【事件の表示】
　特願２００５−９９０４７「抗コンドロモジュリン−１特異的抗体及びその利用」拒絶査定不服審判事件〔平成１７年１１月１０日出願公開、特開２００５−３１４３９７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　この出願は、平成１７年３月３０日（優先権主張平成１６年３月３１日）の出願であって、平成２２年１１月１６日付けの拒絶理由通知に対して、平成２３年１月２１日に意見書及び手続補正書が提出され、その後、同年７月２１日付けで拒絶査定がされ、これに対して、同年１０月２５日に審判請求がされると共に同日付けで手続補正書が提出され、平成２６年１月７日付けの審尋に対して、同年３月１７日に回答書が提出されたものである。
　
第２　平成２３年１０月２５日付けの手続補正についての補正の却下の決定
　
［補正の却下の決定の結論］
　平成２３年１０月２５日付けの手続補正を却下する。
　
［理由］
　
１　本件補正
　平成２３年１０月２５日付けの手続補正（以下「本件補正」という。）は、補正前の請求項１が
　「生体成分中のコンドロモジュリン−１を特異的に認識する能力を有し、かつ生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり、配列番号１６に示すアミノ酸配列を含むペプチドを認識するモノクローナル抗体であることを特徴とする抗コンドロモジュリン−１特異的抗体。」
であり、補正前の請求項２が
　「コンドロモジュリン−１に対する解離定数が１×１０-7 Ｍ以下であることを特徴とする請求項１に記載の抗体。」
であったところ、補正前の請求項１及び２を以下の補正後の請求項１
　「生体成分中のコンドロモジュリン−１を特異的に認識する能力を有し、かつ生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり、
配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチド
とする補正を含んでいる（審決注：補正前の請求項２の内容に対する補正箇所に下線を付した。）。
　
２　補正の適否
　
（１）補正の目的の適否
　この補正は、補正前の請求項２に係る発明について、その抗体が認識するペプチドを、「配列番号１６に示すアミノ酸配列を含むペプチド」から「配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチド」に補正するものである。これらのペプチドは、以下のとおりである（審決注：共通する配列部分に下線を付した。）。
　配列番号１６：
Arg Arg Ser Tyr
 1            
　配列番号６：
Asp His Glu Gly Ile Cys Cys Ile Glu Cys 
Arg Arg Ser Tyr
 1　　　　　　　 5　　　　　　　　　10　　　　　　　　　15
Cys Gln
　
　配列番号１４：
Gly Ile Cys Cys Ile Glu Cys 
Arg Arg Ser Tyr
 1　　　　　　　 5　　　　　　　　　10　　　　　　　　　15
Ile Cys
　
　配列番号１５：
Cys 
Arg Arg Ser Tyr
 1　　　　　　　 5　　　　　　　　　10　　　　　　　　　15
Gly Tyr
　
　この補正により、その抗体が認識するペプチドの範囲が限定されることになるから、上記補正は、補正前の請求項２に記載された発明を特定するための事項を限定するものであって、その補正前の請求項２に記載された発明とその補正後の請求項１に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるから、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法（以下「平成１８年改正前特許法」という。）第１７条の２第４項第２号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　
（２）そこで、上記補正後の請求項１に記載された特許を受けようとする発明（以下「本願補正発明」という。）が、特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に適合するか）否かについて、以下に検討する。
　
　ア　刊行物
　刊行物１：Acta Histochemica，2002年，104，p.167−175（原審における引用文献１）
　刊行物２：国際公開第０３／０９０６９４号（原審における引用文献２）
　刊行物３：Eur. J. Biochem.，1999年，260，p.869−878（原審における引用文献４）
　刊行物４：HAYAMI T et al.，Database GenBank[online]，Accession No.BAA86262，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/BAA86262.1，06-NOV-1999 uploaded，Title:chondromodulin-I[Homo sapiens]（前置報告書に記載された引用文献２；審引用／抽論(送付可)１１−０６３００５）
　刊行物５：特表平９−５０２７０８号公報（前置報告書で提示された文献）
　刊行物６：特開２００２−３５６５００号公報（前置報告書で提示された文献）
　刊行物７：国際公開０３／０３７９１１号（前置報告書で提示された文献）
　刊行物４〜７は、この出願の優先日における周知技術又は技術水準を示すために引用するものである。
　
　イ　刊行物の記載事項
　
　(ア)刊行物１
　訳文により示す。
　(1a)「軟骨特異的マトリックスタンパク質コンドロモジュリン−Ｉ（ChM-I）はヒトの新生児期の脊椎組織の生体内での軟骨内骨化において強力な血管新生阻害剤である：軟骨組織内の血管新生因子との関係」（167頁、標題）
　(1b)「要約
　軟骨は、多くの血管新生因子を軟骨内骨化の間に含んでいるが、軟骨は、無血管の組織である。軟骨特異的非コラーゲンマトリックスタンパク質であるコンドロモジュリン−Ｉ（ChM-I）が、強力な血管新生阻害剤であることが、明らかになってきた。ChM-Iが、ヒトにおける軟骨内骨化の間の血管新生阻害において本質的な役割を果たすのかを明らかにするために、我々は、ChM-Iの発現及び分布を、ヒトの新生児期の脊椎の血管新生因子及び血管内皮細胞マーカーCD34のそれと、比較して調べた。CD34が陽性の血管内皮細胞の侵入が第１肋軟骨下の海綿質で見られたが、血管内皮細胞マーカーCD34の発現は、新生児期の脊椎軟骨マトリックスでは見られなかった。II型コラーゲンは、軟骨内骨化の間、全てのマトリックスに沈着したが、アグリカンは、肥大した軟骨のマトリックス、特に凹窩部周辺に沈着した。血管内皮細胞増殖因子（VEGF）は、強力な血管新生因子として知られるが、成熟した軟骨細胞から肥大した軟骨及び骨髄にも分布していた。繊維芽細胞増殖因子−２（FGF-2；塩基性繊維芽細胞増殖因子）は、強力な血管新生因子として知られるが、ヒトの脊椎軟骨組織の成熟した軟骨の軟骨細胞の細胞質に分布していた。トランスフォーミング増殖因子（TFG）−βは、血管新生を含む多くの機能を持つことが報告されており、TGF-β1もまた、骨化しつつある軟骨組織の成熟した軟骨細胞に分布していた。その一方、新規な軟骨特異的マトリックスタンパク質ChM-Iは、成熟ないし肥大した軟骨のマトリックスの境界間の領域、特に凹窩部に分布していた。結論として、これらの観察は、ChM-Iは、軟骨内骨化の間、VEGF、FGF-2、TGF-β1の血管新生特性に対するバリアとして働くかも知れないこと、そして、このマトリックス分子が、生体内の軟骨の無血管という性質を決めるのに本質的な役割を果たすかも知れないことを、示唆する。」（167頁11〜32行、要約）
　(1c)「組織
　我々は、１０個の軟骨内骨化している新生児の脊椎組織を日本赤十字社・・・の病理ファイルから選んだ。」（168頁右欄16〜20行）
　(1d)「免疫組織化学
　パラフィン埋設組織切片をキシレンで脱パラフィンし、再水和した。ChM-I染色のために、脱パラフィンした切片を最初にｐＨ５．０の酢酸塩緩衝液中の０．１％ヒアルロニダーゼ・・・で４５分３７℃で予備処理し、リン酸緩衝生理食塩水（PBS）で２度洗い、１．０Ｎ塩酸中の０．４％ペプシン・・・で４５分３７℃で処理した。FGF-2及びアグリカン染色のために・・・II型コラーゲン及びVEGF染色のために・・・TGF-β1染色のために・・・。全ての切片はPBSで洗い、３０分メタノール中０．３％Ｈ2Ｏ2 で熟成した。PBSで２度洗い、正常なヤギ又はウサギの血清・・・と予備熟成し、１次抗体と熟成した。抗ChM-Iポリクローナル抗体は、ウサギの体内で、成熟ヒトChM-I遺伝子組換えタンパク質に対して作られた。ウエスタンブロットで、これらの抗体は、一つのぼやけたバンドを２５kDaに示した（Hirakiら、1999）。抗ChM-I抗体は１：４００に希釈した。抗CD34抗体・・・、抗II型コラーゲンモノクローナル抗体・・・、抗FGF-2抗血清・・・、抗VEGFモノクローナル抗体・・・及び抗TGF-β1抗体・・・は、それぞれ１：１、１：５００、１：１０００、１：２００及び１：１００の希釈で適用した。抗VEGFモノクローナル抗体は、リコンビナントヒトVEGFに対して作製されたが、この抗体はヒトVEGFの全てのアイソフォーム（VEGF121、VEGF165、VEGF189、VEGF206）を認識する。抗TGF-β1抗体は、ウサギの体内で、ヒトTGF-β1前駆体のＣ末端側に位置する３２３−３５２のアミノ酸に対応するペプチドに対して作製された。これらの抗体はウエスタンブロットで他のTGF-β1と交差活性を示さなかった。抗アグリカンポリクローナル抗体は、T. Yada博士から提供されたもので・・・生後１週のラットの脛骨軟骨から精製されたアグリカンに対して・・・作製された。このポリクローナル抗体は、マウス及びヒトアグリカンコアタンパク質をELISA及びウエスタンブロットで認識し、ヒトアグリカンと交差反応する。１時間室温で熟成した後、切片をPBSで２度洗い、ビオチン化した抗ウサギ又は抗マウス免疫グロブリン・・・で３０分熟成する。さらに２度洗った後、ペルオキシダーゼをコンジュゲートしたストレプトアビジン・・・で４５分熟成し、PBSで２度洗った。結合したペルオキシダーゼの活性を・・・ｐＨ７．６の０．１mol/l Tris緩衝液中０．０２％の3,3'-ジアミノベンジジンと０．００５％Ｈ2Ｏ2 溶液で５分間で可視化し、対比染色は５％メチルグリーン又はヘマトキシリンで行った。陰性対照では、１次抗体を正常のウサギの血清又はPBSで置き換えたか、又は１次抗体をリコンビナントヒト成熟ChM-Iタンパク質に予め吸収させた。」（168頁右欄下から３行〜169頁右欄21行）
　(1e)「CD34、血管新生因子及びChM-I発現の免疫組織学的分析の半定量的結果1,2」と題する表２
「　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
組織3　II型コラーゲン　　　CD34　　VEGF　　FGF-2 　TGF-β1　ChM-I　
　　　　　　　　　アグリカン　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
増殖　　　＋　　　　＋　　　−　　　±　　　±　　　−　　　＋　　
成熟　　　＋＋　　　＋＋　　−　　　＋　　　＋＋＋　＋＋＋　＋＋　
肥大　　　＋＋＋　　＋＋＋　−　　　＋＋＋　±　　　＋　　　＋＋＋
石灰化　　＋　　　　＋　　　＋＋　　＋＋　　−　　　−　　　±　　
骨　　　　−　　　　−　　　＋＋＋　＋＋　　−　　　−　　　−　　
１　−、発現なし；±、ぼんやり弱い発現；＋、弱い発現；＋＋、中程度の発現；＋＋＋、強い発現
２　VEGF、血管内皮細胞増殖因子；FGF-2、繊維芽細胞増殖因子−２；TGF-β1、トランスフォーミング増殖因子−β１；ChM-I、コンドロモジュリン−Ｉ
３　増殖、増殖している軟骨又は軟骨細胞；成熟、成熟した軟骨又は軟骨細胞；肥大、肥大した軟骨又は軟骨細胞；石灰化、石灰化している軟骨又は軟骨細胞」（169頁）
　(1f)「Hiraki Y, Mitsui K, Endo N, Hayami T, Inoue H, Shukunami C, Tokunaga K, Kano T, Yamada M, Takahashi HE, and Kondo J (1999) 軟骨から誘導される成長調節因子であるヒトコンドロモジュリン−Ｉの分子クローニング、及びチャイニーズハムスター卵巣細胞での発現．Eur J Biochem 260：869−878 」（174頁右欄下から３行〜175頁左欄３行、レファレンス）
　
　(イ)刊行物２
　訳文により示す。
　(2a)「１．患者の自己免疫及び慢性炎症性疾患を診断又はモニタリングするための方法であって、前記患者における自己免疫及び慢性炎症性疾患を診断又はモニタリングするために、前記患者において１つ以上の遺伝子の発現レベルを検出する工程を包含し、前記１つ以上の遺伝子が、配列番号・・・からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、方法。
　・・・・・・・・・・・・・・・
　７．前記慢性炎症性疾患及び自己免疫疾患が、慢性関節リウマチ、胆嚢炎、全身性紅斑性狼瘡、シェーグレン疾患、クレスト症候群、強皮症、強直性脊椎炎、クローン病、潰瘍性大腸炎、原発性硬化性胆管炎、虫垂炎、憩室炎、原発性胆管硬化症、ヴェグナー肉芽腫症、結節性多発性動脈炎、ウィップル病、乾癬、顕微鏡的多発性血管炎、高安病、川崎病、自己免疫性肝炎、喘息、チャーグ−ストラウス病、バージャー氏病、レイノー病、及び胆嚢炎からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
　８．前記疾患が、全身性紅斑性狼瘡である、請求項１に記載の方法。
　９．前記疾患が慢性関節リウマチである、請求項１に記載の方法。
　１０．前記発現レベルが、前記１つ以上の遺伝子によって発現されたＲＮＡレベルを測定することによって検出される、請求項１に記載の方法。
　１１．前記１つ以上の遺伝子によって発現される前記ＲＮＡレベルの検出の前に、前記患者からＲＮＡを単離する工程をさらに包含する、請求項１０に記載の方法。
　１２．前記ＲＮＡレベルをＰＣＲによって検出する、請求項１０に記載の方法。
　１３．前記ＰＣＲが、［配列番号Ｚ−プライマー対］からなる群から選択されるヌクレオチド配列からなるプライマーを用いる、請求項１２に記載の方法。
　１４．前記ＲＮＡレベルが、ハイブリダイゼーションによって検出される、請求項１０に記載の方法。
　１５．前記ＲＮＡレベルが、オリゴヌクレオチドに対するハイブリダイゼーションによって検出される、請求項１０に記載の方法。
　１６．前記オリゴヌクレオチドが、配列番号・・・からなる群から選択されるヌクレオチド配列からなる、請求項１５に記載の方法。
　１７．前記オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ゲノムＤＮＡ、又は合成オリゴヌクレオチドを含む、請求項１５に記載の方法。
　１８．前記発現レベルが、前記１つ以上の遺伝子によって発現される１つ以上のタンパク質を測定することによって検出される、請求項１に記載の方法。
　１９．前記１つ以上のタンパク質が・・・配列番号４３２・・・からなる群から選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１８に記載の方法。
　・・・・・・・・・・・・・・・
　２２．前記測定が、血清の測定を含む、請求項１８に記載の方法。
　・・・・・・・・・・・・・・・
　２５．前記検出された発現レベルが、患者の体液中の発現レベルである、請求項１に記載の方法。
　２６．前記体液が、末梢血である、請求項２５に記載の方法。」（157〜168頁、請求の範囲の請求項１、７〜１９、２２、２５、２６）
　(2b)「
発明の分野
　この出願は、慢性炎症性疾患の分野にある。特に、この発明は、慢性炎症性疾患を診断及びモニタリングするための方法及び組成物に関する。」（１頁７〜９行）
　(2c)「特に興味深いことは、全身性紅斑性狼瘡及び慢性間接リウマチのような慢性炎症性疾患における白血球及び白血球遺伝子発現の役割である。全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）及び慢性関節リウマチ（ＲＡ）は、免疫系の調節不全によって特徴づけられ、種々の器官に損傷を引き起こす、慢性の自己免疫性かつ炎症性の障害である。これらの疾患は、白血球における差次的遺伝子発現を、明らかに含む。それらの患者及びその医師にとっては、疾患の診断及びモニタリング用ツールが著しく不足している。白血球発現プロファイルを適用することにより、ＳＬＥ及びＲＡに対する発現マーカーを見出し、それらを臨床設定における患者管理ツールとして適用し得る。また、変形性関節症は、ＲＡと混同され得る変性間接疾患である。この疾患は、白血球に影響を及ぼし、変形性関節症に関連した白血球の発現プロファイリングが、この疾患に対する診断及び治療の新たなアプローチの発見をもたらし得る。」（１頁下から８行〜２頁３行）
　(2d)「一態様において、発現は、遺伝子からのＲＮＡレベル又はタンパク質レベルの測定によって検出される。そのような検出の検出工程の例として、血清中のタンパク質の測定、細胞表面タンパク質の測定、及び蛍光活性細胞分別機を用いた測定が挙げられる。」（９頁10〜12行）
　(2e)「本発明の方法は、患者由来の体液又は患者における体液（例えば末梢血及び尿）に適用され得る。」（16頁18〜19行）
　(2f)「
配列表の簡単な説明
　配列表の簡単な説明を、以下に示す。記入項目数は、１０６５である。配列表は、ヒト白血球、植物、及びウィルス遺伝子に由来する、５０マーのオリゴヌクレオチド配列を示す。これらは、配列番号５０３〜１００４として列挙される。５０マーの配列及び対応遺伝子配列もまた、表２に列挙される。これら５０マーのほとんどが表２中及び配列表中の遺伝子配列から設計された。
　配列番号１〜５０２は、ＳＬＥを有する患者において発現が変化した遺伝子のｍＲＮＡ配列を示す。
　配列番号２〜１００４は、血液中のＲＮＡ発現をモニターするためにプローブとして使用される５０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドである。
　配列番号１００５〜１０３７は、１〜５０２から選択された遺伝子の発現をモニターするために使用されるＰＣＲプライマー及びプローブである。
　配列番号１０３８〜１０６５は、実施例で検討される配列である。」（17頁12〜24行）
　(2g)「表２：ＳＬＥ及び自己免疫疾患の遺伝子発現マーカー
　Ａ．マイクロアレイ（狼瘡／自己免疫マーカー）に対する有意性分析（ＳＡＭ）。各々の遺伝子の同定は、オリゴヌクレオチド（配列番号５０マー）、ＶＥＲＳＩＯＮ（ＡＣＣ）からのGenbank登録番号、完全長（又は最長として知られている）ＲＮＡ転写産物（配列番号ＦＬ）、及びユニジーン番号（unigene number）ＶＥＲＳＩＯＮ（ＨＳ）によって、行う。血液遺伝子発現のマイクロアレイ分析結果（実施例１１）は、誤検出率（ＳＡＭ　ＦＤＲ）並びに狼瘡患者とコントロールとの間の発現変化の方向（ＳＡＭアップ／ダウン）として与えられる。
　Ｂ．実時間ＰＣＲ遺伝子発現分析。実施例１１に記載したように、実時間ＰＣＲを用いてマーカー遺伝子発現の挙動を確認及び定量化した。各遺伝子を、オリゴヌクレオチド（配列番号５０マー）、ＶＥＲＳＩＯＮ（ＡＣＣ）からのGenbank登録番号、完全長（又は最長として知られている）ＲＮＡ転写産物（配列番号ＦＬ）、及びユニジーン番号ＶＥＲＳＩＯＮ（ＨＳ）によって、同定する。狼瘡患者とコントロールとの間の倍変化（ＰＣＲ倍）、並びに対でないｔ−検定の結果（ＰＣＲ　ｐ値）とが与えられる。
　Ｃ．マイクロアレイデータの多重相加的回帰木（Multiple Additive Regression Tree）分析。ＭＡＲＴアルゴリズムを用いて、実施例１１に記載したように、マーカー遺伝子及び遺伝子セットの同定を行った。各遺伝子は、オリゴヌクレオチド（配列番号５０マー）、ＶＥＲＳＩＯＮ（ＡＣＣ）からのGenbank登録番号、完全長（又は最長として知られている）ＲＮＡ転写産物（配列番号ＦＬ）、及びユニジーン番号ＶＥＲＳＩＯＮ（ＨＳ）によって、同定する。ＭＡＲＴモデルでの遺伝子の重要性（ＭＡＲＴ重要度）、遺伝子を同定したモデルの誤り率（ＭＡＲＴ誤り）、及びこれら２つの変数（重要度／誤り）の比を与える。
　Ｄ．階層的クラスタリングによる経路及び経路遺伝子の同定。遺伝子は、マイクロアレイ又はＰＣＲ分析からの有意な遺伝子の近似同時発現によって同定する（階層的クラスター配列番号）。この分析は、遺伝子発現の経路の違いを同定する。」（19頁６〜26行）
　(2h)「実施例１１：狼瘡及び自己免疫疾患の診断及びモニタリング用の遺伝子発現マーカーの同定及び検証
　実施例４に記載したように、患者を臨床試験で登録した。
　ＳＬＥに関してＡＣＲ基準を満たしている２２人の患者、慢性関節リウマチ（ＲＡ）の２０人の患者、変形性関節症（ＯＡ）の６人の患者、及び１０人の健康なドナー（ＨＤ）のからの５８の末梢血試料を集めた（表１参照）。収集の１時間以内に、密度勾配遠心沈殿法によって試料を処理し、実施例１に記載した技術を用いて単核細胞を溶解及び凍結した。
　１．完全ＲＮＡを細胞ペレットから調製し、増幅して、蛍光Ｃｙ３を用いて標識し、活性化した又は静止状態の白血球での差次的又は特異的発現によって選択する８１４３のＤＮＡ配列のカスタムオリゴヌクレオチドマイクロアレイにハイブリダイズした。規格化の後、Ｃｙ５（プールした参照白血球ＲＮＡ）に対するＣｙ３（ドナー試料）のログ比を、ＳＬＥ試料対全ての非ＳＬＥ試料で差別的に発現する遺伝子配列の分析のために用いた。American College of Rheumatology臨床基準あるいはＳＬＥの臨床診断を有するが、古典的な徴候もしくは症状又は免疫抑制を増加させる最近の治療はあまり持たない患者に従って、ＳＬＥ試料を古典的な又は非常に高い可能性のＳＬＥ診断に分割した。
　マイクロアレイの有意性分析（ＳＡＭ，Tusherら，2001）を用いて、狼瘡患者及びコントロール間で差次的に発現する遺伝子を同定した（実施例９）。これらのデータを表２に示しており、表２では、ＳＬＥで過剰に発現するか又は少なく発現する遺伝子及び誤検出率（ＦＤＲ）の様々なレベルでのコントロール試料が列記される。これらの遺伝子のそれぞれは、疾患又は疾患活性に相関を持っている可能性がある。また、実施例９の方法を用いて、多変量加法回帰木（ＭＡＲＴ）も使用して、また、多重遺伝子分類モデル（表２Ｃ）用いる際にＳＬＥをコントロール試料から最も区別した遺伝子を同定した。この分析は、遺伝子セットを同定し、関連遺伝子を配合して、狼瘡に対する診断又はモニタリングアッセイを作製する。患者試料上で低い分類誤り率を有する多重遺伝子アルゴリズムの一部であり、かつアルゴリズムでの重要度が高度である遺伝子が高い優先遺伝子マーカーである。
　実施例８に記載した技術による実時間ＰＣＲを用いて、選択した遺伝子配列（表２Ｂ）の差次的発現を確認及び定量化した。全てのマーカー遺伝子用のＰＣＲプライマーをこれらの同法によって設計することができる。試験される遺伝子の多数は、検証され、狼瘡試料に非常に有意な相関又は反相関を見せた。
　階層的クラスター分析（Eisenら，1998（実施例９））によって、ＳＳＥのマーカー（表２Ｄ）であるとしてアレイ又はＰＣＲデータで見込みを示した遺伝子と共発現する既知及び未記載の遺伝子両方を同定した。従って、遺伝子を経路に分類した。
　有意性及び分類分析によって同定される遺伝子の中で、多くは、ＩＦＮ調節因子又はインターフェロン誘導遺伝子ファミリーの成分である。分子及び経路のインターフェロンアルファファミリーは、ある期間で狼瘡の病因に関与していた。慢性ウイルス感染のためにインターフェロンアルファで治療された患者は、自己免疫現象及び狼瘡の副作用を有する可能性がある。ＩＦＮ−ａレベルは、ＳＬＥ、ＲＡ、シェーグレン症候群、及び強皮症患者由来の血清の中で上昇する。ＩＦＮ−ａも、自己免疫を開始する最も初期の事象に関与している可能性がある。ＳＬＥで発現する特異的なＩＦＮ−ａ遺伝子産物の同定によって、病原性サイトカインの選択的治療ターゲティングが可能になる一方で、ウイルス感染の状況で予防的であるそれらのＩＦＮのものを節約する。
　表１：アレイに使用した試料及びＰＣＲ発現プロファイリング試料
　・・・・・（審決注：表１は略）・・・・・」（108頁下から９行〜110頁）
　(2i)「表２Ａ：マイクロアッセイのための有意分析、狼瘡／自己免疫マーカー
　・・・・・・・・・・・・・・・
　・・・・・・・・・・・・・・・
」（125頁）
　(2j)「210　４３２　
211　１３２８　
212　ＤＮＡ　
213　ヒト　
400　４３２　
atgacagaga actccgacaa agttcccatt gccctggtgg gacctgatga cgtggaattc
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 60
tgcagccccc cggcgtacgc tacgctgacg gtgaagccct ccagccccgc gcggctgctc
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　120
aaggtgggag ccgtggtcct catttcggga gctgtgctgc tgctctttgg ggccatcggg
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　180
gccttctact tctggaaggg gagcgacagt cacatttaca atgtccatta caccatgagt
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　240
atcaatggga aactacaaga tgggtcaatg gaaatagacg ctgggaacaa cttggagacc
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　300
tttaaaatgg gaagtggagc tgaagaagca attgcagtta atgatttcca gaatggcatc
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　360
acaggaattc gttttgctgg aggagagaag tgctacatta aagcgcaagt gaaggctcgt
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　420
attcctgagg tgggcgccgt gaccaaacag agcatctcct ccaaactgga aggcaagatc
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　480
atgccagtca aatatgaaga aaattctctt atctgggtgg ctgtagatca gcctgtgaag
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　540
gacaacagct tcttgagttc taaggtgtta gaactctgcg gtgaccttcc tattttctgg
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　600
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　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　660
gttccaacta ccacaaaaag accacacagt ggaccacgga gcaacccagg cgctggaaga
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　720
ctgaataatg aaaccagacc cagtgttcaa gaggactcac aagccttcaa tcctgataat
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　780
ccttatcatc agcaggaagg ggaaagcatg acattcgacc ctagactgga tcacgaagga
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　840
atctgttgta tagaatgtag gcggagctac acccactgcc agaagatctg tgaacccctg
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　900
gggggctatt acccatggcc ttataattat caaggctgcc gttcggcctg cagagtcatc
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　960
atgccatgta gctggtgggt ggcccgtatc ttgggcatgg tgtgaaatca cttcatatat
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 1020
cacgtgctgt aaaataagaa ctagctgaag agacaaccaa agaagcatta aggcaggttg
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 1080
atgctgatgg gaccataaaa tatttttaca cgcagcctga gcggttattc ttgacactct
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 1140
taacagaatt tttttaatcg ttttccagaa ctttagtata tgcaaatgca ctgaaagggt
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 1200
agttcaagtc taaaatgcca taaccccgtt atttgttatt ttttatttgc attgatttgc
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 1260
cataagtctt cccttgcttg catcttccaa agctatttcg aaataaacac gaaaatttac
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 1320
agtttgcc　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 1328
」（配列表の530〜531頁）（審決注：位置を示す番号は、印刷幅の関係で改行して表示した。）
　
　(ウ)刊行物３
　訳文により示す。
　(3a)「ヒトコンドロモジュリン−Ｉ、軟骨から誘導される成長調節因子、の分子クローニング、及びそのＣＨＯ細胞での発現」（869頁、標題）
　(3b)「胎仔から精製されるウシコンドロモジュリン−Ｉ（ChM-I）は、生体内で軟骨細胞の合成を促し、血管内皮細胞の成長を抑制する。このウシの成長調節因子のヒトの対応物は、まだ同定されていない。我々は、ここに、ヒトGhM-I前駆体ｃＤＮＡのクローニング及びそのチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞での機能発現を報告する。我々は、最初にゲノムＤＮＡ断片でChM-I前駆体のＮ末端をコードするものを同定し、次にヒトChM-IｃＤＮＡを軟骨肉腫組織からＰＣＲ法で単離した。導かれたアミノ酸配列は，成熟ヒトChM-Iは１２０アミノ酸からなることを明らかにした。全体で１６アミノ酸残基が、ヒトの配列ではウシの対応物と比べて置換されていた。ほとんど全ての置換はＮ末端の親水性ドメインで見られた。Ｃ末端の疎水性ドメイン（Phe42からVal120）では、アミノ酸配列はTyr90を除き同一であって、このドメインの機能的重要性を示唆している。ノーザンブロッティングとin situハイブリダイゼーションは、軟骨内で特異的なChM-IｍＲＮＡの発現を示唆する。我々も、組換えヒトChM-Iに対する特異的抗体を用いて、ChM-Iタンパク質の軟骨特異的な局在化を同定した。ＣＨＯ細胞への前駆体ｃＤＮＡの複数回導入により、ヒトChM-Iの成熟型を培養液の浮遊物から分離することが可能となった。精製組換えヒトChM-Iは、培養中の軟骨細胞においてプロテオグリカンの合成を促進した。対照的に、in vitroの培養中の血管内皮細胞の管形態形成及びin vivoのヒヨコ絨毛尿膜の血管新生を阻害した。」（869頁８〜22行、要約）
　(3c)「図２．ヒトChM-IｃＤＮＡのヌクレオチド配列並びに推定されるヒト及びウシChM-I前駆体タンパク質のアミノ酸配列の比較」の標題に続いて、
　「ヒトChM-IｃＤＮＡは、ヒト軟骨肉腫組織（病理組織学的グレードＩ）から単離されたpoly(Ａ)+ＲＮＡからＰＣＲ法及び3'−ＲＡＣＥ法により増幅した。(Ａ)ヒトChM-IｃＤＮＡのヌクレオチド配列。オープンリーディングフレームを枠で囲ってあり、開始コドン及び終止コドンは二重線のアンダーラインをしてある。ポリアデニル化シグナル（ＡＡＴＡＡＡ）はボールド体で示されている。(Ｂ)ヒトChM-I前駆体の推定されるアミノ酸配列が、ウシChM-I前駆体の推定されるアミノ酸配列と比較されている。各前駆体の膜貫通領域にアンダーラインをしてある。可能性のあるプロセシングシグナル（ＲＥＲＲ）はボールド体で示され、成熟ChM-Iタンパク質は枠で囲ってあり、そして、成熟ChM-Iドメイン中の推定されるＮ−グリコシル化部位及びシステイン残基はそれぞれ（＋）及び（＊）で示してある。」
と記載され、以下のＡ及びＢが記載されている。
　「
」（873頁、図２）
　
　(エ)刊行物４
　訳文により示す。
　(4a)「コンドロモジュリン−Ｉ［ホモ　サピエンス］」（標題）
　(4b)「
」（下から２〜末行、「ORIGIN」の項）
　
　(オ)刊行物５
　(5a)「１．２×１０-10Ｍに等しいかまたはそれ未満のヒト・インターロイキン−４（ＩＬ４）に対する解離定数により特徴づけられる非ヒト・中和モノクローナル抗体由来の相補性決定領域（ＣＤＲｓ）、および第１の融合パートナーからなるヒト・ＩＬ４に対する結合特異性を有する融合蛋白。」（２頁、特許請求の範囲の請求項１）
　(5b)「
実施例１−ＭＡｂ　３Ｂ９の製造
　Ａ．免疫方法
　４匹のマウス（Ｂａｌｂ／ｃとＣ５７ＢＬ／６のＦ１雑種）を、フロイント（Freund）の完全アジュバント中の５０μｇの組み換え型イー・コリヒトＩＬ４で皮下免疫し、４週間後にフロイントの不完全アジュバント中の５０μｇのＩＬ４で腹腔内追加免疫した。ＩＬ４に対する良好な血清抗体力価に基づいて、１匹のマウスには、８週目に２００μｇのＩＬ４（セイライン中腹腔内免疫）を、その２日後１００μｇのＩＬ４（セイライン中腹腔内免疫）を、さらにその２日後に５０μｇのＩＬ４（セイライン中腹腔内免疫）をさらに免疫した。最後の免疫から２日後に、脾臓切除を行った。
　Ｂ．融合方法およびスクリーニング系
  マウスの脾臓細胞を用いてハイブリドーマを調製し（標準的方法、例えばコーラー（Kohler）ら，ネイチャー（Nature），第２５６巻：４９５頁（１９７５年）による）、ＩＬ４結合に関して市販ＢＩＡｃｏｒｅシステムおよび下記ＥＬＩＳＡアッセイを用いて、２５０個より多い細胞をＩＬ４に対する抗体の分泌に関してスクリーニングした。５個のウェルが陽性の応答を示した。マウスからの１クローンのみ、すなわち３Ｂ９が強く陽性であった。３Ｂ９由来のすべての２次クローンは陽性であった。
実施例２−ＥＬＩＳＡアッセイおよびアフィニティー定数
　Ａ．ＥＬＩＳＡ
  以下のごとく行われるスクリーニングアッセイを設計して無処理のヒト・ＩＬ４に対するアフィニティーを測定した。実験１に関して、アルデヒド活性化９６−ウェルプレートを、ｐＨ８・５の０・１Ｍホウ酸緩衝液１００μｌ／ウェル中１μｇ/mLのＩＬ４で被覆し、室温で一晩インキュベーションした。ヒト・ＩＬ４はプレートに共有結合した。ＩＬ４溶液を吸引し、非特異的結合（ＮＳＢ）部位をＴＢＳ緩衝液（５０mM Tris、１５０mMＮａＣｌ、１mMＭｇＣｌ2、０．０２％ＮａＮ3，ｐＨ７・４）中のウシ・血清アルブミン（ＢＳＡ）で、３７℃において６０分間ブロックした。この工程および以下の各工程に従って、プレートを洗浄緩衝液（１０mM Tris、１５０mMＮａＣｌ、０・０５％ツイン２０、０・０２％ＮａＮ3，ｐＨ７・４）で４回洗浄した。この後、５０μｌのハイブリドーマ培地（または精製３Ｂ９もしくはＦａｂフラグメント）および５０μｌのアッセイ緩衝液（ＴＢＳ緩衝液中０・５％ウシ・ガンマグロブリン）を添加し、プレートを３７℃で６０分間インキュベーションした。ウェルあたり１００μｌのアッセイ緩衝液中のビオチン化抗マウス抗体を添加し、上記のごとくインキュベーションした。ウェルあたり１００μｌのアルカリ性ホスファターゼ結合ストレプトアビジンを添加し、インキュベーション（３７℃で３０分間）した。１００μｌ／ウェルのＰＮＰ基質を添加し、３７℃で３０分間インキュベーションした。４０５nmの光学密度を読み取った。
　実験２に関しては、ストレプトアビジン被覆プレート（１００μｌ／ウェル，リン酸緩衝化セイライン（ＰＢＳ）中１μｇ/mL）を４℃で一晩インキュベーションし、以下のようにアッセイした。ストレプトアビジン溶液を吸引し、ＮＳＢ部位をＴＢＳ緩衝液中１％ＢＳＡでブロックした（３７℃で６０分）。この工程の後、以下の各工程を行った。プレートを洗浄緩衝液で４回洗浄した。５０μｌのビオチン化ＩＬ４を５０μｌのアッセイ緩衝液とともに添加し、３７℃で３０分インキュベーションした。次いで、５０μｌの精製３Ｂ９　ＩｇＧまたはＦａｂフラグメント（もしくはハイブリドーマ培地）および５０μｌのアッセイ緩衝液を添加し、３７℃で６０分インキュベーションした。１００μｌの抗マウスＩｇＧアルカリ性ホスファターゼ抱合物を添加し、３７℃で６０分インキュベーションした。１００μｌのＰＮＰ基質を添加し、３７℃で３０分インキュベーションした。上記のごとく光学密度を読んだ。
　Ｂ．ＩＬ４に対する３Ｂ９のアフィニティーの計算
　上記実験の結果を用いて、ベティ（Beatty）ら，ジャーナル・オブ・イミュノロジカル・メソッズ（J.Immunol.Methods），第１００巻：１７３〜１７９頁（１９８７年）に記載のごとく３Ｂ９に対するＫd を計算して以下のようにまとめた。
　　　　　　　　　　Ｋaff＝
　　　　　１　　　　　　　
　　　　　　　　　　　　　２（２［Ａｂ＊］−［Ａｂ］）
Ａｂ*＝１５０ng/mlのビオチン化ヒト・ＩＬ４の場合に結合したＡｂ濃度
Ａｂ＝３００ng/mlのビオチン化ヒト・ＩＬ４の場合に結合したＡｂ濃度
解離定数Ｋd を以下の関係式から計算した。
　　　　　　　　　　Ｋd＝
　　　１　　　
　　　　　　　　　　　　　　　　Ｋaff 
　実験１：ストレプトアビジン被覆９６ウェルプレート（１００ng／ウェル）上でのＥＬＩＳＡアッセイ
　　　　　Ｋd＝２・２×１０-10Ｍ（３Ｂ９　Ｆａｂ）
　実験２：ストレプトアビジン被覆９６ウェルプレート（１００ng／ウェル）上でのＥＬＩＳＡアッセイ
　　　　　Ｋd＝１・４×１０-10Ｍ（３Ｂ９　ＩｇＧ）
　Ｃ．特異性
　ＭＡｂ　３Ｂ９はヒト・ＩＬ４を認識するが、ウシ・またはネズミのＩＬ４を認識しない。これを調べる１の方法は以下のごとし。抗マウスＩｇＧで被覆した９６ウェルプレートを用い、次いで、ウシ・血清アルブミンでブロックし、これに５０μｌの３Ｂ９（１００ng/ml）、２５μｌの非ヒト・ＩＬ４および２５μｌのビオチン−ＩＬ４を添加し、３７℃で６０分インキュベーションし、次いで、洗浄し、ストレプトアビジン抱合アルカリ性ホスファターゼおよびＰＮＰを添加した。
　同様に、ＭＡｂ　６Ａ１はウシまたはネズミのＩＬ４を認識しないことが見い出された。」（37頁下から５行〜40頁下から９行）
　
　(カ)刊行物６
　(6a)「【請求項１】活性型肝細胞増殖因子アクティベーター（ＨＧＦＡ）を認識する抗体であって、不活性型ＨＧＦＡを実質的に認識しない抗体。」（２頁、特許請求の範囲の請求項１）
　(6b)「【0068】【実施例１】不活性型ＨＧＦＡおよび活性型ＨＧＦＡの作製
　・・・・・・・・・・・・・・・
　【0071】・・・活性型３６kDaＨＧＦＡを得た。
　【0072】・・・活性型９８kDaｈＧＦＡを得た。・・・
　【0073】【実施例２】活性型ＨＧＦＡ特異的モノクローナル抗体スクリーニング用ＥＬＩＳＡプレートの作製
　・・・・・・・・・・・・・・・
　【0075】【実施例３】活性型ＨＧＦＡ特異的モノクローナル抗体の作製
実施例１で作製した活性型３６kDaＨＧＦＡ１００μｇまたは９８KDaＨＧＦＡ１００μｇを含む溶液を、同容量のフロイント完全アジュバントとともに、Balb/cマウスの皮下および腹腔内に２週間間隔で６回投与した。マウスの血清中に抗体が産生していることを確認後、１００μｇのＨＧＦＡを含む溶液を尾静脈内に投与した。３日後に脾臓を取り出し・・・脾臓細胞をミエローマ細胞P3U1と細胞融合させ、９６ウェルプレートに注入後ＨＡＴ培地を添加して１４日間の培養を行った。
　・・・・・・・・・・・・・・・
　【0079】【実施例４】活性型ＨＧＦＡ特異的モノクローナル抗体の反応特異性解析
　・・・・・・・・・・・・・・・
　【0082】【実施例５】活性型ＨＧＦＡ特異的モノクローナル抗体の解離定数測定
実施例３にて作製・精製された活性型ＨＧＦＡ特異的モノクローナル抗体のうち、ハイブリドーマクローンAHGA-A由来のモノクローナル抗体について解離定数を測定した。活性型HGFAを固相化し、ＢＳＡでブロッキングを行った活性型HGFA固相化プレートに対して抗体濃度を変えて添加し、平衡状態に達するまで十分に反応させた（２時間以上）。この後０．０５%Tween20を含むPBS(−)液（以下「PBST液」と略す）を用いて十分な洗浄を行ない、HRP（西洋わさびペルオキシターゼ）標識ヤギ抗マウスIgG・Fcポリクローナル抗体（ＩＣＮ社）１μｇ/mlおよび１％ BSAを含むPBS(−)を100μｌずつウェルに添加し、さらに室温で１時間反応させた。PBST液で充分に洗浄操作を行った後、０．４mg/mlオルトフェニレンジアミン（OPD、Sigma社P-9029）および０．０１５〜０．０３%過酸化水素溶液を含むクエン酸−リン酸緩衝液（ｐＨ５．０）を添加して室温にて反応させ、発色を行なった。この後、１ＮＨ2ＳＯ4 溶液を添加して反応を止め、測定波長４９０nm、リファレンス波長６５０nmにて測定を行なった。測定結果よりスキャチャードプロットを行い、解離定数を求めた。結果は４．０５×１０-10Ｍであった。この結果は、本発明の抗体の親和性が高いことを示している。」
　
　(キ)刊行物７
　訳文により示す。
　(7a)「１．ヒト組織因子（ＴＦ）に特異的に結合して複合体を形成し、そして当該複合体は血液凝固第Ｘ因子又は第ＩＸ因子と結合して、ＴＦ：ＶＩＩａによる第Ｘ因子又は第ＩＸ因子の活性化を阻害するヒト型抗体。
　２．組織因子（ＴＦ）に対する解離定数（Ｋd）が約０．５nM未満を示す請求項１に記載のヒト型抗体。」（81頁、請求の範囲の請求項１及び２）
　(7b)「実施例１−抗ｒｈＴＦモノクローナル抗体の調製及びクローニング
　ｒｈＴＦに対するモノクローナル抗体は以下のように調製された。
　Ａ．免疫化と追加免疫
  ５匹の雌のＢＡＬＢ／ｃマウスを、それぞれ脂質化され、精製された１０μｇのｒｈＴＦで免疫化した。・・・
　Ｂ．マウス脾臓リンパ球とマウス骨髄腫細胞との融合
　・・・・・・・・・・・・・・・
　Ｃ．ＥＬＩＳＡ発色
　・・・・・・・・・・・・・・・
　Ｄ．ｒｈＴＦハイブリドーマ細胞株の安定化
　・・・・・・・・・・・・・・・
　Ｅ．第１次および第２次クローニング
　・・・・・・・・・・・・・・・
　Ｆ．Ｈ３６．Ｄ２．Ｂ７から全ＲＮＡの分離
　・・・Ｈ３６．Ｄ２．Ｂ７ハイブリドーマ細胞から・・・
　Ｇ．Ｈ３６．Ｄ２．Ｂ７遺伝子の可変領域のクローニングとｃＤＮＡの合成
　　・・・・・・・・・・・・・・・
実施例２−本発明の抗体における結合活性
  前記の実施例１により調製した本発明の抗体を使用する。ｒｈＴＦ分子は大腸菌で発現させ、標準的な方法に従い、免疫アフィニティクロマトグラフィにより精製した（Harlow and Lane，supra，Ausubel et al．supra参照）。抗体の会合定数（Ｋa）及び解離定数（Ｋd）は、ＥＬＩＺＡ法（酵素免疫測定法）及び表面プラスモン共鳴（すなわちＢＩＡＣｏｒｅ）分析法により測定した（参照Harlow and Lane，supra，Ausubel et al．supra，Altschuh et al．，Biochem．，31:6298(1992)；及び、Pharmacia Biosensor社のＢＩＡＣｏｒｅ法）。ＢＩＡｃｏｒｅ分析は、業者のインストラクションに従い、ｒｈＴＦをバイオセンサーチップに固定した。それぞれの抗体における定数は、４種類の抗体濃度（０．１２５nM、０．２５nM、０．５nM、及び１nM）により測定した。
　タンパク質の濃度は、標準としてウシ血清アルブミンと市販の染料試薬（Bio-Rad社）を用い、標準的アッセイ（M．M．Bradfor，Anal．Biochem．，72:248(1976)）により測定した。
　図２は、それぞれの抗ＴＦ抗体の会合定数および解離定数を示す。抗体Ｈ３６は、いずれの抗ＴＦ抗体の実験においても、最も高い会合速度（Ｋa＝３．１×１０10Ｍ-1）及び、最も低い解離速度（Ｋd＝３．２×１０-11Ｍ）を示した。」（52頁６行〜56頁下から５行）
　(7c)「
」（図面頁の３葉目）
　
　ウ　刊行物に記載された発明
　刊行物１には、摘示(1d)によれば、成熟ヒトChM-I遺伝子組換えタンパク質をウサギに免疫して、抗ChM-Iポリクローナル抗体を作り、この抗ChM-Iポリクローナル抗体を実験に使用したことが記載されている。
　したがって、刊行物１には
　「抗ChM-Iポリクローナル抗体」
の発明（以下「引用発明」という。）が記載されているということができる。
　
　エ　対比
　本願補正発明と引用発明とを対比すると、引用発明の「ChM-I」及び「抗ChM-I・・・抗体」は「コンドロモジュリン−Ｉ」及び「抗コンドロモジュリン−Ｉ・・・抗体」であって、本願補正発明の「コンドロモジュリン−１」及び「抗コンドロモジュリン−１・・・抗体」に相当するから、両者は、
　「抗コンドロモジュリン−１抗体」
である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）
　本願補正発明では、抗体がモノクローナル抗体であるのに対して、引用発明では、抗体がポリクローナル抗体である点
（相違点２）
　本願補正発明では、抗体が、「生体成分中のコンドロモジュリン−１を特異的に認識する能力を有し、かつ生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり、配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチドを認識する」、「特異的抗体」と特定されているのに対し、引用発明においてはそのように特定されるものではない点
（相違点３）
　本願補正発明では、抗体が、「コンドロモジュリン−１に対する解離定数が１×１０-7 Ｍ以下である」と特定されているのに対し、引用発明においてはそのように特定されるものではない点
　
　オ　検討
　
　(ア)相違点について
　
　ａ　相違点１について
　本願優先日当時、抗原タンパク質が発見された場合、そのタンパク質のモノクローナル抗体を得ようとすることは、モノクローナル抗体が均一であり臨床への応用も期待できることから、当業者にとって自明の技術課題であり、タンパク質からモノクローナル抗体を調製する方法も本願優先日当時には周知である（例えば摘示(5b)、(6b)、(7b)）。
　そして、刊行物１には、コンドロモジュリン−１のポリクローナル抗体を得たことが記載されており、コンドロモジュリン−１は抗体を作るのが困難といった事情があったともいえない。
　してみると、引用発明の、ポリクローナル抗体である抗コンドロモジュリン−１抗体につき、ポリクローナル抗体に代え、モノクローナル抗体を得ることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
　ｂ　相違点２について
　
　(ａ)引用発明の、ポリクローナル抗体である抗コンドロモジュリン−１抗体は、ウエスタンブロット法でコンドロモジュリン−１を検出できるものであるから（摘示(1d)）、コンドロモジュリン−１を特異的に認識して結合する能力を有するものであるといえる。抗コンドロモジュリン−１抗体を、ポリクローナル抗体に代えてモノクローナル抗体とした場合にも、コンドロモジュリン−１を特異的に認識して結合する能力を有することは当然のことであるといえる。
　
　(ｂ)そして、生体成分中の興味の対象となり得るタンパク質に対する抗体が得られれば、抗体がタンパク質を特異的に認識して結合する能力を有することを利用して、生体成分中のそのタンパク質を調べるための測定を行うことは、当業者が通常試み得ることであり、そのための必要な前処理や測定の手法も周知であり当業者が適宜行い得る。
　コンドロモジュリン−１は、刊行物１に記載されるように、軟骨における分布が知られており（摘示(1b)(1e)）、他に、刊行物２には、ＳＬＥ（全身性紅斑性狼瘡）患者及び健康なドナーの末梢血試料でのコンドロモジュリン−１に係る遺伝子の発現レベルの検出のために、コンドロモジュリン−１のｍＲＮＡの発現レベルを測定して、患者において高値だったことが記載されており（摘示(2a)〜(2j)）、この刊行物２では、そのような遺伝子の発現レベルの検出は、ＲＮＡレベルの測定以外に、発現されるタンパク質レベルの測定でもよいというものである。
　してみると、引用発明につき、コンドロモジュリン−１のモノクローナル抗体を得て、その性質を利用して、生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定に利用しようとすることは、当業者が通常試みることであると認められる。本願補正発明において「生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり」と特定しているのは、そのような測定を試みた結果、測定できたことを単に表しているに過ぎない。また、測定が困難であったといえる事情は認められない。
　したがって、引用発明につき、相違点１に係る「モノクローナル抗体」との構成を備えると共に、相違点２のうちの「生体成分中のコンドロモジュリン−１を特異的に認識する能力を有し」及び「生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり」との構成も備えたものとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
　(ｃ)相違点２のうちの「配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチドを認識する」について検討する。
　刊行物２には、コンドロモジュリン−１前駆体タンパク質のための１３２８bpからなるｍＲＮＡのヌクレオチド配列が示されており（摘示(2j)）、対応するアミノ酸配列は自明である。
　刊行物３には、ヒトコンドロモジュリン−１ｃＤＮＡとして、刊行物２に記載されたのと同じ１３２８bpを含むヌクレオチド配列と、対応するヒトコンドロモジュリン−１前駆体タンパク質のアミノ酸配列及び及び成熟ヒトコンドロモジュリン−１タンパク質のアミノ酸配列が記載されており、この前駆体タンパク質は、膜貫通型のタンパク質であり、成熟コンドロモジュリン−１タンパク質は、切断された１２０アミノ酸からなるタンパク質であることが記載されている（摘示(3a)〜(3c)）。なお、刊行物３は、刊行物１で引用されレファレンスに挙げられている文献である（摘示(1d)(1f)）。
　刊行物４にも、１２０アミノ酸残基からなる、ヒトコンドロモジュリン−１タンパク質のアミノ酸配列が記載されており（摘示(4a)(4b)）、刊行物３に記載された成熟ヒトコンドロモジュリン−１タンパク質と同じである。
　このように抗原となるタンパク質のアミノ酸配列が知られているときに、エピトープの解析をすること、例えば、得られた抗体に対し、抗原タンパク質の種々の領域からなるペプチドフラグメントを用意して反応させ、抗原タンパク質のアミノ酸配列のどの部分が抗体と特異的に結合する部位であるかを調べることは、当業者が通常試みることであると認められる。その結果、本願補正発明における「配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチドを認識する」に共通する配列である「Cys Arg Arg Ser Tyr Thr His Cys Gln」、１文字記号では「ＣＲＲＳＹＴＨＣＱ」（これは、上記刊行物３及び４に記載された１２０アミノ酸の７２〜８０番目が相当し、本願補正発明における配列番号６、１４及び１５はその前後を含む領域である。）を見出し、その前後を含む領域である、本願補正発明における「配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチドを認識する」と特定することに格別の困難性はない。
　してみると、引用発明につき、相違点２のうちの「配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチドを認識する」との構成も備えたものとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
　ｃ　相違点３について
　抗体が得られた場合、抗原との解離定数を測定することは、当業者が通常行うことであると認められる。本願補正発明において「コンドロモジュリン−１に対する解離定数が１×１０-7 Ｍ以下である」と特定されているのは、解離定数の測定を行った結果、その程度の解離定数だったことを表しているに過ぎない。
　そして、抗原抗体反応の解離定数が１×１０-7 Ｍ以下となることは、例えば刊行物５〜７に示されるように、一般的で、珍しいことではない。刊行物５には、解離定数が２．２×１０-10Ｍ及び１．４×１０-10Ｍの抗体が、刊行物６には、解離定数が４．０５×１０-10Ｍの抗体が、刊行物７には、３．２×１０-11Ｍの抗体が、それぞれ記載されている。
　してみると、引用発明につき、相違点３の「コンドロモジュリン−１に対する解離定数が１×１０-7 Ｍ以下である」との構成も備えたものとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
　(イ)効果について
　本願補正発明の効果は、平成２３年１月２１日付け及び同年１０月２５日付けの手続補正により補正されたこの出願の明細書（以下「本願補正明細書」という。）の段落【0005】に記載された発明の課題からみて、本件補正後の請求項１に記載された事項により特定される、本願補正発明の抗コンドロモジュリン−１特異的抗体を提供できたことにあると認められる。
　しかしながら、そのような効果は、引用発明に刊行物２、３に記載された発明に基づきポリクローナル抗体に代えてモノクローナル抗体を作るという変更を行ったときに得られる効果そのものであるから、当業者の予測を超える格別顕著な効果であるということはできない。
　
　カ　まとめ
　以上のとおり、本願補正発明は、本願出願前に頒布された刊行物１〜３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により、特許出願の際独立して特許を受けることができるものではない。
　
３　補正の却下の決定のむすび
　したがって、請求項１についての補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に適合しないものであるから、本件補正は、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　よって、［補正の却下の決定の結論］のとおり決定する。
　
第３　本願発明
　平成２３年１０月２５日付けの手続補正は上記第２に記載されたとおり却下されたので、この出願の発明は、平成２３年１月２１日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲に記載された事項により特定されるとおりのものであるところ、その請求項１に係る発明（以下「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。
　「生体成分中のコンドロモジュリン−１を特異的に認識する能力を有し、かつ生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり、配列番号１６に示すアミノ酸配列を含むペプチドを認識するモノクローナル抗体であることを特徴とする抗コンドロモジュリン−１特異的抗体。」
　ここで、配列番号１６のアミノ酸配列は、以下のとおりである。
　配列番号１６：
Arg Arg Ser Tyr　
 1            
　
第４　原査定の理由
　原査定の理由である平成２２年１１月１６日付けの拒絶理由通知における拒絶の理由は、理由２（１）〜（４）であり、その理由２（１）は、この出願の請求項１〜１０、１５、１６に係る発明は、その出願前に頒布された引用文献１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないという理由であり、その理由２（２）及び（３）は、この出願の請求項１〜１６に係る発明は、その出願前に頒布された引用文献１、２、４に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないという理由である。その引用文献１は、Acta Histochemica，2002年，104，p.167−175（上記第２の２（２）アの刊行物１と同じ。以下「刊行物１」という。）であり、その引用文献２は、国際公開第０３／０９０６９４号（上記第２の２（２）アの刊行物２と同じ。以下「刊行物２」という。）であり、その引用文献４は、Eur. J. Biochem.，1999年，260，p.869−878（上記第２の２（２）アの刊行物３と同じ。以下「刊行物３」という。）である。
　そして、拒絶査定の対象となった平成２３年１月２１日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１〜１１のうち、抗体に関する請求項１〜３は、補正前の請求項１〜７から補正されたものである。
　
第５　当審の判断
　
１　刊行物、刊行物の記載事項、刊行物に記載された発明
　原査定の拒絶の理由に引用された刊行物１〜３、その記載事項及び刊行物１に記載された発明は、上記第２の２ア、イ及びウに記載したとおりである。
　また、この出願の優先日における周知技術又は技術水準を示すために引用するHAYAMI T et al.，Database GenBank[online]，Accession No.BAA86262，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/BAA86262.1，06-NOV-1999 uploaded，Title:chondromodulin-I[Homo sapiens]（以下「刊行物４」という。）、特表平９−５０２７０８号公報（以下「刊行物５」という。）、特開２００２−３５６５００号公報（以下「刊行物６」という。）、国際公開０３／０３７９１１号（以下「刊行物７」という。）及びその記載事項は、上記第２の２ア及びイに記載したとおりである。
　
２　対比・判断
　本願発明は、本願補正発明が
　「生体成分中のコンドロモジュリン−１を特異的に認識する能力を有し、かつ生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり、配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチドを認識するモノクローナル抗体であって、コンドロモジュリン−１に対する解離定数が１×１０-7 Ｍ以下であることを特徴とする抗コンドロモジュリン−１特異的抗体。」
であったのに対し、
　「生体成分中のコンドロモジュリン−１を特異的に認識する能力を有し、かつ生体成分中のコンドロモジュリン−１の測定が可能であり、配列番号１６に示すアミノ酸配列を含むペプチドを認識するモノクローナル抗体であることを特徴とする抗コンドロモジュリン−１特異的抗体。」
であるから、「コンドロモジュリン−１に対する解離定数が１×１０-7 Ｍ以下である」との発明特定事項を省き、また、上記第２の２（１）で検討したとおり、抗体が認識するペプチドの範囲が本願補正発明よりも広いものに相当する。つまり、本願補正発明の「配列番号６に示すアミノ酸配列からなるペプチド、配列番号１４に示すアミノ酸配列からなるペプチドおよび配列番号１５に示すアミノ酸配列からなるペプチドを認識する」に該当すれば、本願発明の「配列番号１６に示すアミノ酸配列を含むペプチドを認識する」に該当する。
　そうすると、本願発明の発明特定事項を全て含み、さらに他の発明特定事項を付加したものに相当する本願補正発明が、上記第２の２（２）に記載したとおり、刊行物１〜３に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本願発明も、同様の理由により、刊行物１〜３に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
３　まとめ
　したがって、本願発明は、刊行物１〜３に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができない。
　
第６　むすび
　以上のとおり、本願発明は、特許を受けることができないものであるから、その余について検討するまでもなく、この出願は、拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。