(57)【要約】【課題】グラム陽性細菌の疾患および／または感染に対する免疫を提供するためのさらなる改良された組成物の提供。【解決手段】本発明は、数種のＡ群連鎖球菌およびＢ群連鎖球菌の血清型および単離体のゲノム内の新規なアドヘシンアイランドの同定に関する。このアドヘシンアイランドは、細菌のビルレンスに重要である表面タンパク質をコードすると考えられる。したがって、本発明のアドヘシンアイランドタンパク質は、ＧＡＳ感染またはＧＢＳ感染に対する予防的免疫または治療的免疫のための免疫原性組成物において使用され得る。例えば、本発明は、発見されたアドヘシンアイランドタンパク質の１以上を含む免疫原性組成物を含み得る。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書中に記載の発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、ゲノムＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（「ＧＢＳ」）内のアドヘシンアイランド（ａｄｈｅｓｉｎ  ｉｓｌａｎｄ）の同定、およびＧＢＳ感染の処置または予防のための組成物におけるこれらのアドヘシンアイランドによってコードされるアドヘシンアイランドのアミノ酸配列の使用に関する。同様の配列は、他のグラム陽性細菌において同定されている。本発明は、グラム陽性細菌の感染の処置または予防のための、グラム陽性細菌のアドヘシンアイランドのアミノ酸配列を含む免疫原性組成物をさらに含む。本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー形態もしくは線毛形態で処方され得るか、または精製され得る、アドヘシンアイランド表面タンパク質を含有する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
ＧＢＳは、最近２０年間において、１０００の出生生児あたり０．５〜３の出生生児を冒す新生児敗血症および髄膜炎の主な原因として出現し、そして１００，０００の人口あたり５〜８人を冒す、老年集団の間の罹患率の重要な原因として出現した。現在の疾患管理のストラテジーは、分娩時の抗生物質および新生児のモニタリングに依存し、これらは、新生児症例の死亡率を、１９７０年代における＞５０％から１９９０年代における１０％未満まで減少させた。それにもかかわらず、かなりの罹患率および死亡率が、いまだ存在し、そして上記管理は、高価である。１５％〜３５％の妊婦は、無症候性のキャリアであり、そしてその疾患をその妊婦の乳児に伝染させる高い危険にある。新生児感染の危険は、血清型特異的な先天性の抗体の低さに関連し、そして高い力価は、保護性であると考えられる。さらに、侵襲性ＧＢＳ疾患は、糖尿病および癌のような基礎疾患を有する高齢者においてますます認識される。
【０００３】
「ＧＢＳ」における「Ｂ」とは、ランスフィールド分類をいい、これは、希酸において可溶性であり、かつＣ炭水化物と称される炭水化物の抗原性に基づく。ランスフィールドは、血清学的に区別され得る１３種の型のＣ炭水化物を同定し、Ａ〜Ｏと命名した。最も一般的にヒトに感染する生物体は、Ａ群、Ｂ群、Ｄ群、およびＧ群において見出される。群Ｂ内において、株は、それらの多糖類莢膜の構造に基づいて、少なくとも９種の血清型（Ｉａ、Ｉｂ、Ｉａ／ｃ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＶＩＩＩ）に分けられ得る。従来、血清型Ｉａ、Ｉｂ、ＩＩ、およびＩＩＩは、同等に、通常の膣の保菌および新生児における早発性の敗血症において流行性であった。しかし、Ｖ型ＧＢＳは、米国においてＧＢＳ感染の重要な原因として出現し、そしてＶＩ型およびＶＩＩＩ型の株は、日本人女性の間で流行するようになった。
血清型Ｖの株２６０３  Ｖ／Ｒのゲノム配列は、公開されており（非特許文献１）、そしてワクチン抗原として使用するための種々のポリペプチドが、同定されている（特許文献１）。しかし、現在のところ臨床試験にあるワクチンは、主に多糖類抗原に基づく。これらは、血清型特異性および乏しい免疫原性に苦しみ、従ってＳ．ａｇａｌａｃｔｉａｅ感染に対して有効なワクチンに対する必要性が、存在する。
Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅは、グラム陽性細菌として分類され、ヒトを宿主とする細菌の約２１種の属の集合体（ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）は、一般的に、球形、グラム染色に対する陽性の反応を有し、そして内生胞子を欠く。グラム陽性細菌は、頻繁にヒトの病原体であり、そしてそれらとしては、ブドウ球菌属（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、連鎖球菌属（例えば、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ（ＧＢＳ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ（ＧＡＳ）、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）、エンテロコッカス属（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓおよびＥ．ｆａｅｃｉｕｍ）、クロストリジウム属（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、リステリア属（例えば、Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）およびコリネバクテリウム属（例えば、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）が挙げられる。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】国際公開第０２／３４７７１号パンフレット
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ｔｅｔｔｅｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、２００２年、１０．１０７３／ｐｎａｓ．１８２３８０７９９
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の目的は、グラム陽性細菌の疾患および／または感染に対する免疫を提供するためのさらなる、改良された組成物を提供することである。上記組成物は、連鎖球菌のゲノム内のアドヘシンアイランドの同定、および治療的組成物または予防的組成物におけるこれらのアイランドによってコードされるアミノ酸配列の使用に基づく。本発明は、治療的組成物または予防的組成物における他のグラム陽性細菌内の、免疫原性アドヘシンアイランドタンパク質を含有する組成物をさらに含む。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（発明の要旨）
本出願人らは、新規のアドヘシンアイランド（数種のＢ群連鎖球菌の血清型および単離体（ｉｓｏｌａｔｅ）のゲノム内の「ＧＢＳアドヘシンアイランド１」、「ＡＩ−１」または「ＧＢＳ  ＡＩ−１」）を同定した。このアドヘシンアイランドは、細菌の毒性において重要である表面タンパク質をコードすると考えられる。さらに、本出願人らは、ＧＢＳアドヘシンアイランド内の表面タンパク質が、ＧＢＳ細菌の表面上に、これまでに見られなかった線毛構造物を形成することを見出した。このようなＧＢＳアドヘシンアイランドによってコードされるアミノ酸配列は、ＧＢＳ感染の処置または予防のための免疫原性組成物において使用され得る。
【０００８】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方され得るかまたは精製され得る、ＡＩ−１表面タンパク質（例えば、ＧＢＳ  ８０）を含有する。好ましい実施形態において、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。野生型ＧＢＳ株におけるこの線毛構造物の最初の視覚化のいくつかを示す電子顕微鏡写真は、図１６、１７、４９、および５０に示される。さらに、本出願人らは、そのＡＩ表面タンパク質の増加した産生を生じるＡＩ表面タンパク質ＧＢＳ  ８０を含むプラスミドによって、ＧＢＳ株を形質転換した。図１３〜１５におけるこの変異ＧＢＳ株の電子顕微鏡写真は、細菌の表面の部分を覆い、そして上清（ｓｕｐｅｒｎａｔａｎｔ）へと著しく伸びるようであるＧＢＳ  ８０を含む長い、ハイパーオリゴマー構造物を示す。ＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質を含むこれらのハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物において使用するために、精製され得るか、あるいは処方され得る。
【０００９】
ＧＢＳ  ＡＩ−１は、表面タンパク質およびソルターゼ（ｓｏｒｔａｓｅ）（「ＡＩ−１タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約５個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＡＩ−１は、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２、ＳＡＧ０６４７およびＳＡＧ０６４８の２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。ＡＩ−１ポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＡＩ−１オープンリーディングフレームの１個以上は、置換されたＯＲＦに対して配列相同性（配列同一性）を有する配列によって置換され得る。
【００１０】
代表的に、ＡＩ−１は、ｔｒｍＡについてのオープンリーディングフレーム中に頻繁に挿入される、約１６．１ｋｂのトランスポゾン様エレメント上に存在する。ＡＩ−１表面タンパク質配列の１つ以上は、代表的にはＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。本発明のＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞に付着し、そして侵入するＧＢＳ細菌の能力に影響し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、上皮細胞層を通してトランスロケーションを行なうＧＢＳの能力に影響し得る。好ましくは、１つ以上のＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチン、もしくはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチン、もしくはコラーゲンと会合し得る。
【００１１】
ソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧを含む表面タンパク質の分泌および係留に関係していると考えられる。ＡＩ−１は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＡＩ−１は、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＡＩ−１は、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。上記表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフまたは他のソルターゼ基質モチーフを含み得る。
【００１２】
上記組成物のＧＢＳ  ＡＩ−１タンパク質は、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２、ＳＡＧ０６４７およびＳＡＧ０６４８からなる群より選択され得る。ＧＢＳ  ＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  ＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４は、本発明の免疫原性組成物において使用するのに好ましい。
【００１３】
ＡＩ−１タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＡＩ−１はまた、ａｒａＣのような多岐転写型（ｄｉｖｅｒｇｅｎｔｌｙ  ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ）転写調節因子（すなわち、その転写調節因子は、ＡＩタンパク質のオープンリーディングフレームの近傍か、またはそれに隣接して配置されるが、その調節因子は、反対方向に転写される）を含み得る。ａｒａＣは、ＧＢＳ  ＡＩオペロンの発現を調節し得ると考えられる。（Ｅ．ｃｏｌｉにおける多岐転写型調節因子の考察については、Ｋｏｒｂｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２００４）２２（７）：９１１−９１７を参照のこと）。
【００１４】
第二のアドヘシンアイランド、「アドヘシンアイランド−２」、「ＡＩ−２」または「ＧＢＳ  ＡＩ−２」はまた、多くのＧＢＳ血清型において同定さている。ＡＩ−２のオープンリーディングフレームによってコードされるアミノ酸配列はまた、ＧＢＳ感染の処置または予防のための免疫原性組成物において使用され得る。
【００１５】
ＧＢＳ  ＡＩ−２は、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする一連の約５個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＡＩ−２は、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  １５０、ＳＡＧ１４０５、ＳＡＧ１４０６、０１５２０、０１５２１、０１５２２、０１５２３、０１５２３、０１５２４および０１５２５の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含む。ＧＢＳ  ＡＩ−２配列は、２つのサブグループに分けられ得る。１つの実施形態において、ＡＩ−２は、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  １５０、ＳＡＧ１４０５、およびＳＡＧ１４０６の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含む。オープンリーディングフレームのこの集合体は、一般にＧＢＳ  ＡＩ−２サブグループ１と称され得る。あるいは、ＡＩ−２は、０１５２０、０１５２１、０１５２２、０１５２３、０１５２３、０１５２４および０１５２５の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含み得る。オープンリーディングフレームのこの集合体は、一般にＧＢＳ  ＡＩ−２サブグループ２と称され得る。
【００１６】
ＡＩ−２オープンリーディングフレームのポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＡＩ−２オープンリーディングフレームの１個以上は、置換されたＯＲＦに対して配列相同性（配列同一性）を有する配列によって置換され得る。
【００１７】
ＡＩ−２表面タンパク質の１つ以上は、代表的にはＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。これらのソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧを含む表面タンパク質の分泌および係留に関係していると考えられる。ＡＩ−２は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＡＩ−２は、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＡＩ−２は、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。上記表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフを含み得る。
【００１８】
上記組成物のＡＩ−２タンパク質は、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  １５０、ＳＡＧ１４０５、ＳＡＧ１４０６、０１５２０、０１５２１、０１５２２、０１５２３、０１５２３、０１５２４および０１５２５からなる群より選択され得る。ＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、および０１５２４は、本発明の免疫原性組成物に使用するのに好ましいＡＩ−２タンパク質である。ＧＢＳ  ６７またはＧＢＳ  ５９が、特に好ましい。
【００１９】
ＧＢＳ  ＡＩ−２はまた、ＲｏｆＡ様タンパク質のような多岐転写型転写調節因子（例えば、ｒｏｇＢ）を含み得る。ＡＩ−１における場合、ｒｏｇＢは、ＡＩ−２オペロンの発現を調節すると考えられる。
【００２０】
本発明のＧＢＳ  ＡＩタンパク質は、ＧＢＳ感染に対する予防的な免疫または治療的な免疫のための免疫原性組成物において使用され得る。例えば、本発明は、１つ以上のＧＢＳ  ＡＩ−１タンパク質および１つ以上のＧＢＳ  ＡＩ−２タンパク質を含有する免疫原性組成物を含み得る。
【００２１】
上記免疫原性組成物はまた、ＧＢＳ血清型およびＧＢＳ株単離体の範囲の増加に対して保護を提供するように選択され得る。例えば、上記免疫原性組成物は、第１および第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質を含有し得、第１のＧＢＳ  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列は、第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列を含むゲノム中に存在しない。さらに、上記免疫原性組成物において使用するために選択される各抗原は、好ましくは複数のＧＢＳ血清型およびＧＢＳ株単離体のゲノム中に存在する。好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれより多く）のＧＢＳ株単離体のゲノム中に存在する。より好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、少なくとも３種、４種、５種またはそれより多く）のＧＢＳ血清型のゲノム中に存在する。
【００２２】
ＧＢＳ  ＡＩ−１内において、本出願人らは、ＧＢＳ  １０４のＢ群連鎖球菌の表面露出が、ＧＢＳ  ８０の同時発現に依存することを見出した。ＧＢＳ  ８０は、細菌の表面へのＧＢＳ  １０４の輸送または局在化に関係すると考えられる。これらの２つのタンパク質は、オリゴマー化され得るか、あるいは、化学的かまたは物理的に結合される。この結合は、ＧＢＳ細菌の表面への転位を促進するＧＢＳ  １０４の立体構造変化を含むと考えられる。さらに、１つ以上のＡＩソルターゼはまた、この表面への局在化および化学的結合または物理的結合に関係し得る。同様の関係が、ＧＢＳ  ＡＩ−２内に存在すると考えられる。従って、本発明の組成物は、少なくとも２つのＡＩタンパク質を含み得、これらの２つのＡＩタンパク質は、物理的かまたは化学的に結合される。好ましくは、上記２つのＡＩタンパク質は、オリゴマーを形成する。好ましくは、上記ＡＩタンパク質の１つ以上は、ハイパーオリゴマー形態にある。１つの実施形態において、上記結合したＡＩタンパク質は、ＧＢＳ細菌または組換え宿主細胞から精製されても単離されてもよい。
【００２３】
本発明の目的はまた、グラム陽性細菌の疾患および／もしくは感染に対する予防的な保護または治療的な保護を提供するためのさらなる、改良された組成物を提供することである。上記組成物は、連鎖球菌のゲノム内のアドヘシンアイランドの同定および治療的組成物または予防的組成物中のこれらのアイランドによってコードされたアミノ酸配列の使用に基づく。本発明は、治療的組成物または予防的組成物中に他のグラム陽性細菌内の免疫原性アドヘシンアイランドタンパク質を含有する組成物をさらに含む。本発明において使用するための好ましいグラム陽性菌のアドヘシンアイランドタンパク質は、ブドウ球菌属（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、連鎖球菌属（例えば、Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅ（ＧＢＳ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ（ＧＡＳ）、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、Ｓ．ｍｕｔａｎｓ）、エンテロコッカス属（例えば、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓおよびＥ．ｆａｅｃｉｕｍ）、クロストリジウム属（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、リステリア属（例えば、Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）およびコリネバクテリウム属（例えば、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）に由来し得る。好ましくは、上記グラム陽性菌のアドヘシンアイランド表面タンパク質は、オリゴマー形態またはハイパーオリゴマー形態にある。
【００２４】
例えば、本出願人らは、数種のＡ群連鎖球菌の血清型および単離体のゲノム内のアドヘシンアイランドを同定した。これらのアドヘシンアイランドは、細菌の毒性において重要である表面タンパク質をコードすると考えられ、そして本出願人らは、Ａ群連鎖球菌の表面上のハイパーオリゴマー線毛構造物におけるこれらのアドヘシンアイランドタンパク質の存在を示す最初の電子顕微鏡写真を得た。
【００２５】
Ａ群連鎖球菌は、咽頭炎および膿痂疹から生命を危うくする侵襲性の疾患および壊死性筋膜炎の範囲の広範な種々の疾患を引き起こす、ヒトに特異的な病原体である。さらに、連鎖球菌感染後の自己免疫応答は、いまだ小児における心臓の病態の主要な原因である。
【００２６】
ヒト宿主のＡ群連鎖球菌感染は、一般的に３つの段階において起こり得る。第１段階は、宿主組織中へ付着および／または侵入ならびに細胞外領域内での細菌の増殖を含む。一般に、この付着段階は、咽頭または皮膚において始まる。感染された組織のレベルが深刻より深くになるにつれて、引き起こされ得る損傷は、より重篤になる。感染の第２段階において、上記細菌は、周囲の組織、または脈管構造を経て全身にさえ拡散する可溶性毒素を分泌する。この毒素は、感受性の宿主細胞レセプターに結合し、そしてこれらの宿主細胞による不適切な（ｉｎｎａｐｐｒｏｐｒｏｐｒｉａｔｅ）免疫応答を誘発し、病態を生じる。この毒素は、宿主全体に拡散し得るので、ＧＡＳ毒素によって直接引き起こされる壊死は、細菌感染から物理的に離れた部位に位置し得る。ＧＡＳ感染の最後の段階は、最初の細菌が宿主系から排除されたずっと後に起こり得る。この段階において、ＧＡＳ細菌に対する宿主の先の免疫応答は、ＧＡＳ表面タンパク質（Ｍ）のエピトープと宿主組織（例えば、心臓）との間の交差反応性に起因する。ＧＡＳ感染の概説は、Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｐａｔｈｏｇｅｎｅｉｓ、Ｇｒｏｉｓｍａｎ編、第１５章、（２００１）に見出され得る。
【００２７】
ＧＡＳ感染の後期に付随する病原性の効果を予防するために、ＧＡＳに対して有効なワクチンは、好ましくは、最初の付着および侵入の段階の間に、宿主による細菌の排除を容易にする。
【００２８】
Ａ群連鎖球菌の単離体は、伝統的に、上に記載されるようなＭ表面タンパク質に従って分類される。上記Ｍタンパク質は、αへリックス形態で複合体を形成する２つのポリペプチド鎖を含む、表面に露出したトリプシン感受性タンパク質である。そのカルボキシル末端は、菌の細胞膜に係留され、そして全てのＡ群連鎖球菌の間で高度に保存される。細胞壁を通して細胞表面へと伸びるアミノ末端は、Ｍタンパク質の８０種以上の血清型の間で観察される抗原多様性に関与する。
【００２９】
分類の第２の層は、一般的にＴ−抗原と称される、可変性の、トリプシン抵抗性の表面抗原に基づく。数十年間にわたるＭおよびＴの血清学的な分類に基づく疫学は、Ａ群連鎖球菌の生物学的多様性および疾患を引き起こす潜在能力における研究について中心的であった。Ｍ−タンパク質成分およびその固有の可変性は、広範囲に特徴付けられてきたが、５０年間にわたる研究の後でさえ、Ｔ−抗原の構造および可変性については、いまだほとんど知られていない。Ｔ型を規定する抗血清は、Ｓｅｖａｐｈａｒｍａ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｅｖａｐｈａｒｍａ．ｃｚ／ｅｎ）が挙げられる数種の供給源から市販されている。
【００３０】
ＧＡＳ（Ｄ７４１）のＭ６株由来のＴ−抗原の１つの形態をコードする遺伝子（Ｔ−型６）は、クローニングされ、かつ特徴付けられ、そしてそれは、約１１ｋｂの高度に可変性である病原性アイランド（ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｉｓｌａｎｄ）に位置する。Ｓｃｈｎｅｅｗｉｎｄら、Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９０）１７２（６）：３３１０−３３１７。このアイランドは、それが、Ｔ６コード遺伝子（ｔｅｅ６）に加えて、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）結合タンパク質をコードする遺伝子のファミリーの一員を含むので、フィブロネクチン結合性の、コラーゲン結合Ｔ−抗原（ＦＣＴ）領域として公知である。Ｂｅｓｓｅｎら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）７０（３）：１１５９−１１６７。この遺伝子ファミリーのタンパク質産物の数種は、フィブロネクチンおよび／またはコラーゲンのいずれかに直接結合することが示されている。Ｈａｎｓｋｉら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９２）６０（１２）：５１１９−５１２５；Ｔａｌａｙら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９２）６０（９）：３８３７−３８４４；Ｊａｆｆｅら、（１９９６）２１（２）：３７３−３８４；Ｒｏｃｈａら、Ａｄｖ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  Ｂｉｏｌ．（１９９７）４１８：７３７−７３９；Ｋｒｅｉｋｅｍｅｙｅｒら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ（２００４）２７９（１６）：１５８５０−１５８５９；Ｐｏｄｂｉｅｌｓｋｉら、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９９）３１（４）：１０５１−６４；およびＫｒｅｉｋｅｍｅｙｅｒら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００４）２９４（２−３）：１７７−８８を参照のこと。いくつかの場合において、付着および侵入におけるこれらのタンパク質の役割についての直接的な証拠が、得られている。
【００３１】
本出願人らは、ｔｅｅ６遺伝子の組換え産物に対する抗血清を産生し、そしてＭ６株２７２４におけるＴ６の発現を探索するためにその抗血清を使用した。この株のムタノリシン（ｍｕｔａｎｏｌｙｓｉｎ）抽出物の免疫ブロットにおいて、抗血清は、その産物の予想された分子量に対応するバンドに加えて、約１００ｋＤａから、使用した３％〜８％の勾配ゲルの分解能を超えるまでの移動度の範囲にある非常に高い分子量のラダーを認識した。
【００３２】
高分子量産物のこのパターンは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（上に記載される）において同定された線毛および先にＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅにおいて同定された線毛のタンパク質成分の免疫ブロットにおいて観察されたパターンと同様である。ｔｅｅ６の産物に特異的な抗血清を用いた株Ｍ６＿２７２４の電子顕微鏡法は、十分な表面の染色、および細菌の表面から７００ナノメートルまで伸びる長い線毛様構造物を示した。このことは、Ｔ６タンパク質（従来のランスフィールド血清型検査システムにおいて認識される抗原の１つ）がＧＡＳアドヘシンアイランド（ＧＡＳ  ＡＩ−１）内に位置し、そして長い共有結合した線毛構造物を形成することを示す。
【００３３】
本出願人らは、少なくとも４つの異なるＡ群連鎖球菌のアドヘシンアイランドを同定した。これらのＧＡＳ  ＡＩ配列は、多くのＭ型において同定され得る一方で、本出願人らは、驚くべきことに、４つの異なるＧＡＳ  ＡＩ型由来の４つの主要な線毛サブユニットと、特定のＴ分類との間の相関を見出した。他のトリプシン抵抗性の表面露出タンパク質はまた、Ｔ分類の命名に関連するようであり、Ｔ分類およびＧＡＳ血清型の相違におけるＧＡＳアドヘシンアイランド（および関連するハイパーオリゴマー線毛様構造物）の役割の発見は、ＧＡＳ感染の予防および処置に対して重要な意味を有する。本出願人らは、線毛の形成に関連する各々のＧＡＳアドヘシンアイランド内のタンパク質成分を同定した。これらのタンパク質は、細菌の最初の付着機構に関連していると考えられる。これらのタンパク質の免疫学的な認識は、宿主免疫応答がより病原性である感染の後期への細菌の移行を遅らせるか、または予防することを可能にし得る。
【００３４】
さらに、本出願人らは、ＧＢＳの線毛構造物がバイオフィルム（表面上の細胞増殖の集団、多くの場合にエキソポリサッカリドマトリックス中に封入される）の形成に関係するようであることを見出した。抗生物質による処置および宿主免疫応答は、頻繁に、バイオフィルムの細菌成分の全てが広がらないようにすることができないように、バイオフィルムは、一般的に、細菌の抵抗性に関連する。細菌の付着の第１の段階の間（すなわち、完全なバイオフィルムの形成前）の、露出した表面タンパク質に対する宿主免疫応答の方向が、好ましい。
【００３５】
従って、本発明は、宿主の上皮細胞に対する最初の付着の試みの間にＧＡＳ細菌を標的化し得るＧＡＳ感染に対する改良された免疫原性組成物を提供し、そして広範なＧＡＳ血清型からの保護を提供し得る。本発明の免疫原性組成物は、オリゴマー形態、またはハイパーオリゴマー（線毛）形態で処方され得るＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の免疫原性組成物は、１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質を含み得る。本発明はまた、ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の組み合わせを含む。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の組み合わせは、同じアドヘシンアイランドから選択され得るか、またはＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の組み合わせは、異なるＧＡＳアドヘシンアイランドから選択され得る。
【００３６】
このようなＧＡＳアドヘシンアイランドによってコードされるアミノ酸配列は、ＧＡＳ感染の処置または予防のための免疫原性組成物において使用され得る。本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方されるかまたは精製された、ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。
【００３７】
一般的に、ＧＡＳアドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼの集合体をコードするＧＡＳゲノム内に一連のオープンリーディングフレームを含む。ＧＡＳアドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質を含むアミノ酸配列をコードし得る。従って、上記アドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳアドヘシンアイランドは、少なくとも２つの表面タンパク質、および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳアドヘシンアイランドは、少なくとも３つの表面タンパク質、および少なくとも２つのソルターゼをコードする。上記表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含み得る。１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質は、上記グラム陽性細菌の表面上の線毛構造物の形成に関与し得る。
【００３８】
本発明のＧＡＳアドヘシンアイランドは、好ましくは、多岐転写型転写調節因子を含む。上記転写調節因子は、ＧＡＳ  ＡＩオペロンの発現を調節し得る。ＧＡＳ  ＡＩ配列において見出される転写調節因子の例としては、ＲｏｆＡおよびＮｒａが挙げられる。
【００３９】
ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質は、フィブリノーゲン、フィブロネクチン、またはコラーゲンに結合し得るか、あるいはフィブリノーゲン、フィブロネクチン、またはコラーゲンに付着し得る。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の１つ以上は、線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットを含み得る。
【００４０】
ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフまたは他のソルターゼ基質モチーフを含み得る。ＬＰＸＴＧモチーフの後に、膜局在性のソルターゼによる認識を容易にするために細胞膜中のタンパク質を遅らせる（ｒｅｔａｒｄ）と考えられる、疎水性領域および荷電したＣ末端が続き得る。Ｂａｒｎｅｔｔら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ（２００４）１８６（１７）：５８６５−５８７５を参照のこと。
【００４１】
ＧＡＳ  ＡＩ配列は、一般的に、上記アイランドの中のソルターゼ配列の数および型ならびに上記アイランドの中の他のタンパク質（ＲｏｆＡおよびｃｐａを除く）の同一性の％に依存して、１型、２型、３型、または４型としてカテゴリー化され得る。ＧＡＳアドヘシンアイランドの概略図は、図５１Ａおよび図１６２に示される。「ＧＡＳアドヘシンアイランド−１」または「ＧＡＳ  ＡＩ−１」は、表面タンパク質およびソルターゼ（「ＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする一連の約５個のオープンリーディングフレームを含む。ＧＡＳ  ＡＩ−１は、好ましくは、表面タンパク質、ｓｒｔＢソルターゼおよびｒｏｆＡ多岐転写型転写調節因子を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質は、フィブロネクチン結合タンパク質、コラーゲン付着タンパク質および線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットを含み得る。上記線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニット（ｔｅｅ６としても公知である）は、線毛様構造物の軸部分を形成すると考えられるが、上記コラーゲン付着タンパク質（Ｃｐａ）は、細菌莢膜の表面上に露出される、線毛構造物の形成を容易にするアクセサリー（ａｃｃｅｓｓｏｒｙ）タンパク質として作用すると考えられる。
【００４２】
具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−１は、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５８、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６１の２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−１はまた、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３６５０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＤＳＭ２０７１＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）のいずれか１つをコードするポリヌクレオチド配列を含み得る。
【００４３】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方され得るか、または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。あるいは、本発明の免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態の単離されたＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質を含み得る。ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質を含むオリゴマー構造物またはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物において使用するために精製され得るか、あるいは処方され得る。
【００４４】
ＧＡＳ  ＡＩ−１ポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−１オープンリーディングフレームの１個以上は、置換されたＯＲＦに対して配列相同性（配列同一性）を有する配列によって置換され得る。
【００４５】
ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質の１つ以上は、代表的にはＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）または他のソルターゼ基質モチーフを含む。これらのソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧを含む表面タンパク質の分泌および係留に関係していると考えられる。ＧＡＳ  ＡＩ−１は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−１は、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−１は、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。上記表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフを含み得る。
【００４６】
ＧＡＳ  ＡＩ−１は、好ましくは、ｓｒｔＢソルターゼを含む。ＧＡＳ  ｓｒｔＢソルターゼは、好ましくは、ＬＰＳＴＧモチーフ（配列番号１６６）を有する表面タンパク質を係留し得る（特に、このモチーフの後に、セリンが続く場合）。
【００４７】
上記組成物のＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質は、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５８、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０  Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６１、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３６５０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＤＳＭ２０７１＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）からなる群より選択され得る。ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７（フィブロネクチン結合タンパク質）、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９（コラーゲン付着タンパク質、Ｃｐａ）、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０（線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニット、ｔｅｅ６）、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）（線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニット）、ＩＳＳ３６５０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）（線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニット）、およびＤＳＭ２０７１＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）（線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニット）は、本発明の免疫原性組成物において使用するのに好ましいＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質である。線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットｔｅｅ６およびコラーゲン付着タンパク質Ｃｐａは、好ましいＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質である。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフを含む（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）またはＬＰＸＳＧ（配列番号１３４）（トレオニンのセリンによる保存的置換））。
【００４８】
ＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−１はまた、ｒｏｆＡのような多岐転写型転写調節因子（すなわち、その転写調節因子は、ＧＡＳ  ＡＩタンパク質のオープンリーディングフレームの近傍か、またはそれに隣接して配置されるが、その調節因子は、反対方向に転写される）を含み得る。
【００４９】
ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質は、単独か、他のＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質と組み合わせてか、または他のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質と組み合わせて使用され得る。好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−１線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニット（ｔｅｅ６）およびＧＡＳ  ＡＩ−１コラーゲン結合タンパク質を含む。よりさらに好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−１線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニット（ｔｅｅ６）を含む。
【００５０】
第二のＧＡＳ付着アイランド（「ＧＡＳアドヘシンアイランド−２」または「ＧＡＳ  ＡＩ−２」）はまた、ＧＡＳ血清型において同定されている。ＧＡＳ  ＡＩ−２オープンリーディングフレームによってコードされるアミノ酸配列はまた、ＧＡＳ感染の処置または予防のための免疫原性組成物において使用され得る。
【００５１】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方され得るか、または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。あるいは、本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態の単離されたＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質を含むオリゴマー構造物またはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物において使用するために精製され得るか、あるいは処方され得る。
【００５２】
ＧＡＳ  ＡＩ−２は、表面タンパク質およびソルターゼ（「ＧＡＳ  ＡＩ−２タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする一連の約８個のオープンリーディングフレームを含む。ＧＡＳ  ＡＩ−２は、好ましくは、表面タンパク質、ｓｒｔＢソルターゼ、ｓｒｔＣ１ソルターゼおよびｒｏｆＡ多岐転写型転写調節因子を含む。
【００５３】
具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−２は、ＧＡＳ１５、Ｓｐｙ０１２７、ＧＡＳ１６、ＧＡＳ１７、ＧＡＳ１８、Ｓｐｙ０１３１、Ｓｐｙ０１３３、およびＧＡＳ２０の２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００５４】
ＧＡＳ  ＡＩ−２  ポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−２オープンリーディングフレームの１個以上は、置換されたＯＲＦに対して配列相同性（配列同一性）を有する配列によって置換され得る。
【００５５】
ＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質の１つ以上は、代表的にはＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。これらのソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧを含む表面タンパク質の分泌および係留に関係すると考えられる。ＧＡＳ  ＡＩ−２は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−２は、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−２は、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。上記表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフを含み得る。
【００５６】
ＧＡＳ  ＡＩ−２は、好ましくはｓｒｔＢソルターゼおよびｓｒｔＣ１ソルターゼを含む。上で考察される通り、ＧＡＳ  ｓｒｔＢソルターゼは、好ましくはＬＰＳＴＧモチーフ（配列番号１６６）を有する表面タンパク質を係留し得る（特に、このモチーフの後に、セリンが続く場合）。ＧＡＳ  ｓｒｔＣ１ソルターゼは、Ｖ（Ｐ／Ｖ）ＰＴＧ（配列番号１６７）モチーフを有する表面タンパク質を優先的に係留し得る。ＧＡＳ  ｓｒｔＣ１は、ｒｏｆＡによって差次的に調節され得る。
【００５７】
上記組成物のＧＡＳ  ＡＩ−２タンパク質は、ＧＡＳ１５、Ｓｐｙ０１２７、ＧＡＳ１６、ＧＡＳ１７、ＧＡＳ１８、Ｓｐｙ０１３１、Ｓｐｙ０１３３、およびＧＡＳ２０からなる群より選択され得る。ＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質ＧＡＳ１５（Ｃｐａ）、ＧＡＳ１６（線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質Ｍ１＿１２８であると考えられる）、ＧＡＳ１８（Ｍ１＿Ｓｐｙ０１３０）、およびＧＡＳ２０は、本発明の免疫原性組成物において使用するのに好ましい。ＧＡＳ  １６は、線毛様構造物の軸部分を形成すると考えられる一方で、ＧＡＳ  １５（コラーゲン付着タンパク質Ｃｐａ）およびＧＡＳ  １８は、細菌莢膜の表面上に露出される、線毛構造物の形成を容易にするアクセサリータンパク質として作用すると考えられる。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）、ＶＶＸＴＧ（配列番号１３５）、またはＥＶＸＴＧ（配列番号１３６））を含む。
【００５８】
ＧＡＳ  ＡＩ−２タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−２はまた、ｒｏｆＡのような多岐転写型転写調節因子（すなわち、その転写調節因子は、ＧＡＳ  ＡＩタンパク質のオープンリーディングフレームの近傍か、またはそれに隣接して配置されるが、その調節因子は、反対方向に転写される）を含み得る。ＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質は、単独か、他のＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質と組み合わせてか、または他のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質と組み合わせて使用され得る。好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−２線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質（ＧＡＳ  １６）、ＧＡＳ  ＡＩ−２コラーゲン結合タンパク質（ＧＡＳ  １５）およびＧＡＳ  １８（Ｍ１＿Ｓｐｙ０１３０）を含む。より好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−２線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質（ＧＡＳ  １６）を含む。
【００５９】
第３のＧＡＳ付着アイランド（「ＧＡＳアドヘシンアイランド−３」または「ＧＡＳ  ＡＩ−３」）はまた、多くのＧＡＳ血清型において同定されている。ＧＡＳ  ＡＩ−３のオープンリーディングフレームによってコードされるアミノ酸配列はまた、ＧＡＳ感染の処置または予防のための免疫原性組成物において使用され得る。
【００６０】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方され得るか、または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含有する。好ましい実施形態において、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。あるいは、本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態の単離されたＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含有する。ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含むオリゴマー構造物またはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物において使用するために精製され得るか、あるいは処方され得る。ＧＡＳ  ＡＩ−３は、表面タンパク質およびソルターゼ（「ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする一連の約７個のオープンリーディングフレームを含む。ＧＡＳ  ＡＩ−３は、好ましくは、表面タンパク質、ｓｒｔＣ２ソルターゼ、および負の転写調節因子（Ｎｒａ）である多岐転写型転写調節因子を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質は、コラーゲン結合タンパク質、線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質、およびＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質を含み得る。ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質はまた、仮説的な表面タンパク質を含み得る。線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質は、線毛様構造物の軸部分を形成すると考えられる一方で、コラーゲン付着タンパク質（Ｃｐａ）および仮説的な表面タンパク質は、細菌莢膜の表面上に露出される、線毛構造物の形成を容易にするアクセサリータンパク質として作用すると考えられる。好ましいＡＩ−３表面タンパク質は、線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質、コラーゲン結合タンパク質および仮説的なタンパク質を含む。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧ  ソルターゼ基質モチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）、ＶＰＸＴＧ（配列番号１３７）、ＱＶＸＴＧ（配列番号１３８）またはＬＰＸＡＧ（配列番号１３９））を含む。
【００６１】
具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿００９９、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０１、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０３、ＳｐｙＭ３＿０１０４、Ｓｐｓ０１００、Ｓｐｓ０１０１、Ｓｐｓ０１０２、Ｓｐｓ０１０３、Ｓｐｓ０１０４、Ｓｐｓ０１０５、Ｓｐｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ７９、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８１、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８３、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２７、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１２９、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３１、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）の２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。１つの実施形態において、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿００９９、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０１、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０３、およびＳｐｙＭ３＿０１０４の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含み得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、Ｓｐｓ０１００、Ｓｐｓ０１０１、Ｓｐｓ０１０２、Ｓｐｓ０１０３、Ｓｐｓ０１０４、Ｓｐｓ０１０５、およびＳｐｓ０１０６の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含み得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ７９、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８１、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８３、およびｏｒｆ８４の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含み得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２７、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１２９、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３１、およびｓｐｙＭ１８＿０１３２の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含み得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、およびＳｐｙｏＭ０１０００１４９の２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含み得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−１はまた、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）のいずれか１つをコードするポリヌクレオチド配列を含み得る。
【００６２】
ＧＡＳ  ＡＩ−３ポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３オープンリーディングフレームの１個以上は、置換されたＯＲＦに対して配列相同性（配列同一性）を有する配列によって置換され得る。
【００６３】
ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質の１つ以上は、代表的にはＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。これらのソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧを含む表面タンパク質の分泌および係留に関係すると考えられる。ＧＡＳ  ＡＩ−３は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。上記表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフを含み得る。
【００６４】
ＧＡＳ  ＡＩ−３は、好ましくはｓｒｔＣ２型ソルターゼを含む。ＧＡＳ  ｓｒｔＣ２型ソルターゼは、好ましくは、ＱＶＰＴＧ（配列番号１４０）モチーフを有する表面タンパク質を係留し得る（特に、このモチーフの後に、疎水性領域および荷電したＣ末端尾部が続く場合）。ＧＡＳ  ＳｒｔＣ２は、Ｎｒａによって差次的に調節され得る。
【００６５】
上記組成物のＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質は、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿００９９、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０１、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０３、ＳｐｙＭ３＿０１０４、Ｓｐｓ０１００、Ｓｐｓ０１０１、Ｓｐｓ０１０２、Ｓｐｓ０１０３、Ｓｐｓ０１０４、Ｓｐｓ０１０５、Ｓｐｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ７９、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８１、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８３、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２７、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１２９、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３１、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）からなる群より選択され得る。ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０４、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）は、本発明の免疫原性組成物において使用するのに好ましいＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質である。
【００６６】
ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−３はまた、転写調節因子（例えば、Ｎｒａ）を含み得る。
【００６７】
ＧＡＳ  ＡＩ−３はまた、ＬｅｐＡ推定シグナルペプチダーゼＩタンパク質を含み得る。
【００６８】
ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質は、単独か、他のＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質と組み合わせてか、または他のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質と組み合わせて使用され得る。好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−３線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質、ＧＡＳ  ＡＩ−３コラーゲン結合タンパク質、ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質（例えば、ＳｐｙＭ３＿０１０２、Ｍ３＿Ｓｐｓ０１０４、Ｍ５＿ｏｒｆ８２、またはｓｐｙＭ１８＿０１３０）、およびフィブロネクチン結合タンパク質ＰｒｔＦ２を含む。より好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−３線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質、ＧＡＳ  ＡＩ−３コラーゲン結合タンパク質、およびＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含む。よりさらに好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−３線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質を含む。
【００６９】
ＧＡＳ  ＡＩ−３線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質の代表的な例としては、ＳｐｙＭ３＿０１００、Ｍ３＿Ｓｐｓ０１０２、Ｍ５＿ｏｒｆ８０、ｓｐｙＭ１８＿１２８、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）が挙げられる。
【００７０】
ＧＡＳ  ＡＩ−３コラーゲン結合タンパク質の代表的な例としては、ＳｐｙＭ３＿００９８、Ｍ３＿Ｓｐｓ０１００、Ｍ５＿ｏｒｆ  ７８、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、およびＳｐｙｏＭ０１０００１５５が挙げられる。
【００７１】
ＧＡＳ  ＡＩ−３フィブロネクチン結合タンパク質ＰｒｔＦ２の代表的な例としては、ＳｐｙＭ３＿０１０４、Ｍ３＿Ｓｐｓ０１０６、Ｍ５＿ｏｒｆ８４およびｓｐｙＭ１８＿０１３２、ならびにＳｐｙｏＭ０１０００１４９が挙げられる。
【００７２】
第４のＧＡＳ付着アイランド（「ＧＡＳアドヘシンアイランド−４」または「ＧＡＳ  ＡＩ−４」）はまた、ＧＡＳ血清型において同定されている。ＧＡＳ  ＡＩ−４のオープンリーディングフレームによってコードされるアミノ酸配列はまた、ＧＡＳ感染の処置または予防のための免疫原性組成物において使用され得る。
【００７３】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方され得るか、または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質を含有する。好ましい実施形態において、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。あるいは、本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態の単離されたＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質を含有する。ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含むオリゴマー構造物またはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物において使用するために精製され得るか、あるいは処方され得る。ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質を含むオリゴマー線毛構造物またはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物において使用するために精製され得るか、あるいは処方され得る。
【００７４】
ＧＡＳ  ＡＩ−４は、表面タンパク質およびソルターゼ（「ＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする一連の約８個のオープンリーディングフレームを含む。このＧＡＳアドヘシンアイランド４（「ＧＡＳ  ＡＩ−４」）は、表面タンパク質、ｓｒｔＣ２ソルターゼ、およびＲｏｆＡ調節タンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質は、その中に、線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質、Ｆ１様フィブロネクチン結合タンパク質およびＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質、ならびに莢膜多糖類付着タンパク質（ｃｐａ）を含み得る。ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質はまた、オープンリーディングフレーム（ｏｒｆ）中に仮説的な表面タンパク質を含み得る。
【００７５】
線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質（ＥｆｔＬＳＬ）は、線毛様構造物の軸部分を形成すると考えられ、一方、コラーゲン付着タンパク質（Ｃｐａ）および上記仮説上のタンパク質は、細菌莢膜の表面上に露出して、線毛構造物の形成を促進するアクセサリータンパク質として作用すると考えられる。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）、ＶＰＸＴＧ（配列番号１３７）、ＱＶＸＴＧ（配列番号１３８）もしくはＬＰＸＡＧ（配列番号１３９））を含む。
【００７６】
具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−４は、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３６、１９２２４１３７、１９２２４１３８、１９２２４１３９、１９２２４１４０、および１９２２４１４１の２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−４ポリヌクレオチドはまた、２００１０２９６＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、２００２００６９＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＣＤＣＳＳ６３５＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４８８３＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４５３８＿ｆｉｍｂｒｉａｌのいずれか１つをコードするポリヌクレオチド配列を含む。１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−４ポリヌクレオチド配列は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−４オープンリーディングフレームは、置換されたＯＲＦに対して配列相同性（配列同一性）を有する配列によって置換され得る。
【００７７】
１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質は、代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。これらのソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧを含む表面タンパク質の分泌および係留に関与すると考えられる。ＧＡＳ  ＡＩ−４は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−４は、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−４は、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。１つ以上の表面タンパク質は、ＬＰＸＴＧモチーフを含み得る。
【００７８】
ＧＡＳ  ＡＩ−４は、ＳｒｔＣ２型ソルターゼを含む。ＧＡＳ  ＳｒｔＣ２型ソルターゼは、好ましくはＱＶＰＴＧ（配列番号１４０）モチーフを有する表面タンパク質を係留し得る（特に、このモチーフに、疎水性領域および荷電Ｃ末端尾部が続く場合）。
【００７９】
この組成物のＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質は、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３６、１９２２４１３７、１９２２４１３８、１９２２４１３９、１９２２４１４０、１９２２４１４１、２００１０２９６＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、２００２００６９＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＣＤＣＳＳ６３５＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４８８３＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、およびＩＳＳ４５３８＿ｆｉｍｂｒｉａｌからなる群から選択され得る。ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質である１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３７、１９２２４１３９、１９２２４１４１、２００１０２９６＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、２００２００６９＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＣＤＣＳＳ６３５＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４８８３＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４５３８＿ｆｉｍｂｒｉａｌは、本発明の免疫原性組成物における使用のために好ましいタンパク質である。
【００８０】
ＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−４はまた、ＲｏｆＡ（すなわち、ＡＩタンパク質オープンリーディングフレームの近位に位置するかもしくはこれに隣接して位置する転写調節因子であるが、これは逆方向に転写する）のような多岐転写型転写調節因子を含み得る。
【００８１】
ＧＡＳ  ＡＩ−４はまた、ＬｅｐＡ推定シグナルペプチダーゼＩタンパク質およびＭｓｍＲＬタンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質は、単独で使用されてもよく、他のＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質と組み合わせて使用されてもよく、または他のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質と組み合わせて使用されてもよい。好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−４線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質（ＥｆｔＬＳＬまたは２００１０２９６＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、２００２００６９＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＣＤＣＳＳ６３５＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４８８３＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、もしくはＩＳＳ４５３８＿ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＧＡＳ  ＡＩ−４コラーゲン結合性タンパク質、ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質（例えば、Ｍ１２単離物Ａ７３５  ｏｒｆ  ２）、およびフィブロネクチン結合性タンパク質ＰｒｔＦ１およびＰｒｔＦ２を含む。より好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−４線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質、ＧＡＳ  ＡＩ−４コラーゲン結合性タンパク質、およびＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質を含む。なおより好ましくは、本発明の免疫原性組成物は、ＧＡＳ  ＡＩ−４線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質を含む。
【００８２】
本発明のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は、ＧＡＳ感染に対する予防的免疫もしくは治療的免疫のための免疫原性組成物に使用され得る。例えば、本発明は、１種以上のＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質およびＧＡＳ  ＡＩ−２、ＧＡＳＡＩ−３、もしくはＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質のいずれかの１種以上を含有する免疫原性組成物を含み得る。例えば、本発明は、少なくとも２種のＧＡＳ  ＡＩタンパク質であって、ここで各タンパク質は、異なるＧＡＳアドヘシンアイランドから選択される、ＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含有する免疫原性組成物を含む。この２種のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は、以下のＧＡＳ  ＡＩ組み合わせの１種から選択され得る：ＧＡＳ  ＡＩ−１およびＧＡＳ  ＡＩ−２；ＧＡＳ  ＡＩ−１およびＧＡＳ  ＡＩ−３；ＧＡＳ  ＡＩ−１およびＧＡＳ  ＡＩ−４；ＧＡＳ  ＡＩ−２およびＧＡＳ  ＡＩ−３；ＧＡＳ  ＡＩ−２およびＧＡＳ  ＡＩ−４；ならびにＧＡＳ  ＡＩ  ３およびＧＡＳ  ＡＩ−４。好ましくは、この組み合わせは、１つ以上のＧＡＳ  アドヘシンアイランドに由来する線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質を含む。
【００８３】
この免疫原性組成物はまた、より広範な範囲のＧＡＳ血清型および単離株に対する保護を提供するように選択され得る。例えば、免疫原性組成物は、第１のＧＡＳ  ＡＩタンパク質および第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含有し得、ここで、第１のＧＡＳ  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列は、第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列を含むゲノム中に存在しない。さらに、免疫原性組成物における使用のために選択される各抗原は、好ましくは、複数のＧＡＳ血清型および単離株のゲノム中に存在する。好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれより多く）のＧＡＳ単離株のゲノムにおいて存在する。より好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、少なくとも３種、４種、５種、またはそれより多く）のＧＡＳ血清型のゲノムにおいて存在する。
【００８４】
本出願人らはまた、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのゲノム内においてアドヘシンアイランドを同定している。これらのアドヘシンアイランドは、細菌のビルレンスにおいて重要である表面タンパク質をコードすると考えられる。このようなＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドによってコードされるアミノ酸配列は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の処置もしくは予防のための免疫原性組成物において使用され得る。本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方されるかまたは精製されている、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質を含有する。好ましい実施形態において、このオリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。または、本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で単離されたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ表面タンパク質を含有する。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ表面タンパク質を含むこのオリゴマーもしくはハイパーオリゴマーの線毛構造物は、精製され得るか、またはさもなければ免疫原性組成物における使用のために処方され得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、一般に、表面タンパク質およびソルターゼの集合体をコードするＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノム内部に、一連のオープンリーディングフレームを含む。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質を含むアミノ酸配列をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。１つ以上の表面タンパク質は、ＬＰＴＸＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含み得る。１種以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌の表面上の線毛構造物の形成に関与し得る。
【００８５】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、好ましくは、多岐転写型転写調節因子を含む。この転写調節因子は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオペロンの発現を調節し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列において見出された転写調節因子の例は、ｒｌｒＡである。
【００８６】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ遺伝子座の構成の図は、図１３７に提供される。この遺伝子座は、転写調節因子（ｒｌｒＡ）、細胞壁表面タンパク質（ｒｒｇＡ、ｒｒｇＢ、ｒｒｇＣ）およびソルターゼ（ｓｒｔＢ、ｓｒｔＣ、ｓｒｔＤ）をコードするオープンリーディングフレームを含む。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は、一般に、相同性の２つの群であるＳ．ｐｎｅｕａｍｏｎｉａｅ  ＡＩ−ａおよびＳ．ｐｎｅｕａｍｏｎｉａｅ  ＡＩ−ｂに分類され得る。ＡＩ−ａを含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株としては、１４  ＣＳＲ１０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １５、６７０、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、および６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２が挙げられる。ＡＩ−ｂを含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ株としては、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５およびＴＩＧＲ  ４が挙げられる。
【００８７】
ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ株は、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ  タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４、ＳＰ０４６５、ＳＰ０４６６、ＳＰ０４６７、およびＳＰ０４６８の２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００８８】
ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【００８９】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩは、ｏｒｆ１＿６７０、ｏｒｆ３＿６７０、ｏｒｆ４＿６７０、ｏｒｆ５＿６７０、ｏｒｆ６＿６７０、ｏｒｆ７＿６７０、およびｏｒｆ８＿６７０の２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００９０】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【００９１】
１４  ＣＳＲ１０由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、１４  ＣＳＲ１０由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＯＲＦ２＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ６＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ７＿１４ＣＳＲ、およびＯＲＦ８＿１４ＣＳＲの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００９２】
１４  ＣＳＲ１０由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、１４  ＣＳＲ１０由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【００９３】
１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＯＲＦ２＿１９ＡＨ、ＯＲＦ３＿１９ＡＨ、ＯＲＦ４＿１９ＡＨ、ＯＲＦ５＿１９ＡＨ、ＯＲＦ６＿１９ＡＨ、ＯＲＦ７＿１９ＡＨ、およびＯＲＦ８＿１９ＡＨの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００９４】
１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【００９５】
１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＯＲＦ２＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿１９ＦＴＷ、およびＯＲＦ８＿１９ＦＴＷの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００９６】
１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【００９７】
２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＯＲＦ２＿２３ＦＰ、ＯＲＦ３＿２３ＦＰ、ＯＲＦ４＿２３ＦＰ、ＯＲＦ５＿２３ＦＰ、ＯＲＦ６＿２３ＦＰ、ＯＲＦ７＿２３ＦＰ、およびＯＲＦ８＿２３ＦＰの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００９８】
２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【００９９】
２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＯＲＦ２＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿２３ＦＴＷ、およびＯＲＦ８＿２３ＦＴＷの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【０１００】
２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０１０１】
６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＯＲＦ２＿６ＢＦ、ＯＲＦ３＿６ＢＦ、ＯＲＦ４＿６ＢＦ、ＯＲＦ５＿６ＢＦ、ＯＲＦ６＿６ＢＦ、ＯＲＦ７＿６ＢＦ、およびＯＲＦ８＿６ＢＦの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【０１０２】
６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０１０３】
６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、ＯＲＦ２＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ３＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ４＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ５＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ６＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ７＿６ＢＳＰ、およびＯＲＦ８＿６ＢＳＰの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【０１０４】
６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０１０５】
９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、表面タンパク質およびソルターゼ（「Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連の約７つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩはＯＲＦ２＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ３＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ４＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ５＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ６＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ７＿９ＶＳＰ、およびＯＲＦ８＿９ＶＳＰの２つ以上をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【０１０６】
９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリヌクレオチド配列の１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。または、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームの１つ以上は、置換されたＯＲＦに対する配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０１０７】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質の１つ以上は、代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えばＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））もしくは他のソルターゼ基質モチーフを含む。これらのソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると考えられる。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。アドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。または、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。１つ以上の表面タンパク質は、ＬＰＸＴＧモチーフを含む。
【０１０８】
この組成物のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、ＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４、ＳＰ０４６５、ＳＰ０４６６、ＳＰ０４６７、ＳＰ０４６８、ｏｒｆ１＿６７０、ｏｒｆ３＿６７０、ｏｒｆ４＿６７０、ｏｒｆ５＿６７０、ｏｒｆ６＿６７０、ｏｒｆ７＿６７０、ｏｒｆ８＿６７０、ＯＲＦ２＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ６＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ７＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ８＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ２＿１９ＡＨ、ＯＲＦ３＿１９ＡＨ、ＯＲＦ４＿１９ＡＨ、ＯＲＦ５＿１９ＡＨ、ＯＲＦ６＿１９ＡＨ、ＯＲＦ７＿１９ＡＨ、ＯＲＦ８＿１９ＡＨ、ＯＲＦ２＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ８＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ２＿２３ＦＰ、ＯＲＦ３＿２３ＦＰ、ＯＲＦ４＿２３ＦＰ、ＯＲＦ５＿２３ＦＰ、ＯＲＦ６＿２３ＦＰ、ＯＲＦ７＿２３ＦＰ、ＯＲＦ８＿２３ＦＰ、ＯＲＦ２＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ８＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ２＿６ＢＦ、ＯＲＦ３＿６ＢＦ、ＯＲＦ４＿６ＢＦ、ＯＲＦ５＿６ＢＦ、ＯＲＦ６＿６ＢＦ、ＯＲＦ７＿６ＢＦ、ＯＲＦ８＿６ＢＦ、ＯＲＦ２＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ３＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ４＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ５＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ６＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ７＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ８＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ２＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ３＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ４＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ５＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ６＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ７＿９ＶＳＰおよびＯＲＦ８＿９ＶＳＰからなる群より選択され得る。
【０１０９】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質は、本発明の免疫原性組成物における使用のために好ましいタンパク質である。１つの実施形態において、本発明の組成物は、２種以上のＳ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質の組み合わせを含有する。このましくは、このような組み合わせは、以下からなる群の２種以上より選択される：ＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４、ｏｒｆ３＿６７０、ｏｒｆ４＿６７０、ｏｒｆ５＿６７０、ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ３＿１９ＡＨ、ＯＲＦ４＿１９ＡＨ、ＯＲＦ５＿１９ＡＨ、ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿２３ＦＰ、ＯＲＦ４＿２３ＦＰ、ＯＲＦ５＿２３ＦＰ、ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿６ＢＦ、ＯＲＦ４＿６ＢＦ、ＯＲＦ５＿６ＢＦ、ＯＲＦ３＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ４＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ５＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ３＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ４＿９ＶＳＰ、およびＯＲＦ５＿９ＶＳＰ。
【０１１０】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０１１１】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染に対する予防的免疫および治療的免疫のための免疫原性組成物において使用され得る。例えば、本発明は、１種以上のＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質および１種以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０タンパク質を含有する免疫原性組成物を含み得る。この免疫原性組成物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４  ＣＳＲ  １０、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６、およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０の任意の１種以上に由来する１種以上のＡＩタンパク質を含有し得る。
【０１１２】
この免疫原性組成物はまた、より広範な範囲のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの血清型および単離株に対する保護を提供するように選択され得る。例えば、免疫原性組成物は、第１のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質および第２のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質を含有し得、ここで、第１のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列は、第２のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列を含むゲノム中に存在しない。さらに、免疫原性組成物における使用のために選択される各抗原は、好ましくは、複数のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型および単離株のゲノム中に存在する。好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれより多く）のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ単離株のゲノムにおいて存在する。より好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、少なくとも３種、４種、５種またはそれより多く）のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型のゲノム中に存在する。
この免疫原性組成物はまた、より広範な範囲のグラム陽性細菌の血清型および単離株に対する保護を提供するように選択され得る。例えば、免疫原性組成物は、第１のグラム陽性細菌  ＡＩタンパク質および第２のグラム陽性細菌  ＡＩタンパク質を含有し得、ここで、第１のグラム陽性細菌  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列は、第２のグラム陽性細菌  ＡＩタンパク質をコードする全長ポリヌクレオチド配列を含むゲノム中に存在しない。さらに、免疫原性組成物における使用のために選択される各抗原は、好ましくは、複数のグラム陽性細菌の血清型および単離株のゲノム中に存在する。好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれより多く）のグラム陽性細菌単離株のゲノムにおいて存在する。より好ましくは、各抗原は、少なくとも２種（すなわち、少なくとも３種、４種、５種またはそれより多く）のグラム陽性細菌血清型のゲノム中に存在する。第１および第２のＡＩタンパク質の一方または両方は、好ましくは、オリゴマー形態またはハイパーオリゴマー形態であり得る。
【０１１３】
２つ以上のグラム陽性細菌の属もしくは種に由来するアドヘシンアイランド表面タンパク質は、組み合わされて、２種以上のグラム陽性細菌の属もしくは種の疾患または感染の予防的処置もしくは治療的処置のための免疫原性組成物を提供し得る。必要に応じて、このア物ドヘシンアイランド表面タンパク質は、オリゴマー構造物もしくはハイパーオリゴマー構造物に互いに結合させられてもよい。
【０１１４】
１つの実施形態において、本発明は、連鎖球菌属の２つ以上の種由来のアドヘシンアイランド表面タンパク質を含む。例えば、本発明は、ＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質およびＧＡＳアドヘシンアイランド表面タンパク質を含有する組成物を含む。別の例として、本発明は、ＧＡＳアドヘシンアイランド表面タンパク質およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド表面タンパク質を含有する組成物を含む。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質の１つもしくは両方は、オリゴマー形態もしくはハイパーオリゴマー形態であり得る。さらなる例として、本発明は、ＧＢＳアドヘシンアイランド表面タンパク質およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド表面タンパク質を含有する組成物を含む。
【０１１５】
１つの実施形態において、本発明は、グラム陽性細菌の２つ以上の属由来のアドヘシンアイランド表面タンパク質を含む。例えば、本発明は、連鎖球菌属アドヘシンアイランドタンパク質およびコリネバクテリウム属アドヘシンアイランドタンパク質を含有する組成物を含む。１種以上のグラム陽性細菌ＡＩ表面タンパク質は、オリゴマー形態もしくはハイパーオリゴマー形態であり得る。
【０１１６】
さらに、本発明のＡＩポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列はまた、生物学的サンプル中のＧＢＳ（もしくはグラム陽性細菌）の存在もしくは非存在を同定するための診断において使用され得る。これらは、生物学的サンプルにおけるＡＩタンパク質の存在もしくは非存在を同定するために使用され得、またはＧＢＳ（もしくはグラム陽性細菌）感染についての予防的処置もしくは治療的処置において使用され得る抗体を産生するために使用され得る。さらにまた、本発明のＡＩポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、ＡＩのビルレンス関連活性を阻害するかもしくは低下させる、低分子化合物を同定するために使用され得る。
本発明は例えば、以下の項目を提供する：
（項目１）
オリゴマー形態の、精製Ｂ群連鎖球菌（ＧＢＳ）アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含有する、免疫原性組成物。
（項目２）
前記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−１から選択される、項目１に記載の免疫原性組成物。
（項目３）
前記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−２から選択される、項目１に記載の免疫原性組成物。
（項目４）
前記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２およびこれらのフラグメントからなる群より選択される、項目２に記載の免疫原性組成物。
（項目５）
前記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  １５０、０１５２１、０１５２３、０１５２４およびこれらのフラグメントからなる群より選択される、項目３に記載の免疫原性組成物。
（項目６）
前記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ８０である、項目４に記載の免疫原性組成物。
（項目７）
前記オリゴマー形態が、ハイパーオリゴマーである、項目１〜６のいずれかに記載の免疫原性組成物。
（項目８）
オリゴマー形態の、精製グラム陽性細菌アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含む、免疫原性組成物。
（項目９）
前記グラム陽性細菌が、連鎖球菌属、エンテロコッカス属、ブドウ球菌属、クロストリジウム属、コリネバクテリウム属またはリステリア属からなる群より選択される属の細菌である、項目８に記載の免疫原性組成物。
（項目１０）
前記グラム陽性細菌が、連鎖球菌属の細菌である、項目９に記載の免疫原性組成物。
（項目１１）
前記連鎖球菌属の細菌が、Ａ群連鎖球菌（ＧＡＳ）細菌であり、そして、前記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドである、項目１０に記載の免疫原性組成物。
（項目１２）
前記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩ−１から選択される、項目１１に記載の免疫原性組成物。
（項目１３）
前記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩ−２から選択される、項目１１に記載の免疫原性組成物。
（項目１４）
前記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩ−３から選択される、項目１１に記載の免疫原性組成物。
（項目１５）
前記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩ−４から選択される、項目１１に記載の免疫原性組成物。
（項目１６）
前記オリゴマー形態が、ハイパーオリゴマーである、項目８〜１５のいずれかに記載の免疫原性組成物。
（項目１７）
第一および第二のＢ群連鎖球菌（ＧＢＳ）アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含有する、免疫原性組成物。
（項目１８）
前記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−１によってコードされる、項目１７に記載の免疫原性組成物。
（項目１９）
前記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−２によってコードされる、項目１８に記載の免疫原性組成物。
（項目２０）
前記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２およびこれらのフラグメントからなる群より選択される、項目１８に記載の免疫原性組成物。
（項目２１）
前記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  １５０、０１５２１、０１５２３、０１５２４およびこれらのフラグメントからなる群より選択され、そして、前記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドと前記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドとが、同じポリペプチドでない、項目１９に記載の免疫原性組成物。
（項目２２）
前記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ８０であり、そして、前記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ６７である、項目１９に記載の免疫原性組成物。
（項目２３）
第一および第二のグラム陽性細菌アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含有する、免疫原性組成物。
（項目２４）
前記グラム陽性細菌が、連鎖球菌属、エンテロコッカス属、ブドウ球菌属、クロストリジウム属、コリネバクテリウム属またはリステリア属である、項目２３に記載の免疫原性組成物。
（項目２５）
前記第一のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、第一のＡ群連鎖球菌（ＧＡＳ）ＡＩポリペプチドである、項目２３に記載の免疫原性組成物。
（項目２６）
前記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第一のＧＡＳ  ＡＩ−１ポリペプチドである、項目２５に記載の免疫原性組成物。
（項目２７）
前記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第一のＧＡＳ  ＡＩ−２ポリペプチドである、項目２５に記載の免疫原性組成物。
（項目２８）
前記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第一のＧＡＳ  ＡＩ−３ポリペプチドである、項目２５に記載の免疫原性組成物。
（項目２９）
前記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第一のＧＡＳ  ＡＩ−４ポリペプチドである、項目２５に記載の免疫原性組成物。
（項目３０）
前記第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドである、項目２５〜２９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
（項目３１）
前記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−１ポリペプチドである、項目３０に記載の免疫原性組成物。
（項目３２）
前記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−２ポリペプチドである、項目３０に記載の免疫原性組成物。
（項目３３）
前記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−３ポリペプチドである、項目３０に記載の免疫原性組成物。
（項目３４）
前記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−４ポリペプチドである、項目３０に記載の免疫原性組成物。
（項目３５）
上昇したレベルのＡＩ表面タンパク質を生成するように適合された、改変グラム陽性細菌。
（項目３６）
前記ＡＩ表面タンパク質が、オリゴマー形態である、項目３５に記載の改変グラム陽性細菌。
（項目３７）
前記オリゴマー形態が、ハイパーオリゴマーである、項目３６に記載の改変グラム陽性細菌。
（項目３８）
非病原性グラム陽性細菌である、項目３５〜３７のいずれか１項に記載の改変グラム陽性細菌。
（項目３９）
前記非病原性グラム陽性細菌が、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである、項目３８に記載の改変グラム陽性細菌。
（項目４０）
オリゴマー性アドヘシンアイランド（ＡＩ）表面抗原を製造するための方法であって、該方法は、以下：
オリゴマー性ＡＩ表面抗原を発現するグラム陽性細菌を培養する工程；および
該発現されたオリゴマー性ＡＩ表面抗原を単離する工程
を包含する、方法。
（表の簡単な説明）
表１：ＧＢＳ  ８０のフラグメントについての能動先天性免疫アッセイ（ａｃｔｉｖｅ  ｍａｔｅｒｎａｌ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ）。
表２：ＧＢＳ  ８０のフラグメントについての受動先天性免疫アッセイ（ｐａｓｓｉｖｅ  ｍａｔｅｒｎａｌ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ）。
表３：ＧＢＳ株単離体２６０３由来のＡＩ−１変異体の５０％致死用量。
表４：Ｍ６単離体（ＭＧＡＳ１０３９４）由来のＧＡＳ  ＡＩ−１配列。
表５：Ｍ１単離体（ＳＦ３７０）由来のＧＡＳ  ＡＩ−２配列。
表６：Ｍ３単離体（ＭＧＡＳ３１５）由来のＧＡＳ  ＡＩ−３配列。
表７：Ｍ３単離体（ＳＳＩ−１）由来のＧＡＳ  ＡＩ−３配列。
表８：Ｍ１８単離体（ＭＧＡＳ８２３２）由来のＧＡＳ  ＡＩ−３配列。
表９：ＴＩＧＲ４配列由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列。
表１０：Ｍ５単離体（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）由来のＧＡＳ  ＡＩ−３配列。
表１１：Ｍ１２単離体（Ａ７３５）由来のＧＡＳ  ＡＩ−４配列。
表１２：ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４のアミノ酸配列の保存。
表１３：ＧＢＳ  ３２２およびＧＢＳ  ２７６のアミノ酸配列の保存。
表１４：ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、およびＧＢＳ  ６７由来のフラグメントの組合せについての能動先天性免疫アッセイ。
表１５：  ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  １０４、およびＧＢＳ  ６７の抗原表面露出。
表１６：ＧＢＳ  ８０抗原およびＧＢＳ  ３２２抗原の各々についての能動先天性免疫アッセイ。
表１７：ＧＢＳ  ５９についての能動先天性免疫アッセイ。
表１８：ｓｐｙＭ６＿０１５９の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表１９：ｓｐｙＭ６＿０１６０の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２０：ＧＡＳ  １５の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２１：ＧＡＳ  １６の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２２：第二の抗血清を用いたＧＡＳ  １６の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２３：ＧＡＳ  １８の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２４：第二の抗血清を用いたＧＡＳ  １８の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２５：ＳｐｙＭ３＿００９８の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２６：ＳｐｙＭ３＿０１００の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２７：Ｍ３血清型におけるＳｐｙＭ３＿０１０２の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２８：Ｍ６血清型におけるＳｐｙＭ３＿０１０２の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表２９：Ｍ３血清型におけるＳｐｙＭ３＿０１０４の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表３０：Ｍ１２血清型におけるＳｐｙＭ３＿０１０４の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表３１：Ｍ３血清型におけるＳＰｓ＿０１０６の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。表３２：Ｍ１２血清型におけるＳＰｓ＿０１０６の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表３３：Ｍ１２血清型における１９２２４１３４の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表３４：Ｍ６血清型における１９２２４１３４の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。表３５：Ｍ１２血清型における１９２２４１３５の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表３６：Ｍ１２血清型における１９２２４１３７の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表３７：Ｍ１２血清型における１９２２４１４１の表面発現についてのＦＡＣＳ値の概要。
表３８：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩ配列。
表３９：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＡＩ配列のパーセント同一性比較。
表４０：ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓ株およびＧＢＳ細菌株のＦＡＣＳ分析。
表４１：ＡＩ遺伝子座を増幅するために使用したプライマーの配列。
表４２：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ遺伝子座によりコードされるアミノ酸配列の保存。表４３：ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫したマウスの防御。
表４４：Ｍ４９単離体（５９１）由来のＧＡＳ  ＡＩ−３配列。
表４５：４つのＧＡＳ  ＡＩ間の配列比較。
表４６：ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫したマウスの血清におけるＧＢＳ  ８０に対する抗体応答。
表４７：ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫後のマウス組織において検出された抗ＧＢＳ  ８０  ＩｇＡ抗体。
表４８：免疫アッセイにおいて、ＧＢＳ  ６７はマウスを防御する。
表４９：ＧＢＳ株におけるＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ３２２、およびＧＢＳ  ５９の露出レベル。
表５０：ＧＢＳ血清型に関する高レベルの表面タンパク質発現。
表５１：ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫したマウスのさらなる防御。
【図面の簡単な説明】
【０１１７】
【図１】図１は、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  ５２、ＳＡＧ０６４７、ＳＡＧ０６４８およびＧＢＳ  １０４についてのオープンリーディングフレームを含むアドヘシンアイランド１（「ＡＩ−１」）の模式図を示す。
【図２】図２は、幾つかのＧＢＳ血清型および単離株（ＧＢＳ血清型Ｖ、単離株２６０３；ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ｎｅｍ３１６；ＧＢＳ血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；ＧＢＳ血清型Ｖ、単離株ＣＪＢ１１１；ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１およびＧＢＳ血清型１ａ、単離株Ａ９０９）におけるＡＩ−１配列の同定を示す。（ＡＩ−１は、ＧＢＳ血清型１ｂ、単離株Ｈ３６ＢもしくはＧＢＳ血清型１ａ、単離株５１５においては同定されなかった。）
【図３】図３は、ＧＢＳ血清型Ｖ、単離株２６０３ゲノム内のＡＩ−１とアドヘシンアイランド２（「ＡＩ−２」）との間の相関の模式図を示す。（このＡＩ−２は、ＧＢＳ６７、ＧＢＳ５９、ＳＡＧ１４０６、ＳＡＧ１４０５およびＧＢＳ１５０についてのオープンリーディングフレームを含む。）
【図４】幾つかのＧＢＳ血清型ならびに単離株（ＧＢＳ血清型Ｖ、単離株２６０３；ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６；ＧＢＳ血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ＧＢＳ血清型Ｖ、単離株ＣＪＢ１１１；ＧＢＳ血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；およびＧＢＳ血清型１ａ、単離株５１５）における、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＳＡＧ１４０６、ＳＡＧ１４０４およびＧＢＳ  １５０をコードするオープンリーディングフレーム（もしくはこれらに対する配列相同性を有する配列）を含むＡＩ−２の同定を示す。図４はまた、０１５２０（ソルターゼ）、０１５２１、０１５２２（ソルターゼ）、０１５２３（ｓｐｂ１）、０１５２４および０１５２５をコードするオープンリーディングフレーム（もしくはこれらに対する配列相同性を有する配列）を含むＡＩ−２の同定も示す。
【図５】図５は、ＥＬＩＳＡにおいてＧＢＳ  ８０がフィブロネクチンおよびフィブリノーゲンに対して結合することを示すデータを示す。
【図６】図６は、ＡＩ−１における全ての遺伝子が、ひとつのオペロンとして同時転写されることを示す。
【図７】図７は、ＡＩ−１におけるインフレームの欠失変異の模式図を示す。
【図８】図８は、ＧＢＳ  ８０は、ＧＢＳ  １０４の表面局在化に必要とされることを示すＦＡＣＳデータを示す。
【図９】図９は、ソルターゼＳＡＧ０６４７およびソルターゼＳＡＧ０６４８は、ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４の表面露出において、半重複的役割を果たすことを示すＦＡＣＳデータを示す。
【図１０】抗ＧＢＳ  ８０抗血清および抗ＧＢＳ  １０４抗血清でプローブしたインフレームの欠失変異体のウエスタンブロットを示す。
【図１１】ＧＢＳ  ８０を含むＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅにおける表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図１２】ＧＢＳ  ０６７の二次構造を予測するＰＨＤ。
【図１３】ＧＢＳ  ８０をコードするプラスミド挿入物を含むＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅの単離株ＣＯＨ１の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図１４】ＧＢＳ  ８０をコードするプラスミド挿入物を含むＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅの単離株ＣＯＨ１の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図１５】ＧＢＳ  ８０をコードするプラスミド挿入物を含むＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅの単離株ＣＯＨ１の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図１６】Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅの野生型単離株ＣＯＨ１の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図１７】Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅの野生型単離株ＣＯＨ１の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図１８】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ａ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｂ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｃ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｄ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｅ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｆ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｇ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｈ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｉ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｊ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｋ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｌ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｍ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｎ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｏ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｐ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｑ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｒ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｓ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｔ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｕ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｖ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｗ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｘ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｙ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８Ｚ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＡ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＢ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＣ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＤ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＥ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＦ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＧ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＨ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＩ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＪ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１８ＡＫ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型１ａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−１のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ａ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｂ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｃ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｄ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｅ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｆ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｇ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｈ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｉ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｊ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｋ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｌ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｍ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｎ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｏ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｐ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｑ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｒ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｓ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｔ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｕ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｖ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｗ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｘ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｙ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９Ｚ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９ＡＡ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９ＡＢ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９ＡＣ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９ＡＤ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図１９ＡＥ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型１ｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型１ａ、単離株５１５に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ａ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｂ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｃ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｄ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｅ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｆ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｇ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｈ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｉ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｊ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｋ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｌ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｍ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｎ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｏ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｐ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｑ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｒ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｓ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｔ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２０Ｕ】血清型Ｖ、単離株２６０３および血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ａ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｂ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｃ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｄ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｅ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｆ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｇ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｈ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｉ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｊ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｋ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｌ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｍ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｎ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｏ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｐ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｑ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｒ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｓ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｔ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２１Ｕ】血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および血清型Ｉａ、単離株Ａ９０９に由来する、ＡＩ−２のポリヌクレオチド配列のアラインメント。
【図２２】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型１ａ、単離株Ａ９０９；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２２Ａ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型１ａ、単離株Ａ９０９；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２３】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２３Ａ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２３Ｂ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１および単離株ＮＥＭ３１６；ならびに血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２４】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型１ａ、単離株５１５；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型Ｉｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２４Ａ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型１ａ、単離株５１５；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型Ｉｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２４Ｂ】血清型Ｖ、単離株２６０３および単離株ＣＪＢ１１１；血清型１ａ、単離株５１５；血清型ＩＩ、単離株１８ＲＳ２１；血清型Ｉｂ、単離株Ｈ３６Ｂ；ならびに血清型ＩＩＩ、単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列のアラインメント。
【図２５】ＧＢＳが、タイトジャンクションと密接に結合し、そして傍細胞経路によりＭＥ１８０頚部上皮細胞の単層を横切ることを示す。
【図２６】ＭＥ１８０細胞のＧＢＳ感染を示す。
【図２７】ＧＢＳ  ８０組換えタンパク質は、上皮細胞に結合しないことを示す。
【図２８】ＧＢＳ  ８０の欠失は、ＧＢＳ株２６０３  Ｖ／ＲがＭＥ１８０頚部上皮細胞に付着しそして侵入する能力に影響しないことを示す。
【図２９】上皮細胞に対する組換えＧＢＳ  １０４タンパク質の結合を示す。
【図３０】ＧＢＳ株ＣＯＨ１におけるＧＢＳ  １０４の欠失は、ＧＢＳがＭＥ１８０頚部上皮細胞に対して付着する能力を低下させることを示す。
【図３１】ＧＢＳ  ８０ノックアウト変異株は、上皮細胞単層を通してトランスロケーションする能力を部分的に失うことを示す。
【図３２】ＧＢＳ  １０４の欠失は、ＧＢＳがＪ７７４マクロファージ様細胞株に侵入する能力を低下させるが、ＧＢＳ  ８０の欠失はこの能力を低下させないことを示す。
【図３３】ＧＢＳ  １０４ノックアウト変異株は、同系野生型よりも上皮単層を通ってトランスロケーションする効率が低いことを示す。
【図３４】ＧＢＳ  ８０を過剰発現させるプラスミド挿入物を含む、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１のネガティブ染色した電子顕微鏡写真。
【図３５】抗ＧＢＳ  ８０抗体で染色した（１０ｎｍ金粒子で可視化した）、ＧＢＳ  ８０を過剰発現させるプラスミド挿入物を含む、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１上の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図３６】抗ＧＢＳ  ８０抗体で染色した（１０ｎｍ金粒子で可視化した）、ＧＢＳ  ８０を過剰発現させるプラスミド挿入物を含む、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１上の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図３７】抗ＧＢＳ  ８０抗体で染色した（２０ｎｍ金粒子で可視化した）、ＧＢＳ  ８０を過剰発現させるプラスミド挿入物を含む、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１上の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図３８】抗ＧＢＳ  １０４抗体もしくは免疫前血清で染色した（１０ｎｍ金粒子で可視化した）、ＧＢＳ  ８０を過剰発現させるプラスミド挿入物を含む、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１上の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図３９】抗ＧＢＳ  ８０抗体（２０ｎｍ金粒子で可視化した）および抗ＧＢＳ  １０４抗体（１０ｎｍ金粒子で可視化した）で染色した、ＧＢＳ  ８０を過剰発現させるプラスミド挿入物を含む、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１上の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図４０】抗ＧＢＳ  ８０抗体（２０ｎｍ金粒子で可視化した）および抗ＧＢＳ  １０４抗体（１０ｎｍ金粒子で可視化した）で染色した、ＧＢＳ  ８０を過剰発現させるプラスミド挿入物を含む、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、単離株ＣＯＨ１上の表面露出した線毛構造物の電子顕微鏡写真。
【図４１】ＧＢＳ  ８０は、ポリマー形成に必要であり、そしてＧＢＳ１０４およびソルターゼＳＡＧ０６４８は、線毛の効率的な構築に必要であることを示す。
【図４２】ＧＢＳ  ６７は、第２の線毛の一部分であり、そしてＧＢＳ  ８０は、株５１５において重合体化されることを示す。
【図４３】Ｃｏｈ１中に２つの高分子を見ることが可能であり、そのうちの１つはＧＢＳ  ８０線毛であることを示す。
【図４４】線毛構築を示す。
【図４５】ＧＢＳ  ５２は、ＧＢＳ線毛の副次成分であることを示す。
【図４６】線毛は、細菌培養物の上清において見出されることを示す。
【図４７】線毛は、全ての段階の細菌培養物の上清において見出されることを示す。
【図４８】Ｃｏｈ１において、ＧＢＳ  ８０タンパク質および１種のソルターゼ（ｓａｇ０６４７もしくはｓａｇ０６４８）のみが、重合体化のために必要であることを示す。
【図４９】線毛を発現するＧＢＳ血清型ＶＩＩＩ株ＪＭ９０３００１３のＧＢＳ  ８０染色のＩＥＭ画像。
【図５０】線毛を発現するＧＢＳ血清型ＶＩＩＩ株ＪＭ９０３００１３のＧＢＳ  １０４染色のＩＥＭ画像。
【図５１】Ａ：ＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１単離物、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ３単離物、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ５単離物、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ１８単離物、およびＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ４９単離物、ＧＡＳ  ＡＩ−４血清型Ｍ１２単離物、ならびにＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６単離物を含む、オープンリーディングフレームの模式図。Ｂ：ＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１単離物のＳｒｔＣ１型ソルターゼ、血清型Ｍ３単離物、血清型Ｍ５単離物、血清型Ｍ１８単離物、および血清型Ｍ４９単離物のＳｒｔＣ２型ソルターゼ、ならびにＧＡＳ  ＡＩ−４血清型Ｍ１２単離物のＳｒｔＣ２型ソルターゼのアミノ酸アラインメント。
【図５２】ＧＡＳ  ＡＩ−４血清型Ｍ１２（Ａ７３５）、ＧＡＳＡＩ−３血清型Ｍ５（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ−１血清型Ｍ３、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３、およびＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１の莢膜多糖類付着タンパク質のアミノ酸アラインメント。
【図５２Ａ】ＧＡＳ  ＡＩ−４血清型Ｍ１２（Ａ７３５）、ＧＡＳＡＩ−３血清型Ｍ５（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ−１血清型Ｍ３、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３、およびＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１の莢膜多糖類付着タンパク質のアミノ酸アラインメント。
【図５３】ＧＡＳ  ＡＩ−４血清型Ｍ１２（Ａ７３５）およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ１０３９４血清型Ｍ６のＦ様フィブロネクチン結合性タンパク質のアミノ酸アラインメント。
【図５４】ＧＡＳＡＩ−４血清型Ｍ１２（Ａ７３５）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３、ＧＡＳＡＩ−３株Ｍ５（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ血清型Ｍ３、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３のＦ２様フィブロネクチン結合性タンパク質のアミノ酸アラインメント。
【図５４Ａ】ＧＡＳＡＩ−４血清型Ｍ１２（Ａ７３５）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３、ＧＡＳＡＩ−３株Ｍ５（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ血清型Ｍ３、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３のＦ２様フィブロネクチン結合性タンパク質のアミノ酸アラインメント。
【図５５】ＧＡＳＡＩ−４血清型Ｍ１２（Ａ７３５）、ＧＡＳＡＩ−３血清型Ｍ５（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ血清型Ｍ３、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓＭ１ＧＡＳ血清型Ｍ１の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）タンパク質のアミノ酸アラインメント。
【図５６】ＧＡＳＡＩ−４血清型Ｍ１２（Ａ７３５）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ−１血清型Ｍ３、ＧＡＳＡＩ−３血清型Ｍ５（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３の仮説上のタンパク質のアミノ酸アラインメント。
【図５７】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ａ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｂ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｃ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｄ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｅ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｆ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｇ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｈ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｉ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｊ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５７Ｋ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）のコラーゲン付着タンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ａ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｂ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｃ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｄ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｅ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｆ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｇ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｈ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｉ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｊ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｋ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｌ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｍ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｎ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５８Ｏ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−１血清型Ｍ６（ＭＧＡＳ１０３９４）の線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）構造物サブユニットと整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９Ａ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９Ｂ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９Ｃ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９Ｄ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９Ｅ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９Ｆ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図５９Ｇ】アミノ酸配列についてのＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＳＦ３７０）の仮説上のタンパク質と整列させたＦＡＳＴＡ相同性検索の結果。
【図６０】ＧＡＳ３型アドヘシンアイランドおよびＧＡＳ４型アドヘシンアイランドに存在するピリンモチーフおよびＥボックスモチーフを明記する。
【図６１】ＧＢＳ株ＣＯＨおよびＧＢＳ株ＪＭ９１３００１３上でのＧＢＳ  ８０タンパク質の表面発現は、線毛構造物の形成と相関することを示す。ＧＢＳ  ８０の表面発現は、ＧＢＳ  ８０と交差ハイブリダイズする抗体を用いるＦＡＣＳ分析によって決定された。線毛構造物の形成は、金標識化抗ＧＢＳ  ８０抗体を用いる免疫金電子顕微鏡法によって決定された。
【図６２】表面露出は、ＧＢＳ  ３２２について莢膜依存的であるが、ＧＢＳ  ８０については莢膜依存的ではないことを示す。
【図６３】ＧＢＳ株におけるＧＢＳ  ５９タンパク質のアミノ酸配列同一性を示す。
【図６４】全ＧＢＳ細胞抽出物の抗ＧＢＳ  ５９抗体を用いたウエスタンブロッティング。
【図６５】精製ＧＢＳ  ５９および全ＧＢＳ細胞抽出物の抗ＧＢＳ  ５９抗体を用いたウエスタンブロッティング。
【図６６】ＧＢＳ株ＣＪＢ１１１、ＧＢＳ株７３５７Ｂ、ＧＢＳ株５１５のＧＢＳ  ５９抗血清を用いたＦＡＣＳ分析。
【図６７】抗ＧＢＳ  ５９抗体は、ＣＪＢ１１１  ＧＢＳ株血清型Ｖについてオプソニンであることを示す。
【図６８】ＧＢＳ株ＪＭ９１３００１３全抽出物のウエスタンブロッティング。
【図６９】ＧＢＳ株（ｓｔａｉｎ）５１５全抽出物のウエスタンブロッティングは、ＧＢＳ  ６７およびＧＢＳ  １５０が線毛の一部であることを示す。
【図７０】ＧＢＳ  ６７発現についてノックアウトされたＧＢＳ株５１５のウエスタンブロッティング。
【図７１】ＧＢＳ  ６７発現についてノックアウトされたＧＢＳ株５１５およびＧＢＳ株５１５の、ＧＢＳ  ６７抗血清およびＧＢＳ  ５９抗血清を用いたＦＡＣＳ分析。
【図７２】ＧＢＳ  ６７発現についてノックアウトされたＧＢＳ  ５１５と、ＧＢＳ  ８０過剰発現構築物との相補性を示す。
【図７３】ｓｐｙＭ６＿０１５９表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ６のＦＡＣＳ分析。
【図７４】ｓｐｙＭ６＿０１６０表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ６のＦＡＣＳ分析。
【図７５】ＧＡＳ  １５表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１のＦＡＣＳ分析。
【図７６】ＧＡＳ  １６表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１の、第１抗ＧＡＳ  １６抗血清を用いたＦＡＣＳ分析。
【図７７】ＧＡＳ  １８表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１の、第１抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いたＦＡＣＳ分析。
【図７８】ＧＡＳ  １８表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１の、第２抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いたＦＡＣＳ分析。
【図７９】ＧＡＳ  １６表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１の、第２抗ＧＡＳ  １６抗血清を用いたＦＡＣＳ分析。
【図８０】ｓｐｙＭ３＿００９８表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ３のＦＡＣＳ分析。
【図８１】ｓｐｙＭ３＿０１００表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ３のＦＡＣＳ分析。
【図８２】ｓｐｙＭ３＿０１０２表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ３のＦＡＣＳ分析。
【図８３】ｓｐｙＭ３＿０１０４表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ３のＦＡＣＳ分析。
【図８４】ｓｐｙＭ３＿０１０６表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ３のＦＡＣＳ分析。
【図８５】１９２２４１３４表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１２のＦＡＣＳ分析。
【図８６】１９２２４１３５表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１２のＦＡＣＳ分析。
【図８７】１９２２４１３７表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１２のＦＡＣＳ分析。
【図８８】１９２２４１４１表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１２のＦＡＣＳ分析。
【図８９】ＧＡＳ  Ｍ１細菌上のＧＡＳ１５発現のウエスタンブロット分析。
【図９０】ＧＡＳ  １５発現のＧＡＳ  １５免疫血清を用いたウエスタンブロット分析。
【図９１】ＧＡＳ  １５発現の、ＧＡＳ  １５免疫前血清を用いたウエスタンブロット分析。
【図９２】ＧＡＳ  Ｍ１細菌上のＧＡＳ  １６発現のウエスタンブロット分析。
【図９３】ＧＡＳ  １６免疫血清を用いたＧＡＳ  １６発現のウエスタンブロット分析。
【図９４】ＧＡＳ  １６免疫前血清を用いたＧＡＳ  １６発現のウエスタンブロット分析。
【図９５】ＧＡＳ  Ｍ１細菌におけるＧＡＳ  １８のウエスタンブロット分析。
【図９６】ＧＡＳ  １８の、ＧＡＳ  １８免疫血清を用いたウエスタンブロット分析。
【図９７】ＧＡＳ  １８の、ＧＡＳ  １８免疫前血清を用いたウエスタンブロット分析。
【図９８】ＧＡＳ細菌上のＭ６＿Ｓｐｙ０１５９発現のウエスタンブロット分析。
【図９９】Ｍ１２  ＧＡＳ細菌上の１９２２４１３５発現のウエスタンブロット分析。
【図１００】Ｍ１２  ＧＡＳ細菌上の１９２２４１３７発現のウエスタンブロット分析。
【図１０１】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ａ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｂ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｃ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｄ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｅ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｆ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｇ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｈ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｉ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｊ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｋ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｌ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｍ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｎ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｏ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｐ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｑ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｒ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｓ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｔ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｕ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｖ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｗ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｘ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｙ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１Ｚ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＡ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＢ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＣ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＤ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＥ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＦ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＧ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＨ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＩ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＪ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＫ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＬ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＭ−１】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＭ−２】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０１ＡＮ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列。
【図１０２】ＧＡＳ  Ｍ１株２５８０におけるＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８のウエスタンブロット分析。
【図１０３】ＧＡＳ  Ｍ１株２９１３におけるＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８のウエスタンブロット分析。
【図１０４】ＧＡＳ  Ｍ１株３２８０におけるＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８のウエスタンブロット分析。
【図１０５】ＧＡＳ  Ｍ１株３３４８におけるＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８のウエスタンブロット分析。
【図１０６】ＧＡＳ  Ｍ１株２７１９におけるＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８のウエスタンブロット分析。
【図１０７】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０におけるＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８のウエスタンブロット分析。
【図１０８】ＧＡＳ  Ｍ１２株２７２８における１９２２４１３５および１９２２４１３７のウエスタンブロット分析。
【図１０９】ＧＡＳ  Ｍ１２株２７２８における１９２２４１３９の、ＳｐｙＭ３＿０１０２に対して惹起された抗血清を用いたウエスタンブロット分析。
【図１１０】ＧＡＳ  Ｍ６株２７２４におけるＭ６＿Ｓｐｙ０１５９およびＭ６＿Ｓｐｙ０１６０のウエスタンブロット分析。
【図１１１】ＧＡＳ  Ｍ６株ＳＦ３７０におけるＭ６＿Ｓｐｙ０１５９およびＭ６＿Ｓｐｙ０１６０のウエスタンブロット分析。
【図１１２】ＧＡＳ  Ｍ６株２７２４におけるＭ６＿Ｓｐｙ１６０のウエスタンブロット分析。
【図１１３】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １５の電子顕微鏡写真。
【図１１４】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １５の電子顕微鏡写真。
【図１１５】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １５の電子顕微鏡写真。
【図１１６】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １６の電子顕微鏡写真。
【図１１７】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １６の電子顕微鏡写真。
【図１１８】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １６の電子顕微鏡写真。
【図１１９】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １６の電子顕微鏡写真。
【図１２０】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １６の電子顕微鏡写真。
【図１２１】ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １６の電子顕微鏡写真。
【図１２２】抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いて検出された、ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １８の電子顕微鏡写真。
【図１２３】抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いて検出された、ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １８の電子顕微鏡写真。
【図１２４】抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いて検出された、ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １８の電子顕微鏡写真。
【図１２５】抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いて検出された、ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上に表面露出したＧＡＳ  １８の電子顕微鏡写真。
【図１２６】抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いて検出された、ＧＡＳ  Ｍ１株ＳＦ３７０上のハイパーオリゴマーのＩＥＭ画像。
【図１２７】ＧＡＳ血清型Ｍ６  ３６５０の表面から伸びる、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０を含むオリゴマー構造物およびハイパーオリゴマー構造物のＩＥＭ画像。
【図１２８】ＧＡＳ血清型Ｍ６  ３６５０の表面から伸びる、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０を含むオリゴマー構造物およびハイパーオリゴマー構造物のＩＥＭ画像。
【図１２９】ＧＡＳ血清型Ｍ６  ３６５０の表面から伸びる、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０を含むオリゴマー構造物およびハイパーオリゴマー構造物のＩＥＭ画像。
【図１３０】ＧＡＳ血清型Ｍ６  ３６５０の表面から伸びる、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０を含むオリゴマー構造物およびハイパーオリゴマー構造物のＩＥＭ画像。
【図１３１】ＧＡＳ血清型Ｍ６  ３６５０の表面から伸びる、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０を含むオリゴマー構造物およびハイパーオリゴマー構造物のＩＥＭ画像。
【図１３２】ＧＡＳ血清型Ｍ６  ３６５０の表面から伸びる、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０を含むオリゴマー構造お物よびハイパーオリゴマー構造物のＩＥＭ画像。
【図１３３】ＡおよびＢ：ＧＢＳ  ８０を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの、抗ＧＢＳ  ８０抗血清を用いたウエスタンブロット分析。
【図１３４】ＧＢＳＡＩ−１を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの、抗ＧＢＳ  ８０抗血清を用いたウエスタンブロット分析。
【図１３５】図１３４で用いたアクリルアミドゲルと同一のゲルのポンソー染色。
【図１３６】Ａ：ＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドを発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの培養物の超音波処理したペレットおよび上清の、抗ＧＢＳ  ８０抗血清を用いたウエスタンブロット分析。Ｂ：ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドを発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓ培養物の超音波処理したペレットおよび上清のポリアクリルアミドゲル電気泳動。
【図１３７】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ遺伝子座の一例の図。
【図１３８】図１３７のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ遺伝子座内のプライマーハイブリダイゼーション部位の概略図。
【図１３９】Ａ：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４  ＡＩ遺伝子座から産生された単位複製配列の組。Ｂ：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４における図１３９Ａプライマーから産生された単位複製配列の塩基対の長さ。
【図１４０】ＡＩ遺伝子座についてのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株のＣＧＨ分析。
【図１４１Ａ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ２によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４１Ｂ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ２によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４２Ａ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ３によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４２Ｂ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ３によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４２Ｃ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ３によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４３Ａ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ４によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４３Ｂ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ４によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４３Ｃ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ４によってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４４Ａ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ５によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４４Ｂ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ５によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４５Ａ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ６  によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４５Ｂ】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ６  によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４６】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ７によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４７】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＡＩ陽性株におけるＡＩ  ｏｒｆ  ８によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列アラインメント。
【図１４８】Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株におけるＲｒｇＡのアミノ酸配列を比較する図。
【図１４９】ＲｒｇＢ  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株のアミノ酸配列比較。
【図１５０】Ａ：Ｓｐ０４６２アミノ酸配列。Ｂ：Ｓｐ０４６２ポリペプチドをコードするクローンを産生するために使用されるプライマー。
【図１５１】Ａ：組換えＳｐ０４６２ポリペプチドの模式図。Ｂ：全長Ｓｐ０４６２ポリペプチドの模式図。
【図１５２】Ａ：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染患者から得られた血清でプローブした、Ｓｐ０４６２についてのウエスタンブロット。Ｂ：ＧＢＳ  ８０血清でプローブした、Ｓｐ０４６２についてのウエスタンブロット。
【図１５３】Ａ：Ｓｐ０４６３アミノ酸配列。Ｂ：Ｓｐ０４６３ポリペプチドをコードするクローンを産生するために使用されるプライマー。
【図１５４】Ａ：組換えＳｐ０４６３ポリペプチドの模式図。Ｂ：全長Ｓｐ０４６３ポリペプチドの模式図。
【図１５５】組換えＳｐ０４６３ポリペプチドのウエスタンブロット検出。
【図１５６】高分子量Ｓｐ０４６３ポリマーのウエスタンブロット検出。
【図１５７】Ａ：Ｓｐ０４６４アミノ酸配列。Ｂ：Ｓｐ０４６４ポリペプチドをコードするクローンを産生するために使用されるプライマー。
【図１５８】Ａ：組換えＳｐ０４６４ポリペプチドの模式図。Ｂ：全長Ｓｐ０４６４ポリペプチドの模式図。
【図１５９】組換えＳｐ０４６４ポリペプチドのウエスタンブロット検出。
【図１６０】Ｓｐ０４６２クローン、Ｓｐ０４６３クローンおよびＳｐ０４６４クローンの産生のために調製された増幅産物。
【図１６１】ＧＢＳ  ＡＩを発現するＬ．ｌａｃｔｉｓに対して惹起された抗血清による、オプソニン殺傷。
【図１６２】ＧＡＳアドヘシンアイランドであるＧＡＳ  ＡＩ−１、ＧＡＳ  ＡＩ−２、ＧＡＳ  ＡＩ−３およびＧＡＳ  ＡＩ−４を示す模式図。
【図１６３】Ａ〜Ｄ：ＧＡＳ株の細胞壁画分の、Ｍ６＿ＩＳＳ３６５０（Ａ）、Ｍ１＿ＳＦ３７０（Ｂ）、Ｍ５＿ＩＳＳ４８８３（Ｃ）およびＭ１２＿２００１０２９６（Ｄ）のＬＰＸＴＧタンパク質に特異的な抗血清を用いたイムノブロット。Ｅ〜Ｈ：欠失変異体Ｍ１＿ＳＦ３７０Δ１２８（Ｅ）、Ｍ１＿ＳＦ３７０Δ１３０（Ｆ）、Ｍ１＿ＳＦ３７０ΔＳｒｔＣ１（Ｇ）、およびＭ１＿１２８遺伝子を含むプラスミドｐＡＭ：：１２８によって補完されたＭ１＿１２８欠失株（Ｈ）の細胞壁画分の、Ｍ１＿ＳＦ３７０の線毛成分に特異的な抗血清を用いたイムノブロット。Ｉ〜Ｎ：以下の、免疫金標識化および透過型電子顕微鏡法：Ｍ６＿ＩＳＳ３６５０におけるＴ６（Ｉ）およびＭ６＿ＩＳＳ３６５０におけるＣｐａ（Ｊ）；Ｍ１＿ＳＦ３７０におけるＭ１＿１２８（Ｋ）ならびに欠失株Ｍ１＿ＳＦ３７０Δ１２８におけるＭ１＿１２８（Ｎ）；Ｍ５＿ＩＳＳ４８８３におけるＭ５＿ｏｒｆ８０（Ｌ）；Ｍ１２＿２００１０２９６におけるＭ１２＿ＥｆｔＬＳＬ．Ａ（Ｍ）。使用した株は、パネルの下に示す。バー＝２００ｎｍ。
【図１６４】７つのＧＡＳ株からのＦＣＴ領域の略図。
【図１６５】Ａ〜Ｈ：トリプシンで処理したかもしくは処理していない、そして線毛主成分に特異的な血清で染色した、ＧＡＳ細菌のフローサイトメトリー。免疫前染色；黒線、未処理細菌；緑線、およびトリプシン処理細菌；青色線。Ｍ６タンパク質を認識する血清で染色したＭ６＿ＩＳＳ３６５０（Ａ）もしくは抗Ｍ６＿Ｔ６で染色したＭ６＿ＩＳＳ３６５０（Ｂ）、抗Ｍ１で染色したＭ１＿ＳＦ３７０（Ｃ）もしくは抗Ｍ１＿１２８で染色したＭ１＿ＳＦ３７０（Ｄ）、抗ＰｒｔＦで染色したＭ５＿ＩＳＳ４８８３（Ｅ）もしくは抗Ｍ５＿ｏｒｆ８０で染色したＭ５＿ＩＳＳ４８８３（Ｆ）、ならびに抗Ｍ１２で染色したＭ１２＿２００１０２９６（Ｇ）もしくは抗ＥｆｔＬＳＬ．Ａで染色したＭ１２＿２００１０２９６（Ｈ）。
【図１６６】Ａ〜Ｃ：組換え線毛成分の多価Ｌａｎｃｅｆｉｅｌｄ  Ｔ型血清を用いたイムノブロット。組換えタンパク質は、ブロットの上に示され、使用した血清プールは、ブロットの下に示される。Ｄ〜Ｇ：線毛タンパク質の一価Ｔ型血清を用いたイムノブロット。組換えタンパク質は、ブロットの下に示され、そして使用した血清はブロットの上に示される。ＨおよびＩ：株Ｍ１＿ＳＦ３７０（Ｈ）および欠失株Ｍ１＿ＳＦ３７０Δ１２８（Ｉ）の、Ｔ型別抗血清プールＴを用いたフローサイトメトリー分析。
【図１６７】ＧＡＳ  ＡＩ内で同定されたソルターゼ配列の数および型を示す図。
【図１６８】Ａ：ＧＢＳ  ＡＩ−１についての発現構築物を欠くＬ．ｌａｃｔｉｓの、抗ＧＢＳ  ８０抗体を用いた免疫金電子顕微鏡法。ＢおよびＣ：免疫金電子顕微鏡法は、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの表面上のオリゴマー（線毛）構造物において、ＧＢＳ  ８０を検出する。
【図１６９】ＦＡＣＳ分析は、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの表面上のＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４の発現を検出する。
【図１７０】位相差顕微鏡法および免疫電子顕微鏡法は、ＧＢＳＡＩ−１のＬ．ｌａｃｔｉｓにおける発現は、Ｌ．ｌａｃｔｉｓ凝集を誘導することを示す。
【図１７１】ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓからのＧＢＳ線毛の精製。
【図１７２】ＧＡＳ  Ｍ６（ＡＩ−１）アドヘシンアイランド、ＧＡＳ  Ｍ１（ＡＩ−２）アドヘシンアイランドおよびＧＡＳ  Ｍ１２（ＡＩ−４）アドヘシンアイランド、ならびにＬ．ｌａｃｔｉｓにおける発現についてのｐＡＭ４０１構築物中に挿入されたアドヘシンアイランドの部分の模式図。
【図１７３】Ａ−Ｃ：ＧＡＳＡＩ−２（Ｍ１）（Ａ）、ＧＡＳＡＩ−４（Ｍ１２）（Ｂ）、およびＧＡＳＡＩ−１（Ｍ６）（Ｃ）を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓにおけるＧＡＳ線毛の構築を示すウエスタンブロット分析。
【図１７４】Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ６のＦＡＣＳ分析。
【図１７５】１９２２４１３９表面発現についてのＧＡＳ血清型Ｍ１２のＦＡＣＳ分析。
【図１７６】Ａ−Ｅ：Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０に対する抗体を用いた免疫金電子顕微鏡法は、Ｍ６株２７２４の表面上の線毛を検出する。Ｆ：Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９に対する抗体を用いた免疫金電子顕微鏡法は、Ｍ６株２７２４上のＭ６＿Ｓｐｙ０１５９表面発現を検出する。
【図１７７】Ａ−Ｃ：抗Ｍ１＿１３０血清（Ａ）、抗Ｍ１＿１２８血清（Ｂ）、および抗Ｍ１＿１２６血清（Ｃ）を用いた、Ｍ１＿１３０、ＳｒｔＣ１、もしくはＭ１＿１２８についての個別に検出されたＭ１株ＳＦ３７０  ＧＡＳ細菌のウエスタンブロット分析。
【図１７８】Ａ−Ｃ：Ｍ１＿１２８に対する抗体を用いる、野生型株ＳＦ３７０細菌（Ａ）上、Ｍ１＿１２８欠失ＳＦ３７０細菌（Ｂ）上、およびＳｒｔＣ１欠失ＳＦ３７０細菌（Ｃ）上の、表面発現を検出する、免疫金電子顕微鏡法。
【図１７９】Ａ−Ｃ：野生型ＳＦ３７０  ＧＡＳ細菌の表面におけるＭ１＿１２６（Ａ）、Ｍ１＿１２８（Ｂ）およびＭ１＿１３０（Ｃ）の発現を検出するためのＦＡＣＳ分析。Ｄ−Ｆ：Ｍ１＿１２８欠失ＳＦ３７０  ＧＡＳ細菌の表面におけるＭ１＿１２６（Ｄ）、Ｍ１＿１２８（Ｅ）およびＭ１＿１３０（Ｆ）の発現を検出するためのＦＡＣＳ分析。Ｇ−Ｉ：ＳｒｔＣ１欠失ＳＦ３７０  ＧＡＳ細菌の表面におけるＭ１＿１２６（Ｇ）、Ｍ１＿１２８（Ｈ）およびＭ１＿１３０（Ｉ）の発現を検出するためのＦＡＣＳ分析。
【図１８０】Ｍ１表面発現についての、ＳＦ３７０細菌の野生型株（Ａ）およびＬｅｐＡ欠失変異体株（Ｂ）のＦＡＣＳ分析。
【図１８１】抗ＲｒｇＢ抗血清を用いた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４における高分子量ポリマーを検出するウエスタンブロット分析。
【図１８２】Ｓ．ｐｎｕｅｍｏｎｉａｅ  ｒｌｒＡポジティブ株における高分子量ポリマーの検出。
【図１８３】抗ＲｒｇＢ血清を用いた銀染色およびウエスタンブロット分析によるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４における高分子量ポリマーの検出。
【図１８４】Ａ５４９肺胞細胞に付着するＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの能力を干渉するＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４アドヘシンアイランド配列の検出。
【図１８５】細菌表面上に豊富な線毛を示すＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ  ４のネガティブ染色。
【図１８６】細菌表面上に線毛のないことを示すｒｒｇＡ−ｓｒｔＤアドヘシンアイランド配列を欠失した株ＴＩＧＲ４のネガティブ染色。
【図１８７】細菌表面上に豊富な線毛を示すＴＩＧＲ４  ｍｇｒＡ変異体のネガティブ染色。
【図１８８】細菌表面上に線毛のないことを示すアドヘシンアイランド配列ｒｒｇＡ−ｓｒｔＤを欠失したネガティブコントロールＴＩＧＲ４  ｍｇｒＡ変異体のネガティブ染色。
【図１８９】α−ＲｒｇＢ（５ｎｍ）およびα−ＲｒｇＣ（１０ｎｍ）を用いた、血液寒天固形培地上で増殖したＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４の免疫金標識。バーは、２００ｎｍを示す。
【図１９０】ＡおよびＢ：ＳＤＳ−ＰＡＧＥ（Ａ）およびウエスタンブロット分析（Ｂ）によるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＲｒｇＡタンパク質の発現の検出および精製。
【図１９１】マウスにおいて生成された抗体によるＲｒｇＢの検出。
【図１９２】マウスにおいて生成された抗体によるＲｒｇＣの検出。
【図１９３】培養および消化方法によるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ  ４線毛の精製ならびに精製されたＴＩＧＲ４線毛の検出。
【図１９４】ショ糖勾配遠心分離法によるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ  ４線毛の精製ならびに精製されたＴＩＧＲ４線毛の検出。
【図１９５】ゲル濾過法によるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ  ４線毛の精製ならびに精製されたＴＩＧＲ４線毛の検出。
【図１９６Ａ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｂ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｃ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｄ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｅ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｆ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｇ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｈ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｉ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｊ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｋ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｌ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｍ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｎ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｏ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｐ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｑ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｒ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｓ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｔ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｕ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｖ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｗ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｘ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｙ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６Ｚ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＡ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＢ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＣ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＤ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＥ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＦ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＧ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＨ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＩ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＪ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＫ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＬ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９６ＡＭ】１０個のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の完全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列のアラインメント。
【図１９７】Ａ：ＧＢＳ  ＡＩ−１コード配列の構造図。Ｂ：ＡｒａＣとＧＢＳ  ８０との間の遺伝子間領域のヌクレオチド配列（配列番号２７３）。Ｃ：ＡｒａＣとＧＢＳ  ８０との間の遺伝子間領域において異なる長さのポリＡトラクト（ｔｒａｃｔ）を有するＧＢＳ株におけるＧＢＳ  ８０発現についてのＦＡＣＳ分析結果。
【図１９８】アドヘシンアイランドを有する（ｈａｒｂｏｕｒｉｎｇ）他のＧＡＳ血清型と比較した、血清型Ｍ６（ＧＡＳ  ＡＩ−１を有する）アドヘシンアイランドによりコードされる表面タンパク質のパーセント同一性を比較した表。
【図１９９】アドヘシンアイランドを有する他のＧＡＳ血清型と比較した、血清型Ｍ１（ＧＡＳ  ＡＩ−２を有する）アドヘシンアイランドによりコードされる表面タンパク質のパーセント同一性を比較した表。
【図２００Ａ】アドヘシンアイランドを有する他のＧＡＳの血清型と比較した、血清型Ｍ３、Ｍ１８、Ｍ５、およびＭ４９（ＧＡＳ  ＡＩ−３を有する）アドヘシンアイランドによりコードされる表面タンパク質のパーセント同一性を比較した表。
【図２００Ｂ】アドヘシンアイランドを有する他のＧＡＳの血清型と比較した、血清型Ｍ３、Ｍ１８、Ｍ５、およびＭ４９（ＧＡＳ  ＡＩ−３を有する）アドヘシンアイランドによりコードされる表面タンパク質のパーセント同一性を比較した表。
【図２００Ｃ】アドヘシンアイランドを有する他のＧＡＳの血清型と比較した、血清型Ｍ３、Ｍ１８、Ｍ５、およびＭ４９（ＧＡＳ  ＡＩ−３を有する）アドヘシンアイランドによりコードされる表面タンパク質のパーセント同一性を比較した表。
【図２００Ｄ】アドヘシンアイランドを有する他のＧＡＳの血清型と比較した、血清型Ｍ３、Ｍ１８、Ｍ５、およびＭ４９（ＧＡＳ  ＡＩ−３を有する）アドヘシンアイランドによりコードされる表面タンパク質のパーセント同一性を比較した表。
【図２０１】アドヘシンアイランドを有する他のＧＡＳの血清型と比較した、血清型Ｍ１２（ＧＡＳ  ＡＩ−１を有する）アドヘシンアイランドによりコードされる表面タンパク質のパーセント同一性を比較した表。
【図２０２】ＧＢＳ  ８０組換えタンパク質は、上皮細胞と結合しない。
【図２０３】ＧＢＳ  ８０タンパク質の欠失は、ＭＥ１８０頚部上皮細胞と付着し、侵入するＧＢＳの能力に影響しない。
【図２０４】ＧＢＳ  ８０は、細胞外マトリクスタンパク質に結合する。
【図２０５】ＧＢＳ８０ではなくＧＢＳ  １０４タンパク質の欠失は、Ｊ７７４マクロファージ様細胞に侵入するＧＢＳの能力を減少させる。
【図２０６】細菌のＧＢＳ  １０４ノックアウト変異体株は、同質遺伝子野生型株より低い効率で上皮単層を通って移動する。
【図２０７】細菌のＧＢＳ  ８０ノックアウト変異体株は、上皮単層を介して転位する能力を部分的に喪失する。
【図２０８】ＨＵＶＥＣ内皮細胞へのＧＢＳの付着。
【図２０９】野生型、ＧＢＳ  ８０−欠失、またはＧＢＳ  １０４欠失のＣＯＨ１  ＧＢＳの株増殖速度。
【図２１０】ＦＡＣＳ分析による上皮細胞への組換えＧＢＳ１０４タンパク質の結合。
【図２１１】ＧＢＳ株ＣＯＨ１におけるＧＢＳ１０４タンパク質の欠失は、ＭＥ１８０頚部上皮細胞へ付着するＧＢＳの能力を減少させる。
【図２１２】ＧＢＳ  ８０タンパク質を過剰発現するＣＯＨ１株ＧＢＳは、上皮単層を介して転位する能力を損なう。
【図２１３】走査電子顕微鏡は、ＣＯＨ１株ＧＢＳ上のＧＢＳ  ８０タンパク質の過剰発現が、上皮細胞上にマイクロコロニーを形成するＣＯＨ１細菌の能力を増大させることを示す。
【図２１４】共焦点画像化は、ＣＯＨ１株ＧＢＳ上のＧＢＳ  ８０タンパク質の過剰発現が、上皮細胞上にマイクロコロニーを形成するＣＯＨ１細菌の能力を増大させることを示す。
【図２１５】免疫電子顕微鏡法（ｉｍｍｕｎｏ−ｅｌｅｃｔｒｏｎ  ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ）によるＧＢＳ株５１５の表面におけるＧＢＳ  ５９の検出。
【図２１６】免疫電子顕微鏡法によるＧＢＳ株５１５の表面におけるＧＢＳ  ６７の検出。
【図２１７】ＧＢＳ  ６７はフィブロネクチンに結合する。
【図２１８】ウエスタンブロット分析は、両方のＧＢＳ  ＡＩ−２ソルターゼ遺伝子の欠失が、線毛の構築を無効にすることを示す。
【図２１９】ＦＡＣＳ分析は、両方のＧＢＳ  ＡＩ−２ソルターゼ遺伝子の欠失が、線毛の構築を無効にすることを示す。
【図２２０】Ａ−Ｃ：ウエスタンブロット分析は、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  １５０が、高分子量複合体を形成することを示す。
【図２２１】Ａ−Ｃ：ウエスタンブロット分析は、ＧＢＳ  ５９がＧＢＳ  ６７およびＧＢＳ  １５０のポリマー形成に必要とされることを示す。
【図２２２】ＦＡＣＳ分析は、ＧＢＳ  ５９が、ＧＢＳ  ６７の表面露出に必要とされることを示す。
【図２２３】ＧＢＳ  ５１５およびＧＢＳ  ５１５の変異体株におけるＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、またはＧＢＳ  １５０の検出についてのウエスタンブロットの概要。
【図２２４】ＧＢＳ  ５９対立遺伝子改変体の詳細。
【図２２５】ＧＢＳ  ５９は、相同なＧＢＳ  ５９を発現するＧＢＳの株に対してのみオプソニン（ｏｐｓｏｎｉｃ）である。
【図２２６Ａ】異なるＧＢＳ  ５９アイソフォームについて特異的な抗体を用いた、ＧＢＳ  ５９の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果。
【図２２６Ｂ】異なるＧＢＳ  ５９アイソフォームについて特異的な抗体を用いた、ＧＢＳ  ５９の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果。
【図２２７Ａ】ＧＢＳ細菌の種々の４１株に関するＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ５９の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果。
【図２２７Ｂ】ＧＢＳ細菌の種々の４１株に関するＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ５９の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果。
【図２２８】ＣＤＣから得たＧＢＳ細菌の４１株に関するＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ５９の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果。
【図２２９】ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ５９の異なる組合せの予測された免疫原性範囲は、ＧＢＳ細菌の株の全体にわたる。
【図２３０】ＧＢＳ  ５９オプソニン食作用（ｏｐｓｏｎｏｐｈａｇｏｃｙｔｉｃ）活性は、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ３２２およびＧＢＳ  ６７の混合物のオプソニン食作用活性に匹敵する。
【図２３１】Ａ−Ｃ：実施例のハイブリッドＧＢＳ  ＡＩの模式図。
【図２３２】実施例のＧＢＳ  ＡＩの模式図。
【図２３３】ＡおよびＢ：ウエスタンブロットおよびＦＡＣＳ分析は、ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩで形質転換したＬ．ｌａｃｔｉｓの表面におけるＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  ６７の発現を検出する。
【図２３４Ａ−１】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ａ−２】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ｂ−１】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ｂ−２】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ｃ−１】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ｃ−２】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ｄ】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ｅ−１】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３４Ｅ−２】ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩクローニングストラテジー。
【図２３５】α−ＲｒｇＢ（５ｎｍ）およびα−ＲｒｇＣ（１０ｎｍ）で二重に標識した、高倍率のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４線毛。バーは、１００ｎｍを示す。
【図２３６】α−ＲｒｇＢおよびα−ＲｒｇＣにより検出可能な表面上に可視的な線毛のないＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４  ｒｒｇＡ−ｓｒｔＤ欠失変異体の免疫金標識。バーは、２００ｎｍを示す。
【図２３７】株２６０３と株Ｈ３６Ｂとの間のＧＢＳ  ６７アミノ酸配列の変動性。
【図２３８】対立遺伝子Ｉ（２６０３）のＧＢＳ  ６７アミノ酸配列における株変動性。
【図２３９】対立遺伝子ＩＩ（Ｈ３６Ｂ）のＧＢＳ  ６７アミノ酸配列における株変動性。
【発明を実施するための形態】
【０１１８】
（発明の詳細な説明）
他に示さない限り、本発明の実施は、当該分野内の化学、生化学、分子生物学、免疫学および薬理学の従来の方法を用いる。このような技術は、文献に十分に説明される。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．、第１９版（１９９５）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．ＣｏｌｏｗｉｃｋおよびＮ．Ｋａｐｌａｎ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；およびＨａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第Ｉ−ＩＶ巻（Ｄ．Ｍ．ＷｅｉｒおよびＣ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ編、１９８６、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版、１９８９）；Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｄ  Ｃｏｌｌｏｉｄａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｂｉｒｄｉ，Ｋ．Ｓ．編、ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９７）；Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、第４版（Ａｕｓｕｂｅｌら、１９９９、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ）；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ：Ａｎ  Ｉｎｔｅｎｓｉｖｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｃｏｕｒｓｅ、（Ｒｅａｍら編、１９９８、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）；ＰＣＲ（Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  Ｓｅｒｉｅｓ）、第２版（Ｎｅｗｔｏｎ  ＆  Ｇｒａｈａｍ編、１９９７、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ）；ＰｅｔｅｒｓおよびＤａｌｒｙｍｐｌｅ，Ｆｉｅｌｄｓ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（第２版）、Ｆｉｅｌｄｓら（編）、Ｂ．Ｎ．Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ．を参照のこと。
本明細書中に引用される全ての刊行物、特許および特許出願は、その全体が本明細書中に参考として援用される。
【０１１９】
本明細書中で使用される場合、「アドヘシンアイランド（Ａｄｈｅｓｉｎ  Ｉｓｌａｎｄ）」または「ＡＩ」とは、細菌ゲノム（例えば、Ａ群連鎖球菌またはＢ群連鎖球菌あるいは表面タンパク質およびソルターゼの集合体をコードする他のグラム陽性菌についてのゲノム）内の一連のオープンリーディングフレームをいう。アドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質を含むアミノ酸配列をコードし得る。アドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、アドヘシンアイランドは、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、アドヘシンアイランドは、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも１つの２つのソルターゼをコードする。表面タンパク質の１つ以上は、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含み得る。１つ以上のＡＩ表面タンパク質は、グラム陽性菌の表面上の線毛構造物の形成に関与し得る。
【０１２０】
本発明のアドヘシンアイランドは、好ましくは、多岐転写型調節因子を含む（すなわち、転写調節因子は、ＡＩタンパク質オープンリーディングフレーム付近またはＡＩタンパク質オープンリーディングフレームに隣接して位置するが、反対方向に転写される）。転写調節因子は、ＡＩオペロンの発現を調節し得る。
【０１２１】
（ＧＢＳアドヘシンアイランド１）
上記に議論したように、出願人は、数種のＢ群連鎖球菌血清型および単離体のゲノム内に新規のアドヘシンアイランド「アドヘシンアイランド１」、「ＡＩ−１」または「ＧＢＳ  ＡＩ−１」を同定した。ＡＩ−１は、表面タンパク質およびソルターゼ（「ＡＩ−１タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ５個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＡＩ−１は、ＧＢＳ８０、ＧＢＳ１０４、ＧＢＳ５２、ＳＡＧ０６４７およびＳＡＧ０６４８のうちの２つ以上（すなわち、２、３、４または５）をコードするオープンリーディングフレームを含む。１つ以上のＡＩ−１オープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列は、置き換えられたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置き換えられ得る。あるいは、１つ以上のＡＩ−１オープンリーディングフレームは、置き換えられたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置き換えられ得る。
【０１２２】
ＡＩ−１の概略図を図１に示す。ＡＩ−１は、代表的に、ｔｒｍＡについてのオープンリーディングフレーム内に頻繁に挿入される約１６．１ｋｂのトランスポゾン様エレメントに存在する。ＡＩ−１表面タンパク質配列の１つ以上は、代表的に、ＬＰＸＴＧ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））モチーフまたは他のソルターゼ基質モチーフを含む。本発明のＡＩ表面タンパク質は、ＧＢＳ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、ＧＢＳが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ上皮細胞表面と会合し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０１２３】
ＡＩ−１ソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予測される。ＡＩ−１は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＡＩ−１は、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＡＩ−１は、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。ＡＩ−１タンパク質は、好ましくは、ＧＢＳ８０またはそのフラグメントあるいはＧＢＳ８０と配列同一性を有する配列を含む。
【０１２４】
本明細書中で使用される場合、ＬＰＸＴＧモチーフは、少なくとも５つのアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を表す。好ましくは、このモチーフは、第１のアミノ酸位置においてロイシン（Ｌ）、第２のアミノ酸位置においてプロリン（Ｐ）、第４のアミノ酸位置においてトレオニン（Ｔ）および第５のアミノ酸位置においてグリシン（Ｇ）を含む。Ｘによって表される第３の位置は、任意のアミノ酸残基によって占められ得る。好ましくは、Ｘは、リジン（Ｋ）、グルタミン酸（Ｅ）、アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）またはアラニン（Ａ）によって占められる。好ましくは、Ｘ位は、リジン（Ｋ）によって占められる。いくつかの実施形態において、１つの指定したＬＰＸＴＧアミノ酸位置は、別のアミノ酸と置換される。好ましくは、このような置換は、保存的アミノ酸置換を含み、置換されたアミノ酸残基は、除去されたアミノ酸残基と類似の生理学的特性を有することを意味する。遺伝的に、コードされるアミノ酸は、生理学的特性に基づいた４種のファミリー：（１）酸性（アスパラギン酸およびグルタミン酸）、（２）塩基性（リジン、アルギニン、ヒスチジン）、（３）非極性（アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）および（４）無電荷極性（グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニンおよびチロシン）に分けられ得る。フェニルアラニン、トリプトファンおよびチロシンは、時折、芳香族アミノ酸として両方に分類される。例えば、ロイシンのイソロイシンまたはバリンによる、アスパラギン酸のグルタミン酸による、トレオニンのセリンによる単独の置換、あるいは構造的に関連したアミノ酸による同様のアミノ酸の保存的置換は、生物学的活性に大きく影響しないことが合理的に予測可能である。
【０１２５】
ＬＰＸＴＧモチーフの第１のアミノ酸位置は、別のアミノ酸残基で置換され得る。好ましくは、第１のアミノ酸残基（ロイシン）は、アラニン（Ａ）、バリン（Ｖ）、イソロイシン（Ｉ）、プロリン（Ｐ）、フェニルアラニン（Ｆ）、メチオニン（Ｍ）、グルタミン酸（Ｅ）、グルタミン（Ｑ）、またはトリプトファン（Ｙ）残基で置換される。好ましい１つの実施形態において、第１のアミノ酸残基は、イソロイシン（Ｉ）で置換される。
【０１２６】
ＬＰＸＴＧモチーフの第２のアミノ酸残基は、別のアミノ酸残基と置換され得る。好ましくは、第２のアミノ酸残基プロリン（Ｐ）は、バリン（Ｖ）残基と置換される。
【０１２７】
ＬＰＸＴＧモチーフの第４のアミノ酸残基は、別のアミノ酸残基と置換され得る。好ましくは、第４のアミノ酸残基（トレオニン）は、セリン（Ｓ）またはアラニン（Ａ）と置換される。
【０１２８】
一般に、ＬＰＸＴＧモチーフは、アミノ酸配列ＸＸＸＸＧによって表され得、ここで、アミノ酸１位におけるＸは、Ｌ、Ｖ、Ｅ、Ｉ、ＦまたはＱであり；アミノ酸１位におけるＸが、Ｌ、ＩまたはＦである場合、アミノ酸２位におけるＸは、Ｐであり；アミノ酸１位におけるＸがＥまたはＱである場合、アミノ酸２位におけるＸは、Ｖであり；アミノ酸１位におけるＸがＶである場合、アミノ酸２位におけるＸは、ＶまたはＰであり；アミノ酸３位におけるＸは、任意のアミノ酸残基であり；アミノ酸１位におけるＸがＶ、Ｅ、Ｉ、ＦまたはＱである場合、アミノ酸４位におけるＸは、Ｔであり；そしてアミノ酸１位におけるＸがＬである場合、アミノ酸４位におけるＸは、Ｔ、ＳまたはＡである。
【０１２９】
一般に、ＧＢＳ  ＡＩタンパク質のＬＰＸＴＧモチーフは、アミノ酸配列ＸＰＸＴＧによって表わされ得、ここで、アミノ酸１位におけるＸは、Ｌ、ＩまたはＦであり、そしてアミノ酸３位におけるＸは、任意のアミノ酸残基である。ＧＢＳ  ＡＩタンパク質におけるＬＰＸＴＧモチーフのアミノ酸配列の具体的な例としては、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）またはＩＰＸＴＧ（配列番号１３３）が挙げられ得る。
【０１３０】
以下にさらに議論するように、ＬＰＸＴＧモチーフの第４のアミノ酸位置におけるトレオニンは、ＬＰＸＴＧ含有タンパク質と細胞壁前駆物質との間の結合の形成において関与し得る。従って、好ましいＬＰＸＴＧモチーフにおいて、第４のアミノ酸位置におけるトレオニンは、別のアミノ酸と置換されないか、またはトレオニンが置換される場合、置換アミノ酸は、好ましくは、保存的アミノ酸置換（例えば、セリン）である。
【０１３１】
ＬＰＸＴＧモチーフの代わりに、本発明のＡＩ表面タンパク質は、代替のソルターゼ基質モチーフ（例えば、ＮＰＱＴＮ（配列番号１４２）、ＮＰＫＴＮ（配列番号１６８）、ＮＰＱＴＧ（配列番号１６９）、ＮＰＫＴＧ（配列番号１７０）、ＸＰＸＴＧＧ（配列番号１４３）、ＬＰＸＴＡＸ（配列番号１４４）、またはＬＡＸＴＧＸ（配列番号１４５））を含み得る（類似の保存的アミノ酸置換はまた、これらの膜モチーフに対して作製され得る）。
【０１３２】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移反応およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンに組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０１３３】
ＡＩ表面タンパク質は、ソルターゼが触媒するペプチド転移によって線毛に重合化され得る（図４４を参照のこと）。ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間のソルターゼによるＡＩ表面タンパク質の切断は、ソルターゼのチオエステル結合アシル中間体を生じる。多くのＡＩ表面タンパク質は、ソルターゼとＬＰＸＴＧアミノ酸配列とを相互作用するピリンモチーフアミノ酸配列を含む。ピリンモチーフにおける第１のリジン残基は、切断されたＬＰＸＴＧモチーフのアミノ基アクセプターとして役立ち得、それによって、線毛を形成するためにＡＩサブユニット間の共有結合を提供する。例えば、ピリンモチーフは、線毛を形成させて、ソルターゼ酵素を再生するためにＡＩサブユニット間の共有結合を提供するアセチル酵素に対する求核攻撃を作製し得る。ピリンモチーフの例としては、（ＹＰＫＮ（Ｘ１０）Ｋ；配列番号１４６）、（ＹＰＫＮ（Ｘ９）Ｋ；配列番号１４７）、（ＹＰＫ（Ｘ７）Ｋ；配列番号１４８）、（ＹＰＫ（Ｘ１１）Ｋ；配列番号１４９）、（ＰＫＮ（Ｘ９）Ｋ；配列番号１５０）が挙げられ得る。好ましくは、本発明のＡＩ表面タンパク質は、ピリンモチーフアミノ酸配列を含む。
【０１３４】
代表的に、本発明のＡＩ表面タンパク質は、細菌膜にわたる表面タンパク質の転位を促進するためにＮ末端リーダーまたは分泌シグナルを含む。
【０１３５】
Ｂ群連鎖球菌は、ヒトの尿路、下部の胃腸管路、および上部の気道においてコロニー形成することが公知である。頚部上皮細胞株（ＭＥ１８０）のＧＢＳ感染の電子顕微鏡写真は、図２５に示される。これらの写真に示されるように、細菌は、細胞間のタイトジャンクションと密接に会合し、傍細胞経路によって単相を横切るように見える。ＭＥ１８０細胞の類似の傍細胞侵入もまた、図２６の対照写真によって示される。本発明のＡＩ表面タンパク質は、ＧＢＳ細菌が上皮細胞層に付着して転位する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、ＧＢＳが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面と結合し得るか、またはそうでなければ上皮細胞表面と会合し得る。
【０１３６】
出願人は、ＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ１０４が、上皮細胞（例えば、ＭＥ１８０ヒト頚部細胞、Ａ５４９ヒトの肺細胞およびＣａｃｏ２ヒトの腸細胞）と結合し得ることを発見した（図２９および２１０を参照のこと）。さらに、ＧＢＳ株におけるＧＢＳ１０４配列の欠失は、ＭＥ１８０頚部上皮細胞に付着するＧＢＳの能力を減少させる（図３０および２１１を参照のこと）。ＧＢＳ１０４の欠失はまた、Ｊ７７４マクロファージ様細胞に侵入するＧＢＳの能力を減少させる（図３２および２０５を参照のこと）。ＧＢＳ１０４の欠失によってまた、ＧＢＳが上皮細胞単層を通して転位することができなくなる。図２０６を参照のこと。従って、ＧＢＳ１０４タンパク質は、ＭＥ１８０上皮細胞に結合するようであり、上皮細胞およびマクロファージ細胞株に対する付着において役割を有するように見える。
【０１３７】
ＧＢＳ１０４、ＧＢＳ８０についての欠失変異体であるＧＢＳ菌と同様に、ＧＢＳ８０ノックアウト変異体株もまた、上皮単層を通して転位する能力を部分的に損失する。図２０７を参照のこと。ＣＯＨ１細胞におけるＧＢＳ８０またはＧＢＳ１０４の欠失は、ＨＵＶＥＣ上皮細胞への付着を減少させる。図２０８を参照のこと。しかしながら、ＣＯＨ１におけるＧＢＳ８０またはＧＢＳ１０４の欠失は、ＭＥ１８０細胞を用いて、またはインキュベーション培地（ＩＭ）においてＣＯＨ１の増殖に影響しない。図２０９を参照のこと。従って、ＧＢＳ８０およびＧＢＳ１０４の両方は、上皮細胞を通るＧＢＳの転位に関与するように見える。
【０１３８】
ＧＢＳ８０は、上皮細胞に結合しないように見える。ＧＢＳ８０タンパク質の存在下での上皮細胞のインキュベーションに続く抗ＧＢＳ８０ポリクローナル抗体を用いるＦＡＣＳ分析では、上皮細胞へのＧＢＳ８０の結合を検出しなかった。図２０２を参照のこと。さらに、ＧＢＳ８０タンパク質の欠失は、ＧＢＳがＭＥ１８０頚部上皮細胞に付着および侵入する能力に影響しなかった。図２０３を参照のこと。
【０１３９】
好ましくは、表面タンパク質のうちの１つ以上は、１つ以上の細胞外マトリックス（ＥＣＭ）結合タンパク質（例えば、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲン）に結合し得る。図５および２０４ならびに実施例１に示すように、ＧＢＳ８０，ＡＩ−１表面タンパク質のうちの１つは、細胞外マトリックス結合タンパク質のフィブロネクチンおよびフィブリノーゲンに結合し得る。ＧＢＳ８０タンパク質は、特定の上皮細胞に明らかに結合しないか、または頚部上皮細胞に付着もしくは侵入するＧＢＳ菌の能力に影響を与えず（図２７および２８を参照のこと）、野生型株由来のＧＢＳ８０の除去は、株が上皮細胞層を通して転位する能力を減少させる（図３１を参照のこと）。
【０１４０】
ＧＢＳ８０はまた、バイオフィルムの形成に関与し得る。ＧＢＳ８０タンパク質を過剰発現するＣＯＨ１菌は、上皮単層を通して転位するのに十分に機能を果たさない能力を有する。図２１２を参照のこと。ＧＢＳ８０を過剰発現するこれらのＣＯＨ１菌は、上皮細胞に微小コロニーを形成する。図２１３および２１４を参照のこと。これらの微小コロニーは、バイオフィルム発達の始まりであり得る。
【０１４１】
ＡＩ表面タンパク質はまた、以前に同定された付着タンパク質または細胞外マトリックス（ＥＣＭ）結合タンパク質と機能的相同性を示し得る。例えば、ＧＢＳ８０、ＡＩ−１における表面タンパク質は、ＦｉｍＡ、グラム陽性菌Ａ．ｎａｅｓｌｕｎｄｉｉの主要な線毛サブユニットといくつかの機能的相同性を示す。ＦｉｍＡは、唾液タンパク質との結合において関与し、Ａ．ｎａｅｓｌｕｎｄｉｉの表面上の線毛における成分であり得ると考えられる。Ｙｅｕｎｇら（１９９７）Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ６５：２６２９−２６３９；Ｙｅｕｎｇｅら（１９９８）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  ６６：１４８２−１４９１；Ｙｅｕｎｇら（１９９８）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １７０：３８０３−３８０９；およびＬｉら（２００１）ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ６９：７２２４−７２３３を参照のこと。
【０１４２】
類似の機能的相同性もまた、グラム陽性菌Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ（ＳｐａＡ、ＳｐａＤ、およびＳｐａＨ）において線毛形成に関与するＧＢＳ８０とタンパク質との間で同定されている。Ｔｏｎ−Ｔｈａｔら（２００３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｉｇｙ５０（４）：１４２９−１４３８およびＴｏｎ−Ｔｈａｔら（２００４）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｉｇｙ  ５３（１）：２５２−２６１を参照のこと。Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅタンパク質全ては、ＷｘｘｘＶｘＶＹＰＫ（配列番号１５１；ここで、ｘは、種々のアミノ酸残基を示す）のピリンモチーフを含んだ。リジン（Ｋ）残基は特に、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ線毛タンパク質に保存されて、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ線毛構造物に関与するサブユニットのソルターゼが触媒するオリゴマー形成に関与すると考えられる（Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅピリンサブユニットＳｐａＡは、隣接するピリンサブユニットのソルターゼが触媒するアミド結合架橋によって生じると考えられる）。チオエステル結合したソルターゼのアシル中間体は、放出のための求核攻撃を必要とするので、ＳｐａＡピリンモチーフ内の保存されたリジンは、切断された局在化シグナルのアミノ基アクセプターとして機能し得、それによって、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａピリンサブユニットの共有結合を提供する。Ｔｏｎ−Ｔｈａｔら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｉｇｙ（２００３）５０（４）：１４２９−１４３８の図６（ｄ）を参照のこと。
【０１４３】
さらに、保存されたグルタミン酸残基を含む「Ｅボックス（ｂｏｘ）」はまた、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ線毛構築物において重要なものとして、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ線毛関連タンパク質において同定されている。Ｅボックスモチーフは一般に、ＹｘＬｘＥＴｘＡＰｘＧＹ（配列番号１５２；ここで、ｘは、種々のアミノ酸残基を示す）を含む。特に、Ｅボックス内の保存されたグルタミン酸残基は、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ線毛形成において必要であると考えられる。
【０１４４】
好ましくは、免疫原性組成物のＡＩ−１ポリペプチドは、Ｅボックスモチーフを含む。ＡＩ−１ポリペプチドにおけるＥボックスモチーフのいくつかの例としては、アミノ酸配列ＹｘＬｘＥｘｘｘｘｘＧＹ（配列番号１５３）、ＹｘＬｘＥｘｘｘＰｘＧＹ（配列番号１５４）、またはＹｘＬｘＥＴｘＡＰｘＧＹ（配列番号１５２）が挙げられ得る。具体的には、ポリペプチドのＥボックスモチーフは、アミノ酸配列ＹＫＬＫＥＴＫＡＰＥＧＹ（配列番号１５５）、ＹＶＬＫＥＩＥＴＱＳＧＹ（配列番号１５６）またはＹＫＬＹＥＩＳＳＰＤＧＹ（配列番号１５７）を含み得る。
【０１４５】
以下により詳細に記載するように、保存されたリジン残基を含有するピリンモチーフおよび保存されたグルタミン残基を含有するＥボックスモチーフは、ＧＢＳ８０において同定されている。
【０１４６】
以前の刊行物は、線毛様構造物が、ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉの表面に形成され得ると推測している（例えば、Ｔｏｎ−Ｔｈａｔら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｉｇｙ（２００３）５０（４）：１４２９−１４３８を参照のこと）が、これらの構造物は、疑いに対してそのような推測を投げかけるネガティブ染色（非特異的）電子顕微鏡写真において以前に可視化されていなかった。例えば、図３４は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、ＧＢＳ８０の過剰発現を促進する挿入されたプラスミドを有するＣＯＨ１単離株の電子顕微鏡写真を示す。このＥＭ写真は、標準的なネガティブ染色（線毛構造物が区別されない）で作製された。さらに、グラム陽性菌に対する感染を処置または予防するための免疫原性組成物におけるこのようなＡＩ表面タンパク質の使用は、以前に記載されていなかった。
【０１４７】
驚くべきことに、出願人は、現在、電子顕微鏡写真において可視化できる表面に露出した線毛形成物においてＧＢＳ８０の存在を同定した。これらの構造物は、電子顕微鏡写真が、ＡＩ表面タンパク質（例えば、ＧＢＳ８０）に対して特異的に染色される場合にのみ可視化できる。これらの電子顕微鏡写真の例を図１１、１６および１７に示し、これは、野生型ＣＯＨ１  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅにおいて線毛構造物の存在を明らかにする。これらの電子顕微鏡写真の他の例を図４９に示し、これは、ＧＢＳ８０が、Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅ、ＪＭ９０３００１３野生型の臨床単離体において線毛を伴うことを示す（図４９を参照のこと）。
【０１４８】
本出願人はまた、変異体ＧＢＳ株を構築した。この変異体は、この変異体中のＧＢＳ  ８０の過剰発現を生じるＧＢＳ  ８０を含むプラスミドを含む。図１３〜１５の電子顕微鏡写真もまた、ＧＢＳ  ８０に対して染色される。これらは、上記細菌の表面の部分を覆ってその上清中へと遠く延びるようである、ＧＢＳ  ８０を含む長いオリゴマー構造物を示す。
【０１４９】
ある場合には、ＧＢＳ上での線毛構造物の形成は、ＧＢＳ  ８０の表面発現に相関するようである。図６１は、抗ＧＢＳ  ８０抗血清を使用する、細菌ＣＯＨ１株およびＪＭ９１３００１３株におけるＧＢＳ  ８０表面レベルのＦＡＣ分析を提供する。抗ＧＢＳ  ８０抗血清を使用するＣＯＨ１細菌およびＪＭ９１３００１３細菌の免疫金電子顕微鏡法は、ＪＭ９１３００１３細菌（これは、ＧＢＳ  ８０表面発現に関して、より高い値を有する）もまた、より長い線毛構造物を形成することを示した。
【０１５０】
ＧＢＳにおけるＧＢＳ  ８０の表面露出は、一般的には、夾膜依存性ではない。図６２は、抗ＧＢＳ  ８０抗体および抗ＧＢＳ  ３２２抗体を用いて分析した、夾膜ＧＢＳおよび非夾膜ＧＢＳのＦＡＣＳ分析を提供する。ＧＢＳ  ８０の表面露出は、ＧＢＳ  ３２２とは異なり、夾膜依存性ではない。
【０１５１】
アドヘシンアイランド表面タンパク質（例えば、ＧＢＳ  ８０）ならびにアドヘシンアイランドソルターゼは、線毛形成のために必要であるようである。線毛は、ＧＢＳ  ８０を過剰発現するがＧＢＳ１０４を欠くＣｏｈ１細菌クローン中、またはＡＩ−１ソルターゼｓａｇ０６４７もしくはｓａｇ０６４８のうちの１つを過剰発現するＣｏｈ１細菌クローン中で、形成される。しかし、線毛は、ＧＢＳ  ８０を過剰発現し、かつｓａｇ０６４７およびｓａｇ０６４８の両方を欠如するＣｏｈ１細菌クローンにおいては、形成されない。従って、例えば、少なくともＧＢＳ  ８０と、ソルターゼ（ｓａｇ０６４７またはｓａｇ０６４８）とが、線毛形成のために必要であり得るようである（図４８を参照のこと）。ＧＢＳ  ５１５株（ＡＩ−１を欠如する）におけるＧＢＳ  ８０の過剰発現はまた、ＧＢＳ  ８０を線毛へとアセンブルさせる。ＧＢＳ  ５１５株は、ＡＩ−２を含み、従って、ＡＩ−２ソルターゼを含む。ＧＢＳ  ５１５株におけるＡＩ−２ソルターゼは、明らかに、ＧＢＳ  ８０を線毛へとポリマー化する（図４２を参照のこと）。ＧＢＳ  ６７発現についてノックアウトされているＧＢＳ  ５１５株細胞におけるＧＢＳ  ８０の過剰発現もまた、明らかに、ＧＢＳ  ８０を線毛へとポリマー化する（図７２を参照のこと）。
【０１５２】
ＧＢＳ  ８０は、ＧＢＳ  ＡＩ−１線毛形成のために必要であるようであるが、ＧＢＳ  １０４およびソルターゼＳＡＧ０６４８は、効率的なＡＩ−１線毛アセンブリのために重要であるようである。例えば、高分子構造物は、遺伝子破壊が原因でＧＢＳ  ８０の発現を欠く同系遺伝子型ＣＯＨ１株においてはアセンブルされず、ＧＢＳ  １０４の発現を欠く同系遺伝子型ＣＯＨ１株においてそれほど効率的にはアセンブリされない（図４１を参照のこと）。このＧＢＳ株は、共有結合されたＧＢＳ  ８０サブユニットとＧＢＳ  １０４サブユニットとから構成される、高分子量線毛構造物を含む。さらに、ＣＯＨ１細菌におけるＳＡＧ０６４８の欠失は、上記の高分子量線毛構造物のうちのいくつかのアセンブリを妨害する。従って、ＳＡＧ０６４８が、これらの線毛種のアセンブリにおいて一定の役割を果たすことを示す（図４１を参照のこと）。
【０１５３】
電子顕微鏡（ＥＭ）写真により、増加したＧＢＳ  ８０発現について適合されたＧＢＳ株のハイパーオリゴマー構造物内にＡＩ表面タンパク質ＧＢＳ  １０４が含まれることが確認される（図３４〜４１および実施例６を参照のこと）。野生型の血清型ＶＩＩＩ  ＧＢＳ株であるＪＭ９０３００１３株において、ＩＥＭは、ＧＢＳ  １０４を、その細菌表面上でクラスターを形成するものとして同定する（図５０を参照のこと）。
【０１５４】
ＧＢＳ  ５２はまた、ＧＢＳ線毛の成分であるようである。Ｃｏｈ１の総細胞抽出物およびＧＢＳ  ５２ヌル変異体Ｃｏｈ１の総細胞抽出物に対して抗ＧＢＳ  ８０抗血清を使用するイムノブロットは、ＧＢＳ  ５２ヌル変異体Ｃｏｈ１株に対するＣｏｈ１野生型株において検出されるタンパク質のシフトを示す。シフトしたタンパク質はまた、抗ＧＢＳ  ５２抗血清を用いて野生型Ｃｏｈ１細菌において検出された。これは、ＧＢＳ  ５２が、線毛において存在し得ることを示す（図４５を参照のこと）。
【０１５５】
一実施形態において、本発明は、ＡＩ表面タンパク質（例えば、ＧＢＳ  ８０）を含むオリゴマー線毛様構造物を含む組成物を包含する。上記のオリゴマー線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数の単位を含み得る。好ましくは、上記のオリゴマー線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。なおより好ましくは、上記オリゴマー線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３、１４個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１２０個、１４０個、１５０個、２００個、またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマー線毛様構造物を含み、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。上記オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合され得る。上記オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して（好ましくは、そのスレオニンアミノ酸残基を介して）共有結合され得る。
【０１５６】
本発明のオリゴマー線毛様構造物中に組み込まれるべきＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、保存されたリジン残基を含むピリンモチーフと、保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスモチーフとのうちの１つまたは両方を含む。
【０１５７】
１つよりも多いＡＩ表面タンパク質が、本発明のオリゴマー線毛様構造物中に存在し得る。例えば、ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４が、オリゴマー構造物中に組み込まれ得る。あるいは、ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  ５２が、オリゴマー構造物中に組み込まれ得るか、またはＧＢＳ８０と、ＧＢＳ  １０４と、ＧＢＳ  ５２とが、オリゴマー構造物中に組み込まれ得る。
【０１５８】
別の実施形態において、本発明は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む組成物を包含する。上記組成物は、同じアドヘシンアイランドに由来する表面タンパク質を含み得る。例えば、上記組成物は、２つ以上のＧＢＳ  ＡＩ−１表面タンパク質（例えば、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、およびＧＢＳ  ５２）を含み得る。上記表面タンパク質は、グラム陽性細菌から単離され得るか、または組換え産生され得る。
【０１５９】
上記オリゴマー線毛様構造物は、単独で使用され得るか、または本発明の組み合わせの状態で使用され得る。一実施形態において、本発明は、オリゴマー形態（好ましくは、ハイパーオリゴマー形態）であるＧＢＳアドヘシンアイランドタンパク質を含む。一実施形態において、本発明は、１つ以上のＧＢＳアドヘシンアイランド１（「ＡＩ−１」）タンパク質と、１つ以上のＧＢＳアドヘシンアイランド２（「ＡＩ−２」）タンパク質とを含む、組成物を包含し、そのアドヘシンアイランドタンパク質のうちの１つ以上は、オリゴマーの形態であり、好ましくはハイパーオリゴマー形態である。
【０１６０】
本発明のオリゴマー線毛様構造物は、１つ以上のさらなるＧＢＳタンパク質と組み合わされ得る。一実施形態において、上記オリゴマー線毛様構造物は、１つ以上のＡＩ表面タンパク質を、第二のＧＢＳタンパク質と組み合わせて含む。上記第二のＧＢＳタンパク質は、公知のＧＢＳ抗原（例えば、ＧＢＳ  ３２２（一般的には「ｓｉｐ」と呼ばれる）またはＧＢＳ２７６）であり得る。血清型Ｖ単離株２６０３  Ｖ／Ｒから配列決定されたＧＢＳ３２２のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が、ＷＯ  ０２／３５７７１において配列番号８５３９および配列番号８５４０として示されており、本明細書において、配列番号３８および配列番号３９として示される。特に好ましいＧＢＳ  ３２２ポリペプチドは、Ｎ末端シグナルペプチド（アミノ酸残基１〜２４）を欠く。好ましいＧＢＳ  ３２２ポリペプチドの例は、４０７アミノ酸フラグメントであり、配列番号４０に示される。好ましいＧＢＳ  ３２２ポリペプチドの例は、２００４年９月１５日に出願されＷＯ２００５／００２６１９として公開されたＰＣＴ／ＵＳ０４／＿（代理人整理番号ＰＰ２０６６５．００２）（本明細書中に参考として援用される）にさらに記載される。
【０１６１】
本発明のＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質と組み合わされ得るさらなるＧＢＳタンパク質もまた、ＷＯ２００５／００２６１９に記載される。これらのＧＢＳタンパク質としては、ＧＢＳ  ９１、ＧＢＳ  １８４、ＧＢＳ  ３０５、ＧＢＳ  ３３０、ＧＢＳ  ３３８、ＧＢＳ  ３６１、ＧＢＳ  ４０４、ＧＢＳ  ６９０、およびＧＢＳ  ６９１が挙げられる。
【０１６２】
本発明のＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質と組み合わされ得るさらなるＧＢＳ  タンパク質が、ＷＯ  ０２／３４７７１に記載されている。
【０１６３】
本発明のＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質と組み合わされ得るＧＢＳ多糖が、ＷＯ  ２００４／０４１１５７に記載されている。例えば、本発明のＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質は、血清型Ｉａ、血清型Ｉｂ、血清型Ｉａ／ｃ、血清型ＩＩ、血清型ＩＩＩ、血清型ＩＶ、血清型Ｖ、血清型ＶＩ、血清型ＶＩＩ、および血清型ＶＩＩＩからなる群より選択されるＧＢＳ多糖と組み合わされ得る。
【０１６４】
上記オリゴマー線毛様構造物は、細菌培養物から単離または精製され得、その培養物において、その細菌は、ＡＩ表面タンパク質を発現する。従って、本発明は、オリゴマーＡＩ表面抗原を製造するための方法を包含し、この方法は、上記のオリゴマーＡＩタンパク質を発現するＧＢＳ細菌を培養する工程；および当該ＧＢＳ細菌から発現されたオリゴマーＡＩタンパク質を単離する工程；を包含する。上記ＡＩタンパク質は、その上清中への分泌物から収集され得るか、またはその細菌の表面から精製され得る。上記方法は、上記の発現されたＡＩタンパク質の精製をさらに包含し得る。好ましくは、上記ＡＩタンパク質は、ハイパーオリゴマー形態である。オリゴマー線毛と会合している高分子構造物が、培養されたＧＢＳ株Ｃｏｈ１の上清中で観察される（図４６を参照のこと）。これらの線毛は、培養されたＣｏｈ１細菌のすべての増殖期において上清中で見出される（図４７を参照のこと）。
【０１６５】
オリゴマーである、線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質を過剰発現する細菌培養物から単離または精製され得る。従って、本発明は、オリゴマーアドヘシンアイランド表面抗原を製造するための方法を含み、この方法は、増加されたＡＩタンパク質発現およびＧＢＳ細菌由来の発現されたオリゴマーアドヘシンアイランドタンパク質の単離のために適合されたＧＢＳ細菌を培養する工程を包含する。ＡＩタンパク質は、上清中への分泌物から収集され得るか、または細菌表面から精製され得る。この方法はさらに、発現されたアドヘシンアイランドの精製を含む。好ましくは、アドヘシンアイランドタンパク質は、ハイパーオリゴマー形態である。
【０１６６】
ＧＢＳ細菌は、好ましくは、少なくとも２（例えば、２、３、４、５、８、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０または２００）倍の野生型発現レベルまでＡＩタンパク質発現を増加させるように適合される。
【０１６７】
ＧＢＳ細菌は、遺伝子量を増加させる方法および遺伝子アップレギュレーションの方法を含む、当該分野に公知の任意の手段によってＡＩタンパク質発現を増加させるように適合され得る。このような方法としては、例えば、ＡＩタンパク質をコードするプラスミドでのＧＢＳ細菌の形質転換が挙げられる。このプラスミドは、強力なプロモーターを含み得るか、またはＡＩタンパク質をコードする配列の複数のコピーを含み得る。必要に応じて、ＧＢＳ細菌ゲノム内のＡＩタンパク質をコードする配列は、欠失され得る。あるいは、またはさらに、ＧＢＳアドヘシンアイランドを調節するプロモーターは、発現を増加させるように改変され得る。
【０１６８】
ＧＢＳ  ＡＩ−１を有するＧＢＳ細菌はまた、ＡｒａＣとＧＢＳ８０との間の遺伝子間領域の２つの部位に存在するアデノシンヌクレオチドの数を変化させることによってＡＩタンパク質発現を増加させるように適合され得る。図１９７Ａ（これは、ＧＢＳ  ＡＩ−１の構成を示す概略図である）および図１９７Ｂ（これは、ＡＩにおけるＡｒａＣとＧＢＳ８０との間の遺伝子間領域の配列を提供する）を参照のこと。ＧＢＳ８０表面発現に影響を与えるものとして出願人が同定したアデノシン経路は、図１９７Ｂに示される配列（配列番号２７３）のヌクレオチド１８７位および２３３位に存在する。出願人は、１８７位において４つのアデノシン、２３３位において６つのアデノシン、１８７位において５つのアデノシン、２３３位において６つのアデノシン、１８７位において５つのアデノシンおよび２３３位において７つのアデノシンを有するＧＢＳ細菌の株においてＧＢＳ８０表面発現に対するこれらのアデノシン経路の影響を決定した。抗ＧＢＳ８０抗血清を用いるこれらの株のＦＡＣＳ分析によって、１８７位において５つのアデノシンおよび２３３位において６つのアデノシンを有する遺伝子間領域が、他の株よりそれらの表面においてＧＢＳ８０のより高い発現レベルを有することが決定された。ＦＡＣＳ分析から得られる結果について図１９７Ｃを参照のこと。従って、ＡｒａＣおよびＧＢＳ８０遺伝子間領域の１８７位および２３３位に存在するアデノシンの数を操作することはさらに、ＧＢＳがＡＩタンパク質発現を増加させるように適合させるために使用され得る。
【０１６９】
本発明はさらに、増加されたレベルのＡＩ表面タンパク質を生成するために適合されたＧＢＳ細菌を含む。特に、本発明は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマーのＡＩ表面タンパク質（例えば、ＧＢＳ８０）を生成するために適合されたＧＢＳ細菌を含む。１つの実施形態において、本発明のグラム陽性菌は、その表面に露出したＡＩ表面タンパク質を有する完全な細菌のインビボでの送達を可能にするために不活性化または弱毒化される。
【０１７０】
本発明はさらに、ＧＢＳ細菌の表面の線毛に組み込まれた増加されたレベルの発現されたＡＩタンパク質を有するように適合されたＧＢＳ細菌を含む。ＧＢＳ細菌は、シグナルペプチダーゼポリペプチドの発現レベルを増加させることによって、その表面にオリゴマーまたはハイパーオリゴマーのＡＩタンパク質の増加された露出を有するように適合され得る。グラム陽性菌における局所シグナルペプチダーゼ（例えば、ＧＡＳにおけるＬｅｐＡ）発現の増加されたレベルは、グラム陽性菌の表面の線毛タンパク質の増加された露出の結果と予想される。ＧＢＳにおけるリーダーペプチダーゼの増加された発現は、当該分野における公知の任意の手段（例えば、遺伝子量の増加）および遺伝子アップレギュレーションの方法によって達成され得る。リーダーペプチダーゼの増加されたレベルを有するように適合されたＧＢＳ細菌はさらに、増加されたレベルの少なくとも１つの線毛タンパク質を発現するように適合され得る。
【０１７１】
あるいは、本発明のＡＩタンパク質は、非病原性グラム陽性菌（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ（例えば、Ｂｙｒｄら、「Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｃｏ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｂｙ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｖｅｃｔｏｒｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００２）２０：２１９７−２２０５を参照のこと））またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（例えば、Ｍａｎｎａｍら、「Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｍａｄｅ  ｆｒｏｍ  Ｌｉｖｅ，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｌａｃｔｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  Ｐｒｏｔｅｃｔｓ  Ｍｉｃｅ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｐｈａｒａｎｇｅａｌ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ」Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（６）：３４４４−３４５０を参照のこと））の表面に発現され得る。本明細書中で使用される場合、非病原性グラム陽性菌とは、ヒト宿主被験体と適合可能であり、ヒト病原性と関連しないグラム陽性菌をいう。好ましくは、非病原性菌は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマー形態においてＡＩ表面タンパク質を発現するように改変される。ＡＩ表面タンパク質および必要に応じて、ＡＩソルターゼをコードする配列は、非病原性グラム陽性菌の細菌ゲノム内に組み込まれ得るか、またはプラスミド内に挿入され得る。非病原性グラム陽性菌は、その表面に露出したＡＩ表面タンパク質を有する完全な細菌のインビボでの送達を容易にするために不活性化され得るか、または弱毒化され得る。あるいは、ＡＩ表面タンパク質は、非病原性グラム陽性菌の細菌培養物から単離または精製され得る。例えば、ＡＩ表面タンパク質は、細胞抽出物または培養上清から単離され得る。あるいは、ＡＩ表面タンパク質は、非病原性グラム陽性菌の表面から単離または精製され得る。
【０１７２】
非病原性グラム陽性菌は、本明細書中に記載される任意のグラム陽性菌のアドヘシンアイランドタンパク質（ＧＢＳアドヘシンアイランド、ＧＡＳアドヘシンアイランド、またはＳ  ｐｎｅｕｍｏアドヘシンアイランド由来のタンパク質が挙げられる）を発現するために使用され得る。非病原性グラム陽性菌は、アドヘシンアイランド表面タンパク質を発現するように形質転換される。好ましくは、非病原性グラム陽性菌はまた、少なくとも１つのアドヘシンアイランドソルターゼを発現する。本発明のＡＩ形質転換された非病原性グラム陽性菌は、病原性グラム陽性菌（例えば、ＧＢＳ、ＧＡＳまたはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の感染を予防または処置するために使用され得る。非病原性グラム陽性菌は、非病原性グラム陽性菌のゲノム内にコードされたアドヘシンアイランドタンパク質をさらに含むオリゴマー形態においてグラム陽性菌のアドヘシンアイランドタンパク質を発現し得る。
【０１７３】
出願人は、Ｌ．ｌａｃｔｉｓを改変して、それが、ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドを発現し得ることを示した。Ｌ．ｌａｃｔｉｓは、それ自身のプロモーターおよびターミネーター配列の下でＧＢＳ８０をコードする構築物で形質転換された。形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓは、抗ＧＢＳ８０抗血清を用いるウエスタンブロット分析によって示されるように、ＧＢＳ８０を発現するように見える。図１３３Ａおよび１３３Ｂに提供されるウエスタンブロットのレーン６および７を参照のこと（１３３Ａおよび１３３Ｂは、同じウエスタンブロットの２つの異なる露出である）。実施例１３もまた参照のこと。
【０１７４】
出願人はまた、Ｌ．ｌａｃｔｉｓをＧＢＳ８０プロモーターおよびターミネーター配列の下でＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドＧＢＳ８０、ＧＢＳ５２、ＳＡＧ０６４７、ＳＡＧ０６４８、およびＧＢＳ１０４をコードする構築物で形質転換した。これらのＬ．ｌａｃｔｉｓは、免疫ブロット法において抗ＧＢＳ８０と免疫反応性である高分子量構造物を発現した。図１３４、レーン２を参照のこと（これは、完全な形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓ抽出物においてＧＢＳ８０モノマーおよび高分子量ポリマーの検出を示す）。従って、これは、Ｌ．ｌａｃｔｉｓが、オリゴマー形態においてＧＢＳ８０を発現し得るように見える。高分子量ポリマーは、Ｌ．ｌａｃｔｉｓ抽出物においてだけでなく、培養物上清においてもまた検出された。図１３５のレーン４を参照のこと。実施例１４もまた参照のこと。従って、オリゴマー形態におけるＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、Ｌ．ｌａｃｔｉｓ細胞抽出物または培養上清のいずれかから単離および精製され得る。これらのオリゴマー形態は、例えば、超音波処理による遊離によって細胞抽出物または培養上清から単離され得る。図１３６ＡおよびＢを参照のこと。図１７１（これは、超音波処理およびＳｅｐｈａｃｒｙｌ  ＨＲ４００カラムでのゲル濾過後のＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓの全抽出物のＧＢＳ線毛の精製を示す）もまた参照のこと。
【０１７５】
さらに、ＧＢＳ８０プロモーターおよびターミネーター配列の下でＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドＧＢＳ８０、ＧＢＳ５２、ＳＡＧ０６４７、ＳＡＧ０６４８、およびＧＢＳ１０４をコードする構築物で形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓは、その表面にＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドを発現した。これらの形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓのＦＡＣＳ分析によって、ＧＢＳ８０およびＧＢＳ１０４の両方の細胞表面発現が検出された。形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓにおけるＧＢＳ８０およびＧＢＳ１０４の表面発現レベルは、ＧＢＳ株ＣＯＨ１およびＪＭ９１３００１３（これは、自然にＧＢＳ  ＡＩ−１を発現する）におけるＧＢＳ８０およびＧＢＳ１０４の表面発現レベルと同様であった。抗ＧＢＳ８０およびＧＢＳ１０４抗血清を用いるＧＢＳ  ＡＩ−１および野生型ＪＭ９１３００１３菌での形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓに関するＦＡＣＳ分析データについて図１６９を参照のこと。表４０は、抗ＧＢＳ８０および抗ＧＢＳ１０４抗血清を用いて形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓ、ＣＯＨ１およびＪＭ９１３００１３菌のＦＡＣＳ分析の結果を提供する。提供される数は、各細菌株について得られた免疫血清対免疫前血清について計算された平均蛍光値の相違を示す。
【０１７６】
【表４０】
2011206061.tif 000002
抗ＧＢＳ８０一次抗体で行った免疫金−電子顕微鏡検査は、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓ菌の表面に線毛構造物の存在を検出し、ＦＡＣＳ分析の結果を確認した。図１６８ＢおよびＣを参照のこと。興味深いことには、Ｌ．ｌａｃｔｉｓの表面のＧＢＳ線毛のこの発現は、Ｌ．ｌａｃｔｉｓ凝集を誘発した。図１７０を参照のこと。従って、ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドはまた、Ｌ．ｌａｃｔｉｓの表面から単離および精製され得る。Ｌ．ｌａｃｔｉｓの表面にＧＢＳ  ＡＩポリペプチドを発現するＬ．ｌａｃｔｉｓの能力はまた、ＧＢＳ  ＡＩ抗原を送達するための宿主として有用であり得ることを示す。
【０１７７】
実際、ＧＢＳ  ＡＩ−１で形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓでのマウスの免疫は、ＧＢＳでのその後のチャレンジに対して防御した。雌性マウスは、ＧＢＳ  ＡＩ−１で形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫された。免疫された雌性マウスは、仔を産み、それらの仔は、免疫されていない仔の９０％を殺傷するのに十分なＧＢＳの用量でチャレンジされた。形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓでのマウスの鼻腔内および皮下免疫についての詳細なプロトコルは、それぞれ実施例１８および１９に見出され得る。表４３は、ＧＢＳ  ＡＩ−１（ＬＬ−ＡＩ  １）を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓでの雌性マウスの免疫を示すデータを提供し、ネガティブＰＢＳコントロール（ＰＢＳ）およびネガティブＬ．ｌａｃｔｉｓコントロール（ＬＬ  １０  Ｅ９（これは、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されていない野生型のＬ．ｌａｃｔｉｓである））両方と比較してチャレンジされた仔の生存率を非常に増加することを示すデータを提供した。
【０１７８】
【表４３】
2011206061.tif 000003
表５１は、ＧＢＳ  ＡＩ−１で形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓでのマウスの免疫がＧＢＳに対して防御するさらなる証拠を提供する。
【０１７９】
【表５１】
2011206061.tif 000004
ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫されたマウスの防御は、新しく惹起された抗体反応に少なくとも部分的に起因する。表４６は、抗ＧＢＳ８０抗体力価が、上記のようにＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫されたマウスの血清に検出されることを提供する。ＧＢＡ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫されたマウスは、抗ＧＢＳ８０抗体力価を有し、これは、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されていないＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫されたマウスにおいて観測されない。さらに、生存データから予測されるように、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓで皮下免疫されたマウスは、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓで鼻腔内免疫されたマウスより顕著に高い血清抗ＧＢＳ８０抗体力価を有する。
【０１８０】
【表４６】
2011206061.tif 000005
ＩｇＡアイソタイプの抗ＧＢＳ８０抗体は、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで皮下または鼻腔内免疫されたマウスの種々の体液において特異的に検出した。
【０１８１】
【表４７】
2011206061.tif 000006
さらに、オプソニンファゴサイトーシスアッセイはまた、ＧＢＳ  ＡＩ  １を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓに対して生成される抗血清のうちの少なくとも一部は、ＧＢＳに対するオプソニンであることを実証した。図１６１を参照のこと。
【０１８２】
多数の株および血清型にわたってＧＢＳに対する防御を得るために、Ｌ．ｌａｃｔｉｓを、ＧＢＳ  ＡＩ−１およびＧＢＳ  ＡＩ−２の両方をコードする組換えＧＢＳ  ＡＩ（すなわち、ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩ）で形質転換することが、可能である。例として、ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩは、ＧＢＳ  １０４遺伝子がＧＢＳ  ６７遺伝子で置換されているＧＢＳ  ＡＩ−１であり得る。そのようなハイブリッドＧＢＳ  ＡＩの模式図が、図２３１Ａに示される。ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩは、あるいは、ＧＢＳ  ５２遺伝子がＧＢＳ  ５９遺伝子で置換されているＧＢＳ  ＡＩ−１であり得る。図２３１Ｂの模式図を参照のこと。あるいは、ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩは、ＧＢＳ  ５２遺伝子がＧＢＳ  ５９ポリペプチドで置換されており、かつＧＢＳ  ５９をコードする遺伝子および２つのＧＢＳ  ＡＩ−２ソルターゼをコードする遺伝子がＧＢＳ  １０４遺伝子で置換されている、ＧＢＳ  ＡＩ−１であり得る。ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩの別の例は、ＧＢＳ  ５２遺伝子がＧＢＳ  ５９遺伝子で置換されておりかつＧＢＳ  １０４遺伝子がＧＢＳ  ６７で置換されている、ＧＢＳ  ＡＩ−１である。図２３２の模式図を参照のこと。ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩのさらなる例は、ＧＢＳ  ５９遺伝子およびＧＢＳ  ＡＩ−２ソルターゼをコードする遺伝子を、ＧＢＳ  ５２遺伝子の代わりに有する、ＧＢＳ  ＡＩ−１である。ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩのなお別の例は、ＧＢＳ  ５２またはＧＢＳ  １０４のいずれかが、ＧＢＳ  ３２２と、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、またはＧＢＳ  １５０のうちの１つとを含む融合タンパク質で置換されている、ＧＢＳ  ＡＩ−１である。これらのハイブリッドＧＢＳ  ＡＩのうちの一部は、図２３４Ａ〜２３４Ｆにおいて概略されているように調製され得る。
【０１８３】
本出願人は、図２３１Ａに示されるＧＢＳ  １０４遺伝子をＧＢＳ６７コード配列で置換しているＧＢＳ  ＡＩ−１配列を有するハイブリッドＧＢＳ  ＡＩを調製した。Ｌ．ｌａｃｔｉｓをハイブリッドＧＢＳ  ＡＩ−１で形質転換すると、ＧＢＳ  ８０タンパク質とＧＢＳ  ６７タンパク質とを含む高分子量ポリマーのＬ．ｌａｃｔｉｓ発現を生じた。図２３３Ａ（これは、図２３１Ａに示されるハイブリッドＧＢＳ  ＡＩで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓのウェスタンブロット分析を提供する）を参照のこと。ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓを、ＧＢＳ  ８０に対する抗体またはＧＢＳ  ６７に対する抗体でプロービングした場合、高分子量構造物が、検出された。α−８０イムノブロットおよびα−６７イムノブロットの両方における、ＬＬ＋ａ）と標識されるレーンを参照のこと。ＧＢＳ  ８０タンパク質およびＧＢＳ  ６７タンパク質は、ＦＡＣＳ分析によりＬ．ｌａｃｔｉｓの表面上に存在することが確認された。図２３３Ｂ（これは、ＧＢＳ８０表面発現およびＧＢＳ  ６７表面発現を検出するためにＧＢＳ  ８０抗体およびＧＢＳ  ６７抗体が使用される場合の蛍光のシフトを示す）を参照のこと。同じ蛍光シフトは、Ｌ．ｌａｃｔｉｓコントロール細胞（ハイブリッドＧＢＳ  ＡＩで形質転換されていない細胞）において観察されなかった。
【０１８４】
あるいは、上記のオリゴマー線毛様構造物は、組換え生成され得る。組換え宿主細胞系において生成される場合、ＡＩ表面タンパク質は、好ましくは、本発明のＡＩソルターゼのうちの１つ以上の発現と協調して発現される。そのようなＡＩソルターゼは、ＡＩ表面タンパク質サブユニットのオリゴマー形成またはハイパーオリゴマー形成を促進する。
【０１８５】
本発明のＡＩソルターゼは、代表的には、最初の７０アミノ酸残基内にシグナルペプチド配列を有する。これらはまた、Ｃ末端の５０アミノ酸残基内に膜貫通配列を含み得る。上記ソルターゼはまた、最後の８アミノ酸内に少なくとも１つの塩基性アミノ酸残基を含み得る。好ましくは、上記ソルターゼは、１つ以上の活性部位残基（例えば、触媒性システインおよび触媒性ヒスチジン）を有する。
【０１８６】
図１に示されるように、ＡＩ−１は、表面に露出したＧＢＳ  ８０タンパク質、表面に露出したＧＢＳ  ５２タンパク質、および表面に露出したＧＢＳ  １０４タンパク質、ならびにソルターゼＳＡＧ０６４７およびソルターゼＳＡＧ０６４８を含む。ＡＩ−１は、代表的には、ｔｒｍＡ遺伝子の３’末端中への挿入として存在する。
【０１８７】
ＡＩ−１タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＡＩ−１はまた、多岐転写型転写調節因子（例えば、ａｒａＣ）を含み得る（すなわち、その転写因子は、ＡＩタンパク質オープンリーディングフレームの近傍に位置するかまたはそれに隣接して位置するが、この転写調節因子は、反対方向に転写される）。ａｒａＣは、ＡＩオペロンの発現を調節し得ることが、考えられる。（Ｅ．ｃｏｌｉにおいて多岐転写型調節因子の考察については、Ｋｏｒｂｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２００４）２２（７）：９１１〜９１７を参照のこと）。
【０１８８】
ＡＩ−１はまた、ｒｈｏ独立転写ターミネーターをコードする配列を含み得る（図１におけるヘアピン構造を参照のこと）。アドヘシンアイランド内にこの構造物が存在すると、ＧＢＳ  ８０オープンリーディングフレームの後ろで転写を妨害して、この表面タンパク質の発現増加をもたらすと考えられる。
【０１８９】
いくつかのＧＢＳ血清型内にＡＩ−１を同定する模式図が、図２に示される。ＡＩ−１配列は、ＧＢＳ血清型Ｖ単離株２６０３；ＧＢＳ血清型ＩＩＩ単離株ＮＥＭ３１６；ＧＢＳ血清型ＩＩ単離株１８ＲＳ２１；ＧＢＳ血清型Ｖ単離株ＣＪＢ１１１；ＧＢＳ血清型ＩＩＩ単離株ＣＯＨ１；およびＧＢＳ血清型１ａ単離株Ａ９０９において同定された。（示されるパーセンテージは、２６０３配列に対するアミノ酸同一性である）。（ＡＩ−１は、ＧＢＳ血清型１ｂ単離株Ｈ３６ＡＢ、またはＧＢＳ血清型１ａ単離株５１５において同定されなかった）。
【０１９０】
血清型Ｖ単離株２６０３に由来するＡＩ−１ポリヌクレオチド配列および血清型Ｖ単離株ＣＪＢ１１１に由来するＡＩ−１ポリヌクレオチド配列；血清型ＩＩ単離株１８ＲＳ２１に由来するＡＩ−１ポリヌクレオチド配列；血清型ＩＩＩ単離株ＣＯＨ１に由来するＡＩ−１ポリヌクレオチド配列および血清型ＩＩＩ単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−１ポリヌクレオチド配列；ならびに血清型１ａ単離株Ａ９０９に由来するＡＩ−１ポリヌクレオチド配列のアライメントが、図１８に提示される。血清型Ｖ単離株２６０３に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０および血清型Ｖ単離株ＣＪＢ１１１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０；血清型１ａ単離株Ａ９０９に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０；血清型ＩＩＩ単離株ＣＯＨ１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０、および血清型ＩＩＩ単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  ８０のアミノ酸配列のアライメントが、図２２において提示される。血清型Ｖ単離株２６０３に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４および血清型Ｖ単離株ＣＪＢ１１１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４；血清型ＩＩＩ単離株ＣＯＨ１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４、および血清型ＩＩＩ単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４のアライメント；ならびに血清型ＩＩ単離株１８ＲＳ２１に由来するＡＩ−１表面タンパク質ＧＢＳ  １０４のアミノ酸配列のアライメントが、図２３において提示される。好ましいＡＩ−１ポリヌクレオチドおよびＡＩ−１アミノ酸配列が、２つ以上のＧＢＳ血清型またはＧＢＳ単離株の間で保存される。
【０１９１】
この図において示されるように、表面タンパク質ＧＢＳ  ８０の全長は、ＧＢＳ血清型Ｖ（単離株２６０３および単離株ＣＪＢＩＩＩ）、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ（単離株ＮＥＭ３１６および単離株ＣＯＨ１）、およびＧＢＳ血清型Ｉａ（単離株Ａ９０９）の間で特に保存される。上記ＧＢＳ  ８０表面タンパク質は、血清型ＩＩ（単離株１８ＲＳ２１）、血清型Ｉｂ（単離株Ｈ３６Ｂ）、および血清型Ｉａ（単離株５１５）において欠失しているかまたはフラグメント化されている。
【０１９２】
ＡｒａＣのポリヌクレオチド配列およびＡｒａＣのアミノ酸配列が、図３０において示される。
【０１９３】
（ＧＢＳアドヘシンアイランド２）
第二のアドヘシンアイランド、「アドヘシンアイランド２」または「ＡＩ−２」または「ＧＢＳ  ＡＩ−２」もまた、多数のＧＢＳ血清型において同定されている。ＧＢＳ血清型Ｖ単離株２６０３内でのＡＩ−１とＡＩ−２との間の相関関係を示す模式図が、図３において示される。（図３における相同性パーセントは、ＡＩ−１タンパク質に対するＡＩ−２タンパク質のアミノ酸同一性を示す）。ＡＩ−２ポリヌクレオチド配列のアライメントが、図２０および図２１において示される（図２０は、血清型Ｖ単離株２６０３に由来する配列、および血清型ＩＩＩ単離株ＮＥＭ３１６に由来する配列を含む。図２１は、血清型ＩＩＩ単離株ＣＯＨ１に由来する配列、および血清型Ｉａ単離株Ａ９０９に由来する配列を含む）。血清型Ｖ単離株２６０３に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列および血清型Ｖ単離株ＣＪＢ１１１に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列；血清型１ａ単離株５１５に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列；血清型ＩＩ単離株１８ＲＳ２１に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列；血清型Ｉｂ単離株Ｈ３６Ｂに由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列；ならびに血清型ＩＩＩ単離株ＮＥＭ３１６に由来するＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ  ０６７のアミノ酸配列のアライメントが、図２４に提示される。好ましいＡＩ−２ポリヌクレオチドおよびＡＩ−２アミノ酸配列が、２つ以上のＧＢＳ血清型またはＧＢＳ単離株の間で保存される。
【０１９４】
ＡＩ−２は、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする、一連のほぼ５つのオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＡＩ−２は、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  １５０、ＳＡＧ１４０５、ＳＡＧ１４０６、０１５２０、０１５２１、０１５２２、０１５２３、０１５２３、０１５２４、および０１５２５のうちの２つ以上（すなわち、２つ、３つ、４つ、５つ、またはそれより多く）をコードするオープンリーディングフレームを含む。一実施形態において、ＡＩ−２は、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  １５０、ＳＡＧ１４０５、およびＳＡＧ１４０６のうちの２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含む。あるいは、ＡＩ−２は、０１５２０、０１５２１、０１５２２、０１５２３、０１５２３、０１５２４、および０１５２５のうちの２つ以上をコードするオープンリーディングフレームを含み得る。
【０１９５】
上記表面タンパク質のうちの１つ以上は、代表的には、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＴＸＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。上記ＧＢＳ  ＡＩ−２ソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると考えられる。ＧＢＳ  ＡＩ−２は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＡＩ−２は、少なくとも２つの表面タンパク質と少なくとも１つのソルターゼとをコードし得る。好ましくは、ＧＢＳ  ＡＩ−２は、少なくとも３つの表面タンパク質と少なくとも２つのソルターゼとをコードする。上記ＡＩ−２表面タンパク質のうちの１つ以上は、ＬＰＸＴＧまたは他のソルターゼ基質モチーフを含み得る。
【０１９６】
上記表面タンパク質のうちの１つ以上はまた、代表的には、ピリンモチーフを含み得る。上記ピリンモチーフは、ピリ線毛形成に関与し得る。ＬＰＸＴＧモチーフのスレオニン残基とグリシン残基との間における、ソルターゼによるＡＩ表面タンパク質の切断は、ソルターゼのチオエステル結合型アシル中間体を生じる。ピリンモチーフ中の最初のリジン残基は、切断されたＬＰＸＴＧモチーフのアミノ基アクセプターとして作用し得、それにより、ＡＩサブユニット間に共有結合を提供してピリ線毛を形成し得る。例えば、上記ピリンモチーフは、上記アシル酵素に対する求核性攻撃を行って、ＡＩサブユニット間に共有結合を提供してピリ線毛を形成し得、そして上記ソルターゼ酵素を再生し得る。ＧＢＳ  ＡＩ−２タンパク質中に存在し得るピリンモチーフのいくつかの例としては、（（ＹＰＫＮ（Ｘ８）Ｋ；配列番号１５８）、（ＰＫ（Ｘ８）Ｋ；配列番号１５９）、（ＹＰＫ（Ｘ９）Ｋ；配列番号１６０）、（ＰＫＮ（Ｘ８）Ｋ；配列番号１６１）、または（ＰＫ（Ｘ１０）Ｋ；配列番号１６２）が挙げられる。
【０１９７】
表面タンパク質のうちの１つ以上はまた、Ｅボックスモチーフを含み得る。Ｅボックスモチーフは、線毛形成のために必要であると考えられる保存されたグルタミン酸残基を含む。Ｅボックスモチーフのいくつかの例は、アミノ酸配列ＹｘＬｘＥＴｘＡＰｘＧ（配列番号１６３）、ＹｘｘｘＥｘｘＡｘｘＧＹ（配列番号１６４）、ＹｘＬｘＥｘｘｘＰｘＤＹ（配列番号１６５）、またはＹｘＬｘＥＴｘＡＰｘＧＹ（配列番号１５２）を含み得る。
【０１９８】
図３に示すように、ＧＢＳ  ＡＩ−２は、ＧＢＳ６７、ＧＢＳ５９およびＧＢＳ１５０の表面に露出したタンパク質ならびにＳＡＧ１４０６およびＳＡＧ１４０５のソルターゼを含み得る。あるいは、ＧＢＳ  ＡＩ−２は、タンパク質０１５２１、０１５２４および０１５２５ならびにソルターゼ０１５２０および０１５２２を含み得る。ＧＢＳ０６７および０１５２４は、好ましいＡＩ−２表面タンパク質である。
【０１９９】
ＡＩ−２はまた、多岐転写型転写調節因子（例えば、ＲｏｆＡ様タンパク質（例えば、ｒｏｇＢ））を含み得る。ＡＩ−１の場合のように、ｒｏｇＢは、ＡＩ−２オペロンの発現を調節すると考えられる。
【０２００】
数種のＧＢＳ血清型内のＡＩ−２の概略図を図４に示す（示される割合は、２６０３配列とのアミノ酸同一性である）。ＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ５９およびＧＢＳ６７は、ＧＢＳ血清型にわたって、相当するＡＩ−１表面タンパク質より可変性であるが、ＡＩ−２表面タンパク質ＧＢＳ６７は、ＡＩ−１表面タンパク質が破壊または欠失するＧＢＳ血清型において保存されるように見える。
【０２０１】
例えば、上記および図２で議論したように、ＡＩ−１  ＧＢＳ８０表面タンパク質は、ＧＢＳ血清型ＩＩ（菌株単離体１８ＲＳ２１）において断片化される。この同じ配列についてのＡＩ−２内で、図４に示すように、ＧＢＳ６７表面タンパク質は、菌株単離体２６０３において対応する配列と９９％のアミノ酸配列相同性を有する。同様に、ＡＩ−１  ＧＢＳ８０表面タンパク質は、ＧＢＳ血清型Ｉｂ（菌株単離体Ｈ３６Ｂ）およびＧＢＳ血清型Ｉａ（菌株単離体５１５）において欠失しているように見える。しかしながら、これらの配列についてのＡＩ−２内で、ＧＢＳ６７表面タンパク質は、菌株単離体２６０３において対応する配列と９７〜９９％のアミノ酸配列相同性を有する。ＧＢＳ６７は、２つの対立遺伝子改変体を有するように見え、この対立遺伝子改変体は、菌株２６０３およびＨ３６Ｂとの相同パーセントに従って分けられ得る。図２３７〜２３９を参照のこと。
【０２０２】
ＧＢＳ６７とは異なり、ＧＢＳ５９のアミノ酸配列同一性は、異なるＧＢＳ株にわたって可変性である。図６３および２２４に示すように、ＧＢＳ株単離体２６０３のＧＢＳ５９は、ＧＢＳ株１８ＲＳ２１と１００％のアミノ酸残基相同性、ＧＢＳ株Ｈ３６Ｂと６２％のアミノ酸残基相同性、ＧＢＳ株５１５およびＧＢＳ株ＣＪＢ１１１と４８％のアミノ酸残基相同性、およびＧＢＳ株ＮＥＭ３１６と４７％のアミノ酸残基相同性を共有する。異なるＧＢＳ株のアミノ酸配列相同性は、ＧＢＳ５９の２つのアイソフォームが存在することを示唆している。第１のアイソフォームは、ＧＢＳ株ＣＪＢ１１１、ＮＥＭ３１６および５１５のＧＢＳ５９タンパク質を含むように見える。第２のアイソフォームは、ＧＢＳ株１８ＲＳ２１、２６０３およびＨ３６ＢのＧＢＳ５９タンパク質を含むように見える（図６３および２２４を参照のこと）。
【０２０３】
ＧＢＳ５９アイソフォームにおける可変性から予想されるように、第１のＧＢＳ５９アイソフォームに特異的な抗体は、第２ではなく第１のＧＢＳ５９アイソフォームを検出し、そして第２のＧＢＳ５９アイソフォームに特異的な抗体は、第１ではなく第２のＧＢＳ５９アイソフォームを検出する。図２２６Ａ（これは、ＧＢＳ５９表面発現についてＰＣＲを用いて検出されるＧＢＳ５９遺伝子を有する２８のＧＢＳ株のＦＡＣＳ分析を示す）を参照のこと。この２８のＧＢＳ株の各々について、ＦＡＣＳ分析を、ＧＢＳ５９アイソフォーム１（α−ｃｊｂ１１１）またはＧＢＳ５９アイソフォーム２（α−２６０３）についての抗体のいずれかを用いて行った。２つの抗体のうちの１つのみが、各ＧＢＳ株に対してＧＢＳ５９表面発現を検出した。ネガティブコントロールの場合、ＧＢＳ５９遺伝子がＰＣＲによって検出可能でないＧＢＳ株は、有意なＧＢＳ５９表面発現レベルを有さなかった。図２２６Ｂ。
【０２０４】
また、ＧＢＳ５９は、相同性ＧＢＳ５９タンパク質を発現するＧＢＳ株に対してのみオプソニンである。図２２５を参照のこと。
【０２０５】
１つの実施形態において、本発明の免疫原性組成物は、ＧＢＳ５９タンパク質の第１および第２のアイソフォームを含み、ＧＢＳ  ＡＩ−２由来のポリペプチドを発現する広範囲のＧＢＳ血清型にわたって保護を提供する。第１のアイソフォームは、ＧＢＳ株ＣＪＢ１１１、ＮＥＭ３１６または５１５のＧＢＳ５９タンパク質であり得る。第２のアイソフォームは、ＧＢＳ株１８ＲＳ２１、２６０３またはＨ３６ＢのＧＢＳ５９タンパク質であり得る。
【０２０６】
ＧＢＳ５９をコードする遺伝子は、多数のＧＢＳ単離体において同定されており；ＧＢＳ５９遺伝子は、試験された４０のＧＢＳ単離体のうちの３１において検出された（７７．５％）。ＧＢＳ５９タンパク質はまた、ＧＢＳ株由来の全抽出物において線毛の一部として提示されるように見える。図６４は、ＧＢＳ株ＣＪＢ１１１のＧＢＳ５９に対して惹起される抗血清を用いる、ＧＢＳ株のＣＪＢ１１１、７３５７Ｂ、ＣＯＨ３１、Ｄ１３６３Ｃ、５４０８、１９９９、５３６４、５５１８および５１５の全抽出物における高分子量のＧＢＳ５９ポリマーの検出を示す。図６５はまた、ＧＢＳ株のＤ１３６Ｃ、５１５、およびＣＪＢ１１１の全抽出物におけるこれらの高分子量のＧＢＳ５９ポリマーの抗−ＧＢＳ５９抗血清を用いた検出を示す（株５１５におけるＧＢＳ５９高分子量ポリマーの検出についての図２２０Ａもまた参照のこと）。図６５は、ＧＢＳ５９の異なるアイソフォームの存在を確認する。２つの異なるＧＢＳ５９アイソフォームに対して惹起された抗血清は、全抽出物のＧＢＳ株起源に依存する異なる型の免疫反応性を生じる。図６５はさらに、精製されたＧＢＳ５９調製物におけるＧＢＳ５９モノマーの検出を示す。
【０２０７】
ＧＢＳ５９はまた、ＧＢＳ株の表面上に高度に発現される。ＧＢＳ５９は、ＧＢＳ  ＣＪＢ１１１のＧＢＳ５９に対して惹起されたマウス抗血清を用いるＦＡＣＳ分析によって、ＧＢＳ株のＣＪＢ１１１、ＤＫ１、ＤＫ８、Ｄａｖｉｓ、５１５、２９８６、５５５１、１１６９および７３５７Ｂの表面上に検出された。ＦＡＣＳ分析は、ＧＢＳ５９遺伝子を含まないＧＢＳ株のＳＭＵ０７１、ＪＭ９１３００１３、およびＣＯＨ１においてＧＢＳ５９の表面発現を検出しなかった（図６６を参照のこと）。ＧＢＳ株５１５菌の表面上の免疫電子顕微鏡によるＧＢＳ５９の検出により、ＧＢＳの表面上にＧＢＳ５９が発現されることがさらに確認される。図２１５を参照のこと。
【０２０８】
ＧＢＳ６７およびＧＢＳ１５０もまた、高分子量構造物または線毛に含まれるように見える。図６９は、全ＧＢＳ株５１５抽出物における高分子量構造物と抗−ＧＢＳ６７および抗−ＧＢＳ１５０との免疫反応を示す（図２２０ＢおよびＣもまた参照のこと）。図６９において、ＧＢＳ株２６０３のＧＢＳ５９での免疫後にマウスにおいて惹起された抗−ＧＢＳ５９抗血清が、ＧＢＳ株５１５においてＧＢＳ５９とクロスハイブリダイズ（ｃｒｏｓｓ−ｈｙｂｒｉｄｉｚｅ）しないこともまた、留意すべきである。ＧＢＳ株５１５のＧＢＳ５９は、ＧＢＳ株２６０３のＧＢＳ５９より異なるアイソタイプのものである。図６３（これらの２つのＧＢＳ５９ポリペプチドの相同性は４８％であることを示す）、および図６５（ＧＢＳ株２６０３に対して惹起されるＧＢＳ５９抗血清は、ＧＢＳ株５１５のＧＢＳ５９とクロスハイブリダイズしないことを確認する）を参照のこと。
【０２０９】
線毛含有ＧＢＳ１５０の形成は、ＧＢＳ６７発現を必要としないようである。図７０は、ＧＢＳ株５１５全抽出物におけるよりも高分子量の構造物と抗−ＧＢＳ６７および抗−ＧＢＳ１５０抗血清との免疫反応を示すウエスタンブロットを提供する。ＧＢＳ６７発現を欠くＧＢＳ株５１５において、抗−ＧＢＳ６７抗血清はもはや、全抽出物においてポリペプチドと免疫反応しないが、抗−ＧＢＳ１５０抗血清はまだ、高分子量構造物とクロスハイブリダイズし得る。
【０２１０】
同様に、線毛含有ＧＢＳ５９の形成は、ＧＢＳ６７発現を必要としないようである。予想されるように、ＦＡＣＳは、野生型ＧＢＳ株５１５におけるＧＢＳ６７細胞表面発現を検出するが、ＧＢＳ６７をノックアウトされたＧＢＳ株５１５細胞を検出しない。しかしながら、抗−ＧＢＳ５９抗血清を用いるＦＡＣＳ分析は、野生型ＧＢＳ株５１５細胞およびＧＢＳ６７をノックアウトされたＧＢＳ株５１５細胞の両方においてＧＢＳ５９発現を検出する。従って、ＧＢＳ５９細胞表面発現は、ＧＢＳ６７発現に関わらずＧＢＳ株５１５細胞において検出される。
【０２１１】
ＧＢＳ６７は、線毛に存在するが、ＧＢＳ株５１５細胞の表面付近に局在化しているように見える。図２１６に示した免疫電子顕微鏡写真を参照のこと。ＧＢＳ６７は、フィブロネクチンに結合する。図２１７を参照のこと。
【０２１２】
ＧＢＳ  ＡＩ−２によってコードされる線毛の形成は、ＧＢＳ５９の発現を必要する。株５１５菌由来のＧＢＳ５９の欠失は、ＧＢＳ５９（図２２１Ａ、レーン３）、ＧＢＳ６７（図２２１Ｂ、レーン３）、およびＧＢＳ１５０（図２２１Ｃ、レーン３）に結合する抗体による高分子量構造物の検出を排除する。対照的に、ＧＢＳ６７遺伝子を欠失させた５１５菌のウエスタンブロット分析により、ＧＢＳ５９（図２２１Ａ、レーン２）およびＧＢＳ１５０（図２２１Ｃ、レーン２）の抗血清を用いて、高分子量構造物が検出される。同様に、ＧＢＳ１５０遺伝子を欠失させた５１５菌のウエスタンブロット分析により、ＧＢＳ５９（図２２１Ａ、レーン４）およびＧＢＳ６７（図２２１Ｂ、レーン４）を用いて、高分子量構造物が検出される。図２２３（これは、ＧＢＳ５９、ＧＢＳ６７およびＧＢＳ１５０についての抗体で検索（ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｅ）される５１５株の各々のウエスタンブロットを提供する）もまた参照のこと。ＧＢＳ５９またはＧＢＳ６７のいずれかを欠失した株５１５菌のＦＡＣＳ分析により、これらの結果が確認される。図２２２（ＧＢＳ５９の欠失のみが、ＧＢＳ５９およびＧＢＳ６７の両方の表面発現を破壊することを示す）を参照のこと。
【０２１３】
ＧＢＳ  ＡＩ−２によってコードされる線毛の形成もまた、両方のＧＢＳアドヘシンアイランド２によってコードされたソルターゼの発現を必要とする。図２１８（Ｓｒｔ１、Ｓｒｔ２またはＳｒｔ１およびＳｒｔ２の両方を欠く株５１５菌のウエスタンブロット分析を提供する）を参照のこと。Ｓｔｒ１およびＳｔｒ２の両方の欠失のみは、ＧＢＳ５９、ＧＢＳ６７およびＧＢＳ１５０の各々とクロスハイブリダイズする抗体によって検出されるように線毛構築物を破壊する。ウエスタンブロット分析の結果はＦＡＣＳによって実証され、これは、同様の結果を提供した。図２１９を参照のこと。
【０２１４】
図４に示すように、ＧＢＳ株単離体のうちの２つ（ＣＯＨ１およびＡ９０９）は、表面タンパク質ＧＢＳ５９およびＧＢＳ６７との相同体を含まないように見える。これらの２つの株について、図４に示す割合は、ＣＯＨ１タンパク質とのアミノ酸同一性である。これらの２つの株についての表面タンパク質の長さの相違にもかかわらず、これらの配列内のＡＩ−２はまだ、２つのソルターゼタンパク質および３つのＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質、ならびに第１の表面タンパク質に誘導するシグナルペプチダーゼ配列を含む。ＡＩ−２、ｓｐｂ１のこの改変体における表面タンパク質のうちの１つは、潜在的付着タンパク質として以前に同定されている（Ａｄｄｅｒｓｏｎら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００３）７１（１２）：６８５７−６８６３を参照のこと）。あるいは、ＧＢＳ５９配列およびＧＢＳ６７配列の欠失に起因して、ＡＩ−２のこの改変体は、第３の型のＡＩであり得る（アドヘシンアイランド−３、ＡＩ−３またはＧＢＳ  ＡＩ−３）。
【０２１５】
１つより多いＡＩ表面タンパク質は、本発明のオリゴマーである、線毛様構造物において存在し得る。例えば、ＧＢＳ５９およびＧＢＳ６７は、オリゴマー構造物に組み込まれ得る。あるいは、ＧＢＳ５９およびＧＢＳ１５０は、オリゴマー構造物に組み込まれ得、またはＧＢＳ５９、ＧＢＳ１５０およびＧＢＳ６７は、オリゴマー構造物に組み込まれ得る。
【０２１６】
別の実施形態において、本発明は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む組成物を含む。この組成物は、同じアドヘシンアイランド由来の表面タンパク質を含み得る。例えば、この組成物は、２つ以上のＧＢＳ  ＡＩ−２表面タンパク質（例えば、ＧＢＳ５９、ＧＢＳ６７およびＧＢＳ１５０）を含み得る。この表面タンパク質は、グラム陽性菌から単離され得るか、またはそれらは、組換えて産生され得る。
【０２１７】
（ＧＡＳアドヘシンアイランド）
上記に議論したように、出願人は、少なくとも４種の異なるＧＡＳアドヘシンアイランドを同定した。これらのアドヘシンアイランドは、細菌の毒性において重要である表面タンパク質をコードすると考えられ、出願人は、Ａ群連鎖球菌の表面上のハイパーオリゴマー線毛構造物においてこれらのアドヘシンアイランドタンパク質の存在を現す電子顕微鏡写真を得た。
【０２１８】
Ａ群連鎖球菌は、咽頭炎および膿痂疹から生命を脅かす侵襲性疾患および壊死性筋膜炎に及ぶ広範囲の疾患を引き起こすヒト特異的病原体である。さらに、連鎖球菌自己免疫反応後もなお、小児における心臓病理の主要な要因である。
【０２１９】
ヒト宿主のＡ群連鎖球菌感染は一般に、３つの局面で発生する。第１の局面は、細菌の宿主組織への付着および／または侵入、ならびに細胞外間隙内の細菌の増殖に関する。一般に、この付着の局面は、咽頭または皮膚において開始する。より深い組織レベルへの感染は、より重篤な損傷を引き起こし得る。感染の第２の段階において、細菌は、周囲組織へ、またはさらに脈管構造を通って全身へと拡散する可溶性毒素を分泌する。この毒素は、感受性の宿主細胞レセプターに結合し、これらの宿主細胞によって不適切な免疫応答を誘発し、病状を生じる。毒素は、宿主全体にわたって拡散し得るので、ＧＡＳ毒素によって直接引き起こされる壊死は、細菌感染から離れた部位の身体上に位置し得る。ＧＡＳ感染の最終的な局面は、元の細菌が宿主系から除去されたずっと後に生じ得る。この段階で、ＧＡＳ細菌に対する宿主の以前の免疫応答は、ＧＡＳ表面タンパク質、Ｍのエピトープと宿主組織（例えば、心臓）との間の交差反応に起因する。ＧＡＳ感染の一般的な概説は、Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ、Ｇｒｏｉｓｍａｎ編、第１５章（２００１）において見出され得る。
【０２２０】
ＧＡＳ感染の後期段階に関連する病原性の影響を防ぐために、ＧＡＳに対する効果的なワクチンは、好ましくは、初期の付着および侵入段階の間に細菌の宿主の除去を促進する。
【０２２１】
Ａ群連鎖球菌の単離体は、歴史的に、上記のＭ表面タンパク質に従って分類されている。Ｍタンパク質は、α螺旋形成において２つのポリペプチド鎖複合型を一般に含む表面に露出したトリプシン感受性タンパク質である。カルボキシ末端は、細胞膜に係留され、全てのＡ群連鎖球菌の間で高度に保存される。細胞壁から細胞表面に伸長するアミノ末端は、Ｍタンパク質の８０以上の血清型の間で観察される抗原の可変性を担う。
【０２２２】
第２層の分類は、可変性のトリプシン耐性表面抗原（一般にＴ抗原と呼ばれる）に基づく。ＭおよびＴ血清学分類に基づいた数１０年間の疫学は、生物学的多様性および潜在的なＡ群連鎖球菌が原因である疾患に関する研究を中心としている。Ｍタンパク質成分およびその固有の可変性が、広範に特徴付けられているが、５０年間の研究の後でさえ、依然として、Ｔ抗原の構造および可変性についてほとんど知られていない。Ｔ型を規定する抗血清は、Ｓｅｖａｐｈａｒｍａ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｅｖａｐｈａｒｍａ．ｃｚ／ｅｎ）を含む数種の供給源から市販されている。
【０２２３】
Ｔ抗原の１つの形態、Ｔ６型（ＧＡＳ（Ｄ７４１）のＭ６株由来）をコードする遺伝子は、クローニングされて、特徴付けられており、約１１ｋｂの非常に可変性の病原性アイランドまでマッピングしている。Ｓｃｈｎｅｅｗｉｎｄら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９０）１７２（６）：３３１０−３３１７。このアイランドは、Ｔ６コード遺伝子（ｔｅｅ６）に加えて、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）結合タンパク質をコードする遺伝子のファミリーの一員を含むために、フィブロネクチン結合Ｔ抗原、コラーゲン結合Ｔ抗原（ＦＣＴ）領域として公知である。Ｂｅｓｓｅｎら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）７０（３）：１１５９−１１６７。この遺伝子ファミリーの数種のタンパク質生成物は、フィブロネクチンおよび／またはコラーゲンのいずれかと直接的に結合することが示されている。Ｈａｎｓｋｉら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９２）６０（１２）：５１１９−５１２５；Ｔａｌａｙら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９２）６０（９）：３８３７−３８４４；Ｊａｆｆｅら（１９９６）２１（２）：３７３−３８４；Ｒｏｃｈａら、Ａｄｖ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  Ｂｉｏｌ．（１９９７）４１８：７３７−７３９；Ｋｒｅｉｋｅｍｅｙｅｒら、Ｊ．Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ（２００４）２７９（１６）：１５８５０−１５８５９；Ｐｏｄｂｉｅｌｓｋｉら、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９９）３１（４）：１０５１−６４；およびＫｒｅｉｋｅｍｅｙｅｒら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００４）２９４（２−３）：１７７−８８を参照のこと。いくつかの場合において、付着および侵入におけるこれらのタンパク質の役割についての直接的な証拠が得られている。
【０２２４】
出願人は、ｔｅｅ６遺伝子の組換え産物に対する抗血清を惹起させて、Ｍ６株２７２４においてＴ６の発現を調べるためにそれを使用した。この株のミュータノリシン（ｍｕｔａｎｏｌｙｓｉｎ）抽出物の免疫ブロット法において、産物の予測される分子量に相当するバンドに加えて、その抗血清は、約１００ｋＤａから、使用される３〜８％の勾配ゲルの分解能を超える移動性の範囲に及ぶ非常に高分子量のラダーを認識した。
【０２２５】
高分子量産物のパターンは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（上記）において同定された線毛およびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅにおいて以前に同定された線毛のタンパク質成分の免疫ブロット法において観測されるものと類似している。ｔｅｅ６の産物に特異的な抗血清を用いた株Ｍ６＿２７２４の電子顕微鏡法は、十分な表面染色および細菌表面から７００ナノメートルまで伸びる長い線毛様構造物を示し、Ｔ６タンパク質（元のランスフィールド（Ｌａｎｃｅｆｉｅｌｄ）血清型分類系において認識される抗原のうちの１つ）は、ＧＡＳアドヘシンアイランド（ＧＡＳ  ＡＩ−１）内に位置し、長い共有結合された線毛構造物を形成することを明らかにした。
【０２２６】
出願人は、少なくとも４種の異なるＡ群連鎖球菌アドヘシンアイランドを同定した。これらのＧＡＳ  ＡＩ配列は、多数のＭ型において同定され得るが、出願人は、驚くべきことに、４種の異なるＧＡＳ  ＡＩ型由来の４種の主要な線毛サブユニットと特定のＴ分類との間の関係を発見した。他のトリプシン耐性の、表面に露出したタンパク質もまた、同様に、Ｔ分類指定に関係しているようであるが、Ｔ分類およびＧＡＳ血清型の相違におけるＧＡＳアドヘシンアイランド（および関連するハイパーオリゴマー線毛様構造物）の役割の発見は、ＧＡＳ感染の予防および処置についての重要な意味を有する。出願人は、線毛形成に関連する各々のＧＡＳアドヘシンアイランド内のタンパク質成分を同定した。これらのタンパク質は、細菌の初期の付着機構に関連すると考えられている。これらのタンパク質の免疫学的認識は、宿主免疫応答に、より病原性の感染の後期段階への細菌の転位を遅くさせ得るか、または予防させ得る。
【０２２７】
さらに、出願人は、ＧＢＳ線毛構造物が、バイオフィルム（しばしば、エキソポリサッカライドマトリックス内に囲まれる表面上で増殖する細菌の集団）の形成に関係しているように見えることを発見した。抗生物質処置および宿主免疫応答は、バイオフィルムの全ての細菌成分を頻繁に根絶できないので、バイオフィルムは一般に、細菌耐性と関連する。細菌付着の最初の段階（すなわち、完全なバイオフィルム形成の前）の間に露出する表面タンパク質に対する宿主免疫応答の方向付けが好まししい。
【０２２８】
従って、本発明は、宿主上皮細胞に対するそれらの初期の付着の試みの間にＧＡＳ細菌を標的とし得るＧＡＳ感染に対する改良された免疫原性組成物を提供し、広範囲のＧＡＳ血清型に対する防御を提供し得る。本発明の免疫原生組成物は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマー（線毛）の形態で処方され得るＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明はまた、ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の組み合わせを含む。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の組み合わせは、同じアドヘシンアイランドから選択され得るか、またはそれらは、異なるＧＡＳアドヘシンアイランドから選択され得る。
【０２２９】
単離体にわたって、ＧＡＳ  ＡＩ成分の数および配列において驚くべき可変性が存在するが、ＧＡＳ  ＡＩ配列は、一般に、アイランド内のソルターゼ配列の数および型ならびにアイランド内の他のタンパク質の同一性の割合に依存して、１型、２型、３型および４型として特徴付けられ得る。ＧＡＳアドヘシンアイランドの概略図を、図５１Ａおよび図１６２に示す。今まで同定された全ての株において、アドヘシンアイランド領域は、高度に保存されたオープンリーディングフレームＭ１＿１２３およびＭ１＿１３６に隣接する。各々のＧＡＳアドヘシンアイランドにおける３と５との間の遺伝子は、ＬＰＸＴＧモチーフを含むＥＣＭに結合する付着タンパク質をコードする。
【０２３０】
（ＧＡＳアドヘシンアイランド１）
上記に議論したように、出願人は、Ａ群連鎖球菌血清型および単離体ゲノム内にアドヘシンアイランド「ＧＡＳ  アドヘシンアイランド１」または「ＧＡＳ  ＡＩ−１」を同定した。ＧＡＳ  ＡＩ−１は、表面タンパク質およびソルターゼ（「ＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質」）を含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ５個のオープンリーディングフレームを含む。ＧＡＳ  ＡＩ−１は、好ましくは、表面タンパク質、ｓｒｔＢソルターゼ、およびｒｏｆＡ多岐転写型転写調節因子を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質は、フィブロネクチン結合タンパク質を、コラーゲン付着タンパク質および線毛構造物サブユニットを含み得る。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）またはＬＰＸＳＧ（配列番号１３４））を含む（トレオニンのセリンによる保存的置換）。具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−１は、２つ以上（すなわち、２、３、４または５）のＭ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５８、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６１をコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０２３１】
出願人はまた、ＡＩ−１を有する他のＧＡＳ菌において線毛構造物サブユニットをコードするオープンリーディングフレームを同定した。これらのオープンリーディングフレームは、線毛構造物サブユニットＣＤＣ  ＳＳ４１０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３６５０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＤＳＭ２０７１＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）をコードする。ＧＡＳ  ＡＩ−１は、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３６５０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＤＳＭ２０７１＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）のうちの任意の１つをコードするポリヌクレオチドを含み得る。
【０２３２】
上記に議論したように、ＧＡＳ  ＡＩ−１のハイパーオリゴマー線毛構造物は、Ｔ抗原６型分類を担っているようであり、そしてＧＡＳ  ＡＩ−１は、以前にｔｅｅ６と同定されたＦＣＴ領域に相当するように見える。ＧＡＳ  ＡＩ−１の場合、ｔｅｅ６  ＦＣＴ領域は、コラーゲン付着タンパク質（ｃｐａ、莢膜多糖付着）およびフィブロネクチン結合タンパク質（ｐｒｔＦ１）をコードするオープンリーディングフレームを含む。ｔｅｅ６、Ｍ６＿Ｓｐｙ１６０に相当するＧＡＳ  ＡＩ−１線毛構造物サブユニットの免疫ブロット法は、ハイパーオリゴマー線毛構造物を示す高分子量構造物を表す。Ｃｐａに特異的な抗血清を用いる免疫ブロット法もまた、高分子量のラダー構造物を認識し、ＧＡＳ  ＡＩ−１線毛構造物または形成においてＣｐａの関与を示す。ＧＡＳ細菌のＥＭ写真において、Ｃｐａ抗血清は、細菌の表面上に十分な染色および時折、細菌の表面から伸長する金の粒子を示す。対照的に、ＰｒｔＦ１に特異的な抗血清を用いる免疫ブロットは、その予想される分子量に相当する電気泳動度で単一分子種のみを認識し、ＰｒｔＦ１がオリゴマー線毛構造物と関連し得ないことを示す。好ましい本発明の免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質を含むオリゴマーまたはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物において使用するために精製され得るか、またはそうでなければ処方され得る。
【０２３３】
ＧＡＳ  ＡＩ−１オープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列に置換され得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−１オープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列に置換され得る。
【０２３４】
ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０２３５】
ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質のＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフは一般に、式ＸＸＸＸＧ表され得、ここで、アミノ酸１位におけるＸはＬ、Ｖ、ＥまたはＱであり、アミノ酸１位におけるＸがＬである場合、アミノ酸２位におけるＸはＰであり、アミノ酸１位におけるＸがＥまたはＱである場合、アミノ酸２位におけるＸはＶであり、アミノ酸１位におけるＸがＶである場合、アミノ酸２位におけるＸは、ＶまたはＰであり、アミノ酸３位におけるＸは、任意のアミノ酸残基であり、アミノ酸１位におけるＸがＶ、ＥまたはＱである場合、アミノ酸４位におけるＸは、Ｔであり、そしてアミノ酸１位におけるＸがＬである場合、アミノ酸４位におけるＸがＴ、ＳまたはＡである。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質に存在するＬＰＸＴＧモチーフのいくつかの例は、ＬＰＳＸＧ（配列番号１３４）、ＶＶＸＴＧ（配列番号１３５）、ＥＶＸＴＧ（配列番号１３６）、ＶＰＸＴＧ（配列番号１３７）、ＱＶＸＴＧ（配列番号１３８）、ＬＰＸＡＧ（配列番号１３９）、ＱＶＰＴＧ（配列番号１４０）、およびＦＰＸＴＧ（配列番号１４１）を含む。
【０２３６】
本発明のＧＳＡ  ＡＩ表面タンパク質は、ＧＡＳ細菌の、上皮細胞に付着し、侵入する能力に影響し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、ＧＡＳの、上皮細胞の層を通って転位する能力に影響し得る。好ましくは、１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面と結合し得るか、またはそうでなければ上皮細胞表面と会合し得る。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、または会合し得る。
【０２３７】
上記ＧＡＳ  ＡＩ−１ソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与していると予測される。ＧＡＳ  ＡＩ−１は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−１は、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−１は、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０２３８】
上記ＡＩ表面タンパク質は、膜会合トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌の細胞壁に共有結合され得る。このソルターゼは、好ましくはＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間で、表面タンパク質を切断するように機能し得る。このソルターゼは、次いで、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆体（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成を補助し得る。この前駆体は、次いで、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移によって、ペプチドグリカン内に組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０２３９】
ＧＡＳ  ＡＩ−１は、好ましくは、ｓｒｔＢソルターゼを含む。特にモチーフにセリンが続く場合に、ＧＡＳ  ｓｒｔＢソルターゼは、好ましくは、ＬＰＳＴＧモチーフ（配列番号１６６）を有する表面タンパク質を係留する。
【０２４０】
一実施形態において、本発明は、ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質（例えば、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ３６５０＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、またはＤＳＭ２０７１＿ｆｉｍｂｒｉａｌ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を包含する。このオリゴマーの線毛様構造物は、多数の単位のＡＩ表面タンパク質を含み得る。好ましくは、このオリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。なおさらに好ましくは、このオリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０もしくは２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含む。ここで、各サブユニットが、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。このオリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合され得る。このオリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、それぞれトレオニンアミノ酸残基またはセリンアミノ酸残基を介して、共有結合され得る。
【０２４１】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０２４２】
上記オリゴマーの線毛様構造物は、単独で使用されてもよいし、本発明の組み合わせにおいて使用されてもよい。一実施形態において、本発明は、オリゴマー形態の（好ましくは、ハイパーオリゴマー形態の）ＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質を含む。一実施形態において、本発明は、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド１（ＧＡＳ  ＡＩ−１）タンパク質と、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド２（ＧＡＳ  ＡＩ−２）タンパク質、ＧＡＳアドヘシンアイランド３（ＧＡＳ  ＡＩ−３）タンパク質またはＧＡＳアドヘシンアイランド４（ＧＡＳ  ＡＩ−４）タンパク質とを含む組成物を包含し、ここで、このＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質のうちの１つ以上は、オリゴマーの形態であり、好ましくはハイパーオリゴマーの形態である。
【０２４３】
ＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−１は、ＲｏｆＡのような多岐転写型転写調節因子もまた含み得る（すなわち、転写調節因子が、ＡＩタンパク質オープンリーディングフレームに近接または隣接して位置するが、逆向きに転写される）。
【０２４４】
（ＧＡＳアドヘシンアイランド２）
第２のアドヘシンアイランド「ＧＡＳアドヘシンアイランド２」または「ＧＡＳ  ＡＩ−２」もまた、Ａ群連鎖球菌血清型および単離体において同定されている。ＧＡＳ  ＡＩ−２は、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体（ＧＡＳ  ＡＩ−２タンパク質）をコードする、一連の約８個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−２は、ＧＡＳ１５、Ｓｐｙ０１２７、ＧＡＳ１６、ＧＡＳ１７、ＧＡＳ１８、Ｓｐｙ０１３１、Ｓｐｙ０１３３およびＧＡＳ２０のうちの２つ以上（すなわち、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたは８つ）をコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０２４５】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、このオリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質を含むオリゴマーまたはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物における使用のために、精製され得るか、またはそうでなければ処方され得る。
【０２４６】
１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−２オープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列は、置換されるＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−２オープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されるＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０２４７】
１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質配列は、代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。本発明のＡＩ表面タンパク質は、ＧＡＳ細菌の、上皮細胞に付着し、侵入する能力に影響し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、ＧＡＳの、上皮細胞の層を通って転位する能力に影響し得る。好ましくは、１つ以上のＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面と結合し得るか、またはそうでなければ上皮細胞表面と会合し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、または会合し得る。
【０２４８】
上記ＧＡＳ  ＡＩ−２ソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与していると予測される。ＧＡＳ  ＡＩ−２は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−２は、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−２は、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０２４９】
上記ＡＩ表面タンパク質は、膜会合トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌の細胞壁に共有結合され得る。このソルターゼは、好ましくはＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間で、表面タンパク質を切断するように機能し得る。このソルターゼは、次いで、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆体（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成を補助し得る。この前駆体は、次いで、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移によって、ペプチドグリカン内に組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０２５０】
一実施形態において、本発明は、ＡＩ表面タンパク質（例えば、ＧＡＳ１５、ＧＡＳ１６またはＧＡＳ１８）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を包含する。このオリゴマーの線毛様構造物は、多数の単位のＡＩ表面タンパク質を含み得る。好ましくは、このオリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。なおさらに好ましくは、このオリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０もしくは２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含む。ここで、各サブユニットが、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。このオリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合され得る。このオリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニンアミノ酸残基を介して、共有結合され得る。
【０２５１】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０２５２】
上記オリゴマーの線毛様構造物は、単独で使用されてもよいし、本発明の組み合わせにおいて使用されてもよい。一実施形態において、本発明は、オリゴマー形態の（好ましくは、ハイパーオリゴマー形態の）ＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質を含む。一実施形態において、本発明は、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド２（「ＧＡＳ  ＡＩ−２」）タンパク質と、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド１（「ＧＡＳ  ＡＩ−１」）タンパク質、ＧＡＳアドヘシンアイランド３（「ＧＡＳ  ＡＩ−３」）タンパク質またはＧＡＳアドヘシンアイランド４（「ＧＡＳ  ＡＩ−４」）タンパク質とを含む組成物を包含し、ここで、このＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質のうちの１つ以上は、オリゴマーの形態であり、好ましくはハイパーオリゴマーの形態である。
【０２５３】
ＧＡＳ  ＡＩ−２タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−２は、ｒｏｆＡのような多岐転写型転写調節因子もまた含み得る（すなわち、転写調節因子が、ＡＩタンパク質オープンリーディングフレームに近接または隣接して位置するが、逆向きに転写される）。
【０２５４】
（ＧＡＳアドヘシンアイランド３）
第３のアドヘシンアイランド「ＧＡＳアドヘシンアイランド３」または「ＧＡＳ  ＡＩ−３」もまた、いくつかのＡ群連鎖球菌血清型および単離体において同定されている。ＧＡＳ  ＡＩ−３は、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体（ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質）をコードする、一連の約７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿００９９、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０１、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０３、ＳｐｙＭ３＿０１０４、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０１、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０３、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０５、ＳＰｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ７９、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８１、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８３、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２７、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１２９、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３１、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０およびＳｐｙｏＭ０１０００１４９の２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）をコードするオープンリーディングフレームを含む。１つの実施形態において、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿００９９、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０１、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０３、およびＳｐｙＭ３＿０１０４をコードするオープンリーディングフレームを含む。別の実施形態において、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０１、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０３、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０５、およびＳＰｓ０１０６をコードするオープンリーディングフレームを含む。さらなる実施形態において、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のｏｒｆ７８、ｏｒｆ７９、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８１、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８３、およびｏｒｆ８４をコードするオープンリーディングフレームを含む。さらに別の実施形態において、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２７、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１２９、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３１、およびｓｐｙＭ１８＿０１３２をコードするオープンリーディングフレームを含む。別のさらなる実施形態において、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、およびＳｐｙｏＭ０１０００１４９をコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０２５５】
出願人はまた、ＡＩ−３を有する他のＧＡＳ菌において線毛構造物サブユニットをコードするオープンリーディングフレームを同定した。これらのオープンリーディングフレームは、線毛構造物サブユニットＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）をコードする。ＧＡＳ  ＡＩ−３は、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）のうちのいずれか１つをコードするポリヌクレオチドを含み得る。
【０２５６】
１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−３オープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列は、置換されるＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３オープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されるＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０２５７】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、このオリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質を含むオリゴマーまたはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物における使用のために、精製され得るか、またはそうでなければ処方され得る。
【０２５８】
１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質配列は、代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。本発明のＡＩ表面タンパク質は、ＧＡＳ細菌の、上皮細胞に付着し、侵入する能力に影響し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、ＧＡＳの、上皮細胞の層を通って転位する能力に影響し得る。好ましくは、１つ以上のＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面と結合し得るか、またはそうでなければ上皮細胞表面と会合し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、または会合し得る。
【０２５９】
上記ＧＡＳ  ＡＩ−３ソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与していると予測される。ＧＡＳ  ＡＩ−３は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０２６０】
上記ＡＩ表面タンパク質は、膜会合トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌の細胞壁に共有結合され得る。このソルターゼは、好ましくはＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間で、表面タンパク質を切断するように機能し得る。このソルターゼは、次いで、トレオニンまたはアラニンのカルボキシル基と細胞壁前駆体（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成を補助し得る。この前駆体は、次いで、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移によって、ペプチドグリカン内に組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０２６１】
本発明は、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０４、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）のようなＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。１つの実施形態において、本発明は、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０２およびＳｐｙＭ３＿０１０４のようなＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。別の実施形態において、本発明は、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０４およびＳＰｓ０１０６のようなＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。別の実施形態において、本発明は、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８２およびｏｒｆ８４のようなＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。さらなる別の実施形態において、本発明は、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１３０およびｓｐｙＭ１８＿０１３２のようなＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。さらなる実施形態において、本発明は、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１およびＳｐｙｏＭ０１０００１４９のようなＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。またさらなる実施形態において、本発明は、ＩＳＳ３０４０＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、ＩＳＳ３７７６＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）、およびＩＳＳ４９５９＿線毛（ｆｉｍｂｒｉａｌ）のようなＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含み得る。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーのサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニンアミノ酸残基を介して共有結合的に会合され得る。
【０２６２】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０２６３】
上記オリゴマーの線毛様構造物は、単独で使用されてもよいし、本発明の組み合わせにおいて使用されてもよい。一実施形態において、本発明は、オリゴマー形態の（好ましくは、ハイパーオリゴマー形態の）ＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質を含む。一実施形態において、本発明は、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド３（「ＧＡＳ  ＡＩ−３」）タンパク質と、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド１（「ＧＡＳ  ＡＩ−１」）タンパク質、ＧＡＳアドヘシンアイランド２（「ＧＡＳ  ＡＩ−２」）タンパク質またはＧＡＳアドヘシンアイランド４（「ＧＡＳ  ＡＩ−４」）タンパク質とを含む組成物を包含し、ここで、このＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質のうちの１つ以上は、オリゴマーの形態であり、好ましくはハイパーオリゴマーの形態である。
【０２６４】
ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−３は、Ｎｒａのような多岐転写型転写調節因子もまた含み得る。
【０２６５】
（ＧＡＳアドヘシンアイランド４）
第４のアドヘシンアイランド「ＧＡＳアドヘシンアイランド４」または「ＧＡＳ  ＡＩ−４」もまた、Ａ群連鎖球菌血清型および単離体において同定されている。ＧＡＳ  ＡＩ−４は、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体（「ＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質」）をコードする、一連の約８個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＧＡＳ  ＡＩ−４は、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２３１３６、１９２２３１３７、１９２２４１３８、１９２２４１３９、１９２２４１４０、および１９２２４１４１のうちの２つ以上（すなわち、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたは８つ）をコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０２６６】
出願人はまた、ＡＩ−４を有する他のＧＡＳ菌において線毛構造物サブユニットをコードするオープンリーディングフレームを同定した。これらのオープンリーディングフレームは、線毛構造物サブユニット２００１０２９６＿線毛、２００２００６９＿線毛、ＣＤＣ  ＳＳ６３５＿線毛、ＩＳＳ４８８３＿線毛、およびＩＳＳ４５３８＿線毛をコードする。ＧＡＳ  ＡＩ−４は、２００１０２９６＿線毛、２００２００６９＿線毛、ＣＤＣ  ＳＳ６３５＿線毛、ＩＳＳ４８８３＿線毛、およびＩＳＳ４５３８＿線毛のうちのいずれか１つをコードするポリヌクレオチドを含み得る。
【０２６７】
１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−４オープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列は、置換されるＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−４オープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されるＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０２６８】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態で処方または精製され得るＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、このオリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質を含むオリゴマーまたはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物における使用のために、精製され得るか、またはそうでなければ処方され得る。
【０２６９】
１つ以上のＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質配列は、代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。本発明のＡＩ表面タンパク質は、ＧＡＳ細菌の、上皮細胞に付着し、侵入する能力に影響し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、ＧＡＳの、上皮細胞の層を通って転位する能力に影響し得る。好ましくは、１つ以上のＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面と結合し得るか、またはそうでなければ上皮細胞表面と会合し得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、または会合し得る。
【０２７０】
上記ＧＡＳ  ＡＩ−４ソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与していると予測される。ＧＡＳ  ＡＩ−４は、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＧＡＳ  ＡＩ−４は、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−４は、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０２７１】
上記ＡＩ表面タンパク質は、膜会合トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌の細胞壁に共有結合され得る。このソルターゼは、好ましくはＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間で、表面タンパク質を切断するように機能し得る。このソルターゼは、次いで、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆体（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成を補助し得る。この前駆体は、次いで、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移によって、ペプチドグリカン内に組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０２７２】
一実施形態において、本発明は、ＡＩ表面タンパク質（例えば、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３７、１９２２４１３９、１９２２４１４１、２００１０２９６＿線毛、２００２００６９＿線毛、ＣＤＣ  ＳＳ６３５＿線毛，ＩＳＳ４８８３＿線毛、およびＩＳＳ４５３８＿線毛）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を包含する。このオリゴマーの線毛様構造物は、多数の単位のＡＩ表面タンパク質を含み得る。好ましくは、このオリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。なおさらに好ましくは、このオリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０もしくは２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含む。ここで、各サブユニットが、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。このオリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合され得る。このオリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニンアミノ酸残基を介して、共有結合され得る。
【０２７３】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０２７４】
上記オリゴマーの線毛様構造物は、単独で使用されてもよいし、本発明の組み合わせにおいて使用されてもよい。一実施形態において、本発明は、オリゴマー形態の（好ましくは、ハイパーオリゴマー形態の）ＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質を含む。一実施形態において、本発明は、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド４（「ＧＡＳ  ＡＩ−４」）タンパク質と、１つ以上のＧＡＳアドヘシンアイランド１（「ＧＡＳ  ＡＩ−１」）タンパク質、ＧＡＳアドヘシンアイランド２（「ＧＡＳ  ＡＩ−２」）タンパク質またはＧＡＳアドヘシンアイランド３（「ＧＡＳ  ＡＩ−３」）タンパク質とを含む組成物を包含し、ここで、このＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質のうちの１つ以上は、オリゴマーの形態であり、好ましくはハイパーオリゴマーの形態である。
【０２７５】
ＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＧＡＳ  ＡＩ−４は、ｒｏｆＡのような多岐転写型転写調節因子もまた含み得る（すなわち、転写調節因子が、ＡＩタンパク質オープンリーディングフレームに近接または隣接して位置するが、逆向きに転写される）。
【０２７６】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物は、１つ以上のさらなるＧＡＳタンパク質と組み合わされ得る。１つの実施形態において、オリゴマーの線毛様構造物は、第２のＧＡＳタンパク質と組み合わせた１つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。
【０２７７】
オリゴマーの線毛様構造物は、細菌がＡＩ表面タンパク質を発現する細菌培養物から単離または精製され得る。従って、本発明は、オリゴマーＡＩ表面抗原を製造するための方法を包含し、この方法は、オリゴマーＡＩタンパク質を発現するＧＡＳ細菌を培養する工程およびＧＡＳ細菌由来の発現されたオリゴマーのＡＩタンパク質を単離する工程を包含する。ＡＩタンパク質は、上清への分泌物から収集され得るか、または細菌表面から精製され得る。この方法はさらに、発現されたＡＩタンパク質の精製を含み得る。好ましくは、ＡＩタンパク質は、ハイパーオリゴマー形態である。
【０２７８】
オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質を過剰発現する細菌培養物から単離または精製され得る。従って、本発明は、オリゴマーアドヘシンアイランド表面タンパク質抗原を製造するための方法を包含し、この方法は、ＡＩタンパク質発現およびＧＡＳ細菌由来の発現されたオリゴマーアドヘシンアイランドの単離を増加させるために適合されたＧＡＳ細菌を培養する工程を包含する。ＡＩタンパク質は、上清中への分泌物から収集され得るか、または細菌表面から精製され得る。この方法はさらに、発現されたアドヘシンアイランドタンパク質の精製を含み得る。好ましくは、アドヘシンアイランドタンパク質は、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０２７９】
ＧＡＳ菌は、好ましくは、少なくとも２（例えば、２、３、４、５、８、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０または２００）倍の野生型発現レベルにＡＩタンパク質発現を増加させるために適合される。
【０２８０】
ＧＡＳ菌は、遺伝子量を増加させる方法および遺伝子アップレギュレーションの方法を含む、当該分野に公知の任意の手段によってＡＩタンパク質発現を増加させるために適合され得る。このような手段としては、例えば、ＡＩタンパク質をコードするプラスミドでのＧＡＳ細菌の形質転換が挙げられる。プラスミドはまた、強力なプロモーターを含み得るか、またはＡＩタンパク質をコードする配列の複数のコピーを含み得る。必要に応じて、ＧＡＳ菌ゲノム内にＡＩタンパク質をコードする配列は、欠失され得る。あるいは、またはさらに、ＧＡＳアドヘシンアイランドを調節するプロモーターは、発現を増加させるために改変され得る。
【０２８１】
本発明はさらに、増加させたレベルのＡＩ表面タンパク質を生成するために適合させたＧＡＳ菌を含む。特に、本発明は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマーＡＩ表面タンパク質を生成するために適合させたＧＡＳ菌を含む。１つの実施形態において、本発明のグラム陽性菌は、不活性化または弱毒化されて、その表面に露出したＡＩ表面タンパク質を有する完全な細菌の送達をインビボで可能にする。
【０２８２】
本発明はさらに、それらの表面上の線毛に組み込まれる発現されたＡＩタンパク質のレベルを増加させるために適合されたＧＡＳ菌を含む。ＧＡＳ菌は、ＧＡＳ菌において、ＬｅｐＡポリペプチド、または当量のシグナルペプチダーゼの発現レベルを増加させることによって、その表面上にオリゴマーまたはハイパーオリゴマーＡＩタンパク質の増加された露出を有するように適合され得る。出願人は、ＧＡＳ  ＡＩ−２を有するＳＦ３７０菌株におけるＬｅｐＡの欠失は、ＧＡＳ上のＭおよび線毛タンパク質の表面露出を消滅させることを示した。ＧＡＳにおけるＬｅｐＡ発現の増加されたレベルは、ＧＡＳの表面上のＭおよび線毛タンパク質の増加させた露出を生じると予想される。ＧＡＳにおけるＬｅｐＡの増加された発現は、当該分野に公知の任意の手段（例えば、遺伝子量の増加および遺伝子アップレギュレーションの方法）によって達成され得る。増加されたレベルのＬｅｐＡ発現を有するように適合されたＧＡＳ菌は、増加されたレベルの少なくとも１つの線毛タンパク質を発現するようにさらに適合され得る。
【０２８３】
あるいは、本発明のＡＩタンパク質は、非病原性グラム陽性菌（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ（例えば、Ｂｙｒｄら、「Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｃｏ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｂｙ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｖｅｃｔｏｒｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００２）２０：２１９７−２２０５を参照のこと）またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（例えば、Ｍａｎｎａｍら、「Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｍａｄｅ  ｆｒｏｍ  Ｌｉｖｅ，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  Ｐｒｏｔｅｃｔｓ  Ｍｉｃｅ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｐｈａｒａｎｇｅａｌ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ」Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（６）：３４４４−３４５０を参照のこと））の表面上に発現され得る。本明細書中で使用される場合、非病原性グラム陽性菌とは、ヒト宿主被験体と適合可能であり、ヒト病原性と関連しないグラム陽性菌をいう。好ましくは、非病原性菌は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマー形態においてＡＩ表面タンパク質を発現するように改変される。ＡＩ表面タンパク質および必要に応じて、ＡＩソルターゼをコードする配列は、非病原性グラム陽性菌の細菌ゲノム内に組み込まれ得るか、またはプラスミド内に挿入され得る。非病原性グラム陽性菌は、その表面に露出したＡＩ表面タンパク質を有する完全な細菌のインビボでの送達を容易にするために不活性化され得るか、または弱毒化され得る。あるいは、ＡＩ表面タンパク質は、非病原性グラム陽性菌の細菌培養物から単離または精製され得る。例えば、ＡＩ表面タンパク質は、細胞抽出物または培養上清から単離され得る。あるいは、ＡＩ表面タンパク質は、非病原性グラム陽性菌の表面から単離または精製され得る。
【０２８４】
非病原性グラム陽性菌は、本明細書中に記載される任意のＧＡＳアドヘシンアイランドタンパク質を発現するために使用され得る。非病原性グラム陽性菌は、アドヘシンアイランド表面タンパク質を発現するように形質転換される。好ましくは、非病原性グラム陽性菌はまた、少なくとも１つのアドヘシンアイランドソルターゼを発現する。本発明のＡＩ形質転換された非病原性グラム陽性菌は、病原性ＧＡＳの感染を予防または処置するために使用され得る。
【０２８５】
出願人は、Ｌ．ｌａｃｔｉｓを改変して、ＧＢＳポリペプチドと同様に、それが、ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドを発現し得ることを示した。Ｌ．ｌａｃｔｉｓは、ＡＩ−１、ＡＩ−２、およびＡＩ−４アドヘシンアイランドの完全な線毛遺伝子クラスターをコードするｐＡＭ４０１構築物で形質転換された。簡単に言うと、ｐＡＭ４０１は、プロモーターのないハイコピープラスミドである。Ｍ６（ＡＩ−１）、Ｍ１（ＡＩ−２）およびＭ１２（ＡＩ−４）菌の完全な線毛遺伝子クラスターは、ｐＡＭ４０１構築物に挿入された。遺伝子クラスターは、上記のＬ．ｌａｃｔｉｓにおいてＧＢＳ  ＡＩ−１アドヘシンアイランドの発現を首尾よく開始するそれら独自（Ｍ６、Ｍ１またはＭ１２）のプロモーターまたはＧＢＳプロモーターの制御下で転写された。図１７２は、ＧＡＳ  Ｍ６（ＡＩ−１）、Ｍ１（ＡＩ−２）、およびＭ１２（ＡＩ−４）アドヘシンアイランドの概略図を提供し、ｐＡＭ４０１構築物に挿入されるアドヘシンアイランド配列の部分示す。
【０２８６】
Ｍ６、Ｍ１またはＭ１２アドヘシンアイランド遺伝子クラスターの１つで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの各々は、それらのそれぞれの線毛に存在するポリペプチドに結合する抗体との免疫反応である高分子量構造物を発現した。図１７３Ａ〜Ｃは、各クラスターによってコードされる線毛構造物サブユニットに結合する抗体を用いて、Ｍ６（図１７３Ａ）、Ｍ１（図１７３Ｂ）、またはＭ１２（図１７３Ｃ）アドヘシンアイランド遺伝子クラスターで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの表面タンパク質−富化抽出物のウエスタンブロット分析の結果を提供する。図１７３Ａのレーン３および４は、線毛構造物サブユニットＳｐｙ０１２８に結合する抗体を用いて、Ｍ１  ＡＩ−２由来のアドヘシンアイランド線毛遺伝子クラスターで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓにおける高分子量構造物の欠失を示す。図１７３Ｂのレーン３およびレーン４は、線毛構造物サブユニットＥｆｔＬＳＬ．Ａ．に結合する抗体を用いて、Ｍ１２  ＡＩ−４由来のアドヘシンアイランド線毛遺伝子クラスターで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓにおける高分子量構造物の検出を示す。図１７３Ｃのレーン３は、線毛構造物サブユニットＭ６＿Ｓｐｙ０１６０に結合する抗体を用いて、Ｍ６  ＡＩ−１由来のアドヘシンアイランド線毛遺伝子クラスターで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓにおける高分子量構造物の検出を示す。図１７３Ａ〜Ｃにおいて、ＡＩサブタイプの表記のすぐ後の「ｐ１」は、アドヘシンアイランドに存在するプロモーターが、アドヘシンアイランド遺伝子クラスターの転写を駆動するために使用されることを示し、そして「ｐ２」は、プロモーターが、上記のＧＢＳプロモーターであったことを示す。従って、Ｌ．ｌａｃｔｉｓは、オリゴマー形態におけるＧＡＳアドヘシンアイランドによってコードされた線毛構造物サブユニットを発現し得るように見える。
【０２８７】
あるいは、オリゴマーの線毛様構造物は、組換えて生成され得る。組換え宿主細胞系において生成される場合、ＡＩ表面タンパク質は、好ましくは、本発明のＡＩソルターゼのうちの１つ以上発現と協調して発現される。このようなＡＩソルターゼは、ＡＩ表面タンパク質サブユニットのオリゴマーまたはハイパーオリゴマー形成を容易にする。
【０２８８】
（ＴＩＧＲ４アドヘシンアイランド由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）
上で議論したように、出願人は、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのゲノム内のアドヘシンアイランドを同定した。ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４、ＳＰ０４６５、ＳＰ０４６６、ＳＰ０４６７およびＳＰ０４６８をコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０２８９】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質を含む。好ましい実施形態において、オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質を含む。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ表面タンパク質を含むオリゴマーまたはハイパーオリゴマー線毛構造物は、免疫原性組成物における使用のために精製され得るか、またはそうでなければ処方され得る。
【０２９０】
ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０２９１】
ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０２９２】
本発明のＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。ＴＩＧＲ４  ＡＩ表面タンパク質由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅはまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０２９３】
ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩソルターゼタンパク質表面タンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０２９４】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０２９５】
１つの実施形態において、本発明は、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ（例えば、ＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４またはＳＰ０４６５）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０２９６】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０２９７】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明と組み合わせて使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質および１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩタンパク質を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０２９８】
ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０２９９】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のｏｒｆ１＿６７０、ｏｒｆ３＿６７０、ｏｒｆ４＿６７０、ｏｒｆ５＿６７０、ｏｒｆ６＿６７０、ｏｒｆ７＿６７０、ｏｒｆ８＿６７０をコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３００】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３０１】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３０２】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３０３】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０３０４】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３０５】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３０６】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿６７０、ｏｒｆ４＿６７０、またはｏｒｆ５＿６７０）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３０７】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３０８】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩタンパク質および１つ以上のＴＩＧＲ４由来Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３０９】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３１０】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ６＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ７＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ８＿１４ＣＳＲをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３１１】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３１２】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３１３】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３１４】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０３１５】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３１６】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３１７】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿ＣＳＲ、ｏｒｆ４＿ＣＳＲ、またはｏｒｆ５＿ＣＳＲ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３１８】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３１９】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの任意の１つ以上のＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３２０】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１４ＣＳＲ１０ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３２１】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿１９ＡＨ、ＯＲＦ３＿１９ＡＨ、ＯＲＦ４＿１９ＡＨ、ＯＲＦ５＿１９ＡＨ、ＯＲＦ６＿１９ＡＨ、ＯＲＦ７＿１９ＡＨ、ＯＲＦ８＿１９ＡＨをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３２２】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３２３】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３２４】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３２５】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０３２６】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６  ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ６ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３２７】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３２８】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿１９ＡＨ、ｏｒｆ４＿１９ＡＨ、またはｏｒｆ５＿１９ＡＨ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３２９】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３３０】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１４  ＣＳＲ１０、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ  ＧＲ４  ＡＩタンパク質の任意の１つのものからの１つ以上のＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３３１】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３３２】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９ＦＴａｉｗａｎ１４のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿１９ＦＴＷ、およびＯＲＦ８＿１９ＦＴＷをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３３３】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３３４】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３３５】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３３６】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０３３７】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３３８】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３３９】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿１９ＦＴＷ、ｏｒｆ４＿１９ＦＴＷ、またはｏｒｆ５＿１９ＦＴＷ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３４０】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３４１】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１４  ＣＳＲ  １０、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅの任意の１つ以上のＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３４２】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１４ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３４３】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿２３ＦＰ、ＯＲＦ３＿２３ＦＰ、ＯＲＦ４＿２３ＦＰ、ＯＲＦ５＿２３ＦＰ、ＯＲＦ６＿２３ＦＰ、ＯＲＦ７＿２３ＦＰ、およびＯＲＦ８＿２３ＦＰをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３４４】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３４５】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３４６】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３４７】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０３４８】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３４９】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３５０】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿２３ＦＰ、ｏｒｆ４＿２３ＦＰ、またはｏｒｆ５＿２３ＦＰ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３５１】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３５２】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６  ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、または１４  ＣＳＲ  １０由来の任意の１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株からの１つ以上のＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３５３】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６  ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ１６  ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３５４】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿２３ＦＴＷ、およびＯＲＦ８＿２３ＦＴＷをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３５５】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３５６】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３５７】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３５８】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞層に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０３５９】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３６０】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３６１】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５  ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿２３ＦＴＷ、ｏｒｆ４＿２３ＦＴＷ、またはｏｒｆ５＿２３ＦＴＷ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３６２】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３６３】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、１４  ＣＳＲ  １０、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６  ＡＩに由来する任意の１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの１つ以上のＡＩタンパク質を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３６４】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ１５ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３６５】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿６ＢＦ、ＯＲＦ３＿６ＢＦ、ＯＲＦ４＿６ＢＦ、ＯＲＦ５＿６ＢＦ、ＯＲＦ６＿６ＢＦ、ＯＲＦ７＿６ＢＦ、およびＯＲＦ８＿６ＢＦをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３６６】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３６７】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３６８】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３６９】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ菌が、上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、上皮細胞層を通って転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチン、またはコラーゲンに結合し得るか、あるいはフィブリノーゲン、フィブロネクチン、またはコラーゲンと会合し得る。
【０３７０】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩはまた、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３７１】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成に役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移反応およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンの中に組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３７２】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿６ＢＦ、ｏｒｆ４＿６ＢＦ、またはｏｒｆ５＿６ＢＦ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を包含する。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、好ましくは、トレオニンまたはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、ＬＰＸＴＧモチーフを介して共有結合的に会合され得る。
【０３７３】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３７４】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態、好ましくはハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６  ＡＩ由来の任意の１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの１つ以上のＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここで、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質のうちの１つ以上は、オリゴマーの形態、好ましくはハイパーオリゴマーの形態である。
【０３７５】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ１２  ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６ＢＦｉｎｌａｎｄ１２ＡＩもまた、転写調節因子を含み得る。
【０３７６】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ３＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ４＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ５＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ６＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ７＿６ＢＳＰ、およびＯＲＦ８＿６ＢＳＰをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３７７】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３７８】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩオープンリーディングフレームのうちの１つ以上は、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３７９】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩ表面タンパク質配列のうちの１つ以上は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３８０】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通して転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合し得る。
【０３８１】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３８２】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンへと組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３８３】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿６ＢＳＰ、ｏｒｆ４＿６ＢＳＰ、またはｏｒｆ５＿６ＢＳＰ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３８４】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３８５】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、１４  ＣＳＲ  １０、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩの任意の１つ以上のうちの１つ以上のＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３８６】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６Ｂ  Ｓｐａｉｎ２  ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３８７】
（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３アドヘシンアイランド）
上で議論したように、出願人は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３のゲノム内にアドヘシンアイランドを同定した。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３アドヘシンアイランドは、表面タンパク質およびソルターゼを含むアミノ酸配列の集合体をコードする連続したおよそ７個のオープンリーディングフレームを含む。具体的には、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩタンパク質は、２つ以上（すなわち、２、３、４、５、６または７）のＯＲＦ２＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ３＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ４＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ５＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ６＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ７＿９ＶＳＰおよびＯＲＦ８＿９ＶＳＰをコードするオープンリーディングフレームを含む。
【０３８８】
本発明の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において処方され得るか、または精製され得るＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明の別の好ましい免疫原性組成物は、オリゴマー（線毛）形態において単離されているＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩ表面タンパク質を含む。
【０３８９】
１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩオープンリーディングフレームポリヌクレオチド配列は、置換ＯＲＦのフラグメントをコードするポリヌクレオチド配列によって置換され得る。あるいは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩオープンリーディングフレームは、置換されたＯＲＦと配列相同性を有する配列によって置換され得る。
【０３９０】
１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩ表面タンパク質配列は代表的に、ＬＰＸＴＧモチーフ（例えば、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２））または他のソルターゼ基質モチーフを含む。
【０３９１】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌が、上皮細胞に付着および侵入する能力に影響を与え得る。ＡＩ表面タンパク質はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが、上皮細胞層を通って転位する能力に影響を与え得る。好ましくは、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し得るか、またはそうでなければ、上皮細胞表面と会合し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩ表面タンパク質はまた、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合され得るか、またはフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンと会合され得る。
【０３９２】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関連すると予測される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードし得る。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩは、少なくとも２つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードし得る。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩは、少なくとも３つの、表面に露出したタンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０３９３】
ＡＩ表面タンパク質は、膜関連トランスペプチダーゼ（例えば、ＡＩソルターゼ）によって細菌細胞壁に共有結合的に付着され得る。ソルターゼは、表面タンパク質、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのトレオニン残基とグリシン残基との間を切断するために機能し得る。次いで、ソルターゼは、トレオニンカルボキシル基と細胞壁前駆物質（例えば、脂質ＩＩ）との間のアミド結合の形成において役立ち得る。次いで、前駆物質は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移を介してペプチドグリカンに組み込まれ得る。Ｃｏｍｆｏｒｔら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２を参照のこと。
【０３９４】
１つの実施形態において、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩ表面タンパク質（例えば、ｏｒｆ３＿９ＶＳＰ、ｏｒｆ４＿９ＶＳＰ、またはｏｒｆ５＿９ＶＳＰ）を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含み得る。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、２つ以上のＡＩ表面タンパク質を含む。さらにより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００またはそれより多く）のオリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマーの線毛様構造物を含み、ここで、各サブユニットは、ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントを含む。オリゴマーサブユニットは、ピリンモチーフ内の保存されたリジンを介して共有結合的に会合され得る。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、トレオニン残基またはセリンアミノ酸残基をそれぞれ介して、共有結合的に会合され得る。
【０３９５】
本発明のオリゴマーの線毛様構造物に組み込まれるＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントは、好ましくは、ピリンモチーフを含む。
【０３９６】
オリゴマーの線毛様構造物は、単独または本発明の組み合わせで使用され得る。１つの実施形態において、本発明は、オリゴマー形態において、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３  ＡＩタンパク質を含む。１つの実施形態において、本発明は、１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩタンパク質およびＴＩＧＲ４、６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、１４  ＣＳＲ  １０、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６  ＡＩ由来の任意の１つ以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの１つ以上のＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここで、１つ以上のＳ．ｐｍｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質は、オリゴマーの形態、好ましくは、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０３９７】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩタンパク質をコードするオープンリーディングフレームに加えて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株９Ｖ  Ｓｐａｉｎ３  ＡＩはまた、転写調節因子を含み得る。
【０３９８】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅオリゴマーの線毛様構造物は、細菌培養物から単離または精製され得、その細菌は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質を発現する。従って、本発明は、オリゴマーＡＩ表面抗原を製造するための方法を包含し、この方法は、オリゴマーＡＩタンパク質を発現するＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌を培養物する工程およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌由来の発現されたオリゴマーのＡＩタンパク質を単離する工程を包含する。ＡＩタンパク質は、上清への分泌物から収集され得るか、または細菌表面から精製され得る。この方法はさらに、発現されたＡＩタンパク質の精製を含み得る。好ましくは、ＡＩタンパク質は、ハイパーオリゴマー形態である。
【０３９９】
オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質を過剰発現する細菌培養物から単離または精製され得る。従って、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅオリゴマーアドヘシンアイランド表面タンパク質抗原を製造するための方法を包含し、この方法は、ＡＩタンパク質発現およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌由来の発現されたオリゴマーアドヘシンアイランドタンパク質の単離を増加させるために適合されたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌を培養する工程を包含する。ＡＩタンパク質は、上清中への分泌物から収集され得るか、または細菌表面から精製され得る。この方法はさらに、発現されたアドヘシンアイランドタンパク質の精製を含む。好ましくは、アドヘシンアイランドタンパク質は、ハイパーオリゴマーの形態である。
【０４００】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌は、好ましくは、少なくとも２（例えば、２、３、４、５、８、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０または２００）倍の野生型発現レベルにＡＩタンパク質発現を増加させるために適合される。
【０４０１】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌は、遺伝子量を増加させる方法および遺伝子アップレギュレーションの方法を含む、当該分野に公知の任意の手段によってＡＩタンパク質発現を増加させるために適合され得る。このような手段としては、例えば、ＡＩタンパク質をコードするプラスミドでのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌の形質転換が挙げられる。プラスミドはまた、強力なプロモーターを含み得るか、またはＡＩタンパク質をコードする配列の複数のコピーを含み得る。必要に応じて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌ゲノム内にＡＩタンパク質をコードする配列は、欠失され得る。あるいは、またはさらに、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドを調節するプロモーターは、発現を増加させるために改変され得る。
【０４０２】
本発明はさらに、増加させたレベルのＡＩ表面タンパク質を生成するために適合させたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌を含む。特に、本発明は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマーＡＩ表面タンパク質を生成するために適合させたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌を含む。１つの実施形態において、本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、不活性化または弱毒化されて、その表面に露出したＡＩ表面タンパク質を有する完全な細菌の送達をインビボで可能にする。
【０４０３】
本発明はさらに、それらの表面上の線毛に組み込まれる発現されたＡＩタンパク質のレベルを増加させるために適合されたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌を含む。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌は、シグナルペプチダーゼポリペプチドの発現レベルを増加させることによって、その表面上にオリゴマーまたはハイパーオリゴマーＡＩタンパク質の増加された露出を有するように適合され得る。グラム陽性菌（例えば、ＧＡＳにおけるＬｅｐＡ）において局所的なシグナルペプチダーゼ発現の増加させたレベルは、グラム陽性菌の表面上の線毛タンパク質の増加させた露出をもたらすと予想される。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅにおけるリーダーペプチダーゼの増加させた発現は、当該分野に公知の任意の手段（例えば、遺伝子量を増加させることおよび遺伝子アップレギュレーションの方法）によって達成され得る。リーダーペプチダーゼの増加させたレベルを有するように適合されたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ菌はさらに、増加させたレベルの少なくとも１つの線毛タンパク質を発現するように適合され得る。
【０４０４】
あるいは、本発明のＡＩタンパク質は、非病原性グラム陽性菌（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ（例えば、Ｂｙｒｄら、「Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｃｏ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｂｙ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｖｅｃｔｏｒｓ」、Ｖａｃｃｉｎｅ（２００２）２０：２１９７−２２０５を参照のこと）またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（例えば、Ｍａｎｎａｍら、「Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｍａｄｅ  ｆｒｏｍ  Ｌｉｖｅ，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｌａｃｔｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  Ｐｒｏｔｅｃｔｓ  Ｍｉｃｅ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｐｈａｒａｎｇｅａｌ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ」Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（６）：３４４４−３４５０を参照のこと））の表面上に発現され得る。本明細書中で使用される場合、非病原性グラム陽性菌とは、ヒト宿主被験体と適合可能であり、ヒト病原性と関連しないグラム陽性菌をいう。好ましくは、非病原性菌は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマー形態においてＡＩ表面タンパク質を発現するように改変される。ＡＩ表面タンパク質および必要に応じて、ＡＩソルターゼをコードする配列は、非病原性グラム陽性菌の細菌ゲノム内に組み込まれ得るか、またはプラスミド内に挿入され得る。非病原性グラム陽性菌は、その表面に露出したＡＩ表面タンパク質を有する完全な細菌のインビボでの送達を容易にするために不活性化され得るか、または弱毒化され得る。あるいは、ＡＩ表面タンパク質は、非病原性グラム陽性菌の細菌培養物から単離または精製され得る。例えば、ＡＩ表面タンパク質は、細胞抽出物または培養上清から単離され得る。あるいは、ＡＩ表面タンパク質は、非病原性グラム陽性菌の表面から単離または精製され得る。
【０４０５】
非病原性グラム陽性菌は、本明細書中に記載される任意のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドタンパク質を発現するために使用され得る。非病原性グラム陽性菌は、アドヘシンアイランド表面タンパク質を発現するように形質転換される。好ましくは、非病原性グラム陽性菌はまた、少なくとも１つのアドヘシンアイランドソルターゼを発現する。本発明のＡＩ形質転換された非病原性グラム陽性菌は、病原性Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの感染を予防または処置するために使用され得る。
【０４０６】
図１９０ＡおよびＢ、ならびに１９３〜１９５は、出願人によってＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４から線毛を精製するために首尾よく実施された３つの方法の例を提供する。
【０４０７】
（免疫原性組成物）
本明細書中で記載されたグラム陽性菌ＡＩタンパク質は、グラム陽性菌の感染の予防または治療用の免疫原性組成物で有用である。例えば、本明細書中で記載されたＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質は、ＧＢＳ感染の予防または治療用の免疫原性組成物で有用である。もう１つの例として、本明細書中で記載するＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質は、ＧＡＳ感染の予防または治療用の免疫原性組成物で有用であり得る。もう１つの例として、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の予防または治療用の免疫原性組成物で有用であり得る。
【０４０８】
１を超える血清型または株単離体全体にわたっての保護を提供することができるグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質を用いて免疫原性有効性を増加させることができる。例えば、少なくとも２つ（すなわち、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０以上）の他のＧＢＳ血清型または株単離体の特定のＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質と少なくとも５０％（すなわち、少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％）相同であるアミノ酸配列を有する特定のＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質を用いて、そのような組成物の有効性を増加させることができる。
【０４０９】
もう１つの例として、１を超える血清型または株単離体全体にわたって保護を提供することができるグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質の断片を用いて、免疫原性有効性を増加させることができる。そのような断片は、グラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質の全長アミノ酸配列のコンセンサス配列内で同定することができる。そのような断片は、複数の（すなわち、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０以上の）グラム陽性菌血清型または株単離体全体にわたるその高度な相同性または同一性によってコンセンサス配列において同定することができる。好ましくは、高度な相同性は、グラム陽性菌血清型または株単離体全体にわたっての少なくとも９０％（すなわち、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％）の相同性の程度である。好ましくは、高度な同一性は、グラム陽性菌血清型または株単離体全体にわたっての少なくとも９０％（すなわち、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％）の同一性の程度である。本発明の１つの実施形態において、グラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質のそのような断片は、免疫原性組成物で有用であり得る。
【０４１０】
加えて、ＡＩ表面タンパク質オリゴマー線毛構造物を、免疫用に処方し、または精製することができる。単離されたＡＩ表面タンパク質オリゴマー線毛構造物を免疫で用いることも可能である。
【０４１１】
本発明は、第１のグラム陽性菌ＡＩタンパク質および第２のグラム陽性菌ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含む。１以上のＡＩタンパク質は表面タンパク質であり得る。そのような表面タンパク質はＬＰＸＴＧモチーフまたは他のソルターゼ基質モチーフを含むことができる。
【０４１２】
第１および第２のＡＩタンパク質は、グラム陽性菌の同一または異なる属または種からのものであってよい。もし同一種内であれば、第１および第２のＡＩタンパク質は同一または異なるＡＩサブタイプのものであってよい。２つのＡＩが同一のサブタイプのものであれば、ＡＩは同一の数字命名を有する。例えば、ＡＩ−１と命名される全てのＡＩは同一のＡＩサブタイプのものである。もし２つのＡＩが異なるサブタイプのものであれば、ＡＩは異なる数字命名を有する。例えば、ＡＩ−１はＡＩ−２、ＡＩ−３、ＡＩ−４等からの異なるＡＩサブタイプのものである。同様に、ＡＩ−２は、ＡＩ−１、ＡＩ−３、ＡＩ−４等からの異なるＡＩサブタイプのものである。
【０４１３】
例えば、本発明は、１以上のＧＢＳ  ＡＩ−１タンパク質および１以上のＧＢＳ  ＡＩ−２タンパク質を含む免疫原性組成物を含む。ＡＩタンパク質の１以上は表面タンパク質であってよい。そのような表面タンパク質は（ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）のような）ＬＰＸＴＧモチーフを含有してよく、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合し得る。ＡＩタンパク質の１以上はソルターゼであり得る。ＧＢＳ  ＡＩ−１タンパク質はＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２、ＳＡＧ０６４７およびＳＡＧ０６４８よりなる群から選択することができる。好ましくは、ＧＢＳ  ＡＩ−１タンパク質はＧＢＳ  ８０またはＧＢＳ  １０４を含む。
【０４１４】
ＧＢＳ  ＡＩ−２タンパク質は、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  １５０、ＳＡＧ１４０５、ＳＡＧ１４０６、０１５２０、０１５２１、０１５２２、０１５２３、０１５２３、０１５２４および０１５２５よりなる群から選択することができる。１つの実施形態において、ＧＢＳ  ＡＩ−２タンパク質は、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  １５０、ＳＡＧ１４０５、およびＳＡＧ１４０６よりなる群から選択される。もう１つの実施形態において、ＧＢＳ  ＡＩ−２タンパク質は、０１５２０、０１５２１、０１５２２、０１５２３、０１５２３、０１５２４および０１５２５よりなる群から選択することができる。好ましくは、ＧＢＳ  ＡＩ−２タンパク質は、ＧＢＳ  ５９またはＧＢＳ  ６７を含む。
【０４１５】
もう１つの例において、本発明はＧＡＳ  ＡＩ−１、ＧＡＳ  ＡＩ−２、ＧＡＳ  ＡＩ−３、またはＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質のいずれかの組合せの１以上を含む免疫原性組成物を含む。ＧＡＳ  ＡＩタンパク質の１以上はソルターゼであり得る。ＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質はＭ６＿Ｓｐｙ０１５６、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５８、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６１、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛、ＩＳＳ３６５０＿線毛、およびＤＳＭ２０７１＿線毛よりなる群から選択することができる。好ましくは、ＧＡＳ  ＡＩ−１タンパク質はＭ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛、ＩＳＳ３６５０＿線毛、およびＤＳＭ２０７１＿線毛よりなる群から選択される。
【０４１６】
該ＧＡＳ  ＡＩ−２タンパク質は、Ｓｐｙ０１２４、ＧＡＳ  １５、Ｓｐｙ０１２７、ＧＡＳ  １６、ＧＡＳ  １７、ＧＡＳ  １８、Ｓｐｙ０１３１、Ｓｐｙ０１３３、およびＧＡＳ２０よりなる群から選択することができる。好ましくは、該ＧＡＳ  ＡＩ−２タンパク質は、ＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８よりなる群から選択される。
【０４１７】
該ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質は、ＳｐｙＭ３＿００９７、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿００９９、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０１、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０３、ＳｐｙＭ３＿０１０４、ＳＰｓ００９９、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０１、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０３、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０５、ＳＰｓ０１０６、ｏｒｆ７７、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ７９、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８１、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８３、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２５、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２７、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１２９、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３１、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿線毛、ＩＳＳ３７７６＿線毛、およびＩＳＳ４９５９＿線毛よりなる群から選択することができる。１つの実施形態において、該ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質はＳｐｙＭ３＿００９７、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿００９９、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０１、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０３、およびＳｐｙＭ３＿０１０４よりなる群から選択される。もう１つの実施形態において、該ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質は、ＳＰｓ００９９、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０１、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０３、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０５、およびＳＰｓ０１０６よりなる群から選択される。なお、もう１つの実施形態において、該ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質は、ｏｒｆ７７、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ７９、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８１、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８３、およびｏｒｆ８４よりなる群から選択される。さらなる実施形態において、該ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質は、ｓｐｙＭ１８＿０１２５、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２７、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１２９、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３１、およびｓｐｙＭ１８＿０１３２よりなる群から選択される。なおもう１つの実施形態において、該ＧＡＳ  ＡＩ−３タンパク質は、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、およびＳｐｙｏＭ０１０００１４９よりなる群から選択される。
【０４１８】
該ＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質は、１９２２４１３３、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３６、１９２２４１３７、１９２２４１３８、１９２２４１３９、１９２２４１４０、１９２２４１４１、２００１０２９６＿線毛、２００２００６９＿線毛、ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿線毛、ＩＳＳ４８８３＿線毛、およびＩＳＳ４５３８＿線毛よりなる群から選択することができる。好ましくは、該ＧＡＳ  ＡＩ−４タンパク質は、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３７、１９２２４１３９、１９２２４１４１、２００１０２９６＿線毛、２００２００６９＿線毛、ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿線毛、ＩＳＳ４８８３＿線毛、およびＩＳＳ４５３８＿線毛よりなる群から選択される。
【０４１９】
なおもう１つの例として、本発明はＴＩＧＲ４からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ株６７０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、１４  ＣＳＲ  １０からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、または２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質のいずれかの組合せの１以上を含む免疫原性組成物を含む。該ＡＩタンパク質の１以上は表面タンパク質であり得る。そのような表面タンパク質は（ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）のような）ＬＰＸＴＧモチーフを含有することができ、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合することができる。ＡＩタンパク質の１以上はソルターゼであり得る。
【０４２０】
ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質はＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４、ＳＰ０４６５、ＳＰ０４６６、ＳＰ０４６７、ＳＰ０４６８よりなる群から選択することができる。好ましくは、ＴＩＧＲ４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質はＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、またはＳＰ０４６４を含む。
【０４２１】
該Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ株６７０  ＡＩタンパク質はＯｒｆ１＿６７０、Ｏｒｆ３＿６７０、Ｏｒｆ４＿６７０、Ｏｒｆ５＿６７０、Ｏｒｆ６＿６７０、Ｏｒｆ７＿６７０、およびＯｒｆ８＿６７０よりなる群から選択することができる。好ましくは、該Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ株６７０  ＡＩタンパク質はＯｒｆ３＿６７０、Ｏｒｆ４＿６７０、またはＯｒｆ５＿６７０を含む。
【０４２２】
１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿１９ＡＨ、ＯＲＦ３＿１９ＡＨ、ＯＲＦ４＿１９ＡＨ、ＯＲＦ５＿１９ＡＨ、ＯＲＦ６＿１９ＡＨ、ＯＲＦ７＿１９ＡＨ、またはＯＲＦ８＿１９ＡＨよりなる群から選択することができる。
【０４２３】
６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿６ＢＦ、ＯＲＦ３＿６ＢＦ，ＯＲＦ４＿６ＢＦ、ＯＲＦ５＿６ＢＦ、ＯＲＦ６＿６ＢＦ、ＯＲＦ７＿６ＢＦ、またはＯＲＦ８＿６ＢＦよりなる群から選択することができる。
【０４２４】
６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ３＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ４＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ５＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ６＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ７＿６ＢＳＰ、またはＯＲＦ８＿６ＢＳＰよりなる群から選択することができる。
【０４２５】
９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ３＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ４＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ５＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ６＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ７＿９ＶＳＰ、またはＯＲＦ８＿９ＶＳＰよりなる群から選択することができる。
【０４２６】
１４  ＣＳＲ  １０由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ６＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ７＿１４ＣＳＲ，またはＯＲＦ８＿１４ＣＳＲよりなる群から選択することができる。
【０４２７】
１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿１９ＦＴＷ、またはＯＲＦ８＿１９ＦＴＷよりなる群から選択することができる。
【０４２８】
２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ６＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ７＿２３ＦＴＷ、またはＯＲＦ８＿２３ＦＴＷよりなる群から選択することができる。
【０４２９】
２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６由来のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩタンパク質は、ＯＲＦ２＿２３ＦＰ、ＯＲＦ３＿２３ＦＰ、ＯＲＦ４＿２３ＦＰ、ＯＲＦ５＿２３ＦＰ、ＯＲＦ６＿２３ＦＰ、ＯＲＦ７＿２３ＦＰ、またはＯＲＦ８＿２３ＦＰよりなる群から選択することができる。
【０４３０】
好ましくは、本発明の免疫原性組成物に含まれるグラム陽性菌ＡＩタンパク質は、１を超える血清型または株単離体全体にわたっての保護を提供することができる。例えば、免疫原性組成物は、第１のＡＩタンパク質を含むことができ、ここに、該ＡＩタンパク質のアミノ酸配列は第２のＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％（すなわち、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％）相同であり、ここに、該第１のＡＩタンパク質および該第２のＡＩタンパク質はグラム陽性菌の異なる血清型のゲノムに由来する。該第１のＡＩタンパク質は第３のＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対しても相同であり得、従って、該第１のＡＩタンパク質、該第２のＡＩタンパク質および該第３のＡＩタンパク質はグラム陽性菌の異なる血清型のゲノムに由来する。該第１のＡＩタンパク質は第４のＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対しても相同であり得、従って、該第１のＡＩタンパク質、該第２のＡＩタンパク質および該３のＡＩタンパク質はグラム陽性菌の異なる血清型のゲノムに由来する。
【０４３１】
例えば、好ましくは、本発明の免疫原性組成物に含まれるＧＢＳ  ＡＩタンパク質は、１を超えるＧＢＳ血清型または株単離体全体にわたっての保護を提供することができる。例えば、該免疫原性組成物は、第１のＧＢＳ  ＡＩタンパク質を含むことができ、ここに該ＡＩタンパク質のアミノ酸配列は第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％（すなわち、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％）相同であり、ここに、該第１のＡＩタンパク質および該第２のＡＩタンパク質は異なるＧＢＳ血清型のゲノムに由来する。該第１のＧＢＳ  ＡＩタンパク質は第３のＧＢＳ  ＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対しても相同であり得、従って、該第１のＡＩタンパク質、該第２のＡＩタンパク質および該第３のＡＩタンパク質は異なるＧＢＳ血清型のゲノムに由来する。該第１のＡＩタンパク質は第４のＧＢＳ  ＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対しても相同であり得、従って、該第１のＡＩタンパク質、該第２のＡＩタンパク質および該第３のＡＩタンパク質は異なるＧＢＳ血清型のゲノムに由来する。
【０４３２】
該第１のＡＩタンパク質はＡＩ−１タンパク質またはＡＩ−２タンパク質から選択することができる。例えば、該第１のＡＩタンパク質はＧＢＳ  ８０のようなＧＢＳ  ＡＩ−１表面タンパク質であり得る。ＧＢＳ血清型Ｖ  株単離体２６０３からのＧＢＳ  ８０のアミノ酸配列は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＮＥＭ３１６およびＣＯＨ１からのＧＢＳ  ８０アミノ酸配列およびＧＢＳ血清型１ａ、株単離体Ａ９０９からのＧＢＳ  ８０アミノ酸配列に対して９０％を超えて相同である。
【０４３３】
もう１つの例として、該第１のＡＩタンパク質はＧＢＳ  １０４であり得る。ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  １０４のアミノ酸配列は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ，株単離体ＮＥＭ３１６およびＣＯＨ１からのＧＢＳ  １０４アミノ酸配列、ＧＢＳ血清型１ａ、株単離体Ａ９０９からのＧＢＳ  １０４アミノ酸配列、および血清型ＩＩ、株単離体１８ＲＳ２１のＧＢＳ  １０４アミノ酸配列に対して９０％を超えて相同である。
【０４３４】
表１２はＧＢＳ血清型Ｉａ、Ｉｂ、ＩＩ、ＩＩＩ、Ｖ、およびＶＩＩＩ全体にわたってのＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４のアミノ酸配列同一性を提供する。ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４をコードする遺伝子が同定されたＧＢＳ株は、平均して、各々、９９．８８および９９．９６アミノ酸配列同一性を共有する。この高度なアミノ酸同一性は、ＧＢＳ  ８０またはＧＢＳ  １０４の第１のタンパク質を含む免疫原性組成物が、１を超えるＧＢＳ血清型または株単離体全体にわたっての保護を供することが可能であることを示す。
【０４３５】
【表１２】
2011206061.tif 000007
もう１つの例として、第１のＡＩタンパク質はＧＢＳ  ６７のようなＡＩ−２タンパク質であり得る。ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  ６７のアミノ酸配列は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＮＥＭ３１６からのＧＢＳ  ６７アミノ酸配列、ＧＢＳ血清型１ｂ、株単離体Ｈ３６ＢからのＧＢＳ  ６７アミノ酸配列、およびＧＢＳ血清型ＩＩ、株単離体１７ＲＳ２１からのＧＢＳ  ６７アミノ酸配列に対して９０％を超えて相同である。
【０４３６】
もう１つの例として、第１のＡＩタンパク質はｓｐｂ１のようなＡＩ−２タンパク質であり得る。ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＣＯＨ１からのｓｐｂ１のアミノ酸配列は、ＧＢＳ血清型Ｉａ、株単離体Ａ９０９からのｓｐｂ１アミノ酸配列に対して９０％を超えて相同である。
【０４３７】
なおもう１つの例として、第１のＡＩタンパク質はＧＢＳ  ５９のようなＡＩ−２タンパク質であり得る。ＧＢＳ血清型ＩＩ、株単離体１８ＲＳ２１からのＧＢＳ  ５９のアミノ酸配列は、ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  ５９アミノ酸配列に対して１００％相同である。ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体ＣＪＢ１１１からのＧＢＳ  ５９のアミノ酸配列は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＮＥＭ３１６からのＧＢＳ  ５９アミノ酸配列に対して９８％相同である。
【０４３８】
本発明の組成物は、異なる血清型または株単離体からのグラム陽性ＡＩタンパク質を含むように、すなわち、グラム陽性菌の血清型または株単離体の１つの集合体に存在する第１のＡＩタンパク質、および第１のＡＩタンパク質によって表されない血清型、または株単離体に存在する第２のＡＩタンパク質を含むように設計することもできる。
【０４３９】
例えば、本発明は、第１および第２のグラム陽性菌ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、ここに、第１のＡＩタンパク質の全長配列をコードするポリヌクレオチド配列は、第２のＡＩタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を含む同様なグラム陽性菌ゲノムに存在しない。
【０４４０】
また、本発明の組成物は、異なるＧＢＳ血清型または株単離体からのＡＩタンパク質を含むように、すなわち、ＧＢＳ血清型または株単離体の１つの集合体に存在する第１のＡＩタンパク質、および第１のＡＩタンパク質によって表されない血清型または株単離体に存在する第２のＡＩタンパク質を含むように設計することもできる。
【０４４１】
例えば、本発明は、第１および第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、ここに、該第１のＧＢＳ  ＡＩタンパク質の全長配列をコードするポリヌクレオチド配列は該第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を含むゲノムに存在しない。例えば、該第１のＡＩタンパク質は（ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  ８０配列のような）ＧＢＳ  ８０となり得る。先に議論した（かつ図２に示す）ように、ＧＢＳ血清型ＩＩ、株単離体１８ＲＳ２１におけるＧＢＳ  ８０についての配列が破壊される。この場合には、該第２のＡＩタンパク質は、ＧＢＳ  １０４またはＧＢＳ  ６７（ＧＢＳ血清型ＩＩ、株単離体１８ＲＳ２１から選択される配列）となり得る。
【０４４２】
さらに、本発明は、第１および第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、該第１のＧＢＳ  ＡＩタンパク質は第１のＧＢＳ株または血清型では検出可能な表面露出を有するが、第２のＧＢＳ株または血清型では有さず、該第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質は第２のＧＢＳ株または血清型では検出可能な表面露出を有するが、第１のＧＢＳ株または血清型では有さない。例えば、該ＡＩタンパク質はＧＢＳ  ８０であり得、該第２のＡＩタンパク質はＧＢＳ  ６７であり得る。表１５で分かるように、表面露出ＧＢＳ  ８０を有するが、表面露出ＧＢＳ  ６７を有さず、およびその逆であるいくつかのＧＢＳ血清型および株がある。ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  ６７タンパク質を含む免疫原性組成物は、ＧＢＳ株および血清型のより広い群全体にわたっての保護を提供することができる。
【０４４３】
【表１５】
2011206061.tif 000008
あるいは、本発明は、第１および第２のグラム陽性菌ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、ここに、該第１のＡＩタンパク質の配列をコードするポリヌクレオチド配列は、該第２のＡＩタンパク質のゲノム中の対応する配列よりも９０％未満（すなわち、９０、８８、８６、８４、８２、８０、７８、７６、７４、７２、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５または３０パーセント未満）相同である。
【０４４４】
本発明は、第１および第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、ここに、該第１のＧＢＳ  ＡＩタンパク質の配列をコードするポリヌクレオチド配列は、該第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質のゲノム中の対応する配列よりも９０％未満（すなわち、９０，８８、８６、８４、８２、８０、７８、７６、７４、７２、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５または３０パーセント未満）相同である。例えば、該第１のＧＢＳ  ＡＩタンパク質は（ＧＢＳ血清型Ｉｂ、株単離体Ｈ３６ＢからのＧＢＳ  ６７配列のような）ＧＢＳ  ６７となり得る。図２および４に示すようにこの株についてのＧＢＳ  ６７配列は、ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３中の対応するＧＢＳ  ６７配列に対して９０％未満相同である（８７％）。この例においては、第２のＧＢＳ  ＡＩタンパク質は、従って、ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  ８０配列となり得る。
【０４４５】
本発明の例としての免疫原性組成物はアドヘシンアイランドタンパク質ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ５９、および非−ＡＩタンパク質ＧＢＳ
３２２を含むことができる。異なるＧＢＳ株のＦＡＣＳ分析は、これらの５つのタンパク質の少なくとも１つがＧＢＳ細菌の表面に発現されることが常に見出されることを示す。米国におけるＣＤＣ（３３株）、イタリアにおけるＩＳＳ（１７株）およびヒューストン／ハーバード（２０株）から得られた、ＧＢＳ細菌の７０株の最初のＦＡＣＳ分析は、ＧＢＳ細菌の表面でのＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  ６７、またはＧＢＳ  ５９の少なくとも１つの表面露出を検出した。図２２７は、３７のＧＢＳ株でのＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ３２２、およびＧＢＳ  ５９の表面露出で得られたＦＡＣＳデータを提供する。図２２８は、ＣＤＣから得られた４１のＧＢＳ株の各々でのＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ３２２、およびＧＢＳ  ５９の表面露出で得られたＦＡＣＳデータを提供する。図２２７および２２８から分かるように、各ＧＢＳ株は、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ３２２、およびＧＢＳ  ５９の少なくとも１つの表面発現を有した。各細菌株でのこれらのタンパク質の少なくとも１つの表面露出は、これらのタンパク質を含む免疫原性組成物が、ＧＢＳ株および血清型全体にわたっての広い保護を提供することを示す。
【０４４６】
表面露出ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ３２２、およびＧＢＳ  ５９タンパク質もまたＦＡＣＳによって測定されるように高いレベルで存在する。表４９は、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ３２２、およびＧＢＳ  ５９表面発現について調べた最初の７０のＧＢＳ株についてのＦＡＣＳ結果をまとめる。もし蛍光における５倍シフトが、プレ免疫コントロール血清と比べて、タンパク質に対する抗体を用いる場合に観察されたならば、そのタンパク質は、そのタンパク質の高レベルの表面発現を有するものとして明示された。
【０４４７】
【表４９】
2011206061.tif 000009
表５０は、表面タンパク質のいずれが異なるＧＢＳ血清型で高度に発現されるかを詳細に示す。
【０４４８】
【表５０】
2011206061.tif 000010
あるいは、本発明の免疫原性組成物はＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ３２２を含むことができる。抗体に対して高度に接近可能であるタンパク質抗原は適当なアジュバントとで１００％保護を付与すると仮定すると、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ５９およびＧＢＳ  ３２２を含有する免疫原性組成物はＧＢＳ株および血清型の８９％に対して保護を提供し、これは、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ３２２タンパク質を含有する免疫原性組成物と同一のパーセンテージである。図２２９参照。しかしながら、組成物にＧＢＳ  ５９を含めて、その免疫原性強度を増加させるのが好ましいことがある。表５０から分かるように、ＧＢＳ  ５９は、調べたＧＢＳ細菌の半分未満で高度に発現される、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、およびＧＢＳ  ３２２とは異なり、ＦＡＣＳ分析によって調べたＧＢＳ細菌の２／３で表面に高度に発現される。ＧＢＳ  ５９オプソノファゴサイトーシス活性は、ＧＢＳ  ３２２、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ６７、およびＧＢＳ  ８０タンパク質の混合物のそれに匹敵する。図２３０参照。
【０４４９】
もう１つの例として、好ましくは、本発明の免疫原性組成物に含まれるＧＡＳ  ＡＩタンパク質は、１を超えるＧＡＳ血清型または株単離体全体にわたっての保護を提供することができる。例えば、該免疫原性組成物は第１のＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含むことができ、ここに、該ＡＩタンパク質のアミノ酸配列は第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％（すなわち、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％）相同であり、およびここに、該第１のＡＩタンパク質および該第２のＡＩタンパク質は異なるＧＡＳ血清型のゲノムに由来する。また、該第１のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は第３のＧＡＳ  ＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対して相同であり得、従って、該第１のＡＩタンパク質、該第２のＡＩタンパク質および該第３のＡＩタンパク質は異なるＧＡＳ血清型のゲノムに由来する。また、該第１のＡＩタンパク質は第４のＧＡＳ  ＡＩタンパク質のアミノ酸配列に対して相同であり得、従って、該第１のＡＩタンパク質、該第２のＡＩタンパク質および該第３のＡＩタンパク質は異なるＧＡＳ血清型のゲノムに由来する。
【０４５０】
また、本発明の組成物は、異なる血清型または株単離体からのＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含むように、すなわち、ＧＡＳ細菌の血清型または株単離体の１つの集合体に存在する第１のＡＩタンパク質、および該第１のＡＩタンパク質によって表されない血清型または株単離体に存在する第２のＡＩタンパク質を含むように設計することもできる。
【０４５１】
例えば、該第１のＡＩタンパク質は（ＧＡＳ血清型Ｍ１２、株単離体Ａ７３５からの１９２２４１４１タンパク質のような）ｐｒｔＦ２タンパク質であり得る。先に議論し（かつ図１６４に示す）ように、ｐｒｔＦ２タンパク質についての配列はＧＡＳ  ＡＩ型１または２に存在しない。この例においては、第２のＡＩタンパク質は（ＡＩ−１を含む、Ｍ６単離体（ＭＧＡＳ１０３９４）からの）コラーゲン結合タンパク質Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９または（ＡＩ−２を含む、Ｍ１単離体（ＳＦ３７０）からの）ＧＡＳ  １５であり得る。
【０４５２】
さらに、本発明は、第１および第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、ここに、該第１のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は第１のＧＡＳ株または血清型で検出可能な表面露出を有するが、第２のＧＡＳ株または血清型では有さず、該第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は第２のＧＡＳ株または血清型で検出可能な表面露出を有するが、第１のＧＡＳ株または血清型では有しない。
【０４５３】
本発明は第１および第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、ここに、該第１のＧＡＳ  ＡＩタンパク質の配列をコードするポリヌクレオチド配列は、第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質のゲノム中の対応する配列よりも９０％未満（すなわち、９０、８８、８６、８４、８２、８０、７８、７６、７４、７２、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５または３０パーセント未満）相同である。好ましくは、該第１および第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は線毛のサブユニットである。より好ましくは、該第１および第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は主な線毛形成タンパク質（すなわち、Ｍ６株１０３９４からのＭ６＿Ｓｐｙ０１６０、Ｍ１株ＳＦ３７０からのＳＰｙ０１２８、Ｍ３株３１５からのＳｐｙＭ３＿０１００、Ｍ３株ＳＳＩからのＳＰｓ０１０２、Ｍ５単離体Ｍａｎｆｒｅｄｏからのｏｒｆ８０、Ｍ１８株８２３２からのｓｐｙＭ１８＿０１２８、Ｍ４９株５９１からのＳｐｙｏＭ０１０００１５３、Ｍ１２株Ａ７３５からの１９２２４１３７、Ｍ７７株ＩＳＳ４９５９からの線毛構造物サブユニット、Ｍ４４株ＩＳＳ３７７６からの線毛構造物サブユニット、Ｍ５０株ＩＳＳ３７７６  ＩＳＳ  ４５３８からの線毛構造物サブユニット、Ｍ１２株ＣＤＣ  ＳＳ６３５からの線毛構造物サブユニット、Ｍ２３株ＤＳＭ２０７１からの線毛構造物サブユニット、Ｍ６株ＣＤＣ  ＳＳ４１０からの線毛構造物サブユニット）から選択される。表４５はＧＡＳ  ＡＩ−１、ＡＩ−２、ＡＩ−３、およびＡＩ−４の代表的な株からの主な線毛形成サブユニット（すなわち、Ｍ６株１０３９４からのＭ６＿Ｓｐｙ０１６０、Ｍ１株ＳＦ３７０からのＳＰｙ０１２８、Ｍ３株３１５からのＳｐｙＭ３＿０１００、Ｍ３株ＳＳＩからのＳＰｓ０１０２、Ｍ５単離体Ｍａｎｆｒｅｄｏからのｏｒｆ８０、Ｍ１８株８２３２からのｓｐｙＭ１８＿０１２８、Ｍ４９株５９１からのＳｐｙｏＭ０１０００１５３、Ｍ１２株Ａ７３５からの１９２２４１３７、Ｍ７７株ＩＳＳ４９５９からの線毛構造物サブユニット、Ｍ４４株ＩＳＳ３７７６からの線毛構造物サブユニット、Ｍ５０株ＩＳＳ３７７６  ＩＳＳ  ４５３８からの線毛構造物サブユニット、Ｍ１２株ＣＤＣ  ＳＳ６３５からの線毛構造物サブユニット、Ｍ２３株ＤＳＭ２０７１からの線毛構造物サブユニット、Ｍ６株ＣＤＣ  ＳＳ４１０からの線毛構造物サブユニット）の各々のアミノ酸配列の間のパーセント同一性を提供する。
【０４５４】
【表４５】
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例えば、第１の主な線毛サブユニットはＧＡＳ血清型Ｍ６株１０３９４の細菌から選択することができ、第２の主な線毛サブユニットはＧＡＳ血清型Ｍ１株３７０の細菌から選択することができる。表４５から理解できるように、細菌のこれらの株によってコードされる主な線毛サブユニットは、２３％のヌクレオチド同一性を共有するに過ぎない。細菌のこれらの株の各々からの線毛の主なサブユニットを含む免疫原性組成物は、ＧＡＳ株および血清型のより広い群全体にわたっての保護を供すると予測される。ＧＡＳ株および血清型のより広い範囲全体にわたっての増大した保護を供するために組み合わせて用いることができる主な線毛サブユニットの他の例は、２３％配列同一性を共有するＧＡＳ血清型Ｍ５  Ｍａｎｆｒｅｄｏ単離体および血清型Ｍ６株１０３９４、３８％配列同一性を共有するＧＡＳ血清型Ｍ１８株８２３２および血清型Ｍ１株３７０、６１％配列同一性を共有するＧＡＳ血清型Ｍ３株３１５および血清型Ｍ１２株Ａ７３５および２５％配列同一性を共有するＧＡＳ血清型Ｍ３株３１５および血清型Ｍ６株１０３９４を含む。
【０４５５】
表４５からも理解できるように、ＧＡＳに存在する主な線毛サブユニットの４つの型のアミノ酸配列は比較的異なっている。図１９８ないし２０１は、同一または異なるサブタイプ（ＧＡＳ  ＡＩ−１、ＧＡＳ  ＡＩ−２、ＧＡＳ  ＡＩ−３、およびＧＡＳ  ＡＩ−４）のアドヘシンアイランドを保有する他のＧＡＳ血清型に対して、異なるＧＡＳ血清型についてのアドヘシンアイランドがコードする表面露出タンパク質のパーセント同一性を比較するさらなる表を供する。また、後のさらなる議論参照。
【０４５６】
本発明のアドヘシンアイランドタンパク質での免疫は、実施例においてさらに議論する。
（ＧＢＳアドヘシンアイランドタンパク質の共発現および表面提示におけるＧＢＳ  ＡＩタンパク質の役割）
交差株および交差血清型保護のためのＧＢＳアドヘシンアイランドタンパク質の使用に加えて、本出願人らは、細菌の表面での表面タンパク質の送達または提示に影響するように見えるアドヘシンアイランドタンパク質の間の相互作用を同定した。
【０４５７】
特に、本出願人らは、ＧＢＳ  １０４の表面露出は、ＧＢＳ  ８０の同時発現に依存することを発見した。実施例２でさらに議論するように、ＡＩ−１の逆転写酵素ＰＣＲ分析は、ＡＩ遺伝子の全てがオペロンとして共転写されることを示す。本出願人らは、種々のＡＩ−１遺伝子のインフレーム欠失を含む一連の変異体ＧＢＳを構築した（ＧＢＳ変異体の概略は図７に示す）。抗ＧＢＳ  ８０−対−抗ＧＢＳ  １０４抗体を用いる平均シフト値を比較する種々の変異体のＦＡＣＳ分析を図８に示す。ＧＢＳ  ８０オペロンの除去はＧＢＳ  １０４の表面露出を妨げる；ＧＢＳ  １０４の除去はＧＢＳ  ８０の表面露出に影響しなかった。特定の理論に制限されるものではないが、ＧＢＳ  ８０はＧＢＳ  １０４の細菌の表面への輸送または局所化に関与すると考えられる。２つのタンパク質はオリゴマーカー化、またはそうでなければ会合させることができる。この会合は、ＧＢＳ細菌の表面へのその移動を容易とするＧＢＳ  １０４における高次構造変化に関与する可能性がある。
【０４５８】
ＧＢＳ  １０４を含む線毛構造物は、ＧＢＳ  １０４を欠く線毛構造物よりも低い分子量のものであるように見える。図６８は、ポリクローナル抗ＧＢＳ  １０４抗体（α−１０４  ＰＯＬＩＣとマークしたレーン参照）は、ポリクローナル抗ＧＢＳ  ８０抗体（α−ＧＢＳ  ８０  ＰＯＬＩＣとマークしたレーン参照）よりもより小さな構造物と交差−ハイブリダイズすることを示す。
【０４５９】
加えて、本出願人らは、ＧＢＳ  ８０が弱毒化を引き起こすことができることを示し、さらに、該タンパク質がビルレンスに寄与することを示唆する。実施例３においてより詳細に記載するように、Δ８０変異体およびΔ８０、Δ１０４二重変異体についてのＬＤ５０は、野生型およびΔ１０４変異体と比較して一桁だけ低下した。
【０４６０】
アドヘシンアイランド内のソルターゼもまた、表面タンパク質の局所化および提示において役割を演じるようである。実施例４でさらに議論するように、種々のソルターゼ欠失変異体のＦＡＣＳ分析は、ソルターゼＳＡＧ０６４８の除去がＧＢＳ  １０４が表面に到達するのを妨げ、ＧＢＳ  ８０の表面露出を僅かに低下させたことを示した。ソルターゼＳＡＧ０６４７およびソルターゼＳＡＧ０６４８が共にノックアウトされた場合、ＧＢＳ  ８０もＧＢＳ  １０４も表面に露出されなかった。いずれかのソルターゼ単独の発現は、ＧＢＳ  ８０が細菌の表面に到達するのに十分であった。しかしながら、ＳＡＧ０６４８の発現が、ＧＢＳ  １０４表面局所化で必要であった。
【０４６１】
従って、本発明の組成物は２以上のＡＩタンパク質を含むことができ、ここに、ＡＩタンパク質は物理的にまたは化学的に会合される。例えば、２つのＡＩタンパク質はオリゴマーを形成することができる。１つの実施形態において、会合されたタンパク質はＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４のような２つのＡＩ表面タンパク質である。会合されたタンパク質は、もしＡＩ表面タンパク質が組換え系で発現されるならば、宿主細胞アドヘシンアイランドタンパク質を含めた、異なるアドヘシンアイランドからのＡＩ表面タンパク質であり得る。例えば、会合したタンパク質はＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  ６７であり得る。
（他のグラム陽性菌からのアドヘシンアイランドタンパク質）
ＧＢＳアドヘシンアイランドの本出願人らの同定および分析、およびこれらのＡＩタンパク質およびそれらの線毛構造物の免疫学的および生物学的機能は、他のグラム陽性菌における同様な構造物への洞察を提供する。
【０４６２】
先に議論したように、「アドヘシンアイランド」または「ＡＩ」とは、表面タンパク質およびソルターゼの集合体をコードする細菌ゲノム内の一連のオープンリーディングフレームを言う。アドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質を含むアミノ酸配列をコードすることができる。アドヘシンアイランドは、少なくとも一つの表面タンパク質をコードすることができる。あるいは、アドヘシンアイランドは少なくとも２つの表面タンパク質、少なくとも１つのソルターゼをコードすることができる。好ましくは、アドヘシンアイランドは少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。１以上の表面タンパク質は（ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）のような）ＬＰＸＴＧモチーフ、または他のソルターゼ基質モチーフを含むことができる。１以上のＡＩ表面タンパク質は、グラム陽性菌の表面での線毛構造物の形成に参画することができる。
【０４６３】
本発明のグラム陽性アドヘシンアイランドは、好ましくは、多様に転写された転写調節因子を含む。転写調節因子はＡＩオペロンの発現を調節することができる。
【０４６４】
本発明は、１以上のグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質を含む組成物を含む。そのようなＡＩ表面タンパク質は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマー構造物にて会合することができる。
【０４６５】
本発明で用いられる好ましいグラム陽性アドヘシンアイランドタンパク質は、（Ｓ．ａｕｒｅｕｓのような）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、（Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅ（ＧＢＳ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ（ＧＡＳ）、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓ．ｍｕｔａｎｓのような）Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓおよびＥ．ｆａｅｃｉｕｍのような）Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅのような）Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、（Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓのような）Ｌｉｓｔｅｒｉａおよび（Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａのような）Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍに由来し得る。
【０４６６】
グラム陽性ＡＩ表面タンパク質配列の１以上は典型的には、ＬＰＸＴＧモチーフまたは他のソルターゼ基質モチーフを含む。本発明のグラム陽性ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞に接着し、それに侵入するグラム陽性菌の能力に影響し得る。ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞層を通って移動するグラム陽性菌の能力にやはり影響し得る。好ましくは、１以上のＡＩ表面タンパク質は上皮細胞表面に結合するか、あるいはそうでなければ会合することができる。グラム陽性ＡＩ表面タンパク質は、フィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンに結合することができるか、会合することができる。
【０４６７】
グラム陽性ＡＩソルターゼタンパク質は、ＬＰＸＴＧ含有表面タンパク質の分泌および係留に関与すると予測される。グラム陽性菌ＡＩは、少なくとも１つの表面露出タンパク質をコードすることができる。アドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質をコードすることができる。あるいは、グラム陽性菌ＡＩは少なくとも２つの表面露出タンパク質および少なくとも一つのソルターゼをコードすることができる。好ましくは、グラム陽性ＡＩは、少なくとも３つの表面露出タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。
【０４６８】
グラム陽性ＡＩ表面タンパク質は、ＡＩソルターゼのような、膜結合トランスペプチダーゼによって細菌細胞壁に共有結合することができる。ソルターゼは、好ましくは、ＬＰＸＴＧモチーフのスレオニンおよびグリシン残基の間の表面タンパク質を切断するように機能することができる。従って、ソルターゼは、スレオニンカルボキシル基およびリピドＩＩのような細胞壁前駆体の間のアミド結合の形成を助けることができる。次いで、前駆体は、細菌壁合成のグリコシル転移およびペプチド転移反応を介してペプチドグリカンに取り込むことができる。Ｃｏｍｆｏｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）７２（５）：２７１０−２７２２参照。典型的には、本発明のグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質は、細菌膜を横切っての表面タンパク質の移動を容易とするためにＮ−末端リーダーまたは分泌シグナルを含む。
【０４６９】
本発明のグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞のような、標的宿主細胞に接着し、それに侵入するグラム陽性菌の能力に影響し得る。グラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞層を通じて移動するグラム陽性菌の能力にやはり影響し得る。好ましくは、１以上のグラム陽性ＡＩ表面タンパク質は、上皮細胞表面に結合し、またはそうでなければ会合することができる。さらに、１以上のグラム陽性ＡＩ表面タンパク質はフィブリノーゲン、フィブロネクチンまたはコラーゲンタンパク質に結合することができる。
【０４７０】
１つの実施形態において、本発明は、グラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質を含むオリゴマーの線毛様構造物を含む組成物を含む。オリゴマーの線毛様構造物は、ＡＩ表面タンパク質の多数のユニットを含むことができる。好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は２以上のＡＩ表面タンパク質を含む。なおより好ましくは、オリゴマーの線毛様構造物は、少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、１４０、１５０、２００以上）オリゴマーサブユニットを含むハイパーオリゴマー線毛様構造物を含み、ここに、各サブユニットはＡＩ表面タンパク質またはその断片を含む。オリゴマーサブユニットはピリンモチーフ内の保存されたリシンと共有結合することができる。オリゴマーサブユニットは、ＬＰＸＴＧモチーフを介して、好ましくは、スレオニンアミノ酸残基を介して、共有結合することができる。
【０４７１】
本発明のオリゴマー線毛様構造物に取り込むべきグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質またはその断片は、好ましくは、保存されたリシン残基を含むピリンモチーフおよび保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスモチーフの一方または双方を含む。
【０４７２】
オリゴマー線毛様構造物は単独で、または本発明の組み合わせで用いることができる。１つの実施形態において、本発明はオリゴマー形態、好ましくは、ハイパーオリゴマー形態のグラム陽性菌アドヘシンアイランドを含む。
【０４７３】
本発明のオリゴマー線毛様構造物は、（同一または異なるグラム陽性種または属からの）１以上のさらなるグラム陽性ＡＩタンパク質と組み合わせることができる。１つの実施形態において、オリゴマー線毛様構造物は、第２のグラム陽性菌タンパク質と組み合わせた１以上のグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質を含む。第２のグラム陽性菌タンパク質は公知の抗原であってよく、ＡＩタンパク質と通常は会合させる必要がない。
【０４７４】
オリゴマー線毛様構造物は、グラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質を過剰発現する細菌培養物から単離しまたは精製することができる。従って、本発明は、グラム陽性菌からの発現されたオリゴマーアドヘシンアイランドタンパク質の増大したＡＩタンパク質の発現および単離に適合したグラム陽性菌を培養することを含む、オリゴマーアドヘシンアイランド表面抗原を製造する方法を含む。ＡＩタンパク質は上清への分泌物から収集することができ、あるいはそれは細菌表面から精製することができる。該方法は、さらに、発現されたアドヘシンアイランドタンパク質の精製を含むことができる。好ましくは、アドヘシンアイランドタンパク質はハイパーオリゴマー形態である。
【０４７５】
グラム陽性菌は、好ましくは、野生型発現レベルの少なくとも２倍（例えば、２，３、４、５、８、１０、１５，２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０また２００倍）だけＡＩタンパク質の発現を増加させるのに適合させる。
【０４７６】
グラム陽性菌は、遺伝子量を増加させる方法および遺伝子アップレギュレーションの方法を含めた、当該分野で公知の手段によってＡＩタンパク質の発現を増大させるように適合させることができる。そのような手段は、例えば、ＡＩタンパク質をコードするプラスミドでのグラム陽性菌の形質転換を含む。プラスミドは強力なプロモーターを含むことができるかまたは、それは、ＡＩタンパク質をコードする配列の複数コピーを含むことができる。所望により、グラム陽性菌ゲノム内のＡＩタンパク質コードする配列を欠失させることができる。あるいは、あるいは加えて、グラム陽性アドヘシンアイランドを調節するプロモーターを修飾して、発現を増加させることができる。
【０４７７】
本発明は、さらに、増大したレベルのＡＩ表面タンパク質を生産するのに適合させたグラム陽性菌を含む。とくに、本発明は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマーＡＩ表面タンパク質を生産するように適合させたグラム陽性菌を含む。１つの実施形態において、本発明のグラム陽性菌を不活化し、または減弱化させて、その表面に露出されたＡＩタンパク質を有する、全細菌のインビボ送達を可能にする。
【０４７８】
本発明は、さらに、その表面の線毛に組み込まれた増大したレベルの発現されたＡＩタンパク質を有するように適合させたグラム陽性菌を含む。グラム陽性菌は、シグナルペプチダーゼポリペプチドの発現レベルを増加させることによって、その表面でのオリゴマーまたはハイパーオリゴマーＡＩタンパク質の増大した露出を有するように適合させることができる。（ＧＡＳにおけるＬｅｐＡのような）グラム陽性菌での増大したレベルの局所シグナルペプチダーゼ発現は、グラム陽性菌の表面での線毛タンパク質の増大した露出をもたらすと予測される。グラム陽性菌におけるリーダーペプチダーゼの増大した発現は、遺伝子量の増大および遺伝子アップレギュレーションの方法のような当該分野で知られたいずれかの手段で達成することができる。増大したレベルのリーダーペプチダーゼを有するように適合させたグラム陽性菌は、加えて、増大したレベルの少なくとも１つの線毛タンパク質を発現するよう適合させることができる。
【０４７９】
あるいは、本発明のＡＩタンパク質はＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｄｏｎｉｉ（例えば、Ｂｙｒｄ  ｅｔ  ａｌ，”Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｃｏ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｂｙ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｖｅｃｔｏｒｓ”  Ｖａｃｃｉｎｅ（２００２）  ２０：２１９７−２２０５参照）またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ（例えば、Ｍａｎｎａｍ  ｅｔ  ａｌ．，”Ｍｕｃｏｓａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｍａｄｅ  ｆｒｏｍ  Ｌｉｖｅ，Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  Ｐｒｏｔｅｃｔｓ  Ｍｉｃｅ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｐｈａｒａｎｇｅａｌ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ”  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）  ７２（６）：３４４４−３４５０参照）のような非病原性グラム陽性菌の表面で発現させることもできる。Ｌ．ｌａｃｔｉｓがオリゴマーの形態で、かつその表面でＧＢＳおよびＧＡＳ  ＡＩポリペプチドを発現することは前記で既に示されている。
【０４８０】
あるいは、オリゴマー線毛様構造物は組換えにより生産することができる。もし組換え宿主細胞系で生産されればグラム陽性菌ＡＩ表面タンパク質は、好ましくは、本発明の１以上のＡＩソルターゼの発現と共調して発現される。そのようなＡＩソルターゼは、ＡＩ表面タンパク質サブユニットのオリゴマーまたはハイパーオリゴマー形成を容易とするであろう。
【０４８１】
本発明のグラム陽性ＡＩソルターゼは、典型的には、最初の７０アミノ酸残基内にシグナルペプチド配列を有する。それらは、Ｃ末端の５０アミノ酸残基内に膜貫通配列も含むことができる。ソルターゼは、最後の８アミノ酸内で少なくとも１つの塩基性アミノ酸残基を含むこともできる。好ましくは、ソルターゼは、触媒システインおよびヒスチジンのような１以上の活性部位の残基を有する。
【０４８２】
２以上のグラム陽性菌の属または種からのアドヘシンアイランド表面タンパク質を組み合わせて、さらにもう２つのグラム陽性菌の属または種の疾患または感染の予防的または治療的処置のための免疫原性組成物を提供することができる。所望により、アドヘシンアイランド表面タンパク質は、一緒にオリゴマーまたはハイパーオリゴマー構造物に会合させることができる。
【０４８３】
１つの実施形態において、本発明は、２以上のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種からのアドヘシンアイランド表面タンパク質を含む。例えば、本発明は、ＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質およびＧＡＳアドヘシンアイランド表面タンパク質を含む組成物を含む。もう１つの例として、本発明は、ＧＡＳアドヘシンアイランド表面タンパク質およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド表面タンパク質を含む組成物を含む。
【０４８４】
１つの実施形態において、本発明は、２以上のグラム陽性菌属からのアドヘシンアイランド表面タンパク質を含む。例えば、本発明は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓアドヘシンアイランドタンパク質およびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍアドヘシンアイランドタンパク質を含む組成物を含む。
【０４８５】
いくつかのグラム陽性菌におけるＡＩ配列の例を以下にさらに議論する。
（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（ＧＡＳ））
先に議論したように、本出願人らは少なくとも４つの異なるＧＡＳアドヘシンアイランドを同定した。これらのアドヘシンアイランドは、細菌のビルレンスにおいて重要である表面タンパク質をコードすると考えられ、本出願人らは、Ａ群連鎖球菌の表面でのハイパーオリゴマー線毛構造物のこれらのアドヘシンアイランドタンパク質の存在を明らかとする最初の電子顕微鏡写真を得た。
【０４８６】
Ａ群連鎖球菌は、咽頭炎およびインペチゴから生命を脅かす侵襲的疾患および壊死筋膜炎までの範囲の広く種々の疾患を引き起こすヒト特異的病原体である。加えて、ポスト−Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ自己免疫応答は子供においては依然として心臓病変の主な原因である。
【０４８７】
そのヒト宿主のＡ群連鎖球菌感染は一般に３つの相で起こり得る。第一の相は、細菌の宿主組織への付着および／または侵入、細胞外空間内での細菌の増殖を含む。一般には、この付着相は、喉または皮膚で開始する。感染した組織レベルがより深くなると、引き起こされ得る損傷はより重症になる。感染の第２の段階においては、細菌は可溶性トキシンを分泌し、これは、血管系を介して周囲の組織または全身さえ拡散する。このトキシンは感受性宿主細胞の受容体に結合し、これらの宿主細胞による不適切な免疫応答をトリガーし、その結果、病変をもたらす。トキシンは宿主全体に拡散できるため、ＧＡＳトキシンによって直接的に引き起こされた壊死は、身体上で、細菌感染から離れた部位に位置することができる。元の細菌が宿主系から一掃されてから長時間の後、ＧＡＳ感染の最後の相が起こり得る。この段階においては、宿主の以前の免疫は、ＧＡＳ表面タンパク質Ｍのエピトープ、および心臓のような宿主組織のエピトープの間の交差反応性のためＧＡＳ細菌に応答する。ＧＡＳ感染の一般的なレビューはＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ，Ｇｒｏｉｓｍａｎ  ｅｄ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５（２００１）に見出すことができる。
【０４８８】
ＧＡＳ感染のより後の段階に関連する病原効果を妨げるために、ＧＡＳに対する効果的なワクチンは、最初の付着および侵入段階の間に細菌の宿主排除を好ましくは容易とする。
【０４８９】
Ａ群連鎖球菌の単離体は、歴史的には、前記したＭ表面タンパク質に従って分類される。Ｍタンパク質は、一般には、アルファラセン形成において複合体化された２つのポリペプチド鎖を含む表面露出トリプシン−感受性タンパク質である。カルボキシル末端は細胞質膜中に係留され、これは、全てのＡ群連鎖球菌の間で高度に保存されている。細胞壁を通って細胞表面まで延びるアミノ末端は、Ｍタンパク質の８０以上の血清型の間で観察される抗原性の変動を担う。
【０４９０】
分類の第２の層は、通常はＴ−抗原と言われる可変トリプシン−耐性表面抗原に基づく。ＭおよびＴ血清学的型分けに基づく疫学の数十年は、Ａ群連鎖球菌の生物学的多様性および疾患を引き起こす能力についての研究が中心であった。Ｍ−タンパク質成分およびその固有の差異は広く特徴付けられてきたが、５０年間の研究の後でさえ、Ｔ−抗原の構造および変動については依然としてほとんど知られていない。Ｔ型を規定する抗血清は、Ｓｅｖａｐｈａｒｍａ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｅｖａｐｈａｒｍａ．ｃｚ／ｅｎ）を含めたいくつかの源から商業的に入手可能である。
【０４９１】
ＧＡＳ（Ｄ７４１）のＭ６株からのＴ−抗原の１つの形態、Ｔ−型６をコードする遺伝子はクローン化され、特徴付けられ、ほぼ１１ｋｂのコードに可変な病原性アイランドにマップされる。Ｓｃｈｎｅｅｗｉｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９０）  １７２（６）：３３１０−３３１７。このアイランドはフィブロネクチン結合、コラーゲン結合Ｔ−抗原（ＦＣＴ）領域として知られている。なぜならば、それは、Ｔ６コーディング遺伝子（ｔｅｅ６）に加えて、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）結合タンパク質についてコードする遺伝子のファミリーのメンバーを含むからである。Ｂｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）  ７０（３）：１１５９−１１６７。この遺伝子ファミリーのタンパク質産物のいくつかは、フィブロネクチンおよび／またはコラーゲンに直接的に結合することが示されている。Ｈａｎｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９２）  ６０（１２）：５１１９−５１２５；Ｔａｌａｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９２（６０（９）：３８３７−３８４４；Ｊａｆｆｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）  ２１（２）：３７３−３８４；  Ｒｏｃｈａ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｄｖ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  Ｂｉｏｌ．（１９９７）  ４１８：７３７−７３９；Ｋｒｅｉｋｅｍｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ（２００４）  ２７９（１６）：１５８５０−１５８５９；  Ｐｏｄｂｉｅｌｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９９）  ３１（４）：１０５１−６４；およびＫｒｅｉｋｅｍｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２００４）  ２９４（２−３）：１７７−８８を参照のこと。いくつかの場合に、付着および侵入におけるこれらのタンパク質の役割に対する直接的な証拠が得られている。
【０４９２】
ｔｅｅ６遺伝子の組換え産物に対する抗血清を本出願人らは生起させ、それを用いてＭ６株ＩＳＳ３６５０におけるＴ６の発現を調べた。この株のムタノリシン抽出物のイムノブロットにおいて、該抗血清は、ｔｅｅ６遺伝子産物の予測される分子質量に対応するバンドに加えて、約１００ｋＤａから、用いた３ないし８％グラジエントゲルの分解能を超えるまでの移動度の範囲の非常に高い分子量のラダーを認識した。図１６３Ａ、「Ｍ６＿Ｔｅｅ６」とマークした最後のレーン参照。
【０４９３】
高分子量産物のこのパターンは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（前記）において、および従前に、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅで同定された線毛のタンパク質成分のイムノブロットで観察されたのと同様である。ｔｅｅ６の産物に対して特異的な抗血清を用いる株Ｍ６  ＩＳＳ３６５０の電子顕微鏡観察は、豊富な表面染色、および細菌表面から７００ナノメートルまで延びる長い線毛様構造物を明らかとし、これは、元のＬａｎｃｅｆｉｅｌｄ血清型分けシステムで認識された抗原の１つであるＴ６タンパク質はＧＡＳアドヘシンアイランド（ＧＡＳ  ＡＩ−１）内に位置し、長い共有結合により連結された線毛構造物を形成することを明らかとした。図１６３Ｉ参照。
【０４９４】
ｔｅｅ６遺伝子に加えて、Ｍ６＿ＩＳＳ３６５０（ＧＡＳ  ＡＩ−１）におけるＦＣＴ領域は、表面露出タンパク質をコードすると予測される２つの他の遺伝子（ｐｒｔＦ１およびｃｐａ）を含有し；これらのタンパク質は細胞壁付着モチーフＬＰＸＴＧを含有するものとして特徴付けられる。ＰｒｔＦ１に特異的な抗血清を用いるウエスタンブロット分析は、タンパク質の予測された分子質量に対応する電気泳動移動度を持つ単一の分子種、および未知の起源の１つのより小さなバンドを検出した。Ｃｐａに対して特異的な抗血清を用いるウエスタンブロット分析は、高分子量の共有結合により連結されたラダーを認識した（図１６３Ａ、第２のレーン）。特異的抗血清でのＣｐａの免疫金標識、続いての透過型電子顕微鏡観察により、細胞表面におけるＣｐａの豊富性、および細胞表面から延びる偶然に過ぎない構造物が検出された（図１６３Ｊ）。
【０４９５】
ＦＣＴ領域の４つのクラスは、該領域内に含まれる遺伝子のタイプおよび順序によって識別することができる。Ｍ３、Ｍ５、Ｍ１８およびＭ４９型の株のＦＣＴ領域は同様な組織化を有し、他方、Ｍ６、Ｍ１およびＭ１２のそれは異なる。図１６４参照。後に議論するように、これらの４つのＦＣＴ領域は４つのＧＡＳアドヘシンアイランド型（ＡＩ−１、ＡＩ−２、ＡＩ−３、およびＡＩ−４）に相関する。
【０４９６】
株Ｍ６＿ＩＳＳ３６５０のＦＣＴ領域における線毛をコードする遺伝子の本出願人らの発見は、他の３つのＦＣＴ変種を表す異なるＭ−型（Ｍ１＿ＳＦ３７０、Ｍ５＿ＩＳＳ４８８３およびＭ１２＿２００１０２９６）を有する３つの他のＧＡＳ株の変種ＦＣＴ領域における予測される表面露出タンパク質を調べることを促進した。各細菌のＦＣＴ領域に存在する各遺伝子をクローン化し、発現させた。次いで、各組換えタンパク質に特異的な抗血清を用いて、各株（６）のムタノリシン抽出物をプローブした。Ｍ１株ＳＦ３７０においては、３つの予測される表面タンパク質がある（（Ｍ１＿１２６およびＧＡＳ  １５とも言われる）Ｃｐａ、Ｍ１＿１２８（Ｓｐｙ０１２８およびＧＡＳ  １６とも言われる線毛タンパク質）、および（Ｓｐｙ０１３０およびＧＡＳ  １８とも言われる）Ｍ１＿１３０）（ＧＡＳ  ＡＩ−２）。各表面タンパク質に特異的な抗血清は、高分子量の物質のラダーと反応した（図１６３Ｂ）。Ｍ１＿１２８に特異的な抗血清でのＭ１株ＳＦ３７０の免疫金染色は、Ｍ６株ＩＳＳ３６５０をｔｅｅ６に特異的な抗血清で免疫金染色した場合に観察されるのと同様な線毛構造物を明らかとした（図１１６３Ｋ参照）。表面タンパク質ＣｐａおよびＭ１＿１３０に特異的な抗血清は、豊富な表面染色、およびＭ１株ＳＦ３７０細菌の表面から延びる偶然の構造物を明らかとした（図１６３Ｓ）。
【０４９７】
Ｍ１＿１２８タンパク質は、ＣｐａおよびＭ１＿１３０タンパク質の重合に必要なように見える。もしＭ１＿ＳＦ３７０におけるＭ１＿１２８遺伝子を欠失すれば、ＣｐａおよびＭ１＿１３０にハイブリダイズする抗体を用いるウエスタンブロット分析は、もはや、ＣｐａおよびＭ１＿１３０タンパク質を含む高分子量ラダーを検出しなかった（図１６３Ｅ）。また、抗Ｍ１＿１３０抗血清（図１７７Ａ）、抗Ｍ１＿１２８抗血清（図１７７Ｂ）、および抗Ｍ１＿１２６抗血清（図１７７Ｃ）を用いるＭ１＿１２８（Δ１２８）欠失細菌のウエスタンブロット分析の結果を供する図１７７ＡないしＣも参照されたし。Ｍ１株ＳＦ３７０の表面での線毛形成を示す高分子量ラダーは、Δ１２８細菌における３つの抗血清のいずれによっても検出できなかった。もしΔ１２８細菌を、Ｍ１＿１２８についての遺伝子を含有するプラスミドで形質転換すれば、ＣｐａおよびＭ１＿１３０に特異的な抗血清を用いるウエスタンブロット分析は、再度、高分子量ラダーを検出した（図１６３Ｈ）。
【０４９８】
ウエスタンブロット分析と合致して、免疫電子顕微鏡観察は、Ｍ１＿１２８抗血清を用いてΔ１２８株ＳＦ３７０細菌で線毛アセンブリを検出しなかった（図１７８Ｂ）。Δ１２８  ＳＦ３７０細菌は線毛を形成できなかったが、ソルターゼ基質モチーフを含むＭ１＿１２６（ｃｐａ）およびＭ１＿１３０は細菌の表面に存在した。Ｍ１＿１２８欠失（Δ１２８）株ＳＦ３７０細菌のＦＡＣＳ分析もまた、Δ１２８株ＳＦ３７０細菌の表面でＭ１＿１２６およびＭ１＿１３０を共に検出した。Ｍ１＿１２６およびＭ１＿１３０に対して免疫反応性である抗体をΔ１２８細菌で用いる場合に、蛍光におけるシフトを示す図１７９ＤおよびＦ参照。予測されたように、Ｍ１＿１２８に対して免疫反応性である抗体をΔ１２８細菌で用いる場合に、蛍光におけるシフトは実質的に観察されない（図１７９Ｅ）。
【０４９９】
対照的に、Ｍ１＿１３０遺伝子の欠失は、Ｍ１＿１２８の重合に影響しなかった（図１６３Ｆ）。また、抗Ｍ１＿１３０（図１７７Ａ）、抗Ｍ１＿１２８（図１７７Ｂ）、および抗Ｍ１＿１２６抗血清（図１７７Ｃ）を用いるＭ１＿１３０欠失（Δ１３０）株ＳＦ３７０細菌のウエスタンブロット分析結果を供する図１７７ＡないしＣも参照されたし。抗Ｍ１＿１２８および抗Ｍ１＿１２６抗血清は、共に、Δ１３０株ＳＦ３７０細菌における高分子量ラダーの存在を検出し、これは、Δ１３０細菌が、Ｍ１＿１３０の非存在下でＭ１＿１２６およびＭ１＿１２８ポリペプチドを含む線毛を形成することを示す。予測されるように、Ｍ１＿１３０と免疫反応性である抗血清でプローブしたウエスタンブロットは、Δ１３０細菌についてのいずれのタンパク質も検出しなかった（図１７７Ａ）。
【０５００】
よって、ＧＡＳにおける線毛の組成は、各線毛が、ＥＭにおける線毛を豊富に染色し、他の成分の取込みに必須である骨格成分によって形成される点で、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ（７，８）、およびＳ．ａｇａｌａｃｔｉａｅ（前記）（９）双方について従前に記載されたのと似ている。
【０５０１】
また、Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａと同様にＭ１＿ＳＦ３７０のＦＣＴ領域からのｓｒｔＣ１遺伝子の排除は、全ての３つのタンパク質の重合および線毛の組立を無くした（図１６３Ｇ）。また、抗Ｍ１＿１３０（図１７７Ａ）、抗Ｍ１＿１２８（図１７７Ｂ）、および抗Ｍ１＿１２６抗血清（図１７７Ｃ）を用いるＳｒｔＣ１欠失（ΔＳｒｔＣ１）株ＳＦ３７０細菌のウエスタンブロット分析を供する図１７７ＡないしＣも参照されたし。３つの抗血清のいずれも、ΔＳｒｔＣ１細菌における高分子量構造物（線毛）と免疫反応しなかった。ＳｒｔＣ１遺伝子の欠失が株ＳＦ３７０における線毛アセンブリを無くしたことを確認し、Ｍ１＿１２８に対する抗血清を用いる免疫電子顕微鏡観察は、細菌表面での線毛の形成を検出しなかった。図１７８Ｃ参照。組み立てられた線毛はΔＳｒｔＣ１  ＳＦ３７０で検出されなかったが、Ｍ１＿１２８タンパク質はＳＦ３７０の表面で検出できた。かくして、ＳｒｔＣ１欠失はＳＦ３７０細菌の表面での線毛アセンブリを妨げるように見えたが、細菌細胞壁への、線毛を含むタンパク質の係留を妨げなかったようである。ΔＳｒｔＣ１株ＳＦ３７０のＦＡＣＳ分析は、ＳｒｔＣ１の欠失は、Ｍ１＿１２６、Ｍ１＿１２８またはＭ１＿１３０の細胞表面発現を排除しないことを確認した。Ｍ１＿１２６（図１７９Ｇ）、Ｍ１＿１２８（図１７９Ｈ）、およびＭ１＿１３０（図１７９Ｉ）に対して免疫反応性である抗体を用いて、ΔＳｒｔＣ１細菌での細胞表面タンパク質の発現を検出する場合に、蛍光のシフトを示す図１７９ＧないしＩ参照。かくして、ＳｒｔＣ１欠失は、線毛の形成を妨げたが、細菌の表面での線毛形成に関与するタンパク質の表面係留を妨げない。もう１つのソルターゼは、恐らく、タンパク質の細菌表面への係留に関与する。Ｃ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅにおける線毛重合もまた、その遺伝子は線毛成分と同一の遺伝子座に存在する特定のソルターゼ酵素にやはり依存する（７，８）。
【０５０２】
ＬｅｐＡシグナルペプチダーゼ、Ｓｐｙ０１２７もまた、株ＳＦ３７０における線毛アセンブリで必須であるように見える。株ＳＦ３７０のＬｅｐＡ欠失変異体（ΔＬｅｐＡ）は細胞表面で線毛を組み立てられない。ΔＬｅｐＡ変異体は線毛を組み立てられないのみならず、細胞表面Ｍ１発現が欠乏している。Ｍ１抗血清を用いる野生型（Ａ）およびΔＬｅｐＡ変異体（Ｂ）ＳＦ３７０細菌のＦＡＣＳ分析を供する図１８０参照。Ｍ１免疫血清の存在下で、ΔＬｅｐＡ変異体細菌で蛍光のシフトは観察されない。ＬｅｐＡのこれらの欠失変異体は、ＧＡＳ、またはいずれかのグラム陽性菌の表面で非−Ｍ、非−線毛、表面露出抗原を検出するのに有用である。これらの抗原は免疫原性組成物でも有用であり得る。
【０５０３】
線毛はＭ５株ＩＳＳ４８８２およびＭ１２株２００１０２９６でも観察された。Ｍ５株ＩＳＳ４８８２は、４つの予測される表面露出タンパク質（ＧＡＳ  ＡＩ−３）についての遺伝子を含む。Ｍ５＿ＩＳＳ４８８３（Ｃｐａ、Ｍ５＿ｏｒｆ８０、Ｍ５＿ｏｒｆ８２）のＦＣＴ領域（ＧＡＳ  ＡＩ−３）の４つの産物のうち３つに対する抗血清は、ウエスタンブロット分析において高分子量ラダーを染色した（図１６３Ｃ）。Ｍ５＿ｏｒｆ８０に対する抗血清を免疫金染色、続いての、電子顕微鏡観察で用いた場合、長い線毛が見えた（図１６３Ｌ）。
【０５０４】
Ｍ１２株２００１０２９６は５つの予測される表面露出タンパク質についての遺伝子を含む。（ＧＡＳ  ＡＩ−４）。Ｍ１２＿２００１０２９６（Ｃｐａ、ＥｆｔＬＳＬ．Ａ、Ｏｒｆ２）のＦＣＴ領域（ＧＡＳ  ＡＩ−４）の５つの産物のうち３つに対する抗血清は、ウエスタンブロット分析において高分子量ラダーを染色した（図１６３Ｄ）。ＥｆｔＬＳＬ．Ａに対する抗血清を用いた場合に、長い線毛が見えた（図１６３Ｍ）。
【０５０５】
本出願人らによって研究された４つの株（Ｔ６、Ｍ１＿１２８、Ｍ５＿ｏｒｆ８０およびＥｆｔＬＳＬ．Ａ）で同定された主な線毛形成タンパク質は、いずれの対様式の比較においても２３％および６５％の間のアミノ酸同一性を共有し、これは、各線毛が異なるＬａｎｃｅｆｉｅｌｄ  Ｔ抗原を表すことができることを示す。Ｌａｎｃｅｆｉｅｌｄ  Ｔ抗原で当てはまるように、各線毛はＧＡＳ細菌表面のトリプシン耐性構造物の一部である。トリプシンで処理された、または処理されていないＦＣＴ型の各々を保有する細菌のＦＡＣＳ分析を供する図１６５参照（６）。処理に続き、線毛タンパク質、細菌の各Ｍタンパク質または線毛に関連しない表面タンパク質に特異的な抗体を用いる間接的免疫蛍光およびフローサイトメトリーによって線毛タンパク質の表面発現をアッセイした（図１６５）。線毛に関連するタンパク質に特異的な血清での細胞の染色はトリプシン処理によって影響されず、他方、トリプシン処理は、Ｍ−タンパク質または線毛に関連しない表面タンパク質の検出を実質的に低下させた。
【０５０６】
ＧＡＳ細菌の表面で同定された線毛構造物は、商業的に入手可能なＴ−セロタイピング血清が細菌の表面で線毛を検出した場合に、Ｌａｎｃｅｆｉｅｌｄ  Ｔ抗原であることが確認された。ウエスタンブロット分析を最初に行って、（Ｔ、Ｕ、Ｗ、ＸおよびＹと命名された）多価血清プールが、前記した細菌の株で同定された主な線毛成分（Ｔ６、Ｍ１＿１２８、Ｍ５＿ｏｒｆ８０およびＥｆｔＬＳＬ．Ａ）の各々で組換えタンパク質を検出できるかを決定した。Ｔ６血清を含有するプールＵは、Ｔ６タンパク質を特異的に認識した（ＧＡＳ  ＡＩ−１からの表面露出線毛タンパク質）（図１６６Ｂ）。プールＴはＭ１＿１２８を特異的に認識した（ＧＡＳ  ＡＩ−２からの表面露出線毛タンパク質）（図１６６Ａ）。プールＷはＭ５＿ｏｒｆ８０およびＥｆｔＬＳＬ．Ａを共に認識した（図１６６Ｃ）。各多価プールの成分の各々の一価血清代表を用い、本出願人らは（ＧＡＳ  ＡＩ−１からの表面露出線毛タンパク質に対応する）Ｔ６抗原の特異性を確認し（図１６６Ｅ）、（ＧＡＳ  ＡＩ−２からの表面露出線毛タンパク質に対応する）抗原Ｔ１としてのＭ１＿１２８（図１６６Ｄ）、（ＧＡＳ  ＡＩ−４からの表面露出線毛タンパク質に対応する）抗原Ｔ１２としてのＥｆｔＬＳＬ．Ａ（図１６６Ｇ）および（ＧＡＳ  ＡＩ−３からの表面露出線毛タンパク質に対応する）関連血清Ｔ５、Ｔ２７およびＴ４４によって認識される共通抗原としてのＭ５＿ｏｒｆ８０を同定した。
【０５０７】
Ｍ１＿ＳＦ３７０からのＭ１＿１２８遺伝子の欠失が線毛形成を無くするという前記で議論した出願人の観察を確認し、プールＴ血清は全Ｍ１＿ＳＦ３７０細菌を染色した（図１６６Ｈ）が、Ｍ１＿１２８遺伝子を欠くＭ１＿ＳＦ３７０細菌を染色しなかった（図１６６Ｉ）。
【０５０８】
上で議論したように、本出願人らは、少なくとも４つの異なるＡ群連鎖球菌アドヘシンアイランドを同定した。これらのＧＡＳ  ＡＩ配列は多数のＭ型で同定できるが、本出願人らは、驚くべきことに、４つの異なるＧＡＳ  ＡＩ型からの４つの主な線毛サブユニット、および特異的Ｔ分類の間の相関を発見した。他のトリプシン−耐性表面露出タンパク質もまたＴ分類命名に関連するようであるが、Ｔ分類およびＧＡＳ血清型の相違におけるＧＡＳアドヘシンアイランド（および関連する超−オリゴマー線毛様構造物）の役割の発見は、ＧＡＳ感染の予防および治療のための重要な意味を有する。本出願人らは、線毛形成に関連するＧＡＳアドヘシンアイランドの各々の内のタンパク質成分を同定した。これらのタンパク質は細菌の初期の付着メカニズムに関与すると考えられる。これらのタンパク質の免疫学的認識は、宿主免疫応答が、感染のより病原性後期段階への細菌の移動を遅くし、または妨げるのを可能とすることができる。加えて、ＧＡＳ線毛はバイオフィルムの形成に関与し得る。本出願人らは、ＧＢＳ線毛構造物がバイオフィルム（しばしば、エキソ多糖マトリックスに包まれた表面で増殖する細菌の集団）の形成に関係するように見えることを発見した。バイオフィルムは一般には細菌耐性に関連する。というのは、抗生物質処置および宿主免疫応答は、しばしば、バイオフィルムの細菌成分の全てを根絶できないからである。細菌付着の最初の工程の間に（すなわち、完全なバイオフィルム形成の前に）露出された表面タンパク質に対する宿主免疫応答の指令が好ましい。
【０５０９】
本発明は、従って、宿主上皮細胞へのそれらの初期の付着努力の間にＧＡＳ細菌を標的化することができるＧＡＳ感染に対する改良された免疫原性組成物を提供し、これは、広い範囲のＧＡＳ血清型に対する保護を提供することができる。本発明の免疫原性組成物は、オリゴマーまたはハイパーオリゴマー（線毛）形態に処方することができるＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質を含む。本発明はＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の組合せも含む。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の組合せは同一アドヘシンアイランドから選択することができるか、あるいは異なるＧＡＳアドヘシンアイランドから選択することができる。
【０５１０】
本発明は、第１のＧＡＳ  ＡＩタンパク質および第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここに、該第１および第２のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は異なるＧＡＳアドヘシンアイランドに由来する。例えば、本発明は、少なくとも２つのＧＡＳ  ＡＩタンパク質を含む組成物を含み、ここに、ＧＡＳ  ＡＩタンパク質はＧＡＳ  ＡＩ−１およびＡＩ−２；ＧＡＳ  ＡＩ−１およびＧＡＳ  ＡＩ−３；ＧＡＳ  ＡＩ−１およびＧＡＳ  ＡＩ−４；ＧＡＳ  ＡＩ−２およびＧＡＳ  ＡＩ−３；ＧＡＳ  ＡＩ−２およびＧＡＳ  ＡＩ−４；およびＧＡＳ  ＡＩ−３およびＧＡＳ  ＡＩ−４よりなる群から選択されるアドヘシンアイランドによってコードされる。好ましくは、２つのＧＡＳ  ＡＩタンパク質は異なるＴ−型に由来する。
【０５１１】
ＧＡＳアドヘシンアイランド配列の模式的配置を図１６２に記載する。全ての株において、ＡＩ領域には、高度に保存されたオープンリーディングフレームＭ１＿１２３およびＭ１−１３６が近接する。各遺伝子座における３および５の間の遺伝子は、ＬＰＸＴＧモチーフを含む表面タンパク質をコードする。これらの表面タンパク質は、全て、ＥＣＭ結合アドヘシンをコードする遺伝子のファミリーに属する。
【０５１２】
アドヘシンアイランド配列はＡ群連鎖球菌の多数のＭ型において同定することができる。Ｍ１、Ｍ６、Ｍ３、Ｍ５、Ｍ１２、Ｍ１８、およびＭ４９血清型内のＡＩ配列の例を以下に議論する。
【０５１３】
ＧＡＳアドヘシンアイランドは、一般には、表面タンパク質およびソルターゼの集合体をコードするＧＡＳゲノム内の一連のオープンリーディングフレームを含む。ＧＡＳアドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質を含むアミノ酸配列をコードすることができる。あるいは、ＧＡＳアドヘシンアイランドは、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードすることができる。好ましくは、ＧＡＳアドヘシンアイランドは、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。表面タンパク質の１以上は（ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）のような）ＬＰＸＴＧモチーフ、または他のソルターゼ基質モチーフを含むことができる。１以上のＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質は、グラム陽性菌の表面での線毛構造物の形成に参画することができる。
【０５１４】
本発明のＧＡＳアドヘシンアイランドは、好ましくは、多岐転写型転写調節因子を含む。転写調節因子はＧＡＳ  ＡＩオペロンの発現を調節することができる。ＧＡＳ  ＡＩ配列で見出された転写調節因子の例はＲｏｆＡおよびＮｒａを含む。
【０５１５】
ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質はフィブリノーゲン、フィブロネクチン、またはコラーゲンに結合するか、またはそうでなければ、接着することができる。ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の１以上は線毛構造物サブユニットを含むことができる。
【０５１６】
ＧＡＳ  ＡＩ表面タンパク質の１以上は、ＬＰＸＴＧモチーフまたは他のソルターゼ基質モチーフを含むことができる。ＬＰＸＴＧモチーフに続いて、疎水性領域および荷電Ｃ末端とすることができ、これは、細胞膜中のタンパク質を遅くして、膜−局所化ソルターゼによる認識を容易とすると考えられる。Ｂａｒｎｅｔｔ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ（２００４）１８６（１７）：５８６５−５８７５参照。
【０５１７】
ＧＡＳ  ＡＩ配列は、一般には、アイランド内のソルターゼ配列の数および型、およびアイランド内の（ＲｏｆＡおよびｃｐａを例外として）他のタンパク質のパーセンテージ同一性に応じて型１、型２、型３または型４にカテゴリー化することができる。図１６７は、ＧＡＳの種々の株および血清型のアドヘシンアイランド内で同定されたソルターゼ配列の数および型を示すチャートを提供する。この図面において分かるように、全てのＧＡＳ株および血清型は、これまでは、ＡＩ−１がＳｒｔＢ型ソルターゼを有するように特徴づけ、全てのＧＡＳ株および血清型は、これまでは、ＡＩ−２がＳｒｔＢおよびＳｒｔＣ１型ソルターゼを有するように特徴付け、全てのＧＡＳ株および血清型は、これまでは、ＡＩ−３がＳｒｔＣ２型ソルターゼを有するように特徴付けおよび全てのＧＡＳ株および血清型は、かくして、ＡＩ−４がＳｒｔＢおよびＳｒｔＣ２型ソルターゼを有するように遠くを特徴付ける。アドヘシンアイランド内の配列のパーセンテージ同一性の比較は表４５に掲げる。前記参照。
（１）Ｍ６内のアドヘシンアイランド配列：ＧＡＳアドヘシンアイランド１（「ＧＡＳ  ＡＩ−１」）
Ｍ６血清型（ＭＧＡＳ１０３９４）内のＧＡＳアドヘシンアイランドを以下の表４において概略を示す。このＧＡＳアドヘシンアイランド１（「ＧＡＳ  ＡＩ−１」）は表面タンパク質、ｓｒｔＢソルターゼおよびｒｏｆＡ多岐転写型転写調節因子を含む。
【０５１８】
ＧＡＳ  ＡＩ―１表面タンパク質はＳｐｙ０１５７（フィブロネクチン結合タンパク質）、Ｓｐｙ０１５９（コラーゲン接着タンパク質）およびＳｐｙ０１６０（線毛構造物サブユニット）を含む。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）またはＬＰＸＳＧ（配列番号１３４）（スレオニンのセリンでの保存的置換）のようなＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフを含む。
【０５１９】
ＧＡＳ  ＡＩ−１はｓｒｔＢ型ソルターゼを含む。ＧＡＳ  ｓｒｔＢソルターゼは、好ましくは、ＬＰＳＴＧモチーフ（配列番号１６６）を持つ表面タンパク質を係留することができ、特に、ここに、該モチーフにはセリンが続く。
【０５２０】
【表４】
2011206061.tif 000012
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０は、オリゴマー（線毛）構造物の一部としてＧＡＳの表面に存在するように見える。図１２７ないし１３２は、抗Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０抗血清を用いてＭ６＿Ｓｐｙ０１６０について免疫金染色したＧＡＳ血清型Ｍ６株３６５０の電子顕微鏡写真を示す。金粒子で標識されたオリゴマーまたはハイパーオリゴマー構造物は、これらの図面の各々においてＧＡＳの表面から延びているのを見ることができ、これは、オリゴマーまたはハイパーオリゴマー構造物における複数のＭ６＿Ｓｐｙ０１６０ポリペプチドの存在を示す。図１７６ＡないしＦは、抗Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０抗血清を用いてＭ６＿Ｓｐｙ０１６０について免疫金染色された（図１７６ＡないしＥ）、あるいは抗Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９抗血清を用いてＭ６＿Ｓｐｙ０１５９について免疫金染色された（図１７６Ｆ）ＧＡＳ  Ｍ６株２７２４の電子顕微鏡写真を表す。金粒子で標識されたオリゴマーまたはハイパーオリゴマー構造物は、再度、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０について免疫金染色されたＭ６株２７２４  ＧＡＳ細菌の表面から延びているのを見ることができる。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９もまたＭ６株２７２４  ＧＡＳの表面で検出される。
【０５２１】
ＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質ｓｐｙＭ６＿０１５９およびｓｐｙＭ６＿０１６０が、事実、ＧＡＳの表面で発現されることを確認した。図７３は、ＧＡＳ血清型Ｍ６  ２７２４、Ｍ６  ３６５０、およびＭ６  ２８９４の各々でのｓｐｙＭ６＿０１５９の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を提供する。蛍光におけるシフトは、抗ｓｐｙＭ６＿０１５９抗血清が存在する場合に各ＧＡＳ血清型について観察され、細胞表面発現を示す。以下の表１８は、免疫前抗血清、抗ｓｐｙＭ６＿０１５９抗血清の存在下における各ＧＡＳ血清型について得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ｓｐｙＭ６＿０１５９抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５２２】
【表１８】
2011206061.tif 000013
図７４は、ＧＡＳ血清型Ｍ６  ２７２４、Ｍ６  ３６５０、およびＭ６  ２８９４の各々でのｓｐｙＭ６＿０１６０の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を提供する。抗ｓｐｙＭ６＿０１６０抗血清の存在下で、蛍光におけるシフトが各ＧＡＳ血清型について観察され、これはその細胞表面発現を示す。以下の表１９は、免疫前抗血清、抗ｓｐｙＭ６＿０１６０抗血清の存在下における各ＧＡＳ血清型で得られたＦＡＣＳ蛍光値および免疫前抗血清および抗ｓｐｙＭ６＿０１６０抗血清の間の蛍光値の変化を定量的にまとめる。
【０５２３】
【表１９】
2011206061.tif 000014
Ｍ６血清型ＧＡＳでのＭ６＿ｓｐｙ０１５９およびＭ６＿Ｓｐｙ０１６０の表面発現もまた、ウエスタンブロット分析によって確認された。図９８は、免疫前血清（Ｐ  α−０１５９）はＧＡＳ血清型Ｍ６においてＭ６＿Ｓｐｙ０１５９の発現を検出しないが、抗Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９免疫血清（Ｉ  α−０１５９）が、合計ＧＡＳ  Ｍ６抽出物（Ｍ６  ｔｏｔ）および細胞表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ６画分（Ｍ６  ｓｕｒｆ  ｐｒｏｔ）双方においてＭ６＿Ｓｐｙ０１５９タンパク質を検出できることを示す。合計ＧＡＳ  Ｍ６抽出物または表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ６抽出物で検出されたＭ６＿Ｓｐｙ０１５９タンパク質もまた高分子量構造物として存在し、これは、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９がオリゴマー（線毛）形態であり得ることを示す。
【０５２４】
図１１２は、免疫前血清（プレ免疫抗１０６）はＧＡＳ血清型Ｍ６株２７２４においてＭ６＿Ｓｐｙ０１６０の発現を検出しないが、抗Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０免疫血清（抗１６０）は、合計ＧＡＳ  Ｍ６株２７２４抽出物（Ｍ６  ２７２４  ｔｏｔ）および表面タンパク質は豊富となったＧＡＳ  Ｍ６株２７２４画分双方で検出することを示す。合計ＧＡＳ  Ｍ６株２７２４抽出物、または表面タンパク質は豊富となったＧＡＳ  Ｍ６株２７２４抽出物で検出されたＭ６＿Ｓｐｙ０１６０タンパク質はやはり高い分子量構造物として存在し、これは、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０がオリゴマー（線毛）形態で存在できることを示す。
【０５２５】
図１１０および１１１は、共に、ＧＡＳの表面での高分子量構造物におけるＭ６＿Ｓｐｙ０１５９およびＭ６＿Ｓｐｙ０１６０の存在をさらに証明する。図１１０は、表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ６株２７２４抽出物におけるＭ６＿Ｓｐｙ０１５９およびＭ６＿Ｓｐｙ０１６０を検出するために行われるウエスタンブロットを供する。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９（抗１５９）またはＭ６＿Ｓｐｙ０１６０（抗１６０）いずれかに対して生起された抗血清は、これらの抽出物において高分子量構造物（線毛）と交差−ハイブリダイズする。図１１１は、表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ６株３６５０抽出物における高分子量構造物でのＭ６＿Ｓｐｙ０１５９およびＭ６＿Ｓｐｙ０１６０の存在を証明する同様なウエスタンブロットを供する。
【０５２６】
ＳｐｙＭ６＿０１５７（フィブロネクチン結合タンパク質）もまたＧＡＳ血清型Ｍ６細菌の表面で発現され得る。図１７４は、Ｍ６株３６５０でのｓｐｙＭ６＿０１５７の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を示す。蛍光における僅かなシフトが観察され、これは、いくらかのｓｐｙＭ６＿０１５７がＧＡＳ細胞表面で発現できることを示す。
（Ｍ６内のアドヘシンアイランド配列：ＧＡＳアドヘシンアイランド２（「ＧＡＳ  ＡＩ―２」））
Ｍ１血清型（ＳＦ３７０）内のＧＡＳアドヘシンアイランドを以下の表５において概説する。このＧＡＳアドヘシンアイランド２（「ＧＡＳ  ＡＩ−２」）は表面タンパク質、ＳｒｔＢソルターゼ、ＳｒｔＣ１ソルターゼおよびＲｏｆＡ多岐転写型転写調節因子を含む。
【０５２７】
ＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質は、ＧＡＳ  １５（Ｃｐａ）、（線毛タンパク質であると考えられる）Ｓｐｙ０１２８、およびＳｐｙ０１３０（仮想タンパク質）を含む。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）、ＶＶＸＴＧ（配列番号１３５）またはＥＶＸＴＧ（配列番号１３６）のようなＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフを含む。
【０５２８】
ＧＡＳ  ＡＩ−２はｓｒｔＢ型ソルターゼおよびｓｒｔＣ１ソルターゼを含む。前記したように、ＧＡＳ  ＳｒｔＢソルターゼは、好ましくは、ＬＰＳＴＧ（配列番号１６６）モチーフを持つ表面タンパク質を係留することができ、特に、ここに、該モチーフに続いてセリンがある。ＧＡＳ  ＳｒｔＣ１ソルターゼは、優先的に、Ｖ（Ｐ／Ｖ）ＰＴＧ（配列番号１６７）モチーフを持つ表面タンパク質を係留することができる。ＧＡＳ  ＳｒｔＣ１はＲｏｆＡによって異なって調節することができる。
【０５２９】
ＧＡＳ  ＡＩ−２はまた、ＬｅｐＡ推定シグナルペプチターゼＩタンパク質を含むことができる。
【０５３０】
【表５】
2011206061.tif 000015
ＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６およびＧＡＳ  １８は、オリゴマー（線毛）構造物の一部としてＧＡＳの表面に存在するように見える。図１１３ないし１１５は、抗ＧＡＳ  １５抗血清を用いてＧＡＳ  １５につき免疫金染色されたＧＡＳ血清型Ｍ１株ＳＦ３７０の電子顕微鏡写真を示す。図１１６ないし１２１は、抗ＧＡＳ  １６抗血清を用いてＧＡＳ  １６につき免疫金染色されたＧＡＳ血清型Ｍ１株ＳＦ３７０の電子顕微鏡写真を供する。図１２２ないし１２５は、抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いてＧＡＳ  １８につき免疫金染色されたＧＡＳ血清型Ｍ１株ＳＦ３７０の電子顕微鏡写真を示す。これらのタンパク質のオリゴマーは、免疫−金染色された顕微鏡写真においてＳＦ３７０細菌の表面で観察することができる。
【０５３１】
図１２６は、ＧＡＳ  １８につき免疫金染色されたＧＡＳ血清型Ｍ１株ＳＦ３７０細菌の表面でのハイパーオリゴマーを明らかとする。ＧＡＳ  １８を含むこの長いハイパーオリゴマー構造物は、細菌の表面から上清まで遠くに延びる。
【０５３２】
ＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ  ＡＩ−２表面タンパク質ＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８がＧＡＳの表面で発現されることを確認した。図７５は、ＧＡＳ血清型Ｍ１  ２７１９、Ｍ１  ２５８０、Ｍ１  ３２８０、Ｍ１  ＳＦ３７０、Ｍ１  ２９１３、およびＭ１  ３３４８の各々でのＧＡＳ  １５の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗ＧＡＳ  １５抗血清が存在する場合に各ＧＡＳ血清型で観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表２０は、免疫前抗血清、抗ＧＡＳ  １５抗血清の存在下にて各ＧＡＳ血清型で得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＧＡＳ  １５抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５３３】
【表２０】
2011206061.tif 000016
図７６および７９は、ＧＡＳ血清型Ｍ１  ２７１９、Ｍ１  ２５８０、Ｍ１  ３２８０、Ｍ１  ＳＦ３７０、Ｍ１  ２９１３、およびＭ１  ３３４８の各々でのＧＡＳ  １６の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。図７６におけるＦＡＣＳデータは、全長ＧＡＳ  １６に対して生起した抗血清を用いて得られた。抗ＧＡＳ  １６抗血清の存在下では、蛍光におけるシフトが各ＧＡＳ血清型で観察され、これは、その細胞表面発現を示す。以下の表２１は、免疫前抗血清、抗ＧＡＳ  １６抗血清の存在下での各ＧＡＳ血清型について得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＧＡＳ  １６抗血清の間の蛍光値の変化を定量的にまとめる。
【０５３４】
【表２１】
2011206061.tif 000017
図７９におけるＦＡＣＳデータは、以下に示される配列番号１７９によってコードされた、切形ＧＡＳ  １６に対して生起した抗血清を用いて得られた。
【０５３５】
【化１７９】
2011206061.tif 000018
この抗ＧＡＳ  １６抗血清の存在下では、蛍光におけるシフトが各ＧＡＳ血清型につき観察され、これは、その細胞表面発現を示す。以下の表２２は、免疫前抗血清、抗ＧＡＳ  １６抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＧＡＳ  １６抗血清の間の蛍光値の変化を定量的にまとめる。
【０５３６】
【表２２】
2011206061.tif 000019
図７７および７８は、ＧＡＳ血清型Ｍ１  ２７１９、Ｍ１  ２５８０、Ｍ１  ３２８０、Ｍ１  ＳＦ３７０、Ｍ１  ２９１３、およびＭ１  ３３４８の各々でのＧＡＳ  １８の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。各々は全長ＧＡＳ  １８に対して生起されたが、図７７および７８の各々においてＦＡＣＳデータを得るのに用いた抗血清は異なった。抗ＧＡＳ  １８抗血清の各々の存在下で、蛍光におけるシフトが各ＧＡＳ血清型で観察され、これは、その細胞表面発現を示す。以下の表２３および２４は、免疫前抗血清、第１、または第２の抗ＧＡＳ  １８抗血清の存在下での各ＧＡＳ血清型について得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および第１または第２の抗ＧＡＳ  １８抗血清の間の蛍光値の変化を定量的にまとめる。
【０５３７】
【表２３】
2011206061.tif 000020
【０５３８】
【表２４】
2011206061.tif 000021
Ｍ１血清型ＧＡＳでのＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８の表面発現もまた、ウエスタンブロット分析によって確認された。図８９は、免疫前血清はＧＡＳ  １５のＧＡＳ  Ｍ１発現を検出しないが、抗ＧＡＳ  １５免疫血清は、合計ＧＡＳ  Ｍ１抽出物、および細胞表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１タンパク質双方においてＧＡＳ  １５タンパク質を検出できることを示す。表面タンパク質が豊富となったＭ１抽出物で検出されたＧＡＳ  １５タンパク質は、高分子量構造物としてやはり存在し、これは、ＧＡＳ  １５がオリゴマー（線毛）形態であり得ることを示す。また、図９０は、抗ＧＡＳ  １５抗血清を用いるＭ１血清型ＧＡＳのウエスタンブロット分析の結果を示す。再度、表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１抽出物（Ｍ１  ｐｒｏｔ  ｓｕｐ）を含有するレーンは、ＧＡＳ  １５のオリゴマーであり得る高分子量構造物の存在を示す。図９１は、免疫前血清でプローブした以外は、図９０のそれと同一のさらなるウエスタンブロットを供する。予測されるように、この膜上でタンパク質は検出されなかった。
【０５３９】
図９２は、ＧＡＳ  １６タンパク質につきプローブしたウエスタンブロットを供する。免疫前血清はＧＡＳ  １６のＧＡＳ  Ｍ１発現を検出しなかったが、抗ＧＡＳ  １６免疫血清は、細胞表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１抽出物においてＧＡＳ  １６タンパク質を検出できる。表面タンパク質が豊富となったＭ１抽出物で検出されたＧＡＳ  １６タンパク質は高分子量構造物として存在し、これは、ＧＡＳ  １６がオリゴマー（線毛）形態であり得ることを示す。また、図９３は、抗ＧＡＳ  １６抗血清を用いるＭ１血清型ＧＡＳのウエスタンブロットの分析の結果を示す。合計ＧＡＳ  Ｍ１タンパク質（Ｍ１  ｔｏｔ新およびＭ１  ｔｏｔ旧）を含有するレーン、および表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１抽出物（Ｍ１  ｐｒｏｔ  ｓｕｐ）を含有するレーンは、ＧＡＳ  １６のオリゴマーであり得る高分子量構造物の存在を示す。図９４は、免疫前血清でプローブした以外は図９３のそれと同一のさらなるウエスタンブロットを供する。予測されるように、この膜上ではタンパク質は検出されなかった。
【０５４０】
図９５は、ＧＡＳ  １８タンパク質についてプローブしたウエスタンブロットを供する。免疫前血清はＧＡＳ  １８のＧＡＳ  Ｍ１発現を検出しないが、抗ＧＡＳ  １８免疫血清は、細胞表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１抽出物においてＧＡＳ  １８タンパク質を検出することができる。表面タンパク質が豊富となったＭ１抽出物で検出されたＧＡＳ  １８タンパク質は高分子量構造物として存在し、これは、ＧＡＳ  １８がオリゴマー（線毛）形態であり得ることを示す。また、図９６は、抗ＧＡＳ  １８抗血清を用いるＭ１血清型ＧＡＳのウエスタンブロット分析の結果を示す。表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１抽出物（Ｍ１  ｐｒｏｔ  ｓｕｐ）を含有するレーンは、ＧＡＳ  １８のオリゴマーであり得る高分子量構造物の存在を示す。図９７は、免疫前血清でプローブした以外は図９６のそれと同一であるさらなるウエスタンブロットを供する。予測されるように、この膜上ではタンパク質は検出されなかった。
【０５４１】
図１０２ないし１０６は、ＧＡＳにおける高分子量構造物のＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８の存在を証明するためのさらなるウエスタンブロットを供する。各ウエスタンブロットは、異なるＧＡＳ  Ｍ１株、２５８０、２９１３、３２８０、３３４８、および２７１９からのタンパク質を用いて行った。各ウエスタンブロットは、ＧＡＳ
１５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８の各々に対して生起された抗血清でプローブした。図１０２ないし１０６で理解できるように、ウエスタンブロットのいずれも、免疫前血清を用いるタンパク質の検出を示さず（Ｐα−１５８、Ｐα−１５、Ｐα−１６、またはＰα−１８）、他方、各ウエスタンブロットは、ＧＡＳ  １５（Ｉα−１５）、ＧＡＳ  １６（Ｉα−１６）、およびＧＡＳ  １８（Ｉα−１８）抗血清の、高分子量構造物への交差−ハイブリダイゼーションを示す。かくして、これらのウエスタンブロットは、ＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８がＧＡＳ  Ｍ１における線毛で存在できることを確認する。
【０５４２】
図１０７は、表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ血清型Ｍ１株ＳＦ３７０タンパク質画分においてＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、およびＧＡＳ  １８タンパク質を検出するために行った同様のウエスタンブロットを提供する。また、このウエスタンブロットは、高分子量構造物としてのＧＡＳ  １５（抗１５）、ＧＡＳ  １６（抗１６）、およびＧＡＳ  １８（抗１８）の検出を示す。
（３）Ｍ３、Ｍ５、およびＭ１８内のアドヘシンアイランド配列：ＧＡＳアドヘシンアイランド３（「ＧＡＳ  ＡＩ−３」）
Ｍ３、Ｍ５、およびＭ１８血清型内のＧＡＳアドヘシンアイランド配列は以下の表６ないし８および１０において概説される。このＧＡＳアドヘシンアイランド３（「ＧＡＳ  ＡＩ−３」）は、表面タンパク質、ＳｒｔＣ２ソルターゼ、および負の転写調節因子（Ｎｒａ）の多岐転写型転写調節因子を含む。
【０５４３】
ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質は、コラーゲン結合タンパク質、線毛タンパク質、Ｆ２様フィブロネクチン結合タンパク質を含む。ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質は仮定表面タンパク質を含むこともできる。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２），ＶＰＸＴＧ（配列番号１３７），ＱＶＸＴＧ（配列番号１３８）またはＬＰＸＡＧ（配列番号１３９）のようなＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフを含む。
【０５４４】
ＧＡＳ  ＡＩ−３はＳｒｔＣ２型ソルターゼを含む。ＧＡＳ  ＳｒｔＣ２型ソルターゼは、好ましくは、特に、該モチーフに続いて疎水性領域および荷電Ｃ末端テイルがある場合に、ＱＶＰＴＧ（配列番号１４０）モチーフを持つ表面タンパク質を係留することができる。ＧＡＳ  ＳｒｔＣ２はＮｒａによって異なって調節され得る。
【０５４５】
ＧＡＳ  ＡＩ−３はＬｅｐＡ推定シグナルペプチダーゼＩタンパク質を含むこともできる。
【０５４６】
ＧＡＳ  ＡＩ−３は推定多重糖代謝調節因子を含むこともできる。
【０５４７】
【表６】
2011206061.tif 000022
【０５４８】
【表７】
2011206061.tif 000023
【０５４９】
【表１０】
2011206061.tif 000024
【０５５０】
【表８】
2011206061.tif 000025
【０５５１】
【表４４】
2011206061.tif 000026
ＡＩ−３血清型Ｍ３、Ｍ５、Ｍ１８、およびＭ４９の模式図を図５１Ａに示す。各々は、ほとんど同一のアミノ酸配列のＳｒｔＣ２−型ソルターゼをコードするオープンリーディングフレームを含む。ＳｒｔＣ２アミノ酸配列の各々についてのアミノ酸配列アラインメントについては図５２Ｂ参照。
【０５５２】
各々のこれらの３型アドヘシンアイランドのプロテインＦ２−様フィブロネクチン結合タンパク質は、ピリンモチーフおよびＥ−ボックスを含む。図６０は、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ３  ＭＧＡＳ３１５（ＳｐｙＭ３＿０１０４／２１９０９６４０）、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ３  ＳＳＩ（Ｓｐｓ０１０６／２８８９５０１８）、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ１８（ＳｐｙＭ１８＿０１３２／１９７４５３０７）、およびＧＡＳＡＩ−３血清型Ｍ５（ｏｒｆ８４）の各々のピリンモチーフおよびＥ−ボックスのアミノ酸配列を示す。
【０５５３】
ＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ  ＡＩ−３表面タンパク質ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０２、およびＳｐｙＭ３＿０１０４がＧＡＳの表面で発現されることを確認した。図８０は、ＧＡＳ血清型Ｍ３  ２７２１およびＭ３  ３１３５の各々でのＳｐｙＭ３＿００９８の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトが抗ＳｐｙＭ３＿００９８抗血清が存在する場合に各ＧＡＳ血清型で観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表２５は、免疫前抗血清、抗ＳｐｙＭ３＿００９８抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型について得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳｐｙＭ３＿００９８抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５５４】
【表２５】
2011206061.tif 000027
図８１は、ＧＡＳ血清型Ｍ３  ２７２１およびＭ３  ３１３５の各々でのＳｐｙＭ３＿０１００の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗ＳｐｙＭ３＿０１００抗血清が存在する場合に各ＧＡＳ血清型で観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表２６は、免疫前抗血清、抗ＳｐｙＭ３＿０１００抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳｐｙＭ３＿０１００抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５５５】
【表２６】
2011206061.tif 000028
図８２は、ＧＡＳ血清型Ｍ３  ２７２１およびＭ３  ３１３５の各々でのＳｐｙＭ３＿０１０２の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトが、抗ＳｐｙＭ３＿０１０２抗血清が存在する場合に各ＧＡＳ血清型につき観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表２７は、免疫前抗血清、抗ＳｐｙＭ３＿０１０２抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型で得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳｐｙＭ３＿０１０２抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５５６】
【表２７】
2011206061.tif 000029
また、図８２は、異なるＧＡＳ血清型、Ｍ６で同定されたＳｐｙＭ３＿０１０２に対して相同性を有するピリン抗原の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。ＳｐｙＭ３＿０１０２抗血清で行われたＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ血清型Ｍ６  ２７２４、Ｍ６  ３６５０、およびＭ６  ２８９４の各々での相同ＳｐｙＭ３＿０１０２抗原の表面発現を検出することができた。以下の表２８は、免疫前抗血清、抗ＳｐｙＭ３＿０１０２抗血清の存在下にて各ＧＡＳ血清型で得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳｐｙＭ３＿０１０２抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５５７】
【表２８】
2011206061.tif 000030
ＳｐｙＭ３＿０１０２もまた、ＧＡＳ血清型Ｍ１２のピリン抗原１９２２４１３９に対して相同である。ＳｐｙＭ３＿０１０２に対して生起された抗血清は、１９２２４１３９抗原を含む、表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ血清型Ｍ１２株２７２８タンパク質画分において高分子量構造物を検出することができる。Ｍ１２  ２７２８  ｓｕｒｆ  ｐｒｏｔと標識されたレーンにおける図１０９参照。
【０５５８】
図８３は、ＧＡＳ血清型Ｍ３  ２７２１およびＭ３  ３１３５の各々でのＳｐｙＭ３＿０１０４の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗ＳｐｙＭ３＿０１０４抗血清が存在する場合に各ＧＡＳ血清型につき観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表２９は、免疫前抗血清、抗ＳｐｙＭ３＿０１０４抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳｐｙＭ３＿０１０４抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５５９】
【表２９】
2011206061.tif 000031
また、図８３は、異なるＧＡＳ血清型、Ｍ１２で同定されたＳｐｙＭ３＿０１０４に対して相同性を有するピリン抗原の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。ＳｐｙＭ３＿０１０４抗血清で行ったＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８での相同ＳｐｙＭ３＿０１０４抗原の表面発現を検出することができた。以下の表３０は、免疫前抗血清、抗ＳｐｙＭ３＿０１０４抗血清の存在下でこのＧＡＳ血清型につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳｐｙＭ３＿０１０４抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５６０】
【表３０】
2011206061.tif 000032
図８４は、ＧＡＳ血清型Ｍ３  ２７２１およびＭ３  ３１３５の各々でのＳＰｓ＿０１０６の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗ＳＰｓ＿０１０６抗血清が存在する場合に各ＧＡＳ血清型で観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表３１は、免疫前抗血清、抗ＳＰｓ＿０１０６抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳＰｓ＿０１０６抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５６１】
【表３１】
2011206061.tif 000033
また、図８４は、異なるＧＡＳ血清型、Ｍ１２で同定されたＳＰｓ＿０１０６に対して相同性を有するピリン抗原の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。ＳＰｓ＿０１０６抗血清で行ったＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８での相同ＳＰｓ＿０１０６抗原の表面発現を検出することができた。以下の表３２は、免疫前抗血清、抗ＳＰｓ＿０１０６抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗ＳＰｓ＿０１０６抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５６２】
【表３２】
2011206061.tif 000034
（４）Ｍ１２内のアドヘシンアイランド配列：ＧＡＳアドヘシンアイランド４（「ＧＡＳ  ＡＩ−４」）
Ｍ１２血清型内のＧＡＳアドヘシンアイランド配列を以下の表１１に概説する。このＧＡＳアドヘシンアイランド４（「ＧＡＳ  ＡＩ−４」）は表面タンパク質、ＳｒｔＣ２ソルターゼ、およびＲｏｆＡ調節タンパク質を含む。
【０５６３】
ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質は線毛タンパク質、ＦまたはＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質、および莢膜多糖アドヘシンタンパク質（Ｃｐａ）をその中に含むことができる。ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質はオープンリーディングフレーム（ｏｒｆ）における仮想表面タンパク質を含むこともできる。好ましくは、これらのＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質の各々は、ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２），ＶＰＸＴＧ（配列番号１３７），ＱＶＸＴＧ（配列番号１３８）またはＬＰＸＡＧ（配列番号１３９）のようなＬＰＸＴＧソルターゼ基質モチーフを含む。
【０５６４】
ＧＡＳ  ＡＩ−４はＳｒｔＣ２型ソルターゼを含む。ＧＡＳ  ＳｒｔＣ２型ソルターゼは、好ましくは、特に、当該モチーフに続いて疎水性領域および荷電Ｃ末端テイルがある場合に、ＱＶＰＴＧ（配列番号１４０）モチーフを持つ表面タンパク質を係留することができる。
【０５６５】
ＧＡＳ  ＡＩ−４はＬｅｐＡ推定シグナルペプチダーゼＩタンパク質およびＭｓｍＲＬタンパク質を含むこともできる。
【０５６６】
【表１１】
2011206061.tif 000035
ＡＩ−４血清型Ｍ１２の模式図を図５１Ａに示す。
【０５６７】
該オープンリーディングフレームの１つは、前記したＡＩ−３血清型のＳｒｔＣ２−型ソルターゼのアミノ酸配列とほとんど同一であるアミノ酸配列を有するＳｒｔＣ２−型ソルターゼをコードする。ＳｒｔＣ２アミノ酸配列の各々についてのアミノ酸配列アラインメントについては図５２Ｂ参照。
【０５６８】
ＡＩ−４血清型Ｍ１２のオープンリーディングフレームによってコードされた他のタンパク質は、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓにおける他の公知のアドヘシンアイランド、ならびにＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ５（Ｍａｎｆｒｅｄｏ）によってコードされたタンパク質に対して相同である。図５２は、ＡＩ−４血清型Ｍ１２（１９２２４１３５）、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ５（ＯＲＦ７８）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３（２１９０９６３４）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＳＳＩ−１血清型Ｍ３（２８８１０２５７）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３（１９７４５３０１）、およびＧＡＳ  ＡＩ−２血清型Ｍ１（ＧＡＳ１５）の莢膜多糖アドヘシンタンパク質（ｃｐａ）のアミノ酸整列である。ＡＩ−４血清型Ｍ１２  ｃｐａのアミノ酸配列は、他のｃｐａタンパク質に対して高度な相同性を共有する。
【０５６９】
図５３は、ＡＩ−４血清型Ｍ１２オープンリーディングフレーム（１９２２４１３４）によってコードされたＦ−様フィブロネクチン結合タンパク質が、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ１０３９４血清型Ｍ６（５０９１３５０３）で見出されたＦ−様フィブロネクチン結合タンパク質に対して相同性を有することを示す。
【０５７０】
図５４は、ＡＩ−４血清型Ｍ１２（１９２２４１４１）のＦ２−様フィブロネクチン結合タンパク質が、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３（１９７４５３０７）、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ５（ＯＲＦ８４）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ血清型Ｍ３（２８８１０２６３）、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３（２１９０９６４０）のＦ２−様フィブロネクチン結合タンパク質に対して相同性を有することを示すアミノ酸配列アラインメントである。
【０５７１】
図５５は、ＡＩ−４血清型Ｍ１２（１９２２４１３７）の線毛タンパク質が、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ５（ＯＲＦ８０）の線毛タンパク質、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３（２１９０９６３６）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ血清型Ｍ３（２８８１０２５９）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８７３２血清型Ｍ３（１９７４５３０３）、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株Ｍ１  ＧＡＳ血清型Ｍ１（１３６２１４２８）の仮想タンパク質に対して相同性を有することを示すアミノ酸配列アラインメントである。
【０５７２】
図５６は、ＧＡＳ  ＡＩ−４血清型Ｍ１２（１９２２４１３９）の仮想タンパク質が、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ３１５血清型Ｍ３（２１９０９６３８）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＳＳＩ−１血清型Ｍ３（２８８１０２６１）、ＧＡＳ  ＡＩ−３血清型Ｍ５（ＯＲＦ８２）、およびＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ株ＭＧＡＳ８２３２血清型Ｍ３（１９７４５３０５）の仮想タンパク質に対して相同性を有することを示すアミノ酸配列アラインメントである。
【０５７３】
４型アドヘシンアイランドのプロテインＦ２−様フィブロネクチン結合タンパク質もまた、高度に保存されたピリンモチーフおよびＥ−ボックスを含む。図６０は、ＡＩ−４血清型Ｍ１２におけるピリンモチーフおよびＥ−ボックスのアミノ酸配列を示す。
【０５７４】
ＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ  ＡＩ−４表面タンパク質１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３７、および１９２２４１４１がＧＡＳの表面で発現されることを確認した。図８５は、ＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８での１９２２４１３４の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗１９２２４１３４抗血清が存在する場合に観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表３３は、免疫前抗血清、抗１９２２４１３４抗血清の存在下でＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および、免疫前抗血清、および抗１９２２４１３４抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５７５】
【表３３】
2011206061.tif 000036
また、図８５は、異なるＧＡＳ血清型、Ｍ６で同定された１９２２４１３４に対して相同性を有するピリン抗原の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。１９２２４１３４抗血清で行ったＦＡＣＳ分析は、ＧＡＳ血清型Ｍ６  ２７２４、Ｍ６  ３６５０、およびＭ６  ２８９４の各々での相同な１９２２４１３４抗原の表面発現を検出することができた。以下の表３４は、免疫前抗血清、抗１９２２４１３４抗血清の存在下で各ＧＡＳ血清型につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗１９２２４１３４抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５７６】
【表３４】
2011206061.tif 000037
図８６は、ＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８での１９２２４１３５の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗１９２２４１３５抗血清が存在する場合に観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表３５は、免疫前抗血清、抗１９２２４１３５抗血清の存在下でＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗―１９２２４１３５抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５７７】
【表３５】
2011206061.tif 000038
図８７は、ＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８での１９２２４１３７の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗１９２２４１３７抗血清が存在する場合に観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表３６は、免疫前抗血清、抗１９２２４１３７抗血清の存在下でＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗１９２２４１３７抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５７８】
【表３６】
2011206061.tif 000039
図８８は、ＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８での１９２２４１４１の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を供する。蛍光におけるシフトは、抗１９２２４１４１抗血清が存在する場合に観察され、これは、細胞表面発現を示す。以下の表３７は、免疫前抗血清、抗１９２２４１４１抗血清の存在下でＧＡＳ血清型Ｍ１２  ２７２８につき得られたＦＡＣＳ蛍光値、および免疫前抗血清および抗１９２２４１４１抗血清の間の蛍光値の差を定量的にまとめる。
【０５７９】
【表３７】
2011206061.tif 000040
１９２２４１３９（ｏｒｆ２と命名される）は、ＧＡＳ血清型Ｍ１２細菌の表面で発現させることもできる。図１７５は、Ｍ１２株２７２８での１９２２４１３９の表面発現についてのＦＡＣＳ分析の結果を示す。蛍光におけるわずかなシフトが観察され、これは、いくらかの１９２２４１３９がＧＡＳ細胞表面で発現され得ることを示す。
【０５８０】
Ｍ１２血清型ＧＡＳでの１９２２４１３５の表面発現は、ウエスタンブロット分析によっても確認された。図９９は、免疫前血清（Ｐ  α−４１３５）が１９２２４１３５のＧＡＳ  Ｍ１２発現を検出しないが、抗１９２２４１３５免疫血清（Ｉ  α−４１３５）が、合計ＧＡＳ  Ｍ１２抽出物（Ｍ１２  ｔｏｔ）および細胞表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１２画分（Ｍ１２  ｓｕｒｆ  ｐｒｏｔ）双方において１９２２４１３５タンパク質を検出できることを示す。合計ＧＡＳ  Ｍ１２抽出物、または表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１２抽出物で検出された１９２２４１３５タンパク質は、高分子量構造物としても存在し、これは、１９２２４１３５がオリゴマー（線毛）形態であり得ることを示す。また、抗１９２２４１３５抗血清（抗１９２２４１３５）が、表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１２株２７２８タンパク質抽出物における高分子量構造物と免疫反応することを示すさらなるウエスタンブロットを供する図１０８も参照。
【０５８１】
Ｍ１２血清型ＧＡＳでの１９２２４１３７の表面発現は、ウエスタンブロット分析によっても確認された。図１００は、免疫前血清（Ｐ  α−４１３７）が１９２２４１３７のＧＡＳ  Ｍ１２発現を検出しないが、抗１９２２４１３７免疫血清（Ｉ  α−４１３７）が、合計ＧＡＳ  Ｍ１２抽出物（Ｍ１２  ｔｏｔ）、および細胞表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１２画分（Ｍ１２  ｓｕｒｆ  ｐｒｏｔ）双方における１９２２４１３７タンパク質を検出できることを示す。合計ＧＡＳ  Ｍ１２抽出物、または表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１２抽出物で検出された１９２２４１３７タンパク質は、高分子量構造物としても存在し、これは、１９２２４１３７がオリゴマー（線毛）形態であり得ることを示す。また、抗１９２２４１３７抗血清（抗１９２２４１３７）が、表面タンパク質が豊富となったＧＡＳ  Ｍ１２株２７２８タンパク質抽出物における高分子量構造物と免疫反応することを示すさらなるウエスタンブロットを供する図１０８も参照。
【０５８２】
（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）
アドヘシンアイランド配列は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムにおいて同定することができる。これらのゲノムのいくつかは、公に入手可能なＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４ゲノムまたはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ゲノムを含む。これらの、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に議論する。
【０５８３】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、一般には、表面タンパク質およびソルターゼの集合体をコードするＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノム内の一連のオープンリーディングフレームを含む。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、少なくとも１つの表面タンパク質を含むアミノ酸配列をコードすることができる。あるいは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、少なくとも２つの表面タンパク質および少なくとも１つのソルターゼをコードすることができる。好ましくは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、少なくとも３つの表面タンパク質および少なくとも２つのソルターゼをコードする。表面タンパク質の１以上は、（ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）のような）ＬＰＸＴＧモチーフ、または他のソルターゼ基質モチーフを含むことができる。１以上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌の表面の線毛構造物の形成に参画することができる。
【０５８４】
本発明のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドは、好ましくは、多岐転写型転写調節因子を含む。転写調節因子は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩオペロンの発現を調節することができる。
【０５８５】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ表面タンパク質はフィブリノーゲン、フィブロネクチン、またはコラーゲンに結合するか、またはそうでなければ接着することができる。
【０５８６】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ遺伝子座の組織化の模式図を、図１３７に供する。該遺伝子座は、転写調節因子（ｒｌｒＡ）、細胞壁表面タンパク質（ｒｒｇＡ、ｒｒｇＢ、ｒｒｇＣ）、およびソルターゼ（ｓｒｔＢ、ｓｒｔＣ、ｓｒｔＤ）をコードするオープンリーディングフレームを含む。また、図１３７は、これらのオープンリーディングフレームの各々に対応するＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４遺伝子名称を示す。
【０５８７】
表９および３８は、各々、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４および６７０におけるこれらのオープンリーディングフレームの各々のゲノム位置を同定する。
【０５８８】
【表９】
2011206061.tif 000041
【０５８９】
【表３８】
2011206061.tif 000042
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０  ＡＩの全長ヌクレオチド配列もまた、その転写されたアミノ酸配列と同様に、図１０１に示す。
【０５９０】
少なくとも８つの他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、図１３７に示された遺伝子座によって記載されるアドヘシンアイランド遺伝子座を含む。これらの株は、増幅分析によって同定された。異なるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株のゲノムは、プライマーの１１の別々のセットで増幅した。これらのプライマーの各々の配列を以下に表４１において供する。
【０５９１】
【表４１】
2011206061.tif 000043
これらのプライマーはＡＩ遺伝子座の完全長に沿ってハイブリダイズして、遺伝子座を通じての配列を代表する増幅産物を生じた。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ遺伝子座にこれらのプライマーの各々がハイブリダイズする位置の模式図である図１３８参照。図１３９Ａは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４におけるＡＩ遺伝子座の増幅から得られたアンプリコンのセットを供する。図１３９Ｂは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株ＴＩＧＲ４における各アンプリコンの、塩基対における、長さを供する。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、１４  ＣＳＲ  １０、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、および２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６のゲノムの増幅は、１１のプライマー対についての１１アンプリコンのセットを生じ、これは、これらの株の各々がやはりＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ遺伝子座を含んだことを示す。
【０５９２】
該Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）分析によってＡＩ遺伝子座を含有するものとしても同定された。１６のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株のゲノムを、株ＴＩＧＲ４のユニークなオープンリーディングフレームに対する比較によってＡＩ遺伝子座の存在について問い合わせした。ＡＩ遺伝子座は、この方法によって、株１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６（１９ＡＨＵＮ）、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２（６ＢＦＩＮ１２）、６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２（６ＢＳＰ２）、１４ＣＳＲ１０（１４  ＣＳＲ  １０）、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３（９ＶＳＰ３）、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４（１９ＦＴＷ１４）、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５（１９ＦＴＷ１５）、および２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６（２３ＦＰ１６）において検出された。図１４０参照。
【０５９３】
ＡＩ遺伝子座を、これらの株の各々について配列決定し、各ｏｒｆについてのヌクレオチドおよびコードされたアミノ酸配列を決定した。１０の株の各々に存在するアドヘシンアイランドの完全なヌクレオチド配列の整列を、図１９６に供する。ｏｒｆによってコードされるアミノ酸配列の整列は、ＡＩポリペプチドのアミノ酸配列の多くの保存を明らかとする。例えば、表３９は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０およびＴＩＧＲ４アドヘシンアイランド内のコードされたポリペプチドのパーセント同一性の比較を供する。
【０５９４】
【表３９】
2011206061.tif 000044
図１４１ないし１４７は、各々、全ての１０のＡＩ−陽性Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株におけるオープンリーディングフレームの１つによってコードされるポリペプチドについての複数配列アラインメントを供する。配列アラインメントの各々において、明るい陰影はＬＰＸＴＧモチーフを示し、暗い陰影は、太文字のＥ−ボックスモチーフの保存されたグルタミン酸残基を持つＥ−ボックスモチーフの存在を示す。
【０５９５】
配列アラインメントは、オープンリーディングフレームのほとんどによってコードされるポリペプチドを、相同性の２つの群、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ−ａおよびＡＩ−ｂに分けることができることも明らかにした。ＡＩ−ａを含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、１４  ＣＳＲ  １０、１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６、２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １５、６７０、６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２、および６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２を含む。ＡＩ−ｂを含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４、９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３、２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５、およびＴＩＧＲ４を含む。本発明の免疫原性組成物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ−ａおよびＡＩ−ｂの各々内からの１以上のポリペプチドを含むことができる。例えば、オープンリーディングフレーム４によってコードされたポリペプチドＲｒｇＢは、相同性の２つのそのような群内に分けることができる。１つの群は６つのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株のＲｒｇＢ配列を含み、第２の群は４つのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株のＲｒｇＢ配列を含む。各個々の群内の株のアミノ酸配列は９９ないし１００パーセント同一であるが、第２の群に対する第１の群における株のアミノ酸配列同一性は４８％にすぎない。表４１は、１０のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株についての各オープンリーディングフレームによってコードされるアミノ酸配列の同一性比較を供する。
【０５９６】
【表４２】
2011206061.tif 000045
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株におけるＲｒｇＢポリペプチドとの間の相同性の不一致は、中央のアミノ酸残基におけるアミノ酸配列同一性の欠如による。アミノ酸残基１ないし３０および６１７ないし６６５は、１０のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株の各々について同一である。しかしながら、アミノ酸残基３１ないし６１６は株の間で４２および１００の間のパーセント同一性を共有する。図１４９参照。ＲｒｇＢポリペプチドにおける同一性の共有されたＮ−およびＣ−末端領域は、免疫原性組成物で用いるＲｒｇＢポリペプチドの好ましい部分であり得る。同様に、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ遺伝子座によってコードされるポリペプチドのいずれかにおける同一性の共有された領域は、免疫原性組成物で用いるのに好ましい場合がある。図１４１ないし１４７で供されるアミノ酸整列を用いる当業者であれば、同一性のこれらの領域を容易に決定できる。
【０５９７】
これらのＡＩ遺伝子座を含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、事実、それらの表面で高分子量ポリマーを発現し、これは、線毛の存在を示す。図１３７で示されるアドヘシンアイランド遺伝子座を含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株によって発現される高分子量構造物の検出を示す図１８２参照。これらの株はｒｌｒＡ＋として示される。これらの知見を確認し、電子顕微鏡観察およびネガティブ染色は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの表面から延びる線毛の存在を検出する。図１８５参照。アドヘシンアイランド遺伝子座が線毛を担うことを証明するために、ＴＩＧＲ４のｒｒｇＡないしｓｒｔＤ領域を欠失した。アドヘシンアイランドのこの領域の欠失の結果、線毛発現が喪失した。図１８６参照。また、抗ＲｒｇＢおよび抗ＲｒｇＣ抗体を用いて免疫金染色したｒｒｇＡないしｓｒｔＤ領域を欠くＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの電子顕微鏡写真を供する図２３５も参照。線毛は見ることができない。前記したのと同様に、アドヘシンアイランドにおける遺伝子の転写リプレッサーｍｇｒＡを欠くＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌は線毛を発現する。図１８７参照。しかしながら、予測されるように、ｒｒｇＡないしｓｒｔＤ領域においてｍｇｒＡおよびアドヘシンアイランド遺伝子を共に欠くＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌は線毛を発現しない。図１８８参照。
【０５９８】
これらの高分子量線毛構造物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの細胞への付着において役割を演じるように見える。線毛オペロンを欠くＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅＴＩＧＲ４は、インビトロでＡ５４９肺胞細胞へ付着する能力を有意に減少させた。図１８４参照。
【０５９９】
Ｓｐ０４６３（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４  ｒｒｇＢ）アドヘシンアイランドポリペプチドはオリゴマー形態で発現される。全細胞抽出物は、Ｓｐ０４６３抗血清を用いるウエスタンブロットによって分析した。該抗血清は、高分子量Ｓｐ０４６３ポリマーと交差−ハイブリダイズした。図１５６参照。該抗血清は、図１３７に示すＡＩ遺伝子座を含まないＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＤ３９またはＲ６株からのポリペプチドと交差―ハイブリダイズしなかた。ＲｒｇＢ抗血清を用いるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ  ４の免疫金標識により、線毛におけるＲｒｇＢの存在が確認される。図１８９は、ＲｒｇＢ（５ｎｍ金粒子）およびＲｒｇＣ（１０ｎｍ金粒子）タンパク質についての免疫標識でのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ  ４細菌の二重標識を示す。ＲｒｇＢタンパク質は、線毛構造物に沿って一定間隔で存在するものとして検出される。ＲｒｇＣタンパク質は線毛の先端で検出される。図２３４の矢印参照；図２３４は、＊によって示される位置における図１８９中の線毛のクローズアップである。
【０６００】
ＲｒｇＡタンパク質は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４の表面での高分子量構造物に存在し、その形成に必要であるように見える。ＲｒｇＡをコードする遺伝子を欠くＴＩＧＲ４  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのウエスタンブロット分析の結果を供する図１８１参照。ＲｒｇＢに対して生起される抗血清を用いて、高分子量構造物は、ＲｒｇＡを発現しないＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅでは検出されない。図１８３も参照。
【０６０１】
１０のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株におけるＲｒｇＡタンパク質のアミノ酸配列の比較の詳細なダイヤグラムを図１４８に示す。該ダイヤグラムは、個々のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株が２つの異なる相同性群に分けられることを明らかにする。
【０６０２】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４  ＡＩによってコードされる細胞表面ポリペプチド、Ｓｐ０４６２（ｒｒｇＡ）、Ｓｐ０４６３（ｒｒｇＢ）、およびＳｐ０４６４（ｒｒｇＣ）をクローン化し、発現させた。実施例１５ないし１７参照。ＲｒｇＡの成功した組換え発現を示すポリアクリルアミドゲルを図１９０Ａに供する。ヒスチジンタグを持つｐＥＴ２１ｂにおいて発現されるＲｒｇＡタンパク質の検出もまた、抗ヒスチジンタグ抗体を用いる、図１９０Ｂにおけるウエスタンブロット分析によって示す。
【０６０３】
ＲｒｇＢおよびＲｒｇＣ抗体を検出する抗体はマウスで生産されている。生起した抗体を用いる、各々、ＲｒｇＢおよびＲｒｇＣの検出を示す図１９１および１９２参照。
【０６０４】
これらのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランドの同定に加えて、ＳｒｔＢ型ソルターゼについてのコーディング配列はいくつかのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ臨床単離体で同定されており、これは、これらの単離体全体にわたってのＳｒｔＢ型ソルターゼの保存を示す。
【０６０５】
（組換えにより生産されたＡＩポリペプチド）
ＡＩポリペプチドとして発現されるように非−ＡＩポリペプチドを改変するのも本発明の態様である。非−ＡＩポリペプチドは、加えて、非−ＡＩポリペプチドのＡＩポリペプチドとしての発現を引き起こすことができる、ＡＩポリペプチド配列、例えば、ソルターゼ基質、ピリン、またはＥ−ボックスモチーフを含むように遺伝子的に操作することができる。あるいは、非−ＡＩポリペプチドは、非−ＡＩポリペプチドのＡＩポリペプチドとしての発現を引き起こすことができるＡＩポリペプチド配列、例えば、ソルターゼ基質、ピリン、またはＥ−ボックスモチーフに代えて、非−ＡＩポリペプチド内のアミノ酸配列で置き換えるように遺伝子的に操作することができる。いずれの数のアミノ酸残基も非―ＡＩポリペプチドに加えることができ、あるいは非−ＡＩポリペプチド内を置き換えて、ＡＩポリペプチドとしてのその発現を引き起こすことができる。少なくとも５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０のアミノ酸残基を置き換え、あるいは非−ＡＩポリペプチドアミノ酸配列に付加することができる。ＧＢＳ  ３２２は、ＡＩポリペプチドとして発現させることができる１つのそのような非−ＡＩポリペプチドであり得る。
【０６０６】
（ＧＢＳアドヘシンアイランド配列）
本発明のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、勿論、種々の手段（例えば、組換え発現、ＧＢＳからの精製、化学合成等）によって、種々の形態で（例えば、天然、融合、グリコシル化、非−グリコシル化等）調製することができる。それらは、好ましくは、実質的に純粋な形態で（すなわち、他の連鎖球菌性タンパク質または宿主細胞タンパク質を実質的に含まない）、あるいは実質的に単離された形態で調製される。
【０６０７】
本発明のＧＢＳ  ＡＩタンパク質は、同定されたＧＢＳタンパク質に対する配列相同性を有するポリペプチド配列を含むことができる。配列同一性の程度は問題とするアミノ酸配列（ａ）に依存して変化することができるが、好ましくは５０％よりも大きい（例えば、６０％，６５％，７０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，９９．５％以上）。配列同一性を有するポリペプチドは、同定されたＧＢＳタンパク質のホモログ、オルソログ、対立遺伝子変種および機能的変異体を含む。典型的には、２つのタンパク質の間の５０％以上の同一性は、機能的同等性を示すものと考えられる。タンパク質の間の同一性は、パラメーター、ギャップ開放ペナルティ＝１２、およびギャップ延長ペナルティ＝１にてアフィニティギャップサーチを用いる、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）で実行されるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性サーチアルゴリズムによって好ましくは決定される。
【０６０８】
ＧＢＳアドヘシンアイランドポリペプチド配列は、同定されたＧＢＳアドヘシンアイランドポリペプチド配列に対して配列同一性を有するプリヌクレオチド配列を含む事ができる。配列同一性の程度は、問題とするポリヌクレオチド配列に従って変化させることができるが、好ましくは５０％よりも大きい（例えば、６０％，６５％，７０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，９９．５％以上）。
【０６０９】
本発明のＧＢＳアドヘシンアイランドポリヌクレオチド配列は、同定されたアドヘシンアイランド配列のポリヌクレオチド断片を含むことができる。該断片の長さは、特異的アドヘシンアイランド配列のポリヌクレオチド配列に応じて変化することができるが、該断片は、好ましくは、少なくとも１０の連続ポリヌクレオチドである（例えば、少なくとも１０，１２，１４，１６，１８，２０，２５，３０，３５，４０，５０，６０，７０，８０，９０，１００，１５０，２００以上）。
【０６１０】
本発明のＧＢＳアドヘシンアイランドアミノ酸配列は、同定されたＧＢＳタンパク質のポリペプチド断片を含むことができる。該断片の長さは、特異的ＧＢＳ抗原のアミノ酸配列に応じて変化させることができるが、該断片は、好ましくは、少なくとも７つの連続アミノ酸である（例えば、８，１０，１２，１４，１６，１８，２０，２５，３０，３５，４０，５０，６０，７０，８０，９０，１００，１５０，２００以上）。好ましくは、該断片は該配列からの１以上のエピトープを含む。他の好ましい断片は（１）各同定されたＧＢＳタンパク質のＮ−末端シグナルペプチド、（２）それらのＮ−末端シグナルペプチドが無い同定されたＧＢＳタンパク質、および（３）１０までのアミノ酸残基（例えば、１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１５，２０，２５以上）がＮ−末端および／またはＣ−末端から欠失された、例えば、Ｎ−末端アミノ酸残基を欠失することができる各同定されたＧＢＳタンパク質を含む。他の断片は該タンパク質の１以上のドメインを省く（例えば、シグナルペプチドの、細胞質ドメインの、膜貫通ドメインの、または細胞外ドメインの省略）。
【０６１１】
（ＧＢＳ  ８０）
好ましいＧＢＳ  ８０断片の例を以下に議論する。種々のＧＢＳ血清型および株単離体からのＧＢＳ  ８０のポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列を図１８および２２に記載する。ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  ８０についてのポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列を以下に配列番号１および２として含める：
【０６１２】
【化１】
2011206061.tif 000046
【０６１３】
【化２−１】
2011206061.tif 000047
前記したように、本発明の組成物はＡＩタンパク質の断片を含むことができる。いくつかの例において、リーダーまたはシグナル配列領域、膜貫通領域、細胞質領域または細胞壁アンカリングモチーフのような１以上のドメインの除去は、該タンパク質をコードする遺伝子のクローニング、および／またはＧＢＳ  ＡＩタンパク質の組換え発現を容易とすることができる。加えて、引用されたＧＢＳ  ＡＩタンパク質の免疫原性エピトープを含む断片を、本発明の組成物で用いることができる。
【０６１４】
例えば、ＧＢＳ  ８０は、前記配列番号２の始まりにおいて下線を施した配列によって示されるＮ−末端リーダーまたはシグナル配列領域を含む。１つの実施形態において、ＧＢＳ  ８０のリーダーまたはシグナル配列領域からの１以上のアミノ酸を除去する。そのようなＧＢＳ  ８０断片の例を以下に配列番号３として記載する：
【０６１５】
【化３】
2011206061.tif 000048
ＧＢＳ  ８０は、前記配列番号２の最後の近くの下線を施した配列によって示されるＣ−末端膜貫通領域を含む。１つの実施形態において、膜貫通領域および／または細胞質領域からの１以上のアミノ酸を除去する。そのようなＧＢＳ  ８０断片の例は以下に配列番号４として記載する：
【０６１６】
【化４】
2011206061.tif 000049
ＧＢＳ  ８０は、（前記配列番号２においてイタリック体で示した）細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：配列番号５  ＩＰＮＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組み換えＧＢＳ  ８０タンパク質の分泌を容易とするのが望ましい場合がある。従って、本発明で用いられるＧＢＳ  ８０の１つの好ましい断片において、膜貫通および／または細胞質領域、および細胞壁アンカーモチーフをＧＢＳ  ８０から除去する。そのようなＧＢＳ  ８０断片の例を以下に配列番号６として記載する。
【０６１７】
【化６】
2011206061.tif 000050
あるいは、いくつかの組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインを精製の間に切断することができるか、あるいは組み換えタンパク質を最終組成物中に不活化宿主細胞または細胞膜に結合したままとすることができる。
【０６１８】
１つの実施形態において、リーダーまたはシグナル配列領域、膜貫通および細胞質領域、および細胞壁アンカーモチーフをＧＢＳ  ８０配列から除去する。そのようなＧＢＳ  ８０断片の例を以下に配列番号７として記載する。
【０６１９】
【化７】
2011206061.tif 000051
本出願人らは、ＧＢＳ  ８０タンパク質の特に免疫原性断片を同定した。この免疫原性断片はタンパク質のＮ−末端に向かって位置し、以下のＧＢＳ  ８０  配列番号２配列において下線を施す。下線を施した断片を以下に配列番号８として記載する。
【０６２０】
【化２−２】
2011206061.tif 000052
【０６２１】
【化８】
2011206061.tif 000053
配列番号７によってコードされるタンパク質の免疫原性を、ＰＢＳ、ＧＢＳ全細胞、ＧＢＳ  ８０（全長）、およびペプチドのＣ−末端（以下の配列番号９）により近く位置したＧＢＳ  ８０のもう１つの断片に対して比較した。
【０６２２】
【化９】
2011206061.tif 000054
能動先天性免疫アッセイおよび受動先天性免疫アッセイの両方を、タンパク質のこの集合体に対して行った。
【０６２３】
本明細書中で用いるように、能動先天性免疫アッセイとは、雌マウスがテスト抗原組成物で免疫されるインビボ保護アッセイを言う。次いで、該雌マウスを交配させ、その仔を致死量のＧＢＳでチャレンジする。免疫スケジュールの間での雌マウスの血清力価、ならびにチャレンジ後の仔の生存時間を測定する。
【０６２４】
具体的には、ここで言及する能動先天性免疫アッセイは、４匹のＣＤ−１雌マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｌｃｏ  Ｉｔａｌｙ）の群を用いた。これらのマウスを、交配に先立って、１、２１および３５日に、フロイントのアジュバント中の選択されたタンパク質で腹腔内免疫した。６ないし８週齢マウスに、単一抗原で免疫する場合には２０μｇタンパク質／用量を与え、抗原の組み合わせで免疫する場合には、３０ないし４５μｇタンパク質／用量（１５μｇの各抗原）を与えた。雌親の免疫応答を、０日および４９日に採取した血清試料を用いることによってモニターした。雌マウスを最後の免疫から２ないし７日後に（ほぼｔ＝３６−３７において）交配させ、典型的には、２１日間の妊娠期間を有した。誕生から４８時間以内に、（ＰＢＳコントロール群から集めた平均的なデータによって決定されるように）免疫していない仔の７０ないし９０％を殺すのに十分であろう量とほぼ同等の用量のＧＢＳで仔をＩ．Ｐ．を介してチャレンジした。ＧＢＳチャレンジ用量は、このましくは、５０μＬのＴＨＢ媒体中で投与する。好ましくは、仔チャレンジは、最初の免疫から５６ないし６１日後に行う。チャレンジ接種物は、使用前にＴＨＢで適当な濃度まで希釈した凍結培養物から出発して調製した。仔の生存はチャレンジ後５日間モニターした。
【０６２５】
本明細書中で用いるように、受動先天性免疫アッセイとは、送達からほぼ２日前にウサギ免疫血清（またはコントロール血清）を注射することによって妊娠したマウスを受動的に免疫するインビボ保護アッセイを言う。次いで、仔を致死量のＧＢＳでチャレンジする。
【０６２６】
具体的には、ここに言及する受動先天性免疫アッセイは、送達から２日前にＩ．Ｐ．を介して１ｍＬのウサギ免疫血清またはコントロール血清を注射することによって受動的に免疫した妊娠ＣＤ１マウスの群を用いた。新生マウス（誕生後２４ないし４８時間）を、７０ないし９０％致死量のＧＢＳ血清型ＩＩＩ  ＣＯＨ１でＩ．Ｐ．を介してチャレンジする。凍結した中期対数相培養物を希釈することによって得られたチャレンジ用量を、５０μＬのＴＨＢ培地中で投与した。
双方のアッセイでは、ＧＢＳ感染で生き残る仔の数を１２時間毎に４日間評価した。統計学的有意性は、Ｆｉｓｈｅｒの直接確率検定によって見積もった。
【０６２７】
配列番号７、配列番号８、ＰＢＳ、およびＧＢＳ全細胞での免疫のための各アッセイの結果を以下の表１および２に記載する。
【０６２８】
【表１】
2011206061.tif 000055
【０６２９】
【表２】
2011206061.tif 000056
表１および２に示したように、配列番号７のＧＢＳ  ８０断片での免疫は、比較配列番号８のＧＢＳ  ８０断片よりもチャレンジされた仔についての実質的に改良された生存率を供した。これらの結果は、配列番号７のＧＢＳ  ８０断片が、ＧＢＳ  ８０の重要な免疫原性エピトープを含み得ることを示す。
【０６３０】
前記したように、保存されたリシン（Ｋ）残基を含有するピリンモチーフはＧＢＳ  ８０で同定されている。ピリンモチーフ配列は、以下の配列番号２においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１９９および２０７において、およびアミノ酸残基３６８および３７５において太文字でマークされている。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、ＧＢＳ  ８０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ８０の好ましい断片は、少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０６３１】
【化２−３】
2011206061.tif 000057
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスもまたＧＢＳ  ８０で同定されている。Ｅボックスモチーフは以下の配列番号２においては下線を施されている。アミノ酸残基３９２および４７１における保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は太文字でマークされている。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＧＢＳ  ８０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ８０の好ましい断片は、少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０６３２】
【化２−４】
2011206061.tif 000058
（ＧＢＳ１０４）
同様に、以下に好ましいＧＢＳ  １０４断片の例を提供する。血清型Ｖ単離株２６０３から配列決定されたＧＢＳ  １０４のヌクレオチドおよびアミノ酸配列を以下に配列番号１０および１１として記載する：
【０６３３】
【化１０】
2011206061.tif 000059
【０６３４】
【化１１−１】
2011206061.tif 000060
ＧＢＳ  １０４は、前記配列番号１１の始まりにおいて下線を施した配列によって示されるＮ−末端リーダーまたはシグナル配列領域を含む。１つの実施形態において、ＧＢＳ
１０４のリーダーまたはシグナル配列領域からの１以上のアミノ酸配列を除去する。そのようなＧＢＳ  １０４断片の例を以下に配列番号１２として記載する。
【０６３５】
【化１２】
2011206061.tif 000061
ＧＢＳ  １０４は、前記配列番号１１の最後の近くの下線を施した領域によって示されるＣ−末端膜貫通および／または細胞質領域を含む。１つの実施形態において、膜貫通または細胞質領域からの１以上のアミノ酸を除去する。そのようなＧＢＳ  １０４断片の例を以下に配列番号１３として記載する。
【０６３６】
【化１３】
2011206061.tif 000062
１つの実施形態において、リーダーまたはシグナル配列領域からの１以上のアミノ酸、および膜貫通または細胞質領域からの１以上のアミノ酸を除去する。そのようなＧＢＳ  １０４断片の例を以下に配列番号１４として記載する。
【０６３７】
【化１４】
2011206061.tif 000063
ＧＢＳ  ８０のように、ＧＢＳ  １０４は細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１１においてはイタリック体で示した）配列番号１２３  ＦＰＫＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＧＢＳ  １０４タンパク質の分泌を促進するのが好ましい場合がある。従って、本発明で用いるＧＢＳ  １０４の１つの好ましい断片において、膜貫通および／または細胞質領域および細胞壁アンカーモチーフのみをＧＢＳ  １０４から除去する。あるいは、いくつかの組み換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断できるか、あるいは組換えタンパク質は最終組成物中で不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合されたままとすることができる。
【０６３８】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する２つのピリンモチーフがＧＢＳ  １０４で同定されている。ピリンモチーフ配列には以下の配列番号１１では下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１４１および１４９において、およびアミノ酸残基４９９および５０７において太文字でマークする。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、ＧＢＳ  １０４のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  １０４の好ましい断片は、少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０６３９】
【化１１−２】
2011206061.tif 000064
また、保存されたグルタミン酸残基を含有する２つのＥボックスがＧＢＳ  １０４で同定されている。Ｅボックスモチーフは以下の配列番号１１においては下線を施す。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基９４および７９８において、太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＧＢＳ  １０４のオリゴマー線毛様の構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  １０４の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０６４０】
【化１１−３】
2011206061.tif 000065
（ＧＢＳ  ０６７）
以下に好ましいＧＢＳ  ０６７断片の例を提供する。血清型Ｖ単離株２６０３からのＧＢＳ  ０６７配列のヌクレオチドおよびアミノ酸配列を以下に配列番号１５および１６として記載する。
【０６４１】
【化１５】
2011206061.tif 000066
【０６４２】
【化１６−１】
2011206061.tif 000067
ＧＢＳ  ０６７は、前記配列番号１６のＣ−末端に最も近い下線を施した領域によって示されるＣ−末端膜貫通領域を含む。１つの実施形態において、膜貫通領域からの１以上のアミノ酸を除去し、および／または膜貫通領域前でアミノ酸を切形する。そのようなＧＢＳ  ０６７断片の例を以下に配列番号１７として記載する。
【０６４３】
【化１７】
2011206061.tif 000068
ＧＢＳ  ０６７は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ（ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）モチーフ）：（前記配列番号１６においてはイタリック体で示した）配列番号１８  ＩＰＭＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＧＢＳ  ０６７タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。従って、本発明で用いられるＧＢＳ  ０６７の１つの好ましい断片において、膜貫通および細胞壁アンカーモチーフをＧＢＳ  ６７から除去する。そのようなＧＢＳ  ０６７断片の例を以下に配列番号１９として記載する。
【０６４４】
【化１９】
2011206061.tif 000069
あるいは、いくつかの組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留させるのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組み換えタンパク質を、最終組成物中で不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合させたままとすることができる。
【０６４５】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する３つのピリンモチーフがＧＢＳ  ６７で同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号１６においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基４７８および４８８において、アミノ酸残基３４０および３４２において、およびアミノ酸残基７０３および７１７において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、ＧＢＳ  ６７のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ６７の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０６４６】
【化１６−２】
2011206061.tif 000070
保存されたグルタミン酸残基を含有する２つのＥボックスもまたＧＢＳ  ６７で同定されている。Ｅボックスモチーフは以下の配列番号１６においては下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基９６および８０１においては、太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＧＢＳ  ６７のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ６７の好ましい断片は、少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０６４７】
【化１６−３】
2011206061.tif 000071
ＧＢＳ  ０６７アミノ酸配列についての予測される二次構造を図３３に記載する。この図面に示されるように、ＧＢＳ  ０６７は、アルファラセン構造物を形成すること予測されるいくつかの領域を含む。そのようなアルファラセン領域はコイルド−コイル構造物を形成するようであり、ＧＢＳ＿０６７のオリゴマー化に関与することができる。
【０６４８】
ＧＢＳ  ０６７についてのアミノ酸配列は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓコラーゲン結合表面タンパク質（ｐｆａｍ０５７３８）のＣｎａ＿Ｂドメインに対して相同である領域も含む。Ｃｎａ＿Ｂ領域はコラーゲン結合を媒介すると考えられていないが、それは、ベータサンドイッチ構造物を形成すると予測される。Ｓｔａｐｈ  ａｕｒｅｕｓタンパク質においては、このベータサンドイッチ構造物は、細菌細胞壁から離れるようにリガンド結合ドメインを示す幹を形成すると考えられる。この同一アミノ酸配列領域は、細胞エンベロープ生合成に関与する外膜タンパク質であるとも予測される。
【０６４９】
ＧＢＳ  ０６７についてのアミノ酸配列は、ｖｏｎ  Ｗｉｌｌｅｂｒａｎｄ因子（ｖＷＦ）Ａ型ドメインに対して相同である領域を含む。ｖＷＦＡ型ドメインは、配列番号１６に示すようにＧＢＳ  ０６７のアミノ酸残基２２９ないし４０２に存在する。このタイプの配列は、典型的には、インテグリンのような細胞外タンパク質で見出され、それは、前記したコラーゲン、フィブロネクチン、およびフィブリノーゲンへの接着を含めた接着を媒介すると考えられる。
【０６５０】
本出願人らはＧＢＳ上の表面露出タンパク質としてＧＢＳ  ６７を同定した故に、かつＧＢＳ  ６７はＧＢＳ付着に関与しうる故に、ＧＢＳ  ６７タンパク質の免疫原性をマウスで調べた。ＧＢＳ  ６７での免疫アッセイの結果を以下の表４８に記載する。
【０６５１】
【表４８】
2011206061.tif 000072
表４８に示すように、ＧＢＳ  ６７での免疫は、ネガティブコントロール、ＰＢＳ、免疫マウスに対してチャレンジされたマウスにつき、実質的に改良された生存率を供する。これらの結果は、ＧＢＳ  ６７が本発明の免疫原性組成物を含み得ることを示す。
【０６５２】
（ＧＢＳ  ５９）
以下にＧＢＳ  ５９断片の例を提供する。血清型Ｖ単離株２６０３から配列決定されたＧＢＳ  ５９のヌクレオチドおよびアミノ酸配列を以下に配列番号１２５および１２６として記載する。配列番号１２６のＧＢＳ  ５９ポリペプチドをＳＡＧ１４０７という。
【０６５３】
【化１２５】
2011206061.tif 000073
【０６５４】
【化１２６−１】
2011206061.tif 000074
血清型Ｖ単離株ＣＪＢ１１１から配列決定されたＧＢＳ  ５９のヌクレオチドおよびアミノ酸配列を以下に配列番号１２７および１２８として記載する。配列番号１２８のＧＢＳ  ５９ポリペプチドをＢＯ１５７５という。
【０６５５】
【化１２７】
2011206061.tif 000075
【０６５６】
【化１２８−１】
2011206061.tif 000076
ＧＢＳ  ５９ポリペプチドは細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１２６および１２８においてはイタリック体で示した）配列番号１２９  ＩＰＱＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＧＢＳ  ５９タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、いくつかの組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインを精製の間に切断することができるか、あるいは、組換えタンパク質を、最終組成物中に不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合させたままとすることができる。
【０６５７】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有するピリンモチーフはＧＢＳ  ５９ポリペプチドで同定されている。ピリンモチーフ配列は、以下の配列番号１２６および１２８の各々においては、下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は太文字でマークする。保存されたリシン（Ｋ）残基は、配列番号：１２６のアミノ酸残基２０２および２１２、およびアミノ酸残基４８９および４９５に、および配列番号１２８のアミノ酸残基１８８および１９８に位置する。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、ＧＢＳ  ５９のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ５９の好ましい断片は、少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は、少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０６５８】
【化１２６−２】
2011206061.tif 000077
【０６５９】
【化１２８−２】
2011206061.tif 000078
また、保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスが、ＧＢＳ  ５９ポリペプチドの各々で同定されている。Ｅボックスモチーフは以下の配列番号１２６および１２８の各々では下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は配列番号１２６においてはアミノ酸残基６２１において、および配列番号１２８ではアミノ酸残基５８８において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＧＢＳ  ５９のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ５９の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０６６０】
【化１２６−３】
2011206061.tif 000079
【０６６１】
【化１２８−３】
2011206061.tif 000080
能動先天性免疫アッセイにおいて、雌マウスをＳＡＧ１４０７（配列番号１２６）またはＢＯ１５７５（配列番号１２８）いずれかで免疫した。免疫された雌マウスから生まれた仔は、コントロール（ＰＢＳ）処置マウスよりもＧＢＳチャレンジに対して良好に生存した。ＧＢＳ  ５９免疫原性組成物を用いる能動先天性免疫アッセイの結果を以下の表１７に示す。
【０６６２】
【表１７】
2011206061.tif 000081
オプソノファゴサイトーシスアッセイは、ＢＯ１５７５に対する抗体がＧＢＳ血清型Ｖ、株ＣＪＢ１１１に対してオプソニン性であることを示した。図６７参照。
【０６６３】
（ＧＢＳ  ５２）
ＧＢＳ  ５２についてのポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号２０および２１はＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  ５２配列を表す。
【０６６４】
【化２０】
2011206061.tif 000082
【０６６５】
【化２１−１】
2011206061.tif 000083
ＧＢＳ  ５２は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号２１ではイタリック体で示す）配列番号１２４  ＩＰＫＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＧＢＳ  ５２タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留させるのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において、不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに付着されたままとすることができる。
【０６６６】
また、保存されたリシン（Ｋ）残基を含む前記したピリンモチーフがＧＢＳ  ５２においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号２１においては下線が施される。また、保存されたリシン（Ｋ）残基はアミノ酸残基１４８および１６０において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ５２の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０６６７】
【化２１−２】
2011206061.tif 000084
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＧＢＳ  ５２で同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号２１においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基２２６において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＧＢＳ  ５２のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  ５２の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０６６８】
【化２１−３】
2011206061.tif 000085
（ＳＡＧ０６４７）
ＳＡＧ０６４７についてのポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号２２および２３はＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＳＡＧ０６４７配列を表す。
【０６６９】
【化２２】
2011206061.tif 000086
【０６７０】
【化２３】
2011206061.tif 000087
。
【０６７１】
（ＳＡＧ０６４８）
ＳＡＧ０６４８についてのポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号２４および２５はＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＳＡＧ０６４８配列を表す。
【０６７２】
【化２４】
2011206061.tif 000088
【０６７３】
【化２５】
2011206061.tif 000089
。
【０６７４】
（ＧＢＳ  １５０）
ＧＢＳ  １５０についてのポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号２６および２７は、ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＧＢＳ  １５０配列を表す。
【０６７５】
【化２６】
2011206061.tif 000090
【０６７６】
【化２７−１】
2011206061.tif 000091
ＧＢＳ  １５０は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号２７においてはイタリック体で示した）配列番号１３０  ＬＰＫＴＧを含む。いくつかの組み換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＧＢＳ  １５０タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組み換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断できるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０６７７】
前記したように、保存されたリシン（Ｋ）残基を含有するピリンモチーフはＧＢＳ  １５０で同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号２７においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基はアミノ酸残基１３９および１４８において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、ＧＢＳ  １５０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  １５０の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０６７８】
【化２７−２】
2011206061.tif 000092
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＧＢＳ  １５０で同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号２７においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基２１６において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＧＢＳ  １５０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＢＳ  １５０の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０６７９】
【化２７−３】
2011206061.tif 000093
（ＳＡＧ１４０５）
ＳＡＧ１４０５についてのポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号２８および２９は、ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＳＡＧ１４０５配列を表す。
【０６８０】
【化２８】
2011206061.tif 000094
【０６８１】
【化２９】
2011206061.tif 000095
（ＳＡＧ１４０６）
ＳＡＧ１４０５についてのポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号３０および３１は、ＧＢＳ血清型Ｖ、株単離体２６０３からのＳＡＧ１４０５配列を表す。
【０６８２】
【化３０】
2011206061.tif 000096
【０６８３】
【化３１】
2011206061.tif 000097
。
【０６８４】
（０１５２０）
０１５２０についてのアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号３２は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＣＯＨ１からの０１５２０配列を表す。
【０６８５】
【化３２】
2011206061.tif 000098
。
【０６８６】
（０１５２１）
０１５２１についてのアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号３３は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＣＯＨ１からの０１５２１配列を表す。
【０６８７】
【化３３−１】
2011206061.tif 000099
０１５２１は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号３３においてはイタリック体で示した）配列番号１３２  ＬＰＦＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え０１５２１タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０６８８】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する２つのピリンモチーフが０１５２１において同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号３３においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１５４および１６５において、およびアミノ酸残基１７４および１８８において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、０１５２１のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。０１５２１の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０６８９】
【化３３−２】
2011206061.tif 000100
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスは０１５２１においても同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号３３においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基１７７において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、０１５２１のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。０１５２１の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０６９０】
【化３３−３】
2011206061.tif 000101
【０６９１】
（０１５２２）
０１５２２についてのアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号３４は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＣＯＨ１からの０１５２２配列を表す。
【０６９２】
【化３４】
2011206061.tif 000102
【０６９３】
（０１５２３）
０１５２３についてのアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号３５は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＣＯＨ１からの０１５２３配列を表す。
【０６９４】
【化３５−１】
2011206061.tif 000103
０１５２３は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号３５においてはイタリック体で示した）配列番号１３１  ＬＰＳＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え０１５２３タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０６９５】
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスは０１５２３において同定されている。Ｅボックスモチーフは以下の配列番号３５においては下線を施す。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基４２３において、太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は、０１５２３のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。０１５２３の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０６９６】
【化３５−２】
2011206061.tif 000104
。
【０６９７】
（０１５２４）
０１５２４についてのアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号３６は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＣＯＨ１からの０１５２４配列を表す。
【０６９８】
【化３６−１】
2011206061.tif 000105
０１５２４は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号３６においてはイタリック体で示した）配列番号１３１  ＬＰＳＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え０１５２４タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０６９９】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する３つのピリンモチーフが０１５２４において同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号３６においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１２８および１３８、アミノ酸残基６７１および６８２、およびアミノ酸残基８０９および８２０において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、０１５２４のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。０１５２４の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０７００】
【化３６−２】
2011206061.tif 000106
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスは０１５２４においても同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号３６においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基１３４４において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、０１５２４のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。０１５２４の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０７０１】
【化３６−３】
2011206061.tif 000107
（０１５２５）
０１５２５についてのアミノ酸配列の例を以下に記載する。配列番号３７は、ＧＢＳ血清型ＩＩＩ、株単離体ＣＯＨ１からの０１５２５配列を表す。
【０７０２】
【化３７】
2011206061.tif 000108
（ＧＢＳ  ３２２）
ＧＢＳ  ３２２とは、「ｓｉｐ」ともいう表面免疫原性タンパク質をいう。血清型Ｖ単離体２６０３  Ｖ／Ｒから配列決定されたＧＢＳ  ３２２のヌクレオチドおよびアミノ酸配列を配列番号８５３９および配列番号８５４０としてＲｅｆ．３に記載する。これらの配列を以下に配列番号３８および３９として記載する：
【０７０３】
【化３８】
2011206061.tif 000109
【０７０４】
【化３９】
2011206061.tif 000110
ＧＢＳ  ３２２は、配列番号３９の始まり近くの下線を施した配列によって示されるＮ−末端リーダーまたはシグナル配列領域を含む。１つの実施形態において、ＧＢＳ  ３２２のリーダーまたはシグナル配列領域からの１以上のアミノ酸を除去する。そのようなＧＢＳ  ３２２断片の例を以下に配列番号４０として記載する。
【０７０５】
【化４０】
2011206061.tif 000111
ＧＢＳ  ３２２のさらなる好ましい断片は、その各々を特にここに引用して援用するＷＯ  ０３／０６８８１３で確認される免疫原性エピトープを含む。
【０７０６】
本発明の組成物中に入れられるＧＢＳタンパク質の数に対して上限が存在し得る。好ましくは、本発明の組成物におけるＧＢＳタンパク質の数は２０未満、１９未満、１８未満、１７未満、１６未満、１５未満、１４未満、１３未満、１２未満、１１未満、１０未満、９未満、８未満、７未満、６未満、５未満、４未満、または３未満である。なおより好ましくは、本発明の組成物におけるＧＢＳ蛋白の数は６未満、５未満、または４未満である。なおより好ましくは、本発明の組成物におけるＧＢＳ蛋白の数は３である。
【０７０７】
本発明で用いるＧＢＳタンパク質およびポリヌクレオチドは、好ましくは、当該分子が天然ではそれと共に見出される、全生物から単離され、すなわち、それとは別々かつ区別され、あるいは、当該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが天然で見出されない場合、該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドをその意図した目的に用いることができるように、他の生物学的マクロ分子から十分に離されている。
【０７０８】
（Ａ群連鎖球菌アドヘシンアイランド配列）
本発明のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、もちろん、種々の手段によって（例えば、組換え発現、ＧＡＳからの精製、化学合成など）、かつ種々の形態で（例えば、天然、融合、グリコシル化、非−グリコシル化など）調製することができる。それらは、好ましくは、実質的に純粋な形態で（すなわち、他の連鎖球菌性タンパク質または宿主細胞タンパク質を実質的に含まない）、または実質的に単離された形態で調製される。
【０７０９】
本発明のＧＡＳ  ＡＩタンパク質は、同定されたＧＡＳタンパク質に対する配列同一性を有するポリペプチド配列を含むことができる。配列同一性の程度は問題とするアミノ酸配列（ａ）に応じて変化させることができるが、好ましくは、５０％を超える（例えば、６０％，６５％，７０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，９９．５％以上）。  配列同一性を有するポリペプチドは同定されたＧＢＳタンパク質のホモログ、オルソログ、対立遺伝子変種、および機能的変異体を含む。典型的には、２つのタンパク質の間の５０％以上の同一性が機能的同等性を示すと考えられる。タンパク質の間の同一性は、好ましくは、パラメータギャップ開放ペナルティ＝１２およびギャップ延長ペナルティ＝１でのアフィニティギャップサーチを用い、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）で実行されるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性サーチアルゴリズムによって決定される。
【０７１０】
ＧＡＳアドヘシンアイランドポリヌクレオチド配列は、同定されたＧＡＳアドヘシンアイランドポリヌクレオチド配列に対する配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含むことができる。配列同一性の程度は問題とするポリヌクレオチド配列に応じて変化し得るが、好ましくは５０％を超える（例えば、６０％，６５％，７０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，９９．５％以上）。
【０７１１】
本発明のＧＡＳアドヘシンアイランドポリヌクレオチド配列は、同定されたアドヘシンアイランド配列のポリヌクレオチド断片を含むことができる。断片の長さは特異的なアドヘシンアイランド配列のポリヌクレオチド配列に応じて変化し得るか、断片は、好ましくは、少なくとも１０の連続ポリヌクレオチドである（例えば、少なくとも１０，１２，１４，１６，１８，２０，２５，３０，３５，４０，５０，６０，７０，８０，９０，１００，１５０，２００以上）。
【０７１２】
本発明ＧＡＳアドヘシンアイランドアミノ酸配列は、同定されたＧＡＳタンパク質のポリペプチド断片を含むことができる。断片の長さは特異的ＧＡＳ抗原のアミノ酸配列に応じて変化し得るが、断片は好ましくは少なくとも７つの連続アミノ酸である（例えば、８，１０，１２，１４，１６，１８，２０，２５，３０，３５，４０，５０，６０，７０，８０，９０，１００，１５０，２００以上）。好ましくは、断片は当該配列からの１以上のエピトープを含む。他の好ましい断片は、（１）各同定されたＧＡＳタンパク質のＮ−末端シグナルペプチド、（２）それらのＮ−末端シグナルペプチドが無い同定されたＧＡＳタンパク質、および（３）１０までのアミノ酸残基（例えば、１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１５，２０，２５以上）がＮ−末端および／またはＣ−末端から欠失された、例えば、Ｎ−末端アミノ酸残基を欠失することができる各同定されたＧＡＳタンパク質を含む。他の断片は当該タンパク質の１以上のドメインを省略する（例えば、シグナルペプチドの、細胞質ドメインの、膜貫通ドメインの、または細胞外ドメインの省略）。
【０７１３】
（ＧＡＳ  ＡＩ−１配列）
前記したように、ＧＡＳ  ＡＩ−１配列はＭ６株単離体（ＭＧＡＳ１０３９４）に存在する。Ｍ６株単離体ＭＧＡＳ１０３９４からのＧＡＳ  ＡＩ−１配列の例を以下に記載する。
【０７１４】
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５６：Ｓｐｙ０１５６はｒｏｆＡ転写調節因子である。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５６についてのアミノ酸配列の例を配列番号４１に記載する。
【０７１５】
【化４１】
2011206061.tif 000112
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７：Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７はフィブロネクチン結合タンパク質である。それは、アミノ酸配列の配列番号４２においてイタリック体で示されたソルターゼ基質モチーフＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）を含む。
【０７１６】
【化４２−１】
2011206061.tif 000113
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号４２においてはイタリック体で示した）配列番号１８０  ＬＰＡＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＭ６＿Ｓｐｙ０１５７タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７１７】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＭ６＿Ｓｐｙ０１５７においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号４２においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基２７７、２８７および３０１において、太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０７１８】
【化４２−２】
2011206061.tif 000114
保存されたグルタミン酸残基を含有する４つのＥボックスの反復シリーズがＭ６＿Ｓｐｙ０１５７において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号４２においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基４１５、４５２、４８９および５２６において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０７１９】
【化４２−３】
2011206061.tif 000115
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５８：Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５８は逆転写酵素である。Ｓｐｙ０１５８の例は、アミノ酸配列の配列番号４３に示される。
【０７２０】
【化４３】
2011206061.tif 000116
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９：Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９はコラーゲン接着タンパク質である。それは、アミノ酸配列の配列番号４４において、イタリック体で示すソルターゼ基質モチーフＬＰＸＳＧを含む。
【０７２１】
【化４４−１】
2011206061.tif 000117
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号４４においてはイタリック体で示した）配列番号１８１  ＬＰＳＳＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＭ６＿Ｓｐｙ０１５９タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７２２】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＭ６＿Ｓｐｙ０１５９においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号４４においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基２６５および２７６において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０７２３】
【化４４−２】
2011206061.tif 000118
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＭ６＿Ｓｐｙ０１５９においても同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号４４においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基９５０において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０７２４】
【化４４−３】
2011206061.tif 000119
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０：Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０は線毛構造物サブユニットである。それは、アミノ酸配列の配列番号４５においてイタリック体で示したソルターゼ基質モチーフＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）を含む。
【０７２５】
【化４５−１】
2011206061.tif 000120
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０は細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号４５においてはイタリック体で示した）配列番号１３１  ＬＰＳＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＭ６＿Ｓｐｙ０１６０タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７２６】
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＭ６＿Ｓｐｙ０１６０で同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号４５においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基４１２において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０７２７】
【化４５−２】
2011206061.tif 000121
Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６１はｓｒｔＢ型ソルターゼである。Ｍ６＿Ｓｐｙ−１６１のアミノ酸配列の例をアミノ酸配列番号４６に示す。
【０７２８】
【化４６】
2011206061.tif 000122
前記したように、本出願人らは、細菌のいくつかの他のＧＡＳ  ＡＩ−１株における線毛構造物サブユニットのヌクレオチドおよびコードされたアミノ酸配列も決定した。これらの線毛構造物サブユニットの配列の例を以下に記載する。
【０７２９】
Ｍ６株単離体ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−１株である。ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛は、Ｍ６株単離体ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛タンパク質（配列番号２６７）をコードするヌクレオチド配列およびＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２６８）の例を以下に記載する。
【０７３０】
【化２６７】
2011206061.tif 000123
【０７３１】
【化２６８】
2011206061.tif 000124
Ｍ６株単離体ＩＳＳ  ３６５０は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−１株である。ＩＳＳ３６５０＿線毛は、Ｍ６株単離体ＩＳＳ  ３６５０の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＩＳＳ３６５０＿線毛タンパク質（配列番号２６９）をコードするヌクレオチド配列およびＩＳＳ３６５０＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２７０）の例を以下に記載する。
【０７３２】
【化２６９】
2011206061.tif 000125
【０７３３】
【化２７０】
2011206061.tif 000126
Ｍ２３株単離体ＤＳＭ２０７１は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−１株である。ＤＳＭ２０７１＿線毛は、Ｍ２３株ＤＳＭ２０７１の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＤＳＭ２０７１＿線毛タンパク質（配列番号２５１）をコードするヌクレオチド配列およびＤＳＭ２０７１＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２５２）の例を以下に記載する。
【０７３４】
【化２５１】
2011206061.tif 000127
【０７３５】
【化２５２】
2011206061.tif 000128
（ＧＡＳ  ＡＩ−２配列）
前記したように、ＧＡＳ  ＡＩ−２配列はＭ１株単離体（ＳＦ３７０）に存在する。Ｍ１株単離体ＳＦ３７０からのＧＡＳ  ＡＩ−２配列の例を以下に記載する。
【０７３６】
Ｓｐｙ０１２４はｒｏｆＡ転写調節因子である。Ｓｐｙ０１２４についてのアミノ酸配列の例を配列番号４７に記載する。
【０７３７】
【化４７】
2011206061.tif 000129
ＧＡＳ  ０１５はＣｐａともいう。それは、配列番号４８においてイタリック体で示したソルターゼ基質モチーフＶＶＸＴＧ（配列番号１３５）を含む。
【０７３８】
【化４８−１】
2011206061.tif 000130
ＧＡＳ  ０１５は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号４８においてはイタリック体で示した）配列番号１８２  ＶＶＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＧＡＳ  ０１５タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７３９】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＧＡＳ  ０１５においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号４８においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基２４３においてやはり太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＡＳ  ０１５の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０７４０】
【化４８−２】
2011206061.tif 000131
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＧＡＳ  ０１５において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号４８においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基３５２において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＧＡＳ  ０１５のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＧＡＳ  ０１５の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０７４１】
【化４８−３】
2011206061.tif 000132
Ｓｐｙ０１２７は  ＬｅｐＡ推定シグナルペプチダーゼである。Ｓｐｙ０１２７においてのアミノ酸配列の例を配列番号４９に記載する。
【０７４２】
【化４９】
2011206061.tif 000133
Ｓｐｙ０１２８は線毛タンパク質であると考えられる。それは、配列番号５０においてイタリック体で示されるソルターゼ基質モチーフＥＶＸＴＧ（配列番号１３６）を含む。
【０７４３】
【化５０−１】
2011206061.tif 000134
Ｓｐｙ０１２８は細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号５０においてはイタリック体で示した）配列番号１８３  ＥＶＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙ０１２８タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７４４】
保存されたグルタミン酸残基を含有する２つのＥボックスはＳｐｙ０１２８に同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号５０においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基２７１および２９０において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｓｐｙ０１２８のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｓｐｙ０１２８の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０７４５】
【化５０−２】
2011206061.tif 000135
Ｓｐｙ０１２９はｓｒｔＣ１型ソルターゼである。Ｓｐｙ０１２９についてのアミノ酸配列の例を配列番号５１に記載する。
【０７４６】
【化５１】
2011206061.tif 000136
Ｓｐｙ０１３０は仮想タンパク質という。それは、配列番号５２においてイタリック体で示されたソルターゼ基質モチーフＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）を含む。
【０７４７】
【化５２−１】
2011206061.tif 000137
Ｓｐｙ０１３０は細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号５２においてはイタリック体で示した）配列番号１３１  ＬＰＳＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙ０１３０タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７４８】
保存されたグルタミン酸残基を含有する２つのＥボックスはＳｐｙ０１３０に同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号５２においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基１１８および１４８において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｓｐｙ０１３０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｓｐｙ０１３０の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０７４９】
【化５２−２】
2011206061.tif 000138
Ｓｐｙ０１３１は保存された仮想タンパク質という。Ｓｐｙ０１３１のアミノ酸配列の例を配列番号５３に記載する。
【０７５０】
【化５３】
2011206061.tif 000139
Ｓｐｙ０１３３は保存された仮想タンパク質という。Ｓｐｙ０１３３のアミノ酸配列の例を配列番号５４に記載する。
【０７５１】
【化５４】
2011206061.tif 000140
Ｓｐｙ０１３５はＳｒｔＢ型ソルターゼである。それは推定フィブリア関連タンパク質ともいう。Ｓｐｙ０１３５のアミノ酸配列の例を配列番号５５に記載する。
【０７５２】
【化５５】
2011206061.tif 000141
。
【０７５３】
（ＧＡＳ  ＡＩ−３配列）
前記したように、ＧＡＳ  ＡＩ−３配列はＭ３、Ｍ１８およびＭ５株単離体に存在する。Ｍ３株単離体ＭＧＡＳ３１５からのＧＡＳ  ＡＩ−３の例を以下に記載する。
【０７５４】
ＳｐｙＭ３００９７は負の転写調節因子（Ｎｒａ）である。ＳｐｙＭ３００９７のアミノ酸配列の例を配列番号５６に記載する。
【０７５５】
【化５６】
2011206061.tif 000142
ＳｐｙＭ３００９８はコラーゲン結合タンパク質（Ｃｐｂ）であると考えられる。それは、配列番号５７においてイタリック体で示されたソルターゼ基質モチーフＶＰＸＴＧ（配列番号１３７）を含む。
【０７５６】
【化５７−１】
2011206061.tif 000143
ＳｐｙＭ３００９８は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号５７においてはイタリック体で示した）配列番号１８４  ＶＰＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ３００９８タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７５７】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＳｐｙＭ３００９８においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号５７においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基もまた、アミノ酸残基２６２および２７０において太文字でマークする。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３００９８の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０７５８】
【化５７−２】
2011206061.tif 000144
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＳｐｙＭ３００９８において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号５７においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基３３０において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＳｐｙＭ３００９８のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３００９８の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０７５９】
【化５７−３】
2011206061.tif 000145
ＳｐｙＭ３００９９はＬｅｐＡという。ＳｐｙＭ３００９９のアミノ酸配列の例を配列番号５８に記載する。
【０７６０】
【化５８】
2011206061.tif 000146
ＳｐｙＭ３０１００は線毛タンパク質であると考えられる。ＳｐｙＭ３０１００のアミノ酸配列の例を配列番号５９に記載する。
【０７６１】
【化５９−１】
2011206061.tif 000147
ＳｐｙＭ３０１００は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号５９においてはイタリック体で示した）配列番号１４０  ＱＶＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ３０１００タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７６２】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、２つのピリンモチーフはＳｐｙＭ３０１００においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号５９においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基５７および６３において、およびアミノ酸残基１６１および１６６において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３０１００の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０７６３】
【化５９−２】
2011206061.tif 000148
各々が保存されたグルタミン酸残基を含有する２つのＥボックスはＳｐｙＭ３０１００において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号５９においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基２３２および２６４において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＳｐｙＭ３０１００のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３０１００の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０７６４】
【化５９−３】
2011206061.tif 000149
ＳｐｙＭ３０１０１はＳｒｔＣ２型ソルターゼである。Ｓｐｙ３０１０１のアミノ酸配列の例を配列番号６０に記載する。
【０７６５】
【化６０】
2011206061.tif 000150
ＳｐｙＭ３０１０２は仮想タンパク質という。ＳｐｙＭ３０１０２のアミノ酸配列の例を配列番号６１に記載する。
【０７６６】
【化６１−１】
2011206061.tif 000151
ＳｐｙＭ３０１０２は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号６１においてはイタリック体で示した）配列番号１８５  ＬＰＬＡＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ３０１０２タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７６７】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＳｐｙＭ３０１０２においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号６１においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１３２において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３０１０２の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０７６８】
【化６１−２】
2011206061.tif 000152
保存されたグルタミン酸残基を含有する２つのＥボックスはＳｐｙＭ３０１０２で同定されている。Ｅボックスモチーフは以下の配列番号６１においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基５２および１２２において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＳｐｙＭ３０１０２のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３０１０２の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０７６９】
【化６１−３】
2011206061.tif 000153
ＳｐｙＭ３０１０３は推定多重糖代謝調節因子という。ＳｐｙＭ３１０３についてのアミノ酸配列の例を配列番号６２に記載する。
【０７７０】
【化６２】
2011206061.tif 000154
ＳｐｙＭ３０１０４はＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質であると考えられる。ＳＰＹＭ３０１０４についてのアミノ酸配列の例を配列番号６３に記載する。
【０７７１】
【化６３−１】
2011206061.tif 000155
ＳｐｙＭ３０１０４は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号６３においてはイタリック体で示した）配列番号１８０  ＬＰＡＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ３０１０４タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７７２】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、２つのピリンモチーフはＳｐｙＭ３０１０４においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号６３においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１５６および２２７において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３０１０４の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０７７３】
【化６３−２】
2011206061.tif 000156
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＳｐｙＭ３０１０４において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号６３においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基４０２において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＳｐｙＭ３０１０４のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ３０１０４の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０７７４】
【化６３−３】
2011206061.tif 000157
Ｍ３株単離体ＳＳＩ−１からのＧＡＳ  ＡＩ−３配列の例を以下に記載する。
【０７７５】
Ｓｐｓ００９９は負の転写調節因子（Ｎｒａ）である。Ｓｐｓ００９９についてのアミノ酸配列の例は配列番号６４に記載する。
【０７７６】
【化６４】
2011206061.tif 000158
Ｓｐｓ０１００はコラーゲン結合タンパク質（Ｃｂｐ）であると考えられる。それは、配列番号６５においてイタリック体で示したソルターゼ基質モチーフＶＰＸＴＧを含む。
【０７７７】
【化６５】
2011206061.tif 000159
Ｓｐｓ０１０１はＬｅｐＡタンパク質という。Ｓｐｓ０１０１のアミノ酸配列の例を配列番号６６に記載する。
【０７７８】
【化６６】
2011206061.tif 000160
Ｓｐｓ０１０２は線毛タンパク質であると考えられる。それは、配列番号６７においてイタリック体で示したソルターゼ基質モチーフ  ＱＶＸＴＧを含む。
【０７７９】
【化６７】
2011206061.tif 000161
Ｓｐｓ０１０３はＳｒｔＣ２型ソルターゼである。Ｓｐｓ０１０３の例を配列番号６８に記載する。
【０７８０】
【化６８】
2011206061.tif 000162
Ｓｐｓ０１０４は仮想タンパク質という。それは、配列番号６９においてイタリック体で示したソルターゼ基質モチーフ  ＬＰＸＡＧを含む。
【０７８１】
【化６９】
2011206061.tif 000163
Ｓｐｓ０１０５は推定多重糖代謝調節因子という。Ｓｐｓ０１０５の例を配列番号７０に記載する。
【０７８２】
【化７０】
2011206061.tif 000164
Ｓｐｓ０１０６はＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質であると考えられる。それは、配列番号７１においてイタリック体で示したソルターゼ基質ＬＰＸＴＧ（配列番号１２２）を含む。
【０７８３】
【化７１】
2011206061.tif 000165
Ｍ５単離体ＭａｎｆｒｅｄｏからのＧＡＳ  ＡＩ−３配列の例を以下に記載する。
【０７８４】
Ｏｒｆ７７は負の転写調節因子（Ｎｒａ）をコードする。Ｎｒａをコードするヌクレオチド配列（配列番号８８）およびＮｒａアミノ酸配列（配列番号８９）の例を以下に記載する。
【０７８５】
【化８８】
2011206061.tif 000166
【０７８６】
【化８９】
2011206061.tif 000167
Ｏｒｆ７８はコラーゲン結合タンパク質（Ｃｂｐ）であると考えられる。Ｃｂｐをコードするヌクレオチド配列（配列番号９０）およびＣｂｐアミノ酸配列（配列番号９１）の例を以下に記載する。
【０７８７】
【化９０】
2011206061.tif 000168
【０７８８】
【化９１−１】
2011206061.tif 000169
Ｏｒｆ７８は細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号９１においてはイタリック体で示した）配列番号１８４  ＶＰＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＯｒｆ７８タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７８９】
保存されたグルタミン酸残基を含有する３つのＥボックスはＯｒｆ７８で同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号９１においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基１１２、３９５および４４７において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｏｒｆ７８のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｏｒｆ７８の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０７９０】
【化９１−２】
2011206061.tif 000170
Ｏｒｆ７９はＬｅｐＡシグナルペプチダーゼＩであると考えられる。ＬｅｐＡシグナルペプチダーゼＩをコードするヌクレオチド配列（配列番号９２）およびＬｅｐＡシグナルペプチダーゼＩアミノ酸配列（配列番号９３）の例を以下に記載する。
【０７９１】
【化９２】
2011206061.tif 000171
【０７９２】
【化９３】
2011206061.tif 000172
Ｏｒｆ８０は線毛タンパク質であると考えられる。線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号９４）および線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号９５）の例を以下に記載する。
【０７９３】
【化９４】
2011206061.tif 000173
【０７９４】
【化９５−１】
2011206061.tif 000174
Ｏｒｆ８２は細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号９５においてはイタリック体で示した）配列番号１４０  ＱＶＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＯｒｆ８２タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０７９５】
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＯｒｆ８０で同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号９５においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基２７０において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｏｒｆ８０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｏｒｆ８０の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０７９６】
【化９５−２】
2011206061.tif 000175
Ｏｒｆ８１はＳｒｔＣ２型ソルターゼであると考えられる。ＳｒｔＣ２ソルターゼをコードするヌクレオチド配列（配列番号９６）およびＳｒｔＣ２ソルターゼアミノ酸配列（配列番号９７）を以下に記載する。
【０７９７】
【化９６】
2011206061.tif 000176
【０７９８】
【化９７】
2011206061.tif 000177
Ｏｒｆ８２は仮想タンパク質という。それは、配列番号９９においてイタリック体で示したソルターゼ基質モチーフＬＰＸＡＧを含む。仮想タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号９８）および仮想タンパク質アミノ酸配列（配列番号９９）の例を以下に記載する。
【０７９９】
【化９８】
2011206061.tif 000178
【０８００】
【化９９−１】
2011206061.tif 000179
Ｏｒｆ８２は細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号９９においてはイタリック体で示した）配列番号１８５  ＬＰＬＡＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＯｒｆ８２タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８０１】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む上記のピリンモチーフはＯｒｆ８２で同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号９９においては下線が施される。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１７３および１８８において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｏｒｆ８２の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８０２】
【化９９−２】
2011206061.tif 000180
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＯｒｆ８２において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号９９においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基１６３において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｏｒｆ８２のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｏｒｆ８２の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８０３】
【化９９−３】
2011206061.tif 000181
Ｏｒｆ８３は多重糖代謝調節因子タンパク質であると考えられる。該糖代謝調節因子タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１００）および糖代謝調節因子タンパク質アミノ酸配列（配列番号１０１）の例を以下に記載する。
【０８０４】
【化１００】
2011206061.tif 000182
【０８０５】
【化１０１】
2011206061.tif 000183
Ｏｒｆ８４はＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質であると考えられる。Ｆ２様フィブロネクチン結合タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１０２）およびＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質アミノ酸配列（配列番号１０３）の例を以下に記載する。
【０８０６】
【化１０２】
2011206061.tif 000184
【０８０７】
【化１０３−１】
2011206061.tif 000185
Ｏｒｆ８４は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１０３においてはイタリック体で示した）配列番号１８１  ＬＰＡＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＯｒｆ８４タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８０８】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＯｒｆ８４においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号１０３においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基２７０において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｏｒｆ８４の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８０９】
【化１０３−２】
2011206061.tif 000186
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＯｒｆ８４において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号１０３においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基５１６において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、Ｏｒｆ８４のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。Ｏｒｆ８４の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８１０】
【化１０３−３】
2011206061.tif 000187
Ｍ１８株単離体ＭＧＡＳ８２３２からのＧＡＳ  ＡＩ−３配列の例を以下に記載する。
【０８１１】
ＳｐｙＭ１８＿０１２５は負の転写調節因子（Ｎｒａ）である。ＳｐｙＭ１８＿０１２５の例を配列番号７２に記載する。
【０８１２】
【化７２】
2011206061.tif 000188
ＳｐｙＭ１８＿０１２６はコラーゲン結合タンパク質（ＣＢＰ）であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１２６の例を配列番号７３に記載する。
【０８１３】
【化７３−１】
2011206061.tif 000189
ＳｐｙＭ１８＿０１２６は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号７３においてはイタリック体で示した）配列番号１８４  ＶＰＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ１８＿０１２６タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８１４】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＳｐｙＭ１８＿０１２６においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号７３においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１７２および１７９において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１２６の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８１５】
【化７３−２】
2011206061.tif 000190
保存されたグルタミン酸残基を含有する３つのＥボックスはＳｐｙＭ１８＿０１２６において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号７３においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基１１２、２５７および４１５において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＳｐｙＭ１８＿０１２６のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１２６の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０８１６】
【化７３−３】
2011206061.tif 000191
ＳｐｙＭ１８＿０１２７はＬｅｐＡタンパク質である。ＳｐｙＭ１８＿０１２７の例を配列番号７４に示す。
【０８１７】
【化７４】
2011206061.tif 000192
ＳｐｙＭ１８＿０１２８は線毛タンパク質であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１２８の例を配列番号７５に示す。
【０８１８】
【化７５−１】
2011206061.tif 000193
ＳｐｙＭ１８＿０１２８は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号７５においてはイタリック体で示した）配列番号１４０  ＱＶＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ１８＿０１２８タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８１９】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含有する、前記した、ピリンモチーフはＳｐｙＭ１８＿０１２８においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号７５においては下線を施す。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基５７において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基は、オリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１２８の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０８２０】
【化７５−２】
2011206061.tif 000194
保存されたグルタミン酸残基を含有するＥボックスはＳｐｙＭ１８＿０１２８において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号７５においては下線が施される。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基２６６において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフは、特に保存されたグルタミン酸残基は、ＳｐｙＭ１８＿０１２８のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１２８の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８２１】
【化７５−３】
2011206061.tif 000195
ＳｐｙＭ１８＿０１２９はＳｒｔＣ２型ソルターゼである。ＳｐｙＭ１８＿０１２９の例を配列番号７６に示す。
【０８２２】
【化７６】
2011206061.tif 000196
ＳｐｙＭ１８＿０１３０は仮想タンパク質という。ＳｐｙＭ１８＿０１３０の例を配列番号７７に示す。
【０８２３】
【化７７−１】
2011206061.tif 000197
ＳｐｙＭ１８＿０１３０は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号７７においてイタリック体で示した）配列番号１８５  ＬＰＬＡＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ１８＿０１３０タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８２４】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記したピリンモチーフはＳｐｙＭ１８＿０１３０においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号７７においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１４４，１５９および１６９において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１３０の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８２５】
【化７７−２】
2011206061.tif 000198
保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスはＳｐｙＭ１８＿０１３０において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号７７において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基１３４において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基はＳｐｙＭ１８＿０１３０のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１３０の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８２６】
【化７７−３】
2011206061.tif 000199
ＳｐｙＭ１８＿０１３１は推定多重糖代謝調節因子という。ＳｐｙＭ１８＿０１３１の例を配列番号７８に記載する。
【０８２７】
【化７８】
2011206061.tif 000200
ＳｐｙＭ１８＿０１３２はＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質である。ＳｐｙＭ１８＿０１３２の例を配列番号７９に記載する。
【０８２８】
【化７９−１】
2011206061.tif 000201
ＳｐｙＭ１８＿０１３２は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号７９においてイタリック体で示した）配列番号１８０  ＬＰＡＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙＭ１８＿０１３２タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８２９】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記したピリンモチーフはＳｐｙＭ１８＿０１３２においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号７９においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基２７０において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１３２の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８３０】
【化７９−２】
2011206061.tif 000202
保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスはＳｐｙＭ１８＿０１３２において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号７９において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基５１６において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基はＳｐｙＭ１８＿０１３２のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙＭ１８＿０１３２の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８３１】
【化７９−３】
2011206061.tif 000203
Ｍ４９株単離体５９１からのＧＡＳ  ＡＩ−３配列の例を以下に記載する。
【０８３２】
ＳｐｙｏＭ０１０００１５６は負の転写調節因子（Ｎｒａ）である。ＳｐｙｏＭ０１０００１５６の例を配列番号２４３に記載する。
【０８３３】
【化２４３】
2011206061.tif 000204
ＳｐｙｏＭ０１０００１５５はコラーゲン結合タンパク質（ＣＰＡ）であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５５の例を配列番号２４４に記載する。
【０８３４】
【化２４４−１】
2011206061.tif 000205
ＳｐｙｏＭ０１０００１５５は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号２４４においてイタリック体で示した）配列番号１８４  ＶＰＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙｏＭ０１０００１５５タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８３５】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、２つのピリンモチーフはＳｐｙｏＭ０１０００１５５においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号２４４においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基７１および２６１において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５５の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０８３６】
【化２４４−２】
2011206061.tif 000206
保存されたグルタミン酸残基を含む２つのＥボックスはＳｐｙｏＭ０１０００１５５において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号２４４において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基３２９および６６８において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基はＳｐｙｏＭ０１０００１５５のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５５の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０８３７】
【化２４４−３】
2011206061.tif 000207
ＳｐｙｏＭ０１０００１５４はＬｅｐＡタンパク質である。ＳｐｙｏＭ０１０００１５４の例は配列番号２４５において示す。
【０８３８】
【化２４５】
2011206061.tif 000208
ＳｐｙｏＭ０１０００１５３は線毛タンパク質であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５３の例を配列番号２４６において示す。
【０８３９】
【化２４６−１】
2011206061.tif 000209
ＳｐｙｏＭ０１０００１５３は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号２４６においてイタリック体で示した）配列番号１４０  ＱＶＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙｏＭ０１０００１５３タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８４０】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、ピリンモチーフはＳｐｙｏＭ０１０００１５３においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号２４６においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基５７において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５３の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８４１】
【化２４６−２】
2011206061.tif 000210
保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスはＳｐｙｏＭ０１０００１５３において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号２４６において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基２６５において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基はＳｐｙｏＭ０１０００１５３のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５３の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８４２】
【化２４６−３】
2011206061.tif 000211
ＳｐｙｏＭ０１０００１５２はＳｒｔＣ２型ソルターゼである。ＳｐｙｏＭ０１０００１５２の例を配列番号２４７に示す。
【０８４３】
【化２４７】
2011206061.tif 000212
ＳｐｙｏＭ０１０００１５１を仮想タンパク質という。ＳｐｙｏＭ０１０００１５１の例を配列番号２４８に示す。
【０８４４】
【化２４８−１】
2011206061.tif 000213
ＳｐｙｏＭ０１０００１５１は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号２４８においてイタリック体で示した）配列番号１８５  ＬＰＬＡＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙｏＭ０１０００１５１タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８４５】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、ピリンモチーフはＳｐｙｏＭ０１０００１５１においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号２４８においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１３８において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５１の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８４６】
【化２４８−２】
2011206061.tif 000214
保存されたグルタミン酸残基を含む２つのＥボックスはＳｐｙｏＭ０１０００１５１において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号２４８において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基５８および１２８において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基はＳｐｙｏＭ０１０００１５１のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１５１の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０８４７】
【化２４８−３】
2011206061.tif 000215
ＳｐｙｏＭ０１０００１５０を推定ＭｓｍＲＬという。ＳｐｙｏＭ０１０００１５０の例を配列番号２４９に記載する。
【０８４８】
【化２４９】
2011206061.tif 000216
ＳｐｙｏＭ０１０００１４９はＦ２様フィブロネクチン結合タンパク質である。ＳｐｙｏＭ０１０００１４９の例を配列番号２５０に記載する。
【０８４９】
【化２５０−１】
2011206061.tif 000217
ＳｐｙｏＭ０１０００１４９は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号２５０においてイタリック体で示した）配列番号１８０  ＬＰＡＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換えＳｐｙｏＭ０１０００１４９タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８５０】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、２つのピリンモチーフはＳｐｙｏＭ０１０００１４９においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号２５０においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１５７および１６３、２１６および２２４において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１４９の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０８５１】
【化２５０−２】
2011206061.tif 000218
保存されたグルタミン酸残基を含む２つのＥボックスはＳｐｙｏＭ０１０００１４９において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号２５０において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基３２９および６６８において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基はＳｐｙｏＭ０１０００１４９のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。ＳｐｙｏＭ０１０００１４９の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０８５２】
【化２５０−３】
2011206061.tif 000219
前記したように、本出願人らは、細菌のいくつかの他のＧＡＳ  ＡＩ−３株における線毛構造物サブリミットのヌクレオチドおよびコードされたアミノ酸配列を決定した。これらの線毛構造物サブユニットの配列の例を以下に記載する。
【０８５３】
Ｍ３株単離体ＩＳＳ  ３０４０は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−３株である。ＩＳＳ３０４０＿線毛は、Ｍ３株単離体ＩＳＳ  ３０４０の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＩＳＳ３０４０＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２６３）およびＩＳＳ３０４０＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２６４）の例を以下に記載する。
【０８５４】
【化２６３】
2011206061.tif 000220
【０８５５】
【化２６４】
2011206061.tif 000221
Ｍ４４株単離体ＩＳＳ  ３７７６は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−３株である。ＩＳＳ３７７６＿線毛は、Ｍ４４単離体ＩＳＳ  ３７７６の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＩＳＳ３７７６＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２５３）およびＩＳＳ３７７６＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２５４）の例を以下に記載する。
【０８５６】
【化２５３】
2011206061.tif 000222
【０８５７】
【化２５４】
2011206061.tif 000223
Ｍ７７株単離体ＩＳＳ  ４９５９は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−３株である。ＩＳＳ４９５９＿線毛は、Ｍ７７株ＩＳＳ  ４９５９の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＩＳＳ  ４９５９＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２７１）およびＩＳＳ  ４９５９＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２７２）の例を以下に記載する。
【０８５８】
【化２７１】
2011206061.tif 000224
【０８５９】
【化２７２】
2011206061.tif 000225
Ｍ１２株単離体Ａ７３５からのＧＡＳ  ＡＩ−４配列の例を以下に記載する。
【０８６０】
１９２２４１３３はＲｏｆＡ調節タンパク質であると考えられる。ＲｏｆＡ調節タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１０４）およびＲｏｆＡ調節タンパク質アミノ酸配列（配列番号１０５）の例を以下に記載する。
【０８６１】
【化１０４】
2011206061.tif 000226
【０８６２】
【化１０５】
2011206061.tif 000227
１９２２４１３４はプロテインＦフィブロネクチン結合タンパク質であると考えられる。プロテインＦフィブロネクチン結合タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１０６）およびプロテインＦフィブロネクチン結合タンパク質アミノ酸配列（配列番号１０７）の例を以下に記載する。
【０８６３】
【化１０６】
2011206061.tif 000228
【０８６４】
【化１０７−１】
2011206061.tif 000229
１９２２４１３４は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１０７においてイタリック体で示した）配列番号１８１  ＬＰＡＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え１９２２４１３４タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８６５】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、ピリンモチーフは１９２２４１３４においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号１０７においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基２７５、２８５、および２９９において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３４の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８６６】
【化１０７−２】
2011206061.tif 000230
保存されたグルタミン酸残基を含む２つのＥボックスは１９２２４１３４において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号１０７において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基４８７および５２４において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は１９２２４１３４のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３４の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０８６７】
【化１０７−３】
2011206061.tif 000231
１９２２４１３５は莢膜多糖アドヘシン（Ｃｐａ）タンパク質であると考えられる。Ｃｐａタンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１０８）およびＣｐａタンパク質アミノ酸配列（配列番号１０９）の例を以下に記載する。
【０８６８】
【化１０８】
2011206061.tif 000232
【０８６９】
【化１０９−１】
2011206061.tif 000233
１９２２４１３５は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１０９においてイタリック体で示した）配列番号１８４  ＶＰＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え１９２２４１３５タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８７０】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、ピリンモチーフは１９２２４１３５においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号１０９においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１６４および１７２において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３５の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８７１】
【化１０９−２】
2011206061.tif 000234
保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスは１９２２４１３５において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号１０９において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基３３９において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は１９２２４１３５のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３５の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８７２】
【化１０９−３】
2011206061.tif 000235
１９２２４１３６はＬｅｐＡタンパク質であると考えられる。ＬｅｐＡタンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１１０）およびＬｅｐＡタンパク質アミノ酸配列（配列番号１１１）の例を以下に記載する。
【０８７３】
【化１１０】
2011206061.tif 000236
【０８７４】
【化１１１】
2011206061.tif 000237
１９２２４１３７は線毛タンパク質であると考えられる。線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１１２）および線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号１１３）の例を以下に記載する。
【０８７５】
【化１１２】
2011206061.tif 000238
【０８７６】
【化１１３−１】
2011206061.tif 000239
１９２２４１３７は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１１３においてイタリック体で示した）配列番号１４０  ＱＶＰＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え１９２２４１３７タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８７７】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、ピリンモチーフは１９２２４１３７においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号１１３においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１６０において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３７の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８７８】
【化１１３−２】
2011206061.tif 000240
保存されたグルタミン酸残基を含むＥボックスは１９２２４１３７において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号１１３において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）は、アミノ酸残基２６３において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は１９２２４１３７のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３７の好ましい断片は保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片はＥボックスモチーフを含む。
【０８７９】
【化１１３−３】
2011206061.tif 000241
１９２２４１３８はＳｒｔＣ２−型ソルターゼであると考えられる。ＳｒｔＣ２ソルターゼをコードするヌクレオチド配列（配列番号１１４）およびＳｒｔＣ２ソルターゼアミノ酸配列（配列番号１１５）の例を以下に記載する。
【０８８０】
【化１１４】
2011206061.tif 000242
【０８８１】
【化１１５】
2011206061.tif 000243
１９２２４１３９は、配列番号１１７においてイタリック体で示したソルターゼ基質モチーフＬＰＸＡＧをコードするオープンリーディングフレームである。該オープンリーディングフレームのヌクレオチド配列（配列番号１１６）および該オープンリーディングフレームによってコードされるアミノ酸配列（配列番号１１７）の例を以下に記載する。
【０８８２】
【化１１６】
2011206061.tif 000244
【０８８３】
【化１１７−１】
2011206061.tif 000245
１９２２４１３９は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１１７においてイタリック体で示した）配列番号１８５  ＬＰＬＡＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え１９２２４１３９タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８８４】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、ピリンモチーフは１９２２４１３９においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号１１７においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１３８において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３９の好ましい断片は保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片はピリン配列を含む。
【０８８５】
【化１１７−２】
2011206061.tif 000246
保存されたグルタミン酸残基を含む２つのＥボックスは１９２２４１３９において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号１１７において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基５８および１２８において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は１９２２４１３９のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１３９の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０８８６】
【化１１７−３】
2011206061.tif 000247
１９２２４１４０はＭｓｍＲＬタンパク質であると考えられる。ＭｓｍＲＬタンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１１８）およびＭｓｍＲＬタンパク質アミノ酸配列（配列番号１１９）の例を以下に記載する。
【０８８７】
【化１１８】
2011206061.tif 000248
【０８８８】
【化１１９】
2011206061.tif 000249
１９２２４１４１はプロテインＦ２フィブロネクチン結合タンパク質であると考えられる。プロテインＦ２フィブロネクチン結合タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号１２０）およびプロテインＦ２フィブロネクチン結合タンパク質アミノ酸配列（配列番号１２１）の例を以下に記載する。
【０８８９】
【化１２０】
2011206061.tif 000250
【０８９０】
【化１２１−１】
2011206061.tif 000251
１９２２４１４１は、細胞壁アンカーを示すアミノ酸モチーフ：（前記配列番号１２１においてイタリック体で示した）配列番号１８１  ＬＰＡＴＧを含む。いくつかの組換え宿主細胞系においては、このモチーフを除去して、宿主細胞からの組換え１９２２４１４１タンパク質の分泌を容易とするのが好ましい場合がある。あるいは、他の組換え宿主細胞系においては、細胞壁アンカーモチーフを用いて、組換えにより発現されたタンパク質を細胞壁に係留するのが好ましい場合がある。発現されたタンパク質の細胞外ドメインは精製の間に切断することができるか、あるいは組換えタンパク質は、最終組成物において不活化宿主細胞または細胞膜いずれかに結合したままとすることができる。
【０８９１】
保存されたリシン（Ｋ）残基を含む、前記した、２つのピリンモチーフは１９２２４１４１においても同定されている。ピリンモチーフ配列は以下の配列番号１２１においては下線が施されている。保存されたリシン（Ｋ）残基は、アミノ酸残基１５７および１６３において、およびアミノ酸残基２１６、２２４および２３８において太文字でマークされる。ピリン配列、特に保存されたリシン残基はオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１４１の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたリシン残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのピリン配列を含む。
【０８９２】
【化１２１−２】
2011206061.tif 000252
保存されたグルタミン酸残基を含む２つのＥボックスは１９２２４１４１において同定されている。Ｅ−ボックスモチーフは以下の配列番号１２１において下線が施されている。保存されたグルタミン酸（Ｅ）残基は、アミノ酸残基５６７および９４４において太文字でマークされる。Ｅボックスモチーフ、特に保存されたグルタミン酸残基は１９２２４１４１のオリゴマー線毛様構造物の形成で重要であると考えられる。１９２２４１４１の好ましい断片は少なくとも１つの保存されたグルタミン酸残基を含む。好ましくは、断片は少なくとも１つのＥボックスモチーフを含む。
【０８９３】
【化１２１−３】
2011206061.tif 000253
前記したように、本出願人らは、細菌のいくつかの他のＧＡＳ  ＡＩ−４株においても線毛構造物サブリミットのヌクレオチドおよびコードされたアミノ酸配列を決定した。これらの線毛構造物サブユニットの配列の例を以下に記載する。
【０８９４】
Ｍ１２株単離体２００１０２９６は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−４株である。２００１０２９６＿線毛は、Ｍ１２株単離体２００１０２９６の線毛構造物サブユニットであると考えられる。２００１０２９６＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２５７）および２００１０２９６＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２５８）の例を以下に記載する。
【０８９５】
【化２５７】
2011206061.tif 000254
【０８９６】
【化２５８】
2011206061.tif 000255
Ｍ１２株単離体２００２００６９は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−４株である。２００２００６９＿線毛は、Ｍ１２株単離体２００２００６９の線毛構造物サブユニットであると考えられる。２００２００６９＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２５９）および２００２００６９＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２６０）の例を以下に記載する。
【０８９７】
【化２５９】
2011206061.tif 000256
【０８９８】
【化２６０】
2011206061.tif 000257
Ｍ１２株単離体ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−４株である。ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿線毛は、Ｍ１２株単離体ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２６１）およびＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２６２）の例を以下に記載する。
【０８９９】
【化２６１】
2011206061.tif 000258
【０９００】
【化２６２】
2011206061.tif 000259
Ｍ５株単離体ＩＳＳ  ４８８３は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−４株である。ＩＳＳ  ４８８３＿線毛は、Ｍ５株単離体ＩＳＳ  ４８８３の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＩＳＳ  ４８８３＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２６５）およびＩＳＳ  ４８８３＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２６６）の例を以下に記載する。
【０９０１】
【化２６５】
2011206061.tif 000260
【０９０２】
【化２６６】
2011206061.tif 000261
Ｍ５０株単離体ＩＳＳ  ４５３８は細菌のＧＡＳ  ＡＩ−４株である。ＩＳＳ  ４５３８＿線毛は、Ｍ５０株単離体ＩＳＳ  ４５３８の線毛構造物サブユニットであると考えられる。ＩＳＳ４５３８＿線毛タンパク質をコードするヌクレオチド配列（配列番号２５５）およびＩＳＳ  ４５３８＿線毛タンパク質アミノ酸配列（配列番号２５６）の例を以下に記載する。
【０９０３】
【化２５５】
2011206061.tif 000262
【０９０４】
【化２５６】
2011206061.tif 000263
本発明の組成物に入れることができるＧＡＳタンパク質の数には上限があり得る。好ましくは、本発明の組成物におけるＧＡＳタンパク質の数は２０未満、１９未満、１８未満、１７未満、１６未満、１５未満、１４未満、１３未満、１２未満、１１未満、１０未満、９未満、８未満、７未満、６未満、５未満、４未満、または３未満である。なおより好ましくは、本発明の組成物におけるＧＡＳタンパク質の数は６未満、５未満、または４未満である。なおより好ましくは、本発明の組成物におけるＧＡＳタンパク質の数は３である。
【０９０５】
本発明で用いるＧＡＳタンパク質およびポリヌクレオチドは好ましくは単離されており、すなわち、天然においては当該分子がそれの中に見出される全生物から別々のものであり、区別され、あるいは当該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが天然で見出されない場合、当該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドをその意図した目的で用いることができるように、他の生物学的マクロ分子から十分に離されている。
【０９０６】
（例  他のグラム陽性菌アドヘシンアイランド配列）
本発明のグラム陽性菌ＡＩポリペプチドは、勿論、種々の手段によって、（例えば、組換え発現、グラム陽性菌からの精製、化学合成等）かつ種々の形態で（例えば、天然、融合、グリコシル化、非−グリコシル化など）調製することができる。それらは、好ましくは、実質的に純粋な形態で（すなわち、他のｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓまたは宿主細胞タンパク質を実質的に含まない）、または実質的に単離された形態で調製される。
【０９０７】
本発明のグラム陽性菌ＡＩタンパク質は、同定されたグラム陽性菌タンパク質に対して配列同一性を有するポリペプチド配列を含むことができる。配列同一性の程度は、問題とするアミノ酸配列（ａ）に応じて変化させることができるが、好ましくは、５０％よりも大きい（例えば、６０％，６５％，７０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，９９．５％以上）。配列同一性を有するポリペプチドは同定されたグラム陽性菌タンパク質のホモログ、オルソログ、対立遺伝子変種および変異体を含む。典型的には、２つのタンパク質の間の５０％以上の同一性は、機能的な同等性を示すと考えられる。タンパク質の間の同一性は、好ましくは、パラメータギャップ開放ペナルティ＝１２およびギャップ延長ペナルティ＝１でのアフィニティギャップサーチを用いて、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）で実行されるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性サーチアルゴリズムによって決定される。
【０９０８】
グラム陽性菌アドヘシンアイランドポリヌクレオチド配列は、同定されたグラム陽性菌アドヘシンアイランドのポリヌクレオチド配列に対する配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含むことができる。配列同一性の程度は、問題とするポリヌクレオチド配列に応じて変化させることができるが、好ましくは５０％よりも大きい（例えば、６０％，６５％，７０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％，９９．５％以上）。
【０９０９】
本発明のグラム陽性菌アドヘシンアイランドのポリヌクレオチド配列は、同定されたアドヘシンアイランド配列のポリヌクレオチド断片を含むことができる。該断片の長さは、特異的アドヘシンアイランド配列のポリヌクレオチド配列に応じて変化させることができるが、該断片は好ましくは少なくとも１０連続ポリヌクレオチドである（例えば、少なくとも１０，１２，１４，１６，１８，２０，２５，３０，３５，４０，５０，６０，７０，８０，９０，１００，１５０，２００以上）。
【０９１０】
本発明のグラム陽性菌アドヘシンアイランドアミノ酸配列は、同定されたグラム陽性菌タンパク質のポリペプチドの断片を含むことができる。該断片の長さは特異的グラム陽性菌抗原のアミノ酸配列に応じて変化させることができるが、該断片は好ましくは少なくとも７つの連続アミノ酸である（例えば、８，１０，１２，１４，１６，１８，２０，２５，３０，３５，４０，５０，６０，７０，８０，９０，１００，１５０，２００以上）  。好ましくは、該断片は、配列からの１以上のエピトープを含む。該断片は該配列の少なくとも１つのＴ−細胞または、好ましくは、Ｂ−細胞エピトープを含むことができる。Ｔ−およびＢ−細胞エピトープは、（例えば、ＰＥＰＳＣＡＮ［Ｇｅｙｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８４）  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ８１：３９９８−４００２；Ｃａｒｔｅｒ（１９９４）  Ｍｅｔｈｅｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３６：２０７−２２３］または同様な方法を用いて）経験的に同定することができるか、あるいは（例えば、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原性指標［Ｊａｍｅｓｏｎ，ＢＡ  ｅｔ  ａｌ．１９８８，ＣＡＢＩＯＳ  ４（１）：１８１８−１８６］、マトリックス−ベースのアプローチ［Ｒａｄｄｒｉｚｚａｎｉ  ａｎｄ  Ｈａｍｍｅｒ（２０００）  Ｂｒｉｅｆ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ．１（２）：１７９−１８９］、ＴＥＰＩＴＯＰＥ  ［Ｄｅ  Ｌａｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９）  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６３：１７２５−１７２９］、神経ネットワーク［Ｂｒｕｓｉｃ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  １４（２）：１２１−１３０］、ＯｐｔｉＭｅｒ  ＆  ＥｐｉＭｅｒ  ［Ｍｅｉｓｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）  Ｖａｃｃｉｎｅ  １３（６）：５８１−５９１；Ｒｏｂｅｒｔｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）  ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ．Ｈｕｍ．Ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ  １２（７）：５９３−６１０］、ＡＤＥＰＴ［Ｍａｋｓｙｕｔｏｖ  ＆  Ｚａｇｒｅｂｅｌｎａｙａ（１９９３）  Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．９（３）：２９１−２９７］、Ｔｓｉｔｅｓ  ［Ｆｅｌｌｅｒ  ＆  ｄｅ  ｌａ  Ｃｒｕｚ（１９９１）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４９（６３１１）：７２０−７２１］、親水性［Ｈｏｐｐ（１９９３）  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６；１８３−１９０］、抗原指標［Ｗｅｌｌｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（１９８５）  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．１８８：２１５−２１８］、またはＤａｖｅｎｐｏｒｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４２：３９２−２９７に開示された方法等を用い）それらを予測することができる。他の好ましい断片は、（１）各同定されたグラム陽性菌タンパク質のＮ−末端シグナルペプチド、（２）それらのＮ−末端シグナルペプチドが無い同定されたグラム陽性菌タンパク質、（３）１０までのアミノ酸残基（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５またはそれより多く）がＮ−末端および／またはＣ−末端から欠失された、例えば、Ｎ−末端アミノ酸残基を欠失することができる各同定されたグラム陽性菌タンパク質を含む。他の断片はタンパク質の１以上のドメインを省略し（例えば、シグナルペプチドの、細胞質ドメインの、膜貫通ドメインの、または細胞外ドメインの省略）、および（４）それらのＮ−末端アミノ酸残基が無い以外は該ポリペプチドが含まれる。
【０９１１】
前記テキストに示されるように、本発明の核酸およびポリペプチドは；
（ａ）配列表に開示された配列に対して同一である（すなわち、１００％同一）；
（ｂ）配列表に開示された配列に対して配列同一性を有する；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列と比較して、別々の位置であってもよく、あるいは連続していてもよい、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０の単一のヌクレオチドまたはアミノ酸改変（欠失、挿入、置換）を有する；
（ｄ）対様式の整列アルゴリズムで、ｐのモノマー（ここに、ｐ＞ｘ）まで延びる整列については、ｐ−ｘ＋１のウインドウがあるような、開始（Ｎ−末端すなわち５’）から末端（Ｃ−末端すなわち３’）まで動くｘのモノマー（アミノ酸またはヌクレオチド）の移動するウインドウを用いて配列表からの特定の配列を整列させた場合、各ウインドウが少なくともｘ・ｙの同一の整列されたモノマーを有し、ここに：ｘは２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択され；ｙは０．５０、０．６０、０．７０．０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され；およびもしｘ・ｙが整数でないならば、それは最も近い整数まで丸められる：配列を含むことができる。好ましい対様式整列アルゴリズムは、デフォルトパラメーター（例えば、ギャップ開放ペナルティ＝１０．０およびギャップ延長ペナルティ＝０．５にて、ＥＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを用いる）を用いる、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈグローバル整列アルゴリズム［Ｎｅｅｄｌｍａｎ  ＆  Ｗｕｎｓｃｈ（１９７０）  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８，４４３−４５３］である。このアルゴリズムは、便宜には、ＥＭＢＯＳＳパッケージ中のニードルツールで実行される［Ｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．１６：２７６−２７７］。
【０９１２】
本発明の核酸およびポリペプチドは、加えて、これらの配列（ａ）ないし（ｄ）のＮ−末端／５’／および／またはＣ−末端／３’に対するさらなる配列を有する。
【０９１３】
本明細書中で参照するグラム陽性菌配列の全てはＧｅｎＢａｎｋのＰｕｂＭｅｄを通じて公に入手可能である。
【０９１４】
（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅアドヘシンアイランド配列）
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列はＴＩＧＲ４  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９１５】
ＳｒｔＤ（Ｓｐ０４６８）はソルターゼである。ＳｒｔＤのアミノ酸配列の例を配列番号８０に記載する。
【０９１６】
【化８０】
2011206061.tif 000264
ＳｒｔＣ（Ｓｐ０４６７）はソルターゼである。ＳｒｔＣのアミノ酸配列の例を配列番号８１に記載する。
【０９１７】
【化８１】
2011206061.tif 000265
ＳｒｔＢ（ＳＰ０４６６）はソルターゼである。ＳｒｔＢのアミノ酸配列の例を配列番号８２に記載する。
【０９１８】
【化８２】
2011206061.tif 000266
Ｓｐ０４６５は仮想タンパク質である。Ｓｐ０４６５のアミノ酸配列の例を配列番号８３に記載する。
【０９１９】
【化８３】
2011206061.tif 000267
ＲｒｇＣ（ＳＰ０４６４）は細胞壁表面アンカーファミリータンパク質である。ＲｒｇＣは、配列番号８４においてイタリック体に示されるソルターゼ基質モチーフＶＰＸＴＧ（配列番号１３７）を含む。
【０９２０】
【化８４】
2011206061.tif 000268
ＲｒｇＢ（Ｓｐ０４６３）は細胞壁表面アンカータンパク質である。ＲｒｇＢは、配列番号８５においてイタリック体で示されるソルターゼ基質モチーフＩＰＸＴＧ（配列番号１３３）を含む。
【０９２１】
【化８５】
2011206061.tif 000269
ＲｒｇＡ（Ｓｐ０４６２）は細胞壁表面アンカータンパク質である。ＲｒｇＡは、配列番号８６においてイタリック体で示されるソルターゼ基質モチーフＹＰＸＴＧ（配列番号１８６）を含む。
【０９２２】
【化８６】
2011206061.tif 000270
ＲｌｒＡ（Ｓｐ０４６１）は転写調節因子である。ＲｌｒＡについてのアミノ酸配列の例を配列番号８７に記載する。
【０９２３】
【化８７】
2011206061.tif 000271
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列はＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株６７０ゲノムに存在する。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９２４】
Ｏｒｆ１＿６７０はトランスポザーゼである。ｏｒｆ１＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７１に記載する。
【０９２５】
【化１７１】
2011206061.tif 000272
Ｏｒｆ２＿６７０は転写調節因子である。Ｏｒｆ２＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７２に記載する。
【０９２６】
【化１７２】
2011206061.tif 000273
Ｏｒｆ３＿６７０は細胞壁表面アンカーファミリータンパク質である。Ｏｒｆ３＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７３に記載する。
【０９２７】
【化１７３】
2011206061.tif 000274
Ｏｒｆ４＿６７０は細胞壁表面アンカーファミリータンパク質である。ｏｒｆ４＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７４に記載する。
【０９２８】
【化１７４】
2011206061.tif 000275
Ｏｒｆ５＿６７０は細胞壁表面アンカーファミリータンパク質である。ｏｒｆ５＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７５に記載する。
【０９２９】
【化１７５】
2011206061.tif 000276
Ｏｒｆ６＿６７０はソルターゼである。ｏｒｆ６＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７６に記載する。
【０９３０】
【化１７６】
2011206061.tif 000277
Ｏｒｆ７＿６７０はソルターゼである。ｏｒｆ７＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７７に記載する。
【０９３１】
【化１７７】
2011206061.tif 000278
Ｏｒｆ８＿６７０はソルターゼである。ｏｒｆ８＿６７０のアミノ酸配列の例を配列番号１７８に記載する。
【０９３２】
【化１７８】
2011206061.tif 000279
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。１９Ａ  Ｈｕｎｇａｒｙ  ６からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ  配列の例を以下に記載する。
【０９３３】
ＯＲＦ２＿１９ＡＨは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿１９ＡＨのアミノ酸配列の例を配列番号１８７に記載する。
【０９３４】
【化１８７】
2011206061.tif 000280
ＯＲＦ３＿１９ＡＨは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿１９ＡＨのアミノ酸配列の例を配列番号１８８に記載する。
【０９３５】
【化１８８】
2011206061.tif 000281
ＯＲＦ４＿１９ＡＨは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿１９ＡＨのアミノ酸配列の例を配列番号１８９に記載する。
【０９３６】
【化１８９】
2011206061.tif 000282
ＯＲＦ５＿１９ＡＨは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿１９ＡＨのアミノ酸配列の例を配列番号１９０に記載する。
【０９３７】
【化１９０】
2011206061.tif 000283
ＯＲＦ６＿１９ＡＨは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿１９ＡＨのアミノ酸配列の例を配列番号１９１に記載する。
【０９３８】
【化１９１】
2011206061.tif 000284
ＯＲＦ７＿１９ＡＨは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿１９ＡＨのアミノ酸配列の例を配列番号１９２に記載する。
【０９３９】
【化１９２】
2011206061.tif 000285
ＯＲＦ８＿１９ＡＨは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿１９ＡＨのアミノ酸配列の例を配列番号１９３に記載する。
【０９４０】
【化１９３】
2011206061.tif 000286
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。６Ｂ  Ｆｉｎｌａｎｄ  １２からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９４１】
ＯＲＦ２＿６ＢＦは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿６ＢＦのアミノ酸配列の例を配列番号１９４に記載する。
【０９４２】
【化１９４】
2011206061.tif 000287
ＯＲＦ３＿６ＢＦは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿６ＢＦのアミノ酸配列の例を配列番号１９５に記載する。
【０９４３】
【化１９５】
2011206061.tif 000288
ＯＲＦ４＿６ＢＦは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿６ＢＦのアミノ酸配列の例を配列番号１９６に記載する。
【０９４４】
【化１９６】
2011206061.tif 000289
ＯＲＦ５＿６ＢＦは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿６ＢＦのアミノ酸配列の例を配列番号１９７に記載する。
【０９４５】
【化１９７】
2011206061.tif 000290
ＯＲＦ６＿６ＢＦは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿６ＢＦのアミノ酸配列の例を配列番号１９８に記載する。
【０９４６】
【化１９８】
2011206061.tif 000291
ＯＲＦ７＿６ＢＦは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿６ＢＦのアミノ酸配列の例を配列番号１９９に記載する。
【０９４７】
【化１９９】
2011206061.tif 000292
ＯＲＦ８＿６ＢＦは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿６ＢＦのアミノ酸配列の例を配列番号２００に記載する。
【０９４８】
【化２００】
2011206061.tif 000293
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。６Ｂ  Ｓｐａｉｎ  ２からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９４９】
ＯＲＦ２＿６ＢＳＰは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿６ＢＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０１に記載する。
【０９５０】
【化２０１】
2011206061.tif 000294
ＯＲＦ３＿６ＢＳＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿６ＢＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０２に記載する。
【０９５１】
【化２０２】
2011206061.tif 000295
ＯＲＦ４＿６ＢＳＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿６ＢＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０３に記載する。
【０９５２】
【化２０３】
2011206061.tif 000296
ＯＲＦ５＿６ＢＳＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿６ＢＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０４に記載する。
【０９５３】
【化２０４】
2011206061.tif 000297
ＯＲＦ６＿６ＢＳＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿６ＢＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０５に記載する。
【０９５４】
【化２０５】
2011206061.tif 000298
ＯＲＦ７＿６ＢＳＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿６ＢＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０６に記載する。
【０９５５】
【化２０６】
2011206061.tif 000299
ＯＲＦ８＿６ＢＳＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿６ＢＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０７に記載する。
【０９５６】
【化２０７】
2011206061.tif 000300
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。９Ｖ  Ｓｐａｉｎ  ３からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９５７】
ＯＲＦ２＿９ＶＳＰは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿９ＶＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０８に記載する。
【０９５８】
【化２０８】
2011206061.tif 000301
ＯＲＦ３＿９ＶＳＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿９ＶＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２０９に記載する。
【０９５９】
【化２０９】
2011206061.tif 000302
ＯＲＦ４＿９ＶＳＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿９ＶＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２１０に記載する。
【０９６０】
【化２１０】
2011206061.tif 000303
ＯＲＦ５＿９ＶＳＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿９ＶＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２１１に記載する。
【０９６１】
【化２１１】
2011206061.tif 000304
ＯＲＦ６＿９ＶＳＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿９ＶＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２１２に記載する。
【０９６２】
【化２１２】
2011206061.tif 000305
ＯＲＦ７＿９ＶＳＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿９ＶＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２１３に記載する。
【０９６３】
【化２１３】
2011206061.tif 000306
ＯＲＦ８＿９ＶＳＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿９ＶＳＰのアミノ酸配列の例を配列番号２１４に記載する。
【０９６４】
【化２１４】
2011206061.tif 000307
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は１４ＣＳＲ  １０  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。１４  ＣＳＲ  １０からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９６５】
ＯＲＦ２＿１４ＣＳＲは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿１４ＣＳＲのアミノ酸配列の例を配列番号２１５に記載する。
【０９６６】
【化２１５】
2011206061.tif 000308
ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲのアミノ酸配列の例を配列番号２１６に記載する。
【０９６７】
【化２１６】
2011206061.tif 000309
ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲのアミノ酸配列の例を配列番号２１７に記載する。
【０９６８】
【化２１７】
2011206061.tif 000310
ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲのアミノ酸配列の例を配列番号２１８に記載する。
【０９６９】
【化２１８】
2011206061.tif 000311
ＯＲＦ６＿１４ＣＳＲは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿１４ＣＳＲのアミノ酸配列の例を配列番号２１９に記載する。
【０９７０】
【化２１９】
2011206061.tif 000312
ＯＲＦ７＿１４ＣＳＲは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿１４ＣＳＲのアミノ酸配列の例を配列番号２２０に記載する。
【０９７１】
【化２２０】
2011206061.tif 000313
ＯＲＦ８＿１４ＣＳＲは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿１４ＣＳＲのアミノ酸配列の例を配列番号２２１に記載する。
【０９７２】
【化２２１】
2011206061.tif 000314
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。１９Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １４からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９７３】
ＯＲＦ２＿１９ＦＴＷは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿１９ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２２に記載する。
【０９７４】
【化２２２】
2011206061.tif 000315
ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２３に記載する。
【０９７５】
【化２２３】
2011206061.tif 000316
ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２４に記載する。
【０９７６】
【化２２４】
2011206061.tif 000317
ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２５に記載する。
【０９７７】
【化２２５】
2011206061.tif 000318
ＯＲＦ６＿１９ＦＴＷは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿１９ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２６に記載する。
【０９７８】
【化２２６】
2011206061.tif 000319
ＯＲＦ７＿１９ＦＴＷは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿１９ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２７に記載する。
【０９７９】
【化２２７】
2011206061.tif 000320
ＯＲＦ８＿１９ＦＴＷは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿１９ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２８に記載する。
【０９８０】
【化２２８】
2011206061.tif 000321
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。２３Ｆ  Ｔａｉｗａｎ  １５からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９８１】
ＯＲＦ２＿２３ＦＴＷは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿２３＿ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２２９に記載する。
【０９８２】
【化２２９】
2011206061.tif 000322
ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２３０に記載する。
【０９８３】
【化２３０】
2011206061.tif 000323
ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２３１に記載する。
【０９８４】
【化２３１】
2011206061.tif 000324
ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２３２に記載する。
【０９８５】
【化２３２】
2011206061.tif 000325
ＯＲＦ６＿２３ＦＴＷは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿２３ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２３３に記載する。
【０９８６】
【化２３３】
2011206061.tif 000326
ＯＲＦ７＿２３ＦＴＷは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿２３ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２３４に記載する。
【０９８７】
【化２３４】
2011206061.tif 000327
ＯＲＦ８＿２３ＦＴＷは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿２３ＦＴＷのアミノ酸配列の例を配列番号２３５に記載する。
【０９８８】
【化２３５】
2011206061.tif 000328
前記したように、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列は２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノムに存在する。２３Ｆ  Ｐｏｌａｎｄ  １６からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩ配列の例を以下に記載する。
【０９８９】
ＯＲＦ２＿２３ＦＰは転写調節因子である。ＯＲＦ２＿２３ＦＰのアミノ酸配列の例を配列番号２３６に記載する。
【０９９０】
【化２３６】
2011206061.tif 000329
ＯＲＦ３＿２３ＦＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ３＿２３ＦＰのアミノ酸配列の例を配列番号２３７に記載する。
【０９９１】
【化２３７】
2011206061.tif 000330
ＯＲＦ４＿２３ＦＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ４＿２３ＦＰのアミノ酸配列の例を配列番号２３８に記載する。
【０９９２】
【化２３８】
2011206061.tif 000331
ＯＲＦ５＿２３ＦＰは細胞壁表面タンパク質である。ＯＲＦ５＿２３ＦＰのアミノ酸配列の例を配列番号２３９に記載する。
【０９９３】
【化２３９】
2011206061.tif 000332
ＯＲＦ６＿２３ＦＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ６＿２３ＦＰのアミノ酸配列の例を配列番号２４０に記載する。
【０９９４】
【化２４０】
2011206061.tif 000333
ＯＲＦ７＿２３ＦＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ７＿２３ＦＰのアミノ酸配列の例を配列番号２４１に記載する。
【０９９５】
【化２４１】
2011206061.tif 000334
ＯＲＦ８＿２３ＦＰは推定ソルターゼである。ＯＲＦ８＿２３ＦＰのアミノ酸配列の例を配列番号２４２に記載する。
【０９９６】
【化２４２】
2011206061.tif 000335
ＡＩ抗原を含む本発明の免疫原性組成物は、さらに、１以上の抗原性因子を含むことができる。好ましい抗原は以下にリストするものを含む。加えて、本発明の組成物を用いて、以下にリストする微生物のいずれかによって引き起こされる感染を治療または予防することができる。免疫原性組成物で用いられる抗原は、限定されるものではないが、以下に記載するものの１以上、または以下に記載するものの１以上から由来する抗原を含む。
【０９９７】
（細菌抗原）
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ：Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ血清群Ａ、Ｃ、Ｗ１３５、Ｙおよび／またはＢ（１−７）からのタンパク質抗原；Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ血清群Ｂ．（８、９、１０、１１）からの外側膜小胞（ＯＭＶ）調製物；血清群Ｃからのオリゴ糖のようなＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ血清群Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｗ１３５および／またはＹからのＬＰＳを含めた糖類抗原（ＰＣＴ／ＵＳ９９／０９３４６；ＰＣＴ  ＩＢ９８／０１６６５；およびＰＣＴ  ＩＢ９９／００１０３参照）；
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅからの糖類またはタンパク質抗原、特に糖類；
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ：特に、Ｂ群連鎖球菌抗原；
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ：特に、Ａ群連鎖球菌抗原；
Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓまたはＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ：特に、米国特許第６，７５６，３６１号に提供される三糖反復または他のＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ由来抗原；
Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ：Ｃａｇ、Ｖａｃ、Ｎａｐ、ＨｏｐＸ、ＨｏｐＹおよび／またはウレアーゼ抗原を含む；
Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ：例えば、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓからのペルツシスホロトキシン（petussis holotoxin（ＰＴ））およびフィラメント状血球凝集素（ＦＨＡ）、所望により、ペルタクチンおよび／またはアグルチノゲン２および３抗原との組合せ；
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ：所望により非毒性組換えＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａエキソトキシンＡにコンジュゲートしたＳ．ａｕｒｅｕｓタイプ５および８莢膜多糖、例えばＳｔａｐｈＶＡＸＴＭ、または表面タンパク質、インバシン（ロイコシジン、キナーゼ、ヒアルロニダーゼ）、ファゴサイトーシス飲み込みを阻害する表面因子（莢膜、プロテインＡ）、カロテノイド、カタラーゼ生産、プロテインＡ、コアギュラーゼ、凝固因子および／または真核生物細胞膜を溶解する膜−損傷トキシン（所望により解毒されているもの）（ヘモリシン、リューコトキシン、ロイコシジン）に由来する抗原を含む；
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ：特に、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓスライム関連抗原（ＳＡＡ）；
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ：（泌尿器系管感染を引き起こす）、特に、Ｓ．ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ抗原の１６０  ｋＤａ血球凝集素；
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ：特に、エンドトキシンＡ、Ｗｚｚタンパク質、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ＬＰＳ、より特別には、ＰＡＯ１（Ｏ５血清型）から単離されたＬＰＳ、および／または外側膜プロテインＦ（ＯｐｒＦ）を含めた外側膜タンパク質（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．２００１  Ｍａｙ；  ６９（５）：  ３５１０−３５１５）；
Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ（炭疽）；例えば、その双方が保護抗原（ＰＡ）として知られた共通のＢ−成分を共有することができる、Ａ−成分（致死因子（ＬＦ）および浮腫因子（ＥＦ））からの（所望により解毒された）Ｂ．ａｎｔｈｒａｃｉｓ抗原；
Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ：（呼吸器系）、外側膜タンパク質抗原（ＨＭＷ−ＯＭＰ）、Ｃ−抗原、および／またはＬＰＳを含む；
Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ（ペスト）：例えば、Ｆ１莢膜抗原（Ｉｎｆｅｃｔ
Ｉｍｍｕｎ．２００３  Ｊａｎ；  ７１（１））：  ３７４−３８３、ＬＰＳ（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．１９９９  Ｏｃｔ；  ６７（１０）：  ５３９５），Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ  Ｖ抗原（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．１９９７  Ｎｏｖ；  ６５（１１）：  ４４７６−４４８２）；
Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ（胃腸病原体）：特に、ＬＰＳ（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．２００２  Ａｕｇｕｓｔ；  ７０（８）：  ４４１４）；
Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ：胃腸病原体抗原；
Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ：例えば、リポタンパク質、ＬＰＳ、ＢＣＧ抗原、カチオン性脂質小胞中に所望により処方された抗原８５Ｂ（Ａｇ８５Ｂ）および／またはＥＳＡＴ−６の融合タンパク質（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．２００４  Ｏｃｔｏｂｅｒ；  ７２（１０）：  ６１４８）；Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（Ｍｔｂ）イソクエン酸デヒドロゲナーゼ関連抗原（Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ．２００４  Ａｕｇ  ２４；  １０１（３４）：  １２６５２），および／またはＭＰＴ５１抗原（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．２００４  Ｊｕｌｙ；  ７２（７）：  ３８２９）；
Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ（レジオネール病）：Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ抗原――所望により破壊されたａｓｄ遺伝子を持つ細胞系に由来する（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．１９９８  Ｍａｙ；  ６６（５）：  １８９８）；
Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ：外側膜プロテインＡおよび／またはＢ（ＯｍｐＢ）を含めた外側膜タンパク質（Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ．２００４  Ｎｏｖ  １；１７０２（２）：１４５），ＬＰＳ、および表面タンパク質抗原（ＳＰＡ）（Ｊ  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．１９８９  Ｊｕｎ；２  Ｓｕｐｐｌ：８１）；を含む；
Ｅ．ｃｏｌｉ：エンテロトキシン産生性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＴＥＣ）、腸凝集性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＡｇｇＥＣ）、拡散接着性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＤＡＥＣ）、腸病原性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＰＥＣ）、および／または腸出血性Ｅ．ｃｏｌｉ（ＥＨＥＣ）からの抗原を含む；
Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ：プロテイナーゼ抗原、ＬＰＳ、特にＶｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ  ＩＩのリポ多糖、Ｏ１  Ｉｎａｂａ  Ｏ−特異的多糖、Ｖ．ｃｈｏｌｅｒａ  Ｏ１３９、ＩＥＭ１０８ワクチンの抗原（Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．２００３
Ｏｃｔ；７１（１０）：５４９８−５０４），および／またはＺｏｎｕｌａ  ｏｃｃｌｕｄｅｎｓトキシン（Ｚｏｔ）を含む；
Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ（腸チフス熱）：莢膜多糖、好ましくは、コンジュゲート（Ｖｉ、すなわちｖａｘ−ＴｙＶｉ）を含む；
Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ（胃腸炎）：それから由来する抗原は、脈管形成阻害およびｆｌｋの調節を含めた、微生物および癌療法で考えられる；
Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ（免疫無防備状態または老齢の人における全身感染、胎児の感染）：Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓに由来する抗原は、好ましくは、本発明のコンジュゲート／関連組成物の細胞質内送達のための担体／ベクターとして用いられる；
Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ：特に、Ｐ．ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ外側膜タンパク質（ＯＭＰ）；
Ｔｅｔａｎｕｓ：例えば、好ましくは、本発明の組成物と組み合わされた／コンジュゲートされた担体タンパク質として用いられる破傷風トキソイド（ＴＴ）抗原；
Ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ：例えば、ジフテリアトキソイド、好ましくは、ＣＲＭ１９７、加えて、ＡＤＰリボシル化を調節する、阻害する、またはそれに関連することができる抗原は、本発明の組成物との組合せ／共投与／コンジュゲーションで考えられ、ジフテリアトキソイドは好ましくはキャリアータンパク質として用いられる；
Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ（ライム病）：例えば、Ｐ３９およびＰ１３関連抗原（内在性膜タンパク質、Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．２００１  Ｍａｙ；  ６９（５）：  ３３２３−３３３４）、Ｖｌｓｅ抗原変異タンパク質（Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９９９  Ｄｅｃ；  ３７（１２）：  ３９９７）；
Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ  Ｂ：例えば、それからの糖抗原；
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ：例えば、ＯＭＰ  Ａを含めたＯＭＰ、または所望により破傷風トキソイドにコンジュゲートした多糖；
Ｎｅｉｓｅｒｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ：ＰｏｒＢ（Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００４）  ２２：６６０  -  ６６９参照）のようなＰｏｒ（またはポリン）タンパク質、ＴｂｐＡおよびＴｂｐＢ（Ｐｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００４）  ７１（１）：２７７  -  ２８３参照）のようなトランスフェリン（transferring）結合タンパク質、（Ｏｐａのような）不透明タンパク質、還元−修飾可能タンパク質（Ｒｍｐ）、および外側膜小胞（ＯＭＶ）調製物を含む（Ｐｌａｎｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ（２０００）  １８２：８４８  -  ８５５参照、また、例えば、ＷＯ９９／２４５７８、ＷＯ９９／３６５４４、ＷＯ９９／５７２８０、ＷＯ０２／０７９２４３参照）；
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ：特に、Ｃ．ｐｎｅｕｍｏｎｅａｅタンパク質抗原；
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ：血清型Ａ、Ｂ、ＢａおよびＣ（トラコーマの作用因子、失明を引き起こす）、血清型Ｌ１、Ｌ２およびＬ３（性病性リンパ肉芽腫に関連）、および血清型ＤないしＫに由来する抗原を含む；
Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ（Ｓｙｐｈｉｌｉｓ）：特に、ＴｍｐＡ抗原；および
Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ（軟性下疳を引き起こす）：外側膜タンパク質（ＤｓｒＡ）を含む。
【０９９８】
具体的には引用しないが、本発明のさらなる細菌抗原は前記のいずれかの莢膜抗原、多糖抗原またはタンパク質抗原であり得る。さらなる細菌抗原は外側膜小胞（ＯＭＶ）調製物も含み得る。加えて、抗原は前記した細菌のいずれかの生きた、弱毒化、分割および／または精製バージョンを含む。本発明の細菌または微生物由来抗原はグラム陰性またはグラム陽性であり得、好気性または嫌気性であり得る。
【０９９９】
加えて、前記細菌−由来糖類（多糖、ＬＰＳ、ＬＯＳまたはオリゴ糖）のいずれかを、キャリアータンパク質（例えば、ＣＲＭ１９７）のように、もう１つの剤または抗原にコンジュゲートすることができる。そのようなコンジュゲーションは、米国特許第５，３６０，８９７およびＣａｎ  Ｊ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１９８４  Ｍａｙ；６２（５）：２７０−５において供されているように、糖類上のカルボニル基の、タンパク質上のアミノ基への還元的アミノ化によって行われる直接的コンジュゲーションであり得る。あるいは、糖類は、スクシンアミドを有するようなリンカーまたはＢｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９９６  ａｎｄ  ＣＲＣ，Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｒｏｓｓ−Ｌｉｎｋｉｎｇ，１９９３に供される他の結合を介してコンジュゲートすることができる。
【１０００】
（ウイルス抗原）
インフルエンザ（Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）：血球凝集素（ＨＡ）および／またはノイラミニダーゼ（ＮＡ）表面タンパク質を含む全ウイルス粒子（減弱化）、分割、またはサブユニットを含む；インフルエンザ抗原はニワトリ胚に由来することができるか、あるいは細胞培養で増殖させることができ、および／またはインフルエンザ抗原は、とりわけ、インフルエンザＡ、Ｂおよび／またはＣ型に由来する；
呼吸器系シンシチウムウイルス（Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ  ｓｉｎｃｙｔｉａｌ  ｖｉｒｕｓ）（ＲＳＶ）：ＲＳＶのＡ２株のＦプロテイン（Ｊ  Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ．２００４  Ｎｏｖ；  ８５（Ｐｔ  １１）：３２２９）および／またはＧ糖タンパク質を含む；
パラインフルエンザウイルス（Ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖｉｒｕｓ）（ＰＩＶ）：好ましくは、血球凝集素、ノイラミニダーゼおよび／または融合糖タンパク質を含有するＰＩＶ  １、２および３型を含む；
ポリオウイルス（Ｐｏｌｉｏｖｉｒｕｓ）：ピコルナウイルス科からの抗原、好ましくは、ＯＰＶまたは好ましくはＩＰＶのようなポリオウイルス抗原を含む；
麻疹：所望により、プロトリンと組み合わせてもよい分割麻疹ウイルス（ＭＶ）抗原および／またはＭＭＲワクチンに存在する抗原を含む；
流行性耳下腺炎：ＭＭＲワクチンに存在する抗原を含む；
風疹：ＭＭＲワクチンに存在する抗原、ならびにデングウイルスを含めた、トガウイルス科からの他の抗原を含む；
狂犬病：例えば、凍結乾燥された不活化ウイルス（ＲａｂＡｖｅｒｔＴＭ）；
フラビウイルス科ウイルス（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ  ｖｉｒｕｓｅｓ）：例えば、黄熱病ウイルス、日本脳炎ウイルス、デングウイルス（１、２、３または４型）、マダニ媒介脳炎ウイルス、およびウエストナイルウイルス（およびそれに由来する抗原）；
カリシウイルス科（Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ）；それからの抗原；
ＨＩＶ：ｇａｇ（ｐ２４ｇａｇおよびｐ５５ｇａｇ）、ｅｎｖ（ｇｐ１６０およびｇｐ４１）、ｐｏｌ、ｔａｔ、ｎｅｆ、ｒｅｖ  ｖｐｕ、ミニタンパク質（好ましくはｐ５５  ｇａｇおよびｇｐ１４０ｖ欠失）のようなＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２株抗原、および単離体ＨＩＶＩＩＩｂ、ＨＩＶＳＦ２、ＨＩＶＬＡＶ、ＨＩＶＬＡＩ、ＨＩＶＭＮ、ＨＩＶ−１ＣＭ２３５、ＨＩＶ−１ＵＳ４、ＨＩＶ−２からの抗原；とりわけ、シミアン免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）を含む；
ロタウイルス（Ｒｏｔａｖｉｒｕｓ）：ＶＰ４、ＶＰ５、ＶＰ６、ＶＰ７、ＶＰ８タンパク質（Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｘｐｒ  Ｐｕｒｉｆ．２００４  Ｄｅｃ；３８（２）：２０５）および／またはＮＳＰ４を含む；
ペスチウイルス（Ｐｅｓｔｉｖｉｒｕｓ）：例えば、古典的なブタ発熱ウイルス、ウシウイルス性下痢ウイルス、および／またはボーダー（ｂｏｒｄｅｒ）病ウイルス由来の抗原；
パルボウイルス（Ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓ）：例えば、パルボウイルスＢ１９；
コロナウイルス（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）：ＳＡＲＳウイルス抗原、特に、それからのスパイクタンパク質またはプロテアーゼ、ならびにＷＯ  ０４／９２３６０に含まれる抗原を含む；
Ａ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ａ  ｖｉｒｕｓ）：例えば、不活化ウイルス；
Ｂ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｂ  ｖｉｒｕｓ）：例えば、表面および／またはコア抗原（ｓＡｇ）、ならびにプレ表面配列、ｐｒｅ−Ｓ１およびｐｒｅ−Ｓ２（以前は、ｐｒｅ−Ｓと呼ばれる）、ならびに前記の組合せ、例えば、ｓＡｇ／ｐｒｅ−Ｓ１、ｓＡｇ／ｐｒｅ−Ｓ２、ｓＡｇ／ｐｒｅ−Ｓ１／ｐｒｅ−Ｓ２、およびｐｒｅ−Ｓ１／ｐｒｅ−Ｓ２（例えば、ＡＨＢＶ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  −  Ｈｕｍａｎ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  ａｎｄ  Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ，ｐｐ．１５９−１７６；  および米国特許４，７２２，８４０号、第５，０９８，７０４号、第５，３２４，５１３号；  Ｂｅａｍｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９５）  ６９：６８３３−６８３８，Ｂｉｒｎｂａｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９０）  ６４：３３１９−３３３０；  および  Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９１）  ６５：５４５７−５４６４参照）；
Ｃ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｃ  ｖｉｒｕｓ）：例えば、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ１／Ｅ２（Ｈｏｕｇｈｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ（１９９１）  １４：３８１参照）、ＮＳ３４５ポリプロテイン、ＮＳ  ３４５−コアポリプロテイン、コア、および／または非構造領域からのペプチド（国際公開番号ＷＯ  ８９／０４６６９；ＷＯ  ９０／１１０８９；およびＷＯ  ９０／１４４３６）；
デルタ肝炎ウイルス（Ｄｅｌｔａ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＤＶ）：それに由来する抗原、特にＨＤＶからのδ−抗原（例えば、米国特許第５，３７８，８１４号参照）；
Ｅ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｅ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＥＶ）：それに由来する抗原；
Ｇ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｇ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＧＶ）：それに由来する抗原；
水痘帯状ウイルス（Ｖａｒｃｉｃｅｌｌａ  ｚｏｓｔｅｒ  ｖｉｒｕｓ）：水痘帯状ウイルス（ＶＺＶ）に由来する抗原（Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．（１９８６）  ６７：１７５９）；
エプスタイン−バールウイルス（Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒ  ｖｉｒｕｓ）：ＥＢＶに由来する抗原（Ｂａｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（１９８４）  ３１０：２０７）；
サイトメガロウイルス（Ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）：ｇＢおよびｇＨを含めたＣＭＶ抗原（Ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓｅｓ（Ｊ．Ｋ．ＭｃＤｏｕｇａｌｌ，ｅｄ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ  １９９０）  ｐｐ．１２５−１６９）；
単純疱疹ウイルス（Ｈｅｒｐｅｓ  ｓｉｍｐｌｅｘ  ｖｉｒｕｓ）：ＨＳＶ−１またはＨＳＶ−２株からの抗原、および糖タンパク質ｇＢ、ｇＤおよびｇＨを含む（ＭｃＧｅｏｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．（１９８８）  ６９：１５３１および米国特許第５，１７１，５６８号）；
ヒトヘルペスウイルス（Ｈｕｍａｎ  Ｈｅｒｐｅｓ  Ｖｉｒｕｓ）：ＨＨＶ６およびＨＨＶ７のような他のヒトヘルペスウイルスに由来する抗原；および
ＨＰＶ：ヒトパピロマウイルス（ＨＰＶ）に関連しているか、またはそれに由来する抗原、例えば、Ｅ１ないしＥ７、Ｌ１、Ｌ２の１以上、およびその融合を含む；特に、本発明の組成物はＬ１主要キャプシドタンパク質を含むウイルス−様粒子（ＶＬＰ）を含むことができ、なおより特別には、ＨＰＶ抗原はＨＰＶ血清型６、１１、１６および／または１８の１以上に対して保護的である。
【１００１】
さらに、本発明の組成物との組合せが考えられる、Ｖａｃｃｉｎｅｓ，４ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｐｌｏｔｋｉｎ  ａｎｄ  Ｏｒｅｎｓｔｅｉｎ  ｅｄ．２００４）；  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ４ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｍｕｒｒａｙ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄ．２００２）；  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗ．Ｋ．Ｊｏｋｌｉｋ  ｅｄ．１９８８）；  Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｂ．Ｎ．Ｆｉｅｌｄｓ  ａｎｄ  Ｄ．Ｍ．Ｋｎｉｐｅ，ｅｄｓ．１９９１）に含まれる抗原、組成物、方法および微生物が提供される。
【１００２】
加えて、抗原は前記したウイルスのいずれかの生きた、弱毒化、分割および／または精製バージョンを含む。
【１００３】
（真菌抗原）
ワクチンに関連する、本発明中で用いるための真菌抗原は、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓによって引き起こされるトリコパイトーシス（ｔｒｉｃｈｏｐｙｔｏｓｉｉｓ）の予防および治療用の米国特許第４，２２９，４３４号および第４，３６８，１９１号；モルモット、ネコ、ウサギ、ウマおよびヒツジのような動物における皮膚糸状菌感染の予防用の広スペクトル皮膚糸状菌ワクチンについての米国特許第５，２７７，９０４号および第５，２８４，６５２号；これらの抗原は所望によりアジュバントと組み合わせた有効量の殺したＴ．ｅｑｕｉｎｕｍ、Ｔ．ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓ（ｖａｒ．ｇｒａｎｕｌａｒｅ）、Ｍ．ｃａｎｉｓおよび／またはＭ．ｇｙｐｓｅｕｍの懸濁液を含む；担体中のホモゲナイズしたホルモアルデヒドで殺傷した真菌、すなわち、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ  ｃａｎｉｓ培養物の有効量を含む白癬ワクチンについての米国特許第５，４５３，２７３号および第６，１３２，７３３号；ピチオシス（ｐｙｔｈｉｏｓｉｓ）についての細胞外および細胞内タンパク質に関連する米国特許第５，９４８，４１３号に記載されたものを含む。抗真菌ワクチン内で同定されたさらなる抗原はＲｉｎｇｖａｃ  ｂｏｖｉｓ  ＬＴＦ−１３０およびＢｉｏｖｅｔａを含む。
【１００４】
さらに、本明細書中で用いるための真菌抗原は：Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ  ｆｌｏｃｃｕｓｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ  ａｕｄｏｕｉｎｉ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ  ｃａｎｉｓ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ  ｄｉｓｔｏｒｔｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ  ｅｑｕｉｎｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ  ｇｙｐｓｕｍ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ  ｎａｎｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｃｏｎｃｅｎｔｒｉｃｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｅｑｕｉｎｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｇａｌｌｉｎａｅ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｇｙｐｓｅｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｍｅｇｎｉｎｉ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｑｕｉｎｃｋｅａｎｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｒｕｂｒｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｓｃｈｏｅｎｌｅｉｎｉ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｔｏｎｓｕｒａｎｓ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｖｅｒｒｕｃｏｓｕｍ、Ｔ．ｖｅｒｒｕｃｏｓｕｍ  ｖａｒ．ａｌｂｕｍ、ｖａｒ．ｄｉｓｃｏｉｄｅｓ、ｖａｒ．ｏｃｈｒａｃｅｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｖｉｏｌａｃｅｕｍ、および／またはＴｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｆａｖｉｆｏｒｍｅを含めたＤｅｒｍａｔｏｐｈｙｔｒｅｓに由来し得る。
【１００５】
本発明の組成物と組み合わせた抗原として、または抗原の由来として用いられる真菌病原体はＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｙｄｏｗｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖａｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｇｌａｕｃｕｓ、Ｂｌａｓｔｏｓｃｈｉｚｏｍｙｃｅｓ  ｃａｐｉｔａｔｕｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｅｎｏｌａｓｅ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｋｒｕｓｅｉ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｔｅｌｌａｔｏｉｄｅａ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｋｕｓｅｉ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｐａｒａｋｗｓｅｉ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｌｕｓｉｔａｎｉａｅ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｐｓｅｕｄｏｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉ、Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｃａｒｒｉｏｎｉｉ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｒｍａｔｉｄｉｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｌｓ、Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｃｌａｖａｔｕｍ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  Ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ  ｃａｒｉｎｉｉ、Ｐｙｔｈｉｕｍｎ  ｉｎｓｉｄｉｏｓｕｍ、Ｐｉｔｙｒｏｓｐｏｒｕｍ  ｏｖａｌｅ、Ｓａｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｕｌａｒｄｉｉ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ、Ｓｃｅｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ａｐｉｏｓｐｅｒｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ  ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ、Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ  ｂｅｉｇｅｌｉｉ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｍａｒｎｅｆｆｅｉ、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．、Ｆｏｎｓｅｃａｅａ  ｓｐｐ．、Ｗａｎｇｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ  ｓｐｐ．、Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｓｐｐ、Ｍｕｃｏｒ  ｓｐｐ、Ａｂｓｉｄｉａ  ｓｐｐ、Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍｅｌｌａ  ｓｐｐ、およびＳａｋｓｅｎａｅａ  ｓｐｐを含む。
【１００６】
抗原が由来する他の真菌はＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ｓｐｐ、Ｃｕｒｖｉｌａｒｉａ  ｓｐｐ、Ｈｅｌｍｉｎｔｈｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｐ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｐｐ、Ｍｏｎｏｌｉｎｉａ  ｓｐｐ、Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｐｐ、Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ、Ｐｉｔｈｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ、およびＣｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｓｐｐを含む。
【１００７】
真菌抗原を生産するためのプロセスは当該分野でよく知られている（米国特許第６，３３３，１６４号参照）。好ましい方法において、可溶化画分を、その細胞壁が実質的に除去されるか、あるいは少なくとも部分的に除去された真菌細胞から得ることができる不溶性画分から抽出し、分離し、これは、該プロセスが：生きた真菌細胞を入手し；その細胞壁が実質的に除去されるか、あるいは少なくとも部分的に除去された真菌細胞を入手し；その細胞壁が実質的に除去されるか、あるいは少なくとも部分的に除去された真菌細胞を破裂させ；不溶性画分を得；次いで、不溶性画分から可溶性画分を抽出し、分離する工程を含むことを特徴とする。
【１００８】
（ＳＴＤ抗原）
特定の実施形態において、本発明の組成物および方法を実施することができる微生物（細菌、ウイルスおよび／または真菌）は、性的に伝播する障害（ＳＴＤ）を引き起こすもの、および／または本発明の標的または抗原組成物であり得る抗原をその表面に提示するものを含む。本発明の好ましい実施形態において、組成物はウイルスまたは細菌ＳＴＤに由来する抗原と組み合わされる。細菌またはウイルスに由来する抗原は本発明の組成物と組み合わせて投与して、とりわけ、以下のＳＴＤ：クラミジア、生殖系ヘルペス、肝炎（特にＨＣＶ）、生殖系いぼ、淋病、梅毒および／または軟性下疳のうちの少なくとも１つに対する保護を供することができる（ＷＯ  ００／１５２５５参照）。
【１００９】
もう１つの実施形態において、本発明の組成物はＳＴＤの予防または治療のために抗原と共投与される。
【１０１０】
前記でかなり詳細に記載されたＳＴＤに関連する以下のウイルスに由来する抗原は、本発明の組成物との共投与で好ましい：肝炎（特にＨＣＶ）、ＨＰＶ、ＨＩＶまたはＨＳＶ。
【１０１１】
加えて、前記にてかなり詳細に記載されたＳＴＤに関連する以下の細菌に由来する抗原は本発明の組成物との共投与で好ましい：Ｎｅｉｓｅｒｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、またはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ。
【１０１２】
（呼吸器系抗原）
抗原は呼吸器系抗原であってよく、特に、感染および／または呼吸器系ウイルス感染の１以上の症状を低減し、または予防することによって、呼吸器系シンチチウムウイルス（ＲＳＶ）、ＰＩＶ、ＳＡＲＳウイルス、インフルエンザ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓのようなウイルス、細菌または真菌を含めた呼吸器系病原体による感染を予防しおよび／または治療する方法のために免疫原性組成物でさらに用いることができよう。呼吸器系ウイルス、細菌または真菌に由来するもののような本明細書中に記載された抗原を含む組成物は、その特定の呼吸器系微生物に曝露される危険性がある、呼吸器系微生物に曝露された、または呼吸器系ウイルス、細菌または真菌に感染した個体に本発明の組成物と組み合わせて投与される。本発明の組成物は、好ましくは、呼吸器系病原体の抗原と同時に、または同一処方にて共投与される。組成物の投与の結果、呼吸器系感染の１以上の症状の低下した発生率および／または重症度がもたらされる。
【１０１３】
（小児科／老人科学抗原）
１つの実施形態において、本発明の組成物は、小児科抗原において、小児科集団の治療用の抗原と組み合わせて用いられる。より特定の実施形態において、小児科集団は約３歳未満、または約２歳未満、または約１歳未満である。もう１つの実施形態において、（本発明の組成物と組み合わされる）小児科抗原は少なくとも１年、２年または３年にわたって複数回投与される。
【１０１４】
もう１つの実施形態において、本発明の組成物は、老人科学抗原において、老人集団の治療用の抗原と組み合わされて用いられる。
【１０１５】
（他の抗原）
本発明の組成物と組み合わされて用いられる他の抗原は、病院で獲得された（院内）関連抗原を含む。
【１０１６】
もう１つの実施形態において、寄生虫抗原が、本発明の組成物との組合せで考えられる。寄生虫抗原の例はマラリアおよび／またはライム病を引き起こす生物に由来するものを含む。
【１０１７】
もう１つの実施形態において、本発明の組成物と組み合わせる抗原は蚊媒介障害に関連し、またはそれに対して有効である。もう１つの実施形態において、本発明の組成物と組み合わされる抗原は脳炎に関連するか、またはそれに対して効果的である。もう１つの実施形態において、本発明の組成物と組み合わされる抗原は神経系の感染に関連するか、またはそれに対して有効である。
【１０１８】
もう１つの実施形態において、本発明の組成物と組み合わされる抗原は血液または体液を介して伝播可能な抗原である。
【１０１９】
（抗原処方物）
本発明の他の態様において、吸着された抗原を有するミクロ粒子を製造する方法が提供される。該方法は（ａ）（ｉ）水、（ｉｉ）洗剤、（ｉｉｉ）有機溶媒、および（ｉｖ）ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリカプロラクトン、ポリオルトエステル、ポリアンヒドライド、およびポリシアノアクリレートよりなる群から選択される生分解性ポリマーを含む混合物を分散させることによってエマルジョンを供し；該ポリマーは、典型的には、有機溶媒に対して約１％ないし約３０％の濃度で混合物に存在させ、他方、洗剤は、典型的には、約０．００００１：１ないし約０．１：１（より典型的には約０．０００１：１ないし０．１：１、約０．００１：１ないし約０．１：１、または約０．００５：１ないし約０．１：１）の重量−対−重量の洗剤−対−ポリマー比率で混合物中に存在する；（ｂ）有機溶媒をエマルジョンから除去し；次いで、（ｃ）抗原をミクロ粒子の表面に吸着させることを含む。ある実施形態において、生分解性ポリマーは有機溶媒に対して約３％ないし約１０％の濃度で存在させる。
【１０２０】
本明細書中で用いるミクロ粒子は滅菌可能な、非毒性であって生分解性である材料から形成されるであろう。そのような材料は、限定されるものではないが、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリカプロラクトン、ポリオルトエステル、ポリアンヒドライド、ＰＡＣＡ、およびポリシアノアクリレートを含む。好ましくは、本発明で用いられるミクロ粒子はポリ（α−ヒドロキシ酸）から、特に、ポリ（ラクチド）（「ＰＬＡ」）、あるいはポリ（Ｄ，Ｌ−ラクチド−コ−グリコシド）（「ＰＬＧ」または「ＰＬＧＡ」）のようなＤ，Ｌ−ラクチドおよびグリコリドまたはグリコール酸のコポリマー、あるいはＤ，Ｌ−ラクチドおよびカプロラクトンのコポリマーから由来する。ミクロ粒子は、種々の分子量および、ＰＬＧのようなコポリマーの場合には、種々のラクチド：グリコリド比率を有する種々のポリマー出発材料のいずれかに由来することができ、その選択は、部分的には、共投与されるマクロ分子に依存して大いに選択的事項である。これらのパラメーターは以下により十分に議論する。
【１０２１】
さらなる抗原は外側膜小胞（ＯＭＶ）調製物も含むことができる。
【１０２２】
さらなる処方方法および抗原（特に腫瘍抗原）は米国特許出願第０９／５８１，７７２号に供される。
【１０２３】
（抗原の文献）
以下の文献は本発明の組成物と組み合わせて有用な抗原を含む：
【表Ａ】
2011206061.tif 000336
【１０２４】
【表Ｂ】
2011206061.tif 000337
【１０２５】
前記引用の特許、特許出願および雑誌論文の全ての内容は、あたかも十分にここに記載されているように参考として援用される。
【１０２６】
本発明の組成物中にあるグラム陽性細菌タンパク質の数には上限があり得る。好ましくは、本発明の組成物中のグラム陽性細菌タンパク質の数は２０未満、１９未満、１８未満、１７未満、１６未満、１５未満、１４未満、１３未満、１２未満、１１未満、１０未満、９未満、８未満、７未満、６未満、５未満、４未満、または３未満である。なおより好ましくは、本発明の組成物中のグラム陽性細菌タンパク質の数は６未満、５未満、または４未満である。なおより好ましくは、本発明の組成物中のグラム陽性細菌タンパク質の数は３である。
【１０２７】
本発明で用いるグラム陽性細菌タンパク質およびポリヌクレオチドは、好ましくは、単離されている、すなわち、当該分子が天然において見出される生物全体から分離され、区別され、あるいは当該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが天然で見出されない場合、該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドがその意図した目的で用いることができるように、他の生物学的マクロ分子から十分に離されている。
【１０２８】
（融合タンパク質：ＧＢＳ  ＡＩ配列）
本発明で用いるＧＢＳ  ＡＩタンパク質は個々の別々のポリペプチドとして組成物に存在させることができるが、抗原の少なくとも２つ（すなわち、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８）が単一ポリペプチド鎖（「ハイブリッド」または「融合」ポリペプチド）として発現されるのが好ましい。そのような融合ポリペプチドは２つの主な利点を供する：まず、それ自身において不安定であるか、または貧弱にしか発現できない場合があるポリペプチドは、問題を克服する適当な融合パートナーを加えることによって援助することができ；第二に、商業的な製造は、共に抗原的に有用な２つのポリペプチドを生産するために、１つの発現および精製のみ使用することが必要とされるなど、単純化される。
【１０２９】
融合ポリペプチドは１以上のＡＩポリペプチド配列を含むことができる。好ましくは、融合物はＡＩ表面タンパク質配列を含む。好ましくは、融合ポリペプチドはＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、およびＧＢＳ  ６７の１以上を含む。最も好ましくは、融合ペプチドはＧＢＳ  ８０からのポリペプチド配列を含む。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列を含む融合ペプチドを含み、ここに、該第一および第二のアミノ酸配列はＧＢＳ  ＡＩ表面タンパク質またはそのフラグメントから選択される。好ましくは、融合ポリペプチド中の第一および第二のアミノ酸配列は異なるエピトープを含む。
【１０３０】
２、３、４、５、６、７、８、９または１０のＧＢＳ抗原からのアミノ酸配列を含むハイブリッド（または融合物）が好ましい。特に、２、３、４または５のＧＢＳ抗原からのアミノ酸配列よりなるハイブリッドが好ましい。
【１０３１】
異なるハイブリッドポリペプチドは単一の処方において一緒に混合することができる。そのような組合せ内で、ＧＢＳ抗原は１を超えるハイブリッドポリペプチド中に、および／または非−ハイブリッドポリペプチドとして存在させることができる。しかしながら、抗原はハイブリッドとして、または非−ハイブリッドとして存在させるのが好ましいが、双方としてではない。
【１０３２】
ハイブリッドポリペプチドは式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨによって表すことができ、ここに：ＸはＧＢＳ  ＡＩタンパク質またはそのフラグメントのアミノ酸配列であり；Ｌは任意のリンカーアミノ酸配列であり；Ａは任意にＮ−末端アミノ酸配列であり；Ｂは任意のＣ−末端アミノ酸配列であり；およびｎは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５である。
【１０３３】
−Ｘ−基がその野生型形態においてリーダーペプチド配列を有すれば、これはハイブリッドタンパク質において含むことができるか、あるいは省略することができる。いくつかの実施形態において、ハイブリッドタンパク質のＮ−末端に位置する−Ｘ−基を除いてリーダーペプチドが欠失されており、すなわち、Ｘ１のリーダーペプチドは保持されているが、Ｘ２．．．Ｘｎのリーダーペプチドは省略されるであろう。これは全てのリーダーペプチドを欠失させ、および基−Ａ−としてＸ１のリーダーペプチドを用いるのと同等である。
【１０３４】
｛−Ｘ−Ｌ−｝の各ｎの場合では、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は存在してもまたは不存在でも良い。例えば、ｎ＝２である場合、ハイブリッドはＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであり得る。リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は典型的には、短い（例えば、２０以下のアミノ酸、すなわち１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。その例は、クローニングを容易とする短いペプチド配列、ポリ−グリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎを含む；ここに、ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）、およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ；ここにｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）を含む。他の適当なリンカーアミノ酸配列は当業者に明らかであろう。有用なリンカーはＧＳＧＧＧＧであり、Ｇｌｙ−ＳｅｒジペプチドはＢａｍＨＩ制限部位から形成され、かくしてクローニングおよび操作を助け、（Ｇｌｙ）４テトラペプチドは典型的なポリ−グリシンリンカーである。
【１０３５】
−Ａ−は任意のＮ−末端アミノ酸配列である。これは、典型的には短い（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。その例は、タンパク質トラフィッキングを指令するためのリーダー配列、またはクローニングまたは精製を容易とする短いペプチド配列を含む（例えば、ヒスチジンタグ、すなわち、Ｈｉｓｎ、ここにｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）。他の適当なＮ−末端アミノ酸配列は当業者に明らかであろう。もしＸ１がそれ自体のＮ−末端メチオニンを欠くならば、−Ａ−は、好ましくは、Ｎ−末端メチオニンを供する（例えば、１、２、３、４、５、６、７または８のアミノ酸を持つ）オリゴペプチドである。
【１０３６】
−Ｂ−は任意のＣ−末端アミノ酸配列である。これは、典型的には短い（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。その例は、タンパク質トラフィッキングを指令する配列、（例えば、ヒスチジンタグ、すなわち、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多いＨｉｓｎを含む）クローニングまたは精製を容易とする短いペプチド配列、またはタンパク質安定性を増強させる配列を含む。他の適当なＣ−末端アミノ酸配列は当業者に明らかであろう。
【１０３７】
最も好ましくは、ｎは２または３である。
【１０３８】
（融合タンパク質：グラム陽性細菌ＡＩ配列）
本発明で用いるグラム陽性細菌ＡＩタンパク質は個々の別々のポリペプチドとして組成物中に存在させることができるが、抗原の少なくとも２つ（すなわち、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８）は単一ポリペプチド鎖（「ハイブリッド」または「融合」ポリペプチド）として発現されるのが好ましい。そのような融合ポリペプチドが２つの主な利点を供する：まず、それ自体において不安定であるか、または貧弱にしか発現できない場合があるポリペプチドは、問題を克服する適当な融合パートナーを加えることによって助けることができ；第二に商業的な製造は、共に抗原的に有用な２つのポリペプチドを生産するために、ただ１つの発現および精製のみ使用することが必要とされるなど、単純化される。
【１０３９】
融合ポリペプチドは１以上のＡＩポリペプチド配列を含むことができる。好ましくは、融合物はＡＩ表面タンパク質配列を含む。従って、本発明は、第一のアミノ酸配列および第二のアミノ酸配列を含む融合ペプチドを含み、ここに、該第一および第二のアミノ酸配列はグラム陽性細菌ＡＩタンパク質またはそのフラグメントから選択される。好ましくは、融合ポリペプチド中の第一および第二のアミノ酸配列は異なるエピトープを含む。
【１０４０】
２、３、４、５、６、７、８、９または１０のグラム陽性細菌抗原からのアミノ酸配列よりなるハイブリッド（または融合物）が好ましい。特に２、３、４または５のグラム陽性細菌抗原からのアミノ酸配列よりなるハイブリッドが好ましい。
【１０４１】
異なるハイブリッドポリペプチドは単一の処方において一緒に混合することができる。そのような組合せ内では、グラム陽性細菌ＡＩ配列は、１を超えるハイブリッドポリペプチドにおいて、および／または非−ハイブリッドポリペプチドとして存在させることができる。しかしながら、抗原はハイブリッドとして、または非−ハイブリッドとして存在させ、双方としては存在させない。
【１０４２】
ハイブリッドポリペプチドは式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨによって表すことができ、ここに：Ｘはグラム陽性細菌ＡＩ配列またはそのフラグメントのアミノ酸配列であり；Ｌは任意のリンカーアミノ酸配列であり；Ａは任意のＮ−末端アミノ酸配列であり；Ｂは任意のＣ−末端アミノ酸配列であり；およびｎは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５である。
【１０４３】
もし−Ｘ−基がその野生型形態においてリーダーペプチド配列を有するならば、これはハイブリッドタンパク質に含めてもよく、または省略してもよい。いくつかの実施形態において、リーダーペプチドは、ハイブリッドタンパク質のＮ−末端に位置する−Ｘ−基のそれを除いて欠失され、すなわち、Ｘ１のリーダーペプチドは保持されるが、Ｘ２．．．Ｘｎのリーダーペプチドは省略されるであろう。これは、全てのリーダーペプチドを欠失し、基−Ａ−としてＸ１のリーダーペプチドを用いることと同等である。
【１０４４】
｛−Ｘ−Ｌ｝の各ｎの場合では、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は存在してもまたは存在しなくてもよい。例えば、ｎ＝２の場合には、ハイブリッドはＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであり得る。リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は典型的には短いであろう（例えば、２０以下のアミノ酸、すなわち、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。その例は、クローニングを容易とする短いペプチド配列、ポリ−グリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎを含む；ここにｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）、およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ；ここに、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）を含む。他の適当なリンカーアミノ酸配列は当業者に明らかであろう。有用なリンカーはＧＳＧＧＧＧであり、Ｇｌｙ−ＳｅｒジペプチドはＢａｍ  ＨＩ制限部位から形成され、かくして、クローニングおよび操作を助け、（Ｇｌｙ）４テトラペプチドは、典型的なポリーグリシンリンである。
【１０４５】
−Ａ−は任意のＮ−末端アミノ酸配列である。これは典型的には短いであろう（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。その例は、タンパク質トラフィッキングを指令するためのリーダー配列、またはクローニングまたは精製を容易とする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ、すなわち、Ｈｉｓｎ；ここに、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）を含む。他の適当なＮ−末端アミノ酸配列は当業者に明らかであろう。もしＸ１がそれ自身のＮ−末端メチオニンを欠くならば、−Ａ−は、好ましくは、Ｎ−末端メチオニンを供する（例えば、１、２、３、４、５、６、７または８アミノ酸を持つ）オリゴペプチドである。
【１０４６】
−Ｂ−は任意のＣ−末端アミノ酸配列である。これは典型的には短いであろう（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。その例は、タンパク質トラフィッキングを指令する配列、（例えば、ヒスチジンタグ、すなわち、Ｈｉｓｎを含む；ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多く）クローニングまたは精製を容易とする短いペプチド配列、またはタンパク質安定性を増強させる配列を含む。他の適当なＣ−末端アミノ酸配列は当業者に明らかであろう。
【１０４７】
最も好ましくは、ｎは２または３である。
【１０４８】
（抗体：ＧＢＳ  ＡＩ配列）
本発明のＧＢＳ  ＡＩタンパク質を用いて、ＧＢＳ  ＡＩタンパク質に特異的な抗体を調製することもできる。抗体は、好ましくは、ＡＩタンパク質のオリゴマーまたはハイパーオリゴマー形態に対して特異的である。本発明は、増大した範囲のＧＢＳ血清型および株単離体に対して保護を供するように選択されたＧＢＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的な抗体の組合せも含む。例えば、組合せは第一および第二の抗体を含むことができ、ここに、該第一の抗体は第一のＧＢＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的であって、該第二の抗体は第二のＧＢＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的である。好ましくは、該第一のＧＢＳ  ＡＩタンパク質をコードする核酸配列は、該第二のＧＢＳ  ＡＩタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を含むＧＢＳゲノムには存在しない。好ましくは、該第一および第二のＧＢＳ  ＡＩタンパク質をコードする核酸配列は、複数のＧＢＳ血清型および株単離体のゲノムに存在する。
【１０４９】
本発明のＧＢＳ特異的抗体は、化学的または物理的手段を介して、ＧＢＳポリペプチドのエピトープに結合できるか、あるいは会合できる１以上の生物学的基を含む。本発明の抗体は、ＧＢＳ  ＡＩタンパク質に特異的に結合する抗体を含む。本発明は、ポリクローナルおよびモノクローナル調製物双方から得られる抗体、ならびに以下の：ハイブリッド（キメラ）抗体分子（例えば、Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３−２９９；および米国特許第４，８１６，５６７号参照）；Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）フラグメント；Ｆｖ分子（非−共有結合ヘテロダイマー、例えば、Ｉｎｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９７２）  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ６９：２６５９−２６６２；およびＥｈｒｌｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９：４０９１−４０９６参照）；単一鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）（例えば、Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：５８９７−５８８３参照）；ダイマーおよびトリマー抗体フラグメント構築体；ミニボディー（例えば、Ｐａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）  Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９−１５８４；Ｃｕｍｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １４９Ｂ：１２０−１２６参照）；ヒト化抗体分子（例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６；および１９９４年９月２１日に公開された英国特許公開番号ＧＢ  ２，２７６，１６９参照）；およびそのような分子から得られるいずれかの機能的フラグメントを含み、ここに、そのようなフラグメントは親抗体分子の免疫学的結合特性を保有する。本発明は、さらに、ファージディスプレイのような非−慣用的プロセスを介して得られた抗体を含む。
【１０５０】
好ましくは、本発明のＧＢＳ特異的抗体は、モノクローナル抗体である。本発明のモノクローナル抗体は、均一な抗体集団を有する抗体組成物を含む。本発明のモノクローナル抗体はマウスハイブリドーマーから得ることができ、ならびにマウスハイブリドーマーではなくヒトを用いて得ることができるヒトモノクローナル抗体であり得る。例えば、Ｃｏｔｅ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，１９８５，ｐ７７参照。
【１０５１】
本発明の抗体を診断適用で用いて、例えば、生物学的試料中でのＧＢＳの存在または不存在を検出することができる。本発明の抗体は、ＧＢＳ感染の予防的または治療的処置で用いることもできる。
【１０５２】
（抗体：グラム陽性細菌ＡＩ配列）
本発明のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質を用いて、グラム陽性細菌ＡＩタンパク質に対して特異的な抗体を調製することもできる。抗体は、好ましくは、ＡＩタンパク質のオリゴマーまたはハイパーオリゴマー形態に対して特異的である。本発明は、増大した範囲のグラム陽性細菌の属、種、血清型および株単離体に対して保護を供するように選択されたグラム陽性細菌ＡＩタンパク質に対して特異的な抗体の組合せも含む。
【１０５３】
例えば、組合せは第一および第二の抗体を含むことができ、ここに、該第一の抗体は第一のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質に対して特異的であって、該第二の抗体は第二のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質に対して特異的である。好ましくは、該第一のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質をコードする核酸配列は、該第二のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列を含むグラム陽性細菌ゲノムに存在しない。好ましくは、該第一のおよび第二のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質をコードする核酸配列は、複数のグラム陽性細菌の属、種、血清型または株単離体のゲノムに存在する。
【１０５４】
抗体の該組合せが増大した範囲の細菌血清型に対する保護を供する場合の例として、第一の抗体は第一のＧＡＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的であってよく、第二の抗体は第二のＧＡＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的であってよい。第一のＧＡＳ  ＡＩタンパク質はＧＡＳ  ＡＩ−１表面タンパク質を含むことができ、他方、第二のＧＡＳ  ＡＩタンパク質はＧＡＳ  ＡＩ−２またはＡＩ−３表面タンパク質を含むことができる。
【１０５５】
抗体の該組合せが増大した範囲の細菌種に対する保護を供する場合の例として、第一の抗体はＧＢＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的であってよく、第二の抗体はＧＡＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的であってよい。あるいは、第一の抗体はＧＡＳ  ＡＩタンパク質に対して特異的であってよく、第二の抗体はＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質に対して特異的であってよい。
【１０５６】
本発明のグラム陽性特異的抗体は、化学的または物理的手段を介して、グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドのエピトープに結合することができるか、または会合することができる１以上の生物学的基を含む。本発明の抗体は、グラム陽性細菌ＡＩタンパク質に特異的に結合する抗体を含む。本発明は、ポリクローナルおよびモノクローナル調製物双方から得られた抗体、ならびに以下の：ハイブリッド（キメラ）抗体分子（例えば、Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３−２９９；および米国特許第４，８１６，５６７号参照）；Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）フラグメント；Ｆｖ分子（非−共有結合ヘテロダイマー、例えば、Ｉｎｂａｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９７２）  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ６９：２６５９−２６６２；およびＥｈｒｌｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９：４０９１−４０９６参照）；単一鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）（例えば、Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：５８９７−５８８３参照）；ダイマーおよびトリマー抗体フラグメント構築体；ミニボディー（例えば、Ｐａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）  Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９−１５８４；Ｃｕｍｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １４９Ｂ：１２０−１２６参照）；ヒト化抗体分子（例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４−１５３６；および１９９４年９月２１日に公開された英国特許公開番号ＧＢ  ２，２７６，１６９参照）；およびそのような分子から得られるいずれかの機能的フラグメントを含み、ここに、そのようなフラグメントは親抗体分子の免疫学的結合特性を保有する。本発明は、さらに、ファージディスプレイのような非−慣用的プロセスを介して得られた抗体を含む。
【１０５７】
好ましくは、本発明のグラム陽性特異的抗体はモノクローナル抗体である。本発明のモノクローナル抗体は、均一な抗体集団を有する抗体組成物を含む。本発明のモノクローナル抗体はマウスハイブリドーマーから得ることができ、ならびにマウスハイブリドーマーではなくヒトを用いて得られたヒトモノクローナル抗体であり得る。例えば、Ｃｏｔｅ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，１９８５，ｐ７７参照。
【１０５８】
本発明の抗体を診断適用で用いて、例えば、生物学的試料中のグラム陽性細菌の存在または不存在を検出することができる。本発明の抗体は、グラム陽性細菌感染の予防的または治療的処置で用いることもできる。
【１０５９】
（核酸）
本発明は、本発明のグラム陽性細菌配列および／またはハイブリッド融合ポリペプチドをコードする核酸を提供する。本発明はまた、本発明のＧＢＳ抗原および／またはハイブリッド融合ポリペプチドをコードする核酸を提供する。さらに、本発明は、好ましくは、「高ストリンジェンシー」条件（例えば、０．１×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ溶液中で６５℃）下でこれらの核酸にハイブリダイズすることができる核酸を提供する。
【１０６０】
本発明のポリペプチドは、種々の手段（例えば、組換え発現、細胞培養からの精製、化学的合成など）によって、かつ種々の形態（例えば、天然、融合、非−グリコシル化、脂質化など）で調製することができる。それらは、好ましくは、実質的に純粋な形態で調製される（すなわち、他のＧＡＳまたは宿主細胞タンパク質を実質的に有さない）。
【１０６１】
本発明による核酸は、種々の方法で（例えば、ゲノムまたはｃＤＮＡライブラリーから、生物それ自体から、化学合成によって）調製することができ、種々の形態（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プローブなど）を取ることができる。それらは、好ましくは、実質的に純粋な形態で調製される（すなわち、他のＧＢＳまたは宿主細胞核酸を実質的に有さない）。
【１０６２】
用語「核酸」はＤＮＡおよびＲＮＡ、また修飾された骨格（例えば、ホスホロチオエートなど）を含有するもののようなそれらのアナログ、また、ペプチド核酸（ＰＮＡ）などを含む。本発明は、（例えば、アンチセンスまたはプロービング目的で）前記したものに相補的な配列を含む核酸を含む。
【１０６３】
本発明は、ポリペプチド発現を誘導する条件下で、本発明の核酸で形質転換された宿主細胞を培養する工程を含む、本発明のポリペプチドの生産方法も提供する。
【１０６４】
本発明は、化学的手段によってポリペプチドの少なくとも一部を合成する工程を含む、本発明のポリペプチドを生産する方法を提供する。
【１０６５】
本発明は、プライマー−ベースの増幅方法（例えば、ＰＣＲ）を用いて核酸を増幅する工程を含む、本発明の核酸を生産する方法を提供する。
【１０６６】
本発明は、化学的手段によって核酸の少なくとも一部を合成する工程を含む、本発明の核酸を生産する方法を提供する。
【１０６７】
（精製および組換発現）
本発明のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質は天然グラム陽性細菌から単離することができるか、あるいは例えば、異種宿主において組換えにより生産することができる。例えば、本発明のＧＡＳ、ＧＢＳ、およびＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原はＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから単離することができるか、あるいはそれらは、例えば、異種宿主において組換えにより生産することができる。好ましくは、ＧＢＳ抗原は異種宿主を用いて調製される。
【１０６８】
異種宿主は原核生物（例えば、細菌）または真核生物であってよい。それは好ましくはＥ．ｃｏｌｉであるが、他の適当な宿主はＢａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、Ｓ．ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌ．ｌａｃｔｉｓ、酵母などを含む。
【１０６９】
ポリペプチドの組換生産は、タグタンパク質およびグラム陽性細菌抗原を含む融合タンパク質として発現させるようにグラム陽性細菌ＡＩ配列に該タグタンパク質を加えることによって促進される。例えば、ポリペプチドの組換生産は、タグタンパク質およびＧＢＳ抗原を含む融合タンパク質として発現させるようにＧＢＳ抗原に該タグタンパク質を加えることによって促進される。そのようなタグタンパク質は発現されたタンパク質の精製、検出および安定性を促進することができる。本発明で用いるのに適したタグタンパク質はポリアルギニンタグ（Ａｒｇ−タグ）、ポリヒスチジンタグ（Ｈｉｓ−タグ）、ＦＬＡＧ−タグ、Ｓｔｒｅｐ−タグ、ｃ−ｍｙｃ−タグ、Ｓ−タグ、カルモジュリン結合ペプチド、セルロース結合ドメイン、ＳＢＰ−タグ、キチン結合ドメイン、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ−タグ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、転写終止抗終止因子（ＮｕｓＡ）、Ｅ．ｃｏｌｉチオレドキシン（ＴｒｘＡ）およびタンパク質ジスルフィドイソメラーゼＩ（ＤｓｂＡ）を含む。好ましいタグタンパク質はＨｉｓ−タグおよびＧＳＴを含む。タグタンパク質の使用についての十分な議論がＴｅｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｏｖｅｒｖｉｅｗ  ｏｆ  ｔａｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆｕｓｉｏｎｓ：  ｆｒｏｍ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ａｎｄ  ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ  ｔｏ  ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ  ｓｙｓｔｅｍｓ”，Ａｐｐｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ（２００３）  ６０：５２３−５３３に見出すことができる。
【１０７０】
精製の後、タグタンパク質は、所望により、すなわち、当該分野で公知の特別に仕立てられた酵素処理によって、発現された融合タンパク質から除去することができる。共通に使用されるプロテアーゼはエンテロキナーゼ、タバコエッチウイルス（ＴＥＶ）、トロンビン、および第Ｘａ因子を含む。
【１０７１】
（ＧＢＳ多糖）
本発明の組成物は、ＧＢＳ多糖を含めることによってさらに改良することができる。好ましくは、ＧＢＳ抗原および糖類は、各々受容者における免疫学的応答に寄与する。組合せは特に有利であり、ここに、糖類およびポリペプチドは異なるＧＢＳ血清型からの保護を供する。
【１０７２】
組み合わせられた抗原は、別々の糖類およびポリペプチド抗原を一緒に投与する単純な組合せとして供することができるか、あるいはそれらは、糖類およびポリペプチド抗原が相互に共有結合により連結されたコンジュゲーテッド組合せとして存在することができる。
【１０７３】
かくして、本発明は、（ｉ）１以上のＧＢＳ  ＡＩタンパク質、および（ｉｉ）１以上のＧＢＳ糖類抗原を含む免疫原性組成物を提供する。ポリペプチドおよび多糖は有利には相互に共有結合連結させて、コンジュゲートを形成することができる。
【１０７４】
それらの間では、組み合わせられたポリペプチドおよび糖類抗原は、好ましくは、２以上のＧＢＳ血清型（例えば、２、３、４、５、６、７、８以上の血清型）を網羅する（またはそれからの保護を供する）。ポリペプチドおよび糖類抗原の血清型は重複してもしなくてもよい。例えば、ポリペプチドは血清型ＩＩまたはＶに対して保護し得、他方、糖類は血清型Ｉａ、ＩｂまたはＩＩＩいずれかに対して保護する。好ましい組合せは血清の以下の群に対して保護する：（１）血清型ＩａおよびＩｂ、（２）血清型ＩａおよびＩＩ、（３）血清型ＩａおよびＩＩＩ、（４）血清型ＩａおよびＩＶ、（５）血清型ＩａおよびＶ、（６）血清型ＩａおよびＶＩ、（７）血清型ＩａおよびＶＩＩ、（８）血清型ＩａおよびＶＩＩＩ、（９）血清型ＩｂおよびＩＩ、（１０）血清型ＩｂおよびＩＩＩ、（１１）血清型ＩｂおよびＩＶ、（１２）血清型ＩｂおよびＶ、（１３）血清型ＩｂおよびＶＩ、（１４）血清型ＩｂおよびＶＩＩ、（１５）血清型ＩｂおよびＶＩＩＩ、（１６）血清型ＩＩおよびＩＩＩ、（１７）血清型ＩＩおよびＩＶ、（１８）血清型ＩＩおよびＶ、（１９）血清型ＩＩおよびＶＩ、（２０）血清型ＩＩおよびＶＩＩ、（２１）血清型ＩＩおよびＶＩＩ、（２２）血清型ＩＩＩおよびＩＶ、（２３）血清型ＩＩＩおよびＶ、（２４）血清型ＩＩＩおよびＶＩ、（２５）血清型ＩＩＩおよびＶＩＩ、（２６）血清型ＩＩＩおよびＶＩＩＩ、（２７）血清型ＩＶおよびＶ、（２８）血清型ＩＶおよびＶＩ、（２９）血清型ＩＶおよびＶＩＩ、（３０）血清型ＩＶおよびＶＩＩＩ、（３１）血清型ＶおよびＶＩ、（３２）血清型ＶおよびＶＩＩ、（３３）血清型ＶおよびＶＩＩＩ、（３４）血清型ＶＩおよびＶＩＩ、（３５）血清型ＶＩおよびＶＩＩＩ、および（３６）血清型ＶＩＩおよびＶＩＩＩ。
【１０７５】
なおより好ましくは、該組合せは血清型の以下の群に対して保護する：（１）血清型ＩａおよびＩＩ、（２）血清型ＩａおよびＶ、（３）血清型ＩｂおよびＩＩ、（４）血清型ＩｂおよびＶ、（５）血清型ＩＩＩおよびＩＩ、および（６）血清型ＩＩＩおよびＶ。最も好ましくは、該組合せは血清型ＩＩＩおよびＶに対して保護する。
【１０７６】
血清型ＩＩおよびＶに対する保護は、好ましくは、ポリペプチド抗原によって供される。血清型Ｉａ、Ｉｂおよび／またはＩＩＩに対する保護はポリペプチドまたは糖類抗原であり得る。
【１０７７】
（免疫原性組成物および医薬）
本発明の組成物は好ましくは免疫原性組成物であり、より好ましくはワクチン組成物である。組成物のｐＨは好ましくは６および８の間であり、好ましくは約７である。ｐＨは緩衝液の使用によって維持することができる。組成物は滅菌することができ、および／またはパイロジェン−フリーとすることができる。組成物はヒトに対して等張とすることができる。
【１０７８】
本発明によるワクチンは予防的として（すなわち、感染を予防）することができ、または治療的として（すなわち、感染を治療）することができるが、典型的には予防的であろう。従って、本発明は、動物に、治療または予防量の本発明の免疫原性組成物を投与することを含む、グラム陽性細菌感染に対して感受性である動物においてそのようなグラム陽性細菌感染を治療的または予防的に処置する方法を含む。例えば、本発明は、動物に、治療または予防量の本発明の免疫原性組成物を投与することを含む。ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ感染に対して感受性である動物においてＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を治療的または予防的に処置する方法を含む。
【１０７９】
本発明は、医薬としての本明細書中に記載された組成物の使用のための本発明の組成物も提供する。該医薬は、好ましくは、哺乳動物において免疫応答を生起させることができ（すなわち、それは免疫原性組成物である）、より好ましくは、ワクチンである。
【１０８０】
本発明は哺乳動物において免疫応答を生起させるための医薬の製造における本発明の組成物の使用も提供する。該医薬は、好ましくは、ワクチンである。
【１０８１】
本発明は、本発明の組成物の１以上の容器を含むキットも提供する。組成物は、個々の抗原が可能であるように、液体形態とすることができるか、あるいは凍結乾燥することができる。組成物のための適当な容器は、例えば、ビン、バイアル、シリンジおよび試験管を含む。容器は、ガラスまたはプラスチックを含めた種々の材料から形成することができる。容器は滅菌アクセスポートを有することができる（例えば、容器は皮下注射針によって刺すことができるストッパー有する静脈内溶液のバックまたはバイアルとすることができる）。組成物は、１以上のグラム陽性細菌ＡＩタンパク質を含む第一の成分を含むことができる。好ましくは、ＡＩタンパク質は表面ＡＩタンパク質である。好ましくは、ＡＩ表面タンパク質はオリゴマーまたはハイパーオリゴマー形態である。例えば、第一の成分はＧＢＳ抗原またはＧＡＳ抗原、あるいはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組合せを含む。好ましくは、該組合せはＧＢＳ  ８０を含む。好ましくは、ＧＢＳ  ８０はオリゴマーまたはハイパーオリゴマーの形態である。
【１０８２】
該キットは、さらに、リン酸緩衝化生理食塩水、リンゲル液、またはデキストロース溶液のような医薬上許容される緩衝液を含む第二の容器を含むことができる。それは、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針およびシリンジを含めた、最終ユーザーに有用な他の材料を含むこともできる。該キットはもう１つの活性な剤、例えば、抗生物質を持つ第二または第三の容器を含むこともできる。
【１０８３】
該キットは、Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅおよび／またはＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する免疫を誘導する方法のための、またはＳ．ａｇａｌａｃｔｉａｅおよび／またはＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を治療するための書面による指示書を含む添付文書を含むこともできる。該添付文書は認可されていない添付文書案とすることかでき、あるいは食品医薬品局（ＦＤＡ）または他の取り締まり当局によって認可された添付文書とすることができる。
【１０８４】
本発明は、本発明の免疫原性組成物を予め充填した送達デバイスも提供する。
【１０８５】
本発明は、有効量の本発明の組成物を投与する工程を含む、哺乳動物において免疫応答を生起させる方法も提供する。免疫応答は好ましくは保護的であり、好ましくは、抗体および／または細胞−媒介免疫を含む。この免疫応答は、好ましくは、１以上のＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に対する露出に際して迅速に応答することができる長く続く（例えば、中和）抗体および細胞媒介免疫を誘導するであろう。該方法はブースター応答を生起させることができる。
【１０８６】
本発明は、哺乳動物に、有効量の本発明の免疫原性組成物、本発明のワクチン、または本発明の免疫原性組成物を認識する抗体を投与する工程を含む、哺乳動物においてＧＢＳ、ＧＡＳ、またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を中和する方法を提供する。
【１０８７】
哺乳動物は好ましくはヒトである。ワクチンが予防的使用である場合、ヒトは好ましくは女性である（子供を持つ年齢またはティーンエイジャーいずれか）。あるいは、ヒトは高齢者であってよく（例えば、５０歳、５５歳、６０歳、６５歳、７０歳または７５歳の年齢を超える）、糖尿病または癌のような基本的な障害を有するものであってよい。ワクチンが治療的使用のためのものである場合、ヒトは好ましくは妊娠した女性または高齢の成人である。
【１０８８】
これらの使用および方法は、好ましくは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、またはＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによって引き起こされた障害の予防および／または治療用である。組成物は他のストレプトコッカス細菌に対しても効果的であり得る。組成物は他のグラム陽性細菌に対しても効果的であり得る。
【１０８９】
治療的処置の有効性をチェックする１つの方法は、本発明の組成物の投与後にグラム陽性細菌感染をモニターすることを含む。予防的処置の有効性をチェックする１つの方法は、本発明の組成物の投与後に該組成物におけるグラム陽性細菌抗原に対する免疫応答をモニターすることを含む。
【１０９０】
治療的処置の有効性をチェックする１つの方法は、本発明の組成物の投与後にＧＢＳ感染をモニターすることを含む。予防的処置の有効性をチェックする１つの方法は、本発明の組成物の投与後に該組成物におけるＧＢＳ抗原に対する免疫応答をモニターすることを含む。
【１０９１】
本発明の免疫原性組成物の成分タンパク質の免疫原性を評価する方法は、組換えによりタンパク質を発現させ、イムノブロッドによって患者の血清または粘膜分泌をスクリーニングすることである。タンパク質および患者血清の間の陽性反応は、患者が問題のタンパク質に対して免疫応答を従前に配置した、すなわち、タンパク質は免疫原であることを示す。この方法を用いて、免疫優性タンパク質および／またはエピトープを同定することもできる。
【１０９２】
治療的処置の有効性をチェックするもう１つの方法は、本発明の組成物の投与後にＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染をモニターすることを含む。予防的処置の有効性をチェックする１つの方法は、本発明の組成物の投与後に該組成物におけるＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に対する免疫応答を（ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａ生産のレベルをモニターするように）全身的に、および（ＩｇＡ生産のレベルをモニターするように）粘膜的にの双方でモニターすることを含む。典型的には、ＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清特異的抗体の応答は免疫後であるがチャレンジ前に測定され、他方、粘膜ＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的抗体の体応答は免疫後であってチャレンジ後に測定される。
【１０９３】
本発明のワクチン組成物は、宿主、例えば、ヒトへの投与に先立って、インビトロおよびインビボ動物モデルにおいて評価することができる。
【１０９４】
本発明の免疫原性組成物の有効性は、ＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の動物モデル、例えば、モルモットまたはマウスを免疫原性組成物でチャレンジすることによってインビボで測定することもできる。免疫原性組成物はチャレンジ血清型と同一の血清型に由来するものであってもなくてもよい。好ましくは、免疫原性組成物はチャレンジ血清型と同一の血清型から由来できる。より好ましくは、免疫原性組成物および／またはチャレンジ血清型は、ＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型の群に由来できる。
【１０９５】
インビボ有効性モデルは、限定されるものではないが、（ｉ）ヒトＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型を用いるマウス感染モデル；（ｉｉ）マウスにおいて特にビルレントである前記で概説した株のような、マウスに適合されたＧＢＳおよび／またはＧＡＳおよび／またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株を用いるマウスモデルであるマウス障害モデル、（ｉｉｉ）ヒトＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ単離体を用いる霊長類モデルを含む。
【１０９６】
免疫応答はＴＨ１免疫応答およびＴＨ２応答の一方または双方であり得る。
【１０９７】
免疫応答は改良された、または増強された、または改変された免疫応答であり得る。
【１０９８】
免疫応答は全身および粘膜免疫応答の一方または双方であり得る。
【１０９９】
好ましくは、免疫応答は増強された全身および粘膜応答である。
【１１００】
増強された全身および／または粘膜免疫性は、増強されたＴＨ１および／またはＴＨ２免疫応答において反映される。好ましくは、増強された免疫応答はＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ａおよび／またはＩｇＡの生産の増加を含む。
【１１０１】
好ましくは、粘膜免疫応答はＴＨ２免疫応答である。好ましくは、粘膜免疫応答はＩｇＡの生産の増加を含む。
【１１０２】
活性化されたＴＨ２細胞は抗体の生産を増強し、従って、細胞外感染に対して応答するのに価値がある。活性化されたＴＨ２細胞はＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０の１以上を分泌することができる。ＴＨ２免疫応答の結果、将来の保護のために、ＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよび記憶Ｂ細胞の生産をもたらし得る。
【１１０３】
ＴＨ２免疫応答は、（ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６およびＩＬ−１０のような）ＴＨ２免疫応答に関連するサイトカインの１以上の増加、またはＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡおよび記憶Ｂ細胞生産の増加の１以上を含むことができる。好ましくは、増強されたＴＨ２免疫応答はＩｇＧ１生産の増加を含むであろう。
【１１０４】
ＴＨ１免疫応答はＣＴＬの増加、（ＩＬ−２、ＩＦＮγおよびＴＮＦベータのような）ＴＨ１免疫応答に関連するサイトカインの１以上の増加、活性化されたマクロファージの増加、ＮＫ活性の増加、またはＩｇＧ２ａの生産の増加の１以上を含むことができる。好ましくは、増強されたＴＨ１免疫応答はＩｇＧ２ａ生産の増加を含むであろう。
【１１０５】
本発明の免疫原性組成物、特に、本発明の１以上のＧＡＳ抗原を含む免疫原性組成物は、単独で、あるいは所望によりＴｈ１および／またはＴｈ２応答を誘導することができる免疫調節剤と共に他のＧＡＳ抗原と組み合わせて用いることができる。
【１１０６】
本発明の組成物は、一般には、患者に直接投与されるであろう。ある種の経路は、より効果的な免疫応答、好ましくは、ＣＭＩ応答の発生をもたらすものとして、あるいは副作用を誘導することがあまりないように、または投与のために容易であるように、ある組成物で好都合であり得る。直接的送達は非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、皮内、静脈内、筋肉内、または組織の間質腔）によって、あるいは直腸、経口（例えば、錠剤、スプレー）、膣、局所、経皮（transdermal）（例えば、ＷＯ  ９９／２７９６１参照）または経皮（transcutaneous）（例えば、ＷＯ  ０２／０７４２４４およびＷＯ  ０２／０６４１６２参照）、鼻腔内（例えば、ＷＯ  ０３／０２８７６０参照）、眼、耳、肺または他の粘膜投与によって達成することができる。
【１１０７】
本発明を用いて、全身および／または粘膜粘液性を誘導することができる。
【１１０８】
１つの特に好ましい実施形態において、免疫原性組成物は、中和抗体応答を誘導する１以上のＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原、および細胞媒介免疫応答を誘導する１以上のＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を含む。このようにして、中和抗体応答は初期のＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を予防または阻害し、他方、増強されたＴｈ１細胞応答を誘導することができる細胞−媒介免疫応答は、ＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染のさらなる拡大を予防する。好ましくは、免疫原性組成物は１以上のＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ表面抗原および１以上のＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細胞質抗原を含む。好ましくは、免疫原性組成物は、１以上のＧＢＳまたはＧＡＳまたはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ表面抗原等、および、Ｔｈ１細胞応答を誘導できる細胞質抗原のような１または他の抗原を含む。
【１１０９】
投与処置は単一用量スケジュールまたは複数用量スケジュールであり得る。複数用量は、一次免疫スケジュールにおいて、および／またはブースター免疫スケジュールにおいて用いることができる。複数用量スケジュールにおいて、種々の用量は同一または異なる経路、例えば、非経口で一次、および粘膜でブースト、粘膜で一次、および非経口でブーストなどによって与えることができる。
【１１１０】
本発明の組成物は種々の形態で調製することができる。例えば、組成物は液状溶液または懸濁液いずれかとしての注射剤として調製することができる。注射に先立っての、液体ビヒクルにおける溶液または懸濁液に適した固体形態を調製することもできる（例えば、凍結乾燥した組成物）。組成物は、例えば、軟膏、クリームまたは粉末として局所投与のために調製することができる。組成物は、例えば、錠剤またはカプセル剤として、スプレーとして、あるいは（所望により香味を付した）シロップとして経口投与用に調製することができる。組成物は、微粉末またはスプレーを用いて、例えば、吸入剤として、肺投与のために調製することができる。組成物は坐薬またはペッサリーとして調製することができる。組成物は、例えば、点剤として、鼻、耳、または眼投与のために調製することができる。組成物は、組み合わされた組成物が患者への投与直前に再構成されるように設計されたキット形態とすることができる。そのようなキットは液体形態の１以上の抗原、および１以上の凍結乾燥された抗原を含むことができる。
【１１１１】
ワクチンとして用いられる免疫原性組成物は、免疫的に有効な量の抗原、ならびに必要であれば抗生物質のようないずれかの他の成分を含む。「免疫的に有効な量」とは、単一用量または一連の一部としてのいずれかでの個体へのその量の投与が、治療または予防で効果的であり、あるいは測定可能な免疫応答を増加させ、または臨床的症状を予防または低下させることを意味する。この量は治療すべき個体の健康および身体的条件、治療すべき個体（例えば、非−ヒト霊長類、霊長類など）の年齢、分類学的群、抗体を合成する個体の免疫系の能力、所望の保護の程度、ワクチンの処方、医療状況の治療する医師の評価、および他の関連因子に依存して変化する。該量は、ルーチン的試験を通じて決定することができる比較的広い範囲に入ると予測される。
【１１１２】
（組成物のさらなる成分）
本発明の組成物は、典型的には、前記した成分に加えて、組成物を受ける個体に有害な抗体の生産をそれ自体が誘導しないいずれの担体も含む１以上の「医薬上許容される担体」を含む。適当な担体は、典型的には、タンパク質、多糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマーアミノ酸、アミノ酸コポリマー、および（油滴またはリポソームのような）脂質凝集体のような大きくてゆっくりと代謝されるマクロ分子である。そのような担体は当業者によく知られている。ワクチンは水、生理食塩水、グリセロール等のような希釈剤を含むこともできる。加えて、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝性物質などのような補助的物質を存在させることができる。医薬上許容される賦形剤の徹底的な議論はＧｅｎｎａｒｏ（２０００）  Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ．２０ｔｈ  ｅｄ．，ＩＳＢＮ：０６８３３０６４７２において入手可能である。
【１１１３】
（アジュバント）
本発明のワクチンは他の免疫調節剤と組み合わせて投与することができる。特に、組成物は通常はアジュバントを含むであろう。本発明で用いるアジュバントは、限定されるものではないが、以下に記載された１以上を含む。
【１１１４】
Ａ．ミネラル含有組成物
本発明においてアジュバントとして用いるのに適したミネラル含有組成物は、アルミニウム塩およびカルシウム塩のようなミネラル塩を含む。本発明は水酸化物（例えば、オキシ水酸化物）、リン酸塩（例えば、ヒドロキシリン酸塩、オルトリン酸塩）、硫酸塩などのようなミネラル塩（例えば、Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ．．．（１９９５）  ｅｄｓ．Ｐｏｗｅｌｌ  ＆  Ｎｅｗｍａｎ．ＩＳＢＮ：０３０６４４８６７Ｘ  Ｐｌｅｎｕｍの第８および９章参照）、または異なるミネラル化合物の混合物（例えば、必要に応じてリン酸塩が過剰の、リン酸塩および水酸化物アジュバントの混合物）を含む（化合物はいずれかの適当な形態（例えば、ゲル、結晶、アモルファスなど）を取り、および塩への吸着が好ましい）。ミネラル含有組成物は金属塩の粒子として処方することもできる（ＷＯ  ００／２３１０５）。
【１１１５】
アルミニウム塩は、Ａｌ３＋の量が用量当たり０．２および１．０ｍｇの間であるように本発明のワクチンに含めることができる。
【１１１６】
Ｂ．油−エマルジョン
本発明においてアジュバントとして用いるのに適した油−エマルジョン組成物はＭＦ５９のようなスクワレン−水エマルジョンを含む（マイクロフルイダイザーを用いてサブミクロン粒子に処方された５％スクワレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ  ８０、および０．５％Ｓｐａｎ  ８５）。ＷＯ  ９０／１４８３７参照。また、Ｐｏｄｄａ，“Ｔｈｅ  ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅｓ  ｗｉｔｈ  ｎｏｖｅｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ：  Ｅｘｐｅｒｉｅｎｓｅ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ＭＦ５９−ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｖａｃｃｉｎｅ”，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００１）  １９：２６７３−２６８０；Ｆｒｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓａｆｅｔｙ，ｔｏｌｅｒａｂｉｌｉｔｙ，ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ａ  ＭＦ５９−ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｎｄ  ａ  ｎｏｎ−ａｄｊｕｖａｎｔｅｄ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｃｅ  ｉｎ  ｎｏｎ−ｅｌｄｅｒｌｙ  ａｄｕｌｔｓ”，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）  ２１：４２３４−４２３７参照。ＭＦ５９はＦＬＵＡＤＴＭインフルエンザウイルス三価サブユニットワクチンにおいてアジュバントとして用いられる。
【１１１７】
組成物で用いられる特に好ましいアジュバントはサブミクロン水中油型エマルジョンである。ここに用いられる好ましいサブミクロン水中油型エマルジョンは、４ないし５％ｗ／ｖスクワレン、０．２５ないし１．０％ｗ／ｖ  Ｔｗｅｅｎ  ８０ＴＭ（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート）、および／または０．２５ないし１．０％Ｓｐａｎ  ８５ＴＭ（ソルビタントリオレエート）および、所望により、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ（huydroxyphosphophoryloxy））−エチルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）を含有するサブミクロン水中油型エマルジョン、例えば、「ＭＦ５９」（ここに参考としてその全体を援用する国際公開番号ＷＯ  ９０／１４８３７；米国特許第６，２９９，８８４号および第６，４５１，３２５号；およびＯｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，“ＭＦ５９−−Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  Ｓａｆｅ  ａｎｄ  Ｐｏｔｅｎｔ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ”  ｉｎ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐｏｗｅｌｌ，Ｍ．Ｆ．ａｎｄ  Ｎｅｗｍａｎ，Ｍ．Ｊ．ｅｄｓ．）Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９５，ｐｂ．２７７−２９６）として知られたサブミクロン水中油型エマルジョンのようなＭＴＰ−ＰＥの種々の量を所望により含有するスクワレン／水エマルジョンである。ＭＰ５９は、４ないし５％ｗ／ｖのスクワレン（例えば、４．３％）、０．２５ないし０．５％ｗ／ｖのＴｗｅｅｎ  ８０ＴＭ、および０．５％ｗ／ｖ  Ｓｐａｎ  ８５ＴＭを含有し、所望により、種々の量のＭＴＰ−ＰＥを含有し、モデル１１０Ｙマイクロフルイダイザー（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ，Ｎｅｗｔｏｎ，ＭＡ）のようなマイクロフルイダイザーを用いてサブミクロン粒子に処方されている。例えば、ＭＴＰ−ＰＥは約０ないし５００μｇ／用量、より好ましくは０ないし２５０μｇ／用量、最も好ましくは０ないし１００μｇ／用量の量で存在させることができる。本明細書中で用いるように、用語「ＭＦ５９−０」とは、ＭＴＰ−ＰＥを欠く前記サブミクロン水中油型エマルジョンをいい、他方、用語ＭＦ５９−ＭＴＰは、ＭＴＰ−ＰＥを含有する処方を示す。例えば、「ＭＦ５９−１００」は用量当たり１００μｇのＭＴＰ−ＰＥを含有する、等。ここに用いられるＭＦ６９、もう１つのサブミクロン水中油型エマルジョンは４．３％ｗ／ｖスクワレン、０．２５％ｗ／ｖ  Ｔｗｅｅｎ  ８０ＴＭ、および０．７５％ｗ／ｖのＳｐａｎ  ８５ＴＭおよび、所望により、ＭＴＰ−ＰＥを含有する。なおもう１つのサブミクロン水中油型エマルジョンは、サブミクロンエマルジョンにやはりマイクロフルイダイズされた、１０％スクワレン、０．４％Ｔｗｅｅｎ  ８０ＴＭ、５％プルロニック−ブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含有する、ＳＡＦとしても知られたＭＦ７５である。ＭＦ７５−ＭＴＰは、用量当たり１００ないし４００μｇのＭＴＰ−ＰＥのようなＭＴＰを含むＭＦ７５処方を示す。
【１１１８】
組成物で用いられる、サブミクロン水中油型エマルジョン、その製造方法、およびムラミルペプチドのような免疫刺激剤は、ここに参考としてその全体を援用する、国際公開番号ＷＯ  ９０／１４８３７および米国特許第６，２９９，８８４号および第６，４５１，３２５号に詳細に記載されている。
【１１１９】
フロイントの完全アジュバント（ＣＦＡ）およびフロイントの不完全アジュバント（ＩＦＡ）も本発明でアジュバントとして用いることもできる。
【１１２０】
Ｃ．サポニン処方物
サポニン処方物も本発明においてアジュバントとして用いることができる。サポニンは広い範囲の植物種の樹皮、葉、幹、根および花においてさえ見出されるステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの異種群である。Ｑｕｉｌｌａｉａ  ｓａｐｏｎａｒａ  Ｍｏｌｉｎａ樹木の樹皮からのサポニンは広くアジュバントとして研究されてきた。サポニンは、商業的には、Ｓｍｉｌａｘ  ｏｒｎａｔａ（サルサパリラ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ  ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（ブライドベール）、およびＳａｐｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（ソープルート）から得ることもできる。サポニンアジュバント処方物は、ＱＳ２１のような精製された処方物、ならびにＩＳＣＯＭのような脂質処方物を含む。
【１１２１】
サポニン組成物は高速薄層クロマトグラフィー（ＨＰ−ＬＣ）および逆相高速液体クロマトグラフィー（ＲＰ−ＨＰＬＣ）を用いて精製されてきた。これらの技術を用いる特定の精製された画分が同定されており、ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−ＢおよびＱＨ−Ｃを含む。好ましくは、サポニンはＱＳ２１である。ＱＳ２１の生産方法は米国特許第５，０５７，５４０号に開示されている。サポニン処方物はコレステロールのようなステロールを含むこともできる（ＷＯ９６／３３７３９参照）。
【１１２２】
サポニンおよびコレステロールの組み合わせを用いて、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれるユニークな粒子を形成することができる。ＩＳＣＯＭは、典型的には、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンのようなリン脂質も含む。いずれの公知のサポニンもＩＳＣＯＭで用いることができる。特に、ＩＳＣＯＭはＱｕｉｌ  Ａ、ＱＨＡおよびＱＨＣの１以上を含む。ＩＳＣＯＭはさらにＥＰ０１０９９４２、ＷＯ  ９６／１１７１１およびＷＯ  ９６／３３７３９に記載されている。所望により、ＩＳＣＯＭＳはさらなる洗剤を欠くことができる。ＷＯ  ００／０７６２１参照。
【１１２３】
サポニンベースのアジュバントの開発のレビューはＢａｒｒ，ｅｔ  ａｌ．，“ＩＳＣＯＭｓ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ｓａｐｏｎｉｎ  ｂａｓｅｄ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ”，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（１９９８）  ３２：２４７−２７１で見出すことができる。また、Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｕｐｔａｋｅ  ａｎｄ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ｏｒａｌｌｙ  ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ  ｓａｐｏｎｉｎ  ａｎｄ  ＩＳＣＯＭ  ｖａｃｃｉｎｅｓ”，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ（１９９８）  ３２：３２１−３３８も参照。
【１１２４】
Ｄ．ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）
ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）は本発明においてアジュバントとして用いることもできる。これらの構造物は、一般には、所望により、リン脂質と組み合わせた、またはそれと共に処方されたウイルスからの１以上のタンパク質を含有する。それらは一般には非−病原性であり、非−複製性であって、一般には、天然ウイルスゲノムのいずれも含まない。ウイルスタンパク質は組換えにより生産することができ、あるいは全ウイルスから単離することができる。ビロソームまたはＶＬＰで用いるのに適したこれらのウイルスタンパク質は（ＨＡまたはＮＡのような）インフルエンザウイルス、（コアまたはキャプシドタンパク質のような）Ｂ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、麻疹ウイルス、シンドビスウイルス、ロタウイルス、口蹄疫ウイルス、レトロウイルス、ノルワークウイルス、ヒトパピローマーウイルス、ＨＩＶ、ＲＮＡ−ファージ、（コートタンパク質のような）Ｑβ−ファージ、ＧＡ−ファージ、ｆｒ−ファージ、ＡＰ２０５ファージ、および（レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１のような）Ｔｙに由来するタンパク質を含む。ＶＬＰはさらにＷＯ  ０３／０２４４８０、ＷＯ  ０３／０２４４８１、およびＮｉｉｋｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｅ  Ｖｉｒｕｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ  ａｓ  ａｎ  Ｏｒａｌ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｖｅｈｉｃｌｅ  Ｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇ  Ｆｏｒｅｉｇｎ  Ｅｐｉｔｏｐｅｓ”，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００２）  ２９３：２７３−２８０；Ｌｅｎｚ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐａｐｉｌｌｏｍａｒｉｖｕｒｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ  Ｉｎｄｕｃｅ  Ａｃｃｕｔｅ  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  Ｃｅｌｌｓ”，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００１）  ５２４６−５３５５；Ｐｉｎｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ（ＨＰＶ）−１６  Ｌ１  Ｈｅａｌｔｈｙ  Ｖｏｌａｎｔｉｅｅｒｓ  Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ  ｗｉｌｌ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＨＰＶ−１６  Ｌ１  Ｖｉｒｕｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｕｃｌｅｓ”，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｅｓｅａｓｅｓ（２００３）  １８８：３２７−３３８；およびＧｅｒｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｒｉｕｓ  Ｖｉｒｕｓ−Ｌｉｋｅ  Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ  Ａｒｅ  Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  Ｏｒａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｓ  ｗｈｅｎ  Ｃｏａｄｍｉｎｓｔｅｒｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｈｅａｔ  Ｌａｂｉｌｅ  Ｅｎｔｅｒｔｏｘｉｎ  Ｍｕｔａｎｔ  Ｒ１９２Ｇ  ｏｒ  ＣｐＧ”，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｌｏｌｏｇｙ（２００１）  ７５（１０）：４７５２−４７６０に議論されている。ビロソームは、さらに、例えば、Ｇｌｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｎｅｗ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｐｌａｔｆｏｒｍｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｆｕｔｕｒｅ”，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００２）  ２０：Ｂ１０−Ｂ１６に議論されている。免疫増強再構成インフルエンザビロソーム（ＩＲＩＶ）は鼻腔内三価ＩＮＦＬ���ＸＡＬＴＭ製品｛Ｍｉｓｃｈｌｅｒ  ＆  Ｍｅｔｃａｌｆｅ（２００２）  Ｖａｃｃｉｎｅ  ２０  Ｓｕｐｐｌ  ５：Ｂ１７−２３｝およびＩＮＦＬＵＶＡＣ  ＰＬＵＳＴＭ製品においてサブユニット抗原送達系として用いられる。
【１１２５】
Ｅ．細菌または微生物誘導体
本発明で用いるのに適したアジュバントは以下のような細菌または微生物誘導体を含む：
（１）腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非−毒性誘導体
そのような誘導体はＭｏｎｏｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌ脂質Ａ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）を含む。３ｄＭＰＬは３脱−Ｏ−アシル化モノホスホリル脂質Ａと４，５または６アシル化鎖との混合物である。３脱−Ｏ−アシル化モノホスホリル脂質Ａの好ましい「小粒子」形態はＥＰ  ０  ６８９４５４に開示されている。３ｄＭＰＬのそのような「小粒子」は、０．２２ミクロン膜を通って滅菌濾過されるのに十分小さい（ＥＰ  ０  ６８９  ４５４参照）。他の非−毒性ＬＰＳ誘導体はアミノアルキルグルコサミニドリン酸誘導体、例えば、ＲＣ−５２９のようなモノホスホリル脂質Ａミミックを含む。Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）  Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ  ９：２２７３−２２７８参照。
【１１２６】
（２）脂質Ａ誘導体
脂質Ａ誘導体はＯＭ−１７４のようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉからの脂質Ａの誘導体を含む。ＯＭ−１７４は、例えば、Ｍｅｒａｌｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，“ＯＭ−１７４，ａ  Ｎｅｗ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ｗｉｔｈ  ａ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｕｓｅ，Ｉｎｄｕｃｅｓ  ａ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｗｉｔｈ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｃ−Ｔｅｒｍｉｎａｌ  Ｆｒａｇｍｅｎｔ  ２４２−３１０  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  ｃｉｒｃｕｍｓｐｏｒｏｚｏｉｔｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｏｆ  Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｂｅｒｇｈｅｉ”，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）  ２１：２４８５−２４９１；およびＰａｊａｋ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｈｅ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ＯＭ−１７４  ｉｎｄｕｃｅｓ  ｂｏｔｈ  ｔｈｅ  ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｕｒｉｎｅ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ｖｉｖｏ”，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００３）  ２１：８３６−８４２に記載されている。
【１１２７】
（３）免疫刺激オリゴヌクレオチド
本発明においてアジュバントとして用いられるのに適した免疫刺激オリゴヌクレオチドは、ＣｐＧモチーフ（非メチル化シトシン、続いて、グアノシンを含有し、リン酸結合によって連結された配列）を含有するヌクレオチド配列を含む。回文またはポリ（ｄＧ）配列を含む細菌二本鎖ＲＮＡまたはオリゴヌクレオチドもまた免疫刺激性であることが示されている。
【１１２８】
ＣｐＧはホスホロチオエート修飾のようなヌクレオチド修飾／アナログを含むことができ、二本鎖または一本鎖であり得る。所望により、グアノシンは２’−デオキシ−７−デアザグアノシンのようなアナログで置き換えることができる。Ｋａｎｄｉｍａｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｍｏｔｉｆ  ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｐａｔｔｅｒｎ：ｄｅｓｉｇｎ＆ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ｐｏｔｅｎｔ  ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｏｒｙ  ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ａｇｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ”，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２００３）  ３１（９）：２３９３−２４００；例えば可能なアナログ置換のＷＯ  ０２／２６７５７およびＷＯ  ９９／６２９２３参照。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、さらに、Ｋｒｉｅｇ，“ＣｐＧ  ｍｏｔｉｆｓ：ｔｈｅ  ａｃｔｉｖｅ  ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔ  ｉｎ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｅｘｔｒａｃｔｓ？”，Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２００３）９（７）：８３１−８３５；ＭｃＣｌｕｓｋｉｅ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  ａｎｄ  ｍｕｃｏｓａｌ  ｐｒｉｍｅ−ｂｏｏｓｔ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｉｎ  ｍｉｃｅ  ｗｉｔｈ  ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｂ  ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｔｉｇｅｎ  ａｎｄ  ＣｂＧ  ＤＮＡ”，ＦＥＭＳ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（２００２）  ３２：１７９−１８５；ＷＯ  ９８／４０１００；米国特許第６，２０７，６４６号；米国特許第６，２３９，１１６号および米国特許第６，４２９，１９９号に議論されている。
【１１２９】
ＣｐＧ配列はモチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴのようなＴＬＲ９に向けることができる。Ｋａｎｄｉｍａｌａ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ９：Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｂｙ  ｎｏｖｅｌ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ＣｐＧ  ＤＮＡＳ”，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ（２００３）  ３１（ｐａｒｔ  ３）：６５４−６５８参照。ＣｐＧ配列はＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮのようにＴｈ１免疫応答を誘導するのに特異的であり得、あるいはそれはＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮのようにＢ細胞応答を誘導するのにより特異的であり得る。ＣｐＧ−ＡおよびＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮはＢｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｔ  ａｌ．，“ＣｐＧ−Ａ−Ｉｎｄｕｃｅｄ  Ｍｏｎｏｃｙｔｅ  ＩＦＮ−ｇａｍｍａ−Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ−１０  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｉｓ  Ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｂｙ  Ｐｌａｓｍａｃｙｔｏｉｄ  Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ  Ｄｅｒｉｖｅｄ  ＩＦＮ−ａｌｐｈａ”，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２００３）  １７０（８）：４０６１−４０６８；Ｋｒｉｅｇ，“Ｆｒｏｍ  Ａ  ｔｏ
Ｚ  ｏｎ  ＣｐＧ”，ＴＲＥＮＤＳ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００２）  ２３（２）：６４−６５およびＷＯ  ０１／９５９３５に議論されている。好ましくは、ＣｐＧはＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮである。
【１１３０】
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’末端は受容体認識のためにアクセス可能であるように構築される。所望により、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列はそれらの３’末端で結合させて、「イミュノマー（immunomer）」を形成することができる。例えば、Ｋａｎｄｉｍａｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ｉｎ  ＣｐＧ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｆｆｅｃｔ  ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ａｃｔｉｖｉｔｙ”，ＢＢＲＣ（２００３）３０６：９４８−９５３；Ｋａｎｄｉｍａｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ９：ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｂｙ  ｎｏｖｅｌ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ＧｐＧ  ＤＮＡｓ”，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ（２００３）  ３１（ｐａｒｔ  ３）：６６４−６５８；Ｂｈａｇａｔ  ｅｔ  ａｌ．，“ＣｐＧ  ｐｅｎｔａ−ａｎｄ  ｈｅｘａｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｓ  ｐｏｔｅｎｔ  ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｏｒｙ  ａｇｅｎｔｓ”  ＢＢＲＣ（２００３）  ３００：８５３−８６１およびＷＯ  ０３／０３５８３６参照。
【１１３１】
（４）ＡＤＰ−リボシル化トキシンおよびその解毒された誘導体
細菌ＡＤＰ−リボシル化トキシンおよびその解毒された誘導体は本発明においてアジュバントとして用いることができる。好ましくは、タンパク質はＥ．ｃｏｌｉ（すなわち、Ｅ．ｃｏｌｉ加熱不安定エンテロトキシン“ＬＴ”）、コレラ（“ＣＴ”）、または百日咳（“ＰＴ”）に由来する。粘膜アジュバントとしての解毒されたＡＤＰ−リボシル化トキシンの使用はＷＯ  ９５／１７２１１に記載されており、非経口アジュバントとしての使用はＷＯ  ９８／４２３７５に記載されている。好ましくは、アジュバントはＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２およびＬＴＲ  １９２Ｇのような解毒されたＬＴ変異体である。アジュバントとしてのＡＤＰ−リボシル化トキシンおよびその解毒された誘導体、特に、ＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２の使用は、その各々が参考としてその全体が本明細書に明確に援用される以下の文献に見出すことができる：Ｂｅｉｇｎｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｈｅ  ＬＴＲ７２  Ｍｕｔａｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｒｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｅｎｈａｎｃｅｓ  ｔｈｅ  Ａｂｉｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｔｏ  Ｅｌｉｃｉｔ  ＣＤ４＋  Ｔ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｓｅｃｒｅｔｅ  Ｇａｍｍａ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ａｆｔｅｒ  Ｃｏａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｎｔｏ  Ｂａｒｅ  Ｓｋｉｎ”，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２００２）  ７０（６）：３０１２−３０１９；Ｐｉｚｚａ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｍｕｃｏｓａｌ  ｖａｃｃｉｎｅｓ：ｎｏｎ  ｔｏｘｉｃ  ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ  ｏｆ  ＬＴ  ａｎｄ  ＣＴ  ａｓ  ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ”，Ｖａｃｃｉｎｅ（２００１）  １９：２５３４−２５４１；Ｐｉｚｚａ，ｅｔ  ａｌ，“ＬＴＫ６３  ａｎｄ  ＬＴＲ７２，ｔｗｏ  ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｒｅａｄｙ  ｆｏｒ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｒｉａｌｓ”  Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（２０００）  ２９０（４−５）：４５５−４６１；Ｓｃｈａｒｔｏｎ−Ｋｅｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ  Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ＡＤＰ−Ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｎｇ  Ｅｘｏｔｏｘｉｎｓ，Ｓｕｂｕｎｉｔｓ  ａｎｄ  Ｕｎｒｅｌａｔｅｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔｓ”，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２０００）  ６８（９）：５３０６−５３１３；Ｒｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｈｅａｒｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｔｏｘｉｎ  Ａｃｔ  ａｓ  Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ  Ｍｕｃｏｓａｌ  Ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｎａｓａｌ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ａｎ  Ａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ  Ｖａｃｃｉｎｅ：  Ｄｅｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｏｎｔｏｘｉｃ  ＡＢ  Ｃｏｍｐｌｅｘ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｎ  Ｔｈ１  ａｎｄ  Ｔｈ２  Ｃｅｌｌｓ”  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９９）６７（１２）：６２７０−６２８０；Ｐａｒｔｉｄｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｈｅａｒｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｓｉｔｅ���ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｍｕｔａｎｔ  ＬＴＫ６３−ｅｎｈａｎｃｅ  ｔｈｅ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  ｉｎｔｒａｎａｓａｌｌｙ  ｃｏ−ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ”，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｌｅｔｔ．（１９９９）  ６７（３）：２０９−２１６；Ｐｅｐｐｏｌｏｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｈｅａｒｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ａｓ  ｓａｆｅ  ａｎｄ  ｓｔｒｏｎｇ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｆｏｒ  ｉｎｔｒａｎａｓａｌ  ｄｅｒｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｖａｃｃｉｎｅｓ”  Ｖａｃｃｉｎｅｓ（２００３）  ２（２）：２８５−２９３；およびＰｉｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，（２００２）“Ｉｎｔｒａｎａｓａｌ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｎｄ  ａ  ｄｅｔｏｘｉｆｉｅｄ  ｍｕｔａｎｔ  ｏｆ  ｈｅａｔ  ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｆｒｏｍ  Ｅｃｓｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（ＬＴＫ６３）”  Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｒｅｌｅａｓｅ（２００２）  ８５（１−３）：２６３−２７０。アミノ酸置換についての数字の言及は、好ましくは、本明細書に参考としてその全体が明確に援用される、Ｄｏｍｅｎｉｇｈｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｉｒｏｂｉｏｌ（１９９５）１５（６）：１１６５−１１６７に記載されたＡＤＰ−リボシル化トキシンのＡおよびＢサブユニットの整列に基づく。
【１１３２】
Ｆ．バイオ接着剤およびムコ接着剤
バイオ接着剤およびムコ接着剤を本発明においてアジュバントとして用いることもできる。適当なバイオ接着剤はエステル化されたヒアルロン酸マイクロスフィアー（Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）  Ｊ．Ｃｏｎｔ．Ｒｅｌｅ．７０：２６７−２７６）、あるいはポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖、およびカルボキシメチルセルロースの架橋された誘導体のような、ムコ接着剤を含む。キトサンおよびその誘導体を本発明のアジュバントとして用いることもできる。例えば、ＷＯ  ９９／２７９６０。
【１１３３】
Ｇ．ミクロ粒子
ミクロ粒子を本発明においてアジュバントとして用いることもできる。ミクロ粒子（すなわち、直径が約１００ｎｍないし約１５０μｍ、より好ましくは直径が約２００ｎｍないし約３０μｍ、最も好ましくは直径が約５００ｎｍないし約１０μｍの粒子）は、生分解性で非毒性である物質（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリアンヒドリド、ポリカプロラクトンなど）から形成され、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）が好ましく、所望により、（例えば、ＳＤＳで）負に荷電した表面、あるいは（例えば、ＣＴＡＢのようなカチオン性洗剤で）正に荷電した表面を有するように処理されている。
【１１３４】
Ｈ．リポソーム
アジュバントとして用いるのに適したリポソーム処方物の例は、米国特許第６，０９０，４０６号、米国特許第５，９１６，５８８号、およびＥＰ  ０  ６２６  １６９に記載されている。
【１１３５】
Ｉ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステル処方物
本発明で用いるのに適したアジュバンドは、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルを含む。ＷＯ  ９９／５２５４９。そのような処方物はさらに、オクトキシノールと組み合わせたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（ＷＯ  ０１／２１２０７）、ならびにオクトキシノールのような少なくとも一つのさらなる非−イオン性界面活性剤と組み合わせたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性剤（ＷＯ  ０１／２１１５２）を含む。
【１１３６】
好ましいポリオキシエチレンエーテルは以下の群：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ｌａｕｒｅｔｈ  ９）、ポリオキシエチレン−９−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−８−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエ−テルから選択される。
【１１３７】
Ｊ．ポリホスファゼン（ＰＣＰＰ）
ＰＣＰＰ処方物は、例えば、Ａｎｄｒｉａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｙｄｒｏｇｅｌ  ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓ  ｂｙ  ｃｏａｃｅｒｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｑｕｅｏｕｓ  ｐｏｌｙｐｈｏｐｈａｚｅｎｅ  ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ”，  Ｂｉｏｍａｔｈｅｒｉａｌｓ（１９９８）  １９（１−３）：１０９−１１５およびＰａｙｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ｆｒｏｍ  Ｐｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｚｅｎｅ  Ｍａｔｒｉｃｅｓ”，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗ（１９９８）３１（３）：１８５−１９６に記載されている。
【１１３８】
Ｋ．ムラミルペプチド
本発明においてアジュバンドとして用いるのに適したムラミルペプチドの例はＮ−アセチル−ムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−ｌ−アラニル−ｄ−イソグルタミン（ノル−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−ｌ−アラニル−ｄ−イソグルタミニル−ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミン  （ＭＴＰ−ＰＥ）を含む。
【１１３９】
Ｌ．イミダゾキノロン化合物
本発明でアジュバントとして用いるのに適したイミダゾキノロン化合の例は、さらに、Ｓｔａｎｌｅｙ，“Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｉｍｉｄａｚｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅｓ：  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ａｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｈｅｒａｐｉｕｔｉｃ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ”  Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｄｅｒｍａｔｏｌ（２００２）  ２７（７）：５７１−５７７およびＪｏｎｅｓ，“Ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ  ３Ｍ”，Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  Ｄｒｕｇｓ（２００３），４（２）：２１４−２１８に記載されている、Ｉｍｉｑｕａｍｏｄおよびそのホモログを含む。
【１１４０】
本発明は、前記で同定されたアジュバントの１以上の態様の組合せも含むことができる。例えば、以下のアジュバント組成物を本発明で用いることができる：
（１）サポニンおよび水中油型エマルジョン（ＷＯ  ９９／１１２４１）；
（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非−毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）（ＷＯ  ９４／００１５３参照）；
（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非−毒性ＬＰＳ誘導体（３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；
（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（所望により＋ステロール）（ＷＯ  ９８／５７６５９）；
（５）例えば、ＱＳ２１および／または水中油型エマルジョンと３ｄＭＰＬの組合せ（欧州特許出願０８３５３１８、０７３５８９８および０７６１２３１参照）；
（６）サブミクロンエマルジョンにマイクロフルイダイズされたかまたはボルテックスして（vortex）より大きな粒子サイズエマルジョンを生じさせた、１０％スクワレン、０．４％Ｔｗｅｅｎ  ８０、５％プルロニック−ブロックポリマーＬ  １２１およびｔｈｒ−ＭＤＰを含有するＳＡＦ；
（７）２％スクワレン、０．２％Ｔｗｅｅｎ  ８０、ならびにモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群からの１以上の細菌細胞壁成分、好ましくはＭＰＬ＋ＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ  ＴＭ）を含有するＲｉｂｉＴＭアジュバントシステム（ＲＡＳ）（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；
（８）（アルミニウム塩のような）１以上のミネラル塩＋（３ｄＰＭＬのような）ＬＰＳの非毒性誘導体；
（９）（アルミニウム塩のような）１以上のミネラル塩＋（ＣｐＧモチーフを含めたヌクレオチド配列のような）免疫刺激オリゴヌクレオチド。組合せ番号（９）が好ましいアジュバント組合せである。
【１１４１】
Ｍ．ヒト免疫モジュレーター
本発明においてアジュバントと用いるのに適したヒト免疫モジュレーターは、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２など）、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子のようなサイトカインを含む。
【１１４２】
アルミニウム塩およびＭＦ５９は注射インフルエンザワクチンで用いる好ましいアジュバントである。細菌トキシンおよびバイオ接着剤は、鼻ワクチンのような粘膜送達ワクチンで用いるための好ましいアジュバントである。
【１１４３】
本発明の免疫原性組成物は、抗生物質治療養生法と組み合わせて投与することができる。１つの実施形態において、抗生物質は、本発明の抗原、または本発明の１以上の抗原を含む組成物の投与に先立って投与される。
【１１４４】
もう１つの実施形態において、抗生物質は、本発明の１以上の抗原、または本発明の１以上の抗原を含む組成物の投与に引き続いて投与される。本発明のＳｔｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ感染の治療で用いるのに適した抗生物質の例は、限定されるものではないが、ペニシリンまたはその誘導体、あるいはクリンダマイシンなどを含む。
【１１４５】
（さらなる抗原）
本発明の組成物は、さらに、ＡＩと関連しない１以上のさらなるグラム陽性細菌抗原を含むことができる。好ましくは、ＡＩに関連しないグラム陽性細菌抗原は、１を超える血清型または株単離体にわたる保護を提供することができる。例えば、第一の非−ＡＩ抗原は第二の非−ＡＩ抗原のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％（すなわち、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％）相同であり、第一および第二の非−ＡＩ抗原はグラム陽性細菌の異なる血清型のゲノムに由来する、第一の非−ＡＩ抗原をさらに組成物に含めることができる。第一の非−ＡＩ抗原は、第一の非−ＡＩ抗原、第二の非−ＡＩ抗原および第三の非−ＡＩ抗原がグラム陽性細菌の異なる血清型のゲノムに由来するように、第三の非−ＡＩ抗原のアミノ酸配列に対しても相同であり得る。第一の非−ＡＩ抗原は、第一の非−ＡＩ抗原、第二の非−ＡＩ抗原、第三の非−ＡＩ抗原、および第四の非−ＡＩ抗原がグラム陽性細菌の異なる血清型のゲノムに由来するように、第四の非−ＡＩ抗原のアミノ酸配列に対しても相同であり得る。
【１１４６】
第一の非−ＡＩ抗原はＧＢＳ  ３２２であり得る。血清型Ｉａ、Ｉｂ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＶおよびＶＩＩＩからのＧＢＳ株にわたるＧＢＳ  ３２２のアミノ酸配列は９０％を超える。あるいは、第一の非−ＡＩ抗原はＧＢＳ  ２７６であり得る。血清型Ｉａ、Ｉｂ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＶおよびＶＩＩＩからのＧＢＳ株にわたるＧＢＳ  ２７６のアミノ酸配列は９０％よりも大きい。表１３は、異なるＧＢＳ株および血清型にわたるＧＢＳ  ３２２およびＧＢＳ  ２７６のパーセントアミノ酸配列同一性を供する。
【１１４７】
【表１３】
2011206061.tif 000338
例として、ＡＩ抗原ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  ８０、およびＧＢＳ  １０４と組み合わせて、非−ＡＩタンパク質ＧＢＳ  ３２２を含めることは、能動先天性免疫アッセイにおける新生マウスに対する保護を提供した。
【１１４８】
【表１４】
2011206061.tif 000339
事実、非−ＡＩ  ＧＢＳ  ３２２抗原は、それ自体、能動先天性免疫アッセイにおいて新生マウスに対する保護を供することができる。
【１１４９】
【表１６】
2011206061.tif 000340
かくして、本発明の免疫原性組成物に非−ＡＩタンパク質を含めると、増大した哺乳動物の保護を供することができる。
【１１５０】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ  ＡＩポリペプチドを含む免疫原性組成物は、さらに、（ａ）ＷＯ  ０２／０７７０２１または２００５年４月２０日に出願された米国仮出願      （代理人書類番号００２４４１．００１５４）に開示されたＳＰタンパク質抗原のいずれか、（２）少なくとも７つの連続アミノ酸を含む抗原の免疫原性部分、（３）免疫原性を保有し、かつこれらのＳＰタンパク質抗原に対して少なくとも９５％同一（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または９９．５％同一）であるアミノ酸配列を含むタンパク質、および（４）（１）ないし（３）を含むハイブリッドＳＰタンパク質抗原を含む融合タンパク質、を含む二次的ＳＰタンパク質抗原を含み得る。
【１１５１】
あるいは、本発明は、第一および第二のグラム陽性細菌非−ＡＩタンパク質を含む免疫原性組成物を含むことができ、ここに、第一の非−ＡＩタンパク質の配列をコードするポリヌクレオチド配列は、第二の非−ＡＩタンパク質のゲノムにおける対応する配列に９０％未満（すなわち、９０、８８、８６、８４、８２、８１、７８、７６、７４、７２、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５または３０パーセント未満）相同である。
【１１５２】
本発明の組成物は、さらに、さらなる細菌、ウイルスまたは寄生虫抗原を含めた１以上のさらなる非−グラム陽性細菌抗原を含むことができる。本発明の組成物は、さらに、さらなる細菌、ウイルスまたは寄生虫抗原を含めた１以上のさらなる非−ＧＢＳ抗原を含むことができる。
【１１５３】
もう１つの実施形態では、本発明のＧＢＳ抗原組合せは、高齢者または免疫無防備状態の個人を保護するように設計されたワクチンで用いるのに適した１以上のさらなる非−ＧＢＳ抗原と組み合わされる。例えば、ＧＢＳ抗原組合せは、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ、インフルエンザ、およびパラインフルエンザウイルス（「ＰＩＶ」）よりなる群に由来する抗原と組み合わせることができる。
【１１５４】
糖類または炭水化物抗原を用いる場合、それは好ましくは担体タンパク質にコンジュゲートして、免疫原性を増強させる｛例えば、Ｒａｍｓａｙ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）  Ｌａｎｃｅｔ  ３５７（９２５１）：１９５−１９６；Ｌｉｎｄｂｅｒｇ（１９９９）  Ｖａｃｃｉｎｅ  １７  Ｓｕｐｐｌ  ２：Ｓ２８−３６；Ｂｕｔｔｅｒｙ  ＆  Ｍｏｘｏｎ（２０００）  Ｊ  Ｒ  Ｃｏｌｌ  Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ  Ｌｏｎｄ  ３４：１６３−１６８；Ａｈｍａｄ  ＆  Ｃｈａｐｎｉｃｋ（１９９９）  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  Ｃｌｉｎ  Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ  １３：１１３−１３３，ｖｉｉ．；Ｇｏｌｄｂｌａｔｔ（１９９８）  Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４７：５６３−５６７；欧州特許０  ４７７  ５０８；米国特許第５，３０６，４９２号；国際特許出願ＷＯ  ９８／４２７２１；Ｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ（ｅｄｓ．Ｃｒｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．）ＩＳＢＮ  ３８０５５４９３２６、特にｖｏｌ．１０：４８ないし１１４；およびＨｅｒｍａｎｓｏｎ（１９９６）  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ＩＳＢＮ：０１２３４２３３６８または０１２３４２３３５Ｘ｝。好ましい担体タンパク質はジフテリアまたは破傷風トキソイドのような細菌トキシンまたはトキソイドである。ＣＲＭ１９７ジフテリアトキソイドが特に好ましい｛Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｄｉｓｃｌｏｓｕｒｅ，４５３０７７（Ｊａｎ  ２００２）｝。他の担体ポリペプチドはＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外側膜タンパク質（ＥＰ−Ａ−０３７２５０１）、合成ペプチド（ＥＰ−Ａ−０３７８８８１；ＥＰ−Ａ−０４２７３４７）、熱ショックタンパク質（ＷＯ  ９３／１７７１２；ＷＯ  ９４／０３２０８）、百日咳タンパク質（ＷＯ  ９８／５８６６８；ＥＰ−Ａ−０４７１１７７）、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎａｚｅからのプロテインＤ（ＷＯ  ００／５６３６０）、サイトカイン（ＷＯ  ９１／０１１４６）、リンホカイン、ホルモン、成長因子、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ  からのトキシンＡまたはＢ（ＷＯ  ００／６１７６１）、鉄−取り込みタンパク質（ＷＯ  ０１／７２３３７）などを含む。混合物は血清型ＡおよびＣ双方からの莢膜糖類を含む場合、ＭｅｎＡ糖類：ＭｅｎＣ糖類の比率（ｗ／ｗ）は１よりも大きい（例えば、２：１、３：１、４：１、５：１、  １０：１またはそれよりも高い）のが好ましいであろう。異なる糖類を同一または異なるタイプの担体タンパク質にコンジュゲートすることができる。いずれかの適当なコンジュゲーション反応を、必要な場合、いずれかの適当なリンカーと共に用いることができる。
【１１５５】
毒性タンパク質抗原を必要であれば解毒することができる。例えば、化学的および／または遺伝子的手段による百日咳トキシンの解毒。
【１１５６】
ジフテリア抗原が組成物に含まれる場合、破傷風抗原および百日咳抗原を含めるのも好ましい。同様に、破傷風抗原を含める場合、ジフテリアおよび百日咳抗原を含めるのも好ましい。同様に、百日咳抗原を含める場合、ジフテリアおよび破傷風抗原を含めるのも好ましい。
【１１５７】
組成物における抗原は、典型的に、各々少なくとも、１μｇ／ｍＬの濃度で存在させるであろう。一般には、いずれかの与えられた抗原の濃度は、その抗原に対する免疫応答を誘導するのに十分であろう。
【１１５８】
本発明の組成物において、タンパク質抗原を用いるのに対する代替法として、抗原をコードする核酸を用いることができる｛例えば、ｒｅｆｓ．Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ＆  Ｔｏｒｒｅｓ（１９９７）  Ｓｅｍｉｎａｒｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ９：２７１−２８３；  Ｄｏｎｎｅｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）  Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５：６１７−６４８；  Ｓｃｏｔｔ−Ｔａｙｌｏｒ  ＆  Ｄａｌｇｌｅｉｓｈ（２０００）  Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  Ｄｒｕｇｓ  ９：４７１−４８０；  Ａｐｏｓｔｏｌｏｐｏｕｌｏｓ  ＆  Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ（２０００）  Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ  ２：４４１−４４７；  Ｉｌａｎ（１９９９）  Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ  １：１１６−１２０；  Ｄｕｂｅｎｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）  Ｍｏｌ  Ｍｅｄ  ６：７２３−７３２；  Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ＆  Ｐｅｒｔｍｅｒ（２０００）  Ａｄｖ  Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓ  ５５：１−７４；  Ｄｏｎｎｅｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）  Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｒｉｔ  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ  １６２（４  Ｐｔ  ２）：Ｓ１９０−１９３；  およびＤａｖｉｓ（１９９９）  Ｍｔ．Ｓｉｎａｉ  Ｊ．Ｍｅｄ．６６：８４−９０｝。本発明の組成物のタンパク質成分は、かくして、タンパク質をコードする核酸（好ましくは、例えば、プラスミドの形態のＤＮＡ）によって置き換えることができる。
【１１５９】
（定義）
用語「を含む（comprising）」は、「を含めた(including)」ならびに「より成る(consisting)」を意味し、例えば、Ｘを「を含む(comprising)」組成物は専らＸよりなることができ、あるいは何か追加のものを含むことができる（例えば、Ｘ＋Ｙ）。
【１１６０】
数値ｘに関して用語「約」は、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【１１６１】
２つのアミノ酸配列の間のパーセンテージ配列同一性に対する参照は、整列させた場合に、アミノ酸のそのパーセンテージがその２つの配列の比較において同一であることを意味する。この整列およびパーセント相同性または配列同一性は、当該分野で知られたソフトウェアプログラム、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ  Ｅｔ  Ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）  Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ３０のセクション７．７．１８に記載されたものを用いて決定することができる。好ましい整列は、１２のギャップオープンペナルティ、および２のギャップ延長ペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスでのアフィン（ａｆｆｉｎｅ）ギャップサーチを用いるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性サーチアルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性サーチアルゴリズムは、Ｓｍｉｔｈ  ＆  Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９８１）  Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：  ４８２−４８９に開示されている。
【１１６２】
以下の実施例によって、本発明をさらに説明するが、限定するものではない。
【実施例】
【１１６３】
（実施例１：アドヘシンアイランド表面タンパク質、ＧＢＳ  ８０の、フィブリノーゲンおよびフィブロネクチンへの結合）
本実施例は、アドヘシンアイランド表面タンパク質、ＧＢＳ  ８０をフィブリノーゲンおよびフィブロネクチンに結合させることができることを示す。
【１１６４】
酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を用いて、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）に対してではなく、固定化された細胞外マトリックス（ＥＣＭ）タンパク質に対する組換えＧＢＳ  ８０のインビトロ結合能力を分析した。マイクロタイタープレートをＥＣＭタンパク質（フィブリノーゲン、フィブロネクチン、ラミニン、コラーゲンＩＶ型）でコートし、Ｅ．ｃｏｌｉ（図５Ａ）から過剰発現され、精製されたＧＢＳ  ８０の種々の濃度の組換え形態を加えることによって結合を評価した。次いで、プレートを、順次、ａ）マウス抗ＧＢＳ  ８０一次抗体；ｂ）ウサギ抗マウスＡＰ−コンジュゲーテッド２次抗体；ｃ）ｐＮＰＰ比色基質と共にインキュベートした。相対的結合は、５９５ｎｍを参照波長として用い、４０５ｎｍにおいて吸光度をモニターすることによって測定した。図５ｂは、ＧＢＳ  ８０の濃度の関数として、固定化されたＥＣＭタンパク質（１μｇ）への組換えＧＢＳ  ８０の結合を示す。ＢＳＡをネガティブコントロールとして用いた。データ点は、３つのウェルについてのＯＤ４０５値の平均±標準偏差を表す。
【１１６５】
テストされたＥＣＭタンパク質へのＧＢＳ  ８０の結合は、濃度依存的であることが判明し、飽和キネティックスを呈した。図５からも明らかなように、フィブロネクチンおよびフィブリノーゲンへのＧＢＳ  ８０の結合は、テストした全ての濃度において、ラミニンおよびコラーゲンＩＶ型への結合よりも大きかった。
【１１６６】
（実施例２：ＧＢＳ  ８０はＧＢＳ  １０４の表面局在化で必要である。）
本実施例は、ＧＢＳ  ８０の共発現がＧＢＳ  １０４の表面局在化に必要であることを示す。
【１１６７】
アドヘシンアイランドＩ  ｍＲＮＡのポリシストロニック性質は、連続遺伝子から生起した転写体を検出するように設計されたプライマーを使用して逆転写酵素−ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）分析を介して調べた。全ＲＮＡは、製造業者の指示に従って、ＲＮｅａｓｙ全ＲＮＡ単離方法（Ｑｉａｇｅｎ）によって、ＴＨＢ（Ｔｏｄｄ−Ｈｅｗｉｔｔブロス）中の０．３の６００ｎｍにおける光学密度（ＯＤ６００）まで増殖させたＧＢＳ培養物から単離した。汚染染色体ＤＮＡの不存在は、逆転写酵素の不存在下で、アガロースゲル電気泳動によって検出可能な生成物を生じさせるための遺伝子増幅反応の失敗によって確認した。ＲＴ−ＰＣＲ分析は、アニーリングのための６０℃および伸長のための７０℃のＰＣＲサイクリング温度を使用し、製造業者の指示に従って、Ａｃｃｅｓｓ  ＲＴ−ＰＣＲシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ）で行った。増幅産物は、臭化エチジウム染色後に、２％アガロースゲルにおける１００−ｂｐのＤＮＡマーカーと一緒に可視化した。
【１１６８】
図５は、全ての遺伝子がオペロンとして共転写されることを示す。ＡＩ−１オペロンの模式図を、ＲＴ−ＰＣＲ産物のアガロースゲル分析上方に示す。大きな矩形矢印は、予測される転写方向を示す。「１−４」のようなプライマー対を選択し、それは連続遺伝子の３’終了−５’開始を横切り、少なくとも２００ｂｐで各遺伝子と重複する。加えて、「１」は推定rho−独立転写ターミネーターを横切る。「５」は内部ＧＢＳ  ８０コントロールであり、「６」は高度に発現された遺伝子からの無関係のコントロールである。レーン「ａ」：ＲＮＡ＋ＲＴａｓｅ酵素；「ｂ」：ＲＴａｓｅ無しのＲＮＡ；「ｃ」：ゲノムＤＮＡコントロール。
【１１６９】
ＡＩ−１タンパク質の機能を解明するための努力において、オペロン内の全ての遺伝子のインフレーム欠失は構築されており、得られた変異体は、コードされた抗原の表面露出に関して特徴付けられている（図８参照）。
【１１７０】
各インフレーム欠失変異は、適当なプライマーを用い、Ｈｏｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．［Ｈｏｒｔｏｎ  Ｒ．Ｍ．，Ｚ．Ｌ．Ｃａｉ，Ｓ．Ｎ．Ｈｏ，Ｌ．Ｒ．Ｐｅａｓｅ（１９９０）  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ８：５２８−３５］によって実質的に記載されたスプライス重複伸長ＰＣＲ（ＳＯＥ−ＰＣＲ）によって構築し、温度感受性シャトルベクターｐＪＲＳ２３３にクローン化して、対立遺伝子交換によって野生型コピーを置き換えた［Ｐｅｒｅｚ−Ｃａｓａｌ，Ｊ．，Ｊ．Ａ．Ｐｒｉｃｅ，ｅｔ  ａｌ．（１９９３）  Ｍｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ８（５）：  ８０９−１９．］。全てのプラスミド構築体は標準分子生物学技術を利用し、ＰＣＲによって生じたＤＮＡフラグメントの同一性は、配列決定によって確認した。ＳＯＥ−ＰＣＲに続いて、得られた変異体ＤＮＡフラグメントをＸｈｏＩおよびＥｃｏＲＩで消化し、同様に消化されたｐＪＲＳ２３３に連結した。得られたベクターは、Ｆｒａｍｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．［Ｆｒａｍｓｏｎ，Ｐ．Ｅ．，Ａ．Ｎｉｔｔａｙａｊａｒｎ，Ｊ．Ｍｅｒｒｙ，Ｐ．Ｙｏｕｎｇｍａｎ，ａｎｄ  Ｃ．Ｅ．Ｒｕｂｅｎｓ．（１９９７）  Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６３（９）：３５３９−４７］に実質的に記載されたように、３−工程プロセスにおいて２６０３およびＣＯＨ１  ＧＢＳ株の染色体へエレクトロポレーションによって導入した。簡単に述べれば、ベクターｐＪＲＳ２３３は、エリスロマイシン耐性をコードするｅｒｍ遺伝子、および３７℃ではなく３０℃において活性な温度−感受性グラム陽性レプリコンを含有する。最初に、Ｆｒａｍｅｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．によって記載されたように、調製されたＧＢＳエレクトローコンピテント細胞へ構築体をエレクトロポレーションし、１μｇ／ｍＬのエリスロマイシンを含有するＴｏｄｄ−Ｈｅｗｉｔｔブロス（ＴＨＢ）寒天プレート上で３０℃において増殖するその能力によって、遊離プラスミドを含有する形質転換体を選択する。第二の工程は、プラスミドが、相同プラスミドインサートおよび染色体配列にわたっての単一組換え事象を介して染色体に組み込まれた株についての、１ｍｇ／ｍＬのエリスロマイシンを含有するＴＨＢ寒天培地で３７℃にて増殖するその能力による選択工程を含む。第三の工程において、染色体内に組み込まれたプラスミド（インテグラント）を含有するＧＢＳ細胞を３０℃にて抗生物質の不存在下でブロス培養にて系列的に継代する。複製された標的遺伝子配列にわたる第二の組換え事象を介する染色体からのプラスミド切り出しは、対立遺伝子交換を完了させるか、あるいは野生型遺伝子型を再構築した。抗生物質選択圧の不存在下でのプラスミドの引き続いての喪失は、エリスロマイシン−感受性表現型をもたらした。遺伝子置換を評価するために、標的遺伝子ＰＣＲアンプリコンの分析によって、エリスロマイシン−感受性コロニーのスクリーニングを行った。
【１１７１】
図７は、アミノ酸配列内の欠失位置と共に、生じた各ノックアウト株についてのＩＳ−１オペロンの模式図を報告する。ここに示したほとんどのデータはＣＯＨ１欠失株に関連し、ここに、抗原の各々の発現は、ＤＮＡマイクロアレイ分析によればより高く（データは示さず）、ならびにＦＡＣＳ分析によって検出可能である（図８参照）。２６０３における二重変異体である、Δ８０  Δ１０４二重変異体は、示された対立遺伝子の順次の対立遺伝子交換によって構築した。
【１１７２】
（免疫プロトコル）
ＦＡＣＳ実験についての免疫血清は以下のようにして得られた。
【１１７３】
６ないし７週齢の４匹のＣＤ−１非近交系雌マウスの群（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｌｃｏ  Ｉｔａｌｙ）を、１００μＬのＰＢＳに懸濁させた選択されたＧＢＳ抗原（２０μｇの各組換えＧＢＳ抗原）で免疫した。各群は０、２１および３５日に３つの用量を受けた。免疫は、等容量の第一の用量のためのフロイントの完全アジュバント（ＣＦＡ）および続いての２つの用量のためのフロイントの不完全アジュバント（ＩＦＡ）を用いてタンパク質の腹腔内注射を介して行った。各免疫スキームにおいて、陰性および陽性対象群を用いる。免疫応答は、０日および４９日に採取された血清試料を用いることによってモニターした。
【１１７４】
（ＦＡＣＳ分析）
パラホルムアルデヒド処理ＧＢＳ細胞の調製およびそれらのＦＡＣＳ分析は、以下のように行った。
【１１７５】
ＧＢＳ血清型ＣＯＨ１株細胞を、Ｔｏｄｄ  Ｈｅｗｉｔｔブロス（ＴＨＢ；  Ｄｉｆｃｏ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，Ｍｉｃｈ．）中でＯＤ６００ｎｍ＝０．５まで増殖させた。培養物を５０００ｒｐｍにおいて２０分間遠心分離し、細菌をＰＢＳで１回洗浄し、０．０５％パラホルムアルデヒドを含有するＰＢＳに再懸濁し、３７℃において１時間、次いで４℃にて一晩インキュベートした。５０μＬの固定された細菌（ＯＤ６００  ０．１）をＰＢＳで１回洗浄し、２０ｕｌの新生仔牛血清（Ｓｉｇｍａ）に再懸濁させ、室温にて２０分間インキュベートした。次いで、細胞を希釈緩衝液（ＰＢＳ、２０％新生仔牛血清、０．１％ＢＳＡ）中に１：２００希釈した１００μＬのプレ免疫または免疫血清中で４℃にて１時間インキュベートした。遠心分離、および２００μＬの洗浄緩衝液（ＰＢＳ中の０．１％ＢＳＡ）での洗浄後に、試料を、緩衝液中に１：１００希釈された５０μＬのＲ−ＰｈｉｃｏｅｒｉｔｒｉｅｎコンジュゲーテッドＦ（ａｂ）２ヤギ抗マウスＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ；  Ｉｎｃ．）と共に４℃にて１時間インキュベートした。細胞を２００μＬの洗浄緩衝液で洗浄し、２００μＬのＰＢＳに再懸濁した。ＦＡＣＳ  Ｃａｌｉｂｕｒ装置（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，Ｃａｌｆ．）を用いて試料を分析し、Ｃｅｌｌ  Ｑｕｅｓｔソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いてデータを分析した。同一マウスからのプレ免疫血清と比較した＞７５チャネルの平均蛍光強度におけるシフトは陽性であると考えられた。このカットオフは、空の発現ベクターを有するＥ．ｃｏｌｉの培養物からのモック精製組換えタンパク質に対して生起されたコントロール血清で得られたシフトの平均＋２標準偏差から決定される。これを各実験に含めた。細菌溶解によるアーチファクトは、その全てが陰性である６つの異なる公知の細胞質タンパク質に対して生起された抗血清を用いて排除した。
【１１７６】
ＧＢＳ  １０４およびＧＢＳ  ８０についてのＣＯＨ１単一ＫＯ変異体についてのＦＡＣＳデータは、ＧＢＳ  ８０がＧＢＳ  １０４の表面局在化で必要であることを示した。
【１１７７】
図８に示すように、Δ８０株においてＧＢＳ  １０４は表面露出されていないが（第２カラム、下部）、全タンパク質抽出物に存在する（図１０参照）。平均シフト値は、ＧＢＳ  １０４がＧＢＳ  ８０表面露出を部分的に担うこと（ＧＢＳ  ８０の平均シフトはΔ１０４において約６０％野生型レベルまで低下する）、およびＧＢＳ  ８０は補充された株において過剰発現される（平均シフト値約２００％野生型レベル）ことを示唆する。Δ８０／ｐＧＢＳ  ８０株はシャトル−ベクターｐＡＭ４０１においてクローン化されたＧＢＳ  ８０  ｏｒｆを含有する（Ｗｉｒｔｈ，Ｒ．，Ｆ．Ｙ．Ａｎ，ｅｔ  ａｌ．（１９８６）．Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １６５（３）：  ８３１−６）。ベクター単独はＧＢＳ  １０４の分泌パターンを改変しない（右カラム）。ＦＡＣＳは、左に示されたマウスポリクローナル抗体にて中期−対数固定細菌で行った。黒色のピークは免疫前血清であり、着色したピークは免疫した動物からの血清である。
【１１７８】
（実施例３：ＧＢＳ  ８０の欠失はインビボにて減弱化を引き起こす。）
本実施例中でＧＢＳ  ８０の欠失がインビボにて減弱化を引き起こすことを示し、これは、このタンパク質が細菌ビルレンスに寄与することを示唆する。
【１１７９】
マウス動物モデルを用いることによって、発明者らは、Ｓ．ａｇａｌａｃｔｉａｅのビルレンスにおけるＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４の役割を研究した。
【１１８０】
１０匹の５ないし６週齢の非近交系雌マウスの群（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、  Ｃａｌｃｏ  Ｉｔａｌｙ）に、変異体株を異なる希釈で腹腔内接種し、ＬＤ５０（致死用量５０）を、ＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈ  ［Ｒｅｅｄ，Ｌ．Ｊ．ａｎｄ  Ｈ．Ｍｕｅｎｃｈ（１９３８）．Ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｈｙｇｉｅｎｅ  ２７（３）：４９３−７］の方法に従って計算した。以下の表に示すように、Δ８０およびΔ８０，Δ１０４二重変異体双方についてカウントしたコロニー形成単位（ｃｆｕ）の数は、野生型株と比較した場合に、約１０倍高く、これは、ＧＢＳ  １０４ではなくＧＢＳ  ８０の不活化はビルレンスにおける減弱化を担うことを示唆する。この知見は、ＡＩ−１におけるＧＢＳ  ８０遺伝子はビルレンスに寄与するであろうことを示す。
【１１８１】
表  ２６０３株バックグラウンドにおけるＡＩ−１変異体の致死用量５０％分析。ＬＤ５０は、５ないし６週齢における雌ＣＤ−１マウスのＩＰ注射によって行った。ＬＤ５０はＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈの方法によって計算した（８）。
【表Ｃ】
2011206061.tif 000341
【１１８２】
（実施例４：表面抗原提示に対するアドヘシンアイランドソルターゼ欠失の効果）
本実施例は、表面抗原提示に対するアドヘシンアイランドソルターゼ欠失の効果を示す。
【１１８３】
図９に記載するＦＡＣＳ分析の結果は、ソルターゼＳＡＧ０６４８における欠失が、ＧＢＳ  １０４が表面に到達するのを妨ぎ、ＧＢＳ  ８０の表面露出をわずかに低下させたことを示す（４番目のパネル；平均シフト値約６０％野生型ＣＯＨ１）。二重ソルターゼノックアウト株において、いずれの抗原も表面露出されなかった（最も右側のパネル）。いずれのソルターゼ単独も、ＧＢＳ  ８０が細菌表面に到達するのに十分であった（第３および第４のカラム、上部）。Δ  ＧＢＳ  ５２株における抗原ＧＢＳ  ８０またはＧＢＳ  １０４の表面露出において効果は見られなかった。精製されたＧＢＳ  ５２に由来する抗体はいずれも非−特異的であるか、あるいはＧＢＳ  ５２についてＦＡＣＳ陰性であった（データは示さず）。ＦＡＣＳ分析は前記したように行った（実施例２参照）。
【１１８４】
図１０に示すように、ＧＢＳ  ８０の不活化は、ＧＢＳ  １０４発現に対して効果を有さず、同様に、ＧＢＳ  １０４ノックアウトは発現されたＧＢＳ  ８０の全量を変化させない。抗ＧＢＳ  ８０抗血清でプローブされた全タンパク質抽出物（レーン上方に記載された株）のウエスタンブロットはパネルＡに示される。矢印はＧＢＳ  ８０の予測されたサイズを示す（６０  ｋＤａ）。ＧＢＳ  ８０抗体はダブレットを認識し、下方バンドはΔＧＢＳ  ８０株に存在しない。パネルＢは抗ＧＢＳ  １０４抗血清でプローブした全タンパク質抽出物のウエスタンブロットを示す。矢印は、ＧＢＳ  １０４の予測されるサイズを示す（９９．４ｋＤａ）。タンパク質抽出物はＦＡＣＳで用いた同一の細菌培養物から調製した（図８および９）。結論において、ＧＢＳ  １０４はＦＡＣＳによるとΔ８０株において表面に到達しないが（図８第２カラム）、それは全タンパク質調製物においてほぼ野生型レベルで存在する（Ｂ、第２のレーン）。ほぼ２０μｇの各タンパク質抽出物をレーン当たりにロードした。
【１１８５】
（ウエスタンブロット分析）
ＳＤＳローディング緩衝液（１×：６０ｍＭ  ＴＲＩＳ−ＨＣｌ  ｐＨ６．８、５％ｗ／ｖ  ＳＤＳ、１０％ｖ／ｖグリセリン、０．１％ブロモフェノールブルー、１００ｍＭ  ＤＴＴ）と混合し、９５℃にて５分間沸騰した全タンパク質抽出物のアリコットを１２．５％ＳＤＳ−ＰＡＧＥプレキャストゲル（Ｂｉｏｒａｄ）上にロードした。２５０ｍＭ  ＴＲＩＳ、２．５ｍＭグリシンおよび０．１％ＳＤＳを含有するＳＤＳ−ＰＡＧＥ泳動緩衝液を用いてゲルで実行する。ゲルをニトロセルロース膜上に２００ｍＡにて６０分間電気ブロットする。膜をＰＢＳ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０（Ｓｉｇｍａ）、１０％脱脂粉乳で６０分間ブロックし、血清の適当な希釈を含む、ＰＢＳ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ  ２０、１％脱脂粉乳と共に４℃にてＯ／Ｎインキュベートした。ＰＢＳ／０．０５％Ｔｗｅｅｎで２回洗浄した後、膜を、１：４０００希釈したベルオキシダーゼ−コンジュゲーテッド２次抗マウス抗体（Ａｍｅｒｓｈａｍ）と共に２時間インキュベートする。ニトロセルロースをＰＢＳ／０．０５％Ｔｗｅｅｎで１０分間３回、およびＰＢＳで１回洗浄し、その後Ｏｐｔｉ４−ＣＮ基質キット（Ｂｉｏｒａｄ）によって発色させる。
【１１８６】
（実施例５：アドヘシンアイランドタンパク質の上皮細胞への結合、および上皮細胞に付着するＧＢＳの能力に対するアドヘシンアイランドタンパク質の効果）
本実施例は、上皮細胞へのＡＩタンパク質の結合、および上皮細胞に付着するＧＢＳの能力に対するＡＩタンパク質の効果を示す。
【１１８７】
本出願人らは、組換えＡＩ表面タンパク質ＧＢＳ  ８０またはＧＢＳ  １０４が、ＦＡＣＳ分析における種々の上皮細胞への結合を示すか否かを分析した。本出願人らは、ＡＩ表面タンパク質ＧＢＳ  ８０またはＧＢＳ  １０４の欠失が、ＭＥ１８０頸部上皮細胞に付着し、そこに侵入するＧＢＳの能力に影響するか否かも分析した。
【１１８８】
図２８に示すように、ＧＢＳ株単離体２６０３（血清型Ｖ）からのＧＢＳ  ８０配列の欠失は、ＭＥ１８０頸部上皮細胞に付着し、それに侵入する変異ＧＢＳの能力に影響しなかった。ここに、ＭＥ１８０頸部癌上皮細胞を野生型ＧＢＳ  ２６０３またはＧＢＳ  ２６０３  Δ８０同質遺伝子変異体で感染させた。感染から２時間後に非−付着性細菌を洗い流し、さらに２時間および４時間感染を延長させた。侵入実験において、各時点の後、続いて、２時間抗生物質処理を行った。次いで、細胞を１％サポニンで溶解させ、溶解物をＴＳＡプレートで平板培養した。図２８に示すように、４時間の時点までの野生型および変異体株のパーセント侵入またはパーセント付着の間でほとんど差はなかった。
【１１８９】
図３０は、異なる株単離体からのΔ１０４およびΔ８０変異体双方で、この実験を反復する。ここに、ＭＥ１８０頸部癌上皮細胞をＧＢＳ  株単離体ＣＯＨ（血清型ＩＩＩ）野生型またはＣＯＨ１ΔＧＢＳ  １０４またはＣＯＨ１Δ８０同質遺伝子変異体で感染させた。感染から１時間後に、非−付着性細菌を洗い流し、細胞を１％サポニンで溶解させた。溶解物をＴＳＡプレート上で平板培養した。図３０に示すように、パーセント侵入にほとんど差は無いが、野生型およびΔ８０変異体双方と比較して、Δ１０４変異体のパーセント会合の有意な減少があった。
【１１９０】
上皮単層を介して転位するＧＢＳの能力に対するＡＩ表面タンパク質の効果も分析した。図３１に示すように、ＧＢＳ  ８０ノックアウト変異体株は、上皮単層を通じて転位する能力を部分的に喪失する。ここに、上皮単層を、トランスウェルシステムの頂上（apical）チャンバーにおいて野生型またはノックアウト変異体と共に２時間インキュベートし、次いで、非−付着性細菌を洗い流した。感染はさらに２時間および４時間の間延長させた。試料を、基底外側の媒質から採取し、コロニー形成単位の数を測定した。感染に先立って、および後に測定された経上皮電気抵抗は同等の値を与え、これは、単層の一体性の維持を示す。６時間の時点までにΔ８０変異体は低下したパーセントトランスサイトーシスを示した。
【１１９１】
同様の実験をＧＢＳ  １０４ノックアウト変異体で行った。ここに、図２２に示されるようにΔ１０４変異体は低下したパーセントトランスサイトーシスも示し、これは、変異体株がその同質遺伝子野生型カウンターパートよりも低い効率で、上皮単層を通って転位することを示す。
【１１９２】
また、本出願人らは、Ｊ７７４マクロファージ−様細胞に侵入するＧＢＳ株の能力に対するＡＩタンパク質の効果を実験した。ここに、Ｊ７７４細胞をＧＢＳ  ＣＯＨ１野生型またはＣＯＨ１ΔＧＢＳ１０４またはＣＯＨ１ΔＧＢＳ  ８０同質遺伝子変異体で感染させた。感染の１時間後に、非−付着性細菌を洗い流し、細胞内細菌を抗生物質処理から２時間、４時間および６時間後に回収した。各時点において、細胞を０．２５％トリトンＸ−１００で溶解させ、溶解物をＴＳＡプレート上で平板培養した。図３２に示すように、Δ１０４変異体は、野生型およびΔ８０変異体双方と比較して、有意に低下したパーセント侵入を示した。
【１１９３】
（実施例６：ＡＩ表面タンパク質ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４を含むハイパーオリゴマー構造物）
本実施例は、ＡＩ表面タンパク質ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４を含むハイパーオリゴマー構造物を説明する。ＧＢＳ単離体ＣＯＨ１（血清型ＩＩＩ）を適合させて、ＧＢＳ  ８０の発現を増加させた。図３４はこの変異体の標準的ネガティブ染色電子顕微鏡写真を示し；線毛またはハイパーオリゴマー構造物は細菌の表面で識別できなかった。ＥＭ染色が１０または２０ｎｍの金粒子で標識された抗ＧＢＳ  ８０抗体に基づく場合、ハイパーオリゴマー構造物を通じてのＧＢＳ  ８０の存在が明瞭に示される（図３６、３７および３８）。ＧＢＳ  １０４（１０ｎｍ金粒子で標識された抗ＧＢＳ  １０４抗体）に対するＥＭ染色もまた、主として、細菌の表面に、またはその近くでのＧＢＳ  １０４の存在、あるいは潜在的な、細菌ペプチドグリカンとの会合を明らかにする（図３９）。（２０ｎｍ金粒子を用いる）抗ＧＢＳ  ８０および（１０ｎｍ金粒子を用いる）抗ＧＢＳ  １０４の組合せでの（ＧＢＳ  ８０を過剰発現する）この同一株の分析は、表面での、およびハイパーオリゴマー構造物内でのＧＢＳ  １０４の存在を明らかにする（図４０および４１参照）。
【１１９４】
（実施例７：ＧＢＳ  ８０はポリマー形成に必要であり、ＧＢＳ  １０４およびソルターゼＳＡＧ０６４８は効果的な線毛構築で必要である。）
この実施例は、ＧＢＳ  ８０がポリマーの形成で必要であり、ＧＢＳ  １０４およびソルターゼＳＡＧ０６４８が効果的な線毛構築で必要であることを示す。ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４ポリマー構築は、ＡＩ−１における関連コード遺伝子の各々のＣｏｈ１株単一ノックアウト変異体において系統的に分析した（ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２、ｓａｇ０６４７およびｓａｇ０６４８）。図４１は、これらのＣｏｈ１、およびＣｏｈ１ノックアウト株の各々についての、抗ＧＢＳ  ８０（左側パネル）血清または抗ＧＢＳ  １０４血清（右側パネル）いずれかでプローブされた全タンパク質抽出物（レーン上方に示された株）のウエスタンブロットを供する（Ｃｏｈ１、野生型Ｃｏｈ１；Δ８０、ＧＢＳ  ８０がノックアウトされたＣｏｈ１；Δ１０４、ＧＢＳ  １０４がノックアウトされたＣｏｈ１；Δ５２、ＧＢＳ  ５２がノックアウトされたＣｏｈ１；Δ６４７、ＳＡＧ０６４７がノックアウトされたＣｏｈ１；Δ６４８、ＳＡＧ０６４８がノックアウトされたＣｏｈ１；Δ６４７−８、ＳＡＧ０６４７およびＳＡＧ０６４８がノックアウトされたＣｏｈ１；Δ８０／ｐＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  ８０がノックアウトされたが、ＧＢＳ  ８０を発現する高コピー数プラスミドを補ったＣｏｈ１）。星印はＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４のモノマーを確認する。
【１１９５】
Δ８０およびΔ１０４変異体におけるその消失と共に、野生型株で観察された免疫反応性の物質のスミアは、そのような高分子量構造物が共有結合により連結された（ＳＤＳ−耐性）ＧＢＳ  ８０およびＧＢＳ  １０４サブユニットから構成されるという考えと合致する。抗ＧＢＳ  ８０（α−ＧＢＳ  ８０）および抗ＧＢＳ  １０４（α−ＧＢＳ  １０４）の双方での免疫ブロッティングは、ソルターゼＳＡＧ０６４８の欠失が高分子量種の構築にやはり干渉し、他方、第二のソルターゼのノックアウト変異体（ＳＡＧ０６４７）が、たとえ幾分低下しても、依然として、ポリマー構造物を形成する能力を維持することを明らかとした。
【１１９６】
全抽出物形態ＧＢＳは以下のようにして調製した。細菌を５０ｍＬのＴｏｄｄ−Ｈｅｔｉｔｔブロス（Ｄｉｆｃｏ）中で０．５ないし０．６のＯＤ６００ｎｍまで増殖させ、続いて、ペレット化した。ＰＢＳ中での２回の洗浄の後、ペレットを再懸濁し、ムタノリシンと共に３７℃にて３時間インキュベートした。次いで、細胞を、ドライアイスおよび３７℃浴中で少なくとも３回の凍結−解凍サイクルにて溶解させた。次いで、溶解物を遠心分離して、細胞デブリスを排除し、上清を定量した。ほぼ４０μｇの各タンパク質抽出物をＳＤＳ−ＰＡＧＥで分離した。次いで、ゲルをマウス抗血清での免疫ブロッティングに付し、化学発光で検出した。
【１１９７】
（実施例８：ＧＢＳ  ８０はＡＩ−２ソルターゼによって重合する。）
本実施例は、ＧＢＳ  ８０がＡＩ−１ソルターゼのみならず、ＡＩ−２ソルターゼによって重合することができることを示す。図４２は、ＡＩ−１を欠くＧＢＳ  ５１５株の全細胞抽出物イムノブロットを示す。左側パネルは、抗ＧＢＳ  ６７血清を用いる場合に、ＡＩ−２からのＧＢＳ  ６７が高分子量複合体に集合させられることを示し、これは、第二の型の線毛の形成を示唆する。ＧＢＳ  ８０がプラスミド（ｐＧＢＳ  ８０）内に遺伝子を再導入することによって高度に発現される場合に、同一の高分子量構造物が観察される。同一抽出物上で抗ＧＢＳ  ８０（右側パネル）血清を用いることによって、再度、ＧＢＳ  ８０過剰発現（５１５／ｐＧＢＳ  ８０）にて、高分子量構造物が構築されることが観察される。これは、ＡＩ−１ソルターゼの不存在下で、ＡＩ−２ソルターゼ（ＳＡＧ１４０５およびＳＡＧ１４０６）が機能欠如を補うことができ、依然として、線毛構造物に、ＧＢＳ  ８０を集合させることができることを示唆する。
【１１９８】
（実施例９：Ｃｏｈ１は高分子量分子、ＧＢＳ  ８０ピリンを生じさせる。）
本実施例は、Ｃｏｈ１がＧＢＳ  ８０ピリンである１０００ｋＤａよりも大きな高分子量分子を生じさせることを示す。図４３は、Ｃｏｈ１が２つのマクロ分子を生じることを示す銀−染色電気泳動ゲルを供する。これらのマクロ分子の１つはＣｏｈ１  ＧＢＳ  ８０ノックアウト細胞において消失するが、Ｃｏｈ１  ＧＢＳ  ５２ノックアウト変異体細胞では消失しない。右側の最後の２つのレーンは、他のレーンでロードした量の１５倍でロードした。これを行って、バンドをカウントすることができた。これを行うことによって、一番上のバンドの内輪のサイズ推定は、ＧＢＳ  ８０モノマーの連続的添加の結果として、２４０ｋＤａで開始し、１４のより高いバンドの各々を考慮することによって計算した。
【１１９９】
Ｃｏｈ１、野生型Ｃｏｈ１；Δ８０、ＧＢＳ  ８０がノックアウトされたＣｏｈ１細胞；Δ５２、ＧＢＳ  ５２がノックアウトされたＣｏｈ１細胞；Δ８０／ｐＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  ８０がノックアウトされ、ＧＢＳ  ８０を発現する高コピー数構築体を補ったＣｏｈ１細胞。
【１２００】
（実施例１０：ＧＢＳ  ５２はＧＢＳ  線毛の微量成分である。）
本実施例は、ＧＢＳ  ５２がＧＢＳ  線毛に存在し、線毛の微量成分であることを説明する。図４５は、ＧＢＳ  Ｃｏｈ１株、およびＧＢＳ  ５２についてノックアウトされたＧＢＳ  Ｃｏｈ１株（Δ５２）からの全細胞抽出物の免疫ブロットを示す。全細胞抽出物は、抗ＧＢＳ  ８０抗血清（左側）および抗ＧＢＳ  ５２抗血清（右側）で免疫ブロットされた。免疫ブロッティングは、大きな分子量のタンパク質の優れた分離を供する３ないし８％トリス−酢酸ポリアクリルアミドゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて行った（図４１参照）。ゲルを抗ＧＢＳ  ８０血清と共にインキュベートした場合、Δ５２変異体と比較した場合に、Ｃｏｈ１野生型株からのバンドはシフトして出現した。この観察は、２つの株における線毛ポリマー成分の異なるサイズを示した。同一ゲルをストリップし、抗ＧＢＳ  ５２血清と共にインキュベートした場合、Ｃｏｈ１野生型株における高分子量サブユニットは、左側パネルにおいて対応するレーンでのものと同様な分子サイズを示した。これらの知見は、ＧＢＳ  ５２が事実、ＧＢＳ  ８０マクロ−分子構造物に会合するが、ＧＢＳ線毛の微量成分を表すことを確認した。
【１２０１】
（実施例１１：線毛構造物はＧＢＳ細菌培養の上清に存在する。）
本実施例は、Ｃｏｈ１  ＧＢＳで構築された線毛構造物が細菌細胞培養の上清に存在することを示す。図４６は、異なるＧＢＳ変異体株の培養からの上清のタンパク質抽出物の免疫ブロットを示す（１１７＝Ｃｏｈ１  ＧＢＳ  ８０ノックアウト；１５９＝Ｃｏｈ１  ＧＢＳ  １０４ノックアウト；２０２＝Ｃｏｈ１  ＧＢＳ  ５２ノックアウト；２０６＝Ｃｏｈ１  ＧＢＳ  ｓａｇ０６４７ノックアウト；２０８＝Ｃｏｈ１  ＧＢＳ  ｓａｇ０６４８ノックアウト；１９７＝Ｃｏｈ１  ＧＢＳ  ｓａｇ０６４７/ｓａｇ０６４８ノックアウト；１７９＝ＧＢＳ  ８０を発現する高コピープラスミドを補充したＣｏｈ１  ＧＢＳ  ８０ノックアウト）。ＧＢＳ  ８０抗血清は、適当なＣｏｈ１株における線毛構造物の存在を検出する。
【１２０２】
タンパク質抽出物は以下のように調製した。細菌をＴＨＢ中で０．５ないし０．６のＯＤ６００ｎｍまで増殖させ、上清を遠心分離によって細胞から分離した。次いで、上清を濾過し（φ０．２μｍ）、タンパク質沈殿のために１ｍＬに６０％ＴＣＡを加えた。ＧＢＳ線毛をまた、後に記載するように、Ｃｏｈ１株およびそのＧＢＳ  ８０ノックアウト変異体における表面−露出タンパク質の画分から抽出した。細菌を５０ｍＬのＴＨＢにおいて３７℃で０．６のＯＤ６００ｎｍまで増殖させた。細胞をＰＢＳで１回洗浄し、次いで、ペレットを０．１Ｍ  ＫＰＯ４  ｐＨ６．２、４０％スクロース、１０ｍＭ  ＭｇＣｌ２、４００Ｕ／ｍＬムタノリシンに再懸濁させ、３７℃にて３時間インキュベートした。プロトプラストを遠心分離によって分離し、上清を取り、そのタンパク質含有量を測定した。
【１２０３】
異なる増殖相の間の線毛生産のダイナミクスを研究するために、異なるＯＤ６００ｎｍにおける培養の１ｍＬ上清をＴＣＡ沈殿させ、前記したように、３ないし８％ＳＤＳ−ＰＡＧＥにロードした。図４７はＧＢＳ  ８０抗血清での対応するウエスタンブロットを示す。レーンの最初の群（左側の５つの試料レーン）とはＣｏｈ１株増殖を言い（ＯＤ６００ｎｍはレーンの上方に示す）、他方、レーンの第二の群（右側の５つの試料）はＧＢＳ  ８０を過剰発現するＧＢＳ  ８０ノックアウト株からのものである。実験は、線毛マクロ分子構造物は、テストした全ての増殖相における上清で見出すことができることを示す。
【１２０４】
（実施例１２：ＧＢＳ株Ｃｏｈ１において、ＧＢＳ  ８０およびソルターゼ（ｓａｇ０６４７またはｓａｇ０６４８）のみが重合で必要である。）
本実施例はＣｏｈ１における線毛形成の要件を記載する。図４８はＣｏｈ１クローンでの、抗ＧＢＳ  ８０血清を用いる（前記したように調製された）全タンパク質抽出物のウエスタンブロットを示す（Ｃｏｈ１、野生型Ｃｏｈ１；Δ１０４、ＧＢＳ  １０４についてノックアウトされたＣｏｈ１、Δ６４７、ｓａｇ０６４７についてノックアウトされたＣｏｈ１、Δ６４８、ｓａｇ０６４８についてノックアウトされたＣｏｈ１、Δ６４７−８、ｓａｇ０６４７およびｓａｇ０６４８についてノックアウトされたＣｏｈ１；５１５、ＡＩ−１を欠く野生型細菌株５１５；ｐ８０、ＧＢＳ  ８０を発現する高コピー数プラスミド）。データは、二重ソルターゼ変異体のみがＧＢＳ  ８０を重合させることができないことを示し、これは、線毛重合についての「ｃｏｎｄｉｔｉｏ  ｓｉｎｅ  ｑｕａ  ｎｏｎ（必要条件）」が、少なくとも一つのソルターゼとＧＢＳ  ８０の共存在であることを示す。この結果は、ＳＡＧ１４０５およびＳＡＧ１４０６がこの株において重合を担うという合理的な仮定に導く。
【１２０５】
（実施例１３：ＧＢＳ  ８０はそれ自身のプロモーターおよびターミネーター配列下でＬ．ｌａｃｔｉｓにおいて発現されることができる。）
本実施例は、Ｌ．ｌａｚｔｉｓ、非−病原性細菌がＧＢＳ  ８０のようなＧＢＳ  ＡＩ−ポリペプチドを発現できることを示す。Ｌ．ｌａｃｔｉｓ  Ｍ１３６３（Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５４（１８９３）：１−９）を、ＧＢＳ  ８０をコードする構築体で形質転換した。簡単に述べれば、それ自身のプロモーターおよびターミネーター配列下でＧＢＳ  ８０についてコードする遺伝子を含有するＤＮＡフラグメントをプラスミドｐＡＭ４０１にクローニングすることによって構築体を調製した（Ｅ．ｃｏｌｉおよび他のグラム陽性細菌についてのシャトルベクター；Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１６３（１９８６）：８３１−８３６）。対数相における形質転換された細菌の全抽出物をＳＤＳ−ＰＡＧＥで分離し、膜に移し、ＧＢＳ  ８０に対する抗血清と共にインキュベートした。ＧＢＳ  ８０の分子量に対応するポリペプチドは、ＧＢＳ  ８０構築体で形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの全抽出物を含有するレーンで検出された。図１３３Ａおよび１３３Ｂ、レーン６および７参照。この同一のポリペプチドは、ＧＢＳ  ８０構築体で形質転換されなかったＬ．ｌａｃｔｉｓの全抽出物を含有するレーンで検出されなかった。レーン９。本実施例は、Ｌ．ｌａｃｔｉｓがそれ自身のプロモーターおよびターミネーター下でＧＢＳ  ８０を発現できることを示す。
【１２０６】
（実施例１４：ＧＢＳ  ８０プロモーターおよびターミネーター配列下でＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように改変されたＬ．ｌａｃｔｉｓは、ポリマー構造物のＧＢＳ  ８０を発現する。）
本実施例は、ＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドを発現し、ポリペプチドの少なくとも幾つかをオリゴマーに一体化させるＬ．ｌａｃｔｉｓの能力を示す。Ｌ．ｌａｃｔｉｓを、ＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドをコードする遺伝子を含有する構築体で形質転換した。簡単に述べると、構築体は、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  ５２、ＳＡＧ０６４７、ＳＡＧ０６４８、およびＧＢＳ  １０４についての遺伝子を含有するＤＮＡフラグメントを、ＧＢＳ  ８０プロモーターおよびターミネーター配列下で構築体ｐＡＭ４０１にクローン化することによって調製した。構築体をＬ．ｌａｃｔｉｓ  Ｍ１３６３に形質転換した。対数相形質転換細菌の全抽出物を還元ＳＤＳ−ＰＡＧＥで分離し、膜に移し、ＧＢＳ  ８０に対する抗血清と共にインキュベートした。ＧＢＳ  ８０の分子量に対応する分子量を持つポリペプチドは、ＧＢＳ  ＡＩ−１コード構築体で形質転換したＬ．ｌａｃｔｉｓを含むレーンで検出された。図１３４、レーン２参照。加えて、同一レーンは、ＧＢＳ  ８０の分子量を有するポリペプチドよりも高い分子量を有するポリペプチドの免疫反応性も示した。これらのより高い分子量のポリペプチドはＧＢＳ  ８０のオリゴマーのようである。同様な分子量のオリゴマーは、形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓの培養上清のウエスタンブロットでも観察された。図１３５のレーン４参照。かくして、本実施例は、ＧＢＳ  ＡＩ−１を発現するように形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓが、線毛の形態のＧＢＳ  ８０を効果的に重合することができることを示す。この線毛構造物は、細胞培養上清または細胞抽出物いずれかから精製することができるようである。
【１２０７】
（実施例１５：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｓｐ０４６２のクローニングおよび発現）
本実施例は、Ｓｐ０４６２ポリペプチドをコードするクローンの生産、および該クローンの発現を記載する。Ｓｐ０４６２をコードするクローンを生産するために、全長Ｓｐ０４６２オープンリーディングフレーム配列内でアニールしたプライマーを用い、Ｓｐ０４６２をコードするオープンリーディングフレームを増幅した。図１５０ＡはＳｐ０４６２の８９３アミノ酸配列を供する。Ｓｐ０４６２ポリペプチドをコードするクローンを生産するのに用いるプライマーを図１５０Ｂに示す。これらのプライマーは、図１５０Ａにおいて下線を施すことによって示されたアミノ酸残基をコードするヌクレオチド配列にアニールした。これらのプライマーを用いたＳｐ０４６２をコードするオープンリーディングフレームの増幅は、図１６０に供されたアガロースゲルのレーン２に示されたアンプリコンを生じた。Ｓｐ０４６２クローンは８９３アミノ酸残基Ｓｐ０４６２タンパク質のアミノ酸残基３８ないし８６２をコードする；図１５０Ａ中のイタリック体の残基を排除した。図１５１Ａは組換えＳｐ０４６２ポリペプチドの模式図を供した。図１５１Ｂは、全長Ｓｐ０４６２ポリペプチドの模式図を示す。該クローンによってコードされる組換えＳｐ０４６２および全長Ｓｐ０４６２タンパク質双方は、２つのコラーゲン結合タンパク質Ｂ型（Ｃｎａ  Ｂ）ドメインおよびｖｏｎ  Ｈｉｌｌｅｂｒａｎｄ因子Ａ（ｖＷＡ）ドメインを有する。クローン化された組換えＳｐ０４６２は全長Ｓｐ０４６２タンパク質に存在するＬＰＸＴＧモチーフを欠く。Ｓｐ０４６２クローンの発現のためのウエスタンブロット分析の結果、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ−感染患者から得られた血清（図１５２Ａ）またはＧＢＳ  ８０抗血清（図１５２Ｂ）でのポリペプチドの検出をもたらさなかった。
【１２０８】
（実施例１６：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｓｐ０４６３のクローニングおよび発現）
本実施例は、Ｓｐ０４６３ポリペプチドをコードするクローンの生産および該クローンから発現された組換えＳｐ０４６３ポリペプチドの検出を記載する。Ｓｐ０４６３をコードするクローンを生産するために、全長Ｓｐ０４６３オープンリーディングフレーム配列内でアニールしたプライマーを用い、Ｓｐ０４６３をコードするオープンリーディングフレームを増幅した。図１５３Ａは、Ｓｐ０４６３の６６５アミノ酸配列を供する。Ｓｐ０４６３ポリペプチドをコードするクローンを生産するのに用いるプライマーを図１５３Ｂに示す。これらのプライマーは、図１５３Ａ中で下線を施すことによって示されるアミノ酸残基をコードするヌクレオチド配列にアニールした。これらのプライマーを用いるＳｐ０４６３をコードするオープンリーディングフレームの増幅は、図１６０に供されたアガロースゲルのレーン３に示されたアンプリコンを生じさせた。Ｓｐ０４６３クローンは、６６５アミノ酸残基Ｓｐ０４６３タンパク質のアミノ酸残基２３ないし６２７をコードし；図１５３Ａにおいてイタリック体の残基を排除した。図１５４Ａは、組換えＳｐ０４６３ポリペプチドの模式図を供する。図１５４Ｂは、全長Ｓｐ０４６３ポリペプチドの模式図を示す。該クローンによってコードされる組換えＳｐ０４６３、および全長Ｓｐ０４６３タンパク質は共にＣｎａ  ＢドメインおよびＥボックスモチーフを有する。クローン化された組換えＳｐ０４６３は、全長Ｓｐ０４６３タンパク質に存在するＬＰＸＴＧモチーフを欠如する。Ｓｐ０４６３クローンの発現の結果、６０ｋＤポリペプチド、組換えＳｐ０４６３ポリペプチドの予測される分子量の、ウエスタンブロット分析による検出がもたらされた。図１５５参照。
【１２０９】
（実施例１７：Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｓｐ０４６４のクローニングおよび発現）
本実施例は、Ｓｐ０４６４ポリペプチドをコードするクローンの生産、および該クローンから発現された組換えＳｐ０４６４ポリペプチドの検出を記載する。Ｓｐ０４６４をコードするクローンを生産するために、全長Ｓｐ０４６４オープンリーディンクフレーム配列内にアニールしたプライマーを用い、Ｓｐ０４６４をコードするオープンリーディングフレームを増幅した。図１５７Ａは、Ｓｐ０４６４の３９３アミノ酸配列を供する。Ｓｐ０４６４ポリペプチドをコードするクローンを生産するのに用いるプライマーを図１５７Ｂに示す。これらのプライマーは、図１５７Ａ中で下線を施すことによって示されるアミノ酸残基をコードするヌクレオチド配列にアニールした。これらのプライマーを用いるＳｐ０４６４をコードするオープンリーディングフレームの増幅は、図１６０に供されるアガロースゲルのレーン４において示されるアンプリコンを生じた。Ｓｐ０４６４クローンは３９３アミノ酸残基Ｓｐ０４６４タンパク質のアミノ酸残基１９ないし３５６をコードし；図１５７Ａにおけるイタリック体残基を排除した。図１５８Ａは組換えＳｐ０４６４ポリペプチドの模式図を供する。図１５８Ｂは、全長Ｓｐ０４６４ポリペプチドの模式図を示す。該クローンによってコードされる組換えＳｐ０４６４および全長Ｓｐ０４６４タンパク質は共に２つのＣｎａ  Ｂドメインを有する。クローン化された組換えＳｐ０４６４は、全長Ｓｐ０４６４タンパク質に存在するＬＰＸＴＧモチーフを欠如する。Ｓｐ０４６４クローンの発現の結果、ウエスタンブロット分析による、３８ｋＤポリペプチド、組換えＳｐ０４６４ポリペプチドの予測される分子量の検出がもたらされた。図１５９参照。
【１２１０】
（実施例１８：ＧＢＳ  ８０を発現する組換えＬ．ｌａｃｔｉｓでのマウスの鼻腔内免疫および引き続いてのチャレンジ）
本実施例は、ＧＢＳ  ８０を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓを用いてマウスを鼻腔内免疫する方法を記載する。鼻腔内免疫は０、１４および２８日目における３つの用量よりなるものであり、各用量は３連続日で投与した。各日において、３匹の６ないし７週齢のＣＤ−１非近交系雌マウスの群（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｌｃｏ  Ｉｔａｌｙ）を、２０μＬのＰＢＳに懸濁させた１０９または１０１０ＣＦＵの組換えＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓで鼻腔内免疫した。各免疫スキームにおいて、陰性（野生型Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）および陽性（組換えＧＢＳ  ８０）コントロール群を用いた。雌親の免疫応答は、０および４９日目に採取した血清試料を用いることによってモニターした。雌マウスを最後の免疫の２ないし７日後に交配させ（ほぼｔ＝３６ないし３７）、それは、典型的には、２１日の妊娠期間を有した。誕生から４８時間以内に、（ＰＢＳコントロール群から集めた経験的なデータによって判断されるように）免疫された仔マウスの９０％を殺すのに十分であろう量とほぼ同等な用量にてＧＢＳで仔マウスをＩ．Ｐ．を介してチャレンジした。ＧＢＳチャレンジ用量は、好ましくは、５０ｍＬのＴＨＢ培地において投与される。好ましくは、仔マウスチャレンジは最初の免疫から５６ないし６１日後に行われる。チャレンジ接種物は、使用に先立って、ＴＨＢで適当な濃度まで希釈された凍結培養物から出発して調整した。仔マウスの生存は、チャレンジから５日後にモニターした。
【１２１１】
（実施例１９：ＧＢＳ  ８０を発現する組換えＬ．ｌａｃｔｉｓでのマウスの皮下免疫、および引き続いてのチャレンジ）
本実施例は、ＧＢＳ  ８０を発現するＬ．ｌａｃｔｉｓを用いるマウスの皮下免疫の方法を記載する。皮下免疫は０、１４および２８日目における３用量よりなるものであった。３匹の６ないし７週齢のＣＤ−１非近交系雌マウスの群（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｌｃｏ  Ｉｔａｌｙ）に、１００μＬのＰＢＳに懸濁させた１０９または１０１０ＣＦＵの組換えＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓを皮下注射した。各免疫スキームにおいて、陰性（野生型Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）および陽性（組換えＧＢＳ  ８０）コントロール群を用いた。雌親の免疫応答は、０および４９日目に採取された血清試料を用いることによってモニターした。雌マウスを（ほぼｔ＝３６ないし３７において）最後の免疫から２ないし７日後に交配させ、典型的には、２１日の妊娠期間を有した。誕生から４８時間以内に、（ＰＢＳコントロール群から集めた経験的なデータによって判断して）免疫仔マウスの９０％を殺すのに十分な量とほぼ同等の用量にて、仔マウスをＧＢＳでＩ．Ｐ．を介してチャレンジした。ＧＢＳ  チャレンジ用量は好ましくは、５０ｍＬのＴＨＢ培地において投与する。好ましくは、仔マウスチャレンジは最初の免疫から５６ないし６１日後に行う。チャレンジ接種物は、使用に先立って、ＴＨＢで適当な濃度に希釈された凍結培養物から出発して調製した。仔マウスの生存はチャレンジ後５日間モニターした。
【１２１２】
（実施例２０：ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドでのマウスの免疫および引き続いての鼻腔内チャレンジ）
本実施例は、ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドでマウスを免疫し、引き続いて、該マウスをＧＡＳ細菌で鼻腔内チャレンジする方法を記載する。６〜７週齢の１０匹のＣＤ１雌マウスの群を、１００μＬの適当な溶液に懸濁させた、本発明ＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６およびＧＡＳ  １８のＧＡＳ抗原の組合せ（１５μｇの、Ｍ１株ＳＦ３７０に由来する各組換え抗原）、またはＭ１株ＳＦ３７０アドへシンアイランドを発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫した。各群は０、２１および４５日目に３用量を受ける。免疫は、ＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、ＧＡＳ  １８タンパク質組合せについて皮下または腹腔内注射を介して行われる。タンパク質組合せは、等容量の最初の用量のためのフロイントの完全アジュバント（ＣＦＡ）、および続く２つの用量のためのフロイントの不完全アジュバント（ＩＦＡ）と共に投与する。免疫は、Ｍ１株ＳＦ３７０アドヘシンアイランドを発現するＬ．ｌａｃｔｉｓについては鼻腔内で行う。各免疫スキームにおいて、ネガティブコントロール群およびポジティブコントロール群を用いる。
【１２１３】
ＧＡＳ  １５、ＧＡＳ  １６、ＧＡＳ  １８タンパク質組合せで免疫されたマウスについてのネガティブコントロール群は、ＰＢＳで免疫されたマウスを含んだ。Ｍ１株ＳＦ３７０アドヘシンアイランドを発現するＬ．ｌａｃｔｉｓで免疫されたマウスについてのネガティブコントロール群は、野生型Ｌ．ｌａｃｔｉｓ、あるいはいずれかのクローン化されたアドヘシンアイランド配列を欠如するｐＡＭ４０１発現ベクターで形質転換されたＬ．ｌａｃｔｉｓいずれかで免疫されたマウスを含んだ。
【１２１４】
ポジティブコントロール群は、精製されたＭ１株ＳＦ３７０Ｍタンパク質で免疫されたマウスを含んだ。
【１２１５】
次いで、免疫されたマウスをゾレチル（Ｚｏｌｅｔｉｌ）で麻酔し、ＴＨＢ中の１．２×１０６または１．２×１０８ＣＦＵのＩＳＳ３３４８を含有する２５μＬ懸濁液で鼻腔内チャレンジする。動物を毎日観察し、生存についてチェックする。
【１２１６】
（実施例２１：能動先天性免疫アッセイ）
本明細書中で用いるように、能動先天性免疫アッセイは、インビボ保護アッセイをいい、そこでは、雌マウスをテスト抗原組成物で免疫する。次いで、雌マウスを交配させ、その仔をＧＢＳの致死用量でチャレンジする。免疫スケジュールの間の雌マウスの血清力価を測定し、ならびにチャレンジ後の仔の生存時間を測定する。
【１２１７】
（マウス免疫）
具体的には、４匹の６ないし８週齢ＣＤ−１非近交系雌マウスの群（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃａｌｃｏ  Ｉｔａｌｙ）を、１００μＬのＰＢＳに懸濁させた、１以上のＧＢＳ抗原（２０μｇの各組換えＧＢＳ  抗原）で免疫する。各群は０、２１および３５日目に３つの用量を受ける。免疫は、等容量の最初の用量のためのフロイントの完全アジュバント（ＣＦＡ）、および続いての２つの用量のためのフロイントの不完全アジュバント（ＩＦＡ）を用いて、タンパク質の腹腔内注射を介して行う。各免疫スケジュールにおいて、ネガティブコントロール群およびポジティブコントロール群が用いられる。免疫応答は０および４９日目に採取された血清試料を用いることによってモニターする。血清はマウスの各群からのプールとして分析する。
【１２１８】
（能動先天性免疫）
ＧＢＳ感染の先天性免疫／新生仔チャレンジモデルを用いて、マウスにおける抗原の保護効率を確認した。マウス保護実験はＲｏｄｅｗａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．（Ｒｏｄｅｗａｌｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓｅａｓｅｓ  １６６：６３５（１９９２））から適合させた。簡単に述べれば、ＣＤ−１雌マウス（６ないし８週齢）を、前記したように、交配前に免疫した。マウスは単一抗原で免疫する場合に用量当たり２０μｇのタンパク質を受け、抗原の組合せで免疫する場合には用量当たり６０μｇのタンパク質（１５μｇの各抗原）を受けた。最後の免疫から２ないし７日後にマウスを交配させた。誕生から４８時間以内に、仔マウスに５０μＬのＧＢＳ培養物を腹腔内注射した。チャレンジ接種物は、使用前にＴＨＢで適当な濃度に希釈された凍結培養物から出発して調製した。予備的な実験（示さず）においては、テストした各株についての仔マウス当たりのチャレンジ用量は、９０％致死を引き起こすと判断された。仔マウスの生存は、チャレンジ後２日間モニターした。保護は、（パーセンテージ死亡コントロールからパーセンテージ死亡ワクチンを差し引き）、パーセンテージ死亡コントロールで割り、１００を掛けて計算した。データは、フィッシャーの正確検定によって統計学的有意性について評価した。
【１２１９】
（本発明の実施形態）
本発明は、以下に列挙される実施形態を包含するが、これらに限定はされない。
（１）オリゴマー形態の精製Ｂ群連鎖球菌（ＧＢＳ）アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含有する、免疫原性組成物。
（２）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−１から選択される、実施形態１に記載の免疫原性組成物。
（３）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−２から選択される、実施形態１に記載の免疫原性組成物。
（１）オリゴマー形態の精製Ｂ群連鎖球菌（ＧＢＳ）アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含有する、免疫原性組成物。
（２）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−１から選択される、実施形態１に記載の免疫原性組成物。
（３）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−２から選択される、実施形態１に記載の免疫原性組成物。
（４）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ソルターゼ基質モチーフを含む、実施形態１〜３のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物。
（５）上記ソルターゼ基質モチーフが、ＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態４に記載の免疫原性組成物。
（６）上記ＬＰＸＴＧモチーフが、アミノ酸配列ＸＰＸＴＧにより示され、アミノ酸１位にあるＸが、Ｌ、Ｉ、またはＦであり、アミノ酸３位にあるＸが、任意のアミノ酸残基である、実施形態５に記載の免疫原性組成物。
（７）実施形態１〜３のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ細菌が上皮細胞に付着する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（８）実施形態１〜３のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ細菌が上皮細胞に侵入する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（９）実施形態１〜３のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ細菌が上皮細胞層を通って転位する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（１０）実施形態１〜３のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、上皮細胞表面に会合可能である、免疫原性組成物。
（１１）実施形態１０に記載の免疫原性組成物であって、上記上皮細胞表面との会合は、当該上皮細胞表面に対する結合である、免疫原性組成物。
（１２）実施形態１〜３のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、全長ＧＢＳ  ＡＩタンパク質である、免疫原性組成物。
（１３）実施形態１〜３のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、全長ＧＢＳ  ＡＩタンパク質のフラグメントである、免疫原性組成物。
（１４）実施形態１３に記載の免疫原性組成物であって、上記フラグメントは、上記ＧＢＳ  ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、免疫原性組成物。
（１５）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態２に記載の免疫原性組成物。
（１６）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  １５０、０１５２１、０１５２３、０１５２４およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態３に記載の免疫原性組成物。
（１７）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ８０である、実施形態１５に記載の免疫原性組成物。
（１８）上記オリゴマー形態が、ハイパーオリゴマーである、実施形態１〜３または１５〜１７のうちのいずれかに記載の免疫原性組成物。
（１９）実施形態１〜３または１５〜１７のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、ＡＩと会合していないグラム陽性細菌抗原をさらに含む、免疫原性組成物。
（２０）実施形態１９に記載の免疫原性組成物であって、上記抗原は、ＧＢＳ３２２およびＧＢＳ２７６からなる群より選択される、免疫原性組成物。
（２１）実施形態２０に記載の免疫原性組成物であって、上記抗原は、ＧＢＳ３２２である、免疫原性組成物。
（２２）オリゴマー形態の精製グラム陽性細菌アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含む、免疫原性組成物。
（２３）上記グラム陽性細菌が、連鎖球菌属、エンテロコッカス属、ブドウ球菌属、またはリステリア属からなる群より選択される属の細菌である、実施形態２２に記載の免疫原性組成物。
（２４）上記グラム陽性細菌が、連鎖球菌属の細菌である、実施形態２３に記載の免疫原性組成物。
（２５）上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、ソルターゼ基質モチーフを含む、実施形態２２〜２４のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物。
（２６）上記ソルターゼ基質モチーフが、ＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態２５に記載の免疫原性組成物。
（２７）実施形態２２〜２４のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、グラム陽性細菌が上皮細胞に付着する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（２８）実施形態２２〜２４のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、グラム陽性細菌が上皮細胞に侵入する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（２９）実施形態２２〜２４のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、グラム陽性細菌が上皮細胞層を通って転位する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（３０）実施形態２２〜２４のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、上皮細胞表面に会合可能である、免疫原性組成物。
（３１）実施形態３０に記載の免疫原性組成物であって、上記上皮細胞表面との会合は、当該上皮細胞表面に対する結合である、免疫原性組成物。
（３２）実施形態２２〜２４のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、全長グラム陽性細菌ＡＩタンパク質である、免疫原性組成物。
（３３）実施形態２２〜２４のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、全長グラム陽性細菌ＡＩタンパク質のフラグメントである、免疫原性組成物。
（３４）実施形態３３に記載の免疫原性組成物であって、上記フラグメントは、グラム陽性細菌ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、免疫原性組成物。
（３５）実施形態２４に記載の免疫原性組成物であって、上記連鎖球菌属細菌は、Ａ群連鎖球菌（ＧＡＳ）細菌であり、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドである、免疫原性組成物。
（３６）実施形態３５に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＡＳ  ＡＩ−Ｉから選択される、免疫原性組成物。
（３７）上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩ−２から選択される、実施形態３５に記載の免疫原性組成物。
（３８）上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩ−３から選択される、実施形態３５に記載の免疫原性組成物。
（３９）上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＡＳ  ＡＩ−４から選択される、実施形態３５に記載の免疫原性組成物。
（４０）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ソルターゼ基質モチーフを含む、実施形態３５〜３９のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物。
（４１）上記ソルターゼ基質モチーフが、ＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態４０に記載の免疫原性組成物。
（４２）実施形態４１に記載の免疫原性組成物であって、上記ＬＰＸＴＧモチーフは、ＸＸＸＸＧにより示され、１番目のアミノ酸位置にあるＸは、Ｌ、Ｖ、Ｅ、またはＱであり、２番目のアミノ酸位置にあるＸは、１番目のアミノ酸位置にあるＸがＬの場合にＰであり、２番目のアミノ酸位置にあるＸは、１番目のアミノ酸位置にあるＸがＥまたはＱの場合にＶであり、あるいは２番目のアミノ酸位置にあるＸは、１番目のアミノ酸位置にあるＸがＶの場合にＶまたはＰであり、３番目のアミノ酸位置にあるＸは、任意のアミノ酸残基であり、４番目のアミノ酸位置にあるＸは、１番目のアミノ酸位置にあるＸがＶ、Ｅ、またはＱの場合にＴであり、あるいは４番目のアミノ酸位置にあるＸは、１番目のアミノ酸位置にあるＸがＬの場合にＴ、Ｓ、またはＡである、免疫原性組成物。
（４３）実施形態３５〜３９のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＡＳ細菌が上皮細胞に付着する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（４４）実施形態３５〜３９のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＡＳ細菌が上皮細胞に侵入する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（４５）実施形態３５〜３９のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＡＳ細菌が上皮細胞層を通って転位する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（４６）実施形態３５〜３９のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、上皮細胞表面に会合可能である、免疫原性組成物。
（４７）実施形態４６に記載の免疫原性組成物であって、上記上皮細胞表面との会合は、当該上皮細胞表面に対する結合である、免疫原性組成物。
（４８）実施形態３５〜３９のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、全長ＧＡＳ  ＡＩタンパク質である、免疫原性組成物。
（４９）実施形態３５〜３９のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩポリペプチドは、全長ＧＡＳ  ＡＩタンパク質のフラグメントである、免疫原性組成物。
（５０）実施形態４９に記載の免疫原性組成物であって、上記フラグメントは、上記ＧＡＳ  ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、免疫原性組成物。
（５１）実施形態３６に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩ−１ポリペプチドは、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、ＣＤＣ  ＳＳ４１０＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ３６５０＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＤＳＭ２０７１＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、免疫原性組成物。
（５２）実施形態３７に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩ−２ポリペプチドは、ＧＡＳ１５、ＧＡＳ１６、ＧＡＳ１８、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、免疫原性組成物。
（５３）請求項３８に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩ−３ポリペプチドは、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０４、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８４、ＳｐｙＭ１８＿０１２６、ＳｐｙＭ１８＿０１２８、ＳｐｙＭ１８＿０１３０、ＳｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ３７７６＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４９５９＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、免疫原性組成物。
（５３）実施形態３９に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＡＳ  ＡＩ−４ポリペプチドは、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３７、１９２２４１３９、１９２２４１４１、２００１０２９６＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、２００２００６９＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４８８３＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、ＩＳＳ４５３８＿ｆｉｍｂｒｉａｌ、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、免疫原性組成物。
（５４）実施形態２４に記載の免疫原性組成物であって、上記連鎖球菌属細菌は、肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）であり、上記グラム陽性細菌ＡＩポリペプチドは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドである、免疫原性組成物。
（５５）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、ソルターゼ基質モチーフを含む、免疫原性組成物。
（５６）実施形態５５に記載の免疫原性組成物であって、上記ソルターゼ基質モチーフは、ＬＰＸＴＧモチーフである、免疫原性組成物。
（５７）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞に付着する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（５８）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞に侵入する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（５９）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが上皮細胞層を通って転位する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（６０）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、上皮細胞表面と会合可能である、免疫原性組成物。
（６１）実施形態６０に記載の免疫原性組成物であって、上記上皮細胞表面との会合は、当該上皮細胞表面に対する結合である、免疫原性組成物。
（６２）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質である、免疫原性組成物。
（６３）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質のフラグメントである、免疫原性組成物。
（６４）実施形態６３に記載の免疫原性組成物であって、上記フラグメントは、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、免疫原性組成物。
（６５）実施形態５４に記載の免疫原性組成物であって、上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドは、ＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４、ｏｒｆ３＿６７０、ｏｒｆ４＿６７０、ｏｒｆ５＿６７０、ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ３＿１９ＡＨ、ＯＲＦ４＿１９ＡＨ、ＯＲＦ５＿１９ＡＨ、ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿２３ＦＰ、ＯＲＦ４＿２３ＦＰ、ＯＲＦ５＿２３ＦＰ、ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿６ＢＦ、ＯＲＦ４＿６ＢＦ、ＯＲＦ５＿６ＢＦ、ＯＲＦ３＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ４＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ５＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ３＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ４＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ５＿９ＶＳＰ、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、免疫原性組成物。
（６６）実施形態２２〜２４、３５〜３９、５１〜５４、または６５のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである、免疫原性組成物。
（６７）実施形態２２〜２４、３５〜３９、５１〜５４、または６５のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、ＡＩと会合していないグラム陽性細菌抗原をさらに含む、免疫原性組成物。
（６８）実施形態６７に記載の免疫原性組成物であって、上記抗原は、ＧＢＳ３２２およびＧＢＳ２７６からなる群より選択される、免疫原性組成物。
（６９）第一および第二のＢ群連鎖球菌（ＧＢＳ）アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含有する、免疫原性組成物。
（７０）実施形態６９に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドをコードする全長ポリヌクレオチド配列は、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むＧＢＳ細菌ゲノム中には存在しない、免疫原性組成物。
（７１）実施形態６９に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、各々、１種よりも多い数のＧＢＳ血清型および単離株のゲノム中に存在する、免疫原性組成物。
（７２）実施形態６９に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ＡＩ−１によりコードされる、免疫原性組成物。
（７３）実施形態６９に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ＡＩ−２によりコードされる、免疫原性組成物。
（７４）実施形態７２に記載の免疫原性組成物であって、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ＡＩ−２によりコードされる、免疫原性組成物。
（７５）実施形態７３に記載の免疫原性組成物であって、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ＡＩ−２によりコードされる、免疫原性組成物。
（７６）実施形態７２に記載の免疫原性組成物であって、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ＡＩ−１によりコードされる、免疫原性組成物。
（７７）実施形態７３に記載の免疫原性組成物であって、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ＡＩ−１によりコードされる、免疫原性組成物。
（７８）実施形態７２に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、免疫原性組成物。
（７９）上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  １５０、０１５２１、０１５２３、０１５２４およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態７３に記載の免疫原性組成物。
（８０）実施形態７４または７５に記載の免疫原性組成物であって、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  １５０、０１５２１、０１５２３、０１５２４およびそれらのフラグメントからなる群より選択され、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドと上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドとは、同じポリペプチドではない、免疫原性組成物。
（８１）実施形態７６または７７に記載の免疫原性組成物であって、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２およびそれらのフラグメントからなる群より選択され、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドと上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドとは、同じポリペプチドではない、免疫原性組成物。
（８２）実施形態６９〜７７のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ソルターゼ基質モチーフを含む、免疫原性組成物。
（８３）上記ソルターゼ基質モチーフが、ＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態８２に記載の免疫原性組成物。
（８４）上記ＬＰＸＴＧモチーフが、配列ＸＰＸＴＧにより示され、アミノ酸１位にあるＸが、Ｌ、Ｉ、またはＦであり、アミノ酸３位にあるＸが、任意のアミノ酸残基である、実施形態８３に記載の免疫原性組成物。
（８５）実施形態６９〜７７のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ細菌が上皮細胞に付着する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（８６）実施形態６９〜７７のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ細菌が上皮細胞に侵入する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（８７）実施形態６９〜７７のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ細菌が上皮細胞層を通って転位する能力に影響を与える、免疫原性組成物。
（８８）実施形態６９〜７７のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、上皮細胞表面に会合可能である、免疫原性組成物。
（８９）実施形態８８に記載の免疫原性組成物であって、上記上皮細胞表面との会合は、当該上皮細胞表面に対する結合である、免疫原性組成物。
（９０）実施形態６９〜７７のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、全長ＧＢＳ  ＡＩタンパク質である、免疫原性組成物。
（９１）実施形態６９〜７７のうちのいずれかの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、全長ＧＢＳ  ＡＩタンパク質のフラグメントである、免疫原性組成物。
（９２）実施形態９１に記載の免疫原性組成物であって、上記フラグメントは、上記第一のＧＢＳ  ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、免疫原性組成物。
（９３）実施形態６９〜７９のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、オリゴマー形態である、免疫原性組成物。
（９４）実施形態６９〜７７のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、オリゴマー形態である、免疫原性組成物。
（９５）実施形態６９〜７９のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドと上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドとは、１つのオリゴマー形態で会合している、免疫原性組成物。
（９６）実施形態９５に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドと上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドとは、化学的に会合している、免疫原性組成物。
（９７）実施形態９５に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドと上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドとは、物理的に会合している、免疫原性組成物。
（９８）実施形態９３に記載の免疫原性組成物であって、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである、免疫原性組成物。
（９９）実施形態９４に記載の免疫原性組成物であって、上記オリゴマー形態は、ハイパーオリゴマーである、免疫原性組成物。
（１００）実施形態７６に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ８０であり、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  １０４である、免疫原性組成物。
（１０１）実施形態７４に記載の免疫原性組成物であって、上記第一のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ８０であり、上記第二のＧＢＳ  ＡＩポリペプチドは、ＧＢＳ  ６７である、免疫原性組成物。
（１０２）実施形態６９〜７９、１００、または１０１のうちのいずれか１つの実施形態に記載の免疫原性組成物であって、ＡＩと会合していないＧＢＳポリペプチドをさらに含む、免疫原性組成物。
（１０３）実施形態１０２に記載の免疫原性組成物であって、上記ＡＩと会合していないＧＢＳポリペプチドは、ＧＢＳ  ３２２およびＧＢＳ  ２７６からなる群より選択される、免疫原性組成物。
（１０４）実施形態１０３に記載の免疫原性組成物であって、上記ＡＩと会合していないＧＢＳポリペプチドは、ＧＢＳ  ３２２である、免疫原性組成物。
（１０５）第一および第二のグラム陽性細菌アドヘシンアイランド（ＡＩ）ポリペプチドを含む、免疫原性組成物。
（１０６）上記第一のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドをコードする全長ポリヌクレオチド配列が、上記第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドをコードする全長ポリヌクレオチド配列を含むグラム陽性細菌のゲノムに存在しない、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１０７）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが、それぞれ１つより多いグラム陽性細菌血清型および株単離体のゲノムに存在する、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１０８）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、異なるグラム陽性細菌種のものである、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１０９）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、同一のグラム陽性細菌種のものである、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１１０）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、異なるＡＩサブタイプに由来する、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１１１）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、同一のＡＩサブタイプに由来する、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１１２）上記第一のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、この第一のグラム陽性細菌株または血清型上に検出可能な表面露出を有するが、これは上記第二のグラム陽性細菌株上にも血清型上にも検出可能な表面露出を有さず、かつ上記第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、この第二のグラム陽性細菌株または血清型上に検出可能な表面露出を有するが、これは上記第一のグラム陽性細菌株上にも血清型上にも検出可能な表面露出を有さない、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１１３）上記グラム陽性細菌が、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎａｉｅ、Ｓ．ｍｕｔａｎｓ、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓまたはＣ．ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅである、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１１４）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、ソルターゼ基質モチーフを含む、実施形態１０５〜１１３のいずれかに記載の免疫原性組成物。
（１１５）上記ソルターゼ基質モチーフがＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態１１４に記載の免疫原性組成物。
（１１６）上記ＬＰＸＴＧモチーフがＸＸＸＸＧにより表され、
ここでアミノ酸位置１のＸは、Ｌ、Ｖ、Ｅ、Ｉ、ＦまたはＱであり、
アミノ酸位置１のＸがＬ、ＩまたはＦである場合に、アミノ酸位置２のＸはＰであり、アミノ酸位置１のＸがＥまたはＱである場合に、アミノ酸位置２のＸはＶであり、アミノ酸位置１のＸがＶである場合に、アミノ酸位置２のＸはＶまたはＰであり、
アミノ酸位置３のＸは、任意のアミノ酸残基であり、ならびに
アミノ酸位置１のＸがＶ、Ｅ、Ｉ、ＦまたはＱである場合に、アミノ酸位置４のＸはＴであり、アミノ酸位置１のＸがＬである場合に、アミノ酸位置４のＸはＴ、ＳまたはＡである、実施形態１１５に記載の免疫原性組成物。
（１１７）上記第一のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、第一のＡ群連鎖球菌（ＧＡＳ）ＡＩポリペプチドである、実施形態１０５に記載の免疫原性組成物。
（１１８）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、ソルターゼ基質モチーフを含む、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１１９）上記ソルターゼ基質モチーフがＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態１１８に記載の免疫原性組成物。
（１２０）上記ＬＰＸＴＧモチーフがＸＸＸＸＧにより表され、
ここで、一番目のアミノ酸位置のＸがＬ、Ｖ、ＥまたはＱであり、
一番目のアミノ酸位置のＸがＬである場合に、二番目のアミノ酸位置のＸはＰであり、一番目のアミノ酸位置のＸがＥまたはＱである場合に、二番目のアミノ酸位置のＸはＶであり、あるいは、一番目のアミノ酸位置のＸがＶである場合に、二番目のアミノ酸位置のＸはＶまたはＰであり、
三番目のアミノ酸位置のＸは任意のアミノ酸残基であり、ならびに
一番目のアミノ酸位置のＸがＶ、ＥまたはＱである場合に、四番目のアミノ酸位置のＸはＴであり、あるいは、一番目のアミノ酸位置のＸがＬである場合に、四番目のアミノ酸位置のＸはＴ、ＳまたはＡである、
実施形態１１９に記載の免疫原性組成物。
（１２１）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞に付着するＧＡＳ細菌の能力に影響を与える、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１２２）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞に侵入するＧＡＳ細菌の能力に影響を与える、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１２３）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞層を通って転位するＧＡＳ細菌の能力に影響を与える、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１２４）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが上皮細胞表面に会合し得る、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１２５）上記の上皮細胞表面との会合が、この上皮細胞表面への結合である、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１２６）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、全長ＧＡＳ  ＡＩタンパク質である、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１２７）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、全長ＧＡＳ  ＡＩタンパク質のフラグメントである、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１２８）上記フラグメントが、上記ＧＡＳ  ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、実施形態１２７に記載の免疫原性組成物。
（１２９）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが第一のＧＡＳ  ＡＩ−１ポリペプチドである、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１３０）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第一のＧＡＳ  ＡＩ−２ポリペプチドである、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１３１）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第一のＧＡＳ  ＡＩ−３ポリペプチドである、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１３２）上記第一のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第一のＧＡＳ  ＡＩ−４ポリペプチドである、実施形態１１７に記載の免疫原性組成物。
（１３３）上記第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドである、実施形態１１７または１２９〜１３２のいずれか一つに記載の免疫原性組成物。
（１３４）上記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−１ポリペプチドである、実施形態１３３に記載の免疫原性組成物。
（１３５）上記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−２ポリペプチドである、実施形態１３３に記載の免疫原性組成物。
（１３６）上記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−３ポリペプチドである、実施形態１３３に記載の免疫原性組成物。
（１３７）上記第二のＧＡＳ  ＡＩポリペプチドが、第二のＧＡＳ  ＡＩ−４ポリペプチドである、実施形態１３３に記載の免疫原性組成物。
（１３８）上記第一のＧＡＳ  ＡＩ−１ポリペプチドが、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛、ＩＳＳ３６５０＿線毛、ＤＳＭ２０７１＿線毛、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１２９に記載の免疫原性組成物。
（１３９）上記第一のＧＡＳ  ＡＩ−２ポリペプチドが、ＧＡＳ１５、ＧＡＳ１６、ＧＡＳ１８、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１３０に記載の免疫原性組成物。
（１４０）上記第一のＧＡＳ  ＡＩ−３ポリペプチドが、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０４、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿線毛、ＩＳＳ３７７６＿線毛、ＩＳＳ４９５９＿線毛、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１３１に記載の免疫原性組成物。
（１４１）上記第一のＧＡＳ  ＡＩ−４ポリペプチドが、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３７、１９２２４１３９、１９２２４１４１、２００１０２９６＿線毛、２００２００６９＿線毛、ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿線毛、ＩＳＳ４８８３＿線毛、ＩＳＳ４５３８＿線毛、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１３２に記載の免疫原性組成物。
（１４２）上記第二のＧＡＳ  ＡＩ−１ポリペプチドが、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５７、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１５９、Ｍ６＿Ｓｐｙ０１６０、ＣＤＣ  ＳＳ  ４１０＿線毛、ＩＳＳ３６５０＿線毛、ＤＳＭ２０７１＿線毛、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１３４に記載の免疫原性組成物。
（１４３）上記第二のＧＡＳ  ＡＩ−２ポリペプチドが、ＧＡＳ１５、ＧＡＳ１６、ＧＡＳ１８、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１３５に記載の免疫原性組成物。
（１４４）上記第二のＧＡＳ  ＡＩ−３ポリペプチドが、ＳｐｙＭ３＿００９８、ＳｐｙＭ３＿０１００、ＳｐｙＭ３＿０１０２、ＳｐｙＭ３＿０１０４、ＳＰｓ０１００、ＳＰｓ０１０２、ＳＰｓ０１０４、ＳＰｓ０１０６、ｏｒｆ７８、ｏｒｆ８０、ｏｒｆ８２、ｏｒｆ８４、ｓｐｙＭ１８＿０１２６、ｓｐｙＭ１８＿０１２８、ｓｐｙＭ１８＿０１３０、ｓｐｙＭ１８＿０１３２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５６、ＳｐｙｏＭ０１０００１５５、ＳｐｙｏＭ０１０００１５４、ＳｐｙｏＭ０１０００１５３、ＳｐｙｏＭ０１０００１５２、ＳｐｙｏＭ０１０００１５１、ＳｐｙｏＭ０１０００１５０、ＳｐｙｏＭ０１０００１４９、ＩＳＳ３０４０＿線毛、ＩＳＳ３７７６＿線毛、ＩＳＳ４９５９＿線毛、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１３６に記載の免疫原性組成物。
（１４５）上記第二のＧＡＳ  ＡＩ−４ポリペプチドが、１９２２４１３４、１９２２４１３５、１９２２４１３７、１９２２４１３９、１９２２４１４１、２００１０２９６＿線毛、２００２００６９＿線毛、ＣＤＣ  ＳＳ  ６３５＿線毛、ＩＳＳ４８８３＿線毛、ＩＳＳ４５３８＿線毛、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１３７に記載の免疫原性組成物。
（１４６）上記第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、Ｂ群連鎖球菌（ＧＢＳ）ＡＩポリペプチドである、実施形態１１７〜１３２または１３８〜１４１のいずれか一つに記載の免疫原性組成物。
（１４７）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドがソルターゼ基質モチーフを含む、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１４８）上記ソルターゼ基質モチーフがＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態１４７に記載の免疫原性組成物。
（１４９）上記ＬＰＸＴＧモチーフがアミノ酸配列ＸＰＸＴＧにより表され、ここで、アミノ酸位置１のＸがＬ、ＩまたはＦであり、アミノ酸位置３のＸが任意のアミノ酸残基である、実施形態１４８に記載の免疫原性組成物。
（１５０）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞に付着するＧＢＳ細菌の能力に影響を与える、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５１）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞に侵入するＧＢＳ細菌の能力に影響を与える、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５２）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞層を通って転位するＧＢＳ細菌の能力に影響を与える、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５３）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが上皮細胞表面に会合し得る、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５４）上記の上皮細胞表面への会合が、この上皮細胞表面への結合である、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５５）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、全長ＧＢＳ  ＡＩタンパク質である、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５６）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、全長ＧＢＳ  ＡＩタンパク質のフラグメントである、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５７）上記フラグメントが、ＧＢＳ  ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、実施形態１５６に記載の免疫原性組成物。
（１５８）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドである、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１５９）上記ＧＢＳ  ＡＩポリペプチドが、ＧＢＳ  ＡＩ−２ポリペプチドである、実施形態１４６に記載の免疫原性組成物。
（１６０）上記ＧＢＳ  ＡＩ−１ポリペプチドが、ＧＢＳ  ８０、ＧＢＳ  １０４、ＧＢＳ  ５２、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１５８に記載の免疫原性組成物。
（１６１）上記ＧＢＳ  ＡＩ−２ポリペプチドが、ＧＢＳ  ５９、ＧＢＳ  ６７、ＧＢＳ  １５０、０１５２１、０１５２３、０１５２４、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１５９に記載の免疫原性組成物。
（１６２）上記第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドである、実施形態１１７〜１３２または１３８〜１４１のいずれか一つに記載の免疫原性組成物。
（１６３）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが、ソルターゼ基質モチーフを含む、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１６４）上記ソルターゼ基質モチーフが、ＬＰＸＴＧモチーフである、実施形態１６３に記載の免疫原性組成物。
（１６５）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞に付着するＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの能力に影響を与える、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１６６）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞に侵入するＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの能力に影響を与える、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１６７）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが、上皮細胞層を通って転位するＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの能力に影響を与える、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１６８）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが上皮細胞表面に会合し得る、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１６９）上記の上皮細胞表面との会合が、この上皮細胞表面への結合である、実施形態１６８に記載の免疫原性組成物。
（１７０）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが、全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質である、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１７１）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが、全長Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質のフラグメントである、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１７２）上記フラグメントが、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩタンパク質の少なくとも７個連続するアミノ酸残基を含む、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１７３）上記Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＩポリペプチドが、ＳＰ０４６２、ＳＰ０４６３、ＳＰ０４６４、ｏｒｆ３＿６７０、ｏｒｆ４＿６７０、ｏｒｆ５＿６７０、ＯＲＦ３＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ４＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ５＿１４ＣＳＲ、ＯＲＦ３＿１９ＡＨ、ＯＲＦ４＿１９ＡＨ、ＯＲＦ５＿１９ＡＨ、ＯＲＦ３＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿１９ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿２３ＦＰ、ＯＲＦ４＿２３ＦＰ、ＯＲＦ５＿２３ＦＰ、ＯＲＦ３＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ４＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ５＿２３ＦＴＷ、ＯＲＦ３＿６ＢＦ、ＯＲＦ４＿６ＢＦ、ＯＲＦ５＿６ＢＦ、ＯＲＦ３＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ４＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ５＿６ＢＳＰ、ＯＲＦ３＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ４＿９ＶＳＰ、ＯＲＦ５＿９ＶＳＰ、およびそれらのフラグメントからなる群より選択される、実施形態１６２に記載の免疫原性組成物。
（１７４）上記第一のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドがオリゴマー形態である、実施形態１０５〜１１７のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
（１７５）上記オリゴマー形態が、ハイパーオリゴマーである、実施形態１７４に記載の免疫原性組成物。
（１７６）上記第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドがオリゴマー形態である、実施形態１７４に記載の免疫原性組成物。
（１７７）上記オリゴマー形態が、ハイパーオリゴマーである、実施形態１７６に記載の免疫原性組成物。
（１７８）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが単一のオリゴマー形態で会合している、実施形態１７６に記載の免疫原性組成物。
（１７９）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが化学的に会合している、実施形態１７８に記載の免疫原性組成物。
（１８０）上記第一および第二のグラム陽性細菌ＡＩポリペプチドが物理的に会合している、実施形態１７８に記載の免疫原性組成物。
（１８１）ＡＩと会合していないグラム陽性細菌ポリペプチドをさらに含む、実施形態１０５〜１１７のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
（１８２）上記のＡＩと会合していないグラム陽性細菌ポリペプチドが、ＧＢＳ  ３２２およびＧＢＳ  ２７６からなる群より選択される、実施形態１８１に記載の免疫原性組成物。
（１８３）上記のＡＩと会合していないグラム陽性細菌ポリペプチドがＧＢＳ  ３２２である、実施形態１８２に記載の免疫原性組成物。
（１８４）増大したレベルのＡＩ表面タンパク質を産生するように適合された、改変グラム陽性細菌。
（１８５）上記ＡＩ表面タンパク質がオリゴマー形態である、実施形態１８４に記載の改変グラム陽性細菌。
（１８６）上記オリゴマー形態が、ハイパーオリゴマーである実施形態１８５に記載の改変グラム陽性細菌。
（１８７）Ｂ群連鎖球菌細菌である、実施形態１８４〜１８６のいずれか１つに記載の改変グラム陽性細菌
（１８８）Ａ群連鎖球菌細菌である、実施形態１８４〜１８６のいずれか１つに記載の改変グラム陽性細菌。
（１８９）非病原性グラム陽性細菌である、実施形態１８４〜１８６のいずれか１つに記載の改変グラム陽性細菌。
（１９０）上記非病原性グラム陽性細菌がＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉである、実施形態１８９に記載の改変グラム陽性細菌。
（１９１）上記非病原性グラム陽性細菌がＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである、実施形態１８９に記載の改変グラム陽性細菌。
（１９２）不活化された、実施形態１８４〜１８６のいずれか１つに記載の改変グラム陽性細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記グラム陽性細菌の表面に露出される、細菌。
（１９３）弱毒化された、実施形態１８４〜１８６のいずれか１つに記載の改変グラム陽性細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記グラム陽性細菌の表面に露出される、細菌。
（１９４）不活化された、実施形態１８７に記載の改変ＧＢＳ細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記ＧＢＳ細菌の表面に露出される、細菌。
（１９５）弱毒化された、実施形態１８７に記載の改変ＧＢＳ細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記ＧＢＳ細菌の表面に露出される、細菌。
（１９６）不活化された、実施形態１８８に記載の改変ＧＡＳ細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記ＧＡＳ細菌の表面に露出される、細菌。
（１９７）弱毒化された、実施形態１８８に記載の改変ＧＡＳ細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記ＧＡＳ細菌の表面に露出される、細菌。
（１９８）不活化された、実施形態１８９に記載の改変非病原性細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記非病原性グラム陽性細菌の表面に露出される、細菌。
（１９９）弱毒化された、実施形態１８９に記載の改変非病原性細菌であって、上記ＡＩ表面タンパク質が上記非病原性グラム陽性細菌の表面に露出される、細菌。
（２００）オリゴマー性アドヘシンアイランド（ＡＩ）表面抗原を製造するための方法であって、該方法は、以下：
オリゴマー性ＡＩ表面抗原を発現するグラム陽性細菌を培養する工程、および
この発現されたオリゴマー性ＡＩ表面抗原を単離する工程
を包含する、方法。
（２０１）上記単離する工程が、上記グラム陽性細菌培養物中のグラム陽性細菌分泌物から上記オリゴマー性ＡＩ表面抗原を収集することによって実行される、実施形態２００に記載の方法。
（２０２）精製する工程をさらに包含する、実施形態２００に記載の方法。
（２０３）上記オリゴマー性ＡＩ表面抗原がグラム陽性細菌の細胞表面から精製される、実施形態２０２に記載の方法。
（２０４）上記グラム陽性細菌が、増大したＡＩタンパク質発現に適合されている、実施形態２００に記載の方法。
（２０５）上記グラム陽性細菌が、Ａ群連鎖球菌細菌である、実施形態２００〜２０４のいずれか１つに記載の方法。
（２０６）上記グラム陽性細菌が、Ｂ群連鎖球菌細菌である、実施形態２００〜２０４のいずれか１つに記載の方法。
（２０７）上記オリゴマー性ＡＩ表面抗原がハイパーオリゴマー形態である、実施形態２００〜２０４のいずれか１つに記載の方法。
（２０８）上記グラム陽性細菌が、上記オリゴマー性ＡＩ表面抗原を組換え発現する、実施形態２００に記載の方法。
（２０９）さらに操作された上記グラム陽性細菌が、少なくとも１つのＡＩソルターゼを発現する、実施形態２０８に記載の方法。
（２１０）Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌である、実施形態１８４〜１８６のいずれか１つに記載の改変グラム陽性細菌。
（２１１）上記グラム陽性細菌がＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、実施形態２００〜２０４のいずれか１つに記載の方法。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
2011206061.tif 000351
【図１１】
2011206061.tif 000352
【図１２】
2011206061.tif 000353
【図１３】
2011206061.tif 000354
【図１４】
2011206061.tif 000355
【図１５】
2011206061.tif 000356
【図１６】
2011206061.tif 000357
【図１７】
2011206061.tif 000358
【図１８】
2011206061.tif 000359
【図１８Ａ】
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【図１８Ｂ】
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【図１８Ｃ】
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【図１８Ｄ】
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【図１８Ｅ】
2011206061.tif 000364
【図１８Ｆ】
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【図１８Ｇ】
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【図１８Ｈ】
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【図１８Ｉ】
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【図１８Ｊ】
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【図１８Ｋ】
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【図１８Ｌ】
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【図１８Ｍ】
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【図１８Ｎ】
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【図１８Ｏ】
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【図１８Ｐ】
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【図１８Ｑ】
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【図１８Ｒ】
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【図１８Ｓ】
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【図１８Ｔ】
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【図１８Ｕ】
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【図１８Ｖ】
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【図１８Ｗ】
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【図１８Ｘ】
2011206061.tif 000383
【図１８Ｙ】
2011206061.tif 000384
【図１８Ｚ】
2011206061.tif 000385
【図１８ＡＡ】
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【図１８ＡＢ】
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【図１８ＡＣ】
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【図１８ＡＤ】
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【図１８ＡＥ】
2011206061.tif 000390
【図１８ＡＦ】
2011206061.tif 000391
【図１８ＡＧ】
2011206061.tif 000392
【図１８ＡＨ】
2011206061.tif 000393
【図１８ＡＩ】
2011206061.tif 000394
【図１８ＡＪ】
2011206061.tif 000395
【図１８ＡＫ】
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【図１９】
2011206061.tif 000397
【図１９Ａ】
2011206061.tif 000398
【図１９Ｂ】
2011206061.tif 000399
【図１９Ｃ】
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【図１９Ｄ】
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【図１９Ｅ】
2011206061.tif 000402
【図１９Ｆ】
2011206061.tif 000403
【図１９Ｇ】
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【図１９Ｈ】
2011206061.tif 000405
【図１９Ｉ】
2011206061.tif 000406
【図１９Ｊ】
2011206061.tif 000407
【図１９Ｋ】
2011206061.tif 000408
【図１９Ｌ】
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【図１９Ｍ】
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【図１９Ｎ】
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【図１９Ｏ】
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【図１９Ｐ】
2011206061.tif 000413
【図１９Ｑ】
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【図１９Ｒ】
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【図１９Ｓ】
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【図１９Ｔ】
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【図１９Ｕ】
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【図１９Ｖ】
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【図１９Ｗ】
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【図１９Ｘ】
2011206061.tif 000421
【図１９Ｙ】
2011206061.tif 000422
【図１９Ｚ】
2011206061.tif 000423
【図１９ＡＡ】
2011206061.tif 000424
【図１９ＡＢ】
2011206061.tif 000425
【図１９ＡＣ】
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【図１９ＡＤ】
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【図１９ＡＥ】
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【図２０】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
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【図２０Ｃ】
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【図２０Ｄ】
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【図２０Ｅ】
2011206061.tif 000434
【図２０Ｆ】
2011206061.tif 000435
【図２０Ｇ】
2011206061.tif 000436
【図２０Ｈ】
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【図２０Ｉ】
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【図２０Ｊ】
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【図２０Ｋ】
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【図２０Ｌ】
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【図２０Ｍ】
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【図２０Ｎ】
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【図２０Ｏ】
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【図２０Ｐ】
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【図２０Ｑ】
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【図２０Ｒ】
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【図２０Ｓ】
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【図２０Ｔ】
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【図２０Ｕ】
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【図２１】
2011206061.tif 000451
【図２１Ａ】
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【図２１Ｂ】
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【図２１Ｃ】
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【図２１Ｄ】
2011206061.tif 000455
【図２１Ｅ】
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【図２１Ｆ】
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【図２１Ｇ】
2011206061.tif 000458
【図２１Ｈ】
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【図２１Ｉ】
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【図２１Ｊ】
2011206061.tif 000461
【図２１Ｋ】
2011206061.tif 000462
【図２１Ｌ】
2011206061.tif 000463
【図２１Ｍ】
2011206061.tif 000464
【図２１Ｎ】
2011206061.tif 000465
【図２１Ｏ】
2011206061.tif 000466
【図２１Ｐ】
2011206061.tif 000467
【図２１Ｑ】
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【図２１Ｒ】
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【図２１Ｓ】
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【図２１Ｔ】
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【図２１Ｕ】
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【図２２】
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【図２２Ａ】
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【図２３】
2011206061.tif 000475
【図２３Ａ】
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【図２３Ｂ】
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【図２４】
2011206061.tif 000478
【図２４Ａ】
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【図２４Ｂ】
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【図２５】
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【図２６】
2011206061.tif 000482
【図２７】
2011206061.tif 000483
【図２８】
2011206061.tif 000484
【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
2011206061.tif 000491
【図３６】
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【図３７】
2011206061.tif 000493
【図３８】
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【図３９】
2011206061.tif 000495
【図４０】
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【図４１】
2011206061.tif 000497
【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
2011206061.tif 000500
【図４５】
2011206061.tif 000501
【図４６】
2011206061.tif 000502
【図４７】
2011206061.tif 000503
【図４８】
2011206061.tif 000504
【図４９】
2011206061.tif 000505
【図５０】
2011206061.tif 000506
【図５１】
2011206061.tif 000507
【図５２】
2011206061.tif 000508
【図５２Ａ】
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【図５３】
2011206061.tif 000510
【図５４】
2011206061.tif 000511
【図５４Ａ】
2011206061.tif 000512
【図５５】
2011206061.tif 000513
【図５６】
2011206061.tif 000514
【図５７】
2011206061.tif 000515
【図５７Ａ】
2011206061.tif 000516
【図５７Ｂ】
2011206061.tif 000517
【図５７Ｃ】
2011206061.tif 000518
【図５７Ｄ】
2011206061.tif 000519
【図５７Ｅ】
2011206061.tif 000520
【図５７Ｆ】
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【図５７Ｇ】
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【図５７Ｈ】
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【図５７Ｉ】
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【図５７Ｊ】
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【図５７Ｋ】
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【図５８】
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【図５８Ａ】
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【図５８Ｂ】
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【図５８Ｃ】
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【図５８Ｄ】
2011206061.tif 000531
【図５８Ｅ】
2011206061.tif 000532
【図５８Ｆ】
2011206061.tif 000533
【図５８Ｇ】
2011206061.tif 000534
【図５８Ｈ】
2011206061.tif 000535
【図５８Ｉ】
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【図５８Ｊ】
2011206061.tif 000537
【図５８Ｋ】
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【図５８Ｌ】
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【図５８Ｍ】
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【図５８Ｎ】
2011206061.tif 000541
【図５８Ｏ】
2011206061.tif 000542
【図５９】
2011206061.tif 000543
【図５９Ａ】
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【図５９Ｂ】
2011206061.tif 000545
【図５９Ｃ】
2011206061.tif 000546
【図５９Ｄ】
2011206061.tif 000547
【図５９Ｅ】
2011206061.tif 000548
【図５９Ｆ】
2011206061.tif 000549
【図５９Ｇ】
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【図６０】
2011206061.tif 000551
【図６１】
2011206061.tif 000552
【図６２】
2011206061.tif 000553
【図６３】
2011206061.tif 000554
【図６４】
2011206061.tif 000555
【図６５】
2011206061.tif 000556
【図６６】
2011206061.tif 000557
【図６７】
2011206061.tif 000558
【図６８】
2011206061.tif 000559
【図６９】
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【図７０】
2011206061.tif 000561
【図７１】
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【図７２】
2011206061.tif 000563
【図７３】
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【図７４】
2011206061.tif 000565
【図７５】
2011206061.tif 000566
【図７６】
2011206061.tif 000567
【図７７】
2011206061.tif 000568
【図７８】
2011206061.tif 000569
【図７９】
2011206061.tif 000570
【図８０】
2011206061.tif 000571
【図８１】
2011206061.tif 000572
【図８２】
2011206061.tif 000573
【図８３】
2011206061.tif 000574
【図８４】
2011206061.tif 000575
【図８５】
2011206061.tif 000576
【図８６】
2011206061.tif 000577
【図８７】
2011206061.tif 000578
【図８８】
2011206061.tif 000579
【図８９】
2011206061.tif 000580
【図９０】
2011206061.tif 000581
【図９１】
2011206061.tif 000582
【図９２】
2011206061.tif 000583
【図９３】
2011206061.tif 000584
【図９４】
2011206061.tif 000585
【図９５】
2011206061.tif 000586
【図９６】
2011206061.tif 000587
【図９７】
2011206061.tif 000588
【図９８】
2011206061.tif 000589
【図９９】
2011206061.tif 000590
【図１００】
2011206061.tif 000591
【図１０１】
2011206061.tif 000592
【図１０１Ａ】
2011206061.tif 000593
【図１０１Ｂ】
2011206061.tif 000594
【図１０１Ｃ】
2011206061.tif 000595
【図１０１Ｄ】
2011206061.tif 000596
【図１０１Ｅ】
2011206061.tif 000597
【図１０１Ｆ】
2011206061.tif 000598
【図１０１Ｇ】
2011206061.tif 000599
【図１０１Ｈ】
2011206061.tif 000600
【図１０１Ｉ】
2011206061.tif 000601
【図１０１Ｊ】
2011206061.tif 000602
【図１０１Ｋ】
2011206061.tif 000603
【図１０１Ｌ】
2011206061.tif 000604
【図１０１Ｍ】
2011206061.tif 000605
【図１０１Ｎ】
2011206061.tif 000606
【図１０１Ｏ】
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【図１０１Ｐ】
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【図１０１Ｑ】
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【図１０１Ｒ】
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【図１０１Ｓ】
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【図１０１Ｖ】
2011206061.tif 000614
【図１０１Ｗ】
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【図１０１Ｘ】
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【図１０１Ｙ】
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【図１０１Ｚ】
2011206061.tif 000618
【図１０１ＡＡ】
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【図１０１ＡＢ】
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【図１０１ＡＣ】
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【図１０１ＡＤ】
2011206061.tif 000622
【図１０１ＡＥ】
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【図１０１ＡＦ】
2011206061.tif 000624
【図１０１ＡＧ】
2011206061.tif 000625
【図１０１ＡＨ】
2011206061.tif 000626
【図１０１ＡＩ】
2011206061.tif 000627
【図１０１ＡＪ】
2011206061.tif 000628
【図１０１ＡＫ】
2011206061.tif 000629
【図１０１ＡＬ】
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【図１０１ＡＭ−１】
2011206061.tif 000631
【図１０１ＡＭ−２】
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【図１０１ＡＮ】
2011206061.tif 000633
【図１０２】
2011206061.tif 000634
【図１０３】
2011206061.tif 000635
【図１０４】
2011206061.tif 000636
【図１０５】
2011206061.tif 000637
【図１０６】
2011206061.tif 000638
【図１０７】
2011206061.tif 000639
【図１０８】
2011206061.tif 000640
【図１０９】
2011206061.tif 000641
【図１１０】
2011206061.tif 000642
【図１１１】
2011206061.tif 000643
【図１１２】
2011206061.tif 000644
【図１１３】
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【図１１４】
2011206061.tif 000646
【図１１５】
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【図１１６】
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【図１１７】
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【図１１８】
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【図１１９】
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【図１２０】
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【図１２１】
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【図１２２】
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【図１２３】
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【図１２４】
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【図１２５】
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【図１２６】
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【図１２７】
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【図１２８】
2011206061.tif 000660
【図１２９】
2011206061.tif 000661
【図１３０】
2011206061.tif 000662
【図１３１】
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【図１３２】
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【図１３３】
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【図１３４】
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【図１３５】
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【図１３６】
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【図１３７】
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【図１３８】
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【図１３９】
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【図１４０】
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【図１４１Ａ】
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【図１４１Ｂ】
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【図１４２Ａ】
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【図１４２Ｂ】
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【図１４３Ａ】
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【図１４４Ａ】
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【図１４５Ａ】
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【図１４５Ｂ】
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【図１４６】
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【図１４７】
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【図１４８】
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【図１４９】
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【図１５０】
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【図１５１】
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【図１５２】
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【図１５３】
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【図１５４】
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【図１５５】
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【図１５６】
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【図１５７】
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【図１５８】
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【図１５９】
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【図１６０】
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【図１６１】
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【図１６２】
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【図１６３】
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【図１６４】
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【図１６５】
2011206061.tif 000700
【図１６６】
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【図１６７】
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【図１６８】
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【図１６９】
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【図１７０】
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【図１７１】
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【図１７２】
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【図１７３】
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【図１７４】
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【図１７５】
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【図１７６】
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【図１７７】
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【図１７８】
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【図１７９】
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【図１８０】
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【図１８１】
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【図１８２】
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【図１８３】
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【図１８４】
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【図１８５】
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【図１８６】
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【図１８７】
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【図１８８】
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【図１８９】
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【図１９０】
2011206061.tif 000725
【図１９１】
2011206061.tif 000726
【図１９２】
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【図１９３】
2011206061.tif 000728
【図１９４】
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【図１９５】
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【図１９６Ａ】
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【図１９６Ｂ】
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【図１９６Ｃ】
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【図１９６Ｄ】
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【図１９６Ｅ】
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【図１９６Ｆ】
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【図１９６Ｇ】
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【図１９６Ｈ】
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【図１９６Ｉ】
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【図１９６Ｊ】
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【図１９６Ｋ】
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【図１９６Ｌ】
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【図１９６Ｍ】
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【図１９６Ｎ】
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【図１９６Ｏ】
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【図１９６Ｐ】
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【図１９６Ｑ】
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【図１９６Ｒ】
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【図１９６Ｓ】
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【図１９６Ｔ】
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【図１９６Ｕ】
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【図１９６Ｖ】
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【図１９６Ｗ】
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【図１９６Ｘ】
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【図１９６Ｙ】
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【図１９６Ｚ】
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【図１９６ＡＡ】
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【図１９６ＡＢ】
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【図１９６ＡＣ】
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【図１９６ＡＤ】
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【図１９６ＡＥ】
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【図１９６ＡＦ】
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【図１９６ＡＧ】
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【図１９６ＡＨ】
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【図１９６ＡＩ】
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【図１９６ＡＪ】
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【図１９６ＡＫ】
2011206061.tif 000767
【図１９６ＡＬ】
2011206061.tif 000768
【図１９６ＡＭ】
2011206061.tif 000769
【図１９７】
2011206061.tif 000770
【図１９８】
2011206061.tif 000771
【図１９９】
2011206061.tif 000772
【図２００Ａ】
2011206061.tif 000773
【図２００Ｂ】
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【図２００Ｃ】
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【図２００Ｄ】
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【図２０１】
2011206061.tif 000777
【図２０２】
2011206061.tif 000778
【図２０３】
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【図２０４】
2011206061.tif 000780
【図２０５】
2011206061.tif 000781
【図２０６】
2011206061.tif 000782
【図２０７】
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【図２０８】
2011206061.tif 000784
【図２０９】
2011206061.tif 000785
【図２１０】
2011206061.tif 000786
【図２１１】
2011206061.tif 000787
【図２１２】
2011206061.tif 000788
【図２１３】
2011206061.tif 000789
【図２１４】
2011206061.tif 000790
【図２１５】
2011206061.tif 000791
【図２１６】
2011206061.tif 000792
【図２１７】
2011206061.tif 000793
【図２１８】
2011206061.tif 000794
【図２１９】
2011206061.tif 000795
【図２２０】
2011206061.tif 000796
【図２２１】
2011206061.tif 000797
【図２２２】
2011206061.tif 000798
【図２２３】
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【図２２４】
2011206061.tif 000800
【図２２５】
2011206061.tif 000801
【図２２６Ａ】
2011206061.tif 000802
【図２２６Ｂ】
2011206061.tif 000803
【図２２７Ａ】
2011206061.tif 000804
【図２２７Ｂ】
2011206061.tif 000805
【図２２８】
2011206061.tif 000806
【図２２９】
2011206061.tif 000807
【図２３０】
2011206061.tif 000808
【図２３１】
2011206061.tif 000809
【図２３２】
2011206061.tif 000810
【図２３３】
2011206061.tif 000811
【図２３４Ａ−１】
2011206061.tif 000812
【図２３４Ａ−２】
2011206061.tif 000813
【図２３４Ｂ−１】
2011206061.tif 000814
【図２３４Ｂ−２】
2011206061.tif 000815
【図２３４Ｃ−１】
2011206061.tif 000816
【図２３４Ｃ−２】
2011206061.tif 000817
【図２３４Ｄ】
2011206061.tif 000818
【図２３４Ｅ−１】
2011206061.tif 000819
【図２３４Ｅ−２】
2011206061.tif 000820
【図２３５】
2011206061.tif 000821
【図２３６】
2011206061.tif 000822
【図２３７】
2011206061.tif 000823
【図２３８】
2011206061.tif 000824
【図２３９】
2011206061.tif 000825
【図１４２Ｃ】
2011206061.tif 000826
【図１４３Ｂ】
2011206061.tif 000827
【図１４３Ｃ】
2011206061.tif 000828
【図１４４Ｂ】
2011206061.tif 000829
【配列表】
2011206061000001.app
【外国語明細書】
2011206061000001.pdf