【事件の表示】
　特願２００１−５８１１１３「ヒト身体または動物身体由来の液体サンプルのタンパク質パターンおよび／またはペプチドパターンを定性的および／または定量的に分析するための方法およびデバイス」拒絶査定不服審判事件〔平成１３年１１月　８日国際公開、ＷＯ０１／８４１４０、平成１５年１０月２８日国内公表、特表２００３−５３２１１５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　本願発明
　本願請求項１〜１０に記載の発明は，平成２６年３月１７日付け手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１〜１０に記載の事項により特定される発明であると認める。
　その内，請求項１に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，次の事項により特定される発明である。
　
「【請求項１】　ヒトまたは動物の身体の状態をモニタリングするために，該ヒトまたは動物の身体由来の液体サンプル（１０）のタンパク質パターンおよび／またはペプチドパターンを，定性的および／または定量的に決定する方法であって，
　ここで，該液体サンプル（１０）のペプチドおよびタンパク質は，キャピラリー電気泳動により分離され，次いでイオン化され，そしてオンラインでインターフェース（１８）を介して，接続された質量分析計（２０）に検出のために移動され，
　規定された液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンは，参照データベース中に基準値として記憶され，規定されていない液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンはデータベース中のサンプル値として記憶され，そして該基準値と該サンプル値とを比較することにより，偏差および／または対応が自動的に同定される，方法。」
　　
第２　当審の拒絶理由の概要
　当審の平成２５年　９月１７日付け拒絶理由の概要は，この出願の請求項１〜１２に係る発明は，その出願の優先権主張日前に日本国内又は外国において頒布された下記の刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基いて，その出願の優先権主張日前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないという理由を含むものである。
　　　　　　　　　　　　　　　　　記　　　
刊行物１：国際公開第９８／０７０３６号
　
第３　刊行物１記載の事項
　なお，翻訳は，対応日本出願の公表特許公報である特表２００１−５０８８６４号公報による。摘記箇所は，刊行物１の頁と行を表す。また下線は当審にて付記したものである。
（刊１−１）「１．
生物の状態の指標となる高分子量及び低分子量ペプチドを含有する前記生物のサンプルについてペプチドの測定をすることにより前記生物の状態を検出する方法であって
―
低分子量ペプチドは直接検出され，特徴づけされ
―参照と関連付けられる方法。
２．　
前記サンプルが前記生物からの
・・・（略）・・・
７．　
前記低分子量ペプチドの検出が質量分析により行われる請求項１から６の少なくとも１項に記載の方法
・・・（略）・・・」（明細書１７頁２行〜１８頁末行　[特許請求の範囲の項の請求項１〜１３]）
　
（刊１−２）「獣医学及び人の医学において，本発明の方法は，仮説に基づくことなく対応する生物の状態の検出を可能にするという事実からのその顕著な重要性を得た。従って，予想した考えに基づく確認のアッセイを行うのではなく，検査された生物の状態の本当の全体像が得られる。
特異的(differential)ペプチド表示
と呼ばれる本発明の方法は，特定のペプチドパターンが健康な生物に存在し，それを参照標準として使用することができるという事実に基づいている。ここで，個体のペプチドの状態が記録され，その参照と比較されれば，病理学的な状態の可能性のある最初の指標を提供する偏差が検出される。病気を有する個体の対応するサンプルから得られた類似の病理的状態と比較することにより確認された偏差を検出することにより，前記個体サンプルのペプチドパターン中の偏差の単純な比較及び示された臨床的な症状を有する偏差への対応による分析から，各疾病を直接特定することが可能にな
本発明によれば，特に，以下のように行うことができる。
体液及び組織の抽出物の限外濾過物は，参照サンプルを調製するために最初に使用される
ペプチドフラクションの特徴づけは，例えば，クロマトグラフィー又は質量分析により検出することができるペプチドの溶出状況及び分子量により遂行される
例えば，既知の疾病を病む患者からの限外濾過物が使用され
　
（刊１−３）「ペプチドは当業者に良く知られた方法，例えば，個々の出発物質の限外濾過より回収することができる。それを行う時，本発明で請求する範囲内，即ち，ジペプチドのサイズと最大で30,000ダルトンとの間の分子除外サイズを有するフィルターを使用する。個々の膜を適当に選択することにより，特定の分子量を有するフラクションを得ることも可能になる。好ましくは，0.2mlから50リットルの濾過物が濾過により得られ，濾過の直後に，例えば，希塩酸を用いた酸性化によりpHを２から４に調整される。前記
分
限外濾過の後，濾過物に存在するペプチドは，クロマトグラフィックな材料，特にカチオン交換体，例えば，フラクトゲル，アニオン交換体-フラクトゲルTMAE，及び逆相(RP)材料への吸着により回収され，その後直線勾配又はステップ勾配により溶出される。更なる精製のためには，他のクロマトグラフィック分離，特に逆相材料による分離を所望により行うことができる。
ペプチドフラクションの測定は，好ましくは，質量分析，特にMALDI MS(マトリックするにより補助されたレーザーデソープションイオン化質量分析)又は
ESI MS(エレクトロスプレーイオン化MS(electrospray ionization MS))を用いて行われる。
好ましくは，ミクロボア(Microbore)逆相分離及び質量分析のオンラインでの組み合わせ(LC-MSカップリング)を含む
」（明細書７頁１４行〜８頁１５行）
　
（刊１−４）「上記の工程により得られた既知の基礎的な疾病を有する患者についてのデータは，同様に得られた健康体参照群のデータと比較される。質的な変化(例えば，新規ペプチドの発生又はペプチドの欠損)及び量的な変化(個々のペプチドの発生の増加又は減少)の両方が検出される。
必要があれば，比較分析により特定された標的は更に精製され，当業者に知られたペプチド化学の方法により同定される。得られた配列情報は，その後タンパク質及び核酸データベースと比較され，続いて文献のデータと比較される。
　
（刊１−５）「実施例１
体液の使用：
血液濾過物
１．HFの回収
・・・（略）・・・
２．HFペプチドの回収とフラクションへの分離
2.1段階ごとの溶出によるペプチド抽出　
10リットルの
血液濾過物
HFはクロマトグラフィックカラムに載せられた
クロマトグラフィーの条件：
・・・（略）・・・
2.2第二クロマトグラフィーによる分離
溶出物１から７は別々に逆相カラムを用いたクロマトグラフィーにかけられた。
クロマトグラフィーの条件：
・・・（略）・・・
３．ペプチドフラクションのマッピング
3.1
2.2で得られたフラクションのアリコットをマイクロボア(Microbore)逆相カラムに載せ，勾配を付けて溶出した。検出はUV検出器で行われ，接続されたエレクトロスプレー質量分析器
クロマトグラフィーの条件：
・・・（略）・・・
接続された質量分析器
エレクトロスプレーインターフェイスを有するAPI III(Perkin-Elmer,Weiterstadt)
　
（刊１−６）「４．比較分析
4.1新規若しくは欠損ペプチド，又は定量において明らかに逸脱したものの特定ペプチドマップとして参照される3.3で得られたデータのセットを比較することにより，
質的及び／又は量的な偏差が作成された。対照及びサンプルを考慮し，個々のデータセット又はデータセットのセットが比較に使用された
　
（刊１−７）「実施例３
体液の使用：尿　
尿は
患者からのカテーテル尿
　
第４　刊行物１記載の発明
　刊行物１の請求項１，２及び７（刊１−１）の引用関係を解き，請求項２の「前記サンプルが，前記生物からの」「流動体」であることに注目すると次のように整理することができる。
「生物の状態の指標となる高分子量及び低分子量ペプチドを含有する前記生物のサンプルについてペプチドの測定をすることにより前記生物の状態を検出する方法であって，
前記サンプルは，前記生物からの流動体であり，
―低分子量ペプチドは質量分析により直接検出され，特徴づけされ，
―参照と関連付けられ
る方法。」
　
　さらに，（刊１−２）とする実施の態様が記載されている。
　これは，参照としてまず，健康な生物の特定のペプチドパターンを用意する（以下，これを「第１の参照」という。）。第１の参照と個体サンプルを比較すると，「病理学的な状態の可能性のある最初の指標を提供する偏差が検出される」こととなる。
　次いで，疾病を特定するために，別の参照として「病気を有する個体の対応するサンプルから得られた類似の病理的状態」を有する個体のサンプルのペプチドパターンを用意（以下，これを「第２の参照」という。）し，第２の参照と個体サンプルを比較し，「偏差の単純な比較及び示された臨床的な症状を有する偏差への対応による分析」をする。それにより，「各疾病を直接特定する」ことが可能となる。
　
　上記請求項を整理したものに，上記（刊１−２）に記載の実施の態様を加えて整理すると，刊行物１には，次の発明（以下，「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　
「生物の状態の指標となる高分子量及び低分子量ペプチドを含有する前記生物のサンプルについてペプチドの測定をすることにより前記生物の状態を検出する方法であって，
前記サンプルは，前記生物からの流動体であり，
―低分子量ペプチドは質量分析により直接検出され，特徴づけされ，
―参照と関連付けられ，
　前記参照との関連づけは，まず，前記生物のサンプルの個体のペプチドの状態が記録され，
　健康な生物の特定のペプチドパターンを用意し，これを第１の参照とし，
　第１の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較し，病理学的な状態の可能性のある最初の指標を提供する偏差が検出され，
　次いで，疾病を特定するために，別の参照として類似の病理状態の病気を有する個体のサンプルのペプチドパターンを用意し，これを第２の参照とし，
　第２の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較し，
　偏差の単純な比較及び示された臨床的な症状を有する偏差への対応による分析から，各疾病を直接特定する方法。」
　
第５　対比
　本願発明と引用発明を対比する。
１　「ヒトまたは動物の身体の状態をモニタリング」することについて
　引用発明の「前記生物の状態を検出する方法」は，「病理学的な状態の可能性のある最初の指標を提供する偏差が検出され」また「各疾病を直接特定」するものであり，病理学的な状態あるいは疾病という身体の状態をモニタリングしているといえるから，本願発明の「ヒトまたは動物の身体の状態をモニタリングする」ことに相当する。
　
２　「ヒトまたは動物の身体由来の液体サンプル」について
　引用発明のサンプルは，「前記生物からの流動体」であり，実施例１において患者から得られた「血液濾過物」（刊１−５）及び実施例３において患者からの「カテーテル尿」（刊１−７）が使用されていることからみて，本願発明の「該ヒトまたは動物の身体由来の液体サンプル」に相当することは明白である。
　
３　「定性的および／または定量的に決定する方法」について
　引用発明の「第１の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較」し，「第２の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較」する際に用いられる比較は，最終的に「病理学的な状態の可能性のある最初の指標を提供する偏差が検出され」「各疾病を直接特定」がなされるものであるから，定性的および／または定量的なものとして比較されることは明らかである。
　これを裏付けるように，刊行物１の（刊１−６）に具体的に次のように記載されている。
「比較分析
4.1新規若しくは欠損ペプチド，又は定量において明らかに逸脱したものの特定ペプチドマップとして参照される3.3で得られたデータのセットを比較することにより，
質的及び／又は量的な偏差が作成された
　よって，引用発明の「第１の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較」し，「第２の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較」する方法は，比較により定性的及び／又は定量的な偏差が求められるものであるから，本願発明の「ペプチドパターンを，定性的および／または定量的に決定する方法」に相当する。
　
４　「キャピラリー電気泳動」及び「質量分析計」の検出について
　質量分析計は，何らかのイオン化手段がないと分析ができないことは技術常識であるから，引用発明の「質量分析計」が何らかのイオン化手段を具備していることは自明な事項である。
　引用発明の「低分子量ペプチドは質量分析により直接検出され，特徴づけ」されることは，質量分析の前に分離手段が規定されていないし，インターフェースも規定されていないから，本願発明の「該液体サンプル（１０）のペプチドおよびタンパク質は，キャピラリー電気泳動により分離され，次いでイオン化され，そしてオンラインでインターフェース（１８）を介して，接続された質量分析計（２０）に検出のために移動され」ることとは，「該液体サンプル（１０）のペプチドおよびタンパク質は，次いでイオン化され，質量分析計（２０）で検出され」る点で共通する。
　
５　「参照データベース」について
　引用発明の「健康な生物の特定のペプチドパターンを用意し，これを第１の参照」とすることは，当該ペプチドパターンがデータベース化されているか不明であるが紙，記録媒体あるいは操作者が記憶する等，何らかの形で記録され保存されていないと，その後引用発明においてなされる「前記生物のサンプル」と「比較」することができない。また，引用発明においては，該比較により，「病理学的な状態の可能性のある最初の指標を提供する偏差が検出され」ることとなるから，「第１の参照」は，偏差を検出し得る値からなるものであることは自明な事項である。
　
　また，引用発明の「別の参照として類似の病理状態の病気を有する個体のサンプルのペプチドパターンを用意し，これを第２の参照」とすることも，同様に何らかの形で記録され保存されていないと，その後引用発明においてなされる「前記生物のサンプル」と「比較」することができないし，「第２の参照」は，偏差を検出し得るのであるから，値からなるものであることは自明な事項である。
　
　したがって，引用発明の「健康な生物の特定のペプチドパターンを用意し，これを第１の参照」とすること，及び，引用発明の「別の参照として類似の病理状態の病気を有する個体のサンプルのペプチドパターンを用意し，これを第２の参照」とすることと，本願発明の「規定された液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンは，参照データベース中に参照値として記憶され」ることとは，「規定された液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンは，参照値として保存され」る点で共通する。
　
６　「規定されていない液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターン」について
　引用発明の「個体のペプチドの状態」について，「個体のペプチドの状態」を，「第１の参照」と比較したり「第２の参照」と比較するのは，いかなる状態か不明だからである。
　よって，引用発明の「個体のペプチドの状態」とは，いかなる状態か不明，すなわち，規定されていない個体のサンプルのペプチドの状態であるといえる。
　また，引用発明においては，値である「第１の参照」及び「第２の参照」と「前記記録された個体のペプチド状態」が比較されるから，「個体のペプチド状態」もまた，値として記録されることは明白である。
　
　そうすると，引用発明の「個体のペプチドの状態」を「記録」することと，本願発明の「規定されていない液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンはデータベース中のサンプル値として記憶され」ることとは，「規定されていない液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンは所定の形でサンプル値として保存され」る点で共通する。
　
７　「該参照値と該サンプル値」の比較ついて
　引用発明の「第１の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較し，病理学的な状態の可能性のある最初の指標を提供する偏差が検出」され，「第２の参照と前記記録された個体のペプチド状態とを比較し，偏差の単純な比較及び示された臨床的な症状を有する偏差への対応による分析」がなされることは，自動でなされるか不明であるから，本願発明の「該参照値と該サンプル値とを比較することにより，偏差および／または対応が自動的に同定される」こととは，「該参照値と該サンプル値とを比較することにより，偏差および／または対応が同定される」ことで共通する。
　
８　小括
　以上のことから，両発明は，次の（一致点）及び（相違点１）〜（相違点４）を有する。
　
（一致点）
「ヒトまたは動物の身体の状態をモニタリングするために，該ヒトまたは動物の身体由来の液体サンプル（１０）のタンパク質パターンおよび／またはペプチドパターンを，定性的および／または定量的に決定する方法であって，
　ここで，該液体サンプル（１０）のペプチドおよびタンパク質は，次いでイオン化され，質量分析計（２０）で検出され，
　規定された液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンは，参照値として保存され，規定されていない液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンは所定の形でサンプル値として保存され，そして該参照値と該サンプル値とを比較することにより，偏差および／または対応が同定される，方法。」
　
（相違点１）
　質量分析計で検出される前に，本願発明では「キャピラリー電気泳動により分離され，次いで直接イオン化され，そしてオンラインでインターフェース（１８）を介して，接続された質量分析計（２０）に検出のために移動され」ているのに対して，引用発明では，分離手段の規定がなく，イオン化されているものの直接イオン化されているか不明であり，オンラインでインターフェース（１８）を介して，接続された質量分析計（２０）に検出のために移動されているものでもない点。
　
（相違点２）
　参照値として保存されることが，本願発明では「参照データベース中」に記憶されるのに対して，引用発明では何に保存されるか規定されていない点。
　
（相違点３）
　規定されていない液体サンプル（１０）のペプチドパターンまたはタンパク質パターンの保存形態が，本願発明では「データベース中のサンプル値として記憶され」るのに対して，引用発明では，「個体のペプチドの状態」は「記録」されるものの，それがデータベース中に記憶されるものか不明である点。
　
（相違点４）
　偏差および／または対応が，本願発明では「自動的」になされるのに対して，引用発明では不明な点。
　
第６　判断
１　相違点１について
　下記刊行物Ａの（刊Ａ−１）に記載のように，「キャピラリー電気泳動（ＣＥ）あるいは液体クロマトグラフ（ＬＣ）は，溶液中に存在する試料の分離ができるが，分離された試料の種類の同定が困難」であり，「一方，質量分析計（ＭＳ）は試料を高感度で同定することができるが，溶液中の試料の分離ができない。」ことは技術常識である。そのため，水等の溶媒に複数の物質が溶解しているような試料を質量分析計単独で分析することは困難であり，「液体クロマトグラフやキャピラリー電気泳動装置などの手段を用いて先ず混合溶液の分離が行われ，その抽出液を質量分析装置に導入するという方法が用いられる。」（刊Ｄ−１）こととなる。
　
　そうすると，「高分子量及び低分子量ペプチドを含有する前記生物のサンプル」のような混合物を分析対象とする引用発明においては，分離手段について規定されていないものの，質量分析計の前に何らかの分離手段を設けることは，自明な事項といえる。
　これを裏付けるように，刊行物１の実施例（刊１−５）では，分離手段として液体クロマトグラフィーが採用されている。
　
　他方，水等の溶媒に溶解した複数の物質を分離分析する場合，質量分析計にキャピラリー電気泳動を結合させたキャピラリー電気泳動／質量分析計（ＣＥ／ＭＳ）が液体クロマトグラフ／質量分析計（ＬＣ／ＭＳ）と並んで一般に使用されることは，下記刊行物Ａ及びＤに従来の技術として紹介されているとおり本願優先権主張日前から知られた周知の事項であるし，生物関連の物質の分析として，キャピラリー電気泳動／質量分析計を用いることも，下記刊行物Ａ〜Ｃに従来技術として記載されているように本願優先権主張日前から周知の事項である。
　
　また，一般的に分離手段と質量分析計をオンラインで接続することは普通に行われていることであって，キャピラリー電気泳動と質量分析計についてもオンラインで接続したものが下記刊行物Ａ及びＤに従来の技術として紹介されている。その際，キャピラリー電気泳動が大気圧下で実施されるのに対して，質量分析は高真空を必要とするため，両者をオンラインで接続するにはインターフェースが必要となることは技術常識である。
　
　以上のことを総合すると，質量分析計の前に分離手段を設けることが自明である引用発明において，生物関連物質の分析用の分離手段として周知のキャピラリー電気泳動を選び，オンラインで接続し，それに伴い必要となるインターフェースを設けることで，相違点１に記載の本願発明の発明特定事項のごとくすることは，当業者が容易になし得たことといえる。
　
刊行物Ａ：特開平１１−１０８８９７号公報
（刊Ａ−１）「【０００２】
【従来の技術】キャピラリー電気泳動（ＣＥ）あるいは液体クロマトグラフ（ＬＣ）は，溶液中に存在する試料の分離ができるが，分離された試料の種類の同定が困難である。一方，質量分析計（ＭＳ）は試料を高感度で同定することができるが，溶液中の試料の分離ができない。このため，水等の溶媒に溶解した複数の生体関連物質を分離分析する場合，質量分析計にキャピラリー電気泳動あるいは液体クロマトグラフを結合させたキャピラリ−電気泳動／質量分析計（ＣＥ／ＭＳ）または液体クロマトグラフ／質量分析計（ＬＣ／ＭＳ）が一般には使用される
　
刊行物Ｂ：特開平９−２４３６００号公報
（刊Ｂ−１）「【０００２】
【
従来の技術
医学，薬学等の分野では
生体関連物質は主として溶液中で混合物として存在するため，これを分析するためには液相の分離手段と質量分析計とを結合した装置が有効である。このため，キャピラリ電気泳動装置と質量分析計とを結合した装置，すなわちキャピラリ電気泳動／質量分析計（Capillary Electrophoresis／Mass Spectrometer，以下，ＣＥ／ＭＳと略する）が考案され，ペプチド・蛋白質等の分析に用いられている
 　 
 刊行物Ｃ：特開平１１−２６２２号公報
「【０００２】
【
従来の技術
生体成分
の分析にＣＥ／ＭＳのオンライン結合が提案された。前記ＣＥ／ＭＳは，当該ＣＥでは電場で分離が行われ，前記分離された試料成分がイオンであるため，当該ＭＳのエレクトロスプレー等のイオン化方式と適合がよいものであり，種々の技術が提案されている
　
刊行物Ｄ：特開２０００−５７９９１号公報
「【０００２】【
従来の技術
・・・（略）・・・
【０００８】さて，
多数種の物質が混在する混合溶液を質量分析装置に導入すると，得られる質量スペクトルが複雑すぎるために物質の同定が不可能となることがある
液体クロマトグラフやキャピラリー電気泳動装置などの手段を用いて先ず混合溶液の分離が行われ，その抽出液を質量分析装置に導入するという方法が用いられる
オンライン
キャピラリー電気泳動／質量分析計結合装置が存在する
　
２　相違点２について
　刊行物１には「前記分量は，健康な個体からの参照サンプルを作成するために，又はペプチドデータベースを構築する」（刊１−３）とデータベースについて示唆されているし，そして，あらゆる分野においてデータをデータベース化することは本願優先権主張日前からの常套手段となっていたことである。
　
　以上のことを考慮すれば，引用発明の「健康な生物の特定のペプチドパターン」である「第１の参照」及び「類似の病理状態の病気を有する個体のサンプルのペプチドパターン」である「第２の参照」をデータベース中に記憶すべく構成することは，当業者が適宜なし得たことといえる。
　
３　相違点３について
　引用発明の「各疾病を直接特定する」ために持ち込まれた「生物のサンプル」のデータは，刊行物１によれば実施例１（刊１−５）や実施例３（刊１−７）のごとく，患者のからのものである。
　患者のデータをデータベース化することは，電子カルテ等にみられるように例示するまでもなく本願優先権主張日前から周知の事項であって，また，普通に行われたことでもある。
　引用発明において，「個体のペプチドの状態」を「記録」するに際して，上記周知の事項を適用しデータベースとして記憶することで，相違点３に記載の本願発明の特定事項のごとくすることは，当業者が何の創作力もなくなし得ることとといえる。
　
４　相違点４について
　刊行物１には，引用発明の比較をどのように行ったのか明記されていない。しかしながら，自動化はあらゆる分野における周知の課題であって，しかも，引用発明の「ペプチドパターン」のように多数のペプチドデータが含まれるものであればなおさら自動化が必要とされることは明白である。
　そして，（刊１−３）に「ペプチドデータベース」の言及もあり，データベースは通例コンピューターを使用して構築されるものである。
　以上のことから，引用発明の「比較」を自動的に行うべく構成し，「偏差および／または対応」を図ることは，当業者が何の困難性もなくなし得る単なる設計的事項である。
　
５　本願発明の効果について
　本願発明の効果は，刊行物１及び上記周知の事項から当業者が予測し得るものであって，格別顕著なものとはいえない。
　
６　請求人の主張について
（１）請求人の主張の概要
　請求人は，平成２６年３月１７日付け意見書において次のように主張する。
ア　主張１
「
ペプチドのマップおよび配列の違いを確立することを試みる刊行物１の方法
　換言すると，
刊行物１は全体的なマップを検討し，違いがさらなる配列決定を必要とする領域を同定しています
　
イ　主張２
「複数のクロマトグラフィーによる分離を用いる刊行物１の方法は，数十〜数百のペプチドの分離を可能にするだけです。それゆえ，
刊行物１の著者らは，
「人間」をベースとしたアプローチを使用しました
　
ウ　主張３
「刊行物１からは，請求項１の特徴は達成されません。なぜなら，ＳＰＥ−ＣＥが全てのペプチドを分析するものではなくプロテオミクス分析には適切ではないからです。」（１９頁２９〜３１行）
　
（２）当審のコメント
ア　主張１について
　引用発明において，参照と比較することは，引用発明の発明特定事項からみて明らかである。そして，刊行物１の（刊１−４）に記載されているように，配列決定は必要があれば行われる工程であるから，配列決定は必須の工程ではない。よって，請求人の主張は失当である。
　
イ　主張２について
　刊行物１には，人間をベースとするような記載はなく，刊行物１に記載のものが「人間」をベースとするという請求人の主張は根拠がないものである。また，請求人の主張するとおり，数十〜数百のペプチドを分離が可能となるのであれば，それを比較するのは手間がかかることであり，上記「４　相違点４について」で検討したように比較を自動化するための動機となることはあるにせよ，自動化を阻害する要因とはならない。
　
ウ　主張３について
　刊行物１には，ＳＰＥ−ＣＥについて記載されていないし，引用発明とも無関係の技術である。したがって，「刊行物１からは，請求項１の特徴は達成されません。」との根拠にならない。
　
第７　むすび
　以上のとおり，本願発明は，刊行物１に記載された発明及び上記周知の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条２項の規定により特許を受けることができないものであって，他の請求項に係る発明について検討するまでもなく，本願は拒絶すべきものである。
　よって，結論のとおり審決する。