【手続補正書】
【提出日】平成27年8月3日(2015.8.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（a）生物学的試料を一つまたは複数の結合物質と接触させる工程であって、該生物学的試料が一つまたは複数の微小胞を含み、かつさらに、該一つまたは複数の結合物質が、EpCamに対する第一の結合物質、ならびに、KLK2、PBP、SPDEF、SSX2、SSX4、EGFR、EpCam、およびこれらの組み合わせからなるバイオマーカーの群に対する少なくとも一つの第二の結合物質を含む、工程；
（b）該生物学的試料と該一つまたは複数の結合物質との接触に基づいて該一つまたは複数の微小胞の存在またはレベルを検出する工程；および
（c）該生物学的試料中で検出された該一つまたは複数の微小胞の存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程
を含む、方法。
【請求項２】
前記第一の結合物質および前記少なくとも一つの第二の結合物質が、捕捉物質と検出物質との一つまたは複数の対を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCAM−EpCAM、EpCAM−KLK2、EpCAM−PBP、EpCAM−SPDEF、EpCAM−SSX2、EpCAM−SSX4、EpCAM−ADAM-10、EpCAM−SERPINB3、EpCAM−PCSA、EpCAM−p53、EpCAM−MMP7、EpCAM−IL1B、EpCAM−EGFR、EpCAM−CD9、EpCAM−BCNP、KLK2−EpCAM、KLK2−KLK2、KLK2−PBP、KLK2−SPDEF、KLK2−SSX2、KLK2−SSX4、KLK2−ADAM-10、KLK2−SERPINB3、KLK2−PCSA、KLK2−p53、KLK2−MMP7、KLK2−IL1B、KLK2−EGFR、KLK2−CD9、KLK2−BCNP、PBP−EpCAM、PBP−KLK2、PBP−PBP、PBP−SPDEF、PBP−SSX2、PBP−SSX4、PBP−ADAM-10、PBP−SERPINB3、PBP−PCSA、PBP−p53、PBP−MMP7、PBP−IL1B、PBP−EGFR、PBP−CD9、PBP−BCNP、SPDEF−EpCAM、SPDEF−KLK2、SPDEF−PBP、SPDEF−SPDEF、SPDEF−SSX2、SPDEF−SSX4、SPDEF−ADAM-10、SPDEF−SERPINB3、SPDEF−PCSA、SPDEF−p53、SPDEF−MMP7、SPDEF−IL1B、SPDEF−EGFR、SPDEF−CD9、SPDEF−BCNP、SSX2−EpCAM、SSX2−KLK2、SSX2−PBP、SSX2−SPDEF、SSX2−SSX2、SSX2−SSX4、SSX2−ADAM-10、SSX2−SERPINB3、SSX2−PCSA、SSX2−p53、SSX2−MMP7、SSX2−IL1B、SSX2−EGFR、SSX2−CD9、SSX2−BCNP、SSX4−EpCAM、SSX4−KLK2、SSX4−PBP、SSX4−SPDEF、SSX4−SSX2、SSX4−SSX4、SSX4−ADAM-10、SSX4−SERPINB3、SSX4−PCSA、SSX4−p53、SSX4−MMP7、SSX4−IL1B、SSX4−EGFR、SSX4−CD9、SSX4−BCNP、ADAM-10−EpCAM、ADAM-10−KLK2、ADAM-10−PBP、ADAM-10−SPDEF、ADAM-10−SSX2、ADAM-10−SSX4、ADAM-10−ADAM-10、ADAM-10−SERPINB3、ADAM-10−PCSA、ADAM-10−p53、ADAM-10−MMP7、ADAM-10−IL1B、ADAM-10−EGFR、ADAM-10−CD9、ADAM-10−BCNP、SERPINB3−EpCAM、SERPINB3−KLK2、SERPINB3−PBP、SERPINB3−SPDEF、SERPINB3−SSX2、SERPINB3−SSX4、SERPINB3−ADAM-10、SERPINB3−SERPINB3、SERPINB3−PCSA、SERPINB3−p53、SERPINB3−MMP7、SERPINB3−IL1B、SERPINB3−EGFR、SERPINB3−CD9、SERPINB3−BCNP、PCSA−EpCAM、PCSA−KLK2、PCSA−PBP、PCSA−SPDEF、PCSA−SSX2、PCSA−SSX4、PCSA−ADAM-10、PCSA−SERPINB3、PCSA−PCSA、PCSA−p53、PCSA−MMP7、PCSA−IL1B、PCSA−EGFR、PCSA−CD9、PCSA−BCNP、p53−EpCAM、p53−KLK2、p53−PBP、p53−SPDEF、p53−SSX2、p53−SSX4、p53−ADAM-10、p53−SERPINB3、p53−PCSA、p53−p53、p53−MMP7、p53−IL1B、p53−EGFR、p53−CD9、p53−BCNP、MMP7−EpCAM、MMP7−KLK2、MMP7−PBP、MMP7−SPDEF、MMP7−SSX2、MMP7−SSX4、MMP7−ADAM-10、MMP7−SERPINB3、MMP7−PCSA、MMP7−p53、MMP7−MMP7、MMP7−IL1B、MMP7−EGFR、MMP7−CD9、MMP7−BCNP、IL1B−EpCAM、IL1B−KLK2、IL1B−PBP、IL1B−SPDEF、IL1B−SSX2、IL1B−SSX4、IL1B−ADAM-10、IL1B−SERPINB3、IL1B−PCSA、IL1B−p53、IL1B−MMP7、IL1B−IL1B、IL1B−EGFR、IL1B−CD9、IL1B−BCNP、EGFR−EpCAM、EGFR−KLK2、EGFR−PBP、EGFR−SPDEF、EGFR−SSX2、EGFR−SSX4、EGFR−ADAM-10、EGFR−SERPINB3、EGFR−PCSA、EGFR−p53、EGFR−MMP7、EGFR−IL1B、EGFR−EGFR、EGFR−CD9、EGFR−BCNP、CD9−EpCAM、CD9−KLK2、CD9−PBP、CD9−SPDEF、CD9−SSX2、CD9−SSX4、CD9−ADAM-10、CD9−SERPINB3、CD9−PCSA、CD9−p53、CD9−MMP7、CD9−IL1B、CD9−EGFR、CD9−CD9、CD9−BCNP、BCNP−EpCAM、BCNP−KLK2、BCNP−PBP、BCNP−SPDEF、BCNP−SSX2、BCNP−SSX4、BCNP−ADAM-10、BCNP−SERPINB3、BCNP−PCSA、BCNP−p53、BCNP−MMP7、BCNP−IL1B、BCNP−EGFR、BCNP−CD9、BCNP−BCNPおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される結合物質対を含む、請求項2記載の方法。
【請求項４】
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCAM、KLK2、PBP、SPDEF、SSX2、SSX4、EGFRのそれぞれに対する捕捉物質およびEpCamに対する結合物質を含む、請求項2記載の方法。
【請求項５】
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、SSX4およびEpCAM、SSX4およびKLK2、SSX4およびPBP、SSX4およびSPDEF、SSX4およびSSX2、SSX4およびEGFR、SSX4およびMMP7、SSX4およびBCNP1、SSX4およびSERPINB3、KLK2およびEpCAM、KLK2およびPBP、KLK2およびSPDEF、KLK2およびSSX2、KLK2およびEGFR、KLK2およびMMP7、KLK2およびBCNP1、KLK2およびSERPINB3、PBPおよびEGFR、PBPおよびEpCAM、PBPおよびSPDEF、PBPおよびSSX2、PBPおよびSERPINB3、PBPおよびMMP7、PBPおよびBCNP1、EpCAMおよびSPDEF、EpCAMおよびSSX2、EpCAMおよびSERPINB3、EpCAMおよびEGFR、EpCAMおよびMMP7、EpCAMおよびBCNP1、SPDEFおよびSSX2、SPDEFおよびSERPINB3、SPDEFおよびEGFR、SPDEFおよびMMP7、SPDEFおよびBCNP1、SSX2およびEGFR、SSX2およびMMP7、SSX2およびBCNP1、SSX2およびSERPINB3、SERPINB3およびEGFR、SERPINB3およびMMP7、SERPINB3およびBCNP1、EGFRおよびMMP7、EGFRおよびBCNP1、MMP7およびBCNP1、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される捕捉物質と検出物質との少なくとも一つのさらなる対を含む、請求項2記載の方法。
【請求項６】
前記捕捉物質が基体につながれている、請求項2〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
前記検出物質が標識されている、請求項2〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
前記バイオシグネチャーを参照バイオシグネチャーと比較する工程をさらに含み、該比較を用いて癌を特徴決定し、かつ任意で：
（a）該参照バイオシグネチャーが、該癌を有しない対象に由来し；
（b）該特徴決定が、対象における該癌の存在もしくはリスクを同定すること、または対象における該癌を転移性または高悪性度として同定することを含み；
（c）該比較する工程が、該バイオシグネチャーが該参照バイオシグネチャーに対して変化しているかどうかを判定し、それにより、該癌に関する予後判定、診断またはセラノーシス用の判定を提供することを含み；かつ/あるいは
（d）該癌が前立腺癌を含む
、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
前記生物学的試料が体液を含み、任意で該体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー腺液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液、臍帯血またはそれらのいずれかの由来物を含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
前記生物学的試料が細胞培養物、組織試料、またはそのいずれかの由来物を含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記一つまたは複数の微小胞が10nm〜2000nm、任意で20nm〜200nmの直径を有する、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記一つまたは複数の微小胞が、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外ろ過法、免疫吸着捕捉法、アフィニティー精製法、アフィニティー捕捉法、イムノアッセイ法、マイクロ流体工学分離法、フローサイトメトリーまたはそれらの組み合わせに供される、請求項1〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記第一の結合物質および前記少なくとも一つの第二の結合物質が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸（PNA）、ロックド核酸（LNA）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質またはそれらの組み合わせを含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記第一の結合物質および前記少なくとも一つの第二の結合物質が、前記一つまたは複数の微小胞上の一つまたは複数の表面抗原に結合する、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
前記一つまたは複数のバイオマーカーが前記一つまたは複数の微小胞内のペイロードを評価する工程をさらに含み、任意で、該ペイロードが、一つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質および/またはプロテオグリカンを含み、さらに任意で、該核酸が、一つまたは複数のDNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNAまたはshRNAを含む、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５１】
もう一つの局面において、本発明は、単離された、PCSA+、Muc2+、Adam10+小胞を提供する。関連する局面において、本発明は、MMP7+小胞を提供する。本発明は、Ago2+小胞をさらに提供する。小胞は、表5より選択される一つまたは複数のマイクロRNAを含むペイロードを含んでもよい。例えば、マイクロRNAは、miR-22、let7a、miR-141、miR-182、miR-663、miR-155、mirR-125a-5p、miR-548a-5p、miR-628-5p、miR-517*、miR-450a、miR-920、hsa-miR-619、miR-1913、miR-224*、miR-502-5p、miR-888、miR-376a、miR-542-5p、miR-30b*、miR-1179およびそれらの組み合わせからなる群より選択されることができる。小胞はまた、表5における一つまたは複数のメッセンジャーRNA（mRNA）を含むペイロードを含んでもよい。例えば、mRNAは、表20〜24からなる群より選択されることができる。
[本発明1001]
（a）生物学的試料を一つまたは複数の試薬と接触させる工程であって、該一つまたは複数の試薬が、表5における一つまたは複数のバイオマーカーに特異的に結合する、工程；
（b）該生物学的試料と該一つまたは複数の試薬との接触に基づいて該生物学的試料中の一つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを検出する工程；および
（c）該生物学的試料中で検出された該一つまたは複数のバイオマーカーの存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程
を含む、方法。
[本発明1002]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、A33、ABL2、ADAM10、AFP、ALA、ALIX、ALPL、ApoJ/CLU、ASCA、ASPH（A-10）、ASPH（DO1P）、AURKB、B7H3、B7H3、B7H4、BCNP、BDNF、CA125（MUC16）、CA-19-9、C-Bir、CD10、CD151、CD24、CD41、CD44、CD46、CD59（MEM-43）、CD63、CD63、CD66eCEA、CD81、CD81、CD9、CD9、CDA、CDADC1、CRMP-2、CRP、CXCL12、CXCR3、CYFRA21-1、DDX-1、DLL4、DLL4、EGFR、EpCAM、EphA2、ErbB2、ERG、EZH2、FASL、FLNA、FRT、GAL3、GATA2、GM-CSF、GRO-α、HAP、HER3（ErbB3）、HSP70、HSPB1、hVEGFR2、iC3b、IL-1B、IL6R、IL6Unc、IL7Rα/CD127、IL8、INSIG-2、インテグリン、KLK2、LAMN、マンマグロビン、M-CSF、MFG-E8、MIF、MISRII、MMP7、MMP9、MUC1、Muc1、MUC17、MUC2、Ncam、NDUFB7、NGAL、NK-2R（C-21）、NT5E（CD73）、p53、PBP、PCSA、PCSA、PDGFRB、PIM1、PRL、PSA、PSA、PSMA、PSMA、RAGE、RANK、RegIV、RUNX2、S100-A4、セプラーゼ/FAP、SERPINB3、SIM2（C-15）、SPARC、SPC、SPDEF、SPP1、STEAP、STEAP4、TFF3、TGM2、TIMP-1、TMEM211、Trail-R2、Trail-R4、TrKB（ポリ）、Trop2、Tsg101、TWEAK、UNC93A、VEGFA、wnt-5a（C-16）およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、CD9、CD63、CD81、PCSA、MUC2、MFG-E8およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質をさらに含む、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、miR-148a、miR-329、miR-9、miR-378*、miR-25、miR-614、miR-518c*、miR-378、miR-765、let-7f-2*、miR-574-3p、miR-497、miR-32、miR-379、miR-520g、miR-542-5p、miR-342-3p、miR-1206、miR-663、miR-222およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1005]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、hsa-miR-877*、hsa-miR-593、hsa-miR-595、hsa-miR-300、hsa-miR-324-5p、hsa-miR-548a-5p、hsa-miR-329、hsa-miR-550、hsa-miR-886-5p、hsa-miR-603、hsa-miR-490-3p、hsa-miR-938、hsa-miR-149、hsa-miR-150、hsa-miR-1296、hsa-miR-384、hsa-miR-487a、hsa-miRPlus-C1089、hsa-miR-485-3p、hsa-miR-525-5pおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、miR-588、miR-1258、miR-16-2*、miR-938、miR-526b、miR-92b*、let-7d、miR-378*、miR-124、miR-376c、miR-26b、miR-1204、miR-574-3p、miR-195、miR-499-3p、miR-2110、miR-888およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1007]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、A33、ADAM10、AMACR、ASPH（A-10）、AURKB、B7H3、CA125、CA-19-9、C-Bir、CD24、CD3、CD41、CD63、CD66e CEA、CD81、CD9、CDADC1、CSA、CXCL12、DCRN、EGFR、EphA2、ERG、FLNA、FRT、GAL3、GM-CSF、GRO-α、HER 3（ErbB3）、hVEGFR2、IL6 Unc、インテグリン、マンマグロビン、MFG-E8、MMP9、MUC1、MUC17、MUC2、NGAL、NK-2R（C-21）、NY-ESO-1、PBP、PCSA、PIM1、PRL、PSA、PSIP1/LEDGF、PSMA、RANK、S100-A4、セプラーゼ/FAP、SIM2（C-15）、SPDEF、SSX2、STEAP、TGM2、TIMP-1、Trail-R4、Tsg 101、TWEAK、UNC93A、VCAN、XAGE-1およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、EpCAM、CD81、PCSA、MUC2、MFG-E8およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質をさらに含む、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、let-7d、miR-148a、miR-195、miR-25、miR-26b、miR-329、miR-376c、miR-574-3p、miR-888、miR-9、miR1204、miR-16-2*、miR-497、miR-588、miR-614、miR-765、miR92b*、miR-938、let-7f-2*、miR-300、miR-523、miR-525-5p、miR-1182、miR-1244、miR-520d-3p、miR-379、let-7b、miR-125a-3p、miR-1296、miR-134、miR-149、miR-150、miR-187、miR-32、miR-324-3p、miR-324-5p、miR-342-3p、miR-378、miR-378*、miR-384、miR-451、miR-455-3p、miR-485-3p、miR-487a、miR-490-3p、miR-502-5p、miR-548a-5p、miR-550、miR-562、miR-593、miR-593*、miR-595、miR-602、miR-603、miR-654-5p、miR-877*、miR-886-5p、miR-125a-5p、miR-140-3p、miR-192、miR-196a、miR-2110、miR-212、miR-222、miR-224*、miR-30b*、miR-499-3p、miR-505*およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、A33、ADAM10、ALIX、AMACR、ASCA、ASPH（A-10）、AURKB、B7H3、BCNP、CA125、CA-19-9、C-Bir（フラジェリン）、CD24、CD3、CD41、CD63、CD66e CEA、CD81、CD9、CDADC1、CRP、CSA、CXCL12、CYFRA21-1、DCRN、EGFR、EpCAM、EphA2、ERG、FLNA、GAL3、GATA2、GM-CSF、GRO-α、HER3（ErbB3）、HSP70、hVEGFR2、iC3b、IL-1B、IL6 Unc、IL8、インテグリン、KLK2、マンマグロビン、MFG-E8、MMP7、MMP9、MS4A1、MUC1、MUC17、MUC2、NGAL、NK-2R（C-21）、NY-ESO-1、p53、PBP、PCSA、PIM1、PRL、PSA、PSMA、RANK、RUNX2、S100-A4、セプラーゼ/FAP、SERPINB3、SIM2（C-15）、SPC、SPDEF、SSX2、SSX4、STEAP、TGM2、TIMP-1、TRAIL R2、Trail-R4、Tsg 101、TWEAK、VCAN、VEGF A、XAGEおよびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1011]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、EpCAM、CD81、PCSA、MUC2、MFG-E8およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質をさらに含む、本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、hsa-miR-451、hsa-miR-223、hsa-miR-593*、hsa-miR-1974、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-19b、hsa-miR-320b、hsa-miR-92a、hsa-miR-21、hsa-miR-675*、hsa-miR-16、hsa-miR-876-5p、hsa-miR-144、hsa-miR-126、hsa-miR-137、hsa-miR-1913、hsa-miR-29b-1*、hsa-miR-15a、hsa-miR-93、hsa-miR-1266およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、CD9、CD63、CD81、MMP7、EpCAMおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1014]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、STAT3、EZH2、p53、MACC1、SPDEF、RUNX2、YB-1、AURKA、AURKBおよびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1015]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、PCSA、Muc2、Adam10およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1016]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、アルカリホスファターゼ（AP）、CD63、MyoD1、ニューロン特異的エノラーゼ、MAP1B、CNPアーゼ、プロヒビチン、CD45RO、熱ショックタンパク質27、II型コラーゲン、ラミニンB1/b1、Gail、CDw75、bcl-XL、ラミニン-s、フェリチン、CD21、ADPリボシル化因子（ARF-6）およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1017]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、CD56/NCAM-1、熱ショックタンパク質27/hsp27、CD45RO、MAP1B、MyoD1、CD45/T200/LCA、CD3ζ、ラミニン-s、bcl-XL、Rad18、Gail、チミジル酸シンターゼ、アルカリホスファターゼ（AP）、CD63、MMP-16/MT3-MMP、サイクリンC、ニューロン特異的エノラーゼ、SIRP a1、ラミニンB1/b1、アミロイドβ（APP）、SODD（Silencer of Death Domain）、CDC37、Gab-1、E2F-2、CD6、マスト細胞キマーゼ、γ-グルタミルシステインシンセターゼ（GCS）およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1018]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、アルカリホスファターゼ（AP）、CD56（NCAM）、CD-3ζ、Map1b、14.3.3 pan、フィラミン、トロンボスポンジンおよびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1019]
一つまたは複数のバイオマーカーがAgo2を含む、本発明1001の方法。
[本発明1020]
一つまたは複数のバイオマーカーが一つまたは複数のマイクロRNAをさらに含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
一つまたは複数のバイオマーカーがMMP7を含む、本発明1001の方法。
[本発明1022]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、ADAM-10、BCNP、CD9、EGFR、EpCam、IL1B、KLK2、MMP7、p53、PBP、PCSA、SERPINB3、SPDEF、SSX2、SSX4およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1023]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、EGFR、EpCAM、KLK2、PBP、SPDEF、SSX2、SSX4およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるタンパク質を含む、本発明1001の方法。
[本発明1024]
（a）生物学的試料を一つまたは複数の試薬と接触させる工程であって、該生物学的試料が一つまたは複数の微小胞を含み、かつさらに、該一つまたは複数の試薬が、表5における一つまたは複数のバイオマーカーに特異的に結合する第一の試薬および第二の試薬を含む、工程；
（b）該生物学的試料と該第一および第二の試薬との接触に基づいて該一つまたは複数の微小胞の存在またはレベルを検出する工程；および
（c）該生物学的試料中で検出された該一つまたは複数の微小胞の存在またはレベルを含むバイオシグネチャーを同定する工程
を含む、方法。
[本発明1025]
前記第一の試薬が捕捉物質を含み、前記第二の試薬が、表38、40〜44、50、51、55〜67および72〜74のいずれかにおける捕捉物質と検出物質との一つまたは複数の対から選択される検出物質を含む、本発明1024の方法。
[本発明1026]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、マンマグロビン−MFG-E8、SIM2−MFG-E8、およびNK-2R−MFG-E8に対する結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1027]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、インテグリン−MFG-E8、NK-2R−MFG-E8、およびGAL3−MFG-E8に対する結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1028]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、AURKB、A33、CD63、Gro-αおよびインテグリンに対する捕捉物質と、MUC2、PCSAおよびCD81に対する検出物質とを含む、本発明1025の方法。
[本発明1029]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、AURKB、CD63、FLNA、A33、Gro-α、インテグリン、CD24、SSX2およびSIM2に対する捕捉物質と、MUC2、PCSA、CD81、MFG-E8およびEpCamに対する検出物質とを含む、本発明1025の方法。
[本発明1030]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCam−MMP7、PCSA−MMP7およびEpCam−BCNPに対する結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1031]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCam−MMP7、PCSA−MMP7、EpCam−BCNP、PCSA−ADAM10およびPCSA−KLK2に対する結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1032]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCam−MMP7、PCSA−MMP7、EpCam−BCNP、PCSA−ADAM10、PCSA−KLK2、PCSA−SPDEF、CD81−MMP7、PCSA−EpCam、MFGE8−MMP7およびPCSA−IL-8に対する結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1033]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCam−MMP7、PCSA−MMP7、EpCam−BCNP、PCSA−ADAM10およびCD81−MMP7に対する結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1034]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、ADAM-10、BCNP、CD9、EGFR、EpCam、IL1B、KLK2、MMP7、p53、PBP、PCSA、SERPINB3、SPDEF、SSX2およびSSX4の一つまたは複数に対する捕捉物質と、EpCamまたはPCSAに対する検出物質とを含む、本発明1025の方法。
[本発明1035]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCAM−EpCAM、EpCAM−KLK2、EpCAM−PBP、EpCAM−SPDEF、EpCAM−SSX2、EpCAM−SSX4、EpCAM−ADAM-10、EpCAM−SERPINB3、EpCAM−PCSA、EpCAM−p53、EpCAM−MMP7、EpCAM−IL1B、EpCAM−EGFR、EpCAM−CD9、EpCAM−BCNP、KLK2−EpCAM、KLK2−KLK2、KLK2−PBP、KLK2−SPDEF、KLK2−SSX2、KLK2−SSX4、KLK2−ADAM-10、KLK2−SERPINB3、KLK2−PCSA、KLK2−p53、KLK2−MMP7、KLK2−IL1B、KLK2−EGFR、KLK2−CD9、KLK2−BCNP、PBP−EpCAM、PBP−KLK2、PBP−PBP、PBP−SPDEF、PBP−SSX2、PBP−SSX4、PBP−ADAM-10、PBP−SERPINB3、PBP−PCSA、PBP−p53、PBP−MMP7、PBP−IL1B、PBP−EGFR、PBP−CD9、PBP−BCNP、SPDEF−EpCAM、SPDEF−KLK2、SPDEF−PBP、SPDEF−SPDEF、SPDEF−SSX2、SPDEF−SSX4、SPDEF−ADAM-10、SPDEF−SERPINB3、SPDEF−PCSA、SPDEF−p53、SPDEF−MMP7、SPDEF−IL1B、SPDEF−EGFR、SPDEF−CD9、SPDEF−BCNP、SSX2−EpCAM、SSX2−KLK2、SSX2−PBP、SSX2−SPDEF、SSX2−SSX2、SSX2−SSX4、SSX2−ADAM-10、SSX2−SERPINB3、SSX2−PCSA、SSX2−p53、SSX2−MMP7、SSX2−IL1B、SSX2−EGFR、SSX2−CD9、SSX2−BCNP、SSX4−EpCAM、SSX4−KLK2、SSX4−PBP、SSX4−SPDEF、SSX4−SSX2、SSX4−SSX4、SSX4−ADAM-10、SSX4−SERPINB3、SSX4−PCSA、SSX4−p53、SSX4−MMP7、SSX4−IL1B、SSX4−EGFR、SSX4−CD9、SSX4−BCNP、ADAM-10−EpCAM、ADAM-10−KLK2、ADAM-10−PBP、ADAM-10−SPDEF、ADAM-10−SSX2、ADAM-10−SSX4、ADAM-10−ADAM-10、ADAM-10−SERPINB3、ADAM-10−PCSA、ADAM-10−p53、ADAM-10−MMP7、ADAM-10−IL1B、ADAM-10−EGFR、ADAM-10−CD9、ADAM-10−BCNP、SERPINB3−EpCAM、SERPINB3−KLK2、SERPINB3−PBP、SERPINB3−SPDEF、SERPINB3−SSX2、SERPINB3−SSX4、SERPINB3−ADAM-10、SERPINB3−SERPINB3、SERPINB3−PCSA、SERPINB3−p53、SERPINB3−MMP7、SERPINB3−IL1B、SERPINB3−EGFR、SERPINB3−CD9、SERPINB3−BCNP、PCSA−EpCAM、PCSA−KLK2、PCSA−PBP、PCSA−SPDEF、PCSA−SSX2、PCSA−SSX4、PCSA−ADAM-10、PCSA−SERPINB3、PCSA−PCSA、PCSA−p53、PCSA−MMP7、PCSA−IL1B、PCSA−EGFR、PCSA−CD9、PCSA−BCNP、p53−EpCAM、p53−KLK2、p53−PBP、p53−SPDEF、p53−SSX2、p53−SSX4、p53−ADAM-10、p53−SERPINB3、p53−PCSA、p53−p53、p53−MMP7、p53−IL1B、p53−EGFR、p53−CD9、p53−BCNP、MMP7−EpCAM、MMP7−KLK2、MMP7−PBP、MMP7−SPDEF、MMP7−SSX2、MMP7−SSX4、MMP7−ADAM-10、MMP7−SERPINB3、MMP7−PCSA、MMP7−p53、MMP7−MMP7、MMP7−IL1B、MMP7−EGFR、MMP7−CD9、MMP7−BCNP、IL1B−EpCAM、IL1B−KLK2、IL1B−PBP、IL1B−SPDEF、IL1B−SSX2、IL1B−SSX4、IL1B−ADAM-10、IL1B−SERPINB3、IL1B−PCSA、IL1B−p53、IL1B−MMP7、IL1B−IL1B、IL1B−EGFR、IL1B−CD9、IL1B−BCNP、EGFR−EpCAM、EGFR−KLK2、EGFR−PBP、EGFR−SPDEF、EGFR−SSX2、EGFR−SSX4、EGFR−ADAM-10、EGFR−SERPINB3、EGFR−PCSA、EGFR−p53、EGFR−MMP7、EGFR−IL1B、EGFR−EGFR、EGFR−CD9、EGFR−BCNP、CD9−EpCAM、CD9−KLK2、CD9−PBP、CD9−SPDEF、CD9−SSX2、CD9−SSX4、CD9−ADAM-10、CD9−SERPINB3、CD9−PCSA、CD9−p53、CD9−MMP7、CD9−IL1B、CD9−EGFR、CD9−CD9、CD9−BCNP、BCNP−EpCAM、BCNP−KLK2、BCNP−PBP、BCNP−SPDEF、BCNP−SSX2、BCNP−SSX4、BCNP−ADAM-10、BCNP−SERPINB3、BCNP−PCSA、BCNP−p53、BCNP−MMP7、BCNP−IL1B、BCNP−EGFR、BCNP−CD9、BCNP−BCNPおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1036]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCAM、KLK2、PBP、SPDEF、SSX2、SSX4、EGFRの一つまたは複数に対する捕捉物質およびEpCamに対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1037]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、SSX4およびEpCAM、SSX4およびKLK2、SSX4およびPBP、SSX4およびSPDEF、SSX4およびSSX2、SSX4およびEGFR、SSX4およびMMP7、SSX4およびBCNP1、SSX4およびSERPINB3、KLK2およびEpCAM、KLK2およびPBP、KLK2およびSPDEF、KLK2およびSSX2、KLK2およびEGFR、KLK2およびMMP7、KLK2およびBCNP1、KLK2およびSERPINB3、PBPおよびEGFR、PBPおよびEpCAM、PBPおよびSPDEF、PBPおよびSSX2、PBPおよびSERPINB3、PBPおよびMMP7、PBPおよびBCNP1、EpCAMおよびSPDEF、EpCAMおよびSSX2、EpCAMおよびSERPINB3、EpCAMおよびEGFR、EpCAMおよびMMP7、EpCAMおよびBCNP1、SPDEFおよびSSX2、SPDEFおよびSERPINB3、SPDEFおよびEGFR、SPDEFおよびMMP7、SPDEFおよびBCNP1、SSX2およびEGFR、SSX2およびMMP7、SSX2およびBCNP1、SSX2およびSERPINB3、SERPINB3およびEGFR、SERPINB3およびMMP7、SERPINB3およびBCNP1、EGFRおよびMMP7、EGFRおよびBCNP1、MMP7およびBCNP1、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される複数の捕捉物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1038]
前記検出物質がEpCAM検出物質を含む、本発明1037の方法。
[本発明1039]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対が、EpCam−EpCam、EpCam−KLK2、EpCam−PBP、EpCam−SPDEF、EpCam−SSX2、EpCam−SSX4、EpCam−EGFRおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される結合物質対を含む、本発明1025の方法。
[本発明1040]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対がEpCam−EpCamに対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1041]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対がEpCam−KLK2に対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1042]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対がEpCam−PBPに対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1043]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対がEpCam−SPDEFに対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1044]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対がEpCam−SSX2に対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1045]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対がEpCam−SSX4に対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1046]
捕捉物質と検出物質との前記一つまたは複数の対がEpCam−EGFRに対する結合物質を含む、本発明1025の方法。
[本発明1047]
前記第一および第二の試薬が抗体および/またはアプタマーを含む、本発明1024〜1046のいずれかの方法。
[本発明1048]
前記捕捉物質が基体につながれている、本発明1025〜1046のいずれかの方法。
[本発明1049]
前記検出物質が標識されている、本発明1025〜1046のいずれかの方法。
[本発明1050]
前記バイオシグネチャーを参照バイオシグネチャーと比較する工程をさらに含み、該比較を用いて癌を特徴決定する、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1051]
前記参照バイオシグネチャーが、前記癌を有しない対象に由来する、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記特徴決定が、対象における前記癌の存在もしくはリスクを同定すること、または対象における該癌を転移性または高悪性度として同定することを含む、本発明1050の方法。
[本発明1053]
前記比較する工程が、前記バイオシグネチャーが前記参照バイオシグネチャーに対して変化しているかどうかを判定し、それにより、前記癌に関する予後判定、診断またはセラノーシス用の判定を提供することを含む、本発明1050の方法。
[本発明1054]
前記生物学的試料が体液を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1055]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（CSF）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー腺液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液、臍帯血またはそれらのいずれかの由来物を含む、本発明1054の方法。
[本発明1056]
前記生物学的試料が尿、血液、血液由来物またはそれらのいずれかの由来物を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1057]
前記生物学的試料が細胞培養物またはその由来物を含む、本発明1001〜1053のいずれかの方法。
[本発明1058]
前記生物学的試料が組織試料またはその由来物を含む、本発明1001〜1053のいずれかの方法。
[本発明1059]
前記生物学的試料が一つまたは複数の微小胞を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1060]
前記生物学的試料が前記一つまたは複数の微小胞からなる、本発明1059の方法。
[本発明1061]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが前記一つまたは複数の微小胞と結合している、本発明1059の方法。
[本発明1062]
前記一つまたは複数の微小胞が10nm〜2000nmの直径を有する、本発明1059の方法。
[本発明1063]
前記一つまたは複数の微小胞が20nm〜200nmの直径を有する、本発明1059の方法。
[本発明1064]
前記一つまたは複数の微小胞が、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外ろ過法、免疫吸着捕捉法、アフィニティー精製法、アフィニティー捕捉法、イムノアッセイ法、マイクロ流体工学分離法、フローサイトメトリーまたはそれらの組み合わせに供される、本発明1059の方法。
[本発明1065]
前記一つまたは複数の微小胞を前記一つまたは複数の試薬と接触させる、本発明1059の方法。
[本発明1066]
前記一つまたは複数の試薬が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸（PNA）、ロックド核酸（LNA）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質またはそれらの組み合わせを含む、本発明1065の方法。
[本発明1067]
前記一つまたは複数の試薬を使用して前記一つまたは複数の微小胞を捕捉および/または検出する、本発明1065の方法。
[本発明1068]
前記一つまたは複数の試薬が、前記一つまたは複数の微小胞上の一つまたは複数の表面抗原に結合する、本発明1065の方法。
[本発明1069]
前記一つまたは複数の表面抗原が一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1068の方法。
[本発明1070]
前記一つまたは複数のタンパク質が、CD9、CD63、CD81、PSMA、PCSA、B7H3、EpCam、ADAM10、BCNP、EGFR、IL1B、KLK2、MMP7、p53、PBP、SERPINB3、SPDEF、SSX2およびSSX4の一つまたは複数を含む、本発明1069の方法。
[本発明1071]
前記一つまたは複数のタンパク質が、テトラスパニン、CD9、CD63、CD81、CD63、CD9、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8または表3におけるタンパク質の一つまたは複数を含む、本発明1069の方法。
[本発明1072]
前記一つまたは複数のタンパク質が、表3〜5のいずれかにおける一つまたは複数のタンパク質を含む、本発明1069の方法。
[本発明1073]
前記一つまたは複数の試薬を使用して前記一つまたは複数の微小胞を捕捉する、本発明1065の方法。
[本発明1074]
前記一つまたは複数のバイオマーカーが、前記一つまたは複数の捕捉された微小胞内のペイロードを含む、本発明1073の方法。
[本発明1075]
前記ペイロードが、一つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質および/またはプロテオグリカンを含む、本発明1074の方法。
[本発明1076]
前記核酸が、一つまたは複数のDNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNAまたはshRNAを含む、本発明1075の方法。
[本発明1077]
前記一つまたは複数のバイオマーカーがmRNAを含む、本発明1074の方法。
[本発明1078]
前記癌が、急性リンパ芽球性白血病；急性骨髄性白血病；副腎皮質癌；AIDS関連癌；AIDS関連リンパ腫；肛門癌；虫垂癌；星状細胞腫；非定型奇形腫/ラブドイド腫瘍；基底細胞癌；膀胱癌；脳幹部神経膠腫；脳腫瘍（脳幹部神経膠腫、中枢神経系非定型奇形腫/ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、星状細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣芽腫、上衣腫、髄芽腫、髄上皮種、中間型松果体実質腫瘍、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、および松果体芽腫を含む）；乳癌；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；原発不明癌；カルチノイド腫瘍；原発不明癌腫；中枢神経系非定型奇形腫/ラブドイド腫瘍；中枢神経系胚芽腫；子宮頸癌；小児癌；脊索腫；慢性リンパ球性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；結腸癌；結腸直腸癌；頭蓋咽頭腫；皮膚T細胞リンパ腫；内分泌膵島細胞腫瘍；子宮内膜癌；上衣芽腫；上衣腫；食道癌；鼻腔神経芽細胞腫；ユーイング肉腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；肝臓外胆管癌；胆嚢癌；胃癌；消化管カルチノイド腫瘍；消化管間質細胞腫瘍；消化管間質腫瘍（GIST）；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫；毛様細胞性白血病；頭頚部癌；心臓癌；ホジキンリンパ腫；下咽頭癌；眼内黒色腫；膵島腫瘍；カポジ肉腫；腎臓癌；ランゲルハンス細胞組織球症；喉頭癌；口唇癌；肝臓癌；悪性線維性組織球腫；骨癌；髄芽腫；髄上皮種；黒色腫；メルケル細胞癌；メルケル細胞皮膚癌；中皮腫；原発不明転移性扁平上皮性頸部癌；口腔癌；多発性内分泌腫瘍症候群；多発性骨髄腫；多発性骨髄腫/形質細胞腫瘍；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄増殖性腫瘍；鼻腔癌；鼻咽頭癌；神経芽細胞腫；非ホジキンリンパ腫；非黒色腫皮膚癌；非小細胞肺癌；口腔癌；口腔癌；口腔咽頭癌；骨肉腫；その他の脳および脊髄の腫瘍；卵巣癌；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵臓癌；乳頭腫症；副鼻腔癌；副甲状腺癌；骨盤癌；陰茎癌；咽頭癌；中間型松果体実質腫瘍；松果体芽腫；下垂体腫瘍；形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫；胸膜肺芽腫；原発性中枢神経系（CNS）リンパ腫；原発性肝細胞肝癌；前立腺癌；直腸癌；腎臓癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌；気道癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；唾液腺癌；セザリー症候群；小細胞肺癌；小腸癌；軟部組織肉腫；扁平上皮癌；頸部扁平上皮癌；胃癌；テント上原始神経外胚葉性腫瘍；T細胞リンパ腫；精巣癌；咽頭癌；胸腺癌；胸腺腫；甲状腺癌；移行上皮癌；腎盂尿管移行上皮癌；絨毛性腫瘍；尿管癌；尿道癌；子宮癌；子宮肉腫；膣癌；外陰癌；ワルデンシュトレームマクログロブリン血症；またはウィルムス腫瘍を含む、本発明1050の方法。
[本発明1079]
前記癌が前立腺癌を含む、本発明1050の方法。
[本発明1080]
インビトロで実施される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1081]
前記本発明のいずれかの方法を実施するための、前記一つまたは複数の試薬の使用。
[本発明1082]
本発明1001〜1080の一つまたは複数の試薬を含む、キット。
[本発明1083]
前記試薬が、表3〜5、9〜11、16〜27、29、31〜32、37〜38、40〜47、49〜52、54〜67および69〜74のいずれかにおけるバイオマーカーの少なくとも一つに結合することができる、本発明1082のキット。
[本発明1084]
前記試薬が抗体またはアプタマーを含む、本発明1082または1083のキット。
[本発明1085]
単離されたPCSA+、MUC2+、ADAM10+小胞。
[本発明1086]
単離されたMMP7+小胞。
[本発明1087]
単離されたAgo2+小胞。
[本発明1088]
前記単離された小胞が、表5から選択される一つまたは複数のマイクロRNAを含む、本発明1085〜1087のいずれかの小胞。
[本発明1089]
前記単離された小胞が、表5または20〜24のいずれかから選択される一つまたは複数のメッセンジャーRNA（mRNA）を含む、本発明1085〜1087のいずれかの小胞。