【手続補正書】
【提出日】平成27年4月6日(2015.4.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）リコンビナーゼポリメラーゼ増幅反応混合物を提供するステップと、
（ｂ）該反応混合物を、該反応混合物における核酸増幅産物の産生を可能にする条件下で維持するステップと、
（ｃ）該反応混合物における該核酸増幅産物に関連する粒子を検出するステップと、
を含むプロセス。
【請求項２】
前記反応混合物が以下：
（ｉ）リコンビナーゼ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質および１または複数種のオリゴヌクレオチド；ならびに／あるいは
（ｉｉ）クラウディング剤であって、ここで、該クラウディング剤が、該反応混合物の重量または容量で１〜１２％の間の濃度で該反応混合物中に存在する、クラウディング剤、
を含む、請求項１に記載のプロセス。
【請求項３】
前記クラウディング剤が
（ｉ）ポリエチレングリコール、ポリビニルアルコール、デキストランおよびフィコールのうちの１または複数種であるか；あるいは
（ｉｉ）ＰＥＧ１４５０、ＰＥＧ３０００、ＰＥＧ８０００、ＰＥＧ１００００、ＰＥＧ１４０００、ＰＥＧ１５０００、ＰＥＧ２００００、ＰＥＧ２５００００、ＰＥＧ３００００、ＰＥＧ３５０００、ＰＥＧ４００００、１５，０００〜２０，０００ダルトンの間の分子量のＰＥＧ化合物ならびにこれらの組合せからなる群から選択されるポリエチレングリコールを含むか、
のいずれかである、請求項２に記載のプロセス。
【請求項４】
（ｉ）前記リコンビナーゼは、ＲｅｃＡまたはＵｖｓＸリコンビナーゼを含む；
（ｉｉ）前記一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質は、原核生物ＳＳＢタンパク質またはｇｐ３２タンパク質を含む；
（ｉｉｉ）前記一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＳＳＢまたはＴ４、Ｔ２、Ｔ６、Ｒｂ６９、Ａｅｈ１、ＫＶＰ４０、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒファージ１３３、Ａｅｒｏｍｏｎａｓファージ６５、シアノファージＰ−ＳＳＭ２、シアノファージＰＳＳＭ４、シアノファージＳ−ＰＭ２、Ｒｂ１４、Ｒｂ３２、Ａｅｒｏｍｏｎａｓファージ２５、Ｖｉｂｒｉｏファージｎｔ−１、ｐｈｉ−１、Ｒｂ１６、Ｒｂ４３、ファージ３１、ファージ４４ＲＲ２．８ｔ、Ｒｂ４９、ファージＲｂ３およびファージＬＺ２等のマイオウイルス科ファージに由来する一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質である；
（ｉｖ）前記１または複数種のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１種は、検出可能な標識を含む；ならびに／あるいは
（ｖ）前記反応混合物は、ＤＮＡポリメラーゼ、リコンビナーゼローディングタンパク質、ＡＴＰ、ｄＮＴＰまたはｄＮＴＰとｄｄＮＴＰとの混合物、還元剤、クレアチンキナーゼ、ヌクレアーゼ、核酸プライマー、核酸プローブ、逆転写酵素および鋳型核酸のうちの１または（いずれかの組合せの）複数種を含む、
請求項２または３に記載のプロセス。
【請求項５】
（ｉ）前記検出するステップが、前記維持するステップを始めてから１０分間以内に行われる；
（ｉｉ）前記検出するステップが、核酸増幅産物に関連する粒子の数または比率を決定するステップを含む；
（ｉｉｉ）前記検出するステップが、２種以上の別個の核酸増幅産物に関連する単一粒子を検出するステップを含む；
（ｉｖ）前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いてまたは前記粒子からの蛍光を用いずに検出される；
（ｖ）前記混合物中の粒子の検出が、顕微鏡、マイクロ流体デバイス、フローサイトメトリーおよびカメラのうちの１種または複数種の使用を含む；ならびに／または
（ｖｉ）前記粒子が、第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出される、請求項１〜４のいずれかに記載のプロセス。
【請求項６】
（ｉ）前記粒子が、約０．５〜２０μｍのサイズである；ならびに／あるいは
（ｉｉ）前記粒子が、リコンビナーゼ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質、および１または複数種の核酸のうちの少なくとも１種、のうちの１または（いずれかの組合せの）複数種を含む、請求項１〜５のいずれかに記載のプロセス。
【請求項７】
（ａ）リコンビナーゼ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質および１または複数種のオリゴヌクレオチドを含む混合物を提供するステップと、
（ｂ）該混合物における粒子を検出するステップと、
を含むプロセス。
【請求項８】
前記混合物が、クラウディング剤を含み、必要に応じて、ここで：
（ｉ）該クラウディング剤が、ポリエチレングリコール（例えば、ＰＥＧ１４５０、ＰＥＧ３０００、ＰＥＧ８０００、ＰＥＧ１００００、ＰＥＧ１４０００、ＰＥＧ１５０００、ＰＥＧ２００００、ＰＥＧ２５００００、ＰＥＧ３００００、ＰＥＧ３５０００、ＰＥＧ４００００、１５，０００〜２０，０００ダルトンの間の分子量のＰＥＧ化合物およびこれらの組合せからなる群から選択される）、ポリビニルアルコール、デキストランおよび／またはフィコールを含む；ならびに／あるいは
（ｉｉ）該クラウディング剤が、該混合物の重量または容量で１〜１２％の間の濃度で該混合物中に存在する、請求項７に記載のプロセス。
【請求項９】
（ｉ）前記リコンビナーゼが、ＲｅｃＡまたはＵｖｓＸタンパク質を含む；
（ｉｉ）前記一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質が、原核生物ＳＳＢタンパク質またはｇｐ３２タンパク質を含む；ならびに／あるいは
（ｉｉｉ）前記１または複数種のオリゴヌクレオチドのうち少なくとも１種が、検出可能な標識を含む、請求項７または８に記載のプロセス。
【請求項１０】
前記粒子が、
（ｉ）前記リコンビナーゼ、前記一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質および前記１または複数種のオリゴヌクレオチドのうち少なくとも１種のうちの１または複数種を含む；ならびに／または
（ｉｉ）約０．５〜２０μｍまたは約１〜１０μｍのサイズである、請求項７〜９のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項１１】
前記混合物が、ＤＮＡポリメラーゼ、リコンビナーゼローディングタンパク質、ｄＮＴＰまたはｄＮＴＰとｄｄＮＴＰとの混合物、還元剤、クレアチンキナーゼ、ヌクレアーゼ、核酸プローブ、逆転写酵素および鋳型核酸のうちの１または複数種をさらに含む、請求項７〜１０のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項１２】
（ｉ）前記混合物における粒子を検出するステップが、顕微鏡、マイクロ流体デバイスまたはフローサイトメトリーの使用を含む；ならびに／あるいは
（ｉｉ）前記粒子が、
（ａ）前記粒子からの蛍光を用いて検出されるか；
（ｂ）前記粒子からの蛍光を用いずに検出されるか；または
（ｃ）第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出されるか
のいずれかである、請求項７〜１１のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項１３】
（ａ）第一のリコンビナーゼ、第一の一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質および第一のオリゴヌクレオチドを含む第一の集団の粒子と、
（ｂ）第二のリコンビナーゼ、第二の一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質および第二のオリゴヌクレオチドを含む第二の集団の粒子と、
を含む組成物であって、該第一のオリゴヌクレオチドと該第二のオリゴヌクレオチドとが異なる組成物。
【請求項１４】
（ｉ）前記第一のオリゴヌクレオチドおよび前記第二のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも一方が、検出可能な標識を含むか；あるいは
（ｉｉ）前記第一のオリゴヌクレオチドおよび前記第二のオリゴヌクレオチドが、異なる検出可能な標識を含むか
のいずれかである、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
（ｉ）前記粒子が、約０．５〜２０μｍのサイズである；ならびに／あるいは
（ｉｉ）前記粒子が、
（ａ）該粒子からの蛍光を用いて検出され得るか；
（ｂ）該粒子からの蛍光を用いずに検出され得るか；または
（ｃ）第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され得、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出され得るか
のいずれかである、請求項１３または１４に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
本明細書に記載されているものと同様または均等の方法および材料は、本発明の実施または試験において用いることができるが、適切な方法および材料を下に記す。本明細書に言及されているあらゆる刊行物、特許出願、特許および他の参考文献は、参照によりその全内容を援用する。矛盾が生じる場合、定義を包含する本明細書が調節を行うであろう。加えて、材料、方法および実施例は、単なる説明を目的とし、限定を目的とするものではない。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
（ａ）リコンビナーゼ、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質および１または複数種のオリゴヌクレオチドを含む混合物を提供するステップと、
（ｂ）該混合物における粒子を検出するステップと、
を含むプロセス。
（項目２）
前記混合物が、クラウディング剤を含む、項目１に記載のプロセス。
（項目３）
前記クラウディング剤が、ポリエチレングリコール、ポリビニルアルコール、デキストランおよび／またはフィコールを含む、項目２に記載のプロセス。
（項目４）
前記クラウディング剤が、ポリエチレングリコールを含む、項目２に記載のプロセス。
（項目５）
前記ポリエチレングリコールが、ＰＥＧ１４５０、ＰＥＧ３０００、ＰＥＧ８０００、ＰＥＧ１００００、ＰＥＧ１４０００、ＰＥＧ１５０００、ＰＥＧ２００００、ＰＥＧ２５００００、ＰＥＧ３００００、ＰＥＧ３５０００、ＰＥＧ４００００、１５，０００〜２０，０００ダルトンの間の分子量のＰＥＧ化合物およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目３または４に記載のプロセス。
（項目６）
前記クラウディング剤が、前記混合物の重量または容量で１〜１２％の間の濃度で前記混合物中に存在する、項目２〜５のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目７）
前記リコンビナーゼが、ＲｅｃＡまたはＵｖｓＸタンパク質を含む、項目１〜６のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目８）
前記一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質が、原核生物ＳＳＢタンパク質またはｇｐ３２タンパク質を含む、項目１〜７のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目９）
前記１または複数種のオリゴヌクレオチドのうち少なくとも１種が、検出可能な標識を含む、項目１〜８のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１０）
前記粒子が、前記リコンビナーゼ、前記一本鎖結合タンパク質および前記１または複数種のオリゴヌクレオチドのうち少なくとも１種のうちの１または複数種を含む、項目１〜９のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１１）
前記混合物が、ＤＮＡポリメラーゼ、リコンビナーゼローディングタンパク質、ｄＮＴＰまたはｄＮＴＰとｄｄＮＴＰとの混合物、還元剤、クレアチンキナーゼ、ヌクレアーゼ、核酸プローブ、逆転写酵素および鋳型核酸のうちの１または複数種をさらに含む、項目１〜１０のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１２）
前記粒子が、約１〜１０μｍのサイズである、項目１〜１１のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１３）
前記混合物における粒子を検出するステップが、顕微鏡の使用を含む、項目１〜１２のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１４）
前記混合物における粒子を検出するステップが、マイクロ流体デバイスの使用を含む、項目１〜１２のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１５）
前記混合物における粒子を検出するステップが、フローサイトメトリーの使用を含む、項目１〜１２のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１６）
前記粒子が、約０．５〜２０μｍのサイズである、項目１〜１０または１２〜１５のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１７）
前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いて検出される、項目１〜１６のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１８）
前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いずに検出される、項目１〜１６のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目１９）
前記粒子が、第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出される、項目１〜１６のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目２０）
（ａ）リコンビナーゼポリメラーゼ増幅反応混合物を提供するステップと、
（ｂ）該反応混合物を、該反応混合物における核酸増幅産物の産生を可能にする条件下で維持するステップと、
（ｃ）該反応混合物における該核酸増幅産物に関連する粒子を検出するステップと、
を含むプロセス。
（項目２１）
前記検出するステップが、前記維持するステップを始めてから１０分間以内に行われる、項目２０に記載のプロセス。
（項目２２）
前記反応混合物がクラウディング剤を含む、項目２０または２１に記載のプロセス。
（項目２３）
前記検出するステップが、核酸増幅産物に関連する粒子の数または比率を決定するステップを含む、項目２０〜２２のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目２４）
前記検出するステップが、２種以上の別個の核酸増幅産物に関連する単一粒子を検出するステップを含む、項目２０〜２３のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目２５）
前記粒子が、約０．５〜２０μｍのサイズである、項目２０〜２４のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目２６）
前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いて検出される、項目２０〜２５のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目２７）
前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いずに検出される、項目２０〜２５のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目２８）
前記粒子が、第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出される、項目２０〜２５のいずれか一項に記載のプロセス。
（項目２９）
（ａ）第一のリコンビナーゼ、第一の一本鎖結合タンパク質および第一のオリゴヌクレオチドを含む第一の集団の粒子と、
（ｂ）第二のリコンビナーゼ、第二の一本鎖結合タンパク質および第二のオリゴヌクレオチドを含む第二の集団の粒子と、
を含む組成物であって、該第一のオリゴヌクレオチドと該第二のオリゴヌクレオチドとが異なる組成物。
（項目３０）
前記第一のオリゴヌクレオチドおよび前記第二のオリゴヌクレオチドのうちの少なくとも一方が、検出可能な標識を含む、項目２９に記載の組成物。
（項目３１）
前記第一のオリゴヌクレオチドおよび前記第二のオリゴヌクレオチドが、異なる検出可能な標識を含む、項目２９に記載の組成物。
（項目３２）
前記粒子が、約０．５〜２０μｍのサイズである、項目２９〜３１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３３）
前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いて検出され得る、項目２９〜３２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３４）
前記粒子が、前記粒子からの蛍光を用いずに検出され得る、項目２９〜３２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３５）
前記粒子が、第一のサブセットの粒子および第二のサブセットの粒子を含み、該第一のサブセットの粒子が、該第一のサブセットの粒子からの蛍光を用いて検出され得、該第二のサブセットの粒子が、該第二のサブセットの粒子からの蛍光を用いずに検出され得る、項目２９〜３２のいずれか一項に記載の組成物。