【手続補正書】
【提出日】平成27年4月6日(2015.4.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組織におけるＣＲの普遍的マーカーの差次的発現を検出するための、プローブを含む組成物であって、前記プローブは、
ａ）表１から３に列挙されている遺伝子と特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドもしくはその断片、または
ｂ）表１から６に列挙されている遺伝子にコードされるポリペプチドと結合するポリペプチド結合剤
のうち１種を含む、組成物。
【請求項２】
前記組織が、心臓組織であり、前記プローブが、表１に列挙されている遺伝子から選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ポリヌクレオチドが、表４に列挙されている遺伝子から選択される、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記組織が、骨格筋であり、前記プローブが、表２から選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドが、表５に列挙されている遺伝子から選択される、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
前記組織が、白色脂肪であり、前記プローブが、表３から選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチドが、表６に列挙されている遺伝子から選択される、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
２種またはそれより多いプローブを包含する、組織における差次的遺伝子発現を検出するための組成物であって、前記プローブが、
ａ）表１から６に列挙されている２種またはそれより多い遺伝子と特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドもしくはその断片、または
ｂ）表１から６に列挙されている２種またはそれより多い遺伝子にコードされるポリペプチドと結合するポリペプチド結合剤
を含む、組成物。
【請求項９】
前記組織が、心臓組織であり、前記プローブが、表１に列挙されている遺伝子から選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドが、表４に列挙されている遺伝子から選択される、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
前記組織が、骨格筋であり、前記プローブが、表２から選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項８に記載の組成物。
【請求項１２】
前記ポリヌクレオチドが、表５に列挙されている遺伝子から選択される、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記組織が、白色脂肪であり、前記プローブが、表３から選択されるポリヌクレオチドを含む、請求項８に記載の組成物。
【請求項１４】
前記ポリヌクレオチドが、表６に列挙されている遺伝子から選択される、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
前記プローブが、ＰＣＲに適したオリゴヌクレオチドプライマーである、請求項８に記載の組成物。
【請求項１６】
前記プローブが、抗体である、請求項８に記載の組成物。
【請求項１７】
選択された組織におけるカロリー制限（ＣＲ）の組織特異的普遍的マーカーを同定する方法であって、複数の被験体群のうちの複数に由来する被験体においてＣＲに応答して差次的に発現される１またはそれより多い遺伝子を選択するステップを含む、方法。
【請求項１８】
選択された前記遺伝子が、２つまたはそれより多い被験体群において差次的に発現される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
選択された前記遺伝子が、検査された前記被験体群の５０％またはそれより多くにおいて差次的に発現される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記組織が、肝臓組織、心臓組織、肺組織、脳組織、上皮組織、結合組織、白色脂肪、骨格筋、血液、神経組織、尿および唾液からなる群より選択される、請求項１７に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
一部の実施形態において、本発明は、所定の条件または候補化合物が、被験体におけるＣＲの模倣において有効となり得るかまたはＣＲ擬態の１もしくは複数の利益となり得るか評価する方法を提供する。方法は、第１の被験体をＣＲに曝露するステップと、第１の被験体に由来する組織の試料における２種またはそれより多い遺伝子の発現産物のレベルを測定して、ＣＲ発現プロファイルを得るステップと、第２の被験体に候補化合物を投与するステップと、第２の被験体に由来する組織の試料における発現産物を測定するステップと、レベルを比較して、該候補化合物がＣＲを模倣する程度を決定するステップとを包含し得る。マイクロアレイ解析、逆転写ＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲまたはハイブリダイゼーション解析のいずれかを用いて、試料における発現産物（例えば、ｍＲＮＡ）を測定することができる。このように評価された複数の候補化合物は、それぞれがＣＲを模倣する程度に基づきランク付けすることができる。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ＣＲに応答して組織において差次的に発現される複数のポリヌクレオチドを含む遺伝子パネルであって、前記ポリヌクレオチドが、表１から６に列挙されている遺伝子から選択される、遺伝子パネル。
（項目２）
前記組織が、マウス被験体に由来する、項目１に記載の遺伝子パネル。
（項目３）
前記組織が、イヌ被験体またはネコ被験体に由来する、項目１に記載の遺伝子パネル。
（項目４）
前記組織が、ヒト被験体に由来する、項目１に記載の遺伝子パネル。
（項目５）
前記組織が、肝臓組織、心臓組織、肺組織、脳組織、上皮組織、結合組織、白色脂肪、骨格筋、血液、神経組織、尿および唾液からなる群より選択される、項目１に記載の遺伝子パネル。
（項目６）
前記組織が、心臓組織であり、前記ポリヌクレオチドが、表１に列挙されている遺伝子から選択される、項目５に記載の遺伝子パネル。
（項目７）
前記ポリヌクレオチドが、表４に列挙されている遺伝子から選択される、項目６に記載の遺伝子パネル。
（項目８）
前記組織が、骨格筋であり、前記ポリヌクレオチドが、表２から選択される、項目５に記載の遺伝子パネル。
（項目９）
前記ポリヌクレオチドが、表５に列挙されている遺伝子から選択される、項目８に記載の遺伝子パネル。
（項目１０）
前記組織が、白色脂肪であり、前記ポリヌクレオチドが、表３から選択される、項目５に記載の遺伝子パネル。
（項目１１）
前記ポリヌクレオチドが、表６に列挙されている遺伝子から選択される、項目１０に記載の遺伝子パネル。
（項目１２）
組織におけるＣＲの普遍的マーカーの差次的発現を検出するためのプローブであって、
ａ）表１から３に列挙されている遺伝子と特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドもしくはその断片、または
ｂ）表１から６に列挙されている遺伝子にコードされるポリペプチドと結合するポリペプチド結合剤
のうち１種を含む、プローブ。
（項目１３）
前記組織が、心臓組織であり、前記プローブが、表１に列挙されている遺伝子から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１２に記載のプローブ。
（項目１４）
前記ポリヌクレオチドが、表４に列挙されている遺伝子から選択される、項目１３に記載のプローブ。
（項目１５）
前記組織が、骨格筋であり、前記プローブが、表２から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１２に記載のプローブ。
（項目１６）
前記ポリヌクレオチドが、表５に列挙されている遺伝子から選択される、項目１５に記載のプローブ。
（項目１７）
前記組織が、白色脂肪であり、前記プローブが、表３から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１２に記載のプローブ。
（項目１８）
前記ポリヌクレオチドが、表６に列挙されている遺伝子から選択される、項目１７に記載のプローブ。
（項目１９）
２種またはそれより多いプローブを包含する、組織における差次的遺伝子発現を検出するための組成物であって、前記プローブが、
ａ）表１から６に列挙されている２種またはそれより多い遺伝子と特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドもしくはその断片、または
ｂ）表１から６に列挙されている２種またはそれより多い遺伝子にコードされるポリペプチドと結合するポリペプチド結合剤
を含む、組成物。
（項目２０）
前記組織が、心臓組織であり、前記プローブが、表１に列挙されている遺伝子から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１９に記載の組成物。
（項目２１）
前記ポリヌクレオチドが、表４に列挙されている遺伝子から選択される、項目２０に記載の組成物。
（項目２２）
前記組織が、骨格筋であり、前記プローブが、表２から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１９に記載の組成物。
（項目２３）
前記ポリヌクレオチドが、表５に列挙されている遺伝子から選択される、項目２２に記載の組成物。
（項目２４）
前記組織が、白色脂肪であり、前記プローブが、表３から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１９に記載の組成物。
（項目２５）
前記ポリヌクレオチドが、表６に列挙されている遺伝子から選択される、項目２４に記載の組成物。
（項目２６）
前記プローブが、ＰＣＲに適したオリゴヌクレオチドプライマーである、項目１９に記載の組成物。
（項目２７）
前記プローブが、抗体である、項目１９に記載の組成物。
（項目２８）
ａ）表１から６に列挙されている遺伝子と特異的にハイブリダイズする増幅オリゴヌクレオチドまたはその断片と、
ｂ）表１から６に列挙されているタンパク質をコードする遺伝子と特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドまたはその断片を含む標識プローブと
を含む、キット。
（項目２９）
前記プローブが、基材に結合している、項目２８に記載のキット。
（項目３０）
バッファー、対照試薬、固体支持体、標識、説明書、阻害剤、標識試薬、検出試薬および乾燥剤からなる群より選択される少なくとも１種の構成成分をさらに含む、項目２８に記載のキット。
（項目３１）
選択された組織におけるカロリー制限（ＣＲ）の組織特異的普遍的マーカーを同定する方法であって、
ａ）複数の被験体群に属する被験体をＣＲ条件に曝露するステップと、
ｂ）前記複数の被験体群のうちの複数に由来する被験体においてＣＲに応答して差次的に発現される１またはそれより多い遺伝子を選択するステップと、
を含む、方法。
（項目３２）
選択された前記遺伝子が、２つまたはそれより多い被験体群において差次的に発現される、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
選択された前記遺伝子が、３つまたはそれより多い被験体群において差次的に発現される、項目３１に記載の方法。
（項目３４）
選択された前記遺伝子が、検査された前記被験体群の５０％またはそれより多くにおいて差次的に発現される、項目３１に記載の方法。
（項目３５）
前記組織が、肝臓組織、心臓組織、肺組織、脳組織、上皮組織、結合組織、白色脂肪、骨格筋、血液、神経組織、尿および唾液からなる群より選択される、項目３１に記載の方法。
（項目３６）
前記組織が、心臓組織である、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記組織が、骨格筋である、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記組織が、白色脂肪である、項目３５に記載の方法。
（項目３９）
有意性レベルが、ｐ＜０．０１である、項目３５に記載の方法。
（項目４０）
前記被験体群が、マウスである、項目３１に記載の方法。
（項目４１）
前記被験体群が、イヌまたはネコである、項目３１に記載の方法。
（項目４２）
前記被験体群が、ヒトである、項目３１に記載の方法。
（項目４３）
候補化合物が、被験体に投与されるとＣＲの効果の模倣において有効となる可能性があるか否かを決定するための方法であって、
ａ）第１の被験体をＣＲに曝露するステップと、
ｂ）前記第１の被験体由来の組織の試料における、表１から３に列挙されている２種またはそれより多い遺伝子の発現産物のレベルを測定して、ＣＲ発現プロファイルを得るステップと、
ｃ）前記候補化合物を第２の被験体に投与するステップと、
ｄ）前記第２の被験体由来の組織の前記試料における前記発現産物のレベルを測定するステップと、
ｅ）ｂ）における前記レベルとｄ）における前記レベルとを比較して、前記候補化合物がＣＲを模倣する程度を決定するステップと
を含む、方法。
（項目４４）
前記組織が、肝臓組織、心臓組織、肺組織、脳組織、上皮組織、結合組織、白色脂肪、骨格筋、血液、神経組織、尿および唾液からなる群より選択される、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記組織が、心臓組織である、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記組織が、骨格筋である、項目４４に記載の方法。
（項目４７）
前記組織が、白色脂肪である、項目４４に記載の方法。
（項目４８）
前記測定するステップが、項目１２または項目１９に記載の組成物を用いて行われる、項目４４に記載の方法。
（項目４９）
前記プローブが、基材と結合している、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記プローブが、アレイに存在する、項目４８に記載の方法。
（項目５１）
前記プローブが、ＰＣＲに適したオリゴヌクレオチドプライマーである、項目４８に記載の方法。
（項目５２）
前記プローブが、抗体である、項目４８に記載の方法。
（項目５３）
前記試料における発現産物を測定するステップが、マイクロアレイ解析、逆転写ＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲおよびハイブリダイゼーション解析からなる群より選択される検出技法を含む、項目４３に記載の方法。
（項目５４）
候補化合物がＣＲを模倣する程度に基づき複数の前記候補化合物をランク付けするステップをさらに含む、項目４３に記載の方法。