【手続補正書】
【提出日】平成27年2月24日(2015.2.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号４、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号５６０、配列番号７８１、又は配列番号１０７４の核酸配列を含むゲノムを有する、単離されたバクテリオファージ。
【請求項２】
請求項１に記載のバクテリオファージ及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項３】
（ｉ）配列番号４の核酸配列を含むゲノムを有し、緑膿菌に対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株、及び／又は緑膿菌以外の細菌に対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株をさらに含むバクテリオファージ、
（ii）配列番号１又は配列番号７８１の核酸配列を含むゲノムを有し、クレブシエラ・ニューモニエに対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株、及び／又はクレブシエラ・ニューモニエ以外の細菌に対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株をさらに含むバクテリオファージ、
（iii）配列番号２の核酸配列を含むゲノムを有し、アシネトバクター・バウマニに対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株、及び／又はアシネトバクター・バウマニ以外の細菌に対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株をさらに含むバクテリオファージ、
（iv）配列番号３の核酸配列を含むゲノムを有し、大腸菌に対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株、及び／又は大腸菌以外の細菌に対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株をさらに含むバクテリオファージ、及び
（ｖ）配列番号５６０又は配列番号１０７４の核酸配列を含むゲノムを有し、黄色ブドウ球菌に対して効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株、及び／又は黄色ブドウ球菌以外の細菌に効果的なバクテリオファージの１又は２以上のさらなる株をさらに含むバクテリオファージ
からなる群から選択されるバクテリオファージを少なくとも１つ含む、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
緑膿菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び黄色ブドウ球菌のうちの１又は２以上に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有する、バクテリオファージＦ５１０／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ４４／１０、若しくはＦ１２５／１０から単離されたリシンタンパク質若しくは尾部タンパク質、又はその断片。
【請求項５】
配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５９８、配列番号１２１６、若しくは配列番号１２６１のアミノ酸配列を有するリシンタンパク質、又は、緑膿菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び／又は黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する、前記リシンタンパク質の断片、或いは
配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、若しくは配列番号１２６６のアミノ酸配列を有する尾部タンパク質、又は、緑膿菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び／又は黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有する、前記尾部タンパク質の断片
である、請求項４に記載の単離されたタンパク質又はその断片。
【請求項６】
同一のサイズの第２のタンパク質に対して少なくとも８５％又は少なくとも９５％の配列同一性を有する、単離された第１のタンパク質であって、前記第１のタンパク質が、緑膿菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び／又は黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有し、前記第２のタンパク質が、配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、配列番号５９８、配列番号１２１６、若しくは配列番号１２６１のアミノ酸配列、又はその断片、或いは、配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号１５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号４３３〜４３７、配列番号４８９〜４９６、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、配列番号１０５３〜１０６０、配列番号１０７７、配列番号１２１７、配列番号１２５０、若しくは配列番号１２６６のアミノ酸配列、又はその断片を有する、単離された第１のタンパク質。
【請求項７】
配列番号５４７、配列番号５５６、配列番号５５７、配列番号２０、配列番号８０、配列番号１９２、配列番号２８２、又は配列番号５９８のアミノ酸配列を有するポリペプチドから単離されたＣＨＡＰドメインを含む、請求項４〜６のいずれかに記載の単離されたタンパク質又はその断片。
【請求項８】
請求項４〜７のいずれかに記載の単離されたタンパク質又はその断片と、薬学的に許容される担体と含む医薬組成物。
【請求項９】
（ｉ）配列番号５４４、配列番号５４５、配列番号５４７、配列番号５４９、配列番号５５１、配列番号５５６、若しくは配列番号５５７のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又は緑膿菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有するその断片であって、緑膿菌に対して効果的な、及び／又は緑膿菌以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又はさらなるバクテリオファージタンパク質をさらに含む、単離されたタンパク質又はその断片、
（ii）配列番号１５、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２〜３５、配列番号８０、配列番号７８９、配列番号７９６〜８００、配列番号８０６、配列番号８５４、配列番号９９９〜１００４、若しくは配列番号１０５３〜１０６０のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又はクレブシエラ・ニューモニエに対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有するその断片であって、クレブシエラ・ニューモニエに対して効果的な、及び／又はクレブシエラ・ニューモニエ以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又はさらなるバクテリオファージタンパク質をさらに含む、単離されたタンパク質又はその断片、
（iii）配列番号１８０、配列番号１８３、配列番号１８５、配列番号１９０、若しくは配列番号１９２のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又はアシネトバクター・バウマニに対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有するその断片であって、アシネトバクター・バウマニに対して効果的な、及び／又はアシネトバクター・バウマニ以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又はさらなるバクテリオファージタンパク質をさらに含む、単離されたタンパク質又はその断片、
（iv）配列番号２３１、配列番号２３２、配列番号２３５、配列番号２３９〜２４５、配列番号２４８、配列番号２４９、配列番号２５２、配列番号２５４、配列番号２８２、配列番号４３３〜４３７、若しくは配列番号４８９〜４９６のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又は大腸菌に対する抗菌活性若しくは抗微生物活性を有するその断片であって、大腸菌に対して効果的な、及び／又は大腸菌以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又はさらなるバクテリオファージタンパク質をさらに含む、単離されたタンパク質又はその断片、及び
（ｖ）配列番号５９８、配列番号６２９、配列番号６８６、配列番号１０７７、配列番号１２１６、配列番号１２１７、配列番号１２５０、配列番号１２６１、若しくは配列番号１２６６のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質、又は黄色ブドウ球菌に対する抗菌活性又は抗微生物活性を有するその断片であって、黄色ブドウ球菌に対して効果的な、及び／又は黄色ブドウ球菌以外の細菌に対して効果的な１又は２以上のバクテリオファージ又はさらなるバクテリオファージタンパク質をさらに含む、単離されたタンパク質又はその断片
からなる群から選択される単離されたタンパク質又はその断片を少なくとも１つ含む、請求項８に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
Ｆ５１０／０８、Ｆ３９１／０８、Ｆ３９４／０８、Ｆ４８８／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ３８７／０８、Ｆ１２５／１０、Ｆ１７０／０８、Ｆ１６８／０８、Ｆ７７０／０５、及びＦ１２４５／０５からなる群から選択される少なくとも４のファージを含む、医薬組成物。
【請求項１１】
少なくとも４のファージが、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、Ｆ１２５／１０、Ｆ３９１／０８、Ｆ３８７／０８、Ｆ４８８／０８、及びＦ７７０／０５からなる群から選択される、請求項１０に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
少なくとも４のファージの１つがＦ５１０／０８である、請求項１０に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
少なくとも４のファージの３つが、Ｆ５１０／０８、Ｆ４４／１０、及びＦ１２５／１０である、請求項１０に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
局所的投与のために製剤されている、請求項１０〜１３のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項１５】
請求項４〜７のいずれかに記載のタンパク質又はその断片をコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
【請求項１６】
請求項２〜３、及び８〜１４のいずれかに記載の医薬組成物を含み、細菌感染の治療又は予防を必要とする対象における細菌感染の治療剤又は予防剤であって、前記細菌感染が、緑膿菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニ、大腸菌、及び黄色ブドウ球菌の１又は２以上による感染であり、及び／又は
前記感染が、院内感染、皮膚、肺、尿路、若しくは腎臓の感染、及び／又は火傷若しくは糖尿病性の足潰瘍に伴う感染であり、及び／又は
前記対象が哺乳動物であり、及び／又は前記組成物が局所的に投与される、治療剤又は予防剤。
【請求項１７】
哺乳動物がヒトである、請求項１６に記載の治療剤又は予防剤。
【請求項１８】
バクテリオファージが、配列番号４の核酸配列を含むバクテリオファージＦ５１０／０８であり、感染が、損傷した皮膚で生じる、請求項１６又は１７に記載の治療剤又は予防剤。
【請求項１９】
細菌感染の原因物質を診断するためのデータを収集する方法であって、
（ｉ）患者の組織試料を培養するステップ、
（ii）ステップ（ｉ）の培養物を請求項１に記載のバクテリオファージ又は請求項４〜７のいずれかに記載のタンパク質又はその断片と接触させるステップ、
（iii）培養物の増殖又は溶解のエビデンスをモニタリングするステップ
を含み、前記培養物の溶解があるというエビデンスから、ステップ（ii）において使用されるバクテリオファージ又はポリペプチドに感受性であることが知られている細菌種又は細菌株を前記培養物が含むことを示す、
方法。
【請求項２０】
組織試料が、患者から回収された血液、尿、唾液、組織生検又はスワブ試料である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
バクテリオファージが、配列番号４の核酸配列を含むバクテリオファージＦ５１０／０８であり、感染が、損傷した皮膚で生じる、請求項１９又は２０に記載の方法。
【請求項２２】
請求項１に記載のバクテリオファージ、又は請求項４〜７のいずれかに記載のタンパク質若しくはその断片を含む、表面における細菌のコロニー形成又は増殖の低減剤又は阻害剤。
【請求項２３】
表面が、病院装置、又は病院設備の部品である、請求項２２に記載の低減剤又は阻害剤。
【請求項２４】
病院装置、又は病院設備の部品が、手術用装置、又は手術用設備の部品である、請求項２３に記載の低減剤又は阻害剤。
【請求項２５】
表面が、哺乳動物の皮膚若しくは粘膜、又はヒトの皮膚若しくは粘膜である、請求項２２に記載の低減剤又は阻害剤。