(57)【要約】      （修正有）【課題】ＳＴＯＰ−１の活性、発現及び調節を標的とすることによって、癌を含む制御されない細胞増殖及び他の疾患の治療又は予防を目的とした新しい治療薬剤、診断用薬剤及び方法を提供する。【解決手段】疾患の治療と予防、及び医療診断学と研究に有用なＳＴＯＰ−１ポリペプチドに関する新規のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト、アゴニスト、増強物質、核酸分子、組成物及び方法。ＳＴＯＰ−１に特異的に結合する抗体のコンセンサス配列及び特異的配列。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドと抗体のＦｃ部分を含んでなるイムノアドヘシン。
【請求項２】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドが、
(i)   ＳＴＯＰ−１のオリゴマー型、
(ii)  ヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸９４−２４３、又は、
(iii) ヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸３３−５２又は３３−５３
を含む、請求項１に記載のイムノアドヘシン。
【請求項３】
(i)   ＳＴＯＰ−１のオリゴマー型が３よりも大きなＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含む、
(ii)  ＳＴＯＰ−１ポリペプチドがヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸９４−２４３からなる、又は、
(iii) ＳＴＯＰ−１ポリペプチドがヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸３３−５２又は３３−５３からなる、
請求項２に記載のイムノアドヘシン。
【請求項４】
薬学的に許容可能な担体と請求項１から３の何れか一に記載のイムノアドヘシンとを含んでなる組成物。
【請求項５】
（ａ）請求項４に記載の組成物を含む組成物と、
（ｂ）該組成物を内包している容器と、
（ｃ）血管形成の増加から利益を得る疾患の治療又は改善における該組成物の使用に関する、該容器に貼付したラベル、または、該容器内に内包されるパッケージ挿入物
とを具備する製造品。
【請求項６】
請求項１から３の何れか一に記載のイムノアドヘシン又は請求項４に記載の組成物の治療上の有効量を投与することによる、血管形成の増加により利益を得る患者における血管形成の誘導方法。
【請求項７】
患者が、冠状動脈疾患、脳卒中、創傷治癒の遅延、潰瘍、心臓発作又は骨損傷ないしは疾患を有しているか、発症するリスクにある、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがある条件下にて癌細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがない条件下にて癌細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストのある条件下とない条件下での癌細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を比較する工程を含む、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストの同定方法又は評価方法。
【請求項９】
ＳＴＯＰ−１アンタゴニストのある条件下にて癌細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、癌細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１アンタゴニストの評価方法。
【請求項１０】
癌細胞が乳癌細胞である、請求項８又は請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがない条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストのある条件下とない条件下での内皮細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を比較する工程を含む、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストの同定方法又は評価方法。
【請求項１２】
ＳＴＯＰ−１アンタゴニストのある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、内皮細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１アンタゴニストの評価方法。
【請求項１３】
ＳＴＯＰ−１増強物質のある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、内皮細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１増強物質の評価方法。
【請求項１４】
ＳＴＯＰ−１アゴニストのある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、内皮細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１アゴニストの評価方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願の請求の範囲は、２００３年４月１６日提出の米国仮出願第６０／４６３６５６号より特権を得るものであり、その出願のすべては出典明記によりここに組み込まれる。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、哺乳動物の腫瘍の診断及び治療の方法を含む、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド、抗体、核酸分子、アンタゴニスト、アゴニスト、増強物質及びＳＴＯＰ−１関連の組成物、及びそれらの作成方法及び使用方法に関する。更に本発明は、血管形成及び脈管形成（例えば心血管だけでなく腫瘍学的な疾患）の診断及び治療に関する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景及び導入）
制御されない細胞成長は、種々の細胞型の多くの疾患の原因である。例えば、増殖して腫瘍塊を形成する正常組織由来の異常又は腫瘍性細胞の数が増えると癌が発生する。腫瘍細胞は、しばしば隣接組織に侵入して、血液又はリンパ系を経て領域リンパ節に、転移と呼ばれる過程を経て遠隔部位に広がりうる。癌性成長では、細胞は正常な細胞が成長しない条件下で増殖する。癌は多種多様な形に現れ、侵入及び攻撃性の程度が異なることに特徴がある。悪性腫瘍（癌）は、米国において心臓疾患に続き第２の主要な死亡原因である（Boring等, CA Cancel J. Clin. 43:7(1993)）。
癌などの細胞増殖性疾患の新たな治療の開発のために多くの研究が行われている。近年の進歩に反して、細胞増殖を調整するための新しい細胞性標的の役割を同定及び理解して、代替の又はより効果的な治療方法及び治療用薬剤及び診断用薬剤を開発することに大きな需要がある。また、代替治療法及び特定の細胞型の治療方法及び異常な細胞増殖（例えば癌）と関連している又はそれによって生じる疾患の治療方法の開発が必要である。例えば、線維形成は、線維芽細胞の過形成及び線維性の結合組織、特に上皮癌の間質の不均衡な形成である。線維形成は、腫瘍浸潤及び悪性腫瘍の特質である。線維腫瘍及び腹部類線維腫は、線維芽細胞の活性な増殖により生じる異常に堅い瘢痕様結合組織の小結節または相対的に大きな塊であり、子供を産んだ女性の腹筋に最も頻繁に起こる；線維芽細胞は周囲の筋肉及び筋膜に侵入する。
【０００４】
出産後の生命において、脈管形成（原発性管状網状組織を形成している内皮細胞）及び血管形成（既存の血管からの血管の新生又は成長）は、腫瘍性疾患の病態生理学的に重要な役割を果たす(Semenza, G.L., (2003) Ann. Rev. Med. 54: 17-28)。脈管形成及び血管形成の差異は絶対的でなく、それらは重なり合う(Ribatti, D等., (2001) Mech.Dev. 100:157-163)。両方とも、内皮細胞増殖、移動、新しく形成された凝集塊の三次元的再編成及び細胞間マトリックス癒着機構（Ribatti、上記）類似機構の効用が必要である。抗血管新生阻害治療法、例えばアバスチン(Avastin)と呼ばれる脈管内皮増殖（VEGF）に対する抗体の使用が癌の治療に有用であることを示した。
ここでＳＴＯＰ−１又はＵＮＱ７６２として表す他の細胞性タンパク質がある種の腫瘍で過剰発現していることが示された（例として、ＷＯ０１／１６３３１８、ＷＯ０１／６８８４８、ＷＯ０２／００６９０、ＷＯ０２／０８２８４、ＷＯ０２／１６６０２、ＷＯ０２／４２４８７）。ＳＴＯＰ−１に対するポリクローナル抗体が報告された(例として、WO02/42487)。血管形成が関与する癌及び疾患の治療にＳＴＯＰ−１を標的とすることに議論の余地があるが、（例として、ＷＯ０１／１６３３１８、ＷＯ０１／６８８４８、ＷＯ０２／００６９０、ＷＯ０２／０８２８４、ＷＯ０２／１６６０２、ＷＯ０２／４２４８７、ＷＯ００／７１５８１、ＷＯ０２／００６９０）、制御されていない細胞成長と、過剰及び不十分な血管形成が原因となる、関与する又はそれにより悪化した疾患の診断及び治療のための代替及びより効果的な治療的薬剤と方法を同定するために更にＳＴＯＰ−１タンパク質の生物学的研究が必要である。
【０００５】
本発明は、新規のＳＴＯＰ−１ポリペプチド、抗体、核酸分子、組成物、及びＳＴＯＰ−１タンパク質についての更なる知識を組み込んだ方法を提供することによってその需要などの解決に取り組んでいる。特に、ＳＴＯＰ−１がさまざまな腫瘍型の間質で過剰発現していることを開示している。ＳＴＯＰ−１単独の過剰発現が腫瘍形成性であり得ることを開示している。更に、本開示により、ＳＴＯＰ−１タンパク質が分泌され、その分泌が腫瘍形成に必要なことを証明する。またさらに、本開示により、ＳＴＯＰ−１のグリコシル化状態が分泌するかどうかに影響すること、及び例えば第１８６（Ａｓｎ）でのアラニンへのアミノ酸置換などによるＮ−グリコシル化部位の除去が分泌の欠損に至ることをしめす。本開示により、ＳＴＯＰ−１タンパク質間のジスルフィド結合がＳＴＯＰ−１の三重らせん体領域に培養中にシステイン５５で起こりうることを示す。さらに、本開示により、ＳＴＯＰ−１タンパク質が二量体、三量体及び六量体としてそれ自身複合体形成することができること、及びタンパク質のＣ末端がオリゴマー化に必要である一方で、コラーゲンの三重らせん体領域に関連した領域は必要でないことを示す。また、本開示により、タンパク質のＣ末端領域及びＮ末端領域だけでなく核酸及びそれをコードするタンパク質配列を含むＳＴＯＰ−１に特異的に結合する複数の作用物質を示す。更に、本開示により、ＳＴＯＰ−１発現は、例えばＷＮＴの過剰発現など、マウスでの乳癌の原因といわれているＷＮＴシグナル伝達経路でのタンパク質の過剰発現によって制御されうることを示唆する。さらに、本開示により、ＳＴＯＰ−１がＳＴＯＰ−１（例えばＭＭＰ−９）として同じ腫瘍において過剰発現されているプロテアーゼによって切断されうることを示す。更に、本開示により、プロテオグリカン合成欠陥の細胞系でのポリペプチドの発現によりＳＴＯＰ−１ポリペプチド生成方法を示す。本発明は、ＳＴＯＰ−１が細胞、例えば癌細胞及び内皮細胞の表面に結合することを示す。本発明は、細胞表面とＳＴＯＰ−１との相互作用を抑制することができる拮抗的分子を提供する。本発明は、細胞表面へのＳＴＯＰ−１の結合を強化することができる分子を提供する。また、本発明は、治療が血管形成及び脈管形成を調整することによって改善される場合の、血管形成及び脈管形成のＳＴＯＰ−１の役割及び疾患を治療するための方法及び組成物にも関する。本出願での他の開示と共にここで提供するデータなどは、ＳＴＯＰ−１タンパク質又はそれに関する組成物を用いた新しく、より良い及び／又は代替的方法を教示する。
【発明の概要】
【０００６】
本発明は、ＳＴＯＰ−１の活性、発現及び調節を標的とすることによって、癌を含む制御されない細胞増殖及び他の疾患の治療又は予防を目的とした新しい治療薬剤、診断用薬剤及び方法を提供する。本発明は、ＳＴＯＰ−１の活性、発現及び調節を標的とすることによって、最適以下の、過剰な又は不適当な血管形成又は血管性症状を有する任意の病状の治療を目的とした新しい治療薬剤、診断用薬剤及び方法を提供する。
一実施態様によると、本発明はヒトＳＴＯＰ−１のオリゴマー型に特異的に結合するモノクローナル抗体を提供する。他の実施態様によると、本発明は、ヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸３３−５３又は３３−５２に特異的に結合するモノクローナル抗体を提供する。更なる他の実施態様では、本発明はヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸９４−２４３に特異的に結合するモノクローナル抗体を含む。更なる実施態様によると、ヒトＳＴＯＰ−１の残基９４−２４３又はヒトＳＴＯＰ−１の残基３３−５３ないし３３−５２に特異的に結合するモノクローナル抗体は三量体などのヒトＳＴＯＰ−１のオリゴマー型も認識する。本発明の抗体は単離することができる。前述のヒトＳＴＯＰ−１の残基３３−５２又は３３−５３内の残基に特異的に結合する前述の抗体はＳＴＯＰ−１又はその非ヒトの等価物内の残基にも結合しうる。
【０００７】
更なる他の実施態様では、本発明は、アメリカ培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ）（10801 University Blvd., Manassas, VA 20110-2209, USA）に、２００３年３月２５日にＶ０３５０−４−Ｓ７として委託された核酸分子によりコードされるＳ７、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ４、として委託された核酸分子によりコードされるＳ４、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ９、として委託された核酸分子によりコードされるＳ９、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−４−Ｓ１６、として委託された核酸分子によりコードされるＳ１６、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−５として委託された核酸分子によりコードされるＦ５、及び、名称６Ｂ１２．１．７として２００３年３月２８日に寄託されたハイブリドーマ細胞系によって生成される６Ｂ１２からなる群から選択される抗体の生物学的特徴を有するモノクローナル抗体であり、委託された抗体、抗体及びその変異体の一部を含んでなる抗体を含むモノクローナル抗体を提供する。他の実施態様では、本発明は、ＳＴＯＰ−１に特異的に結合する抗体であり、そのＳＴＯＰ−１への抗体の結合が前述の委託された抗体のものから選択した第二のモノクローナル抗体によって阻害される（例えば、競合的ＥＬＩＳＡアッセイ法で観察されるような）抗体を提供する。
【０００８】
また、本発明は以下の配列を有する抗体に関する。
（ａ）第一アミノ酸配列に以下を含む：
Ｔ−Ｉ−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４
Ｘ１が、Ｓ、Ｎ又はＴである；
Ｘ２がＧ、Ｎ、Ｓ又はＡである；
Ｘ３がＹ、Ｓ又はＴである；及び
Ｘ４がＤ又はＷである。
（ｂ）第二アミノ酸配列に以下を含む：
Ｘ１−Ｘ２−Ｉ−Ｘ３−Ｐ−Ｘ４−Ｘ５−Ｇ−Ｘ６−Ｔ−Ｘ７（配列番号：１１５）
Ｘ１がＧ又はＡ；
（１）Ｘ２がＳ、Ｔ、Ａからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３がＲ、Ｗ  及びＹからなる群から選択されるアミノ酸である；又は
（２）Ｘ３がＳ、Ｔ、Ａからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２がＲ、Ｗ及びＹからなる群から選択されるアミノ酸である；
Ｘ４がＹ又はＦである；
Ｘ５がＧ、Ｓ、Ｔ  又はＡである；
Ｘ６がＮ、Ｙ又はＡ；
Ｘ７がＮ、Ｙ又はＤ；及び
（ｃ）第三アミノ酸配列が以下の配列を含む：
Ｃ−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｇ−Ｇ−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１（配列番号：１１６）
Ｘ１がＡ、Ｓ又はＴである；
Ｘ２が塩基性アミノ酸である；
Ｘ３が任意のアミノ酸である；
Ｘ４が疎水性アミノ酸である；
Ｘ５−Ｘ８の何れか一が、任意のアミノ酸又は欠損したものであり、Ｘ５−Ｘ８の少なくとも一が芳香族のアミノ酸又は疎水性アミノ酸である；
Ｘ９が芳香族又は疎水性アミノ酸である；
Ｘ１０がＤ又はＡである；及び
Ｘ１１がＹ又はＶである
を含んでなるモノクローナル抗体。
【０００９】
一実施態様によると、モノクローナル抗体は図３４の軽鎖配列を含む。他の実施態様によると、モノクローナル抗体は完全長ＩｇＧである。
本発明の一実施態様によると、第一アミノ酸配列のＸ１はＳである。本発明の他の実施態様によると、第一アミノ酸配列のＸ２はＧである。本発明のさらに他の実施態様によると、第一アミノ酸配列のＸ３はＳである。一実施態様によると、第一アミノ酸配列はＴＩＳＧＳＤ、ＴＩＴＮＳＤ及びＴＩＳＧＳＷからなる群から選択される配列である。
本発明の更なる他の実施態様によると、配列番号：１１５のＸ３はＳ又はＡである。本発明の更なる他の実施態様によると、配列番号：１１５のＸ４はＹである。本発明の更なる他の実施態様によると、配列番号：１１５のＸ５はＧ又はＡである。本発明の更なる他の実施態様によると、配列番号：１１５のＸ６はＮ又はＡである。本発明の一実施態様によると、配列番号：１１５はＧＲＩＳＰＹＧＮＴＮ、ＡＴＩＹＰＹＧＧＹＴＹ及びＡＷＩＡＰＹＳＧＡＴＤからなる群から選択される配列である。
本発明の一実施態様によると、配列番号：１１６のＸ１はＡである。本発明の他の実施態様によると、配列番号：１１６のＸ２はＲである。本発明の更なる他の実施態様によると、配列番号：１１６のＸ４はＬ又はＭである。本発明の好ましい一実施態様によると、Ｘ５−Ｘ８にある芳香族アミノ酸はトリプトファン残基である。他の実施態様によると、Ｘ５−Ｘ８のうちの一アミノ酸は欠損している。本発明のさらに他の実施態様によると、配列番号：１１６のＸ９はＦである。本発明の一実施態様によると、配列番号：１１６のＸ１０はＤである。本発明の一実施態様によると、配列番号：１１６のＸ１１はＹである。一実施態様によると、配列番号：１１６はＣＡＲＶＧＧＬＫＬＬＦＤＹ、ＣＡＲＧＧＧＭＤＧＹＶＭＤＹ及びＣＡＲＥＧＧＬＹＷＶＦＤＹからなる群から選択される配列である。
【００１０】
本発明の抗体は、（ａ）配列ＴＩＳＧＳＤを含む第一アミノ酸配列；（ｂ）配列ＧＲＩＳＰＹＧＮＴＮを含む第二アミノ酸配列；及び（ｃ）配列ＣＡＲＶＧＧＬＫＬＬＦＤＹを含む第三アミノ酸配列、又は該抗体の変異型を含みうる。あるいは、本発明の抗体は、（ａ）配列ＴＩＴＮＳＤを含む第一アミノ酸配列；（ｂ）配列ＡＴＩＹＰＹＧＧＹＴＹを含む第二アミノ酸配列；及び（ｃ）配列ＣＡＲＧＧＧＭＤＧＹＶＭＤＹを含む第三アミノ酸配列、又は該抗体の変異型を含みうる。あるいは、本発明の抗体は、（ａ）配列ＴＩＳＧＳＷを含む第一アミノ酸配列；（ｂ）配列ＡＷＩＡＰＹＳＧＡＴＤを含む第二アミノ酸配列；及び（ｃ）配列ＣＡＲＥＧＧＬＹＷＶＦＤを含む第三アミノ酸配列、又は該抗体の変異型を含みうる。あるいは、本発明の抗体は、（ａ）配列ＴＩＳＮＹＧを含む第一アミノ酸配列；（ｂ）配列ＧＲＩＳＰＳＮＧＳＴＹを含む第二アミノ酸配列；及び（ｃ）配列ＣＡＫＣＳＶＲＦＡＹを含む第三アミノ酸配列、又は該抗体の変異型を含みうる。あるいは、本発明の抗体は、（ａ）配列ＴＩＮＮＹＤを含む第一アミノ酸配列；（ｂ）配列ＧＹＩＳＰＰＳＧＡＴＹを含む第二アミノ酸配列；及び（ｃ）配列ＣＡＲＭＶＧＭＲＲＧＶＭＤＹを含む第三アミノ酸配列、又は該抗体の変異型を含みうる。
更なる実施態様では、上記の第一、第二及び第三アミノ酸配列はヒト重鎖に位置し、第一アミノ酸配列がカバットナンバリングシステムに従って、重鎖２８−３３残基内にあり、第二アミノ酸配列がカバットナンバリングシステムに従って重鎖４９−５８残基内にあり、第三アミノ酸配列がカバットナンバリングシステムに従って９２−１０２残基内にあるものである。
【００１１】
他の実施態様では、本発明は、（ａ）図２７の重鎖配列；（ｂ）図２８の重鎖配列；（ｃ）図２９の重鎖配列；（ｄ）図３０の重鎖配列；（ｅ）図３１の重鎖配列；又は（ｆ）図３４の重鎖配列；又はそれらの変異型のアミノ酸配列を含んでなるモノクローナル抗体を提供する。更なる実施態様では、さらに本発明の抗体は（ａ）図２７の軽鎖配列、（ｂ）図３４の軽鎖配列；又はそれらの変異型のアミノ酸配列を含む。
更なる実施態様では、本発明の抗体はキメラ又はヒト化抗体である。他の実施態様では、本発明の抗体は抗体断片である。本発明の更なる他の実施態様では、抗体は、間質性標的作用剤、成長阻害剤、細胞障害性剤、検出用試薬、生物学的利用能を改善する作用物質及び抗体の半減期を改善する作用物質からなる群から選択した作用物質を抱合している。他の実施態様では、本発明の抗体はＳＴＯＰ−１ポリペプチドへの結合特異性及び任意の他の抗原への一以上の結合特異性を有する多重特異性抗体である。一実施態様によると、他の抗原は細胞表面タンパク質又はレセプター又はレセプターサブユニットである。好ましい一実施態様によると、細胞表面タンパク質はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞レセプターである。より好ましい実施態様によると、ＮＫレセプターへの抗体の結合はナチュラルキラー細胞を活性化する。
本発明は、変異体及びＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体の修飾を提供する。一実施態様では、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異型は細胞から分泌されない。他の実施態様では、当該変異体は残基１８６に変異を有するヒトＳＴＯＰ−１ポリペプチドである。また、本発明は、他のＳＴＯＰ−１とジスルフィド結合することができないＳＴＯＰ−１を含むＳＴＯＰ−１変異型ポリペプチドを提供する。一実施態様によると、変異型は残基５５に変異を有するヒトＳＴＯＰ−１ポリペプチドである。
【００１２】
また、本発明は、抗体、ポリペプチド及びその変異体をコードする核酸分子、核酸分子を含むベクター、及び本発明の核酸分子を含む宿主細胞を提供する。
本発明は、本発明の抗体、ポリペプチド又は核酸分子を含む組成物を包含する。一実施態様によると、組成物は更に薬学的受容可能な担体を含む。更なる実施態様では、組成物は間質性標的作用物質を含む。更なる実施態様では、間質性標的作用物質はモノクローナル抗体又はポリペプチドと共有結合している。更に他の実施態様では、間質性標的作用物質は腫瘍の間質性細胞を認識する。
本発明は、本発明による核酸分子を含んでなる細胞を培養することによって本発明のＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は抗ＳＴＯＰ−１抗体を生成するための方法を提供する。一実施態様によると、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド生成方法は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、プロテオグリカン合成を欠失している哺乳動物細胞を培養する工程を含む。他の実施態様によると、プロテオグリカン合成を欠失している細胞株はガラクトシルトランスフェラーゼ（ガラクトシル基転移酵素）Ｉ活性を欠失している。一実施態様によると、細胞株はＣＨＯ−ｐｓｂｇ細胞である。
本発明は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含むことが予測される試料を抗ＳＴＯＰ−１抗体に曝し、該試料中の成分への該抗体の結合を定量することを含んでなる試料中に存在するＳＴＯＰ−１ポリペプチドの同定方法を提供する。
【００１３】
本発明は、患者からの正常組織でのＳＴＯＰ−１の発現を試験すべきＳＴＯＰ−１の量と比較する工程を含んでなる、患者の腫瘍などの細胞増殖性疾患の診断及びモニタリングの方法を提供する。一実施態様では、ＳＴＯＰ−１タンパク質は本発明の抗体などの作用物質により検出することができる。他の実施態様では、ＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡはＵＮＱ６７６２ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズする核酸分子などの作用物質により検出することができる。更なる実施態様では、試験すべき腫瘍は大きな間質性領域を有する。更なる実施態様では、ＳＴＯＰ−１検出用試薬は、試験すべき組織の間質性領域へ又はその近くに投与する。更なる他の実施態様では、方法は更に、試験すべき組織及び正常組織の間質性領域におけるＳＴＯＰ−１タンパク質又はｍＲＮＡを観察又はアッセイする工程を含む。他の実施態様では、抗体は本発明のモノクローナル抗体である。
本発明は、患者の細胞増殖を抑制するのに有効な量の本発明の組成物を患者に投与する工程を含んでなる、患者の増殖性疾患の予防又は治療方法を提供する。一実施態様では、増殖性疾患は線維形成である。また、本発明は、患者の腫瘍の成長を阻害するのに有効な量のＳＴＯＰ−１アンタゴニストを患者に投与することを含む、ＳＴＯＰ−１を過剰発現している腫瘍の成長の予防方法又は阻害方法を提供する。更なる実施態様では、治療する腫瘍は間質性領域を有する。また更なる実施態様では、間質性領域を有する腫瘍は、線維腫瘍、膵癌、肉腫（例えば血管肉腫、横紋筋肉腫）及び腺癌（乳房腺癌、大腸腺癌、胃腸腺癌及び卵巣腺癌）、肝臓癌、乳癌、大腸癌、肺癌、卵巣がん、神経膠腫、子宮体癌及び脈管癌からなる群から選択される。更なる実施態様では、アンタゴニストは腫瘍の間質に又はその近くに投与する。他の実施態様では、腫瘍は、黒色腫又は円形細胞腫瘍（例えば悪性線維性組織球腫）である。
【００１４】
本発明のアンタゴニストは、天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合して、部分的に、又は完全に天然のSTOP-１ポリペプチドの生物学的活性を遮断、抑制又は、無活性化する任意の分子であり、その拮抗する分子の結合は、(１)オリゴマー型の天然STOP-１ポリペプチドに対するものである、(２)天然のヒトSTOP-１の残基９４-２４３に対するものである、及び／又は(３)本発明のモノクローナル抗体（例えば本発明の寄託された抗体など）によって阻害される（例えば、STOP-１及び6B12を用いた競合的ＥＬＩＳＡアッセイで観察されるような）ものである。一実施態様によれば、寄託された抗体は6B12抗体である。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。他の実施態様によれば、アンタゴニストは本発明の抗体である。他の実施態様では、アンタゴニストが阻害するSTOP-１ポリペプチドは三量体複合体の一部である。
他の実施態様によれば、アンタゴニストによって阻害される生物学的活性は、STOP-１に特異的に結合する細胞とSTOP-１との相互作用である。一実施態様によれば、細胞は乳癌細胞である。他の実施態様によれば、細胞は内皮細胞である。さらに他の実施態様によって、アンタゴニストは、（１）6B12抗体が結合するヒトSTOP-１内のエピトープに結合することができる特性；（２）ヒトSTOP-１の少なくとも残基３３-５２内の残基に結合することができる特性；及び（３）6B12抗体にによるＳＴＯＰ−１への結合を競合することができる（例えば、STOP-１、アンタゴニスト及び６Ｂ１２抗体を用いた競合的ＥＬＩＳＡアッセイで観察されるような）特性からなる群から選択した付加的特性を有する。
【００１５】
本発明は、細胞からのSTOP-１分泌を阻害する工程を含む、STOP-１を過剰発現する細胞の成長を阻害する方法を提供する。一実施態様において、分泌は、STOP-１のグリコシル化を阻害することによって阻害される。他の実施態様では、分泌は、細胞で分泌されることができないSTOP-１タンパク質を過剰発現させることによって阻害される。さらなる実施態様において、分泌は、残基１８６で変異しているSTOP-１タンパク質によって阻害される。
本発明は、(1)ＳＴＯＰ−１コード化ＤＮＡ分子の第５５システイン残基を変異する；(2)第５５システイン残基に変異があるＳＴＯＰ−１タンパク質を天然に生じるＳＴＯＰ−１タンパク質存在下にて発現させる；そして(3)第５５システイン残基に変異があるＳＴＯＰ−１タンパク質を天然に生じるＳＴＯＰ−１タンパク質と共にインキュベートすることからなる群から選択した工程を含む、ＳＴＯＰ−１分子間のジスルフィド結合を阻害する方法を提供する。
本発明は、細胞外基質分解酵素-７（ＭＭＰ-７）及び細胞外基質分解酵素-９（ＭＭＰ-９）からなる群から選択したプロテアーゼと共にＳＴＯＰ−１をインキュベートする工程を含む、ＳＴＯＰ−１断片化方法を提供する。
【００１６】
本発明の他の実施態様は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを過剰発現する細胞の成長を阻害する方法に関するものであり、該方法はＳＴＯＰ−１のアンタゴニストを投与することを含み、該アンタゴニストはＳＴＯＰ−１に特異的に結合するもので、場合によっては、間質性標的作用物質、成長阻害剤又は細胞障害性剤、例えば、メイタンシノイド又はカリケアマイシンを含む毒素、抗生物質、放射性同位体元素及び核酸分解酵素からなる群から選択した一又は組み合わせた作用剤を包含している。本発明の他の実施態様は、STOP-１ポリペプチドを過剰発現させる細胞の成長を阻害する方法に関するものであり、該方法は腫瘍の間質細胞に作用物質を投与することを含み、該作用物質はSTOP-１のアンタゴニスト又はSTOPポリペプチドをコードする核酸分子である。作用物質は、間質性細胞へ作用物質を導く間質性標的作用物質を使用することによって、患者又は医師により直接的に又は間接的に間質性細胞に投与することができる。本発明は、（ａ）修飾したＳＴＯＰ−１ポリペプチド、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体、ＳＴＯＰ−１アンタゴニスト、ＳＴＯＰ−１アゴニスト又は媒体（例えば、アンチセンス療法又はＲＮＡｉ療法）を包含したＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸分子を含む組成物；（ｂ）該組成物を内包している容器；と（ｃ）該容器に貼付したラベル、又は、該容器内に包含するパッケージ挿入物であって、増殖性疾患又は異常な血管形成又は脈管形成が関連する疾患の治療での該ポリペプチド変異体、修飾ポリペプチド又はアンタゴニストの使用を示しているもの（例えば、パッケージ挿入物）とを含んでなる製造品を提供する。一実施態様によると、ＳＴＯＰ−１アンタゴニスト又は増強物質は本発明の抗体である。
【００１７】
本発明は、ＳＴＯＰ−１及びＳＴＯＰ−１のアゴニスト又はアンタゴニストの活性を試験するための方法を提供する。一実施態様では、内皮細胞に該細胞の移動を誘導させるのに有効な量のＳＴＯＰ−１ポリペプチドを投与することを含む、インビトロでの細胞移動誘導方法が提供される。他の実施態様によると、本発明は、第一の内皮細胞をＳＴＯＰ−１で処理し、第二の内皮細胞を候補アンタゴニスト又はアゴニストで処理し、第一と第二の内皮細胞の移動を比較する工程を含む、ＳＴＯＰ−１の候補アンタゴニスト又はアゴニストの活性を試験する方法を提供する。好ましい一実施態様では、そのような移動アッセイに用いる細胞はＨＵＶＥＣ細胞である。
また、本発明は、哺乳動物の対象体の過剰な、不適当な又は制御不能な血管形成が関連する疾患又は症状の治療方法を提供する。一実施態様では、当該方法は、疾患を治療するのに有効な量のＳＴＯＰ−１アンタゴニストを対象体に投与する工程を含み、該ＳＴＯＰ−１アンタゴニストは（１）６Ｂ１２抗体が結合するヒトＳＴＯＰ−１内の残基に結合する；（２）ヒトＳＴＯＰ−１の少なくとも残基３３−５２内の残基に結合する；及び（３）６Ｂ１２抗体のＳＴＯＰ−１への結合を阻害することができる特性からなる群から選択した何れかの特性を有するものである。
【００１８】
また、本発明は、治療的有効量のＳＴＯＰ−１増強物質、細胞へのＳＴＯＰ−１結合を亢進する及び／又は細胞表面上にＳＴＯＰ−１を凝集する分子を投与することによって、血管形成や脈管形成を増加することで得をする患者の治療も考慮する。そのような分子は、血管形成又は脈管形成を増加するのに効果的な量で投与するであろう。一実施態様では、アゴニストはＳＴＯＰ−１細胞表面を凝集する抗ＳＴＯＰ−１抗体である。
また、本発明は、３つ以上のＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含むＳＴＯＰ−１ポリペプチドのオリゴマー型を含むアゴニストを提供する。一実施態様によると、アゴニストは６つのＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含む。他の実施態様によると、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドは該アゴニストを形成するのに用いられるイムノアドヘシンの一部である。
本発明は、アンタゴニスト、アゴニスト又は増強物質のある条件下及びない条件下での細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を定量又は観察する工程を含む、候補及び公知のＳＴＯＰ−１アンタゴニスト、アゴニスト及び増強物質を同定及び評価する新しい方法を提供する。一実施態様によると、細胞は癌細胞である。更なる実施態様では、細胞は乳癌細胞である。他の実施態様によると、細胞は内皮細胞である。
【図面の簡単な説明】
【００１９】
【図１】多種多様な種 ― ヒト（配列番号：１）、マウス（配列番号：３）、メダカ（配列番号：４）、ゼブラフィッシュ（配列番号：５）及びニワトリ（配列番号：６）―からのＳＴＯＰ−１をコードするアミノ酸配列の整列を示す。また、コンセンサス配列を提供する。矢印はシグナル配列切断部位を示す。赤は全ての種において保存される残基を示す。コンセンサス配列中の大文字は、全ての種にわたって保存された残基を示す。コンセンサス配列中の小文字は、大部分の種において保存される残基を示す。それらの種に保存されていない残基を「ピリオド．」で示す。「！」はＩ又はＶを示す。「＄」はＬ又はＭを表す。「％」がＦ又はＹを表す。「＃」はＢ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ又はＺを示す。
【図２】ヒトＳＴＯＰ−１をコードする核酸配列を示す。シグナル配列を囲みのアミノ酸で示す。三重らせん体領域を下線で示す。グリコシル化部位はアミノ酸１８６である。
【図３】（Ａ）特定の組織型に存在するヒトＳＴＯＰ−１のｍＲＮＡ、及び（Ｂ）マウス発生の異なる段階から得たマウスＳＴＯＰ−１のｍＲＮＡを示す。完全長ヒト又はマウスＳＴＯＰ−１のＤＮＡは、放射性同位元素で識別して、成人のヒト又は発生中のマウス胚の組織のノーザンブロットのプローブに用いた。
【図４】（Ａ）ＣＨＯ−ＤＰ１２又は（Ｂ）ＣＨＯ−ｐｓｇｂ（ＡＴＣＣ）細胞によって生成され、ｎｉｃｋｅｌ−ＮＴＡ親和性クロマトグラフィによって精製されたヒトＳＴＯＰ−１タンパク質のクーマシー染色を示す。ベクター（ｐＲＫ５）は対照として用いた。
【図５】一過性の形質移入ＣＨＯ−ｐｓｇｂ細胞の（Ａ）上澄み及び（Ｂ）細胞溶解物中に存在するヒトヒスチジン標識ＳＴＯＰ−１タンパク質のウェスタンブロットを示す。ウェスタンブロットは抗ｈｉｓ抗体でプローブした。
【図６】ＳＦ９昆虫細胞のバキュロウイルス感染系を用いて発現させたヒトＳＴＯＰ−１タンパク質のオリゴマー化を示す。ＳＴＯＰ−１タンパク質及び多様な欠損突然変異型がＳＦ９細胞で発現され、サイズ排除カラムで分離し、光分散分析の対象とした、例えば（Ａ）Ｓ３１−Ｋ２４３、（Ｂ）Ｅ８９−Ｋ２４３及び（Ｃ）Ｌ９４−Ｋ２４３。モノマーの予測される分子量を、各グラフの左角に示す。いくつかのピークの隣に示す数は、ピークにある複合体の平均分子量を意味する。
【図７】哺乳動物細胞から発現されたヒトＳＴＯＰ−１タンパク質のオリゴマー化を示す。ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質及び多様な欠損突然変異型がＣＨＯ細胞で発現され、サイズ排除カラムで分離し、光分散分析の対象とした、例えば（Ａ）Ｍ１−Ｋ２４３及び（Ｂ）デルタ−ＴＨＤ（残基１−５４、９４−２４３、及びヒスチジンタグ）。モノマーの予測される分子量を、各グラフの左角に示す。いくつかのピークの隣に示す数は、ピークにある複合体の平均分子量を意味する。非還元条件下で、ＣＨＯ−ｐｓｇｂ細胞で組み換えられて発現された分泌型のｈｉｓ標識した完全長ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質のウェスタンブロットは、大部分がホモダイマー化した複合体であることを示した（Ｃ）。ウェスタンブロットは抗ｈｉｓ抗体でプローブした。
【図８】ヒトのｈｉｓ標識したＳＴＯＰ−１ＷＴ、デルタ−ＴＨＤ、及びデルタ−デルタ−ＴＨＤ  ＳＴＯＰ−１（残基１−５４、９４−２４３、及びヒスチジンタグ）を発現するＣＨＯ−ｐｓｇｂ細胞の（Ａ）細胞培養液及び（Ｂ）全細胞溶解物のウェスタンブロットを示し、還元及び非還元状態を対象とした。ウェスタンブロットは抗ｈｉｓ抗体でプローブした。
【図９】ｈｉｓ標識したＷＴ、Ｇ５３Ａ、及びＮ１８６Ａ  ＳＴＯＰ−１コンストラクトを発現するＣＨＯ−ｐｓｇｂ細胞の（Ａ）細胞培養液及び（Ｂ）全細胞溶解物のウェスタンブロットを示し、還元及び非還元状態を対象とした。ウェスタンブロットは抗ｈｉｓ抗体でプローブした。
【図１０】ｈｉｓ標識したＷＴ、Ｃ５５Ａ、Ｃ９３Ａ、及びＣ１０９Ａ  ＳＴＯＰ−１コンストラクトを発現するＣＨＯ−ｐｓｇｂ細胞の（Ａ）細胞培養液及び（Ｂ）全細胞溶解物のウェスタンブロットを示し、還元及び非還元状態を対象とした。ウェスタンブロットは抗ｈｉｓ抗体でプローブした。
【図１１】マウスＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ（ｍＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ）がＭＭＴＶ−ＷＮＴ１トランスジェニックマウス由来の胸部腫瘍に発現し、正常な哺乳動物内皮細胞では発現していないことを示す。ＲＮＡ試料は、胸部腫瘍細胞（「Ｔ１」−「Ｔ７」で示す）又はＣ５７Ｍｇマウス正常哺乳動物内皮細胞（「Ｎ」で示す）から採取し、ｍＳＴＯＰ−１プライマーとｍＲＬＰ１９プライマーでＲＴ−ＰＣＲを行った。ＰＣＲ産物はアガロースゲル上にて分離した。
【図１２】（Ａ）ヒトＳＴＯＰ−１又は（Ｂ）マウスＳＴＯＰ−１を形質移入した後の３Ｔ３細胞の増殖を示す。図１２Ａは３Ｈ−チミジン添加後１２、２８及び９６時間時点での３Ｔ３細胞への３Ｈ−チミジン取り込みの量（１分当たりの数（ｃｐｍ））を示す。図１２Ｂは３Ｈ−チミジン添加後１２、２８及び９６時間時点での３Ｔ３細胞への３Ｈ−チミジン取り込みの量（１分当たりの数（ｃｐｍ））を示す。対照：ベクター（ｐｕｒｏ２及びｐｈ１）のみで形質移入したもの。
【図１３】ヒトＳＴＯＰ−１をコードするレトロウイルス感染後の３Ｔ３細胞又は２９３細胞の増殖を示す。図１３Ａ及びＢは、対照ベクター（Ｂａｂｅ）又はヒトＳＴＯＰ−１をコードするレトロウイルスをそれぞれ感染した３Ｔ３細胞又は２９３細胞から発現したヒトＳＴＯＰ−１タンパク質のウェスタンブロッドである。Ｓ７−ＩｇＧ抗体を用いて全細胞溶解物からＳＴＯＰ−１を免疫沈降した。ウェスタンブロッドはポリクローナル抗ヒトＳＴＯＰ−１抗体でプローブした。図１３Ｃは、比色分析のセルタイターアッセイにより検出されるように、感染した細胞集団にみられる細胞増殖のレベルを示す。
【図１４】マウスＳＴＯＰ−１が異種移植マウスモデルにおいて３Ｔ３線維芽細胞より腫瘍形成を誘導することを示す。図１４Ａは、ベクター単独（ｐ２ベクター）又はマウスＳＴＯＰ−１ないしＲＡＳタンパク質をコードするＤＮＡを形質移入した３Ｔ３線維芽細胞を移植したマウスにおける腫瘍の平均体積を示す。形質移入細胞はヌードマウス内に移植して、あるいはタンパク質発現を試験した。図１４Ｂ及びＣは、形質移入細胞の等量の上清及び溶解物それぞれのウェスタンブロッドを示す。ウェスタンブロッドはウサギ抗ＳＴＯＰ−１ポリクローナル抗体でプローブした。「ＴＩ」は腫瘍発生割合を意味する。
【図１５】ヒトＴＯＰ−１が異種移植マウスモデルにおいて３Ｔ３線維芽細胞より腫瘍形成を誘導することを示す。図１５は、ベクター単独又はマウスＳＴＯＰ−１、ＲＡＳタンパク質ないしＬＰ１をコードするＤＮＡを形質移入した３Ｔ３線維芽細胞を移植したマウスにおける腫瘍の平均体積を示す。
【図１６】組み換えＳＴＯＰ−１タンパク質がＳＫ−Ｍｅｌ−３１細胞の創傷治癒及び運動性を亢進することを示す。ＳＫ−Ｍｅｌ−３１細胞は、（Ａ）ＮＴ−外来性リガンドのない処理、（Ｂ）ｂ７６２−バキュロウイルス産生ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質、（Ｃ）ｈｒＥＧＦ−（５０ｎｇ／ｍｌ）、（Ｄ）ｈｒＥＧＦ及びｂ７６２、又は（Ｅ）ＣＨＯ哺乳動物産生ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質で処理した。
【図１７】抗ヒトＳＴＯＰ−１抗体である６Ｂ１２がシグナル配列と三重らせんドメインの間にあるヒトＳＴＯＰ−１のＮ末端配列に結合することを示す。図１７Ａは、図１８Ｂ及びＣのエピトープ位置研究に用いたｈｉｓタグ化ヒト及び完全長ゼブラフィッシュＳＴＯＰ−１タンパク質の構造図である。図１７Ｂ及びＣは、それぞれ抗ｈｉｓ抗体及び６Ｂ１２抗体をプローブとした、図１７Ａのタンパク質を組み換えして発現する細胞抽出物のウェスタンブロッドを示す。
【図１８】ヒトＳＴＯＰ−１に対する親和性を持つ多種のファージ由来抗体のＣＤＲのアミノ酸配列を示す。「Ｈ１」、「Ｈ２」及び「Ｈ３」はＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２及びＶＨ−ＣＤＲ３を意味する。一般的に頭の数値は、カバットナンバリングシステムに従って、アミノ酸位置２８−３３、４９−５８及び９２−１０２に一致する。
【図１９】ＳＴＯＰ−１に対する抗体の親和性を測定するための競合的ＥＬＩＳＡに用いるための、Ｓ４及びＳ７Ｆａｂ又はＩｇＧの最適濃度を決定するためのＥＬＩＳＡアッセイのグラフを示す。「Ｓコート」は、マイクロタイタプレート上でコートされるＳＴＯＰ−１の短型（＃９４−２４３）を指す。「Ｆコート」は、マイクロタイタプレートにおおわれているヒトＳＴＯＰ−１の完全長型を指す。およそ９０％の最大結合は、競合的ＥＬＩＳＡアッセイの使用に最適であると考えられた。西洋わさびペルオキシダーゼ−複合タンパク質Ｇは、結合したＦａｂ及びＩｇＧ検出のために用いられた。
【図２０】Ｓ４及びＳ７Ｆａｂ又はＩｇＧの結合親和性を測定するための競合的ＥＬＩＳＡの結果をグラフに示す。プレートは、短い形又は完全長ヒトＳＴＯＰ−１でコートされ、それぞれ短い形又は完全長ＳＴＯＰ−１と競合させた（それぞれ図２０Ａ及びＢ）。算出した結合親和性は括弧内に示す。
【図２１】ＳＴＯＰ−１に対する多種のファージ由来抗体の結合親和性の概要を示す。「Ｓ／Ｓ」は、マイクロタイタプレートがＳＴＯＰ−１の短型でコートされ、ＳＴＯＰ−１の短型と競合したＥＬＩＳＡであることを指す。「Ｆ／Ｓ」は、マイクロタイタプレートがヒトＳＴＯＰ−１の完全長型でコートされ、ヒトＳＴＯＰ−１の短型と競合したＥＬＩＳＡであることを指す。「Ｆ／Ｆ」は、マイクロタイタプレートがＳＴＯＰ−１の完全長型でコートされ、ＳＴＯＰ−１の完全長形と競合したＥＬＩＳＡであることを指す。これらの研究で用いられるファージは、Ｓ４−Ｆａｂファージ及びＳ７−Ｆ（ａｂ）’２ファージであった。
【図２２】プレートを、ヒトＳＴＯＰ−１でコートし、Ｓ４  ＩｇＧを結合させ、そして、Ｓ４（Ｆａｂ）ファージ、Ｓ７（Ｆ（ａｂ）’２）ファージ（Ｓ９（Ｆａｂ）ファージ）Ｓ１６（Ｆ（ａｂ）’２）ファージ、及びＦ５（Ｆ（ａｂ）’２）ファージを競合させたＥＬＩＳＡアッセイをグラフに示す。Ｙ軸は、Ｓ４  ＩｇＧのないウェルのＯＤ４５０ｎｍ値でＳ４  ＩｇＧを遮断したウェルのＯＤ４５０ｎｍ値を割ることによって算出される非遮断の割合を示す。
【図２３】インビトロでの多種のプロテアーゼによって切断されるバキュロウイルス発現ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質のクーマシーブルー染色ゲルを示す。「ＭＭＰ」は細胞外基質分解酵素を指す。
【図２４】Ｆ（ａｂ）’２ファージディスプレイタンパク質のＦａｂをコードするファジミド、又はＦａｂないしＩｇＧタンパク質をコードするベクターの構造図を示す。図２４Ａは、Ｆａｂ−ファジミドコンストラクトの構造図である。コンストラクトは、アルカリホスファターゼプロモータ、ＳＴＩＩシグナル配列、ＶＬ及びＣＬ軽鎖配列、ｇＤタグ、他のＳＴＩＩシグナル配列、重鎖ＶＨ及びＣＨ１領域と、Ｍ１３バクテリオファージｐＩＩＩコートタンパク質（ｃＰ３）のＣ末端の一部を含む。図２４Ｂは、Ｆ（ａｂ）’２−ファジミドコンストラクトの構造図である。コンストラクトは一般に、それは付加的にロイシンジッパー配列（ｚｉｐ）を含む場合を除き、Ｆａｂ−ファジミドと同じ配列を含む。図２４Ｃは、Ｆａｂタンパク質をコードする核酸分子の構造図である。図２４Ｄは、ＣＨ２及びＣＨ３配列を含むＩｇＧタンパク質をコードする核酸分子の構造図である。
【図２５Ａ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２５Ｂ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２５Ｃ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２５Ｄ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２５Ｅ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２５Ｆ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２５Ｇ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２５Ｈ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２５は、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖（配列番号：８６）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２  Ｆａｂ軽鎖領域（配列番号：８７）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：８８）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ａ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ｂ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ｃ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ｄ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ｅ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ｆ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ｇ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２６Ｈ】ファージディスプレイ抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２６は、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：８９）を含むアミノ酸配列、抗Ｈｅｒ−２Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９１）をコードしているファジミドの核酸配列を示す。
【図２７Ａ】ファージディスプレイ抗Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２７は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：９２）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：９３）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９４）をコードしている核酸配列を示す。
【図２７Ｂ】ファージディスプレイ抗Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２７は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：９２）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：９３）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９４）をコードしている核酸配列を示す。
【図２７Ｃ】ファージディスプレイ抗Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２７は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：９２）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：９３）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９４）をコードしている核酸配列を示す。
【図２８Ａ】ファージディスプレイ抗Ｓ９  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２８は、Ｓ９−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：９５）を含むアミノ酸配列、Ｓ９−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：９６）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９７）をコードしている核酸配列を示す。
【図２８Ｂ】ファージディスプレイ抗Ｓ９  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２８は、Ｓ９−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：９５）を含むアミノ酸配列、Ｓ９−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：９６）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９７）をコードしている核酸配列を示す。
【図２８Ｃ】ファージディスプレイ抗Ｓ９  Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２８は、Ｓ９−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：９５）を含むアミノ酸配列、Ｓ９−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：９６）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：９７）をコードしている核酸配列を示す。
【図２９Ａ】ファージディスプレイ抗Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２９は、Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：９８）を含むアミノ酸配列、Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９９）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１００）をコードしている核酸配列を示す。
【図２９Ｂ】ファージディスプレイ抗Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２９は、Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：９８）を含むアミノ酸配列、Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９９）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１００）をコードしている核酸配列を示す。
【図２９Ｃ】ファージディスプレイ抗Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図２９は、Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：９８）を含むアミノ酸配列、Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：９９）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１００）をコードしている核酸配列を示す。
【図３０Ａ】ファージディスプレイ抗Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３０は、Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：１０１）を含むアミノ酸配列、Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：１０２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０３）をコードしている核酸配列を示す。
【図３０Ｂ】ファージディスプレイ抗Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３０は、Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：１０１）を含むアミノ酸配列、Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：１０２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０３）をコードしている核酸配列を示す。
【図３０Ｃ】ファージディスプレイ抗Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３０は、Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：１０１）を含むアミノ酸配列、Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：１０２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０３）をコードしている核酸配列を示す。
【図３１Ａ】ファージディスプレイ抗Ｆ５Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。図３１は、Ｆ５−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：１０４）を含むアミノ酸配列、Ｆ５−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：１０５）を含むアミノ酸配列、及び、アミノ酸配列（配列番号：１０６）をコードしている核酸配列を示す。
【図３１Ｂ】ファージディスプレイ抗Ｆ５Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。図３１は、Ｆ５−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：１０４）を含むアミノ酸配列、Ｆ５−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：１０５）を含むアミノ酸配列、及び、アミノ酸配列（配列番号：１０６）をコードしている核酸配列を示す。
【図３１Ｃ】ファージディスプレイ抗Ｆ５Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。図３１は、Ｆ５−Ｆ（ａｂ）’２軽鎖（配列番号：１０４）を含むアミノ酸配列、Ｆ５−Ｆ（ａｂ）’２重鎖領域（配列番号：１０５）を含むアミノ酸配列、及び、アミノ酸配列（配列番号：１０６）をコードしている核酸配列を示す。
【図３２Ａ】Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３２は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：１０７）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：１０８）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０９）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３２Ｂ】Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３２は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：１０７）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：１０８）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０９）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３２Ｃ】Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３２は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：１０７）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：１０８）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０９）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３２Ｄ】Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３２は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：１０７）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：１０８）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０９）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３２Ｅ】Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３２は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：１０７）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：１０８）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０９）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３２Ｆ】Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３２は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：１０７）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：１０８）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０９）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３２Ｇ】Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸配列及び核酸配列を記載する。より詳しくは、図３２は、Ｓ４−Ｆａｂ軽鎖（配列番号：１０７）を含むアミノ酸配列、Ｓ４−Ｆａｂ重鎖領域（配列番号：１０８）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１０９）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３３Ａ】ＩｇＧタンパク質のＳ４軽鎖配列を記載する。より詳しくは、図３３は、Ｓ４  軽鎖（配列番号：１１０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１１）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３３Ｂ】ＩｇＧタンパク質のＳ４軽鎖配列を記載する。より詳しくは、図３３は、Ｓ４  軽鎖（配列番号：１１０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１１）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３３Ｃ】ＩｇＧタンパク質のＳ４軽鎖配列を記載する。より詳しくは、図３３は、Ｓ４  軽鎖（配列番号：１１０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１１）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３３Ｄ】ＩｇＧタンパク質のＳ４軽鎖配列を記載する。より詳しくは、図３３は、Ｓ４  軽鎖（配列番号：１１０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１１）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３３Ｅ】ＩｇＧタンパク質のＳ４軽鎖配列を記載する。より詳しくは、図３３は、Ｓ４  軽鎖（配列番号：１１０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１１）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３３Ｆ】ＩｇＧタンパク質のＳ４軽鎖配列を記載する。より詳しくは、図３３は、Ｓ４  軽鎖（配列番号：１１０）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１１）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３４Ａ】ＩｇＧタンパク質のＳ４重鎖配列を記載する。より詳しくは、図３４は、Ｓ４  重鎖（配列番号：１１２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１３）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３４Ｂ】ＩｇＧタンパク質のＳ４重鎖配列を記載する。より詳しくは、図３４は、Ｓ４  重鎖（配列番号：１１２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１３）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３４Ｃ】ＩｇＧタンパク質のＳ４重鎖配列を記載する。より詳しくは、図３４は、Ｓ４  重鎖（配列番号：１１２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１３）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３４Ｄ】ＩｇＧタンパク質のＳ４重鎖配列を記載する。より詳しくは、図３４は、Ｓ４  重鎖（配列番号：１１２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１３）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３４Ｅ】ＩｇＧタンパク質のＳ４重鎖配列を記載する。より詳しくは、図３４は、Ｓ４  重鎖（配列番号：１１２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１３）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３４Ｆ】ＩｇＧタンパク質のＳ４重鎖配列を記載する。より詳しくは、図３４は、Ｓ４  重鎖（配列番号：１１２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１３）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３４Ｇ】ＩｇＧタンパク質のＳ４重鎖配列を記載する。より詳しくは、図３４は、Ｓ４  重鎖（配列番号：１１２）を含むアミノ酸配列、及びアミノ酸配列（配列番号：１１３）をコードしているベクターの核酸配列を示す。
【図３５】カバットデータベースからヒト抗体軽鎖配列のアミノ酸の頻度を示す。
【図３６】適切なコドンセット設定の例示的一実施態様を示す。
【図３７】ＣＤＲのＬ１、Ｌ２及びＬ３の多様化のための、制限酵素多様性変性（本明細書において、「ノンランダム（無作為でない）」とも称す）コドンセットの例示的実施態様である。
【図３８】ＣＤＲのＬ１、Ｌ２及びＬ３の多様化のための、制限酵素多様性変性（本明細書において、「ノンランダム（無作為でない）」とも称す）コドンセットの例示的実施態様である。
【図３９】ＣＤＲのＬ３の多様化のための、制限酵素多様性変性（本明細書において、「ノンランダム（無作為でない）」とも称す）コドンセットの例示的実施態様である。
【図４０】ＣＤＲのＬ１、Ｌ２及びＬ３の多様化のための、制限酵素多様性変性（本明細書において、「ノンランダム（無作為でない）」とも称す）コドンセットの例示的実施態様である。
【図４１】（１）抗ＨＩＳ抗体、（２）抗ＨＩＳ抗体とＳＴＯＰ−１タンパク質、又は（３）抗ｆｌａｇ抗体とＳＴＯＰ−１タンパク質で処置した後に、フルオレッセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）抱合−ヤギ抗マウス抗体で処理した２９３、ＨｅＬａ、ＨＴ１０８０又はＨＵＶＥＣ細胞の個体群のフローサイトメトリー解析を示す。抗ｆｌａｇ抗体に結合した細胞は少なく、有意差がなかった（すなわち２９３、ＨｅＬａ及びＨＴ１０８０グラフのｘ軸のはなれた左角のピーク）。ｘ軸は、細胞の数（ログフルオレセインシグナル強度）を示す。ｙ軸は、標識した細胞によって発される蛍光のレベル（現象）を示す。
【図４２】（１）抗ＨＩＳ抗体、（２）抗ＨＩＳ抗体とＳＴＯＰ−１タンパク質、（３）抗ｆｌａｇ抗体とＳＴＯＰ−１タンパク質、（３）ＳＴＯＰ−１タンパク質、（４）ＳＴＯＰ−１タンパク質とＳ７抗体、又は（５）ＳＴＯＰ−１と６ｂ１２抗体で処理した後に、ＦＩＴＣ抱合−ヤギ抗マウス抗体で処理したＨＴ１０８０細胞集団のＦＡＣＳ分析を示す。
【図４３】ｂＦＧＦ又はＳＴＯＰ−１（「７６２」）又はネガティブな対照で処理した後、変更されたボイデン走化性チャンバでのＨＴ１０８０細胞の移動（細胞の数）を示す。
【図４４】抗ＳＴＯＰ−１抗体（６Ｂ１２）又は抗体対照（４Ｂ７）がある条件及びない条件下でのＭＤＡ４３５細胞へのＳＴＯＰ−１結合のＦＡＣＳ分析を示す。検出抗体である抗ｆｌａｇＭ２ＦＩＴＣ抗体は、ＳＴＯＰ−１結合に影響を与えなかった。
【図４５Ａ】組み換えヒトＴＮＦαのある条件下及びない条件下にて、（Ａ）８及び３４時間の低酸素条件下で処理した後のＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ発現の倍変化を示すグラフである。
【図４５Ｂ】組み換えヒトＴＮＦαのある条件下及びない条件下にて、（Ｂ）３、８及び３４時間の正常酸素条件下で処理した後のＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ発現の倍変化を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００２０】
（本発明の詳細な説明）
本発明によるＳＴＯＰ−１タンパク質をコードしている核酸配列は、例えば、配列番号：１及び図１に記載のポリペプチドをコードする核酸分子を含む。
配列番号：１
2011026321.tif 000002
【００２１】
ここで使用される「ＳＴＯＰ−１」、「ＳＴＯＰ−１タンパク質」、「ＳＴＯＰ−１ポリペプチド」（ＵＮＱ７６２又は７６２）という用語は、特に明記しない限り、天然配列ポリペプチド、ポリペプチド変異体及び天然配列ポリペプチドとポリペプチド変異体の断片（ここでさらに定義する）を包含する。ＳＴＯＰ−１タンパク質は、委託されている核酸分子を用いることを含み、本発明に従った抗体を使用して、又は組換え又は合成法によってヒトなどの様々な種から得ることができる。ＳＴＯＰ−１のオリゴマー型は、残基９４−２４３のみ又はその一部を有するヒトＳＴＯＰ−１を含む。本発明のオリゴマー型はＳＴＯＰ−１の二量体、三量体及び六量体を含む。好ましい一実施態様では、ＳＴＯＰ−１のオリゴマー型は三量体である。
「天然配列」ポリペプチド又は「天然の」ポリペプチドとは、天然由来のポリペプチド（例えば抗体）と同じアミノ酸配列を有するものである。「天然配列」ポリペプチドとは、天然由来のポリペプチド（例えば抗体）と同じアミノ酸配列を有するものである。そのような天然配列ポリペプチドは自然から単離することもできるし、組換え又は合成法により生成することもできる。したがって、天然配列ポリペプチドは天然に生じるヒトポリペプチド、マウスポリペプチド、又は他の任意の哺乳動物種からのポリペプチドのアミノ酸配列を有する。「天然配列」ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は「天然の」ＳＴＯＰ−１ポリペプチドは、天然由来の対応するＳＴＯＰ−１ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。例えば、好ましい一実施態様では、ヒトＳＴＯＰ−１の天然配列をコードする核酸配列を配列番号：２及び図２に示す。
【００２２】
配列番号：２
2011026321.tif 000003
そのようなＳＴＯＰ−１ポリペプチドは自然から単離することもできるし、組換え又は合成手段により生成することもできる。特に、「天然配列」又は「天然の」ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はタンパク質は、ＳＴＯＰ−１タンパク質の天然に生じる切断型又は分泌型、天然に生じる変異型（例えば、選択的スプライシング型）、及びポリペプチドの天然に生じる対立変異型を包含する。本発明のある実施態様では、ここに開示した天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチドは、添付の図に示す完全長アミノ酸配列を含む成熟又は完全長天然配列ポリペプチドである。
【００２３】
ここに開示する種々のＳＴＯＰ−１ポリペプチドの「シグナルペプチド」のおおよその位置は、本明細書及び／又は添付図に示されうる。更に、幾つかの場合には、分泌ポリペプチドからのシグナル配列の切断は完全に均一ではなく、一つ以上の分泌種をもたらすことも認められる。シグナルペプチドがここに同定されるシグナルペプチドのＣ末端境界の何れかの側の約５アミノ酸未満内で切断されるこれらの成熟ポリペプチド、及びそれらをコードするポリヌクレオチドは、本発明で考慮される。
「ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体」とはＳＴＯＰ−１ポリペプチド、好ましくは、ここに開示するような完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、ここで開示するようなシグナルペプチド又は三重らせんドメインを欠くＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、又はここに開示する完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列の任意の他の断片（例えば、完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの完全なコード配列の一部のみを示す核酸によってコードされるもの）と少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有するここで定義するような活性なＳＴＯＰ−１ポリペプチドを意味する。このようなＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体には、例えば、完全長天然アミノ酸配列のＮ末端又はＣ末端において一又は複数のアミノ酸残基が付加、もしくは欠失されたＳＴＯＰ−１ポリペプチドが含まれる。通常、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体は、ここに開示する完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠くＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、シグナルペプチドを有する又は有しないここに開示するＳＴＯＰ−１ポリペプチドの三重らせんドメイン、又はここに開示する完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列の任意の具体的に定義した他の断片に対して、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％のアミノ酸配列同一性を有している。通常、ＳＴＯＰ−１変異体ポリペプチドは、少なくとも約１０アミノ酸長、あるいは少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００アミノ酸長、又はそれ以上である。場合によっては、ＳＴＯＰ−１変異体ポリペプチドは、天然ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列に比較して一つ以下の保存的アミノ酸置換、あるいは天然ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列に比較して２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０以下の同類アミノ酸置換を有するにすぎない。
【００２４】
ここで同定したＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列に関する「パーセント(％)アミノ酸配列同一性」とは、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした後の、特定のＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ-２、ＡＬＩＧＮ、又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の完全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ-２プログラム用の完全なソースコードが下記の表１に提供されている配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ-２を使用することによって得られる。ＡＬＩＧＮ-２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテック社によって作成され、下記の表１に示したソースコードは米国著作権庁, ワシントンD.C., 20559に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７で登録されている。ＡＬＩＧＮ-２プログラムはジェネンテック社、サウス サン フランシスコ, カリフォルニアから公的に入手可能であり、下記の表１に提供されたソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ-２プログラムは、ＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ（登録商標）Ｖ４．０Ｄでの使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ-２プログラムによって設定され変動しない。
【００２５】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ-２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂへの、それとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性(あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂへの、それとの、又はそれに対する或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる)は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ-２のＡ及びＢのプログラムアラインメントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なると認識されるであろう。％アミノ酸配列同一性の計算の例として、表２及び３は、「比較タンパク質」と称されるアミノ酸配列の「ＳＴＯＰ−１」と称されるアミノ酸配列に対する％アミノ酸配列同一性の計算方法を示し、ここで「ＳＴＯＰ−１」は対象の仮想ＳＴＯＰ−１ポリペプチドのアミノ酸配列を表し、「比較タンパク質」は対象の「ＳＴＯＰ−１」ポリペプチドと比較したポリペプチドのアミノ酸配列を表し、「Ｘ」、「Ｙ」及び「Ｚ」は、それぞれ異なる仮定アミノ酸残基を表す。特に断らない限りは、ここで使用される全ての％アミノ酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ-２コンピュータプログラムを用いて直ぐ上の段落に記載されるようにして得られる。
【００２６】
「ＳＴＯＰ−１変異体ポリヌクレオチド」又は「ＳＴＯＰ−１変異体核酸配列」とは、ここで定義されるように、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド、好ましくは活性ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードし、ここに開示する完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠いた完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、シグナルペプチドを有する又は有しないここに開示するＳＴＯＰ−１ポリペプチドの三重らせんドメイン、又はここに開示する完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列の他の任意の断片をコードする核酸配列（完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの完全なコード化配列の一部分のみを表す核酸によってコードされた）と、少なくとも約８０％の核酸配列同一性を有する核酸分子を意味する。通常、ＳＴＯＰ−１変異体ポリヌクレオチドは、ここに開示する完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠く完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、シグナルペプチドを有する又は有しないここに開示するＳＴＯＰ−１ポリペプチドの三重らせんドメイン、又はここに開示する完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列の任意の他の断片をコードする核酸配列と、少なくとも約８０％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の核酸配列同一性を有している。変異体は、天然ヌクレオチド配列を含まない。
【００２７】
通常、ＳＴＯＰ−１変異体ポリヌクレオチドは、少なくとも約５ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、又は１０００ヌクレオチド長であり、この文脈の「約」という用語は、表示ヌクレオチド配列長にその表示長の１０％を加えるか又は減じたものを意味する。
【００２８】
ここで同定されるＳＴＯＰ−１コード化核酸配列に対する「パーセント(％)核酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、対象のＳＴＯＰ−１核酸配列のヌクレオチドと同一である候補配列中のヌクレオチドのパーセントとして定義される。パーセント核酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の知る範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ-２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能である。ここでの目的のためには、％核酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ-２プログラム用の完全なソースコードが下記の表１に提供されている配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ-２を使用することによって得られる。ＡＬＩＧＮ-２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテック社によって作成され、下記の表１に示したソースコードは米国著作権庁,ワシントン D.C.，20559に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ-２プログラムはジェネンテック社、サウスサンフランシスコ, カリフォルニアから公的に入手可能であり、下記の表１に提供されたソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ-２プログラムは、ＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ（登録商標）Ｖ４．０Ｄでの使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ-２プログラムによって設定され変動しない。
【００２９】
核酸配列比較にＡＬＩＧＮ-２が用いられる状況では、与えられた核酸配列Ｃの、与えられた核酸配列Ｄとの、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与えられた核酸配列Ｄと、又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は含む与えられた核酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｗ／Ｚの１００倍
ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ-２のＣ及びＤのアラインメントによって同一であると一致したスコアのヌクレオチドの数であり、ＺはＤの全ヌクレオチドである。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合、ＣのＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。％核酸配列同一性の計算の例として、「ＳＴＯＰ−１-ＤＮＡ」が対象となる仮説的ＳＴＯＰ−１コード化核酸配列を表し、「比較ＤＮＡ」が対象となる「ＳＴＯＰ−１-ＤＮＡ」核酸分子と比較している核酸分子のヌクレオチド配列を表し、そして「Ｎ」、「Ｌ」及び「Ｖ」の各々が異なった仮想ヌクレオチドを表していて、表４及び５が「比較ＤＮＡ」と称される核酸配列の「ＳＴＯＰ−１-ＤＮＡ」と称される核酸配列に対する％核酸配列同一性の計算方法を示す。特に断らない限りは、ここでの全ての％核酸配列同一性値は、直ぐ上のパラグラフに示したようにＡＬＩＧＮ-２コンピュータプログラムを用いて得られる。
【００３０】
他の実施態様では、ＳＴＯＰ−１変異体ポリヌクレオチドとは、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸分子であり、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で、ここに記載の完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列とハイブリダイゼーションすることができる。ＳＴＯＰ−１変異体ポリペプチドは、ＳＴＯＰ−１変異体ポリヌクレオチドによってコードされているものであり得る。
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸に関して使用される場合の「完全長コード領域」という用語は、（添付図において開始及び停止コドンの間でしばしば示される）本発明の完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を意味する。ＡＴＣＣ寄託核酸に関して使用される場合の「完全長コード領域」という用語は、（添付図において開始及び停止コドンの間でしばしば示される）ＡＴＣＣに寄託されたベクター中に挿入されているｃＤＮＡのＳＴＯＰ−１ポリペプチドコード部分を意味する。
【００３１】
ここに開示される種々のＳＴＯＰ−１ポリペプチドを記載するために使用される「単離」とは、自然環境の成分から同定され及び分離及び／又は回収されたポリペプチドを意味する。その自然環境の汚染成分とは、そのポリペプチドの診断又は治療への使用を典型的には妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様では、ポリペプチドは、(１)スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るのに充分なほど、あるいは、(２)クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色を用いた非還元あるいは還元条件下でＳＤＳ-ＰＡＧＥにより均一になるまで精製される。単離されたポリペプチドには、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの自然環境の少なくとも一つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツのポリペプチドが含まれる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチドは少なくとも一つの精製工程により調製される。
【００３２】
「単離された」ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸又は他のポリペプチドコード化核酸は、同定され、ポリペプチドをコードする核酸の天然源に通常付随している少なくとも一つの汚染核酸分子から分離された核酸分子である。単離されたポリペプチドをコードする核酸分子は、天然に見出される形態あるいは設定以外のものである。故に、単離されたポリペプチドをコードする核酸分子は、天然の細胞中に存在する特異的なポリペプチドをコードする核酸分子とは区別される。しかし、ポリペプチドをコードする単離された核酸分子には、例えば、核酸分子が天然細胞のものとは異なった染色体位置にあるポリペプチドを通常は発現する細胞に含まれるポリペプチドをコードする核酸分子が含まれる。
「コントロール配列」という用語は、特定の宿主生物において作用可能に結合したコード配列を発現するために必要なＤＮＡ配列を指す。例えば原核生物に好適なコントロール配列は、プロモーター、場合によってはオペレータ配列と、リボソーム結合部位を含む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。
【００３３】
核酸は、他の核酸配列と機能的な関係にあるときに「作用可能に結合し」ている。例えば、プレ配列あるいは分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に参画するプレタンパク質として発現されているなら、そのポリペプチドのＤＮＡに作用可能に結合している；プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影響を及ぼすならば、コード配列に作用可能に結合している；又はリボソーム結合部位は、もしそれが翻訳を容易にするような位置にあるなら、コード配列と作用可能に結合している。一般的に、「作用可能に結合している」とは、結合したＤＮＡ配列が近接しており、分泌リーダーの場合には近接していて読みフェーズにあることを意味する。しかし、エンハンサーは必ずしも近接している必要はない。結合は簡便な制限部位でのライゲーションにより達成される。そのような部位が存在しない場合は、従来の手法に従って、合成オリゴヌクレオチドアダプターあるいはリンカーが使用される。
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングに必要な温度が高くなり、プローブが短くなるとそれに必要な温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に、相補鎖がその融点より低い環境に存在する場合に、変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイゼーション配列の間で所望される相同性の程度が高くなればなるほど、用いることができる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにすることになり、低い温度はストリンジェントを低下させることになる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明については、Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology（Wiley Interscience Publishers, 1995）を参照のこと。
【００３４】
ここで定義される「ストリンジェント条件」又は「高度のストリンジェンシー条件」は、（１）洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃において０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いるもの；（２）ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃において５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドと０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６．５のリン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを用いるもの；又は（３）４２℃における５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５ｘデンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び４２℃での１０％の硫酸デキストランと、４２℃における０．２ｘＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）の１０分間の洗浄、ついで５５℃におけるＥＤＴＡを含む０．１ｘＳＳＣからなる高ストリンジェンシー洗浄を用いるものによって同定される。
「中程度のストリンジェント条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (New York: Cold Spring Harbor Press, 1989）に記載されているように同定され、上記のストリンジェントより低い洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリンジェント条件は、２０％ホルムアミド、５ｘSSC（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５ｘデンハード液、１０％硫酸デキストラン、及び２０ｍｇ／ｍｌの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中の３７℃での終夜インキュベーション、次いで１ｘＳＳＣ中３７−５０℃でのフィルターの洗浄といった条件である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかを認識する。
【００３５】
「エピトープタグ」なる用語は、ここで用いられるときは、「タグポリペプチド」と融合したＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は抗ＳＴＯＰ−１抗体を含んでなるキメラポリペプチドを意味する。タグポリペプチドは、その抗体が産生され得るエピトープを提供するのに十分な残基を有し、その長さは融合するポリペプチドの活性を阻害しないよう充分に短い。また、タグポリペプチドは、好ましくは抗体が他のエピトープと実質的に交差反応をしないようにかなり独特である。適切なタグポリペプチドは、一般に、少なくとも６のアミノ酸残基、通常は約８〜５０のアミノ酸残基(好ましくは、約１０〜２０の残基)を有する。エピトープタグを付加した本発明のポリペプチド及び抗体を包含する。
ＳＴＯＰ−１に関して「生物学的活性」及び「生物学活性」及び「生物学的特徴」とは、特記しない限り、（１）インビボ又はエクスビボで少なくとも一の哺乳動物細胞型（例えば、３Ｔ３）の細胞増殖を増加する能力をもつ；（２）ＳＴＯＰ−１に特異的に結合する能力を持つ；及び／又は（３）ＳＴＯＰ−１シグナル伝達又はＳＴＯＰ−１活性を調節する他の能力を持つことを意味する。
【００３６】
修飾したＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はＳＴＯＰ−１ポリペプチドに関して「生物学的活性」及び「生物学活性」及び「生物学的特徴」とは、特記しない限り、（１）天然のＳＴＯＰ−１の生物学的活性を（拮抗的又は遮断的手段の何れかで）部分的に又は完全に遮断、阻害又は無活性化する能力をもつ；（２）ＳＴＯＰ−１に特異的に結合する能力を持つ；及び／又は（３）ＳＴＯＰ−１シグナル伝達又はＳＴＯＰ−１活性を調節する他の能力を持つことを意味する。
本発明の抗ＳＴＯＰ−１抗体に関して「生物学的活性」及び「生物学活性」及び「生物学的特徴」とは、特記しない限り、（１）天然のＳＴＯＰ−１の生物学的活性を（拮抗的又は遮断的手段の何れかで）部分的に又は完全に遮断、阻害又は無活性化する能力をもつ；（２）ＳＴＯＰ−１に特異的に結合する能力を持つ；及び／又は（３）ＳＴＯＰ−１シグナル伝達又はＳＴＯＰ−１活性を調節する他の能力を持つことを意味する。一実施態様では、本発明の抗体は、少なくとも１ｕＭ以下、１００ｎｍ以下、５０ｎｍ以下、１０ｎｍ以下、５ｎｍ以下、１ｎｍ以下の親和性を持ってＳＴＯＰ−１に結合する。ここで使われるように、「抗体可変ドメイン」は相補性決定領域（ＣＤＲ；すなわち、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）ならびにフレームワーク領域（ＦＲ）のアミノ酸配列を含む、抗体分子の軽鎖および重鎖の部分を指す。ＶＨは重鎖の可変ドメインを指す。ＶＬは軽鎖の可変ドメインを指す。本発明で使用されている方法によると、ＣＤＲとＦＲに割り当てられるアミノ酸位置はカバットに従って規定される（Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institute of Health、Bethesda、Md.、１９８７年および１９９１年）。抗体または抗原結合断片のアミノ酸のナンバリングも、カバットのそれに準じる。
【００３７】
本明細書で使われるように、「コドンセット」は所望の変異体アミノ酸をコードするのに用いられる、一組の異なるヌクレオチドトリプレット配列を指す。一組のオリゴヌクレオチドは、コドンセットによって提供されるヌクレオチドトリプレットの可能な組合せのすべてを表す配列であって所望のアミノ酸群をコードする配列を含み、例えば固相法によって合成することができる。標準的なコドン指定形式はＩＵＢコードのそれであり、このコードは当技術分野で公知であり本明細書で記載されている。このように、本明細書で使われるように、「非ランダムコドンセット」は、本明細書で記載されているアミノ酸選択のための基準を部分的に、好ましくは完全に満たす選択されたアミノ酸をコードするコドンセットを指す。ある位置の選択されたヌクレオチド「縮退」を有するオリゴヌクレオチドの合成は当技術分野で公知であり、例えば、ＴＲＩＭ手法が知られている（Ｋｎａｐｐｅｋ他、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９９）、２９６：５７〜８６頁）；ＧａｒｒａｒｄおよびＨｅｎｎｅｒ、Ｇｅｎｅ（１９９３）、１２８：１０３頁）。そのようなある種のコドンセットを有しているヌクレオチドのセットは、市販の核酸シンセサイザー（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡなどから入手可能）を使って合成することができ、または市販品を入手することができる（例えば、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、ＭＤから）。したがって、特定のコドンセットを有する合成オリゴヌクレオチドセットは、一般的に異なる配列の複数のオリゴヌクレオチドを含み、この相違は配列全体の中のコドンセットによるものである。本発明で使用されるように、オリゴヌクレオチドは可変ドメイン核酸テンプレートへのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有し、また、そうするとは限らないが、例えばクローニングに役立つ制限酵素部位を含むこともできる。
【００３８】
「異種ＤＮＡ」は宿主細胞に導入される任意のＤＮＡである。ＤＮＡは、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成ＤＮＡおよびこれらの融合または組合せを含む様々なソースに由来してもよい。ＤＮＡは、宿主または受容細胞と同じ細胞または細胞型からのＤＮＡ、あるいは異なる細胞型、例えば哺乳類または植物からのＤＮＡを含むことができる。ＤＮＡは任意選択にマーカーまたは選択遺伝子、例えば抗生物質耐性遺伝子、耐熱性遺伝子、その他を含むことができる。本発明のＵＮＱポリペプチド及び抗体を含む異種ＤＮＡをコードする宿主細胞はそれらの使用と共に考慮される。
本明細書で使われるように、「非常に多様な位置」は、公知のかつ／または天然抗体または抗原結合断片のアミノ酸配列を比較した場合に、その位置で提示されるいくつかの異なるアミノ酸を持つ軽鎖および重鎖可変領域上のアミノ酸位置を指す。非常に多様な位置は一般的にＣＤＲ領域にある。一態様では、公知のかつ／または天然抗体の非常に多様な位置を決定する際には、Ｋａｂａｔ、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．、１９８７年および１９９１年）が提供しているデータが有効である。インターネット上のデータベース（ｈｔｔｐ：／ｉｍｍｕｎｏ．ｂｍｅ．ｎｗｕ．ｅｄｕ）は収集された多数のヒト軽鎖および重鎖の配列とその配置を提供し、これらの配列の非常に多様な位置の決定に役立つ。本発明によると、アミノ酸がある位置で好ましくは約２から約１１、好ましくは約４から約９、好ましくは約５から約７個の可能な異なるアミノ酸残基変異を有する場合は、その位置は非常に多様と言える。いくつかの実施形態では、あるアミノ酸位置は、好ましくは少なくとも約２、好ましくは少なくとも約４、好ましくは少なくとも約６、好ましくは少なくとも約８つの可能な異なるアミノ酸残基変異を有するならば非常に多様である。
【００３９】
本明細書で使われるように、「ライブラリー」は複数の抗体もしくは抗体断片配列（例えば本発明のポリペプチド）またはこれらの配列をコードする核酸を指し、これらの配列は、本発明の方法によってこれらの配列に導入される変異体アミノ酸の組合せにおいて異なる。
「ファージディスプレイ」は、変異体ポリペプチドをファージ、例えば繊維状ファージの粒子表面でコートタンパク質と融合したタンパク質として提示する手法である。ファージディスプレイの有用さは、ランダム化タンパク質変異体の大きなライブラリーから対象抗原と高親和性で結合する配列を迅速に、効率的に選別できることにある。ファージ上のペプチドおよびタンパク質ライブラリーの提示は、何百万ものポリペプチドを特異的結合特性に関してスクリーニングするために利用されてきた。多価ファージディスプレイ方法は、繊維状ファージの遺伝子ＩＩＩまたは遺伝子ＶＩＩＩとの融合を通して小さなランダムペプチドおよび小タンパク質を提示するために利用されてきた。ＷｅｌｌｓおよびＬｏｗｍａｎ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．、３：３５５〜３６２頁（１９９２）とその中の引用文献。一価のファージディスプレイでは、タンパク質またはペプチドのライブラリーが遺伝子ＩＩＩまたはその一部に融合され、ファージ粒子が融合タンパク質の１個または０個のコピーを提示するように野生型遺伝子ＩＩＩタンパク質の存在下で低レベルで発現される。アビディティー効果は多価のファージと比較して低下しているので、選別は内在性のリガンド親和性に基づいておりファージミドベクターが使われるが、このベクターはＤＮＡ操作を単純化する。ＬｏｗｍａｎおよびＷｅｌｌｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ａ  Ｃｏｍｐａｎｉｏｎ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、３：２０５〜２１６頁（１９９１）。
【００４０】
「ファージミド」は、細菌の複製起点、例えばＣｏ１Ｅ１およびバクテリオファージの遺伝子間領域のコピーを有するプラスミドベクターである。ファージミドはいかなる公知のバクテリオファージ、例えば繊維状バクテリオファージおよびラムドイドバクテリオファージでも使用できる。プラスミドは、通常、抗生物質耐性の選択マーカーも含む。これらのベクターにクローニングされたＤＮＡセグメントは、プラスミドとして増殖することができる。これらのベクターを備える細胞がファージ粒子の生産のために必要なすべての遺伝子を備えているとき、プラスミドの複製様式はローリングサークル複製に変化し、プラスミドＤＮＡの１つの鎖のコピーとパッケージファージ粒子を生成する。ファージミドは感染性または非感染性ファージ粒子を形成することができる。この用語は、異種ポリペプチドがファージ粒子の表面で提示されるように遺伝子融合としてこの異種ポリペプチドの遺伝子と結合したファージコートタンパク質遺伝子、またはその断片を含むファージミドを含む。
用語「ファージベクター」は、異種遺伝子を含んでいて複製ができるバクテリオファージの二本鎖複製型を意味する。ファージベクターは、ファージ複製およびファージ粒子形成を可能にするファージ複製起点を有する。ファージは好ましくは繊維状バクテリオファージ、例えばＭ１３、ｆ１、ｆｄ、Ｐｆ３ファージもしくはその誘導体、またはラムドイドファージ、例えばラムダ、２１、ｐｈｉ８０、ｐｈｉ８１、８２、４２４、４３４、その他もしくはその誘導体である。
【００４１】
本明細書で使われる「対象アミノ酸」は、公知のかつ／または天然抗体または抗原結合断片の特定の位置で見られる最も普通のアミノ酸であるアミノ酸の群に属しているアミノ酸を指す。いくつかの実施形態では、「最も普通に見られるアミノ酸」は、公知のかつ／または天然の抗体または抗原結合断片の好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約７０％、好ましくは少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約９０％、好ましくはすべての配列において特定の位置に見られるアミノ酸である。いくつかの実施形態では、「最も普通に見られるアミノ酸」は、公知のかつ／または天然の抗体または抗原結合断片の好ましくは約５０％から約１００％、好ましくは約６０％から約９０％、好ましくは約７０％から約８５％、好ましくは約８０％から約８５％の配列において特定の位置に見られるアミノ酸である。公知の抗体または抗原結合断片とは、その配列が当技術分野で入手可能なもの、例えば一般に開放されているデータベース、例えばＫａｂａｔ（Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．、１９８７年および１９９１年）のデータベースおよび／またはインターネットサイトｈｔｔｐ：／ｉｍｍｕｎｏ．ｂｍｅ．ｎｗｕ．ｅｄｕで得られるものである。前記アミノ酸位置は、好ましくはＣＤＲ領域内の位置である。アミノ酸の対象群は、特定の位置の対象アミノ酸の群を指す。好ましくは、対象アミノ酸はシステイン残基でない。軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３および重鎖ＣＤＲ１とＣＤＲ２の位置に関しては、一般的に対象アミノ酸群は、ソース配列の非常に多様で溶媒に露出した特定位置に好ましくは約２個から約１１個、好ましくは約４個から約９個、好ましくは約５個から約７個、好ましくは約６個のアミノ酸を含むことができる。
【００４２】
「プロテオグリカン」なる用語は、グリコサミノグリカンの少なくとも一の側鎖が分子のタンパク質コアに共有結合する分子を意味する。本発明によるプロテオグリカン合成欠乏細胞系統はガラクトシル基転移酵素Ｉが欠損している細胞系統を含む。好ましい一実施態様によると、細胞系統はＣＨＯ−ｐｓｂｇ細胞系である。
「アンタゴニスト」なる用語は、天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドの生物学的活性を部分的又は完全に遮断、阻害、又は無活性化するものであり、天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合する任意の分子であり、ここでアンタゴニストの結合は、（１）オリゴマー型の天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドへのもの、（２）天然のヒトＳＴＯＰ−１の残基９４−２４３へのもの、及び／又は（３）本発明のモノクローナル抗体（例えば、本発明の委託された抗体など）により阻害されうる（例えば、ＳＴＯＰ−１及び６Ｂ１２を用いた競合的ＥＬＩＳＡアッセイによって観察されるような）ものである。一実施態様によると、アンタゴニストはポリペプチドである。他の実施態様によると、６Ｂ１２抗体はＳＴＯＰ−１に対するアンタゴニストの結合を阻害することができる。他の実施態様によると、アンタゴニストはヒトＳＴＯＰ−１の残基３３−５２又は３３−５３又は非ヒトＳＴＯＰ−１等価物のそれら残基内の残基に結合する。
【００４３】
「小分子アンタゴニスト」なる用語は、分子量１５００ダルトン以下の任意の分子であり、本発明によるアンタゴニストである。一実施態様によると、小分子アンタゴニストは約５００ダルトン未満である。
好ましい一実施態様によると、アンタゴニストは天然のＳＴＯＰ−１を発現する細胞内で細胞増殖を遮断、阻害又は無活性化する。一実施態様では、アンタゴニスト又は小分子アンタゴニストはＳＴＯＰ−１が結合する細胞の移動を阻止する。好ましい一実施態様では、アンタゴニスト又は小分子アンタゴニストはＳＴＯＰ−１の三量体型に特異的に結合する。好適なアンタゴニストは本発明などの抗体、天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドのアミノ酸配列変異型、ペプチドを含む。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドのアンタゴニストの同定方法は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを候補アンタゴニスト分子に作用させ、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに関連する一以上の生物学的活性の検出可能な変化を測定することを含む。
【００４４】
「増強物質」なる用語は、天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドの生物学的活性を亢進する、及び天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合する任意の分子であり、ここでの増強物質は、天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドのオリゴマー型に結合して、（１）天然のヒトＳＴＯＰ−１の残基９４−２４３内の残基に結合する能力、（２）細胞上にＳＴＯＰ−１を凝集する能力；及び（３）本発明のモノクローナル抗体Ｓ７又はＳ４抗体により競合を受けうる（ＳＴＯＰ−１、Ｓ７又はＳ４及び増強物質を用いた競合的ＥＬＩＳＡアッセイで観察されるような）能力、からなる群から選択した少なくとも一以上の付加的活性を有するものを意味する。一実施態様によると、増強物質は細胞（例えば、ＨＵＶＥＣ細胞、ＨｅＬａ細胞、及びＨＴ１０８０細胞）へのＳＴＯＰ−１の結合を増強する。好ましい一実施態様では、アゴニストはＳＴＯＰ−１の三量体型に結合する。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドのアゴニストの同定方法は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド及び候補アゴニストとＳＴＯＰ−１に結合する細胞とを作用させ、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに関連する一以上の生物学的活性（例えば、増強したＳＴＯＰ−１ポリペプチドの結合、細胞増殖又は細胞移動）の検出可能な変化を測定することを含む。
【００４５】
「治療する」又は「治療」又は「緩和」とは、治療上の処置及び予防的療法又は防護的療法の双方を称し、その目的は、標的である病的症状又は疾患を防ぐか又は衰え（小さく）させることである。治療を必要とするものには、疾患に罹りやすいものと同時に疾患に既に罹っているもの、又は疾患が予防されるべきものを含む。疾患が関連する症状、合併症又は他の問題が寛解、縮小、減少するとき、又は疾患が関連する症状、合併症又は他の問題の発症の機会や頻度が寛解、縮小、減少するとき、ここで言う治療的使用及び予防的使用が成功していることを、これらの用語は表す。
本発明の方法に従ってアンタゴニストの治療量を投与された後に、患者が次の一又は複数のものについて観察可能な及び／又は測定可能な減少又は消失を示したならば、被検体又は哺乳動物は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド発現癌に関して成功裏に「治療された」ことになる：癌細胞の数の減少、又は癌細胞の消失；腫瘍の大きさの減少；軟部組織及び骨への癌の広がりを含む、末梢器官への癌細胞の浸潤の阻害（すなわち、ある程度の減速及び好ましくは停止）；腫瘍転移の阻害（すなわち、ある程度の減速及び好ましくは停止）；腫瘍成長のある程度の阻害；及び／又は特定の癌に関連している一又は複数の症状のある程度の緩和；疾病率及び死亡率の減少、及び生命問題の質の改善。ある程度、抗ＳＴＯＰ−１抗体又はＳＴＯＰ−１結合オリゴペプチドは、生存癌細胞の成長を防ぐ及び／又は死滅させることができ、それは、細胞増殖抑制及び／又は細胞障害性であり得る。これらの兆候又は症状の低減は、また、患者が感じることができる。
【００４６】
本発明の方法に従ってアンタゴニスト又はアゴニストの治療量を投与された後に、患者が観察可能な及び／又は測定可能な[後で挿入]；及び／又は異常な血管形成に関連している一以上の症状のある程度の緩和；及び生命問題の質の改善を示したならば、被検体又は哺乳動物は、異常な血管形成に関して成功裏に「治療された」ことになる
疾患における成功裏の治療及び改善を評価することに関する上記のパラメーターは、医師にとってよく知られている手法によって容易に測定が可能である。癌治療では、有効性は、例えば、病気の進行までの時間（ＴＴＰ）の算定及び／又は反応速度（ＲＲ）を確かめることによって測定できる。転移は、ステージング試験によって、骨のスキャン及び骨への広がりを確かめるためのカルシウムレベル及び他の酵素に関する試験によって確かめることができる。ＣＴスキャンは、また、領域の骨盤及びリンパ節への広がりを探索することで行うことができる。胸のＸ線、及び既知の方法による肝臓の酵素レベルの測定を、それぞれ肺及び肝臓への転移を探索するために用いる。疾患をモニタリングする他の方法には、経直腸的超音波断層法（ＴＲＵＳ）及び経直腸的針生検（ＴＲＮＢ）が含まれる。
【００４７】
より局所的な癌である膀胱癌に関しては、疾患の進行を確かめる方法には、膀胱鏡検査による尿細胞評価、尿中に存在する血液のモニタリング、超音波断層撮影又は静脈性腎盂像、コンピュータ断層撮影法（ＣＴ）及び磁気共鳴映像法（ＭＲＩ）による尿路上皮性路の視覚化が含まれる。遠隔転移の存在は、腹部のＣＴ、胸ｘ線、又は骨格の放射性核種イメージングによって評価することができる。
「慢性」投与とは、初期の治療効果（活性）を長期間にわたって維持するようにするために、急性態様とは異なり連続的な態様での薬剤の投与を意味する。「間欠」投与とは、中断無く連続的になされるのではなく、むしろ本質的に周期的になされる処理である。
癌の治療、症状の緩和又は診断のための「哺乳動物」とは、哺乳動物に分類される任意の動物を意味し（別名「患者」）、ヒト、家畜用及び農場用動物、動物園、スポーツ、又はペット動物、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウサギなどを含む。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
一又は複数の更なる治療薬と「組み合わせた」投与とは、同時（同時期）及び任意の順序での連続した投与を含む。
【００４８】
ここで用いられる「担体」は、製薬的に許容されうる担体、賦形剤、又は安定化剤を含み、用いられる服用量及び濃度でそれらに曝露される細胞又は哺乳動物に対して非毒性である。生理学的に許容されうる担体は、水性ｐＨ緩衝溶液であることが多い。生理学的に許容されうる担体の例は、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸塩のバッファー；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；疎水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン又はリジン；グルコース、マンノース又はデキストランを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；マンニトール又はソルビトール等の糖アルコール；ナトリウム等の塩形成対イオン；及び／又は非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（登録商標)、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、及びＰＬＵＲＯＮＩＣＳ(登録商標)を含む。
【００４９】
「固相」又は「固体支持体」とは、本発明の抗体、アンタゴニスト又はポリペプチドが接着できる非水性マトリクスを意味する。ここに包含される固相の例は、部分的又は全体的にガラス（例えば、径の調整されたガラス）、ポリサッカリド（例えばアガロース）、ポリアクリルアミド、ポリスチレン、ポリビニルアルコール及びシリコーンで形成されたものを含む。或る実施態様では、前後関係に応じて、固相はアッセイ用プレートのウェル；その他では精製用カラム（例えばアフィニティクロマトグラフィーカラム）を含むことができる。また、この用語は、米国特許第４２７５１４９号に記載されたような別々の粒子の不連続な固相も含む。
ここで用いられているように、「イムノアドヘシン」という用語は、免疫グロブリン定常ドメインのエフェクター機能を持つ異種タンパク質（「アドヘシン」）の結合特異性を付与した抗体様分子を指す。構造的には、イムノアドヘシンは抗体の抗原認識及び結合部位以外の所望の結合特異性を持つアミノ酸配列（即ち「異種」）と免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合物である。イムノアドヘシン分子のアドへシン部分は、典型的には少なくともレセプター又はリガンドの結合部位−天然のＳＴＯＰ−１タンパク質の一部などを含む近接アミノ酸配列を含む。イムノアドヘシンの免疫グロブリン定常ドメイン配列は、ＩｇＧ-１、ＩｇＧ-２、ＩｇＧ-３、又はＩｇＧ-４サブタイプ、ＩｇＡ（ＩｇＡ-１及びＩｇＡ-２を含む）、ＩｇＥ、ＩｇＤ又はＩｇＭなどの任意の免疫グロブリンから得ることができる。
【００５０】
「リポソーム」は、哺乳動物への薬物（例えばＳＴＯＰ−１ポリペプチド、それらに対する抗体又はＳＴＯＰ−１結合オリゴペプチド）輸送に有用な、脂質、リン脂質及び／又は界面活性剤を含む種々のタイプの小胞体である。リポソームの成分は、通常は細胞膜の脂質配向に類似した２層構造に配列される。
ここで定義されている「小」分子又は「小」有機分子とは、約５００ダルトン未満の分子量である。
ここに開示するポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の「有効量」とは、特に述べた目的を実施するために十分な量のことである。「有効量」は、述べられた目的に関連して、公知の方法で経験的に決定することができる。
【００５１】
「治療的有効量」という用語は、哺乳動物（別名患者）の疾患又は疾病を「治療」するのに効果的な本発明の抗体、ポリペプチド、又はアンタゴニストの量を指す。癌の場合、治療的に有効量の薬は癌細胞の数を減じ；腫瘍の大きさを減じ；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害（すなわち、ある程度まで減速、好ましくは停止）し；腫瘍転移を阻害（すなわち、ある程度まで減速及び好ましくは停止）し；腫瘍成長をある程度まで阻害し；及び／又は癌に関連する一又は複数の症状をある程度まで緩和する。「治療する」のここでの定義を参照せよ。薬が存在する癌細胞の成長を妨げ及び／又は死滅させる程度まで、それは、細胞分裂停止及び／又は細胞障害性であり得る。
本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の「成長阻害量」は、細胞、特に腫瘍、例えば癌細胞の成長をインビトロ又はインビボで阻害できる量である。腫瘍性細胞成長の阻害の目的のための本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の「成長阻害量」は、公知の方法により又はここで提供する実施例により経験的に決定することができる。
【００５２】
本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の「細胞障害性量」は、細胞、特に腫瘍、例えば癌細胞をインビトロ又はインビボで破壊できる量である。腫瘍性細胞成長の阻害の目的のための本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の「細胞障害性量」は、当分野で公知の方法で経験的に決定することができる。
「抗体」という用語は最も広い意味において使用され、例えば、単一の抗ＳＴＯＰ−１モノクローナル抗体(アゴニスト、アンタゴニスト、及び中和抗体を含む)、多エピトープ(polyepitopic)特異性を持つ抗ＳＴＯＰ−１抗体組成物、ポリクローナル抗体、一本鎖抗ＳＴＯＰ−１抗体、及び天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合し、及び／又はこの発明の生物学的又は免疫学的活性を示す限りは抗ＳＴＯＰ−１抗体の断片（下記を参照）を包含する。一実施態様によると、抗体はＳＴＯＰ−１のオリゴマー型、例えば三量体に結合する。更なる実施態様によると、抗体はヒトＳＴＯＰ−１の残基９４−２４３の間に特異的に結合する。他の実施態様によると、抗体はＳＴＯＰ−１に特異的に結合し、その結合は本発明のモノクローナル抗体（例えば、本発明の委託された抗体など）により阻害されうるものである。抗体の「機能的断片又は類似体」なる句は、質的に抗体の意味するのと同じような生物学的活性を有する化合物である。例えば、抗ＳＴＯＰ−１抗体の機能的断片又は類似体はＳＴＯＰ−１分子に特異的に結合可能なものであり得る。一実施態様では、抗体は細胞増殖を引き起こすＳＴＯＰ−１分子の能力を阻害又は実質的に減低させることができる。「免疫グロブリン」（Ｉｇ）という用語は、ここでの「抗体」と相互に置き換え可能に用いられる。一実施態様によると、本発明の抗体はアミノ酸配列ＧＷＮＳＶＳＲＩＩＩＥＥＬＰＫを有するペプチドには結合しない。
【００５３】
「単離された抗体」とは、その自然環境の成分から同定され分離され及び／又は回収されたものを意味する。その自然環境の汚染成分とは、抗体の診断又は治療への使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様では、抗体は、(１)ローリー(Lowry)法によって定量して９５重量％以上の、最も好ましくは９９重量％以上の抗体まで、（２）スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列の残基を得るのに充分な程度まで、あるいは(３)クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色を用いた還元又は非還元条件下でのＳＤＳ-ＰＡＧＥによる均一性まで精製される。単離された抗体には、組換え体細胞内のインサイツの抗体が含まれるが、これは抗体の自然環境の少なくとも一つの成分が存在しないからである。しかしながら、通常は、単離された抗体は少なくとも一つの精製工程により調製される。
【００５４】
基本的な４-鎖抗体ユニットは２つの同一の軽(Ｌ)鎖と２つの同一の重(Ｈ)鎖から構成されるヘテロ四量体の糖タンパクである(ＩｇＭ抗体は、基本的なヘテロ四量体ユニットとそれに付随するＪ鎖と称される付加的なポリペプチドの５つからなり、よって１０の抗原結合部位を有するが、分泌されたＩｇＡ抗体は重合して、基本的４-鎖ユニットとそれ付随するＪ鎖のうち２-５つを含む多価集合を形成可能である)。ＩｇＧの場合、４-鎖ユニットは一般的に約１５００００ダルトンである。それぞれのＬ鎖は１つの共有ジスルフィド結合によってＨ鎖に結合するが、２つのＨ鎖はＨ鎖のアイソタイプに応じて一又は複数のジスルフィド結合により互いに結合している。それぞれのＨ及びＬ鎖はまた規則的な間隔を持った鎖内ジスルフィド結合を持つ。それぞれのＨ鎖は、α及びγ鎖の各々に対しては３つの定常ドメイン(ＣＨ)が、μ及びεアイソタイプに対しては４つのＣＨドメインが続く可変ドメイン(ＶＨ)をＮ末端に有する。それぞれのＬ鎖は、その他端に定常ドメイン(ＣＬ)が続く可変ドメイン(ＶＬ)をＮ末端に有する。ＶＬはＶＨと整列し、ＣＬは重鎖の第一定常ドメイン(ＣＨ１)と整列している。特定のアミノ酸残基が、軽鎖及び重鎖可変ドメイン間の界面を形成すると考えられている。ＶＬとＶＨは共同して対になって、単一の抗原結合部位を形成する。異なるクラスの抗体の構造及び特性は、例えばBasic and Clinical Immunology, ８版, Daniel P. Stites, Abba I. Terr and Tristram G. Parslow(編), Appleton ＆ Lange, Norwalk, CT, 1994, ７１頁及び６章を参照のこと。
【００５５】
任意の脊椎動物種からのＬ鎖には、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ及びラムダと呼ばれる２つの明確に区別される型の一つを割り当てることができる。また、その重鎖の定常ドメイン(ＣＨ)のアミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンには異なったクラス又はアイソタイプを割り当てることができる。ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭという免疫グロブリンの５つの主要なクラスがあり、それぞれα、δ、ε、γ及びμと呼ばれる重鎖を有する。さらにγ及びαのクラスは、ＣＨ配列及び機能等の比較的小さな差異に基づいてサブクラスに分割され、例えば、ヒトにおいては次のサブクラス：ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２が発現する。
「可変」という用語は、可変ドメインのある部分が抗体の間で配列が広範囲に異なることを意味する。Ｖドメインは抗原結合性を媒介し、その特定の抗原に対する特定の抗体の特異性を定める。しかし、可変性は可変ドメインの１１０-アミノ酸スパンを通して均等には分布されていない。代わりに、Ｖ領域は、それぞれ９−１２アミノ酸長である「高頻度可変領域」と称される極度の可変性を有するより短い領域によって分離された１５−３０アミノ酸のフレームワーク領域(ＦＲ)と呼ばれる比較的不変の伸展からなる。天然重鎖及び軽鎖の可変ドメイン各々は、大きなβ-シート配置をとり、３つの高頻度可変領域により接続された４つのＦＲ領域を含み、それはループ状の接続を形成し、β-シート構造の一部を形成することもある。各鎖の高頻度可変領域はＦＲにより他の鎖からの高頻度可変領域とともに極近傍に保持され、抗体の抗原結合部位の形成に寄与している（Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ED. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)）。定常ドメインは抗体の抗原への結合に直接は関係ないが、種々のエフェクター機能、例えば抗体依存性細胞障害(ＡＤＣＣ)における抗体の寄与を示す。
【００５６】
ここで使用される場合、「高頻度可変領域」なる用語は、抗原結合性の原因となる抗体のアミノ酸残基を意味する。高頻度可変領域は「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」からのアミノ酸残基(すなわち、ＶＬにおいては、およそ残基２４−３４(Ｌ１)、５０−５６(Ｌ２)及び８９−９７(Ｌ３)、及びＶＨにおいては、およそ１−３５(Ｈ１)、５０−６５(Ｈ２)及び９５−１０２(Ｈ３)（一実施態様では、Ｈ１は３１−３５付近である）；Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest,５版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD.(1991))及び／又は「高度可変ループ」からの残基(例えば、ＶＬにおいては、およそ残基２６−３２(Ｌ１)、５０−５２(Ｌ２)及び９１−９６(Ｌ３)、及びＶＨにおいては、およそ２６−３２(Ｈ１)、５３−５５(Ｈ２)及び９６−１０１(Ｈ３);Chothia及びLesk J.Mol.Biol. 196:901-917 (1987))を含んでなる。
【００５７】
ここで使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味する、すなわち、集団に含まれる個々の抗体が、少量で存在しうる自然に生じる可能性のある突然変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は高度に特異的であり、一つの抗原部位に対している。さらに、異なる決定基(エピトープ)に対する異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物と比べて、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。その特異性に加えて、モノクローナル抗体は、他の抗体によって汚染されずに合成される点で有利である。「モノクローナル」との修飾詞は、抗体を何か特定の方法で生成しなければならないことを意味するものではない。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、最初にKohler等, Nature 256, 495 (1975)により記載されたハイブリドーマ法によって作ることができ、あるいは組換えＤＮＡ法によって、細菌、真核細胞動物又は植物細胞から作ることができる(例えば、米国特許第４８１６５６７号参照)。また「モノクローナル抗体」は、例えばClackson等, Nature 352:624-628(1991)、Marks等, J. Mol. Biol. 222:581-597(1991)、及び以下の実施例に記載された技術を用いてファージ抗体ライブラリーから単離することもできる。
【００５８】
ここで、モノクローナル抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種由来の抗体、あるいは特定の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか又は相同性があり、鎖の残りの部分が他の種由来の抗体、あるいは他の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか又は相同である「キメラ」抗体、並びにそれが本発明の生物的活性を有する限りこのような抗体の断片を特に含む(米国特許第４８１６５６７号;及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855(1984))。ここで対象のキメラ抗体には、非ヒト霊長類(例えば旧世界ザル、類人猿等)から由来する可変ドメイン抗原-結合配列及びヒト定常領域配列を含む「プリマタイズ(primatized)」抗体を含む。
「無傷」の抗体は、抗原-結合部位、並びにＣＬ及び少なくとも重鎖定常ドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含むものである。定常ドメインは天然配列定常ドメイン(例えば、ヒト天然配列定常ドメイン)又はそれらのアミノ酸配列変異体であってよい。好ましくは、無傷の抗体は一又は複数のエフェクター機能を有する。
【００５９】
「抗体断片」は、無傷の抗体の一部、好ましくは無傷の抗体の抗原結合又は可変領域を含む。抗体断片の例は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ')２、及びＦｖ断片；ダイアボディ(diabodies)；直鎖状抗体（米国特許第５６４１８７０号、実施例２；Zapata等, Protein Eng. 8(10): 1057-1062 [1995]）；単鎖抗体分子；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。
一般的に「線状抗体」との表現は、Zapata等., Protein Eng., 8(10):1057-1062 (1995)に記載の抗体を意味する。簡単に言えば、抗体は、相補的な軽鎖ポリペプチドと共に直列のＦｄセグメント（ＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１）を一対含み、一対の抗原結合領域を形成している。線状抗体は二重特異性又は単一特異性でありうる。
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片と、容易に結晶化する能力を反映して命名された残留「Ｆｃ」断片を産生する。Ｆａｂ断片は全長Ｌ鎖とＨ鎖の可変領域ドメイン(ＶＨ)、及び一つの重鎖の第一定常ドメイン(ＣＨ１)からなる。各Ｆａｂ断片は抗原結合性に関して一価である、すなわち単一の抗原-結合部位を有する。抗体のペプシン処理により、単一の大きなＦ(ａｂ')２断片が生じ、これは２価の抗原結合部位を持つ２つのジスルフィド結合されたＦａｂ断片にほぼ対応し、抗原を交差結合させることができるものである。Ｆａｂ'断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含むＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に幾つかの残基が付加されていることによりＦａｂ断片と相違する。Ｆａｂ'-ＳＨは、ここでは定常ドメインのシステイン残基(類)が遊離のチオール基を持つＦａｂ'を表す。Ｆ(ａｂ')２抗体断片は、通常はＦａｂ'断片の対として生成され、それらの間にヒンジシステインを有する。抗体断片の他の化学的結合も知られている。
【００６０】
Ｆｃ断片はジスルフィドにより一緒に保持されている双方のＨ鎖のカルボキシ末端部位を含む。抗体のエフェクター機能は、Ｆｃ領域の配列により決定され、その領域は、所定の型の細胞に見出されるＦｃレセプター(ＦｃＲ)によって認識される部位である。
「Ｆｖ」は、完全な抗原-認識及び-結合部位を含む最小の抗体断片である。この断片は、密接に非共有結合した１本の重鎖と１本の軽鎖の可変領域の二量体からなる。これら２つのドメインの折り畳みから、抗原結合のためのアミノ酸残基に寄与し、抗体に対する抗原結合特異性を付与する６つの高頻度可変ループ(Ｈ及びＬ鎖から、それぞれ３つのループ)が生じる。しかしながら、単一の可変ドメイン（又は抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含んでなるＦｖの半分）でさえ、結合部位全体よりは低い親和性であるが、抗原を認識し結合する能力を持つ。
【００６１】
「ｓＦｖ」又は「ｓｃＦｖ」とも略称される「単鎖Ｆｖ」は、単一のポリペプチド鎖内に結合したＶＨ及びＶＬ抗体ドメインを含む抗体断片である。好ましくは、ｓＦｖポリペプチドはＶＨ及びＶＬドメイン間にポリペプチドリンカーをさらに含み、それはｓＦＶが抗原結合に望まれる構造を形成するのを可能にする。ｓＦｖの概説については、Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg及びMoore編, Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)；Borrebaeck 1995, 以下を参照のこと。
「ダイアボディ(diabodies)」という用語は、鎖間ではなく鎖内でＶドメインを対形成させ、結果として二価の断片、すなわち２つの抗原-結合部位を有する断片が得られるように、ＶＨとＶＬドメインとの間に、短いリンカー(約５-１０残基)を持つｓＦｖ断片（前の段落を参照）を構築することにより調製される小型の抗体断片を意味する。二重特異性ダイアボディは２つの「交差」ｓＦｖ断片のヘテロダイマーであり、そこでは２つの抗体のＶＨ及びＶＬドメインが異なるポリペプチド鎖上に存在する。ダイアボディは、例えば、欧州特許第４０４０９７号；国際公開９３／１１１６１号；及びHollinger等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90: 6444-6448 (1993)により十分に記載されている。
【００６２】
非ヒト(例えば齧歯類)抗体の「ヒト化」形とは、非ヒト抗体から得られた最小配列を含むキメラ抗体である。大部分において、ヒト化抗体は、レシピエントの高頻度可変領域の残基が、マウス、ラット、ウサギ又は非ヒト霊長類のような所望の抗体特異性、親和性及び能力を有する非ヒト種(ドナー抗体)の高頻度可変領域の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体)である。ある場合には、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域(ＦＲ)残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見出されない残基を含んでいてもよい。これらの修飾は抗体の特性をさらに洗練するために行われる。一般的に、ヒト化抗体は、全て又はほとんど全ての高頻度可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに一致し、全て又はほとんど全てのＦＲがヒト免疫グロブリン配列である、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、状況に応じて免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒトの免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含む。さらなる詳細は、Jones等, Nature 321, 522-525(1986)；Riechmann等, Nature 332, 323-329(1988)；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2, 593-596(1992)を参照のこと。
【００６３】
「種依存性抗体」、例えば哺乳動物抗-ヒトＩｇＥ抗体は、二番目の哺乳動物種からの抗原の相同体に対して有している結合親和性よりも、一番目の哺乳動物種からの抗原に対してより強力な結合親和性を有する抗体である。通常、種依存性抗体は、ヒト抗原（すなわち、約１ｘ１０−７Ｍ以下、好ましくは約１ｘ１０−８以下、最も好ましくは約１ｘ１０−９Ｍ以下の結合親和性（Ｋｄ）値を有する）と「特異的に結合」するが、そのヒト抗原に対する結合親和性よりも、少なくとも約５０倍、又は少なくとも約５００倍、又は少なくとも約１０００倍弱い、二番目の非ヒト哺乳動物種からの抗原の相同体に対する結合親和性を有する。種依存性抗体は、上にて定義した種々の型の抗体のいずれでもあることが可能だが、好ましくはヒト化又はヒト抗体である。
【００６４】
「ＳＴＯＰ−１結合オリゴペプチド」はここで記載される様なＳＴＯＰ−１ポリペプチドに好ましくは特異的に結合するオリゴペプチドである。ＳＴＯＰ−１結合オリゴペプチドは、既知のオリゴペプチド合成方法論を用いて化学的に合成することができ、あるいは組み換え技術を用いて調製及び精製することができる。ＳＴＯＰ−１結合オリゴペプチドは通常、少なくとも約５のアミノ酸長であり、或いは少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００のアミノ酸長以上であり、このようなオリゴペプチドはここに記載される様なＳＴＯＰ−１ポリペプチドに対して好ましくは特異的に結合する能力がある。一実施態様によると、ＳＴＯＰ−１オリゴペプチドは、６Ｂ１２抗体が結合する領域と同じ又は重なり合う領域に結合する。ＳＴＯＰ−１結合オリゴペプチドは、よく知られた技術を用いて過度の実験をすることなしに同定することができる。この点において、ポリペプチド標的に特異的に結合する能力のあるオリゴペプチドのオリゴペプチドライブラリーを検索する技術は当分野でよく知られていることを注記する（例えば、米国特許第５５５６７６２号、同第５７５０３７３号、同第４７０８８７１号、同第４８３３０９２号、同第５２２３４０９号、同第５４０３４８４号、同第５５７１６８９号、同第５６６３１４３号；ＰＣＴ公開第ＷＯ８４／０３５０６号、及びＷＯ８４／０３５６４号；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81:3998-4002 (1984)；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 82:178-182 (1985)；Geysen等, in Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986)；Geysen等, J. Immunol. Meth., 102:259-274 (1987)；Schoofs等, J. Immunol., 140:611-616 (1988), Cwirla,S.E.等(1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378；Lowman,H.B.等 (1991) Biochemistry, 30:10832；Clackson,T.等 (1991) Nature, 352:624；Marks,J.D.等 (1991) J. Mol. Biol., 222:581；Kang,A.S.等 (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363、及びSmith, G.P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668参照）。
【００６５】
対象の抗原、例えば腫瘍関連ポリペプチド抗原標的、例えばＳＴＯＰ−１と「結合する」本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物は、その抗体、オリゴペプチド又は他の有機分子がその抗原を発現している細胞又は組織を標的とする診断及び／又は治療剤として有用であり、他のタンパク質と有意には交差反応しないように十分な親和性でその抗原と結合するものである。そのような実施態様では、ポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の「非標的」タンパク質との結合の程度は、蛍光標示式細胞分取器（ＦＡＣＳ）分析又は放射免疫沈降（ＲＩＡ）によって定量して、その特定の標的タンパク質とのポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の結合の約１０％よりも低い。標的分子へのポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物の結合に関して、特定のポリペプチド又は特定のポリペプチド標的上のエピトープと「特異的に結合」又は「特異的に結合する」、又はそれに対して「特異的である」という用語は、非特異的な相互作用とは測定して異なる結合を意味する。特異的な結合は、例えば、一般に結合活性を持たない類似した構造の分子であるコントロール分子の結合性と比較して、分子の結合性を定量することによって測定することができる。例えば、特異的な結合性は、標的、例えば過剰の非標識標的に類似したコントロール分子とも競合にとって定量することができる。この場合、プローブに対する標識標的の結合が過剰の非標識標的によって競合的に阻害されるならば、特異的結合が表示される。ここで使用される特定のポリペプチド又は特定のポリペプチド標的上のエピトープと「特異的に結合」又は「特異的に結合する」、又はそれに対して「特異的である」という用語は、例えば標的に対して少なくとも約１０−４Ｍ、あるいは少なくとも約１０−５Ｍ、あるいは少なくとも約１０−６Ｍ、あるいは少なくとも約１０−７Ｍ、あるいは少なくとも約１０−８Ｍ、あるいは少なくとも約１０−９Ｍ、あるいは少なくとも約１０−１０Ｍ、あるいは少なくとも約１０−１１Ｍ、あるいは少なくとも約１０−１２Ｍ、あるいはそれ以上のＫｄを持つ分子によって示されうる。一実施態様では、「特異的に結合する」という用語は、如何なる他のポリペプチド又はポリペプチドエピトープ（例えば、非ＳＴＯＰ−１タンパク質）へ実質的に結合することなく分子が特定のポリペプチド又は特定のポリペプチドのエピトープに結合する結合を意味する。また、ヒト天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合する抗体は非ヒト天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドにも結合しうることが理解される。
【００６６】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを発現する腫瘍細胞の「成長を阻害する」ポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物、又は「成長阻害」ポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物は、適切なＳＴＯＰ−１ポリペプチドを発現又は過剰発現する癌細胞の測定可能な程の成長阻害を引き起こすものである。好ましい成長阻害ポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物は、一般的には、試験されたポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物で処理されていない腫瘍細胞であるコントロールである、適切なコントロールと比較して、２０％より多く、好ましくは約２０％から約５０％、そしてさらに好ましくは５０％よりも多く（例えば、約５０％から約１００％）でＳＴＯＰ−１発現腫瘍細胞の成長を阻害する。一実施態様では、成長阻害は、細胞培養で約０．１から３０μｇ／ｍｌ又は約０．５ｎＭから２００ｎＭの抗体濃度で測定することができ、抗体への腫瘍細胞の曝露の後、成長阻害を１−１０日で確かめる。インビボでの腫瘍細胞の成長阻害は、下記の実験実施例に記載しているような種々の方法で確かめることができる。約１μｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ体重の抗ＳＴＯＰ−１抗体の投与が、最初の抗体の投与から約５日から３ヶ月内、好ましくは約５から３０日内に腫瘍の大きさ又は腫瘍細胞増殖に減少を引き起こす場合、抗体はインビボで成長阻害性である。
【００６７】
抗体の「エフェクター機能」とは、抗体のＦｃ領域（天然配列Ｆｃ領域又はアミノ酸配列変異体Ｆｃ領域）に帰する生物学的活性を意味し、抗体のアイソタイプにより変わる。抗体のエフェクター機能の例には、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞障害；Ｆｃレセプター結合性；抗体依存性細胞媒介性細胞障害(ＡＤＣＣ)；貪食作用；細胞表面レセプター（例えば、Ｂ細胞レセプター）のダウンレギュレーション；及びＢ細胞活性化が含まれる。
「抗体依存性細胞媒介性細胞障害」又は「ＡＤＣＣ」とは、ある種の細胞障害細胞(例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球及びマクロファージ）上に存在するＦｃレセプター(ＦｃＲｓ)と結合した分泌Ｉｇにより、これらの細胞障害エフェクター細胞が抗原-担持標的細胞に特異的に結合し、続いて細胞毒により標的細胞を死滅させることを可能にする細胞障害性の形態を意味する。抗体は細胞障害細胞を「備えて」おり、これはこのような死滅には絶対に必要なものである。ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞ＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991) の４６４頁の表３に要約されている。対象の分子のＡＤＣＣ活性をアッセイするために、米国特許第５５００３６２号又は同第５８２１３３７号に記載されているようなインビトロＡＤＣＣアッセイを実施することができる。このようなアッセイにおいて有用なエフェクター細胞には、末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）が含まれる。代わりとして、もしくは付加的に、対象の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Clynes等, (USA) 95:652-656 (1998)において開示されているような動物モデルにおいて、インビボで評価することが可能である。
【００６８】
「Ｆｃレセプター」又は「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合するレセプターを記載するものである。好適なＦｃＲは天然配列ヒトＦｃＲである。さらに好適なＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（ガンマレセプター）と結合するもので、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスのレセプターを含み、これらのレセプターの対立遺伝子変異体、選択的にスプライシングされた形態のものも含まれる。ＦｃγＲＩＩレセプターには、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性型レセプター」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害型レセプター」）が含まれ、主としてその細胞質ドメインは異なるが、類似のアミノ酸配列を有するものである。活性型レセプターＦｃγＲＩＩＡは、細胞質ドメインにチロシン依存性免疫レセプター活性化モチーフ（immunoreceptor tyrosine-based activation motif ;ＩＴＡＭ）を含んでいる。阻害型レセプターＦｃγＲＩＩＢは、細胞質ドメインにチロシン依存性免疫レセプター阻害性モチーフ（immunoreceptor tyrosine-based inhibition motif ;ＩＴＩＭ）を含んでいる（Daeron, Annu. Rev. immunol. 15:203-234 (1997)を参照）。ＦｃＲsに関しては、 Ravetch and Kinet, Annu.Rev. Immunol. 9:457-492 (1991); Capel等, Immunomethods 4:25-34 (1994); 及びde Haas等, J.Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995) に概説されている。将来的に同定されるものも含む他のＦｃＲsはここでの「ＦｃＲ」という言葉によって包含される。また、該用語には、母性ＩｇＧｓが胎児に受け継がれる要因となっている新生児性レセプターＦｃＲｎ（Guyer等, J. Immunol. 117:587 (1976) Kim等, J. Immunol.24:249 (1994))も含まれる。
【００６９】
「ヒトエフェクター細胞」とは、一又は複数のＦｃＲｓを発現し、エフェクター機能を実行する白血球のことである。その細胞が少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能を実行することが望ましい。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例として、末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞障害性Ｔ細胞及び好中球が含まれるが、ＰＢＭＣとＮＫ細胞が好適である。エフェクター細胞は天然源、例えば血液から単離してもよい。
「補体依存性細胞障害」もしくは「ＣＤＣ」は、補体の存在下で標的を溶解することを意味する。典型的な補体経路の活性化は補体系(Ｃｌｑ)の第１補体が、同族抗原と結合した(適切なサブクラスの)抗体に結合することにより開始される。補体の活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを、例えばGazzano-Santoro等, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)に記載されているように実施することができる。
【００７０】
「癌」及び「癌性」という用語は、典型的には調節されない細胞成長を特徴とする、哺乳動物における生理学的状態を指すか記述する。癌の例には、これらに限定されるものではないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病又はリンパ様悪性腫瘍が含まれる。このような癌のより特定の例には、扁平細胞癌(squamous cell cancer)(例えば扁平上皮細胞癌)、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、及び肺の扁平癌腫(squamous carcinoma)を含む肺癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃腸癌を含む胃(gastric)又は腹部(stomach)癌、膵臓癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸管癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿道癌、肝癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜又は子宮癌、唾液腺癌、腎臓(kidney)又は腎(renal)癌、前立腺癌、産卵口癌、甲状腺癌、肝臓癌、肛門癌、陰茎癌、黒色腫、多発性骨髄腫及びＢ細胞リンパ腫、脳、並びに頭部及び頸部の癌、及び関連した転移が含まれる。
「細胞増殖性疾患」及び「増殖性疾患」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖を伴う疾患を意味する。一実施態様では、細胞増殖性疾患は癌である。一実施態様では、細胞増殖性疾患は線維形成である。
ここで用いられる「腫瘍」は、悪性又は良性に関わらず、全ての腫瘍形成細胞成長及び増殖、及び全ての前癌性及び癌性細胞及び組織を意味する。
【００７１】
病気にかかった状態のとき、新しい血管が過度に、不十分に、又は不適当に成長する（例えば医学見地からみて望まれない血管形成の位置、タイミング又は発生）又はそれが病状の原因となるとき、本発明の用語である異常な血管形成は起こる。病状、例として、癌、特に血管化固形腫瘍及び転移性腫瘍（大腸癌、肺癌（特に小細胞肺癌）又は前立腺癌を含む）、眼性新血管形成による疾患、特に糖尿病性盲目、網膜症、一次性糖尿病性網膜症又は年齢誘発性黄斑変性及びルベオーシス；乾癬、血管腫などの血管芽細胞腫；炎症性腎疾患、例えば糸球体腎炎、特に糸球体間質性増殖性の糸球体腎炎、溶血性尿毒症性症候群、糖尿病性ネフロパシ又は高血圧の腎硬化症；多様な炎症性疾患、例えば関節炎、特に慢性関節リウマチ、炎症性腸疾患、psorsasis、類肉腫症、移植後に生じる動脈の動脈硬化及び疾患、子宮内膜症又は慢性喘息、及び７０以上の他の症状を悪化させることに寄与する新しい血管の発達があるような病状で、「過剰であるか、不適当であるか、制御されていない血管形成」が起こる。血管が患部組織に入り込み、新しい血は正常な組織を破壊する、そして、癌の場合、新しい血管によって腫瘍細胞は循環に逃げ出し、他の器官に留まる（腫瘍転移）。例えば、冠状動脈疾患、脳卒中および遅延創傷治癒などの病気にかかった状態を悪化させることに寄与する不適当な血管の発達があるときに、不十分な血管形成は起こる。更に、潰瘍、脳卒中および心臓発作は、自然治癒のために通常必要な血管形成の欠如から生じうる。本発明は、上述の疾患を発達させるリスクにある患者を治療することを意図する。
【００７２】
本発明のＳＴＯＰ−１アンタゴニストを投与する候補となる他の患者は、血管結合組織の異常増殖、赤瘡、後天性免疫不全症候群、動脈閉塞、アトピー角膜炎、細菌潰瘍、Bechets疾患、腫瘍を運ばれる血液、頸動脈閉塞性疾患、脈絡叢新血管形成、慢性的な炎症、慢性網膜剥離、慢性ブドウ膜炎、慢性的なvitritis、コンタクトレンズ疲労、角膜移植片拒否、角膜新血管形成、角膜移植片新血管形成、クローン病、イールズ病、流行性角結膜炎、菌類の潰瘍、単純ヘルペス感染症、ヘルペス帯状疱疹感染、過粘凋度症候群、カポージ肉腫、白血病、脂質変性症、ライム病、辺縁性角質溶解、蚕食性角膜潰瘍、ハンセン病以外の放線菌感染症、近視、眼新生血管疾患、視覚窩、オスラーウェーバー症候群（オスラー-ウェーバー-ランデュ）、骨関節症、パジェット病、pars planitis、類天ぽうそう、phylectenulosis、多発動脈炎、レーザー後合併症、原虫感染症、弾性線維性偽性黄色腫、乾性翼状片角膜炎、放射状角膜切開、網膜新血管形成、未熟児の網膜症、水晶体後繊維増殖、肉芽腫性病変、強膜炎、鎌状赤血球性貧血、シェーグレン症候群、固形腫瘍、スターガート(Stargarts)疾患、スティーブンジョンソン病、上部辺縁角膜炎、梅毒、全身狼瘡、テリアン辺縁性変性症、トキソプラズマ症、外傷、ユーイング肉腫の腫瘍、神経芽細胞腫の腫瘍、骨肉腫の腫瘍、網膜芽腫の腫瘍、横紋筋肉腫の腫瘍、潰瘍性大腸炎、静脈閉塞、ビタミンA欠乏症及びウェーゲナー肉芽腫、糖尿病と関連する望まれない血管形成、寄生虫病、異常な創傷治癒、肥大に続く手術、損傷又は外傷、髪の発達の抑制、排卵及び黄体形成の抑制、移植の抑制、及び子宮内胚発生の抑制を有する、又は発症リスクにある。
【００７３】
抗血管形成治療は、例えば非常に心膜炎および胸水と関連している移植片拒否、肺炎症、ネフローゼ症候群、子癇前症、心嚢貯留液、望ましくない脈管透過性に特徴がある疾患及び疾患、例えば脳腫瘍と関連している浮腫、悪性腫瘍、メイグス症候群、肺炎症、ネフローゼ症候群、心嚢貯留液および胸水と関連している腹水などの一般的な治療において有効である。
本発明の組成物によって治療されうる他の血管形成依存性疾患には、血管線維腫（出血傾向がある異常な血管）、新生血管の緑内障（目の血管の異常な成長）、動静脈形成異常（動脈および静脈間の異常な連通）、不均一骨折（治癒しない骨折）、アテローム動脈硬化性斑（動脈硬化）、化膿性肉芽腫（血管から成る一般的な皮膚病変）、硬皮症（結合組織疾患の型）、血管腫（血管から成る腫瘍）、トラコーマ（第三世界の盲目を引き起こす原因）、血友病関節、脈管粘着力および肥大した瘢痕（異常な瘢痕形成）を含む。
血管は骨代謝や骨成長の調節に重要な役割があるので、本発明の増強物質及びアゴニストは、炎症過程に媒介される炎症化又は組織破壊の過程を遮断する（コラゲナーゼ活性、破骨細胞活性など）ことによって疾患又は外傷からの骨及び／又は軟骨修復を刺激する又は亢進しうる。本発明のＳＴＯＰ−１増強物質又はアゴニストで治療される骨損傷又は疾患には、歯周病、他の歯修復過程、骨粗鬆症及び骨折が含まれる。
【００７４】
本発明による「間質性標的作用剤」は、他の組織に比べて間質性組織を基本的に認識して結合する作用剤である。間質性組織は、器官又は一部の特異的機能を担う組織と区別される器官、腺又は他の構造の結合組織フレームワークである。間質性標的作用剤には、FAP、fascin、HSP47、メソテリン及び前立腺幹抗原に特異的に結合する抗体を含む。
「細胞死を誘導する」本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物は、生細胞を生育不能にするものである。細胞は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを発現するもの、好ましくは、同じ組織型の正常細胞と比較してＳＴＯＰ−１ポリペプチドを過剰発現する細胞である。好ましくは、その細胞は癌細胞、例えば、乳房、卵巣、胃、子宮内膜、唾液腺、肺、腎臓、結腸、甲状腺、膵臓又は膀胱細胞である。インビトロ細胞死は、抗体依存性細胞媒介細胞障害（ＡＤＣＣ）又は補体依存性障害（ＣＤＣ）によって誘導される細胞死を識別するために、補体及び免疫エフェクター細胞の無い状態で確かめてもよい。従って、細胞死に関するアッセイは、熱不活性化血清（すなわち、補体の無い）を用いて、免疫エフェクター細胞が無い状態で行ってもよい。本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物が細胞死を誘導するか否かを確かめるために、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、トリパンブルー（Moore等 Cytotechnology 17: 1-11(1995)）又は７ＡＡＤの取り込みによって評価した膜整合性の損失を、未処理細胞と関連して評価することができる。好ましい細胞死を誘導するポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物は、ＢＴ４７４細胞でのＰＩ取り込みアッセイで、ＰＩ取り込みを誘導するものである。
【００７５】
「ＳＴＯＰ−１発現細胞」は、細胞の表面上に又は分泌形態で内因性又は形質移入されたＳＴＯＰ−１ポリペプチドを発現する。「ＳＴＯＰ−１発現癌」は、細胞表面上に存在するＳＴＯＰ−１ポリペプチドを有する、又はＳＴＯＰ−１ポリペプチドを生成し分泌する細胞を含む癌である。他の実施態様では、場合によって「ＳＴＯＰ−１発現癌」は、本発明のポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物が結合することができ、癌に対して治療的有効量を有するように十分なレベルのＳＴＯＰ−１ポリペプチドを産生及び分泌する。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを「過剰発現」する癌は、同じ組織型の非癌性細胞と比較して、その細胞表面に顕著により高いレベルのＳＴＯＰ−１ポリペプチドを有する、或いは産生及び分泌するものである。そのような過剰発現は、遺伝子増幅又は増大した転写又は翻訳によって生じ得る。ＳＴＯＰ−１ポリペプチド過剰発現は、診断又は予後アッセイにおいて、細胞の表面上に存在する、あるいは細胞により分泌されるＳＴＯＰ−１タンパク質の増大したレベルを評価することによって定量されうる（例えば、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする単離された核酸から、組み換えＤＮＡ技術を用いて調製することができる単離されたＳＴＯＰ−１ポリペプチドに対して調製した抗ＳＴＯＰ−１抗体を用いた免疫組織化学アッセイを介して；ＦＡＣＳ分析など）。あるいは、又は付加的に、例えば、ＳＴＯＰ−１コード化核酸又はその相補鎖と一致する核酸ベースプローブを使用する蛍光インサイツハイブリダイゼーション；（ＦＩＳＨ；１９９８年１０月公開の国際公開９８／４５４７９を参照せよ）、サザンブロッティング、ノーザンブロッティング、又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）技術、例えばリアルタイム定量ＰＣＲ（ＲＴ-ＰＣＲ）を介して、細胞のＳＴＯＰ−１ポリペプチドコード化核酸又はｍＲＮＡのレベルを測定してもよい。また、例えば、抗体ベースアッセイを用いて、血清のような生物学的体液中に流れている抗原を測定することによって、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド過剰発現を研究してもよい（同じく、例えば、１９９０年６月１２日に発行の米国特許第４９３３２９４号；１９９１年４月１８日に公開の国際公開９１／０５２６４；１９９５年３月２８日に発行の米国特許第５４０１６３８号；Sias等, J. Immunol. Methods 132: 73-80(1990)を参照せよ）。上記のアッセイとは別に、種々のインビボアッセイは、熟練技術者に入手可能である。例えば、哺乳動物の体の中にある細胞を、例えば、放射活性アイソトープのような検出可能な標識で場合によって標識した抗体に曝してもよく、哺乳動物の細胞への抗体の結合は、例えば、放射活性の外部スキャンニングによって、又は以前に抗体へ曝した哺乳動物から取り出した生検を分析することによって評価することができる。
【００７６】
「標識」という語は、ここで用いられる場合、「標識化」ポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物を作製するために、ポリペプチド、抗体、アンタゴニスト又は組成物に直接的又は間接的に結合させる検出可能な化合物又は組成物を意味する。標識はそれ自身によって検出可能でもよく（例えば、放射性同位体標識又は蛍光標識）、あるいは、酵素標識の場合には、検出可能な基質化合物又は組成物の化学的変換を触媒してもよい。
ここで用いられる「細胞障害性剤」という用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し及び／又は細胞破壊を生ずる物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２及びＬｕの放射性同位体）、化学治療薬、例えばメトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド類（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤、酵素及びその断片、例えば核溶解性酵素、抗生物質、及び毒素、例えばその断片及び／又は変異体を含む小分子毒素又は細菌、糸状菌、植物又は動物起源の酵素的に活性な毒素、そして下記に開示する種々の抗腫瘍又は抗癌剤を含むように意図されている。他の細胞障害性薬が下記に記載されている。殺腫瘍性剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
【００７７】
「化学療法剤」は、癌などの状態の治療に有用な化学的化合物である。化学療法剤の例には、チオテパ及びシクロスホスファミド(CYTOXAN(登録商標))のようなアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンのようなスルホン酸アルキル類；ベンゾドーパ(benzodopa)、カルボコン、メツレドーパ(meturedopa)、及びウレドーパ(uredopa)のようなアジリジン類；アルトレートアミン(altretamine)、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド(triethylenethiophosphaoramide)及びトリメチローロメラミン(trimethylolomelamine)を含むエチレンイミン類及びメチラメラミン類；アセトゲニン(acetogenins）(特にブラタシン(bullatacin)及びブラタシノン(bullatacinone)）；カンプトセシン(合成類似体トポテカン（topotecan）を含む）；ブリオスタチン；カリスタチン(callystatin）；ＣＣ-１０６５(そのアドゼレシン(adozelesin)、カルゼレシン(carzelesin)及びバイゼレシン(bizelesin）合成類似体を含む）；クリプトフィシン(cryptophycin）(特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン(dolastatin）；デュオカルマイシン(duocarmycin ）（合成類似体、KW-2189及びCBI-TM1を含む）； エレトロビン(eleutherobin）；パンクラチスタチン(pancratistatin）；サルコディクチン(sarcodictyin）；スポンジスタチン(spongistatin）；クロランブシル、クロルナファジン(chlornaphazine)、チョロホスファミド(cholophosphamide)、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベンビチン(novembichin)、フェネステリン(phenesterine)、プレドニムスチン(prednimustine)、トロフォスファミド(trofosfamide)、ウラシルマスタード等のナイトロジェンマスタード；ニトロスレアス(nitrosureas)、例えばカルムスチン(carmustine)、クロロゾトシン(chlorozotocin)、フォテムスチン(fotemustine)、ロムスチン(lomustine)、ニムスチン、ラニムスチン；エネジイン(enediyne) 抗生物質等の抗生物質（例えば、カリケアマイシン(calicheamicin)、特にカリケアマイシンガンマ１Ｉ及びカリケアマイシンオメガＩ１、例えば、Agnew  Chem Intl. Ed. Engl., 33：183-186(1994)を参照のこと；ダイネミシンＡ(dynemicinＡ）を含むダイネミシン(dynemicin）；クロドロネート(clodronate)などのビスホスホネート(bisphosphonates)；エスペラマイシン(esperamicin）； 同様にネオカルチノスタチン発光団及び関連色素蛋白エネジイン(enediyne) 抗生物質発光団）、アクラシノマイシン(aclacinomysins)、アクチノマイシン、オースラマイシン(authramycin)、アザセリン、ブレオマイシン(bleomycins)、カクチノマイシン(cactinomycin)、カラビシン(carabicin)、カルミノマイシン(carminomycin）、カルジノフィリン(carzinophilin)、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン(detorubicin）、６-ジアゾ-５-オキソ-Ｌ-ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）ドキソルビシン (モルフォリノ−ドキソルビシン、シアノモルフォリノ-ドキソルビシン、２-ピロリノ-ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン(esorubicin）、イダルビシン、マセロマイシン(marcellomycin）、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン(mitomycins）、マイコフェノール酸(mycophenolic acid)、ノガラマイシン(nogalamycin)、オリボマイシン(olivomycins)、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(potfiromycin)、ピューロマイシン、クエラマイシン(quelamycin)、ロドルビシン(rodorubicin)、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン(tubercidin)、ウベニメクス、ジノスタチン(zinostatin)、ゾルビシン(zorubicin)；メトトレキセート及び５-フルオロウラシル(５-ＦＵ）のような抗-代謝産物；デノプテリン(denopterin)、メトトレキセート、プテロプテリン(pteropterin)、トリメトレキセート(trimetrexate)のような葉酸類似体；フルダラビン(fludarabine)、６-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンのようなプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン(azacitidine)、６-アザウリジン(azauridine)、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン(enocitabine)、フロキシウリジン(floxuridine)のようなピリミジン類似体；カルステロン(calusterone)、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン(testolactone)のようなアンドロゲン類；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンのような抗副腎剤；フロリン酸(frolinic acid)のような葉酸リプレニッシャー(replenisher)；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル(eniluracil)；アムサクリン(amsacrine)；ベストラブシル(bestrabucil)；ビサントレン(bisantrene)；エダトラキセート(edatraxate)；デフォファミン(defofamine)；デメコルシン(demecolcine)；ジアジコン(diaziquone)；エルフォルニチン(elfornithine)；酢酸エリプチニウム(elliptinium acetate)；エポチロン(epothilone)；エトグルシド(etoglucid)；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン(lonidamine)；メイタンシン(maytansine)及びアンサマイトシン(ansamitocin)のようなメイタンシノイド(maytansinoid)；ミトグアゾン(mitoguazone)；ミトキサントロン；モピダモール(mopidamol)；ニトラクリン(nitracrine)；ペントスタチン；フェナメット(phenamet)；ピラルビシン；ポドフィリン酸(podophyllinic acid)；２-エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ(登録商標)多糖類複合体(JHS Natural Products, Eugene, OR)；ラゾキサン(razoxane)；リゾキシン(rhizoxin)；シゾフィラン；スピロゲルマニウム(spirogermanium)；テニュアゾン酸(tenuazonic acid)；トリアジコン(triaziquone)；２,２',２''-トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン(trichothecenes)(特に、Ｔ-２トキシン、ベラキュリンＡ(verracurin A)、ロリデンＡ(roridin A)及びアングイデン(anguidine)）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン(mannomustine)；ミトブロニトール；ミトラクトール(mitolactol)；ピポブロマン(pipobroman)；ガシトシン(gacytosine)；アラビノシド（「Ara-C」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えばタキソール(登録商標)パクリタキセル、（Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, NJ）、ＡＢＲＡＸＡＮＥＴＭ クレモフォール(Cremophor)を含まない、アルブミン設計のナノ粒子形状のパクリタキセル(American  Pharmaceutical  Partners, Schaumberg, Illinois)及びタキソテア(登録商標）ドキセタキセル、（Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France）；クロランブシル；ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）ゲンシタビン(gemcitabine)；６-チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；シスプラチン及びカルボプラチンのようなプラチナ類似体；ビンブラスチン；プラチナ；エトポシド(ＶＰ-１６）；ミトキサントン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）ビノレルビン；ナベルビン(Navelbine)；ノバントロン(novantrone)；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；キセローダ(xeloda)；イバンドロナート(ibandronate)；ＣＰＴ-１１；トポイソメラーゼインヒビターＲＦＳ２０００；ジフルオロメチロールニチン(ＤＭＦＯ)；レチノイン酸などのレチノイド類；カペシタビン(capecitabine)；並びに上述したものの製薬的に許容可能な塩類、酸類又は誘導体が含まれる。
【００７８】
また、この定義には、腫瘍に対するホルモン作用を調節又は阻害するように働く抗ホルモン剤、抗エストロゲン及び選択的エストロゲンレセプターモジュレーター（ＳＥＲＭ）など、例えばタモキシフェン(NOLVADEX（登録商標）タモキシフェンを含む)、ラロキシフェン(raloxifene)、ドロロキシフェン、４-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン(trioxifene)、ケオキシフェン(keoxifene)、ＬＹ１１７０１８、オナプリストーン(onapristone)、及びFARESTON*トレミフェン(Fareston)；アロマターゼ酵素を阻害するアロマターゼ阻害物質、それらは副腎でのエストロゲン産生を調節するものであり、例えば４(５)-イミダゾール類、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）メゲストロールアセテート、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）エキセメスタン、ホルメスタイン(formestanie)、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）ゾロゾール(vorozole)、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）レトロゾールおよびＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）アナストロゾール；；及び抗アンドロゲン、例えばフルタミド(flutamide)、ニルタミド(nilutamide)、ビカルタミド、ロイプロリド、及びゴセレリン；並びにトロキサシタビン(troxacitabine)（1,3-ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に不粘着性細胞増殖に関係するシグナル伝達経路の遺伝子の発現を抑制するもの、例えばＰＫＣ−ａｌｐｈａ、ラルフおよびＨ−Ｒａｓ；リボザイム、例えばＶＥＧＦ発現インヒビター（例えばＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標）リボザイム）およびＨＥＲ２発現インヒビター；遺伝子治療ワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン）などのワクチン；ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）ｒＩＬ−２；ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）トポイソメラーゼ１インヒビター；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）rmRH並びに上記のものの製薬的に許容可能な塩類、酸類又は誘導体が含まれる。
【００７９】
ここで用いられる際の「成長阻害剤」は、細胞、特にＳＴＯＰ−１発現癌細胞の成長をインビトロ又はインビボの何れかで阻害する化合物又は組成物を意味する。よって、成長阻害剤は、Ｓ期でＳＴＯＰ−１発現細胞の割合を有意に減少させるものである。成長阻害剤の例は、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の位置で）阻害する薬剤、例えばＧ１停止又はＭ期停止を誘発する薬剤を含む。古典的なＭ期ブロッカーは、ビンカス（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン類、及びトポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンを含む。またＧ１停止させるこれらの薬剤は、Ｓ期停止にも波及し、例えば、ＤＮＡアルキル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、５-フルオロウラシル、及びアラ-Ｃである。更なる情報は、The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn及びIsrael, 編, Chapter 1, 表題「Cell cycle regulation, oncogene, and antineoplastic drugs」, Murakami等, (WB Saunders: Philadelphia, 1995)、特に１３頁に見出すことができる。タキサン類（パクリタキセル及びドセタキセル）は、共にイチイに由来する抗癌剤である。ヨーロッパイチイに由来するドセタキセル（TAXOTERE（登録商標）、ローン・プーラン ローラー）は、パクリタキセル（TAXOL（登録商標）、ブリストル-マイヤー スクウィブ）の半合成類似体である。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体から微小管の集合を促進し、細胞の有糸分裂を阻害する結果となる脱重合を防ぐことによって微小管を安定化にする。
「ドキソルビシン」はアントラサイクリン抗生物質である。ドキソルビシンの完全な化学名は、(８Ｓ-シス)-１０-[(３-アミノ-２，３，６-トリデオキシ-α-Ｌ-リキソ-ヘキサピラノシル)オキシ]-７，８，９，１０-テトラヒドロ-６，８，１１-トリヒドロキシ-８-(ヒドロキシアセチル)-１-メトキシ-５，１２-ナフタセンジオンである。
【００８０】
「パッケージ挿入物」という用語は、効能、用途、服用量、投与、配合禁忌及び／又はその治療薬の用途に関する警告についての情報を含む、治療薬の商業的包装を慣習的に含めた指示書を指す。
【００８１】
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【００８２】
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【００８３】
本発明の組成物及び方法
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体
ここに記載した完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに加えて、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体も調製できると考えられる。ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体は、コード化ＤＮＡに適当なヌクレオチド変化を導入することによって、及び／又は所望の抗体又はポリペプチドを合成することによって調製できる。当業者は、アミノ酸変化がグリコシル化部位の数又は位置の変化あるいは膜固着特性の変化などの抗ＴＡＴ抗体の翻訳後プロセス又はＴＡＴポリペプチドの翻訳後プロセスを変え得るのを理解するであろう。
【００８４】
ここに記載した完全長天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はＳＴＯＰ−１ポリペプチドの種種のドメインの変異は、例えば、米国特許第５３６４９３４号に示す保存的及び非保存的変異に関する技術及び指針のいずれかを用いて作成することができる。変異は、結果として天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチドと比較してＳＴＯＰ−１ポリペプチドアミノ酸配列の変化を生じる、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする一又は複数のコドンの置換、欠失又は挿入であってもよい。場合によっては、変異は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの一つ又は複数のドメインにおける、少なくとも一つのアミノ酸の他の任意のアミノ酸との置換による。どのアミノ酸残基が所望の活性に悪影響を与えることなく挿入、置換又は欠失され得るかを確かめる指針は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの配列を既知の相同タンパク質分子の配列と比較し、相同性の高い領域内で生じたアミノ酸配列変化の数を最小にすることによって見出される。アミノ酸置換は、一のアミノ酸を類似した構造及び／又は化学特性を持つ他のアミノ酸で置換すること、例えばロイシンのセリンでの置換、即ち保存的アミノ酸置換の結果であるとすることができる。挿入及び欠失は、場合によっては１から５のアミノ酸の範囲内であり得る。許容され得る変異は、配列にアミノ酸の挿入、欠失又は置換を系統的に作成し、生じた変異体を完全長又は成熟天然配列によって示される活性に関して試験することによって確かめられる。
特定の実施態様では、対象とする保存的置換を、好ましい置換の項目で表６に示す。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表６に例示的置換と名前を付けた又は以下にアミノ酸分類でさらに記載するように、より実質的な変化が導入され生成物がスクリーニングされる。
【００８５】
表６
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【００８６】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの機能又は免疫学的同一性の実質的修飾は、（ａ）置換領域のポリペプチド骨格の構造、例えばシート又は螺旋配置、（ｂ）標的部位の電荷又は分子疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩を維持しながら、それらの効果において有意に異なる置換基を選択することにより達成される。天然に生じる残基は共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン, met, ala, val, leu, ile;
（２）中性の親水性：cys, ser, thr;
（３）酸性：asp, glu;
（４）塩基性：asn, gln, his, lys, arg;
（５）鎖配向に影響する残基：gly, pro; 及び
（６）芳香族：trp, tyr, phe。
非保存的置換は、これらの分類の１つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。また、そのように置換された残基は、保存的置換部位、又はより好ましくは、残された（非保存）部位に導入されうる。
変異は、オリゴヌクレオチド媒介（部位特異的）突然変異誘発、アラニンスキャンニング、及びＰＣＲ突然変異誘発等のこの分野で知られた方法を用いてなすことができる。部位特異的突然変異誘発［Carter等, Nucl. Acids Res., 13: 4331 (1986); Zoller等, Nucl. Acids Res., 10: 6487 (1987)］、カセット突然変異誘発［Wells等, Gene, 34: 315 (1985)］、制限的選択突然変異誘発［Wells等, Philos. Trans. R. Soc. London SerA, 317: 415 (1986)］又は他の知られた技術をクローニングしたＤＮＡに実施して、ＳＴＯＰ−１変異体ＤＮＡを作成することもできる。
【００８７】
また、隣接配列に沿って一又は複数のアミノ酸を同定するのにスキャンニングアミノ酸分析を用いることができる。好ましいスキャンニングアミノ酸は比較的小さく、中性のアミノ酸である。そのようなアミノ酸は、アラニン、グリシン、セリン、及びシステインを含む。アラニンは、ベータ炭素を越える側鎖を排除し変異体の主鎖構造を変化させにくいので、この群の中で典型的に好ましいスキャンニングアミノ酸である［Cunningham及びWells, Science, 244: 1081-1085 (1989)］。また、アラニンは最もありふれたアミノ酸であるため典型的には好ましい。さらに、それは埋もれた及び露出した位置の両方に見られることが多い［Creighton, The Proteins, (W.H. Freeman ＆ Co., N.Y.); Chothia, J. Mol. Biol., 150: 1 (1976)］。アラニン置換が十分な量の変異体を生じない場合は、アイソテリック(isoteric)アミノ酸を用いることができる。
【００８８】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの修飾
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの共有結合的修飾は本発明の範囲内に含まれる。共有結合的修飾の一型には、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの標的とするアミノ酸残基を、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの選択された側鎖又はＮ又はＣ末端残基と反応できる有機誘導体化試薬と反応させることが含まれる。二官能性試薬による誘導体化は、例えばＳＴＯＰ−１ポリペプチドを、抗ＳＴＯＰ−１抗体の精製方法で用いる水不溶性支持体マトリクス又は表面と架橋させるために有用であり、その逆も同じである。通常用いられる架橋剤には、例えば、１,１-ビス（ジアゾアセチル）-２-フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ-ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば４-アジドサリチル酸を有するエステル、３,３'-ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート）等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、ビス-Ｎ-マレイミド-１,８-オクタン等の二官能性マレイミド、及びメチル-３-[(ｐ-アジドフェニル)-ジチオ］プロピオイミダート等の試薬が含まれる。
他の修飾には、グルタミニル及びアスパラギニル残基の各々対応するグルタミル及びアスパルチル残基への脱アミノ化、プロリン及びリシンのヒドロキシル化、セリル又はトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニン、及びヒスチジン側鎖のα-アミノ基のメチル化[T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman ＆ Co., San Francisco, pp.79-86 (1983)]、Ｎ末端アミンのアセチル化、及び任意のＣ末端カルボキシル基のアミド化を含む。
【００８９】
本発明の範囲内に含まれるＳＴＯＰ−１ポリペプチドの共有結合的修飾の他の型は、抗体又はポリペプチドの天然グリコシル化パターンの変更を含む。ここで意図される「天然グリコシル化パターンの変更」とは、天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに見られる一又は複数の炭水化物部分を欠失させること（内在するグリコシル化部位を取り除くことによって、又は化学及び／又は酵素的手法でグリコシル化を欠失させることのいずれか）、及び／又は天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに存在しない一又は複数のグリコシル化部位の付加を意味する。更には、この語句には、存在する種々の炭水化物部分の性質及び特性の変化を含む、天然タンパク質のグリコシル化における定性的な変化が含まれる。
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドへのグリコシル化部位の付加は、アミノ酸配列を改変することによって完遂できる。この改変は、また、天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチドへ一つ又は複数のセリン又はスレオニン残基を付加、又は置換することによって生成される（Ｏ-結合グリコシル化部位について）。ＳＴＯＰ−１アミノ酸配列は、ＤＮＡレベルでの変化を通して、特に、コドンが所望するアミノ酸へ翻訳される、あらかじめ選択した塩基でのＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードするＤＮＡを変異させることによって、場合によっては改変され得る。
【００９０】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド上に炭水化物部分の数を増加させる他の手段は、グリコシドのポリペプチドへの化学的又は酵素的結合による。そのような方法は、この技術分野において、例えば、１９８７年９月１１日に発行された国際公開８７／０５３３０、及びAplin及びWriston, CRC Crit. Rev. Biochem., pp. 259-306 (1981)に記載されている。
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的又は酵素的に、あるいはグルコシル化の標的として提示されたアミノ酸残基をコードするコドンの変異的置換によってなすことができる。化学的脱グリコシル化技術は、この分野で知られており、例えば、Hakimuddin等, Arch. Biochem. Biophys., 259:52 (1987)によって、そしてEdge等, Anal. Biochem., 118: 131 (1981)によって記載されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Thotakura等, Meth. Enzymol. 138:350 (1987)に記載されているように、種々のエンド及びエキソグリコシダーゼを用いることにより達成される。
【００９１】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド共有結合的修飾の他の型は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを種々の非タンパク質様ポリマーの１つ、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、又はポリオキシアルキレンへ、米国特許第４６４０８３５号；第４４９６６８９号；第４３０１１４４号；第４６７０４１７号；第４７９１１９２号又は第４１７９３３７号に記載された方法で結合させることを含む。
また、本発明のＳＴＯＰ−１ポリペプチドは、その他の異種ポリペプチド又はアミノ酸配列と融合したＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含むキメラ分子が形成される方法で修飾されてもよい。
一実施態様では、そのようなキメラ分子はＳＴＯＰ−１ポリペプチドと、タンパク質伝達ドメインとの融合を含むものであり、このタンパク質伝達ドメインは種種の組織へ及び特に血液脳関門を越えて運搬するためにＳＴＯＰ−１ポリペプチドを標的とするものであり、例えば、ヒト免疫不全ウイルスＴＡＴタンパク質のタンパク質伝達ドメインである(Schwarze等., 1999, Science 285: 1569-72)。
【００９２】
他の実施態様では、このようなキメラ分子は、抗タグ抗体が選択的に結合できるエピトープを提供するタグポリペプチドとＳＴＯＰ−１ポリペプチドとの融合を含む。エピトープタグは、一般的にはＳＴＯＰ−１ポリペプチドのアミノ又はカルボキシル末端に位置する。このようなＳＴＯＰ−１ポリペプチドのエピトープタグ形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を用いて検出することができる。また、エピトープタグの提供は、抗タグ抗体又はエピトープタグに結合する他の型の親和性マトリクスを用いたアフィニティ精製によってＳＴＯＰ−１ポリペプチドを容易に精製できるようにする。種々のタグポリペプチド及びそれら各々の抗体はこの分野で良く知られている。例としては、ポリ−ヒスチジン（ポリ-His）又はポリ−ヒスチジン−グリシン（poly-his-gly）タグ；flu HAタグポリペプチド及びその抗体１２ＣＡ５［Field等, Mol. Cell. Biol., 8:2159-2165 (1988)］；c-mycタグ及びそれに対する８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７及び９Ｅ１０抗体［Evan等, Molecular and Cellular Biology, 5:3610-3616 (1985)］；及び単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（gD）タグ及びその抗体［Paborsky等, Protein Engineering, 3(6):547-553 (1990)］を含む。他のタグポリペプチドは、フラッグペプチド［Hopp等, BioTechnology, 6:1204-1210 (1988)］；ＫＴ３エピトープペプチド［Martin等, Science, 255:192-194 (1992)］；α-チューブリンエピトープペプチド［Skinner等, J. Biol. Chem., 266:15163-15166 (1991)］；及びＴ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ［Lutz-Freyermuth等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6393-6397 (1990)］を含む。
【００９３】
それに換わる実施態様では、キメラ分子はＳＴＯＰ−１ポリペプチドの免疫グロブリン又は免疫グロブリンの特定領域との融合体を含んでもよい。キメラ分子の二価形態（「イムノアドヘシン」とも呼ばれる）については、そのような融合体はＩｇＧ分子のＦｃ領域であり得る。本発明のＩｇ融合体は、Ｉｇ分子内の少なくとも一の可変領域に位置するヒトＳＴＯＰ−１のおよそ又は唯一の残基９４−２４３、残基３３−５３又は残基３３−５２を含むポリペプチドを含む。特に好ましい実施態様では、免疫グロブリン融合体は、ＩｇＧ分子のヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３、又はヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３領域を含む。免疫グロブリン融合体の製造については、１９９５年６月２７日発行の米国特許第５４２８１３０号を参照のこと。
【００９４】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの調製
以下の説明は、主として、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドコード化核酸を含むベクターで形質転換又は形質移入された細胞を培養することによりＳＴＯＰ−１ポリペプチドを産生させる方法に関する。勿論、当該分野においてよく知られている他の方法を用いてＳＴＯＰ−１ポリペプチドを調製することができると考えられている。例えば、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド配列、又はその一部分を、固相技術を用いた直接ペプチド合成によって生成してもよい［例えば、Stewart等, Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., サン フランシスコ, カリフォルニア(1969)；Merrifield, J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154 (1963)参照］。手動技術又は自動を使用することによってインビトロタンパク質合成を行ってもよい。自動合成は、例えば、アプライド・バイオシステムズ・ペプチド合成機（フォスター  シティー, カリフォルニア）を用いて、製造者の指示によって実施してもよい。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの種々の部分を別々に化学的に合成し、化学的又は酵素的方法を用いて結合させて完全長ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを生成させてもよい。
【００９５】
宿主細胞の選択及び形質転換
宿主細胞を、ここに記載したＳＴＯＰ−１ポリペプチド生成のための発現又はクローニングベクターで形質移入又は形質転換し、プロモーターを誘導し、形質転換体を選択し、又は所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために適当に変性された常套的栄養培地で培養する。培養条件、例えば培地、温度、ｐＨ等々は、過度の実験をすることなく当業者が選ぶことができる。一般に、細胞培養の生産性を最大にするための原理、プロトコール、及び実用技術は、Mammalian Cell Biotechnology: a Practical Approach, M.Butler編 (IRL Press, 1991)及び上掲のSambrook等に見出すことができる。
細胞形質転換の方法、例えば、ＣａＰＯ４処理及びエレクトロポレーションは当業者に知られている。用いられる宿主細胞に応じて、その細胞に対して適した標準的な方法を用いて形質転換はなされる。前掲のSambrook等に記載された塩化カルシウムを用いるカルシウム処理又はエレクトロポレーションが、一般的に原核生物又は実質的な細胞壁障害を有する他の細胞に対して用いられる。アグロバクテリウム・トゥメファシエンスによる感染が、Shaw等, Gene, 23:315(1983)及び１９８９年６月２９日公開の国際公開８９／０５８５９に記載されているように、或る種の植物細胞の形質転換に用いられる。このような細胞壁のない哺乳動物の細胞に対しては、Graham及びvan der Eb, Virology, 52:456-457 (1978)のリン酸カルシウム沈降法が用いられる。哺乳動物細胞の宿主系形質転換の一般的な態様は米国特許第４，３９９，２１６号に記載されている。酵母菌中への形質転換は、典型的には、Van Solingen等, J. Bact., 130:946 (1977)及びHsiao等, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 76:3829 (1979)の方法に従って実施される。しかしながら、ＤＮＡを細胞中に導入する他の方法、例えば、核マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、無傷の細胞、又はポリカチオン、例えばポリブレン又はポリオルニチン等を用いる細菌プロトプラスト融合もまた用いることもできる。哺乳動物細胞を形質転換するための種々の技術については、Keown等, Methods in Enzymology, 185:527-537 (1990)及び Mansour等, Nature, 336:348-352 (1988)を参照のこと。
【００９６】
ここに記載のベクターにＤＮＡをクローニングあるいは発現するために適切な宿主細胞は、原核生物、酵母菌、又は高等真核生物細胞である。適切な原核生物には、限定するものではないが、真正細菌、例えばグラム陰性又はグラム陽性微生物、例えば大腸菌のような腸内細菌科が含まれる。種々の大腸菌株が公に利用可能であり、例えば、大腸菌Ｋ１２株ＭＭ２９４（ＡＴＣＣ３１４４６）；大腸菌Ｘ１７７６（ＡＴＣＣ３１５３７）；大腸菌株Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ２７３２５）及びＫ５７７２（ＡＴＣＣ５３６３５）である。他の好ましい原核動物宿主細胞は、大腸菌属、例えば大腸菌（E. coli）、エンテロバクター、エルビニア(Erwinia)、クレブシエラ(Klebsiella)、プロテウス(Proteus)、サルモネラ、例えばネズミチフス菌(Salmonella Typhimurium）、セラチア、例えばセラチア・マルセサンス(Serratia marcescans) 、及び赤痢菌、並びに桿菌、例えばバチルス・スブチルス(B. subtilis)及びバチルス・リチェニフォルミス(B. licheniformis)（例えば、１９８９年４月１２日発行のＤＤ２６６７１０に記載されたバチルス・リチェニフォルミス４１Ｐ）、シュードモナス、例えば緑膿菌及びストレプトマイセスなどの腸内細菌科を含む。これらの例は限定ではなく例示である。株Ｗ３１１０は、組換えＤＮＡ生成物発酵のための共通の宿主株であるので一つの特に好ましい宿主又は親宿主である。好ましくは、宿主細胞は最小量のタンパク質分解酵素を分泌する。例えば、株Ｗ３１１０を、宿主にとって内因性のタンパク質をコードする遺伝子の遺伝子変異をもたらすように修飾してもよく、そのような宿主の例としては、完全な遺伝子型ｔｏｎＡを有する大腸菌Ｗ３１１０株１Ａ２；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ  ｐｔｒ３を有する大腸菌Ｗ３１１０株９Ｅ４；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ  ｐｔｒ３  ｐｈｏＡ  Ｅ１５  （ａｒｇＦ−ｌａｃ）１６９  ｄｅｇＰ  ｏｍｐＴ  ｋａｎrを有する大腸菌Ｗ３１１０株２７Ｃ７（ＡＴＣＣ  ５５，２４４）；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ  ｐｔｒ３  ｐｈｏＡ  Ｅ１５  (ａｒｇＦ-ｌａｃ)１６９  ｄｅｇＰ  ｏｍｐＴ  ｒｂｓ７  ｉｌｖＧ  ｋａｎrを有する大腸菌Ｗ３１１０株３７Ｄ６；非カナマイシン耐性ｄｅｇＰ欠失変異を持つ３７Ｄ６株である大腸菌Ｗ３１１０株４０Ｂ４；及び１９９０年８月７日発行の米国特許第４９４６７８３号に開示された変異周辺質プロテアーゼを有する大腸菌株を含む。あるいは、クローニングのインビトロ法、例えばＰＣＲ又は他の核酸ポリメラーゼ反応が好ましい。
【００９７】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドコード化ベクターのための適切なクローニング又は発現宿主である。サッカロミセス・セレヴィシアは、通常用いられる下等真核生物宿主微生物である。他に、シゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)（Beach及びNurse, Nature, 290: 140 [1981]; １９８５年５月２日公開の欧州特許第１３９３８３号）；クリュイベロミセス宿主(Kluyveromyces hosts)（米国特許第４９４３５２９号; Fleer等, Bio/Technology, 9: 968-975 (1991)）、例えばクリュイベロミセスラクチス(K. lactis)（MW98-8C, CBS683, CBS4574; Louvencourt等, J. Bacteriol., 737[1983]）、クリュイベロミセス・フラギリス(K. fragilis)（ＡＴＣＣ１２４２４）、クリュイベロミセス・ブルガリクス(K. bulgaricus)（ＡＴＣＣ１６０４５）、クリュイベロミセス・ウィケラミイ(K. wickeramii)（ＡＴＣＣ２４１７８）、クリュイベロミセス・ワルチイ(K. waltii)（ＡＴＣＣ５６５００）、クリュイベロミセス・ドロソフィラルム(K. drosophilarum)（ＡＴＣＣ３６９０６； Van den Berg等, Bio/Technology, 8: 135 (1990)）、クリュイベロミセス・テモトレランス(K. thermotolerans)及びクリュイベロミセス・マルキシアナス(K. marxianus)；ヤロウィア(yarrowia)（欧州特許第４０２２２６号）；ピシア・パストリス(Pichia pastoris)（欧州特許第１８３０７０号； Sreekrishna等, J. Basic Microbiol, 28: 265-278 [1988]）；カンジダ；トリコデルマ・レーシア(Trichoderma reesia)（欧州特許第２４４２３４号）；アカパンカビ（Case等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76: 5259-5263 [1979]）；シュワニオマイセス(Schwanniomyces)、例えばシュワニオマイセス・オクシデンタリス(Schwanniomyces occidentalis)（１９９０年１０月３１日公開の欧州特許第３９４５３８号）；及び糸状真菌、例えば、ニューロスポラ、ペニシリウム、トリポクラジウム(Tolypocladium)（１９９１年１月１０日公開の国際公開９１／００３５７）；及びアスペルギルス宿主、例えばアスペルギルス・ニダランス（Ballance等, Biochem. Biophys. Res. Commun., 112: 284-289 [1983]; Tilburn等, Gene, 26: 205-221 [1983]; Yelton等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 1470-1474 [1984]）及びアスペルギルス・ニガー（Kelly及びHynes, EMBO J., 4: 475-479 [1985]）が含まれる。ここで好ましいメチロトロピック(Ｃ１化合物資化性、Methylotropic)酵母は、これらに限られないが、ハンセヌラ(Hansenula)、カンジダ、クロエケラ(Kloeckera)、ピシア(Pichia)、サッカロミセス、トルロプシス(Torulopsis)、及びロドトルラ(Rhodotorula)からなる属から選択されたメタノールで成長可能な酵母を含む。この酵母の分類の例示である特定の種のリストは、C. Anthony, The Biochemistry of Methylotrophs, 269 (1982)に記載されている。
【００９８】
グリコシル化ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸の発現に適した宿主細胞は、多細胞生物から由来のものである。非脊椎動物細胞の例には、植物細胞と同様に、ショウジョウバエＳ２及びヨトウ(spodoptera)Ｓｆ９等の昆虫細胞が含まれる。有用な哺乳動物宿主細胞株の例は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）及びＣＯＳ細胞が含まれる。より特定の例には、ＳＶ４０(ＣＯＳ−７，ＡＴＣＣ ＣＲＬ１６５１)で形質転換させたサル腎ＣＶ１細胞株；ヒト胚芽腎細胞株(２９３又は懸濁培養で成長するようにサブクローン化された２９３細胞，Graham等,J.Gen Virol.,36:59 (1977))；チヤイニーズハムスター卵巣細胞／-ＤＨＦＲ(ＣＨＯ，Urlaub及びChasin, Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216 (1980));マウスセルトリ細胞(ＴＭ４，Mather,Biol.Reprod.,23：243-251 (1980))；ヒト肺細胞(Ｗ１３８，ＡＴＣＣ ＣＣＬ７５)；ヒト肝細胞(Ｈｅｐ Ｇ２，ＨＢ ８０６５)；及びマウス乳房腫瘍細胞(ＭＭＴ ０６０５６２，ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１)が含まれる。好適な宿主細胞の選択は当分野の技術内で判断される。
【００９９】
複製可能なベクターの選択及び使用
本発明のポリペプチド又は抗体をコードする核酸(例えば、ｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡ)は、クローニング(ＤＮＡの増幅)又は発現のために複製可能なベクター内に挿入される。様々なベクターが公的に入手可能である。ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス粒子、又はファージの形態とすることができる。適切な核酸配列が、種々の手法によってベクターに挿入される。一般に、ＤＮＡはこの分野で周知の技術を用いて適当な制限エンドヌクレアーゼ部位に挿入される。ベクター成分としては、一般に、これらに制限されるものではないが、一又は複数のシグナル配列（分泌される配列の場合）、複製開始点、一又は複数のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列を含む。これらの成分の一又は複数を含む適当なベクターの作成には、当業者に知られた標準的なライゲーション技術を用いる。
本発明のポリペプチド又は抗体は直接的に組換え手法によって生成されるだけではなく、シグナル配列あるいは成熟タンパク質あるいはポリペプチドのＮ-末端に特異的切断部位を有する他のポリペプチドである異種性ポリペプチドとの融合ペプチドとしても生成される。一般に、シグナル配列はベクターの成分であるか、ベクターに挿入されるポリペプチド又は抗体のコード化ＤＮＡの一部である。シグナル配列は、例えばアルカリフォスファターゼ、ペニシリナーゼ、ｌｐｐあるいは熱安定性エンテロトキシンIIリーダーの群から選択される原核生物シグナル配列であってよい。酵母の分泌に関しては、シグナル配列は、酵母インベルターゼリーダー、アルファ因子リーダー(酵母菌属(Saccharomyces)及びクリュイベロミセス(Kluyveromyces)α因子リーダーを含み、後者は米国特許第５，０１０，１８２号に記載されている)、又は酸ホスフォターゼリーダー、カンジダ・アルビカンス(C.albicans)グルコアミラーゼリーダー(１９９０年４月４日発行の欧州特許第３６２１７９号)、又は１９９０年１１月１５日に公開された国際公開９０／１３６４６に記載されているシグナルであり得る。哺乳動物細胞の発現においては、哺乳動物シグナル配列は、同一あるいは関連種の分泌ポリペプチド由来のシグナル配列並びにウイルス分泌リーダーのようなタンパク質の直接分泌に使用してもよい。
【０１００】
発現及びクローニングベクターは共に一又は複数の選択された宿主細胞においてベクターの複製を可能にする核酸配列を含む。そのような配列は多くの細菌、酵母及びウイルスについてよく知られている。プラスミドｐＢＲ３２２に由来する複製開始点は大部分のグラム陰性細菌に好適であり、２μプラスミド開始点は酵母に適しており、様々なウイルス開始点(ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノウイルス、ＶＳＶ又はＢＰＶ)は哺乳動物細胞におけるクローニングベクターに有用である。
発現及びクローニングベクターは、典型的には、選べるマーカーとも称される選択遺伝子を含む。典型的な選択遺伝子は、(a)アンピシリン、ネオマイシン、メトトレキセートあるいはテトラサイクリンのような抗生物質あるいは他の毒素に耐性を与え、(b)栄養要求性欠陥を補い、又は(c)複合培地から得られない重要な栄養素を供給するタンパク質をコードしており、例えばバシリのＤ-アラニンラセマーゼをコードする遺伝子がある。
【０１０１】
哺乳動物細胞に適切な選べるマーカーの例は、ＤＨＦＲあるいはチミジンキナーゼのように、ポリペプチド又は抗体のコード化核酸を取り込むことのできる細胞成分を同定することのできるものである。野生型ＤＨＦＲを用いた場合の好適な宿主細胞は、Urlaub等により, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:4216 (1980)に記載されているようにして調製され増殖されたＤＨＦＲ活性に欠陥のあるＣＨＯ株化細胞である。酵母菌中での使用に好適な選択遺伝子は酵母プラスミドＹＲｐ７に存在するｔｒｐ１遺伝子である［Stinchcomb等, Nature, 282：39(1979)；Kingsman等, Gene, 7：141(1979)；Tschemper等, Gene, 10：157(1980)］。ｔｒｐ１遺伝子は、例えば、ＡＴＣＣ番号４４０７６あるいはＰＥＰ４-１のようなトリプトファンで成長する能力を欠く酵母菌の突然変異株に対する選択マーカーを提供する［Jones, Genetics, 85:12 (1977)］。
発現及びクローニングベクターは、通常、本発明のポリペプチド又は抗体のコード化核酸配列に作用可能に結合し、ｍＲＮＡ合成を方向付けるプロモーターを含む。種々の有能な宿主細胞により認識されるプロモーターが知られている。原核生物宿主との使用に適したプロモーターはβ-ラクタマーゼ及びラクトースプロモーター系［Chang等, Nature, 275:615 (1978)； Goeddel等, Nature, 281:544 (1979)］、アルカリフォスファターゼ、トリプトファン(trp)プロモーター系［Goeddel, Nucleic Acids Res., 8:4057 (1980); 欧州特許第３６，７７６号］、及びハイブリッドプロモーター、例えばｔａｃプロモーター［deBoer等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 80:21-25 (1983)］を含む。細菌系で使用するプロモーターもまた本発明のポリペプチド又は抗体をコードするＤＮＡと作用可能に結合したシャイン・ダルガーノ(S.D.)配列を有する。
【０１０２】
酵母宿主との使用に適したプロモーター配列の例としては、３-ホスホグリセラートキナーゼ［Hitzeman 等, J. Biol. Chem., 255:2073 (1980)］又は他の糖分解酵素［Hess 等, J. Adv. Enzyme Reg., 7:149 (1968)；Holland, Biochemistry, 17：4900(1978)］、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒド-３-リン酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコース-６-リン酸イソメラーゼ、３-ホスホグリセレートムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオセリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、及びグルコキナーゼが含まれる。
他の酵母プロモーターとしては、成長条件によって転写が制御される付加的効果を有する誘発的プロモーターであり、アルコールデヒドロゲナーゼ２、イソチトクロムＣ、酸フォスファターゼ、窒素代謝と関連する分解性酵素、メタロチオネイン、グリセルアルデヒド-３-リン酸デヒドロゲナーゼ、及びマルトース及びガラクトースの利用を支配する酵素のプロモーター領域がある。酵母菌での発現に好適に用いられるベクターとプロモーターは欧州特許第７３６５７号に更に記載されている。
【０１０３】
哺乳動物の宿主細胞におけるベクターからの核酸の転写は、例えば、ポリオーマウィルス、伝染性上皮腫ウィルス(１９８９年７月５日公開の英国特許第２２１１５０４号)、アデノウィルス(例えばアデノウィルス２)、ウシ乳頭腫ウィルス、トリ肉腫ウィルス、サイトメガロウィルス、レトロウィルス、Ｂ型肝炎ウィルス及びサルウィルス４０(SV40)のようなウィルスのゲノムから得られるプロモーター；異種性哺乳動物プロモーター、例えばアクチンプロモーター又は免疫グロブリンプロモーター、及び熱衝撃プロモーターから得られるプロモーターによって、このようなプロモーターが宿主細胞系に適合し得る限り制御される。
より高等の真核生物による本発明のポリペプチド又は抗体をコードするＤＮＡの転写は、ベクター中にエンハンサー配列を挿入することによって増強され得る。エンハンサーは、通常は約１０から３００塩基対で、プロモーターに作用してその転写を増強するＤＮＡのシス作動要素である。哺乳動物遺伝子由来の多くのエンハンサー配列が現在知られている(グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α-フェトプロテイン及びインスリン)。しかしながら、典型的には、真核細胞ウィルス由来のエンハンサーが用いられるであろう。例としては、複製開始点の後期側のＳＶ４０エンハンサー(１００−２７０塩基対)、サイトメガロウィルス初期プロモーターエンハンサー、複製開始点の後期側のポリオーマエンハンサー及びアデノウィルスエンハンサーが含まれる。エンハンサーは、本発明のポリペプチド又は抗体のコード化配列の５’又は３’位でベクター中にスプライシングされ得るが、好ましくはプロモーターから５’位に位置している。
【０１０４】
また真核生物宿主細胞(酵母、真菌、昆虫、植物、動物、ヒト、又は他の多細胞生物由来の有核細胞)に用いられる発現ベクターは、転写の終結及びｍＲＮＡの安定化に必要な配列も含む。このような配列は、真核生物又はウィルスのＤＮＡ又はｃＤＮＡの通常は５’、時には３’の非翻訳領域から取得できる。これらの領域は、ポリペプチド又は抗体をコードするｍＲＮＡの非翻訳部分にポリアデニル化断片として転写されるヌクレオチドセグメントを含む。
組換え脊椎動物細胞培養での本発明のポリペプチド又は抗体の合成に適応化するのに適切な他の方法、ベクター及び宿主細胞は、Gething等, Nature, 293:620-625 (1981); Mantei等, Nature, 281:40-46 (1979); 欧州特許第１１７０６０号；及び欧州特許第１１７０５８号に記載されている。
【０１０５】
遺伝子増幅／発現の検出
遺伝子の増幅及び／又は発現は、ここで提供された配列に基づき、適切に標識されたプローブを用い、例えば、従来よりのサザンブロット法、ｍＲＮＡの転写を定量化するノーザンブロット法［Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA,77:5201-5205 (1980)］、ドットブロット法(ＤＮＡ分析)、又はインサイツハイブリダイゼーションによって、直接的に試料中で測定することができる。あるいは、ＤＮＡ二本鎖、ＲＮＡ二本鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二本鎖又はＤＮＡ-タンパク二本鎖を含む、特異的二本鎖を認識することができる抗体を用いることもできる。ついで、抗体を標識し、アッセイを実施することができ、ここで二本鎖は表面に結合しており、その結果、表面での二本鎖の形成の時点でその二本鎖に結合した抗体の存在を検出することができる。
あるいは、遺伝子の発現は、遺伝子産物の発現を直接的に定量化する免疫学的な方法、例えば細胞又は組織切片の免疫組織化学的染色及び細胞培養又は体液のアッセイによって、測定することもできる。試料液の免疫組織化学的染色及び／又はアッセイに有用な抗体は、モノクローナルでもポリクローナルでもよく、任意の哺乳動物で調製する又は合成する（例えば、本発明のモノクローナル抗体）ことができる。簡便には、抗体は、天然配列ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに対して、又はここで提供されるＤＮＡ配列をベースとした合成ペプチドに対して、又はＳＴＯＰ−１ポリペプチドコード化ＤＮＡ及び特異的抗体エピトープをコードするＤＮＡに融合した外因性配列に対して調製され得る。
【０１０６】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの精製
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの形態は、培地又は宿主細胞の溶菌液から回収することができる。膜結合性であるならば、適切な洗浄液(例えばトリトン-Ｘ１００)を用いて又は酵素的切断により膜から引き離すことができる。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドコード化核酸の発現に用いられる細胞は、凍結融解サイクル、超音波処理、機械的破壊、又は細胞溶解剤などの種々の化学的又は物理的手段によって破壊することができる。一実施態様によると、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドは、組換え細胞タンパク又はポリペプチドから精製することが望ましい。適切な精製手順の例である次の手順により精製される：すなわち、イオン交換カラムでの分画；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シリカ又はカチオン交換樹脂、例えばＤＥＡＥによるクロマトグラフィー；クロマトフォーカシング；ＳＤＳ-ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えばセファデックスＧ-７５を用いるゲル濾過；ＩｇＧのような汚染物を除くプロテインＡセファロースカラム；及びＳＴＯＰ−１ポリペプチドのエピトープタグ形態を結合させる金属キレート化カラムである。この分野で知られ、例えば、Deutscher, Methods in Enzymology, 182 (1990)；Scopes, Protein Purification: Principles and Practice, Springer-Verlag, New York (1982)に記載された多くのタンパク質精製方法を用いることができる。選ばれる精製過程は、例えば、用いられる生成方法及び特に生成される特定のＳＴＯＰ−１ポリペプチドの性質に依存する。一実施態様によると、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドは本発明の抗体を用いて親和性クロマトグラフィにより精製される。
【０１０７】
細胞増殖の阻害アッセイ
本発明のアンタゴニストの阻害活性は以下の実施例１３−１４及び当分野で公知の他のアッセイ法を用いて測定できる。
腫瘍及び癌（例えば、乳癌、大腸癌、前立腺癌、肺癌など）の動物モデルには、非組み換え動物及び組み換え（トランスジェニック）動物の両方を含む。非組み換え動物モデルには、例えばマウスなどの齧歯類のモデルを含む。このようなモデルは、腫瘍細胞を標準の技術、例えば皮下注入、尾部静脈注入、脾臓移植、腹膜内移植、腎臓莢膜下への移植）又はオルソピン(orthopin)移植、例えば結腸組織へ移植した大腸癌細胞を用いて同系のマウスに導入することによって作製することができる。例として、１９９７年９月１８日公開のPCT公開公報WO 97/33551を参照。おそらく、腫瘍学的な研究において最も頻繁に用いられた動物種は、免疫不全マウスおよび、特に、ヌードマウスである。胸腺低／形成不全をもつヌードマウスがヒト腫瘍異種移植片のための宿主としてうまく作用することができたという所見により、この目的のために広範囲に使用するに至った。常染色体劣性のｎｕ遺伝子をヌードマウスのとても多くの数の異なるコンジェニック系統（例えば、ＡＳＷ、Ａ／Ｈｅ、ＡＫＲ、ＢＡＬＢ／ｃ、Ｂ１０．ＬＰ、Ｃ１７、Ｃ３Ｈ、Ｃ５７ＢＬ、Ｃ５７、ＣＢＡ、ＤＢＡ、ＤＤＤ、Ｉ／ｓｔ、ＮＣ、ＮＦＲ、ＮＦＳ、ＮＦＳ／Ｎ、ＮＺＢ、ＮＺＣ、ＮＺＷ、Ｐ、ＲＩＩＩ及びＳＪＬを含む）に導入した。さらに、遺伝的な免疫不全を持つヌードマウス以外の広範な他の動物が生育され、腫瘍異種移植のレシピエントとして用いられた。さらなる詳細については、The Nude Mouse in Oncology Research, E. Boven 及び B. Winograd 編, CRC Press, Inc., 1991を参照。
【０１０８】
そのような動物に導入された細胞は、上述の腫瘍細胞系のいずれか、及び例えばＢ１０４−１−１細胞系（ｎｅｕプロトオンコジーンを用いて形質移入された安定ＮＩＨ−３Ｔ３細胞系）；ｒａｓ形質移入ＮＩＨ−３Ｔ３細胞；Ｃａｃｏ−２（ＡＴＣＣ  ＨＴＢ−３７）；又は中程度に分化したグレードＩＩのヒト大腸癌細胞系であるＨＴ−２９（ＡＴＣＣ  ＨＴＢ−３８）；等の既知の腫瘍／癌細胞系、あるいは腫瘍及び癌から採取することができる。腫瘍又は癌細胞の試料は、液体窒素中での冷凍及び保存を用いる標準的条件を用いて手術を受けている患者から、採取することができる。Karmali等, Br. J. Cancer 48:689-696 (1983)。
腫瘍細胞は様々な方法によりヌードマウスなどの動物に導入することができる。マウスの皮下（ｓ．ｃ．）スペースは腫瘍の移植に非常に適している。腫瘍は、固形ブロック、トロッカール（trochar）を用いた針生検、又は細胞浮遊として皮下移植可能である。固形ブロックまたはトロッカール移植の場合、適切な大きさの腫瘍組織断片を皮下スペースに導入する。細胞浮遊は、原発腫瘍又は適切な腫瘍細胞系から新鮮なものを準備し、皮下注射する。腫瘍細胞はまた皮下植え込みとして注入することもできる。この位置における注入では、接種材料を皮下結合組織の下部と皮下組織の間に配置する。
乳癌の動物モデルは、基本的にDrebin等 Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 83:9129-9133(1986)に記載されているように、例えば、（始めにｎｅｕオンコジーンを単離した）ラットの神経芽腫細胞、又はｎｅｕ形質変換ＮＩＨ−３Ｔ３細胞をヌードマウスに移植することにより生産することができる。
【０１０９】
同様に、大腸癌の動物モデルは、動物、例えばヌードマウスの大腸癌細胞の継代を行って、これら動物に腫瘍を発生させることにより生産できる。ヌードマウスへのヒト大腸癌の同所性移植は、例えばWang等のCancer Research, 54:4726-4728 (1994)及びToo等, Cancer Research, 55:681-684 (1995)に記載されている。このモデルは、ＡｎｔｉＣａｎｃｅｒ社（カリフォルニア州サンディエゴ）から市販されている所謂「ＭＥＴＡＭＯＵＳＥ（登録商標）」をベースにしている。
動物に発生する腫瘍は、インビトロで除去及び培養できる。ついでインビトロ培地から回収した細胞を動物に継代することができる。このような腫瘍は更なる実験又は薬物スクリーニングの標的となり得る。あるいは、継代の結果得られた腫瘍を単離し、継代前の細胞由来のＲＮＡと、１回以上の継代を行った後で単離した細胞由来のＲＮＡとを、対象とする遺伝子の差別的な発現について分析することができる。このような継代技術を任意の既知の腫瘍又は癌細胞系に実行することができる。
【０１１０】
例えば、Ｍｅｔｈ  Ａ，ＣＭＳ４，ＣＭＳ５，ＣＭＳ２１，及びＷＥＨＩ−１６４はＢＡＬＢ／ｃ雌マウスの化学的に誘発した繊維肉腫であり（DeLeo等, J. Exp. Med., 146:720 (1977)）、腫腫の薬剤の抗腫瘍活性の研究にとって高度に制御されたモデルシステムを提供する。Palladino等, J. Immunol., 138:4023-4032 (1987)。簡単には、腫瘍細胞は細胞培地中においてインビトロで増殖する。動物への注入に先立ち、この細胞系を洗浄し、約１０×１０６〜１０×１０７の細胞密度で緩衝液に懸濁する。次に動物に１０〜１００μｌの細胞懸濁液を皮下感染させ、１〜３週間掛けて腫瘍を発生させる。
加えて、最も深く研究されている実験腫瘍の１つであるマウスのルイス肺（３ＬＬ）癌を調査用腫瘍モデルとして使用することができる。この腫瘍モデルの有効性は、肺の小細胞癌（ＳＣＣＬ）と診断されたヒト患者の治療における薬効と相関する。この腫瘍は、感染したマウス由来の腫瘍断片、又は培養で維持した細胞を注射することにより正常マウスに導入することができる。Zupi等, Br. J. Cancer, 41: suppl. 4, 30 (1980)。単一の細胞を注入しただけでも腫瘍が起こり得ること、及び感染した腫瘍細胞は非常に高い割合で生存することが証明されている。この腫瘍モデルに関する更なる情報は、Zacharski, Haemostasis, 16:300-320 (1986)を参照のこと。
【０１１１】
腫瘍を移植した動物モデルにおける試験化合物の有効性を評価する１つの方法は、治療の前と後で腫瘍の大きさを測定することである。常套的には、移植された腫瘍の大きさの測定は、２次元又は３次元のノギスを用いて行われる。２次元に限定された測定は腫瘍の大きさを正確に反映しないので、通常数式を用いて対応する容積に変換する。しかしながら、このように測定した腫瘍の大きさは非常に不正確である。候補薬剤の治療的効果は、治療による成長の鈍化、及び特定の成長遅延として説明される。腫瘍成長における別の重要な変数は、腫瘍容積の倍加時間である。腫瘍成長の計算及び表示のためのコンピュータプログラムも、Rygaard及びSpang-Thomsen, Proc. 6th Int. Workshop on Immune-Deficient Animals, Wu and Shengeds. (Basel, 1989), p. 301に報告されているプログラム等が入手可能である。しかしながら、治療後のネクローシス及び炎症反応は、実際には、少なくとも初期の腫瘍の増大に繋がる場合があることに注意されたい。従って、形態測定法とフローサイトメトリー分析の組合せにより、これらの変化を注意深くモニターする必要がある。
さらに、組換え（トランスジェニック）動物モデルは、トランスジェニック動物を生産するための標準的な技術を用いて、本発明で同定されるＳＴＯＰ−１遺伝子のコード化部分を対象とする動物のゲノムへと導入することにより設計することができる。トランスジェニック操作の標的として機能し得る動物には、限定しないが、マウス、ラット、ウサギ、モルモット、ヒツジ、ヤギ、ブタ、及び非ヒト霊長類、例えばヒヒ、チンパンジー及びサルが含まれる。導入遺伝子をこのような動物に導入するための従来技術に既知の技術には、前核マイクロインジェクション（米国特許第4,873,191号）；生殖系へのレトロウイルス媒介遺伝子転移（例えば、Van der Putten等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:6148-615 (1985)）；胚幹細胞における遺伝子ターゲティング（Thompson等, Cell, 56:313-321 (1989)）；胚のエレクトロポレーション（Lo, Mol. Cell. Biol., 3:1803-1814 (1983)）；及び精子媒介遺伝子転移が含まれる。Lavitrano等, Cell, 57:717-73 (1989)。概略については例えば米国特許第4,736,866号を参照されたい。
【０１１２】
本発明の目的のために、トランスジェニック動物は、それらの細胞の一部にのみ導入遺伝子を持つもの（「モザイク動物」）を含む。導入遺伝子は、単一の導入遺伝子、又はコンカテマー、例えばヘッドトゥヘッド（head-to-head）又はヘッドトゥテイル（head-to-tail）タンデムで統合することができる。特定の細胞型への導入遺伝子の選択的導入も、例えばLasko等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:6232-636 (1992) の技術に従って行うことができる。トランスジェニック動物における導入遺伝子の発現は、標準的技術によりモニター可能である。例えば、サザンブロット分析又はＰＣＲ増幅を使用して導入遺伝子の統合を検証することができる。ｍＲＮＡ発現のレベルは、インサイツハイブリダイゼーション、ノーザンブロット分析、ＰＣＲ、又は免疫細胞化学等の技術を用いて分析することができる。さらに、腫瘍又は癌の発達の徴候について動物を試験することができる。
【０１１３】
あるいは、動物の胚性細胞に導入されたＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする変更ゲノムＤＮＡと、同じポリペプチドをコードする内在性遺伝子との間の相同的組換えによって、本明細書で同定されるＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする欠陥又は変更遺伝子を有する「ノックアウト」動物を作成することができる。例えば、特定のＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡは、確立された技術に従い、該ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡのクローニングに使用できる。特定のＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡの一部を、欠失させるか、又は組み込みをモニターするために使用することが可能な選択性マーカーをコードする遺伝子等の他の遺伝子で置換することができる。典型的には、ベクターは無変化のフランキングＤＮＡ(５’と３’末端の両方)を数キロベース含む［例えば、相同的組換えベクターについてはThomas及びCapecchi, Cell, 51:503(1987)を参照のこと］。ベクターを胚幹細胞株に(例えばエレクトロポレーションによって)導入し、導入されたＤＮＡが内在性ＤＮＡと相同的に組換えられた細胞を選択する［例えば、Li等, Cell, 69:915(1992)参照］。選択された細胞は次に動物(例えばマウス又はラット)の胚盤胞内に注入されて集合キメラを形成する［例えば、Bradley, Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells: A Practical Approach, E. J. Robertson, ed. (IRL, Oxford, 1987), pp. 113-152参照のこと］。その後、キメラ胚を適切な偽妊娠の雌性乳母動物に移植し、期間をおいて「ノックアウト」動物を作り出す。胚細胞に相同的に組換えられたＤＮＡを有する子孫は標準的な技術により同定され、それらを利用して動物の全細胞が相同的に組換えられたＤＮＡを含む動物を繁殖させることができる。ノックアウト動物は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの欠乏によるある種の病理的状態及びその病理的状態の進行に対する防御能力によって特徴付けることができる。
【０１１４】
本明細書で同定されるＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合する抗体、及び他の候補薬の効果もまた、自然発症性動物腫瘍の治療において試験することができる。そのような研究のための適切な標的は、ネコ科の口扁平上皮癌（ＳＣＣ）である。ネコ科の口ＳＣＣは、この種に報告される口の腫瘍の６０％以上に上るネコに最も多い悪性の口腫瘍であり、高度に侵略的で、悪性の腫瘍である。これは離れた部位に転移することは殆どないが、転移の可能性が小さいことは、単にこの腫瘍を持つネコの生存期間が短いということであり得る。これらの腫瘍は、主にネコの口腔の構造により、通常外科的処置で処理することができない。現在、この腫瘍の効果的な治療法はない。本研究に先立ち、ネコの各々について完全な臨床検査及び生検を行い、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）によりスキャンした。舌下腺口扁平上皮腫瘍と診断されたネコは本研究から除外した。そのような腫瘍の結果、舌が麻痺することがあり、処置によって腫瘍が死滅しても、そのような動物は自分で食餌を採ることができなくなる。長期間に亘りネコの各々に繰り返し処置を行う。治療期間の間毎日と、その後の再チェックの際に腫瘍を撮影する。治療後、各ネコをもう一度ＣＴスキャンする。ＣＴスキャンと胸部Ｘ線写真をその後８週毎に評価する。対照群と比較した場合の生存、応答、及び毒性の差異についてデータの評価を行う。ポジティブな応答には、腫瘍の退化と、好ましくは生命力の向上及び／又は余命の延長が証明されることが必要である。
加えて、イヌ、ネコおよびヒヒの他の自然動物の腫瘍、例えば線維肉腫、腺癌、リンパ腫、軟骨腫又は平滑筋肉腫も試験されうる。これらのうちで、その外観および行動がヒトのそれと非常に類似しているので、イヌおよびネコの乳房腺癌は好適なモデルである。しかしながら、このモデルの使用は、動物のこの種の腫瘍がまれであるため制限される。
【０１１５】
血管形成又は血管性活性を評価するためのアッセイ
本発明のアゴニスト、プロジェニター、アンタゴニストの血管形成促進、抗血管形成、血管促進性又は血管阻害性の活性を測定するのに有用なアッセイ法は、実施例１４及び２６のアッセイ及び以下に示すような当分野に公知の他の好適なアッセイを含む。
創傷治癒活性のアッセイには、例として、論文Eaglstein及びMertz, J. Invest. Dermatol., 71: 382-384 (1978)に変更されたWinter, Epidermal Wound Healing, Maibach, HI and Rovee, DT, eds. (Year Book Medical Publishers, Inc., Chicago), pp. 71-112に記載のものを含む。
内皮細胞増殖のアッセイには、例として、WO 02/00690又はUnited States Patent Publication No. 20010036955A1に記載のものを含む。
血管形成の阻害を評価するためのアッセイには、例として、United States Patent Publication No. 20010036955A1に記載のアッセイを含む。
内皮管形成の阻害を測定するためのアッセイには、例として、United States Patent Publication No. 20010036955A1に記載のアッセイを含む。
【０１１６】
抗体結合の研究
抗体結合の研究は、競合的結合アッセイ、直接及び間接サンドウィッチアッセイ、及び免疫沈降アッセイなどの既知のアッセイ法で実施してよい。Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, pp.147-158 (CRC Press, Inc., 1987)。
競合的結合アッセイは、標識標準物の、限られた量の抗体との結合について試験分析物と競合する能力による。試験試料中の（腫瘍細胞で増幅された遺伝子にコードされる）標的タンパク質の量は、抗体に結合し始める標準物の量に逆比例する。結合し始める標準物の量の測定を促進するために、抗体は好ましくは競合の前又は後に固定化し、抗体に結合した標準品及び分析物が未結合で残っている標準物及び分析物から容易に分離できるようにする。
サンドウィッチアッセイは二つの抗体の使用を含み、各々が検出すべきタンパク質の異なる免疫原部分、又はエピトープに結合できる。サンドウィッチアッセイにおいて試験試料分析物は固体支持体上に固定化された第一の抗体に結合し、その後第二の抗体が分析物に結合し、よって不溶性の３成分複合体が形成される。例えば米国特許第4,376,110号参照。第二の抗体は検出可能部分で標識され（直接サンドウィッチアッセイ）、或いは検出可能部分で標識された抗免疫グロブリン抗体を用いて測定してもよい（間接サンドウィッチアッセイ）。例えば、サンドウィッチアッセイの一形態はＥＬＩＳＡアッセイであり、この場合の検出可能部分は酵素である。
【０１１７】
ＳＴＯＰ−１に特異的に結合し、その結合が本発明のモノクローナル抗体により阻害することができるポリペプチド、抗体又はアンタゴニストをスクリーニングするために競合的ELISAアッセイを行いうる。
一実施例では、実施例（例えば、実施例２２）に記載の方法に従って競合的ＥＬＩＳＡアッセイを行う。完全長又は単型の天然ＳＴＯＰ−１タンパク質（ＰＢＳ中２μｇ／ｍｌ）をマイクロタイタープレート上で４℃で一昼夜、又は室温で２時間にてコートする。ウェルに65ul 1% BSAを加えて３０分間の後、40ul 1% Tween20を加えてさらに３０分間により反応を遮断する。続いて、ウェルをPBS - 0.05% Tween20にて５回洗浄する。異なる濃度のS7、S16、S4、F15又はS9抗体を(ELISA緩衝液中)ウェル中で３０分間、室温にてインキュベートする。そうして、試験するべきポリペプチド又は抗体を、S7、S16、S4、F15又はS9抗体の無い条件下で通常９０％結合能を有する濃度で異なるウェルに１０分間加える。次に、ウェルをPBS - 0.05% Tween20にて５回洗浄する。結合を当分野で公知の方法により定量する。
免疫組織学のためには、腫瘍試料は新鮮でも凍結したものでもよく、パラフィンに包埋して、例えばホルマリン等の保存剤で固定してもよい。
【０１１８】
細胞ベースの腫瘍アッセイ 
細胞ベースのアッセイ及び腫瘍などの増殖性疾患の動物モデルを用いて本発明のアンタゴニストの阻害的活性を確認する。有用な細胞ベースアッセイ、動物モデル及び方法には、例として以下の実施例に挙げるものを含む。
例えば、増殖性疾患に伴うことが公知の細胞型の細胞にここで言うＳＴＯＰ−１ｃＤＮＡを形質移入して、アンタゴニストのある条件下又はない条件下で、ｃＤＮＡが持つ過剰な成長を引き起こす又は成長を阻害する能力を分析する。増殖性疾患が癌の場合、好適な腫瘍細胞には、例としてＢ１０４−１−１細胞株（ｎｅｕプロトオンコジーンを形質移入した安定なＮＩＨ−３Ｔ３細胞株）、及びｒａｓ形質移入ＮＩＨ−３Ｔ３細胞などの安定な腫瘍細胞株が含まれ、ＳＴＯＰ−１配列を形質移入して腫瘍化成長をモニターする。そして、そのような形質移入細胞株を用いて、形質移入細胞の成長に細胞分裂防止又は細胞傷害性活性を及ぼすことにより、又は抗体依存性細胞性細胞障害性を媒介することにより腫瘍化細胞の成長を阻害するポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体又は抗体構成成分の能力を試験する。
更には、安定な株化細胞が好ましいが、トランスジェニック動物から誘導された一次培地を（下記のような）、ここでの細胞ベースアッセイに使用することができる。トランスジェニック動物から連続株化細胞を誘導する技術は、この分野で良く知られている（Small等, Mol. Cell. Biol. 5, 642-648 [1985]参照）。
【０１１９】
遺伝子治療 
疾患症状が寛解する方法及び組成物を以下に記載する。ここに記載のＳＴＯＰ−１ポリペプチド（ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体を含む）、本発明のアンタゴニスト及び抗体をそれぞれインビボでの発現により本発明に従って用いてもよく、しばしば遺伝子治療と呼ばれる。例えば、これらの方法を用いてＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体を細胞内で発現させることができる。一実施態様によると、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド（変異体を含む）発現に用いる方法又はベクターには、ＵＮＱポリペプチド又は抗体を内包する媒体を所望の間質性領域に方向付けるために間質性標的作用剤の使用を含む。
核酸（場合によってはベクター内に含まれたもの）を患者の細胞に入れるために：インビボ及びエキソビボという２つの主要な方法がある。インビボ送達では、核酸は、通常はＳＴＯＰ−１ポリペプチドが必要とされている部位、すなわちＳＴＯＰ−１ポリペプチドの合成部位、もし知られているならばＳＴＯＰ−１ポリペプチドの生物学的活性が必要とされる部位(例えば傷)に、患者に直接注入される。エキソビボ処理では、患者の細胞を取り出し、核酸をこれらの単離された細胞に導入し、修飾された細胞を患者に、直接、又は例えば患者に埋め込まれる多孔性膜にカプセル化して投与する（米国特許第4,892,538号及び第5,283,187号参照）。核酸を生細胞に導入するために利用可能な種々の技術がある。これらの技術は、核酸が培養された細胞にインビトロで移入されるか、又は対象とする宿主にインビボで移入されるかに依る。哺乳動物細胞にインビトロで核酸を移入するのに適した技術は、リポソーム、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、形質導入、細胞融合、ＤＥＡＥ-デキストラン、リン酸カルシウム沈降法などを含む。形質導入は、複製欠陥、組換えウイルス（好ましくはレトロウイルス）粒子の細胞レセプターとの結合、次いで粒子に含まれる核酸の細胞への導入を含む。遺伝子のエキソビボ送達に通常用いられるベクターはレトロウイルスである。 
【０１２０】
現在インビボ核酸移入技術で好ましいのは、ウイルス又は非ウイルスベクター（アデノウイルス、レンチウイルス、単純ヘルペスＩウイルス、又はアデノ関連ウイルス（ＡＡＶ））、及び脂質ベースの系（遺伝子の脂質媒介移入に有用な脂質は、例えば、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ、及びＤＣ-Ｃｈｏｌである；例えば、Tonkinson等, Cancer Investigation, 14(1): 54-65 (1996) 参照）での形質移入を含む。そのようなベクターを用いて、本発明のアンタゴニスト及び核酸分子などの作用物質を運搬するための媒体として用いることができるウイルスを合成する。遺伝子治療で使用するために最も好ましいベクターはウイルス、最も好ましくはアデノウイルス、ＡＡＶ、レンチウイルス、又はレトロウイルスである。レトロウイルスベクター等のウイルスベクターは、少なくとも１つの転写プロモーター／エンハンサー又は位置決定因子、あるいは選択的スプライシング、核ＲＮＡ輸出、又はメッセンジャーの翻訳後修飾などの他の手段により遺伝子発現を制御する他の因子を含む。さらに、レトロウイルスベクター等のウイルスベクターは、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする遺伝子の存在下で転写されたとき、それに作用可能に結合し、翻訳開始配列として機能する核酸分子を含む。このようなベクターコンストラクトはまた、用いるウイルスに適したパッケージングシグナル、末端反復配列（ＬＴＲ）又はその一部、及びポジティブ及びネガティブストランドプライマー結合部位を含む（これらがウイルスベクターに既に存在しない場合）。さらに、これらのベクターは、典型的には、それらが配置される宿主細胞からＳＴＯＰ−１ポリペプチドを分泌させるシグナル配列を含む。好ましくは、この目的のためのシグナル配列は哺乳動物シグナル配列、最も好ましくはＳＴＯＰ−１ポリペプチドのための天然シグナル配列である。場合によっては、ベクターコンストラクトは、ポリアデニル化並びに一又は複数の制限部位を指向するシグナル及び翻訳終結配列も含む。例として、このようなベクターは典型的には５’ＬＴＲ、ｔＲＮＡ結合部位、パッケージングシグナル、第二鎖ＤＮＡ合成の開始点、及び３’ＬＴＲ又はその一部を含む。非ウイルスの他のベクター、例えばカチオン性脂質、ポリリジン、及びデンドリマーを用いることもできる。 一実施態様によると、媒体は間質性標的作用剤を有する。
【０１２１】
幾つかの状況では、核酸供給源を標的細胞をターゲティングする試薬、例えば細胞表面膜タンパク質又は標的細胞に特異的な抗体、標的細胞上のレセプターのリガンドなどとともに提供するのが望ましい。リポソームが用いられる場合、エンドサイトーシスを伴って細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質が、ターゲティング及び／又は取り込みの促進のために用いられ、例えば、特定の細胞型向性のキャプシドタンパク質又はその断片、サイクリングにおいて内部移行を受けるタンパク質の抗体、及び細胞内局在化をターゲティングし細胞内半減期を向上させるタンパク質である。レセプター媒介エンドサイトーシスの技術は、例えば、Wu等, J. Biol. Chem., 262:4429-4432 (1987)及びWagner等, Proc. Natl. Acad. Sci., 87: 3410-3414 (1990)に記載されている。現在知られている遺伝子標識化及び遺伝子治療プロトコールの概説については、Anderson等, Science, 256:808-813 (1992)を参照のこと。また、WO 93/25673及びそこに引用された参考文献も参照。 
好適な遺伝子治療及びレトロウイルス粒子及び構造タンパク質の作成方法は、米国特許第5,681,746号に見出される。 
【０１２２】
ＳＴＯＰ−１変異体の検出
また本発明は、診断法としてのＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする遺伝子の用途に関する。変異した形態のＳＴＯＰ−１ポリペプチドの検出は、増殖性疾患の発生の傾向を示唆する。ある哺乳動物の組織中のＳＴＯＰ−１ポリペプチドのレベルが正常哺乳動物の同じ組織中のレベルを上回って検出されても、増殖性疾患の発生の傾向を示唆する（以下）。
ヒトＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする遺伝子に変異体を担持する個人は、種々の技術でＤＮＡレベルが検出される。診断用の核酸は患者の細胞、例えば血液、尿、唾液、組織バイオプシー、及び検屍物質から得ることができる。ゲノムＤＮＡは、分析の前にＰＣＲを使用して酵素的に増幅させる(Saiki等, Nature, 324：163-166(1986))か、又は直接検出に使用することができる。ＲＮＡ又はｃＤＮＡは同じ目的のために使用することができる。例として、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体の同定及び分析に使用することができる。例えば、欠失及び挿入は正常な遺伝子型と比較した増幅産物の大きさの変化により検出することができる。点変異(point mutations)は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする放射能標識されたＲＮＡ、又はＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする放射能標識されたアンチセンスＤＮＡ配列に対し、増幅ＤＮＡをハイブリダイゼーションさせることにより同定することができる。好ましい適合配列はＲＮアーゼＡ消化又は溶解温度の相違により非適合二重鎖と区別することができる。
【０１２３】
ＤＮＡ配列の相違に基づく遺伝子試験は、変性剤有又は無のゲル中でのＤＮＡ断片の電気泳動移動度の変化を検出することにより達成される。小配列の欠失及び挿入は高解像度のゲル電気泳動により可視化することができる。異なる配列のＤＮＡ断片は、変性ホルムアミジン勾配ゲルにおいて区別され、異なるＤＮＡ断片の移動は、特定の溶解又は部分的な溶解温度により、ゲルの異なる位置で阻害される。例えば、Myers等, Science, 230：1242(1985)。 
また特定の位置における配列変化はヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼ及びＳＩ保護、又は化学的切断方法、例えばCotton等,  Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 85：4397-4401(1985)により明らかになる。 
よって、特定のＤＮＡ配列の欠失はハイブリダイゼーション、ＲＮアーゼ保護、化学的切断、直接ＤＮＡ配列化、又は制限酵素、例えば制限断片長のポリモルフィズム(ＲＦＬＰ)の使用、及びゲノムＤＮＡのサザンブロット等の方法により達成することができる。
また、より一般的なゲル電気泳動法及びＤＮＡシーケンスに加えて、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド中の変異はインサイツ分析により検出することができる。
【０１２４】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は核酸レベルの検出
例えば、ここに記載の試薬を、インサイツハイブリダイゼーション、ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロット法等の当分野で公知の方法により、又はここに提供する実施例及び試薬を用いることによってＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は核酸分子のレベルを検出することができる。
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的な抗体を固体支持体に固定し、標識したＳＴＯＰ−１ポリペプチド及び宿主由来の試料を固体支持体に通過させ、固体支持体に接着した検出標識の量が試料中のＳＴＯＰ−１ポリペプチドの量と相関しているという、競合的アッセイを行う。
一実施態様では、ここに記載のＳＴＯＰ−１に特異的に結合する抗体を用いてＳＴＯＰ−１タンパク質レベルをモニターする。
【０１２５】
候補薬のスクリーニングアッセイ 
本発明は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを模倣する（アゴニスト）又はＳＴＯＰ−１ポリペプチドの効果を阻害する（アンタゴニスト）ものを同定するための化合物のスクリーニング方法も包含する。一般に、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを様々な条件下にてインキュベーション又は接触させることによって薬剤候補に曝す。アンタゴニスト候補薬のスクリーニングアッセイは、天然のＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合する又は複合体を形成する化合物を同定するように設計される。このようなスクリーニングアッセイは、それを特に小分子候補薬の同定に適したものにする、化学的ライブラリのハイスループットスクリーニングに適用可能なアッセイを含む。 
このアッセイは、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド、それらの断片、又はＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそれらの断片を発現する細胞と組み合わせて、タンパク質−タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ、及び細胞ベースのアッセイを含む方式で行われうる。 
アンタゴニストについての全てのアッセイは、それらが候補薬をここで同定された核酸にコードされるＳＴＯＰ−１ポリペプチドと、これら２つの成分が相互作用するのに十分な条件下及び時間で接触させることを必要とすることにおいて共通する。 
【０１２６】
結合アッセイにおいて、相互作用は結合であり、形成された複合体は単離されるか、又は反応混合物中で検出される。例えば、以下の実施例に記載のアッセイでは候補アンタゴニストのある条件下又はない条件下で癌細胞又は内皮細胞に対するＳＴＯＰ−１ポリペプチドの結合が行われ、アンタゴニストが細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を遮断したかどうかを評価することができる。他の実施態様では、ここに同定された遺伝子にコードされるＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は候補薬が、共有又は非共有結合により固相、例えばミクロタイタープレートに固定化される。非共有結合は、一般的に固体表面をＳＴＯＰ−１ポリペプチドの溶液で被覆し乾燥させることにより達成される。あるいは、固定化されるＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的な固定化抗体、例えばモノクローナル抗体を、それを固体表面に固着させるために用いることができる。アッセイは、固定化成分、例えば固着成分を含む被覆表面に、検出可能な標識で標識されていてもよい非固定化成分を添加することにより実施される。反応が完了したとき、未反応成分を例えば洗浄により除去し、固体表面に固着した複合体を検出する。最初の非固定化成分が検出可能な標識を有している場合、表面に固定化された標識の検出は複合体形成が起こったことを示す。最初の非固定化成分が標識を持たない場合は、複合体形成は、例えば、固定化された複合体に特異的に結合する標識抗体によって検出できる。
【０１２７】
候補化合物が相互作用するがここに同定した遺伝子にコードされる特定のＳＴＯＰ−１ポリペプチに結合しない場合、そのポリペプチドとの相互作用は、タンパク質−タンパク質相互作用を検出するために良く知られた方法によってアッセイすることができる。そのようなアッセイは、架橋、同時免疫沈降、及び勾配又はクロマトグラフィカラムを通す同時精製などの伝統的な手法を含む。さらに、タンパク質−タンパク質相互作用は、Chevray及びNathans［Proc.Natl. Acad. Sci. USA 89, 5789-5793 (1991)］に開示されているようにして、Fields及び共同研究者等［Fiels及びSong, Nature(London) 340, 245-246 (1989); Chien等, Proc.Natl. Acad. Sci. USA 88, 9578-9582 (1991)］に記載された酵母菌ベースの遺伝子系を用いることにより監視することができる。酵母菌ＧＡＬ４などの多くの転写活性化剤は、２つの物理的に別個のモジュラードメインからなり、一方はＤＮＡ結合ドメインとして作用し、他方は転写活性化ドメインとして機能する。以前の文献に記載された酵母菌発現系（一般に「ツーハイブリッド系」と呼ばれる）は、この特性の長所を利用して、２つのハイブリッドタンパク質を用い、一方では標的タンパク質がＧＡＬ４のＤＮＡ結合ドメインに融合し、他方では、候補となる活性化タンパク質が活性化ドメインに融合している。ＧＡＬ１-ｌａｃＺリポーター遺伝子のＧＡＬ４活性化プロモーターの制御下での発現は、タンパク質-タンパク質相互作用を介したＧＡＬ４活性の再構成に依存する。相互作用するポリペプチドを含むコロニーは、β-ガラクトシダーゼに対する色素生産性物質で検出される。２-ハイブリッド技術を用いた２つの特定なタンパク質間のタンパク質-タンパク質相互作用を同定するための完全なキット（MATCHMAKER(商品名)）は、Clontechから商業的に入手可能である。この系は、特定のタンパク質相互作用に含まれるタンパク質ドメインのマッピング、並びにこの相互作用にとって重要なアミノ酸残基の特定にも拡張することができる。 
【０１２８】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドと他のＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含む他のタンパク質との結合を阻害する化合物は、次のように試験できる：通常は反応混合物は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドと他のタンパク質を、それら２つのタンパク質が相互作用及び結合する条件下及び時間で含むように調製される。候補化合物が結合を阻害する能力を試験するために、反応は試験化合物の不存在及び存在下で実施される。さらに、プラシーボを第３の反応混合物に添加してポジティブ対照を提供してもよい。混合物中に存在する試験化合物と他のポリペプチドとの結合（複合体形成）は上記のように監視される。試験化合物を含有する反応混合物ではなく対照反応における複合体の形成は、試験化合物がＳＴＯＰ−１ポリペプチドと他のポリペプチドとの相互作用を阻害することを示す。 
増殖アッセイにおいて、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドが同時有糸分裂促進物質ＣｏｎＡの存在下で内皮細胞の増殖を刺激する能力を有している。特に、ヒト臍帯静脈内皮細胞を得、９６-ウェル平底培養皿(Costar, Cambridge, MA)で培養し、細胞の増殖を容易にするのに適切な反応混合物を補い、該混合物はＣｏｎ-Ａ(Calbiochem, La Jolla, CA)を含有している。Ｃｏｎ-Ａ及びスクリーニングされる化合物を添加し、３７℃でインキュベートした後、培養物を３−Ｈチミジンで標識し、ガラス繊維フィルター上に収集する(ｐｈＤ；Cambridge  Technology, Watertown, MA)。３媒体の平均３−Ｈチミジン取り込み(cpm)を、液体シンチレーション計測器を使用して測定する(Beckman Instruments. Irvine. CA)。有意な３−(Ｈ)チミジン混入率が内皮細胞の刺激において示された。
【０１２９】
一実施態様によると、上記に記載のアッセイ又は以下の実施例に記載のようなアッセイを行って、本発明のアンタゴニストを試験する。あるいは、競合的阻害アッセイに好適な条件下にてＳＴＯＰ−１ポリペプチド及び潜在的アンタゴニストを非標識の(cold)ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに結合させることによって検出することができる。放射性活性法又は比色分析法などによりＳＴＯＰ−１ポリペプチドを標識して、結合したＳＴＯＰ−１ポリペプチドの数により潜在的アンタゴニストの有効性を判定することができる。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドは、部位特異的プロテインキナーゼの認識部位のヨード化又は包含を含む様々な手段によって標識することができる。その後固定及びインキュベーション、スライドをオートラジオグラフィ分析のために行う。
薬剤候補には、制限するものではないが、ヒト抗体ないし抗体断片だけでなくポリ−及びモノクローナル抗体及び抗体断片、一本鎖抗体、抗イディオタイプの抗体、及びそのような抗体又は断片のキメラ又はヒト化型を含む抗ＳＴＯＰ−１抗体を含む。あるいは、薬剤候補は、非常に関連したタンパク質、例えばＳＴＯＰ−１ポリペプチドの作用を競合的に阻害するＳＴＯＰ−１ポリペプチドの変異型でありうる。
【０１３０】
投与プロコトール、スケジュール、用量及び製剤 
ここに記載された分子及びそれらのアンタゴニストは、上述した種々の疾患及び病気の予防及び治療薬として製薬的に有用である。 
本発明のポリペプチド、抗体又はアンタゴニストの治療用組成物は、適当な純度を持つ所望の分子を任意の製薬的に許容可能な担体、賦形剤、又は安定化剤（Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, Osol, A.編, (1980)）と、凍結乾燥した製剤又は水溶液の形態で混合することにより調製することができる。許容可能な担体、賦形剤、又は安定化剤は、好ましくは用いられる投与量及び濃度で受容者に非毒性であり、リン酸塩、クエン酸炎、及び他の有機酸などのバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤；防腐剤（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；ベンザルコニウムクロライド；ベンゼトニウムクロライド；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３-ペンタノール；及びｍ-クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリシン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、又はデキストランを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール等の糖；ナトリウム等の塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ-タンパク質錯体）；及び／又はＴＷＥＥＮＴＭ、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭ又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含む。 
【０１３１】
このような担体の更なる例は、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチン、血清アルブミン、例えばヒト血清アルブミン、緩衝物質、例えばリン酸塩、グリシン、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、飽和植物脂肪酸の部分的グリセリド混合物、水、塩、又は電解質、例えば硫酸プロタミン、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイダルシリカ、マグネシウムトリシリケート、ポリビニルピロリドン、セルロースベースの物質、及びプロピレングリコールである。局所用又はゲルベースの形態の担体は、ナトリウムカルボキシメチルセルロース又はメチルセルロース等の多糖類、ポリビニルピロリドン、ポリアクリレート、ポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー、ポリエチレングリコール、及びモクロウアルコールを含む。あらゆる投与について、従来のデポー形態が好適に用いられる。このような形態は、例えば、マイクロカプセル、ナノ-カプセル、リポソーム、硬膏剤、吸入形態、鼻スプレー、舌下状錠剤、及び除放性製剤を含む。ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はアゴニスト又はアンタゴニストは、典型的にはそのような媒体中に約０．１ｍｇ／ｍｌから１００ｍｇ／ｍｌの濃度で処方される。 
【０１３２】
他の調製物は、形成された製品中に、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそれらのアゴニスト又はアンタゴニストを導入して含有される。このような製品は内皮細胞の成長及び血管形成の調節に使用することができる。加えて、腫瘍侵入及び転移をこれらの製品で調節できる。 
インビボ投与に用いられるＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はアゴニスト又はアンタゴニストは無菌でなければならない。これは、凍結乾燥及び再形成の前又は後の滅菌濾過膜を通した濾過によって容易に達成される。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドは通常は凍結乾燥形態又は全身投与される場合には溶液中に貯蔵される。凍結乾燥形態にある場合、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそれらのアゴニスト又はアンタゴニストは典型的には使用時の適当な希釈剤を含む他の成分と組み合わせて処方される。ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はアゴニスト又はアンタゴニストの液体製剤の例は、無菌の、透明な、無色の生鮮溶液で、皮下注射用の１回投与バイアルに充填されている。繰り返し使用に適切な防腐製薬組成物は、例えばポリペプチドの種類及び指示に主として依存し、 
ａ）ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそれらのアゴニスト又はアンタゴニスト； 
ｂ）溶液中のポリペプチド又は他の分子の安定性を最大にする範囲内のｐＨ、好ましくは約４-８のｐＨを維持可能なバッファー； 
ｃ）主として、撹拌誘発性集合体に対しポリペプチド又は分子を安定化させる洗浄剤／界面活性剤； 
ｄ）等張剤； 
ｅ）フェノール、ベンジルアルコール及びベンゼトニウムハロゲン化物、例えば塩化物の群から選択される防腐剤；及び 
ｆ）水； 
を含有し得る。 
【０１３３】
使用される洗浄剤が非イオン性であるならば、それは、例えばポリソルベート(例えば、POLYSORBATEＴＭ(TWEENＴＭ)２０、８０等)、又はポロキサマー(例えば、POLOXAMERＴＭ１８８等)であってよい。非イオン性界面活性剤を使用することにより、タンパク質の変性を引き起こすことなく、表面応力の剪断に調製物をさらすことができる。さらに、このような界面活性剤含有調製物は、エアゾール装置、例えば呼吸器投与、及びニードレスジェット注入ガンに使用されるものにおいて、使用され得る(例えば、EP257,956を参照)。
等張剤は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそのアゴニスト又はアンタゴニストの液体組成物を確実に等浸透圧とするために存在し、多価糖アルコール、好ましくは３価又は高級糖アルコール、例えばグリセリン、エリトリトール、アラビトール、キシリトール、ソルビトール及びマンニトールが含まれる。これらの糖アルコールは、単独で、又は組合せて使用することもできる。また、塩化ナトリウム又は他の適切な無機塩を、溶液を等にするために使用してもよい。 
バッファーは、所望するｐＨに応じて、アセタート、クエン酸、スクシナート又はホスファートバッファーであってよい。本発明の液状調製物の一種類のｐＨは、約４から８、好ましくはほぼ生理学的ｐＨの範囲に緩衝される。 
防腐剤、フェノール、ベンジルアルコール及びベンゼトニウムハロゲン化物、例えば塩化物は、使用可能な周知の抗菌薬である。 
【０１３４】
治療用ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は抗体組成物は、一般的に無菌のアクセスポートを具備する容器、例えば、静脈内溶液バッグ又は皮下注射針で穿孔可能なストッパーを具備するバイアルに配される。製剤は、好ましくは静脈内（ｉ．ｖ．）、皮下（ｓ．ｃ．）、又は筋肉内（ｉ．ｍ．）の繰り返し注射として、あるいは鼻内又は肺内送達に適したエアロゾル製剤として投与される（肺内送達については、例えばEP 257,956参照）。 
また、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は抗体は持続放出製剤の形態で投与することもできる。持続放出製剤の好適な例は、タンパク質を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、当該マトリクスは成形物、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形態である。持続放出マトリクスの例は、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、Langer等, J. Biomed. Mater. Res., 15: 167-277 (1981)及びLanger, Chem. Tech., 12: 98-105 (1982)に記載されたようなポリ(２-ヒドロキシエチル-メタクリレート)、又はポリ(ビニルアルコール)）、ポリアクチド（米国特許第3,773,919号、EP 58,481）、Ｌ-グルタミン酸及びガンマエチル-Ｌ-グルタメートのコポリマー（Sidman等, Biopolymers, 22: 547-556 (1983)）、非分解性エチレン−酢酸ビニル（Langer等, 上掲）、分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、例えばLupron DepotＴＭ（乳酸−グリコール酸コポリマ及び酢酸ロイプロリドからなる注射可能な微小球）、及びポリ-Ｄ-(−)-３-ヒドロキシブチル酸（EP 133,988）を含む。 
【０１３５】
エチレン−酢酸ビニルや乳酸−グリコール酸等の重合体は１００日以上分子を放出できるが、特定のヒドロゲルはより短い時間タンパク質を放出する。カプセル化タンパク質は、長時間体内に残存すると、３７℃で水分に曝されることで、変性又は凝集し、生理活性の喪失や免疫原生の変化のおそれがある。かかる機構によって安定性を得るための合理的な処置が考えられる。例えば、凝集機構がチオ−ジスルフィド交換による分子間Ｓ―Ｓ結合であることが分かったら、スルフヒドリル残基を変更し、酸性溶液から凍結乾燥し、水分量を調整し、適当な添加物を使用し、特定の重合体マトリクス化合物を開発することで安定性を保証することができる。
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド及び抗体の持続放出組成物は、リポソーム的に包括されたＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含む。ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含有するリポソームは、それ自体周知である方法、例えば、DE 3,218,121、Epstein等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:3688-3692 (1985)；Hwang等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:4030-4034 (1980)；EP 52,322；EP 36,676；EP 88,046；EP 143,949；EP 142,641；特願昭83-118008；米国特許第4,485,045号及び第4,544,545号；及びEP 102,324等による方法によって調製する。通常、リポソームは、脂質含有量が約３０モル％以上コレステロールであり、選択される割合が最適な治療法に対して調整された微小（約２００-８００オングストローム）な単ラメラ状のものである。 
【０１３６】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそのアンタゴニストの治療的有効量は、当然のことながら、治療（予防を含む）すべき増殖性疾患、投与方法、治療に用いられる化合物の型、包含される任意の同時治療、患者の年齢、体重、一般的な医学的状態、病歴などの要因によって変化し、それは担当する医師の技量の範囲内で良好に決定される。従って、治療者は、最大の治療効果が得られるように、投与量を滴定し投与経路を修正する必要がある。臨床医は投与量が当該病状の治療において所望する効果が得られるまで、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はアンタゴニストを投与するであろう。例えば、目的が癌の治療である場合、癌の成長を阻害する量とされる。
上記の指針では、有効投与量は、一般的に約０．００１から約１．０ｍｇ／ｋｇ、好ましくは約０．０１−１．０ｍｇ／ｋｇ、最も好ましくは約０．０１−０．１ｍｇ／ｋｇの範囲内である。 
【０１３７】
増殖性疾患の治療における非経口用途では、注射の形態で、体重１ｋｇ当たり約０．０１から５０ｍｇ、好ましくは約０．０５から２０ｍｇ、最も好ましくは１から２０ｍｇのＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそのアンタゴニストを、静脈内注射により１日に１から３回投与するのが有利である。経口投与では、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをベースとする分子を、好ましくは体重１ｋｇ当たり約５ｍｇから１ｇ、好ましくは約１０から１００ｍｇ、１日に１から３回投与する。内毒素汚染物質、安全レベルの最小量、例えば０．５ｎｇ／ｍｇタンパク質未満に保持すべきである。さらにヒト投与では、調製物は好ましくは滅菌され、発熱性であり、一般的に安全で、FDA Office and Biologics standardsで要求されるようにして精製される。 
組織再生に使用されるＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含有する製薬組成物の用量計画は、ポリペプチドの作用を変える種々の要因、例えば、形成が望まれる組織の重量、障害の部位、障害を受けた組織の状態、傷の大きさ、障害を受けた組織のタイプ(例えば骨)、患者の年齢、性別、食餌、感染症の重傷度、投与時間、及び他の臨床的要因を考慮して、担当する医師により決定されるであろう。用量は、再構成に使用されるマトリクスの種類、製薬組成物の他のタンパク質含有物により変わり得る。例えば、他の周知の成長因子、例えばＩＧＦ−Ｉを最終組成物に添加すると、さらに用量に影響を与える。進行状況は組織／骨の成長及び／又は修復を、例えばＸ線、組織形態測定(histomorphometric determinations)及びテトラサイクリン標識化により、定期的に評価することにより監視可能である。 
【０１３８】
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はアンタゴニスト又はアゴニスト投与の経路は周知の方法に従い、例えば静脈内、筋肉内、脳内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、眼内、関節内、滑膜内、包膜内、経口、局所又は吸入経路による注射又は注入、あるいは以下に記載する持続放出系による。またＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそれらのアゴニスト又はアンタゴニストは腫瘍内、腫瘍周辺、病巣内、又は病巣周辺経路で好適に投与され、局所的並びに全身に治療効果を発揮する。腹腔内経路は、例えば卵巣腫瘍の治療に特に有用であることが予期されている。 
ペプチド又は小分子がアンタゴニスト又はアゴニストとして使用される場合、好ましくは、液体又は固体の形態で経口的又は非経口的に哺乳動物に投与される。 
塩を形成し下記において有用な分子の薬理学的に許容可能な塩類の例には、アルカリ金属塩(例えばナトリウム塩、カリウム塩)、アルカリ土類金属塩(例えばカルシウム塩、マグネシウム塩)、アンモニウム塩、有機塩基塩(例えばピリジン塩、トリエチルアミン塩)、無機酸塩(例えば塩酸、硫酸塩、硝酸塩)及び有機酸塩(例えば酢酸塩、シュウ酸塩、ｐ-トルエンスルホン酸塩)が含まれる。 
ここで記載され、骨、軟骨、腱、又は靱帯再生に有用な組成物における治療方法には、移植又は装置としての、局所的(topically)、全身的又は局部的(locally)な組成物の投与が含まれる。投与した場合、有用な治療用組成物は、発熱物質を含有しない生理学的に許容可能形態である。さらに組成物は、骨、軟骨又は組織のダメージ部位に送達される粘性のある形態で注射されるかカプセル化されることが望ましい。局所的投与は傷の治癒及び組織の修復に適している。好ましくは、骨及び／又は軟骨の形成のためには、組成物は、骨及び／又は軟骨のダメージ部位にタンパク質含有組成物を送達せしめ、好ましくは体内に再吸収可能な骨及び軟骨を発育する構造体を提供することのできるマトリクスを含む。このようなマトリクスは他の移植医療用途に使用される材料で作成される。 
【０１３９】
マトリクス材料の選択は、生物学的融和性、生物分解性能、機械的特性、美容的外観、及び界面活性に基づく。組成物の特定の用途は、適切な処方により定義される。組成物の潜在的マトリクスは生物分解性であり、化学的に定義される硫酸カルシウム、リン酸三カルシウム、ヒドロキシアパタイト、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、及びポリ無水物であってよい。他の潜在的マトリクスは生物分解性で生物学的に明確に定義された、例えば骨又は真皮コラーゲンである。さらなるマトリクスは純粋タンパク質又は細胞外マトリクス成分からなる。他の潜在的マトリクスは、非生物分解性であり、化学的に定義された、例えば焼結ヒドロキシアパタイト、生体ガラス、アルミナート、又は他のセラミックスである。マトリクスは上述した任意の種類の材料、例えばポリ乳酸とヒドロキシアパタイト又はコラーゲンとリン酸三カルシウムの組合せからなるものであってもよい。生物セラミックは組成において、例えばカルシウム-アルミナート-ホスファートに変えてもよく、孔サイズ、粒子サイズ、粒子形状及び生物分解性能を変更するためのプロセスが施されていてもよい。
特定の一実施態様では、乳酸とグリコール酸が５０：５０(モル重量)のコポリマーであり、１５０から８００ミクロンの範囲の直径を有する多孔質粒子の形態である。いくつかの用途において、金属イオン封鎖剤、例えばカルボキシメチルセルロース、又は自己移植血塊を利用し、マトリクスからの分離からポリペプチド組成物を保護するのに有用である。
【０１４０】
一好適なファミリーの金属イオン封鎖剤は、セルロース材料、例えばメチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びカルボキシメチルセルロースを含むアルキルセルロース(ヒドロキシアルキルセルロースを含む)であり、好ましくはカルボキシメチルセルロース(ＣＭＣ)のカチオン塩である。他の好ましい金属イオン封鎖剤には、ヒアルロン酸、アルギニン酸ナトリウム、ポリ(エチレングリコール)、ポリオキシエチレンオキシド、カルボキシビニルポリマー、及びポリ(ビニルアルコール)が含まれる。ここで有用な金属イオン封鎖剤の量は、調製物の全量に基づき、０．５−２０重量％、好ましくは１−１０重量％であり、ポリマーマトリクスからのポリペプチド(又はそのアンタゴニスト)の脱着を防止し、組成物に適切な操作性を付与し、さらに原細胞のマトリクスへの浸透を防止し、よって、ポリペプチドに原細胞の骨形成活性を助長する機会を付与するのに必要な量である。
【０１４１】
組合せ治療 
当問題となる疾患の防止又は治療におけるＳＴＯＰ−１ポリペプチド、そのアゴニスト又はアンタゴニストの効力は、同じ組成物又は別個の組成物において、これらの目的のために有効な他の薬剤と組合せるか、又は活性剤を連続して投与することにより改善される。
例えば、細胞増殖性疾患の治療にはＳＴＯＰ−１ポリペプチドアンタゴニスト療法を細胞障害性剤などの細胞増殖の他のインヒビターの投与と組み合わせる。
加えて、癌の治療に用いるＳＴＯＰ−１ポリペプチドアンタゴニストは、上記に同定したような細胞障害性剤、化学療法剤又は成長阻害性剤と組み合わせる。また、癌治療のために、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドアンタゴニストは好適に連続して、又は照射ないし放射性物質の投与何れかの放射線療法と組み合わせて投与する。
また、抗体を癌の治療に使用する場合、他の腫瘍関連抗原に対する抗体、例えば一又は複数のＥｒｂＢ２、ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、又はＶＥＧＦレセプターに結合する抗体を投与することも好ましい。あるいは、又はそれに加えて、ここで開示されており、同じか、又は二又はそれ以上の異なる抗原に対して結合する二又はそれ以上の抗体を、患者に同時投与してもよい。ときどきは、患者に一又は複数のサイトカインを投与することも有利である。好ましい一実施態様では、ここのアンタゴニスト抗体は、成長阻害剤と同時投与される。例えば、まず成長阻害剤を投与し、続いて本発明のアンタゴニスト抗体を投与する。しかしながら、同時投与、又は本発明のアンタゴニスト抗体を最初に投与することも考えられる。成長阻害剤についての適切な用量は現在用いられている量であるが、成長阻害剤とこの抗体との組み合わせ（相乗）効果により減少させ得る。 
【０１４２】
一実施態様において、腫瘍の血管新生は、組合せ治療において攻撃される。本発明のアンタゴニスト抗体及び他の抗体(例えば抗-ＶＥＧＦ)は、例えば腫瘍又は転移病巣の壊死がみられるように決定された治療的有効量で、腫瘍を有する患者に投与される。この治療は、好ましい効果が観察されるか、又は腫瘍又は任意の転移病巣の痕跡がなくなるまで続けられる。ついで、ＴＮＦを、単独又は、補助剤、例えばアルファ-、ベータ-又はガンマ-インターフェロン、抗-ＨＥＲ２抗体、ヘレグリン(heregulin)、抗ヘレグリン抗体、Ｄ-因子、インターロイキン-１(ＩＬ-１)、インターロイキン-２(ＩＬ-２)、顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子(ＧＭ-ＣＳＦ)、又は腫瘍中の微細血管凝固促進剤、例えば抗-プロテインＣ抗体、抗-プロテインＳ抗体、又はＣ４ｂ結合プロテイン(1991年2月21日公開のWO91/01753)と組み合わせて投与する。
ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそのアンタゴニストと組合せて投与される治療薬の有効量は、医師又は獣医の裁量による。投与量とその調節は治療される病状に最大の治療効果が達成されるようになされる。用量は、治療される特定の患者及び使用される治療薬の種類等の因子に依存する。典型的には、使用される量は、治療薬をＳＴＯＰ−１ポリペプチドと共に投与しない場合と同じ用量である。
【０１４３】
製造品 
上述した疾患の診断又は治療に有用なＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそのアゴニスト又はアンタゴニストを含むキットのような製造品は、少なくとも１つの容器及びラベルを具備する。適切な容器には、例えばボトル、バイアル、シリンジ及び試験管が含まれる。容器はガラス又はプラスチックのような種々の物質から形成できる。容器は、症状の診断又は治療に有効な組成物を収容し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下注射針で穿孔可能なストッパーを具備する静脈内バッグ又はバイアルであってよい）。組成物中の活性剤はＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はそのアゴニスト又はアンタゴニストである。容器上又は添付されるラベルには、組成物が選択した症状の診断又は治療に使用されることが示されている。この製造品は、製薬的に許容可能なバッファー、例えばリン酸緩衝塩水、リンガー液、及びデキストロース溶液を収容した第２の容器をさらに具備してもよい。さらに、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用説明書を備えた包装挿入物を含む、商業的及び使用者の立場から望ましい他の材料を具備してもよい。また、この製造品は、上述の他の活性剤を収容した第２又は第３の容器を具備してもよい。
【０１４４】
ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体の調製方法は当業者に知られている。哺乳動物においてポリクローナル抗体は、例えば免疫剤、及び所望するのであればアジュバントを、一又は複数回注射することで発生させることができる。典型的には、免疫剤及び／又はアジュバントを複数回皮下又は腹腔内注射により、哺乳動物に注射する。免疫剤は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はその融合タンパク質を含みうる。免疫剤を免疫化された哺乳動物において免疫原性が知られているタンパク質に抱合させるのが有用である。このような免疫原タンパク質の例は、これらに限られないが、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン及び大豆トリプシンインヒビターが含まれる。使用され得るアジュバントの例には、フロイント完全アジュバント及びＭＰＬ-ＴＤＭアジュバント（モノホスホリル脂質Ａ、合成トレハロースジコリノミコラート）が含まれる。免疫化プロトコールは、過度の実験なく当業者により選択されるであろう。
【０１４５】
モノクローナル抗体
抗ＳＴＯＰ−１抗体はモノクローナル抗体であってもよい。モノクローナル抗体は、Kohler及びMilstein, Nature, 256:495 (1975)に記載されているようなハイブリドーマ法を用いるなどして調製する、又は組み換えＤＮＡ法（米国特許第4,816,567号）により作製する、又は実施例の項目に記載の方法によって生成することができる。ハイブリドーマ法では、マウス、ハムスター又は他の適切な宿主動物を典型的には免疫剤により免疫化することで、免疫剤に特異的に結合する抗体を生成するか或いは生成可能なリンパ球を誘発する。或いは、リンパ球をインビトロで免疫化することもできる。
免疫剤は、典型的には対象とするＳＴＯＰ−１ポリペプチド又はその融合タンパク質を含む。一般にヒト由来の細胞が望まれる場合には末梢血リンパ球（「ＰＢＬ」）が使用され、或いは非ヒト哺乳動物源が望まれている場合は、脾臓細胞又はリンパ節細胞が使用される。次いで、ポリエチレングリコール等の適当な融合剤を用いてリンパ球を不死化株化細胞と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する［Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, New York, Academic Press, (1986) pp. 59-103］。不死化株化細胞は、通常は、形質転換した哺乳動物細胞、特に齧歯動物、ウシ、及びヒト由来の骨髄腫細胞である。通常、ラット又はマウスの骨髄腫株化細胞が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の不死化細胞の生存又は成長を阻害する一又は複数の物質を含有する適切な培地で培養される。例えば、親細胞が、酵素のヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(ＨＧＰＲＴ又はＨＰＲＴ)を欠いていると、ハイブリドーマの培地は、典型的には、ヒポキサチン、アミノプチリン及びチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、この物質がＨＧＰＲＴ欠乏性細胞の増殖を阻止する。
【０１４６】
好ましい不死化株化細胞は、効率的に融合し、選択された抗体生成細胞による安定した高レベルの抗体発現を支援し、ＨＡＴ培地のような培地に対して感受性である。より好ましい不死化株化細胞はマウス骨髄腫株であり、これは例えばカリフォルニア州サンディエゴのSalk Institute Cell Distribution Centerやメリーランド州ロックビルのアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクションより入手可能である。ヒトモノクローナル抗体を生成するためのヒト骨髄腫及びマウス-ヒト異種骨髄腫株化細胞も開示されている［Kozbor, J. Immunol., 133:3001 (1984)、Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, Marcel Dekker, Inc., New York, (1987) pp. 51-63］。
次いでハイブリドーマ細胞が培養される培養培地を、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに対するモノクローナル抗体の存在について検定する。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって生成されたモノクローナル抗体の結合特異性は免疫沈降又はラジオイムノアッセイ(ＲＩＡ)や酵素結合免疫測定法(ＥＬＩＳＡ)等のインビトロ結合検定法によって測定する。このような技術及びアッセイは、当該分野において公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えばMunson及びPollard, Anal. Biochem., 107:220 (1980)によるスキャッチャード解析法によって測定することができる。
【０１４７】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、クローンを限界希釈法によりサブクローニングし、標準的な方法で成長させることができる［Goding, 上掲］。この目的のための適当な培地には、例えば、ダルベッコの改変イーグル培地及びＲＰＭＩ-１６４０倍地が含まれる。或いは、ハイブリドーマ細胞は哺乳動物においてインビボで腹水として成長させることもできる。
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ−セファロース法、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー法、ゲル電気泳動法、透析法又はアフィニティークロマトグラフィー等の従来の免疫グロブリン精製方法によって培養培地又は腹水液から単離又は精製される。
【０１４８】
また、モノクローナル抗体は、組換えＤＮＡ法、例えば米国特許第4,816,567号に記載された方法により作製することができる。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、常套的な方法を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドプローブを使用して）、容易に単離し配列決定することができる。本発明のハイブリドーマ細胞はそのようなＤＮＡの好ましい供給源となる。ひとたび単離されたら、ＤＮＡは発現ベクター内に配することができ、これが宿主細胞、例えばサルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、或いは免疫グロブリンタンパク質を生成等しない骨髄腫細胞内に形質移入され、組換え宿主細胞内でモノクローナル抗体の合成をすることができる。また、ＤＮＡは、例えば相同マウス配列に換えてヒト重鎖及び軽鎖定常ドメインのコード配列を置換することにより［米国特許第4,816,567号；Morrison等, 上掲］、又は免疫グロブリンコード配列に非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の一部又は全部を共有結合することにより修飾することができる。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常ドメインに置換でき、或いは本発明の抗体の一つの抗原結合部位の可変ドメインに置換でき、キメラ性二価抗体を生成する。
抗体は一価抗体であってもよい。一価抗体の調製方法は当該分野においてよく知られている。例えば、一つの方法は免疫グロブリン軽鎖と修飾重鎖の組換え発現を含む。重鎖は一般的に、重鎖の架橋を防止するようにＦｃ領域の任意の点で切断される。或いは、関連するシステイン残基を他のアミノ酸残基で置換するか欠失させて架橋を防止する。
一価抗体の調製には、同じくインビトロ法が適している。抗体の消化による、その断片、特にＦａｂ断片の生成は、当該分野において知られている慣用的技術を使用して達成が可能である。
【０１４９】
ヒト及びヒト化抗体
抗ＳＴＯＰ−１抗体は、更にヒト化抗体又はヒト抗体を含む。非ヒト（例えばマウス）抗体のヒト化形とは、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖或いはその断片（例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２或いは抗体の他の抗原結合サブ配列）であって、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むものである。ヒト化抗体はレシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）の残基が、マウス、ラット又はウサギのような所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲの残基によって置換されたヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含む。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。また、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、移入されたＣＤＲもしくはフレームワーク配列にも見出されない残基を含んでいてもよい。一般に、ヒト化抗体は、全て或いはほとんど全てのＣＤＲ領域が非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全て或いはほとんど全てのＦＲ領域がヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである、少なくとも一つ、典型的には二つの可変ドメインの実質的に全てを含む。好ましくは、ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒトの免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含んでなる［Jones等, Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann等, Nature, 332:323-329 (1988)；及びPresta, Curr. Op Struct. Biol., 2:593-596 (1992)］。
【０１５０】
非ヒト抗体をヒト化する方法はこの分野でよく知られている。一般的に、ヒト化抗体には非ヒト由来の一つ又は複数のアミノ酸残基が導入される。これら非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから得られる「移入」残基と称される。ヒト化は基本的に齧歯動物のＣＤＲ又はＣＤＲ配列でヒト抗体の該当する配列を置換することによりウィンター(Winter)及び共同研究者［Jonesら, Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmannら, Nature, 332:323-327 (1988)；Verhoeyenら, Science, 239:1534-1536 (1988)］の方法に従って、齧歯類ＣＤＲ又はＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列に置換することにより実施される。よって、このような「ヒト化」抗体は、原型のヒト可変ドメインより実質的に少ない分が非ヒト種由来の対応する配列で置換されたキメラ抗体(米国特許第4,816,567号)である。実際には、ヒト化抗体は典型的には幾つかのＣＤＲ残基及び場合によっては幾つかのＦＲ残基が齧歯類抗体の類似する部位からの残基によって置換されたヒト抗体である。
【０１５１】
ヒト化の別法として、ヒト抗体を生成することができる。例えば、現在では、免疫化することで、内因性免疫グロブリンの産生がなく、ヒト抗体の全レパートリーを産生することのできるトランスジェニック動物(例えば、マウス)を作ることが可能である。例えば、キメラ及び生殖細胞系突然変異体マウスにおける抗体重鎖結合領域(ＪＨ)遺伝子のホモ接合体欠失によって、結果として内因性抗体産生の完全な阻害が起こることが説明されてきた。ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子配列の、このような生殖細胞系突然変異体マウスへの転移によって、結果として抗原投与時にヒト抗体の産生が起こる。Jakobovits等, Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 90:2551 (1993)；Jakobovits等, Nature 362:255-258 (1993)；Bruggeman等, Year in Immuno., 7:33 (1993)；米国特許第５５４５８０６号、同５５６９８２５号、同５５９１６６９号（全てジェンファーム(GenPharm)）；同５５４５８０７号；及び国際公開第９７／１７８５２号を参照。あるいは、ヒト抗体はヒト免疫グロブリン座位をトランスジェニック動物、例えば内在性免疫グロブリン遺伝子は部分的又は完全に不活性化されたマウスに導入することにより産生することができる。投与の際に、遺伝子再配列、組立、及び抗体レパートリーを含むあらゆる観点においてヒトに見られるものに非常に類似しているヒト抗体の生産が観察される。このアプローチは、例えば米国特許第5,545,807号；同第5,545,806号；同第5,569,825号；同第5,625,126号；同第5,633,425号；同第5,661,016号、及び次の科学文献：Marks等, Bio/Technology 10, 779-783 (1992)；Lonberg等, Nature 368 856-859 (1994)；Morrison, Nature 368, 812-813 (1994)；Fishwild等, Nature Biotechnology 14, 845-851 (1996)；Neuberger, Nature Biotechnology 14, 826 (1996)；Lonberg及びHuszar, Intern. Rev. Immunol. 13 65-93 (1995)に記載されている。
【０１５２】
別法として、ファージディスプレイ技術(McCafferty等, Nature 348：552-553[1990])を使用して、非免疫化ドナーの免疫グロブリン可変(Ｖ)ドメイン遺伝子レパートリーから、インビトロでヒト抗体及び抗体断片を産出させることができる。この技術によれば、抗体Ｖドメイン遺伝子を、フレーム単位で、繊維状バクテリオファージ、例えばＭ１３又はｆｄの大きい又は小さいコートタンパク質遺伝子のどちらかでクローンし、ファージ粒子の表面で機能的抗体断片として表示させる。繊維状粒子がファージゲノムの一本鎖ＤＮＡコピーを含むので、抗体の機能特性に基づいた選択により、結果としてこれらの特性を示す抗体をコードする遺伝子の選択が成される。よって、このファージはＢ細胞のいくつかの特性を模倣している。ファージディスプレイは多様な形式で行うことができる；例えばJohnson, Kevin S. 及びChiswell, David J., Current Opinion in Structural Biology 3：564-571(1993)を参照。Ｖ-遺伝子セグメントのいくつかの供給源を、ファージディスプレイのために使用できる。Clackson等, Nature, 352：624-628(1991)は、免疫化したマウス脾臓由来のＶ遺伝子の小さいランダムなコンビナトリアルライブラリーから、多様で多くの抗-オキサゾロン抗体を単離した。非免疫化ヒトドナーのＶ遺伝子のレパートリーが構成可能であり、多様で多くの抗原(自己抗原を含む)に対する抗体は、Marks等, J. Mol. Biol. 222：581-597(1991)、又はGriffith等, EMBO J. 12：725-734(1993)に記載の技術にそのまま従うことで単離することができる。また、米国特許第５５６５３３２号及び同５５７３９０５号を参照のこと。
【０１５３】
上述したように、ヒト抗体はインビトロで活性化したＢ細胞により産生することができる(米国特許第５５６７６１０号及び同５２２９２７５号)。
また、ヒト抗体は、ファージ表示ライブラリを含むこの分野で知られた種々の方法を用いて作製することもできる。Hoogenboom及びWinter, J. Mol. Biol., 227:381(1991)；Marks等, J. Mol. Biol., 222:381 (1991)。また、Cole等及びBoerner等の方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用することができる。Cole等, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss. p.77 (1985)及びBoerner等, J. Immunol., 147(1):86-95 (1991) 。
【０１５４】
二重特異性抗ＳＴＯＰ−１抗体
二重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体、好ましくはヒトもしくはヒト化抗体である。本発明の場合においては、結合特異性の一方はＳＴＯＰ−１ポリペプチドに対してであり、他方は任意の他の抗原、好ましくは細胞表面タンパク質又はレセプター又はレセプターサブユニットに対してである。例えば、細胞表面タンパク質はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞レセプターでありうる。そして、一実施態様によると、本発明の二重特異性抗体はＳＴＯＰ−１に結合する、及びＮＫ細胞、場合によっては活性なＮＫ細胞に結合することができる。他の実施態様によると、本発明の二重特異性抗体はＳＴＯＰ−１に結合する、及び他の組織と比較して間質性組織に結合することができる（例えば、間質性標的作用剤）。
二重特異性抗体を作製する方法は当該技術分野において周知である。伝統的には、二重特異性抗体の組換え生産は、二つの重鎖が異なる特異性を持つ二つの免疫グロブリン重鎖／軽鎖対の同時発現に基づく［Milstein及びCuello, Nature, 305:537-539 (1983)］。免疫グロブリンの重鎖と軽鎖を無作為に取り揃えるため、これらハイブリドーマ（クアドローマ）は１０種の異なる抗体分子の潜在的混合物を生成し、その内の一種のみが正しい二重特異性構造を有する。正しい分子の精製は、アフィニティークロマトグラフィー工程によって通常達成される。同様の手順が1993年5月13日公開のWO93/08829、及びTraunecker等, EMBO J.,10:3655-3656 (1991)に開示されている。
【０１５５】
所望の結合特異性（抗体-抗原結合部位）を有する抗体可変ドメインを免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合できる。融合は、好ましくは少なくともヒンジ部、ＣＨ２及びＣＨ３領域の一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとのものである。少なくとも一つの融合には軽鎖結合に必要な部位を含む第一の重鎖定常領域（ＣＨ１）が存在することが望ましい。免疫グロブリン重鎖融合をコードするＤＮＡ、及び望むのであれば免疫グロブリン軽鎖を、別々の発現ベクターに挿入し、適当な宿主生物に同時形質移入する。二重特異性抗体を作製するための更なる詳細については、例えばSuresh等, Methods in Enzymology, 121:210 (1986)を参照されたい。
【０１５６】
また、組換え細胞培養から直接的に二重特異性抗体断片を作製し分離する様々な方法が記述されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを使用して生産されている。Kostelny等, J.Immunol. 148(5):1547-1553 (1992)。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質からのロイシンジッパーペプチドを遺伝子融合により二つの異なった抗体のＦａｂ’部分に結合させる。抗体ホモダイマーをヒンジ領域で還元してモノマーを形成し、ついで再酸化して抗体ヘテロダイマーを形成する。この方法はまた抗体ホモダイマーの生産に対して使用することができる。Hollinger等, Proc.Natl.Acad.Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)により記述された「ダイアボディ」技術は二重特異性抗体断片を作製する別のメカニズムを提供した。断片は、同一鎖上の二つのドメイン間の対形成を可能にするには十分に短いリンカーによりＶＬにＶＨを結合してなる。従って、一つの断片のＶＨ及びＶＬドメインは他の断片の相補的ＶＬ及びＶＨドメインと強制的に対形成させられ、二つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーの使用により二重特異性抗体断片を製造する他の方策もまた報告されている。Gruber等, J.Immunol. 152:5368 (1994)を参照されたい。
二価より多い抗体も考えられる。例えば、三重特異性抗体を調製することができる。Tutt等, J.Immunol. 147:60 (1991)。
【０１５７】
ヘテロコンジュゲート抗体
ヘテロコンジュゲート抗体は、二つの共有結合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対してターゲティングさせるため［米国特許第4,676,980号］及びＨＩＶ感染の治療のために［WO91/00360；WO92/200373；EP03089］提案されている。この抗体は、架橋剤に関連したものを含む合成タンパク化学における既知の方法を使用して、インビトロで調製することができると考えられる。例えば、ジスルフィド交換反応を使用するか又はチオエーテル結合を形成することにより、免疫毒素を作製することができる。この目的に対して好適な試薬の例には、イミノチオレート及びメチル-４-メルカプトブチリミデート、及び例えば米国特許第4,676,980号に開示されたものが含まれる。
【０１５８】
エフェクター機能の加工
本発明の抗体をエフェクター機能について改変し、例えば癌治療における抗体の有効性を向上させることが望ましい。例えば、システイン残基をＦｃ領域に導入し、それにより、この領域に鎖間ジスルフィド結合を形成するようにしてもよい。そのようにして生成された同種二量体抗体は、向上した内部移行能力及び／又は増加した補体媒介細胞殺傷及び抗体−依存性細胞性細胞障害性（ＡＤＣＣ）を有する可能性がある。Caron等, J. Exp. Med. 176: 1191-1195 (1992)及びShopes, J. Immunol. 148: 2918-2922 (1992)参照。また、向上した抗腫瘍活性を持つ同種二量体抗体は、Wolff等, Cancer research 53: 2560-2565 (1993)に記載されている異種二官能性架橋を用いて調製することができる。或いは、抗体は、二つのＦｃ領域を有するように加工して、それにより補体溶解及びＡＤＣＣ能力を向上させることもできる。Stevenson等, Anti-Cancer Drug Design 3: 219-230 (1989)参照。
【０１５９】
免疫コンジュゲート
また、本発明は、化学治療薬、毒素（例えば、細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素、又はその断片）などの細胞障害性薬、或いは放射性同位体（即ち、放射性コンジュゲート）と抱合している抗体を含む免疫複合体に関する。
このような免疫複合体の生成に有用な化学治療薬を上に記載した。用いることのできる酵素活性毒素及びその断片には、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン(modeccin)Ａ鎖、アルファ-サルシン、アレウリテス・フォーディ(Aleurites fordii)タンパク質、ジアンチン(dianthin)タンパク質、フィトラカ・アメリカーナ(Phytolaca americana)タンパク質（PAPI、PAPII、及びPAP-S）、モモルディカ・チャランチア(momordica charantia)インヒビター、クルシン(curcin)、クロチン(crotin)、サパオナリア・オフィシナリス(sapaonaria oficinalis)インヒビター、ゲロニン(gelonin)、ミトゲリン(mitogellin)、レストリクトシン(restrictocin)、フェノマイシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)及びトリコテセン(tricothecene)が含まれる。放射性コンジュゲート抗体の生成には、様々な放射性ヌクレオチドが利用可能である。例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、及び１８６Ｒｅが含まれる。
【０１６０】
抗体及び細胞障害性薬の複合体は、種々の二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ-スクシンイミジル-３-(２-ピリジルジチオール)プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣＬ等）、活性エステル（ジスクシンイミジルスベレート等）、アルデヒド（グルタルアルデヒド等）、ビス-アジド化合物（ビス(ｐ-アジドベンゾイル)ヘキサンジアミン等）、ビス-ジアゾニウム誘導体（ビス-(ｐ-ジアゾニウムベンゾイル)-エチレンジアミン等）、ジイソシアネート（トリエン２，６-ジイソシアネート等）、及びビス-活性フッ素化合物（１，５-ジフルオロ-２，４-ジニトロベンゼン等）を用いて作製できる。例えば、リシン免疫毒素は、Vitettaら, Science 238:1098 (1987)に記載されているように調製することができる。カーボン-１４-標識１-イソチオシアナトベンジル-３-メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ-ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への抱合のためのキレート剤の例である。WO94/11026参照。
他の実施態様では、腫瘍の予備標的化で使用するために、抗体は「レセプター」（ストレプトアビジン等）に抱合されてもよく、抗体-レセプター複合体は患者に投与され、次いで清澄化剤を用いて未結合複合体を循環から除去し、次に細胞障害性薬（例えば、放射性ヌクレオチド等）に抱合された「リガンド」（アビジン等）を投与する。
【０１６１】
免疫リポソーム
また、ここに開示する抗体は、免疫リポソームとして調製してもよい。抗体を含むリポソームは、Epsteinら, Proc. Natl. acad. Sci. USA, 82:3688 (1985)；Hwang等, Proc. natl. Acad. Sci. USA, 77:4030 (1980)；及び米国特許第4,485,045号及び第4,544,545号に記載されたような、この分野で知られた方法で調製される。向上した循環時間を持つリポソームは、米国特許第5,013,556号に開示されている。
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ-誘導ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ-ＰＥ）を含む脂質組成物での逆相蒸発法によって生成される。リポソームは、所定サイズのフィルターを通して押し出され、所望の径を有するリポソームが生成される。本発明の抗体のＦａｂ’断片は、Martin等, J. Biol. Chem. 257:286-288 (1982)に記載されているように、ジスルフィド交換反応を介してリポソームに抱合され得る。化学治療薬（ドキソルビシン等）は、場合によってはリポソーム内に包含される。Gabizon等, J. National Cancer Inst. 81(19) 1484 (1989)参照。
【０１６２】
抗体の製薬的組成物
ここに記載のＳＴＯＰ−１ポリペプチドに特異的に結合する抗体、並びに上記に開示したスクリーニングアッセイで同定された他の分子は、上記及び下記に記載のような様々な疾患の治療のために、製薬組成物の形態で投与することができる。
また、リポフェクション又はリポソームを、本発明のポリペプチド、核酸分子、抗体、アンタゴニスト又は組成物を細胞に導入するために利用することができる。抗体断片が用いられる場合には、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最小阻害断片が好ましい。例えば、抗体の可変領域配列に基づいて、標的タンパク質配列に結合する能力を保持するペプチド分子を設計することができる。このようなペプチドは、化学的に合成でき及び／又は組換えＤＮＡ技術によって生成できる。例えば、Marasco等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 7889-7893 (1993)参照。
ここでの製剤は、治療すべき特定の徴候に必要な場合に一つ以上の活性化合物、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を持つものも含んでよい。或いは、又はそれに加えて、組成物は、例えば細胞障害性剤、化学療法剤又は成長阻害剤などのその機能を亢進する薬剤を含んでもよい。これらの分子は、適切には、意図する目的に有効な量の組み合わせで存在する。
【０１６３】
また、活性成分は、例えばコアセルベーション技術により又は界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えば、各々ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン-マイクロカプセル及びポリ(メタクリル酸メチル)マイクロカプセル中、コロイド状薬物送達系(例えば、リポソーム、アルブミン小球、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル)中、又はマイクロエマルション中に包括されていてもよい。これらの技術は、Remington's Pharmaceutical Science 、上掲に開示されている。
インビボ投与に使用される製剤は無菌でなければならない。これは、滅菌濾過膜を通した濾過により容易に達成される。
【０１６４】
徐放性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、このマトリクスは成形された物品、例えばフィルム、又はマイクロカプセルの形状である。除放性マトリクスの例は、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ(２-ヒドロキシエチル-メタクリレート)又はポリ(ビニルアルコール)）、ポリラクチド（米国特許第3,773,919号）、Ｌ-グルタミン酸とγ-エチル-Ｌ-グルタマートのコポリマー、非分解性エチレン-酢酸ビニル、LUＰＲＯN DEPOT（商品名）（乳酸-グリコール酸コポリマーと酢酸リュープロリドからなる注射可能なマイクロスフェア）等の分解性乳酸-グリコール酸コポリマー、ポリ-(Ｄ)-３-ヒドロキシブチル酸を含む。エチレン-酢酸ビニル及び乳酸-グリコール酸などのポリマーは分子を１００日に亘って放出することができるが、ある種のヒドロゲルはより短時間でタンパク質を放出してしまう。カプセル化された抗体が身体内に長時間残ると、それらは３７℃の水分に露出されることにより変性又は凝集し、その結果、生物学的活性の低下及び起こりうる免疫原性の変化をもたらす。合理的な方法は、含まれる機構に依存する安定化について工夫することができる。例えば、凝集機構がチオ-ジスルフィド交換を通した分子間Ｓ-Ｓ結合形成であると発見された場合、安定化はスルフヒドリル残基の修飾、酸性溶液からの凍結乾燥、水分含有量の制御、適切な添加剤の付加、及び特異的ポリマーマトリクス組成物の開発によって達成されうる。
【０１６５】
抗ＳＴＯＰ−１抗体を用いた治療方法 
ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに対する抗体を上述したような血管形成を悪化させる又は血管形成に関連した様々な増殖性の疾病又は疾患の治療に用いることができる。
抗体は、哺乳動物、好ましくはヒトに、周知の方法、例えば、ボーラスとして又は所定時間に渡る連続注入による静脈内投与、筋肉内、腹膜内、脳脊髄内、皮下、関節間、滑膜内、鞘内、経口、局所、又は吸入経路などにより投与される。抗体の静脈内投与が好ましい。 
他の治療的処方計画を上述の本発明の抗体の投与と組み合わせてもよい。例えば、抗体で癌の治療をする場合は、このような抗体で治療される患者は放射線治療を受けてもよい。あるいは、又はそれに加えて、患者に化学治療剤を投与してもよい。このような化学治療剤の調製法及び用量スケジュールは、製造者の指示に従って使用されるか、熟練した実務者により経験的に決定される。そのような化学治療に対する調製法及び用量スケジュールはまたChemotherapy Service M.C. Perry編, (Williams &amp; Wilkins, Baltimore, MD, 1992)にも記載されている。化学治療剤は、抗体の投与に先立って、又は続いて投与してもよく、あるいはそれらと同時に投与してもよい。抗体は、タモキシフェン又はEVISTＴＭ等の抗エストロゲン化合物又はオナプリストンなどの抗プロゲステロン（EP 616812参照）の、それらの分子について知られた用量で組み合わせてもよい。
【０１６６】
また、抗体を癌の治療に使用する場合、他の腫瘍関連抗原に対する抗体、例えば一又は複数のＥｒｂＢ２、ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、又はＶＥＧＦレセプターに結合する抗体を投与することも好ましい。また、上述した薬剤も含む。抗体は適切に連続投与されるか、又は、放射活性物質の照射又は投与を含んでも含まなくても、放射線学的治療と組合せられる。あるいは、又はそれに加えて、ここで開示されており、同じか、又は二又はそれ以上の異なる抗原に対して結合する二又はそれ以上の抗体を、患者に同時投与してもよい。ときどきは、患者に一又は複数のサイトカインを投与することも有利である。好ましい実施態様では、ここの抗体は、成長阻害剤と同時投与される。例えば、まず成長阻害剤を投与し、続いて本発明の抗体を投与する。しかしながら、同時投与、又は本発明の抗体を最初に投与することも考えられる。成長阻害剤についての適切な用量は現在用いられている量であるが、成長阻害剤とこの抗体との組み合わせ（相乗）効果により減少させ得る。 
【０１６７】
一実施態様において、腫瘍の血管新生は、組合せ治療において攻撃される。抗-ＳＴＯＰ−１ポリペプチド抗体及び他の抗体(例えば抗-ＶＥＧＦ)は、例えば腫瘍又は転移病巣の壊死がみられるように決定された治療的有効量で、腫瘍を有する患者に投与される。この治療は、好ましい効果が観察されるか、又は腫瘍又は任意の転移病巣の痕跡がなくなるまで続けられる。ついで、ＴＮＦを、単独で、又は補助剤、例えばアルファ-、ベータ-又はガンマ-インターフェロン、抗-ＨＥＲ２抗体、ヘレグリン(heregulin)、抗ヘレグリン抗体、Ｄ-因子、インターロイキン-１(ＩＬ-１)、インターロイキン-２(ＩＬ-２)、顆粒球-マクロファージコロニー刺激因子(ＧＭ-ＣＳＦ)、又は腫瘍中の微細血管凝固促進剤、例えば抗-プロテインＣ抗体、抗-プロテインＳ抗体、又はＣ４ｂ結合プロテイン(1991年2月21日公開のWO91/01753)、又は熱ないし照射と組み合わせて投与する。
補助剤はその有効性に応じて変わり、便宜的な方式でスクリーニングされるマトリクスにより、腫瘍における影響力と比較することが望ましい。抗-ＳＴＯＰ−１ポリペプチド抗体及びＴＮＦの投与は、所望する臨床効果が達成されるまで繰り返される。また、抗-ＳＴＯＰ−１ポリペプチド抗体は、ＴＮＦ、場合によっては補助剤と共に投与される。固形腫瘍が、四肢又は一般的な循環器からの単離が可能な他の位置で見出される例では、ここに記載される治療薬は単離された腫瘍又は器官に投与される。他の実施態様において、ＦＧＦ又はＰＤＧＦアンタゴニスト、例えば抗-ＦＧＦ又は抗-ＰＤＧＦ中和剤は、抗-ＳＴＯＰ−１ポリペプチド抗体と共に患者に投与される。抗-ＳＴＯＰ−１ポリペプチド抗体を用いた治療は、好ましくは傷の治癒又は所望する新血管新生の期間中は中止する。 
【０１６８】
増殖性疾患の予防又は治療のための、ここでの抗体の適切な用量は、上記で定義したような治療される疾患の型、疾患の重篤さ及び経過、防止又は治療目的で薬剤が投与されるか否か、従前の治療、患者の病歴及び抗体に対する反応、及び主治医の裁量による。抗体は、適切には患者に一回又は一連の治療に渡って適切に投与される。 
例えば、疾患の型及び重篤さに応じて、約１μｇ／ｋｇから５０ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．１−２０ｍｇ／ｋｇ）の抗体が、例えば、１又はそれ以上の別々の投与あるいは連続注入のいずれにしても、患者に投与するための最初の候補用量である。典型的な１日の用量は、上記の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上であろう。数日以上に渡る繰り返し投与のためには、状態に応じて、疾患の徴候に所望の抑制が現れるまで治療が繰り替えされる又は維持される。しかしながら、他の用量計画が有用であることもある。この治療の進行は、従来の技術及びアッセイ、例えばＸ線腫瘍イメージングによって容易に監視される。 
【０１６９】
抗体を有する製造品 
また、抗体を収容する容器とラベルをも具備する製造品も提供される。このような製造品は上述しており、ここで活性剤は抗-ＳＴＯＰ−１抗体である。 
抗体を用いた腫瘍の診断及び予知 
抗体が使用される徴候が癌である場合、或る種の腫瘍で過剰発現される成長レセプター等の細胞表面タンパク質は候補薬剤又は腫瘍（例えば、癌）治療の優れた標的であるが、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドと同じタンパク質は腫瘍の診断及び予知におけるさらなる用途が見出されている。例えば、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドに対して向けられる抗体は腫瘍の診断及び予知に使用することができる。 
例えば、抗体断片を含む抗体は、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする遺伝子を含む遺伝子の発現の定性的又は定量的検出に用いることができる。抗体は、好ましくは検出可能な、例えば蛍光標識を備え、結合は光学顕微鏡、フローサイトメトリー、フルオロメトリー、又はこの分野で知られた他の技術によって監視できる。このような結合アッセイは、実質的に上述のように実施される。 
マーカー遺伝子産物に結合する抗体のインサイツ検出は、例えば、免疫蛍光又は免疫電子顕微鏡によって実施できる。この目的のために、組織学的試料を患者から取り出し、好ましくは生物学的試料に抗体を被せることにより、標識抗体をそれに適用する。この手法はまた、試験される組織におけるマーカー遺伝子産物の分布も決定できるようにする。当業者には、インサイツ検出のために広範な組織学的方法が容易に利用できることは明らかであろう。 
【０１７０】
本明細書で引用した全ての印刷物（特許及び特許文献を含む）を、出典明示によりここに取り込む。 
ここでの寄託は、特許手続き上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約及びその規則(ブダペスト条約)の規定に従って行われた。これは、寄託の日付から３０年間、寄託の生存可能な培養が維持されることを保証するものである。寄託物はブダペスト条約の条項に従い、またジェネンテク社とＡＴＣＣとの間の合意に従い、ＡＴＣＣから入手することができ、これは、どれが最初であろうとも、関連した米国特許の発行時又は任意の米国又は外国特許出願の公開時に、寄託培養物の後代を永久かつ非制限的に入手可能とすることを保証し、米国特許法第１２２条及びそれに従う特許庁長官規則(特に参照番号８８６ＯＧ６３８の３７ＣＦＲ第１．１４条を含む)に従って権利を有すると米国特許庁長官が決定した者に子孫を入手可能とすることを保証するものである。
本出願の譲受人は、寄託した培養物が、適切な条件下で培養されていた場合に死亡もしくは損失又は破壊されたならば、材料は通知時に同一の他のものと即座に取り替えることに同意する。寄託物質の入手可能性は、特許法に従いあらゆる政府の権限下で認められた権利に違反して、本発明を実施するライセンスであるとみなされるものではない。
【０１７１】
実施例で言及されている市販試薬は、特に示さない限りは製造者の使用説明に従い使用した。ＡＴＣＣ登録番号により以下の実施例及び明細書全体を通して特定されている細胞の供給源はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション、マナッサス、ＶＡである。特に記さない限り、本発明は上記及び以下の教科書に記載されたもののような組換えＤＮＡ技術の標準的な手法を用いた：上掲のSambrook等; Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology（Green Publishing Associates and Wiley Interscience, N.Y., 1989）；Innis等, PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications（Academic Press, Inc.; N.Y.., 1990)；Harlow等, Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Press: Cold Spring Harbor 1988)；Gait, Oligonucleotide synthesis（IRL Press, Oxford, 1984）；Freshney, Animal Cell Culture, 1987；Coligan等, Current Protocols in Immunology, 1991。 
本明細書及び特許請求の範囲全体を通して、「含む」なる語彙、又は「含む」ないし「含んでいる」の変形型は、定めた完全体又は完全体の群を包含するもので、任意の他の完全体又は完全体の群を除外するものではない。
前記の明細書は、当業者に本発明を実施できるようにするために十分であると考えられる。以下の実施例は例示的目的のためのみに示すのであり、本発明の範囲が多少なりとも限定されるものではない。実際、ここに示し記載したものに加えて、本発明を様々に改変することは、前記の記載から当業者にとっては明らかなものであり、添付の特許請求の範囲内に入るものである。
【０１７２】
実施例
実施例１  ＳＴＯＰ−１は進化の過程で保存される。
ヒト、マウス及びゼブラフィッシュのＳＴＯＰ−１を含む核酸分子をＰＣＲにより得た。ヒト、マウス及びゼブラフィッシュのＳＴＯＰ−１に相同な配列はＧｅｎｅｂａｎｋ  データベース  マウスＥＳＴ：ＡＫ００３６７４；ニワトリＥＳＴｓ：Ａｌ５８５１２９、ＡＬ５８５１３０；メダカＥＳＴｓ：ＢＪ４９０４３１、ＢＪ４９８０８０、ＢＪ５１０２０３、ＢＪ５０４７３０；及びゼブラフィッシュＥＳＴｓ：ＡＬ７２７８７４、ＡＷ５９５３８８；及びＨＧＴ  ＡＬ８４４５２１で見つけることができる。ヒト、マウス、メダカ、ゼブラフィッシュ及びニワトリのＳＴＯＰ−１核酸分子の核酸配列はそれぞれ配列番号：１、３、５、７及び９に記載する。それらのアミノ酸配列はそれぞれ配列番号：２、４、６、８及び１０と図１に示す。ヒトＳＴＯＰ−１のｃＤＮＡは以下に示すように、ブダペスト条約の規約のもとにアメリカ培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ）, 10801 University Blvd., Manassas, VA 20110-2209, USAに委託した。
種        材料                      委託番号              委託日
ヒト      ７６３９３−１６６４      ２０３３２３           １９９８年１０月６日
ヒト      ｈ７６２ＨＩＰ            ＰＴＡ−５０１９       ２００３年２月２１日
多種の高等脊椎動物種（ヒト、マウス、ニワトリ、ゼブラフィッシュ及びメダカ）の間でのアミノ酸配列は、特に三重らせんドメインを含むＣ末端ドメインに高く保存される部位を示す（図１）。コンセンサス配列中のアステリスクがすべての種で保存されている残基を示す。黒丸はほとんどの種で保存されている残基を示す。
図２はヒトＳＴＯＰ−１タンパク質を示す。囲みの配列はシグナル切断部位を示す。三重らせん体領域を下線で示す。
【０１７３】
実施例２  ＳＴＯＰ−１は腫瘍で過剰に発現される
マイクロアレイ(GeneExpress , GeneLogic Inc., Gaithersburg, MD)から得た遺伝子発現情報を含む適切なデータベースを、多種の腫瘍でのＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡの発現について解析した（ＢＬＩＳＴ分析、GeneExpressと共に使用するためにGenentech, Inc.で開発して登録商標権を得たソフトウェア）。分析した組織のタイプには、脂肪、副腎、血管は、胸部、頸部、CNS、結腸直腸子宮内膜、食道、胆嚢、頭部及び首、心臓、造血、腎臓、肝臓、肺、リンパ系、筋肉、子宮筋層、内分泌系(euroendocrine)、卵巣、膵臓、前立腺、皮膚、小腸、軟部組織、胃、精巣、胸腺、甲状腺、及び泌尿器と、正常組織（胸部、大腸、肺、卵巣及び腎臓）が含まれる。ＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡレベルは、骨、胸部、頸部、結腸直腸、子宮内膜、食道、神経膠腫、頭部及び首、腎臓、肺、内分泌系(euroendocrine)、卵巣、膵臓、皮膚、軟部組織、胃、甲状腺、及び、泌尿器の腫瘍で特に高く観察された。
また、多種の腫瘍及び正常組織（胸部、大腸、肺、卵巣及び腎臓）から得た全ＲＮＡにおいて逆転写（ＲＴ）及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による特定の標的であるＳＴＯＰ−１（配列番号：１）を増幅させることによってＲＮＡ発現を確認した。組織はGenentech病理部門から入手し、ＲＮＡは塩化セシウム遠心分離法にて調製した。
【０１７４】
一工程のＲＴ−ＰＣＲ反応液は、１０×バッファーＡ(Applied Biosystems)、１０単位 ＲＮアーゼインヒビター、２００μＭ  ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、５ｍＭ  ＭｇＣｌ２、１．２５単位 Ｔａｑ  Ｇｏｌｄポリメラーゼ、２５単位  ＭＵＬＶ逆転写酵素(PE Biosystems)、５０ｎｇ全量ＲＮＡ、２００ｎＭ  遺伝子特異的ハイブリダイゼーションプローブ (FAM-CATCCAGTAGAAGCATCTCCTTTTGGGTAA-TAMRA) (配列番号：２３)、３００ｎＭ  遺伝子特異的フォワードプライマー(GGGTTGGCACTTGTTCAGA) (配列番号：２４) 及び３００ｎＭ  遺伝子特異的リバースプライマー(CAATAATGATGCGAGAAACTGAAT) (配列番号：２５) を最終体積５０μｌに水で調製した。熱サイクル条件は以下の通り：１）４８℃、３０分；２）９５℃、１０分；及び３）９５℃で１５秒及び６０℃で１分を４０サイクル、ABI 7700 配列検出システムを使用。転写レベルはハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤＨ又はＲＰＬ１９で標準化した。
タックマン分析によりこれら腫瘍、特に膵臓、腎臓、胸部、肺、卵巣、結腸直腸腫瘍、軟部組織、胃甲状腺および泌尿器腫瘍においてＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡの過剰発現が確認された。胸部腫瘍及び大腸腫瘍試料の１８のうち１４に正常試料と比較して５〜２７倍の過剰発現がみられた。また、他の腫瘍タイプは程度は小さいが増加がみられた。この腫瘍タイプには、副腎、骨、頸部、子宮内膜、食道、頭部及び頸部、腎臓、肝臓、及び内分泌(euroendocrine)が含まれた。
【０１７５】
実施例３  インサイツハイブリダイゼーション研究
（ａ）プローブ合成
１２．０μｌ（１２５ｍＣｉ）の［α−３３Ｐ］ＵＴＰ(NEN/Perkin-Elmer NEG307H)をシリコン処理した１．５μｌマイクロチューブ (Eppendorf)中で急速吸引乾燥した。乾燥した３３Ｐ−ＵＴＰを含む各チューブに、以下の試薬を加え、３７℃のウォーターバス中で１時間インキュベートした：
２．０μｌ  転写最適化５×バッファー(Promega, P1181) 
２．０μｌ  ＳＱ  Ｈ２Ｏ  
１．０μｌ  ＤＴＴ，１００ｍＭ (Promega, P1171) 
２．０μｌ  ｒＮＴＰ混合液，２．５ｍＭ［１０ｍＭ  ｒＡＴＰ (Promega, P113B)、ｒＣＴＰ  (Promega, P114B)及びＧＴＰ(Promega, P115B)をそれぞれ１０μｌ+ １０μｌ  ヌクレアーゼ−Ｆｒｅｅ  Ｈ２Ｏ(Promega, P1193)] 
１．０μｌ  ＲＮａｓｉｎ  リボヌクレアーゼインヒビター(Promega, N2511) 
１．０μｌ  鋳型ＤＮＡ(センス鎖コントロールプローブ転写上流にあるバクテリオファージＴ７、及びアンチセンス鎖プローブ転写下流にあるバクテリオファージＴ３のＲＮＡポリメラーゼプロモータに隣接しているヒトＳＴＯＰ−１コード化配列の一部をコードしている線状ＰＣＲ増幅ＤＮＡ鋳型１μｇ)
転写反応液中のセンス及びアンチセンスプローブの配列：
2011026321.tif 000036
１．０μｌ  ＲＮＡポリメラーゼＴ３(Promega, P2083) 、アンチセンスプローブ用
１．０μｌ  ＲＮＡポリメラーゼＴ７(Promega, P2075) 、センスプローブ用
【０１７６】
次に、１μｌのＲＱ１  ＲＮアーゼ−ＦｒｅｅＤＮアーゼ(Promega, M6101)を放射線活性標識したＲＮＡプローブを含むエッペンドルフチューブに添加し、更に反応液を３７℃で１５分間インキュベートした。この工程で鋳型ＤＮＡを分解した。分解反応を止めるために、９０  μｌ  ＴＥ（１０ｍＭ  トリスｐＨ７．６／１ｍＭ  ＥＤＴＡ  ｐＨ８．０）をエッペンドルフチューブに添加した。組み込まれなかったヌクレオチドをＲＮアーゼミニキット(Qiagen 74104, Germantown, MD)を用いて除去した。
ＤＥ８１イオン交換紙(Whatman, 3658 325)の異なる円上に１μｌのプレフィルタープローブと１μｌの濾過を行うプローブをピペッティングすることによってプローブの回収率を決定した。試料をシンチレーションガラス瓶(Wheaton Scientific, 986701)中の６ｍｌのBiofluor (Packard, 6NEF-961)に浸し、Beckman LS 6500で数を数えた。
次に、転写産物の特有の長さを確認するために、プローブを６％ポリアクリルアミドＴＢＥ／尿素ゲル(Novex EC6865, Invitrogen, Carlsbad, CA)でプローブを分析した。１×１０６ｃｐｍのプローブ又は２μｌの Novagen Perfect RNAマーカー０．１−１ｋｂ(Novagen 69924-1)を３μｌ  ＴＢＥ／尿素試料バッファー(Novex, LC6876)に添加した。ＲＮＡを９５℃３分間で熱変性させ、すぐに氷上で冷ました。試料に１８０−２５０ボルトの電極を４５分間与えた。ゲルを増感遮蔽板と共にBiomax MSフィルム(Kodax, 829 4985)に−７０℃の冷凍室で１時間露光させた。
【０１７７】
（ｂ）インサイツハイブリダイゼーション
初めに、正常及び腫瘍組織の切片についてインサイツハイブリダイゼーションを行った。以下に記載の技術を用いて、ヒトＳＴＯＰ−１センス及び抗センスＲＮＡプローブをスライドにハイブリダイゼーションさせた。更に、多くの正常及び腫瘍組織標本を含む組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）の切片について分析を行った。ＴＭＡ切片をアンチセンスＲＮＡプローブ単独でハイブリダイゼーションを行った。
３７℃で一昼夜の後６５℃で３０分間スライドをオーブンで焼き、組織をガラスに接着させた。切片をキシレン(Richard Allen, Kalamazoo, MI)に５分ずつ３回インキュベートした後等級エタノールから蒸留水で再水和することによってLeica Autostainer XL(Leica, Deerfield, IL)で脱パラフィンした。そして、スライドを２×ＳＳＣ（０．３Ｍ  ＮａＣｌ，０．０３０Ｍ  クエン酸ナトリウム，ｐＨ７．０）にて５分間ずつ２回洗浄した。スライドを２０μｇ／ｍｌ  プロテナーゼＫ(Roche Diagnostics, Indianapolis, IN)を含む１０ｍＭ  トリスｐＨ８．０／０．５Ｍ  ＮａＣｌ溶液にて３７℃で１５分間処理し、０．５×ＳＳＣ（０．０７５Ｍ  ＮａＣｌ，０．００７Ｍ  クエン酸ナトリウム，ｐＨ７．０）にて１０分間洗浄した。スライドをエタノール勾配法（７０％−  ９５％−  １００％）にて再水和し、乾燥させた。スライドを１００μｌのハイブリダイゼーションバッファー（５０％ホルムアミド、１０％デキストラン硫酸、及び２×ＳＳＣ）で覆い、４２℃で１−４時間プレハイブリを行った。２×１０６ｃｐｍの濃度の上記した［３３Ｐ］−標識一本鎖ＳＴＯＰ−１プローブ（アンチセンス起源）を１ｍｇ／ｍｌ  ｔＲＮＡを含む１００μｌのハイブリダイゼーションバッファーに溶解し、一スライド上にプレハイブリダイゼーションバッファーを添加し、よく混ぜて、カバーグラスで覆い、密閉した加湿容器中にて５５℃で一晩ハイブリダイゼーションを行った。
【０１７８】
同様に［３３Ｐ］−標識したセンス鎖起源の一本鎖ＳＴＯＰ−１プローブを用いて同じ組織片由来のもう一つのスライドで前述のハイブリダイゼーション法を行った。
ハイブリダイゼーション後、スライドを１ｍＭ  ＥＤＴＡを含む２×ＳＳＣにて室温で１０分間２回洗浄し、２０μｇ／ｍＬ  ＲＮアーゼＡを含む１０ｍＭ  トリスｐＨ８、０．５Ｍ  ＮａＣｌにて３７℃で３０分間インキュベートした。スライドを１ｍＭ  ＥＤＴＡを含む２×ＳＳＣにて室温で１０分間洗浄した後、１ｍＭ  ＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣにて５５℃で３０分間４回洗浄し、さらに０．５×ＳＳＣにて室温で１０分間洗浄した。０．３Ｍ  酢酸アンモニウムを含む９０%、７０%及び５０%エタノールでそれぞれ２分間ずつ再水和し、乾燥させた。
実験の成功を前評価するためにスライドをＸ線フィルム(Biomax MR Film, Kodax, 870 1302)に１６時間露光させた。ついでスライドをＮＴＢ２エマルジョン (Kodax, 165 4433) ［１：１に水で希釈］に浸し、暗室で一晩乾燥させ、乾燥剤と共に光密着ボックス(light tight box)内に移し、４週間露光させた。４週間後、Ｄ−１９展開液［１：１に水で希釈］にて１５℃で３分間展開し、すすいで、ＧＢＸ固定液にて１５℃で６分間固定した。病理学者による評価に先立って、スライドをヘマトキシリン及びエオジンで対比染色した。
表７にインサイツハイブリダイゼーション実験の結果を示す。
【０１７９】
表７
2011026321.tif 000037
2011026321.tif 000038
インサイツハイブリダイゼーションでは、試験した正常試料のほとんどはＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡについてネガティブであることを示した。一方、驚くほど多い数の肺腫瘍、大腸腫瘍、膵臓腫瘍、肝臓癌、黒色腫、卵巣がん、子宮体癌及び膀胱移行上皮癌は、有意なＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ発現を示した。さらに、ＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡは、主に間質（例えば肺扁平上皮癌、腺癌、乳癌）で発現され、腫瘍性細胞でＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡを発現する黒色腫を除き大部分の腫瘍の上皮領域には発現されなかった。上皮細胞にＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ発現がある甲状腺組織を除き、ＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡポジティブを試験した少しの正常組織は、間質性組織に発現を示した。「−」は、組織が調べられなかったことを示す。
【０１８０】
実施例４−正常組織のＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡのノーザン分析
ヒト及びマウスＳＴＯＰ−１ｃＤＮＡプローブ（完全長コード化配列）をランダムプライムキット(Perkin-Elmer)により放射性標識し、製造者の指示に従ってヒト多組織及びマウス胚のブロット(Clontech)解析に用いた。結果を図３Ａ及びＢに示す。
正常な成人組織のうち、胎盤、心臓及び骨格筋で最もＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡの発現が高かった（図３Ａ）。図３Ｂに示すノーザンブロットでは発生中のマウス７、１１、１５及び１７日胚でＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡの強い発現が示される。
【０１８１】
実施例５  ＳＴＯＰ−１ＤＮＡコンストラクト
（ａ）哺乳動物発現
すべての野生型及び変異型ヒト、マウス及びゼブラフィッシュＳＴＯＰ−１ｃＤＮＡ配列はＰＣＲにより作製し、哺乳動物細胞での発現のための合成８×ＨＩＳタグコード配列（ＨＩＰ）を有するｐＩＲＥＳｐｕｒｏ２ベクター(BD Biosiences)又はｐＩＲＥＳｐｕｒｏ２で発現させた。ヒトＦＡＰｃＤＮＡはＮ末端ｐＦＬＡＧ−ＣＭＶベクター(Sigma)にて発現させた。
【０１８２】
表８
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【０１８３】
（ｂ）バキュロウイルス発現
バキュロウイルスでの発現のために、以下のようなヒトＳＴＯＰ−１コンストラクトを作製した：
ヒトＳＴＯＰ−１のＳ３１−Ｋ２４３をコードするＳ３１ヒトＳＴＯＰ−１−ｐＡｃＧＰ６７Ｂ、Ｌ９４−Ｋ２４３をコードするＬ９４ヒトＳＴＯＰ−１−ｐＡｃＧＰ６７Ｂ、及び、Ｅ８９−Ｋ２４３をコードするＥ８９ヒトＳＴＯＰ−１−ｐＡｃＧＰ６７Ｂ。  Ｓ３１ヒトＳＴＯＰ−１−ｐＡｃＧＰ６７Ｂは二工程ＰＣＲ法で生成した。５’断片は、プライマー＃１６１３４４(GGATCGTCGGTTTTGTACAATATGT) (配列番号：71)及び＃１６１３４７(GGGGATCTCAGACGCAAAGGCAGAATGCGC) (配列番号：72)を用いて、ｐＡｃＧＰ６７Ｂから生成した。３’断片は、プライマー＃１６１３４８(TCTGCCTTTGCGTCTGAGATCCCCAAGGGG) (配列番号：73)及び＃１６１７３２(CCGTTCTGCAGTTAATGATGATGATGATGATGATGATGG) (配列番号：74)を用いてＤＮＡ＃８４６９４から生成した。完全長の挿入断片は（ついでｐＡｃＧＰ６７Ｂ内にサブクローニングするもの）、＃１６１３４４及び＃１６１７３２を用いてＰＣＲ反応５’及び３’断片相当部位から生成した。
Ｌ９４ヒトＳＴＯＰ−１−ｐＡｃＧＰ６７Ｂは二工程ＰＣＲ法により生成した。５’断片は、プライマー＃１６１３４４及び＃１６１３４９(GCTTTCCCTCAGCGCAAAGGCAGAATGCGC) (配列番号：75)を用いてｐＡｃＧＰ６７Ｂから生成した。３’断片は、プライマー＃１６１３５０(TCTGCCTTTGCGCTGAGGGAAAGCTTTGAGG) (配列番号：76)及び＃１６１３４６  (CCGGGATCCTTAATGATGATGATGATGATGAT) (配列番号：77)を用いてＤＮＡ＃８４６９４から生成した。完全長の挿入断片は（ついでｐＡｃＧＰ６７Ｂ内にサブクローニングするもの）、＃１６１３４４及び＃１６１３４６を用いてＰＣＲ反応５’及び３’断片相当部位から生成した。
【０１８４】
Ｃ末端Ｈｉｓタグを有するＳ３１−Ｋ２４３及びＬ９４−Ｋ２４３を含む２つの断片を生成するためにＤＮＡ＃８４６９４のＰＣＲ増幅を行った。ＰＣＲ断片をバキュロウイルス転移ベクターｐＡｃＧＰ６７Ｂ(PharMingen)内にサブクローニングし、ついでＳｆ９細胞内でBaculoGold DNA (PharMingen)を同時形質移入した。組み換えウイルスを単離して、Ｓｆ９細胞内で増幅させた。
Ｅ８９ヒトＳＴＯＰ−１−ｐＡｃＧＰ６７Ｂを二工程ＰＣＲ法にて生成した。５’断片は、プライマー＃１６１３４４(GGATCGTCGGTTTTGTACAATATGT) (配列番号：71)及び＃１６１３５１(ATTCCCCCTTTTCCGCAAAGGCAGAATGCGC) (配列番号：78)を用いて、ｐＡｃＧＰ６７Ｂから生成した。３’断片は、プライマー＃１６１３５２(TCTGCCTTTGCGGAAAAGGGGGAATGTCTGAG) (配列番号：79)及び＃１６１３４６(CCGGGATCCTTAATGATGATGATGATGATGAT) (配列番号：77)を用いて、ＤＮＡ＃８４６９４から生成した。完全長の挿入断片は（ついでｐＡｃＧＰ６７Ｂ内にサブクローニングするもの）、＃１６１３４４及び＃１６１３４６を用いてＰＣＲ反応５’及び３’断片相当部位から生成した。
【０１８５】
実施例６  ＳＴＯＰ−１ＤＮＡコンストラクトからの発現及びタンパク質の精製
ＤＮＡコード化ＳＴＯＰ−１ＤＮＡコンストラクトを、製造者(Roche)の指示に従ってリン酸カルシウム又はｆｕｇｅｎｅ６形質移入試薬を用いてＣＨＯ−ＤＰ１２細胞、ＣＨＯ−ｐｓｇｂ細胞（ハムスターガラクトシルトランスフェラーゼＩ欠損上皮ｐｇｓＢ−６１８ＣＨＯ細胞）（ＡＴＣＣ＃ＣＲＬ−２２４１）又は２９３細胞(Roche)内に形質移入した。成長培地には、１ｍＭ  ＮｉＣｌ、５ｍＭ  ＣａＣｌ２及び５０ｍＭ  トリスｐＨ７．６−８．０を添加した。形質移入後１６時間に、培地を含む血清を無血清培地に置き換え、４−６日間タンパク質を集積した。分泌されたタンパク質はＮｉ−ＮＴＡアガロースビーズを用いて精製した。
細胞溶解物からのタンパク質は、５０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ（ｐＨ  ７．５）、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１％トリトンＸ−１００、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、１×プロテアーゼインヒビターの混合液(ROCHE, [溶解バッファー])を含むバッファー中で、形質移入後４日の細胞を溶解することによって調製した。２５μｌの固定したタンパク質Ａ／Ｇアガロースビーズ(Pierce)で細胞溶解物を前除去（４℃で２時間）した後、抗ＨＩＳエピトープ抗体(Qiagen)及びタンパク質Ａ／Ｇアガロースビーズと共に等量（０．５ｍｌ）の溶解物（等量当たり４×１０５細胞）をインキュベーション（４℃で４時間）することによって免疫沈降を行った。免疫沈降物を溶解バッファーにて３回、リン酸緩衝生理水にて１回洗浄し、１０％ＳＤＳ  ＰＡＧＥにより分画して、ニトロセルロースメンブラン(Invitrogen)に転写する。マウス抗ＨＩＳ及びECLキット(Amersham)を用いてウェスタンブロット解析を行った。
図４ａに、組み換えタンパク質の発現に通常用いられるＣＨＯ−ＤＰ１２細胞が分泌型のＳＴＯＰ−１をほとんど産生していないことが示される。対照的に、プロテオグリカン合成を欠損しているＣＨＯ変異型細胞であるＣＨＯ−Ｐｓｇｂがより多くの分泌型ＳＴＯＰ−１を生成し、可溶型の分泌タンパク質の回収率がよい（図４ｂ）。ｐＲＫ５はネガティブ対照として形質移入した。図５ａ及びｂでは、Ｈｉｓタグタンパク質がＣＨＯ−ｐｓｇＢ形質移入細胞の細胞溶解物中及び上清中のそれぞれで抗Ｈｉｓ抗体により検出されたことを示す。
バキュロウイルスからのタンパク質産生のために、増幅したバキュロウイルスをＨｉ５細胞に感染させた。２７℃で３日培養後、遠心分離によって培養液を回収した。上清に５０ｍＭ  トリス８．０、１ｍＭ  ＮｉＣｌ２、５ｍＭ  ＣａＣｌ２を添加し、ｐＨを７．６に調製した。培養液を濾過して、Ｎｉ−ＮＴＡアガロースカラム(Qiagen)に流した。カラムは５０ｍＭ  トリス８．０、３００ｍＭ  ＮａＣｌ、２ｍＭ  ベンズアニリド、０．５ｍＭ  ＰＭＳＦ、及び５ｍＭ  イミダゾールにて洗浄した。３００ｍＭイミダゾールを含む同様なバッファーで溶出を行った。ＳＴＯＰ−１を含む分画を溜めて濃縮した。Superdex-75カラムに５０ｍＭ  トリス８．０、１００ｍＭ  ＮａＣｌ、０．５ｍＭ  ＰＭＳＦ、及び２ｍＭ  ベンズアニリドを流してタンパク質を精製した。ＳＴＯＰ−１含有分画を溜めて、濃縮し、結晶学的試験及び多の研究に用いた。
【０１８６】
実施例７  ＳＴＯＰ−１オリゴマー化
上記のように、完全長のＳＴＯＰ−１−ＨＩＳタンパク質又はその様々な切断型をＳＦ９バキュロウイルス感染細胞又はＣＨＯ細胞で発現させた。上記のように、Ｎｉ−ＮＴＡアガロースビーズを用いて培養液からタンパク質を精製した。バキュロウイルスの発現タンパク質であるＳ３１−Ｋ２４３−Ｈｉｓ、Ｅ８９−Ｋ２４３−Ｈｉｓ、又はＬ９４−Ｋ２４３−Ｈｉｓを８ｍｍ×３００ｍｍ  Ｓｈｏｄｅｘ  ＫＷ８０２．５サイズ排除カラムに流し、流速１ｍｌ／ｍｌの１００ｍＭ  ＮＨ４ＨＣＯ３、２００ｍＭ  ＮＨ４Ｃｌ  ｐＨ７．８で溶出させた。ＣＨＯ−ｐｓｇｂ発現完全長タンパク質を８ｍｍ×３００ｍｍ  Ｓｈｏｄｅｘ  ＫＷ８０４サイズ排除カラムに流し、流速１ｍｌ／ｍｌの２５ｍＭ  リン酸ナトリウム、５００ｍＭ  ＮａＣｌで溶出させた。ＣＨＯ−ｐｓｇｂ発現タンパク質であるＬ９４−Ｋ２４３−Ｈｉｓ融合Ｍ１−Ｍ５４を８ｍｍ×３００ｍｍ  Ｓｈｏｄｅｘ  ＫＷ８０２．５サイズ排除カラムに流し、流速１ｍｌ／ｍｌの２５ｍＭ  リン酸ナトリウム、５００ｍＭ  ＮａＣｌで溶出させた。
溶出したタンパク質は、Wyatt MiniDAWN レーザー光散乱(ＬＳ)装置及びWyatt Optilab差次的屈折計(ＲＩ)に接続したAgilent多波長検出器(ＵＶ)を有するAgilent Model 1100 HPLCシステムにより分析した。各ピークでのタンパク質平均分子量及びその集積物を、ピークを選択して、Ａｓｔｒａソフトウェアパッケージ(Wyatt, USA)有するＺｉｍｍフィッティング法(Phillip J. Wyatt , (1993) Analytica Chimica Acta 272:1-40)を使用することによって測定した。集積物の割合は、２１４ｎｍでのＵＶシグナルの明らかなピーク領域から算出した。結果として図６及び図７を参照。
【０１８７】
光分散分析は、バキュロウイルスＳ３１−Ｋ２４３−Ｈｉｓタンパク質が主に三量体分子を形成したことを示す（見かけの分子量は、７４ｋＤ、集積したピーク領域合計の９５％）（図６Ａ）。バキュロウイルスＥ８９−Ｋ２４３−Ｈｉｓタンパク質は、およそ三量体３６％及び六量体６４％である複合体を形成した（すなわち、３６％のピーク領域を表す見かけのＭＷ１２６ｋＤ、６４％のピーク領域を表す見かけのＭＷ６１ｋＤ）（図６Ｂ）。しかしながら、Ｅ８９−Ｋ２４３−Ｈｉｓによって形成される六量体複合体は奇数のシステインを有する異形であると思われている。三重らせん体ドメインを欠いているバキュロウイルスＬ９４−２４３タンパク質は、三量体複合体を形成する（９８％のピーク領域を表す見かけのＭＷ５９ｋＤ）（図６Ｃ）。これは、タンパク質のＮ末端ドメインおよび三重らせん体ドメインが三量体形成に必要でないことを示す。Ｌ９４−Ｋ２４３領域は十分である。ＴＨＤは三量体を安定させるために作用しうる。
また、ＣＨＯ−ｐｓｇｂで発現されるタンパク質は複合体を形成する（図７Ａ−Ｃ）。光分散分析は、完全長発現タンパク質（Ｍ１Ｋ２４３−Ｈｉｓ）がおよそ５８％の六量体と４２％の三量体である複合体を形成することを示した（図７Ａ）。デルタ−ＴＨＤ発現によって形成される複合体（Ｍ１−Ｍ５４及びＬ９４−Ｌ２４３−Ｈｉｓ）は、おそらくＣＨＯ細胞のタンパク質が様々にグリコシル化されているために、一部三量体であり（６１％のピーク領域を表す見かけのＭＷ６６ｋＤ）、質量において一部不均一であった（平均ＭＷ６２７ｋＤ）（図７Ｂ）。
ＳＤＳゲル上で、精製されたＣＨＯ−ｐｓｇＢ細胞で発現された完全長ＳＴＯＰ−１は、還元条件下では単量体として、非還元条件下（ＤＴＴなし）では二量体として移動する。図７Ｃを参照。結果として、ジスルフィド結合が２つの単量体の間で起こりうることを示す。   
【０１８８】
実施例８  ＳＴＯＰ−１の欠損及び点突然変異解析
完全長ＳＴＯＰ−１（ＷＴ）−Ｈｉｓ、デルタ−ＴＨＤ−Ｈｉｓ、デルタ−デルタ−ＴＨＤ−Ｈｉｓ、デルタ−Ｎ末端及びいくつかの点突発変異変異体は、上記のようにＣＨＯ−ｐｓｇｂ細胞において発現された。全細胞抽出物が調製された。全細胞抽出物又は培養液からの分量を還元条件又は非還元条件下にてＳＤＳゲル上で流し、抗Ｈｉｓ抗体でウェスタンブロッドを行った(ECL検出用キット, Amersham)。
図８Ａ及びＢは、ジスルフィド結合が上清及び溶解物それぞれの抽出物のＴＨＤ領域での２つの単量体の間で形成されたことを示す。ＴＨＤを欠損しているそれぞれの欠損変異体は、非還元条件下で二量体を形成できないシステイン５５を含む。ホモ二量体は、還元条件下でなく、非還元条件下で完全長タンパク質を発現する細胞の上清及び溶解物中にみられた。以下の表９に結果を要約する：
【０１８９】
表９
2011026321.tif 000047
「＋」は、分泌又は二量化のレベルが野生型ＳＴＯＰ−１と同じであることを示す。「−」は、二量化が本アッセイにおいて検出可能でなかったことを示す。
ヒトＳＴＯＰ−１の点突然変異体を、分泌して二量化する能力について試験した。図９Ａ及びＢは、野生型ＳＴＯＰ−１のタンパク質及びＧ５３Ａ変異型が分泌されたこと、ホモ二量体が上清及び溶解物中で、観察されたことを示す。しかしながら、１８６での変異体（「Ａ」に突然変異した「Ｎ」）、潜在的なグリコシル化部位は、培養物(culture media)中にみられ、二量体化されていなかった。多くの他の変異体もまた試験された。以下のように表１０に結果を要約する：
【０１９０】
表１０
2011026321.tif 000048
「＋」は、分泌又は二量化のレベルが野生型ＳＴＯＰ−１と同じかより良好だった（「＋＋」）ことを示す。「−」は、分泌又は二量化が本アッセイにおいて検出可能でなかったことを示す。Ｎ１８６Ａ以外のこれら全ての変異体は、分泌されて、ＳＤＳゲル上でＷＴと同じように流れた。
図１０Ａ及びＢは、システイン残基５５、９３及び１０９で点突発変異を有するヒトＳＴＯＰ−１タンパク質の状態を示す。また、点突発変異はタンパク質全体にわたる他のシステインにおいても起こった。以下のように表１１に結果を要約する：
【０１９１】
表１１
2011026321.tif 000049
「＋」は、分泌又は二量化のレベルが野生型ＳＴＯＰ−１と同じであることを示す。「−」は、二量化が本アッセイにおいて視覚的に検出可能でないことを示す。「−／＋」は、分泌又は二量化が本アッセイにおいてわずかに検出可能であることを示す。
すべての変異体が発現されたが、２つ（Ｃ５５Ａ及びＣ９３Ａ）だけは分泌された。Ｃ９３Ａは分泌されて、Ｃ５５Ａとは対照的に二量体を形成した。その分泌されたが二量体を形成しなかったことは、Ｃ５５が内部サブユニットジスルフィド結合に必要であることが示唆された。
【０１９２】
実施例９  Ｗｎｔ経路上方制御ＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ
ＳＴＯＰ−１遺伝子は、ヒト染色体８の８ｑ２２と８ｑ２３の間に位置する。遺伝子は、ＦＺＤ６遺伝子（縮んだ(frizzled)相同物８（ショウジョウバエ））、ＷＩＳＰ−１遺伝子（ＷＮＴ１誘導分泌タンパク質１）のような、Ｗｎｔシグナル伝達経路で重要なタンパク質をコードしている遺伝子の近くに位置する。少なくとも３の調節遺伝子が、原発性のヒト癌及び他の種の実験的腫瘍で変異するＷｎｔ経路にある。
ＭＭＴＶ−Ｗｎｔ−１トランスジェニックマウスはGenentech, Inc.によって調製された。これらのマウスは、ＭＭＴＶプロモータ制御下でＷｎｔ−１タンパク質を過剰発現させる。Ｃ５７Ｍｇ細胞はＷｎｔ−１を過剰発現しない。これらのマウスの胸部腫瘍を採取した。ｍＲＮＡは、胸部腫瘍から、又は、Ｃ５７Ｍｇ乳房上皮細胞から抽出された。製造業者の指示(Promega)に従ってオリゴ（ｄＴ）プライマー、トリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素(Promega)及び抽出されたmRNAを用いて逆転写反応を行った。ｍＲＬＰ１９プライマー及びマウスＳＴＯＰ−１のプライマーを用いてＥｘ−ｔａｑポリメラーゼ(Takara)により逆転写産物を元にＰＣＲを行った：
ｍＲＰＬ１９：
5'-ATCGCCAATGCCAACTCCCGTCA-3' (配列番号：80)と
5'-GCTTGCGTGCTTCCTTGGTCTTA-3' (配列番号：81)。
ｍＲＬＰ１９は、マウスのミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ１９（ＭＲＰＬ１９）であるハウスキーピングタンパク質である。ｍＲＬＰ１９に対するプライマーを用いたＰＣＲは、ｍＲＮＡの抽出及びＰＣＲのための対照として用いた。
ｍＳＴＯＰ−１：
5-TGCTGCTGCAGCTGCCCGCGCCGTCGAG-3 (配列番号：82)と
5-TCCAGTAGAAGCATCTCCTTTTGGGTAA-3 (配列番号：83)
結果は、ｍＳＴＯＰ−１  ｍＲＮＡはＭＭＴＶ−Ｗｎｔ−１トランスジェニックマウスの胸部腫瘍において発現されるが（図１１、レーンＴ１−Ｔ７）、Ｃ５７Ｍｇ正常なマウスの乳房上皮細胞では発現しない（「Ｎ」）ことを示す。したがって、Ｗｎｔシグナル伝達経路とＳＴＯＰ−１発現との関係が考えられる。
【０１９３】
実施例１０  他の遺伝子とSTOP-１の同時発現
遺伝子発現情報を含む登録商標のデータベース(GeneExpress , GeneLogic Inc., Gaithersburg, MD)を、ＳＴＯＰ−１と同じ組織で発現している遺伝子について分析した（BLIST分析、GeneExpressデータベース用としてGenentech, Inc.で開発され商標権を得たソフトウェア）。この方法により、胸部及び大腸腫瘍に発現の有意な相互関係を有するいくつかの遺伝子が同定された。胸部及び大腸腫瘍で同時に発現された遺伝子には、Ｗｉｓｐ−１（ＷＮＴ標的遺伝子）、ＳＦＲＰ２（可溶性のＷＮＴレセプター）、線維芽細胞作動性タンパク質（ＦＡＰ）、イオン癌(ion cancer)に関係した細胞表面セリンプロテアーゼ）、コラーゲンＩ型アルファ２鎖、コラーゲンＶ型アルファ２鎖、トロンボスポンジン２（ＴＨＢＳ２）（ＥＣＭ）、ＡＤＡＭ１２（ＭＭＰ酵素）、ＯＢ−カドヘリン、及び、ＯＳＦ−２（ＴＣＩタンパク質）が含まれた。後者の遺伝子は、細胞外マトリックスの形成及び／又は修飾へのＳＴＯＰ−１の関与が示唆される。
【０１９４】
実施例１１  ＳＴＯＰ−１は、生体外でＭＭＰ−７及びＭＭＰ−９によって切断される
材料：ヒトｈｉｓ−タグ付加ＳＴＯＰ−１のタンパク質はバキュロウイルス発現系を用いて生成した。マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）−１、−２、−３、−７及び−９はEnzyme Systems Productsから購入した。トリプシンはSigmaから入手した。
ＳＴＯＰ−１のタンパク質分解消化：ＳＴＯＰ−１との反応の前に、ＭＭＰを、摂氏３７度で１時間、１ｍＭのｐ−アミノ水銀アセテートによって活性化した。ＳＴＯＰ−１（３ｍｇ）を、最終量２０mlに調製したプロテアーゼ（５０又は２５０nM）によって摂氏３７度で４時間で消化した。バッファーA（５０mMトリス、pH８ ７．５、１０mM  CaCl２、１０mM  ＺｎＣｌ２及び１００ｍＭ  ＮａＣｌ）は、ＭＭＰ切断反応のために用いた。ＺｎＣｌ２を欠いているバッファーAは、トリプシン切断反応のために用いた。ＭＭＰ反応はＥＤＴＡ（１５mM）の添加によって終了させた。トリプシン反応はＰＭＳＦ（１ｍＭ）の添加によって終了させた。それから試料をＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびクーマシー染色によって分析した。
図２３は、インビトロでの様々なプロテアーゼによるバキュロウイルスの発現ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質の切断を示す。また、ＭＭＰ−７もインビトロでヒトＳＴＯＰ−１を切断するのに対して、ＭＭＰ−１、−２及び３はほとんど又は全く生成物を切断しない（データを示さない）。ＭＭＰ−７は、約２３及び２１ｋＤａのＳＴＯＰ−１切断生成物を産生した。対照的に、ＭＭＰ−９は、約２２及び１８kDaのSTOP-１切断生成物を産生した。トリプシンは、２０及び２２ｋＤａの断片を産生した（データを示さない）。これらのデータは、ＳＴＯＰ−１活性がタンパク質分解によって調整されうることを示唆する。これは、特に腫瘍間質性関連プロテアーゼ、例えばＭＭＰ−７及びＭＭＰ−９に関連する。
【０１９５】
実施例１２  ＳＴＯＰ−１発現は３Ｔ３増殖を促進する
（ａ）細胞培養及び３Ｔ３  ＳＴＯＰ−１安定な細胞株の生成
３Ｔ３細胞は、１０％のＦＣＳを添加したＤＭＥＭで維持した。製造者の指示に従って、ＦｕＧＥＮＥ６形質移入試薬(Roche)を用いてｍ７６２ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ２およびｈ７６２ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ２ベクターを３Ｔ３細胞に形質移入して、マウス及びヒトのＳＴＯＰ−１発現細胞株を確立した。ＳＴＯＰ−１クローンは、ピューロマイシン（４ｇ／ｍｌ）を用いて形質移入した細胞を選択することによって確認した。
（ｂ）生体外増殖アッセイ
上記の通り３Ｔ３細胞に、マウスＳＴＯＰ−１、ヒトＳＴＯＰ−１又はベクター単独を形質移入して、１０％のＦＣＳを有するＤＭＥＭ中１．５×１０３細胞を、９６ウェルプレートに置いた。１２時間後に、培養液を、１．５％のＦＣＳ及び１０ｕＣｉ／ｍｌの［３Ｈ］−チミジンを含むＤＭＥＭに交換した。１２時間、４８時間及び９６時間後に、細胞を、パッカードの９６−ウェル Filtermate １９６を用いてＧＦ／Ｃフィルタ上にて回収し、洗浄して、マイクロプレートシンチレーションカウンタ(Packard)の頂点の数値を計数した。結果は、ベクター単独形質移入クローン（ｐｕｒｏ２及びｐｈ１）と比較して、ＳＴＯＰ−１を発現するクローンは増殖が増加したことを示す。図１２Ａ及びＢを参照。
（ｃ）３Ｔ３細胞株でのレトロウイルス発現
ヒトの完全長ＳＴＯＰ−１ｃＤＮＡを、ｐＭＳＣＶ１（ｐｕｒｏ）ベクター（Clontech）内にH762pirespuro2からクローニングして、Maecker 等., (Maeker H.L., 等., Cancer Cell 2, 139-148, 2002)に記載されている方法を用いてレトロウイルスの感染によって、3T3線維芽細胞および２９３細胞に導入した。簡潔にいうと、５０００細胞/ウェルを９６ウェルプレートにおき、次日、低血清培養液（０．２５%のウシ胎仔血清）へ切り替えた。レトロウイルスに感染した細胞をピューロマイシン（３ug/ml）にて選択した。２４時間後に、Cell Titerキット（プロメガ）を用いて細胞増殖を測定した。図１３Ｃは、ＳＴＯＰ−１レトロウイルスでの感染は、対照として感染させた３Ｔ３又は２９３細胞と比較して、３Ｔ３及び２９３細胞それぞれの増殖を促進することを示す。
ＳＴＯＰ−１タンパク質の検出のために、細胞ペレットの全細胞溶解物（〜２×１０６細胞）を調製して、後述の抗体Ｓ７−ＩｇＧ（１μｇ）と共にインキュベートして、その後プロテインＡ／Ｇにて免疫沈降した。ついで、免疫沈降物を変性させ、ニトロセルロース膜に転写した。
ついで、ウサギポリクローナル抗ＳＴＯＰ−１抗体を用いてＳＴＯＰ−１を検出した。図１３Ａ及びＢは、ベクター対照（Ｂａｂｅ）と比較して、ＳＴＯＰ−１レトロウイルスを感染させた３Ｔ３及び２９３の細胞の全細胞溶解物中での発現を示す。
【０１９６】
実施例１３  SＴＯＰ−１発現はマウスの腫瘍形成を引き起こす
胸腺欠損ｎｕ／ｎｕ雌マウス（Charles River Laboratory、[グループにつき５個体]）に、マウス又はヒトのＳＴＯＰ−１、ＲＡＳｃＤＮＡ  (Hudziak RM, Lewis GD, Shalaby MR, Eessalu TE, Aggarwal BB, Ullrich A, Shepard HM. (1988) Proc Natl Acad Sci. 85(14), pp.: 5102-6)又は空のｐｕｒｏ２ベクター（ｐ２）を安定的に形質移入した１×１０６の３Ｔ３細胞を皮下接種した。腫瘍成長を１週に１回測定した。また、安定している３Ｔ３細胞株を、ペレット上の細胞及び全細胞溶解液を調製して、溶解物又は細胞培養液の分量でＳＤＳ−ＰＡＧＥを行い、ウサギ抗ＳＴＯＰ−１抗体によってそれらをプローブし、ＳＴＯＰ−１発現のために評価した。ＲＡＳｃＤＮＡを形質移入した細胞は、ポジティブ対照とした図１４Ａ−Ｃを参照。
結果は、マウスＳＴＯＰ−１はＮＩＨ  ３Ｔ３クローンの全ての溶解物に存在したが、３つのＮＩＨ  ３Ｔ３クローンのうちの２つの細胞培養液にしか存在しなかった（それぞれ図１４Ｂ及びＣ）図１４Ａ−Ｃを参照。言い換えれば、クローン１８は細胞内にタンパク質を発現するが、マウスＳＴＯＰ−１タンパク質を分泌することは不完全だった。図１４Ｂを参照。
更に、ＳＴＯＰ−１を分泌した２つのクローンはヌードマウスの腫瘍を引き起こす一方で、分泌に欠陥のあったクローンは引き起こさなかった（図１４Ａ）。これらの結果は、分泌したマウスＳＴＯＰ−１自体は腫瘍形成性である一方、細胞内に発現されるＳＴＯＰ−１はそうでないことが示唆される。
また、結果は、ヒトＳＴＯＰ−１がマウスの腫瘍形成を左右することを示す。図１５を参照。腫瘍は、ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質を発現する様々なマウス及びＲＡＳ対照マウスで成長するが、ベクター単独を形質移入した細胞で処理したマウスでは成長しなかった。マウスＳＴＯＰ−１のように、これらの結果は、分泌したヒトＳＴＯＰ−１自体が腫瘍形成性でありうることを示唆する。
【０１９７】
実施例１４  STOP-1は創傷治癒を促進する
悪性黒色腫ＳＫ−ＭＥＬ−３１細胞を１０％ＦＣＳを含むＤＭＥＭにて維持した。ＳＫ−Ｍｅｌ−３１細胞を、準集密になるまで６ウェルディッシュ（Corning）で培養し、ついで２%熱不活性型FCS含むＤＭＥＭ中で８時間飢餓状態にした。ついで細胞を１０μg/mlマイトマイシンC（Sigma）を含むFCS-free DMEM中で２時間処理して、以下のインビトロ創傷閉鎖(closure)アッセイの対象とした。
ＳＫ−ＭＥＬ−３１細胞単層を黄色のピペット先端部でかき集めることによって無細胞域を導入した。細胞を３０ｎｇ／ｍｌ  ＥＧＦ（Roche）、１ｇ／ｍｌの完全長バキュロウイルス発現ヒトＳＴＯＰ−１タンパク質の両方又はいずれも含むないしは含まない条件下で２%熱不活性化ＦＣＳを添加したＤＭＥＭで維持しながら、かき集めた後４８時間無細胞域への細胞移動を評価した。図１６Ａ−Ｅは、かき集めの後４８時間のかき集めた領域の位相-対照写真である。
結果は、ＥＧＦ又はＳＴＯＰ−１、特にＣＨＯ−ｐｓｇＢ細胞から発現されたＳＴＯＰ−１で処理した場合、かき集めた領域に細胞が移動したことを示す。結果はＳＴＯＰ−１が細胞移動を促進することを示す。周囲組織に侵入するにつれて、腫瘍成長で細胞移動が生じる。更に、データはＳＴＯＰ−１の腫瘍亢進特性を示唆する。
【０１９８】
実施例１５  モノクローナル抗体開発
１０匹のＢＡＬＢ／ｃマウス(Charles River Laboratories, Wilmington, DE)を、Ribi補助剤(Ribi Immunochem Research, Inc., Hamilton, MO)に含まれる、ＰＳＧＢ  チャイニーズハムスター卵巣細胞(Genentech, Inc., South San Francisco, CA)において一過性に発現される組換えポリヒスチジンタグ付加（ＨＩＳ８）ヒトＳＴＯＰ−１（ａ．ｋ．ａＤＮＡ  １４５９６０）にて過剰免疫化した。抗ＳＴＯＰ−１抗体力価を示す５匹のマウス由来のB細胞を、以前記載された方法(Kohler, G. 及び Milstein, C. (1975) Nature 256: 495-497; Hongo, J.S., 等., (1995) Hybridoma 14:253-260)に類似した変更したプロトコルを用いて、マウス骨髄腫細胞(X63.Ag8.653；アメリカ培養細胞系統保存機関, Rockville, MD)に融合させた。
１０−１４日後に、上清を回収して、直接酵素結合抗体免疫吸着アッセイ法（ＥＬＩＳＡ）によって、抗体産生について試験した。律速希釈による２段階サブクローニングの後に最も高い免疫結合を示す一ポジティブクローン（6B12.1.7）を、ＭＡｂのインビボ産生のためにPristane初回刺激マウス(Freund YR 及び Blair PB (1982) J Immunol 129:2826-2830)に注入した。
【０１９９】
腹水液を溜め、既に記載のように(Hongo 等., 1995, 上掲)、プロテインＡ親和性クロマトグラフィ(Pharmacia 中圧(fast protein)液体クロマトグラフィー[FPLC]；Pharmacia, Uppsala, Sweden)によって精製した。精製した抗体調整物を滅菌濾過して（０．２μｍ孔径；Nalgene, Rochester NY）、リン酸緩衝食塩水（PBS）にて４℃で保存した。
6B12抗体を産生しているハイブリドーマクローンは、ブダペスト条約の規約のもと、アメリカ培養細胞系統保存機関（ATCC）、10801 University Blvd., Manassas, VA 20110-2209, USA on March 28, 2003に「６Ｂ１２．１．７」として委託した。
６Ｂ１２抗体への結合部位は、ヒトＳＴＯＰ−１のＮ末端領域にマップされた。ヒト完全長タンパク質、デルタ−ＴＨＤタンパク質、デルタ−デルタ−ＴＨＤタンパク質、デルタ−Ｎ末端タンパク質及びゼブラフィッシュ完全長タンパク質をコードするＨｉｓタグ付加コンストラクトをＣＨＯ−ｐｓｇＢ細胞内で発現させた。形質移入した細胞抽出物の分量をＳＤＳ−ＰＡＧＥに流し、抗Ｈｉｓ抗体又は６Ｂ１２抗体いずれかを用いてプローブし、ウェスタンブロットを行った。 
６Ｂ１２モノクローナル抗体はウェスタン法でうまく働いた。図１７Ｃを参照。デルタ−Ｎ末端タンパク質を除いて、上記の発現されたヒトタンパク質の全てに結合した。したがって、６Ｂ１２抗体の結合エピトープは、ヒトＳＴＯＰ−１のＮ−末端アミノ酸＃３３−５２に位置する。６Ｂ１２抗体は、ウェスタンブロットでゼブラフィッシュＳＴＯＰ−１タンパク質を認識しなかった。
【０２００】
実施例１６  ＳＴＯＰ−１に対するファージ由来抗体
概要：ＳＴＯＰ−１に対するファージ由来抗体を、２００２年６月３日に出願された米国仮出願番号第６０／３８５，３３８号（「３３８出願」）に記載されている材料及び方法を一部用いて作った。この研究において、ファジミドを更に修飾して、結果として生じる抗体をオリゴマー形成されたＳＴＯＰ−１への結合に基づいてスクリーニングした。
抗−Ｈｅｒ２  Ｆａｂ及びＦ（ａｂ）’２ファジミドの構築：ファジミドベクターｐＳ０６４３（phGHam-g3としても知られる、例えば米国特許５，６８８，６６６、実施例８）には、ｐＢＲ３２２及び、複製のｆ１起源、アンピシリン耐性遺伝子、大腸菌アルカリホスファターゼ（ｐｈｏＡ）プロモーター (Bass 等., (1990) Proteins 8:309-314)、及びヒト成長ホルモン（hGH）の残基１-１９１に融合したｓｔＩＩ分泌シグナル配列をコードしている配列及びＭ１３ファージ（以下、ｃＰ３）のタンパク質ＩＩＩのＣ末端残基２６７−４２１をコードしている配列が含まれる。ｐＳ０６４３ファジミドも、ＸｂａＩ部位及びｈＧＨの残基１９１に続くアンバー停止コドンを含む。ｓｔＩＩ分泌シグナル配列は、細菌細胞の周辺質にタンパク質を移送することができる（例えば抗体の軽鎖領域（ＬＣ））。この研究において、ヒト成長ホルモン（ｈＧＨ）をコードする配列はｐＳ０６４３ベクターから取り除き、ｓｔＩＩ分泌シグナルを含むフレーム内に結合したヒト化抗Ｈｅｒ２  Ｆａｂ断片（「ｈ４Ｄ５」配列）をコードしているＮｓｉＩ／ＸｂａＩ核酸断片と置き換えた（humAb4D5-８、配列について、米国特許第５,８２１,３３７号、又はCarter 等., (1992) PNAS 89:4285-4289,表１及び図1を参照）。
【０２０１】
ｈ４Ｄ５抗体は、Ｈｅｒ−２（ｅｒｂＢ２）として知られている癌関連抗原を特異的に認識するヒト化抗体である。この研究において、ｈ４ｄ５は、ｈｕｍＡｂ４Ｄ５の８型（「ｈｕｍＡｂ４Ｄ５−８」）配列及び、ＰＣＲ産物に５’ＮｓｉＩ部位と３’ＸｂａＩ部位を生じるように遺伝子操作したプライマー(Carter 等., (1992) PNAS 89:4285-4289)を用いてポリメラーゼ連鎖反応により得た。ＰＣＲ産物はＮｓｉＩとＸｂａＩによって切断して、ｐＳ０６４３ファジミドベクターに結合させた。ｈ４Ｄ５核酸配列は、大部分はヒトのコンセンサス配列Ｆａｂフレームワーク内にあるＨｅｒ−２特異的マウスモノクローナル抗体由来の修飾したＣＤＲ領域をコードしている。具体的には、配列は、ＶＨおよびＣＨ１ドメイン（ＨＣ領域）の、カッパ軽鎖（ＬＣ領域）上流域を含む。抗Ｈｅｒ−２抗体作製方法及び可変ドメイン配列の同定は、米国特許第５，８２１，３３７号及び第６，０５４，２９７号に示されている。
ヒト化４Ｄ５（８型）を含むｐＳ０６４３プラスミドは、また更に修飾した。例えば、単純ヘルペスウイルス１型グリコプロテインＤエピトープタグ（ｇＤタグ）を、部位特異的突然変異を用いてＬＣのＣ末端のフレーム内に付加した。ＬＣの停止コドン下流に続き、リボソーム結合部位及びｓｔＩＩシグナル配列をコードする核酸分子をＨＣ配列のＮ末端に結合した。したがって、ＨＣ配列は、Ｍ１３ファージのマイナーコートタンパク質、ｐ３（ｃＰ３）のＣ末端ドメインを有するフレーム内にある。ゆえに、ファージ上に表出（ディスプレイ）するＦａｂは一コンストラクトから産生される。当該Ｆａｂファジミドベクターは、ｐＶ０３５０−２ｂ（図２５Ａ−Ｈ）と称して、図２４Ａに構成図を示す。
ファージ上に表出するＦ（ａｂ）’２を生成するために、ＰＶ０３５０−４ベクターを、カセット突然変異生成法により、ＨＣ及びｃＰ３配列間に二量体化可能なロイシンジッパーGCN4配列(GRMKQLEDKVEELLSKNYHLENEVARLKKLVGERG) (配列番号：84)を挿入することによって、更に修飾した。ＧＣＮ４ロイシンジッパーは、大腸菌周辺質で２セットのＬＣ／ＨＣ−ｃＰ３融合ポリペプチドをまとめて、ファージ表面上で二量体を示す。当該Ｆ（ａｂ）’２ファジミドベクターは、ｐＶ０３５０−４（図２７Ａ−Ｈ）と称して、図２４Ｂに構成図を示す。
【０２０２】
ＳＴＯＰ−１選択に使用のためのＨ１／Ｈ２／Ｈ３多様性を有するＦ（ａｂ）ライブラリーの生成：抗ＳＴＯＰ−１抗体を見つけるための多様化ライブラリーを、キュンケル(Kunkel)突然変異生成法によりｐＶ０３５０−２ｂ及びｐＶ０３５０−４ベクターのＨＣ可変領域をコードする配列に変異を加えて、ＥＬＩＳＡアッセイ法によりヒトＳＴＯＰ-1への結合に基づいてそれらを含むファージをスクリーニングすることによって作製した。スクリーニング方法は後で更に詳細に記載する。
ＳＴＯＰ−１に対して非常に特性又は親和性を有する他の抗体は、例えばＬＣ  ＣＤＲ領域のＦａｂ及びＦ（ａｂ）’２配列に更に突然変異を起こし（例として、キュンケル突然変異生成法（(Kunkel 等., (1987) Methods Enzymol. 154:367-382)）、STOP-１への結合によってそれらをスクリーニングすることによって得る。
ファージの発現：大腸菌株ＳＳ３２０は、電気穿孔法によって上記の突然変異を起こしたＤＮＡを形質移入した。ライブラリーのサイズはおよそ１０９であった。
他の細菌細胞に更に感染できる表出（ディスプレイ）ファージを生成するために、ヘルパーファージＫＯ７の存在下にて一晩、形質移入細菌細胞を成育した。次に、大腸菌株XL-１Blue (Strategene, San Diego, CA)にＦ（ａｂ）又はＦ（ａｂ）’２ファージを感染させ、ついでＫ０７ヘルパーファージ(Strategene, San Diego, CA)を2YT培養液にて３７℃で２０時間成育し、記載されているように(Sidhu 等., Methods Enzymol. (2000), 328:333-363)ファージを回収した。簡単に言うと、ファージは、ポリエチレングリコールを用いて終夜培養液からまず沈殿させることによって精製し、ＰＢＳに再懸濁した。ファージは、２６８ｎｍ（１ＯＤ＝１．１３  ×１０１３／ｍｌ）での分光光度計によって定量化した。
【０２０３】
ファージ選別：ファージライブラリーは４ラウンドの選別を行った。９６ウェルNunc Maxisorpプレートを、４℃で一晩又は室温で２時間、１００μｌ／ウェルの標的抗原（ＣＨＯ−ｐｓｇｂ−発現ヒトｈｉｓタグ付加ＳＴＯＰ−１完全長又は、バスキュロウイルスで発現されたヒトｈｉｓタグ付加＃９４−２４３アミノ酸（「短型」））（５ｕｇ／ｍｌ）を含むＰＢＳにてコートした。プレートは、６５μｌの１％遮断タンパク質に３０分間にて、更に４０ｕｌ  １％のＴｗｅｅｎ２０に３０分間にて遮断した（遮断タンパク質：第一ラウンド−ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、第２ラウンド−オバルブミン、第３ラウンド−カゼイン、第４ラウンド−オバルブミン）。次に、ライブラリーファージは、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０を有する１％ＢＳＡにて３〜５  Ｏ．Ｄ／ｍｌに希釈した（１Ｏ．Ｄ＝１．１３  ×１０１３ファージ／ｍｌ）。一般に、ファージインプットは、第１ラウンド３−５Ｏ．Ｄ／ｍｌ、第２ラウンド３Ｏ．Ｄ／ｍｌ、第３ラウンド０．５−１  Ｏ．Ｄ／ｍｌ、及び第４ラウンドインプット０．１〜０．５  Ｏ．Ｄ／ｍｌであった。希釈されたファージを室温で３０分間インキュベートした。ウェルを、少なくとも５回連続的にＰＢＳ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で洗浄した。標的抗原コートウェル８つ及びコートしていないウェル２つに遮断したライブラリーファージを１００μｌ／ウェル加え、室温で１時間置いた。プレートを、少なくとも１０回連続的にＰＢＳ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で洗浄した。ファージを、室温にて２０分間、１００μｌ／ウェルの１００ｍＭ  ＨＣｌで溶出した。溶出したファージ（コートウェルから）及びバックグラウンドファージ（コートしていないウェルから）は、別々のチューブに回収した。溶出した回収物を、両方のチューブに１／１０量の１ＭトリスｐＨ１１．０を加えることによって中和した。溶出したファージのチューブに最終濃度０．１%となるようにＢＳＡを加える。溶出したファージを６２℃で２０分間熱した。ファージを滴定するために、９０μｌの対数期ＸＬ−１（ＯＤ６００ｎｍ  ０．１−０．３）を１０μｌの溶出したファージ又はバックグラウンドファージに、３７℃で３０分間感染させた。次に、感染した細胞を９０μｌの２ＹＴにて連続的に１０倍数増加希釈を行った。1カルベニシリンプレートあたり感染した細胞分量１０μｌを播いた。
ファージを繁殖させるために、およそ４００μｌの溶出ファージを用いて、４ｍｌ未満の対数期ＸＬ−１ｓｏｕｐ（ＯＤ  ６００ｎｍ〜０．１−０．３）を３７℃で３０−４５分間感染させた。ヘルパーファージＫＯ７及びカルベニシリンを、最終濃度１×１０１０のｐｆｕ／ｍｌ  ＫＯ７及び５０μｇ／ｍｌ  カルベニシリンとなるように、３７℃で更に１時間感染溶液に加えた。培養物を、最終量２０−２５ｍｌになるように、カルベニシリン５０μｇ／ｍｌ及びカナマイシン５０μｇ／ｍｌを含む５０：５０２ＹＴ／ＣＲＡＰ培養液中にて３７℃で一晩（又は少なくとも１７時間）成育させた。ファージ回収率を増やすために、翌日、培養をさらに３０℃で２時間成育させた。
【０２０４】
ファージは、８０００ｒｐｍで１０分間細胞を遠心沈殿することによって精製した。上清を回収した。上清の１／５量の２０％ＰＥＧ／２．５Ｍ  ＮaClを加え、混ぜて、５分間氷上に置いた。
ファージは、１２０００ｒｐｍで１５分間遠心沈殿させてペレットにした。上清を回収して、再び５０００ｒｐｍで５分間遠心した。ペレットを、１ｍｌのＰＢＳに再懸濁して、透明になるように１２０００ｒｐｍで１５分間遠心沈殿した。ＰＥＧ／ＮａＣｌ添加から始めた工程を、再懸濁したペレットで繰り返した。再懸濁ファージペレットのＯＤを２７０ｎｍで読んだ。ファージ選別の第２、第３及び第４のラウンドは、上記のファージ選別を繰り返して完了した。短型への結合に基づいて選択されたファージ抗体は、「Ｓ＃」（例えばＳ４、Ｓ９、Ｓ７及びＳ１６）と命名した。完全長型への結合に基づいて選択されたファージ抗体は、「Ｆ＃」（例えばＦ５、Ｆ６、Ｆ１３及びＦ４７）と命名した。
ＥＬＩＳＡスクリーニングアッセイ：選別２〜４で得たクローンは、ＥＬＩＳＡアッセイによって特性及び親和性についてスクリーニングした。
ポジティブクローン（結合体(binders)）は、他の無関係なタンパク質、例えばウシ血清アルブミン及びインスリン様増殖因子−１（ＩＧＦ−１）には結合せず、標的抗原に対してバックグラウンド以上に結合するクローンである。
【０２０５】
最初に、３８４−ウェルマイクロタイタプレートのウェルを、１ウェルあたり２０μｌ（２μｇ／ｍｌ  ＰＢＳ）の完全長又は「短型」（＃９３ａａ−２４３ａａ）ｈｉｓタグ付加ヒトＳＴＯＰ−１、ＩＧＦ−１、Ｈｅｒ−２又は抗ｇＤにて４℃にて一晩又は室温にて２時間でコートした。
2011026321.tif 000050
他の９６ウェルプレートに、選別２~４で得たクローンを５０ｕｇ／ｍｌカルベニシリン及びヘルパーファージＫ０７を含む５０：５０  ２ＹＴ／ＣＲＡＰ培養液１５０μｌにて３７℃で一晩成育した。プレートを２５００ｒｐｍで２０分間遠心沈殿した。５０μｌの上清を１２０μｌのＥＬＩＳＡバッファー（PBS−０．５%BSA及び０．０５%Tween20）と混ぜた。３０μｌの混合液を４分の１の３８４ウェルコーティングプレートに加え、室温で１時間インキュベートした。結合は、０．５％ＢＳＡ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳ中の西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合抗Ｍ１３抗体  ７５μｌ／ウェルを加えて室温で３０分間置いて定量した(Sidhu等、上掲)。PBS―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも５回ウェルを洗浄した。次に、3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン（TMB）ペルオキシダーゼ基質及びペルオキシダーゼ溶液Ｂ（H２O２）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を１：１の比率で含む溶液１００μｌ／ウェルをウェルに加えて、室温にて５分間インキュベートした。反応は、各ウェルに１００μlの１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を加えることによって止めた。各ウェルの黄色の４５０ｎｍのＯＤを、標準のＥＬＩＳＡプレート読み込み器を用いて定量した。コートプレートに対して約９０％の最大結合を生じるＦ（ａｂ）又はＦ（ａｂ）’２ファージ濃度を、溶液結合競合的ＥＬＩＳＡ法に用いた。ＢＳＡ、ＩＧＦ−１、Ｈｅｒ２及び抗ｇＤより３−４倍大きな結合を有するＦ（ａｂ）およびＦ（ａｂ）’２ファージを、より良好な特性を有すると判断した。それらの結合体をシークエンスした。
図１８は、より高い親和性及び特性を示す様々な結合体（例えばＳ７、Ｓ１６、Ｆ５、Ｓ９、Ｆ１３、Ｆ４７及びＳ９）の部分的なアミノ酸配列を示す。３つのクローン−Ｆ１３、Ｆ４７及びＳ４は同一のＣＤＲ配列を有する。Ｓ７及びＳ１６もいくらか配列相同性を示した。Ｆ１３、Ｆ４７、Ｓ４、Ｓ７、Ｓ９及びＳ１６のＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２及びＶＨ−ＣＤＲ３領域間の配列相同性に基づいて、共通に認識されるエピトープのコンセンサス配列を引き出した。ファージディスプレイＳ４−Ｆａｂ、ファージディスプレイＳ９−Ｆａｂ、ファージディスプレイＳ７−Ｆ（ａｂ）’２、ファージディスプレイＳ１６−Ｆ（ａｂ）’２、ファージディスプレイＦ５−Ｆ（ａｂ）’２のアミノ酸及び核酸配列を、それぞれ図２７Ａ−Ｃ、図２８Ａ−Ｃ、図２９Ａ−Ｃ、図３０Ａ−Ｃ及び図３１Ａ−Ｃに示す。
【０２０６】
以下のベクターは、以下に示すようにブダペスト条約の規約のもと、アメリカ培養細胞系統保存機関（ATCC）、10801 University Blvd., Manassas, VA 20110-2209, USAに寄託した：
材料                       委託番号               委託日
Ｖ０３５０−４−Ｓ７      ＰＴＡ−５０９０      ２００３年３月２５日
Ｖ０３５０−４−Ｓ１６    ＰＴＡ−５０８９      ２００３年３月２５日
Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ４    ＰＴＡ−５０８６      ２００３年３月２５日
Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ９    ＰＴＡ−５０８７      ２００３年３月２５日
Ｖ０３５０−４−Ｆ５      ＰＴＡ−５０８８      ２００３年３月２５日
【０２０７】
実施例１７  溶液結合競合的ＥＬＩＳＡ法
選択されたＦ（ａｂ）及びＦ（ａｂ）’２ファージの結合親和性を測定するために、競合的ＥＬＩＳＡ法を行った。
最初に、ファージを繁殖させ、精製した。３７℃で３０分間にて１つのクローンに感染させた１０μｌのＸＬ−１バクテリアをカルベニシリンプレートに播いた。コロニーをピックアップし、３７℃で３−４時間、２ｍｌ（２ＹＴ及び５０μｇ／ｍｌカルベニシリン）中で成育させた。
ヘルパーファージＫＯ７を最終濃度１０１０ｐｆｕ／ｍｌで培養物に加えて３７℃でさらに１時間置いた。２０ｍｌの培養液（５０μｇ／ｍｌカルベニシリンを含む２ＹＴ／ＣＲＡＰ５０：５０）を培地に加えて、３７℃で一晩成育させた。ファージは上記の通りに精製した。
第二に、以下の競合的ＥＬＩＳＡアッセイの使用に最適となる精製したファージの濃度を決定した（すなわち、コートしたプレート上でのおよそ９０%の最大結合能）。９６ウェルNunc Maxisorpプレートを完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１（２μｇ／ｍｌ  ＰＢＳ）にて、４℃で一晩又は室温で２時間コートした。ウェルを、６５μｌの１％ＢＳＡを加えて３０分間、その後４０μｌの１％Ｔｗｅｅｎ２０を加えて更に３０分間によって遮断した。次に、ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。０．１Ｏ．Ｄ．／ｍｌまでＥＬＩＳＡバッファー（ＰＢＳ−０．１％ＢＳＡ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０）で様々に希釈したＦ（ａｂ）又はＦ（ａｂ）’２ファージをウェルに加えて室温にて１５分間置いた。ついで、ウェルをＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも３回洗浄した。１ウェルあたり７５μｌのＨＲＰ結合抗Ｍ１３抗体（Amersham、ＥＬＩＳＡバッファにて１／５０００希釈）を加えて、室温にて３０分間インキュベートした。再び、ウェルをＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも５回洗浄した。3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）ペルオキシダーゼ基質及びペルオキシダーゼ溶液Ｂ（H２O２）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を１：１の比率で含む溶液１００μｌ／ウェルをウェルに加えて、室温にて５分間インキュベートした。反応は、各ウェルに１００ulの１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を加えることによって止めた。各ウェルの４５０ｎｍの最適密度ＯＤを、標準のＥＬＩＳＡプレート読み込み器を用いて定量した。ファージの希釈をＯ．Ｄ．値に対してプロットした。
【０２０８】
第三に、競合的ＥＬＩＳＡ法を行った。９６ウェルNunc Maxisorpプレートを完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１（２μｇ／ｍｌ  ＰＢＳ）にて、４℃で一晩又は室温で２時間コートした。ウェルを、６５μｌの１％ＢＳＡを加えて３０分間、その後４０μｌの１％Ｔｗｅｅｎ２０を加えて更に３０分間によって遮断した。次に、ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。上記の結合実験に基づいて、１ウェルに、コートプレートに対して約９０%の最大結合を生じるファージ希釈液５０μｌを、ＥＬＩＳＡバッファー溶液で様々に希釈した５０μｌの完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１（０．１〜５００nM）と共に室温で１時間インキュベートした。結合していないファージは、７５μｌのウェル混合液を完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１でプレコートした２つ目の９６ウェルプレートに移し、室温にて１５分間インキュベートすることによってアッセイを行った。２つ目のプレートのウェルをPBS―０．５%Tween20にて少なくとも３回洗浄した。１ウェルあたり７５ulのＨＲＰ結合抗Ｍ１３抗体（ＥＬＩＳＡバッファにて１／５０００希釈）を加えて、室温にて３０分間インキュベートした。再び、ウェルをＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも５回洗浄した。次に、3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン（TMB）ペルオキシダーゼ基質及びペルオキシダーゼ溶液Ｂ（H２O２）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を１：１の比率で含む溶液１００μｌ／ウェルをウェルに加えて、室温にて５分間インキュベートした。反応は、各ウェルに１００ulの１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を加えることによって止めた。各ウェルの４５０ｎｍの最適密度ＯＤを、標準のＥＬＩＳＡプレート読み込み器を用いて定量した。競合したＳＴＯＰ−１の濃度をＯ．Ｄ．値に対してプロットした。Ｆ（ａｂ）ファージ又はＦ（ａｂ）’２−ファージを５０%阻害するＳＴＯＰ−１の濃度であるＩＣ５０は親和性を表す。表１２を参照。
【０２０９】
表１２は、Ｆ５が短型でなく完全長のＳＴＯＰ−１のＮ末端に結合することを示す。Ｓ７、Ｓ１６、Ｓ９及びＳ４（したがって、Ｆ１３及びＦ４７）は、ヒトＳＴＯＰ−１の短型（＃９４−２４３）に結合する。表２において「７６２Ｓ／Ｓ」の項目は、マイクロタイタプレートのウェルがヒトＳＴＯＰ−１の短型でコートされたものであり、Ｆ（ａｂ）ファージ又はＦ（ａｂ）’２−ファージがヒトＳＴＯＰ−１の短型と競合したことを表す。「７６２Ｓ／Ｆ」の項目は、マイクロタイタプレートのウェルがヒトＳＴＯＰ−１の短型でコートされたものであり、Ｆ（ａｂ）ファージ又はＦ（ａｂ）’２−ファージがヒトＳＴＯＰ−１の完全長型と競合したことを表す。「７６２Ｆ／Ｆ」の項目は、マイクロタイタプレートのウェルがヒトＳＴＯＰ−１の完全長型でコートされたものであり、Ｆ（ａｂ）ファージ又はＦ（ａｂ）’２−ファージがヒトＳＴＯＰ−１の完全長型と競合したことを表す。「ＮＤ」は結果が検出可能でなかったことを示す。「Ｎ／Ａ」は、結果が有意でないことを示す。
表１２
2011026321.tif 000051
また、これらの抗体は免疫沈降においてヒトＳＴＯＰ−１を認識した。
【０２１０】
実施例１８  ６Ｂ１２遮断（ブロッキング）アッセイ
また、特定のＦ（ａｂ）’２−ファージの結合位置を探索した。モノクローナル抗−ヒトＳＴＯＰ−１抗体６Ｂ１２はヒトＳＴＯＰ−１タンパク質のＮ末端領域に結合することが知られている。故に、６Ｂ１２がＳＴＯＰ−１への特定のＦ（ａｂ）’２−ファージの結合を遮断することができるかどうかを試験した。
６Ｂ１２遮断アッセイは以下の通りに行われた：９６ウェルNunc Maxisorpプレートを完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１（２μｇ／ｍｌ  ＰＢＳ）にて、４℃で一晩又は室温で２時間コートした。ウェルを、６５μｌの１％ＢＳＡを加えて３０分間、その後４０μｌの１％Ｔｗｅｅｎ２０を加えて更に３０分間によって遮断した。次に、ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。様々な濃度の６Ｂ１２抗体（ＥＬＩＳＡバッファーにて）をウェル中で室温で３０分間インキュベートした。そして、Ｓ７−Ｆ（ａｂ）’２−ファージ、Ｓ１６−Ｆ（ａｂ）’２−ファージ又はＦ５−Ｆ（ａｂ）’２−ファージを、通常６Ｂ１２抗体がない条件下で９０％の結合能がある濃度で各ウェルに加えて１０分間置いた。ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。
結合は、０．５％ＢＳＡ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳ中の西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合抗Ｍ１３抗体  ７５μｌ／ウェルを加えて室温で３０分間置いて定量した(Sidhu等、上掲)。ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも５回ウェルを洗浄した。
次に、3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）ペルオキシダーゼ基質及びペルオキシダーゼ溶液Ｂ（H２O２）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を１：１の比率で含む溶液１００μｌ／ウェルをウェルに加えた。反応は、各ウェルに１００μlの１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を加えることによって止め、室温で５分間インキュベートした。各ウェルの黄色の４５０ｎｍのＯＤを、標準のＥＬＩＳＡプレート読み込み器を用いて定量した。
【０２１１】
表１３
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表１３は、６Ｂ１２抗体はＦ（ａｂ）’２−Ｆ５ファージを遮断したが、Ｆ（ａｂ）’２−Ｓ７ファージ又はＦ（ａｂ）’２−Ｓ１６ファージは遮断しなかったことを示す。
したがって、Ｆ５は６Ｂ１２と同じＮ末端領域のヒトＳＴＯＰ−１に結合する一方で、Ｓ７及びＳ１６は結合しない。
【０２１２】
実施例１９  Ｆ（ａｂ）及びＩｇＧタンパク質コンストラクト及びタンパク質発現
細菌細胞の発現のためのＦ（ａｂ）コンストラクト：Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ４及びＶ０３５０−２ｂ−Ｓ７ファージミドは、ウィルスcP3配列を取り除いて、それらを5'-GCTCGGTTGCCGCCGGGCGTTTTTTATG-3' (配列番号：85)を含む終末配列と置き換えて、ロイシンジッパー及びｇＤタグをコードしている配列を取り除くことによって変更された（以下、それぞれｐｖ０１２０−Ｓ４及びｐＶ０１２０−Ｓ７）。図２４Ｃは当該ベクターの概略図である。ｐｖ０１２０ベクターを大腸菌３４Ｂ８細胞に形質移入した。単一コロニーをピックアップし、３０℃で少なくとも２２時間、２５μｇ／ｍｌカルベニシリンを含む完全なＣＲＡＰ培地にて成育させた。発現タンパク質は、プロテインＧハイトラップカラム(Amersham Pharmacia)にて精製した。
Ｓ４−Ｆａｂのアミノ酸及びコード化核酸配列を、図３２Ａ−Ｇに示す。
哺乳動物細胞での発現のためのＩｇＧコンストラクト：一般に、ＩｇＧ1コンストラクトは、ＬＰＧ3ベクターにコードされる軽鎖をＳ４又はＳ７の軽鎖に交換することによって、及び、ＬＰＧ4ベクターにコード化されるＶＨおよびＣＨ1領域をＳ4又はＳ7のＶＨおよびＣＨ1領域に交換することによって作製した。図２４Ｄは、ＩｇＧタンパク質の軽鎖及び重鎖をそれぞれコードしているＬＰＧ３およびＬＰＧ４ベクターの概略図である。ＬＰＧ３ベクターはヒト化ＭａＥ１１  Ｅ２７軽鎖をコードする。ＬＰＧ４ベクターはヒト化ＭａＥ１１  Ｅ２７重鎖をコードする。ともに、それらは、ヒト化ＭａＥ１１  Ｅ２７（抗ＩｇＥ抗体）の完全長ヒトＩｇＧ１型をコードする。ヒト化ＭａＥ１１  Ｅ２７についての詳細は、米国特許６，１７２，２１３（Lowman）を参照。ＬＰＧ3およびＬＰＧ4ベクターは、とりわけ、ヒト化ＭａＥ１１  Ｅ２７の完全長軽鎖および重鎖それぞれを挿入することによって変更したｐＲＫベクター(Gorman, CM 等., (1990) DNA Protein Eng. Tech. 2:3)であった。ＬＰＧ３およびＬＰＧ４ベクターは、Genentech, Inc., South San Francisco, CA.のYan Wuから入手した。
【０２１３】
ＬＰＧ４ベクターは、ヒト化ＭａＥ１１  Ｅ２７抗体の重鎖可変領域を取り出すために、ＢｓｉｗＩおよびＡｐａＩによって消化した。取り除かれた配列を、ｐｖ０１２０−Ｓ４又はｐｖ０１２０−Ｓ７ベクター由来のＢｓｉｗ１−ＡｐａＩ断片と交換した。ＬＰＧ３ベクターは、ヒト化ＭａＥ１１  Ｅ２７抗体の軽鎖可変領域を取り出すために、ＥｃｏｒＲＶおよびＫｐｎＩによって消化した。取り除かれた配列を、Ｓ４およびＳ７の軽鎖可変領域をコードしているｐｖ０１２０−Ｓ４又はｐｖ０１２０−Ｓ７ベクター由来のＥｃｏｒＲＶ−ＫｐｎＩ断片と交換した。結果として生じるベクター、LPG3-humankappaG6およびLPG4-humanHC-S4は、図３５および図３６（それぞれ配列番号：１１０および配列番号：１１２）に記載する。Ｂｓｉｗ１−ＡｐａＩ部位間の配列がｐｖ０１２０−Ｓ７ベクターのＢｓｉｗ１−ＡｐａＩ部位間の配列と同様であることを除き、LPG4-humanHC-S7の配列はLPG4-humanHC-S4の配列と同様である。
LPG3-humankappaG6、LPG4-humanHC-S4およびLPG4-humanHC-S7 dsDNAを、形質移入のために調製した。ＤＰ１２  ＤＨＦＲ＋ＣＨＯ細胞（ＡＴＣＣ）は、１×トリスＥＤＴＡ（ＴＥ）、２ｍｇの／Ｌのインスリン、１％のｄＦＢＳ、０．１５ｇ／Ｌゲンタマイシン硫酸塩を含む組織培養液中に１．５の×１０６細胞個／ｍｌの濃度で播いた。細胞を、形質移入前の１−２時間、３７℃でインキュベートした。次に、３．５Ｌの暖めた組織培養液を、２０ｍｇのＤＮＡ、２０ｍｌのＤＭＲＩＥ−Ｃ試薬（1,2-ジミリスチルオキシプロピル(dimyristyloxypropyl)-３-ジメチルヒドロキシエチルアンモニウム臭化物、Genentech, Inc.）を含む培地に加え、３７℃で少なくとも２０分以上インキュベートした。培養物をバイオリアクタに加え、２５０ｍｌ／Ｌの暖めた組織培養液を加えた。細胞培養温度は３３℃に変更した。７−１２日後に、細胞を１０００ｒｐｍで５分間遠心分離し、ついで、上清を０．２μmフィルタでろ過した。上清のタンパク質は、プロテインGハイトラップカラム(Amersham Pharmacia)で精製した。
Ｓ４  ＩｇＧタンパク質のアミノ酸およびコードしている核酸配列を、図３３Ａ−Ｆおよび図２４Ａ−Ｇに示す。
【０２１４】
実施例２０  Ｓ４およびＳ７  ＦａｂおよびＩｇＧの親和性測定
ＥＬＩＳＡアッセイは、Ｓ４およびＳ７  ＦａｂのヒトＳＴＯＰ−１に対する親和性を測定するために行った。最初に、競合的ＥＬＩＳＡアッセイの使用に最適な精製したＦａｂおよびＩｇＧの濃度を測定した（すなわちコートしたプレート上でおよそ９０%の最大結合能）。９６ウェルNunc Maxisorpプレートを完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１（２μｇ／ｍｌ  ＰＢＳ）にて、４℃で一晩又は室温で２時間コートした。ウェルを、６５μｌの１％ＢＳＡを加えて３０分間、その後４０μｌの１％Ｔｗｅｅｎ２０を加えて更に３０分間によって遮断した。次に、ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。０．１ｎＭ−１００ｎＭまでＥＬＩＳＡバッファー（ＰＢＳ−０．５％ＢＳＡ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０）で様々に希釈したＦ（ａｂ）又はＩｇＧをウェルに加えて室温にて１５分間置いた。ついで、ウェルをＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも３回洗浄した。１ウェルあたり７５μｌのＨＲＰ結合抗Ｍ１３抗体（Amersham、ＥＬＩＳＡバッファにて１／５０００希釈）を加えて、室温にて３０分間インキュベートした。再び、ウェルをＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも５回洗浄した。次に、3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）ペルオキシダーゼ基質及びペルオキシダーゼ溶液Ｂ（H２O２）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を１：１の比率で含む溶液１００μｌ／ウェルをウェルに加えた。反応は、各ウェルに１００ulの１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を加えることによって止め、室温にて５分間インキュベートした。各ウェルの４５０ｎｍの最適密度ＯＤを、標準のＥＬＩＳＡプレート読み込み器を用いて定量した。Ｆａｂ又はＩｇＧの希釈をＯ．Ｄ．値に対してプロットした。
【０２１５】
図１９は、競争アッセイのＦａｂ又はＩｇＧの最適濃度を決定するために用いられるＥＬＩＳＡアッセイの実施例を示す。「Ｓコート」は、マイクロタイタプレート上でコートされるＳＴＯＰ−１の短型（＃９４−２４３）を指す。「Ｆコート」は、マイクロタイタプレートにおおわれているヒトＳＴＯＰ−１の完全長型を指す。およそ９０％の最大結合は、競合的ＥＬＩＳＡアッセイの使用に最適であると考えられた。
次に、上記のように決定した最適濃度のＦａｂ又はＩｇＧを用いて競合的ＥＬＩＳＡ法を行った。９６ウェルNunc Maxisorpプレートを完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１（２μｇ／ｍｌ  ＰＢＳ）にて、４℃で一晩又は室温で２時間コートした。ウェルを、６５μｌの１％ＢＳＡを加えて３０分間、その後４０μｌの１％Ｔｗｅｅｎ２０を加えて更に３０分間によって遮断した。ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。上記の結合実験に基づいて、１ウェルに、コートプレートに対して約９０%の最大結合を生じるＦａｂ又はＩｇＧ希釈液５０μｌを、ＥＬＩＳＡバッファー溶液で様々に希釈した５０μｌの完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１（０．１〜５００nM）と共に室温で１時間インキュベートした。結合していないＦａｂ又はＩｇＧは、７５μｌのウェル混合液を完全長又は短型のヒトＳＴＯＰ−１でプレコートした２つ目の９６ウェルプレートに移し、室温にて１５分間インキュベートすることによってアッセイを行った。２つ目のプレートのウェルをＰＢＳ―０．５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも３回洗浄した。１ウェルあたり７５μｌのＨＲＰ結合抗Ｍ１３抗体（ＥＬＩＳＡバッファにて１／５０００希釈）を加えて、室温にて３０分間インキュベートした。再び、ウェルをＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも５回洗浄した。次に、3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン（TMB）ペルオキシダーゼ基質及びペルオキシダーゼ溶液Ｂ（H２O２）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を１：１の比率で含む溶液１００μｌ／ウェルをウェルに加えた。反応は、各ウェルに１００ulの１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を加えることによって止め、室温にて５分間インキュベートした。各ウェルの４５０ｎｍの最適密度ＯＤを、標準のＥＬＩＳＡプレート読み込み器を用いて定量した。加えた競合物質ＳＴＯＰ−１の濃度をＯ．Ｄ．値に対してプロットした。ＩＣ５０はＦａｂ又はＩｇＧの結合を５０%阻害するＳＴＯＰ−１の濃度であること表す。図２０Ａ及びＢを参照。結合親和性は括弧内に示す。
【０２１６】
図２１はＳＴＯＰ−１に対する多種のファージ由来抗体の結合親和性の概要を示す。「Ｓ／Ｓ」は、マイクロタイタプレートがＳＴＯＰ−１の短型でコートされ、ＳＴＯＰ−１の短型と競合したＥＬＩＳＡであることを指す。「Ｆ／Ｓ」は、マイクロタイタプレートがヒトＳＴＯＰ−１の完全長型でコートされ、ヒトＳＴＯＰ−１の短型と競合したＥＬＩＳＡであることを指す。「Ｆ／Ｆ」は、マイクロタイタプレートがＳＴＯＰ−１の完全長型でコートされ、ＳＴＯＰ−１の完全長形と競合したＥＬＩＳＡであることを指す。これらの研究で用いられるファージは、Ｓ４−Ｆａｂファージ及びＳ７−Ｆ（ａｂ）’２ファージであった。
【０２１７】
実施例２１  Ｓ４遮断（ブロッキング）アッセイ
Ｓ４ＩｇＧを競合的ＥＬＩＳＡアッセイに用いて、Ｓ４（Ｆａｂ）−ファージ、Ｓ７（Ｆ（ａｂ）’２）−ファージ、Ｓ９（Ｆａｂ）−ファージ、Ｓ１６（Ｆ（ａｂ）’２）−ファージ又はＦ５（Ｆ（ａｂ）’２）−ファージのヒトＳＴＯＰ−１の短型又は完全長型への結合を遮断するか否かを確認した。
初めに、９６ウェルNunc Maxisorpプレートを完全長のヒトＳＴＯＰ−１（２μｇ／ｍｌ  ＰＢＳ）にて、４℃で一晩又は室温で２時間コートした。ウェルを、６５μｌの１％ＢＳＡを加えて３０分間、その後４０μｌの１％Ｔｗｅｅｎ２０を加えて更に３０分間によって遮断した。次に、ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。様々な濃度のＳ４ＩｇＧ（ＥＬＩＳＡバッファーにて）をウェル中で室温で３０分間インキュベートした。そして、Ｓ４（Ｆａｂ）−ファージ、Ｓ７（Ｆ（ａｂ）’２）−ファージ、Ｓ９（Ｆａｂ）−ファージ、Ｓ１６（Ｆ（ａｂ）’２）−ファージ又はＦ５（Ｆ（ａｂ）’２）−ファージを、通常Ｓ４ＩｇＧ抗体がない条件下で９０％の結合能がある濃度で各ウェルに加えて１０分間置いた。ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にてウェルを５回洗浄した。
結合は、０．５％ＢＳＡ及び０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳ中の西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合抗Ｍ１３抗体  ７５μｌ／ウェルを加えて室温で３０分間置いて定量した(Sidhu等、上掲)。ＰＢＳ―０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０にて少なくとも５回ウェルを洗浄した。次に、3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）ペルオキシダーゼ基質及びペルオキシダーゼ溶液Ｂ（H２O２）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を１：１の比率で含む溶液１００μｌ／ウェルをウェルに加えた。反応は、各ウェルに１００μlの１Ｍリン酸（Ｈ３ＰＯ４）((Kirkegaard Perry Laboratories (Gaithersburg, MD))を加えることによって止めた。各ウェルの黄色の４５０ｎｍのＯＤを、標準のＥＬＩＳＡプレート読み込み器を用いて定量した。
図２２は、Ｆ５を除くほとんどのファージ由来の抗体がＳ４ファージ由来抗体と同じＳＴＯＰ−１上の領域に結合したことを示す。Ｙ軸は、Ｓ４ＩｇＧのないウェルのＯＤ４５０ｎｍ値でＳ４ＩｇＧを遮断したウェルのＯＤ４５０ｎｍ値を割ることによって算出される非遮断の割合を示す。試験したファージは、Ｓ４（Ｆａｂ）ファージ、Ｓ７（Ｆ（ａｂ）’２）ファージ、Ｓ９（Ｆａｂ）ファージ、Ｓ１６（Ｆ（ａｂ）’２）ファージ、及びＦ５（Ｆ（ａｂ）’２）ファージである。低い％は、Ｓ４ＩｇＧによる遮断がより大きいことを意味する。
【０２１８】
実施例２３  軽鎖配列を変更することによる結合の最適化
さらに、抗体の結合は、特に軽鎖の配列を変えることによって、最適化することができる。最適化は、ファージディスプレイ方法を含む当分野で公知の方法によって行うことができる。さらに、２００２年６月３日に提出の米国特許仮出願第６０／３８５,３８８号に記載のように、軽鎖可変領域において発生する多様性を除き、軽鎖ＣＤＲの配列は部位特異的突然変異によって変化させ、先の実施例１６に記載の方法と類似のＥＬＩＳＡアッセイによってスクリーニングすることができる。また、以下を参照。
一実施例によれば、抗体可変軽鎖ドメインのライブラリーを、抗体可変ドメインの構造的不安(perturbation)を最小化する一方、ＣＤＲ領域の多様性を最大にするために最適化する。例えば、細菌細胞において産生させる場合、抗体可変ドメインの構造的不安は通常、低い回収率を生じる不適当に折りたたまれた抗体ドメインに関連している。低い回収率は、スクリーニングで検出される結合体の数を減少させる。ＣＤＲ、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３の各ＣＤＲ内で溶解力が利用可能な程度で非常に多様化している位置を同定し、少なくとも一ＣＤＲ領域内にある溶解力が利用可能な程度で非常に多様化している少なくとも一つの位置に一致したアミノ酸位置に変異アミノ酸をコードする少なくとも一つのあつらえた（すなわちランダムでなく）コドンセットを含むオリゴヌクレオチドを設定することによって、軽鎖ＣＤＲ領域の多様性を生じさせる。あつらえたコドンセットは、好ましくは公知の、天然の抗体の溶解力があり利用可能な残基に一致する位置で最も共通に生じるアミノ酸をコードする変性した核酸配列である。
ＣＤＲの溶解力があり利用可能な残基を、鋳型分子の結晶構造を分析することによって、抗体可変ドメイン鋳型分子内で同定することができる。ヒト化抗体４Ｄ５は効率的に生成され、細菌細胞培養を含む多種の宿主細胞で生成される際に適切に折りたたまれる。ヒト化抗体４Ｄ５可変領域の結晶構造は公知であり、公的にhttp://www.rcsb.org (登録コードIFVC)で利用できる。
【０２１９】
軽鎖のＣＤＲの溶解力があり利用可能な位置は、インサイトＩＩプログラム(Accelrys, San Diego, CA)を用いて同定した。
ＣＤＲ残基は、また、ＣＤＲのどの位置が非常に多様であるかについて決定するために分析した。重鎖および軽鎖のCDR領域の非常に多様な位置は、カバットデータベースで公知の、天然に生じる抗体の配列を調べることによって同定した(Kabat, E.A., 等, (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication No. 91-3242)。また、カバットデータベースは、http://www.bioinf.org.uk/abs/を通して入手可能である。カバットデータベースでは、ヒト軽鎖の約１５４０の配列およびヒト重鎖の３６００の配列があった。カバットによって解説されるように、ＣＤＲは整列配置して、番号をつけた（http://www.bioinf.org.uk/abs/duを参照）。非常に多様なアミノ酸位は、整列して、各ＣＤＲで最も使用頻度が高いものから低いものまでアミノ酸の使用を分類することによって同定した。例えば、Ｌ３−９１（すなわち軽鎖ＣＤＲ３の残基９１）がカバットデータベースの１５８２のうち８４９の抗体配列においてＹ（チロシン）であるとわかり、それはこの位置で最も頻度が高いアミノ酸である。頻度リストにおいてセリン（１９６の配列に起こる）の次に、アルギニン（１６９の配列）、アラニン（１１８の配列）、グリシン（６１の配列）、ヒスチジン（４１の配列）が続き、残りの３５の配列は残りのアミノ酸の何れかである。カバットデータベース（からのヒト抗体軽鎖配列のアミノ酸の頻度をアミノ酸の多様性リストに対応して図示する多様な部位を含む）、図３５に示す。
公知の、天然の抗体配列の中で最も高い頻度で生じるアミノ酸をまとめて構成する特定の位置で見つかるアミノ酸残基を、ライブラリー設計の基礎として選択することができる。最も頻繁に生じるアミノ酸は、ほとんどが多様性アミノ酸リストの上９０％にみられるようである（アミノ酸の群は、ここでは「アミノ酸の標的群」を意味する）。しかしながら、ここで記載するように、作製しようとする多様性ライブラリの状況および目的に従って、上記のアミノ酸の標的群についてパーセントカットオフ値を変化させる。
ヒト化抗体４Ｄ５の、溶解力があり利用可能な非常に多様化したものとして同定した位置は以下の通りである：
軽鎖
ＣＤＲ１  ２８，  ２９，  ３０，  ３１，  ３２
ＣＤＲ２  ５０，  ５３
ＣＤＲ３  ９１，  ９２，  ９３，  ９４，  ９６
重鎖
ＣＤＲ１  ２８，  ３０，  ３１，  ３２，  ３３
ＣＤＲ２  ５０，  ５２，  ５３，  ５４，  ５６，  ５８
【０２２０】
天然の多様性で（すなわち、公知の、天然の抗体配列の中で）高い頻度で生じるアミノ酸の例（図３の「標的グループ」又は「天然の多様性」と称する）と、各々のこれらの位置のＤＮＡコドン（「多様性＜ＤＮＡコドン＞」）によるアミノ酸の設計された多様性とを、図３６に示す。
特定のアミノ酸群をコードしているコドンセット（多様性）は、公知の、天然の配列内に少なくともアミノ酸の特定の割合で含むように設計した（図３６に「% covering」として示す）。コドンセットによってコードされるアミノ酸の中で、少なくとも約４０%のアミノ酸は、特定の溶解力のある利用可能な非常に多様化された位置として同定されたアミノ酸を標的とする（図３６に「%good」として示す；標的アミノ酸であるコドンセットによってコードされるアミノ酸は、図３６の３つめに太字で示す）。しかしながら、ここで記載のように、% good値は状況および目的によって変化しうる。それらが好ましくは特定位置で頻度が最も高いアミノ酸をコードするように、コドンセットを選択した。特定位置のコドンセットによってコードされる非標的のアミノ酸の数は、最小化した。コドンセット選択/設計の有効性は、「% good」値に基づいて部分的に評価した。高い割合は、非常に低い非標的のアミノ酸を意味した；「% good」の高い値は、特定のコドンセットよってコードされるアミノ酸のうちより多くの標的アミノ酸を有することがより重要であると判断した。重複(Redundancy)は、「% good」値を算出する際に含めた。評価目的のために、「% covering」値を算出した。この値は、（特定のコドンセットによってコードされるアミノ酸の中で）「good」であるアミノ酸によってカバーされる天然の多様性の割合を表す。例えば、L3-91について、コドンセットＫＭＴが用いられる場合、「good」なアミノ酸はＹＳＡであり、コドンによってコードされるＹＳＡＤアミノ酸の７５％である。ＹＳＡは、このアミノ酸位で１５８０の公知の、天然の抗体配列のうち１１９０をカバーするアミノ酸である。１１９０／１５８０は７５%に等しく、それは「% covering」値である。したがって、Ｌ３−９１でＫＭＴを用いたある設計では、ライブラリの７５％は、位置９１でＣＤＲＬ３の天然の多様性の７５%をカバーする。
【０２２１】
また、コドンセットは、可能な場合、システイン及び停止コドンを除外して設計した。システイン残基により折りたたみの問題が生じる傾向があり、停止コドンは有効なライブラリサイズを減少させうる。また、コドンセットの設計において、非標的のアミノ酸の数を最小化することが望ましいと判断した。
ヒト化抗体４Ｄ５の各々の溶解力があり利用可能な非常に多様な残基を設計するコドンセットを、図３６に示す。任意の特定の残基で、同定される標的アミノ酸に依存して一つ以上のコドンセットを用いる。例えば、２つのＬ１オリゴヌクレオチドは、例えば、Ｌ３−９６でコドンＹＫＧを含むものとＴＷＴを含むもの、又は、Ｈ２−５０でコドンＤＧＧと含むものとＤＨＴを含むものを併用する。
様々なコドンセットは、ＣＤＲ  Ｌ１、ＣＤＲ  Ｌ２、ＣＤＲ  Ｌ３を含む一つ以上のＣＤＲ領域に多様性を有する多様なライブラリを生成するために用いることができる。例えば、図３７−４０は、多様性を生じさせるために用いたコドンセットの設計のバージョンを示す。図３６は、これら設計のアミノ酸範囲の概要を示す。一般に、必須ではないが、設計は、より多くの天然の多様性をカバーし、可能な限り「非標的」のアミノ酸を除外するように限定することが好ましい。いくつかの実施態様において、これらの基準に基づいて最もよいスコアを示さない設計を用いて、ＳＴＯＰ−１に対する良好な結合体を得た。
【０２２２】
実施例２４  細胞表面へのＳＴＯＰ−１結合
ＨＴ１０８０細胞は、ＦＡＣＳバッファー（２０ｍＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、１４０ｍＭのＮａＣｌ、１ｍＭのＣａＣｌ２、１ｍＭのＭｇＣｌ２、２％ＦＢＳ）中で、１００ｕｇ／ｍｌのＳ７又は６ｂ１２モノクローナル抗体存在下にて、組み換え精製された完全長ヒトＨｉｓタグ付加ＳＴＯＰ−１（１０μｇ／ｍｌ、Ａ；１試料につき５００，０００細胞個）と共に４℃で１時間インキュベートした。タンパク質結合は、抗Ｈｉｓモノクローナル抗体（５ｍｇ／ｍｌ）又は抗Ｆｌａｇ（５ｍｇ／ｍｌ、ネガティブな対照として）を用いたＦＡＣＳにて細胞を処理し、その後ＦＩＴＣ結合ヤギ抗マウス抗体にて処理することによって検出した。
図４１は、ＳＴＯＰ−１がヒトＨｅＬａ細胞、ヒトＨＴ１０８０線維芽細胞細胞およびヒトの臍静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）細胞の表面に特異的に結合し、ヒト胚腎臓２９３細胞には結合しないことを示す。ＳＴＯＰ−１のレセプターがＨｅＬａ、ＨＴ１０８０およびＨＵＶＥＣ細胞に存在すると考えられる。
【０２２３】
実施例２５  Ｓ７モノクローナル抗体は細胞へのＳＴＯＰ−１結合を促進する
ＨＴ１０８０細胞は、ＦＡＣＳバッファー（２０ｍＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、１４０ｍＭのＮａＣｌ、１ｍＭのＣａＣｌ２、１ｍＭのＭｇＣｌ２、２％ＦＢＳ）中で、１００ｕｇ／ｍｌのＳ７又は６ｂ１２モノクローナル抗体存在下にて、組み換え精製された完全長ヒトＨｉｓタグ付加ＳＴＯＰ−１（１０μｇ／ｍｌ、Ａ；１試料につき５００，０００細胞個）と共に４℃で１時間インキュベートした。タンパク質結合は、抗Ｈｉｓモノクローナル抗体（５ｍｇ／ｍｌ）又は抗Ｆｌａｇ（５ｍｇ／ｍｌ、対照として）を用いたＦＡＣＳ処理の後、ＦＩＴＣ結合ヤギ抗マウス抗体にて処理することによって検出した。
図４２はＳ７抗体がＨＴ１０８０細胞の細胞表面へのＳＴＯＰ−１結合を促進するのに対して、６Ｂ１２促進しなかったことを示す。また、Ｓ４抗体を同じアッセイで試験したところ、ＨＴ１０８０細胞へのＳＴＯＰ−１結合を促進することがわかった。Ｓ７抗体およびＳ４抗体が細胞に結合したＳＴＯＰ−１に結合することができ、Ｓ７抗体又はＳ４抗体のＳＴＯＰ−１への結合は、ＳＴＯＰ−１へのＳＴＯＰ−１レセプターの結合を阻害するようではない。したがって、Ｓ７抗体がＳＴＯＰ−１に結合するエピトープは、そのレセプタへのＳＴＯＰ−１結合のために必要ではないようである。
【０２２４】
実施例２６  ＳＴＯＰ−１は内皮細胞移動を促進する
方向性細胞移動は、変更されたボイデン走化性チャンバ(modified Boyden chemotaxis chamber)(TranswellsTM, Corning, Inc.)を用いて測定された。８ミクロン孔を有するポリカーボネートフィルターを、Collaborative Sciencesより入手のコラーゲンＩの０．１%溶液にて４℃で一晩インキュベートした。本過程で、フィルタの下面をコラーゲン（細胞接着に必要な細胞外マトリクスタンパク質）でコートした。翌日、フィルタをＰＢＳですすいで、１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を含む基本的内皮細胞培養液（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ）から構成される遮断（ブロッキング）培養液（各々の下部チャンバ当たり２００マイクロリットル）にて室温で１時間遮断したを有する室温で、１時間ブロックされた。
ＨＵＶＥＣ細胞（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓより入手、完全培養液にて生育）を細胞解離溶液（０．２５％ＥＤＴＡ）を用いて回収し、移動培地（０．１％ＢＳＡを含み、成長因子を含まない内皮細胞基本的培養液）に再懸濁した。再懸濁した細胞は、変更されたボイデンチャンバ（１０，０００  細胞個／ｍｌ、１５０マイクロリットル／ウェル）の上部チャンバに置いた。ｂＦＧＦ（１ｎｇ／ｍｌ又は１０ｎｇ／ｍｌ（最終濃度））又はＳＴＯＰ−１（１ｕｇ／ｍｌ又は１０ｕｇ／ｍｌ（最終濃度））を含む移動培地を、変更されたボイデンチャンバ（３００マイクロリットル／ウェル）の下部チャンバに加えた。移動培地単独（ｂＦＧＦ又はＳＴＯＰ−１なしで）は、対照として下部チャンバに加えた。各々の条件は３通り行った。変更されたボイデン走化性チャンバを、３７℃（５％ＣＯ２）で３時間、インキュベータに置いた。
【０２２５】
その後、移動しなかった（上部チャンバに面したフィルタの上に位置する）細胞を、綿でやさしく取り除いた。フィルタを、４％パラホルムアルデヒド溶液（１０分、ＲＴ）で固定して、０．２％クリスタルバイオレット溶液（５分、ＲＴ）で染色して、細胞を視覚化した。ついで、フィルタの下面にある細胞（すなわち、移動したもの）を、ニコン倒立顕微鏡を用いて計数した。フィルタはランダムにした（計測者には条件を「隠す」）。１条件当たり３フィルター、フィルタ当たりランダムな６フィールド（４０×）にある細胞を計測した。図４４のデータは、ある代表的な実験（３から）から得た細胞の平均数を表す。
図４３は、ＳＴＯＰ−１がＨＵＶＥＣ細胞への走化性がある（すなわち、方向移動を誘発する）ことを示す。本効果の大きさは、ｂＦＧＦ（ＨＵＶＥＣ移動を誘発して、全体的にプロ血管形成性分子として作用することが既に示された成長因子）のものに相当する。ｂＦＧＦおよびＳＴＯＰ−１を用いた処置は付加効果を示さなかった。また、ｂＦＧＦ又はＳＴＯＰ−１の何れを用いた処置でも互いの効果を促進しなかった。本予備データは、ＳＴＯＰ−１がプロ血管形成性又はプロ脈管形成性分子として作用することを示唆する。更に本効果を確認するために、ＨＵＶＥＣ細胞とＳＴＯＰ−１との相互作用を遮断する抗体を用いて同じ又は類似の実験を繰り返し行う。
【０２２６】
実施例２７  ＳＴＯＰ−１はＭＤＡ４３５細胞に結合する
ＭＤＡ−ＭＢ−４３５ヒト乳癌細胞を、１０ｍＭ  ＥＤＴＡを含む培養フラスコから取り除き、２％胎仔ウシ血清を含む冷たいＰＢＳに再懸濁した。細胞数は、１，０００，０００細胞個／ｍｌに調製し、懸濁液０．５ｍｌを、１０ｍｇ／ｍｌのｆｌａｇタグ付加完全長ヒトＳＴＯＰ−１及び１００ｍｇ／ｍｌの特定（６Ｂ１２）又は対照（４Ｂ７）抗体を有するチューブに分配した。混合液を氷上にて１時間インキュベートして、冷えた懸濁液バッファーで洗浄した。ついで混合液を、抗ｆｌａｇＭ２−ＦＩＴＣと共に氷上にて１時間インキュベートした。細胞は懸濁液バッファで洗浄し、蛍光色素をフローサイトメトリーにて測定した。
図４４は、フローサイトメトリー分析をグラフで表す。検出抗体単独（ＳＴＯＰ−１なしの抗ｆｌａｇ  Ｍ２−ＦＩＴＣ抗体）で処理した細胞によって生成されるシグナル強度の幾何級数的平均値はおよそ７．９９であった。それぞれ、ＳＴＯＰ−１単独、６Ｂ１２とＳＴＯＰ−１および４Ｂ７とＳＴＯＰ−１によって処理した細胞によってできるシグナル強度の幾何級数的平均値は、およそ１３．２４、８．３および１１．３９であった。結果は、ＳＴＯＰ−１がＭＤＡ−ＭＢ−４３５乳癌細胞に結合し、６Ｂ１２（ＳＴＯＰ−１特異的なモノクローナル抗体）がそれらの細胞へのＳＴＯＰ−１結合を遮断することを示す。同基準標本対照（４Ｂ７抗体）は有意な活性を示さなかった。また、Ｓ４およびＳ７抗体も本アッセイに用いた。両方の抗体は、ＭＤＡ−ＭＢ−４３５細胞へのＳＴＯＰ−１の結合を遮断せず、アッセイで細胞へのＳＴＯＰ−１結合が増加した。
【０２２７】
実施例２８  ＳＴＯＰ−１ｍＲＮＡ発現はＴＮＦα及び細胞性ストレスにより上方制御される
以前の研究では、低い酸素（低酸素）又は細胞性ストレスの条件が腫瘍形成および血管形成を促進することが示されている。ＴＮＦαは、ストレス関連の細胞性反応を刺激するためにしばしば用いられ、血管形成および腫瘍形成を促進することが示唆されている。ＳＴＯＰ−１発現が腫瘍形成性で血管形成誘因によって影響を受けるかどうかを試験するために、ＨＵＶＥＣ細胞をＴＮＦαおよび低酸素条件での処理に用いた。
ＨＵＶＥＣ細胞を、低酸素条件（９５％空気、５％ＣＯ２）又は正常酸素圧（およそ９５％空気、５％ＣＯ２）下で、ヒト組み換えＴＮＦα (Genentech, Inc.)１００ｎｇ／ｍｌと共に３、８又は２４時間インキュベートした。処置した細胞からのｍＲＮＡを抽出し、プライマー及び実施例２に記載の条件を用いてＴａｑＭａｎ  ＲＴ−ＰＣＲ反応を行った。正常酸素圧条件（１００ｎｇ／ｍｌのＴＮＦαなし）下で３時間インキュベートした後の発現レベルと比較することによって、各時間の終わりでのＳＴＯＰ−１  ｍＲＮＡの発現の倍数変化を計測した。
図４５Ｂは、正常酸素圧条件下にてＴＮＦαで処理するとＳＴＯＰ−１  ｍＲＮＡ発現が有意に上方制御されることを示す。発現レベルは、３、８および３４時間の時点で実質的に変化するように見えなかった。一方、図４５Ａは、ＴＮＦαが低酸素条件下でインキュベートした細胞でのＳＴＯＰ−１  ｍＲＮＡレベルにほとんど又は全く影響を及ぼさないことを示す。面白いことに、ＴＮＦαがない条件でのＳＴＯＰ−１発現は、低酸素条件下処置の３４時間後に有意に上方制御され、処理３時間後にはされない。これらの結果は、ＨＵＶＥＣ細胞のＳＴＯＰ−１発現がＴＮＦαおよび低酸素条件での処理に応答するが、その応答は付加的又は相乗作用的ではなく、おそらく示している類似の作用経路であることを示唆する。
【０２２８】
主要な配列リスト
2011026321.tif 000053
2011026321.tif 000054
2011026321.tif 000055
2011026321.tif 000056
ここに挙げたすべての特許、出願及び文献は出典明記によりここに組み込まれる。
【０２２９】
（実施態様）
１．  ヒトＳＴＯＰ−１のオリゴマー型に特異的に結合するモノクローナル抗体。
２．  ヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸３３−５２又は３３−５３に特異的に結合するモノクローナル抗体。
３．  ヒトＳＴＯＰ−１のアミノ酸９４−２４３に特異的に結合するモノクローナル抗体。
４．  モノクローナル抗体がヒトＳＴＯＰ−１のオリゴマー型に結合する、実施態様３に記載のモノクローナル抗体。
５．
（ａ）  第一アミノ酸配列に以下を含む：
Ｔ−Ｉ−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４
Ｘ１が、Ｓ、Ｎ又はＴである；
Ｘ２がＧ、Ｎ、Ｓ又はＡである；
Ｘ３がＹ、Ｓ又はＴである；及び
Ｘ４がＤ又はＷである。
（ｂ）  第二アミノ酸配列に以下を含む：
Ｘ１−Ｘ２−Ｉ−Ｘ３−Ｐ−Ｘ４−Ｘ５−Ｇ−Ｘ６−Ｔ−Ｘ７（配列番号：１１５）
Ｘ１がＧ又はＡ；
（１）Ｘ２がＳ、Ｔ、Ａからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ３がＲ、Ｗ  及びＹからなる群から選択されるアミノ酸である；又は
（２）Ｘ３がＳ、Ｔ、Ａからなる群から選択されるアミノ酸であり、Ｘ２がＲ、Ｗ及びＹからなる群から選択されるアミノ酸である；
Ｘ４がＹ又はＦである；
Ｘ５がＧ、Ｓ、Ｔ  又はＡである；
Ｘ６がＮ、Ｙ又はＡ；
Ｘ７がＮ、Ｙ又はＤ；及び
（ｃ）  第三アミノ酸配列が以下の配列を含む：
Ｃ−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｇ−Ｇ−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１（配列番号：１１６）
Ｘ１がＡ、Ｓ又はＴである；
Ｘ２が塩基性アミノ酸である；
Ｘ３が任意のアミノ酸である；
Ｘ４が疎水性アミノ酸である；
Ｘ５−Ｘ８の何れか一が、任意のアミノ酸又は欠損したものであり、Ｘ５−Ｘ８の少なくとも一が芳香族のアミノ酸又は疎水性アミノ酸である；
Ｘ９が芳香族又は疎水性アミノ酸である；
Ｘ１０がＤ又はＡである；及び
Ｘ１１がＹ又はＶである
を含んでなるモノクローナル抗体。
３．  第一アミノ酸がＴＩＳＧＳＤ、ＴＩＴＮＳＤ及びＴＩＳＧＳＷからなる群の何れか一から選択される、実施態様５に記載の抗体。
４．  第二アミノ酸がＧＲＩＳＰＹＧＧＮＴＮ、ＡＴＩＹＰＹＧＧＹＴＹ及びＡＷＩＡＰＹＳＧＡＴＤからなる群の何れか一から選択される、実施態様５に記載の抗体。
５．  第三アミノ酸がＣＡＲＶＧＧＬＫＬＬＦＤＹ、ＣＡＲＧＧＧＭＤＧＹＶＭＤＹ及びＣＡＲＥＧＧＬＹＷＶＦＤＹからなる群の何れか一から選択される、実施態様５に記載の抗体。
６．  抗体が、
（ａ）第一アミノ酸配列ＴＩＳＧＳＤ；
（ｂ）第二アミノ酸配列ＧＲＩＳＰＹＧＧＮＴＮ；及び
（ｃ）第三アミノ酸配列ＣＡＲＶＧＧＬＫＬＬＦＤＹ；
又は該抗体の変異型を含んでなる、実施態様５に記載の抗体。
７．  抗体が、
（ａ）第一アミノ酸配列ＴＩＴＮＳＤ；
（ｂ）第二アミノ酸配列ＡＴＩＹＰＹＧＧＹＴＹ；及び
（ｃ）第三アミノ酸配列ＣＡＲＧＧＧＭＤＧＹＶＭＤＹ；
又は該抗体の変異型を含んでなる、実施態様５に記載の抗体。
８．  抗体が、
（ａ）第一アミノ酸配列ＴＩＳＧＳＷ；
（ｂ）第二アミノ酸配列ＡＷＩＡＰＹＳＧＡＴＤ；及び
（ｃ）第二アミノ酸配列ＣＡＲＥＧＧＬＹＷＶＦＤＹ；
又は該抗体の変異型を含んでなる、実施態様５に記載の抗体。
９．  （ａ）第一アミノ酸配列ＴＩＳＮＹＧ；（ｂ）第二アミノ酸配列ＧＲＩＳＰＳＮＧＳＴＹ；及び（ｃ）第三アミノ酸配列ＣＡＫＣＳＶＲＦＡＹ、又は該抗体の変異型を含んでなるモノクローナル抗体。
１０．  （ａ）第一アミノ酸配列ＴＩＮＮＹＤ；（ｂ）第二アミノ酸配列ＧＹＩＳＰＰＳＧＡＴＹ；及び（ｃ）第三アミノ酸配列ＣＡＲＭＶＧＭＲＲＧＶＭＤＹ、又は該抗体の変異型を含んでなるモノクローナル抗体。
１１．  第一アミノ酸配列がカバットナンバリングシステムに従って、重鎖２８−３３残基内にあり、第二アミノ酸配列がカバットナンバリングシステムに従って重鎖４９−５８残基内にあり、第三アミノ酸配列がカバットナンバリングシステムに従って９２−１０２残基内にある、実施態様５ないし１０の何れか一に記載のモノクローナル抗体。
１２．
（ａ）図２７の重鎖配列；
（ｂ）図２８の重鎖配列；
（ｃ）図２９の重鎖配列；
（ｄ）図３０の重鎖配列；
（ｅ）図３１の重鎖配列；又は
（ｆ）図３４の重鎖配列；
又はそれらの変異型のアミノ酸配列を含んでなるモノクローナル抗体。
１３．
（ａ）図２７の軽鎖配列；又は
（ｂ）図３４の軽鎖配列；
又はそれらの変異型のアミノ酸配列を含んでなる、実施態様１２に記載のモノクローナル抗体。
１４．  アメリカ培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ）（10801 University Blvd., Manassas, VA 20110-2209, USA）に、２００３年３月２５日にＶ０３５０−４−Ｓ７として委託された核酸分子によりコードされるＳ７、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ４、として委託された核酸分子によりコードされるＳ４、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ９、として委託された核酸分子によりコードされるＳ９、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−４−Ｓ１６、として委託された核酸分子によりコードされるＳ１６、２００３年３月２５日に名称Ｖ０３５０−５として委託された核酸分子によりコードされるＦ５、及び、名称６Ｂ１２．１．７として２００３年３月２８日に寄託されたハイブリドーマ細胞系によって生成される６Ｂ１２からなる群から選択される抗体の生物学的特徴を有するモノクローナル抗体。
１５．  ＳＴＯＰ−１への抗体の結合が、名称Ｖ０３５０−４−Ｓ７としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ７、名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ４、としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ４、名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ９、としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ９、名称Ｖ０３５０−４−Ｓ１６、としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ１６、名称Ｖ０３５０−５としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＦ５、及び、名称６Ｂ１２．１．７としてＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマ細胞系によって生成される６Ｂ１２からなる群から選択される第二モノクローナル抗体によって阻害される、ＳＴＯＰ−１に特異的に結合するモノクローナル抗体。
１６．  抗体が名称Ｖ０３５０−４−Ｓ７としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ７、名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ４、としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ４、名称Ｖ０３５０−２ｂ−Ｓ９、としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ９、名称Ｖ０３５０−４−Ｓ１６、としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＳ１６、名称Ｖ０３５０−５としてＡＴＣＣに委託された核酸分子によってコードされるＦ５、及び、名称６Ｂ１２．１．７としてＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマ細胞系によって生成される６Ｂ１２、及びそれらの変異型からなる群から選択される抗体の軽鎖及び重鎖の配列を含んでなる、ＳＴＯＰ−１に特異的に結合するモノクローナル抗体。
１７．  抗体がキメラ抗体又はヒト化抗体である、実施態様１ないし１６の何れか一に記載の抗体。
１８．  抗体が抗体フラグメント又は二重特異性抗体である、実施態様１ないし１６の何れか一に記載の抗体。
１９．  抗体が、成長阻害剤、細胞障害性剤、検出試薬、生物学的利用能を改善する作用剤、及び抗体の半減期を改善する作用剤からなる群から選択される作用剤とコンジュゲートしている、実施態様１７又は１８に記載の抗体。
２０．  前記細胞障害性剤が毒素、抗生物質および放射性同位元素からなる群から選択される、実施態様１９に記載の抗体。
２１．  前記抗体が細菌内で生成される、実施態様１ないし１６の何れか一に記載の抗体。
２２．  前記抗体がＣＨＯ細胞内で生成される、実施態様１ないし１６の何れか一に記載の抗体。
２３．  細胞から分泌されることができないＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含んでなるＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体。
２４．  ポリペプチドが残基１８６で変異している、実施態様２３に記載のポリペプチド変異体。
２５．  他のＳＴＯＰ−１にジスルフィド結合することができないＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含んでなるＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体。
２６．  ポリペプチドが残基５５で変異している、実施態様２４に記載のポリペプチド変異体。
２７．  実施態様１ないし１８の何れか一に記載の抗体又は実施態様２３ないし２６の何れか一に記載のポリペプチドをコードする核酸分子。
２８．  実施態様２７に記載の核酸分子を含んでなるベクター。
２９．  実施態様２７に記載の核酸分子を含んでなる宿主細胞。
３０．  ＳＴＯＰ−１アンタゴニスト及び薬学的に受容可能な担体を含んでなる組成物であり、該アンタゴニストがＳＴＯＰ−１に特異的に結合し、該結合がモノクローナル抗体６Ｂ１２によって阻害される組成物。
３１．  アンタゴニストがヒトＳＴＯＰ−１の残基３３−５２内の残基に特異的に結合する、実施態様３０に記載の組成物。
３３．  ＳＴＯＰ−１ポリペプチドのアンタゴニスト及び間質性標的作用剤を含んでなる組成物。
３４．実施態様１ないし１８の何れか一に記載のモノクローナル抗体を含んでなる組成物。
３５．  実施態様２３ないし２６の何れか一に記載のポリペプチドを含んでなる組成物。
３６．  更に、間質性標的作用剤を含む、実施態様３４又は３５に記載の組成物。
３７．  間質性標的作用剤がアンタゴニストに共有結合している、実施態様３４に記載の組成物。
３８．  間質性標的作用剤がモノクローナル抗体に共有結合している、実施態様３４に記載の組成物。
３９．  間質性標的作用剤がポリペプチドに共有結合している、実施態様３５に記載の組成物。
４０．  間質性標的作用剤が腫瘍の間質細胞を認識する、実施態様３３ないし３６の何れか一に記載の組成物。
４１．  実施態様２７に記載の核酸分子を含んでなる組成物。
４２．  実施態様２７に記載の核酸分子を含む細胞を培養する工程を含んでなる、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド又は抗ＳＴＯＰ−１抗体の生成方法。
４３．  細胞が細菌細胞又は哺乳動物細胞である、実施態様４２に記載の方法。
４４．  ＳＴＯＰ−１ポリペプチドをコードする核酸分子を含み、プロテオグリカン合成を欠損している哺乳動物細胞を培養する工程を含んでなるＳＴＯＰ−１ポリペプチドの生成方法。
４５．  プロテオグリカン合成が欠損している細胞系統がガラクトシルトランスフェラーゼＩ活性を欠損している、実施態様４１に記載の方法。
４６．  細胞系統がＣＨＯ−ｐｓｂｇ細胞系統である、実施態様４５に記載の方法。
４７．  患者からの検査すべき組織におけるＳＴＯＰ−１タンパク質の量と正常組織におけるＳＴＯＰ−１タンパク質の量を比較する工程を含む、患者の腫瘍の診断方法又はモニタリング方法。
４８．  正常組織と腫瘍組織のＳＴＯＰ−１の量を間質性細胞での発現量に基づいて評価する、実施態様４７に記載の方法。
４９．  実施態様１ないし１８の何れか一に記載のモノクローナル抗体を用いて、患者からの検査すべき組織におけるＳＴＯＰ−１タンパク質の量と正常組織におけるＳＴＯＰ−１タンパク質の量を比較する工程を含む、患者の腫瘍の診断方法又はモニタリング方法。
５０．  正常組織と腫瘍組織のＳＴＯＰ−１の量を間質性細胞での発現量に基づいて評価する、実施態様４９に記載の方法。
５１．  患者の腫瘍の成長を阻害するのに有効な量のＳＴＯＰ−１アンタゴニストを患者に投与することを含む、ＳＴＯＰ−１を過剰発現している腫瘍の成長の予防方法又は阻害方法。
５２．  患者の腫瘍の成長を阻害するのに有効な量の実施態様３０ないし３８の何れか一に記載の組成物を患者に投与することを含む、ＳＴＯＰ−１を過剰発現している腫瘍の成長の阻害方法。
５３．  腫瘍が間質性領域を有する、実施態様５２に記載の方法。
５４．  腫瘍が、線維腫瘍、肉腫、腺癌、肝臓癌、円形細胞腫瘍、乳癌、大腸癌、肺癌、卵巣がん、黒色腫、子宮体癌、神経膠腫、膵癌及び脈管癌からなる群から選択したものである、実施態様５２に記載の方法。
５５．  細胞からのＳＴＯＰ−１の分泌を抑制する工程を含む、ＳＴＯＰ−１を過剰発現する細胞の成長の阻害方法。
５６．  分泌が細胞から分泌されないＳＴＯＰ−１タンパク質を細胞内で過剰に発現することによって阻害される、実施態様５５に記載の方法。
５７．  分泌されることができないＳＴＯＰ−１タンパク質が残基１８６で変異している、実施態様５６に記載の方法。
５８．
（１）ＳＴＯＰ−１コード化ＤＮＡ分子の第５５システイン残基を変異する；
（２）第５５システイン残基に変異があるＳＴＯＰ−１タンパク質を天然に生じるＳＴＯＰ−１タンパク質存在下にて発現させる；及び
（３）第５５システイン残基に変異があるＳＴＯＰ−１タンパク質を天然に生じるＳＴＯＰ−１タンパク質と共にインキュベートする
ことからなる群から選択した工程を含む、ＳＴＯＰ−１分子間のジスルフィド結合を阻害する方法。
５９．  細胞外基質分解酵素-７（ＭＭＰ-７）及び細胞外基質分解酵素-９（ＭＭＰ-９）からなる群から選択したプロテアーゼと共にＳＴＯＰ−１をインキュベートする工程を含む、ＳＴＯＰ−１断片化方法。
６０．  更に、生成したＳＴＯＰ−１断片化生成物をモニタリングする工程を含む、実施態様５９に記載の方法。
６１．  ＳＴＯＰ−１ポリペプチドが含まれることが疑われる試料を抗ＳＴＯＰ−１抗体に曝し、該試料の成分と該抗体との結合を検出することを含む、試料中に存在するＳＴＯＰ−１ポリペプチドの検出方法。
６２．
（ａ）修飾したＳＴＯＰ−１ポリペプチド、ＳＴＯＰ−１ポリペプチド変異体、又はＳＴＯＰ−１アンタゴニストを含む組成物；
（ｂ）該組成物を内包している容器；と
（ｃ）該容器に貼付したラベル、または、該容器内に包含するパッケージ挿入物であって、増殖性疾患の治療での該ポリペプチド変異体、修飾ポリペプチド又はアンタゴニストの使用を示しているもの
とを含んでなる製造品。
６３．  ＳＴＯＰ−１アンタゴニストが、（１）６Ｂ１２抗体が結合するヒトＳＴＯＰ−１内の残基に結合する；（２）ヒトＳＴＯＰ−１の少なくとも残基３３−５２又は３３−５３内の残基に結合する；及び（３）６Ｂ１２抗体のＳＴＯＰ−１への結合に競合することができる、からなる群から選択される何れかの活性を有する、実施態様５１に記載の方法。
６４．  癌細胞又は内皮細胞に該細胞の移動を誘導させるのに有効な量のＳＴＯＰ−１ポリペプチドを投与することを含む、インビトロでの細胞移動誘導方法。
６５．  第一の内皮細胞又は癌細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、第二の内皮細胞又は癌細胞にＳＴＯＰ−１と候補アンタゴニスト又はアゴニストを曝し、第一と第二の内皮細胞又は癌細胞の移動を比較する工程を含む、ＳＴＯＰ−１の候補アンタゴニスト又はアゴニストの活性を試験する方法。
６６．  細胞がＨＵＶＥＣ細胞である、実施態様６４又は６５に記載の方法。
６７．  哺乳動物の対象体の過剰な、不適当な又は制御不能な血管形成が関連する疾患又は症状の治療方法であって、疾患を治療するのに有効な量のＳＴＯＰ−１アンタゴニストを対象体に投与することを含み、該ＳＴＯＰ−１アンタゴニストが（１）６Ｂ１２抗体が結合するヒトＳＴＯＰ−１内の残基に結合する；（２）ヒトＳＴＯＰ−１の少なくとも残基３３−５２内の残基に結合する；及び（３）６Ｂ１２抗体のＳＴＯＰ−１への結合に競合することができることからなる群から選択した何れかの活性を有する、治療方法。
６８．  薬学的に受容可能な担体と、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドを含むイムノアドヘシンと、抗体のＦｃ部位を含んでなる組成物。
６９．  組成物がＳＴＯＰ−１ポリペプチドを３以上含むＳＴＯＰ−１のオリゴマー型を含む、実施態様６８に記載の組成物。
７０．  薬学的に受容可能な担体と、ＳＴＯＰ−１ポリペプチドの細胞表面への結合を増強する分子を含んでなる組成物。
７１．  分子が細胞表面上でＳＴＯＰ−１を凝集する、実施態様７０に記載の組成物。
７２．  増強する分子が抗ＳＴＯＰ−１抗体である、実施態様７０に記載の組成物。
７３．
（ａ）ＳＴＯＰ−１の細胞への結合を増強する分子を含む組成物又は実施態様６８ないし７２に記載の組成物；
（ｂ）該組成物を内包する容器；と
（ｃ）該容器に貼付したラベル、または、該容器内に包含するパッケージ挿入物であって、血管形成の増加により得をする疾病の治療又は寛解での該分子又はアゴニストの使用を示しているもの
とを含んでなる製造品。
７４．  治療的有効量のＳＴＯＰ−１増強物質又は実施態様６８ないし７２の何れか一に記載の組成物を投与することによって、血管形成の増加により得をする患者の血管形成誘導方法。
７５．  アゴニストが抗ＳＴＯＰ−１抗体である、実施態様７４に記載の方法。
７６．  ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがある条件下にて癌細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがない条件下にて癌細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストのある条件下とない条件下での癌細胞とＳＴＯＰ−１との結合を比較する工程を含む、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストの同定方法又は評価方法。
７７．  ＳＴＯＰ−１アンタゴニストのある条件下にて癌細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、癌細胞とＳＴＯＰ−１との結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１アンタゴニストの評価方法。
７８．  癌細胞が乳癌細胞である、実施態様７６又は実施態様７７に記載の方法。
７９．  ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストがない条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストのある条件下とない条件下での内皮細胞とＳＴＯＰ−１との結合を比較する工程を含む、ＳＴＯＰ−１候補アンタゴニストの同定方法又は評価方法。
８０．  ＳＴＯＰ−１アンタゴニストのある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、癌細胞とＳＴＯＰ−１との結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１アンタゴニストの評価方法。
８１．  ＳＴＯＰ−１増強物質のある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、癌細胞とＳＴＯＰ−１との結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１増強物質の評価方法。
８２．  ＳＴＯＰ−１アゴニストのある条件下にて内皮細胞にＳＴＯＰ−１を曝し、癌細胞とＳＴＯＰ−１との結合を定量又は観察する工程を含む、ＳＴＯＰ−１アゴニストの評価方法。
【図１】
2011026321.tif 000057
【図２】
2011026321.tif 000058
【図６】
2011026321.tif 000059
【図１２】
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【図１５】
2011026321.tif 000061
【図１８】
2011026321.tif 000062
【図１９】
2011026321.tif 000063
【図２０】
2011026321.tif 000064
【図２１】
2011026321.tif 000065
【図２２】
2011026321.tif 000066
【図２４】
2011026321.tif 000067
【図２５Ａ】
2011026321.tif 000068
【図２５Ｂ】
2011026321.tif 000069
【図２５Ｃ】
2011026321.tif 000070
【図２５Ｄ】
2011026321.tif 000071
【図２５Ｅ】
2011026321.tif 000072
【図２５Ｆ】
2011026321.tif 000073
【図２５Ｇ】
2011026321.tif 000074
【図２５Ｈ】
2011026321.tif 000075
【図２６Ａ】
2011026321.tif 000076
【図２６Ｂ】
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【図２６Ｃ】
2011026321.tif 000078
【図２６Ｄ】
2011026321.tif 000079
【図２６Ｅ】
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【図２６Ｆ】
2011026321.tif 000081
【図２６Ｇ】
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【図２６Ｈ】
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【図２７Ａ】
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【図２７Ｂ】
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【図２７Ｃ】
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【図２８Ａ】
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【図２８Ｂ】
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【図２８Ｃ】
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【図２９Ａ】
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【図２９Ｂ】
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【図２９Ｃ】
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【図３０Ａ】
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【図３０Ｂ】
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【図３０Ｃ】
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【図３１Ａ】
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【図３１Ｂ】
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【図３１Ｃ】
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【図３２Ａ】
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【図３２Ｂ】
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【図３２Ｃ】
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【図３２Ｄ】
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【図３２Ｅ】
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【図３２Ｆ】
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【図３２Ｇ】
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【図３３Ａ】
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【図３３Ｂ】
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【図３３Ｃ】
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【図３３Ｄ】
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【図３３Ｅ】
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【図３３Ｆ】
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【図３４Ａ】
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【図３４Ｂ】
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【図３４Ｃ】
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【図３４Ｄ】
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【図３４Ｅ】
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【図３４Ｆ】
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【図３４Ｇ】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５Ａ】
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【図４５Ｂ】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１６】
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【図１７】
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【図２３】
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【配列表】
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【外国語明細書】
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2011026321000002.pdf
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