【事件の表示】
　特願２００８−５２７１９３「粒子相互作用を計算するための並行計算アーキテクチャ」拒絶査定不服審判事件〔平成１９年　２月２２日国際公開，ＷＯ２００７／０２２４６９、平成２１年　２月　５日国内公表、特表２００９−５０５２９９〕について，次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は，成り立たない。
【理　由】
第１．手続の経緯
　本願は，２００６年８月１８日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２００５年８月１８日，２００６年１月４日，２００６年４月１９日　アメリカ合衆国）を国際出願日とする出願であって，
　平成２０年２月２８日付けで特許法第１８４条の４第１項の規定による明細書，請求の範囲，及び，図面（図面の中の説明に限る）の日本語による翻訳文，並びに，条約第３４条（２）（ｂ）の規定に基づく補正書の日本語による翻訳文が提出され，平成２１年８月１０日付けで審査請求がなされ，平成２２年１０月２８日付けで審査官により拒絶理由が通知され，これに対して平成２３年２月２日付けで意見書が提出されると共に手続補正がなされたが，平成２３年９月２２日付けで審査官により拒絶査定がなされ，これに対して平成２４年１月２７日付けで審判請求がなされると共に手続補正がなされ，平成２４年３月２９日付けで審査官により特許法第１６４条第３項の規定に基づく報告がなされ，平成２４年８月２９日付けで当審により特許法第１３４条第４項の規定に基づく審尋がなされ，平成２４年１２月３日付けで回答書の提出があったものである。
　
第２．平成２４年１月２７日付けの手続補正の却下の決定
　
　［補正却下の決定の結論］
　
　平成２４年１月２７日付け手続補正を却下する。
　
　［理由］
　
１．補正の内容
　平成２４年１月２７日付けの手続補正（以下，「本件手続補正」という）により，平成２３年２月２日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲，
「　【請求項１】
　多体シミュレーションの相互作用を計算するために処理モジュール（４１００）のアレイを備える計算システムであって，
　複数の前記処理モジュール（４１００）が直列に相互接続されることによって処理グループが構成され，
　それぞれ前記処理モジュール（４１００）は：
　それぞれ空間的位置が関連付けられたデータ要素を記憶する記憶装置（４１３０）と；
　前記データ要素の間の対毎の計算を実行する計算回路（４１４０）であって，前記対毎の計算は，前記記憶装置（４１３０）からのデータ要素と；前記直列な処理モジュール（４１００）を通過するデータ要素とを使用することと；
　前記データ要素にそれぞれ関連付けられている空間的位置の間の分離に応じて前記データ要素の対を選択する選択回路（４３５０）と
を備えることを特徴とする，計算システム。
　　【請求項２】
　前記処理モジュール（４１００）の前記アレイが有する前記処理グループの数は，２つまたはそれ以上である，
　請求項１記載の計算システム。
　　【請求項３】
　前記計算システムはさらに，前記処理グループ間にデータ要素を分配するための分配モジュール（４２１０）を備える，
　請求項１記載の計算システム。
　　【請求項４】
　前記計算システムはさらに，それぞれの前記処理グループにより生成された対毎の計算結果を組合わせるための組合せモジュール（４２２０）を備える，
　請求項１記載の計算システム。
　　【請求項５】
　多体シミュレーションの粒子相互作用を計算するための処理モジュール（４１００）（４１００）であって，前記処理モジュール（４１００）は，空間的位置にそれぞれ関連付けられているデータ要素の間の対毎の計算を実行するように構成され，対毎の計算はそれぞれ，データ要素の第１の集合からのデータ要素と，データ要素の第２の集合からのデータ要素とを用い，
　前記処理モジュール（４１００）は：
　前記第１の集合の互いに異なる部分集合に対する記憶装置にそれぞれ関連付けられるマッチングユニット（４３５０）の集合であって，それぞれ前記マッチングユニット（４３５０）は，前記データ要素に関連付けられた位置同士の間の分離に応じて，前記第１の集合から得られたデータ要素と，前記第２の集合から得られたデータ要素との対であるデータ要素対を選択するように構成されていることと；
　前記第２の集合内の一連の前記データ要素を受取る入力（４１１０）であって，前記入力（４１１０）は，受取った前記データ要素を前記マッチングユニット（４３５０）それぞれに渡すようにこれら前記マッチングユニット（４３５０）に結合されていることと；
　前記データ要素対を受取るために前記マッチングユニット（４３５０）に結合された計算ユニット（４３４４）と；
　前記計算ユニット（４３４４）から出力された結果を送出するための出力（４１２２）と
を備えることを特徴とする，前記処理モジュール（４１００）。
　　【請求項６】
　前記処理モジュール（４１００）はさらに，受取った一連のデータ要素を他のモジュールに送出するための出力（４１１２）を備える，
　請求項５記載の前記処理モジュール（４１００）。
　　【請求項７】
　前記処理モジュール（４１００）はさらに，
　他のモジュールにより出力される結果を受取るための入力（４２２０）と；
　前記計算ユニット（４３４４）により出力される結果と，結果を受取るための入力で受取った結果とを組合わせるマージユニットと
を備える，
　請求項５記載の前記処理モジュール（４１００）。
　　【請求項８】
　前記マージユニットは，前記結果のそれぞれに関連付けられている前記第１の集合のデータ要素に応じて，前記結果をマージするための回路を備える，
　請求項７記載の前記処理モジュール（４１００）。
　　【請求項９】
　多体シミュレーションの相互作用を計算するための計算方法であって，
　前記計算方法は：
　それぞれ対応する空間的位置に関連付けられているデータ要素の第１の集合を受取ることと；
　前記第１の集合を，前記処理モジュール（４１００）のアレイの記憶装置に分配することによって，前記第１の集合の互いに異なる部分を前記処理モジュール（４１００）にそれぞれ記憶させることであって，複数の前記処理モジュール（４１００）が直列に相互接続されることによって処理グループが構成されることと；
　それぞれ対応する空間的位置に関連付けられているデータ要素の第２の集合を受取ることと；
　前記データ要素を前記処理グループに通すことであって，それぞれ前記処理モジュール（４１００）は，受取った前記データ要素の全部ではなく一部を選択することと；前記記憶装置に記憶されていた前記第１の集合からのデータ要素と，前記処理グループを通過する前記第２の集合からの前記データ要素との対であるデータ要素対の計算を実行することと；前記データ要素対毎の前記計算の結果である計算結果を前記処理グループに通すこととを，前記データ要素対毎の計算の実行に関して備えることと；
　前記データ要素対毎の前記計算結果を組合わせることと；
　組合わせた前記計算結果を送ることと
を備えることを特徴とする，計算方法。
　　【請求項１０】
　前記第１の集合の前記データ要素と，前記第２の集合の前記データ要素とは，多体シミュレーションシステム内の物体に関連付けられる，
　請求項９記載の計算方法。
　　【請求項１１】
　前記データ要素対毎の計算は，物体の対の間の力に関連付けられる，
　請求項１０記載の計算方法。
　　【請求項１２】
　前記計算方法はさらに，それぞれ前記処理ノードにおいて，前記処理ノードに記憶された前記第１の集合の前記データ要素に関連付けて前記対の計算結果を累積することを含む，
　請求項９記載の計算方法。
　　【請求項１３】
　前記対の計算結果を渡すことは，前記対の計算結果の累積値を渡すことを含む，
　請求項１２記載の計算方法。
　　【請求項１４】
　前記第１の集合をアレイの記憶装置に分配することは，モジュールのそれぞれにおいて，データ要素を複数のマッチングユニット（４３５０）に分配し，
　それぞれの前記マッチングユニット（４３５０）は，前記データ要素の異なる部分集合を受取ることを含む，
　請求項９記載の計算方法。
　　【請求項１５】
　前記計算方法はさらに，前記マッチングユニット（４３５０）のそれぞれにおける複数の前記処理モジュール（４１００）のうちの少なくともいくつかの前記処理モジュール（４１００）のそれぞれにおいて，データ要素の全部ではなく一部を選択することを含み，データ要素は対毎の計算の実行に関して処理グループを通過する，
　請求項１４記載の計算方法。
　　【請求項１６】
　前記計算方法はさらに，いくつかの前記処理モジュール（４１００）それぞれにおいて，
　前記マッチングユニット（４３５０）の出力を組合わせることと；
　この組合わせた出力を計算ユニット（４３４４）に渡して，対毎の計算を実行することと
を含む，
　請求項１５記載の計算方法。
　　【請求項１７】
　請求項９〜１６何れか一項記載のステップすべてをコンピュータに実行させるように構成される，コンピュータプログラム。
　　【請求項１８】
　請求項１７記載のコンピュータプログラムを記憶する，
　コンピュータ読取可能な記録媒体。
　　【請求項１９】
　シミュレーション体積の幾何学的パーティション分割に応じて配列された粒子同士の相互作用を計算するための並行処理システムであって，前記並行処理システムは，
　前記幾何学的パーティション分割に応じて配列された複数の計算ノード（３７２０）であって，前記計算ノードのそれぞれは，シミュレーション体積の対応する１領域（３７１０）内の粒子に対する粒子データ用の記憶装置（３９５４）を備えることと；
　前記計算ノードのそれぞれに対応付けられたプロセッササブシステム（３９１２，３９１４，３９１６）と；
　前記計算ノード（３７２０）同士を相互接続するリンク（３７３０）を含む通信システム（３９２０，３９２２，３７３０，３９３０）と
を備え，
　分散方式で前記計算ノードを一緒にまとめたプロセッササブシステムは，粒子相互作用の計算を調整する
ことを特徴とする，並行処理システム。
　　【請求項２０】
　前記通信システムは，トロイダル形状のメッシュを形成する，
　請求項１９記載の並行処理システム。
　　【請求項２１】
　前記通信システムは，分離コンポーネントを備え，
　それぞれの前記分離コンポーネントは，前記計算ノードの異なる近傍をリンクする，
　請求項１９または２０記載の並行処理システム。
　　【請求項２２】
　それぞれ前記分離コンポーネントは，２つの前記計算ノードの間の２地点間リンクを含む，
　請求項２１記載の並行処理システム。
　　【請求項２３】
　粒子データの少なくとも一部を複数の前記計算ノードの他のノードに送ることは，前記通信システムの複数の分離コンポーネントにわたって他の前記計算ノードを介してデータを渡すことを含む，
　請求項２１記載の並行処理システム。
　　【請求項２４】
　それぞれ前記計算ノードはさらに，前記通信システムの通信サブシステムを備え，
　前記通信サブシステムは，プロセッササブシステムの介入なしで，一方の前記計算ノードから他方の前記計算ノードに粒子データを渡すように構成可能である，
　請求項１９記載の並行処理システム。
　　【請求項２５】
　それぞれ前記計算ノードは，
　（ｉ）計算にそのデータを必要とする複数の前記計算ノードの他のノードに粒子データを送り，
　（ｉｉ）複数の前記計算ノードのうちの他のノードから送られた粒子データを受取り，
　（ｉｉｉ）受取った粒子データを使用して計算を実行し，第１の結果を出力し，
　（ｉｖ）第１の結果を複数の前記計算ノードの他のノードに送り，
　（ｖ）第１の結果を複数の前記計算ノードの他のノードから送られる第１の結果を受取り，
　（ｖｉ）受取った第１の結果を使用してさらに計算を実行し，第２の結果を出力するように構成されている，
　請求項１９〜２４何れか一項記載の並行処理システム。
　　【請求項２６】
　シミュレーションを繰り返すたびに，前記（ｉ）〜（ｖｉ）のステップを反復する，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項２７】
　前記通信システムは，前記計算ノードから粒子データを受取り，その粒子データを複数の前記計算ノードのうちの他のノードの近傍に分配するように構成される，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項２８】
　前記通信システムは，粒子データを分配するように近傍を構成するための記憶装置を備える，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項２９】
　それぞれ前記計算ノードはさらに，受取った粒子データを使用して計算を実行し第１の結果を出力するための計算サブシステムを備える，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項３０】
　前記計算サブシステムはさらに，その前記計算ノードで処理サブシステムの介入なしで，第１の結果を複数の前記計算ノードのうちの他の前記計算ノードに送ることを目的とする，
　請求項２９記載の並行処理システム。
　　【請求項３１】
　それぞれ前記計算ノードはさらに，処理サブシステムの介入なしで，複数の前記計算ノードのうちの他の前記計算ノードから第１の結果を受取るためのメモリサブシステムを備える，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項３２】
　前記メモリサブシステムはさらに，粒子の詳細について受取った第１の結果を蓄積することを目的とする，
　請求項３１記載の並行処理システム。
　　【請求項３３】
　前記メモリサブシステムはさらに，受取った第１の結果に基づくデータを処理サブシステムに供給することを目的とする，
　請求項３１記載の並行処理システム。
　　【請求項３４】
　前記プロセッササブシステムはさらに，受取った第１の結果を使用してさらに計算を実行し，第２の結果を出力することを目的とする，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項３５】
　前記粒子データは，粒子位置データを含む，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項３６】
　前記第１の結果は，粒子力データを含む，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項３７】
　前記第２の結果は，粒子位置データを含む，
　請求項２５記載の並行処理システム。
　　【請求項３８】
　シミュレーション体積の幾何学的パーティション分割に応じて配列された粒子同士の相互作用を計算するための並列処理システムで使用する処理ノード（３７２０）であって，前記処理ノード（３７２０）は，
　前記シミュレーション体積の選択した１領域（３７１０）内の粒子に対する粒子データ用の記憶のために，プロセッササブシステム（３９１２），計算サブシステム（３９１４，３９１６），およびメモリサブシステム（３９５０，３９５４）を含むサブシステムのグループと，
　いくつかの前記サブシステムをリンクする通信サブシステム（３９２０，３９２２）であって，前記通信サブシステム（３９２０，３９２２）は，前記処理ノードのサブシステムと，処理システムの他の処理ノードのサブシステムとの間に，リンクの少なくとも一部を形成することと
を含み，
　前記計算サブシステム（３９１４，３９１６）は，空間的位置にそれぞれ関連付けられているデータ要素の間の対毎の計算を実行する計算回路と；
　データ要素にそれぞれ関連付けられている空間的位置の間の分離に応じて前記データ要素の対を選択する選択回路と
を備えることを特徴とする，処理ノード。
　　【請求項３９】
　前記プロセッササブシステムは，一般的な計算を行うようにプログラム可能である，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４０】
　前記プロセッササブシステムは，複数の独立にプログラム可能なプロセッサ（４４１４）を備える，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４１】
　通信サブシステムは，一群のインターフェイスユニット（３９２０）を含み，
　それぞれ前記インターフェイスユニットは，前記サブシステムグループに含まれる１つのサブシステムにリンクされ，
　前記通信サブシステムはさらに，他の複数の処理ノードのインターフェイスユニットにリンクするための１つまたは複数のインターフェイスユニットを備える，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４２】
　前記通信サブシステムは，前記サブシステムグループに含まれる複数のサブシステムをリンクする通信リングを備える，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４３】
　前記通信システムは，同じ処理ノード上のサブシステムと，異なる処理ノード上のサブシステムとの間でアドレス指定可能なメッセージ受渡しを実現する，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４４】
　前記計算サブシステムは，粒子シミュレーションシステム内の粒子の対を伴う計算を行うように構成可能である，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４５】
　前記計算サブシステム（３９１４）は，それぞれ粒子シミュレーションシステム内の粒子およびグリッド位置を伴う計算を行うように構成可能である，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４６】
　前記サブシステムグループと前記通信サブシステムは，単一の集積回路上に集積化される，
　請求項３８記載の処理ノード。
　　【請求項４７】
　前記メモリサブシステムは，前記集積回路の外部の記憶装置デバイスとのインターフェイス（３９５４）を備える，
　請求項４６記載の処理ノード。
　　【請求項４８】
　前記通信サブシステムは，他の集積回路上の通信サブシステムに通信するためのインターフェイスを備える，
　請求項４６記載の処理ノード。」（以下，上記引用の請求項各項を，「補正前の請求項」という）は，
「　【請求項１】
　多体シミュレーションの相互作用を計算するために処理モジュール（４１００）のアレイを備える計算システムであって，
　複数の前記処理モジュール（４１００）が直列に相互接続されることによって処理グループが構成され，
　それぞれ前記処理モジュール（４１００）は：
　それぞれ空間的位置が関連付けられたデータ要素を記憶する記憶装置（４１３０）と；　前記データ要素の間の対毎の計算を実行する計算回路（４１４０）であって，前記対毎の計算は，前記記憶装置（４１３０）からのデータ要素と；前記直列な処理モジュール（４１００）を通過するデータ要素とを使用することと；
　前記データ要素にそれぞれ関連付けられている空間的位置の間の分離に応じて前記データ要素の対を選択する選択回路（４３５０）と
を備えることを特徴とする，計算システム。
　　【請求項２】
　前記処理モジュール（４１００）の前記アレイが有する前記処理グループの数は，２つまたはそれ以上である，
　請求項１記載の計算システム。
　　【請求項３】
　前記計算システムはさらに，前記処理グループ間にデータ要素を分配するための分配モジュール（４２１０）を備える，
　請求項１記載の計算システム。
　　【請求項４】
　前記計算システムはさらに，それぞれの前記処理グループにより生成された対毎の計算結果を組合わせるための組合せモジュール（４２２０）を備える，
　請求項１記載の計算システム。
　　【請求項５】
　多体シミュレーションの粒子相互作用を計算するための処理モジュール（４１００）（４１００）であって，前記処理モジュール（４１００）は，空間的位置にそれぞれ関連付けられているデータ要素の間の対毎の計算を実行するように構成され，対毎の計算はそれぞれ，データ要素の第１集合からのデータ要素と，データ要素の第２集合からのデータ要素とを用い，
　前記処理モジュール（４１００）は：
　前記第１集合の互いに異なる部分集合に対する記憶装置にそれぞれ関連付けられるマッチングユニット（４３５０）の集合であって，それぞれ前記マッチングユニット（４３５０）は，前記データ要素に関連付けられた位置同士の間の分離に応じて，前記第１集合から得られたデータ要素と，前記第２集合から得られたデータ要素との対であるデータ要素対を選択するように構成されていることと；
　前記第２集合内の一連の前記データ要素を受取る入力（４１１０）であって，前記入力（４１１０）は，受取った前記データ要素を前記マッチングユニット（４３５０）それぞれに渡すようにこれら前記マッチングユニット（４３５０）に結合されていることと；
　前記データ要素対を受取るために前記マッチングユニット（４３５０）に結合された計算ユニット（４３４４）と；
　前記計算ユニット（４３４４）から出力された結果を送出するための出力（４１２２）と
を備えることを特徴とする，前記処理モジュール（４１００）。
　　【請求項６】
　前記処理モジュール（４１００）はさらに，受取った一連のデータ要素を他のモジュールに送出するための出力（４１１２）を備える，
　請求項５記載の処理モジュール（４１００）。
　　【請求項７】
　前記処理モジュール（４１００）はさらに，
　他のモジュールにより出力される結果を受取るための入力（４２２０）と；
　前記計算ユニット（４３４４）により出力される結果と，結果を受取るための入力で受取った結果とを組合わせるマージユニットと
を備える，
　請求項５記載の処理モジュール（４１００）。
　　【請求項８】
　前記マージユニットは，前記結果のそれぞれに関連付けられている前記第１集合のデータ要素に応じて，前記結果をマージするための回路を備える，
　請求項７記載の処理モジュール（４１００）。
　　【請求項９】
　多体シミュレーションの相互作用を計算するための計算方法であって，
　前記計算方法は：
　それぞれ対応する空間的位置に関連付けられているデータ要素の第１集合を受取ることと；
　前記第１集合を，前記処理モジュール（４１００）のアレイの記憶装置に分配することによって，前記第１集合の互いに異なる部分を前記処理モジュール（４１００）にそれぞれ記憶させることであって，複数の前記処理モジュール（４１００）が直列に相互接続されることによって処理グループが構成されることと；
　それぞれ対応する空間的位置に関連付けられているデータ要素の第２集合を受取ることと；
　前記データ要素を前記処理グループに通すことであって，それぞれ前記処理モジュール（４１００）は，受取った前記データ要素の全部ではなく一部を選択することと；前記記憶装置に記憶されていた前記第１集合からのデータ要素と，前記処理グループを通過する前記第２集合からの前記データ要素との対であるデータ要素対の計算を実行することと；前記データ要素対毎の前記計算の結果である計算結果を前記処理グループに通すこととを，前記データ要素対毎の計算の実行に関して備えることと；
　前記データ要素対毎の前記計算結果を組合わせることと；
　組合わせた前記計算結果を送ることと
を備えることを特徴とする，計算方法。
　　【請求項１０】
　前記第１集合の前記データ要素と，前記第２集合の前記データ要素とは，多体シミュレーションシステム内の物体に関連付けられる，
　請求項９記載の計算方法。
　　【請求項１１】
　前記データ要素対毎の計算は，物体の対の間の力に関連付けられる，
　請求項１０記載の計算方法。
　　【請求項１２】
　前記計算方法はさらに，それぞれ前記処理ノードにおいて，前記処理ノードに記憶された前記第１集合の前記データ要素に関連付けて前記対の計算結果を累積することを含む，
　請求項９記載の計算方法。
　　【請求項１３】
　前記対の計算結果を渡すことは，前記対の計算結果の累積値を渡すことを含む，
　請求項１２記載の計算方法。
　　【請求項１４】
　前記第１集合をアレイの記憶装置に分配することは，モジュールのそれぞれにおいて，データ要素を複数のマッチングユニット（４３５０）に分配し，
　それぞれの前記マッチングユニット（４３５０）は，前記データ要素の異なる部分集合を受取ることを含む，
　請求項９記載の計算方法。
　　【請求項１５】
　前記計算方法はさらに，前記マッチングユニット（４３５０）のそれぞれにおける複数の前記処理モジュール（４１００）のうちの少なくともいくつかの前記処理モジュール（４１００）のそれぞれにおいて，データ要素の全部ではなく一部を選択することを含み，データ要素は対毎の計算の実行に関して処理グループを通過する，
　請求項１４記載の計算方法。
　　【請求項１６】
　前記計算方法はさらに，いくつかの前記処理モジュール（４１００）それぞれにおいて，
　前記マッチングユニット（４３５０）の出力を組合わせることと；
　この組合わせた出力を計算ユニット（４３４４）に渡して，対毎の計算を実行することと
を含む，
　請求項１５記載の計算方法。
　　【請求項１７】
　請求項９〜１６何れか一項記載のステップすべてをコンピュータに実行させるように構成される，コンピュータプログラム。
　　【請求項１８】
　請求項１７記載のコンピュータプログラムを記憶する，
　コンピュータ読取可能な記録媒体。
　　【請求項１９】
　シミュレーション体積の幾何学的パーティション分割に応じて配列された粒子同士の相互作用を計算するための並列処理システムで使用する処理ノード（３７２０）であって，前記処理ノード（３７２０）は，
　前記シミュレーション体積の選択した１領域（３７１０）内の粒子に対する粒子データ用の記憶のために，プロセッササブシステム（３９１２），計算サブシステム（３９１４，３９１６），およびメモリサブシステム（３９５０，３９５４）を含むサブシステムのグループと，
　いくつかの前記サブシステムをリンクする通信サブシステム（３９２０，３９２２）であって，前記通信サブシステム（３９２０，３９２２）は，前記処理ノードのサブシステムと，処理システムの他の処理ノードのサブシステムとの間に，リンクの少なくとも一部を形成することと
を含み，
　前記計算サブシステム（３９１４，３９１６）は，空間的位置にそれぞれ関連付けられているデータ要素の間の対毎の計算を実行する計算回路と；
　データ要素にそれぞれ関連付けられている空間的位置の間の分離に応じて前記データ要素の対を選択する選択回路と
を備えることを特徴とする，処理ノード。
　　【請求項２０】
　前記プロセッササブシステムは，一般的な計算を行うようにプログラム可能である，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２１】
　前記プロセッササブシステムは，複数の独立にプログラム可能なプロセッサ（４４１４）を備える，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２２】
　通信サブシステムは，一群のインターフェイスユニット（３９２０）を含み，
　それぞれ前記インターフェイスユニットは，前記サブシステムグループに含まれる１つのサブシステムにリンクされ，
　前記通信サブシステムはさらに，他の複数の処理ノードのインターフェイスユニットにリンクするための１つまたは複数のインターフェイスユニットを備える，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２３】
　前記通信サブシステムは，前記サブシステムグループに含まれる複数のサブシステムをリンクする通信リングを備える，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２４】
　前記通信システムは，同じ処理ノード上のサブシステムと，異なる処理ノード上のサブシステムとの間でアドレス指定可能なメッセージ受渡しを実現する，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２５】
　前記計算サブシステムは，粒子シミュレーションシステム内の粒子の対を伴う計算を行うように構成可能である，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２６】
　前記計算サブシステム（３９１４）は，それぞれ粒子シミュレーションシステム内の粒子およびグリッド位置を伴う計算を行うように構成可能である，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２７】
　前記サブシステムグループと前記通信サブシステムは，単一の集積回路上に集積化される，
　請求項１９記載の処理ノード。
　　【請求項２８】
　前記メモリサブシステムは，前記集積回路の外部の記憶装置デバイスとのインターフェイス（３９５４）を備える，
　請求項２７記載の処理ノード。
　　【請求項２９】
　前記通信サブシステムは，他の集積回路上の通信サブシステムに通信するためのインターフェイスを備える，
　請求項２７記載の処理ノード。
　　【請求項３０】
　シミュレーション体積の幾何学的パーティション分割に応じて配列された粒子同士の相互作用を計算するための並行処理システムであって，前記並行処理システムは，
　前記幾何学的パーティション分割に応じて配列された複数の計算ノード（３７２０）であって，前記計算ノードのそれぞれは，シミュレーション体積の対応する１領域（３７１０）内の粒子に対する粒子データ用の記憶装置（３９５４）を備えることと；
　前記計算ノードのそれぞれに対応付けられたプロセッササブシステム（３９１２，３９１４，３９１６）と；
　前記計算ノード（３７２０）同士を相互接続するリンク（３７３０）を含む通信システム（３９２０，３９２２，３７３０，３９３０）と
を備え，
　分散方式で前記計算ノードを一緒にまとめたプロセッササブシステムは，粒子相互作用の計算を調整する
ことを特徴とする，並行処理システム。
　　【請求項３１】
　前記通信システムは，トロイダル形状のメッシュを形成する，
　請求項３０記載の並行処理システム。
　　【請求項３２】
　前記通信システムは，分離コンポーネントを備え，
　それぞれの前記分離コンポーネントは，前記計算ノードの異なる近傍をリンクする，
　請求項３０または３１記載の並行処理システム。
　　【請求項３３】
　それぞれ前記分離コンポーネントは，２つの前記計算ノードの間の２地点間リンクを含む，
　請求項３２記載の並行処理システム。
　　【請求項３４】
　粒子データの少なくとも一部を複数の前記計算ノードの他のノードに送ることは，前記通信システムの複数の分離コンポーネントにわたって他の前記計算ノードを介してデータを渡すことを含む，
　請求項３２記載の並行処理システム。
　　【請求項３５】
　それぞれ前記計算ノードはさらに，前記通信システムの通信サブシステムを備え，
　前記通信サブシステムは，プロセッササブシステムの介入なしで，一方の前記計算ノードから他方の前記計算ノードに粒子データを渡すように構成可能である，
　請求項３０記載の並行処理システム。
　　【請求項３６】
　それぞれ前記計算ノードは，
　（ｉ）計算にそのデータを必要とする複数の前記計算ノードの他のノードに粒子データを送り，
　（ｉｉ）複数の前記計算ノードのうちの他のノードから送られた粒子データを受取り，
　（ｉｉｉ）受取った粒子データを使用して計算を実行し，第１結果を出力し，
　（ｉｖ）第１結果を複数の前記計算ノードの他のノードに送り，
　（ｖ）第１結果を複数の前記計算ノードの他のノードから送られる第１結果を受取り，
　（ｖｉ）受取った第１結果を使用してさらに計算を実行し，第２結果を出力するように構成されている，
　請求項３０〜３５何れか一項記載の並行処理システム。
　　【請求項３７】
　シミュレーションを繰り返すたびに，前記（ｉ）〜（ｖｉ）のステップを反復する，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項３８】
　前記通信システムは，前記計算ノードから粒子データを受取り，その粒子データを複数の前記計算ノードのうちの他のノードの近傍に分配するように構成される，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項３９】
　前記通信システムは，粒子データを分配するように近傍を構成するための記憶装置を備える，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項４０】
　それぞれ前記計算ノードはさらに，受取った粒子データを使用して計算を実行し第１結果を出力するための計算サブシステムを備える，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項４１】
　前記計算サブシステムはさらに，その前記計算ノードで処理サブシステムの介入なしで，第１結果を複数の前記計算ノードのうちの他の前記計算ノードに送ることを目的とする，
　請求項４０記載の並行処理システム。
　　【請求項４２】
　それぞれ前記計算ノードはさらに，処理サブシステムの介入なしで，複数の前記計算ノードのうちの他の前記計算ノードから第１結果を受取るためのメモリサブシステムを備える，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項４３】
　前記メモリサブシステムはさらに，粒子の詳細について受取った第１結果を蓄積することを目的とする，
　請求項４２記載の並行処理システム。
　　【請求項４４】
　前記メモリサブシステムはさらに，受取った第１結果に基づくデータを処理サブシステムに供給することを目的とする，
　請求項４２記載の並行処理システム。
　　【請求項４５】
　前記プロセッササブシステムはさらに，受取った第１結果を使用してさらに計算を実行し，第２結果を出力することを目的とする，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項４６】
　前記粒子データは，粒子位置データを含む，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項４７】
　前記第１結果は，粒子力データを含む，
　請求項３６記載の並行処理システム。
　　【請求項４８】
　前記第２結果は，粒子位置データを含む，
　請求項３６記載の並行処理システム。」（以下，上記引用の請求項各項を，「補正後の請求項」という）に補正された。
　
２．補正の適否
　本件手続補正は，補正前の請求項１９〜請求項３７を，補正後の請求項３０〜請求項４８とし，補正前の請求項２５等に記載されていた，「第１の結果」，及び，「第２の結果」を，「第１結果」，及び，「第２結果」と補正し，補正前の請求項３８〜請求項４８を，補正後の請求項１９〜請求項２９とするものであるから，本件手続補正が，平成２０年２月２８日付けで提出された明細書，請求の範囲，の日本語による翻訳文，及び，国際出願の願書に添付された図面，並びに，条約第３４条（２）（ｂ）の規定に基づく補正書の日本語による翻訳文に記載した事項の範囲内でなされたものであることは明らかである。
　よって，本件手続補正は，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１８４条の１２第２項により読み替える同法第１７条の２第３項の規定を満たすものである。
　
　そこで，本件手続補正が，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１８４条の１２第２項により読み替える同法第１７条の２第４項の規定を満たすものであるか否か，即ち，本件手続補正が，特許法第１７条の２第４項に規定する請求項の削除，特許請求の範囲の減縮（特許法第３６条第５項の規定により請求項に記載した発明を特定するために必要な事項を限定するものであって，その補正前の当該請求項に記載された発明とその補正後の当該請求項に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるものに限る），誤記の訂正，或いは，明りょうでない記載の釈明（拒絶理由通知に係る拒絶の理由に示す事項についてするものに限る）の何れかを目的としたものであるかについて，以下に検討する。
　
　本件手続補正は，上述したとおり，補正前の請求項１９〜請求項３７を，補正後の請求項３０〜請求項４８とし，補正前の請求項３８〜請求項４８を，補正後の請求項１９〜請求項２９とするものであるから，本件手続補正の前後で，請求項１９以降の番号の付け替えがあるのみで，請求項各項の内容に変更がないので，本件手続補正によって，補正前の請求項の何れかが，減縮されるものでないことは明らかであり，内容に変更がない以上，明りょうでない記載の釈明，及び，誤記の訂正を目的としたものでないことも明らかである。
　そして，本件手続補正後に，請求項の数に変更はないので，請求項の削除を目的としたものでもない。
　
　以上のとおり，本件手続補正は，請求項の削除，特許請求の範囲の減縮（特許法第３６条第５項の規定により請求項に記載した発明を特定するために必要な事項を限定するものであって，その補正前の当該請求項に記載された発明とその補正後の当該請求項に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるものに限る），誤記の訂正，或いは，明りょうでない記載の釈明の何れかを目的としたものではない。
　
３．補正却下むすび
　したがって，本件手続補正は，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１８４条の１２第２項により読み替える同法第１７条の２第４項の規定に違反するので，同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
　よって，補正却下の決定の結論のとおり決定する。
　
第３．本願発明について
　平成２４年１月２７日付けの手続補正は，上記のとおり却下されたので，本願の請求項１９に係る発明（以下，これを「本願発明」という）は，平成２３年２月２日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１９に記載された，次のとおりのものである。
　
「シミュレーション体積の幾何学的パーティション分割に応じて配列された粒子同士の相互作用を計算するための並行処理システムであって，前記並行処理システムは，
　前記幾何学的パーティション分割に応じて配列された複数の計算ノード（３７２０）であって，前記計算ノードのそれぞれは，シミュレーション体積の対応する１領域（３７１０）内の粒子に対する粒子データ用の記憶装置（３９５４）を備えることと；
　前記計算ノードのそれぞれに対応付けられたプロセッササブシステム（３９１２，３９１４，３９１６）と；
　前記計算ノード（３７２０）同士を相互接続するリンク（３７３０）を含む通信システム（３９２０，３９２２，３７３０，３９３０）と
を備え，
　分散方式で前記計算ノードを一緒にまとめたプロセッササブシステムは，粒子相互作用の計算を調整する
ことを特徴とする，並行処理システム。」
　
第４．引用刊行物に記載の発明
　一方，原審が，平成２２年１０月２８日付けの拒絶理由に引用した，本願の第１国出願前に既に公知である，特開平０３−２０４７５８号公報（１９９１年９月６日公開，以下，これを「引用刊行物１」という）には，関連する図面と共に，次の事項が記載されている。
　
Ａ．「〔課題を解決するための手段〕
第１図は，本発明の構成を示すブロック図である。
図は粒子運動シミュレーション処理方式の構成であって，所与の３次元空間の粒子データについて，所定の運動シミュレーションを実行する場合に，該空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタ１０を設け，クラスタ１０間を通信手段１１で接続し，各クラスタ１０は，共有メモリ１２と，複数の処理エレメント（ＰＥ）１３を有し，それぞれ各該小空間を分担して，該分担する小空間の該セルと，当該小空間に隣接する該セルとの，所与の粒子データを共有メモリ１２に保持し，ＰＥ１３は，クラスタ１０ごとに共有メモリ１２に保持する該データに関する所定の処理を，該セル単位に分担して並列に実行し，該処理の結果の，他の該小空間へ移動する該粒子と，前記小空間に隣接するセルの粒子とに関する新データを，通信手段１１によって所要のクラスタ１０へ送信し，及び受信する該新データにより各共有メモリ１２上のデータを更新し，該処理から該データの更新までを，所与の回数繰り返し実行する。」（３頁左上欄１行〜右上欄３行）
　
Ｂ．「〔実施例〕
第１図において，各ＰＥ１３はベクトル演算機構を有する処理装置とし，各クラスタ１０は例えば８台のＰＥ１３を共有バス１４によって，適当なアクセス速度の共有メモリ１２に接続した構成とし，同じ構成のクラスタ１０を例えば１６台（即ちＮ＝１６）設けて，♯０〜♯１５クラスタとする。
各クラスタ１０は例えば各通信制御部１６において通信手段１１に接続し，ネットワーク制御部１５により通信制御部１６間の情報転送を行うように構成する。ネットワーク制御部１５には，所要のクラスタ間における情報転送を効率よく処理できる適当な通信網を使用することができるが，例えば公知のハイパーキューブ（超立方体）ネットワークを使用すれば，ブロッキングによる待ち無しに，任意のクラスタ間の情報伝送を効率よく処理することができる。前記のように１６台のクラスタ１０を設ける場合のハイパーキューブネットワークは，第３図に示す様に，図に黒塗り正方形で示す各クラスタ（の接続する通信制御部１６）からそれぞれ４個のクラスタへ直通の通信路を設けた４次元超立方体のネットワークとなる。
　以上のシステムによって処理するシミュレーションの対象を，例えば１００Å３の立方体空間に含まれる分子である１０４個の粒子とし，１０Åがカットオフ距離であるとすると，この空間を一辺１０Åの立方体に分割して１０３個のセルとする。従って各セルには平均１０個の粒子が存在する。」（３頁左下欄１行〜右下欄８行）
　
Ｃ．「次に処理ステップ２２で，担当する小空間の全粒子について，各粒子とカットオフ距離以内にある粒子との距離ベクトルから，粒子間の相互作用を所与のポテンシャル関数に基づいて計算し，その結果当該粒子が移動する位置の新座標を求める計算を実行する。」
（４頁右上欄１１行〜１６行）
　
Ｄ．「各クラスタ１０では各ＰＥ１３が，共有メモリ１２にある担当小空間のデータから，それぞれが未処理のセルを順次取り出して以上の処理を並列に実行し，適当に時間刻みの同期を取りながら処理を進める。」（４頁左下欄１５行〜１９行）
　
Ｅ．【図１】には，各クラスタ内のＰＥが，クラスタ内の共有バス１４によって接続され，各クラスタ同士は，通信制御部１６を介して，ネットワーク制御部１５によって接続されていることが図示されている。
　
１．上記Ａの「図は粒子運動シミュレーション処理方式の構成であって」という記載，及び，「該空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタ１０を設け，クラスタ１０間を通信手段１１で接続し，各クラスタ１０は，共有メモリ１２と，複数の処理エレメント（ＰＥ）１３を有」するという記載から，
　引用刊行物１に記載された「粒子運動シミュレーション処理方式の構成」は，“空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタを設ける”ものであり，該「Ｎ個のクラスタ」が，それぞれ，「共有メモリ」と，「複数の処理エレメント（ＰＥ）」を有するものであり，更に，上記Ａの「ＰＥ１３は，クラスタ１０ごとに共有メモリ１２に保持する該データに関する所定の処理を，該セル単位に分担して並列に実行」するという記載から，各「クラスタ」は，それぞれ，並列に動作するものであることは明らかであるから，
　よって，引用刊行物１は，
“空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタを設ける，粒子運動シミュレーション処理を並列に実行するシステム”が記載されていることが読み取れる。
　
２．上記１．で検討した事項，“及び，上記Ｃの「各粒子とカットオフ距離以内にある粒子との距離ベクトルから，粒子間の相互作用を所与のポテンシャル関数に基づいて計算」するという記載から，引用刊行物１における「粒子運動シミュレーション処理」は，“粒子間の相互作用を計算する”ことを含むものであることが読み取れので，
　引用刊行物１における，
“空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタを設ける，粒子運動シミュレーション処理を並列に実行するシステム”
　とは，
“空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタを設け，粒子間の相互作用を計算する，粒子運動シミュレーション処理を並列に実行するシステム”
　であることが読み取れる。
　
３．上記１．において検討した，引用刊行物１に記載のシステムの構成と，上記Ａの「分担する小空間の該セルと，当該小空間に隣接する該セルとの，所与の粒子データを共有メモリ１２に保持し，ＰＥ１３は，クラスタ１０ごとに共有メモリ１２に保持する該データに関する所定の処理を，該セル単位に分担して並列に実行」するという記載，及び，上記Ｂの「従って各セルには平均１０個の粒子が存在する」という記載から，引用刊行物１に記載の「共有メモリ」には，“Ｎ個のクラスタが，それぞれ担当するＮ個の小空間を分割したセルに含まれる粒子のデータが含まれている”ことは明らかである。
　よって，上記引用の記載から，引用刊行物１に記載されたシステムは，
“Ｎ個のクラスタのそれぞれは，担当する小空間に含まれるセルに存在する粒子の粒子データを保持する共有メモリを有する”
　ことが読み取れる。
　
４．上記１．でも引用した上記Ａの「各クラスタ１０は，共有メモリ１２と，複数の処理エレメント（ＰＥ）１３を有」するという記載から，引用刊行物１に記載のシステムにおいて，
“各クラスタのそれぞれは，複数のＰＥを有する”
　ものであることは明らかである。
　
５．上記Ａの「Ｎ個のクラスタ１０を設け，クラスタ１０間を通信手段１１で接続」するという記載，及び，上記Ｂの「各クラスタ１０は例えば各通信制御部１６において通信手段１１に接続し，ネットワーク制御部１５により通信制御部１６間の情報転送を行うように構成する。ネットワーク制御部１５には，所要のクラスタ間における情報転送を効率よく処理できる適当な通信網を使用することができるが，例えば公知のハイパーキューブ（超立方体）ネットワークを使用すれば，ブロッキングによる待ち無しに，任意のクラスタ間の情報伝送を効率よく処理することができる」という記載，並びに，上記Ｅにおいて指摘した，【図１】に示された内容から，引用刊行物１に記載のシステムは，
“各クラスタは，ネットワークに接続するため通信制御部を有している”，
　ことが読み取れる。
　
６．上記１．で検討した，引用刊行物１に記載されたシステムの構成，及び，上記Ｄの「各クラスタ１０では各ＰＥ１３が，・・・処理を並列に実行し，・・・同期を取りながら処理を進める」という記載から，引用刊行物１に記載されたシステムにおいては，
“各クラスタの有する，各ＰＥは，同期を取りながら，処理を並列に実行する”,
　ことが読み取れる。
　
　以上１．〜６．において検討した事項から，引用刊行物１には，次の発明（以下，これを「引用発明」という）が記載されているものと認める。
　
　空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタを設け，粒子間の相互作用を計算する，粒子運動シミュレーション処理を並列に実行するシステムであって，
　Ｎ個のクラスタのそれぞれは，担当する小空間に含まれるセルに存在する粒子の粒子データを保持する共有メモリを有し，
　各クラスタのそれぞれは，複数のＰＥを有し，
　各クラスタは，ネットワークに接続するため通信制御部を有し，
　各クラスタの有する，各ＰＥは，同期を取りながら，処理を並列に実行する，
　システム。
　
第５．本願発明と引用発明との対比，及び，判断
１．引用発明において，「空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割」することは，“空間を，幾何学的なＮ個の立体に分割し，該立体のそれぞれを，所定の距離を各辺の長さとする立方体に分割する”ことに他ならないので，
　引用発明における「空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割」することは，
　本願発明における「シミュレーション体積の幾何学的パーティション分割」に相当し，
　引用発明において，「Ｎ個のクラスタを設け，粒子間の相互作用を計算する，粒子運動シミュレーション処理を並列に実行する」ことは，“セルに存在する粒子間の相互作用を計算する”ことであり，ここで，引用発明における“セルに存在する粒子”が，本願発明における「パーティション分割に応じて配列された粒子」に相当するから，
　引用発明における「空間をＮ個の小空間に分割して，各該小空間を所与のカットオフ距離を各辺の長さとする立方体のセルに分割し，Ｎ個のクラスタを設け，粒子間の相互作用を計算する，粒子運動シミュレーション処理を並列に実行するシステム」は，
　本願発明における「シミュレーション体積の幾何学的パーティション分割に応じて配列された粒子同士の相互作用を計算するための並行処理システム」に相当する。
　
２．引用発明において，「Ｎ個のクラスタのそれぞれは，担当する小空間に含まれるセルに存在する粒子の粒子データを保持する共有メモリを有し，」「各クラスタのそれぞれは，複数のＰＥを有し」，「各クラスタは，ネットワークに接続するため通信制御部を有」し，
　引用発明における「担当する小空間に含まれるセルに存在する粒子の粒子データ」とは，上記で指摘したように，“Ｎ個の小空間に分割した，各小空間に含まれるセルに存在する粒子に関するデータ”を含むものであるから，
　本願発明における「計算ノードのそれぞれは，シミュレーション体積の対応する１領域（３７１０）内の粒子に対する粒子データ」に相当するので，
　引用発明における「クラスタ」，「共有メモリ」，「複数のＰＥ」，及び，「通信制御部」が，
　本願発明における「計算ノード」，「粒子データ用の記憶装置」，「プロセッササブシステム」，及び，「通信システム」に相当する。
　
３．引用発明において，「各クラスタの有する，各ＰＥは，同期を取りながら，処理を並列に実行する」ことは，“各クラスタ内の各ＰＥが，同期を取れるよう，処理を調整する”態様を含むことは明らかである。
　よって，引用発明における「各クラスタの有する，各ＰＥは，同期を取りながら，処理を並列に実行する」ことは，
　本願発明における「分散方式で前記計算ノードを一緒にまとめたプロセッササブシステムは，粒子相互作用の計算を調整する」ことに相当する。
　よって，本願発明と，引用発明とは，その全ての構成において一致する。
　
　以上１．〜３．において検討したとおり，本願発明は，表現の差異こそあるものの，引用発明と同一である。
　 
第６．むすび
　したがって，本願発明は，特許法第２９条第１項第３項の規定により特許を受けることができない。
　
　よって，結論のとおり審決する。