【手続補正書】
【提出日】平成27年3月17日(2015.3.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物の生体試料を解析する方法であって、当該生体試料は、正常細胞由来のＤＮＡと癌に関連しているおそれがある細胞由来のＤＮＡを含み、ここで少なくともＤＮＡの一部は、生体試料における無細胞ＤＮＡであり、当該方法は：
複数のサイズのうちの各サイズについて：
サイズに対応する生体試料由来のＤＮＡ断片の第１セットの量を測定し；
第１パラメータの第１値を複数のサイズのＤＮＡ断片の量に基づいて計算し、ここで第１パラメータは、生体試料におけるＤＮＡ断片のサイズプロファイルの統計的尺度を提供し；
第１値を基準値と比較し；そして、
その比較に基づいて、生物の癌のレベルの区分を決定する；
ことを含む、方法。
【請求項２】
ＤＮＡ断片の第１セットは、生物のゲノムの１つまたは複数の所定領域に対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
生体試料からＤＮＡ断片の追加のセットを同定し、ここでＤＮＡ断片の各セットは、異なる所定領域に対応し；
複数のサイズに対応するＤＮＡ断片の量を測定し；
ＤＮＡ断片の追加のセットについての第１パラメータのサイズ値を計算し；
サイズの値のそれぞれを、それぞれの基準値と比較し；そして
対応するサイズ値がそれぞれの基準値と統計学的に異なる所定領域を同定する；
ことをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
同定した所定領域を利用して、１つまたは複数の可能性のある癌の種類を決定する、ここで可能性のある癌の種類は同定された所定領域に関連する：
ことをさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
生物における癌のレベルの区分を比較に基づいて決定することは：
対応するサイズ値がそれぞれの基準値と統計学的に異なる所定領域を同定する数を決定し；そして、
その数を領域の閾値の数と比較して、生物における癌のレベルの区分を決定する；
ことを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
それぞれの基準値の少なくとも２つは異なる、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
決定する区分は、腫瘍のサイズにまたは数に対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
生体試料は治療後の生物から得られ、そして基準値は治療前に採取した試料から決定された第１パラメータの値に対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
基準値は、生物が癌を有さないと推測される場合の試料から決定される第１パラメータの値に対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
基準値は、１つまたは複数の健康な生物から得られた１つまたは複数の生体試料から確立される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
区分は、生物が癌を有していない、または癌のレベルが低下したということである、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
区分は、生物が癌を有している、または癌のレベルが増加したということである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
生物はヒトである、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
生体試料における臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を推定する方法であって、当該生体試料は臨床的に関連するＤＮＡおよびその他のＤＮＡを含み、当該方法は：
複数のサイズのうちの各サイズについて：
サイズに対応する生体試料由来の複数のＤＮＡ断片の量を測定し；
コンピュータシステムを用いて、第１パラメータの第１値を複数のサイズのＤＮＡ断片の量に基づいて計算し、ここで第１パラメータは生体試料におけるＤＮＡ断片のサイズプロファイルの統計的尺度を提供し；
１つまたは複数の第１校正データ点を得て、ここで各第１校正データ点は、第１パラメータの校正値に対応する臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を特定し、そして１つまたは複数の校正データ点は、複数の校正試料から決定され；
第１値を少なくとも１つの校正データ点の校正値と比較し；そして、
その比較に基づいて、生体試料における臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を推定する；
ことを含む方法。
【請求項１５】
複数のＤＮＡ断片は、ゲノムの１つまたは複数の所定領域に対応する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
第１パラメータは、長いＤＮＡ断片の存在度に対する短いＤＮＡ断片の存在度を表し、短いＤＮＡ断片は、長いＤＮＡ断片よりもサイズが小さい、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
複数のサイズのＤＮＡ断片の量に基づき１つまたは複数の第２パラメータの１つまたは複数の第２値を計算し、ここで当該１つまたは複数の第２パラメータは、生体試料におけるＤＮＡ断片のサイズプロファイルの異なる統計的尺度を提供し；
１つまたは複数の第２パラメータに対応する１つまたは複数の第２校正データ点を得て；
１つまたは複数の第２値を、第２校正データ点の対応する第２校正値と比較し；そして、
第１値および１つまたは複数の第２値を含むその比較に基づいて、生体試料における臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を推定する；
ことをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
第１校正データ点および第２校正データ点は多次元曲線上の点であり、そして比較は、第１値および１つまたは複数の第２値に対応する座標を有する多次元点を同定することを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
第１校正データ点により検量線を作成する、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
各第１校正データ点を異なる校正試料に対応するヒストグラムから決定し、ここでヒストグラムは、複数のサイズのＤＮＡ断片の量を提供し、異なる校正試料の少なくとも一部は異なる分画濃度を有する、請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
サイズに対応するＤＮＡ断片の量を測定することは：
生体試料由来の複数のＤＮＡ断片のそれぞれについて：
ＤＮＡ断片のサイズを測定することを含み、
ここで、ＤＮＡ断片のサイズを測定することは：
ＤＮＡ断片のペアエンドシーケンシングを実施して、ペアの読み取り配列を得て；
ペアの読み取り配列を参照ゲノムにアラインし；そして、
アラインした位置を利用してＤＮＡ断片のサイズを決定する；
ことを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２２】
サイズに対応するＤＮＡ断片の量を測定することは、電気泳動を用いることを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２３】
複数の校正試料のそれぞれについて：
校正試料における臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を測定し；
複数のサイズに対応するＤＮＡ断片の量を測定し；そして、
複数のサイズのＤＮＡ断片の量に基づいて第１パラメータの校正値を計算する、ここで校正試料の校正データは校正値および測定した分画濃度を含む：
ことにより１つまたは複数の第１校正データ点を計算することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２４】
複数の分画濃度にわたり第１校正データ点の校正値を近似する関数を決定する：
ことをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
関数は線形関数である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
生体試料は、胎児を宿している妊婦由来のものであり、ここで臨床的に関連するＤＮＡは胎児ＤＮＡであり、そして臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を測定することは、
妊婦のゲノムには存在しない父系配列を測定すること；および、
胎児特異的エピジェネティックマーカーを測定すること；
のうちの少なくとも１つを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
胎児特異的エピジェネティックマーカーは、母体血漿または血清中で胎児または胎盤特異的ＤＮＡメチル化パターンを表すＤＮＡ配列を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
臨床的に関連するＤＮＡは、生体試料が得られた患者の腫瘍由来のＤＮＡである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を測定することは：
１つまたは複数の座位を同定し、ここで患者はヘテロ接合型であり、腫瘍は１つのアレルが欠失するといったヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）を示し；
生体試料において１つまたは複数の座位が欠失していないアレルを有する読み取り配列の第１量Ａを決定し；
生体試料において１つまたは複数の座位が欠失しているアレルを有する読み取り配列の第２量Ｂを決定し；そして、
第１量と第２量の比として（Ａ-Ｂ）／Ａ比を用いて臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度Ｆを計算する；
ことを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を測定することは：
１つまたは複数の座位を同定し、ここで患者はヘテロ接合型であり、腫瘍は１つのアレルの重複を示し；
生体試料において１つまたは複数の座位が重複していないアレルを有する読み取り配列の第１量Ａを決定し；
生体試料において１つまたは複数の座位が重複しているアレルを有する読み取り配列の第２量Ｂを決定し；そして、
第１量と第２量の比として（Ｂ-Ａ）／Ａ比を用いて臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度Ｆを計算する；
ことを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度を測定することは：
１つまたは複数の座位を同定し、ここで患者はヘテロ接合型であり、１ヌクレオチドの変異が腫瘍組織内に存在し；
生体試料において１つまたは複数の座位が野生型のアレルを有する読み取り配列の第１量Ａを決定し；
生体試料において１つまたは複数の座位が変異型のアレルを有する読み取り配列の第２量Ｂを決定し；
第１量と第２量の比として２Ｂ／（Ａ＋Ｂ）比を用いて臨床的に関連するＤＮＡの分画濃度Ｆを計算する；
ことを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
測定するサイズは、長さ、分子量、または長さに比例する測定パラメータである、請求項１４に記載の方法。
【請求項３３】
複数のサイズの少なくとも１つは、１つの範囲に対応する、請求項１４に記載の方法。
【請求項３４】
実行される場合、請求項１〜３３のいずれか１項に記載の方法の操作を実行するコンピュータシステムを制御する複数の命令を記憶したコンピュータ可読媒体。