【手続補正書】
【提出日】平成27年8月5日(2015.8.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌、心筋症、全身性紅斑性狼瘡、大腸炎、慢性閉塞性肺疾患、クローン病及び関節リウマチの診断用バイオマーカーとして使用するための、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有する、無細胞系ヌクレオソーム。
【請求項２】
前記ヌクレオソームが、モノヌクレオソーム又はオリゴヌクレオソームである、請求項1記載の使用のためのヌクレオソーム。
【請求項３】
前記DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有する無細胞系ヌクレオソームが、血液試料中で測定される、請求項1又は2記載の使用のためのヌクレオソーム。
【請求項４】
前記癌が、膀胱、乳房、結腸、頸部、食道、腎臓、大腸、肺、口腔、卵巣、膵臓、前立腺、直腸、皮膚又は胃の癌である、請求項1〜3のいずれか一項記載の使用のためのヌクレオソーム。
【請求項５】
前記癌が、結腸、肺、口腔又は膵臓の癌である、請求項4記載の使用のためのヌクレオソーム。
【請求項６】
試料中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの存在を検出する方法であって：
(i)該試料を、該DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドに結合する結合剤と接触させる工程；
(ii)該結合剤の、該試料中のDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドへの結合を検出又は定量する工程；並びに
(iii)該試料中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの存在の測定値として、当該結合の存在又は程度を使用する工程：
を含む、前記方法。
【請求項７】
試料中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの存在を検出する方法であって：
(i)該試料を、ヌクレオソームに結合する第一の結合剤と接触させる工程；
(ii)該ヌクレオソーム又は試料を、該DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドに結合する第二の結合剤と接触させる工程；
(iii)該第二の結合剤の、該試料中のDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドへの結合を検出又は定量する工程；並びに
(iv)該試料中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの存在の測定値として、当該結合の存在又は程度を使用する工程：
を含む、前記方法。
【請求項８】
試料中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの存在を検出する方法であって：
(i)該試料を、該DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドに結合する第一の結合剤と接触させる工程；
(ii)該ヌクレオソーム又は試料を、ヌクレオソームに結合する第二の結合剤と接触させる工程；
(iii)該第二の結合剤の、該試料中のヌクレオソームへの結合を検出又は定量する工程；並びに
(iv)該試料中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの存在の測定値として、当該結合の存在又は程度を使用する工程：
を含む、前記方法。
【請求項９】
前記DNA塩基が、ヌクレオソームそれ自身を試験するために、全ての又はほとんどのヌクレオソームにおいて生じる共通塩基である、請求項6〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
前記DNA塩基が、無細胞系DNAそれ自身を試験するために、全ての又はほとんどのヌクレオソームにおいて生じる共通塩基である、請求項6〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記DNA塩基が、5-メチルシトシン又は5-ヒドロキシメチルシトシンなどのシトシンである、請求項1〜10のいずれか一項記載の使用又は方法。
【請求項１２】
前記結合剤が、抗体である、請求項6〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記試料が、生物学的液体である、請求項6〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
前記試料が、血液又は血清又は血漿である、請求項6〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
細胞中の、請求項6〜14のいずれか一項記載のDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの存在を検出する方法であって：
(i)細胞からクロマチンを単離する工程；
(ii)該クロマチンを消化するか、音波処理するか又は別様に破壊し、モノヌクレオソーム及び／又はオリゴヌクレオソームを形成する工程；並びに
(iii)請求項6〜14のいずれか一項記載の方法に従い、該ヌクレオソーム中のDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドの存在を検出又は測定する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１６】
動物又はヒト対象における疾患状態を検出又は診断するためにデータを取得する方法であって：
(i)該対象の体液中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームを検出又は測定する工程；並びに
(ii)該対象の疾患状態を同定するために検出された該ヌクレオソームに会合されたDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドレベルを使用する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１７】
医学治療に関する適性について動物又はヒト対象を評価する方法であって：
(i)該対象の体液中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームを検出又は測定する工程；並びに
(ii)該対象に関する好適な治療の選択のためのパラメータとして、検出された該ヌクレオソームに会合されたDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドレベルを使用する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１８】
動物又はヒト対象の治療をモニタリングする方法であって：
(i)該対象の体液中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームを検出又は測定する工程；
(ii)1回以上にわたって該対象の体液中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームの該検出又は該測定を反復する工程；並びに
(iii)該対象の状態の何らかの変化に関するパラメータとして、検出された該ヌクレオソームに会合されたDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドレベルの何らかの変化を使用する工程：
を含む、前記方法。
【請求項１９】
前記ヌクレオソームに会合されたDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドが、測定のパネルの一つとして検出又は測定される、請求項16〜18のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
実際の又は推定される癌、良性腫瘍、炎症疾患、自己免疫疾患、子宮内膜症、感染症、敗血症、脳卒中又は心筋梗塞を伴う対象において使用するための、請求項16〜19のいずれか一項記載の方法。
【請求項２１】
動物又はヒト対象における疾患状態を検出又は診断に必要なデータを取得するために、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドバイオマーカーを同定する方法であって：
(i)該対象の体液中の、DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームを検出又は測定する工程；
(ii)健常対象又は対照対象の体液中の、該DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドを含有するヌクレオソームを検出又は測定する工程；並びに
(iii)DNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドが、疾患状態のバイオマーカーとして有用であるかどうかを同定するために、罹患対象及び対照対象において検出されたレベル間の差異を使用する工程：
を含む、前記方法。
【請求項２２】
請求項21記載の方法により同定されたバイオマーカー。
【請求項２３】
DNA塩基、ヌクレオチド若しくはヌクレオシド若しくはそれらの部分成分、又はDNA塩基、ヌクレオチド若しくはヌクレオシド若しくはそれらの部分成分の構造／形状の模倣体に特異的なリガンド又はバインダーを、請求項6〜21記載の方法のいずれか一つに従う該キットの使用説明書と一緒に備える、ヌクレオソームに会合されたDNA塩基、ヌクレオチド又はヌクレオシドの検出のためのキット。