【手続補正書】
【提出日】平成27年3月20日(2015.3.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
発現の閾値レベルと比較した、被験体から得た前立腺癌細胞を含むサンプル中の遺伝子産物の発現のレベルを、前立腺癌を有する該被験体が再発するか否かについての指標とする方法であって、該方法は、
該サンプル中の配列番号４、配列番号２０、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号１１、および配列番号１７から選択されるヌクレオチドの該遺伝子産物の発現のレベルを決定する工程；ならびに
該遺伝子産物の発現のレベルと、該発現の閾値レベルとを比較する工程；
を包含し、ここで該発現の閾値レベルを超える該遺伝子産物の発現のレベルは、該被験体が再発することを示す、方法。
【請求項２】
前記遺伝子産物は、ｍＲＮＡを含み、前記発現のレベルを決定する工程は、ノーザンブロッティング、インサイチュハイブリダイゼーション、ＲＮＡｓｅ保護アッセイ、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応、リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応、定量的リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、広範囲並行シグナチャー配列決定法、マイクロアレイ分析、および次世代配列決定法による定量的ＲＮＡコピー数分析から選択される方法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ヌクレオチドは、配列番号４であり、前記発現のレベルは、マイクロアレイ分析を使用して決定される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記発現の閾値レベルは、サンプルのセット中の配列番号４の発現を定量し；該サンプルのセットから、配列番号４の最高の発現を有するサンプルのサブセットを選択し；そして該発現の閾値レベルとして配列番号４の最低の発現を有する該サブセットのメンバーの発現のレベルを選択することによって、決定される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記発現の閾値レベルは、サンプルのセット中の配列番号４の発現を定量し；該サンプルのセットから、配列番号４の最高の発現を有するサンプルのサブセットを選択し；そして該発現の閾値レベルとして該サブセットのメンバーの発現のメジアンレベルを設定することによって、決定される、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記サンプルのサブセットは、配列番号４の発現に関して、サンプルの上位十分位数である、請求項４および５に記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子産物は、タンパク質を含み、前記発現レベルを決定する工程は、バイオマーカーを、前記生物学的サンプルを含む混合物に特異的に結合させ得る試薬を添加する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記試薬は、抗体を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記試薬は、標識を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記発現レベルを決定する工程は、ＥＬＩＳＡ、イムノブロット、フローサイトメトリー、免疫組織化学、ラジオイムノアッセイ、ウェスタンブロット、免疫蛍光アッセイ、ポリアクリルアミドゲルシフトアッセイ、および化学発光アッセイから選択される方法を含む、請求項８または９に記載の方法。
【請求項１１】
前記発現レベルを決定する工程は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法、ＬＣ／Ｑ−ＴＯＦ−ＥＳＩタンデム質量分析法、核磁気共鳴分光法、二次元ポリアクリルアミド・ゲル電気
泳動法、およびドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミド・ゲル電気泳動法から選択される方法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記サンプル中の前記遺伝子産物の発現のレベルと、同じ被験体に由来する非癌性細胞のものとを比較する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記非癌性組織は、前記前立腺癌細胞を含む前記サンプルに由来する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記再発は、処置後７０ヶ月未満で起こる、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記再発は、処置後１ヶ月〜３０ヶ月の間に起こる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記被験体は、ヒトである、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
請求項１に記載の方法を実行するのに使用されるキットであって、該キットは、
配列番号４、配列番号２０、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号１１、および配列番号１７から選択されるヌクレオチドの遺伝子産物に特異的に結合する第１の試薬；ならびに
該遺伝子産物の発現の閾値レベルの指標であって、ここで該発現の閾値レベルを超える該遺伝子産物の発現のレベルは、被験体が再発することを示す、指標
を含む、キット。
【請求項１８】
前記遺伝子産物は、ｍＲＮＡであり、前記第１の試薬は、該遺伝子産物の全てもしくは一部に相補的である核酸を含む、請求項１７に記載のキット。
【請求項１９】
前記第１の試薬は、第１のオリゴヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のキット。
【請求項２０】
前記第１のオリゴヌクレオチドは、核酸増幅における使用のために構成されたオリゴヌクレオチドプライマーである、請求項１９に記載のキット。
【請求項２１】
前記第１のオリゴヌクレオチドは、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応における使用のために構成されたオリゴヌクレオチドプローブである、請求項１６に記載のキット。
【請求項２２】
前記第１のオリゴヌクレオチドは、標識を含む、請求項２１に記載のキット。
【請求項２３】
前記第１のオリゴヌクレオチドは、固体支持体に固定される、請求項１９に記載のキット。
【請求項２４】
前記固体支持体に固定された第２のオリゴヌクレオチドをさらに含み、複数の前記オリゴヌクレオチドは、アレイを形成するように配置される、請求項２３に記載のキット。
【請求項２５】
前記遺伝子産物は、タンパク質であり、前記第１の試薬は、抗体である、請求項１７に記載のキット。
【請求項２６】
前記第１の試薬は、標識を含む、請求項２５に記載のキット。
【請求項２７】
第２の試薬をさらに含み、該第２の試薬は、前記第１の試薬を特異的に結合する、請求項２５または２６に記載のキット。
【請求項２８】
前記指標は、数値を含む、請求項１７に記載のキット。
【請求項２９】
前記指標は、前記発現の閾値レベルのものに類似の結果を提供するように構成されたコントロールを含む、請求項１７に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
開示されるのはまた、癌（例えば、前立腺癌）を有する被験体の予後を決定するためのアレイである。いくつかの実施形態において、上記アレイは、ＴＰＸ２、ＫＩＦ１１、ＺＷＩＬＣＨ、ＭＹＣ、ＤＥＰＤＣ１、ＣＤＣＡ３、ＨＭＧＢ２、およびＣＤＣ２０の核酸もしくはタンパク質のうちの１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、もしくは全て）を特異的に検出し得る複数の因子（例えば、プローブおよび／もしくは抗体）を含む固体支持体である。他の実施形態において、上記アレイは、表１における遺伝子のうちの１つ以上を特異的に検出し得る複数の因子（例えば、プローブおよび／もしくは抗体）を含む固体支持体である。アレイはまた、他の分子（例えば、陽性コントロール（ハウスキーピング遺伝子が挙げられる）および陰性コントロール、ならびに他の癌予後関連分子を含み得る。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
前立腺癌を有する被験体が再発するか否かを予測するための方法であって、該方法は、
該被験体からサンプルを得る工程であって、ここで該生物学的サンプルは、前立腺癌細胞を含む、工程；
該サンプル中の配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号１１、配列番号１７、および配列番号２０から選択されるヌクレオチドの遺伝子産物の発現のレベルを決定する工程；ならびに
該遺伝子産物の発現のレベルと、発現の閾値レベルとを比較する工程；
を包含し、ここで該発現の閾値レベルを超える該遺伝子産物の発現のレベルは、該被験体が再発することを示す、方法。
（項目２）
前記遺伝子産物は、ｍＲＮＡを含み、前記発現のレベルを決定する工程は、ノーザンブロッティング、インサイチュハイブリダイゼーション、ＲＮＡｓｅ保護アッセイ、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応、リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応、定量的リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、広範囲並行シグナチャー配列決定法、マイクロアレイ分析、および次世代配列決定法による定量的ＲＮＡコピー数分析から選択される方法を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ヌクレオチドは、配列番号４であり、前記発現のレベルは、マイクロアレイ分析を使用して決定される、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記発現の閾値レベルは、サンプルのセット中の配列番号４の発現を定量し；該サンプルのセットから、配列番号４の最高の発現を有するサンプルのサブセットを選択し；そして該発現の閾値レベルとして配列番号４の最低の発現を有する該サブセットのメンバーの発現のレベルを選択することによって、決定される、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記発現の閾値レベルは、サンプルのセット中の配列番号４の発現を定量し；該サンプルのセットから、配列番号４の最高の発現を有するサンプルのサブセットを選択し；そして該発現の閾値レベルとして該サブセットのメンバーの発現のメジアンレベルを設定することによって、決定される、項目３に記載の方法。
（項目６）
前記サンプルのサブセットは、配列番号４の発現に関して、サンプルの上位十分位数である、項目４および５に記載の方法。
（項目７）
前記遺伝子産物は、タンパク質を含み、前記発現レベルを決定する工程は、バイオマーカーを、前記生物学的サンプルを含む混合物に特異的に結合させ得る試薬を添加する工程を包含する、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記試薬は、抗体を含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記試薬は、標識を含む、項目７に記載の方法。
（項目１０）
前記発現レベルを決定する工程は、ＥＬＩＳＡ、イムノブロット、フローサイトメトリー、免疫組織化学、ラジオイムノアッセイ、ウェスタンブロット、免疫蛍光アッセイ、ポリアクリルアミドゲルシフトアッセイ、および化学発光アッセイから選択される方法を含む、項目８または９に記載の方法。
（項目１１）
前記発現レベルを決定する工程は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法、ＬＣ／Ｑ−ＴＯＦ−ＥＳＩタンデム質量分析法、核磁気共鳴分光法、二次元ポリアクリルアミド・ゲル電気
泳動法、およびドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミド・ゲル電気泳動法から選択される方法を含む、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記サンプル中の前記遺伝子産物の発現のレベルと、同じ被験体に由来する非癌性細胞のものとを比較する工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記非癌性組織は、前記前立腺癌細胞を含む前記サンプルに由来する、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
予測される前記再発は、処置後７０ヶ月未満で起こる、項目１に記載の方法。
（項目１５）
予測される前記再発は、処置後１ヶ月〜３０ヶ月の間に起こる、項目１０に記載の方法。
（項目１６）
前記被験体は、ヒトである、項目１に記載の方法。
（項目１７）
項目１に記載の方法を実行するのに使用されるキットであって、該キットは、
配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号７、配列番号１１、配列番号１７、および配列番号２０から選択されるヌクレオチドの遺伝子産物に特異的に結合する第１の試薬；ならびに
該遺伝子産物の発現の閾値レベルの指標であって、ここで該発現の閾値レベルを超える該遺伝子産物の発現のレベルは、被験体が再発することを示す、指標
を含む、キット。
（項目１８）
前記遺伝子産物は、ｍＲＮＡであり、前記第１の試薬は、該遺伝子産物の全てもしくは一部に相補的である核酸を含む、項目１７に記載のキット。
（項目１９）
前記第１の試薬は、第１のオリゴヌクレオチドを含む、項目１８に記載のキット。
（項目２０）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、核酸増幅における使用のために構成されたオリゴヌクレオチドプライマーである、項目１９に記載のキット。
（項目２１）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応における使用のために構成されたオリゴヌクレオチドプローブである、項目１６に記載のキット。
（項目２２）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、標識を含む、項目２１に記載のキット。
（項目２３）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、固体支持体に固定される、項目１９に記載のキット。
（項目２４）
前記固体支持体に固定された第２のオリゴヌクレオチドをさらに含み、複数の前記オリゴヌクレオチドは、アレイを形成するように配置される、項目２３に記載のキット。
（項目２５）
前記遺伝子産物は、タンパク質であり、前記第１の試薬は、抗体である、項目１７に記載のキット。
（項目２６）
前記第１の試薬は、標識を含む、項目２５に記載のキット。
（項目２７）
第２の試薬をさらに含み、該第２の試薬は、前記第１の試薬を特異的に結合する、項目２５または２６に記載のキット。
（項目２８）
前記指標は、数値を含む、項目１７に記載のキット。
（項目２９）
前記指標は、前記発現の閾値レベルのものに類似の結果を提供するように構成されたコントロールを含む、項目１７に記載のキット。