【事件の表示】
　平成　６年特許願第２９１９０５号「効果的な方向性遺伝子クローニング系を用いるＤＮＡ構築物」拒絶査定に対する審判事件［平成　７年１０月　９日出願公開、特開平　７−２５５４９１］について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成２年７月３０日（優先権主張　１９８９年７月２８日　米国）に出願された特願平２−５１１３９９号の特許出願の一部を特許法第４４条第１項の規定により分割して新たな出願として平成６年１０月１９日に出願されたものであって、その請求項１〜１０に係る発明（以下、「本願発明１〜１０」という。）は、平成９年１０月２２日付けの手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１〜１０に記載された事項により特定される次のとおりのものと認める。
「【請求項１】以下のアミノ酸配列：（アミノ酸配列は略す。）を有する表皮ケラチン細胞成長因子レセプターをコード化するＤＮＡ断片。
【請求項２】前記レセプターが以下のアミノ酸配列：（アミノ酸配列は略す。）を有する請求項１記載のＤＮＡ断片またはそのアレリック変異体もしくは種変異体。
【請求項３】ベクターと、以下のアミノ酸配列：（アミノ酸配列は略す。）を有する表皮ケラチン細胞成長因子レセプターをコード化するＤＮＡ断片とからなるＤＮＡ構築物。
【請求項４】少なくとも１つのレプリコンと、単一の制限酵素により切断され得る少なくとも２つの同一でない非対称的制限酵素認識配列を含む、クローン化すべきＤＮＡ断片を挿入するための部位と、ＤＮＡ断片が挿入のための前記部位に挿入されるとき、該ＤＮＡ断片の転写がセンスおよびアンチセンスの両方向に行われ得るように、前記部位に関して配置された少なくとも２つの調節エレメントとからなるファージープラスミド複合遺伝子クローニングベクターと、以下のアミノ酸配列：（アミノ酸配列は略す。）を有する表皮ケラチン細胞成長因子レセプターをコード化するＤＮＡ断片とからなるＤＮＡ構築物。
【請求項５】ベクターがｐＣＥＶ２７である請求項３記載の構築物。
【請求項６】請求項３記載の構築物を含む宿主細胞。
【請求項７】自然に結合しているタンパク質が実質的にない以下のアミノ酸配列：（アミノ酸配列は略す。）を有する表皮ケラチン細胞成長因子レセプター。
【請求項８】前記レセプターが表皮ケラチン細胞成長因子および酸性繊維芽細胞成長因子に対して、塩基性繊維芽細胞成長因子に比べより高い親和性を有する請求項７記載のレセプター。
【請求項９】前記レセプターが以下のアミノ酸配列：（アミノ酸配列は略す。）を有する請求項８記載のレセプター。
【請求項１０】前記ＤＮＡ断片が発現され、そしてそれにより表皮ケラチン細胞成長因子が産生される条件下で請求項６記載の宿主細胞を培養することからなる表皮ケラチン細胞成長因子レセプターの製造方法。」
　なお、本件審判において、平成１１年６月９日付けで、審尋書が出されたところ、平成１２年１月６日付けの回答書が出されている。
　
２．原査定の拒絶理由
　これに対する原査定の拒絶の理由は、「第１５Ｂ図に示されているのは、マウスＫＧＦＲとマウスｂＦＧＦＲのＤＮＡ断片のいくつかの領域間の配列関連性であり、マウス以外の種由来のＫＧＦＲをコードするＤＮＡを得るためのプローブを設計するための領域が示されているわけではない。
　また、本願公報第２７頁第１８〜２５行に記載されるような条件でハイブリダイスさせた場合には、複数のＥｃｏＲ１断片とハイブリダイズしており(第１４Ｂ図)、前記ハイブリダイズ条件によりマウス以外の種においてＫＧＦＲをコードするＤＮＡのみがハイブリダイズしているものとは認められず、多数のＤＮＡ断片がハイブリダイズする該条件により、マウス以外の種由来のＫＧＦＲの全アミノ酸をコードするＤＮＡを得るには、当業者といえど過度の実験を要するものと認められる。
　また、その他の発明の詳細な説明の部分を参照しても、適切なプローブを選択し、マウスＫＧＦＲをコードする遺伝子の種変異体を含むライブラリーを作製し、該種変異体を選択できる条件を決定する方法については記載されておらず、マウス以外の種由来のＫＧＦＲをコードするＤＮＡ断片を得ることについて、発明の詳細な説明には、当業者が容易に実施できる程度に記載されているとは認められない。」というものである。
　
３．請求人の主張
　かかる査定に対する、請求人の主張は次のとおりである。
「図１５ＢはマウスＫＧＦＲ(ケラチン細胞成長因子)とマウスｂＦＧＦＲ(塩基性腺維芽細胞成長因子)とのいくつかの領域間の配列関連性を示すが、該図はプローブ設計のための部位を提示することを当業者が容易に理解するであろう相同性の高い領域を示している。示されたＫＧＦＲとｂＦＧＦＲはマウス由来であるけれども、その比較から得られる知見は依然として非常に有益である。なぜならば、保存領域は同じ種の２種類の分子間でさえ、それらの領域の保存を一般的に示し、そして他の種からのアレル(対立遺伝子)を探索するためのブローブとして使用され得るからである。
　本願明細書には、関連配列がヒトを含む種のＤＮＡ中にあることが明らかに教示されている(公報第４７欄第３７〜４４行、図１４Ｂ)。図１４Ｂはｅｃｔ１ｃＤＮＡ挿入物の５’ハーフでプローブされた異なる動物種のＤＮＡのサザン分析を示す。従って、記載されたプローブはヒトを包含するマウス以外の起源のコード性ＫＧＦＲのＤＮＡ断片を得るために十分に高い相同性を有する(図１４Ｂ、レーン１)。図１４Ｂに示された種変異体を得るためのハイブリダイゼーション条件はサザンブロッティング条件と記載されている(公報第２７欄第１８〜２５行)。サザン分析のための洗浄条件が「より厳しくない（reduced stringency)」条件であったという事実は、他の種からのKGFRが存在しないことを示唆するものではなく、せいぜい他の関連性の低い配列が存在するかも知れないという可能性を残しているにすぎない。このサザン分析に基づいた出願人(請求人)の科学的結論は以下のとおりである：
「ｅｃｔ１関連配列はまた、ヒトを包含する分析された他の種のＤＮＡ中に示され、これはセキツイ動物進化における高い保存度を示す」(本願公報第４７欄第４１〜４４行)。
　記載された実験に基づく上記の科学的結論はマウスＫＧＦＲのヒト(および他の動物)における相当物が見出されているということの請求人の確信を示す。
　事実、請求人は本願に記載のものと同様の方法を用いてヒトＫＧＦＲを得た。この事実を証明する証拠としてProc. Natl. Acad. Sci. USA、８９、pp．２４６−２５０、January １９９２(参考文献１)を提出する。これは本願発明者のミキ（Miki）等による文献であり、ヒトＫＧＦＲのクローニングおよび構造分析を記載している。
　本願の図１５Ｂに示すようなマウスＫＧＦＲとマウスｂＦＧＦＲと同様に、ヒトＫＧＦＲはヒトｂＦＧＦＲに極めて類似していることを上記文献は示している。ヒトＫＧＦＲ配列はマウスｂＦＧＦＲおよびマウスＫＧＦＲと非常に小さな領域のみにおいて異なる(ヒトＫＧＦＲ配列とマウスｂＦＧＦＲとの間では４９のアミノ酸が異なる)にすぎないので、交雑種プローブの選択における困難さについての原査定での審査官の説示は根拠を失うことが明らかである。参考文献１のFigure１はマウスＫＧＦＲ配列とヒトＫＧＦＲ配列との間のそれらの長さにわたる高度な類似性を十分に示す。
　参考文献１においてヒトＫＧＦＲ配列を得るために使用される方法は、マウスＫＧＦＲ配列を得るために本願明細書に記載された方法に酷似している(参考文献１第２４７頁右欄第１３〜３４行および本願明細書の実施例４とを参照)。従って、本願明細書に開示されたマウスＫＧＦＲのヒトまたは他の種変異体を得ることが困難であるという原査定での審査官の説示は参考文献１からの証拠に基づいて根拠を失う。
　請求人はまた参考文献２として、ラット酸性腺維芽細胞成長因子(ａＦＧＦＲ)の同定を開示するJ. Biological Chemistry, ２６９（３８）ｐｐ. ２３７４３−２３７４９、１９９４を本書に添付する。参考文献２は本願のＫＧＦＲがその一員であるＦＧＦＲファミリーの特に関連するものを獲得することがルーチンであることの別の証拠として提出するものである。
　このように、ＫＧＦＲのヒトおよび他の種変異体を獲得する方法を本願明細書は記載しており、そして該方法がヒトＫＧＦＲ配列を得るために困難さを伴うことなしに容易に、いわゆるルーチンとして使用され得ることが明らかである。」
　
４．当審の判断
　本願明細書には、図１５Ｂに関して、「トランスメンブランチロキシンキナーゼに予想されるＫＧＦＲのアミノ酸配列はマウスｂＦＧＦＲ受容体（ｂＦＧＦＲ）にもっとも近しい関係をもった。両方の蛋白質間の類似割合はＦｉｇ１５Ｂに示されている。推測されるＫＧＦＲ細胞外部分はＩｇＧ様のそれぞれマウスｂＦＧＦＲのドメイン２および３との類似性を示す７７％および６０％の２つの免疫グロブリン（ＩｇＧ）−様のドメインを含有している。」（第４８欄３０〜３８行）との記載があり、また「ＫＧＦＲの細胞内位置はｂＦＧＦＲチロシンキナーゼに高い相同性を持つ（Ｆｉｇ．１５）」（第４９欄１０〜１２行）なる記載があり、ＫＧＦＲとｂＦＧＦＲの間の配列の類似性について言及しているが、請求人自身が認めているように、これはあくまで、マウスのＫＧＦＲとマウスのｂＦＧＦＲの類似性について述べているに過ぎないものであり、ヒトとマウスの間のＫＧＦＲとｂＦＧＦＲの配列の類似性については、何も記載されていない。
　また、本願明細書には、「ｅｃｔ１の特長付けのため、形質転換しているＳａｌ１消化によって遊離された４．２ｋｂ　ｃＤＮＡはｅｃｔ１、ｅｃｔ２、ｅｃｔ３を含むＮＩＨ／３Ｔ３トランスフェクション体と同様にＮＩＨ／３Ｔ３のゲノムＤＮＡを制限するハイブリダイズしたＳａｌ１分子のプローブとして使用される。・・・ＥｃｏＲ１が通常のマウスＤＮＡを切断するのに使用されたとき、我々は外因性のｅｃｔ１配列あるいは関係する遺伝子に近縁の幾つかの異なるｅｃｔ１ハイブリダイズしているＤＮＡフラグメントを見つけた（Ｆｉｇ．１４Ｂ）。配列に関するｅｃｔ１はまた、ヒトを含んだ、他の種の分析されたＤＮＡ中において、脊椎動物進化における高い保存度合いの配列を暗示することが示される。」（第４７欄２６〜４４行）との記載、及び「ｂ．いろいろな動物種の、ＥｃｏＲ１で切断したＤＮＡ類（クローンテック、パロアルト、カリフォルニア州（clontech, Palo Alto, CA)のサザン解析　ブロットをｅｃｔ１・ｃＤＮＡ挿入断片の５’−ハルフ（half）で探針し、より厳しくない条件下で（underreduced stringencyconditions）洗浄した。」（第２７欄１８〜２５行）との記載がある。
　しかしながら、本願発明において使用されている方法は、ゲノム配列のサザン解析のみであり、しかも、上記記載からわかるように、サザン解析において使用されているプローブは、４．２ｋｂ（５’ハーフ）というかなり大きなＤＮＡ断片であって、ヒトとマウスの間のホモロジーの高い部分の小さなＤＮＡ断片ではないこと、及びサザン分析のための洗浄条件は「より厳しくない（underreduced stringencyconditions）」条件、すなわちハイブリダイズ条件が緩やかであることから、例え、明細書に記載された方法において、第１４図Ｂに示されるとおり、ヒトにおいてハイブリダイズする何らかのものを見出したとしても、それらがＫＧＦＲ機能を有するものであるとは断定できず、むしろ、それらはイントロンの如くの意味のない部位にハイブリダイズしたものである可能性もある。
　この点について、請求人は、「サザン分析のための洗浄条件が「より厳しくない（reduced  stringency）」条件であったという事実は、他の種からのＫＧＦＲが存在しないことを示唆するものではなく、せいぜい他の関連性の低い配列が存在するかも知れないという可能性を残しているにすぎない。」（請求書第２頁１８〜２１行）と述べているが、かかる主張は、図１４Ｂで示されるものが如何なるものであるのかが不明であることを、出願人自らが認めていることを示すものであって、このため、「このサザン分析に基づいた出願人（請求人）の化学的結論は以下のとおりである：「ｅｃｔ１関連配列はまた、ヒトを包含する分析された他の種のＤＮＡ中に示され、これはセキツイ動物進化における高い保存度を示す」（本願公報第４７欄第４１〜４４行）。記載された実験に基づく上記の化学的推論はマウスＫＧＦＲのヒト（および他の動物）における相当物が見出されているということの請求人の確信を示す。」（請求書第２頁２１〜２７行）との請求人の主張は、請求人の希望的観測を述べたに過ぎないものである。
　ところで、本願の請求項２に係る発明は表皮ケラチン細胞成長因子レセプターをコード化するＤＮＡ断片の「種変異体」という、物質に関するものであるから、上述の如く、如何なる物質が取得されているのか不明であるような状況においては、目的物質であるヒトを含む種変異体が得られたことを客観的に確認し得るに足る、あるいはそれに代わり得るような資料が必要であることはいうまでもないことである。それにも拘わらず、本願明細書では、上述したとおり、ゲノムのサザン分析のみが記載され、穏やかなハイブリダイズ条件において、特異的とはいえない大きなプローブを使用しているにすぎないのであるから、本願明細書の記載からは目的の種変異体が得られたものと認めることはできない。
　この点について、請求人は、本願に記載のものと同様な方法を用いてヒトＫＧＦＲを得た事実を証明する証拠として、参考文献１（Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.、８９、ｐ２４６−２５０、１９９２、平成１２年１月６日付けの回答書における参考資料３）を提出している。しかしながら、この文献は本願の優先日から２年半も経過してから発行された文献であるし、しかも、同文献において、「λｐＣＥＶ２７ベクターシステムを使用して、ヒト哺乳類上皮細胞系Ｂ５／５８９から、ｃＤＮＡ発現ライブラリーを構築した。Ｂ５／５８９ライブラリーｃＤＮＡで形質転換した５０プレートのＮＩＨ３Ｔ３細胞の内で、我々は数個の形態学的に形質転換された焦点（foci）を同定し、そして分離した。既知のｃＤＮＡ配列をスクリーニングするために、ヒトの腫瘍形成遺伝子、成長因子、及び受容体の配列に由来するプライマーを使用して、別個の焦点からのゲノムＤＮＡ試料についてＰＣＲ法が実施された。このスクリーニング操作は、ＦＧＦＲ−２の細胞内ドメインからのプライマーにて予期されたサイズのＰＣＲ断片を生じる３個の独立した形質転換体からのＤＮＡについての我々の同定を導く。さらなるＰＣＲ分析は、２個の焦点におけるｃＤＮＡ配列によりコードされる蛋白質は２個のＩｇループを含み、１個は３個のＩｇループを含む。」（第２４７頁右欄１３〜２８行）と記載されているように、ＮＩＨ３Ｔ３細胞を形質転換するＤＮＡ断片をスクリーニングし、その中からＦＧＦＲ−２の細胞内ドメインをプライマーとしてＰＣＲで増幅して目的ＤＮＡ断片を取得するというものであって（第２４７頁右欄第１３〜２６行）、本願発明の如く、プローブを用いたホモロジーでスクリーニングする方法とは異なるものであることからも、上記請求人の主張は採用できない。
　また、請求人は、参考文献２（J. Biological Chemistry, ２６９（３８）、ｐ２３７４３−２３７４９、１９９４）を提出して、「本願のＫＧＦＲがその一員であるＦＧＦＲファミリーの特に関連するものを獲得することがルーチンであることの別の証拠として提出するものである。」（請求書第３頁１９〜２１行）とも主張しているが、この文献も本願の優先日から４年も経過した後に発行されたものであり、しかも、同刊行物では、チロシンキナーゼの部分をプローブとしてスクリーニングすることによりａＦＧＦＲを単離しているのであり、ＮＩＨ３Ｔ３細胞を形質転換させるようなＤＮＡ断片を探索するという本願発明に類似する方法ではない。
　以上述べたように、本願出願後においてさえも、本願発明で使用された４．２ｋｂの５’ハーフといった、かなり大きなプローブを使用して関連の遺伝子をクローニングしたという報告は未だなされていない。
　このため、本願発明で使用しているような、特異的ではなく、かなり大きなプローブを緩やかなハイブリダイズ条件で使用するゲノムＤＮＡとのサザン分析結果のみを記載するだけであって、得られたものが如何なるものであるかを確認していない本願明細書の記載のみからでは、マウスのプローブを使用して、ヒトＫＧＦＲ変異体を得ることができたとは認められないから、請求項２に係る発明については、当業者が容易に実施できる程度に明細書が記載されているものと認めることができない。
　
５．むすび
　したがって、本願は特許法第３６条第３項、第４項および第５項に規定する要件を満たしていないので、拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。