【手続補正書】
【提出日】平成27年2月16日(2015.2.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと標的核酸分子とを第1配列決定条件下で接触させる工程であって、標的核酸分子が回転タグを含み、第1配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第1配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第1のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
【請求項２】
RNAポリメラーゼがバクテリオファージRNAポリメラーゼまたは細菌RNAポリメラーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項３】
バクテリオファージRNAポリメラーゼがT7 RNAポリメラーゼまたはT3 RNAポリメラーゼである、請求項2記載の方法。
【請求項４】
細菌RNAポリメラーゼが大腸菌（E.coli）RNAポリメラーゼである、請求項2記載の方法。
【請求項５】
RNAポリメラーゼがHisタグを介して固相表面上に固定される、請求項1−4のいずれか1項記載の方法。
【請求項６】
標的核酸分子が真核生物由来である、および／または二本鎖である、請求項1−5のいずれか1項記載の方法。
【請求項７】
標的核酸分子が生物学的サンプル中に含まれる、請求項1−6のいずれか1項記載の方法。
【請求項８】
標的核酸分子がRNAポリメラーゼプロモーター配列を含む、請求項1−7のいずれか1項記載の方法。
【請求項９】
回転タグが第1タグおよび第2タグを含む、請求項1−8のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０】
第1タグが磁気タグである、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
検出工程が、回転タグ上に光を投射することを含む、請求項1−10のいずれか1項記載の方法。
【請求項１２】
検出工程が、顕微鏡を介して回転パターンを観察することをさらに含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
検出工程が、回転パターンをCMOSまたはCCDで取り込むことをさらに含む、請求項1−12のいずれか1項記載の方法。
【請求項１４】
固相基材がガラス、CMOSまたはCCDである、請求項1−13のいずれか1項記載の方法。
【請求項１５】
検出工程が、回転パターンを磁気画像としてまたは電場として取り込むことを含む、請求項1−14のいずれか1項記載の方法。
【請求項１６】
磁気画像がGMRセンサーまたはMRAMアレイに取り込まれる、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
画像がRAMセンサーに取り込まれる、請求項15記載の方法。
【請求項１８】
標的核酸分子に有向性の力を適用する工程をさらに含む、請求項1−17のいずれか1項記載の方法。
【請求項１９】
有向性の力が磁石によって、または流動もしくは圧力によって生成される、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと、回転タグを含む標的核酸分子とを第2配列決定条件下で接触させる工程であって、第2配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第2のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第2配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第2のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、請求項1−19のいずれか1項記載の方法。
【請求項２１】
第2配列決定条件下での接触工程および検出工程が、第1配列決定条件下での接触工程および検出工程と同時に、または第1配列決定条件下での接触工程および検出工程の前もしくは後に順に実施される、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと、回転タグを含む標的核酸分子とを第3配列決定条件下で接触させる工程であって、第3配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第3のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第3配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程、
をさらに含む、請求項20または21記載の方法。
【請求項２３】
標的核酸分子における第1、第2および第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報から標的核酸分子の配列を決定する工程をさらに含む、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと、回転タグを含む標的核酸分子とを第4配列決定条件下で接触させる工程であって、第4配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第4のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第4配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第4のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、請求項22または23記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
[本発明1001]
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと標的核酸分子とを第1配列決定条件下で接触させる工程であって、標的核酸分子が回転タグを含み、第1配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第1配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第1のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1002]
固相基材がガラスである、本発明1001の方法。
[本発明1003]
RNAポリメラーゼがバクテリオファージRNAポリメラーゼである、本発明1001の方法。
[本発明1004]
バクテリオファージRNAポリメラーゼがT7 RNAポリメラーゼである、本発明1003の方法。
[本発明1005]
バクテリオファージRNAポリメラーゼがT3 RNAポリメラーゼである、本発明1003の方法。
[本発明1006]
RNAポリメラーゼが細菌RNAポリメラーゼである、本発明1001の方法。
[本発明1007]
細菌RNAポリメラーゼが大腸菌（E.coli）RNAポリメラーゼである、本発明1006の方法。
[本発明1008]
RNAポリメラーゼがHisタグを介して固相表面上に固定される、本発明1001の方法。
[本発明1009]
標的核酸分子が真核生物由来である、本発明1001の方法。
[本発明1010]
標的核酸分子が二本鎖である、本発明1001の方法。
[本発明1011]
標的核酸分子が生物学的サンプル中に含まれる、本発明1001の方法。
[本発明1012]
標的核酸分子がRNAポリメラーゼプロモーター配列を含む、本発明1001の方法。
[本発明1013]
回転タグが第1タグおよび第2タグを含む、本発明1001の方法。
[本発明1014]
第1タグが磁気タグである、本発明1001の方法。
[本発明1015]
検出工程が、回転タグ上に光を投射することを含む、本発明1001の方法。
[本発明1016]
検出工程が、顕微鏡を介して回転パターンを観察することをさらに含む、本発明1015の方法。
[本発明1017]
検出工程が、回転パターンをCMOSまたはCCDで取り込むことをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1018]
固相基材がCMOSまたはCCDである、本発明1001の方法。
[本発明1019]
検出工程が、回転パターンを磁気画像として取り込むことを含む、本発明1001の方法。
[本発明1020]
磁気画像がGMRセンサーまたはMRAMアレイに取り込まれる、本発明1019の方法。
[本発明1021]
検出工程が、回転パターンを電場として取り込むことを含む、本発明1001の方法。
[本発明1022]
画像がRAMセンサーに取り込まれる、本発明1021の方法。
[本発明1023]
標的核酸分子に有向性の力を適用する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1024]
有向性の力が磁石によって生成される、本発明1023の方法。
[本発明1025]
有向性の力が流動または圧力によって生成される、本発明1023の方法。
[本発明1026]
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと、回転タグを含む標的核酸分子とを第2配列決定条件下で接触させる工程であって、第2配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第2のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第2配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第2のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1027]
第2配列決定条件下での接触工程および検出工程が、第1配列決定条件下での接触工程および検出工程と同時に実施される、本発明1026の方法。
[本発明1028]
第2配列決定条件下での接触工程および検出工程が、第1配列決定条件下での接触工程および検出工程の前または後に順に実施される、本発明1026の方法。
[本発明1029]
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと、回転タグを含む標的核酸分子とを第3配列決定条件下で接触させる工程であって、第3配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第3のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第3配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程、
をさらに含む、本発明1026の方法。
[本発明1030]
標的核酸分子における第1、第2および第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報から標的核酸分子の配列を決定する工程をさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
RNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
RNAポリメラーゼと、回転タグを含む標的核酸分子とを第4配列決定条件下で接触させる工程であって、第4配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第4のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第4配列決定条件下での回転タグの回転パターンを検出する工程；および
回転パターンの変化に基づき、標的核酸分子に沿った第4のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1032]
RNAポリメラーゼと標的核酸分子とを配列決定条件下で接触させる工程であって、配列決定条件が少なくとも1つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、RNAポリメラーゼが固相基材上に固定されており、標的核酸分子が回転タグを含む、工程；
回転タグの回転パターンを検出する工程；
接触工程および検出工程を複数回繰り返す工程；ならびに
少なくとも1つのヌクレオシド三リン酸の存在下での回転パターンの変化の存在または非存在に連続的に基づき、標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1033]
配列決定条件が単一のヌクレオシド三リン酸の存在を含む、本発明1032の方法。
[本発明1034]
配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、該4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、本発明1032の方法。
[本発明1035]
1つまたは複数のRNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を提供する工程；
該1つまたは複数のRNAポリメラーゼと標的核酸分子とを第1配列決定条件下で接触させる工程であって、標的核酸分子が回転タグを含み、第1配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のものの存在を含む、工程；ならびに  
第1配列決定条件下で、回転パターンに変化が起きるかどうかを検出する工程であって、
回転パターンに変化が起きた場合、方法が、第1配列決定条件下で接触工程およびその後の工程を繰り返す工程をさらに含み、
回転パターンに変化が起きなかった場合、方法が、第2配列決定条件下で接触工程およびその後の工程を繰り返す工程をさらに含み、ここで、第2配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第2のものの存在を含み、
ここで、回転パターンに変化が起きた場合、方法が、第1配列決定条件下で接触工程およびその後の工程を繰り返す工程をさらに含み、
ここで、回転パターンに変化が起きなかった場合、方法が、第3配列決定条件下で接触工程およびその後の工程を繰り返す工程をさらに含み、ここで、第3配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第3のものの存在を含む、
回転パターンに変化が起きるかどうかを検出する工程；
第1、第2または第3配列決定条件下での回転パターンの変化の発生に連続的に基づき標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1036]
複数のRNAポリメラーゼがその上に固定されている固相基材を含む、製造品。
[本発明1037]
固相基材が銅およびPEGでコーティングされている、本発明1036の製造品。
[本発明1038]
固相基材がニッケルおよびPEGでコーティングされている、本発明1036の製造品。
[本発明1039]
固相基材がNi-NTAでコーティングされている、本発明1036の製造品。
[本発明1040]
固相基材がCMOSまたはCCDである、本発明1036の製造品。
[本発明1041]
回転タグをさらに含む、本発明1036の製造品。
[本発明1042]
回転タグが非球形タグを含む、本発明1041の製造品。
[本発明1043]
回転タグが、光学的に区別できる不均一表面を有する球形タグを含む、本発明1041の製造品。
[本発明1044]
T7 RNAポリメラーゼプロモーター配列をさらに含む、本発明1036の製造品。
[本発明1045]
ビオチニル化核酸係留配列をさらに含む、本発明1036の製造品。
[本発明1046]
1つまたは複数のヌクレオシド三リン酸をさらに含む、本発明1036の製造品。
[本発明1047]
磁気参照タグを通じて軸に対する回転タグの回転を同定する；
該回転およびヌクレオシド三リン酸の存在に基づき標的核酸分子の配列をコンパイルする；または
磁力を適用する
ための説明書をさらに含む、本発明1036の製造品。
[本発明1048]
説明書が電子的な形態で提供される、本発明1047の製造品。
[本発明1049]
以下を含む配列決定モジュールを含む、標的核酸分子の単一塩基配列決定のための装置：
固相基材を受け取るための容器であって、固相基材が、その上に固定されている複数のRNAポリメラーゼを含む、容器；
固相表面上に固定されている複数のRNAポリメラーゼによって転写される標的核酸分子に張力を適用するのに十分でありかつそのような方向に向けられている有向性の力を提供するための供給源；
固相表面上に固定されている複数のPNAポリメラーゼによって転写される標的核酸分子に結合されている回転タグ上に光を投射するための光源；および
固相表面上に固定されている複数のRNAポリメラーゼによって転写される標的核酸分子に結合されている回転タグの回転パターンを検出するための光学手段（optics）。
[本発明1050]
コンピュータープロセッサをさらに含む、本発明1049の装置。
[本発明1051]
核酸の配列決定に関係する試薬および緩衝液を収容および輸送するためのマイクロフルイディクス手段（microfluidics）をさらに含む、本発明1049の装置。
[本発明1052]
試薬がヌクレオシド三リン酸からなる群より選択される、本発明1049の装置。
[本発明1053]
緩衝液が、洗浄緩衝液、酵素結合緩衝液および配列決定緩衝液からなる群より選択される、本発明1049の装置。
[本発明1054]
有向性の力を提供するための供給源が磁石を含む、本発明1049の装置。
[本発明1055]
有向性の力を提供するための供給源が液体の流動を含む、本発明1049の装置。
[本発明1056]
光学手段が顕微鏡を含む、本発明1049の装置。
[本発明1057]
光学手段がカメラを含む、本発明1049の装置。
[本発明1058]
以下を含むサンプル調製モジュールをさらに含む、本発明1049の装置：
生物学的サンプルを受け取るための容器；ならびに
配列決定する核酸の単離および調製に関係する試薬および緩衝液を収容および輸送するためのフルイディクス手段（fluidics）。
[本発明1059]
試薬が細胞溶解試薬および切断酵素からなる群より選択される、本発明1058の装置。
[本発明1060]
緩衝液が溶解緩衝液および洗浄緩衝液からなる群より選択される、本発明1058の装置。
[本発明1061]
以下を含む鋳型仕上げモジュール（Template Finishing Module）をさらに含む、本発明1058の装置：
RNAポリメラーゼプロモーター配列および回転タグを核酸分子に付加するのに関係する試薬および緩衝液を収容および輸送するためのフルイディクス手段。
[本発明1062]
試薬が、リガーゼ酵素、分子モーター結合配列、磁気タグおよび係留手段（tether）からなる群より選択される、本発明1061の装置。
[本発明1063]
緩衝液が、リガーゼ緩衝液、磁気参照タグ結合緩衝液、回転タグ結合緩衝液および酵素結合緩衝液からなる群より選択される、本発明1061の装置。
[本発明1064]
標的核酸分子の第1位置に関して第1データを受け取る工程であって、第1データが回転の存在もしくは非存在および／または回転タグの回転間の時間長を示す、工程；
標的核酸分子の第1位置に関して第2データを受け取る工程であって、第2データが転写時に利用可能な1つまたは複数のヌクレオシド三リン酸の存在および／または量を示す、工程；
標的核酸分子の第2位置に関して別の第1データおよび別の第2データを受け取る工程；
標的核酸分子の第3位置に関してさらに別の第1データおよびさらに別の第2データを受け取る工程；
第1データおよび第2データを受け取る工程を、標的核酸分子の第4およびそれ以降の位置に関して繰り返す工程；ならびに
各位置に関して受け取った第1データおよび第2データに基づき標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の転写時に得られるデータに基づいて、回転タグを含む標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1065]
第1データおよび第2データが、示された位置のヌクレオチドとして記録される、本発明1064の方法。
別途定義がなされていない限り、本明細書で使用されるすべての技術・科学用語は、本システム、方法および組成物の属する技術の分野における通常の知識を有する者に一般に理解されているのと同じ意味を有する。本システム、方法および組成物の実施または試験には本明細書に記載されているのと類似または等価なシステム、方法および材料を使用することができるが、以下には適切なシステム、方法および材料が記載されている。加えて、本システム、材料、方法および実施例は、例示にすぎず、限定を意図したものではない。以下で言及されているいずれの刊行物、特許出願、特許およびその他の参考文献も、それらの全体が参照により組み入れられる。