【手続補正書】
【提出日】平成26年11月27日(2014.11.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するためのアッセイシステムであって、該アッセイシステムは、結腸直腸がん再発に関連する予後遺伝的プロファイルの量的な発現について患者試料を分析するように適合させられており、該プロファイルは、配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列の発現を含む、アッセイシステム。
【請求項２】
配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列の量的な発現を分析するように適合させられた、請求項１に記載のアッセイシステム。
【請求項３】
配列番号６〜２３の核酸配列の少なくとも１つの発現を量的に分析するようにさらに適合させられた、請求項１に記載のアッセイシステム。
【請求項４】
請求項１に記載のアッセイシステムを含むデバイス。
【請求項５】
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムであって、該分析システムは、患者の試料から得られた遺伝子発現データを予後の基準：Ｉｆ  ［（（（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  １／ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ３）  Ｘ  ＳＥＱ  ＩＤ
ＮＯ  ５）  −  （（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ２／ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ４）  Ｘ  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ３））  ≧  −４．４７７７］  ｔｈｅｎ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅに適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含む、分析システム。
【請求項６】
請求項５に記載の分析システムを含むデバイス。
【請求項７】
請求項１に記載のアッセイシステムおよび請求項５に記載の分析システムを含むデバイス。
【請求項８】
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムであって、該分析システムは、患者の試料から得られた遺伝子発現データを予後の基準：Ｉｆ  ＲＵＬＥ  ＵＳＩＮＧ  ＳＥＱ  ＩＤＳ  １−２３  ｔｈｅｎ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅに適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含む、分析システム。
【請求項９】
デバイスまたはキットであって、
ａ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列のそれぞれの少なくともコード配列を表す、単離および精製されたポリヌクレオチド、
ｂ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列のそれぞれの単離ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、もしくはｇＤＮＡ分子、
ｃ）ａ）もしくはｂ）の相補体もしくは部分、
ｄ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）を増幅するように設計された増幅プローブ、または
ｅ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）の発現を分析するように設計されたハイブリダイゼーションプローブ
を含み、結腸直腸がん再発の危険性を決定するように適合させられている、デバイスまたはキット。
【請求項１０】
配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列を含有する予後結腸直腸がん遺伝子プロファイルの発現の量的な分析に適合させられているプローブを含むマトリックス。
【請求項１１】
請求項１０に記載のマトリックスを含む結腸直腸がん予後核酸マイクロアレイ。
【請求項１２】
決定された患者の遺伝子発現のレベルを該患者における結腸直腸がん再発の危険性の予測の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列を含有する予後結腸直腸がん遺伝子プロファイルのそれぞれの遺伝子について決定された該患者の発現のレベルを請求項５に記載の分析システムに提供する工程、ならびに
ｂ）遺伝子発現について決定された該患者のレベルを該分析システムにおける基準に適用する工程、
を含み、ここで、−４．４７７７以上である工程ｂ）の結果は、該患者における結腸直腸がん再発の相対的に高い危険性を示す、方法。
【請求項１３】
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムであって、該分析システムは、患者の試料から得られた量的な遺伝子発現データを、配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列のすべてまたはサブセットからなる結腸直腸がん予後遺伝子プロファイルから導き出された予後の基準に適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含む、分析システム。
【請求項１４】
決定された患者の遺伝子発現のレベルを該患者における結腸直腸がん再発の危険性の予測の指標とする方法であって、
ａ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列を含有する予後結腸直腸がん遺伝子プロファイルのそれぞれの遺伝子について決定された該患者の発現のレベルを、請求項１３に記載の分析システム、または導き出された基準のサブセットに提供する工程、ならびに
ｂ）遺伝子発現について決定された該患者のレベルを該分析システムにおける該基準に適用する工程、
を含み、ここで、−４．４７７７以上である工程ｂ）の結果は、該患者における結腸直腸がん再発の相対的に高い危険性を示す、方法。
【請求項１５】
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するためのアッセイシステムであって、該アッセイシステムは、結腸直腸がん再発に関連する予後遺伝的プロファイルの量的な発現について患者試料を分析するように適合させられており、該プロファイルは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列の発現を含む、アッセイシステム。
【請求項１６】
請求項１５に記載のアッセイシステムであって、該アッセイシステムは、前記患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するように適合させられており、該アッセイシステムは、該患者の試料から得られた遺伝子発現データを１つ以上の予後の基準に適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含み、該予後の基準は、
１  ＩＦ  ［（（（ＳＥＱ  ＩＤ  １／ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ５）−（（ＳＥＱ  ＩＤ  ２／ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））≧−４．４７７７］  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
２  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  １）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  ９０．１６９５５６  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
３  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  １４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ８）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））］  ＞＝  ０．０８７２９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
４  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １９）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  ７．５００７１３  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
５  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ２）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  １４．３４５７８０  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
６  ＩＦ  ［（ＳＥＱ  ＩＤ  ７  ／  （ＳＥＱ  ＩＤ  １８  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ８  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４）））］  ＞＝  ０．０４９０８２  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
７  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  １  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４））］  ＞＝  ０．３０５０９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥおよび
８  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  １４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  １１０．７６９３１８  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
を含む、アッセイシステム。
【請求項１７】
デバイスであって、
ａ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの少なくともコード配列を表す、単離および精製されたポリヌクレオチド、
ｂ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの単離ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、もしくはｇＤＮＡ分子、
ｃ）ａ）もしくはｂ）の相補体もしくは部分、
ｄ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）を増幅するように設計された増幅プローブ、または
ｅ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）の発現を分析するように設計されたハイブリダイゼーションプローブ
を含み、結腸直腸がん再発の危険性を決定するように適合させられている、デバイス。
【請求項１８】
キットであって、
ａ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの少なくともコード配列を表す、単離および精製されたポリヌクレオチド、
ｂ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの単離ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、もしくはｇＤＮＡ分子、
ｃ）ａ）もしくはｂ）の相補体もしくは部分、
ｄ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）を増幅するように設計された増幅プローブ、または
ｅ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）の発現を分析するように設計されたハイブリダイゼーションプローブ
を含み、結腸直腸がん再発の危険性を決定するように適合させられている、キット。
【請求項１９】
予後遺伝的プロファイルの量的な発現を患者における結腸直腸がん再発の危険性の予測の指標とする方法であって、
ａ）患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムを提供する工程であって、該分析システムは、結腸直腸がん再発に関連する予後遺伝的プロファイルの量的な発現について患者試料を分析するように適合させられており、該プロファイルは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列の発現を含む、工程、ならびに
ｂ）遺伝子発現について決定された患者のレベルを１つ以上の予後の基準に適用する工程であって、該予後の基準は、
１  ＩＦ  ［（（（ＳＥＱ  ＩＤ  １／ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ５）−（（ＳＥＱ  ＩＤ  ２／ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））  ≧  −４．４７７７］  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
２  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  １）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ
４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  ９０．１６９５５６  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
３  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  １４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ８）  ＊  （ＳＥＱ  Ｉ
Ｄ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））］  ＞＝  ０．０８７２９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
４  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １９）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  ７．５００７１３  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
５  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ２）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ
４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  １４．３４５７８０  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
６  ＩＦ  ［（ＳＥＱ  ＩＤ  ７  ／  （ＳＥＱ  ＩＤ  １８  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ
８  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４）））］  ＞＝  ０．０４９０８２  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
７  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ
１  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４））］  ＞＝  ０．３０５０９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥおよび
８  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ
１４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  １１０．７６９３１８  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
を含む、工程、
を含み、ここで、１つ以上の予後の基準を満たすことは、該患者における結腸直腸がん再発の危険性を示す、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
そのため、当業者は、本開示が基礎を置く概念が、本発明のいくつかの目的を実行するために、他の構造、方法、およびシステムを設計するための基礎として容易に利用されてもよいことを認識するであろう。そのため、請求項は、本発明の精神および範囲から逸脱しない限り、そのような等価な構造を含むものと見なされることが重要である。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するためのアッセイシステムであって、該アッセイシステムは、結腸直腸がん再発に関連する予後遺伝的プロファイルの量的な発現について患者試料を分析するように適合させられており、該プロファイルは、配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列の発現を含む、アッセイシステム。
（項目２）
配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列の量的な発現を分析するように適合させられた、項目１に記載のアッセイシステム。
（項目３）
配列番号６〜２３の核酸配列の少なくとも１つの発現を量的に分析するようにさらに適合させられた、項目１に記載のアッセイシステム。
（項目４）
項目１に記載のアッセイシステムを含むデバイス。
（項目５）
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムであって、アッセイシステムは、患者の試料から得られた遺伝子発現データを予後の基準：Ｉｆ  ［（（（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  １／ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ３）  Ｘ  ＳＥＱ  ＩＤ
ＮＯ  ５）  −  （（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ２／ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ４）  Ｘ  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ  ３））  ≧  −４．４７７７］  ｔｈｅｎ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅに適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含む、分析システム。
（項目６）
項目５に記載の分析システムを含むデバイス。
（項目７）
項目６に記載のアッセイシステムおよび項目５に記載の分析システムを含むデバイス。
（項目８）
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムであって、アッセイシステムは、患者の試料から得られた遺伝子発現データを予後の基準：Ｉｆ  ＲＵＬＥ  ＵＳＩＮＧ  ＳＥＱ  ＩＤＳ  １−２３  ｔｈｅｎ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅに適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含む、分析システム。
（項目９）
デバイスまたはキットであって、
ａ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列のそれぞれの少なくともコード配列を表す、単離および精製されたポリヌクレオチド、
ｂ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列のそれぞれの単離ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、もしくはｇＤＮＡ分子、
ｃ）ａ）もしくはｂ）の相補体もしくは部分、
ｄ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）を増幅するように設計された増幅プローブ、または
ｅ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）の発現を分析するように設計されたハイブリダイゼーションプローブ
を含み、結腸直腸がん再発の危険性を決定するように適合させられている、デバイスまたはキット。
（項目１０）
配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列を含有する予後結腸直腸がん遺伝子プロファイルの発現の量的な分析に適合させられているプローブを含むマトリックス。
（項目１１）
項目１０に記載のマトリックスを含む結腸直腸がん予後核酸マイクロアレイ。
（項目１２）
患者における結腸直腸がん再発の危険性を予測するための方法であって、
ａ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列を含有する予後結腸直腸がん遺伝子プロファイルのそれぞれの遺伝子について決定された患者の発現のレベルを項目５に記載の分析システムに提供する工程、
ｂ）遺伝子発現について決定された患者のレベルを該分析システムにおける基準に適用する工程、ならびに
ｃ）基準に適用された分析患者の遺伝子発現レベルの結果が、−４．４７７７以上である場合に、該患者における結腸直腸がん再発の相対的に高い危険性を予測する工程
を含む、方法。
（項目１３）
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムであって、アッセイシステムは、患者の試料から得られた量的な遺伝子発現データを、配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列のすべてまたはサブセットからなる結腸直腸がん予後遺伝子プロファイルから導き出された予後の基準に適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含む、分析システム。
（項目１４）
患者における結腸直腸がん再発の危険性を予測するための方法であって、
ａ）配列番号１、２、３、４、および５の核酸配列を含有する予後結腸直腸がん遺伝子プロファイルのそれぞれの遺伝子について決定された患者の発現のレベルを、項目１３に記載の分析システム、または導き出された基準のサブセットに提供する工程、
ｂ）遺伝子発現について決定された患者のレベルを該分析システムにおける該基準に適用する工程、ならびに
ｃ）基準に適用された分析患者の遺伝子発現レベルの結果が、−４．４７７７以上である場合に、該患者における結腸直腸がん再発の相対的に高い危険性を予測する工程
を含む、方法。
（項目１５）
患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するためのアッセイシステムであって、該アッセイシステムは、結腸直腸がん再発に関連する予後遺伝的プロファイルの量的な発現について患者試料を分析するように適合させられており、該プロファイルは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列の発現を含む、アッセイシステム。
（項目１６）
項目１５に記載のアッセイシステムであって、該アッセイシステムは、患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するように適合させられており、該アッセイシステムは、患者の試料から得られた遺伝子発現データを１つ以上の予後の基準に適用するように設計されたコンピュータソフトウェアを含み、該予後の基準は、
１  ＩＦ  ［（（（ＳＥＱ  ＩＤ  １／ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ５）−（（ＳＥＱ  ＩＤ  ２／ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））≧−４．４７７７］  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
２  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  １）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  ９０．１６９５５６  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
３  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  １４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ８）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ
６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））］  ＞＝  ０．０８７２９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
４  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １９）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ
４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  ７．５００７１３  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
５  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ２）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  １４．３４５７８０  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
６  ＩＦ  ［（ＳＥＱ  ＩＤ  ７  ／  （ＳＥＱ  ＩＤ  １８  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ８  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４）））］  ＞＝  ０．０４９０８２  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
７  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  １  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４））］  ＞＝  ０．３０５０９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥおよび
８  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  １４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  １１０．７６９３１８  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
を含む、アッセイシステム。
（項目１７）
デバイスであって、
ａ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの少なくともコード配列を表す、単離および精製されたポリヌクレオチド、
ｂ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの単離ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、もしくはｇＤＮＡ分子、
ｃ）ａ）もしくはｂ）の相補体もしくは部分、
ｄ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）を増幅するように設計された増幅プローブ、または
ｅ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）の発現を分析するように設計されたハイブリダイゼーションプローブ
を含み、結腸直腸がん再発の危険性を決定するように適合させられている、デバイス。
（項目１８）
キットであって、
ａ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの少なくともコード配列を表す、単離および精製されたポリヌクレオチド、
ｂ）配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列のそれぞれの単離ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、もしくはｇＤＮＡ分子、
ｃ）ａ）もしくはｂ）の相補体もしくは部分、
ｄ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）を増幅するように設計された増幅プローブ、または
ｅ）ａ）、ｂ）、もしくはｃ）の発現を分析するように設計されたハイブリダイゼーションプローブ
を含み、結腸直腸がん再発の危険性を決定するように適合させられている、キット。
（項目１９）
患者における結腸直腸がん再発の危険性を予測するための方法であって、
ａ）患者における結腸直腸がんの再発および／または非再発を予測するための分析システムを提供する工程であって、アッセイシステムは、結腸直腸がん再発に関連する予後遺伝的プロファイルの量的な発現について患者試料を分析するように適合させられており、該プロファイルは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１４、１８、および１９の核酸配列の発現を含む、工程、
ｂ）遺伝子発現について決定された患者のレベルを１つ以上の予後の基準に適用する工程であって、該予後の基準は、
１  ＩＦ  ［（（（ＳＥＱ  ＩＤ  １／ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ５）−（（ＳＥＱ  ＩＤ  ２／ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））  ≧  −４．４７７７］  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
２  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  １）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  ９０．１６９５５６  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
３  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  １４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ８）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３））］  ＞＝  ０．０８７２９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
４  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １９）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  ７．５００７１３  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
５  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ２）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １０））］  ＞＝  １４．３４５７８０  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
６  ＩＦ  ［（ＳＥＱ  ＩＤ  ７  ／  （ＳＥＱ  ＩＤ  １８  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  ８  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４）））］  ＞＝  ０．０４９０８２  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
７  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  ３）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  １  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １４））］  ＞＝  ０．３０５０９７  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥおよび
８  ＩＦ  ［（（ＳＥＱ  ＩＤ  ６  ＊  ＳＥＱ  ＩＤ  ４）  ＊  （ＳＥＱ  ＩＤ  １４  ／  ＳＥＱ  ＩＤ  １８））］  ＞＝  １１０．７６９３１８  ＴＨＥＮ  ＲＥＣＵＲＲＥＮＣＥ
を含む、工程、ならびに
ｃ）適用される１つ以上の予後の基準に応じて該患者における結腸直腸がん再発の危険性を予測する工程
を含む、方法。