細胞モノクローン集団の調製方法
　Ａ．抗原特異性Ｔ細胞系列の発生
　一般的に、本発明のモノクローン集団調製のために使用されるＴ細胞は、治療すべき症状により選択される。例えば免疫性疾患の場合、
患者の末梢血リンパ球が、適当なＴ細胞系列をひきだすために使用される
　・・・
　
Ｔ細胞系列が末梢血から単離される場合、末梢血リンパ球が単離され、
抗原の存在のもとで培養される
　得られる培養物は、・・・あらかじめ照射された
自己由来の抗原発生細胞と共に再度剌激を加える
　この生きた
Ｔ細胞系は次いで単離され、
抗原の存在下に自己由来の抗原発生細胞と共に再剌激を受ける
抗原に応動する特異増殖について検査される
　Ｂ．
抗原特異性Ｔ細胞の単一細胞クローニング
　真の抗原特異性Ｔ細胞クローンをクローン化することは通常困難である。これは、自己由来の抗原発生細胞、低いクローニング効率、及び抗原剌激プロセスにおいてＴ細胞耐性が導入されること、に通常関係する問題のためである。これらの問題の結果、Ｔ細胞をクローン化するために採用される一般的な方法は、ウェルあたり10乃至30個の細胞を使用することである。その結果、クローン調製物は望ましくないＴ細胞で汚染される。
　本発明方法によれば、抗原特異性Ｔ細胞は、照射された自己由来もしくは同種異系の抗原発生細胞及び効力あるＴ細胞剌激剤、例えばPHA 及び／もしくはConA，CD3 に対する分裂性抗体及びその他の表面分子及び／もしくはその混合物、の存在下に極めて低い細胞濃度で平板培養される。・・・IL−２もまたＴ細胞剌激剤として使用できることが理解されるべきである。　』
［※審決注：摘記（４）中の各「抗原発生細胞」については、それら前後の記載、或いは、引用文献１の対応公報である国際公開第９４／２６８７６号中の２１頁で「antigen presenting cells」と記されていることから、後の摘記（６）中の「抗原提供細胞（APC）」、即ち抗原提示細胞、に相当するものと解される。］
　
（５）２４頁２〜１０行
『　本発明Ｔ細胞集団の特徴
　既に述べたように、本発明方法によれば、治療に使用することのできる十分な量の均質なＴ細胞モノクローン集団を生育させることができる。勿論
本発明の集団は単一性免疫エピトープあるいは抗原を認識する細胞に限定されない
一つの抗原に異なるエピトープを認識する異なるクローンの混合物からなる細胞系列集団を生育させることが可能である。
　
（６）２４頁２４行〜２６頁１行
『  ヒトＴ細胞単一クローンの同定、及びヒトＴ細胞単一クローンの集団調製のためのキット
　診断される病気の原因となりうる型の抗原に対して高い増殖性を有するヒトＴ細胞モノクローンの同定のため、及び同定されるヒトＴ細胞モノクローンの集団についてその後の調製のため、キットを使用することができる。・・・
　・・・
　キットに含まれる抗原は、好ましくは、関連する症状で患っている大部分の患者に共通した抗原を含んでいる。それは、関連する免疫優勢なエピトープを含む、分子又はペプチド全体、又はそのフラグメントでよい。そのような抗原の例は、
　１）リウマチ様関節炎の場合：
　・・・
　２）
多発性硬化症
　ａ）
ミエリン塩基性蛋白質
その免疫優勢なエピトープ
　ｂ）プロテオリピド蛋白質（1994 J．Exp．Med．Vol．179）
　・・・　』
　　
（７）２９頁７〜１３行
『　本発明の診断キットの例は、多発性硬化症の診断に使われている。
MBP の免疫優勢な領域（例えば84-102及び143-168 の残基）
　
（８）２９頁１４行〜３３頁１５行
『　本発明の好ましい態様の記載
　１．MBP 特異Ｔ細胞単クローン
　ａ．
MBP 特異Ｔ細胞系の産生及び特性づけ
　末梢血からMBP 特異Ｔ細胞を産生するために、静脈穿剌により新鮮な血液試料を得、・・・。末梢血単核細胞（PBMC）を・・・単離した。・・・。次いでPBMCを限界希釈・・・により、・・・細胞を播種する・・・。各々のウェルに、100,000個の照射した(8,000ラド)自己のPBMCを、
抗原提供細胞(APC)
ヒトMBPの存在下
　
ヒトMBP
MBP でパルスした 100,000個／ウェルの照射した自己PBMCを用いて、培養物を再び剌激した
　
MBP特異Ｔ細胞系の選択
　MBP 特異Ｔ細胞の頻度は、ポアソン統計学により算出した・・・。簡単に言えば、CPM の平均値が 1,000より大きい時、及びCPM が少なくとも対照CPM の３倍より大きい時は培養物を陽性として記載し、陽性のウェルの頻度を各細胞濃度ごとに得た。・・・
　選択したMBP 特異Ｔ細胞系を・・・播種し、
MBP でパルスした照射した自己APC で再剌激した
　ｂ．MBP 特異Ｔ細胞の単個細胞クローニング
　・・・、APC 存在下にMBP 剌激を繰り返すことによるMBP 特異Ｔ細胞系のクローニングは、通常、ウェル当たり一細胞より多い播種濃度を必要とする。結果として、得られた「クローン」標品には、しばしば希望しないＴ細胞が混入する。この混入は、TCR Ｖβ遺伝子使用の発現によって検出することができる。・・・
　・・・
　これらの問題に対処するため、・・・強力なＴ細胞剌激剤であるPHA を用いて、非常に低い細胞密度において
MBP 特異Ｔ細胞系をクローン化した
　・・・
　この方法は、MBP 剌激による従来のクローニング法に対し、（１）より高いクローニング効率、（２）PHA 剌激又はMBP 剌激によるクローンの大規模な拡張を許す改良された増殖特性、・・・を含め、多くの利点を有する。　』
　
（９）３５頁３行〜３６頁１１行
『　ｄ．in vivoにおける、抗クロノタイプＴ細胞の誘導
　
表２は、本試験に関与した６人のMS患者の臨床データ及び、ワクシネーションに用いたMBP 特異Ｔ細胞クローンの詳細な特異性を示している。
　
　
表２は、接種物として用いたMBP 特異Ｔ細胞クローンの、ペプチド反応性を表している。MBP 特異Ｔ細胞系を、上記のように患者の末梢血から産生させ、限界希釈により、10
5
個の照射した自己の支持細胞及びPHA(２μｇ／ml)と共に、ウェル当たり 0.3細胞の濃度でクローン化した。
各クローンの10
4
細胞を、ウェル当たり10個の、照射した自己APC と共に培養し、これに10μｇ／mlの各フラグメント又は、２μｇ／mlの各ペプチドを加えた。細胞を72時間培養し、培養の最後の16時間の間、
3H
−チミジンでパルスし、収穫し（Betaplate 1295）、トリチウムチミジンの取り込みを測定した
　実験は、PHA で誘導した自己のＴ芽細胞と比較して、接種物に対するＴ細胞の応答を追跡するよう設計されていた。・・・。
図４に示したように、６人の患者すべてが、自己のワクチン標品に対する実質的な増殖応答を、特に２回目の接種の後に展開させた。
MBP 特異Ｔ細胞の頻度分析は、循環しているMBP 特異Ｔ細胞が、２回目の接種の後に著しく減少することを示した。
  図４は、接種物及び対照Ｔ細胞に対する増殖応答及び、各々の接種の前後のMBP 特異Ｔ細胞の頻度の変化を示している。・・・　』
　
（１０）４８頁　表II
『
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　』
［※審決注：表II中の患者「ＲＭ」は、上の摘記（９）ならびに下の摘記（１１）における対応患者が「ＨＭ」と記載されてることからみて、「ＨＭ」の誤記と解される。］
　
（１１）　５９−６０頁　図４
『　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　』
　
　これらの摘示事項によれば、引用文献１には、ヒトＴ細胞の特異性の対象である抗原の存在下できわめて増殖性が高くまた汚染細胞を有さない、単一のＴＣＲ　Ｖ領域を有する均質なヒトＴ細胞モノクローン１集団、又は選択された複数種のモノクローン集団の混合物、ならびに、それら１集団又は混合物を含む、自己免疫疾患を治療するためのワクチン組成物について記載されており［摘記（１）、（３）、（５）］、前記Ｔ細胞クローン集団が単数又は複数の抗原に対する応答性を有するものであることについても記載されている［摘記（１）請求項２６］。
　また、当該Ｔ細胞クローン集団又はその混合物の調製方法として、（１）
前記抗原に対して応答性をもつヒトＴ細胞系を提供する段階、
　そして、そのような方法により得られた、ワクチン接種物（ワクチン組成物）として自己投与するために用いたヒトＴ細胞モノクローンの１集団又は複数種の混合物の例として、６人のＭＳ患者から選択・増殖された、ＭＢＰ（全長ＭＢＰ）刺激に対し反応性を示す各患者由来のＭＢＰ特異的Ｔ細胞クローン接種物、ならびに、それら各接種物を構成する単一Ｔ細胞クローン群が記載されており［摘記（９）、（１０）］、それら接種物を各対応する患者に自己投与することにより、特に２回目の接種後に各患者中の循環ＭＢＰ特異的Ｔ細胞が著しく減少し、以て各患者のＭＳ症状が改善されたことが記載されている［摘記（９）、（１１）］。さらに、表II［摘記（１０）］中の、各自己投与用接種物を構成する各ＭＢＰ特異的単一Ｔ細胞クローンの３Ｈ−チミジン取込み量を指標とした増殖応答性、即ち反応性のデータ値によれば、
　ａ）患者ＢＣ由来の３株のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン：ＢＣ１２、ＢＣ−６及び１Ｂ７−Ｅ４のうち、クローンＢＣ１２は全長ＭＢＰに対してのみならずＭＢＰフラグメント１４３−１６８に対しても反応性（増殖性）を示すものであり、同１Ｂ７−Ｅ４は全長ＭＢＰに対してのみならずＭＢＰ８４−１０２に対しても反応性を示すものであり；
　ｂ）患者ＢＲ由来の３株のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン：ＢＲ−１、ＢＲ−３及び１Ｇ７は、そのいずれもが、全長ＭＢＰに対してのみならずＭＢＰフラグメント１４３−１６８に対しても反応性を示すものであり；
　ｃ）患者ＨＭ由来の２株のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン：１Ｄ５及びＨＭ−１は、そのいずれもが、全長ＭＢＰに対してのみならずＭＢＰフラグメント１４３−１６８に対しても反応性を示すものであり；
　ｄ）患者ＣＷ由来の３株のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン：ＣＷ−５、ＣＷ−１０及び１Ｅ４のうち、ＣＷ−１０及び１Ｅ４の二株はいずれも、全長ＭＢＰに対してのみならずＭＢＰフラグメント１４３−１６８に対しても反応性を示すものであり；
　ｅ）患者ＧＥ由来の３株のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン：ＧＥ−２、ＧＥ−３及びＧＥ−４は、そのいずれもが、全長ＭＢＰに対してのみならずＭＢＰフラグメント８４−１０２に対しても反応性を示すものである。
　
　以上のことを踏まえると、引用文献１には、
　「　多発性硬化症（ＭＳ）を治療するための自己投与用Ｔ細胞ワクチン組成物であって、当該ワクチンは、ＭＳ患者由来のＴ細胞含有末梢血リンパ球を、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）による刺激工程、ならびに抗原提示細胞（ＡＰＣ）及びＭＢＰによる複数回の刺激工程及びクローニング工程を含む方法により選択されてなる、汚染細胞のない均質な自己Ｔ細胞モノクローン１集団、又はそれらの選択された複数種の自己Ｔ細胞モノクローン集団混合物を有効成分とする、以下のａ）〜ｅ）の各ワクチン組成物：
　ａ）当該有効成分が、ＭＳ患者ＢＣ由来のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン群中のＭＢＰ１４３−１６８フラグメント反応性クローンＢＣ１２、及びＭＢＰ８４−１０２フラグメント反応性クローン１Ｂ７−Ｅ４のうちいずれか１のクローン集団、もしくはそれらの複数種の混合物である、当該患者ＢＣへの自己投与用のワクチン組成物；
　ｂ）当該有効成分が、ＭＳ患者ＢＲ由来のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン群中のＭＢＰ１４３−１６８フラグメント反応性クローンＢＲ−１、ＢＲ−３及び１Ｇ７のうちいずれか１のクローン集団、もしくはそれらの複数種の混合物である、当該患者ＢＲへの自己投与用のワクチン組成物；
　ｃ）当該有効成分が、ＭＳ患者ＨＭ由来のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン群中のＭＢＰ１４３−１６８フラグメント反応性１Ｄ５及びＨＭ−１のうちいずれか１のクローン集団、もしくはそれらの複数種の混合物である、当該患者ＨＭへの自己投与用のワクチン組成物；
　ｄ）当該有効成分が、ＭＳ患者ＣＷ由来のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン群中のＭＢＰ１４３−１６８フラグメント反応性クローンＣＷ−１０及び１Ｅ４のうちいずれか１のクローン集団、もしくはそれらの複数種の混合物である、当該患者ＣＷへの自己投与用のワクチン組成物；
　ｅ）当該有効成分が、ＭＳ患者ＧＥ由来のＭＢＰ反応性Ｔ細胞クローン群中のＭＢＰ８４−１０２フラグメント反応性クローンＧＥ−２、ＧＥ−３及びＧＥ−４のうちいずれか１のクローン集団、もしくはそれらの複数種の混合物である、当該患者ＧＥへの自己投与用のワクチン組成物　」
の発明が記載されているといえる（以下、上のａ）〜ｅ）を順に「引用発明ａ」〜「引用発明ｅ」ということがあり、これらをまとめて単に「引用発明」ということがある）。
　
３．対比・判断
（１）　本願発明と引用発明とを対比する。
　引用発明における「ＭＳ患者由来のＴ細胞含有末梢血リンパ球を、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）による刺激工程、ならびに抗原提示細胞（ＡＰＣ）及びＭＢＰによる複数回の刺激工程及びクローニング工程を含む方法」は、「本願発明の調製方法」、即ち「以下の工程：　（ａ）該ワクチンで処置すべき患者由来のＴ細胞を、１つ以上の多発性硬化症関連抗原の免疫優性フラグメントの組合せを用いてインビトロで一次刺激する工程；　（ｂ）工程（ａ）において得られたＴ細胞を、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および該免疫優性フラグメントの組合せで刺激する工程；ならびに　（ｃ）工程（ｂ）を、１回以上繰り返す工程、　を包含」する方法に相当する。また、引用発明の刺激工程で用いられる「ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）」は全長のＭＢＰであって、「免疫優勢な領域」であるＭＢＰ８４−１０２領域及び１４３−１６３領域［摘記（７）］を含むところ、当該ＭＢＰ８４−１０２領域及び１４３−１６３領域はいずれも本願発明における「免疫優性フラグメント」の領域［１．（３）（３−２）（ア）及び（ウ）参照］と区別し得ない。
　以上の点を踏まえると、両者は
「　患者における多発性硬化症を処置するための、
以下の工程：
　（ａ）該ワクチンで処置すべき患者由来のＴ細胞を、１つ以上の多発性硬化症関連抗原又はその免疫優性フラグメントの組合せを用いてインビトロで一次刺激する工程；
　（ｂ）工程（ａ）において得られたＴ細胞を、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および該抗原又はその免疫優性フラグメントの組合せで刺激する工程；ならびに
　（ｃ）工程（ｂ）を、１回以上繰り返す工程、
を包含し、該多発性硬化症関連抗原が、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）である、
方法　
に従って調製した自己Ｔ細胞ワクチン　」
の点で一致するが、
　（ａ）〜（ｃ）の刺激工程で用いるＭＢＰ又はその免疫優性フラグメントが、本願発明では「免疫優性フラグメントの組合せ」、即ち
複数種の
フラグメントの組合せ
全長
という点において、相違する。
　
（２）　以下、上記相違点に関し検討する。
　
（２−１）　引用発明ａ〜ｅの具体的な各Ｔ細胞クローン、即ち：
　・引用発明ａにおける、Ｔ細胞クローンＢＣ１２ならびに１Ｂ７−Ｅ４；
　・引用発明ｂにおける、Ｔ細胞クローンＢＲ−１、ＢＲ−３ならびに１Ｇ７；
　・引用発明ｃにおける、Ｔ細胞クローン１Ｄ５ならびにＨＭ−１；
　・引用発明ｄにおける、Ｔ細胞クローンＣＷ−１０ならびに１Ｅ４；
　・引用発明ｅにおける、Ｔ細胞クローンＧＥ−２、ＧＥ−３ならびにＧＥ−４；
の各単一クローンＴ細胞１集団は、いずれも、全長ＭＢＰに対してのみならず、本願発明の「免疫優性フラグメント」に該当するＭＢＰ１４３−１６８フラグメント又はＭＢＰ８４−１０２フラグメントのいずれかに対し反応性（増殖応答性）を示すものであり［摘記（１０）］、上述の１．での検討結果［１．（２）］によれば、「免疫優性フラグメントの組合せ」を構成する複数種の「免疫優性フラグメント」の少なくともいずれか一種に対し反応性を有する、という点において、本願発明の有効成分である「本願発明の自己Ｔ細胞」と区別し得ない。
　そして、１．で述べたとおり、「本願発明の自己Ｔ細胞」としては、単一クローン由来のＴ細胞のみで構成されるもの（即ち、「均質な」Ｔ細胞集団）が除外されているものとは解されない（１．（３）（３−３）（ｉｉｉ））。
　そうすると、引用発明ａ〜ｅのうち、上記各単一Ｔ細胞クローン１集団のみで構成される自己Ｔ細胞を有効成分とする自己Ｔ細胞ワクチンの各態様は、有効成分である自己Ｔ細胞それ自体において、本願発明に係る自己Ｔ細胞ワクチンのそれと区別し得ない。
　
　また、引用発明ａのうち、Ｔ細胞クローンＢＣ１２及び１Ｂ７−Ｅ４を共に含む複数種のクローン混合物（即ち「不均質」なＴ細胞集団）を有効成分とする態様については、有効成分が別異の免疫優性フラグメントに対し反応性を有する複数種のクローンで構成されているところ、これは上述の１．（３）（３−３）の（ｉ）の態様に相当し、本願発明における、「免疫優性フラグメント」としてＭＢＰ１４３−１６８フラグメント及びＭＢＰ８４−１０２フラグメントの組合せを用いた刺激工程（ａ）〜（ｃ）を経て選択・増殖される自己Ｔ細胞を有効成分とする態様中に含まれるものといえる。
　さらに、引用発明ｂ〜ｅのうち、上記各単一Ｔ細胞クローンを共に含む複数種のクローン混合物を有効成分とする各態様（例えば、引用発明ｂにおける、Ｔ細胞クローンＢＲ−１、ＢＲ−３及び１Ｇ７の各単一Ｔ細胞クローンを共に含む細胞集団混合物を有効成分とする態様）についても、それらはいずれもＭＢＰ８４−１０２フラグメント及びＭＢＰ１４３−１６８フラグメントのうちいずれか一方の共通のフラグメントのみに対して反応性を有するものであるが（引用発明ｂ〜ｄでは各混合物を構成するクローンはいずれもＭＢＰ１４３−１６８フラグメントに対して反応性を有するものであり、引用発明ｅでは混合物を構成するクローンはいずれもＭＢＰ８４−１０２フラグメントに対して反応性を有するものである。なお、これら混合物も「非均質」な細胞集団といえる）、これも１．で述べたとおり、「本願発明の自己Ｔ細胞」として、「免疫優性フラグメントの組合せ」を構成する複数種の「免疫優性フラグメント」のいずれか一種のみに対し反応性を示す複数種のＴ細胞クローン集団混合物を由来のＴ細胞のみで構成されるもの（即ち「不均質な」Ｔ細胞集団）（１．（３）（３−３）（ｉｉ））を採用する態様が除外されているものとも解されない。
　そうすると、引用発明ａ〜ｅのうち、各引用発明における上記各単一Ｔ細胞クローン１集団を併せて複数種含むクローン混合物を有効成分とする自己Ｔ細部ワクチンの各態様もまた、有効成分である自己Ｔ細胞それ自体において、本願発明に係る自己Ｔ細胞ワクチンのそれと区別し得ない。
　
　以上のとおり、本願発明に係る自己Ｔ細胞ワクチンは、その有効成分である自己Ｔ細胞の調製方法において引用発明に係る自己Ｔ細胞ワクチンと異なるものの、当該調製方法により得られる自己Ｔ細胞それ自体は引用発明のワクチンの有効成分である自己Ｔ細胞と区別し得ないのであるから、結局、本願発明に係る自己Ｔ細胞ワクチンは引用発明に係る自己Ｔ細胞ワクチンと区別し得ない。
　
　したがって、本願発明は引用文献１に記載された発明である。
　
（２−２）　なお、請求人は、平成２８年７月７日付意見書中で、平成２８年２月５日付拒絶理由通知書中の審尋に対し、甲第２，４，５号証を引用しつつ、
『　したがいまして、上述した種々の文献の記載に鑑み、全長タンパク質（例えば、ＭＢＰ）を用いるＴ細胞の選択と、ペプチド／その断片（例えば、ＭＢＰの免疫優性フラグメント）による選択とは、別個のＴ細胞クローン集団をもたらします。・・・。言い換えれば、本願発明の方法によって得られたＴ細胞集団はより不均質なものであって、・・・。かかる不均質な細胞集団は、全長ＭＢＰに由来する複数のＴ細胞クローン集団であって、例えば、ＭＢＰの異なる領域に対して特異性を示すＴ細胞クローン集団を単純に混合することによって達成することができるというようなものではありません。・・・引用文献１に記載されるような全長ＭＢＰで刺激したＴ細胞集団の混合物は、本願発明のＴ細胞集団とは異なるものです。
　本願明細書においては、本願発明の方法に従って得られたＴ細胞クローンの不均質性に関する他の機能的側面の観点からの実験的データは開示されていないものの、当業者にとっては、上記で記載した種々の文献に鑑み、当該Ｔ細胞集団においてかかる不均質性が本来的に内在していることが明確であるものと思料します。したがって、本願発明の方法によって調製されたＴ細胞ワクチンは、引用文献１に記載されるように調製することができるものとは明確に区別されるものです・・・　』
と主張している。
　しかしながら、それら各甲号証（特に甲第２号証）は、本願発明のＭＳ関連抗原の「免疫優性フラグメントの組合せ」での刺激に対し反応性を示すＴ細胞クローン群のレパトアが、全長ＭＳ関連抗原での刺激に対し反応性を示すＴ細胞クローン群のレパトアに比して
より
　即ち、請求人は、引用文献１記載の引用発明ａ〜ｅにおけるような、（全長ＭＢＰに対してのみならず）ＭＢＰ８４−１０２フラグメント、ＭＢＰ１４３−１６８フラグメントのいずれか一方の免疫優性フラグメントに対して反応性を示す単一Ｔ細胞クローン集団（「均質」な細胞集団）、もしくはその複数種のクローン集団混合物（「不均質」な細胞集団）が、いずれも本願発明の調製方法により得られる自己Ｔ細胞ワクチンの有効成分に該当するものでないことを、何ら合理的に説明し得ていない。
　したがって、請求人の上述の主張は採用できない。
　
（３）むすび
　以上のとおりであるから、本願の請求項９に係る発明は特許法第２９条第１項第３号に該当し特許を受けることができないものであり、他の請求項について論及するまでもなく、この特許出願は拒絶すべきものである。 
　よって、結論のとおり審決する。