【事件の表示】
　上記当事者間の特許第３８９７８０５号発明「核酸の増幅法およびこれを利用した変異核酸の検出法」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
　審判費用は、請求人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯
１．本件特許第３８９７８０５号に係る発明（以下、「本件発明」という。）についての特許出願は、平成１６年１２月２４日（優先権主張：平成１５年１２月２５日、平成１６年１０月２８日）に出願され、平成１９年１月５日にその発明についての特許権の設定登録がされたものである。
　
２．これに対して、請求人は、平成２３年１２月２２日に、請求項１ないし１３及び請求項１６ないし２７に係る発明について、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであることを主張して特許無効審判を請求し、証拠方法として、甲第１ないし第１１号証を提出した。
　
３．被請求人は、平成２４年３月１９日付け答弁書を提出するとともに、証拠方法として、乙第１ないし第９号証を提出した。
　
４．請求人が平成２４年７月１２日付け口頭審理陳述要領書（以下、「請求人口頭審理陳述要領書」という。）を提出するとともに、証拠方法として、甲第１２号証及び甲第１３号証を提出し、被請求人が平成２４年７月１２日付け口頭審理陳述要領書（以下、「被請求人口頭審理陳述要領書」という。）を提出し、平成２４年７月２６日に口頭審理が行われた。
　
５．請求人は、平成２４年８月２３日付け上申書（以下、「請求人上申書」という。）を提出し、被請求人は、同日付で、上申書（以下、「被請求人上申書」という。）を提出するとともに、証拠方法として、乙第１０号証及び乙第１１号証を提出した。
　
第２　当事者の主張の概要
１．請求人の主張
（１）請求人は、「特許第３８９７８０５号の特許請求の範囲の請求項１ないし１３、及び請求項１６ないし２７に記載された発明についての特許を無効とする。審判費用は被請求人の負担とする。」との審決を求めており、その主張は、以下のとおりであると認められる。
　
　本件請求項１ないし１３、及び請求項１６ないし２７に記載された発明は、甲第１号証に記載された発明に、甲第２号証ないし甲第１０号証に記載された発明を適用することにより当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであり、その特許は第１２３条第１項第２号に該当し、無効にすべきものである。（以下、「無効理由」という。）
　
（２）請求人が提出した甲第１ないし第１３号証は次のとおりである。
　甲第１号証：C.R.Acad.Sci.Paris.Science de lavie/Life Sciences, 1998, 321, 909-914
　甲第１号証の２：甲第１号証の全文和訳
　甲第２号証：特開２０００−３７１９４号公報
　甲第３号証：国際公開第０２／２４９０２号
　甲第４号証：国際公開第９６／０１３２７号
　甲第４号証の２：甲第４号証の全文和訳
　甲第５号証：EMBL/GenBank/DDBJデータベースにある
　　　　　Accession No. Z72478のHepatitis B virusのＤＮＡ配列
　甲第６号証：国際公開第０１／３４８３８号
　甲第７号証：Nucleic Acids Research Vol. 17, No.7, 2503-2516(1989)
　甲第８号証：「ＰＣＲ法最前線−基礎技術から応用まで」（抜粋）（共立出版株式会社、１９９７年６月１５日、４２５頁〜４２８頁）
　甲第９号証：特開２００２−３４５４９９号公報
　甲第１０号証：国際公開第０１／７７３１７号
　甲第１１号証：特許第３８９７８０５号公報
　甲第１２号証：市販の非耐熱性ポリメラーゼであるクレノウフラグメントの説明書
　甲第１３号証：市販の非耐熱性ポリメラーゼであるＤＮＡポリメラーゼ（Ｅ．ｃｏｌｉ）の説明書
　
２．被請求人の主張
（１）一方、被請求人は、本審判と同じ請求人の先行無効審判（無効２００８−８００２９３）の確定審決の登録があった後において、先行無効審判と同一の事実及び同一の証拠に基づき無効審判を請求するものであるから、一事不再理（特許法第１６７条）の規定に反するものであり、棄却すべきものであると主張している。
　詳細には、本審判の甲第１号証及び先行無効審判の甲第３号証は、実質的に同一であり、本審判の甲第２号証は、先行無効審判の甲第２号証と同一であり、本審判の甲第１号証及び甲第２号証に基づく本件発明１の進歩性欠如の無効理由は、先行無効審判において審理されたのであるから、本審判請求における本件発明１の進歩性欠如の主張は、先行無効審判の審理された事項の蒸し返しであると主張している。（答弁書６〜１２頁（４）一事不再理）
　
（２）また、請求人が主張する進歩性欠如の無効理由は理由がないものであり、本審判の請求は成り立たないと主張している。（答弁書１３〜１７頁（５）進歩性）
　
（３）被請求人が提出した乙第１ないし第１１号証は次のとおりである。
　乙第１号証：先行無効審判の平成２１年３月２３日付け答弁書
　乙第２号証：先行無効審判の平成２１年７月２４日付け口頭審理陳述要領書
　乙第３号証：先行審決取消訴訟の平成２２年９月８日付け技術説明資料
　乙第４号証：審判経過情報写し
　乙第５号証：先行無効審判の審判請求書
　乙第６号証：知的財産高等裁判所平成１８年４月１１日判決
　　　　　　　（平成１７年（行ケ）第１０４６７号）
　乙第７号証：先行無効審判の平成２１年８月７日付け口頭審理陳述要領書
　乙第８号証：先行無効審判の平成２１年１１月２日付け第３上申書
　乙第９号証：「Nature Methods」 Vol 4, 257-262 (2007)
　乙第１０号証：特許第３３１３３５８号公報
　乙第１１号証：特開平５−２７６９４７号公報
　　
第３　本件発明
　本件発明のうち本件請求項１ないし１３、及び請求項１６ないし２７に係る発明は、特許明細書又は図面の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１ないし１３、及び請求項１６ないし２７に記載された事項を発明特定事項とする、以下のとおりのものである。（以下、「本件発明１」、「本件発明２」等という。）
　
「【請求項１】
　標的核酸配列を増幅しうる少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマーセットであって、
　前記プライマーセットに含まれる第一のプライマーが、標的核酸配列の３’末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ’）を前記配列（Ａｃ’）の５’側に含んでなるものであり、
　前記プライマーセットに含まれる第二のプライマーが、前記標的核酸配列の相補配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ−Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’側に含んでなるものである、プライマーセット。
　【請求項２】
　さらに、第三のプライマーを含み、前記第三のプライマーは、前記標的核酸配列またはその相補配列にハイブリダイズし、かつ標的核酸配列またはその相補配列へのハイブリダイゼーションについて他のプライマーと競合しないプライマーであり、前記第三のプライマーは、前記第一のプライマーまたは第二のプライマーの増幅産物が部分的に一本鎖の状態になった時に、その一本鎖部分に存在する標的核酸配列にアニーリングすることができ、これにより前記増幅産物中の標的核酸配列に新たな相補鎖合成起点が提供されるプライマーである、請求項１記載のプライマーセット。
　【請求項３】
　前記第一のプライマーにおいて、前記配列（Ａｃ’）と前記配列（Ｂ’）との間に介在配列が存在しない場合には、前記配列（Ａｃ’）の塩基数をＸとし、標的核酸配列中における前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）に挟まれた領域の塩基数をＹとしたときに、（Ｘ−Ｙ）／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にあり、プライマー中において前記配列（Ａｃ’）と前記配列（Ｂ’）との間に介在配列が存在する場合には、ＸおよびＹを前記の通りとし、該介在配列の塩基数をＹ’としたときに、｛Ｘ−（Ｙ−Ｙ’）｝／Ｘが−１．００〜１．００の範囲にある、請求項１または２に記載のプライマーセット。
　【請求項４】
　前記第二のプライマーにおいて、前記折返し配列（Ｄ−Ｄｃ’）が２〜１０００ヌクレオチド長である、請求項１から３のいずれか一項に記載のプライマーセット。
　【請求項５】
　前記プライマーセットに含まれる少なくとも１種のプライマーが、固相担体または固相担体と結合可能な部位を有するものである、請求項１から４のいずれか一項に記載のプライマーセット。
【請求項６】
　固相担体が、水不溶性有機高分子担体、水不溶性無機高分子担体、合成高分子担体、相転移性担体、金属コロイドおよび磁性粒子からなる群から選択されるものである、請求項５に記載のプライマーセット。
　【請求項７】
　固相担体と結合可能な部位が、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、抗原、抗体、リガンド、レセプター、核酸およびタンパク質からなる群から選択されるものである、請求項５または６に記載のプライマーセット。
　【請求項８】
　鋳型核酸中の標的核酸配列を増幅する方法であって、
（ａ）標的核酸配列を含む鋳型核酸を用意する工程、
（ｂ）請求項１〜７のいずれか一項に記載のプライマーセットを用意する工程、および
（ｃ）前記鋳型核酸の存在下において、前記プライマーセットによる核酸増幅反応を行う工程
を含んでなる、方法。
　【請求項９】
　核酸増幅反応が等温で行われる、請求項８に記載の方法。
　【請求項１０】
　鎖置換能を有するポリメラーゼが使用される、請求項８または９に記載の方法。
　【請求項１１】
　核酸増幅反応が融解温度調整剤の存在下で行われる、請求項８から１０のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項１２】
核酸増幅反応が酵素安定化剤の存在下で行われる、請求項８から１１のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項１３】
　核酸試料中の核酸配列における変異の有無を判定する方法であって、
（ａ）核酸試料を用意する工程、
（ｂ）請求項１〜７のいずれか一項に記載のプライマーセットであって、前記変異を有するか、または該変異を有さない核酸配列を標的核酸配列とし、該変異に係るヌクレオチド残基が配列（Ａ）、配列（Ｂ）または配列（Ｃ）に含まれるように設計されたプライマーセットを用意する工程、および
（ｃ）前記核酸試料の存在下において、前記プライマーセットによる核酸増幅反応を行う工程
を含んでなる、方法。
　
　【請求項１６】
　核酸増幅反応が等温で行われる、請求項１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項１７】
　鎖置換能を有するポリメラーゼが使用される、請求項１３から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
　核酸増幅反応が融解温度調整剤の存在下で行われる、請求項１３から１７のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項１９】
　核酸増幅反応が酵素安定化剤の存在下で行われる、請求項１３から１８のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項２０】
　核酸試料中の核酸配列における配列の欠失または挿入の有無を判定する方法であって、（ａ）核酸試料を用意する工程、
（ｂ）請求項１〜７のいずれか一項に記載のプライマーセットであって、欠失または挿入に係る配列を含むか、または該配列を含まない核酸配列を標的核酸配列とし、欠失または挿入に係る部位が、配列（Ａ）、配列（Ｂ）もしくは配列（Ｃ）に含まれるか、または配列（Ａ）と配列（Ｂ）との間もしくは配列（Ａ）と配列（Ｃ）との間に配置されるように設計されたプライマーセットを用意する工程、および
（ｃ）前記核酸試料の存在下において、前記プライマーセットによる核酸増幅反応を行う工程
を含んでなる、方法。
　【請求項２１】
　工程（ｂ）において、欠失または挿入に係る部位が前記配列（Ａ）と前記配列（Ｂ）との間に配置されるように設計されたプライマーセットが用意される、請求項２０に記載の方法。
　【請求項２２】
　欠失または挿入に係る配列が、ゲノム上の遺伝子に含まれるイントロン配列である、請求項２０または２１に記載の方法。
　【請求項２３】
　標的核酸配列がｍＲＮＡである、請求項２０から２２のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項２４】
　核酸増幅反応が等温で行われる、請求項２０から２３のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項２５】
　鎖置換能を有するポリメラーゼが使用される、請求項２０から２４のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項２６】
　核酸増幅反応が融解温度調整剤の存在下で行われる、請求項２０から２５のいずれか一項に記載の方法。
　【請求項２７】
　核酸増幅反応が酵素安定化剤の存在下で行われる、請求項２０から２６のいずれか一項に記載の方法。」
　
　以下において、本件発明１の「標的核酸配列の３’末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ’）を前記配列（Ａｃ’）の５’側に含んでなるもの」である「第一のプライマー」を「TP」（ターンバックプライマー）といい、本件発明１の「前記標的核酸配列の相補配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ−Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’側に含んでなるもの」である「第二のプライマー」を「FP」（フォールディングプライマー）ということがある。
　
第４．当審の判断
１．一事不再理について
　被請求人は、本審判請求は一事不再理の規定に反するものであり、棄却されるべきものである旨主張しているので、これについて検討する。
　請求人は、先行無効審判において、本件発明１は、先行無効審判の甲第１号証（特許第３３１３３５８号公報）を主引用例とし、先行無効審判の甲第２号証（特開２０００−３７１９４号公報）及び先行無効審判の甲第３号証（国際公開第９６／０１３２７号）を副引用例として適用することにより、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないと主張するものであるのに対し（乙第５号証；先行無効審判の審判請求書４７頁）、本審判において、本件発明１は、甲第１号証（C.R.Acad.Sci.Paris.Science de lavie/Life Sciences,1998,321,909-914）を主引用例とし、甲第２号証（特開２０００−３７１９４号公報）（先行無効審判の甲第３号証）を副引用例として適用することにより、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないことを主張するものである（審判請求書３４頁〜３８頁）。
　両審判における証拠を比較すると、先行無効審判の甲第２号証と本審判の甲第２号証は同一証拠であるものの、先行無効審判で主引用例とした甲第１号証（特許第３３１３３５８号公報）は、本審判では証拠として提出されていないから、先行無効審判の甲第３号証と本審判の甲第１号証が実質的に同じ証拠であるか否かにかかわらず、本審判は、「同一証拠」に基づいて請求されたものとはいえない。
　また、主引用例との一致点、相違点も異なるものであって、相違点が容易であるとの論理付けもまた異なるものである。
　そうであるから、本審判請求は、先行無効審判の蒸し返しとはならない。
　よって、本審判請求は一事不再理の規定に反するものであり、棄却すべきものである旨の被請求人の主張は採用できない。
　
２．無効理由について
（１）甲第１号証の記載事項
　甲第１号証には、以下の記載事項が記載されている。（下線は、当審による。以下、同様。）
ア．「遺伝子増幅技術の発明は、生物学の多くの研究領域を激変させてきた［1-3］。ここ数年、定温で実施できる方法を開発すべく多くの努力が払われてきた［4-10］。この目的で、我々は、ＤＮＡポリメラーゼに対する基質として役立つ特殊なプライマー対を試してきた。
これらのプライマーは、標的ＤＮＡの特異的部分ならびにこのプライマーを「ヘアピン」状の構造に適合させることのできるパリンドローム（回文）配列を含む部分を有する
　
イ．「予想される反応を図１に詳細に示す。プライマー類及びＤＮＡポリメラーゼの存在下で標的ＤＮＡを短時間加熱し（図１ａ）、ついで、試験管を約６０℃の湯浴中に３分間置く。それらプライマーは標的ＤＮＡとハイブリダイズし、ＤＮＡポリメラーゼがそれらプライマーからの新しい鎖の伸長を開始する（図１ｂ及び１ｃ）。２度目にはごく短時間、最後には１００℃に加熱する（図１ｄ及び１ｅ）。新しく合成された鎖は解離し、今度は新しいプライマーの標的としての役割を果たし、新しい鎖が合成される。
図１．反応の詳細
ADN cible 標的ＤＮＡ
denaturation 変性
amorce プライマー
　
　この段階から、反応は定温で行なわれる（この温度はプライマー類の配列に依存する）。
　プライマーが新しく合成された鎖に固定され、新しい鎖が重合される（図１ｇ）。ヘアピン領域に到達すると、酵素は対応する鎖をパリンドローム領域へ移動させ、重合を続ける。
　ある温度で、形成されたＤＮＡの線形形態と２つのヘアピンが形成された形態との間に平衡が生じる（この平衡は広い温度範囲内で起こるが、多少ともいずれか一方の形態の方へずれる）。
　約５０℃から、極めて速やかにこの平衡に到達する（図１ｈ）。２つのヘアピン領域のうちの一方は遊離の３′末端をもつ：それは、ＤＮＡポリメラーゼに対するプライマーの役割を果たすことができる。そのポリメラーゼが、新しい鎖を合成し、相補鎖を移動させて、これが離れるようにする（図１ｉ）。
　この鎖に新しいプライマーが固定され、サイクルが再開する。
　この間に、最初の鎖の上での合成が終了し、線状形態と２つのヘアピンをもつ形態との間に平衡が樹立される（図１ｊ）：２つのヘアピンのうちの一方は再び当該酵素に対するプライマーの役割を果たし、新しい鎖が合成されて、古い鎖を移動させる（図１ｋ）。各サイクル当り、合成されたＤＮＡのサイズが２倍になる。」（甲第１号証の２、２頁２行〜３頁１８行）
　
ウ．「２．１試薬
　遺伝子増大反応の実施に用いた構成要素はパーキン・エルマー社によって提供されたものである：１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ ｐＨ ８．３、５０ｍＭ ＫＣｌ；１．５ｍＭ ＭｇＣｌ２；０．０１％ゼラチン（シグマ社カタログ番号Ｇ２５００）；２００ｍＭの各ｄＮＴＰ；耐熱性でないＤＮＡポリメラーゼを使用できるが、初期の実験は、２．５単位／１００mlの酵素アンプリタックＤＮＡポリメラーゼを用いて実施した；
プライマーＬａｂｉ１及びＬａｂｉ２
　
エ．「プライマーＬａｂｉ１は、ＨＩＶウイルスのＧＡＧ遺伝子の配列[12-14]に特異的な２６ヌクレオチドの部分及びヘアピンを形成できる５０ヌクレオチドのパリンドローム部分（ランダムに構成された）から構成されている。」（甲第１号証の２、４頁４〜６行）
　
オ．「第二のプライマー（Ｌａｂｉ２）は同様に構成されているが、２８塩基のＨＩＶ特異的部分が６０塩基離れた配列と相補的であり、かつ逆方向を向いている。両パリンドローム配列は６６℃という融点（ウォレス則に従って算出）をもつ[15]。両特異的配列は７８℃という融点をもつ。」（甲第１号証の２、４頁９〜１２行）
　
カ．「２．３遺伝子増大反応に最適な温度を調べる装置
　我々は、先験的には、ある与えられたプライマー対にとっての最適の反応温度がどの程度であるかを知らない。一方では、図１ｈに示した平衡が生じるのに充分なだけ温度が高いこと、すなわちその温度で二本鎖が開きうること、また、十分に安定なヘアピン構造の形成が可能なことが必要である。他方では、その温度で標的ＤＮＡにそれらのプライマーがハイブリダイズできる必要がある。それゆえ、今直ちに、
両プライマーの特異的部分の融点がパリンドローム部分の融点よりも高くなければならない
我々は、この温度を実験的に求めることを可能にする装置を構築した
３．結果
　ＨＩＶゲノムを含有するプラスミド［19,20］計１０４コピーを、温度勾配のある前記台上で、温度が４５℃から８８℃まで段階的に変化するウェルの中でインキュベートした。２時間後に、２％アガロースゲルにかける。結果を表１にまとめた：
　ウェル７、９及び１０において、さまざまな長さのＤＮＡ鎖に対応する極めて明瞭な染色領域（スミア）が観察される・・・それゆえ、この反応のための
最適温度は５３℃である
反応混合物の最善の組成を求めることを目的とした、このプライマー対を用いてのその後の実験は、この温度で実施した
　　
キ．「表１．ＨＩＶゲノムを含有するプラスミドのインキュベーションの結果
　　　　　　　　　　　　　　　　　　」（甲第１号証の２、７頁、表１）
　
ク．「我々は非耐熱性のＤＮＡポリメラーゼ酵素を用いなかったが、これの使用は可能である：ＰＣＲ手法において酵素を破壊するのは、１００℃で３分間の反復処理だからである。我々が提示している手法では、試験管を１００℃に加熱するのは２回だけであり、しかも数秒間である：それ程の短い処理は、耐熱性でないＤＮＡポリメラーゼを用いても、重要な酵素活性を残存させる。反応試験管中にそれをより大量に導入すれば十分である。非耐熱性酵素のコストが低いことから考えて、そのことは問題とはならない。加熱工程の後に酵素を追加することができる。
　我々は確認していないけれども、生細胞中で当該反応が生起する可能性がある。理論上は、遺伝子増大反応が始まり、核（または細胞質）を高分子量ＤＮＡで満たすのに十分な数のプライマー類が細胞膜を透過できれば十分である。ポリメラーゼＤＮＡ類は核内に存在し、二重らせんを開くための蛋白質および組換えを促進するための蛋白質もそこに存在する。１００℃での加熱の２工程なしに反応を開始させうる可能性も高い。」（甲第１号証の２、９頁１６行〜下２行）　
　
（２）甲第２号証の記載事項
　甲第２号証には、以下の記載事項が記載されている。
ア．「【請求項１２】 特定の核酸配列を非直線的に増幅するためのプロセスであって、以下の工程：
該特定の核酸配列、
該特定の核酸配列ついての第１の初期プライマー
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る、セグメント、および、
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、そして（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得、そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長が生成されて第１のプライマー伸長を置換するように、均衡または限定サイクリング条件下で、続く第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの、該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る、セグメント、を含む；ならびに、
該特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマー
（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る、セグメント、および、
（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得、そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長が生成され、そして第１のプライマー伸長を置換するように、均衡または限定サイクリング条件下で、続くプライマーの第１のセグメントの、該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る、セグメント、を含む：ならびに基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程：ならびに、
均衡または限定サイクリング条件下で、該基質、緩衝液、またはテンプレート依存性重合化酵素の存在下で、該特定の核酸配列および該新規プライマーまたは核酸構築物をインキュベートし；それにより、該特定の核酸配列を非線形に増幅する、工程、を包含する、プロセス。」（請求項１２）
　
イ．「本発明は、特定の核酸配列を直線的に増幅するためのプロセスを提供する。このプロセスは、以下の工程：該特定の核酸配列、初期プライマーまたは核酸構築物であって、以下の２つのセグメント：（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の核酸配列に第１の部分に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る、セグメント、および（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）該第２のセグメントの相補的な配列に結合し得、そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長が生成され、そして第１のプライマー伸長を置換するように、均衡（ｉｓｏｓｔａｔｉｃ）または限定サイクリング条件下で、第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの、続く該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る、セグメントを含む、初期プライマーまたは核酸構築物；ならびに、基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程；ならびに、均衡または限定サイクリング条件下で該基質、緩衝液、およびテンプレート依存性重合化酵素の存在下で、該特定の核酸配列および該新規プライマーまたは核酸構築物をインキュベートし；それにより、該特定の核酸配列を直線的に増幅する工程、を包含する。」（８頁左欄４１行〜右欄１４行）
　
ウ．「この産物は、図１に例示される、連続する一連の以下の工程によって、形成され得る。新規のプライマーまたは核酸構築物のテンプレート依存性伸長は、この新規のプライマーまたは核酸構築物の第２セグメントを含む配列に相補的である伸長部分配列において生成する。これらの自己相補性領域は、テンプレートに結合しままであり得るか、または自己相補性構造を形成し得る。二次構造の形成は、テンプレートからの、伸長した新規のプライマーの第１セグメントの全てまたは一部の除去を提供し得る。このことは、別の初期プライマーが、テンプレートからの新規の第１伸長プライマーの除去の前に、テンプレート配列に結合することを可能にする。テンプレート上の第２プライマーの伸長は、テンプレートからの第１伸長プライマーの置換を導き得る。このことは、伸長プライマーの分離が、別の結合および伸長反応のためのテンプレートの使用の前に常に起こる先行技術とは対照的である。これらの手段によって、単一のテンプレートは、均衡条件下で、２つ以上の初期事象を提供し得る。さらに、この方法は、全ての温度が伸長産物およびそのテンプレートのＴｍのものを下回る、限定サイクル条件下で使用され得る。連続するプロセスにおいて、新規の第２伸長プライマーにおける二次構造の形成は、新規の第３プライマーの結合および続く伸長を提供し得る。このようにして、変性条件の非存在下において、本発明の新規のプロセスは、核酸テンプレートの単鎖からの多重プライミング、伸長、および遊離事象を提供し得る。さらに、これらの工程の全ては、均衡条件下で、同時および連続的に起こり得る。」（１５頁右欄１６行〜４３行）
　
エ．「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」（図１）
　
オ．「非直線的増幅産物は、均衡または限定条件下で、連続した一連の以下の工程によって、新規のプライマーおよび標準的なプライマーによって合成され得る。新規のプライマーは標的鎖に結合し、そして新規の単一プライマーとの直線的増幅について以前に記載されるのと、同じ一連の伸長、二次構造形成、プライマー結合部位の再生、第２結合、第２伸長、およびテンプレートからの第１伸長プライマーの分離が存在する。新規の伸長プライマーは、他方の新規のプライマーの連続する結合および伸長によって置換されるので、これらの１本鎖産物は標準的なプライマーに結合し得、そしてそれらを伸長させて、完全な２本鎖アンプリコンを作製し得る。この潜在的な一連の事象を、図２に示す。得られる２本鎖構造は一方の鎖において新規のプライマーについてのプライマー結合部位に相補的な配列と、および他方の鎖において新規のプライマーについてのプライマー結合部位に同一の配列と隣接する各鎖自己相補配列を含む。この結果として、各鎖は、アンプリコンの一方の末端で、ステムループ構造を形成し得る。次いで、
１本鎖ループ構造におけるプライマー結合部位の露出
　
カ．「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」（図２）
　
キ．「【図３】一対の新規のプライマーによる非直線的増幅を例示する模式図である。」（段落【０２２４】【図面の簡単な説明】【図３】）
　
ク．「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」（図３）
　
ケ．「
一方のプライマーが標準的なプライマーであり、そして他方が新規のプライマーである場合
最終産物は、一方の末端において、各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子
両方のプライマーが新規のプライマーである場合
最終産物は、各末端において、各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子
　
コ．「本発明において、上記のように、
線状２本鎖分子のセグメントの、鎖内ステムループ構造への転移
これらの２つの構造の間の平衡は、多数の要因に依存する
　これらの反応に適切な温度は、伸長プライマーのそのテンプレートからの分離に必要な温度を下回る。均衡反応において、単一の温度が、結合、伸長、および二次構造形成に使用され得る。」（１６頁左欄２６行〜４３行）
　
（３）対比
　甲第１号証の記載事項ア〜クによると、甲第１号証には、
「標的核酸配列を増幅しうる二種のプライマーを含んでなるプライマーセットであって、
　プライマーＬａｂｉ１は、ＨＩＶウイルスのＧＡＧ遺伝子の配列に特異的にハイブリダイズする２６ヌクレオチドの部分及びプライマーの５’側に位置するヘアピンを形成できる５０ヌクレオチドのパリンドローム部分から構成されており、
　第二のプライマーであるＬａｂｉ２は、Ｌａｂｉ１と同様に構成されており、２８塩基のＨＩＶ特異的部分が６０塩基離れた配列と相補的であり、かつ逆方向を向いているものである、プライマーセット。」が記載されていると認められる。
　ここで、甲第１号証のプライマーＬａｂｉ１及びＬａｂｉ２は、共にFPであると認められる。
　
　本件発明１と甲第１号証に記載された発明を対比する。
　甲第１号証の「第二のプライマー（Ｌａｂｉ２）」は、本件発明１の「前記標的核酸配列の相補配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ−Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’側に含んでなるものである」「第二のプライマー」、すなわち、FPに相当する。
　
　そうすると、両者は、「標的核酸配列を増幅しうる少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマーセットであって、前記プライマーセットに含まれる第二のプライマーが、前記標的核酸配列の相補配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ−Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’側に含んでなるもの（すなわち、FP）であるプライマーセット。」である点で一致し、「第一のプライマー」が、本件発明１では、「標的核酸配列の３’末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ’）を前記配列（Ａｃ’）の５’側に含んでなるもの」、すなわち、TPであるのに対し、甲第１号証では、「前記標的核酸配列の相補配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ−Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’側に含んでなるもの」、すなわち、FPである点で相違する。
　
（４）判断
　請求人は、本件発明１は、甲第１号証に記載されたプライマーセットにおいて、プライマー１に代えて、甲第２号証に記載の「初期プライマー」を採用することにより、容易に想到し得たと主張するので、この点について検討する。
　
　甲第１号証に記載されたプライマーセット（FP-FP）による核酸増幅の原理は、実質的に先行無効審判の甲第３号証に記載されたものと同一であり、このような核酸増幅においては、先行無効審決（無効２００８−８００２９３）において述べられているように（審決２４頁）、「末端が相補鎖との塩基対結合(base pairing)を解消して改めて同一鎖上で塩基対結合を構成するステップが必須である」こと、「高度な反応効率を達成するためには、厳密な反応条件の設定が求められる」こと、「プライマー自身がループ構造を作っている。そのためプライマーダイマーがいったん生成すると、標的塩基配列の有無にかかわらず自動的に増幅反応が開始され非特異的な合成産物を形成してしまう」こと、「プライマーダイマーの生成とそれに伴う非特異的な合成反応によるプライマーの消費が、目的とする反応の増幅効率の低下につながる」ことの様々な問題点が存在することは、優先日前に知られていた（特許第３３１３３５８号公報（先行無効審判の甲第１号証）の６欄９行〜４１行）。
　そして、先行無効審決に対する審決取消訴訟判決（平成２１年行（ケ）第１０４２０号）においても、先行無効審判の甲第１号証には、FP-FPプライマーを使用する方法では、高度な反応効率を達成するために厳密な反応条件の設定が求められることと、非特異的な合成産物を形成してしまうという問題点が指摘されていることを認めている（先行判決１９頁１行〜下６行）。
　
　甲第２号証の記載事項ア（請求項１２）における「特定の核酸配列についての第１の初期プライマー」及び「特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマー」は、共に以下の２つのセグメント「（Ａ）第１のセグメントであって、（ｉ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり、そして（ｉｉ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る、セグメント、および、（Ｂ）第２のセグメントであって、（ｉ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり、そして（ｉｉ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり、（ｉｉｉ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得、そして（ｉｖ）第２のプライマー伸長が生成されて第１のプライマー伸長を置換するように、均衡または限定サイクリング条件下で、続く第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの、該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る、セグメント」を含むものであって、これらはそれぞれTPであるから、甲第２号証には、TP-TPプライマーセットが記載されている。
　
　甲第２号証の記載事項キ（【０２２４】【図面の簡単な説明】【図３】）には、図３の説明として、「一対の新規のプライマーによる非直線的増幅を例示する模式図である。」と記載されており、図３には、２つのTPを用いた核酸増幅の模式図が記載されている（記載事項ク）。
　このような記載からみて、甲第２号証には、TP-TPプライマーセットによる核酸増幅は、非直線的増幅を示すものであることが記載されている。
　
　そして、甲第２号証の図２（４）（原文では丸付き数字の４。以下同様。）には、TPによるステムループ構造のループの部位に新たなTPがアニールする模式図が示されている（記載事項カ）。これに関して、甲第２号証の記載事項オには、アンプリコンの一方の末端でステムループ構造が形成され、一本鎖ループ構造におけるプライマー結合部位の露出は、さらなる一連のプライマー結合をもたらすことが記載されている。つまり、甲第２号証には、TPは、新規な核酸鎖の合成基点となることにより、核酸を非直線的に増幅するものであることが記載されている。
　
　さらに、記載事項ケには、新規なプライマー（TP）と標準的なプライマーによる増幅は、最終産物として、一方の末端において、各鎖のステムループ構造を含む二本鎖分子が生成されることが記載されており、これは、図２の（４）に示されるような、ループ構造が２個存在する状態を意味するものと認められ、図２の（４）によれば、２個のループ構造のうち、新たにTPが結合できるものは１個である。
　これに対し、記載事項ケには、両方がTPである場合は、最終産物として、各末端において、各鎖のステムループ構造を含む二本鎖分子が生成されることが記載されており、これは、図３の（４）（原文では丸付き数字の４。）に示されるような、ループ構造が４個存在する状態を意味すると認められ、このうち、新たにTPが結合できるループ構造は２個である。
　これらの記載からみて、プライマーセットにおいて、一方のみをTPとし他方は標準プライマーとする場合よりも、TP-TPとした場合の方が、新規な核酸鎖の合成基点となる、TPが結合できるループ構造が多く形成されるため、良い増幅効率を示すことが理解できる。
　
　そうすると、甲第１号証の核酸増幅において、FP-FPプライマーセットに代えて、甲第２号証に記載された増幅効率の良いTP-TPプライマーセットをそのまま採用することは、当業者が容易に想到することであるといえるとしても、上述のように、様々な問題点が存在するFP-FPプライマーセットにおいて、一方のFPのみをTPに代え、もう一方のプライマーにFPをそのまま残すということは、技術的に不自然なことであり、そのような置き換えが動機付けられることはなく、当業者が想到しないことである。
　
　さらに、甲第１号証の記載事項オに示されるように、FPによる反応が進行するためには、標的核酸にハイブリダイズしたFPが伸長することにより形成された二本鎖が開き、図１ｈに示されるヘアピン構造の形成が可能な反応条件を設定する必要がある。
　一方、甲第２号証のTPによる増幅反応が進行するためには、TPが標的核酸にハイブリダイズして伸長することにより形成された二本鎖と、鎖内ステムループ構造が平衡となる反応条件を設定する必要がある（甲第２号証の記載事項コ）。
　このように、FPとTPは、構成が異なるプライマーであり、それを用いた増幅反応が進行する原理も異なるものであって、それぞれ厳密な反応条件の設定を必要とするものであるから、甲第１号証に甲第２号証を適用する際に、FPとTPを組み合わせてプライマーセットとすることは、当業者であれば回避しようとするものであって、TP-TPプライマーセットそのものを採択するものであるといえる。
　
　そして、本件発明１のプライマーセットは、標的核酸を特異的かつ効率的に等温増幅することができるとともに、一塩基変異を効果的に検出できる（本件特許明細書段落【０１４５】）という格別顕著な効果を奏するものである。
　
（５）小括
　したがって、本件発明１が甲第１号証に記載された発明に甲第２号証に記載されたプライマーを適用することにより容易になし得たとはいえない。
　
　また、本件発明２ないし１３、及び１６ないし２７についても本件発明１と同様に、「標的核酸配列を増幅しうる少なくとも二種のプライマーを含んでなるプライマーセットであって、前記プライマーセットに含まれる第一のプライマーが、標的核酸配列の３’末端部分の配列（Ａ）にハイブリダイズする配列（Ａｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ前記標的核酸配列において前記配列（Ａ）よりも５’側に存在する配列（Ｂ）の相補配列（Ｂｃ）にハイブリダイズする配列（Ｂ’）を前記配列（Ａｃ’）の５’側に含んでなるものであり、前記プライマーセットに含まれる第二のプライマーが、前記標的核酸配列の相補配列の３’末端部分の配列（Ｃ）にハイブリダイズする配列（Ｃｃ’）を３’末端部分に含んでなり、かつ相互にハイブリダイズする２つの核酸配列を同一鎖上に含む折返し配列（Ｄ−Ｄｃ’）を前記配列（Ｃｃ’）の５’側に含んでなるものである、プライマーセット。」を発明特定事項とするものであるから、本件発明２ないし１３、及び１６ないし２７が、甲第１ないし第１０号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるということはできない。
　
（６）請求人の主張
　請求人は、無効理由について、概略以下のように主張している。
ア．審判請求書における主張の概要
（ア）甲第１号証のタイトルが「等温遺伝子増幅方法」となっているとおり、甲第１号証は等温での遺伝子増幅方法の提供をその解決課題とする発明である。甲第１号証においては、熱変性を２回要することから、熱変性を一切含まないという意味での完全な等温増幅反応には至っていないという課題は依然として残っている。当業者であれば、甲第１号証の熱変性工程が完全な等温増幅を阻んでいる点に着目し、かかる熱変性工程を排除するよう改良を行うはずである。（審判請求書３５頁（３）（原文では丸付き数字の３。）引用発明１の解決課題）
　
（イ）甲第２号証は、TPを採用することによりプライマーの鋳型上の伸長生成物を、熱変性を経ずに分離する方法という技術的思想を開示している。さらに、甲第２号証の初期プライマー（TP）は、折り返しを提供する機能を有しており、かかる機能は、甲第１号証のプライマーの機能と共通するものである。当業者であれば、甲第１号証の増幅方法の改良として、その増幅方法において採用した際にプライマー１と同じ機能を果たし、かつ、伸長後鋳型核酸から熱変性を経ずに分離できる、甲第２号証のプライマーを採用する改良を行ったはずである。（審判請求書３６〜３８頁（４）（原文では丸付き数字の４。）引用発明２について）
　
イ．請求人口頭審理陳述要領書における主張の概要
（ウ）暫定見解（注：平成２４年５月１８日付け審理事項通知書。以下、同様。）は、本件無効審判において引例として一切使用していない特許第３３１３３５８公報（先行無効審判の甲１）（以下、「先行甲１」という。）には、本件無効審判において本件発明１の引例として使用していない国際公開第９６／０１３２７号公報（先行無効審判の甲３；本件無効審判の甲４）（以下、「先行甲３」という。）についての問題点が記載されていることから、先行甲３と原理を同一とする本件無効審判の甲第１号証の発明にも同様の問題点があったと認定するものである。
　しかしながら、甲第１号証は、先行甲３の優先日又は国際出願日から３〜４年後に発行された文献である。甲第１号証の記載内容の認定にあたり、甲第１号証が発行される３〜４年前に作成された特許明細書（先行甲３）に関し、甲第１号証とは無関係の先行甲１に問題点が記載されていることに基づいて、甲第１号証にもかかる問題点が依然として存在すると認定することは失当である。
　先行甲３と本件無効審判の甲第１号証は、FP-FPプライマーセットを使用するという原理においては共通するが、その開示内容は異なる。先行甲３と違い、甲第１号証には、実際の実験結果である表１及び図２の記載が存在する。すなわち、甲第１号証において、FP-FPプライマーセットによる増幅方法の反応条件について充分に検証がなされている。暫定見解が指摘する甲第１号証における「厳密な反応条件の設定が求められる」との問題点は解消している。
　さらに、甲第１号証と甲第２号証の反応条件に顕著な差は存在しないから、「厳密な反応条件の設定が求められる」との問題点は、仮に存在していたとしても、甲第１号証と甲第２号証の組み合わせを阻害する要因にはならない。
　さらに、甲第１号証の図２（電気泳動図）によれば、プライマーダイマー等による非特異的な合成産物が形成されないことが明らかとされており、「プライマーダイマー」の問題点は存在しない。
　したがって、甲第１号証について、「様々な問題点が存在するFP-FPプライマーセット」であるとする暫定見解の認定は誤りである。（請求人口頭審理陳述要領書８〜１１頁（４）引用発明１の認定について）。
　
（エ）甲第２号証には、図１に表されているように、単独でTPを使用することにより、等温にて鋳型核酸からプライマーの伸長生成物を分離する方法が記載されている。
　甲第２号証の段落【０１０３】、【０１０４】及び請求項１の記載によれば、甲第２号証は、「TPを採用することによりプライマーの鋳型上の伸長生成物を、熱変性を経ずに分離する方法という技術的思想を基本原理とするものである。暫定見解が認定するTP-TPプライマーセットによる非直線的増幅方法（図３）も、その前提として図１による直線的増幅方法が行われ、直線的増幅方法による増幅産物に対し、セットの他方のTPが反応することにより行われるものである。甲第２号証には、TPとTPでない標準的なプライマーとのプライマーセットによる増幅方法も開示されているが、そのようなプライマーセットが開示されているという事実自体、甲第２号証は単独のTPによる直線的増幅が基本原理であることの証左となる。
　したがって、暫定見解は、甲第２号証をTP-TPプライマーセットによる非直線的増幅に限定的に解釈するものであって、甲第２号証の認定を誤るものである。甲第２号証に開示された単独のTPによる直線的増幅は、TPを採用することによりプライマーの鋳型上の伸長生成物を、熱変性を経ずに分離することができるものであり、それ自体が独立した技術的事項として甲第１号証に適用可能なものである。（請求人口頭審理陳述要領書１２〜１５頁（５）引用発明２の認定について）
　
（オ）遺伝子増幅方法の技術分野において、等温による遺伝子増幅反応を達成することは、課題であることは周知の事実である。
　甲第１号証では、加熱工程が２回だけであり、PCR法に対して、加熱回数及び時間を減らすことはできたが、完全に加熱工程の問題を解決していない。
　１回の加熱工程鋳型からのプライマー伸長生成物の分離工程が存在し、それさえ排除すれば完全な等温増幅方法となるという事実からすれば、かかる１回の加熱工程を排除しようとすることは、依然、甲第１号証の課題として存在する。
　なお、甲第１号証が提案するように、ポリメラーゼを大量に使用すれば、逆に凝集が生じ、増幅反応が阻害される可能性があるから（甲第１２号証及び甲第１３号証）、甲第１号証は、加熱工程を排除するという課題が根本的に解消しているものではない。（請求人口頭審理陳述要領書１５〜１７頁（６）動機付けの不存在について）
　
（カ）甲第１号証の実施例で使用された反応条件と甲第２号証の実施例の反応条件との間に顕著な差は存在せず、甲第１号証において、甲第２号証のTPを採用することに阻害要因はない。
　さらに、甲第２号証自体には、TPとTPでないプライマーとのプライマーセットを使用する増幅反応も発明として記載されており、実施例において電気泳動図を用いて増幅が確認されているのである。
　以上のとおり、異なるプライマーを組み合わせることは、甲第２号証自体に記載されており、また、甲第１号証と甲第２号証のそれぞれの実施例において反応条件が大きく異ならないことも公知となっていたのであるから、甲第１号証の増幅反応において、甲第２号証のTPを採用することに阻害要因は存在しない。
　また、請求人は、甲第１号証のFP-FPの増幅反応が２時間であり、甲第２号証の実施例の一つにTP-TPの反応が２時間であることが記載されていることを理由に、同じ分子数の鋳型核酸から核酸増幅を始めた場合には、甲第１号証に記載のFP-FPプライマーセットの増幅効率は、甲第２号証に記載のTP-TPプライマーセットの増幅効率と遜色ないことが示されており、同定ＤＮＡの増幅効率を示す２つのプライマーを組み合わせて使うことに阻害要因は存在しない。（請求人口頭審理陳述要領書１７〜２０頁（７）被請求人の主張について）
　
ウ．請求人上申書における主張の概要
（キ）本件発明１は、単純なTP-FPプライマーセットに係る発明であり、被請求人らが主張する一塩基変異の識別に関する効果は、プライマーセット自体に関する本件発明１の効果とはいえない。
　仮に、被請求人らによる効果の主張を、一塩基変異の識別に関する請求項１３に係る発明の効果についての主張と解するとしても、かかる主張は、請求項１３に係る発明のうち、特定の一部の態様のみが奏する効果の主張に過ぎず、請求項１３に係る発明の進歩性の判断において参酌することはできない。
　また、乙第９号証の補足図３によれば、ＳＭＡＰ法による一塩基変異識別がＬＡＭＰ法による一塩基変異識別に対し、有利な効果を有するものではないことが示されている。
　また、被請求人らは、被請求人口頭審理陳述要領書において、乙第９号証の補足図１に基づいて作成した図２を示して、「本件発明では、バックグラウンドの上昇につながる指数関数的な増幅が起こらない」と主張するが、乙第９号証の補足図１の記載によれば、Ｆという構造から指数関数的増幅のパスウェイにつながるＤという分子が発生することが記載されており、乙第９号証補足図１の記載と矛盾した主張を行っている。（請求人上申書２〜１２頁４．（２）被請求人らの主張する効果について）
　
（７）請求人の主張についての判断
ア．請求人の主張（ウ）について
　先行甲１には、先行甲３のFP-FPプライマーセットについて、「末端が相補鎖との塩基対結合(base pairing)を解消して改めて同一鎖上で塩基対結合を構成するステップが必須である」こと、「高度な反応効率を達成するためには、厳密な反応条件の設定が求められる」こと、「プライマー自身がループ構造を作っている。そのためプライマーダイマーがいったん生成すると、標的塩基配列の有無にかかわらず自動的に増幅反応が開始され非特異的な合成産物を形成してしまう」こと、「プライマーダイマーの生成とそれに伴う非特異的な合成反応によるプライマーの消費が、目的とする反応の増幅効率の低下につながる」ことの様々な問題点が記載されており、FP-FPプライマーセットには、これらの問題点があったことは、本願優先日前に知られていた。
　請求人は、甲第１号証には、実際の実験結果が記載されており、「厳密な反応条件の設定が求められる」及び「プライマーダイマーが形成される」等の問題点は解決されているから、甲第１号証の認定において、先行甲１に記載された問題点が依然として存在すると認定することは失当である旨主張する。
　
　しかしながら、甲第１号証には、FPプライマー対を用いた遺伝子増幅反応において、最適温度は、実験的に検討して決定する必要が記載されており（記載事項カの「２．３」）、甲第１号証においても、最適な反応温度を決定するため、表１に示されるような実験をした結果、５３℃が好ましい温度であると決定したこと、さらに、その後、５３℃において、反応混合物の最善の組成を目的とする実験を実施したことが記載されている（記載事項カの「３．」）。このように、甲第１号証において、反応条件の設定のため試行錯誤を要しており、さらに、表１をみると、「結果」の項が「＋＋」の評価となった温度は５３℃のみであって、最適温度は非常に狭い範囲である（記載事項キ）。
　よって、FP-FPプライマーセットは、厳密な反応条件の設定が求められるという問題点が存在するものであり、甲第１号証では、検討の結果、増幅反応が実施できる温度等を厳格に設定することにより、この問題を解決したものである。
　また、プライマーダイマーの問題点については、甲第１号証においては、Ｌａｂｉ２において、パリンドローム配列の融点よりも、標的核酸への特異的配列の融点を高くなるようにプライマーを設計することや反応条件の最適化により、プライマーダイマー形成の問題点を解決したものであるが（記載事項オ及び記載事項カ）、そもそも、FPは、一つのプライマー内にヘアピンを形成できる相補的な領域を有するものであって、プライマー同士がハイブリダイズする、いわゆるプライマーダイマーとなり得る構造を有するものであるから、プライマーダイマーの形成という問題点は、FPが潜在的に有する課題であるといえる。
　したがって、先行甲１が指摘する「厳密な反応条件の設定が求められる」及び「プライマーダイマーが形成される」との問題点は、FP-FPプライマーセットが一般的に有する問題点であるといえる。
　
　したがって、請求人の主張（ウ）は採用することができない。
　
イ．請求人の主張（イ）、（エ）及び（カ）について
　請求人は、甲第２号証は単独でTPを採用することにより、プライマーの鋳型上の伸長生成物を熱変性を経ずに分離するという技術的思想を開示しているものであって、甲第２号証をTP-TPプライマーセットによる核酸増幅であると限定的に解釈すべきではないと主張する。
　
　しかしながら、上記（４）にて述べたように、甲第２号証の記載からみて、プライマーセットにおいて、一方のみをTPとし他方は標準プライマーとする場合よりも、TP-TPとした場合の方が、新規な核酸鎖の合成基点となる、TPが結合できるループ構造が多く形成されるため、良い増幅効率を示すことが理解できるのであるから、甲第１号証に甲第２号証を適用するに際し、当業者であれば、FP-FPプライマーセットにおいて、一方のみをTPとせずに、TP-TPセットで用いようとすることが自然である。
　
　また、請求人は、甲第１号証に甲第２号証を適用することに阻害要因はないと主張する。
　しかしながら、上記（４）にて述べたように、甲第１号証のFPと甲第２号証のTPは、構成が異なるプライマーであり、それを用いた増幅反応が進行する原理も異なるものであって、それぞれ厳密な反応条件の設定を必要とするものであるから、甲第１号証に甲第２号証を適用する際に、FPとTPを組み合わせてプライマーセットとすることは、当業者であれば、むしろ回避することであるといえる。
　
　したがって、請求人のこれらの主張（イ）、（エ）及び（カ）は採用することができない。
　
ウ．請求人の主張（ア）及び（オ）について
　請求人は、遺伝子増幅方法の技術分野において、等温による遺伝子増幅反応を達成することは周知の課題であるから、甲第１号証において、加熱工程を排除しようとすることは、課題として存在する旨主張する。
　しかしながら、甲第１号証の記載事項クによれば、甲第１号証において、加熱工程は問題とはならないという認識であって、加熱工程を排除しようとする課題が記載されていない以上、あえて加熱工程を排除することは、当業者が発想しないことである。
　
　仮に、請求人が主張するように、遺伝子増幅方法の技術分野において、等温による遺伝子増幅反応を達成することが周知の課題であったとしても、その課題は、甲第２号証ですでに解決されているのであり、甲第１号証と甲第２号証の開示に接した当業者が、その課題を解決するために、甲第１号証のFP-FPプライマーセットにおいて、一方のFPのみを甲第２号証のTPとすることは、そもそも容易に想到し得ないことであることは、上記（４）及び（７）イで述べたとおりである。
　
　また、請求人は、甲第１号証が提案するように、ポリメラーゼを大量に使用すれば、凝集が生じることを主張するが、請求人が指摘する甲第１号証の記載（記載事項ク）は、非耐熱性のＤＮＡポリメラーゼ酵素を使用した場合は、加熱工程ののちに酵素を追加することができることを提案したものである。しかし、甲第１号証において実際に使用した「アンプリタックＤＮＡポリメラーゼ」は耐熱性酵素であるから（記載事項ウ）、加熱工程により酵素が失活するという問題は起こらず、加熱工程後に酵素を添加する必要はないから、請求人が主張するような酵素を大量に添加したことによる凝集の問題はそもそも生じないものである。
　したがって、請求人の主張（ア）及び（オ）は採用することができない。
　
エ．請求人の主張（キ）について
　請求人は、一塩基変異の識別に関する効果は、プライマーセット自体に関する本件発明１の効果とはいえない旨を主張するが、そもそも、上記（４）で述べたように、本件発明１は、その構成を容易に想到することができないものであるから、本件発明１は、一塩基変異の識別に関してTP-TPプライマーセットと比べて有利な効果を奏するものであるかどうかにかかわらず、進歩性を有するものである。
　
　念のため、一塩基変異の識別に関する効果の主張について検討する。
　本件発明１はプライマーセットに係る物の発明であるが、物の発明において、具体的な使用の態様が様々である場合、そのすべてにおいて効果がなければ、物の発明として認められないとはいえない。特定の使用の態様における効果であっても、そのような態様における使用に適しているということは、そのような効果がない場合と比較して、物としての利用価値が高いということであるから、そのような効果を物の発明の効果として参酌することは許されるというべきである。
　しかも、一塩基変異の検出はプライマーセットの用途として代表的なものの１つであるからなおさらである。
　本件発明１３の「核酸試料中の核酸配列における変異の有無を判定する方法」に係る発明についても、「変異の有無を判定する方法」として一塩基変異の識別はまず思い浮かぶ方法であるから、一塩基変異の識別に関する効果は、本件発明１３においても参酌されるべきであるといえる。
　
　また、請求人は、乙第９号証の補足図３によれば、ＳＭＡＰ法による一塩基変異識別はＬＡＭＰ法による一塩基変異識別と比較して有利な効果を奏するものではないことを主張するが、乙第９号証に記載されたＳＭＡＰ法とは、TP-FPプライマーセットに加えてさらに、TP及びFPからの伸長鎖を分離する作用を有する２つのアウタープライマーを用いた増幅方法であり（乙第９号証の第２５８頁図２参照）、また、補足図３は、特定の塩基配列からなるプライマー群を用いて特定の遺伝子における変異を検出した結果を示したものであるから、補足図３におけるＳＭＡＰ法の結果のみをもって、本件発明１に係るTP-FPプライマーセットは、ＬＡＭＰ法と比して有利な効果を有するものではないと結論付けることはできない。
　
　また、請求人は、乙第９号証の補足図１の脚注の一部の記載を取り上げて、補足図１の記載と、被請求人口頭審理陳述要領書の図２に基づく、「本件発明では、バックグラウンドの上昇につながる指数関数的な増幅が起こらない」という主張は、矛盾するものであることを主張するが、補足図１の脚注には、請求人が指摘した記載に続いて、「非対称プライマーデザインにおけるセルフプライミング現象も指数関数的増幅パスウェイを引き起こす分子を生成するが（“＊”で示す）、そのパスウェイは３サイクル後、２次指数関数的キネティクス（１子の分子から２個の産物（outcome）の生成が考えられる）に続いて開始される。バックグラウンド増幅を引き起こしえるフリー３’末端の数についても、図内に示す表に示す。フリー３’末端の増幅“サイクル”中における数的進行は、非対象プライマーデザインの方がかなり少ない。更に、試験管におけるＤＮＡの全生成率は、ＤＮＡ合成がプライムされる３’末端の数に比例する為、ＳＭＡＰ２におけるバックグラウンド増幅は結果的に限定される。」と記載されているように、補足図１は、非対称プライマーセット（TP-FP）は、対称プライマーセット（TP-TP）と比較して、一塩基変異識別においてバックグラウンド増幅が少ないことを模式図を用いて説明したものである。このような記載を考慮すれば、本件発明１のTP-FPプライマーセットは、一塩基変異の識別においてバックグラウンド増幅が少ないものであることを推認できるものであって、このことは、被請求人らが作成した図２におけるTP-FPのパスウェイの記載が正確なものであるかどうかに影響されるものではないといえる。
　
　以上のとおり、請求人のこれらの主張（ア）〜（キ）はいずれも採用することができない。
　
（８）むすび
　以上のとおりであるから、本件発明１ないし１３、及び１６ないし２７が、甲第１ないし第１０号証に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであり、その特許は第１２３条第１項第２号に該当し、無効にすべきものである、とすることはできない。
　
第５　むすび
　以上のとおり、請求人の主張及び証拠方法によっては、本件発明の特許を無効とすることはできない。
　
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、請求人が負担すべきものとする。 
　
　よって、結論のとおり審決する。