【手続補正書】
【提出日】平成26年11月11日(2014.11.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の組成物を含むポリヌクレオチド組成物ライブラリーであって、
各組成物が独立容器中に存在しており、
各組成物が、可変領域を含む単一試料由来cDNA領域を含み、
各組成物が試料同定領域を含み、
各試料同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中の各独立容器中に存在している他の試料同定領域の試料同定領域のヌクレオチド配列とは異なり、
試料同定領域がcDNA領域に取り付けられている、ポリヌクレオチド組成物ライブラリー。
【請求項２】
アダプター領域によってcDNA領域が試料同定領域に取り付けられている、請求項1記載のライブラリー。
【請求項３】
アダプター領域がその3'端にヌクレオチドdGを含み、cDNA領域がその3'端にヌクレオチドCを含む、請求項2記載のライブラリー。
【請求項４】
アダプター領域がCとdGの間の連結によってcDNA領域に取り付けられている、請求項3記載のライブラリー。
【請求項５】
可変領域がB細胞免疫グロブリン可変領域である、請求項1記載のライブラリー。
【請求項６】
可変領域がT細胞受容体可変領域である、請求項1記載のライブラリー。
【請求項７】
各組成物が、試料同定領域に取り付けられたユニバーサルプライマー領域をさらに含み、該ユニバーサルプライマー領域が、各独立容器中で実質的に同一である、請求項1記載のライブラリー。
【請求項８】
単一試料が単一B細胞であるかまたは単一T細胞である、請求項1記載のライブラリー。
【請求項９】
単一B細胞が単一形質芽球である、請求項8記載のライブラリー。
【請求項１０】
複数の組成物を含むポリヌクレオチド組成物ライブラリーであって、各組成物が独立容器中に存在しており、各組成物が、cDNA領域の3'端にヌクレオチドCを含む単一試料由来cDNA領域と、アダプター領域に連結した試料同定領域を含む試料同定-アダプター領域とを含み、各試料同定-アダプター領域の試料同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中の各独立容器中に存在している他の試料同定-アダプター領域の試料同定領域のヌクレオチド配列とは異なり、アダプター領域がアダプター領域の3'端にヌクレオチドdGを含み、試料同定-アダプター領域が前記CとdGの間の連結によってcDNA領域に取り付けられている、ポリヌクレオチド組成物ライブラリー。
【請求項１１】
各cDNA領域が可変領域を含む、請求項10記載のライブラリー。
【請求項１２】
可変領域がB細胞免疫グロブリン可変領域である、請求項11記載のライブラリー。
【請求項１３】
可変領域がT細胞受容体可変領域である、請求項11記載のライブラリー。
【請求項１４】
各組成物が、試料同定領域に取り付けられたユニバーサルプライマー領域をさらに含み、該ユニバーサルプライマー領域が、各独立容器中で実質的に同一である、請求項10記載のライブラリー。
【請求項１５】
単一試料が単一B細胞であるかまたは単一T細胞である、請求項1記載のライブラリー。
【請求項１６】
単一B細胞が単一形質芽球である、請求項15記載のライブラリー。
【請求項１７】
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
請求項1〜16のいずれか一項記載のライブラリーを取得する工程；および
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製するために、ポリヌクレオチドライブラリーを1セットのプライマーで増幅する工程。
【請求項１８】
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを配列決定する工程；および
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを選択する工程
をさらに含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
プライマーのセットが、1つまたは複数の3'遺伝子特異的プライマー、および任意で5'ユニバーサルプライマーを含む、請求項17記載の方法。
【請求項２０】
配列決定データを解析しかつ使用するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
複数のポリヌクレオチドに関連するデータセットを取得する工程であって、データセットが複数のポリヌクレオチドに関する配列決定データを含み、複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチドが試料同定領域を含み、各ポリヌクレオチドの各試料同定領域が単一試料に関して固有であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来の複数のポリヌクレオチド中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、工程；
同一の試料同定領域を有するポリヌクレオチドに関連するデータをマッチングさせるためにデータセットをコンピューターで解析する工程であって、マッチはポリヌクレオチドが同じ試料に由来したことを示す、工程；ならびに
1つまたは複数のポリヌクレオチドを選択する工程、および1つまたは複数のポリヌクレオチドをクローニングする工程。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１００
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１００】
いくつかの局面では、第一のcDNA領域が抗体重鎖を含み、第二のcDNA領域が抗体軽鎖を含む。いくつかの局面では、ライブラリーが、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも3000種、少なくとも10,000種、少なくとも30,000種、少なくとも100,000種、少なくとも300,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも3,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも30,000,000種、またはそれより多いメンバーを含む。いくつかの局面では、ライブラリーが、細胞試料の全トランスクリプトームのうち、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも10、少なくとも30、少なくとも100、少なくとも300、少なくとも1000、少なくとも3000、少なくとも10,000、少なくとも30,000、またはそれより多い遺伝子を含む。いくつかの局面では、ライブラリーが、個体の血液中に存在している相違する抗体種のうち、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも10,000種、少なくとも100,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも100,000,000種、またはそれより多い抗体種を含む。いくつかの局面では、抗体が、形質芽球、形質細胞、メモリーB細胞、長寿命形質細胞、他のB系統細胞またはそれらの組み合わせによって発現される。
[本発明1001]
ポリヌクレオチドを含む組成物であって、ポリヌクレオチドが、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域と、少なくとも一つの同定領域を含む第二の領域とを含み、該第一の領域が該第二の領域に連結している、組成物。
[本発明1002]
可変免疫グロブリン領域が、直径8μm以上の活性化ヒトB細胞から単離されたIgG免疫グロブリンヌクレオチド配列のVDJ領域を含み、免疫グロブリン領域の5'端が同定領域の3'端に連結している、本発明1001の組成物。
[本発明1003]
クローンファミリーに含まれる、本発明1001〜1002のいずれかの組成物。
[本発明1004]
免疫グロブリン領域が、活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1003のいずれかの組成物。
[本発明1005]
免疫グロブリン領域が、形質芽球であるB細胞から単離される、本発明1001〜1004のいずれかの組成物。
[本発明1006]
免疫グロブリン領域が、単一のB細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1005のいずれかの組成物。
[本発明1007]
免疫グロブリン領域が、単一の活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1006のいずれかの組成物。
[本発明1008]
免疫グロブリン領域が、対象の血中にある単一の活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1007のいずれかの組成物。
[本発明1009]
免疫グロブリン領域が、ヒト活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1008のいずれかの組成物。
[本発明1010]
免疫グロブリン領域が、メモリーB細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1009のいずれかの組成物。
[本発明1011]
免疫グロブリン領域が、形質細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1010のいずれかの組成物。
[本発明1012]
免疫グロブリン領域が、抗原特異的B細胞であるB細胞から単離される、本発明1001〜1011のいずれかの組成物。
[本発明1013]
免疫グロブリン領域が、哺乳動物B細胞から単離される、本発明1001〜1012のいずれかの組成物。
[本発明1014]
免疫グロブリン領域が、ヒトB細胞から単離される、本発明1001〜1013のいずれかの組成物。
[本発明1015]
免疫グロブリン領域が、マウスB細胞から単離される、本発明1001〜1014のいずれかの組成物。
[本発明1016]
免疫グロブリン領域が、関心対象の疾患または状態を有する対象由来のB細胞から単離される、本発明1001〜1015のいずれかの組成物。
[本発明1017]
免疫グロブリン領域が、関心対象の疾患または状態から回復しているかまたは回復した対象由来のB細胞から単離される、本発明1001〜1016のいずれかの組成物。
[本発明1018]
免疫グロブリン領域が、少なくとも一つの関心対象の抗原を投与された対象由来のB細胞から単離される、本発明1001〜1017のいずれかの組成物。
[本発明1019]
免疫グロブリン領域が、少なくとも一つの関心対象の抗原とアジュバントとを投与された対象由来のB細胞から単離される、本発明1001〜1018のいずれかの組成物。
[本発明1020]
免疫グロブリン領域が、対象の血中にあるB細胞から単離される、本発明1001〜1019のいずれかの組成物。
[本発明1021]
免疫グロブリン領域が、対象の骨髄中にあるB細胞から単離される、本発明1001〜1020のいずれかの組成物。
[本発明1022]
免疫グロブリン領域が、対象の脾臓中にあるB細胞から単離される、本発明1001〜1021のいずれかの組成物。
[本発明1023]
免疫グロブリン領域が、対象の少なくとも一つのリンパ節中にあるB細胞から単離される、本発明1001〜1022のいずれかの組成物。
[本発明1024]
免疫グロブリン領域が、対象のリンパ組織中にあるB細胞から単離される、本発明1001〜1023のいずれかの組成物。
[本発明1025]
免疫グロブリン領域が、対象の腸中にあるB細胞から単離される、本発明1001〜1024のいずれかの組成物。
[本発明1026]
免疫グロブリン領域が直径約8〜20μmの活性化B細胞から単離される、本発明1001〜1025のいずれかの組成物。
[本発明1027]
直径が8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20μmであるか、または20μmより大きい活性化B細胞から、免疫グロブリン領域が単離される、本発明1001〜1026のいずれかの組成物。
[本発明1028]
面積が約60、70、80、90、100、120、130、140、150、200、250、300、もしくは350μm2であるか、または350μm2より大きい活性化B細胞から、免疫グロブリン領域が単離される、本発明1001〜1027のいずれかの組成物。
[本発明1029]
体積が約250、268、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、もしくは4000μm3であるか、または4000μm3より大きい活性化B細胞から、免疫グロブリン領域が単離される、本発明1001〜1028のいずれかの組成物。
[本発明1030]
免疫グロブリン領域が、対照休止B細胞のメジアン直径よりサイズが10％以上大きい直径を有する活性化B細胞から単離される、本発明1001〜1029のいずれかの組成物。
[本発明1031]
免疫グロブリン領域が、対照休止B細胞のメジアン直径よりサイズが15％以上大きい直径を有する活性化B細胞から単離される、本発明1001〜1030のいずれかの組成物。
[本発明1032]
免疫グロブリン領域が、対照休止B細胞のメジアン直径よりサイズが20％以上大きい直径を有する活性化B細胞から単離される、本発明1001〜1031のいずれかの組成物。
[本発明1033]
免疫グロブリン領域が、免疫グロブリンを分泌する能力を有する活性化B細胞から単離される、本発明1001〜1032のいずれかの組成物。
[本発明1034]
免疫グロブリン領域が、細胞周期の第一間期（G1期）、合成期（S期）、第二間期（G2期）、または有糸分裂期（M期）にあるB細胞から単離される、本発明1001〜1033のいずれかの組成物。
[本発明1035]
免疫グロブリン領域が、細胞周期の休止期（G0期）にはないB細胞から単離される、本発明1001〜1034のいずれかの組成物。
[本発明1036]
免疫グロブリン領域が、フローサイトメトリーによって休止Bリンパ球のFSC平均値の1.2倍より大きいFSCを有すると特徴づけられるB細胞から単離される、本発明1001〜1035のいずれかの組成物。
[本発明1037]
免疫グロブリン領域が、フローサイトメトリーによってヒト単球のFSC平均値の0.7〜1.15倍のFSC平均値を有すると特徴づけられるB細胞から単離される、本発明1001〜1036のいずれかの組成物。
[本発明1038]
免疫グロブリン領域が単一のCD19陽性B細胞から単離される、本発明1001〜1037のいずれかの組成物。
[本発明1039]
免疫グロブリン領域が単一のCD38陽性B細胞から単離される、本発明1001〜1038のいずれかの組成物。
[本発明1040]
免疫グロブリン領域が単一のCD27陽性B細胞から単離される、本発明1001〜1039のいずれかの組成物。
[本発明1041]
免疫グロブリン領域が単一のCD20陰性B細胞から単離される、本発明1001〜1040のいずれかの組成物。
[本発明1042]
免疫グロブリン領域が単一のCD19＋CD20-CD27＋CD38hiB細胞から単離される、本発明1001〜1041のいずれかの組成物。
[本発明1043]
免疫グロブリン領域の5'端が同定領域の3'端に連結している、本発明1001〜1042のいずれかの組成物。
[本発明1044]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列のVDJ領域を含む、本発明1001〜1043のいずれかの組成物。
[本発明1045]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列のVJ領域を含む、本発明1001〜1044のいずれかの組成物。
[本発明1046]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列のV、D、および/またはJ領域を含む、本発明1001〜1045のいずれかの組成物。
[本発明1047]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列の重鎖および/または軽鎖を含む、本発明1001〜1046のいずれかの組成物。
[本発明1048]
可変免疫グロブリン領域が、IgG、IgM、IgD、IgE、またはIgA免疫グロブリン配列を含む、本発明1001〜1047のいずれかの組成物。
[本発明1049]
可変免疫グロブリン領域が、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4免疫グロブリン配列を含む、本発明1001〜1048のいずれかの組成物。
[本発明1050]
可変免疫グロブリン領域が、マウスIgG1、IgG2a、IgG2b、またはIgG3免疫グロブリン配列を含む、本発明1001〜1049のいずれかの組成物。
[本発明1051]
免疫グロブリン領域が約200〜2000ヌクレオチド長である、本発明1001〜1050のいずれかの組成物。
[本発明1052]
免疫グロブリン領域が、200ヌクレオチドより短いか、または200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900、もしくは2000ヌクレオチド長であるか、または2000ヌクレオチドより長い、本発明1001〜1051のいずれかの組成物。
[本発明1053]
同定領域が複数の同定領域を含む、本発明1001〜1052のいずれかの組成物。
[本発明1054]
同定領域が複数の同定領域を含み、該複数の同定領域のそれぞれが異なる配列を含む、本発明1001〜1053のいずれかの組成物。
[本発明1055]
同定領域が少なくとも一つの試料同定領域と少なくとも一つのプレート同定領域とを含む、本発明1001〜1054のいずれかの組成物。
[本発明1056]
同定領域が、免疫グロブリン領域の配列とは異なる配列を含む、本発明1001〜1055のいずれかの組成物。
[本発明1057]
同定領域が約2〜100ヌクレオチド長である、本発明1001〜1056のいずれかの組成物。
[本発明1058]
同定領域が、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100ヌクレオチド長であるか、または100ヌクレオチドより長い、本発明1001〜1057のいずれかの組成物。
[本発明1059]
同定領域が2〜1,000ヌクレオチド長である、本発明1001〜1058のいずれかの組成物。
[本発明1060]
同定領域が100ヌクレオチド長に等しいか、または100ヌクレオチドより長い、本発明1001〜1059のいずれかの組成物。
[本発明1061]
同定領域が、連続した非コードヌクレオチド配列を含む、本発明1001〜1060のいずれかの組成物。
[本発明1062]
同定領域が、非コードヌクレオチド配列を含む、本発明1001〜1061のいずれかの組成物。
[本発明1063]
同定領域が、連続しない非コードヌクレオチド配列を含む、本発明1001〜1062のいずれかの組成物。
[本発明1064]
同定領域の配列の長さが免疫グロブリン領域の配列の長さより短い、本発明1001〜1063のいずれかの組成物。
[本発明1065]
アダプター領域を含む第三の領域をさらに含む、本発明1001〜1064のいずれかの組成物。
[本発明1066]
アダプター領域を含む第三の領域をさらに含み、該第三の領域が第一の領域と第二の領域の間にある、本発明1001〜1065のいずれかの組成物。
[本発明1067]
アダプター領域を含む第三の領域をさらに含み、該アダプター領域が、その3'端にある少なくとも一つのGヌクレオチドを含む、本発明1001〜1066のいずれかの組成物。
[本発明1068]
同定領域が2〜100ヌクレオチド長であって、免疫グロブリン領域配列とは異なる配列を有し、
アダプター領域がその3'端に少なくとも一つのGヌクレオチドを含み、試料同定領域の3'側かつ免疫グロブリン領域の5'側にあり、
免疫グロブリン可変領域が高頻度変異を起こして、ナイーブB細胞の生殖細胞系配列とは異なっている、本発明1001〜1067のいずれかの組成物。
[本発明1069]
容器中に存在している、本発明1001〜1068のいずれかの組成物。
[本発明1070]
複数の組成物が容器中に存在している、本発明1001〜1069のいずれかの組成物。
[本発明1071]
複数の組成物が、複数のウェルを含む単一のプレートの単一のウェル中に存在している、本発明1001〜1070のいずれかの組成物。
[本発明1072]
組成物が組成物のライブラリー中にあり、各組成物が独立容器中に存在しており、各組成物が、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域と同定領域を含む第二の領域とを含むポリヌクレオチドを含み、該第一の領域が該第二の領域に連結しており、各同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中に存在する他の同定領域のヌクレオチド配列とは異なり、ライブラリー中の複数の可変免疫ドメイン領域の最後のヌクレオチド配列が少なくとも80〜99％の配列同一性を共有している、本発明1001〜1071のいずれかの組成物。
[本発明1073]
組成物が、複数のポリヌクレオチド組成物を含むライブラリー中に含まれ、各組成物が独立容器中に存在しており、各組成物が、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域と同定領域を含む第二の領域とを含むポリヌクレオチドを含み、該第一の領域が該第二の領域に連結しており、各同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中の各独立容器中に存在している他の同定領域のヌクレオチド配列とは異なる、本発明1001〜1072のいずれかの組成物。
[本発明1074]
複数のポリヌクレオチド組成物を含むポリヌクレオチド組成物ライブラリーであって、各組成物が独立容器中に存在しており、各組成物が、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域と同定領域を含む第二の領域とを含むポリヌクレオチドを含み、該第一の領域が該第二の領域に連結しており、各同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中の各独立容器中に存在している他の同定領域のヌクレオチド配列とは異なる、ポリヌクレオチド組成物ライブラリー。
[本発明1075]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、該複数のポリヌクレオチドのそれぞれが独立容器中に存在しており、該複数のポリヌクレオチドのそれぞれが、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域と同定領域を含む第二の領域とを含み、該第一の領域が該第二の領域に連結しており、各同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中に存在する他の同定領域のヌクレオチド配列とは異なり、複数の可変免疫グロブリン領域のうちの少なくとも二つが、少なくとも80〜99％の配列同一性を共有している、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1076]
ポリヌクレオチドのクローンファミリーを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、ファミリー中の各ポリヌクレオチドが、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域と同定領域を含む第二の領域とを含み、該第一の領域が該第二の領域に連結しており、各同定領域のヌクレオチド配列が、ファミリー中に存在している他の同定領域のヌクレオチド配列とは異なり、ファミリー中の可変免疫グロブリン領域のそれぞれが少なくとも80〜99％の配列同一性を示す、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1077]
ライブラリーが複数のクローンファミリーを含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1078]
ファミリー中の各配列が同定領域に連結している、免疫グロブリン配列のクローンファミリー。
[本発明1079]
各同定領域が他の同定領域とは異なる、本発明1078のクローンファミリー。
[本発明1080]
免疫グロブリン配列が重鎖免疫グロブリン配列を含む、本発明1078〜1079のいずれかのクローンファミリー。
[本発明1081]
免疫グロブリン配列が軽鎖免疫グロブリン配列を含む、本発明1078〜1080のいずれかのクローンファミリー。
[本発明1082]
免疫グロブリン配列が重鎖および軽鎖免疫グロブリン配列を含む、本発明1078〜1081のいずれかのクローンファミリー。
[本発明1083]
同定領域の1つまたは複数が軽鎖免疫グロブリン配列を含む、本発明1078〜1082のいずれかのクローンファミリー。
[本発明1084]
同定領域の1つまたは複数が重鎖免疫グロブリン配列を含む、本発明1078〜1083のいずれかのクローンファミリー。
[本発明1085]
本発明1078〜1084のいずれかのクローンファミリーのうちの2つまたはそれより多いセット。
[本発明1086]
本発明1078〜1085のいずれかのクローンファミリーのうちの2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個、またはそれより多いセット。
[本発明1087]
ファミリー中の各配列が少なくとも一つの連続するヌクレオチド配列に機能的に連結している、免疫グロブリン配列のクローンファミリー。
[本発明1088]
免疫グロブリン配列が重鎖免疫グロブリン配列を含み、少なくとも一つの連続するヌクレオチド配列が軽鎖免疫グロブリン配列を含む、本発明1087のクローンファミリー。
[本発明1089]
免疫グロブリン配列が軽鎖免疫グロブリン配列を含み、少なくとも一つの連続するヌクレオチド配列が重鎖免疫グロブリン配列を含む、本発明1087のクローンファミリー。
[本発明1090]
それぞれがV、D、および/またはJ領域を有し、かつそれぞれが同定領域に連結している、複数の免疫グロブリン配列を取得する工程；ならびに前記複数の配列からの2つまたはそれより多い配列をグループ分けして、クローンファミリー中の各配列が、あるV、D、および/もしくはJ領域を有する同じ生殖細胞系免疫グロブリン配列の変異型または前記V、D、および/もしくはJ領域を有する生殖細胞系免疫グロブリン配列である、クローンファミリーを作製する工程を含む、免疫グロブリン配列のクローンファミリーを作製する方法。
[本発明1091]
各同定領域が他の同定領域とは異なる、本発明1090の方法。
[本発明1092]
それぞれがV、D、および/またはJ領域を有し、かつそれぞれが同定領域に連結していて、各同定領域が他の同定領域とは異なる、複数の免疫グロブリン配列を取得する工程；1つまたは複数の同定領域を除去する工程；ならびに前記複数の配列からの2つまたはそれより多いの配列をグループ分けして、クローンファミリー中の各配列が、あるV、D、および/もしくはJ領域を有する同じ生殖細胞系免疫グロブリン配列の変異型または前記V、D、および/もしくはJ領域を有する生殖細胞系免疫グロブリン配列である、クローンファミリーを作製する工程を含む、免疫グロブリン配列のクローンファミリーを作製する方法。
[本発明1093]
第一の同定領域に連結している第一のcDNAを選択する工程、および各cDNAに連結している同定領域の共通の実体に基づいて第二のcDNAを同定する工程を含む、第一の同定領域に連結している第二のcDNAを同定する方法。
[本発明1094]
第一のヌクレオチド配列を取得する工程と、第一のヌクレオチド配列を50℃未満においてテンプレートスイッチ活性を有する耐熱性RNase H-逆転写酵素と接触させる工程とを含み、前記接触が3'テールおよび第二のヌクレオチド配列を作製する、第二のヌクレオチド配列上に3'テールを作製する方法。
[本発明1095]
第一のヌクレオチド配列を、約50℃未満、49、48、47、46、45、44、43、もしくは42℃、または42℃未満において接触させる、本発明1094の方法。
[本発明1096]
第一のヌクレオチド配列を42℃において接触させる、本発明1094〜1095のいずれかの方法。
[本発明1097]
第一のヌクレオチド配列を45.5℃において接触させる、本発明1094〜1096のいずれかの方法。
[本発明1098]
転写酵素がモロニーマウス白血病ウイルス（MMLV）RNase H-逆転写酵素である、本発明1094〜1097のいずれかの方法。
[本発明1099]
転写酵素がSuperScript IIIである、本発明1094〜1098のいずれかの方法。
[本発明1100]
関心対象の第一の配列の天然配列を決定するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
第一の配列に関係し、かつそれぞれが第一の同定配列に連結している、複数の配列であって、各第一の同定配列が同一であり、前記複数の配列の1つまたは複数が天然配列とは異なるものを取得する工程；および
前記複数の配列を比較して、関心対象の第一の配列の天然配列を決定する工程。
[本発明1101]
複数の配列が免疫グロブリン配列を含む、本発明1100の方法。
[本発明1102]
複数の配列が免疫グロブリン配列を含む、本発明1100〜1101のいずれかの方法。
[本発明1103]
複数の配列が免疫グロブリン配列を含む、本発明1100〜1102のいずれかの方法。
[本発明1104]
複数の配列がそれぞれ第二の同定領域に連結していて、各第二の同定領域が同一である、本発明1100〜1103のいずれかの方法。
[本発明1105]
関心対象の第一の配列が免疫グロブリン配列である、本発明1100〜1104のいずれかの方法。
[本発明1106]
複数の配列が免疫グロブリン配列である、本発明1100〜1105のいずれかの方法。
[本発明1107]
第一の領域と第二の領域とを含むポリヌクレオチドを含む組成物であって、第一の領域がB細胞由来可変免疫グロブリン領域を含み、第二の領域が同定領域を含み、該第一の領域が該第二の領域に連結している組成物。
[本発明1108]
複数のポリヌクレオチド組成物を含むポリヌクレオチド組成物ライブラリーであって、各組成物が独立容器中に存在しており、各組成物がB細胞由来可変免疫グロブリン領域と同定領域とを含むポリヌクレオチドを含み、可変免疫グロブリン領域が同定領域に連結しており、各同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中の各独立容器中に存在している他の同定領域のヌクレオチド配列とは異なる、ポリヌクレオチド組成物ライブラリー。
[本発明1109]
ポリヌクレオチド組成物を作製するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
対象に関連する発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域を含むポリヌクレオチドを取得する工程；および
同定領域を含む第二の領域に該第一の領域を連結させることによって該第一の領域と該第二の領域とを含むポリヌクレオチド組成物を生成する工程。
[本発明1110]
対象に関連するB細胞を取得する工程、および前記細胞を処理してポリペプチドを調製する工程を含む、本発明1109の方法。
[本発明1111]
ポリヌクレオチドを取得する工程が、対象に関連するB細胞を処理してポリヌクレオチドを調製した第三者から直接的または間接的にポリヌクレオチドを受領する工程を含む、本発明1109〜1110のいずれかの方法。
[本発明1112]
ポリヌクレオチドを取得する工程が、対象に関連するB細胞を可溶化してポリヌクレオチドを調製した第三者から直接的または間接的にポリヌクレオチドを受領する工程を含む、本発明1109〜1111のいずれかの方法。
[本発明1113]
ポリヌクレオチドを取得する工程が、フローサイトメーターを使ってB細胞を取得する工程を含む、本発明1109〜1112のいずれかの方法。
[本発明1114]
ポリヌクレオチドを取得する工程が、マイクロフルイディックデバイスを使ってB細胞を取得する工程を含む、本発明1109〜1113のいずれかの方法。
[本発明1115]
可変免疫グロブリン領域が、直径8μm以上の活性化ヒトB細胞から単離されたIgG免疫グロブリンヌクレオチド配列のVDJ領域を含み、免疫グロブリン領域の5'端が同定領域の3'端に連結している、本発明1109〜1114のいずれかの方法。
[本発明1116]
組成物がクローンファミリーに含まれる、本発明1109〜1115のいずれかの方法。
[本発明1117]
免疫グロブリン領域が、活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1116のいずれかの方法。
[本発明1118]
免疫グロブリン領域が、形質芽球であるB細胞から単離される、本発明1109〜1117のいずれかの方法。
[本発明1119]
免疫グロブリン領域が、単一のB細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1118のいずれかの方法。
[本発明1120]
免疫グロブリン領域が、単一の活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1119のいずれかの方法。
[本発明1121]
免疫グロブリン領域が、対象の血中にある単一の活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1120のいずれかの方法。
[本発明1122]
免疫グロブリン領域が、ヒト活性化B細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1121のいずれかの方法。
[本発明1123]
免疫グロブリン領域が、メモリーB細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1122のいずれかの方法。
[本発明1124]
免疫グロブリン領域が、形質細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1123のいずれかの方法。
[本発明1125]
免疫グロブリン領域が、抗原特異的B細胞であるB細胞から単離される、本発明1109〜1124のいずれかの方法。
[本発明1126]
免疫グロブリン領域が哺乳動物B細胞から単離される、本発明1109〜1125のいずれかの方法。
[本発明1127]
免疫グロブリン領域がヒトB細胞から単離される、本発明1109〜1126のいずれかの方法。
[本発明1128]
免疫グロブリン領域がマウスB細胞から単離される、本発明1109〜1127のいずれかの方法。
[本発明1129]
免疫グロブリン領域が、関心対象の疾患または状態を有する対象由来のB細胞から単離される、本発明1109〜1128のいずれかの方法。
[本発明1130]
免疫グロブリン領域が、関心対象の疾患または状態から回復しているかまたは回復した対象由来のB細胞から単離される、本発明1109〜1129のいずれかの方法。
[本発明1131]
免疫グロブリン領域が、関心対象の抗原を投与された対象由来のB細胞から単離される、本発明1109〜1130のいずれかの方法。
[本発明1132]
免疫グロブリン領域が、関心対象の抗原とアジュバントとを投与された対象由来のB細胞から単離される、本発明1109〜1131のいずれかの方法。
[本発明1133]
免疫グロブリン領域が、対象の血中にあるB細胞から単離される、本発明1109〜1132のいずれかの方法。
[本発明1134]
免疫グロブリン領域が、対象の骨髄中にあるB細胞から単離される、本発明1109〜1133のいずれかの方法。
[本発明1135]
免疫グロブリン領域が、対象の脾臓中にあるB細胞から単離される、本発明1109〜1134のいずれかの方法。
[本発明1136]
免疫グロブリン領域が、対象の少なくとも一つのリンパ節中にあるB細胞から単離される、本発明1109〜1135のいずれかの方法。
[本発明1137]
免疫グロブリン領域が、対象のリンパ組織中にあるB細胞から単離される、本発明1109〜1136のいずれかの方法。
[本発明1138]
免疫グロブリン領域が、対象の腸中にあるB細胞から単離される、本発明1109〜1137のいずれかの方法。
[本発明1139]
免疫グロブリン領域が直径約8〜20μmの活性化B細胞から単離される、本発明1109〜1138のいずれかの方法。
[本発明1140]
直径が8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、もしくは20μmであるか、または20μmより大きい活性化B細胞から、免疫グロブリン領域が単離される、本発明1109〜1139のいずれかの方法。
[本発明1141]
面積が約60、70、80、90、100、120、130、140、150、200、250、300、もしくは350μm2であるか、または350μm2より大きい活性化B細胞から、免疫グロブリン領域が単離される、本発明1109〜1140のいずれかの方法。
[本発明1142]
体積が約250、268、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、もしくは4000μm3であるか、または4000μm3より大きい活性化B細胞から、免疫グロブリン領域が単離される、本発明1109〜1141のいずれかの方法。
[本発明1143]
免疫グロブリン領域が、対照休止B細胞のメジアン直径よりサイズが10％以上大きい直径を有する活性化B細胞から単離される、本発明1109〜1142のいずれかの方法。
[本発明1144]
免疫グロブリン領域が、対照休止B細胞のメジアン直径よりサイズが15％以上大きい直径を有する活性化B細胞から単離される、本発明1109〜1143のいずれかの方法。
[本発明1145]
免疫グロブリン領域が、対照休止B細胞のメジアン直径よりサイズが20％以上大きい直径を有する活性化B細胞から単離される、本発明1109〜1144のいずれかの方法。
[本発明1146]
免疫グロブリン領域が、免疫グロブリンを分泌する能力を有する活性化B細胞から単離される、本発明1109〜1145のいずれかの方法。
[本発明1147]
免疫グロブリン領域が、細胞周期の第一間期（G1期）、合成期（S期）、第二間期（G2期）、または有糸分裂期（M期）にあるB細胞から単離される、本発明1109〜1146のいずれかの方法。
[本発明1148]
免疫グロブリン領域が、細胞周期の休止期（G0期）にはないB細胞から単離される、本発明1109〜1147のいずれかの方法。
[本発明1149]
免疫グロブリン領域が、フローサイトメトリーによって休止Bリンパ球のFSC平均値の1.2倍より大きいFSC平均値を有すると特徴づけられるB細胞から単離される、本発明1109〜1148のいずれかの方法。
[本発明1150]
免疫グロブリン領域が、フローサイトメトリーによってヒト単球のFSC平均値の0.7〜1.15倍のFSCを有すると特徴づけられるB細胞から単離される、本発明1109〜1149のいずれかの方法。
[本発明1151]
免疫グロブリン領域が単一のCD19陽性B細胞から単離される、本発明1109〜1150のいずれかの方法。
[本発明1152]
免疫グロブリン領域が単一のCD38陽性B細胞から単離される、本発明1109〜1151のいずれかの方法。
[本発明1153]
免疫グロブリン領域が単一のCD27陽性B細胞から単離される、本発明1109〜1152のいずれかの方法。
[本発明1154]
免疫グロブリン領域が単一のCD20陰性B細胞から単離される、本発明1109〜1153のいずれかの方法。
[本発明1155]
免疫グロブリン領域が単一のCD19＋CD20-CD27＋CD38hiB細胞から単離される、本発明1109〜1154のいずれかの方法。
[本発明1156]
免疫グロブリン領域の5'端が同定領域の3'端に連結している、本発明1109〜1155のいずれかの方法。
[本発明1157]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列のVDJ領域を含む、本発明1109〜1156のいずれかの方法。
[本発明1158]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列のVJ領域を含む、本発明1109〜1157のいずれかの方法。
[本発明1159]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列のV、D、および/またはJ領域を含む、本発明1109〜1158のいずれかの方法。
[本発明1160]
可変免疫グロブリン領域が免疫グロブリンヌクレオチド配列の重鎖および/または軽鎖を含む、本発明1109〜1159のいずれかの方法。
[本発明1161]
可変免疫グロブリン領域が、IgG、IgM、IgD、IgE、またはIgA免疫グロブリン配列を含む、本発明1109〜1160のいずれかの方法。
[本発明1162]
可変免疫グロブリン領域が、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4免疫グロブリン配列を含む、本発明1109〜1161のいずれかの方法。
[本発明1163]
可変免疫グロブリン領域が、マウスIgG1、IgG2a、IgG2b、またはIgG3免疫グロブリン配列を含む、本発明1109〜1162のいずれかの方法。
[本発明1164]
免疫グロブリン領域が約200〜2000ヌクレオチド長である、本発明1109〜1163のいずれかの方法。
[本発明1165]
免疫グロブリン領域が、200ヌクレオチドより短いか、または200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900、もしくは2000ヌクレオチド長であるか、または2000ヌクレオチドより長い、本発明1109〜1164のいずれかの方法。
[本発明1166]
同定領域が複数の同定領域を含む、本発明1109〜1165のいずれかの方法。
[本発明1167]
同定領域が複数の同定領域を含み、該複数の同定領域のそれぞれが異なる配列を有する、本発明1109〜1166のいずれかの方法。
[本発明1168]
同定領域が少なくとも一つの試料同定領域と少なくとも一つのプレート同定領域とを含む、本発明1109〜1167のいずれかの方法。
[本発明1169]
同定領域が免疫グロブリン領域の配列とは異なる配列を含む、本発明1109〜1168のいずれかの方法。
[本発明1170]
同定領域が約2〜100ヌクレオチド長である、本発明1109〜1169のいずれかの方法。
[本発明1171]
同定領域が、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、もしくは100ヌクレオチド長であるか、または100ヌクレオチドより長い、本発明1109〜1170のいずれかの方法。
[本発明1172]
同定領域が2〜1,000ヌクレオチド長である、本発明1109〜1171のいずれかの方法。
[本発明1173]
同定領域が100ヌクレオチド長に等しいか、または100ヌクレオチドより長い、本発明1109〜1172のいずれかの方法。
[本発明1174]
同定領域が、連続した非コードヌクレオチド配列を含む、本発明1109〜1173のいずれかの方法。
[本発明1175]
同定領域が、非コードヌクレオチド配列を含む、本発明1109〜1174のいずれかの方法。
[本発明1176]
同定領域が、連続しない非コードヌクレオチド配列を含む、本発明1109〜1175のいずれかの方法。
[本発明1177]
同定領域の配列の長さが免疫グロブリン領域の配列の長さより短い、本発明1109〜1176のいずれかの方法。
[本発明1178]
アダプター領域を含む第三の領域をさらに含む、本発明1109〜1177のいずれかの方法。
[本発明1179]
アダプター領域を含む第三の領域をさらに含み、該第三の領域が第一の領域と第二の領域の間にある、本発明1109〜1178のいずれかの方法。
[本発明1180]
アダプター領域を含む第三の領域をさらに含み、該アダプター領域が、その3'端にある少なくとも一つのGヌクレオチドを含む、本発明1109〜1179のいずれかの方法。
[本発明1181]
同定領域が2〜100ヌクレオチド長であって、免疫グロブリン領域配列とは異なる配列を有し、
アダプター領域がその3'端に少なくとも一つのGヌクレオチドを含み、試料同定領域の3'側かつ免疫グロブリン領域の5'側にあり、
免疫グロブリン可変領域が高頻度変異を起こして、ナイーブB細胞の生殖細胞系配列とは異なっている、本発明1109〜1180のいずれかの方法。
[本発明1182]
組成物が容器中に存在している、本発明1109〜1181のいずれかの方法。
[本発明1183]
複数の組成物が容器中に存在している、本発明1109〜1182のいずれかの方法。
[本発明1184]
複数の組成物が、複数のウェルを含む単一のプレートの単一のウェル中に存在している、本発明1109〜1183のいずれかの方法。
[本発明1185]
組成物が組成物のライブラリー中にあり、各組成物が独立容器中に存在しており、各組成物が、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む第一の領域と同定領域を含む第二の領域とを含むポリヌクレオチドを含み、該第一の領域が該第二の領域に連結しており、各同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中に存在する他の同定領域のヌクレオチド配列とは異なり、ライブラリー中の複数の可変免疫ドメイン領域のヌクレオチド配列が少なくとも80〜99％の配列同一性を共有している、本発明1109〜1184のいずれかの方法。
[本発明1186]
ポリヌクレオチド組成物を作製するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
対象に関連するB細胞を取得する工程；
発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含む細胞からポリヌクレオチドを単離する工程；および
可変免疫グロブリン領域を同定領域に連結することによって、可変免疫グロブリン領域と同定領域とを含むポリヌクレオチド組成物を生成する工程。
[本発明1187]
ポリヌクレオチド組成物を作製するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
対象に関連するB細胞由来可変免疫グロブリン領域を含むポリヌクレオチドを取得する工程；および
可変免疫グロブリン領域を同定領域に連結することによって、可変免疫グロブリン領域と同定領域とを含むポリヌクレオチド組成物を生成する工程。
[本発明1188]
ポリヌクレオチドを取得する工程が、B細胞を取得する工程、および前記細胞を処理してポリヌクレオチドを調製する工程を含む、本発明1187の方法。
[本発明1189]
ポリヌクレオチドを取得する工程が、B細胞を処理してポリヌクレオチドを調製した第三者から直接的または間接的にポリヌクレオチドを受領する工程を含む、本発明1187の方法。
[本発明1190]
2つ以上のポリヌクレオチド組成物を作製するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
1つまたは複数の対象から取得された複数の試料に関連する複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、1つまたは複数のポリヌクレオチドが、発現したB細胞可変免疫グロブリン領域を含み、各試料がB細胞に関連し、各試料に関連する各ポリヌクレオチドが独立容器中に存在している、ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程；および
それぞれが前記複数のポリヌクレオチド由来のポリヌクレオチドと同定領域とを含む2つ以上のポリヌクレオチド組成物であって、各同定領域の配列がライブラリー中の他のポリヌクレオチドに連結している同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチド組成物を、ポリヌクレオチドを同定領域に連結することによって生成する工程。
[本発明1191]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が、複数のB細胞を取得する工程、および前記細胞を処理してポリヌクレオチドライブラリーを調製する工程を含む、本発明1190の方法。
[本発明1192]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が、複数のB細胞を処理してポリヌクレオチドライブラリーを調製した第三者から直接的または間接的にポリヌクレオチドライブラリーを受領する工程を含む、本発明1190の方法。
[本発明1193]
2つまたはそれより多いポリヌクレオチド組成物を作製するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
1つまたは複数の対象から取得された複数の試料に関連する複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、1つまたは複数のポリヌクレオチドがB細胞由来可変免疫グロブリン領域を含み、各試料に関連する各ポリヌクレオチドが独立容器中に存在している、ポリヌクレオチドライブラリー、を取得する工程；および
それぞれが前記複数のポリヌクレオチド由来のポリヌクレオチドと同定領域とを含む2つ以上のポリヌクレオチド組成物であって、各同定領域の配列がライブラリー中の他のポリヌクレオチドに連結している同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチド組成物、をポリヌクレオチドを同定領域に連結することによって生成する工程。
[本発明1194]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が、複数のB細胞を取得する工程、および前記細胞を処理してポリヌクレオチドライブラリーを調製する工程を含む、本発明1193の方法。
[本発明1195]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が、複数のB細胞を処理してポリヌクレオチドライブラリーを調製した第三者から直接的または間接的にポリヌクレオチドライブラリーを受領する工程を含む、本発明1193の方法。
[本発明1196]
複数のポリヌクレオチド組成物を含むポリヌクレオチド組成物ライブラリーであって、各組成物が独立容器中に存在しており、各組成物が、cDNA領域の3'端にヌクレオチドCを含む単一試料由来cDNA領域と、アダプター領域に連結した試料同定領域を含む試料同定-アダプター領域とを含み、各試料同定-アダプター領域の試料同定領域のヌクレオチド配列が、ライブラリー中の各独立容器中に存在している他の試料同定-アダプター領域の試料同定領域のヌクレオチド配列とは異なり、アダプター領域がアダプター領域の3'端にヌクレオチドGを含み、試料同定-アダプター領域が前記CとGの間の連結によってcDNA領域に取り付けられている、ポリヌクレオチド組成物ライブラリー。
[本発明1197]
cDNA領域が、DNAポリヌクレオチドにハイブリダイズしたRNAポリヌクレオチドを含む、本発明1196のライブラリー。
[本発明1198]
cDNA領域が、cDNAポリヌクレオチドにハイブリダイズしたmRNAポリヌクレオチドを含む、本発明1196または本発明1197のライブラリー。
[本発明1199]
cDNA領域が3'端に少なくとも一つのCを含み、アダプター領域が3'端に少なくとも一つのGを含む、本発明1196〜1198のいずれかのライブラリー。
[本発明1200]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが、試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来cDNA領域を含み、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、cDNA領域がアダプター領域の3'端に連結しており、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なり、試料同定領域が二本鎖である、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1201]
各ポリヌクレオチドが複数の試料同定領域を含む、本発明1200のライブラリー。
[本発明1202]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来のアンプリコン領域を含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1203]
アンプリコン領域の5'端がアダプター領域の3'端に連結しており、ユニバーサルプライマー領域が配列：
2014518618.tif 000001
を含み、アダプター領域が少なくとも一つのGを含む、本発明1202のライブラリー。
[本発明1204]
ユニバーサルプライマー領域の配列がどのヒト遺伝子エクソンとも完全には相補的でなく、ユニバーサルプライマー領域がアダプター領域に干渉しない最小限の二次構造を有する、本発明1202〜1203のいずれかのライブラリー。
[本発明1205]
ユニバーサルプライマー領域が配列：
2014518618.tif 000002
である、本発明1202〜1204のいずれかのライブラリー。
[本発明1206]
アンプリコン領域が、cDNAヌクレオチド配列を含むcDNA領域を含む、本発明1202〜1205のいずれかのライブラリー。
[本発明1207]
第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは、少なくとも1ヌクレオチドで相違する、本発明1202〜1206のいずれかのライブラリー。
[本発明1208]
第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは、少なくとも2ヌクレオチドで相違する、本発明1202〜1207のいずれかのライブラリー。
[本発明1209]
試料同定領域が少なくとも10ヌクレオチド長である、本発明1202〜1208のいずれかのライブラリー。
[本発明1210]
試料同定領域が少なくとも1ヌクレオチド長である、本発明1202〜1209のいずれかのライブラリー。
[本発明1211]
各試料同定領域の配列が表2および表7から選択される、本発明1202〜1210のいずれかのライブラリー。
[本発明1212]
アダプター領域の配列が、その3'端に少なくとも一つのGヌクレオチドを含む、本発明1202〜1211のいずれかのライブラリー。
[本発明1213]
アンプリコン領域が、免疫グロブリン重鎖アンプリコン配列、免疫グロブリン軽鎖アンプリコン配列、T細胞受容体αアンプリコン配列、またはT細胞受容体βアンプリコン配列を含む、本発明1202〜1212のいずれかのライブラリー。
[本発明1214]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが配列5'-A-B-C-D-3'を含み、Aがユニバーサルプライマー領域であり、Bが試料同定領域であり、Cがアダプター領域であり、Dが単一試料由来のアンプリコン領域であり、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1215]
ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来のアンプリコン領域を含むポリヌクレオチドであって、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しているポリヌクレオチド。
[本発明1216]
アンプリコン領域の5'端がアダプター領域の3'端に連結しており、ユニバーサルプライマー領域が
2014518618.tif 000003
を含み、アダプター領域が少なくとも一つのGを含む、本発明1215のポリヌクレオチド。
[本発明1217]
配列5'-A-B-C-D-3'を含むポリヌクレオチドであって、Aがユニバーサルプライマー領域であり、Bが試料同定領域であり、Cがアダプター領域であり、Dが単一試料由来のアンプリコン領域である、ポリヌクレオチド。
[本発明1218]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが、第一のプレート同定領域、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来のアンプリコン領域を含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、第一のプレート同定領域がユニバーサルプライマー領域に機能的に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1219]
単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列とは異なる、本発明1218のライブラリー。
[本発明1220]
単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列とは、少なくとも1ヌクレオチドで相違する、本発明1218〜1219のいずれかのライブラリー。
[本発明1221]
単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列とは、少なくとも2ヌクレオチドで相違する、本発明1218〜1220のいずれかのライブラリー。
[本発明1222]
第一のプレート同定領域が少なくとも10ヌクレオチド長である、本発明1218〜1221のいずれかのライブラリー。
[本発明1223]
第一のプレート同定領域の配列が表3および表6から選択される、本発明1218〜1222のいずれかのライブラリー。
[本発明1224]
第一のプレート同定領域の3'端がユニバーサルプライマー領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域の5'端がアダプター領域の3'端に連結しており、ユニバーサルプライマー領域が
2014518618.tif 000004
を含み、アダプター領域が少なくとも一つのGを含み、各ポリヌクレオチドが、第二のプレート同定領域、第一の配列決定領域、および第二の配列決定領域をさらに含み、第二のプレート同定領域の5'端がアンプリコン領域の3'端に連結しており、第一の配列決定領域の3'端が第一のプレート同定領域の5'端に連結しており、第二の配列決定領域の5'端が第二のプレート同定領域の3'端に連結している、本発明1218〜1223のいずれかのライブラリー。
[本発明1225]
第二のプレート同定領域の配列が各ポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列と同一である、本発明1218〜1224のいずれかのライブラリー。
[本発明1226]
単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第二のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの第二のプレート同定領域の配列とは異なる、本発明1218〜1225のいずれかのライブラリー。
[本発明1227]
単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第二のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの第二のプレート同定領域の配列とは、少なくとも1ヌクレオチドで相違する、本発明1218〜1226のいずれかのライブラリー。
[本発明1228]
単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第二のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの第二のプレート同定領域の配列とは、少なくとも2ヌクレオチドで相違する、本発明1218〜1227のいずれかのライブラリー。
[本発明1229]
第二のプレート同定領域が少なくとも10ヌクレオチド長である、本発明1218〜1228のいずれかのライブラリー。
[本発明1230]
第二のプレート同定領域の配列が表3および表6から選択される、本発明1218〜1229のいずれかのライブラリー。
[本発明1231]
第一の配列決定領域が
2014518618.tif 000005
を含む、本発明1218〜1230のいずれかのライブラリー。
[本発明1232]
第二の配列決定領域が
2014518618.tif 000006
を含む、本発明1218〜1231のいずれかのライブラリー。
[本発明1233]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが配列5'-A-B-C-D-E-3'を含み、Aがプレート同定領域であり、Bがユニバーサルプライマー領域であり、Cが試料同定領域であり、Dがアダプター領域であり、Eが単一試料由来のアンプリコン領域であり、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1234]
第一のプレート同定領域、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来のアンプリコン領域を含むポリヌクレオチドであって、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、第一のプレート同定領域がユニバーサルプライマー領域に機能的に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結している、ポリヌクレオチド。
[本発明1235]
第一のプレート同定領域の3'端がユニバーサルプライマー領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域の5'端がアダプター領域の3'端に連結しており、ユニバーサルプライマー領域が
2014518618.tif 000007
を含み、アダプター領域が少なくとも一つのGを含み、各ポリヌクレオチドが、第二のプレート同定領域、第一の配列決定領域、および第二の配列決定領域をさらに含み、第二のプレート同定領域の5'端がアンプリコン領域の3'端に連結しており、第一の配列決定領域の3'端が第一のプレート同定領域の5'端に連結しており、第二の配列決定領域の5'端が第二のプレート同定領域の3'端に連結している、本発明1234のポリヌクレオチド。
[本発明1236]
配列5'-A-B-C-D-E-3'を含むポリヌクレオチドであって、Aがプレート同定領域であり、Bがユニバーサルプライマー領域であり、Cが試料同定領域であり、Dがアダプター領域であり、Eが単一試料由来のアンプリコン領域である、ポリヌクレオチド。
[本発明1237]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが、第一の制限部位領域、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、単一試料由来のアンプリコン領域、および第二の制限部位領域を含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、第一の制限部位領域がユニバーサルプライマー領域に機能的に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、第二の制限部位領域がアンプリコン領域に機能的に連結しており、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1238]
第一の制限部位領域が1つまたは複数の制限部位を含む、本発明1237のライブラリー。
[本発明1239]
第一の制限部位領域が、NheI、XhoI、BstBI、EcoRI、SacII、BbvCI、PspXI、AgeI、ApaI、KpnI、Acc65I、XmaI、BstEII、DraIII、PacI、FseI、AsiSIおよびAscIからなる群より選択される1つまたは複数の制限部位を含む、本発明1237〜1238のいずれかのライブラリー。
[本発明1240]
第二の制限部位領域が1つまたは複数の制限部位を含む、本発明1237〜1239のいずれかのライブラリー。
[本発明1241]
第二の制限部位領域が、NheI、XhoI、BstBI、EcoRI、SacII、BbvCI、PspXI、AgeI、ApaI、KpnI、Acc65I、XmaI、BstEII、DraIII、PacI、FseI、AsiSIおよびAscIからなる群より選択される1つまたは複数の制限部位を含む、本発明1237〜1240のいずれかのライブラリー。
[本発明1242]
第一の制限部位領域の3'端がユニバーサルプライマー領域の5'端に連結しており、アダプター領域の3'端がアンプリコン領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域の3'端が第二の制限部位領域の5'端に連結しており、ユニバーサルプライマー領域が
2014518618.tif 000008
を含み、アダプター領域が少なくとも一つのGを含む、本発明1237〜1241のいずれかのライブラリー。
[本発明1243]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが配列5'-A-B-C-D-E-F-3'を含み、Aが第一の制限部位領域であり、Bがユニバーサルプライマー領域であり、Cが試料同定領域であり、Dがアダプター領域であり、Eが単一試料由来のアンプリコン領域であり、Fが第二の制限部位領域であり、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1244]
第一の制限部位領域、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、単一試料由来のアンプリコン領域、および第二の制限部位領域を含む、ベクターへの挿入用のポリヌクレオチドであって、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、第一の制限部位領域がユニバーサルプライマー領域に機能的に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、第二の制限部位領域がアンプリコン領域に機能的に連結している、ポリヌクレオチド。
[本発明1245]
第一の制限部位領域の3'端がユニバーサルプライマー領域の5'端に連結しており、アダプター領域の3'端がアンプリコン領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域の3'端が第二の制限部位領域の5'端に連結しており、ユニバーサルプライマー領域が
2014518618.tif 000009
を含み、アダプター領域が少なくとも一つのGを含む、本発明1244のポリヌクレオチド。
[本発明1246]
配列5'-A-B-C-D-E-F-3'を含む、ベクターにおける挿入用のポリヌクレオチドであって、Aが第一の制限部位領域であり、Bがユニバーサルプライマー領域であり、Cが試料同定領域であり、Dがアダプター領域であり、Eが単一試料由来のアンプリコン領域であり、Fが第二の制限部位領域である、ポリヌクレオチド。
[本発明1247]
ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、およびアダプター領域を含むポリヌクレオチドアダプター分子であって、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結している、ポリヌクレオチドアダプター分子。
[本発明1248]
ユニバーサルプライマー領域が
2014518618.tif 000010
を含み、アダプター領域が少なくとも一つのGを含む、本発明1247の分子。
[本発明1249]
ユニバーサルプライマー領域とプレート同定領域とを含み、プレート同定領域の3'端がユニバーサルプライマー領域の5'端に連結している、ポリヌクレオチドプライマー。
[本発明1250]
ユニバーサルプライマー領域が
2014518618.tif 000011
を含み、プライマーが配列決定領域をさらに含み、配列決定領域の3'端がプレート同定領域の5'端に連結している、本発明1247のプライマー。
[本発明1251]
本発明1001〜1250のいずれかのポリヌクレオチドを含む、ベクタ-。
[本発明1252]
複数のポリヌクレオチドを含む、本発明1251のベクター。
[本発明1253]
pEE6.4およびpEE12.4からなる群より選択される、本発明1251〜1252のいずれかのベクター。
[本発明1254]
本発明1251〜1253のいずれかのベクターまたは本発明1001〜1250のいずれかのポリヌクレオチドを含む、単離された宿主細胞。
[本発明1255]
CHO細胞、CHO-K1細胞、CHO-S細胞、NS0細胞、dhfr-であるCHO細胞、CHO-dhfr-、DUKX-B11 CHO細胞、およびDG44 CHO細胞からなる群より選択される、本発明1254の宿主細胞。
[本発明1256]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
1つまたは複数の対象から取得した複数の試料に関連する複数のcDNAを含むcDNAライブラリーを取得する工程であって、各cDNAが複数の試料中の単一試料に関連し、各試料に関連する各cDNAが独立容器中に存在している、工程；および
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製するために、アダプター分子を各試料に関連するcDNAに付加する工程であって、アダプター分子が試料同定領域とアダプター領域とを含み、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、各アダプター分子の試料同定領域の配列が、ライブラリー中の各cDNAに付加される他のアダプター分子の試料同定領域の配列とは異なる、工程。
[本発明1257]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製するために、アダプター領域の3'端をライブラリー中の各cDNAの3'端に取り付ける工程をさらに含む、本発明1256の方法。
[本発明1258]
cDNAライブラリーを取得する工程が、複数の試料を取得する工程および試料を処理してcDNAライブラリーを調製する工程を含む、本発明1256〜1257のいずれかの方法。
[本発明1259]
アダプター分子がユニバーサルプライマー領域をさらに含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結している、本発明1256〜1258のいずれかの方法。
[本発明1260]
各cDNA領域が、cDNAポリヌクレオチドにハイブリダイズしたmRNAポリヌクレオチドを含む、本発明1256〜1259のいずれかの方法。
[本発明1261]
各試料が細胞を含む、本発明1256〜1260のいずれかの方法。
[本発明1262]
細胞がB細胞である、本発明1256〜1261のいずれかの方法。
[本発明1263]
B細胞が、形質芽球、メモリーB細胞、または形質細胞である、本発明1256〜1262のいずれかの方法。
[本発明1264]
各試料が複数の細胞を含む、本発明1256〜1263のいずれかの方法。
[本発明1265]
cDNAライブラリーを取得する工程が、複数の試料を処理してcDNAライブラリーを調製した第三者から直接的または間接的にcDNAライブラリーを受領する工程を含む、本発明1256〜1264のいずれかの方法。
[本発明1266]
アダプターが、逆転写反応中に生成したcDNAの3'テールにアダプターをアニールすることによって付加される、本発明1256〜1265のいずれかの方法。
[本発明1267]
各cDNAが少なくとも一つのCヌクレオチドを含み、Cが各cDNAの3'端にあり、アダプター領域が少なくとも一つのGヌクレオチドを含み、Gがアダプター領域の3'端にあり、アダプター領域が、前記GとCの間の結合によって各cDNAに取り付けられる、本発明1256〜1266のいずれかの方法。
[本発明1268]
アダプター分子が一本鎖であり、酵素にアダプター分子を二本鎖化させることによって各cDNA中にアダプター分子を組み込む工程をさらに含む、本発明1256〜1267のいずれかの方法。
[本発明1269]
MMLV H-逆転写酵素によって関心対象のポリヌクレオチドを作製するために、アダプター分子が各cDNAに組み込まれる、本発明1256〜1268のいずれかの方法。
[本発明1270]
配列決定用の1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程であって、各ポリヌクレオチドが、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来のアンプリコン領域を含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、工程；および
配列決定用の1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製するために、ポリヌクレオチドライブラリーを1セットのプライマーで増幅する工程であって、配列決定用の1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドが、第一の配列決定領域、第一のプレート同定領域、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、単一試料由来のアンプリコン領域、および第二の配列決定領域を含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、第一のプレート同定領域がユニバーサルプライマー領域に機能的に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、第一の配列決定領域が関心対象のポリヌクレオチドの5'端にあり、第二の配列決定領域が関心対象のポリヌクレオチドの3'端にある、工程。
[本発明1271]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを配列決定する工程をさらに含む、本発明1270の方法。
[本発明1272]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを454シークエンシングで配列決定する工程をさらに含む、本発明1270の方法。
[本発明1273]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドをSMRTシークエンシングで配列決定する工程をさらに含む、本発明1270の方法。
[本発明1274]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドをSOLiDシークエンシングで配列決定する工程をさらに含む、本発明1270の方法。
[本発明1275]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドをSOLEXAシークエンシングで配列決定する工程をさらに含む、本発明1270の方法。
[本発明1276]
1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドをtSMSシークエンシングで配列決定する工程をさらに含む、本発明1270の方法。
[本発明1277]
プライマーのセットが、表1および表5に示すプライマーから選択される、本発明1270の方法。
[本発明1278]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が実験室でポリヌクレオチドライブラリーを調製する工程を含む、本発明1270の方法。
[本発明1279]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が、ポリヌクレオチドライブラリーを調製した第三者から直接的または間接的にポリヌクレオチドライブラリーを受領する工程を含む、本発明1270の方法。
[本発明1280]
配列決定データを解析するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
複数のポリヌクレオチドに関連するデータセットを取得する工程であって、データセットが複数のポリヌクレオチドに関する配列決定データを含み、複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチドが試料同定領域を含み、各ポリヌクレオチドの各試料同定領域が単一試料に関して固有であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来の複数のポリヌクレオチド中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、工程；および
同一の試料同定領域を有するポリヌクレオチドをマッチングさせるためにデータセットを解析する工程であって、マッチはポリヌクレオチドが同じ試料に由来したことを示す、工程。
[本発明1281]
複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチドが、第一のプレート同定領域をさらに含み、各ポリヌクレオチドの各第一のプレート同定領域と試料同定領域との各組合せが単一試料に関して固有であり、単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来の複数のポリヌクレオチド中の他のポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列とは異なり、同一の第一のプレート同定領域および同一の試料同定領域を有するポリヌクレオチドをマッチングさせるためにデータセットを解析する工程をさらに含み、両領域間のマッチはポリヌクレオチドが同じ試料に由来したことを示す、本発明1280の方法。
[本発明1282]
データセットを取得する工程が、複数のポリヌクレオチドを取得する工程、および複数のポリヌクレオチドを配列決定してデータセットを実験的に決定する工程を含む、本発明1280の方法。
[本発明1283]
データセットを取得する工程が、複数のポリヌクレオチドを配列決定してデータセットを実験的に決定した第三者から直接的または間接的にデータセットを受領する工程を含む、本発明1280の方法。
[本発明1284]
データセットが電子記憶媒体に格納される、本発明1280の方法。
[本発明1285]
単一試料が単一細胞である、本発明1280の方法。
[本発明1286]
単一試料が単一細胞を含む、本発明1280の方法。
[本発明1287]
単一試料が単一のB細胞を含む、本発明1280の方法。
[本発明1288]
単一試料が複数のB細胞を含む、本発明1280の方法。
[本発明1289]
クローニング用の1つまたは複数のポリヌクレオチドを選択する工程をさらに含む、本発明1280の方法。
[本発明1290]
関心対象の第一のポリヌクレオチドの選択に基づいて関心対象の第二のポリヌクレオチドを同定するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
複数のポリヌクレオチドに関連するデータセットを取得する工程であって、データセットが複数のポリヌクレオチドに関する配列決定データを含み、複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチドが試料同定領域を含み、各ポリヌクレオチドの各試料同定領域は単一試料に関して固有であることによって、複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチドを異なる単一試料と関連づけており、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来の複数のポリヌクレオチド中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、工程；および
データセットから第一の単一試料に関連する関心対象の第一のポリヌクレオチドを選択し、関心対象の第一のポリヌクレオチドの試料同定領域に基づいて第一の単一試料中の関心対象の第二のポリヌクレオチドを同定する工程。
[本発明1291]
複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチドが、第一のプレート同定領域をさらに含み、各ポリヌクレオチドの各第一のプレート同定領域と試料同定領域との各組合せが単一試料に関して固有であり、単一試料の第一のセット由来の各ポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列が、前記単一試料の第一のセットとは異なる1つまたは複数の単一試料セット由来の複数のポリヌクレオチド中の他のポリヌクレオチドの第一のプレート同定領域の配列とは異なり、関心対象の第一のポリヌクレオチドの試料同定領域と第一のプレート同定領域とに基づいて第一の単一試料中の関心対象の第二のポリヌクレオチドを同定する工程をさらに含む、本発明1290の方法。
[本発明1292]
第一の単一試料がB細胞を含む、本発明1291の方法。
[本発明1293]
第一の単一試料が複数のB細胞を含む、本発明1291の方法。
[本発明1294]
第一の単一試料がB細胞を含み、関心対象の第一のポリヌクレオチドが抗体重鎖ヌクレオチド配列を含み、関心対象の第二のポリヌクレオチドが抗体軽鎖ヌクレオチド配列を含む、本発明1291の方法。
[本発明1295]
第一の単一試料がB細胞を含み、関心対象の第一のポリヌクレオチドが抗体軽鎖ヌクレオチド配列を含み、関心対象の第二のポリヌクレオチドが抗体重鎖ヌクレオチド配列を含む、本発明1291の方法。
[本発明1296]
データセットを取得する工程が、複数のポリヌクレオチドを取得する工程、および複数のポリヌクレオチドを配列決定してデータセットを実験的に決定する工程を含む、本発明1291の方法。
[本発明1297]
データセットを取得する工程が、複数のポリヌクレオチドを配列決定してデータセットを実験的に決定した第三者から直接的または間接的にデータセットを受領する工程を含む、本発明1291の方法。
[本発明1298]
データセットが電子記憶媒体に格納される、本発明1291の方法。
[本発明1299]
クローニング用の1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程であって、各ポリヌクレオチドが、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来のアンプリコン領域を含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、ユニバーサルプライマー領域の配列が前記複数のポリヌクレオチド中の各ポリヌクレオチド上で実質的に同一であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、工程；および
クローニング用の1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドを作製するために、ポリヌクレオチドライブラリーを1セットのプライマーで増幅する工程であって、クローニング用の1つまたは複数の関心対象のポリヌクレオチドが、第一の制限部位領域、ユニバーサルプライマー領域、試料同定領域、アダプター領域、単一試料由来のアンプリコン領域、および第二の制限部位領域を含み、ユニバーサルプライマー領域の3'端が試料同定領域の5'端に連結しており、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結しており、第一の制限部位領域が関心対象のポリヌクレオチドの5'端にあり、第二の制限部位領域が関心対象のポリヌクレオチドの3'端にある、工程。
[本発明1300]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が、実験室でポリヌクレオチドライブラリーを調製する工程を含む、本発明1299の方法。
[本発明1301]
ポリヌクレオチドライブラリーを取得する工程が、ポリヌクレオチドライブラリーを調製した第三者から直接的または間接的にポリヌクレオチドライブラリーを受領する工程を含む、本発明1299の方法。
[本発明1302]
関心対象の分子を作製する方法であって、以下の工程を含む、方法：
試料同定領域、アダプター領域、および単一試料由来のアンプリコン領域を含むポリヌクレオチドを含む宿主細胞を取得する工程であって、試料同定領域の3'端がアダプター領域の5'端に連結しており、アンプリコン領域がアダプター領域に機能的に連結している、工程；および
関心対象の分子を作製するのに十分な条件下で宿主細胞を培養する工程。
[本発明1303]
宿主細胞を取得する工程が、実験室でポリヌクレオチドを含む宿主細胞を調製する工程を含む、本発明1302の方法。
[本発明1304]
宿主細胞を取得する工程が、宿主細胞を調製した第三者から直接的または間接的に、ポリヌクレオチドを含む宿主を受領する工程を含む、本発明1302の方法。
[本発明1305]
関心対象の分子がタンパク質である、本発明1302の方法。
[本発明1306]
関心対象の分子が抗体である、本発明1302の方法。
[本発明1307]
関心対象の分子がヒトモノクローナル抗体である、本発明1302の方法。
[本発明1308]
関心対象の分子を収集する工程をさらに含む、本発明1302の方法。
[本発明1309]
本発明1001〜1308のいずれかのポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドライブラリー、ベクター、または宿主細胞と、使用説明書とを含むキット。
[本発明1310]
複数の関心対象の連続しないポリヌクレオチド配列を連結しバーコード化する方法であって、以下の工程を含む、方法：
（a）複数のcDNA分子を提供する工程；
（b）関心対象のcDNA分子を物理的に連結する工程；および
（c）物理的連結の前、間、または後に、関心対象のcDNAにバーコード配列を付加する工程。
[本発明1311]
物理的連結がライゲーションによる、本発明1310の方法。
[本発明1312]
物理的連結が組換えによる、本発明1310の方法。
[本発明1313]
物理的連結が、オーバーラップ-伸長配列を用いる工程を含む、本発明1310の方法。
[本発明1314]
バーコード配列が、物理的に連結されたcDNAの末端の一方または両方にある、本発明1310の方法。
[本発明1315]
バーコード配列が、物理的に連結されたcDNAの間にある、本発明1310の方法。
[本発明1316]
ライゲーションが、適合する末端のアニーリングおよびライゲーションによって行われる、本発明1311の方法。
[本発明1317]
適合する末端が制限部位である、本発明1310の方法。
[本発明1318]
ライゲーションが平滑末端ライゲーションによって行われる、本発明1310の方法。
[本発明1319]
オーバーラップ-伸長配列が、オーバーラップ-伸長テールを含むプライマーを使った増幅の過程において付加される、本発明1310の方法。
[本発明1320]
オーバーラップ-伸長配列が、オーバーラップ-伸長テールを含むプライマーを使った逆転写の過程において付加される、本発明1310の方法。
[本発明1321]
オーバーラップ-伸長配列が、逆転写反応中に生成したcDNAの3'テールにアダプターをアニーリングさせることによって付加される、本発明1310の方法。
[本発明1322]
バーコード配列がライゲーションによって付加される、本発明1310の方法。
[本発明1323]
ライゲーションが、適合する末端のアニーリングおよびライゲーションによって行われる、本発明1310の方法。
[本発明1324]
適合する末端が制限部位である、本発明1310の方法。
[本発明1325]
ライゲーションが、バーコード配列を含むアダプターの平滑末端ライゲーションによって行われる、本発明1310の方法。
[本発明1326]
バーコード配列が、バーコード配列を含むプライマーを使った増幅反応の過程において付加される、本発明1310の方法。
[本発明1327]
バーコード配列が、バーコード配列を含むプライマーを使った逆転写反応の過程において付加される、本発明1310の方法。
[本発明1328]
バーコード配列が、逆転写反応中に生成したcDNAの3'テールにアダプターをアニーリングさせることによって付加される、本発明1310の方法。
[本発明1329]
cDNAの3'端が少なくとも一つのCヌクレオチドを含み、アダプターの3'端が少なくとも一つのGヌクレオチドを含み、アダプターが前記CとGの間の結合によって各cDNAに取り付けられる、本発明1310の方法。
[本発明1330]
アダプターが一本鎖であり、酵素にアダプターを二本鎖化させることによって各cDNA中にアダプター分子を組み込む工程をさらに含む、本発明1310の方法。
[本発明1331]
アダプターが、MMLV H-逆転写酵素によって各cDNA中に組み込まれる、本発明1310の方法。
[本発明1332]
オーバーラップ-伸長配列がバーコード配列を含む、本発明1310の方法。
[本発明1333]
関心対象のポリヌクレオチド配列が抗体の重鎖および軽鎖を含む、本発明1310の方法。
[本発明1334]
（d）物理的連結の前、間、または後に、関心対象のcDNAに配列決定領域を付加する工程をさらに含む、本発明1310の方法。
[本発明1335]
配列決定領域がアダプターと共に付加される、本発明1310の方法。
[本発明1336]
（e）NextGenシークエンシングプラットホームを用いる、物理的に連結された関心対象のcDNA分子の配列決定工程をさらに含む、本発明1310の方法。
[本発明1337]
NextGenシークエンシングプラットホームが454シークエンシングである、本発明1310の方法。
[本発明1338]
NextGenシークエンシングプラットホームがSMRTシークエンシングである、本発明1310の方法。
[本発明1339]
NextGenシークエンシングプラットホームがSOLiDシークエンシングである、本発明1310の方法。
[本発明1340]
NextGenシークエンシングプラットホームがSOLEXAシークエンシングである、本発明1310の方法。
[本発明1341]
NextGenシークエンシングプラットホームがtSMSシークエンシングである、本発明1310の方法。
[本発明1342]
複数のcDNA分子が、少なくとも6個、少なくとも12個、少なくとも24個、少なくとも48個、少なくとも96個、少なくとも384個、少なくとも1536個、またはそれより多いウェルを有するプレートに含まれている単一試料由来のものである、本発明1310の方法。
[本発明1343]
複数のcDNA分子が、それぞれが少なくとも96個のウェルを有する少なくとも1枚、2枚、3枚、4枚、5枚、6枚、7枚、8枚、9枚、10枚、20枚、30枚、40枚、50枚、75枚、100枚、またはそれより多いプレートに含まれている単一試料由来のものである、本発明1310の方法。
[本発明1344]
関心対象のポリヌクレオチド配列を含有する複数の試料を連結しバーコード化する方法であって、以下の工程を含む、方法：
（a）試料を複数の容器に分配する工程；
（b）試料由来のテンプレートを使って関心対象のポリヌクレオチド配列を合成する工程であって、該合成がバーコード配列の付加をもたらす、工程；および
（c）工程（b）において合成した関心対象のポリヌクレオチド配列の連結を達成する工程。
[本発明1345]
各試料が細胞を含む、本発明1344の方法。
[本発明1346]
細胞がB細胞である、本発明1344の方法。
[本発明1347]
B細胞が、形質芽球、メモリーB細胞、または形質細胞である、本発明1344の方法。
[本発明1348]
各試料が複数の細胞を含む、本発明1344の方法。
[本発明1349]
関心対象のポリヌクレオチド配列が抗体の重鎖および軽鎖を含む、本発明1344の方法。
[本発明1350]
合成がRT-PCR増幅を含む、本発明1344の方法。
[本発明1351]
RT-PCR増幅が一段階で行われる、本発明1344の方法。
[本発明1352]
関心対象のポリヌクレオチドの連結が、オーバーラップ-伸長プライマーを使ったRT-PCR増幅の過程において行われる、本発明1344の方法。
[本発明1353]
（d）バーコード配列の付加または連結の前、間、または後に、配列決定領域を関心対象のポリヌクレオチド配列に付加する工程をさらに含む、本発明1344の方法。
[本発明1354]
配列決定領域がアダプターと共に付加される、本発明1344の方法。
[本発明1355]
（e）NextGenシークエンシングプラットホームを用いる、連結された関心対象のポリヌクレオチド配列の配列決定工程をさらに含む、本発明1344の方法。
[本発明1356]
NextGenシークエンシングプラットホームが454シークエンシングである、本発明1344の方法。
[本発明1357]
NextGenシークエンシングプラットホームがSMRTシークエンシングである、本発明1344の方法。
[本発明1358]
NextGenシークエンシングプラットホームがSOLiDシークエンシングである、本発明1344の方法。
[本発明1359]
NextGenシークエンシングプラットホームがSOLEXAシークエンシングである、本発明1344の方法。
[本発明1360]
NextGenシークエンシングプラットホームがtSMSシークエンシングである、本発明1344の方法。
[本発明1361]
複数の試料が、少なくとも6個、少なくとも12個、少なくとも24個、少なくとも48個、少なくとも96個、少なくとも384個、少なくとも1536個、またはそれより多いウェルを有するプレートに含まれている単一試料である、本発明1344の方法。
[本発明1362]
複数の試料が、それぞれが少なくとも96個のウェルを有する少なくとも1枚、2枚、3枚、4枚、5枚、6枚、7枚、8枚、9枚、10枚、20枚、30枚、40枚、50枚、75枚、100枚、200枚、500枚またはそれより多いプレートに含まれている単一試料である、本発明1344の方法。
[本発明1363]
複数の関心対象の連続しないポリヌクレオチド配列を連結しバーコード化する方法であって、以下の工程を含む、方法：
（a）単離された1つまたは複数の細胞を得るために細胞を複数の容器に分配する工程；
（b）該単離された1つまたは複数の細胞由来のテンプレートを使って関心対象のポリヌクレオチド配列を増幅する工程であって、該増幅がバーコード配列の付加をもたらす、工程；および
（c）工程（b）において増幅された関心対象のポリヌクレオチド配列の連結を達成する工程。
[本発明1364]
関心対象のヌクレオチド配列が抗体の重鎖および軽鎖を含む、本発明1363の方法。
[本発明1365]
増幅がRT-PCR増幅を含む、本発明1363の方法。
[本発明1366]
RT-PCR増幅が一段階で行われる、本発明1363の方法。
[本発明1367]
関心対象のヌクレオチドの連結が、オーバーラップ-伸長プライマーを使ったRT-PCR増幅の過程において行われる、本発明1363の方法。
[本発明1368]
（d）バーコード配列の付加または連結の前、間、または後に、配列決定領域を関心対象のポリヌクレオチド配列に付加する工程をさらに含む、本発明1363の方法。
[本発明1369]
配列決定領域がアダプターと共に付加される、本発明1363の方法。
[本発明1370]
（e）NextGenシークエンシングプラットホームを用いる、連結された関心対象のポリヌクレオチド配列の配列決定工程をさらに含む、本発明1363の方法。
[本発明1371]
NextGenシークエンシングプラットホームが454シークエンシングである、本発明1363の方法。
[本発明1372]
NextGenシークエンシングプラットホームがSMRTシークエンシングである、本発明1363の方法。
[本発明1373]
NextGenシークエンシングプラットホームがSOLiDシークエンシングである、本発明1363の方法。
[本発明1374]
NextGenシークエンシングプラットホームがSOLEXAシークエンシングである、本発明1363の方法。
[本発明1375]
NextGenシークエンシングプラットホームがtSMSシークエンシングである、本発明1363の方法。
[本発明1376]
1つまたは複数の細胞が、少なくとも6個、少なくとも12個、少なくとも24個、少なくとも48個、少なくとも96個、少なくとも384個、少なくとも1536個、またはそれより多いウェルを有するプレートに含まれる、本発明1363の方法。
[本発明1377]
1つまたは複数の細胞が、それぞれが少なくとも96個のウェルを有する少なくとも1枚、2枚、3枚、4枚、5枚、6枚、7枚、8枚、9枚、10枚、20枚、30枚、40枚、50枚、75枚、100枚、またはそれより多いプレートに含まれる、本発明1363の方法。
[本発明1378]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが配列5'-A-B-C-D-3'を含み、Aが試料同定領域（バーコード配列）であり、Bが単一試料由来の第一のcDNA領域であり、Cがリンカー領域であり、Dが同じ単一試料由来の第二のcDNA領域であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1379]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが配列5'-A-B-C-D-3'を含み、Aが単一試料由来の第一のcDNA領域であり、Bがリンカー領域であり、Cが同じ単一試料由来の第二のcDNA領域であり、Dが試料同定領域（バーコード配列）であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1380]
複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリーであって、各ポリヌクレオチドが配列5'-A-B-C-3'を含み、Aが単一試料由来の第一のcDNA領域であり、Bが試料同定領域（バーコード配列）を含むリンカー領域であり、Cが同じ単一試料由来の第二のcDNA領域であり、第一の単一試料由来の各ポリヌクレオチドの試料同定領域の配列が、第一の単一試料とは異なる1つまたは複数の試料由来のライブラリー中の他のポリヌクレオチドの試料同定領域の配列とは異なる、ポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1381]
第一のcDNA領域が抗体重鎖を含み、第二のcDNA領域が抗体軽鎖を含む、本発明1378のポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1382]
少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも3000種、少なくとも10,000種、少なくとも30,000種、少なくとも100,000種、少なくとも300,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも3,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも30,000,000種、またはそれより多いメンバーを含む、本発明1378のポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1383]
細胞試料の全トランスクリプトームのうち、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも3000種、少なくとも10,000種、少なくとも30,000種、またはそれより多い遺伝子を含む、本発明1378のポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1384]
個体の血液中に存在している相違する抗体種のうち、少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも10,000種、少なくとも100,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも100,000,000種、またはそれより多い抗体種を含む、本発明1378のポリヌクレオチドライブラリー。
[本発明1385]
抗体が、形質芽球、形質細胞、メモリーB細胞、長寿命形質細胞、他のB系統細胞またはそれらの組み合わせによって発現される、本発明1378の抗体種。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２２】
本明細書において使用されるように、「B細胞免疫グロブリン可変領域」とは、B細胞から単離された免疫グロブリン可変ヌクレオチド配列をさす。例えば、免疫グロブリン可変配列には、メモリーB細胞、活性化されたB細胞、または形質芽球のような関心対象のB細胞から単離された免疫グロブリン配列のV領域、J領域、および／またはD領域が含まれ得る。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５０】
いくつかの局面において、ポリヌクレオチドライブラリーの中の多数のポリヌクレオチド組成物は、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも3000種、少なくとも10,000種、少なくとも30,000種、少なくとも100,000種、少なくとも300,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも3,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも30,000,000種、またはそれより多いメンバーを含み得る。他の局面において、ポリヌクレオチドライブラリーの中の多数のポリヌクレオチド組成物は、細胞試料の全トランスクリプトームのうちの少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも3000種、少なくとも10,000種、少なくとも30,000種、またはそれより多い遺伝子を含み得る。他の局面において、ポリヌクレオチドライブラリーの中の多数のポリヌクレオチド組成物は、個体の血中に存在する異なる抗体種のうちの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも10,000種、少なくとも100,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも1,000,000,000種、またはそれより多い抗体種を含む。これらの抗体種は、形質芽球、形質細胞、メモリーB細胞、長命形質細胞、未感作B細胞、その他のB系列細胞、またはそれらの組み合わせによって発現され得る。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８１】
免疫細胞
試料は免疫細胞を含み得る。免疫細胞には、T細胞およびB細胞が含まれ得る。T細胞（Tリンパ球）には、例えば、T細胞受容体を発現する細胞が含まれる。B細胞には、例えば、活性化されたB細胞、芽球化（blasting）B細胞、形質細胞、形質芽球、メモリーB細胞、B1細胞、B2細胞、辺縁帯B細胞、および濾胞B細胞が含まれる。T細胞には、活性化されたT細胞、芽球化T細胞、ヘルパーT細胞（エフェクターT細胞またはTh細胞）、細胞障害性T細胞（CTL）、メモリーT細胞、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、および調節性T細胞が含まれる。試料は、いくつかの適用（例えば、関連するT細胞もしくはB細胞を定義するための較正テスト）において、単一細胞を含み得、または、より一般には、少なくとも1,000個、少なくとも10,000個、少なくとも100,000個、少なくとも250,000個、少なくとも500,000個、少なくとも750,000個、もしくは少なくとも1,000,000個の細胞を含み得る。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８３】
B細胞の活性化および分化
B細胞は、炎症性免疫応答の状況で抗原を認識した時、活性化され分化する。それらは、一般的に、活性化される2種のシグナルを含み、1種のシグナルはBCR（膜結合型の再編成された免疫グロブリン）を通して伝達され、もう1種はCD40またはその他の同時刺激分子を通して伝達される。この第二のシグナルは、表面上にCD40のためのリガンド（CD40L）を発現しているヘルパーT細胞との相互作用を通して提供され得る。次いで、B細胞は増殖し、抗体遺伝子のヌクレオチド配列にランダムな変化が起こる体細胞突然変異を受ける場合があり、より高い親和性を有する抗体のB細胞が選択される。それらは、IgMアイソタイプをコードする重鎖の定常領域が、IgGアイソタイプ、IgAアイソタイプ、またはIgEアイソタイプをコードする定常領域に切り替わる「クラススイッチ」を受ける場合もある。分化中のB細胞は、最後には、メモリーB細胞となり得、それらは、一般的に、より高い親和性を有し、クラススイッチを受けているが、いくつかのメモリーB細胞は、IgMアイソタイプのままである。メモリーB細胞が活性化され、形質芽球へ分化し、最終的に、形質細胞へ分化する場合もある。分化中のB細胞が、まず、形質芽球となり、次いで、形質細胞へ分化する場合もある。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８７】
形質芽球および形質細胞
形質細胞は、長命または短命のいずれかであり得る。長命形質細胞は、生物の一生を通して生存し得、短命形質細胞は3〜4日間持続し得る。長命形質細胞は、炎症の区域、粘膜区域（IgA分泌形質細胞の場合）、（脾臓もしくはリンパ節のような）二次リンパ組織、または骨髄のいずれかに存在する。これらの多岐にわたる区域に到達するため、長命形質細胞となるよう運命付けられた形質芽球は、まず、血流を通って移動した後、適切な区域へ輸送する様々なケモカイン勾配を利用する。形質芽球は、親和性成熟を受けた細胞であり、典型的にはクラススイッチを受けており、一般的に、抗体を分泌するが、形質細胞によって産生される抗体の量よりは概して少量である。形質細胞は、抗体分泌専門の細胞である。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１７】
いくつかの局面において、各試料は細胞を含む。いくつかの局面において、細胞はB細胞である。いくつかの局面において、B細胞は、形質芽球、メモリーB細胞、または形質細胞である。いくつかの局面において、各試料は多数の細胞を含む。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２３８】
一つの局面において、方法は、連結されバーコード付けされた関心対象のポリヌクレオチドのライブラリーを生成する。いくつかの局面において、ポリヌクレオチドライブラリーの中の多数のポリヌクレオチド組成物は、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも3000種、少なくとも10,000種、少なくとも30,000種、少なくとも100,000種、少なくとも300,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも3,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも30,000,000種、またはそれより多いメンバーを含み得る。他の局面において、ポリヌクレオチドライブラリーの中の多数のポリヌクレオチド組成物は、細胞試料の全トランスクリプトームの少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも3000種、少なくとも10,000種、少なくとも30,000種、またはそれより多い遺伝子を含み得る。他の局面において、ポリヌクレオチドライブラリーの中の多数のポリヌクレオチド組成物は、個体の血中に存在する異なる抗体種のうちの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも10種、少なくとも30種、少なくとも100種、少なくとも300種、少なくとも1000種、少なくとも10,000種、少なくとも100,000種、少なくとも1,000,000種、少なくとも10,000,000種、少なくとも1,000,000,000種、またはそれより多い抗体種を含む。これらの抗体種は、形質芽球、形質細胞、メモリーB細胞、長命形質細胞、未感作B細胞、その他のB系列細胞、またはそれらの組み合わせによって発現され得る。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０４】
いくつかの局面において、特定の標識された抗原に対する反応性を有する形質芽球またはその他のB系列細胞のみを単一細胞分取するため、蛍光標識された抗原が使用される。他の局面において、単一細胞分取を行う前に、特定の標識された抗原に対する反応性を有する形質芽球またはその他のB系列細胞を濃縮するため、蛍光標識された抗原が使用される。いくつかの局面において、B系列細胞を同定し分取するため、蛍光原性または色素原性の分子が使用され得る。いくつかの局面において、所望の形質芽球またはその他のB系列細胞は、磁気活性化細胞分取（magnetic-activated cell sorting）（MACS）によって単離されてもよいし、さらにはパニングによって単離されてもよい。結果として得られる産物は、一般に、特別に関心対象の細胞型、微生物、細菌、マイコバクテリア、寄生虫、およびウイルスを枯渇させるための、癌抗原、サイトカイン、ケモカイン、増殖因子、分泌型タンパク質、細胞表面抗原、およびその他の抗原を含むが、これらに限定されない、多様な標的に対するモノクローナル抗体である。