【事件の表示】
　上記当事者間の特許第１９９９３０３号発明「エリスロポエチンの製造方法」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結論】
　特許第１９９９３０３号発明の特許を無効とする。
　審判費用は、被請求人の負担とする。
【理由】
Ｉ．手続の経緯及び本件発明の要旨
　本件特許第１９９９３０３号（以下、「本件特許」という。）は、昭和６１年５月１９日に特願昭６１−１１２５３７号として特許出願されたものに係り、その特許出願が平成３年１２月１７日に出願公告（特公平３−７９０００号）がされた後、平成７年１２月８日に設定登録されたもので、本件特許に係る発明（以下、本件発明という。）の要旨は、出願公告後の平成７年４月１０日付手続補正書により補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲第１項に記載された以下のとおりのものと認める。
「エリスロポエチン遺伝子を、レトロウイルスＬＴＲ（ｌｏｎｇ　ｔｅｒｍｉｎａｌ　ｒｅｐｅａｔ）のプロモーターを有するベクターに挿入することによりエリスロポエチン形質導入ベクターを作成し、該エリスロポエチン形質導入ベクターをＤＮＡトランスフェクション法によりＢＨＫ２１細胞へ導入してエリスロポエチン産生細胞を作成するとともにエリスロポエチンを恒常的に産生する細胞を樹立し、次いで該細胞を培養してエリスロポエチンを生産し、得られたエリスロポエチンをモノクロナール抗ヒト・エリスロポエチン抗体吸着カラムにより単離することを特徴とするエリスロポエチンの製造方法。」
ＩＩ．請求人の主張及び提示した証拠方法
１．主張
　これに対し、請求人は、特許第１９９９３０３号を無効とする、審判費用は被請求人の負担とするとの審決を求め、下記甲第１号証〜甲第１９号証及び参考資料１〜参考資料３、参考資料８〜参考資料２３を提出し、本件発明は、甲第１号証〜甲第１６号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができなく、本件特許は、特許法第１２３条第１項の規定により無効とされるべきである旨を主張している。
２．証拠方法
　そして、請求人は以下の証拠方法を提出している。
　甲第１号証：ＢＬＯＯＤ，Ｖｏｌ．６６，Ｎｏ．５，ＳＵＰＰＬＩ，１５９ａ（１９８５）
　甲第２号証：Ｔｈｅ　ＥＭＢＯ　Ｊｏｕｒｎａｌ，Ｖｏｌ．３，Ｎｏ．７，ｐ．１４７７−１４８３（１９８４）
　甲第３号証：ＢＩＯ　ＩＮＤＵＳＴＲＹ，Ｖｏｌ．２，Ｎｏ．７，ｐ．８−１５（１９８５）
　甲第４号証：「発酵と工業」，Ｖｏｌ．４３，Ｎｏ．９，ｐ．９−１５（１９８５）
　甲第５号証：国際公開　ＷＯ８５／０２６１０号パンフレット
　甲第６号証：Ａｐｐｌ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０，ｐ．１８９−１９４（１９８４）
　甲第７号証：Ｊａｍｅｓ　Ｄ．Ｗａｔｓｏｎ　ｅｔ　ａｌ．［Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ　ＤＮＡ］Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ　ａｎｄ　Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｕ．Ｓ．，ｐ．１９６−１９７（１９８３）
　甲第８号証：榊　佳之著「ベクターＤＮＡ」（株）講談社（昭６１−２−１　０）ｐ．１１６〜ｌ１９，１２８
　甲第９号証：Ｃｅｌｌ，Ｖｏｌ．３７，ｐ．１０５３−１０６２，Ｊｕｌｙ１９８４
　甲第１０号証：Ｇｅｎｅ，Ｖｏｌ．３４，ｐ．１６３−１６８（１９８４）
　甲第１１号証：Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，Ｖｏｌ．７９，ｐ．６７７７−６７８１
（１９８２）
　甲第１２号証：特開昭６０−４１６１４号公報
　甲第１３号証：特表昭６０−５００５５８号公報
　甲第１４号証：特開昭６１−６３６９７号公報
　甲第１５号証：ＮＡＴＵＲＥ，Ｖｏｌ．３１６，ｐ．２７１−２７３（１９８５）
　甲第１６号証：今堀和友他１名監修「生化学辞典」（株）東京化学同人（１９８４年４月１０日）ｐ．１９５，８１１及び９７５
　甲第１７号証：麟麟麦酒株式会社医薬探索研所主任研究員大橋秀哉氏が平成８年１２月１０日に作成した実験結果報告書
　甲第１８号証：甲第１７号証の「実験結果報告書」の補足説明書
　甲第１９号証：麟麟麦酒株式会社医薬事業本部研究開発部部長補佐　大橋秀哉による平成１０年４月１６日付「実験結果報告書」
　参考資料１：Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，Ｖｏｌ．８３，ｐ．６４６５−６４６９，（１９８６）
　参考資料２：「バイオサイエンスとインダストリー」，Ｖｏｌ．４６，Ｎｏ．９，ｐ．３５９３〜３５９９（１９８８）
　参考資料３：特表昭６１−５０１６２７号公報
　参考資料８：Ｙａｍａｇｕｃｈｉ，Ｋ．ｅｔ　ａｌ．，ＴＨＥ　ＪＯＵＲＮＡＬ　ＯＦ　ＢＩＯＬＯＧＩＣＡＬ　ＣＨＥＭＩＳＴＲＹ，Ｖｏｌ．２６６，Ｎｏ．３０，ｐ２０４３４−２０４３９（１９９１）
参考資料９：Ｇｏｔｏ，Ｍ．ｅｔ　ａｌ．，ＢＩＯ／ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ，Ｖｏｌ．６，ｐ．６７〜７１（１９８８）
　参考資料１０：Ａｍｅｒｉｃａｎ　Ｔｙｐｅ　Ｃｕｌｔｕｒｅ　Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ　Ｃａｔａｌｏｇｕｅ　ｏｆ　Ｃｅｌｌ　Ｌｉｎｅｓ　ａｎｄ　Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ　Ｓｉｘｔｈ　Ｅｄｉｔｉｏｎ（１９８８）
　参考資料１１：Ｋａｕｆｍａｎ，Ｒ．Ｊ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，Ｖｏｌ．８２，Ｐ．６８９−６９３（１９８５）
　参考資料１２：Ｋａｕｆｍａｎ，Ｒ．Ｊ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，Ｖｏｌ．９，ｐ．９４６−９５８（１９８９）
　参考資料１３：Ｊａｃｏｂｓ，Ｋ．ｅｔ．　ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，Ｖｏｌ．３１３，ｐ．８０６−８１０（１９８５）
　参考資料１４：甲第１９号証におけるｐＺＩＰｎｅｏＳＶ（Ｘ）ＥＰＯの構築工程を示す図
　参考資料１５：甲第１９号証作成に際しての研究ノートの抜粋
　参考資料１６：上記研究ノートの抜粋の補足説明書
　参考資料１７：甲第１９号証のベクター（Ａ）〜（Ｅ）及び（Ｇ）の作製過程の説明図
　参考資料１８：蛋白質核酸酵素臨時増刊　　２８巻Ｎｏ．１４、１９８３年１２月発行、第１５９９〜１６１２頁
　参考資料１９：ＴＯＹＯＢＯ　ＢＩＯＣＨＥＭＩＣＡＬＳ　ＦＯＲ　ＬＩＦＥ　ＳＣＩＥＮＣＥ’９５、第５０１頁
　参考資料２０：榊佳之著「ベクター　ＤＮＡ」１９８６年８月１０日株式会社講談社発行第４２頁〜第４７頁
　参考資料２１：本件の審査段階における平成４年１０月３０日付特許異議答弁書参考資料２２：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓの第７１頁
　参考資料２３：Ｃｌｏｎｅｔｅｃｈ「ＣａｌＰｈｏｓ　ＭａｘｉｍｉｚｅｒＴＭ　Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ　Ｋｉｔ　Ｕｓｅｒ　Ｍａｎｕａｌ」第３〜９頁
参考資料２４：ＢＩＯＣＨＥＭＩＣＡＬＳ１９９５／’９６の５４１頁
ＩＩＩ．被請求人の答弁及び提示した証拠方法
１．答弁
　これに対し、被請求人は、本件審判請求は成り立たない、審判費用は請求人の負担とするとの審決を求め、本件発明は、前記甲第１号証〜甲第１６号証記載の発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではないので、請求人の主張する理由及び証拠方法によっては本件特許を無効とすることができない旨を答弁し、以下の証拠方法を提出している。
２．証拠方法
　乙第１号証：平成５年９月６日　京都大学農学部食品工学科教授　佐々木　隆造他２名の作成に係る実験報告書写（原本は、原審における異議申立人　永井三彦に対する第２特許異議答弁書（平成５年９月１７日）に乙第６号証として添付）
　乙第２号証：平成７年３月１５日　同佐々木　隆造他２名の作成に係る実験報告書写（原本は、原審における拒絶理由に対する意見書（平成７年４月１０日）に添付）
　乙第３号証：特開平３−１５１３９９号公報
　乙第４号証：Ｔｈｅ　Ｊｏｕｒｍａｌ　ｏｆ　Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ　第２６３巻第３３号第１７５１６〜１７５２１頁（１９８８年）
　乙第５号証：特公平３−６７９５号公報
　乙第６号証：特公平６−４２８３３号公報
　乙第７号証：特公平６−９５９４８号公報
　乙第８号証：特公平７−７９７０１号公報
　乙第９号証：特公平８−２９１１１号公報
　乙第１０号証：特許第２５０１５４９号明細書
　乙第１１号証：ヨーロッパ特許第０　２３６　０５９　Ｂ１明細書及びクレームの訳文
　乙第１２号証：「Ａｍｅｒｉｃａｎ　Ｔｙｐｅ　Ｃｕｌｔｕｒｅ　Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ　Ｃａｔａｌｏｇｕｅ　ｏｆ　Ｃｅｌｌ　Ｌｉｎｅｓ　ａｎｄ　Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ　Ｓｉｘｔｈ　Ｅｄｉｔｉｏｎ」第９頁及び第２６６頁（１９８８年）
　乙第１３号証：「蛋白質　核酸　酵素」第３５巻、第１４号、第２６４３〜２６５３頁（１９９０年）
　乙第１４号証：「薬理と臨床」第３巻、第１０号、第１６６７〜１６８６頁（１９９３年）
　乙第１５号証：「臨床評価」第２１巻、第２号、第１６１〜１９４頁（１９９３年）
　乙第１６号証：「臨床評価」第２１巻、第２号、第１９５〜２１９頁（１９９３年）
　乙第１７号証：「臨床透析」第５巻、第６号、第７９７〜８０７頁（１９８９年）
　乙第１８号証：平成９年１２月１日　京都大学大学院教授佐々木隆造他２名の作成に係る実験報告書
　乙第１９号証：特公平６−１０２０３５号公報
　乙第２０号証：米国特許第５６８１７１４号明細書
　乙第２１号証：米国特許第５６５０５０１号明細書
　参考資料１：Ｔｈｅ　Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２６１巻、第７号、第３１１６〜３１２１頁（１９８６年）
　参考資料２：斎藤　日向、他２名編「バイオサイエンスのための新しい分子遺伝学」１９８６年２月１日（株）南江堂発行、第２２〜２６頁
ＩＶ．請求人の提出する甲各号証及び参考資料の記載事項
［甲第１号証］
「エリスロポエチン（以下、「Ｅｐ」という。）は、赤血球産生を調節する糖タンパク質ホルモンである。我々は、部分アミノ酸配列データから構築した縮重オリゴヌクレオチドプローブを使用してヒトゲノムファージライブラリーからＥｐの遺伝子を含むファージを単離した。サザン分析によればヒトゲノムに該遺伝子の単一コピーが存在しており、そしてニックトランスレーションしたプローブを用いて染色体パネルをデュアルレーザーソーティングし、そしてスポットブロットすることによって、Ｅｐ遺伝子を７番染色体に割り当てた。推定上の調節配列は、−７０ｂｐ（ＣＣＡＣＣＣの単一の繰り返し）及び−１００ｂｐ（配列　ＧＧＣＣＣＣＴＡＣＣＣ）近くで同定された。イントロン含有ゲノム配列を有する２．４ｋｂのＡｐａ　ＩフラグメントをＣＯＳ及びＢＨＫ細胞での発現に使用した。クローン化したＥｐ遺伝子をｐＤ−１１、即ちアデノウイルスのメジャー後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター、又はｐＢＤｓｍ（Ｂ．Ｄａｖｉｄｓｏｎ及びＲ．Ｐａｌｍｉｔｅｒの好意によって提供された）、即ちＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）に基づく発現ベクター中に挿入した。一時的発現では、ＣＯＳ細胞は２５０〜３００単位のＥｐ／上清液ｍｌを産生したが、一方ＢＨＫ細胞は５０〜１４０単位のＥｐ／上清液を産生し、そして、重金属によるＭＴ−１プロモーター誘発後には２〜３倍の高い値で産生した。組換え体ヒトＥｐは培地中で最高数の後期赤血球系コロニー（ＣＦＵ−Ｅ由来）を刺激し、ヒト尿から精製した天然Ｅｐと同一の投与量応答関係を示し、１０単位／ｍｌまでの濃度ではＣＦＵ−Ｅを阻止せず、そしてインビボで十分に活性であった。組換え体Ｅｐは巨核球プリカーサー（ＣＦＵ−Ｍｅｇ）又は顆粒球／マクロファージプリカーサー（ＣＦＵ−ＧＭ）の増殖を刺激しなかった。メトトレキセートを含有する選択培地中で樹立した永続細胞系は、増幅前に３００単位までのＥｐ／上清液ｍｌを産生した。結論として、ヒトＥｐをコードするゲノム配列が単離され、そしてこれを誘導性の強いプロモーターと共に永続哺乳動物細胞系に挿入した結果、十分に活性なヒトＥｐの発現が高レベルで得られた。」（第１５９ａ頁右上欄第９行〜末行）
［甲第２号証］
「クローン化　ｃＤＮＡからの融合誘発性水疱性口内炎ウイルスＧ蛋白質の細胞表面での発現」（標題）「水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）は受容体介在細胞内経路によって宿主細胞に入る。感染が、ウイルスと宿主の小胞膜間の融合を通して起こる場合、これは、ウイルス粒子を細胞内の酸性小胞体に運ぶ。この研究で我々は、ＶＳＶのＧ蛋白質がこのウイルスの融合活性をもたらすことを示した。Ｇ蛋白質は、発現ベクターに組み込まれガラス製微細針の助けで細胞核に導入されたクローンｃＤＮＡからベビーハムスター腎２１細胞の表面に発現する。酸性（ｐＨ≦６．０）培地での短時間（６０秒）処理は、それらの表面にＧ蛋白質を有する細胞の融合を誘発する。効果的なＧ蛋白質の発現と細胞−細胞融合のため、我々は、Ｇ蛋白質のｃＤＮＡの５’末端を処理しそしてマウス　Ｍｏｌｏｎｅｙ　ｓａｒｃｏｍａウイルスのＬＴＲをプロモーターとして使用しなければならなかった。」（第１４７７頁左欄第７〜２１行「要約」の項）
「我々は以前クローン化　ｃＤＮＡからセムリキ森林熱ウイルスの構造タンパクの一時的な発現のためにＳＶ４０初期のベクター（ｐＳＶ２）を用いた。・・・ここでも同じ戦略を融合誘発性Ｇ蛋白質の　ｃＤＮＡの発現に用いた。」（第１４７７頁右欄４〜１０行）
「我々は、また、Ｇ発現についてｐＳＶＧ（ｐＳＶ２−Ｇｄｃｌ−５）をマウス３Ｔ３細胞、サルＣＶ１細胞及びＭＤＣＫ細胞で試験した。すべての場合において、Ｇ発現のレベルは、マイクロインジェクションされた細胞の免疫蛍光法による判定では、ＢＨＫ細胞におけるものより低かった。」（第１４７９頁左欄下から１２〜８行）
「プラスミドｐＭＳＶＧと他のプロモータの構築
　Ｇ蛋白質発現のレベルを向上させる方法として、我々は、他の数種のプロモータをテストした。これらは、マウスモロニー肉腫ウイルス（ＭＳＶ）のＬＴＲ、ヘルペスシンプレックスウイルス（ＨＳＶ）からのチミジンキナーゼ（ＴＫ）プロモータ及びショウジョウバエからのヒートショック（ＨＳ）プロモータとコピア　ＬＴＲエレメントである。ＭＳＶプロモーターは０．７−ｋｂ　Ｓｍａ　Ｉ−Ｅｃｏ　ＲＩ断片（３’−５’）として使用され、ＨＳＶ−ＴＫプロモーターは０．２５−ｋｂＢｇｌ　ＩＩ−Ｐｖｕ　ＩＩ断片として、ジョウジョウバエＨＳプロモーターは０．５−ｋｂ　Ｘｍｎ　Ｉ−Ｘｂａ　Ｉ断片として、そして、ｃｏｐｉａ−ＬＴＲは０．２−ｋｂ　Ｒｓａ　Ｉ−Ｈｐａ　ＩＩ断片として使用される（第３ａ図）。・・・・
　微細針で注射された細胞の免疫蛍光分析を使用してＧ蛋白質の発現をテストした場合、ｐＭＳＶ−Ｇが最も優れた結果を与えた。即ち、注射された細胞の半数以上が強力な細胞蛍光を示していた（図示せず。）。他のベクターは、Ｇ蛋白質の発現レベルにおいて、先に述べたｐＳＶＧ（ｐＴＫ−Ｇとｐｃｏｐｉａ−Ｇ）で得られた結果と類似たレベルで発現しているか、或いは、それ以下（ｐＨＳ−Ｇ）であった。」（第１４７９頁左欄下から７行〜右欄２２行）
「種々のプロモーター構築物でトランスフェクション（リン酸カルシウム共沈殿）された細胞からのＧ蛋白質の、ポリアクリルアミドゲル電気泳動−イムノブロット法による分析は、ｐＭＳＶ−Ｇ　サンプルにおいて、精製されたＶＳＶやＶＳＶに感染された細胞の溶解物からのＧ蛋白質と同時移動する明確なバンドを示した（図４）。」（第１４７９頁右欄２４〜２９行）
「他の構築物に比較してｐＭＳＶ−ＧからのものがＧ蛋白質の発現において優れている理由は明らかではないが、ＢＨＫ細胞においては、他のものに比べてＭＳＶプロモーターからのより効率的な転写によるものと思われる。」（第１４７９頁右欄３４〜３８行）
「Ｆｉｇ．４　ウエスタンブロットによる異なる真核細胞由来のプロモーターの制御下でのＶＳＶ　Ｇ　ｃＤＮＡの比較発現分析。構築物（ｐＭＳＶＧ，ｐＳＶ２−Ｇと　ｐＳＶＧ）でＢＨＫ細胞の形質転換３０時間後、膜蛋白質は、トライトン　　Ｘ−１１４で抽出され、ＳＤＳポリアクリルアミドゲルで分離され、ニトロセルロースフィルターに移され、イムノパーオキシダーゼ反応にともなう特異的抗ＶＳＶ血清を用いた染色により検出される。培地の蛋白質は、トリフルオロ酢酸による沈澱の後分析される。対照として、形質転換していない細胞（−ＤＮＡ）、ＶＳＶ感染細胞又は精製されたＶＳＶが分析された。矢印は、ＶＳＶＧ蛋白質の位置を示している。プラスミド　ｐＴＫ−Ｇ、ｐｃｏｐｉａ―Ｇ及びｐＨＳ−Ｇもまた同様の方法によって分析されたが、Ｇ蛋白質のバンドは検出できなかった。」（第１４８０頁Ｆｉｇ．４の説明文）
　なお、甲第２号証においては、ＢＨＫ細胞及びＢＨＫ２１細胞という２つの表記がみられるが、ここに記載された「ＢＨＫ細胞」は、「ＢＨＫ２１細胞」の略称として記載されていることは明らかであると認められる。
　したがって、以下、甲第２号証を当審決において引用する場合、そこに記載された「ＢＨＫ細胞」は、すべて、「ＢＨＫ２１細胞」と置き換えて表記することにする。
［甲第３号証］
「組換え動物培養細胞による物質生産」（標題）「動物培養細胞を宿主とする組換えＤＮＡ技術による物質生産法が最近注目を集めている。この技術の概要と今までに発表された研究例を，高生産の決め手となる宿主ベクター等を中心に述べる。」（第８頁１〜３行）
「選択マーカーを使う染色体への目的遺伝子の導入技術についての・・・特許は、マーカー遺伝子と目的遺伝子を連結しないで導入するｃｏｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎの方法を主とするもので・・・リン酸カルシウム法で導入する場合・・・簡便な方法である」（第１２頁左欄１２〜２６行）
「真核生物の遺伝子の構造を図２に示すが，転写の強さを決定するプロモーターに何を使うかは非常に重要である。最も良く使われているのはウイルスのプロモーターで，特徴は強くかつ宿主範囲が広いことである。その中でも最も頻繁に使用されるのがＳＶ４０　ｅａｒｌｙである。同じＳＶ４０のｌａｔｅは作動にＳＶ４０のＴ抗原を必要とするが，その強さはｅａｒｌｙより上だとする報告もある。その他，アデノウイルスのｍａｊｏｒ　ｌａｔｅ　プロモーター，レトロウイルスのＬＴＲ，Ｈｅｒｐｅｓ　ｓｉｍｐｌｅｘ　ウイルスのＴＫのプロモーターがある。」（第１２頁右欄２〜１３行）
「宿主ベクター系については，ウイルスベクターも考えられたが，安定な形質転換体が得られる染色体へのｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ法を採用した。選択マーカーとしては，広く宿主を選びたいのでｄｏｍｉｎａｎｔ−ａｃｔｉｎｇなｎｅｏ，Ｅｃｏ　ｇｐｔについて検討した。種々の細胞にこれらのマーカー遺伝子をもつプラスミドをリン酸カルシウム法で導入したところ，Ｅｃｏ　ｇｔｐの場合にＨｅＬａ，ＦＬ，ＷＩ−２６，ＣＨＯ，ＢＨＫ等の細胞で容易に形質転換細胞が取得できた。」（第１３頁左欄下から１５〜７行）
［甲第４号証］
「遺伝子操作を応用した動物細胞による有用物質の生産」（標題）
「最近，遺伝子操作を応用した動物細胞によるヒト由来の有用物質の生産技術が注目を浴びている。この技術を利用することにより、これまでに・・・エリスロポエチン，・・・など医薬品として有望な多くの生理活性蛋白質が組換え動物細胞を用いて生産されている。」（第９頁左欄２〜８行）
「糖鎖の付加などの翻訳後の修飾機能を持たないと考えられる大腸菌を用いて上述のエリスロポエチンなどを生産をさせても天然型と同等の活性は期待できない。」（第９頁左欄下から７〜４行）
「動物細胞における遺伝情報発現機構の解析は進んでおり，そこで得られた重要な基礎知見は，即座に，組換え動物細胞での目的蛋白質の生産量向上に応用できる状況にある。」（第９頁右欄６〜９行）
「最近，動物細胞のベクターの開発は著しく進み，従来のＳＶ４０やウシパピローマウイルス（ＢＰＶ）に加えて新しい系も開発されてきている。（第９頁右欄１９〜２１行）
「動物細胞へのＤＮＡ導入法についてはここでは簡単に紹介するが，・・・ＤＮＡ導入法としてほとんどの場合，リン酸カルシウム（Ｃａ−ＰＯ４）法，・・・のいずれかが用いられている。」（第１２頁左欄１１〜１７行）
「選択マーカー遺伝子は目的の遺伝子と同一プラスミド上に乗せて導入してもいいし，いわゆるｃｏ−ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ法を用いて，目的の遺伝子を選択マーカー遺伝子よりも多量に用いることにより連結しないで導入することもできる。」（第１２頁右欄１〜５行）
「動物細胞における外来蛋白質の発現には，現在までのところ，ＳＶ４０の初期及び後期遺伝子のプロモーター，アデノウイルスの主要後期遺伝子プロモーターなどがよく用いられているが，Ｒｏｕｓ　肉腫ウイルスのＬＴＲがＳＶ４０の初期遺伝子プロモーターより強いという報告もある。実際に最近，このＬＴＲはウシ成長ホルモンの発現に利用されており，高生産量が得られている。」（第１３頁右欄１２〜１９行）
［甲第５号証］［国際公開　ＷＯ　８５／０２６１０号パンフレット］
「エリスロポエチンの生産」（発明の名称）
「ヒトエリスロポエチンゲノム　ＤＮＡ配列」（第４３〜４７頁）
「本発明によって提供される微生物的発現ポリペプチドの単離精製は、例えば、分取用クロマトグラフィー分離、並びにモノクローナル及び／又はポリクローナル抗体調製物を用いる免疫学的分離のような従来の手段によって行ってもよい。」（第２１頁４〜９行）
［甲第６号証］［Ａｐｐｌ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ（１９８４）２０：１８９−１９４］「ヒト繊維芽細胞インターフェロンの構成的発現がモロニー肉腫ウイルスのＬＴＲによってマウスＬ細胞の培養物中に引き出される」（標題）
「モロニー肉腫ウイルスのＬＴＲの完全な塩基配列は、Ｄｈａｒ　ｅｔ　ａｌ．（１９８０）によって公表されている。」（第１９１頁左欄８〜１０行）
「発現は、他でも報告されているように、モロニー肉腫ウイルスのＬＴＲのような強力なプロモーターのコントロール下に厳密に依存している」（第１９１頁右欄２３〜２５行）
「モロニー肉腫ウイルスのＬＴＲは、齧歯類細胞内の外来遺伝子の高レベルの転写を促進しうることを、これらの性質は強力に暗示している。」（第１９２頁左欄下から１１〜９行）
［甲第７号証］
「図１５−８　レトロウイルスベクター．殆どのレトロウイルスベクターのＬＴＲは極端に強いプロモーターである。ウイルスＬＴＲの下流にクローン化された異種ＤＮＡ（この例では、ヒト絨毛性性腺刺激ホルモンα−ＣＨＣＧのαサブユニットのｃＤＮＡ）は通常非常に効率よく転写される。」（第１９６頁右欄下の図１５−８の説明）
「クローン化されたプロウイルスは遺伝子を動物細胞に導入するためのベクターとして用いることができる。このためには、ウイルス遺伝子の内の一つを異種ＤＮＡ配列で置きかえるというやり方がとられた（図１５−８）。このような組換え体が感染した細胞は、ＬＴＲから転写を開始して新しいｍＲＮＡを多量に産生する。」（第１９７頁左欄１２行〜右欄１行）
［甲第８号証］
「レトロウイルスベクターの場合も適切な選択マーカーとヘルパーウイルスが必要となる。Ｍｕｌｌｉｇａｎのグループが開発したベクターはこの点ですぐれたものである１９４）。彼らはＭｏｌｏｎｙ　ｍｕｒｉｎ　ｌｅｕｋｅｍｉａ　ｖｉｒｕｓ（Ｍ−ＭｕＬＶ）のＬＴＲ，・・・も付け加えた２種のベクターを構築した（図５５）」（第１１７頁下から７〜２行）
「ｐＺＩＰ−ＮｅｏＳＶ（Ｘ）ΙはＢａｍＨΙ部位に・・・外来ＤＮＡを挿入する。」（第１１７頁下から２行〜第１１８頁１行）
［甲第９号証］
「高伝播性マウス　レトロウイル　スシャトル　ベクターの構築と応用」（標題）
「ベクター　ｐＺＩＰ−ＮｅｏＳＶ（Ｘ）Ιは、モロニー　マウス白血病ウイルス（Ｍ−ＭｕＬＶ）の転写ユニットと、大腸菌中でのベクターＤＮＡの増幅のために必要なｐＢＲ３２２の配列からなる。特異的なＭ−ＭｕＬＶ配列は、ウイルスの転写に必要なＬＴＲを含むベクター中に存する。」（第１０５３頁右欄３３〜４０行）
「ｃＤＮＡがシャトルベクター　ｐＺＩＰ−ＮｅｏＳＶ（Ｘ）ΙのＬＴＲの下流でＮｅｏｒ「遺伝子の上流の制限酵素　ＢａｍＨΙ切断部位に挿入される第１図」（第１０５４頁左欄上）
［甲第１０号証］
「レトロウイルスのシャトルシステムを用いて、マウス細胞中への機能的ヒトアデノシンデアミナーゼをコードする配列の導入」（標題）
「アデノシンデアミナーゼのｃＤＮＡがシャトルベクター　ｐＺＩＰ−ＮｅｏＳＶ（Ｘ）ΙのＬＴＲの下流でＮｅｏｒ遺伝子の上流の制限酵素　ＢａｍＨΙ切断部位に挿入される第１図」（第１６５頁上）
［甲第１１号証］
「ラウス肉腫ウイルスＬＴＲは、ＤＮＡ媒介トランスフェクションによる種々の真核細胞へ導入された時、強力なプロモーターである。」（標題）
「細菌のクロラムフェニコール・アセチルトタンスフェラーゼ（ＣＡＴ）をコードする配列をＬＴＲのコントロール下においた組換えプラスミド　ｐＲＳＶｃａｔを構築することによりラウス肉腫ウイルスのＬＴＲ活性が特徴づけられた。」（第６７７７頁左欄１〜６行）
「ＣＡＴ合成のレベルは、ＳＶ４０初期プロモーターのコントロール下のＣＡＴ配列をもつベクター　ｐＳＶ２ｃａｔでトランスフェクションされたものよりもＣＶ−１細胞で３倍、ＨｅＬａやマウスＮＩＨ／３Ｔ３細胞で１０倍であった。」（第６７７７頁左欄１０〜１４行）
「組換えプラスミド　ｐＲＳＶｃａｔ　及び　ｐＳＶ２ｃａｔ　でトランスフェクションされたＣＶ−１細胞、ＣＥＦ細胞、ＣＨＯ細胞、ＨｅＬａ細胞及びマウス　ＮＩＨ／３Ｔ３細胞におけるＣＡＴの発現結果を比較した表１」（第６７７９頁）
［甲第１２号証］
「エリスロポエチンで免疫した実験動物の脾臓細胞と・・・モノクローナル抗エリスロポエチン抗体を結合してなる吸着剤に、エリスロポエチン含有物を接触させてエリスロポエチンを吸着させ、次いで、溶出して・・・純粋なエリスロポエチンを取得することを特徴とするエリスロポエチンの製造法。」（特許請求の範囲第１項）
「本発明の原料であるエリスロポエチン含有物としては、正常人尿若しくは、貧血患者尿又はその各処理物、或は、エリスロポエチン産生細胞の細胞培養上清液又は、エリスロポエチン産生細胞・・動物の体液、組織抽出液若しくは、尿などが挙げられる。」（公報第３頁右下欄９〜１３行）
［甲第１３号証］
「新規組成物としての、ハイブリドーマ細胞系Ａ．Ｔ．Ｃ．Ｃ．　ＨＢ８２０９から産生され、エリスロポエチンと特異的に免疫的に反応しうるモノクローナル抗体。」（特許請求の範囲第２項）
「請求の範囲第２項記載のモノクローナル抗体を、生物学的流体から生物学的に活性なエリスロポエチンを単離する免疫学的操作において使用する方法。」（特許請求の範囲第３項）
［甲第１４号証］
「均質免疫インタフェロン断片」（発明の名称）「下記に示すアミノ酸配列を有し、・・・実質的にガンマーインタフェロンと同じ活性を有するポリペプチドを調整する方法であって、免疫インタフェロンを発現することが出来る形質転換微生物をプロテアーゼ阻害剤の非存在下で細胞破壊した後抽出し、得られる抽出物を免疫インタフェロンに対するモノクローナル抗体を用いて精製することより成る調製方法。」（特許請求の範囲第４項）「インターフェロン活性は約２００ｍｌに溶出し、４つの分画に集めた。各分画をＰＢＳで平衡化したモノクローナル抗体（γ２−１１．１）アフィニティカラム（ベッド容積４ｍｌ）にのせた。」（公報第１０頁左下欄１３〜１７行）
［甲第１５号証］
「トランスフェクション細胞における活性ヒトファクターＩＸの発現」（標題）
「まず最初に、純粋なヒトファクターＩＸの代替源となる、組換えＤＮＡ技術を用いて培養哺乳動物細胞中の生物学的に活性なファクターＩＸの生産について報告する。安定なセルラインは、ファクターＩＸの遺伝子を含むプラスミドと選択マーカーを含むプラスミドとをＢＨＫセルラインに同時にトランスフェクションすることにより作られた。」（第２７１頁左欄１０〜１６行）
「図１の説明にあるように、このｃＤＮＡはアデノウイルス−２主要後期プロモーター、ＲＮＡのスプライス部位のセット、及びＳＶ４０ポリアデニル化シグナルを含むプラスミド中に挿入された。
ＢＨＫ細胞はファクターＩＸプラスミド（ＦＩＸ／ｐＤ２）と抗生物質Ｇ４１８の抵抗性遺伝子を含むプラスミドｐＫＯｎｅｏとで同時トランスフェクションされた。」（第２７１頁左欄下から２０〜１４行）
「今回の研究は生物学的に活性なヒトファクターＩＸがＢＨＫ細胞中に作られることを明らかにする。追加の研究は、タンパクの分泌レベルの増加、及びトランスフェクション細胞における活性なファクターＩＸの発現の最善化を進展させる。」（第２７２頁左欄下から６〜３行）
［甲第１６号証］
「ＬＴＲ」（第１９５頁）「ＤＮＡ　トランスフェクション」（第８１１頁）及び「ＢＨＫ２１（株）細胞」（第９７５頁）について説明が記載されている。
［甲第１７号証］
以下のプラスミドでＢＨＫ２１細胞をそれぞれ形質転換し、エリスロポエチンの一過性発現（図１及び表１）、トランスフェクション効率（図３）、トランスフェクション効率で補正した発現量（図４）、比生産性（図５及び図６）で、各形質転換体を比較した実験結果が記載されている。
実験（Ａ）　ｐＺＩＰ−ＮｅｏＳＶ（Ｘ）ＥＰＯ
実験（Ｂ）　ｐＭＬＶ−ＥＰＯ
実験（Ｃ）　ｐＤｌｌ（ＶＡ＋）ＥＰＯ
実験（Ｄ）　ｐＤｌｌ（ＶＡ−）ＥＰＯ
実験（Ｅ）　ｐＤＳＶＬ−ｇＨｕＥＰＯ
実験（Ｆ）　ｐＤＳＶＥ２−ｇＨｕＥＰＯ
［甲第１８号証］
甲第１７号証記載の実験で得られた結果を、蓄積生産性に計算し直し、それをもって比較した結果（図７及び図８）が記載されている。
［甲第１９号証］
甲第１７号証記載の実験（Ａ）プラスミドの説明図を誤記として訂正するとともに、甲第１８号証記載の実験結果を図７及び図８として甲第１７号証に加えたものが記載されている。
　なお、請求人は、請求人提出の平成１０年２月２４日付上申書において、甲第１７号証の図１におけるプラスミド図（Ａ）のＭ−ＭＬＶ　ＬＴＲ、ｇｈ−ｅｐｏ、ＳＶ４０ｐｏｌｙＡ、ｎｅｏｒ、ＳＶ４０　ＯＲＩ、ｐＢＲ３２２　ＯＲＩ、Ｍ−ＭＬＶ　ＬＴＲの順に配置されたものには誤記があり、ＳＶ４０ｐｏｌｙＡは、当該プラスミドに存在しない旨を主張し（第２頁第１４行〜第３頁第１７行）、当該箇所を訂正した甲第１９号証を提出した。
　これに対して、被請求人は、ＳＶ４０ｐｏｌｙＡが存在すると本件発明の実施例としての実験（Ａ）は実施できない。その実験計画に重大な誤りがあり誤記であるとは認められない旨を主張する（被請求人提出の平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第７頁第２〜２４行）。
　ところで、被請求人も認めるようにＳＶ４０ｐｏｌｙＡが存在すると、選抜マーカー　Ｇ４１８の存在下で遺伝子導入株は全て死滅しエリスロポエチンの生産が起きることはないのは明らかである（被請求人提出の平成９年１２月１１日付上申書第４頁第９〜１７行）。仮に、請求人の甲第１７号証記載の実験において　ＳＶ４０ｐｏｌｙＡが存在したとすると、エリスロポエチンの生産は起き得ない。ところが、甲第１７号証記載の実験結果においては、Ｇ４１８による選抜が行われており、エリスロポエチンを生産する株が得られているのであるから、「ＳＶ４０ｐｏｌｙＡは、当該プラスミドに存在しない」旨の請求人の主張は容認でき、甲第１９号証は、上記したように甲第１７号証の誤記を訂正したもので、かつ、甲第１８号証記載の事項を甲第１７号証に加えたものと認められるので、以下、当審決においては、両当事者の主張のうち甲第１７号証及び甲第１８号証に対する主張はすべて甲第１９号証に対する主張とする。
Ｖ．甲第１号証記載事項についての検討
１．発現ベクターについて
　甲第１号証には２種類のエリスロポエチン遺伝子を含むベクターが開示されている。即ち、
▲１▼「アデノウイルスのメジャー後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクターであるｐＤ−ｌｌ」及び
▲２▼「ＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）に基づく発現ベクター　ｐＢＤｓｍ（Ｂ．Ｄａｖｉｄｓｏｎ及びＲ．Ｐａｌｍｉｔｅｒの好意によって提供された）」である。
２．ＢＨＫ細胞とＢＨＫ２１細胞について
　また、甲第１号証記載の「ＢＨＫ細胞」は、以下の理由で「ＢＨＫ２１細胞」と解される。
　ＢＨＫ細胞について平成１０年４月１６日の口頭審理において両当事者に提示した「組織培養事典」株式会社学会出版センター、１９９３年７月１０日初版発行（以下、組織培養辞典という。）第２５８頁のＢＨＫ細胞株［ＢＨＫ（ｂａｂｙ　ｈａｍｓｔｅｒ　ｋｉｄｎｅｙ）ｃｅｌｌ　ｓｔｒａｉｎ］の項には、「　ＢＨＫ細胞は乳呑みハムスター腎臓の初代培養細胞を総称している場合もあるが、１９６１年ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎとＳｔｏｋｅｒによって樹立されたＢＨＫ２１細胞を略称する場合もある。」と記載されている。ＢＨＫ２１細胞が本件出願の２５年も前である１９６１年に樹立されたものであることを考慮すると、本件出願前において「ＢＨＫ細胞」が「乳呑みハムスター腎臓の初代培養細胞」あるいは「ＢＨＫ２１細胞」のいずれかを意味するものとして当業者に認識されていたものと認められる。
　そこで、甲第１号証に記載された「ＢＨＫ細胞」が「乳呑みハムスター腎臓の初代培養細胞」あるいは「ＢＨＫ２１細胞」のどちらを意味しているのか検討する。
　初代培養細胞とは、「組織培養事典」第１５８頁の初代培養細胞［ｐｒｉｍａｒｙ　ｃｕｌｔｕｒｅ］の項によれば、「生体から分離して体外培養に移した組織や細胞で、最初の植し替えをするまでのもの。」とされている。
　他方、甲第１号証は１９８５年１２月７〜１０日にかけて開催されたＡｍｅｒｉｃａｎ　Ｓｏｃｉｅｔｙ　ｏｆ　Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙの第２７回学会における講演の要旨であり、学術的な研究の成果を記した文献といえる。このような学術的な研究においては、その成果を再現できることが求められることから、使用される細胞は、実験過程を再現しても成果にばらつきのない既に樹立された細胞が使用されるのが通例である。そして、甲第１号証の標題に「ヒトエリスロポエチン遺伝子の染色体位置決定及び哺乳動物永続細胞系におけるクローン化ゲノム配列の高レベル発現」と記載されているように、甲第１号証に記載された研究は、永続細胞系の樹立を目的の一つとしているものである。
　そうすると、「乳呑みハムスター腎臓の初代培養細胞」のように、体外培養に移した組織や細胞で、最初の植し替えをするまで初代培養細胞は、初代限りの細胞系であり永続細胞系を樹立するのに適した細胞系であるとは認めらないので、甲第１号証において記載されている「ＢＨＫ細胞」とは、永続細胞系として既に樹立された「ＢＨＫ２１細胞」を意味すると解するのが自然である。
　このことについて、被請求人は平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書（第３６頁第１行〜第３９頁第１行）において、次の理由により甲第１号証に記載された「ＢＨＫ細胞」は「ＢＨＫ２１細胞」と異なる細胞である旨を主張する。
▲１▼乙第１２号証に記載のＡＴＣＣのカタログに「ＢＨＫ２１細胞」とは異なる「ＢＨＫ細胞」なる細胞株がＡＴＣＣ　ＣＲＬ６２８１という番号で記載されている。国際的にも信頼性の高い寄託機関であるＡＴＣＣのカタログが、明確にＢＨＫ細胞とＢＨＫ２１細胞を区別しているのであるから、当業者であれば甲第１号証記載のＢＨＫ細胞は、ＢＨＫ２１細胞と別のものであると判断するのが普通である。
▲２▼乙第２０号証及び乙第２１号証には、「ＢＨＫ（例えばＡＴＣＣ　ＮＯ．ＣＲＬ６２８１）」なる記載があり、かつ、この細胞を遺伝子組換えによる蛋白質生産に使用している。これらの文献においては、ＢＨＫ細胞とＢＨＫ２１細胞を明確に区別している。甲第１号証にＢＨＫ細胞という記載があるとしても、乙第２０号証又は乙第２１号証のようにＢＨＫ２１細胞ではないＢＨＫ（ＡＴＣＣ　ＮＯ．ＣＲＬ６２８１）を意味する場合もあり、甲第１号証記載のＢＨＫ細胞がＢＨＫ２１細胞であると断定する根拠はない。
　まず、上記主張▲１▼について検討する。
　乙第１２号証と同じ文献である請求人の提出した参考資料１０の第２６４頁第１行には、「ＮＢＬ　Ｌｉｎｅｓ」という項目があり、同第２６５頁左欄記載のＡＴＣＣ　ＮＯ．ＣＲＬ６２８１なる登録番号が割り当てられたＢＨＫ細胞は、「ＮＢＬ　Ｌｉｎｅｓ」という項目に含まれる一連の記載であることがわかる。そして「ＮＢＬ　Ｌｉｎｅｓ」の項目には、ＮＢＬ　Ｌｉｎｅｓについて「米国カリフォルニア州オークランドのナバール・バイオサイエンス研究所（Ｎａｖａｌ　Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）の担当者により作製された、ヒト及び動物のセルライン（合計１５５２）のすべてのコレクションは、関係文書と共に１９８２年ＡＴＣＣに移管された」（前記参考資料１０第２６４頁１〜２行）「これら多くの株は、他のＡＴＣＣカタログ掲載のものと異なり、初代培養及び混合物である（ｐｒｉｍａｒｙ　ａｎｄ　ｍｉｘｅｄ）」（前記参考資料１０第２６４頁９〜１０行）と説明されている。また、ＡＴＣＣ　ＮＯ．ＣＲＬ６２８１として記載されている「ＢＨＫ」については、細胞の由来となる動物種としてハムスター　Ｃｒｉｃｅｔｕｓ　ｃｒｉｃｅｔｕｓと記載されていると共に解説の欄に“不明”と記載されている。（第２６６頁左欄）
　他方、前記参考資料１０には「保証された細胞系統バンク」（第ｉｖ頁の目次参照）として、ＢＨＫ２１細胞がＡＴＣＣ　ＮＯ．ＣＣＬ１０として登録されており、その説明からみてＭａｃＰｈｅｒｓｏｎとＳｔｏｋｅｒによって樹立されたＢＨＫ２１細胞に由来する系統であることがわかる（乙第１２号証第９頁「ＡＴＣＣ　ＣＣＬ１０　ＢＨＫ２１（Ｃ−１３）」の項の第３〜４行参照）。このことから、前記参考資料１０に記載の「ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎとＳｔｏｋｅｒによって樹立されたＢＨＫ２１細胞」は、「組織培養事典」第２５８頁のＢＨＫ細胞株［ＢＨＫ（ｂａｂｙ　ｈａｍｓｔｅｒ　ｋｉｄｎｅｙ）ｃｅｌｌｓｔｒａｉｎ］の項で説明された「１９６１年　ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎとＳｔｏｋｅｒによって樹立されたＢＨＫ２１細胞」のことと認められる。
　以上のことから、ＡＴＣＣに保存されたＡＴＣＣＮＯ．ＣＲＬ６２８１なる登録番号のＢＨＫ細胞は、細胞の由来となる動物種がハムスター　Ｃｒｉｃｅｔｕｓ　ｃｒｉｃｅｔｕｓであるＢＨＫ細胞という他は、細胞の性質や由来等の特徴は不明であって、さらに、永続細胞系樹立において不向きな初代培養及び混合物である可能性さえある細胞株であるので、当業者が甲第１号証記載の永続細胞系樹立に使用可能な細胞として当該細胞を選択することは通常ないものと認められる。他方、ＡＴＣＣに保存されたＡＴＣＣ　ＮＯ．ＣＲＬ６２８１なる登録番号のＢＨＫ２１細胞は、ＡＴＣＣにより保証された細胞系統バンクに登録されたものであることからみて、既に樹立された細胞系統であり、永続細胞系の樹立に適すると認められ、かつ、「組織培養学事典」によれば「ＢＨＫ２１細胞」は、ＢＨＫ細胞と略称で呼ばれることがあることも上述したとおりである。
　してみると、当業者であれば、甲第１号証記載の「ＢＨＫ細胞」は、ＢＨＫ２１細胞を意味すると解するものと認められる。よって、被請求人のこの主張は採用できない。
　次に上記主張▲２▼について検討する。
　乙第２０号証第１５欄第６６行〜第１６欄第３行及び乙第２１号証第１２欄第４〜８行には、「当該発明の実施に適したほ乳類細胞には、次のものが含まれる。：ＣＯＳ（例えば、ＡＴＣＣ　Ｎｏ．ＣＲＬ　１６５０又は１６５１）、ＢＨＫ（例えば、ＡＴＣＣ　Ｎｏ．ＣＲＬ　６２８１）、ＣＨＯ（ＡＴＣＣＮｏ．ＣＲＬ　６１）、ＨｅＬａ（例えば、ＡＴＣＣ　Ｎｏ．ＣＣＬ　２）、２９３（ＡＴＣＣＮｏ．１５７３）及びＮＳ−１細胞である。」と記載されている。しかしながら、前記甲第１号証に記載されたことから、甲第１号証に記載された「ＢＨＫ細胞」は永続細胞系樹立に適した細胞であると認められること及び上記主張▲１▼で検討したようにＡＴＣＣＮｏ．ＣＲＬ　６２８１なるＢＨＫ細胞が永続細胞系樹立する際に当業者が通常選択することがない細胞であるということから、乙第２０号証及び乙第２１号証に記載された事項を考慮しても、ＡＴＣＣ　Ｎｏ．ＣＲＬ　６２８１なるＢＨＫ細胞が甲第１号証記載の「ＢＨＫ細胞」であると解することができない。よって、被請求人のこの主張も採用できない。
３．永続細胞系について
　次に、甲第１号証記載の永続細胞系に使用された細胞及びプロモーターが甲第１号証に明記されていないので、この点について検討する。
　甲第１号証には「メトトレキセートを含有する選択培地中で樹立した永続細胞系は、増幅前に３００単位までのＥｐ／上清ｍｌを産生した。結論として、ヒトＥｐをコードするゲノム配列が単離されそしてこれを誘導性の強いプロモーターと共に永続哺乳動物細胞系中に挿入した結果、充分な活性のヒトＥｐの発現が高レベルで得られた。」（第１５９ａ頁右上欄第３９〜４５行）と記載されている。
　ここで、永続細胞系作成に使用した発現ベクターは、「誘導性の強いプロモーター」との記載があることから、「ｐＢＤｓｍ、即ちＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーターに基づく発現ベクター」であると認められる。なぜならば、甲第１号証で採用された「ｐＤ−１１、即ちアデノウイルス主要後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター」及び「ｐＢＤｓｍ、即ちＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーターに基づく発現ベクター」の２種類のうち誘導性の強いプロモーターは、唯一メタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーターであるからである。なお、この点は、被請求人も認めるところである。（平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第４４頁第１６〜末行参照）
　他方、永続細胞系にいずれの細胞が使用されたのか甲第１号証には明記されていない。しかしながら、甲第１号証に記載された細胞は、ＣＯＳ細胞とＢＨＫ細胞であり、そのいずれかであることは明らかであるので、これら細胞について検討する。まず、ＣＯＳ細胞について検討するとＣＯＳ細胞は、一時的発現のためにあえて開発された細胞であって、「蛋白質核酸酵素　臨時増刊」ｖｏｌ．２８，ｎｏ．１４昭和５８年１２月５日発行　第４２頁右欄下から４行〜第４４頁左欄第３行に「ＳＶ４０をベクターとしてＣＯＳ細胞に導入するとＣＯＳ細胞はＴ抗原を常に産生しているので、ベクターに複製開始部位が残っていれば、導入された組換えＤＮＡは盛んに複製され、エピゾームの形で存在できる。しかしこの場合には細胞が致死になるため、長期にわたって安定にこの状態を維持させることは、現在のところ不可能である。」と記載されているように、ＳＶ４０プロモーターを使用すると永続細胞系を樹立することは通常できない細胞であると認められる。してみると、上記したように甲第１号証に記載された永続細胞系に使用される発現ベクターは、ＳＶ４０プロモーターを含む「ｐＢＤｓｍ、即ちＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーターに基づく発現ベクター」であることから、ＣＯＳ細胞を使用した場合、通常永続細胞系は樹立できないので、残るＢＨＫ細胞により永続細胞系が樹立されたものであると当業者であれば解すると認められる。
　さらに、甲第１号証の記載によれば永続細胞系で使用される発現ベクターとＢＨＫ細胞を使用した一時的発現で使用される発現ベクターは共に「ｐＢＤｓｍ、即ちＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーターに基づく発現ベクター」である。そして、同じベクターであるということは、一時的発現したＢＨＫ細胞を培養すれば永続細胞系を得ることができることは、当業者において技術常識であることを考えれば、一時的発現したＢＨＫ細胞から永続細胞系が得られたものと、当業者であれば解するものと認められる。
　このように、ＣＯＳ細胞は通常永続細胞系を樹立できないこと、及び、一時的発現と永続細胞系で使用されるプロモーターの共通性から、ＢＨＫ細胞について永続細胞系が樹立されたと当業者であれば解することからみて、永続細胞系の細胞はＢＨＫ細胞であると認められる。そして、甲第１号証記載の「ＢＨＫ細胞」が前記したように「ＢＨＫ２１細胞」であることから甲第１号証記載の永続細胞系の細胞は「ＢＨＫ２１細胞」と認められる。
　この点について、被請求人は、「甲第１号証には永続細胞を選択するためのマーカーが何であるか記載されていない。また、甲第１号証記載の永続細胞系はメトトレキセート存在下で培養され遺伝子が増幅したものである。しかし、メトトレキセレートが除去されれば、エリスロポエチンの生産も低下するので、永続細胞と記載があるもののその永続性が物質生産を可能にするレベルに到達したものではない。」（平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第４１頁第５〜２１行）旨を主張する。しかしながら、マーカーは当業者であれば適宜選べるものであり、特に甲第１号証に記載されていないからといって、永続細胞系を樹立するに当たり問題となることはない。また、甲第１号証には、「メトトレキセートを含有する選択培地中で樹立した永続細胞系は、増幅前に３００単位までのＥｐ／上清ｍｌを産生した。」（第１５９ａ頁右上欄第３９〜４１行）と記載されており、「増幅前」と記載されていることから、甲第１号証記載のものは「メトトレキセートによる選抜を行った後、メトトレキセートによる遺伝子増幅前」と解される。そうすると、上記したようにメトトレキセートによる選抜を行った後は培地にメトトレキセートを入れる必要はなく、甲第１号証記載のものが、増幅前に３００単位までのＥｐ／上清ｍｌを産生したのであれば、メトトレキセート培地に添加せずともエリスロポエチンの生産を十分行えるものと認められる。
　なお、本件発明の実施例においては、メトトレキセートと同じ「選択」を目的として、細胞に毒性のあるＧ４１８による選択を行っている。メトトレキセートが毒物であるから培地への添加が好ましくないなら、同様にＧ４１８の添加も好ましくないこととなる。
４．甲第１号証記載の事項のまとめ
　以上の検討結果から、甲第１号証記載の事項をまとめると以下の発明が甲第１号証に記載されているものと認められる。
「エリスロポエチン遺伝子を、アデノウイルス主要後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター又はＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーターを有する発現ベクターに挿入することによりエリスロポエチン形質導入ベクターを作成する。そのうちＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーターを有する発現ベクターについて、ＢＨＫ２１細胞へ導入してエリスロポエチンの一時的発現を確認し、ＢＨＫ２１細胞をＳＶ４０とメタロチオネインプロモーター（ＭＴ−１）プロモーター発現ベクターを使用して形質転換し永続細胞系を樹立し、これを培養してエリスロポエチンを生産する方法。」
ＶＩ．対比及び判断
　そこで、本件発明と甲第１号証記載の発明を対比すると、甲第１号証記載の「永続細胞系」は、本件発明における「恒常的に産生する細胞」に相当するから、次の点で構成が相違する。
▲１▼プロモーターが、前者では「レトロウィルスＬＴＲ（ｌｏｎｇ　ｔｅｒｍｉｎａｌ　ｒｅｐｅａｔ）」であるのに対して、後者では「アデノウイルス主要後期プロモーター」、あるいは、「ＳＶ４０及びメタロチオニンプロモーター（ＭＴ−１）」である点
▲２▼形質導入ベクターを細胞に導入する方法が、前者では、「ＤＮＡトランスフェクション法」であるのに対して、後者では、その点が記載されていない点
▲３▼培養して得られたエリスロポエチンを、前者では、モノクロナール抗ヒト・エリスロポエチン抗体吸着カラムにより単離するのに対して、後者ではそれが記載されていない点
　そして、その他の点で両者は一致する。
　以下、上記相違点▲１▼から▲３▼について検討する。
１．相違点▲１▼についての検討
１）相違点▲１▼に関する請求人の主張
　相違点▲１▼について、請求人は以下の３つの理由のいずれの理由においても、当業者が容易に発明できた旨を主張する。
（ｉ）ＬＴＲは強力なプロモーターとして本件出願前周知（甲第３号証、甲第４号証、甲第６号証〜甲第１１号証参照。）であり、一般的によく用いられていた。当業者であれば、甲第１号証におけるプロモーターとして、強力なプロモーターとして本件出願前周知であり、一般的によく用いられていたＬＴＲを用いることは容易に想到することである。発明の効果についてその予測性を論じるとき、比較の基準は出願時の技術水準である。そして、甲第１９号証の実験（Ｃ）（Ｄ）のベクターの作製に出願時公知ではないｐＭＴ２を用いたが、甲第１号証の開示事項、甲第４号証、参考資料１１、参考資料２５、参考資料１３から導かれる転写ユニットと同じ転写ユニットを含むことから、上記実験（Ｃ）（Ｄ）で用いたエンハンサー等を含む転写ユニットをもつベクターは、甲第１号証の開示事項及び出願時の技術水準から当業者がふつうに作製するベクターである。本件発明は、甲第１号証の開示事項から当業者がふつうに作製するベクターを用いた実験（Ｃ）（Ｄ）の結果と比べて、格別効果を有するものとはいえない。
（ｉｉ）強力なプロモーターとしてＬＴＲ、ＳＶ４０等は本件出願前周知（ＬＴＲについては、甲第３号証、甲第４号証、甲第６号証〜甲第１１号証参照。ＳＶ４０については、甲第２号証〜甲第４号証参照。）であり、一般的によく用いられていた。当業者であれば、これらプロモーターを本件出願前よく知られていた宿主細胞に用いることはふつうに行うことであるから、強力なプロモーターとして本件出願前周知のＬＴＲを甲第１号証におけるプロモーターとして用いることは当業者が容易に想到することである。そして、ＢＨＫ細胞でエリスロポエチンを発現させるという甲第１号証の開示事項からして、本件出願時に当業者において使用されるであろう「甲第１９号証記載の実験（Ｅ）（Ｆ）で示される、本件出願前にエリスロポエチン生産に用いられ、かつ、周知のＳＶ４０プロモーター」及び前記「甲第１９号証記載の実験（Ｃ）（Ｄ）で示される、甲第１号証の開示事項から導かれる転写ユニット」を用いた実験結果と比べて、本件発明は格別の効果を有するものとはいえない。
（ｉｉｉ）甲第２号証には、ＢＨＫ２１細胞とＬＴＲプロモーターとの組合せは、遺伝子の発現効率がよいことが記載されている。よって、甲第１号証に記載のプロモーターとして、エリスロポエチン高発現量を期待して、甲第２号証記載のＬＴＲプロモーターに置換することは当業者が容易に想到することである。そして、本件発明の効果は、甲第２号証の記載から、当業者が当然のこととして予測しうるものである。
　そこで、上記（ｉ）から（ｉｉｉ）の主張について検討する。
（１）請求人主張（ｉ）についての検討
　ＬＴＲプロモーターは、甲第３号証、甲第４号証、甲第６号証〜甲第１１号証に記載のように本出願前周知のプロモーターであると認められる。
　そして、甲第４号証及び甲第５号証に「宿主ベクター系の開発が行われている」旨が記載されているように、プロモーター自体及びエンハンサー等の発現に影響する構造（以下、発現ユニットという。）と宿主の組み合わせの開発が行われている。そしてこのような開発は、宿主と発現ユニットの組み合わせには、相性があり、ある生産性が高い結果をもらたらす宿主と発現ユニットの組み合わせにおいて、宿主や発現ユニットをそれぞれ変更しても同様の結果をもたらすとは限らないから、最適の組み合わせを見つけようと行われていものである。
　このような出願時の技術的常識から判断すると、前述したようにプロモーターと宿主の組み合わせの効果は、実際に試してみなければ知ることができないのであるから、単にＬＴＲプロモーターが本件出願前周知であるからといって、甲第１号証にＬＴＲプロモーターを適用することで奏される効果は、甲第１号証及び出願当時の技術常識から当業者が予測できないものである。
　そこで、請求人は、甲第１号証に記載のプロモーターを出願前周知のプロモーターであるＬＴＲプロモーターに置換し相違点▲１▼の如く構成することが構成上容易であるとして、その効果も格別なものでないことを立証するために甲第１９号証を提出し、甲第１号証に開示された２種類のプロモーターのうちの「アデノウイルスの主要後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター」を基にした実験（Ｃ）（Ｄ）と本件発明の実施例である実験（Ａ）（Ｂ）を比較した結果を図７及び図８に示し、両者に格別効果上の差違はないと主張する。
　ところで、請求人の行った実験（Ｃ）（Ｄ）が、甲第１号証に記載されたもの、又は、甲第１号証から自明なものといえるかについてまず検討する。
　実験（Ｃ）（Ｄ）で採用されたベクターは、甲第１９号証記載の図１（Ｃ）（Ｄ）、更に、より詳細な構造として参考資料１７記載のＣ図及びＤ図で示されているものであり、そこには、「実験（Ｃ）ｐＤ１１（ＶＡ＋）ＥＰＯなるベクターの主な構造としてＳＶ４０エンハンサー、ＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ、ＡｄｅｎｏＭＰＬ、ＴＰＬ、ｇｈ−ｅｐｏ、ＳＶ４０　ｐｏｌｙ　Ａ、ＶＡ」の順に並ぶものが、そして、「実験（Ｄ）　ｐＤ１１（ＶＡ−）ＥＰＯなるベクターの構造としてＳＶ４０エンハンサー、ＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ、ＡｄｅｎｏＭＰＬ、ＴＰＬ、ｇｈ−ｅｐｏ、ＳＶ４０　ｐｏｌｙ　Ａ」の順に並ぶものが記載されている。ここで、「ＡｄｅｎｏＭＰＬ」「ＴＰＬ」とは、「アデノウイルス主要後期プロモーター」「トリパータイトリーダー配列」「ＳＶ４０ポリ　Ａ付加部位」を意味する。
　しかしながら、甲第１号証には、「アデノウイルスの主要後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター」としか記載されておらず、甲第１号証記載のベクターと実験（Ｃ）（Ｄ）に係るベクターを対比すると、次の点で少なくとも相違する。
　実験（Ｃ）に係るベクターには、甲第１号証に記載されていない「ＳＶ４０エンハンサー」「ＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ」「ＶＡ」が存在する。
　実験（Ｄ）に係るベクターには、甲第１号証に記載されていない「ＳＶ４０エンハンサー」「ＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ」が存在する。
　これに対し、請求人は、「ＳＶ４０エンハンサー、ＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ、ＶＡ」を「アデノウイルスの主要後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター」に付加してるものは出願当時知られているとして、甲第４号証、参考資料１１、参考資料１３及び参考資料２５を提示している。
　ところが、これらの証拠方法は、「ＳＶ４０エンハンサー、ＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ、ＶＡ」を「アデノウイルスの主要後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター」に付加したものが用いられることがあることを示しているに過ぎない。特に「ＳＶ４０エンハンサー、ＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ」が付加されていることにより、実験（Ｃ）（Ｄ）のベクターは、ＳＶ４０プロモーターも遺伝子の発現に影響を与えるのは明らかであり、アデノウイルスの主要後期プロモーターとＳＶ４０　ｌａｔｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒの双方のプロモーターが一体となって遺伝子が制御されることとなる。そうすると、甲第１号証の「アデノウイルスの主要後期プロモーターとトリパータイトリーダー配列に基づくモジュラー発現ベクター」との記載から当業者が誰しも実験（Ｃ）（Ｄ）のようなベクターと解するというものではなく、これらの証拠方法から実験（Ｃ）（Ｄ）のようなベクターが甲第１号証から自明なものとはいえない。
　したがって、請求人の甲第１９号証で、甲第１号証記載の者の実験であるとした前記実験（Ｃ）（Ｄ）は、甲第１号証記載のものとはいえない。そうすると、比較対象となる甲第１号証記載のものの効果が不明である以上、本件発明を甲第１号証記載のものとは効果上差がないとして進歩性を否定する旨の請求人の主張を採用することはできない。
（２）請求人主張（ｉｉ）についての検討
　請求人は、前述のように、「本件発明は、本件出願前周知のＬＴＲをＢＨＫ２１細胞を用いた甲第１号証におけるプロモーターとして採用したものにすぎない。」旨を主張し、効果においても、本件発明は顕著なものでないことを立証するために、甲第１９号証を提出している。
　そこで、甲第１９号証記載の実験（Ｃ）（Ｄ）（Ｅ）（Ｆ）について検討する。
　実験（Ｃ）（Ｄ）は、甲第１号証に係る実験ではないことは、前記（１）の項に記したとおりである。
　他方、請求人の主張は、要約すれば「本件発明は甲第１号証記載のＢＨＫ２１細胞とアデノウイルス主要後期プロモーター等のプロモーターとの組み合わせた発明において、プロモーターを周知のＬＴＲプロモーターに置換したものに過ぎないとして構成上容易性に発明できる。」と主張した上で、効果の顕著性を否定するに際しては、構成上の容易性に関する理由で使われた証拠方法と関係ないＳＶ４０プロモーターに関する証拠方法に基づき「ＢＨＫ２１細胞とＳＶ４０プロモーターとの組み合わせを比較対象とすべき。」と主張するものである。しかしながら、甲第１号証記載のものから当業者が容易に発明し得たものというための効果の比較は、あくまでも、甲第１号証に記載されたものとの比較において検討されるべきものであるのに、実験（Ｅ）（Ｆ）は、甲第１号証に記載されたものでも、示唆されたものでもない。してみると、ＳＶ４０プロモーターが本件出願前周知のものであるとしても、実験（Ｅ）（Ｆ）は、本件発明が顕著な効果を奏するか否かを判断するための比較対象とはなり得ない。
　したがって、この請求人の主張も採用することができない。
　なお、甲第１９号証記載の実験結果は、前記（１）及び（２）の項に記載したように無効の理由の根拠にならないので、甲第１９号証に関連して被請求人の求めた追加実験はその必要性が認められない。
（３）請求人主張（ｉｉｉ）についての検討
　甲第２号証には、「我々は、また、Ｇ発現についてｐＳＶＧ（ｐＳＶ２−Ｇｄｅｌ−５）をマウス３Ｔ３細胞、サルＣＶＩ細胞及びＭＤＣＫ細胞で試験した。すべての場合において、Ｇ発現のレベルは、マイクロインジェクションされた細胞の免疫蛍光法による判定では、ＢＨＫ２１細胞におけるものより低かった。」（第１４７９頁左欄下から１２〜８行）こと、ヘルペスシンプレックスウイルス（ＨＳＶ）からのチミジンキナーゼ（ＴＫ）プロモーター及びショウジョウバエからのヒートショック（ＨＳ）プロモーターとコピアＬＴＲエレメント、ＳＶ４０初期プロモーター（ｐＳＶＧとｐＳＶ２−Ｇの２種類の発現ベクターが記載されている。）等のプロモーターからなる構築物と比較して「ｐＭＳＶ−ＧからのものがＧ蛋白質の発現において優れている理由は明らかではないが、ＢＨＫ２１細胞においては、他のものに比べてＭＳＶプロモーターからのより効率的な転写によるものと思われる。」（第１４７９頁右欄３４〜３８行）と記載されている。
　このように甲第２号証においては、細胞で４種類、プロモーターで５種類を比較して、発現効率が優れている組み合わせとして、ＢＨＫ２１細胞とレトロウイルスに属するマウスモロニー肉腫ウイルス（ＭＳＶ）のＬＴＲの組み合わせを見いだしている。しかも、上記複数の５種類のプロモーターには、本件特許明細書にＬＴＲプロモーターとの比較対象として記載されたＳＶ４０初期プロモーターが含まれており、ＳＶ４０初期プロモーターよりもＬＴＲプロモーターが優れていることをデータとして示しているのである（第１４８０頁第４図参照）。
　そうすると、甲第１号証に記載のＢＨＫ２１細胞に使用するプロモーターに、ＢＨＫ２１細胞と最適な組み合わせのプロモーターとして甲第２号証に記載されたレトロウイルスに属するマウスモロニー肉腫ウイルス（ＭＳＶ）のＬＴＲを採用し、本件発明の相違点▲１▼の如く構成し、より高いエリスロポエチン生産能を有するものにしようとすることは、格別技術上の問題点はなく、当業者であれば容易に想到し得たものと認められる。
　そして、かかる構成を採用することにより奏される効果「このエリスロポエチン発現プロモーターと生産宿主の組み合わせば、ＳＶ４０プロモーターよりも高いエリスロポエチン生産能を有していることが確認された。」（本件特許公告公報第６欄第３〜６行）も、ＢＨＫ２１細胞とＬＴＲプロモーターが最も発現効率が高いことが甲第２号証に示されているので、甲第１号証及び甲第２号証記載の事項から当業者が容易に予測できるものと認められる。
　このことに関して、被請求人は、平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書において次の旨を主張する。
（ａ）甲第２号証は、エリスロポエチンとは全く相違する融合誘発性水疱性口内炎ウイルスのＧ蛋白質の発現に関するものであり、エリスロポエチンの発現にＬＴＲプロモーターとＢＨＫ２１細胞を組み合わせて用いることは記載されていない。（第１答弁書第１０頁第１３〜１７行）
（ｂ）被請求人は、乙第３号証に示すように、糖鎖結合部位のアミノ酸に変異を起こさせ、組換えエリスロポエチンの糖鎖の本数を変えたものを生産しエリスロポエチン活性が高いことを確認した。一方、同じく糖鎖の本数を変えたエリスロポエチンであっても乙第４号証においては、活性のないものが得られている。このような現象は何に由来するか不明であるが、発現される蛋白質は同一であっても、プロモーターと宿主の組み合わせによって活性のあるものとないものが得られるのである。このことは、遺伝子組換えによる生産方法は、公知の技術からは単純に予測できないことを意味する。（第１答弁書第９頁第８行〜第１０頁第４行）
（ｃ）ＬＴＲプロモーターとＢＨＫ２１細胞の組み合わせによりエリスロポエチンの高発現が期待できると請求人は主張するが、請求人の提出した甲第１９号証におけるエリスロポエチン生産性の比較実験においてＬＴＲプロモーターとＢＨＫ２１細胞の組み合わせである実験（Ａ）又は実験（Ｂ）より、ＳＶ４０プロモーターとＢＨＫ２１細胞の組み合わせの実験（Ｅ）（Ｆ）の方がエリスロポエチンの生産性が格段に高いという結果になっている。これは、ＬＴＲプロモーターがＳＶ４０プロモーターより生産性が高かったとする甲第２号証の結果と矛盾するものである。（被請求人提出の平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第２３頁下から３行〜第２４頁下から３行）
（ｄ）バイオテクノロジーにおける高発現細胞株の樹立のための技術にはブラックボックス的な要素が多く、請求人の主張の根拠となっている甲第２号証のように、遺伝子発現効率の高いプロモーターや宿主を組み合わせたからといって、全ての生理活性蛋白質の遺伝子を効率よく発現できるとは限らない。本件発明はエリスロポエチン遺伝子であり、甲第２号証ではＧ蛋白質であることからその効果は予測できない。（平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第２５頁第１１〜２０行）
（ｅ）本件発明は、メタロチオネインやメトトレキセートのような毒性物質による誘導や遺伝子増幅が必要ない。精製の際にこのような毒物による汚染を考慮せずにエリスロポエチンを製造できる方法である。（平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第４３頁下から２行〜第４４頁第２行で引用される平成８年７月３０日付第１答弁書第２５頁１４行〜第２６頁第２行）
（ｆ）甲第１号証はメタロチオネインプロモーターを使用しているので、得られるエリスロポエチンの糖鎖構造は本件発明と異なる。本件発明で得られるエリスロポエチンは、乙第１４号証及び乙第１５号証で示されるように天然のエリスロポエチンと類似の特性のものである。（平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第４３頁下から２行〜第４４頁第２行で引用される平成８年７月３０日付第１答弁書第２６頁第３行〜第２７頁第５行）
（ｇ）従来の審査において、乙第５号証〜乙第１０号証、乙第１９号証に示すように、遺伝子、公知のプロモーター及び宿主細胞の組み合わせを特徴とする数多くの遺伝子組換え技術に関する発明が特許されている。本件特許出願時の技術水準では、構成要件である遺伝子、プロモーター、ベクター、宿主細胞が仮に公知であったとしても、その効果は予測不能であり、本件発明は特許性がある。（平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第３３頁下から５行〜末行で引用する平成８年７月３０日付第１答弁書第１３頁第１行〜第１８頁第１４行及び平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第３４頁第１４行〜第３５頁末行）
　そこで、被請求人の主張について順に検討する。
▲１▼被請求人主張（ａ）についての検討
　プロモーターは遺伝子が発現する際の転写の制御を行っている領域であり、また、宿主細胞は、そのプロモーターが機能するための環境を提供するものであって、宿主とプロモーターの組み合わせが高生産に影響する重要な要素であることは、当業者にとって技術常識である。例えば、甲第３号証第５２４第６〜７行に「高生産の決め手となる宿主ベクター系等を中心に述べる。」と記載されており、宿主とベクター即ちプロモータの組み合わせが高生産に影響することが示されている。他方、蛋白質の発現のメカニズムは当業者にとって周知であり、これによれば蛋白質をコードする外来遺伝子は、宿主やプロモーターの働きにより発現するものであり、通例当該外来遺伝子自体は通常翻訳や転写に何等の影響も及ぼさないものとされている。例外的に、外来遺伝子自体は宿主とプロモーターの組み合わせにより決まる発現効率で発現してはいるものの外来遺伝子から生産される蛋白質が毒性を有したり、その後プロセッシングされる等により、見かけ上発現効率が低下することが有り得るが、エリスロポエチンがこのような特殊な蛋白質に該当するという証拠なく、宿主及びプロモーターさえ決まれば、Ｇタンパク質とエリスロポエチンという遺伝子の違いにより、発現効率が変化することはないものと認められる。
　してみると、甲第２号証に、ＬＴＲプロモーターとＢＨＫ２１細胞の組み合わせが、Ｇ蛋白質の発現において高効率であった旨が記載され、かつ、この組み合わせが高生産に影響する重要な要素であることが示されていることから、当業者であれば、他の蛋白質の遺伝子の発現においても同様の効果が奏されることを予測するものと認められる。
　そして、この予測に基づいて、甲第１号証に記載のものに、甲第２号証記載の事項を採用することは、容易になし得ることであり、その効果も、本件特許明細書記載の本件発明の効果を見る限りこの予測のとおりの結果になったものにすぎない。よって、被請求人の主張（ａ）は採用できない。
▲２▼被請求人主張（ｂ）についての検討
　本件発明は、エリスロポエチンを構成するポリペプチドのアミノ酸を一部変化させることで糖鎖の本数を変えたものの製造方法に関するものではなく、天然のエリスロポエチンと同じポリペプチド鎖を有するエリスロポエチンの製造方法に係るものである。乙第３号証と乙第４号証において、天然のエリスロポエチンと同じポリペプチド鎖を有するエリスロポエチン（変異のないエリスロポエチン）については、双方充分な活性のあるエリスロポエチンが得られているものと認められる。即ち、乙第３号証第８頁表３において、未変異のエリスロポエチンは比活性（ｉｎ　ｖｉｖｏ／ＥＩＡ）で１００を示している。また、乙第４号証第１７５１８頁ＴＡＢＬＥ　Ｉにおいて、同じく未変異のエリスロポエチンは、１１０（ｕｎｉｔ／μ　ｇ　Ｅｐ　ａｎｔｉｇｅｎ）を、１４±２（ｕｎｉｔ／ｍｌ　ｏｆ　ｃｕｌｔｕｒｅ）を示している。このように変異のないエリスロポエチンにおいては、宿主とプロモーターの組み合わせを変えても活性の有るものが得られている。被請求人が指摘する活性の違いは、乙第３号証と乙第４号証記載のエリスロポエチンを構成するポリペプチドのアミノ酸を一部変異させて糖鎖の本数を変えた実験から導かれるものであり、このような変異が活性の低下を導く原因となったとも認められるので、宿主とプロモーターの組み合わせによるものとは認められない。
　そうすると、乙第３号証と乙第４号証記載の事項からは、発現される蛋白質は同一であっても、プロモーターと宿主の組み合わせによって活性のあるものとないものが得られるとはいえない。
▲３▼被請求人主張（ｃ）についての検討
　被請求人の主張は、要約すれば、ＢＨＫ２１細胞においてＬＴＲプロモーターとＳＶ４０初期プロモーターを用いてエリスロポエチン遺伝子を発現させた場合、甲第２号証から予測されるところによれば、ＬＴＲプロモーターの結果が優れていなければならないが、請求人の提示する甲第１８号証記載の実験においては、ＳＶ４０初期プロモータ（実験（Ｆ））よりＬＴＲプロモーター（実験（Ａ）、実験（Ｂ））の結果が劣っているという矛盾した結果となるというものである。
　しかしながら、そもそも、実験（Ｆ）の発現ベクターは、甲第２号証に記載されたベクターに基づくものではなく、甲第１９号証の実験用に甲第５号証記載のベクターを参考に作成されたものであり、被請求人の主張（ｃ）は採用できない。
　しかも、同様の組み合わせを比較した、被請求人の乙第１８号証記載の実験では、ＬＴＲプロモーター（ｐＺＩＰｎｅｏＳＶ（Ｘ）ＥＰＯによる形質転換例）がＳＶ４０初期プロモーター（ｐＳＶｈＥＰＸによる形質転換例）より優れているという結果となっている。被請求人の提出する乙第１８号証の結果が正しいとすれば、まさに、甲第２号証から予測されるとおりの結果であり、被請求人の主張は採用できないこととなる。
▲４▼被請求人主張（ｄ）についての検討
　バイオテクノロジーの分野においては、生命の機能が全て解明されていないので、遺伝子発現効率の高いプロモーターや宿主を組み合わせても予測どおりの結果とならない例外的なケースがあるものの、宿主とプロモーターの組み合わせが高生産に影響する重要な要素であることは技術常識である。例えば、前述したように甲第３号証第５２４第６〜７行に「高生産の決め手となる宿主ベクター系等を中心に述べる。」と記載されており、宿主とベクター即ちプロモータの組み合わせが高生産に影響することが示されている。
　甲第２号証は、高生産に影響する宿主とプロモーターの組み合わせを様々試験し、ＢＨＫ２１細胞とＬＴＲプロモーターの組み合わせが最適であることを見いだしたものである。本件発明と生産される蛋白質は違えど、宿主とプロモーターの組み合わせが重要な要素であるという技術常識及びエリスロポエチンが特定の宿主細胞とプロモーターでしか発現しないという特殊なタンパク質でないことを考慮すれば、甲第２号証記載の結果から、エリスロポエチンにおいても同様の高生産性を示すであろうことは、当業者であれば容易に予測し得るといえる。そして、本件発明の効果は、甲第２号証で示される結果から予測されるとおりのものであり、格別なものとはいえない。
▲５▼被請求人主張（ｅ）についての検討
　まず、メタロチオネインについて検討する。メタロチオネインプロモーターは、重金属により誘導可能なプロモーターの一種である。
　ところで、相違点▲１▼については、「（３）請求人主張（ｉｉｉ）についての検討」の項で述べたように、甲第１号証に記載のＢＨＫ２１細胞に使用するプロモーターに、ＢＨＫ２１細胞と最適な組み合わせのプロモーターとして甲第２号証に記載されたレトロウイルスに属するマウスモロニー肉腫ウイルス（ＭＳＶ）のＬＴＲを採用し、本件発明の相違点▲１▼の如く構成することは、当業者であれば容易になし得たものと認められるものである。甲第１号証にはメタロチオネインプロモータが記載されているものの、上述の如く甲第１号証と甲第２号証に基づいて構成されたＢＨＫ２１細胞とＬＴＲプロモータの組み合わせた場合には、メタロチオネインプロモーターは存在せず、本件発明と同様毒物による誘導を行う必要のないものとなる。上述の如くこのような組み合わせが容易に行い得る以上、進歩性を考慮する上でメタロチオネインプロモーターによる重金属誘導について考慮する必要はない。
　また、メトトレキセートは、甲第１号証に「メトトレキセートを含有する選択培地中で樹立した永続細胞系は、増幅前に３００単位までのＥｐ／上清ｍｌを産生した。」（第１５９ａ頁右上欄第３９〜４１行）と記載されていることから、甲第１号証において選択マーカーとして使用されている。このような選択マーカーは永続細胞系を樹立してしまえば添加する必要はなく、精製の際に影響することはないものと認められる。
▲６▼被請求人主張（ｆ）についての検討
　甲第１号証には、「組換えヒトＥｐは、培地中で最高数の後期赤血球系コロニー（ＣＦＵ−Ｅ由来）を刺激し、ヒト尿から精製した天然のＥｐと同一の投与量応答関係を示し、１０単位／ｍｌまでの濃度ではＣＦＵ−Ｅを阻止せず、そしてインビボで十分に活性であった。」（第１５９ａ頁右上欄第３４〜３６行）と記載されていることからみて、甲第１号証記載のエリスロポエチンは天然のエリスロポエチンとほぼ同じ活性を有するものと認められる。
　そして、蛋白質の糖鎖の付加は、翻訳後に細胞質内で酵素により付加されるものであるから、プロモーターの影響は少ないと考えられ、プロモーターが異なっても細胞が同じであれば、細胞質内の糖鎖の付加の環境は大きく変わることはないと認められる。
　他方、乙第１４号証及び乙第１５号証に記載されたデータは、本件発明で得られるエリスロポエチンが天然のエリスロポエチンと同様の活性を有していることを示すものである。被請求人は、この同様の活性ということをもって、糖鎖の構造が近似する旨を主張するが、直接糖鎖について測定したデータではない。
　そうすると、糖鎖の構造が近似する旨の被請求人の主張を裏付けるのは、単に活性が天然のものに類似しているということだけであり、これをもって直ちに本件発明で生産されるエリスロポエチンの糖鎖構造が天然のものに類似しているとはいえない。仮に、活性が天然と同じであれば糖鎖の構造も近似するという被請求人の主張が成り立ったとしても、本件発明と同じＢＨＫ２１細胞で製造され、かつ、天然のエリスロポエチンとほぼ同じ活性を有することが確認された甲第１号証記載のエリスロポエチンの糖鎖の構造は、生産細胞が同じである以上本件発明で生産されるエリスロポエチンと異なるものとは認められない。
▲７▼被請求人主張（ｇ）についての検討
　上記「（３）請求人主張（ｉｉｉ）についての検討」の項で言及したように、甲第１号証に記載のＢＨＫ２１細胞に使用するプロモーターに、ＢＨＫ２１細胞と最適な組み合わせのプロモーターとして甲第２号証に記載されたレトロウイルスに属するマウスモロニー肉腫ウイルス（ＭＳＶ）のＬＴＲを採用し、本件発明の相違点▲１▼の如く構成することは、当業者であれば容易になし得たものと認められる。また、その効果も甲第１号証及び甲第２号証記載の事項から予測できない格別なものとも認められない。そして、本件発明の効果が上述の如く甲第１号証及び甲第２号証から予測可能であるので、従来の審査において、遺伝子、公知のプロモーター及び宿主細胞の組み合わせを特徴とする遺伝子組換え技術に関する発明において進歩性があると判断される場合に、本件発明は該当しない。
２．相違点▲２▼について
　トランスフェクション法について、甲第２号証、甲第３号証、甲第４号証、甲第１５号証及び甲第１６号証に記載されているように、動物細胞へＤＮＡ導入法としてＤＮＡトランスフェクション法は本出願前より周知慣用の技術的手段であると認められる。
　これに対して、被請求人は、被請求人提出の平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書で引用する第１答弁書第１〜２８行において、エリスロポエチン遺伝子を導入するのにＤＮＡトランスフェクション法を採用することについては、上記甲各号証に記載されていない旨を主張する。
　しかしながら、トランスフェクション法は、上記甲各号証に記載された如く、様々な動物細胞や遺伝子の導入に採用されている方法である。
　そして、甲第１号証には、ＤＮＡの導入方法について記載されていないが、何等かの導入法を採用していることは確かであり、この導入方法として、本出願前周知のＤＮＡトランスフェクション法を採用し、本件発明の相違点▲２▼の如く構成することは、当業者が容易に想到できたものと認められる。
　なお、被請求人は乙第１９号証を提示して、本件発明は進歩性がある旨を主張するが、乙第１９号証は、本件発明とは別の発明の特許出願に係る特許公告公報であり、乙第１９号証によって、上記認定・判断が影響を受けるものではない。
３．相違点▲３▼について
　モノクローナル抗体吸着カラムを使用した蛋白質の単離精製方法は本件出願前より周知慣用されていた（例えば、甲第１２号証、甲第１３号証、福井三郎監修「バイオテクノロジーシリーズ　モノクローナル抗体」講談社、第１刷、１９８６年３月１０日発行第９２〜１２８頁参照。）。そして、このモノクローナル抗体吸着カラムを使用した蛋白質の単離精製方法は、モノクローナル抗体の種類を変更することにより、様々な種類の蛋白質の精製が行える一般的な技術であり、特定の蛋白質に対するモノクローナル抗体さえ得ることができれば、何の困難性もなく精製に使用することができるものと認められる。
　他方、モノクローナル抗天然ヒト・エリスロポエチン抗体は、本件出願前より周知（要すれば、甲第１２号証及び甲第１３号証参照、Ｔａｎｉａ　Ｌ．Ｗｅｌｓｓ，Ｃｌｉｆｆｏｒｄ　Ｊ．Ｋａｖｉｎｓｋｙ＆Ｅｕｇｅｎｅ　Ｇｏｌｄｗａｓｓｅｒ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳＡ，ｖｏｌ．７９，ｐ．５４６５−５４６９（１９８２））であった。しかも、甲第１２号証及び甲第１３号証に記載されているように天然のエリスロポエチンをモノクローナル吸着カラムを使用して精製することさえ行われているのである。
　そうすると、甲第１号証記載の発明において、周知慣用されているモノクローナル抗体吸着カラムによる単離精製方法を、エリスロポエチンの精製に適用すべく周知のモノクローナル抗天然ヒト・エリスロポエチン抗体を使用して行い、相違点▲３▼の如く構成しようとすることは、当業者が容易に想到できたものと認められる。
　この点について、被請求人は以下の旨を主張する。
「遺伝子組換えにより発現させたエリスロポエチンを精製させた証拠方法は請求人から提示されていないので、これを精製できたか否か不明である。そして、遺伝子組換えエリスロポエチンは、Ｃ末端のアルギニンが天然由来のエリスロポエチンと比較して欠如していることが知られている（乙第１３号証第２６４７頁左欄第１０行〜同頁右欄第１行、及び、参考資料１第３１１７頁第１図）。このような違いは、抗原抗体反応に影響を与えるはずであり、精製条件を請求人提示の証拠方法から全く推定することができない。」（平成１０年６月１９日付口頭審理陳述要領書第４３頁第８〜９行で引用する平成８年７月３０日付答弁書第第２１頁第２８行〜第２３頁第１０行）
　そこで、この被請求人の主張についての検討する。遺伝子組換えエリスロポエチンのＣ末端のアルギニンが天然由来のエリスロポエチンと比較して欠如していることが知られていると被請求人は主張するが、その根拠の１つである乙第１３号証の記載事項は正確には「ＣＨＯ細胞から分泌されるＨｕＥＰＯ（組換えエリスロポエチン）分子は、Ｃ末端のアルギニン残基がプロセッシングされ、１６５個のアミノ酸配列から構成されることが明らかとなった２２）。したがって、アミノ酸配列から計算されるペプチド部分の分子量は１８，２４２である。このＣ末端のアミノ酸のプロセッシングについては尿由来のＨｕＥＰＯ（天然のエリスロポエチン）でも同様である。」（なお、括弧内の記載は当審で付記したもの）というものである。この記載事項から見て、天然のエリスロポエチンも組換えエリスロポエチンもＣ末端のアルギニン残基が欠如するものであり、Ｃ末端の構造に違いがないことになる。また、請求人の提示した参考資料１には被請求人の主張するように天然のエリスロポエチンにアルギニン残基が残存している旨が記載されている。しかし、同参考資料１は、乙第１３号証が発行される４年前の刊行物であることを考慮すると、Ｃ末端のアミノ酸残基は天然のものと組み換えたものでは違わないと考えられる。仮に、Ｃ末端が違うとしても、１６５個のアミノ酸配列から構成される内のたった１つのアミノ酸の相違である。そして、本件発明により生産されるエリスロポエチンは、その生理的な性質は乙第１４号証及び乙第１５号証に示されるように天然のエリスロポエチンとその生理活性において格別な違いがないものであり、Ｃ末端に若干の違いがあろうがそれは活性に影響を及ぼさないような僅かな差違であるので、抗原決定基に影響する程の差違と認められない。してみると、天然のものでも組換えのものでも本件出願前周知のモノクローナル抗ヒトエリスロポエチン抗体を用いて単離精製が可能であるものと認められる。
　また、その精製条件にしても、甲第１２号証及び甲第１３号証記載のモノクローナル抗体を利用した天然のエリスロポエチンの精製条件及び福井三郎監修「バイオテクノロジーシリーズ　モノクローナル抗体」講談社、第１刷、１９８６年３月１０日発行第９２〜１２８頁に記載されたような、様々な精製条件に関する記述を参考にして、当業者であれば適切な精製条件を見いだすことは容易になし得たものと認められる。
　そして、本件発明により奏される効果も、甲第１号証、甲第２号証及び前記各周知の技術的事項から当業者が容易に予測できる域を越えるものではない。
ＶＩＩ．むすび
　以上のとおりであるから、本件発明は、甲第１号証及び甲第２号証に記載された発明並びに前記各周知の技術的事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本件特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであり、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とされるものである。
　よって、結論のとおり審決する。