【手続補正書】
【提出日】平成27年1月13日(2015.1.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
分子マイクロアレイを作製する方法であって、
ａ）その表面上に固定された１つ又は複数の鋳型分子を示す第１の支持表面（鋳型表面）と、対向する第２の支持表面（捕捉表面又はマイクロアレイ表面）とを準備することと、
ｂ）出力分子を前記鋳型分子から無細胞の酵素反応系及び／又は化学反応系を介して産生することと、
ｃ）前記第１の支持表面上での前記鋳型分子の配置と前記第２の支持表面上での対応する前記出力分子の堆積との間の相関関係によって、該第１の支持表面と該第２の支持表面との間の流体を介して、該出力分子を第２の支持表面へと移動させることと、
を含み、
ｄ）工程ｂ）の開始前に、ある固定位置での記支持表面のアセンブリがなされ、ここで、工程ｂ）の開始は、対向する隔てられた第１の支持表面と第２の支持表面との間に形成される、マイクロ流体インキュベーションチャンバ（マイクロ流体ギャップ）の形態での、空間的隔離によって妨げられ、マイクロ流体インキュベーションチャンバへの無細胞の酵素反応系及び／又は化学反応系の導入が、該出力分子の産生を導き、該出力分子の該第２の支持表面への移動を可能にすることを特徴とする、方法。
【請求項２】
前記工程ｂ）の開始が、さらに、
―２つの表面の直接的な物理的接触を妨げる、工程ｂ）の開始前に空気を含む前記第１の支持表面と前記第２の支持表面との間の空間的隔離、
―前記無細胞の酵素反応系及び／又は化学反応系の活性を抑える又は遮断するｐＨ値及び／又は温度等の該無細胞の酵素反応系及び／又は化学反応系を遮断する化学環境又はエネルギー環境、及び／又は、
―前記無細胞の酵素反応系を遮断する、電場若しくは磁場及び／又は電位を用いる内力場又は外力場、
によって、妨げられることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記マイクロ流体インキュベーションチャンバが、前記第１の支持表面と前記第２の支持表面との間に位置する膜を含まないことを特徴とする、請求項１又は２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
複数のマイクロアレイの作製のために、単一の第１の支持表面を複数回使用して繰り返すことができることを特徴とする、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
工程ｂ）の開始の阻止は、
―Ｈ＋イオンの発生、及び続くｐＨ変化をもたらす二酸化チタンでコーティングされた表面の光処理により、ｐＨ感受性分子の機能的変化を誘導するｐＨ変化、
―帯電分子、誘電分子若しくは磁性分子又は表面特性の変化を誘導する静的及び／又は動的な電場及び／又は磁場の変化、
―ＤＮＡポリメラーゼ又はＲＮＡポリメラーゼの不活性状態をもたらす、温度の低下等といった、分子構造又は分子力学の変化を誘導する温度の変化であって、加温の際に反応の開始が起こる、温度の変化、
―必須の反応成分と結合した光切断性の化学置換基の使用等といった、光誘導性の反応により遮断分子、光感受性分子又はケージド分子の変化を誘導する照射であって、光による処理が該反応成分を放出させ、反応の開始、及び／又はケージドビオチン若しくは他の分子の光誘導性の放出等といったケージド化合物の放出を可能にする、照射、又は、
―それらの組合せ、
による、活性状態から不活性状態への、又は不活性状態から活性状態への分子の分子スイッチングに関するものであることを特徴とする、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記鋳型分子が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、クローンＤＮＡフラグメント、プラスミドＤＮＡ、ｃＤＮＡ若しくはｃＤＮＡライブラリ、ＰＣＲ産物、合成ＤＮＡ若しくはＤＮＡオリゴヌクレオチド、ｍＲＮＡ、又は合成ＲＮＡ等の核酸又は核酸様分子であることを特徴とする、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記無細胞酵素反応系が、
ＤＮＡポリメラーゼ、又はＤＮＡ増幅酵素若しくは酵素系、
ＲＮＡポリメラーゼ、又はＲＮＡ増幅酵素若しくは酵素系、
逆転写酵素、又はＲＮＡからＤＮＡへの転写酵素若しくは酵素系、又は、
タンパク質合成系又はＤＮＡからＲＮＡへの転写及びＲＮＡからタンパク質への翻訳に必要とされる酵素ミックス等の無細胞発現ミックス、又は、大腸菌、細菌起源、ウサギの網状赤血球、昆虫起源、ヒト及びコムギ胚芽等の原核細胞系又は真核細胞系から選択される無細胞溶解物、
であることを特徴とする、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法によって、分子マイクロアレイを作製するためのデバイスであって、
ａ）最適の方法が、請求項６による方法である、その表面上に固定された１つ又は複数の鋳型分子を示す第１の支持表面（鋳型表面）と、
ｂ）前記第１の支持表面とアセンブリした第２の支持表面（捕捉表面又はマイクロアレイ表面）であって、該第２の支持表面が、その表面に出力分子を共有結合的に又は非共有結合的に付着させるように構成された固定化剤でプレコートされており、
ｃ）無細胞の酵素反応系及び／又は化学反応系のために、物理的に隔てられた対向する第１の支持表面と第２の支持表面との間に形成されるマイクロ流体インキュベーションチャンバ（マイクロ流体ギャップ）であって、それにより支持表面のアセンブリが無細胞の酵素反応系及び／又は化学反応系の開始と切り離される、マイクロ流体インキュベーションチャンバ（マイクロ流体ギャップ）と、
ｄ）前記インキュベーションチャンバへの流体注入口及び／又は排出口と、
ｅ）固定位置に２つの対向する支持表面を保持するための手段と、
ｆ）２つの対向する支持表面間の空間として前記インキュベーションチャンバを維持するための手段と、
を備える、デバイス。
【請求項９】
請求項８のデバイスであって、
ａ．該マイクロ流体インキュベーションチャンバが、前記第１と第２の支持表面間に位置する膜を含まない、
ｂ．該マイクロ流体インキュベーションチャンバが、空気を含む、
ｃ．２つの対向する支持表面間を空間として該インキュベーションチャンバを維持するための手段が、前記第１と第２の支持表面間の空間である、及び／又は
ｄ．２つの対向する支持表面間を空間として該インキュベーションチャンバを維持するための手段が、一つ又はそれ以上の三次元構造（３Ｄ）のフローセルであって、好適なものが薄いフィルム状ポリマー物質又はポリディメチルシロクサン（ＰＤＭＳ）で代表される合成ポリマーである、
デバイス。
【請求項１０】
前記支持表面間の空間的隔離の高さが、１００μｍ未満、又は８０μｍ未満、又は６５μｍ、又は６０μｍ未満、又は４０μｍ未満、又は２０μｍ以下であることを特徴とする、請求項８又は９に記載のデバイス。
【請求項１１】
前記第１の支持表面及び前記第２の支持表面が、ガラス、プラスチック、ナイロン、又は他のタイプの天然若しくは合成のポリマー若しくは膜、又はポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）であり、前記第１の支持表面及び／又は前記第２の支持表面が、７６×２６×１ｍｍ３の寸法を有することで代表される、顕微鏡検査に使用するのに好適であるスライドガラス（複数の場合もある）であることを特徴とする、請求項８〜１０のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項１２】
長さが６０ｍｍ〜１４０ｍｍ、８０ｍｍ〜１２０ｍｍ又は１０５ｍｍであり、幅が３０ｍｍ〜９０ｍｍ、４０ｍｍ〜８０ｍｍ又は６０ｍｍの携帯サイズであることを特徴とする、請求項８〜１１のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項１３】
固定位置に２つの対向する支持表面を保持するための前記手段が、該２つの支持表面に対する上方ブラケット、下方ブラケット、又は側方ブラケットのいずれかとして位置している、取付けブラケット（ホルダ）に関するものであり、該支持表面又は取付けブラケット（ホルダ）が、機械的張力、磁力、スプリングシステム、表面への誘導レールによって適所に保持し、それにより固定位置に２つの支持表面を保持することを特徴とする、請求項８〜１２のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項１４】
前記固定化剤が、前記出力分子を該表面に共有結合若しくは非共有結合するように構成されるものであり、又は前記固定化剤が、発現されるタンパク質であるヘキサヒスチジンで代表されるポリヒスチジン配列と共有結合若しくは非共有結合するように構成される抗体によって代表されるタンパク質固定化剤であり、該タンパク質固定化剤がＮｉ−ＮＴＡ、ペプチド、ドメイン又はタンパク質で代表されるキレート剤であり、該タンパク質固定化剤が前記タグ及び／又はアビジンで代表されるビオチン結合分子に特異的な抗体であることを特徴とする、請求項８〜１３のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項１５】
前記第１の支持表面が、
核酸又は核酸様分子のマイクロアレイ、
核酸を示すシークエンシングチップ、
表面上の核酸の空間的に規定された分布、
ビースアレイ又は構造化表面上の核酸の空間的に規定された分布、又は、
核酸を含有する液体材料又は固体材料の空間的に規定された分布、
であることを特徴とする、請求項８〜１３のいずれか一項に記載のデバイス。