【手続補正書】
【提出日】平成27年9月25日(2015.9.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５６】
【表１１−２】
2014530011.tif 000001
本発明の具体的な実施態様をいくつか例示的に以下に列挙する。
（１）核酸を含む試料中のＳＴＥＣ細菌の存在を検出する方法であって、
（ａ）配列番号６８８の少なくとも一部の増幅および検出のための第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブのそれぞれは、５’末端および３’末端を含み；前記第１のプライマーは、配列番号１４５の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含み；前記プローブは、配列番号１６０の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む、前記ステップと、
（ｂ）工程（ａ）の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のＰＣＲ増幅を実施するステップと、
（ｃ）工程（ｂ）の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
（２）第２のプライマーが、配列番号１９１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む核酸配列を含む、（１）に記載の方法。
（３）第１のプライマーが、配列番号１４６〜１５９からなる群から選択される配列を含み、第２のプライマーが、配列番号１９２〜２０５からなる群から選択される配列を含み、プローブが、配列番号１６１〜１７５からなる群から選択される配列を含む、（２）に記載の方法。
（４）プローブの３’末端が第１のプライマーの５’末端に直接または間接的に結合しており、プライマー−プローブ複合体を形成し、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能に標識されている、（１）〜（３）のいずれかに記載の方法。
（５）前記反応混合物が、配列番号１７６の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドをさらに含む、（４）に記載の方法。
（６）核酸を含む試料中のＳＴＥＣ細菌の存在を検出する方法であって、
（ａ）配列番号６８６の少なくとも一部の増幅および検出のための第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブのそれぞれは、５’末端および３’末端を含み；前記第１のプライマーおよびプローブは：
（Ｉ）配列番号１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号１６の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ；
（ＩＩ）配列番号１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号４９の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ；ならびに
（ＩＩＩ）配列番号５５またはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号５６またはそれと相補的な配列を含むプローブ；
からなる群から選択される、前記ステップと、
（ｂ）工程（ａ）の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のＰＣＲ増幅を実施するステップと、
（ｃ）工程（ｂ）の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
（７）第２のプライマーが、配列番号５８の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むか、または配列番号７３を含む核酸配列を含む、（６）に記載の方法。
（８）第１のプライマーが、配列番号２〜１５、４８からなる群から選択される配列を含み；第２のプライマーが、配列番号５９〜７２からなる群から選択される配列を含み；前記プローブは、配列番号１７〜３０、４９〜５２からなる群から選択される配列を含む。（７）に記載の方法。
（９）プローブの前記３’末端が第１のプライマーの前記５’末端に直接または間接的に結合しており、プライマー−プローブ複合体を形成し、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能に標識されている、（６）〜（８）のいずれか一項に記載の方法。
（１０）反応混合物が、配列番号５３、５４、もしくは５７を含むか、または配列番号３１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドをさらに含む、（９）に記載の方法。
（１１）核酸を含む試料中のＳＴＥＣ細菌の存在を検出する方法であって、
（ａ）配列番号６８７の少なくとも一部の増幅および検出のための第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブのそれぞれは、５’末端および３’末端を含み；前記第１のプライマーおよびプローブは：
（Ｉ）配列番号７４の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号８９の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ；
（ＩＩ）配列番号１２０またはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号１２１もしくは１２２またはそれと相補的な配列を含むプローブ；ならびに
（ＩＩＩ）配列番号１２５またはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号１２６またはそれと相補的な配列を含むプローブ
からなる群から選択される、前記ステップと、
（ｂ）工程（ａ）の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のＰＣＲ増幅を実施するステップと、
（ｃ）工程（ｂ）の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
（１２）前記第２のプライマーが、配列番号１２８の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むか、または配列番号１４３もしくは１４４を含む核酸配列を含む、（１１）に記載の方法。
（１３）第１のプライマーが、配列番号７５〜８８からなる群から選択される配列を含み；第２のプライマーが、配列番号１２９〜１４４からなる群から選択される配列を含み；前記プローブが、配列番号９０〜１０４からなる群から選択される配列を含む、（１２）に記載の方法。
（１４）プローブの前記３’末端が第１のプライマーの前記５’末端に直接または間接的に結合しており、プライマー−プローブ複合体を形成し、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能に標識されている、（１１）〜（１３）のいずれか一項に記載の方法。
（１５）反応混合物が、配列番号１２３、１２４、もしくは１２７を含むか、または配列番号１０５の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドをさらに含む、（１４）に記載の方法。
（１６）試料が食物試料または水試料を含む、請求項１、６、または１１のいずれか一項に記載の方法。
（１７）プライマー−プローブ複合体を含むポリヌクレオチドであって、前記プライマープローブ複合体は：
（Ａ）配列番号１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプライマー領域および配列番号１６の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域；
（Ｂ）配列番号４８を含むプライマー領域および配列番号４９〜５２からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域；
（Ｃ）配列番号５５を含むプライマー領域および配列番号５６を含むプローブ領域；
（Ｄ）配列番号７４の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号８９の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域；
（Ｅ）配列番号１２０を含むプライマー領域および配列番号１２１〜１２２からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域；
（Ｆ）配列番号１２５を含むプライマー領域および配列番号１２６を含むプローブ領域；ならびに
（Ｇ）配列番号１４５の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号１６０の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域
を含み；
前記プローブ領域および前記プライマー領域はそれぞれ、５’および３’末端を有し、前記プローブ領域の前記３’末端は、前記プライマー領域の前記５’末端にリンカー部分を介して結合しており、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能な標識をさらに含む、前記ポリヌクレオチド。
（１８）（１７）に記載のポリヌクレオチドを含む、試料中のＳＴＥＣ細菌の検出のためのキット。
（１９）（１８）に記載の複製組成物を含む試薬錠剤。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸を含む試料中のＳＴＥＣ細菌の存在を検出する方法であって、
（ａ）配列番号６８８の少なくとも一部の増幅および検出のための第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブのそれぞれは、５’末端および３’末端を含み；前記第１のプライマーは、配列番号１４５の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含み；前記プローブは、配列番号１６０の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む、前記ステップと、
（ｂ）工程（ａ）の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のＰＣＲ増幅を実施するステップと、
（ｃ）工程（ｂ）の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
【請求項２】
核酸を含む試料中のＳＴＥＣ細菌の存在を検出する方法であって、
（ａ）配列番号６８６の少なくとも一部の増幅および検出のための第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブのそれぞれは、５’末端および３’末端を含み；前記第１のプライマーおよびプローブは：
（Ｉ）配列番号１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号１６の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ；
（ＩＩ）配列番号１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号４９の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ；ならびに
（ＩＩＩ）配列番号５５またはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号５６またはそれと相補的な配列を含むプローブ；
からなる群から選択される、前記ステップと、
（ｂ）工程（ａ）の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のＰＣＲ増幅を実施するステップと、
（ｃ）工程（ｂ）の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
【請求項３】
核酸を含む試料中のＳＴＥＣ細菌の存在を検出する方法であって、
（ａ）配列番号６８７の少なくとも一部の増幅および検出のための第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブを含む反応混合物を提供するステップであって、前記第１のプライマー、第２のプライマー、およびプローブのそれぞれは、５’末端および３’末端を含み；前記第１のプライマーおよびプローブは：
（Ｉ）配列番号７４の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号８９の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドまたはそれと相補的な配列を含むプローブ；
（ＩＩ）配列番号１２０またはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号１２１もしくは１２２またはそれと相補的な配列を含むプローブ；ならびに
（ＩＩＩ）配列番号１２５またはそれと相補的な配列を含む第１のプライマーおよび配列番号１２６またはそれと相補的な配列を含むプローブ
からなる群から選択される、前記ステップと、
（ｂ）工程（ａ）の前記反応混合物を使用して前記試料の前記核酸のＰＣＲ増幅を実施するステップと、
（ｃ）工程（ｂ）の前記増幅を検出するステップと
を含む前記方法。
【請求項４】
プライマー−プローブ複合体を含むポリヌクレオチドであって、前記プライマープローブ複合体は：
（Ａ）配列番号１の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプライマー領域および配列番号１６の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域；
（Ｂ）配列番号４８を含むプライマー領域および配列番号４９〜５２からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域；
（Ｃ）配列番号５５を含むプライマー領域および配列番号５６を含むプローブ領域；
（Ｄ）配列番号７４の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号８９の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域；
（Ｅ）配列番号１２０を含むプライマー領域および配列番号１２１〜１２２からなる群から選択される核酸配列を含むプローブ領域；
（Ｆ）配列番号１２５を含むプライマー領域および配列番号１２６を含むプローブ領域；ならびに
（Ｇ）配列番号１４５の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプライマー領域および配列番号１６０の少なくとも１５個の連続ヌクレオチドを含むプローブ領域
を含み；
前記プローブ領域および前記プライマー領域はそれぞれ、５’および３’末端を有し、前記プローブ領域の前記３’末端は、前記プライマー領域の前記５’末端にリンカー部分を介して結合しており、前記プライマー−プローブ複合体は、検出可能な標識をさらに含む、前記ポリヌクレオチド。