【手続補正書】
【提出日】平成27年1月13日(2015.1.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象由来の試料において結腸ガンを診断するおよび／または結腸ガン試料を分類する方法であって、前記方法が：
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも２つの表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること；および
前記少なくとも２つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、
（イ）結腸ガンの診断を示す対照閾値と比較すること；を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルもしくはそれから導出される判定スコアが、結腸ガンの診断を示し、それにより対象由来の試料において結腸ガンを診断するか、または、
（ロ）既知の分類を示す対照閾値と比較すること；を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルもしくはそれから導出される判定スコアが、前記結腸ガン試料の分類を可能にする、
方法。
【請求項２】
前記対照閾値が、１つまたは複数の既知の結腸ガン試料中の、表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み、ここで既知の結腸ガン群と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、結腸ガンの診断を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記結腸ガン試料がステージI、ステージII、ステージIIIおよびステージIVとして分類される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記分類された結腸ガンに対して効果的である治療計画を選択することをさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
結腸ガンの治療に対する応答を予測する方法であって、前記方法が：
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも２つの表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること；および
前記少なくとも２つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、治療に対する既知の応答を示す対照閾値と比較すること；を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、治療に対する同様の応答を示し、それにより治療に対する応答を予測する、方法。
【請求項６】
前記対照閾値が、治療に対する既知の応答を有する１つまたは複数の結腸ガン試料中の、表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み、ここで治療に対する既知の応答を有する１つまたは複数の結腸ガン試料と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、治療に対する同様の応答を示し、それにより治療に対する応答を予測する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記治療が外科的切除、化学療法および／または放射線療法である、請求項４〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
結腸ガンを有する対象の長期生存を予測する方法であって、前記方法が：
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも２つの表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること；および
前記少なくとも２つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、長期生存の前歴を有することを示す対照閾値と比較すること；を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象の長期生存を示し、それにより対象の長期生存を予測する、方法。
【請求項９】
前記対照閾値が、長期生存の前歴を有する１または複数の対象由来の１つまたは複数の結腸ガン試料中の、表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み；ここで長期生存の前歴を有する１または複数の対象由来の１つまたは複数の結腸ガン試料と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象の長期生存を示し、それにより対象の長期生存を予測する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
長期生存が少なくとも５年の生存を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
対象において結腸ガンの再発を予測する方法であって、前記方法が：
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも２つの表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること；および
前記少なくとも２つの結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベル、またはそれから導出される判定スコアを、再発の前歴を示す対照閾値と比較すること；を含み、ここで前記閾値の同じ側の、前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象における再発を示す、方法。
【請求項１２】
前記対照閾値が、再発の前歴を有する１つまたは複数の結腸ガン試料中の、表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子からの対応する転写産物から導出される閾値を含み、ここで再発の前歴が既知である１つまたは複数の結腸ガン試料と、前記閾値の同じ側の前記発現レベルまたはそれから導出される判定スコアが、前記対象における再発を示す、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
対象のための、個別化された結腸ガンのゲノミクスプロファイルを作製する方法であって：
対象由来の核酸を含む試料において、少なくとも２つの表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出すること；および
遺伝子発現解析により得たデータを要約した報告書を作成すること；を含む、方法。
【請求項１４】
前記対象由来の核酸が、前記対象由来の結腸直腸組織の試料から抽出したＲＮＡおよび／または該ＲＮＡから転写されたｃＤＮＡを含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記発現レベルが、１つまたは複数の対照遺伝子に対して正規化される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記発現レベルが、ＰＣＲおよび／またはマイクロアレイベースの方法により測定される、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記少なくとも２つの表６に記載される結腸ガンに関連する核酸分子の発現レベルを検出することが、ＭＵＭ１およびＳＩＧＭＡＲ１転写産物の発現レベル、ＭＵＭ１、ＳＩＧＭＡＲ１、ＡＲＳＤ、ＳＵＬＴ１Ｃ２およびＰＰＦＩＢＰ１転写産物の発現レベル、ＡＲＳＤ、ＣＸＣＬ９、ＰＣＬＯ、ＳＬＣ２Ａ３、ＦＣＧＢＰ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ２Ａ３、およびＢＣＬ９Ｌ転写産物ならびにＭＵＣ３Ａ、ＯＬＦＭ４、およびＲＮＦ３９転写産物のアンチセンス配列の発現レベル、表１に記載される転写産物の発現レベル、または表２に記載される転写産物の発現レベルを検出することを含む、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
結腸ガンの遺伝子発現シグネチャーを検出するための核酸プローブであって、配列番号１〜６３６に記載の核酸配列またはその相補配列うちの１つと特異的にハイブリダイズ可能な、２０〜４０ヌクレオチド長の核酸分子を含むかまたは前記核酸分子から実質的に成る、プローブ。
【請求項１９】
前記プローブが標識されており、例えば放射性標識、蛍光標識、ビオチン標識、酵素的標識、または化学的標識で標識されている、請求項１８に記載の核酸プローブ。
【請求項２０】
結腸ガンの遺伝子発現シグネチャーを検出するためのプローブのセットであって、請求項１８または１９に記載の２つ以上プローブを含む、プローブのセット。
【請求項２１】
前記セットが、前記表６に記載される転写産物の各々に相補的な、少なくとも１つのプローブを含む、請求項２０に記載のプローブのセット。
【請求項２２】
結腸ガンの遺伝子発現シグネチャーを検出するためのデバイスであって、請求項２０に記載のプローブのセットを含む核酸アレイを含む、デバイス。
【請求項２３】
結腸ガン核酸の遺伝子発現シグネチャーを増幅するためのプライマー対であって、前記プライマー対が：
配列番号１〜６３６に記載の核酸配列またはその相補配列のうちのいずれか１つと特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む、１５〜４０ヌクレオチド長のフォワードプライマー；および
配列番号１〜６３６に記載の核酸配列またはその相補配列のうちのいずれか１つと特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む、１５〜４０ヌクレオチド長のリバースプライマー；を含み、
ここで前記プライマーのセットが前記核酸の増幅を誘導することが出来る、プライマー対。
【請求項２４】
結腸ガン核酸の遺伝子発現シグネチャーを増幅するためのプライマー対のセットであって、配列番号１〜６３６に記載の核酸配列のうちのいずれか１つの増幅における使用に好適な、少なくとも２つのプライマー対を含む、プライマー対のセット。
【請求項２５】
結腸ガンの予後を示す遺伝子発現プロファイルを作成する方法であって、前記方法が：
結腸ガン検体から単離されたＲＮＡを含む試料中、１０００未満の転写産物の発現レベルを検出することを含み、ここで少なくとも５０の表６に記載される転写産物が検出される、方法。
【請求項２６】
前記表６に記載される転写産物の発現レベルまたはそれから導出される判定スコアを、高リスクおよび低リスク患者集団の、対応するレベルまたはスコアに対して点数化することをさらに含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記患者が高リスク群であると判断された場合、アジュバント化学療法を選択することをさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
結腸ガンの予後診断方法であって、前記方法が：
単離したＲＮＡを含む、結腸ガン検体の遺伝子発現プロファイルを作製すること；および
少なくとも５０の表６に記載される転写産物の発現レベルまたはそれから導出される判定スコアに基づいて検体を低リスクまたは高リスク群に分類すること；
を含む方法。
【請求項２９】
表６に記載されるすべての転写産物の前記発現レベルが、前記検体を分類するために使用される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記患者が高リスク群であると判断された場合、アジュバント化学療法を選択することをさらに含む、請求項２８に記載の方法。