(57)【要約】      （修正有）【課題】糖質利用能を改善した微生物・植物を提供する。【解決手段】乳酸菌の糖質利用関連タンパク質、特にＡＢＣトランスポーター及び多剤トランスポーターと、それをコードする核酸。また該核酸を含むベクター、及びかかるベクターが導入された細胞と、該ポリペプチドの作製方法。更にそれらの利用による、生物の糖質利用能、糖質産生能、薬剤利用能の改変方法、食品の風味・テクスチャーの改善方法。【選択図】図１
2011200232.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下のａ）〜ｆ）からなる群から選択される単離された核酸：
ａ）配列番号２８９、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列又はその相補配列を含む核酸；
ｂ）配列番号２８９、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列又はその相補配列を含む核酸；
ｃ）配列番号２８９、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列又はその相補配列の断片を含む核酸；
ｄ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
ｅ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸；並びに
ｆ）ａ〜ｅのいずれかとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸。
【請求項２】
請求項１記載の核酸を含むベクター。
【請求項３】
ヘテロポリペプチドをコードする核酸をさらに含む請求項２記載のベクター。
【請求項４】
請求項２記載のベクターを含む細胞。
【請求項５】
以下のａ）〜ｅ）からなる群から選択される単離されたポリペプチド：
ａ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｂ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列の断片を含むポリペプチド；
ｃ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｄ）配列番号２８９、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列又はその相補配列にコードされるポリペプチド；
ｅ）配列番号２８９、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列又はその相補配列にコードされ、活性を保持しているポリペプチド。
【請求項６】
ヘテロアミノ酸配列をさらに含む請求項５記載のポリペプチド。
【請求項７】
請求項５記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
【請求項８】
ポリペプチドを作製する方法において、前記ポリペプチドをコードする核酸が発現される条件下で請求項４に記載の細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが、以下のａ）〜ｅ）からなる群から選択される方法：
ａ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｂ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列の断片を含むポリペプチド；
ｃ）配列番号２９０、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｄ）配列番号２８９、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド、並びに
ｅ）配列番号２８９、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド。
【請求項９】
生物における、糖質を細胞の内外へと輸送する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記生物に導入することを含む方法。
【請求項１０】
生物における、糖質を蓄積する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記生物に導入することを含む方法。
【請求項１１】
生物における、糖質をエネルギー源として利用する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記生物に導入することを含む方法。
【請求項１２】
微生物により発酵させた食品の風味を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記微生物に導入することを含む方法。
【請求項１３】
微生物により発酵させた食品のテクスチャーを改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記微生物に導入することを含む方法。
【請求項１４】
生物における、改変された糖質を産生する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記生物に導入することを含む方法。
【請求項１５】
生物における、食品加工条件及び貯蔵条件下で生存する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記生物に導入することを含む方法。
【請求項１６】
生物における、消化管内で生存する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記微生物に導入することを含む方法。
【請求項１７】
生物における、糖質を産生する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記生物に導入することを含む方法。
【請求項１８】
生物における、薬剤を細胞の内外へと輸送する能力を改変する方法であって、請求項１記載の核酸を前記生物に導入することを含む方法。
【請求項１９】
請求項１記載の核酸を含む核酸構築物を含む植物細胞。
【請求項２０】
請求項１９記載の植物細胞から作出された植物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、乳酸菌、すなわちラクトバチルス・アシドフィルスから単離されたポリヌクレオチドと、かかるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドとに関し、さらに、かかるポリペプチド及びそれらを発現する微生物を使用する方法にも関する。
【０００２】
本出願は、２００５年３月７日に出願された米国出願番号 を優先権主張の基礎としている。この基礎出願の名称は、「糖質利用関連タンパク質をコードするラクトバチルス・アシドフィルス核酸配列及びその使用（LACTOBACILLUS ACIDOPHILUS NUCLEIC ACID SEQUENC3ES ENCODING CARBOHYDRATE UTILIZATION-RELATED PROTEINS AND USES THEREFORE）」であり、Todd R. Klaenhammer、Eric Altermann、Rodolphe Barrangou、W. Michael Russell、及びTri Duongが発明者として名を連ね、代理人登録番号は、５０５１−６９３であり、２００４年３月８日に出願された米国仮出願番号６０／５５１１２１に基づく権利を主張している。これらの全内容を本明細書で援用する。
【背景技術】
【０００３】
ラクトバチルス・アシドフィルス（Lactobacillus acidophilus）は、グラム陽性、桿状、非胞子形成性、ホモ発酵性の細菌であり、胃腸管及び尿生殖路における一般的な常住菌であって、Moroが始めて幼児の糞便から単離（１９００年）して以来、この「酸を好む」生物は、ヒト、母乳栄養児、並びに、乳やラクトースやデキストリンを多く含有する食物を摂取する者の腸管で見い出されてきた。従来ラクトバチルス・アシドフィルスは、ラクトバチルス種の中でも、腸管微生物叢に有益な効果をもたらす腸内プロバイオティックであると考えられてきた（Klaenhammer and Russell (2000) "Species of the Lactobacillus acidophilus complex," Encyclopedia of Food Microbiology, Volume 2, pp. 1151-1157, Robinson et al. eds. (Academic Press, San Diego, California)。ラクトバチルス・アシドフィルスは、ラクトースや、より複雑なオリゴサッカライド等のヘキソースを発酵させ、乳酸を産生し、その培養環境のｐＨを低下させる。酸性環境（例えば、食物、膣、及び胃腸管内領域）は、望ましくないバクテリア、病原体、及び酵母の増殖を妨げる。ラクトバチルス・アシドフィルスは、その耐酸性、培養乳製品中での生存性、並びに、胃や胃腸管を通過する際の生存性がよく知られている。ラクトバチルスや他の共生細菌は、そのいくつかは「生体に好ましい」プロバイオティック細菌であると考えられており、ヒトの健康に及ぼす影響に関して、特に腸内感染及び下痢性疾患の予防又は治療、癌の予防、並びに免疫系の刺激に関して詳細に研究されている。ラクトバチルス菌は、乳製品の風味（flavor）に及ぼす影響や、機能特性及びテクスチャー特性の観点からも研究されている。他のラクトバチルス種（例えば、ラクトバチルス・ジョンソニ（L johnsonii）、ラクトバチルス・ラムノサス（L. rhamnosus））に関する遺伝的特徴付けが記載されている（例として、米国特許６４７６２０９、同６５４４７７２、米国特許公開公報２００２０１５９９７６、同２００３０１３８８２、同２００４０００９４９０、国際公開公報２００４／０３１３８９、同２００３／０８４９８９、同２００４／０２０４６７を参照のこと）。
【０００４】
細菌が増殖するためには、外部環境から栄養を取り入れるための特別な輸送系を必要とする。乳酸菌は、次に述べる３通りの輸送系を使用して分子を細胞の内外へと輸送する。それらの輸送系とは、一次輸送、二次輸送、及び集団転移（group translocation）である、一次輸送においては、化学的（主としてＡＴＰ）、電気的、又はソーラーエネルギーが輸送の原動力として用いられる。乳酸菌における一次輸送系としては、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）トランスポーターが最も多く利用されている。この輸送系では、糖及び適合溶質を取り入れるため、また、細胞にとって望ましくない薬剤若しくは毒素等の産物、細胞外で機能する細胞成分（細胞壁ポリサッカライド類）を排出するための、膜を通過する基質転移にＡＴＰの加水分解が関連している。一般にＡＢＣトランスポーターは比較的、基質特異性を有するが、中には多剤トランスポーターのようにマルチ特異的なものもある。
【０００５】
二次輸送系では、電気化学的勾配を用いて糖質転移のためのエネルギーを供給する。この輸送系には、２以上の溶質を共輸送するシンポーター（symoporter）、単独の分子を輸送するユニポーター（uniporter）、２以上の溶質を対抗輸送するアンチポーター（antiporter）が含まれる。一般的に、シンポーターは、基質のアップヒル方向の動きを陽子（又はイオン）のダウンヒル方向の動きに連結させ、アンチポーターは、イオン勾配を用いて産物を分泌し、ユニポーターは、結合イオンを用いない（Poolman (2002) Antonie van Leeuwenhoek 82:147-164）。
【０００６】
集団転移は、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）依存性ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）を含み、このＰＴＳにより、糖質又はアルジトール（alditol）が取り込まれた後のリン酸化が生じる（上記Poolman (2002)）。リン酸基は、ＰＥＰのピルビン酸への転換によってもたらされ、その後のリン酸化には、基質特異的ホスホリル転移タンパク質IIＡ、IIＢ、IIＣとともに、エネルギー結合タンパク質、酵素Ｉ、ＨＰｒも関与している。
【０００７】
多剤トランスポーターは、二次多剤トランスポーターとＡＢＣトランスポーターとに大きく二分類される。さらに二次多剤トランスポーターは異なるファミリーに分類される。これらファミリーには、主要ファシリテータースーパーファミリー（ＭＦＳ：major facilitator superfamily）、スモール多剤耐性ファミリー（ＳＭＲ：small 多剤耐性 family）、耐性−ノジュレーション−細胞分裂ファミリー（ＲＮＤ：resistance-nodulation-cell division family）、並びに多剤／毒性化合物排出ファミリー（ＭＡＴＥ：multidrug and toxic compound extrusion family）が含まれる（Putman et al. (2000) Microbiol. Mol. Biol. Reviews 64:672-693）。二次多剤トランスポーターは、本明細書に記載したとおり、電気化学的勾配を用いて細胞から薬剤を押し出す。ＡＢＣ型多剤トランスポーターは、ＡＴＰの加水分解から得たエネルギーを用いて細胞から薬剤を排出する（上記Putman et al. (2000)）。
【０００８】
細菌は、カタボライト抑制等の多様な調節機構を使用するだけでなく、異なる糖質特異性を有する輸送タンパク質や輸送酵素を用いることにより、種々の糖質を代謝することができる。これらのタンパク質を単離し、特徴付けることにより、数多くの応用が考えられる重要なプロバイオティック製品の開発が可能となる。こうした製品には、ヒト及び／又は動物の健康増進に貢献するもの、食品の製造や安全性に関係するものが含まれる。これらのタンパク質は、成長性や生存能力が変化したトランスジェニック植物の開発に利用することもできる。
【特許文献１】米国特許６４７６２０９
【特許文献２】米国特許６５４４７７２
【特許文献３】米国特許公開公報２００２０１５９９７６
【特許文献４】米国特許公開公報２００３０１３８８２
【特許文献５】米国特許公開公報２００４０００９４９０
【特許文献６】国際公開公報２００４／０３１３８９
【特許文献７】国際公開公報２００３／０８４９８９
【特許文献８】国際公開公報２００４／０２０４６７
【非特許文献１】Klaenhammer and Russell (2000) Volume 2, pp. 1151-1157
【非特許文献２】Robinson et al. eds. (Academic Press)
【非特許文献３】Poolman (2002) Antonie van Leeuwenhoek 82:147-164
【非特許文献４】Putman et al. (2000) Microbiol. Mol. Biol. Reviews 64:672-693
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
本発明は、微生物及び植物を改変する組成物及び方法を提供する。本発明の組成物には、糖質利用関連タンパク質をコードし、ラクトバチルス・アシドフィルスから単離された核酸が含まれ、かかる糖質利用関連タンパク質には、ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）のタンパク質、ＡＢＣトランスポーター、並びにラクトバチルス・アシドフィルスにおける糖の輸送、分解及び／又は合成に関与するタンパク質が含まれる。組成物にはまた、多剤トランスポーターをコードするラクトバチルス・アシドフィルスから単離された核酸が含まれる。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
具体的には本発明は、配列番号１〜３６３中、奇数番号で示されるヌクレオチド配列（単独で、及び／又は任意の組合せで）を含む単離された核酸分子、これらヌクレオチド配列から実質的になる単離された核酸分子、及び／又はこれらヌクレオチド配列からなる単離された核酸分子、並びに配列番号２〜３６４のうち偶数番号で示されるアミノ酸配列（単独で、及び／又は任意の組合せで）をコードする単離された核酸分子を提供する。また、本明細書に記載の核酸分子がコードするアミノ酸配列、及び／又は配列番号２〜３６４のうち偶数番号で示されるアミノ酸配列（単独で、及び／又は任意の組合せで）を含む、から実質的になる、及び／又はからなる単離された及び／又は組換えポリペプチドも提供する。配列表に記載のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列と十分な程度の同一性を有する種々の核酸及びポリペプチドも本発明に包含される。さらに、配列表に記載のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の断片及び十分な程度の同一性を有する断片も本発明に包含される。本発明の核酸配列と相補的なヌクレオチド配列、又は本発明のヌクレオチド配列とハイブリダイズするヌクレオチド配列も本発明に包含される。
【００１１】
組成物には、本明細書に記載する核酸分子の組換え発現用のベクター、原核細胞、真核細胞及び植物細胞もさらに含まれ、また、これらのベクターを有するトランスジェニック微生物群及びトランスジェニック植物群も含まれる。本発明にはまた、本発明のポリペプチドを組換えにより作製する方法や、組換えにより作製されたポリペプチドを使用する方法も含まれる。さらには、本発明の核酸及び／又はポリペプチド配列の試料中における存在の有無を検出するための方法及びキット、並びに本発明のポリペプチドに結合する抗体が含まれる。本発明のヌクレオチド配列又はアミノ酸配列を有する細菌の生物学的に純粋な培養物も本発明に含まれる。かかる培養物を含む食物も包含され、そのような食物としては、牛乳、ヨーグルト、凝乳製品、チーズ、発酵乳、アイスクリーム、発酵シリアル製品、ミルクパウダー、乳児用ミルク、錠剤、細菌懸濁液、経口乾燥サプリメント、経口液状サプリメント等が挙げられる。
【００１２】
本発明の糖質利用関連分子及び多剤トランスポーター分子は、組換え細菌の選択及び作製、特に発酵能の向上した細菌の作製に有用である。かかる細菌としては、種々の糖質を合成、輸送、蓄積及び／又は利用する能力が改変された細菌、風味やテクスチャーが変化した細菌、変化した糖質を産生する細菌、食品加工の過程及び／又は動物の胃腸管等のストレス条件下での生存性が向上した細菌が挙げられるが、これらに限定されることはない。本発明の多剤トランスポーター分子には、バクテリオシンや他の毒素等の抗菌性ポリペプチドと接触しても細菌の生存性を向上させる分子が含まれる。これらの糖質利用関連分子及び多剤トランスポーター分子は、植物の種（species）を改変するのにも有用である。本発明の配列を１若しくは２以上有するトランスジェニック植物は、植物病原体、高塩濃度、脱水を含む（限定はされない）環境ストレスにより高い耐性を示すため経済効果があると考えられる。かかるトランスジェニック植物はまた、食品加工工程及び貯蔵条件への耐性に優れている。
【００１３】
本発明は、以下からなる群から選択される単離された核酸を提供する。すなわち、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるヌクレオチド配列、及び／又はその相補配列、を含む、からなる、及び／又はから本質的になる、核酸や、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるヌクレオチド配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列又はその相補配列、を含む、からなる、及び／又はから本質的になる、核酸や、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるヌクレオチド配列又はその相補配列の断片を含む、からなる、及び／又はから本質的になる、核酸や、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列及び／又は本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸や、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列及び／又は本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸や、上記のいずれかとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸を提供する。
【００１４】
組成物にはさらに、本明細書に記載の核酸を含むベクター、ヘテロ（heterologous）ポリペプチドをコードする核酸をさらに含むベクター、並びにかかるベクターを有する細胞（細菌細胞、植物細胞、真核細胞等）が含まれる。また、本発明には、本発明のポリペプチドの組換え作製方法、及びその使用方法も含まれる。さらに、試料中における本発明の核酸配列又はポリペプチド配列の有無を検出するための方法及びキット、並びに本発明のポリペプチドに結合する抗体も含まれる。
【００１５】
さらに本発明は、以下のａ）〜ｅ）からなる群から選択される単離されたポリペプチドを提供する。すなわち、ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列及び／若しくは本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列を含む、からなる、及び／又はから本質的になるポリペプチドや、ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列の断片及び／又は本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列の断片を含む、からなる、及び／若しくはから本質的になるポリペプチドや、ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列及び／又は本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、からなる、及び／若しくはから本質的になるポリペプチドや、ｄ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列にコードされるポリペプチドや、ｅ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列にコードされるポリペプチドを提供する。
【００１６】
本発明はまた、一若しくは二以上のヘテロアミノ酸配列をさらに含む本発明のポリペプチド、並びに本明細書に記載するポリペプチドに選択的に結合する抗体も提供する。
【００１７】
さらに、以下のａ）〜ｅ）からなる群から選択されるポリペプチドをコードするヌクレオチドが発現される条件下で本発明の細胞を培養することを含む、ポリペプチドの作製方法を提供する。ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列及び／若しくは本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド、ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列の断片及び／若しくは本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列の断片を含むポリペプチド、ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるアミノ酸配列及び／若しくは本明細書に記載の核酸分子にコードされるアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド、ｄ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３における同一配列の重複をも含む任意の組合せに示されるヌクレオチド配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド、及びｅ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド。
【００１８】
さらに、試料中のポリペプチドの存在の有無を検出する方法も提供する。この方法は、ポリペプチドに選択的に結合する化合物と試料とを接触させて化合物が試料中のポリペプチドに結合するかどうかを調べることを含む方法であり、ポリペプチドは以下のａ）〜ｅ）からなる群から選択される。ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド、ｂ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示される核酸配列にコードされるアミノ酸配列の断片を含むポリペプチド、ｃ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列にコードされるポリペプチド、ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド、及びｅ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【００１９】
さらに、試料中のポリペプチドの存在の有無を検出する方法も提供する。この方法は、ポリペプチドに選択的に結合する化合物と試料とを接触させて化合物が試料中の本発明のポリペプチドに結合するかどうかを調べることを含む方法であり、ポリペプチドに結合する化合物は抗体である。本発明の方法に使用する化合物と使用説明書とを含むキットも提供する。
【００２０】
本発明はまた、試料中における本発明の核酸分子及び／又はその断片の存在の有無を検出する方法も提供する。この方法は、ａ）核酸分子及び／又は断片と選択的にハイブリダイズする核酸プローブ又は核酸プライマーに試料を接触させ、ｂ）核酸プローブ又は核酸プライマーが試料中の核酸分子とハイブリダイズするかどうかを調べ、それにより、試料中における本発明の核酸分子及び／又はその断片の存在の有無を検出することを含む方法である。さらに、ｍＲＮＡ分子を含む試料を核酸プローブに接触させることを特徴とする、試料中における本発明の核酸分子及び／又はその断片の存在の有無を検出する方法も提供する。また、本発明の核酸と選択的にハイブリダイズする化合物と使用説明書とを含むキットも提供する。
【００２１】
さらに、１）生物における、糖質を細胞の内外へと輸送する能力を改変する方法、２）生物における、糖質を蓄積する能力を改変する方法、３）生物における、糖質をエネルギー源として利用する能力を改変する方法、４）生物における、改変された糖質を産生する能力を改変する方法、５）微生物で発酵させた食品の風味を改変する方法、６）微生物で発酵させた食品のテクスチャーを改変する方法、７）生物における、食品加工条件及び貯蔵条件下で生存する能力を改変する方法、８）生物における、胃腸管内で生存する能力を改変する方法、９）生物における、薬剤を細胞の内外へと輸送する能力を改変する方法、及び１０）生物における、糖質を産生する能力を改変する方法であって、前記生物及び／又は微生物に、本発明のヌクレオチド配列を１以上含むベクター、及び／又は、以下のａ〜ｅの配列からなる群からなる１以上のヌクレオチド配列を導入することを含む方法も提供する。ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列、ｂ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示されるヌクレオチド配列の断片を含むヌクレオチド配列、ｃ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、３３７、３３９、３４１、３４３、３４５、３４７、３４９、３５１、３５３、３５５、３５７、３５９、３６１及び／又は３６３の任意の組合せに示される配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、活性を保持するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ活性を保持しているポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びｅ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４の任意の組合せに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列。
【００２２】
本発明はさらに、１）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、糖質を細胞の内外へと輸送する能力が改変されたラクトバチルス・アシドフィルス株、２）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、糖質を蓄積する能力が改変されたラクトバチルス・アシドフィルス株、３）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、糖質をエネルギー源として利用する能力が改変されたラクトバチルス・アシドフィルス株、４）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、発酵により風味が改変された食品を供するラクトバチルス・アシドフィルス株、５）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、発酵によりテクスチャーが改変された食品を供するラクトバチルス・アシドフィルス株、６）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、糖質を産生する能力が改変されたラクトバチルス・アシドフィルス株、７）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、食品加工条件及び貯蔵条件下で生存する能力が改変されたラクトバチルス・アシドフィルス株、８）野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、胃腸管内で生存する能力が改変されたラクトバチルス・アシドフィルス株を提供する。上述の改変された能力、風味及び／又はテクスチャーは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４、３０６、３０８、３１０、３１２、３１４、３１６、３１８、３２０、３２２、３２４、３２６、３２８、３３０、３３２、３３４、３３６、３３８、３４０、３４２、３４４、３４６、３４８、３５０、３５２、３５４、３５６、３５８、３６０、３６２及び／又は３６４に示されるアミノ酸配列を任意に組み合わせた配列で示される１以上の糖質利用関連ポリペプチドが発現する結果、供されるものである。
【００２３】
さらに本発明は、野生型ラクトバチルス・アシドフィルスと比較し、抗菌性ポリペプチド又は毒素と接触したときの生存能力が改変されたラクトバチルス・アシドフィルス株も提供する。配列番号７８〜８８、９２〜９４、１２４〜１２６、１３２、２８２〜２８８、３０８及び／又は３１２〜３２２のうち偶数番号で示される多剤輸送ポリペプチドから１以上のポリペプチドが発現されることにより、上記能力が改変される。
【００２４】
また、本発明は、本発明のヌクレオチドの１以上を含むＤＮＡ構築物、及び／又は、ａ）配列番号１〜３６３に示されるヌクレオチド配列のいずれか単独及び／又は任意に組み合わせた配列、又はそれらの相補配列、ｂ）配列番号１〜３６３に示されるヌクレオチド配列のいずれか単独及び／又は任意に組み合わせた配列、又はそれらの相補配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、ｃ）配列番号１〜３６３に示されるヌクレオチド配列のいずれか単独及び／又は任意に組み合わせた配列、又はそれらの相補配列の断片を含むヌクレオチド配列、ｄ）配列番号２〜３６４のいずれかに示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、ｅ）配列番号２〜３６４のいずれかに示されるアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びｆ）上記ａ）〜ｅ）の配列のいずれかとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列、からなる群から選択された本発明のヌクレオチド配列の１以上を、そのゲノムに安定的に導入された植物、植物細胞、及び／又は植物種子も提供する。
［発明の詳細な説明］
【００２５】
本発明は、ラクトバチルス・アシドフィルス由来の糖質利用関連分子及び多剤輸送分子に関し、糖質利用関連分子及び多剤輸送分子のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列を提供する。かかる配列は、特性が強化された微生物、細胞及び植物の改変に有用である。
【００２６】
本明細書における「a」、「an」、及び「the」は、本明細書及びクレームをとおし、複数と単数のいずれでもあり得る。例えば、「a」cellは、一個の細胞又は複数の細胞のいずれの意味にもなり得る。
【００２７】
また本明細書における「及び／又は（and/or）」は、代替句（「or」）により解釈される場合に組合せが存在しないと同様に、それに伴うリスト項目中の１若しくは複数からなる全ての組合せ、又は可能性のある組合せに言及し、それら組合せを包含する。
【００２８】
「糖質利用関連（carbohydrate utilization-related）」分子又は遺伝子とは、糖質の合成、輸送、分解（これらに限定されない）などの、糖質分子の利用に関与するタンパク質をコードするラクトバチルス・アシドフィルス由来の新規配列を意味する。「多剤トランスポーター（multidrug transporter）」分子とは、バクテリオシン等の抗菌性ポリペプチド又は他の薬剤や毒素の輸送に関与する分子を意味する。本発明の糖質利用関連分子及び多剤輸送分子の具定例については表１を参照のこと。それらの完全長遺伝子配列のことを、「糖質利用関連配列」又は「多剤トランスポーター配列」と記載し、それらが、糖質利用関連遺伝子又は多剤トランスポーター遺伝子とそれぞれ類似していることを示す。本発明はさらに、これら糖質利用関連配列又は多剤トランスポーター配列の断片又はバリアントを提供するが、かかる断片又はバリアントも本発明の方法を実施する際に用いることができる。
【００２９】
「糖質（carbohydrate）」とは、炭素、水素、酸素を通常１：２：１の割合で有する有機化合物のことを意味する。糖質には、糖、澱粉、セルロース及びガムが含まれるが、これらに限定されない。本明細書で用いられる「遺伝子」及び「組換え遺伝子」なる用語は、オープンリーディングフレームを有する核酸を意味し、特に、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードする核酸のことを意味する。本発明における単離された核酸には、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列、配列番号２〜３６４のうち偶数番号で示されるアミノ酸配列をコードする核酸配列、配列番号１〜３６３のうち奇数番号で示される核酸配列、及びそれらのバリアント及び断片が含まれる。本発明はまた、以下に説明するアンチセンス核酸をも包含する。
【００３０】
さらに本発明には、糖質利用関連活性又は多剤輸送活性を有する単離されたポリペプチド及びタンパク質、それらのバリアント又は断片、並びにこれらポリペプチドを作製する方法が包含される。本発明に関しては、「タンパク質」及び「ポリペプチド」なる用語は殆ど同じ意味で用いられる。本発明のポリペプチドは、糖質利用関連タンパク質活性又は多剤輸送活性を有する。糖質利用関連タンパク質活性又は多剤輸送活性とは、標準的アッセイ法によりインビボ又はインビトロで測定された生物学的又は機能的活性を意味する。かかる活性には、糖質合成能、糖質を細胞の内外へと輸送する能力、糖質分解能、細胞内の糖質濃度の調節能、糖質結合能、並びに薬剤又は毒素を細胞の内外へと輸送する能力が含まれるが、これらの活性に限定されない。
【００３１】
当技術分野では、種々の細菌トランスポーターの構造がよく知られている。トランスポーターのＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）スーパーファミリー（ＰＦＡＭ寄託番号：ＰＦ００００５）は、コアドメインを４つ有するタンパク質で構成されている（(Higgins et al. (1986) Nature 323:448-450; Hyde et al. (1990) Nature 346:362-365; Higgins (2001) Res. Microbiol. 152:205-210）。かかるタンパク質は通常、各々６個の膜貫通αへリックスを有する膜貫通ドメイン（ＰＦＡＭ登録番号：ＰＦ００６６４）を２つ、並びにトランスポーターの定義の基となるコアアミノ酸を有するＡＴＰ結合ドメインを２つ有する（上記Higgins (2001)）。また、Walker Aモチーフ、Walker Bモチーフ等の他の保存されたモチーフも有する（Walker et al. (1982) EMBO J. 1:945-951；ＰＲＯＳＩＴＥ理フェレンス番号：ＰＤＯＣ００１８５）。
【００３２】
本発明のＡＢＣトランスポータータンパク質には、配列番号４０、４２、４４、４８、５２、５４、５６、５８、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、１１０、１１２、１１４、１１６、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１４４、１４６、１４８、１５２、１５４、１６０、２３６、２６２、２７４、２７８、２８０、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０６、３３８、３４０、及び３６０が含まれる。配列番号１２６及び１４４は、ＡＢＣトランスポーター膜貫通領域ファミリーのメンバーである（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００６６４）。
【００３３】
ＴＯＢＥドメイン（輸送会合ＯＢ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３４５９）は、各ドメインのＣ末端鎖が互いにパートナーから提供されるので、常にダイマーとして現れる（Koonin et al. (2000) Adv. Protein Chem. 54:245-75）。ＴＯＢＥドメインは恐らく、モリブデン及び硫酸塩等の小リガンドの認識に関与していると考えられる。ＴＯＢＥドメインは、ＡＢＣトランスポーターにおいてＡＴＰａｓｅドメインのすぐ後に認められる。本発明のＴＯＢＥドメインタンパク質には、配列番号１１０におけるＴＯＢＥドメインが含まれる。
【００３４】
二次輸送系タンパク質には、トランスロケーターのガラクトシド−ペントース−ヘキスロニド（galactoside-pentose-hexuronide）グループが含まれる（Poolman et al.(1996) Mol. Microbiol. 19:911-922）。これらのタンパク質は通常、１２個の膜貫通ドメインを有する疎水性ドメインと、カルボキシ末端の酵素IIＡドメインとで構成されている（Poolman et al. (1989) J. Bacteriol. 171:244-253）。
【００３５】
ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）は、糖基質が細胞膜を通過して転移する間のリン酸化を触媒する。その機構は、ＰＴＳの酵素Ｉ（ＥＩ）（ＰＲＯＳＩＴＥリフェレンス番号：ＰＤＯＣ００５２７）から酵素II（ＥII）（ＰＲＯＳＩＴＥリフェレンス番号：ＰＤＯＣ００５２８；ＰＤＯＣ００７９５）を介したホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）からのホスホリル基の転移に関与し、その次にそれを、ホスホキャリアタンパク質（ＨＰｒ）（ＰＲＯＳＩＴＥリフェレンス番号：ＰＤＯＣ００３１８）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３８１）へと転移させる。ＨＰｒタンパク質には保存されたリン酸化部位が２つあり、その１つは、アミノ末端側のヒスチジン残基であり、酵素Ｉによってリン酸化される。もう１つは、タンパク質のカルボキシ末端側のセリン残基であり、ＡＴＰ依存性タンパク質キナーゼによってリン酸化される（de Vos (1996) Antonie van Leeuwenhoek 70:223-242）。配列番号１７８は、ＰＴＳＨＰｒコンポーネントリン酸化部位ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３８１）のメンバーである。
【００３６】
ＰＴＳの糖特異的パーミアーゼ（酵素II）は、少なくとも３つの構造的に異なるドメイン（IIＡ、IIＢ及びIIＣ）からなり、かかるドメインはポリペプチド単鎖に融合して存在していてもよく、相互活性を有する２つ又は３つの鎖として存在していてもよい。IIＡドメインには、第１のパーミアーゼ特異的リン酸化部位、すなわちホスホ−ＨＰｒによってリン酸化されるヒスチジンが含まれる。第２のドメイン（IIＢ）はホスホ−IIＡにより、システイニル残基又はヒスチジル残基において透過性に基づきリン酸化される。最後に、ホスホリル基は、IIＣドメインが触媒するプロセスにおいてIIＢドメインから糖基質へと転移される。このプロセスは、糖の膜貫通性輸送に関与している。本発明におけるホスホエノールピルビン酸依存性ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）ＥIIＡ１ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３５８）タンパク質としては、配列番号６、１２、１４、３４、１０２、１０４、１７４、１７６、２６８、２９０が例示される。本発明におけるホスホエノールピルビン酸依存性ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）ＥIIＡ２ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３５９）タンパク質としては、配列番号３６のタンパク質が例示される。フラクトース特異的IIＢサブユニット（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２３７９）である配列番号３６もまたＰＴＳ系のメンバーである。本発明におけるホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）ＥIIＢファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３６７）タンパク質としては、配列番号１２、１４、３２、３４、１０２、１０４、２６８、２９０が例示される。本発明におけるホスホトランスフェラーゼ系ＥIIＣファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２３７８）タンパク質としては、配列番号１２、１４、１６、２８、３０、３２、３４、３６、１０２、１０４、１７４、２６８、２７０、２７２、２９０が例示される。
【００３７】
ラクトース／セロビオース特異的ファミリーは、構造的及び機能的に異なる４つのグループのうちの１つである。IIＡＰＴＳ系酵素（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２２５５）は通常はホモトリマーとして機能し、中央に位置する金属イオンによって安定化される。本発明のＰＴＳ系、ラクトース／セロビオース特異的IIＡサブユニットファミリータンパク質としては、配列番号４のタンパク質が例示される。ラクトース／セロビオース特異的IIＢサブユニットファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２３０２）は細胞質酵素である。IIＢセロビオースの折りたたみからは、哺乳動物のチロシンホスファターゼと類似した構造が示される。本発明におけるＰＴＳ系のラクトース／セロビオース特異的IIＢサブユニットタンパク質としては配列番号１７０が例示される。
【００３８】
マンノースファミリーは、ＰＴＳパーミアーゼファミリー群の中でも、幾つかの点で独自性を有している。マンノースファミリーは、ＰＴＳファミリーの中で唯一、そのメンバーがIIＤタンパク質を有しているファミリーであり、唯一かかるIIＢコンポーネントがシステイニル残基でなくヒスチジル残基でリン酸化されるファミリーであり、また、そのパーミアーゼメンバーが、一種若しくは数種の糖類にのみ特異的であるのではなく、数多くの糖類に対する広い特異性を有するメンバーである。配列番号２０及び２６４は、ＰＴＳ系フラクトースIIＡコンポーネントファミリーのメンバー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３６１０）である。配列番号１６８は、ＰＴＳ系マンノース／フラクトース／ソルボースファミリーのIIＤコンポーネントのメンバー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３６１３）である。配列番号２６４は、ＰＴＳ系ソルボースサブファミリーIIＢコンポーネントのメンバー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３８３０）である。配列番号１６６は、ＰＴＳ系ソルボース特異的ｉｉｃコンポーネントファミリーのメンバー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３６０９）である。
【００３９】
ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）のホスホリル基のホスホ−ヒスチジン中間体を介した転移を触媒する種々の酵素が構造的に関連していることが明らかにされている（Reizer et al. (1993) Protein Sci. 2: 506-21）。これらの酵素は全て、ＰＥＰに結合してＰＥＰのホスホリル基をヒスチジン残基に転移するという共通の触媒機構を有している。ヒスチジン残基近傍の配列は高度に保存されている。ＰＥＰ利用酵素であるＴＩＭバレルドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８９６）は、そのＮ末端及びＰＥＰ利用酵素のモバイル（mobile）ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３９１）で、ピルビン酸リン酸ジキナーゼ、ＰＥＰ／ピルビン酸結合ドメイン（ＩＮＴＥＲＰＲＯ：ＩＰＲ００２１９２）と会合することが頻見されている。ＰＥＰを利用する酵素であるモバイルドメインは、“swiveling”β／β／αドメインであり、かかるβ／β／αドメインが存在することが知られている全てのタンパク質において、このドメインは移動性を有すると考えられている（Cosenza et al. (2002) J. Mol. Biol. 318:1417-32）。β／β／αドメインは、そのＮ末端においてピルビン酸リン酸ジキナーゼであるＰＥＰ／ピルビン酸結合ドメイン（ＩＮＴＥＲＰＲＯ：ＩＰＲ００２１９２）と会合することが頻見されている。本発明におけるＰＥＰ利用酵素であるＴＩＭバレルドメインタンパク質には、配列番号１８０が含まれる。本発明のＰＥＰ利用酵素モバイルドメインタンパク質には、配列番号１８０及び２５８が含まれる。本発明におけるＰＥＰ利用酵素であるＮ末端ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０５５２４）タンパク質には、配列番号１８０が含まれる。
【００４０】
多剤トランスポーターの主要促進因子スーパーファミリー（ＭＦＳ）のメンバーには、１２個又は１４個の膜貫通セグメントがある。多剤トランスポーターのスモール多剤耐性ファミリー（ＳＭＲ）のメンバーは、ぎゅっと詰め込んだ（tightly packed）逆平行のへリックス束を４つ形成すると考えられている。このスモール多剤耐性ファミリーメンバーにより、広範な毒性化合物が細胞から排出され、耐性が付与される。耐性ノジュレーション−細胞分裂ファミリー（ＲＮＤ）のメンバーは、１つのＮ末端膜貫通セグメントと、Ｃ末端ペリプラズマ大ドメインを有している（Putman et al. (2000) Microbiol. Mol. Biol. Reviews 64:672-693）。多剤トランスポーターの上記各タイプ、また、ＭＦＳ、ＳＭＲ、ＲＮＤの各ファミリーに属する多剤トランスポーター、並びに種々の細菌に由来する特異的タンパク質（アクセッション番号を有する）、における保存されたモチーフが文献に記載されている（上記Putman et al. (2000)）。本発明の多剤トランスポータータンパク質には、配列番号７８、８０、８２、８４、８６、８８、９２、９４、２８２、２８４、２８６、２８８及び３２２が含まれる。
【００４１】
糖（及びその他の）トランスポーターファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０００８３）は、主要促進因子スーパーファミリーに属する。ＭＦＳトランスポーターは、化学浸透性イオン勾配に応答して小溶質だけを輸送することができるシングルポリペプチド二次担体である。現在認識されているＭＦＳパーミアーゼは全て、一本鎖ポリペプチド内に６回膜貫通セグメント（ＴＭＳ）ユニットを２個保持しているが、１７種のＭＦＳファミリーのうち、３ファミリーでは、さらに２つのＴＭＳが見出されている（Paulson et al. (1996) Microbiol. Rev. 60:575-608）。また、ＴＭＳ２及びＴＭＳ３の間でよく保存されたＭＦＳ特異的モチーフと、これらモチーフと関連しているが保存の程度は低いＭＳ８とＴＭＳ９の間におけるモチーフ（Henderson and Maiden (1990) Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 326:391-410）は、同定されている３００種以上のＭＦＳタンパク質の実質的に全てのタンパク質における特徴であることがわかる。本発明の糖（及びその他の）トランスポータータンパク質には、配列番号８０及び２８２が含まれる。
【００４２】
細菌結合タンパク質依存性輸送系は、ペリプラズマ基質結合タンパク質、１又は２の互いに相同で不可欠なインテグラル（integral）膜内タンパク質（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００５２８）、並びに活性輸送系にエネルギーを付与する１又は２の表在性膜ＡＴＰ結合タンパク質で一般的に構成されているマルチコンポーネント系である。上述の重要膜内タンパク質は、膜を超えて基質を転移（translocate）させる。かかる膜内タンパク質は、そのＣ末端から約８０〜１００残基に位置する保存領域を有していることが示されている（Dassa and Hofnung (1985) EMBO J. 4:2287-93; Saurin et al. (1994) Mol. Microbiol. 12:993-1004）。この保存領域は、２つの膜貫通ドメイン間の細胞質ループに局在しているようである（Pearce et al. (1992) Mol. Microbiol. 6:47-57）。これらのタンパク質は、７つのファミリーに分類され、それぞれａｒａＨ、ｃｙｓＴＷ、ｆｅｃＣＤ、ｈｉｓＭＱ、ｌｉｖＨＭ、ｍａｌＦＧ及びｏｐｐＢＣと命名されている。本発明における結合タンパク質依存性輸送系の膜内コンポーネントタンパク質には、配列番号４２、４４、６２、６４、１１２、１１４及び２９４のタンパク質が含まれる。分枝鎖アミノ酸輸送系／パーミアーゼコンポーネントファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２６５３）は、高親和性分枝鎖アミノ酸トランスポータータンパク質を主として含む大ファミリーである。ガラクトース輸送系パーミアーゼのタンパク質やリボース輸送系のタンパク質もこのファミリーに含まれる。本発明の分枝鎖アミノ酸輸送系／パーミアーゼコンポーネントタンパク質には、配列番号５４、７２及び７４のタンパク質が含まれる。
【００４３】
配列番号１８４は、ＨＰｒセリンキナーゼＮ末端ファミリーのメンバーであり（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２６０３）、ＨＰｒセリンキナーゼＣ末端ファミリーのメンバー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０７４７５）でもある。Ｎ末端ファミリーは、Ｈｐｒセリン／トレオニンキナーゼＰｔｓＫのＮ末端領域を示す。Ｃ末端ファミリーは、Ｈｐｒセリン／トレオニンキナーゼＰｔｓＫのＣ末端キナーゼドメインを示す。このキナーゼは、細菌における炭素のカタボライト抑制を制御するマルチコンポーネントリン酸リレー系におけるセンサーである（Marquez et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99:3458-63）。このキナーゼは、その標的の三次構造を認識する点で特異であり、これまで報告されてきたタンパク質リン酸化酵素のいずれとも関連性のない新規なファミリーのメンバーである。スタフィロコッカス・キシロサス（Staphylococcus xylosus）由来の完全長結晶性酵素を解像度１．９５ＡでＸ線解析したところ、上記酵素が、明確に区別された２つのドメインからなることがわかった。かかる２つのドメインは、３枚羽プロペラに似た６量体構造として集まっている。上記羽は、それぞれ、３つのＮ末端ドメインで形成され、コンパクトな中央ハブには、Ｃ末端キナーゼドメインが会合している（Reizer et al. (1998) Mol. Microbiol. 27:1157-69）。
【００４４】
ＬａｃＩファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００５３２）のペリプラズマ結合タンパク質及び糖結合ドメインには、ペリプラズマ結合タンパク質及びＬａｃＩファミリーの転写調節因子が含まれる。ペリプラズマ結合タンパク質は、多くの糖溶質の走化性及び輸送に対する主要受容体である。ＬａｃＩタンパク質ファミリーは、ｌａｃリプレッサーに関連した転写調節因子からなるファミリーである。この場合、糖結合ドメインは一般的に、リプレッサードメイン（ｌａｃＩ）のＤＮＡ結合活性を変化させる糖と結合する。本発明におけるペリプラズマ結合タンパク質と、ＬａｃＩファミリータンパク質の糖結合ドメインには、配列番号３８及び９８が含まれる。
【００４５】
細菌における高親和性輸送系は、細胞質膜を通過する溶質の活性輸送に関与している。かかる輸送系のタンパク質コンポーネントには、１又は２の膜貫通タンパク質コンポーネント、１又は２の膜会合ＡＴＰ結合タンパク質、及び高親和性ペリプラズマ溶質結合タンパク質（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１５４７）が含まれる。一層の膜に覆われ、ペリプラズマ領域を有さないグラム陽性菌では、相当するタンパク質は、Ｎ末端脂質アンカーを介して膜に結合する。これら相同タンパク質それ自体は輸送プロセスにおいて重要な役割を果たしていないが、恐らく、排出システムに不可欠な膜内タンパク質の外部部位に結合することにより、膜を介した溶質の移動（translocation）を誘発又は開始させる受容体として機能している。また、少なくともいくつかの溶質結合タンパク質が、感覚（sensory）トランスダクション経路の開始において機能している。本発明の細菌性細胞外（bacterial extracellular）溶質結合タンパク質には、配列番号４０、６６、１１６、２６２、２７４及び２９６のタンパク質が含まれる。
【００４６】
糖輸送タンパク質ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０６８００）は、細菌における約３００残基長の糖トランスポーターのファミリーである。そのメンバーには、グルコース取り込みタンパク質（Fiegler et al. (1999) J. Bacteriol. 181:4929-36）、リボース輸送タンパク質、並びに、細菌膜を貫通する糖輸送に恐らく関与している推定上及び仮定上の膜タンパク質数種が含まれる。本発明の糖輸送タンパク質には、配列番号２３４のタンパク質が含まれる。
【００４７】
ＭＩＰ（主要内在性タンパク質）ファミリータンパク質（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２３０）は、（１）アクアポリンによる特異的な水輸送、及び（２）グリセロール促進因子によるグリセロール等の中性の小溶質の輸送（Froger et al. (1998) Protein Sci. 7:1458-68）という基本的に異なる２種類のチャネル特性を有している。ＭＩＰファミリータンパク質は、６回膜貫通（6 TM）ドメインを有すると考えられている。配列解析からは、かかるタンパク質が、３回膜貫通ドメインを有する祖先タンパク質におけるタンデムな遺伝子内複製により生じた可能性が示唆される（Wistow et al. (1991) Trends Biochem. Sci. 16:170-1）。
【００４８】
本発明の一般的な輸送タンパク質には、配列番号７６、９０、９６及び１９４のタンパク質が含まれる。
【００４９】
本発明に包含される核酸組成物及びタンパク質組成物は、単離されるか、実質的に精製される。「単離される」又は「実質的に精製される」とは、核酸分子又はタンパク質分子、或いはそれらの生物学的に活性な断片又はバリアントに、自然状態にある核酸又はタンパク質に通常認められる成分が実質的に又は本質的に含まれないことを意味する。かかる成分には、他の細胞物質、組換え生産に伴う培養培地、及び／又はタンパク質又は核酸を化学合成するのに用いる種々の化学物質が含まれる。本発明における「単離された」核酸には、その核酸を得た生物のゲノムＤＮＡで目的とする核酸に隣接する核酸配列が含まれないことが好ましい（例えば５´又は３´末端に存在するコード配列）。しかし、分子には、組成物の基本的特性を損なうことのない塩基や部分がさらに含まれている場合がある。例えば数多くの実施例では、単離された核酸は、それを得た細胞のゲノムＤＮＡで通常みられる５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ又は０．１ｋｂより小さい核酸配列を有する。同様に、実質的に精製されたタンパク質では、混入タンパク質又は非糖質利用関連タンパク質は、約３０％、２０％、１０％、５％、又は１％未満（乾燥重量）である。タンパク質を組換え法により作製した場合は、培養培地は、タンパク質調製物の分量の３０％、２０％、１０％、又は５％未満であることが好ましく、タンパク質を化学的に作製した場合は、化学的前駆体又は非糖質利用関連化学物質は、タンパク質調製物の３０％、２０％、１０％、又は５％未満（乾燥重量）であることが好ましい。
【００５０】
本発明の組成物及び方法は、アシドフィルス菌の糖質利用関連分子又は多剤トランスポーター分子の機能の調節に使用することができる。「調節する（modulate）」、「変化させる（alter）」、又は「改変する（modify）」とは、標的生物活性のアップレギュレーション、又はダウンレギュレーションを意味する。本発明のタンパク質は、乳酸菌の生物活性を改変するのに有用であり、そして、乳酸菌によって発酵された食物の栄養特性、又は健康を促進する特性を改変するのにも有用である。本発明のヌクレオチド分子は、乳酸菌によって発現される糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の発現を調節するのに有用である。本発明の核酸による発現のアップレギュレーション及びダウンレギュレーションも包含される。アップレギュレーションは、例えば多数の遺伝子コピーを提供することによって、調節エレメントの改変によって発現を調節することによって、転写機構又は翻訳機構を促進することによって、或いは他の方法によって達成することができる。ダウンレギュレーションは、例えば公知のアンチセンス法及び遺伝子サイレンシング法を用いることによって行うことができる。
【００５１】
「乳酸菌（lactic acid bacteria）」とは、以下の菌、アエロコッカス（Aerococcus）、カルノバクテリウム（Carnobacterium）、エンテロコッカス（Enterococcus）、ラクトコッカス（Lactococcus）、ラクトバチルス（Lactobacillus）、ロイコノストック（Leuconostoc）、オエノコッカス（Oenococcus）、ペディオコッカス（Pediococcus）、ストレプトコッカス（Streptococcus）、メリソコッカス（, Melissococcus）、アロイオコッカス（Alloiococcus）、ドロシグラヌラム（Dolosigranulum）、ラクトスフェラ（Lactosphaera）、テトラゲノコッカス（Tetragenococcus）、バゴコッカス（Vagococcus）、及びウエイセラ（Weissella） (Holzapfel et al. (2001) Am. J. Clin. Nutr. 73:365S-373S; Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, Vol. 2 （Williams and Wilkins, Baltimore; (1986)) pp. 1075-1079）から選択される属菌を意味する。
【００５２】
本発明のポリペプチド、又はそれらポリペプチドを発現する微生物（microbe）は、栄養添加剤又はサプリメントとして有用であり、乳製品及び発酵工程における添加剤としても有用である。その核酸配列、コードされたポリペプチド、及びそれらを発現する微生物は、チーズ、ヨーグルト、発酵乳製品、サワーミルク、バターミルク等の乳由来製品の製造に有用である。本発明のポリペプチドを発現する微生物は、プロバイオティック生物であってもよい。「プロバイオティック」とは、胃腸管で何代にもわたり生存し、対象に健康効果をもたらす生きた微生物を意味する。「対象」とは、本発明のタンパク質を発現する微生物と接触するようになった生物のことをいう。対象は、ヒト及び他の動物を指す場合もある。
【００５３】
本明細書で開示されている糖質利用関連トランスポーター及び多剤トランスポーターのヌクレオチド配列及びその断片及びバリアント以外に、本発明の核酸には、本明細書で開示されている糖質利用関連トランスポーター及び多剤トランスポーターから得た完全配列若しくは部分配列とハイブリダイズさせることにより、他の生物又は細胞から同定及び単離した相同核酸配列も包含する。
【００５４】
（断片及びバリアント）
本発明は、糖質利用関連タンパク質及び多剤トランスポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸、並びにかかる核酸によってコードされる糖質利用関連タンパク質及び多剤トランスポータータンパク質を提供する。「糖質利用関連タンパク質」とは、配列番号２〜３６４のうち偶数番号で示されるアミノ酸配列を有するタンパク質を意味する。かかるヌクレオチド配列の断片及びバリアント、並びにそれらによってコードされるタンパク質も提供する。ヌクレオチド配列又はタンパク質の「断片」とは、ヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の一部を意味する。
【００５５】
本明細書に開示する核酸の断片は、糖質利用関連タンパク質をコードする核酸及び多剤トランスポーターをコードする核酸を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして用いることができる。また、増幅手法（例：ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ））のための、又は糖質利用関連核酸又は多剤トランスポーター核酸を変異させるためのプライマーとして用いることができる。本発明の核酸の断片は、物理的な基質に結合させて、所謂マクロアレイ又はマイクロアレイを構成することができる（例えば、米国特許第５８３７８３２号；米国特許第５８６１２４２号；ＷＯ８９／１０９７７；ＷＯ８９／１１５４８；ＷＯ９３／１７１２６；米国特許第６３０９８２３号を参照）。核酸のそのようなアレイ又は「チップ」は、遺伝子発現の研究に、又は標的配列に十分な同一性を有する核酸分子の同定に用いることができる。
【００５６】
本発明はさらに、固体支持体上に正確に配置した、又は並べた分子プローブとしての核酸アレイ又はチップ、すなわち多数の核酸（例えばＤＮＡ）を提供する。かかるアレイ又はチップは、そのサイズが非常に小さいことや分析回数におけるパフォーマンスの高さから現在関心が寄せられており、それらを用いることにより、遺伝子の配列決定、遺伝子における変異の研究、及び／又は遺伝子発現の分析が可能になる。
【００５７】
上記核酸アレイ／チップの機能は、分子プローブ、主としてオリゴヌクレオチドに基づき、必要に応じ、一般的に数センチ平方以上の大きさの担体に付けられている。分析を行う際には、ＤＮＡアレイ／チップ等における担体は、担体上の所定位置に配置したＤＮＡプローブ（例えばオリゴヌクレオチド）でコーティングする。予め標識し、分析に供する標的核酸及び／又はその断片（例えばＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ）を含む試料をＤＮＡアレイ／チップに接触させ、ハイブリダイゼーションによって二本鎖が形成される。洗浄ステップ後にチップ表面の分析を行い、標識された標的から放出されるシグナルによってハイブリダイゼーションの位置を特定する。ハイブリダイゼーションフィンガープリントの結果をコンピュータでプロセシングすることにより、遺伝子の発現、試料中の特異的断片の有無、配列の決定、及び／又は変異の同定などの情報を検索することが可能になる。
【００５８】
本発明の一実施態様では、ＤＮＡチップ／アレイ上にインサイチューで沈着又は合成させプローブとして用いる本発明の核酸と標的核酸との間で生じるハイブリダイゼーションは、蛍光、放射線、電気的検出等、当技術分野で公知の手法で調べることができる。
【００５９】
別の実施態様では、本発明のヌクレオチド配列をＤＮＡアレイ／チップとして用いることができ、ラクトバチルス・アシドフィルス遺伝子の発現分析を行う。この分析は、所与の遺伝子又はヌクレオチド配列を特徴付けるその特異性にしたがって選択するプローブをその上に有するＤＮＡアレイ／チップに基づいて行う。分析に供する標的配列は、チップ上にハイブリダイズさせる前に標識する。洗浄後、標識された複合体を、ハイブリダイゼーションを少なくとも２回行って検出・定量する。異なる試料に同じプローブを使った場合、及び／又は同じ試料に異なるプローブを使った場合の、シグナル強度の比較分析から、試料に由来するＲＮＡのディファレンシャル（differential）転写が可能となる。
【００６０】
さらに別の実施態様では、本発明のヌクレオチド配列を有するアレイ／チップに、他の微生物に特異的なヌクレオチド配列を含ませることができ、それにより、連続試験が可能となり、試料中の微生物の有無を迅速に同定することが可能になる。
【００６１】
さらに別の実施態様では、ＤＮＡアレイ／チップの原理をタンパク質アッセイ／チップの作製に用いることができる。かかるタンパク質アッセイ／チップ上で、核酸の代わりに本発明のポリペプチド及び／又は抗体（又はそのアレイ）で支持体をコーティングする。例えば、かかるタンパク質アレイ／チップを用いると、タンパク質等でコーティングした支持体上に標的が親和力で補足されることにより誘発される生分子相互作用を表面プラズマ共鳴法（ＳＰＲ）で分析することが可能となる。分析に供する試料に由来する抗体又はポリペプチドを特異的に結合させることができる本発明のポリペプチド又は抗体は、試料中のタンパク質及び／又はペプチドの検出及び／又は同定するためのタンパク質アレイ／チップにおいて用いることができる。
【００６２】
したがって本発明は、反復を含む任意の組合せで本発明の種々の核酸を有するマイクロアレイ又はマイクロチップ、並びに反復を含む任意の組合せで本発明の種々のポリペプチドを有するマイクロアレイを提供する。また、反復を含む任意の組合せで本発明の種々のポリペプチドと特異的に反応する抗体を有するマイクロアレイも提供する。
【００６３】
「核酸」とは、ＤＮＡ分子（例えばｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡ）及びＲＮＡ分子（例えばｍＲＮＡ）並びにヌクレオチドアナログを用いて作製した、上記ＤＮＡ又はＲＮＡのアナログを意味する。核酸は、一本鎖又は二本鎖いずれでもよいが、通常は二本鎖ＤＮＡのことである。糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードするヌクレオチド断片は、生物学的に活性なタンパク質断片をコードし、或いは本明細書に記載しているようにハイブリダイゼーションプローブ又はＰＣＲプライマーとして用いることができる。本明細書で開示しているポリペプチドの生物学的に活性な断片は、本発明のヌクレオチド配列のうち一配列の一部を単離し、タンパク質のコーディング部分を発現させ（例えばインビトロでの組換え発現）、コードされたタンパク質部分の活性を評価することにより調製することができる。糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードするヌクレオチドの断片には、連続するヌクレオチドが少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、７５、１００、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２２００、又は２５００個含まれるが、５個〜２５００個の間で、ここには具体的に記載していないあらゆる個数が含まれ、或いは、本明細書に記載の糖質利用関連ヌクレオチド配列又は多剤トランスポーターヌクレオチド配列の完全長におけるヌクレオチド総数までの個数が含まれる（例えば配列番号１では４３２個まで、配列番号３では３６９個まで）。
【００６４】
アミノ酸配列の断片には、抗糖質利用関連抗体又は抗多剤トランスポーター抗体を作製するための免疫原として用いるのに適したポリペプチド断片が含まれる。断片には、本発明の糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質或いは部分長タンパク質のアミノ酸配列と十分に同一であるか、かかる配列に由来するアミノ酸配列を有し、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の活性のうち少なくとも一方の活性を有するペプチドが含まれる。しかし、断片に含まれるアミノ酸は、本明細書記載の完全長タンパク質におけるアミノ酸より少ない。通常、生物学的に活性な部分には、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の少なくとも一方の活性を有するドメイン又はモチーフが含まれる。糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の生物学的に活性な部分は、例えばその長さが、１０、２５、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０個の連続するアミノ酸であるポリペプチドであり、或いは１０個〜６５０個の間で、ここには具体的に記載していないあらゆる個数が含まれ、本明細書に記載の完全長タンパク質におけるアミノ酸総数までの個数が含まれる（例えば配列番号２では１４４個まで、配列番号４では１２３個まで）。 このような生物学的に活性な部分は、組換え法により調製することができ、天然型の糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質における１又は複数の機能的活性について評価することができる。本明細書では断片には、配列番号２〜３６４のうち偶数番号配列のいずれかにおける少なくとも５個の連続するアミノ酸が含まれる。しかし本発明には他の断片、上記いずれかのタンパク質における６、７、８又は９個等のアミノ酸より大きいあらゆる断片が包含される。
【００６５】
本発明には、種々のヌクレオチドアミノ酸配列が包含される。「バリアント」とは、十分に同一である配列を意味する。したがって本発明には、配列番号２〜３６４のうち偶数番号で示される糖質関連利用タンパク質及び多剤トランスポータータンパク質をコードするヌクレオチドと十分に同一な単離された核酸、或いは配列番号１〜３６３中、奇数番号で示される核酸又はその相補配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸が包含される。バリアントにはさらに、本発明のヌクレオチド配列バリアントによってコードされるポリペプチドも含まれる。さらに、本発明のポリペプチドは、配列番号２〜３６４のうち偶数番号で示されるアミノ酸配列と十分に同一なアミノ酸配列を有している。「十分に同一な」とは、第二のアミノ酸配列又はヌクレオチド配列と比較して第一のアミノ酸配列又はヌクレオチド配列に、相当する若しくは同一なアミノ酸残基の数が十分若しくは最低限あり、それにより、共通の構造ドメインが示される、及び／又は共通の機能的活性が想定されることを意味する。保存バリアントには、遺伝子コードの縮重によって違いが生じる配列が含まれる。
【００６６】
一般的に、配列番号２〜３６４のうち偶数番号で示されるアミノ酸配列、又は配列番号１〜３６３のうち奇数番号で示されるヌクレオチド配列のいずれかとそれぞれ少なくとも４５％、５５％又は６５％の同一性、好ましくは少なくとも約７０％又は７５％の同一性、より好ましくは少なくとも約約８０％、８５％又は９０％、最も好ましくは少なくとも約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はヌクレオチド配列が、本明細書では、十分に同一であると定義される。本発明に包含されるタンパク質バリアントは生物学的に活性であり、天然タンパク質における所望の生物活性を保持し、かかる所望の活性とは本明細書に記載の糖質利用関連活性又は多剤トランスポーター活性である。本発明のタンパク質の生物学的に活性なバリアントにおいては、そのタンパク質とは１〜１５個、１〜１０個、例えば６〜１０個、５個、４個、３個、２個、又は単に１個のアミノ酸残基が異なっている。
【００６７】
集団（例：ラクトバチルス・アシドフィルスの集団）内には、天然型のバリアントも存在する。このようなバリアントは、以下に説明するＰＣＲ及びハイブリダイゼーション等の周知の分子生物学的手法により同定することができる。合成によって得られたヌクレオチド配列、例えば、部位特異的変異誘発又はＰＣＲに媒介された変異誘発によって生成され、その後も依然として糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードする配列もバリアントに含まれる。本明細書に開示するヌクレオチド配列又はアミノ酸配列に、１つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換、付加、又は欠失を導入して、それによって、コードされているタンパク質に置換、付加、又は欠失を導入することができる。付加（挿入）又は欠失（トランケーション）は、天然タンパク質のＮ末端又はＣ末端に行っても、天然タンパク質中の１又は複数の部位に行ってもよい。同様に、天然タンパク質中の１つ又は複数の部位で、１又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換を行ってもよい。
【００６８】
例えば、保存的なアミノ酸置換を、予測されるアミノ酸残基、好ましくは非必須アミノ酸残基の１又は複数で行ってもよい。「非必須」アミノ酸残基とは、あるタンパク質の野生型配列中で変更しても、そのタンパク質の生物活性は変化することのない残基であり、一方、「必須」アミノ酸は、生物活性に必要なアミノ酸である。「保存的なアミノ酸置換」とは、アミノ酸残基が、類似した側鎖を有するアミノ酸残基に置換されるものである。類似した側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で公知である。これらのファミリーには、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、及び芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が含まれる。保存されているアミノ酸残基、又は保存されているモチーフ内のアミノ酸残基であってタンパク質活性に必須である場合は置換を行わない。
【００６９】
或いは、糖質利用関連コード配列又は多剤トランスポーターコード配列の全長の全て又は一部を飽和変異誘発などによりランダムに変異させることもできる。組換えにより変異体を発現させ、標準的なアッセイ法によるアッセイを行い、糖質利用関連活性又は多剤トランスポーター活性を保持している変異体をスクリーニングすることができる。変異誘発法及びヌクレオチド配列を変化させる方法は当技術分野で公知である。例えば、Kunkel (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:488-492、 Kunkel et al. (1987) Methods in Enzymol. Molecular Biology (MacMillan Publishing Company, New York)、及びこれら文献中の参考文献を参照のこと。バリアントをコードするＤＮＡにおける変異は、リーディングフレームを損なうものであってはならず、また、二次ｍＲＮＡ構造を生成する可能性のある相補領域が生じるものであってはならないことは当然である。欧州特許出願公開第７５４４４号を参照のこと。目的タンパク質の生物活性に影響を及ぼすことのない適切なアミノ酸置換に関する指針については、参照により本明細書に組み込まれているDayhoff et al. (1978) Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl. Biomed. Res. Found., Washington,  D.C.)のモデルに見出すことができる。
【００７０】
本発明に包含されるタンパク質配列における欠失、挿入、及び置換は、かかるタンパク質の特性を根本的な変化させるものではない。しかし、置換、欠失、又は挿入による影響を事前に正確に予測するのが困難である場合には、通常のスクリーニングアッセイによってその影響を評価すればよいことを当業者なら理解するであろう。すなわち、変化させた配列の活性を、元の配列の活性と比較することによって、その活性を評価することができる。糖質利用関連活性又は多剤トランスポーター活性の測定に用いられるアッセイの例については以下の「使用方法」の項を参照のこと。
【００７１】
本発明のヌクレオチド配列バリアント及びアミノ酸配列バリアントには、ＤＮＡシャッフルなどの変異誘発法及び組換え生成法によって得られた配列も包含される。そのような方法において、所望の特性を有する新規の糖質利用関連タンパク質又は新規の多剤トランスポータータンパク質を作製するため、１又は複数の異なる糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質のコード領域を用いることができる。かかる方法により、実質的な配列同一性を有しインビトロ又はインビボでの相同組換えが可能な配列領域を含む関連性のある配列ポリヌクレオチド集団から組換えポリヌクレオチドのライブラリーを作製する。例えば、このアプローチを用いることにより、本発明の糖質利用関連遺伝子又は多剤トランスポーター遺伝子と、これら以外の公知の糖質利用関連遺伝子又は多剤トランスポーター遺伝子との間で、目的ドメインをコードする配列モチーフをシャッフルし、酵素の場合におけるKｍの増大等、目的とする特性が亢進したタンパク質をコードする新規遺伝子が得られる。そのようなＤＮＡシャッフルのストラテジーは当技術分野で公知である。例えば、Stemmer (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:10747-10751、Stemmer (1994) Nature 370:389-391、Crameri et al. (1997) Nature Biotech. 15:436-438、Moore et al. (1997) J. Mol. Biol. 272:336-347、Zhang et al. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:4504-4509、Crameri et al. (1998) Nature 391:288-291、並びに、米国特許第５６０５７９３号及び第５８３７４５８号を参照のこと。
【００７２】
糖質利用関連タンパク質及び多剤トランスポータータンパク質のバリアントは、アゴニスト（ミメティック）又はアンタゴニストとして機能することができる。タンパク質のアゴニストは、そのタンパク質の天然型の生物活性と実質的に同一の活性又はサブセットの活性を保持することができる。タンパク質のアンタゴニストは、例えば、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質を含む細胞シグナル伝達カスケードの下流又は上流に存在するメンバーと競合的に結合することにより、かかるタンパク質の天然型の活性の１又は複数を阻害することができる。
【００７３】
アゴニスト又はアンタゴニストのいずれかとして機能する糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質のバリアントは、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の変異体（例えばトランケーション変異体）からなるコンビナトリアルライブラリーをアゴニスト又はアンタゴニスト活性についてスクリーニングすることによって同定することができる。一実施形態では、糖質利用関連バリアントの多様化されたライブラリーが、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発で生成され、多様化された遺伝子ライブラリーによってコードされている。糖質利用関連バリアント又は多剤トランスポーターバリアントの多様化されたライブラリーは、糖質利用関連配列又は多剤トランスポーター配列である可能性のある配列の縮重セットを、個々のポリペプチドとして、或いは、その中に糖質利用関連配列又は多剤トランスポーター配列のセットを含有するさらに大きな融合タンパク質（例えば、ファージディスプレイ用）のセットとして発現させられるように、例えば遺伝子配列に合成オリゴヌクレオチドの混合物を酵素的に連結することによって作製することができる。潜在的な糖質利用関連バリアント又は多剤トランスポーターバリアントのライブラリーを縮重オリゴヌクレオチド配列から作製する方法は数多くある。ＤＮＡ自動合成機で縮重遺伝子配列の化学合成を行い、その後、合成遺伝子を適切な発現ベクターに連結する。遺伝子の縮重セットを使用することによって、潜在的な糖質利用関連配列又は多剤トランスポーター配列の所望のセットをコードする全配列を単一の混合物として提供することが可能となる。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当技術分野で公知である（例えば、Narang (1983) Tetrahedron 39:3；Itakura et al. (1984) Annu. Rev. Biochem. 53:323；Itakura et al. (1984) Science 198:1056；Ike et al. (1983) Nucleic Acid Res. 11:477）。
【００７４】
さらに、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質のバリアントのスクリーニング及び選別に用いる糖質利用関連断片又は多剤トランスポーター断片の種々の集団を作製するために、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質のコード配列の断片のライブラリーを用いることもできる。一実施形態では以下の方法により、コード配列断片のライブラリーを作製することができる。すなわち、ニッキングが１分子あたりおよそ一度だけ起こるような条件下で、糖質利用関連コード配列又は多剤トランスポーターコード配列の二本鎖のＰＣＲ断片をヌクレアーゼ処理し、二本鎖ＤＮＡを変性させ、異なるニッキング産物におけるセンス／アンチセンス対を含むことができる二本鎖ＤＮＡが形成されるようにＤＮＡを復元させ、Ｓ１ヌクレアーゼ処理によって、再形成された二本鎖分子から一本鎖部分を除去し、この結果得られた断片ライブラリーを発現ベクターに連結する方法により作製することができる。この方法によって、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の、様々な大きさのＮ末端断片及び内部断片をコードする発現ライブラリーを得ることができる。
【００７５】
点変異又はトランケーションにより作製されたコンビナトリアルライブラリーからの遺伝子産物をスクリーニングする手法や、選択された特性を有する遺伝子産物を得るためにｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする手法は、当技術分野で何種類か知られている。かかる手法は、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質にコンビナトリアルに変異を誘発することによって作製された遺伝子ライブラリーを高速スクリーニングすることに使用することができる。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするのに最も広範に使用されている手法では、複製可能な発現ベクターに遺伝子ライブラリーをクローニングし、この結果得られたベクターのライブラリーで適当な細胞を形質転換し、そして所望の活性を検出することにより、検出された遺伝子産物の遺伝子をコードするベクターの単離を容易にする条件下でコンビナトリアルな遺伝子を発現させるが、こうした手法は、ハイスループット分析に従ったものである。再帰的アンサンブル変異誘発（Recursive ensemble mutagenesis）（ＲＥＭ）は、ライブラリー中における機能的変異体の頻度を増大させる手法であるが、糖質利用関連バリアント又は多剤トランスポーターバリアントの同定に、この手法をスクリーニングアッセイと組み合わせて用いることができる（Arkin and Yourvan (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7811-7815；Delgrave et al. (1993) Protein Engineering 6(3):327-331）。
【００７６】
配列同一性
糖質利用関連配列及び多剤トランスポーター配列は、保存された機能的特長を有する分子のファミリーに属する。「ファミリー」とは、ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列が十分に同一である２以上のタンパク質又は核酸を意味する。大きく異なるグループをいくつも有するファミリーは、サブファミリーに分類される。族（clan）とは、共通の祖先を有すると考えられるファミリーのグループである。族のメンバーは、三次構造が似ていることが多い。「配列同一性」とは、少なくとも１つの特定の比較ウインドウにおいて一致が最大となるように２つの配列を整列させた際に同一であるヌクレオチド残基又はアミノ酸残基を意味する。「比較ウインドウ」とは、２つのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列を最適に整列させるための連続セグメントを意味し、この際、第２の配列は、第１の配列に対して付加又は欠失（すなわちギャップ）があってもよい。通常、核酸アラインメントにおける比較ウインドウは、少なくとも２０ヌクレオチドが連続した長さであり、任意に３０、４０、５０、１００、又はさらに長くとることもできる。アミノ酸配列アラインメントにおける比較ウインドウは、少なくとも６アミノ酸が連続した長さであり、任意に１０、１５、２０、３０、又はさらに長くとることもできる。当業者ならば、ギャップを含めることによって類似性が高くなるのを避けるため、通常はギャップペナルティを導入し、マッチした数からギャップペナルティが差し引かれることを認識している。
【００７７】
ファミリーメンバーは、同一の種のものでも、異なった種のものでもよく、異なるタンパク質だけでなく相同なタンパク質も含まれる。ファミリーメンバーは、共通の機能的特性を示すことが多い。相同体の単離は、本明細書に開示するアシドフィルス菌由来の糖質利用核酸配列又は多剤トランスポーター核酸配列に対する同一性に基づき、ｃＤＮＡ又はその部分をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、以下に開示するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標準的なハイブリダイゼーション法に従って行うことができる。
【００７８】
２つのアミノ酸配列又はヌクレオチド配列の同一性の比率を判定するためにアラインメントを実施する。２つの配列の同一性の比率は、比較ウインドウ中の２つの配列によって共有されている同一残基数の関数である（すなわち、同一性の比率＝同一残基数／総残基数X１００）。一実施形態では、これらの配列が同じ長さである。２つの配列間における同一性の割合判定には以下に述べるものと同様の方法を用いることができる。これらの方法は、ギャップを考慮する場合にも、考慮しない場合にも用いることができる。検査をすることにより、マニュアル方式でアラインメントを用意することもできる。
【００７９】
アミノ酸配列の相違が保存的な置換による場合、同一性の比率を上方調整して、置換の保存的性質を考慮した修正を行うこともできる。この調整を行う方法は当技術分野で公知である。通常、保存的な置換は、完全なミスマッチではなく、部分的なミスマッチとして計算されるので、配列同一性の割合が上昇する。
【００８０】
２つの配列の同一性比率を判定するのに数学的アルゴリズムを用いることができる。数学的アルゴリズムの非限定的な例には、Karlin and Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877において修正されている、Karlin and Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264のアルゴリズム、Myers and Miller (1988) CABIOS 4:11-17のアルゴリズム、Smith et al. (1981) Adv. Appl. Math. 2:482の局所アライメントアルゴリズム、Needleman and Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48:443-453のグローバルアライメントアルゴリズム、及びPearson and Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444-2448の類似性探索法（search-for-similarity-method）がある。
【００８１】
これらの数学的アルゴリズムに基づく様々なコンピューターインプリメンテーションが、配列同一性の判定を可能にするために設計されている。Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403のＢＬＡＳＴプログラムは、上記のKarlin and Altschul (1990)のアルゴリズムに基づいている。本発明のヌクレオチド配列に相同なヌクレオチド配列を得るための検索は、スコア＝１００、語長＝１２で、ＢＬＡＳＴＮプログラムを用いて実施することができる。本発明のタンパク質又はポリペプチドをコードする配列に相同なアミノ酸配列を得るには、スコア＝５０、語長＝３で、ＢＬＡＳＴＸプログラムを用いることができる。Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389に記載されているように、ギャップを考慮したＢＬＡＳＴ（gapped BLAST）（ＢＬＡＳＴ２．０において）を用いることによって、ギャップを考慮したアラインメントを得ることができる。分子間の疎遠な関連性を検出するにはＰＳＩ−ＢＬＡＳＴを用いることができる。上記のAltschul et al. (1997)を参照のこと。すべてのＢＬＡＳＴプログラムに、各プログラムのデフォルトパラメータを用いることができる。検査をすることにより、マニュアル方式でアラインメントを用意することもできる。
【００８２】
配列同一性の比率を判定するのに使用できる別のプログラムに、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）があるが、これは、上記のMyers and Miller (1988)の数学的アルゴリズムを用いたものである。アミノ酸配列の比較を行う場合、ＡＬＩＧＮプログラムにＰＡＭ１２０の重量残基（weight residue）表、ギャップ長ペナルティ１２、及びギャップペナルティ４を用いることができる。
【００８３】
ＡＬＩＧＮ及びＢＬＡＳＴプログラムの他に、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡプログラムが、GCG Wisconsin Genetics Software Package, Version 10（Accelrys社から入手可。9685 Scranton Rd., San Diego, California, USA）の一部としてあり、配列アラインメントを実施するのに使用できる。好ましいプログラムはＧＡＰバージョン１０であるが、このプログラムは上記Needleman and Wunsch (1970)のアルゴリズムを用いている。特に指定のない限り、本明細書に提示する配列同一性レベルとは、以下のパラメータでＧＡＰバージョン１０を用いて得られた値のことである。すなわち、ヌクレオチド配列の同一性％及び類似性％には、ギャップウエイトを５０、ギャップ長ウエイトを３として、ｎｗｓｇａｐｄｎａ．ｃｍｐスコアリングマトリツクスを用い、アミノ酸配列の同一性％及び類似性％には、ギャップウエイトを８、ギャップ長ウエイトを２として、ＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリツクスを用いる。「同等のプログラム」とは、対象となるあらゆる２つの配列について、ＧＡＰバージョン１０で作製した相当アライメントと比べ、ヌクレオチド又はアミノ酸残基のマッチが同じであり、また同一性割合（％）が同じであるアラインメントを作製する全ての配列比較プログラムを意味する。
【００８４】
検索配列に対してＢＬＡＳＴＩＮ、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴＰ等のアルゴリズムによって作成したデータベース上の配列アラインメントは、一般的に「ヒット（hit）」と記載される。検索配列からＢＬＡＳＴＮＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴＰ又は同様のアルゴリズムによって作成された１又は複数のデータベース配列に対するヒットは、配列における類似部分を整列させて同定するものである。データベース配列に対するヒットは、一般的に検索配列の配列長の断片（検索にかけた配列の一部又は断片）の重複を表している。しかし、かかる重複により、検索配列の完全長が表すことができる。データベース上の配列に対してＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ又はＢＬＡＳＴＰのアルゴリズムにより作成された検索配列のアラインメントにおけるヒットは、類似性の程度及び配列の重複部分の長さの順で配置されるのが一般的である。
【００８５】
検索配列に対し、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ、又はＢＬＡＳＴＰのアルゴリズムによって整列させたポリヌクレオチド及びポリペプチドのヒットにより、「期待（Expect）」値が生まれる。期待値（Ｅ値）は、所定のサイズのデータベースで検索するときに、所定数の連続した配列をアトランダムに調べるのに「期待」できるヒット数を示す。期待値は、ＧｅｎＢａｎｋ又はＥＭＢＬデータベース等のデータベースに対するヒットが、実際の類似性を反映しているかどうかを調べるための有意のしきい値として用いられる。例えば、ポリヌクレオチドのヒットに対して付与した０．１というＥ値は、ＧｅｎＢａｎｋデータベースのサイズと同じサイズのデータベースにおいて、類似のスコアを有する整列させた部分にランダムに０．１のマッチがあることを期待できることを意味する。この基準によるとポリヌクレオチド配列における整列部分及びマッチ部分が同一である可能性は９０％となる。整列させ、マッチングさせた部分におけるＥ値が０．０１以下の配列については、ＢＬＡＳＴＮ又はＦＡＳＴＡのアルゴリズムを用いてＧｅｎＢａｎｋデータベースでランダムにマッチングが見い出される可能性は、１％未満である。
【００８６】
本発明の実施態様によれば、本発明におけるポリヌクレオチド及びポリペプチドの「バリアント」には、本発明のポリヌクレオチド配列又はポリペプチド配列と比べ、Ｅ値が約０．０１以下となる配列が含まれる。すなわち、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ、又はＢＬＡＳＴＰのアルゴリズムを本明細書に記載のパラメーターで用いて測定したところのＥ値が０．０１以下であり、本発明のポリヌクレオチド又はポリペプチドと同一である可能性が９９％以上である配列は全てポリヌクレオチド及びポリペプチドのバリアントとなる。別の実施態様では、ＢＬＡＳＴＮ又はＦＡＳＴＡのアルゴリズムを本明細書に記載のパラメーターで用いて測定したところのＥ値が０．０１以下であり、本発明のポリヌクレオチドと同一である可能性が９９％以上である本発明の配列と、核酸の数が同じ若しくは少ない配列が、ポリヌクレオチドのバリアントである。同様に、ＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを本明細書に記載のパラメーターで用いて測定したところのＥ値が０．０１以下であり、本発明のポリペプチドと同一である可能性が９９％以上である本発明のポリペプチドと、アミノ酸の数が同じ若しくは少ない配列が、ポリペプチドのバリアントである。
【００８７】
上述したとおり、同一性の割合は、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ、又はＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを本明細書に記載のランニングパラメーターで用いて配列を整列させ、整列部分における同一の核酸又はアミノ酸の数を同定し、同一の核酸又はアミノ酸の数を、本発明のポリヌクレオチド配列又はポリペプチド配列における核酸又はアミノ酸の総数で割り、同一割合を求めるために１００を乗じることにより決定される。例えば、核酸の数が２２０個である本発明のポリヌクレオチドに対しては、本明細書に記載のパラメーターを用いるＢＬＡＳＴＮアルゴリズムによって作成したアラインメントにおける２３ヌクレオチドの範囲に対し、５２０核酸を有するＧｅｎＢａｎｋデータベース中のポリヌクレオチド配列がヒットする。ヒットした２３個のヌクレオチドは、２１個の同一ヌクレオチド、ギャップ１個、及び異なるヌクレオチドが１個である。したがって、本発明のポリヌクレオチドのＧｅｎＢａｎｋライブラリーに対する同一性割合は、２１／２２０×１００、すなわち９．５％である。よって、ＧｅｎＢａｎｋデータベース上のポリヌクレオチド配列は、本発明のポリヌクレオチドのバリアントではない。
【００８８】
（相同配列の同定及び単離）
本明細書に記載の糖質利用関連ヌクレオチド配列又は多剤トランスポーターヌクレオチド配列、又はそれらの断片及びバリアントに対する配列同一性に基づいて同定された糖質利用関連ヌクレオチド配列も、本発明に包含される。ｃＤＮＡ又はゲノムライブラリーから、例えば、本発明の配列に実質的に同一な配列を同定するのに、ＰＣＲ又はハイブリダイゼーションなどの方法を用いることができる。例えば、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York) and Innis, et al., (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, .New York) を参照のこと。そのようなｃＤＮＡライブラリー及びゲノムライブラリーを構築するための方法は、当技術分野で一般に知られており、さらに、上記の参考文献にも開示されている。
【００８９】
ハイブリダイゼーション法において、ハイブリダイゼーションプローブは、ゲノムＤＮＡ断片、ｃＤＮＡ断片、ＲＮＡ断片、又は他のオリゴヌクレオチドでよく、また、本明細書に開示する既知のヌクレオチド配列の全体又は一部であってもよい。さらに、３２Ｐなどの検出可能な基、或いは、他の放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、又は酵素補助因子など、いかなる他の検出可能なマーカーで、それらを標識してもよい。ハイブリダイゼーション用のプローブは、本明細書に開示する糖質関連ヌクレオチド配列又は多剤トランスポーターヌクレオチド配列に基づいた合成オリゴヌクレオチドを標識することによって作製できる。さらに、既知の糖質利用関連ヌクレオチド配列若しくは多剤トランスポーターヌクレオチド配列、又はそれがコードするアミノ酸配列中で保存されているヌクレオチド残基又はアミノ酸残基に基づいて設計された縮重プライマーも用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブには、本発明のヌクレオチド配列、又はその断片若しくはバリアントにおける、連続した少なくとも約１０、好ましくは約２０、より好ましくは、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０又は４００ヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列領域が、通常含まれる。様々な条件下で特異的なハイブリダイゼーションを実現するために、そのようなプローブには、糖質利用関連タンパク質の各配列、又は多剤トランスポータータンパク質の各配列に共通する特徴を有する配列が含まれる。ハイブリダイゼーション用のプローブ調製物は、当技術分野で一般に知られており、参照により本明細書に組み込まれているSambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview,  New York) に開示されている。
【００９０】
一実施態様においては、糖質利用タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードする完全ヌクレオチド配列を用いて、新規の糖質利用関連配列又は多剤トランスポーター配列及びｍＲＮＡを同定する。別の実施態様では、本明細書に開示するヌクレオチド配列の断片をプローブとする。いくつかの実施態様では、ストリンジェントな条件下でプローブとハイブリダイズするヌクレオチド配列の長さは少なくとも３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、８００、９００、１０００、１２００、１４００、１６００、１８００又は２０００ヌクレオチドである。
【００９１】
実質的に同一な配列は、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズする。「ストリンジェントな条件」とは、標的配列にプローブがハイブリダイズする方が、他の配列にハイブリダイズするより検出レベルが高くなる（例えば、少なくともバックグランドに対して２倍）条件を意味する。通常、ストリンジェントな条件には、少なくとも約６０％、６５％、７０％、好ましくは７５％の配列同一性を有するヌクレオチドが、通常、互いにハイブリダイズした状態にあるようなハイブリダイゼーション条件及び洗浄条件が含まれる。ストリンジェントな条件は、当技術分野で公知であり、Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, New York (1989)), 6.3.1-6.3.6.に見出すことができる。ハイブリダイゼーションは、一般的に約２４時間以内、通常は約４〜約１２時間の間に起こる。
【００９２】
ストリンジェントな条件は配列依存的であり、状況が異なれば違ったものになる。本発明に包含されるホモログやオーソログを得るのに、核酸配列の完全長を用いる場合も、部分核酸配列を用いる場合もある。「オーソログ」とは、共通の祖先遺伝子に由来する遺伝子であって、種が形成される（speciation）結果、異なる種に見出される遺伝子を意味する。異なる種で見出された遺伝子は、それらのヌクレオチド配列、及び／又はそれらにコードされているタンパク質配列が、本明細書中で定義する実質的な同一性と同じである場合にオーソログであると考えられる。オーソログの機能は、種相互で高度に保存されていることが多い。
【００９３】
プローブを用いる場合のストリンジェントな条件とは、塩濃度が約１．５ＭのＮａイオン未満、通常はｐＨ７．０〜８．３、約０．０１〜１．０ＭのＮａイオン濃度（又は他の塩）であり、温度条件としては、短いプローブ（例えば１０〜５０ヌクレオチド）に対しては少なくとも約３０℃、そして、長いプローブ（例えば５０ヌクレオチド超）に対しては少なくとも約６０℃である。
【００９４】
ハイブリダイゼーション後の洗浄は、特異性を制御する手段である。重要なファクターは、最終洗浄溶液のイオン強度及び温度の２点である。完全長か、又はほぼ完全長の標的配列にハイブリダイズする配列の検出では、ストリンジェントな条件下にある温度は、所定のイオン強度及びｐＨにおける、特定の配列の融点温度（Ｔｍ）より約５℃低く選択する。しかし、ストリンジェントな条件には、本明細書において別途定める所望のストリンジェンシーに応じて、Ｔｍより１℃から２０℃低い温度範囲が含まれる。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドでは、Meinkoth and Wahl (1984) Anal. Biochem. 138:267-284の方程式：Ｔｍ＝８１．５℃＋１６．６（ｌｏｇＭ）＋０．４１（％ＧＣ）−（０．６１（％フォルム）−５００／Ｌを用いてＴｍを判定することができ；式中、Ｍは一価陽イオンのモル濃度であり、％ＧＣはＤＮＡ中のグアノシン及びシトシンヌクレオチドの割合であり、％フォルムはハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドの割合であり、そして、Ｌはハイブリットの長さを塩基対で表したものである。Ｔｍは、相補的な標的配列の５０％が、完全に一致したプローブにハイブリダイズする温度（特定のイオン強度及びｐＨの下で）である。
【００９５】
ハイブリダイゼーション条件及び／又は洗浄条件のストリンジェンシーを変えることによって、相同性の程度が異なる配列に対する検出能を得ることができる。１００％同一の配列を標的にする（相同プロービング）には、ミスマッチを生じさせることのないストリンジェンシー条件が必要である。ヌクレオチド残基にミスマッチが生じることを許容することによって、類似性の程度が低い配列を検出することができる（異種プロービング）。ミスマッチが１％あるごとに、Ｔｍが約１℃低下し、したがって、標的とする同一性比率を有する配列がハイブリダイズするようにハイブリダイゼーション条件及び／又は洗浄条件を操作することができる。例えば、９０％以上の配列同一性を有する配列が好ましい場合は、Ｔｍを１０℃低下させればよい。２つのヌクレオチド配列は、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一である場合には、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズしなくても実質的に同一であり得る。このような状況は、例えば、遺伝子コードのコドン縮重を最大限に用いて核酸の複製を作製した場合に起こり得る。
【００９６】
低ストリンジェンシー条件の例には、３０〜３５％ホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％ＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）、３７℃の緩衝溶液を用いたハイブリダイゼーションや、１×ＳＳＣ〜２×ＳＳＣ（２０×ＳＳＣ＝３．０Ｍ ＮａＣｌ／０．３Ｍクエン酸３ナトリウム）での５０〜５５℃での洗浄が含まれる。中程度のストリンジェンシー条件の例には、４０％〜４５％ホルムアミド、１．０ＭのＮａＣｌ、１％ＳＤＳ、３７℃でのハイブリダイゼーションや、０．５×〜１×ＳＳＣにおける５５〜６０℃での洗浄が含まれる。高ストリンジェンシー条件の例には、５０％ホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％ＳＤＳ、３７℃でのハイブリダイゼーションや、０．１×ＳＳＣでの６０〜６５℃での洗浄が含まれる。必要に応じ、洗浄緩衝液は、約０．１％ＳＤＳ〜約１％ＳＤＳを含んでもよい。通常、ハイブリダイゼーションの時間は、一般的には２４時間未満、通常は約４〜約１２時間である。核酸のハイブリダイゼーションに関する指針は、Tijssen (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology - Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part I, Chapter 2 (Elsevier, New York); Ausubel et al., eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology, Chapter 2 (Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York)に詳細に記載されている。Sambrook et at (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview,  New York) を参照のこと。
【００９７】
ＰＣＲによるアプローチでは、オリゴヌクレオチドプライマーを設計してＰＣＲ反応に用い、目的生物から抽出されたｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡから対応するＤＮＡ配列を増幅する。ＰＣＲプライマーは、長さが少なくとも約１０ヌクレオチドであることが好ましく、また、長さが少なくとも約２０ヌクレオチドであることが最も好ましい。ＰＣＲプライマーを設計する方法、及びＰＣＲクローニングの方法は、当技術分野で一般的に知られており、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview,  New York) に開示されている。Innis et al., eds. (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, New York)；Innis and Gelfand, eds. (1995) PCR Strategies (Academic Press: New York)；及びInnis and Gelfand, eds. (1999) PCR Methods Manual (Academic Press, New York)も参照のこと。公知のＰＣＲ法には、プライマーペア、ネストプライマー（nested primer）、単一の特異的プライマー、縮重プライマー、遺伝子特異的プライマー、ベクター特異的プライマー、部分的なミスマッチを有するプライマー等を用いた方法が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００９８】
（アッセイ）
本発明で開示されているポリペプチド及び／又は核酸分子の試料中の発現、並びに試料中における、開示されている活性を検出する診断アッセイを開示する。試料中における開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の有無を検出する方法の一例では、食物製品／乳製品／飼料産物、スターター培養物（マザー、シード、バルク／セット、濃縮、乾燥、凍結乾燥、凍結）、培養された食物製品／乳製品／飼料、サプリメント、生物加工した発酵物質、又はプロバイオティック物質を摂取した対象（subject）から試料を得て、この試料に、開示のポリペプチド又は核酸（例えば、開示の核酸、又はその断片を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡ）を検出することができる化合物又はエージェントに接触させ、開示の配列の有無を検出する。食物、サプリメント、培養物、産物、又は対象から得た試料による結果は、対照としての培養物、産物、又は対象から得た試料による結果と比較することができる。
【００９９】
本発明で開示されているヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを検出するためのエージェントの１つに、ｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡの開示のヌクレオチド配列とハイブリダイズすることができる標識化核酸プローブがある。例えば、核酸プローブは、配列番号１〜３６３のうち奇数番号で示される開示の核酸、又はその一部等の開示の核酸である。その一部とは、例えば少なくとも１５、３０、５０、１００、２５０又は５００ヌクレオチド長であり、開示の核酸配列を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡとストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分な部分である。本発明の診断アッセイに用いるプローブとして適切なものについては、本明細書に記載する。
【０１００】
開示のポリペプチド配列を含むタンパク質を検出するエージェントの１つは、開示のポリペプチドに結合できる抗体であり、好ましくは、検出可能に標識した抗体である。抗体は、ポリクローナルでもよいが、モノクローナルがより好ましい。無処理の抗体、又はその断片（例えば、Ｆａｂ又はＦ（ａｂ’）２）を用いることができる。プローブ又は抗体に関して、「標識した」という用語は、検出可能な物質をプローブ又は抗体に結合させる（すなわち、物理的に連結させる）ことによって、プローブ又は抗体を直接標識することを含意し、また、直接標識されている別の試薬との反応性により、プローブ又は抗体を間接標識することも含意する。間接標識の例には、蛍光標識されている二次抗体を用いた一次抗体の検出と、蛍光標識されているストレプトアビジンで検出できるような、ビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識とが含まれる。
【０１０１】
「試料」という用語は、対象に存在するか、又は対象から単離された組織、細胞、及び生物体液を含み、さらに、スターター培養物の細胞、又はそのような培養物を有するか、或いはそのような培養物を用いて得られる食品も含むものとする。すなわち、本発明の検出法は、試料中における、開示の配列を含むｍＲＮＡ、タンパク質、又はゲノムＤＮＡを、インビトロ及びインビボの両方で検出するのに用いることができる。開示の配列を含むｍＲＮＡを検出するインビトロ法には、ノーザンハイブリダイゼーション及びインサイチューでのハイブリダイゼーションが含まれる。開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出するためのインビトロ法には、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウエスタンブロット、免疫沈降反応、及び免疫蛍光が含まれる。開示のヌクレオチド配列を含むゲノムＤＮＡを検出のためのインビトロ法には、サザンハイブリダイゼイションが含まれる。さらに、開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出するインビボ法には、開示のポリペプチドに対する標識抗体を対象に導入することが含まれる。例えば、抗体を放射性マーカーで標識することができ、対象におけるその存在及び位置を標準的な映像化技法によって検出することができる。
【０１０２】
一実施形態では、試料は、プロバイオティック物質を摂取した試験対象からのタンパク質分子を含有する。或いは、スターター培養物のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを試料が含有していてもよい。
【０１０３】
本発明は、開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の試料中における有無を検出するキットも包含する。そのようなキットは、本発明の特定のポリペプチドを発現する微生物が、食品若しくはスターター培養物、又はプロバイオティック物質を摂取した対象の中に存在しているかどうか判定するのに用いることができる。例えば、キットは、試料中における、開示のポリペプチド又はｍＲＮＡを検出できる標識された化合物又はエージェントと、試料中における、開示のポリペプチドを定量する手段とを含んでもよい（例えば、開示のポリペプチドを認識する抗体、又は、例えば配列番号２〜３６４のうちの偶数番号の配列をコードするＤＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ）。キットには、そのような化合物の使用に関する詳しい説明書が添付されていてもよい。
【０１０４】
抗体ベースのキットの場合、かかるキットは、例えば、（１）開示のポリペプチドに結合する一次抗体（例えば、固体支持体に結合している）と、必要に応じ、（２）開示のポリペプチド又は一次抗体に結合し、かつ、検出可能なエージェントに結合する、一次抗体とは異なる二次抗体とを含んでいてもよい。オリゴヌクレオチドベースのキットの場合、かかるキットは、例えば、（１）開示の核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、例えば検出可能に標識されているオリゴヌクレオチド、又は（２）開示の核酸を増幅するのに有用な一対のプライマーを含んでもよい。
【０１０５】
キットには、例えば、緩衝剤、保存剤、又はタンパク質安定化剤が含まれていてもよい。キットには、検出可能なエージェント（例えば酵素又は基質）を検出するのに必要な構成要素が含まれていてもよい。キットは、アッセイに供され、試験試料と比較する対照試料又は一連の対照試料も含むことがある。キットの各コンポーネントは、通常、個々の容器に収められ、これらの容器は全て、使用説明書が添付された１つのパッケージに入っている。
【０１０６】
一実施形態でキットは、例えば、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許第５４１２０８７号及び第５５４５５３１号、並びにＷＯ９５／００５３０に記載のものなど、アレイフォーマットに複数のプローブを含む。アレイで使用するためのプローブは、ＷＯ９５／００５３０に開示されているように、アレイの表面で直接合成することもできるし、アレイの表面に固定する前に合成することもできる(Gait, ed. (1984) Oligonucleotide Synthesis a Practical Approach IRL Press, Oxford, England)。プローブは、米国特許第５４１２０８７号に記載のものなど、当業者に周知の手法を用いて表面に固定することができる。プローブは、核酸配列若しくはペプチド配列（好ましくは精製されたもの）、又は抗体であってよい。
【０１０７】
アレイは、生物、試料、又は産物について、それらのゲノムｃＤＮＡ、ポリペプチド、又は抗体の内容における特定の配列又はタンパク質の有無などの違いや、それらの物質の濃度の違いをみるスクリーニングに用いることができる。例えば、開示の核酸配列を含む核酸分子に結合した標識や、開示のアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合した標識や、抗体に結合した標識から生成されるシグナルによって捕捉プローブに対する結合を検出する。この方法は、開示の核酸、ポリペプチド、又は抗体を含む分子を、複数の捕捉プローブを有する第１のアレイ、及び別の複数の捕捉プローブを有する第２のアレイと接触させることを含む。それぞれのハイブリダイゼーションの結果を比較して、第１の試料と、第２の試料との間における発現の相違を分析することができる。第１の複数の捕捉プローブは、対照試料、例えば、野生型の乳酸菌から得たもの、又は対照対象、例えば、食物、栄養サプリメント、スターター培養物試料、または体液から得たものでありうる。第２の複数の捕捉プローブは、実験試料、例えば変異体型乳酸菌から得たもの、或いはプロバイオティック物質、例えば、スターター培養物試料又は生物体液を摂取した対象から得たものでありうる。
【０１０８】
これらのアッセイは、微生物の選択と、不要物の検出を必須とする品質管理操作とに特に有用である。特定のヌクレオチド配列又はポリペプチドの検出は、食物、発酵産物若しくは工業用微生物の遺伝子組成の判定、又はプロバイオティクスを摂取した動物若しくはヒトの消化系に存在する微生物の判定に有用である。
【０１０９】
（アンチセンスヌクレオチド配列）
本発明は、アンチセンス核酸分子、すなわち、タンパク質をコードするセンス核酸に相補的な分子、例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコーディング鎖に相補的な分子、又はｍＲＮＡ配列に相補的な分子も包含する。したがって、アンチセンス核酸はセンス核酸と水素結合することが可能である。アンチセンス核酸は、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのコーディング鎖の全体に、或いはその一部だけに（例えばタンパク質コード領域（又はオープンリーディングフレーム）の全体または一部に）相補的である。アンチセンス核酸は、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非コード領域に対してアンチセンスである場合もある。非コード領域は、コード領域に隣接し、かつ、アミノ酸に翻訳されない５’及び３’の配列である。アンチセンスヌクレオチド配列は、標的遺伝子の発現を損なうのに有用である。対応する配列に対して７０％、好ましくは８０％、より好ましくは８５％、９０％、９５％の配列同一性を有するアンチセンス構築物を用いることができる。
【０１１０】
本明細書に開示する、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質をコードするコード鎖配列（例えば、配列番号２〜３６４中の偶数番号の配列）に基づき、ワトソン及びクリックの塩基対合法則に従って本発明のアンチセンス核酸を設計することができる。アンチセンス核酸は、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのｍＲＮＡのコード領域全体に相補的なものである場合もあるが、糖質利用関連ｍＲＮＡ又は多剤トランスポーターｍＲＮＡのコード領域又は非コード領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドがより好ましい。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、糖質利用関連ｍＲＮＡ又は多剤トランスポーターｍＲＮＡにおける翻訳開始部位の近傍領域に相補的なものであってもよい。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０ヌクレオチドのものである場合もあり、或いは１００ヌクレオチド長、２００ヌクレオチド長、又はさらに長い場合もある。本発明のアンチセンス核酸は、当技術分野で公知の化学合成法、及び酵素連結法を用いて構築することができる。
【０１１１】
例えば、アンチセンス核酸（例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然ヌクレオチドを用いたり、分子の生物安定性の増大やアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成された二本鎖の物理的安定性の増大を図るために種々に改変されたヌクレオチドを用いることにより、化学合成により得ることができる。かかる改変されたヌクレオチドには、ホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチドが含まれるが、これらに限定されない。或いは、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、又は限定されるものではないが、例えば、分子の生物学的安定性を増大させるため、若しくは、アンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成された二本鎖分子の物理的安定性を増大させるために様々に改変されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成することができる。別法として、核酸がアンチセンスの方向にサブクローニングされている発現ベクターを用いて、アンチセンス核酸を生物学的に作製することもできる（すなわち、挿入した核酸を起点として転写されたＲＮＡが、目的とする標的核酸に対してアンチセンスの方向のものになる）。
【０１１２】
本発明のアンチセンス核酸は、α−アノマー核酸分子でもよい。α−アノマー核酸は、相補ＲＮＡと共に特異的二本鎖ハイブリッドを形成し、かかる二本鎖は、通常のβ−ユニットとは違って鎖が平行関係にある (Gaultier et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15:6625-6641)。アンチセンス核酸分子は、２´−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Inoue et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15:6131-6148）、又はキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（Inoue et al. (1987) FEBS Lett. 215:327-330）を含む場合もある。
【０１１３】
本発明はリボザイムも包含する。リボザイムは、リボザイムの相補領域を有するｍＲＮＡ等の一本鎖核酸を切断するリボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡ分子である。リボザイム（例えばハンマーヘッド型リボザイム（Haselhoff and Gerlach (1988) Nature 334:585-591に記載））は、糖質利用関連ｍＲＮＡ転写物を触媒作用によって切断し、それによって、糖質利用関連ｍＲＮＡ又はｍＲＮＡの翻訳を阻害する。糖質利用関連タンパク質をコードする核酸、又は多剤トランスポータータンパク質をコードする核酸に対する特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示の糖質利用関連のｃＤＮＡ又は多剤トランスポーターのｃＤＮＡのヌクレオチド配列（例えば配列番号１〜３６３のうちの奇数番号配列）に基づいて設計することができる。例えば、米国特許第４９８７０７１号、及び米国特許第５１１６７４２号を参照のこと。或いは、糖質利用関連ｍＲＮＡ又は多剤トランスポーターｍＲＮＡを使い、特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡをＲＮＡ分子のプールから選択することもできる。例えば、Bartel and Szostak (1993) Science 261:1411-1418を参照のこと。
【０１１４】
本発明は、三重螺旋構造を形成する核酸分子も包含する。例えば、糖質利用関連遺伝子発現又は多剤トランスポーター遺伝子発現は、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の調節領域（例えば、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのプロモーター及び／又はエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的として、標的細胞内の糖質利用関連遺伝子又は多剤トランスポーター遺伝子の転写を阻止する三重螺旋構造を形成させることによって阻害できる。Helene (1991) Anticancer Drug Des. 6(6):569: Helene (1992) Ann. N Y. Acad Sci. 660:27；及びMaher (1992) Bioassays 14(12):807を参照のこと。
【０１１５】
一部の実施形態では、例えば分子の安定性、ハイブリダイゼーション、又は溶解性を亢進させるために、本発明の核酸分子を塩基部分、糖部分、又はリン酸バックボーンにおいて改変することがある。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸バックボーンを改変して、ペプチド核酸を作製することができる（Hyrup et al. (1996) Bioorganic & Medicinal Chemistry 4:5を参照）。本明細書で使用する場合、「ペプチド核酸」又は「ＰＮＡ」という用語は、デオキシリボースリン酸バックボーンがシュードペプチド（pseudopeptide）バックボーンによって置換され、４つの天然核酸塩基のみが保持されている核酸模倣体、例えばＤＮＡ模倣体を指す。ＰＮＡの中性バックボーンは、低イオン強度条件下でのＤＮＡ及びＲＮＡに対する特異的なハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、例えば、上記のHyrup et al. (1996)； Perry-O'Keefe et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci: USA93:14670に記載の標準的な固相ペプチド合成プロトコールを用いて実施できる。
【０１１６】
ＰＮＡは、例えば転写又は翻訳の停止を誘導するか、或いは複製を抑制することによって、遺伝子発現の配列特異的な調節を行うためのアンチセンスエージェント又はアンチジーン（antigene）エージェントとして用いることができる。本発明のＰＮＡは、例えば、ＰＮＡを標的としたＰＣＲクランプ法によって；他の酵素、例えばＳ１ヌクレアーゼと併用した際の人工制限酵素として（Hyrup (1996)、同上）；又はＤＮＡ配列及びハイブリダイゼーション用のプローブ又はプライマーとして（上記Hyrup (1996)；上記Perry-O'Keefe et al. (1996)）、例えば、遺伝子内の単一塩基対変異の分析に用いることができる。
【０１１７】
別の実施形態では、糖質利用関連分子又は多剤トランスポーター分子のＰＮＡを、その安定性、特異性、又は細胞内取込みを促進するために改変することができる。かかる改変は、親油基又は他のヘルパー基（helper group）をＰＮＡに結合させることにより、又はＰＮＡ−ＤＮＡキメラを形成させることにより、又はリポソームを用いたり、当技術分野で公知の他の薬物送達手段により、行うことができる。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、上記Hyrup (1996)；Finn et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24(17):3357-63；Mag et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:5973；及びPeterson et al. (1975) Bioorganic Med. Chem. Lett. 5:1119に記載のとおりに実施できる。
【０１１８】
（融合タンパク質）
本発明には、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのキメラタンパク質又は融合タンパク質も含まれる。糖質利用関連又は多剤トランスポーターの「キメラタンパク質」又は「融合タンパク質」は、糖質利用関連又は多剤トランスポーターではないポリペプチドにオペラブルに連結した糖質利用関連又は多剤トランスポーターのポリペプチドを含む。「糖質利用関連又は多剤トランスポーターのポリペプチド」とは、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドのことであり、一方、「糖質利用関連又は多剤トランスポーターではないポリペプチド」は、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのタンパク質と実質的に同一でないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、同じ生物又は異なる生物に由来するポリペプチドを指す。糖質利用関連又は多剤トランスポーターの融合タンパク質の内部で、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのポリペプチドは、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのタンパク質の全体に対応していることも、その部分に対応していることもあるが、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのタンパク質における少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含むことが好ましい。この融合タンパク質の内部で、「オペラブルに連結した」という用語は、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのポリペプチドと、糖質利用関連又は多剤トランスポーターではないポリペプチドとが、インフレームで相互に融合していることを意味する。糖質利用関連又は多剤トランスポーターではないポリペプチドは、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのポリペプチドのＮ末端に融合する場合も、Ｃ末端に融合する場合もある。
【０１１９】
連結されているコード配列を発現することによって、融合タンパク質を形成する、連結されている２つのヘテロアミノ酸配列が得られる。担体配列（糖質利用関連又は多剤トランスポーターではないポリペプチド）は、細菌宿主における融合タンパク質の発現を増強又は増大させる担体ポリペプチドをコードすることがある。融合タンパク質における、担体配列によってコードされている部分（すなわち担体ポリペプチド）は、タンパク質断片、機能性部分の全体、又はタンパク質配列の全体でもよい。担体領域又はポリペプチドはさらに、その担体ポリペプチドに特異的な抗体又はアフィニティー精製による融合タンパク質の精製に使用されるように設計することもできる。同様に、融合タンパク質の選択的な精製を可能にするために、担体ポリペプチドの物理学的特性を利用することもできる。
【０１２０】
具体的な担体ポリペプチドとしては、スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、Ｎ末端ヒスチジン（Ｈｉｓ）タグ等が含まれる。糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の融合タンパク質としての発現を増強する担体ポリペプチドであれば全て本発明で使用することができるので、上述の担体ポリペプチドに限定されることはない。
【０１２１】
一実施形態では、融合タンパク質が、ＧＳＴと糖質利用関連又は多剤トランスポーターとの融合タンパク質であり、その中では、糖質利用関連又は多剤トランスポーターの配列がＧＳＴ配列のＣ末端に融合している。別の実施形態では、融合タンパク質が、糖質利用関連−免疫グロブリン融合タンパク質であり、糖質利用関連タンパク質の全体または一部が免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合している。他の実施形態では、融合タンパク質には、本発明の多剤トランスポータータンパク質が含まれる。本発明の、糖質利用関連−免疫グロブリン融合タンパク質又は多剤トランスポーター−免疫グロブリン融合タンパク質は、抗糖質利用関連抗体又は抗多剤トランスポーター関連抗体を対象の体内で産生させるための免疫原として、また、糖質利用関連リガンド又は多剤トランスポーター関連リガンドを精製するために、また、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質と、糖質利用関連リガンド又は多剤トランスポーターリガンドとの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイに、使用することができる。
【０１２２】
当業者であれば、具体的な担体ポリペプチドは、精製スキームを考慮して選択されることを理解するであろう。例えば、Ｈｉｓタグ、ＧＳＴ、及びマルトース結合タンパク質は、容易に利用できるアフィニティーカラムが使え、かかるカラムに結合して溶出する担体ポリペプチドを代表するものである。したがって、担体ポリペプチドがヘキサヒスチジン（Ｈｉｓ６タグ）などのＮ末端Ｈｉｓタグである場合、糖質利用関連又は多剤トランスポーターの融合タンパク質は、金属キレート樹脂、例えば、ニッケルニトリロ三酢酸（Ｎｉ−ＮＴＡ）、ニッケルイミノ二酢酸（Ｎｉ−ＩＤＡ）、及びコバルト含有樹脂（Ｃｏ樹脂）を含むマトリックスを用いて精製することができる。例えば、参照により本明細書に全体として組み込まれている、Steinert et al. (1997) QIAGEN News 4:11-15を参照のこと。担体ポリペプチドがＧＳＴである場合には糖質利用関連又は多剤トランスポーターの融合タンパク質は、グルタチオンアガロースビーズ（Sigma社又はPharmacia Biotech社）を含むマトリックスを用いて精製することができ、担体ポリペプチドがマルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）である場合には、糖質利用関連又は多剤トランスポーターの融合タンパク質は、アミロースによって誘導体化されたアガロース樹脂を含むマトリックスを用いて精製することができる。
【０１２３】
本発明のキメラタンパク質又は融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ法で作製することが好ましい。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡ断片を一つにインフレームに連結してもよく、ＤＮＡ自動合成機などで融合遺伝子を合成することもできる。或いは、連続した２つの遺伝子断片の間に相補的なオーバーハングをもたらすアンカープライマーを用い、遺伝子断片をＰＣＲ増幅させ、アニーリングし、さらに再増幅させることでキメラ遺伝子配列を作製することもできる（例えば、Ausubel et al., eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology (Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York)を参照）。さらに、糖質利用関連又は多剤トランスポーターをコードする核酸を市販の発現ベクターにクローニングして、既存の融合部分にインフレームに連結されるようにしてもよい。
【０１２４】
融合タンパク質発現ベクターは、通常、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質が、それ自体の天然の生物活性を保持できるように、担体ポリペプチドの除去が容易であるように設計する。融合タンパク質を切断する方法は当技術分野で公知である。例えば、Ausubel et al., eds. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, Inc.)を参照のこと。融合タンパク質は、臭化シアン、２−（２−ニトロフェニルスルフェニル）−３−メチル−３’−ブロモインドレニン、ヒドロキシルアミン等の試薬、又は低ｐＨの試薬を用いて化学的に切断できる。化学的切断は、切断しないと不溶性の融合タンパク質となるタンパク質を切断するために、変性条件下で行うことが多い。
【０１２５】
糖質利用関連ポリペプチド又は多剤トランスポーターポリペプチドを担体ポリペプチドから分離する必要があり、かつ、これらの融合ポリペプチド間の接合部の切断部位が本来存在しない場合、特異的なプロテアーゼ切断部位を含有させて、酵素による担体ポリペプチドの切断及び除去が促進されるように融合コンストラクトを設計することができる。この様にして、所定の酵素に特異的な切断部位を有するペプチドのコード配列を含むリンカー配列を、担体ポリペプチド（例えば、ＭＢＰ、ＧＳＴ、ＳＯＤ、又はＮ末端Ｈｉｓタグ）のコード配列と、糖質利用関連ポリペプチド又は多剤トランスポーターポリペプチドのコード配列との間にインフレームに融合させることができる。切断部位に対する特異性を有する適当な酵素には、因子Ｘａ、トロンビン、エンテロキナーゼ、レミン（remin）、コラゲナーゼ、及びタバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼが含まれるが、これらに限定されない。これらの酵素の切断部位は当技術分野で周知である。したがって、例えば、担体ポリペプチドを糖質利用関連ポリペプチド又は多剤トランスポーターポリペプチドから切断するのに因子Ｘａを用いる場合には、因子Ｘａに感受性の切断部位、例えば、ＩＥＧＲという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる（例えば、参照により本明細書に組み込まれている、Nagai and Thogersen (1984) Nature 309:810-812；Nagai and Thogersen (1987) Meth. Enzymol. 153:461-481；及びPryor and Leiting (1997) Protein Expr. Purif. 10(3):309-319を参照のこと）。担体ポリペプチドを、糖質利用関連ポリペプチド又は多剤トランスポーターポリペプチドから切断するのにトロンビンを用いる場合には、トロンビンに感受性の切断部位、例えば、ＬＶＰＲＧＳ又はＶＩＡＧＲという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる（例えば、それぞれ、Pryor and Leiting (1997) Protein Expr. Purif. 10(3):309-319、及びHong et al. (1997) Chin. Med. Sci. J. 12(3):143-147を参照のこと；これらの開示を参照により本明細書に組み込む）。ＴＥＶプロテアーゼの切断部位は当技術分野で公知である。例えば、参照により全体として本明細書に組み込まれている米国特許第５５３２１４２号に記載の切断部位を参照のこと。Ausubel et al., eds. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, Inc.), Chapter 16の考察（discussion）の項も参照のこと。
【０１２６】
（抗体）
本発明の単離されたポリペプチドは、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質に特異的に結合する抗体を作製するための免疫原として、或いはインビボでの抗体産生に使用することができる。糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の完全長は、免疫原として用いることができ、或いは、本明細書に記載の糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質のペプチド断片を使用することもできる。糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の抗原性ペプチドには、配列番号１〜３２０のうち偶数の配列番号で示されるアミノ酸配列から、少なくとも８、好ましくは１０、１５、２０、又は３０アミノ酸残基を含み、また、かかるペプチドに対して産生された抗体が、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質との特異的免疫複合体を形成するように、エピトープを包含する。
抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の領域であって、そのタンパク質の表面に存在する領域、例えば、親水性の領域である。
【０１２７】
（組換え体の発現ベクター及び宿主細胞）
本発明の核酸分子は、ベクター、好ましくは発現ベクターに含まれていてもよい。「ベクター」は、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。発現ベクターは、１又は複数の調節配列を含み、それらがオペラブルに連結された遺伝子の発現を指示する。「オペラブルに連結されている」とは、目的のヌクレオチド配列が、そのヌクレオチド配列の発現が可能になるように（例えば、インビトロの転写系／翻訳系で、又はベクターが宿主細胞に導入される場合には宿主細胞で）、調節配列に連結されていることを意味する。「調節配列」という用語には、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び翻訳調節配列など、他の発現制御エレメントが含まれるものとする（例えば、シャイン−ダルガルノ（Shine-Dalgarno）コンセンサス配列、開始コドン、終止コドン）。これらの調節配列は、例えば使用される宿主細胞に応じて異なる。
【０１２８】
ベクターは、宿主細胞内で自律的に複製されることもあるし（エピソームベクター）、或いは、宿主細胞のゲノムに組み込まれて宿主ゲノムと共に複製されることもある（非エピソープ哺乳類ベクター）。インテグレーティングベクター（integrating vector）は、通常、細菌染色体に相同な配列を少なくとも１つ含有し、それによって、ベクターと細菌染色体とに存在する相同なＤＮＡの間で組換えが起こるのを可能にしている。インテグレーティング型ベクターは、バクテリオファージ又はトランスポゾンの配列も含むことがある。エピソームベクター又はプラスミドは、その中にＤＮＡセグメントを追加して連結することができる環状の二本鎖ＤＮＡループである。組換えＤＮＡ法を用いる場合には、宿主内での安定した維持が可能なプラスミドが、通常は発現ベクターの好ましい形態である。
【０１２９】
本発明に包含される発現コンストラクト又はベクターには、細胞内での核酸の発現に適した形態にある本発明の核酸コンストラクトを含む。原核細胞及び植物細胞における発現も、本発明に包含される。発現ベクターのデザインが、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現レベルなどの因子に左右されることは当業者には理解されるところである。本発明の発現ベクターを細胞に導入することにより、融合タンパク質又はペプチドを含めた、本明細書に記載の核酸によってコードされているタンパク質又はペプチド（例えば、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の変異体、融合タンパク質等）を作出することができる。
【０１３０】
（バクテリア発現ベクター）
調節配列には、ヌクレオチド配列の構成的な発現を指示するものと、ある特定の環境条件下でのみ誘発されるヌクレオチド配列発現を指示するものとが含まれる。バクテリアＲＮＡポリメラーゼに結合して、ｍＲＮＡへのコード配列（例えば構造遺伝子）の転写を下流（３’）で開始することができるいかなるＤＮＡ配列も、バクテリアプロモーターである。プロモーターは転写開始領域を有し、かかる転写開始領域は、通常、コード配列の５’末端近傍に位置する。この転写開始領域は、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位と、転写開始部位とを含む。バクテリアプロモーターは、オペレーターと呼ばれる第２のドメインも有することがある。オペレーターは、隣接し、ＲＮＡ合成が始まる部位であるＲＮＡポリメラーゼ結合部位と重複する場合もある。オペレーターは、負に調節された（誘導性）転写を可能にするが、それは、遺伝子リプレッサータンパク質がオペレーターに結合して、それによって特定の遺伝子の転写を阻害する可能性があるためである。構成的な発現は、オペレーターなどの負の調節エレメントの非存在下に起こる場合もある。さらに、遺伝子活性化タンパク質結合配列によって、正の調節が生じる場合もある。この配列は、存在する場合には、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合配列の近傍（５’）にある。
【０１３１】
遺伝子活性化タンパク質の一例に、カタボライト遺伝子活性化タンパク質（ＣＡＰ）があるが、これは、大腸菌（Escherichia coli）のｌａｃオペロンの転写開始を補助する(Raibaud et al. (1984) Annu. Rev. Genet. 18:173)。したがって、調節性の発現は、正の場合も、負の場合もあり、それによって転写が促進されるか、又は抑制される。正及び負の調節エレメントの他の例は当技術分野で周知である。タンパク質発現系に含めることのできる様々なプロモーターには、Ｔ７／ＬａｃＯハイブリッドプロモーター、ｔｒｐプロモーター、Ｔ７プロモーター、ラクトースプロモーター、及びバクテリオファージλプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。在来のプロモーター又は異種プロモーターを含めた、いかなる適当なプロモーターも、本発明の実施に用いることができる。異種プロモーターは、構成的に活性であることも、誘導性であることもある。異種プロモーターの非限定的な例は、米国特許第６２４２１９４号に示されている。
【０１３２】
代謝経路の酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。それらの例には、ガラクトース、ラクトース（ｌａｃ）(Chang et al. (1987) Nature 198:1056)、及びマルトースなど、糖代謝酵素のプロモーター配列が含まれる。さらに、トリプトファンなどの生合成酵素（ｔｒｐ）に由来するプロモーター配列（Goeddel et al. (1980) Nucleic Acids Res. 8:4057; Yelverton et al. (1981) Nucleic Acids Res. 9:731；米国特許第４７３８９２１号；欧州特許公開第３６７７６号及び第１２１７７５号）も例示される。ベータラクタマーゼ（ｂｌａ）プロモーターシステム（Weissmann, (1981) "The Cloning of Interferon and Other Mistakes," in Interferon 3 (ed. I. Gresser)）；バクテリオファージラムダＰＬ（Shimatake et al: (1981) Nature 292:128）；アラビノース誘導性ａｒａＢプロモーター（米国特許第５０２８５３０号）；及びＴ５（米国特許第４６８９４０６号）プロモーターシステムも有用なプロモーター配列を提供する。大腸菌（E.coli）の発現系について論じているBalbas (2001) Mal. Biotech. 19:251-267も参照のこと。
【０１３３】
さらに、天然には存在しない合成プロモーターもバクテリアプロモーターとして機能する。例えば、あるバクテリアプロモーター又はバクテリオファージプロモーターの転写活性化配列を、別のバクテリアプロモーター又はバクテリオファージプロモーターのオペロン配列に連結させて、合成のハイブリッドプロモーターを生成することもできる（米国特許第４５５１４３３号）。例えば、ｔａｃプロモーター（Amann et al. (1983) Gene 25:167; de Boer et al. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. 80:21）、及びｔｒｃプロモーター（Brosius et al. (1985) J. Biol. Chem. 260:3539-3541）は、ｔｒｐプロモーターと、ラックリプレッサーによって調節されるｌａｃオペロン配列との両方で構成されるｔｒｐ−ｌａｃハイブリッドプロモーターである。ｔａｃプロモーターは、誘導性調節配列としての機能もさらに有する。したがって、ｔａｃプロモーターにオペラブルに連結されているコード配列の発現は、例えば、イソプロピル−１−チオ−β−Ｄ−ガラクトシド（ＩＰＴＧ）を添加する細胞培養により、誘導することができる。さらに、バクテリアＲＮＡポリメラーゼに結合して転写を開始する能力を有する、バクテリア以外からの天然プロモーターもバクテリアプロモーターに含まれる。原核生物のいずれかの遺伝子が高レベルに発現するように、バクテリア以外からの天然プロモーターを適合性のあるＲＮＡポリメラーゼと共役させることもできる。バクテリオファージＴ７ＲＮＡポリメラーゼ／プロモーターシステムは、共役プロモーターシステムの例である（Stadier et al. (1986) J. Mol. Biol. 189:113; Tabor et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. 82:1074）。加えて、ハイブリッドプロモーターは、バクテリオファージプロモーターと大腸菌（E.coli）オペレーター領域とから構成されることもある（欧州特許第２６７８５１号）。
【０１３４】
ベクターは、そのプロモーターのリプレッサー（又は誘導物質）をコードする遺伝子をさらに有していてもよい。例えば、本発明の誘導性ベクターは、ＬａｃＩリプレッサータンパク質をコードする遺伝子を発現させることによって、Ｌａｃオペレーター（ＬａｃＯ）からの転写を調節する。他の例には、ｐＲｅｃＡの発現を調節するためのｌｅｘＡ遺伝子の使用、及びｐｔｒｐを調節するためのｔｒｐＯの使用が含まれる。これら遺伝子のアレルであって、抑制の程度を増強する（例えば、ｌａｃＩｑ）、或いは誘導の様式を改変する（例えば、λｐＬに熱誘導性を与えるλＣＩ８５７、又はλｐＬに化学誘導性を与えるλＣＩ＋）アレルを利用することもできる。
【０１３５】
機能的なプロモーター配列に加えて、効率的なリボソーム結合部位も、融合構築物の発現に有用である。原核生物では、リボソーム結合部位は、シャイン−ダルガルノ（ＳＤ）配列と呼ばれ、開始コドン（ＡＴＧ）と、開始コドンの３〜１１ヌクレオチド上流にある長さ３〜９ヌクレオチドの配列とを含む(Shine et al. (1975) Nature 254:34)。ＳＤ配列は、ＳＤ配列とバクテリア１６ＳリボソームＲＮＡの３’末端との間の塩基対合によって、ｍＲＮＡのリボソームへの結合を促進すると考えられている（Steitz et al. (1979) "Genetic Signals and Nucleotide Sequences in Messenger RNA," in Biological Regulation and Development: Gene Expression (ed. R. F. Goldberger, Plenum Press, NY）。
【０１３６】
糖質利用関連タンパク質も、バクテリアにおける糖質利用関連及び多剤トランスポーターポリペプチドの分泌をもたらすシグナルペプチド配列断片を含むタンパク質をコードするキメラＤＮＡ分子を作製することによって、細胞から分泌されることがある（米国特許第４３３６３３６号）。シグナル配列断片は、通常、細胞からのタンパク質の分泌を指示し、疎水性アミノ酸で構成されるシグナルペプチドをコードする。タンパク質は、増殖培地（グラム陽性菌）か、細胞の内膜と外膜との間に位置する細胞膜周辺腔（グラム陰性菌）のいずれかに分泌される。シグナルペプチド断片と、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質との間でコードされ、インビボ又はインビトロのいずれかで切断できるプロセシング部位が存在することが好ましい。
【０１３７】
適当なシグナル配列をコードするＤＮＡは、大腸菌（E.coli）の外膜タンパク質遺伝子（ｏｍｐＡ）（Masui et al. (1983) FEBS Lett. 151(1):159-I64; Ghrayeb et al. (1984) EMBOJ 3:2437-2442）、及び大腸菌（E.coli）アルカリホスファターゼシグナル配列（ｐｈｏＡ）（Oka et al. (1985) Proc. Natl. Acad Sci. 82:7212）など、バクテリアの分泌タンパク質の遺伝子から得ることができる。他の原核細胞シグナルには、例えば、ペニシリン分解酵素Ｉｐｐからのシグナル配列；又は熱安定性エンテロトキシンIIのリーダー配列が含まれる。
【０１３８】
アシドフィルス菌（L.acidophilus）等のバクテリアは、通常、開始コドンＡＴＧを利用し、これはアミノ酸のメチオニン（原核生物内でＮ−ホルミルメチオニンへと改変される）を指定する。バクテリアは、ＧＴＧ及びＴＴＧというコドンなど、別の開始コドンも認識するが、これらはそれぞれバリンとロイシンとをコードする。しかし、これらのコドンが開始コドンとして使用される場合は、これらのコドンが通常コードしているアミノ酸ではなくメチオニンの取込みを指示する。アシドフィルス菌ＮＣＦＭは、このような別の開始部位を認識し、メチオニンを最初のアミノ酸として組み込む。
【０１３９】
通常、バクテリアによって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの３’側に位置する調節領域であり、したがって、プロモーターと共にコード配列を挟み込む。これらの配列は、ＤＮＡがコードするポリペプチドに翻訳することができるｍＲＮＡの転写を指示する。転写終結配列は、転写停止を補助するステムループ構造を形成することができるＤＮＡ配列（約５０ヌクレオチド）を含むことが多い。これらの例には、大腸菌（E.coli）のｔｒｐ遺伝子、そして、他の生合成遺伝子など、強いプロモーターを有する遺伝子に由来する転写終結配列が含まれる。
【０１４０】
発現ベクターは、調節領域の転写調節を受けるため、糖質利用関連配列又は多剤トランスポーター配列に挿入する制限部位を複数有する。ベクターが細胞内で確実に維持されるための選択的マーカー遺伝子も、発現ベクターに含めることができる。好ましい選択的マーカーには、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシン（ネオマイシン）、及びテトラサイクリン等、薬物耐性を付与するものが含まれる(Davies et al. (1978) Annu. Rev. Microbial. 32:469)。選択的マーカーは、最少培地上で、又は毒性代謝物質の存在下で細胞が増殖するのを可能にするものでもよく、これには、ヒスチジン、トリプトファン及びロイシン生合成経路の遺伝子等の生合成遺伝子が含まれる。
【０１４１】
調節領域は、本発明の細胞及び／又はヌクレオチド配列にとって、在来（ホモ）のものでも、外来（異種）のものでもよい。調節領域は、天然でも合成されたものでもよい。その領域が、細胞にとって「外来」、すなわち「異種」であるということは、その領域を導入する細胞が、かかる領域を元来有していないことを意味する。その領域が、本発明の糖質利用関連ヌクレオチド配列又は多剤トランスポーターヌクレオチド配列にとって「外来」、すなわち「異種」であるということは、オペラブルに連結している本発明の糖質利用関連ヌクレオチド配列又は多剤トランスポーターヌクレオチド配列にとって、その領域が、固有の領域又は天然に存在する領域ではないことを意味する。そのような領域は、例えばファージに由来していてもよい。かかる配列は、異種調節領域を用いて発現させるのが望ましいが、在来の領域を用いることもできる。場合によっては、そのような構築物によって、糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質の細胞内の発現レベルが変化することも予測される。したがって、細胞の表現型が変化することもある。
【０１４２】
発現カセットを調製する際には、適切な配向性で、また必要に応じて適当なリーディングフレーム中に、ＤＮＡ配列を提供するために様々なＤＮＡ断片を操作することがある。そのために、ＤＮＡ断片を連結するのにアダプター又はリンカーが利用されることがあり、また、好都合な制限部位、不必要なＤＮＡの除去、制限部位の除去などのため、他の操作が行われることもある。これらのことを行うために、インビトロ変異誘発、プライマー修復、制限、アニーリング、再置換（例えば転移及び転換）が行われこともある。
【０１４３】
本発明はさらに、本発明のＤＮＡ分子がクローニングされた発現ベクターをアンチセンス方向に含む組換え発現ベクターも提供する。すなわち、糖質利用関連又は多剤トランスポーターのｍＲＮＡに対してアンチセンスなＲＮＡ分子の（ＤＮＡ分子の転写による）発現が生じるように、本発明のＤＮＡ分子が調節配列にオペラブルに連結されている。アンチセンス方向にクローニングした核酸にオペラブルに結合した調節配列は、アンチセンスＲＮＡ分子の連続的又は誘導性の発現を起こすように選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド又は組換えファージミドであってもよく、この組換えプラスミド又は組換えファージミドでは、アンチセンス核酸が高効率の調節領域の制御下に産生され、この調節領域の活性はベクターが導入された細胞型によって決定される。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節に関する考察には、Weintraub et al. (1986) Reviews Trends in Genetics, Vol. 1(1) を参照のこと。
【０１４４】
或いは、上記の構成要素のいくつかを形質転換ベクターに含ませることもできる。形質転換ベクターは、通常、選択マーカーで構成され、複製単位によって維持されるか、或いは、上述のようにインテグレーティングベクターへと展開される。
【０１４５】
（植物発現ベクター）
植物細胞での発現のために発現カセットは、本発明のヌクレオチド配列にオペラブルに結合させた転写開始領域を有する。かかる発現ベクターには種々の制限部位を含ませることにより、調節領域での転写調節下でのヌクレオチド配列の挿入ができるようにする。さらに、発現カセットは、テトラサイクリン耐性、ハイグロマイシン耐性、アンピシリン耐性、グリホサート耐性等の除草耐性又は抗菌耐性を供する遺伝子などの選択マーカーを含んでいてもよい。
【０１４６】
発現カセットには、植物で機能する、転写開始領域及び翻訳開始領域、本発明のヌクレオチド配列、並びに転写終結領域及び翻訳終結領域（停止領域）が、５´から３´への転写方向で含まれる。停止領域は、プロモーターヌクレオチド配列を含む転写開始領域に由来していてもよく、本発明のヌクレオチド配列に由来していてもよく、他のものに由来していてもよい。当技術分野で好適な停止領域は知られており、オクトピンシンターゼ及びノパリンシンターゼによる停止領域などのアグロバクテリウム・ツメファシエンス（A. tumefaciens）のＴｉ−プラスミドの停止領域が例示されるが、これらに限定されることはない。Guerineau et al. (1991) Mol. Gen. Genet. 262:141-144; Proudfoot (1991) Cell 64:671-674; Sanfacon et al. (1991) Genes Dev. 5:141-149; Mogen et al. (1990) Plant Cell 2:1261-1272; Munroe et al. (1990) Gene 91:151-158; Ballas et al. 1989) Nucleic Acids Res. 17:7891-7903; and Joshi et al. (1987) Nucleic Acid Res. 15:9627-9639も参照のこと。
【０１４７】
本発明のヌクレオチド配列を含む発現カセットには、生物を共形質転換させる遺伝子の少なくとも１つのヌクレオチド配列が、さらに含まれていてもよい。或いは、そのようなさらなる配列を、別の発現カセットに設けてもよい。
【０１４８】
発現カセットには、５’非翻訳リーダー配列又は５’非コード配列を含んでいてもよい。本明細書における「５’リーダー配列」、「翻訳リーダー配列」、「５’非コード配列」とは、ＲＮＡに転写されて、翻訳開始コドンの上流（５’側）で完全にプロセッシングを受けたｍＲＮＡに存在する、プロモーターとコード配列の間の遺伝子のＤＮＡ配列部分を意味する。５’非翻訳リーダー配列は、５’キャップ（ＣＡＰ）部位から、ＡＵＧタンパク質翻訳開始コドンへと通常延びるｍＲＮＡ分子の一部として特徴付けられるのが一般的である。翻訳リーダー配列は、ｍＲＮＡへの一次転写物のプロセッシング、ｍＲＮＡの安定性、翻訳効率に影響を及ぼすこともある（Turner et al. (1995) Molecular Biotechnology 3:225）。したがって、翻訳リーダー配列は、遺伝子発現の調節に重要な役割を果たしている。翻訳リーダーは当技術分野では公知であり、ピコルナウイルス（picornavirus）リーダー、例えばＥＭＣＶリーダー（脳心筋炎５´非コード領域）（Elroy-Stein et al. (1989) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 86:6126-6130）；ポチウイルス（potyvirus）リーダー、例えばＴＥＶリーダー（タバコのエッチウイルス（Etch Virus）ウイルス（Allison et al. (1986) Virology 154:9-20）； ＭＤＭＶリーダー（サトウキビモザイクウイルス（Maize Dwarf Mosaic Virus））；ヒト免疫グロブリン重鎖結合タンパク質（ＢｉＰ）（Macejak et al. (1991) Nature 353:90-94）；アルファルファモザイクウイルスの外殻タンパク質ｍＲＮＡ（ＡＭＶＲＮＡ４）由来の非翻訳リーダー（Jobling et al. (1987) Nature 325:622-625）；タバコモザイクウイルスリーダー（ＴＭＶ）（Gallie et al. (1989) Molecular Biology of RNA, pages 237-256）；及びトウモロコシクロロティック斑紋ウイルス（maize chlorotic mottle virus leader (MCMV)）（Lommel et al. (1991) Virology 81:382-385）を例示するが、これらに限定するものではない。
【０１４９】
翻訳及び／又はｍＲＮＡの安定性を亢進することが知られる別の方法も利用できる。別の方法とは例えば、トウモロコシ・ユビキチンイントロン（Christensen and Quail (1996) Transgenic Res. 5:213-218 and Christensen et al. (1992) Plant Molecular Biology 18:675-689）又はトウモロコシＡｄｈＩイントロン（Kyozuka et al.(1991) Mol. Gen. Genet.228:40-48 and Kyozuka et al.(1990) Maydica 35:353-357）等のイントロン法である。数多くのイントロン配列が、発現を増強すること、特に単子葉細胞における発現を増強することが示されている。トウモロコシのＡｄｈＩ遺伝子のイントロンは、トウモロコシ細胞に導入されると、同種プロモーターの存在下で野生型遺伝子の発現を顕著に増強させることが知られている。特にイントロン１が有効であり、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子との融合構築物における発現を増強することが知られている（Callis et al. (1987) Genes Develop. 1:1183-1200）。同じ実験系で、トウモロコシのブロンズ１遺伝子が発現増強に同様の効果を示した。ＡｄｈＩイントロンは、ＣＡＴの発現を１２倍に増強することが示されている（Mascarenhas et al.(1990) Plant Mol. Biol. 6:913-920）。イントロン配列は、ごく一般的に植物形質転換ベクターに、通常はその非翻訳リーダーに取り込まれている。
【０１５０】
本発明のプロモーター配列を有する発現カセットには、さらに３’非コード配列が含まれていてもよい。「３’非コード配列」又は「３’非翻訳領域」とは、コード配列の３’側（下流）に位置し、ポリアデニル化シグナル配列や、ｍＲＮＡ前駆体３’末端におけるポリアデニル酸尾部の付加に影響することができる調節シグナルをコードする他の配列を含むヌクレオチド配列を意味する。３’非翻訳領域には、ｍＲＮＡにおける領域、通常は翻訳終結コドンで始まり、少なくともポリアデニル化部位を超えて伸びる領域が含まれる。遺伝子の３’末端に位置する非翻訳配列は、遺伝子の発現レベルに影響することが知られている。Ingelbrecht et al.（Plant Cell, 1:671-680, 1989を参照）は、これらの要素の重要性を評価し、３’非翻訳領域の由来によって、安定な植物における発現が大きく異なることを見い出した。オクトピンシンターゼ、シロイヌナズナの２Ｓ種子タンパク質、シロイヌナズナのｒｂｃＳの小サブユニット、ニンジンのエクステンション、及びアンチヒナム（Antirrhinium）のカルコンシンターゼに関連させて、３’非翻訳領域を用いることにより、最も高レベルな発現を示した構築物（ｒｂｃＳの３’非翻訳領域を含む構築物）と最も低レベルな発現を示した構築物（カルコンシンターゼの３’領域を含む構築物）との間には６０倍の違いが認められている。
【０１５１】
転写レベルは、エンハンサーを本発明のプロモーター領域と組み合わせて利用することによっても亢進する。エンハンサーは、プロモーター領域の発現を増強させる作用を有するヌクレオチド配列である。当技術分野でエンハンサーは公知であり、ＳＶ４０エンハンサー領域、３５Ｓエンハンサーエレメント等を含む。
【０１５２】
発現カセットを調製するにあたっては、種々のＤＮＡ断片を操作し、正しい方向の、また必要に応じて正しいリーディングフレームのＤＮＡ配列を提供する。ＤＮＡ断片同士を結合させるためにアダプター又はリンカーを使用してもよく、好適な制限部位を供するために他の操作を行ってもよい。制限部位を付加しても除いてもよく、過剰なＤＮＡを除去してもよく、或いは本発明の配列に他の改変を施してもよい。そのために、インビトロでの変異誘発、プライマー修復、制限、アニーリング、例えば転移や塩基転換等の再置換を行ってもよい。
【０１５３】
上述した抗菌耐性や除草耐性をもたらす選択マーカーに加え、トランスジェニックイベントからの回復に有用であるが、最終産物には不要である他の遺伝子としては、ＧＵＳ（b-glucoronidase; Jefferson (1987) Plant Mol. Biol. Rep. 5:387）、ＧＦＰ（green florescence protein; Chalfie et al. (1994) Science 263:802）、ルシフェラーゼ（Riggs et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15(19):8115 and Luehrsen et al. (1992) Methods Enzymol. 216:397-414）、及びアンソシアニン産生をコードするトウモロコシ遺伝子（Ludwig et al. (1990) Science 247:449） が含まれるが、これらに限定されない。
【０１５４】
本発明の核酸は、植物においてヌクレオチド配列を発現させる方法に有用である。このことは、本明細書に記載のヌクレオチド配列にオペラブルに結合したプロモーターを含む発現カセットで目的植物細胞を形質転換し、この植物細胞から安定的に形質転換された植物を再生させることによって達成される。本発明のヌクレオチド配列にオペラブルに結合したプロモーター配列を含む発現カセットは、あらゆる植物の形質転換に用いることができる。このようにして、遺伝的に改変された、すなわち、トランスジェニックな若しくは形質転換された、植物、植物細胞、植物組織、種子、根などを得ることができる。
【０１５５】
（微生物細胞又はバクテリア細胞）
異種ファージ耐性遺伝子類を有するバクテリアの作製、かかるバクテリアのスターター培養物の調製、並びに基質の発酵法（特にミルク等の食品基質）は、公知の方法によって行うことができる。
【０１５６】
核酸について「導入する」とは、従来の形質転換又はトランスフェクションの手法による、あるいはファージを介する感染による、原核細胞又は真核細胞への導入を意味する。本明細書に記載の「形質転換（transformation）」、「トランスダクション（transduction）」、「接合（conjugation）」及び「プロトプラスト融合（protoplast fusion）」なる用語は、外来の核酸（例えばＤＮＡ）を細胞に導入するための当技術分野で認識されている様々な手法、例えばリン酸カルシウム若しくは塩化カルシウムによる共沈殿法、ＤＥＡＥ−デキストラントランスフェクション、リポフェクション又はエレクトロポレーションによる手法のことを意味する。細胞を形質転換する方法や、トランスフェクトする方法で好適な方法は、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview,  New York) や、他のラボラトリーマニュアルに記載されている。本発明のポリペプチド又は微生物について「導入する」とは、摂取、局所適用、鼻腔、座薬、尿生殖器、又は口腔適用によりポリペプチド又は微生物をホストに導入することを意味する。
【０１５７】
本発明の糖質利用関連ポリペプチド又は多剤トランスポーターポリペプチドの作製に用いるバクテリア細胞は、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New Yorkに記載されているように適切な培地で培養する。
【０１５８】
本発明に包含されるバクテリア株には、本発明のヌクレオチド配列又はアミノ酸配列を少なくとも１つ含むバクテリアの生物学的な純培養物が含まれる。かかるバクテリア株には、以下が含まれる：野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、細胞の内外へと糖質を輸送する能力が改変され、かかる改変された能力が、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、糖質を蓄積する能力が改変され、かかる改変された能力が、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、糖質をエネルギー源として利用する能力が改変され、かかる改変された能力が、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、発酵により風味が改変された食品を提供し、改変された風味が、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、発酵によりテクスチャーが改変された食品を提供し、改変されたテクスチャーが、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、糖質を産生する能力が改変され、かかる能力が、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、食品加工条件及び貯蔵条件下で生存する能力が改変され、かかる改変された能力が、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、胃腸管で生存する能力が改変され、かかる改変された能力が、本発明の糖質利用型ポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス；野生型ラクトバチルス・アシドフィルスに比べ、抗菌性ポリペプチド又は毒素と接触したときの生存能力が改変され、かかる改変された能力が、本発明の多剤トランスポーターポリペプチドの少なくとも１つを発現させることにより得られるラクトバチルス・アシドフィルス。
【０１５９】
（トランスジェニック植物及び植物細胞）
本明細書における「形質転換植物」及び「トランスジェニック植物」とは、そのゲノムに異種ポリヌクレオチドを有する植物を意味する。異種ポリヌクレオチドは一般的にトランスジェニック植物又は形質転換植物のゲノムに安定的にインテグレートされ、かかる異種ポリペプチドが次世代以降に継代されるようにする。異種ポリヌクレオチドは、単独でゲノムにインテグレートしてもよく、組換え発現カセットの一部としてインテグレートしてもよい。本明細書における「トランスジェニック」なる用語には、そのゲノタイプが、異種核酸が存在することにより変化した、あらゆる細胞、細胞株、カルス、組織、植物の部分、又は植物が包含され、最初からそのように変化させたものも、最初のトランスジェニックから有性生殖又は無性生殖によって作製されたものも包含されると理解されるべきである。本明細書で使用する「トランスジェニック」なる用語には、従来の植物生育法によるゲノム（染色体又は染色体外）変化や、天然に生じる事象、例えばランダムな異花受粉、組換えによらないウイルス感染、組換えによらないバクテリア形質転換、組換えによらないトランスポジション、自然変異によるゲノム変化は包含されない。 
【０１６０】
トランスジェニック「イベント」は、目的とするトランスジーンを含む核酸発現カセットを含む異種ＤＮＡ構築物で植物細胞を形質転換させ、このトランスジーンを植物のゲノムに挿入して得た植物集団を再生させ、特定のゲノム位置に挿入することによって特徴付けられる特定の植物を選択することにより行われる。イベントは、トランスジーンの発現によってフェノタイプが特徴付けられる。イベントは、遺伝子レベルでは植物の遺伝的メークアップである。「イベント」なる用語は、形質転換体と、異種ＤＮＡを有する別の種との間の有性異系交配により作製された子孫植物のことも意味する。
【０１６１】
本明細書で用いる「植物」なる用語は、全植物、植物器官（葉、幹、根など）、種子、植物細胞、並びに子孫植物を包含する。本発明の範囲に含まれるトランスジェニック植物の一部には、本発明のＤＮＡ分子で形質転換されているトランスジェニック植物又はその子孫植物に起源を有し、よって少なくともその一部にトランスジェニック細胞を有する、花、花粉、葯、幹、果実、胚珠、葉、根同様、植物細胞、プロトプラスト、組織、カルス、胚芽も含まれると理解されるべきである。
【０１６２】
本明細書で用いる「植物細胞」なる用語には、種子懸濁培養物、胚芽、分裂領域、カルス組織、葉、根、芽、配偶体、胞子体、花粉、小胞子が含まれるが、これらに限定されない。本発明の方法に用いることのできる植物の分類としては、形質転換が行える高等植物の分類が広い範囲で含まれるのが一般的であり、単子葉植物と双子葉植物のいずれも含まれる。
【０１６３】
本発明は、あらゆる植物の種における形質転換に使用され、単子葉植物及び双子葉植物が含まれるが、これらに限定はされない。目的植物としては、コーン（Zea mays）、アブラナ種 (例；ツケナ（B. napus）、ツケナ（B. rapa）、カラシハクサイ（B. juncea）)、特に種子油として有用なアブラナ種、アルファルファ（Medicago sativa）、米（イネ（Oryza sativa））、ライ麦（Secale cereale）、ソルガム（Sorghum bicolor、 Sorghum vulgare）、キビ・アワ（例；トウジンビエ（Pennisetum glaucum）、キビ（Panicum miliaceum）、アワ（Setaria italica）、シコクビエ（Eleusine coracana））、酸フラワー（Helianthus annuus）、サフラワー（Carthamus tinctorius）、コムギ（Triticum aestivum）、ダイズ（Glycine max）、タバコ（Nicotiana tabacum）、ジャガイモ（Solanum tuberosum）、ピーナッツ（Arachis hypogaea）、綿（ワタ（Gossypiumbarbadense, Gossypium hirsutum）、サツマイモ（Ipomoea batatus）、キャッサバ（Manihot esculenta）、コーヒー（Coffea spp.）、ココナッツ（Cocos nucifera）、パイナップル（Ananas comosus）、かんきつ類（Citrus spp.）、 ココア（Theobroma cacao）茶（Camellia sinensis）、バナナ（Musa spp.）、アボカド（Persea americana）)、イチジク（Ficus casica）、ガバ（Psidium guajava）、マンゴ（Mangifera indica）、オリーブ（Olea europaea）、パパイヤ（Carica papaya）、カシュー（Anacardium occidentale）、マカデミア（Macadamia integrifolia）、アーモンド（Prunus amygdalus）、甜菜（Beta vulgaris）、サトウキビ（サトウキビ近縁種（Saccharum spp.））、オーツ、大麦、野菜類、観葉植物、及び針葉樹、が例示できるが、これらに限定されない。
【０１６４】
野菜には、トマト（Lycopersicon esculentum）、レタス（例；Lactuca sativa)、グリーンビーンズ, green beans (インゲンマメ（Phaseolus vulgaris）)、ライマビーンズ（Phaseolus limensis）、エンドウマメ（レンリソウ近縁種（Lathyrus spp.））、及びキュウリ（C. sativus）等のキュウリ属の野菜、カンタロープ（C. cantalupensis）、及びマスクメロン（C. melo）が含まれる。観葉植物には、アザレア（Rhododendron spp.）、アジサイ（Macrophylla hydrangea）、ハイビスカス（Hibiscus rosasanensis）、バラ（Rosa spp.）、チューリップ（Tulipa spp.）、水仙（Narcissus spp.）、ペチュニア（Petunia hybrida）、カーネーション（Dianthus caryophyllus）、ポインセチア（Euphorbia pulcherrima）及びキクが含まれる。本発明を実施する際に使用される針葉樹には、例えば、テーダマツ（Pinus taeda）、スラッシュパイン（Pinus elliotii）、ポンデローサパイン（Pinus ponderosa）、 ロッジポールパイン（Pinus contorta）及びモンテリーパイン（Pinus radiata）等のマツ；ベイマツ（Pseudotsuga menziesii）；アメリカツガ（Tsuga canadensis）；ベイトウヒ（Picea glauca）；レッドウッド（Sequoia sempervirens）；ヨーロッパモミ（Abies amabilis）及びバルサムモミ（Abies balsamea）等のモミ；並びに 西洋赤スギ（Thuja plicata）及びアラスカ黄スギ（Chamaecyparis nootkatensis）等のスギが含まれる。
【０１６５】
本発明の方法は、植物にヌクレオチド構築物を導入する特定の方法に拠るものではなく、ヌクレオチド構築物が、植物の少なくとも１つの細胞の内部に到達する方法であればよい。ヌクレオチド構築物を植物に導入する方法は当技術分野で公知であり、安定的な形質転換法、一過性形質転換法、ウイルス法等があるが、これらに限定されない。
【０１６６】
「一過性形質転換法」とは、植物に導入されたヌクレオチド構築物が、その植物のゲノムには組み込まれないことを意味する。「安定的な形質転換」とは、植物に導入されたヌクレオチド構築物が、その植物のゲノムに組み込まれて継代されることができることを意味する。「初代形質転換体」及び「Ｔ０世代」のトランスジェニック植物は、最初に形質転換された組織と同じ遺伝世代である（すなわち、形質転換以降に減数分裂や受粉を経ていない）。「二次形質転換体」及び「Ｔ１、Ｔ２、Ｔ３及びそれ以降の世代」とは、初代形質転換体から１回又は複数回の減数分裂又は受粉のサイクルを経たトランスジェニック植物のことであり、初代又は二次形質転換体の自己受粉に由来してもよく、初代又は二次形質転換体を別の形質転換植物や形質転換していない植物と異花受粉させて得てもよい。
【０１６７】
形質転換のプロトコールや、ヌクレオチド配列を植物に導入するプロトコールは、形質転換の標的となる植物又は植物細胞のタイプ、すなわち単子葉植物であるか双子葉植物であるかによって異なる。本発明のヌクレオチド構築物は、当技術分野で公知の方法のいずれによって植物に導入してもよく、植物をウイルス又はウイルス核酸と接触させる方法（参照として本明細書に組み込む米国特許第５８８９１９１号、５８８９１９０号、５８６６７８５号、５５８９３６７号及び５３１６９３１号を参照）、マイクロインジェクション法（Crossway et al. (1986) Biotechniques 4:320-334）、エレクトロポレーション（Riggs et al. (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:5602-5606）、アグロバクテリウムを介する形質転換法（米国特許第５９８１８４０号及び５５６３０５５号）、遺伝子のダイレクトトランスファー（Paszkowski et al. (1984) EMBO J. 3:2717-2722）、並びにバリスティックパーティクル加速法（例えば米国特許第４９４５０５０号、５８７９９１８号、５８８６２４４号及び５９３２７８２号を参照）を含み、これらは全て参照として本明細書に組み込むが、これらの方法に限定するものではない。
【０１６８】
形質転換された細胞は、当技術分野で公知の方法により植物に生育させる。例えば、McCormick et al. (1986) Plant Cell Reports 5:81-84を参照のこと。かかる植物を、その後生育させ、同じ形質転換株又は別の株を受粉させ、所望のフェノタイプ特徴を発現させるハイブリッドを同定する。所望のフェノタイプ特徴の発現が安定的に維持され継代されていることを確認するため、２世代以上を生育させ、種子を収穫して所望のフェノタイプ特徴が得られているかを確かめてもよい。したがって、本明細書で用いる「形質転換された種子」とは、植物ゲノムに安定的に組み込まれたヌクレオチド構築物を有する種子を意味する。
【０１６９】
（使用方法）
生物における、糖質利用関連又は多剤トランスジェニックの遺伝子又はタンパク質の発現を改変する方法を提供する。一実施態様では、発酵に用いる微生物の性質を改変して、エネルギー源又は炭素源として代替糖質を利用することができる微生物株を提供する。かかる改変により、糖質を合成し、輸送し、蓄積し、そして分解する新たな能力が獲得できる。或いは、かかる改変により、抗生物質及び毒素等の抗菌性ポリペプチドとの接触を生き延びる能力が獲得できる。これらの新しい能力により、例えば胃腸管内や食品加工及び保存におけるストレス条件下での微生物の生存性を高めることもでき、それにより、種々の食品の発酵における上記微生物の有用性が高まり、消化後のプロバイオティック活性が持続する。これらの新しい能力はまた、微生物が、発酵後の製品に種々の風味やテクスチャーをもたらすことも可能にする。さらに、これらの新しい能力は、バクテリアが、改変された糖質、エキソポリサッカライド、又は細胞表面ポリサッカライドを産生することも可能とする。別の実施態様では、植物の特性を改変して同様の能力を供する。かかる能力は、本発明で開示されたヌクレオチド配列及びアミノ酸配列により供される。
【０１７０】
一般的に、上述の方法は、糖質利用又は多剤耐性に関与するタンパク質の１又は複数を導入したり、過剰発現させることを含む方法である。「導入する」とは、目的タンパク質が、非改変細胞で発現されていない場合に改変された細胞で発現させることを意味する。「過剰発現させる」とは、非改変野生型生物における目的タンパク質の産生量に比べて、改変された生物では目的タンパク質の発現量が増加していることを意味する。特に、ホモ発酵性の乳酸バクテリアは、その代謝が比較的単純であり、エネルギー代謝と生合成代謝との間にオーバーラップが殆どなく、代謝エンジニアリングにとって理想的な標的である（(Hugenholz and Kleerebezem (1999) Current Opin. Biotech. 10:492-497）。バクテリア遺伝子の植物における発現は当技術分野で公知である。例えば、Shewmaker et al. (1994) Plant Physiol.104:1159-1166; Shen et al. (1997) Plant Physiol. 113:1177-1183; Blaszczyk et al.(1999) Plant J. 20:237-243を参照のこと。
【０１７１】
１又は複数の糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質が発現することにより、バクテリオシンを細胞の内外へと輸送するなど、糖質又は抗菌性ポリペプチドを輸送する能力が改変される。
【０１７２】
糖質利用関連タンパク質としては、デヒドロゲナーゼも含まれる。アルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＥＣ：１．２．１．３及びＥＣ：１．２．１．５）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００１７１）は、数多くの脂肪族アルデヒド及び芳香族アルデヒドを、ＮＡＤＰをコファクターとして用いて酸化する酵素である。哺乳動物では、異なる形態の酵素が少なくとも４種類知られており（Hempel et al. (1989) Biochemistry 28:1160-7)、それらは、クラス１（又はAld C）の四量体細胞質内酵素、クラス２（又はAld M）の四量体ミトコンドリア内酵素、クラス３（又はAld D）の二量体細胞質内酵素、そしてクラス４のミクロソーム酵素である。アルデヒドデヒドロゲナーゼも真菌（fungal）及びバクテリアの種から配列決定されている。多数の酵素がアルデヒドデヒドロゲナーゼと進化的に関連していることが知られている。グルタミン酸残基及びシステイン残基は、哺乳動物におけるアルデヒドデヒドロゲナーゼの触媒活性に関与してきた。これらの残基は、このファミリーの全ての酵素で保存されている。本発明のアルデヒドデヒドロゲナーゼタンパク質としては、配列番号：２２８のタンパク質が含まれる。Ｄ−異性体特異的２−ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ、本発明の触媒ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３８９）タンパク質には、配列番号：２４２のタンパク質が含まれる。Ｄ−異性体特異的２−ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ、本発明のＮＡＤ結合ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８２６）タンパク質には、配列番号：２４２のタンパク質が含まれる。グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）は、Ｄ−グリセルアルデヒド−３−リン酸から１，３−ジホスホ−グリセリン酸への酸化及びリン酸化を可逆的に触媒することにより、解糖及び糖新生に重要な役割を果たしている(Huang et al. (1989) J. Mol. Biol. 206:411-24)。この酵素は、同じサブユニットからなる四量体であり、各サブユニットに、ＮＡＤ結合ドメインと高度に保存された触媒ドメインとの、保存された機能的ドメインが２つある。配列番号２４８は、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、Ｃ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８００）と、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ、ＮＡＤ結合ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０００４４）を有する。Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼは、嫌気的解糖の最終ステップであるＬ−乳酸のピルビン酸への転換を触媒する代謝酵素である。マレイン酸デヒドロゲナーゼはマレイン酸とオキザロ酢酸の相互変換を触媒する。この酵素は、クエン酸サイクルに関与する。本発明の乳酸／マレイン酸デヒドロゲナーゼ、α／β−Ｃ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８６６）タンパク質及び乳酸／マレイン酸デヒドロゲナーゼ、ＮＡＤ結合ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０００５６）タンパク質には配列番号２２２及び２４６のタンパク質が含まれる。デヒドロゲナーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Ercolani et al. (1988) J. Biol. Chem. 263:15335-41）を参照のこと。 
【０１７３】
糖質利用関連タンパク質にはまた、Ｏ−グリコシルヒドロラーゼが含まれる。Ｏ−グリコシルヒドロラーゼ（ＥＣ ３．２．１．−）は、２以上の糖質間の、或いは糖質と非糖質成分との間のグリコシド結合を加水分解する広く知られた酵素である。ヒドロラーゼ活性を測定するアッセイは、当技術分野で公知である（例えば、Avigad and Bauer (1966) Methods Enzymol. 8:621-628; Neumann and Lampen (1967) Biochemistry 6:468-475; Henry and Darbyshire (1980) Phytochemistry 19:1017-1020を参照のこと）。
【０１７４】
α−アミラーゼ触媒ドメインタンパク質（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００１２８）は、グリコシルヒドロラーゼのファミリー１３に分類される。 本発明のα−アミラーゼ、触媒ドメインタンパク質には、配列番号１０８、１９６、２４０、２９２及び３３２.のタンパク質が含まれる。
【０１７５】
βガラクトシダーゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２４４９）は、グリコシルヒドロラーゼ４２ファミリーに属する。この酵素は、末端の、非還元末端β−Ｄ−ガラクトシダーゼ残基を触媒する。本発明のβ−ガラクトシダーゼタンパク質には、配列番号：２１０のタンパク質が含まれる。β−ガラクトシダーゼ短鎖Ｃ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２９３０）は、β−ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２３）二量体短鎖のカルボキシ末端部で見い出される。β−ガラクトシダーゼ短鎖のＮ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２９２９）は、β−ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２３）二量体短鎖のアミノ末端部で見い出される。これらのドメインは、一本鎖β−ガラクトシダーゼにおいても認められる。本発明のβ−ガラクトシダーゼ短鎖Ｃ末端タンパク質には、配列番号：２１４のタンパク質が含まれ、本発明のＮ末端ドメインタンパク質には、配列番号２１４のタンパク質が含まれる。
【０１７６】
グリコシドヒドロラーゼファミリー１（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２３２）には、β−グルコシダーゼ （ＥＣ：３．２．１．２１）、β−ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２３）、６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．８５）、６−ホスホ−β−グルコシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．８６）、ラクターゼ−フロリジンヒドロラーゼ（ＥＣ：３．２．１．６２）（ＥＣ：３．２．１．１０８）、β−マンノシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２５）、ミロシナーゼ（ＥＣ：３．２．１．１４７）など、種々の既知活性を有する酵素が含まれる。本発明のグリコシドヒドロラーゼファミリー１タンパク質には、配列番号１０及び２２０のタンパク質が含まれる。
【０１７７】
グリコシドヒドロラーゼファミリー２には、β−ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２３）、β−マンノシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２５）、β−グルクロニダーゼ（ＥＣ：３．２．１．３１）など、いくつかの既知活性を有する酵素が含まれる。これらの酵素は、大腸菌lacZ（1162279228773_1lacZ）における酵素活性部位での通常の酸性／塩基性触媒であることが示されたグルタミン酸保存残基を有する（Gebler et al. (1992) J. Biol. Chem. 267:11126-30）。グリコシルヒドロラーゼファミリー２の免疫グロブリン様β−サンドイッチドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００７０３) は、免疫グロブリン様β−サンドイッチドメインを示している。糖結合ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８３７）には、ゼリーロールフォールディング（jelly-roll fold）を有する。大腸菌のβ−ガラクトシダーゼは、他の４つの大きなβ−ドメインに囲まれたＴＩＭバレル様のコアを有する（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８３６）。配列番号２１２にはこれらのドメインが含まれている。
【０１７８】
グリコシドヒドロラーゼファミリー３１（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１０５５）には、α−グルコシダーゼ （ＥＣ：３．２．１．２０）、α−ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２２）、グルコアミラーゼ（ＥＣ：３．２．１．３）、スクラーゼ−イソマルターゼ（ＥＣ：３．２．１．４８）（ＥＣ：３．２．１．１０）、α−キシロシダーゼ（ＥＣ：３．２．１）、及びα−グルカンリアーゼ（ＥＣ：４．２．２．１３）などいくつかの既知活性を有する酵素が含まれる。グリコシドヒドロラーゼファミリー３１では、多数のグリコシルヒドロラーゼが配列類似性に基づいてグループ分類されている（Henrissat (1991) Biochem. J. 280:309-16; Naim et al. (1991) FEBS Lett. 294:109-12）。アスパラギン酸は、スクラーゼ、イソマルターゼ、及びリソソームα−グルコシダーゼの触媒活性に関与してきた（Hermans et al. (1991) J. Biol. Chem. 266:13507-12）。本発明のグリコシドヒドロラーゼファミリー３１タンパク質には、配列番号２２６のタンパク質が含まれる。
【０１７９】
グリコシドヒドロラーゼファミリー３２（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２５１）には、インベルターゼ（ＥＣ：３．２．１．２６）、イヌリナーゼ（ＥＣ：３．２．１．７）、レバナーゼ（ＥＣ：３．２．１．６５）、エキソイヌリナーゼ（ＥＣ：３．２．１．８０）、スクロース：スクロース１−フラクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．９９）、及びフラクタン：フラクタン１−フラクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．１００）などのいくつかの既知活性を有する酵素が含まれる。本発明のグリコシドヒドロラーゼファミリー３２タンパク質には、配列番号４６及び１００のタンパク質が含まれる。
【０１８０】
イソアミラーゼＮ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２９２２）を有する酵素は、グリコシルヒドロラーゼのファミリー１３に属する。このドメインは、分枝状基質に作用する酵素類、すなわち、イソアミラーゼ、プルラナーゼ、及び分枝酵素で見い出される。イソアミラーゼは、グリコーゲン、アミロペクチン及びデキシトリンにおける１，６−α−Ｄ−グルコシドの分枝結合を加水分解し、１，４−α−グルカン分枝酵素は、グリコーゲンの１，６−グリコシド結合の形成に作用し、プルラナーゼは、澱粉を脱分枝させる。本発明のイソアミラーゼＮ末端ドメインタンパク質には、配列番号２４０のタンパク質が含まれる。
【０１８１】
α−ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２２）（メリビアーゼ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２０６５）は、メリビオースの、ガラクトース及びグルコースへの加水分解を触媒する（Dey and Pridham (1972) Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 36:91-130）。α−ガラクトシダーゼは、種々の生物に存在する。種々の真核種のα−ガラクトシダーゼの配列には相当程度の類似性がある。大腸菌のα−ガラクトシダーゼ（ｍｅｌＡ遺伝子）は、コファクターとしてＮＡＤ及びマグネシウムを必要とするが、真核種の酵素とは構造的に関連していない。これに対して大腸菌プラスミドがコードするα−ガラクトシダーゼ（ｒａｆＡ遺伝子）は、真核種におけるα−ガラクトシダーゼのドメインと類似する、約５０アミノ酸の領域を有する（Aslanidis et al. (1989) J. Bacteriol. 171:6753-63）。本発明のメリビアーゼタンパク質には、配列番号１９８のタンパク質が含まれる。
【０１８２】
糖質利用関連タンパク質にはまた、以下のタイプの酵素が含まれるが、それらに限定はされない。
【０１８３】
アルドース１−エピメラーゼ（ＥＣ：５．１．３．３）（ムタロターゼ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１２６３）は、Ｄ−グルコースと他のアルドース類におけるα−型とβ−型とのアノマー相互変換に関与する酵素である。アルドース１−エピメラーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Majumdar et al. (2004) Eur. J. Biochem. 271:753-9を参照）。本発明のアルドース１−エピメラーゼタンパク質には、配列番号２００のタンパク質が含まれる。
【０１８４】
エノラーゼ（２−ホスホ−Ｄ−グリセリン酸ヒドロラーゼ）は、２−ホスホグリセリン酸とホスホエノールピルビン酸との相互変換を触媒する主要な糖分解酵素である。ホスホピルビン酸ヒドラターゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Fox et al. (1995) Plant Physiol. 109:433-43を参照）。配列番号２５４には、エノラーゼのＣ末端ＴＩＭバレルドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００１１３）及びエノラーゼのＮ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３９５２）が含まれる。
【０１８５】
フラクトース−ビスリン酸アルドラーゼ（1162279228773_2.13）は、アルドールの可逆的開裂や、フラクトース−１，６−ビスリン酸のジヒドロキシアセトンリン酸及びグリセルアルデヒド３リン酸への縮合を触媒する糖分解酵素である。フラクトースビスリン酸アルドラーゼには、触媒機構の異なる２つのクラスがある。クラスIIアルドラーゼ（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１１１６）（Marsh and Lebherz (1992) Trends Biochem. Sci. 17:110-3）は主として原核生物及び菌類（fungi）に存在する二量体酵素であり、その活性には、二価金属イオン（通常は亜鉛）を必要とする。このファミリーには、タガトース（tagatose）１，６−ビスリン酸のグリセロンリン酸及びＤ−グリセルアルデヒド３リン酸への転換を触媒する、大腸菌ガラクチトール（galactitol）オペロンタンパク質ｇａｔＹと大腸菌Ｎ−アセチルガラクトサミンオペロンタンパク質ａｇａＹも含まれる。これら酵素の配列の前半部分には、亜鉛イオンとの結合に関与することが知られているヒスチジン残基が２つある。フラクトースビスリン酸アルドース活性の測定方法は当技術分野で公知である（例えば、Alefounder et al. (1989) Biochem. J. 257:529-534を参照）。本発明のフラクトースビスリン酸アルドラーゼのクラスIIタンパク質には、配列番号２６０のタンパク質が含まれる。
【０１８６】
ガラクトース−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼは、ガラクトース代謝の過程で、ＵＴＰ及びα−Ｄ−ガラクトース１リン酸のＵＤＰ−グルコース及びピロホスフェートへの転換を触媒する。Ｃ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２７４４）は、ガラクトース−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼを示す。Ｎ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１０８７）は、ガラクトース−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼのＮ末端を示す。配列番号２０２には、これらドメインが両方とも含まれる。ＵＴＰ−ヘキソース−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Lobelle-Rich and Reeves (1983)Mol. Biochem. Parasitol. 7:173-182を参照）。
【０１８７】
ガラクト−（ＥＣ：２．７．１．６）、ホモセリン（ＥＣ：２．７．１．３９）、メバロン酸（mevalonate）（ＥＣ：２．７．１．３６）及びホスホメバロン酸（ＥＣ：２．７．４．２）の各キナーゼは、各々のＮ末端部分に、ＡＴＰ結合に関与すると考えられているＧｌｙ／Ｓｅｒに富む保存領域を有する。配列番号２０４は、ＧＨＭＰキナーゼの仮想ＡＴＰ結合タンパク質ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２８８）のメンバーである。キナーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Tsay and Robinson (1991) Mol. Cell Biol. 11:620-31を参照）。 
【０１８８】
ＮＡＤ依存性エピメラーゼ／デヒドラターゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１３７０）タンパク質は、ＮＡＤをコファクターとして利用する。このファミリーのタンパク質は、種々の化学反応においてヌクレオチド−糖基質を用いる（Thoden et al. (1997) Biochemistry 36:6294-304）。本発明のＮＡＤ依存性エピメラーゼ／デヒドラターゼタンパク質には、配列番号２１６のタンパク質が含まれる。
【０１８９】
ランティビオティック（lantibiotic）バクテリオシン及びノンランティビオティックバクテリオシンは、成熟過程において切断されるＮ末端エクステンション（リーダーペプチド）を有する前駆体ペプチドとして合成される。殆どのノンランティビオティックと、いくつかのランティビオティックは、所謂ダブルグリシンタイプ（double-glycine type）のリーダーペプチドを有する。かかるリーダーペプチドは、共通のコンセンサス配列を有し、また１位及び２位にグリシン保存残基を２つ含むプロセッシング部位を有する点でも共通している。ダブルグリシンタイプのリーダーペプチドは、タンパク質をｓｅｃ経路を介して細胞膜を通過させるＮ末端シグナル配列とは関連していない。ダブルグリシンタイプのリーダーペプチドのプロセッシング部位もまた、通常のシグナルペプチダーゼ切断部位とは異なり、別のプロセッシング酵素の関与が示唆される。ペプチドバクテリオシンは、専用のＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）トランスポーターにより、細胞膜を通過する。ＡＢＣトランスポーターは、成熟プロテアーゼであり、そのタンパク質分解ドメインはＮ末端部に存在している（Havarstein et al. (1995) Mol. Microbiol. 16:229-40）。ペプチダーゼＣ３９ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３４１２）ドメインは、多岐にわたるＡＢＣトランスポーターにおいて見い出される。しかし、推定上の触媒システイン及び触媒ヒスチジンは、このファミリーの全てのメンバーに保存されているのではない。本発明のペプチダーゼＣ３９ファミリータンパク質には、配列番号１４４のタンパク質が含まれる。ペプチダーゼ活性は、加水分解活性を測定することにより、評価できる（例えば、Sasaki et al. (1995) J. Dairy Res. 62:601-610, and Machuga and Ives (1984) Biochim. Biophys. Acta 789:26-36を参照）。 
【０１９０】
ｐｆｋＢファミリー糖質キナーゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２９４）には、種々の糖質キナーゼ及びピリミジンキナーゼが含まれる。このファミリーには、ホスホメチルピリミジンキナーゼ（ＥＣ：２．７．４．７）、フラクトキナーゼ（ＥＣ：２．７．１．４）、及びリボキナーゼ（ＥＣ：２．７．１．１５）（ｒｂｓＫ遺伝子）が含まれる。この酵素は、チアミンピロホスフェート（ＴＰＰ）合成経路の一部であり、ＴＰＰは、数多くの酵素にとって重要なコファクターである。キナーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Sato et al. (1993) J. Gen. Microbiol. 139:921-7を参照）。 本発明のｐｆｋＢファミリーに属する糖質キナーゼタンパク質には、配列番号６０、１８６、２２４及び２３８のタンパク質が含まれる。
【０１９１】
酵素を触媒としてＡＴＰのホスホリル基を転換することは、多種多様な生物学的プロセスにおける重要な反応である。かかる反応を利用する酵素の１つに、ホスホフラクトキナーゼ（ＰＦＫ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３６５）があり、このＰＦＫは、糖分解経路における重要な調節ステップであるフラクトース６−リン酸からフラクトース−１，６−ビスリン酸へのリン酸化を触媒する。ＰＦＫは、約３００アミノ酸長であり、細菌酵素の構造研究により、ＰＦＫが類似した２つの（α／β）ローブを有することがわかっている。かかるローブの一方は、ＡＴＰ結合に関与し、他方は、基質結合部位とアロステリック（allosteric）部位（活性化部位とは異なる調節性結合部位であるが、酵素活性には影響する部位）の両方を有する。同一の三量体サブユニットは、２つの別の構造をとり、かかる構造による産物は大きく異なっている。かかる構造の一方は「閉鎖された（closed）」状態にあり、結合したマグネシウムイオンが酵素産物（ＡＤＰ及びフラクトース−１，６−ビスリン酸）のホスホリル基に架橋し、他方の構造は「開放（open）」状態にあり、マグネシウムイオンはＡＤＰだけに架橋する。かかる構造は、２つの分子を反応可能な近さにもってくるためのサブユニットクロージャーを必要とする反応経路における連続する段階であると考えられる（Shirakihara and Evans (1988) J. Mol. Biol. 204:973-94）。６−ホスホフラクトキナーゼの活性を測定する方法は、当技術分野で公知である（例えば、Wegener and Krause (2002) Biochem. Soc. Trans. 30:264-70を参照）。本発明のホスホフラクトキナーゼタンパク質には、列番号２５６のタンパク質が含まれる。
【０１９２】
ホスホグルコースイソメラーゼ（ＥＣ：５．３．１．９）（ＰＧＩ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３４２）は、グルコース６−リン酸及びフラクトース６−リン酸の可逆的異性化を触媒する二量体酵素である。ＰＧＩは、異なる経路に関与し、殆どの高等生物では糖分解に関与し、哺乳動物では糖新生に関与し、植物では糖質の生合成に関与し、いくつかのバクテリアでは、フラクトースがエントナー・ドゥドロフ（Entner-Doudouroff）経路に入るルートを供する。多機能タンパク質であるＰＧＩはまた、ニューロロイキン（neuroleukin：ニューロンの分化を促す神経栄養因子）や、自己分泌型運動因子（腫瘍が分泌し、細胞運動を調節するサイトカイン）や、分化メディエーター及び成熟メディエーターや、筋原線維に結合するセリンプロテイナーゼ阻害剤としても知られ、細胞の内外において異なる役割を担っている。ＰＧＩは、細胞内では、糖分解の第２ステップを触媒し、細胞外では、神経成長因子及びサイトカインとして機能する。グルコース６−リン酸イソメラーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Nozue et al. (1996) DNA Seq. 6:127-35を参照）。本発明のホスホグルコースイソメラーゼタンパク質には、配列番号２５２のタンパク質が含まれる。
【０１９３】
ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＥＣ：２．７．２．３）（ＰＧＫ）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００１６２）は、ＡＴＰからＡＤＰの形成、またＡＤＰからＡＴＰの形成を触媒する酵素である。糖分解の第２段階における第２ステップでは、１，３−ジホスホグリセリン酸は、３−ホスホグリセリン酸に転換され、ＡＴＰ分子が１つ形成される。逆のことが起これば、ＡＤＰ分子が１つ形成される。この反応は、好気性生物におけるＡＴＰの生成、嫌気性生物における発酵、そして植物における炭素固化のために、殆どの細胞にとって重要な反応である。全ての生物はＰＧＫを有し、その配列は、進化の過程において高度に保存されてきた。ＰＧＫは、タンパク質のＮ末端及びＣ末端に相当するドメインを２つ有し、それらドメインのサイズが殆ど同じであるモノマーとして存在している（Ｃ末端側の最後の１５残基が折り返してＮ末端ドメインに戻る）。３−ホスホグリセリン酸（３−ＰＧ）は、Ｎ末端に結合し、ヌクレオチド基質であるＭｇＡＴＰ又はＭｇＡＤＰは、３−ＰＧのＣ末端に結合する。このような２つのドメインがエクステンションした構造では、ヘキソキナーゼで見い出されたような「ヒンジで曲がる（hinge-bending）」大規模な構造変化が生じる（Kumar et al. (1999) Cell Biochem. Biophys. 31:141-64）。各ドメインのコアには、αへリックスで囲まれた、平行な６本鎖となるβシートがある。ドメイン１は、３４２１５６の順で並ぶ６本鎖の平行なβシートを有し、ドメイン２は、３２１４５６の順で並ぶ６本鎖の平行なβシートを有する。酵母であるホスホグリセリン酸キナーゼの可逆的アンフォールディングの分析結果から、上記２つのローブ（lobes）は、それぞれ独立して折りたたまれていることが示され、このことは、ドメインの一方が折りたたまれたフォールディング経路に中間体が存在することと整合する（Yon et al. (1990) Biochimie 72:417-29）。ホスホグリセリン酸キナーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Pal et al. (2004) Biochim. Biophys. Acta. 1699:277-80を参照）。本発明のホスホグリセリン酸キナーゼタンパク質には、配列番号２５０のタンパク質が含まれる。
【０１９４】
ホスホグリセリン酸ムターゼ（ＥＣ：５．４．２．１）（ＰＧＡＭ）、及びビスホスホグリセリン酸ムターゼ（ＥＣ：５．４．２．４）（ＢＰＧＭ）は、構造的に関連している酵素であり、ホスホグリセリン酸の炭素原子３個の間におけるリン酸基の転換に関わる反応を触媒する。上記酵素はいずれも、２，３−ジホスホグリセリン酸を反応のプライマーとして用いる２−ホスホグリセリン酸（２−ＰＧＡ）から３−ホスホグリセリン酸（３−ＰＧＡ）への異性化と、３−ＰＧＡを反応のプライマーとして用いる２，３−ＤＰＧから１，３−ＤＰＧへの合成と、２，３−ＤＰＧから３−ＰＧＡへの分解という、異なる３種類の反応を異なる特異性で触媒することができる（ホスファターゼＥＣ：３．１．３．１３活性）。数多くの他のタンパク質もこのファミリーに属し、例えば、フラクトース−２，６−ビスリン酸及び細菌のα−リバゾール−５´−リン酸ホスファターゼの合成及び分解を触媒する二元機能酵素であり、コバラミン（cobalamin）の生合成に関与する６−ホスホフラクト−２−キナーゼ／フラクトース−２，６−ビスホスファターゼも、このファミリーに属する。上記酵素類の触媒活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Rigden et al. (2001) Protein Sci. 10:1835-46を参照）。本発明のホスホグリセリン酸ムターゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３００）タンパク質には、配列番号２４４のタンパク質が含まれる。
【０１９５】
ピルビン酸キナーゼ（ＥＣ：２．７．１．４０）（ＰＫ）は、糖分解の最終ステップである、ＡＤＰからＡＴＰへのリン酸化を伴うホスホエノールピルビン酸のピルビン酸への転換を触媒する。バクテリアの殆どと下等真核動物は、この酵素の一形態を有するが、ある種のバクテリア（例えば大腸菌）は例外で２種類のアイソザイムを有する。全てのアイソザイムは、約５００残基の同じサブユニットからなる四量体であると考えられる。ＰＫは、ホスホフラクトキナーゼ及びヘキソキナーゼと共に糖分解速度の制御を補助する。ピルビン酸キナーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Boles et al. (1997) J. Bacteriol. 179:2987-93を参照）。本発明におけるピルビン酸キナーゼα／βドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２８８７）タンパク質には、配列番号２５８のタンパク質が含まれる。本発明におけるピルビン酸キナーゼバレルドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２２４）には、配列番号２５８のタンパク質が含まれる。
【０１９６】
数多くの酵素が、コファクターとしてチアミンピロホスフェート（ＴＰＰ）（ビタミンＢ１）を必要とする。これらの酵素の中には構造的に関連しているものがあることが示されている（Green (1989) FEBS Lett. 246:1-5）。チアミンピロホスフェート酵素の中央ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００２０５）には、ロスマンフォールド（Rossman fold）が２つ含まれる。配列番号２３２には、チアミンピロホスフェート酵素のＮ末端ＴＰＰ結合ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２７７６）だけでなく、チアミンピロホスフェート酵素の中央ドメインも含まれる。
【０１９７】
酵素３β−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ／５−エン−４−エンイソメラーゼ（３β−ＨＳＤ）は、５−エン−３β−ヒドロキシプレグネン及び５−エン−ヒドロキシアンドロステンの各ステロイド前駆体の酸化及び異性化を触媒して、全てのステロイドホルモンクラスの形成に必要な、対応する４−エン−ケトステロイドとする。本発明の３−β−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ／イソメラーゼファミリー (ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０１０７３）タンパク質には、配列番号２１６のタンパク質が含まれる。３−β−ヒドロキシ−デルタ５−ステロイドデヒドロゲナーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Moisan et al. (1999) J Clin Endocrinol Metab. 84:4410-25を参照）。 
【０１９８】
ジヒドロキシアセトンキナーゼ（グリセロンキナーゼ）（ＥＣ：２．７．１．２９）は、ＡＴＰ存在下で、グリセロンのリン酸化を触媒し、グリセロール利用経路におけるグリセロンホスフェートとする。Ｄａｋ１ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２７３３）は、ジヒドロキシアセトンキナーゼファミリーのキナーゼドメインである。本発明のＤａｋ１ドメインタンパク質には、配列番号１９０のタンパク質が含まれる。ＤＡＫ２ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２７３４）は、ジヒドロキシアセトンキナーゼファミリーにおける仮想ホスファターゼドメインである。本発明のＤａｋ２ドメインタンパク質には、配列番号１９２のタンパク質が含まれる。グリセロンキナーゼ活性の測定方法は、当技術分野で公知である（例えば、Sellinger and Miller (1957) Fed. Proc. 16:245-246を参照）。
【０１９９】
ジサッカライド、オリゴサッカライド及びポリサッカライドの生合成は、数百にのぼる種々のグリコシルトランスフェラーゼ類の作用と関連している。グリコシルトランスフェラーゼは、活性化ドナー分子から特異的受容体分子への糖成分の転移を触媒し、グリコシド結合を形成する酵素である。ヌクレオチドジホスホシュガー、ヌクレオチドモノホスホシュガー、シュガーホスフェート（ＥＣ：２．４．１）、並びに関連タンパク質を用いたグリコシルトランスフェラーゼの配列の違いに基づくファミリー分類が示されている。それぞれのファミリーで同じ三次元フォールディングが生じると予想される。三次元構造は、配列よりもよく保存されているため、配列類似性に基づいて定義されたファミリーの中には三次元構造が類似しているものもあり、それによって「クラン（clan）」が形成される。グリコシルトランスフェラーゼのグループ１ファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００５３４）のメンバーは、ＵＤＰ、ＡＤＰ、ＧＤＰ又はＣＭＰ結合型の糖を転移させる。バクテリア酵素は、エキソポリサッカライド生合成、リポポリサッカライドのコア生合成、粘液多糖類コラン酸の生合成を含む種々の生合成プロセスに関与している。本発明のグリコシルトランスフェラーゼのグループ１タンパク質には、配列番号３２８のタンパク質が含まれる。
【０２００】
本発明のキナーゼタンパク質には、配列番号２２４、２３０、１９０、１９２、１８６、及び２３８のタンパク質が含まれる。本発明の加水分解タンパク質には、配列番号１０、４６、５０、６０、１００、１０８、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２６、２７６、２９２、３４２、３４４、３４６、３５６、３５８、３６２、及び３６４のタンパク質が含まれる。代謝に関与する本発明のタンパク質には、配列番号６０、１８６、２００、２０２、２１６、２１８、２２８、３４２、３４４、３４６、３５６、及び３５８のタンパク質が含まれる。本発明の糖分解（glycolysis）タンパク質には、配列番号２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０のタンパク質が含まれる。本発明のグリコーゲン代謝タンパク質には、配列番号２４０、３２４、３２６、３２８、３３０、及び３３２のタンパク質が含まれる。ＥＰＳ代謝に関与する本発明のタンパク質には、配列番号３４８、３５０、３５２、及び３５４のタンパク質が含まれる。
【０２０１】
微生物及び植物における糖質利用関連タンパク質のクローニング及び発現方法、並びにかかるタンパク質の機能を評価する方法は、当技術分野で知られている（例えば、de Vos (1996) Antonie van Leeuwenhoek 70:223-242; Yeo et al. (2000) Mol. Cells10:263-268; Goddijn et al. (1997) Plant Physiol. 113:181-190を参照）。例えば、酵素アッセイ、発酵アッセイ及び輸送アッセイにより、一次輸送系及び二次輸送系に関連するタンパク質の機能を評価する。グループ転移系関連タンパク質の機能を例えば糖リン酸化アッセイにより評価する。例えば、ストレプトコッカス・ミュータンス（Streptococcus mutans）の一次輸送系（ｍｓｍ）の遺伝子を大腸菌で同定し、発現させたRussell et al.（Russell et al.(1992) J. Biol. Chem. 267:4631-4637）や、ラクトバチルス・ブルガリクス（Lactobacillus bulgaricus）の二次輸送系（ラクトース）の２種類の遺伝子を大腸菌でクローニングし、発現させたLeong-Morgenthaler et al. (Leong-Morgenthaler et al. (1991) J. Bacteriol. 173:1951-1957) や、ロイコノストック・ラクティス（Leuconostoc lactis）の二次輸送系（ｌａｃＳ）遺伝子を大腸菌でクローニングし、発現させたVaughan et al. (Vaughan et al. (1996) Appl. Env. Microbiol. 62:1574-1582) や、ラクトコッカス・ラクティス（Lactococcus lactis）における２種類のＰＴＳ系遺伝子を大腸菌及びラクトバチルス・ラクティスで同定し、クローニングし、発現させたVos et al. (de Vos et al. (1990) J. Biol. Chem. 265:22554-22560) や、ストレプトコッカス・ミュータンスのｓｃｒＡ遺伝子を大腸菌にクローニングしたところ、スクロースＰＴＳ活性が認められたSato et al. (Sato et al. (1989) J. Bacteriol. 171:263-271) や、ラクトバチルス・カゼイ（Lactobacillus casei）のラクトース特異的酵素IIをコードする遺伝子を大腸菌にクローニングし、発現させたAlpert and Chassy (Alpert and Chassy (1990) J. Biol. Chem. 265:22561-22568) や、ストレプトコッカス・ミュータンスのＰＴＳ輸送系のＨＰｒ及び酵素Ｉをコードする遺伝子を大腸菌にクローニングし、発現させたBoyd et al. (Boyd et al. (1994) Infect. Immun. 62:1156-1165) や、大腸菌におけるトレハロース生合成遺伝子ｏｔｓＡ及びｏｔｓＢを過剰発現させると、トランスジェニック植物の非生物学的ストレスに対する耐性が向上し、生産性が向上したGarg et al. (Garg et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA99:15898-15903) や、多剤耐性タンパク質が発現されて、薬剤ポンプとして機能することが示されたGrinius and Goldberg (Grinius and Goldberg (1994) J. Biol. Chem. 269:29998-30004) を参照のこと。
【０２０２】
１又は複数の糖質利用関連タンパク質を発現させることにより、細胞の細胞質に糖質を蓄積するという生物の能力を改変することが可能となる。例えば、糖質異化に関与する酵素を、関連する輸送タンパク質を発現させることなく、導入し若しくは過剰発現させることにより、かかる糖質を細胞質内に蓄積させることができるであろう。或いは、糖質輸送関連タンパク質を導入し若しくは過剰発現させることにより、外部環境への糖質輸送が亢進するであろう。糖質利用関連遺伝子を生物に導入し若しくは発現させる方法は、当技術分野で公知である。細胞における糖質の蓄積は、例えばクロマトグラフィー法又は酵素アッセイにより評価できる。例えば、上述のChaillou et al.(1998) J. Bacteriol.180:4011-4014 and Goddijn et al. (1997) を参照のこと。
【０２０３】
１又は複数の糖質利用関連タンパク質を発現させることにより、糖質をエネルギー源として利用し若しくはエネルギー源として生成するという生物の能力を改変することが可能となる。生物に糖質利用関連タンパク質をクローニングし、発現させる方法、及びかかるタンパク質の機能を評価する方法は、当技術分野で公知である（例えばde Vos (1996) Antonie van Leeuwenhoek 70:223-242; Hugenholzet al. (2002) Antonie van Leeuwenhoek 82:217-235を参照）。例えば、ラクトース利用を亢進させるためにバクテリアにラクトース代謝用の遺伝子を導入し、ラクトースに耐性をもたない人々により適する製品を製造する（上記Hugenholz et al.(2002)）。また、そのように改変したバクテリアをさらに改変してもよい。例えば、グルコース代謝を阻害してグルコースが分解されないようにするが、細胞から媒体（medium）には放出されるようにすることにより、天然の甘味が供される。例えば、上記Hugenholz et al.(2002)を参照のこと。或いは、α−ホスホグルコムターゼの遺伝子同様、ガラクトース代謝の遺伝子も導入して微生物のガラクトース発酵能を高めると、健康上の問題となり得る高レベルのガラクトース消費を防ぐのに役立つ（Hugenholz et al.(2002) supra; Hirasuka and Li (1992) J. Stud. Alcohol62:397-402）。ガラクトース代謝に関連する遺伝子の１つが、α−ガラクトシダーゼである。単胃動物はラフィノース型糖を分解できないので、α−ガラクトシダーゼの発現は、発酵製品からラフィノース型糖を除去するのに有用である（上記Hugenholz et al.(2002)）。タバコ植物でマンニトール−１−ホスフェートデヒドロゲナーゼ（mtlD）の細菌遺伝子を発現させたところ、マンニトールの合成及び蓄積に成功した（Tarczynski et al.(1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA89:2600-2604）。
【０２０４】
種々の糖質利用関連タンパク質の機能は、例えば、微生物増殖アッセイ、トランスポートアッセイ、酵素アッセイ、又はクロマトグラフィー法及びＮＭＲによる分析によって評価される。例えば、Djordjevic et al. (2001) J. Bacteriol. 183:3224-3236；Chaillou et al. (1998) J. Bacteriol. 180:4011-4014；及び上記Tarczynski et al. (1992) を参照のこと。
【０２０５】
一般的に、パーミアーゼ、膜結合性酵素、及び転写リプレッサー若しくはアンチターミネーター等の調節因子は、糖質を最適利用するために細胞内で発現する必要がある。転写アンチターミネーターの機能は、レポーター系における抗終結（antitermination）活性により測定できる（例えば、Alpert and Siebers (1997) J. Bacteriol. 179:1555-1562を参照）。ｌａｃＲ等のリプレッサーの機能は、酵素活性又は増殖アッセイにより測定できる（例えば、van Rooijen et al. (1993) Protein Eng. 6:201-206; van Rooijen and de Vos (1990) J. Biol. Chem. 265:18499-18503を参照）。
【０２０６】
本発明のバクテリア性調節タンパク質には、配列番号８、３８、９８、１０４、１１８、１５０、１７８、１８０、１８２、１８４、１８８、２６６、２９０、３０４、及び３３６におけるタンパク質が含まれる。
【０２０７】
本発明におけるバクテリア性調節タンパク質ｌａｃＩファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３５６）タンパク質には、配列番号３８、９８及び１８２のタンパク質が含まれる。本発明におけるバクテリア性調節タンパク質ｇｎｔＲファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００３９２）には、配列番号１０６のタンパク質が含まれる。本発明におけるバクテリア性調節へリックス−ターン−へリックスタンパク質ＡｒａＣファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００１６５）タンパク質には、配列番号１１８のタンパク質が含まれる。バクテリア性調節タンパク質ｄｅｏＲファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００４５５）タンパク質には、配列番号１８８及び３３６のタンパク質が含まれる。
【０２０８】
ＰＲＤドメイン（ＰＴＳ調節ドメイン）（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ００８７４）は、ＭｔｌＲ及びＬｅｖＲ等のアクチベーターにおいてだけでなく、ＢｇｌＧファミリーに属するバクテリアの転写アンチターミネーターにおいても見い出されるリン酸化可能な調節ドメインである。ＰＲＤドメインは、保存されたヒスチジン残基でリン酸化される。ＰＲＤを有するタンパク質は、グラム陽性菌及びグラム陰性菌の異化オペロンの調節に関与しており、その特徴付けは、（アンチターミネーター（ＣＡＴ＿ＲＢＤ）のＣＡＴ−ＲＢＤの）ＲＮＡ又は（アクチベーターの）ＤＮＡに結合する短いＮ末端エフェクタードメインや、保存ヒスチジン残基において炭素源の利用可能性（availability）に対応して糖ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）によりリン酸化される複製ＰＲＤ分子によってなされることが多い。かかるリン酸化により、二量体タンパク質の安定性が改変し、それによりＲＮＡ又はＤＮＡに対するエフェクタードメインの結合活性が変化する。これは、大腸菌ｂｇｌＧタンパク質に関連する細菌タンパク質のファミリーである。大腸菌ｂｇｌＧタンパク質は、転写アンチターミネーターとして機能することにより、β−グルコシド（ｂｇｌ）オペロンの正の調節を促進する（Houman et al. (1990) Cell 62:1153-63）。ｂｇｌＧは、オペロン内の２つの終結部位のすぐ上流に位置する特異的配列を認識するＲＮＡ結合タンパク質である。ｂｇｌＧは、β−グルコシドＰＴＳ系のパーミアーゼであるｂｇｌＦ（ＥII−ｂｇｌ）によってリン酸化されることにより、その活性が抑制される（Amster-Choder and Wright (1990) Science 249:540-2）。ｂｇｌＧは、転写アンチターミネーターとして作用すると考えられる他のタンパク質と極めて類似している。本発明のＰＲＤドメイン含有タンパク質には、配列番号８及び２６６のタンパク質が含まれる。 
【０２０９】
ＡｒａＣ様リガンド結合ドメインファミリー（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２３１１）は、細菌遺伝子調節タンパク質のＡｒａＣにおけるアラビノース結合ドメイン及び二量体化ドメインを占める。このドメインは、へリックス−ターン−へリックス（ＨＴＨ）ＤＮＡ結合モチーフのＨＴＨＡｒａＣと共に見い出される。かかるドメインとcupinドメインとの関係性は低い。本発明におけるＡｒａＣ様リガンド結合ドメインファミリーのタンパク質には、配列番号１１８のタンパク質が含まれる。
【０２１０】
ＣＡＴ ＲＮＡ結合ドメイン（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０３１２３）は、転写アンチターミネータータンパク質ファミリーのアミノ末端で見い出される。このドメインは、ＣＡＴ(共アンチターミネーター)と呼ばれており、既知の構造において二量体を形成する。ＢｇｌＧ／ＳａｃＹファミリーの転写アンチターミネーターは、グラム陽性菌及びグラム陰性菌における糖代謝オペロンの誘導を促す調節タンパク質である。かかるタンパク質は、活性化されると新生ｍＲＮＡにおける特異的標的に結合するので、ＲＮＡポリメラーゼのＤＮＡ鋳型からの解離不全を防ぐ（Declerck et al. (1999) J. Mol. Biol. 294:389-402）。本発明のＣＡＴ ＲＮＡ結合ドメインタンパク質には、配列番号８及び２６６のタンパク質が含まれる。
【０２１１】
配列番号１８４は、ＨＰｒセリンキナーゼＮ末端ファミリーのメンバーであり（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０２６０３）、またＨＰｒセリンキナーゼＣ末端ファミリーのメンバーでもある（ＰＦＡＭアクセッション番号ＰＦ０７４７５）。Ｎ末端ファミリーはＨｐｒセリン／トレオニンキナーゼＰｔｓＫのＮ末端領域を示す。Ｃ末端ファミリーは、Ｈｐｒセリン／トレオニンキナーゼＰｔｓＫのＣ末端キナーゼドメインを示す。このキナーゼは、バクテリアにおける炭素の異化抑制を制御する多成分リン酸リレー系におけるセンサーである（Marquez et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99:3458-63）。このキナーゼは、その標的の三次構造を認識する点で独特であり、これまで報告されているタンパク質リン酸化酵素のいずれとも関連していない新規ファミリーのメンバーである。スタフィロコッカス・キシロスス（Staphylococcus xylosus）の完全長結晶酵素を解像度１．９５ＡでＸ線解析にかけた結果、この酵素が、明確に分離した２つのドメインからなり、かかるドメインは、３枚羽のプロペラに似た六量体構造に会合している。これらの羽は、それぞれが２つのＮ末端ドメインで形成され、コンパクトな中央のハブには、Ｃ末端キナーゼドメインが会合している（Reizer et al. (1998) Mol. Microbiol. 27:1157-69）。
【０２１２】
本発明の配列は、生物における、食品の風味やテクスチャーを変化させる能力も改変する。代替糖を生成するグルコース代謝を改変することは、風味やテクスチャーの特徴を変化させるアプローチの１つである。マンニトールオペロン又はソルビトールオペロンの遺伝子を同時に発現させることにより、乳酸デヒドロゲナーゼ遺伝子を破壊すると、マンニトール及びソルビトールが生成する（上記Hugenholz et al.(2002)）。発酵過程におけるジアセチルの産生により、バター香がもたらされるが、かかるバター香は、乳酸デヒドロゲナーゼを破壊すること、或いは、α−アセトラクテートデカルボキシラーゼを破壊すると共にＮＡＤＨオキシダーゼを過剰発現させることにより、増強させることができる（Hugenholz and Kleerebezem, (1999) supra; Hugenholtz et al. (2000) Appl. Environ. Microbiol.66:4112-4114）。或いは、α−アセトラクテートデカルボキシラーゼの破壊と共に、α−アセトラクテートシンターゼ又はアセトヒドロキシ酸シンターゼを過剰発現させることによっても、ジアセチルの産生量が増加した（Swindell et al. (1996) Appl. Environ. Microbiol. 62:2641-2643; Platteeuw et al. (1995) Appl. Environ. Microbiol.61:3967-3971）。アラニンデヒドロゲナーゼを過剰発現させると、乳酸の代わりにアラニンが産生され、発酵食品に風味増強剤（taste-enhancer）及び甘味料が供される（Hols et al. (1999) Nat. Biotechnol. 17:588-592）。
【０２１３】
改変された糖質を産生させるために生物の能力を改変する方法も本発明に包含される。かかる方法には、本発明のヌクレオチド配列のうち少なくとも一配列を生物に導入することが含まれる。改変された糖質を提供する方法も本発明に包含され、かかる方法には、改変する糖質を本発明のポリペプチドと接触させることが含まれる。改変された糖質の作製方法は、当技術分野で公知である。例えば、Kim et al. (2001) Biotechnol. Prog. 17:208-210を参照のこと。
【０２１４】
本発明の配列は、食物系又は哺乳動物の胃腸管で生存するという生物の能力も改変し、又は食品加工工程及び保存下における生物の安定性及び生存性も改変する。例えば、トレハロースの産生量が増加すると、発酵製品の新鮮さと風味が持続する（例えば、www.nutracells.comを参照）。またトレハロースは、タンパク質の凝集や、クロイツフェルト・ヤコブ病等のタンパク質の病理学的構造に起因する疾患の予防にも役立つ可能性がある。植物では、トレハロースの蓄積は、旱魃、塩、寒冷等の環境ストレスに対する防御に役立つ（例えば、Jang et al. (2003) Plant Physiol. 131:516-524; Penna (2003) Trends Plant Sci. 8:355-357；Garg et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Science 99:15898-15903；上記Yeo et al. (2000)を参照）。さらに、フラクトシルトランスフェラーゼ遺伝子で植物を形質転換すると、植物におけるフラクタンの蓄積を高レベルにすることができた（van der Meer et al. (1994) Plant Cell 6:561-570）。また、フラクタンは、貯蔵される糖質という役割だけでなく、乾燥条件及び寒冷条件に対する耐性も供する（Pontis and del Campillo (1985) “Fructans” in Biochemistry of Storage Carbohydrates in Green Plants, Day and Dixon, eds. (London: Academic Press), pp. 810-816；Pilon-Smits et al. (1995) Plant Physiol. 107:125-130）。細菌遺伝子であるマンニトール−１−ホスフェートデヒドロゲナーゼも植物で発現され、それによりマンニトールが産生されるが、その結果、浸透圧調節及びヒドロキシラジカルの中性化に有益な特性が付与されると考えられている（上記Tarczynski et al. (1992)）。
【０２１５】
本発明の多剤トランスポーター配列により、生物が抗菌性ポリペプチド又は他の毒素と接触しても生存することが可能となる。このことは、薬剤又は毒素を細胞外に排出する能力が亢進するためであると考えられる。
【０２１６】
糖質又は毒素を細胞の内外へと輸送する能力を保持又は改変するような本発明ヌクレオチド配列のバリアント、並びに糖質を蓄積又は利用する能力を保持又は改変するバリアントも本発明に包含される。糖質利用関連タンパク質又は多剤トランスポータータンパク質のバリアントを作製・試験する方法は、当技術分野で公知である。例えば、基質特異性が変化した二次輸送系タンパク質（メリビオース及びラクトース）のバリアントを単離し、構築し、試験したPoolman et al. (Poolman et al. (1996) Mol. Microbiol. 19:911-911) を参照のこと。これらの変異体では、糖輸送が、カチオン共輸送（symport）と共役していない。例えば、調節活性を変化させた変異ＨＰｒタンパク質を構築した、上記Djorovevic et al. (2001) 、並びに、ラクトバチルス・デルブリュッキー亜種ブルガリクス（Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus）のβ−ガラクトシダーゼ遺伝子の寒冷感受性バリアントを作製し、特徴付けたAdams et al. (Adams et al. (1994) J. Biol. Chem. 269:5666-5672) も参照のこと。これらの変異遺伝子では、低温下でのＶｍａｘが低下しているため、冷温貯蔵下の発酵製品の酸化防止に有用である（Mainzer et al. (1990) “Pathway engineering of Lactobacillus bulgaricus for improved yoghurt,” in Yoghurt；Nutritional and Health Properties, Chandan, ed., (National Yoghurt Association, Virginia, US), pp. 41-55）。ガラクトース特異的なＰＴＳ遺伝子が改変された変異体を単離したBettenbrock et al. (Bettenbrock et al. (1999) J. Bacteriol.181:225-230) も参照のこと。また、活性に影響しないｌａｃＲリプレッサーのバリアントを単離した上記van Rooijen et al. (1990)も参照のこと。さらに、ヒトＭＤＲ１遺伝子の多型を分析したKroetz et al.（Kroetz et al. (2003) Pharmacogenetics 13:481-94）、並びにＡＢＣトランスポーターＡＢＣＧ２のバリアントを分析したMitomo et al.（Mitomo et al. (2003) Biochem. J. 373:767-74）も参照のこと。
【０２１７】
上記の改変はいずれも、乳酸菌で操作された又は乳酸菌に関して示唆された他の代謝改変と組み合わせてもよい。かかる代謝改変としては、葉酸（Ｂ１１）、リボフラビン（Ｂ２）、コバラミン（Ｂ１２）等のビタミンＢ産生、ポリオール産生、甘味料としてのスクロース、ラクトース、グルコース又はフラクトースの代替となる低カロリー糖、別のスクロース代替物であるタガトースの産生、種々のエキソポリサッカライドの産生、天然甘味効果を供するためのグルコース代謝阻害、ガラクトース産生の低減化、スタキオース及びラフィノース等のα−ガラクトシドの含有量の低い食品の製造、食品の保存性をよくし、疾患予防にも関係がある可能性を秘めたトレハロースの産生亢進（上記Hugenholz et al. (2002) ；van Roojen et al. (1991) J. Biol. Chem. 266:7176-7178）が挙げられる。
【０２１８】
また、食品又は化学製品における望ましくない糖質を除去し、改変するための方法も提供する。この方法には、本発明の精製ポリペプチドに製品を接触させることが含まれる。糖質の除去又は改変に関するアッセイ法は当技術分野で公知である。
【０２１９】
【表１】
2011200232.tif 000003
2011200232.tif 000004
2011200232.tif 000005
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2011200232.tif 000012
【０２２０】
以下の実施例は例示のためのものであり、限定を意図するものではない。
【０２２１】
実施例１［各アミノ酸配列について、ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰの結果］
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号２（１４４アミノ酸）は、その１〜１４０アミノ酸が、リステリア・イノキュア（Listeria innocua）から得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９４８８．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約６１％の同一性を有し、その１〜１４０アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）から得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３６２９．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約６０％の同一性を有し、その１〜１３９アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクム（Clostridium acetobutylicum）から得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２３０．１；ＮＣ＿００１９８８）と約６３％の同一性を有し、その１〜１３９アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズ（Clostridium perfringens）から得た、ＰＴＳ系タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１７３７．１；ＮＣ＿００３３６６）と約６２％の同一性を有し、その２〜１４１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Streptococcus pyogenes）から得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９７６１．１；ＮＣ＿００２７３７）と約５０％の同一性を有することが示された。
【０２２２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号４（１２３アミノ酸）は、その２０〜１０９アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）リケナン（lichenan）特異的酵素IIＡコンポーネント（アクセッション番号ＮＰ＿４７１１６５．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約６０％の同一性を有し、その２０〜１１０アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素IIＡコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２１６１．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約５７％の同一性を有し、その１〜１１２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス（Lactococcus lactis subsp. lactis）から得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＡコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５７０．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４６％の同一性を有し、その９〜１１２アミノ酸が、バチルス・ハロデュランス（Bacillus halodurans）から得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的酵素IIＡコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１７７６．１；ＮＣ＿００２５７０）と約４４％の同一性を有し、また、その１６〜１１２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ酵素IIIと相同なタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７４３７．１；ＮＣ＿００３４８５）と約５１％の同一性を有することが示された。
【０２２３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号６（１６１アミノ酸）は、その６〜１４３アミノ酸が、エンテロコッカス・フェシウム（Enterococcus faecium）から得た、β−グルコシド特異的輸送タンパク質（ＢｇｌＳ）（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＤ２８２２８．１；ＡＦ１２１２５４）と約５３％の同一性を有し、その１３〜１５９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae）から得た、ＰＴＳ系 IIＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５２５６．１；ＮＣ＿００３０２８）と約４８％の同一性を有し、その１３〜１５９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＰＴＳグルコース特異的酵素 IIABC コンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８２６２．１；ＮＣ＿００３０９８）と約４８％の同一性を有し、その１３〜１５９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIＡコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０８０２５．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有し、また、その１３〜１５９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIＡコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９９５０．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有することが示された。
【０２２４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号８（２９１アミノ酸）は、その１１〜２８２アミノ酸が、バチルス・サブチリス（Bacillus subtilis）から得た、転写アンチターミネーター（ｌｉｃＴ）（アクセッション番号：ｐ｜Ｐ３９８０５｜ＬＩＣＴ＿ＢＡＣＳＵ）と約３６％の同一性を有し、その１１〜２８２アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、転写アンチターミネーター（ＢｇｌＧファミリー）（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１７８７．１；ＮＣ＿０００９６４）と約３６％の同一性を有し、その１１〜２８２アミノ酸が、大腸菌から得た、ｂｇｌオペロン（アクセッション番号：ＮＰ＿４１８１７９．１；ＮＣ＿０００９１３）の正の調節に関与するタンパク質と約３７％の同一性を有し、その１１〜２８２アミノ酸が、エルウイニア・クリサンセミ（Erwinia chrysanthemi）から得た、β−グルコシドオペロンアンチターミネーター（アクセッション番号：ｐ｜Ｐ２６２１１｜ＡＲＢＧ＿ＥＲＷＣＨ）と約３３％の同一性を有し、また、その９〜２８８アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、転写アンチターミネーター（ｌｉｃＴ）（アクセッション番号：ＮＰ＿３４７０６２．１；ＮＣ＿００３０３０）と約３４％の同一性を有することが示された。
【０２２５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１０（４８０アミノ酸）は、その８〜４７３アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ホスホ−β−グルコシダーゼホスホ−β−グルコシダーゼ (アクセッション番号：ＮＰ＿４６３８４９．１；ＮＣ＿００３２１０)と相同なタンパク質と約５９％の同一性を有し、その８〜４７３アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ホスホ−β−グルコシダーゼ (アクセッション番号：ＮＰ＿４６９６８９．１；ＮＣ＿００３２１２)と相同なタンパク質と約５８％の同一性を有し、その７〜４７３アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、６−ホスホ−β−グルコシダーゼ (ＮＰ＿３４７３７９．１；ＮＣ＿００３０３０)と約５７％の同一性を有し、その８〜４７３アミノ酸が、クロストリジウム・ロンギスポラム（Clostridium longisporum）から得た、６−ホスホ−β−グルコシダーゼ (アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ４６１３０｜ＡＢＧＡ＿ＣＬＯＬＯ)と約５７％の相同性を有し、また、その１〜４７３アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、β−グルコシダーゼ (アクセッション番号：ＮＰ＿３９１８０５．１；ＮＣ＿０００９６４)と約５５％の同一性を有することが示された。
【０２２６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１２（６２５アミノ酸）は、その１〜６２４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、β−グルコシドパーミアーゼIIＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６８８３６．１；ＮＣ＿００２７３７）と約３８％の同一性を有し、その１〜６２４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、β−グルコシドパーミアーゼIIＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０６８２６．１；ＮＣ＿００３４８５)と約３８％の同一性を有し、その１〜６０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ホスホトランスフェラーゼ系の糖特異的ＥIIコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８０９９．１；ＮＣ＿００３０９８）と約３８％の同一性を有し、その１〜６０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的IIＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５０９１．１；ＮＣ＿００３０２８)と約３８％の同一性を有し、また、その１〜６２２アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的酵素IIＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１１６２．１；ＮＣ＿００２５７０)と約３８％の同一性を有することが示された。
【０２２７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１４（６７５アミノ酸）は、その１７〜６４８アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的IIＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４８０３５．１；ＮＣ＿００３０３０）と約５０％の同一性を有し、その１７〜６５６アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的酵素IIＡＢＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１４６１．１；ＮＣ＿００２５７０）と約５０％の同一性を有し、その１７〜６５６アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的酵素IIＡＢＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３５６０．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約５０％の同一性を有し、その１７〜６５４アミノ酸が、クロストリジウム・ロンギスポラムから得た、ＰＴＳ依存性酵素II（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＣ０５７１３．１；Ｌ４９３３６）と約４８％の同一性を有し、また、その１３〜６５４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンス（Streptococcus mutans）から得た、β−グルコシド特異的ＥIIパーミアーゼ（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＦ８９９７５．１；ＡＦ２０６２７２）と約４８％の同一性を有することが示された。
【０２２８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１６（４４５アミノ酸）は、その１０〜４４３アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）タンパク質のリケナン（lichenan）特異的酵素IIＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１７３７．１；ＮＣ＿０００９６４）と約４１％の同一性を有し、その１４〜４４２アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ＰＴＳ系IIＢＣコンポーネント（ｙｗｂＡ） （アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ３９５８４｜ＹＷＢＡ＿ＢＡＣＳＵ）と相同なタンパク質と約４２％の同一性を有し、その１４〜４４１アミノ酸が、バチルス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus）から得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素IIＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ４５４００｜ＰＴＣＣ＿ＢＡＣＳＴ）と約４１％の同一性を有し、その１２〜４４１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ホスホトランスフェラーゼ系の糖特異的ＥIIコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８０１５．１；ＮＣ＿００３０９８）と約４１％の同一性を有し、また、その１２〜４４１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的IIＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４９９３．１；ＮＣ＿００３０２８）と約４０％の同一性を有することが示された。
【０２２９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１８（４２２アミノ酸）は、その９〜４１７アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系酵素II（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１７１８．１；ＮＣ＿０００９６４）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有し、その１７〜４１４アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）リケナン特異的酵素IIＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１７３７．１；ＮＣ＿０００９６４）と約３３％の同一性を有し、その１０〜４１７アミノ酸が、バチルス・ステアロサーモフィラスから得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素IIＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ４５４００｜ＰＴＣＣ＿ＢＡＣＳＴ）と約３４％の同一性を有し、その９〜４１４アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的IIＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０２４１．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約３３％の同一性を有し、また、その１１〜４１５アミノ酸が、ボレリア・ブルグドルフェリ（Borrelia burgdorferi）から得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的 IIＣコンポーネントタンパク質（ｃｅｌＢ）（アクセッション番号：ＮＰ＿０４６９９０．１；ＮＣ＿００１９０３）と約３１％の同一性を有することが示された。
【０２３０】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号２０（１３０アミノ酸）は、その３〜１２４アミノ酸が、ブルセラ・メリテンシス（Brucella melitensis）から得た、ホスホトランスフェラーゼ系 IIA コンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５４０９４９．１；ＮＣ＿００３３１７)と約３３％の同一性を有し、その２〜１０２アミノ酸が、ラクトバチルス・クルバタス（Lactobacillus curvatus）から得たＥIIＡ−マンノースタンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＢ０４１５３．１；Ｕ２８１６３）と３２％の同一性を有し、その３〜９６アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、ＰＴＳ系タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５６３５４５．１；ＮＣ＿００３３６６）と相同なタンパク質と約３２％の同一性を有し、その３〜１２３アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、ＰＴＳ系タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１７３７．１；ＮＣ＿００３３６６）と相同なタンパク質と約２５％の同一性を有し、また、その３〜１２３アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２３０．１；ＮＣ＿００１９８８）と約２５％の同一性を有することが示された。
【０２３１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号２２（１６２アミノ酸）は、その８〜１５９アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＰＴＳ系酵素IIＢＣコンポーネントタンパク質（ガラクチトール／フラクトース−特異的）（アクセッション番号：ＮＰ＿３４９５６０．１；ＮＣ＿００３０３０）と約３８％の同一性を有し、その７〜１５８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ホスホトランスフェラーゼ系の糖特異的ＥIIコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８１５６．１；ＮＣ＿００３０９８)と約３６％の同一性を有し、その７〜１５８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＰＴＳ系IIＡコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５１５２．１；ＮＣ＿００３０２８）と相同なタンパク質と約３６％の同一性を有し、その２０〜１３４アミノ酸が、ストレプトコッカス・アガラクティエ（Streptococcus agalactiae）から得た、ＧａｔＡタンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＧ０９９７７．１；ＡＦ２４８０３８）と約３８％の同一性を有し、また、その１６〜１５９アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系ガラクチトール特異的酵素IIＡコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１０５８．１；ＮＣ＿００２５７０）と約３３％の同一性を有することが示された。
【０２３２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号２４（４６６アミノ酸）は、その３０〜４６１アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＰＴＳセロビオース特異的コンポーネントIIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４７０２６．１；ＮＣ＿００３０３０）と約４７％の同一性を有し、その２６〜４６５アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６９７４．１； ＮＣ＿００２６６２）と約４５％の同一性を有し、その８２〜４６５アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５７２．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４６％の同一性を有し、その３４〜４６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９９９４．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約４１％の同一性を有し、また、その３４〜４６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿６０８０６９．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約４０％の同一性を有することが示された。
【０２３３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号２６（４２８アミノ酸）は、その２５〜４２０アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳセロビオース特異的酵素IIＣ（登録番号：ＮＰ＿４７２２３３．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約２８％の同一性を有し、その１１５〜４１５アミノ酸が、ラクトバチルス・カゼイから得た、ＬａｃＥタンパク質（アクセッション番号：ｅｍｂＣＡＢ０２５５６．１；Ｚ８０８３４）と約２７％の同一性を有し、その１３７〜４２５アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的酵素IIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２１８４．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約２６％の同一性を有し、その１３７〜４２５アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的酵素IIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６２３０．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約２６％の同一性を有し、その１１５〜４１５アミノ酸が、ラクトバチルス・カゼイから得た、ホスホトランスフェラーゼ系酵素II（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｂ２３６９７）と約２６％の同一性を有することが示された。 
【０２３４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号２８（４７５アミノ酸）は、その１０〜４７１アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６９７４．１；ＮＣ＿００２６６２）と約５７％の同一性を有し、その７１〜４７５アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５７２．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４５％の同一性を有し、その１３〜４７０アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＰＴＳセロビオース特異的コンポーネントIIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４７０２６．１；ＮＣ＿００３０３０）と約４２％の同一性を有し、その１７〜４６８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９９９４．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約４１％の同一性を有し、また、その１７〜４６８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿６０８０６９．１｜（ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約４１％の同一性を有することが示された。
【０２３５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号３０（４４１アミノ酸）は、その１〜４２８アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的酵素IIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２１８４．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有し、その１〜４２８アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＰＴＳ系セロビオース特異的 酵素IIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６２３０．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有し、その１０〜４２７アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系IIＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７４３５．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約３９％の同一性を有し、その１〜４２８アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６３３０．１； ＮＣ＿００２６６２）と約３６％の同一性を有し、また、その１〜４２１アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素IIＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６２０６．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と３１％の同一性を有することが示された。
【０２３６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号３２（６２６アミノ酸）は、その１〜５３２アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得たホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）アルブチン様酵素IIＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３８８７０１．１；ＮＣ＿０００９６４）と約５４％の同一性を有し、その２〜５３０アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、ＰＴＳアルブチン様酵素IIＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１１１２．１；ＮＣ＿００３３６６）と約５１％の同一性を有し、その１〜５３３アミノ酸が、フソバクテリウム・モルティフェルム（Fusobacterium mortiferum）から得た、ＰＴＳタンパク質ＥII（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＢ６３０１４．２；Ｕ８１１８５）と約５２％の同一性を有し、その１〜５３３アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＭａｌＰタンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＫ６９５５５．１；ＡＦ２９０９８２）と約５１％の同一性を有し、また、その１〜５３３アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＰＴＳ系アルブチン様IIＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４７１７１．１；ＮＣ＿００３０３０）と５１％の同一性を有することが示された。
【０２３７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号３４（６６３アミノ酸）は、その１〜４５６アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たスクロース特異的ＰＴＳ系IIＢＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７２８７．１；ＮＣ＿００２６６２）と約５８％の同一性を有し、その５〜４７１アミノ酸が、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウス（Staphylococcus aureus subsp. Aureus）から得た、スクロースホスホトランスフェラーゼ酵素II（アクセッション番号：ＮＰ＿３７３４２９．１；ＮＣ＿００２７４５）と相同なタンパク質と約５４％の同一性を有し、その５〜４７２アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系スクロースホスホトランスフェラーゼ酵素IIＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４４４４１．１；ＮＣ＿００２５７０）と約４６％の同一性を有し、その４〜４６８アミノ酸が、サルモネラ・エンテリカ亜種エンテリカ・セロバール・チフィ（Salmonella entericasubsp. enterica serovar Typhi）から得た、ＰＴＳ系IIＢＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿４５７０９９．１；ＮＣ＿００３１９８）と相同なタンパク質と約３９％の同一性を有し、また、その４〜４６８アミノ酸が、サルモネラ・チフィムリウム（Salmonella typhimurium）から得た、ホスホトランスフェラーゼ系IIＢコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿４６１５０５．１；ＮＣ＿００３１９７）と相同なタンパク質と約３９％ の同一性を有することが示された。
【０２３８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号３６（６６５アミノ酸）は、その１〜６６１アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得たＰＴＳ系タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１５００．１；ＮＣ＿００３３６６）と約４４％の同一性を有し、その１〜６５７アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、フラクトース特異的酵素II、ＰＴＳ系ＢＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９０６２．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有し、その１〜６５７アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、フラクトース特異的酵素II、ＰＴＳ系ＢＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７０６５．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有し、その１〜６５７アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、フラクトース特異的ＰＴＳ系酵素IIＢＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７１１５．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４５％の同一性を有し、また、その１〜６６０アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系フラクトース特異的酵素IIＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１６９４．１；ＮＣ＿００２５７０）と４３％の同一性を有することが示された。
【０２３９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号３８（３３４アミノ酸）は、その４〜３３４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、スクロースオペロンリプレッサー（Ｓｃｒオペロン調節タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９２１３．１；ＮＣ＿００３０９８）と約４８％の同一性を有し、その４〜３３４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＬａｃＩファミリーの糖結合転写調節因子（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６２３２．１；ＮＣ＿００３０２８）と約４６％の同一性を有し、その１３〜３３２アミノ酸が、ペディオコッカス・ペントサセウス（Pediococcus pentosaceus）から得た、スクロースオペロンリプレッサー（Ｓｃｒオペロン調節タンパク質）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ４３４７２｜ＳＣＲＲ＿ＰＥＤＰＥ）と約３５％の同一性を有し、その１０〜３３４アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、リボースオペロン転写リプレッサー（アクセッション番号：ＮＰ＿２４４５９４．１；ＮＣ＿００２５７０）と約３５％の同一性を有し、また、その１０〜３３２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、スクロースオペロンリプレッサー（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６１６２．１；ＮＣ＿００３０２８）と３５％の同一性を有することが示された。
【０２４０】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号４０（４１５アミノ酸）は、その３〜４１５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たＡＢＣトランスポーター基質結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９２１２．１；ＮＣ＿００３０９８）と約５０％の同一性を有し、その１９〜３８９アミノ酸が、アグロバクテリウム・トゥメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）から得た、糖結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５３５６３８．１；ＮＣ＿００３３０６）と約２７％の同一性を有し、その１１〜３９６アミノ酸が、ノストック種（Nostocsp.）ＰＣＣ７１２０から得た、ＡＢＣトランスポーター糖結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４８８３１７．１；ＮＣ＿００３２７２）と約２５％の同一性を有し、その７６〜３５３アミノ酸が、ストレプトマイセス・コエリカラー（Streptomyces coelicolor）から得た、糖輸送糖結合タンパク質（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＢ９５２７５．１；ＡＬ３５９７７９）と相同なタンパク質と約２６％の同一性を有し、その１〜３２４アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、ペリプラズマ糖結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０１０４．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約２６％の同一性を有することが示された。
【０２４１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号４２（２９４アミノ酸）は、その１０〜２８５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター膜貫通パーミアーゼ−糖トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９２１１．１；ＮＣ＿００３０９８）と約５６％の同一性を有し、その７〜２８５アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４２９３．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３８％の同一性を有し、その７〜２８５アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、糖ＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０１０２．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約３８％の同一性を有し、その１２〜２８６アミノ酸が、シネコシスティス種（Synechocystis sp.）ＰＣＣ６８０３から得た、ラクトース輸送系パーミアーゼタンパク質（ＬａｃＦ）（アクセッション番号：ＮＰ＿４４０７０３．１；ＮＣ＿０００９１１）と約３６％の同一性を有し、また、その１１〜２８１アミノ酸が、キシレラ・ファスチジオーサ（Xylella fastidiosa）から得た、ＡＢＣトランスポーター糖パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿２９９７２６．１；ＮＣ＿００２４８８）と３６％の同一性を有することが示された。
【０２４２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号４４（２８５アミノ酸）は、その１２〜２８５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たＡＢＣトランスポーター膜貫通パーミアーゼ−糖輸送タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９２１０．１；ＮＣ＿００３０９８）と約５９％の同一性を有し、その３０〜２８１アミノ酸が、アグロバクテリウム・トゥメファシエンスから得たタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５６６７２．１；ＮＣ＿００３０６３）と約３２％の同一性を有し、その３０〜２８１アミノ酸が、アグロバクテリウム・トゥメファシエンスから得た、ＡＢＣトランスポーター、膜貫通タンパク質（糖）（アクセッション番号：ＮＰ＿５３４４５５．１；ＮＣ＿００３３０５）と約３２％の同一性を有し、その１０〜２８１アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３７１１．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３３％の同一性を有し、また、その１３〜２８１アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９５６４．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有することが示された。
【０２４３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号４６（４３０アミノ酸）は、その２〜４２９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たスクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９２０９．１；ＮＣ＿００３０９８）と約３６％の同一性を有し、その２〜４２９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、スクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６２２８．１；ＮＣ＿００３０２８）と相同なタンパク質と約３６％の同一性を有し、その１８〜３７３アミノ酸が、サーマトガ・マリティマ（Thermotoga maritima）から得た、β−フラクトシダーゼ （アクセッション番号：ＮＰ＿２２９２１５．１；ＮＣ＿０００８５３）と約３６％の同一性を有し、その２１〜４０５アミノ酸が、ザイモモナス・モビリス（Zymomonas mobilis）から得た、β−フラクトルラノシダーゼ（ＥＣ３．２．１．２６）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜ＪＵ０４６０）と約３１％の同一性を有し、また、その２１〜３６２アミノ酸が、大腸菌から得た、スクロース−６リン酸ヒドロラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３１１２７０．１；ＮＣ＿００２６９５）と３５％の同一性を有することが示された。
【０２４４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号４８（３６８アミノ酸）は、その１〜３６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、マルチプルシュガー結合輸送ＡＴＰ結合タンパク質（ｍｓｍＫ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００７５２｜ＭＳＭＫ＿ＳＴＲＭＵ）と約６５％の同一性を有し、その１〜３６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マルチプルシュガー結合ＡＢＣ輸送系(ＡＴＰ結合タンパク質) (アクセッション番号：ＮＰ＿２６９９４２．１； ＮＣ＿００２７３７)と約６５％の同一性を有し、その１〜３６７アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質−マルチプルシュガー輸送（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９０３０．１；ＮＣ＿００３０９８）と約６６％の同一性を有し、その１〜３６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マルチプルシュガー結合ＡＢＣ輸送系 （ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿６０８０１６．１；ＮＣ＿００３４８５）と約６５％の同一性を有し、また、その１〜３６７アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質 （アクセッション番号：ＮＰ＿３４６０２６．１；ＮＣ＿００３０２８）と６６％の同一性を有することが示された。
【０２４５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号５０（４９０アミノ酸）は、その１１〜４８９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、ｇｔｆＡタンパク質（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜ＢＷＳＯＧＭ）と約６３％の同一性を有し、その１１〜４９０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、スクロースホスホリダーゼ（ＥＣ２．４．１．７）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ａ２７６２６）と約６３％の同一性を有し、その１１〜４８９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、スクロースホスホリダーゼ（スクロースグルコシルトランスフェラーゼ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ１０２４９｜ＳＵＣＰ＿ＳＴＲＭＵ）と約６３％の同一性を有し、その１１〜４８４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、デキストランスクラーゼ（スクロース６−グルコシルトランスフェラーゼ） (アクセッション番号：ＮＰ＿３５９３０１．１；ＮＣ＿００３０９８）と約６３％の同一性を有し、その１１〜４８４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、スクロースホスホリラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６３２５．１；ＮＣ＿００３０２８）と６３％のの同一性を有することが示された。
【０２４６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号５２（３２８アミノ酸）は、その４７〜３１６アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター（リボース結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１４７７．１；ＮＣ＿０００９６４）と約５５％の同一性を有し、その５〜３２３アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター基質結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７７９１．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４５％の同一性を有し、その４〜２７８アミノ酸が、テトラジェノコッカス属・ハロフィルス（Tetragenococcus halophilus）から得た、リボース結合タンパク質（アクセッション番号：ｄｂｊ｜ＢＡＡ３１８６９．１；ＡＢ００９５９３）と約４２％の同一性を有し、その１５〜３１６アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター（リボース結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿２４４５９９．１；ＮＣ＿００２５７０）と約３９％の同一性を有し、また、その４〜３１５アミノ酸が、パステゥレラ・ムルトシダ（Pasteurella multocida）から得た、ＲｂｓＢタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４５０９０．１；ＮＣ＿００２６６３）と４２％の同一性を有することが示された。
【０２４７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号５４（２８５アミノ酸）は、その１〜２７７アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼ）（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１４７６．１；ＮＣ＿０００９６４）と約６０％の同一性を有し、その１〜２７７アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、リボース輸送系パーミアーゼタンパク質（ｒｂｃＳ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ３６９４８｜ＲＢＳＣ＿ＢＡＣＳＵ）と約５９％の同一性を有し、その４〜２７７アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼ）（アクセッション番号：ＮＰ＿２４４５９８．１；ＮＣ＿００２５７０)と約５７％の同一性を有し、その４〜２７７アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、リボースＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７７９２．１；ＮＣ＿００２６６２）と約５８％の同一性を有し、また、その４〜２７８アミノ酸が、ヘモフィルス・インフルエンザ（Haemophilus influenzae）から得た、Ｄ−リボースＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼタンパク質（ｒｂｓＣ）（アクセッション番号：ＮＰ＿４３８６６１．１；ＮＣ＿０００９０７）と５４％の同一性を有することが示された。
【０２４８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号５６（４９６アミノ酸）は、その５〜４９６アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たリボースＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７７９３．１；ＮＣ＿００２６６２）と約５９％の同一性を有し、その５〜４９６アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター (ＡＴＰ結合タンパク質) (アクセッション番号：ＮＰ＿３９１４７５．１；ＮＣ＿０００９６４）と約５７％の同一性を有し、その５〜４９６アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ＡＴＰ結合タンパク質 (アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｉ４０４６５）と約５１％の同一性を有し、その５〜４９５アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター (ＡＴＰ結合タンパク質)（アクセッション番号：ＮＰ＿２４４５９７．１；ＮＣ＿００２５７０）と約４９％の同一性を有し、また、その７〜４９４アミノ酸が、アグロバクテリウム・トゥメファシエンスから得た、ＡＢＣトランスポーター、ヌクレオチド結合／ＡＴＰａｓｅタンパク質［リボース］(アクセッション番号：ＮＰ＿５３３４８４．１；ＮＣ＿００３３０４）と４５％の同一性を有することが示された。
【０２４９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号５８（１３４アミノ酸）は、その４〜１３４アミノ酸が、ラクトバチルス・サケイ（Lactobacillus sakei）から得たリボースパーミアーゼ（ＲｂｓＤ）（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＤ３４３３７．１；ＡＦ１１５３９１）と約５８％の同一性を有し、その４〜１３４アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、リボースＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿５６２５４７．１；ＮＣ＿００３３６６）と相同なタンパク質と約５１％の同一性を有し、その４〜１３２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、リボースＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７７９４．１；ＮＣ＿００２６６２）と約５０％の同一性を有し、その４〜１３４アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、リボースＡＢＣトランスポーター(パーミアーゼ) (アクセッション番号：ＮＰ＿２４４５９６．１；ＮＣ＿００２５７０）と約４５％の同一性を有し、その４〜１３４アミノ酸が、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウスから得た、リボースパーミアーゼ (アクセッション番号：ＮＰ＿３７０７９３．１；ＮＣ＿００２７５８）と５１％の同一性を有することが示された。
【０２５０】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号６０（３０８アミノ酸）は、その４〜３０１アミノ酸が、ラクトバチルス・サケイから得たリボキナーゼ（ＲｂｓＫ）（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＤ３４３３８．１；ＡＦ１１５３９１）と約５１％の同一性を有し、その１〜３０３アミノ酸が、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウスから得た、リボキナーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３７０７９２．１；ＮＣ＿００２７５８）と相同なタンパク質と約４８％の同一性を有し、その３〜３０５アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、リボキナーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿５６２５４８．１；ＮＣ＿００３３６６）と約４５％の同一性を有し、その１〜２９９アミノ酸が、ヘモフィルス・インフルエンザから得た、リボキナーゼ（ＲｂｓＫ）（アクセッション番号：ＮＰ＿４３８６６３．１；ＮＣ＿０００９０７）と約４１％の同一性を有し、その２〜３００アミノ酸が、エルシニア・ペスティスから得た、リボキナーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿４０３６７４．１；ＮＣ＿００３１４３）と３８％の同一性を有することが示された。
【０２５１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号６２（２８５アミノ酸）は、その１〜２８５アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たマルトースＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７８４１．１；ＮＣ＿００２６６２）と約６３％の同一性を有し、その６〜２８４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マルトース／マルトデキストリンＡＢＣ輸送系タンパク質（パーミアーゼ) (アクセッション番号：ＮＰ＿２６９４２３．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約５４％の同一性を有し、その１２〜２８４アミノ酸が、クレブシエラ・オキシトカ（Klebsiella oxytoca）から得た、ｍａｌＧタンパク質（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｓ６３６１６）と相同なタンパク質と約３８％の同一性を有し、その９〜２８５アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、マルトース／マルトデキストリン輸送系 (パーミアーゼ) (アクセッション番号：ＮＰ＿２４３７９０．１；ＮＣ＿００２５７０）と約３９％の同一性を有し、また、その７〜２８５アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、マルトデキストリン輸送系パーミアーゼ (アクセッション番号：ＮＰ＿３９１２９４．１；ＮＣ＿０００９６４）と相同なタンパク質と約３６％の同一性を有することが示された。
【０２５２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号６４（４５２アミノ酸）は、その１〜４５２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たマルトースＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７８４０．１；ＮＣ＿００２６６２）と約６３％の同一性を有し、その３〜４５２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マルトース／マルトデキストリンＡＢＣ輸送系タンパク質（パーミアーゼ）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９４２２．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約５２％の同一性を有し、その３〜４５２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マルトース／マルトデキストリンＡＢＣ輸送系 (パーミアーゼ) (アクセッション番号：ＮＰ＿６０７４２２．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約５２％の同一性を有し、その２８〜４５１アミノ酸が、クレブシエラ・オキシトカから得たｍａｌＦタンパク質（アクセッション番号． ｐｉｒ｜｜Ｓ６３６１５）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有し、また、その２３〜４５１アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、マルトース／マルトデキストリン輸送系パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿２４３７９１．１；ＮＣ＿００２５７０）と３３％の同一性を有することが示された。
【０２５３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号６６（４０８アミノ酸）は、その１〜４０７アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たマルトースＡＢＣトランスポーター基質結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７８３９．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４９％の同一性を有し、その１〜４０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マルトース／マルトデキストリン−結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７４２１．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約３７％の同一性を有し、その１〜４０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マルトース／マルトデキストリン−結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９４２１．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約３６％の同一性を有し、その１〜３９３アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、マルトース／マルトデキストリンＡＢＣトランスポーター（結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿４７１５６３．１； ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約２７％の同一性を有し、また、その１〜４０３アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、マルトース／マルトデキストリン−結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１２９６．１；ＮＣ＿０００９６４）と相同なタンパク質と約２６％の同一性を有することが示された。
【０２５４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号６８（３６８アミノ酸）は、その１〜３６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、多糖結合輸送ＡＴＰ結合タンパク質（ｍｓｍＫ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００７５２｜ＭＳＭＫ＿ＳＴＲＭＵ）と約６４％の同一性を有し、その１〜３６６アミノ酸が、その１〜３６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、多糖結合ＡＢＣ輸送系（ＡＴＰ結合）タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９９４２．１；ＮＣ＿００２７３７）と約６４％の同一性を有し、その１〜３６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、多糖結合ＡＢＣ輸送系（ＡＴＰ結合）タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０８０１６．１；ＮＣ＿００３４８５）と約６４％の同一性を有し、その１〜３６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質−多糖輸送（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９０３０．１；ＮＣ＿００３０９８）と約６４％の同一性を有し、また、その１〜３６８アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、多糖ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５７７．１；ＮＣ＿００２６６２）６３％の同一性を有することが示された。
【０２５５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号７０（５１２アミノ酸）は、その１〜５１０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た糖ＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９３６５．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約６０％の同一性を有し、その１〜５１０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７２９６．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約６０％の同一性を有し、その５〜５０３アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、糖ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７４８４．１；ＮＣ＿００２６６２）と約５９％の同一性を有し、その７〜５０３アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５３３７．１；ＮＣ＿００３０２８）と約６１％の同一性を有し、また、その７〜５０３アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質−リボース／ガラクトース輸送タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８３４２．１；ＮＣ＿００３０９８）と６０％の同一性を有することが示された。
【０２５６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号７２（３８３アミノ酸）は、その７〜３５１アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、糖ＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号ｓ． ＮＰ＿２６７４８５．１； ＮＣ＿００２６６２）と約４９％の同一性を有し、その４〜３５１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター膜貫通パーミアーゼ（リボース／ガラクトース輸送）（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８３４３．１；ＮＣ＿００３０９８）と約４７％の同一性を有し、その４〜３５１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５３３８．１；ＮＣ＿００３０２８）と相同なタンパク質と約４７％の同一性を有し、その４〜３４２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼタンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９３６４．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約４９％の同一性を有し、また、その４〜３４２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼタンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７２９５．１； ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約４９％の同一性を有することが示された。
【０２５７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号７４（３１８アミノ酸）は、その１〜３１８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼタンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７２９４．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約６７％の同一性を有し、その１〜３１８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼタンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９３６３．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約６６％の同一性を有し、その１〜３１８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５３３９．１；ＮＣ＿００３０２８）と相同なタンパク質と約６５％の同一性を有し、その１〜３１８アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、糖ＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７４８６．１；ＮＣ＿００２６６２）と約６３％の同一性を有し、その６〜３１８アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、糖ＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼタンパク質） （アクセッション番号：ＮＰ＿４７０７６４．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約６１％の同一性を有することが示された。
【０２５８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号７６（４５０アミノ酸）は、その１１〜４４８アミノ酸が、ナイセリア・メニンジタイディス（Neisseria meningitidis）から得た糖トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿２７３４３７．１；ＮＣ＿００３１１２）と相同なタンパク質と約６８％の同一性を有し、その１１〜４４８アミノ酸が、ナイセリア・メニンジタイディスから得た、インテグラルな膜輸送タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２８４７９７．１；ＮＣ＿００３１１６）と相同なタンパク質と約６８％の同一性を有し、その１７〜２２９アミノ酸が、カウロバクター・クレセンタス（Caulobacter crescentus）から得たトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４２１０８６．１；ＮＣ＿００２６９６）と相同なタンパク質と約３９％の同一性を有し、その３１〜４５０アミノ酸が、リコパーシコン・エスクレンタム（Lycopersicon esculentum）から得たスクローストランスポーター（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＧ０９２７０．１；ＡＦ１７６９５０）と約２１％の同一性を有し、また、その３１〜４４２アミノ酸が、アラビドプシス・タリアナ（Arabidopsis thaliana）から得たスクローストランスポーター（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＧ０９１９１．１；ＡＦ１７５３２１）と２１％の同一性を有することが示された。
【０２５９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号７８（４９５アミノ酸）は、その８〜４８２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たトランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６３９４．１；ＮＣ＿００２６６２）と約３２％の同一性を有し、その８〜４８２アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、排出トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４５０６．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有し、その８〜４８２アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、排出トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０３１７．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有し、その７〜４２２アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＭＤＲ関連パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２９４．１；ＮＣ＿００１９８８）と約３０％の同一性を有し、また、その８〜４２５アミノ酸が、ストレプトマイセス・コエリカラーから得た、膜輸送タンパク質 （アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＢ８９０３１．１；ＡＬ３５３８７０）と相同なタンパク質と約２９％の同一性を有することが示された。
【０２６０】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号８０（４７１アミノ酸）は、その１〜４４０アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た輸送タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６３９４．１；ＮＣ＿００２６６２）と約３２％の同一性を有し、その１〜４６４アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、排出トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４５０６．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有し、その１〜４６４アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、排出トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０３１７．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有し、その１〜４１２アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＭＤＲ関連パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２９４．１；ＮＣ＿００１９８８）と約２９％の同一性を有し、また、その４〜４５９アミノ酸が、ストレプトマイセス・コエリカラーから得た、エクスポーター（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｔ３６３７７）と相同なタンパク質と約２８％の同一性を有することが示された。
【０２６１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号８２（４１２アミノ酸）は、その１８〜４００アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た薬剤排出トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２２１２．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約４９％の同一性を有し、その１８〜４００アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、薬剤排出トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６２６３．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約４９％の同一性を有し、その１８〜３９７アミノ酸が、大腸菌から得た輸送タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４１５５７１．１；ＮＣ＿０００９１３）と相同なタンパク質と約４８％の同一性を有し、その１５〜３９９アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、多剤耐性排出パンプであるタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６２８２．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４７％の同一性を有し、また、その１８〜３９９アミノ酸が、サルモネラ・チフィムリウムから得た、ＭＦＳファミリー輸送タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６０１２５．１；ＮＣ＿００３１９７）と相同なタンパク質と約４８％の同一性を有することが示された。
【０２６２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号８４（４６２アミノ酸）は、その９〜４１３アミノ酸が、オエノコッカス・オエニ（Oenococcus oeni）から得たＯＲＦＣ（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＢ６１２５３．１；ＡＪ２５０４２２）と約３８％の同一性を有し、その２〜３７８アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たトランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７６９５．１；ＮＣ＿００２６６２）と約３８％の同一性を有し、その６〜４１１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た薬剤耐性タンパク質（アクセッション番号：Ｎｐ＿６０６８２４．１；ｎｃ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約３４％の同一性を有し、その６〜４１１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た薬剤耐性タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６８８３４．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約３３％の同一性を有し、また、その２〜４５４アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た薬剤排出タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７５０４．１；ＮＣ＿００２６６２）と３４％の同一性を有することが示された。
【０２６３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号８６（４９０アミノ酸）は、その３〜４７６アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た薬剤排出タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６１１１．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約５５％の同一性を有し、その３〜４７６アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た薬剤排出タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２０６２．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約５４％の同一性を有し、その６〜４７８アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た多剤耐性タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７０６５．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４５％の同一性を有し、その８〜４８４アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た多剤耐性タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３８８２６６．１；ＮＣ＿０００９６４）と相同なタンパク質と約４９％の同一性を有し、その１８〜４２５アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た多剤耐性タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３８８７８２．１；ＮＣ＿０００９６４）と相同なタンパク質と約４４％の同一性を有することが示された。
【０２６４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号８８（４１６アミノ酸）は、その１７〜４０８アミノ酸が、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス（Desulfitobacterium hafniense）から得たタンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＬ８７７８１．１；ＡＦ４０３１８４）と約２６％の同一性を有し、その２６〜４０８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、主要な促進因子スーパーファミリーのトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９０４６．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２５％の同一性を有し、その６１〜３９９アミノ酸が、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）から得た排出タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２８２８１３．１；ＮＣ＿００２１６３）と相同なタンパク質と約２１％の同一性を有し、その２５〜３６８アミノ酸が、アグロバクテリウム・トゥメファシエンスから得た、ＭＦＳパーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿５３３０３３．１；ＮＣ＿００３３０４）と相同なタンパク質と約１９％の同一性を有し、また、その１９〜２０５アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、多剤耐性タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４４１７５．１；ＮＣ＿００２５７０）と２５％の同一性を有することが示された。
【０２６５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号９０（５４８アミノ酸）は、その１７〜５４６アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得たトランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７１００１．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約３８％の同一性を有し、その１７〜５４６アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得たトランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６５１４９．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３７％の同一性を有し、その１〜５３４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たポリサッカライドトランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８９７６．１；ＮＣ＿００３０９８）と約３６％の同一性を有し、その１７〜５３４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たポリサッカライド生合成タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５９７８．１；ＮＣ＿００３０２８）と相同なタンパク質と約３６％の同一性を有し、また、その１２〜５４６アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７９６２．１；ＮＣ＿００２６６２）と３５％の同一性を有することが示された。
【０２６６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号９２（４８５アミノ酸）は、その１〜４８４アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た排出トランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４５０６．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約４４％の同一性を有し、その１〜４８４アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た排出トランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０３１７．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約４４％の同一性を有し、その９〜４２０アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＭＤＲ関連パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２９４．１；ＮＣ＿００１９８８）と約３４％の同一性を有し、その１２〜４７５アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得たトランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６３９４．１；ＮＣ＿００２６６２）と約３３％の同一性を有し、また、その１〜４５７アミノ酸が、ミクソコックス・キサンザス（Myxococcus xanthus）から得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＢ３７９７３．１；Ｘ７６６４０）と３４％の同一性を有することが示された。
【０２６７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号９４（１９９アミノ酸）は、その２３〜１７３アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た薬剤排出トランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２２１２．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有し、その２３〜１７３アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た薬剤排出トランスポータータンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６２６３．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約４５％の同一性を有し、その２３〜１７３アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、多剤耐性排出ポンプタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６２８２．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４９％の同一性を有し、その２３〜１７３アミノ酸が、サルモネラ・エンテリカ亜種エンテリカ・セロバール・チフィから得た排出ポンプタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４５４９７７．１；ＮＣ＿００３１９８）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有し、また、その２３〜１７３アミノ酸が、サルモネラ・チフィムリウムから得たパーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿４５９３７７．１；ＮＣ＿００３１９７）と相同なタンパク質と約４６％の同一性を有することが示された。
【０２６８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号９６（５３８アミノ酸）は、その４〜５２５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たポリサッカライドトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８９７６．１；ＮＣ＿００３０９８）と約３２％の同一性を有し、その５〜５２５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たポリサッカライド生合成タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５９７８．１；ＮＣ＿００３０２８）と相同なタンパク質と約３２％の同一性を有し、その５〜５２６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、保存された仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０６６８０．１；ＮＣ＿００３４８５）と約３３％の同一性を有し、その５〜５２６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、保存された仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６８７０８．１；ＮＣ＿００２７３７）と約３３％の同一性を有し、また、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７９６２．１；ＮＣ＿００２６６２）と３０％の同一性を有することが示された。
【０２６９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号９８（３２８アミノ酸）は、その１〜３２３アミノ酸が、ペディオコッカス・ペントサセウスから得た、スクロースオペロン調節タンパク質（ｓｃｒＲ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ４３４７２｜ＳＣＲＲ＿ＰＥＤＰＥ）と約５７％の同一性を有し、その１〜３２２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、スクロースオペロンリプレッサー（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６１６２．１；ＮＣ＿００３０２８）と約５１％の同一性を有し、その１〜３２６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、スクロースオペロン調節タンパク質（ｓｃｒＲ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ５４４３０｜ＳＣＲＲ＿ＳＴＲＭＵ）と約４９％の同一性を有し、その１〜３２２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、スクロースオペロンリプレッサー（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７８８９．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約４９％の同一性を有し、また、その１〜３２２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、スクロースオペロンリプレッサー（アクセッション番号：Ｎｐ＿２６９８２１．１；ｎｃ＿００２７３７）と相同なタンパク質と４９％の同一性を有することが示された。
【０２７０】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１００（４８５アミノ酸）は、その１〜４６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ソブリヌス（Streptococcus sobrinus）から得た、スクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ（ＳｃｒＢ）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｓ６８５９８）と約５０％の同一性を有し、その１〜４６１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、スクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９１６０．１；ＮＣ＿００３０９８）と約４９％の同一性を有し、その１〜４６１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、スクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６１６１．１；ＮＣ＿００３０２８）と約４９％の同一性を有し、その１〜４６６アミノ酸が、そのストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、スクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７８８８．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約４９％の同一性を有し、また、その１〜４６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、スクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９８２０．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と４９％の同一性を有することが示された。
【０２７１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１０２（６４９アミノ酸）は、その１〜６４５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系酵素II（ＥＣ２．７．１．６９）、スクロース特異的IIＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ１２６５５｜ＰＴＳＡ＿ＳＴＲＭＵ）と約６５％の同一性を有し、その１〜６４７アミノ酸が、ペディオコッカス・ペントサセウスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系酵素II（ＥＣ２．７．１．６９、スクロース特異的酵素IIＡＢＣ（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ４３４７０｜ＰＴＳＡ＿ＰＥＤＰＥ）約５６％の同一性を有し、その１〜６４３アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティスから得た、酵素IIスクロースタンパク質（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＢ０９６９０．１；Ｚ９７０１５）と約５２％の同一性を有し、その１１４〜６４７アミノ酸が、ラクトバチルス・サケイから得た、ＰＴＳのスクロース特異的酵素II（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＫ９２５２８．１；ＡＦ４０１０４６）と約５２％の同一性を有し、また、その１〜６２１アミノ酸が、コリネバクテリウム・グルタミクム（Corynebacterium glutamicum）から得た、ホスホトランスフェラーゼ系IIＢコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０１８４２．１；ＮＣ＿００３４５０）と４５％の同一性を有することが示された。
【０２７２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１０４（６６７アミノ酸）は、その１９２〜６６１アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、β−グルコシド特異的ＰＴＳ系IIＡＢＣコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５８３．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４２％の同一性を有し、その１９１〜６５２アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）β−グルコシド特異的酵素IIＡＢＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４５６０．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３９％の同一性を有し、その１９１〜６６２アミノ酸が、クロストリジウム・ロンギスポラムから得た、ＰＴＳ−依存性酵素II（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＣ０５７１３．１；Ｌ４９３３６）と約３７％の同一性を有し、その１９１〜６６６アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的酵素II ＡＢＣ コンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１４６１．１；ＮＣ＿００２５７０）と約３６％の同一性を有し、また、その１９１−６５０アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳ系、β−グルコシド特異的酵素IIＡＢＣタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９３７３．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約３６％の同一性を有することが示された。
【０２７３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１０６（２４１アミノ酸）は、その１〜２３８アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得たトレハロースオペロン転写リプレッサー（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ３９７９６｜ＴＲＥＲ＿ＢＡＣＳＵ）と約４７％の同一性を有し、その４〜２３８アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、トレハロースオペロンの転写リプレッサー（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１７３９．１；ＮＣ＿００２５７０）と約４１％の同一性を有し、その９〜２３７アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た転写調節因子ＧｎｔＲファミリー（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０５５８．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約４４％の同一性を有し、その９〜２３７アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、転写調節因子ＧｎｔＲファミリー（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４７７８．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約４４％の同一性を有し、その５−２３８アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＧｎｔＲファミリーの転写調節因子（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５８１．１；ＮＣ＿００２６６２）と４１％の同一性を有することが示された。
【０２７４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１０８（５７０アミノ酸）は、その２２〜５６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得たデキストラングルコシダーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿６０８１０３．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約５６％の同一性を有し、その２３〜５６８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たデキストラングルコシダーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９２９０．１；ＮＣ＿００３０９８）と約５７％の同一性を有し、その２２〜５６６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得たデキストラングルコシダーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿２７００２６．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約５６％の同一性を有し、その２３〜５６８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、デキストラングルコシダーゼＤｅｘＳ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６３１５．１；ＮＣ＿００３０２８）と相同なタンパク質と約５７％の同一性を有し、また、その１７〜５７０アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、α−グルコシダーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１４７８．１；ＮＣ＿００３３６６）と５４％の同一性を有することが示された。
【０２７５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１１０（３７０アミノ酸）は、その１〜３６８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質−多糖輸送タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９０３０．１；ＮＣ＿００３０９８）と約６７％の同一性を有し、その１〜３６８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６０２６．１；ＮＣ＿００３０２８）と約６７％の同一性を有し、その１〜３６８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、多糖結合輸送ＡＴＰ結合タンパク質（ｍｓｍＫ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００７５２｜ＭＳＭＫ＿ＳＴＲＭＵ）と約６６％の同一性を有し、その１〜３６５アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９６４９．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約６８％の同一性を有し、また、その１〜３６５アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３８０９．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と６７％の同一性を有することが示された。
【０２７６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１１２（２７８アミノ酸）は、その２〜２７８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た多糖結合輸送系パーミアーゼタンパク質（ｍｓｍＧ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００７５１｜ＭＳＭＧ＿ＳＴＲＭＵ）と約８１％の同一性を有し、その１〜２７８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６３２６．１；ＮＣ＿００３０２８）と７３％の同一性を有し、その２〜２７８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター膜貫通パーミアーゼ−マルチプルシュガー（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９３０２．１；ＮＣ＿００３０９８）と約７２％の同一性を有し、その７２〜２７８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た仮想タンパク質断片（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｂ２７６２６）と約８５％の同一性を有し、また、その４〜２７８アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、糖パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５０２５１．１；ＮＣ＿００３０３０）と４４％の同一性を有することが示された。
【０２７７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１１４（２９１アミノ酸）は、その４〜２９０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター膜貫通パーミアーゼ−マルチプルシュガー（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９３０３．１；ＮＣ＿００３０９８）と約７３％の同一性を有し、その４〜２９０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６３２７．１；ＮＣ＿００３０２８）と約７３％の同一性を有し、その１〜２９０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、マルチプルシュガー結合輸送系パーミアーゼタンパク質（ｍｓｍＦ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００７５０｜ＭＳＭＦ＿ＳＴＲＭＵ）と約７３％の同一性を有し、その６〜２９１アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＡＢＣ型糖輸送系、パーミアーゼコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５０２５２．１；ＮＣ＿００３０３０）と約５３％の同一性を有し、また、その２〜２９１アミノ酸が、サーモアンアエロバクテリウム・サーモスルフリゲネス（Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes）から得た、潜在的澱粉分解産物輸送系パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ３７７３０｜ＡＭＹＤ＿ＴＨＥＴＵ）と３２％の同一性を有することが示された。
【０２７８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１１６（４２３アミノ酸）は、その８〜４２１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、マルチプルシュガー結合タンパク質前駆体（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００７４９｜ＭＳＭＥ＿ＳＴＲＭＵ）と約５６％の同一性を有し、その９〜４２１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、糖ＡＢＣトランスポーター、糖結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６３２８．１；ＮＣ＿００３０２８）と約５６％の同一性を有し、その９〜４２１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター基質結合タンパク質−マルチプルシュガー（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９３０４．１；ＮＣ＿００３０９８）と約５６％の同一性を有し、その９〜４２０アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＡＢＣ型糖輸送系、ペリプラズマ糖結合コンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５０２５３．１；ＮＣ＿００３０３０）と約２９％の同一性を有し、また、その６〜４１２アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、マルチプルシュガー結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１１４０．１；ＮＣ＿０００９６４）と相同なタンパク質と約２４％の同一性を有することが示された。
【０２７９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１１８（２７９アミノ酸）は、その１〜２７３アミノ酸が、ペディオコッカス・ペントサセウスから得た、ラフィノースオペロン転写調節タンパク質（ｒａｆＲ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ４３４６５｜ＲＡＦＲ＿ＰＥＤＰＥ）と約５７％の同一性を有し、その５〜２７３アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た転写調節因子（ｍｓｍＲ）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ａ４２４００）と相同なタンパク質と約３５％の同一性を有し、その５〜２７３アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、ｍｓｍオペロン調節タンパク質（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００７５３｜ＭＳＭＲ＿ＳＴＲＭＵ）と約３５％の同一性を有し、その１９〜２７３アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ｍｓｍオペロン調節タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６３３０．１；ＮＣ＿００３０２８）と約３６％の同一性を有し、また、その１９〜２７３アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ｍｓｍ（マルチプルシュガー代謝）オペロン調節タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９３０６．１；ＮＣ＿００３０９８）と３６％の同一性を有することが示された。
【０２８０】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１２０（２７７アミノ酸）は、その３７〜１４１アミノ酸が、トレポネマ・パリドゥム（Treponema pallidum）から得た、ｒＲＮＡメチラーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿２１８５４９．１；ＮＣ＿０００９１９）と相同なタンパク質と約２８％の同一性を有し、その７４〜１４１アミノ酸が、ギラルディア・テータ（Guillardia theta）から得た、ＧＴＰ結合核タンパク質ＲＡＮ（アクセッション番号：ＮＰ＿１１３４０８．１；ＮＣ＿００２７５３）と約３２％の同一性を有し、その７５〜１４１アミノ酸が、ディクティオステリウム・ディスコイデウム（Dictyostelium discoideum）から得た、ＧＴＰ結合核タンパク質ＲＡＮ／ＴＣ４（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ３３５１９｜ＲＡＮ＿ＤＩＣＤＩ）と約２９％の同一性を有し、また、１４０〜１９０アミノ酸が、アラビドプシス・タリアナから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿１９１７９８．１；ＮＭ＿１１６１０４）と約２５％の同一性を有することが示された。
【０２８１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１２２（５３０アミノ酸）は、その８〜５２４アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７６７８．１；ＮＣ＿００２６６２）と約２６％の同一性を有し、その４９〜５１８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４６８０．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２５％の同一性を有し、その４９〜５１８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５７７３１．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２５％の同一性を有し、その４７〜５１１アミノ酸が、シネコシスティス種ＰＣＣ６８０３から得た、ＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿４４０６２６．１；ＮＣ＿０００９１１）と約２４％の同一性を有し、また、その７〜５１１アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得たＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿３８８８５２．１；ＮＣ＿０００９６４）と相同なタンパク質と約２４％の同一性を有することが示された。
【０２８２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１２４（５３０アミノ酸）は、その４〜５２４アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７６７８．１；ＮＣ＿００２６６２）と約２４％の同一性を有し、その５５〜５０８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４６８０．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２５％の同一性を有し、その５５〜５０８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５７７３１．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２５％の同一性を有し、その１〜５１１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、薬剤排出ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合／パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５８００．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２４％の同一性を有し、また、その１〜５１１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８７９６．１；ＮＣ＿００３０９８）と２４％の同一性を有することが示された。
【０２８３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１２６（５２７アミノ酸）は、その８〜５２７アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７６７８．１；ＮＣ＿００２６６２）と約２５％の同一性を有し、その１３〜５２０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５７７３１．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２４％の同一性を有し、その１３〜５２０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４６８０．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２４％の同一性を有し、その２２〜５１１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、薬剤排出ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５８００．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２２％の同一性を有し、その２２〜５１１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８７９６．１；ＮＣ＿００３０９８）と２２％の同一性を有することが示された。
【０２８４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１２８（５３４アミノ酸）は、その１４〜５１２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たｃｏｍＡタンパク質（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ａ３９２０３）と約２３％の同一性を有し、その３〜５１２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティスから得た、ラクトコシンＡ（Lactococcin A）輸送ＡＴＰ結合タンパク質（ｌｃｎＣ）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｑ００５６４｜ＬＣＮＣ＿ＬＡＣＬＡ）と約２６％の同一性を有し、その１４〜５１２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、トランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（ＣｏｍＡ）（アクセッション番号：ＮＰ＿３５７６３７．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２３％の同一性を有し、その１１３〜５０９アミノ酸が、ストレプトコッカス・サリバリウスから得た、ＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＣ７２０２６．１；ＡＦ０４３２８０）と約２５％の同一性を有し、また、その１４〜５１２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、コンピテンス因子を輸送するＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（ＣｏｍＡ）（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４５９１．１；ＮＣ＿００３０２８）と２２％の同一性を有することが示された。
【０２８５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１３０（５２７アミノ酸）は、その１６〜５２４アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７６７８．１；ＮＣ＿００２６６２）と約２３％の同一性を有し、その６〜５２０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４６８０．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２５％の同一性を有し、その６〜５２０アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５７７３１．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２５％の同一性を有し、その１０５〜５１１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５８７９６．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２４％の同一性を有し、また、その９９〜５１１アミノ酸が、ノストック種ＰＣＣ７１２０から得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４９０４０３．１；ＮＣ＿００３２７６）と２５％の同一性を有することが示された。
【０２８６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１３２（５２９アミノ酸）は、その１０〜５２６アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７６７８．１；ＮＣ＿００２６６２）と約２５％の同一性を有し、その１１２〜５２５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／膜貫通パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３５７７３１．１；ＮＣ＿００３０９８）と約２６％の同一性を有し、その１１２〜５２５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４６８０．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２６％の同一性を有し、その１０７〜５１８アミノ酸が、ブレビバチルス・ブレビス（Brevibacillus brevis）から得た、ＡＢＣトランスポーター（ＴｙｃＤ）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｔ３１０７７）と相同なタンパク質と約２４％の同一性を有し、また、その８３〜５２１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、薬剤排出ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合／パーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５８００．１；ＮＣ＿００３０２８）と２４％の同一性を有することが示された。
【０２８７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１３４（６００アミノ酸）は、その２〜６００アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得たＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼ）（アクセッション番号：ＮＰ＿４７１５５３．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約２３％の同一性を有し、その１〜５９８アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＡＢＣトランスポーター（パーミアーゼ）（アクセッション番号：ＮＰ＿４６５２７１．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約２３％の同一性を有し、その１〜５９９アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得たＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１７６７．１；ＮＣ＿００３３６６）と相同なタンパク質と約２２％の同一性を有し、その１〜５６４アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得たＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１０３９．１；ＮＣ＿００３３６６）と相同なタンパク質と約２２％の同一性を有し、また、その４〜５９３アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得たパーミアーゼ（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６８６８．１；ＮＣ＿００３０３０）と相同なタンパク質と２２％の同一性を有することが示された。
【０２８８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１３６（２４９アミノ酸）は、その１〜２４２アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得たＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１７６６．１； ＮＣ＿００３３６６）と約５８％の同一性を有し、その３〜２４２アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得たＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１０３８．１；ＮＣ＿００３３６６）と相同なタンパク質と約５５％の同一性を有し、その１〜２４２アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得たＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿４６５６３８．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約５１％の同一性を有し、その１〜２４２アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得たＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿４７１５５２．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約５０％の同一性を有し、その３〜２４２アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質 （アクセッション番号：ＮＰ＿３４６８６７．１；ＮＣ＿００３０３０）と５４％の同一性を有することが示された。
【０２８９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰによる配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１３８（４２３アミノ酸）は、その２〜３９１アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２７０００４．１；ＮＣ＿００２７３７）と約２１％の同一性を有し、その２〜３８３アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０８０８０．１；ＮＣ＿００３４８５）と約２１％の同一性を有し、その９〜１６６アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ｙｖｂＪタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１２６８．１；ＮＣ＿０００９６４）と約２６％の同一性を有し、その９２〜２８１アミノ酸が、ヤギ関節炎脳炎ウイルス（caprine arthritis-encephalitis virus）から得た、ｅｎｖポリタンパク前駆体タンパク質（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜ＶＣＬＪＣ６）と約２５％の同一性を有し、その９２〜２８１アミノ酸が、エンベロップ糖タンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＤ１４６６１．１；ＡＦ１０５１８１）と２４％の同一性を有することが示された。
【０２９０】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１４０（４３８アミノ酸）は、その８６〜２１６アミノ酸が、ブロコトリクス・カンペストリス（Brochothrix campestris）から得た輸送補助タンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＣ９５１４１．１；ＡＦ０７５６００）と約２７％の同一性を有し、その１０７〜２１９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、バクテロシン輸送補助タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４５９５０．１；ＮＣ＿００３０２８）と約２６％の同一性を有し、その１０７〜２１９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得たＢｔａタンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＤ５６６２８．１；ＡＦ１６５２１８）と約２６％の同一性を有し、その８８〜２０１アミノ酸が、バチルス・アンスラシス（Bacillus anthracis）から得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿０５２７８３．１；ＮＣ＿００１４９６）と２３％の同一性を有し、その１４４〜２１４アミノ酸が、ナイセリア・メニンジタイディスから得たチオレドキシン（thioredoxin）（アクセッション番号：ＮＰ＿２７４３８４．１；ＮＣ＿００３１１２）と３２％の同一性を有することが示された。
【０２９１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１４２（１９６アミノ酸）は、その１〜１９６アミノ酸が、ラクトバチルス・ガセリ（Lactobacillus gasseri）から得たタンパク質（アクセッション番号：ｄｂｊ｜ＢＡＡ８２３５１．１；ＡＢ０２９６１２）と約５６％の同一性を有し、その１０〜１９６アミノ酸が、ラクトバチルス菌種から得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ２９４７０｜ＹＬＡ１＿ＬＡＣＡＣ）と約４９％の同一性を有し、その４１〜１９６アミノ酸が、ラクトバチルス・カゼイから得た、ＡＢＣトランスポーター補助因子（アクセッション番号：ｎｐ＿５４２２２０．１；ｎｃ＿００３３２０）と約２８％の同一性を有し、その９０〜１９６アミノ酸が、ラクトバチルス・プランタルムから得た、ＡＢＣトランスポーター（ＰｌｎＨ）補助因子（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＡ６４１９０．１；Ｘ９４４３４）と３５％の同一性を有し、また、その４１〜１９６アミノ酸が、ラクトバチルス・サケから得た、ＡＢＣエキスポーター補助因子（ＳａｐＥ）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ａ５６９７３）と相同なタンパク質と３０％の同一性を有することが示された。
【０２９２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１４４（７２０アミノ酸）は、その９〜７２０アミノ酸が、ラクトバチルス・プランタルムから得たＡＢＣトランスポーター（ＰｌｎＧ）（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＡ６４１８９．１；Ｘ９４４３４)と約６２％の同一性を有し、その６〜７２０アミノ酸が、ラクトバチルス・サケイから得た、ＡＴＰ依存性転移タンパク質（translocation protein）（ｓｐｐＴ）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜５７９１３）と相同なタンパク質と約６２％の同一性を有し、その２〜７２０アミノ酸が、ラクトバチルス・サケイから得た、ＡＴＰ依存性転移タンパク質（ＳａｐＴ）（アクセッション番号：ｐｉｒ｜｜Ｉ５６２７３）と約６２％の同一性を有し、また、その９〜７２０アミノ酸が、ラクトバチルス・カゼイから得た、ＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿５４２２１９．１；ＮＣ＿００３３２０）と６２％の同一性を有し、また、その２５〜７１８アミノ酸が、ラクトバチルス・アシドフィルスから得た、ＡＢＣトランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿６０４４１２．１；ＮＣ＿００３４５８）と５７％の同一性を有することが示された。
【０２９３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１４６（２３４アミノ酸）は、その１３〜２２８アミノ酸が、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウスから得たＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３７０８３３．１； ＮＣ＿００２７５８）と相同なタンパク質と約５２％の同一性を有し、その１１〜２３４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿６０６９９４．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約５０％の同一性を有し、その１１〜２３４アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＡＢＣトランスポーター （ＡＴＰ結合タンパク質） （アクセッション番号：ＮＰ＿２６８９９３．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約５０％の同一性を有し、その１３〜２３２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６８１５．１；ＮＣ＿００２６６２）と５０％の同一性を有し、また、その１１〜２３３アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６８４１３．１；ＮＣ＿００２６６２）と５３％の同一性を有することが示された。
【０２９４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１４８（３５３アミノ酸）は、その１〜３５２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６８４１２．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４０％の同一性を有し、その１〜３５２アミノ酸が、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウスから得た保存された仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３７０８３２．１；ＮＣ＿００２７５８）と約３８％の同一性を有し、その１〜３５２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た保存された仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６８９９２．１；ＮＣ＿００２７３７）と約３３％の同一性を有し、その１〜３５２アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た保存された仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０６９９３．１；ＮＣ＿００３４８５）と３３％の同一性を有し、また、その１〜３５２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６８１６．１；ＮＣ＿００２６６２）と３４％の同一性を有することが示された。
【０２９５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１５０（１８８アミノ酸）は、その１４〜８５アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た転写レギュレーター（アクセッション番号： ＮＰ＿２６６８１７．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４７％の同一性を有し、その２１〜９０アミノ酸が、アキフェクス・エオリクス（Aquifex aeolicus）から得た、ＴｅｔＲ／ＡｃｒＲファミリーの転写調節因子（アクセッション番号：ＮＰ＿２１３１９５．１；ＮＣ＿０００９１８）と約２８％の同一性を有し、その１４〜７５アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＡｃｒＲファミリーの転写調節因子（アクセッション番号：ＮＰ＿３４８１６３．１；ＮＣ＿００３０３０）と約３０％の同一性を有し、その２５〜１０９アミノ酸が、ストレプトマイセス・コエリカラーから得た転写調節因子（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＢ９３０３０．１；ＡＬ３５７４３２）と相同なタンパク質と２９％の同一性を有し、また、その２７〜８８アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、ＴｅｔＲ／ＡｃｒＲファミリーの転写調節因子（アクセッション番号：ＮＰ＿３４７４５７．１；ＮＣ＿００３０３０）と４１％の同一性を有することが示された。
【０２９６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１５２（２３６アミノ酸）は、その３〜２３６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９０９０．１；ＮＣ＿００３０９８）と約６５％の同一性を有し、その４〜２３６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６０９２．１；ＮＣ＿００３０２８）と約６６％の同一性を有し、その４〜２３６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７３２１．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と約６５％の同一性を有し、その４〜２３６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＡＢＣトランスポーター（ＡＴＰ結合タンパク質）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９３９０．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と６５％の同一性を有し、また、その４〜２３６アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４７４８．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と６２％の同一性を有することが示された。
【０２９７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１５４（８４６アミノ酸）は、その６〜８４６アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターパーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７２６０．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４１％の同一性を有し、その２〜８４６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３５９０８９．１；ＮＣ＿００３０９８）と約３４％の同一性を有し、その２〜８４６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４６０９１．１；ＮＣ＿００３０２８）と約３４％の同一性を有し、その４〜８４６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９３８９．１；ＮＣ＿００２７３７）と３３％の同一性を有し、また、その４〜８４６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７３２０．１；ＮＣ＿００３４８５）と３３％の同一性を有することが示された。
【０２９８】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１５６（７８アミノ酸）は、その１２〜７０アミノ酸が、アラビドプシス・タリアナから得たタンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＦ１９７０７．１；ＡＣ００８０４７）と約３０％の同一性を有し、その１２〜７０アミノ酸が、アラビドプシス・タリアナから得た、ＡＴＰ依存性銅トランスポーター（アクセッション番号：ＮＰ＿１７６５３３．１；ＮＭ＿１０５０２３）と相同なタンパク質と約３０％の同一性を有し、その１〜６５アミノ酸が、ピロコッカス・フリオサス（Pyrococcus furiosus）から得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５７９６７３．１；ＮＣ＿００３４１３）と約３２％の同一性を有し、また、その２１〜５５アミノ酸が、ＴＴ型肝炎ウイルス（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＫ１１７１２．１；ＡＦ３４５５２９）と３７％の同一性を有することが示された。
【０２９９】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１５８（３７９アミノ酸）は、その３２〜３６８アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た保存された仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７０３４０．１； ＮＣ＿００３２１２）と約３６％の同一性を有し、その３２〜３５３アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た保存された仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４５２９．１；ＮＣ＿００３２１０）と約３７％の同一性を有し、その８７〜３７０アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティスから得たタンパク質（アクセッション番号：ｅｍｂ｜ＣＡＡ６８０４２．１；Ｘ９９７１０）と約３６％の同一性を有し、その２８〜３７２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た仮想タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７８８５．１；ＮＣ＿００２６６２）と３１％の同一性を有し、また、その３２〜３４８アミノ酸が、アクチノシンネマ・プレティオサム亜種アウランティクム（Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum）から得たタンパク質（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＣ１４００２．１；Ｕ３３０５９）と３０％の同一性を有することが示された。
【０３００】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１６０（７７９アミノ酸）は、その１〜３０８アミノ酸が、ストレプトコッカス・ミュータンスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合サブユニット（アクセッション番号：ｇｂ｜ＡＡＤ０９２１８．１；Ｕ７３１８３）と約６１％の同一性を有し、その１〜３６２アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合／パーミアーゼタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６８７０．１；ＮＣ＿００２６６２）と約３７％の同一性を有し、その１〜２９５アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４２７１．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３９％の同一性を有し、その１〜２２１アミノ酸が、アルケオグロブス・フルギダス（Archaeoglobus fulgidus）から得た、ＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿０７０２９８．１；ＮＣ＿０００９１７）と４７％の同一性を有し、また、その１〜２１８アミノ酸が、アルケオグロブス・フルギダスから得たＡＢＣトランスポーターＡＴＰ結合タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿０６９８５１．１；ＮＣ＿０００９１７）と４９％の同一性を有することが示された。
【０３０１】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１６２（３８アミノ酸）は、その１〜２７アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２３０．１；ＮＣ＿００１９８８）と約６６％の同一性を有し、その３〜２７アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３６２９．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約７２％の同一性を有し、その３〜２７アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９４８８．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約７２％の同一性を有し、その１〜２７アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、ＰＴＳ系タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１７３７．１；ＮＣ＿００３３６６）と６６％の同一性を有し、その２〜２７アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９７６１．１；ＮＣ＿００２７３７）と６５％の同一性を有することが明らかになった。
【０３０２】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１６４（１０５アミノ酸）は、その１〜１０３アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３６２９．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約６０％の同一性を有し、その１〜１０３アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９４８８．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約５９％の同一性を有し、その１〜１０４アミノ酸が、クロストリジウム・パーフリンゲンズから得た、ＰＴＳ系タンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿５６１７３７．１；ＮＣ＿００３３６６）と約５７％の同一性を有し、その１〜１０４アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２３０．１；ＮＣ＿００１９８８）と５３％の同一性を有し、また、その１〜９６アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＡＢ（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７８３１．１；ＮＣ＿００３４８５）と５４％の同一性を有することが示された。
【０３０３】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１６６（２６９アミノ酸）は、その１〜２６９アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得たＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９４８９．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約６９％の同一性を有し、その１〜２６９アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３６３０．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約６９％の同一性を有し、その１〜２６９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的IIＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４８２１．１；ＮＣ＿００３０２８）と約６７％の同一性を有し、その１〜２６９アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９７６２．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と６５％の同一性を有し、また、その１〜２６９アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、マンノース／フラクトース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＣ（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２３１．１；ＮＣ＿００１９８８）と６４％の同一性を有ることが示された。
【０３０４】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１６８（３０７アミノ酸）は、その５〜３０７アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＤ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６９４９０．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約６７％の同一性を有し、その５〜３０７アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的因子IIＤ（アクセッション番号：ＮＰ＿４６３６３１．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約６７％の同一性を有し、その６〜３０３アミノ酸が、クロストリジウム・アセトブチリクムから得た、マンノース特異的ホスホトランスフェラーゼ系コンポーネントIIＤ（アクセッション番号：ＮＰ＿１４９２３２．１；ＮＣ＿００１９８８）であるタンパク質の約６４％の同一性を有し、その４〜３００アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、マンノース特異的ＰＴＳ系コンポーネントIIＤ（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６７８６４．１；ＮＣ＿００２６６２）と６４％の同一性を有し、また、その５〜３０７アミノ酸が、ストレプトコッカス・ニューモニエから得た、ＰＴＳ系マンノース特異的IIＤコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３４４８２０．１；ＮＣ＿００３０２８）と６４％の同一性を有することが示された。
【０３０５】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１７０（１１１アミノ酸）は、その４〜１０５アミノ酸が、タンパク質と約５１％の同一性を有し、その４〜１０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９４４１．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約５１％の同一性を有し、その４〜１１０アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素 IIB コンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６２０５．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約５４％の同一性を有し、その４〜１１０アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素IIＢコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２１５９．１； ＮＣ＿００３２１２)と相同なタンパク質と約５４％の同一性を有し、その４〜１０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素II （アクセッション番号：ＮＰ＿６０７４３８．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と５０％の同一性を有し、その１〜１０９アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＢコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５６９．１；ＮＣ＿００２６６２）であるタンパク質を５０％の同一性を有することが示された。
【０３０６】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１７０（１１１アミノ酸）は、その４〜１０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素IIタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２６９４４１．１；ＮＣ＿００２７３７）と相同なタンパク質と約５１％の同一性を有し、その４〜１１０アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素 IIB コンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿４６６２０５．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約５４％の同一性を有し、その４〜１１０アミノ酸が、リステリア・イノキュアから得た、セロビオースホスホトランスフェラーゼ酵素 IIB コンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿４７２１５９．１；ＮＣ＿００３２１２）と相同なタンパク質と約５４％の同一性を有し、その４〜１０５アミノ酸が、ストレプトコッカス・ピオゲネスから得た、ＰＴＳ系酵素II（アクセッション番号：ＮＰ＿６０７４３８．１；ＮＣ＿００３４８５）と相同なタンパク質と５０％の同一性を有し、その１〜１０９アミノ酸が、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスから得た、セロビオース特異的ＰＴＳ系IIＢコンポーネントタンパク質（ＥＣ２．７．１．６９）（アクセッション番号：ＮＰ＿２６６５６９．１；ＮＣ＿００２６６２）と５０％の同一性を有することが示された。
【０３０７】
ギャップを考慮したＢｌａｓｔＰ（バージョン）による配列アラインメントから、以下のことが示された。すなわち、配列番号１７４（５６０アミノ酸）は、その１〜５５１アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的酵素II、ＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１１６２．１；ＮＣ＿００２５７０）と約３９％の同一性を有し、その１〜５５１アミノ酸が、リステリア・モノサイトゲネスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）β−グルコシド特異的酵素II、ＡＢＣコンポーネント（アクセッション番号：ＮＰ＿４６４２６５．１；ＮＣ＿００３２１０）と相同なタンパク質と約３９％の同一性を有し、その１〜５５４アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）β−グルコシド特異的酵素II、ＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿３９１８０６．１；ＮＣ＿０００９６４）と約３８％の同一性を有し、その１〜５５４アミノ酸が、バチルス・サブチリスから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的IIＡＢＣコンポーネントタンパク質（ＥＩＩＡＢＣ−ＢＧＬ）（β−グルコシド−パーミアーゼIIＡＢＣコンポーネント）（アクセッション番号：ｓｐ｜Ｐ４０７３９｜ＰＴＢＡ＿ＢＡＣＳＵ）と３８％の同一性を有し、その１〜５５４アミノ酸が、バチルス・ハロデュランスから得た、ＰＴＳ系β−グルコシド特異的酵素II、ＡＢＣコンポーネントタンパク質（アクセッション番号：ＮＰ＿２４１４６１．１；ＮＣ＿００２５７０）と３７％の同一性を有することが示された。
【０３０８】
配列番号１７６〜３６４中、偶数番号で示される配列のトップＢｌａｓｔ結果を表２に示す。
【０３０９】
【表２】
2011200232.tif 000013
2011200232.tif 000014
2011200232.tif 000015
2011200232.tif 000016
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2011200232.tif 000020
【０３１０】
実施例２［アミノ酸配列のＰＦＡＭ結果］
本発明のアミノ酸配列のｔｏｐＰＦＡＭの結果を表３に示す。
【０３１１】
【表３】
2011200232.tif 000021
2011200232.tif 000022
2011200232.tif 000023
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【０３１２】
実施例３［糖代謝遺伝子］
ラクトバチルス・アシドフィルスは、そのＡＰＩ５０糖発酵パターンから示されるように、モノサッカライド、ジサッカライド、ポリサッカライドを含む種々の糖質を利用する能力を有する。特に、上部胃腸管での消化を逃れる複雑な食餌性糖質（ラフィノース、フラクトオリゴサッカライド等）（Gibson et al. (1995) J. Nutr. 125:1401-1412; Barrangou et al. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 100:8957-8962）を利用することができる。ＮＣＦＭゲノムは、糖質利用に関連する多種多様な遺伝子をコードし、かかる遺伝子には、ホスホエノールピルビン酸糖トランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）の遺伝子２０種、及びトランスポーターに関するＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）ファミリーの遺伝子５種が含まれる。トレハロース（ＯＲＦ１０１２）（配列番号１０３及び２８９）、フラクトース（ＯＲＦ１７７７）（配列番号３５）、スクロース（ＯＲＦ ４０１）（配列番号１０１)、グルコース及びマンノース（ＯＲＦ４５２（配列番号１及び２６３）、ＯＲＦ４５３（配列番号１６１）、ＯＲＦ４５４（配列番号１６３）、ＯＲＦ４５５（配列番号１６５）及びＯＲＦ４５６（配列番号１６７））、メリビオース（ＯＲＦ１７０５）（配列番号３３）、ゲンチオビオース及びセロビオース（ＯＲＦ １３６９）（配列番号１７及び２６９）、サリシン（ＯＲＦ８７６）（配列番号１６９）、ＯＲＦ８７７（配列番号３）、ＯＲＦ８７９（配列番号１７１））、アルブチン（ＯＲＦ８８４）（配列番号２７）、及びＮ−アセチルグルコサミン（ＯＲＦ１４６）（配列番号２１）に対する仮想ＰＴＳトランスポーターが同定された。ＦＯＳ（ＯＲＦ５０２（配列番号３９及び２７３）ＯＲＦ５０４（配列番号４３）、ＯＲＦ５０６（配列番号４７））、ラフィノース（ＯＲＦ１４３９（配列番号１０９）、ＯＲＦ１４４０（配列番号１１１及び２９３）、ＯＲＦ１４４１（配列番号１１３）、ＯＲＦ１４４２（配列番号１１５及び２９５）、及びマルトース（ＯＲＦ１８５４〜ＯＲＦ１８５７）に対する仮想ＡＢＣトランスポーターが同定された。仮想ラクトース−ガラクトースパーミアーゼも同定された（ＯＲＦ１４６３）（配列番号１７５）。これらのトランスポーターの殆どは、グリコシダーゼ及び転写調節因子と遺伝子座が同じであり、局在的な転写制御が可能である。 
【０３１３】
ゲノムのインシリコ分析の結果、完全な糖分解経路を代表する遺伝子の存在が明らかになった。さらに、ＨＰｒ（ＯＲＦ６３９（配列番号１７７）、ｐｔｓＨ）、ＥＩ（ＯＲＦ６４０（配列番号１７９）、ｐｔｓＩ）、ＣｃｐＡ（ＯＲＦ４３１（配列番号１８１）、ｃｃｐＡ）、及びＨＰｒＫ／Ｐ（ＯＲＦ６７６（配列番号：１８３）、ｐｔｓＫ）という一般的な糖質利用調節ネットワークのメンバーが同定され、糖利用可能性に基づく活性な炭素異化抑制ネットワークが示唆される。
【０３１４】
実施例４［ディファレンシャルに発現させた遺伝子］
異なる８種の糖質上で増殖させて得た全体的な遺伝子発現パターンを、ワード階層的クラスター法（Ward’s hierarchical clustering method）、ボルケーノプロット法（volcano plots）及びカウンタープロット法を用いたクラスター分析（Eisen et al. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA95:14863-14868）により視覚化した。その結果、対合する（paired）処理条件（ボンフェローニ検定(Bonferroni correction)を下回るｐ値）の間に、それぞれゲノムの１％〜２０％である２３〜３７９遺伝子をディファレンシャルに発現させた。考え得る処理比較法は全て検討し、遺伝子が少なくとも１種の処理比較法で誘導された場合に、その遺伝子は誘導されたものとした。２以上の処理比較法で誘導された遺伝子については、一番高い誘導レベルを選択した。３４２遺伝子（ゲノムの１８％）が２倍を超える誘導レベルを示したが、４倍を超える誘導レベルを示したのは６３遺伝子（ゲノムの３％）だけであり、高度に誘導された遺伝子の数は比較的少ないことがわかった。殆どの遺伝子における全体的発現レベルは、増殖基質に関係なく一致していたが（ゲノムの８０％）、選択したクラスターでは、遺伝子とオペロンがディファレンシャルに転写されていた。それでもなお、各糖に関して特異的に誘導された遺伝子の数は限られていた。
【０３１５】
グルコース存在下で、ＯＲＦ１６７９（配列番号１３３）及びＯＲＦ１６８０（配列番号１３５）は、他のモノサッカライド（フラクトース、ガラクトース）やジサッカライド（スクロース、ラクトース、トレハロース）に比べ、高度に誘導されていた。他の糖類と比較したときの誘導レベルは、ＯＲＦ１６７９（配列番号１３３）について３．５〜６．３の間で変動し、ＯＲＦ１６８０（配列番号１３５）について３．７〜４．７の間で変動していた。ＯＲＦ１６７９（配列番号１３３）は、Walker A、Walker B、ＡＢＣシグネチャー（ABC signature）配列、並びにLintonモチーフ及びHigginsモチーフといった一般的に見い出されるヌクレオチド結合ドメインモチーフを含むＡＢＣヌクレオチド結合タンパク質をコードする。ＯＲＦ１６８０（配列番号１３５）は、予測的膜貫通ドメインを１０個有するＡＢＣパーミアーゼをコードする。その近傍では溶質に結合するタンパク質はコードされないことから、かかるＡＢＣパーミアーゼは、インポーターとしてよりもエキスポーターとしての役割を担っている可能性が示唆される。ＯＲＦ６８０（配列番号２３９）〜ＯＲＦ６８６を含む数種の遺伝子及びオペロンが、グリコーゲン代謝に関与するグルコースにより特異的に抑制されていた。グルコース等の好適な炭素源の存在下では、グリコーゲンはエネルギーを貯蔵するために細胞によって代謝されるので、エネルギーの貯蔵は不要である。代替糖質源の取込みに関与するタンパク質や、かかる糖質等の加水分解に関与する酵素等の他の遺伝子が、グルコース存在下で抑制された。
【０３１６】
仮想フラクトース遺伝子座の遺伝子３種、ＯＲＦ１７７７（配列番号３５）（ＦｒｕＡ、フラクトースＰＴＳトランスポーター、ＥIIＡＢＣＦｒｕ）、ＯＲＦ１７７８（配列番号１８５）（ＦｒｕＫ、ホスホフラクトキナーゼ、ＥＣ ２．７．１．５６）及びＯＲＦ１７７９（配列番号１８７）（ＦｒｕＲ、転写調節因子）をディファレンシャルに発現させた。ＦｒｕＡ、ＦｒｕＫ、及びＦｒｕＲの誘導レベルは、それぞれ３．９、４．３、及び４．６以下だった。これらの結果から、フラクトースはＰＴＳトランスポーターを介して細胞内に輸送され、フラクトース−６−リン酸に転換され、このフラクトース−６−リン酸がホスホフラクトキナーゼＦｒｕＫによって糖分解中間体であるフラクトース−１，６−ビスリン酸へと転換されることが示唆される。
【０３１７】
スクロース存在下において、スクロース遺伝子座の遺伝子３種をディファレンシャルに発現させた。それら３種の遺伝子とは、ＯＲＦ３９９（配列番号９７）（ＳｃｒＲ、転写調節因子）、ＯＲＦ４００（配列番号９９）（ＳｃｒＢ、スクロース−６−リン酸ヒドロラーゼ、ＥＣ３．２．１．２６）、及びＯＲＦ４０１（配列番号１０１） （ＳｃｒＡ， スクロースＰＴＳトランスポーターＥIIＢＣＡＳｕｃ)である。グルコースと比較した場合、ｓｃｒＲで３．１、ｓｃｒＢで２．８、ｓｃｒＡで１７．２までの誘導レベルが示された。モノサッカライド及びジサッカライドと比較した場合、特にＯＲＦ４０１（配列番号１０１）で８．０〜１７．２という高い誘導レベルが認められた。これらの結果から、スクロースが、ＰＴＳトランスポーターを介して細胞内に輸送され、スクロース−６−リン酸となり、その後、ＳｃｒＢによってグルコース−６−リン酸とフラクトースとに加水分解されることが示される。
【０３１８】
ＦＯＳオペロンの遺伝子６種をディファレンシャルに発現させた。すなわち、ＯＲＦ５０２（配列番号３９及び２７３）、ＯＲＦ５０３（配列番号４１）、ＯＲＦ５０４（配列番号４３）、ＯＲＦ５０６（配列番号４７）（ＭｓｍＥＦＧＫ ＡＢＣトランスポーター）、ＯＲＦ５０５（配列番号４５）（ＢｆｒＡ、β−フラクトシダーゼ、ＥＣ３．２．１．２６）及びＯＲＦ５０７（配列番号４９及び２７５）（ＧｔｆＡ、スクロースホスホリラーゼ、ＥＣ２．７．１．４）を発現させた。その誘導レベルは、モノサッカライド及びジサッカライドと比較した場合、１５．１〜４０．６の範囲で異なり、ラフィノースと比較した場合、５．５〜８．９の範囲で異なっていた。これらの結果からは、ＦＯＳがＡＢＣトランスポーターを介して細胞内に輸送され、その後フラクトシダーゼによってフラクトースとスクロースとに加水分解されることが示唆される。スクロースは、その後スクロースホスホリラーゼによってフラクトースとグルコース−１−Ｐに加水分解されると考えられる。ＦＯＳは、ＦＯＳオペロンだけでなくフラクトースオペロン、スクロースＰＴＳトランスポーター、トレハロースオペロン及びＡＢＣトランスポーター（ＯＲＦ１６７９〜ＯＲＦ１６８０）（それぞれ配列番号１３３及び１３５）も誘導した。
【０３１９】
ラフィノース存在下で、ラフィノースオペロンの遺伝子６種を特異的に誘導した。ラフィノース遺伝子座は、ＯＲＦ１４４２（配列番号１１５及び２９５）、ＯＲＦ１４４１（配列番号１１３）、ＯＲＦ１４４０（配列番号１１１及び２９３）、ＯＲＦ１４３９（配列番号１０９）（ＭｓｍＥＦＧＫ２ＡＢＣトランスポーター）、ＯＲＦ１４３８（配列番号１９７）（ＭｅｌＡ α−ガラクトシダーゼ、ＥＣ３．２．１．２２）、及びＯＲＦ１４３７（配列番号１９５）（ＧｔｆＡ２、スクロースホスホリラーゼ、ＥＣ２．７．１．４）から構成される。他の全ての条件と比較した場合の誘導レベルは、１５．１〜４５．６の範囲で変動していた。また、他の条件と比較した場合、ＯＲＦ１４３３（配列番号１８９）、１４３４（配列番号１９１）（ジヒドロキシアセトンキナーゼ、ＥＣ２．７．１．２９）、及びＯＲＦ１４３６（配列番号１９３）（グリセロール取込み促進因子）が１．９〜２４．７倍の範囲で誘導された。
【０３２０】
ラクトース及びガラクトースの存在下において、２つの遺伝子座に分布する遺伝子１０種をディファレンシャルに発現させた。１０種の遺伝子は、ＯＲＦ１４６３（配列番号１７５）（ＧＰＨ（galactoside-pentose hexuronide）トランスロケーターファミリーのＬａｃＳパーミアーゼ）、ＯＲＦ１４６２（配列番号２０９）（ＬａｃＺ、β−ガラクトシダーゼ、ＥＣ３．２．１．２３）、ＯＲＦ１４６１（配列番号２０７）、ＯＲＦ１４６０（配列番号２０５）（表面タンパク質）、ＯＲＦ１４５９（配列番号２０３）（ＧａｌＫ、ガラクトキナーゼ、ＥＣ２．７．１．６）、ＯＲＦ１４５８（配列番号２０１）（ＧａｌＴ、ガラクトース−１リン酸ウリジルトランスフェラーゼ、ＥＣ２．７．７．１０）、ＯＲＦ１４５７（配列番号１９９）（ＧａｌＭ、ガラクトースエピメラーゼ、ＥＣ５．１．３．３）、ＯＲＦ１４６７（配列番号２１１）、ＯＲＦ１４６８（配列番号２１３）（ＬａｃＬＭ、β−ガラクトシダーゼ、ＥＣ３．２．１．２３の大小サブユニット）、及び１４６９（配列番号２１５）（ＧａｌＥ、ＵＤＰ−グルコースエピメラーゼ、ＥＣ ５．１．３．２）である。ＬａｃＳ（配列番号１７５）は、既に乳酸菌で同定されているＧＰＨパーミアーゼと似ている。ＬａｃＳ（配列番号１７５）はカルボキシ末端にＥIIＡを有するが、ＰＴＳトランスポーターではない。また、ＬａｃＳ（配列番号１７５）は、５５３位にヒスチジンを有する。ヒスチジンは、ストレプトコッカス・サリバリウス（S. salivarius）で示されたようにＨＰｒとの相互作用に関与している可能性がある（Lessard et al. (2003) J. Bacteriol. 185:6764-6772）。ラクトースとガラクトース存在下の場合、ガラクトースを含まない他の糖質（グルコース、フラクトース、スクロース、トレハロース及びＦＯＳ）と比較して、ｇａｌＫＴＭ（配列番号１９９、２０１及び２０３）は、３．７〜１７．６倍、ｌａｃＳＺ（配列番号１７５及び２０９）は、２．８〜１７．６、ｌａｃＬ（配列番号２１３）及びｇａｌＥ（配列番号２１５）は、２．７〜２９．５倍誘導された。これらの結果から、ラクトースが、ガラクトシド−ペントースヘキソウロニド（hexuronide）トランスロケーターファミリーのＬａｃＳパーミアーゼを介して細胞内に輸送されることが示唆される。細胞内でラクトースは、ＬａｃＺによってグルコースとガラクトースに加水分解される。その後ガラクトースがＧａｌＫによってリン酸化されてガラクトース−１リン酸となり、さらに、ＧａｌＴによってＵＤＰ−ガラクトースへと転換される。ＵＤＰ−ガラクトースは次にＧａｌＥによってエピ化され、ＵＤＰ−グルコースとなる。ＵＤＰ−グルコースは、持続的に高度発現するＵＤＰ−グルコースホスホリラーゼＥＣ２．７．７．９をコードするＯＲＦ１７１９（配列番号２１７）によって、グルコース−１−リン酸に転換されるようである。最後にホスホグルコムターゼＥＣ ５．４．２．２は、グルコース−１−リン酸に作用して、糖分解気質であるグルコース−６−リン酸が産生される。
【０３２１】
仮想トレハロース遺伝子座の遺伝子３種もディファレンシャルに発現させた。トレハロース遺伝子座は、ＯＲＦ１０１２（配列番号１０３及び２８９）（ＴｒｅＢトレハロースＰＴＳトランスポーターＥIIＡＢＣＴｒｅ、ＥＣ２．７．１．６９をコードする）、ＯＲＦ１０１３（配列番号１０５）（ＴｒｅＲ、トレハロース調節因子）及びＯＲＦ１０１４（配列番号１０７及び２９１）（ＴｒｅＣ、トレハロース−６リン酸ヒドロラーゼ、ＥＣ３．２．１．９３）からなる。グルコース、スクロース、ラフィノース、及びガラクトースと比較したときの誘導レベルは、ｔｒｅＢ（配列番号１０３及び２８９）では４．３〜１８．６の範囲、ｔｒｅＲ（配列番号１０５）では２．３〜７．３の範囲、ｔｒｅＣ（配列番号１０７及び２９１）では２．７〜１８．５の範囲にあった。これらの結果から、トレハロースがＰＴＳトランスポーターを介して細胞内に輸送され、リン酸化されてトレハロース−６リン酸となり、ＴｒｅＣによってグルコースとグルコース−６リン酸に加水分解されることが示唆される。
【０３２２】
さらに、ディファレンシャル発現を示す遺伝子には、糖関連遺伝子及びエネルギー関連遺伝子である、ＯＲＦ８７４（配列番号２１９）（β−ガラクトシダーゼ、ＥＣ３．２．１．８６）、ＯＲＦ９１０（配列番号２２１）（Ｌ−ＬＤＨ、ＥＣ１．１．１．２７）、ＯＲＦ１００７（配列番号２２３（ピリドキサルキナーゼ２．７．１．３５）、ＯＲＦ１８１２（配列番号２２５）（α−グルコシダーゼ、ＥＣ３．２．１．３）、ＯＲＦ１６３２（配列番号２２７）（アルデヒドデヒドロゲナーゼ、ＥＣ１．２．１．１６）、ＯＲＦ１４０１（配列番号２２９）（ＮＡＤＨペルオキシダーゼ、ＥＣ １．１１．１．１）、ＯＲＦ１９７４（配列番号２３１） （ピルビン酸オキシダーゼ、ＥＣ１．２．３．３）、接着遺伝子（adherence genes） ＯＲＦ５５５、ＯＲＦ６４９、ＯＲＦ１０１９；アミノペプチダーゼＯＲＦ９１１、ＯＲＦ１０８６；アミノ酸パーミアーゼ、ＯＲＦ１１０２（配列番号２３３）（膜タンパク質）、ＯＲＦ１７８３（配列番号２３５）（ＡＢＣトランスポーター）、及びＯＲＦ１８７９（配列番号２３７）（ピリミジンキナーゼ、ＥＣ ２．７．４．７）が含まれる。
【０３２３】
実施例５［リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ］
マイクロアレイ実験でディファレンシャルに発現させた遺伝子５種を選択して、リアルタイム定量ＲＴ−ＰＣＲ実験に供し、マイクロアレイで測定した誘導レベルの有効性を調べた。これらの遺伝子は、発現範囲の広さ（−１．５２〜＋３．８７のＬＳＭ）と糖間における誘導レベル（誘導レベルが３４倍まで）に基づき選択した。選択した遺伝子は全て、少なくとも１回の事例で６倍を超える誘導レベルを示した。また、選択した遺伝子の遺伝子注釈（the annotations）は、糖質利用と機能的に相関していた。選択した遺伝子５種は、エタ−フラクトシダーゼ（ＯＲＦ５０５）（配列番号４５）、トレハロースＰＴＳ（ＯＲＦ１０１２）（配列番号１０３及び２８９）、グリセロール取込み促進因子（ＯＲＦ１４３６）（配列番号１９３）、β−ガラクトシダーゼ（ＯＲＦ１４６７）（配列番号２１１）、及びＡＢＣトランスポーター（ＯＲＦ１６７９）(配列番号１３３)であった。
【０３２４】
選択した遺伝子５種について、６通りの異なる処理による誘導レベルの違いを比較し、その結果、各遺伝子について１５通りの誘導レベルを得た。マイクロアレイで測定した誘導レベルをＱ−ＰＣＲで測定した誘導レベルに対してプロットし、マイクロアレイデータの有効性を調べた。個別のＲ二乗値（R-square value）は、試験した遺伝子のそれぞれについて、０．６４２〜０．８８３の範囲だった（ｌｏｇ２スケールのデータを使用した場合０．６５２〜０．９７８の範囲）。データを組み合わせた場合、全体のＲ二乗値は０．７８（ｌｏｇ２スケールのデータを使用した場合０．８８）だった。ＳＡＳ（Cary, NC）で相関分析を行い、Spearmanテスト、Hoeffdingテスト及びKendallテストについて、Ｐ値が０．００１未満であるという２つの方法における相関関係を示した。さらに、エクセル（Microsoft, CA）で回帰分析を行い、マイクロアレイデータとＱ−ＰＣＲの結果との間に統計的に顕著に有意な（ｐ＜１．０２×１０−２５）相関関係があることを示した。しかしながらＱ−ＰＣＲによる測定からは、より大きな誘導レベルが検出されたが、これは、Ｑ−ＰＣＲサイクラーに比べ、マイクロアレイスキャナーのダイナミックレンジが小さいことが理由であると考えられる。同様の結果が既に報告されている（Wagner et al. (2003) J. Bacteriol. 185:2080-2095）。
【０３２５】
糖質８種における増殖性（growth）に関する全体的な転写プロフィールを比較分析したところ、ラクトバチルス・アシドフィルスにおける糖質輸送及び異化の根拠が同定された。具体的には、異なる３タイプの糖質トランスポーター（ホスホエノールピルビン酸、糖ホスホトランスフェラーゼ系（ＰＴＳ）、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）、及びガラクトシド−ペントースヘキソウロニド（ＧＰＨ）トランスロケーター）をディファレンシャルに発現させ、ラクトバチルス・アシドフィルスが利用する糖質トランスポーターの種類を示した。転写プロフィールからは、ガラクトシドがＧＰＨトランスロケーターによって輸送されるのに対し、モノサッカライド及びジサッカライドはＰＴＳのメンバーによって輸送され、ポリサッカライドはＡＰＣファミリーのメンバーによって輸送されることが示唆された。
【０３２６】
マイクロアレイの結果から、フラクトースは、ＰＴＳトランスポーターのＥIIＡＢＣＦｒｕＯＲＦ１７７７）（配列番号３５）に、スクロースは、ＥIIＢＣＡＳｕｃＯＲＦ４０１）（配列番号１０１）に、トレハロースは、ＥIIＡＢＣＴｒｅ（ＯＲＦ１０１２）（配列番号１０３及び２８９）にそれぞれ輸送されることが示された。これらの遺伝子は、他の生物でよく特徴付けられている調節因子や酵素と共に通常のＰＴＳ遺伝子座でコードされる（図１）。他方、ＦＯＳ及びラフィノースは、ＭｓｍＥＦＧＫファミリーのＡＢＣトランスポーターである、ＯＲＦ５０２（配列番号３９及び２７３）、５０３（配列番号４１）、５０４（配列番号４３）、及び５０５（配列番号４５）、並びに、ＯＲＦ１４３７（配列番号１９５、ＯＲＦ１４３８（配列番号１９７）、１４３９（配列番号１０９）、ＯＲＦ１４４０（配列番号１１１及び２９３）、ＯＲＦ１４４１（配列番号１１３）、及びＯＲＦ１４４２（配列番号１１５及び２９５）によってそれぞれ輸送される。トレハロースとＦＯＳに関してマイクロアレイの結果は、糖質トランスポーター及びヒドロラーゼを標的としてノックアウトすることによりラクトバチルス・アシドフィルスＮＣＦＭの糖分解（saccharolytic）能力が改変された機能研究の結果とよく相関している。ＥIIＡＢＣＴｒｅのディファレンシャル発現は、ＯＲＦ１０１２（配列番号１０３及び２８９）がトレハロース取込みに関与していることを示したラクトバチルス・アシドフィルスに関する最近の研究と一致しており、同様に、ｆｏｓオペロンのディファレンシャル発現は、これらの遺伝子がＦＯＳの取込み及び異化に関与し、ＦＯＳ存在下で誘導され、グルコース存在下で抑制されることを示したラクトバチルス・アシドフィルスに関する報告済みの研究と一致している（Barrangou et al. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100: 8957-8962）。さらに、ラフィノースｍｓｍ遺伝子座の誘導は、ストレプトコッカス変異体（Russell et al. (1992) J. Biol. Chem. 267: 4631-4637）及びストレプトコッカス・ニューモニエ（Rosenow et al. (1999) Genome Res. 9:1189-1197）に関する報告済みの研究と一致している。
【０３２７】
多数の乳酸菌がＰＴＳトランスポーターを介してグルコースを取り込んでいる。ＥIIＭａｎＰＴＳトランスポーターは、マンノースとグルコースの両方をインポートする能力を有する（Cochu et al. 2003）。ラクトバチルス・アシドフィルスのマンノースＰＴＳ系は、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Streptococcus thermophilus）のマンノースＰＴＳ系と似ており、タンパク質間の同一性は５３〜６５％、類似性は７２〜７９％である。具体的には、ＥIIＭａｎは、IIＡＢＭａｎ、IIＣＭａｎ、及びIIＤＭａｎの３種のタンパク質で構成されており、IIＡＢＭａｎは、ＯＲＦ４５２（配列番号１及び２６３）（ｍａｎＬ）に、IIＣＭａｎは、ＯＲＦ４５５（配列番号１６５）（ｍａｎＭ）に、また、IIＤＭａｎは、ＯＲＦ４５６（配列番号１６７）（ｍａｎＮ）にそれぞれコードされる（図１）。本発明で試験した糖質の殆どは、その糖質自体の輸送及び加水分解に関与する遺伝子を特異的に誘導したが、グルコースはそうではなかった。マンノースＰＴＳを分析した結果、ＥIIＡＢＣＤＭａｎをコードする遺伝子は、糖質源に関わりなく持続的に高度発現されていることが明らかになった。かかる発現プロフィールからは、グルコースが好適な糖質であることが示唆され、また、ラクトバチルス・プランタルムについて既に示唆されているように（Kleerebezem et al, (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100:1990-1995）、ラクトバチルス・アシドフィルスも種々の糖質源を効率的に利用できるように設計されている。
【０３２８】
ガラクトース及びラクトースの存在下でディファレンシャルに発現された遺伝子には、パーミアーゼ（ＬａｃＳ）、及びルロワール（Leloir）経路の酵素機構が含まれる。ガラクトシド−ペントース−ヘキソウロニド（ＧＰＨ）トランスロケーターのＬａｃＳサブファミリーのメンバーは、ロイコノストック・ラクティス（Leuconostoc lactis）（Vaughan et al. (1996) Appl. Environ. Microbiol. 62:1574-1582）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（van den Bogaard et al. (2000) J. Bacteriol. 182:5982-5989）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Lessard et al. (2003) J. Bacteriol. 185:6764-6772）、及びラクトバチルス・デルブリュッキー（Lapierre et al. (2002) J. Bacteriol. 184:928-935）を含む、多様な乳酸菌に関してこれまで記載されている。ＬａｃＳは、カルボキシ末端にＰＴＳＥIIＡを有するが、トランスポーターのＰＴＳファミリーのメンバーではない。ＬａｃＳは、選択された生物においてガラクトースとラクトースの両方をインポートする能力を有することが報告されている（Vaughan et al. (1996) Appl. Environ. Microbiol. 62:1574-1582; van den Bogaard et al. (2000) J. Bacteriol. 182:5982-5989）。ＬａｃＳラクトースパーミアーゼと、β−ガラクトシダーゼの２つのサブユニットＬａｃＬ及びＬａｃＭとの組合せについては、ラクトバチルス・プランタルムに関して（Kleerebezem et al. 2003）及びロイコノストック・ラクティスに関して（Vaughan et al. (1996) Appl. Environ. Microbiol. 62:1574-1582）既に記載されているが、ラクトバチルス・アシドフィルスについては報告されたことがなかった。ｌａｃＳ及びｌａｃＬＭの持続的発現は既に報告されてはいるが（Vaughan et al. (1996) Appl. Environ. Microbiol. 62:1574-1582）、これらの結果は、ガラクトースとラクトースの両方の取込み及び異化に関与する遺伝子の特異的誘導を示すものである。ガラクトシドの利用に関するオペロンの組織（organization）は、グラム陽性菌では変動的で不安定である（Lapierre et al. (2002) J. Bacteriol. 184:928-935; Vaillancourt et al. (2002) J. Bacteriol. 184:785-793; Boucher et al. (2003) Appl. Environ. Microbiol. 69:4149-4156; Fortina et al. (2003) Appl. Environ. Microbiol. 69:3238-3243; Grossiord et al. (2003) J. Bacteriol. 185:870-878）。ラクトバチルス・ジョンソニ、ラクトバチルス・ガセリ、及びラクトバチルス・アシドフィルスのように密接に関連しているラクトバチルス菌種においてもラクトース−ガラクトース遺伝子座は、よく保存されていない（Pridmore et al. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101:2512-2517）。
【０３２９】
ホスホエノールピルビン酸、すなわちホスホトランスフェラーゼ系は、グラム陽性菌の主要な糖輸送系であり（(Ajdic et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:14434-14439; Warner and Lolkema (2003) Microbiol. Mol. Rev. 67:475-490)、今回のマイクロアレイデータからは、ＡＢＣ輸送系もまた重要であることが示唆される。ＰＴＳトランスポーターは、モノサッカライド及びジサッカライドの取込みに関与するが、かかる糖質は上部胃腸管で消化される。他方、オリゴサッカライドは腸の下部まで到達するので、共生生物が他の複合体及び微量栄養素を得るために競合する。恐らくこのような条件下では、ＡＢＣトランスポーターは、ＦＯＳ及びラフィノースのようにオリゴサッカライドの輸送という明確な役割を有する点においてＰＴＳよりも重要である。この点に関し、宿主が消化できない栄養素を利用する能力は、大腸における有益な腸内細菌叢（intestinal flora）の競合性及び持続性と関連している（Schell et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:14422-14427）。
【０３３０】
試験条件下でディファレンシャルに発現させた遺伝子の転写プロフィールからは、グルコースを除く全ての糖質取込み系及びそれぞれの糖ヒドロラーゼが、その基質によって特異的に誘導されることが示唆される。さらに、これらの誘導可能な遺伝子座に含まれる遺伝子は、グルコース存在下で抑制され、ｃｒｅ配列は、そのプロモーター−オペレーター領域で同定された。コンセンサス配列のTGNNWNCGNNWNCA（配列番号３６５）（Miwa et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28:1206-1210）及びTGWAANCGNTNWCA （配列番号３６６）（Weickert and Chambliss (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:6238-6242）に基づき、ディファレンシャルに発現させた遺伝子及びオペロンのプロモーター−オペレーター領域で仮想異化反応性エレメントを探索した。これらの結果をまとめると、転写レベルでの糖質取込みの調節及び代謝が示され、炭素異化抑制に匹敵する全体的な調節系の関与が示唆される。炭素異化抑制（ＣＣＲ；carbon catabolite repression）は、糖質の輸送及び異化に関与するタンパク質の転写を制御する（Miwa et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28:1206-1210）。異化抑制は、グラム陽性菌に広く分布する機構であり、シス（cis）型では、異化反応性エレメントによって仲介され（(Miwa et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28:1206-1210; Wickert and Chambliss (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:6238-6242）、トランス（trans）型では、好適基質の存在下における不要な糖質分解コンポーネントをコードする遺伝子の転写抑制に関与するＬａｃＩファミリーのリプレッサーによって仲介される（Wickert and Chambliss (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:6238-6242; Viana et al. (2000) Mol. Microbiol. 36:570-584; Muscariello et al. (2001) Appl. Environ. Microbiol. 67:2903-2907; Warner and Lolkema (2003) Microbiol. Mol. Rev. 67:475-490）。かかる調節機構により、細胞は、多様な糖質を利用するための調整を行うことができ、まずは好適なエネルギー源に注目することができる。ＣＣＲは、いくつかの主要酵素に基づいている。すなわち、ＨＰｒ（ＯＲＦ６３９（配列番号１７７）、ｐｔｓＨ）、ＥＩ（ＯＲＦ６４０（配列番号１７９）、ｐｔｓＩ）、ＣｃｐＡ（ＯＲＦ４３１（配列番号１８１）、ｃｃｐＡ）、及びＨＰｒＫ／Ｐ（ＯＲＦ６７６（配列番号１８３）、ｐｔｓＫ）に基づいており、これらは全てラクトバチルス・アシドフィルスの染色体内でコードされる。
【０３３１】
炭素異化抑制は、ラクトバシルス菌種について記載されている（Mahr et al. 2000）。ＰＴＳは、ＰＥＰ、ＥＩ、ＨＰｒ、ＥIIＡＢＣに関与し最終的に糖質基質にリン酸を運ぶリン酸トランスファーカスケードにより特徴付けられている（Saier, 2000; Warner and Lolkema, 2003）。ＨＰｒは、ＣＣＲの重要なコンポーネントであり、酵素Ｉ及びＨＰｒＫ／Ｐによるリン酸化を介して調節される。ＨＰｒが１５位のヒスチジンでリン酸化されると、ＰＴＳは活性化し、ＰＴＳを介して輸送される糖質はＥIIＡＢＣを介してリン酸化される。他方、ＨＰｒが４６位のセリンでリン酸化されると、ＰＴＳ機構は機能しない（Mijakovic et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA99:13442-13447）。
【０３３２】
リン酸化カスケードは、タンパク質レベルでの調節を示唆しているが、いくつかの文献がｃｃｐＡ及びｐｔｓＨＩの転写調節について報告している。ストレプト・サーモフィルスでは、ＣｃｐＡはグルコースに誘導されて生成している（van den Bogaart et al. 2000）。数種のバクテリアでは、糖質源がｐｔｓＨＩの転写レベルを調節している（Luesink et al. 1999）。これに対しラクトバチルス・アシドフィルスでは、異なる別の糖質の存在下においてｃｃｐＡ、ｐｔｓＨ、ｐｔｓＩ及びｐｔｓＫの発現レベルは変化しなかった。これらの結果は、タンパク質レベルでのリン酸化を介した調節と一致していた。ラクトバチルス・ペントサス（Lactobacillus pentosus）のｃｃｐＡ発現レベル（Mahr et al. (2000) Appl. Environ. Microbiol. 66:277-283）、ならびにストレプトコッカス・サーモフィルスのｐｔｓＨＩ転写（Cochu et al. (2003) Appl. Environ. Microbiol. 69:5423-5432）に関して同様の結果が報告されている。
【０３３３】
全体としてマイクロアレイの結果から、糖質輸送経路及び糖質異化経路の再構築が可能となる（図２）。糖質トランスポーター及びヒドロラーゼの転写は、それらの基質によって特異的に誘導されていたが、以下の糖分解遺伝子が持続的に高度発現していた。すなわち、 Ｄ−乳酸デヒドロゲナーゼ（Ｄ−ＬＤＨ、ＯＲＦ５５（配列番号２４１））、ホスホグリセリン酸ムターゼ（ＰＧＭ、ＯＲＦ１８５（配列番号２４３））、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼ（Ｌ−ＬＤＨ、ＯＲＦ２７１（配列番号２４５））、グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＰＤＨ、ＯＲＦ６９８配列番号２４７））、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ、ＯＲＦ６９９（配列番号２４９））、グルコース６−リン酸イソメラーゼ（ＧＰＩ、ＯＲＦ７５２（配列番号２５１））、２−ホスホグリセリン酸でヒドラターゼ（ＰＧＤＨ、ＯＲＦ８８９（配列番号２５３））、ホスホフラクトキナーゼ（ＰＦＫ、ＯＲＦ９５６ （配列番号２５５））、ピルビン酸キナーゼ（ＰＫ、ＯＲＦ９５７（配列番号２５７））、及びフラクトースビホスフェートアルドラーゼ（fructose biphosphate aldolase）（ＦＢＰＡ、ＯＲＦ１５９９（配列番号２５９））が持続的かつ高度に発現していた。グリセロール−３−リン酸ＡＢＣトランスポーター（ＯＲＦ１６４１（配列番号２６１）も、持続的に高度発現した遺伝子のひとつである。組織化された糖質取込みでは、腸内環境からエネルギー源を得て、かかるエネルギー源に他のバクテリアが接近する機会を奪っているようである。以上のことから、ラクトバチルス・アシドフィルスは、栄養素を巡って他の共生生物と競合していると考えられる。
【０３３４】
すなわち、ＰＴＳ、ＡＢＣ及びＧＨＰ各トランスポーターを含む種々の糖質存在下における発現プロフィールに関して多様な糖質取込み系が同定され、特徴付けられている。取込み機構及び異化機構は転写レベルで高度に調節されており、このことからラクトバチルス・アシドフィルスのトランスクリプトームが、フレキシブルかつダイナミックなものであって、また効率的な糖質利用を目して設計されていることが示唆された。ディファレンシャルな遺伝子発現からは、広範な炭素異化抑制調節ネットワークの存在が示唆された。調節タンパク質は持続的に高度発現されており、転写レベルでというより、タンパク質レベルでの調節が示唆された。以上のことから、ラクトバチルス・アシドフィルスは、その代謝機構を効率的に利用して小腸の複雑な栄養環境下から異なる糖質源を取り込むことができると考えられる。特に、ＦＯＳ及びラフィノースの取込みに関与するＭｓｍＥＦＧファミリーのＡＢＣトランスポーターは、ヒト宿主によって消化されない複合糖類との腸内共生と競合するためのラクトバチルス・アシドフィルスの能力に重要である。結論するとかかる情報は、消化されない食品化合物がどのようにして腸内細菌バランスに影響しているか、という点について新たな考察をもたらすものである。かかる研究は、種々の増殖基質に曝されたバクテリアに関する比較転写分析のモデルとなる。
【０３３５】
実施例７［多剤トランスポーター］
ラクトバチルス・アシドフィルス等の微生物は、抗生物質や他の有害化合物の毒性に対抗する種々の方法を作り上げてきた。その１つは、薬剤の能動的排出を促進するトランスポーターに関する方法であり、薬剤耐性はトランスポーターによって特定の微生物に影響する。多剤トランスポーターには、２つの主要なクラスがあり、その１つは、プロトン又はナトリウムイオンの膜貫通電気化学的勾配を利用して細胞からの薬剤排出を促す二次多剤トランスポーターであり、もう１つは、ＡＴＰ加水分解の自由エネルギーを利用して細胞から薬剤を排出するＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）型の多剤トランスポーターである。
【０３３６】
二次多剤トランスポーターは、いくつかの別の輸送タンパク質ファミリーにさらに分類される。すなわち、主要ファシリテータースーパーファミリー（MFS, Pao et al. (1998) Microbiol. Mol. Biol. Rev.62:1-34）、スモール多剤耐性（ＳＭＲ）ファミリー（Paulsen et al. (1996) Mol. Microbiol.19:1167-1175）、耐性−ノジュレーション−細胞分裂（ＲＮＤ）ファミリー（Saier et al. (1994) Mol. Microbiol. 11:841-847）、及び多剤排出及び毒性化合物排出（ＭＡＴＥ）ファミリー（Brown et al. (1999) Mol. Microbiol. 31:394-395）へとさらに分類される。これらのファミリーは、多剤排出に関連しているだけでなく、そのメンバーには他のプロトン駆動力依存性輸送プロセスに、又は別の機能に関与するタンパク質も含まれる。
【０３３７】
ＭＦＳ膜輸送タンパク質は、種々の基質のシンポート、アンチポート、又はユニポートに関与するタンパク質であり、その中には抗生物質も含まれる（Marger and Saier (1993) Trends Biochem. Sci. 18:13-20）。耐性付与型の薬剤排出タンパク質の保存モチーフを分析し、整列させた結果、これらのタンパク質は、それぞれが１２個又は１４個の膜貫通セグメントを有する２つの別個のクラスターに分けられることがわかった（Paulsen and Skurry (1993) Gene124:1-11）。ＮＣＦＭゲノムには、多剤輸送に関与するＭＦＳトランスポーターをコードする遺伝子がいくつか含まれている。その中には、ＯＲＦ５５２（配列番号７７）、ＯＲＦ５６６（配列番号７９）、ＯＲＦ５６７（配列番号８１）、ＯＲＦ１４４６（配列番号８５）、ＯＲＦ１４７１（配列番号８７）、ＯＲＦ１６２１（配列番号９１）、ＯＲＦ１８５３（配列番号９３）、ＯＲＦ１８５４（配列番号３２１）、ＯＲＦ１６４（配列番号３０９）、ＯＲＦ２５１-２５３（配列番号３１１、３１３、３１５）及びＯＲＦ１０６２（配列番号３１７）でコードされるトランスポーターが含まれる。
【０３３８】
ＡＢＣトランスポーターには、通常６個の仮想膜貫通αへリックスからそれぞれなる疎水性膜ドメインが２つ及びウォーカー（Walker）ＡモチーフとウォーカーＢモチーフ（Walker et al. (1982) EMBO J. 1:945-951）を有する親水性ヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）が２つ、すなわち異なるドメインが４つと、ＡＢＣシグネチャー（Hyde et al. (1990) Nature 346:362-365）とが必要である。これらの別個のドメインは、別々のタンパク質として発現させてもよく、或いは、いくつかの方法（Faith and Kolter (1993) Microbiol. Rev.57:995-1017; Higgens (1992) Annu. Rev. Cell Bio. 8:67-113; Hyde et al. (1990) Nature 346:362-365）でマルチドメインポリペプチドに融合させてもよい。ＯＲＦ５９７（配列番号３２０）は、ラクトコッカス・ラクティスのＡＢＣ多剤トランスポーターｌｍｒＡとラクトバチルス・ブレビスのｈｏｒＡとに対してゲノム類似性を有するＮＣＦＭゲノムにおける多剤ＡＢＣトランスポーターをコードする。
【０３３９】
本明細書で言及する全ての刊行物、特許、特許出願は、本発明が属する分野の技術の当業者の技術水準を示すものである。本明細書で言及する全ての刊行物、特許、特許出願は、各刊行物又は特許出願がそれぞれ個別に参照として組み込まれるのと同様に、参照として本明細書に組み込まれる。
【０３４０】
理解を明確にするために、上記本発明を例や実施例を用いてある程度詳述したが、添付の特許請求の範囲にある程度の変更や修正を加えることは当然認められる。
【図面の簡単な説明】
【０３４１】
【図１】目的とする遺伝子座である。本明細書で述べられている遺伝子座のレイアウトを示す図である。ｍａｎ：グルコース−マンノース遺伝子座、ｆｒｕ：フラクトース遺伝子座、ｓｕｃ：スクロース遺伝子座、ｆｏｓ：ＦＯＳ遺伝子座、ｒａｆｆ：ラフィノース遺伝子座、Ｌａｃ：ラクトース−ガラクトース遺伝子座、ｔｒｅ：トレハロース遺伝子座、ＣＣＲ：炭素カタボライト遺伝子座。
【図２】ラクトバチルス・アシドフィルスにおける糖質利用を示す図である。この図式は、転写プロフィールから予測される糖質トランスポーター及び加水分解酵素を示す。各エレメントについてタンパク質名及びＥＣ分類を特定した。ＰＴＳトランスポーターは黒で示す。ＧＰＨトランスポーターは薄灰色で示す。
【図１】
2011200232.tif 000027
【図２】
2011200232.tif 000028
【配列表】
2011200232000001.app