【手続補正書】
【提出日】平成27年2月9日(2015.2.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２に示される配列のバリアントを含む変異体Ｍｓｐモノマーであって、前記バリアントが以下の変異：Ｇ７５Ｓ、Ｇ７７Ｓ、Ｌ８８ＮおよびＱ１２６Ｒの少なくとも１つを含む、前記モノマー。
【請求項２】
前記バリアントが以下の変異：Ｇ７５Ｓ、Ｇ７７ＳおよびＱ１２６Ｒを含む、請求項１に記載の変異体Ｍｓｐモノマー。
【請求項３】
前記バリアントがさらにＬ８８Ｎを含む、請求項２に記載の変異体Ｍｓｐモノマー。
【請求項４】
前記バリアントが、さらに以下の変異：
（ａ）９０位にセリン（Ｓ）、グルタミン（Ｑ）またはチロシン（Ｙ）；
（ｂ）１０５位にロイシン（Ｌ）またはセリン（Ｓ）；
（ｃ）５９位にアルギニン（Ｒ）；
（ｄ）７８位にロイシン（Ｌ）；
（ｅ）８１位にアスパラギン（Ｎ）；
（ｆ）８３位にアスパラギン（Ｎ）；
（ｇ）８６位にセリン（Ｓ）またはトレオニン（Ｔ）；
（ｈ）８７位にフェニルアラニン（Ｆ）、バリン（Ｖ）またはロイシン（Ｌ）；
（ｉ）８９位にフェニルアラニン（Ｆ）、バリン（Ｖ）またはロイシン（Ｌ）；
（ｊ）９０位にロイシン（Ｌ）、フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、ヒスチジン（Ｈ）、トレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）、バリン（Ｖ）、アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）、アスパラギン（Ｎ）またはシステイン（Ｃ）；
（ｋ）９１位にセリン（Ｓ）、グルタミン（Ｑ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、イソロイシン（Ｉ）、アラニン（Ａ）、バリン（Ｖ）、グリシン（Ｇ）、フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、チロシン（Ｙ）、ヒスチジン（Ｈ）、トレオニン（Ｔ）、アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）、アスパラギン（Ｎ）またはシステイン（Ｃ）；
（ｌ）９２位にアラニン（Ａ）またはセリン（Ｓ）；
（ｍ）９３位にセリン（Ｓ）、アラニン（Ａ）、トレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）；
（ｎ）９４位にロイシン（Ｌ）；
（ｏ）９５位にバリン（Ｖ）；
（ｐ）９６位にアルギニン（Ｒ）、アスパラギン酸（Ｄ）、バリン（Ｖ）、アスパラギン（Ｎ）、セリン（Ｓ）またはトレオニン（Ｔ）；
（ｑ）９７位にセリン（Ｓ）；
（ｒ）９８位にセリン（Ｓ）；
（ｓ）９９位にセリン（Ｓ）；
（ｔ）１００位にセリン（Ｓ）；
（ｕ）１０１位にフェニルアラニン（Ｆ）；
（ｖ）１０２位にリシン（Ｋ）、セリン（Ｓ）またはトレオニン（Ｔ）；
（ｗ）１０３位にアラニン（Ａ）、グルタミン（Ｑ）、アスパラギン（Ｎ）、グリシン（Ｇ）またはトレオニン（Ｔ）；
（ｘ）１０４位にイソロイシン；
（ｙ）１０５位にチロシン（Ｙ）、アラニン（Ａ）、グルタミン（Ｑ）、アスパラギン（Ｎ）、トレオニン（Ｔ）、フェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、ヒスチジン（Ｈ）、グリシン（Ｇ）、バリン（Ｖ）、アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）、プロリン（Ｐ）またはシステイン（Ｃ）；
（ｚ）１０６位にフェニルアラニン（Ｆ）、イソロイシン（Ｉ）、バリン（Ｖ）またはセリン（Ｓ）；
（ａａ）１０８位にプロリン（Ｐ）またはセリン（Ｓ）；
（ｂｂ）１１８位にアスパラギン（Ｎ）；
（ｃｃ）１０３位にセリン（Ｓ）またはシステイン（Ｃ）；
（ｄｄ）１０〜１５、５１〜６０、１３６〜１３９および１６８〜１７２位のうちの１つまたは複数にシステイン
の少なくとも１つを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の変異体Ｍｓｐモノマー。
【請求項５】
前記バリアントが、次の置換：
（ａ）７５位にセリン（Ｓ）、７７位にセリン（Ｓ）、８８位にアスパラギン（Ｎ）、９０位にグルタミン（Ｑ）および１２６位にアルギニン（Ｒ）；
（ｂ）（ｉ）９０位にグルタミン（Ｑ）および（ｉｉ）１０５位にアラニン（Ａ）の１つまたは複数；
（ｃ）（ｉ）９０位にセリン（Ｓ）および（ｉｉ）９２位にセリン（Ｓ）の１つまたは複数；
（ｄ）（ｉ）８７位にグルタミン（Ｑ）および（ｉｉ）９０位にセリン（Ｓ）の１つまたは複数；
（ｅ）（ｉ）８９位にチロシン（Ｙ）および（ｉｉ）９０位にセリン（Ｓ）の１つまたは複数；
（ｆ）（ｉ）９０位にセリン（Ｓ）および（ｉｉ）９２位にアラニン（Ａ）の１つまたは複数；
（ｇ）（ｉ）９０位にセリン（Ｓ）および（ｉｉ）９４位にアスパラギン（Ｎ）の１つまたは複数；
（ｈ）（ｉ）９０位にセリン（Ｓ）および（ｉｉ）１０４位にイソロイシン（Ｉ）の１つまたは複数；
（ｉ）（ｉ）９０位にグルタミン（Ｑ）、（ｉｉ）９３位にセリン（Ｓ）および（ｉｉｉ）１０５位にアラニン（Ａ）の１つまたは複数；
（ｊ）（ｉ）９０位にフェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、チロシン（Ｙ）またはヒスチジン（Ｈ）、（ｉｉ）９１位にフェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、チロシン（Ｙ）またはヒスチジン（Ｈ）および（ｉｉｉ）１０５位にフェニルアラニン（Ｆ）、トリプトファン（Ｗ）、チロシン（Ｙ）またはヒスチジン（Ｈ）の１つまたは複数；
（ｋ）（ｉ）９０位にセリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）またはバリン（Ｖ）、（ｉｉ）９１位にセリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）またはバリン（Ｖ）および（ｉｉｉ）１０５位にセリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、グリシン（Ｇ）、アラニン（Ａ）またはバリン（Ｖ）の１つまたは複数；
（ｌ）９０位にセリン（Ｓ）、アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）またはヒスチジン（Ｈ）および／または９１位にセリン（Ｓ）、アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）またはヒスチジン（Ｈ）；
（ｍ）９０位にセリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）、チロシン（Ｙ）もしくはヒスチジン（Ｈ）および／または９１位にセリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）、チロシン（Ｙ）もしくはヒスチジン（Ｈ）；ならびに
（ｎ）９０、９１および１０３位の１つまたは複数にシステイン
の１つまたは複数を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の変異体。
【請求項６】
前記バリアントが、次の置換：
2014506575.tif 000001
2014506575.tif 000002
2014506575.tif 000003
の少なくとも１つを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の変異体。
【請求項７】
化学修飾されている、前記請求項のいずれか一項に記載の変異体。
【請求項８】
請求項７に記載の変異体であって、
（ｉ）１つもしくは複数のシステインへの分子の付着、１つもしくは複数のリシンへの分子の付着、１つもしくは複数の非天然アミノ酸への分子の付着、エピトープの酵素修飾または末端の修飾によって化学的に修飾されており；（ｉｉ）１つもしくは複数のシステインへの分子の付着によって化学的に修飾されており、および前記１つもしくは複数のシステインが、置換により前記変異体に導入されており；（ｉｉｉ）１つもしくは複数のシステインへの分子の付着、１つもしくは複数のリシンへの分子の付着、もしくは１つもしくは複数の非天然アミノ酸への分子の付着によって化学的に修飾されており、前記分子が、（ａ）前記モノマーを含む細孔と標的ヌクレオチドもしくは標的核酸配列との相互作用を促進する分子アダプターもしくは（ｂ）核酸結合タンパク質であり、（ｉｖ）１つもしくは複数のシステインへの分子の付着、１つもしくは複数のリシンへの分子の付着、もしくは１つもしくは複数の非天然アミノ酸への分子の付着によって化学的に修飾されており、前記付着がリンカーを介しており、または（ｖ）１つもしくは複数のシステインへの分子の付着、１つもしくは複数のリシンへの分子の付着、もしくは１つもしくは複数の非天然アミノ酸への分子の付着によって化学的に修飾されており、前記分子が、配列番号２の９０、９１および１０３位の１つもしくは複数に付着している、
請求項７に記載の変異体。
【請求項９】
Ｍｓｐから得られる共有結合したモノマーを２個以上含む構築物であって、前記モノマーの少なくとも１つが、請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマーである、構築物。
【請求項１０】
請求項９に記載の構築物であって、（ａ）前記２個以上のモノマーが、同じまたは異なっており、（ｂ）少なくとも１つのモノマーが、配列番号２に示される配列を含み、（ｃ）前記構築物は２個のモノマーを含み、前記モノマーの少なくとも１つが、請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体であり、（ｄ）前記モノマーが遺伝学的に融合されており、または（ｅ）前記モノマーがリンカーを介して付着しているいる、前記構築物。
【請求項１１】
請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体または請求項９に記載の構築物をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１２】
請求項１から８のいずれか一項に記載の同一の変異体モノマーを含むＭｓｐから得られる、ホモオリゴマー細孔。
【請求項１３】
前記細孔が、請求項１から８のいずれか一項に記載の同一の変異体モノマー８個を含む、請求項１２に記載のホモオリゴマー細孔。
【請求項１４】
請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマーを少なくとも１つ含み、全８個のモノマーのうち少なくとも１つが他と異なっている、Ｍｓｐから得られるヘテロオリゴマー細孔。
【請求項１５】
請求項１４に記載のヘテロオリゴマー細孔であって、（ｉ）前記細孔が、請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマー８個を含み、そのうちの少なくとも１つが他と異なっており、（ｉｉ）前記細孔が、配列番号２に示される配列を含む少なくとも１つのモノマーを含み、（ｉｉｉ）前記細孔が、（ａ）１個の変異体モノマーおよび（ｂ）７個の同一のモノマーを含み、（ａ）の前記変異体モノマーが（ｂ）の前記同一のモノマーとは異なっており、または（ｉｖ）前記細孔が、（ａ）配列番号２に示される配列を含むモノマー７個および置換Ｎ９０Ｒ、Ｎ９０Ｋ、Ｎ９０Ｙ、Ｎ９０Ｑ、Ｎ９０ＷもしくはＮ９０Ｃをさらに含む変異体モノマー１個を含む請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマー１個；（ｂ）配列番号２に示される配列を含むモノマー７個、および置換Ｎ９１Ｒ、Ｎ９１Ｋ、Ｎ９１Ｙ、Ｎ９１Ｑ、Ｎ９１ＷもしくはＮ９１Ｃを含む請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマー１個；または、（ｃ）配列番号２に示される配列を含むモノマー７個、および置換Ｌ８８Ｃ、Ｓ１０３ＣもしくはＩ１０５Ｃを含む請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマー１個
を含む、前記ヘテロオリゴマー細孔。
【請求項１６】
請求項９または１０に記載の構築物を少なくとも１つ含む細孔。
【請求項１７】
請求項１６に記載の細孔であって、
-  ２個のモノマーをそれぞれ含む構築物４個を含み、モノマーの少なくとも１個が請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマーであり、または
-  請求項１から８のいずれか一項に記載の変異体モノマーを含む構築物１個と、（ｉ）配列番号２に示される配列または（ｉｉ）請求項１から８のいずれか一項に記載の配列番号２のバリアントを各々含むモノマー６個とを含む、前記細孔。
【請求項１８】
標的核酸配列を特徴付ける方法であって、
（ａ）核酸結合タンパク質が、請求項１２から１７のいずれか一項に記載の細孔を通る前記標的配列の移動を制御し、前記標的配列中のヌクレオチドの一部が前記細孔と相互作用できるように、前記標的配列を前記細孔および前記タンパク質と接触させるステップと；
（ｂ）各相互作用の間に前記細孔を通る電流を測定し、それによって前記標的配列を特徴付けるステップと
を含む方法。
【請求項１９】
前記標的核酸配列を特徴付けるステップが、前記標的核酸配列の配列を推定するステップまたは配列決定するステップを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
（ａ）請求項１２から１７のいずれか一項に記載の細孔および（ｂ）核酸ハンドリング酵素を含む、標的核酸配列を特徴付けるためのキット。
【請求項２１】
サンプル中の標的核酸配列を特徴付けるための装置であって、（ａ）請求項１２から１７のいずれか一項に記載の複数の細孔および（ｂ）複数の核酸ハンドリング酵素を含む装置。
【請求項２２】
前記複数の細孔を支持することができ、前記細孔および酵素を使用して核酸の特徴付けを行うように操作できるセンサーデバイスと；
前記特徴付けを行うための材料保持用の少なくとも１つの貯蔵部と；
前記少なくとも１つの貯蔵部から前記センサーデバイスへと制御可能に材料を供給するよう構成された流体系と；
それぞれのサンプルを受けるための複数の容器とを含み、前記流体系が、前記容器から前記センサーデバイスへと選択的に前記サンプルを供給するよう構成されている、請求項２１に記載の装置。