【手続補正書】
【提出日】平成26年12月18日(2014.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを確証するための方法であって、前記方法は：
前記擬父由来の遺伝物質に関して複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程、
前記妊娠中の母親由来の血液サンプルを起源とするＤＮＡの混合サンプルに関して前記複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程であって、ＤＮＡの前記混合サンプルが胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む、工程、
前記擬父由来の遺伝物質に関して取得した遺伝子型測定値、およびＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値を使用して前記擬父が前記胎児の実父である確率をコンピュータにて決定する工程、ならびに
前記擬父が前記胎児の実父である、決定された確率を使用して、前記擬父が前記胎児の実父であるか否かを確証する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
前記母親由来の遺伝物質に由来する前記複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法であって、前記擬父が前記胎児の実父である確率が、前記母親由来の遺伝物質に関して取得された遺伝子型測定値、前記擬父由来の遺伝物質に関して取得された遺伝子型測定値、およびＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得された遺伝子型測定値を使用して決定される、方法。
【請求項３】
前記多型遺伝子座が一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ＤＮＡの前記混合サンプルが、（ｉ）前記母親由来の血液サンプルの血漿画分中の浮遊ＤＮＡ、（ｉｉ）母体全血、（ｉｉｉ）有核細胞を含む母体血画分、または（ｉｖ）胎児細胞および母体細胞の混合物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記擬父が前記胎児の実父である確率を決定する工程が、
前記複数の多型遺伝子座内の各遺伝子座について対立遺伝子の集団内頻度を得ること；
胎児画分の下限から胎児画分の上限までの範囲におよぶＤＮＡの前記混合サンプルにおいて胎児ＤＮＡの潜在的画分のパーティションを作製すること；
前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記母親由来の遺伝物質に関して取得された遺伝子型測定値、前記擬父由来の遺伝物質に関して取得された遺伝子型測定値、およびＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得された遺伝子型測定値を考慮して前記擬父が前記胎児の実父である確率を計算すること；
前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記擬父が前記胎児の実父である計算された確率を組み合わせることによって前記擬父が前記胎児の実父である確率を決定すること；
前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記母親由来の遺伝物質に関して取得された遺伝子型測定値、前記擬父由来の遺伝物質に関して取得された遺伝子型測定値、およびＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得された遺伝子型測定値を考慮し、そして得られた前記対立遺伝子の集団内頻度を考慮して前記擬父が前記胎児の実父でない確率を計算すること；ならびに
前記パーティション中の前記潜在的胎児画分の各々について前記擬父が前記胎児の実父ではない計算された確率を組み合わせることによって前記擬父が前記胎児の実父でない確率を決定すること
を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記擬父が前記胎児の実父である確率を計算することおよび前記擬父が前記胎児の実父でない確率を計算することが、
前記複数の多型遺伝子座のそれぞれについて、プラットフォーム応答モデル、パーティション中の前記潜在的胎児画分中の１つまたは複数の画分、前記母親についての複数の遺伝子座比、前記擬父についての複数の遺伝子座比、および前記胎児についての複数の遺伝子座比を使用して特定の遺伝子座で観察された配列データの尤度を計算すること；
前記パーティション中の全ての潜在的胎児画分、多型遺伝子座組中の前記母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組中の前記擬父の対立遺伝子比、および多型遺伝子座組中の前記胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での観察された前記配列データの尤度を組み合わせることによって前記擬父が実父である尤度を計算すること；
前記パーティション中の全ての潜在的胎児画分、多型遺伝子座組中の前記母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組についての集団内頻度、および多型遺伝子座組中の前記胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での観察された前記配列データの尤度を組み合わせることによって前記擬父が実父でない尤度を計算すること；
前記擬父が実父である尤度に基づいて前記擬父が実父である確率を計算すること；および
前記擬父が実父でない尤度に基づいて前記擬父が実父でない確率を計算すること
をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記擬父が実父である尤度に基づいて前記擬父が実父である確率を計算することを、最尤推定または最大事後技術を使用して行う、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
擬父が胎児の実父であるか否か確証する工程が、
前記擬父が前記胎児の実父である計算された確率が、前記擬父が実父でない計算された確率より有意に高い場合に前記擬父が実父であることを確証すること；または
前記擬父が実父でない計算された確率が、前記擬父が実父である計算された確率より有意に高い場合に前記擬父が前記胎児の実父でないことを確証すること
をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
胎児ＤＮＡの潜在的画分の前記パーティションがたった１つの胎児画分を含み、前記胎児画分が、定量ＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、ターゲティングＰＣＲ、循環プローブ、他のＤＮＡ増幅法、ハイブリッド形成プローブによる捕捉、他の優先的富化方法、ＳＮＰマイクロアレイ、ＤＮＡマイクロアレイ、配列決定、他の多型対立遺伝子測定技術、他の非多型対立遺伝子測定技術、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない多型対立遺伝子の測定、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない非多型対立遺伝子の測定、Ｙ染色体に特異的な対立遺伝子の測定、父性遺伝した対立遺伝子の測定量と母性遺伝した対立遺伝子の測定量との比較、最尤推定値、最大事後技術、およびその組み合わせからなる群より選択される技術によって決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記擬父が前記胎児の実父であるか否かの確証された決定についての信頼度を計算する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記母親由来の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程が、母体遺伝物質から本質的になる前記母親由来の遺伝物質のサンプルに関して遺伝子型測定値を取得することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
前記母親由来の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程が、
ＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に由来する、どの遺伝子型測定値が前記母親由来の遺伝物質に起因する可能性が高いかを推測すること；および
前記母親由来の遺伝物質に起因すると推測された遺伝子型測定値を、得られた遺伝子型測定値として使用することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法を使用して作成された、前記胎児の確証された父性を開示する報告書。
【請求項１４】
（ｉ）多型遺伝子座において前記胎児ＤＮＡには存在するが、前記母体ＤＮＡには存在しない対立遺伝子を同定する工程、および／または（ｉ）多型遺伝子座において前記胎児ＤＮＡおよび前記母体ＤＮＡに存在しない対立遺伝子を同定する工程；
前記擬父が前記胎児の実父である確率をコンピュータにて決定する工程であって、前記決定する工程が、以下：
（１）（ｉ）多型遺伝子座において前記胎児ＤＮＡには存在するが、前記母体ＤＮＡには存在しない前記対立遺伝子と、（ｉｉ）前記擬父由来の遺伝物質中の対応する多型遺伝子座における対立遺伝子とを比較すること、および／または
（２）（ｉ）多型遺伝子座において前記胎児ＤＮＡおよび前記母体ＤＮＡに存在しない前記対立遺伝子と、（ｉｉ）前記擬父由来の遺伝物質中の対応する多型遺伝子座における対立遺伝子とを比較すること
を含む、工程；ならびに
前記擬父が前記胎児の実父である、決定された確率を使用して、前記擬父が前記胎児の実父であるか否かを確証する工程
を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを確証するための方法であって、前記方法は:
前記擬父由来の遺伝物質に関して複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程;
前記胎児と遺伝的に非血縁の複数の個体由来の遺伝物質に関して前記複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程;
前記妊娠中の母親からの血液サンプルを起源とするＤＮＡの混合サンプルに関して前記複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程であって、ＤＮＡの前記混合サンプルが胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡの両方を含む、工程;
前記擬父について検定統計量を計算する工程であって、前記擬父についての前記検定統計量が、前記擬父と前記胎児との間の遺伝的類似度を示し、かつ前記擬父についての前記検定統計量が、前記擬父由来の遺伝物質に関して取得した遺伝子型測定値、およびＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に基づく、工程；
前記複数の非血縁の個体について複数の検定統計量を計算する工程であって、ここで非血縁の個体についての各検定統計量は、前記非血縁の個体と前記胎児との間の遺伝的類似度を示し、かつ前記非血縁の個体についての前記検定統計量が、前記非血縁の個体由来の遺伝物質に関して取得した遺伝子型測定値、およびＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に基づく、工程；
前記擬父についての前記検定統計量が前記複数の非血縁の個体についての前記検定統計量の分布の一部である確率を計算する工程;ならびに
前記擬父についての前記検定統計量が前記複数の非血縁の個体についての前記検定統計量の分布の一部である確率から、前記擬父が前記胎児の実父であるか否かを確証する工程
を包含する、方法。
【請求項１６】
前記擬父が前記胎児の実父であるか否か確証する工程が、
前記擬父が前記胎児の実父である確率が上限閾値を超える場合に前記擬父が前記胎児と非血縁であるという仮説を棄却することによって前記擬父が前記胎児の実父であると確証すること；または
前記擬父が前記胎児の実父である確率が下限閾値未満である場合に前記擬父が前記胎児と非血縁であるという仮説を棄却しないことによって前記擬父が前記胎児の実父ではないと確証すること；または
尤度が前記下限閾値と前記上限閾値との間である場合または前記尤度が十分に高い信頼度で決定されない場合に擬父が前記胎児の実父であるか否か確証しないこと
をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを確証するための方法であって、前記方法は:
前記擬父由来の遺伝物質に関して、複数の多型遺伝子座中の各遺伝子座に存在する対立遺伝子の正体を含む遺伝子型測定値を得る工程;
前記妊娠中の母親由来の血液サンプルを起源とするＤＮＡの混合サンプルに関して、前記複数の多型遺伝子座中の各遺伝子座に存在する前記対立遺伝子の正体および量を含む遺伝子型測定値を得る工程であって、ここでＤＮＡの前記混合サンプルが胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡの両方を含み、かつ前記胎児ＤＮＡおよび前記母体ＤＮＡが前記混合サンプル中で物理的に混合されたままにされる、工程;
ＤＮＡの前記混合サンプルにおける胎児ＤＮＡ  対  全DNAの可能性のある１つ以上の比に関して、ＤＮＡの前記混合サンプルについて予想される遺伝子型測定値をコンピュータにて計算する工程であって、ここでＤＮＡの前記混合サンプルについて前記予想される遺伝子型測定値は、前記擬父由来の遺伝物質に関して取得された前記遺伝子型測定値から計算される、工程;
ＤＮＡの前記混合サンプルに関して取得された前記遺伝子型測定値とＤＮＡの前記混合サンプルについて前記予想される遺伝子型測定値とを比較することによって、前記擬父が前記胎児の実父である確率をコンピュータにて決定する工程;ならびに
前記擬父が前記胎児の実父である、決定された確率を使用して、前記擬父が前記胎児の実父であるか否かを確証する工程、
を包含する、方法。
【請求項１８】
擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを確証するための方法であって、前記方法は:
前記擬父由来の遺伝物質に関して複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程;
前記妊娠中の母親由来の血液サンプルから単離された４０個未満の胎児細胞から、前記複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程;
前記擬父由来の遺伝物質に関して取得された前記遺伝子型測定値を使用して、前記胎児細胞について前記予想される遺伝子型測定値をコンピュータにて計算する工程;
前記胎児細胞に関して取得された前記遺伝子型測定値と前記胎児細胞について予想される遺伝子型測定値とを比較することによって前記擬父が前記胎児の実父である確率をコンピュータにて決定する工程;ならびに
前記擬父が前記胎児の実父である、決定された確率を使用して、前記擬父が前記胎児の実父であるか否かを確証する工程、
を包含する、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
本明細書中に開示の実施形態は、添付の図面を参照してさらに説明されるであろう。いくつかの図面を通して類似の構造を類似の数値で示す。示した図面は必ずしも一定の縮小比・拡大比ではなく、それよりも、一般に、本明細書中に開示の実施形態の原理を例示する際に強調している。
例えば、本発明は、以下の項目を提供する：
（項目１）
擬父が、妊娠中の母親が懐胎している胎児の実父であるか否かを確証する方法であって、上記方法は：
上記擬父から遺伝物質を得る工程、
上記妊娠中の母親から血液サンプルを得る工程、
上記擬父由来の遺伝物質に関して複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程、
上記妊娠中の母親由来の遺伝物質から上記複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を得る工程、
上記妊娠中の母親由来の血液サンプルを起源とするＤＮＡの混合サンプルに関して遺伝子型測定値を取得する工程であって、ＤＮＡの上記混合サンプルが胎児ＤＮＡおよび母体ＤＮＡを含む、工程、
上記擬父由来のＤＮＡから取得した遺伝子型測定値、上記妊娠中の母親から得た遺伝子型測定値、およびＤＮＡの上記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値を使用して上記擬父が上記妊娠中の母親が懐胎している上記胎児の実父である確率をコンピュータにて決定する工程、ならびに
上記擬父が上記胎児の実父である、決定された確率を使用して、上記擬父が上記胎児の実父であるか否かを確証する工程
を包含する、方法。
（項目２）
上記多型遺伝子座が一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
ＤＮＡの上記混合サンプルが、上記妊娠中の母親由来の血液サンプルの血漿画分中の浮遊ＤＮＡに由来したＤＮＡを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
ＤＮＡの上記混合サンプルが、母体全血または有核細胞を含む母体血画分を含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
有核細胞を含む上記母体血画分が、胎児起源の細胞について富化されている、項目４に記載の方法。
（項目６）
上記決定する工程が、
上記擬父および上記胎児についての検定統計量を計算することであって、上記検定統計量が上記擬父と上記胎児との間の遺伝的類似度を示し、かつ上記検定統計量が、上記擬父由来のＤＮＡから取得した遺伝子型測定値、ＤＮＡの上記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、および上記妊娠中の母親由来のＤＮＡから得た遺伝子型測定値に基づく、計算すること；
各計算された検定統計量が上記胎児と非血縁の複数の個体由来の非血縁個体と上記胎児との間の遺伝的類似度を示す場合に上記胎児と遺伝的に非血縁の上記複数の個体についての検定統計量の分布を計算することであって、上記検定統計量が、上記非血縁個体由来のＤＮＡから取得した遺伝子型測定値、ＤＮＡの上記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、および上記妊娠中の母親由来のＤＮＡから得た遺伝子型測定値に基づく、計算すること；
上記擬父および上記胎児について計算した上記検定統計量が、上記複数の非血縁個体および上記胎児について計算した上記検定統計量の分布の一部である確率を計算すること；ならびに
上記擬父について計算した上記検定統計量が上記複数の非血縁個体および上記胎児について計算した上記検定統計量の分布の一部である確率を使用して上記擬父が上記胎児の実父である確率を決定すること
を含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
擬父が上記胎児の実父であるか否か確証する工程が、
上記擬父が上記胎児の実父である確率が上限閾値を超える場合に上記擬父が上記胎児と非血縁であるという仮説を棄却することによって上記擬父が上記胎児の実父であると確証すること；または
上記擬父が上記胎児の実父である確率が下限閾値未満である場合に上記擬父が上記胎児と非血縁であるという仮説を棄却しないことによって上記擬父が上記胎児の実父ではないと確証すること；または
尤度が上記下限閾値と上記上限閾値との間である場合または上記尤度が十分に高い信頼度で決定されなかった場合に擬父が上記胎児の実父であるか否か確証しないこと
をさらに含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
上記擬父が上記胎児の実父である確率を決定する工程が、
上記複数の多型遺伝子座内の各遺伝子座について対立遺伝子の集団内頻度を得ること；
胎児画分の下限から胎児画分の上限までの範囲におよぶＤＮＡの上記混合サンプルにおいて胎児ＤＮＡの潜在的画分のパーティションを作製すること；
上記パーティション中の上記潜在的胎児画分の各々について上記母親由来のＤＮＡから得た遺伝子型測定値、上記擬父由来のＤＮＡから取得した遺伝子型測定値、ＤＮＡの上記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値を考慮して上記擬父が上記胎児の実父である確率を計算すること；
上記パーティション中の上記潜在的胎児画分の各々について上記擬父が上記胎児の実父である計算された確率を組み合わせることによって上記擬父が上記胎児の実父である確率を決定すること；
上記パーティション中の上記潜在的胎児画分の各々について上記母親由来のＤＮＡから取得した遺伝子型測定値、ＤＮＡの上記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値、得られた上記対立遺伝子の集団内頻度を考慮して上記擬父が上記胎児の実父でない確率を計算すること；ならびに
上記パーティション中の上記潜在的胎児画分の各々について上記擬父が上記胎児の実父ではない計算された確率を組み合わせることによって上記擬父が上記胎児の実父でない確率を決定すること
を含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
上記擬父が上記胎児の実父である確率を計算することおよび上記擬父が上記胎児の実父でない確率を計算することが、
上記複数の多型遺伝子座のそれぞれについて、プラットフォーム応答モデル、パーティション中の上記潜在的胎児画分中の１つまたは複数の画分、上記母親についての複数の遺伝子座比、擬父についての複数の遺伝子座比、および上記胎児についての複数の遺伝子座比を使用して特定の遺伝子座で観察された配列データの尤度を計算すること；
上記パーティション中の全胎児画分、多型遺伝子座組中の上記母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組中の上記擬父の対立遺伝子比、および多型遺伝子座組中の上記胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での観察された上記配列データの尤度を組み合わせることによって上記擬父が実父である尤度を計算すること；
上記パーティション中の全胎児画分、多型遺伝子座組中の上記母親の対立遺伝子比、多型遺伝子座組についての集団内頻度、および多型遺伝子座組中の上記胎児の対立遺伝子比に関して各多型遺伝子座での観察された上記配列データの尤度を組み合わせることによって上記擬父が実父でない尤度を計算すること；
上記擬父が実父である尤度に基づいて上記擬父が実父である確率を計算すること；および
上記擬父が実父でない尤度に基づいて上記擬父が実父でない確率を計算すること
をさらに含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
上記擬父が実父である尤度に基づいて上記擬父が実父である確率を計算することを、最尤推定または最大事後技術を使用して行う、項目８に記載の方法。
（項目１１）
擬父が胎児の実父であるか否か確証する工程が、
上記擬父が上記胎児の実父である計算された確率が、上記擬父が実父でない計算された確率より有意に高い場合に上記擬父が実父であることを確証すること；または
上記擬父が実父である計算された確率が、上記擬父が実父でない計算された確率より有意に高い場合に上記擬父が上記胎児の実父でないことを確証すること
をさらに含む、項目８に記載の方法。
（項目１２）
上記多型遺伝子座が二染色体である尤度が高い染色体に対応する、項目８に記載の方法。
（項目１３）
胎児ＤＮＡの潜在的画分の上記パーティションがたった１つの胎児画分を含み、上記胎児画分が、定量ＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、ターゲティングＰＣＲ、循環プローブ、他のＤＮＡ増幅法、ハイブリッド形成プローブによる捕捉、他の優先的富化方法、ＳＮＰマイクロアレイ、ＤＮＡマイクロアレイ、配列決定、他の多型対立遺伝子測定技術、他の非多型対立遺伝子測定技術、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない多型対立遺伝子の測定、父親のゲノム中に存在するが母親のゲノム中に存在しない非多型対立遺伝子の測定、Ｙ染色体に特異的な対立遺伝子の測定、父性遺伝した対立遺伝子の測定量と母性遺伝した対立遺伝子の測定量との比較、最尤推定値、最大事後技術、およびその組み合わせからなるリストから選択した技術によって決定される、項目８に記載の方法。
（項目１４）
潜在的胎児画分の上記パーティションがたった１つの胎児画分を含み、上記胎児画分が項目２６に記載の方法を使用して決定される、項目１に記載の方法。
（項目１５）
上記擬父の遺伝物質を、血液、体細胞組織、精子、毛髪、口内サンプル、皮膚、他の法医学サンプル、およびその組み合わせからなる群から選択される組織から得る、項目１に記載の方法。
（項目１６）
上記擬父が上記胎児の実父であるか否かの確証された決定についての信頼度を計算する、項目１に記載の方法。
（項目１７）
ＤＮＡの上記混合サンプル中の胎児ＤＮＡ画分が、サイズ選択、ユニバーサルライゲーション媒介ＰＣＲ、伸長時間の短いＰＣＲ、他の富化方法、およびその組み合わせからなる群から選択される方法を使用して富化されている、項目１に記載の方法。
（項目１８）
上記妊娠中の母親の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程が、母体遺伝物質から本質的になる上記妊娠中の母親由来の遺伝物質のサンプルに関して遺伝子型測定値を取得することを含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
上記妊娠中の母親由来の遺伝物質から遺伝子型測定値を得る工程が、
ＤＮＡの上記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に由来する、どの遺伝子型測定値が上記妊娠中の母親由来の遺伝物質に起因する可能性が高いかを推測すること；および
上記母親由来の遺伝物質に起因すると推測された遺伝子型測定値を、得られた遺伝子型測定値として使用することを含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
確証された父性決定に基づいて臨床決定を行う工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
上記臨床決定が中絶することである、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
遺伝子型測定値を取得する工程を、パッドロックプローブ、分子反転プローブ、他の循環プローブ、遺伝子型決定マイクロアレイ、ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ、チップベースのマイクロアレイ、ビーズベースのマイクロアレイ、他のＳＮＰマイクロアレイ、他の遺伝子型決定法、サンガーＤＮＡ配列決定、ピロシーケンス、ハイスループット配列決定、循環プローブを使用したターゲティング配列決定、ハイブリッド形成プローブによる捕捉を使用したターゲティング配列決定、可逆的色素ターミネーター配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリッド形成による配列決定、他のＤＮＡ配列決定法、他のハイスループット遺伝子型決定プラットフォーム、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリッド形成（ＦＩＳＨ）、比較ゲノムハイブリッド形成（ＣＧＨ）、アレイＣＧＨ、ならびにこれらの複数または組み合わせからなる群から選択される技術またはテクノロジーを使用した遺伝物質の測定によって行う、項目１に記載の方法。
（項目２３）
遺伝子型測定値を取得する工程を、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガンド媒介ＰＣＲ、縮重オリゴヌクレオチドプライマーＰＣＲ、ターゲティング増幅、ＰＣＲ、ミニＰＣＲ、ユニバーサルＰＣＲ増幅、多置換増幅（ＭＤＡ）、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、対立遺伝子特異的増幅技術、線形増幅法、基質ＤＮＡのライゲーションおよびその後の別の増幅法、ブリッジ増幅、パッドロックプローブ、循環プローブ、ハイブリッド形成プローブによる捕捉、およびその組み合わせからなる群から選択される技術またはテクノロジーを使用して測定する前に増幅され、そして／または優先的に富化される遺伝物質に関して行う、項目１に記載の方法。
（項目２４）
上記胎児の確証された父性を含む報告書を作成する工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２５）
項目１に記載の方法を使用して作成された、上記胎児の確証された父性を開示する報告書。
（項目２６）
標的個体由来のＤＮＡおよび第２の個体由来のＤＮＡを含むＤＮＡの混合サンプル中に存在する上記標的個体由来のＤＮＡ画分を決定するための方法であって、上記方法は：
ＤＮＡの上記混合サンプルから複数の多型遺伝子座で遺伝子型測定値を取得する工程；
上記第２の個体から上記複数の多型遺伝子座で遺伝子型データを得る工程；ならびに
ＤＮＡの上記混合サンプル由来の遺伝子型測定値、上記第２の個体由来の遺伝子型データ、および確率推定技術を使用して上記混合サンプル中に存在する上記標的個体由来のＤＮＡ画分をコンピュータにて決定する工程
を含む、方法。
（項目２７）
上記第２の個体から遺伝子型データを得る工程が、上記第２の個体由来のＤＮＡから本質的になるＤＮＡから遺伝的測定値を取得することを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
上記第２の個体から遺伝子型データを得る工程が、
ＤＮＡの上記混合サンプルに関して取得した遺伝子型測定値に由来する、どの遺伝子型測定値が上記第２の個体由来の遺伝物質に起因する可能性が高いかを推測すること；および
上記第２の個体由来の遺伝物質に起因すると推測された遺伝子型測定値を、得られた遺伝子型測定値として使用すること
を含む、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
関連する個体の遺伝子型データを推測することが、遺伝子座で対立遺伝子の集団内頻度を使用することをさらに含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
上記標的個体由来のＤＮＡの決定された画分を、ＤＮＡ画分の確率として表現する、項目２６に記載の方法。
（項目３１）
上記混合サンプルから取得した遺伝子型測定値が、上記混合サンプル中のＤＮＡの配列決定によって取得した遺伝子型測定値を含む、項目２６に記載の方法。
（項目３２）
上記混合サンプル中のＤＮＡを、ＤＮＡの上記混合サンプルから遺伝子型測定値を取得する前に上記複数の多型遺伝子座で優先的に富化させる、項目２６に記載の方法。
（項目３３）
上記多型遺伝子座が一塩基多型を含む、項目２６に記載の方法。
（項目３４）
上記画分を決定する工程が、
ＤＮＡの上記混合サンプル中に存在する上記標的個体由来の複数のＤＮＡ画分の確率を決定すること；
上記複数の画分から最大確率を有する画分を選択することによって上記画分を決定すること
をさらに含む、項目２６に記載の方法。
（項目３５）
上記画分を決定する工程が、
ＤＮＡの上記混合サンプル中に存在する上記標的個体由来の複数のＤＮＡ画分の確率を決定すること；
最も可能性の高い画分を決定するために最尤推定技術を使用すること；および
最も可能性が高いと決定された画分を選択することによって上記画分を決定すること
をさらに含む、項目２６に記載の方法。
（項目３６）
上記標的個体が妊娠中の母親が懐胎している胎児であり、上記第２の個体が上記妊娠中の母親である、項目２６に記載の方法。
（項目３７）
上記多型遺伝子座で測定した遺伝子型データに関連するプラットフォームモデルを使用する工程；および
母系遺伝子型を子の遺伝子型と関連付けている表を使用する工程
をさらに含む、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
上記決定が、上記胎児の父親由来のＤＮＡに関して測定した複数の多型遺伝子座での遺伝子型測定値も使用する、項目３６に記載の方法。
（項目３９）
上記方法が上記胎児の父親由来の遺伝子型データを使用しない、項目３６に記載の方法。
（項目４０）
上記方法がＹ染色体上の遺伝子座を使用しない、項目２６に記載の方法。
（項目４１）
項目３６に記載の方法を使用して決定した胎児の確証された父性を開示する報告書。
（項目４２）
項目３６に記載の方法を使用して決定した胎児の倍数性の状態を開示する報告書。