【事件の表示】
　特願２００６−５３９７５８「細菌輸送およびＣＮＳ侵襲を低減させるための組成物およびこの組成物を使用する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１７年５月２６日国際公開、ＷＯ２００５／０４６７２１、平成１９年５月１７日国内公表、特表２００７−５１２００６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
　
第１　手続の経緯 
 　本願は、２００４年１１月１０日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２００３年１１月１０日、米国）を国際出願日とする出願であって、平成２２年１０月５日付け拒絶理由通知に対して、平成２３年１月７日付けで意見書及び手続補正書が提出され、平成２３年１月２８日付けで拒絶査定がなされ、これに対し、平成２３年５月２０日に拒絶査定不服審判の請求がされるとともに、同日付けで特許請求の範囲の全文についての手続補正がなされたものである。
　
第２　平成２３年５月２０日付けの手続補正についての補正却下の決定
　
［補正の却下の決定の結論］ 
　平成２３年５月２０日付けの手続補正を却下する。 
 　 
［理由］ 
１　補正後の請求項１に記載された発明
　平成２３年５月２０日付けの手続補正において、補正前の請求項１〜１７が削除されたことから、補正後の請求項１は、補正前の請求項１８に対応している。
　補正前の請求項１８（補正前の請求項１の記載をカッコ書きで表示して以下に読み込んだもの）の
「【請求項１８】
（少なくとも１つのアミノ酸置換を有する非無毒化ノイラミニダーゼのアミノ酸配列を含む、無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼ
またはその無毒化部分
またはその無毒化部分
またはその無毒化部分
またはその無毒化部分
を、補正後の請求項１の
「【請求項１】 
　無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、肺炎球菌の鼻輸送または感染を低減または防止するための組成物であって、ここで該無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼは、
最大で７％アミノ酸置換までの
 （下線は補正箇所を示す。）とする補正を含むものである。
 　　 
　上記補正は、補正前の請求項１８に記載された発明を特定するために必要な事項である「またはその無毒化部分」との記載を削除し、また「少なくとも１つのアミノ酸置換を有する」を「最大で７％アミノ酸置換までの少なくとも１つのアミノ酸置換を有する」ことに限定するものであって、特許法第１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　
　そこで、本件補正後の請求項１に記載された発明（以下、「本願補正発明」という。）が独立して特許を受けることができるものであるか（平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するか）について、以下に検討する。
 　 
２　引用刊行物とその記載事項 
　原査定の拒絶の理由に引用された本願の優先日前に頒布された刊行物（原査定の引用文献２）に係る国際公開第２００２／０８３８５５号には、以下の事項が記載されている。
　なお、以下の日本語訳による摘示は、引用刊行物に対応する日本語出願の公表公報である特表２００５−５０１５１８号公報の記載に基づくものであり、その段落番号も便宜上そのまま記載した。また、下線は当審が付したものである。
　
（刊ａ）「【請求項２５】
ポリヌクレオチドが、
配列番号１〜配列番号２１５
ストレプトコッカス ニューモニアエ
単離ポリペプチド
【請求項２７】
ストレプトコッカス ニューモニアエで感染した個人の血清ポジティブな血清と免疫反応する
【請求項２８】
さらに以下の（ａ）〜（ｍ）のように定義される、請求項２５記載のポリペプチド：
（ａ）０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｂ）３個またはそれ以上の膜貫通ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｃ）外膜ドメインまたは細胞周辺ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｄ）内膜ドメインを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｅ）Blastp分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｆ）Pfam分析により同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｇ）ストレプトコッカス ニューモニアエリポタンパク質；
（ｈ）ＬＰＸＴＧモチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に共有結合している；
（ｉ）ペプチドグリカン結合モチーフを有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド、ここで、該ポリペプチドはペプチドグリカン層に結合している；
（ｊ）シグナル配列およびＣ末端チロシンまたはＣ末端フェニルアラニンアミノ酸を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｋ）トリペプチドＲＧＤアミノ酸配列を有するストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；
（ｌ）プロテオミックスにより表面に露出していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド；および、
（ｍ）プロテオミックスにより膜に結合していると同定されるストレプトコッカス ニューモニアエポリペプチド。
【請求項２９】
０、１、または２個の膜貫通ドメインを有するポリペプチドが、配列番号 216、 配列番号 218、 配列番号 219、 配列番号 222、 配列番号 223、 配列番号 224、 配列番号 226、 配列番号 228、 配列番号 231、 配列番号 232、 配列番号 233、 配列番号 234、 配列番号 237、 配列番号 238、 配列番号 239、 配列番号 240、 配列番号 243、 配列番号 244、 配列番号 247、 配列番号 249、 配列番号 251、 配列番号 254、 配列番号 256、 配列番号 257、 配列番号 260、 配列番号 262、 配列番号 264、 配列番号 265、 配列番号 266、 配列番号 268、 配列番号 270、 配列番号 272、 配列番号 273、 配列番号 275、 配列番号 276、 配列番号 277、 配列番号 278、 配列番号 279、 配列番号 281、 配列番号 282、 配列番号 283、 配列番号 284、 配列番号 285、 配列番号 286、 配列番号 287、 配列番号 289、 配列番号 293、 配列番号 294、 配列番号 296、 配列番号 298、 配列番号 300、 配列番号 301、 配列番号 304、 配列番号 306、 配列番号 307、 配列番号 310、 配列番号 311、 配列番号 312、 配列番号 315、 配列番号 319、 配列番号 320、 配列番号 321、 配列番号 324、 配列番号 325、 配列番号 326、 配列番号 328、 配列番号 331、 配列番号 336、 配列番号 337、 配列番号 338、 配列番号 340、 配列番号 341、 配列番号 342、 配列番号 343、 配列番号 346、 配列番号 347、 配列番号 349、 配列番号 351、 配列番号 352、 配列番号 353、 配列番号 356、 配列番号 357、 配列番号 358、 配列番号 359、 配列番号 362、 
配列番号 363
【請求項７２】
配列番号２１６〜配列番号４３０
免疫原性組成物
【請求項８０】
配列番号１〜配列番号２１５
発現ベクターに含まれているポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物
【請求項８１】
ベクターがプラスミドＤＮＡである、請求項８０記載の免疫原性組成物。
【請求項８２】
ポリヌクレオチドが異種構造ヌクレオチドを含む、請求項８１記載の免疫原性組成物。
【請求項８３】
ポリヌクレオチドが、１個またはそれ以上の遺伝子発現調節エレメントに作用的に結合している、請求項８２記載の免疫原性組成物。
【請求項８４】
ポリヌクレオチドがストレプトコッカス ニューモニアエの
中和エピトープの発現を指向する
【請求項８５】
１個またはそれ以上のアジュバントをさらに含む、請求項８４記載の免疫原性組成物。
【請求項８６】
ポリペプチドおよび医薬上許容されるキャリアを含む医薬組成物
配列番号２１６〜配列番号４３０
　
（刊ｂ）「【００４２】
本発明によりさらに、
細菌感染の予防および／または治療のための医薬組成物、特に免疫原性組成物が提供される
配列番号２１６〜配列番号４３０
免疫原性組成物
組成物は、医薬上許容されるキャリアをさらに含む
【００４３】
さらなる具体例において、配列番号１〜配列番号２１５または配列番号４３１〜配列番号５９１の１つまたはそれ以上から選択されるヌクレオチド配列、その縮重変種、またはそのフラグメントを有し、発現ベクター中に含まれるポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物が提供される。好ましい具体例において、ベクターはプラスミドＤＮＡである。他の具体例において、ポリヌクレオチドは異種構造ヌクレオチドを含む。さらに他の具体例において、ポリヌクレオチドは１またはそれ以上の調節エレメントと作用的に結合している。さらに他の具体例では、
ポリヌクレオチドはストレプトコッカス ニューモニアエの中和エピトープの発現を指向する
【００４４】
ポリペプチドおよび医薬上許容されるキャリア
配列番号２１６〜配列番号４３０
を含む、医薬組成物も提供される
　
（刊ｃ）「【００９８】
【表１７】
」（４４頁）
　
（刊ｄ）「【０１４５】
変更および変化を本発明のポリペプチドの構造においてなすことができ、そして、ストレプトコッカス ニューモニア抗原性を有する分子を得ることもできる。
例えば、所定のアミノ酸を、抗原性について明らかな損失を伴うことなく、配列中の他のアミノ酸と置換することができる
【０１５１】
【表２６】
【０１５２】
ポリペプチドの生物学的または機能的同等物は、部位特異的突然変異を用いて調製することもできる。部位特異的突然変異は、その配列に由来する第２世代のポリペプチドまたは生物学的機能的に等価なポリペプチドもしくはペプチドの、基本のＤＮＡの特異的突然変異による調製に有用な方法である。」（６５頁２１行〜６７頁２１行）
　
（刊ｅ）「【０２２９】
種々の試験を用いて、本発明のポリペプチドのインビトロでの免疫原性を評価する。例えば、インビトロオプソニックアッセイを、ストレプトコッカス ニューモニア細胞、問題のポリペプチドに対して特異的な抗体を含む熱不活性化ヒト血清および外来補体源の混合物と共にインキュベートすることにより行う。オプソノファゴサイトーシスが、新たに単離したヒト多形核細胞（ＰＭＮ）および抗体／補体／肺炎双球菌細胞混合物のインキュベーション中に進行する。抗体および補体で覆われる細菌細胞は、オプソノファゴサイトーシスにて死ぬ。オプソノファゴサイトーシスを逃れる生きている細菌のコロニー形成ユニット（ｃｆｕ）を、アッセイ混合物をプレーティングすることにより決定する。力価を、アッセイ対照との比較により決定される＞５０％の細菌殺滅を生じる最高の基釈の逆数として示す。試験した最低の血清希釈（１：８）で５０％未満の殺滅しか示さない標本を、４のＯＰＡタイターを有するとして示す。試験した最高の希釈は１：２５６０である。最高希釈で＞５０％の殺滅を有するサンプルを、より高い初期希釈から始めて繰り返す。前記方法は、グレイ法（Gray, 1990)の変更である。
【０２３２】
所望のインビトロ活性を示しているあらゆるポリペプチドをついで、インビボ動物攻撃モデルにて試験する。所定の具体例において、免疫原性組成物を次いで、当業者に公知の免疫化の方法および経路（例えば、鼻腔内、非経口、経口、直腸、膣、経皮、腹腔内、静脈内、皮下など）により、動物（例えば、マウス）の免疫化に用いる。特定のストレプトコッカス ニューモニア免疫原性組成物で動物を免疫化した後、動物をストレプトコッカス ニューモニアで攻撃し、ストレプトコッカス ニューモニア感染に対する抵抗性に関して評価する。」（９０頁２８行〜９１頁３３行）
　
（刊ｆ）「【０３１３】
発現されたＯＲＦタンパク質の精製
発現されたＯＲＦの全ては、精製に役立つ６×Ｈｉｓモチーフを含んだ。全てのタンパク質の最初の精製を、Ｎｉ含有樹脂を製造業者の指示に従い用いて行った。１２個の発現されたＯＲＦタンパク質をアフィニティ精製を用いて、免疫化試験ために許容されるレベルの同質性まで精製した（表１７）。用いた特定の精製条件は、材料および方法および表１７に詳述する。
２０個のＯＲＦタンパク質の１３個を用いてマウスを免疫化し、発現タンパク質に特異的な抗血清を得た
【０３１４】
【表２７】
【０３１５】
【表２８】
【０３１６】
ストレプトコッカス ニューモニア全細胞溶解物におけるＯＲＦタンパク質の発現
ＯＲＦがストレプトコッカス ニューモニアにおいて発現されるかどうかを決定するために、インビトロ増殖細胞の全細胞溶解物をウェスタンブロット分析において抗血清でプローブした。各抗血清をポジティブ対照としての精製組換えタンパク質と反応させた（データは示していない）。ストレプトコッカス ニューモニア株タイプ３、タイプ１４、およびタイプ１９Ｆからの全細胞溶解物をウェスタンブロットにて試験し、結果を表１８にまとめる。３つのＯＲＦからのタンパク質は、試験した株の全てにおいて検出されなかったか、またはほとんど検出されなかった。８個のＯＲＦからのタンパク質は、少なくとも２つの株で発現されたが、２つのＯＲＦからのタンパク質は試験した３つの株の１つにおいてのみ検出された。これらの結果は、これらのＯＲＦからのタンパク質の大部分が後期ｌｏｇ、初期静止相のストレプトコッカス ニューモニアにて発現されたこと、および、いくつかの株は試験した時点で検出可能な量の各ＯＲＦを発現し得ないことを示す。
【０３１７】
【表２９】
【０３１８】
ＯＲＦタンパク質の表面露出：全細胞ＥＬＩＳＡ
組換えＯＲＦタンパク質に対する１３個の抗血清をストレプトコッカス ニューモニアタイプ３およびタイプ１４の２つの株に対する全細胞ＥＬＩＳＡにより表面反応性に関して試験した。結果を表１８に示す。１３個の抗血清のうち７つはタイプ３ストレプトコッカス ニューモニアに対して検出可能な全細胞力価を示したが、それらのいずれもタイプ１４株に対しては検出可能な力価を示さなかった。抗莢膜血清を相同莢膜血清型に対して試験した時、タイプ１４株に対する力価はタイプ３株に対するものよりも低かった（表１８における横列に分類した「スタンダード」を参照されたい）。この結果は、ウェスタンブロットデータは、タイプ１４ストレプトコッカス ニューモニアがＯＲＦのタンパク質の大部分を発現することを明らかに示すので、タイプ１４全細胞ＥＬＩＳＡにて反応性の現象である可能性があることを示した。ＯＲＦ７５（配列番号２１８）、ＯＲＦ１１０４（配列番号２８２）、
ＯＲＦ２６２１（配列番号３６３）
のタンパク質に対する抗血清の全細胞ＥＬＩＳＡ力価は、バックグラウンドをわずかに上回るものからバックグラウンドを２０倍超える範囲にあった。これらの結果は、これらの抗血清がこれらのＯＲＦに関する少なくともいくつかの表面露出エピトープを検出することを示す
　
（刊ｇ）「【０３４４】
実施例９
攻撃前のＢＡＬＢ／Ｃマウスの鼻腔内免疫化
６週齢の、病原体フリーのＢａｌｂ／ｃマウスを、Jackson Laboratories (Bar Harbor, Maine)から購入し、通常の温度、湿度、および光条件下に籠の中に住まわせる。群あたり１０匹のＢＡＬＢ／Ｃマウスを適当な量の試験されるべきタンパク質で、０、２、および４週に免疫化する。各場合に、試験されるべきタンパク質を０．１μｇのＣＴ−Ｅ２９Ｈを用いて処方し、１０μｌ容積で各マウスの鼻に徐々にたらす。スカシガイヘモシアニン（ＫＬＨ）−ＣＴ−Ｅ２９Ｈで免疫化したマウスを対照として用いる。血清サンプルを最後の免疫化の４日後に回収する。
【０３４５】
実施例１０
マウス鼻腔内攻撃モデル
Ｂａｌｂ／ｃマウスを４週の６日目に（即ち、約２７日にて）、１×１０５ＣＦＵの血清型３ストレプトコッカス ニューモニアレプトマイシン耐性ストレプトコッカス ニューモニアで攻撃する。肺炎双球菌を１００μｇ／ｍｌのストレプトコッカス ニューモニアレプトマイシンを含んでいる３ｍｌのTodd-Hewittブロスに接種する。培養物を３７℃にて中ｌｏｇ相まで増殖し、次いで所望の濃度へとTodd-Hewittブロスで希釈し、氷上に使用まで貯蔵する。各マウスを１．２ｍｇのケタミンＨＣｌ(Fort Dodge Laboratory, Ft. Dodge, Iowa)でｉ．ｐ．注入により麻酔する。細菌懸濁液を麻酔したマウスの鼻孔へと接種する（マウス当たり１０μｌ）。投与される細菌の実際の投与量をプレートカウントにより確認する。攻撃の４日後、マウスを屠殺し、鼻を取り、３ｍｌの無菌塩水に組織ホモジェナイザー(Ultra-Turax T25, Janke  Kunkel Ika-Labortechnik, Staufen, Germany)にてホモジェナイズする。ホモジェネートを塩水中に１０倍希釈し、ストレプトコッカス ニューモニアレプトマイシン含有ＴＳＡプレートに蒔く。各マウスから攻撃２日後に回収した５０μｌの血液を同種のプレートに蒔く。プレートを一晩３７℃にてインキュベートし，次いでコロニーをカウントする。」（１３５頁２１行〜１３６頁１７行）
　
（刊ｈ）SEQUENCE LISTING（配列表）
（刊ｈ−１）配列番号１４８として２４０３個のヌクレオチド配列（配列表１１５〜１１６頁）
　
（刊ｈ−２）配列番号３６３として８００個のアミノ酸配列（配列表４１７〜４２１頁）
　
　
 ３　対比
（１）引用刊行物に記載された発明
　引用刊行物には、配列番号３６３として記載された８００個のアミノ酸配列が記載されており（刊ｈ−２）、摘示（刊ｃ）によれば、配列番号３６３のアミノ酸配列をコードするＯＲＦ２６２１のヌクレオチド配列は、２４０３個のヌクレオチドからなる配列番号１４８である（刊ｈ−１）。
　そして、摘示（刊ａ）（刊ｂ）によれば、肺炎球菌由来の８００個のアミノ酸配列からなる配列番号３６３のポリペプチドをコードした配列番号１４８のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチド、すなわち、配列番号３６３のポリペプチドは、ストレプトコッカス・ニューモニア（肺炎球菌）で感染した個人の血清ポジティブな血清と免疫反応し（【請求項２７】）、細菌感染の予防および／または治療のための医薬組成物、免疫原性組成物、中和エピトープとして使用されるものである（【請求項７２】【請求項８４】【００４２】【００４３】）。
　
　してみると、引用刊行物には、
 「ストレプトコッカス・ニューモニア（肺炎球菌）由来の８００個のアミノ酸配列からなるポリペプチド（配列番号３６３）を含む細菌感染の予防および／または治療のための医薬組成物である免疫原性組成物」の発明（以下、「引用刊行物発明」という。）が記載されていると認められる。　 
　
（２）本願補正発明と引用刊行物発明の対比
　本願補正発明と引用刊行物発明とを比較する。 
　
（ア）本願補正発明の「肺炎球菌ノイラミニダーゼ」について、本願の明細書の段落【００２９】には、「肺炎球菌ノイラミニダーゼは、肺炎球菌性細菌で見られるいずれかのノイラミニダーゼ分子を意味する。表１は、複数の種からのノイラミニダーゼのアライメントを示す。・・・本明細書を通じて示すように、すべてのアミノ酸配列のアミノ酸残基を、肺炎球菌性菌株Ｒ６のアミノ酸配列に従って表１に示すように番号付けする。」と記載されており、段落【００３０】の表１には、１０３５個のアミノ酸配列からなる「Ｒ６　ＮａｎＡ」が記載されている。
　
　ここで、引用刊行物発明の「８００個のアミノ酸配列からなるポリペプチド（配列番号３６３）」と本願の「Ｒ６　ＮａｎＡ」のアミノ酸配列を比較すると、前者は、後者の１０３５個のアミノ酸配列のＣ末端を欠くものであり、８００個のアミノ酸配列において９９％の同一性を有する。
　
　してみると、引用刊行物発明の「８００個のアミノ酸配列からなるポリペプチド（配列番号３６３）」は、本願補正発明の「肺炎球菌ノイラミニダーゼ」の少なくとも一部のアミノ酸配列を有している。
　
（イ）本願補正発明が「肺炎球菌の鼻輸送または感染を低減または防止するための組成物」であるのに対して、引用刊行物発明は「細菌感染の予防および／または治療のための医薬組成物」であるから、少なくとも「肺炎球菌の感染を低減または防止するための組成物」である点で両者は共通している。
　
（ウ）引用刊行物発明は、「ポリペプチドおよび医薬上許容されるキャリアを含む医薬組成物」（摘示（刊ａ）の請求項８６および摘示（刊ｂ））であるから、「薬学的に受容可能なキャリアを含む」「組成物」である点で本願補正発明と共通している。
　
（エ）本願の明細書の段落【００３１】〜【００３９】の処々において、「抗原性または免疫原性」のように、「抗原性」と「免疫原性」が常に併記されていることからすると、本願補正発明の「無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼは抗原性である」とは、引用刊行物発明の「組成物」が「免疫原性」であることと実質的な相違が認められない。
　
　以上をまとめると、本願補正発明と引用刊行物発明の間には、以下の一致点及び相違点がある。
　
（一致点） 
　肺炎球菌ノイラミニダーゼの少なくとも一部のアミノ酸配列からなるポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、肺炎球菌の感染を低減または防止するための免疫原性組成物である点。
　
（相違点） 
　肺炎球菌ノイラミニダーゼが、本願補正発明では、「無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼ」であって「最大で７％アミノ酸置換までの少なくとも１つのアミノ酸配列を有する非無毒化ノイラミニダーゼのアミノ酸配列を含み」「非無毒化ノイラミニダーゼと比較して低下した活性を有」するのに対して、引用刊行物発明では、この点について明示的な記載がなく、本願においてアミノ酸配列の番号付けの標準（段落【００２９】）に用いられた「Ｒ６　ＮａｎＡ」のアミノ酸配列（段落【００３０】）のＣ末端を欠く８００個のアミノ酸配列のポリペプチドである点。
　
　この相違点について、新規性と進歩性の観点から以下に検討する。
　
４　判断
（１）新規性について
　「無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼ」について、本願の明細書の段落【００３１】には、
「「無毒化」とは、抗原性または免疫原性を維持しながら、酵素活性を低減または除去することを意味する。これは部位特異性突然変異誘発を使用する、ノイラミニダーゼの活性部位におけるアミノ酸の置換、欠失、または変更によって実施される。」と定義されており、その具体的な実施形態として、段落【００３３】には、
「無毒化ノイラミニダーゼは、非無毒化ノイラミニダーゼと比較して、アミノ酸配列内に変更（すなわち置換、修飾、または欠失）を含む。好ましい実施形態において、無毒化ノイラミニダーゼは、非無毒化ノイラミニダーゼ内に見られるアミノ酸のおよそ７％、１０％、１５％または２０％の変更を含む。好ましいアミノ酸欠失は、非無毒化ノイラミニダーゼのＮ末端からのアミノ酸ほぼ５、１０または１５個の欠失を含む。
他の好ましい実施形態は、非無毒化ノイラミニダーゼのＣ末端のアミノ酸ほぼ６０、５０、４０、３０、２０、１０または５個の欠失を含む（本出願では、Ｃ末端は表１に示すように、Ｒ６  ＮａｎＡのアミノ酸８００にて始まる）
好ましい欠失のある例を表１に示す（すなわちＴＩＧＲ４  ＮａｎＡアミノ酸配列）
　また、本願の明細書の実施例においては、「ｎａｎＡ変異体の作成」として、「Ｄ３９の変異は、
成熟タンパク質のアミノ酸約６５０個のＮ末端フラグメント以外のすべての欠失を可能にする挿入複製突然変異誘発によって作成した
　
　ここで、引用刊行物発明の「８００個のアミノ酸配列からなるポリペプチド（配列番号３６３）」と本願の「ＴＩＧＲ４　ＮａｎＡ」のアミノ酸配列を比較すると、後者の９６２個のアミノ酸配列は、前者の１５番目のアミノ酸配列から始まり８００個のアミノ酸配列において
９８％の同一性
　そうすると、本願補正発明の好ましい実施形態である「ＴＩＧＲ４  ＮａｎＡ」のアミノ酸配列と引用刊行物発明の配列番号３６３のアミノ酸配列とは、本願においてアミノ酸配列の番号付けの標準に用いられた「Ｒ６　ＮａｎＡ」のアミノ酸配列の８００番目以降のＣ末端を欠失させたノイラミニダーゼＡの一部配列である点で共通する。
　また、引用刊行物発明の配列番号３６３のアミノ酸配列は、実施例で用いられたＤ３９に係るＮａｎＡ変異体とも、Ｃ末端を欠失させたノイラミニダーゼＡの一部配列である点で共通している。
　
　さらに、上記３（２）（ア）に述べたように、本願においてアミノ酸配列の番号付けに用いられた肺炎球菌Ｒ６菌株のノイラミニダーゼＡと比較した場合、８００個のアミノ酸配列において９９％の同一性を有することから、引用刊行物発明の「８００個のアミノ酸配列からなるポリペプチド（配列番号３６３）」は、「最大で７％アミノ酸置換までの少なくとも１つのアミノ酸配列を有する非無毒化ノイラミニダーゼのアミノ酸配列を含み」に該当する。
　
　そして、本願の明細書において、「ＴＩＧＲ４  ＮａｎＡ」のポリペプチドが「無毒化」され、「肺炎球菌の鼻輸送または感染を低減または防止する」効果を奏することが確認されていないものの、「Ｄ３９の変異は、成熟タンパク質のアミノ酸約６５０個のＮ末端フラグメント以外のすべての欠失を可能にする挿入複製突然変異誘発によって作成した」（段落【００９８】）ことで「無毒化」の効果が奏されたこと（段落【０１０５】）を考慮すると、「ＴＩＧＲ４  ＮａｎＡ」も本願発明の所望の効果を奏すると判断され、それと極めて類似する化学構造（アミノ酸配列）を有する引用刊行物発明に係る配列番号３６３のポリペプチドも同等の性質を有しているものと考えられる。
　
　してみると、引用刊行物には、配列番号３６３のポリペプチドが「無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼ」であって「非無毒化ノイラミニダーゼと比較して低下した活性を有」することが記載されていないものの、配列番号３６３のポリペプチドは、本願補正発明の実施形態である「ＴＩＧＲ４  ＮａｎＡ」のポリペプチドと同様に、「無毒化」され、「肺炎球菌の鼻輸送または感染を低減または防止する」効果を奏するものと判断されるから、上記相違点は、実質的な相違ではない。
　
　したがって、本願補正発明は、引用刊行物に記載された発明に該当し、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。
　
　
（２）進歩性について
　上記相違点について検討するに、一致点である「肺炎球菌の感染を低減または防止するための免疫原性組成物」は、いわゆる「ワクチン」としてヒト（患者）に投与されるものであるから、当該組成物がヒト（患者）に対して安全であることが不可欠である。したがって、一般に「ワクチン」において病原体の毒性を弱めたもの（例えば弱毒化ウイルス等）を用いることは、当該技術分野の技術常識であって、本願の優先日前における周知の課題でもある。
　
　例えば、本願の優先日前に頒布された肺炎球菌ワクチンの開発に係る総説として記載された刊行物Ａ（Microbiology and Molecular Biology Reviews, June 2001, p.187-207）には、肺炎球菌の「
微生物の毒性を低減し
　また、同刊行物には、「・・・、２つのノイラミニダーゼ、・・・を含む肺炎球菌タンパク質が潜在的なワクチン候補として用いられうると最近の研究は示唆している。」（１８８頁左欄下から１６〜１０行）および「ノイラミニダーゼは、検査された肺炎球菌の全ての菌株において存在するストレプトコッカス・ニューモニアのもう１つの毒性因子である。」（２０１頁右欄２９〜３１行）とも記載されており、肺炎球菌ワクチンの開発においてノイラミニダーゼの毒性を低減することは公知の課題であったことが伺える。
　
　したがって、引用刊行物発明に係るノイラミニダーゼＡ（ＮａｎＡ）の８００番目以降のＣ末端が欠失した配列番号３６３のポリペプチドが万が一に全く弱毒化されず本願補正発明の「無毒化」に該当しない場合であっても、周知の課題に基づいて、配列番号３６３のポリペプチドを「無毒化」することは当業者であれば容易になし得ることである。
　そして、その際に、引用刊行物にも「例えば、所定のアミノ酸を、抗原性について明らかな損失を伴うことなく、配列中の他のアミノ酸と置換することができる。」（摘示（刊ｄ））と記載されているように、「抗原性」を維持しつつ行うことは「ワクチン」の開発を行う当業者にとって当然のことに過ぎない。
　
（本願補正発明の効果について） 
　本願の明細書において、「コロニー形成の劇的な減少は、ＴＩＧＲ４およびＥＦ３０３０両方のＮａｎＡ変異体で観察された（図６および７）。」（段落【０１０６】）および「ＮａｎＡの変異は、鼻の肺炎球菌細胞の数を著しく減少させた。弱化は、鼻洗浄液から単離された細胞数が１４日後には検出可能限界近くまで低下した、ＴＩＧＲ４／ＮａｎＡ−菌株でなおさらに劇的であった。」（段落【０１１０】）と記載されており、ＮａｎＡ変異体が弱毒化されたことは確認できるものの、野生型の「肺炎球菌の鼻輸送または感染を低減または防止する」効果は、本願の明細書の記載において確認できない。
　
　一方、引用刊行物発明に係る配列番号３６３のポリペプチド（ＯＲＦ２６２１）は、摘示（刊ｆ）に記載されるように、９０％以上に精製され、当該ポリペプチドでマウスを免疫した抗血清がストレプトコッカス・ニューモニアと免疫反応することを確認しており、配列番号３６３のポリペプチド（ＯＲＦ２６２１）の免疫原性およびワクチン候補としての可能性が示唆されている。加えて、摘示（刊ｅ）（刊ｇ）には、野生型の「肺炎球菌の鼻輸送または感染を低減または防止する」効果を確認するためのインビトロやインビボでの試験方法も詳細に記載されている。
　
　してみると、本願補正発明が引用刊行物の記載との比較において、格別に顕著な効果を奏するものとは認められない。
　
　したがって、本願補正発明は、引用刊行物に記載された発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。 
　
５　むすび 
　したがって、本件補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するので、同法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。 
　
　
 第３　本願発明について 
 １　本願発明 
 　平成２３年５月２０日付けの手続補正は、上記のとおり却下されることになったので、本願の請求項１ないし６１に係る発明は、平成２３年１月７日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１ないし６１記載された事項により特定されるとおりのものと認められ、そのうち請求項１８（請求項１の記載をカッコ書きで表示して以下に読み込んだもの）は、次のとおりである。（以下、請求項１８に係る発明を「本願発明」という。）　 
「【請求項１８】
（少なくとも１つのアミノ酸置換を有する非無毒化ノイラミニダーゼのアミノ酸配列を含む、無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼまたはその無毒化部分であって、ここで該無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼまたはその無毒化部分は、該非無毒化ノイラミニダーゼと比較して低下した活性を有し、該無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼまたはその無毒化部分は抗原性である）無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼまたはその無毒化部分および薬学的に受容可能なキャリアを含む、組成物。」
 　 
２　引用刊行物の記載事項 
　原査定の拒絶の理由に引用された刊行物及びその記載事項は、前記「第２　２」に記載したとおりである。 
　
３　対比・判断 
　本願発明は、前記「第２」で検討した本願補正発明の「無毒化肺炎球菌ノイラミニダーゼ」について「またはその無毒化部分」が加わり、また、「アミノ酸置換」について「最大で７％アミノ酸置換までの」との限定がなくなったものである。 
　そうすると、本願発明の構成要件を全て含んだ本願補正発明が、前記「第２　４」に記載したとおり、引用刊行物に記載された発明であるか、あるいは引用刊行物に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本願発明も同様の理由により、引用刊行物に記載された発明であるか、あるいは引用刊行物に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものである。
 　 
４　むすび 
　以上のとおりであるから、本願発明は、引用刊行物に記載された発明であるから特許法第２９条第１項第３号に該当し、あるいは、引用刊行物に記載された発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができない。 
　したがって、その他の請求項に係る発明についての判断を示すまでもなく、本願は拒絶すべきものである。 
　よって、結論のとおり審決する。