(57)【要約】【課題】癌治療又は血管形成関連障害の治療に有用な、ＥｐｈＢ４又はエフリンＢ２活性を阻害するポリペプチド。【解決手段】EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する単離された可溶性ポリペプチドであり、該可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する単離された可溶性ポリペプチドであり、該可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項２】
EphB4蛋白質の球状領域を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【請求項３】
配列番号３９５により特定されるアミノ酸配列の残基１〜５２２と少なくとも９０％同一の配列を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【請求項４】
配列番号３９５により特定されるアミノ酸配列の残基１〜４１２と少なくとも９０％同一の配列を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【請求項５】
配列番号３９５により特定されるアミノ酸配列の残基１〜３１２と少なくとも９０％同一の配列を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【請求項６】
配列番号３８６又は３８７により特定される配列を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【請求項７】
エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する単離された可溶性ポリペプチドであり、該可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項８】
配列番号３９６により特定されるアミノ酸配列の残基１〜２２５を含有する請求項７の可溶性ポリペプチド。
【請求項９】
配列番号３８８により特定される配列を含有する請求項７の可溶性ポリペプチド。
【請求項１０】
上記可溶性ポリペプチドはエフリンB2及びEphB4間の相互作用を抑制する請求項１又は７の可溶性ポリペプチド。
【請求項１１】
上記可溶性ポリペプチドは、エフリンB2又はEphB4のクラスター化を抑制する請求項１又は７の可溶性ポリペプチド。
【請求項１２】
上記可溶性ポリペプチドは、エフリンB2又はEphB4のリン酸化を抑制する請求項１又は７の可溶性ポリペプチド。
【請求項１３】
上記可溶性ポリペプチドは１以上の改質したアミノ酸残基を含有する請求項１又は７の可溶性ポリペプチド。
【請求項１４】
請求項１又は７の可溶性ポリペプチド及び医薬的に適用可能なキャリアを含有する医薬的組成物。
【請求項１５】
請求項１又は７の可溶性ポリペプチド及び医薬的に適用可能なキャリアを含有する化粧品組成物。
【請求項１６】
請求項１又は７の可溶性ポリペプチド及び医薬的に適用可能なキャリアを含有する診断用キット。
【請求項１７】
請求項１又は７に記載の可溶性ポリペプチドを含む、細胞中のエフリンB2／EphB4経路を通るシグナルの抑制のためのポリペプチド薬。
【請求項１８】
腫瘍の成長速度を減少させるためのポリペプチド薬であり、上記ポリペプチド薬は下記群から選ばれるポリペプチド薬：
（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項１９】
下記群から選ばれる、癌患者を治療するためのポリペプチド薬：
（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項２０】
血管形成抑制のためのポリペプチド薬であり、上記ポリペプチド薬は下記群から選ばれるポリペプチド薬：
（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項２１】
下記群から選ばれる、血管形成関連障害の患者を治療するためのポリペプチド薬：
（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｂ）エフリンＢ２蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項２２】
ポリペプチド薬は下記群から選ばれる、癌治療用医薬品の製造におけるポリペプチド薬の使用：
（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項２３】
ポリペプチド薬は下記群から選ばれる、血管形成関連障害治療用医薬品の製造におけるポリペプチド薬の使用：
（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド。
【請求項２４】
エフリンB2又はEphB4アンタゴニストでの治療が適切である腫瘍を特定する方法であり、腫瘍細胞中に１以上の下記特徴を検出する方法：
（ａ）EphB4蛋白質及び／又はｍＲＮＡの発現；
（ｂ）エフリンB2蛋白質及び／又はｍＲＮＡの発現；
（ｃ）EphB4遺伝子の遺伝子増幅；及び
（ｄ）エフリンB2遺伝子の遺伝子増幅、
ここで、１以上の上記特徴（ａ）〜（ｄ）を有する腫瘍細胞は、エフリンB2又はEphB4アンタゴニストでの治療が適切であり、
エフリンB2又はEphB4アンタゴニストは下記群から選ばれる：
（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性ポリペプチドは単量体であり、融合蛋白質であり、ＥｐｈＢ４及びエフリンＢ２間の相互作用の結果生じるシグナルを阻害する可溶性ポリペプチド；
（ｃ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、腫瘍細胞のアポトーシスを促進する抗体；及び
（ｄ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、腫瘍細胞のアポトーシスを促進する抗体。
【請求項２５】
配列番号３９５により特定されるアミノ酸配列の残基１６〜５２２と少なくとも９０％同一の配列を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【請求項２６】
配列番号３９５により特定されるアミノ酸配列の残基１６〜４１２と少なくとも９０％同一の配列を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【請求項２７】
配列番号３９５により特定されるアミノ酸配列の残基１６〜３１２と少なくとも９０％同一の配列を含有する請求項１の可溶性ポリペプチド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、米国予備出願番号第６０／４５４３００号（２００３年３月１２日出願）及び米国予備出願番号第６０／４５４４３２号（２００３年３月１２日出願）の優先権の利益を主張する。関連する予備出願の記載の全てをここで資料として使用する。
【背景技術】
【０００２】
本発明の背景技術
血管形成、予め存在している脈管構造の内皮からの新血管の発生、は、ホスト内での充実性腫瘍の、成長、プログレッション、及び転移において決定的なプロセスである。生理学的に正常な血管形成中、血管の内皮のその周囲の間質性成分とのオートクリン、パラクリン、及びａｍｐｈｉｃｒｉｎｅ相互作用は、空間的に及び時間的の両方で精密（tightly）に調整される。更に、プロ血管新生及び血管新生阻害（angiostatic）サイトカイン並びに増殖因子のレベル及び活性はバランスを保つ。反対に、活発な腫瘍増殖に必要な病理学上の血管形成は保持されて持続し、正常な血管形成システムの調節不全を示す。充実性腫瘍及び造血腫瘍種は、特に高レベルの異常な血管形成に関係する。
【０００３】
一般的に腫瘍の発生は、悪性成長力を有する自律性クローンの成長を引き起こす逐次的な関連するステップから構成されると考えられる。これらのステップは、成長の維持及び制限のない自己再生を含む。腫瘍中の細胞母集団は、一般的に成長シグナルの自給自足、成長抑制シグナルへの感応性の減少、及び耐アポトーシス性に特徴付けられる。異常な成長を開始する遺伝子的又は細胞遺伝学的事象は、アポトーシスを防止することにより細胞を長期の「準備」状態に維持する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
本発明は、血管形成及び腫瘍増殖阻害用の試薬及び治療的処置を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明の概要
本発明では例えば、EphB4又はエフリンB2で仲介される機能を阻害するポリペプチド薬であり、EphB4及びエフリンB2蛋白質の単一のリガンド結合部及び、特別な方法でEphB4又はエフリンB2に結合し、影響する抗体を含むものを提供する。
本発明のEphB4及びエフリンB2は、癌及び望ましくない又は過度の血管形成に関する病気等の種々の病状に関与する。従って、本発明の特定のポリペプチド薬は、これらの病気を治療するために使用できる。本発明は更に、しばしば高レベルで種々の腫瘍中で発現されるEphB4及び／又はエフリンB2の発見に基づく。従って、EphB4又はエフリンB2機能をダウンレギュレートするポリペプチド薬は、腫瘍細胞への直接的効果並びに腫瘍により採用される血管形成プロセスへの間接的効果により腫瘍へ影響を与える。例えば、本発明により、EphB4又はエフリンB2機能をダウンレギュレートする試薬での治療に特に適した腫瘍種の特性が提供される。
【０００６】
本発明では例えば、EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性EphB4ポリペプチドを提供する。この可溶性EphB4ポリペプチドは、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する。用語「可溶性」は、これらのポリペプチドが膜貫通領域を含有しないか、生理食塩水中のポリペプチドの溶解度を保つのに充分な膜貫通領域部分を含有しないことを表すために単に使用される。本発明の可溶性ポリペプチドは、好ましくはエフリンB2等のリガンドへ結合するEphB4と競合し、EphB4活性化で引き起こされるシグナルを阻害する単量体として調製される。任意で、本発明の可溶性ポリペプチドは、例えば、Fc融合蛋白質としての発現又は別の多量体形成領域との融合により、多量体形態として調製できる。これら多量体形態は、文脈に応じてアゴニスト的又はアンタゴニスト的効果を有する、複合的活性を有する。例えば可溶性EphB4ポリペプチドは、EphB4蛋白質の球状領域を含有する。可溶性EphB4ポリペプチドは、図６５により特定されるアミノ酸配列の残基１〜５２２と少なくとも９０％同一の配列を含有してもよい。好ましくは可溶性EphB4ポリペプチドは、図６５により特定されるアミノ酸配列の残基１〜４１２と少なくとも９０％同一の配列を含有してもよい。更に好ましくは可溶性EphB4ポリペプチドは、図６５により特定されるアミノ酸配列の残基１〜３１２と少なくとも９０％同一の配列を含有してもよい。又、可溶性EphB4ポリペプチドは、図１又は図２に示される配列を含有してもよい。例えば、可溶性EphB4ポリペプチドは、エフリンB2及びEphB4間の相互作用を阻害してもよい。可溶性EphB4ポリペプチドは、エフリンB2又はEphB4のクラスター化又はリン酸化を阻害してもよい。エフリンB2又はEphB4のリン酸化は、一般的に、これらの蛋白質によりレギュレートされる細胞内シグナル経路を活発化する最初の事象の一つであると考えられる。本発明の可溶性EphB4ポリペプチドは、単量体又は多量体融合蛋白質として調製できる。可溶性ポリペプチドは、１以上の改質したアミノ酸を含有してもよい。これらアミノ酸は、プロテアーゼ消化耐性の増加等の好ましい性質に寄与できる。
【０００７】
本発明では例えば、エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性エフリンB2ポリペプチドを提供する。この可溶性エフリンB2ポリペプチドは、特異的にEphB4ポリペプチドへ結合する。用語「可溶性」は、これらのポリペプチドが膜貫通領域を含有しないか、生理食塩水中のポリペプチドの溶解度を保つのに充分な膜貫通領域部分を含有しないことを表すために使用される。本発明の可溶性ポリペプチドは、好ましくはEphB4等のリガンドへ結合するエフリンB2と競合し、エフリンB2活性化の結果であるシグナルを阻害する単量体として調製される。任意で、可溶性ポリペプチドは、例えば、Fc融合蛋白質としての発現又は別の多量体形成領域との融合により、多量体形態として調製できる。これら多量体形態は、文脈に応じてアゴニスト的又はアンタゴニスト的効果を有する、複合的活性を有する。可溶性エフリンB2ポリペプチドは、図６６により特定されるアミノ酸配列の残基１〜２２５を含有してもよい。又、可溶性エフリンB2ポリペプチドは、図３により特定される配列を含有してもよい。例えば、可溶性エフリンB2ポリペプチドは、エフリンB2及びEphB4間の相互作用を阻害してもよい。可溶性エフリンB2ポリペプチドは、エフリンB2又はEphB4のクラスター化又はリン酸化を阻害してもよい。本発明の可溶性エフリンB2ポリペプチドは、単量体又は多量体融合蛋白質として調製できる。可溶性ポリペプチドは、１以上の改質したアミノ酸を含有してもよい。これらアミノ酸は、プロテアーゼ消化耐性の増加等の好ましい性質に寄与できる。
【０００８】
本発明では例えば、EphB4及びエフリンB2に対するアンタゴニスト抗体を提供する。上記抗体は、EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制するように設計できる。上記抗体は、エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制するようにも設計できる。更に上記抗体は、エフリンB2及びEphB4間の相互作用を阻害するようにも設計できる。本発明のアンタゴニスト抗体は、一般的にEph及び／又はエフリンシグナルに作用する。例えば本発明の抗体は、エフリンB2又はEphB4のクラスター化又はリン酸化を阻害できる。アンタゴニスト抗体は本質的に、例えば、モノクローナル及びポリクローナル抗体、単鎖抗体、二重特異性抗体、ミニボディ（minibody）等抗体の可変部を含有するいずれのポリペプチドでもよい。
【０００９】
本発明では又、ポリペプチド試薬及び医薬的に適用可能なキャリアを含有する医薬的配合物を提供する。ポリペプチド試薬は、例えば本発明の可溶性EphB4又はエフリンB2ポリペプチド及びアンタゴニスト抗体を含有してもよい。追加的配合物は、化粧品組成物及び診断用キットを含有してもよい。
【００１０】
本発明では例えば、細胞中のエフリンB2／EphB4経路を通るシグナルの阻害方法を提供する。上記方法は、細胞を有効量の下記ポリペプチド薬と接触させるステップを含む：（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記EphB4ポリペプチドは単量体であり、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する；（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性エフリンB2ポリペプチドは単量体であり、高親和でEphB4ポリペプチドへ結合する；（ｃ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制する抗体；又は（ｄ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制する抗体。
【００１１】
本発明は、例えば、腫瘍の成長速度を減少させるのに充分な量のポリペプチド薬を投与する腫瘍の成長速度を減少させる方法であり、上記ポリペプチド薬は下記群から選ばれる方法を提供する：（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記EphB4ポリペプチドは単量体であり、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する；（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性エフリンB2ポリペプチドは単量体であり、高親和でEphB4ポリペプチドへ結合する；（ｃ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制する抗体；及び（ｄ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制する抗体。任意で、腫瘍は比較用組織の非癌細胞よりも高レベルのEphB4及び／又はエフリンB2を発現する細胞を含有する。
【００１２】
本発明では例えば、癌患者の治療方法を提供する。上記方法は、下記群から選ばれるポリペプチド薬を患者へ投与することを含む：（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記EphB4ポリペプチドは単量体であり、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する；（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性エフリンB2ポリペプチドは単量体であり、高親和でEphB4ポリペプチドへ結合する；（ｃ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制する抗体；及び（ｄ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制する抗体。任意で、上記癌は、比較用組織の非癌細胞よりも高レベルのエフリンB2及び／又はEphB4を発現する癌細胞を含有してもよい。上記癌は、転移性癌でもよい。上記癌は、腸（結腸）癌、乳癌、中皮腫、前立腺腫瘍、扁平上皮細胞癌、カポジ肉腫、及び白血病の群から選ばれてもよい。任意で、上記癌は血管形成依存性癌又は血管形成独立性癌でもよい。本発明で使用されるポリペプチド薬は、エフリンB2又はEphB4のクラスター化又はリン酸化を阻害してもよい。上記ポリペプチド薬は、ポリペプチド薬と添加的又は相乗的に癌細胞を抑制する、少なくとも１の追加的抗癌化学療法用試薬と共投与されてもよい。
【００１３】
本発明では例えば、血管形成阻害方法も提供する。上記方法は、細胞を、血管形成の阻害に充分な量のポリペプチド薬と接触させるステップを含み、該ポリペプチド薬は下記群から選ばれる：（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記EphB4ポリペプチドは単量体であり、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する；（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性エフリンB2ポリペプチドは単量体であり、高親和でEphB4ポリペプチドへ結合する；（ｃ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制する抗体；及び（ｄ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制する抗体。
【００１４】
本発明では例えば、下記群から選ばれるポリペプチド薬を患者へ投与するステップを含む、血管形成関連障害の患者の治療方法を提供する：（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記EphB4ポリペプチドは単量体であり、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する；（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性エフリンB2ポリペプチドは単量体であり、高親和でEphB4ポリペプチドへ結合する；（ｃ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制する抗体；及び（ｄ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制する抗体。上記可溶性ポリペプチドは、医薬的に適用可能なキャリアと配合されてもよい。上記血管形成関連障害又は、望ましくない血管形成関連障害は、血管形成依存性癌、良性腫瘍、炎症性障害、慢性間接リューマチ及び乾癬、眼性血管形成病、オスラーウェバー症候群、心筋性血管形成、プラーク新生血管形成、毛細血管拡張症、血友病性関節、繊維血管腫、外傷性顆粒化、創傷治癒、毛細血管拡張乾癬強皮症、化膿性肉芽腫、冠状側副（cororany collaterals）、虚血肢血管形成、ルベオーシス、関節炎、糖尿病性新生血管形成、骨折、脈管形成、並びに血液新生の群から選ばれてもよい。本発明のポリペプチド薬は、可溶性ポリペプチドと添加的又は相乗的に血管形成を抑制する、少なくとも１の追加的抗血管形成試薬と共投与されてもよい。
【００１５】
本発明では例えば、癌又は血管形成関連障害の治療用医薬品の製造におけるポリペプチド薬の使用も開示し、上記ポリペプチド薬は下記群から選ばれる：（ａ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記EphB4ポリペプチドは単量体であり、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する；（ｂ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性エフリンB2ポリペプチドは単量体であり、高親和でEphB4ポリペプチドへ結合する；（ｃ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制する抗体；及び（ｄ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制する抗体。
【００１６】
本発明では例えば、下記ステップを含有する癌患者の治療方法を提供する：（ａ）患者中の、EphB4及び／又はエフリンB2を発現する複数の癌細胞を有する腫瘍を特定するステップ；並びに（ｂ）下記群から選ばれるポリペプチド薬を患者へ投与するステップ：（ｉ）EphB4蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記EphB4ポリペプチドは単量体であり、特異的にエフリンB2ポリペプチドへ結合する；（ｉｉ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域のアミノ酸配列を含有する可溶性ポリペプチド、但し、上記可溶性エフリンB2ポリペプチドは単量体であり、高親和でEphB4ポリペプチドへ結合する；（ｉｉｉ）EphB4蛋白質の細胞外領域へ結合し、EphB4の活性を抑制する抗体；及び（ｉｖ）エフリンB2蛋白質の細胞外領域へ結合し、エフリンB2の活性を抑制する抗体。本発明の方法は、任意で、患者中のEphB4及び／又はエフリンB2遺伝子の遺伝子増幅を含む複数の癌細胞を有する腫瘍を特定するステップを含有してもよい。
【００１７】
本発明では例えば、エフリンB2又はEphB4アンタゴニストでの治療が適切である腫瘍を特定する方法を提供する。上記方法は、腫瘍細胞中に１以上の下記特徴を検出する方法を含有してもよい：（ａ）EphB4蛋白質及び／又はｍＲＮＡの発現；（ｂ）エフリンB2蛋白質及び／又はｍＲＮＡの発現；（ｃ）EphB4遺伝子の遺伝子増幅；又は（ｄ）エフリンB2遺伝子の遺伝子増幅。１以上の上記特徴（ａ）〜（ｄ）を有する腫瘍細胞は、本発明のポリペプチド薬等の、エフリンB2又はEphB4アンタゴニストでの治療が適切であってもよい。
【００１８】
図面の簡単な説明
図１はＢ４ＥＣｖ３蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 386を示す（非開裂EphB4リーダーペプチドを含む前駆体の推定配列を示す）。
図２はＢ４ＥＣｖ３ＮＴ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 387を示す（非開裂EphB4リーダーペプチドを含む前駆体の推定配列を示す）。
図３はＢ２ＥＣ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 388を示す（非開裂エフリンB2リーダーペプチドを含む前駆体の推定配列を示す）。
図４はＢ４ＥＣｖ３-ＦＣ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 389を示す（非開裂EphB4リーダーペプチドを含む前駆体の推定配列を示す）。
図５は、Ｂ２ＥＣ-ＦＣ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 390を示す（非開裂エフリンB2リーダーペプチドを含む前駆体の推定配列を示す）。
図６はＢ４ＥＣ-ＦＣ結合アッセイ（プロテインＡ-アガロースベース）を示す。
図７はＢ４ＥＣ-ＦＣ阻害アッセイ（溶液中阻害）を示す。
図８はＢ２ＥＣ-ＦＣ結合アッセイ（プロテインＡ-アガロースベースアッセイ）を示す。
図９はＢ４Ｅｃｖ３に応答するＨＵＡＥＣ走化性を示す（縦軸は０．８ミクロン径の孔通過移動した細胞数。横軸は添加したＢ４Ｅｃｖ３量、ｎｇ／ml）。
図１０はＢ２ＥＣ-ＦＣに応答するＨＨＥＣの走化性を示す（縦軸は孔通過移動した細胞数。横軸は添加したＢ２ＥＣ-ＦＣ量、ｎｇ／ml）。
図１１はＢ２ＥＣに応答するＨＨＡＥＣの走化性を示す（縦軸は孔通過移動した細胞数。横軸は添加したＢ２ＥＣ量、ｎｇ／ml）。
【００１９】
図１２は、ＨＵＡＥＣ細管形成に対するＢ４Ｅｃｖ３の効果を示す。
図１３は、ＨＵＡＥＣ細管形成に対するＢ２ＥＣ-ＦＣの効果を示す。
図１４はヒトエフリンB2構成の概略図である。ベクター及び詳細は上から、pET１５b（E.Coli）、pGEX（E.Coli）、pＥF6（ほ乳類、CMVプロモーター、一過性）、pAPtag-2（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター、一過性及び安定）、pRK5（ほ乳類、CMVプロモーター、一過性）、pcDNA3（ほ乳類、Ｇ4１8、CMVプロモーター、一過性及び安定）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター、一過性及び安定）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター、一過性及び安定）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター、一過性及び安定）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター、一過性及び安定）、pIG-Fc（ほ乳類、CMVプロモーター、一過性）である。
図１５はヒトEphB4構成の概略図である。ベクター及び詳細は上から、pET１５b（E.Coli） 、pET１５b（E.Coli）、pGEX（E.Coli）、pGEX（E.Coli）、pＥF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター）、pAPtag-2（ほ乳類、CMVプロモーター）、pAPtag-2（ほ乳類、CMVプロモーター）、pAPtag-2（ほ乳類、CMVプロモーター）、pRK5（ほ乳類、CMVプロモーター）、pcDNA3（ほ乳類、Ｇ4１8、CMVプロモーター）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター）、pEF6（ほ乳類、ブラストサイジンS、EF-1aプロモーター）、pIG-Fc（ほ乳類、CMVプロモーター、一過性）、pIG-Fc（ほ乳類、CMVプロモーター、一過性）である。
図１６は組み換え型可溶性EphB4ＥＣ蛋白質の領域構造を示す。領域の表示は下記の通りである：Ｌ＝リーダーペプチド、Ｇ＝球状（リガンド-結合領域）、Ｃ＝Ｃｙｓリッチ領域、Ｆ１、Ｆ２＝フィブロネクチン型IIIリピート、Ｈ＝６ｘＨｉｓ標識。
【００２０】
図１７は、EphB4ＥＣ蛋白質の精製及びリガンド結合性を示す。図１７Ａは（クマシー染色され）精製されたEphB4由来の組み換え型可溶性蛋白質のＳＤＳ-ＰＡＡＧゲル電気泳動を示す。図１７Ｂは、Ｎｉ-ＮＴＡ-アガロースビーズ上に固定化したEphB4由来の組み換え型蛋白質へのエフリンB2-ＡＰ融合体の結合性を示す。三個の複製物の独立した試験結果をそれぞれの蛋白質ごとに示す。縦軸は４２０ｎｍでの光学密度。
図１８は、EphB4ｖ３が走化性を抑制することを示す。上のグラフは増殖因子存在下でのＢ４ｖ３に応答するＨＵＡＥＣ侵襲を示し、縦軸は０．８ｕｎ径のマトリゲル被覆された孔を通過してウェル間を移動した細胞数、横軸は添加したＢ４ｖ３量ｎｇ／mlを示す。
in vitro侵襲アッセイ：ＨＵＡＥＣ走化性（移動及び基底膜能の劣化の測定）は、modifiedボイデン（商標）チャンバー（トランスウェル膜フィルターインサート；２４ウェルプレート、６．５ｍｍ直径、８ｕｍ孔径、１０ｕｍ厚ポリマーカーボネート膜）を使用して評価した。トランスウェルの上部表面はマトリゲルで予備コートした。０．２５％ＢＳＡの２００ｕlのＥＢＭ溶液中のＨＵＡＥＣ細胞の懸濁液（２×１０5細胞／ml）を、上室チャンバーに接種し、Ｂ４ｖ３蛋白質を刺激剤（ＶＥＧＦ又はｂＦＧＦ）と同時に共にチャンバーの下室へ添加し、１００ｎＭ〜１ｕＭ試験化合物の存在又は非存在下で１０〜２０ｎｇ／mlのＶＥＧＦに応答してそれらのポリカーボネートフィルターを通過する移動を測定した。３７℃で４〜２４時間インキュベーション後、フィルターの上部表面を綿棒でスクレープし、フィルターを固定してDiff Quick（商標）で染色した。３個の複製物について行った。２００×倍率で１０のランダム視野を計測し、結果を視野当りの平均数として示した。
【００２１】
図１９は、EphB4ｖ３がマトリゲル（商標）上の細管形成を抑制することを示す。
Ａは代表的試験でのＢ４ｖ３による細管形成の強い阻害を示す。
Ｂは、濃度増加するＢ４ｖ３で得られる、蛋白質なしの細胞と比較しての管長さの減少及び結合数の減少の評価を示す。その結果は、複製ウェルで行われた三個の複製物の独立した試験から得られる平均値±S.D.（標準偏差）で示される。
ＨＵＡＥＣ培養物を８００、２０００及び４０００ｎｇ／mlのＢ４ｖ３で培養し、次に刺激条件の増殖因子を有するＳＴＤマトリゲル上に接種して細管形成を分析した。接種６時間及び２４時間後、細胞の画像を２０×倍率でとり、ウェル中に形成された細管状ネットワークの合計長さ及び連結部の数を測定した。Ａは、代表的実施例でのＢ４ｖ３による細管形成の強い阻止を示す。Ｂは、蛋白質のない細胞と比較した、Ｂ４ｖ３の濃度増加で得られた管長さの減少及び連結部の数の減少についてＡｎｇｉｏＳｙｓソフトウェア（商標）での評価を示す。結果を複製したウェルで実施した３個の独立した試験から得られた平均値±S.D.として示す。左側グラフの縦軸は細管合計長さ（二量体）、右側グラフの縦軸は細管連結部数である。
【００２２】
図２０は、可溶性EphB4は、ＭＴＳアッセイで評価した細胞毒性効果は検出されなかったことを示す。セルタイター９６ＨＵＡＥＣｗ／Ｂ４ｖ３を蛋白質濃度（横軸）に対する４９２ｎｍ吸光度を示す細胞生存率アッセイである。細胞生存率は、（3-（4,5-ジメチルチアゾール-2-イル）-5-（3-カルボキシメトキシフェニル）-2-（4-スルホフェニル）-2H-テトラゾリウム、分子内塩（MTS）アッセイを使用して製造者の取り扱い説明書に従い決定した。
図２１は、ネズミマトリゲル（商標）アッセイにおいてＢ４ｖ３は、内皮細胞による侵襲及び細管形成を抑制することを示す。
Ｂ４ｖ３（５０ｎＭ）をＥＣＧＳ（１５０ｎｇ／ml）を含有するマトリゲル溶液へ添加し、Balb/C nu/nuマウスへ皮下注射した。６日後、プラグを取り出してパラフィン中で処理した。個々の断片を、ヘマトキシリン（Ａ）又はトリクローム（商標、マッソン社製）のいずれかで染色して合計侵襲細胞を検出して２０×倍率で画像をとった。（ＡＢ左上はＧＦなしのマトリゲルプラグの断片を示し、Ａの右上はＧＦを含むＢ４IｇＧを有する断片を示し、左下の断片はＧＦを含有し、右下はＢ４ｖ３の存在下でのＧＦを示す。内皮細胞の顕著な侵襲はＧＦ含有マトリゲルのみで観察された。
右上はＢ４IｇＧにより誘起され侵襲された多数の細胞を有する区域を示し、それはＢ４ｖ３の二量体を示す。画像の左上部は、マトリゲルプラグ周囲に形成された細胞層に対応し、そこから細胞が右下隅の方向へ配置されたプラグの中央に向かって侵襲する。マトリゲルプラグの断片中の全細胞はScion Imageソフトウェア（商標）で定量化された。複製したプラグでの２個の複製物の試験から得られた結果を、平均値±S.D.として示す。下のグラフは、in vivoのB4グループのマトリゲルプラグについて、５０ｎＭ蛋白質で処理したグループを示す。
【００２３】
図２２は、EphB4由来の組み換え型可溶性蛋白質の存在下又はその非存在下で、エフリンB2-Fc融合での刺激に応答する、ＰＣ３細胞中のEphB4レセプターのチロシンリン酸化を示す。
図２３は、生存能力（生存率）及び細胞周期に対する可溶性EphB4  ＥＣＤの効果を示す。Ａは、２個のＨＮＳＣＣ（-１５及び-４）細胞系の３日間細胞生存能力アッセイを示す。Ｂは、Ａ中で処理されるＨＮＳＣＣ-１５細胞中の細胞周期のＦＡＣＳ分析を示す。これらの細胞の処理は、矢印により示されるようにサブＧ０／Ｇ1及びＳ／Ｇ２期中の蓄積を生じた。
図２４は、Ｂ４ｖ３は、ネズミ角膜hydron（商標）マイクロポケットアッセイ中の新血管応答を阻害することを示す。
Ｂ４ｖ３（１８０ｎｇ）を、繊維芽細胞増殖因子（ｂＦＧＦ）（１００ｎｇ）の存在又は非存在下でhydron及びスクラルフェート（４５ｕｇ）へ添加し、ペレットを形成した。ペレットを選択し、Balb/C nu/nuマウスの角膜中のマイクロポケット中に挿入した。３日後、ペレットを取り出し、化合物を凍結処理した。ｂＦＧＲ-スクラルフェートペレット（左上）のみが、移植３日後に角膜輪部脈管から発生してペレットへ達する激しい血管新生反応を誘起した。ｂＦＧＦ及びスクラルフェートを含有する、Ｂ４ｖ３及びＢ＄ｆ（それぞれ右上及び左下）を有するペレットは、移植３日後にバックグラウンド（左下）を超える血管形成応答を生成しなかった。
【００２４】
図２５は、ｓＢ４ｖ３とのＳＣＣ１５（左側グラフ）、Ｂ１６（右側グラフ）及びＭＣＦ-７（中央グラフ）の共注射は、マトリゲル及び増殖因子の存在下で、これらの細胞のin vivo腫瘍増殖を抑制することを示す。
Ａは、ｓＢ４ｖ３を、マトリゲル製剤中×１０6細胞で、４０ｍｇ／ｋｇ体重で皮下に共注射した。代表的画像は、ＰＢＳコントロール処理（右側腹部）と比較して、ｓＢ４の存在下（左側腹部）で腫瘍増殖を阻害したことを示す。
Ｂは、ｓＢ４（ｖ３）での処理は、コントロール処理マウスと比較してin vivo（ヌードマウス）で顕著にヒトＳＣＣ、Ｂ１６及びＭＣＦ-７腫瘍増殖（腫瘍サイズ）を阻害した（ｐ＜０．０５）。
Ｃは、ｓＢ４（ｖ３）での処理は、コントロール処理マウスと比較してin vivoで腫瘍重量を顕著に抑制した（ｐ＜０．０５）。データは平均±ＳＥＭ（標準偏差）として示す。＊ｐ＜０．０５。
【００２５】
図２６は、ＳＣＣ１５の腫瘍組織を示し、可溶性EphB4は３種の腫瘍種、Ｂ１６黒色腫（中央部画像２枚）、ＳＣＣ１５（頭部癌及び頚部癌、上部画像１２枚）、及びＭＣＦ-７（乳癌、下部画像２枚）でアポトーシス、壊死及び血管形成減少を生じることを示す。腫瘍はマトリゲル（商標）プラス増殖因子及び可溶性EphB4と予備混合して皮下注射される。１０〜１４日後、マウスにＦＩＴＣ（フルオレセインイソチオシアネート）-レクチン（緑）を静脈注射して血管かん流を評価した。コントロールＰＢＳで処理された腫瘍は、高い腫瘍密度及び活発な血管形成応答を示した。ｓEphB4で処理された腫瘍は、腫瘍細胞密度の減少及び生存腫瘍細胞領域での腫瘍血管形成の顕著な阻害、並びに腫瘍壊死及びアポトーシスを示した。
図２７は、前立腺細胞系でのEphB4の発現を示す。
Ａは、種々の前立腺癌細胞系、細胞系（ＭＬＣ）由来の正常前立腺及び、EphB4モノクローナル抗体でプローブされる急性骨髄芽球性リンパ腫細胞（ＡＭＬ）の全細胞溶解産物のウェスタンブロット法を示す。上段はEphB4、下段はβ-アクチン（標準蛋白質）。Ｂは、ウェスタンブロット法により決定されるＰＣ３細胞中のEphB4のリン酸化を示す。左は１０％ＰＢＳ、右は血清飢餓状態。
【００２６】
図２８は前立腺癌組織中のEphB4の発現を示す。EphB4モノクローナル抗体で染色された、代表的前立腺癌凍結断片（左上）又はイソタイプ特異的コントロール（左下）。隣接するＢＰＨ組織（良性肥大性前立腺上皮由来の）は、EphB4モノクローナル抗体で染色された（右上）。陽性シグナルは、腫瘍細胞中で茶色である。ストロマ及び正常上皮は陰性である。腫瘍組織中の染色の膜局在化は、EphB4の膜貫通局在化と一致することは注意すべきである。右下グラフは、癌標本（右）及び隣接するＢＰＨ組織（左）から抽出されたEphB4：β-アクチンＲＮＡの代表的ＱＲＴ-ＰＣＲ（定量的ＲＴ-ＰＣＲ法）を示す。下の表は前立腺組織アレイ中のEphB4染色結果を示す。
図２９は、腫瘍抑制剤による前立腺癌細胞中のEphB4のダウンレギュレーション及びＲＸＲ（レチノイドＸレセプター）発現を示す。Ａでは、ＰＣ３細胞は、短縮（truncated）されたＣＤ４及びｐ５３若しくはＰＴＥＮ又はベクターのみで共トランスフェクトされた。２４時間後、ＣＤ４-分類された細胞を採取し、溶解し、ウェスタンブロット法でEphB4及び、標準蛋白質としてβ-アクチンの発現を逐次的に分析した。Ｂは、種々の安定な細胞系の上記（Ａ）のウェスタンブロット法を示す。ＬＮＣａＰ-ＦＧＦはＦＧＦ-８の安定なトランスフェクションクローンであり、一方ＣＷＲ２２Ｒ-ＲＸＲはＲＸＲレセプターを安定して発現する。ＢＰＨ-１は、良性肥大性前立腺上皮から確立された。
【００２７】
図３０は、ＥＧＦＲ及びＩＧＦＲ-１による前立腺癌細胞中のEphB4のダウンレギュレーションを示す。Ａは、ＥＧＦＲを特異的に阻害剤ＡＧ１４７８（１ｎＭ）で３６時間処理又は処理なしでのＰＣ３細胞のウェスタンブロット法を示す。EphB4シグナルの減少がＡＧ１４７８処理後に観察された。膜をストリップし、影響を受けていないβ-アクチンで再プローブした。Ｂは、ＩＧＦＲ-１を特異的に中和する抗体ＭＡＢ３９１で（２μｇ／ml；一晩）処理し又は処理しないＰＣ３細胞の３個の複製サンプルを試験したウェスタンブロット法を示す。膜を、EphB4、ＩＧＦＲ-１及びβ-アクチン抗体で逐次的にプローブした。ＩＧＦＲ-１シグナルは、ＭＡＢ３９１処理によるシグナルの予測された抑制を示す。
【００２８】
図３１は発現及び前立腺細胞機能に対して特別なEphB4  ＡＳ-ＯＤＮ（アンチセンスオリゴヌクレオチド）及びsiRNAの効果を示す。
Ａでは、EphB4の完全長構築物を安定して発現する２９３細胞を、EphB4発現を阻害するためのsiRNA４７２の能力を評価するために使用した。細胞をリポフェクタミン２０００（商標）を使用して５０ｎＭのＲＮＡｉでトランスフェクトした。コントロールsiRNA（緑蛍光蛋白質；ＧＦＰsiRNA）又はEphB4 siRNA４７２でトランスフェクション４０時間後、EphB4モノクローナル抗体でプローブし、ストリップし、β-アクチンモノクローナル抗体で再プローブした細胞溶解産物のウェスタンブロット法を示す。
Ｂは、完全長EphB4を一時的に発現する２９３中での発現に対するEphB4 AS-１０の効果を示す。細胞をＡＳ-１０又はセンスＯＤＮへ６時間曝露し、上記（Ａ）のウェスタンブロット法により分析した。
Ｃは、方法段落記載のようにsiRNAで処理されたＰＣ３細胞の４８ｈ生存能力アッセイを示す。三個の複製サンプルの平均±s.e.m.を示す。
Ｄは、方法段落記載のようにＯＤＮで処理したＰＣ３細胞の５日間生存能力アッセイを示す。三個の複製サンプルの平均±s.e.m.を示す。
Ｅは、上記（Ａ）中でトランスフェクトされた５０ｎＭのsiRNAの存在下でのＰＣ３細胞の移動のスクレープアッセイを示す。スクレープが単層で作成された直後（０ｈ）及び連続培養で作成された２０時間後に得られた代表的２０×視野の顕微鏡写真を示す。
２０時間後のスクレープでは大量の細胞にEphB4siRNA４７２ではなくコントロールsiRNAで充填されていた。
Ｆは、ＡＳ-１０又はセンスＯＤＮ（両方１０μＭ）で処理した細胞と同様のアッセイを示す。
Ｇは、方法段落記載のようにsiRNA又はコントロールsiRNAでトランスフェクトされたＰＣ３細胞のマトリゲル（商標）侵襲アッセイを示す。下室チャンバー中で５ｍｇ／mlフィブロネクチンに応答するマトリゲル（商標）被覆されたインサートの下側への細胞移動を固定化し、ギムザ染色した。コントロールsiRNA及びsiRNA４７２処理した細胞の代表的顕微鏡写真を示す。細胞数を５個の高性能視野で計測し、平均±s.e.m.をグラフに示す（右下）。
【００２９】
図３２は、細胞周期及びアポトーシスに関するEphB4  siRNA４７２の効果を示す。
Ａでは、方法段落記載のようにsiRNAでトランスフェクトされたＰＣ３細胞を、上記トランスフェクション２４時間後にフローサイトメトリーにより細胞周期段階について分析した。プロピジウムアイオダイド蛍光強度に対する細胞数のプロットを示す。siRNA４７２で処理した場合に１％のコントロールsiRNAでのものと比べ、７．９％の細胞母集団はアポトーシス性である（サブＧ０ピーク中）。
Ｂは、方法段落記載のように細胞死検出ＥＬＩＳＡプラスキットにより検出されたＰＣ３細胞のアポトーシスを示す。４０５ｎｍでの吸光度は、核フリー細胞フラクション中のヒストン及びＤＮＡ-ＰＯＤ量に比例して増加した。siRNA４７２及びＧＦＰ siRNA（コントロール）表示濃度での三個の複製サンプルの平均±s.e.m.を示す。
図３３は、EphB4及びエフリンB2が中皮腫細胞系中で発現されたことをＲＴ-ＰＣＲ（Ａ）及びウェスタンブロット法（Ｂ）で確認されることを示す。
図３４は、中皮腫細胞中でのin situハイブリダイゼーションによるエフリンB2及びEphB4の発現を示す。チャンバースライド中で培養されたＮＣＩ  Ｈ２８中皮腫細胞系は、エフリンB2又はEphB4へのアンチセンスプローブでハイブリッド化されやすかった（最上列）。それぞれのハイブリダイゼーション用コントロールは、センス（最下列）である。陽性反応は暗青の細胞質染色である。
【００３０】
図３５は、中皮腫培養物中のEphB4及びエフリンB2の細胞性発現を示す。悪性中皮腫患者の胸水由来の主な細胞の単離体、並びに細胞系ＮＣＩ  Ｈ２８、ＮＣＩ  Ｈ２３７３、及びＮＣＩ  Ｈ２０５２のエフリンB2及びEphB4に対する免疫蛍光染色法である。緑色は、ＦＩＴＣ標識化第二抗体の陽性シグナルである。免疫蛍光染色法の特異性により、一次抗体が無い場合シグナルの欠落を示した（第一列）。細胞核はＤＡＰＩ（青色）で対比染色され、全細胞の位置が明らかになった。ＤＡＰＩ及びＦＩＴＣ蛍光の併合画像を示す。オリジナル倍率２００×。
図３６は中皮腫腫瘍中のエフリンB2及びEphB4の発現を示す。悪性中皮腫バイオプシーの免疫組織化学。Ｈ＆Ｅ染色された断片は腫瘍構造を明らかに示した；左下パネルは一次抗体の無いバックグラウンドコントロールである。EphB4及びエフリンB2特異的染色法は茶色である。オリジナル倍率２００×。
図３７はＨ２８細胞の増殖に対するEphB4アンチセンスＯＤＮプローブの効果（Ａのグラフ）及びＨ２８細胞の増殖に対するEphB4 siRNAの効果（Ｂのグラフ）を示す。いずれも縦軸は生存度、横軸は濃度を表す。
図３８は、細胞移動に対するEphB4アンチセンス（ＡＳ）プローブの効果（Ａのグラフ）及びＨ２８の移動に対するEphB4 siRNAの効果（ボイデンチャンバー、Ｂのグラフ）を示す。
【００３１】
図３９は、EphB4はＨＮＳＣＣ主要組織及び転移で発現したことを示す。
Ａは、上段が本発明のEphB4モノクローナル抗体で染色され、腫瘍細胞に局在化したことをＤＡＢ（茶色）で画像化された代表的保存用断片の免疫組織化学を示す。下段は、隣接する断片のヘマトキシリン及びエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色を示す。濃紫染色法は腫瘍細胞の存在を表す。右手カラムは、EphB4ポリクローナル抗体で染色され（右上）、ＤＡＢで画像化されたリンパ節転移の凍結断片である。コントロール（中央）はヤギ血清でのインキュベーションであり、Ｈ＆Ｅ（底部）は、染色されないストロマで囲まれた転移性病巣の位置を明らかにする。
Ｂは、ランオフ転写により生成された、DIG標識化EphB4（左カラム）及びエフリンB2（右カラム）のアンチセンス又はセンスプローブでプローブされたＨＮＳＣＣケースの連続凍結断片のin situハイブリダイゼーションを示す。ハイブリダイゼーションシグナル（暗青）はアルカリ-ホスファターゼ-複合抗DIG抗体を使用して検出され、断片はNuclear Fast Red（商標）で対比染色された。Ｈ＆Ｅで染色された連続断片を、腫瘍構造を示すために示す（左下）。
Ｃは、腫瘍（Ｔ）、単純な（包含されていない）正常組織（Ｎ）及びリンパ節バイオプシー（ＬＮ）から構成される患者サンプルの蛋白質抽出物のウェスタンブロット法を示す。サンプルは、４〜２０％トリス-グリシンゲル中でポリアクリルアミドゲル電気泳動されて分離され、次にナイロン膜上で電気ブロッティングされた。膜は、EphB4モノクローナル抗体及びβ-アクチンＭｏＡｂで逐次的にプローブされた。化学発光シグナルをオートラジオグラフフィルム上で検出した。１２０ｋＤ位に移動するEphB4特異バンド及び４０ｋＤ位に移動するβ-アクチンを示す。β-アクチンシグナルをそれぞれのサンプルの担持及び転移のコントロールとして使用した。
【００３２】
図４０はEphB4はＨＮＳＣＣ細胞系中で発現し、ＥＧＦによりレギュレートされることを示す。
Ａは、ＳＣＣ細胞系中のEphB4発現の測定を示す。図３９Ｃで示されるように、逐次的にEphB4モノクローナル抗体でプローブされ、ストリップされ、β-アクチンモノクローナル抗体で再プローブされた全細胞溶解産物のウェスタンブロット法を示す。
Ｂは、EphB4発現に対する特異的ＥＧＦＲ阻害剤ＡＧ１４７８の効果を示す。ＳＣＣ１５の疎細胞溶解産物のウェスタンブロット法は、１０％ＦＣＳを補充された培地中で０〜１０００ｎＭ  ＡＧ１４７８で２４時間処理（左）、又は１ｍＭ  ＡＧ１４７８で４、８、１２又は２４時間処理（右）した。膜は逐次的にEphB4及びアクチンをプローブしたことを示す。Ｃは、ＳＣＣ細胞系中のEphB4発現に対するＥＧＦＲシグナルの阻害効果を示す。１０％ＦＣＳを含有する増殖培地（growth media）中に保持された細胞を、１μＭ  ＡＧ１４７８で２４時間処理し、その後疎細胞溶解産物を、ＥＧＦＲ、EphB4、エフリンB2及びβ-アクチン抗体で逐次的にプローブした細胞溶解産物のウェスタンブロット法により分析した。ＥＧＦＲの特異的シグナルが１７０ｋＤ位に検出され、エフリンB2が３７ｋＤ位に、更にEphB4及びβ-アクチンが図１Ｃ中に示されるように検出された。β-アクチンはロード及び移動コントロールとして使用した。
【００３３】
図４１は、ＥＧＦによるEphB4のレギュレーション機構を示す。
Ａは、ＥＧＦＲシグナル経路の概略図であり、作用部位及び使用された特別なキナーゼ抑制剤の名前を赤で示す。
Ｂでは、ＳＣＣ１５細胞は、追加的２４インキュベーション前に、図示されたようにＥＧＦ（１０ｎｇ／ml）、３μＭ  Ｕ７３１２２、又は５μＭ  ＳＨ-５、５μＭ  ＳＰ６００１２５、２５ｎＭ  ＬＹ２９４００２、  -μＭ  ＰＤ０９８０９５又は５μＭ  ＳＢ２０３５８０の存在又は非存在下で２４時間血清飢餓状態だった。Ｎ／Ａは、同体積の希釈剤（ＤＭＳＯ）のみを加えた培養物を表す。細胞溶解産物をEphB4モノクローナル抗体を使用したウェスタンブロット法で分析した。β-アクチンシグナルは、蛋白質ロード及び移動コントロールとして使用した。
【００３４】
図４２は、特異的EphB4 siRNAは、EphB4発現、細胞生存能力を阻害し、細胞周期停止を引き起こすことを示す。
Ａでは、安定して完全長EphB4を発現する２９３細胞を、リポフェクタミン２０００（商標）を使用して５０ｎＭ  ＲＮＡｉでトランスフェクトした。トランスフェクション４０時間後、細胞を採取し、溶解してウェスタンブロット法用に処理した。膜をEphB4モノクローナル抗体でプローブし、ストリップし、蛋白質ロード及び移動コントロールとしてβ-アクチンモノクローナル抗体で再プローブした。スクランブルされた緑蛍光蛋白質（ＧＦＰ）配列に対する陰性試薬コントロールはＲＮＡｉであり、コントロールはリポフェクタミン２０００（商標）のみでトランスフェクションされる。
Ｂは、方法段落記載のようにsiRNAで４８時間処理したＳＣＣ細胞系のＭＴＴ細胞生存能力アッセイを示す。三個の複製サンプルの平均±s.e.m.を示す。
Ｃでは、siRNAで上記のようにトランスフェクトされたＳＣＣ１５細胞を、トランスフェクション２４時間後、記載のようにフローサイトメトリーにより細胞周期段階を分析した。プロピジウムアイオダイド蛍光強度に対する細胞数のプロットを示す。上列及び及び中央列は、siRNAトランスフェクション１６時間後の細胞のプロットを示し、最下列は、トランスフェクション３６時間後の細胞のプロットを示す。特異的siRNA及び濃度は、それぞれのプロットで示される。Ｌｉｐｏ＝リポフェクタミン（商標）２００ｍｏｃｋトランスフェクション。
【００３５】
図４３は、ＳＣＣ細胞に対する特別なEphB4  ＡＳ-ＯＤＮのin vitro効果を示す。
Ａでは、EphB4完全長発現プラスミドで一時的にトランスフェクトした２９３細胞を、トランスフェクション６時間後上記アンチセンスＯＤＮで処理した。細胞溶解産物をＡＳ-ＯＤＮ処理２４時間後採取してウェスタンブロット法を適用した。
Ｂでは、ＳＣＣ２５細胞を４８ウェルプレートへ均一密度で接種し、１、５、及び１０μＭのEphB4  ＡＳ-ＯＤＮで２及び４日処理した。細胞生存能力を第５日にＭＴＴアッセイで測定した。三個の複製サンプルの平均値±s.e.m.を示す。EphB4蛋白質レベル阻害活性を示したＡＳ-ＯＤＮも又、ＳＣＣ１５細胞生存能力の効果的抑制剤であった。
Ｃは、未処理細胞（上部）と比較した３６時間ＡＳ-１０で処理したＳＣＣ１５細胞（底部）の細胞周期分析を示す。
Ｄは、プラスチックパスツールピペットでスクレープして単層中に３ｍｍ幅裂け目を作成したＳＣＣ１５細胞の融合培養物を示す。EphB4  ＡＳ-ＯＤＮ（ＡＳ-１０）の阻害及びＡＳ-ＯＤＮ（ＡＳ-１）の非阻害の存在下で細胞の移動能力及び創傷への近接能力を、４８時間後評価した。スクランブルされたＯＤＮは陰性コントロールＯＤＮとして含まれた。標識化未処理培養物はＯＤＮへ曝されなかった。試験開始時点で、全培養物は同一幅のスクレープ（裂け目）を示し、１μＭ EphB4 AS-１０中で４８時間後に観察されるものと類似であった。赤い括弧は、最初のスクレープ幅を表す。
Ｅは、方法段落記載の２室アッセイ中の、２０ｍｇ／ml  ＥＧＦでのＳＣＣ１５細胞の移動を示す。未処理（ＮＴ）、ＡＳ-６及びＡＳ-１０処理した細胞並びに、移動阻害の陽性コントロールとしての１０ｎｇ／mlタキソールの代表的顕微鏡写真を示す。
Ｆでは、細胞数を５個の高性能視野中で計測し、平均±s.e.m.をグラフ中に示す。
【００３６】
図４４は、EphB4  ＡＳ-ＯＤＮはin vivo腫瘍増殖を抑制することを示す。２０ｍｇ／ｋｇ／日で、EphB4 AS-１０処理又はＯＤＮスクランブルされたBalb/Cヌードマウス中へのＳＣＣ１５皮下腫瘍異種移植の増殖曲線は、５×１０6細胞の移植の次の日から始まる。コントロールマウスは同体積の希釈剤（ＰＢＳ）を投与された。６マウス／グループの平均±s.e.m.を示す。＊Ｐ＝０．０００１（スクランブルされたＯＤＮ処理したグループと比較したスチューデントｔ-ｔｅｓｔによる。）
【００３７】
図４５はEphB4ではなくエフリンB2がＫＳバイオプシー組織中で発現したことを示す。Ａは、エフリンB2及びEphB4用アンチセンスプローブとのin situハイブリダイゼーション、及び腫瘍構造を示すためにＨ＆Ｅ染色された対応する断片を示す。ＩＳＨ中の暗青色は、エフリンB2の陽性反応を表す。EphB4に対するシグナルは、カポジ肉腫バイオプシーでは検出されなかった。反対に、EphB4に対するＩＳＨシグナルは、扁平上皮細胞癌腫瘍細胞中で強い。エフリンB2も又EphB4-ＡＰ融合蛋白質を使用してＫＳ中に検出された（左下）。Ｂは、EphB4／Fc融合蛋白質でのエフリンB2の検出を示す。隣接する断片は腫瘍構造を示すためにＨ＆Ｅで染色され（左）、黒い長方形は、方法段落記載のようにＦＩＴＣ標識化抗ヒトＦｃ抗体で検出されたEphB4／Ｆｃ処理した断片（中央）中に示される範囲を表す。コントロールとして、隣接する断片をヒトＦｃフラグメントで処理した（右）。その断片へ結合するEphB4／Ｆｃから生じる特別なシグナルは、腫瘍細胞の範囲のみに観察される。Ｃは、エフリンB2及びＨＨＶ８潜伏蛋白質ＬＡＮＡ（潜伏感染関連核抗原）１の共発現を示す。冷凍ＫＳバイオプシー材料のエフリンB2（赤）、ＬＡＮＡ１（緑）又はEphB4（赤）に対する抗体での二重標識法-共焦点免疫蛍光学顕微鏡分析は、ＫＳバイオプシー中でのＬＡＮＡ１及びエフリンB2の共発現を直接的に示す。共発現は黄色で示される。プロピジウムアイオダイド染色（赤）された核を有する細胞中のＰＥＣＡＭ-１（緑）に対する抗体を有するバイオプシーの二重標識法-共焦点画像は、腫瘍の血管の特性を示す
【００３８】
図４６はＨＨＶ-８は静脈性内皮細胞中での動脈性マーカー発現を誘起することを示す。Ａは、動脈／静脈マーカー及びウィルス性蛋白質用のＨＵＶＥＣ及びＨＵＶＥＣ／ＢＣ-１の培養物の免疫蛍光を示す。材料及び方法段落中に示されるように、培養物をチャンバースライド中で成長させ、エフリンB2（ａ、ｅ、ｉ）、EphB4（ｍ、ｑ、ｕ）、ＣＤ１４８（ｊ、ｖ）、及びＨＨＶ-８蛋白質ＬＡＮＡ１（ｂ、ｆ、ｍ）又はＯＲＦ５９（ｒ）の免疫蛍光検出用に処理した。同一視野の併合画像中の黄色は、エフリンB2及びＬＡＮＡ又はエフリンB2及びＣＤ１４８の共発現を示す。生存細胞の位置は、第三カラム（ｃ、ｇ、ｋ、ｏ、ｓ、ｗ）中のＤＡＰＩ（青）での核染色法により明らかになった。顕微鏡写真は、代表的視野である。Ｂは、ＨＵＶＥＣ及び２個のＨＨＶ-８感染させた培養物（ＨＵＶＥＣ／ＢＣ-１及びＨＵＶＥＣ／ＢＣ-３）の、エフリンB2及びEphB4に対するＲＴ-ＰＣＲを示す。エフリンB2生成物（２００ｂｐ）はＨＵＶＥＣ／ＢＣ-１中で観察され、ＨＵＶＥＣ／ＢＣ-３及びEphB4生成物（４００ｂｐ）はＨＵＶＥＣ中で観察される。又インプットＲＮＡの量及び完全性のコントロールとしてβ-アクチンＲＴ-ＰＣＲを示す。
【００３９】
図４７は、ＨＨＶ-８はカポジ肉腫細胞中の動脈性マーカー発現を誘起することを示す。Ａは、種々の細胞溶解産物に対するエフリンB2のウェスタンブロット法を示す。ＳＬＫ-ｖＧＰＣＲはＨＨＶ-８ｖＧＰＣＲを発現するＳＬＫの安定なクローンであり、ＳＬＫ-ｐＣＥＦＬはエンプティ発現ベクターでトランスフェクトされた安定なクローンのコントロールである。ＬＡＮＡ又はＬＡＮＡ△４４０でトランスフェクトされたＳＬＫ細胞は、それぞれＳＬＫ-ＬＡＮＡ及びＳＬＫ-△４４０である。蛋白質ロード及び移動量をβ-アクチンモノクローナル抗体での膜の再プローブにより決定した。Ｂは、発現ベクターｐｖＧＰＣＲ-ＣＥＦＬでのＫＳ-ＳＬＫ細胞の一時的トランスフェクションは、ＦＩＴＣ（緑）で示されるように免疫蛍光染色法によるエフリンB2の発現を生じた。一方、コントロールベクターｐＣＥＦＬは変化がなかった。ＫＳ-ＳＬＫ細胞（０．８×１０5／ウェル）を０．８μgＤＮＡでリポフェクタミン２０００（商標）を使用してトランスフェクトした。２４時間後、方法段落記載のように細胞を固定化し、エフリンB2ポリクローナル抗体及びＦＩＴＣ複合第二抗体で染色した。Ｃでは、ＨＵＶＥＣのｖＧＰＣＲでの一時的トランスフェクションは、エフリンB2ルシフェラーゼ構築物からの転写を誘導した。グラフ右側の数字は誘導倍率である。２４ウェルプレート中の８×１０3ＨＵＶＥＣを、Superfect（商標）を使用して、翻訳開始部位に関する-２９４１〜-１１、又は記載のような２個の５’-欠失の配列を含有する０．８μｇ／ウェルのエフリンB2プロモーター構築物で、８０ｎｇ／ウェルｐＣＥＦＬ又はｐｖＧＰＣＲ-ＣＥＦＬと共にトランスフェクションした。ルシフェラーゼはトランスフェクション４８時間後に測定され、誘導割合はグラフの右側に示される。ｐＧＬ３Ｂａｓｉｃはプロモーターの無いルシフェラーゼコントロールベクターである。ルシフェラーゼは、ＧＰＣＲが共トランスフェクトされたβ-ガラクトシダーゼの発現を誘起したために、蛋白質へ中和された。グラフは、複製物６個の平均±ＳＥＭである。３個の複製物の同様な試験の１例を示す。
【００４０】
図４８は、ＶＥＧＦ及びＶＥＧＦ-ＣがエフリンB2発現をレギュレートすることを示す。Ａでは、抗体中和によるエフリンB2の阻害を示す。細胞は完全増殖培地（full growth medium）中で培養され、抗体へ（１００ｎｇ／ml）３６時間曝されてから採取及びウェスタンブロット法用の溶解が行われた。Ｂでは、エフリンB2の発現の誘導のために、細胞を、５％血清を含有し、増殖因子を欠くＥＢＭ増殖培地中で培養した。個々の増殖因子を記載のように添加し、細胞を３６時間後に採取した。蛋白質ロード及び移動量を膜のβ-アクチンモノクローナル抗体の再プローブで測定した。
【００４１】
図４９は、特異的siRNAでのエフリンB2ノックダウンは、ＶＥＧＦの存在下であり、ＩＧＦ、ＥＧＦ又はｂＦＧＦの非存在下でのＫＳ細胞中の生存能力及びＨＵＶＥＣ増殖を抑制することを示す。Ａでは、ＫＳ-ＳＬＫ細胞を種々のsiRNA、エフリンB2及びコントロールでトランスフェクトした。４８時間後、細胞を採取し、疎細胞溶解産物を４〜２０％ＳＤＳ-ＰＡＧＥでフラクション分離した。ウェスタンブロット法を、インハウスで生成されたエフリンB2に対するモノクローナル抗体で行った。膜をストリップし、β-アクチンモノクローナル抗体（シグマ社製）で再プローブすると等価ロード及び移動が示された。Ｂは、エフリンB2及びEphB4  siRNAの存在下でのＫＳ-ＳＬＫ培養物の３日細胞生存能力アッセイを示す。２４-ウェルプレート中の１×１０5細胞／ウェルを０、１０及び１００ｎｇ／ml siRNAで上記グラフ上の様に処理した。方法段落記載のように、培養物の生存能力をＭＴＴアッセイで測定した。複製したサンプルの平均±標準偏差を示す。Ｃでは、ＨＵＶＥ細胞をフィブロネクチンで被覆された８ウェルチャンバースライド上に接種した。ＨＵＶＥ細胞を、全成長補充剤を含むＥＧＭ-２培地中で一晩増殖した。翌日、培地を上記ＶＥＧＦ（１０ｎｇ／ml）又はＥＧＦ、ＦＧＦ及びＩＧＦを含有する培地で交換した。３７℃でインキュベーション２時間後、細胞をリポフェクタミン２０００（商標、インビトロジェン社製）を使用して１０ｎＭのsiRNA含有Ｏｐｔｉ-ＭＥＭ培地（商標）中でエフリンB2、EphB4又はコントロールとしての緑蛍光蛋白質（ＧＦＰ）に対しトランスフェクトした。細胞を２時間インキュベートし、次に複数の増殖因子を含有する新しい培地又はＶＥＧＦ単独をそれぞれウェルへ添加した。４８時間後、細胞をクリスタルバイオレットで染色し、直ちにデジタルカメラにより１０×倍率で画像を撮った。
【００４２】
図５０は、可溶性EphB4は、ＫＳ及びＥＣコード形成及びin vivo血管形成を抑制することを示す。マトリゲル（商標）（上列）中のＨＵＶＥＣのコード形成アッセイを示す。指数関数的成長期の細胞を、マトリゲル（商標）上にプレートする前に表示濃度のEphB4細胞外領域（ＥＣＤ）で一晩処理した。細胞をトリプシン処理し、０．５mlマトリゲル（商標）を含有する２４-ウェルプレート中にプレートした（１×１０5細胞／ウェル）。記載の試験化合物の連続した存在下でマトリゲル（商標）上にプレートした８時間後のコード形成の代表的２０×フェースのコントラスト視野を示す。オリジナル倍率２００×。マトリゲル（商標）上のコード形成アッセイで同様の方法で処理したＫＳ-ＳＬＫ細胞を示す（中央列）。最下列はin vivoマトリゲル（商標）アッセイを示す。即ち、増殖因子及びEphB4  ＥＣＤ又はＰＢＳを含有するマトリゲル（商標）プラグを、マウスの中央腹部内に皮下移植した。７日後、プラグを除去し、断片化し、Ｈ＆Ｅで染色してマトリックス内への細胞移動を画像化した。大型管腔を有する変化しない脈管がコントロール中に観察される一方、EphB4  ＥＣＤはほとんど完全にマトリゲル（商標）中への細胞の移動を阻害した。
【００４３】
図５１は膀胱癌細胞系中でのEphB4の発現（Ａ）及びＥＧＦＲシグナル経路によるEphB4発現のレギュレーション（Ｂ）を示す。
図５２は、ｐ５３のトランスフェクションは５６３７細胞中のEphB4の発現を阻害することを示す。
図５３はEphB4  siRNA４７２での処理による膀胱癌細胞系（５６３７）の増殖阻害を示す。縦軸は生存能力を示す。
図５４はEphB4  siRNA４７２でトランスフェクトされた５６３７細胞のアポトーシス研究の結果を示す。下のグラフの縦軸は４０５ｎｍでの吸光度である。
図５５はEphB4アンチセンスプローブの細胞移動に対する効果を示す。左側から０、６、９時間後の画像である。５６３７細胞は、EphB4 AS-１０（１０μＭ）で処理された。
図５６は、EphB4  siRNAの細胞侵襲に対する効果を示す。５６３７細胞はsiRNA４７２又はコントロールsiRNAでトランスフェクトされた。
【００４４】
図５７は、Ｇ２５０及びプルダウンアッセイによるEphB4モノクローナル抗体の比較結果を示す。下にクローン番号を示す。
図５８は、EphB4抗体はヌードマウスにおいて、ＶＥＧＦの存在又は非存在下で、ＳＣＣ１５／ＭＧ異種移植腫瘍の増殖を阻害することを示す。グラフの縦軸はマトリゲルプラグの大きさ（ｍｍ3）である。
図５９は、EphB4抗体はＳＣＣ１５、頭部癌及び頚部癌腫瘍種の、アポトーシス、壊死及び血管形成減少を引き起こすことを示す。Ｂ４抗体のＳＣＣ１５腫瘍組織に対する効果を示す。左から、アポトーシス、増殖、血管、ＭＴ、Ｈ＆Ｅ染色を示す。
図６０は、EphB4抗体の全身的投与は腫瘍退縮を導くことを示す。ＳＣＣ１５／ＩＰでの、ＳＣＢ４抗体処理された異種移植腫瘍退縮を示す。上のグラフはin vivoでのＳＣＣ１５に対するＡｂ-４７及び１３８の効果を示し、縦軸は腫瘍の大きさ（ｍｍ3）、横軸は移植後日数である。下のグラフはin vivo（ヌードマウス）でのＳＣＣ１５に対するＡｂ-４７及び１３８の効果を示し、縦軸は腫瘍の大きさ（ｍｍ3）を表す。
【００４５】
図６１はヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
図６２はヒトEphB4のｃＤＮＡヌクレオチド配列SEQ ID NO: 392を示す。
図６３はヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
図６４はヒトエフリンB2のｃＤＮＡヌクレオチド配列SEQ ID NO: 394を示す。
図６５はヒトEphB4のアミノ酸配列SEQ ID NO: 395を示す。
図６６はヒトエフリンB2のアミノ酸配列SEQ ID NO: 396を示す。
【図面の簡単な説明】
【００４６】
【図１】Ｂ４ＥＣｖ３蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 386を示す。
【図２】Ｂ４ＥＣｖ３ＮＴ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 387を示す。
【図３】Ｂ２ＥＣ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 388を示す。
【図４】Ｂ４ＥＣｖ３-ＦＣ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 389を示す。
【図５】Ｂ２ＥＣ-ＦＣ蛋白質のアミノ酸配列SEQ ID NO: 390を示す。
【図６】Ｂ４ＥＣ-ＦＣ結合アッセイ（プロテインＡ-アガロースベース）を示す。
【図７】Ｂ４ＥＣ-ＦＣ阻害アッセイ（溶液中阻害）を示す。
【図８】Ｂ２ＥＣ-ＦＣ結合アッセイ（プロテインＡ-アガロースベースアッセイ）を示す。
【図９】Ｂ４Ｅｃｖ３に応答するＨＵＡＥＣ走化性を示す。
【図１０】Ｂ２ＥＣ-ＦＣに応答するＨＨＥＣの走化性を示す。
【図１１】Ｂ２ＥＣに応答するＨＨＡＥＣの走化性を示す。
【図１２】ＨＵＡＥＣ細管形成に対するＢ４Ｅｃｖ３の効果を示す。
【図１３】ＨＵＡＥＣ細管形成に対するＢ２ＥＣ-ＦＣの効果を示す。
【図１４】ヒトエフリンB2構成の概略図である。
【図１５】ヒトEphB4構成の概略図である。
【図１６】組み換え型可溶性EphB4ＥＣ蛋白質の領域構造を示す。
【図１７Ａ】EphB4ＥＣ蛋白質の精製（精製されたEphB4由来の組み換え型可溶性蛋白質のＳＤＳ-ＰＡＡＧゲル電気泳動）を示す。
【図１７Ｂ】EphB4ＥＣ蛋白質のリガンド結合性を示す。
【図１８】EphB4ｖ３が走化性を抑制することを示す。
【図１９Ａ】代表的試験でのＢ４ｖ３による細管形成の強い阻害を示す。
【図１９Ｂ】Ｂ４ｖ３濃度増加での管長さの減少及び結合数の減少を示す。
【図２０】可溶性EphB4は、ＭＴＳアッセイで評価した細胞毒性効果は検出されなかったことを示す。
【図２１】ネズミマトリゲル（商標）アッセイにおいてＢ４ｖ３は、内皮細胞による侵襲及び細管形成を抑制することを示す。
【図２２】EphB4由来の組み換え型可溶性蛋白質の存在下又はその非存在下で、エフリンB2-Fc融合での刺激に応答しての、ＰＣ３細胞中のEphB4レセプターのチロシンリン酸化を示す。
【図２３】生存能力（生存率）及び細胞周期に対する可溶性EphB4 ＥＣＤの効果を示す。
【図２４】Ｂ４ｖ３は、ネズミ角膜hydronマイクロポケットアッセイ中の新血管応答を阻害することを示す。
【図２５】ｓＢ４ｖ３とのＳＣＣ１５、Ｂ１６及びＭＣＦ-７の共注射は、マトリゲル及び増殖因子の存在下で、これらの細胞のin vivo腫瘍増殖を抑制することを示す。
【図２６】可溶性EphB4は３種の腫瘍種、Ｂ１６黒色腫、ＳＣＣ１５（頭部癌及び頚部癌）、及びＭＣＦ-７（乳癌）でアポトーシス、壊死及び血管形成減少を生じることを示す。
【図２７】前立腺細胞系でのEphB4の発現を示す。
【図２８】前立腺癌組織中のEphB4の発現を示す。
【図２９】腫瘍抑制剤による前立腺癌細胞中のEphB4のダウンレギュレーション及びＲＸＲ発現を示す。
【図３０】ＥＧＦＲ及びＩＧＦＲ-１による前立腺癌細胞中のEphB4のダウンレギュレーションを示す。
【図３１Ａ】発現及び前立腺細胞機能に対して特別なEphB4 ＡＳ-ＯＤＮ（アンチセンスオリゴヌクレオチド）及びsiRNAの効果を示し、EphB4発現を阻害するsiRNA４７２の能力を評価するためにコントロールsiRNA（ＧＦＰsiRNA）又はEphB4 siRNA４７２でトランスフェクション後、EphB4モノクローナル抗体でプローブし、β-アクチンモノクローナル抗体で再プローブした細胞溶解産物のウェスタンブロット法を示す。
【図３１Ｂ】完全長EphB4を一時的に発現する２９３中での発現に対するEphB4 AS-１０の効果を示す。
【図３１Ｃ】方法段落記載のようにsiRNAで処理されたＰＣ３細胞の４８ｈ生存能力アッセイを示す。
【図３１Ｄ】方法段落記載のようにＯＤＮで処理したＰＣ３細胞の５日間生存能力アッセイを示す。
【図３１Ｅ】上記（Ａ）中でトランスフェクトされた５０ｎＭのsiRNAの存在下でのＰＣ３細胞の移動のスクレープアッセイを示す。
【図３１Ｆ】ＡＳ-１０又はセンスＯＤＮ（両方１０μＭ）で処理した細胞と同様のアッセイを示す。
【図３１Ｇ】方法段落記載のようにsiRNA又はコントロールsiRNAでトランスフェクトされたＰＣ３細胞のマトリゲル（商標）侵襲アッセイを示す。
【図３２】細胞周期及びアポトーシスに関するEphB4 siRNA４７２の効果を示す。
【図３３】EphB4及びエフリンB2が中皮腫細胞系中で発現されたことをＲＴ-ＰＣＲ（Ａ）及びウェスタンブロット法（Ｂ）で確認されることを示す。
【図３４】中皮腫細胞中でのin situハイブリダイゼーションによるエフリンB2及びEphB4の発現を示す。
【図３５】中皮腫培養物中のEphB4及びエフリンB2の細胞性発現を示す。
【図３６】中皮腫腫瘍中のエフリンB2及びEphB4の発現を示す。
【図３７】Ｈ２８細胞の増殖に対するEphB4アンチセンスＯＤＮプローブの効果及びＨ２８細胞の増殖に対するEphB4 siRNAの効果を示す。
【図３８】細胞移動に対するEphB4アンチセンス（ＡＳ）プローブの効果及びＨ２８の移動に対するEphB4  siRNAの効果を示す。
【図３９Ａ】左側は、EphB4はＨＮＳＣＣ主要組織及び転移で発現したことを示し、上段が本発明のEphB4モノクローナル抗体で染色された部分が、腫瘍細胞に局在化した代表的保存用断片の免疫組織を示す。下段は、隣接する断片のヘマトキシリン及びエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色を示す。右側は、リンパ節転移の凍結断片であり、EphB4ポリクローナル抗体で染色され（上）コントロール（中央）はヤギ血清でのインキュベーションであり、Ｈ＆Ｅ（底部）は、染色されないストロマで囲まれた転移性病巣である。
【図３９Ｂ】ランオフ転写により生成された、DIG標識化EphB4（左）及びエフリンB2（右）のアンチセンス又はセンスプローブでプローブされたＨＮＳＣＣケースの連続凍結断片のin situハイブリダイゼーションを示す。左下は、腫瘍構造を示すＨ＆Ｅで染色された連続断片である。
【図３９Ｃ】正常組織（Ｎ）及びリンパ節バイオプシー（ＬＮ）から構成される患者サンプルの蛋白質抽出物のウェスタンブロット法を示す。
【図４０】EphB4はＨＮＳＣＣ細胞系中で発現し、ＥＧＦによりレギュレートされることを示す。
【図４１】ＥＧＦによるEphB4のレギュレーション機構を示す。
【図４２Ａ】特異的EphB4 siRNAは、EphB4発現、細胞生存能力を阻害し、細胞周期停止を引き起こすことを示し、安定して完全長EphB4を発現する２９３細胞を、リポフェクタミン２０００（商標）を使用してＲＮＡｉでトランスフェクトした結果を示す。
【図４２Ｂ】siRNAで４８時間処理したＳＣＣ細胞系のＭＴＴ細胞生存能力アッセイを示す。
【図４２Ｃ】siRNAで上記のようにトランスフェクトされたＳＣＣ１５細胞を、トランスフェクション２４時間後、記載のようにフローサイトメトリーにより細胞周期段階を分析した結果を示す。
【図４３Ａ】ＳＣＣ細胞に対する特別なEphB4 ＡＳ-ＯＤＮのin vitro効果を示し、EphB4完全長発現プラスミドで一時的にトランスフェクトした２９３細胞を、トランスフェクション６時間後上記アンチセンスＯＤＮで処理した結果を示す。
【図４３Ｂ】ＳＣＣ２５細胞を４８ウェルプレートへ均一密度で接種し、EphB4 ＡＳ-ＯＤＮで２及び４日処理した結果を示す。
【図４３Ｃ】未処理細胞（上部）と比較した３６時間ＡＳ-１０で処理したＳＣＣ１５細胞（底部）の細胞周期分析を示す。
【図４３Ｄ】プラスチックパスツールピペットでスクレープして単層中に３ｍｍ幅裂け目を作成したＳＣＣ１５細胞の融合培養物を示す。
【図４３Ｅ】２室アッセイ中の、ＥＧＦでのＳＣＣ１５細胞の移動を示す。
【図４３Ｆ】細胞数を５個の高性能視野中で計測した結果を示す。
【図４４】EphB4 ＡＳ-ＯＤＮはin vivo腫瘍増殖を抑制することを示す。
【図４５Ａ】EphB4ではなくエフリンB2がＫＳバイオプシー組織中で発現したことを示し、エフリンB2及びEphB4用アンチセンスプローブとのin situハイブリダイゼーション、及び腫瘍構造を示すためにＨ＆Ｅ染色された対応する断片を示す。
【図４５Ｂ】EphB4／Fc融合蛋白質でのエフリンB2の検出を示す。
【図４５Ｃ】エフリンB2及びＨＨＶ８潜伏蛋白質ＬＡＮＡ（潜伏感染関連核抗原）１の共発現を示す。
【図４６Ａ】ＨＨＶ-８は静脈性内皮細胞中での動脈性マーカー発現を誘起することを示し、動脈／静脈マーカー及びウィルス性蛋白質用のＨＵＶＥＣ及びＨＵＶＥＣ／ＢＣ-１の培養物の免疫蛍光を示す。
【図４６Ｂ】ＨＵＶＥＣ及び２個のＨＨＶ-８感染させた培養物の、エフリンB2及びEphB4に対するＲＴ-ＰＣＲを示す。
【図４７】ＨＨＶ-８はカポジ肉腫細胞中の動脈性マーカー発現を誘起することを示す。
【図４８】ＶＥＧＦ及びＶＥＧＦ-ＣがエフリンB2発現をレギュレートすることを示す。
【図４９Ａ】特異的siRNAでのエフリンB2ノックダウンは、ＶＥＧＦの存在下であり、ＩＧＦ、ＥＧＦ又はｂＦＧＦの非存在下でのＫＳ細胞中の生存能力及びＨＵＶＥＣ増殖を抑制することを示し、ＫＳ-ＳＬＫ細胞を種々のsiRNA、エフリンB2及びコントロールでトランスフェクトしたところ、等価ロード及び移動が示された。
【図４９Ｂ】エフリンB2及びEphB4 siRNAの存在下でのＫＳ-ＳＬＫ培養物の３日細胞生存能力アッセイを示す。
【図４９Ｃ】ＨＵＶＥ細胞をＶＥＧＦ（１０ｎｇ／ml）又はＥＧＦ、ＦＧＦ及びＩＧＦを含有する培地でインキュベーションした結果を示す。
【図５０】可溶性EphB4は、ＫＳ及びＥＣコード形成及びin vivo血管形成を抑制することを示す。
【図５１】膀胱癌細胞系中でのEphB4の発現（Ａ）及びＥＧＦＲシグナル経路によるEphB4発現のレギュレーション（Ｂ）を示す
【図５２】ｐ５３のトランスフェクションは５６３７細胞中のEphB4の発現を阻害することを示す。
【図５３】EphB4 siRNA４７２での処理による膀胱癌細胞系（５６３７）の増殖阻害を示す。縦軸は生存能力を示す。
【図５４】EphB4 siRNA４７２でトランスフェクトされた５６３７細胞のアポトーシス研究の結果を示す。下のグラフの縦軸は４０５ｎｍでの吸光度である。
【図５５】EphB4アンチセンスプローブの細胞移動に対する効果を示す。
【図５６】EphB4 siRNAの細胞侵襲に対する効果を示す。
【図５７】Ｇ２５０及びプルダウンアッセイによるEphB4モノクローナル抗体の比較を示す。
【図５８】EphB4抗体はＳＣＣ１５／ＭＧ異種移植腫瘍の増殖を阻害することを示す。
【図５９】EphB4抗体はＳＣＣ１５、頭部癌及び頚部癌腫瘍種の、アポトーシス、壊死及び血管形成減少を引き起こすことを示す。
【図６０】EphB4抗体の全身的投与は腫瘍退縮に導くことを示す。
【図６１ａ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６１ｂ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６１ｃ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６１ｄ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６１ｅ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６１ｆ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６１ｇ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６１ｈ】ヒトEphB4のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 391を示す。
【図６２ａ】ヒトEphB4のｃＤＮＡヌクレオチド配列SEQ ID NO: 392を示す。
【図６２ｂ】ヒトEphB4のｃＤＮＡヌクレオチド配列SEQ ID NO: 392を示す。
【図６３ａ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｂ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｃ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｄ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｅ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｆ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｇ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｈ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｉ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｊ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｋ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｌ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６３ｍ】ヒトエフリンB2のゲノムヌクレオチド配列SEQ ID NO: 393を示す。
【図６４ａ】ヒトエフリンB2のｃＤＮＡヌクレオチド配列SEQ ID NO: 394を示す。
【図６４ｂ】ヒトエフリンB2のｃＤＮＡヌクレオチド配列SEQ ID NO: 394を示す。
【図６５】ヒトEphB4のアミノ酸配列SEQ ID NO: 395を示す。
【図６６】ヒトエフリンB2のアミノ酸配列SEQ ID NO: 396を示す。
【発明を実施するための形態】
【００４７】
本発明の詳細な説明
Ｉ．概説
本発明の一部は、エフリン／エフリンレセプター経路を経由するシグナルが腫瘍生成に貢献することを発見したことに基づいている。発明者らは、腫瘍組織中のエフリンB2及びEphB4の発現を検出し、エフリン／エフリンレセプターを経由するシグナルをブロックする抗腫瘍治療薬を開発した。更に、本発明は、EphB4及び／又はエフリンB2のポリペプチド-ベースの機能阻害のためのポリペプチド治療薬及び方法を提供する。従って、本発明は例えば、癌並びに血管形成関連障害及び望ましくない血管形成関連障害を治療するために使用できる数多くのポリペプチド化合物（薬）を提供する。
【００４８】
ここで使用される用語「エフリン」及び「Eph」は、それぞれリガンド及びレセプターとして使用される。それらは種々の動物（例えば、ほ乳類／非ほ乳類、脊椎動物／非脊椎動物、ヒト等）のいずれかからでも得られる。この分野の命名法は急速に変化しており、ここで使用される用語法は、Eph命名法委員会による作業の結果として提案されたものであり、以前使用されていた名前と共にウェッブサイトhttp://www.eph-nomenclature.com.でアクセスできる。
【００４９】
本発明の研究は、好ましい実施例中ではエフリンB2及びEphB4に関する。しかし、本発明は、腫瘍中で発現されるそれぞれのファミリー中のエフリンリガンド及び／又はEphレセプターのいずれかを意図する。エフリン（リガンド）は２種の構造的タイプからなり、それは配列関係を基礎として、及び機能的にはそれらが２種の対応するレセプターサブグループを示す選択的結合を基礎として更に分けられる。構造的に、２種のエフリンが存在する。即ち、グリセロホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）リンケージにより膜結合するものと、膜貫通領域を通して結合するものである。従来リガンドは、選択的にEphＡレセプターへ結合するＧＰＩ-結合された蛋白質であるエフリン-Ａサブクラス、及び一般的に選択的にEphＢレセプターへ結合する膜貫通蛋白質であるエフリン-Ｂサブクラスへ分割されている。
【００５０】
Ephファミリーレセプターは、レセプター蛋白質-チロシンキナーゼのファミリーであり、それはエリスロポエチン-生産ヒト肝細胞性癌細胞系中でのその発現のために命名されたEphに関係する。それらはそれらの細胞外領域配列の関連性及びそれらのエフリン-Ａ蛋白質又はエフリン-Ｂ蛋白質へ選択的に結合する能力を基礎として２個のサブグループへ分離される。エフリン-Ａ蛋白質と選択的に相互作用するレセプターは、EphＡレセプターであり、エフリン-Ｂ蛋白質と選択的に相互作用するものはEphＢレセプターである。
【００５１】
Ephレセプターは、リガンド結合球状領域、その次に一対のフィブロネクチンタイプIIIリピートが続くシステインリッチ領域から構成される細胞外領域を有する（例えば、図１６参照）。細胞質領域は、２種の蛋白質チロシンキナーゼ領域、即ち無菌性α-モチーフ（ＳＡＭ）及びＰＤＺ-領域結合モチーフの保存されたチロシン残基を含有する膜近傍（juxtamembrane）領域から構成される。EphB4は膜結合性リガンドエフリンB2に対して特異的である（Sakano、S.ら1996;Brambilla R.ら1995）。エフリンB2は、膜貫通領域及び５個の保存されたチロシン残基及びＰＤＺ領域を有する細胞質領域を有するEphリガンドの種類に属する。Ephレセプターは、クラスター化され、膜へ結合したエフリンの結合により活性化され（Davis S.ら、1994）、レセプターを発現している細胞及びリガンドを発現している細胞間を接触することがEph活性化に要求されることを示す。
【００５２】
リガンド結合において、Ephレセプターは二量体化し、自己リン酸化して膜近傍チロシン残基を完全活性化させる（Kalo MSら、1999、BinnsKS、2000）。更にEphレセプターを経由するシグナルに加えて、リバースシグナルがエフリンＢｓを経由して発生できる。エフリンのEph結合（engagement）は、保存された細胞内チロシンの急速なリン酸化を生じ（Bruckner K、1997）、ＰＤＺ結合蛋白質のレクルートメントをいくらか遅延させる（Palmer A 2002）。近年、いくつかの研究でEph／エフリンの高い発現は腫瘍増殖、腫瘍原性、及び転移の可能性の増大に関係することが示された（Easty DJ、1999;Kiyokawa E、1994;Tang XX、1999;Vogt T、1998;Liu W、2002;Stephenson SA、2001;Steube KG 1999;Berclaz G、1996）。
【００５３】
例えば、本発明はエフリンB2、EphB4、又は両方の活性を阻害するポリペプチド治療薬を提供する。ここで使用される用語「ポリペプチド治療薬」又は「ポリペプチド薬」は、エフリンB2／EphB4経路を経由するシグナルをブロックするいずれのポリペプチドをも含む総称名である。本発明の好ましいポリペプチド治療薬は、エフリンB2又はEphB4の可溶性ポリペプチドである。本発明の別の好ましいポリペプチド治療薬は、エフリンB2又はEphB4へ結合するアンタゴニスト抗体である。例えば、これらポリペプチド治療薬は、エフリンB2又はEphB4の機能を阻害でき、エフリンB2及びEphB4間の相互作用を阻害でき、エフリンB2又はEphB4のリン酸化を阻害でき、又はエフリンB2のEphB4への結合に対する下流シグナルイベントのいずれかを阻害できる。
【００５４】
II．可溶性ポリペプチド
例えば本発明は、エフリンB2蛋白質の細胞外領域を含有する可溶性ポリペプチド（ここでエフリンB2可溶性ポリペプチドと言う）又はEphB4蛋白質の細胞外領域を含有する可溶性ポリペプチド（ここでEphB4可溶性ポリペプチドと言う）に関する。好ましくは、本発明の可溶性ポリペプチドは単量体であり、高親和でエフリンB2又はEphB4へ結合できる。特に、本発明のEphB4可溶性ポリペプチドは、EphB4蛋白質の球状領域を含有する。一例としてEphB4可溶性ポリペプチドを図１、２及び１５に示す。エフリンB2可溶性ポリペプチドの一例は図３及び１４に示す。
【００５５】
ここで使用される本発明の可溶性ポリペプチドは、EphB4可溶性ポリペプチド又はエフリンB2可溶性ポリペプチドのフラグメント、機能的変異体及び改質体を含む。これらの本発明の可溶性ポリペプチドのフラグメント、機能的変異体及び改質体は、EphB4、エフリンB2又は両方の機能をアンタゴナイズする。
【００５６】
例えば、本発明の可溶性ポリペプチドの単離されたフラグメントは、EphB4又はエフリンB2可溶性ポリペプチドをエンコードする核酸の対応するフラグメントから組み換え的に生産されるポリペプチドのスクリーニングにより得ることができる。更に、フラグメントは、従来のMerrifield固体相（合成法）ｆ-Ｍｏｃ又はｔ-Ｂｏｃ化学等の公知の技術を使用して化学的に合成できる。フラグメントは（組み換え的に又は化学合成により）生産され、EphB4又はエフリンB2の機能を阻害するように働くことのできるそれらのペプチジルフラグメントを特定するために、例えば血管形成又は腫瘍増殖を阻害するフラグメントの能力の試験により試験されるてもよい。
【００５７】
例えば、EphB4可溶性ポリペプチドの機能的変異体は、図６５により特定されるアミノ酸配列の残基１〜５２２、残基１〜４１２、又は残基１〜３１２と少なくとも９０％、９５％、９７％、９９％又は１００％相同性を有するアミノ酸配列を有していてもよい。例えば、エフリンB2可溶性ポリペプチドの機能的変異体は、図６６により特定されるアミノ酸配列の残基１〜２２５の少なくとも９０％、９５％、９７％、９９％又は１００％相同性を有する配列を有する。
【００５８】
例えば、本発明は、治療用若しくは予防的効能、又は安定性（例えば、ex vivoでの貯蔵寿命及びin vivoでの耐蛋白質分解性変質（degradation））の強化を目的として、本発明の可溶性ポリペプチドの構造を改質することによる機能的変異体の製造も意図する。これら改質可溶性ポリペプチドは天然EphB4又はエフリンB2可溶性ポリペプチドの機能的均等物と考えられる。改質可溶性ポリペプチドは、例えばアミノ酸の置換、欠失又は添加により生産できる。本発明では、例えばロイシンをイソロイシン又はバリンと、アスパルテートをグルタメートと、スレオニンをセリンとの単離された置換、又はそのアミノ酸と構造的に関係するアミノ酸との同様な置換（例えば、保存的突然変異）は分子を生じる生物学的活性へ大きな影響を及ぼさないと理解することは当然である。保存的置換とは、それらの側鎖（side chain）に関係するアミノ酸のファミリー内で置換することである。
【００５９】
本発明は更に、EphB4又はエフリンB2可溶性ポリペプチドの一連の組み合わせ突然変異体の製造方法、並びに突然変異体のトランケーション方法、機能的変異体配列の特定に特に有用である方法を意図する。組み合わせライブラリー等のスクリーニングの目的は、例えば、EphB4、EphＢ２又は両方のアンタゴニストとして作用する可溶性ポリペプチド変異体の製造にもある。それは、組み合わせ由来の変異体が天然可溶性ポリペプチドに関する選択的能力を有するように生成できる。これら変異体蛋白質は、組み換え型ＤＮＡ構築物から発現された場合、遺伝子治療法プロトコル中に使用できる。同様に、突然変異誘発は、対応する野生型可溶性ポリペプチドとは劇的に異なる細胞内半減期を有する変異体を生み出すことが出来る。例えば、変異した蛋白質は、蛋白質分解性変質又は本発明の蛋白質（例えば、可溶性ポリペプチド）の分解さもなければ活性化を生じる他の細胞性プロセスに対してより安定又はより不安定のいずれにも設定できる。これら変異体、及びそれらをエンコードする遺伝子は、それらの半減期の調整により本発明の可溶性ポリペプチドレベルを変えるために使用できる。例えば、短い半減期は、より一時的な生物学的効果を生じ、誘導可能な発現システムの一部である場合には、細胞中の組み換え型可溶性ポリペプチドレベルのより精密なコントロールを可能にする。上記のように、これら蛋白質、及び好ましくはそれらの組み換え型核酸構築物は、遺伝子治療プロトコル中で使用できる。
【００６０】
能力のある（potential）ホモログのライブラリーが縮重（degenerate）オリゴヌクレオチド配列からの生成可能である方法が多く知られている。縮重遺伝子配列の化学合成は、自動ＤＮＡ合成機中で実施でき、及び合成遺伝子は次に発現用の適切な遺伝子へライゲートされる。遺伝子の縮重セットの目的は、１の混合物中に能力のある可溶性ポリペプチド配列の目的とするセットをエンコードする全ての配列を提供することである。縮重オリゴヌクレオチドの合成法は当分野で公知である（例えば、Narang、SA（1983）tetrahedron 39:3;Itakuraら、（1981）組み換え型DNA、Proc.第3回クリーブランドシンポジウム、Macromolecules、A G Walton編、アムステルダム:Elsevier pp273-289;Itakuraら、（1984）Annu.Rev.Biochem.53:323;Itakuraら、（1984）Science198: 1056;Ikeら、（1983）「核酸」Res. 11:477参照）。これら技術は、他の蛋白質の直接的発展に使用されてきた（例えば、Scottら、（1990）Science、249:386-390;Robertsら、（1992）PNAS USA89:2429-2433;Devlinら、（1990）Science、249:404-406;Cwirlaら、（1990）PNAS USA87:6378-6382;並びに米国特許番号第５２２３４０９号、５１９８３４６号、及び５０９６８１５号参照）。
【００６１】
又、他の突然変異誘発の形も、組み合わせライブラリーを生成するために使用出来る。例えば、可溶性ポリペプチド変異体（例えば、アンタゴニスト体）は、合成してライブラリーから下記方法により単離できる：例えば、アラニンスキャニング突然変異誘発等を使用したスクリーニング（Rufら、（1994）Biochemistry33: 1565-1572;Wangら、（1994）J.Biol.Chem.269:3095-3099;Balintら、（1993）Gene 137: 109-118;Grodbergら、（1993）Eur.J.Biochem.218:597-601;Nagashimaら、（1993）J.Biol.Chem.268:2888-2892;Lowmanら、（1991）Biochemistry30:10832-10838;及びCunninghamら、（1989）Science244:1081-1085）;リンカースキャニング突然変異誘発（Gustinら、（1993）Virology193:653-660;Brownら、（1992）Mol.Cell Biol.12:2644-2652;McKnightら、（1982）Science232:316）;飽和突然変異誘発（Meyersら、（1986）Science232:613）;PCR突然変異誘発（Leungら、（1989）Method Cell Mol Biol 1:11-19）;又は化学突然変異誘発等のランダム突然変異誘発（Millerら、（1992）「細菌遺伝子学短期コース」CSHL出版、コールドスプリングハーバー、NY;及びGreenerら、（1994）Strategies in Mol Biol 7:32-34）合成できる。リンカースキャニング突然変異誘発は、好ましくは組み合わせ的設定で、本発明の可溶性ポリペプチドの短縮された（生物活性な）形を特定するために魅力的な方法である。
【００６２】
点突然変異及びトランケーションにより構築された（遺伝子）組み合わせライブラリーの遺伝子生成物のスクリーニング、詳しくは所定の性質を有する遺伝子生成物用のｃＤＮＡライブラリーのスクリーニング用には広い範囲の技術が当分野で公知である。これら技術は、本発明の可溶性ポリペプチドの組み合わせ突然変異誘発により作成された遺伝子ライブラリーの素早いスクリーニングに一般的に適用できる。最も広く使用されている巨大遺伝子ライブラリーのスクリーニング技術として一般的には、遺伝子ライブラリーの複製可能な発現ベクターへのクローニング、ベクターのライブラリーを生じる適切な細胞の形質変換、及び、目的とする活性の検出がその生成物が検出される遺伝子をエンコードするベクターの比較的容易な単離を促進する条件下での組み合わせ的遺伝子の発現が挙げられる。組み合わせ突然変異誘発技術により作成された大量の縮重配列をスクリーンするために必要な、それぞれの下記例示的アッセイが、高スループット分析に適している
【００６３】
例えば、本発明の可溶性ポリペプチドは、ペプチド及びペプチドミメティック等の小分子を含む。ここで使用される用語「ペプチドミメティック」は、化学的に改質ペプチド及び非天然アミノ酸、ペプトイド等を含むペプチド様分子を包含する。ペプチドミメティックは、元のペプチドへ被験者へ投与された際に強化された安定性を含む種々の利点を与える。ペプチドミメティックの特定方法は当分野で公知であり、能力のあるペプチドミメティックのライブラリーを含むデータベースのスクリーニングを含む。例えば、ケンブリッジ構造データベースは、公知の結晶構造を有する３０００００を超える化合物のコレクションを含む（Allenら、Acta Crystallogr.セクションB、35:2331（1979））。ターゲット分子の非結晶構造が可能な場合、ある構造は例えばプログラムCONCORD（商標）（Rusinkoら、J.Chem.Inf.Comput.Sci.29:251（1989））を使用して製造できる。別のデータベース、「Available Chemicals Directory」（Molecular Design Limited社製、情報システム；サンレアンドロ  カリフォルニア）は、市販されている約１０００００の化合物を含有し、それらも又、EphB4又はエフリンB2可溶性ポリペプチドの能力のあるペプチドミメティックを特定できる。
【００６４】
例示のために、別の蛋白質へ結合している可溶性ポリペプチドのアミノ酸残基をマップする突然変異誘発のスキャニングを採用して、結合中に含まれるそれら残基を擬態するペプチドミメティック化合物が生成できる。例えばこれら残基の非加水分解可能なペプチドアナログは下記を使用して生成できる：ベンゾジアゼピン（例えば、Freidingerら、in peptide:Chemistry and Biology、G.R.Marshall編、ESCOM発行者:ライデン、オランダ、1988参照）、アゼピン（例えば、Huffmanら、in peptide:Chemistry and Biology、G.R.Marshall編、ESCOM 発行者:ライデン、オランダ、1988参照）、置換されたγ-ラクタム環、（Garveyら、in peptide:Chemistry and Biology、G.R.Marshall編、ESCOM発行者:ライデン、オランダ、1988）、ケト-メチレンプソイドペプチド（Ewensonら、（1986）J.Med.Chem.29:295;及びEwensonら、inペプチド:構造及び機能（第9回米国ペプチドシンポジウムの手続き）Pierce Chemical Co社、Rockland、IL、1985）、b-turnジペプチドコア（Nagaiら、（1985）tetrahedron Lett 6:647;及びSatoら、（1986）J Chem Soc Perkin Trans 1:1231）、及びb-アミノアルコール（Gordonら、（1985）Biochem Biophys Res Commun 126:419;及びDannら、（1986）Biochem Biophys Res Commun 134:71）。
【００６５】
例えば、本発明の可溶性ポリペプチドは、更に翻訳後の改質体を含有してもよい。これら改質として、本発明を限定するものではないが、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化及びアシル化が挙げられる。その結果、改質可溶性ポリペプチドは、ポリエチレングリコール、脂質、ポリ-又はモノ-サッカリド、及びリン酸等の非アミノ酸要素を含有してもよい。これら非アミノ酸要素が可溶性ポリペプチドの機能に与える効果については、EphB4又はエフリンB2機能でのそのアンタゴナイズ的性質、例えばそれが阻害的に血管形成又は腫瘍増殖に影響するか、を試験する。
【００６６】
例えば、本発明の可溶性ポリペプチドの機能的変異体又は改質体として、少なくとも可溶性ポリペプチドの一部及び１以上の融合領域を有する融合蛋白質が挙げられる。これら融合領域の公知例として、本発明を限定するものではないが、ポリヒスチジン、Ｇlｕ-Ｇlｕ、グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、チオレドキシン、プロテインＡ、プロテインＧ、免疫グロブリン重鎖定常領域（Ｆｃ）、及びマルトース結合蛋白質（ＭＢＰ）が挙げられ、これらはアフィニティクロマトグラフィーによる融合蛋白質の単離に好ましく使用できる。親和性精製の目的のために、グルタチオン-、アミラーゼ-、及びニッケル-又はコバルト-複合樹脂等の、アフィニティクロマトグラフィー用に適切なマトリックスが使用される。別の公知の融合領域として、緑蛍光性蛋白質（ＧＦＰ）が挙げられる。融合領域として又、特異的抗体が適用可能な、通常短いペプチド配列である「エピトープ標識」が挙げられる。特異的モノクローナル抗体が容易に適用できる公知のエピトープ標識として、ＦＬＡＧ、インフルエンザウィルス赤血球凝集素（ＨＡ）、及びｃ-ｍｙｃ標識が挙げられる。時には、融合領域はファクターＸａ又はトロンビン等用のプロテアーゼ切断部位を有し、それは適切なプロテアーゼが融合蛋白質を部分的に消化して、それから組み換え型蛋白質を遊離させることを可能とする。遊離された蛋白質は、次にクロマトグラフィー分離により融合領域から単離できる。例えば、本発明の可溶性ポリペプチドは、可溶性ポリペプチドを安定化できる１以上の改質部を含有してもよい。例えば、これら改質は、可溶性ポリペプチドのin vitro半減期を延ばし、可溶性ポリペプチドの循環系半減期を延ばし、又は可溶性ポリペプチドの蛋白質分解性変質を減少させる。
【００６７】
例えば、本発明の（未改質又は改質）可溶性ポリペプチドは、当分野の種々の公知技術により製造できる。例えば、これら可溶性ポリペプチドは、Bodansky、M.「ペプチド合成原則」Springer Verlag、ベルリン（1993）及びGrant G.A.編「合成ペプチド」:「使用者ガイド」W.H.Freeman and Company、ニューヨーク（1992）等に記載された標準的な蛋白質化学技術を使用して合成できる。更に、自動化ペプチド合成機は市販されている（例えば、Advanced Chem Techモデル396;Milligen/Biosearch社9600）。又、可溶性ポリペプチド、フラグメント又はそれらの変異体は、公知の種々の発現系を使用して組み換え的に生産してもよい（同様に下記参照）。
【００６８】
III．可溶性ポリペプチドをエンコードする核酸
例えば、本発明はEphB4又はエフリンB2可溶性ポリペプチドをエンコードする単離された及び／又は組み換え型核酸に関する。本発明の核酸は、単鎖又は二重鎖、ＤＮＡ又はＲＮＡ分子でもよい。これらの核酸は治療薬として有用である。例えば、これらの核酸は、治療用として細胞又は患者へ投与された組み換え型可溶性ポリペプチドの製造に有用である。又、これら核酸は、遺伝子治療法等の治療用として細胞又は患者へ直接に投与できる。
【００６９】
例えば、本発明は、図６２又は６３中に示されたヌクレオチド配列の領域と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％又は１００％同一である単離型又は組み換え型核酸配列を提供する。当業者は、本発明の核酸と相補的な核酸配列及び本発明の核酸の変異体も又本発明の範囲内であることを理解できる。更に、本発明の核酸配列は、単離され、組み換えられ、及び／又は非相同のヌクレオチド配列と融合されてもよく、ＤＮＡライブラリ中のものでもよい。
【００７０】
例えば、本発明の核酸は又、高い緊縮条件下で図６２又は６３中に示されたヌクレオチド配列、又はそれらの補体配列とハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む。上記のように、当業者はＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切な緊縮条件は変化できることが容易に理解できる。例えば、６．０×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）約４５℃でハイブリダイゼーションを行い、次に２．０×ＳＳＣで５０℃で洗浄してもよい。例えば、洗浄ステップ中の塩濃度は約２．０×ＳＳＣで５０℃の低い緊縮から約０．２×ＳＳＣの５０℃での高い緊縮まで選択出来る。更に、洗浄ステップ中の温度は、室温（約２２℃）での低い緊縮条件から、約６５℃での高い緊縮条件へ増加できる。温度及び塩の両方は変化してもよく、又温度若しくは塩濃度は他の変更可能な因子が変化する間一定に保持されてもよい。例えば、本発明は６×ＳＳＣ室温での低い緊縮条件下でハイブリダイズされ、次に２×ＳＳＣ室温で洗浄される核酸も提供する。
【００７１】
遺伝暗号中の縮重を原因とする目的の核酸とは異なる単離された核酸も又本発明の範囲内である。例えば、多くのアミノ酸が１を超えるトリプレットにより指定される。同一のアミノ酸を特定するコドン又はそのシノニム（例えば、ＣＡＵ及びＣＡＣはヒスチジンに対するシノニムである）は、蛋白質のアミノ酸配列に作用しない「沈黙」突然変異を生じる。しかし、本発明の蛋白質のアミノ酸配列中の変化へ導くＤＮＡ配列多型性はほ乳類細胞間に存在することが予測されている。当業者は、特別な蛋白質をエンコードする核酸の１以上のヌクレオチド（約３〜５％までのヌクレオチド）中のこれらの変異は、天然対立遺伝子的変異により所定の種の被験体間に存在することを理解できる。これらヌクレオチド変異及び得られるアミノ酸多型性のいずれか及び全ては本発明の範囲内である。
【００７２】
例えば、本発明の組み換え型核酸は、発現構築物中の１以上の調節ヌクレオチド配列へ作動可能なように結合されてもよい。調節ヌクレオチド配列は、発現に使用されるホスト細胞として一般的に適切である。数多くの種類の適切な発現ベクター及び適切な調節配列が、種々のホスト細胞用に当分野で公知である。通常、上記１以上の調節ヌクレオチド配列として、本発明を限定するものではないが、プロモーター配列、リーダー配列又はシグナル配列、リボソーム結合部位、転写開始及び停止配列、翻訳開始及び停止配列、並びにエンハンサー又は活性化配列が挙げられる。
【００７３】
当分野で公知の構成成分となる又は誘導可能なプロモーターも本発明では意図される。プロモーターは、天然プロモーター又は１を超えるプロモーターの要素を組み合わせるハイブリッドプロモーターのいずれでもよい。発現構築物はプラスミド等のエピソーム上の細胞中に存在しても良く、発現構築物は染色体中に挿入されてもよい。好ましくは、発現ベクターは形質変換されたホスト細胞の選択を可能とするため選択可能なマーカー遺伝子を含有する。選択可能なマーカー遺伝子は当分野で公知であり、使用されるホスト細胞に応じて変化できる。
【００７４】
例えば本発明の核酸は、EphB4又はエフリンB2可溶性ポリペプチドをエンコードし、作動可能なように少なくとも１の調節配列へ結合されたヌクレオチド配列を含有する発現ベクター中に提供される。調節配列は当分野で認識され、可溶性ポリペプチドの直接的発現のために選択される。従って、用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサー、及び他の発現調節要素を含有する。例示的調節配列は、Goeddel「遺伝子発現技術：酵素学的方法」Academic Press、サンディエゴ、ＣＡ（１９９０）に記載されている。例えば、動作可能なように結合された場合にＤＮＡ配列の発現を調節する広い範囲の種々の発現調節配列のいずれでも、可溶性ポリペプチドをエンコードするＤＮＡ配列を発現するためにこれらのベクター中に使用できる。これら有用な発現調節配列として例えば、ＳＶ４０の上流（early）及び下流（late）プロモーター、ｔｅｔプロモーター、アデノウィルス又はサイトメガロウィルス直前プロモーター、lａｃシステム、ｔｒｐシステム、ＴＡＣ又はＴＲＣシステム、その発現はＴ７ＲＮＡポリメラーゼにより誘導されるＴ７プロモーター、ファージラムダの主要オペレーター及びプロモーター領域、ｆｄ被覆蛋白質用調節領域、３-ホスホグリセリン酸キナーゼ又は他の解糖酵素用プロモーター、Ｐｈｏ５等の酸ホスファターゼのプロモーター、酵母α-接合因子のプロモーター、バキュロウィルスシステムの多面体プロモーター及び原核細胞若しくは真核細胞又はそれらのウィルスの遺伝子の発現を調節することが知られている他の配列、並びにこれらの種々の組み合わせが挙げられる。発現ベクターの設計は、形質変換されるホスト細胞、及び／又は発現されることを目的とする蛋白質の種類等の選択の因子に依存すると考えられる。更に、ベクターのコピー数、コピー数調節能力及び抗生物質マーカー等のベクターによりエンコードされる他の蛋白質の発現を調節する能力も又考慮される必要がある。
【００７５】
本発明は又、１以上の本発明の可溶性ポリペプチドのためのコーディング配列を含有する組み換え型遺伝子でトランスフェクトされたホスト細胞に関する。ホスト細胞は、原核細胞でも真核細胞でもよい。例えば、本発明の可溶性ポリペプチドは、E．coli等の細菌細胞、昆虫細胞（例えばバキュロウィルス発現系を使用）、酵母、又はほ乳類細胞中で発現される。他の適切なホスト細胞も当業者に公知である。
【００７６】
又、本発明は更に本発明の可溶性ポリペプチドの製造方法に関する。例えば、EphB4可溶性ポリペプチドをエンコードする発現ベクターでトランスフェクトされたホスト細胞は、適切な条件下で培養され、EphB4可溶性ポリペプチドの発現を行うことができる。EphB4可溶性ポリペプチドは、細胞及び可溶性ポリペプチドを含有する培地の混合物から分泌されて単離される。可溶性ポリペプチドは細胞質中又は膜フラクション中に保持され、細胞が採取され、溶解され蛋白質が単離される。細胞培養物はホスト細胞、培地及び他の副成物を含む。細胞培養物用の適切な培地は当分野で公知である。可溶性ポリペプチドは、蛋白質精製用の公知技術を使用して、細胞培養培地、ホスト細胞又はそれら両方から単離できる。その技術としてイオン交換クロマトグラフィー、ゲルろ過クロマトグラフィー、超ろ過、電気泳動、及び可溶性ポリペプチドの特別なエピトープに特異的な抗体との免疫親和性精製等が挙げられる。好ましくは、可溶性ポリペプチドは、その精製を容易にする領域を含有する融合蛋白質である。
【００７７】
本発明の組み換え型核酸は、原核細胞、真核細胞（酵母、鳥類、昆虫又はほ乳類）又はそれら両方のいずれか中で発現に適切なベクター中にクローンされた遺伝子又はそれらの一部をライゲートすることにより生産できる。組み換え型可溶性ポリペプチドの作成用の発現ビヒクルとして、プラスミド及び他のベクターが挙げられる。例えば、適切なベクターとして下記種類のプラスミドが挙げられる：E．coli等の原核細胞中の発現用の、ｐＢＲ３２２由来プラスミド、ｐＥＭＢＬ由来プラスミド、ｐＥＸ由来プラスミド、ｐＢＴａｃ由来プラスミド及びｐＵＣ由来プラスミド。
【００７８】
好ましいほ乳類発現ベクターは、細菌中のベクターの増殖を促進する原核配列及び真核細胞中で発現された１以上の真核転写単位の両方を含む。ｐｃＤＮＡＩ／ａｍｐ、ｐｃＤＮＡＩ／ｎｅｏ、ｐＲｃ／ＣＭＶ、ｐＳＶ２ｇｐｔ、ｐＳＶ２ｎｅｏ、ｐＳＶ２-ｄｈｆｒ、ｐＴｋ２、ｐＲＳＶｎｅｏ、ｐＭＳＧ、ｐＳＶＴ７、ｐｋｏ-ｎｅｏ及びｐＨｙｇ由来ベクターは、真核細胞のトランスフェクションに適切なほ乳類発現ベクターの例である。これらのベクターのいくつかはｐＢＲ３２２等の細菌性プラスミドからの配列で改質されて、原核及び真核細胞の両方での複製及び耐薬品性選択を促進してもよい。又、ウシパピローマウィルス（ＢＰＶ-１）、又はエプスタイン-バーウィルス（ｐＨＥＢｏ、ｐＲＥＰ由来及びｐ２０５由来）等のウィルス誘導体は、真核細胞中の蛋白質の一時的発現に使用出来る。他のウィルス性（レトロウィルスを含む）発現システムの例は、下記遺伝子治療デリバリーシステムの記載中に示す。プラスミドの作成及びホスト有機体の形質転換で使用される種々の方法は、当分野で公知である。原核及び真核細胞の両方について、他の適切な発現システム並びに一般的組み換え型手順は、分子クローニング「実験マニュアル」第２版、Sambrook、Fritsch及びManiatis編（コールドスプリングハーバー研究所出版、１９８９）１６及び１７章が参照できる。例えば、バキュロウィルス発現システムの使用により組み換え型ＳＬＣ５Ａ８ポリペプチドを発現することも好ましい。これらバキュロウィルス発現システムの例として、ｐＶＬ由来ベクター（ｐＶＬ１３９２、ｐＶＬ１３９３及びｐＶＬ９４１等）、ｐＡｃＵＷ由来ベクター（ｐＡｃＵＷ１等）、並びにｐＢlｕｅＢａｃ由来ベクター（ｐＢlｕｅＢａｃ  III含有β-ｇａl等）が挙げられる。
【００７９】
融合遺伝子作成技術は公知である。本質的に、異なるポリペプチド配列をコードする種々のＤＮＡフラグメントの結合は、従来技術に従い行うことができ、例えばライゲーション用のブラントエンド末端又は相補末端（ｓｔａｇｇｅｒ-ｅｎｄｅｄ）の採用、適切な末端を得るための制限酵素消化、適切な付着末端の補完、目的外の結合を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、及び酵素的ライゲーションが挙げられる。又、融合遺伝子は自動化ＤＮＡ合成機等の従来の技術により合成できる。又、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅は、２個の連続する遺伝子フラグメント間に相補的オーバーハングを生じるアンカープライマーを使用して実施でき、それは次にキメラ遺伝子配列を生成するためにアニールできる（例えば、「分子生物学の現在のプロトコル」Ausubelら編、John Wiley&Sons:1992）。
【００８０】
IＶ．抗体
例えば本発明は、エフリンB2又はEphB4に対するアンタゴニスト抗体を提供する。ここで、用語「アンタゴニスト抗体」は、エフリンB2又はEphB4の機能を抑制する抗体を言う。好ましくは、アンタゴニスト抗体は、エフリンB2又はEphB4の細胞外領域へ結合する。本発明の抗体はポリクローナルでもモノクローナルでもよく；完全体又は短縮されてもよく（例えば、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ、Ｆｖ）；異種、同種異系、同系、又はそれらの改質体（例えば、ヒト化、キメラ化等）でもよいのは当然である。
【００８１】
例えば、エフリンB2又はEphB4ポリペプチド由来の免疫原を使用して、抗蛋白質／抗ペプチド抗血清又はモノクローナル抗体が、標準プロトコルにより作成できる（例えば、抗体：「実験マニュアル」Harlow及びLane編（コールドスプリングハーバー出版：１９８８）参照）。マウス、ハムスター又はウサギ等のほ乳類は、ペプチドの免疫原体で免疫化できる（例えば、抗体応答を誘導できるポリペプチド若しくは抗原性フラグメント、又は融合蛋白質）。蛋白質又はペプチドに対する免疫原性付与技術として、キャリアの結合又は他の公知の技術が挙げられる。エフリンB2又はEphB4ポリペプチドの免疫原性部は、アジュバントの存在下で投与できる。免疫化の過程は、血漿又は血清中の抗体タイターの検出により監視できる。標準ＥＬＩＳＡ又は他の免疫アッセイも、抗体のレベルを評価するために抗原として免疫原を使用できる。例えば、本発明の抗体は、エフリンB2又はEphB4蛋白質の細胞外部位に特異的でもよい。又、本発明の抗体は、エフリンB2又はEphB4蛋白質の細胞内部位又は膜貫通部位に特異的でもよい。更に、本発明の抗体はエフリンB2又はEphB4蛋白質の細胞外部位に特異的でもよい。
【００８２】
エフリンB2又はEphB4ポリペプチドの抗原製剤を使用した動物の免疫化後に、抗血清が得られ、必要ならポリクローナル抗体が血清から単離できる。モノクローナル抗体を生産するために、抗体生産細胞（リンパ球）が免疫化された動物から採取され、骨髄腫細胞等の不死化細胞との標準的な体細胞融合手順により融合されてハイブリドーマ細胞を生じる。これら技術は当分野で公知であり、例えばハイブリドーマ技術（Kohler及びMilsteinにより開発された（1975）Nature、256:495-497）、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術（Kozbarら、（1983）Immunology Today、4:72）及びヒトモノクローナル抗体生産のためのＥＢＶ-ハイブリドーマ技術（Coleら、（1985）モノクローナル抗体及び癌治療法、Alan R.Liss、Inc.pp.77-96）が挙げられる。ハイブリドーマ細胞は、エフリンB2又はEphB4ポリペプチドと特異的に反応する抗体を免疫化学的に作成するためスクリーンされ、モノクローナル抗体がこれらハイブリドーマ細胞等を含有する培養物から単離される。
【００８３】
ここで使用される用語「抗体」は、エフリンB2又はEphB4ポリペプチドと特異的に反応するそのフラグメントも含むことを意図する。抗体は従来の技術を使用してフラグメント化され、そのフラグメントは抗体全体に対して使用するため、上記方法同様にスクリーンできる。例えば、Ｆ（ａｂ）２フラグメントは抗体をペプシンと処理して生成できる。得られたＦ（ａｂ）２フラグメントは、Ｆａｂフラグメントを生産するためにジスルフィド架橋を還元処理出来る。本発明の抗体は更に、抗体の少なくとも１のＣＤＲ領域により付与されたエフリンB2又はEphB4ポリペプチドに対する親和性を有する、二重特異性、単鎖、及びキメラ性かつヒト化分子を含むことを意図する。単鎖抗体の製造技術（米国特許番号第４９４６７７８号）も又、単鎖抗体を生産するために適用できる。同様に、遺伝子導入マウス又は他のほ乳類を含む他の有機体も、ヒト化抗体を発現するために使用できる。好ましくは、抗体は更にそれに結合される標識を含有し、検出可能とされる（例えば、標識は放射性同位体、蛍光性化合物、酵素又は酵素補因子でもよい）。
【００８４】
好ましくは、本発明の抗体は、モノクローナル抗体であり、例えば本発明は新規な抗体の製造方法を適用可能とする。例えば、特異的にエフリンB2又はEphB4ポリペプチドへ結合するモノクローナル抗体の生産方法は、下記ステップを含有してもよい；検出可能な免疫応答を刺激するために有効なエフリンB2又はEphB4ポリペプチドを含有する免疫原性組成物量をマウスへ投与するステップ；そのマウスから抗体生産細胞（例えば脾臓細胞）を得てその抗体生産細胞を骨髄腫細胞と融合して抗体生産ハイブリドーマを得すステップ；更に、エフリンB2又はEphB4ポリペプチドへ特異的に結合するモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマを特定する抗体生産ハイブリドーマを試験するステップ。一旦得られると、ハイブリドーマは細胞培養物中で増殖でき、その培養条件は、ハイブリドーマ由来細胞が、エフリンB2又はEphB4ポリペプチドへ特異的に結合するモノクローナル抗体を生産する条件でもよい。モノクローナル抗体は細胞培養物から精製できる。
【００８５】
更に、目的の抗体を特定するための抗体スクリーン技術は、得られた抗体の性質に影響を与える場合がある。例えば、所定の治療用目的に使用される抗体は、好ましくは特別な細胞種をターゲットとできる。従って、この種の抗体を得るためには、目的の抗原を発現する細胞へ結合する抗体を（例えば、蛍光活性化した細胞分離により）スクリーンすることが好ましい。同様に、抗体が溶液中の抗原への結合に使用される場合、溶液結合を試験することが好ましい。種々の異なる技術が、特に目的とする抗体を特定するための抗体＝抗原相互作用を試験するために利用できる。これら技術として、ＥＬＩＳＡ、表面プラズモン共鳴結合アッセイ（例えば、Biacore結合アッセイ（商標）、Bia-coreＡＢ社製、ウプサラ市、スウェーデン）、サンドイッチアッセイ（例えばIGENインターナショナル社製の常磁性ビーズシステム（商標）、ゲイザーズバーグ、メリーランド）、ウェスタンブロット法、免疫沈殿アッセイ及び免疫組織化学法が挙げられる。
【００８６】
Ｖドラッグスクリーニングアッセイ
ポリペプチド治療薬を、EphB4、エフリンB2又は両方のアンタゴニストとしてスクリーニングする数多くのアプローチがある。例えば、化合物又は分子の高スループットスクリーニングが、血管形成を阻害するか腫瘍増殖を阻害する試薬又はドラッグを特定するために実施できる。試験試薬は、（化学）合成的に製造され、組み換え型技術により製造され、又は天然原料から単離されたいずれの化学製品（元素、分子、化合物、ドラッグ）でもよい。例えば、試験試薬はペプチド、ポリペプチド、ペプトイド、糖類、ホルモン類、又は核酸分子でもよい。更に、試験試薬は、小分子又は化学的組み合わせにより、例えばライブラリへ組み込まれて製造されたより大きい複合体でもよい。これらのライブラリーとして、例えば、アルコール、アルキルハライド、アミン、アミド、エステル、アルデヒド、エーテル及び他の有機的化合物種が挙げられる。試験試薬も又、溶解産物又は細胞の増殖培地（細菌性、動物又は植物性）から単離された天然物若しくは遺伝子的に設計された製品、又は細胞溶解産物若しくは増殖培地自身でもよい。試験系への試験化合物の形態は、単離体又は、特に初期スクリーニングステップ中では、化合物の混合物のいずれでもよい。
【００８７】
例えば、アッセイは、エフリンB2（リガンド）のEphB4（レセプター）への結合又はその反対の結合を特異的に阻害する化合物のスクリーンを、例えば、標識化リガンド-又はレセプター-Fc融合蛋白質の不死化細胞への結合の阻害により実施できる。このスクリーニングで特定された化合物は次に、それらのin vivoでの抗血管形成又は抗腫瘍活性を評価するために動物中で試験される。
【００８８】
例えば２個の細胞表面分子（例えば、エフリンB2及びEphB4）の相互作用を妨害する物質を特定するアッセイ例として、ある種の細胞表面分子を発現する細胞のサンプル（例えば、EphB4）は、標識化リガンド（例えば、エフリンB2若しくはその可溶性部分、又は細胞外領域及びIgGのＦｃ領域の融合等の融合蛋白質）又は標識化リガンドプラス試験化合物（若しくは試験化合物群）のいずれかと接触させる。細胞へ結合した標識化リガンドの量が測定される。（標識が例えば、放射性同位体、蛍光性又は比色分析用標識の場合）試験化合物と接触したサンプル中の標識量がより少なくても、試験化合物が結合を阻害することが示される。リガンド（例えば、エフリンB2リガンド又はその可溶体）を発現する細胞を使用した相互アッセイは、Ephレセプター又はその可溶性部分の結合に影響する物質を試験するために使用できる。
【００８９】
Ephレセプター及びエフリン間の相互作用に影響する物質を特定するアッセイは、試験化合物と競合しない成分（例えば、細胞、融合蛋白質及び結合活性部位を含む精製蛋白質）を使用して、固体担持体へ結合されて行うことが出来る。固体担持体は、いずれの適切な固体相又はマトリックスでもよく、例えばビーズ、プレート壁又は他の適切な表面等（例えば、マイクロタイタープレートのウェル）、カラム多孔質ガラス（ＣＰＧ）又はウェルの溶液中に浸漬されるピンが挙げられる。細胞又は精製蛋白質の固体担持体への結合は、直接的でも１以上のリンカー分子を介してでもよい。
【００９０】
例えば、単離され又は精製された蛋白質（例えば、Ephレセプター又はエフリン）は、化学架橋の標準技術により、又は単離され又は精製された蛋白質に対して生じる抗体を介して、適切な親和性マトリックス上に固定化され、固体担持体へ結合されてもよい。マトリックスはカラム又は他の適切な容器中に充填され、１以上の試験用化合物（例えば、混合物）とその化合物の蛋白質への結合に適切な条件下で接触させられる。例えば、化合物含有溶液はマトリックスを通過するようにも調製できる。マトリックスは、結合していない化合物、非特異的に結合した化合物を除去するために、適切な洗浄バッファで洗浄されてもよい。結合を保持する化合物は、適切な溶離バッファにより溶離される。例えば、溶離バッファのイオン強度又はｐＨの変化は化合物の溶離を引き起こす。又、溶離バッファは、溶離成分又は化合物の結合を切断するように設計された成分（例えば、１以上のリガンド若しくはレセプター、適切な場合にはそれらのアナログであって、結合を切断できるか、試験化合物の蛋白質への結合を競合的に阻害できるもの）を含有してもよい。
【００９１】
その性質上、その蛋白質中で発生しない第二成分へ結合された蛋白質（例えば、Ephレセプター又はエフリン）の全て又は一部を含有する融合蛋白質も、本発明の方法で使用するために作成できる。この目的のために適切な融合蛋白質は、第二成分が親和性リガンド（例えば、酵素、抗原、エピトープ）を含有するようなものを含む。融合蛋白質は、蛋白質（例えば、Ephレセプター又はエフリン）又はその一部を、親和性リガンドをエンコードする適切な発現ベクター中へ挿入することにより作成できる。発現ベクターは、適切な発現用ホスト細胞中へ導入できる。ホスト細胞は破壊され、融合蛋白質を含有する細胞材料は、融合蛋白質の親和性リガンド部位が親和性マトリックスへ結合するのに適切な条件下で、細胞材料を親和性マトリックスと接触させることにより、適切な親和性マトリックスへ結合できる。
【００９２】
本発明では例えば、融合蛋白質は、融合蛋白質の親和性リガンド部位がマトリックスへ結合するのに適切な条件下で適切な親和性マトリックス上に固定化され、その化合物が結合された融合蛋白質のレセプター又はリガンド蛋白質部位へ結合するために適切な条件下で１以上の試験用化合物（例えば混合物）と接触させられる。次に、結合された融合蛋白質を有する親和性マトリックスは、適切な洗浄バッファで洗浄され、特異的に結合された化合物の結合を非常に破壊せずに、結合していない化合物及び非特異的に結合された化合物を除去してもよい。結合を保持する化合物は、それへ結合している融合蛋白質を有する親和性マトリックスを適切な溶離バッファ（化合物溶離バッファ）へ接触させることにより溶離出来る。この見地から、化合物溶離バッファは親和性マトリックスによる融合蛋白質の保持を可能とするようにも配合できるが、試験する化合物の、融合蛋白質のレセプター又はリガンド蛋白質部位への結合を阻害するように配合してもよい。例えば、溶離バッファのイオン強度又はｐＨの変化は化合物の溶離を引き起こしてもよく、溶離バッファは溶離成分又は化合物の融合蛋白質のレセプター又はリガンド蛋白質部位への結合を破壊するために設計された成分（例えば、化合物の融合蛋白質のレセプター又はリガンド蛋白質部位への結合を破壊できる、１以上のリガンド又はレセプター又はそれらのアナログ）を含有してもよい。固定化は、融合蛋白質を化合物と接触させる前、同時、又は後に随時行っても良い。本発明の方法は、試験される化合物、選択された親和性マトリックス、及び溶離バッファ配合等の因子に依存して、種々の順序の変更が可能である。例えば、洗浄ステップ後、それに結合した化合物を有する融合蛋白質は、親和性マトリックスから適切な溶離バッファ（マトリックス溶離バッファ）により溶離されてもよい。融合蛋白質がトロンビン切断部位等の開裂可能なリンカーを含有する場合、親和性リガンドからの開裂はそれへ結合した化合物との融合物の一部を溶離できる。結合された化合物は、次に融合蛋白質又はその開裂生成物から抽出等の適切な方法により溶離できる。
【００９３】
ＶI．治療方法
例えば、本発明は血管形成阻害方法及び血管形成関連障害治療方法を提供する。又、例えば、本発明は腫瘍増殖阻害又は減少方法及び癌患者治療方法を提供する。これらの方法は、治療的有効量の１以上の上記ポリペプチド治療薬を患者への投与を含む。これらの方法は好ましくは動物、更に好ましくはヒトの治療用及び予防的処置を目的とする。
【００９４】
ここで示される血管形成関連障害は、本発明を限定するものではないが、下記が挙げられる；充実性腫瘍等の血管形成依存性癌、白血病等の血液性腫瘍、及び腫瘍転移；良性腫瘍、例えば血管腫、聴神経腫、神経線維腫、トラコーマ、及び化膿性肉芽腫；免疫及び非免疫性炎症等の炎症性障害；慢性間接リューマチ及び乾癬；眼性血管形成病、例えば糖尿病性網膜症、未熟児網膜症、黄斑改質、角膜移植拒絶、新血管の緑内症、後水晶体繊維増殖症、ルベオーシス；オスラーウェバー症候群；心筋性血管形成；プラーク新生血管形成；毛細血管拡張症；血友病性関節；繊維血管腫；及び外傷性顆粒化及び創傷治癒；毛細血管拡張乾癬強皮症、化膿性肉芽腫、冠状側副（cororanycol laterals）、虚血肢血管形成、角膜障害、ルベオーシス、関節炎、糖尿病性新生血管形成、骨折、脈管形成、血液新生。
【００９５】
本発明の方法及び組成物は又、いずれの血管形成独立性癌（腫瘍）を治療するためにも有用である。ここで使用される用語「血管形成独立性癌」とは、腫瘍組織中に新生血管形成がないかほんの僅かである癌（腫瘍）を言う。
特に、本発明のポリペプチド治療薬は癌（腫瘍）の治療又は防止に有用であり、その例として本発明を限定するものではないが、腸癌、乳癌、中皮腫、前立腺癌、膀胱癌、頭部癌及び頚部癌等の扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、カポジ肉腫、及び白血病が挙げられる。
【００９６】
本発明の方法で例えば１以上のポリペプチド治療薬は、一緒（同時）に又は異なる時（逐次的）に投与できる。更に、本発明のポリペプチド治療薬は、別の種類の癌治療用又は血管形成阻害用化合物とともに投与できる。
例えば、本発明の方法は単独で実施できる。又、本発明の方法は、増殖性障害（例えば、腫瘍）の治療又は防止を目的とする他の従来の抗癌治療用アプローチと組み合わせても使用できる。例えば、これら方法は、予防的癌防止、外科手術後の癌再発及び癌転移の防止、及び他の従来の癌治療法の補強剤（adjuvant）として使用できる。本発明では従来の癌治療法（例えば、化学療法、放射線治療法、光線療法、免疫療法、及び外科的治療）の有効性が本発明のポリペプチド治療薬の使用により強化されることを認識できる。
【００９７】
広い範囲の従来の化合物が抗新生物性活性を有することが示された。これらの化合物は、化学療法中で充実性腫瘍を縮小させ、転移及び更なる増殖を防止し、又は白血病又は骨髄悪性腫瘍での悪性細胞数を減少させるための医薬的試薬として使用されてきている。化学療法は種々の悪性疾患種の治療に効果的ではあるが、多くの抗新生物性化合物は望ましくない副次的効果を誘起する。２以上の異なる治療が組み合わされた場合に、それらの治療は相乗的に作用してそれぞれの治療の投薬量を減少させることを可能とすることが示され、その結果より高い投薬量ではそれぞれの化合物が発生させる有害な副作用効果を減少させる。又例えば、治療困難な悪性疾患でも２以上の異なる治療の併合治療法が効果を示す場合がある。
【００９８】
本発明のポリペプチド治療薬が別の従来の抗新生物性試薬と組み合わせて、併合して又は逐次的に投与される場合、これら治療薬は、抗新生物性試薬の治療的効果を強化するかこれら抗新生物性試薬への細胞の耐性を克服することを示す。これは抗新生物性試薬の投薬の減少を可能とし、その結果目的としない副次的効果を減少させ、耐性細胞中の抗新生物性試薬の効果を回復する。
【００９９】
組み合わせ的抗腫瘍治療法に使用できる医薬的化合物として、単に例示のためであるが下記が挙げられる：アミノグルテチミド、アムサクリン、アナストロゾール、アスパラギナーゼ、ｂｃｇ、ビカルタミド、ブレオマイシン、ブセレリン、ブスルファン、カンプトテシン（campothecin）、カペシタビン、カルボプラチン、カルムスチン、クロラムブシル、シスプラチン、クラドリビン、クロドロネート、コルヒチン、シクロホスファミド、シプロテロン、シタラビン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ジエネストロール、ジエチルスチルベストロール、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エストラジオール、エストラムスチン、エトポシド、エキセメスタン、フィルグラスチム、フルダラビン、フルドロコルチゾン、フルオロウラシル、フルオロキシメステロン、フルタミド、ゲムシタビン、ゲニステイン、ゴセレリン、ヒドロキシウレア、イダルビシン、イホスファミド、イマチニブ、インターフェロン、イリノテカン、イロノテカン（ironotecan）、レトロゾール、ロイコボリン、ロイプロリド、レバミゾール、ロムスチン、メクロレタミン、メドロキシプロゲステロン、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、メスナ、メトトレキサート、マイトマイシン、ミトーテン、ミトキサントロン、ニルタミド、ノコダゾール、オクトレオチド、オキサリプラチン、パクリタキセル、パミドロネート、ペントスタチン、プリカマイシン、ポルフィマー、プロカルバジン、ラルチトレキセド、リツキシマブ、ストレプトゾシン、スラミン、タモキシフェン、テモゾロマイド、テニポシド、テストステロン、チオグアニン、チオテパ、チタノセンジクロリド、トポテカン、トラスツヅマブ、トレチノイン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン及びビノレルビン。
【０１００】
これらの化学療法の抗腫瘍化合物は、それらの作用機構により、例えば下記グループに分類できる：ピリミジンアナログ（５-フルオロウラシル、フロクスウリジン、カペシタビン、ゲムシタビン及びシタラビン）及びプリンアナログ、葉酸アンタゴニスト並びに関連する抑制剤（メルカプトプリン、チオグアニン、ペントスタチン及び２-クロロデオキシアデノシン（クラドリビン））等の代謝拮抗物質／抗癌試薬；ビンカアルカロイド（ビンブラスチン、ビンクリスチン及びビノレルビン）等の天然生成物、タキサン（パクリタキセル、ドセタキセル）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ノコダゾール、エポチロン及びナベルビン等の微少管破壊剤、エピジ（epidi）ポドフィロトキシン系（エトポシド、テニポシド）、ＤＮＡ損傷剤（アクチノマイシン、アムサクリン、アンスラサイクリン系、ブレオマイシン、ブスルファン、カンプトセシン、カルボプラチン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、サイトキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ヘキサメチルメラミンオキサリプラチン、イフォスファミド、メルファラン、merchlorehtamine、マイトマイシン、ミトキサントロン、ニトロソウレア、プリカマイシン、プロカルバジン、タキソール、タキソテール、テニポシド、トリエチレンチオホスホルアミド及びエトポシド（ＶＰ１６））等の抗増殖性／細胞分裂抑制剤；ダクチノマイシン（アクチノマイシンＤ）、ダウノルビシン、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、イダルビシン、アンスラサイクリン系、ミトキサントロン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）及びマイトマイシン等の抗生物質；酵素（Ｌ-アスパラギンを全身的に新陳代謝させ、それら自身アスパラギンの合成能力を有さない細胞を除去するＬ-アスパラギナーゼ）；抗血小板試薬；窒素マスタード（メクロレタミン、シクロホスファミド及びアナログ、メルファラン、クロラムブシル）、エチレンイミン類及びメチルメラミン類（ヘキサメチルメラミン及びチオテパ）、アルキルスルホネート-ブスルファン、ニトロソウレア類（カルムスチン（ＢＣＮＵ）及びアナログ、ストレプトゾシン）、トラゼン-ダカルバジニン（ＤＴＩＣ）等の抗増殖性／細胞分裂抑制アルキル化試薬；葉酸アナログ（メトトレキサート）等の抗増殖性／細胞分裂抑制代謝拮抗物質；白金配位錯体（シスプラチン、カルボプラチン）、プロカルバジン、ヒドロキシウレア、ミトーテン、アミノグルテチミド；ホルモン類、ホルモンアナログ（エストロゲン、タモキシフェン、ゴセレリン、ビカルタミド、ニルタミド）及びアロマターゼ阻害薬（レトロゾール、アナストロゾール）；抗凝血剤（ヘパリン、合成ヘパリン塩及び他のトロンビン阻害薬）；フィブリン溶解性試薬（組織プラスミノゲン活性化剤、ストレプトキナーゼ及びウロキナーゼ等）、アスピリン、ジピリダモール、チクロピジン、クロピドグレル、アブシキシマブ；抗遊走性試薬；抗分泌性試薬（breveldin）；免疫抑制剤（シクロスポリン、タクロリムス（ＦＫ-５０６）、シロリムス（ラパマイシン）、アザチオプリン、ミコフェノレート・モフェチル）；抗血管形成化合物（ＴＮＰ-４７０、ゲニステイン）及び増殖因子抑制剤（血管の内���性増殖因子（ＶＥＧＦ）抑制剤、繊維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）抑制剤）；アンギオテンシンレセプターブロッカー；一酸化窒素ドナー類；アンチセンスオリゴヌクレオチド；抗体（トラスツヅマブ）；細胞周期停止剤及び分化誘起剤（トレチノイン）；ｍＴＯＲ抑制剤、トポイソメラーゼ抑制剤（ドキソルビシン（アドリアマイシン）、アムサクリン、カンプトセシン、ダウノルビシン、ダクチノマイシン、エニポシド（eniposide）、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン及びミトキサントロン、トポテカン、イリノテカン）、コルチコステロイド類（コーチゾン、デキサメタゾン、ハイドロコーチゾン、メチルペドニソロン、プレドニゾン及びプレニソロン）；増殖因子シグナル変換キナーゼ抑制剤；ミトコンドリア性機能障害誘起剤及びカスパーゼ活性化剤；及びクロマチンかく乱剤。
【０１０１】
例えば、組み合わせ抗血管形成治療法に使用できる医薬的化合物として下記が挙げられる。（１）ｂＦＧＦ（基本的繊維芽細胞増殖因子）等の「血管形成分子」の放出抑制剤；（２）抗βｂＦＧＦ抗体等の血管形成分子中和剤；並びに（３）コラゲナーゼ阻害剤、基底膜代謝回転抑制剤、血管新生阻害ステロイド、菌由来血管形成抑制剤、血小板因子４、トロンボスポンジン、Ｄ-ペニシルアミン及びチオリンゴ酸金塩等の関節炎薬、ビタミンＤ3アナログ、α-インターフェロン等の血管形成刺激への内皮細胞応答抑制剤。更に血管形成抑制剤として、Bloodら、Bioch.Biophys.Acta、1032:89-118（1990）、Mosesら、Science、248:1408-1410（1990）、Ingberら、Lab.Invest.59:44-51（1988）、及び米国特許番号第５０９２８８５号、５１１２９４６号、５１９２７４４号、５２０２３５２号、及び６５７３２５６号に記載されているものが挙げられる。更に、血管形成を阻害するために使用できる広い範囲の化合物があり、下記に例示される：ＶＥＧＦ-仲介された血管形成経路をブロックするペプチド又は試薬、エンドスタチン蛋白質又は誘導体、アンギオスタチンのリシン結合フラグメント、メラニン又はメラニン-促進化合物、プラスミノゲンフラグメント（例えばプラスミノゲンのクリングル１〜３）、トロポイン（tropoin）サブユニット、ビトロネクチンαvβ3のアンタゴニスト、サポシンＢ由来ペプチド、抗生物質又はアナログ（例えば、テトラサイクリン又はネオマイシン）、ジエノゲスト含有組成物、ペプチドへ連結されたＭｅｔＡＰ-２阻害コアを含有する化合物、化合物ＥＭ-１３８、カルコン及びそのアナログ、並びにＮＡＡＬＡＤａｓｅ抑制剤。例えば、米国特許番号第６３９５７１８号、６４６２０７５号、６４６５４３１号、６４７５７８４号、６４８２８０２号、６４８２８１０号、６５００４３１号、６５００９２４号、６５１８２９８号、６５２１４３９号、６５２５０１９号、６５３８１０３号、６５４４７５８号、６５４４９４７号、６５４８４７７号、６５５９１２６号、及び６５６９８４５号参照。
【０１０２】
組み合わせ治療法の性質に応じて、本発明のポリペプチド治療薬の投与は、他の治療法の実施中及び／又はその後に続けられてもよい。このポリペプチド治療薬の投与は、単回投与でも複数回投与でもよい。例えば、本発明のポリペプチド治療薬の投与は、従来の治療法の少なくとも数日前に開始されてもよく、又その投与は従来の治療法の直前又はその投与時のいずれかで開始されてもよい。
【０１０３】
ＶII．投与方法及び医薬的組成物
例えば、本発明のポリペプチド治療薬（例えば、可溶性ポリペプチド又は抗体）は、医薬的に適用可能なキャリアと共に配合できる。これら治療薬は、単体として又は医薬的配合物（組成物）の成分として投与できる。化合物は、ヒトへの使用又は動物用医薬に適した方法ですれるために配合できる。ドデシル硫酸ナトリウム及びステアリン酸マグネシウム等の、湿潤剤、乳化剤及び潤滑剤、並びに着色剤、離型剤、コーティング剤、甘味剤、矯味剤及び香料、保存薬及び抗酸化剤も又本発明の組成物中に存在できる。
【０１０４】
本発明のポリペプチド治療薬の配合物には、経口／経鼻、局所的、非経口（腸管外）、直腸内、及び／又は膣内投与へ適切なものが含まれる。配合物は単位剤形の形で便利に提供でき、製薬分野で公知の方法により調製できる。単一剤形を生産するためにキャリア材料へ組み合わせできる活性成分量は、治療されるホスト、特別な投与モードに応じて変化できる。単一剤形を生産するためにキャリア材料へ組み合わせできる活性成分量は、一般的に治療的効果を得られる化合物量である。
【０１０５】
例えば、本発明の配合物又は組成物の調製方法として、異なる種類の抗腫瘍薬又は抗血管形成治療薬及びキャリア、任意で１以上の補助成分を組み合わせてもよい。一般的に、配合物は液体キャリア、又は微細粉砕固体キャリア、又は両方と共に調製し、次に必要な場合には成形して製品化してもよい。
【０１０６】
経口投与用配合物は、カプセル、カシェ剤、丸薬、錠剤、ロゼンジ（香料ベース、通常スクロース及びアカシア又はトラガカントを使用）、粉剤、粒剤の形状でもよく、水性若しくは非水性液体の溶液若しくは懸濁液、水中油型若しくは油中水型の液体エマルジョン、エリキシル剤若しくはシロップ、又は香錠（ゼラチン及びグリセリン、又はスクロース及びアカシア等の不活性基材を使用）及び／又は口内洗浄剤等の形状としてもよく、それぞれ活性成分として所定量の本発明のポリペプチド治療薬を含有する。
【０１０７】
経口投与用固体剤形（カプセル、錠剤、丸薬、糖衣錠、粉剤、粒剤等）として、本発明の１以上のポリペプチド治療薬は、クエン酸ナトリウム又はリン酸二カルシウム等の１以上の医薬的に適用可能なキャリア及び／又は下記いずれかと混合してもよい：（１）デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール及び／又はケイ酸等の充填剤又は増量剤；（２）カルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース及び／又はアカシア等の結合剤；（３）グリセロール等の湿潤剤；（４）寒天、炭酸カルシウム、ポテト又はタピオカデンプン、アルギン酸、所定のケイ酸塩及び炭酸ナトリウム等の崩壊剤；（５）パラフィン等の溶解遅延剤；（６）第四級アンモニウム化合物等の吸収促進剤；（７）セチルアルコール、グリセロールモノステアラート等の湿潤剤；（８）カオリン及びベントナイトクレイ等の吸着担体；
（９）タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固形ポリエチルグリコール、ドデシル硫酸ナトリウム及びそれらの混合物等の吸収剤；並びに（１０）着色剤。カプセル、錠剤及び丸薬の場合、本発明の医薬的組成物は又、緩衝剤を含有してもよい。類似種の固体組成物も又、ラクトース又は乳糖類、並びに高分子量ポリエチレングリコール等の賦形剤を使用した、軟質及び硬質充填ゼラチンカプセル中の充填剤として採用できる。
【０１０８】
経口投与用液体剤形として、医薬学的に適用可能なエマルジョン、ミクロエマルジョン、溶液、懸濁液、シロップ及びエリキシル剤が挙げられる。活性成分に加え、液体剤形は、当分野で通常使用される不活性希釈剤を含有してもよく、その例として、水又は、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、ベンジルベンゾアート、プロピレングリコール、１，３-ブチレングリコール、オイル（特に、綿実油、ピーナッツ油、コーン油、胚芽油、オリーブ油、ひまし油及びゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコール及びソルビタンの脂肪酸エステル、並びにそれらの混合物等の他の溶剤、可溶化剤及び乳化剤が挙げられる。一方、不活性希釈剤、経口組成物も又湿潤剤、乳化剤及び懸濁剤、甘味剤、矯味剤、着色剤、香料及び保存薬等の添加剤を含有してもよい。
【０１０９】
懸濁液は活性化合物に加え、エトキシル化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトール及びソルビタンエステル、微結晶性セルロース、アルミニウムメタハイドロオキシド、ベントナイト、寒天及びトラガカント並びにそれらの混合物等の懸濁剤を含有してもよい。
【０１１０】
特に、本発明の方法は、局所的に、（子宮）頸部及び膣上の皮膚又は粘膜のいずれか上にも投与できる。これは、腫瘍へ直接的に投薬する最も大きな機会であり、かつ副次的効果を誘導する最も低い機会を与える。この局部用配合物は、皮膚に効果的であり、角質層浸透強化剤として公知の、１以上の種々の試薬を更に含有してもよい。これらの例として、２-ピロリドン、Ｎ-メチル-２-ピロリドン、ジメチルアセトタミド、ジメチルホルムアミド、プロピレングリコール、メチルアルコール又はイソプロピルアルコール、ジメチルスルホキシド及びアゾン（azone）が挙げられる。追加的試薬は、配合物を化粧品として適用可能とするためにも更に含有できる。これらの例として、脂肪、ワックス、オイル、染料、香料、保存薬、安定剤及び表面活発な試薬が挙げられる。当分野で公知の角質溶解剤も又含有できる。その例示としてサリチル酸及びイオウが挙げられる。
【０１１１】
局所的又は経皮的投与用の剤形として、粉剤、スプレー、軟膏、ペースト、スプレー、クリーム、ローション、ゲル、溶液、パッチ及び吸入剤が挙げられる。本発明のポリペプチド治療薬は、無菌性条件下で医薬的に適用可能なキャリアと、及び必要ないずれかの保存薬、バッファ又は噴射剤と混合されてもよい。軟膏、ペースト、クリーム及びゲルは、本発明のポリペプチド薬へ加え更に、動物性及び植物性脂肪、オイル、ワックス、パラフィン、デンプン、トラガカント、セルロース誘導体、ポリエチレングリコール、シリコーン樹脂、ベントナイト、ケイ酸、タルク及び酸化亜鉛又はそれらの混合物等の賦形剤を含有してもよい。
【０１１２】
粉剤及びスプレーは、本発明のポリペプチド治療薬に加え更に、ラクトース、タルク、ケイ酸、水酸化アルミニウム、ケイ酸カルシウム及びポリアミド粉、又はこれらの物質の混合物等の賦形剤を含有してもよい。スプレーは更にクロロフルオロ炭化水素並びにブタン及びプロパン等の揮発性非置換炭化水素等の通常の噴射剤を含有できる。
【０１１３】
非経口（腸管外）投与用に適切な医薬的組成物は、１以上の医薬学的に適用可能な無菌性等張水又は非水性溶液、分散体、懸濁液若しくはエマルジョン、又は使用直前に無菌性注射用溶液又は分散体内で再構成される無菌性粉剤と組み合わせた１以上のポリペプチド治療薬を含有してもよく、それは抗酸化剤、バッファ、静菌薬、対象とするレシピエントの血液と等張な配合物とする溶質、又は懸濁剤若しくは増粘剤を含有してもよい。本発明の医薬的組成物で使用できる適切な水性及び非水性キャリアの例として、水、エタノール、ポリオール（グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール等）及びそれらの適切な混合物、オリーブオイル等の植物性オイル、並びに、エチルオレアート等の注射用有機的エステルが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチン等のコーティング材料の使用、分散体の場合必要な粒子径の維持及び界面活性剤の使用を行うことにより維持できる。
【０１１４】
本発明の組成物は又、保存薬、湿潤剤、乳化剤及び分散剤等の添加剤を含有してもよい。微生物の活動防止は、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸等の種々の抗細菌性及び抗真菌剤の含有により確保できる。糖類、塩化ナトリウム等の等張性試薬を本発明の組成物中に含有させることも又好ましい。更に、注射可能な医薬形態の長期間吸収は、アルミニウムモノステアレート及びゼラチン等の吸収遅延剤の包含により達成できる。
【０１１５】
注射可能な貯蔵体は、ポリラクチド-ポリグリコリド等の生分解性ポリマー中の１以上のポリペプチド治療薬のマイクロカプセル化マトリックスを形成することにより製造できる。薬のポリマーに対する割合及び使用される所定のポリマーの性質に依存して、薬放出速度が制御できる。他の生分解性ポリマーの例として、ポリ（オルソエステル）及びポリ（アンハイドライド）が挙げられる。注射可能な配合貯蔵体は又、リポソーム中又は体組織適合性のあるミクロエマルジョン中にドラッグを捕捉することにより調製できる。
【０１１６】
膣内又は直腸内投与用配合物は、１以上の本発明の化合物を１以上の適切な非刺激性賦形剤又はキャリアと混合して製造される座薬として提供できる。上記賦形剤等として例えば、ココアバター、ポリエチレングリコール、座薬ワックス又はサリチラートが挙げられ、それらは室温で固体であるが体温で液体であるため、直腸内又は膣腔内で溶解して活性化合物を放出する。
【０１１７】
例えば、本発明のポリペプチド治療薬は、真核プロモーターから細胞内で発現できる。例えば、EphB4又はエフリンB2の可溶性ポリペプチドは、適切なベクターから真核細胞中で発現できる。ベクターは好ましくはＤＮＡプラスミド又はウィルス性ベクターである。ウィルス性ベクターは本発明を限定するものではないが、アデノ関連ウィルス、レトロウィルス、アデノウィルス、又はアルファウィルスをベースとして構成できる。好ましくは、ベクターは確実にターゲット細胞中に導入されその中で存続する。又、ウィルス性ベクターは一時的発現を起こすためにも使用できる。これらのベクターは必要に応じて繰り返して投与できる。本発明のポリペプチド治療薬をエンコードするベクターのデリバリーは、静脈内又は筋肉内投与により全身的に行える。それは、患者から外植されたターゲット細胞内へ導入してから患者中へ再投入することにより、又は目的とするターゲット細胞を導入することを可能とする他の手段により行える（Coutureら、1996、TIG、12、510参照）。
【実施例】
【０１１８】
例示
本発明を上記概説したが、下記実施例により更に容易に理解できる。下記実施例は単に本発明の例示を目的として記載されており、本発明を限定するものではない。
【０１１９】
実施例１（ヒトエフリンB2及びEphB4蛋白質の細胞外領域の可溶性誘導体）
ヒトエフリンB2及びEphB4蛋白質の細胞外領域の可溶性誘導体は、予測される短縮された完全長のエフリンB2（Ｂ４ＥＣｖ３、Ｂ２ＥＣ）の細胞外領域、又はその領域とＢ２ＥＣ-ＦＣ、Ｂ４ＥＣｖ２-ＦＣ及びＢ４ＥＣｖ３-ＦＣ等のヒト免疫グロブリンの定常領域（IgGl Ｆｃフラグメント）との翻訳上の（translational）融合のいずれかを表す。代表的ヒトエフリンB2構築物及びヒトEphB4構築物を図１４及び図１５に示す。
【０１２０】
これらの組み換え型蛋白質をエンコードするｃＤＮＡフラグメントは、材料及び方法段落に詳細に記載されるように（下記参照）、ほ乳類発現ベクターへサブクローンされ、一時的に発現するか、ほ乳類細胞系を確実にトランスフェクトして、精製されて均質となった。蛋白質の推定アミノ酸配列を図１〜図５に示す。高純度の単離された蛋白質及びそれらの認識を、対応する抗エフリンB2及び抗EphB4モノクローナル又はポリクローナル抗体により確認した。組み換え型蛋白質は、予測される高親和性結合、結合競合及びそれらの対応する結合パートナーとの特異性性質を示し、それらは生物化学的アッセイにより確認された（例えば図６〜８参照）。
【０１２１】
これら可溶性誘導体蛋白質ヒトエフリンB2及びEphB4は、数個の細胞-ベースアッセイ及び血管形成又は抗癌活性を測定するin vivoアッセイによる生物学的活性の能力を示し、従ってそれは抗血管形成及び抗癌治療用の将来性のあるドラッグ候補である。Ｂ４ＥＣｖ３並びにＢ２ＥＣ及びＢ２ＥＣ-ＦＣ蛋白質は、ヒト内皮細胞の走化性をブロックし（へその緒及び肝臓性ＡＥＣ又はＶＥＣで試験した）、細胞外マトリックス（マトリゲル、商標）の変質の減少及び増殖因子刺激に対する応答における移動を減少させた（図９〜１１）。Ｂ４ＥＣｖ３及びＢ２ＥＣ-ＦＣ蛋白質はそれらの内皮細胞管形成阻害により示される抗血管形成効果の能力を有する（図１２〜１３）。
【０１２２】
材料及び方法
１）エフリンB2及びEphB4の組み換え型可溶性誘導体生産用のほ乳類発現ベクター；
エフリンB2及びEphB4の組み換え型可溶性誘導体を発現するためのプラスミドベクターは、pEF6／V5-His-TOPOベクター（インビトロジェン社製）、pIG（Novagen社製）又はｐＲＫ５をベースとした。pEF6／V5-His-TOPOは、ヒト延長因子１ａエンハンサー／プロモーター及びブラストサイジン耐性マーカーを含有する。pIGベクターは、ＣＭＶプロモーター調節下でヒトIgG１のＦｃ部位との高レベル発現の蛋白質融合をするように設計され、ｐＲＫ５は一般的目的ＣＭＶプロモーター含有ほ乳類発現ベクターである。プラスミド構築物pEF6-Ｂ４ＥＣ-ＮＴを生成するために、ヒトEphB4のｃＤＮＡフラグメントを、オリゴプライマー５’-ＧＧＡＴＣＣＧＣＣ  ＡＴＧＧＡＧＣＴＣ  ＣＧＧＧＴＧＣＴＧＣＴ-３’（SEQ ID NO: 1）及び５’-ＴＧＧＡＴＣＣＣＴ  ＧＣＴＣＣＣＧＣ  ＣＡＧＣＣＣＴＣＧ  ＣＴＣＴＣＡＴＣＣＡ-３’ （SEQ ID NO: 2）を使用してＰＣＲ法で増幅し、pEF6／V5-His-TOPOベクターへＴＯＰＯ-クローン化した。pEF6-ｈＢ４ＥＣｖ３は、pEF6-Ｂ４ＥＣＮＴに由来し、プラスミドＤＮＡをＥｃｏＲＶ及びＢｓｔＢＩで消化して、Klenow酵素及びリライゲートベクターで末端を補完した。pEF6-Ｂ４ＥＣ-ＮＴによりエンコードされた組み換え型EphB4誘導体は、エピトープ-又は精製標識を含有しない一方、pEF6-ｈＢ４ＥＣｖ３によりエンコードされた類似のＢ４ＥＣｖ３蛋白質は、そのＣ-末端にＶ５エピトープ標識及び６ｘＨｉｓ標識を含有し、条件付けした培地からの精製を促進する。プラスミド構築物pEF6-ｈＢ２ＥＣを、オリゴプライマー５’-ＴＧＧＡＴＣＣＡＣ  ＣＡＴＧＧＣＴＧＴ  ＧＡＧＡＡＧＧＧＡＣ-３’（SEQ ID NO: 3）及び５’-ＡＴＴＡＡＴＧＧＴＧＡＴＧＧＴ  ＧＡＴ  ＧＡＴＧＡＣＴＡＣ  ＣＣＡＣＴＴＣＧＧ  ＡＡＣＣＧＡＧＧＡＴＧＴＴＧＴＴＣ-３’（SEQ ID NO: 4）を使用した、エフリンB2ｃＤＮＡのＰＣＲ増幅をし、pEF6／V5-His-TOPOベクター中へのＴＯＰＯ-クローニングにより製造した。プラスミド構築物pIG-ｈＢ２ＥＣ-ＦＣを、オリゴプライマー５’-ＴＡＡＡＧＣＴＴＣＣＧＣＣＡＴＧＧ  ＣＴＧＴＧＡＧＡＡＧＧＧＡＣ-３’（SEQ ID NO: 5）及び５’-ＴＡＧＧＡＴＣＣＡＣＴＴＣＧＧＡ  ＡＣＣＧＡＧＧＡＴＧＴＴＧＴＴ  ＣＣＣ-３’（SEQ ID NO: 6）を使用した、エフリンB2 ｃＤＮＡのＰＣＲ増幅をし、それに続くＴＯＰＯ-クローニングにより製造し、次に得られたＰＣＲフラグメントをＢａｍＨＩ及びＨｉｎｄIIIにより切断したpIGｈIgG１Fc融合発現ベクター内でサブクローニングして塩基配列決定した。同様に、pIG-ｈＢ２ＥＣ及びpIG-ｈＢ４ＥＣｖ３をオリゴプライマー５’-ＡＴＡＡＧＣＴＴＣＣ  ＧＣＣＡＴＧＧＡＧＣ  ＴＣＣＧＧＧＴＧＣＴＧ-３’（SEQ ID NO: 7）及び５’-ＴＴＧＧＡＴＣＣＴＧＣＴＣＣＣＧ  ＣＣＡＧＣＣＣＴＣＧＣ  ＴＣＴＣＡＴＣ-３’（SEQ ID NO: 8）を使用して、EphB4  ＥＣＤ  ｃＤＮＡのＰＣＲ増幅部位を製造し、次にＢａｍＨ Ｉ及びＨｉｎｄ IIIにより切断したpIGｈIgG１Fc融合発現ベクター内へ続いてサブクローニングした。上記ベクターによりエンコードされた蛋白質の推定配列を図１〜５に示す。
【０１２３】
２）ほ乳類細胞培養及びトランスフェクション；
ＨＥＫ２９３Ｔ（ヒト胎児腎臓系）細胞を１０％半透膜ろ過した（dialyzed）ウシ胎仔血清及び１％ペニシリン／ストレプトマイシン／ネオマイシン抗生物質と共にＤＭＥＭ中に保持した。細胞を５％ＣＯ2／９５％空気湿生雰囲気下３７℃で保持した。トランスフェクションをリポフェクタミン２０００試薬（商標、インビトロジェン社製）を使用して製造者のプロトコルに従い行った。トランスフェクション１日前、２９３Ｔ細胞をトランスフェクション時に８０％接触（confluence）となるように高密度で接種した。プラスミドＤＮＡ及びリポフェクタミン（商標）試薬（１：３比）をＯｐｔｉ-ＭＥＭＩ血清使用量低減培地（商標、インビトロジェン社製）中で５分間稀釈し、一緒に混合してＤＮＡ；リポフェクタミン（商標）複合体を形成した。１０ｃｍ培養皿それぞれには、１０μｇのプラスミドＤＮＡを使用した。２０分後、上記複合体を培養培地中の細胞へ直接添加した。トランスフェクション１６時間後、培地を吸引し、血清フリーＤＭＥＭで１回洗浄し、血清フリーＤＭＥＭで置換した。分泌された蛋白質を４８時間に後条件付き培地を採集することにより採取した。条件付き培地を１００００ｇで２０分間遠心分離して清澄化し、０．２μｍフィルターを通してろ過して精製用に使用した。
【０１２４】
３）安定な細胞系の構築；
EphB4ＥＣｖ３及びEphB4ＥＣｎｔ  ＨＥＫ２９３又はＨＥＫ２９３Ｔを生産する安定な細胞系を構築するために、細胞を、pEF6-Ｂ４ＥＣｖ３又はpEF6-Ｂ４ＥＣ-ＮＴプラスミド構築物のいずれかで上記のようにトランスフェクトし、抗生物質ブラストサイジンを使用して選択した。トランスフェクション２４時間後、細胞を低密度で接種した。翌日、細胞を１０μｇ／mlのブラストサイジンで処理した。ドラッグ選択２週間後、生存細胞をプールし、更に単一細胞クローン展開を選択した。安定細胞確立後、それらを４μｇ／mlブラストサイジン中で維持した。条件付け培地を試験して、組み換え型蛋白質それぞれの発現及び分泌を確認した。発現の特異性を、抗Ｂ４モノ-又はポリクローナルＡＢを使用したウェスタンブロット法及びＢ２ＥＣ-ＡＰ試薬結合競合アッセイで確認した。
【０１２５】
４）蛋白質精製；
ＨＥＫ２９３細胞をEphB4外部ドメイン（Ｂ４ＥＣｖ３）の分泌型をエンコードするプラスミドで一時的にトランスフェクトした。条件付き培地を採取し、１０ｍＭイミダゾール、０．３ＭＮａＣlを補充し、２００００ｇで３０分間遠心分離して細胞片及び不溶性粒子を除去した。８０mlの得られた上澄みを、１mlのＮｉ-ＮＴＡ-アガロース（QIAGEN社製）を有する予め平衡化したカラム上に流速１０ml／ｈで添加した。カラムを１０mlの５０ｍＭ Tris-HCl、０．３ＭＮａＣl及び１０ｍＭイミダゾール、ｐＨ８で洗浄後、残っている蛋白質を３mlの０．２５Ｍイミダゾールで溶離した。溶離した蛋白質を２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５Ｍ  ＮａＣl、ｐＨ８に対して一晩透析した。Ｂ４ＥＣｖ３の純度及び特性を、ＰＡＧＥ／クマシーＧ-２５０法及び抗EphB4抗体を使用したウェスタンブロット法により評価した。最後に、Ｂ４ＥＣｖ３の濃度を測定し、蛋白質をアリコートにして-７０℃で保存した。
Ｂ４ＥＣ-ＦＣ蛋白質及びＢ２ＥＣ-ＦＣ蛋白質も同様に精製した。
【０１２６】
５）生物化学的アッセイ；
Ａ．結合アッセイ：
１０μｌのＮｉ-ＮＴＡ-アガロースをマイクロ遠心機用試験管中で、結合バッファＢＢ（２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５Ｍ  ＮａＣl、０．１％ウシ血清アルブミンｐＨ８）中で稀釈した５０μｌ表示量のＢ４ＥＣｖ３を使用してインキュベートした。
振とう台上でのインキュベーション３０分後、Ｎｉ-ＮＴＡビーズを１．４mlのＢＢで２回洗浄し、次に５０μｌのＢ２-ＡＰを使用して最終濃度５０ｎＭとした。結合を３０分間振とう台上で行い、次に試験管を遠心分離し、１．４mlのＢＢで１回洗浄した。沈降したＡＰ量をＰＮＰＰ処理後に比色分析で測定した。
【０１２７】
Ｂ．阻害アッセイ；
（溶液中の阻害）
５０μｌのＢＢ中に稀釈された異なる量のＢ４ＥＣｖ３を、５０μｌの５ｎＭ  Ｂ２ＥＣ-ＡＰ試薬で予備インキュベートした（エフリンB2外部ドメインの胎盤性アルカリホスファターゼとの蛋白質融合）。１時間インキュベーション後、結合していないＢ２ＥＣ-ＡＰを膜結合した完全長EphB4を発現するＨＥＫ２９３細胞５０００と共に２０分間沈降させた。結合反応を１．２mlのＢＢで希釈して停止し、次に１０分間遠心分離した。上澄みを廃棄し、採取された細胞に関するアルカリホスファターゼ活性をパラ-ニトロフェニルホスフェート（ＰＮＰＰ）基質を添加して測定した。
【０１２８】
（細胞ベースの阻害）
Ｂ４ＥＣｖ３を２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５Ｍ  ＮａＣl、０．１％ＢＳＡ、ｐＨ８中に連続的に稀釈し、膜結合した完全長エフリンB2を発現するＨＥＫ２９３細胞５０００と混合した。インキュベーション１時間後、５０μｌの５ｎＭ  Ｂ４ＥＣ-ＡＰ試薬（EphB4外部ドメインと胎盤性アルカリホスファターゼとの蛋白質融合）をそれぞれの試験管中へ３０分間添加し、未結合のエフリンB2結合部位を検出した。結合反応を１．２mlのＢＢでの希釈により停止し、遠心分離した。細胞-沈降したＡＰの比色分析的反応をＰＮＰＰ基質で展開した。
【０１２９】
Ｃ．Ｂ４ＥＣ-ＦＣ結合アッセイ；
（プロテインＡ-アガロースベースアッセイ）１０μｌのプロテインＡ-アガロースをエッペンドルフ型試験管中で、結合バッファＢＢ（２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５Ｍ  ＮａＣl、０．１％ＢＳＡ、ｐＨ８）中に稀釈した５０μｌの表示量のＢ４ＥＣ-ＦＣと共にインキュベートした。振とう台上でインキュベーション３０分間後、プロテインＡアガロースビーズを１．４mlのＢＢで２回洗浄し、次に５０μlのＢ２ＥＣＡＰ試薬を適用して最終濃度５０ｎＭとした。結合を３０分間振とう台上で行い、次に試験管を遠心分離し、１．４mlのＢＢで１回洗浄した。沈降したＡＰの比色分析的反応をＰＮＰＰの適用後に測定した（図６）。
【０１３０】
（ニトロセルロースベースのアッセイ）Ｂ４ＥＣ-ＦＣを連続的に２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５ＭＮａＣl、５０μｇ／mlＢＳＡ、ｐＨ８中に稀釈した。２μｌのそれぞれのフラクションをニトロセルロースストリップ上に適用し、スポットを３分間乾燥させた。ニトロセルロースストリップを５％無脂肪乳で３０分間ブロックし、次に５ｎＭ  Ｂ２ＥＣ-ＡＰ試薬でインキュベーションした。結合用インキュベーション４５分後、ニトロセルロースを２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５Ｍ  ＮａＣl、５０μｇ／ml ＢＳＡ、ｐＨ８で２回洗浄し、アルカリホスファターゼ基質シグマＦａｓｔ（シグマ社製）を適用して色を展開した。
【０１３１】
Ｄ．Ｂ４ＥＣ-ＦＣ阻害アッセイ；
（溶液中阻害）Ｂ４ＥＣｖ３について記載した上記参照。結果を図７に示す。
（細胞ベースの阻害）Ｂ４ＥＣｖ３について記載した上記参照。
Ｅ．Ｂ２ＥＣ-ＦＣ結合アッセイ；
（プロテインＡ-アガロースベースアッセイ）Ｂ４ＥＣ-ＦＣについて記載した上記参照。結果を図８に示す。
（ニトロセルロースベースのアッセイ）Ｂ４ＥＣ-ＦＣについて記載した上記参照。
【０１３２】
６）細胞-ベースのアッセイ；
Ａ．増殖阻害アッセイ：
ヒトへその緒静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）（１．５×１０3）を１００μｌのＥＢＭ-２（Clonetic社製、番号ＣＣ３１６２）を含む９６-ウェルプレート中にプレートする。２４時間後（第０日）、試験用組み換え型蛋白質（１００μｌ）をそれぞれのウェルへＥＢＭ-２培地中に２×目的濃度（５〜７濃度レベル）で添加する。第０日に、１のプレートを２０％メタノール中０．５％クリスタルバイオレットで１０分間染色し、水で洗浄し、空気乾燥する。残っているプレートを７２時間３７℃でインキュベートする。７２時間後、プレートを２０％メタノール中０．５％クリスタルバイオレットで染色し、水で洗浄し、空気乾燥する。染色は、エタノール：０．１Ｍクエン酸ナトリウム１：１溶液で溶離し（第０日プレートを含む）、吸光度５４０ｎｍでＥＬＩＳＡリーダー（Dynatechラボラトリーズ社製）を使用して測定する。第０日吸光度を７２時間プレート結果から減じ、データをコントロール増殖（ビヒクル処理した細胞）割合としてプロットする。ＩＣ50（５０％阻害を発生する薬剤濃度）をプロットしたデータから算出する。
【０１３３】
Ｂ．コード形成アッセイ（内皮細胞管形成アッセイ）；
マトリゲル（商標）（６０μｌの１０ｍｇ／ml；Collaborative Lab社製、番号３５４２３）を氷冷９６-ウェルプレートのそれぞれのウェル中に配置した。プレートを室温で１５分間放置し、次に３７℃３０分間インキュベートし、マトリゲルをポリマー化した。その間に、ＨＵＶＥＣをＥＧＭ-２（Clonetic社製、番号ＣＣ３１６２）中に濃度２×１０5細胞／mlで調製する。試験化合物を２×目的濃度（５濃度レベル）で同一の培地中に調製する。細胞（５００μｌ）及び２×ドラッグ（５００μｌ）を混合し、２００μｌのこの懸濁液をポリマー化したマトリゲル上で複製配置する。インキュベーション２４時間後、三個の試験画像をBioquant画像分析システムを使用してそれぞれの濃度で得る。未処理のコントロールと比較した薬剤効果（ＩＣ50）を、形成されたコードの長さ及び結合数を測定して評価する。
【０１３４】
Ｃ．細胞移動アッセイ；
移動を、４８-ウェルボイデンチャンバー（商標）及び８μｍ孔径のコラーゲン被覆された（１０μｇ／mlラット尾コラーゲン；Collaborative Lab社製）ポリカーボネートフィルター（Osmonics、Inc.）を使用して評価する。底部チャンバーウェルに２７〜２９μｌのＤＭＥＭ培地のみ（ベースライン）又は化学走性誘因物質含有培地（ｂＦＧＦ、ＶＥＧＦ又はスイス３Ｔ３細胞条件付け培地）を配置する。上部チャンバーに試験化合物を含む又は含まないＤＭＥＭ＋１％ＢＳＡ中で調製される４５μｌのＨＵＶＥＣ細胞懸濁液（１×１０6細胞／ml）を配する。３７℃で５時間インキュベーション後、膜をＰＢＳ中で洗浄し、Ｄｉｆｆ-Ｑｕｉｃｋ溶液中に固定化して染色する。フィルターをガラススライド上に、移動した細胞を下向きに配置し、上部の細胞をＫｉｍｗｉｐｅ（商標）を使用して除去する。試験は４〜６複製物及びそれぞれのウェルからの５視野を計測して行う。陰性無刺激コントロール値を刺激されたコントロール及びドラッグ処理した値から除き、データを平均移動細胞±S.D.としてプロットする。ＩＣ50をプロットしたデータから算出する。
【０１３５】
実施例２（EphB4レセプターの細胞外領域フラグメントは、血管形成及び腫瘍増殖を阻害する。）
Ａ．EphB4の球状領域が内皮性管形成アッセイ中で、エフリンB2結合のために、及びEphB4由来の可溶性蛋白質活性を測定するために必要である。
レセプターの可溶性組み換え型誘導体の抗血管形成活性に必要十分なEphB4の異所性部位のサブドメインを特定するために、EphB4ＥＣの４種の組み換え型欠失変異体を生産し、試験した（図１６）。EphB4の細胞外部位は、EphＢ及びEphＡレセプターファミリーの他の構成員と同様に、Ｎ-末端リガンド結合球状領域、次にシステイン-リッチ領域及び２個のフィブロネクチン型IIIリピート（ＦＮIII）を含有する。EphB4の完全異所性部位を含有する組み換え型Ｂ４-ＧＣＦ２蛋白質に加え、球状領域及びＣｙｓ-リッチ領域（Ｂ４-ＧＣ）を含有するEphB4ＥＣの３個の欠失変異体を構築した；即ち、球状、Ｃｙｓ-リッチ及び第一のＦＮIII領域（ＧＣＦ１）並びに削除された球状領域（ＣＦ２）を有するＥＣＤ変異体。球状領域のみを含有する短縮されたEphB4ＥＣ蛋白質の数個のバージョンを生産するための試みは成功せず、その理由はこれら全ての構築物から発現した蛋白質の分泌の欠如、及び細胞内で発現された組み換え型蛋白質により結合されたリガンドの不存在であった。更に、Ｂ４-ＧＣＦ２の非標識化体（ＧＣＦ２-Ｆという）は、追加的に融合されたアミノ酸を有さないEphB4の完全な細胞外領域を含有するものであり、発現され、精製され、ここで記載される実験の幾つかで使用された。
【０１３６】
４個全てのＣ末端６ｘＨｉｓ標識化組み換え型蛋白質を一時的にトランスフェクトされた培養ほ乳類細胞中で予備的に発現し、条件付けした増殖培地からＮｉ2+キレート樹脂上のクロマトグラフィーを使用して親和性精製して均質化した（図１７）。明らかにそれらのグリコシル化を原因として、この蛋白質は３４．７ｋＤａ（ＧＣ）、４１．５（ＣＦ２）、４５．６ｋＤａ（ＧＣＦ１）及び５７．８ｋＤａ（ＧＣＦ２）のそれらの予測分子量により示唆されるよりもいくらか高くＳＤＳ-ＰＡＡＧ上を移動する。ヒトEphB4の細胞外領域の配列は、Ｃｙｓ-リッチ領域中の、第一フィブロネクチン型IIIリピート中にあり第一及び第二フィブロネクチンリピート間に位置する、３個の予測Ｎ-グリコシル化部位（ＮＸＳ／Ｔ）を含有する。
【０１３７】
エフリンB2へ結合される精製された組み換え型蛋白質の能力を確定するために、それらをin vitro結合アッセイで試験した。予測されるように、ＣＦ２ではなくＧＣ、ＧＣＦ１及びＧＣＦ２は同系のリガンドエフリンB2を結合し、それはエフリンB2-アルカリホスファターゼ（エフリンB2-ＡＰ）融合蛋白質とＮｉ2+樹脂又はニトロセルロース膜上に固定化されたＢ４蛋白質との相互作用により確認される（図１７）。
【０１３８】
４個全ての蛋白質も又、それらの、リガンド-依存性二量体化、及びＰＣ３細胞中のEphB4レセプターキナーゼの活性化をブロックする能力も試験された。ＰＣ３ヒト前立腺癌細胞系は、上昇したレベルのヒトEphB4を発現することは公知である。ＰＣ３細胞のエフリンB2IgG Fc融合蛋白質による刺激は、レセプターのチロシンリン酸化の急速な誘導を導く。しかし、リガンドのＣＦ２ではなくＧＣＦ２、ＧＣＦ１又はＧＣ蛋白質とのプレインキュベーションは、その次に続くEphB4自動リン酸化を抑制する。蛋白質単独のＰＣ３細胞への添加又は細胞の蛋白質とのプレインキュベーション及び次の培地交換及びリガンド添加は、EphB4リン酸化段階に作用しない。
更に、EphB4の球状領域は、内皮性管形成アッセイ中のEphB4由来の可溶性蛋白質の活性に必要であることが発見された。
【０１３９】
Ｂ．ＨＵＶ／ＡＥＣの可溶性EphB4のin vitro効果； 
可溶性EphB4が血管形成経路中の主要な３段階に作用したか否かを決定するために、初期実験を行った。これらは、ＨＵＶ／ＡＥＣによるin vitroの移動／侵襲、増殖及び細管形成への可溶性EphB4の効果を確定することにより実施した。可溶性EphB4への曝露は、投薬量依存性挙動でのボイデンチャンバー（商標）アッセイ中のｂＦＧＦ及びＶＥＧＦ-両方の誘起移動を非常に阻害し、ｎＭでの重要性を確定した（図１８）。マトリゲル（商標）被覆されたウェル上の、ＨＵＶ／ＡＥＣＳによる細管形成は、ｂＦＧＦ及びＶＥＧＦの不存在及び存在のいずれでも可溶性EphB4により投薬量依存性挙動で非常に阻害された（図１９）。又in vitroで可溶性EphB4のｎＭはＨＵＶＥＣＳへ細胞毒性であったか否かを評価した。
ＭＴＳアッセイで評価したように、可溶性EphB4のこれらの投薬量では細胞毒性効果が検出されなかった（図２０）。
【０１４０】
Ｃ．可溶性EphB4レセプターは、マトリゲル（商標）プラグのin vivo血管形成を抑制する；
可溶性EphB4がin vivo血管形成を直接に阻害することを示すために、ネズミマトリゲルプラグ実験を行った。ｂＦＧＦ及びＶＥＧＦを可溶性EphB4の存在又は非存在下で補充したマトリゲル（商標）をBalb/C nu/nuマウスへｓ．ｃ．注射し、半固体プラグを６日間で形成した。増殖因子無しのプラグは、６日後に実質的に血管形成又は脈管構造が生じなかった（図２１）。反対に、ｂＦＧＦ及びＶＥＧＦを補充されたプラグは、プラグ全体に充分な血管形成及び脈管を生じた。μｇの可溶性EphB4で処理したマウスから取り出されたプラグでは、増殖因子なしのプラグと比較してプラグの血管形成が顕著に減少した（図２１）。更に、プラグの組織試験は脈管染色が減少したことを示した（図２１）。
【０１４１】
μｇ／投薬量での治療は、コントロールと比較してマトリゲルプラグ中への湿潤を非常に阻害した（図２１）。可溶性EphB4-処理した細胞からの溶解産物及びリン酸（phosphor）-チロシンに対する抗体を使用してウェスタンブロット法分析を実施して、ＨＵＶＥＣ中のEphB4レセプターリン酸化を試験した。血清-飢餓状態にしたＨＵＶＥＣの可溶性EphB4処理は、エフリンB2Ｆｃ、EphB4リガンド二量体の存在下で、リン酸化EphB4のレベルの急速及び一時的な減少を刺激した。可溶性EphB4蛋白質なしのエフリンB2Ｆｃは、EphB4レセプターのリン酸化を誘起した（図２２）。
【０１４２】
Ｄ．腫瘍増殖に対する可溶性EphB4のin vitro効果；
可溶性EphB4はBalb/C nu/nuマウス中のＳＣＣ１５腫瘍の増殖を抑制することが発見された（図２３）。
Ｅ．可溶性EphB4は角膜新生血管形成を阻害した；
可溶性EphB4のin vivo抗血管形成活性を更に検討するために、ｂＦＧＦで誘起されたマウス角膜中の新生血管形成に対する可溶性EphB4投与の阻害的効果を試験した。角膜マイクロポケット中へ移植されたHydron（商標）ペレットは、通常の血管面積中の血管形成を増殖因子の存在下で誘起できる。マウス角膜中の血管形成応答は中程度であり、血管芽の発生は遅れ、新しい毛細血管はまばらでゆっくりとしか成長しなかった。コントロールグループと比べて、移植７日目に、ｂＦＧＦによりマウス角膜中で誘起された新生血管形成は、可溶性EphB4-処理したグループ中で顕著に阻害された（図２４）。
【０１４３】
Ｆ．腫瘍増殖に対する可溶性EphB4のin vivo効果；
同一のモデルを、可溶性EphB4のin vivo効果を決定するために使用した。
ＳＣＣ１５腫瘍をマトリゲルと共に増殖因子有り又は無しでプレインキュベートして皮下移植し、又ｓｃ単独で移植し、マウスを一日１〜５ｕｇの可溶性EphB4でｓｃ又はｉｐ処理して実験した。
【０１４４】
コントロールグループ中の腫瘍は、処理期間中連続して着実に増殖し、最終腫瘍体積ｍｍ3に達した。しかし、可溶性EphB4を注射した動物では増殖速度が非常に（ｐ＜０．０／）減少し、最終腫瘍体積はたったｍｍ3であった（図２５）。類似の結果が更に２個のこれら腫瘍保持マウスの集団でも得られた。可溶性EphB4の投与は、動物の体重又は一般的健康に対する非常な効果を示さないでin vivoで耐薬物性に優れることが明らかになった（昏睡、断続的な背中の曲げ、震え又は不安定な呼吸パターンの不存在により決定された）。
【０１４５】
Ｇ．腫瘍組織に対する可溶性EphB4の効果；
組織分析は、通常腫瘍細胞の生存縁部ｕｍ幅で囲まれている、全ＳＣＣ１５腫瘍中の壊死の中心面積の存在を明らかにした。中心壊死面積はしばしば大きく接触性（confluent）であり、細胞詳細部の喪失を示した。腫瘍断片面積の割合として評価した壊死は、可溶性EphB4-処理したグループで非常に（ｐ＜０．０２）多かった（コントロールに対する処理体の％壊死）。可溶性EphB4処理した腫瘍体積の減少はこの蛋白質の腫瘍血管供給に対する効果によるのか否かを決定するために、血管中の内皮細胞を、腫瘍断片中で抗血小板細胞付着分子（ＰＥＣＡＭ-１；ＣＤ３１）抗体を使用した免疫染色法を使用して特定し、微細血管の密度を評価した（図２６）。微細血管密度は、コントロール中及び可溶性EphB4-処理した腫瘍中の、腫瘍細胞の外側の生存縁部（よく区別される核を有する腫瘍の周辺部へ隣接する細胞の均一層）と類似した。微細血管密度は非常に内側にあり、コントロール腫瘍より可溶性EphB4-処理した壊死性中心面積に接触する腫瘍細胞の生存領域がより少なかった。マッソン社製トリクローム（商標）染色で特定されるように、繊維素沈着はコントロール腫瘍より、内側生存縁部中の血管中及び周囲並びに可溶性EphB4処理した中心壊死性コアで増加した。可溶性EphB4処理した腫瘍の生存縁部の外側では、脈管管腔は空腔を保持し、赤血細胞を含有するが、繊維素沈着は多くの脈管周囲で顕著であった。可溶性EphB4は、試験された正常組織（肺、肝臓及び腎臓）中の内皮に対してはこれらの効果が無いことが発見された。
【０１４６】
Ｈ．材料及び方法；
１）発現構築物；
可溶性用発現ベクターを生産するために、６ｘＨｉｓ標識化EphB4-ＥＣＤ変異体、クローン化された完全長ヒトEphB4ｃＤＮＡを下記オリゴプライマーを使用してＰＣＲ法で増幅した：ＴＡＣＴＡＧＴＣＣＧＣＣＡＴＧＧＡＧＣＴＣＣＧＧＧＴＧＣＴＧＣＴ（SEQ ID NO: 9）（通常のEphB4Ｎ-末端プライマー）及びＧＣＧＧＣＣＧＣＴＴＡＡＴＧＧＴＧＡＴＧＧＴＧＡＴＧＡＴＧＡＧＣＣＧＡＡＧＧＡ  ＧＧＧＧＴＧＧＴＧＣＡ（SEQ ID NO: 10）（Ｂ４-ＧＣ）、ＡＧＣＧＧＣＣＧＣＴＴＡＡＴＧＧＴＧＡＴＧＧＴＧＡＴＧＡＴＧＧＡＣＡＴＴＧＡＣＡＧＧＣＴＣＡＡＡＴＧＧＧＡ（SEQ ID NO: 11）（Ｂ４-ＧＣＦ１）又はＴＧＣＧＧＣＣＧＣＴＴＡＡＴＧＧＴＧＡＴＧＧＴＧＡＴＧＡＴＧＣＴＧＣＴＣＣＣＧＣＣＡＧＣＣＣＴＣＧＣＴＣＴＣＡＴ（SEQ ID NO: 12）（Ｂ４-ＧＣＦ２）。得られたＰＣＲフラグメントを、ＥＦ-１αプロモーター調節下でほ乳類発現ベクターpEF6／V5-His-TOPO（インビトロジェン社製）中でＴＡ-クローン化した。発現した組み換え型蛋白質は、ヒトEphB4の成熟細胞外部の下記フラグメントをエンコードする：アミノ酸位置１〜５２２（ＧＣＦ２）、１〜４１２（ＧＣＦ１）及び１〜３１２（ＧＣ）。pEF6クローニング用のＢ４-ＣＦ２欠失（δアミノ酸１３-１８３）ＰＣＲフラグメントを生成するために、EphB4ｃＤＮＡを下記オリゴプライマーを使用して２ステップオーバーラップＰＣＲ法により増幅した：ＴＡＣＴＡＧＴＣＣＧＣＣＡＴＧＧＡＧＣＴＣＣＧＧＧＴＧＣＴＧＣＴ（SEQ ID NO: 13）、ＣＡＧＣＴＧＡＧＴＴＴＣＣＡＡＴＴＴＴＧＴＧＴＴＣ（SEQ ID NO: 14）、ＧＡＡＣＡＣＡＡＡＡＴＴＧＧＡＡＡＣＴＣＡＧＣＴＧＡＣＴＧＴＧＡＡＣＣＴＧＡＣ（SEQ ID NO: 15）及びＧＣＧＧＣＣＧＣＣＣＴＧＣＴＣＣＣＧＣＣＡＧＣＣＣＴＣＧＣＴ（SEQ ID NO: 16）。
【０１４７】
分泌されたヒトエフリンB2-アルカリホスファターゼ（Ｂ２-ＡＰ）試薬の生産用ベクターは、下記プライマーを使用してヒトエフリンB2 ｃＤＮＡのＰＣＲ増幅により構成された：ＴＡＡＡＧＣＴＴＣＣＧＣＣＡＴＧＧＣＴＧＴＧＡＧＡＡＧＧＧＡＣ（SEQ ID NO: 17）及びＴＡＧＧＡＴＣＣＴＴＣＧＧＡＡＣＣＧＡＧＧＡＴＧＴＴＧＴＴＣＣＣ（SEQ ID NO: 18）：得られたフラグメントをクローニングし、Ｈｉｎｄ III及びＢａｍＨ Ｉで消化して、Ｈｉｎｄ III-Ｂｇ１ II消化されたｐＡＰＴａｇ２ベクター（GenHunter、Inc.社製）とする。それぞれの場合、発現ベクター中の挿入部分は、完全塩基配列決定により確認した。
【０１４８】
２）抗体及び他の試薬；
抗EphB4モノクローナル抗体ｍＡＢ７９及びｍＡＢ２３をマウス中で、成熟ヒトEphB4のＧＣＦ２蛋白質含有アミノ酸１〜５２２に対して増殖し、プロテインＡクロマトグラフィーによりハイブリドーマ上澄みから精製した。抗ホスホチロシン抗体４Ｇ１０はＵＢＩ社（レイクプラシッド、ＮＹ）から得た。プロテインＧ-ＨＲＰ複合体はBio-Rad社から購入した。
【０１４９】
３）EphB4由来の組み換え型蛋白質の発現及び精製；
EphB4-ＥＣＤ可溶性蛋白質を生産するために、培養されたヒト胎児腎臓細胞ＨＥＫ２９３Ｔを対応するプラスミド構築物で、標準リン酸カルシウム又はリポフェクタミン２０００試薬（商標、インビトロジェン社製）プロトコルを使用してトランスフェクトした。１２〜１６時間トランスフェクション後、増殖培地（ＤＭＥＭ＋１０％胎児ウシ血清）を吸引し、細胞を血清フリーＤＭＥＭで１回洗浄し、血清フリーＤＭＥＭで置換した。分泌された蛋白質を含有する条件付け培地を７２〜９６時間後採取し、遠心分離で清澄化し、Ｎｉ-ＮＴＡアガロース（QIAGEN社製）を使用してＨｉｓ標識化蛋白質の精製に使用した。純度及び組み換え型蛋白質の量を、クマシーブルー又は銀染色法を使用したＳＤＳ-ＰＡＡＧ電気泳動、ウェスタンブロット法及びＵＶ分光法により試験した。精製された蛋白質を、２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５Ｍ  ＮａＣl、ｐＨ８に対し透析し、-７０℃で貯蔵した。
【０１５０】
蛋白質のリガンド結合性を試験するために、１０μｌのＮｉ-ＮＴＡ-アガロース（QIAGEN社製）をマイクロ遠心機用試験管中で、０．５mlの結合バッファＢＢ（２０ｍＭ Tris-HCl、０．１５Ｍ  ＮａＣl、０．１％ウシ血清アルブミン、ｐＨ８）中に稀釈した１０〜５００ｎｇサンプルのＢ４-ＥＣＤ蛋白質でインキュベートした。振とう台上でインキュベーション３０分間後、Ｎｉ-ＮＴＡビーズを１．４mlのＢＢで２回洗浄し、次にＢ２-ＡＰ融合蛋白質を濃度５０ｎＭで添加した。結合を振とう台上で３０分間行った。試験管を遠心分離し、１．４mlのＢＢで１回洗浄した。沈降したＡＰ量を、ｐ-ニトロフェニルホスフェート（ＰＮＰＰ）処理及び５-３０分間インキュベーション後４２０ｎｍで比色分析で測定した。
【０１５１】
４）免疫沈殿；
全溶解産物を４℃で処理した。細胞を、２０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（ｐＨ７．４）、１００ｍＭ塩化ナトリウム、５０ｍＭフッ化ナトリウム、２ｍＭのＥＤＴＡ、２ｍＭのＥＧＴＡ、１ｍＭオルトバナジン酸ナトリウム、１％（ｖ／ｖ）ＮＰ-４０、０．５％（ｗ／ｖ）デオキシコール酸ナトリウム、１ｍＭフェニルメチルスルホニルフルオライド（新規に添加）及び１００Ｕトラジロール（商標）を含有する１mlのバッファ中で溶解した。溶解産物をエッペンドルフ型試験管中へスクレープし、５０μｌの煮沸した、ホルマリン-固定化した黄色ブドウ球菌を添加した（Calbiochem社製、サンディエゴ）。混合３０分後、溶解産物を５分間、２５０００ｇでminifuge（商標）中で遠心分離し、上澄みを適切な抗体を含有する新しい試験管中へ移した。溶解産物を抗体と１時間混合し、その後５０μｌのプロテインＡ-Sepharose（商標）ビーズを添加し、試験管の内容を１時間混合して免疫沈降物を収集した。プロテインＡビーズを２５０００ｇで３０秒の遠心分離で採取した。上澄みを廃棄し、ビーズを１mlの溶解バッファマイナスデオキシコレートで３回洗浄した。
【０１５２】
５）細胞-ベースのEphB4チロシンキナーゼアッセイ；
ヒト前立腺癌細胞系ＰＣ３細胞を１０％半透膜ろ過したウシ胎仔血清及び１％ペニシリン／ストレプトマイシン／ネオマイシン抗生物質混合物と共にＲＰＭＩ培地中で維持した。細胞を５％ＣＯ2／９５％空気湿生雰囲気下３７℃で保持した。通常、細胞を接触するまで６０ｍｍディッシュ中で増殖し、１０分間１μｇ／mlのＲＰＭＩ中でマウスエフリンB2-Fc融合で処理してEphB4レセプター活性化するか、コントロールとして単純（ｐlａｉｎ）培地で処理した。EphB4レセプター活性化に対する可溶性EphB4ＥＣＤ蛋白質の異なる誘導体の効果を試験するために、３セットの細胞を使用した。第一のセットで、細胞を種々の蛋白質（５蛋白質；ＧＣ、ＧＣＦ１、ＧＣＦ２、ＧＣＦ２-Ｆ、ＣＦ２）で５μｇ／ml ２０分間処理した。第二セットの細胞では、適用前に、蛋白質を１：５（EphB4蛋白質：Ｂ２-Ｆｃ）モル比でエフリンB2-Ｆｃと予備混合し、２０分間インキュベートし、細胞上に１０分間適用した。第三セットの細胞では、細胞を最初に蛋白質と２０分間５μｇ／mlで処理し、培地を１μｇ／mlのエフリンB2-Ｆｃを含有する新しい培地で置換し、更に１０分間インキュベートした。
【０１５３】
刺激後、細胞を直ちに、２０ｍＭ Tris-HCl、ｐＨ７．４、１５０ｍＭ  ＮａＣl、１％（ｖ／ｖ）TritonX100（商標）、１ｍＭのＥＤＴＡ、１ｍＭのＰＭＳＦ、１ｍＭバナジン酸ナトリウムを含有する蛋白質抽出バッファで採取した。蛋白質抽出物を、１４０００ｒｐｍ、２０分間４℃遠心分離で清澄化した。清澄化蛋白質サンプルを抗EphB4モノクローナル抗体予備コートされたプロテインＡ／Ｇ結合したアガロースビーズと共に一晩インキュベートした。ＩＰ複合体を同じ０．１％TritonX100（商標）を含有する抽出バッファで２回洗浄した。免疫沈降した蛋白質を１Ｘ  ＳＤＳ-ＰＡＧＥサンプルローディングバッファ中で可溶化し、１０％ＳＤＳ-ＰＡＧＥで分離した。EphB4レセプター活性化試験のために、電気ブロッティングした膜を１：１０００希釈の抗ｐＴｙｒ特異的抗体４Ｇ１０、次に１：５０００希釈のプロテインＧ-ＨＲＰ複合体でプローブした。
【０１５４】
６）細胞培養；
正常ＨＵＶＥＣはＣａｍｂｒｅｘ（商標、Bio Whittaker社）として得て、０．１ｍｇ／ml内皮性成長補充物（ウシ脳からの疎抽出物）、ペニシリン（５０Ｕ／ml）、ストレプトマイシン（５０Ｕ／ml）、２ｍｍｏl／ｌグルタミン及び０．１ｍｇ／mlヘパリンナトリウムを補充したＥＢＭ２培地中で維持した。細胞のアリコートをパッセージ（継代）１及び３間は冷凍保存した。全実験中、ＨＵＶＥＣはパッセージ４以下で使用し、接触性ディッシュから採取した。
【０１５５】
７）内皮細胞管形成アッセイ；
マトリゲル（商標）（６０μｌの１０ｍｇ／ml；Collaborative Lab社製、カタログ番号３５４２３）を氷冷９６-ウェルプレートのそれぞれのウェル中に設置した。プレートを室温で１５分間放置し、次に３７℃で３０分間インキュベートしてマトリゲル（商標）をポリマー化した。その間に、ヒトへその緒の静脈内皮細胞を、ＥＧＭ-２（Clonetic社製、カタログ番号ＣＣ３１６２）中、濃度２×１０5細胞／mlで調製した。試験蛋白質を同じ培地中の２×目的濃度（５濃度レベル）で調製した。細胞（５００μｌ）及び２×蛋白質（５００μｌ）を混合し、２００μｌのこの懸濁液をポリマー化したマトリゲル（商標）の複製物中に加えた。インキュベーション２４時間後、三個の試験画像をそれぞれの濃度でBioquant（商標）画像分析システムを使用して取った。蛋白質添加効果（ＩＣ50）を形成されたコード長さ及び結合数を測定して、未処理のコントロールと比較して評価した。
【０１５６】
８）細胞移動アッセイ；
ＨＵＶＥＣのＶＥＧＦへの走化性を、modifiedボイデンチャンバー（商標、マトリゲルでコートしたトランスウェル膜フィルターインサート；２４ウェルプレート、６．５ｍｍ直径、８μｍ孔径、１０μｍ厚ポリカーボネート膜（BD Biosciences社製））を使用して評価した。２００μｌのＥＢＭ中のＨＵＶＥＣ細胞の懸濁液（２×１０5細胞／ml）を、上室チャンバーに接種し、可溶性EphB4蛋白質を刺激剤（ＶＥＧＦ又はｂＦＧＦ）と同時にチャンバーの下室へ添加し、１００ｎＭ〜１μＭ試験化合物の存在又は非存在下で１０〜２０ｎｇ／mlのＶＥＧＦに応答してポリカーボネートフィルターを通過するそれらの移動を測定した。３７℃で４〜２４時間インキュベーション後、フィルターの上部表面を綿棒でスクレープし、フィルターを固定してDiff Quick（商標）で染色した。２００×倍率で１０のランダム視野を計測し、結果を視野当りの平均数として示した。刺激されたコントロール及び蛋白質処理したサンプル値から陰性無刺激コントロール値を除き、データを平均移動した細胞±S.D.としてプロットした。ＩＣ50をプロットしたデータから算出した。
【０１５７】
９）増殖阻害アッセイ；
ＨＵＶＥＣ（１．５×１０3細胞）を１００μｌのＥＢＭ-２（Clonetic社製、カタログ番号ＣＣ３１６２）を含む９６-ウェルプレート中にプレートした。２４時間後（第０日）、試験用組み換え型蛋白質（１００μｌ）をそれぞれのウェルへＥＢＭ-２培地中に２×目的濃度（５〜７濃度レベル）で添加した。第０日に、１のプレートを２０％メタノール中０．５％クリスタルバイオレットで１０分間染色し、水で洗浄し、空気乾燥した。残っているプレートを７２時間３７℃でインキュベートした。７２時間後、プレートを２０％メタノール中０．５％クリスタルバイオレットで染色し、水で洗浄し、空気乾燥した。染色は、エタノール：０．１Ｍクエン酸ナトリウム１：１溶液で溶離し（第０日プレートを含む）、吸光度５４０ｎｍでＥＬＩＳＡリーダー（Dynatechラボラトリーズ社製）を使用して測定した。第０日吸光度を７２時間プレート結果から減じ、データをコントロール増殖（ビヒクル処理した細胞）割合としてプロットした。ＩＣ50値をプロットしたデータから算出した。
【０１５８】
１０）ネズミマトリゲル（商標）プラグ血管形成アッセイ；
In vivo血管形成をマウス中の皮下組織からマトリゲルプラグ含有試験サンプル中への血管の成長としてアッセイした。マトリゲル（商標）は急速に体温で固体ゲルを形成し、因子をトラップして除放及び周囲の組織への長期間の曝露を可能とする。４℃で液状のマトリゲル（商標）（８．１３ｍｇ／ml、０．５ml）を内皮細胞成長補充物（ＥＣＧＳ）、試験蛋白質プラスＥＣＧＳ又はマトリゲル（商標）プラスビヒクル単独（ＰＢＳ含有０．２５％ＢＳＡ）と混合した。マトリゲル（商標）（０．５ml）をメスnu/nuマウス（６週齢）の腹部皮下組織へ腹膜中心線に沿って注射した。それぞれのグループに３マウスを使用した。動物は、慣習及びＮＩＨガイドラインに従って取り扱った。６日目に、マウスを犠牲にし、プラグを回収し、組織を処理した。通常表面の皮膚を除去し、ゲルをサポート用に腹膜ライニングを保持したまま取り出し、１０％緩衝ホルマリンのＰＢＳ溶液中で固定化してパラフィン中に包埋した。３μｍの断片に切断し、Ｈ＆Ｅ又はマッソン社製トリクローム（商標）染色で染色し、光学顕微鏡で試験した。
【０１５９】
１１）マウス角膜マイクロポケットアッセイ；
マウス角膜マイクロポケットアッセイをＫｅｎｙｏｎら、１９９６の詳細に従い行った。簡潔には、９０ｎｇのｂＦＧＦ（Ｒ＆Ｄ）又は１８０ｎｇのＶＥＧＦ（Ｒ＆Ｄシステムズ社製、ミネアポリス、ＭＮ、米国）のいずれか及び４０μｇのスクロース硫酸アルミニウム（シグマ社製）を含有するhydronペレット（ポリヒドロキシエチルメタクリレート［ポリＨＥＭＡ］、Interferon Sciences社製、ニューブランズウィック、ＮＪ、米国）を作成した。手術用顕微鏡を使用して、間質性直線状角膜切開を外科用ブレード（商標、Bard-Parker社製、no.１５）を使用して麻酔した動物の外側直筋の挿入物と平行に行った。基質内のマイクロポケットを、改良フォングレーフェ刀（２’３０ｍｍ）を使用して切開した。１個のペレットを移植し、一時的（temporal）角膜輪部（ｂＦＧＦペレット用に０±７±１±０ｍｍ及びＶＥＧＦペレット用に０±５ｍｍ内）に対して進め、それぞれの増殖因子用のペレット位置内での相違は、このモデル内でＶＥＧＦの比較的弱い血管形成刺激を生じるために必要であるように決定された。次に抗生物質軟膏（エリスロマイシン）を手術した目へ適用し、感染を防止し表面不規則性を減少させた。次に角膜輪部脈管構造からペレットに向かって延びる血管の応答を測定した。ここで示される新生血管形成の隣接した外周部のデータ及び臨床性写真はペレット移植後６日目に得られ、その日は最大血管形成応答日であることが明らかになった。
【０１６０】
１２）In vitro侵襲アッセイ；
「マトリゲル（商標）」マトリックス被覆された９-ｍｍ細胞培養インサート（孔径８μｍ；ベクトンディッキンソン社製、フランクリンレイクス、ＮＪ）を２４-ウェルプレート中に配置した。ＨＵＶＥＣ細胞を密度５×１０3／ウェル細胞で培養インサートの上層中に接種し、２４時間EphB4ＥＣＤの存在下で血清フリーＥＢＭで培養した。コントロールグループを同じ培地中にEphB4無しに培養した。次に０．５mlのヒトＳＣＣ１５細胞系、条件付け培地を、培養インサートの下層中に化学走性誘因物質として充填した。細胞を２４時間インキュベートし、次に上層中に残っている細胞を綿棒でかきとり下層中の通過した細胞を５％グルタルアルデヒドで固定化し、Diff Quick（商標）で染色した。マトリゲル（商標）マトリックス及びそれぞれの８μｍ孔径の培養インサートを通過した細胞合計数を光学的顕微鏡を使用して測定し、侵襲インデックスとして規定した（細胞数／面積）。
【０１６１】
１３）マウス中のＳＣＣ１５腫瘍の成長；
対数的に増殖するＳＣＣ１５（頭部及び頚部扁平上皮細胞癌細胞系）を５×１０6細胞密度で、EphB4ＥＣＤの存在又は非存在下で、ヒトｂＦＧＦの存在又は非存在下で、胸腺欠損マウスBalb/cヌードマウス中に、マトリゲル（商標、BD Biosciences社製）合成基底膜（１：１ｖ／ｖ）と共に皮下注射し、２週間腫瘍を検査した。EphB4ＥＣＤグループ中の腫瘍体積は、ビヒクルグループ中のそれよりも移植後の増殖因子の存在及び不存在で３倍小さかった。グループ間に体重の違いはなかった。切除された腫瘍の横断面の免疫組織化学試験及びＴＵＮＥＬ-陽性アポトーシス又は壊死、ＣＤ３４免疫染色法、及びBrdU増殖速度試験を、脱パラフィン化後、再水和し、内因性ペルオキシダーゼ活性のためにクエンチし、プロテアーゼＫでの透過化処理で１０分後行った。血管密度の量的評価も又行った。局部的腫瘍内デリバリー又はEphB4ＥＣＤのＩＶデリバリーも又、週２回行った。
【０１６２】
３０胸腺欠損ヌードマウス、ＢＡＬＢ／ｃ（nu/nu）へ、０．１mlマトリゲルと混合した０．１mlＰＢＳ中の１×１０6Ｂ１６黒色腫細胞をそれぞれ注射し、又は２００μｌのＤＭＥＭ血清フリー培地中に再懸濁した１．５×１０6ＳＣＣ１５細胞を０日目にマウスの右肩領域へ皮下注射した。蛋白質を、開始１日目にローディング投薬量４μｇ／ｍｇで腫瘍周囲に静脈内又は皮下注射し、２ｕｇ／ｍｇの注射を週間毎に行い（１０μｇ／ｇ、５０μｇ／ｋｇ／日）、接種後２週間検査した。マウスは１４日目に犠牲にされた。コントロールマウスはＰＢＳ５０μｌを毎日投与された。
【０１６３】
１４）ヌードマウス中の腫瘍形成；
全動物は動物愛護協会組織に承認されたプロトコルに従って取り扱った。癌細胞（５×１０6）をヌードマウスの背中皮膚に皮下接種した。腫瘍が約１００ｍｍ3の大きさまで増殖した時に（通常１２日かかった）、ｓEphB4を腹膜内又は皮下に１回／日注射し、腫瘍発生を２週間監視した。腫瘍体積を式ａ2×ｂに従って算出した、但しａ及びｂはそれぞれ最小及び最大直径である。スチューデントｔ試験を腫瘍体積を比較するために使用し、Ｐ＜０．０５は優位であるとみなした。
【０１６４】
１５）微細血管密度の定量化；
腫瘍を４％ホルムアルデヒド中に固定化し、パラフィン中に包埋し、５μｍに断片化し、ヘマトキシリンエオシンで染色した。脈管密度をコンピュータベースの画像分析機を使用して半定量化した（それぞれのグループのマウス３頭からの断片当たり５視野）。
【０１６５】
実施例３（EphB4は、アップレギュレートされて前立腺癌に成長促進を付与する。）
Ａ．前立腺癌細胞系中のEphB4の発現；
最初にウェスタンブロット法により種々の前立腺癌細胞系中でEphB4蛋白質の発現について試験した。前立腺癌細胞系は顕著な変異体を１２０ｋＤ EphB4中に豊富に示すことが見いだされた。レベルはＰＣ３中で比較的高く、ＰＣ３Ｍ（ＰＣ３の転移性クローン）でさえ高い。一方、正常前立腺由来の細胞系（ＭＬＣ）はEphB4の発現を僅か又は全く示さない（図２７Ａ）。次にＰＣ３細胞中のEphB4の活性化段階をリン酸化試験により確認した。正常培養条件下でさえ、EphB4はそのリガンド、エフリンB2により更に誘起されるにもかかわらず、ホスホリル化されることが明らかになった（図２７Ｂ）。
【０１６６】
Ｂ．臨床性前立腺癌サンプル中のEphB4の発現；
EphB4が臨床性前立腺サンプル中で発現したか否かを決定するために、前立腺癌外科的標本からの腫瘍組織及び隣接した正常組織を試験した。前立腺標本中のEphB4の組織的分布を免疫組織化学法により決定した。明らかに、EphB4発現は新生物性上皮に限定され（図２８、左上）、間質性及び正常前立腺上皮では存在しない（図２８、右上）。前立腺組織アレイ中、試験された３２前立腺癌の２４が陽性であった。量的ＲＴ-ＰＣＲによりEphB4ｍＲＮＡは、臨床性サンプルの正常及び腫瘍組織の両方で発現したことが明らかになった。しかし、腫瘍EphB4ｍＲＮＡレベルは、このケースでは正常な場合よりも少なくとも３倍高かった（図２８、右下）。
【０１６７】
Ｃ．ｐ５３及びＰＴＥＮはＰＣ３細胞中のEphB4の発現を阻害した；
ＰＣ３細胞は、ＰＴＥＮ発現（Davisら、1994、Science.266:816-819）及び野生型ｐ５３機能（Galeら、1997、Cell Tissue Res.290:227-241）を欠如することは当分野で公知である。EphB4の比較的高い発現はｐ５３及び／又はＰＴＥＮに関係するか否かを、野生型ｐ５３及び／又はＰＴＥＮのＰＣ３細胞の再導入により検討した。トランスフェクション効率及び希釈効果を補填するために、トランスフェクトされた細胞は共トランスフェクトされた短縮されたＣＤ４マーカーについて分類された。ＰＣ３細胞中のEphB4の発現は、野生型ｐ５３又はＰＴＥＮのいずれかの再導入により減少した。ｐ５３及びＰＴＥＮの共トランスフェクションは、EphB4の発現を更に阻害しなかった（図２９Ａ）。
【０１６８】
Ｄ．レチノイドＸレセプター（ＲＸＲα）はEphB4の発現をレギュレートする；
発明者らは以前にＲＸＲαは前立腺癌細胞系中でダウンレギュレーションされることを発見したが（Ｚｈｏｎｇら、２００３、Cancer Biol Ther.2：179-184）、EphB4発現は、「正常」前立腺（ＭＬＣ）、前立腺癌（ＰＣ３）及び転移性前立腺癌（ＰＣ３Ｍ）を検討した時には逆の発現パターンを有することを今回発見し（図２７Ａ）、ＲＸＲαはEphB4の発現をレギュレートするのではないかと考えた。この関係を確認するために、EphB4の発現を構成的にＲＸＲαを発現するＣＷＲ２２Ｒ及びＣＷＲ２２Ｒ-ＲＸＲα間で比較した。ＲＸＲα過発現細胞系でのEphB4発現の適度な減少が発見された一方、ＦＧＦ８はEphB4発現に効果がなかった。初期結果に適合するように、EphB4は「正常」良性前立腺肥大性細胞系ＢＰＨ-１中に発見されなかった（図２９Ｂ）。
【０１６９】
Ｅ．ＥＧＦＲ及びＩＧＦ-１Ｒの増殖因子シグナル経路はEphB4発現をレギュレートする；
ＥＧＦＲ及びＩＧＦ-１Ｒは両方共ＰＣ３細胞増殖に対するオートクリン及びパラクリン作用を有することを示した。EphB4発現はより悪性の細胞系ではより高いために、EphB4発現はこれらのｐｒｏ-生存増殖因子と相関関係を有することが予測された。独立してＥＧＦＲ及びＩＧＦ-１Ｒシグナルをブロッキングすることによりその関係を試験した。EphB4は、ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤ＡＧ１４７８を使用したＥＧＦＲシグナルのブロッキング後（図３０Ａ）又はＩＧＦ-１Ｒ中和抗体を使用したＩＧＦ-１Ｒシグナル経路のブロックにおいて（図３０Ｂ）ダウンレギュレーションされた。
【０１７０】
Ｆ．EphB4  siRNA及びアンチセンスＯＤＮはＰＣ３細胞生存能力を阻害する；
前立腺癌モデル中のこのEphB4過発現の有意性を確定するために、比較的高いEphB4の発現を示すＰＣ３細胞に研究を集中した。EphB4発現を減少させる２つのアプローチは、siRNA及びＡＳ-ＯＤＮであった。EphB4コーディング領域の異なるセグメントを相補する多くの異なるホスホロチオアート-改質ＡＳ-ＯＤＮについて、EphB4阻害の特異性及び効率を試験した。完全長EphB4発現ベクターＡＳ-１０で一時的にトランスフェクトされた２９３細胞を使用すると、最も効果的であることが発見された（図３１Ｂ）。類似のアプローチを特異的siRNAの選択へ適用した。EphB4  siRNA４７２は、EphB4蛋白質発現を効果的にノックダウンした（図３１Ａ）。siRNA４７２及びアンチセンスＡＳ-１０ＯＤＮの両方は、投薬量依存性挙動でＰＣ３細胞の生存能力を減少した（図３１Ｃ、Ｄ）。関係のないsiRNA又はセンスオリゴヌクレオチドは生存能力に効果がなかった。
【０１７１】
Ｇ．EphB4  siRNA及びアンチセンスＯＤＮはＰＣ３細胞の移動性を阻害する；
ＰＣ３細胞は、マウス内へ同所的に注射した場合に局部的に進行的に増殖し、リンパ節転移を形成できる。ＰＣ３細胞のIn vitro移動に対するEphB4の機能を検討するために創傷治癒アッセイを行った。創傷がＰＣ３細胞の単層中に導入された場合、次の２０時間のコースで、細胞はクリアな領域中へ進行的に移動した。しかし、細胞がsiRNA４７２でトランスフェクトされ、創傷が導入された場合、この移動は非常に阻害された（図３１Ｅ）。ＰＣ３細胞の１０μＭのEphB4 AS-１０による１２時間の予備処理は、同じ効果を生じた（図３１Ｆ）。更に、siRNA４７２を有するＰＣ３細胞中EphB4発現のノックダウンは、コントロールsiRNAと比べてこれらの細胞のマトリゲル（商標）侵入能力を激しく減少させたことがダブル-チャンバー侵襲アッセイにより評価された（図３１Ｇ）。
【０１７２】
Ｈ．EphB4 siRNAは、ＰＣ３細胞中で細胞周期停止及びアポトーシスを誘起する；
EphB4のノックダウンは細胞生存能力減少を生じたために（図３１Ｃ）、これが細胞周期に対する効果に起因するのかを検討した。コントロールsiRNAトランスフェクトした細胞との比較において、siRNA４７２はコントロールsiRNA処理した細胞と比べてサブＧ０及びＳ期フラクション中の細胞の蓄積を生じた。コントロールsiRNA処理した細胞と比べてsiRNA４７２処理細胞中で、サブＧ０フラクションは１％から７．９％へ増加し、S期フラクションは１４．９％から２０．８％へ増加した（図３２Ａ）。サブＧ０及びＧ２での細胞周期停止はアポトーシスを表す。EphB4ノックダウンの結果としてのアポトーシスは、ELISAアッセイにより確認された。アポトーシスの投薬量依存性増加は、ＰＣ３細胞がコントロールsiRNAではなくsiRNA472でトランスフェクトされた場合に確認された（図３２Ｂ）。100nMで、siRNA４７２トランスフェクトされた細胞中ではコントロールsiRNAトランスフェクトされたＰＣ３細胞中よりも１５倍多くアポトーシスを生じた。
【０１７３】
Ｉ．材料及び方法
１）試薬
中和IGF-1R抗体はR&Dシステム社（ミネアポリス、MN）から購入した。抗IGF-1R（β）、-EGFR、-EphB4（C-16）はサンタクルスバイオテック社（サンタクルス、CA）から購入した。β-アクチンモノクローナル抗体はシグマ化学社（セントルイス、MO）から購入した。培地及びウシ胎仔血清（FBS）はインビトロジェン社（カールスバッド、CA）から購入した。AG1478（4-（3’-クロロアニリノ）-６，７-ジメトキシ-キナゾリン）はカルビオケム社（サンディエゴ、CA）から購入した。
【０１７４】
２）アンチセンスオリゴデオキシヌクレオチド及びEphB4siRNA
EphB4特異的アンチセンスホスホロチオアート-改質オリゴデオキシヌクレオチド（ＯＤＮ）及びセンスＯＤＮは、Qiagen社（アラメダ、CA）により合成され精製された。配列は下記の通り:センス、5’-TCC-TGC-AAG-GAG-ACC-TTC-AC-3’ （SEQ ID NO: 19）；AS1：5’-GTG-CAG-GGA-TAG-CAG-GGC-CAT-3’（SEQ ID NO: 20）；AS10：5’-ATG-GAG-GCC-TCG-CTC-AGA-AA-3’（SEQ ID NO: 21）。siRNAは、USC/Norris Comprehensive Cancer Center Microchemical Core laboratory社により合成された。EphB4 siRNAの配列は、siRNA472の5’-GGU-GAA-UGU-CAA-GAC-GCU-GUU-3’（SEQ ID NO: 22）及びsiRNA2303の5’-cuc-uuc-cga-ucc-cac-cua-cuu-3’（SEQ ID NO: 23）である。スクランブルされたGAPDHに対する陰性コントロールsiRNAは、Ambion社（オースチン、TX）から購入した。
【０１７５】
３）細胞系及び培養物
前立腺癌細胞系、ＰＣ３、ＰＣ３Ｍ、ＤＵ１４５、ＡＬＶＡ３１、ＬＡＰＣ-４、ＬＮＣａＰ、ＣＷＲ２２Ｒ及び大人ヒト正常前立腺上皮細胞系ＭＬＣ ＳＶ４０及びＢＰＨ-１を得て、上記記載のように培養した（７）。安定な細胞系ＣＷＲ２２Ｒ-ＲＸＲ、ＬＮＣａＰ-ＦＧＦ８を確立して、上記記載のように培養した（７、３３）。
【０１７６】
４）EphB4モノクローナル抗体の発生；
EphB4の細胞外領域（ＥＣＤ）をｐＧＥＸ-４Ｔ-１中でクローン化し、ＧＳＴ-融合ＥＣＤ（ＧＳＴ-ＥＣＤ）を生成した。ＢＬ２１ E．coli中でＧＳＴ融合蛋白質として発現したEphB4 ＥＣＤを、アフィニティクロマトグラフィーにより精製し、ＧＳＴ領域をトロンビンにより開裂した。モノクローナル抗体を生成し、抗体の感応性及び特異性を、確実にEphB4でトランスフェクトされた２９３細胞の全細胞溶解産物を使用してウェスタンブロット法により再確認した。
【０１７７】
５）ワンステップＲＴ-ＰＣＲ及び量的ＲＴ-ＰＣＲ；
合計ＲＮＡをRNA STAT-60（商標、Tel-Test、Inc.社製、フレンズウッド、ＴＸ）を使用して前立腺癌標本及び隣接した正常標本から抽出した。量的ＲＴ-ＰＣＲ用にファーストストランドｃＤＮＡを５μｇの合計ＲＮＡからSuperScriptIII（商標、インビトロジェン社製、カールスバッド、ＣＡ）を使用して合成した。量的ＲＴ-ＰＣＲをStratageneＭＸ３０００Ｐシステム（商標、Stratagene社製、ラホーヤ、ＣＡ）でSYBR Green I Brilliant Mastermix（商標、Stragene社製）を使用して製造者の取り扱い説明書に従い行った。EphB4及びβ-アクチン（正常化遺伝子として使用）用の最適化反応は、１５０ｎＭのフォワードプライマー（β-アクチン、５’-ＧＧＡ-ＣＣＴ-ＧＡＣ-ＴＧＡ-ＣＴＡ-ＣＣＴ-Ａ-３’（SEQ ID NO: 24）；EphB4、５’-ＡＡＧ-ＧＡＧ-ＡＣＣ-ＴＴＣ-ＡＣＣ-ＧＴＣ-ＴＴ-３’（SEQ ID NO: 25））及びリバースプライマー（β-アクチン５'-ＴＴＧ-ＡＡＧ-ＧＴＡ-ＧＴＴ-ＴＣＧ-ＴＧＧ-ＡＴ-３’（SEQ ID NO: 26）；EphB4、５’-ＴＣＧ-ＡＧＴ-ＣＡＧ-ＧＴＴ-ＣＡＣ-ＡＧＴ-ＣＡ-３’（SEQ ID NO: 27））それぞれを使用して９５℃で１０分間、次に９５℃で３０秒、６０℃で１分間、７２℃で１分間のサイクル４０回によるポリメラーゼのＤＮＡ変性／活性化であった。遺伝子-特異的増幅の特異性を、単一解離ピークの存在により確認した。全反応を三個の複製物の試験においてＲＴでテンプレートなしの陰性コントロールを使用して行った。
【０１７８】
６）免疫組織化学法；
ＯＣＴ-包埋した組織を５μｍに断片化し、リン酸緩衝４％パラホルムアルデヒド中で固定化した。断片を３×５分間ＰＢＳ中で洗浄し、内因性ペルオキシダーゼを０．３％Ｈ2Ｏ2のＰＢＳ溶液中１０分間室温でインキュベーションすることによりブロックした。断片をEph４（Ｃ-１６）抗体（１：５０）と共に１時間室温でインキュベートし、次にＰＢＳで３回洗浄し、ロバ抗ヤギ第二抗体（サンタクルスバイオテック社製）で１時間室温でインキュベーションした。３回のＰＢＳでの洗浄後、ペルオキシダーゼ活性をＤＡＢ基質溶液（ベクターラボラトリーズ社製、バーリンガム、ＣＡ）中１０分間室温でインキュベーションすることにより局在化した。断片をヘマトキシリンで２０秒間対比染色し、脱水してマウントした。染色用の陰性コントロールは、一次抗体用の正常ヤギ血清の代用であった。前立腺アレイ（Bio Meda社製、フォスターシティ、ＣＡ）の免疫組織化学染色を、製造者の取り扱い説明書に従いヤギＡＢＣ染色法システム（商標、サンタクルスバイオテック社製）を使用して行った。
【０１７９】
７）ウェスタンブロット法；
全細胞溶解産物を、特記しない限り、プロテアーゼ阻害剤カクテル（Pierce社製、ロックフォード、ＩＬ）を補充した細胞溶解バッファ（GeneHunter社製、Basgvukke、TN）を使用して調製した。合計蛋白質をＤＣ試薬システム（商標、Bio-Rad社製、Hercules、CA）を使用して決定した。通常、２０μｇ全細胞溶解産物を４〜２０％トリス-グリシン勾配ゲル上で測定した。サンプルをＰＶＤＦ膜へ電子転移させ、非特異的結合を５％脱脂乳を含有するＴＢＳＴバッファ（０．５ｍＭ Tris-HCl、４５ｍＭ  ＮａＣl、０．０５％Tween-２０（商標）、ｐＨ７．４）中でブロックした。膜を一次抗体で一晩最初にプローブし、Restoreウェスタンブロットストリッピングバッファ（商標、Pierce社製、ロックフォード、ＩＬ）でストリップし、β-アクチンで再プローブして等価ロード及び蛋白質の移動を確認した。シグナルをスーパーシグナルウェストフェムト最大感応性基質（商標、Pierce社製）を使用して検出した。
【０１８０】
８）リン酸化分析；
６０ｍｍディッシュ中で成長する細胞を血清飢餓状態（１％ＦＢＳ補充したＲＰＭＩ１６４０、２４時間）又は正常条件（１０％ＦＢＳ）中で培養し、次に１μｇ／mlマウスエフリンB2／Ｆｃの存在又は非存在下で１０分間処理してEphB4レセプターを活性化した。清澄化細胞溶解産物をEphB4モノクローナル抗体で一晩４℃でインキュベートした。抗原-抗体複合体を、２０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ７．０中の１００μｌのプロテインＧ-Sepharose、を添加して、一晩４℃でインキュベーションして免疫沈降させた。免疫沈降物を１：１０００希釈したｐＴｙｒ特異的抗体（Upstate社製、クローン４G10）を使用したウェスタンブロット法により分析し、次に１：５０００希釈したプロテインＧ-ＨＲＰ（Bio-Rad社製）でインキュベーションした。免疫沈殿効率を監視するために、複製した膜をEphB4特異的モノクローナル抗体でプローブした。
【０１８１】
９）一時的トランスフェクション及びトランスフェクトされた細胞の分類；
ＰＣ３細胞をＣＤ４をコードするｐＭＡＣＳ４．１及び野生型ｐ５３（ｐＣ５３-ＳＮ３）若しくはＰＴＥＮベクター又は両方を、製造者の取り扱い説明書に従いリポフェクタミン２０００（商標、インビトロジェン社製）を使用して共トランスフェクトした。ＣＤ４のｐ５３又はＰＴＥＮ又はベクターに対するモル比は１：３であり、合計プラスミドは９０％接触性細胞の１０ｃｍ2ディッシュ当たり、６０μｌのリポフェクタミン２０００（商標）を使用して２４μｇであった。トランスフェクション２４時間後、単一細胞懸濁液を作成し、短縮されたＣＤ４（Miltenyl Biotec社製、ドイツ国）を製造者のプロトコルに従い表面マーカーとして使用して分類した。分類された細胞を１×ＳＤＳサンプルバッファ中に溶解し、ウェスタンブロット法により分析した。
【０１８２】
１０）EphB4の発現におけるＩＧＦ及びＥＧＦシグナル経路の研究；
ＰＣ３細胞を６-ウェルプレート中に接種し、８０％接触するまで培養し、２μｇ／ml中和ＩＧＦ-１Ｒモノクローナル抗体、ＭＡＢ３９１（Haileyら、2002、Mol Cancer Ther.1:1349-1353）、又は１ｎＭ  ＡＧ１４７８、強いＥＧＦＲ阻害剤（Liuら、1999、J Cell Sci.112（Pt14）:2409-2417）と共に２４時間処理した。疎細胞溶解産物をウェスタンブロット法により分析した。バンド密度をBio-Rad社製Quantity Oneシステムソフトウェア（商標）により定量化した。
【０１８３】
１１）細胞生存能力アッセイ；
ＰＣ３細胞を４８-ウェルプレート上に密度約１×１０4細胞／ウェルで合計体積２００mlで接種した。培地を細胞が接触した後交換し、細胞を種々の濃度（１〜１０μＭ）のEphB4アンチセンスＯＤＮ又はコントロールとしてのセンスＯＤＮで処理した。培地交換３日後、新しいＯＤＮを添加した。更に４８時間インキュベーション後、細胞生存能力をＭＴＴにより上記のように評価した（３６）。EphB4siRNA（１０〜１００ｎＭ）を２×１０4ＰＣ３細胞／ウェル、４８-ウェルプレートで製造者の取り扱い説明書に従い２μｌのリポフェクタミン２０００（商標）を使用して導入した。４時間トランスフェクション後、細胞を増殖培地（１０％ＦＢＳを補充されたＲＰＭＩ１６４０）へ戻した。生存能力をＭＴＴでトランスフェクション４８時間後にアッセイした。
【０１８４】
１２）創傷治癒移動アッセイ；
ＰＣ３細胞を６-ウェルプレート中に接種し、接触するまで培養した。１０μＭのＡＳ-１０又はコントロールとしてのセンスＯＤＮを、それを無菌性ピペットチップでスクレープすることにより単層を創傷する１２時間前に、生存能力アッセイでウェル中へ記載されたように導入した。培地を５％ＦＢＳ補充されたＲＰＭＩ１６４０及び新しいＯＤＮへ交換した。創傷１２時間前に、５０ｎＭのsiRNA４７２又はＧＡＰＤＨ陰性コントロールsiRNAでトランスフェクトした接触性培養物も又試験した。治癒プロセスを動的に試験し、顕微鏡アダプター付きのニコン社製Coolpix5000（商標）デジタルカメラで記録した。
【０１８５】
１３）侵襲アッセイ；
ＰＣ３細胞をリポフェクタミン２０００（商標）を使用してsiRNA４７２又はコントロールsiRNAでトランスフェクトし、６時間後、０．５×１０5細胞を８μｍマトリゲル（商標）プレコートされたインサート（BD Biosciences社製、パロアルト、ＣＡ）中に移動させた。インサートを５％ＦＢＳを補充されたＲＰＭＩ及び化学走性誘因物質として５μｇ／mlフィブロネクチンを含有するコンパニオンウェル中に設置した。２２時間インキュベーション後、インサートを除去し、上部表面上の非侵襲細胞も綿棒で除去した。膜の下側表面上の細胞を１００％メタノール中で１５分間固定化して空気乾燥し、ギムザ染色で２分間染色した。細胞を光学顕微鏡によりそれぞれの膜について５個のそれぞれ高性能視野で計測した。アッセイを、それぞれの処理グループの三個の複製物において行った。
【０１８６】
１４）細胞周期分析；
６-ウェルプレート中のＰＣ３細胞の８０％接触性培養物をsiRNA４７２（１００ｎＭ）で、リポフェクタミン２０００（商標）を使用してトランスフェクトした。トランスフェクション２４時間後、細胞をトリプシン処理し、ＰＢＳ中で洗浄し、１時間４℃で、５０ｇ／mlプロピジウムアイオダイド、０．１％クエン酸ナトリウム、０．１TritonX100（商標）及び２０μｇ／ml Ｄｎａｓｅ-フリーＲｎａｓｅＡを含有する１mlの低張性溶液中でインキュベートした。細胞をＵＳＣフローサイトメトリー設備で直線状モード中で分析した。結果を細胞周期の異なる期、即ちサブＧ０ピーク（アポトーシス）、Ｇ０／Ｇ１（ＤＮＡ合成無し）、Ｓ（活発なＤＮＡ合成）、Ｇ２（前有糸分裂）及びＭ（有糸分裂）中に検出された要素の割合として表した。
【０１８７】
１５）アポトーシスＥＬＩＳＡ；
アポトーシスを、製造者の取り扱い説明書に従い細胞死検出ＥＬＩＳＡプラスキット（商標、Roche社製、ピスカタウェイ、ＮＪ）を使用して試験した。簡潔には、２４-ウェルプレート中のＰＣ３の８０％接触性培養物を、リポフェクタミン２０００（商標）を使用して種々の濃度の（０〜１００ｎＭ）siRNA４７２又は１００ｎＭコントロールsiRNAでトランスフェクトした。１６時間後、細胞を分離し、１×１０4細胞を２００μｌ溶解バッファ中でインキュベートした。核を遠心分離によりペレット化し、モノ-又はオリゴヌクレオソームを含有する２０μｌの上澄みをＥＬＩＳＡ分析のために採取した。簡潔には、上澄みをストレプトアビジン被覆された９６-ウェルプレート中の抗ヒストン-ビオチン及び抗ＤＮＡ-ＰＯＤで２時間室温でインキュベートした。色をＡＢＳＴで展開し、４０５ｎｍでの吸光度をマイクロプレートリーダー（Molecular Devices社製、サニーベイル、ＣＡ）で測定した。
【０１８８】
実施例４（中皮腫中のEphB4の発現：治療のターゲット候補）
悪性中皮腫（ＭＭ）は、稀な新生物であり、最もしばしば胸膜性及び腹腔性漿液表面から生じる。胸膜腔は、最もしばしば患部となる部位であり（＞９０％）、次が腹膜である（６〜１０％）（Carboneら、2002、Semin Oncol．29：2-17）。これはアスベスト暴露とは強い関連性があり、約８０％の悪性中皮腫病はアスベストを摂取又は吸入した患者に生じる。この腫瘍は、現在に至るまで従来の治療法ではあまり効き目がなく、これらの患者の予後は非常に不良である（Leeら、2000、Curr Opin Pulm Med.6：267-74）。
悪性中皮腫の診断及び処理に関するいくつかの臨床性問題は、未だ解決されていない。胸膜又は腹部流体からの中皮腫の診断は非常に困難であり、しばしば胸腔鏡又は腹腔鏡又は開胸バイオプシー並びにこの腫瘍に選択的に発現するmeosthelin等の所定のマーカー用の免疫組織化学染色法を必要とする。現在まで、攻撃的な化学療法養生法及び長期間の放射線治療法であっても介入が治療効果のあるものとは証明されていない。多くのケースで生存平均値は、診断後たったの１２〜１８月である。
新規な診断用マーカー及び新しい診断用及び治療用アプローチに使用される標的を特定するために、中皮腫細胞及び臨床性サンプル系中のEphB4及びそのリガンドエフリンB2の発現を評価した。
【０１８９】
Ａ．EphB4及びエフリンB2は中皮腫細胞系中で発現した；
悪性中皮腫細胞系中のエフリンB2及びEphB4の発現を、種々の方法によりＲＮＡ及び蛋白質レベルで決定した。ＲＴ-ＰＣＲは全ての４個の細胞系はエフリンB2及びEphB4を発現することを示した（図３３Ａ）。これらの細胞系中の蛋白質発現をウェスタンブロット法により決定した。EphB4の特異的バンドは１２０ｋＤに見られた。更に、エフリンB2を、ウェスタンブロット法で試験された全細胞系中に３７ｋＤバンドとして検出した（図３３Ｂ）。エフリンB2の特異的バンドは、陰性コントロールとして試験された２９３ヒト胎児腎臓細胞中に観察されなかった。
中皮腫細胞中のEphB4転写の存在を確認するために、in situハイブリダイゼーションをチャンバースライド上で培養されたＮＣＩ Ｈ２８細胞系に対して実施した。EphB4に対する特異的シグナルをアンチセンスプローブを使用して検出した。エフリンB2転写物も又同じ細胞系中に検出した。EphB4及びエフリンB2両方用のセンスプローブは陰性コントロールとして働き、細胞とハイブリダイズしなかった（図３４）。EphB4及びエフリンB2蛋白質の発現は、免疫蛍光分析により細胞系中に確認された（図３５）。３個の細胞系は強いEphB4の発現を示し、一方エフリンB2の発現はＨ２８及びＨ２０５２中に存在し、Ｈ２３７３中では弱く検出可能であった。
【０１９０】
Ｂ．臨床性サンプル中のEphB4及びエフリンB2の発現の証拠；
胸膜の悪性中皮腫と診断された患者の胸水から培養された腫瘍細胞を単離し、パッセージ１でEphB4及びエフリンB2の両方について陽性染色を示した（図３５、最下列）。これらの結果は、中皮腫細胞系中でのEphB4及びエフリンB2の共発現を確認する。腫瘍細胞系中で見られるこれらの結果が、病状において発現を真に反映するかどうかを決定するために、腫瘍バイオプシーサンプルをEphB4及びエフリンB2のために免疫組織化学染色した。両方の蛋白質に対する抗体は、腫瘍細胞中で陽性染色を示した。代表的データを図３６に示す。
【０１９１】
Ｃ．EphB4は中皮腫の細胞増殖及び移動に関係する；
EphB4の細胞増殖中の作用を、EphB4特異的消毒（antisepses）オリゴヌクレオチド及びsiRNAを使用して試験した。培養されたＨ２８のEphB4アンチセンスによる処理は、細胞生存能力を減少した。最も有効なEphB4発現阻害剤は、EphB4 AS-１０（図３７Ａ）であった。EphB4 siRNA４７２のトランスフェクションは、同じ効果を生じた（図３７Ｂ）。
ＭＭは局部的に進行する病気であり、しばしば拡張し胸壁、心臓及び食道等の隣接する重要器官中へ成長する。このin vitroプロセスを研究する試みにおいて、発明者らは以前に記載した技術を使用して創傷治癒アッセイを実施した（３：３６）。創傷がサブ接触性Ｈ２８細胞中へ導入された場合に、次の２８時間の間、細胞は創傷範囲内へ進行的に移動する。しかし、細胞をEphB4 AS-１０で２４時間予備処理してから創傷が導入された場合、この移動は実質的に完全に防止される（図３８Ａ）。ボイデンチャンバー（商標）アッセイによりEphB4  siRNAを使用した移動研究は、EphB4発現の阻害と共に細胞移動が非常に阻害されたことを示した（図３８Ｂ）。
【０１９２】
Ｄ．材料及び方法；
１）細胞系及び試薬；
ＮＣＩＨ２８、ＮＣＩ Ｈ２０５２、ＮＣＩ Ｈ２３７３、ＭＳＴＯ ２１１Ｈ中皮腫細胞系及び２９３ヒト胎児腎臓細胞をATCC社（マナサス、ＶＡ）から得た。細胞を１０％熱不活性化胎児ウシ血清（ＦＢＳ；Life Technologies社製、ゲイザーズバーグ、ＭＤ）及び抗生物質を補充したＲＰＭＩ１６４０培地中に維持した。一次細胞を中皮腫患者の胸水から得た。大量のEphB4ホスホロチオアート改質アンチセンスオリゴヌクレオチドを生成した。同様に多くのEphB4特異的siRNAを生成した。EphB4に対して生産されたモノクローナル抗体をウェスタンブロット法に使用した。エフリンB2及びEphB4（Ｃ-１６）に対するポリクローナル抗体（免疫組織化学染色法用）はサンタクルス社から得た。
【０１９３】
２）ＲＴ-ＰＣＲ；
合計ＲＮＡをランダム六量体（インビトロジェン社製）を使用して逆転写した。EphB4及びエフリンB2用プライマーをプライマー３ソフトウェアで設計した。全プライマー用配列は下記の通りである：EphB4フォワードプライマー及びEphB4リバースプライマー（例えば、実施例２参照）；エフリンB2フォワードプライマー及びエフリンB2リバースプライマー（例えば、実施例６参照）；Ｇ３ＰＤＨフォワードプライマー、５’-ＧＧＡＧＣＣＡＡＡＡＧＧＧＴＣＡＴＣＡＴ-３’（SEQ ID NO: 28）；Ｇ３ＰＤＨリバースプライマー、５’-ＧＧＣＡＴＴＧＣＴＧＣＡＡＡＧＡＡＡＧＡＧ-３’（SEQ ID NO: 29）；Clonetics（商標）キットをＰＣＲ用に使用した。ＰＣＲをＡＢＩＰＣＲシステム２７００（商標、Applied Bioシステム社製）を使用して行った。ＰＣＲ条件は９５℃５分間、次に９５℃で３０秒間、６０℃で３０秒間及び７２℃で１分間のサイクル３５回であった。
【０１９４】
３）ジゴキシゲニン標識化ＲＮＡプローブ調製；
エフリン-Ｂ２及びEphB4ＰＣＲ生成物を、製造者の取り扱い説明書に従いｐＧＥＭ-Ｔ  Easyシステム（商標、Promega社製、マジソン、ＷＩ）を使用してクローン化した。プライマー及びＰＣＲ生成物は、５’-ｔｃｃｇｔｇｔｇｇａａｇｔａｃｔｇｃｔｇ-３’（SEQ ID NO: 30）（フォワード）、５’-ｔｃｔｇｇｔｔｔｇｇｃａｃａｇｔｔｇａｇ-３’（SEQ ID NO: 31）（リバース）ではエフリン-Ｂ２用に、２９６-ｂｐ生成物を生成し、５’-ｃｔｔｔｇｇａａｇａｇａｃｃｃｔｇｃｔｇ-３’（SEQ ID NO: 32）（フォワード）、５’-ａｇａｃｇｇｔｇａａｇｇｔｃｔｃｃｔｔｇ-３’（SEQ ID NO: 33）ではEphB4用に２９７-ｂｐ生成物を生成した。ＤＮＡ塩基配列決定により確実性及びインサート方向を再確認した。
ヒトエフリンB2又はEphB4遺伝子のＰＣＲ生成物を含有するｐＧＥＭ-Ｔ ＥａｓｙプラスミドをＳｐｅ  Ｉ又はＮｃｏ  Ｉで直鎖化した。アンチセンス又はセンスジゴキシゲニン（DIG）標識化ＲＮＡプローブを、Ｔ７又はＳＰ６プロモーターから、ＤＩＧ ＲＮＡラベリングキット（商標、Roche社製、インディアナポリス、ＩＮ）を使用してランオフ転写により転写した。ＲＮＡプローブを、ＤＩＧＲＮＡラベリングキット取り扱い説明書に従いスポットアッセイにより定量化した。
【０１９５】
４）In situハイブリダイゼーション；
細胞をLabtech  II  ４-ウェルチャンバースライド（商標、Nalge Nuncインターナショナル社製、ナパービル、ＩＬ）中で培養した。細胞をＰＢＳ（３７℃）中で洗浄し、次に３０分間２５℃で４％（ｗ／ｖ）ホルムアルデヒド、５％（ｖ／ｖ）酢酸及び０．９％（ｗ／ｖ）ＮａＣlの溶液中で固定化した。固定化後、スライドをＰＢＳで洗浄し、７０％エタノール４℃中に使用するまで貯蔵した。in situハイブリダイゼーション前に、細胞を脱水し、１００％キシレンで洗浄して残っている脂質を除去し、次に再水和し、最後にＰＢＳを加えた。細胞を、３７℃で０．１％（ｗ／ｖ）ペプシンの０．１ＮＨＣl溶液で２０分間インキュベートすることにより透過化し、１％ホルムアルデヒド中１０分間、後固定化処理をした。プレハイブリダイゼーションを、３０分間３７℃で５０％（ｖ／ｖ）脱イオン化ホルムアミドを含有する４×ＳＳＣ溶液中で行った。スライドを一晩４２℃で、２５ｎｇアンチセンス又はセンスＲＮＡプローブの４０％脱イオン化ホルムアミド、１０％デキストラン硫酸塩（硫酸エステル）、１×Denhardt溶液、４×ＳＳＣ、１０ｍＭのＤＴＴ、１ｍｇ／ml酵母ｔ-ＲＮＡ及び１ｍｇ／ml変性化及びせん断したサケ精子ＤＮＡの合計体積４０μｌを使用してハイブリッド化した。スライドを次に３７℃で下記の通り洗浄した：２×１５分の２×ＳＳＣ、２×１５分の１×ＳＳＣ、２×１５分の０．５×ＳＳＣ及び２×３０分の０．２×ＳＳＣ。ハイブリダイゼーションシグナルを製造者の取り扱い説明書に従いアルカリ-ホスファターゼ-複合抗DIG抗体（Roche社製）を使用して検出した。着色を０．１Ｍ Tris-HCl、１ｍＭのＥＤＴＡ、ｐＨ８．０中で１０分間２回洗浄して停止した。細胞を核酸のNuclear Fast Red（商標、ベクターラボラトリーズ社製、バーリンガム、ＣＡ）を使用した対比染色法により画像化し、スライドをＩＭＭＵ-ＭＯＵＮＴ（商標、Shandon社製、アストムーア、ＵＫ）でマウントした。
【０１９６】
５）ウェスタンブロット法；
疎細胞溶解産物を細胞溶解バッファ（１０ｍＭトリス、ｐＨ７．５、１ｍＭのＥＤＴＡ、１５０ｍＭ  ＮａＣl、１％TritonX100（商標）、１ｍＭのＤＴＴ、１０％グリセロール）中のインキュベーションにより調製した。溶解産物を１００００×ｇで１０分間の遠心分離により清澄化した。合計蛋白質をBradfordアッセイ（商標、Bio-Rad社製）により決定した。サンプル（２０μｇ蛋白質）を４-２０％トリス-グリシンポリアクリルアミドゲル上でフラクション分離化し、ポリビニリデンジフルオライド（ＰＶＤＴ）膜（Bio-Rad社製）へ電気ブロッティング法により移動させた。膜を、５％無脂肪乳でブロックし、次にEphB4に対する抗体（１：５０００希釈）で４℃、１６時間のインキュベーションした。ホースラディッシュペルオキシダーゼと結合している第二抗体（１：１０００００希釈）を１時間２５℃で適用した。膜を製造者の取り扱い説明書に従いスーパーシグナルウェストフェムト最大感応性化学発光基質（Pierce社製、ロックフォード、ＩＬ）を使用して展開した。
【０１９７】
６）免疫組織化学法；
ホルマリン-固定化した組織断片を脱パラフィン化し、１０％ヤギ血清で-７０℃で１０分間インキュベートし、更にエフリンB2又はEphB4のいずれかへのウサギ一次抗体（サンタクルス、Biotechnologies；１：１００）で４℃一晩インキュベートした。イソタイプ特異的ウサギIgGをコントロールとして使用した。これらのレセプター用の免疫活性を、アビジン-ビオチンキット（ベクターラボラトリーズ社製）を使用して測定した。ペルオキシダーゼ活性をジアミノベンジジン（シグマ社製）細胞化学反応により測定した。スライドを次にＨ＆Ｅで対比染色した。
【０１９８】
７）免疫蛍光研究；
細胞をLabtech  ＩＩ（商標）４-ウェルチャンバースライド上で培養し、４％パラホルムアルデヒドのダルベッコリン酸緩衝生理食塩水ｐＨ７．４（ＰＢＳ）溶液中で３０分間固定化した。スライドをＰＢＳで２回洗浄し、ブロッキングバッファ（０．２％TritonX100（商標）、１％ＢＳＡのＰＢＳ溶液）で２０分間プレインキュベートした。スライドを次にブロッキングバッファ中EphB4又はエフリンB2への抗体（１：１００希釈ＰＢＳ溶液）で４℃で１６時間インキュベートした。洗浄３回後、スライドを適切なフルオレセイン-複合第二抗体（シグマ-アルドリッチ社製、セントルイス、ＭＯ）を使用してインキュベートした。核を４’，６-ジアミジノ-２-フェニルインドール塩酸塩（ＤＡＰＩ）で対比染色し、充分にＰＢＳで洗浄し、Vecta sheild antifade mounting溶液（商標、ベクターラボラトリーズ社製）でマウントした。画像をオリンパスＡＸ７０蛍光学顕微鏡及びSpot v2.2.2（商標、Diagnostic Instruments Inc.社製、スターリングハイツ、ＭＩ）デジタル画像化システムを使用して得た。
【０１９９】
８）細胞生存能力アッセイ；
細胞を密度５×１０3／ウェル（４８-ウェルプレート）で０日目に２％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）を含有する適切な増殖培地中に接種した。翌日、培地を交換し、細胞を種々の濃度（１〜１０μＭ）のEphB4アンチセンスで処理した。第４日目に、生存能力を３-（４，５-ジメチルチアゾール-２-イル）-２，５-ジフェニルテトラゾリウムブロマイド（ＭＴＴ）を使用して最終濃度０．５ｍｇ／mlで評価した。細胞を２時間インキュベートし、培地を吸引し、細胞を酸性イソプロパノール（９０％イソプロパノール、０．５％ＳＤＳ及び４０ｍＭＨＣl）中に溶解した。光学密度はＥＬＩＳＡリーダーで４９０ｎｍで、イソプロパノール（Molecular Devices社製、ＣＡ）をブランクとして使用して測定した。
【０２００】
９）細胞移動；
In vitro創傷治癒アッセイを採用した。簡潔には、細胞を完全培養培地中６ｃｍプレート上に２４時間接種し、次に５％ＦＢＳ含有培地へスイッチした。EphB4アンチセンス１０（１０μＭ）も又処理したウェルへ添加した。２４時間後、ｐ-２００ピペットマン（商標）のチップを使用して創傷を作った。即ち、プレート中央を貫通する線を引いた。プレートを０、１２、２４時間後に画像化した。実験は３回繰り返した。
【０２０１】
実施例５（EphB4は頭部癌及び頚部癌の扁平上皮細胞癌中で発現した：表皮増殖因子シグナル経路によるレギュレーション及び成長効果）
頭部癌及び頚部癌の扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）は、世界で最も頻度の高い第６位の癌であり、毎年９０００００病例が診断されると見積もられる。それはいくつかの発展途上国では全悪性疾患のほとんど５０％である。米国では、５００００人の新患者及び８０００人の死亡が毎年報告されている。タバコ発癌物質は、重要因子としてアルコール消費、年齢、性別及び民族的背景と共にこの病気の主要な病因性要因であると考えられる。
【０２０２】
上部気管消化管の正常上皮及びその組織から生じる癌細胞間の相違は、特定の遺伝子中の突然変異及びそれらの発現の変更の結果である。これらの遺伝子は、ＤＮＡ修復、増殖、不死化、アポトーシス、侵襲及び血管形成を調節する。頭部癌及び頚部癌に関して、３個のシグナル経路の変更は充分な頻度で発生し、この病気の決定的な形質変換事由であると考えられる劇的な表現型変化を生じる。これらの変化として、ｐ５３腫瘍サプレッサーの突然変異、表皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）の過発現及びサイクリン依存性キナーゼインヒビターｐ１６の不活性化が挙げられる。他の変化として、Ｒｂ突然変異、ｒａｓ活性化、サイクリンＤ増幅、及びｍｙｃ過発現等は、ＨＮＳＣＣ中ではより頻度が低い。
高いEphB4の発現は血液性悪性疾患、乳癌、子宮内膜癌及び腸癌中で報告されているが、EphB4蛋白質レベルに対しては限られたデータしかなく、ＨＮＳＣＣ等のこの蛋白質の腫瘍生物学に対する生物学的有意性データは完全に欠落している。
【０２０３】
Ａ．ＨＮＳＣＣ腫瘍はEphB4を発現する；
免疫組織化学法（in situハイブリダイゼーション）及びウェスタンブロット法によりヒト腫瘍組織中でEphB4の発現を研究した。１２個の採取された有望な腫瘍組織を、ＩＲＢ認定に従って、EphＢ及びEphＡファミリーの他の構成員と反応しない特異的EphB4モノクローナル抗体と評価した。EphB4発現を染色強度を変化させて全ケースで観察する。図３９Ａ（左上）は代表的ケースを示し、Ｈ＆Ｅ腫瘍構造で明らかなように、EphB4は腫瘍領域中のみで発現したことを示す（図３９Ａ左下）。ストロマ中のEphB4の着色がないことに注目すべきである。第二に、リンパ節中の転移性腫瘍部位は陽性染色法を示し、一方リンパ節の残りの部分は陰性のままである（図３９Ａ、右上）。
【０２０４】
In situハイブリダイゼーションを、腫瘍組織中のEphB4転写物の存在及び位置を決定するために実施した。EphB4特異的アンチセンスプローブに対する強いシグナルは、転写物の存在の表示を検出した（図３９Ｂ、左上）。腫瘍構造を示すＨ＆Ｅ染色（図３９Ｂ、左下）との比較は、シグナルが腫瘍細胞に局在化し、間質性領域には存在しないことを示す。エフリンB2転写物も又、EphB4と共に腫瘍サンプル中に検出され、そのシグナルは腫瘍細胞に局在化した（図３９Ｂ、右上）。EphB4又はエフリンB2センスプローブのいずれも、断片に対してハイブリッドせず、シグナルの特異性を示した。
【０２０５】
Ｂ．ＨＮＳＣＣの主要な転移性部位での高いEphB4の発現；
主要な腫瘍（リンパ節転移）からの組織及び包含されていない組織のウェスタンブロット法を実施して、これらの部位中のEphB4発現の相対的なレベルを決定した。２０症例の腫瘍及び正常な隣接組織を採取し、陽性腫瘍のリンパ節でこれらの２０症例中の９例を採取した。代表的症例を図３９Ｃに示す。EphB4発現をそれぞれの腫瘍サンプルで観察した。同様に、全腫瘍陽性リンパ節は主要な腫瘍以上のEphB4発現を示した。正常な隣接組織中には発現は無いか最小で観察された。
【０２０６】
Ｃ．ＨＮＳＣＣ細胞系中のＥＧＦＲ活性によるEphB4発現及びレギュレーション；
腫瘍細胞に限定されるEphB4の発現を示した後、次にＨＮＳＣＣ中のEphB4発現のin vitroモデルがあるかどうかの決定を試みた。６個のＨＮＳＣＣ細胞系をEphB4蛋白質発現についてウェスタンブロット法により検討した（図４０Ａ）。これらの大部分は強いEphB4発現を示し、その結果次の研究の基礎を確立した。ＥＧＦＲは強くＨＮＳＣＣと関係するために、EphB4発現はＥＧＦＲの活性化と関係するかを検討した。ＥＧＦＲ陽性細胞系であるＳＣＣ-１５でのパイロット実験は、最適時間は２４時間であり濃度１ｍＭの特異的ＥＧＦＲキナーゼ阻害剤  ＡＧ１４７８（図４０Ｂ）がEphB4の発現を阻害することを確認した。全細胞系を試験して、全体で活発なＥＧＦＲ発現があるが、ＳＣＣ-４では検出可能であるが強くないことをが示された（図４０Ｃ、上段）。ＥＧＦＲ阻害剤  ＡＧ１４７８への応答において、EphB4合計量の顕著な損失が所定の細胞系（ＳＣＣ-１５及びＳＣＣ-２５）で観察された一方、他では効果は観察されなかった（ＳＣＣ-９、-１２、-１３及び-７１）。従って、ＳＣＣ-１５及び-２５は、ＥＧＦＲ活性によりレギュレートされるEphB4のモデルとして使用できる一方、ＳＣＣ-９、-１２、-１３及び-７１は、ＥＧＦＲ活性とは関係のないＨＮＳＣＣ中のEphB4のレギュレーションのモデルであり、その場合、ｐ５３、ＰＴＥＮ、ＩＬ-６等の他の因子からインプットされてもよい、又、試験された全ての細胞系中でEphB4のリガンド、即ちエフリンB2の発現を表した。いくつかの系でEphB4と共に、エフリンB2発現はＥＧＦＲ活性によりレギュレートされる一方、それは他の細胞系とは関係ないことを示した。
【０２０７】
明らかに、構成的ＥＧＦＲシグナルの阻害はＳＣＣ１５細胞中のEphB4レベルを抑制した。次にＥＧＦはEphB4を誘起できるかを試験した。その結果、図４１Ｂに示すようにEphB4レベルは、１０ｎｇ／mlＥＧＦでの２４時間処理の前に２４時間血清飢餓状態にされたＳＣＣ１５細胞中で誘起された（列１及び２）。図４１Ａに示されるＥＧＦＲ活性化用に公知の下流シグナル経路（参考としてYarden & Slikowski 2001参照）について、次にＥＧＦ仲介されたEphB4の誘導へのそれらのインプットを検討した。特異的キナーゼ抑制剤Ｕ７３１２２、ＳＨ-５及びＳＰ６００１２５での、ＰＬＣｇ、ＡＫＴ及びＪＮＫリン酸化のブロッキングはそれぞれ基底レベルを減少し、ＥＧＦ刺激されたEphB4の誘導をブロックした（図４１Ｂ、列３〜８）。反対に、ＥＲＫ１／２のＰＤ０９８０９５での阻害及びＰ１３-ＫのＬＹ２９４００２又はウォルトマニンでの阻害は、EphB4レベルのＥＧＦ誘導に対する検出可能な効果を示さなかった。しかし、ＥＲＫ１／２リン酸化が阻害された時に、EphB4基底レベルは減少した。興味深いことには、ＳＢ２０３５８０でのｐ３８ＭＡＰＫ活性の阻害は基底を増加したが、ＥＧＦはEphB4レベルを誘起しなかった。類似の結果がＳＣＣ２５細胞系でも見られた（データは記載しない）。
【０２０８】
Ｄ．高発現細胞系中のEphB4の阻害は生存能力を減少させ細胞周期停止を生じる；
次に、siRNA又はＡＳ-ＯＤＮ法を使用して発現除去効果を検討して、ＨＮＳＣＣにおけるEphB4発現作用を研究した。EphB4配列への数個のsiRNAを展開し（表１）、それは、図４２Ａで表示したように程度を変化させるEphB4発現をノックダウンした。siRNA５０及び４７２でトランスフェクトされたＳＣＣ-１５、-２５及び-７１細胞系で、生存能力は減少し、それはEphB4発現のブロッキングに最も効果的であった（図４２Ｂ）。EphB4 siRNA１５６２及び２３０２又はエフリンB2siRNA２５４では生存能力への影響はほとんど観察されなかった。EphB4を発現しないＳＣＣ-４中では（参照図４０Ａ）、細胞生存能力の減少は生じなかった。siRNA５０及び４７２処理で見られた細胞生存能力減少はサブＧ０での細胞の蓄積のせいであり、アポトーシスを示す。この効果は、時間及び投薬量両方に依存する（図４２Ｃ及び表２）。反対に、EphB4レベルを減少するのに効果的でなかく、生存能力にわずかな影響しか示さなかったsiRNA２３０２は、ｍｏｃｋリポフェクタミン２０００（商標）トランスフェクションと比べて細胞周期中の変化を全く生じなかった。表１はEphB4及びsiRNA類を示す。表２は異なるEphB4 siRNAの細胞周期に対する効果を示す。
【０２０９】
【表１】
2011256179.tif 000002
【０２１０】
【表２】
2011256179.tif 000003
【０２１１】
更に、ヒトEphB4コーディング配列へ相補的な５０を超えるホスホロチオアートＡＳ-ＯＤＮを合成し、完全長EphB4発現プラスミドで一時的にトランスフェクトされた２９３細胞中でそれらのEphB4発現阻害能力を試験した。図４３Ａは、これらＡＳ-ＯＤＮのいくつかのEphB4発現に対する効果の代表的例を示す。ＡＳ-１０で発現は完全に阻止され、ＡＳ-１１はわずかな効果のみを示したことは重要である。ＳＣＣ１５細胞中の細胞生存能力への効果は、図４３Ｂに示されるようにEphB4発現の阻害に最も効果的であるＡＳ-ＯＤＮで最も顕著であった。ＡＳ-１０用のＩＣ50は約１μＭであった一方、１０μＭのＡＳ-１１でさえ生存能力の５０％減少を達成するためには充分ではなかった。ＡＳ-１０が細胞周期に対して有する効果を検討すると、サブＧ０フラクションは未処理細胞と比較して１．９％から１０．５％まで増加してアポトーシスを示したことが明らかになった（図４３Ｃ）。
【０２１２】
Ｅ．EphB4は細胞移動をレギュレートする；
次にEphB4がＨＮＳＣＣの移動に作用するかを決定しようとした。
移動への寄与は、成長及び転移と関係する。移動は、創傷治癒／スクレープアッセイを使用して評価した。接触性ＳＣＣ１５及びＳＣＣ２５培養物を、無菌性プラスチックパスツールピペットを使用した単回スクレープにより創傷し、境界を明確に定める３ｍｍ帯を残した。試験化合物の存在下での細胞の清澄化領域中への移動を、２４、４８及び７２時間後に評価して定量化した。図４３Ｄに示されるように、細胞移動はEphB4発現をブロックするＡＳ-１０へ応答して顕著に減少した一方、不活性化合物のＡＳ-１及びスクランブルされたＯＤＮは効果が無いかほとんどなかった。ＡＳ-１０による移動の阻害も又ボイデンダブルチャンバー（商標）アッセイを使用して示された（図４３Ｅ）。
【０２１３】
Ｆ．EphB4 AS-１０のin vivo抗腫瘍活性；
細胞生存能力及び運動性を減少するEphB4 AS-１０の効果を、Balb/Cヌードマウス中のＳＣＣ１５腫瘍異種移植で決定した。マウスへ毎日２０ｍｇ／ｋｇＡＳ-１０、センスＯＤＮ又は同体積のＰＢＳをＩ．Ｐ．注射する処理を、腫瘍細胞移植の翌日から開始した。ＡＳ-１０を投与されるマウス中の腫瘍の成長は、センスＯＤＮ又はＰＢＳ希釈剤単独のいずれかを投与されるマウスと比較して非常に遅滞した（図４４）。センスＯＤＮ処理した及びＰＢＳ処理したグループ間に相違がないため、ＯＤＮを原因とする非特異的効果は観察されなかった。
【０２１４】
Ｇ．材料及び方法；
１）細胞系及び試薬；
ＨＮＳＣＣ-４、-９、１２、-１３、-１５、-２５及び-７１並びに２９３ヒト胎児腎臓細胞はATCC社（マナサス、ＶＡ）から得られた。細胞を、１０％熱不活性化胎児ウシ血清（ＦＢＳ；インビトロジェン社製、カールスバッド、ＣＡ）及び抗生物質を補充したＲＰＭＩ１６４０培地中に維持した。ＥＧＦＲ、EphB4（Ｃ-１６）ポリクローナル抗体はサンタクルスバイオテック社（サンタクルス、ＣＡ）から得た。β-アクチンモノクローナル抗体はシグマ化学社（セントルイス、ＭＯ）社から購入した。エフリンB2及びEphB4ポリクローナル抗体及びそれらの対応するブロッキングペプチドはサンタクルスバイオテクノロジー社（サンタクルス、ＣＡ）から得た。ＡＧ１４７８（４-（３’-クロロアニリノ）-６，７-ジメトキシ-キナゾリン）をＣａlｂｉｏｃｈｅｍ社（サンディエゴ、ＣＡ）から得た。キナーゼ抑制剤ＳＨ-５及びＳＰ６００１２５をＡ．Ｇ．サイエンティフィック社（サンディエゴ、ＣＡ）から得た。ＰＤ９８０９５、Ｕ７３１２２、ＳＢ２０３５８０、ＬＹ２９４００２及びウォルトマニンをシグマ社から得た。
【０２１５】
２）ジゴキシゲニン標識化ＲＮＡプローブの調製；
例えば、実施例３参照。
３）in situハイブリダイゼーション
例えば、実施例３参照。
【０２１６】
４）免疫組織化学法；
ホルマリン-固定化した組織断片を脱パラフィン化し、１０％ヤギ血清で-７０℃１０分間インキュベートし、EphB4モノクローナル抗体で４℃一晩インキュベートした。イソタイプ特異的ウサギIgGをコントロールとして使用した。これらのレセプター用の免疫活性は、ベクターラボラトリーズ社製アビジン-ビオチンキットを使用して測定した。ペルオキシダーゼ活性はジアミノベンジジン（シグマ社製）細胞化学反応により測定した。次にスライドを０．１２％メチレンブルー又はＨ＆Ｅで対比染色した。凍結断片用にＯＣＴ-包埋した組織を５μｍに断片化し、リン酸緩衝４％パラホルムアルデヒド中に固定化した。断片を３×５分ＰＢＳ中で洗浄し、内因性ペルオキシダーゼを０．３％Ｈ2Ｏ2のＰＢＳ溶液中１０分間室温でのインキュベーションによりブロックした。断片をEph４（Ｃ-１６）抗体（１：５０）で１時間室温でインキュベートし、次にＰＢＳで３回洗浄し、ロバ抗ヤギ第二抗体（サンタクルスバイオテック社製）で１時間室温でインキュベーションした。ＰＢＳでの３回の洗浄後、ペルオキシダーゼ活性をＤＡＢ基質溶液（ベクターラボラトリーズ社製、バーリンガム、ＣＡ）中１０分間室温でインキュベーションにより局在化した。断片をヘマトキシリンで２０秒間、対比染色し、脱水し、マウントした。染色法の陰性コントロールを一次抗体用正常ヤギ血清の代用とした。前立腺アレイ（Bio Meda社製、フォスターシティ、ＣＡ）の免疫組織化学染色法を、製造者の取り扱い説明書に従いヤギＡＢＣ染色法システム（商標、サンタクルスバイオテック社製）を使用して行った。
【０２１７】
５）ウェスタンブロット法；
例えば、上記実施例３参照。
６）EphB4  siRNAのin vitro転写による合成；
サイレンサーsiRNA構築キット（商標、Ambion社製、オースチン、ＴＸ）をsiRNAをEphB4へ合成するために使用した。簡潔には、１９ｂｐ下流の５’-ＡＡジヌクレオチドを含有する２１ｂｐターゲット配列を、ＧｅｎＢａｎｋデータベース中の他の配列と明らかな相同性を示さないことを特定した。センス及びアンチセンスsiRNA２９マーＤＮＡオリゴヌクレオチドテンプレートを、USC Norris Micro化学コア設備において合成した。
アンチセンステンプレートはターゲット配列へ対応し、次に８ｂｐ（５’-ＣＣＴＧＴＣＴＣ-３’）をサイレンサーsiRNA構築キット（商標）により提供されたＴ７プロモータープライマーと相補的な３’末端部位へ添加した。センステンプレートは上記のように、５’-ＡＡ、次にターゲット１９ｂｐの補体、更に次にＴ７８ｂｐ配列の補体を含有する。
【０２１８】
分離反応中、２個のsiRNAオリゴヌクレオチドテンプレートをハイブリッド化してＴ７プロモータープライマーとした。ハイブリッド化されたオリゴヌクレオチドの３’末端を、ＤＮＡポリメラーゼのKlenowフラグメントにより延長して二重鎖siRNA転写テンプレートを形成した。センス及びアンチセンスsiRNAテンプレートをＴ７ＲＮＡポリメラーゼにより転写し、得られたＲＮＡ転写物をハイブリッド化してｄｓＲＮＡを形成した。リーダー配列は、単鎖を有する特異的リボヌクレアーゼによるｄｓＲＮＡの消化により除去され、オーバーハングＵＵジヌクレオチドを残した。ＤＮＡテンプレートはＲＮａｓｅフリーデオキシリボヌクレアーゼによる処理と同時に除去された。得られたsiRNAは、ガラス繊維フィルター結合により精製され、反応中の過剰のヌクレオチド、短いオリゴマー、蛋白質及び塩を除去した。最終生成物（表３に示す。）は、細胞中にトランスフェクトされた場合にターゲットｍＲＮＡの発現を効果的に減少できる３’末端ウリジンで二重鎖となった２１マーsiRNAであった。多くのホスホロチオアートＡＳ-ＯＤＮも又EphB4発現の阻害試験用に合成した（オペロン社製、バレンシアＣＡ）（表３）。表３はEphB4アンチセンスＯＤＮを示す。
【０２１９】
【表３】
2011256179.tif 000004
【０２２０】
７）細胞生存能力アッセイ；
細胞を、０日目に密度５×１０3／ウェル（４８-ウェルプレート中）の２％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）を含有する適切な増殖培地中に接種した。細胞を種々の濃度（１〜１０μｇ／ml）のＯＤＮで２及び４日目に処理した。５日目に、文献に記載されたように（Masoodら、０３）、３-（４，５-ジメチルチアゾール-２-イル）-２，５-ジフェニルテトラゾリウムブロマイド（ＭＴＴ）を使用して、生存能力を評価した。siRNAとの生存能力では、ＳＣＣ-４、-１５、-２５又は-７１の２×１０4細胞／ウェル（４８-ウェルプレート中）が、製造者の取り扱い説明書に従い２μｌのリポフェクタミン２０００（商標）を使用してsiRNA（１０〜１００ｎＭ）と共にトランスフェクトされた。４時間トランスフェクション後、細胞を増殖培地（１０％ＦＢＳを補充されたＲＰＭＩ１６４０）へ戻した。トランスフェクション後、ＭＴＴ４８時間により生存能力をアッセイした。
【０２２１】
８）細胞周期分析；
ＳＣＣ１５細胞の８０％接触性培養物（６-ウェルプレート中）を、リポフェクタミン２０００（商標）を使用してsiRNA４７２（１００ｎＭ）とトランスフェクトした。トランスフェクションの１６又は３６時間後、細胞をトリプシン処理し、ＰＢＳで洗浄し、１時間４℃で、５０μｇ／mlプロピジウムアイオダイド、０．１％クエン酸ナトリウム、０．１TritonX100（商標）及び２０μｇ／mlＤＮａｓｅ-フリーＲＮａｓｅＡを含有する１mlの低張性溶液中でインキュベートした。細胞をＵＳＣフローサイトメトリー設備で直線状モードで分析した。結果を、異なる期の細胞周期、即ちサブＧ０ピーク（アポトーシス）、Ｇ０／Ｇ１（ＤＮＡ合成無し）、Ｓ（活発なＤＮＡ合成）、Ｇ２（前有糸分裂）及びＭ（有糸分裂）、中で検出した要素の割合として表した。ＡＳ-ＯＤＮ実験として、細胞をプロセシング３６時間前に５μＭＯＤＮへ曝した。
【０２２２】
９）創傷治癒移動アッセイ；
ＳＣＣ１５細胞を６-ウェルプレート中に接種し、接触するまで培養した。１０μＭのＡＳ-１、ＡＳ-１０又はコントロールとしてのセンスＯＤＮを、それを無菌性ピペットチップでスクレープすることにより単層を創傷して、記載されたような１２時間生存能力アッセイでウェル中へ導入した。培地を５％ＦＢＳ及び新しいＯＤＮを補充されたＲＰＭＩ１６４０へ交換した。治癒プロセスを動的に試験し、顕微鏡アダプター付きのニコン社製Coolpix5000（商標）デジタルカメラで記録した。
【０２２３】
１０）移動のボイデンチャンバー（商標）アッセイ；
細胞移動アッセイを、１μＭのＡＳ-１０又はＡＳ-６を上室チャンバーへ加えた以外は文献（MasoodＡＮＵＰｐａｐｅｒ‘９９）に記載されたように行った。ＥＧＦ（２０ｎｇ／ml）を下室チャンバー中の化学走性誘因物質として使用した。１０ｎｇ／mlのタキソールを陰性コントロールとして使用した。
【０２２４】
１１）In vivo研究；
ＳＣＣ１５（５×１０6細胞）を５週齢オスBalb/CＮｕ+／ｎｕ+Ａ胸腺欠損マウスの背中下部へ皮下注射した。ＯＤＮ（合計体積１００μｌ中２０ｍｇ／ｋｇ）又は希釈剤（ＰＢＳ）を毎日腹腔内注射することからなる処理を、腫瘍細胞移植の翌日から開始し、２週間続けた。マウス中の腫瘍増殖を、文献に記載されたように（Masood ＣＣＲ’０１）測定した。実験終結時にマウスを犠牲にした。全マウスは実験用マウス管理用の南カリフォルニア大学動物管理使用協会ガイドラインに従い取り扱った。
【０２２５】
実施例６（カポジ肉腫中でのエフリンB2発現はヒトヘルペスウィルスタイプ８により誘起される：静脈性から動脈性内皮へのフェノタイプ変換）
カポジ肉腫（ＫＳ）は多病巣性血管増殖性病として、最も通常は皮膚及び粘膜に現れ、次に内蔵器官への拡大する（１）。この病気の典型的特徴は、血管形成、水腫、リンパ単球核細胞の湿潤及び紡錘体腫瘍細胞の成長である。病理学上の、確立された障害は、スリット状空間の高密度の血管網を示す。ＫＳ血管網は、その基底膜の欠損及びこれらの脈管内部を覆う異常な紡錘体内皮細胞（腫瘍細胞）により正常な脈管からは明らかに区別できる。不良な脈管構造は、障害中のアルブミン、赤血球及び単核細胞を含む血液成分の蓄積を生じる（１）。ＫＳ腫瘍は内皮性起源であり；腫瘍細胞は多くの内皮性マーカーを発現し、マーカーとして例えば、「Ulex europeaus」凝集素-１（ＵＥＡ-１）用レクチン結合部位、ＣＤ３４、ＥＮ-４、ＰＡＬ-Ｅ（２）、及び内皮細胞特異的チロシンキナーゼレセプター、ＶＥＧＦＲ-１（Ｆｌｔ-１）、ＶＥＧＦＲ-２（Ｆｌｋ-１／ＫＤＲ）、ＶＥＧＦＲ-３（Ｆｌｔ-４）、Ｔｉｅ-１及びＴｉｅ-２（３、ＲＭ＆ＰＳＧ未公開データ）が挙げられる。ＫＳ細胞はＬＹＶＥ及びポドプラニン等のリンパ性内皮細胞関係蛋白質と共発現する（４）。
【０２２６】
ヘルペスウィルスＨＨＶ-８はこの病気の病因性要因であると考えられている。この新しいヘルペスウィルス中の１９９４配列がＫＳ腫瘍組織中で特定され（５）、それに続き分子-疫学研究によりほとんど全ＫＳ腫瘍がウィルス性ゲノムを含有することが示された。血清疫学研究は、ＫＳでＨＩＶ感染した患者は最高のＨＨＶ-８有病率を有すること、及び第二にＨＩＶ感染しているがＫＳに罹患していない患者は、同様にＨＨＶ-８血清陽性である場合、それ以降の数年にわたりＫＳ発生のリスクが増加することを示した（６）。ＨＨＶ-８のＫＳへの作用の直接的証拠は、ＨＨＶ-８感染後の骨髄内皮細胞の形質転換（改質）である（７）。多くのＨＨＶ-８エンコードする遺伝子は、細胞性形質転換（改質）をもたらす（８参照）。しかし、最大の証拠は、この役割におけるＧプロテイン結合レセプター（ｖＧＰＣＲ）について蓄積された（９）。
ＫＳ腫瘍細胞は動脈性又は静脈性内皮由来かを検討した。更に、ＨＨＶ-８はＫＳモデル中で動脈性又は静脈性マーカーの発現に対して効果を有するかを検討した。ＫＳ腫瘍細胞は、エフリンB2動脈性マーカーを発現することが発見された。更に、エフリンB2発現は、ＫＳ及び内皮細胞系中のＨＨＶ-８ｖＧＰＣＲにより誘起された。エフリンB2は、エフリンB2発現又はシグナルの阻害は、ＫＳ細胞の生存能力及び機能に有害であるため、ＫＳ処理用の可能なターゲットである。
【０２２７】
Ａ．ＫＳ腫瘍は、EphB4ではなくエフリンB2を発現する；
ＫＳ障害の非常な血管関連性及び腫瘍細胞の可能性のある内皮細胞起源は、それぞれ静脈性及び動脈性内皮細胞のマーカーである、EphB4及びエフリンB2の発現の検討に寄与した。EphB4転写物ではなくエフリンB2は、ＫＳバイオプシーの腫瘍細胞中にin situハイブリダイゼーションにより検出された（図４５Ａ）。エフリンB2アンチセンスプローブ及びＨ＆Ｅ染色で示される腫瘍細胞との陽性シグナルの比較は、エフリンB2発現は腫瘍細胞を含有するバイオプシーの面積に限られていることを示す。EphB4アンチセンスプローブでのＫＳ中のシグナルの欠如は、プローブの欠陥のせいではなく、この蛋白質を発現することが示されてた扁平上皮細胞癌中の転写物を検出したせいである（１８）。ＫＳ腫瘍組織中のエフリンB2の発現の追加的証拠は、ＦＩＴＣ複合抗ヒトＦｃ抗体により検出された、EphB4／Ｆｃシグナルの腫瘍細胞への局在化により与えられる。エフリンB2はEphB4用のたった一つのリガンドであるために、この試薬はエフリンB2の発現に特異的である（図４５Ｂ、左）。第二試薬のみで処理した隣接する断片は、特異的シグナルを示さない。二色共焦点顕微鏡は、エフリンB2陽性細胞中にＨＨＶ-８潜伏蛋白質ＬＡＮＡ１の存在を表し（図４５Ｃ、左）、それは腫瘍細胞であり、腫瘍脈管ではなくこの動脈性マーカーを発現していることを示した。腫瘍バイオプシーのＰＥＣＡＭ-１抗体での染色は、この腫瘍の高度な血管的性質を明らかにした（図４５Ｃ、右）。ＫＳバイオプシーに対するエフリンB2及びEphB4発現パターンの有病率のパイロット研究はＲＴ-ＰＣＲ分析により行った。６例のサンプル全部がエフリンB2に陽性であった一方、ただ２例がEphB4に弱陽性であった（データは記載しない）。
【０２２８】
Ｂ．静脈性内皮細胞のＨＨＶ-８での感染は動脈性マーカーへのフェノタイプ変換を生じる；
次にＫＳの病因性要因と思われるＨＨＶ-８は、それ自身で内皮細胞中でのエフリンB2の発現を誘起しEphB4発現を抑制できるかを検討した。ＨＵＶＥＣ及びＨＨＶ-８と有効感染させたＢＣ-１リンパ腫細胞の共培養は、内皮細胞の効果的感染を生じた（１６）。充分な洗浄後に残っている内皮細胞の付着単層を、エフリンB2及びEphB4についてＲＴ-ＰＣＲ及び免疫蛍光により試験した。ＨＵＶＥＣは、EphB4静脈性マーカーをＲＮＡレベルで強く発現したが、エフリンB2は発現しなかった（図４６Ｂ）。反対に、ＨＨＶ-８感染させた培養物（ＨＵＶＥＣ／ＢＣ-１及びＨＵＶＥＣ／ＢＣ-３）はエフリンB2を発現する一方、EphB4転写物はほとんど見られなかった。
【０２２９】
ＨＵＶＥＣ及びＨＵＶＥＣ／ＨＨＶ-８の培養物の、動脈／静脈マーカー及びウィルス性蛋白質についての免疫蛍光分析を、ＲＮＡ中に見られるものを反映する蛋白質発現中に変化があるかを決定するために行った。更に、蛋白質の細胞性局在化も決定できた。ＲＴ-ＰＣＲデータに適合するように、ＨＵＶＥＣはエフリンB2陰性及びEphB4陽性であった（図４６Ａ（ａ＆ｍ））。予測されるように、それらは核抗原（ＬＡＮＡ１）と関連するＨＨＶ-８潜伏を全く発現しなかった（図４６Ａ（ｂ、ｎ））。ＨＨＶ-８で有効に感染させたＢＣ-１細胞の共培養は、ウィルス性蛋白質ＬＡＮＡ１及びＯＲＦ５９の存在で示されるようにＨＵＶＥＣの感染を生じた（図４６Ａ（ｆ、ｒ））。ＨＨＶ-８感染させたＨＵＶＥＣは、今やエフリンB2を発現するがEphB4を発現しない（図４６Ａそれぞれ（ｅ、ｑ、ｕ））。エフリンB2及びＬＡＮＡ１共クラスターの発現は、併合画像中に黄色シグナルで示される（図４６Ａ（ｈ））。エフリンB2陽性でEphB4陰性のＨＨＶ-８感染させたＨＵＶＥＣは、同様に動脈性マーカーＣＤ１４８を発現する（１９）（図４６Ａ（ｊ、ｖ））。エフリンB2及びＣＤ１４８共クラスターの発現は、併合画像中に黄色シグナルで示される（図４６Ａ（ｌ））。未感染の、EphB4発現ＨＵＶＥＣはＣＤ１４８に陰性であった（記載せず）。
【０２３０】
Ｃ．ＨＨＶ-８ｖＧＰＣＲはエフリンB2発現を誘起する；
個々のウィルス性蛋白質は全体のウィルスで観察されるエフリンB2の発現を誘起できるかを試験するために、ＫＳ-ＳＬＫ細胞をＨＨＶ-８ＬＡＮＡ、又はＬＡＮＡ△４４０又はｖＧＰＣＲで確実にトランスフェクトした。安定なクローンのウェスタンブロット法で、ｖＧＰＣＲでトランスフェクトされたＫＳ-ＳＬＫ中では、ＳＬＫ-ＬＡＮＡ又はＳＬＫ-ＬＡＮＡ△４４０と比較してエフリンB2が５倍誘導されることが明らかになった（図４７Ａ）。ベクター単独（ｐＣＥＦＬ）でトランスフェクトされたＳＬＫを、コントロールとして使用した。ＳＬＫ-ｖＧＰＣＲ及びＳＬＫ-ｐＣＥＦＬ細胞も又、一時的にトランスフェクトされたＫＳ-ＳＬＫ細胞中で、エフリンB2及びEphB4発現を免疫蛍光により試験した。図４７Ｂは、ＳＬＫ-ｐＣＥＦＬと比較してＳＬＫ-ｖＧＰＣＲ細胞中でより高いエフリンB2発現を示す。ＳＬＫ-ｐＣＥＦＬと比較してＳＬＫ-ｖＧＰＣＲ中ではEphB4について変化は観察されなかった。これは明らかにＳＬＫ-ｖＧＰＣＲ細胞はＳＬＫ-ｐＣＥＦＬ細胞と比較して高レベルのエフリンB2を発現したことを示す。これは、ＨＨＶ-８のｖＧＰＣＲは、ＫＳ中でエフリンB2の誘導及び動脈性フェノタイプ変換に直接含まれることを示唆する。ＨＨＶ-８はＨＵＶＥＣ中のエフリンB2の発現を誘起することは上記に示されているので、次にこれは、転写的効果により仲介されるかどうかを試験した。エフリンB2５’-フランキングＤＮＡ-ルシフェラーゼレポータープラスミドは、下記「材料及び方法」欄に示されるように構成され、ＨＵＶＥＣ中に一時的にトランスフェクトされた。エフリンB2５’-フランキングＤＮＡ配列-２４９１／-１１は、ＨＵＶＥＣ細胞中で最小活性を有する（図４７Ｃ）。これは、エフリンB2は動脈性であり静脈性マーカーではないことに適合する。しかし、培養物中のＨＵＶＥＣはいくつかのエフリンB2をＲＮＡレベルで発現することが示された。ＨＨＶ-８ｖＧＰＣＲの共トランスフェクションは、コントロール発現ベクターｐＣＥＦＬと比較してエフリンB2転写を約１０倍誘起する。だいたい同等な誘導がエフリンB2配列-２４９１／-１１、-１２４２／-１１、又は-５７７／-１１で観察され、それは、最大活性は-１２４２／-１１ルシフェラーゼ構築物で観察されるにもかかわらず、-５７７及び-１１間の要素がｖＧＰＣＲへの応答を媒介するのに充分であることを表す。
【０２３１】
Ｄ．エフリンB2の発現はＶＥＧＦ及びＶＥＧＦ-Ｃによりレギュレートされる；
次に公知のＫＳ増殖因子はエフリンB2発現のｖＧＰＣＲ-仲介された誘導中に含まれるかを検討した。ＳＬＫ-ｖＧＰＣＲ細胞をオンコスタチン-Ｍ、ＩＬ-６、ＩＬ-８、ＶＥＧＦ又はＶＥＧＦ-Ｃの中和抗体で３６時間処理した。図４８Ａは、ＶＥＧＦの中和は、ＳＬＫ-ｖＧＰＣＲ細胞中でエフリンB2の発現を完全にブロックしたことを示す。より少ないが、非常なエフリンB2の減少も、ＶＥＧＦ-Ｃ及びＩＬ-８の中和で観察された。オンコスタチン-Ｍ又はＩＬ-６の中和で測定可能な効果は観察されなかった。ＶＥＧＦ及びＶＥＧＦ-ＣはエフリンB2発現の誘導に必須であることを確認するために、ＨＵＶＥＣをＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ-Ｃ又はＥＧＦで処理した。ＨＵＶＥＣは、２種の異なる濃度の個々の増殖因子（１０ｎｇ、１００ｎｇ／ml）を有する５％ＦＢＳを含有するＥＢＭ-２培地中で４８時間増殖した。ＶＥＧＦ-Ａ又はＶＥＧＦ-Ｃのみが投薬量依存性挙動でエフリンB2発現を誘起した（図４８Ｂ）。反対に、ＥＧＦはエフリンB2の発現に効果がなかった。
【０２３２】
Ｅ．エフリンB2siRNAはＫＳ中のエフリンB2発現を抑制する；
３個のエフリンB2siRNAを「方法」段落記載のように合成した。ＫＳ-ＳＬＫ細胞をsiRNAでトランスフェクトして４８時間後、エフリンB2発現をウェスタンブロット法により決定した。エフリンB2siRNA１３７又は２５４は、siRNA EphB4  ５０又はsiRNAＧＦＰ等のコントロールsiRNAと比較して、エフリンB2発現を約７０％阻害した。エフリンB2  ６３siRNAは、上記２種のsiRNAエフリンB2よりも効果が低かった（図４９Ａ）。
【０２３３】
Ｆ．エフリンB2は完全ＫＳ及びＥＣ生存能力、コード形成及びin vivo血管形成活性に必要である；
最も効果的エフリンB2siRNA（２５４）を、次にエフリンB2の発現阻害がＫＳ-ＳＬＫ又はＨＵＶＥＣ細胞の成長に効果を及ぼすかを決定するために使用した。ＫＳ-ＳＬＫ細胞の生存能力は、エフリンB2蛋白質レベルを阻害するのと同じsiRNAにより減少した（図４９Ｂ）。ＫＳ-ＳＬＫは高レベルのエフリンB2を発現し、その結果、エフリンB2発現の維持はこの設定では細胞生存能力に必須であることが示された。図４８Ｂに示されるように、ＨＵＶＥＣはＶＥＧＦにより刺激された場合以外はエフリンB2を発現しない。エフリンB2siRNA２６４は、単独の増殖因子としてＶＥＧＦと共に培養されたＨＵＶＥＣの成長を劇的に減少した。反対に、ＨＵＶＥＣをＩＧＦ、ＥＧＦ及びｂＦＧＦと共に培養した場合は、顕著な効果を示さなかった。コントロールとしてEphB4  siRNA５０は、どちらの培養条件下でもＨＵＶＥＣへ有害な効果を示さなかった（図４９Ｃ）。ＫＳ及び主要な内皮細胞の生存能力の阻害に加えて、EphB4-ＥＣＤはＨＵＶＥＣ及びＫＳ-ＳＬＫ中のコード形成及びマトリゲルプラグ（商標）アッセイ中のin vivo血管形成を抑制する（図５０）。
【０２３４】
Ｇ．方法及び材料；
１）細胞系及び試薬
ヒト血管内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）をClonetic社（サンディエゴ、ＣＡ）から入手し、ＥＧＭ-２及びＥＧＭ-２ＭＶ培地中でそれぞれ維持した。Ｔ１ヒト繊維芽細胞系は、Peter Jones博士から提供され、ＵＳＣ．ＢＣ-１及びＢＣ-３ヒト胸水リンパ腫細胞系及び、ＬＡＮＡ１及びＯＲＦ５９に対するモノクローナル抗体はDharam Ablashi博士（Advanced Biotechnologies Inc社、コロンビア、MD）から贈与された。ＫＳ-ＳＬＫを典型的カポジ肉腫患者から単離した（１５）。EphB4、エフリンB2、ＣＤ１４８、ＰＥＣＡＭ-１に対するポリクローナル抗体をサンタクルスバイオテクノロジー社（サンタクルス、ＣＡ）から得た。マウスEphB4／Ｆｃ’並びに、ヒト血管の内皮性増殖因子（ＶＥＧＦ）に対するモノクローナル抗体、ＶＥＧＦ-Ｃ、インターロイキン-（ＩＬ）６、ＩＬ-８及びオンコスタチン-ＭはＲ＆Ｄシステムズ社（ミネアポリス、ＭＮ）から購入した。発現ベクターｐＫＳｖＧＰＣＲ-ＣＥＦＬ及びｐＣＥＦＬはEnrique Mesri博士（コーネル大学、ニューヨーク、ＮＹ）から贈与された。ＨＨＶ-８潜伏関連核抗原（ＬＡＮＡ）用発現ベクターはMatthew Rettig博士（Veteran’ｓ Administration Greater Los Angeles Healthcare System社）から提供された。
【０２３５】
２）ヒト組織の採取及び調製；
ヒト皮膚性カポジ肉腫バイオプシー材料を、ＩＲＢ承認承諾書を使用したインフォームドコンセントを行ってＬＡＣ／ＵＳＣ医療センターの患者から局部的麻酔下で得た。バイオプシーを合計ＲＮＡパラフィンブロック又はＯＣＴ中の冷凍組織ブロックのいずれかに処理した。合計ＲＮＡをグアニジンイソチオシアナート（RNAzol（商標）：Tel-Test、Inc社、フレンズウッド、ＴＸ）中の均一化により抽出した。ｃＤＮＡを、逆転写酵素によりランダム６量体プライマー（Superscript II、商標、インビトロジェン社製、カールスバッド、ＣＡ）を使用して合成した。
【０２３６】
３）ジゴキシゲニン標識化ＲＮＡプローブの調製；
表４に示されたin situハイブリダイゼーション用プライマーからのエフリンB2及びEphB4ＰＣＲ生成物を、製造者の取り扱い説明書に従いｐＧＥＭ-Ｔ Easyシステム（商標、Promega社製、マジソン、ＷＩ）を使用してクローン化した。確実性及びインサート方向をＤＮＡ塩基配列決定により再確認した。ヒトエフリンB2又はEphB4遺伝子のＰＣＲ生成物を含有するｐＧＥＭ-Ｔ EasyプラスミドをSpe I又はNco Iで直鎖化した。アンチセンス又はセンスジゴキシゲニン（DIG）標識化ＲＮＡプローブを、Ｔ７又はＳＰ６プロモーターから、DIGＲＮＡラベリングキット（商標、Roche社製、インディアナポリス、ＩＮ）を使用してランオフ転写により転写した。ＲＮＡプローブを、DIGＲＮＡラベリングキット取り扱い説明書に従いスポットアッセイにより定量化した。
表４はエフリンB2及びEphB4用のプライマーを示す。
【０２３７】
【表４】
2011256179.tif 000005
【０２３８】
４）in situハイブリダイゼーション；
例えば、上記実施例３参照。
５）ＨＵＶＥＣ及びＢＣ-１の共培養；
ＨＵＶＥＣ細胞をゼラチン被覆されたLabtech II（４-ウェル）チャンバースライド（商標、Nalge Nuncインターナショナル社、ナパービル、ＩＬ）上でＥＧＭ-２と５０〜７０％接触まで増殖した。ＢＣ-１又はＢＣ-３との共培養は、本質的にSakuradaら（１６）により示されたように行った。簡潔には、ＢＣ-１又はＢＣ-３細胞をＴＰＡ（２０ｎｇ／ml）で予備処理し、４８時間ウィルス誘起し、次にＨＵＶＥＣ培養物へ１０：１の割合で添加し、共培養を２日間行った。ＨＵＶＥＣを充分にＰＢＳで洗浄して付着したＢＣ-１又はＢＣ-３細胞を除去した。
【０２３９】
６）ｃＤＮＡ及びＲＴ-ＰＣＲの調製；
チタニウムワンステップＲＴ-ＰＣＲキット（商標、Clontech社、パロアルト、ＣＡ）を１×１０5細胞からＲＴ-ＰＣＲ用に使用した。EphB4増幅用のプライマー対、エフリンB2及びβ-アクチンを表４に示す。それぞれのＰＣＲサイクルは、９４℃で３０秒間の変性、６０℃で３０秒間のプライマーアニール及び７２℃で３０秒間の延長化（extension）から構成される。サンプルを３０サイクル間増幅した。ＰＣＲ生成物を１．５％アガロースゲル上で分離し、臭化エチジウムで染色した。
【０２４０】
７）細胞生存能力アッセイ；
ＫＳ-ＳＬＫ細胞を密度１×１０4／ウェル（４８-ウェルプレート）で０日目に２％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）を含有する適切な増殖培地中に接種した。翌日、培地を交換し、細胞を０、１０又は１００ｎＭsiRNAで処理した。３日目に、生存能力を３-（４，５-ジメチルチアゾール-２-イル）-２，５-ジフェニルテトラゾリウムブロマイド（ＭＴＴ）を使用して文献に記載されたように評価した（１７）。
【０２４１】
８）免疫蛍光研究；
Labtech  II（４-ウェル）チャンバースライド上で培養した細胞又は、ＫＳバイオプシー材料の凍結断片を、４％パラホルムアルデヒドのダルベッコ-リン酸緩衝生理食塩水ｐＨ７．４（ＰＢＳ）溶液中で３０分間固定化した。スライドを２回ＰＢＳで洗浄し、ブロッキングバッファ（０．２％TritonX100、１％ＢＳＡのＰＢＳ溶液）で２０分間プレインキュベートし、次にEphB4、エフリンB2、ＣＤ１４８、ＬＡＮＡ１又はＯＲＦ５９（１：１００希釈のＰＢＳ溶液）に対する抗体で、ブロッキングバッファ中、４℃で１６時間インキュベーションした。洗浄３回後、スライドを適切なフルオレセイン又はローダミン複合第二抗体（商標、シグマ-アルドリッチ社製、セントルイス、ＭＯ）でインキュベートした。核を４’，６-ジアミジノ-２-フェニルインドール塩酸塩（ＤＡＰＩ）で対比染色し、充分にＰＢＳで洗浄してVecta sheild antifade mounting溶液（商標、ベクターラボラトリーズ社製、バーリンガム、ＣＡ）でマウントした。画像をオリンパス社製ＡＸ７０蛍光学顕微鏡及びSpot v2.2.2（商標、Diagnostic Instruments社、スターリングハイツ、ＭＩ）デジタル画像化システムを使用して得た。
【０２４２】
エフリンB2のEphB4-Ｆｃでの免疫蛍光検出を下記の通り行った。４％パラホルムアルデヒド中で固定化し、２０％ＦＢＳでブロックした凍結断片を、５μｇ／mlのEphB4／Ｆｃ（Ｒ＆Ｄシステムズ社製）で１時間室温でインキュベートした。次に断片を、１０μｇ／mlウサギ抗ヒトIgG-ＦＩＴＣのＰＢＳ溶液（Jackson ImmunoResearchラボラトリーズ社製、ウェストグローブ、ＰＡ）で室温で１時間インキュベートした。核をＤＡＰＩで対比染色し、断片を上記のようにマウントした。ヒトＦｃ（Jackson ImmunoResearch社製）を陰性コントロールとして使用した。
【０２４３】
９）ウェスタンブロット法；
上記のように、疎細胞溶解産物を調製し、定量化し、フラクション分離化して膜へ移した（１７）。膜を５％無脂肪乳でブロックした後に、エフリンB2に対する抗体と（１：５０００希釈）４℃で１６時間インキュベーションした。ホースラディッシュペルオキシダーゼと結合している第二抗体（１：１０００００希釈）を、１時間２５℃で適用した。膜を製造者の取り扱い説明書に従いスーパーシグナルウェストフェムト最大感応性化学発光基質（商標、Pierce社製、ロックフォード、ＩＬ）を使用して展開した。膜をRestoreウェスタンブロット法ストリッピングバッファ（商標、Pierce社製）を使用してストリップし、EphB4又はβ-アクチンで再プローブした。
【０２４４】
１０）コード形成アッセイ；
マトリゲル基底膜マトリックス（商標、BD Biosciences社製、Discovery Labware、ベッドフォード、ＭＡ）を氷上の増殖培地（３：１）及び２４-ウェルプレート中に配置した０．５ml液体と混合した。プレートを３７℃で１５分間インキュベーションしてマトリゲル（商標）を重合させた。指数関数的成長をするＨＵＶＥＣ又はＫＳ-ＳＬＫを、２又は８μｇ／mlのEphB4-ＥＣＤ又はコントロールとしてのＰＢＳで１６時間処理し、その後トリプシン処理してマトリゲル（商標）上にプレートした。マトリゲル（商標）上の培養を、組み換え型融合蛋白質の存在下で６時間続けた。培養物を４％パラホルムアルデヒド中で３０分間固定化し、倒立型位相差光学顕微鏡により評価した。
【０２４５】
１１）エフリンB2及びEphB4 siRNAのin vitro転写による合成；
サイレンサーsiRNA構築キット（商標、Ambion社、オースチン、ＴＸ）を使用してエフリンB2及びEphB4へのsiRNAを合成した。簡潔には、１９ｂｐ下流の５’-ＡＡジヌクレオチドを含む３個の２１ｂｐターゲット配列が、エフリンB2ｃＤＮＡ（登録番号ＮＭ００４０９３）内で特定され、それはＧｅｎＢａｎｋデータベース中の他の配列と顕著な相同性を示さなかった。センス及びアンチセンスsiRNA２９マーＤＮＡオリゴヌクレオチドテンプレートは、USC Norris Micro化学コア設備で合成された。アンチセンステンプレートはターゲット配列に対応し、その次に、サイレンサーsiRNA構築キット（商標）として提供されるＴ７プロモータープライマーと相補的な、３’末端部位の８ｂｐ添加物（５’-ＣＣＴＧＴＣＴＣ-３’）が続く。センステンプレートは、上記のように５’-ＡＡ、次にターゲット１９ｂｐの補体、次にＴ７８ｂｐ配列を含む。分離反応において、２個のsiRNAオリゴヌクレオチドテンプレートを、Ｔ７プロモータープライマーに対してハイブリッド化した。ハイブリッド化されたオリゴヌクレオチドの３’末端をＤＮＡポリメラーゼのKlenowフラグメントにより延長し、二重鎖siRNA転写テンプレートを生成した。センス及びアンチセンスsiRNAテンプレートをＴ７ＲＮＡポリメラーゼにより転写し、得られたＲＮＡ転写物をハイブリッド化してｄｓＲＮＡを生成した。ｄｓＲＮＡは、５’末端単鎖リーダー配列、１９ｎｔターゲット特異性ｄｓＲＮＡ、及び３’末端ＵＵから構成される。リーダー配列は、ｄｓＲＮＡを単鎖特異的リボヌクレアーゼで消化して除去された。ＤＮＡテンプレートは、同時にＲＮＡｓｅフリーデオキシリボヌクレアーゼでの処理により除去された。
【０２４６】
得られたsiRNAは、ガラス繊維フィルター結合により精製され、反応中の過剰のヌクレオチド、短いオリゴマー、蛋白質及び塩を除去した。最終生成物二重鎖２１マーsiRNAを表５に示す。同様に、EphB4及び緑蛍光蛋白質（ＧＦＰ）siRNAも合成した。
表５は、エフリンB2及びEphB4のsiRNAを示す。
【０２４７】
【表５】
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【０２４８】
１２）エフリンB2又はEphB4  siRNAのトランスフェクション；
ＨＵＶＥＣをフィブロネクチンで被覆された８ウェルチャンバースライド上に接種し、ＥＧＭ-２（商標、Cambrex社、ウォーカースビル、ＭＤ）中で一晩増殖した。１６時間後、培地を５％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）並びに製造者により提供された濃度のEGM-2 Bulletキット（商標）補充剤ｂＦＧＦ、ｈＥＧＦ及びＲ3-ＩＧＦ-Ｉを補充されたＥＢＭ-２、又は５％ＦＣＳ及び１０ｎｇ／mlｒｈＶＥＧＦ（商標、Ｒ＆Ｄシステムズ社製）を補充されたＥＢＭ-２のいずれかで交換した。３７℃でインキュベーション２時間後、細胞をリポフェクタミン２０００（商標、インビトロジェン社製、１μｇ／ml）を使用して１０ｎＭの特異的siRNA含有Ｏｐｔｉ-ＭＥＭ-１血清フリー培地（商標、インビトロジェン社製）中でトランスフェクトした。２時間Ｏｐｔｉ-ＭＥＭ-１でトランスフェクション後、上記のように補充した培地を適切なウェル中で交換した。４８時間後、細胞をクリスタルバイオレットで染色し、直ちに１０×倍率で画像を撮った。
【０２４９】
１３）エフリンB2レポータープラスミドの構築；
ヒトエフリンB2  ５’-フランキングＤＮＡの翻訳開始部位に関して-２４９１〜-１１を、ＢＡＣＰＡＣクローンＲＰ１１-２９７１６（商標、Bac Pac Resources小児病院、オークランド、ＣＡ）から、アドバンテージＧＣゲノムＰＣＲキット（商標、Clontech社、パロアルト、ＣＡ）を使用して、ターゲット面積中のＣＧ-リッチ配列の広い領域を覆うように増幅した。プライマーをクローニング用Ｍlu I部位を含有する様に設計した。増幅した生成物をＭlu Iで消化し、ゲル精製し、ｐＧＬ３Ｂａｓｉｃ（商標、Promega社製、マジソン、ＷＩ）中の複数のクローニング部位中のＭlu I部位中へライゲートした。得られたクローンの方向は、制限消化分析により確認した。正確なクローンはｐＥＦＮＢ２-2491/-11lucを表示した。このクローンのKpn I又はSac Iいずれかとの消化、その次の再環化は、それぞれｐＥＦＮＢ２-1242/-11luc及びｐＥＦＮＢ２-577/-11lucを生じた。一時的トランスフェクションに使用されるプラスミドＤＮＡは、MegaPrepキット（商標、QIAGEN社製、バレンシア、ＣＡ）を使用して精製した。
【０２５０】
１４）一時的トランスフェクション；
ＥＧＭ-２培地中に維持されたＨＵＶＥＣ細胞（０．８×１０4細胞／ウェル、２４ウェルプレート中）は、０．５μｇ／ウェルエフリンB2プロモーター-ルシフェラーゼ構築物と、５０ｎｇ／ウェルのｐＣＥＦＬ又はｐＫＳｖＧＰＣＲ-ＣＥＦＬのいずれかと一緒に、製造者の取り扱い説明書に従いSuperfect試薬（商標、QIAGEN社製）を使用して一時的に共トランスフェクトされた。細胞をトランスフェクション４８時間後に採取し、ルシフェラーゼ細胞溶解バッファ（Promega社製）で溶解した。ルシフェラーゼ活性を製造者の取り扱い説明書に従いルシフェラーゼアッセイシステム（Promega社製）を使用してアッセイした。ｐＣＥＦＬ-ｖＧＰＣＲがｐＣＭＶ-Ｓｐｏｒｔ-βｇａl（商標、インビトロジェン社製）からβ-ガラクトシダーゼ発現を誘起したために、ルシフェラーゼを蛋白質に対して正規化した。
１５）EphB4細胞外領域（ＥＣＤ）蛋白質の構築及び精製；
上記例えば実施例１参照。
【０２５１】
実施例７（膀胱癌中のEphB4の発現：本発明の治療法の候補ターゲット）
図５１は膀胱癌細胞系中でのEphB4の発現（Ａ）及びＥＧＦＲシグナル経路によるEphB4発現のレギュレーション（Ｂ）を示す。
図５２は、ｐ５３のトランスフェクションは５６３７細胞中のEphB4の発現を阻害することを示す。
図５３はEphB4 siRNA４７２での処理による膀胱癌細胞系（５６３７）の増殖阻害を示す。
図５４はEphB4 siRNA４７２でトランスフェクトされた５６３７細胞のアポトーシス研究の結果を示す。
図５５はEphB4アンチセンスプローブの細胞移動に対する効果を示す。５６３７細胞は、EphB4 AS-１０（１０μＭ）で処理された。
図５６は、EphB4 siRNAの細胞侵襲に対する効果を示す。５６３７細胞はsiRNA４７２又はコントロールsiRNAでトランスフェクトされた。
【０２５２】
実施例８（EphB4アンチセンスプローブ及びＲＮＡｉプローブによるEphB4遺伝子発現の阻害）
EphB4を発現する細胞系を合成ホスホロチオアート改質オリゴヌクレオチドで処理し、２４時間後に採取した。細胞溶解産物を調製し、ウェスタンブロット法分析により、EphB4の相対的量を未処理のコントロール細胞と比較してプローブした。
細胞増殖の阻害に関する研究は、発現EphB4発現を特徴とするＨＮＳＣＣ細胞系中で行った。細胞生存能力の損失は、EphB4発現のノックダウンにより示された。細胞はin vitro処理され、４８-ウェルプレート中で培養され、１００００細胞／ウェルで接種された。試験化合物を添加し、細胞生存能力を３日目に試験した。EphB4アンチセンスプローブに対する結果を下記表６にまとめた。EphB4ＲＮＡｉプローブに対する結果を下記表７にまとめた。
表６はEphB4アンチセンスプローブによるEphB4遺伝子発現の阻害を示す。
表７はEphB4ＲＮＡｉプローブによるEphB4遺伝子発現の阻害を示す。
【０２５３】
【表６−１】
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【０２５４】
【表６−２】
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【０２５５】
【表６−３】
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【０２５６】
【表６−４】
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【０２５７】
【表７−１】
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【０２５８】
【表７−２】
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【０２５９】
【表７−３】
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【０２６０】
実施例９（エフリンB2アンチセンスプローブ及びＲＮＡｉプローブによるエフリンB2の遺伝子発現阻害）
ＫＳ  ＳＬＫ；内因性高レベルのエフリンB2を発現する細胞系。細胞生存能力を、一定の投薬量のそれぞれのオリゴヌクレオチド（５ＵＭ）を使用して試験した。遺伝子発現ダウンレギュレーションを、完全長エフリンB2を安定して発現するように設計された細胞系２９３を使用して行った。エフリンB2を発現するＫＳ  ＳＬＫも又一定の投薬量５０ｎＭで試験されたＲＮＡｉプローブへの応答である生存能力を試験するために使用した。蛋白質発現レベルを完全長エフリンB2を安定して発現する２９３細胞を使用して、一定の（fixed）５０ｎＭのＲＮＡｉプローブで２４時間処理後の細胞溶解産物中で測定した。
エフリンB2アンチセンスプローブについての結果は、下記表８にまとめた。エフリンB2ＲＮＡｉプローブについての結果は、下記表９にまとめた。
表８は、エフリンB2アンチセンスＯＤＮを示す。
表９は、エフリンB2ＲＮＡｉプローブを示す。
【０２６１】
【表８−１】
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【０２６２】
【表８−２】
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【０２６３】
【表８−３】
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【０２６４】
【表９−１】
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【０２６５】
【表９−２】
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【０２６６】
実施例１０（EphB4抗体は腫瘍増殖を阻害する。）
図５７は、Ｇ２５０及びプルダウンアッセイによるEphB4モノクローナル抗体の比較結果を示す。
図５８は、EphB4抗体はマトリゲル及び増殖因子の存在下でＳＣＣ１５細胞のin vivo腫瘍増殖を阻害することを示す。
ＢａＩｂＣヌードマウスへ２．５×１０6の生存腫瘍細胞ＳＣＣ１５を皮下注射した。ＳＣＣ１５は、頭部及び頚部扁平上皮細胞癌系である。腫瘍は、nu/nuマウス中に、マトリゲル及び増殖因子並びにＡｂ’と予備混合した２．５〜５×１０6細胞を皮下注射して開始され、腫瘍異種移植が開始された。マウスを注射１４日後に解剖した。ＳＣＣ１５は頭部及び頚部扁平上皮細胞癌系であり、Ｂ１６は黒色腫細胞系であり、ＭＣＦ-７は乳癌系である。これらの処理に対する腫瘍の応答を、ＰＢＳ注射を受けたコントロール処理マウスと比較した。動物の腫瘍増殖を毎日観察し、皮下腫瘍をカリパスを使用して毎２日に測定した。抗体番号１及び２３は、コントロールと比較して、特に追加的増殖因子添加なしのコントロールではＳＣＣ１５腫瘍サイズの顕著な退縮を示した。
図５９は、EphB4抗体は、ＳＣＣ１５頭部癌及び頚部癌腫瘍種の、アポトーシス、壊死及び血管形成減少を引き起こすことを示す。
【０２６７】
血管形成をＣＤ-３１免疫組織化学法により評価した。処理及び未処理のマウスからの腫瘍組織断片をＣＤ３１用に染色した。アポトーシスを免疫組織化学TUNNEL法により評価し、BrdUアッセイにより増殖した。外科的除去に続き、腫瘍を標準手順に従い直ちに２ｍｍ連続断片へスライスし、パラフィン中に包埋した。パラフィン包埋した組織を５μｍへ断片化し、ワックスを除去し、組織を再水和した。再水和した組織に、抗原賦活（retreival）液中でマイクロ波を照射した。スライドをＰＢＳで洗浄し、TUNNEL法反応混合物（末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ及びフルオレセイン標識化ヌクレオチド溶液）及びBrdUを完全に光を遮断した湿性チャンバー中に加えた。次にTUNNEL及びBrdU反応混合物を除去し、スライドを洗浄し、ホースラディッシュペルオキシダーゼと結合している抗フルオレセイン抗体を添加した。インキュベーション及び洗浄後、３，３’ジアミノベンジジンを添加した。マッソン社製トリクローム（商標）及びヘマトキシリン及びエオシンも又スライドを染色して形態を画像化するために使用した。マッソン社製トリクローム（商標）は、壊死及び線維症の画像化を可能とした。腫瘍は腫瘍／皮膚、筋肉境界から血液サポートを得た。腫瘍が成長するに従い、内側領域は栄養が欠乏した。これは壊死（細胞死）を、好ましくは腫瘍中央で導く。細胞死後、（腫瘍）組織は、繊維芽細胞組織で置換される。スライドを、得られたデジタル画像を２０倍拡大して画像化した。ＳＣＣ腫瘍の、投与された抗体それぞれで異なる形態が得られた。Ａｂ番号１は、アポトーシスではなく壊死及び線維症の増加部分を示した。Ａｂ番号２３は、アポトーシス、壊死及び線維症の増加及び脈管湿潤物の減少を示した。Ａｂ番号３５は、壊死及び線維症の増加、並びにアポトーシスのわずかな増加並びに脈管湿潤物の減少を示した。Ａｂ番号７９はアポトーシス、ネクローシス及び線維症の大きな増加を示した。Ａｂ番号９１は、アポトーシスに変化は無く、増殖の増加を示した。Ａｂ番号１３８は、アポトーシス、壊死、線維症の増加並びに増殖及び脈管湿潤物の減少を示した。コントロールＰＢＳで処理した腫瘍は、高い腫瘍密度及び活発な血管形成応答を示した。EphB4抗体で処理した腫瘍は、生存腫瘍細胞の領域中の腫瘍細胞密度の減少及び腫瘍血管形成の顕著な阻害、並びに腫瘍壊死及びアポトーシスを示した。
【０２６８】
図６０は、異種移植における抗体の全身的投与は、異種移植でのＳＣＣ１５腫瘍の腫瘍退縮を導くことを示す。
又、EphB4モノクローナル抗体又はコントロールとして同体積のＰＢＳでの隔日治療は、第４日、腫瘍が確立された後に開始して１４日間連続した。ＩＰ又はＳＣのいずれかの全身的投与を投与したが顕著な違いは無かった。全実験を実験者の先入観を除くためにダブル-ブラインド手順で実施した。マウスを２週間の治療期間終結時に犠牲にした。腫瘍を死後直ちに採取し、固定化し、免疫組織化学的に処理した。EphB4抗体４０ｍｇ／ｋｇ体重を投与した。EphB4抗体での処理は、コントロール処理マウスと比べてヒトＳＣＣ腫瘍の増殖を非常に阻害した（ｐ＜０．０５）。EphB4抗体での処理は、コントロール処理マウスと比べて腫瘍重量を非常に阻害した（ｐ＜０．０５）。
【０２６９】
資料の組み込み
ここで挙げた全ての刊行物及び特許は、それぞれの個々の刊行物又は特許が資料として使用されるものとして特別に、別々に表されたように、その全体をここで資料として使用する。
本発明が所定の例示で示されていても、上記例示は説明のためであり本発明を限定するためではない。特許請求の範囲及び明細書の記載を基にして、本発明の多くの変形が当業者には理解できる。本発明の範囲は特許請求の範囲に従い定められ、それらの全ての均等物をも含むものである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ】
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【図１８】
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【図１９Ａ】
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【図１９Ｂ】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１Ａ】
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【図３１Ｂ】
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【図３１Ｃ】
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【図３１Ｄ】
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【図３１Ｅ】
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【図３１Ｆ】
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【図３１Ｇ】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９Ａ】
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【図３９Ｂ】
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【図３９Ｃ】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２Ａ】
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【図４２Ｂ】
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【図４２Ｃ】
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【図４３Ａ】
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【図４３Ｂ】
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【図４３Ｃ】
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【図４３Ｄ】
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【図４３Ｅ】
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【図４３Ｆ】
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【図４４】
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【図４５Ａ】
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【図４５Ｂ】
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【図４５Ｃ】
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【図４６Ａ】
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【図４６Ｂ】
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【図４７】
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【図４８】
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【図４９Ａ】
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【図４９Ｂ】
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【図４９Ｃ】
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【図５０】
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【図５１】
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【図５２】
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【図５３】
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【図５４】
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【図５５】
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【図５６】
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【図５７】
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【図５８】
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【図５９】
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【図６０】
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【図６１ａ】
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【図６１ｂ】
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【図６１ｃ】
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【図６１ｄ】
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【図６１ｅ】
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【図６１ｆ】
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【図６１ｇ】
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【図６１ｈ】
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【図６２ａ】
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【図６２ｂ】
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【図６３ａ】
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【図６３ｂ】
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【図６３ｃ】
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【図６３ｄ】
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【図６３ｅ】
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【図６３ｆ】
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【図６３ｇ】
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【図６３ｈ】
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【図６３ｉ】
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【図６３ｊ】
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【図６３ｋ】
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【図６３ｌ】
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【図６３ｍ】
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【図６４ａ】
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【図６４ｂ】
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【図６５】
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【図６６】
2011256179.tif 000127
【配列表】
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