【事件の表示】
　特願２００２−５５８５４１「ＥＲＣＣ１及びＴＳ発現に基づく化学療法剤投与計画の決定方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１４年　７月２５日国際公開、ＷＯ０２／５７４８９、平成１６年１２月　２日国内公表、特表２００４−５３５７７１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　本願は、平成１３年（２００１年）１１月９日を国際出願日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２０００年１２月１日　米国，２０００年１２月４日　米国，２００１年６月１１日　米国）とする国際出願であって、平成２１年２月９日付で特許請求の範囲について手続補正がなされたが、平成２２年３月２９日付で拒絶査定がなされ、これに対して、同年８月６日に拒絶査定に対する審判請求がなされるとともに、同日付で特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。
　
２．平成２２年８月６日付の手続補正についての補正却下の決定
［補正却下の決定の結論］
　平成２２年８月６日付の手続補正を却下する。
［理由］
（１）補正後の本願発明
上記補正により、補正前の特許請求の範囲１０、１３〜１５及び１７が削除されるとともに、請求項１〜４、７〜１３が補正され、そのうち請求項３は補正前の、
「【請求項３】　５−フルオロウラシル、オキサリプラチン、又はその組み合わせ物を含む化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定する方法であって：
（ａ）固定及びパラフィン包埋された腫瘍サンプルを、有効量のカオトロピック化合物を含む溶液中、５０℃から１００℃の温度で、５分から１２０分加熱し、カオトロピック溶液からｍＲＮＡを回収することにより、前記サンプルからｍＲＮＡを分離するステップ；（ｂ）上記ｍＲＮＡを、チミジル酸シンターゼ（ＴＳ）遺伝子の一部を増幅し得るオリゴヌクレオチド・プライマー対であって、配列番号：３の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列を有するオリゴヌクレオチドと、配列番号：４の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列を有するオリゴヌクレオチドとからなるオリゴヌクレオチド・プライマー対を用いた増幅に供して、増幅サンプルを得るステップ；
（ｃ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量を測定するステップ；
（ｄ）ステップ（ｄ）からのＴＳ ｍＲＮＡ量を、内部標準遺伝子から増幅されたｍＲＮＡ量と比較するステップ；
（ｅ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量、及びＴＳ遺伝子発現に関する所定の閾値に基づいて、前記化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定するステップを含んでなる方法。」から、
「【請求項３】　５−フルオロウラシル、オキサリプラチン、又はその組み合わせ物を含む化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定する方法であって：
（ａ）固定及びパラフィン包埋された腫瘍サンプルを、有効量のカオトロピック剤を含む溶液中、
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（ｂ）上記ｍＲＮＡを、チミジル酸シンターゼ（ＴＳ）遺伝子の一部を増幅し得るオリゴヌクレオチド・プライマー対であって、配列番号：３の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列
からなる
からなる
（ｃ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量を測定するステップ；
（ｄ）ステップ（ｄ）からのＴＳ ｍＲＮＡ量を、内部標準遺伝子から増幅されたｍＲＮＡ量と比較するステップ；
（ｅ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量、及びＴＳ遺伝子発現に関する所定の閾値に基づいて、前記化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定するステップを含んでなる方法。」と、補正された。
　
　上記補正は、補正前の請求項３に記載された発明を特定するために必要な事項である（ａ）の加熱温度「５０℃から１００℃」を「７５℃から１００℃」へと限定するとともに、（ｂ）の二箇所の「配列を有するオリゴヌクレオチド」を「配列からなるオリゴヌクレオチド」へと補正するものである。
　そして、（ｂ）の二箇所のオリゴヌクレオチドの配列に関する補正は、明りょうでない記載の釈明を目的とするものであり、また、（ａ）の加熱温度に関する補正は、温度範囲を限定するものであり、その補正前の当該請求項に記載された発明とその補正後の当該請求項に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるから、（ａ）の加熱温度範囲の補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　
　そこで、本件補正後の請求項３に記載された発明（以下、「本願補正発明３」という。）が、特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に適合するか）について、以下検討する。
　
（２）先願明細書
　原査定の拒絶の理由で引用文献７として引用され、本願の優先日前の２０００年１０月３１日に出願され、本願の優先日後の２００１年６月２８日に国際公開され、その後特許法第１８４条の４第１項に規定する翻訳文が提出された特願２００１−５４６９００号（国際公開第０１／４６４０２、特表２００３−５２５０３３号参照）の国際特許出願（以下、「先願」という。）の国際出願日における明細書又は図面（以下、「先願明細書」という。）には、以下の（ア）〜（エ）の事項が記載されている。
　そして、下記の（ア）〜（エ）の事項はいずれも、この先願の優先権基礎出願である１９９９年１２月２０日付米国出願０９／４６９，３３８号の明細書に記載されている。
　
(ア)「チミジレートシンターゼは、５−ＦＵに曝露後の腫瘍性細胞中のＴＳタンパク質の急性誘導およびＴＳ酵素の増大を示した試験により実証されているように、腫瘍耐性の発生において臨床的重要性を有することも知られている（Spears et al., 1982; Swain et al., 1989）。５−ＦＵのような細胞傷害性剤に対する応答においてＴＳを短時間に過剰発現する腫瘍の能力は、フルオロウラシル耐性の発生において一役を演じ得る。従来の研究は、ＴＳタンパク質のレベルが５−ＦＵ療法の有効性と直接相関しており、タンパク質とＲＮＡ発現との間の直接相関が存在し（Jackman et al., 1985）、そしてＴＳ発現が結腸直腸および乳癌における強力な予後マーカーであるということが示されている（Jackman et al., 1985; Horikoshi et al., 1992）。
　進行性転移性疾患においては、ＲＴ−ＰＣＲにより定量される高ＴＳｍＲＮＡ、ならびに高ＴＳタンパク質発現はともに、結腸直腸（Johnston et al., 1995; Farrugia et al., 1997; Leichman et al., 1997）、胃（Lenz et al., 1995; Alexander et al., 1995）ならびに頭および頚（Johnston et al., 1997）癌に対するフルオロピリミジンベースの療法に対する不十分な応答を予測することが示されている。応答者および非応答者間のかなりの重複はしばしば低ＴＳ範疇に存在するが、しかし中央値以上のＴＳレベルを有する患者は主に非応答者であった。　　…途中省略…　　
ヒト腫瘍におけるＴＳの発現を評価した今日までの研究は、ヒト腫瘍におけるＴＳ発現をベースにした応答および結果を予測する能力が、ＴＳ特異的療法から利益を受けると思われる患者を選定するための将来における機会を提供することを示唆する。
ルーチンにホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）されて
　
（イ）「実施例１
一般的ＲＮＡ単離手法
以下の一般的手法により、パラフィン包埋組織からＲＮＡを抽出した。
（…途中省略…）
Ｂ．フェノール−クロロホルムによるＲＮＡ単離
（１）0.5％サルコシンおよび8 μLの1 Mジチオトレイトールを含む400μLの
グアニジンイソチオシアネート溶液
（…途中省略…）
（３）次に
約95℃で約5〜20分間、試料を加熱する
　 
（ウ）「 逆転写(ＲＴ)。  加熱後、ランダムヘキサマーを用いて全ＲＮＡをｃＤＮＡに転換した。ＲＴ条件は、凍結組織に関して前に記載されたのと同様であった（Horikoshi et al., 1992）。逆転写酵素を省いた対照(無ＲＴ)を、各試料に関して調製した。
  Perkin Elmer Cetus 7700ＰＣＲ機（Taqman）を用いたＴＳおよびβ−アクチン発現のリアルタイムＰＣＲ定量。  前に記載された（Heid et al., 1996; Eads et al., 1999）ような蛍光検出法に基づいたリアルタイムＰＣＲを用いて、ｍＲＮＡレベルの定量を実行した。前記と同様にｃＤＮＡを調製した。５‘−蛍光レポーター染料(６ＦＡＭ)および３’−消光剤染料（ＴＡＭＲＡ）とともにプローブを用いて、当該ｃＤＮＡおよび参照ｃＤＮＡを別々に増幅した。ＴＡＱポリメラーゼの５‘−エキソヌクレアーゼ活性はプローブを切断し、レポーター分子を放出して、その蛍光をＡＢＩプリズム配列検出系（Taqman）により検出する。蛍光検出閾値を越えた後、ＰＣＲ増幅は、精製されたＰＣＲ産物の量に比例して蛍光シグナルを生じる。
蛍光シグナルがＰＣＲ反応の指数期において閾値を越えた回数から、初期鋳型濃度を確定した。相対遺伝子発現は、当該遺伝子および参照遺伝子の閾値サイクルを基礎にして確定した。
  プライマーおよびプローブ配列は以下の通りであった：ＴＳ：
配列番号１：GGC CTC GGT GTG CCT TT
配列番号３：GAT GTG CGC AAT CAT GTA CGT
　
（エ）「実施例５
　応答性および非応答性腫瘍組織におけるＴＳレベルの比較
  ＩＶ期結腸癌における凍結組織および適合性ＦＦＰＥ試料におけるＴＳレベルの５−ＦＵ／ロイコボリン（ＬＶ）との相関。  凍結組織から得られたＲＴ−ＰＣＲを基礎にした従来の報告は、
腫瘍中の高レベルのＴＳ（相対的遺伝子発現≧4.0）がＴＳの処置に対する乏しい応答を示す
ＴＳ／β−アクチン比を確定した
適合するパラフィン組織を用いたＴＳ結果も、この療法に対する応答を予測していることが判明した
　　
　上記記載事項（イ）には、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織に、400μLのグアニジンイソチオシアネート溶液を付加して約９５℃で約５〜２０分間加熱してから、全ＲＮＡを単離することが記載され、上記記載事項（ア）には、病理学的試料は、ルーチンにホルマリン固定して、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）されることが記載されている。そして、上記記載事項（ウ）には、腫瘍組織からの全ＲＮＡをｃＤＮＡに変換し、該ｃＤＮＡから、チミジル酸シンターゼ（以下、「ＴＳ」という。）とβ−アクチンｍＲＮＡ発現のリアルタイムＰＣＲ定量、即ち、両者のＲＴ−ＰＣＲを行って、内部標準遺伝子としてのβ−アクチンの発現に対するＴＳ遺伝子の相対的発現を、ＴＳ遺伝子及びβ−アクチン遺伝子の閾値サイクルを基礎として確定したことが記載されており、そのＴＳ遺伝子のＰＣＲに使用したプライマー及びプローブ配列は、配列番号１：GGC CTC GGT GTG CCT TT；配列番号２：AAC ATC GCC AGC TAC GCC CTG C；配列番号３：GAT GTG CGC AAT CAT GTA CGTであることが記載されている。
　さらに、上記記載事項（ア）には、ＴＳタンパク質あるいはｍＲＮＡの発現レベルが、化学療法剤である５−フルオロウラシル（以下、「５−ＦＵ」という。）の有効性と直接相関していることは既に周知であることが記載され、「ヒト腫瘍におけるＴＳの発現を評価した今日までの研究は、ヒト腫瘍におけるＴＳ発現をベースにした応答および結果を予測する能力が、ＴＳ特異的療法から利益を受けると思われる患者を選定するための将来における機会を提供する」ことが記載されており、上記記載事項（エ）には、パラフィン包埋組織からのＲＮＡに対して行ったＴＳのＲＴ−ＰＣＲの結果は、凍結組織試料からのＲＮＡに対する結果と適合し、５−ＦＵ療法に対する応答を予測していることが判明したことが記載されてている。
　
　そうすると、先願明細書には、次の発明（以下、先願発明」という。）が記載されているものと認められる。
「５−ＦＵを含む化学療法剤の応答を予測する方法であって：
（ａ）固定及びパラフィン包埋された腫瘍サンプルを、400μLのグアニジンイソチオシアネートを含む溶液中、９５℃の温度で、５分から２０分の温度で加熱し、グアニジンイソチオシアネート溶液からｍＲＮＡを回収することにより、前記サンプルからｍＲＮＡを分離するステップ；
（ｂ）上記ｍＲＮＡをＴＳ遺伝子の一部を増幅し得るオリゴヌクレオチド・プライマー対であって、GGC CTC GGT GTG CCT TT及びGAT GTG CGC AAT CAT GTA CGTからなるオリゴヌクレオチド・プライマー対を用いた増幅に供して、増幅サンプルを得るステップ；
（ｃ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量を測定するステップ；
（ｄ）ステップ（ｃ）（注：原文はステップ（ｄ）と記載されているが、（ｃ）の明らかな誤記である。）からのＴＳ ｍＲＮＡ量を、内部標準遺伝子から増幅されたｍＲＮＡ量と比較するステップ；
（ｅ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量に基づいて、５−ＦＵを含む化学療法剤の応答を予測するステップを含んでなる方法。」
　
（３）対比・判断
　本願補正発明３と先願発明とを比較すると、先願発明における「400μLのグアニジンイソチオシアネート」は、本願補正発明３の「有効量のカオトロピック剤」に相当し、先願発明におけるオリゴヌクレオチド・プライマー対「GGC CTC GGT GTG CCT TT」及び「GAT GTG CGC AAT CAT GTA CGT」はそれぞれ、本願補正発明３の「配列番号３」及び「配列番号４」の配列と同一のオリゴヌクレオチドである。
　また、先願発明の「化学療法剤の応答を予測する方法」とは、上記記載事項（ウ）に「ヒト腫瘍におけるＴＳ発現をベースにした応答および結果を予測する能力が、ＴＳ特異的療法から利益を受けると思われる患者を選定するための将来における機会を提供する」とあるから、実質的に本願補正発明３の「化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定する方法」に相当する。　
　
　そうすると、本願補正発明３と先願発明とは、
「５−フルオロウラシルを含む化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定する方法であって：
（ａ）固定及びパラフィン包埋された腫瘍サンプルを、有効量のカオトロピック剤を含む溶液中、７５℃から１００℃の温度で、５分から１２０分の温度で加熱し、カオトロピック溶液からｍＲＮＡを回収することにより、前記サンプルからｍＲＮＡを分離するステップ；
（ｂ）上記ｍＲＮＡを、チミジル酸シンターゼ（ＴＳ）遺伝子の一部を増幅し得るオリゴヌクレオチド・プライマー対であって、配列番号：３の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列からなるオリゴヌクレオチドと、配列番号：４の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるオリゴヌクレオチド・プライマー対を用いた増幅に供して、増幅サンプルを得るステップ；
（ｃ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量を測定するステップ；
（ｄ）ステップ（ｄ）からのＴＳ ｍＲＮＡ量を、内部標準遺伝子から増幅されたｍＲＮＡ量と比較するステップ；
（ｅ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量に基づいて、前記化学療法剤与計画の腫瘍に対する効果を決定するステップを含んでなる方法」である点で一致する。
　一方両者は、本願補正発明３では、ステップ（ｅ）に「ＴＳ遺伝子発現に関する所定の閾値に基づいて、」前記化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定するステップをさらに含むものであるのに対して、先願発明では、所定の閾値に基づいて効果を決定することは、具体的には記載されていない点で、一応相違する。
　
　しかしながら、上記先願明細書記載事項（エ）には、「凍結組織から得られたＲＴ−ＰＣＲを基礎にした従来の報告は、腫瘍中の高レベルのＴＳ（相対的遺伝子発現≧4.0）がＴＳの処置に対する乏しい応答を示す」こと、及び「適合するパラフィン組織を用いたＴＳ結果も、この療法に対する応答を予測していることが判明した（平均応答者ＦＴ＝2.87、平均応答者ＦＦＰＥ＝2.37、ｐ＝0.641；平均非応答者ＦＴ＝7.66；平均非応答者ＦＦＰＥ＝7.84、ｐ＝0.537）。凍結組織から得られたＴＳレベルと適合するＦＦＰＥ組織から得られたものとの間に有意差は認められなかった。」と記載されているから、パラフィン組織を用いた場合も、凍結（ＦＴ）組織の場合と同様に「相対的遺伝子発現≧4.0」という所定の閾値に基づいて腫瘍に対する効果を決定していることは明らかであり、上記相違点は、実質的な相違とはいえない。
　したがって、本願補正発明３は、先願発明と同一である。
　
（４）小括
　以上のとおりであるから、本願補正発明３は、本願の優先日前に出願され、本願の優先日後に国際公開された特願２００１−５４６９００号（国際公開第０１／４６４０２、特表２００３−５２５０３３号参照）の国際特許出願の国際出願日における明細書又は図面に記載された発明と同一であると認められ、しかも、本願の発明者が先願に係る上記の発明をした者と同一であるとも、また本願の時において、本願の出願人が先願の出願人と同一であるとも認められないので、特許法第１８４条の１３で読み替えて適用する特許法第２９条の２の規定により、独立して特許を受けることができない。 
　
（５）むすび
　以上のとおり、本件補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するので、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
３．本願発明３および１６について
（１）本願発明３及び１６
　平成２２年８月６日付の手続補正は上記のとおり却下されたので、本願請求項３及び１６に係る発明（以下、「本願発明３」及び「本願発明１６」という。）は、平成２１年２月９日付手続補正書の特許請求の範囲の請求項３及び請求項１６に記載された事項により特定される、それぞれ以下のとおりのものである。
　
「【請求項３】　５−フルオロウラシル、オキサリプラチン、又はその組み合わせ物を含む化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定する方法であって：
（ａ）固定及びパラフィン包埋された腫瘍サンプルを、有効量のカオトロピック化合物を含む溶液中、５０℃から１００℃の温度で、５分から１２０分加熱し、カオトロピック溶液からｍＲＮＡを回収することにより、前記サンプルからｍＲＮＡを分離するステップ；（ｂ）上記ｍＲＮＡを、チミジル酸シンターゼ（ＴＳ）遺伝子の一部を増幅し得るオリゴヌクレオチド・プライマー対であって、配列番号：３の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列を有するオリゴヌクレオチドと、配列番号：４の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列を有するオリゴヌクレオチドとからなるオリゴヌクレオチド・プライマー対を用いた増幅に供して、増幅サンプルを得るステップ；
（ｃ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量を測定するステップ；
（ｄ）ステップ（ｄ）からのＴＳ ｍＲＮＡ量を、内部標準遺伝子から増幅されたｍＲＮＡ量と比較するステップ；
（ｅ）上記増幅サンプル中のＴＳ ｍＲＮＡ量、及びＴＳ遺伝子発現に関する所定の閾値に基づいて、前記化学療法剤投与計画の腫瘍に対する効果を決定するステップを含んでなる方法。」
「【請求項１６】　配列番号：３の配列又はそれと少なくとも９０％同一な配列を有するオリゴヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド・プライマー。」
　
（２）本願発明３について
　本願発明３は、上記本願補正発明３を包含するものであり、本願補正発明３が上記２．（３）に記載の理由によって、先願発明と同一であるから、本願発明３も同様の理由で先願発明と同一であり、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることができない。
　
（３）本願発明１６について
　先願明細書の記載事項は、上記２．（２）のとおりであり、先願明細書記載事項（ウ）の「配列番号１：GGC CTC GGT GTG CCT TT」は、本願発明１６の配列番号３の配列であるggcctcggtg tgcctttと同一の配列であるから、本願発明１６に係るプライマーは、先願明細書に記載された配列番号１のプライマーと同一であり、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることができない。
　
４．むすび
  以上のとおりであるから、本願請求項３及び１６に係る発明は、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることができないので、他の請求項に係る発明については検討するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。