【手続補正書】
【提出日】平成27年7月15日(2015.7.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４１】
一部の実施形態では、前記複数の分子は細胞に由来する。一部の実施形態では、前記試料は単一の細胞に由来する。一部の実施形態では、前記試料は約１００個未満の細胞に由来する。一部の実施形態では、前記試料は約５０個未満の細胞に由来する。一部の実施形態では、前記試料は約２０個未満の細胞に由来する。一部の実施形態では、前記試料は約１０個未満の細胞に由来する。一部の実施形態では、前記試料は約５個未満の細胞に由来する。一部の実施形態では、前記細胞は哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、前記細胞はヒト細胞である。一部の実施形態では、前記細胞は疾患または状態を患っている対象に由来する。一部の実施形態では、前記疾患または状態はがんである。一部の実施形態では、前記疾患または状態は病原体感染症である。一部の実施形態では、前記疾患または状態は遺伝的障害である。一部の実施形態では、前記細胞は健康な対象に由来する。一部の実施形態では、前記細胞は病的細胞である。一部の実施形態では、前記病的細胞はがん性細胞である。一部の実施形態では、前記細胞は健康な細胞である。一部の実施形態では、前記細胞は病的細胞でも感染細胞でもない。一部の実施形態では、標識分子は確率的標識によって生成される。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ａ．複数のＲＮＡ分子を含む試料を複数のオリゴヌクレオチドタグと接触させて標識ＲＮＡ分子を生成するステップであって、
ｉ．前記複数のＲＮＡ分子は異なる配列の少なくとも２つのｍＲＮＡ分子を含み、
ｉｉ．前記複数のオリゴヌクレオチドタグは異なる配列の少なくとも２つのオリゴヌクレオチドタグを含み、
ｉｉｉ．前記複数のオリゴヌクレオチドタグはオリゴｄＴ配列を含む、ステップと、
ｂ．前記標識ＲＮＡ分子を逆転写酵素と接触させて第１の鎖合成反応を実行することによって標識ｃＤＮＡ分子を生成するステップと、
ｃ．前記標識ｃＤＮＡ分子を固体支持体とハイブリダイズすることによって前記標識ｃＤＮＡ分子を検出するステップと
を含むデジタル式逆転写方法。
（項目２）
前記オリゴヌクレオチドタグが一意識別子領域をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記一意識別子領域が少なくとも１ヌクレオチドの長さである、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記オリゴヌクレオチドタグが汎用プライマー結合部位をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記オリゴヌクレオチドタグが少なくとも１ヌクレオチドの長さである、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記固体支持体がアレイである、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記固体支持体がアドレス可能なアレイである、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記固体支持体がＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ３Ｋタグアレイ、Ａｒｒａｙｊｅｔ非接触印刷アレイまたはＡｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ  Ｉｎｃ（ＡＭＩ）アレイである、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記固体支持体がビーズである、項目１に記載の方法。
（項目１０）
ステップ（ｂ）の前記標識ｃＤＮＡ分子に対してポリメラーゼ連鎖反応を実行して二本鎖標識ｃＤＮＡ分子を生成することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記ポリメラーゼ連鎖反応を実行することが、第１の標的特異的プライマーを前記標識ｃＤＮＡ分子にアニールすることを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記ポリメラーゼ連鎖反応を実行することが、汎用プライマーを前記オリゴヌクレオチドタグの前記汎用プライマー結合部位にアニールすることをさらに含む、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
前記ポリメラーゼ連鎖反応が絶対ＰＣＲ、ＨＤ−ＰＣＲ、次世代ＰＣＲ、デジタル式ＲＴＡまたはその任意の組合せを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１４）
前記二本鎖標識ｃＤＮＡ分子に対してネステッドＰＣＲ反応を実行することをさらに含む、項目１０に記載の方法。
（項目１５）
前記ネステッドＰＣＲ反応を実行することが、前記二本鎖標識ｃＤＮＡ分子を変性させて変性一本鎖標識ｃＤＮＡ分子を生成することを含む、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記ネステッドＰＣＲ反応を実行することが、第２の標的特異的プライマーを前記変性一本鎖標識ｃＤＮＡ分子にアニールすることをさらに含む、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記ネステッドＰＣＲ反応を実行することが、汎用プライマーを前記オリゴヌクレオチドタグの前記汎用プライマー結合部位にアニールすることをさらに含む、項目１４に記載の方法。
（項目１８）
前記オリゴヌクレオチドタグの少なくとも一部、前記標識ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部、その相補配列、その逆相補配列またはその任意の組合せの配列を決定するために、配列決定反応を実行することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記標識ｃＤＮＡ分子を検出することが、アレイ検出器、蛍光リーダー、非蛍光検出器、ＣＲリーダーまたはスキャナを含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記アレイ検出器がフラットベッドスキャナである、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記蛍光リーダーがＳｅｎｓｏｖａｔｉｏｎ，ＡＧの蛍光リーダーである、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
前記標識ｃＤＮＡ分子を検出することが、前記固体支持体にハイブリダイズされた前記標識ｃＤＮＡ分子を検出することを含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
ハイブリダイゼーション連鎖反応を実行することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記オリゴヌクレオチドタグが１つまたは複数の二次構造を含む、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記１つまたは複数の二次構造がヘアピンである、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記オリゴヌクレオチドタグが線状である、項目１に記載の方法。
（項目２７）
ａ．複数のオリゴヌクレオチドタグであって、前記複数のオリゴヌクレオチドタグのオリゴヌクレオチドタグは、
ｉ．標的特異的領域、および
ｉｉ．一意識別子領域
を含むオリゴヌクレオチドタグと、
ｂ．酵素と
を含むキット。
（項目２８）
前記酵素が逆転写酵素である、項目２７に記載のキット。
（項目２９）
前記酵素がリガーゼである、項目２７に記載のキット。
（項目３０）
前記酵素がポリメラーゼである、項目２７に記載のキット。
（項目３１）
前記酵素がＲＮアーゼである、項目２７に記載のキット。
（項目３２）
前記酵素がＤＮアーゼである、項目２７に記載のキット。
（項目３３）
前記酵素がエンドヌクレアーゼである、項目２７に記載のキット。
（項目３４）
前記オリゴヌクレオチドタグが少なくとも２５ヌクレオチドの長さである、項目２７に記載のキット。
（項目３５）
前記一意識別子領域が少なくとも１０ヌクレオチドの長さである、項目２７に記載のキット。
（項目３６）
前記標的特異的領域が少なくとも１０ヌクレオチドの長さである、項目２７に記載のキット。
（項目３７）
前記標的特異的領域がオリゴｄＴ配列を含む、項目２７に記載のキット。
（項目３８）
前記オリゴヌクレオチドタグが汎用プライマー結合部位をさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目３９）
支持体をさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目４０）
前記支持体が半固体支持体である、項目３９に記載のキット。
（項目４１）
前記支持体が固体支持体である、項目３９に記載のキット。
（項目４２）
前記固体支持体がアレイである、項目４１に記載のキット。
（項目４３）
前記支持体がアドレス可能なアレイである、項目３９に記載のキット。
（項目４４）
前記支持体がＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ３Ｋタグアレイ、Ａｒｒａｙｊｅｔ非接触印刷アレイまたはＡｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ  Ｉｎｃ（ＡＭＩ）アレイである、項目３９に記載のキット。
（項目４５）
前記支持体がビーズである、項目３９に記載のキット。
（項目４６）
プライマーをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目４７）
前記プライマーが汎用プライマーである、項目４６に記載のキット。
（項目４８）
前記プライマーが前記オリゴヌクレオチドタグに結合する、項目４６に記載のキット。
（項目４９）
前記プライマーが前記オリゴヌクレオチドタグの汎用プライマー結合部位に結合する、項目４６に記載のキット。
（項目５０）
対照オリゴをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目５１）
前記対照オリゴが少なくとも１５ヌクレオチドを含む、項目５０に記載のキット。
（項目５２）
前記対照オリゴが明るいハイブリダイゼーション対照オリゴである、項目５０に記載のキット。
（項目５３）
前記対照オリゴがスパイクイン鋳型対照である、項目５０に記載のキット。
（項目５４）
前記オリゴヌクレオチドタグが標識をさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目５５）
前記プライマーが標識をさらに含む、項目４６に記載のキット。
（項目５６）
前記対照オリゴが標識をさらに含む、項目５０に記載のキット。
（項目５７）
前記標識が色素標識である、項目５４〜５６のいずれかに記載のキット。
（項目５８）
前記標識がＣｙ３色素である、項目５４〜５６のいずれかに記載のキット。
（項目５９）
前記標識がＴｙｅ５６３色素である、項目５４〜５６のいずれかに記載のキット。
（項目６０）
緩衝剤をさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６１）
担体をさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６２）
洗浄剤をさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６３）
サーマルサイクラーをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６４）
シーケンサーをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６５）
ハイブリダイゼーションチャンバーをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６６）
検出器をさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６７）
アレイ検出器、蛍光リーダー、非蛍光検出器、ＣＲリーダーまたはスキャナをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目６８）
前記蛍光リーダーがＳｅｎｓｏｖａｔｉｏｎまたはＡＧの蛍光リーダーである、項目６７に記載のキット。
（項目６９）
前記スキャナがフラットベッドスキャナである、項目６７に記載のキット。
（項目７０）
コンピューターをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目７１）
前記コンピューターがメモリデバイスを含む、項目７０に記載のキット。
（項目７２）
前記メモリデバイスがデータを保存することが可能である、項目７１に記載のキット。
（項目７３）
ソフトウェアプログラムをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目７４）
コンピューター可読プログラムをさらに含む、項目２７に記載のキット。
（項目７５）
ａ．複数の分子を含む試料を複数のオリゴヌクレオチドタグと接触させて標識分子を生成するステップであって、
ｉ．前記複数の分子は異なる配列の少なくとも２つの分子を含み、
ｉｉ．前記複数のオリゴヌクレオチドタグは異なる配列の少なくとも２つのオリゴヌクレオチドタグを含み、
ｉｉｉ．前記試料は少なくとも１つの細胞に由来する、ステップと、
ｂ．前記標識分子を固体支持体とハイブリダイズすることによって前記標識分子を検出するステップと
を含む細胞分析方法。
（項目７６）
ａ．複数の分子を複数のオリゴヌクレオチドタグで確率的に標識して標識分子を生成するステップであって、
ｉ．前記複数の分子は異なる配列の少なくとも２つの分子を含み、
ｉｉ．前記複数のオリゴヌクレオチドタグは異なる配列の少なくとも２つのオリゴヌクレオチドタグを含む、ステップと、
ｂ．前記標識分子を増幅して標識アンプリコンを生成するステップと、
ｃ．前記標識アンプリコンを検出するステップと
を含むクローン増幅方法。
（項目７７）
前記オリゴヌクレオチドタグが一意識別子領域をさらに含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目７８）
前記一意識別子領域が少なくとも１０ヌクレオチドの長さである、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記一意識別子領域が前記分子とハイブリダイズできない、項目７７に記載の方法。
（項目８０）
前記オリゴヌクレオチドタグが汎用プライマー結合部位をさらに含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目８１）
前記オリゴヌクレオチドタグが少なくとも２０ヌクレオチドの長さである、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目８２）
前記オリゴヌクレオチドタグが標的特異的領域をさらに含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目８３）
前記標的特異的領域がオリゴｄＴ配列を含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記標的特異的領域が少なくとも１０ヌクレオチドの長さである、項目８２に記載の方法。
（項目８５）
前記固体支持体がアレイである、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目８６）
前記固体支持体がアドレス可能なアレイである、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目８７）
前記固体支持体がＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ３Ｋタグアレイ、Ａｒｒａｙｊｅｔ非接触印刷アレイまたはＡｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ  Ｉｎｃ（ＡＭＩ）アレイである、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目８８）
前記固体支持体がビーズである、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目８９）
第１の鎖合成反応を実行して標識ｃＤＮＡ分子を生成することをさらに含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目９０）
前記標識分子またはその任意の生成物に対してポリメラーゼ連鎖反応を実行して二本鎖標識分子を生成することをさらに含む、項目７５に記載の方法。
（項目９１）
前記標識分子を増幅することがポリメラーゼ連鎖反応を実行することを含む、項目７６に記載の方法。
（項目９２）
前記ポリメラーゼ連鎖反応を実行することが、第１の標的特異的プライマーを前記標識分子またはその任意の生成物にアニールすることを含む、項目９０〜９１のいずれかに記載の方法。
（項目９３）
前記ポリメラーゼ連鎖反応を実行することが、汎用プライマーを前記オリゴヌクレオチドタグの前記汎用プライマー結合部位にアニールすることをさらに含む、項目９０〜９１のいずれかに記載の方法。
（項目９４）
前記ポリメラーゼ連鎖反応が絶対ＰＣＲ、ＨＤ−ＰＣＲ、次世代ＰＣＲ、デジタル式ＲＴＡまたはその任意の組合せを含む、項目９０〜９１のいずれかに記載の方法。
（項目９５）
前記二本鎖標識ｃＤＮＡ分子に対してネステッドＰＣＲ反応を実行することをさらに含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目９６）
前記ネステッドＰＣＲ反応を実行することが、前記標識分子またはその任意の生成物を変性させて変性一本鎖標識分子またはその任意の生成物を生成することを含む、項目９５に記載の方法。
（項目９７）
前記ネステッドＰＣＲ反応を実行することが、第２の標的特異的プライマーを前記変性一本鎖標識分子またはその任意の生成物にアニールすることをさらに含む、項目９５〜９６のいずれかに記載の方法。
（項目９８）
前記ネステッドＰＣＲ反応を実行することが、汎用プライマーを前記オリゴヌクレオチドタグの前記汎用プライマー結合部位にアニールすることをさらに含む、項目９５〜９６のいずれかに記載の方法。
（項目９９）
前記オリゴヌクレオチドタグの少なくとも一部、前記標識分子の少なくとも一部、その生成物、その相補配列、その逆相補配列またはその任意の組合せの配列を決定するために、配列決定反応を実行することをさらに含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目１００）
前記標識分子またはその任意の生成物を検出することが、アレイ検出器、蛍光リーダー、非蛍光検出器、ＣＲリーダーまたはスキャナを含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目１０１）
前記蛍光リーダーがＳｅｎｓｏｖａｔｉｏｎ、またはＡＧの蛍光リーダーである、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記スキャナがフラットベッドスキャナである、項目１００に記載の方法。
（項目１０３）
前記標識分子またはその任意の生成物を検出することが、前記固体支持体にハイブリダイズされた前記標識分子を検出することを含む、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目１０４）
前記分子が核酸分子である、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目１０５）
前記核酸分子がＤＮＡ分子である、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記核酸分子がＲＮＡ分子である、項目１０４に記載の方法。
（項目１０７）
前記分子がペプチドである、項目７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目１０８）
前記ペプチドがポリペプチドである、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
前記複数の分子が細胞に由来する、項目７６に記載の方法。
（項目１１０）
前記試料が単一の細胞に由来する、項目７５に記載の方法。
（項目１１１）
前記試料が約１００個未満の細胞に由来する、項目７５に記載の方法。
（項目１１２）
前記試料が約５０個未満の細胞に由来する、項目７５に記載の方法。
（項目１１３）
前記試料が約２０個未満の細胞に由来する、項目７５に記載の方法。
（項目１１４）
前記試料が約１０個未満の細胞に由来する、項目７５に記載の方法。
（項目１１５）
前記試料が約５個未満の細胞に由来する、項目７５に記載の方法。
（項目１１６）
前記細胞が哺乳動物細胞である、項目７５に記載の方法。
（項目１１７）
前記細胞がヒト細胞である、項目７５に記載の方法。
（項目１１８）
前記細胞が疾患または状態を患っている対象に由来する、項目７５に記載の方法。
（項目１１９）
前記疾患または状態ががんである、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記疾患または状態が病原体感染症である、項目１１８に記載の方法。
（項目１２１）
前記疾患または状態が遺伝的障害である、項目１１８に記載の方法。
（項目１２２）
前記細胞が健康な対象に由来する、項目１０９〜１１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２３）
前記細胞が病的細胞である、項目１０９〜１１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２４）
前記病的細胞ががん性細胞である、項目１２３に記載の方法。
（項目１２５）
前記細胞が健康な細胞である、項目１０９〜１１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２６）
前記細胞が病的細胞でも感染細胞でもない、項目１２５に記載の方法。
（項目１２７）
標識分子が確率的標識によって生成される、項目１および７５〜７６のいずれかに記載の方法。
（項目１２８）
１つまたは複数の核酸分子を複数のヘアピンオリゴヌクレオチドタグで確率的に標識するステップを含み、
（ａ）前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグはオーバーハングを含み、
（ｂ）前記１つまたは複数の核酸分子はハイブリダイゼーション連鎖反応のための開始剤として作用する、
確率的標識に基づくハイブリダイゼーション連鎖反応方法。
（項目１２９）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグの少なくとも一部が前記１つまたは複数の核酸分子の少なくとも一部とハイブリダイズする、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグがオリゴｄＴ配列を含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１３１）
前記１つまたは複数の核酸分子が１つまたは複数のアダプターを含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１３２）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグの少なくとも一部が前記１つまたは複数のアダプターの少なくとも一部とハイブリダイズする、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記複数のヘアピンオリゴヌクレオチドタグの少なくとも１つのヘアピンオリゴヌクレオチドタグが１つまたは複数の標識を含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１３４）
前記複数のヘアピンオリゴヌクレオチドタグの少なくとも１つのヘアピンオリゴヌクレオチドタグが２つ以上の標識を含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１３５）
前記複数のヘアピンオリゴヌクレオチドタグの各ヘアピンオリゴヌクレオチドタグが１つまたは複数の標識を含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１３６）
前記複数のヘアピンオリゴヌクレオチドタグの各ヘアピンオリゴヌクレオチドタグが２つ以上の標識を含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１３７）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグが標識を含まない、項目１２８に記載の方法。
（項目１３８）
前記複数のヘアピンオリゴヌクレオチドタグが、５’オーバーハングを有する１つまたは複数のヘアピンオリゴヌクレオチドタグ、３’オーバーハングを有するヘアピンオリゴヌクレオチドタグ、またはその組合せを含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１３９）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が１ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４０）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が２ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４１）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が３ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４２）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が４ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４３）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が５ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４４）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が６ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４５）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が７ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４６）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が８ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４７）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が９ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４８）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分が１０ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１４９）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が１ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５０）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が２ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５１）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が３ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５２）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が４ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５３）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が５ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５４）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が６ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５５）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が７ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５６）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が８ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５７）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が９ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５８）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分が１０ヌクレオチド以上の長さである、項目１２８に記載の方法。
（項目１５９）
前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグが一意識別子領域を含む、項目１２８に記載の方法。
（項目１６０）
前記一意識別子領域が前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのループ部分にある、項目１５９に記載の方法。
（項目１６１）
前記一意識別子領域が前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのステム部分にある、項目１５９に記載の方法。
（項目１６２）
前記一意識別子領域が前記ヘアピンオリゴヌクレオチドタグのオーバーハング部分にある、項目１５９に記載の方法。
（項目１６３）
前記標識が一意識別子領域を含む、項目１３３に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４３】
【図１】図１は、標的分子の標識および検出の模式図を示す（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号１−２、１−２および２を開示する）。
【図２】図２は、ハイブリダイズした分子において標識を検出するためのシグナルを示す。
【図３】図３は、ハイブリダイズした分子において標識を検出するためのシグナルを示す。
【図４】図４は、ハイブリダイズした分子において標識を検出するためのシグナルを示す。
【図５】図５は、ハイブリダイズした分子において標識を検出するためのシグナルを示す。
【図６】図６は、ハイブリダイズした分子において標識を検出するためのシグナルを示す。
【図７】図７は、アレイ検出器による標識分子の検出の模式図を示す。
【図８】図８は、複数の分子の確率的標識の模式図を示す。
【図９】図９。汎用ＰＣＲ配列、短い標識配列、および標的特異的配列または遺伝子特異的配列からなる例示のＰＣＲプライマー（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号３−４を開示する）。
【図１０】図１０は、オリゴヌクレオチドタグの合成に対する模式図を示す（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号５としての領域「１００１」、配列番号６としての領域「１００３」、ならびに配列番号５および６としての領域「１００５」を開示する）。
【図１１Ａ】図１１Ａは、標的特異的配列のないオリゴヌクレオチドタグの合成に対する模式図を示す（図は、配列番号５としての領域「１１０２」を開示し、現れる順で、それぞれ、配列番号５−６、５−６、６、５および５−６を開示する）。
【図１１Ｂ】図１１Ｂ〜Ｄは、オリゴヌクレオチドタグの合成に対する模式図を示す（図１１Ｂは、現れる順で、それぞれ、配列番号７−１０を開示し、そして図１１Ｃは、現れる順で、それぞれ、配列番号７、１１−１２、７、１３および１２を開示する）。
【図１１Ｃ】図１１Ｂ〜Ｄは、オリゴヌクレオチドタグの合成に対する模式図を示す（図１１Ｂは、現れる順で、それぞれ、配列番号７−１０を開示し、そして図１１Ｃは、現れる順で、それぞれ、配列番号７、１１−１２、７、１３および１２を開示する）。
【図１１Ｄ】図１１Ｂ〜Ｄは、オリゴヌクレオチドタグの合成に対する模式図を示す（図１１Ｂは、現れる順で、それぞれ、配列番号７−１０を開示し、そして図１１Ｃは、現れる順で、それぞれ、配列番号７、１１−１２、７、１３および１２を開示する）。
【図１２】図１２Ａ〜Ｂは、縮重オリゴヌクレオチドタグを示す（現れる順で、それぞれ、配列番号１４−１５）。
【図１３】図１３。標識プライマーのさらなる例。Ａ）総称的なプライマー配列のない標識プライマー（配列番号１６）。Ｂ）汎用標的配列を有する標識プライマー（配列番号１７）。
【図１４】図１４。絶対ＰＣＲのプロトコール。
【図１５】図１５。プライマーダイマーの形成。
【図１６】図１６。プライマーアーチファクトの形成を防ぐための方法。
【図１７】図１７。標準的なアレイとデジタルアレイとの間の違い
【図１８】図１８。遺伝子および標識配列の組合せを使用したデジタルマイクロアレイプローブ検出。
【図１９】図１９。個々のＤＮＡ分子を計数することによるｍＲＮＡ分子の絶対的定量（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号１８−１９、および１９を開示する）。
【図２０】図２０。ＲＮＡ発現に対するデジタルマイクロアレイ（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号２０−２１、２１、２１、２１および２１を開示する）。
【図２１】図２１。ＤＮＡコピー数に対するデジタルマイクロアレイ。
【図２２】図２２。マイクロＲＮＡに対するデジタルマイクロアレイ。
【図２３Ａ】図２３Ａ。単一細胞着床前遺伝子診断（ＰＧＤ）（ａ）サイクル０、（ｂ）サイクル５、（ｃ）サイクル１０、（ｄ）サイクル１５に対するデジタルマイクロアレイ。
【図２３Ｂ】図２３Ｂは、単一細胞着床前遺伝子診断（ＰＧＤ）のための方法の模式図を示す。
【図２４】図２４。母系循環核酸中の胎児異数性、例えば２１トリソミーを測定するためのデジタルマイクロアレイ。
【図２５】図２５。個々のＤＮＡ分子を計数することによる、ｍＲＮＡ分子の絶対的定量（配列番号２２）。
【図２６】図２６。「不活性な」プライマーでの標識（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号２３−２４、１８、２５−２６、１８、２７−２８、２７、２９−３０、２６および３１を開示し、そして配列番号２４として「ｄＵ１５」を開示する）。
【図２７】図２７。増幅の間、ｃＤＮＡを打ち負かすことからのアーチファクトを防ぐためのエマルジョンＰＣＲ（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号３２−３３、３０、３５−３７、３０、３５および３１を開示し、そして配列番号３４として「ｄＵ１７ｖ」を開示する）。
【図２８】図２８。ホモポリマーのテーリングに頼らない方法（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号３０、３０、２７、２７、３８、２７、３９、２７および４０を開示する）。
【図２９】図２９。直鎖増幅（ｌｉｎｅａｒ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）方法（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号４１、４１、４１、４１−４２および４２を開示する）。
【図３０】図３０。ストランドスイッチングでの標識（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号４１、４１、４１、４１、４３および４３を開示する）。
【図３１】図３１。ランダムプライミングによる標識（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号４４−４６および４６−５８を開示し、それぞれ配列番号２１および４７として「Ｔ２５」および「Ｕ２５」を開示する）。
【図３２】図３２Ａ〜Ｂは、ｃＤＮＡ合成の最適化に対する結果を示す。
【図３３】図３３。核酸分子の確率的標識とその後のＨＣＲ検出の模式図。
【図３４】図３４。ヘアピンＨＣＲオリゴヌクレオチドの確率的標識の模式図。
【図３５】図３５。段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する段階希釈スキームの模式図。
【図３６Ａ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３６Ｂ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３６Ｃ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３６Ｄ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３６Ｅ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３６Ｆ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３６Ｇ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３６Ｈ】図３６Ａ〜Ｈは、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する結果の散布図を示す。
【図３７】図３７は、段階希釈のカナマイシンＲＮＡでの滴定実験に対する相関グラフを示す。
【図３８】図３８。ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験に対する段階希釈スキームの模式図。
【図３９Ａ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図３９Ｂ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図３９Ｃ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図３９Ｄ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図３９Ｅ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図３９Ｆ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図３９Ｇ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図３９Ｈ】図３９Ａ〜Ｈは、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験の結果に対する散布図を示す。
【図４０】図４０は、ＧＡＰＤＨ発現を測定するための段階希釈のヒト肝臓ＲＮＡでの滴定実験に対する相関グラフを示す。
【図４１Ａ−Ｂ】図４１Ａ〜Ｄは、対照の細菌遺伝子の正確な測定に対する結果の散布図を示す。
【図４１Ｃ−Ｄ】図４１Ａ〜Ｄは、対照の細菌遺伝子の正確な測定に対する結果の散布図を示す。
【図４２】図４２は、デジタルＰＣＲ実験によるカナマイシン計数の確証に対する散布図を示す。
【図４３】図４３は、直接細胞可溶化物からのｍＲＮＡ分子の絶対的定量に対する方法の模式図を示す（図は、現れる順で、それぞれ、配列番号５９および１９を開示する）。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４３２】
反応液１：Ｓｔｄ＝対照のＲＮＡ＋１０ｎＭ  ｄＴ２４（配列番号６０）＋逆転写酵素
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４３３】
反応液２：Ｃｈｕｍ＝対照のＲＮＡ＋１０ｎｇポリＡ担体ＲＮＡ＋１０ｎＭ  ｄＴ２４（配列番号６０）＋逆転写酵素
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４３４】
反応液３：Ｂｅａｄ＝対照のＲＮＡ＋ｄＴ４０（配列番号６１）ビーズ１×１０６＋逆転写酵素