【手続補正書】
【提出日】平成27年6月12日(2015.6.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
がんの治療において使用するための組成物であって、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載の配列に特異的に結合する単離された抗体または抗原結合性断片を含む組成物。
【請求項２】
がんの治療において使用するための組成物であって、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載の配列を含む単離されたポリペプチド、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアントを含む組成物。
【請求項３】
がんの治療において使用するための組成物であって、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列をコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有する配列番号１〜２４のいずれか１つに記載の配列の断片もしくはバリアントをコードする、単離されたポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項４】
がんの治療において使用するための組成物であって、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列をコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有する配列番号１〜２４のいずれか１つに記載の配列の断片もしくはバリアントをコードするポリヌクレオチドと相補的なオリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項５】
薬学的に許容される担体と、ＩＬ１ｆ５（配列番号１）、ＣＣＢＰ２（配列番号２）、ＩＬ１Ｒ２（配列番号３）、ＩＬ１ＲＡＰＬ１（配列番号４）、ＩＬ１８ＢＰ（配列番号５）、ＣＬＥＣ２Ｂ（配列番号６）、Ｃ４ＢＰＡ（配列番号７）、Ｃ４ＢＰＢ（配列番号８）、ＳＥＲＰＩＮＩ１（配列番号９）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム１（配列番号１０）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム２（配列番号１１）、ＧＰＲ１（配列番号１２）、ＧＰＲ４（配列番号１３）、ＧＰＲ１５（配列番号１４）、ＧＰＲ３２（配列番号１５）、ＧＰＲ３４（配列番号１６）、ＧＰＲ１８３（配列番号１７）、ＳＥＲＰＩＮＡ４（配列番号１８）、ＳＥＲＰＩＮＢ５（配列番号１９）、ＳＥＭＡ４Ｂ（配列番号２０）、ＳＥＭＡ４Ｄ（配列番号２１）、ＣＣＬ１４（配列番号２２）、ＮＫＴＲ（配列番号２３）およびＳＦＴＰＤ（配列番号２４）からなる群から選択される配列に特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片とを含む、内毒素非含有医薬組成物。
【請求項６】
がんを有する、またはがんを有するリスクがある患者において使用するための静脈内注射用に製剤化された医薬組成物であって、薬学的に許容される担体と、ＩＬ１ｆ５（配列番号１）、ＣＣＢＰ２（配列番号２）、ＩＬ１Ｒ２（配列番号３）、ＩＬ１ＲＡＰＬ１（配列番号４）、ＩＬ１８ＢＰ（配列番号５）、ＣＬＥＣ２Ｂ（配列番号６）、Ｃ４ＢＰＡ（配列番号７）、Ｃ４ＢＰＢ（配列番号８）、ＳＥＲＰＩＮＩ１（配列番号９）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム１（配列番号１０）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム２（配列番号１１）、ＧＰＲ１（配列番号１２）、ＧＰＲ４（配列番号１３）、ＧＰＲ１５（配列番号１４）、ＧＰＲ３２（配列番号１５）、ＧＰＲ３４（配列番号１６）、ＧＰＲ１８３（配列番号１７）、ＳＥＲＰＩＮＡ４（配列番号１８）、ＳＥＲＰＩＮＢ５（配列番号１９）、ＳＥＭＡ４Ｂ（配列番号２０）、ＳＥＭＡ４Ｄ（配列番号２１）、ＣＣＬ１４（配列番号２２）、ＮＫＴＲ（配列番号２３）およびＳＦＴＰＤ（配列番号２４）からなる群から選択される配列に特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片とを含む組成物。
【請求項７】
１つまたは複数の抗体またはその抗原結合性断片を含む、請求項５または請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
１つまたは複数の抗体またはその抗原結合性断片を含み、該１つまたは複数の抗体またはその抗原結合性断片のそれぞれが、ＩＬ１ｆ５（配列番号１）、ＣＣＢＰ２（配列番号
２）、ＩＬ１Ｒ２（配列番号３）、ＩＬ１ＲＡＰＬ１（配列番号４）、ＩＬ１８ＢＰ（配列番号５）、ＣＬＥＣ２Ｂ（配列番号６）、Ｃ４ＢＰＡ（配列番号７）、Ｃ４ＢＰＢ（配列番号８）、ＳＥＲＰＩＮＩ１（配列番号９）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム１（配列番号１０）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム２（配列番号１１）、ＧＰＲ１（配列番号１２）、ＧＰＲ４（配列番号１３）、ＧＰＲ１５（配列番号１４）、ＧＰＲ３２（配列番号１５）、ＧＰＲ３４（配列番号１６）、ＧＰＲ１８３（配列番号１７）、ＳＥＲＰＩＮＡ４（配列番号１８）、ＳＥＲＰＩＮＢ５（配列番号１９）、ＳＥＭＡ４Ｂ（配列番号２０）、ＳＥＭＡ４Ｄ（配列番号２１）、ＣＣＬ１４（配列番号２２）、ＮＫＴＲ（配列番号２３）およびＳＦＴＰＤ（配列番号２４）からなる群から選択される配列に特異的に結合する、請求項５から７までのいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
９５％が内毒素を含まない、請求項５に記載の組成物。
【請求項１０】
９８％が内毒素を含まない、請求項５に記載の組成物。
【請求項１１】
前記単離された抗体または抗原結合性断片がモノクローナル抗体または抗原結合性断片である、請求項５または請求項６に記載の組成物。
【請求項１２】
前記単離された抗体または抗原結合性断片がヒト化抗体または抗原結合性断片である、請求項５または請求項６に記載の組成物。
【請求項１３】
前記抗体または抗原結合性断片が毒素とコンジュゲートしている、請求項５または請求項６に記載の組成物。
【請求項１４】
前記毒素が、リシン毒素、アブリン毒素、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン毒素、シュードモナス外毒素、赤痢菌毒素、およびポークウィード抗ウイルスタンパク質からなる群から選択される、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
前記抗体または抗原結合性断片が放射性核種とコンジュゲートしたモノクローナル抗体または抗原結合性断片である、請求項５または請求項６に記載の組成物。
【請求項１６】
前記放射性核種が、９０Ｙ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、２１１Ａｔおよび２１２Ｂｉからなる群から選択される、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
薬学的に許容される担体と、配列番号１〜２４のいずれか１つの１つまたは複数の単離されたポリペプチド、もしくはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアント、または上記のポリペプチドのいずれか１つをコードする単離されたポリヌクレオチドとを含む医薬組成物。
【請求項１８】
免疫賦活薬をさらに含む、請求項１７に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
がんの治療を必要とする被験体においてがんを治療するための、請求項１から１４までのいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２０】
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
抗体または抗原結合性断片に結合するポリペプチドの量を、患者におけるがんの存在の指標とする方法であって、
（ａ）該患者から得られた生体試料を、配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドに特異的に結合する抗体または抗原結合性断片と接触させるステップと、
（ｂ）該試料において該抗体または抗原結合性断片に結合したポリペプチドの量を検出するステップと、
（ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較するステップと
を含む方法。
【請求項２２】
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を患者におけるがんの存在の指標とする方法であって、
（ａ）該患者から得られた生体試料を、ポリヌクレオチドとハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させるステップであって、該ポリヌクレオチドが、配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドをコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有する、その断片もしくはバリアントをコードする、ステップと、
（ｂ）該試料において該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出するステップと、
（ｃ）該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を所定のカットオフ値と比較するステップと
を含む方法。
【請求項２４】
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
配列番号１〜２４のいずれか１つの配列に特異的に結合する少なくとも１つの単離された抗体またはその抗原結合性断片と、検出試薬とを含む診断用キットであって、該検出試薬がレポーター基を含む、診断用キット。
【請求項２６】
ポリヌクレオチドとハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含む診断用キットであって、該ポリヌクレオチドが配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドをコードするか、または、それに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアントをコードする、診断用キット。
【請求項２７】
患者においてがんを治療するための請求項１から１４までのいずれか一項に記載の組成物であって、該がんの存在が、
（ａ）患者の生体試料中の配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドの量を検出するステップと、
（ｂ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較するステップと、
を含む方法によって決定されることを特徴とする、組成物。
【請求項２８】
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
患者においてがんを治療するための請求項１から１４までのいずれか一項に記載の組成物であって、該がんの存在が、
（ａ）該患者から得られた生体試料を、ポリヌクレオチドとハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させるステップであって、該ポリヌクレオチドが配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドをコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアントをコードする、ステップと、
（ｂ）該試料において該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出するステップと、
（ｃ）該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を所定のカットオフ値と比較するステップと、
を含む方法によって決定されることを特徴とする、組成物。
【請求項３０】
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、請求項２９に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
別の態様では、がんは肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される。これらおよび本発明の他の態様は、以下の発明の詳細な説明および添付図を参照することにより明らかになろう。本明細書において開示されている参考文献は全て、これによって、それぞれが個々に組み込まれたのと同じくその全体が参照により組み込まれる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
がんの治療において使用するための、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載の配列に特異的に結合する単離された抗体または抗原結合性断片。
（項目２）
がんの治療において使用するための、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載の配列を含む単離されたポリペプチド、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアント。
（項目３）
がんの治療において使用するための、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列をコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有する配列番号１〜２４に記載の配列の断片もしくはバリアントをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
（項目４）
がんの治療において使用するための、配列番号１〜２４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列をコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有する配列番号１〜２４に記載の配列の断片もしくはバリアントをコードするポリヌクレオチドと相補的なオリゴヌクレオチド。
（項目５）
薬学的に許容される担体と、ＩＬ１ｆ５（配列番号１）、ＣＣＢＰ２（配列番号２）、ＩＬ１Ｒ２（配列番号３）、ＩＬ１ＲＡＰＬ１（配列番号４）、ＩＬ１８ＢＰ（配列番号５）、ＣＬＥＣ２Ｂ（配列番号６）、Ｃ４ＢＰＡ（配列番号７）、Ｃ４ＢＰＢ（配列番号８）、ＳＥＲＰＩＮＩ１（配列番号９）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム１（配列番号１０）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム２（配列番号１１）、ＧＰＲ１（配列番号１２）、ＧＰＲ４（配列番号１３）、ＧＰＲ１５（配列番号１４）、ＧＰＲ３２（配列番号１５）、ＧＰＲ３４（配列番号１６）、ＧＰＲ１８３（配列番号１７）、ＳＥＲＰＩＮＡ４（配列番号１８）、ＳＥＲＰＩＮＢ５（配列番号１９）、ＳＥＭＡ４Ｂ（配列番号２０）、ＳＥＭＡ４Ｄ（配列番号２１）、ＣＣＬ１４（配列番号２２）、ＮＫＴＲ（配列番号２３）およびＳＦＴＰＤ（配列番号２４）からなる群から選択される配列に特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片とを含む、内毒素非含有医薬組成物。
（項目６）
がんを有する、またはがんを有するリスクがある患者において使用するための静脈内注射用に製剤化された医薬組成物であって、薬学的に許容される担体と、ＩＬ１ｆ５（配列番号１）、ＣＣＢＰ２（配列番号２）、ＩＬ１Ｒ２（配列番号３）、ＩＬ１ＲＡＰＬ１（配列番号４）、ＩＬ１８ＢＰ（配列番号５）、ＣＬＥＣ２Ｂ（配列番号６）、Ｃ４ＢＰＡ（配列番号７）、Ｃ４ＢＰＢ（配列番号８）、ＳＥＲＰＩＮＩ１（配列番号９）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム１（配列番号１０）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム２（配列番号１１）、ＧＰＲ１（配列番号１２）、ＧＰＲ４（配列番号１３）、ＧＰＲ１５（配列番号１４）、ＧＰＲ３２（配列番号１５）、ＧＰＲ３４（配列番号１６）、ＧＰＲ１８３（配列番号１７）、ＳＥＲＰＩＮＡ４（配列番号１８）、ＳＥＲＰＩＮＢ５（配列番号１９）、ＳＥＭＡ４Ｂ（配列番号２０）、ＳＥＭＡ４Ｄ（配列番号２１）、ＣＣＬ１４（配列番号２２）、ＮＫＴＲ（配列番号２３）およびＳＦＴＰＤ（配列番号２４）からなる群から選択される配列に特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片とを含む組成物。
（項目７）
１つまたは複数の抗体またはその抗原結合性断片を含む、項目５または項目６に記載の組成物。
（項目８）
１つまたは複数の抗体またはその抗原結合性断片を含み、該１つまたは複数の抗体またはその抗原結合性断片のそれぞれが、ＩＬ１ｆ５（配列番号１）、ＣＣＢＰ２（配列番号
２）、ＩＬ１Ｒ２（配列番号３）、ＩＬ１ＲＡＰＬ１（配列番号４）、ＩＬ１８ＢＰ（配列番号５）、ＣＬＥＣ２Ｂ（配列番号６）、Ｃ４ＢＰＡ（配列番号７）、Ｃ４ＢＰＢ（配列番号８）、ＳＥＲＰＩＮＩ１（配列番号９）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム１（配列番号１０）、ＩＬ１ＲＡＰアイソフォーム２（配列番号１１）、ＧＰＲ１（配列番号１２）、ＧＰＲ４（配列番号１３）、ＧＰＲ１５（配列番号１４）、ＧＰＲ３２（配列番号１５）、ＧＰＲ３４（配列番号１６）、ＧＰＲ１８３（配列番号１７）、ＳＥＲＰＩＮＡ４（配列番号１８）、ＳＥＲＰＩＮＢ５（配列番号１９）、ＳＥＭＡ４Ｂ（配列番号２０）、ＳＥＭＡ４Ｄ（配列番号２１）、ＣＣＬ１４（配列番号２２）、ＮＫＴＲ（配列番号２３）およびＳＦＴＰＤ（配列番号２４）からなる群から選択される配列に特異的に結合する、項目５から７までのいずれか一項に記載の組成物。
（項目９）
９５％が内毒素を含まない、項目５に記載の組成物。
（項目１０）
９８％が内毒素を含まない、項目５に記載の組成物。
（項目１１）
前記単離された抗体または抗原結合性断片がモノクローナル抗体または抗原結合性断片である、項目５または項目６に記載の組成物。
（項目１２）
前記単離された抗体または抗原結合性断片がヒト化抗体または抗原結合性断片である、項目５または項目６に記載の組成物。
（項目１３）
前記抗体または抗原結合性断片が毒素とコンジュゲートしている、項目５または項目６に記載の組成物。
（項目１４）
前記毒素が、リシン毒素、アブリン毒素、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン毒素、シュードモナス外毒素、赤痢菌毒素、およびポークウィード抗ウイルスタンパク質からなる群から選択される、項目１３に記載の組成物。
（項目１５）
前記抗体または抗原結合性断片が放射性核種とコンジュゲートしたモノクローナル抗体または抗原結合性断片である、項目５または項目６に記載の組成物。
（項目１６）
前記放射性核種が、９０Ｙ、１２３Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、２１１Ａｔおよび２１２Ｂｉからなる群から選択される、項目１５に記載の組成物。
（項目１７）
薬学的に許容される担体と、配列番号１〜２４のいずれか１つの１つまたは複数の単離されたポリペプチド、もしくはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアント、または上記のポリペプチドのいずれか１つをコードする単離されたポリヌクレオチドとを含む医薬組成物。
（項目１８）
免疫賦活薬をさらに含む、項目１７に記載の医薬組成物。
（項目１９）
がんの治療を必要とする被験体においてがんを治療するための方法であって、該被験体に項目１から１４までのいずれか一項に記載の医薬組成物を投与するステップを含む方法。
（項目２０）
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
患者におけるがんの存在を検出するための方法であって、
（ａ）該患者から生体試料を得るステップと、
（ｂ）該生体試料を、配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドに特異的に結合する抗体または抗原結合性断片と接触させるステップと、
（ｃ）該試料において該抗体または抗原結合性断片に結合したポリペプチドの量を検出するステップと、
（ｄ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、そこから該患者におけるがんの存在を決定するステップと
を含む方法。
（項目２２）
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
患者におけるがんの存在を検出するための方法であって、
（ａ）該患者から生体試料を得るステップと、
（ｂ）該生体試料を、ポリヌクレオチドとハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させるステップであって、該ポリヌクレオチドが、配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドをコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有する、その断片もしくはバリアントをコードする、ステップと、
（ｃ）該試料において該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出するステップと、
（ｄ）該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を所定のカットオフ値と比較し、そこから該患者における該がんの存在を決定するステップと
を含む方法。
（項目２４）
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
配列番号１〜２４のいずれか１つの配列に特異的に結合する少なくとも１つの単離された抗体またはその抗原結合性断片と、検出試薬とを含む診断用キットであって、該検出試薬がレポーター基を含む、診断用キット。
（項目２６）
ポリヌクレオチドとハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含む診断用キットであって、該ポリヌクレオチドが配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドをコードするか、または、それに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアントをコードする、診断用キット。
（項目２７）
患者においてがんを治療するための方法であって、
（ａ）患者の生体試料中の配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドの量を検出するステップと、
（ｂ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、そこから該患者におけるがんの存在を決定するステップと、
（ｃ）ステップ（ｂ）においてがんを有すると決定された被験体に項目１から１４までのいずれか一項に記載の組成物を投与するステップと
を含む方法。
（項目２８）
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
患者においてがんを治療するための方法であって、
（ａ）該患者から生体試料を得るステップと、
（ｂ）該生体試料を、ポリヌクレオチドとハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触
させるステップであって、該ポリヌクレオチドが配列番号１〜２４のいずれか１つのポリペプチドをコードするか、またはそれに対して少なくとも９０％の同一性を有するその断片もしくはバリアントをコードする、ステップと、
（ｃ）該試料において該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出するステップと、
（ｄ）該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を所定のカットオフ値と比較し、そこから該患者における該がんの存在を決定するステップと、
（ｅ）ステップ（ｄ）においてがんを有すると決定された被験体に項目１から１４までのいずれか一項に記載の組成物を投与するステップと
を含む方法。
（項目３０）
前記がんが肝がん、膵がん、肺がん、乳がん、膀胱がん、腎がん、皮膚がんおよび血液がんから選択される、項目２９に記載の方法。