【手続補正書】
【提出日】平成27年9月9日(2015.9.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチド基質が、配列Ｎ１−Ｎ２−Ｎ３−Ｎ４−Ｎ５−Ｎ６−Ｎ７−Ｎ８−ｒＲ−ｒＹ−Ｎ９−Ｎ１０−Ｎ１１−Ｎ１２−Ｎ１３−Ｎ１４−Ｎ１５
（式中、
ｒＲは、プリンリボヌクレオチドであり、
ｒＹは、ピリミジンリボヌクレオチドであり、
Ｎ１〜Ｎ１５のそれぞれは、ヌクレオチドであり、
Ｎ５〜Ｎ１３のうち６個以上は、シトシンヌクレオチドであり、
Ｎ９は、シトシンヌクレオチドであり、かつ
Ｎ９〜Ｎ１５のうち３個未満は、グアニンヌクレオチドがある）
を含む、触媒核酸酵素に対する単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項２】
前記ポリヌクレオチド基質が、配列番号２５〜２７、２９〜３０、３３、７２〜９０、または１７２〜１７５のいずれか１つにより定義される配列を含むかまたはその配列で構成される、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項３】
Ｎ５〜Ｎ１３のうち７個以上がシトシンヌクレオチドである、請求項１または請求項２に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項４】
Ｎ５〜Ｎ１３のうち７個以上が、シトシンヌクレオチドであり、かつ前記ポリヌクレオチド基質が、配列番号２９、７３、７６〜８０、８２〜８３、８５〜９０、または１７２〜１７５のいずれか１つにより定義される配列を含むかまたはその配列で構成される、請求項３に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項５】
Ｎ４〜Ｎ１３のうち７個以上がシトシンヌクレオチドである、請求項１または請求項２に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項６】
Ｎ４〜Ｎ１３のうち７個以上が、シトシンヌクレオチドであり、かつ前記ポリヌクレオチド基質が、配列番号２７、２９、７３、７６〜８３、８５〜９０、または１７２〜１７５のいずれか１つにより定義される配列を含むかまたはその配列で構成される、請求項５に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項７】
Ｎ１、Ｎ２、および／またはＮ８のいずれか１つ以上がシトシンヌクレオチドである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項８】
Ｎ８およびＮ９が、シトシンヌクレオチドであり、かつ前記ポリヌクレオチド基質が、配列番号２５〜２６、２９〜３０、７２〜９０、または１７２〜１７５のいずれか１つにより定義される配列を含むかまたはその配列で構成される、請求項７に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項９】
Ｎ９〜Ｎ１５のうち２個、１個、または０個が、グアニンヌクレオチドである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１０】
Ｎ９〜Ｎ１５のうち１または０個が、グアニンヌクレオチドであり、かつ前記ポリヌクレオチド基質が、配列番号２５〜２７、２９〜３０、３３、７２〜８０、８２〜９０、または１７２〜１７５のいずれか１つにより定義される配列を含むかまたはその配列で構成される、請求項９に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１１】
Ｎ１〜Ｎ１５のうち１０個超、１１個超、１２個超、または１３個超がピリミジンヌクレオチドである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１２】
Ｎ１〜Ｎ１５のうち１１個、１２個、または１２個超が、ピリミジンヌクレオチドであり、かつ前記ポリヌクレオチド基質が、いずれか１つの配列番号２５〜２７、２９、３３、７３〜９０、または１７３〜１７５により定義される配列を含むかまたはその配列で構成される、請求項１１に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１３】
前記ポリヌクレオチド基質を検出するための検出可能標識をさらに含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１４】
検出可能部分とクエンチャー部分とをさらに含み、前記検出可能部分により提供される検出可能作用が、前記触媒核酸酵素による前記ポリヌクレオチド基質の修飾により増大または低減される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１５】
（ｉ）前記プリンリボヌクレオチドがグアニンを含み；
（ｉｉ）  前記ピリミジンリボヌクレオチドがウラシルを含み；または
（ｉｉｉ）前記プリンリボヌクレオチドがグアニンを含み、前記ピリミジンリボヌクレオチドがウラシルを含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１６】
前記触媒核酸酵素が、
（ａ）多成分核酸酵素（ＭＮＡザイム）、ここで、前記部分は、前記ＭＮＡザイムの少なくとも１つの基質アームに結合する、または
（ｂ）ＤＮＡザイム
である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質。
【請求項１７】
（ａ）２つ以上のオリゴヌクレオチドパートザイムを提供することと、ただし、少なくとも第１のオリゴヌクレオチドパートザイムおよび第２のオリゴヌクレオチドパートザイムは、前記標的の存在下で自己集合して少なくとも第１の触媒活性多成分核酸酵素（ＭＮＡザイム）を形成する、
（ｂ）請求項１〜１６のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質を提供することと、前記ポリヌクレオチド基質は、前記第１のＭＮＡザイムによる修飾が可能であり、前記ＭＮＡザイムによる前記ポリヌクレオチド基質の修飾は、検出可能作用を提供する、
（ｃ）（１）前記少なくとも第１のＭＮＡザイムの自己集合と、
（２）前記少なくとも第１のＭＮＡザイムの触媒活性と、
を可能にする条件下で、前記２つ以上のオリゴヌクレオチドパートザイムと前記標的を推定上含有するサンプルとを接触させることと、
（ｄ）前記検出可能作用を検出することと、
を含む、少なくとも１つの標的の存在を検出する方法。
【請求項１８】
前記第１および第２のオリゴヌクレオチドパートザイムが、
配列番号９および配列番号１０、配列番号１１および配列番号１２、配列番号１３および配列番号１４、配列番号１６および配列番号１４、配列番号１７および配列番号１８、配列番号４０および配列番号４１、配列番号４２および配列番号４３、配列番号４４および配列番号４５、配列番号４６および配列番号４５、配列番号４７および配列番号６３、配列番号４８および配列番号４９、配列番号５０および配列番号５１、配列番号５２および配列番号５１、配列番号３８および配列番号５５、配列番号５６および配列番号５７、配列番号５８および配列番号５９、配列番号６０および配列番号６１、配列番号６２および配列番号６３、配列番号６４および配列番号６５、配列番号６６および配列番号６７、配列番号６２および配列番号６８、配列番号６９および配列番号７０、配列番号４６および配列番号５５、配列番号４６および配列番号５９、配列番号３８および配列番号４５、配列番号５８および配列番号４５、配列番号６２および配列番号４５、配列番号４６および配列番号６３、配列番号７１および配列番号６８、配列番号９８および配列番号９９、配列番号１００および配列番号１０３、配列番号１０４および配列番号１０５、配列番号１０６および配列番号１０７、配列番号１０８および配列番号１０９、配列番号１１０および配列番号１１１、配列番号１１２および配列番号１１３、配列番号１１６および配列番号１１７、配列番号１１８および配列番号１１９、配列番号１２０および配列番号１２１、配列番号１２２および配列番号１１９、配列番号１５５および配列番号１５６、配列番号１５７および配列番号１５８、配列番号１５９および配列番号１６０、配列番号１６８および配列番号１６９、配列番号１７９および配列番号１８０、配列番号１８１および配列番号１８２、配列番号１８３および配列番号１８４、または配列番号１８５および配列番号１８６
により定義されるそれぞれの配列を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
パート（ｄ）での前記検出が、蛍光分光法、表面プラズモン共鳴法、質量分析法、ＮＭＲ法、電子スピン共鳴法、偏光蛍光分光法、円二色性法、免疫アッセイ法、クロマトグラフィー法、放射測定法、電気化学的方法、測光法、シンチグラフィー法、電子的方法、ＵＶ、可視光、もしくは赤外の分光法、酵素法、またはそれらの任意の組合せの使用を含む、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２０】
請求項１〜１６のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド基質と、前記ポリヌクレオチド基質の触媒修飾が可能な触媒核酸酵素を含むキット。
【請求項２１】
請求項１〜１６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド基質に結合された固体担体を含む集合体。