【手続補正書】
【提出日】平成27年2月10日(2015.2.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、生物学的試料中の1種または複数種のバイオマーカーを検出する方法:
(a)生物学的試料中の微小胞集団を、BCA200、Gal3、OPN、NCAM、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種の微小胞表面抗原の存在またはレベルを決定するように設計された少なくとも1つの試薬と接触させる工程;ならびに
(b)該微小胞集団に関連する、該1種または複数種の微小胞表面抗原の存在またはレベルを検出する工程であって、それにより、該生物学的試料中の該1種または複数種のバイオマーカーを検出する、工程。
【請求項２】
前記生物学的試料が生物学的流体を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記生物学的流体が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液(CSF)、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液、または臍帯血を含む、請求項2記載の方法。
【請求項４】
前記微小胞集団が直径10nm〜1000nmの微小胞を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記微小胞集団が直径20nm〜200nmの微小胞を含む、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記微小胞集団が、前記検出する工程の前に前記生物学的試料から単離される、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
単離が、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー選択、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、免役アッセイ、免疫沈降、マイクロ流体工学分離、フローサイトメトリー、またはそれらの組み合わせを含む、請求項6記載の方法。
【請求項８】
前記アフィニティー選択が、前記微小胞集団を1種または複数種の結合物質と接触させることを含む、請求項7記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも1つの試薬が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体断片、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸(PNA)、ロックド核酸(LNA)、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
前記微小胞集団を、テトラスパニン、CD9、CD31、CD63、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、表3にあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される微小胞表面マーカーに特異的に結合する1種または複数種の結合物質と接触させる工程をさらに含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも1つの試薬が、基体に結合している1種または複数種の結合物質を含む、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
前記基体がウェル、マイクロビーズ、および/またはアレイを含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも1つの試薬が標識を有する1種または複数種の結合物質を含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記標識が、磁気標識、蛍光標識、酵素標識、放射性同位体、量子ドット、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
前記1種または複数種の微小胞表面抗原が、Gal3およびBCA200、ならびに任意でOPNおよびNCAMを含む、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
前記微小胞集団が、前記少なくとも1つの試薬を用いて捕捉され、かつ、テトラスパニン、CD9、CD31、CD63、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、表3にあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるバイオマーカーに対する結合物質を用いて検出される、請求項1〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
前記生物学的試料が、癌細胞培養物、または癌を有するもしくは癌を有すると疑われる対象に由来する試料を含む、請求項1〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
検出された1種または複数種の微小胞表面抗原の存在またはレベルを参照と比較する工程であって、該参照と比べた存在またはレベルの変化が、癌の診断、予後判定、またはセラノーシス（theranostic）用の決定を提供する、工程をさらに含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
前記参照が、癌を有さない生物学的試料に由来する、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
前記試料における前記1種または複数種の微小胞表面抗原のレベルが前記参照と比べて高いことが、該試料における癌の存在もしくは癌の可能性、または、試料におけるさらに進行した癌の存在もしくはさらに進行した癌の可能性を示す、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記癌が乳癌を含む、請求項15〜18のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記乳癌が非浸潤性乳管癌(DCIS)を含む、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
請求項1〜22のいずれか一項記載の方法を実施するための1種または複数種の試薬を含む、キット。
【請求項２４】
前記1種または複数種の試薬が、前記1種または複数種の微小胞表面抗原に対する結合物質を含む、請求項23記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
一局面において、本発明は、前記方法において列挙されたバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のバイオマーカーを含む、単離された小胞を提供する。一態様において、小胞は、図1〜60、または表3〜10、12〜14、22、26、45〜50、52、54〜57、60〜64、66、67、69〜70、74〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のバイオマーカーを含む。
[本発明1001]
以下の工程を含む、生物学的試料中の1種または複数種のバイオマーカーを検出する方法:
(a)生物学的試料を、1種または複数種のバイオマーカーの存在またはレベルを決定するように設計された試薬と接触させる工程であって、該1種または複数種のバイオマーカーが、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせより選択される、工程;ならびに
(b)該生物学的試料中の該1種または複数種のバイオマーカーを同定する工程であって、それにより、該生物学的試料中の該1種または複数種のバイオマーカーを検出する、工程。
[本発明1002]
前記生物学的試料が生物学的流体を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記生物学的流体が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液(CSF)、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは尿道球腺液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙液、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌液、粘膜分泌液、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胞胚腔液、または臍帯血を含む、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記生物学的流体が血液または血液派生物を含む、本発明1002の方法。
[本発明1005]
前記生物学的試料が細胞外微小胞集団を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1006]
前記微小胞集団が直径10nm〜1000nmの微小胞を含む、本発明1005の方法。
[本発明1007]
前記微小胞集団が直径20nm〜200nmの微小胞を含む、本発明1005の方法。
[本発明1008]
前記微小胞集団が、前記同定する工程の前に前記生物学的試料から単離される、本発明1005の方法。
[本発明1009]
単離が、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー選択、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、免役アッセイ、免疫沈降、マイクロ流体工学分離、フローサイトメトリー、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
前記アフィニティー選択が、前記微小胞集団を1種または複数種の結合物質と接触させることを含む、本発明1009の方法。
[本発明1011]
前記1種または複数種の結合物質が、核酸、DNA分子、RNA分子、抗体、抗体断片、アプタマー、ペプトイド、zDNA、ペプチド核酸(PNA)、ロックド核酸(LNA)、レクチン、ペプチド、デンドリマー、膜タンパク質標識物質、化学物質、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記微小胞集団を捕捉および/または検出するために前記1種または複数種の結合物質が用いられる、本発明1010の方法。
[本発明1013]
前記1種または複数種の結合物質が、テトラスパニン、CD9、CD31、CD63、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される微小胞表面マーカーに特異的に結合する、本発明1010の方法。
[本発明1014]
前記1種または複数種の結合物質が基体に結合している、本発明1012の方法。
[本発明1015]
前記基体がウェル、マイクロビーズ、および/またはアレイを含む、本発明1013の方法。
[本発明1016]
前記1種または複数種の結合物質が標識を有する、本発明1012の方法。
[本発明1017]
前記標識が、磁気標識、蛍光標識、酵素標識、放射性同位体、量子ドット、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1016の方法。
[本発明1018]
前記1種または複数種のバイオマーカーがポリペプチドまたはその機能的断片を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1019]
前記1種または複数種のバイオマーカーが微小胞表面抗原またはその機能的断片を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1020]
前記1種または複数種のバイオマーカーが核酸またはその機能的断片を含む、本発明1001〜1017のいずれかの方法。
[本発明1021]
前記核酸がmRNAを含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記核酸がマイクロRNAを含む、本発明1020の方法。
[本発明1023]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、ポリペプチドおよび核酸分子、またはその機能的断片を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1024]
前記1種または複数種のバイオマーカーがCD9を含む、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1025]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、Gal3、BCA200、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1026]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、OPN、NCAM、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1027]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、Gal3、BCA200、OPN、NCAM、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1028]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、Gal3および/またはBCA200、OPNおよび/またはNCAM、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1029]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、テトラスパニン、CD45、FasL、CTLA4、CD31、DLL4、VEGFR2、HIF2a、Tie2、Ang1、Muc1、CD147、TIMP1、TIMP2、MMP7、MMP9、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1030]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、CD83およびFasL、CTLA4およびCD80、CD147およびTIMP1、TIMP2およびMMP9、HIF2aおよびAng1、VEGFR2およびTie2、CD45およびCTL4A、DLL4およびCD31、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1031]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、5T4(栄養芽細胞)、ADAM10、AGER/RAGE、APC、APP(βアミロイド)、ASPH(A-10)、B7H3(CD276)、BACE1、BAI3、BRCA1、BDNF、BIRC2、C1GALT1、CA125(MUC16)、カルモジュリン1、CCL2(MCP-1)、CD9、CD10、CD127(IL7R)、CD174、CD24、CD44、CD63、CD81、CEA、CRMP-2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、CYFRA21、デルリン1、DLL4、DPP6、E-CAD、EpCaM、EphA2(H-77)、ER(1)ESR1α、ER(2)ESR2β、ErbB4、Erbb2、erb3(Erb-B3)PA2G4、FRT(FLT1)、Gal3、GPR30(G共役ER1)、HAP1、HER3、HSP-27、HSP70、IC3b、IL8、insig、ジャンクションプラコグロビン、ケラチン15、KRAS、マンマグロビン、MART1、MCT2、MFGE8、MMP9、MRP8、Muc1、MUC17、MUC2、NCAM、NG2(CSPG4)、Nga1、NHE-3、NT5E(CD73)、ODC1、OPG、OPN、p53、PARK7、PCSA、PGP9.5(PARK5)、PR(B)、PSA、PSMA、RAGE、STXBP4、サバイビン、TFF3(分泌型)、TIMP1、TIMP2、TMEM211、TRAF4(足場)、TRAIL-R2(デスレセプター5)、TrkB、Tsg101、UNC93a、VEGFA、VEGFR2、YB-1、VEGFR1、GCDPF-15(PIP)、BigH3(TGFb1誘導性タンパク質)、5HT2B（セロトニン受容体2B)、BRCA2、BACE1、CDH1-カドヘリン、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1032]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、AK5.2、ATP6V1B1、CRABP1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1033]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、DST.3、GATA3、KRT81、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1034]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、AK5.2、ATP6V1B1、CRABP1、DST.3、ELF5、GATA3、KRT81、LALBA、OXTR、RASL10A、SERHL、TFAP2A.1、TFAP2A.3、TFAP2C、VTCN1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1035]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、表89のバイオマーカーおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1036]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、表90のバイオマーカーおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1037]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、表91のバイオマーカーおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1038]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、MS4A1、PRB、DR3、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1039]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、PRB、MACC1、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1040]
1種または複数種のバイオマーカーが、表92のバイオマーカーおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1018〜1021または1023のいずれかの方法。
[本発明1041]
前記1種または複数種のバイオマーカーが、hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-650、hsa-miR-194、hsa-miR-1200、hsa-miR-326、hsa-miR-30b*、hsa-miR-19a、hsa-miR-7a*、hsa-miR-708*、hsa-miR-99a、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-543、hsa-miR-7i*、hsa-miR-518c*、hsa-miR-642、hsa-miR-654-3p、hsa-miR-518d-5p、hsa-miR-1266、hsa-miR-154、hsa-miR-662、hsa-miR-523、hsa-miR-198、hsa-miR-920、hsa-miR-885-3p、hsa-miR-99a*、hsa-miR-337-3p、hsa-miR-363、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のマイクロRNAを含む、本発明1020または1022〜1023のいずれかの方法。
[本発明1042]
前記1種または複数種のバイオマーカーがmiR-497マイクロRNAを含む、本発明1020または1022〜1023のいずれかの方法。
[本発明1043]
前記微小胞集団が、前記1種または複数種のバイオマーカーに対する前記1種または複数種の結合物質を用いて捕捉され、かつ、テトラスパニン、CD9、CD31、CD63、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるバイオマーカーに対する結合物質を用いて検出される、本発明1019の方法。
[本発明1044]
前記微小胞集団内のペイロードのレベルを検出する工程をさらに含む、本発明1005の方法。
[本発明1045]
検出された前記ペイロードが、1つまたは複数の核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、糖質、および/またはプロテオグリカンを含む、本発明1044の方法。
[本発明1046]
検出された前記ペイロードが、本発明1024〜1042のいずれかのバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のバイオマーカーを含む、本発明1044の方法。
[本発明1047]
検出された前記ペイロードが、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のバイオマーカーを含む、本発明1044の方法。
[本発明1048]
前記核酸が、1種または複数種のDNA、mRNA、マイクロRNA、snoRNA、snRNA、rRNA、tRNA、siRNA、hnRNA、またはshRNAを含む、本発明1045の方法。
[本発明1049]
前記核酸が、表5〜9、30〜44、58〜59、71、および73のいずれかにあるマイクロRNAからなる群より選択される1種または複数種のマイクロRNAを含む、本発明1045の方法。
[本発明1050]
前記タンパク質が、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜22、22、26、28〜29、45〜50、52、54〜57、60〜64、66、67、69〜70、74〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはその断片を含む、本発明1045の方法。
[本発明1051]
前記核酸が、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜22、22、26、28〜29、45〜50、52、54〜57、60〜64、66、67、69〜70、74〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のmRNAを含む、本発明1045の方法。
[本発明1052]
テトラスパニン、CD9、CD31、CD63、CD81、CD82、CD37、CD53、Rab-5b、アネキシンV、MFG-E8、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも1つのさらなるバイオマーカーについて前記生物学的試料をアッセイする工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1053]
前記生物学的試料が公知の癌試料または疑わしい癌試料を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1054]
前記生物学的試料が、癌細胞培養物、または癌を有するもしくは癌を有すると疑われる対象に由来する試料を含む、本発明1053の方法。
[本発明1055]
検出された微小胞集団の存在またはレベルを参照と比較する工程であって、該参照と比べた存在またはレベルの変化が、癌の診断、予後判定、またはセラノーシス（theranostic）用の決定を提供する工程をさらに含む、本発明1053の方法。
[本発明1056]
前記癌の診断、予後判定、またはセラノーシス用の決定が、癌もしくは癌の可能性の診断、癌の予後判定、癌のセラノーシス、癌が治療的処置に応答しているかどうかの判定、または癌が治療的処置に応答する可能性があるかどうかの判定を含む、本発明1054の方法。
[本発明1057]
前記治療的処置が、表10、11〜13、または69より選択される、本発明1056の方法。
[本発明1058]
前記参照が、癌を有さない生物学的試料に由来する、本発明1055の方法。
[本発明1059]
前記試料における前記1種または複数種のバイオマーカーのレベルが前記参照と比べて高いことが、該試料における癌の存在もしくは癌の可能性、または、試料におけるさらに進行した癌の存在もしくはさらに進行した癌の可能性を示す、本発明1058の方法。
[本発明1060]
前記参照が、1つまたは複数の異なる時点で測定された一連の生物学的試料に由来する、本発明1055の方法。
[本発明1061]
前記癌が、急性リンパ芽球性白血病；急性骨髄性白血病；副腎皮質癌；AIDS関連癌；AIDS関連リンパ腫；肛門癌；虫垂癌；星状細胞腫；非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；基底細胞癌；膀胱癌；脳幹部神経膠腫；脳腫瘍（脳幹部神経膠腫、中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、星状細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣芽腫、上衣腫、髄芽腫、上衣細胞腫、中間型松果体実質腫瘍、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、および松果体芽腫を含む）；乳癌；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；原発不明癌；カルチノイド腫瘍；原発不明癌腫；中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍；中枢神経系胚芽腫；子宮頸癌；小児癌；脊索腫；慢性リンパ球性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性障害；結腸癌；結腸直腸癌；頭蓋咽頭腫；皮膚T細胞リンパ腫；内分泌膵島細胞腫瘍；子宮内膜癌；上衣芽腫；上衣腫；食道癌；嗅神経芽細胞腫；ユーイング肉腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；肝臓外胆管癌；胆嚢癌；胃癌；消化管カルチノイド腫瘍；消化管間質細胞腫瘍；消化管間質腫瘍（GIST）；妊娠性絨毛性腫瘍；神経膠腫；毛様細胞性白血病；頭頸部癌；心臓癌；ホジキンリンパ腫；下咽頭癌；眼内黒色腫；膵島腫瘍；カポジ肉腫；腎臓癌；ランゲルハンス細胞組織球症；喉頭癌；口唇癌；肝臓癌；肺癌；悪性線維性組織球腫；骨癌；髄芽腫；上衣細胞腫；黒色腫；メルケル細胞癌；メルケル細胞皮膚癌；中皮腫；原発不明転移性扁平上皮性頸部癌；口腔癌；多発性内分泌腫瘍症候群；多発性骨髄腫；多発性骨髄腫/形質細胞腫瘍；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄増殖性腫瘍；鼻腔癌；鼻咽頭癌；神経芽細胞腫；非ホジキンリンパ腫；非黒色腫皮膚癌；非小細胞肺癌；口腔癌；口腔癌；口腔咽頭癌；骨肉腫；その他の脳および脊髄の腫瘍；卵巣癌；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵臓癌；乳頭腫症；副鼻腔癌；副甲状腺癌；骨盤癌；陰茎癌；咽頭癌；中間型松果体実質腫瘍；松果体芽腫；下垂体腫瘍；形質細胞腫瘍/多発性骨髄腫；胸膜胚芽腫；原発性中枢神経系（CNS）リンパ腫；原発性肝細胞肝癌；前立腺癌；直腸癌；腎臓癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌；気道癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；唾液腺癌；セザリー症候群；小細胞肺癌；小腸癌；軟部組織肉腫；扁平上皮癌；頸部扁平上皮癌；胃癌；テント上原始神経外胚葉性腫瘍；T細胞リンパ腫；精巣癌；咽頭癌；胸腺癌；胸腺腫；甲状腺癌；移行上皮癌；腎盂と尿管の移行上皮癌；絨毛性腫瘍；尿管癌；尿道癌；子宮癌；子宮肉腫；膣癌；外陰癌；ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症；またはウィルムス腫瘍を含む、本発明1053の方法。
[本発明1062]
前記癌が乳癌を含む、本発明1024〜1037のいずれかに従属する本発明1053の方法。
[本発明1063]
前記癌が非浸潤性乳管癌(DCIS)を含む、本発明1036〜1037のいずれかに従属する本発明1053の方法。
[本発明1064]
前記癌が肺癌を含む、本発明1024および1038〜1042のいずれかに従属する本発明1053の方法。
[本発明1065]
インビトロで行われる、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1066]
前記本発明のいずれかの方法を実施するための1種または複数種の試薬の使用。
[本発明1067]
以下の工程を含む、アッセイ:
(a)生物学的試料から細胞外微小胞を単離する工程であって、該微小胞が1種または複数種のRNA分子を含み、該1種または複数種のRNA分子が、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカーに対応する診断指標である、工程;
(b)該微小胞中の該1種または複数種のRNA分子の量を決定する工程;ならびに
(c)該1種または複数種のRNA分子の決定された量を1つまたは複数の対照レベルと比較する工程であって、該1つまたは複数の対照レベルと比べて該細胞外微小胞中の該1種または複数種のRNA分子の量に差があれば、癌が検出される、工程。
[本発明1068]
前記単離する工程が、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離、分画遠心分離、ナノメンブレン限外濾過、免疫吸着による捕捉、アフィニティー選択、アフィニティー精製、アフィニティー捕捉、免役アッセイ、免疫沈降、マイクロ流体工学分離、フローサイトメトリー、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1067のアッセイ。
[本発明1069]
前記アフィニティー選択が、前記微小胞集団を、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜22、22、26、28〜29、45〜50、52、54〜57、60〜64、66、67、69〜70、74〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせより選択される微小胞表面マーカーに特異的に結合する1種または複数種の結合物質と接触させることを含む、本発明1068のアッセイ。
[本発明1070]
本発明1001〜1065のいずれかの方法を実施するための1種または複数種の試薬を含む、キット。
[本発明1071]
前記1種または複数種の試薬が、前記1種または複数種のバイオマーカーに対する前記1種または複数種の結合物質を含む、本発明1070のキットまたは本発明1066の使用。
[本発明1072]
前記1種または複数種の試薬が、図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のバイオマーカーに対する1種または複数種の結合物質を含む、本発明1070のキットまたは本発明1066の使用。
[本発明1073]
前記1種または複数種の結合物質が抗体またはアプタマーを含む、本発明1071または1072のキットまたは使用。
[本発明1074]
前記1種または複数種の結合物質が基体に繋留されている、本発明1071または1072のキットまたは使用。
[本発明1075]
前記1種または複数種の結合物質が標識されている、本発明1071または1072のキットまたは使用。
[本発明1076]
標識が、磁気標識、蛍光標識、酵素標識、放射性同位体、または量子ドットを含む、本発明1075の方法。
[本発明1077]
本発明1024〜1042のいずれかに列挙されたバイオマーカー、およびそれらの組み合わせより選択される1種または複数種のバイオマーカーを含む、単離された小胞。
[本発明1078]
図1〜60、または表3〜10、12〜17、19〜20、22、26、28〜50、52、54〜64、66、67、69〜71、73〜85、89〜92のいずれかにあるバイオマーカー、およびそれらの組み合わせからなる群より選択される1種または複数種のさらなるバイオマーカーを含む、本発明1077の単離された小胞。