【事件の表示】
　特願２００８−５１９９１０「化学試料を特徴づけるシステムおよび方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１９年　１月１８日国際公開、ＷＯ２００７／００６６６１、平成２１年　１月　８日国内公表、特表２００９−５００６１７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成１８年６月３０日（パリ条約による優先権主張　平成１７年７月８日　欧州）を国際出願とする特願２００８−５１９９１０号であって、平成２３年９月２９日付けで拒絶理由が通知され、平成２４年１月４日付けで意見書が提出されるとともに、同日付けで手続補正がなされ、同年５月２５日付けで拒絶査定がなされ、これに対して、同年９月２７日に拒絶査定不服審判の請求がなされ、同時に手続補正がなされたものである。
　その後、当審において平成２５年４月１７日付けで前置報告書の内容について請求人に事前に意見を求める審尋をなし、同年７月２２日付けで回答書が提出された。
　
第２　平成２４年９月２７日付けの手続補正についての補正の却下の決定
　
［補正の却下の決定の結論］
　平成２４年９月２７日付けの手続補正（以下「本件補正」という。）を却下する。
　
［理由］
１　本件補正について
　本件補正により、特許請求の範囲の請求項１に係る発明は、平成２４年１月４日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載の、
　
「少なくとも1種の化合物を含む試料を特徴づける方法であって、
　a)少なくとも1つの時間分解分離技法(214)および少なくとも1つの質量分解分離技法(216)を使用して前記試料を分析することによって、第1の3次元データセットを生成するステップであって、
　　・前記第1のデータセットが、第1の測定範囲(424)をとる質量変量および第2の測定範囲(422)をとる時間変量の関数として、少なくとも1つの信号Iを含む　ステップと、
　b)前記第1の測定範囲(420)を少なくとも2つの質量変量区間(420)に分割し、それぞれの質量変量区間(424)について、前記時間変量の関数である抽出信号を選択するステップと、
　c)前記第2の測定範囲(422)を少なくとも2つの時間変量区間(426)に分割し、それぞれの時間変量区間(426)およびそれぞれの抽出信号について、少なくとも1つの特性値を選択するステップであって、それによって、それぞれの前記時間変量区間(426)およびそれぞれの前記質量変量区間(424)の関数として前記少なくとも1つの特性値を含む特性試料プロファイルが生成されるステップと
　を含む方法。」が
　
「少なくとも1種の化合物を含む試料を特徴づける方法であって、
　
前記試料は、生体試料又は環境試料であり、
　a)少なくとも1つの時間分解分離技法(214)および少なくとも1つの質量分解分離技法(216)を使用して前記試料を分析することによって、第1の3次元データセットを生成するステップであって、
　　・前記第1のデータセットが、第1の測定範囲(424)をとる質量変量および第2の測定範囲(422)をとる時間変量の関数として、少なくとも1つの信号Iを含む　ステップと、
　b)前記第1の測定範囲(420)を少なくとも2つの質量変量区間(420)に分割し、それぞれの質量変量区間(424)について、前記時間変量の関数である抽出信号を選択するステップと、
　c)前記第2の測定範囲(422)を少なくとも2つの時間変量区間(426)に分割し、それぞれの時間変量区間(426)およびそれぞれの抽出信号について、少なくとも1つの特性値を選択するステップであって、それによって、それぞれの前記時間変量区間(426)およびそれぞれの前記質量変量区間(424)の関数として前記少なくとも1つの特性値を含む特性試料プロファイルが生成されるステップと
　を含む方法。」と補正された。（下線は補正箇所を示す。）
　
　そして、上記の本件補正による請求項１の補正は、本件補正前の「試料」について、「生体試料又は環境試料」であることを限定する補正事項からなり、特許請求の範囲のいわゆる限定的減縮を目的とする補正であるといえる。
　すなわち、本件補正における請求項１に係る発明の補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法（以下「平成１８年改正前特許法」という。）第１７条の２第４項第２号に掲げる事項を目的とするものである。
　
２　独立特許要件違反についての検討
　そこで、次に、本件補正後の特許請求の範囲の請求項１に係る発明（以下「本願補正発明」という。）が特許出願の際独立して特許を受けることができるものか（平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反しないか）について検討する。
　
（１）引用例
ア　原査定の拒絶の理由に引用され、本願の優先日前に頒布（国際公開）された刊行物である国際公開２００４／９０５２６号（以下「引用例１」という。）には、次の事項が記載されている。（なお、下記「イ　引用例１に記載された発明の認定」に直接関与する記載に下線を付した。）
　
「技術分野
本発明は、試料の分析の結果として得られた３次元スペクトルデータを用いた試料解析方法及び試料解析プログラムに関する。」（明細書第１頁第５〜７行）
　
「１．試料の調整
　本発明に係る試料解析方法では、先ず、解析対象の試料を採取する。
解析対象の試料としては、
例えば、動物個体より由来の臓器・組織切片や血漿・リンパ液などの体液成分、植物の緑葉や花弁などの器官、環境中の土壌・水成分などがあげられる。これらの試料に含まれる分析対象物質としては
例えば、
ペプチド・蛋白質・金属蛋白質・翻訳後修飾を受けたペプチドもしくは蛋白質
　また、採取した試料は、分析の目的及び採取した試料の特性に合わせて、必要であれば各種処理を施すことが好ましい。例えば、（ア）タンパク質群の分離あるいは分画、（イ）タンパク質群の酵素的及び/又は化学的切断、（ウ）切断によって生じたペプチド混合物の分離あるいは分画、および（エ）標準物質の添加、の全ての要素あるいは一部の要素の組み合わせて行う分析前調製を施すことが好ましい。」（明細書第６ページ第１〜１６行）
　
「２．試料分析
　次に、試料を分析することによって、試料に関する多次元データを取得する。具体的には、
試料をLC-MSにより分析し、
試料をクロマトグラフィーの原理に従って分離又は分画し、その後、分離又は分画された試料に含まれる成分を質量分析の原理で測定する
　また、クロマトグラフィーの原理としては、特に限定されないが、逆相クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動、アフィニティークロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、等電点フォーカシング、ゲルろ過クロマトグラフィー等の各種クロマトグラフィーの原理を適用することができる。特に、本明細書においてLCと表記する場合、液体クロマトグラフィーのみを意味するのではなく、広く一般的なクロマトグラフィーを意味する。
　LC-MSにおけるクロマトグラフィーでは、再現性の高い溶出プロファイルが得られること、分離能が高いこと、適当なイオン化のインターフェースを介してMSに直接分子イオンを導入することが可能であることが好ましい。
　より具体的に、液体クロマトグラフィーにおける好ましい条件としては次の通りである。試料中のペプチド群を分析対称とする場合には、水・アセトニトリル溶液に低濃度の蟻酸などの強酸を含む溶離液を用いたC18カラムによる逆相液体クロマトグラフィーが好ましい。また蛋白質群を分析対称とする場合には、水・アセトニトリル溶液に低濃度の蟻酸などの強酸を含む溶離液を用いたC4カラムによる逆相液体クロマトグラフィーが好ましい。
　質量分析としては、特に限定されないが、磁場型質量分析計、飛行時間型質量分析計、四重極質量分析計、イオントラップ質量分析計、フーリエ変換質量分析計またはこれらのハイブリッド及びタンデム質量分析計等により行うことができる。より好ましくは、エレクトロスプレーイオン化またはナノエレクトロスプレーイオン化と結合できる磁場型質量分析計、飛行時間型質量分析計、四重極質量分析計、イオントラップ質量分析計、フーリエ変換質量分析計またはこれらのハイブリッド及びタンデム質量分析計を用いて質量分析を行うことが好ましい。
　LC-MSにおける質量分析では、再現性の高い質量スペクトルが得られること、500ppm以下の高い質量精度を有すること、一定範囲のm/zの分子イオンに対して衝突誘起解離（CID）をかけ、当該分子イオンのフラグメントイオンの質量スペクトルが得られることが好ましい。
　このように、
試料をLC-MSにより分析し、m/z、イオン強度及び保持時間を測定することによって、試料の分析結果を３次元データとして取得することができる。
　従前のLC-MSによる解析方法においては、単に試料の分画のためにLCを行っているため、保持時間は解析対象パラメータとして使われておらず、試料の分析結果として横軸にm/z、縦軸にイオン強度をとった２次元データが解析対象となりうるに過ぎなかった。これに対して本発明に係る解析方法によれば、試料の分析結果を３次元空間上にプロットされるプロファイルとして取得することができるため、試料の分析能を飛躍的に向上させることができる。具体的には、本発明に係る解析方法によれば、保持時間を示す軸の方向に広がりを持った多数のスペクトルの重ね合わせとしてデータを取得でき、従前の解析方法と比較してより多数の成分に関して、スペクトルに基づくもとづくを同定することができる。このため、例えば、複数の試料について得られた多次元データを比較することで各試料の成分分析をより厳密に行うことができる。
３．データ解析
　次に、本発明に係る解析方法においては、以上のように測定した保持時間を、演算処理手段の制御のもとに本発明に係るアルゴリズムによって補正することもできる。ここで、一般に保持時間は、LCにおける移動相の組成、流速、カラム温度等のファクターが時間的に微小な変化を生じることから、非線形的に変動することが多い。したがって、本発明に係る解析方法で取得された３次元スペクトルに関しても、複数の試料について解析を行った場合に試料間の保持時間を示す軸が非線形的に変動していることが考えられる。そこで、本発明に係るアルゴリズムにおいては、保持時間の補正（以下、時間軸補正とも言う）を行う。」（明細書第７ページ第１４行〜第９ページ第２０行）
　
「７．イオン化強度の規格化と標準物質
　本発明に係る解析方法においては、測定したイオン強度について、上記「３．データ解析」に先立って規格化を行うことが好ましい。以下にイオン強度の規格化について説明するが、イオン強度の規格化手法は何ら限定されるものではない。
　具体的には、先ず、LC-MS分析に結果として得られたRAWファイルを、例えばXcaliburTMのユーティリティソフトウェアを用いてテキストファイルに変換する。次に、C言語およびPerl言語で作成されたプログラムにより、以下の一連のデータ処理を適用する。
（１）ノイズレベルのデータを除去するため、イオン強度が所定の値（例えば、102以下）以下のシグナルを除去する。
（２）必要ならば、
処理時間の節約のためにデータ点を集約する。
m/zは１刻みに、保持時間は0.2刻みになるよう、元データのm/z値および保持時間の値を丸め、同じ値を持つ(m/z、保持時間)のデータ点は加算集計する。
（３）あらかじめ調べたm/z値と保持時間から標準物質由来のMSシグナルを同定し、その
イオン強度値
　
「図１
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
　
イ　引用例１に記載された発明の認定
　図１（試料をLC-MSにより分析して得られた３次元データを表す図）から、縦軸（以下「Ｚ軸」という）に示されたイオン強度が、紙面の奥行き方向の軸（以下「Ｙ軸」という）に示されたm/z、及び、手前側の軸（以下「Ｘ軸」という）に示された保持時間の関数として表されることがわかる。
　よって、上記記載（図面の記載も含む）を総合すれば、引用例１には、
「ペプチド・蛋白質・金属蛋白質・翻訳後修飾を受けたペプチドもしくは蛋白質等を分析対象物質として含む解析対象の試料の試料解析方法であって、
　解析対象の試料としては、動物個体より由来の臓器・組織切片や血漿・リンパ液などの体液成分、植物の緑葉や花弁などの器官、環境中の土壌・水成分などがあげられ、
　試料をLC-MSにより分析し、すなわち、試料をクロマトグラフィーの原理に従って分離又は分画し、その後、分離又は分画された試料に含まれる成分を質量分析の原理で測定し、m/z、イオン強度及び保持時間を測定することによって、試料の分析結果を３次元データとして取得し、
　上記３次元データにおいて、Ｚ軸に示されたイオン強度が、Ｙ軸に示されたm/z、及び、Ｘ軸に示された保持時間の関数として表され、
　m/zは１刻みに、保持時間は0.2刻みになるよう、元データのm/z値および保持時間の値を丸め、同じ値を持つ(m/z、保持時間)のデータ点におけるイオン強渡の値は加算集計して、処理時間の節約のためにデータ点を集約する試料解析方法。」の発明（以下「引用発明」という。）が記載されているといえる。
　
（２）本願補正発明と引用発明との対比
ア　対比
　本願補正発明と引用発明とを対比する。
（ア）引用発明の「ペプチド・蛋白質・金属蛋白質・翻訳後修飾を受けたペプチドもしくは蛋白質等」が本願補正発明の「少なくとも1種の化合物」に相当するから、引用発明の「ペプチド・蛋白質・金属蛋白質・翻訳後修飾を受けたペプチドもしくは蛋白質等を分析対象物質として含む解析対象の試料の試料解析方法」が本願補正発明の「少なくとも1種の化合物を含む試料を特徴づける方法」に相当する。
　
（イ）引用発明の「解析対象の試料としては、動物個体より由来の臓器・組織切片や血漿・リンパ液などの体液成分、植物の緑葉や花弁などの器官、環境中の土壌・水成分などがあげられ」ることが、本願補正発明の「前記試料は、生体試料又は環境試料で」あることに相当する。
　
（ウ）引用発明の「クロマトグラフィーの原理に従って分離又は分画」すること（方法）及び「試料に含まれる成分を質量分析の原理で測定」すること（方法）が、それぞれ、本願補正発明の「時間分解分離技法(214)」及び「質量分解分離技法(216)」に相当するから、引用発明の「試料をLC-MSにより分析し、すなわち、試料をクロマトグラフィーの原理に従って分離又は分画し、その後、分離又は分画された試料に含まれる成分を質量分析の原理で測定し、m/z、イオン強度及び保持時間を測定することによって、試料の分析結果を３次元データとして取得」すること（ステップ）が、本願補正発明の「a)少なくとも1つの時間分解分離技法(214)および少なくとも1つの質量分解分離技法(216)を使用して前記試料を分析することによって、第1の3次元データセットを生成するステップ」に相当する。
　
（エ）引用発明の「イオン強度」、「m/z」及び「保持時間」が、それぞれ、本願補正発明の「信号Ｉ」、「質量変量」及び「時間変量」に相当し、また、引用発明の「Ｙ軸に示され」ること、及び、「Ｘ軸に示され」ることが、それぞれ、本願補正発明の「第1の測定範囲(424)をとる」こと、及び、「第2の測定範囲(422)をとる」ことに相当するから、引用発明の「上記３次元データにおいて、Ｚ軸に示されたイオン強度が、Ｙ軸に示されたm/z、及び、Ｘ軸に示された保持時間の関数として表され」ることが、本願補正発明の「前記第1のデータセットが、第1の測定範囲(424)をとる質量変量および第2の測定範囲(422)をとる時間変量の関数として、少なくとも1つの信号Iを含む」ことに相当する。
　
（オ）引用発明の「m/zは１刻みに」「なるよう、元データのm/z値」「を丸め」ることが、本願補正発明の「前記第1の測定範囲(420)を少なくとも2つの質量変量区間(420)に分割」することに相当し、また、引用発明の「保持時間は0.2刻みになるよう、元データのm/z値」「を丸め」ることが、本願補正発明の「前記第2の測定範囲(422)を少なくとも2つの時間変量区間(426)に分割」することに相当する。
　また、引用発明の「集約」された「データ点」について「加算集計」された「イオン強度の値」が、本願補正発明の「特性値」に相当する。
　さらに、本願補正発明においては、「それぞれの質量変量区間(424)について、前記時間変量の関数である抽出信号を選択」し、そして、「それぞれの時間変量区間(426)およびそれぞれの抽出信号について、少なくとも1つの特性値を選択する」のであるから、本願補正発明は、「それぞれの『質量変量区間(424)』および『時間変量区間(426)』について、少なくとも1つの特性値を選択する」ものであるといえる。
　よって、引用発明の「m/zは１刻みに、保持時間は0.2刻みになるよう、元データのm/z値および保持時間の値を丸め、同じ値を持つ(m/z、保持時間)のデータ点におけるイオン強度の値は加算集計して、処理時間の節約のためにデータ点を集約する」こと（ステップ）と、本願補正発明の「b)前記第1の測定範囲(420)を少なくとも2つの質量変量区間(420)に分割し、それぞれの質量変量区間(424)について、前記時間変量の関数である抽出信号を選択するステップと、　c)前記第2の測定範囲(422)を少なくとも2つの時間変量区間(426)に分割し、それぞれの時間変量区間(426)およびそれぞれの抽出信号について、少なくとも1つの特性値を選択するステップであって、それによって、それぞれの前記時間変量区間(426)およびそれぞれの前記質量変量区間(424)の関数として前記少なくとも1つの特性値を含む特性試料プロファイルが生成されるステップ」とは、「b)前記第1の測定範囲(420)を少なくとも2つの質量変量区間(420)に分割し、　c)前記第2の測定範囲(422)を少なくとも2つの時間変量区間(426)に分割し、それぞれの質量変量区間(424)および時間変量区間(426)について、少なくとも1つの特性値を選択するステップであって、それによって、それぞれの前記時間変量区間(426)およびそれぞれの前記質量変量区間(424)の関数として前記少なくとも1つの特性値を含む特性試料プロファイルが生成されるステップ」である点で共通する。
　
イ　一致点
　よって、本願補正発明と引用発明は、
「少なくとも1種の化合物を含む試料を特徴づける方法であって、
　前記試料は、生体試料又は環境試料であり、
　a)少なくとも1つの時間分解分離技法(214)および少なくとも1つの質量分解分離技法(216)を使用して前記試料を分析することによって、第1の3次元データセットを生成するステップであって、
　　・前記第1のデータセットが、第1の測定範囲(424)をとる質量変量および第2の測定範囲(422)をとる時間変量の関数として、少なくとも1つの信号Iを含む　ステップと、
　b)前記第1の測定範囲(420)を少なくとも2つの質量変量区間(420)に分割し、
　c)前記第2の測定範囲(422)を少なくとも2つの時間変量区間(426)に分割し、それぞれの質量変量区間(420)および時間変量区間(426)について、少なくとも1つの特性値を選択するステップであって、それによって、それぞれの前記時間変量区間(426)およびそれぞれの前記質量変量区間(424)の関数として前記少なくとも1つの特性値を含む特性試料プロファイルが生成されるステップと
　を含む方法。」の発明である点で一致し、次の点で相違する。
　
ウ　相違点
　「b)前記第1の測定範囲(420)を少なくとも2つの質量変量区間(420)に分割し、c)前記第2の測定範囲(422)を少なくとも2つの時間変量区間(426)に分割し、それぞれの質量変量区間(420)および時間変量区間(426)について、少なくとも1つの特性値を選択するステップ」における特性値の選択のしかたについて、本願補正発明においては、「それぞれの質量変量区間(424)について、前記時間変量の関数である抽出信号を選択するステップ」と「それぞれの時間変量区間(426)およびそれぞれの抽出信号について、少なくとも1つの特性値を選択するステップ」に分け、「それぞれの質量変量区間」についての信号の処理（例えば、その質量変量区間の全体にわたっての信号Ｉを加算して時間変量関数としての抽出信号を選択する処理）を先に行い、その後、「それぞれの時間変量区間」についての信号の処理（例えば、その質量変量区間の全体にわたっての上記の抽出信号を加算して特性値を選択する処理）を行うのに対して、引用発明においては、m/zを１刻みにして丸められた領域における処理（本願補正発明の「それぞれの質量変量区間についての信号の処理」に相当）と、保持時間を0.2刻みにして丸められた領域における処理（本願補正発明の「それぞれの時間変量区間についての信号の処理」に相当）の順序については特定されていない点。
　
（３）当審の判断
ア　上記の相違点について検討する。
　本願補正発明における「それぞれの質量変量区間(424)について、前記時間変量の関数である抽出信号を選択するステップ」と「それぞれの時間変量区間(426)およびそれぞれの抽出信号について、少なくとも1つの特性値を選択するステップ」及び引用発明の「元データのm/z値および保持時間の値を丸め、同じ値を持つ(m/z、保持時間)のデータ点におけるイオン強渡の値は加算集計」すること（ステップ）は、いずれも、すでに生成されている「３次元データ（セット）」に対する数学的処理である。
　そして、引用発明の加算集計処理を例にとって考察すると、一般に、ある関数ｆｉｊ（ｘｉ，ｙｊ）に対して、変数（ｘｉ，ｙｊ）が相互に独立である場合、双方の変数での加算処理について、
　ΣｉΣｊｆｉｊ（ｘｉ，ｙｊ）＝ΣｊΣｉｆｉｊ（ｘｉ，ｙｊ）
が成り立つことは、数学の公式としても知られていることである。
　したがって、引用発明において、変数を相互に独立の(m/z、保持時間)とする関数からなるイオン強度の値の加算集計について、m/z、保持時間のいずれの変数についての加算を先にしても、その結果に違いは生じず、どちらの変数についての計算から始めるかは、計算上の便宜に応じて当業者が設定し得る、単なる設計的事項にすぎにない。
　したがって、引用発明において、イオン強度の値の加算集計について、m/z（本願補正発明の「質量変量」）についての加算を先に行い、その後、保持時間（本願補正発明の「時間変量」）についての加算を行うこととして、上記相違点に係る本願補正発明の発明特定事項を得ることは、当業者が容易になし得たことである。
　
　なお、引用例１には、上記引用発明の特定において抽出しなかった箇所として、第３９ページ第１３〜１７行に、上記の加算集計に関し、
「具体的には、保持時間が約１刻みになるよう、シグナル強度が大きなものから順次、時間差１を最大限に近傍を探し、単調減少する範囲までを１つのシグナルとしてまとめられる範囲とした。またｍ／ｚは１刻みになるよう、元データのｍ／ｚ値の値を丸め、前述の時間範囲内でｍ／ｚが同じ値を持つデータ点は加算集計した。」
と記載されており、イオン強度の値の加算集計について、本願補正発明とは逆で、保持時間（本願補正発明の「時間変量」）についての加算を先に行い、その後、m/z（本願補正発明の「質量変量」）についての加算を行うことが記載されているようにも読めるが、仮に、引用発明において、この点を追加して特定したとしても、上記のように、
　ΣｉΣｊｆｉｊ（ｘｉ，ｙｊ）＝ΣｊΣｉｆｉｊ（ｘｉ，ｙｊ）
が成り立つことは、数学の公式としても知られていることであるから、保持時間（本願補正発明の「時間変量」）についての加算とm/z（本願補正発明の「質量変量」）についての加算の順序を変えることによって結果は変わらず、加算順序は単なる設計的事項であるといえることから、上記のように計算順序を変えて、上記相違点に係る本願補正発明の発明特定事項を得ることは、当業者が容易になし得たことであるといえる。
　
イ　本願補正発明の奏する作用効果
　そして、本願補正発明によってもたらされる効果は、引用発明から当業者が予測し得る程度のものである。
　
ウ　まとめ
　以上のとおり、本願補正発明は、引用発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
（４）補足（請求人の回答書における主張に対するコメント）
　請求人は、平成２５年７月２２日付けで提出した回答書において、
「これに対して、本願発明によるサンプルを特徴づける方法では、Ｘ軸とＹ軸は交換可能ではありません。第１のデータセット（Ｘ軸）はサンプルの質量変数特性を意味し、第２のデータセット（Ｙ軸）はサンプルの時間変数特性を意味しています。審判請求の理由においても述べたように、本願発明による方法は、生体サンプル或いは環境サンプルを特徴づけるために適用される物理的な方法であって、数学的な方法ではありません。本願発明の方法を実行するためには、ＧＣＭＳやＬＣＭＳと呼ばれるプロセスが用いられます（本願明細書段落[０００５][００６２]参照）。この目的のため、クロマトグラフィーを介してサンプルの成分を分離する時間分解分離手法が用いられます。各選択された時点の経過後、その時点までに得られる成分を質量固有の技法で分析します。ここで重要なことは、この種の物理的分析手法を逆にすることができないということであります。つまり、最初にそれぞれの質量によってサンプルの成分を分離し、その次に、例えばクロマトグラフィーによって、分離した成分について時間依存分析を実行するという方法を想起することができません。 
 　従って、本願発明による分析では、双方のデータセット、即ち３次元のデータセットのＸ軸及びＹ軸のデータを異なる方法で取得することができないということなります。上述の山脈状のデータに関する例とは対照的に、本願発明による方法では、質量分解された変数を意味するＸ軸と時間分解された変数を意味するＹ軸との間には対称性がありません。従って、まず、ステップｂ）に従ってＸ軸に沿って積分してから、或いはステップｃ）に従ってＹ軸に沿って積分してから、その後で別の軸に沿って（Ｘ軸の後でＹ軸、或いはＹ軸の後でＸ軸）積分するかどうかは適切な結果を得る上で非常に重要なことであります。２つの軸間で対称性を失った結果、積分演算の順序によって異なる結果が得られるということは数学的観点からも自明なことであります。一方、物理的な観点からは、ステップｃ）を実行するまではまずステップｂ）を実行することには意味があることであると考えます。」（回答書第７ページ下から第８行〜第８ページ第１８行）
と主張している。
　しかしながら、上記主張の前半部分の主張（本願発明の方法を実行に用いられるＧＣＭＳやＬＣＭＳと呼ばれるプロセスにおいて、クロマトグラフィーを介してサンプルの成分を分離する時間分解分離手法と、その後の、その時点までに得られる成分を分析する質量固有の技法の順序を逆にすることができない旨の主張）は、本願発明における３次元データセットを生成するまでのステップａ）の物理的分析に関することであり、この点は、引用発明においても「試料をLC-MSにより分析し、すなわち、試料をクロマトグラフィーの原理に従って分離又は分画し、その後、分離又は分画された試料に含まれる成分を質量分析の原理で測定し」と特定され、上記主張と同じ順序で行われているから、本願補正発明の特徴的部分ではない。したがって、上記の前半部分において主張した事項は、本願補正発明が発明の進歩性を有することを担保するものではない。
　そして、上記のステップａ）の物理的分析後に、当該物理的分析から生成したデータを数学的に解析するステップｂ）及びｃ）については、上記「（３）当審の判断」の「ア」でのべたように、技術常識（上記の数学の公式）から、その順序によって結果が変わらないことは明らかである。これに対して、上記主張の後半部分の主張における、「（Ｘ軸とＹ軸との間に）対称性がない」旨の主張は意味が不明であり、また、一般に、変数（ｘ，ｙ）が相互に独立であれば、変数（ｘ，ｙ）による２重積分の順序は入れ替え可能であることは技術常識（数学上の公式）であるといえることから、上記の「２つの軸間で対称性を失った結果、積分演算の順序によって異なる結果が得られるということは数学的観点からも自明なことであります」の主張部分については、上記の技術常識に反した主張であるといえる。
　すなわち、上記の請求人の主張は、技術的（数学的）観点から意味が不明であり、また、技術常識に反する主張であるから、採用することができない。
　
３　むすび
　したがって、本願補正発明は特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるということができないから、本件補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項で準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するものであり、同法第１５９条第１項で読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下されるべきものである。
　
 第３　本願発明について
１　本願発明
　本件補正は、上記のとおり却下されたので、本願の請求項１に係る発明（以下「本願発明」という。）は、平成２４年１月４日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定されるとおりのものである。（上記「第２　平成２４年９月２７日付けの手続補正についての補正の却下の決定」の「１　本件補正について」の記載参照。）
　
２　引用例
　原査定の拒絶の理由に引用された引用例の記載事項及び引用発明については、上記「第２　平成２４年９月２７日付けの手続補正についての補正の却下の決定」の「２　独立特許要件違反についての検討」の「（１）引用例」に記載したとおりである。
　
３　対比・判断
　上記「第２　平成２４年９月２７日付けの手続補正についての補正の却下の決定」の「１　本件補正について」に記載したように、本願発明の「試料」について、「生体試料又は環境試料」であることを特定して限定したものが本願補正発明である。
　そうすると、本願発明の発明特定事項をすべて含み、本願発明をさらに限定したものに相当する本願補正発明が、上記「第２　平成２４年９月２７日付けの手続補正についての補正の却下の決定」の「２　独立特許要件違反についての検討」の「（２）本願補正発明と引用発明との対比」及び「（３）当審の判断」において記載したとおり、引用発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本願発明も、同様に、引用発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
４　むすび
　以上のとおり、本願発明は、引用発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　したがって、その余の請求項に係る発明について論及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　
　よって、結論のとおり審決する。