【手続補正書】
【提出日】平成27年3月11日(2015.3.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子操作型酵素組成物であって：
ａ）第１群のβ−キシロシダーゼから選択されるβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチド；
ｂ）第２群のβ−キシロシダーゼから選択されるβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチド；
ｃ）Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチド； 
ｄ）β−グルコシダーゼ活性を有するポリペプチド又は前記β−グルコシダーゼ活性を有するポリペプチドに富む全セルラーゼ、及び
ｅ）ＧＨ６１／エンドグルカナーゼ活性を有するポリペプチド、又は前記ＧＨ６１／エンドグルカナーゼ活性を有するポリペプチドに富む全セルラーゼ、を含み、
リグノセルロース系バイオマス材料を加水分解することのできるものである、酵素組成物。
【請求項２】
前記キシラナーゼ活性を有するポリペプチドが：配列番号２４、２６、４２若しくは４３に対し又はこれらの変異配列に対し少なくとも７０％同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドから選択されるか、あるいは配列番号２３、２５若しくは４１に対し少なくとも７０％同一性を有するヌクレオチドにより、又は厳密度の高い条件下で配列番号２３、２５若しくは４１と又はこれらの相補配列とハイブリッド形成することのできるヌクレオチドによりコードされる、請求項１のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項３】
ａ）前記β−キシロシダーゼ活性を有する第１群のポリペプチドが、配列番号２若しくは１０に対し又はこれらの成熟配列に対し少なくとも７０％同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ前記第２群のβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドが、配列番号４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２８、３０若しくは４５と又はこれらの成熟配列と少なくとも７０％を有するアミノ酸配列を含む；
ｂ）前記第１群のβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドが、配列番号２若しくは１０に対し又はこれらの成熟配列に対し少なくとも７０％同一性を有するアミノ酸配列を含むヌクレオチドによりコードされ、かつ前記第２群のβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドが、配列番号４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２８、３０若しくは４５と又はこれらの成熟配列と少なくとも７０％を有するアミノ酸配列を含む；
ｃ）前記第１群のβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドが、配列番号１若しくは９に対し少なくとも７０％同一性を有するヌクレオチドによりコードされ；かつ前記第２群のβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドが、配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、２７若しくは２９に対し少なくとも７０％同一性を有するヌクレオチドによりコードされる；あるいは
ｄ）前記第１群のβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドが、厳密度の高い条件下で、配列番号１若しくは９と、又はこれらの相補配列とハイブリッド形成することができ；かつ前記第２群のβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドが、厳密度の高い条件下で、配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、２７若しくは２９と又はこれらの相補配列とハイブリッド形成することができる、請求項１または２のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項４】
前記Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ活性を有するポリペプチドが：
ａ）配列番号１２、１４、２０、２２若しくは３２に対し又はこれらの成熟配列に対し少なくとも７０％同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド；又は
ｂ）配列番号１１、１３、１９、２１若しくは３１に対し少なくとも７０％同一性を有するヌクレオチドにより、又は厳密度の高い条件下で、配列番号１１、１３、１９、２１若しくは３１とハイブリッド形成することのできるヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、請求項１、２、または３のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項５】
前記β−グルコシダーゼ活性を有するポリペプチドが：
ａ）配列番号５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、７９、９３及び９５に対し少なくとも約６０％同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド；又は
ｂ）２種以上のβ−グルコシダーゼ配列を含むハイブリッドポリペプチドであって、第１のβ−グルコシダーゼに由来する第１の配列は、少なくともアミノ酸残基２００個分の長さであり、配列番号９６〜１０８のうちの１つ以上又は全てを含み、第２のβ−グルコシダーゼに由来する第２の配列は、少なくともアミノ酸残基５０個分の長さであり、配列番号１０９〜１１６のうちの１つ以上又は全てを含み、及び場合により、第３のβ−グルコシダーゼに由来する第３の配列は、アミノ酸残基３、４、５、６、７、８、９、１０、又は１１個分の長さであり、配列番号２０４又は２０５を含むループ配列をコードしている、ハイブリッドポリペプチド； 
ｃ）配列番号５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、９２又は９４に対し少なくとも約６０％同一性を有するヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、あるいは厳密度の高い条件下で、配列番号５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、９２若しくは９４と又はこれらの相補配列とハイブリッド形成することのできるポリペプチド；又は
ｄ）２種以上のβ−グルコシダーゼ配列を含むハイブリッドポリペプチドであり、第１のβ−グルコシダーゼに由来する第１の配列が、少なくともアミノ酸残基２００個分の長さであり、配列番号１９７〜２０２の１つ以上又は全てを含み、第２のβ−グルコシダーゼに由来する第２の配列が、少なくともアミノ酸残基５０個分の長さであり、配列番号２０３を含み、及び場合により、アミノ酸残基３〜１１個分の長さでありかつ配列番号２０４又は配列番号２０５を含む第３のポリペプチド配列を含む、ポリペプチドである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項６】
前記ＧＨ６１／エンドグルカナーゼ活性を有するポリペプチドが：
ａ）配列番号５２、８０〜８１、２０６〜２０７のいずれか１つの配列の少なくとも１００残基の領域にわたって少なくとも７０％配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド；又は
ｂ）少なくとも２００の残基の長さであり、ＧＨ６１／エンドグルカナーゼ活性を有し、（１）配列番号８４、及び８８；（２）配列番号８５、及び８８；（３）配列番号８６；（４）配列番号８７；（５）配列番号８４、８８、及び８９；（６）配列番号８５、８８、及び８９；（７）配列番号８４、８８、及び９０；（８）配列番号８５、８８、及び９０；（９）配列番号８４、８８、及び９１；（１０）配列番号８５、８８、及び９１；（１１）配列番号８４、８８、８９、及び９１；（１２）配列番号８４、８８、９０、及び９１；（１３）配列番号８５、８８、８９、及び９１：並びに（１４）配列番号８５、８８、９０、及び９１；からなる群から選択される配列のうちの１種以上を含む、ポリペプチド；又は
ｃ）配列番号５１に対し少なくとも７０％配列同一性を有するヌクレオチドによりコードされ、又は厳密度の高い条件下で、配列番号５１と若しくはこれらの相補配列とハイブリッド形成することができるポリペプチド、である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項７】
培養混合物、前記ポリペプチドの１種以上を発現している宿主細胞の発酵ブロス、又は前記発酵ブロスの全ブロス製剤である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項８】
前記宿主細胞は、バクテリア又は真菌のうちの一方であり、任意で前記バクテリアが、バチルス（Bacillus）又は大腸菌（E. coli）であり、および前記真菌が、酵母、アスペルギルス（Aspergillus）、クリソスポリウム（Chrysosporium）、又はトリコデルマ（Trichoderma）である、請求項７に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項９】
セロルビオヒドロラーゼ活性を有するポリペプチド、及び／又はエンドグルカナーゼ活性を有するポリペプチド、及び／又は全セルラーゼを更に含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項１０】
ａ）前記酵素組成物中の総タンパク質量に対するキシラナーゼ量が、約１０重量％〜約２０重量％である、及び／又は
ｂ）前記酵素組成物中の総タンパク質量に対する前記β−キシロシダーゼ量が、約５重量％〜約２０重量％である、及び／又は
ｃ）前記酵素組成物中の総タンパク質量に対する前記β−グルコシダーゼ量が、約１８重量％〜約３０重量％である、及び／又は
ｄ）前記酵素組成物中の総タンパク質量に対する前記Ｌ−α−アラビノフラノシダーゼ量が、約０．２重量％〜約２重量％である、及び／又は
ｅ）前記酵素組成物中の総タンパク質量に対する前記ＧＨ６１／エンドグルカナーゼ活性を有するポリペプチドの量が、約６重量％〜約２０重量％である、及び／又は
ｆ）前記酵素組成物中の総タンパク質量に対する前記セロビオヒドロラーゼ活性を有するポリペプチドの量が、約１５重量％〜約２５重量％である、及び／又は
ｇ）前記第１群のβ−キシロシダーゼの重量対前記第２群のβ−キシロシダーゼの重量比が、１：１０〜１０：１、１：９〜９：１、１：８〜８：１、１：７〜７：１、１：６〜６：１、１：５〜５：１、１：４〜４：１、１：３〜３：１、１：２〜２：１、又は１：１である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項１１】
前記ポリペプチドのうち少なくとも１、２又は３種が、前記ポリペプチドを発現するよう遺伝子操作した前記宿主細胞にとって異種性のものである、又は前記ポリペプチドのうち少なくとも２種が、異なる微生物に由来し、任意で前記ポリペプチドのうち少なくとも１種が、フザリウム（Fusasrium）又はトリコデルマ（Trichoderma）に由来する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の遺伝子操作型酵素組成物。
【請求項１２】
ヘミセルロース、セルロース、又はいずれものセルロース、及びヘミセルロースを含む、リグノセルロース系バイオマス材料を加水分解又は消化する方法であって、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の酵素組成物を、前記リグノセルロース系バイオマスの混合物と接触させる工程を含む、方法。
【請求項１３】
前記リグノセルロース系バイオマス混合物が、農作物、食品／飼料製造時の副産物、リグノセルロース系廃棄物、植物残渣、又は古紙を含み、任意で、
ａ）前記植物残渣が、穀類、種子、茎、葉、外皮、トウモロコシの皮、トウモロコシ穂軸、トウモロコシ茎葉、ポテト、大豆、大麦、ライ麦、オーツ麦、小麦、ビート、サトウキビバガス、サトウモロコシ、麦わら、草類、ケーン類、葦、木材、木片、木材パルプ又はおがくずから選択され、前記草類が、インディアングラス又はスイッチグラスから選択される、または任意で、
ｂ）前記リグノセルロース系バイオマス混合物中の前記バイオマス材料に、前処理を行い、前記前処理が、酸又は塩基による前処理であり、前記塩基による前処理が、希アンモニアによるものであり、並びに前記酸による前処理が、希酸によるものであり、または任意で、
ｃ）前記リグノセルロース系バイオマス混合物が、発酵性糖質を更に含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
リグノセルロース系バイオマス材料を、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の酵素組成物と接触させて、１種以上の発酵性糖質を生成した後、エタノール生産微生物（ethanologen microorganism）を使用して、前記発酵性糖質をエタノールへと発酵させる工程を含む、エタノールの生産方法において、前記酵素組成物に接触させる前に、前記リグノセルロース系バイオマス材料に任意で前処理を行う、又は前記エタノール生産微生物が、酵母、又は、ザイモモナス・モビリス（Zymomonas mobilis）である、方法。
【請求項１５】
（ａ）前記酵素組成物が、前記バイオマス材料中のヘミセルロース１ｋｇあたり約２ｇ〜約２０ｇのキシラナーゼ活性を有するポリペプチドを含む、及び／又は
（ｂ）前記酵素組成物が、前記バイオマス材料中のヘミセルロース１ｋｇあたり約２ｇ〜約４０ｇのβ−キシロシダーゼ活性を有するポリペプチドを含む、及び／又は
（ｃ）前記酵素組成物が、前記バイオマス材料中のセルロース１ｋｇあたり約３ｇ〜約５０ｇのセルラーゼ活性を有するポリペプチドを含む、及び／又は
（ｄ）前記バイオマス材料中の前記キシランのうち６０％〜９０％をキシロースへと変換するのに十分な量、及び条件下、及び期間で、前記酵素組成物を使用する、請求項１２、１３、または１４のいずれか一項に記載の方法。