【手続補正書】
【提出日】平成26年12月9日(2014.12.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
差分遺伝子配列オブジェクトを誘導する方法であって、
（ａ）第１の組織を表す第１の遺伝子配列ストリング及び（ｂ）第２の組織を表す第２の遺伝子配列ストリングを記憶する遺伝子データベースへのアクセスを提供するステップであって、第１及び第２の配列ストリングが複数の対応するサブストリングを有するステップと、
遺伝子データベースと連結させた配列解析エンジンへのアクセスを提供するステップと、
複数の対応するサブストリングのうちの少なくとも１つの既知の位置を使用して第１及び第２の配列ストリングを増分同期させることによって、配列解析エンジンを使用して局所アラインメントを生成するステップと、
配列解析エンジンによって、局所アラインメントを使用して、局所アラインメント内の第１と第２の配列ストリングとの間で局所差分ストリングを生成するステップと、
配列解析エンジンによって、局所差分ストリングを使用して、差分配列データベース中の差分遺伝子配列オブジェクトを更新するステップと
を含む方法。
【請求項２】
第１及び第２の遺伝子配列ストリングが、それぞれ第１及び第２の組織のゲノム、トランスクリプトーム、又はプロテオームの少なくとも１０％を表す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
第１及び第２の組織が、患者、健康な個体、細胞系、幹細胞、実験動物モデル、組換え細菌細胞、及びウイルスからなる群から選択される同じ生物学的実体を起源とする、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
第１の組織が、健康な組織であり、第２が患部組織である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
患部組織が、腫瘍組織を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
対応するサブストリングが、ホモ接合性対立遺伝子又はヘテロ接合性対立遺伝子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
同期ステップが、（１）第１のストリング内の先験的に既知の位置に基づいて複数のサブストリングのうちの少なくとも１つをアラインさせること、（２）複数のサブストリングのうちの少なくとも１つの既知の位置を含む既知の参照ストリングに基づいて、複数のサブストリングのうちの少なくとも１つをアラインさせること、又は（３）複数のサブストリングのうちの少なくとも１つの長さよりも短い長さのウィンドウ内で複数のサブストリングのうちの少なくとも１つをアラインさせることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
既知の参照ストリングがコンセンサス配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
第１の配列ストリングの全長にわたって第１及び第２の配列ストリングを繰り返し増分同期させることをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
差分遺伝子配列オブジェクトが、（１）少なくとも１つの染色体の複数の局所差分ストリングを表す、（２）第１の組織の実質的に全ゲノムの複数の局所差分ストリングを表す、又は（３）差分遺伝子配列オブジェクトを記述するメタデータを含む属性を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
属性が、第１及び第２の組織のうちの少なくとも１つの状態を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
状態が、（１）第１及び第２の組織のうちの少なくとも１つの生理的状態を含む、（２）遺伝子状態を含む、又は（３）組織内のシグナル伝達経路に関連する経路モデル情報を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
生理的状態が、新生物成長、アポトーシス、分化状態、組織年齢、及び処置への応答性からなる群から選択される状態を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
遺伝子状態が、少なくとも１つの倍数性、遺伝子のコピー数、反復のコピー数、反転、欠失、ウイルス遺伝子の挿入、体細胞突然変異、生殖系列突然変異、構造的再編成、転位、及びヘテロ接合性の喪失からなる群から選択される状態を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
シグナル伝達経路が、成長因子シグナル伝達経路、転写因子シグナル伝達経路、アポトーシス経路、細胞周期経路、及びホルモン応答経路からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
遺伝子配列オブジェクトが、ファイルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
ファイルが、標準化フォーマット又はＳＡＭ／ＢＡＭフォーマットに従う請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
医療サービスを提供する方法であって、
医療記録記憶装置と情報的に連結させた解析エンジンへのアクセスを提供するステップであって、記憶装置が患者の差分遺伝子配列オブジェクトを記憶するステップと、
解析エンジンによって、患者の差分遺伝子配列オブジェクト中の局所差分ストリング又は複数の局所差分ストリングの一群の存在を使用して患者に特異的なデータセットを生成するステップと、
解析エンジンによって、患者に特異的なデータセットに基づいて患者に特異的な指示を生成するステップと、
を含む方法。
【請求項１９】
医療記録記憶装置は、スマートカードとして構成されており、患者によって保有される、又は医療提供者によって遠隔アクセス可能である請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
患者の差分遺伝子配列オブジェクトが、（１）少なくとも２つの染色体の複数の局所差分ストリングを含む、（２）患者の実質的に全ゲノムの複数の局所差分ストリングを含む、又は（３）少なくとも２つの組織型を表す複数の局所差分ストリング、又は同じ組織についての時間間隔を空けた少なくとも２つの結果を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
同じ組織についての時間間隔を空けた少なくとも２つの結果が、処置開始の前及び後から得られる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
患者に特異的な指示が、診断、予後診断、処置結果の予測、処置戦略の推奨、及び処方からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
集団を解析する方法であって、
集団の医療記録データベース中の複数の差分遺伝子配列オブジェクトを獲得及び記憶するステップであって、記録データベースが解析エンジンと情報的に連結されているステップと、
解析エンジンによって、複数の差分遺伝子配列オブジェクト内の複数の局所差分ストリングの一群を同定して一群記録を生成するステップと、
解析エンジンによって、一群記録を使用して集団解析記録を生成するステップと
を含む方法。
【請求項２４】
集団が、（１）複数の血縁者を含む、（２）病原体への曝露、有害物質への曝露、既往歴、処置歴、処置の成功、性別、種、及び年齢からなる群から選択される少なくとも１つの共通の特長を共有することによって特徴づけられた複数のメンバーを含む、又は（３）地理的位置、民族性、及び職業からなる群から選択される少なくとも１つの共通の特長を共有することによって特徴づけられた複数のメンバーを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
集団解析記録が、父系性又は母系性の確認を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
個々の患者の一群記録を集団解析記録と比較するステップをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
個々の患者の一群記録を集団解析記録と比較するステップが、患者に特異的な記録を作成する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
患者に特異的な記録が、（１）危険性評価又は患者が特定集団に属するという確認を含む、又は（２）診断、予後診断、処置結果の予測、処置戦略の推奨、及び処方を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
人の差分遺伝子配列オブジェクトを解析する方法であって、
参照差分遺伝子配列オブジェクトを解析エンジンと情報的に連結させた医療記録データベースに記憶させるステップと、
解析エンジンによって、人の差分遺伝子配列オブジェクト中の複数の局所差分ストリングと、参照差分遺伝子配列オブジェクト中の複数の局所差分ストリングとの間の偏差を計算して偏差記録を生成するステップと、
解析エンジンによって、偏差記録を使用して人に特異的な偏差プロフィールを生成するステップと、
を含む方法。
【請求項３０】
参照差分遺伝子配列オブジェクトを、人の複数の局所差分ストリングから計算する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
患者又は人が、状態を診断された患者又は人からなる群から選択され、状態が、疾患及び障害からなる群から選択される、請求項１、請求項１８、請求項２３、又は請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
状態が、（１）後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、強直性脊椎炎、アミロイド症、貧血、喘息、アテローム性動脈硬化症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、良性前立腺肥大、気管支炎、チェディアック−東症候群、胆嚢炎、クローン病、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、真性糖尿病、気腫、胎児赤芽球症、結節性紅斑、萎縮性胃炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、痛風、慢性肉芽腫性疾患、グレーブス病、橋本甲状腺炎、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋又は心膜の炎症、骨関節炎、骨粗鬆症、膵炎、多嚢胞性卵巣症候群、多発性筋炎、乾癬、ライター症候群、関節リウマチ、強皮症、重症複合型免疫不全症（ＳＣＩＤ）、シェーグレン症候群、全身性アナフィラキシー、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、血小板減少性紫斑病、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、ウェルナー症候群、癌、血液透析、及び体外循環の合併症、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、原虫、及び蠕虫の感染症；腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形癌、特に、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、子宮頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌、アカシジア、アルツハイマー病、健忘症、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、運動失調、双極性障害、緊張病、脳性麻痺、脳血管疾患、クロイツフェルト−ヤコブ病、認知症、鬱病、ダウン症候群、遅発性ジスキネジア、ジストニア、癲癇、ハンチントン病、多発性硬化症、筋ジストロフィー、神経痛、神経線維腫症、神経障害、パーキンソン病、ピック病、網膜色素変性症、統合失調症、季節性情動障害、老人性認知症、脳卒中、トゥレット症候群、ならびに特に脳の腺癌、黒色腫、及び奇形癌を含めた癌からなる群から選択される、
（２）腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形癌などの癌、特に、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、子宮頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌；後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、強直性脊椎炎、アミロイド症、貧血、喘息、アテローム性動脈硬化症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、気管支炎、胆嚢炎、接触皮膚炎、クローン病、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、真性糖尿病、気腫、リンパ球毒素を伴う偶発性リンパ球減少症、胎児赤芽球症、結節性紅斑、萎縮性胃炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、痛風、グレーブス病、橋本甲状腺炎、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋又は心膜の炎症、骨関節炎、骨粗鬆症、膵炎、多発性筋炎、乾癬、ライター症候群、関節リウマチ、強皮症、シェーグレン症候群、全身性アナフィラキシー、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、血小板減少性紫斑病、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、ウェルナー症候群、癌、血液透析、及び体外循環の合併症、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、原虫、及び蠕虫の感染症、外傷、ブルトン型Ｘ連鎖無ガンマグロブリン血症、後天性免疫グロブリン血症（ＣＶＩ）、ディジョージ症候群（胸腺形成不全）、胸腺異形成、ＩｇＡ単独欠損症、重症複合型免疫不全症（ＳＣＩＤ）、血小板減少症及び湿疹を伴う免疫不全（ウィスコット−アルドリッチ症候群）、チェディアック−東症候群、慢性肉芽腫性疾患、遺伝性血管神経性浮腫、及びクッシング病関連の免疫不全などの免疫障害；並びに、腎尿細管性アシドーシス、貧血、クッシング症候群、軟骨形成不全性小人症、デュシェンヌ及びベッカー型筋ジストロフィー、癲癇、性腺形成不全、ＷＡＧＲ症候群（ウィルムス腫瘍、無虹彩症、泌尿生殖器奇形、及び精神遅滞）、スミス−マゲニス症候群、骨髄異形成症候群、遺伝性粘膜上皮異形成、遺伝性角皮症、シャルコー−マリー−トゥース病及び神経線維腫症などの遺伝性神経障害、甲状腺機能低下症、水頭症、シデナム（Ｓｙｎｄｅｎｈａｍ）舞踏病及び脳性麻痺などの発作性疾患、二分脊椎、無脳症、頭蓋脊椎披裂、先天性緑内障、白内障、感音性難聴、並びに対象の任意の組織、器官、又は系、たとえば、脳、副腎、腎臓、骨格又は生殖器系に関与する細胞の成長と分化、胚形成、及び形態形成に関連する任意の障害などの発達障害からなる群から選択される、又は
（３）性腺機能低下症、シーハン症候群、尿崩症、カルマン病、ハンド−シュラー−クリスチャン病、レッテラー−シーベ病、サルコイドーシス、トルコ鞍空洞症候群、及び小人症などの下垂体機能低下症に関連する障害などの内分泌障害；末端肥大症、巨人症、及び抗利尿ホルモン（ＡＤＨ）不適合分泌症候群（ＳＩＡＤＨ）を含む下垂体機能亢進症；甲状腺種、粘液水腫、細菌感染症に関連する急性甲状腺炎、ウイルス感染症に関連する亜急性甲状腺炎、自己免疫性甲状腺炎（橋本病）及びクレチン症を含む甲状腺機能低下症に関連する障害；甲状腺中毒症及びその様々な形態、グレーブス病、前脛骨粘液水腫、中毒性多結節性甲状腺種、甲状腺癌及びプランマー病を含めた甲状腺機能亢進症に関連する障害；コーン病（慢性高カルシウム血症）を含む副甲状腺機能亢進に関連する障害；アレルギー、喘息、急性及び慢性の炎症性肺疾患、ＡＲＤＳ、気腫、肺鬱血及び肺浮腫、ＣＯＰＤ、間質性肺疾患、肺癌などの呼吸器疾患；腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形癌などの癌、特に、副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、子宮頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌；並びに後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、強直性脊椎炎、アミロイド症、貧血、喘息、アテローム性動脈硬化症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、気管支炎、胆嚢炎、接触皮膚炎、クローン病、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、真性糖尿病、気腫、リンパ球毒素を伴う偶発性リンパ球減少症、胎児赤芽球症、結節性紅斑、萎縮性胃炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、痛風、グレーブス病、橋本甲状腺炎、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋又は心膜の炎症、骨関節炎、骨粗鬆症、膵炎、多発性筋炎、乾癬、ライター症候群、関節リウマチ、強皮症、シェーグレン症候群、全身性アナフィラキシー、全身性エリテマトーデス、全身性硬化症、血小板減少性紫斑病、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、ウェルナー症候群、癌、血液透析、及び体外循環の合併症、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、原虫、及び蠕虫の感染症、外傷などの免疫障害からなる群から選択される、
請求項３１に記載の方法。