【手続補正書】
【提出日】平成27年10月9日(2015.10.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｎ−末端位置にＮ−末端ドメインとして融合パートナー及びＣ−末端位置にＣ−末端ドメインとしてＲＥＴ蛋白質（ｒｅ−ａｒｒａｎｇｅｄ  ｄｕｒｉｎｇ  ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ  ｐｒｏｔｅａｉｎ）を必須的に含む、融合蛋白質。
【請求項２】
前記融合蛋白質は、Ｎ−末端位置にＮ−末端ドメインとしてＫＩＦ５Ｂ蛋白質及びＣ−末端位置にＣ−末端ドメインとしてＲＥＴ蛋白質を必須的に含むＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ蛋白質である、請求項１に記載の融合蛋白質。
【請求項３】
前記Ｎ−末端ドメインとしてＫＩＦ５Ｂ蛋白質は、ＮＭ＿００４５２１のポリヌクレオチドによって暗号化されるＫＩＦ５Ｂ蛋白質の１番目アミノ酸から３２９番目アミノ酸の連続的な少なくとも３２９個のアミノ酸を必須的に含む、請求項２に記載の融合蛋白質。
【請求項４】
前記Ｎ−末端ドメインとしてＫＩＦ５Ｂ蛋白質は、ＫＩＦ５Ｂ蛋白質の３２９番目アミノ酸から始まる２つ以上のＫＩＦ５Ｂコイルドメインを追加で含む、請求項３に記載の融合蛋白質。
【請求項５】
前記Ｎ−末端ドメインとしてＫＩＦ５Ｂ蛋白質は、ＮＭ＿００４５２１のポリヌクレオチドの１番目エクソンから１６番目エクソンのポリヌクレオチド、１番目エクソンから１５番目エクソンのポリヌクレオチド、または１番目エクソンから２３番目エクソンのポリヌクレオチドによって暗号化されるアミノ酸配列を必須的に含む、請求項２乃至４のうちのいずれか一項に記載の融合蛋白質。
【請求項６】
前記Ｃ−末端ドメインとしてＲＥＴ蛋白質は、ＮＭ＿０２０６３０またはＮＭ＿０２０９７５のポリヌクレオチドの１２番目エクソンの１番目アミノ酸から始まって、ＮＭ＿０２０６３０またはＮＭ＿０２０９７５のポリヌクレオチドによって暗号化されるＲＥＴ蛋白質のＣ−末端に向かって、連続的な３００個以上のアミノ酸を必須的に含むものである、請求項２に記載の融合蛋白質。
【請求項７】
前記Ｃ−末端ドメインとしてＲＥＴ蛋白質は、ＮＭ＿０２０６３０またはＮＭ＿０２０９７５の１２番目エクソンの開始点に該当するアミノ酸から始まって、ＮＭ＿０２０６３０またはＮＭ＿０２０９７５のポリヌクレオチドによって暗号化されるＲＥＴ蛋白質のＣ−末端に向かって、連続的な３００乃至４５０個のアミノ酸を必須的に含む、請求項２乃至６のうちのいずれか一項に記載の融合蛋白質。
【請求項８】
前記融合蛋白質は、
配列番号３、７、１１または１５のアミノ酸配列を有するか、または
配列番号３、７、１１または１５番のアミノ酸配列と９０％以上のアミノ酸配列同一性（ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するアミノ酸配列を有する、請求項２に記載の融合蛋白質。
【請求項９】
請求項１乃至８のうちのいずれか一項によるＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合蛋白質を暗号化する融合遺伝子。
【請求項１０】
前記融合遺伝子は、
配列番号１、５、９または１３のヌクレオチド配列を有するか、または
配列番号１、５、９または１３のヌクレオチド配列と９０％以上のヌクレオチド配列同一性（ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するヌクレオチド配列を有する、請求項９に記載の融合遺伝子。
【請求項１１】
１０番染色体上逆位または転座を含む、ＲＥＴ−関連染色体の再配列；
請求項１乃至８のうちのいずれか一項によるＮ−末端ドメインとして融合パートナーとＣ−末端ドメインとしてＲＥＴ蛋白質を含む融合蛋白質；
融合蛋白質を暗号化する融合遺伝子；及び
癌にかからない個別対象から得られた標準時料と比較してＲＥＴ過発現からなる群より選択された少なくとも１種以上を、対象から得られた試験試料で探知する段階を含み、
前記少なくとも１種以上が試験試料から検出される場合、前記対象を癌患者と決定する、
肺ガン診断の情報を提供する方法。
【請求項１２】
前記ＲＥＴ−関連染色体の再配列は、１０番染色体上逆位である、請求項１１に記載の肺ガン診断の情報を提供する方法。
【請求項１３】
前記融合蛋白質を暗号化する融合遺伝子は、大規模並列配列分析法（ｍａｓｓｉｖｅ  ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を用いた全ゲノム（ｗｈｏｌｅ−ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ、ＲＮＡ）及び全ゲノム（ｗｈｏｌｅ−ｇｅｎｏｍｅ、ＤＮＡ）併合技術で探知及び検証される、請求項１１に記載の肺ガン診断の情報を提供する方法。
【請求項１４】
前記融合蛋白質を暗号化する融合遺伝子は、配列番号１、５、９または１３でそれぞれ配列番号２、６、１０または１４の融合領域を含む連続的な１００乃至２００個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチド断片を生成できるプライマー対、及び配列番号２、６、１０または１４の融合領域、及び配列番号４、８、１２または１６の融合領域に結合する抗体またはアプタマーと混成化可能なポリヌクレオチドからなる群より選択された１種以上を用いて探知される、請求項１３に記載の肺ガン診断の情報を提供する方法。
【請求項１５】
前記融合蛋白質を暗号化する融合遺伝子は、
５’−ＧＴＧＡＡＡＣＧＴＴＧＣＡＡＧＣＡＧＴＴＡＧ−３’（配列番号２０）と５’−ＣＣＴＴＧＡＣＣＡＣＴＴＴＴＣＣＡＡＡＴＴＣ−３’（配列番号２１）のプライマー対、または５’−ＴＡＡＧＧＡＡＡＴＧＡＣＣＡＡＣＣＡＣＣＡＧ−３’（配列番号２２）と５’−ＣＣＴＴＧＡＣＣＡＣＴＴＴＴＣＣＡＡＡＴＴＣ−３’（配列番号２１）のプライマー対を用いて探知され、
前記１０番染色体上逆位は５’−ＣＡＧＡＡＴＴＴＣＡＣＡＡＧＧＡＧＧＧＡＡＧ−３’（配列番号１８）と５’−ＣＡＧＧＡＣＣＴＣＴＧＡＣＴＡＣＡＧＴＧＧＡ−３’（配列番号１９）のプライマー対を用いて探知される、請求項１１に記載の肺ガン診断の情報を提供する方法。
【請求項１６】
配列番号２、６、１０または１４からなる、融合領域と混成化可能なポリヌクレオチド、
配列番号１、５、９または１３でそれぞれ配列番号２、６、１０または１４の融合領域を含む連続的な１００乃至２００個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチド断片を生成できるプライマー対、
１０番染色体上逆位領域と混成化可能なプローブ、
１０番染色体上逆位領域を含む連続的な１００乃至２００個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチド断片を生成できるプライマー対、及び
配列番号４、８、１２または１６の融合領域に結合する抗体またはアプタマーからなる群より選択された少なくとも１種以上を含む、
肺ガン診断用組成物。
【請求項１７】
前記プライマー対は、
請求項１による融合蛋白質を暗号化するＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合遺伝子を探知するための、５’−ＧＴＧＡＡＡＣＧＴＴＧＣＡＡＧＣＡＧＴＴＡＧ−３’（配列番号２０）と５’−ＣＣＴＴＧＡＣＣＡＣＴＴＴＴＣＣＡＡＡＴＴＣ−３’（配列番号２１）のプライマー対、または５’−ＴＡＡＧＧＡＡＡＴＧＡＣＣＡＡＣＣＡＣＣＡＧ−３’（配列番号２２）と５’−ＣＣＴＴＧＡＣＣＡＣＴＴＴＴＣＣＡＡＡＴＴＣ−３’（配列番号２１）のプライマー対、または
１０番染色体上逆位を探知するための、５’−ＣＡＧＡＡＴＴＴＣＡＣＡＡＧＧＡＧＧＧＡＡＧ−３’（配列番号１８）と５’−ＣＡＧＧＡＣＣＴＣＴＧＡＣＴＡＣＡＧＴＧＧＡ−３’（配列番号１９）のプライマー対である、
請求項１６に記載の肺ガン診断用組成物。
【請求項１８】
請求項１乃至８のうちのいずれか一項による融合蛋白質に対する１種以上の融合蛋白質抑制剤、前記融合蛋白質を暗号化する融合遺伝子に対する１種以上の融合遺伝子抑制剤、ＲＥＴ暗号化遺伝子に対する１種以上の抑制剤、またはこれらの混合物を、活性成分として含む、肺ガン予防または治療用組成物。
【請求項１９】
前記融合蛋白質抑制剤は、融合蛋白質に特異的に結合するアプタマー、融合蛋白質に特異的に結合する抗体、ソラフェニブ（ｓｏｒａｆｅｎｉｂ、４−［４−［［４−ｃｈｌｏｒｏ−３−（ｔｒｉｆｌｕｏｒｏｍｅｔｈｙｌ）ｐｈｅｎｙｌ］ｃａｒｂａｍｏｙｌａｍｉｎｏ］ｐｈｅｎｏｘｙ］−Ｎ−ｍｅｔｈｙｌ−ｐｙｒｉｄｉｎｅ−２−ｃａｒｂｏｘａｍｉｄｅ）、及びカボザンチニブ（Ｃａｂｏｚａｎｔｉｎｉｂ、Ｎ−４−（６，７−Ｄｉｍｅｔｈｏｘｙｑｕｉｎｏｌｉｎ−４−ｙｌ）ｏｘｙ）ｐｈｅｎｙｌ）−Ｎ−４−ｆｌｕｏｒｏｐｈｅｎｙｌ）ｃｙｃｌｏｐｒｏｐａｎｅ−１，１−ｄｉｃａｒｂｏｘａｍｉｄｅ）からなる群より選択された１種以上であり、
前記融合遺伝子抑制剤またはＲＥＴ暗号化遺伝子抑制剤は、
融合遺伝子またはＲＥＴ暗号化遺伝子に特異的に結合可能なｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びアプタマーからなる群より選択された１種以上である、
請求項１８に記載の肺ガン予防または治療用組成物。
【請求項２０】
融合蛋白質を発現する細胞に試料化合物を接触させ；及び細胞内融合蛋白質の発現水準を測定する段階を含み、
前記試料化合物を処理した細胞内融合蛋白質の発現水準が、試料化合物を処理する前の細胞または試料化合物を処理しない細胞の融合蛋白質の発現水準に比べて減少した場合、前記試料化合物を抗ガン剤候補物質と決定する、抗ガン剤のスクリーニング方法。