【手続補正書】
【提出日】平成27年10月19日(2015.10.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルが、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する個体に由来するもの（ＩＢＤサンプル）であるか、ＩＢＤを有しない個体に由来するもの（非ＩＢＤサンプル）であるかを決定するため、及び／又はサンプルがＩＢＤサンプルと決定された場合にＩＢＤの臨床亜型を決定するための方法であって、
（ａ）前記サンプルを分析して、該サンプル中の、血清学的マーカー、遺伝子マーカー、炎症マーカー、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つ又は複数のマーカーの存在、レベル又は遺伝子型を決定して、マーカープロファイルを得るステップと、
（ｂ）第１のランダムフォレスト統計解析を前記マーカープロファイルに適用して、前記サンプルがＩＢＤサンプルであるか非ＩＢＤサンプルであるかの決定を得るステップと、
（ｃ）ＩＢＤサンプルとして指定された前記サンプルに決定木又はルールセットを適用して、前記ＩＢＤサンプルが不確定サンプルとしてカテゴリー化されるかどうかを決定するステップと、
（ｄ）前記ＩＢＤサンプルが不確定サンプルでない場合に、第２のランダムフォレスト統計解析を前記ＩＢＤサンプルに適用して、ＩＢＤの臨床亜型を決定するステップと、
を含む方法。
【請求項２】
第１のランダムフォレスト統計解析及び第２のランダムフォレスト統計解析のためのマーカーは、独立に、ＡＮＣＡ、ＡＳＣＡ−Ａ、ＡＳＣＡ−Ｇ、ｐＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ２、抗ＦｌａＸ抗体、ＳＡＡ、抗Ｆｌａ２抗体、ＩＣＡＭ、抗ＯｍｐＣ抗体、抗ＣＢｉｒ１抗体、ＶＣＡＭ、ＣＲＰ、ＮＫＸ２−３、ＡＴＧ１６Ｌ１、ＳＴＡＴ３、ＥＣＭ１、ＶＥＧＦ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ｐＡＮＣＡ２の値を決定するためにｐＡＮＣＡの存在又はレベルが使用される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＩＢＤサンプルが、３の四分位数スコアより大きい（＞Ｑ３の）ＡＮＣＡレベルを有し、ｐＡＮＣＡ２陽性であり、＞Ｑ３の抗ＣＢｉｒ１抗体又は抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体又は抗ＦｌａＸ抗体のレベルを有する場合に、前記ＩＢＤサンプルは、決定木又はルールセットを用いて不確定サンプルとしてカテゴリー化される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記ＩＢＤサンプルが、ｐＡＮＣＡ２陽性であり、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体及び抗ＦｌａＸ抗体から選択される３種のマーカーのうちの２種であって＞Ｑ３である２種を発現する場合に、前記ＩＢＤサンプルは、決定木又はルールセットを用いて不確定サンプルとしてカテゴリー化される、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
サンプルが、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する個体に由来するもの（ＩＢＤサンプル）であるか、ＩＢＤを有しない個体に由来するもの（非ＩＢＤサンプル）であるかを決定するため、及び／又はサンプルがＩＢＤサンプルと決定された場合にＩＢＤの臨床亜型を決定するための方法であって、
（ａ）前記サンプルを分析して、少なくとも下記マーカーの各々の存在又はレベル又は遺伝子型を決定して、マーカープロファイルを得るステップと、
（ｉ）次の血清学的マーカー：ＡＳＣＡ−Ａ、ＡＳＣＡ−Ｇ、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、抗ＯｍｐＣ抗体、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗ＦｌａＸ抗体及び抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体の各々の存在又はレベル
（ｉｉ）次の炎症マーカー：ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ及びＣＲＰの各々の存在又はレベル
（ｉｉｉ）次の遺伝子マーカー：ＡＴＧ１６Ｌ１、ＥＣＭ１、ＮＫＸ２−３及びＳＴＡＴ３の各々の遺伝子型
（ｂ）第１のランダムフォレスト統計解析を前記マーカープロファイルに適用して第１のモデルスコアを算出し、該第１のモデルスコアを第１のカットオフ値と比較して、前記サンプルがＩＢＤサンプルであるか非ＩＢＤサンプルであるかの決定を得るステップと、
（ｃ）前記サンプルがＩＢＤサンプルである場合に、前記ＩＢＤサンプルに決定木を適用して、前記ＩＢＤサンプルが不確定サンプルであるかどうかを決定するステップであって、
前記ＩＢＤサンプルが、３の四分位数スコアより大きい（＞Ｑ３の）ＡＮＣＡレベルを有し、ｐＡＮＣＡ２陽性であり、＞Ｑ３の抗ＣＢｉｒ１抗体又は抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体又は抗ＦｌａＸ抗体のレベルを有する場合に、前記ＩＢＤサンプルは不確定サンプルであり、或いは前記ＩＢＤサンプルが、ｐＡＮＣＡ２陽性であり、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体及び抗ＦｌａＸ抗体から選択される３種のマーカーのうちの２種であって＞Ｑ３である２種を発現する場合に、前記ＩＢＤサンプルは不確定サンプルであり、
ｐＡＮＣＡ２の値を決定するためにｐＡＮＣＡの存在又はレベルが使用される、
ステップと、
（ｄ）前記ＩＢＤサンプルが不確定サンプルでない場合に、第２のランダムフォレスト統計解析を前記ＩＢＤサンプルに適用して第２のモデルスコアを算出し、該第２のモデルスコアを第２のカットオフ値と比較してＩＢＤの臨床亜型を決定するステップと、
を含む方法。
【請求項７】
前記血清学的マーカー又は炎症マーカーの各々の存在又はレベルは、独立に、ハイブリダイゼーションアッセイ、増幅ベースのアッセイ、免疫アッセイ、又は免疫組織化学的アッセイを用いて検出される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記遺伝子マーカーの各々の遺伝子型は、独立に、前記遺伝子マーカーの各々における一塩基多型（ＳＮＰ）の有無に関するジェノタイピングによって検出される、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記ＳＮＰは、ＡＴＧ１６Ｌ１のｒｓ２２４１８８０、ＥＣＭ１のｒｓ３７３７２４０、ＮＫＸ２−３のｒｓ１０８８３３６５、及び／又はＳＴＡＴ３のｒｓ７４４１６６である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ＩＢＤの臨床亜型はクローン病（ＣＤ）又は潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
第２のランダムフォレスト統計解析は、（ｉ）前記サンプル中のＡＳＣＡ−Ａ、ＡＳＣＡ−Ｇ、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、抗ＯｍｐＣ抗体、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗ＦｌａＸ抗体、抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体及びＶＥＧＦの存在又はレベル、及び（ｉｉ）前記サンプル中のＥＣＭ１及びＳＴＡＴ３の遺伝子型に基づくものである、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
前記サンプルは、血清、血漿、全血及び便からなる群から選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項１３】
ｐＡＮＣＡ値が０又は＋１である場合にｐＡＮＣＡ２値が陰性である、又は
ｐＡＮＣＡ値が＋２、＋３又は＋４である場合にｐＡＮＣＡ２値が陽性である、
請求項６に記載の方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、
前記ｐＡＮＣＡ２陰性サンプルにおいて、
（ａ）ｐＡＮＣＡ２陰性サンプルがクローン病の直接的な予測となるかどうかを決定するステップであって、該決定は、血清マーカーパネルを測定し、血清マーカーパネルの血清マーカーの各々をカットオフ値と比較して、サンプルがクローン病に一致するかどうかを決定することによって行われ、血清マーカーパネルは、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ及びＯｍｐＣ−ＩｇＡからなる群のメンバーである、ステップ、又は
（ｂ）ｐＡＮＣＡ２陰性サンプルがクローン病に一致するかどうかを決定するステップであって、該決定は、ＣＤ計数パネルを測定してＣＤ計数値を形成することによって行われ、ＣＤ計数パネルは、ＡＳＣＡ−ＩｇＡ、ＡＳＣＡ−ＩｇＧ、ＯｍｐＣ−ＩｇＡ、ＣＢｉｒ１−ＩｇＧ、Ａ４−Ｆｌａ２−ＩｇＧ及びＦｌａＸ−ＩｇＧからなる群のメンバーであり、サンプルは、ＣＤ計数値が２以上である場合にクローン病に一致する、ステップ、又は
（ｃ）ｐＡＮＣＡ値がゼロであるｐＡＮＣＡ２陰性サンプルがＩＢＤに一致するか一致しないかを決定するステップであって、該決定は、ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡを測定し、ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡ値を参照値と比較し、ＣＤ計数値を考慮して、サンプルがＩＢＤに一致するか一致しないかを決定することによって行われる、ステップ、又は
（ｄ）ｐＡＮＣＡ値がゼロであるｐＡＮＣＡ２陰性サンプルがＩＢＤに一致するかどうか又は不確定のＩＢＤであるかどうかを決定するステップであって、該決定は、ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡを測定し、ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡ値を比較し、ＣＤ計数値を考慮して、サンプルがＩＢＤに一致するか一致しないか、又はサンプルがＩＢＤに一致し、クローン病若しくは潰瘍性大腸炎に関して不確定であるかどうかを決定することによって行われる、ステップ、又は
（ｅ）ｐＡＮＣＡ値が１であるｐＡＮＣＡ２陰性サンプルがＩＢＤに一致するか一致しないかを決定するステップであって、該決定は、ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡを測定し、ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡ値をカットオフ値と比較して、サンプルがＩＢＤに一致するか一致しないかを決定することによって行われる、ステップ
をさらに含む方法。
【請求項１５】
上記パート（ａ）において、
ＡＳＣＡ−ＩｇＡの値が６９ＥＵ／ｍＬ以上である、又は
ＡＳＣＡ−ＩｇＧの値が４０ＥＵ／ｍＬ以上である、又は
ＯｍｐＣ−ＩｇＡの値が６０ＥＵ／ｍＬ以上である
場合に、クローン病に一致するものとしてサンプルが指定される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
上記パート（ｂ）において、
下記ｉ〜ｖの決定を行うことによってＣＤ計数値を割り当て、
総ＣＤ計数値が２以上である場合に、サンプルがクローン病に一致すると指定する
ことをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
ｉ．  ＡＳＣＡ−ＩｇＡが８．５ＥＵ／ｍＬ以上である場合にＣＤ計数値に＋１を与える。
ｉｉ．  ＡＳＣＡ−ＩｇＧが１７．８ＥＵ／ｍＬ以上である場合にＣＤ計数値に＋１を与える。
ｉｉｉ．  ＯｍｐＣ−ＩｇＡが１０．９ＥＵ／ｍＬ以上である場合にＣＤ計数値に＋１を与える。
ｉｖ．  ２種以上のフラジェリンマーカーがそれぞれの参照範囲より高い場合にＣＤ計数値に＋１を与える。
ｖ．  任意のフラジェリンが１００ＥＵ／ｍＬ以上である場合にＣＤ計数値に＋１を与える。
【請求項１７】
ＣＢｉｒ１−ＩｇＧの参照値が７８．４ＥＵ／ｍＬ以上である、又は
Ａ４−Ｆｌａ２−ＩｇＧの参照値が４４．８ＥＵ／ｍＬ以上である、又は
ＦｌａＸ−ＩｇＧの参照値が３３．４ＥＵ／ｍＬ以上である、
請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
上記パート（ｃ）において、ｐＡＮＣＡがゼロ（検出されず）である場合、
ｉ．  ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡが２０ＥＵ／ｍＬ未満であるならば、サンプルをＩＢＤに一致しないものとして指定する、又は
ｉｉ．  ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡが２７．４ＥＵ／ｍＬより大きければ、サンプルを潰瘍性大腸炎に一致するものとして指定する、又は
ｉｉｉ．  ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡが２０ＥＵ／ｍＬ以上かつ２７．４ＥＵ／ｍＬ以下であり、ＣＤ計数値がゼロであるならば、サンプルをＩＢＤに一致しないものとして指定する、又は
ｉｖ．  ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡが２０ＥＵ／ｍＬ以上かつ２７．４ＥＵ／ｍＬ以下であり、ＣＤ計数値が１であるならば、サンプルを、ＩＢＤに一致するが、クローン病又は潰瘍性大腸炎に関して不確定であるものとして指定する
ことをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
ｐＡＮＣＡが１である場合、
ｉ．  ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡが１３．７ＥＵ／ｍＬ未満であるならば、サンプルをＩＢＤに一致しないものとして指定する、又は
ｉｉ．  ＡＮＣＡ  ＥＬＩＳＡが１３．７ＥＵ／ｍＬ以上であるならば、サンプルを潰瘍性大腸炎に一致するものとして指定する
ことをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
サンプルが、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する個体に由来するもの（ＩＢＤサンプル）であるか、ＩＢＤを有しない個体に由来するもの（非ＩＢＤサンプル）であるかを決定するため、及び／又はサンプルがＩＢＤサンプルと決定された場合にＩＢＤの臨床亜型を決定するための方法であって、
（ａ）前記サンプルを分析して、少なくとも下記マーカーの各々の存在又はレベル又は遺伝子型を決定して、マーカープロファイルを得るステップと、
（ｉ）次の血清学的マーカー：ＡＳＣＡ−Ａ、ＡＳＣＡ−Ｇ、ＡＮＣＡ、ｐＡＮＣＡ、抗ＯｍｐＣ抗体、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗ＦｌａＸ抗体及び抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体の各々の存在又はレベル
（ｉｉ）次の炎症マーカー：ＶＥＧＦ、ＩＣＡＭ、ＶＣＡＭ、ＳＡＡ及びＣＲＰの各々の存在又はレベル
（ｉｉｉ）次の遺伝子マーカー：ＡＴＧ１６Ｌ１、ＥＣＭ１、ＮＫＸ２−３及びＳＴＡＴ３の各々の遺伝子型
（ｂ）第１のランダムフォレスト統計解析を前記マーカープロファイルに適用して、前記サンプルがＩＢＤサンプルであるか非ＩＢＤサンプルであるかを少なくとも７０％の感度で決定するステップと、
（ｃ）前記サンプルがＩＢＤサンプルである場合に、前記ＩＢＤサンプルに決定木を適用して、前記ＩＢＤサンプルが不確定サンプルであるかどうかを決定するステップであって、
前記ＩＢＤサンプルが、３の四分位数スコアより大きい（＞Ｑ３の）ＡＮＣＡレベルを有し、ｐＡＮＣＡ２陽性であり、＞Ｑ３の抗ＣＢｉｒ１抗体又は抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体又は抗ＦｌａＸ抗体のレベルを有する場合に、前記ＩＢＤサンプルは不確定サンプルであり、或いは前記ＩＢＤサンプルが、ｐＡＮＣＡ２陽性であり、抗ＣＢｉｒ１抗体、抗Ａ４−Ｆｌａ２抗体及び抗ＦｌａＸ抗体から選択される３種のマーカーのうちの２種であって＞Ｑ３である２種を発現する場合に、前記ＩＢＤサンプルは不確定サンプルであり、
ｐＡＮＣＡ２の値を決定するためにｐＡＮＣＡの存在又はレベルが使用される、
ステップと、
（ｄ）前記ＩＢＤサンプルが不確定サンプルでない場合に、第２のランダムフォレスト統計解析を前記ＩＢＤサンプルに適用して、ＩＢＤの臨床亜型を、クローン病（ＣＤ）については少なくとも８５％の感度で、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）については少なくとも９５％の感度で決定するステップと、
を含む方法。