【手続補正書】
【提出日】平成27年6月2日(2015.6.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（a）生物学的試料から少なくとも1つの核酸−タンパク質複合体を単離する工程であって、該少なくとも1つの核酸−タンパク質複合体が、Argonauteファミリーメンバー、Ago2、Ago1、Ago3、Ago4、GW182（TNRC6A）、TNRC6B、TNRC6C、HNRNPA2B1、HNRPAB、ILF2、NCL（ヌクレオリン）、NPM1（ヌクレオホスミン）、RPL10A、RPL5、RPLP1、RPS12、RPS19、SNRPG、TROVE2、アポリポタンパク質、アポリポタンパク質A、アポA-I、アポA-II、アポA-IV、アポA-V、アポリポタンパク質B、アポB48、アポB100、アポリポタンパク質C、アポC-I、アポC-II、アポC-III、アポC-IV、アポリポタンパク質D（アポD）、アポリポタンパク質E（アポE）、アポリポタンパク質H（アポH）、アポリポタンパク質L、APOL1、APOL2、APOL3、APOL4、APOL5、APOL6、APOLD1およびそれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも1つのタンパク質を含む、工程；
（b）該少なくとも1つの核酸−タンパク質複合体内の少なくとも1つの核酸バイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程；
（c）該一つまたは複数の核酸バイオマーカーの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程；および
（d）該バイオシグネチャーを参照バイオシグネチャーと比較する工程であって、該比較を使用して癌を特徴決定する工程
を含む、癌を特徴決定する方法。
【請求項２】
前記核酸−タンパク質複合体が、Argonauteファミリーメンバー、Ago2、Ago1、Ago3、Ago4、GW182（TNRC6A）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも1つのタンパク質を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記核酸−タンパク質複合体が、Ago2、GW182（TNRC6A）、アポリポタンパク質Iおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも1つのタンパク質を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも1つの核酸が、少なくとも1つのマイクロRNAを含み、任意で、該少なくとも1つのマイクロRNAが、表5におけるマイクロRNAを含むか、または該少なくとも1つのマイクロRNAが、miR-22、miR-16、miR-148a、miR-92a、miR-451、let7aおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項５】
前記核酸−タンパク質複合体が、Ago2、GW182（TNRC6A）、アポリポタンパク質Iおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも1つのタンパク質を含み、かつ前記少なくとも1つのマイクロRNAが、miR-16およびmiR-92aならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも1つのマイクロRNAを含む、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記参照バイオシグネチャーが、癌を有しない対象由来である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
前記比較する工程が、前記バイオシグネチャーが前記参照バイオシグネチャーに対して変化しているかどうかを判定し、それにより、前記癌に関する予後、診断またはセラノスティクスの判定を提供することを含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
前記生物学的試料が体液を含み、任意で、該体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー腺液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液または臍帯血を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
前記生物学的試料が尿、血液または血液由来物を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも1つの核酸−タンパク質複合体が微小胞集団と結合し、任意で、該微小胞集団が20nm〜2000nmの直径、または20nm〜200nmの直径を有する微小胞を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記微小胞集団が、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外ろ過法、免疫吸着捕捉法、アフィニティー精製法、アフィニティー捕捉法、イムノアッセイ法、マイクロ流体工学分離法、フローサイトメトリーまたはそれらの組み合わせに供される、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
前記微小胞集団を、該微小胞集団を捕捉および／または検出するために使用される少なくとも1つの結合物質と接触させ、任意で、該少なくとも1つの結合物質が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸（PNA）、ロックド核酸（LNA）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質またはそれらの組み合わせを含む、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも1つの結合物質が、前記微小胞集団上の少なくとも1つの表面抗原に結合し、任意で、該少なくとも1つの表面抗原が、CD9、CD63、CD81、PSMA、PCSA、B7H3およびEpCamからなる群より選択される少なくとも1つのタンパク質を含むか、または該少なくとも1つの表面抗原が、テトラスパニン、CD9、CD63、CD81、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8または表3におけるタンパク質からなる群より選択される少なくとも1つのタンパク質を含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも1つの核酸−タンパク質複合体が、前記微小胞集団内のペイロードを含む、請求項10〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
前記癌が前立腺癌を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４６】
関連する局面において、本発明は、（i）上記に教示した組成物を供給する工程、（ii）マイクロRNAをオリゴヌクレオチドに結合させる条件下で、組成物をインキュベートする工程、および（iii）基体からの標識の切断の量を検出する工程を含む方法を提供する。ある態様において、基体からの標識の切断の量を検出する工程は、工程（ii）の前後で基体と接触している標識の量を検出することを含む。もう一つの態様において、基体からの標識の切断は、マイクロRNAと複合した状態にあるタンパク質の存在を示す。タンパク質は、Ago1、Ago2、Ago3およびAgo4を含む上記のようなタンパク質であることができる。基体からの標識の切断の量は、切断反応が起こる前および起こった後で観測することができる。または、基体からの標識の切断の量は、リアルタイムで観測することもできる。
[本発明1001]
（a）生物学的試料中の一つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程であって、該一つまたは複数のバイオマーカーが、表5から選択される一つまたは複数のバイオマーカーを含む、工程；および
（b）該一つまたは複数のバイオマーカーの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程
を含む、方法。
[本発明1002]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、miR-22、let7a、miR-141、miR-182、miR-663、miR-155、mirR-125a-5p、miR-548a-5p、miR-628-5p、miR-517*、miR-450a、miR-920、hsa-miR-619、miR-1913、miR-224*、miR-502-5p、miR-888、miR-376a、miR-542-5p、miR-30b*、miR-1179およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、miR-22、let7a、miR-141、miR-920、miR-450aおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、表20〜24のいずれかにおける遺伝子およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、A2ML1、BAX、C10orf47、C1orf162、CSDA、EIFC3、ETFB、GABARAPL2、GUK1、GZMH、HIST1H3B、HLA-A、HSP90AA1、NRGN、PRDX5、PTMA、RABAC1、RABAGAP1L、RPL22、SAP18、SEPW1、SOX1およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、A2ML1、GABARAPL2、PTMA、RABAC1、SOX1、EFTBおよびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1007]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、CA-125、CA 19-9、C反応性タンパク質、CD95、FAP-1、EGFR、EGFRvIII、アポリポタンパク質AI、アポリポタンパク質CIII、ミオグロビン、テナシンC、MSH6、クローディン-3、クローディン-4、カベオリン-1、凝固因子III、CD9、CD36、CD37、CD53、CD63、CD81、CD136、CD147、Hsp70、Hsp90、Rab13、デスモコリン-1、EMP-2、CK7、CK20、GCDF15、CD82、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、HLA-DR、miR200マイクロRNA、miR-200cおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1008]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、CA-125、CA 19-9、C反応性タンパク質、CD95、FAP-1およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1009]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-141、hsa-miR-432、hsa-miR-326、hsa-miR-2110、hsa-miR-181a-2*、hsa-miR-107、hsa-miR-301a、hsa-miR-484、hsa-miR-625*およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-20a*、hsa-miR-375、hsa-miR-200b、hsa-miR-379、hsa-miR-572、hsa-miR-513a-5p、hsa-miR-577、hsa-miR-23a*、hsa-miR-1236、hsa-miR-609、hsa-miR-17*、hsa-miR-130b、hsa-miR-619、hsa-miR-624*、hsa-miR-198およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1011]
前記一つまたは複数のバイオマーカーがmiR-497を含む、本発明1001の方法。
[本発明1012]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、AQP2、BMP5、C16orf86、CXCL13、DST、ERCC1、GNAO1、KLHL5、MAP4K1、NELL2、PENK、PGF、POU3F1、PRSS21、SCML1、SEMG1、SMARCD3、SNAI2、TAF1C、TNNT3およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、ADRB2、ARG2、C22orf32、CYorf14、EIF1AY、FEV、KLK2、KLK4、LRRC26、MAOA、NLGN4Y、PNPLA7、PVRL3、SIM2、SLC30A4、SLC45A3、STX19、TRIM36、TRPM8およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1014]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、ADRB2、BAIAP2L2、C19orf33、CDX1、CEACAM6、EEF1A2、ERN2、FAM110B、FOXA2、KLK2、KLK4、LOC389816、LRRC26、MIPOL1、SLC45A3、SPDEF、TRIM31、TRIM36、ZNF613およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1015]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、ASTN2、CAB39L、CRIP1、FAM110B、FEV、GSTP1、KLK2、KLK4、LOC389816、LRRC26、MUC1、PNPLA7、SIM2、SLC45A3、SPDEF、TRIM36、TRPV6、ZNF613およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1001の方法。
[本発明1016]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、miRs-26a+b、miR-15、miR-16、miR-195、miR-497、miR-424、miR-206、miR-342-5p、miR-186、miR-1271、miR-600、miR-216b、miR-519ファミリー、miR-203およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるマイクロRNAを含む、本発明1001の方法。
[本発明1017]
（a）生物学的試料から一つまたは複数の核酸−タンパク質複合体を単離する工程；
（b）該一つまたは複数の核酸−タンパク質複合体を有する一つまたは複数の核酸バイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程；および
（c）該一つまたは複数の核酸バイオマーカーの該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程
を含む、方法。
[本発明1018]
前記核酸−タンパク質複合体が、一つまたは複数のArgonauteファミリーメンバー、Ago1、Ago2、Ago3、Ago4、GW182（TNRC6A）、TNRC6B、TNRC6C、HNRNPA2B1、HNRPAB、ILF2、NCL（ヌクレオリン）、NPM1（ヌクレオホスミン）、RPL10A、RPL5、RPLP1、RPS12、RPS19、SNRPG、TROVE2、アポリポタンパク質、アポリポタンパク質A、アポA-I、アポA-II、アポA-IV、アポA-V、アポリポタンパク質B、アポB48、アポB100、アポリポタンパク質C、アポC-I、アポC-II、アポC-III、アポC-IV、アポリポタンパク質D（アポD）、アポリポタンパク質E（アポE）、アポリポタンパク質H（アポH）、アポリポタンパク質L、APOL1、APOL2、APOL3、APOL4、APOL5、APOL6、APOLD1およびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
前記核酸−タンパク質複合体が、一つまたは複数のArgonauteファミリーメンバー、Ago1、Ago2、Ago3、Ago4、GW182（TNRC6A）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1017の方法。
[本発明1020]
前記核酸−タンパク質複合体が、Ago2、アポリポタンパク質I、GW182（TNRC6A）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1017の方法。
[本発明1021]
前記一つまたは複数の核酸が一つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1017の方法。
[本発明1022]
前記一つまたは複数のマイクロRNAが表5におけるマイクロRNAを含む、本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記一つまたは複数のマイクロRNAが、miR-22、miR-16、miR-148a、miR-92a、miR-451、let7aおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1021の方法。
[本発明1024]
前記核酸−タンパク質複合体が、Ago2、アポリポタンパク質I、GW182（TNRC6A）およびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のタンパク質を含み、かつ前記一つまたは複数のマイクロRNAが、miR-16およびmiR-92aならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1021の方法。
[本発明1025]
（a）生物学的試料由来の微小胞集団中の一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーを検出する工程；
（b）検出された微小胞集団と結合した一つまたは複数の核酸バイオマーカーの存在またはレベルを決定する工程；および
（c）該一つまたは複数の核酸の該存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程
を含む、方法。
[本発明1026]
前記一つまたは複数の核酸バイオマーカーの前記レベルが、前記一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーのレベルに正規化される、本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーが、PCSA、Ago2、CD9およびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1028]
前記一つまたは複数の核酸バイオマーカーが、miR-22、miR-16、miR-148a、miR-92a、miR-451、let7aおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1025の方法。
[本発明1029]
前記一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーがPCSAおよびAgo2を含み、かつ前記一つまたは複数の核酸バイオマーカーがmiR-22を含む、本発明1025の方法。
[本発明1030]
前記一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーがPCSAおよび／またはCD9を含み、かつ前記一つまたは複数の核酸バイオマーカーがmiR-22を含む、本発明1025の方法。
[本発明1031]
前記一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーがPCSAを含み、かつ前記一つまたは複数の核酸バイオマーカーが、表22〜24のいずれかから選択されるメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1025の方法。
[本発明1032]
前記バイオシグネチャーが、前記一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーと一つまたは複数の核酸バイオマーカーとのレベルの比から算出されるスコアを含む、本発明1025の方法。
[本発明1033]
前記一つまたは複数のタンパク質バイオマーカーがPCSAおよびPSMAを含み、かつ前記一つまたは複数の核酸バイオマーカーがmiR-22およびlet7aを含む、本発明1032の方法。
[本発明1034]
前記スコアを算出することが、
（a）微小胞部分集団中のmiR-22ペイロードのレベルを該微小胞部分集団と結合したPCSAタンパク質のレベルで割った第一の倍数；
（b）該微小胞部分集団中のlet7aペイロードのレベルを該微小胞部分集団と結合したPCSAタンパク質のレベルで割った第二の倍数；および
（c）該微小胞部分集団と結合したPSMAタンパク質のレベルの第三の倍数
の合計をとることを含む、本発明1032の方法。
[本発明1035]
前記スコアを算出することが前記合計の単調変換を含む、本発明1034の方法。
[本発明1036]
前記第一の倍数が10である、本発明1034の方法。
[本発明1037]
前記第二の倍数が10である、本発明1034の方法。
[本発明1038]
前記第三の倍数が1である、本発明1034の方法。
[本発明1039]
前記バイオシグネチャーを参照バイオシグネチャーと比較する工程をさらに含み、該比較を使用して癌を特徴決定する、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1040]
前記参照バイオシグネチャーが、癌を有しない対象由来である、本発明1039の方法。
[本発明1041]
前記特徴決定が、対象における前記癌の存在もしくはリスクを同定すること、または対象における該癌を転移性または高悪性度として同定することを含む、本発明1039の方法。
[本発明1042]
前記比較する工程が、前記バイオシグネチャーが前記参照バイオシグネチャーに対して変化しているかどうかを判定し、それにより、前記癌に関する予後判定、診断またはセラノーシス（theranosis）用の判定を提供することを含む、本発明1039の方法。
[本発明1043]
前記生物学的試料が体液を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1044]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー腺液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液または臍帯血を含む、本発明1043の方法。
[本発明1045]
前記生物学的試料が尿、血液または血液由来物を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1046]
前記生物学的試料が細胞培養物を含む、本発明1001〜1043のいずれかの方法。
[本発明1047]
前記生物学的試料が組織試料を含む、本発明1001〜1043のいずれかの方法。
[本発明1048]
前記生物学的試料が一つまたは複数の微小胞を含有する、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1049]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが前記一つまたは複数の微小胞と結合している、本発明1048の方法。
[本発明1050]
前記一つまたは複数の微小胞が20nm〜2000nmの直径を有する、本発明1048の方法。
[本発明1051]
前記一つまたは複数の微小胞が20nm〜200nmの直径を有する、本発明1048の方法。
[本発明1052]
前記一つまたは複数の微小胞が、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外ろ過法、免疫吸着捕捉法、アフィニティー精製法、アフィニティー捕捉法、イムノアッセイ法、マイクロ流体工学分離法、フローサイトメトリーまたはそれらの組み合わせに供される、本発明1048の方法。
[本発明1053]
前記一つまたは複数の微小胞を一つまたは複数の結合物質と接触させる、本発明1048の方法。
[本発明1054]
前記一つまたは複数の結合物質が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸（PNA）、ロックド核酸（LNA）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質またはそれらの組み合わせを含む、本発明1053の方法。
[本発明1055]
前記一つまたは複数の結合物質を使用して前記一つまたは複数の微小胞を捕捉および／または検出する、本発明1053の方法。
[本発明1056]
前記一つまたは複数の結合物質が、前記一つまたは複数の微小胞上の一つまたは複数の表面抗原に結合する、本発明1053の方法。
[本発明1057]
前記一つまたは複数の表面抗原が一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1056の方法。
[本発明1058]
前記一つまたは複数のタンパク質が、CD9、CD63、CD81、PSMA、PCSA、B7H3およびEpCamの一つまたは複数を含む、本発明1057の方法。
[本発明1059]
前記一つまたは複数のタンパク質が、テトラスパニン、CD9、CD63、CD81、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8または表3におけるタンパク質の一つまたは複数を含む、本発明1057の方法。
[本発明1060]
前記一つまたは複数のタンパク質が、表3〜5のいずれかにおける一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1057の方法。
[本発明1061]
前記一つまたは複数の結合物質を使用して前記一つまたは複数の微小胞を捕捉する、本発明1053の方法。
[本発明1062]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、前記捕捉された一つまたは複数の微小胞内のペイロードを含む、本発明1061の方法。
[本発明1063]
前記ペイロードが、一つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質および／またはプロテオグリカンを含む、本発明1062の方法。
[本発明1064]
前記核酸が、一つまたは複数のDNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNAまたはshRNAを含む、本発明1063の方法。
[本発明1065]
前記一つまたは複数のバイオマーカーがmRNAを含む、本発明1062の方法。
[本発明1066]
前記癌が、急性リンパ芽球性白血病；急性骨髄性白血病；副腎皮質癌；AIDS関連癌；AIDS関連リンパ腫；肛門癌；虫垂癌；星状細胞腫；非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；基底細胞癌；膀胱癌；脳幹部神経膠腫；脳腫瘍（脳幹部神経膠腫、中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、星状細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣芽腫、上衣腫、髄芽腫、上衣細胞腫、中間型松果体実質腫瘍、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、および松果体芽腫を含む）；乳癌；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；原発不明癌；カルチノイド腫瘍；原発不明癌腫；中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；中枢神経系胚芽腫；子宮頸癌；小児癌；脊索腫；慢性リンパ球性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；結腸癌；結腸直腸癌；頭蓋咽頭腫；皮膚T細胞リンパ腫；内分泌膵島細胞腫瘍；子宮内膜癌；上衣芽腫；上衣腫；食道癌；嗅神経芽細胞腫；ユーイング肉腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；肝臓外胆管癌；胆嚢癌；胃癌；消化管カルチノイド腫瘍；消化管間質細胞腫瘍；消化管間質腫瘍（GIST）；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫；毛様細胞性白血病；頭頚部癌；心臓癌；ホジキンリンパ腫；下咽頭癌；眼内黒色腫；膵島腫瘍；カポジ肉腫；腎臓癌；ランゲルハンス細胞組織球症；喉頭癌；口唇癌；肝臓癌；悪性線維性組織球腫；骨癌；髄芽腫；上衣細胞腫；黒色腫；メルケル細胞癌；メルケル細胞皮膚癌；中皮腫；原発不明転移性扁平上皮性頸部癌；口腔癌；多発性内分泌腫瘍症候群；多発性骨髄腫；多発性骨髄腫/形質細胞腫瘍；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄増殖性腫瘍；鼻腔癌；鼻咽頭癌；神経芽細胞腫；非ホジキンリンパ腫；非黒色腫皮膚癌；非小細胞肺癌；口腔癌；口腔癌；口腔咽頭癌；骨肉腫；その他の脳および脊髄の腫瘍；卵巣癌；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵臓癌；乳頭腫症；副鼻腔癌；副甲状腺癌；骨盤癌；陰茎癌；咽頭癌；中間型松果体実質腫瘍；松果体芽腫；下垂体腫瘍；形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫；胸膜胚芽腫；原発性中枢神経系（CNS）リンパ腫；原発性肝細胞肝癌；前立腺癌；直腸癌；腎臓癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌；気道癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；唾液腺癌；セザリー症候群；小細胞肺癌；小腸癌；軟部組織肉腫；扁平上皮癌；頸部扁平上皮癌；胃癌；テント上原始神経外胚葉性腫瘍；T細胞リンパ腫；精巣癌；咽頭癌；胸腺癌；胸腺腫；甲状腺癌；移行上皮癌；腎盂と尿管の移行上皮癌；絨毛性腫瘍；尿管癌；尿道癌；子宮癌；子宮肉腫；膣癌；外陰癌；ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症；またはウィルムス腫瘍を含む、本発明1039の方法。
[本発明1067]
前記癌が前立腺癌を含む、本発明1001〜1006、1009〜1010または1012〜1038のいずれかに従属する本発明1039の方法。
[本発明1068]
前記癌が肺癌を含む、本発明1001、1011、1015、1017〜1022、1025または1026のいずれかに従属する本発明1039の方法。
[本発明1069]
前記癌が乳癌を含む、本発明1001、1013、1017〜1022、1025または1026のいずれかに従属する本発明1039の方法。
[本発明1070]
前記癌が結腸直腸癌を含む、本発明1001、1014、1017〜1022、1025または1026のいずれかに従属する本発明1039の方法。
[本発明1071]
前記癌が卵巣癌を含む、本発明1001、1007〜1008、1017〜1022、1025または1026のいずれかに従属する本発明1039の方法。
[本発明1072]
インビトロで実施される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1073]
前記本発明のいずれかの方法を実施するための、試薬の使用。
[本発明1074]
本発明1001〜1072のいずれかの方法を実施するように構成された試薬を含む、キット。
[本発明1075]
前記試薬が、表3〜5、9〜11、16〜27、29または31〜32のいずれかにおけるバイオマーカーの少なくとも一つに結合することができる結合物質である、本発明1074のキット。
[本発明1076]
単離されたPCSA+小胞。
[本発明1077]
miR-22、let7a、miR-141、miR-182、miR-663、miR-155、mirR-125a-5p、miR-548a-5p、miR-628-5p、miR-517*、miR-450a、miR-920、hsa-miR-619、miR-1913、miR-224*、miR-502-5p、miR-888、miR-376a、miR-542-5p、miR-30b*、miR-1179およびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1076の小胞。
[本発明1078]
表20〜24のいずれかから選択される一つまたは複数のメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1076の小胞。
[本発明1079]
（a）基体につながれている第一の部分と、関心対象のマイクロRNA配列に対して少なくとも75％相補的である第二の部分と、標識を含む第三の部分とを含み、該第二の部分が該第一の部分と該第三の部分との間に配置されている、オリゴヌクレオチド、および
（b）マイクロRNA
を含む、組成物。
[本発明1080]
前記基体が平面基体、カラム、またはビーズを含む、本発明1079の方法。
[本発明1081]
前記オリゴヌクレオチドの前記第二の部分が、（b）のマイクロRNAに対して少なくとも75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％または100％相補的である、本発明1079の方法。
[本発明1082]
前記オリゴヌクレオチドの前記第二の部分が、関心対象のマイクロRNA配列に対して少なくとも80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％または100％相補的である、本発明1079の方法。
[本発明1083]
前記オリゴヌクレオチドの前記第三の部分が間接的に標識されている、本発明1079の方法。
[本発明1084]
前記オリゴヌクレオチドの前記第三の部分がビオチン化されている、本発明1079の方法。
[本発明1085]
前記標識がストレプトアビジンを含む、本発明1083の方法。
[本発明1086]
前記オリゴヌクレオチドの前記第三の部分の前記標識が蛍光標識、放射能標識または酵素標識を含む、本発明1079の方法。
[本発明1087]
前記標識がフィコエリスリン（PE）を含む、本発明1079の方法。
[本発明1088]
前記オリゴヌクレオチドの前記第三の部分が間接的に標識されている、本発明1079の方法。
[本発明1089]
（b）のマイクロRNAがタンパク質と複合した状態にある、本発明1079の方法。
[本発明1090]
前記タンパク質が、Argonauteファミリーメンバー、Ago1、Ago2、Ago3、Ago4、GW182（TNRC6A）、TNRC6B、TNRC6C、HNRNPA2B1、HNRPAB、ILF2、NCL（ヌクレオリン）、NPM1（ヌクレオホスミン）、RPL10A、RPL5、RPLP1、RPS12、RPS19、SNRPG、TROVE2、アポリポタンパク質、アポリポタンパク質A、アポA-I、アポA-II、アポA-IV、アポA-V、アポリポタンパク質B、アポB48、アポB100、アポリポタンパク質C、アポC-I、アポC-II、アポC-III、アポC-IV、アポリポタンパク質D（アポD）、アポリポタンパク質E（アポE）、アポリポタンパク質H（アポH）、アポリポタンパク質L、APOL1、APOL2、APOL3、APOL4、APOL5、APOL6およびAPOLD1からなる群より選択される、本発明1089の方法。
[本発明1091]
前記タンパク質が、Ago1、Ago2、Ago3およびAgo4からなる群より選択される、本発明1089の方法。
[本発明1092]
前記タンパク質が組み換えタンパク質を含む、本発明1089の方法。
[本発明1093]
前記タンパク質がAgo2を含む、本発明1092の方法。
[本発明1094]
前記組成物が生物学的試料を含む、本発明1079の方法。
[本発明1095]
前記マイクロRNAが生物学的試料から単離される、本発明1079の方法。
[本発明1096]
前記生物学的試料が体液を含む、本発明1094または1095の方法。
[本発明1097]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー腺液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液または臍帯血を含む、本発明1096の方法。
[本発明1098]
前記体液が尿、血液または血液由来物を含む、本発明1096の方法。
[本発明1099]
前記マイクロRNAがタンパク質と複合した状態で単離される、本発明1095の方法。
[本発明1100]
（i）本発明1079〜1099のいずれかの組成物を供給する工程；
（ii）前記マイクロRNAを前記オリゴヌクレオチドに結合させる条件下で、該組成物をインキュベートする工程；および
（iii）前記基体からの前記標識の切断の量を検出する工程
を含む、方法。
[本発明1101]
前記基体からの前記標識の切断の量を検出する工程が、工程（ii）の前後で該基体と接触している標識の量を検出することを含む、本発明1100の方法。
[本発明1102]
前記基体からの前記標識の切断が、前記マイクロRNAと複合した状態にあるタンパク質の存在を示す、本発明1100の方法。
[本発明1103]
前記タンパク質が、Ago1、Ago2、Ago3およびAgo4からなる群より選択される、本発明1102の方法。
[本発明1104]
前記基体からの前記標識の切断の量がリアルタイムで観測される、本発明1100の方法。