【手続補正書】
【提出日】平成27年4月15日(2015.4.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヌクレオチド配列データを提供する方法であって、
核酸の断片のヌクレオチドに関する決定された識別子の配列と、核酸の前記断片を捕捉した捕捉プローブのプローブデータとを含む基本のヌクレオチド配列データを受け取るステップであって、前記捕捉プローブの前記配列は核酸の前記断片の前記配列にとって少なくとも部分的に相補的であり、前記捕捉プローブの前記配列はハイブリダイゼーションによって核酸の前記断片を捕捉することができ、前記捕捉プローブの前記配列は予想配列と同じでない、受け取るステップと、
前記プローブデータと前記予想配列とを相互に関係付ける情報を用いて前記プローブデータを前記予想配列に変換することにより、核酸の前記断片の予想配列を決定するステップと、
前記決定された識別子の配列及び前記予想配列へのリファレンスを含む前記ヌクレオチド配列データを出力するステップと
を含み、
前記プローブデータは、
標的核酸分子のゲノム位置情報に結び付けられる前記標的核酸分子の配列を決定するための方法であって、
前記標的核酸分子の一部にとって配列の点で相補的である２つの部分を含む捕捉オリゴヌクレオチドプローブを提供するステップであって、前記捕捉オリゴヌクレオチドプローブの前記部分は非標的相補的配列ラベル及び任意選択的に固定化成分によって分けられる、提供するステップと、
前記捕捉オリゴヌクレオチドプローブを、核酸分子を含むサンプルとハイブリダイズするステップであって、前記核酸分子は前記捕捉オリゴヌクレオチドプローブにとって少なくとも部分的に相補的である配列を含む、ハイブリダイズするステップと、
前記捕捉オリゴヌクレオチドプローブ−標的核酸錯体を固相上に任意選択的に固定化するステップと、
非結合核酸分子を前記固相から任意選択的に除去するステップと、
前記核酸標的分子を、ポリメラーゼ活性を使用することによって環状化するステップと、
環状化された前記核酸標的分子を好ましくはローリングサークル増幅によって増幅するステップと、
増幅された前記核酸標的分子の前記配列を少なくとも２つのヌクレオチドの配列リードを生成することによって決定するステップと、
前記非標的相補的配列ラベルの前記配列を識別するステップと、
前記非標的相補的配列ラベルに隣接する前記捕捉オリゴヌクレオチドプローブの前記ヌクレオチド配列を識別するステップであって、任意選択的に３’及び５’の隣接配列が個々に識別される、識別するステップと、
参照ゲノム上の前記捕捉オリゴヌクレオチドプローブの前記配列の位置を識別するステップと、
（ｉ）前記核酸標的分子の決定された前記配列、及び（ｉｉ）参照ゲノム上での決定された前記配列の位置に関する情報の組合せを提供するステップと
を含む、方法によって得ることができる、参照ゲノム上の前記核酸標的の前記決定された配列の前記位置に関する情報を含み、
前記予想配列が、参照ゲノム上の前記位置に関する前記情報を、前記参照ゲノムの前記対応する配列と相互に関係付けることによって定められる、
方法。
【請求項２】
前記プローブデータが位置データを含み、前記位置データを前記予想配列と相互に関係付けることによって前記予想配列が決定され、好ましくは前記位置データがマイクロアレイなどのマイクロキャリア上の前記捕捉プローブのｘｙ位置を含む、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記予想配列への前記リファレンスが前記予想配列自体、参照配列内の前記予想配列のゲノム位置及び／又は開始位置を含み、且つ／又は
前記予想配列への前記リファレンスが、前記予想配列の変異体に関するリファレンスでもある、
請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記予想配列がデータ表から決定され、前記データ表がプローブデータと関連する予想配列とを結び付ける記録を含む、
請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記プローブデータが、
第１のデータ表から前記ゲノム位置を読み取ることにより、第１に前記プローブデータを核酸の前記断片のゲノム位置に変換するステップであって、前記第１のデータ表は、プローブデータを関連するゲノム位置に結び付ける記録を含む、変換するステップと、
第２のデータ表から前記リファレンスを読み取ることにより、第２に前記ゲノム位置を前記予想配列の前記リファレンスに変換するステップであって、前記第２のデータ表は、ゲノム位置を予想配列への関連するリファレンスに結び付ける記録を含む、変換するステップと
によって変換される、
請求項１又は２に記載の方法。
【請求項６】
前記予想配列がヌクレオチドに関する識別子の配列を含み、
前記予想配列が前記識別子の配列の変異体に関する情報を含む、
請求項１乃至５の何れか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記決定された配列に対する前記予想配列の完全な一致がないか確認することにより、前記決定された配列を参照ヌクレオチド配列に整列させるステップ
を更に含む、請求項１乃至６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記完全な一致が、識別子の前記予想配列に対する前記決定された識別子の配列の文字列比較によって確認される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記予想配列に関して完全な一致が見つからない場合、通常の整列アルゴリズムを実行することにより、前記決定された配列を参照ヌクレオチド配列に整列させるステップ
を更に含む、請求項７又は８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ヌクレオチド配列データが、ＦＡＳＴＱ形式、ＦＡＳＴＡ形式、ＥＭＢＬ形式、又はＧＣＧ形式で符号化される、
請求項１乃至９の何れか一項に記載の方法。
【請求項１１】
核酸サンプルのヌクレオチドの配列を決定するための方法であって、
それぞれが核酸の断片の特定配列を捕捉する、複数の捕捉プローブを提供するステップと、
核酸サンプルを断片化することによって生成される複数の核酸の断片と前記捕捉プローブとをハイブリダイズするステップと、
核酸の前記断片を配列決定し、それにより核酸の断片ごとにヌクレオチドに関する識別子の配列を生成するステップと、
核酸の前記断片の識別子の前記配列を、核酸の前記断片を捕捉する前記捕捉プローブのプローブデータに関連付けることにより、核酸の断片ごとに基本のヌクレオチド配列データを生成するステップと、
前記基本のヌクレオチド配列データに対して、請求項１乃至１０の何れか一項に記載の方法を実行することにより、核酸の断片ごとに強化されたヌクレオチド配列データを生成するステップと、
核酸の断片ごとの前記強化されたヌクレオチド配列データを関連する参照配列に整列させるステップと
を含む、方法。
【請求項１２】
ヌクレオチド配列データを提供するためのコンピュータプログラムであって、プロセッサによって実行されるとき、請求項１乃至９の何れか一項に記載の方法のステップを実行する、コンピュータプログラム。
【請求項１３】
核酸の断片のヌクレオチドに関する決定された識別子の配列と、核酸の前記断片を捕捉した捕捉プローブのプローブデータとを含む基本のヌクレオチド配列データを生成し、
前記プローブデータを予想配列と相互に関係付け、
前記決定された識別子の配列及び前記予想配列へのリファレンスを含むヌクレオチド配列データを生成し、
請求項１乃至１１の何れか一項に記載の方法のステップを好ましくは実行する、
配列決定装置。