【手続補正書】
【提出日】平成27年9月7日(2015.9.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
薬物誘発心臓毒性を引き起こすか、又はこれを引き起こす危険性がある薬物を同定する方法であって、（i）薬物による処置の前に得られる第1の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーの発現レベルを、（ii）薬物による処置の後で得られる第2の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーの発現レベルと比較するステップを含み、1種以上のバイオマーカーは、CCDC47、1A69、1C17、ACBD3、ACLY、ACTR2、ANXA6、ANXA7、AP2A1、ARCN1、ASNA1、ATAD3A、ATP5A、ATP5B、ATP5D、ATP5F1、ATP5H、ATPIF1、BSG、C14orf166、CA2D1、CAPN1、CAPZA2、CARS、CCDC22、CCT7、CLIC4、CMPK1、CNN2、CO1A2、CO6A1、COTL1、COX6B1、CRTAP、CS010、CTSA、CTSB、CYB5、DDX1、DDX17、DDX18、DLD、EDIL3、EHD2、EIF4A3、ENO2、EPHX1、ETFA、FERMT2、FINC、FKB10、FKBP2、FLNC、G3BP2、GOLGA3、GPAT1、GPSN2、GRP75、GRP78、HMOX1、HNRNPD、HNRNPH1、HNRPG、HPX、HSP76、HSP90AB1、HSPA1A、HSPA4、HSPA9、IBP7、IDH1、IQGAP1、ITB1、ITGB1、KARS、KIF5B、KPNA3、KPNB1、LAMC1、LGALS1、LMO7、M6PRBP1、MACF1、MAP1B、MARS、MDH1、MPR1、MTHFD1、MYH10、NCL、NHP2L1、NUCB1、OLA1、P08621、P3H1、P4HA2、P4HB、SEC61A1 (P61619)、PAI1、PAPSS2、PCBP2、PDCD6、PDIA1、PDIA3、PDIA3、PDIA4、PDLIM7、PEBP1、PFKM、PH4B、PLIN2、POFUT1、PRKDC、PSMA1、PSMA7、PSMD12、PSMD3、PSMD4、PSMD6、PSME2、PTBP1、PTX3、Q9BQE5、Q9Y262、RAB1B、RP515A、RPL32、RPL7A、RPL8、RPS25、RPS6、RRAS2、RRP1、SAR1B、SDHA、SENP1、SEPT11、SEPT7、SERPH、SERPINE1、SFRS2、SH3BGRL、SNRPB、SNX12、SOD1、SPRC、ST13、SUB1、SYNCRIP、TAGLN、TAZ、TGM2、TIMP1、TLN1、TPM4、TRAP1、TSP1、TTLL12、TXNDC12、UBA1C、UGDH、UGP2、UQCRH、VAMP3、及びVAPAからなる群から選択され、第1のサンプルと比較した、第2のサンプル中の1種以上のバイオマーカーの発現レベルのモジュレーションは、該薬物が、薬物誘発心臓毒性を引き起こすか、又はこれを引き起こす危険性があることの指標である、上記方法。
【請求項２】
薬物誘発心臓毒性を軽減又は予防しうるレスキュー薬を同定する方法であって、（i）心臓毒性誘発薬物による処置の前に得られる第1の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーの発現の正常レベルを決定するステップ、（ii）心臓毒性誘発薬物による処置の後で得られる第2の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーの発現の処置レベルを決定して、処置細胞サンプルにおける発現の変化を有する1種以上のバイオマーカーを同定するステップ、（iii）心臓毒性誘発薬物及びレスキュー薬による処置の後で得られる第3の細胞サンプル中に存在する、心臓毒性誘発薬物で処置したサンプルにおいて発現レベルが変化した1種以上のバイオマーカーの発現レベルを決定するステップ、並びに（iv）第3のサンプル中で決定した1種以上のバイオマーカーの発現レベルを、第1のサンプル中に存在する1種以上のバイオマーカーの発現レベルと比較するステップを含み、1種以上のバイオマーカーは、CCDC47、1A69、1C17、ACBD3、ACLY、ACTR2、ANXA6、ANXA7、AP2A1、ARCN1、ASNA1、ATAD3A、ATP5A、ATP5B、ATP5D、ATP5F1、ATP5H、ATPIF1、BSG、C14orf166、CA2D1、CAPN1、CAPZA2、CARS、CCDC22、CCT7、CLIC4、CMPK1、CNN2、CO1A2、CO6A1、COTL1、COX6B1、CRTAP、CS010、CTSA、CTSB、CYB5、DDX1、DDX17、DDX18、DLD、EDIL3、EHD2、EIF4A3、ENO2、EPHX1、ETFA、FERMT2、FINC、FKB10、FKBP2、FLNC、G3BP2、GOLGA3、GPAT1、GPSN2、GRP75、GRP78、HMOX1、HNRNPD、HNRNPH1、HNRPG、HPX、HSP76、HSP90AB1、HSPA1A、HSPA4、HSPA9、IBP7、IDH1、IQGAP1、ITB1、ITGB1、KARS、KIF5B、KPNA3、KPNB1、LAMC1、LGALS1、LMO7、M6PRBP1、MACF1、MAP1B、MARS、MDH1、MPR1、MTHFD1、MYH10、NCL、NHP2L1、NUCB1、OLA1、P08621、P3H1、P4HA2、P4HB、SEC61A1 (P61619)、PAI1、PAPSS2、PCBP2、PDCD6、PDIA1、PDIA3、PDIA3、PDIA4、PDLIM7、PEBP1、PFKM、PH4B、PLIN2、POFUT1、PRKDC、PSMA1、PSMA7、PSMD12、PSMD3、PSMD4、PSMD6、PSME2、PTBP1、PTX3、Q9BQE5、Q9Y262、RAB1B、RP515A、RPL32、RPL7A、RPL8、RPS25、RPS6、RRAS2、RRP1、SAR1B、SDHA、SENP1、SEPT11、SEPT7、SERPH、SERPINE1、SFRS2、SH3BGRL、SNRPB、SNX12、SOD1、SPRC、ST13、SUB1、SYNCRIP、TAGLN、TAZ、TGM2、TIMP1、TLN1、TPM4、TRAP1、TSP1、TTLL12、TXNDC12、UBA1C、UGDH、UGP2、UQCRH、VAMP3、及びVAPAからなる群から選択され、第1のサンプルと比較して、第3のサンプル中の1種以上のバイオマーカーの正常化された発現レベルは、レスキュー薬が、薬物誘発心臓毒性を軽減又は予防しうることの指標である、上記方法。
【請求項３】
1種以上のバイオマーカーが、TIMP1、PTX3、HSP76、FINC、CYB5、PAI1、IBP7 （IGFBP7)、1C17、EDIL3、HMOX1、NUCB1、CS010、及びHSPA4からなる群より選択される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
薬物誘発心臓毒性が、心筋症、心不全、心房細動、心筋症及び心不全、心不全及びLV（左心室）機能不全、心房粗動及び細動、又は心臓弁障害及び心不全である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
細胞サンプルが、心筋細胞又は糖尿病性心筋細胞である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項６】
薬物が、抗癌薬、糖尿病薬、神経薬、又は抗炎症薬であり、
場合により薬物が、アントラサイクリン、5-フルオロウラシル、シスプラチン、トラスツズマブ、ゲムシタビン、ロシグリタゾン、ピオグリタゾン、トログリタゾン、カベルゴリン、ペルゴリド、スマトリプタン、ビスホスホネート、又はTNFアンタゴニストである、
請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
薬物誘発毒性のモジュレーターを同定する方法であって、
（1）薬物誘発毒性の特徴的な側面を表すために、薬物誘発毒性に関連する細胞を用いて薬物誘発毒性のモデルを確立するステップ、
（2）上記薬物誘発毒性のモデルから第1のデータセットを取得するステップであって、第1のデータセットが、薬物誘発毒性に関連する細胞に特徴的なゲノミクス、リピドミクス、プロテオミクス、メタボロミクス、トランスクリプトミクス、及び一塩基多型（SNP）データのうち1種以上を表す、上記ステップ、
（3）上記薬物誘発毒性のモデルから第2のデータセットを取得するステップであって、第2のデータセットが、薬物誘発毒性に関連する細胞の機能活性又は細胞応答を表す、上記ステップ、
（4）第1のデータセット及び第2のデータセットのみに基づき、プログラムされた計算装置を用いて、ゲノミクス、リピドミクス、プロテオミクス、メタボロミクス、トランスクリプトミクス、及び一塩基多型（SNP）データのうち1種以上の発現レベル、並びに機能活性又は細胞応答の間でコンセンサス因果関係ネットワークを作成するステップであって、コンセンサス因果関係ネットワークの作成が、第1のデータセット及び第2のデータセット以外のいかなる公知の生物学的関係性にも基づくものではない、上記ステップ、
（5）上記コンセンサス因果関係ネットワークから、薬物誘発毒性に特有の因果関係を同定するステップであって、特有の因果関係に関連する遺伝子、脂質、タンパク質、代謝物、転写物又はSNPが、薬物誘発毒性のモジュレーターとして同定される、上記ステップ
を含む方法。
【請求項８】
細胞の機能活性又は細胞応答を表す第2のデータセットが、薬物誘発毒性に関連する細胞の、生体エネルギー、細胞増殖、アポトーシス、オルガネラ機能、ATP、ROS、OXPHOS及びSeahorseアッセイから選択される機能モデルによって実現される遺伝子型-表現型相関性、網羅的酵素活性、並びに酵素代謝基質に対する網羅的酵素活性の影響の1以上を含み、
場合により、網羅的酵素活性が網羅的キナーゼ活性であり、酵素代謝基質に対する網羅的酵素活性の影響がホスホプロテオームである、
請求項７に記載の方法。
【請求項９】
第1のデータセットが、ゲノミクス、リピドミクス、プロテオミクス、メタボロミクス、トランスクリプトミクス、及び一塩基多型（SNP）データのうち2種以上を含む、請求項１、２及び７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
ステップ（4）が、人工知能（AI）に基づくインフォマティクスプラットフォームにより行われ、
場合によりAIに基づくインフォマティクスプラットフォームがREFS(商標)を含み、
場合によりAIに基づくインフォマティクスプラットフォームが、統計的カットオフポイントを適用せずに、第1のデータセット及び第2のデータセットから入力された全てのデータを受け取る、
請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
ステップ（4）において確立されたコンセンサス因果関係ネットワークが、入力データに基づくin silicoシミュレーションにより、ステップ（5）の前にシミュレーション因果関係ネットワークへと更に精緻化されて、コンセンサス因果関係ネットワーク内の1種以上の因果関係のための予測の信頼レベルをもたらす、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
特有の因果関係が、細胞において特有に存在し、適合する対照細胞において存在しない、差次的因果関係ネットワークの一部として同定される、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
同定される特有の因果関係が、遺伝子の発現と脂質のレベル；遺伝子の発現と転写物のレベル；遺伝子の発現と代謝物のレベル；第1の遺伝子の発現と第2の遺伝子の発現；遺伝子の発現とSNPの存在；遺伝子の発現と機能活性；脂質のレベルと転写物のレベル；脂質のレベルと代謝物のレベル；第1の脂質のレベルと第2の脂質のレベル；脂質のレベルとSNPの存在；脂質のレベルと機能活性；第1の転写物のレベルと第2の転写物のレベル；転写物のレベルと代謝物のレベル；転写物のレベルとSNPの存在；第1の転写物のレベルと機能活性；第1の代謝物のレベルと第2の代謝物のレベル；代謝物のレベルとSNPの存在；代謝物のレベルと機能活性；第1のSNPのレベルと第2のSNPの存在；及びSNPの存在と機能活性、からなる群より選択される少なくとも1対の間の関係性である、請求項７に記載の方法。
【請求項１４】
機能活性が、生体エネルギー、細胞増殖、アポトーシス、オルガネラ機能、キナーゼ活性、プロテアーゼ活性、並びにATP、ROS、OXPHOS及びSeahorseアッセイから選択される機能モデルによって実現される遺伝子型-表現型相関性からなる群より選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
薬物誘発毒性において同定された特有の因果関係を検証するステップをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１６】
薬物誘発毒性が、薬物誘発心臓毒性、肝毒性、腎臓毒性、神経毒性、腎毒性、又は筋毒性であり、
場合により、薬物誘発心臓毒性が、心筋症、心不全、心房細動、心筋症及び心不全、心不全及びLV（左心室）機能不全、心房粗動及び細動、又は心臓弁障害及び心不全である、
請求項７に記載の方法。
【請求項１７】
薬物誘発毒性のモデルが、細胞心筋細胞、糖尿病性心筋細胞、肝細胞、腎臓細胞、神経細胞、腎細胞、又は筋芽細胞を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１８】
薬物誘発毒性のモデルが、毒性誘発薬物、抗癌薬、糖尿病薬、神経薬、又は抗炎症薬を含み、
場合により、薬物が、アントラサイクリン、5-フルオロウラシル、シスプラチン、トラスツズマブ、ゲムシタビン、ロシグリタゾン、ピオグリタゾン、トログリタゾン、カベルゴリン、ペルゴリド、スマトリプタン、ビスホスホネート、又はTNFアンタゴニストである、
請求項７に記載の方法。
【請求項１９】
対象において薬物誘発心臓毒性を緩和、軽減又は予防するための医薬の製造における、請求項２に記載の方法により同定されるレスキュー薬の使用。
【請求項２０】
対象が、哺乳動物、ヒト、又は非ヒト動物である、請求項１９に記載の使用。
【請求項２１】
対象が、心臓毒性誘発薬物で既に処置されている、心臓毒性誘発薬物による対象の処置と同時である、又は心臓毒性誘発薬物による対象の処置の前である、請求項１９に記載の使用。
【請求項２２】
レスキュー薬がコエンザイムQ10である、請求項１９に記載の使用。
【請求項２３】
レスキュー薬がコエンザイムQ10ではない、請求項１９に記載の使用。
【請求項２４】
薬物誘発心臓毒性について対象をモニタリングすることをさらに含む、請求項１９に記載の使用。
【請求項２５】
薬物誘発毒性を引き起こすか、又はこれを引き起こす危険性がある薬物を同定する方法であって、（i）薬物による処置の前に得られる第1の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーのレベルを、（ii）薬物による処置の後で得られる第2の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーのレベルと比較するステップを含み、1種以上のバイオマーカーは、請求項７〜１８のいずれか１項に記載の方法により同定されたモジュレーターから選択され、第1のサンプルと比較した、第2のサンプル中の1種以上のバイオマーカーのレベルのモジュレーションは、該薬物が、薬物誘発毒性を引き起こすか、又はこれを引き起こす危険性があることの指標である、上記方法。
【請求項２６】
薬物誘発毒性を軽減又は予防しうるレスキュー薬を同定する方法であって、（i）毒性誘発薬物による処置の前に得られる第1の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーの正常レベルを決定するステップ、（ii）毒性誘発薬物による処置の後で得られる第2の細胞サンプル中に存在する、1種以上のバイオマーカーの処置レベルを決定して、処置細胞サンプルにおけるレベルの変化を有する1種以上のバイオマーカーを同定するステップ、（iii）毒性誘発薬物及びレスキュー薬による処置の後で得られる第3の細胞サンプル中に存在する、毒性誘発薬物で処置したサンプルにおいてレベルが変化した1種以上のバイオマーカーのレベルを決定するステップ、並びに（iv）第3のサンプル中で決定した1種以上のバイオマーカーのレベルを、第1のサンプル中に存在する1種以上のバイオマーカーのレベルと比較するステップを含み、1種以上のバイオマーカーは、請求項７〜１８のいずれか１項に記載の方法により同定されたモジュレーターから選択され、第1のサンプルと比較して、第3のサンプル中の1種以上のバイオマーカーの正常化されたレベルは、レスキュー薬が、薬物誘発毒性を軽減又は予防しうることの指標である、上記方法。
【請求項２７】
対象において薬物誘発毒性を緩和、軽減又は予防するための医薬の製造における、請求項２６に記載の方法により同定されるレスキュー薬の使用。