【事件の表示】
　特願２００６−１１５０３１「質量分析データ解析方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１９年１１月　１日出願公開、特開２００７−２８７５３１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成１８年４月１８日の出願であって、平成２３年５月２６日付け及び平成２４年１月２３日付けで手続補正書が提出され、その後、同年９月２６日付けで平成２４年１月２３日付けの手続補正の補正の却下の決定がなされるとともに、同日付けで拒絶査定がなされた。これに対して、同年１２月２８日に拒絶査定に対する審判請求がなされるとともに、同時に手続補正がなされたものである。
　その後、平成２５年４月１１日付けで、審判請求人に前置報告の内容を示し意見を求めるための審尋を行ったところ、同年６月１７日付けで回答書が提出された。さらに、当審において、平成２５年１１月１１日付けで拒絶理由が通知され、平成２６年１月１０日付けで意見書が提出されるとともに、同日付けで手続補正書が提出された。
　
　
第２　本願発明について
１．本願発明
　本願の特許請求の範囲の請求項１に係る発明（以下「本願発明」という」）は、平成２６年１月１０日付けの手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される、以下のとおりのものである。
　
「未知物質に由来するプリカーサイオンをn-1（n≧2）段階に開裂させ、発生したフラグメントイオンを質量分析するMSｎ分析を行った結果に基づいて前記未知物質の構造を推測する質量分析データ解析方法であって、
 a) 前記MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと、ユーザより指定された既知物質であって、前記未知物質と分子構造的に全く異なる構成を除く既知物質について、該既知物質のMSｎ分析により得られたマススペクトル又は該既知物質の構造から前記MSｎ分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークが存在していた場合には、当該ピークを抽出するステップと、
 b) 該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、
 c) 前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップと、
を有することを特徴とする質量分析データ解析方法。」
　
２．引用刊行物
　当審で通知した拒絶の理由に引用され、本願の出願前に頒布された刊行物である、特開平８−１２４５１９号公報（以下「引用文献１」という。）には、以下の事項が記載されている。（下線は当審が付した。）
　
（ａ）「【０００１】
【産業上の利用分野】本発明は、ＭＳ／ＭＳ質量分析装置で得られたデータを解析するデータ処理装置に関する。なお、ＭＳ／ＭＳ質量分析装置は、主に薬品、食品等の分野において、微量成分分析のために液体及びガスクロマトグラフと併用して、或いは単独で、用いられる。」
　
（ｂ）「【０００６】
【課題を解決するための手段】上記課題を解決するために成された本発明に係るＭＳ／ＭＳ質量分析装置用データ処理装置は、第１質量フィルタ部で親イオンを選択し、開裂部でその親イオンを開裂し、開裂により生成した娘イオンの質量スペクトルを第２質量フィルタ部で採取するＭＳ／ＭＳ質量分析装置用のデータ処理装置であって、
a)各種質量のそれぞれに対応するイオン種の情報を格納したピークデータベースと、
b)開裂により脱離する可能性のある脱離基の質量と脱離基種の情報を格納した脱離基データベースと、
c)上記採取された質量スペクトルからピークを検出し、各ピークについてピーク質量と親イオンの質量とからそのピーク質量を減算した脱離質量を求めるピーク検出手段と、
d)各ピークについて、ピークデータベースを参照することによりそのピーク質量に対応するイオン種の候補を抽出するとともに、脱離基データベースを参照することによりその脱離質量に対応する脱離基の候補を抽出するピーク解析手段と、
e)各種娘イオンと脱離基とから親イオンを構築する際の規則を格納した構造構築規則データベースと、
f)構造構築規則データベースを参照することにより、親イオンの質量、ピーク解析手段による解析結果及び各ピークの高さに基づいて親イオンの候補を決定する親イオン推定手段と、を備えることを特徴とするものである。
【０００７】なお、第２質量フィルタ部で採取されるスペクトルを構成する娘イオンには、開裂部において開裂しなかった親イオン自身が含まれる場合もある。
【０００８】
【作用】ピーク検出手段は、第２質量フィルタ部で採取された質量スペクトルから所定の基準によりピークを検出し、検出された各ピークについて、ピーク質量ｍdと、親イオンの質量ｍpからそのピーク質量ｍdを減算した脱離質量ｍr（＝ｍp−ｍd）を求める。ピーク解析手段は、まず、ピーク質量ｍdをピークデータベースと照合することにより、そのピークに対応するイオン（娘イオン）の候補を抽出する。候補は１個である場合もあるし、複数となる場合もある。同様に、脱離質量ｍrを脱離基データベースと照合することにより、そのピークに対応する脱離基の候補（１個又は複数個）を抽出する。ピーク解析手段は検出された全てのピークについてこのような処理を行ない、娘イオン候補及び脱離基候補を抽出する。親イオン推定手段は、親イオンの質量、これらの娘イオン候補及び脱離基候補、及び各ピークの高さに基づき、構造構築規則データベースを参照することにより親イオンの候補を決定する。多数の娘イオン候補及び脱離基候補の中には、親イオンの質量から見て相互に共存し得ない組み合わせがあり、逆に、高い確率で離脱しやすい基と娘イオンの組み合わせが存在する。構造構築規則データベースにはこれらの情報が格納されており、親イオン推定手段は、蓋然性の高い順に親イオンの候補を決定する。
【０００９】
【実施例】
本発明の一実施例であるデータ処理装置を用いたＭＳ／ＭＳ質量分析装置の構造及び動作を図１により説明する。
イオン化された試料は抽出電極により引き出され、イオンレンズ１２により第１段四重極１３に導入される。
所定の質量数（ｍ／ｚ）ｍpを有するイオン（親イオン）のみが第１段四重極１３を通過して第２段四重極１５に入る。
【００１０】
第２段四重極１５は容器１４（開裂室）内に収納されており、この開裂室１４内には開裂ガスが導入される。第１段四重極１３を通過した親イオンは、この開裂室１４内で開裂ガスと衝突し、娘イオンと脱離基に分離する。
開裂室１４内では種々の質量の娘イオンが生成されるが、これら娘イオンは第２段四重極１５により第３段四重極１６に導入される。
【００１１】
第３段四重極１６では、第１段四重極１３と同様、第３RF/DC電圧印加部２６により印加されるＲＦ／ＤＣ重畳電圧に応じた質量ｍdの娘イオンのみを通過させる。第３段四重極１６を通過した娘イオンは検出器１７により検出され、
第３RF/DC電圧印加部２６に与える制御信号を順次変化させることにより、第３段四重極１６を通過する娘イオンの質量ｍdを走査する。
【００１２】制御部３０はＣＰＵ、ＲＯＭ、ＲＡＭを備えたコンピュータであり、そこには外部記憶装置３１、ディスプレイ３２等が接続されている。制御部３０は機能的には上記第１、第３ＱＰ制御部４１、４２の他、ピーク検出部４３、ピーク解析部４４及び親イオン推定部４５等により構成されている。また、外部記憶装置３１内には、ピークデータベース４６、脱離基データベース４７及び構造構築規則データベース４８が備えられている。
ピークデータベース４６は各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したものであり、
【００１３】
制御部３０が行なうデータ処理の手順を図３のフローチャートにより説明する。まず、ピーク検出部４３が検出器１７からの検出信号及び第３ＱＰ制御部４２からの走査信号（娘イオン質量ｍd）に基づいて質量スペクトルを作成し、所定の基準によりその中のピークを全て検出する（ステップＳ１）。
全てのピーク検出が終了すると、次に、検出した各ピークについて、その質量ｍdを検出する（ステップＳ２）。また、第３ＱＰ制御部４２の制御信号から得られる親イオンの質量ｍpからそのピーク質量ｍdを減算し、脱離質量ｍr（＝ｍp−ｍd）を算出する（ステップＳ３）。
【００１４】上記処理によりピーク検出部４３が全てのピークについてｍd及びｍrを検出した後（ステップＳ４）、
これらのデータがピーク解析部４４に渡される。ピーク解析部４４では、各ピークの娘イオン質量ｍdをピークデータベース４６のデータと照合することにより、その質量ｍdを有するイオン（ピークイオン候補）を全て抽出する（ステップＳ５）。また、脱離質量ｍrを脱離基データベース４７のデータと照合することにより、その質量ｍrを有する脱離基（脱離基候補）を全て抽出する（ステップＳ６）。
【００１５】こうしてピーク解析部４４が
全てのピークについてピークイオン候補及び脱離基候補を抽出した後、それらのデータは親イオン推定部４５に送られる。親イオン推定部４５は、質量スペクトルのデータとイオン候補及び脱離基候補のデータを基に、まず、質量ｍpとなり得る娘イオンと脱離基の組み合わせを作成する。
次に、可能な組み合わせの各々に対して構造構築規則データベース内の規則を参照することにより、そのような組み合わせの可能性を算出する。そして、質量スペクトルのピーク高さと照合することにより、蓋然性の高い順に親イオンの構造を推定する（ステップＳ７）。
　
（ｃ）「【図１】
【図２】
【図３】
 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 」
　
　上記引用文献１の記載事項から、引用文献１には、以下の発明（以下「引用発明」という。）が記載されている。
　
「イオン化された試料は抽出電極により引き出され、イオンレンズ１２により第１段四重極１３に導入され、所定の質量数（ｍ／ｚ）ｍpを有するイオン（親イオン）のみが第１段四重極１３を通過して第２段四重極１５に入り、第２段四重極１５は容器１４（開裂室）内に収納されており、この開裂室１４内には開裂ガスが導入され、第１段四重極１３を通過した親イオンは、この開裂室１４内で開裂ガスと衝突し、娘イオンと脱離基に分離し、開裂室１４内では種々の質量の娘イオンが生成され、これら娘イオンは第２段四重極１５により第３段四重極１６に導入され、第３段四重極１６では、第１段四重極１３と同様、第３RF/DC電圧印加部２６により印加されるＲＦ／ＤＣ重畳電圧に応じた質量ｍdの娘イオンのみを通過させ、第３段四重極１６を通過した娘イオンは検出器１７により検出され、第３RF/DC電圧印加部２６に与える制御信号を順次変化させることにより、第３段四重極１６を通過する娘イオンの質量ｍdを走査するＭＳ／ＭＳ質量分析装置用データ処理方法であって、
　ピーク検出部４３が検出器１７からの検出信号及び第３ＱＰ制御部４２からの走査信号（娘イオン質量ｍd）に基づいて質量スペクトルを作成し、所定の基準によりその中のピークを全て検出するステップＳ１、
　全てのピーク検出が終了すると、次に、検出した各ピークについて、その質量ｍdを検出するステップＳ２、
　第３ＱＰ制御部４２の制御信号から得られる親イオンの質量ｍpからそのピーク質量ｍdを減算し、脱離質量ｍr（＝ｍp−ｍd）を算出するステップＳ３、
　これらのデータがピーク解析部４４に渡され、ピーク解析部４４では、各ピークの娘イオン質量ｍdをピークデータベース４６の各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したデータと照合することにより、その質量ｍdを有するイオン（ピークイオン候補）を全て抽出するステップＳ５、
　脱離質量ｍrを脱離基データベース４７のデータと照合することにより、その質量ｍrを有する脱離基（脱離基候補）を全て抽出するステップＳ６、
　全てのピークについてピークイオン候補を抽出した後、それらのデータは親イオン推定部４５に送られ、親イオン推定部４５は、質量スペクトルのデータとイオン候補及び脱離基候補のデータを基に、まず、質量ｍpとなり得る娘イオンと脱離基の組み合わせを作成し、次に、可能な組み合わせの各々に対して構造構築規則データベース内の規則を参照することにより、そのような組み合わせの可能性を算出し、そして、質量スペクトルのピーク高さと照合することにより、蓋然性の高い順に親イオンの構造を推定するステップＳ７、
とを有するＭＳ／ＭＳ質量分析装置用データ処理方法。」
　
３．対比
（１）本願発明と引用発明との対比
（ａ）引用発明の「親イオン」、「娘イオン」が、それぞれ、本願発明の「プリカーサイオン」、「フラグメントイオン」に相当し、引用発明の「イオン化された試料は抽出電極により引き出され、イオンレンズ１２により第１段四重極１３に導入され、所定の質量数（ｍ／ｚ）ｍpを有するイオン（親イオン）のみが第１段四重極１３を通過して第２段四重極１５に入り、第２段四重極１５は容器１４（開裂室）内に収納されており、この開裂室１４内には開裂ガスが導入され、第１段四重極１３を通過した親イオンは、この開裂室１４内で開裂ガスと衝突し、娘イオンと脱離基に分離し、開裂室１４内では種々の質量の娘イオンが生成され、これら娘イオンは第２段四重極１５により第３段四重極１６に導入され、第３段四重極１６では、第１段四重極１３と同様、第３RF/DC電圧印加部２６により印加されるＲＦ／ＤＣ重畳電圧に応じた質量ｍdの娘イオンのみを通過させ、第３段四重極１６を通過した娘イオンは検出器１７により検出され、第３RF/DC電圧印加部２６に与える制御信号を順次変化させることにより、第３段四重極１６を通過する娘イオンの質量ｍdを走査するＭＳ／ＭＳ質量分析装置」が行う分析が、本願発明の「未知物質に由来するプリカーサイオンをn-1（n≧2）段階に開裂させ、発生したフラグメントイオンを質量分析するMSｎ分析」であることは、当業者には明らかである。
　また、引用発明では、最終的に「親イオンの構造を推定する」のであるから、引用発明の「イオン化された試料は抽出電極により引き出され、イオンレンズ１２により第１段四重極１３に導入され、所定の質量数（ｍ／ｚ）ｍpを有するイオン（親イオン）のみが第１段四重極１３を通過して第２段四重極１５に入り、第２段四重極１５は容器１４（開裂室）内に収納されており、この開裂室１４内には開裂ガスが導入され、第１段四重極１３を通過した親イオンは、この開裂室１４内で開裂ガスと衝突し、娘イオンと脱離基に分離し、開裂室１４内では種々の質量の娘イオンが生成され、これら娘イオンは第２段四重極１５により第３段四重極１６に導入され、第３段四重極１６では、第１段四重極１３と同様、第３RF/DC電圧印加部２６により印加されるＲＦ／ＤＣ重畳電圧に応じた質量ｍdの娘イオンのみを通過させ、第３段四重極１６を通過した娘イオンは検出器１７により検出され、第３RF/DC電圧印加部２６に与える制御信号を順次変化させることにより、第３段四重極１６を通過する娘イオンの質量ｍdを走査するＭＳ／ＭＳ質量分析装置用データ処理方法」は、本願発明の「未知物質に由来するプリカーサイオンをn-1（n≧2）段階に開裂させ、発生したフラグメントイオンを質量分析するMSｎ分析を行った結果に基づいて前記未知物質の構造を推測する質量分析データ解析方法」に相当する。
　
（ｂ）引用発明の「ピーク検出部４３が検出器１７からの検出信号及び第３ＱＰ制御部４２からの走査信号（娘イオン質量ｍd）に基づいて」「作成し」た「質量スペクトル」が、本願発明の「前記MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトル」に相当し、引用発明の「ピークデータベース４６」が「各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したデータ」として有する「イオン」は既知物質であり、「各種質量」はＭＳ／ＭＳ分析により得られたデータであることは当業者には自明であるから、引用発明の「各ピークの娘イオン質量ｍdをピークデータベース４６の各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したデータと照合すること」と、本願発明の「前記MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと、ユーザより指定された既知物質であって、前記未知物質と分子構造的に全く異なる構成を除く既知物質について、該既知物質のMSｎ分析により得られたマススペクトル又は該既知物質の構造から前記MSｎ分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルとを比較」することは、「 前記MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと、既知物質のMSｎ分析により得られたデータとを比較」することで一致する。
　
　また、本願発明の「両者に共通に存在するフラグメントイオンピークが存在していた場合には、当該ピークを抽出するステップと、b) 該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、c) 前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップ」について、本願の発明の詳細な説明の段落【００２８】の「ステップＳ１９において共通するピークが発見された場合には、該フラグメントイオンピークに対応する既知物質の部分構造が未知物質にも含まれていると推定することができる。」、段落【００３０】の「上記ステップＳ１９において共通するピークが存在していた場合には、中央制御部１１は該共通ピークに対応する既知物質の部分構造の情報を参照データ記憶部１５から読み出して解析処理部１３に転送する（ステップＳ２０）。」を参照すれば、実質的には、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークが存在していた場合には、該フラグメントイオンピークに対応する既知物質の部分構造が未知物質にも含まれていると推定することができ、中央制御部１１は該共通ピークに対応する既知物質の部分構造の情報を参照データ記憶部１５から読み出して解析処理部１３に転送するという処理を行うことであるから、引用発明の「その質量ｍdを有するイオン（ピークイオン候補）を全て抽出するステップＳ５、」「全てのピークについてピークイオン候補を抽出した後、それらのデータは親イオン推定部４５に送られ」ること「を有する」ことは、本願発明の「両者に共通に存在するフラグメントイオンピークが存在していた場合には、当該ピークを抽出するステップと、b) 該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、c) 前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップと、を有すること」に相当するといえる。
　
　してみると、引用発明の
「ピーク検出部４３が検出器１７からの検出信号及び第３ＱＰ制御部４２からの走査信号（娘イオン質量ｍd）に基づいて質量スペクトルを作成し、所定の基準によりその中のピークを全て検出するステップＳ１、
　全てのピーク検出が終了すると、次に、検出した各ピークについて、その質量ｍdを検出するステップＳ２、」
「これらのデータがピーク解析部４４に渡され、ピーク解析部４４では、各ピークの娘イオン質量ｍdをピークデータベース４６の各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したデータと照合することにより、その質量ｍdを有するイオン（ピークイオン候補）を全て抽出するステップＳ５、」
「全てのピークについてピークイオン候補を抽出した後、それらのデータは親イオン推定部４５に送られ」ること「を有する」ことと、本願発明の
「a) 前記MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと、ユーザより指定された既知物質であって、前記未知物質と分子構造的に全く異なる構成を除く既知物質について、該既知物質のMSｎ分析により得られたマススペクトル又は該既知物質の構造から前記MSｎ分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトルとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークが存在していた場合には、当該ピークを抽出するステップと、
 b) 該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、
 c) 前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップと、を有すること」とは、
「a) 前記MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと、既知物質のMSｎ分析により得られたデータとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークが存在していた場合には、当該ピークを抽出するステップと、
 b) 該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、
 c) 前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップと、を有すること」
で一致する。
　
（２）一致点
　してみると両者は、
「未知物質に由来するプリカーサイオンをn-1（n≧2）段階に開裂させ、発生したフラグメントイオンを質量分析するMSｎ分析を行った結果に基づいて前記未知物質の構造を推測する質量分析データ解析方法であって、
 a) 前記MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと、既知物質のMSｎ分析により得られたデータとを比較し、両者に共通に存在するフラグメントイオンピークが存在していた場合には、当該ピークを抽出するステップと、
 b) 該共通するフラグメントイオンピークに対応する前記既知物質の部分構造を特定するステップと、
 c) 前記部分構造を前記未知物質の部分構造として決定するステップと、
を有することを特徴とする質量分析データ解析方法。」
で一致し、次の点で相違する。
　
（３）相違点
　MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと比較するデータについて、本願発明では、「ユーザより指定された既知物質であって、前記未知物質と分子構造的に全く異なる構成を除く既知物質について、該既知物質のMSｎ分析により得られたマススペクトル又は該既知物質の構造から前記MSｎ分析を行った場合に得られると推定されるマススペクトル」であるのに対して、引用発明では、「ピークデータベース４６の各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したデータ」である点。
　
（４）判断
　上記相違点について検討する。
　まず、本願発明の「前記未知物質と分子構造的に全く異なる構成を除く既知物質」という発明特定事項について、本願の出願当初の明細書、特許請求の範囲又は図面に記載されていないところ、当該明細書段落【００２５】に記載されるような、未知物質に類似した既知物質を意味すると解して、以下検討する。
　MSｎ分析を行った結果に基づいて前記未知物質の構造を推測する質量分析データ解析方法において、未知物質のマススペクトルと、データベース中の既知物質のマススペクトルとを比較することは、例を挙げるまでもなく周知技術である。
　また、データベース中のデータと比較する際に、データベース中の全データと比較することに対して、何らかの条件によってデータベース中の一部をデータを指定して、その一部のデータと比較することにすれば、比較対象のデータが減少して比較が容易になり、かつ、比較結果のノイズを減らすことができて比較の精度が向上することは、データベースの利用一般において、普通に知られている技術常識であるから、未知物質のマススペクトルと、データベース中のマススペクトルとを比較する際にも、何らかの条件によってデータベース中の一部をデータを指定して、その一部のデータと比較することは、当業者が適宜なし得ることである。そして、データベース中の一部をデータをどのように指定するかについて、未知物質について、MSｎ分析を行った結果以外に何らかの情報があれば、その情報に基づいて、ユーザー（分析者）が自らの知識・経験などにより指定すること、また、未知物質に類似すると思われる既知物質を指定することは、当業者が容易になし得ることである。
　
　すると、MSｎ分析により得られた未知物質のマススペクトルと比較するデータとして、引用発明の「ピークデータベース４６の各種質量とその質量を有するイオン種を対照表として格納したデータ」に換えて、ユーザより指定された既知物質であって、未知物質に類似した既知物質のマススペクトルとして、上記相違点に係る本願発明の発明特定事項を得ることは当業者が容易に想到し得ることである。
　
　そして、本願発明が奏し得る効果は、引用発明、周知技術及び技術常識に基いて当業者が容易に想到し得るものであって格別なものではない。
　
　したがって、本願発明は、引用発明、周知技術及び技術常識に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　
第３　むすび
　以上のとおり、本願発明は特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、本願の他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶されるべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。