【手続補正書】
【提出日】平成27年5月14日(2015.5.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトＨｅｒ２／ｎｅｕタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントに共有結合的にまたは作動可能に連結したｐ９７ポリペプチド配列を含む結合体。
【請求項２】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、配列番号１を含む、請求項１に記載の結合体。
【請求項３】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、配列番号１の配列と少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む、請求項１に記載の結合体。
【請求項４】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、配列番号１の配列の少なくとも約２０アミノ酸残基を有するヒトｐ９７タンパク質配列のフラグメントを含む、請求項１に記載の結合体。
【請求項５】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、可溶性ｐ９７ポリペプチド配列である、請求項１に記載の結合体。
【請求項６】
前記ｐ９７ポリペプチド配列および前記抗体または抗原結合フラグメントが、融合ポリペプチドとして共有結合的に連結している、請求項１に記載の結合体。
【請求項７】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、リンカーによって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結している、請求項１に記載の結合体。
【請求項８】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、（ａ）ポリマー架橋剤によって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結しているか、（ｂ）ナノ粒子を介して該抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結しているか、あるいは（ｃ）リポソームを介して該抗体またはその抗原結合フラグメントに作動可能に連結している、請求項１に記載の結合体。
【請求項９】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、チオエーテル結合を含むポリマー架橋剤によって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結している、請求項１に記載の結合体。
【請求項１０】
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、ポリエチレングリコールを含むポリマー架橋剤によって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結している、請求項１に記載の結合体。
【請求項１１】
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号２に示される配列を有するヒトＨｅｒ２／ｎｅｕタンパク質に特異的である、請求項１に記載の結合体。
【請求項１２】
前記抗体が、トラスツズマブまたはその抗原結合フラグメントである、請求項１に記載の結合体。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか１項に記載の結合体および薬学的に許容され得る賦形剤を含む薬学的組成物。
【請求項１４】
Ｈｅｒ２／ｎｅｕを発現しているがんを有する被験体を処置するための、請求項１３に記載の薬学的組成物。
【請求項１５】
前記Ｈｅｒ２／ｎｅｕを発現しているがんが、乳がんまたは転移性脳がんである、請求項１４に記載の薬学的組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
ｐ９７−抗体結合体を作製する方法も含まれ、その方法は、（ａ）（ｉ）アジド側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含むｐ９７ポリペプチドと、アルキン側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含む抗体またはその抗原結合フラグメントとの間；または（ｉｉ）アルキン側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含むｐ９７ポリペプチドと、アジド側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含む抗体またはその抗原結合フラグメントとの間でアジド−アルキン付加環化反応を行う工程；および（ｂ）その反応物からｐ９７−抗体結合体を単離することによってｐ９７−抗体結合体を生成する工程を包含する。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ヒトＨｅｒ２／ｎｅｕタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントに共有結合的にまたは作動可能に連結したｐ９７ポリペプチド配列を含む結合体。
（項目２）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、配列番号１を含む、項目１に記載の結合体。
（項目３）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、配列番号１の配列と少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む、項目１に記載の結合体。
（項目４）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、配列番号１の配列の少なくとも約２０アミノ酸残基を有するヒトｐ９７タンパク質配列のフラグメントを含む、項目１に記載の結合体。
（項目５）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、可溶性ｐ９７ポリペプチド配列である、項目１に記載の結合体。
（項目６）
前記ｐ９７ポリペプチド配列および前記抗体または抗原結合フラグメントが、融合ポリペプチドとして共有結合的に連結している、項目１に記載の結合体。
（項目７）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、リンカーによって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結している、項目１に記載の結合体。
（項目８）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、（ａ）ポリマー架橋剤によって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結しているか、（ｂ）ナノ粒子を介して該抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結しているか、あるいは（ｃ）リポソームを介して該抗体またはその抗原結合フラグメントに作動可能に連結している、項目１に記載の結合体。
（項目９）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、チオエーテル結合を含むポリマー架橋剤によって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結している、項目１に記載の結合体。
（項目１０）
前記ｐ９７ポリペプチド配列が、ポリエチレングリコールを含むポリマー架橋剤によって前記抗体または抗原結合フラグメントに共有結合的に連結している、項目１に記載の結合体。
（項目１１）
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、配列番号２に示される配列を有するヒトＨｅｒ２／ｎｅｕタンパク質に特異的である、項目１に記載の結合体。
（項目１２）
前記抗体が、トラスツズマブまたはその抗原結合フラグメントである、項目１に記載の結合体。
（項目１３）
項目１〜１２のいずれか１項に記載の結合体および薬学的に許容され得る賦形剤を含む薬学的組成物。
（項目１４）
Ｈｅｒ２／ｎｅｕを発現しているがんを有する被験体を処置するための方法であって、項目１３に記載の薬学的組成物を該被験体に投与する工程を包含する、方法。
（項目１５）
前記Ｈｅｒ２／ｎｅｕを発現しているがんが、乳がんまたは転移性脳がんである、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
モノクローナル抗体またはその抗原結合フラグメントに共有結合的にまたは作動可能に連結しているｐ９７ポリペプチド配列を含む結合体。
（項目１７）
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、真核生物細胞表面タンパク質に特異的に結合する、項目１６に記載の結合体。
（項目１８）
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、哺乳動物細胞表面タンパク質、場合によりヒト細胞表面タンパク質に特異的に結合する、項目１６に記載の結合体。
（項目１９）
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、がん関連抗原に特異的に結合する、項目１６〜１８のいずれかに記載の結合体。
（項目２０）
前記がん関連抗原が、乳がん、転移性脳がん、前立腺がん、消化器がん、肺がん、卵巣がん、精巣がん、頭頸部がん、胃がん、膀胱がん、膵臓がん、肝臓がん、腎臓がん、扁平上皮癌、ＣＮＳがんもしくは脳がん、メラノーマ、非メラノーマがん、甲状腺がん、子宮体がん、上皮性腫瘍、骨がんまたは造血がんのうちの１つ以上に関連する、項目１９に記載の結合体。
（項目２１）
前記がん関連抗原が、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、Ｈｅｒ１／ＥＧＦレセプター（ＥＧＦＲ）、Ｈｅｒ３、Ａ３３抗原、ＣＤ５、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３（ＩｇＥレセプター）、Ｃ２４２抗原、５Ｔ４、ＩＬ−６、ＩＬ−１３、血管内皮成長因子ＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦ−Ａ）ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤ１５２、ＣＤ２００、ＣＤ２２１、ＣＣＲ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＴＬＡ−４、ＮＰＣ−１Ｃ、テネイシン、ビメンチン、インスリン様成長因子１レセプター（ＩＧＦ−１Ｒ）、アルファ−フェトプロテイン、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ−１）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−ＩＸ）、がん胎児抗原（ＣＥＡ）、インテグリンαｖβ３、インテグリンα５β１、葉酸レセプター１、膜貫通糖タンパク質ＮＭＢ、線維芽細胞活性化タンパク質、アルファ（ＦＡＰ）、糖タンパク質７５、ＴＡＧ−７２、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６（またはＣＡ−１２５）、ホスファチジルセリン、前立腺特異的膜抗原（ＰＭＳＡ）、ＮＲ−ＬＵ−１３抗原、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー１０ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１０ＢまたはＴＲＡＩＬ−Ｒ２）、ＳＬＡＭファミリーメンバー７（ＳＬＡＭＦ７）、ＥＧＰ４０汎癌抗原、Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）、血小板由来成長因子レセプター、糖タンパク質ＥｐＣＡＭ（１７−１Ａ）、プログラム死−１、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＰＤＩ）、再生肝のホスファターゼ３（ＰＲＬ−３）、前立腺酸性ホスファターゼ、Ｌｅｗｉｓ−Ｙ抗原、ＧＤ２（神経外胚葉起源の腫瘍に発現するジシアロガングリオシド）、グリピカン−３（ＧＰＣ３）およびメソテリンのうちの１つ以上から選択される、項目１９または２０に記載の結合体。
（項目２２）
前記モノクローナル抗体が、下記の抗体の抗原結合フラグメントを含め、トラスツズマブ、３Ｆ８、アバゴボマブ、アデカツムマブ、アフツズマブ、アレムツズマブ、アラシズマブ（ペゴル）、アマツキシマブ、アポリズマブ、バビツキシマブ、ベクツモマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ビバツズマブ（メルタンシン）、ブレンツキシマブベドチン、カンツズマブ（メルタンシン）、カンツズマブ（ラブタンシン）、カプロマブ（ペンデチド）、カツマキソマブ、セツキシマブ、シタツズマブ（ボガトクス）、シクスツムマブ、クリバツズマブ（テトラキセタン）、コナツムマブ、ダセツズマブ、ダロツズマブ、デツモマブ、ドロジツマブ、エクロメキシマブ、エドレコロマブ、エロツズマブ、エナバツズマブ、エンシツキシマブ、エプラツズマブ、エルツマキソマブ、エタラシズマブ、ファルレツズマブ、ＦＢＴＡ０５、フィギツムマブ、フランボツマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブ、ガニツマブ、ゲムツズマブ（オゾガマイシン）、ギレンツキシマブ、グレンバツムマブ（ベドチン）、イブリツモマブチウキセタン、イクルクマブ、イゴボマブ、インダツキシマブラブタンシン、インテツムマブ、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ（ＭＤＸ−１０１）、イラツムマブ、ラベツズマブ、レクサツムマブ、リンツズマブ、ロルボツズマブ（メルタンシン）、ルカツムマブ、ルミリキシマブ、マパツムマブ、マツズマブ、ミラツズマブ、ミツモマブ、モガムリズマブ、モキセツモマブ（パスドトクス）、ナコロマブ（タフェナトクス）、ナプツモマブ（エスタフェナトクス）、ナルナツマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、ニボルマブ、ＮＥＵＲＡＤＩＡＢ（登録商標）（放射性ヨウ素有りまたは無し）、ＮＲ−ＬＵ−１０、オファツムマブ、オララツマブ、オナルツズマブ、オポルツズマブ（モナトクス）、オレゴボマブ、パニツムマブ、パトリツマブ、ペムツモマブ、パーツズマブ、プリツムマブ、ラコツモマブ、ラドレツマブ、ラムシルマブ、リロツムマブ、リツキシマブ、ロバツムマブ、サマリズマブ、シブロツズマブ、シルツキシマブ、タバルマブ、タプリツモマブ（パプトクス）、テナツモマブ、テプロツムマブ、ＴＧＮ１４１２、チシリムマブ、トレメリムマブ、チガツズマブ、ＴＮＸ−６５０、トシツモマブ、ＴＲＢＳ０７、ツコツズマブ（セルモロイキン）、ウブリツキシマブ、ウレルマブ、ベルツズマブ、ボロシキシマブ、ボツムマブおよびザルツムマブのうちの１つ以上から選択される、項目１６〜２１のいずれかに記載の結合体。
（項目２３）
前記モノクローナル抗体が、ヒト化モノクローナル抗体またはキメラモノクローナル抗体である、項目１６〜２２のいずれかに記載の結合体。
（項目２４）
項目１６〜２３のいずれか１項に記載の結合体および薬学的に許容され得るキャリアまたは賦形剤を含む薬学的組成物。
（項目２５）
がんを有する被験体を処置するための方法であって、項目２４に記載の薬学的組成物を該被験体に投与する工程を包含する、方法。
（項目２６）
前記被験体が、乳がん、転移性脳がん、前立腺がん、消化器がん、肺がん、卵巣がん、精巣がん、頭頸部がん、胃がん、膀胱がん、膵臓がん、肝臓がん、腎臓がん、扁平上皮癌、ＣＮＳがんもしくは脳がん、メラノーマ、非メラノーマがん、甲状腺がん、子宮体がん、上皮性腫瘍、骨がんまたは造血がんのうちの１つ以上から選択されるがんを有する、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記がんが、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、Ｈｅｒ１／ＥＧＦＲ、Ｈｅｒ３、Ａ３３抗原、ＣＤ５、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３（ＩｇＥレセプター）、Ｃ２４２抗原、５Ｔ４、ＩＬ−６、ＩＬ−１３、血管内皮成長因子ＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦ−Ａ）ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤ１５２、ＣＤ２００、ＣＤ２２１、ＣＣＲ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＴＬＡ−４、ＮＰＣ−１Ｃ、テネイシン、ビメンチン、インスリン様成長因子１レセプター（ＩＧＦ−１Ｒ）、アルファ−フェトプロテイン、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ−１）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−ＩＸ）、がん胎児抗原（ＣＥＡ）、インテグリンαｖβ３、インテグリンα５β１、葉酸レセプター１、膜貫通糖タンパク質ＮＭＢ、線維芽細胞活性化タンパク質、アルファ（ＦＡＰ）、糖タンパク質７５、ＴＡＧ−７２、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６（またはＣＡ−１２５）、ホスファチジルセリン、前立腺特異的膜抗原（ＰＭＳＡ）、ＮＲ−ＬＵ−１３抗原、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー１０ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１０ＢまたはＴＲＡＩＬ−Ｒ２）、ＳＬＡＭファミリーメンバー７（ＳＬＡＭＦ７）、ＥＧＰ４０汎癌抗原、Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）、血小板由来成長因子レセプター、糖タンパク質ＥｐＣＡＭ（１７−１Ａ）、プログラム死−１、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＰＤＩ）、再生肝のホスファターゼ３（ＰＲＬ−３）、前立腺酸性ホスファターゼ、Ｌｅｗｉｓ−Ｙ抗原、ＧＤ２（神経外胚葉起源の腫瘍に発現するジシアロガングリオシド）、グリピカン−３（ＧＰＣ３）またはメソテリンのうちの少なくとも１つの発現に関連する、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記モノクローナル抗体が、前記がん関連抗原に特異的に結合する、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記がんが、転移性結腸直腸がんまたは頭頸部がんであり、前記モノクローナル抗体が、Ｈｅｒ１／ＥＧＦＲに特異的に結合し、ＥＧＦＲアンタゴニストである、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記がんが、ＥＧＦＲを発現している転移性結腸直腸がんである、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記結腸直腸がんが、ＫＲＡＳ野生型である、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記結合体が、イリノテカンに基づくレジメンとオキサリプラチンに基づくレジメンの両方の失敗の後に投与する、項目２９〜３１のいずれかに記載の方法。
（項目３３）
前記被験体が、イリノテカンに基づくレジメンに不耐性であるか、またはイリノテカンに基づく化学療法に不応性である、項目２９〜３１のいずれかに記載の方法。
（項目３４）
前記がんが、白金に基づく治療の後に進行する、頭頸部の局所的もしくは限局性に進行した扁平上皮癌、頭頸部の再発性局所限局性疾患もしくは転移性扁平上皮癌または頭頸部の再発性もしくは転移性扁平上皮癌である、項目２９に記載の方法。
（項目３５）
前記結合体が、放射線治療、白金に基づく治療または５−ＦＵを併用した白金に基づく治療と併用して投与される、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記抗体が、セツキシマブまたはその抗原結合フラグメントである、項目２９〜３５のいずれかに記載の方法。
（項目３７）
以下の構造：
ｐ９７（ＦＧｌｙ）−Ｒ１−Ａｂまたはｐ９７−Ｒ１−（ＦＧｌｙ）Ａｂ
のうちの１つに記載の、抗体（Ａｂ）に共有結合的に連結しているｐ９７ポリペプチドを含む結合体であって、ここで、Ｒ１は、少なくとも１つのアルデヒド反応性結合であり；ＦＧｌｙは、以下の構造：
Ｘ１（ＦＧｌｙ）Ｘ２Ｚ２Ｘ３（配列番号５）
を含む異種スルファターゼモチーフ内のホルミルグリシン残基であり、ここで、Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり；Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、そしてそれが存在するとき、それは任意のアミノ酸であり、ここで、Ｘ１は、該異種スルファターゼモチーフが該ｐ９７ポリペプチドのＮ末端に存在するとき、必要に応じて存在し；Ｘ２およびＸ３は、各々独立して任意のアミノ酸である、結合体。
（項目３８）
Ｒ１が、シッフ塩基を含む、項目３７に記載の結合体。
（項目３９）
Ｒ１が、オキシム結合、ヒドラジン結合またはヒドラジンカルボチアミド結合である、項目３７または３８に記載の結合体。
（項目４０）
以下の構造：
Ｘ１Ｚ１Ｘ２Ｚ２Ｘ３（配列番号６）を含む少なくとも１つの異種スルファターゼモチーフを含む単離ｐ９７ポリペプチドであって、ここで、Ｚ１は、システインまたはセリンであり；Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり；Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、そしてそれが存在するとき、それは任意のアミノ酸であり、ここで、Ｘ１は、該異種スルファターゼモチーフが、アルデヒドタグ化ポリペプチドのＮ末端に存在するとき、必要に応じて存在し；Ｘ２およびＸ３は、各々独立して任意のアミノ酸である、単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４１）
以下の構造：
Ｘ１（ＦＧｌｙ）Ｘ２Ｚ２Ｘ３（配列番号５）
を含む少なくとも１つの異種スルファターゼモチーフを含む単離ｐ９７ポリペプチドであって、ここで、ＦＧｌｙは、ホルミルグリシン残基であり；Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり；Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、そしてそれが存在するとき、それは任意のアミノ酸であり、ここで、Ｘ１は、該異種スルファターゼモチーフが、該ｐ９７ポリペプチドのＮ末端に存在するとき、必要に応じて存在し；Ｘ２およびＸ３は、各々独立して任意のアミノ酸である、単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４２）
少なくとも１つの異種スルファターゼモチーフを含む抗体（Ａｂ）に共有結合的に連結している、項目４１に記載の単離ｐ９７ポリペプチドであって、ここで、該モチーフは、以下の構造：
Ｘ１（ＦＧｌｙ）Ｘ２Ｚ２Ｘ３（配列番号５）
を含み、ここで、ＦＧｌｙは、ホルミルグリシン残基であり；Ｚ２は、プロリンまたはアラニン残基であり；Ｘ１は、存在するかまたは存在せず、そしてそれが存在するとき、それは任意のアミノ酸であり、ここで、Ｘ１は、該異種スルファターゼモチーフが、該抗体のＮ末端に存在するとき、必要に応じて存在し；Ｘ２およびＸ３は、各々独立して任意のアミノ酸であり、
該ｐ９７ポリペプチドおよび該抗体は、それらのそれぞれのＦＧｌｙ残基を介して共有結合的に連結することにより、ｐ９７−抗体結合体を形成する、単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４３）
ｐ９７−抗体結合体が、以下の構造：
ｐ９７（ＦＧｌｙ）−Ｒ１−Ｌ−Ｒ２−（ＦＧｌｙ）Ａｂ
を含み、ここで、Ｒ１およびＲ２は、同じまたは異なるアルデヒド反応性結合であり；Ｌは、リンカー部分である、項目４２に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４４）
前記少なくとも１つの異種スルファターゼモチーフが、前記ｐ９７ポリペプチドのＣ末端および前記抗体のＮ末端に存在する、項目４２または４３に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４５）
前記少なくとも１つの異種スルファターゼモチーフが、前記ｐ９７ポリペプチドのＮ末端および前記抗体のＣ末端に存在する、項目４２または４３に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４６）
前記少なくとも１つの異種スルファターゼモチーフが、前記ｐ９７ポリペプチドのＮ末端および前記抗体のＮ末端に存在する、項目４２または４３に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４７）
前記少なくとも１つの異種スルファターゼモチーフが、前記ｐ９７ポリペプチドのＣ末端および前記抗体のＣ末端に存在する、項目４２または４３に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４８）
Ｒ１およびＲ２が、独立してシッフ塩基を含む、項目４３に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目４９）
Ｒ１およびＲ２が、独立して、オキシム結合、ヒドラジド結合またはヒドラジンカルボチアミド結合である、項目４３に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目５０）
Ｌが、ペプチド、水溶性ポリマー、検出可能な標識またはグリカンである、項目４３に記載の単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目５１）
ｐ９７ポリペプチドを作製する方法であって、
ａ）導入ポリヌクレオチドを発現する宿主細胞を培養する工程であって、該導入ポリヌクレオチドは、項目２０に記載のｐ９７ポリペプチドをコードし、該宿主細胞は、Ｚ１をホルミルグリシン（ＦＧｌｙ）残基に変換するホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）を発現する、工程；および
ｂ）該９７ポリペプチドを該細胞から単離する工程
を包含する、方法。
（項目５２）
（ｉ）アジド側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸または（ｉｉ）アルキン側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含む、単離ｐ９７ポリペプチド。
（項目５３）
以下の構造（Ｉ）または（ＩＩ）：
【化３】
2014520816.tif 000001
を含む結合体であって、ここで、Ｒは、ｐ９７ポリペプチドであり、Ｒｌは、抗体またはその抗原結合フラグメントであるか；あるいはＲは、抗体またはその抗原結合フラグメントであり、Ｒｌは、ｐ９７ポリペプチドである、結合体。
（項目５４）
前記抗体が、ヒトＨｅｒ２／ｎｅｕタンパク質、Ｈｅｒ１／ＥＧＦレセプター（ＥＧＦＲ）、Ｈｅｒ３、Ａ３３抗原、ＣＤ５、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３（ＩｇＥレセプター）、Ｃ２４２抗原、５Ｔ４、ＩＬ−６、ＩＬ−１３、血管内皮成長因子ＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦ−Ａ）ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤ１５２、ＣＤ２００、ＣＤ２２１、ＣＣＲ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＴＬＡ−４、ＮＰＣ−１Ｃ、テネイシン、ビメンチン、インスリン様成長因子１レセプター（ＩＧＦ−１Ｒ）、アルファ−フェトプロテイン、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ−１）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−ＩＸ）、がん胎児抗原（ＣＥＡ）、インテグリンαｖβ３、インテグリンα５β１、葉酸レセプター１、膜貫通糖タンパク質ＮＭＢ、線維芽細胞活性化タンパク質、アルファ（ＦＡＰ）、糖タンパク質７５、ＴＡＧ−７２、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６（またはＣＡ−１２５）、ホスファチジルセリン、前立腺特異的膜抗原（ＰＭＳＡ）、ＮＲ−ＬＵ−１３抗原、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー１０ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１０ＢまたはＴＲＡＩＬ−Ｒ２）、ＳＬＡＭファミリーメンバー７（ＳＬＡＭＦ７）、ＥＧＰ４０汎癌抗原、Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）、血小板由来成長因子レセプター、糖タンパク質ＥｐＣＡＭ（１７−１Ａ）、プログラム死−１、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＰＤＩ）、再生肝のホスファターゼ３（ＰＲＬ−３）、前立腺酸性ホスファターゼ、Ｌｅｗｉｓ−Ｙ抗原、ＧＤ２（神経外胚葉起源の腫瘍に発現するジシアロガングリオシド）、グリピカン−３（ＧＰＣ３）またはメソテリンに特異的に結合する、項目５３に記載の結合体。
（項目５５）
前記抗体が、下記の抗体の抗原結合フラグメントを含め、トラスツズマブ、３Ｆ８、アバゴボマブ、アデカツムマブ、アフツズマブ、アレムツズマブ、アラシズマブ（ペゴル）、アマツキシマブ、アポリズマブ、バビツキシマブ、ベクツモマブ、ベリムマブ、ベバシズマブ、ビバツズマブ（メルタンシン）、ブレンツキシマブベドチン、カンツズマブ（メルタンシン）、カンツズマブ（ラブタンシン）、カプロマブ（ペンデチド）、カツマキソマブ、セツキシマブ、シタツズマブ（ボガトクス）、シクスツムマブ、クリバツズマブ（テトラキセタン）、コナツムマブ、ダセツズマブ、ダロツズマブ、デツモマブ、ドロジツマブ、エクロメキシマブ、エドレコロマブ、エロツズマブ、エナバツズマブ、エンシツキシマブ、エプラツズマブ、エルツマキソマブ、エタラシズマブ、ファルレツズマブ、ＦＢＴＡ０５、フィギツムマブ、フランボツマブ、ガリキシマブ、ゲムツズマブ、ガニツマブ、ゲムツズマブ（オゾガマイシン）、ギレンツキシマブ、グレンバツムマブ（ベドチン）、イブリツモマブチウキセタン、イクルクマブ、イゴボマブ、インダツキシマブラブタンシン、インテツムマブ、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ（ＭＤＸ−１０１）、イラツムマブ、ラベツズマブ、レクサツムマブ、リンツズマブ、ロルボツズマブ（メルタンシン）、ルカツムマブ、ルミリキシマブ、マパツムマブ、マツズマブ、ミラツズマブ、ミツモマブ、モガムリズマブ、モキセツモマブ（パスドトクス）、ナコロマブ（タフェナトクス）、ナプツモマブ（エスタフェナトクス）、ナルナツマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、ニボルマブ、ＮＥＵＲＡＤＩＡＢ（登録商標）（放射性ヨウ素有りまたは無し）、ＮＲ−ＬＵ−１０、オファツムマブ、オララツマブ、オナルツズマブ、オポルツズマブ（モナトクス）、オレゴボマブ、パニツムマブ、パトリツマブ、ペムツモマブ、パーツズマブ、プリツムマブ、ラコツモマブ、ラドレツマブ、ラムシルマブ、リロツムマブ、リツキシマブ、ロバツムマブ、サマリズマブ、シブロツズマブ、シルツキシマブ、タバルマブ、タプリツモマブ（パプトクス）、テナツモマブ、テプロツムマブ、ＴＧＮ１４１２、チシリムマブ、トレメリムマブ、チガツズマブ、ＴＮＸ−６５０、トシツモマブ、ＴＲＢＳ０７、ツコツズマブ（セルモロイキン）、ウブリツキシマブ、ウレルマブ、ベルツズマブ、ボロシキシマブ、ボツムマブおよびザルツムマブのうちの１つ以上から選択される、項目５４に記載の結合体。
（項目５６）
ｐ９７−抗体結合体を作製する方法であって、
（ａ）
（ｉ）アジド側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含むｐ９７ポリペプチドと、アルキン側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含む抗体またはその抗原結合フラグメントとの間；または
（ｉｉ）アルキン側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含むｐ９７ポリペプチドと、アジド側鎖を有する少なくとも１つの非天然アミノ酸を含む抗体またはその抗原結合フラグメントとの間
でアジド−アルキン付加環化反応を行う工程；および
（ｂ）該反応物からｐ９７−抗体結合体を単離し、
それによってｐ９７−抗体結合体を生成する工程
を包含する、方法。
（項目５７）
前記結合体が、細胞傷害剤に共有結合的に連結している、前記項目のいずれかに記載の結合体。
（項目５８）
前記結合体が、前記抗体を介して前記細胞傷害剤に共有結合的に連結している、項目５７に記載の結合体。
（項目５９）
前記細胞傷害剤が、リンカーによって前記抗体に共有結合的に連結している、項目５８に記載の結合体。
（項目６０）
前記結合体が、前記ｐ９７ポリペプチドを介して前記細胞傷害剤に共有結合的に連結している、項目５７に記載の結合体。
（項目６１）
前記細胞傷害剤が、リンカーによって前記ｐ９７ポリペプチドに共有結合的に連結している、項目６０に記載の結合体。
（項目６２）
前記細胞傷害剤が、下記の細胞傷害剤のいずれかの薬学的に許容され得る塩、酸または誘導体を含め、チオテパ、シクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（商標）；スルホン酸アルキル類、例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン類、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパおよびウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミドおよびトリメチロールメラミンを含む、エチレンイミン類およびメチルアメラミン類；ナイトロジェンマスタード類、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素類、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン；抗生物質、例えば、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗物質、例えば、メトトレキサートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５−ＦＵ；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎物質、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤、例えば、フロリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルチン；ジアジコン；エフロルニチン；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ．ＲＴＭ．；ラゾキサン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド類、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標），Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）およびドキセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）．，Ｒｈｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金アナログ、例えば、シスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸誘導体、例えば、Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（商標）（ベキサロテン）、Ｐａｎｒｅｔｉｎ（商標）（アリトレチノイン）；ＯＮＴＡＫ（商標）（デニロイキンディフティトックス）；エスペラミシン類；カペシタビンのうちの１つ以上である、項目５７〜６１のいずれかに記載の結合体。