(57)【要約】【課題】撮像条件を変えて画像を連続して取得する場合に、取得画像の容易な事後管理を実現する。【解決手段】画像ファイル生成装置は、ユーザから画像の取得指示、取得終了指示、取得画像の撮像条件の変更を受け付ける受付部１４０と、取得指示に応じて、変更された撮像条件で得られた画像を外部から取得する画像取得部１５０と、１以上の取得画像を収容した画像ファイルを生成するファイル生成部１６０とを備え、受付部１４０は、取得フェーズ中の撮像条件の変更時において、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かを更に受け付け、ファイル生成部１６０は、受付部１４０により、異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成する。【選択図】図２
2011253228.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ユーザから画像の取得指示、取得終了指示、取得画像の撮像条件の変更を受け付ける受付部と、
前記取得指示に応じて、前記変更された撮像条件で得られた画像を外部から取得する画像取得部と、
前記取得指示の受付から前記取得終了指示の受付までの取得フェーズにおいて取得された１以上の取得画像を収容した画像ファイルを生成するファイル生成部と
を備え、
前記受付部は、前記取得フェーズ中の前記撮像条件の変更時において、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かを更に受け付け、
前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成することを特徴とする画像ファイル生成装置。
【請求項２】
請求項１に記載の画像ファイル生成装置において、
前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記異なる画像ファイルに収容する旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とをそれぞれ別々に収容した画像ファイルを生成することを特徴とする画像ファイル生成装置。
【請求項３】
請求項１又は請求項２に記載の画像ファイル生成装置において、
前記撮像条件は、前記取得画像の解像度又は前記取得画像の階調数であることを特徴とする画像ファイル生成装置。
【請求項４】
請求項３に記載の画像ファイル生成装置において、
前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記取得画像の解像度の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画像の大きさを変更して、収容する取得画像の大きさを揃えた画像ファイルを生成することを特徴とする画像ファイル生成装置。
【請求項５】
請求項３に記載の画像ファイル生成装置において、
前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記取得画像の階調数の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画素値を補正することによって、収容する取得画像の全体の明るさを揃えた画像ファイルを生成することを特徴とする画像ファイル生成装置。
【請求項６】
ユーザから画像の取得指示、取得終了指示、取得画像の撮像条件の変更を受け付ける操作受付部と、
前記取得指示に応じて、前記撮像条件により、撮像対象物を撮像し、撮像画像を生成する撮像部と、
前記取得指示の受付から前記取得終了指示の受付までの取得フェーズにおいて取得された１以上の取得画像を収容した画像ファイルを生成するファイル生成部と
を備え、
前記操作受付部は、前記取得フェーズ中の前記撮像条件の変更時において、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かを更に受け付け、
前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成することを特徴とする顕微鏡装置。
【請求項７】
請求項６に記載の顕微鏡装置において、
前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記異なる画像ファイルに収容する旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とをそれぞれ別々に収容した画像ファイルを生成することを特徴とする顕微鏡装置。
【請求項８】
請求項６又は請求項７に記載の顕微鏡装置において、
前記撮像条件は、前記取得画像の解像度又は前記取得画像の階調数であることを特徴とする顕微鏡装置。
【請求項９】
請求項８に記載の顕微鏡装置において、
前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記取得画像の解像度の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画像の大きさを変更して、収容する取得画像の大きさを揃えた画像ファイルを生成することを特徴とする顕微鏡装置。
【請求項１０】
請求項８に記載の顕微鏡装置において、
前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記取得画像の階調数の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画素値を補正することによって、収容する取得画像の全体の明るさを揃えた画像ファイルを生成することを特徴とする顕微鏡装置。
【請求項１１】
１以上の画像を収容した画像ファイルを生成する画像ファイル生成装置のコンピュータに、
ユーザから画像の取得指示、取得終了指示、取得画像の撮像条件の変更を受け付ける受付ステップと、
前記取得指示に応じて、前記撮像条件の画像を外部から取得する画像取得ステップと、
前記取得指示の受付から前記取得終了指示の受付までの取得フェーズにおいて取得された１以上の取得画像を収容した画像ファイルを生成するファイル生成ステップと
を実行させるプログラムであって、
前記受付ステップは、前記取得フェーズ中の前記撮像条件の変更時において、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かを更に受け付け、
前記ファイル生成ステップは、前記受付ステップにより、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成することを特徴とするプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、画像ファイル生成装置、顕微鏡装置およびプログラムに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
顕微鏡装置において、観察対象物の平面、立体構造、および、ダイナミクスな変化を観察する手法のひとつにシリーズ画像の取得がある。シリーズ画像の取得は、一つには、観察対象物の時系列変化の観察、二つには、観察対象物の高さ方向にまたがる状態の一括観察、三つには観察対象物の水平方向にまたがる状態の一括観察を可能にする。また、これらを組み合わせたシリーズ画像の取得は、平面、高さ方向、又はその両者の広範囲にまたがった観察領域についての時系列変化の観察を可能にする。
シリーズ画像の取得においては、ユーザは顕微鏡装置に対し、取得開始前に予めどのような条件で画像を取得するかということを計画し、設定する必要がある。例えば、どのカメラを使用するか、画像のサイズはいくつにするか、といった条件である。
【０００３】
なお、観察対象物として細胞を光学的読取手段によりコンピュータ可読画像データに変換し、細胞の撮像画像を取得する技術が開示されている（特許文献１参照）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特開２００７−１９５５３３号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、観察開始前に上述のような条件を確定するには困難な場合もある。例えば、観察対象物が生細胞である場合などには、時間が経つにつれて、その形態や明るさが変化したりするものも多い。よって、このような観察対象物については、観察対象物の変化が進む中で、画像の取得条件を臨機応変に変更することが、無駄な撮像（撮影）を省く意味でも、また想定外の変化を捉える意味でも望ましい。
画像の取得条件を臨機応変に変更するという点では、従来の技術においても、1枚1枚を別の画像とし、都度観察条件を変えて撮像することはできる。例えば、感度の違うカメラに変更して撮像を続けることによりこれを実現することができる。しかし、この場合、画像サイズ等、フォーマットが異なるため、取得画像の管理、分類という側面からは、扱いが容易とはいえない。
本発明はこのような問題に鑑みてなされたものであり、撮像条件を変えて画像を連続して取得する場合において、取得画像の容易な事後管理を実現する技術を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
上記問題を解決するために、本発明の一態様である画像ファイル生成装置は、ユーザから画像の取得指示、取得終了指示、取得画像の撮像条件の変更を受け付ける受付部と、前記取得指示に応じて、前記変更された撮像条件で得られた画像を外部から取得する画像取得部と、前記取得指示の受付から前記取得終了指示の受付までの取得フェーズにおいて取得された１以上の取得画像を収容した画像ファイルを生成するファイル生成部と
を備え、前記受付部は、前記取得フェーズ中の前記撮像条件の変更時において、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かを更に受け付け、前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成することを特徴とする。
【０００７】
上記画像ファイル生成装置において、前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記異なる画像ファイルに収容する旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とをそれぞれ別々に収容した画像ファイルを生成するようにしてもよい。
【０００８】
上記画像ファイル生成装置において、前記撮像条件は、前記取得画像の解像度又は前記取得画像の階調数であってもよい。
【０００９】
上記画像ファイル生成装置において、前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記取得画像の解像度の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画像の大きさを変更して、収容する取得画像の大きさを揃えた画像ファイルを生成するようにしてもよい。
【００１０】
上記画像ファイル生成装置において、前記ファイル生成部は、前記受付部により、前記取得画像の階調数の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画素値を補正することによって、収容する取得画像の全体の明るさを揃えた画像ファイルを生成するようにしてもよい。
【００１１】
上記問題を解決するために、本発明の他の態様である顕微鏡装置は、ユーザから画像の取得指示、取得終了指示、取得画像の撮像条件の変更を受け付ける操作受付部と、前記取得指示に応じて、前記撮像条件により、撮像対象物を撮像し、撮像画像を生成する撮像部と、前記取得指示の受付から前記取得終了指示の受付までの取得フェーズにおいて取得された１以上の取得画像を収容した画像ファイルを生成するファイル生成部とを備え、前記操作受付部は、前記取得フェーズ中の前記撮像条件の変更時において、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かを更に受け付け、前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成することを特徴とする。
【００１２】
上記顕微鏡装置において、前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記異なる画像ファイルに収容する旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とをそれぞれ別々に収容した画像ファイルを生成するようにしてもよい。
【００１３】
上記顕微鏡装置において、前記撮像条件は、前記取得画像の解像度又は前記取得画像の階調数であってもよい。
【００１４】
上記顕微鏡装置において、前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記取得画像の解像度の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画像の大きさを変更して、収容する取得画像の大きさを揃えた画像ファイルを生成するようにしてもよい。
【００１５】
上記顕微鏡装置において、前記ファイル生成部は、前記操作受付部により、前記取得画像の階調数の変更、および、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画素値を補正することによって、収容する取得画像の全体の明るさを揃えた画像ファイルを生成するようにしてもよい。
【００１６】
上記問題を解決するために、本発明の他の態様であるプログラムは、１以上の画像を収容した画像ファイルを生成する画像ファイル生成装置のコンピュータに、ユーザから画像の取得指示、取得終了指示、取得画像の撮像条件の変更を受け付ける受付ステップと、前記取得指示に応じて、前記撮像条件の画像を外部から取得する画像取得ステップと、前記取得指示の受付から前記取得終了指示の受付までの取得フェーズにおいて取得された１以上の取得画像を収容した画像ファイルを生成するファイル生成ステップとを実行させるプログラムであって、前記受付ステップは、前記取得フェーズ中の前記撮像条件の変更時において、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かを更に受け付け、前記ファイル生成ステップは、前記受付ステップにより、前記異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像と当該変更後に取得した画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成することを特徴とする。
【発明の効果】
【００１７】
本発明によれば、撮像条件を変えて画像を連続して取得する場合において、取得画像の容易な事後管理を実現する。これにより、種々の画像解析を簡便に実現する。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】本発明の実施形態による画像ファイル生成装置１、および、画像ファイル生成装置１と接続する顕微鏡装置２の概念図である。
【図２】画像ファイル生成装置１の機能ブロック図の一例である。
【図３】操作画面ファイル記憶部１００に記憶される情報の一例である。
【図４】制御情報記憶部１１０に記憶される情報の一例である。
【図５】撮像画像一次記憶部１２０に記憶される情報の一例である。
【図６】画像ファイル記憶部１３０に記憶される情報の一例である。
【図７】ファイル生成部１６０の生成処理を模式化した説明図である。
【図８】画像ファイル生成装置１の動作の一例を示すフローチャートである。
【図９】画像ファイル生成装置１において生成される画像ファイルの活用例を説明するための説明図である。
【図１０】操作画面ファイル記憶部１００に記憶される情報の一例である。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
以下、図面を参照しながら本発明の実施形態について説明する。本発明の実施形態による画像ファイル生成装置１、および、画像ファイル生成装置１と接続する顕微鏡装置２の概念図である。
【００２０】
顕微鏡装置２は、図１に示すように、ステージ２０、制御部２１、記憶部２２、通信部２３、操作受付部２４、モニタ２５、照明部２６、駆動部２７、レンズ部２８およびＣＣＤ２９を備える。なお、顕微鏡装置２において、レンズ部２８およびＣＣＤ２９は、カメラを構成する。但し、レンズ部２８とＣＣＤ２９とは別体として構成されていてもよいし、カメラユニットとして一体的に構成されていてもよい。
【００２１】
ステージ２０は、撮像対象物（観察対象物）の設置台であって、水平方向（ＸＹ方向）および垂直方向（Ｚ方向）に駆動可能である。ステージ２０の上方に配される照明部２６は、光源および照明光学系から構成され、撮像対象物を照明する。ステージ２０の下方に配されるレンズ部２８は、対物レンズなどの結像光学系から構成され、撮像対象物の像をＣＣＤ２９に結像させる。ＣＣＤ２９は、固有の画素数、階調数を有する。
【００２２】
なお、顕微鏡装置２において、カメラの一部（ＣＣＤ２９）、又は、全部（レンズ部２８およびＣＣＤ２９）は交換可能である。
例えば、レンズ部２８が、光路（非図示）を複数に分割する光路分割手段（非図示）を有する場合、レンズ部２８を交換せずにＣＣＤ２９を交換する場面、即ち、カメラの一部を交換する場面が生ずる。レンズ部２８を交換せずにＣＣＤ２９を交換する場合、当該レンズ部２８が有する光路分割手段によって分割された各光路に応じて、ＣＣＤ２９を交換し、各光路に応じた画素数、階調数を有するＣＣＤ２９を装備する。なお、顕微鏡装置２は、各光路に対応する複数のＣＣＤ２９を初めから内部に収納しておいてもよい。
また、レンズ部２８とともにＣＣＤ２９を交換する場合、即ち、カメラの全部を交換する場合、交換後のレンズ部２８（更には、当該レンズ部２８が有する光路分割手段によって分割された光路）に応じて、ＣＣＤ２９を交換し、各光路に応じた画素数、階調数を有するＣＣＤ２９を装備する。
そして、取得画像の解像度の設定可能な値又は範囲は、ＣＣＤ２９の画素数に応じて規定され、取得画像の階調数の設定可能な値又は範囲は、ＣＣＤ２９の階調数に応じて規定されるため、交換により画素数又は階調数の異なるＣＣＤ２９を装備することになった場合には、取得画像の解像度又は階調数が変わる場合がある。
【００２３】
操作受付部２４は、ユーザからの種々の操作の入力を受け付ける。
制御部２１は、通信部２３を介して画像ファイル生成装置１から種々の撮像制御情報を受信し、当該撮像制御情報に従って、顕微鏡装置２の各部の動作を制御する。また、制御部２１は、操作受付部２４を介して、種々の入力を受け付けた場合に、当該入力内容に応じて、顕微鏡装置２の各部の動作を制御する。また、現在装備されているＣＣＤ２９の画素数や階調数について、通信部２３を介して画像ファイル生成装置１に送信している。
【００２４】
例えば、制御部２１は、撮像条件の設定に係る撮像制御情報として、撮像するべき水平位置を画像ファイル生成装置１から受信した場合、当該水平位置にステージ２０を駆動させる駆動制御信号を駆動部２７に出力する。同様に、制御部２１は、撮像条件に係る撮像制御情報として、撮像するべき垂直位置を画像ファイル生成装置１から受信した場合、当該垂直位置にステージ２０を駆動させる駆動制御信号を駆動部２７に出力する。即ち、駆動部２７は、制御部２１からの駆動制御信号に応じて、ステージ２０を水平方向又は垂直方向に駆動させる。なお、ステージ２０に装備されたセンサによって、駆動部２７は、所望の水平位置又は垂直位置にあわせることができる。
【００２５】
また、制御部２１は、操作受付部２４を介して、水平位置又は垂直位置の入力を受け付けた場合に、当該水平位置又は垂直位置にステージ２０を駆動させる駆動制御信号を駆動部２７に出力するようにしてもよい。
【００２６】
以上のように、ユーザは、画像ファイル生成装置１の操作受付部１４（後述）、又は、顕微鏡装置２の操作受付部２４から、所望の撮像位置（水平位置および垂直位置）を入力することにより、顕微鏡装置２にシリーズ画像を取得させることができる。なお、駆動部２７が、つまみなどの操作部を備え、ユーザの目視による操作に応じて、ステージ２０を水平方向および垂直方向に駆動させるようにしてもよい。
【００２７】
また、制御部２１は、撮像条件の設定に係る撮像制御情報として、画像ファイル生成装置１に出力するべき画像の解像度を画像ファイル生成装置１から受信した場合、当該解像度を記憶部２２に記憶する。また、同様に現在装備されているＣＣＤ２９の画素数や階調数も記憶部２２に記憶する。即ち、記憶部２２は、要求された解像度および階調数や、ＣＣＤ２９から出力される画素数および階調数を記憶する。なお、記憶部２２は、解像度や階調数に加えて、顕微鏡装置２の動作に必要な種々の情報（例えば、制御部２１の各動作を実行するプログラム）を記憶する。
【００２８】
また、制御部２１は、撮像に係る撮像制御情報として、画像の取得指示を受信した場合、
ＣＣＤ２９に撮像命令を出力し、ＣＣＤ２９に撮像対象物を撮像させる。即ち、ＣＣＤ２９は、制御部２１からの撮像命令に従って、撮像対象物の結像を光電変換する。ＣＣＤ２９に撮像命令を出力した制御部２１は、ＣＣＤ２９から電気信号を取得する。即ち、ＣＣＤ２９は、上記光電変換によって得られた電気信号を制御部２１に出力する。なお、制御部２１は、操作受付部２４を介して画像の取得指示の入力を受け付けた場合、ＣＣＤ２９に撮像命令を出力し、ＣＣＤ２９に撮像対象物を撮像させるようにしてもよい。
【００２９】
また、制御部２１は、ＣＣＤ２９から電気信号を取得した場合、当該電気信号に基づいて、記憶部２２に記憶されている解像度と階調数をもつ撮像画像を生成する。なお、当該記憶部２２に記憶されている解像度は、上述の如く、制御部２１が通信部２３を介して画像ファイル生成装置１から受け付けた解像度である。また、当該記憶部２２に記憶されている階調数は、制御部２１が通信部２３を介して画像ファイル生成装置１から受け付けた階調数である。制御部２１は、撮像画像を生成した場合、通信部２３を介して、画像ファイル生成装置１に撮像画像を出力する。なお、制御部２１は、画像ファイル生成装置１に出力することに加え、記憶部２２に撮像画像を記憶してもよい。
【００３０】
また、制御部２１は、照会に係る撮像制御情報として、照会指示を受信した場合、当該照会指示に応じて、記憶部２２に記憶されている種々の情報（例えば、解像度）を、通信部２３を介して、画像ファイル生成装置１に出力する。また、制御部２１は、操作受付部２４を介して照会指示の入力を受け付けた場合、当該入力内容に応じて、上記種々の情報をモニタ２５に出力するようにしてもよい。
【００３１】
モニタ２５は、制御部２１からの指示に応じて、ユーザに種々の情報を表示する。通信部２３は、制御部２１の命令に従って、画像ファイル生成装置１と通信する。
【００３２】
画像ファイル生成装置１は、図示するように、例えば、パーソナルコンピュータ（ＰＣ）であって、本体１０、キーボード１４ａ、マウス１４ｂおよびディスプレイ１５を備える。本体１０は、ＣＰＵ１１、記憶部１２および通信部１３を備える。キーボード１４ａおよびマウス１４ｂは、ユーザからの種々の操作の入力を受け付ける。なお、キーボード１４ａおよびマウス１４ｂを操作受付部１４と称する。
【００３３】
ＣＰＵ１１は、画像ファイル生成装置１の各部の動作を制御する。例えば、ＣＰＵ１１は、操作受付部１４を介して、顕微鏡装置２において撮像するべき水平位置の入力を受け付けた場合、通信部１３を介して、撮像条件の設定に係る撮像制御情報である当該水平位置を顕微鏡装置２に出力する。同様に、ＣＰＵ１１は、操作受付部１４を介して、顕微鏡装置２において撮像するべき垂直位置の入力を受け付けた場合、通信部１３を介して、撮像条件の設定に係る撮像制御情報である当該垂直位置を顕微鏡装置２に出力する。
【００３４】
また、ＣＰＵ１１は、操作受付部１４を介して、取得画像の解像度の入力を受け付けた場合、通信部１３を介して、撮像条件の設定に係る撮像制御情報である当該解像度や階調数を顕微鏡装置２に出力する。
【００３５】
また、ＣＰＵ１１は、操作受付部１４を介して、画像の取得指示の入力を受け付けた場合、通信部１３を介して、撮像に係る撮像制御情報である当該取得指示を顕微鏡装置２に出力する。なお、通信部１３を介して取得指示を顕微鏡装置２に出力したＣＰＵ１１は、通信部１３を介して、顕微鏡装置２から撮像画像を受信し、記憶部１２に撮像画像を記憶する。
【００３６】
また、ＣＰＵ１１は、記憶部１２に記憶した１以上の撮像画像を用いて画像ファイル（シリーズ画像）を生成し、記憶部１２に記憶する。なお、画像ファイル、および、ＣＰＵ１１による画像ファイルの生成についての詳細は後述する。
【００３７】
また、制御部２１は、操作受付部１４を介して、顕微鏡装置２に記憶された情報の照会の入力を受け付けた場合、当該入力に応じて、照会に係る撮像制御情報である照会指示を顕微鏡装置２に出力する。なお、通信部１３を介して照会指示を顕微鏡装置２に出力したＣＰＵ１１は、通信部１３を介して、顕微鏡装置２から照会情報を受信し、ディスプレイ１５に出力する。
【００３８】
ディスプレイ１５は、ＣＰＵ１１からの指示に応じて、ユーザに種々の情報を表示する。例えば、記憶部１２に記憶されている情報（例えば、画像ファイル）、又は、顕微鏡装置２から取得した照会情報を表示する。記憶部１２は、種々の情報（例えば、画像ファイル）を記憶する。なお、記憶部１２に記憶されている情報の詳細は後述する。通信部１３は、ＣＰＵ１１の命令に従って、顕微鏡装置２と通信する。
【００３９】
図２は、画像ファイル生成装置１の機能ブロック図の一例である。図３は、操作画面ファイル記憶部１００に記憶される情報の一例である。図４は、制御情報記憶部１１０に記憶される情報の一例である。図５は、撮像画像一次記憶部１２０に記憶される情報の一例である。図６は、画像ファイル記憶部１３０に記憶される情報の一例である。図７は、ファイル生成部１６０の生成処理を模式化した説明図である。
【００４０】
画像ファイル生成装置１の本体１０は、図２に示すように、操作画面ファイル記憶部１００、制御情報記憶部１１０、撮像画像一時記憶部１２０、画像ファイル記憶部１３０、受付部１４０、画像取得部１５０、ファイル生成部１６０および表示制御部１７０を備える。なお、操作画面ファイル記憶部１００、制御情報記憶部１１０、撮像画像一時記憶部１２０および画像ファイル記憶部１３０は図１の記憶部１２に対応し、受付部１４０、ファイル生成部１６０および表示制御部１７０は図１の主にＣＰＵ１１に対応し、画像取得部１５０は図１の主に通信部１３に対応する。
【００４１】
操作画面ファイル記憶部１００は、ディスプレイ１５に表示する操作画面に関するファイル（操作画面ファイル）を記憶する。例えば、操作画面ファイル記憶部１００は、図３に示す操作画面を表示するための操作画面ファイルを記憶する。図３（ａ）に示す操作画面Ａは、画像を取得するための操作画面の一例である。図３（ｂ）に示す操作画面Ｅは、解像度を設定するための操作画面の一例である。図３（ｃ）に示す操作画面Ｉは、解像度を変更するための操作画面の一例である。また、操作画面ファイル記憶部１００は、上記のほか、撮像位置（水平位置又は垂直位置）の入力を受け付ける操作画面（非図示）を記憶する。なお、本実施形態において、変更とは、取得フェーズ（後述）における、設定の変更である。
【００４２】
表示制御部１７０は、種々の情報をディスプレイ１５に表示する。例えば、操作画面ファイル記憶部１００に記憶された操作画面ファイルに基づいて、ディスプレイ１５に操作画面を表示する。
【００４３】
受付部１４０は、操作受付部１４を介して、画像の取得指示、取得終了指示、撮像位置、取得画像の解像度の設定又は変更を受け付ける。例えば、受付部１４０は、撮像位置の入力を受け付ける操作画面（非図示）において、水平位置の入力を受け付けた場合に、当該水平位置を画像取得部１５０に供給する。また、受付部１４０は、当該操作画面（非図示）において、垂直位置の入力を受け付けた場合に、当該垂直位置を画像取得部１５０に供給する。
【００４４】
また、受付部１４０は、図３（ａ）に示す操作画面Ａの画像取得ボタンＢが押下された場合に、画像の取得指示を受け付ける。また、受付部１４０は、画像取得ボタンＢの押下後に終了ボタンＤが押下された場合に、画像の取得終了指示を受け付ける。受付部１４０は、画像の取得指示、又は、取得終了指示を受け付けた場合、それらを画像取得部１５０に供給する。
【００４５】
なお、画像取得ボタンＢの押下後から終了ボタンＤの押下前までの間、即ち、取得指示の受付から取得終了指示の受付までの間（状態）を取得フェーズという。制御情報記憶部１１０は、図４に示すように、現在、取得フェーズであるか否かを示すフェーズフラグ（値０：取得フェーズでない，値１：取得フェーズ）を記憶する。つまり、受付部１４０は、画像取得ボタンＢが押下されたときに、制御情報記憶部１１０内のフェーズフラグの値を０から１に変更し、終了ボタンＤが押下されたときにフェーズフラグの値を１から０に変更する。
【００４６】
また、受付部１４０は、取得フェーズ以外のフェーズにおいて、操作画面Ａの解像度設定ボタンＣが押下された場合に、取得画像の解像度の設定を受け付ける。また、受付部１４０は、取得フェーズにおいて、操作画面Ａの解像度設定ボタンＣが押下された場合に、取得画像の解像度の変更を受け付ける。
【００４７】
具体的には、受付部１４０は、操作画面Ａの解像度設定ボタンＣが押下された場合に、制御情報記憶部１１０に記憶されているフェーズフラグを参照し、フェーズフラグの値が０であるときは、表示制御部１７０に、図３（ｂ）に示す操作画面Ｅを表示させて、操作画面Ｅの解像度の選択欄Ｆを介して、取得画像の解像度の設定を受け付ける。一方、フェーズフラグの値が１であるときは、表示制御部１７０に、図３（ｃ）に示す操作画面Ｉを表示させて、操作画面Ｉの解像度の選択欄Ｆを介して、取得画像の解像度の変更を受け付ける。受付部１４０は、解像度の設定又は変更を受け付けた場合、設定又は変更された解像度を画像取得部１５０に供給する。
【００４８】
更に、受付部１４０は、取得画像の解像度変更を受け付ける際に、当該変更とともに当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容するか否かのファイル設定を受け付ける。具体的には、受付部１４０は、操作画面Ｉのファイル設定欄Ｊを介して、異なる画像ファイルに収容するか、同一の画像ファイルに収容するかの選択を受け付ける。
【００４９】
受付部１４０は、異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けた場合、ファイル生成部１６０に、異なる画像ファイルに収容する旨を通知する。
【００５０】
なお、操作画面ＥのキャンセルボタンＧは解像度の設定を中止する旨を受け付けるボタン、操作画面Ｅの決定ボタンＨは解像度の設定を決定する旨を受け付けるボタンである。操作画面ＩのキャンセルボタンＧは解像度の変更およびファイル設定を中止する旨を受け付けるボタン、操作画面Ｉの決定ボタンＨは解像度の変更およびファイル設定を決定する旨を受け付けるボタンである。操作画面ＩのボタンＫは、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを同一の画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けるボタンである。操作画面ＩのボタンＬは、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けるボタンである。
【００５１】
画像取得部１５０は、受付部１４０から水平位置又は垂直位置を取得する。画像取得部１５０は、水平位置を取得した場合、撮像条件の設定に係る撮像制御情報として、当該水平位置を顕微鏡装置２に出力する。これにより、顕微鏡装置２において、ステージ２０が水平方向に移動し、移動後の各位置において観察対象物が撮像される。従って、例えばタイル画像を構成することができるようになる。画像取得部１５０は、垂直位置を取得した場合、撮像条件の設定に係る撮像制御情報として、当該垂直位置を顕微鏡装置２に出力する。これにより、顕微鏡装置２において、ステージ２０が垂直方向に移動し、移動後の各位置において観察対象物が撮像される。従って、例えばＺスタック画像を構成することができるようになる。
【００５２】
画像取得部１５０は、受付部１４０から解像度を取得する。画像取得部１５０は、解像度を取得した場合、撮像条件の設定に係る撮像制御情報として、当該解像度を顕微鏡装置２に出力する。これにより、顕微鏡装置２の記憶部２２に、設定又は変更された解像度が記憶される。
【００５３】
また、画像取得部１５０は、受付部１４０から画像の取得指示又は取得終了指示を取得する。画像取得部１５０は、取得指示を取得した場合、撮像に係る撮像制御情報として、当該取得指示を顕微鏡装置２に出力する。同様に、画像取得部１５０は、取得終了指示を取得した場合、撮像に係る撮像制御情報として、当該取得終了指示を顕微鏡装置２に出力する。
【００５４】
また、取得指示を顕微鏡装置２に出力した画像取得部１５０は、顕微鏡装置２から撮像画像を受信する。画像取得部１５０は、撮像画像を受信した場合、ファイル生成部１６０に撮像画像を供給する。なお、画像取得部１５０が顕微鏡装置２から受信する撮像画像は、設定又は変更された解像度の撮像画像である。
【００５５】
ファイル生成部１６０は、画像取得部１５０から撮像画像を取得する。ファイル生成部１６０は、撮像画像を取得した場合、当該取得フェーズにおいて取得した撮像画像を撮像画像一時記憶部１２０に記憶する。例えば、ファイル生成部１６０は、図５（ａ）に示すように、時刻および撮像位置に対応付けて、取得画像を記憶する。なお、図５（ａ）における時刻は、顕微鏡装置２の撮像時刻又は画像取得部１５０による取得時刻である。なお、図５（ａ）に示すｎ個の撮像画像は、何れも解像度ａの撮像画像である。
【００５６】
ファイル生成部１６０は、当該取得フェーズにおいて取得および画像一時記憶部１２０に一時記憶した１以上の撮像画像を用いて、取得した撮像画像を取得順に収容した画像ファイルを生成する。
【００５７】
また、ファイル生成部１６０は、受付部１４０が、取得フェーズにおいて変更とともに異なる画像ファイルに収容しない旨のファイル設定、即ち、同一の画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けた場合には、当該変更前の設定の解像度の画像と当該変更後の解像度の画像とを纏めて収容した画像ファイルを生成する。
【００５８】
例えば、ファイル生成部１６０が、図５（ｂ）に示すように、ｍ個の解像度ａの撮像画像を取得した後に、（ｎ−ｍ）個の解像度ｂの撮像画像を取得した場合、ファイル生成部１６０は、図５（ｂ）に示すｎ個の撮像画像を用いて、図６（ａ）に示すような、当該ｎ個の撮像画像を収容した画像ファイルを生成する。なお、図６において、画像ファイルをメモのように図形にて便宜上示しているが、これは、画像ファイルが複数の撮像画像から構成されている旨を模式的に表したものである。画像ファイルを生成したファイル生成部１６０は、生成した画像ファイルを画像ファイル記憶部１３０に記憶する。
【００５９】
以上のように、顕微鏡装置２から取得する画像は、画像毎に撮像条件が付加され、１つの取得フェーズにおいて、1つのシリーズ画像として保存される。途中で撮像条件（解像度）を変更した場合でも、同一の画像ファイルに収容する旨を設定すれば、1つのシリーズ画像として保存されるため、従来のように複数のファイルが存在することもなく、整理の手間を軽減することができる。
【００６０】
また、ファイル生成部１６０は、図６（ａ）に示すような画像ファイルに代えて、図６（ｂ）に示すような画像ファイルを生成してもよい。図６（ａ）に示す画像ファイルは、解像度の変更後に取得した撮像画像（画像ｍ＋１〜画像ｎ）について、撮像時の解像度ｂのまま収容しているが、図６（ｂ）に示す画像ファイルは、解像度の変更後に取得した撮像画像（画像ｍ＋１〜画像ｎ）について、変更前に取得した撮像画像（画像１〜画像ｍ）の解像度ａに補正して収容している。なお、図６（ａ）（ｂ）の例では、変更後に取得した撮像画像の解像度を変更前に取得した画像の解像度に合わせているが、変更前に取得した撮像画像の解像度を変更後に取得した画像の解像度に合わせてもよい。具体的には、解像度の低い方（画素数が少ない方）を解像度の高い方（画素数が多い方）に合わせるようにすればよい。
つまり、ファイル生成部１６０は、受付部１４０により、取得画像の解像度の変更、および、異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画像の大きさを変更して、収容する取得画像の大きさを揃えた画像ファイルを生成してもよい。なお、大きさの変更（拡大）は、例えば、画素の補完によって行う。
【００６１】
また、解像度の変更以外に、階調数の変更があった場合も上述と同様な処理を行うことが好ましい。つまり、ファイル生成部１６０は、受付部１４０により、取得画像の階調数の変更、および、異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付けた場合には、当該変更前に取得した画像又は当該変更後に取得した画像の何れか一方の画素値を補正することによって、収容する取得画像の全体の明るさを揃えた画像ファイルを生成してもよい。なお、操作画面ファイル記憶部１００は、解像度の変更に係る操作画面と同様の階調数の変更に係る操作画面（非図示）を備え、受付部１４０は、階調数の変更に係る操作画面（非図示）を介して、取得画像の階調数の変更、および、異なる画像ファイルに収容しない旨を受け付ける。また、画素値の補正は、例えば、γ補正によって行う。階調数の変更に伴って、同一対象物体の色味が変わってしまう場合があるが、上記に補正により、シリーズ画像内の同じ対象物体を同じ色味として表現することができる。
【００６２】
また、ファイル生成部１６０は、受付部１４０が、取得フェーズに、変更とともに異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けた場合には、当該変更前の設定の解像度の画像と当該変更後の解像度の画像とをそれぞれ別々に収容した画像ファイルを生成する。
【００６３】
例えば、ファイル生成部１６０は、図５（ｂ）に示すｎ個の撮像画像を用いて、図６（ｃ）に示すような画像ファイルと、図６（ｄ）に示すような画像ファイルとを生成する。なお、図６（ｃ）に示す画像ファイルは、ｍ個の解像度ａの撮像画像を収容した画像ファイル、図６（ｄ）に示す画像ファイルは、（ｎ−ｍ）個の解像度ｂの撮像画像を収容した画像ファイルである。
【００６４】
即ち、ファイル生成部１６０は、図７に示すように、受付部１４０が、一の取得フェーズにおいて、変更とともに異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定をＮ回（Ｎ＝２以上の整数）受け付けた場合には、最初に取得した取得画像から１回目の異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定の受付前までに取得された取得画像を取得順に収容した１個の画像ファイル（図７における画像ファイル１）と、Ｍ（Ｍ＝１、２、…、Ｎ−1）回目の異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定の受付後から（Ｍ＋１）回目の異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定の受付前までに取得された取得画像を取得順に収容した（Ｎ−１）個の画像ファイル（図７における画像ファイル２、画像ファイル３、…、画像ファイルＮ）と、Ｎ回目の異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定の受付後から取得終了指示の受付前までに取得された取得画像を取得順に収容した１個の画像ファイル（図７における画像ファイルＮ＋１）とを生成する。なお、図７において、最初の取得指示以外の取得指示の図示は省略している。なお、解像度の変更以外に、階調数の変更があった場合も上述と同様な処理を行うことが好ましい。
【００６５】
以上のように、途中で撮像条件（解像度、階調数）を変更した場合に、異なる画像ファイルに収容する旨を設定すれば、用途毎に画像ファイルを分けることもできる。また、１つの取得フェーズにおいて取得した画像から複数の画像ファイルを生成するのは、撮像条件を変更し、シリーズ画像の取得を最初から開始することと同義である。従って、撮像条件を変更し、シリーズ画像の取得を最初から開始するという従来方法に比べ、画像ファイル生成装置１では、異なる画像ファイルに収容する旨を画面上で選択するというように操作が簡略化されているので、ユーザの手間が軽減する。
【００６６】
なお、途中で撮像条件を変更する場合とは、顕微鏡装置２においてカメラの一部又は全部の交換を伴わずに（同一のカメラを装備し続けている間に）、上記に説明したように、例えば、図３（ａ）に示す操作画面Ａからユーザが主体的に解像度を変更する場合の他、顕微鏡装置２においてカメラの一部又は全部の交換に伴って解像度を変更する必要が生じた場合も含まれる。即ち、カメラの一部又は全部の交換に伴う解像度の変更の場合においても、ユーザが主体的に解像度を変更した場合と同様の処理を適用する。つまり、異なる画素数のＣＣＤ２９に交換する必要が生じ、その結果、ＣＣＤ２９の交換前の解像度に設定することができなくなったような場合にも、主体的に解像度を変更する場合と同様の処理を適用する。階調数の変更時についても同様である。
【００６７】
例えば、制御部２１は、ＣＣＤ２９が交換された場合に、交換後のＣＣＤ２９の画素数、階調数と、記憶部２２に記憶している交換前のＣＣＤ２９の画素数、階調数とが同一であるか否かを判断し、交換前後において画素数又は階調数の少なくとも一方が同一でないと判断した場合、制御部２１は、通信部２３を介して画像ファイル生成装置１にその旨を通知し、当該通知を取得した画像ファイル生成装置１は、図３に示す操作画面Ｉのようなファイル設定欄Ｊを有する操作画面（非図示）を介して、異なる画像ファイルに収容するか、同一の画像ファイルに収容するかの選択を受け付けるようにしてもよい。なお、交換後のＣＣＤ２９の画素数、階調数と、交換前のＣＣＤ２９の画素数、階調数とが同一であるか否かを判断は、画像ファイル生成装置１の側で行ってもよい。
【００６８】
以下、図８を用いて、画像ファイル生成装置１の動作を説明する。図８は、画像ファイル生成装置１の動作の一例を示すフローチャートである。図８に示すフローチャートは、画像取得部１５０が、画像の取得指示を顕微鏡装置２に出力ことにより開始する。なお、図８に示すフローチャートの開始時に、画像ファイル生成装置１は、取得フェーズに移行するものとする。また、図８に示すフローチャートの開始時において、撮像画像一時記憶部１２０には、撮像画像が何も記憶されていないものとする。また、図８に示すフローチャートの開始時において、顕微鏡装置２の記憶部２２には、以前に設定した解像度が既に設定されているものとする。
【００６９】
画像の取得指示を顕微鏡装置２に出力した画像取得部１５０は、顕微鏡装置２から撮像画像を受信する（ステップＳ１０）。撮像画像を受信した画像取得部１５０は、ファイル生成部１６０に撮像画像を供給する。画像取得部１５０から撮像画像を取得したファイル生成部１６０は、取得した撮像画像を撮像画像一時記憶部１２０に一時記憶する（ステップＳ１２）。
【００７０】
受付部１４０は、顕微鏡装置２において撮像するべき水平位置の入力を受け付けた否かを判断する（ステップＳ１４）。受付部１４０は、水平位置の入力を受け付けたと判断した場合（ステップＳ１４：Ｙｅｓ）、当該水平位置を画像取得部１５０に供給する。当該水平位置を受付部１４０から取得した画像取得部１５０は、当該水平位置を顕微鏡装置２に出力する（ステップＳ１６）。一方、受付部１４０は、水平位置の入力を受け付けていないと判断した場合（ステップＳ１４：Ｎｏ）、上記ステップＳ１６を飛ばして、ステップＳ１８に進む。
【００７１】
ステップＳ１４（Ｎｏ）又はステップＳ１６に続いて、受付部１４０は、顕微鏡装置２において撮像するべき垂直位置の入力を受け付けた否かを判断する（ステップＳ１８）。受付部１４０は、垂直位置の入力を受け付けたと判断した場合（ステップＳ１８：Ｙｅｓ）、当該垂直位置を画像取得部１５０に供給する。当該垂直位置を受付部１４０から取得した画像取得部１５０は、当該垂直位置を顕微鏡装置２に出力する（ステップＳ２０）。一方、受付部１４０は、垂直位置の入力を受け付けていないと判断した場合（ステップＳ１８：Ｎｏ）、上記ステップＳ２０を飛ばして、ステップＳ２２に進む。
【００７２】
ステップＳ１８（Ｎｏ）又はステップＳ２０に続いて、受付部１４０は、解像度の変更を受け付けたか否かを判断する（ステップＳ２２）。受付部１４０は、解像度の変更を受け付けたと判断した場合（ステップＳ２２：Ｙｅｓ）、更に、異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けたか否かを判断する（ステップＳ２４）。
【００７３】
受付部１４０は、異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けたと判断した場合（ステップＳ２４：Ｙｅｓ）、即ち、図３に示す操作画面Ａにおいて解像度設定ボタンＣが押下され、かつ、操作画面ＩにおいてボタンＬが押下された場合、画像取得部１５０に当該解像度を供給するとともに、ファイル生成部１６０に、異なる画像ファイルに収容する旨を通知する。
【００７４】
受付部１４０から異なる画像ファイルに収容する旨の通知を取得したファイル生成部１６０は、撮像画像一時記憶部１２０に一時記憶した撮像画像を収容した画像ファイルを生成し（ステップＳ２６）、画像ファイル記憶部１３０に記憶する。次いで、ファイル生成部１６０は、撮像画像一時記憶部１２０に一時記憶した撮像画像を消去する（ステップＳ２８）。そして、ステップＳ３０に進む。
【００７５】
一方、受付部１４０は、異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付けていないと判断した場合（ステップＳ２４：Ｎｏ）、即ち、図３に示す操作画面Ａにおいて解像度設定ボタンＣが押下され、かつ、操作画面ＩにおいてボタンＫが押下された場合、画像取得部１５０に当該解像度を供給するが、ファイル生成部１６０に、異なる画像ファイルに収容する旨を通知しない。即ち、上記ステップＳ２６およびステップＳ２８を飛ばして、ステップＳ３０に進む。
【００７６】
ステップＳ２４（Ｎｏ）又はステップＳ２８に続いて、受付部１４０から解像度を取得した画像取得部１５０は、当該解像度を顕微鏡装置２に出力する（ステップＳ３０）。これにより、顕微鏡装置２の記憶部２２に記憶される解像度が更新される。そして、ステップＳ３２に進む。
【００７７】
一方、受付部１４０は、解像度の変更を受け付けていないと判断した場合（ステップＳ２２：Ｎｏ）、即ち、図３に示す操作画面Ａにおいて解像度設定ボタンＣが押下されなかった場合、上記ステップＳ２４からステップＳ３０を飛ばして、ステップＳ３２に進む。
【００７８】
ステップＳ２２（Ｎｏ）又はステップＳ３０に続いて、受付部１４０は、画像の取得指示を受け付けたか否かを判断する（ステップＳ３２）。受付部１４０は、画像の取得指示を受け付けたと判断した場合（ステップＳ３２：Ｙｅｓ）、即ち、図３に示す操作画面Ａにおいて画像取得ボタンＢが押下された場合、受付部１４０は、当該取得指示を画像取得部１５０に供給する。当該取得指示を受付部１４０から取得した画像取得部１５０は、当該取得指示を顕微鏡装置２に出力する。そして、ステップＳ１０に戻る。なお、顕微鏡装置２は、当該取得指示を受信して、次のラウンドの撮像を開始する。
【００７９】
一方、受付部１４０は、画像の取得指示を受け付けていない判断した場合（ステップＳ３２：Ｎｏ）、画像の取得終了指示を受け付けたか否かを判断する（ステップＳ３４）。受付部１４０は、画像の取得終了指示を受け付けていないと判断した場合（ステップＳ３４：Ｎｏ）、即ち、図３に示す操作画面Ａにおいて終了ボタンＤが押下されなかった場合、ステップＳ１４に戻る。
【００８０】
一方、受付部１４０は、画像の取得終了指示を受け付けたと判断した場合（ステップＳ３４：Ｙｅｓ）、制御情報記憶部１１０内のフェーズフラグの値を１から０に変更するとともに、ファイル生成部１６０に取得修了指示を受け付けた旨を通知する。受付部１４０から取得修了指示を受け付けた旨の通知を取得したファイル生成部１６０は、撮像画像一時記憶部１２０に一時記憶した撮像画像を収容した画像ファイルを生成し（ステップＳ３６）、画像ファイル記憶部１３０に記憶する。なお、ファイル生成部１６０は、撮像画像一時記憶部１２０に異なる解像度の撮像画像（即ち、解像度の変更後に異なる画像ファイルに収容しないとして取得された撮像画像）が一時記憶されている場合には、収容する取得画像の大きさを揃えた画像ファイルを生成してもよい。次いで、ファイル生成部１６０は、撮像画像一時記憶部１２０に一時記憶した撮像画像を消去する（ステップＳ３８）。そして、本フローチャートは終了する。
【００８１】
画像ファイル（シリーズ画像）は、用途に応じて、意味付けや整理を行なうなどして、種々の活用が考えられる。図９は、画像ファイル生成装置１において生成される画像ファイルの活用例を説明するための説明図である。なお、図９において、２０１〜２０５、２１１〜２１４、２２１〜２２５は、画像ファイル生成装置１が顕微鏡装置２から取得した画像である。また、２０５、２１３、２１４、２２４、２２５の破線は、サイズ変更前（取得時）の画像サイズである。
【００８２】
図９（ａ）は、取得画像を２０１〜２０５の５枚のＺスタック画像として整理する例である。Ｚスタック画像を構成するシリーズ画像は、撮像時の高さ情報（垂直位置情報）を利用して構築（生成）する。図９（ａ）の例では、２０４と２０５の間で撮像条件が変更されているが、２０５について、例えば画像サイズが変更された場合でも、保存画像の形式、ここではサイズを合わせることで、一連の高さ画像の一部として使用することができる。これにより、例えば一般的な３次元構築ソフトウェアを用いて、撮像条件の異なる画像を含めて３次元構築を容易に行なうことができる。また、撮像時に取得した属性情報から、同一撮像条件の画像を抽出して高さのシリーズ画像とすることも容易に実現することができる。なお、ステージ２０に垂直位置のセンサがなく、高さ情報が記録されない場合、ユーザは高さ情報を、画像取得中に読み取った情報を用いてこれを手動で入力し、補完することができる。
【００８３】
図９（ｂ）は、取得画像を２１１〜２１４の４枚のタイル画像として整理する例である。タイル画像を構成するシリーズ画像は、撮像時の水平位置情報を利用して構築する。図９（ｂ）の例では、２１２と２１３の間で撮像条件が変更されているが、２１３、２１４について、例えば画像サイズが変更された場合でも、保存画像の形式、ここではサイズを合わせることで、一連のタイル画像の一部として使用することができる。これにより、これを１枚の画像に合成することで、例えば一般的な画像表示ソフトウェアを用いて、このタイル画像を容易に表示することができる。なお、ステージ２０に水平位置のセンサがなく、水平位置情報が記録されない場合、ユーザは水平位置情報を、画像取得中に読み取った情報を用いてこれを手動で入力し、補完することができる。
【００８４】
図９（ｃ）は、取得画像を２２１〜２２５の５枚のタイムラプス画像として整理する例である。タイムラプス画像を構成するシリーズ画像は、撮影時の時間情報を利用して構築する。図９（ｃ）の例では、２２３と２２４の間で撮影条件が変更されているが、２２４、２２５について、例えば画像サイズが変更された場合でも、保存画像の形式、ここではサイズを合わせることで、一連のタイムラプス画像の一部として使用することができる。これにより、例えば一般的な動画表示ソフトウェアを用いて、これらの画像の時間変化の様子を容易に表示することができる。
【００８５】
なお、図９（ａ）、図９（ｂ）、図９（ｃ）の何れか２以上を組み合わせたシリーズ画像の構築も可能である。この場合の効果は、上述の説明の組み合わせとなる。
【００８６】
以上、本実施形態による画像ファイル生成装置１によれば、撮像画像を連続して取得している途中で、撮像条件（解像度、階調数）を変更した場合でも、同一の画像ファイルに収容する旨を設定すれば、1つのシリーズ画像として保存されるため、取得画像の事後管理が容易になる。また、シリーズ画像内の画像の大きさや明るさも揃えることも可能であるため、見やすくなる。また、画像ファイル生成装置１において、異なる画像ファイルに収容する旨を設定すれば、画像解析の用途毎に画像ファイルを適宜分けることもできる。
つまり、目的に適した形式の画像ファイルを簡便に生成することができる。
【００８７】
なお、本実施形態において、画像ファイル生成装置１が表示する操作画面として、図３に示す操作画面を説明したが、画像ファイル生成装置１が表示する操作画面は、図３に示す操作画面に限定されない。図１０は、操作画面ファイル記憶部１００に記憶される情報の一例である。即ち、表示制御部１７０は、図３に示す操作画面Ａ、Ｅ、Ｉに代えて、例えば、図１０に示す操作画面Ｍ、Ｓをディスプレイ１５に表示してもよい。
【００８８】
操作画面Ｍ、Ｓをディスプレイ１５に表示する場合、受付部１４０は、操作画面ＭのＣａｐｔｕｒｅボタンＮが押下された場合に、画像の取得指示を受け付ける。また、受付部１４０は、ＦｉｎｉｓｈボタンＯが押下された場合に、画像の取得終了指示を受け付ける。
【００８９】
また、受付部１４０は、取得フェーズおよび取得フェーズ以外のフェーズにおいて、操作画面Ｓの解像度の選択欄Ｔを介して、取得画像の解像度の設定又は変更を受け付ける。なお、受付部１４０は、制御情報記憶部１１０に記憶されているフェーズフラグを参照し、設定であるか変更であるかを判別することができる。
【００９０】
更に、受付部１４０は、取得画像の解像度の変更を受け付ける際に、操作画面Ｍのファイル設定欄Ｐを介して、異なる画像ファイルに収容するか、同一の画像ファイルに収容するかの選択を受け付ける。具体的には、受付部１４０は、操作画面ＭのボタンＲが選択された場合に、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを異なる画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付ける。受付部１４０は、操作画面ＭのボタンＱが選択された場合に、当該変更の受付前に取得された取得画像と当該変更の受付後に取得される取得画像とを同一の画像ファイルに収容する旨のファイル設定を受け付ける。
【００９１】
なお、図１において、顕微鏡装置２のステージ２０は、水平方向および垂直方向に駆動可能であると説明したが、ステージ２０は、水平方向又は垂直方向の何れか一方向に駆動可能であってもよい。なお、ステージ２０が水平方向に駆動可能でない場合、画像ファイル生成装置１による、図８のステップＳ１４およびステップＳ１６の処理は省略される。同様に、ステージ２０が垂直方向に駆動可能でない場合、画像ファイル生成装置１による、図８のステップＳ１８およびステップＳ２０の処理は省略される。
【００９２】
顕微鏡装置２のステージ２０は、水平方向および垂直方向の何れの方向にも駆動しないものであってもよい。図９（ｃ）に示すようなタイムラプス画像を構成するシリーズ画像を生成する際は、撮像位置の移動は必須でないからである。なお、顕微鏡装置２が、水平方向および垂直方向の何れの方向にも駆動しないステージ２０を備える場合には、駆動部２７は不要である（当然に、制御部２１は駆動制御信号を出力しない）。また、撮像位置が固定であるため、撮像位置に係る情報は存在しない（例えば、ファイル生成部１６０は、時刻および撮像位置に対応付けて取得画像を撮像画像一時記憶部１２０に記憶するのではなく、時刻に対応付けて取得画像を撮像画像一時記憶部１２０に記憶する）。
【００９３】
また、図１において、顕微鏡装置２と、画像ファイル生成装置１とを別体として説明したが、顕微鏡装置２が、画像ファイル生成装置１の機能を備えるようにしてもよい。即ち、図１において、画像ファイル生成装置１の記憶部１２に代えて、顕微鏡装置２の記憶部２２が、図２に示す操作画面ファイル記憶部１００、制御情報記憶部１１０、撮像画像一時記憶部１２０および画像ファイル記憶部１３０を構成し、画像ファイル生成装置１のＣＰＵ１１に代えて、顕微鏡装置２の制御部２１が、受付部１４０、ファイル生成部１６０および表示制御部１７０を構成し、画像ファイル生成装置１の通信部１３に代えて、顕微鏡装置２のＣＣＤ２９が、画像取得部１５０を構成するようにすればよい。なお、顕微鏡装置２の操作受付部２４は、画像ファイル生成装置１の操作受付部１４（キーボード１４ａおよびマウス１４ｂ）に相当し、顕微鏡装置２のモニタ２５は、画像ファイル生成装置１のディスプレイ１５に相当することとなる。
【００９４】
なお、本発明の実施形態による画像ファイル生成装置１の各処理を実行するためのプログラムをコンピュータ読み取り可能な記録媒体に記録して、当該記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータシステムに読み込ませ、実行することにより、画像ファイル生成装置１に係る上述した種々の処理を行ってもよい。なお、ここでいう「コンピュータシステム」とは、ＯＳや周辺機器等のハードウェアを含むものであってもよい。また、「コンピュータシステム」は、ＷＷＷシステムを利用している場合であれば、ホームページ提供環境（あるいは表示環境）も含むものとする。また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、フラッシュメモリ等の書き込み可能な不揮発性メモリ、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。
【００９５】
さらに「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、インターネット等のネットワークや電話回線等の通信回線を介してプログラムが送信された場合のサーバやクライアントとなるコンピュータシステム内部の揮発性メモリ（例えばＤＲＡＭ（Dynamic Random Access Memory））のように、一定時間プログラムを保持しているものも含むものとする。また、上記プログラムは、このプログラムを記憶装置等に格納したコンピュータシステムから、伝送媒体を介して、あるいは、伝送媒体中の伝送波により他のコンピュータシステムに伝送されてもよい。ここで、プログラムを伝送する「伝送媒体」は、インターネット等のネットワーク（通信網）や電話回線等の通信回線（通信線）のように情報を伝送する機能を有する媒体のことをいう。また、上記プログラムは、前述した機能の一部を実現するためのものであっても良い。さらに、前述した機能をコンピュータシステムにすでに記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるもの、いわゆる差分ファイル（差分プログラム）であっても良い。
【００９６】
以上、この発明の実施形態について図面を参照して詳述してきたが、具体的な構成はこの実施形態に限られるものではなく、この発明の要旨を逸脱しない範囲の設計等も含まれる。
【符号の説明】
【００９７】
１…画像ファイル生成装置、２…顕微鏡装置、１０…本体、１１…ＣＰＵ、１２…記憶部、１３…通信部、１４ａ…キーボード、１４ｂ…マウス、１５…ディスプレイ、２０…ステージ、２１…制御部、２２…記憶部、２３…通信部、２４…操作受付部、２５…モニタ、２６…照明部、２７…駆動部、２８…レンズ部、２９…ＣＣＤ、１００…操作画面ファイル記憶部、１１０…制御情報記憶部、１２０…画像ファイル記憶部、１３０…画像ファイル記憶部、１４０…受付部、１５０…画像取得部、１６０…ファイル生成部、１７０…表示制御部
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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