【手続補正書】
【提出日】平成27年8月28日(2015.8.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）のアミノ末端ドメインを含む単離されたポリペプチドであって、ポリンモノマーである、単離されたポリペプチド。
【請求項２】
前記アミノ末端ドメインが、配列番号１のアミノ酸１〜４４３を含む、請求項１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項３】
前記ポリペプチドが配列番号１を含む、請求項１または２に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４】
ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）のカルボキシ末端ドメインを含む単離されたポリペプチドであって、毒素である、単離されたポリペプチド。
【請求項５】
ＭｔｐＡのカルボキシ末端ドメインが配列番号１のアミノ酸６５０〜８４６を含む、請求項４に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項６】
ＭｔｐＡのアミノ末端ドメインが変異を含むか、ＭｔｐＡのカルボキシ末端ドメインが変異を含むか、またはこれら両方である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチドをコードする核酸。
【請求項８】
請求項７に記載の核酸を含むベクター。
【請求項９】
ヒト型結核菌（Ｍｔｂ）感染を有するか、またはＭｔｂ感染を発症する危険性のある対象におけるＭｔｂ感染を治療または予防するための組み合せ物であって、ヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）の活性を調節する第１の作用物質と、前記Ｍｔｂ感染を治療または予防する第２の作用物質とを含み、前記組み合わせ物が前記対象に投与されることを特徴とする、組み合わせ物。
【請求項１０】
ヒト型結核菌（Ｍｔｂ）感染を有するか、またはＭｔｂ感染を発症する危険性のある対象におけるＭｔｂ感染を治療または予防するための組み合わせ物であって、ヒト型結核菌によって生成された毒素を中和する第１の作用物質と、前記Ｍｔｂ感染を治療または予防する第２の作用物質とを含み、前記組み合わせ物が前記対象に投与されることを特徴とする、組み合わせ物。
【請求項１１】
ヒト型結核菌ポリンのアミノ末端ドメインを含む第１のポリペプチドと、抗原を含む第２のポリペプチドと、を含む、キメラポリンポリペプチド。
【請求項１２】
前記ヒト型結核菌ポリンのアミノ末端ドメインが配列番号１のアミノ酸１〜４４３を含む、請求１１に記載のキメラポリンポリペプチド。
【請求項１３】
請求項１２に記載のキメラポリンポリペプチドをコードする核酸配列。
【請求項１４】
請求項１３に記載の核酸配列を含むベクター。
【請求項１５】
対象において抗原に対する免疫応答を誘発するための組成物であって、修飾されたマイコバクテリウムを含み、前記組成物が前記被験体に投与されることを特徴とし、前記修飾されたマイコバクテリウムが、請求項１１または１２に記載のキメラポリンポリペプチドを含む、組成物。
【請求項１６】
一本鎖ヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）オリゴマーをコードする核酸配列であって、
（ａ）少なくとも第１および第２のポリンコードヌクレオチド配列であって、前記第１のヌクレオチド配列が第１のヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）モノマーをコードし、前記第２のヌクレオチド配列が第２のポリンモノマーをコードし、前記第２のコードされたポリンモノマーがマイコバクテリウムポリンモノマーである、ポリンコードヌクレオチド配列と、
（ｂ）アミノ酸リンカーをコードするリンカー核酸配列と、
を含む、核酸配列。
【請求項１７】
前記核酸配列が、第３、第４、第５、第６、第７、および第８のヌクレオチド配列をさらに含み、前記第３、第４、第５、第６、第７、および第８のヌクレオチド配列が、第３、第４、第５、第６、第７、および第８のポリンモノマーをコードし、前記第３、第４、第５、第６、第７、および第８のポリンモノマーが、マイコバクテリウムポリンモノマーである、請求項１６に記載の核酸配列。
【請求項１８】
前記コードされたポリンモノマーのうちの少なくとも１つが野生型ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）モノマーを含む、請求項１６または１７に記載の核酸配列。
【請求項１９】
前記コードされたポリンモノマーのすべてが野生型ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）モノマーを含む、請求項１６または１７に記載の核酸配列。
【請求項２０】
前記コードされた野生型ＭｔｐＡモノマーが配列番号１を含む、請求項１８または１９に記載の核酸配列。
【請求項２１】
請求項１６〜２０のいずれか１項に記載の核酸配列を含むベクター。
【請求項２２】
導電性液体培地中の分析物を検出する方法であって、請求項１６に記載のヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）オリゴマーに電界を印加することを含み、前記Ｍｔｐオリゴマーがトンネルを画定する出入口および収縮ゾーンを有し、前記Ｍｔｐオリゴマーが第１の導電性液体培地と第２の導電性液体培地との間に位置付けられ、前記第１または第２の導電性液体培地が前記分析物を含む、方法。
【請求項２３】
前記分析物が前記トンネルと相互作用して電流パターンを提供するときにイオン電流を測定することを含み、前記電流パターンにおける遮断の出現が分析物の存在を示す、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記分析物を特定することをさらに含み、前記分析物の特定が、前記電流パターンを同一の条件下で既知の分析物を用いて得られる既知の電流パターンと比較することを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
対象における壊死性細胞死を誘導するための組成物であって、請求項４または５に記載のポリペプチドを含み、前記組成物が前記対象に投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項２６】
ヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）の活性を調節する作用物質をスクリーニングする方法であって、
（ａ）前記Ｍｔｐを含む細胞を、試験される前記作用物質と接触させることと、
（ｂ）前記Ｍｔｐの活性を決定することであって、対照と比較した前記Ｍｔｐの活性の増加または減少が、前記作用物質が前記Ｍｔｐの活性を調節することを示す、決定することと、
を含む、方法。
【請求項２７】
ヒト型結核菌によって生成された毒素を中和する作用物質をスクリーニングする方法であって、
（ａ）細胞を試験される前記作用物質と接触させることと、
（ｂ）前記細胞を前記毒素と接触させることと、
（ｃ）前記作用物質の存在下で細胞死のレベルを検出することであって、対照と比較した細胞死の減少が、前記作用物質が前記毒素を中和することを示す、検出することと、
を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
ヒト型結核菌によって生成された毒素を中和する作用物質をスクリーニングする方法が本明細書に提供される。この方法は、細胞を試験される作用物質と接触させることと、細胞を毒素と接触させることと、作用物質の存在下で細胞死のレベルを検出することとを含む。対照と比較した細胞死のレベルの減少は、作用物 質が毒素を中和していることを示す。
本発明は例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）のアミノ末端ドメインを含む単離されたポリペプチドであって、ポリンモノマーである、単離されたポリペプチド。
（項目２）
前記アミノ末端ドメインが、配列番号１のアミノ酸１〜４４３を含む、項目１に記載の単離されたポリペプチド。
（項目３）
前記ポリペプチドが配列番号１を含む、項目１または２に記載の単離されたポリペプチド。
（項目４）
ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）のカルボキシ末端ドメインを含む単離されたポリペプチドであって、毒素である、単離されたポリペプチド。
（項目５）
ＭｔｐＡのカルボキシ末端ドメインが配列番号１のアミノ酸６５０〜８４６を含む、項目４に記載の単離されたポリペプチド。
（項目６）
ＭｔｐＡのアミノ末端ドメインが変異を含むか、ＭｔｐＡのカルボキシ末端ドメインが変異を含むか、またはこれら両方である、項目１〜５のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目７）
項目１〜６のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチドをコードする核酸。
（項目８）
項目７に記載の核酸を含むベクター。
（項目９）
ヒト型結核菌（Ｍｔｂ）感染を有するか、またはＭｔｂ感染を発症する危険性のある対象におけるＭｔｂ感染を治療または予防する方法であって、前記対象に、ヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）の活性を調節する第１の作用物質と、前記Ｍｔｂ感染を治療または予防する第２の作用物質と、を投与することを含む、方法。
（項目１０）
前記Ｍｔｐがヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記第１の作用物質がＭｔｐＡのアミノ末端ドメインを標的とする、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記第１の作用物質が、前記第１の作用物質の不在下での取り込みと比較して前記Ｍｔｐによる前記第２の作用物質の取り込みを増加させることによって前記Ｍｔｐの活性を調節する、項目９〜１１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３）
前記第１の作用物質が、前記作用物質の不在下での取り込みと比較して前記Ｍｔｐによる１つ以上の栄養素または炭素源の取り込みを減少させることによって前記Ｍｔｐの活性を調節する、項目９〜１２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４）
前記炭素源がグリセロールである、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記第２の作用物質が、アンピシリン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、エタンブトール、イソニアジド、ｐ−アミノサリチル酸、サイクロセリン、バンコマイシン、ストレプトマイシン、クラリソマイシン、エリスロマイシンＡ、リファンピシン、シプロフロキサシン、オフロキサシン、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、およびノルフロキサシンからなる群から選択される、項目９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
ヒト型結核菌（Ｍｔｂ）感染を有するか、またはＭｔｂ感染を発症する危険性のある対象におけるＭｔｂ感染を治療または予防する方法であって、前記対象に、ヒト型結核菌によって生成された毒素を中和する第１の作用物質と、前記Ｍｔｂ感染を治療または予防する第２の作用物質と、を投与することを含む、方法。
（項目１７）
前記毒素がヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）のカルボキシ末端ドメインを含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記第１の作用物質がＭｔｐＡの切断配列を標的とし、前記切断配列がＭｔｐＡのアミノ末端ドメインとＭｔｐＡのカルボキシ末端ドメインとの間に位置する、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
前記第１の作用物質がＭｔｐＡのアミノ末端ドメインからのＭｔｐＡのカルボキシ末端ドメインの切断を阻止する、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記第２の作用物質が、アンピシリン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、エタンブトール、イソニアジド、ｐ−アミノサリチル酸、サイクロセリン、バンコマイシン、ストレプトマイシン、クラリソマイシン、エリスロマイシンＡ、リファンピシン、シプロフロキサシン、オフロキサシン、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、およびノルフロキサシンからなる群から選択される、項目１７〜１９のいずれか１項に記載の方法。
（項目２１）
ヒト型結核菌ポリンのアミノ末端ドメインを含む第１のポリペプチドと、抗原を含む第２のポリペプチドと、を含む、キメラポリンポリペプチド。
（項目２２）
前記ヒト型結核菌ポリンのアミノ末端ドメインが配列番号１のアミノ酸１〜４４３を含む、請求２１に記載のキメラポリンポリペプチド。
（項目２３）
前記抗原が、ウイルス抗原、細菌性抗原、真菌性抗原、プリオン抗原、および寄生虫抗原からなる群から選択される、請求２１に記載のキメラポリンポリペプチド。
（項目２４）
前記抗原が癌抗原である、項目２１に記載のキメラポリンポリペプチド。
（項目２５）
アミノ酸リンカーを含む第３のポリペプチドをさらに含む、項目２１に記載のキメラポリンポリペプチド。
（項目２６）
前記アミノ酸リンカーが切断配列を含む、項目２５に記載のキメラポリンポリペプチド。
（項目２７）
項目２２〜２６のいずれか１項に記載のキメラポリンポリペプチドをコードする核酸配列。
（項目２８）
項目２７に記載の核酸配列を含むベクター。
（項目２９）
対象において抗原に対する免疫応答を誘発する方法であって、前記対象に修飾されたマイコバクテリウムを投与することを含み、前記修飾されたマイコバクテリウムが、項目２２〜２８のいずれか１項に記載のキメラポリンポリペプチドを含む、方法。
（項目３０）
前記修飾されたマイコバクテリウムが、弱毒化したヒト型結核菌である、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記修飾されたマイコバクテリウムがウシ型結核菌ＢＣＧである、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
項目１〜３のいずれか１項に記載の２〜１２個の単離されたポリペプチドを含むヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）オリゴマー。
（項目３３）
一本鎖ヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）オリゴマーをコードする核酸配列であって、
（ａ）少なくとも第１および第２のポリンコードヌクレオチド配列であって、前記第１のヌクレオチド配列が第１のヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）モノマーをコードし、前記第２のヌクレオチド配列が第２のポリンモノマーをコードし、前記第２のコードされたポリンモノマーがマイコバクテリウムポリンモノマーである、ポリンコードヌクレオチド配列と、
（ｂ）アミノ酸リンカーをコードするリンカー核酸配列と、
を含む、核酸配列。
（項目３４）
前記核酸配列が、第３、第４、第５、第６、第７、および第８のヌクレオチド配列をさらに含み、前記第３、第４、第５、第６、第７、および第８のヌクレオチド配列が、第３、第４、第５、第６、第７、および第８のポリンモノマーをコードし、前記第３、第４、第５、第６、第７、および第８のポリンモノマーが、マイコバクテリウムポリンモノマーである、項目３３に記載の核酸配列。
（項目３５）
前記コードされたポリンモノマーのうちの少なくとも１つが野生型ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）モノマーを含む、項目３３または３４に記載の核酸配列。
（項目３６）
前記コードされたポリンモノマーのすべてが野生型ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）モノマーを含む、項目３３または３４に記載の核酸配列。
（項目３７）
前記コードされた野生型ＭｔｐＡモノマーが配列番号１を含む、項目３５または３６に記載の核酸配列。
（項目３８）
前記コードされたアミノ酸リンカーが１０〜２０個のアミノ酸を含む、項目３３〜３７のいずれか１項に記載の核酸配列。
（項目３９）
前記コードされたアミノ酸リンカーが１５個のアミノ酸を含む、項目３８に記載の核酸配列。
（項目４０）
前記コードされたアミノ酸リンカーが（ＧＧＧＧＳ）３（配列番号４）ペプチド配列を含む、項目３９に記載の核酸配列。
（項目４１）
項目３３〜４０のいずれか１項に記載の核酸配列を含むベクター。
（項目４２）
前記ベクターが構成的プロモーターを含む、項目４１に記載のベクター。
（項目４３）
前記構成的プロモーターがｐｓｍｙｃプロモーターを含む、項目４２に記載のベクター。
（項目４４）
前記ベクターが誘導性プロモーターを含む、項目４３に記載のベクター。
（項目４５）
前記誘導性プロモーターがアセトアミド誘導性プロモーターを含む、項目４４に記載のベクター。
（項目４６）
導電性液体培地中の分析物を検出する方法であって、項目３３に記載のヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）オリゴマーに電界を印加することを含み、前記Ｍｔｐオリゴマーがトンネルを画定する出入口および収縮ゾーンを有し、前記Ｍｔｐオリゴマーが第１の導電性液体培地と第２の導電性液体培地との間に位置付けられ、前記第１または第２の導電性液体培地が前記分析物を含む、方法。
（項目４７）
前記分析物が前記トンネルと相互作用して電流パターンを提供するときにイオン電流を測定することを含み、前記電流パターンにおける遮断の出現が分析物の存在を示す、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記分析物を特定することをさらに含み、前記分析物の特定が、前記電流パターンを同一の条件下で既知の分析物を用いて得られる既知の電流パターンと比較することを含む、項目４６に記載の方法。
（項目４９）
前記分析物が、ヌクレオチド、核酸、アミノ酸、ペプチド、タンパク質、ポリマー、薬物、イオン、夾雑物、ナノスケール物体、または生物兵器剤である、項目４６〜４８のいずれか１項に記載の方法。
（項目５０）
対象における壊死性細胞死を誘導する方法であって、前記対象に、項目４または５に記載のポリペプチドを投与することを含む、方法。
（項目５１）
対象における過度のまばたき、筋肉痛障害、多汗症、または頸部ジストニアを治療または予防する方法であって、前記対象に、項目４または５に記載のポリペプチドを投与することを含む、方法。
（項目５２）
対象におけるしわを軽減する方法であって、前記対象における１つ以上の筋肉に、項目４または５に記載のポリペプチドを投与することを含み、前記筋肉の収縮が前記しわに関連する、方法。
（項目５３）
ヒト型結核菌ポリン（Ｍｔｐ）の活性を調節する作用物質をスクリーニングする方法であって、
（ａ）前記Ｍｔｐを含む細胞を、試験される前記作用物質と接触させることと、
（ｂ）前記Ｍｔｐの活性を決定することであって、対照と比較した前記Ｍｔｐの活性の増加または減少が、前記作用物質が前記Ｍｔｐの活性を調節することを示す、決定することと、
を含む、方法。
（項目５４）
前記Ｍｔｐが、ヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記ＭｔｐＡが、配列番号１のアミノ酸１〜４４３を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５６）
前記Ｍｔｐの活性が、抗生物質の取り込み、抗生物質の排出、または１つ以上の栄養素もしくは炭素源の取り込みからなる群から選択される、項目５３〜５５のいずれか１項に記載の方法。
（項目５７）
前記抗生物質が、アンピシリン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、エタンブトール、イソニアジド、ｐ−アミノサリチル酸、サイクロセリン、バンコマイシン、ストレプトマイシン、クラリソマイシン、エリスロマイシンＡ、リファンピシン、シプロフロキサシン、オフロキサシン、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、およびノルフロキサシンからなる群から選択される、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記炭素源がグリセロールである、項目５６に記載の方法。
（項目５９）
ヒト型結核菌によって生成された毒素を中和する作用物質をスクリーニングする方法であって、
（ａ）細胞を試験される前記作用物質と接触させることと、
（ｂ）前記細胞を前記毒素と接触させることと、
（ｃ）前記作用物質の存在下で細胞死のレベルを検出することであって、対照と比較した細胞死の減少が、前記作用物質が前記毒素を中和することを示す、検出することと、
を含む、方法。
（項目６０）
前記毒素がヒト型結核菌ポリンＡ（ＭｔｐＡ）のカルボキシ末端ドメインを含む、項目５９に記載の方法。