【手続補正書】
【提出日】平成26年11月18日(2014.11.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
染色体または染色体セグメント上の複数の多型遺伝子座における、調製された試料中のＤＮＡの測定を、妊娠中の胎児における染色体または染色体セグメントの倍数性状態の指標とする方法であって、
該染色体または染色体セグメント上の複数の多型遺伝子座における、調製された試料中の該ＤＮＡを測定するステップであって、該調製された試料は、該胎児の母親由来の母系ＤＮＡおよび該胎児由来の胎児ＤＮＡを含む第１のＤＮＡの試料から該ＤＮＡを単離することによって調製されたものである、ステップと、
該調製された試料に対して行った該ＤＮＡ測定から、該複数の多型遺伝子座における対立遺伝子数をコンピュータで算出するステップと、
それぞれが、該染色体または染色体セグメントにおける可能性のある異なる倍数性状態に関する、複数の倍数性仮説をコンピュータで作製するステップと、
各倍数性仮説について、該染色体または染色体セグメント上の該複数の多型遺伝子座における予測される該対立遺伝子数についての同時分布モデルをコンピュータで構築するステップと、
該同時分布モデルおよび該調製された試料において測定された該対立遺伝子数を用いて、該倍数性仮説のそれぞれの相対的確率をコンピュータで決定するステップと、
最大の確率を有する該仮説に対応する該倍数性状態を選択することによって該胎児の該倍数性状態を呼び出すステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記第１の試料中の前記ＤＮＡが母系の血漿を起源とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の試料中の前記ＤＮＡが複数の多型遺伝子座において優先的に富化されたものであり、
該複数の多型遺伝子座における該ＤＮＡを該優先的に富化するステップが、
複数のライゲーション媒介性ＰＣＲプローブを得るステップであって、それぞれのＰＣＲプローブが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、該ＰＣＲプローブの上流部および下流部が、該遺伝子座の多型部位から少数の塩基で隔てられているＤＮＡの一方の鎖上のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該少数が、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１〜２５、２６〜３０、３１〜６０、またはそれらの組合せである、ステップと、
該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブと前記第１の試料由来の前記ＤＮＡをハイブリダイズさせるステップと、
該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブ末端間のギャップを、ＤＮＡポリメラーゼを用いて埋めるステップと、
該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブをライゲーションするステップと、
ライゲーションされた該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブを増幅するステップと
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の試料中の前記ＤＮＡが複数の多型遺伝子座において優先的に富化されたものであり、
複数の多型遺伝子座における該ＤＮＡを該優先的に富化するステップが、
複数の内側のフォワードプライマーを得るステップであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、該内側のフォワードプライマーのそれぞれの３’末端が、該遺伝子座の多型部位の上流にあり少数の塩基で該多型部位から隔てられているＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該少数が、１塩基対、２塩基対、３塩基対、４塩基対、５塩基対、６〜１０塩基対、１１〜１５塩基対、１６〜２０塩基対、２１〜２５塩基対、２６〜３０塩基対、および３１〜６０塩基対からなる群から選択される、ステップと、
必要に応じて、複数の内側のリバースプライマーを得るステップであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、該内側のリバースプライマーのそれぞれの３’末端が、該遺伝子座の多型部位の上流にあり少数の塩基で該多型部位から隔てられているＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該少数が、１塩基対、２塩基対、３塩基対、４塩基対、５塩基対、６〜１０塩基対、１１〜１５塩基対、１６〜２０塩基対、２１〜２５塩基対、２６〜３０塩基対、および３１〜６０塩基対からなる群から選択される、ステップと、
該内側のプライマーを該ＤＮＡとハイブリダイズさせるステップと、
ポリメラーゼ連鎖反応を用いて該ＤＮＡを増幅してアンプリコンを形成するステップとを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
複数の外側のフォワードプライマーを得るステップであって、それぞれのプライマーが前記多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、そして該外側のフォワードプライマーのそれぞれが、前記内側のフォワードプライマーの上流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されている、ステップと、
必要に応じて、複数の外側のリバースプライマーを得るステップであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、そして該外側のフォワードプライマーのそれぞれが、前記内側のリバースプライマーのすぐ下流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されている、ステップと、
前記第１のプライマーを該ＤＮＡとハイブリダイズさせるステップと、
前記ポリメラーゼ連鎖反応を用いて該ＤＮＡを増幅するステップと
をさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
複数の外側のリバースプライマーを得るステップであって、それぞれのプライマーが前記多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、そして該外側のフォワードプライマーのそれぞれが、対応する前記内側のリバースプライマーのすぐ下流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されている、ステップと、
必要に応じて、複数の外側のフォワードプライマーを得るステップであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、そして該外側のフォワードプライマーのそれぞれが、対応する前記内側のフォワードプライマーの上流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されている、ステップと、
前記第１のプライマーを該ＤＮＡとハイブリダイズさせるステップと、
前記ポリメラーゼ連鎖反応を用いて該ＤＮＡを増幅するステップと
をさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
（ａ）前記第１の試料を調製する前記ステップが、
該第１の試料中の前記ＤＮＡにユニバーサルアダプタを付加するステップと、
該第１の試料中の前記ＤＮＡを、前記ポリメラーゼ連鎖反応を用いて増幅するステップと
をさらに含み；
（ｂ）前記ＤＮＡを増幅する前記ステップが、１つまたは複数の個々の反応容積で行われ、個々の反応容積のそれぞれが、５００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーとの対を含有し；あるいは
（ｃ）前記内側のプライマーが、望ましくないプライマー２重鎖を形成する可能性があるプライマー対を同定するステップ、および望ましくないプライマー２重鎖を形成する可能性があると同定されたプライマーの対の少なくとも１つを前記複数のプライマーから除去するステップによって選択される、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記胎児の一方の親または両親からの複数の多型遺伝子座における遺伝子型データを得るステップをさらに含み、
（ａ）前記染色体または染色体セグメント上の前記複数の多型遺伝子座の前期予測される対立遺伝子数の確率についての同時分布モデルを構築する前記ステップが、前記一方の親または両親から得られた前記遺伝子データを用いて行われるか；あるいは
（ｂ）前記第１の試料が母系の血漿から単離されたものであり、前記母親から遺伝子型データを得る前記ステップが、前記調製された試料に対して行った前記ＤＮＡ測定から該母系の遺伝子型データを推定するステップによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記第１の試料中の前記ＤＮＡが複数の多型遺伝子座において優先的に富化されたものであり、前記優先的な富化により、前記調製された試料と前記第１の試料の間に、１．２倍以下の平均の対立遺伝子の偏りがもたらされる、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の多型遺伝子座が一塩基多型である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
（ａ）対立遺伝子数の確率についての同時分布モデルを構築する前記ステップを、染色体内の異なる場所における該染色体乗換えの確率に関するデータを使用して、該染色体上の多型対立遺伝子間の依存性をモデリングすることによって行うか；
（ｂ）各仮説の前記相対的確率を決定する前記ステップが、前記調製された試料中の胎児ＤＮＡの推定される小部分を使用するか；あるいは
（ｃ）前記胎児の前記倍数性状態を呼び出す前記ステップが、
前記同時分布モデルおよび前記対立遺伝子数の確率を用いて決定される前記倍数性仮説のそれぞれの前記相対的確率と、読み取り数解析、ヘテロ接合率の比較、親の遺伝子情報を使用する場合にのみ利用可能な統計量、特定の親の状況に対して正規化された遺伝子型シグナルの確率、前記第１の試料または前記調製された試料の推定される胎児の割合を用いて算出される統計量、およびそれらの組合せからなる群から選択される一つ以上の統計学的技法を用いて算出される該倍数性仮説のそれぞれの相対的確率とを組み合わせるステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記呼び出された倍数性状態について信頼度推定値が算出され、好ましくは前記信頼度が、第１８番染色体および第２１番染色体について９８％を超える、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
請求項４に記載の方法で使用するために設計された、妊娠中の胎児における標的染色体または染色体セグメントの倍数性状態を決定するためのキットであって、
前記複数の内側のフォワードプライマーおよび、必要に応じて前記複数の内側のリバースプライマーであって、該プライマーのそれぞれが前記標的染色体または染色体セグメント上の前記多型部位のうちの１つのすぐ上流および／または下流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該ハイブリダイズする領域が、少数の塩基によって該多型部位から隔てられており、該少数が、１、２、３、４、５、６〜１０、１１〜１５、１６〜２０、２１〜２５、２６〜３０、３１〜６０、およびそれらの組合せからなる群から選択されるプライマー
を含むキット。
【請求項１４】
胎児のゲノムＤＮＡと母系のゲノムＤＮＡの混合物から無作為に選択されたＤＮＡ断片の配列を、胎児のゲノムＤＮＡおよび母系のゲノムＤＮＡを含む母系の組織試料において胎児の異数性の存在または不在の指標とする方法であって、
ａ）該母系の組織試料由来の胎児のゲノムＤＮＡと母系のゲノムＤＮＡの混合物から無作為に選択されたＤＮＡ断片の大規模並行ＤＮＡ配列決定を行って、該ＤＮＡ断片の配列を決定するステップと、
ｂ）ステップａ）で得られた配列が属する染色体または染色体セグメントを同定するステップと、
ｃ）ステップｂ）のデータを用いて、母系のゲノムＤＮＡと胎児のゲノムＤＮＡの該混合物中の少なくとも１つの第１の染色体または染色体セグメントの量を決定するステップであって、該少なくとも１つの第１の染色体または染色体セグメントが、該胎児において正倍数性であると推定されるステップと、
ｄ）ステップｂ）のデータを用いて、母系のゲノムＤＮＡと胎児のゲノムＤＮＡの該混合物中の第２の染色体または染色体セグメントの量を決定するステップであって、該第２の染色体または染色体セグメントが、該胎児において異数性であることが疑われるステップと、
ｅ）胎児ＤＮＡと母系ＤＮＡの該混合物中の胎児ＤＮＡの割合を算出するステップと、
ｆ）該第２の標的染色体または染色体セグメントが正倍数性である場合、ステップｃ）の数を用いて該第２の標的染色体または染色体セグメントの量の予測される分布を算出するステップと；
ｇ）該第２の標的染色体または染色体セグメントが異数性である場合、ステップｃ）の数およびステップｅ）で算出された、胎児ＤＮＡと母系ＤＮＡの該混合物中の胎児ＤＮＡの前記割合を用いて該第２の標的染色体または染色体セグメントの量の予測される分布を算出するステップと、
ｈ）最尤法または最大事後確率法を用いて、ステップｄ）で決定された該第２の染色体または染色体セグメントの量がステップｆ）で算出された該分布またはステップｇ）で算出された該分布のどちらの一部である可能性がより高いかを決定し、それにより、胎児の異数性の存在または不在が示される、ステップと
を含む方法。
【請求項１５】
妊娠中の胎児における染色体の倍数性状態の決定に役立つ診断ボックスであって、請求項１に記載の方法における調製するステップおよび測定するステップを実行することができる診断ボックス。
【請求項１６】
前記胎児の前記呼び出された倍数性状態に基づいた臨床的措置がとられるかどうかの指標となり、該臨床的措置は、妊娠中絶すること、または妊娠を維持することの一方から選択される、請求項１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３２】
いくつかの実施形態では、胎児のゲノムＤＮＡおよび母系のゲノムＤＮＡを含む母系の組織試料において胎児の異数性の存在または不在を決定するための方法であって、（ａ）前記母系の組織試料から、胎児のゲノムＤＮＡと母系のゲノムＤＮＡの混合物を得るステップと、（ｂ）ステップａ）の胎児のゲノムＤＮＡと母系のゲノムＤＮＡの混合物から無作為に選択されたＤＮＡ断片の大規模並行ＤＮＡ配列決定を行って、前記ＤＮＡ断片の配列を決定するステップと、（ｃ）ステップｂ）で得られた配列が属する染色体を同定するステップと、（ｄ）ステップｃ）のデータを用いて、前記母系のゲノムＤＮＡと胎児のゲノムＤＮＡの混合物中の少なくとも１つの第１の染色体の量を決定するステップであって、前記少なくとも１つの第１の染色体が、胎児において正倍数性であると推定されるステップと、（ｅ）ステップｃ）のデータを用いて、前記母系のゲノムＤＮＡと胎児のゲノムＤＮＡの混合物中の第２の染色体の量を決定するステップであって、前記第２の染色体が、胎児において異数体であることが疑われるステップと、（ｆ）胎児ＤＮＡと母系ＤＮＡの混合物中の胎児ＤＮＡの割合を算出するステップと、（ｇ）第２の標的染色体が正倍数性である場合、ステップｄ）の数を用いて第２の標的染色体の量の予測される分布を算出するステップと、（ｈ）第２の標的染色体が異数性である場合、ステップｄ）の第１の数およびステップｆ）で算出された、胎児ＤＮＡと母系ＤＮＡの混合物中の胎児ＤＮＡの割合を用いて第２の標的染色体の量の予測される分布を算出するステップと、（ｉ）最尤法または最大事後法を用いて、ステップｅ）で決定された第２の染色体の量がステップｇ）で算出された分布またはステップｈ）で算出された分布の一部である可能性がより高いかを決定し、それにより、胎児の異数性の存在または不在を示すステップとを含む方法が開示されている。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
妊娠中の胎児における染色体の倍数性状態を決定するための方法であって、
該胎児の母親由来の母系ＤＮＡおよび該胎児由来の胎児ＤＮＡを含む第１のＤＮＡの試料を得るステップと、
調製された試料が得られるように該ＤＮＡを単離することによって該第１の試料を調製するステップと、
該染色体上の複数の多型遺伝子座における該調製された試料中の該ＤＮＡを測定するステップと、
該調製された試料に対して行った該ＤＮＡ測定から、該複数の多型遺伝子座における対立遺伝子数をコンピュータで算出するステップと、
それぞれが、該染色体における可能性のある異なる倍数性状態に関する、複数の倍数性仮説をコンピュータで作製するステップと、
各倍数性仮説について、該染色体上の該複数の多型遺伝子座における予測される該対立遺伝子数についての同時分布モデルをコンピュータで構築するステップと、
該同時分布モデルおよび該調製された試料において測定された該対立遺伝子数を用いて、該倍数性仮説のそれぞれの相対的確率をコンピュータで決定するステップと、
最大の確率を有する該仮説に対応する該倍数性状態を選択することによって該胎児の該倍数性状態を呼び出すステップと
を含む方法。
（項目２）
前記第１の試料中の前記ＤＮＡが母系の血漿を起源とする、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記第１の試料を調製する前記ステップが、前記ＤＮＡを増幅するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記第１の試料を調製する前記ステップが、複数の多型遺伝子座における前記第１の試料中の前記ＤＮＡを優先的に富化するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記複数の多型遺伝子座における前記第１の試料中の前記ＤＮＡを前記優先的に富化するステップが、
複数の環状化前プローブであって、それぞれのプローブが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、該プローブの３’末端および５’末端が該遺伝子座の多型部位から少数の塩基で隔てられているＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該少数が、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１〜２５、２６〜３０、３１〜６０、またはそれらの組合せであるプローブを得るステップと、
該環状化前プローブと該第１の試料由来のＤＮＡをハイブリダイズさせるステップと、
該ハイブリダイズしたプローブ末端間のギャップを、ＤＮＡポリメラーゼを用いて埋めるステップと、
該環状化前プローブを環状化するステップと、
該環状化されたプローブを増幅するステップと
を含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記複数の多型遺伝子座における前記ＤＮＡを前記優先的に富化するステップが、
複数のライゲーション媒介性ＰＣＲプローブであって、それぞれのＰＣＲプローブが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、該ＰＣＲプローブの上流部および下流部が、該遺伝子座の多型部位から少数の塩基で隔てられているＤＮＡの一方の鎖上のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該少数が、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１〜２５、２６〜３０、３１〜６０、またはそれらの組合せであるＰＣＲプローブを得るステップと、
該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブと前記第１の試料由来の前記ＤＮＡをハイブリダイズさせるステップと、
該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブ末端間のギャップを、ＤＮＡポリメラーゼを用いて埋めるステップと、
該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブをライゲーションするステップと、
ライゲーションされた該ライゲーション媒介性ＰＣＲプローブを増幅するステップと
を含む、項目４に記載の方法。
（項目７）
前記複数の多型遺伝子座における前記ＤＮＡを前記優先的に富化するステップが、
該多型遺伝子座を標的とする複数のハイブリッド捕捉プローブを得るステップと、
該ハイブリッド捕捉プローブを、前記第１の試料中の前記ＤＮＡとハイブリダイズさせるステップと、
ＤＮＡに関する該第１の試料からハイブリダイズしていないＤＮＡの一部または全部を物理的に除去するステップと
を含む、項目４に記載の方法。
（項目８）
前記複数のハイブリッド捕捉プローブが、前記多型部位と隣接しているがオーバーラップはしていない領域とハイブリダイズするように設計されている、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記複数のハイブリッド捕捉プローブが、前記多型部位と隣接しているがオーバーラップはしていない領域とハイブリダイズするように設計されており、該隣接捕捉プローブの長さが、約１２０塩基未満、約１１０塩基未満、約１００塩基未満、約９０塩基未満、約８０塩基未満、約７０塩基未満、約６０塩基未満、約５０塩基未満、約４０塩基未満、約３０塩基未満、および約２５塩基未満からなる群から選択することができる、項目７に記載の方法。
（項目１０）
前記複数のハイブリッド捕捉プローブが、前記多型部位とオーバーラップする領域とハイブリダイズするように設計されており、該複数のハイブリッド捕捉プローブが、各多型遺伝子座に対する少なくとも２つのハイブリッド捕捉プローブを含み、各ハイブリッド捕捉プローブが、一方の多型遺伝子座において別の対立遺伝子と相補的であるように設計されている、項目７に記載の方法。
（項目１１）
複数の多型遺伝子座における前記ＤＮＡを前記優先的に富化するステップが、
複数の内側のフォワードプライマーであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、該内側のフォワードプライマーの３’末端が、前記多型部位の上流にあり少数の塩基で該多型部位から隔てられているＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該少数が、１塩基対、２塩基対、３塩基対、４塩基対、５塩基対、６〜１０塩基対、１１〜１５塩基対、１６〜２０塩基対、２１〜２５塩基対、２６〜３０塩基対または３１〜６０塩基対からなる群から選択されるプライマーを得るステップと、
必要に応じて、複数の内側のリバースプライマーであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、該内側のリバースプライマーの３’末端が、該多型部位の上流にあり少数の塩基で該多型部位から隔てられているＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されており、該少数が、１塩基対、２塩基対、３塩基対、４塩基対、５塩基対、６〜１０塩基対、１１〜１５塩基対、１６〜２０塩基対、２１〜２５塩基対、２６〜３０塩基対または３１〜６０塩基対からなる群から選択されるプライマーを得るステップと、
該内側のプライマーを該ＤＮＡとハイブリダイズさせるステップと、
ポリメラーゼ連鎖反応を用いて該ＤＮＡを増幅してアンプリコンを形成するステップとを含む、項目４に記載の方法。
（項目１２）
複数の外側のフォワードプライマーであって、それぞれのプライマーが前記多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、前記内側のフォワードプライマーの上流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されているプライマーを得るステップと、
必要に応じて、複数の外側のリバースプライマーであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、前記内側のリバースプライマーのすぐ下流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されているプライマーを得るステップと、
第１のプライマーを該ＤＮＡとハイブリダイズさせるステップと、
前記ポリメラーゼ連鎖反応を用いて該ＤＮＡを増幅するステップと
をさらに含む、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
複数の外側のリバースプライマーであって、それぞれのプライマーが前記多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、前記内側のリバースプライマーのすぐ下流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されているプライマーを得るステップと、
必要に応じて、複数の外側のフォワードプライマーであって、それぞれのプライマーが該多型遺伝子座のうちの１つを標的とし、前記内側のフォワードプライマーの上流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されているプライマーを得るステップと、
前記第１のプライマーを該ＤＮＡとハイブリダイズさせるステップと、
前記ポリメラーゼ連鎖反応を用いて該ＤＮＡを増幅するステップと
をさらに含む、項目１１に記載の方法。
（項目１４）
前記第１の試料を調製する前記ステップが、
該第１の試料中の前記ＤＮＡにユニバーサルアダプタを付加するステップと、
該第１の試料中の前記ＤＮＡを、前記ポリメラーゼ連鎖反応を用いて増幅するステップと
をさらに含む、項目１１に記載の方法。
（項目１５）
増幅された前記アンプリコンの少なくとも小部分が１００ｂｐ未満、９０ｂｐ未満、８０ｂｐ未満、７０ｂｐ未満、６５ｂｐ未満、６０ｂｐ未満、５５ｂｐ未満、５０ｂｐ未満または４５ｂｐ未満であり、前記小部分が１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９９％である、項目１１に記載の方法。
（項目１６）
前記ＤＮＡを増幅する前記ステップが、１つまたは複数の個々の反応容積で行われ、個々の反応容積のそれぞれが、１００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、２００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、５００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、１，０００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、２，０００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、５，０００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、１０，０００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、２０，０００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、５０，０００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対、または、１００，０００超の異なるフォワードプライマーとリバースプライマーの対を含有する、項目１１に記載の方法。
（項目１７）
前記第１の試料を調製する前記ステップが、該第１の試料を複数の部分に分割するステップであって、前記複数の多型遺伝子座のサブセットにおける各部分内の前記ＤＮＡが優先的に富化されるステップをさらに含む、項目１１に記載の方法。
（項目１８）
前記内側のプライマーを、望ましくないプライマー２重鎖を形成する可能性があるプライマー対を同定するステップ、および望ましくないプライマー２重鎖を形成する可能性があると同定されたプライマーの対の少なくとも１つを前記複数のプライマーから除去するステップによって選択する、項目１１に記載の方法。
（項目１９）
前記内側のプライマーが、前記標的の多型遺伝子座の上流または下流のいずれかとハイブリダイズするように設計された領域を含有し、必要に応じて、ＰＣＲ増幅が可能になるように設計されたユニバーサルプライミング配列を含有する、項目１１に記載の方法。
（項目２０）
前記プライマーの少なくとも一部が、個々のプライマー分子各々について異なるランダムな領域をさらに含有する、項目１１に記載の方法。
（項目２１）
前記プライマーの少なくとも一部が、分子バーコードをさらに含有する、項目１１に記載の方法。
（項目２２）
前記胎児の一方の親または両親から遺伝子型データを得るステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記胎児の一方の親または両親から遺伝子型データを得る前記ステップが、
該両親由来の前記ＤＮＡを調製するステップであって、前記複数の多型遺伝子座における前記ＤＮＡを優先的に富化し、調製された親のＤＮＡを得るステップを含むステップと、
必要に応じて、該調製された親のＤＮＡを増幅するステップと、
該複数の多型遺伝子座における該調製された試料中の該親のＤＮＡを測定するステップと
を含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記染色体上の前記複数の多型遺伝子座の前期予測される対立遺伝子数の確率についての同時分布モデルを構築する前記ステップを、前記一方の親または両親から得られた前記遺伝子データを用いて行う、項目２２に記載の方法。
（項目２５）
前記第１の試料を母系の血漿から単離し、前記母親から遺伝子型データを得る前記ステップを、前記調製された試料に対して行った前記ＤＮＡ測定から該母系の遺伝子型データを推定するステップによって行う、項目２２に記載の方法。
（項目２６）
前記優先的な富化により、前記調製された試料と前記第１の試料の間に、２倍以下、１．５倍以下、１．２倍以下、１．１倍以下、１．０５倍以下、１．０２倍以下、１．０１倍以下、１．００５倍以下、１．００２倍以下、１．００１倍以下および１．０００１倍以下からなる群から選択される係数の程度の、平均の対立遺伝子の偏りがもたらされる、項目４に記載の方法。
（項目２７）
前記複数の多型遺伝子座がＳＮＰである、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記調製された試料中の前記ＤＮＡを測定する前記ステップを配列決定するステップによって行う、項目１に記載の方法。
（項目２９）
妊娠中の胎児における染色体の倍数性状態の決定に役立つ診断ボックスであって、項目１に記載の方法における調製するステップおよび測定するステップを実行することができる診断ボックス。
（項目３０）
前記対立遺伝子数がバイナリーではなく確率的なものである、項目１に記載の方法。
（項目３１）
前記複数の多型遺伝子座における前記調製された試料中の前記ＤＮＡの測定値を、前記胎児がハプロタイプに関連づけられる遺伝性の１つまたは複数の疾患を有するか否かを決定するためにも用いる、項目１に記載の方法。
（項目３２）
対立遺伝子数の確率についての同時分布モデルを構築する前記ステップを、染色体内の異なる場所における染色体乗換えの確率に関するデータを使用して、前記染色体上の多型対立遺伝子間の依存性をモデリングすることによって行う、項目１に記載の方法。
（項目３３）
対立遺伝子数についての同時分布モデルを構築する前記ステップと各仮説の前記相対的確率を決定する前記ステップをどちらも、参照染色体を使用することを必要としない方法を用いて行う、項目１に記載の方法。
（項目３４）
各仮説の前記相対的確率を決定する前記ステップが、前記調製された試料中の胎児ＤＮＡの推定される小部分を使用する、項目１に記載の方法。
（項目３５）
対立遺伝子数の確率を算出するステップおよび各仮説の前記相対的確率を決定するステップにおいて使用する前記調製された試料からの前記ＤＮＡ測定値が、一次遺伝子データを含む、項目１に記載の方法。
（項目３６）
最大の確率を有する前記仮説に対応する前記倍数性状態を選択するステップを、最尤推定または最大事後推定を使用して行う、項目１に記載の方法。
（項目３７）
前記胎児の前記倍数性状態を呼び出す前記ステップが、
前記同時分布モデルおよび前記対立遺伝子数の確率を用いて決定される前記倍数性仮説のそれぞれの前記相対的確率と、読み取り数解析、ヘテロ接合率の比較、親の遺伝子情報を使用する場合にのみ利用可能な統計量、特定の親の状況に対して正規化された遺伝子型シグナルの確率、前記第１の試料または前記調製された試料の推定される胎児の割合を用いて算出される統計量、およびそれらの組合せからなる群から選択される統計学的技法を用いて算出される該倍数性仮説のそれぞれの相対的確率とを組み合わせるステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３８）
前記呼び出された倍数性状態について信頼度推定値を算出する、項目１に記載の方法。
（項目３９）
前記胎児の前記呼び出された倍数性状態に基づいて、妊娠中絶すること、または妊娠を維持することの一方から選択される臨床的措置をとるステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４０）
妊娠４週から５週の間；妊娠５週から６週の間；妊娠６週から７週の間；妊娠７週から８週の間；妊娠８週から９週の間；妊娠９週から１０週の間；妊娠１０週から１２週の間；妊娠１２週から１４週の間；妊娠１４週から２０週の間；妊娠２０週から４０週の間；妊娠初期；妊娠中期；妊娠後期；またはそれらの組合せにおいて実施することができる、項目１に記載の方法。
（項目４１）
項目１に記載の方法を用いて生成した、決定された妊娠中の胎児における染色体の倍数性状態を示す報告。
（項目４２）
項目１１に記載の方法で使用するために設計された、妊娠中の胎児における標的染色体の倍数性状態を決定するためのキットであって、
前記複数の内側のフォワードプライマーおよび、必要に応じて前記複数の内側のリバースプライマーであって、該プライマーのそれぞれが前記標的染色体上の前記多型部位のうちの１つのすぐ上流および／または下流のＤＮＡの領域とハイブリダイズするように設計されているプライマーと、必要に応じてさらに別の染色体であって、該ハイブリダイズする領域が、少数の塩基によって該多型部位から隔てられており、該少数が、１、２、３、４、５、６〜１０、１１〜１５、１６〜２０、２１〜２５、２６〜３０、３１〜６０、およびそれらの組合せからなる群から選択される染色体
とを含むキット。
（項目４３）
胎児のゲノムＤＮＡおよび母系のゲノムＤＮＡを含む母系の組織試料において胎児の異数性の存在または不在を決定するための方法であって、
ａ）該母系の組織試料から、胎児のゲノムＤＮＡと母系のゲノムＤＮＡの混合物を得るステップと、
ｂ）ステップａ）の胎児のゲノムＤＮＡと母系のゲノムＤＮＡの混合物から無作為に選択されたＤＮＡ断片の大規模並行ＤＮＡ配列決定を行って、該ＤＮＡ断片の配列を決定するステップと、
ｃ）ステップｂ）で得られた配列が属する染色体を同定するステップと、
ｄ）ステップｃ）のデータを用いて、母系のゲノムＤＮＡと胎児のゲノムＤＮＡの該混合物中の少なくとも１つの第１の染色体の量を決定するステップであって、該少なくとも１つの第１の染色体が、該胎児において正倍数性であると推定されるステップと、
ｅ）ステップｃ）のデータを用いて、母系のゲノムＤＮＡと胎児のゲノムＤＮＡの該混合物中の第２の染色体の量を決定するステップであって、該第２の染色体が、該胎児において異数性であることが疑われるステップと、
ｆ）胎児ＤＮＡと母系ＤＮＡの該混合物中の胎児ＤＮＡの割合を算出するステップと、
ｇ）該第２の標的染色体が正倍数性である場合、ステップｄ）の数を用いて該第２の標的染色体の量の予測される分布を算出するステップと；
ｈ）該第２の標的染色体が異数性である場合、ステップｄ）の第１の数およびステップｆ）で算出された、胎児ＤＮＡと母系ＤＮＡの該混合物中の胎児ＤＮＡの前記割合を用いて該第２の標的染色体の量の予測される分布を算出するステップと、
ｉ）最尤法または最大事後法を用いて、ステップｅ）で決定された該第２の染色体の量がステップｇ）で算出された該分布またはステップｈ）で算出された該分布のどちらの一部である可能性がより高いかを決定し、それにより、胎児の異数性の存在または不在を示すステップと
を含む方法。