【手続補正書】
【提出日】平成27年7月17日(2015.7.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者のがんにおけるＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を予測する方法であって、
（ａ）表１から選択される１つ以上の遺伝子の、上記患者のがんから得られた生物学的な試験サンプルにおける遺伝子発現レベルを得ること；
（ｂ）上記遺伝子発現レベルを一組の基準レベルと比較することを包含しており、
上記一組の基準レベルは、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有していない野生型の生物学的なサンプルの遺伝子発現レベル、およびＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの遺伝子発現レベルを表し、
ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの上記遺伝子発現レベルに対するより高い類似性によって特徴づけられている上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、上記患者のがんにおけるＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異の高い見込みを示す、方法。
【請求項２】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、遺伝子のｍＲＮＡ測定を用いて得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲまたはAffymetrix HGU133plus2を用いて得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
遺伝子発現レベルの上記比較はＰＡＭＲを用いて実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
上記がんは、非小細胞肺がんまたは子宮頸がんである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、変化倍率の負の値を有している表１における１つ以上の遺伝子の上方制御によって特徴づけられている、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、変化倍率の正の値を有している表１における１つ以上の遺伝子の下方制御によって特徴づけられている、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
上記生物学的な試験サンプルは、以下の遺伝子：スカベンジャー受容体クラスＡ、メンバー５（推定）；フィブリノーゲンガンマ鎖；フィブリノーゲンアルファ鎖；インシュリン様４（胎盤）；有機溶質輸送体ベータ；ホスホジエステラーゼ１Ａ、カルモジュリン依存性；ミトコンドリアのカルバモイルリン酸シンセターゼ１；Ｆｒｉｚｚｌｅｄホモログ１０（Drosophila）；オリゴマーの粘液／ゲルを形成する、ムチン５ＡＣ；トレフォイル因子１；一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＣ、メンバー６；インターロイキン１受容体  ＩＩ型；フィブリノーゲンベータ鎖；第１２染色体のオープンリーディングフレーム３９；AK090616によって裏付けられている仮定の遺伝子；Ｒ−スポンジン（spondin）３ホモログ（Xenopus laevis）；およびインターロイキン１受容体  ＩＩ型の１つ以上の上方制御によって特徴づけられている、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
上記生物学的な試験サンプルは、以下の遺伝子：キチナーゼ３様１（軟骨糖タンパク質３９）；odz, odd Oz/ten-m ホモログ２（Drosophila）；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５；骨形成タンパク質４；カルシフォシン；性質未決定のタンパク質ＬＯＣ１００１３１８９７；およびＣＤ７４分子、主要組織適合遺伝子複合体、クラスＩＩ、インバリアント鎖の１つ以上の下方制御によって特徴づけられている、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
非小細胞肺がん、子宮頸がんまたはポイツジェガーズ症候群を処置する方法において使用するための薬学的組成物の調製におけるＴＯＲキナーゼ阻害剤の使用であって、
上記方法は、非小細胞肺がん、子宮頸がんまたはポイツジェガーズ症候群にかかっている患者に、有効量の上記ＴＯＲキナーゼ阻害剤を投与することを包含しており、
上記患者からの生物学的な試験サンプルの遺伝子発現レベルは、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有していない野生型のサンプルの上記遺伝子発現レベルに対する類似性より、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの上記遺伝子発現レベルに対する高い類似性によって特徴づけられており、
上記遺伝子は、表１から選択される、使用。
【請求項１１】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、遺伝子のｍＲＮＡ測定を用いて得られる、請求項１０に記載の使用。
【請求項１２】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲまたはAffymetrix HGU133plus2を用いて得られる、請求項１０に記載の使用。
【請求項１３】
遺伝子発現レベルの比較はＰＡＭＲを用いて実施される、請求項１０に記載の使用。
【請求項１４】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、変化倍率の負の値を有している表１における１つ以上の遺伝子の上方制御によって特徴づけられている、請求項１０に記載の使用。
【請求項１５】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、変化倍率の正の値を有している表１における１つ以上の遺伝子の下方制御によって特徴づけられている、請求項１０に記載の使用。
【請求項１６】
上記生物学的な試験サンプルは、以下の遺伝子：スカベンジャー受容体クラスＡ、メンバー５（推定）；フィブリノーゲンガンマ鎖；フィブリノーゲンアルファ鎖；インシュリン様４（胎盤）；有機溶質輸送体ベータ；ホスホジエステラーゼ１Ａ、カルモジュリン依存性；ミトコンドリアのカルバモイルリン酸シンセターゼ１；Ｆｒｉｚｚｌｅｄホモログ１０（Drosophila）；オリゴマーの粘液／ゲルを形成する、ムチン５ＡＣ；トレフォイル因子１；一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＣ、メンバー６；インターロイキン１受容体  ＩＩ型；フィブリノーゲンベータ鎖；第１２染色体のオープンリーディングフレーム３９；AK090616によって裏付けられている仮定の遺伝子；Ｒ−スポンジン（spondin）３ホモログ（Xenopus laevis）；およびインターロイキン１受容体  ＩＩ型の１つ以上の上方制御によって特徴づけられている、請求項１０に記載の使用。
【請求項１７】
上記生物学的な試験サンプルは、以下の遺伝子：キチナーゼ３様１（軟骨糖タンパク質３９）；odz, odd Oz/ten-m ホモログ２（Drosophila）；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５；骨形成タンパク質４；カルシフォシン；性質未決定のタンパク質ＬＯＣ１００１３１８９７；およびＣＤ７４分子、主要組織適合遺伝子複合体、クラスＩＩ、インバリアント鎖の１つ以上の下方制御によって特徴づけられている、請求項１０に記載の使用。
【請求項１８】
非小細胞肺がんまたは子宮頸がんを処置する方法において使用するための薬学的組成物の調製におけるＴＯＲキナーゼ阻害剤の使用であって、
上記方法は、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の、野生型に対する減少または変異の存在に関して、患者のがん腫またはがんをスクリーニングすること、ならびに
遺伝子発現レベルによって特徴づけられている非小細胞肺がんまたは子宮頸がんにかかっている患者に、有効量の上記ＴＯＲキナーゼ阻害剤を投与することを包含しており、
上記遺伝子発現レベルは、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有していない野生型のサンプルの上記遺伝子発現レベルに対する類似性より、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの上記遺伝子発現レベルに対する高い類似性によって特徴づけられており、
上記遺伝子は表１から選択される、使用。
【請求項１９】
上記遺伝子発現レベルは、遺伝子のｍＲＮＡ測定を用いて得られる、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
上記遺伝子発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲまたはAffymetrix HGU133plus2を用いて得られる、請求項１８に記載の使用。
【請求項２１】
遺伝子発現レベルの上記比較はＰＡＭＲを用いて実施される、請求項１８に記載の使用。
【請求項２２】
上記患者のがん腫またはがんの上記遺伝子発現レベルは、以下の遺伝子：スカベンジャー受容体クラスＡ、メンバー５（推定）；フィブリノーゲンガンマ鎖；フィブリノーゲンアルファ鎖；インシュリン様４（胎盤）；有機溶質輸送体ベータ；ホスホジエステラーゼ１Ａ、カルモジュリン依存性；ミトコンドリアのカルバモイルリン酸シンセターゼ１；Ｆｒｉｚｚｌｅｄホモログ１０（Drosophila）；オリゴマーの粘液／ゲルを形成する、ムチン５ＡＣ；トレフォイル因子１；一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＣ、メンバー６；インターロイキン１受容体  ＩＩ型；フィブリノーゲンベータ鎖；第１２染色体のオープンリーディングフレーム３９；AK090616によって裏付けられている仮定の遺伝子；Ｒ−スポンジン（spondin）３ホモログ（Xenopus laevis）；およびインターロイキン１受容体  ＩＩ型の１つ以上の上方制御によって特徴づけられている、請求項１８に記載の使用。
【請求項２３】
上記患者のがん腫またはがんの上記遺伝子発現レベルは、以下の遺伝子：キチナーゼ３様１（軟骨糖タンパク質３９）；odz, odd Oz/ten-m ホモログ２（Drosophila）；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５；骨形成タンパク質４；カルシフォシン；性質未決定のタンパク質ＬＯＣ１００１３１８９７；およびＣＤ７４分子、主要組織適合遺伝子複合体、クラスＩＩ、インバリアント鎖の１つ以上の下方制御によって特徴づけられている、請求項１８に記載の使用。
【請求項２４】
ポイツジェガーズ症候群を処置する方法において使用するための薬学的組成物の調製におけるＴＯＲキナーゼ阻害剤の使用であって、
上記方法は、患者の遺伝子発現レベルを野生型に対して比較すること、および
遺伝子発現レベルによって特徴づけられているポイツジェガーズ症候群にかかっている患者に、有効量の上記ＴＯＲキナーゼ阻害剤を投与することを包含しており、
上記遺伝子発現レベルは、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有していない野生型のサンプルの上記遺伝子発現レベルに対する類似性より、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの上記遺伝子発現レベルに対する高い類似性によって特徴づけられており、
上記遺伝子は表１から選択される、使用。
【請求項２５】
上記遺伝子発現レベルは、遺伝子のｍＲＮＡ測定を用いて得られる、請求項２４に記載の使用。
【請求項２６】
上記遺伝子発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲまたはAffymetrix HGU133plus2を用いて得られる、請求項２４に記載の使用。
【請求項２７】
遺伝子発現レベルの上記比較はＰＡＭＲを用いて実施される、請求項２４に記載の使用。
【請求項２８】
上記患者の遺伝子発現レベルは、以下の遺伝子：スカベンジャー受容体クラスＡ、メンバー５（推定）；フィブリノーゲンガンマ鎖；フィブリノーゲンアルファ鎖；インシュリン様４（胎盤）；有機溶質輸送体ベータ；ホスホジエステラーゼ１Ａ、カルモジュリン依存性；ミトコンドリアのカルバモイルリン酸シンセターゼ１；Ｆｒｉｚｚｌｅｄホモログ１０（Drosophila）；オリゴマーの粘液／ゲルを形成する、ムチン５ＡＣ；トレフォイル因子１；一過性受容体電位カチオンチャネル、サブファミリーＣ、メンバー６；インターロイキン１受容体  ＩＩ型；フィブリノーゲンベータ鎖；第１２染色体のオープンリーディングフレーム３９；AK090616によって裏付けられている仮定の遺伝子；Ｒ−スポンジン（spondin）３ホモログ（Xenopus laevis）；およびインターロイキン１受容体  ＩＩ型の１つ以上の上方制御によって特徴づけられている、請求項２４に記載の使用。
【請求項２９】
上記患者の遺伝子発現レベルは、以下の遺伝子：キチナーゼ３様１（軟骨糖タンパク質３９）；odz, odd Oz/ten-m ホモログ２（Drosophila）；ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５；骨形成タンパク質４；カルシフォシン；性質未決定のタンパク質ＬＯＣ１００１３１８９７；およびＣＤ７４分子、主要組織適合遺伝子複合体、クラスＩＩ、インバリアント鎖の１つ以上の下方制御によって特徴づけられている、請求項２４に記載の使用。
【請求項３０】
がんにかかっている患者におけるＴＯＲキナーゼ阻害剤を用いた処置に対する反応を予測する方法であって、
（ａ）表１から選択される１つ以上の遺伝子の、上記患者のがんから得られた生物学的な試験サンプルにおける遺伝子発現レベルを得ること；
（ｂ）上記遺伝子発現レベルを一組の基準レベルと、比較することを包含しており、
上記一組の基準レベルは、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有していない野生型の生物学的なサンプルの遺伝子発現レベル、およびＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの遺伝子発現レベルを表し、
ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの上記遺伝子発現レベルに対するより高い類似性によって特徴づけられている上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、ＴＯＲキナーゼ阻害剤処置に対する上記患者のがんの示す反応の高い見込みを示す、方法。
【請求項３１】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、遺伝子のｍＲＮＡ測定を用いて得られる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
上記生物学的な試験サンプルの上記遺伝子発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲまたはAffymetrix HGU133plus2を用いて得られる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
遺伝子発現レベルの上記比較はＰＡＭＲを用いて実施される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
１つ以上の容器を備えているキットであって、
当該１つ以上の容器には、（１）ＴＯＲキナーゼ阻害剤またはその薬学的組成物、（２）患者のがんの遺伝子発現レベルまたは腫瘍症候群にかかっている患者の遺伝子発現レベルを測定するための試薬、ならびに（３）患者のがんの遺伝子発現レベルまたは腫瘍症候群にかかっている患者の遺伝子発現レベルを測定するための説明書が入っている、キット。
【請求項３５】
上記測定は、表１からの遺伝子の１つ以上の発現レベルの測定を包含している、請求項３４に記載のキット。
【請求項３６】
上記遺伝子発現レベル測定の説明書は、ＲＴ−ＰＣＲまたはAffymetrix HGU133plus2の説明書である、請求項３４に記載のキット。
【請求項３７】
上記遺伝子発現レベルを一組の基準レベルと比較するための説明書をさらに含んでおり、上記一組の基準レベルは、ＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有していない野生型の生物学的なサンプルの遺伝子発現レベル、およびＬＫＢ１遺伝子またはＬＫＢ１タンパク質の減少または変異を有している基準サンプルの遺伝子発現レベルを表す、請求項３５に記載のキット。
【請求項３８】
発現レベルの上記比較のための上記説明書は、ＰＡＭＲを用いるための説明書である、請求項３７に記載のキット。