【手続補正書】
【提出日】平成27年3月25日(2015.3.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在および／あるいは少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を、クローン病を有する個体における肉芽腫に対する易罹患性の指標とする方法であって、
（ａ）該個体から得た試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在を決定すること；および
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること
を含み、ここで、該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在かつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在は、該個体における肉芽腫に対する易罹患性を示す  方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、ＴＧＦｂ３、ＦＴＯ、ＮＰＡＳ２、ＭＵＣ１、ＩＬ１０、ＬＲＡＰ、ＬＲＲＫ２、ＴＮＦＳＦ１５もしくはチトクロムＰ−４５０クラスターの遺伝子座、またはそれらの組合せに存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＮＣＡ、ＡＳＣＡ、抗ＯｍｐＣおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＡＳＣＡが高い力価で存在する、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５および／または配列番号６を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２および／または配列番号１３を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記クローン病が、小腸疾患表現型、侵襲性合併性表現型、内部穿通性疾患表現型、狭窄性疾患表現型、線維性狭窄疾患表現型、またはそれらの組合せと関連している、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記試料が、前記個体由来の核酸を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在および／あるいは少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を、クローン病を有する個体における肉芽腫の指標とする方法であって、
（ａ）該個体から得た試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在を決定すること；および
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること
を含み、ここで、該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在かつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在は、該個体における肉芽腫を示す、方法。
【請求項１０】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、ＴＧＦｂ３、ＦＴＯ、ＮＰＡＳ２、ＭＵＣ１、ＩＬ１０、ＬＲＡＰ、ＬＲＲＫ２、ＴＮＦＳＦ１５、チトクロムＰ−４５０ク
ラスターの遺伝子座、またはそれらの組合せに存在する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＮＣＡ、ＡＳＣＡ、抗ＯｍｐＣおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＡＳＣＡが高い力価で存在する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５および／または配列番号６を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２および／または配列番号１３を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
前記クローン病が、小腸疾患表現型、侵襲性合併性表現型、内部穿通性疾患表現型、狭窄性疾患表現型、線維性狭窄疾患表現型、またはそれらの組合せと関連している、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在および／あるいは少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する個体における低骨密度（ＬＢＤ）に対する易罹患性の指標とする方法であって、
（ａ）該個体から得た試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在を決定すること；および
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること
を含み、ここで、該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在かつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在は、該個体におけるＬＢＤに対する易罹患性を示す、方法。
【請求項１７】
前記ＬＢＤが、骨粗鬆症および／または骨減少症と関連している、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、ＨＬＡ、ラミニン、プレキシン、ＮＬＲファミリーの遺伝子座、またはそれらの組合せに存在する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１４および／または配列番号１５である、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＳＣＡおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＩＢＤが肛門周囲疾患と関連している、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在および少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する個体において低骨密度（ＬＢＤ）の処置の必要性の指標とする方法であって、
（ａ）該個体から得た試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在を決定すること；および
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること
を含み、ここで、該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在かつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在は、該個体におけるＬＢＤが処置されるべきであることを示す、方法。
【請求項２３】
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１４および／または配列番号１５である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＳＣＡおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本発明の他の特徴および利点は、例として本発明の種々の実施形態を示す添付の図面と合わせて、以下の詳細な説明から明らかとなる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
クローン病を有する個体における肉芽腫に対する易罹患性を診断する方法であって、
（ａ）該個体から試料を得ること；
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在を決定すること；
（ｃ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること；および
（ｄ）該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在しかつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合に、該個体における肉芽腫に対する易罹患性を診断すること
を含む方法。
（項目２）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、ＴＧＦｂ３、ＦＴＯ、ＮＰＡＳ２、ＭＵＣ１、ＩＬ１０、ＬＲＡＰ、ＬＲＲＫ２、ＴＮＦＳＦ１５もしくはチトクロムＰ−４５０クラスターの遺伝子座、またはそれらの組合せに存在する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＮＣＡ、ＡＳＣＡ、抗ＯｍｐＣおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記ＡＳＣＡが高い力価で存在する、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５および／または配列番号６を含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２および／または配列番号１３を含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記クローン病が、小腸疾患表現型、侵襲性合併性表現型、内部穿通性疾患表現型、狭窄性疾患表現型、線維性狭窄疾患表現型、またはそれらの組合せと関連している、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記試料が、前記個体由来の核酸を含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
クローン病を有する個体において肉芽腫を診断する方法であって、
（ａ）該個体から試料を得ること；
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在を決定すること；
（ｃ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること；および
（ｄ）該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在しかつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合に、該個体における肉芽腫を診断すること
を含む方法。
（項目１０）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、ＴＧＦｂ３、ＦＴＯ、ＮＰＡＳ２、ＭＵＣ１、ＩＬ１０、ＬＲＡＰ、ＬＲＲＫ２、ＴＮＦＳＦ１５、チトクロムＰ−４５０ク
ラスターの遺伝子座、またはそれらの組合せに存在する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＮＣＡ、ＡＳＣＡ、抗ＯｍｐＣおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、項目９に記載の方法。
（項目１２）
前記ＡＳＣＡが高い力価で存在する、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５および／または配列番号６を含む、項目９に記載の方法。
（項目１４）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２および／または配列番号１３を含む、項目９に記載の方法。
（項目１５）
前記クローン病が、小腸疾患表現型、侵襲性合併性表現型、内部穿通性疾患表現型、狭窄性疾患表現型、線維性狭窄疾患表現型、またはそれらの組合せと関連している、項目９に記載の方法。
（項目１６）
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する個体における低骨密度（ＬＢＤ）に対する易罹患性を診断する方法であって、
（ａ）該個体から試料を得ること；
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または非存在を決定すること；
（ｃ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること；および
（ｄ）該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在しかつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合に、該個体におけるＬＢＤに対する易罹患性を診断すること
を含む方法。
（項目１７）
前記ＬＢＤが、骨粗鬆症および／または骨減少症と関連している、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、ＨＬＡ、ラミニン、プレキシン、ＮＬＲファミリーの遺伝子座、またはそれらの組合せに存在する、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１４および／または配列番号１５である、項目１６に記載の方法。
（項目２０）
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＳＣＡおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、項目１６に記載の方法。
（項目２１）
前記ＩＢＤが肛門周囲疾患と関連している、項目１６に記載の方法。
（項目２２）
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する個体において低骨密度（ＬＢＤ）を処置する方法であって、
（ａ）該個体から試料を得ること；
（ｂ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントの存在または
非存在を決定すること；
（ｃ）該試料をアッセイして、少なくとも１つのリスク血清学的マーカーの存在または非存在を決定すること；および
（ｄ）該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合、または該少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが存在しかつ該少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが存在する場合に、該個体においてＬＢＤを処置すること
を含む方法。
（項目２３）
前記少なくとも１つのリスク遺伝的バリアントが、配列番号１４および／または配列番号１５である、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記少なくとも１つのリスク血清学的マーカーが、抗Ｃｂｉｒ１、ＡＳＣＡおよび抗Ｉ２からなる群より選択される、項目２２に記載の方法。