【手続補正書】
【提出日】平成27年6月26日(2015.6.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、並びにそれらの溶媒和物、水和物、互変異性体、又は製薬上許容され得る塩、からなる群から選択される化学物質を含む、プロマトリックスメタロプロテアーゼ（プロＭＭＰ）の活性化を阻害するための医薬組成物。
【請求項２】
アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子及び製薬上許容され得る担体を含む、プロＭＭＰの活性化を阻害するための医薬組成物。
【請求項３】
前記プロＭＭＰがプロＭＭＰ９であり、かつ前記化学物質が、アポ形態のプロＭＭＰ９においてフェニルアラニン（Ｐｈｅ）１０７により占有される空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合し、ここで付番は、完全長のヒトマトリックスメタロプロテイナーゼ−９前駆体、すなわちプロＭＭＰ９（１〜７０７）（配列番号１）より採用するものである、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
前記プロＭＭＰがプロＭＭＰ９であり、前記アロステリックな結合部位が、アミノ酸残基１００〜１０２、１１０、１１４、１７７〜１７９、１９０〜１９３及び４０５〜４１０を含み、ここで付番は、完全長のヒトマトリックスメタロプロテイナーゼ−９前駆体、すなわちプロＭＭＰ９（１〜７０７）（配列番号１）より採用するものである、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項５】
前記プロＭＭＰが、次の：プロＭＭＰ１、プロＭＭＰ２、プロＭＭＰ３及びプロＭＭＰ１３からなる群から選択されるＭＭＰ９ホモログであり、かつ前記化学物質が、アポ形態のプロＭＭＰ９のＰｈｅ  １０７により占有される空間領域とホモログである領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項６】
マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）の活性を阻害する少なくとも１つのアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子を有効な量で含む、哺乳類においてＭＭＰ活性を阻害するための医薬組成物。
【請求項７】
前記ＭＭＰがＭＭＰ９であり、前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９においてＰｈｅ  １０７により占有される空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、請求項６に記載の医薬組成物。
【請求項８】
前記プロＭＭＰがプロＭＭＰ９であり、前記アロステリックな結合部位が、アミノ酸残基１００〜１０２、１１０、１１４、１７７〜１７９、１９０〜１９３及び４０５〜４１０を含み、ここで付番は、完全長のヒトマトリックスメタロプロテイナーゼ−９前駆体、すなわちプロＭＭＰ９（１〜７０７）（配列番号１）より採用するものである、請求項６に記載の医薬組成物。
【請求項９】
前記ＭＭＰが、次の：ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３及びＭＭＰ１３からなる群から選択されるＭＭＰ９ホモログであり、かつ前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９のＰｈｅ  １０７により占有される空間領域とホモログである空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、請求項６に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
ＭＭＰにより介在される症候群、疾患又は疾病を予防、処置又は寛解させるための医薬組成物であって、前記ＭＭＰの活性を阻害するアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、あるいはアロステリックなプロセシング阻害因子を含む形態（form）、組成物又は薬剤の有効量を含む、医薬組成物。
【請求項１１】
ＭＭＰにより介在される症候群、疾患又は疾病を予防、処置又は寛解させるための医薬組成物であって、ＭＭＰの活性を阻害するアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、あるいはアロステリックなプロセシング阻害因子を含む形態、組成物又は薬剤の有効量を含み、前記症候群、疾患又は疾病は、ＭＭＰの高発現すなわちＭＭＰの過剰発現と関連付けられ、あるいはＭＭＰの高発現又はＭＭＰの過剰発現と関連付けられる症候群、疾患又は疾病に伴う状態である、医薬組成物。
【請求項１２】
症候群、疾患又は疾病を予防、処置又は寛解させるための医薬組成物であって、ＭＭＰの活性を阻害するアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、あるいはアロステリックなプロセシング阻害因子を含む形態、組成物又は薬剤の有効量を含み、前記症候群、疾患又は疾病は、次の：腫瘍性疾患、変形性関節症、関節リウマチ、循環器疾患、胃潰瘍、肺高血圧症、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸症候群、歯周病、皮膚潰瘍、肝線維症、気腫、マルファン症候群、脳卒中、多発性硬化症、喘息、腹部大動脈瘤、冠動脈疾患、特発性肺線維症、腎線維症、及び片頭痛からなる群から選択される、医薬組成物。
【請求項１３】
前記ＭＭＰがＭＭＰ９であり、前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９においてＰｈｅ  １０７により占有される空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
前記ＭＭＰが、次の：ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３及びＭＭＰ１３からなる群から選択されるＭＭＰ９ホモログであり、かつ前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９のＰｈｅ  １０７により占有される空間領域とホモログである空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
前記症候群、疾患又は疾病が、腫瘍性疾患であり、卵巣がんである、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
前記症候群、疾患又は疾病が、循環器疾患であり、該循環器疾患が、次の：アテローム性動脈硬化巣の破裂、動脈瘤、血管組織の形態形成、冠動脈疾患、及び心筋組織形態形成からなる群から選択される、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
前記循環器疾患がアテローム性動脈硬化巣の破裂である、請求項１４に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
前記症候群、疾患又は疾病が、関節リウマチである、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
前記症候群、疾患又は疾病が、喘息である、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項２０】
前記症候群、疾患又は疾病が、慢性閉塞性肺疾患である、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
前記が症候群、疾患又は疾病が、炎症性腸症候群である、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項２２】
前記が症候群、疾患又は疾病が、腹部大動脈瘤である、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項２３】
前記症候群、疾患又は疾病が、変形性関節症である、請求項１２に記載の医薬組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５７３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５７３】
他の参考文献
Ａｄａｉｒ，Ｊ．Ｃ．，Ｊ．Ｃｈａｒｌｉｅ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．「Ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｇｅｌａｔｉｎａｓｅ  Ｂ（ＭＭＰ−９）ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｖａｓｃｕｌａｒ  ｄｅｍｅｎｔｉａ  ａｎｄ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ  ｄｉｓｅａｓｅ．」Ｓｔｒｏｋｅ  ３５（６）：ｅ１５９〜６２。
Ａｄａｍｓ，Ｐ．Ｄ．，Ｒ．Ｗ．Ｇｒｏｓｓｅ−Ｋｕｎｓｔｌｅｖｅ，ｅｔ  ａｌ．（２００２）．「ＰＨＥＮＩＸ：ｂｕｉｌｄｉｎｇ  ｎｅｗ  ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｆｏｒ  ａｕｔｏｍａｔｅｄ  ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．」Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  ５８（Ｐｔ  １１）：１９４８〜５４。
Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．（１９９３）．「Ａ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｃｏｒｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ  ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ  ａｔ  ａｌｌ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ  ｄｉｓｔａｎｃｅｓ．」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３６：２９０〜３００。
Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．，Ｍ．Ｓ．Ｂｏｇｕｓｋｉ，ｅｔ  ａｌ．（１９９４）．「Ｉｓｓｕｅｓ  ｉｎ  ｓｅａｒｃｈｉｎｇ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｄａｔａｂａｓｅｓ．」Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ６：１１９〜１２９。
Ａｓａｈｉ，Ｍ．，Ｋ．Ａｓａｈｉ，ｅｔ  ａｌ．（２０００）．「Ｒｏｌｅ  ｆｏｒ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ９  ａｆｔｅｒ  ｆｏｃａｌ  ｃｅｒｅｂｒａｌ  ｉｓｃｈｅｍｉａ：ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｋｎｏｃｋｏｕｔ  ａｎｄ  ｅｎｚｙｍｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ＢＢ−９４．」Ｊ  Ｃｅｒｅｂ  Ｂｌｏｏｄ  Ｆｌｏｗ  Ｍｅｔａｂ  ２０（１２）：１６８１〜９。
Ｂａｃｏｎ，Ｄ．Ｊ．ａｎｄ  Ｊ．Ｍｏｕｌｔ（１９９２）．「Ｄｏｃｋｉｎｇ  ｂｙ  Ｌｅａｓｔ−ｓｑｕａｒｅｓ  Ｆｉｔｔｉｎｇ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｕｒｆａｃｅ  Ｐａｔｔｅｒｎｓ．」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２５：８４９〜８５８。
Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｐ．Ａ．，Ｇ．Ｔ．Ｓｈｅａ，ｅｔ  ａｌ．（１９８９）．「ＣＡＶＥＡＴ：Ａ  Ｐｒｏｇｒａｍ  ｔｏ  Ｆａｃｉｌｉｔａｔｅ  ｔｈｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ−Ｄｅｒｉｖｅｄ  Ｄｅｓｉｇｎ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ  Ａｃｔｉｖｅ
Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．」Ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｐｒｏｂｌｅｍｓ，Ｓｐｅｃｉａｌ  Ｐｕｂ．，Ｒｏｙａｌ  Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．７８：８２〜１９６。
Ｂｅｃｋｅｒ，Ｊ．Ｗ．，Ａ．Ｉ．Ｍａｒｃｙ，ｅｔ  ａｌ．（１９９５）．「Ｓｔｒｏｍｅｌｙｓｉｎ−１：ｔｈｒｅｅ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｅｄ  ｃａｔａｌｙｔｉｃ  ｄｏｍａｉｎ  ａｎｄ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃ−ｔｒｕｎｃａｔｅｄ  ｐｒｏｅｎｚｙｍｅ．」Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ  ４（１０）：１９６６〜７６。
Ｂｅｒｇｅ，Ｓ．Ｍ．，Ｌ．Ｄ．Ｂｉｇｈｌｅｙ，ｅｔ  ａｌ．（１９７７）．「Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  ｓａｌｔｓ．」Ｊ  Ｐｈａｒｍ  Ｓｃｉ  ６６（１）：１〜１９。
Ｂｏｈｍ，Ｈ．−Ｊ．（１９９２）．「Ｔｈｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｐｒｏｇｒａｍ  ＬＵＤＩ：Ａ  Ｎｅｗ  Ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｄｅ  Ｎｏｖｏ  Ｄｅｓｉｇｎ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ．」Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔｅｒ−Ａｉｄｅｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｓｉｇｎ  ６：６１〜７８。
Ｂｒｕｎｇｅｒ，Ａ．Ｔ．（１９９３）．Ｘ−Ｆｌｏｒ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ３．１：Ａ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  Ｘ−ｒａｙ  ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ  ａｎｄ  ＮＭＲ．Ｎｅｗ  Ｈａｖｅｎ，Ｃｏｎｎ，Ｙａｌｅ  Ｕｎｉｖ．Ｐｒ。
Ｃａｍｐｂｅｌｌ（１９８４）．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ．Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．，Ｔｈｅ  Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｉｎｃ。
Ｃａｎｔｏｒ，Ｃ．Ｒ．ａｎｄ  Ｐ．Ｒ．Ｓｃｈｉｍｍｅｌ（１９８０）．Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｐａｒｔ  ＩＩ，「Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎ」，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ＆  Ｃｏ。
Ｃｏｈｅｎ（ｅｄｉｔｏｒ），Ｎ．Ｃ．（１９９６）．Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ  ｏｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ。
Ｃｏｈｅｎ，Ｎ．，Ｊ．Ｂｌａｎｅｙ，ｅｔ  ａｌ．（１９９０）．「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．」Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３３：８８３〜８９４。
Ｃｒｏｍａｒｔｉｅ，Ｗ．Ｊ．，Ｊ．Ｇ．Ｃｒａｄｄｏｃｋ，ｅｔ  ａｌ．（１９７７）．「Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ｉｎ  ｒａｔｓ  ａｆｔｅｒ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ  ｃｅｌｌｓ  ｏｒ  ｃｅｌｌ  ｗａｌｌｓ．」Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １４６（６）：１５８５〜６０２。
Ｃｒｏｗｔｈｅｒ，Ｊ．Ｒ．（１９９５）．ＥＬＩＳＡ：Ｔｈｅｏｒｙ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ），Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ。
Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ，Ｌ．Ａ．，Ｍ．Ｗｅｔｚｅｌ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｒｏｌｅｓ  ｆｏｒ  ＭＭＰｓ  ａｎｄ  ＴＩＭＰｓ  ｉｎ  ｃｅｒｅｂｒａｌ  ｉｓｃｈｅｍｉａ．」Ｇｌｉａ  ５０（４）：３２９〜３９。
Ｄｅｖｌｉｎ（ｅｄｉｔｏｒ），Ｊ．Ｐ．（１９９８）．Ｉｎ  Ｈｉｇｈ  Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ：Ｔｈｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏａｃｔｉｖｅ  Ｓｕｂｓｔａｎｃｅｓ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ  Ｉｎｃ。
Ｄｒｅｎｔｈ，Ｊ．（１９９９）．Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｘ−ｒａｙ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｔｅｘｔｓ  ｉｎ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）．Ｂｅｒｌｉｎ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ。
Ｄｕｎｃａｎ，Ｍ．Ｅ．，Ｊ．Ｐ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ，ｅｔ  ａｌ．（１９９８）．「Ｈｕｍａｎ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−９：ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｂｙ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｒｙｐｓｉｎ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｆｏｒｍ．」Ｅｕｒ  Ｊ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  ２５８（１）：３７〜４３。
Ｅｌｋｉｎｓ，Ｐ．Ａ．，Ｙ．Ｓ．Ｈｏ，ｅｔ  ａｌ．（２００２）．「Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃ−ｔｅｒｍｉｎａｌｌｙ  ｔｒｕｎｃａｔｅｄ  ｈｕｍａｎ  ＰｒｏＭＭＰ９，ａ  ｇｅｌａｔｉｎ−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ．」Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  ５８（Ｐｔ  ７）：１１８２〜９２。
Ｅｍｓｌｅｙ，Ｐ．ａｎｄ  Ｋ．Ｃｏｗｔａｎ（２００４）．「Ｃｏｏｔ：ｍｏｄｅｌ−ｂｕｉｌｄｉｎｇ  ｔｏｏｌｓ  ｆｏｒ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｇｒａｐｈｉｃｓ．」Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  ６０（Ｐｔ  １２  Ｐｔ  １）：２１２６〜３２。
Ｆａｎｇ，Ｋ．Ｃ．，Ｗ．Ｗ．Ｒａｙｍｏｎｄ，ｅｔ  ａｌ．（１９９７）．「Ｄｏｇ  ｍａｓｔ  ｃｅｌｌ  ａｌｐｈａ−ｃｈｙｍａｓｅ  ａｃｔｉｖａｔｅｓ  ｐｒｏｇｅｌａｔｉｎａｓｅ  Ｂ  ｂｙ  ｃｌｅａｖｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｐｈｅ８８−Ｇｌｎ８９  ａｎｄ  Ｐｈｅ９１−Ｇｌｕ９２  ｂｏｎｄｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃａｔａｌｙｔｉｃ  ｄｏｍａｉｎ．」Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７２（４１）：２５６２８〜３５。
Ｆｒｅｄｅｒｉｋｓ，Ｗ．Ｍ．ａｎｄ  Ｏ．Ｒ．Ｍｏｏｋ（２００４）．「Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｗｉｔｈ  ｅｍｐｈａｓｉｓ  ｏｎ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｚｙｍｏｇｒａｐｈｙ  ｏｆ  ｇｅｌａｔｉｎａｓｅｓ：ｒｅｖｉｅｗ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．」Ｊ  Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ  Ｃｙｔｏｃｈｅｍ  ５２（６）：７１１〜２２。
Ｆｒｉｓｃｈ，Ｍ．Ｊ．，Ｇ．Ｗ．Ｔｒｕｃｋｓ，ｅｔ  ａｌ．（１９９２）．「Ｇａｕｓｓｉａｎ  ９２，Ｒｅｖｉｓｉｏｎ  Ｃ．」Ｇａｕｓｓｉａｎ，Ｉｎｃ。
Ｇａｎｓ，Ｗ．，Ａ．Ａｍａｎｎ，ｅｔ  ａｌ．（１９９６）．Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｐｒｉｎｃｉｐａｌｓ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ，Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｕｂ．Ｃｏｒｐ。
Ｇｅｏｒｇｅ，Ｓ．Ｊ．（２０００）．「Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｉｎ  ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．」Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  Ｄｒｕｇｓ  ９（５）：９９３〜１００７。
Ｇｏｏｄｆｏｒｄ，Ｐ．Ｊ．（１９８５）．「Ａ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ  ｆｏｒ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ  Ｅｎｅｒｇｅｔｉｃａｌｌｙ  Ｆａｖｏｒａｂｌｅ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｉｔｅｓ  ｏｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ  Ｉｍｐｏｒｔａｎｔ  Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．」Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２８：８４９〜８５７。
Ｇｏｏｄｓｅｌｌ，Ｄ．Ｓ．ａｎｄ  Ａ．Ｊ．Ｏｌｓｅｎ（１９９０）．「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  Ｄｏｃｋｉｎｇ  ｏｆ  Ｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ  ｔｏ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｂｙ  Ｓｉｍｕｌａｔｅｄ  Ａｎｎｅａｌｉｎｇ．」Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ８：１９５〜２０２。
Ｇｏｕｌｄ，Ｐ．Ｌ．（１９８６）．「Ｓａｌｔ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｆｏｒ  ｂａｓｉｃ  ｄｒｕｇｓ．」Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ  ３３（１〜３）：２０１〜２１７。
Ｇｒｕｂｅｒ，Ｂ．Ｌ．，Ｄ．Ｓｏｒｂｉ，ｅｔ  ａｌ．（１９９６）．「Ｍａｒｋｅｄｌｙ  ｅｌｅｖａｔｅｄ  ｓｅｒｕｍ  ＭＭＰ−９（ｇｅｌａｔｉｎａｓｅ  Ｂ）ｌｅｖｅｌｓ  ｉｎ  ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ：ａ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌｌｙ  ｕｓｅｆｕｌ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｒｋｅｒ．」Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｐａｔｈｏｌ  ７８（２）：１６１〜７１。
Ｇｕ，Ｚ．，Ｊ．Ｃｕｉ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ａ  ｈｉｇｈｌｙ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−９  ｒｅｓｃｕｅｓ  ｌａｍｉｎｉｎ  ｆｒｏｍ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  ｎｅｕｒｏｎｓ  ｆｒｏｍ  ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  ｉｎ  ｔｒａｎｓｉｅｎｔ  ｆｏｃａｌ  ｃｅｒｅｂｒａｌ  ｉｓｃｈｅｍｉａ．」Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２５（２７）：６４０１〜８。
Ｇｕｒｓｏｙ−Ｏｚｄｅｍｉｒ，Ｙ．，Ｊ．Ｑｉｕ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．「Ｃｏｒｔｉｃａｌ  ｓｐｒｅａｄｉｎｇ  ｄｅｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｃｔｉｖａｔｅｓ  ａｎｄ  ｕｐｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ＭＭＰ−９．」Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １１３（１０）：１４４７〜５５。
Ｈａｎｄｓｌｅｙ，Ｍ．Ｍ．ａｎｄ  Ｄ．Ｒ．Ｅｄｗａｒｄｓ（２００５）．「Ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅｓ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｉｎ  ｔｕｍｏｒ  ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ．」Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １１５（６）：８４９〜６０。
Ｈａｒｉｎｇｍａｎ，Ｊ．Ｊ．，Ｄ．Ｍ．Ｇｅｒｌａｇ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ｓｙｎｏｖｉａｌ  ｔｉｓｓｕｅ  ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ：ａ  ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ  ｂｉｏｍａｒｋｅｒ  ｆｏｒ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．」Ａｎｎ  Ｒｈｅｕｍ  Ｄｉｓ  ６４（６）：８３４〜８。
Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，Ｊ．Ｇ．（１９９２）．「Ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ  ｍａｔｒｉｃｅｓ  ｆｒｏｍ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｂｌｏｃｋｓ．」Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（８９）：１０９１５〜１０９１９。
Ｉａｎｎｏｎｅ，Ｆ．ａｎｄ  Ｇ．Ｌａｐａｄｕｌａ（２００３）．「Ｔｈｅ  ｐａｔｈｏｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ．」Ａｇｉｎｇ  Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｒｅｓ  １５（５）：３６４〜７２。
Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅ．（１９９９）．Ｕｌｔｒａｓｅｎｓｉｔｉｖｅ  ａｎｄ  ｒａｐｉｄ  ｅｎｚｙｍｅ  ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ，Ｉｎ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ。
Ｊｏｚｉｃ，Ｄ．，Ｇ．Ｂｏｕｒｅｎｋｏｖ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ｘ−ｒａｙ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐｒｏＭＭＰ−１：ｎｅｗ  ｉｎｓｉｇｈｔｓ  ｉｎｔｏ  ｐｒｏｃｏｌｌａｇｅｎａｓｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｏｌｌａｇｅｎ  ｂｉｎｄｉｎｇ．」Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８０（１０）：９５７８〜８５。
Ｊｕｎｇ，Ｓ．Ｓ．，Ｗ．Ｚｈａｎｇ，ｅｔ  ａｌ．（２００３）．「Ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  Ａ  ｂｅｔａ  ｉｎｄｕｃｅｓ  ｔｈｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−２  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃｅｒｅｂｒｏｖａｓｃｕｌａｒ  ｓｍｏｏｔｈ  ｍｕｓｃｌｅ  ｃｅｌｌｓ．」Ｊ  Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ  ８５（５）：１２０８〜１５。
Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ａｎｄ  Ｓ．Ｆ．Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９０）．「Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ａｓｓｅｓｓｉｎｇ  ｔｈｅ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｏｆ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｆｅａｔｕｒｅｓ  ｂｙ  ｕｓｉｎｇ  ｇｅｎｅｒａｌ  ｓｃｏｒｉｎｇ  ｓｃｈｅｍｅｓ．」Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：２２６４〜２２６８。
Ｋｅｍｅｎｙ（ｅｄｉｔｏｒ），Ｄ．Ｍ．ａｎｄ  Ｓ．Ｊ．Ｃｈａｌｌａｃｏｍｂｅ（ｅｄｉｔｏｒ）（１９８８）．Ｅｌｉｓａ  ａｎｄ  Ｏｔｈｅｒ  Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ：Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｓｐｅｃｔｓ，．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ。
Ｋｅｍｅｎｙ，Ｄ．Ｍ．（１９９１）．Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ＥＬＩＳＡ，Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ。
Ｋｉｓｓｉｎｇｅｒ，Ｃ．Ｒ．，Ｄ．Ｋ．Ｇｅｈｌｈａａｒ，ｅｔ  ａｌ．（１９９９）．「Ｒａｐｉｄ  ａｕｔｏｍａｔｅｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ  ｂｙ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ  ｓｅａｒｃｈ．」Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  ５５（Ｐｔ  ２）：４８４〜９１。
Ｋｌｏｓｔｅｒｍｅｉｅｒ，Ｄ．ａｎｄ  Ｄ．Ｐ．Ｍｉｌｌａｒ（２００１）．「Ｔｉｍｅ−ｒｅｓｏｌｖｅｄ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｒｅｓｏｎａｎｃｅ  ｅｎｅｒｇｙ  ｔｒａｎｓｆｅｒ：ａ  ｖｅｒｓａｔｉｌｅ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ．」Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  ６１（３）：１５９〜７９。
Ｋｕｎｔｚ，Ｉ．Ｄ．，Ｊ．Ｍ．Ｂｌａｎｅｙ，ｅｔ  ａｌ．（１９８２）．「Ａ  ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ  ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅ−ｌｉｇａｎｄ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．」Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  １６１（２）：２６９〜８８。
Ｌｉｐｉｎｓｋｉ，Ｃ．，Ｆ．Ｌｏｍｂａｒｄｏ，ｅｔ  ａｌ．（１９９７）．「Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ  ｔｏ  ｅｓｔｉｍａｔｅ  ｓｏｌｕｂｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｔｙ  ｉｎ  ｄｒｕｇ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｓｅｔｔｉｎｇｓ」Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ２３（１〜３）：３〜２５。
Ｌｏｒｅｎｚｌ，Ｓ．，Ｄ．Ｓ．Ａｌｂｅｒｓ，ｅｔ  ａｌ．（２００３）．「Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  ｐｌａｓｍａ  ｌｅｖｅｌｓ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−９  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ．」Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ  Ｉｎｔ  ４３（３）：１９１〜６。
Ｌｏｒｅｎｚｌ，Ｓ．，Ｎ．Ｃａｌｉｎｇａｓａｎ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．「Ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−９  ｉｓ  ｅｌｅｖａｔｅｄ  ｉｎ  １−ｍｅｔｈｙｌ−４−ｐｈｅｎｙｌ−１，２，３，６−ｔｅｔｒａｈｙｄｒｏｐｙｒｉｄｉｎｅ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｐａｒｋｉｎｓｏｎｉｓｍ  ｉｎ  ｍｉｃｅ．」Ｎｅｕｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｅｄ  ５（２）：１１９〜３２。
Ｌｏｓｓｏ，Ｊ．Ｎ．，Ｃ．Ｎ．Ｍｕｎｅｎｅ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．「Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−１  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｂｙ  ｔｈｅ  ｓｏｙｂｅａｎ  Ｂｏｗｍａｎ−Ｂｉｒｋ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ．」Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｌｅｔｔ  ２６（１１）：９０１〜５。
Ｍａｒｔｉｎ，Ｙ．Ｃ．（１９９２）．「３Ｄ  Ｄａｔａｂａｓｅ  Ｓｅａｒｃｈｉｎｇ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ．」Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３５：２１４５〜２１５４。
Ｍａｒｙ  Ａｎｎ  Ｌｉｅｂｅｒｔ（Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ），Ｉ．（１９９５）．Ｔｈｅ  ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ  ＳＯＦＴＷＡＲＥ  ＤＩＲＥＣＴＯＲＹ，Ａ  Ｂｕｙｅｒ’ｓ  Ｇｕｉｄｅ．Ｌａｒｃｈｍｏｎｔ，ＮＹ  Ｍａｒｙ  Ａｎｎ  Ｌｉｅｂｅｒｔ，Ｉｎｃ．，Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ。
Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ａｎｄ  Ｊ．Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ（１９８１）．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０３（３）：１８５〜３１９１。
Ｍａｔｕｌｉｓ，Ｄ．，Ｊ．Ｋ．Ｋｒａｎｚ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ｔｈｅｒｍｏｄｙｎａｍｉｃ  ｓｔａｂｉｌｉｔｙ  ｏｆ  ｃａｒｂｏｎｉｃ  ａｎｈｙｄｒａｓｅ：ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ  ｏｆ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ａｆｆｉｎｉｔｙ  ａｎｄ  ｓｔｏｉｃｈｉｏｍｅｔｒｙ  ｕｓｉｎｇ  ＴｈｅｒｍｏＦｌｕｏｒ．」Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４４（１３）：５２５８〜６６。
Ｍｅｎｇ，Ｅ．Ｃ．，Ｂ．Ｋ．Ｓｈｏｉｃｈｅｔ，ｅｔ  ａｌ．（１９９２）．「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  ｄｏｃｋｉｎｇ  ｗｉｔｈ  ｇｒｉｄ−ｂａｓｅｄ  ｅｎｅｒｇｙ  ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ．」Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．１３：５０５〜５２４。
Ｍｉｒａｎｋｅｒ，Ａ．ａｎｄ  Ｍ．Ｋａｒｐｌｕｓ（１９９１）．「Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ  Ｍａｐｓ  ｏｆ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｉｔｅｓ：Ａ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｃｏｐｙ  Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｍｅｔｈｏｄ．」Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １１：２９〜３４。
Ｍｏｒｇｕｎｏｖａ，Ｅ．，Ａ．Ｔｕｕｔｔｉｌａ，ｅｔ  ａｌ．（１９９９）．「Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐｒｏ−ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−２：ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｒｅｖｅａｌｅｄ．」Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８４（５４２０）：１６６７〜７０。
Ｎａｇａｓｅ，Ｈ．（１９９７）．「Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅｓ．」Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ３７８（３〜４）：１５１〜６０。
Ｎａｖｉａ，Ｍ．Ａ．ａｎｄ  Ｍ．Ａ．Ｍｕｒｃｋｏ（１９９２）．「Ｔｈｅ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ．」Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２：２０２〜２１０。
Ｎｉｓｈｉｂａｔａ，Ｙ．ａｎｄ  Ａ．Ｉｔａｉ（１９９１）．「Ａｕｔｏｍａｔｉｃ  ｃｒｅａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｄｒｕｇ  ｃａｎｄｉｄａｔｅ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｓｔａｒｔｉｎｇ  ｐｏｉｎｔ  ｆｏｒ  ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ  ｌｅａｄ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ．」Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ４７：８９８５〜８９９０。
Ｎｏｒｔｏｎ，Ｐ．Ａ．ａｎｄ  Ｊ．Ｍ．Ｃｏｆｆｉｎ（１９８５）．「Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｂｅｔａ−ｇａｌａｃｔｏｓｉｄａｓｅ  ａｓ  ａ  ｍａｒｋｅｒ  ｏｆ  Ｒｏｕｓ  ｓａｒｃｏｍａ  ｖｉｒｕｓ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ．」Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ５（２）：２８１〜９０。
Ｏｇａｔａ，Ｙ．，Ｊ．Ｊ．Ｅｎｇｈｉｌｄ，ｅｔ  ａｌ．（１９９２）．「Ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ３（ｓｔｒｏｍｅｌｙｓｉｎ）ａｃｔｉｖａｔｅｓ  ｔｈｅ  ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ９．」Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６７（６）：３５８１〜４。
Ｏｐｄｅｎａｋｋｅｒ，Ｇ．，Ｉ．Ｎｅｌｉｓｓｅｎ，ｅｔ  ａｌ．（２００３）．「Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｒｏｌｅｓ  ａｎｄ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｏｆ  ｇｅｌａｔｉｎａｓｅ  Ｂ  ａｎｄ  ｃｈｅｍｏｋｉｎｅｓ  ｉｎ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．」Ｌａｎｃｅｔ  Ｎｅｕｒｏｌ  ２（１２）：７４７〜５６。
Ｐａｎｔｏｌｉａｎｏ，Ｍ．Ｗ．，Ｅ．Ｃ．Ｐｅｔｒｅｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．（２００１）．「Ｈｉｇｈ−ｄｅｎｓｉｔｙ  ｍｉｎｉａｔｕｒｉｚｅｄ  ｔｈｅｒｍａｌ  ｓｈｉｆｔ  ａｓｓａｙｓ  ａｓ  ａ  ｇｅｎｅｒａｌ  ｓｔｒａｔｅｇｙ  ｆｏｒ  ｄｒｕｇ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．」Ｊ  Ｂｉｏｍｏｌ  Ｓｃｒｅｅｎ  ６（６）：４２９〜４０。
Ｐｆｌｕｇｒａｔｈ，Ｊ．Ｗ．（１９９９）．「Ｔｈｅ  ｆｉｎｅｒ  ｔｈｉｎｇｓ  ｉｎ  Ｘ−ｒａｙ  ｄｉｆｆｒａｃｔｉｏｎ  ｄａｔａ  ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ．」Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  ５５（Ｐｔ  １０）：１７１８〜２５。
Ｒａｍｏｓ−ＤｅＳｉｍｏｎｅ，Ｎ．，Ｕ．Ｍ．Ｍｏｌｌ，ｅｔ  ａｌ．（１９９３）．「Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ９  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｂｙ  ａ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｙ．」Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ  １２（４）：３４９〜６３。
Ｒｉｃｈａｒｄｓ，Ｐ．Ｊ．，Ｂ．Ｄ．Ｗｉｌｌｉａｍｓ，ｅｔ  ａｌ．（２００１）．「Ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｃｈｒｏｎｉｃ  ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ  ｃｅｌｌ  ｗａｌｌ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ｉｎ  Ｌｅｗｉｓ  ｒａｔｓ  ｂｙ  ｌｉｐｏｓｏｍａｌ  ｃｌｏｄｒｏｎａｔｅ．」Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（Ｏｘｆｏｒｄ）４０（９）：９７８〜８７。
Ｒｏｓｓｍａｎｎ，Ｍ．Ｇ．（１９７２）．Ｔｈｅ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ  ｍｅｔｈｏｄ；ａ  ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐａｐｅｒｓ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｎｏｎ−ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ  ｓｙｍｍｅｔｒｙ．，Ｇｏｒｄｏｎ  ＆  Ｂｒｅａｃｈ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ。
Ｒｏｔｓｔｅｉｎ，Ｓ．Ｈ．ａｎｄ  Ｍ．Ａ．Ｍｕｒｃｋｏ（１９９３）．「ＧｒｏｕｐＢｕｉｌｄ：ａ  ｆｒａｇｍｅｎｔ−ｂａｓｅｄ  ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｄｅ  ｎｏｖｏ  ｄｒｕｇ  ｄｅｓｉｇｎ．」Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ３６（１２）：１７００〜１０。
Ｒｏｗｓｅｌｌ，Ｓ．，Ｐ．Ｈａｗｔｉｎ，ｅｔ  ａｌ．（２００２）．「Ｃｒｙｓｔａｌ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ＭＭＰ９  ｉｎ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ｗｉｔｈ  ａ  ｒｅｖｅｒｓｅ  ｈｙｄｒｏｘａｍａｔｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ．」Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ３１９（１）：１７３〜８１。
Ｒｕｎｄｈａｕｇ，Ｊ．Ｅ．（２００５）．「Ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅｓ  ａｎｄ  ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ．」Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｍｅｄ  ９（２）：２６７〜８５。
Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．，Ｅ．Ｆ．Ｆｒｉｔｓｃｈ，ｅｔ  ａｌ．（１９８９）．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ．２ｎｄ  ｅｄ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ。
Ｓｃｈｌｅｃｈｔ，Ｍ．（１９９８）．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  ｏｎ  ｔｈｅ  ＰＣ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ。
Ｓｈａｈ，Ｐ．Ｋ．，Ｄ．Ｊ．Ｗｉｌｋｉｎ，ｅｔ  ａｌ．（２００２）．「Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓ  ｉｎ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ．」Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｏｎ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｐａｔｅｎｔｓ  １２（５）：６６５〜７０７。
Ｓｋｏｌｄ，Ｃ．Ｍ．，Ｘ．Ｌｉｕ，ｅｔ  ａｌ．（１９９９）．「Ｈｕｍａｎ  ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ  ｅｌａｓｔａｓｅ  ａｕｇｍｅｎｔｓ  ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｃｏｎｔｒａｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｌｅａｓｅｄ  ｃｏｌｌａｇｅｎ  ｇｅｌｓ．」Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｒｉｔ  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ  １５９（４  Ｐｔ  １）：１１３８〜４６。
Ｓｍｉｔｈ，Ｗ．Ｂ．（１９９６）．Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ  Ｏｒｇａｎｉｃ．Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＶＣＨ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ。
Ｓｕｎｇ，Ｊ．Ｙ．，Ｓ．Ｍ．Ｐａｒｋ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ  ｃｌｅａｖａｇｅ  ｏｆ  ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  ｓｅｃｒｅｔｅｄ｛ａｌｐｈａ｝−ｓｙｎｕｃｌｅｉｎ  ｖｉａ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅｓ．」Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８０（２６）：２５２１６〜２４。
Ｔａｙｅｂｊｅｅ，Ｍ．Ｈ．，Ｇ．Ｙ．Ｌｉｐ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅｓ  ｉｎ  ｃｏｒｏｎａｒｙ  ａｒｔｅｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ：ｃｌｉｎｉｃａｌ  ａｎｄ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ．」Ｃｕｒｒ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  １２（８）：９１７〜２５。
Ｔａｙｌｏｒ，Ｊ．Ｌ．，Ｊ．Ｍ．Ｈａｔｔｌｅ，ｅｔ  ａｌ．（２００６）．「Ｒｏｌｅ  ｆｏｒ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ９  ｉｎ  ｇｒａｎｕｌｏｍａ  ｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｄｕｒｉｎｇ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．」Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  ７４（１１）：６１３５〜４４。
Ｔｃｈｏｕｇｏｕｎｏｖａ，Ｅ．，Ａ．Ｌｕｎｄｅｑｕｉｓｔ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ａ  ｋｅｙ  ｒｏｌｅ  ｆｏｒ  ｍａｓｔ  ｃｅｌｌ  ｃｈｙｍａｓｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏ−ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅａｓｅ−９  ａｎｄ  ｐｒｏ−ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅａｓｅ−２．」Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８０（１０）：９２９１〜６。
Ｔｏｃｈｏｗｉｃｚ，Ａ．，Ｋ．Ｍａｓｋｏｓ，ｅｔ  ａｌ．（２００７）．「Ｃｒｙｓｔａｌ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ｏｆ  ＭＭＰ−９  ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ｗｉｔｈ  ｆｉｖｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ：ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｆｌｅｘｉｂｌｅ  Ａｒｇ４２４  ｓｉｄｅ−ｃｈａｉｎ  ｔｏ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｉｔｙ．」Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ３７１（４）：９８９〜１００６。
Ｔｒａｖｉｓ，Ｊ．（１９９３）．「Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｏｌｖｅｎｔｓ  Ｍａｋｅ  ａｎ  Ｅｙｅ−Ｏｐｅｎｉｎｇ  Ｍｉｘ．」Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６２：１３７４。
Ｔｓｉｒｅｌｓｏｎ，Ｖ．Ｇ．ａｎｄ  Ｒ．Ｐ．Ｏｚｅｒｏｖ（１９９６）．Ｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｄｅｎｓｉｔｙ  ａｎｄ  Ｂｏｎｄｉｎｇ  ｉｎ  Ｃｒｙｓｔａｌｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｔｈｅｏｒｙ  ａｎｄ  Ｘ−ｒａｙ  Ｄｉｆｆｒａｃｔｉｏｎ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｓｔａｔｅ  Ｐｈｙｓｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｉｎｓｔ．ｏｆ  Ｐｈｙｓｉｃｓ  Ｐｕｂ。
Ｖａｎ  Ｗａｒｔ，Ｈ．Ｅ．ａｎｄ  Ｈ．Ｂｉｒｋｅｄａｌ−Ｈａｎｓｅｎ（１９９０）．「Ｔｈｅ  ｃｙｓｔｅｉｎｅ  ｓｗｉｔｃｈ：ａ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ  ｏｆ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｗｉｔｈ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ａｐｐｌｉｃａｂｉｌｉｔｙ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｅｎｔｉｒｅ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ｇｅｎｅ  ｆａｍｉｌｙ．」Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ  ８７（１４）：５５７８〜８２。
Ｖｉｈｉｎｅｎ，Ｐ．，Ｒ．Ａｌａ−ａｈｏ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．「Ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅｓ  ａｓ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｔａｒｇｅｔｓ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ．」Ｃｕｒｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔｓ  ５（３）：２０３〜２０。
Ｗａｈｌ，Ｓ．Ｍ．，Ｊ．Ｂ．Ａｌｌｅｎ，ｅｔ  ａｌ．（１９８６）．「Ｔ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｃｅｌｌ  ｗａｌｌ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｈｅｐａｔｉｃ  ｇｒａｎｕｌｏｍａｓ．」Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １３７（７）：２１９９〜２０９。
Ｗａｎｇ，Ｘ．，Ｔ．Ｍｏｒｉ，ｅｔ  ａｌ．（２００２）．「Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−２  ａｎｄ−９  ａｆｔｅｒ  ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ  ｔｒａｕｍａ  ｉｎｊｕｒｙ  ｉｎ  ｒａｔ  ｃｏｒｔｉｃａｌ  ｃｕｌｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ＭＡＰ  ｋｉｎａｓｅ．」Ｊ  Ｎｅｕｒｏｔｒａｕｍａ  １９（５）：６１５〜２５。
Ｗｏｏｌｆｓｏｎ，Ｍ．Ｍ．（１９９７）．Ａｎ  Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｘ−ｒａｙ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ．Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖ．Ｐｒ。
Ｙｏｎｇ，Ｖ．Ｗ．（１９９９）．「Ｔｈｅ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｕｓｅ  ｏｆ  ＭＭＰ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｔｏ  ｔｒｅａｔ  ＣＮＳ  ｄｉｓｅａｓｅｓ．」Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  Ｄｒｕｇｓ  ８（３）：２５５〜６８。
以下に、本願の当初の特許請求の範囲に記載された発明を付記する。
［１］  アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、並びにそれらの溶媒和物、水和物、互変異性体、又は製薬上許容され得る塩、からなる群から選択される化学物質を使用して、プロマトリックスメタロプロテアーゼ（プロＭＭＰ）の活性化を阻害する方法。
［２］  アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子及び製薬上許容され得る担体を含む医薬組成物を使用して、プロＭＭＰの活性化を阻害する方法。
［３］  前記プロＭＭＰがプロＭＭＰ９であり、かつ前記化学物質が、アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９においてフェニルアラニン（Ｐｈｅ）１０７により占有される空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合し、ここで付番は、完全長のヒトマトリックスメタロプロテイナーゼ−９前駆体、すなわちプロＭＭＰ９（１〜７０７）（配列番号１）より採用するものである、［１］又は［２］に記載の方法。
［４］  前記プロＭＭＰがプロＭＭＰ９であり、前記アロステリックな結合部位が、アミノ酸残基１００〜１０２、１１０、１１４、１７７〜１７９、１９０〜１９３及び４０５〜４１０を含み、ここで付番は、完全長のヒトマトリックスメタロプロテイナーゼ−９前駆体、すなわちプロＭＭＰ９（１〜７０７）（配列番号１）より採用するものである、［１］又は［２］に記載の方法。
［５］  前記プロＭＭＰが、次の：プロＭＭＰ１、プロＭＭＰ２、プロＭＭＰ３及びプロＭＭＰ１３からなる群から選択されるＭＭＰ９ホモログであり、かつ前記化学物質が、アポ形態のプロＭＭＰ９のＰｈｅ  １０７により占有される空間領域とホモログである領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、［１］又は［２］に記載の方法。
［６］  マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）の活性を阻害する少なくとも１つのアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子を有効な量で投与することにより、哺乳類においてＭＭＰ活性を阻害する方法。
［７］  前記ＭＭＰがＭＭＰ９であり、前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９においてＰｈｅ  １０７により占有される空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、［６］に記載の方法。
［８］  前記プロＭＭＰがプロＭＭＰ９であり、前記アロステリックな結合部位が、アミノ酸残基１００〜１０２、１１０、１１４、１７７〜１７９、１９０〜１９３及び４０５〜４１０を含み、ここで付番は、完全長のヒトマトリックスメタロプロテイナーゼ−９前駆体、すなわちプロＭＭＰ９（１〜７０７）（配列番号１）より採用するものである、［６］に記載の方法。
［９］  前記ＭＭＰが、次の：ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３及びＭＭＰ１３からなる群から選択されるＭＭＰ９ホモログであり、かつ前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９のＰｈｅ  １０７により占有される空間領域とホモログである空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、［６］に記載の方法。
［１０］  ＭＭＰにより介在される症候群、疾患又は疾病を予防、処置又は寛解させるための方法であって、前記ＭＭＰの活性を阻害するアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、あるいはアロステリックなプロセシング阻害因子を含む形態（form）、組成物又は薬剤を、これらを必要としている対象者に有効な量で投与する工程を含む、方法。
［１１］  ＭＭＰにより介在される症候群、疾患又は疾病を予防、処置又は寛解させるための方法であって、ＭＭＰの活性を阻害するアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、あるいはアロステリックなプロセシング阻害因子を含む形態、組成物又は薬剤を、これらを必要としている対象者に有効な量で投与する工程を含み、前記症候群、疾患又は疾病は、ＭＭＰの高発現すなわちＭＭＰの過剰発現と関連付けられ、あるいはＭＭＰの高発現又はＭＭＰの過剰発現と関連付けられる症候群、疾患又は疾病に伴う状態である、方法。
［１２］  症候群、疾患又は疾病を予防、処置又は寛解させるための方法であって、ＭＭＰの活性を阻害するアロステリックな小分子型プロセシング阻害因子、あるいはアロステリックなプロセシング阻害因子を含む形態、組成物又は薬剤を、これらを必要としている対象者に有効な量で投与する工程を含み、前記症候群、疾患又は疾病は、次の：腫瘍性疾患、変形性関節症、関節リウマチ、循環器疾患、胃潰瘍、肺高血圧症、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸症候群、歯周病、皮膚潰瘍、肝線維症、気腫、マルファン症候群、脳卒中、多発性硬化症、喘息、腹部大動脈瘤、冠動脈疾患、特発性肺線維症、腎線維症、及び片頭痛からなる群から選択される、方法。
［１３］  前記ＭＭＰがＭＭＰ９であり、前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９においてＰｈｅ  １０７により占有される空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、［１０］〜［１２］のいずれかに記載の方法。
［１４］  前記ＭＭＰが、次の：ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３及びＭＭＰ１３からなる群から選択されるＭＭＰ９ホモログであり、かつ前記アロステリックな小分子型プロセシング阻害因子が、アポ形態のプロＭＭＰ９のＰｈｅ  １０７により占有される空間領域とホモログである空間領域を含むアロステリックな結合部位に結合する、［１０］〜［１２］のいずれかに記載の方法。
［１５］  前記症候群、疾患又は疾病が、腫瘍性疾患であり、卵巣がんである、［１２］に記載の方法。
［１６］  前記症候群、疾患又は疾病が、循環器疾患であり、該循環器疾患が、次の：アテローム性動脈硬化巣の破裂、動脈瘤、血管組織の形態形成、冠動脈疾患、及び心筋組織形態形成からなる群から選択される、［１２］に記載の方法。
［１７］  前記循環器疾患がアテローム性動脈硬化巣の破裂である、［１４］に記載の方法。
［１８］  前記症候群、疾患又は疾病が、関節リウマチである、［１２］に記載の方法。
［１９］  前記症候群、疾患又は疾病が、喘息である、［１２］に記載の方法。
［２０］  前記症候群、疾患又は疾病が、慢性閉塞性肺疾患である、［１２］に記載の方法。
［２１］  前記が症候群、疾患又は疾病が、炎症性腸症候群である、［１２］に記載の方法。
［２２］  前記が症候群、疾患又は疾病が、腹部大動脈瘤である、［１２］に記載の方法。
［２３］  前記症候群、疾患又は疾病が、変形性関節症である、［１２］に記載の方法。