【手続補正書】
【提出日】平成27年8月31日(2015.8.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の大腸癌を検出する方法であって、ａ）前記試料を、ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａ、ＭＭＰ１１から選択された遺伝子によりコードされた少なくとも１種のマーカーの発現を検出する１種以上の薬剤と接触させること；ｂ）非癌性細胞をａ）の前記１種以上の薬剤と接触させること；およびｃ）前記試料中の、ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａ、ＭＭＰ１１から選択された遺伝子によりコードされた前記マーカーの１種以上の発現レベルを、前記非癌性細胞中の、ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａ、ＭＭＰ１１から選択された前記マーカーの１種以上の発現レベルと比較すること、を含み、ここで前記非癌性細胞に比較して前記試料中のＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａ、ＭＭＰ１１から選択された遺伝子によりコードされた前記マーカーの１種以上の前記試料中での発現レベルが高ければ、前記試料が大腸癌細胞を有することが示される、方法。
【請求項２】
前記試料が、対象から得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記対象が、ヒトである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記試料が、体液である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記体液が、血清である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記薬剤が、蛋白質である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記薬剤が、抗体である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記薬剤が、核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸が、ＤＮＡ分子である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記核酸分子が、約１０〜５００ヌクレオチドの長さである、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記薬剤が、それに結合された検出可能な物質を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
ａ）前記試料を、遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａ、ＭＭＰ１１によりコードされた前記マーカーの発現を検出する１種以上の薬剤と接触させること；ｂ）非癌性細胞をａ）の前記１種以上の薬剤と接触させること；およびｃ）前記試料中の前記マーカーの発現レベルを、前記非癌性細胞中の前記マーカーの発現レベルと比較すること、を含み、ここで前記非癌性細胞に比較して前記試料中の遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａ、ＭＭＰ１１によりコードされた前記マーカーの少なくとも１種の発現レベルが高ければ、前記試料が癌細胞を有することが示される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａ、ＭＭＰ１１によりコードされた分子に特異的に結合する複数の薬剤を含む、試料中の癌を検出するキット。
【請求項１４】
前記薬剤が、核酸分子である、請求項１４に記載のキット。
【請求項１５】
前記核酸分子が、ＤＮＡ分子である、請求項１５に記載のキット。
【請求項１６】
前記薬剤が、蛋白質である、請求項１４に記載のキット。
【請求項１７】
前記蛋白質が、抗体である、請求項１７に記載のキット。
【請求項１８】
前記薬剤が、検出可能な物質で標識されている、請求項１４に記載のキット。
【請求項１９】
ａ）対象から試料を得ること；ｂ）前記対象から得られた前記試料を、ホモサピエンスセリンペプチダーゼ阻害剤Ｋａｚａｋ  ｔｙｐｅ４（ＳＰＩＮＫ４）、ホモサピエンスＬＩＮＥ−１  ｔｙｐｅトランスポザーゼドメイン含有１（Ｌ１ＴＤ１）、ホモサピエンス溶質キャリアファミリー３５メンバーＤ３（ＳＬＣ３５Ｄ３）、ホモサピエンスリンパ球抗原６複合体遺伝子座Ｇ６Ｄ（ＬＹ６Ｇ６Ｄ）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）（ＭＭＰ１２）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）（ＭＭＰ１２）、ホモサピエンスアポリポ蛋白質Ｂ  ｍＲＮＡ編集酵素触媒ポリペプチド１（ＡＰＯＢＥＣ１）、ホモサピエンスｄｉｃｋｋｏｐｆ相同体４（キセノパス・ラエビス（Ｘｅｎｏｐｕｓ  ｌａｅｖｉｓ））（ＤＫＫ４）、ホモサピエンスＮＡＤＰＨオキシダーゼ１（ＮＯＸ１）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１１（ストロメリシン３）（ＭＭＰ１１）、ホモサピエンスリングフィンガー蛋白質４３（ＲＮＦ４３）、ＡＧＥＮＣＯＵＲＴ＿１０２２９５９６  ＮＩＨ＿ＭＧＣ＿１４１ホモサピエンスｃＤＮＡクローンＩＭＡＧＥ：６５６３９２３  ５（ＢＵ５３６０６５）、ホモサピエンスＫＩＡＡ１１９９（ＫＩＡＡ１１９９）、ホモサピエンス癌胎児性抗原関連接着分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ホモサピエンスアーケイトスクート複合体相同体２（ドロスフィラ）（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（ＡＳＣＬ２）、ホモサピエンスビリン１（ＶＩＬ１）、ホモサピエンスネイキッドキューティクル相同体１（ドロスフィラ）（ＮＫＤ１）、プレディクティッド：ホモサピエンスハイポセティカルＬＯＣ７２９６６９（ＬＯＣ７２９６６９）、ホモサピエンスムチン１７細胞表面結合型（ｃｅｌｌ  ｓｕｒｆａｃｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ）（ＭＵＣ１７）、ホモサピエンスｎｏｔｕｍペクチンアセチルエステラーゼ相同体（ドロソフィラ）（ＮＯＴＵＭ）、ホモサピエンスコラーゲンXI型α１（ＣＯＬ１１Ａ１）、ホモサピエンスデフェンシンα５パネル細胞特異型（ＤＥＦＡ５）、ホモサピエンスｎｏｔｕｍペクチンアセチルエステラーゼ相同体（ドロソフィラ）（ＮＯＴＵＭ）、ホモサピエンスホスホリパーゼ阻害剤（ＬＯＣ６４６６２７）、ホモサピエンスＮＡＤＰＨオキシダーゼオーガナイザー１（ＮＯＸＯ１）、ホモサピエンスリポカリン１５（ＬＣＮ１５）、ホモサピエンスケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２４（ＣＣＬ２４）、ホモサピエンスガストリン放出ペプチド（ＧＲＰ）、ホモサピエンスプレグナンシー特異性β１糖蛋白質１（ＰＳＧ１）、ホモサピエンスクラウディン２（ＣＬＤＮ２）、ホモサピエンスディフェンシンα６ぺネス細胞特異型（ＤＥＦＡ６）、ホモサピエンスニューロペプチドＳレセプター１（ＮＰＳＲ１）、ホモサピエンスシスタチンＳＮ（ＣＳＴ１）、ホモサピエンスケラチン２３（ヒストンデアセチラーゼ誘導性）（ＫＲＴ２３）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ７（マトリライシン、ウテリン）（ＭＭＰ７）、ホモサピエンス膜貫通４−ドメインサブファミリーＡ膜１２（ＭＳ４Ａ１２）、ホモサピエンスケラチン２０（ＫＲＴ２０）、またはそ���相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの１種以上の発現を検出する１周以上の薬剤と接触させること；ｃ）非癌性細胞をｂ）の前記１種以上の薬剤と接触させること；およびｄ）前記非癌性細胞中の、ホモサピエンスセリンペプチダーゼ阻害剤Ｋａｚａｋ  ｔｙｐｅ４（ＳＰＩＮＫ４）、ホモサピエンスＬＩＮＥ−１  ｔｙｐｅトランスポザーゼドメイン含有１（Ｌ１ＴＤ１）、ホモサピエンス溶質キャリアファミリー３５メンバーＤ３（ＳＬＣ３５Ｄ３）、ホモサピエンスリンパ球抗原６複合体遺伝子座Ｇ６Ｄ（ＬＹ６Ｇ６Ｄ）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）（ＭＭＰ１２）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）（ＭＭＰ１２）、ホモサピエンスアポリポ蛋白質Ｂ  ｍＲＮＡ編集酵素触媒ポリペプチド１（ＡＰＯＢＥＣ１）、ホモサピエンスｄｉｃｋｋｏｐｆ相同体４（キセノパス・ラエビス）（ＤＫＫ４）、ホモサピエンスＮＡＤＰＨオキシダーゼ１（ＮＯＸ１）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１１（ストロメリシン３）（ＭＭＰ１１）、ホモサピエンスリングフィンガー蛋白質４３（ＲＮＦ４３）、ＡＧＥＮＣＯＵＲＴ＿１０２２９５９６  ＮＩＨ＿ＭＧＣ＿１４１ホモサピエンスｃＤＮＡクローンＩＭＡＧＥ：６５６３９２３  ５（ＢＵ５３６０６５）、ホモサピエンスＫＩＡＡ１１９９（ＫＩＡＡ１１９９）、ホモサピエンス癌胎児性抗原関連接着分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ホモサピエンスアーケイトスクート複合体相同体２（ドロスフィラ）（ＡＳＣＬ２）、ホモサピエンスビリン１（ＶＩＬ１）、ホモサピエンスネイキッドキューティクル相同体１（ドロスフィラ）（ＮＫＤ１）、プレディクティッド：ホモサピエンスハイポセティカルＬＯＣ７２９６６９（ＬＯＣ７２９６６９）、ホモサピエンスムチン１７細胞表面結合型（ＭＵＣ１７）、ホモサピエンスｎｏｔｕｍペクチンアセチルエステラーゼ相同体（ドロソフィラ）（ＮＯＴＵＭ）、ホモサピエンスコラーゲンXI型α１（ＣＯＬ１１Ａ１）、ホモサピエンスデフェンシンα５パネル細胞特異型（ＤＥＦＡ５）、ホモサピエンスｎｏｔｕｍペクチンアセチルエステラーゼ相同体（ドロソフィラ）（ＮＯＴＵＭ）、ホモサピエンスホスホリパーゼ阻害剤（ＬＯＣ６４６６２７）、ホモサピエンスＮＡＤＰＨオキシダーゼオーガナイザー１（ＮＯＸＯ１）、ホモサピエンスリポカリン１５（ＬＣＮ１５）、ホモサピエンスケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２４（ＣＣＬ２４）、ホモサピエンスガストリン放出ペプチド（ＧＲＰ）、ホモサピエンスプレグナンシー特異性β１糖蛋白質１（ＰＳＧ１）、ホモサピエンスクラウディン２（ＣＬＤＮ２）、ホモサピエンスディフェンシンα６ぺネス細胞特異型（ＤＥＦＡ６）、ホモサピエンスニューロペプチドＳレセプター１（ＮＰＳＲ１）、ホモサピエンスシスタチンＳＮ（ＣＳＴ１）、ホモサピエンスケラチン２３（ヒストンデアセチラーゼ誘導性）（ＫＲＴ２３）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ７（マトリライシン、ウテリン）（ＭＭＰ７）、ホモサピエンス膜貫通４−ドメインサブファミリーＡ膜１２（ＭＳ４Ａ１２）、ホモサピエンスケラ��ン２０（ＫＲＴ２０）、またはその相補体から選択される遺伝子によりコードされた前記マーカーの１種以上の発現レベルを比較すること、を含み、ここで前記非癌性細胞に比較して前記対象から得られた前記試料中の、ホモサピエンスセリンペプチダーゼ阻害剤Ｋａｚａｋ  ｔｙｐｅ４（ＳＰＩＮＫ４）、ホモサピエンスＬＩＮＥ−１  ｔｙｐｅトランスポザーゼドメイン含有１（Ｌ１ＴＤ１）、ホモサピエンス溶質キャリアファミリー３５メンバーＤ３（ＳＬＣ３５Ｄ３）、ホモサピエンスリンパ球抗原６複合体遺伝子座Ｇ６Ｄ（ＬＹ６Ｇ６Ｄ）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）（ＭＭＰ１２）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１２（マクロファージエラスターゼ）（ＭＭＰ１２）、ホモサピエンスアポリポ蛋白質Ｂ  ｍＲＮＡ編集酵素触媒ポリペプチド１（ＡＰＯＢＥＣ１）、ホモサピエンスｄｉｃｋｋｏｐｆ相同体４（キセノパス・ラエビス）（ＤＫＫ４）、ホモサピエンスＮＡＤＰＨオキシダーゼ１（ＮＯＸ１）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ１１（ストロメリシン３）（ＭＭＰ１１）、ホモサピエンスリングフィンガー蛋白質４３（ＲＮＦ４３）、ＡＧＥＮＣＯＵＲＴ＿１０２２９５９６  ＮＩＨ＿ＭＧＣ＿１４１ホモサピエンスｃＤＮＡクローンＩＭＡＧＥ：６５６３９２３  ５（ＢＵ５３６０６５）、ホモサピエンスＫＩＡＡ１１９９（ＫＩＡＡ１１９９）、ホモサピエンス癌胎児性抗原関連接着分子５（ＣＥＡＣＡＭ５）、ホモサピエンスアーケイトスクート複合体相同体２（ドロスフィラ）（ＡＳＣＬ２）、ホモサピエンスビリン１（ＶＩＬ１）、ホモサピエンスネイキッドキューティクル相同体１（ドロスフィラ）（ＮＫＤ１）、プレディクティッド：ホモサピエンスハイポセティカルＬＯＣ７２９６６９（ＬＯＣ７２９６６９）、ホモサピエンスムチン１７細胞表面結合型（ＭＵＣ１７）、ホモサピエンスｎｏｔｕｍペクチンアセチルエステラーゼ相同体（ドロソフィラ）（ＮＯＴＵＭ）、ホモサピエンスコラーゲンXI型α１（ＣＯＬ１１Ａ１）、ホモサピエンスデフェンシンα５パネル細胞特異型（ＤＥＦＡ５）、ホモサピエンスｎｏｔｕｍペクチンアセチルエステラーゼ相同体（ドロソフィラ）（ＮＯＴＵＭ）、ホモサピエンスホスホリパーゼ阻害剤（ＬＯＣ６４６６２７）、ホモサピエンスＮＡＤＰＨオキシダーゼオーガナイザー１（ＮＯＸＯ１）、ホモサピエンスリポカリン１５（ＬＣＮ１５）、ホモサピエンスケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２４（ＣＣＬ２４）、ホモサピエンスガストリン放出ペプチド（ＧＲＰ）、ホモサピエンスプレグナンシー特異性β１糖蛋白質１（ＰＳＧ１）、ホモサピエンスクラウディン２（ＣＬＤＮ２）、ホモサピエンスディフェンシンα６ぺネス細胞特異型（ＤＥＦＡ６）、ホモサピエンスニューロペプチドＳレセプター１（ＮＰＳＲ１）、ホモサピエンスシスタチンＳＮ（ＣＳＴ１）、ホモサピエンスケラチン２３（ヒストンデアセチラーゼ誘導性）（ＫＲＴ２３）、ホモサピエンスマトリックスメタロペプチダーゼ７（マトリライシン、ウテリン）（ＭＭＰ７）、ホモサピエンス膜貫通４−ドメインサブファミリーＡ膜１２（ＭＳ４Ａ１２）、ホモサピエンスケラチン２０（ＫＲＴ２０）、またはその相補体から選択される遺伝子によりコードされた前記マーカーの１種以上の発現レベルが高ければ、前記対象が大腸癌を有することが示される、対象における大腸癌を検出する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
他の実施形態において、本発明は、ａ）対象から試料を得ること；ｂ）対象から得られた試料を、遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現を検出する１種以上の薬剤と接触させること；ｃ）非癌性細胞をｂ）の１種以上の薬剤と接触させること；およびｄ）対象から得られた試料中の遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現レベルを、非癌性細胞中の遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現レベルと比較すること、を含み、ここで非癌性細胞に比較して試料中の遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体によりコードされたマーカーのパネルの発現レベルが高ければ、対象が大腸癌を有すること、または対象癌が癌を有することが示される、対象における大腸癌を検出する方法を提供する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
幾つかの実施形態において、本発明は、ａ）対象から試料を得ること；ｂ）対象から得られた試料を、ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体から選択された遺伝子によりコードされたマーカーの１種以上の発現を検出する１種以上の薬剤と接触させること；ｃ）非癌性細胞をｂ）の１種以上の薬剤と接触させること；およびｄ）対象から得られた試料中のＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの１種以上の発現レベルを、非癌性細胞中のＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの１種以上の発現レベルと比較すること、を含み、ここで非癌性細胞に比較して対象から得られた試料中のＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体から選択される遺伝子によりコードされたマーカーの１種以上の発現レベルが高ければ、対象が大腸癌を有することが示される、対象における大腸癌を検出する方法を提供する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
特定の実施形態において、本発明は、ａ）試料を、ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａから選択されるマーカーの少なくとも１種の発現を検出する１種以上の薬剤と接触させること；ｃ）非癌性細胞をｂ）の１種以上の薬剤と接触させること；およびｄ）試料中の、ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａから選択されるマーカーの１種以上の発現レベルを、非癌性細胞中のＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａから選択されるマーカーの１種以上の発現レベルと比較すること、を含み、ここで非癌性細胞に比較して試料中のＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａから選択される試料中のマーカーの１種以上の発現レベルが高ければ、試料が大腸癌細胞を有することが示される、試料中の大腸癌細胞を検出する方法を提供する。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１５】
更なる実施形態において、本発明は、大腸癌細胞により発現される分子のパネルに特異的に結合する、複数の抗体などの複数の蛋白質を含む物質の組成物を提供し、マーカーの該パネルは、遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体によりコードされた分子を含む。マーカーのパネルは、非癌性細胞内のマーカーのパネルのレベルよりも高いレベルで発現され得る。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
更に別の実施形態において、本発明は、試料中の大腸癌細胞を検出するキットを提供する。該キットは、以下に開示される任意の「癌に関連する配列」の発現を検出する１種以上の薬剤を含んでいてもよい。該キットは、例えば蛋白質および／または核酸である薬剤を含んでいてもよい。一実施形態において、キットは、複数の薬剤を提供する。薬剤は、ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａまたはその相補体を含む遺伝子によりコードされたマーカーのパネルを検出することができてもよい。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
更に別の実施形態において、本発明は、遺伝子ＳＰＩＮＫ４、Ｌ１ＴＤ１、ＬＹ６Ｇ６Ｄ、ＡＰＯＢＥＣ１、ＬＯＣ７２９６６９、ＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３、ＭＭＰ７、ＭＭＰ１２、ＮＭＵ、ＷＮＴ１０Ａによりコードされた分子に特異的に結合する複数の薬剤を含む、試料中の大腸癌を検出するキットを提供する。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４２】
【図１】悪性大腸腫瘍と対比させた正常組織におけるＳＰＩＮＫ４の発現を示す。
【図２】大腸腫瘍、正常組織および他の悪性腫瘍タイプにおけるＬ１ＴＤ１の発現を示す。
【図３】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＬＹ６Ｇ６Ｄの発現を示す。
【図４】正常組織に対比させた大腸腫瘍および他の悪性腫瘍におけるＡＰＯＢＥＣ１の発現を示す。
【図５】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＬＯＣ７２９６６９の発現を示す。
【図６】正常組織に対比させた大腸腫瘍および他の悪性腫瘍におけるＮＯＴＵＭの発現を示す。
【図７】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＧＲＰの発現を示す。
【図８】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＫＲＴ２０の発現を示す。
【図９】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＭＵＣ１７の発現を示す。
【図１０】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＮＯＴＵＭの発現を示す。
【図１１】大腸腫瘍および他の癌に対比させた正常組織におけるＣＯＬ１１Ａ１の発現を示す。
【図１２】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＭＭＰ１１の発現を示す。
【図１３】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＭＭＰ１２の発現を示す。
【図１４】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＭＭＰ７の発現を示す。
【図１５】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＤＫＫ４の発現を示す。
【図１６】ｑＲＴ−ＰＣＲにより測定された、正常組織および結腸癌組織におけるＬＹ６Ｇ６Ｄ  ｍＲＮＡ発現を示す。ＬＹ６Ｇ６Ｄ発現レベルを、定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）により測定し、ＡＣＴＢ発現レベルに標準化して、２＾（−ｄｅｌｔａ  Ｃｔ）値として表す。投入されたｃＤＮＡ試料は、ＴｉｓｓｕｅＳｃａｎ（商標）ｃＤＮＡ  Ａｒｒａｙｓ（Ｃｏｌｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｐａｎｅｌ  ＩＩ，  Ｏｒｉｇｅｎｅ）として得た。ＬＹ６Ｇ６Ｄ：プライマー：ＵＰＬ４７９＿ＬＹ６Ｇ６Ｄ−ＦおよびＵＰＬ４８０＿ＬＹ６Ｇ６Ｄ−Ｒ、プローブ：ＵＰＬプローブ＃２０。ＡＣＴＢ：ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ  Ｉ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と組み合わせたＴｉｓｓｕｅＳｃａｎプライマー（Ｏｒｉｇｅｎｅ）。
【図１７】ｑＲＴ−ＰＣＲにより測定された、正常組織および結腸癌組織におけるＳＰＩＮＫ４  ｍＲＮＡ発現を示す。ＳＰＩＮＫ４発現レベルを、定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）により測定し、ＡＣＴＢ発現レベルに標準化して、２＾（−ｄｅｌｔａ  Ｃｔ）値として表す。投入されたｃＤＮＡ試料は、ＴｉｓｓｕｅＳｃａｎ（商標）ｃＤＮＡ  Ａｒｒａｙｓ（Ｃｏｌｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｐａｎｅｌ  ＩＩ，  Ｏｒｉｇｅｎｅ）として得た。ＳＰＩＮＫ４：プライマー：ＵＰＬ４７５＿ＳＰＩＮＫ４−ＦおよびＵＰＬ４７６＿ＳＰＩＮＫ４−Ｒ、プローブ：ＵＰＬプローブ＃１８。ＡＣＴＢ：ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ  Ｉ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と組み合わせたＴｉｓｓｕｅＳｃａｎプライマー（Ｏｒｉｇｅｎｅ）。
【図１８】ｑＲＴ−ＰＣＲにより測定された、正常組織および結腸癌組織におけるＬ１ＴＤ１  ｍＲＮＡ発現を示す。Ｌ１ＴＤ１発現レベルを、定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）により測定し、ＡＣＴＢ発現レベルに標準化して、２＾（−ｄｅｌｔａ  Ｃｔ）値として表す。投入されたｃＤＮＡ試料は、ＴｉｓｓｕｅＳｃａｎ（商標）ｃＤＮＡ  Ａｒｒａｙｓ（Ｃｏｌｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｐａｎｅｌ  ＩＩ，  Ｏｒｉｇｅｎｅ）として得た。Ｌ１ＴＤ１：プライマー：ＵＰＬ４８５＿Ｌ１ＴＤ１−ＦおよびＵＰＬ４８６＿Ｌ１ＴＤ１−Ｒ、プローブ：ＵＰＬプローブ＃４２。ＡＣＴＢ：ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ  Ｉ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と組み合わせたＴｉｓｓｕｅＳｃａｎプライマー（Ｏｒｉｇｅｎｅ）。
【図１９】ｑＲＴ−ＰＣＲにより測定された、正常組織および結腸癌組織におけるＤＫＫ４  ｍＲＮＡ発現を示す。１つの正常組織（Ｎ１）および５つの結腸癌組織（Ｃ１〜Ｃ５）のＤＫＫ４発現レベルを、ＧＵＳＢ発現レベルに標準化して、２＾（−ｄｅｌｔａ  Ｃｔ）値として表す。ＤＫＫ４：プライマー：ＵＰＬ４９５＿ＤＫＫ４−Ｆ３およびＵＰＬ４９６＿ＤＫＫ４−Ｒ３、プローブ：ＵＰＬ＃１９。ＧＵＳＢ：プライマー：ＵＰＬ０８１＿ＧＵＳＢ−ＦおよびＵＰＬ０８２＿ＧＵＳＢ−Ｒ、プローブ：ＵＰＬプローブ＃５７。
【図２０】ｑＲＴ−ＰＣＲにより測定された、正常組織および結腸癌組織におけるＮＯＴＵＭ  ｍＲＮＡ発現を示す。１つの正常組織（Ｎ１）および３つの結腸癌組織（Ｃ１〜Ｃ３）のＮＯＴＵＭ発現レベルを、ＧＵＳＢ発現レベルに標準化して、２＾（−ｄｅｌｔａ  Ｃｔ）値として表す。ＮＯＴＵＭ：プライマー：ＵＰＬ４８９＿ＮＯＴＵＭ−ＦおよびＵＰＬ４９０＿ＮＯＴＵＭ−Ｒ、プローブ：ＵＰＬ＃３４。ＧＵＳＢ：プライマー：ＵＰＬ０８１＿ＧＵＳＢ−ＦおよびＵＰＬ０８２＿ＧＵＳＢ−Ｒ、プローブ：ＵＰＬプローブ＃５７。
【図２１】大腸腫瘍および他の腫瘍に対比させた正常組織におけるＣＯＬ１０Ａ１の発現を示す。
【図２２】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＳＬＣ３５Ｄ３の発現を示す。
【図２３】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＣＯＬＸ（ＣＯＬ１０Ａ１によりコードされた蛋白質）の発現を示す。
【図２４】大腸腫瘍に対比させた正常組織におけるＭＭＰ１１の発現を示す。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２４９】
実施例９
ｑＰＣＲを利用して、様々な癌、良性腫瘍および正常組織における以下の遺伝子：ＡＭＨ＿１０３８；ＡＳＣＬ１＿１０９５；Ｃ１２ｏｒｆ５６；Ｃ２ｏｒｆ７０＿１０１０；ＣＯＬ１０Ａ１；ＤＳＣＲ６＿１０６６；ＤＳＣＲ８＿１０３６；ＬＨＸ８＿１２８３；ＭＭＰ１１；ＭＭＰ１２；ＮＭＵ；ＳＬＣ３５Ｄの発現レベルを検討した。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５３】
ＣＯＬ１０Ａ１のフォワードプライマーは、ＧＧＧＣＣＴＣＡＡＴＧＧＡＣＣＣＡＣＣＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：）、リバースプライマーは、ＣＴＧＧＧＣＣＴＴＴＧＧＣＣＴＧＣＣＴＴ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：  １６）であった。ＳＬＣ３５Ｄのフォワードプライマーは、ＧＣＴＡＴＴＴＴＧＡＡＡＡＴＡＴＧＡＧＴＴＣＴＴＡＧＣ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：）、リバースプライマーは、ＣＴＴＴＡＣＡＧＧＴＧＧＴＣＣＣＴＣＴＴＣ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：  １７）であった。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５６】
結果を図２１〜２２に示すが、それらはＣＯＬ１０Ａ１、ＳＬＣ３５Ｄ３マーカーの大腸癌における増加を示している。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５７】
実施例１０
ＣＯＬＸ（遺伝子ＣＯＬ１０Ａ１をコードする蛋白質）の発現を、結腸癌組織および正常な結腸組織で免疫細胞化学検査を実施することにより検討した。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２１】
2014525586.tif 000001
【手続補正１４】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２２】
2014525586.tif 000002