【手続補正書】
【提出日】平成27年1月29日(2015.1.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つまたは複数の薬理ゲノミクスバイオマーカーを同定する方法であって、
ａ）関連の表現型において異なる値を示す少なくとも２人の患者の保存された臨床試料からＤＮＡを単離する工程と、
ｂ）該単離されたＤＮＡを増幅する工程と、
ｃ）ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムを使用することによって該増幅されたＤＮＡの高密度ジェノタイピングデータを得る工程であって、該ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムのコール率カットオフ値が約８０％未満である、工程と、
ｄ）該ジェノタイピングデータおよび該関連の表現型における該異なる値に基づいてアソシエーション解析を行う工程と
を含み、該薬理ゲノミクスバイオマーカー（複数可）が同定される、方法。
【請求項２】
前記保存された臨床試料が、血漿試料、血清試料、乾燥血液スポット、尿試料、組織試料、腫瘍細胞および口腔スワブからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記保存された臨床試料が、血漿試料である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記単離されたＤＮＡが、最適以下のゲノムＤＮＡである、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記増幅が、全ゲノム増幅（ＷＧＡ）であり、得られたＤＮＡが、全ゲノム増幅ＤＮＡ（ｗｇａＤＮＡ）である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記ジェノタイピングデータが、ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムを使用することによって得られ、
ｅ）前記ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムのコール率カットオフ値を調整する工程
をさらに含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記ジェノタイプコールが、高品質ゲノムＤＮＡの全ゲノムジェノタイピングに使用される典型的なコール率カットオフよりも低いコール率カットオフを用いて作製される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
使用される前記コール率カットオフが、約５０〜８０％である、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記同定された薬理ゲノミクスバイオマーカーを用いて、追加のジェノタイピングデータに基づくアソシエーション解析を実施する工程をさらに含み、
工程ａ）からのいくつかもしくは全ての前記保存された臨床試料および／または追加の臨床試料が、前記追加のジェノタイピングに使用される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記検証ジェノタイプコーリングアルゴリズムを用いて得られた前記追加のジェノタイピングデータを前記ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムを用いて得られた前記ジェノタイピングデータと比較する工程をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
工程ｄ）からの前記薬理ゲノミクスバイオマーカーのサブセットが同定され、前記方法は、以前に行われた臨床試験からの保存された臨床試料の遡及的研究に使用される、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
コンパニオン診断試験を開発するために使用するための組成物であって、請求項９に記載の方法により同定された薬理ゲノミクスバイオマーカーを含む組成物。
【請求項１３】
最適以下のゲノムＤＮＡ試料を用いるジェノタイピング方法であって、
ａ）ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムおよび／または検証ジェノタイプコーリングアルゴリズムを使用することによって該最適以下のゲノムＤＮＡ試料の配列情報を受け取る工程と、
ｂ）該配列情報に基づいて組み入れ基準を最適化する工程であって、該組み入れ基準は、該ジェノタイプコーリングアルゴリズムのコール率カットオフ値であり、最適化したコール率カットオフ値は、９０％未満である、工程と、
ｃ）該配列情報および該最適化した組み入れ基準に基づいてジェノタイプを計算する工程と
を含む方法。
【請求項１４】
前記最適化を複数回繰り返して、試料を含めかつ／または除外する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
最適以下のゲノムＤＮＡ試料を用いるジェノタイピング方法のための複数の指示を含むコンピューター読み取り可能媒体であって、以下の工程：
ａ）該最適以下のゲノムＤＮＡ試料の配列情報を受け取る工程と、
ｂ）請求項１３または１４に記載の方法を用いて、該配列情報に基づいて組み入れ基準を最適化する工程と、
ｃ）該配列情報および該最適化した組み入れ基準に基づいてジェノタイプを計算する工程と
を含む、媒体。
【請求項１６】
１つまたは複数の薬理ゲノミクスバイオマーカーを同定する方法であって、
ａ）関連の表現型において異なる値を示す少なくとも２人の患者の保存された臨床試料からＤＮＡを単離する工程と、
ｂ）該単離されたＤＮＡを増幅する工程と、
ｃ）該増幅されたＤＮＡの高密度ジェノタイピングデータを得る工程であって、該ジェノタイピングデータは、あるコール率カットオフ値を有するゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムを使用することによって得られる、工程と、
ｄ）該ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムの該コール率カットオフ値を調整して、より多くの該保存された臨床試料を含める、工程と
ｅ）該ジェノタイピングデータおよび該関連の表現型における該異なる値に基づいてアソシエーション解析を行う工程と
を含み、該薬理ゲノミクスバイオマーカー（複数可）が同定される、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
なお別の態様では、最適以下のゲノムＤＮＡを用いてＧＷＡＳを実施する方法もまた、本明細書中で提供される。いくつかの実施形態では、上記最適以下のゲノムＤＮＡは、保存された試料由来であってもよい。いくつかの実施形態では、上記最適以下のゲノムＤＮＡは、血漿試料由来であってもよい。いくつかの実施形態では、上記最適以下のゲノムＤＮＡは、増幅されていてもよい。いくつかの実施形態では、複数のジェノタイピングプラットホームが、使用され得る。いくつかの実施形態では、同じまたは異なる試料を上記複数のジェノタイピングプラットホームに使用してもよい。いくつかの実施形態では、上記方法は、高品質ゲノムＤＮＡを提供する試料をさらに使用してもよい。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
１つまたは複数の薬理ゲノミクスバイオマーカーを同定する方法であって、
ａ）関連の表現型において異なる値を示す少なくとも２人の患者の保存された臨床試料からＤＮＡを単離する工程と、
ｂ）該単離されたＤＮＡを増幅する工程と、
ｃ）該増幅されたＤＮＡの高密度ジェノタイピングデータを得る工程と、
ｄ）該ジェノタイピングデータおよび該関連の表現型における該異なる値に基づいてアソシエーション解析を行う工程であって、
ここで、該薬理ゲノミクスバイオマーカー（複数可）が同定される工程とを含む、
方法。
（項目２）
前記保存された臨床試料が、血漿試料、血清試料、乾燥血液スポット、尿試料、組織試料、腫瘍細胞および口腔スワブからなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記保存された臨床試料が、血漿試料である、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記単離されたＤＮＡが、最適以下のゲノムＤＮＡである、項目１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（項目５）
前記増幅が、全ゲノム増幅（ＷＧＡ）であり、得られたＤＮＡが、全ゲノム増幅ＤＮＡ（ｗｇａＤＮＡ）である、項目１〜４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６）
前記高密度ジェノタイピングが、全ゲノムジェノタイピングである、項目１〜５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７）
前記高密度ジェノタイピングが、一塩基多型（ＳＮＰ）を用いることによる、項目１〜６のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
約１，０００〜５，０００，０００以上のＳＮＰが使用される、項目７に記載の方法。
（項目９）
約１，０００，０００のＳＮＰが使用される、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記高密度ジェノタイピングが、アレイベース、ビーズベースまたはハイスループット配列決定ベースである、項目１〜９のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１）
前記ジェノタイピングデータが、ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムを使用することによって得られる、項目１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２）
ｅ）前記ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムのコール率カットオフ値を調整する工程
をさらに含む、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
工程ｄ）および工程ｅ）を複数回繰り返して、試料を含めかつ／または除外する、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
最適な組み入れ基準が同定される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ジェノタイプコールが、高品質ゲノムＤＮＡの全ゲノムジェノタイピングに使用される典型的なコール率カットオフよりも低いコール率カットオフを用いて作製される、項目１１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
使用される前記コール率カットオフが、約５０〜９５％である、項目１２に記載の方法。
（項目１７）
使用される前記コール率カットオフが、約８０〜９０％である、項目１３に記載の方法。
（項目１８）
使用される前記コール率カットオフが、約９０％である、項目１４に記載の方法。
（項目１９）
前記ジェノタイプコールが、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  Ｃｏｎｓｏｌｅ（商標）ソフトウェアを用いて生成される、項目１１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０）
前記ジェノタイプコールが、ＢＲＬＭＭアルゴリズムを用いて生成される、項目１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
（項目２１）
前記ジェノタイプコールが、帰属アルゴリズムを用いて作製される、項目１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
（項目２２）
ＨａｐＭａｐが、前記帰属アルゴリズムに使用される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記アソシエーション解析が、ゲノムワイドなアソシエーション研究（ＧＷＡＳ）である、項目１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
（項目２４）
前記アソシエーション解析が、前記関連の表現型との各ＳＮＰの関連ｐ値を計算することによって実施される、項目１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
（項目２５）
前記計算が、アレル頻度および／またはジェノタイプベースの試験に基づく、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記関連の表現型が、分類形質、定量的形質、または他の関連の表現型である、項目１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
（項目２７）
前記保存された臨床試料が、約２〜１，０００人以上の患者に由来する、項目１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
（項目２８）
前記同定された薬理ゲノミクスバイオマーカーを用いて、追加のジェノタイピングデータに基づくアソシエーション解析を実施する工程をさらに含む、項目１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
（項目２９）
約１〜５００以上の前記同定された薬理ゲノミクスバイオマーカーが、前記追加のジェノタイピングに使用される、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
工程ａ）からのいくつかもしくは全ての前記保存された臨床試料および／または追加の臨床試料が、前記追加のジェノタイピングに使用される、項目２８または２９に記載の方法。
（項目３１）
前記追加のジェノタイピングデータが、検証ジェノタイプコーリングアルゴリズムを使用することによって得られる、項目２８〜３０のいずれか１項に記載の方法。
（項目３２）
前記検証ジェノタイプコーリングアルゴリズムの前記コール率カットオフ値を調整する工程をさらに含む、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
ジェノタイピングおよび前記コール率カットオフの調整を複数回繰り返して、試料を含めかつ／または除外する、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
最適な組み入れ基準が同定される、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記検証ジェノタイプコーリングアルゴリズムを用いて得られた前記追加のジェノタイピングデータを前記ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムを用いて得られた前記ジェノタイピングデータと比較する工程をさらに含む、項目２８〜３４のいずれか１項に記載の方法。
（項目３６）
工程ｄ）からの前記薬理ゲノミクスバイオマーカーのサブセットが同定される、項目２８〜３５のいずれか１項に記載の方法。
（項目３７）
項目３６に記載の方法であって、以前に行われた臨床試験からの保存された臨床試料の遡及的研究に使用される、方法。
（項目３８）
薬理ゲノミクスバイオマーカーのｄｅ  ｎｏｖｏ同定に使用される、項目３６または３７に記載の方法。
（項目３９）
項目３６〜３８のいずれか１項に記載の方法によって同定される、薬理ゲノミクスバイオマーカー。
（項目４０）
項目３６〜３８のいずれか１項に記載の方法によって同定される、薬理ゲノミクスバイオマーカーの群。
（項目４１）
前記バイオマーカーが、１つまたは複数のＳＮＰである、項目３９または４０に記載の薬理ゲノミクスバイオマーカー。
（項目４２）
１つまたは複数のさらなる薬理ゲノミクスバイオマーカーを同定するために使用される、項目３９〜４１のいずれか１項に記載の薬理ゲノミクスバイオマーカー。
（項目４３）
コンパニオン診断試験を開発するために使用される、項目３９〜４１のいずれか１項に記載の薬理ゲノミクスバイオマーカー。
（項目４４）
項目３９〜４１のいずれか１項に記載の薬理ゲノミクスバイオマーカーを用いるコンパニオン診断試験。
（項目４５）
項目４４に記載のコンパニオン診断試験を用いて処置に対する被験体の応答性を予後診断する方法。
（項目４６）
項目３９〜４１のいずれか１項に記載の薬理ゲノミクスバイオマーカーを用いて新規薬物標的を同定する方法。
（項目４７）
項目３６〜３８のいずれか１項に記載の方法によって同定される薬理ゲノミクスバイオマーカーを評価するための試薬を含むキット。
（項目４８）
前記薬理ゲノミクスバイオマーカーを使用してコンパニオン診断試験を実施するための指示をさらに含む、項目４７に記載のキット。
（項目４９）
前記試薬が、ポリヌクレオチド分子および／またはポリペプチド分子を検出するために使用される、項目４７に記載のキット。
（項目５０）
最適以下のゲノムＤＮＡ試料を用いる
ジェノタイピング方法であって、
ａ）該最適以下のゲノムＤＮＡ試料の配列情報を受け取る工程と、
ｂ）該配列情報に基づいて組み入れ基準を最適化する工程と、
ｃ）該配列情報および該最適化した組み入れ基準に基づいてジェノタイプを計算する工程と
を含む方法。
（項目５１）
前記最適化を複数回繰り返して、試料を含めかつ／または除外する、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
最適な組み入れ基準が同定される、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記ジェノタイピングデータが、ゲノムワイドなジェノタイプコーリングアルゴリズムおよび／または検証ジェノタイプコーリングアルゴリズムを用いることによって得られる、項目５０〜５２のいずれか１項に記載の方法。
（項目５４）
前記組み入れ基準が、前記ジェノタイプコーリングアルゴリズムのコール率カットオフ値である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記ジェノタイプコールが、高品質ゲノムＤＮＡの全ゲノムジェノタイピングに使用される典型的なコール率カットオフよりも低いコール率カットオフを用いて作製される、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
使用される前記コール率カットオフが、約５０〜９５％である、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
使用される前記コール率カットオフが、約８０〜９０％である、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
使用される前記コール率カットオフが、約９０％である、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記ジェノタイピングデータが、複数のジェノタイピングプラットホームを用いることによって得られる、項目５０〜５８のいずれか１項に記載の方法。
（項目６０）
複数のジェノタイピングプラットホーム由来の前記ジェノタイピングデータが、前記最適化のために比較される、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
項目５０〜６０のいずれか１項に記載のジェノタイピング方法を用いてアソシエーション解析を実施する方法。
（項目６２）
前記アソシエーション解析が、前記最適化のために複数回繰り返される、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
最適以下のゲノムＤＮＡ試料を用いるジェノタイピング方法のための複数の指示を含むコンピューター読み取り可能媒体であって、以下の工程：
ａ）該最適以下のゲノムＤＮＡ試料の配列情報を受け取る工程と、
ｂ）項目５０〜６２のいずれか１項に記載の方法を用いて、該配列情報に基づいて組み入れ基準を最適化する工程と、
ｃ）該配列情報および該最適化した組み入れ基準に基づいてジェノタイプを計算する工程と
を含む、媒体。
（項目６４）
最適以下のゲノムＤＮＡを用いてＧＷＡＳを実施する方法。
（項目６５）
前記最適以下のゲノムＤＮＡが、保存された試料由来である、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記最適以下のゲノムＤＮＡが、血漿試料由来である、項目６４または６５に記載の方法。
（項目６７）
複数のジェノタイピングプラットホームが使用される、項目６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
（項目６８）
同じ試料を前記複数のジェノタイピングプラットホームに使用する、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
異なる試料を前記複数のジェノタイピングプラットホームに使用する、項目６７に記載の方法。
（項目７０）
高品質ゲノムＤＮＡを提供する試料をさらに含む、項目６４〜６９のいずれか１項に記載の方法。
（項目７１）
項目６１または６２に記載のアソシエーション解析方法を用いる、項目６４〜７０のいずれか１項に記載の方法。
（項目７２）
項目６４〜７１のいずれか１項に記載の方法を用いる、１つまたは複数の薬理ゲノミクスバイオマーカーを同定する方法。