【手続補正書】
【提出日】平成27年4月21日(2015.4.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マルチプレックス化バイオメトリック画像に基づいて、組織特徴を解析する方法であって、
個別の細胞が描出されて区画へと分割される視野に関して、複数のバイオマーカーの発現を捕捉するマルチプレックス化バイオメトリック画像を含む細胞プロファイルデータを含む細胞プロファイルデータを保存する段階と、
視野の中の細胞の各々を選択されたクラスターセットの中の類似する細胞の複数のクラスターの中の単一のクラスターに割り当てる段階であって、選択されたクラスターセットの中の各クラスターが、複数の選択された属性であって、そのセットの中の他のクラスターの中の細胞の複数の選択された属性より、そのクラスターの中の他の細胞の複数の選択された属性への類似性が大きい属性を有する細胞を含む、段階と、
選択されたクラスターセットの中の各クラスターに割り当てられた細胞の比率を観察する段階と、
状態若しくは疾患の診断、予後診断又は状態若しくは疾患の処置に対する応答との関連であって、選択されたクラスターセットの、視野レベルの評価又は患者レベルの評価を含むメタ情報の少なくとも一部分との既知の関連から導き出すことができる関連について、観察された比率を検証する段階と
を含む、方法。
【請求項２】
ａ）細胞プロファイルデータを創出する段階、
ｂ）組織試料を患者から得る段階、
ｃ）組織試料の視野の中の個別の細胞を、マルチプレックス化バイオメトリック画像データに基づいて描出する段階、
ｄ）組織試料の視野の中の細胞を、マルチプレックス化バイオメトリック画像データに基づいて、区画へと分割する段階、
ｅ）複数のバイオマーカーの少なくとも１つの発現に基づいて、Κ中央値又はΚ平均によるクラスター化アルゴリズムを細胞の少なくとも１つの属性に適用することにより細胞の類似性を決定する段階、或いは
ｆ）状態若しくは疾患の診断、予後診断又は状態若しくは疾患の処置に対する応答との一変量又は多変量の関連であって、選択されたクラスターセットの既知の多変量の関連から導き出すことができる一変量又は多変量の関連について、選択されたクラスターセットの中の各クラスターに割り当てられた、観察された細胞の比率を検証する段階
をさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
細胞の少なくとも１つの属性が、細胞全体の中央値強度、核の強度比、膜の強度比及び細胞質の強度比からなる細胞の４つの属性から選択され、
核の強度比が、膜の中央値強度と細胞質の中央値強度との合計の半分を、核の中央値強度から減じることにより計算され、
膜の強度比が、核の中央値強度と細胞質の中央値強度との合計の半分を、膜の中央値強度から減じることにより計算され、
細胞質の強度比が、膜の中央値強度と核の中央値強度との合計の半分を、細胞質の中央値強度から減じることにより計算される、請求項１記載の方法。
【請求項４】
細胞の類似性が、
ａ）複数のバイオマーカーの少なくとも１つの発現に基づく細胞の少なくとも１つの属性の比較、又は
ｂ）複数のバイオマーカーの少なくとも１つの発現に基づく細胞の少なくとも２つ、３つ又は４つの属性の比較
に基づく、請求項１記載の方法。
【請求項５】
疾患の診断又は予後診断との関連が、組織悪性度又は生存時間との関連を含む、請求項１記載の方法。
【請求項６】
マルチプレックス化バイオメトリック画像データに基づいて、組織特徴を解析するシステムであって、
個別の細胞が描出されて区画へと分割される視野に関して、複数のバイオマーカーの発現を捕捉するマルチプレックス化バイオメトリック画像を含む細胞プロファイルデータを含む細胞プロファイルデータを保存するための保存デバイスと、
少なくとも１つのプロセッサーであって、
視野の中の細胞の各々を選択されたクラスターセットの中の類似する細胞の複数のクラスターの中の単一のクラスターに割り当て、選択されたクラスターセットの中の各クラスターが、複数の選択された属性であって、そのセットの中の他のクラスターの中の細胞の複数の選択された属性より、そのクラスターの中の他の細胞の複数の選択された属性への類似性が大きい属性を有する細胞を含む段階、
選択されたクラスターセットの中の各クラスターに割り当てられた細胞の比率を観察する段階、及び
状態若しくは疾患の診断、予後診断又は状態若しくは疾患の処置に対する応答との関連であって、選択されたクラスターセットの、視野レベルの評価又は患者レベルの評価を含むメタ情報の少なくとも一部分との既知の関連から導き出すことができる関連について、観察された比率を検証する段階
を少なくとも１つのプロセッサーに実行させるコードを実行するための少なくとも１つのプロセッサーと
を含んでなるシステム。
【請求項７】
視野に関して複数のバイオマーカーの発現をデジタルイメージングするカメラをさらに含む、請求項６記載のシステム。
【請求項８】
少なくとも１つのプロセッサーが、
ａ）マルチプレックス化バイオメトリック画像データに基づいて、組織試料の視野の中の個別の細胞を描出する段階、
ｂ）マルチプレックス化バイオメトリック画像データに基づいて、組織試料の視野の中の細胞を区画へと分割する段階、
ｃ）複数のバイオマーカーの少なくとも１つの発現に基づいて、細胞の少なくとも１つの属性の比較に基づく細胞の類似性をさらに決定する段階、
ｄ）複数のバイオマーカーの少なくとも１つの発現に基づく細胞の少なくとも２つ、３つ又は４つの属性の比較に基づいて、細胞の類似性をさらに決定する段階、或いは
ｅ）複数のバイオマーカーの少なくとも１つの発現に基づいて、Κ中央値又はΚ平均によるクラスター化アルゴリズムを細胞の少なくとも１つの属性に適用することにより細胞の類似性をさらに決定する段階、
を少なくとも１つのプロセッサーに実行させるコードをさらに実行する、請求項６記載のシステム。
【請求項９】
細胞の少なくとも１つの属性が、細胞全体の中央値強度、核の強度比、膜の強度比及び細胞質の強度比からなる細胞の４つの属性から選択され、
核の強度比が、膜の中央値強度と細胞質の中央値強度との合計の半分を、核の中央値強度から減じることにより計算され、
膜の強度比が、核の中央値強度と細胞質の中央値強度との合計の半分を、膜の中央値強度から減じることにより計算され、
細胞質の強度比が、膜の中央値強度と核の中央値強度との合計の半分を、細胞質の中央値強度から減じることにより計算される、請求項６記載のシステム。
【請求項１０】
状態若しくは疾患の診断、予後診断又は状態若しくは疾患の処置に対する応答との一変量又は多変量の関連であって、選択されたクラスターセットの既知の多変量の関連から導き出すことができる一変量又は多変量の関連について、選択されたクラスターセットの中の各クラスターに割り当てられた、観察された細胞の比率を検証することをさらに含む、請求項６記載のシステム。
【請求項１１】
疾患の診断又は予後診断との関連が、組織悪性度又は生存時間との関連を含む、請求項６記載のシステム。
【請求項１２】
抗体の各々が検出可能な標識を接合させたＮａＫＡＴＰアーゼ及びベータカテニンのモノクローナル抗体、ならびに組織試料の視野の中のＮａＫＡＴＰアーゼ及びベータカテニンの発現を捕捉するマルチプレックス化バイオメトリック画像の解析に基づいて組織試料中の前立腺がんをグリソン悪性度評価するための指示書を含むキット。
【請求項１３】
指示書が、
ａ）マルチプレックス化バイオメトリック画像を解析して、核、膜及び細胞質におけるＮａＫＡＴＰアーゼ及びベータカテニンの発現量を計算すること、又は
ｂ）マルチプレックス化バイオメトリック画像を解析して、ＮａＫＡＴＰアーゼの発現における標準偏差を計算すること
を含む、請求項１２記載のキット。
【請求項１４】
抗体の各々が検出可能な標識を接合させたＮａＫＡＴＰアーゼ、ＰＣＡＤ、Ｓ６、ケラチン、ベータカテニン及びＰＩ３Ｋｐ１１０ａのモノクローナル抗体、ならびに組織試料の視野の中のＮａＫＡＴＰアーゼ、ＰＣＡＤ、Ｓ６、ケラチン、ベータカテニン及びＰＩ３Ｋｐ１１０ａの発現を捕捉するマルチプレックス化バイオメトリック画像の解析に基づいて前立腺がんの予後診断を組織試料から決定するための指示書を含むキット。