【手続補正書】
【提出日】平成27年3月11日(2015.3.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する方法であって、以下の段階:
(a)前記体液のサンプルを受け取る段階;
(b)前記サンプルから、前記体液中に存在する母性ゲノムと胎児ゲノムとの両方のDNAを抽出する条件下でDNAを抽出する段階;
(c)前記抽出したDNAを、複数の多型を含むDNA読み取り配列を生成する条件下で、核酸シーケンサーによって配列決定する段階;
(d)前記DNA読み取り配列を、前記複数の多型に対応する、参照配列上の複数の多型部位に対してマッピングする段階であって、
ここで、前記マッピングは、参照配列上の多型部位に対して核酸配列をマッピングするようプログラムされたコンピューター装置を用いて実施される、段階;
(e)前記マッピングされたDNA読み取り配列のアレル頻度を、前記複数の多型について決定する段階;
(f)以下の接合性の事例：
(i)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、
(ii)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例、
(iii)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、および
(iv)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例、
の２つ以上の事例における多型について段階(e)において決定された前記アレル頻度を用いて１または複数の計算を実行することを含む、前記抽出されたDNA中の胎児DNAの画分を推定する段階、
を含み、
ここで、段階(e)〜(f)は、前記決定する段階、および推定する段階のためのプログラム命令の下で動く1つまたは複数のプロセッサーにおいて行われる、方法。
【請求項２】
段階(f)における２つ以上の接合性の事例における多型についてのアレル頻度が、事例(ii)における多型についてのアレル頻度を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
段階(f)の推定が、事例(ii)および事例(iii)についてのデータを組み合わせて胎児DNAの画分を計算することを含む、請求項２記載の方法。
【請求項４】
事例(ii)および事例(iii)についてのデータの組み合わせが、事例(iii)のデータを、事例(ii)のデータに変換することを含む、請求項３記載の方法。
【請求項５】
事例(ii)および事例(iii)についてのデータを組み合わせて胎児DNAの画分を計算することが、事例(ii)のデータおよび変換した事例(iii)のデータに回帰法を適用することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項６】
胎児DNAの画分が、線形回帰モデルの回帰線の傾斜の倍として推定される、請求項５記載の方法。
【請求項７】
事例(iii)のデータを事例(ii)のデータに変換することが、
A1=0.5D-A
D1=D
として、データ（D、A）を（D1、A1）に変換することを含む、請求項４記載の方法：
ここで、Dは、多型の適用範囲であり、およびAは、多型のマイナーアレルカウントである。
【請求項８】
事例(iii)のデータを事例(ii)のデータに変換することが、三角法変換または回転行列の使用を含む、請求項４記載の方法。
【請求項９】
胎児DNAの画分が、事例(ii)について2A/Dとして、および事例(iii)について1-2A/Dとして推定される、請求項３記載の方法：
ここで、Aは、問題の多型についてのマイナーアレル頻度であり、およびDは、問題の多型についての適用範囲である。
【請求項１０】
段階(f)の推定が、該複数の多型をフィルタリングし、該複数の多型のうち、規定の閾値より高いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くことをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
段階(f)の推定が、該複数の多型をフィルタリングし、該複数の多型のうち、規定の閾値より低いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くことをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
段階(f)での推定の前に、段階(e)において決定されたアレル頻度に対し、閾値を適用することをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
段階(f)の推定が、段階(e)において決定されたアレル頻度を、混合モデルに適用することをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
混合モデルは、階乗モーメントを使用し、該４つの接合性の事例の２つ以上からのデータを組み合わせて胎児DNAの画分を計算する、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
階乗モーメントが、
2014512817.tif 000001
として計算される、請求項14記載の方法：
ここで、Ｆjは、ｊ番目の階乗モーメントであり、ａiは、ｉ番目の多型のマイナーアレル頻度であり、ｄiは、ｉ番目の多型の適用範囲であり、およびｎは、多型の数である。
【請求項１６】
階乗モーメントと接合性の事例におけるマイナーアレルの可能性との間における以下の関係：
2014512817.tif 000002
に基づいて胎児DNAの画分を計算することをさらに含む、請求項15記載の方法：
ここで、ａiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｐiは、接合性の事例(i)におけるマイナーアレルの二項確率であり、ｍは、接合性の事例の数であり、ｇは、計算された階乗モーメントの数である。
【請求項１７】
該複数の多型が、事例(i)および事例(ii)における多型からなり、且つ以下の関係：
2014512817.tif 000003
に基づいて胎児DNAの画分を計算することをさらに含む、請求項15記載の方法：
ここで、Ｆ1、Ｆ2およびＦ3は、最初の３つの階乗モーメントであり、ａiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｅは、未知の配列決定のエラー率であり、およびｆは、胎児DNAの画分である。
【請求項１８】
該複数の多型が、事例(i)および事例(ii)における多型からなり、且つ以下の関係：
2014512817.tif 000004
に基づいて胎児DNAの画分を計算することをさらに含む、請求項15記載の方法：
ここで、Ｆ1およびＦ2は、最初の２つの階乗モーメントであり、ａiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｅは、既知の配列決定のエラー率であり、およびｆは、胎児DNAの画分である。
【請求項１９】
該複数の多型が、事例(i)および事例(ii)における多型からなり、且つ以下の関係：
2014512817.tif 000005
に基づいて胎児DNAの画分を計算することをさらに含む、請求項15記載の方法：
ここで、Ｆ1およびＦ2は、最初の２つの階乗モーメントであり、ａiは、接合性の事例(i)における複数の多型の部分であり、ｅは、事例(i)および事例(ii)に別個に適用される既知の配列決定のエラー率であり、およびｆは、胎児DNAの画分である。
【請求項２０】
抽出されたDNAが、妊娠個体の血漿から得られた無細胞DNAを含む、請求項1記載の方法。
【請求項２１】
配列決定する段階が、複数の多型のいずれかを選択的に増幅させることなく実施される、請求項1記載の方法。
【請求項２２】
1つまたは複数のプロセッサーにおいてプログラム命令を実行し、段階(f)において推定された胎児DNAの画分をコンピューター読み取り可能媒体に保存された妊娠個体についての患者医療記録に自動的に記録することをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２３】
前記患者医療記録は、研究室、臨床医のオフィス、病院、健康維持組織、保険会社または個人医療記録ウェブサイトによって保持される、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
胎児DNAの画分の推定に基づき、体液が採取されたヒト対象の処置を処方すること、開始することおよび/または変更することをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２５】
胎児DNAの画分の推定に基づき、1つまたは複数のさらなる試験を指示することおよび/または行うことをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２６】
妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する方法であって、以下の段階:
(a)前記体液のサンプルを受け取る段階;
(b)前記サンプルから、前記体液中に存在する母性ゲノムと胎児ゲノムとの両方のDNAを抽出する条件下でDNAを抽出する段階;
(c)前記抽出したDNAを、DNA読み取り配列を生成する条件下で、核酸シーケンサーによって配列決定する段階;
(d)前記DNA読み取り配列について、複数の両アレル性多型を同定する段階であって、
ここで、前記同定は、核酸配列を比較し多型を同定するようプログラムされたコンピューター装置を用いて、前記DNA読み取り配列を参照配列と比較すること、または互いを比較することにより行う、段階;
(e)前記DNA読み取り配列のアレル頻度を、前記複数の両アレル性多型について決定する段階;
(f) 以下の接合性の事例：
(i)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、
(ii)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例、
(iii)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である事例、および
(iv)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である事例、
の２つ以上の事例における多型について段階(e)において決定された前記アレル頻度とを用いて１または複数の計算を実行することを含む、前記抽出されたDNA中の胎児DNAの画分を推定する段階、
を含み、
ここで、段階(e)〜(f)は、前記決定する段階、および推定する段階のためのプログラム命令の下で動く1つまたは複数のプロセッサーにおいて行われる、方法。
【請求項２７】
１または複数の計算が、接合性の事例(ii)における多型について段階(e)で決定されたアレル頻度を用いる、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
段階(f)の推定が、該複数の両アレル性多型をフィルタリングし、規定の閾値より高いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くことをさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
DNA読み取り配列は、約20塩基対と約300塩基対との間の長さを有する、請求項26記載の方法。
【請求項３０】
段階(f)の推定の前に、段階(e)において決定されたアレル頻度に対し、閾値を適用することをさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項３１】
段階(f)の推定が、段階(e)で決定されたアレル頻度を、混合モデルに適用することをさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項３２】
混合モデルは、階乗モーメントを使用する、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
抽出されたDNAが、妊娠個体の血漿から得られた無細胞DNAを含む、請求項26記載の方法。
【請求項３４】
段階(f)の推定が、事例(ii)および事例(iii)についてのデータを組み合わせて胎児DNAの画分を計算することを含む、請求項26記載の方法。
【請求項３５】
事例(ii)および事例(iii)についてのデータの組み合わせが、事例(iii)のデータを、事例(ii)のデータに変換することを含む、請求項34記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３９】
[本発明1001]
妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する方法であって、以下の段階:
(a)前記体液のサンプルを受け取る段階;
(b)前記サンプルから、前記体液中に存在する母性ゲノムと胎児ゲノムとの両方のDNAを抽出する条件下でDNAを抽出する段階;
(c)前記抽出したDNAを、1つまたは複数の多型を含むDNAセグメント配列を生成する条件下で、核酸シーケンサーによって配列決定する段階;
(d)前記体液中のDNAの配列決定に由来する前記DNAセグメント配列を、参照配列における1つまたは複数の指定された多型に対してマッピングする段階であって、ここで、前記マッピングは、1つまたは複数の指定された多型に対して核酸配列をマッピングするようプログラムされたコンピューター装置を用いて実施される、段階;
(e)前記マッピングされたDNAセグメント配列のアレル頻度を、前記指定された多型の少なくとも1つについて決定する段階;
(f)前記少なくとも1つの指定された多型を、前記妊娠個体の接合生殖性と前記胎児の接合生殖性との組み合わせに基づいて分類する段階;および
(g)(e)において決定された前記アレル頻度と(f)からの接合生殖性の組み合わせとを用いて、前記妊娠個体から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する段階
を含み、ここで、(e)〜(g)は、前記決定する段階、分類する段階、および推定する段階のためのプログラム命令の下で動く1つまたは複数のプロセッサーにおいて行われる、方法。
[本発明1002]
(f)の分類する段階は、少なくとも1つの指定された多型を、以下の組み合わせのうちの1つに分類する、本発明1001の方法:(i)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である、(ii)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である、(iii)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である、および(iv)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である。
[本発明1003]
組み合わせ(i)または組み合わせ(iv)に分類されるいかなる多型も、検討から除くことをさらに含む、本発明1002の方法。
[本発明1004]
少なくとも1つの指定された多型をフィルタリングし、規定の閾値より高いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くことをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
少なくとも1つの指定された多型をフィルタリングし、規定の閾値より低いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くことをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
少なくとも1つの指定された多型を分類する段階は、(e)において決定されたアレル頻度に対し、閾値を適用することを含む、本発明1001の方法。
[本発明1007]
少なくとも1つの指定された多型を分類する段階は、複数の多型について得られた(e)からのアレル頻度データを、混合モデルに適用することを含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
混合モデルは、階乗モーメントを使用する、本発明1007の方法。
[本発明1009]
妊娠個体の体液から得られたDNAは、前記妊娠個体の血漿から得られた無細胞DNAである、本発明1001の方法。
[本発明1010]
胎児を孕む個体の血液から得られたDNAセグメントをマッピングする段階は、多型のデータベースに対して前記セグメントをコンピューター的にマッピングすることを含む、本発明1001の方法。
[本発明1011]
配列決定する段階は、1つまたは複数の指定された多型のいずれかを選択的に増幅させることなく実施される、本発明1001の方法。
[本発明1012]
1つまたは複数のプロセッサーにおいてプログラム命令を実行し、(g)において推定された胎児DNAの画分をコンピューター読み取り可能媒体に保存された妊娠個体についての患者医療記録に自動的に記録することをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1013]
前記患者医療記録は、研究室、臨床医のオフィス、病院、健康維持組織、保険会社または個人医療記録ウェブサイトによって保持される、本発明1012の方法。
[本発明1014]
胎児DNAの画分の推定に基づき、母性試験サンプルが採取されたヒト対象の処置を処方すること、開始することおよび/または変更することをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1015]
胎児DNAの画分の推定に基づき、1つまたは複数のさらなる試験を指示することおよび/または行うことをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1016]
(a)(i)母性ゲノムおよび胎児ゲノムの両方のDNAを含む体液のサンプルから抽出されたDNAを受け取り、かつ(ii)1つまたは複数の指定された多型を含むDNAセグメント配列を生成する条件下で、前記抽出されたDNAを配列決定するように構成されたシーケンサーと;
(b)参照配列上の前記1つまたは複数の指定された多型に核酸配列をマッピングし、
前記指定された多型の少なくとも1つについてマッピングされたDNAセグメント配列のアレル頻度を決定し、
前記少なくとも1つの指定された多型を妊娠個体の接合生殖性と前記胎児の接合生殖性との組み合わせに基づいて分類し、かつ
前記妊娠個体から得られたDNA中の胎児DNAの画分を、前記アレル頻度および前記接合生殖性の組み合わせを用いて推定するよう、1つまたは複数のプロセッサーに命令するように構成されたコンピューター装置
とを備える、妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定するための装置。
[本発明1017]
母性ゲノムと胎児ゲノムとの両方のDNAを抽出する条件下でサンプルからDNAを抽出するためのツールをさらに備える、本発明1016の装置。
[本発明1018]
コンピューター装置は、少なくとも1つの指定された多型を、以下の組み合わせの1つに分類するよう、1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成される、本発明1016の装置:(i)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である、(ii)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である、(iii)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である、および(iv)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である。
[本発明1019]
コンピューター装置は、組み合わせ(i)または組み合わせ(iv)に分類されるいかなる多型も、検討から除くよう1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成される、本発明1018の装置。
[本発明1020]
コンピューター装置は、規定の閾値より高いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くよう1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成される、本発明1016の装置。
[本発明1021]
コンピューター装置は、1つまたは複数の指定された多型をフィルタリングし、規定の閾値より低いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くよう1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成される、本発明1016の装置。
[本発明1022]
コンピューター装置は、アレル頻度に対し、閾値を適用することによって少なくとも1つの指定された多型を分類するよう1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成される、本発明1016の装置。
[本発明1023]
コンピューター装置は、複数の多型について得られたアレル頻度データを、混合モデルに適用することによって少なくとも1つの指定された多型を分類するよう1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成される、本発明1016の装置。
[本発明1024]
混合モデルは、階乗モーメントを使用する、本発明1023の装置。
[本発明1025]
シーケンサーにおける配列決定のために妊娠個体の血漿から得られた無細胞DNAを抽出するための装置をさらに備える、本発明1016の装置。
[本発明1026]
コンピューター装置は、多型のデータベースに対してセグメントをコンピューター的にマッピングすることによって胎児を孕む個体の血液から得られたDNAセグメントをマッピングするよう1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成された、多型のデータベースをさらに備える、本発明1016の装置。
[本発明1027]
コンピューター装置は、DNAの胎児画分を、コンピューター読み取り可能媒体に保存された妊娠個体についての患者医療記録に自動的に記録するよう1つまたは複数のプロセッサーに命令するようにさらに構成される、本発明1016の装置。
[本発明1028]
前記患者医療記録は、研究室、臨床医のオフィス、病院、健康維持組織、保険会社または個人医療記録ウェブサイトによって保持される、本発明1027の装置。
[本発明1029]
妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する方法であって、以下の段階:
(a)前記妊娠個体の体液から得られたDNAのセグメントを、複数の多型配列に対してマッピングする段階であって、ここで、前記複数の多型配列を同定する条件下で、前記DNAを配列決定する、段階;
(b)前記マッピングされた核酸のアレル頻度を、前記複数の多型配列のそれぞれについて決定する段階;および
(c)前記アレル頻度を混合モデルに適用する段階であって、前記胎児を孕む個体の血液から得られたDNA中の前記胎児DNAの画分の推定を得る、段階
を含み、ここで、(b)〜(c)は、前記決定する段階および適用する段階のためのプログラム命令の下で動く1つまたは複数のプロセッサーにおいて行われる、方法。
[本発明1030]
(c)は、複数の多型配列のそれぞれについてのアレル頻度データの階乗モーメントについての一連の等式を解くために、1つまたは複数のプロセッサーに対する命令を実行することを含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
(c)の前に、胎児および妊娠個体の両方においてヘテロ接合型であると同定されている多型についてのアレル頻度をコンピューター的に除くことをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1032]
(c)の前に、胎児および妊娠個体の両方においてホモ接合型であると同定されている多型についてのアレル頻度をコンピューター的に除くことをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1033]
(c)の前に、妊娠個体においてヘテロ接合型であると同定されている多型についてのアレル頻度をコンピューター的に除くことをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1034]
混合モデルは、配列決定エラーを考慮する、本発明1029の方法。
[本発明1035]
妊娠個体の体液から得られるDNAは、前記妊娠個体の血漿から得られる無細胞DNAである、本発明1029の方法。
[本発明1036]
妊娠個体の体液から得られる核酸をマッピングする段階は、多型のデータベースに対しセグメントをマッピングすることを含む、本発明1029の方法。
[本発明1037]
妊娠個体の体液のサンプルを得ることをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1038]
多型配列を含むDNAセグメント配列を生成する条件下で、核酸シーケンサーにより妊娠個体の体液由来のDNAを配列決定することをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1039]
(a)のマッピングする段階は、複数の両アレル性多型配列を同定することを含む、本発明1029の方法。
[本発明1040]
(a)のマッピングする段階は、複数の事前指定された多型配列に対してDNAのセグメントをマッピングすることを含む、本発明1029の方法。
[本発明1041]
コンピューター読み取り可能媒体上に保存された妊娠個体についての患者医療記録において、(c)において推定されたDNAの胎児の画分を自動的に記録するためのプログラム命令を、1つまたは複数のプロセッサーにおいて実行することをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1042]
前記患者医療記録は、研究室、臨床医のオフィス、病院、健康維持組織、保険会社または個人医療記録ウェブサイトによって保持される、本発明1041の方法。
[本発明1043]
胎児DNAの画分の推定に基づき、母性試験サンプルが採取されたヒト対象の処置を処方すること、開始することおよび/または変更することをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1044]
胎児DNAの画分の推定に基づき、1つまたは複数のさらなる試験を指示することおよび/または行うことをさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1045]
妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する方法であって、以下の段階:
(a)前記体液のサンプルを受け取る段階;
(b)前記サンプルから、前記体液中に存在する母性ゲノムと胎児ゲノムとの両方のDNAを抽出する条件下でDNAを抽出する段階;
(c)前記抽出したDNAを、DNAセグメント配列を生成する条件下で、核酸シーケンサーによって配列決定する段階;
(d)前記体液に由来する前記DNAセグメント配列を比較し、比較から、1つまたは複数の両アレル性多型を同定する段階であって、ここで、前記比較することは、核酸配列を比較し多型を同定するようプログラムされたコンピューター装置を用いて行う、段階;
(e)前記DNAセグメント配列のアレル頻度を、前記同定された多型の少なくとも1つについて決定する段階;
(f)前記少なくとも1つの同定された多型を、前記妊娠個体の接合生殖性と前記胎児の接合生殖性との組み合わせに基づいて分類する段階;および
(g)(e)において決定された前記アレル頻度と(f)からの前記接合生殖性の組み合わせとを用いて、前記妊娠個体から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定する段階
を含み、ここで、(e)〜(g)は、前記決定する段階、分類する段階、および推定する段階のためのプログラム命令の下で動く1つまたは複数のプロセッサーにおいて行われる、方法。
[本発明1046]
(f)の分類する段階は、少なくとも1つの同定された多型を、以下の組み合わせのうちの1つに分類する、本発明1045の方法:(i)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である、(ii)妊娠個体がホモ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である、(iii)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がホモ接合型である、および(iv)妊娠個体がヘテロ接合型であり、かつ胎児がヘテロ接合型である。
[本発明1047]
組み合わせ(i)または組み合わせ(iv)に分類されるいかなる多型も、検討から除くことをさらに含む、本発明1046の方法。
[本発明1048]
1つまたは複数の同定された多型をフィルタリングし、規定の閾値より高いマイナーアレル頻度を有するいかなる多型をも検討から除くことをさらに含む、本発明1045の方法。
[本発明1049]
DNAセグメント配列は、約20塩基対と約300塩基対との間の長さを有する、本発明1045の方法。
[本発明1050]
少なくとも1つの同定された多型を分類する段階は、(e)において決定されたアレル頻度に対し、閾値を適用することを含む、本発明1045の方法。
[本発明1051]
少なくとも1つの同定された多型を分類する段階は、複数の多型について得られた(e)からのアレル頻度データを、混合モデルに適用することを含む、本発明1045の方法。
[本発明1052]
混合モデルは、階乗モーメントを使用する、本発明1051の方法。
[本発明1053]
妊娠個体の体液から得られたDNAは、前記妊娠個体の血漿から得られた無細胞DNAである、本発明1045の方法。
[本発明1054]
(a)(i)母性ゲノムおよび胎児ゲノムの両方のDNAを含む体液のサンプルから抽出されたDNAを受け取り、かつ(ii)前記抽出されたDNAを配列決定して、DNAの配列セグメントを生成するように構成されたシーケンサーと;
(b)複数の多型配列に妊娠個体の体液から得られた前記DNAの配列セグメントをマッピングし、
前記複数の多型配列のそれぞれについて、前記DNAのマッピングされた配列セグメントからアレル頻度を決定し、かつ
前記アレル頻度を混合モデルに適用し、前記胎児を孕む個体の血液から得られたDNA中の胎児DNAの画分の推定を得るよう、1つまたは複数のプロセッサーに命令するように構成されたコンピューター装置
とを備える、妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定するための装置。
[本発明1055]
(a)(i)母性ゲノムおよび胎児ゲノムの両方のDNAを含む体液のサンプルから抽出されたDNAを受け取り、かつ(ii)DNAセグメント配列を生成する条件下で、前記抽出されたDNAを配列決定するように構成されたシーケンサーと; 
(b)前記体液に由来するDNAセグメント配列を比較し、比較から、1つまたは複数の両アレル性多型を同定し;
前記DNAセグメント配列のアレル頻度を、前記同定された多型の少なくとも1つについて決定し;
前記少なくとも1つの同定された多型を、妊娠個体の接合生殖性と前記胎児の接合生殖性との組み合わせに基づいて分類し;かつ
前記アレル頻度と前記接合生殖性の組み合わせとを用いて、前記妊娠個体から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定するよう、1つまたは複数のプロセッサーに命令するように構成されたコンピューター装置
とを備える、妊娠個体の体液から得られたDNA中の胎児DNAの画分を推定するための装置。
本開示の態様のこれらのおよび他の特徴および利点は、添付の図面を参照して、以下でより詳細に説明される。