【手続補正書】
【提出日】平成27年1月30日(2015.1.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの存在を、乳癌の処置を必要とする被験体におけるアントラサイクリンを含む乳癌処置の指標として使用するための方法であって、
（ａ）前記被験体由来の生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを検出するステップと、
（ｂ）前記生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを検出するステップと、を含み、
前記生物学的サンプルが、Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの両方として分類される場合は、アントラサイクリンを含む乳癌処置が前記被験体に施され、前記生物学的サンプルが、Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの両方ではない場合は、アントラサイクリンを含まない乳癌処置が前記被験体に施され、これにより前記被験体の乳癌が処置される、方法。
【請求項２】
前記生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを検出する前記ステップが、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）または免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを検出する前記ステップが、表１に列記されている固有遺伝子を検出することによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記アントラサイクリンが、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、バルルビシン、およびミトキサントロンからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記アントラサイクリンがエピルビシンである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
アントラサイクリンを含む前記乳癌処置が、シクロホスファミド、フルオロウラシル（または５−フルオロウラシルまたは５−ＦＵ）、メトトレキセート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン、パクリタキセル、タンパク結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブ、またはベバシズマブ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
アントラサイクリンを含む前記乳癌処置が、シクロホスファミドおよび５−フルオロウラシルからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
アントラサイクリンを含まない前記乳癌処置が、シクロホスファミド、フルオロウラシル（または５−フルオロウラシルまたは５−ＦＵ）、メトトレキセート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン、パクリタキセル、タンパク結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブ、またはベバシズマブ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
アントラサイクリンを含まない前記乳癌処置が、シクロホスファミド、５−フルオロウラシル、およびメトトレキセートからなる群の１つ以上の抗癌剤を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記生物学的サンプルが、細胞、組織、および体液からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記組織が生検から得られる、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、および乳頭吸引液からなる群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの存在を、乳癌の処置を必要とする被験体において、アントラサイクリンを含む乳癌処置が有効である可能性の指標として使用するための方法であって、
（ａ）前記被験体由来の生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを検出するステップと、
（ｂ）前記生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを検出するステップと、を含み、
前記生物学的サンプルが、Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの両方として分類される場合は、アントラサイクリンを含む前記乳癌処置が、前記被験体に有効である可能性が高い、方法。
【請求項１４】
前記生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを検出する前記ステップが、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）または免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて行われる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを検出する前記ステップが、表１に列記されている固有遺伝子を検出することによって行われる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記アントラサイクリンが、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、バルルビシン、およびミトキサントロンからなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記アントラサイクリンがエピルビシンである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
アントラサイクリンを含む前記乳癌処置が、シクロホスファミド、フルオロウラシル（または５−フルオロウラシルまたは５−ＦＵ）、メトトレキセート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン、パクリタキセル、タンパク結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブ、またはベバシズマブ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
アントラサイクリンを含む前記乳癌処置が、シクロホスファミドおよび５−フルオロウラシルからなる群の１つ以上の抗癌剤をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記生物学的サンプルが、細胞、組織、および体液からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
前記組織が生検から得られる、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、および乳頭吸引液からなる群から選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
表１に列記されている固有遺伝子の検出に十分な試薬およびＨｅｒ２の発現量の検出に十分な試薬を含む、アントラサイクリンを含む乳癌処置が有効である可能性についてスクリーニングするためのキット。
【請求項２４】
表１に列記されている固有遺伝子の検出に十分な前記試薬がマイクロアレイを含む、請求項２３に記載のキット。
【請求項２５】
Ｈｅｒ２の発現量の検出に十分な前記試薬がＨｅｒ２抗体を含む、請求項２３に記載のキット。
【請求項２６】
基底様サブタイプの存在を、乳癌の処置を必要とする被験体において、アントラサイクリンを含む乳癌処置が有効である可能性の指標として使用するための方法であって、
前記被験体由来の生物学的サンプルをアッセイして、前記生物学的サンプルが基底様サブタイプとして分類されるか否かを検出するステップを含み、
前記生物学的サンプルが、基底様サブタイプとして分類される場合は、アントラサイクリンを含む前記乳癌処置が、前記被験体に有害である可能性が高い、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１５】
別段の記載がなければ、本明細書で使用されるすべての科学技術用語は、本発明が属する分野の一般的な技術者によって一般的に理解されている意味と同じ意味を有する。本明細書では、単数形は、明確な別段の記載がなければ、複数形も含む。本明細書で説明される方法および材料と同様または等価の方法および材料は、本発明の実施または検査に使用することができるが、適切な方法および材料を以下に説明する。本明細書で言及されるすべての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、参照により本明細書に組み入れられるものとする。本明細書で引用される参考文献は、請求される発明の先行技術として認められるものではない。対立する場合は、定義を含む本明細書が優先する。加えて、材料、方法、および例は、単なる例示であり、限定を意図するものではない。本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲より明らかになるであろう。
例えば、本発明は、以下の項目を提供する：
（項目１）
乳癌の処置を必要とする被験体の乳癌を処置する方法であって、
（ａ）上記被験体由来の生物学的サンプルを提供するステップと、
（ｂ）上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを決定するステップと、
（ｃ）上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを決定するステップと、
（ｄ）上記被験体に乳癌処置を施すステップと、を含み、
上記生物学的サンプルが、Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの両方として分類される場合は、アントラサイクリンを含む乳癌処置を上記被験体に施し、上記生物学的サンプルが、Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの両方ではない場合は、アントラサイクリンを含まない乳癌処置を上記被験体に施し、これにより上記被験体の乳癌を処置する、方法。
（項目２）
上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを決定する上記ステップが、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）または免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて行われる、項目１に記載の方法。
（項目３）
上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを決定する上記ステップが、表１に列記されている固有遺伝子を検出することによって行われる、項目１に記載の方法。
（項目４）
上記アントラサイクリンが、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、バルルビシン、およびミトキサントロンからなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目５）
上記アントラサイクリンがエピルビシンである、項目４に記載の方法。
（項目６）
アントラサイクリンを含む上記乳癌処置が、シクロホスファミド、フルオロウラシル（または５−フルオロウラシルまたは５−ＦＵ）、メトトレキセート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン、パクリタキセル、タンパク結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブ、またはベバシズマブ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
アントラサイクリンを含む上記乳癌処置が、シクロホスファミドおよび５−フルオロウラシルからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
アントラサイクリンを含まない上記乳癌処置が、シクロホスファミド、フルオロウラシル（または５−フルオロウラシルまたは５−ＦＵ）、メトトレキセート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン、パクリタキセル、タンパク結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブ、またはベバシズマブ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
アントラサイクリンを含まない上記乳癌処置が、シクロホスファミド、５−フルオロウラシル、およびメトトレキセートからなる群の１つ以上の抗癌剤を含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
上記生物学的サンプルが、細胞、組織、および体液からなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目１１）
上記組織が生検から得られる、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
上記体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、および乳頭吸引液からなる群から選択される、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
乳癌の処置を必要とする被験体において、アントラサイクリンを含む乳癌処置が有効である可能性についてスクリーニングする方法であって、
（ａ）上記被験体由来の生物学的サンプルを提供するステップと、
（ｂ）上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを決定するステップと、
（ｃ）上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを決定するステップと、を含み、
上記生物学的サンプルが、Ｈｅｒ２＋サブタイプおよびＨｅｒ−２−Ｅサブタイプの両方として分類される場合は、アントラサイクリンを含む上記乳癌処置が、上記被験体に有効である可能性が高い、方法。
（項目１４）
上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ２＋サブタイプとして分類されるか否かを決定する上記ステップが、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）または免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて行われる、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルがＨｅｒ−２−Ｅサブタイプとして分類されるか否かを決定する上記ステップが、表１に列記されている固有遺伝子を検出することによって行われる、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
上記アントラサイクリンが、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、バルルビシン、およびミトキサントロンからなる群から選択される、項目１３に記載の方法。
（項目１７）
上記アントラサイクリンがエピルビシンである、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
アントラサイクリンを含む上記乳癌処置が、シクロホスファミド、フルオロウラシル（または５−フルオロウラシルまたは５−ＦＵ）、メトトレキセート、チオテパ、カルボプラチン、シスプラチン、タキサン、パクリタキセル、タンパク結合パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、タモキシフェン、ラロキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、テモゾロミド、トポテカン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エリブリン、ムタマイシン、カペシタビン、カペシタビン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、ロイプロリド、アバレリクス、ブセレリン、ゴセレリン、酢酸メゲストロール、リセドロネート、パミドロネート、イバンドロネート、アレンドロネート、デノスマブ、ゾレドロネート、トラスツズマブ、タイケルブ、またはベバシズマブ、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗癌剤をさらに含む、項目１３に記載の方法。
（項目１９）
アントラサイクリンを含む上記乳癌処置が、シクロホスファミドおよび５−フルオロウラシルからなる群の１つ以上の抗癌剤をさらに含む、項目１３に記載の方法。
（項目２０）
上記生物学的サンプルが、細胞、組織、および体液からなる群から選択される、項目１３に記載の方法。
（項目２１）
上記組織が生検から得られる、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
上記体液が、血液、リンパ液、尿、唾液、および乳頭吸引液からなる群から選択される、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
表１に列記されている固有遺伝子の検出に十分な試薬およびＨｅｒ２の発現量の検出に十分な試薬を含む、アントラサイクリンを含む乳癌処置が有効である可能性についてスクリーニングするためのキット。
（項目２４）
表１に列記されている固有遺伝子の検出に十分な上記試薬がマイクロアレイを含む、項目２３に記載のキット。
（項目２５）
Ｈｅｒ２の発現量の検出に十分な上記試薬がＨｅｒ２抗体を含む、項目２３に記載のキット。
（項目２６）
乳癌の処置を必要とする被験体において、アントラサイクリンを含む乳癌処置が有効である可能性についてスクリーニングする方法であって、
（ａ）上記被験体由来の生物学的サンプルを提供するステップと、
（ｂ）上記生物学的サンプルをアッセイして、上記生物学的サンプルが基底様サブタイプとして分類されるか否かを決定するステップと、を含み、
上記生物学的サンプルが、基底様サブタイプとして分類される場合は、アントラサイクリンを含む上記乳癌処置が、上記被験体に有害である可能性が高い、方法。