【手続補正書】
【提出日】平成27年4月10日(2015.4.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
各熱サイクル反応が、１つ又はそれよりも多くの検出ステップを含み、かつ熱サイクル反応が、複数のリアクタにおいて実施される複数の熱サイクル反応を同時に実施するためのプロトコルを調節するために１つ又はそれよりも多くのコンピュータプロセッサ上に実施される方法であって、
前記複数のリアクタの各々に対して検出サイクル時間を決定する又は与える又はアクセスする段階と、
プロトコルのプロトコルステップを受け入れる又はアクセスする段階であって、このプロトコルステップはステップ持続時間に関連付けられ、さらに、このプロトコルステップは、検出がこのステップ中に起こる時間を含む、前記プロトコルステップを受け入れる又はアクセスする段階と、
前記ステップ持続時間が前記検出サイクル時間の倍数であるように前記ステップに対する第１の調節を決定する段階と、
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記ステップに対する第２の調節を決定する段階を更に含み、
前記検出のための時間は、前記ステップが前記第１の調節及び前記第２の調節によって調節された時に前記検出サイクル時間の倍数である、
ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記プロトコルに関連付けられた反応チャンバの位置に基づいて開始オフセット調節を決定する段階を更に含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記検出サイクル時間は、検出器ヘッドがリアクタに対して所定の複数の検出を実施するのに必要な時間の量を含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記検出サイクル時間は、複数のリアクタの各々への前記検出器ヘッドの移動及び開始位置への該検出器ヘッドの移動に必要な時間を更に含むことを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記プロトコルは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プロトコルを含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記プロトコルを開始する段階を更に含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項８】
持続性コンピュータ可読媒体であって、
命令、
を含み、
前記命令は、１つ又はそれよりも多くのプロセッサをして、以下の方法、すなわち、
検出サイクル時間を決定する又は与える又はそれにアクセスする段階と、
プロトコルのプロトコルステップを受け入れる又はアクセスする段階であって、このプロトコルステップはステップ持続時間に関連付けられ、さらに、このプロトコルステップは検出がこのステップ中に起こる時間を含む、前記プロトコルステップを受け入れる又はそれにアクセスする段階と、
前記ステップ持続時間が前記検出サイクル時間の倍数であるように前記ステップに対する第１の調節を決定する段階と、
を実施させるように構成される、
ことを特徴とする持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項９】
前記プロトコルステップは、複数のプロトコルからのプロトコルに関連付けられ、該複数のプロトコルの各々が、複数の熱サイクル反応のうちの少なくとも１つに関連付けられ、
各熱サイクル反応が、１つ又はそれよりも多くの検出ステップを含み、
前記第１の調節を決定する段階は、前記複数のプロトコルのうちの少なくとも２つ又はそれよりも多くの前記熱サイクル反応に該複数のプロトコルのうちの該２つ又はそれよりも多くが同時に実行される時に関連付けられる１つ又はそれよりも多くの検出ステップのタイミングに少なくとも一部基づいている、
ことを特徴とする請求項８に記載の持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項１０】
前記方法は、前記ステップに対する第２の調節を決定する段階を更に含み、
前記検出のための時間は、前記ステップが前記第１の調節及び前記第２の調節によって調節された時に前記検出サイクル時間の倍数である、
ことを特徴とする請求項８に記載の持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項１１】
前記方法は、前記プロトコルに関連付けられた反応チャンバの位置に基づいて開始オフセット調節を決定する段階を更に含むことを特徴とする請求項８に記載の持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項１２】
前記検出サイクル時間は、検出器ヘッドが反応チャンバに対して所定の複数の検出を実施するのに必要な時間の量を含むことを特徴とする請求項８に記載の持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項１３】
前記検出サイクル時間は、複数の反応チャンバ検出位置の各々への前記検出器ヘッドの移動及び開始位置への該検出器ヘッドの移動に必要な時間を更に含むことを特徴とする請求項１２に記載の持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項１４】
前記プロトコルは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プロトコルを含むことを特徴とする請求項８に記載の持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項１５】
前記方法は、前記プロトコルを開始する段階を更に含むことを特徴とする請求項８に記載の持続性コンピュータ可読媒体。
【請求項１６】
検出効率を最適化するために複数の反応チャンバに対してプロトコルを調節するためのシステムであって、
検出サイクル時間を決定する又は与える又はそれにアクセスする段階と、
プロトコルのプロトコルステップを受け入れる又はアクセスする段階であって、このプロトコルステップはステップ持続時間に関連付けられ、さらに、このプロトコルステップは検出がこのステップ中に起こる時間を含む、前記プロトコルステップを受け入れる又はそれにアクセスする段階と、
前記ステップ持続時間が前記検出サイクル時間の倍数であるように前記ステップに対する第１の調節を決定する段階と、
を実施するように構成されたプロセッサ、
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項１７】
前記プロトコルステップは、複数のプロトコルからのプロトコルに関連付けられ、該複数のプロトコルの各々が、複数の熱サイクル反応のうちの少なくとも１つに関連付けられ、
各熱サイクル反応が、１つ又はそれよりも多くの検出ステップを含み、
前記第１の調節を決定する段階は、前記複数のプロトコルのうちの少なくとも２つ又はそれよりも多くの前記熱サイクル反応に該複数のプロトコルのうちの該２つ又はそれよりも多くが同時に実行される時に関連付けられる１つ又はそれよりも多くの検出ステップのタイミングに少なくとも一部基づいている、
ことを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項１８】
前記プロセッサは、前記ステップに対する第２の調節を決定するように更に構成され、
前記検出のための時間は、前記ステップが前記第１の調節及び前記第２の調節によって調節された時に前記検出サイクル時間の倍数である、
ことを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項１９】
前記プロセッサは、前記プロトコルに関連付けられた反応チャンバの位置に基づいて開始オフセット調節を決定するように更に構成されることを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項２０】
前記検出サイクル時間は、検出器ヘッドが反応チャンバに対して所定の複数の検出を実施するのに必要な時間の量を含むことを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項２１】
前記検出サイクル時間は、複数の反応チャンバ検出位置の各々への前記検出器ヘッドの移動及び開始位置への該検出器ヘッドの移動に必要な時間を更に含むことを特徴とする請求項２０に記載のシステム。
【請求項２２】
前記プロトコルは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プロトコルを含むことを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項２３】
前記プロセッサは、前記プロトコルを開始するように更に構成されることを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項２４】
複数のＰＣＲ反応チャンバ内でリアルタイムＰＣＲを同時に実施する方法であって、
（ａ）検出器アセンブリに対して、それが少なくとも１つの検出可能な信号に関して前記複数のＰＣＲ反応チャンバの各々を走査し、かつ該走査を繰り返すための待機状態になることができる走査サイクルを実施するのに十分な走査時間を与える段階と、
（ｂ）少なくとも１つの加熱ステップと、少なくとも１つの冷却ステップと、前記検出器アセンブリが少なくとも１つの検出可能な信号に関して前記反応チャンバを走査することになる読取サイクル期間を含む少なくとも１つの温度プラトーとを各サイクルが含む複数のサイクルを含む該ＰＣＲ反応チャンバの各々に対する反応プロトコルを与える段階と、
（ｃ）プロセッサを使用して、その反応チャンバに対する前記サイクル時間が前記走査時間と同じか又はその整数倍数であるか否かを決定し、そうでない場合には、該サイクル時間が該走査時間と同じか又はその整数倍数であるように該サイクル時間を調節する段階と、
（ｄ）各反応プロトコルに対する前記サイクル時間が前記走査時間と同じか又はその整数倍数であるように前記複数のＰＣＲ反応チャンバの各々に対して該反応プロトコルのための少なくとも段階（ｂ）及び（ｃ）を実施する段階と、
（ｅ）プロセッサの指示の下で、前記検出器アセンブリを用いて複数の走査サイクルを実施する段階を含め、前記反応チャンバの各々に対する前記反応プロトコルを使用して該反応チャンバの各々に対してリアルタイムＰＣＲを実施し、各ＰＣＲ反応チャンバが、その反応チャンバに対する各読取サイクル期間中に該検出器アセンブリによって走査される段階と、
含むことを特徴とする方法。
【請求項２５】
前記反応チャンバのうちの少なくとも１つに対して前記反応プロトコルの前記サイクル時間を調節する段を更に含むことを特徴とする請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも１つの前記反応プロトコルは、別の該反応プロトコルとは異なることを特徴とする請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
１つの反応プロトコルにおける少なくとも１つのサイクル時間が、別の反応プロトコルにおける該サイクル時間とは異なることを特徴とする請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記第１の調節は、前記プロトコルステップのサブステップの持続時間を長くさせ又は短くさせるようなサイクル内調節であることを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項２９】
さらに、前記プロトコルの前記プロトコルステップの間の前記時間を長くさせ又は短くさせるようなサイクル内調節を決定することを備えていることを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項３０】
反応チャンバの前記サイクル時間を調節することは、前記サイクルにおいて、少なくとも１つの加熱ステップ、少なくとも１つの冷却ステップ、又は少なくとも１つの温度プラトー、の前記持続時間を長くさせ又は短くさせることを含むことを特徴とする請求項２４に記載のシステム。