【手続補正書】
【提出日】平成27年8月11日(2015.8.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的配列の少なくとも第２の対立遺伝子多型を有することが疑われる核酸試料中の、標的配列の第１の対立遺伝子多型を検出又は定量化するための方法であって、
（ａ）（ｉ）核酸試料、
（ｉｉ）対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分が、標的配列の第１の対立遺伝子多型と相補的である対立遺伝子特異的プライマーであって、少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的プライマー、
（ｉｉｉ）第２の対立遺伝子多型を含む標的配列の領域と相補的な対立遺伝子特異的ブロッカープローブであって、伸長不可能な３’−ヘキサンジオールブロッカー部分及び少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ、
（ｉｖ）検出用プローブ、並びに
（ｖ）標的配列の領域と相補的な遺伝子座特異的プライマーであって、遺伝子座特異的プライマーと相補的な標的配列の領域が、第１の対立遺伝子多型の３’側にあり、逆鎖に存在する、遺伝子座特異的プライマー
を組み合わせることにより反応混合物を形成するステップと、
（ｂ）遺伝子座特異的プライマー及び対立遺伝子特異的プライマーを用いて反応混合物に対して増幅反応を実行して単位複製配列を形成するステップと、
（ｃ）検出用プローブの検出可能な特性の変化を検出することにより単位複製配列を検出し、これにより、核酸試料中の標的遺伝子の第１の対立遺伝子多型を検出するステップと
を含む方法。
【請求項２】
対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的プライマーの５’端及び／又は３’端に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマーが、２つ以上の不連続核酸修飾を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対立遺伝子特異的プライマー内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の内部位置に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブが、２つ以上の不連続核酸修飾を含むか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、検出用プローブが、タックマン（ＴａｑＭａｎ）（登録商標）プローブを含むか、核酸試料が、血液、血清、血漿、微細針吸引物、腫瘍組織、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、第１の対立遺伝子多型が、突然変異体対立遺伝子であり、第２の対立遺伝子多型が、野生型対立遺伝子であるか、増幅反応の間の第２の対立遺伝子多型のバックグラウンドシグナルを低減する、請求項１〜２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
（ａ）核酸分子、
（ｂ）対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分が、標的配列の第１の対立遺伝子多型と相補的である対立遺伝子特異的プライマーであって、少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的プライマー、
（ｃ）第２の対立遺伝子多型を含む標的配列の領域と相補的な対立遺伝子特異的ブロッカープローブであって、伸長不可能な３’−ヘキサンジオールブロッカー部分及び少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ、
（ｄ）検出用プローブ、並びに
（ｅ）標的配列の領域と相補的な遺伝子座特異的プライマーであって、遺伝子座特異的プライマーと相補的な標的配列の領域が、第１の対立遺伝子多型の３’側にあり、逆鎖に存在する、遺伝子座特異的プライマー
を含む反応混合物。
【請求項５】
対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的プライマーの５’端及び／又は３’端に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマーが、２つ以上の不連続核酸修飾を含む、請求項４に記載の反応混合物。
【請求項６】
対立遺伝子特異的プライマー内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の内部位置に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブが、２つ以上の不連続核酸修飾を含むか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、検出用プローブが、タックマン（登録商標）プローブを含むか、核酸分子が、血液、血清、血漿、微細針吸引物、腫瘍組織、及びこれらの組合せからなる群から選択される試料から得られるか、第１の対立遺伝子多型が、突然変異体対立遺伝子であり、第２の対立遺伝子多型が、野生型対立遺伝子である、請求項４〜５のいずれか一項に記載の反応混合物。
【請求項７】
（ａ）対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分が、標的配列の第１の対立遺伝子多型と相補的である対立遺伝子特異的プライマーであって、少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的プライマー、並びに
（ｂ）第２の対立遺伝子多型を含む標的配列の領域と相補的な対立遺伝子特異的ブロッカープローブであって、伸長不可能な３’−ヘキサンジオールブロッカー部分及び少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ
を含む組成物。
【請求項８】
（ｃ）検出用プローブ、及び／又は（ｄ）標的配列の領域と相補的な遺伝子座特異的プライマーであって、遺伝子座特異的プライマーと相補的な標的配列の領域が、第１の対立遺伝子多型の３’側にあり、逆鎖に存在する、遺伝子座特異的プライマーをさらに含む、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的プライマーの５’端及び／又は３’端に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマーが、２つ以上の不連続核酸修飾を含む、請求項７又は８に記載の組成物。
【請求項１０】
対立遺伝子特異的プライマー内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の内部位置に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブが、２つ以上の不連続核酸修飾を含むか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、第１の対立遺伝子多型が、突然変異体対立遺伝子であり、第２の対立遺伝子多型が、野生型対立遺伝子である、請求項７〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
２つ以上の容器のうちの１つに独立に分配された以下の構成要素
（ａ）対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分が、標的配列の第１の対立遺伝子多型と相補的である対立遺伝子特異的プライマーであって、少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的プライマー、並びに
（ｂ）第２の対立遺伝子多型を含む標的配列の領域と相補的な対立遺伝子特異的ブロッカープローブであって、伸長不可能な３’−ヘキサンジオールブロッカー部分及び少なくとも１つの核酸修飾を含む、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ
を含む２つ以上の容器を含むキット。
【請求項１２】
（ｃ）標的配列の領域と相補的な遺伝子座特異的プライマーであって、遺伝子座特異的プライマーと相補的な標的配列の領域が、検出用プローブ、及び／又は（ｄ）第１の対立遺伝子多型の３’側にあり、逆鎖に存在する、遺伝子座特異的プライマーをさらに含む、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマー内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的プライマーの５’端及び／又は３’端に配置されるか、対立遺伝子特異的プライマーが、２つ以上の不連続核酸修飾を含む、請求項１１又は１２に記載のキット。
【請求項１４】
対立遺伝子特異的プライマー内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ヌクレオチド部分に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の少なくとも１つの核酸修飾のうちの１つが、対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の内部位置に配置されるか、対立遺伝子特異的ブロッカープローブが、２つ以上の不連続核酸修飾を含む、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５】
対立遺伝子特異的ブロッカープローブ内の核酸修飾が、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ジップ核酸（ＺＮＡ）、トリアゾール核酸（ＴｚＮＡ）、及びこれらの組合せからなる群から選択されるか、第１の対立遺伝子多型が、突然変異体対立遺伝子であり、第２の対立遺伝子多型が、野生型対立遺伝子であるか、標的配列の第２の対立遺伝子多型を有することが疑われる核酸試料中で、標的配列の第１の対立遺伝子多型を検出又は定量化するための、対立遺伝子特異的プライマー及び対立遺伝子特異的ブロッカープローブの使用のための指示書をさらに含む、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載のキット。