(57)【要約】      （修正有）【課題】リシルオキシダーゼ様２のアッセイおよびその使用の方法を提供する。【解決手段】疾患または状態に対する処置を受けている個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップおよび、該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップを含み、ＬＯＸＬ２の検出レベルが該個体における該疾患または状態の存在もしくは非存在を示すか、あるいは、該個体による、該疾患または状態に対する処置への応答の確度を示す、方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
本願図面に記載の発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
本願は、２０１１年６月１日に出願された米国仮特許出願第６１／４９２，２１０号、２０１１年１０月２４日に出願された米国仮特許出願第６１／５５０，８９５号、および２０１１年１２月２１日に出願された米国仮特許出願第６１／５７８，８１３号の利益を主張し、この米国仮特許出願の全体の開示は、あらゆる目的のために本明細書中に参考として援用される。
【０００２】
ＥＦＳ−ＷＥＢを介して提出された配列表に対する参照
ＵＳＰＴＯ  ＥＦＳ−ＷＥＢサーバを介しての配列表の以下の電子的な提出物の全内容は、ＭＰＥＰ§１７３０  ＩＩ．Ｂ．２（ａ）（Ｃ）において認証され、記載されるように、全ての目的のために、その全体が参照によって本明細書において組み込まれる。配列表は、電子的に提出されたテキストファイル上で以下のように識別される：
【化１】
2018049033.tif 000002
【背景技術】
【０００３】
背景
リシルオキシダーゼ様２（ｌｙｓｙｌ  ｏｘｉｄａｓｅ−ｌｉｋｅ  ２）（ＬＯＸＬ２）は、細胞外マトリックスのタンパク質である。細胞外ＬＯＸＬ２は、健康な成人組織においてほとんど観察されないが、その発現は、様々な線維症性疾患および腫瘍において誘導される。それは、活性化された線維芽細胞、疾患関連性平滑筋細胞、内皮細胞、および上皮によって分泌される。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
要旨
本開示は、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）、たとえばＬＯＸＬ２ポリペプチドの検出ならびに診断方法、予後判定方法（ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｍｅｔｈｏｄ）、および予測方法におけるその使用に関する。たとえば、個体における循環リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドを検出するおよび／または定量化するためのアッセイなどの、ＬＯＸＬ２を検出するおよび／または定量化するためのアッセイが、提供される。診断適用、予後判定適用、および予測適用におけるそのようなアッセイの方法および使用ならびにそれにおいて使用するためのアッセイデバイスおよびキットもまた、提供される。
【０００５】
個体におけるＬＯＸＬ２、典型的に循環ＬＯＸＬ２を検出するための方法が、提供される。提供される方法の中には、検出、診断、予測、モニタリング、および予後判定方法がある。いくつかの実施例において、方法が、個体から得られるサンプル、一般に液体サンプルを、ＬＯＸＬ２に対して特異的な抗体と接触させ、かつサンプルに存在するポリペプチド、たとえばＬＯＸＬ２ポリペプチドへの抗体の結合を検出することによって実行される。いくつかの実施例において、アッセイが、３００、２５０、２００、１７５ｐｇ／ｍｌ、もしくはそれ未満までの、液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２を検出するまたはわずか３００、２５０、２００、１７５ｐｇ／ｍｌ、たとえば、わずか約１５０ｐｇ／ｍｌ〜約１７５ｐｇ／ｍｌ、約１２５ｐｇ／ｍｌ〜約１５０ｐｇ／ｍｌ、約１００ｐｇ／ｍｌ〜約１２５ｐｇ／ｍｌ、約７５ｐｇ／ｍｌ〜約１００ｐｇ／ｍｌ、約５０ｐｇ／ｍｌ〜約７５ｐｇ／ｍｌ、もしくは約４０ｐｇ／ｍｌ〜約５０ｐｇ／ｍｌの濃度の、サンプルにおけるＬＯＸＬ２を検出する。
【０００６】
いくつかの実施例において、検出されるＬＯＸＬ２レベルが、疾患または状態の存在または非存在を示す。いくつかの実施例において、それが、個体がその疾患のための特定の処置に対して応答する確度（ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ）を示すまたは処置の効力を示す。方法が予後判定方法であるなどのいくつかの実施例において、ＬＯＸＬ２の検出レベルが、疾患または状態についての転帰、イベント、またはエンドポイントの確度を示す。いくつかの態様において、疾患または状態が、循環ＬＯＸＬ２または循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられるまたはそれと関連する。いくつかの態様において、個体が、疾患または状態を有し、いくつかの態様において、個体が、疾患または状態を有することが疑われる。いくつかの態様において、方法が、個体が疾患または状態を有するかもしくは有していないか、特定の処置に対して応答する可能性があるかもしくはないか、または特定の転帰もしくはイベントを有する可能性があるかもしくはないかまたは処置が有効であったかもしくはなかったかを決定することをさらに含む。
【０００７】
いくつかの実施例において、個体が、疾患または状態に対する処置を受けており、処置前レベルなどの初期の時点で決定されたレベルよりも低いＬＯＸＬ２の検出レベルが、処置の効力を示す。
【０００８】
サンプルは、典型的に、血液などの液体サンプル、血清もしくは血漿などの血液画分、尿、唾液、痰、または気管支肺胞洗浄液である。
【０００９】
いくつかの実施例において、抗体が、検出可能な標識を含み、例示的な標識は、化学発光剤、微粒子標識、比色剤（ｃｏｌｏｒｉｍｅｔｒｉｃ  ａｇｅｎｔ）、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、および放射性同位体を含む。いくつかの実施例において、サンプルに存在するＬＯＸＬ２が、液体サンプルを、ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体と接触させることによって、不溶性支持体に対して固定され、第２の抗体−ＬＯＸＬ２複合体を形成する。一実施例において、第２の抗体が、不溶性支持体に対して固定される。他の実施例において、第２の抗体−ＬＯＸＬ２複合体が、サンプルを抗体と接触させる前に形成される。固定された抗体は、ポリクローナルであってもモノクローナルであってもよい。いくつかの実施例において、ＬＯＸＬ２が、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤などの、ＬＯＸＬ２の酵素活性を阻害する作用物質（ａｇｅｎｔ）、たとえば、ＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合するものなどの抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体に結合する場合に、抗体が、ＬＯＸＬ２に結合する。
【００１０】
提供される方法および実施形態に関連する使用のための例示的な抗ＬＯＸＬ２抗体は、たとえば、ＡＢ００２３、ＡＢ００２４、配列番号８において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／もしくはＣＤＲ３または全配列を有する重鎖ならびに配列番号９において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／もしくはＣＤＲ３または全配列を有する軽鎖可変領域を有する抗体などの、配列番号６、８、１０、１１、もしくは１２において記載されるまたは配列番号６、８、１０、１１、もしくは１２に対して７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、もしくは９９％以上の相同性を有するまたは配列番号６、８、１０、１１、もしくは１２において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／もしくはＣＤＲ３を有するアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を有するならびに／または配列番号７、９、１３、もしくは１４において記載されるまたは配列番号７に対して７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、もしくは９９％以上の相同性を有するまたは配列番号７、９、１３、もしくは１４において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／もしくはＣＤＲ３を有するアミノ酸配列を有する可変軽鎖領域を有する抗体を含む。
【００１１】
いくつかの実施例において、方法が、検出レベルを正常コントロール値と比較するステップをさらに含み、正常コントロール値よりも高い検出レベルが、疾患または状態の存在、個体が疾患もしくは状態に対する処置に応答する確度、または病的転帰の確度を示す。たとえば、いくつかの実施例において、方法が、循環ＬＯＸＬ２の病的レベルを検出する。そのような方法は、検出レベルを、正常コントロール値または他の参照値と比較するステップを含むことができ、正常コントロール値または参照値よりも高い検出レベルが、病態を示す。
【００１２】
個体が、循環リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）の上昇によって特徴付けられるまたはそれと関連する疾患または状態を有するかどうかを決定する、そのような疾患もしくは状態を診断する、またはそのような疾患もしくは状態に関する予測決定もしくは予後判定の決定をなすための方法もまた、提供される。実施例において、そのような方法が、たとえば、上記に記載されるものなどの、本明細書において提供されるアッセイおよび方法に従って、個体由来のサンプル、たとえば液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出することによって実行される。典型的に、正常コントロールレベル、参照レベルよりも高いまたはいくつかの場合において、ベースラインよりも高いＬＯＸＬ２のレベルは、個体が、循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患を有することを示すまたは特定の転帰の確度もしくは個体が特定の疾患処置に対して応答する確度を予測するなどの、疾患もしくは状態についての予後判定情報もしくは予測情報を示す。
【００１３】
提供される方法のいくつかの態様において、疾患または状態が、線維症またはがんまたはそれと関連する疾患である。例として、肺線維症（特発性肺線維症（ＩＰＦ）など）、肝線維症、腎線維症、心線維症（ｃａｒｄｉａｃ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ）、骨髄線維症、硬変、慢性ウイルス性肝炎、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、およびＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）を含む。いくつかの態様において、疾患または状態が、特発性肺線維症（ＩＰＦ）である。
【００１４】
方法は、個体を、肺機能検査、心機能検査、および肝機能検査を含むことができる１つ以上のさらなる診断試験にかけるステップをさらに含むことができる。
【００１５】
線維症性疾患を有する個体が線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す確度を決定するための方法もまた、提供される。そのような方法は、上記に記載される方法によってなどの、たとえば、個体から得られる液体サンプルにおいて、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）の循環レベルを決定するステップを含むことができる。一態様において、正常コントロールレベルよりも高いＬＯＸＬ２の循環レベルが、個体が線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す確度が増加していることを示す。いくつかの実施例において、報告が、決定された確度に基づいて生成される。いくつかの実施例において、方法が、線維症性疾患について個体を処置するステップをさらに含む。いくつかの実施例において、個体が、ＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ１もしくはＦ２肝線維症などの活動性線維症性疾患および／またはＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ４肝線維症などの進行期線維症性疾患を有する。
【００１６】
個体におけるリシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）の上昇によって特徴付けられる疾患に対する処置の効力を決定するための方法もまた、提供される。いくつかの実施例において、そのような方法が、上記および本明細書において記載される検出方法に従って、疾患に対する処置を受けている個体におけるある時点の循環ＬＯＸＬ２レベルを決定することによって実行される。典型的に、個体から、処置前レベルなどの初期の時点で得られるレベルよりも低い、サンプルにおける循環ＬＯＸＬ２のレベルが、処置の効力を示す。その代わりに、サンプルにおける循環ＬＯＸＬ２のレベルは、最初に増加し、その後、身体によるクリアランスが後続してもよい。
【００１７】
提供される方法の中には、特発性肺線維症（ＩＰＦ）についての予測および予後判定方法もまた、存在する。いくつかの実施例において、そのような方法が、個体からサンプルを得、かつ本明細書において記載される方法の使用などの、サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出することによって実行される。一般に、ＬＯＸＬ２のレベルは、個体におけるＩＰＦ疾患転帰またはイベントの確度を示す。
【００１８】
これらのおよび他の提供される方法はまた、検出レベルを、ＬＯＸＬ２の正常コントロールレベルと比較するステップを含むこともでき、正常コントロールレベルと比較したＬＯＸＬ２レベルの上昇が、個体におけるＩＰＦ疾患転帰またはイベントの発生の確度の増加を示す。提供される方法のいくつかの実施形態において、閾値ベースラインレベルよりも高いＬＯＸＬ２のレベルが、被験体における負の転帰または死亡率と相関する。一実施例において、サンプルにおける閾値ＬＯＸＬ２レベルが、１ミリリットル（ｍＬ）当たり少なくとも８００ピコグラム（ｐｇ）、少なくとも６００ｐｇ／ｍｌ、少なくとも４００ｐｇ／ｍｌ、または少なくとも２００ｐｇ／ｍｌである。他の実施例において、サンプルにおける閾値ＬＯＸＬ２レベルが、少なくとも４４０ｐｇ／ｍｌである。一実施例において、方法が、正常コントロールＬＯＸＬ２レベルまたはベースラインと等しいＬＯＸＬ２レベルを有する被験体と比較して、個体におけるＩＰＦ疾患転帰の確度における、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、または７倍の増加を示す。
【００１９】
ＩＰＦ疾患転帰およびイベントの中には、ＩＰＦ疾患増悪（あらゆる原因からの死亡率として定義されるもの、呼吸器系の入院、または肺機能の無条件の減少（ｃａｔｅｇｏｒｉｃａｌ  ｄｅｃｒｅａｓｅ）など）、肺機能低下、呼吸器系の入院、移植なしの生存、死、および処置への応答性がある。いくつかの場合において、上記方法により、個体におけるＩＰＦと関連する転帰、イベント、もしくはエンドポイントまたはその確度を予測する。いくつかの場合において、上記方法により、個体臨床分子死亡率指数（Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｒｔａｌｉｔｙ  ｉｎｄｅｘ）（ＰＣＭＩ）もしくはＭＭＰ７、ＩＣＡＭ１、ＩＬ８、ＶＣＡＭ１、およびＳ１００Ａ１２などの１つ以上の他のバイオマーカーのレベルに基づくなどの、他の方法もしくはアッセイによって、そのようなアウトプット、エンドポイント、もしくは確度について「陰性である」と見なされた（または他のそのような方法もしくはアッセイが、その転帰、イベント、エンドポイント、もしくは確度を検出しないもしくは検出することができない）個体におけるその転帰、エンドポイント、または確度を予測する。
【００２０】
予測または予後判定ＩＰＦ方法は、予測努力肺活量（ＦＶＣ）のパーセント、予測一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）のパーセント、６分間の歩行距離（６ＭＷＤ）、平均肺動脈圧（ｍＰＡＰ）、最低安静時酸素飽和度（ｌｏｗｅｓｔ  ｒｅｓｔｉｎｇ  ｏｘｙｇｅｎ  ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ）（ＳｐＯ２）、複合生理学指数（ｃｏｍｐｏｓｉｔｅ  ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃ  ｉｎｄｅｘ）（ＣＰＩ）、セントジョージ呼吸器質問票スコア（Ｓｔ．
Ｇｅｏｒｇｅ’ｓ  Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ  Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ  ｓｃｏｒｅ）（ＳＧＲＱ）、および遷移呼吸困難指数（Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ  Ｄｙｓｐｎｅａ  Ｉｎｄｅｘ）（ＴＤＩ）スコア、処置への応答性、およびＩＰＦ疾患のバイオマーカーからなる群から選択される、個体におけるＩＰＦ疾患重症度または機能的ステータスの量（ｍｅａｓｕｒｅ）を検出するステップをさらに含むことができる。いくつかの実施例において、方法が、予測モデルを使用して、ＬＯＸＬ２レベルおよび／または疾患重症度もしくは機能的ステータスの量を分析するステップをさらに含む。
【００２１】
ＩＰＦ処置への個体の応答をモニターするまたは個体が処置に応答する確度を決定するための方法もまた、提供される。一実施例において、そのような方法が、ＩＰＦに対する処置を受けている個体からサンプルを得、かつサンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出することによって実行される。典型的に、ＬＯＸＬ２のレベルは、処置への個体の応答性または個体が処置に応答する確度を示す。
【００２２】
いくつかの場合において、方法は、さらに、個体においてＩＰＦ処置を開始する、改変する、または中止するステップを含む。いくつかの実施例において、処置が、ＬＯＸＬ２のレベルもしくは相対的なレベルまたは予後判定情報もしくは予測情報などの、方法によって決定される情報に基づいて開始される、改変される、または中止される。いくつかの実施例において、処置が、ＬＯＸＬ２レベルの決定前に開始される。
【００２３】
個体から得られる液体生物学的サンプルにおけるリシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドのレベルを決定するのに使用するためのなどの、提供される方法において使用するためのアッセイデバイスおよびキットもまた、提供される。一実施形態において、そのようなデバイスが、軸流路を定めるマトリックスを含み、マトリックスが、ｉ）流動サンプルを受け入れる流路の上流の端にサンプル受け入れゾーン、ｉｉ）流路内に、かつサンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上の試験ゾーンであって、１つ以上の試験ゾーンのそれぞれがＬＯＸＬ２に特異的な抗体を含み、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体のそれぞれが、液体サンプルに存在するＬＯＸＬ２ポリペプチドに結合し、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体を形成することができる、１つ以上の試験ゾーン、およびｉｉｉ）流路内に、かつサンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上のコントロールゾーンを含む。
【００２４】
１つ以上のコントロールゾーンは、２つの試験ゾーンが存在する場合、試験ゾーンの間に位置することができる。試験ゾーンおよびコントロールゾーンは、任意のコントロールゾーンの上流に位置する試験ゾーンから始まる流路内に交互の様式（ａｌｔｅｒｎａｔｉｎｇ  ｆｏｒｍａｔ）で位置することができる。一実施例において、１つ以上の抗ＬＯＸＬ２抗体が、試験ゾーン中のマトリックスに固定される。
【００２５】
いくつかの実施例において、デバイスが、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体に対して特異的な標識抗体を含む標識ゾーンをさらに含む。一般に、標識抗体は、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体に存在する抗ＬＯＸＬ２抗体に結合し、標識抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２を形成することができ、標識抗体は、液体サンプルの存在下で移動可能（ｍｏｂｉｌｉｚａｂｌｅ）である。標識抗体は、化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、および放射性同位体の中から選択される標識成分を含むことができる。
【００２６】
デバイスについてのいくつかの実施例において、マトリックスが、支持体および必要に応じてカバーを含むハウジング内に位置し、ハウジングが、適用開口部（ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ａｐｅｒｔｕｒｅ）および１つ以上の観察窓（ｏｂｓｅｖａｔｉｏｎ  ｐｏｒｔ）を含有する。提供されるデバイスの中には、試験ストリップおよびディップスティックアッセイデバイスがある。
【００２７】
個体から得られる生物学的サンプルにおけるリシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドのレベルを決定するための、提供されるキットの中には、ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体およびＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体を含むものがある。キットはまた、標準曲線を生成するのに使用される精製ＬＯＸＬ２を含むことができる。一実施例において、キットにおける抗体の少なくとも１つが、化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、および放射性同位体などの、検出可能な標識を含む。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ａ）疾患または状態に対する処置を受けている個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップおよび
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップを含み、
ＬＯＸＬ２の検出レベルが該個体における該疾患または状態の存在もしくは非存在を示すか、あるいは、該個体による、該疾患または状態に対する処置への応答の確度を示す、方法。
（項目２）
ａ）疾患または状態を有し、かつ疾患または状態に対する処置を受けている個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップおよび
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２を検出するステップを含み、
ここで、検出されたＬＯＸＬ２のレベルが、該疾患または状態の転帰、イベント、またはエンドポイントの確度を示す、方法。
（項目３）
前記個体において初期の時点で決定されたレベルよりも低い、ステップ（ｂ）において検出されたＬＯＸＬ２のレベルが、該処置の効力を示す、項目１または項目２に記載の方法。
（項目４）
前記初期の時点で決定された前記レベルが、処置前レベルである、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記液体サンプルが、血液、血液画分、尿、唾液、痰、または気管支肺胞洗浄液である、項目１〜４および６〜２６のいずれかに記載の方法。
（項目６）
ＬＯＸＬ２に対して特異的な該抗体が、検出可能な標識を含む、項目１〜５および７〜２６のいずれかに記載の方法。
（項目７）
項目１〜６および８〜２６のいずれかに記載の方法であって、前記液体サンプル中に存在する前記ＬＯＸＬ２を不溶性支持体に固定するステップをさらに含み、ここで、該固定するステップが、該液体サンプルを、ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体と接触させて第２の抗体−ＬＯＸＬ２複合体を形成させることによって実行され、ここで、該第２の抗体が、該不溶性支持体に固定される、方法。
（項目８）
前記固定するステップが、ステップ（ａ）の前に実行される、項目７に記載の方法。
（項目９）
ａ）個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップであって、該抗体が、ＬＯＸＬ２が該ＬＯＸＬ２の酵素活性を阻害する作用物質に結合している場合に、該ＬＯＸＬ２に結合することができるステップおよび
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップを含み、
ここで、ＬＯＸＬ２の該検出レベルが、該個体における、該疾患または状態の存在もしくは非存在または該疾患または状態の転帰、イベント、もしくはエンドポイントの確度を示す、方法。
（項目１０）
該作用物質が、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
該アロステリック阻害剤が、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である、項目１０に記載の方法
（項目１２）
該抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体が、ＬＯＸＬ２のＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合する、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
ａ）個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップと、
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップと、
ｃ）該検出レベルを正常コントロール値と比較するステップであって、正常コントロール値よりも高い検出レベルが、該個体が疾患または状態に対する処置に応答する確度を示す、ステップと、
ｄ）該個体が該疾患または状態に対する該処置に応答する確度を決定するステップとを含む、方法。
（項目１４）
前記疾患または状態が、線維症性疾患またはがんである、項目１〜１３および１５〜２６のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
前記疾患または状態が、線維症性疾患であり、正常コントロールレベルよりも高いＬＯＸＬ２の循環レベルが、前記個体が該線維症性疾患に対する処置に有益な臨床応答を示す可能性があることを示す、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記疾患または状態が、肺線維症、肝線維症、腎線維症、心線維症、もしくは骨髄線維症、硬変、慢性ウイルス性肝炎、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、またはＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）である、項目１４または項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記疾患または状態が、特発性肺線維症（ＩＰＦ）である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記検出レベルが、前記個体における、ＩＰＦ疾患転帰、エンドポイント、またはイベントの確度を示す、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記ＩＰＦ疾患転帰、エンドポイント、またはイベントが、ＩＰＦ疾患増悪、肺機能低下、呼吸器系の入院、移植なしの生存、死、または処置への応答性である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
ａ）ＩＰＦを有する個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップおよび
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップを含み、
ここで、該検出レベルが、ＩＰＦ疾患増悪、肺機能低下、呼吸器系の入院、移植なしの生存、死、または処置への応答性の確度を示す、方法。
（項目２１）
項目１７〜２０のいずれかに記載の方法であって、該方法が、前記個体において、ＩＰＦ疾患重症度または機能的ステータスの量を検出するステップであって、該量が、予測努力肺活量（ＦＶＣ）のパーセント、予測一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）のパーセント、６分間の歩行距離（６ＭＷＤ）、平均肺動脈圧（ｍＰＡＰ）、最低安静時酸素飽和度（ＳｐＯ２）、複合生理学指数（ＣＰＩ）、セントジョージ呼吸器質問票スコア（ＳＧＲＱ）、遷移呼吸困難指数（ＴＤＩ）スコア、処置への応答性、およびＩＰＦ疾患のバイオマーカーからなる群から選択されるステップをさらに含む、方法。
（項目２２）
予測モデルを使用して、前記ＬＯＸＬ２レベルを分析するステップをさらに含む、項目１〜２１および２３〜２７のいずれかに記載の方法。
（項目２３）
ａ）疾患または状態を有する個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップと、
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップであって、該検出レベルが該個体における該疾患または状態の存在もしくは非存在を示すか、あるいは、該個体による、該疾患または状態に対する処置への応答の確度を示す、ステップと、
ｃ）該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２の該検出レベルに基づいて該個体における該疾患または状態に対する処置を改変するステップまたは中止するステップとを含む、方法。
（項目２４）
ａ）疾患または状態を有する個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップと、
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップと、
ｃ）該個体を１つ以上のさらなる診断試験にかけるステップとを含む、方法。
（項目２５）
前記１つ以上のさらなる診断試験が、肺機能検査または肝機能検査である、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
ａ）個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップおよび
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップを含み、ここで、該検出レベルが、該個体が活動性線維症性疾患または進行期線維症性疾患を有することを示す、方法。
（項目２７）
前記活動性線維症性疾患が、ＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ１もしくはＦ２肝線維症である、または前記進行期線維症性疾患が、ＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ４肝線維症である、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
個体から得られる液体生物学的サンプルにおけるリシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドのレベルを決定するのに使用するためのアッセイデバイスであって、該デバイスは、軸流路を定めるマトリックスであって、
ｉ）該流動サンプルを受け入れる該流路の上流の端にサンプル受け入れゾーンと、
ｉｉ）該流路内に、かつ該サンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上の試験ゾーンであって、該１つ以上の試験ゾーンのそれぞれがＬＯＸＬ２に特異的な抗体を含み、該ＬＯＸＬ２に特異的な抗体が、液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２ポリペプチドに結合して、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体を形成することができる、１つ以上の試験ゾーンと、
ｉｉｉ）該流路内に、かつ該サンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上のコントロールゾーンとを含むマトリックスを含む、アッセイデバイス。
（項目２９）
前記１つ以上の試験ゾーンが、少なくとも２つの試験ゾーンを含み、前記１つ以上のコントロールゾーンの少なくとも１つが、２つの試験ゾーンの間に位置する、項目２８に記載のアッセイデバイス。
（項目３０）
前記少なくとも２つの試験ゾーンおよび少なくとも１つのコントロールゾーンが、任意のコントロールゾーンの上流に位置する試験ゾーンから始まる前記流路内に交互の様式で位置する、項目２９に記載のアッセイデバイス。
（項目３１）
前記１つ以上の試験ゾーンの１つ以上における前記抗ＬＯＸＬ２抗体が、該試験ゾーンにおける前記マトリックスに固定される、項目２９または３０に記載のアッセイデバイス。
（項目３２）
標識ゾーンをさらに含む、項目２８〜３１のいずれかに記載のアッセイデバイスであって、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体に対して特異的な標識抗体を含み、ここで、
該標識抗体が、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体に存在する抗ＬＯＸＬ２抗体に結合して、標識抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２を形成することができ、
該標識抗体が、液体サンプルの存在下で移動可能である、アッセイデバイス。
（項目３３）
前記標識抗体が、化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、および放射性同位体からなる群から選択される標識成分を含む、項目３２に記載のアッセイデバイス。
（項目３４）
前記マトリックスが、支持体および必要に応じてカバーを含むハウジング内に位置し、該ハウジングが、適用開口部および１つ以上の観察窓を含有する、項目２８〜３３のいずれかに記載のアッセイデバイス。
（項目３５）
前記デバイスが、試験ストリップである、項目２９〜３４のいずれかに記載のアッセイデバイス。
（項目３６）
前記デバイスが、ディップスティックアッセイデバイスである、項目２９〜３５のいずれかに記載のアッセイデバイス。
（項目３７）
個体から得られる生物学的サンプルにおけるリシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドのレベルを決定するためのキットであって、
ａ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体および
ｂ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体を含む、キット。
（項目３８）
標準曲線を生成するのに使用するための精製ＬＯＸＬ２をさらに含む、項目３７に記載のキット。
（項目３９）
前記抗体の少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、項目３７または３８に記載のキット。
（項目４０）
前記検出可能な標識が、化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、および放射性同位体を含む、項目３９に記載のキット。
（項目４１）
前記接触させるステップおよび検出するステップが、項目２８〜３６のいずれかに記載のアッセイデバイスまたは項目３７〜４０に記載のキットを使用して実行される、項目１〜２７のいずれかに記載の方法。
（項目４２）
ＬＯＸＬ２の前記検出レベルが、約７００ｐｇ／ｍｌよりも高い、項目１〜２７および４１のいずれかに記載の方法。
（項目４３）
ＬＯＸＬ２の前記検出レベルが、約８００ｐｇ／ｍｌよりも高い、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
ＬＯＸＬ２の前記検出レベルが、約７５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、項目１〜２７および４１のいずれかに記載の方法。
（項目４５）
ＬＯＸＬ２の前記検出レベルがＬＯＸＬ２の閾値レベルよりも高いことを決定し、それによって前記個体における疾患転帰、エンドポイント、またはイベントの確度を決定するステップをさらに含む、項目１〜２７および４１のいずれかに記載の方法。
（項目４６）
前記閾値量が、約７００、７５０、または８００ｐｇ／ｍｌである、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記疾患または状態が、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）または原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）である、項目１〜１６または２２〜２５のいずれかに記載の方法。
【図面の簡単な説明】
【００２８】
【図１】図１は、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を有する８７人の患者についてのＬＯＸＬ２血清濃度対Ｉｓｈａｋ線維症スコアを示す図である。
【００２９】
【図２】図２は、肝線維症と診断された患者由来の血清サンプルにおけるＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍｌ）を示す図である。
【００３０】
【図３】図３は、特発性肺線維症を有する患者由来の血清サンプルにおけるＬＯＸＬ２レベルを示す図である。
【００３１】
【図４】図４は、ヒトＬＯＸＬ２のアミノ酸配列（配列番号１）を提供する図である。
【００３２】
【図５】図５は、ヒト（Ｈ）（配列番号２）、マウス（Ｍ）（配列番号３）、ラット（Ｒ）（配列番号４）、およびカニクイザル（Ｃ）（配列番号５）由来のＬＯＸＬ２タンパク質の触媒ドメインのアミノ酸配列のアライメントを示す図である。ヒトタンパク質のそれと異なるマウス、ラット、およびカニクイザルタンパク質における残基は、下線を引くことによって示す。
【００３３】
【図６】図６は、慢性ＨＣＶ感染症を有する患者由来の肝組織の免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色によって決定される、ヒト線維症肝組織におけるＬＯＸＬ２の発現を示す図である。左のパネル（５×対物レンズ倍率）において、黒色の矢印は、門脈領域および門脈路への線維性の拡大についてのエリアを示す。白色の矢印は、肝小葉を囲む短い線維性の隔壁についてのエリアを示す。右のパネル（４０×対物レンズ倍率）は、肝細胞（Ｈ）との境界面の線維性の隔壁（Ｓ）において、類洞周囲腔（矢印）内に、および肝実質内の筋線維芽細胞（矢印）において観察されるＬＯＸＬ２免疫反応性を示す。
【００３４】
【図７】図７は、生のＥＣＬ（電気化学発光）カウントをＹ軸上にプロットし、ＬＯＸＬ２濃度（ｎＭ／Ｌ）をＸ軸上にプロットした、ＬＯＸＬ２イムノアッセイについての標準キャリブレータ曲線を示す図である。精製した組換え完全長ＬＯＸＬ２タンパク質を、プールした正常ヒト血清に添加し、その後、血清中で段階希釈し、キャリブレータ曲線を生成した。データポイントはそれぞれ、３つの反復ウェルの平均値を示し、４つの独立したプレートについての曲線を示す。
【００３５】
【図８−１】図８は、区分けした（ｂｉｎｎｅｄ）ベースラインＩｓｈａｋ線維症スコアおよび時間によるＬＯＸＬ２血清レベルを示す図である。パネルはそれぞれ、Ｉｓｈａｋ線維症スコア（それぞれ１〜３および５〜６）に従って群分けした患者の２つの群についてのＬＯＸＬ２濃度（ｐｇ／ｍＬ）を、示す時点について示す。プロット範囲外のＬＯＸＬ２濃度を有する３つの域外値（ＬＯＸＬ２濃度＝５５２９、６６２１、および８８４５ｐｇ／ｍｌ）はすべて、５のＩｓｈａｋ線維症スコアを有する同じ被験体由来のものであった。
【図８−２】図８は、区分けした（ｂｉｎｎｅｄ）ベースラインＩｓｈａｋ線維症スコアおよび時間によるＬＯＸＬ２血清レベルを示す図である。パネルはそれぞれ、Ｉｓｈａｋ線維症スコア（それぞれ１〜３および５〜６）に従って群分けした患者の２つの群についてのＬＯＸＬ２濃度（ｐｇ／ｍＬ）を、示す時点について示す。プロット範囲外のＬＯＸＬ２濃度を有する３つの域外値（ＬＯＸＬ２濃度＝５５２９、６６２１、および８８４５ｐｇ／ｍｌ）はすべて、５のＩｓｈａｋ線維症スコアを有する同じ被験体由来のものであった。
【００３６】
【図９】図９は、Ｉｓｈａｋ線維症スコア（それぞれ１〜３および５〜６）に従って群分けした患者の２つの群について、４〜３０週にわたるＬＯＸＬ２血清濃度中央値として計算した、被験体内ＬＯＸＬ２血清レベル中央値（ｍｅｄｉａｎ  ｗｉｔｈｉｎ−ｓｕｂｊｅｃｔ  ＬＯＸＬ２  ｓｅｒｕｍ  ｌｅｖｅｌ）を示す図である。平均被験体内変動係数は、２２％であった。
【００３７】
【図１０】図１０は、９５％信頼区間での、区分けしたベースラインｉｓｈａｋ線維症スコアによる、経時的な（週間）、ＬＯＸＬ２血清濃度中央値（ｐｇ／ｍＬ）を示す図である。１人の被験体のみが、研究生検の間の２５〜２８週にわたってＩｓｈａｋ線維症スコアにおける２以上の変化を有した。
【００３８】
【図１１】図１１は、示されるＩｓｈａｋスコア（１〜６）を有する被験体についての、ＬＯＸＬ２の被験体内レベル中央値対ヒアルロン酸（ＨＡ）（左のパネル）およびメタロプロテイナーゼ−１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ１）（右のパネル）のレベル中央値を示す図である。被験体内発現中央値は、４〜３０週にわたって発現中央値として計算した。曲線は、局所重み付き散布図平滑化（ｌｏｃａｌｌｙ  ｗｅｉｇｈｔｅｄ  ｓｃａｔｔｅｒ  ｐｌｏｔ  ｓｍｏｏｔｈｉｎｇ）を使用して構築した。
【００３９】
【図１２Ａ】図１２は、実施例９において記載されるように、ベースラインＬＯＸＬ２レベル（パネル（ａ）における非変換ＬＯＸＬ２レベルおよびパネル（ｂ）におけるＬｏｇ１０Ｘ変換ＬＯＸＬ２レベルによる）と特発性肺線維症（ＩＰＦ）重症度および機能的ステータスのベースライン量（ｂａｓｅｌｉｎｅ  ｍｅａｓｕｒｅ）との間の相関を実証する散布図マトリックスを示す図である。それぞれのパネルにおいて、第１の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースラインＬＯＸＬ２レベルを示し、第２の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースライン予測努力肺活量（ＦＶＣ）を示し、第３の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、予測一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）のベースラインパーセントを示し、第４の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースラインの６分間の歩行距離（６ＭＷＤ）を示し、第５の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースライン複合生理学指数（ＣＰＩ）を示し、第６の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースラインセントジョージ呼吸器質問票スコアを示し、第７の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースライン遷移呼吸困難指数スコアを示す。ＬＯＸＬ２とＩＰＦ重症度のベースライン量およびパフォーマンスステータスとの間の相関は、パネル（ａ）および（ｂ）の上部の列の暗い色のボックス内で強調する。
【図１２Ｂ】図１２は、実施例９において記載されるように、ベースラインＬＯＸＬ２レベル（パネル（ａ）における非変換ＬＯＸＬ２レベルおよびパネル（ｂ）におけるＬｏｇ１０Ｘ変換ＬＯＸＬ２レベルによる）と特発性肺線維症（ＩＰＦ）重症度および機能的ステータスのベースライン量（ｂａｓｅｌｉｎｅ  ｍｅａｓｕｒｅ）との間の相関を実証する散布図マトリックスを示す図である。それぞれのパネルにおいて、第１の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースラインＬＯＸＬ２レベルを示し、第２の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースライン予測努力肺活量（ＦＶＣ）を示し、第３の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、予測一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）のベースラインパーセントを示し、第４の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースラインの６分間の歩行距離（６ＭＷＤ）を示し、第５の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースライン複合生理学指数（ＣＰＩ）を示し、第６の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースラインセントジョージ呼吸器質問票スコアを示し、第７の行および列のｘおよびｙ軸は、それぞれ、ベースライン遷移呼吸困難指数スコアを示す。ＬＯＸＬ２とＩＰＦ重症度のベースライン量およびパフォーマンスステータスとの間の相関は、パネル（ａ）および（ｂ）の上部の列の暗い色のボックス内で強調する。
【００４０】
【図１３Ａ】図１３は、疾患増悪（ＰＦＳ）（パネル（ａ））ならびにその成分：肺機能低下（パネル（ｂ））、呼吸器系の入院（パネル（ｃ））、および死（パネル（ｄ））に対して、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）および高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ＬＯＸＬ２レベルを比較するＫａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ曲線を示す図である。それぞれのパネルにおいて、上部の、より黒い線は、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示し、下部の、より明るい線は、高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ベースラインＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示す。患者はすべて、アンブリセンタンにより処置した。ｙ軸はそれぞれ、所定のイベントを伴わない患者のパーセントを示し（０、２５、５０、７５、および１００を軸に沿ってマークする）、Ｘ軸はそれぞれ、日における時間を示す（０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、および８００日を軸に沿ってマークする）。
【図１３Ｂ】図１３は、疾患増悪（ＰＦＳ）（パネル（ａ））ならびにその成分：肺機能低下（パネル（ｂ））、呼吸器系の入院（パネル（ｃ））、および死（パネル（ｄ））に対して、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）および高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ＬＯＸＬ２レベルを比較するＫａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ曲線を示す図である。それぞれのパネルにおいて、上部の、より黒い線は、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示し、下部の、より明るい線は、高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ベースラインＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示す。患者はすべて、アンブリセンタンにより処置した。ｙ軸はそれぞれ、所定のイベントを伴わない患者のパーセントを示し（０、２５、５０、７５、および１００を軸に沿ってマークする）、Ｘ軸はそれぞれ、日における時間を示す（０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、および８００日を軸に沿ってマークする）。
【図１３Ｃ】図１３は、疾患増悪（ＰＦＳ）（パネル（ａ））ならびにその成分：肺機能低下（パネル（ｂ））、呼吸器系の入院（パネル（ｃ））、および死（パネル（ｄ））に対して、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）および高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ＬＯＸＬ２レベルを比較するＫａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ曲線を示す図である。それぞれのパネルにおいて、上部の、より黒い線は、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示し、下部の、より明るい線は、高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ベースラインＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示す。患者はすべて、アンブリセンタンにより処置した。ｙ軸はそれぞれ、所定のイベントを伴わない患者のパーセントを示し（０、２５、５０、７５、および１００を軸に沿ってマークする）、Ｘ軸はそれぞれ、日における時間を示す（０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、および８００日を軸に沿ってマークする）。
【図１３Ｄ】図１３は、疾患増悪（ＰＦＳ）（パネル（ａ））ならびにその成分：肺機能低下（パネル（ｂ））、呼吸器系の入院（パネル（ｃ））、および死（パネル（ｄ））に対して、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）および高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ＬＯＸＬ２レベルを比較するＫａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ曲線を示す図である。それぞれのパネルにおいて、上部の、より黒い線は、低い（≦８００ｐｇ／ｍｌ）ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示し、下部の、より明るい線は、高い（＞８００ｐｇ／ｍｌ）ベースラインＬＯＸＬ２レベルを有する患者を示す。患者はすべて、アンブリセンタンにより処置した。ｙ軸はそれぞれ、所定のイベントを伴わない患者のパーセントを示し（０、２５、５０、７５、および１００を軸に沿ってマークする）、Ｘ軸はそれぞれ、日における時間を示す（０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、および８００日を軸に沿ってマークする）。
【００４１】
【図１４Ａ】図１４は、ＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦ被験体（１４Ａ：プラセボおよびアンブリセンタン処置の被験体の組み合わせ；１４Ｂ：アンブリセンタンのみ）ならびにＧＡＰコホート被験体におけるベースラインＬＯＸＬ２分布の比較を示す図である。
【図１４Ｂ】図１４は、ＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦ被験体（１４Ａ：プラセボおよびアンブリセンタン処置の被験体の組み合わせ；１４Ｂ：アンブリセンタンのみ）ならびにＧＡＰコホート被験体におけるベースラインＬＯＸＬ２分布の比較を示す図である。
【００４２】
【図１５Ａ】図１５Ａは、ＧＡＰコホート研究におけるベースラインの６か月（左上のパネル）、１２か月（右上のパネル）、１８か月（左下のパネル）、および２４か月（右下のパネル）後の、低い血清ＬＯＸＬ２レベル（上の線、≦４４０ｐｇ／ｍｌ）対高い（下の線、＞４４０ｐｇ／ｍｌ）血清ＬＯＸＬ２レベルに従う、すべての原因による死亡率についてのＫａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ曲線を示す図である。
【図１５Ｂ】図１５Ｂは、ＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦ研究におけるベースラインの６か月（左上のパネル）、１２か月（右上のパネル）、１８か月（左下のパネル）、および２４か月（右下のパネル）後の、低い血清ＬＯＸＬ２レベル（上の線、≦８００ｐｇ／ｍｌ）対高い（下の線、＞８００ｐｇ／ｍｌ）血清ＬＯＸＬ２レベルに従う、すべての原因による死亡率についてのＫａｐｌａｎ  Ｍｅｉｅｒ曲線を示す図である。
【００４３】
【図１６】図１６は、被験体の様々な群についての平均血清ＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍＬ）を示す図である。図１６Ａは、ベースラインおよび２４０週目のサンプルについての平均血清ＬＯＸＬ２レベルを示す（対応する被験体のＩｓｈａｋ線維症スコア（０、１、２、３、４、５、６、左〜右）に従って群分けした合計１６２のサンプル（それぞれの８１人の被験体について、１回のベースラインおよび１回の２４０週目）。ＬＯＱ＝定量化のレベル。図１６Ｂは、ベースラインおよび２４０週目の、所定のＩｓｈａｋステージ（０、１、２、３、４、５、６、左〜右）を有する被験体についてのベースラインおよび２４０週目の平均血清ＬＯＸＬ２レベルを示す。図１６Ｃは、１〜３および４〜６の対応するＩｓｈａｋステージを有する患者についてのＬＯＸＬ２のベースライン、２４０週目、および全体的な血清レベルを示す。
【００４４】
【図１７】図１７は、所定のレベルの血清ＬＯＸＬ２（ｐｇ／ｍＬ）を有することが決定された、それぞれの所定のＩｓｈａｋステージ（１、２、３、４、５、６（個々のバー、左〜右）を有する、本研究における被験体のパーセンテージを示す。ＬＯＤ＝検出限界；ＬＯＱ＝定量化の限界。示すカテゴリーはそれぞれ、その前のカテゴリーの上限値からの範囲であった（ｅｘｔｅｎｄｅｄ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  ｕｐｐｅｒ  ｌｉｍｉｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｐｒｅｖｉｏｕｓ  ｃａｔｅｇｏｒｙ）、たとえば１５００＝１００１〜１５００ｐｇ／ｍＬ。
【００４５】
【図１８−１】図１８は、個々のＣＨＢ被験体についてのベースラインおよび処置後の２４０週目の血清ＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍＬ）を示す図である。図１８Ａ：持続性の硬変を有する被験体（ｎ＝１６）；図１８Ｂ：２４０週目までに硬変の逆転を有する被験体（ｎ＝４２）；図１８Ｃ：２４０週目までに線維症のステージ（Ｉｓｈａｋ）における変化を経験しなかった非硬変被験体；図１８Ｄ：研究の過程にわたって硬変までの進行を経験した被験体；および図１８Ｅ：線維症における２ステージ（Ｉｓｈａｋスコア）以上の低下を伴う非硬変被験体。ＬＯＱ（定量化の限界）＝４４０ｐｇ／ｍｌ、ＬＯＤ（検出限界）＝１８０ｐｇ／ｍｌ。
【図１８−２】図１８は、個々のＣＨＢ被験体についてのベースラインおよび処置後の２４０週目の血清ＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍＬ）を示す図である。図１８Ａ：持続性の硬変を有する被験体（ｎ＝１６）；図１８Ｂ：２４０週目までに硬変の逆転を有する被験体（ｎ＝４２）；図１８Ｃ：２４０週目までに線維症のステージ（Ｉｓｈａｋ）における変化を経験しなかった非硬変被験体；図１８Ｄ：研究の過程にわたって硬変までの進行を経験した被験体；および図１８Ｅ：線維症における２ステージ（Ｉｓｈａｋスコア）以上の低下を伴う非硬変被験体。ＬＯＱ（定量化の限界）＝４４０ｐｇ／ｍｌ、ＬＯＤ（検出限界）＝１８０ｐｇ／ｍｌ。
【００４６】
【図１９】図１９は、所定のベースライン血清ＬＯＸＬ２レベル（＜１５００、＞１５００、１５００〜３０００、＜３０００、および＞３０００ｐｇ／ｍｌ）を有する、２４０週目に、組織学的改善を示した硬変ＣＨＢ被験体（「Ｙ」）のパーセンテージならびに同じ所定のベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する、２４０週目に組織学的改善を有しないことが決定された硬変被験体（「Ｎ」）のパーセンテージを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００４７】
定義
本明細書において使用される場合、用語「抗体」は、抗原性エピトープに特異的に結合するのに必要な可変領域配列を含む、単離または組換え結合剤を意味する。そのため、抗体は、所望の生物学的活性を示す、たとえば、特異的な標的抗原に結合する、抗体またはその断片の任意の形態である。したがって、それは、最も広い意味で使用され、詳細には、それらが所望の生物学的活性を示す限り、モノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、ナノボディ（ｎａｎｏｂｏｄｙ）、ダイアボディ、多重特異性抗体（ｍｕｌｔｉｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）（たとえば二重特異性抗体）、ならびにｓｃＦｖ、Ｆａｂ、およびＦａｂ２を含むが、これらに限定されない抗体断片を包含する。そのため、用語「ヒト抗体」は、可能な非ヒト相補性決定領域（ＣＤＲ）領域を除いて、ヒト起源の配列を含有する抗体を指し、Ｉｇ分子の全構造が存在することを意味せず、抗体が、ヒトにおいて最小限の免疫原性の効果しか有しないことのみを意味する。
【００４８】
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部分、たとえばインタクトな抗体の抗原結合領域または可変領域を含む。抗体断片の例として、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片；ダイアボディ；線状抗体（Ｚａｐａｔａら、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．  ８（１０）：１０５７−１０６２（１９９５））；単鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体を含む。抗体のパパイン消化により、それぞれが単一の抗原結合部位を有する、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗原結合性断片および容易に結晶化する能力を反映する名称である、残りの「Ｆｃ」断片が生成される。ペプシン処理により、２つの抗原結合部を有し、抗原をなお架橋することができるＦ（ａｂ’）２断片が生成される。
【００４９】
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識部位および結合部位を含有する抗体断片であり、密接に非共有結合した１つの重鎖および１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。それぞれの可変ドメインの３つのＣＤＲが相互作用して、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面に抗原結合部位を定めるのは、この立体配置においてである。総合的に、６つのＣＤＲは、抗体に対して抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン（または抗原に対して特異的な３つのＣＤＲしか含まない、Ｆｖの半分）でさえ、全結合部位よりも低い親和性であるが、抗原を認識し、結合する能力を有する。
【００５０】
「Ｆａｂ」断片はまた、軽鎖の定常ドメインおよび重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）をも含有する。Ｆａｂ断片は、抗体ヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含む、重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端での少数の残基の追加によって、Ｆａｂ’断片と異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離チオール基を有するＦａｂ’についての本明細書における名称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、それらの間にヒンジシステインを有する、対のＦａｂ’断片として最初に生成した。抗体断片の他の化学的カップリングもまた、知られている。
【００５１】
本明細書において使用される場合、用語「生物学的サンプル」は、検出、診断、予後判定、またはモニタリングアッセイにおいて使用することができる、個体から得られる様々なサンプルタイプを指すことができる。液体生物学的サンプルは、たとえば血液、血液画分（たとえば血清もしくは血漿）、尿、唾液、気管支肺胞洗浄液、痰、または脳脊髄液を含むことができる。定義はまた、タンパク質などのある種の成分についての試薬による処理、可溶化、または富化によってなどの、それらを入手した後に任意の方法で操作されたサンプルをも含む。
【００５２】
本明細書において使用される「軸流」は、１つ以上の試験ゾーンおよび／またはコントロールゾーンを含む、特定のマトリックスまたは物質を通る横方向の、垂直方向の、または横断する流れを指す。特定のデバイス、アッセイ、または方法において企図される流れのタイプは、デバイスの構造に従って変更される。理論によって拘束されないが、横方向の、垂直方向の、または横断する流れは、特定のマトリックスの一方の端または側（上流または近位の端）上の流動接触のポイントからこの接触の下流の（または遠位の）エリアまでの、流動サンプルの流れを指してもよい。下流のエリアは、流動接触のポイントからマトリックスの同じ側または反対側にあってもよい。たとえば、本発明のある実施形態の垂直方向のフローデバイスにおいて、軸流は、第１のメンバーから、それを通って（上部から下部に）、第２のメンバーまで、また、そこから吸収剤媒体まで垂直に進んでもよい。さらなる例として、また、当業者らによって十分に理解されるように、たとえばディップスティックとして配置された垂直方向のフローデバイスにおいて、流動サンプルは、文字通りに、デバイスの上の方に流れてもよく、しかしながら、その場合には、デバイスに対する流動サンプルの第１の接触のポイントは、それにもかかわらず、上流の（すなわち近位の）端と考えられ、フローの終結のポイントは、下流の（すなわち遠位の）端と考えられる。
【００５３】
本明細書において使用される場合、用語「上流の」および「下流の」は、軸流との関連において、本開示の代表的なデバイスとの流動サンプルの接触後の、流動サンプルフローの方向を指し、正常動作条件下で、流動サンプルフロー方向は、上流位置から下流位置に流れる。たとえば、流動サンプルがサンプル受け入れゾーンと最初に接触すると、その後、流動サンプルは、標識ゾーンなどを通って下流に流れる。
【００５４】
本発明の実施形態についてさらに記載する前に、本発明が、記載されている特定の実施形態に限定されず、そのため、もちろん、変更されてもよいことが理解されたい。本明細書において使用される術語は、特定の実施形態を記載する目的のみのためにあり、限定するようには意図されないこともまた、理解されたい。
【００５５】
値の範囲が提供される場合、文脈が別段明確に指示しない限り、その範囲の上限値および下限値の間の、下限値の単位の１０分の１までのそれぞれの介在値ならびにその明示される範囲における任意の他の明示される値または介在値が、包含されることが理解されたい。これらのより小さな範囲の上限値および下限値は、そのより小さな範囲に独立して含まれてもよく、これらもまた、明示される範囲においてあらゆる明確に除かれる限界値を条件として、包含される。明示される範囲が、一方または両方の限界値を含む場合、それらの含まれる限界値のいずれかまたは両方を除く範囲もまた、含まれる。
【００５６】
特に定義されない限り、本明細書において使用される技術用語および科学用語はすべて、本発明が属する当技術分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書において記載されるものに類似するまたはそれと等価であるいかなる方法および材料もまた、本発明の実施形態の実施または試験において使用することができるが、ここでは、好ましい方法および材料が記載される。本明細書において言及されるすべての刊行物は、それに関連して刊行物が引用される方法および／または物質を開示し、記載するために参照によって本明細書において組み込まれる。
【００５７】
本明細書および添付の特許請求の範囲において使用される場合、文脈が別段明確に指示しない限り、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、複数形の指示物を含むことに注意しれなければならない。したがって、たとえば、「ＬＯＸＬ２に特異的な抗体」に対する言及は、複数のそのような抗体を含み、「ＬＯＸＬ２ポリペプチド」に対する言及は、当業者に知られている、１つ以上のＬＯＸＬ２ポリペプチドおよびその等価物に対する言及を含むなどである。本請求項は、あらゆる任意選択のエレメントを除くように選択されてもよいことがさらに留意されたい。そのため、この表現は、請求項のエレメントの記載に関連する「単独で」、「のみ」、などのような排他的な術語の使用または「消極的」限定の使用のための先行詞として果たすように意図される。
【００５８】
明確にするために別々の実施形態の文脈において記載される本発明のある特徴はまた、単一の実施形態において組み合わせて提供されてもよいことが十分に理解されたい。逆に、簡潔にするために単一の実施形態の文脈において記載される様々な提供される特徴はまた、別々にまたは任意の適した下位の組み合わせで提供されてもよい。提供される実施形態の組み合わせはすべて、本開示によって明確に包含され、あたかも、それぞれのおよび全ての組み合わせが個々にかつ明示的に開示されるかのようにまさに本明細書において開示される。さらに、様々な実施形態およびそのエレメントの下位の組み合わせもまたすべて、本開示によって明確に包含され、あたかも、それぞれのおよび全てのそのような下位の組み合わせが個々にかつ明示的に本明細書において開示されるかのようにまさに本明細書において開示される。
【００５９】
本明細書において論じられる刊行物は、本出願の出願日前のそれらの開示について単に提供される。本発明が、先の発明によってそのような刊行物に先行する権利を与えられないという承認として解釈されるものは本明細書においてない。さらに、提供される公開の日付は、独立して確認される必要があってもよい実際の公開日付と異なってもよい。
【００６０】
詳細な説明
本開示は、個体におけるＬＯＸＬ２、一般に、循環リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドを検出するおよび／または定量化するためのアッセイを提供する。アッセイは、診断および予後判定適用において有用であり、これらもまた、提供される。
【００６１】
リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）は、それがコラーゲンおよび他のマトリックス成分の架橋を実行する、線維症性ヒト肝組織において発現され、堅さの増加、異常な線維芽細胞の活性化、ならびにマトリックスリモデリングおよび線維形成の動的なプロセスをもたらす。Ｂａｒｒｙ−Ｈａｍｉｌｔｏｎ  Ｖ，  Ｓｐａｎｇｌｅｒ  Ｒ，  Ｍａｒｓｈａｌｌ  Ｄら、「Ａｌｌｏｓｔｅｒｉｃ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｌｙｓｙｌ  ｏｘｉｄａｓｅ−ｌｉｋｅ−２  ｉｍｐｅｄｅｓ  ｔｈｅ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃ  ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，」  Ｎａｔ  Ｍｅｄ．  ２０１０．１６：１００９−１０１７。ＬＯＸＬ２は、Ｃ型肝炎感染症１、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）１、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、ウィルソン病（Ｖａｄａｓｚ  Ｚ，  Ｋｅｓｓｌｅｒ  Ｏ，  Ａｋｉｒｉ  Ｇら、「Ａｂｎｏｒｍａｌ  ｄｅｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｏｌｌａｇｅｎ  ａｒｏｕｎｄ  ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ  ｉｎ  Ｗｉｌｓｏｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｉｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｌｙｓｙｌ  ｏｘｉｄａｓｅ  ａｎｄ  ｌｙｓｙｌ  ｏｘｉｄａｓｅ  ｌｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ−２，」  Ｊ  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ．  ２００５．４３：４９９−５０７）、および硬化性胆管炎のマウスモデルに加えて、原発性胆汁性肝硬変２を含む、多様な病因のヒト疾患由来の線維症性肝組織において発現される。Ｎａｋｋｅｎ  ＫＥ，  Ｎｙｇａｒｄ  Ｓ，  Ｈａａｌａｎｄ  Ｔら  「Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ−，  ｔｉｓｓｕｅ  ｒｅｍｏｄｅｌｌｉｎｇ−  ａｎｄ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ  ｇｅｎｅｓ  ａｒｅ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ  ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｌｉｖｅｒｓ  ｏｆ  Ａｂｃｂ４（−  ／  −  ）ｍｉｃｅ  ｈａｒｂｏｕｒｉｎｇ  ｃｈｒｏｎｉｃ  ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ，」  Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔ．  ２００７．４２：１２４５−１２５５。
【００６２】
モノクローナル抗体を使用するＬＯＸＬ２のアロステリック阻害は、肝線維症および肺線維症のモデルを含む、様々な疾患モデルにおける線維症の阻害において効果的である。ＬＯＸＬ２の阻害は、ＴＧＦβシグナル伝達およびいくつかの重要な線維症促進性（ｐｒｏ−ｆｉｂｒｏｔｉｃ）メディエータ（たとえばＴＧＦ−β１、ＣＴＧＦ、エンドセリン、ＣＸＣＬ１２）１のダウンレギュレーションをもたらし、ＬＯＸＬ２は、線維症性疾患において中核となる経路標的である。Ｍｅｈａｌ  ＷＺ，  Ｉｒｅｄａｌｅ  Ｊ，  ＆  Ｆｒｉｅｄｍａｎ  ＳＬ．、  「Ｅｘｐｒｅｓｓｗａｙ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｃｏｒｅ  ｏｆ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ，」  Ｎａｔ  Ｍｅｄ．  ２０１１．１７：５５２−５５３。
【００６３】
肝実質におけるコラーゲンの緩やかな蓄積は、慢性肝疾患の最終的な共通の経路である。線維症のこの進行性の蓄積は、最終的に、肝臓の硬変および末期肝疾患につながり得る。ＬＯＸＬ２は、コラーゲン原線維の架橋を触媒し、線維形成の中核となる調節タンパク質である。ＬＯＸＬ２発現は、病気の肝組織において増加する。
【００６４】
健康な成人組織においてＬＯＸＬ２発現はほとんどなく、正常な（たとえば非疾患）状態下で、循環ＬＯＸＬ２の量は、低い、または検出不可能である。ある疾患状態下で、循環ＬＯＸＬ２は、上昇する。たとえば、ＬＯＸＬ２は、慢性Ｃ型肝炎患者においてなど、慢性肝疾患の患者の血清において上昇し得、より進行型の線維症を有する患者においてレベルがより高い。循環ＬＯＸＬ２の検出は、したがって、個体が、循環ＬＯＸＬ２レベルの上昇をもたらす疾患を有するかどうかを決定するのに有用である。そのような疾患は、線維症およびがんを含む。本開示は、個体が、循環ＬＯＸＬ２レベルの上昇と関連する疾患を有するかどうかを決定するための診断方法を提供する。循環ＬＯＸＬ２の検出を、他の診断方法を用いて追跡調査して、診断を確認するまたは個体が特定の疾患を有する可能性を排除することができる。
【００６５】
循環ＬＯＸＬ２のレベルが、線維症のステージと相関することが分かった。
【００６６】
循環ＬＯＸＬ２のレベルにより、線維症を有する個体に対して線維症に対する処置が適用可能であるかどうかに関して、指標（ｉｎｄｉｃａｔｉｏｎ）を提供することができ、また、疾患転帰または処置への応答性などの、特定のエンドポイント、転帰、またはイベントの確度などの、疾患に関する他の予後判定および予測情報を提供することができることもまた、分かった。本開示は、個体が、線維症性疾患に対する処置に応答する確度および／またはそのような転帰、エンドポイント、もしくはイベントの確度を決定するための方法を提供する。
【００６７】
ＨＣＶ感染症を有する患者の処置の決定は、ますます、肝生検ではなく非侵襲性の血清試験に基づくものとなってきている。しかしながら、血清試験は、完全には最適ではなかった。Ｃａｓｔｅｒａ，  Ｌ．、  「Ｉｎｖａｓｉｖｅ  ａｎｄ  ｎｏｎ−ｉｎｖａｓｉｖｅ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｃｈｒｏｎｉｃ  ｌｉｖｅｒ  ｄｉｓｅａｓｅ，」  Ｂｅｓｔ  Ｐｒａｃｔ  Ｒｅｓ  Ｃｌｉｎ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔ．  ２０１１．２５：２９１−３０３を参照されたい。
【００６８】
循環ＬＯＸＬ２を検出するための方法
本開示は、個体における循環ＬＯＸＬ２ポリペプチドを検出するおよび／または定量化するためのアッセイを提供する。実施において、ＬＯＸＬ２は、試験されている個体から得られる液体サンプルにおいて検出され、液体サンプルが、血液または血漿もしくは血清などの血液画分または他の液体サンプルとすることができる。
【００６９】
いくつかの実施形態において、提供される方法およびアッセイが、慢性ＨＣＶ感染症またはＨＢＶ感染症を有する患者においてなど、肝線維症の程度についての非侵襲性の代用の測定に有用である。
【００７０】
ＬＯＸＬ２ポリペプチド
「ＬＯＸＬ２ポリペプチド」は、図４において示されるアミノ酸配列の約１００アミノ酸（ａａ）〜約２００ａａ、約２００ａａ〜約３００ａａ、約３００ａａ〜約４００ａａ、約４００ａａ〜約５００ａａ、約５００ａａ〜約６００ａａ、約６００ａａ〜約７００ａａ、または約７００ａａ〜７７４ａａの隣接ストレッチ（ｃｏｎｔｉｇｕｏｕｓ  ｓｔｒｅｔｃｈ）に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。「ＬＯＸＬ２」はまた、図４において示されるヒトＬＯＸＬ２アミノ酸配列およびその天然に存在する変異体（多型）をも指す。
【００７１】
図４は、４つのスカベンジャー受容体システインリッチ（ＳＲＣＲ）ドメインを示す、ヒトＬＯＸＬ２のアミノ酸配列を示す。ＬＯＸＬ２ポリペプチドは、完全長ポリペプチドまたは成熟（切断形態；プロセシングされた形態）ＬＯＸＬ２ポリペプチドとすることができる。予測されるシグナルの切断は、Ａｌａ２５〜Ｇｌｎ２６の間である。プレプロペプチドからのシグナルペプチドの切断により、ＬＯＸＬ２プロペプチドがもたらされる。ＬＯＸＬ２プロペプチドは、ＳＲＣＲ２およびＳＲＣＲ３の間で（たとえば、図４において示される配列のアミノ酸３０１および３２６の間で）切断され、ＳＲＣＲ３、ＳＲＣＲ４、およびリシルオキシダーゼ（触媒）ドメインを含むＬＯＸＬ２ポリペプチドが残る。
【００７２】
ＬＯＸＬ２ポリペプチドは、酵素的に活性であってもよい。たとえば、ＬＯＸＬ２ポリペプチドは、リシンおよびヒドロキシリシン残基のε−アミノ基の酸化的脱アミノを触媒し、ペプチジル−α−アミノアジピン酸−δ−セミアルデヒド（アリシン）へのペプチジルリシンの変換ならびに化学量論量（ｓｔｏｉｃｈｉｏｍｅｔｒｉｃ  ｑｕａｎｔｉｔｙ）のアンモニアおよび過酸化水素の放出をもたらすことができる。この反応は、ほとんど、多くの場合、細胞外で、たとえば、コラーゲンおよびエラスチン中のリシン残基上で起こる。
【００７３】
いくつかの場合において、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して検出されるＬＯＸＬ２ポリペプチドは、たとえば、ＳＲＣＲ１−２、ＳＲＣＲ３−４、および触媒ドメインを含む、シグナル配列を有していない完全長ＬＯＸＬ２ポリペプチドである。いくつかの実例において、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して検出されるＬＯＸＬ２ポリペプチドは、ＳＲＣＲ３−４ドメインおよび触媒ドメインのみを含む成熟ＬＯＸＬ２ポリペプチド（すなわちシグナル配列およびＳＲＣＲ１−２を有していない）である。その代わりにまたは成熟ＬＯＸＬ２ポリペプチド（ＳＲＣＲ３−４および触媒ドメイン；シグナル配列およびＳＲＣＲ１−２ドメインを有していない）の検出に加えて、対象のＬＯＸＬ２アッセイは、Ｎ末端ＬＯＸＬ２断片を検出することができ、このＮ末端ＬＯＸＬ２断片が、ＳＲＣＲ１−２ドメインを含み、ＳＲＣＲ３−４も触媒ドメインも含まない。
【００７４】
生物学的サンプル
適した液体生物学的サンプルは、全血；血液画分（「血液産物」とも呼ばれる）、適した血液画分は血清および血漿を含むが、これらに限定されない；唾液；尿；気管支肺胞洗浄液；脳脊髄液；痰；などを含むが、これらに限定されない。生物学的サンプルは、新鮮血液もしくは保存血液（たとえば血液バンクの）または血液画分とすることができる。生物学的サンプルは、本開示のアッセイのために特別に得られる液体サンプルまたは本開示のアッセイのために副次試料をとることができる、他の目的のために得られる液体サンプルとすることができる。
【００７５】
一実施例として、生物学的サンプルが、全血とすることができる。全血は、標準的な臨床手順を使用して、被験体から得ることができる。他の実施形態において、生物学的サンプルが、血漿である。血漿は、抗凝固血の遠心分離によって全血サンプルから得ることができる。そのようなプロセスにより、白血球成分のバフィーコートおよび血漿の上清が提供される。他の実施形態において、生物学的サンプルが、血清である。
【００７６】
サンプルは、適切なバッファー溶液中での希釈によって必要に応じて前処理する、ヘパリン処理する、所望の場合、濃縮する、または超遠心分離、高速タンパク質液体クロマトグラフィー（ＦＰＬＣ）による分画、もしくは沈降を含むが、これらに限定されない任意の数の方法によって分画することができる。サンプルは、サンプルから１つ以上の非ＬＯＸＬ２タンパク質または他の非ＬＯＸＬ２成分を除去するために、たとえばイムノアフィニティー法によって分画することができ、たとえば、抗アルブミン抗体は、サンプルからアルブミンを除去するために使用することができる。生理学的ｐＨの、ホスフェート、Ｔｒｉｓ、などのような様々なバッファーのうちの１つを用いる、多くの標準的な水性バッファー溶液のいずれも、使用することができる。
【００７７】
抗ＬＯＸＬ２抗体
対象の方法は、液体サンプル中のＬＯＸＬ２を固定し、検出するために、ＬＯＸＬ２に対して特異的な抗体を使用する。対象のアッセイ方法において使用される抗体は、ＬＯＸＬ２に対して特異的であり、たとえば、抗体は、ＬＯＸＬ２ポリペプチドに特異的に結合し、特異的な結合は、少なくとも約１０−７Ｍ、少なくとも約１０−８Ｍ、少なくとも約１０−９Ｍ、少なくとも約１０−１０Ｍ、少なくとも約１０−１１Ｍ、もしくは少なくとも約１０−１２Ｍの、または１０−１２Ｍよりも高い親和性による結合を指す。非特異的結合性は、約１０−７Ｍ未満の親和性による結合、たとえば１０−６Ｍ、１０−５Ｍ、１０−４Ｍなどの親和性による結合を指す。
【００７８】
ＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、ＬＯＸＬ２ポリペプチド以外のあらゆる他のリシルオキシダーゼ様ポリペプチドに実質的に結合しない、たとえば、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、ＬＯＸＬ１、ＬＯＸＬ３およびＬＯＸＬ４ポリペプチドに実質的に結合しない、またはリシルオキシダーゼ（ＬＯＸ）ポリペプチドに実質的に結合しない。
【００７９】
いくつかの実施形態において、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体が、ＬＯＸＬ２ポリペプチドが液体生物学的サンプル中にある場合、結合するために接触可能なエピトープ（複数可）に結合する、たとえば、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体が結合するエピトープ（複数可）は、表面接触可能であるおよび／または液体生物学的サンプル中に存在してもよい、１つ以上の非ＬＯＸＬ２タンパク質によってマスクされない。
【００８０】
対象のアッセイ方法において使用するのに適した抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、ナノボディ、ダイアボディ、多重特異性抗体（たとえば二重特異性抗体）、および抗原結合抗体断片を含む。
【００８１】
いくつかの場合において、対象の方法において使用される抗ＬＯＸＬ２抗体は、検出可能な標識を含む。適した検出可能な標識は、磁気ビーズ（たとえばＤｙｎａｂｅａｄｓ（商標））、蛍光色素（たとえばフルオレセインイソチオシアネート、テキサスレッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質など）、放射標識（たとえば３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３２Ｐ）、酵素（たとえば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、および酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）において一般に使用される他の酵素）、ならびにコロイド金または着色ガラスもしくはプラスチック（たとえばポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）ビーズなどの比色標識（ｃｏｌｏｒｉｍｅｔｒｉｃ  ｌａｂｅｌ）を含むが、これらに限定されない。
【００８２】
抗ＬＯＸＬ２抗体が検出可能な標識を含む場合、抗ＬＯＸＬ２抗体は、標識によって生成するシグナルを検出することによって検出することができる（たとえば、抗ＬＯＸＬ２抗体に結合させた酵素の産物として生成する発色団、発光団など；標識によって直接生成するシグナル；など）。いくつかの場合において、抗ＬＯＸＬ２抗体は、検出可能な標識を含まず、代わりに、抗ＬＯＸＬ２抗体は、検出可能な標識を含む二次抗体を使用して検出される。適した二次抗体は、抗ＬＯＸＬ２抗体の定常領域ドメイン（複数可）におけるエピトープ（複数可）に対して特異的なモノクローナルおよびポリクローナル抗体を含む。二次抗体は、磁気ビーズ（たとえばＤｙｎａｂｅａｄｓ（商標））、蛍光色素（たとえばフルオレセインイソチオシアネート、テキサスレッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質、赤色蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質など）、放射標識（たとえば３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３２Ｐ）、酵素（たとえば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ルシフェラーゼ、および一般に酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）において使用される他の酵素）、ならびにコロイド金または着色ガラスもしくはプラスチック（たとえばポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）ビーズなどの比色標識を含むが、これらに限定されない、様々な検出可能な標識のいずれかを含むことができる。ＭｅｓｏＳｃａｌｅ  ＤｉｓｃｏｖｅｒｙのＳＵＬＦＯ−ＴＡＧ（商標）標識もまた、検出可能な標識としての使用に適している。ＳＵＬＦＯ−ＴＡＧ（商標）標識は、ルテニウム（ＩＩ）トリス−ビピリジルタグ（ｔｒｉｓ−ｂｉｐｙｒｉｄａｌ  ｔａｇ）であり、これは、第一級アミン（たとえばリシン側鎖）とのルテニウム（ＩＩ）トリス−ビピリジン−（４−メチルスルホン）Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）−エステルの反応を介して、ポリペプチド（たとえば二次抗体）に結合することができる。
【００８３】
いくつかの実例において、対象のアッセイ方法において使用される抗ＬＯＸＬ２抗体は、不溶性支持体に固定される。適した不溶性支持体は、ポリビニルジフルオリド（ＰＶＤＦ）、セルロース、ニトロセルロース、ナイロン、ガラス、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、ポリプロピレン、二酸化ケイ素、ポリエチレン、ポリカーボネート、デキストラン、アミロース、天然および修飾セルロース、ポリアクリルアミド、ポリアクリルアミドゲルに埋め込まれたシリカ、アガロース、斑れい岩、磁鉄鉱などを含むが、これらに限定されない様々な物質を含むことができる。不溶性支持体は、様々な様式（たとえば寸法、形状）、たとえば、試験ストリップにおいて使用されるなどのシート；ディップスティックアッセイ様式；マルチウェルプレート（たとえばＥＬＩＳＡにおいて使用されるものなど）；などのいずれかであってもよい。
【００８４】
ＬＯＸＬ２に特異的な抗体の非限定的な例は、米国特許出願公開第２００９／０１０４２０１号明細書および米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書において開示される、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体を含む。
【００８５】
いくつかの実例において、適した抗体は、ＬＯＸＬ２  ＳＲＣＲ１ドメインにおけるエピトープに特異的に結合する。いくつかの実例において、適した抗体は、ＬＯＸＬ２  ＳＲＣＲ２ドメインにおけるエピトープに特異的に結合する。いくつかの実例において、適した抗体は、ＬＯＸＬ２  ＳＲＣＲ３ドメインにおけるエピトープに特異的に結合する。いくつかの実例において、適した抗体は、ＬＯＸＬ２  ＳＲＣＲ４ドメインにおけるエピトープに特異的に結合する。いくつかの実例において、適した抗体は、ＬＯＸＬ２触媒ドメインにおけるエピトープに特異的に結合する。図５は、ＬＯＸＬ２触媒ドメインのアミノ酸配列を提供する。いくつかの実例において、適した抗体（たとえばポリクローナル抗体）は、１、２、３、またはそれより多くのＬＯＸＬ２ドメインにおける複数のエピトープに特異的に結合する。
【００８６】
いくつかの場合において、抗体は、たとえば、ＳＲＣＲ１−２、ＳＲＣＲ３−４、および触媒ドメインを含む、シグナル配列を有していない完全長ＬＯＸＬ２ポリペプチドを検出する。いくつかの実例において、抗体は、ＳＲＣＲ３−４ドメインおよび触媒ドメインのみを含む成熟ＬＯＸＬ２ポリペプチド（すなわちシグナル配列およびＳＲＣＲ１−２を有していない）を検出する。他の実例において、抗体は、Ｎ末端ＬＯＸＬ２断片を検出し、このＮ末端ＬＯＸＬ２断片が、ＳＲＣＲ１−２ドメインを含み、ＳＲＣＲ３−４も触媒ドメインも含まない。
【００８７】
たとえば、いくつかの実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ３−リンカー−ＳＲＣＲ４領域内のエピトープに特異的に結合し、そのような領域は、「ＳＲＣＲ３−４」と呼ばれる。ＳＲＣＲ３−４領域は、配列番号１のアミノ酸３２５〜５４４と、アミノ酸３２５〜５４７と、アミノ酸３０３〜５４４と、またはアミノ酸３０３〜５４７と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。したがって、たとえば、いくつかの実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、配列番号１のアミノ酸３２５〜５４４と、アミノ酸３２５〜５４７と、アミノ酸３０３〜５４４と、またはアミノ酸３０３〜５４７と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。
【００８８】
ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、リンカー−ＳＲＣＲ３−リンカー−ＳＲＣＲ４−リンカー領域内のエピトープに特異的に結合する、たとえば、いくつかの場合において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体は、配列番号１のアミノ酸３０３〜５４４、アミノ酸３０３〜５４５、アミノ酸３０３〜５４６、またはアミノ酸３０３〜５４７と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。ある実施形態において、対象の抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ３−リンカー−ＳＲＣＲ４−リンカー領域内のエピトープに特異的に結合する、たとえば、いくつかの場合において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体は、配列番号１のアミノ酸３２５〜５４４、アミノ酸３２５〜５４５、アミノ酸３２５〜５４６、またはアミノ酸３２５〜５４７と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。
【００８９】
ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ３領域内の（かつＳＲＣＲ４内ではない）エピトープに特異的に結合し、ＳＲＣＲ３領域が、配列番号１のアミノ酸３２５〜４２５と、アミノ酸３０３〜４２５と、アミノ酸３０３〜４３４と、またはアミノ酸３２５〜４３４と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、リンカー−ＳＲＣＲ３領域内のエピトープに特異的に結合する、たとえば、いくつかの場合において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、配列番号１のアミノ酸３０３〜４２５と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ３−リンカー領域内のエピトープに特異的に結合する、たとえば、いくつかの場合において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、配列番号１のアミノ酸３２５〜４３４と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、リンカー−ＳＲＣＲ３−リンカー領域内のエピトープに特異的に結合する、たとえば、いくつかの場合において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、配列番号１のアミノ酸３０３〜４３４と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。
【００９０】
ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、リンカー−ＳＲＣＲ４−リンカー領域内のエピトープに特異的に結合する、たとえば、いくつかの場合において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、配列番号１のアミノ酸４２６〜５４４、アミノ酸４２６〜５４５、アミノ酸４２６〜５４６、またはアミノ酸４２６〜５４７と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ４領域内の（かつＳＲＣＲ３内ではない）エピトープに特異的に結合し、ＳＲＣＲ４領域が、配列番号１のアミノ酸４３５〜５４４と、アミノ酸４３５〜５４５、アミノ酸４３５〜５４６、またはアミノ酸４３５〜５４７と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
【００９１】
いくつかの実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ１−リンカー−ＳＲＣＲ２領域内のエピトープに特異的に結合し、そのような領域は、「ＳＲＣＲ１−２」と呼ばれる。ＳＲＣＲ１−２領域は、配列番号１（図４）において示されるアミノ酸配列のアミノ酸５８〜３０２または５８〜３２４と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、配列番号１において示されるアミノ酸配列のアミノ酸５８〜３２４と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列内のエピトープに特異的に結合する。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ１領域内の（かつＳＲＣＲ２内ではない）エピトープに特異的に結合し、ＳＲＣＲ１領域が、配列番号１において示されるアミノ酸配列のアミノ酸５８〜１５９と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ１−リンカー領域内のエピトープに特異的に結合し、ＳＲＣＲ１−リンカー領域が、配列番号１において示されるアミノ酸配列のアミノ酸５８〜１８７と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。ある実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＳＲＣＲ１領域内の（かつＳＲＣ２内ではない）エピトープに特異的に結合し、ＳＲＣＲ２領域が、配列番号１において示されるアミノ酸配列のアミノ酸１８８〜３０２と、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
【００９２】
非限定的な一実施例として、適した抗体が、モノクローナル抗体ＡＢ００３０であり、これは、ＬＯＸＬ２触媒ドメインにおけるエピトープに特異的に結合する。たとえば、抗体ＡＢ００３０がｐｒｏＢＭ２０に対応する、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書を参照されたい。
【００９３】
いくつかの実施形態において、適した抗体が、ＬＯＸＬ２が、ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害する作用物質に結合している場合に、ＬＯＸＬ２に特異的に結合するものである。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害する作用物質は、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤を含む。いくつかの場合において、アロステリック阻害剤は、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体、たとえば、ＬＯＸＬ２の「ＳＲＣＲ３−４」ドメイン内のエピトープに結合する、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害し、ＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合するモノクローナル抗体の非限定的な例は、ＡＢ００２３およびＡＢ００２４である；たとえば、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書を参照されたい。したがって、いくつかの実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ａ）ＳＲＣＲ３−４内のエピトープに特異的に結合する；ならびにｉｉ）ＳＲＣＲ３−４内のエピトープへの結合についてＡＢ００２３抗体および／またはＡＢ００２４抗体と競合しない。
【００９４】
たとえば、いくつかの実施形態において、抗体が、以下のＣＤＲおよび介在性のフレームワーク領域を有する可変重鎖領域を有する抗体である（ＡＢ００２３のものに対応する、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の配列に下線を引く）：
【００９５】
【化２】
2018049033.tif 000003
いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号６に対して７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を有する。いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号６において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する重鎖可変領域を有する。
【００９６】
いくつかの実施形態において、抗体が、以下のＣＤＲおよび介在性のフレームワーク領域を有する可変軽鎖領域を有する抗体である（ＡＢ００２３のものに対応する、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の配列に下線を引く）：
【００９７】
【化３】
2018049033.tif 000004
いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号７に対して７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を有する。いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号７において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する軽鎖可変領域を有する。いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号６において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する重鎖可変領域ならびに配列番号７において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する軽鎖可変領域を有する。
【００９８】
いくつかの実施形態において、抗体が、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書（２００９年２月２６日）において記載されるものなどの、その指定のＡＢ００２４ならびに／またはＡＢ００２４のＣＤＲ（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３）を有する重鎖を有するならびに／またはＡＢ００２４のＣＤＲ（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３）を有する軽鎖を有するものなどの、そのような抗体のヒト化バージョンである。
【００９９】
たとえば、一実施形態において、抗体が、以下のＣＤＲおよび介在性のフレームワーク領域を有する可変重鎖領域を有する抗体である（ＡＢ００２４のものに対応する、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の配列に下線を引く）：
【０１００】
【化４】
2018049033.tif 000005
【０１０１】
いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号８に対して７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を有する。いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号８において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する重鎖可変領域を有する。
【０１０２】
いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号８、
【化５】
2018049033.tif 000006
において記載されるアミノ酸配列または配列番号８、１０、１１、もしくは１２に対して、７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、もしくは９９％以上の相同性を有するアミノ酸を有する重鎖可変領域ならびに／または配列番号９、
【化６】
2018049033.tif 000007
において記載されるアミノ酸配列または配列番号９、１３、もしくは１４に対して、７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、もしくは９９％以上の相同性を有するアミノ酸を有する軽鎖可変領域を有する。
【０１０３】
いくつかの実施形態において、抗体が、以下のＣＤＲおよび介在性のフレームワーク領域を有する可変軽鎖領域を有する抗体である（ＡＢ００２４のものに対応する、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の配列に下線を引く）：
【０１０４】
【化７】
2018049033.tif 000008
いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号９に対して７５％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を有する。いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号９において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する軽鎖可変領域を有する。いくつかの実施形態において、抗体が、配列番号８において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する重鎖可変領域ならびに配列番号９において記載される可変領域配列のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、および／またはＣＤＲ３を有する軽鎖可変領域を有する。
【０１０５】
作用物質がＬＯＸＬ２酵素活性を阻害するかどうかは、任意の知られているアッセイを使用して決定することができる。たとえば、ＬＯＸＬ２酵素活性についてのアッセイは、基質としてジアミノペンタン（ＤＡＰ）を使用してまたは基質としてコラーゲンを使用して実行することができる。両方のアッセイにおいて、ＬＯＸＬ２の酵素活性は、過酸化水素（基質の脱アミノに際してＬＯＸＬ２によって遊離される）の生成を、Ａｍｐｌｅｘ（登録商標）Ｒｅｄ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）のレゾルフィン（蛍光産物）へのホースラディッシュペルオキシダーゼ触媒による変換と共役するアッセイを使用して測定することができる。
【０１０６】
いくつかの実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＬＯＸＬ２ポリペプチドの酵素活性を阻害する。他の実施形態において、適した抗ＬＯＸＬ２抗体が、ＬＯＸＬ２ポリペプチドの酵素活性を阻害しない。
【０１０７】
適した抗ＬＯＸＬ２抗体は、たとえば、ＲＰＤＳ−１Ｍ１、ＲＰＤＳ−１Ｍ３、ＲＰＤＳ−１Ｍ８、ＲＰＤＳ−１Ｍ９、ＲＰＤＳ−１Ｍ１１、ＲＰＤＳ−１Ｍ１５、ＲＰＤＳ−１Ｍ１７、ＲＰＤＳ−１Ｍ１９、ＲＰＤＳ−１Ｍ２０（ＡＢ００３０）、ＲＰＤＳ−１Ｍ２２、ＲＰＤＳ−１Ｍ２４、ＲＰＤＳ−１Ｍ２５、ＲＰＤＳ−１Ｍ２７、ＲＰＤＳ−１Ｍ２８、ＲＰＤＳ−１Ｍ２９、ＲＰＤＳ−１Ｍ３０、ＲＰＤＳ−１Ｍ３１、ＲＰＤＳ−１Ｍ３２、ＲＰＤＳ−２Ｍ１、ＲＰＤＳ−２Ｍ２、ＲＰＤＳ−２Ｍ３、ＲＰＤＳ−２Ｍ４、ＲＰＤＳ−２Ｍ５、ＲＰＤＳ−２Ｍ６、ＲＰＤＳ−２Ｍ７、ＲＰＤＳ−２Ｍ８、ＲＰＤＳ−２Ｍ９、ＲＰＤＳ−２Ｍ１０、ＲＰＤＳ−２Ｍ１１、ＲＰＤＳ−２Ｍ１２、ＲＰＤＳ−２Ｍ１３、ＲＰＤＳ−２Ｍ１４、ＲＰＤＳ−２Ｍ１５、ＲＰＤＳ−２Ｍ１６、ＲＰＤＳ−２Ｍ１７、ＲＰＤＳ−２Ｍ１８、およびＲＰＤＳ−２Ｍ１９を含み、そのような抗体は、米国特許出願第１３／０２１，５５５号において記載される。モノクローナル抗体ＲＰＤＳ−１Ｍ１、ＲＰＤＳ−１Ｍ３、ＲＰＤＳ−１Ｍ８、ＲＰＤＳ−１Ｍ９、ＲＰＤＳ−１Ｍ１１、ＲＰＤＳ−１Ｍ１５、ＲＰＤＳ−１Ｍ１７、ＲＰＤＳ−１Ｍ１９、ＲＰＤＳ−１Ｍ２０（ＡＢ００３０）、ＲＰＤＳ−１Ｍ２２、ＲＰＤＳ−１Ｍ２４、ＲＰＤＳ−１Ｍ２５、ＲＰＤＳ−１Ｍ２７、ＲＰＤＳ−１Ｍ２８、ＲＰＤＳ−１Ｍ２９、ＲＰＤＳ−１Ｍ３０、ＲＰＤＳ−１Ｍ３１、ＲＰＤＳ−１Ｍ３２、ＲＰＤＳ−２Ｍ１、ＲＰＤＳ−２Ｍ２、ＲＰＤＳ−２Ｍ３、ＲＰＤＳ−２Ｍ４、ＲＰＤＳ−２Ｍ５、ＲＰＤＳ−２Ｍ６、ＲＰＤＳ−２Ｍ７、ＲＰＤＳ−２Ｍ８、ＲＰＤＳ−２Ｍ９、ＲＰＤＳ−２Ｍ１０、ＲＰＤＳ−２Ｍ１１、ＲＰＤＳ−２Ｍ１２、ＲＰＤＳ−２Ｍ１３、ＲＰＤＳ−２Ｍ１４、ＲＰＤＳ−２Ｍ１５、ＲＰＤＳ−２Ｍ１６、ＲＰＤＳ−２Ｍ１７、ＲＰＤＳ−２Ｍ１８、およびＲＰＤＳ−２Ｍ１９は、ＬＯＸＬ２の触媒ドメイン内に結合する。
【０１０８】
アッセイ様式
個体における循環ＬＯＸＬ２を検出するための対象のアッセイは、一般に、ａ）個体から得られる液体サンプルを、ＬＯＸＬ２に対して特異的な抗体と接触させるステップおよびｂ）液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との抗体の結合を検出するステップを含む。適したアッセイ方法は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降アッセイ、横方向のまたは軸流アッセイ、質量分析法などを含む。
【０１０９】
対象のアッセイ方法は、１７５ｐｇ／ｍｌ以下まで、液体サンプル中のＬＯＸＬ２を検出することができる、たとえば、対象のアッセイ方法は、約１５０ｐｇ／ｍｌ〜約１７５ｐｇ／ｍｌまで、約１２５ｐｇ／ｍｌ〜約１５０ｐｇ／ｍｌまで、約１００ｐｇ／ｍｌ〜約１２５ｐｇ／ｍｌまで、約７５ｐｇ／ｍｌ〜約１００ｐｇ／ｍｌまで、約５０ｐｇ／ｍｌ〜約７５ｐｇ／ｍｌまで、または約４０ｐｇ／ｍｌ〜約５０ｐｇ／ｍｌまで、液体サンプル中のＬＯＸＬ２を検出することができる。たとえば、ＬＯＸＬ２が１０ｎｇ／ｍｌ未満の濃度で、たとえば約１０ｎｇ／ｍｌ〜約５ｎｇ／ｍｌ、約５ｎｇ／ｍｌ〜約１ｎｇ／ｍｌ、約１ｎｇ／ｍｌ〜約５００ｐｇ／ｍｌ、約５００ｐｇ／ｍｌ〜約４００ｐｇ／ｍｌ、約４００ｐｇ／ｍｌ〜約３００ｐｇ／ｍｌ、約３００ｐｇ／ｍｌ〜約２００ｐｇ／ｍｌ、約２００ｐｇ／ｍｌ〜約１７５ｐｇ／ｍｌ、約２００ｐｇ／ｍｌ〜約１５０ｐｇ／ｍｌ、約１５０ｐｇ／ｍｌ〜約１００ｐｇ／ｍｌ、約１００ｐｇ／ｍｌ〜約７５ｐｇ／ｍｌ、約７５ｐｇ／ｍｌ〜約５０ｐｇ／ｍｌ、または約５０ｐｇ／ｍｌ〜約４０ｐｇ／ｍｌの濃度で液体サンプル中に存在する場合、対象のアッセイ方法は、液体サンプル中のＬＯＸＬ２を検出することができる。いくつかの場合において、対象のアッセイ方法は、ＬＯＸＬ２が、約１７５ｐｇ／ｍｌ〜約５ｎｇ／ｍｌ（または５ｎｇ／ｍｌを超える）の濃度範囲で液体サンプル中に存在する場合、液体サンプル中のＬＯＸＬ２を検出する。いくつかの場合において、対象のアッセイ方法は、ＬＯＸＬ２が、約４０ｐｇ／ｍｌ〜約５ｎｇ／ｍｌ（または５ｎｇ／ｍｌを超える）の濃度範囲で液体サンプル中に存在する場合、液体サンプル中のＬＯＸＬ２を検出する。いくつかの場合において、対象のアッセイ方法は、平均バックグラウンド＋２．５×ＳＤ（バックグラウンドの標準偏差）の検出限界まで、液体サンプル中のＬＯＸＬ２を検出する。
【０１１０】
いくつかの場合において、対象のアッセイ方法が、２つのＬＯＸＬ２に特異的な抗体の使用を含む。２つのＬＯＸＬ２に特異的な抗体は両方とも、モノクローナル抗体とすることができる；２つのＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体とすることができる；またはいくつかの他のそのような組み合わせとすることができる。
【０１１１】
たとえば、第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、液体サンプルと接触させ、第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２と複合体を形成する。第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、不溶性支持体に固定することができ、その結果、第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体／ＬＯＸＬ２複合体は、不溶性支持体に固定される。その代わりに、第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、溶液中のものとすることができ、第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体／ＬＯＸＬ２複合体は、不溶性とすることができ、その結果、第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体／ＬＯＸＬ２複合体は、免疫沈降する。第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体／ＬＯＸＬ２複合体は、第２のＬＯＸＬ２に特異的な抗体を使用して検出することができる。いくつかの場合において、第１のＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、ポリクローナル抗体であり、第２のＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、モノクローナル抗体である。
【０１１２】
いくつかの実施形態において、対象のアッセイ方法が、個体から得られる液体サンプルと、固定されたＬＯＸＬ２に特異的な抗体と接触させるステップを含み、固定されたＬＯＸＬ２に特異的な抗体が、不溶性支持体に固定される。サンプル中に存在するあらゆるＬＯＸＬ２は、固定されたＬＯＸＬ２に特異的な抗体に結合し、固定された抗ＬＯＸＬ２／ＬＯＸＬ２複合体を形成する。固定された抗ＬＯＸＬ２／ＬＯＸＬ２複合体は、第２の（非固定）ＬＯＸＬ２に特異的な抗体を使用して検出することができる。第２のＬＯＸＬ２に特異的な抗体は、検出可能な程度に標識することができる、または検出可能な程度に標識された二次抗体を使用して検出することができる。
【０１１３】
したがって、いくつかの実施形態において、個体における循環ＬＯＸＬ２を検出する対象の方法が、ａ）個体から得られる液体サンプルと、ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体を接触させるステップであって、それにより第１の抗体およびＬＯＸＬ２が複合体を形成するステップ、ｂ）ＬＯＸＬ２−第１の抗体複合体を、ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体と接触させるステップ、ならびに、ｃ）ＬＯＸＬ２−第１の抗体複合体への第２の抗体の結合を検出するステップを含む。
【０１１４】
不溶性支持体は、マルチウェルプレートの１つ以上のウェル、試験ストリップ、ディップスティック様式などとすることができる。上記アッセイ様式のいずれにおいても、１つ以上の洗浄ステップを、非結合成分を除去するために実行することができる。
【０１１５】
本開示のアッセイ方法は、個体における循環ＬＯＸＬ２の異常なレベルを検出することができる。たとえば、対象のアッセイ方法は、ａ）個体から得られる液体サンプルを、ＬＯＸＬ２に対して特異的な抗体と接触させるステップ、ｂ）液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との抗体の結合を検出するステップ、およびｃ）検出レベルを正常コントロール値と比較するステップを含むことができる。正常コントロール値よりも高い検出レベルは、病態（たとえばがんまたは線維症）を示す。
【０１１６】
コントロール値
試験被験体から得られる液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルは、正常コントロール値（複数可）または正常コントロール値の範囲と比較することができる。コントロール値は、コントロール集団、たとえば一般集団またはヒト被験体の選抜集団（ｓｅｌｅｃｔ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ）から得られる、比較可能なサンプル（たとえば血液、血漿、血清サンプル、または他の液体生物学的サンプル）中のＬＯＸＬ２のレベルに基づくものとすることができる。たとえば、選抜集団は、明らかに健康な被験体（たとえば、以前に、線維症やがんのいかなるサインや症状をも有したことがない個体）から構成され得る。明らかに健康な個体はまた、一般に、別段疾患の症状を示さない。言いかえれば、そのような個体は、医学の専門家によって検査された場合、健康で、疾患の症状がないものとして特徴付けられることになる。
【０１１７】
コントロール値は、様々な形態を取ることができる。コントロール値は、中央値または平均値などの単一のカットオフ値とすることができる。正常コントロール値は、正常コントロール範囲とすることができる。
【０１１８】
いくつかの場合において、コントロールの正常値は、対象のアッセイ方法の検出限界未満であり、たとえば、正常値は、約１７５ｐｇ／ｍｌ未満、約１５０ｐｇ／ｍｌ未満、約１００ｐｇ／ｍｌ未満、約７５ｐｇ／ｍｌ未満、約５０ｐｇ／ｍｌ未満、または約４０ｐｇ／ｍｌ未満とすることができる。
【０１１９】
試験被験体
上記に述べられるように、個体から得られる液体サンプルは、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験される。対象のアッセイを使用して試験するのに適した個体は、これまで疾患を有すると診断されていないが、医師に症状および／または愁訴を示す個体（たとえば診断されていない障害または疾患を有する個体）；がんと診断された個体；がんを有することが疑われているが、これまでがんを有すると診断されていない個体；明らかに健康であり、慣用のスクリーニングを受けている個体；線維症を有すると診断された個体；線維症を有することが疑われているが、これまで線維症を有すると診断されていない個体；慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）などのＨＣＶ感染症または慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）（ＣＨＢ）などのＨＢＶ感染症を有すると診断された個体；ならびにがんまたは線維症性疾患に対する処置を受けている個体を含むが、これらに限定されない。
【０１２０】
がん患者
対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験するのに適した個体は、がんを有すると診断された個体を含み、良性腫瘍を有する個体、原発性腫瘍を有する個体、腫瘍転移を有する個体、および非固形腫瘍タイプのがんを有する個体を含む。対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験するのに適した個体は、がんを有するが、これまでがんを有すると診断されていない個体を含む。したがって、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験するのに適した個体は、癌、肉腫、白血病、およびリンパ腫を含む多種多様のがんを有する個体を含む。
【０１２１】
癌は、食道癌、肝細胞癌、基底細胞癌（皮膚がんの形態）、扁平上皮癌（様々な組織）、移行上皮癌を含む膀胱癌（膀胱の悪性新生物）、気管支原性癌、結腸癌、結腸直腸癌、胃癌、肺の小細胞癌および非小細胞癌を含む肺癌、副腎皮質癌、甲状腺癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、腎細胞癌、上皮内腺管癌（ｄｕｃｔａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｉｎ  ｓｉｔｕ）または胆管癌、絨毛癌、セミノーマ、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸部癌、子宮癌、精巣癌、骨原性癌（ｏｓｔｅｏｇｅｎｉｃ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮癌、および鼻咽腔癌などを含むが、これらに限定されない。
【０１２２】
肉腫は、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、脊索腫、骨原性肉腫、骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫（ｌｙｍｐｈａｎｇｉｏｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、滑膜性腫瘍、中皮腫、ユーイング肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、および他の軟部組織肉腫を含むが、これらに限定されない。
【０１２３】
固形腫瘍は、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、脳室上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫（ｍｅｎａｎｇｉｏｍａ）、黒色腫、神経芽細胞腫、および網膜芽細胞腫を含むが、これらに限定されない。
【０１２４】
白血病は、ａ）慢性骨髄増殖性症候群（多能性造血幹細胞の新生物障害）；ｂ）急性骨髄性白血病（多能性造血幹細胞または分化能（ｌｉｎｅａｇｅ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ）が限られている造血系細胞の悪性形質転換；ｃ）Ｂ細胞ＣＬＬ、Ｔ細胞ＣＬＬ  前リンパ球性白血病、およびヘアリー細胞白血病を含む慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ；免疫学的に未成熟で、機能的に無能な小リンパ球のクローン増殖）；ならびにｄ）急性リンパ芽球性白血病（リンパ芽球の蓄積によって特徴付けられる）を含むが、これらに限定されない。リンパ腫は、Ｂ細胞リンパ腫（たとえばバーキットリンパ腫）；ホジキンリンパ腫；などを含むが、これらに限定されない。
【０１２５】
良性腫瘍は、たとえば血管腫、肝細胞腺腫、海綿状血管腫、限局性結節性過形成、聴神経腫、神経線維腫、胆管腺腫、胆管嚢胞腺腫（ｂｉｌｅ  ｄｕｃｔ  ｃｙｓｔａｎｏｍａ）、線維腫、脂肪腫、平滑筋腫、中皮腫、奇形腫、粘液腫、結節性再生過形成、トラコーマ、および化膿性肉芽腫を含む。
【０１２６】
原発性および転移性腫瘍は、たとえば、肺がん（肺腺癌、扁平上皮癌、大細胞癌、気管支肺胞癌、非小細胞癌、小細胞癌、中皮腫を含むが、これらに限定されない）；乳がん（腺管癌、小葉癌、炎症性乳がん、明細胞癌、粘液性癌を含むが、これらに限定されない）；結腸直腸がん（結腸がん、直腸がんを含むが、これらに限定されない）；肛門がん；膵がん（膵臓腺癌、島細胞癌、神経内分泌腫瘍を含むが、これらに限定されない）；前立腺がん；卵巣癌（漿液性腫瘍、類内膜腫瘍、および粘液性嚢胞腺癌を含む卵巣上皮癌または表層上皮性−間質性腫瘍、性索間質腫瘍を含むが、これらに限定されない）；肝臓癌および胆管癌（肝細胞癌、胆管癌、血管腫を含むが、これらに限定されない）；食道癌（食道腺癌および扁平上皮癌を含むが、これらに限定されない）；非ホジキンリンパ腫；膀胱癌；子宮の癌（子宮内膜腺癌、子宮乳頭状漿液性癌（ｕｔｅｒｉｎｅ  ｐａｐｉｌｌａｒｙ
ｓｅｒｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、子宮明細胞癌（ｕｔｅｒｉｎｅ  ｃｌｅａｒ−ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、子宮肉腫および平滑筋肉腫、ミュラー管混合腫瘍（ｍｉｘｅｄ  ｍｕｌｌｅｒｉａｎ  ｔｕｍｏｒ）を含むが、これらに限定されない）；神経膠腫、膠芽腫、髄芽腫、および他の脳の腫瘍；腎臓がん（腎細胞癌、明細胞癌、ウィルムス腫瘍を含むが、これらに限定されない）；頭頸部のがん（扁平上皮癌を含むが、これらに限定されない）；胃のがん（胃腺癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）、消化管間質腫瘍を含むが、これらに限定されない）；多発性骨髄腫；精巣がん；胚細胞腫瘍；神経内分泌腫瘍；子宮頸がん；胃腸管、乳房、および他の器官のカルチノイド；ならびに印環細胞癌を含む。
【０１２７】
いくつかの場合において、がん患者は、現在、がんに対する処置を受けている患者である。いくつかの実例において、処置は、ＬＯＸＬ２ポリペプチドの酵素活性を阻害する作用物質の投与を含む。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害する作用物質は、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤を含む。いくつかの場合において、アロステリック阻害剤は、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体、たとえば、ＬＯＸＬ２の「ＳＲＣＲ３−４」ドメイン内のエピトープに結合する、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害し、ＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合するモノクローナル抗体の非限定的な例は、ＡＢ００２３およびＡＢ００２４である；たとえば、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書を参照されたい。
上皮間葉転換
対象のアッセイ方法を使用して試験するのに適した個体は、上皮細胞の上皮間葉転換（ＥＭＴ）が起こった個体を含む。対象のアッセイ方法を使用して試験するのに適した個体は、線維形成および線維芽細胞活性化（これらは、腫瘍および線維症性疾患の異常な微小環境を生成する要因と考えられる）が起こった個体を含む。そのような個体は、前がん性細胞を有し得るおよび／またはがん発生の初期にあり得る。
【０１２８】
線維症
対象のＬＯＸＬ２アッセイ方法を使用して試験するのに適した個体は、線維症（線維症性疾患）、たとえば肝線維症、腎線維症、肺線維症、骨髄線維症、心線維症（ｃａｒｄｉａｃ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ）、または他のタイプの線維症を有すると診断された個体を含む。対象のＬＯＸＬ２アッセイ方法を使用して試験するのに適した個体は、線維症性疾患（たとえば肝線維症、腎線維症、肺線維症、骨髄線維症、心線維症、または他のタイプの線維症）を有するが、これまで線維症性疾患を有すると診断されていない個体を含む。
【０１２９】
いくつかの場合において、適した試験被験体は、線維症の進行型の形態を有するが、線維症に対する処置レジメンによる処置になお適し得る。たとえば、適した試験被験体は、活動性（末期ではない）線維症を有する被験体を含む。いくつかの場合において、適した試験被験体は、線維症を有し、急速な疾患増悪を経験することが予想され得る被験体である。
【０１３０】
いくつかの場合において、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験されるべき個体は、現在、線維症性疾患に対する処置を受けている個体である。いくつかの実例において、処置は、ＬＯＸＬ２ポリペプチドの酵素活性を阻害する作用物質の投与を含む。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害する作用物質は、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤を含む。いくつかの場合において、アロステリック阻害剤は、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体、たとえば、ＬＯＸＬ２の「ＳＲＣＲ３−４」ドメイン内のエピトープに結合する、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害し、ＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合するモノクローナル抗体の非限定的な例は、ＡＢ００２３およびＡＢ００２４である；たとえば、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書を参照されたい。
【０１３１】
肝線維症
肝臓の線維症は、多数の肝疾患の病態に関係する。線維症は、ヘモクロマトーシス、ウィルソン病、アルコール中毒、住血吸虫症、ウイルス性肝炎、胆管閉塞症、毒素に対する曝露、および代謝障害の合併症として起こり得る。未検査のまま放置すると、肝線維症は、硬変（被包性の結節の存在によって決定される）、肝不全、および死に進行する。
【０１３２】
肝線維症は、硬変ならびに慢性ウイルス性肝炎、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、アルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、および自己免疫性肝炎などの関連する状態を含むが、これらに限定されない。
【０１３３】
寄生虫およびウイルス感染症（たとえばＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ＨＣＶ、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、住血吸虫症）のような源（ｓｏｕｒｃｅ）由来の肝臓に対する慢性の傷害またはアルコール消費由来の長期間のストレスは、典型的に、肝臓のリモデリングをもたらして、おそらく、損傷エリアを被包し、かつ損傷から残りの肝組織を保護する（Ｌｉ  ａｎｄ  Ｆｒｉｅｄｍａｎ、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  Ｈｅｐａｔｏｌ．  １４：６１８−６３３、１９９９）。肝線維症は、総コラーゲン含有量の３〜１０倍の増加および低密度基底膜の高密度マトリックスとの交換を含む、細胞外マトリックスの変化をもたらし、これらにより、肝細胞、肝星細胞、および内皮細胞の代謝機能および合成機能が損なわれる（Ｇｉｒｏｇｅｓｃｕ，  Ｍ．、Ｎｏｎ−ｉｎｖａｓｉｖｅ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍａｒｋｅｒｓ  ｏｆ  Ｌｉｖｅｒ  Ｆｉｂｒｏｓｉｓ，  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎ．  Ｌｉｖｅｒ  Ｄｉｓ．，  １５（２）：１４９−１５９（２００６））。
【０１３４】
肝線維症の程度および重症度の定量的評価を提供する、多くの標準化されたスコアリングシステムが存在する。これらは、ＭＥＴＡＶＩＲ、Ｋｎｏｄｅｌｌ、Ｓｃｈｅｕｅｒ、Ｌｕｄｗｉｇ、およびＩｓｈａｋスコアリングシステムを含む。肝線維症を有する個体は、ＭＥＴＡＶＩＲ、Ｋｎｏｄｅｌｌ、Ｓｃｈｅｕｅｒ、Ｌｕｄｗｉｇ、およびＩｓｈａｋスコアリングシステムのいずれかに基づく、肝線維症の任意の程度または重症度を有する個体を含む。
【０１３５】
ＭＥＴＡＶＩＲスコアリングシステムは、線維症（門脈線維症（ｐｏｒｔａｌ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ）、小葉中心性線維症（ｃｅｎｔｒｉｌｏｂｕｌａｒ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ）、および硬変）；壊死（巣状および小葉壊死（ｐｉｅｃｅｍｅａｌ  ａｎｄ  ｌｏｂｕｌａｒ  ｎｅｃｒｏｓｉｓ）、好酸性退縮（ａｃｉｄｏｐｈｉｌｉｃ  ｒｅｔｒａｃｔｉｏｎ）、ならびに気球状変性）；炎症（門脈路（ｐｏｒｔａｌ  ｔｒａｃｔ）炎症、門脈リンパ様集合体（ｐｏｒｔａｌ  ｌｙｍｐｈｏｉｄ  ａｇｇｒｅｇａｔｅ）、および門脈炎症の分布）；胆管変化；ならびにＫｎｏｄｅｌｌ指数（門脈周囲の壊死、小葉壊死、門脈炎症、線維症、および全体的な疾患活性のスコア）を含む、肝生検の様々な特徴の分析に基づく。ＭＥＴＡＶＩＲシステムにおけるそれぞれのステージの定義は、以下のとおりである：スコア：０、線維症なし；スコア：１、門脈路の放射状の拡大（ｓｔｅｌｌａｔｅ  ｅｎｌａｒｇｅｍｅｎｔ）があるが、隔壁形成なし；スコア：２、まれに隔壁形成を伴う門脈路の拡大；スコア：３、硬変を伴わない多数の隔壁；およびスコア：４、硬変。
【０１３６】
組織学的活性指数（Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘ）とも呼ばれるＫｎｏｄｅｌｌのスコアリングシステムは、４つのカテゴリーの組織学的特徴におけるスコアに基づいて検体を分類する：Ｉ．門脈周囲のおよび／または架橋状壊死；ＩＩ．小葉内の変性および巣状壊死；ＩＩＩ．門脈炎症；ならびにＩＶ．線維症。Ｋｎｏｄｅｌｌステージングシステムにおいて、スコアは、以下のとおりである：スコア：０、線維症なし；スコア：１、軽度の線維症（線維性の門脈の拡大）；スコア：２、中程度の線維症；スコア：３、重度の線維症（架橋状線維症）；およびスコア：４、硬変。スコアが高いほど、肝組織損傷は重度になる。Ｋｎｏｄｅｌｌ（１９８１）Ｈｅｐａｔｏｌ．  １：４３１。
【０１３７】
Ｓｃｈｅｕｅｒスコアリングシステムにおいて、スコアは、以下のとおりである：スコア：０、線維症なし；スコア：１、線維症性門脈路の拡大；スコア：２、門脈周囲または門脈間の（ｐｏｒｔａｌ−ｐｏｒｔａｌ）隔壁があるが、無傷の構造；スコア：３、構造に変形があるが、明らかな硬変がない線維症；スコア：４、ほぼ確実なまたは確実な硬変。Ｓｃｈｅｕｅｒ（１９９１）Ｊ．  Ｈｅｐａｔｏｌ．  １３：３７２。
【０１３８】
Ｉｓｈａｋスコアリングシステムは、Ｉｓｈａｋ（１９９５）Ｊ．  Ｈｅｐａｔｏｌ．
２２：６９６−６９９において記載される。ステージ０、線維症なし；ステージ１、短い線維性の隔壁を伴うまたは伴わないいくつかの門脈エリアの線維性の拡大；ステージ２、短い線維性の隔壁を伴うまたは伴わないほとんどの門脈エリアの線維性の拡大；ステージ３、時々の、門脈から門脈への（ｐｏｒｔａｌ  ｔｏ  ｐｏｒｔａｌ）（Ｐ−−Ｐ）架橋を伴うほとんどの門脈エリアの線維性の拡大；ステージ４、（Ｐ−−Ｐ）および門脈から中心部への（ｐｏｒｔａｌ−ｃｅｎｔｒａｌ）（Ｐ−−Ｃ）著しい架橋を伴う門脈エリアの線維性の拡大；ステージ５、時々の、結節を伴う著しい架橋（Ｐ−−Ｐおよび／またはＰ−−Ｃ）（不完全な硬変）；ステージ６、ほぼ確実なまたは確実な硬変。
【０１３９】
腎線維症
肝線維症のように、腎線維症は、様々な疾患および腎臓に対する傷害から結果として生じ得る。そのような疾患および傷害の例は、慢性腎疾患、メタボリックシンドローム、膀胱尿管逆流、尿細管間質性腎線維症（ｔｕｂｕｌｏｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ  ｒｅｎａｌ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ）、糖尿病（糖尿病性腎症を含む）、ならびに巣状分節状糸球体硬化症および膜性糸球体腎炎、膜性増殖性ＧＮを含むが、これらに限定されない、結果として生ずる糸球体腎炎（ＧＮ）を含む。
【０１４０】
メタボリックシンドロームは、インスリン抵抗性ならびに中心性または内臓肥満および高血圧などの、糖尿病性の特徴を含む異常状態のクラスターであることが認識されるようになった。ほぼすべての場合において、グルコースの調節異常は、サイトカイン放出の刺激および細胞外マトリックス沈着のアップレギュレーションをもたらす。慢性腎疾患、糖尿病、メタボリックシンドローム、および糸球体腎炎の一因となるさらなる要因は、高脂血症、高血圧、およびタンパク尿を含み、これらはすべて、腎臓に対するさらなる損傷をもたらし、細胞外マトリックス沈着をさらに刺激する。したがって、原発性の原因に関係なく、腎臓に対する傷害は、腎線維症および腎機能の相伴う損失をもたらし得る（Ｓｃｈｅｎａ，  Ｆ．およびＧｅｓｕａｌｄｏ，  Ｌ．、Ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ｏｆ  Ｄｉａｂｅｔｉｃ  Ｎｅｐｈｒｏｐａｔｈｙ，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｓｏｃ．  Ｎｅｐｈｒｏｌ．，  １６：Ｓ３０−３３（２００５）；Ｗｈａｌｅｙ−Ｃｏｎｎｅｌｌ，  Ａ．およびＳｏｗｅｒ，  Ｊ．Ｒ．、Ｃｈｒｏｎｉｃ  Ｋｉｄｎｅｙ  Ｄｉｓｅａｓｅ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｃａｒｄｉｏｍｅｔａｂｏｌｉｃ  Ｓｙｎｄｒｏｍｅ，  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｈｙｐｅｒｔ．，  ８（８）：５４６−４８（２００６））。
【０１４１】
肺線維症
肺の線維症は、多くの症候群および疾患を含む。例示的な疾患は、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、特発性間質性肺炎、および急性呼吸促迫症候群（ＡＲＤＳ）を含む。肺線維症はまた、特発性線維化肺胞炎、慢性線維化間質性肺炎（ｃｈｒｏｎｉｃ  ｆｉｂｒｏｓｉｎｇ  ｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）、間質性肺疾患（ＩＬＤ）、およびびまん性実質性肺疾患（ＤＰＬＤ）をも含むが、これらに限定されない。
【０１４２】
上記の疾患を含む、ほとんどの肺線維症の病因は、十分に理解されておらず、しかしながら、すべて、炎症細胞の流入および引き続くコラーゲンに富む細胞外マトリックスの合成および沈着の増大によって特徴付けられる（Ｃｈｕａら、Ａｍ  Ｊ．  Ｒｅｓｐｉｒ．  Ｃｅｌｌ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  ３３：９−１３（２００５）；Ｔｚｏｒｔｚａｋｉら、Ｊ．  Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．  ＆  Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．，  ５４（６）：６９３−７００（２００６）；Ａｒｍｓｔｒｏｎｇら、Ａｍ．  Ｊ．  Ｒｅｓｐｉｒ．  Ｃｒｉｔ．  Ｃａｒｅ  Ｍｅｄ．，  １６０：１９１０−１９１５（１９９９））。
【０１４３】
ＩＰＦは、肺組織の炎症および最終的に線維症によって特徴付けられるが、これらの２つの症状を分離することができる。ＩＰＦの原因は、知られておらず、それは、自己免疫障害からまたは感染症の結果として生じ得る。ＩＰＦの症状は、疾患が進行すると主な症状になる呼吸困難（すなわち息切れ）、および乾性咳嗽を含む。死は、低酸素血症、右心不全、心臓発作、肺塞栓症、卒中、または肺感染症から結果として生じ得、これらはすべて、その疾患によって引き起こされ得る。
【０１４４】
いくつかの場合において、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験されるべき個体は、現在、ＩＰＦに対する処置を受けている個体である。いくつかの実例において、処置は、ＬＯＸＬ２ポリペプチドの酵素活性を阻害する作用物質の投与を含む。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害する作用物質は、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤を含む。いくつかの場合において、アロステリック阻害剤は、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体、たとえば、ＬＯＸＬ２の「ＳＲＣＲ３−４」ドメイン内のエピトープに結合する、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害し、ＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合するモノクローナル抗体の非限定的な例は、ＡＢ００２３およびＡＢ００２４である；たとえば、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書を参照されたい。
【０１４５】
骨髄線維症
原発性骨髄線維症における発病のプロセスは、原発性巨核球増量クローン性骨髄増殖（ｐｒｉｍａｒｙ  ｍｅｇａｋａｒｙｏｃｙｔｅ−ｗｅｉｇｈｔｅｄ  ｃｌｏｎａｌ  ｍｙｅｌｏｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ）ならびに骨髄線維症、骨硬化症、新脈管形成、および髄外造血を含む、腫瘍随伴性の間質反応を含む。骨髄反応は、線維性コラーゲンなどの細胞外マトリックスタンパク質の過剰沈着、低細胞性、骨髄線維芽細胞の活性化および動員、過度のサイトカインおよび増殖因子産生、ならびに造血能力の低下をもたらす他の変化を含む。二次性骨髄線維症は、真性赤血球増加症または本態性血小板増加症から結果として生じ得る。
【０１４６】
処置を受けている個体
いくつかの場合において、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験されるべき個体は、現在、線維症性疾患に対するまたはがんに対する処置を受けている個体である。いくつかの実例において、処置は、ＬＯＸＬ２ポリペプチドの酵素活性を阻害する作用物質の投与を含む。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害する作用物質は、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤を含む。いくつかの場合において、アロステリック阻害剤は、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体、たとえば、ＬＯＸＬ２のＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合する、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害し、ＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合するモノクローナル抗体の非限定的な例は、ＡＢ００２３およびＡＢ００２４である；たとえば、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書を参照されたい。
【０１４７】
診断方法
本開示は、循環性ＬＯＸＬ２の上昇などのＬＯＸＬ２のレベルの上昇と関連するまたはそれによって特徴付けられる疾患および状態を含む、ＬＯＸＬ２と関連する疾患および状態に対する、様々な診断方法を提供する。たとえば、個体が循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患を有するかどうかを決定するための方法が、提供される。そのような疾患または状態の活性または重症度を評価するための方法もまた、提供される。診断方法は、一般に、上記に記載されるように、対象のＬＯＸＬ２アッセイ方法を使用して、個体における循環ＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップを含む。循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患は、がんおよび線維症を含む。
【０１４８】
所定のサンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルは、濃度によって、重量、または本明細書において記載される検出アッセイの他の読み取り値によって表現されてもよい。一態様において、正常コントロールレベルまたは他の参照レベルよりも高い循環ＬＯＸＬ２のレベルが、個体が循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患を有することを示す。たとえば、正常コントロールレベルまたは他の参照レベルよりも、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％高い、または５０％超高い循環ＬＯＸＬ２のレベルは、個体が循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患を有することを示すことができる。他の実施例として、約４０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約７５ｐｇ／ｍｌよりも高い、約１００ｐｇ／ｍｌよりも高い、約１５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約１７５ｐｇ／ｍｌよりも高い、約２００ｐｇ／ｍｌよりも高い、約２５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約３００ｐｇ／ｍｌよりも高い、約３５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約４００ｐｇ／ｍｌよりも高い、約４５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約５００ｐｇ／ｍｌよりも高い、約５５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約６００ｐｇ／ｍｌよりも高い、約６５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、約７００ｐｇ／ｍｌよりも高い、約７５０ｐｇ／ｍｌよりも高い、または約８００ｐｇ／ｍｌよりも高い、循環ＬＯＸＬ２のレベルは、個体が、循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患を有することを示すことができる、および／または活動性疾患または特定の活性レベルを示すことによってなどの、疾患または状態についての予後判定情報もしくは予測情報を示すことができる。いくつかの場合において、レベルは、被験体における活発な線維形成を示す。本明細書において使用される場合、用語「正常コントロールレベル」および「参照レベル」は、ＬＯＸＬ２との関連において、サンプル、たとえば試験サンプルにおけるＬＯＸＬ２レベルを比較する、ＬＯＸＬ２のレベルを指す。一実施例において、正常コントロールレベルまたは参照レベルが、被験体の疾患または状態、たとえばＬＯＸＬ２関連疾患または状態を有していない個体などの健康な個体由来のサンプルにおいて一般に観察されるレベルである。他の実施例において、それが、それほど活動性でない疾患、比較的よりよい予後判定、または生存もしくは処置への応答性などの、特定の転帰、エンドポイント、もしくはイベントと関連するより好都合な可能性（ｃｈａｎｃｅ）を有する個体などの、ＬＯＸＬ２関連疾患または状態を有する個体において観察されるレベルである。たとえば、参照レベルまたは正常コントロールレベルは、好ましい転帰、エンドポイント、またはイベントを最終的に示した個体由来のサンプルにおける、ベースラインレベルなどの、特定の時点で観察されるレベルであってもよい。他の実施例において、正常コントロールレベルまたは参照レベルが、アッセイされているサンプルと比較した、異なる時点で、同じ個体から採取されるサンプルにおいて観察されるレベル、例えば、処置前のベースラインレベルまたは疾患増悪における、より初期のレベルもしくは疾患が検出される前のレベルである。他の実施例において、正常レベルまたは参照レベルが、あらかじめ決定された濃度のＬＯＸＬ２を有するように調製されたサンプルにおけるレベルなどの標準的なレベルまたは単純にあらかじめ決定されたレベルである。本明細書において使用される場合、「ベースライン」は、処置前のまたは疾患増悪をモニタリングする研究の開始前の時点などの、特定のイベントまたは期間前の時点での量、レベル、または特定の変数の測定値（ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔ）を指す。したがって、一態様において、ＬＯＸＬ２の参照レベルまたは正常コントロールレベルが、同じ個体または他の個体由来のベースラインレベルなどのベースラインレベルである。
【０１４９】
コントロール値
試験被験体から得られる液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルは、正常コントロール値（複数可）または正常コントロール値の範囲と比較することができる。コントロール値は、コントロール集団、たとえば一般集団またはヒト被験体の選抜集団から得られる、比較可能なサンプル（たとえば血液、血漿、血清サンプル、または他の液体生物学的サンプル）におけるＬＯＸＬ２のレベルに基づくものとすることができる。たとえば、選抜集団は、明らかに健康な被験体（たとえば、以前に、線維症やがんのいかなるサインや症状をも有したことがない個体）から構成され得る。明らかに健康な個体はまた、一般に、別段疾患の症状を示さない。言いかえれば、そのような個体は、医学の専門家によって検査された場合、健康で、疾患の症状がないものとして特徴付けられることになる。その代わりに、評価される値は、平均値（ａｖｅｒａｇｅ  ｖａｌｕｅ）、平均値（ｍｅａｎ  ｖａｌｕｅ）、もしくは中央値などの他の参照値または特定の疾患もしくは状態を有する被験体の集団について観察される値と比較されてもよい。たとえば、そのような参照値は、その後、たとえば、参照値が得られた全部の患者コホートと比較して、より活動性疾患を有することが決定される、特定の個体について評価されるレベルに対する比較において使用されてもよい。
【０１５０】
コントロール値は、様々な形態を取ることができる。コントロール値は、中央値または平均値などの単一のカットオフ値とすることができる。正常コントロール値は、正常コントロール範囲とすることができる。
【０１５１】
試験されるべき個体
試験被験体は、上記に列挙される被験体を含む。対象のアッセイを使用して試験するのに適した個体は、これまで疾患を有すると診断されていないが、医師に症状および／または愁訴を示す個体（たとえば診断されていない障害または疾患を有する個体）；がんと診断された個体；がんを有することが疑われているが、これまでがんを有すると診断されていない個体；明らかに健康であり、慣用のスクリーニングを受けている個体；線維症を有すると診断された個体；線維症を有することが疑われているが、これまで線維症を有すると診断されていない個体；Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）またはＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症を有すると診断された（および必要に応じて、また、ＨＣＶ感染症またはＨＢＶ感染症関連の肝損傷を有するとも診断された）個体；ならびにがんまたは線維症性疾患に対する処置を受けている個体を含むが、これらに限定されない。
【０１５２】
いくつかの場合において、試験されるべき個体は、診断されていない障害または疾患を有する個体、たとえば、症状および／または愁訴を示す個体である。対象の診断方法は、そのような個体が線維症性疾患またはがんを有し得るかどうかを決定するために使用することができる。対象の診断方法は鑑別診断の一部とすることができ、いくつかの場合において、たとえば、診断を確認するまたは除外するために、１つ以上の診断試験と共に使用することができる。
【０１５３】
報告の生成
対象の診断方法は、個体が線維症性疾患またはがんを有する可能性があるかどうかに関して指標を提供する報告を生成するステップを含むことができる。そのような報告は、さらなる評価に関する勧告、治療剤による処置に関する勧告などのような情報を含むことができる。
【０１５４】
対象の報告は、１）サービスプロバイダ情報；２）患者データ；３）ＬＯＸＬ２のレベルに関するデータ；４）追跡調査評価についての勧告；５）治療剤による処置；および６）他の特徴のうちの１つ以上をさらに含むことができる。
【０１５５】
さらなる評価
ＬＯＸＬ２のレベルの検出に基づいておよび／または報告に基づいて（上記に記載されるように）、医師または他の資格のある医療関係者は、試験被験体（患者）についてのさらなる評価が必要とされるかどうかを決定することができる。さらなる評価は、たとえば、肺機能試験（たとえば肺線維症が疑われる場合）；肝機能検査（たとえば肝線維症が疑われる場合）；およびがんについての様々な試験を含むことができ、これらの試験は、疑われるがんのタイプに依存して変更されてもよい。
【０１５６】
一実施例として、個体ががんを有することが疑われる場合、がんについての様々な試験のいずれかを実行することができ、そのような試験は、たとえば、がん性細胞の存在についての組織生検の組織化学的分析；腫瘍関連抗原の存在についての試験；などを含む。
【０１５７】
他の実施例として、個体が肺線維症性障害（ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｆｉｂｒｏｔｉｃ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ）を有することが疑われる場合、個体は、肺線維症性障害の症状について評価することができる。肺線維症性障害の症状は、体重の減少、肺重量の増加、肺線維症、異常な肺構造（たとえば「蜂巣」肺）、Ａｓｈｃｒｏｆｔスコアの増加、肺のコラーゲンレベル増加、ＣＤ４５＋／コラーゲン＋細胞の数の増加、肺胞細胞増殖および拡大、ならびに気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）液における白血球数の増加を含むが、これらに限定されない。症状はまた、たとえば、以下の分子のうちの１つ以上の肺レベルの増加を含むことができる：ＬＯＸＬ２、α−平滑筋アクチン（α−ＳＭＡ）、形質転換増殖因子β−１（ＴＧＦβ−１）、間質由来因子−１（ＳＤＦ−１）（たとえばＳＤＦ−１α）、エンドセリン−１（ＥＴ−１）、およびリン酸化ＳＭＡＤ２。
【０１５８】
さらなる実施例として、個体が肝線維症を有することが疑われる場合、個体は、肝機能のマーカーについて評価することができる。肝機能は、血清タンパク質などのタンパク質の合成（たとえばアルブミン、凝固因子、アルカリホスファターゼ、アミノトランスフェラーゼ（たとえばアラニントランスアミナーゼ、アスパラギン酸トランスアミナーゼ）、５’−ヌクレオシダーゼ、γ−グルタミニルトランスペプチダーゼなど）、ビリルビンの合成、コレステロールの合成、および胆汁酸の合成；炭水化物代謝、アミノ酸およびアンモニア代謝、ホルモン代謝、ならびに脂質代謝を含むが、これらに限定されない肝臓代謝機能；外因性の薬剤の解毒；内臓および門脈の血行力学を含む血行力学機能；などを含むが、これらに限定されない。たとえば、血清アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）のレベルは、標準的なアッセイを使用して測定される。一般に、約４５国際単位未満のＡＬＴレベルは、正常と考えられる。ＡＬＴレベルの上昇は、損なわれた肝機能を示すことができる。機能的肝予備力の定量的試験もまた、肝機能を評価するために使用することができ、そのような試験は、たとえば、インドシアニングリーンクリアランス（ＩＣＧ）、ガラクトース排泄能（ｇａｌａｃｔｏｓｅ  ｅｌｉｍｉｎａｔｉｏｎ  ｃａｐａｃｉｔｙ）（ＧＥＣ）、アミノピリン呼気検査（ａｍｉｎｏｐｙｒｉｎｅ  ｂｒｅａｔｈ  ｔｅｓｔ）（ＡＢＴ）、アンチピリンクリアランス、モノエチルグリシン−キシリジド（ＭＥＧ−Ｘ）クリアランス、およびカフェインクリアランスを含む。
【０１５９】
療法
ＬＯＸＬ２のレベルの検出に基づいておよび／または報告に基づいて（上記に記載されるように）、医師または他の資格のある医療関係者は、適切な治療剤による処置が、たとえば、線維症性疾患を処置するため、がんを処置するためなどに勧められるかどうかを決定することができる。
【０１６０】
たとえば、ＬＯＸＬ２の循環レベルおよび必要に応じてさらなる評価（たとえば組織生検の組織化学的分析）に基づいて、早期のがんを有することが決定された個体は、がん化学療法薬レジメンを始めることができるおよび／または放射線療法により処置することができるおよび／またはがんの外科的な除去を受けることができる。
【０１６１】
がん化学療法剤（「化学療法剤」）は、細胞傷害性薬剤および細胞増殖抑制性薬剤を含む。化学療法剤は、形質転換状態から分化状態への逆転などの、細胞に対して他の効果を有するものまたは細胞複製を阻害するものを含んでいてもよい。たとえば、知られている細胞傷害性薬物の例は、Ｇｏｏｄｍａｎら、「Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，」第６版，  Ａ．Ｂ．  Ｇｉｌｍａｎら編／Ｍａｃｍｉｌｌａｎ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  １９８０において列挙される。これらは、パクリタキセルおよびドセタキセルなどのタキサン；メクロレタミン、メルファラン、ウラシルマスタード、およびクロラムブシルなどのナイトロジェン；チオテパなどのエチレンイミン誘導体；ブスルファンなどのスルホン酸アルキル；ロムスチン、セムスチン、およびストレプトゾシンなどのニトロソ尿素；ダカルバジンなどのトリアゼン；メトトレキサートなどの葉酸アナログ；フルオロウラシル、シタラビン、およびアザリビンなどのピリミジンアナログ；メルカプトプリンおよびチオグアニンなどのプリンアナログ；ビンブラスチンおよびビンクリスチンなどのビンカアルカロイド；ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、およびマイトマイシンなどの抗生物質；シスプラチンなどの白金配位錯体（ｐｌａｔｉｎｕｍ  ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｏｎ  ｃｏｍｐｌｅｘ）などの金属錯体；ヒドロキシ尿素などの置換尿素；プロカルバジンなどのメチルヒドラジン誘導体；ミトタンなどの副腎皮質抑制薬；副腎皮質ステロイド（ａｄｒｅｎｏｃｏｒｔｉｓｔｅｒｏｉｄ）（プレドニゾン）、プロゲスチン（カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸ヒドロキシプロゲステロン、および酢酸メゲストロール）、エストロゲン（ジエチルスチルベストロールおよびエチニルエストラジオール）、ならびにアンドロゲン（プロピオン酸テストステロンおよびフルオキシメステロン）などの、ホルモンならびにアンタゴニストを含む。
【０１６２】
他の実施例として、たとえば、ＬＯＸＬ２の循環レベルおよび必要に応じてさらなる評価（たとえば肺機能試験）に基づいて、ＩＰＦを有することが決定された個体は、ＩＰＦに対する薬物処置および／またはＩＰＦに対する他の処置により処置することができる。ＩＰＦに対する一次処置は、医薬であり、ＩＰＦの処置に使用される最も一般的な薬剤は、コルチコステロイド（たとえばプレドニゾン）、ペニシラミン、ならびに様々な抗新生物薬（ａｎｔｉ  ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ）（たとえばシクロホスファミド、アザチオプリン（ａｚａｔｈｉｐｏｒｅｎｅ）、クロラムブシル、ビンクリスチン、およびコルヒチン）である。他の処置は、酸素投与および極端な場合は、肺移植を含む。
【０１６３】
さらなる実施例として、ＬＯＸＬ２の循環レベルおよび必要に応じてさらなる評価（たとえば、肝機能検査；ＨＣＶ、ＨＢＶによる感染症についての試験など）に基づいて、肝線維症を有することが決定された個体は、たとえば抗ウイルス剤、たとえば、ＨＣＶもしくはＨＢＶ感染症または他の肝炎ウイルス感染症を処置するのに適した作用物質により処置することができる。たとえば、ＨＣＶ感染症は、インターフェロン−アルファ（ＩＦＮ−α）、ビラミジン（ｖｉｒａｍｉｄｉｎｅ）、リバビリン、レボビリン（ｌｅｖｏｖｉｒｉｎ）、ＨＣＶ  ＮＳ３阻害剤、ＨＣＶ  ＮＳ５Ｂ阻害剤、または前述のものの１つ以上の組み合わせにより処置することができる。
【０１６４】
処置の効力をモニターするための方法
本開示は、循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患などのＬＯＸＬ２関連疾患または状態に対する処置の効力をモニターするための方法であって、方法が、一般に、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して、ある時点の、個体における循環ＬＯＸＬ２レベルを決定するステップを含む方法を提供する。一態様において、個体から初期の時点で得られるレベルよりも低い、サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルにより、処置の効力が示される。他の態様において、コントロールまたは参照サンプルと比較して、より低いレベルにより、処置の効力が示される。他の態様において、ＬＯＸＬ２のレベル、たとえば高レベルのＬＯＸＬ２が、ＬＯＸＬ２標的療法による処置などの処置に対して個体が好都合に応答することを示す。
【０１６５】
たとえば、循環ＬＯＸＬ２レベルは、個体において、第１の時点および第２の時点で決定され、第２の時点が、第１の時点よりも後である。第１の時点は、処置の開始前とすることができ、第２の時点は、処置の間（たとえば処置レジメンが始まった後）とすることができる。第１の時点は、処置の間とすることができ、第２の時点は、処置の間のより後の時間とすることができる。第２の時点は、第１の時点の約１時間〜約１年間後とすることができる、たとえば、第２の時点は、第１の時点の約１時間〜約２時間後、約２時間〜約４時間後、約４時間〜約８時間後、約８時間〜約１６時間後、約１６時間〜約２４時間後、約２４時間〜約３６時間後、約３６時間〜約７２時間後、約７２時間〜約４日後、約４日〜約１週間後、約１週間〜約２週間後、約２週間〜約１ヶ月後、約１ヶ月〜約３ヶ月後、約３ヶ月〜約６ヶ月後、約６ヶ月〜約１年後、または１年を超える後とすることができる。
【０１６６】
したがって、たとえば、いくつかの実施形態において、循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患に対する処置の効力を決定する対象の方法は、ａ）第１の時点で個体におけるＬＯＸＬ２の循環レベルを決定するステップ（第１の時点で個体から得られる液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを決定することによって）、ｂ）第２の時点で個体におけるＬＯＸＬ２の循環レベルを決定するステップ（第２の時点で個体から得られる液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを決定することによって）、ならびに第１および第２の時点からのＬＯＸＬ２のレベルを比較するステップを含む。
【０１６７】
第２の時点での循環ＬＯＸＬ２レベルが、第１の時点での循環ＬＯＸＬ２レベルよりも低い場合、循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患に対する処置が有効であったことが結論付けられてもよく、これらの場合において、処置レジメンを継続する勧告がなされてもよい。第２の時点での循環ＬＯＸＬ２レベルが、第１の時点での循環ＬＯＸＬ２レベルよりも高い場合、循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患に対する処置が有効ではなかったことが結論付けられてもよく、これらの場合において、処置レジメンを中止する、処置レジメンにおいて使用される薬剤の用量を増加させる、投薬の頻度を増加させる、または代わりとなる処置レジメンを施す勧告がなされてもよい。第２の時点での循環ＬＯＸＬ２レベルが、第１の時点での循環ＬＯＸＬ２レベルと有意に異ならない場合、循環ＬＯＸＬ２の上昇によって特徴付けられる疾患に対する処置が有効ではなかったことがまたは処置レジメンを変更するべきであると結論付けられてもよく、これらの場合において、処置レジメンを中止する、処置レジメンにおいて使用される薬剤の用量を増加させる、投薬の頻度を増加させる、または代わりとなる処置レジメンを施す勧告がなされてもよい。
【０１６８】
試験被験体
処置の効力をモニターするための対象の方法は、たとえば、がんと診断され、処置を受けている個体；線維症を有すると診断され、線維症に対する処置を受けている個体；ＨＣＶまたはＨＢＶ感染症を有すると診断され、ＨＣＶまたはＨＢＶ感染症に対する処置を受けている個体；ＨＣＶまたはＨＢＶ感染症関連の肝損傷を有すると診断され、ＨＣＶまたはＨＢＶ感染症および／または肝損傷に対する処置を受けている個体；などを含む、様々な個体のいずれかを試験するために使用することができる。
【０１６９】
いくつかの場合において、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して試験されるべき個体は、現在、がんに対する処置を受けている個体である。がん化学療法は、様々な細胞傷害性薬物のいずれかとすることができる。そのような細胞傷害性薬物は、パクリタキセルおよびドセタキセルなどのタキサン；メクロレタミン、メルファラン、ウラシルマスタード、およびクロラムブシルなどのナイトロジェン；チオテパなどのエチレンイミン誘導体；ブスルファンなどのスルホン酸アルキル；ロムスチン、セムスチン、およびストレプトゾシンなどのニトロソ尿素；ダカルバジンなどのトリアゼン；メトトレキサートなどの葉酸アナログ；フルオロウラシル、シタラビン、およびアザリビンなどのピリミジンアナログ；メルカプトプリンおよびチオグアニンなどのプリンアナログ；ビンブラスチンおよびビンクリスチンなどのビンカアルカロイド；ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、およびマイトマイシンなどの抗生物質；シスプラチンなどの白金配位錯体などの金属錯体；ヒドロキシ尿素などの置換尿素；プロカルバジンなどのメチルヒドラジン誘導体；ミトタンなどの副腎皮質抑制薬；副腎皮質ステロイド（プレドニゾン）、プロゲスチン（カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸ヒドロキシプロゲステロン、および酢酸メゲストロール）、エストロゲン（ジエチルスチルベストロールおよびエチニルエストラジオール）、ならびにアンドロゲン（プロピオン酸テストステロンおよびフルオキシメステロン）などの、ホルモンならびにアンタゴニストを含む。
【０１７０】
いくつかの実例において、がん処置は、ＬＯＸＬ２ポリペプチドの酵素活性を阻害する作用物質の投与を含む。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害する作用物質は、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤を含む。いくつかの場合において、アロステリック阻害剤は、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体、たとえば、ＬＯＸＬ２の「ＳＲＣＲ３−４」ドメイン内のエピトープに結合する、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である。ＬＯＸＬ２酵素活性を阻害し、ＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合するモノクローナル抗体の非限定的な例は、ＡＢ００２３およびＡＢ００２４である；たとえば、米国特許出願公開第２００９／００５３２２４号明細書を参照されたい。
【０１７１】
他の実施例として、肝線維症に対する処置を受けているまたは肝線維症をもたらし得る疾患に対する処置を受けている個体は、対象の方法を使用して試験するのに適している。実施例として、ＨＣＶ感染症に対する処置を受けている個体は、対象の方法を使用して試験するのに適している。たとえば、ＨＣＶ感染症は、ＩＦＮ−α、ビラミジン、リバビリン、レボビリン、ＨＣＶ  ＮＳ３阻害剤、ＨＣＶ  ＮＳ５Ｂ阻害剤、または前述のものの１つ以上の組み合わせにより処置することができる。
【０１７２】
他の実施例として、ＩＰＦに対する処置を受けている個体は、対象の方法を使用して試験するのに適している。ＩＰＦを処置するのに一般に使用される薬剤は、たとえば、コルチコステロイド（たとえばプレドニゾン）、ペニシラミン、ならびに様々な抗新生物薬（たとえばシクロホスファミド、アザチオプリン、クロラムブシル、ビンクリスチン、およびコルヒチン）である。
【０１７３】
コントロール値
試験被験体から得られる液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルは、正常コントロール値（複数可）もしくは正常コントロール値の範囲または本明細書において記載される他の参照値と比較することができる。コントロール値は、コントロール集団、たとえば一般集団またはヒト被験体の選抜集団から得られる、比較可能なサンプル（たとえば血液、血漿、血清サンプル、または他の液体生物学的サンプル）におけるＬＯＸＬ２のレベルに基づくものとすることができる。たとえば、選抜集団は、明らかに健康な被験体、たとえば、以前に、線維症やがんのいかなるサインや症状をも有したことがない個体）から構成され得る。明らかに健康な個体はまた、一般に、別段疾患の症状を示さない。言いかえれば、そのような個体は、医学の専門家によって検査された場合、健康で、疾患の症状がないものとして特徴付けられることになる。
【０１７４】
コントロール値は、様々な形態を取ることができる。コントロール値は、中央値または平均値などの単一のカットオフ値とすることができる。正常コントロール値は、正常コントロール範囲とすることができる。いくつかの場合において、コントロールの正常値は、対象のアッセイ方法の検出限界未満、たとえば、約１７５ｐｇ／ｍｌ未満、約１５０ｐｇ／ｍｌ未満、約１２５ｐｇ／ｍｌ未満、約１００ｐｇ／ｍｌ未満、約７５ｐｇ／ｍｌ未満、約５０ｐｇ／ｍｌ未満、または約４０ｐｇ／ｍｌ未満である。
【０１７５】
予後判定方法
様々な予後判定および予測方法もまた、提供される。たとえば、本開示は、線維症性疾患を有する個体が線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す確度を決定することを提供する。他の実施例において、方法は、特定の疾患アウトプットもしくはエンドポイントまたは処置への応答性についての確度または危険性を決定する。方法は、一般に、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して、個体から得られる液体サンプルにおいてなどの、ＬＯＸＬ２の循環レベルを検出するステップを含む。一態様において、正常コントロールレベルまたは他の参照レベルよりも高いＬＯＸＬ２のレベルが、個体が線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す、確度の増加を有することを示す。他の態様において、比較的低いレベルが、特定の疾患転帰もしくはエンドポイントを生じることの、比較的より低い確度もしくは危険性または他の予後判定情報を示す。同様に、比較的高いＬＯＸＬ２レベルは、特定の疾患もしくは状態のアウトプットを生じるまたは特定のエンドポイントに到達する危険性または確度の増加などの、より不良な予後判定を示すことができる。上記に記載されるように、線維症性疾患は、肺線維症、肝線維症、心線維症、および骨髄線維症を含む。いくつかの場合において、たとえば、被験体が線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す可能性があるということを循環ＬＯＸＬ２レベルが示す場合、さらなる対象の方法は、線維症性疾患について個体を処置するステップを含む。
【０１７６】
対象のアッセイ方法を使用して試験するのに適した個体は、線維症、たとえば肝線維症、腎線維症、肺線維症、骨髄線維症、心線維症、または他のタイプの線維症を有すると診断された個体を含む。肝線維症は、硬変ならびに慢性ウイルス性肝炎（たとえばＨＣＶまたはＨＢＶ感染症から結果として生じる）、ＮＡＦＬＤ、ＡＳＨ、ＮＡＳＨ、ＰＢＣ、胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、および自己免疫性肝炎などの関連する状態を含むが、これらに限定されない。腎線維症は、様々な疾患および傷害から結果として生じ得、そのような疾患および傷害の例は、慢性腎疾患、メタボリックシンドローム、膀胱尿管逆流、尿細管間質性腎線維症、糖尿病（糖尿病性腎症を含む）、ならびに巣状分節状糸球体硬化症および膜性糸球体腎炎、膜性増殖性ＧＮを含むが、これらに限定されない、結果として生ずる糸球体腎炎（ＧＮ）を含む。肺の線維症は、多くの症候群および疾患を含み、例示的な疾患は、ＩＰＦ、特発性間質性肺炎、およびＡＲＤＳを含む。肺線維症はまた、特発性線維化肺胞炎、慢性線維化間質性肺炎、ＩＬＤ、およびＤＰＬＤをも含むが、これらに限定されない。
【０１７７】
いくつかの場合において、適した試験被験体は、線維症の進行型の形態を有するが、線維症に対する処置レジメンによる処置になお適し得る。たとえば、適した試験被験体は、活動性（末期ではない）線維症を有する被験体を含む。いくつかの場合において、適した試験被験体は、線維症を有し、急速な疾患増悪を経験することを予想し得る被験体である。例として、個体は、肝線維症の進行期、たとえばＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ４を有していてもよく、ＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ４線維症および陽性ＬＯＸＬ２（たとえば、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して決定するときに、液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２の正常レベルよりも高い）を有する個体は、なお、線維症に対する処置のための候補であり得る。陰性ＬＯＸＬ２（たとえば、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して決定するときに、液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２の正常レベル）を有するＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ４肝線維症患者は、線維症に対する処置のための候補と考えなくてもよい。他の実施例として、初期の肝線維症（たとえばＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ１またはＦ２）を有する、ＬＯＸＬ２が上昇した（たとえば、対象のＬＯＸＬ２アッセイを使用して決定するときに、液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２の正常レベルよりも高い）個体は、線維症に対する処置のための候補と考えることができる。
【０１７８】
コントロール値
試験被験体から得られる液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルは、正常コントロール値（複数可）または正常コントロール値の範囲と比較することができる。コントロール値は、コントロール集団、たとえば一般集団またはヒト被験体の選抜集団から得られる、比較可能なサンプル（たとえば血液、血漿、血清サンプル、または他の液体生物学的サンプル）中のＬＯＸＬ２のレベルに基づくものとすることができる。たとえば、選抜集団は、明らかに健康な被験体、たとえば、以前に、線維症のいかなるサインも症状も有したことがない個体）から構成され得る。明らかに健康な個体はまた、一般に、別段疾患の症状を示さない。言いかえれば、そのような個体は、医学の専門家によって検査された場合、健康で、疾患の症状がないものとして特徴付けられることになる。
【０１７９】
コントロール値は、様々な形態を取ることができる。コントロール値は、中央値または平均値などの単一のカットオフ値とすることができる。正常コントロール値は、正常コントロール範囲とすることができる。いくつかの場合において、コントロールの正常値は、対象のアッセイ方法の検出限界未満、たとえば、約１７５ｐｇ／ｍｌ未満、約１５０ｐｇ／ｍｌ未満、約１２５ｐｇ／ｍｌ未満、約１００ｐｇ／ｍｌ未満、約７５ｐｇ／ｍｌ未満、約５０ｐｇ／ｍｌ未満、または約４０ｐｇ／ｍｌ未満である。
【０１８０】
報告の生成
患者が線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す確度は、ＬＯＸＬ２の循環レベルを決定することによって評価される。線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す患者の確度は、報告において提供される。その報告は、患者の応答の確度に関する情報をさらに含み得る。たとえば、対象の方法は、被験体の応答の確度についての評価の結果を提供する報告を生成するまたはアウトプットするステップをさらに含むことができ、この報告を、電子的媒体（たとえばコンピュータモニター上での電子的な表示）の形態でまたは有形媒体（たとえば紙もしくは他の有形媒体に印刷された報告）の形態で提供することができる。
【０１８１】
本明細書において記載される「報告」は、対象の確度についての評価およびその結果に関する、関心のある情報を提供する報告エレメントを含む、電子的なまたは有形の文書である。対象の報告は、線維症性疾患を有する患者が、線維症性疾患に対する処置への有益な臨床応答を示す確度に関して、少なくとも１つの、確度についての評価、たとえば指標を含む。対象の報告は、完全にまたは部分的に電子的に生成することができる。対象の報告は、１）試験施設に関する情報；２）サービスプロバイダ情報；３）患者データ；４）サンプルデータ；５）ａ）指標；ｂ）検査データ、たとえば循環ＬＯＸＬ２レベルを含む様々な情報を含むことができる説明的な報告（ｉｎｔｅｒｐｒｅｔｉｖｅ  ｒｅｐｏｒｔ）；および６）他の特徴のうちの１つ以上をさらに含むことができる。
【０１８２】
予後判定および予測ＩＰＦ方法
いくつかの実施形態において、特発性肺線維症（ＩＰＦ）についての診断方法、予後判定方法、および予測方法が、提供される。本明細書における実施例において示されるように、ＬＯＸＬ２の発現の増加は、正常コントロールサンプルと比較して、ＩＰＦ患者の血清において検出され、加えて、循環ＬＯＸＬ２レベルの増加は、活動性ＩＰＦ表現型および様々な疾患転帰の危険性の増加を示す。より高いＬＯＸＬ２発現はまた、ＩＰＦ患者の肺組織においても検出される。したがって、ＩＰＦ疾患活性または活動性ＩＰＦ表現型のマーカーなどのＩＰＦ疾患のマーカーとしてＬＯＸＬ２を使用する方法が、提供される。したがって、提供される方法のいくつかの実施形態において、ＬＯＸＬ２が、ＩＰＦについての診断、予後判定、および／または予測マーカーとして使用される。一態様において、ＬＯＸＬ２レベルが、特定の疾患転帰または処置への応答性の確度などの、線維形成および／または様々なＩＰＦステージ、重症度、もしくは転帰を評価するために使用される。
【０１８３】
他の態様において、ＬＯＸＬ２レベルが、活動性疾患または疾患活性のレベルを示す。他の態様において、コントロールサンプルまたは他の参照サンプルと比較してより高いＬＯＸＬ２レベル、典型的に、血清レベルが、特定の疾患転帰を生じるまたは特定の期間に特定の疾患転帰を生じる危険性を示す。他の態様において、ＬＯＸＬ２レベルが、患者が特定の処置に応答するまたはＬＯＸＬ２阻害剤による処置もしくは他の処置などの進行中の処置への応答性に関する情報を示す確度を示す。したがって、いくつかの実施形態において、方法が、予測または検出されるＬＯＸＬ２レベルに基づいて、疾患処置アプローチを開始する、中止する、または変更するステップをさらに含む。
【０１８４】
方法を使用して評価するまたは予測する例示的な疾患転帰は、ＩＰＦ疾患増悪（以下のうちの１つとして定義される複合エンドポイント：あらゆる原因由来の死亡率）、不良な無増悪生存期間（ＰＦＳ）、呼吸器系の入院、肺機能における減少、たとえば肺機能の無条件の減少（これは、一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）における５％の減少を伴う、努力肺活量（ＦＶＣ）における１０％の減少またはＦＶＣにおける５％の減少を伴うＤＬＣＯにおける１５％の減少として定義されてもよい）、および死を含む。
【０１８５】
方法は、一般に、患者サンプルを得るステップおよび／またはサンプルにおけるＬＯＸＬ２レベルを決定するステップ（たとえば、本明細書において記載される方法を使用して）ならびにこのおよび他の情報に基づいて、様々な統計分析を実行するステップを含む。一実施例において、患者またはサンプルが、高いまたは低いレベルのＬＯＸＬ２、たとえば、低いまたは高い循環もしくは血清ＬＯＸＬ２レベルを有するかどうかが決定される。この情報は、たとえば、サンプルの集合体などの、所定の集団における、決定されたＬＯＸＬ２レベルの分布に基づいて、ＬＯＸＬ２レベルを二種類に分け、ＬＯＸＬ２の「低」および「高」レベルについてのカットオフポイントを指定することによって決定することができる。たとえば、高レベルのＬＯＸＬ２は、１ミリリットル（ｍＬ）の血清当たり８００ピコグラム（ｐｇ）よりも高いまたは約８００ピコグラムのＬＯＸＬ２などの、所定のサンプルにおける、少なくとも特定の濃度のまたは特定の濃度を超えるレベルと見なすことができる。その代わりに、高いＬＯＸＬ２血清レベルは、集団内のサンプルについてのレベルの分布に基づいてまたはコントロールまたは参照サンプルと比較した特定の倍数変化に基づいて定義されてもよい。
【０１８６】
いくつかの態様において、方法は、疾患重症度または機能的ステータスのマーカー、たとえば、予測努力肺活量（ＦＶＣ）のパーセント、予測一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）のパーセント、６分間の歩行距離（６ＭＷＤ）、平均肺動脈圧（ｍＰＡＰ）、最低安静時酸素飽和度（ＳｐＯ２）、複合生理学指数（ＣＰＩ）、セントジョージ呼吸器質問票スコア（ＳＧＲＱ）、および遷移呼吸困難指数（ＴＤＩ）スコアなどの、ＩＰＦ重症度を反映するものなどの、ＩＰＦのベースライン量、処置への応答性、ならびに／または疾患もしくは疾患重症度の他のバイオマーカーなどの、他の測定値に関連してＬＯＸＬ２レベルを決定することによって実行される。したがって、予測モデルおよび方法のいくつかの態様において、ＬＯＸＬ２が、疾患重症度もしくは機能的ステータスおよび／または他のバイオマーカーの量と統合される、ＩＰＦ疾患転帰のバイオマーカーである。
診断方法、予後判定方法、および予測方法についての統計分析
【０１８７】
いくつかの実施例において、統計分析は、ＬＯＸＬ２レベルおよび他の測定量（ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎｓ）に基づいて実行される。一実施例において、ＬＯＸＬ２のレベルが、たとえば、ＬＯＸＬ２の非変換またはｌｏｇ１０ｘ変換レベルを評価するために標準的なヒストグラムを使用して評価される。統計分析は、平均値、たとえば、個々のサンプルおよび／または患者についてのＬＯＸＬ２発現レベルおよび／またはベースライン変数についての幾何平均または中央値などの、様々な値を決定することならびに様々なサンプルまたは状態の間の標準偏差および倍数変化を計算することならびにたとえば、ベースライン変数およびＬＯＸＬ２発現レベルの分布を比較するために使用されてもよいｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定などの、多くのよく知られている検定のいずれかを使用して、発現レベルおよび／または他の変数を比較することを含むことができる。
【０１８８】
いくつかの態様において、Ｐｅａｒｓｏｎの相関（ＰＣ）が、ＬＯＸＬ２発現レベルおよび本明細書において記載されるようなベースラインＩＰＦ変数（複数可）などの他の変数の間のなどの、値のペアの間の直線関係（相関）を評価するために使用される（たとえばＰＣ係数を計算することによって）。そのような分析は、個々のペアの変数（実施例９において示されるように、個々のマトリックスのｘ−およびｙ−軸上にプロットされる）についてのＰＣ係数を計算することによって、発現パターンにおける分布を直線的に分離するために使用することができる。
【０１８９】
予測モデリング
いくつかの実施形態において、予測方法が、統計分析のさらなる使用ならびに予測モデルおよびシステムの使用をさらに含む。いくつかの態様において、そのようなモデルおよびシステムが、ＬＯＸＬ２レベルならびに典型的に、疾患重症度を示す変数および他のバイオマーカーなどの他の情報に基づいて、疾患転帰、エンドポイント、応答性、および／またはイベントを予測するために使用される。たとえば、生存モデルは、ＬＯＸＬ２レベルならびに他の共変数（ｃｏｖａｒｉａｔｅ）および１つ以上のイベント、エンドポイント、または疾患転帰、たとえばＩＰＦ転帰（複数可）などの転帰ならびに１つ以上の処置への応答性の間の関係を調査するために使用されてもよく、そのようなモデルは、特定の患者が、イベント、エンドポイント、もしくは転帰を有する確度またはそのような転帰が、特定の時間内に起こる確度を予測するために使用されてもよい。
【０１９０】
そのような一実施例において、Ｃｏｘ比例ハザードモデリング、たとえばステップワイズＣｏｘ比例ハザードモデリングが、ＬＯＸＬ２レベル（ならびに必要に応じて、本明細書において記載されるベースラインＩＰＦ変数などの他の共変数および他の疾患バイオマーカーなどの、疾患転帰と関連し得る他の変数）ならびにＩＰＦ転帰などの転帰の間の関係を調査するために実行される。よく知られている統計的方法を使用して、ハザード比（ＨＲ）が、計算され、共変数、たとえばＬＯＸＬ２レベルおよび被験体の転帰、エンドポイント、またはイベントの間の関係を示す。したがって、いくつかの態様において、提供される方法が、ＬＯＸＬ２レベルおよび他の共変数についての値に基づいて、個々の患者における、転帰、エンドポイント、および／またはイベント、たとえばＩＰＦ疾患転帰を予測するためにそのようなモデルを使用するステップを含む。一実施例において、モデルが、ＬＯＸＬ２レベル（たとえば「高い」ＬＯＸＬ２レベルの存在もしくは非存在）、６ＭＷＤ、および／またはＣＰＩを含む。
【０１９１】
そのようなモデリングにおいて使用されるＩＰＦ転帰、イベント、およびエンドポイントは、ＩＰＦ疾患増悪、肺機能低下、呼吸器系の入院、および死などの、ＩＰＦ臨床試験または処置レジメンにおいて典型的に特定される任意のエンドポイントなどの、疾患増悪または重症度を示すエンドポイントまたはイベントを含む。いくつかの態様において、疾患増悪が、以下のうちの１つとして定められる複合エンドポイントを示す：あらゆる原因由来の死亡率、呼吸器系の入院、または一酸化炭素の肺拡散能（ＤＬＣＯ）における５％の減少を伴う、努力肺活量（ＦＶＣ）における１０％の減少もしくはＦＶＣにおける５％の減少を伴うＤＬＣＯにおける１５％の減少として定義される肺機能の無条件の減少。肺機能エンドポイントは、肺機能検査を使用して決定されてもよい。いくつかの実施例において、少なくとも２つの試験が使用され、少なくとも４週間の間隔で、行われる。他の例示的なエンドポイントは、すべての原因の死亡率、移植なしの生存、および死である。転帰は、そのようなエンドポイントに到達する前に経過する時間として定めることができる。
【０１９２】
受診者動作特性（ＲＯＣ）曲線は、システムの感度対特異度を評価するために使用されてもよい。曲線下面積（ＡＵＣ）は、よく知られている方法を使用して計算される。
【０１９３】
予測モデルのいくつかの実施例において、ＬＯＸＬ２が、たとえば、特定の閾値量、たとえば０．０５未満のＰ値に基づいて、たとえば、９５％信頼区間などの特定の信頼区間（ＣＩ）および信頼レベルで、疾患増悪などの、１つ以上の転帰またはイベントと有意に関連する。ハザード比は、高いＬＯＸＬ２レベルなどの、所定の共変数について、特定の転帰の危険性における倍数変化を決定するために使用されてもよい。いくつかの態様において、所定のＬＯＸＬ２レベルが、疾患増悪、入院、肺機能における減少、または本明細書において記載される他の転帰などの、特定の転帰の発生における、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、または７倍の危険性と関連する、たとえば、統計的に有意に関連する。危険性における倍数変化は、たとえば、ＬＯＸＬ２のレベルが上昇していない被験体または「低い」ＬＯＸＬ２レベルを有する被験体などの、正常な被験体に対する比較の点から表現することができる。一実施例において、ＬＯＸＬ２レベル、たとえば「高い」ＬＯＸＬ２レベルが、６ＭＷＤおよびＣＰＩなどの他の共変数がモデルに含まれる場合、転帰、たとえば疾患増悪と統計的に有意に関連する。
キットおよびアッセイデバイス
【０１９４】
本開示は、循環ＬＯＸＬ２について対象のアッセイを実行するためのキットおよびアッセイデバイスを提供する。
【０１９５】
いくつかの実施形態において、対象のキットが、ａ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体；およびｂ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体を含む。いくつかの場合において、第１の抗体が、ポリクローナルＬＯＸＬ２−特異的抗体であり、第２の抗体が、モノクローナルＬＯＸＬ２−特異的抗体である。他の場合において、第１の抗体が、モノクローナルＬＯＸＬ２−特異的抗体であり、第２の抗体が、モノクローナルＬＯＸＬ２−特異的抗体である。他の場合において、第１の抗体が、ポリクローナルＬＯＸＬ２−特異的抗体であり、第２の抗体が、ポリクローナルＬＯＸＬ２−特異的抗体である。第１の抗体および／または第２の抗体が、いくつかの場合において、検出可能な標識を含む。いくつかの場合において、第１の抗体も第２の抗体も、検出可能な標識を含まない。
【０１９６】
第１の抗体が、いくつかの実施形態において、不溶性支持体に固定される。その代わりに、不溶性支持体は、キットと共に提供され、ユーザは、不溶性支持体上への第１の抗体の固定を行なう。したがって、いくつかの場合において、対象のキットが、ａ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体；ｂ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体；およびｃ）不溶性支持体を含む。不溶性支持体は、上記に記載されるように、様々な物質および様式のいずれかにおいて提供することができる。たとえば、いくつかの実例において、不溶性支持体が、プラスチックマルチウェルプレート、試験ストリップ、またはディップスティックである。
【０１９７】
上記に述べられるように、いくつかの実例において、第１の抗体も第２の抗体も、検出可能な標識を含まない。これらの場合において、検出可能な標識を含み、第２の抗体に結合する第３の抗体が、提供されてもよく、そのような抗体は、一般に、二次抗体と呼ばれる。検出可能な標識は、たとえば化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、または放射性同位体とすることができる。したがって、いくつかの実施形態において、対象のキットが、ａ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体；ｂ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体；およびｃ）第３の抗体を含み、第３の抗体が、検出可能な標識を含み、第２の抗体に結合する。いくつかの場合において、対象のキットが、ａ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体；ｂ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体；ｃ）第３の抗体であって、検出可能な標識を含み、第２の抗体に結合する第３の抗体；ならびにｄ）不溶性支持体を含む。不溶性支持体は、上記に記載されるように、様々な物質および様式のいずれかにおいて提供することができる。たとえば、いくつかの実例において、不溶性支持体が、プラスチックマルチウェルプレート、試験ストリップ、またはディップスティックである。
【０１９８】
対象のキットは、標準曲線を生成するのに使用するための精製ＬＯＸＬ２をさらに含むことができる。
【０１９９】
対象のキットは、１つ以上のさらなる成分、たとえばバッファー；プロテアーゼ阻害剤；検出可能な標識；洗浄試薬；ブロッキング剤などをさらに含むことができる。キットの様々な成分は、別々の容器に存在してもよいまたはある適合性の成分は、所望されるように、単一の容器中にあらかじめ組み合わせられていてもよい。
【０２００】
上記の成分に加えて、対象のキットは、対象の方法を実施するためにキットの成分を使用するための指示を含むことができる。対象の方法を実施するための指示は、一般に、適した記録媒体に記録される。たとえば、指示は、紙またはプラスチックなどの基板に印刷されてもよい。そのため、指示は、添付文書としてキット中に、キットまたはその成分の容器の標識に（すなわち、パッケージまたはサブパッケージと関連する）、などに存在してもよい。他の実施形態において、指示は、適したコンピュータ読み取り可能な記憶媒体、たとえば、コンパクトディスクの読み出し専用メモリ（ＣＤ−ＲＯＭ）、デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）、ディスケットなどに存在する電子的記憶データファイルとして存在する。さらに他の実施形態において、実際の指示が、キットに存在しないが、たとえばインターネットを介して遠隔の供給源から指示を得るための手段が、提供される。この実施形態の例は、指示を調べることができるおよび／または指示をダウンロードすることができるウェブアドレスを含むキットである。指示と同様に、指示を得るためのこの手段は、適した基板に記録される。
【０２０１】
アッセイデバイス
本開示は、個体から得られる液体生物学的サンプルにおけるＬＯＸＬ２の検出において使用するためのアッセイデバイスをさらに提供する。デバイスは、軸流路を定めるマトリックスを含むことができる。
【０２０２】
マトリックスは、ｉ）液体サンプルを受け入れる流路の上流の端にサンプル受け入れゾーン；ｉｉ）流路内に、かつサンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上の試験ゾーンであって、１つ以上の試験ゾーンのそれぞれが、試験ゾーンのそれぞれにおいて固定されたＬＯＸＬ２に特異的な抗体を含み、固定された抗ＬＯＸＬ２／ＬＯＸＬ２複合体を形成する、１つ以上の試験ゾーン；およびｉｉｉ）流路内に、かつサンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上のコントロールゾーンであって、１つ以上のコントロールゾーンが、陽性および／または陰性コントロールを含むことができる、１つ以上のコントロールゾーンを含むことができる。試験ゾーンおよびコントロールゾーンは、任意のコントロールゾーンの上流に位置する試験ゾーンから始まる流路内に交互の様式で位置することができる。
【０２０３】
マトリックスは、ｉ）液体サンプルを受け入れる流路の上流の端にサンプル受け入れゾーン；ｉｉ）流路内に、かつサンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上の試験ゾーンであって、１つ以上の試験ゾーンのそれぞれが、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体を含み、抗ＬＯＸＬ２／ＬＯＸＬ２複合体を形成する、１つ以上の試験ゾーン；およびｉｉｉ）流路内に、かつサンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上のコントロールゾーンであって、１つ以上のコントロールゾーンが、陽性および／または陰性コントロールを含むことができる、１つ以上のコントロールゾーンを含むことができる。試験ゾーンおよびコントロールゾーンは、任意のコントロールゾーンの上流に位置する試験ゾーンから始まる流路内に交互の様式で位置することができる。いくつかの実施形態において、ＬＯＸＬ２に対して特異的な抗体が、固定されず、抗ＬＯＸＬ２抗体が、サンプル中に存在する任意のＬＯＸＬ２に結合する場合、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体が、移動可能である。たとえば、第１の試験ゾーンにおいて形成される抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体は、それが、固定された抗ＬＯＸＬ２抗体を含む第２の試験ゾーンに入るように、移動性を持たせることができ、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体が、固定された抗ＬＯＸＬ２抗体に結合し、固定された抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体を形成する。
【０２０４】
そのようなアッセイデバイスを使用する際に、いくつかの実施形態において、ＬＯＸＬ２に対して特異的な標識抗体が、液体サンプルが、デバイスのサンプル受け入れゾーンに適用される前に、液体サンプルと最初に混合することができ、そのような混合が、標識抗体／ＬＯＸＬ２複合体をもたらす。これらの実施形態において、標識抗体／ＬＯＸＬ２複合体を含む液体サンプルが、アッセイデバイスのサンプル受け入れゾーンに適用される。液体サンプルが試験ゾーンに到達するまで、液体サンプルは、デバイスに沿って流れる。試験ゾーンに存在する抗体は、標識抗体／ＬＯＸＬ２複合体に存在するＬＯＸＬ２に結合し、その後、検出することができる。
【０２０５】
アッセイデバイスは、ＬＯＸＬ２に対して特異的な標識抗体を含む標識ゾーンをさらに含むことができ、標識抗体が、固定されたＬＯＸＬ２／抗ＬＯＸＬ２抗体複合体に存在するＬＯＸＬ２に結合することができ、標識ＬＯＸＬ２／抗ＬＯＸＬ２抗体複合体を形成し、標識抗体が、液体サンプルの存在下で移動可能である。そのようなアッセイデバイスを使用する際に、ＬＯＸＬ２を含み得る液体サンプルは、デバイスのサンプル受け入れゾーンに適用され、標識ゾーンに存在する抗ＬＯＸＬ２抗体は、ＬＯＸＬ２に結合し、標識抗体／ＬＯＸＬ２複合体を形成し、これは、標識抗体のように、移動可能であり、液体サンプルが試験ゾーンに到達するまで、標識抗体／ＬＯＸＬ２複合体は、デバイスに沿って（ａｌｏｎｅ  ｔｈｅ  ｄｅｖｉｃｅ）流れる。試験ゾーンに存在する抗ＬＯＸＬ２抗体は、標識抗体／ＬＯＸＬ２複合体に存在するＬＯＸＬ２に結合し、その後、検出することができる。
【０２０６】
その代わりに、アッセイデバイスは、抗ＬＯＸＬ２抗体に対して特異的な標識抗体を含む標識ゾーンを含むことができ、標識抗体が、試験ゾーン（複数可）において形成される任意の抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体に結合する。いくつかの場合において、標識抗体が、移動可能である。
【０２０７】
標識抗体は、化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、または放射性同位体などの標識を含むことができる。
【０２０８】
コントロールゾーンは、陽性コントロールゾーンおよび陰性コントロールゾーンを含む。
【０２０９】
マトリックスは、一般に、不溶性支持体であり、適した不溶性支持体が、ポリビニルジフルオリド（ＰＶＤＦ）、セルロース、ニトロセルロース、ナイロンなどを含むが、これらに限定されない。マトリックスは、可撓性とすることができる、または比較的非可撓性とすることができる。マトリックスは、支持体および必要に応じてカバーを含むハウジング内に位置し、ハウジングが、適用開口部および１つ以上の観察窓を含有する。アッセイデバイスは、様々な様式、たとえば試験ストリップ、ディップスティックなどのいずれかとすることができる。
【実施例】
【０２１０】
以下の実施例は、本発明者らが本発明と見なすものの範囲を限定するように意図されず、それらは、下記の実験が、実行したすべてのまたはわずかな実験であるということを示すようにも意図されない。使用される数（たとえば量、温度など）に関して正確度を確実にするための努力がなされたが、いくらかの実験誤差および偏差については、説明されるはずである。別段示されない限り、一部は、重量による一部とし、分子量は、平均分子量とし、温度は、摂氏度とし、圧力は、大気圧またはその付近とする。標準的な略語、たとえば、ｂｐ、塩基対（複数可）；ｋｂ、キロベース（複数可）；ｐｌ、ピコリットル（複数可）；ｓまたはｓｅｃ、秒（複数可）；ｍｉｎ、分（複数可）；ｈまたはｈｒ、時間（複数可）；ａａ、アミノ酸（複数可）；ｋｂ、キロベース（複数可）；ｂｐ、塩基対（複数可）；ｎｔ、ヌクレオチド（複数可）；ｉ．ｍ．、筋肉内（筋肉内に）；ｉ．ｐ．、腹腔内（腹腔内に）；ｓ．ｃ．、皮下（皮下に）；などが、使用されてもよい。
実施例１：ヒト血清または血漿サンプル中のＬＯＸＬ２を検出するためのイムノアッセイ
材料および方法
抗体
【０２１１】
ウサギポリクローナル抗体（「ウサギＡ」）は、組換え精製完全長ＬＯＸＬ２タンパク質に対して産生され、この抗体は、ＬＯＸＬ２のすべてのドメインにおける複数のエピトープを認識する。マウスモノクローナル抗体、ＡＢ００３０は、ＬＯＸＬ２の触媒ドメインに結合し、完全長ＬＯＸＬ２タンパク質および成熟ＬＯＸＬ２タンパク質（ＳＲＣＲ２およびＳＲＣＲ３のドメインの間で切断される）の両方を認識する。
ＭＳＤプラットフォームでのＬＯＸＬ２イムノアッセイ
【０２１２】
ＭｅｓｏＳｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ）（ｃａｔ  ＃Ｌ１５ＸＡ−３）からの標準的なシングルスポット非コーティング電極プレートを、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で調合した３μｇ／ｍｌウサギ抗ヒトＬＯＸＬ２ポリクローナル抗体の３０μｌ容量の溶液により、４℃で一晩、コーティングした。コーティングの後に、プレートのウェルは、ＰＢＳ中５％（ｗ／ｖ）Ｂｌｏｃｋｅｒ  Ａ（ＭＳＤ  ｃａｔ＃Ｒ９３ＡＡ−１）の溶液の添加によってブロッキングした。ブロッキングステップの後に、プレートは、自動化プレート洗浄機を使用して、０．０５％  Ｔｗｅｅｎ−２０非イオン性界面活性剤を含有するＰＢＳで３回洗浄した。試験されるべきヒトサンプル（血清または血漿）は、それらをＰＢＳで１：４（血清１の割合にＰＢＳ３の割合）に希釈することによって別々に調製した。その後、サンプルを、プレートのそれぞれのウェルに添加した。サンプルは、室温で、２〜３時間、回転振盪しながら（３００〜６００ｒｐｍ）インキュベートした。サンプル結合の後に、プレートは、自動化プレート洗浄機を使用して、０．０５％  Ｔｗｅｅｎ−２０界面活性剤を含有するＰＢＳで３回、再度洗浄した。
【０２１３】
一次抗体（ＡＢ００３０）は、ＬＯＸＬ２触媒ドメインに結合するマウス抗ヒトＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である。ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）Ｂｌｏｃｋｅｒ  Ａ中１μｇ／ｍｌ  ＡＢ００３０の溶液を、それぞれのウェルに添加し、プレートは、その後、室温で、１時間、回転振盪しながら（３００〜６００ｒｐｍ）インキュベートした。ＡＢ００３０結合の後に、プレートは、自動化プレート洗浄機を使用して、０．０５％  Ｔｗｅｅｎ−２０界面活性剤を含有するＰＢＳで３回、再度洗浄した。
【０２１４】
二次抗体は、ＳｕｌｆｏＴａｇ色素（ＭＳＤ  ｃａｔ＃Ｒ３２ＡＣ−５）にコンジュゲートされたヤギ抗マウス−ＩｇＧ分子である。ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）Ｂｌｏｃｋｅｒ
Ａ中１μｇ／ｍｌ二次抗体の溶液を、それぞれのウェルに添加し、プレートは、室温で、１時間、回転振盪しながら（３００〜６００ｒｐｍ）インキュベートした。二次抗体結合の後に、プレートは、自動化プレート洗浄機を使用して、０．０５％  Ｔｗｅｅｎ−２０界面活性剤を含有するＰＢＳで３回洗浄した。
【０２１５】
界面活性剤ありの１×Ｒｅａｄ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｔ（ＭＳＤ  ｃａｔ＃Ｒ９２ＴＣ−２）を、それぞれのウェルに添加し、その後、ＭＳＤ  ＳｅｃｔｏｒＩｍａｇｅｒ  ２４００機器でプレートを即時、測定した。
【０２１６】
正常な健康なドナーからプールしたヒト血清または血漿に既知濃度で添加した精製組換えヒトＬＯＸＬ２タンパク質（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）から構成される同じアッセイプレートについてのキャリブレータ曲線に対する比較によって、試験ヒトサンプルに、ＬＯＸＬ２の相対的な定量的値を与えた。キャリブレータ曲線フィッティングおよび未知サンプル補間（ｉｎｔｅｒｐｏｌａｔｉｏｎ）は、標準的な技術を使用して実行した。
標準的な様式を使用するＬＯＸＬ２イムノアッセイ
【０２１７】
Ｃｏｓｔａｒ  ３９２２高結合マルチウェルプレートを使用した。ウサギポリクローナル抗体（Ａｂ）（ウサギ「Ａ」）は、ＣＢ２コーティングバッファー（Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ＣＢ２（６２４８））で０．６２５μｇ／ｍｌまで希釈した。希釈ポリクローナルＡｂを、５０μｌ／ウェルの容量でプレートのウェルに添加し、プレートを４℃で一晩保った。ポリクローナル抗体によりウェルをコーティングした後に、ウェルは、室温（ＲＴ）で、１〜３時間、２００μｌ／ウェルのＢＢ１ブロッキング溶液（Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  製品＃６４０）によりブロッキングした。ブロッキングの後に、プレートは、ウェル当たり２００μｌのＰＢＳ−Ｔ（０．０５％  Ｔｗｅｅｎ  ２０を含有するＰＢＳ）を使用して、３回洗浄した。
【０２１８】
２５μｌ  ＨｉＳｐｅｃ希釈剤（ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ  ＢＵＦ０４９Ｂ）を、それぞれのウェルに添加した。等容量の試験血清を、その後、それぞれのウェルに添加し、プレートを２時間、室温で保った。血清サンプルを結合させた後に、プレートを３回洗浄した。
【０２１９】
一次抗体（ＡＢ００３０）を、ＰＢＳ−Ｔ＋０．５％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）で５μｇ／ｍｌまで希釈し、５０μｌの希釈した一次抗体を、それぞれのウェルに添加した。プレートは、１時間、室温で保ち、その後、ＰＢＳ−Ｔにより３回洗浄した。二次抗体（ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合体化ヤギ抗マウス抗体、Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ、０．８ｍｇ／ｍｌ）を、ＰＢＳ−Ｔ＋０．５％
ＢＳＡで１：１０，０００に希釈した。５０μｌの希釈した二次抗体を、それぞれのウェルに添加した。プレートは、１時間、室温で保ち、その後、ＰＢＳ−Ｔにより３回洗浄した。
実施例２：慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染症を有する患者における肝線維症の評価のための血清ＬＯＸＬ２測定値
【０２２０】
免疫組織化学的検査（ＩＨＣ）による線維症性肝組織の分析は、線維芽細胞、新血管系（ｎｅｏｖａｓｃｕｌａｔｕｒｅ）、炎症細胞、および肝細胞から構成される線維形成境界面（ｆｉｂｒｏｇｅｎｉｃ  ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）での局所的なＬＯＸＬ２発現を明らかにし、ＬＯＸＬ２が、活動性線維形成疾患と関連することを示唆した。線維症性肝疾患との血清ＬＯＸＬ２の関係をさらに探索するために、実施例１において記載されるＬＯＸＬ２に特異的なＥＬＩＳＡを使用した。血清サンプルは、肝生検とともに、慢性ＨＣＶ感染症を有する８７人の患者から収集した。ＬＯＸＬ２ならびに確立されたバイオマーカー、ヒアルロン酸（ＨＡ）およびメタロプロテイナーゼ−１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ１）の血清レベルを、イムノアッセイによって測定し、肝線維症の組織学的ステージを、Ｉｓｈａｋスコアリングシステムを使用して、それぞれの生検について評価した。別々に、３０人以上の健康なドナーからの血清サンプルもまた、収集し、血清ＬＯＸＬ２レベルについて評価した。血清バイオマーカーと線維症スコアとの間の相関は、線維症スコアによって区分けした（ｂｉｎｎｅｄ）サンプルについて、ＡＮＯＶＡ検定およびＭａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ  Ｕ検定を使用して研究した。
結果
【０２２１】
結果を図１および２に示す。ＬＯＸＬ２タンパク質は、慢性ＨＣＶ感染症を有する患者の８３％の血清において検出されたが、いかなる正常な健康なドナーからの血清においては検出されなかった。ＨＡ、ＴＩＭＰ１、およびＬＯＸＬ２の血清レベルと線維症のステージとの間に正の相関があった。血清結果は、非感染または健康な個体由来のサンプルにおける低いまたは検出不可能なレベルと比較して、活動性線維症のエリアにおける高レベルのＬＯＸＬ２タンパク質を明らかにしたＩＨＣ分析と一致していた。
実施例３：ＩＰＦ患者における血清ＬＯＸＬ２
【０２２２】
特発性肺線維症（ＩＰＦ）の診断を有する１５人の患者の血清サンプルを、ＬＯＸＬ２について試験した。結果を図３に示す。個々の患者識別番号を示す。試験した１５人の患者のうちの１０人が陽性であり、他の５人は、検出限界未満であった、そしてその５人は「検出されず」と報告される。年齢が一致する正常被験体もまた、試験し、すべて、血清ＬＯＸＬ２について陰性であった（「検出されず」；検出限界未満）。
実施例４：がん患者における血清ＬＯＸＬ２
【０２２３】
がんに対し抗ＬＯＸＬ２（ＡＢ００２４）抗体により処置している８人のがん患者について研究した。患者識別（「Ｐｔ  ＩＤ」）；がん診断；抗ＬＯＸＬ２抗体の用量レベル；無増悪期間；および元の原発性腫瘍または関係するサンプルから単離した固定組織のサンプル（約５μｍ切片）において免疫組織化学的検査によって検査したＬＯＸＬ２発現を、下記の表１に提供する。
【表１】
2018049033.tif 000009
【０２２４】
血液サンプルは、抗ＬＯＸＬ２処置を始めた１日目（サンプルは、抗ＬＯＸＬ２処置前に得た）ならびに抗ＬＯＸＬ２処置を始めた後の２９日目および５７日目に得た。
結果
【０２２５】
ＬＯＸＬ２は、入手可能なすべての時点で、８人の患者のうちの８人の血漿および８人の患者のうちの５人の血清サンプルにおいて検出された。ＡＢ００２４投与により、ＬＯＸＬ２シグナルは消えなかったまたは阻止されなかった。
実施例５：慢性ＨＣＶ感染症、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）１、およびアルコール性脂肪性肝炎（ＡＳＨ）を有する患者由来の肝組織におけるＬＯＸＬ２発現
免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色は、慢性ＨＣＶ感染症を有する患者由来の肝組織におけるＬＯＸＬ２発現を実証した。急速凍結した（ｓｎａｐ−ｆｒｏｚｅｎ）ヒト組織サンプルを、Ｃｕｒｅｌｉｎｅ（Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ）およびＡｓｔｅｒａｎｄ（Ｄｅｔｒｏｉｔ、ＭＩ）から得、連続切片を抗ＬＯＸＬ２により染色した。
結果
【０２２６】
慢性ＨＣＶ感染症を有する患者から得られた切片からの結果を図６に示す。この図はこの患者の肝組織におけるＬＯＸＬ２タンパク質発現を示す。図６の左のパネル（５×対物レンズ倍率）において、黒色の矢印は、門脈領域および門脈路への線維性の拡大についてのエリアを示す。白色の矢印は、肝小葉を囲む短い線維性の隔壁についてのエリアを示す。図６の右のパネル（４０×対物レンズ倍率）は、類洞周囲腔（矢印）内の肝細胞（Ｈ）との境界面の線維性の隔壁（Ｓ）において、および肝実質（矢印）内の筋線維芽細胞において、観察されるＬＯＸＬ２免疫反応性を示す。結果は、本研究において、ＬＯＸＬ２が、慢性ＨＣＶ感染症を有する患者の肝組織において発現され、発現が、提供されるアッセイの実施形態によって測定可能であることを示す。他のＩＨＣ研究において、健康な肝臓ではなく、ＮＡＳＨ、ＨＣＶ関連性の線維症、およびＡＳＨにおける活動性疾患境界面での肝組織におけるＬＯＸＬ２発現の強力な局在（データ示さず）。
実施例６：ヒト血清マトリックスにおけるＬＯＸＬ２イムノアッセイについてのキャリブレータ標準物質
【０２２７】
実施例１において記載されるＬＯＸＬ２イムノアッセイ（ＭｅｓｏＳｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプラットフォームで展開したサンドイッチイムノアッセイ）を使用すると、ＬＯＸＬ２は、健康な個体由来の血清において検出されなかった。キャリブレータ曲線を生成するために、精製した組換え完全長ＬＯＸＬ２タンパク質を、プールした正常ヒト血清に添加し、その後、血清で段階希釈を行なった。
結果
【０２２８】
結果を図７に示す。データポイントはそれぞれ、３つの反復ウェルの平均値を示し、４つの独立したプレートについての曲線を示す。
【０２２９】
表２は、ヒト血清マトリックスにおけるキャリブレータ標準物質の特徴を示す。表２において、検出の下限値（ＬＬＯＤ）は、ブランクウェルの平均値＋２．５＊標準偏差（ｓｔｄｅｖ）であり（生の値、外挿）、定量の下限値（ＬＬＯＱ）は、生の測定値に対して相対誤差＜３０％および変動係数＜３０％である、最低濃度のキャリブレータ標準物質（ｔｈｅ  ｌｏｗｅｓｔ  ｃａｌｉｂｒａｔｏｒ  ｓｔａｎｄａｒｄ）である。アッセイ内およびアッセイ間の精度は、実試料（ｉｎｃｕｒｒｅｄ  ｓａｍｐｌｅ）を使用して決定した。
【表２】
2018049033.tif 000010
実施例７：軽度〜中程度の肝線維症を有する被験体と比較した、肝硬変を有する被験体における血清ＬＯＸＬ２レベルの増加
【０２３０】
患者血清サンプルは、臨床試験のプラセボ群に登録された慢性Ｃ型肝炎感染症を有する２６人の成人から収集した。被験体は、Ｉｓｈａｋ線維症スコアによって群分けした（１〜３：軽度〜中程度の線維症；５〜６：硬変）。被験体の人口統計学的特徴を、表３に示す。
【表３】
2018049033.tif 000011
【０２３１】
血清サンプルは、研究のベースラインに関連して６つの時点で採取した：４、８、１６、２４、２６、および３０週目。ペアの肝生検（スクリーニングおよび２４週目）を、盲検方式で、主要な病理学者（ｃｅｎｔｒａｌ  ｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｔ）によって評価させた。Ｍａｎｎｓ  Ｍ、Ｐａｌｍｅｒ  Ｒ、Ｆｌｉｓｉａｋ  Ｅら、Ｊ  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ．  ２０１１，  ５４  Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  １：Ｓ５５−Ｓ５６を参照されたい。血清ＬＯＸＬ２は、実施例１において記載されるＬＯＸＬ２イムノアッセイ（ＭｅｓｏＳｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプラットフォームで展開したサンドイッチイムノアッセイ）を使用して測定した。
【０２３２】
統計分析のために、被験体は、Ｉｓｈａｋ線維症スコアによって群分けした（１〜３：軽度〜中程度の線維症；５〜６：硬変）。本研究における被験体は、４のベースラインＩｓｈａｋ線維症スコアを有するようには観察されなかった。定量のアッセイ下限値（ＬＬＯＱ）未満の検出可能なＬＯＸＬ２を有する血清サンプルをＬＬＯＱに設定した。バイオマーカーレベルにおける差異を、記述的にかつグラフで要約した。９５％信頼区間（ＣＩ）は、群当たりの観察されたサンプルサイズにより、復元抽出法を使用して、中央値の１０，０００回のブートストラップを通して構築した。Ｐ値は、時点内の群を比較する場合には、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定を使用し、すべての時点にわたって群を比較する場合には、被験体内ランダム要因（ｗｉｔｈｉｎ−ｓｕｂｊｅｃｔ  ｒａｎｄｏｍ  ｅｆｆｅｃｔ）と共に反復測定線形モデル（ｒｅｐｅａｔｅｄ  ｍｅａｓｕｒｅｓ  ｌｉｎｅａｒ
ｍｏｄｅｌ）によって計算した。
結果
【０２３３】
図８は、区分けしたベースラインＩｓｈａｋ線維症スコアおよび時間によるＬＯＸＬ２血清レベルを示す。パネルはそれぞれ、Ｉｓｈａｋ線維症スコア（それぞれ１〜３および５〜６）に従って群分けした２つの群の患者についてのＬＯＸＬ２濃度（ｐｇ／ｍＬ）を、示す時点（４、８、１６、２４、２６、３０週目）について示す。プロット範囲外のＬＯＸＬ２濃度を有する３つの域外値（ＬＯＸＬ２濃度＝５５２９、６６２１、および８８４５ｐｇ／ｍｌ）はすべて、５のＩｓｈａｋ線維症スコアを有する同じ被験体由来のものであった。
【０２３４】
図９は、Ｉｓｈａｋ線維症スコア（それぞれ１〜３および５〜６）に従って群分けした患者の２つの群について、４〜３０週目にわたるＬＯＸＬ２血清濃度中央値として計算した、被験体内ＬＯＸＬ２血清レベル中央値を示す。平均被験体内変動係数は、２２％であった。
【０２３５】
図１０は、９５％信頼区間での、区分けしたベースラインｉｓｈａｋ線維症スコアによる、経時的な（週間）、ＬＯＸＬ２血清濃度中央値（ｐｇ／ｍＬ）を示す。１人の被験体のみが、研究生検の間の２５〜２８週にわたってＩｓｈａｋ線維症スコアにおける２以上の変化を有した。
【０２３６】
表４は、軽度〜中程度の肝線維症を有する被験体と比較した、肝硬変を有する被験体における増加についての統計的有意差を示すｐ値と共に、それぞれの時点についてのＬＯＸＬ２濃度中央値（ｐｇ／ｍＬ）を示す。
【表４】
2018049033.tif 000012
【０２３７】
これらの結果は、ＬＯＸＬ２タンパク質の血清濃度を測定するための、提供されるイムノアッセイの実施形態の能力を確認するものである。結果はまた、本研究において、血清ＬＯＸＬ２タンパク質レベルが、軽度〜中程度の肝線維症を有する被験体と比較して、肝硬変を有する被験体において有意に増加したことおよびその増加が、提供されるアッセイの実施形態を使用して血清において測定可能であることを実証する。
実施例８：慢性ＨＣＶ感染症を有する被験体における血清ヒアルロン酸、ＴＩＭＰ１レベルと相関する血清ＬＯＸＬ２レベル
【０２３８】
イムノアッセイおよび統計分析は、実施例７におけるように実行した。さらに、ヒアルロン酸（ＨＡ）およびＴＩＭＰ１は、市販のイムノアッセイキットを使用して測定した。バイオマーカー（ＬＯＸＬ２およびＨＡまたはＴＩＭＰ１）の間の関連性は、Ｓｐｅａｒｍａｎの順位相関を使用して評価した。
結果
【０２３９】
図１１は、示されるＩｓｈａｋスコア（１〜６）を有する被験体についての、ＬＯＸＬ２の被験体内レベル中央値対ヒアルロン酸（ＨＡ）（左のパネル）およびメタロプロテイナーゼ−１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ１）（右のパネル）のレベル中央値を示す。被験体内発現中央値は、４〜３０週目にわたる発現中央値として計算した。曲線は、局所重み付き散布図平滑化を使用して構築した。
【０２４０】
これらの結果は、本研究において、提供されるイムノアッセイの実施形態を使用して測定されるように、血清ＬＯＸＬ２レベルが、血清ＨＡおよびＴＩＭＰ１レベルと相関していたことを実証するものである。
実施例９：ＩＰＦ患者におけるＬＯＸＬ２ベースラインレベル
Ａ．  ＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦ患者
【０２４１】
血清サンプルは、ＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦ治験に参加している被験体から収集した。これは、ランダム化、二重盲検、プラセボコントロール、イベントドリブン試験（ｅｖｅｎｔ−ｄｒｉｖｅｎ  ｔｒｉａｌ）であった。被験体は、ＥＴＡ受容体の選択的なアンタゴニストであるアンブリセンタンまたはプラセボを受けるように２：１の比にランダム化した。この研究は、あまりにも早く終結し、６６０人の被験体が登録された。
【０２４２】
ＩＰＦ重症度および機能的ステータスを反映するベースライン変数を収集した。ベースライン変数は、予測努力肺活量（ＦＶＣ）のパーセント、予測一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）のパーセント、６分間の歩行距離（６ＭＷＤ）、平均肺動脈圧（ｍＰＡＰ）、最低安静時酸素飽和度（ＳｐＯ２）、複合生理学指数（ＣＰＩ）、セントジョージ呼吸器質問票スコア（ＳＧＲＱ）、および遷移呼吸困難指数（ＴＤＩ）スコアを含んだ。ｍＰＡＰは、右心カテーテル法を介して得、これは、ベースラインにあるすべての研究被験体について必要とされた。ＣＰＩは、患者の胸のコンピュータ断層撮影スキャンで認められた線維症の程度を評価するための、ＦＶＣ、努力呼気一秒量（ＦＥＶ１）、およびＤＬＣＯを組み込む検証された多次元のモデルであった。プライマリーエンドポイントは、ＩＰＦ疾患増悪までの時間とし、複合エンドポイントは、以下のうちの１つとして定義した：あらゆる原因由来の死亡率、呼吸器系の入院、または一酸化炭素の拡散能（ＤＬＣＯ）における５％の減少を伴う、努力肺活量（ＦＶＣ）における１０％の減少もしくはＦＶＣにおける５％の減少を伴うＤＬＣＯにおける１５％の減少として定義される、肺機能の無条件の減少。肺機能エンドポイントは、少なくとも４週間の間隔で行った２つの肺機能検査によって確認した。
【０２４３】
ＬＯＸＬ２のベースラインレベルは、実施例１において記載される抗ＬＯＸＬ２抗体を使用し、ＭｅｓｏＳｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙプラットフォームで展開したイムノアッセイを使用して、三連で定量化した。
【０２４４】
標準的なヒストグラムは、非変換およびｌｏｇ１０Ｘ変換ＬＯＸＬ２ベースラインレベルを評価するために使用した。Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定は、ベースライン変数の分布を比較するために使用した。Ｐｅａｒｓｏｎの相関係数は、ＬＯＸＬ２ベースラインレベルおよびベースライン変数の間の関係を検査するために使用した。ステップワイズＣｏｘ比例ハザードモデリングは、ＬＯＸＬ２ベースラインレベルおよびＩＰＦ転帰の間の関係を検査するために使用した。受診者動作曲線は、曲線下面積を推定するために使用した。
結果
【０２４５】
処置を意図したコホートにおける６９人の被験体由来の血清サンプルが、分析に利用可能であった。血清サンプルが利用可能でなかったＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦからの４２３人の被験体と比較して、ＩＰＦ重症度または機能的ステータスのベースライン量において統計的有意差はなかった（表５）。しかしながら、６９人の被験体の中で、アンブリセンタンおよびプラセボ処置群と比較すると、ＩＰＦ重症度および機能的ステータスのベースライン量において統計的有意差があった（表６）。アンブリセンタン群における被験体は、より低いベースラインＤＬＣＯ（ｐ＝０．０３５）、より低いベースライン６ＭＷＤ（ｐ＝０．００４）、より高いベースラインｍＰＡＰ（ｐ＝０．０１６）、より高いベースラインＣＰＩ（ｐ＝０．０５）、およびより高いベースラインＳＧＲＱ（ｐ＝０．０１１）を有した。平均ベースラインＬＯＸＬ２レベルは、アンブリセンタン被験体についてより高かった（ｐ＝０．０２６）。
【０２４６】
ＬＯＸＬ２ベースラインレベルの分布の分析は、約８８ｐｇ／ｍｌ未満のＬＯＸＬ２レベルを有する８人の被験体、約８８〜約４４０ｐｇ／ｍＬのＬＯＸＬ２レベルを有する３４人の被験体、および約４４０ｐｇ／ｍｌを超えるＬＯＸＬ２レベルを有する２８人の被験体を示した。ＬＯＸＬ２レベル中央値は、約１４７ｐｇ／ｍｌ〜約７７０ｐｇ／ｍｌの四分位数間範囲を有する約３２５ｐｇ／ｍｌであり、最小値が約１８ｐｇ／ｍｌであり、最大値が約５，４００ｐｇ／ｍｌであった。
【０２４７】
Ｐｅａｒｓｏｎの相関係数に基づいて、相関は、ＬＯＸＬ２ベースラインレベルとＩＰＦ重症度および機能的ステータスのこれらのベースライン量との間で弱かった。図１２は、ＬＯＸＬ２ベースラインレベルとＦＶＣ、ＤＬＣＯ、６ＭＷＤ、ＣＰＩ、ＳＧＲＱ、およびＴＤＩとの間の関係を示す散布図マトリックスを示す。ＬＯＸＬ２とベースライン重症度量との間の相関は、パネル（ａ）および（ｂ）の上部の列の黒いボックス内で強調した。ＬＯＸＬ２と個々のベースライン重症度量との間の相関係数は、以下のとおりであった：−０．２１（ＦＣＶ）、−０．１１（ＤＬＣＯ）、０．０３（６ＭＷＤ）、０．１０（ｍＰＡＰ）、−０．０７（ＳｐＯ２）、０．１４（ＣＰＩ）、０．０６（ＳＧＲＱ）、および−０．０５（ＴＤＩ）。ＬＯＸＬ２ベースラインレベルのＬｏｇ１０Ｘ変換により分布が正規化されたが、ＬＯＸＬ２とＩＰＦ重症度および機能的ステータスのベースライン量との間の相関は、弱いままであった（図１２ｂ）。
【０２４８】
大多数のベースラインＬＯＸＬ２レベルが約８００ｐｇ／ｍｌ未満であったことを考慮して、ＬＯＸＬ２ベースラインレベルを、残りの分析について、≦８００ｐｇ／ｍｌ（「低い」）対＞８００ｐｇ／ｍｌ（「高い」）として二種類に分けた。約４４０ｐｇ／ｍｌを超えるＬＯＸＬ２ベースラインレベルを有する２８人の被験体のうち、１２人が、約４４０〜８００ｐｇ／ｍＬの低いＬＯＸＬ２ベースラインレベルを有し、低い群に群分けされ、１６人が、８００ｐｇ／ｍＬを超えるＬＯＸＬ２ベースラインレベルを有し、高い群に群分けされた。
【０２４９】
「高い」および「低い」ＬＯＸＬ２ベースラインレベルの群の間の疾患増悪の比較を図１３に示す。プラセボ群において「高い」ＬＯＸＬ２ベースライン系（ｂａｓｅｌｉｎｅ
ｌｉｎｅ）を有する患者が２人しかいなかったので（どちらもいかなるイベントも有しなかった）、図１３は、アンブリセンタン群における「低い」および「高い」ＬＯＸＬ２ベースラインレベルのみを比較する。結果は、高いＬＯＸＬ２ベースラインレベルが、より多くの疾患増悪イベントと関連すること（図１３ａ）、ならびに、高いＬＯＸＬ２ベースラインレベルが、より多くの肺機能低下イベントと（図１３ｂ）、より多くの呼吸器系の入院と（図１３ｃ）、およびより多くの死と（図１３ｄ）関連することを示した。
【０２５０】
さらに、表７において示されるように、Ｃｏｘ比例ハザードモデリングは、高いＬＯＸＬ２ベースラインレベルの存在が、疾患増悪についての危険性における５倍の増加（ハザード比［ＨＲ］４．９５、９５％信頼区間［ＣＩ］１．５２〜１６．１８、ｐ＝０．００８）、肺機能低下についての危険性における７倍の増加（ＨＲ  ７．３６、９５％ＣＩ  １．１６＝４６．７４、ｐ＝０．０３４）、および呼吸器系の入院についての危険性における５倍の増加（ＨＲ  ４．８５、９５％ＣＩ  １．０９〜２１．６８、ｐ＝０．０３９）と関連したことを示した。これらの統計モデルはすべて、処置割り付けならびにベースライン６ＭＷＤおよびＣＰＩスコアについて調整した（ａｄｊｕｓｔｅｄ）。高いベースラインＬＯＸＬ２レベルは、死についての危険性における有意な増加と有意に関連しなかった（ＨＲ  １．５９、９５％ＣＩ  ０．２４〜１０．５３、ｐ＝０．６３３）。
【０２５１】
サンプルはまた、ＭＭＰ７、ＩＣＡＭ１、ＩＬ８、ＶＣＡＭ１、およびＳ１００Ａ１２のレベルについても分析した。これらのタンパク質のどれも、処置転帰と有意に関連しなかった。結果は、高いベースラインＬＯＸＬ２レベルが、死ではなくＩＰＦ疾患増悪についての危険性における５〜７倍の増加と関連したことを示した。
【０２５２】
【表５】
2018049033.tif 000013
【０２５３】
【表６】
2018049033.tif 000014
【０２５４】
【表７】
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Ｂ．ＧＡＰコホートＩＰＦ患者
【０２５５】
血清ＬＯＸＬ２レベルは、第２臨床ＩＰＦ前向き追跡調査研究における被験体において評価し、これにより、他の肺の病気についての病歴を有しなかった１１１人のＩＰＦ被験体（ＧＡＰコホートと見なされる）における疾患増悪を評価した。ＧＡＰコホート被験体はすべて、ＡＴＳ／ＥＲＳガイドラインに従ってＩＰＦと診断され、５５歳を超える、明確な病因を伴わない患者において、外科的な肺生検または胸膜下の蜂巣変化、牽引性気管支拡張症（ｔｒａｃｔｉｏｎ  ｂｒｏｎｃｈｉｅｃｔａｓｉｓ）、および最小肺胞充満（ｍｉｎｉｍａｌ  ａｌｖｅｏｌａｒ  ｆｉｌｌｉｎｇ）のＸ線撮影所見によって確認された。肺機能試験は、予測された４０〜７０％の努力肺活量を明らかにした。被験体は、臨床施設の継続している医療および追跡調査をすべて受けることができた。
【０２５６】
最初の訪問時に、参加者はそれぞれ、採血、肺機能試験、６分間の歩行試験（６ＭＷＴ）、心エコー図、およびＣＴスキャンならびに患者がどのように感じているかを測定するようにデザインされたいくつかの質問表を受けた。３〜８か月の間隔での追跡調査訪問時に、血液サンプルを収集し、ＰＦＴ、質問表、および６ＭＷＴを繰り返した。ＦＶＣ、ＦＥＶ１、およびＤＬＣＯの中央値は、それぞれ、６５．７±１７．５％、７６．８±１８．７％、および４７．３±１７．９％の予測値であった。
【０２５７】
ＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦ被験体について上記に記載されるように、ＬＯＸＬ２のベースライン血清レベルを定量化した。標準的なヒストグラムは、自然対数の形式でＬＯＸＬ２ベースライン血清レベルを評価するために使用した。１８０ｐｇ／ｍｌのＬＬＯＤおよび４４０ｐｇ／ｍｌのＬＬＯＱが、実験的に決定された。
【０２５８】
ＧＡＰコホートについてのＬＯＸＬ２レベルは、回帰法を使用して、自然対数変換した後にＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦデータに対して標準化した。結果を図１４に示す。
【０２５９】
すべての原因による死亡までの時間を評価し、肺移植は、死イベントと見なした（ほとんどの肺移植患者は死亡した）。分類木と回帰木（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｔｒｅｅｓ）（ＣＡＲＴ）方法を、ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルの二分化のための最適な閾値またはカットオフポイントを選択するための、不偏のアプローチとして適用した。ＧＡＰコホートにおいて、Ｌｏｇ（ＬＯＸＬ２）が唯一の変数であった場合、ＣＡＲＴ分析は、カットオフポイントとして４４０ｐｇ／ｍｌ（自然対数目盛で６．０８）を選択した。
【０２６０】
表８Ａは、ＧＡＰコホートにおける被験体についてのベースラインおよび人口統計学的特徴を示し、表８Ｂは、このコホートにおける様々なベースライン値の間の相関を示す。
【０２６１】
【表８Ａ】
2018049033.tif 000016
【０２６２】
【表８Ｂ】
2018049033.tif 000017
【０２６３】
二種類に分けられたＬＯＸＬ２レベルとすべての原因による死亡率との間の相関は、ベースラインの６（６）か月、１２（１２）か月、１８（１８）か月、および２４（２４）か月後に、Ｃｏｘ比例ハザードモデリングおよびＫａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ生存プロットを使用して評価した。ベースラインＬＯＸＬ２レベルと入院および肺機能低下との間の相関は、データが入手可能でなかったので、評価されなかった。
【０２６４】
ベースラインＬＯＸＬ２レベルの分布の分析は、ＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦコホートについて観察されたものと同様に、より低い領域（ｔｈｅ  ｌｏｗｅｒ  ｓｐｅｃｔｒｕｍ）に向かって非対称の分布を示した。ベースラインＬＯＸＬ２レベル中央値は、７１６．５ｐｇ／ｍＬ（四分位数間範囲３５８．３ｐｇ／ｍｌ、１４４６．６ｐｇ／ｍｌ）であった。相関は、ＬＯＸＬ２と、ベースラインの人口統計およびＩＰＦ重症度についてのベースラインの臨床指標との間で弱かった（相関係数は、年齢について−０．０７、ＦＶＣ  −０．０３、ＤＬＣＯ  −０．２８）。疾患重症度のさらなる臨床指標は、さらなる分析に入手可能ではなかった。
【０２６５】
結果は、閾値４４０ｐｇ／ｍｌのベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルが、すべての原因による死亡率についての危険性と相関していたことを示した。血清における４４０ｐｇ／ｍｌよりも高いベースラインＬＯＸＬ２レベルの存在は、ベースラインの１２、１８、および２４か月後のより多くの死と関連した（図１５ＡおよびＢ）。
【０２６６】
多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデリング（共変数は年齢および性別を含んだ）は、４４０ｐｇ／ｍｌよりも高いベースラインＬＯＸＬ２レベルの存在が、ベースラインの１２、１８、および２４か月後の死についての危険性における２．３倍の増加と関連することを示唆した（表９ＡおよびＢを参照されたい）。
【０２６７】
【表９Ａ】
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【０２６８】
【表９Ｂ】
2018049033.tif 000019
【０２６９】
被験体のサブセットについて、さらなる血清サンプルを前向きに収集した。研究の期間にわたって、２（２）つのサンプルを６０人の被験体から収集し、３（３）つのサンプルを４２人の被験体から収集し、４（４）つのサンプルを３１人の被験体から収集し、５（５）つのサンプルを１７人の被験体から収集し、６（６）つのサンプルを１２人の被験体から収集し、７（７）つのサンプルを７（７）人の被験体から収集し、８（８）つのサンプルを２（２）人の被験体から収集した。サンプルのどれも、急性増悪と関連して収集されなかった。
【０２７０】
血清ＬＯＸＬ２レベルとすべての原因による死亡率との間の関係を評価するために、時間依存性の連続変数としてサンプルのそれぞれにおけるＬＯＸＬ２レベルを組み込む多変量コックス比例ハザードモデリング（年齢および性別を含む共変数あり）を使用した。経時的に測定した血清ＬＯＸＬ２レベルは、死亡率についての危険性と関連した（ｐ＝０．００３）。ＧＡＰコホートにおいて、本研究の間の任意の時間に採取した血清ＬＯＸＬ２レベルにおけるそれぞれの２．７倍の増加について、死亡率についての危険性は、１．６３倍、増加した（９５％信頼区間１．１９〜２．２５）。
【０２７１】
表１０は、ベースライン後の様々な時間での血清ＬＯＸＬ２レベルによる多変量解析の結果を示す。
【０２７２】
【表１０】
2018049033.tif 000020
【０２７３】
ＧＡＰコホートの結果は、上記に記載されるＡＲＴＥＭＩＳ−ＩＰＦ研究のものに類似していた。両方の研究は、閾値レベルよりも高いベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルがＩＰＦ患者において負の転帰の危険性の増加と関連することを示した。
実施例１０：慢性Ｂ型肝炎（ＣＨＢ）を有する患者におけるベースライン血清ＬＯＸＬ２レベル
【０２７４】
血清ＬＯＸＬ２レベルは、３００ｍｇテノホビルジソプロキシルフマル酸塩（ＴＤＦ）による処置の前におよび処置の２４０週間後の両方で、慢性Ｂ型肝炎（ＣＨＢ）および肝線維症を有する被験体において評価した。肝生検は、ＴＤＦによる処置の前におよび処置の２４０週間後に、ＣＨＢを有する３４８人のヒト被験体から採取した。生検は、線維症の評価のためにＩｓｈａｋスケールを使用して病理学者らによってスコア化した。本研究において、被験体の９６．３％が、肝線維症における改善を示したまたは進行なしを示した。生検で証明される硬変を有する、本研究を始めた９６人の被験体のうち、７４％が、処置の２４０週間後に硬変の後退を有した。
【０２７５】
血清ＬＯＸＬ２レベルを、線維症スコアにおける改善を示したいく人かの被験体を含む、３４８人の被験体のうち８１人について、ベースラインの時点および２４０週目にＥＬＩＳＡによって遡及的に評価した。処置後の２４０週目に、これらの８１人の被験体のうちの４２人は、硬変後退を有し、１６人は、持続性の硬変を有し、２人は、処置の経過にわたって硬変に進行し、１８人は、線維症における変化を伴わない非硬変被験体であり、３人は、Ｉｓｈａｋによって測定されるように、線維症における少なくとも２ポイントの低下を伴う非硬変被験体であった。
【０２７６】
ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルは、８１人のＣＨＢ被験体のうちの９１％においておよび硬変被験体の９７％において上昇した。下記に示されるように、硬変を有する患者（Ｉｓｈａｋスコア５または６）は、それほど重度ではない肝線維症を有する患者と比較して、ベースラインにおけるＬＯＸＬ２血清レベル中央値が上昇していた。この観察は、慢性Ｃ型肝炎感染症を有する患者において観察されたＬＯＸＬ２血清レベルに類似している。さらに、組織学研究は、ＬＯＸＬ２タンパク質が活発な線維形成の部位で集中していることを示した（データ示さず）。これらの結果は、硬変を有する患者がなお肝臓における活発な線維形成を受けていることを示唆する。さらに、２４０週間の処置の経過にわたって、ベースライン硬変を有する６０人の患者の７２％は、後退または彼らのＩｓｈａｋ線維症スコアの改善を示した。さらに、これらの患者は、ベースラインと比較して、２４０週目に、より低い血清ＬＯＸＬ２レベル中央値を有した。結果は、全体的な線維症および線維形成の両方が抗ウイルス処置によって低下したことを示唆する。
【０２７７】
図１６Ａは、血清ＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍＬ）が線維症スコアと相関したことを示し、図１６Ｂおよび１６Ｃは、血清ベースラインＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍＬ）が、ベースラインＩｓｈａｋ線維症スコアと相関したことを示す。処置後の２４０週間の時点に、血清ＬＯＸＬ２レベル平均値は低下しており、Ｉｓｈａｋ線維症スコアともはや相関していなかった。表１１もまた参照されたい。
【０２７８】
【表１１】
2018049033.tif 000021
【０２７９】
図１７において示されるように、１〜３のベースラインＩｓｈａｋステージを有する被験体はすべて、１５００ｐｇ／ｍｌ未満の血清ＬＯＸＬ２レベルを有し、４〜６のベースラインＩｓｈａｋステージを有する被験体の４９％は、１５００ｐｇ／ｍｌを超える血清ＬＯＸＬ２レベルを有した。
【０２８０】
８１人の被験体のうちの７９％は、血清ＬＯＸＬ２レベルにおける低下を経験した。被験体の１１％（それぞれ定量限界未満のベースラインレベルを有する）は、ＬＯＸＬ２レベルにおける変化を有しなかった。
【０２８１】
図１８は、以下の群における個々の被験体についてのベースラインおよび２４０週目の血清ＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍＬ）を示す：２４０週目に持続性の硬変を有する被験体（ｎ＝１６、図１８Ａ）；２４０週目までに硬変の逆転を有する被験体（ｎ＝４２、図１８Ｂ）；週間２４０週目までに線維症性のステージ（Ｉｓｈａｋ）における変化を経験しなかった非硬変被験体（ｎ＝１８、図１８Ｃ）；本研究の過程にわたって硬変までの進行を経験した被験体（図１８Ｄ）；および２４０週目までに線維症における２ステージ以上の低下を有する非硬変被験体（図１８Ｅ）。
【０２８２】
表１２は、２４０週目に持続性の硬変を有する被験体、２４０週目に硬変の逆転を有する被験体、および本研究の過程にわたって線維症性の変化における変化を経験しなかった非硬変被験体（「非硬変、Δなし）におけるベースラインおよび２４０週目の血清ＬＯＸＬ２レベル（ｐｇ／ｍＬ）を比較する。
【０２８３】
【表１２】
2018049033.tif 000022
【０２８４】
表１２において示されるように、硬変被験体のうちの８８％が、ＬＯＸＬ２レベルが低下した。さらに、ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルは、２４０週目に持続性の硬変を有した被験体において最も高いということが決定された。
【０２８５】
図１９は、所定のベースライン血清ＬＯＸＬ２レベル（＜１５００、＞１５００、１５００〜３０００、＜３０００、および＞３０００ｐｇ／ｍｌ）を有する、２４０週目に、組織学的改善を有することが決定された硬変被験体（「Ｙ」）のパーセンテージならびに同じ所定のベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する、２４０週目に組織学的改善を有しないことが決定された硬変被験体（「Ｎ」）のパーセンテージを示す。示されるように、１５００ｐｇ／ｍｌ未満のベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する硬変被験体は、８８％の率の後退（ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ）を有した。１５００ｐｇ／ｍｌ〜３０００ｐｇ／ｍｌのベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルを有する硬変被験体は、７０％の率の後退を有していたが、３０００ｐｇ／ｍｌを超えるベースライン血清レベルを有する硬変被験体は、わずか２９％の率の後退しか有しなかった。したがって、硬変患者の間で、１５００ｐｇ／ｍｌ未満のベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルは、８８％の後退の確度と関連したが、３０００ｐｇ／ｍＬを超えるベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルは、２９％の後退の確度と関連した。
【０２８６】
ベースライン血清ＬＯＸＬ２レベルは、ベースライン線維症ステージよりも２４０週目のＩｓｈａｋ線維症ステージとより相関した。これは、高い血清ＬＯＸＬ２レベルが、活発な線維形成を反映したことを示唆する。
【０２８７】
この研究の結果は、血清ＬＯＸＬ２レベルが、ＣＨＢを有する患者において上昇し、最高の線維症を有する患者において最も高いことを実証し、血清ＬＯＸＬ２と線維症スコアとの間の全般的な相関を実証した。血清ＬＯＸＬ２レベルは、活動性疾患および活発な線維形成を反映した（たとえば、より高いベースラインレベルが２４０週目の、より高い線維症ステージと関連したことを考慮して）。基礎をなすＣＨＢの処置は、ほとんどの患者においてＬＯＸＬ２の低下をもたらし、このことは、線維形成のダウンレギュレーションを示唆した。臨床的にうまくいっていた不変の線維症スコアを有する患者においてでさえ、５年後に血清ＬＯＸＬ２が減少した。結果は、活動性疾患のマーカーとしての血清ＬＯＸＬ２レベルを実証し、かつ高いＬＯＸＬ２が後退の欠如を予測するということを実証する。
【０２８８】
本発明が、その特定の実施形態に関して記載されてきたが、様々な変化がなされてもよく、本発明の真の精神および範囲から逸脱することなく、等価物が代わりに用いられてもよいことが、当業者によって理解されるはずである。さらに、本発明の目的、精神、および範囲に、特定の状況、物質、材料の組成、プロセス、プロセスステップ（複数可）を適応させるために多くの変更がなされてもよい。そのような変更はすべて、本明細書に添付される特許請求の範囲内にあることが意図される。
【０２８９】
一つの実施形態において、以下の項目が提供される。
（項目１）  疾患または状態を検出する、予測する、またはモニターするための方法であって、
ａ）個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップおよび
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２のレベルを検出するステップを含み、
ここで、ＬＯＸＬ２の該検出レベルが、該個体における該疾患または状態の存在もしくは非存在あるいは該個体による該疾患または状態に対する処置への応答の確度を示す、方法。
（項目２）  疾患または状態の予後判定方法であって、
ａ）該疾患または状態を有する個体から得られる液体サンプルを、リシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）に対して特異的な抗体と接触させるステップおよび
ｂ）該液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２との該抗体の結合を検出し、それによって、該液体サンプルにおけるＬＯＸＬ２を検出するステップを含み、
ここで、検出されたＬＯＸＬ２のレベルが、該疾患または状態の転帰、イベント、またはエンドポイントの確度を示す、方法。
（項目３）  前記個体が、前記疾患または状態に対する処置を受けており、
該個体において初期の時点で決定されたレベルよりも低い、ステップ（ｂ）において検出されたＬＯＸＬ２のレベルが、該処置の効力を示す、項目１または項目２に記載の方法。
（項目４）  前記初期の時点で決定された前記レベルが、処置前レベルである、項目３に記載の方法。
（項目５）  前記液体サンプルが、血液、血液画分、尿、唾液、痰、または気管支肺胞洗浄液である、項目１〜４のいずれかに記載の方法。
（項目６）  ＬＯＸＬ２に対して特異的な該抗体が、検出可能な標識を含む、項目１〜５のいずれかに記載の方法。
（項目７）  項目１〜６のいずれかに記載の方法であって、前記液体サンプル中に存在する前記ＬＯＸＬ２を不溶性支持体に固定するステップをさらに含み、ここで、該固定するステップが、該液体サンプルを、ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体と接触させて第２の抗体−ＬＯＸＬ２複合体を形成させることによって実行され、ここで、該第２の抗体が、該不溶性支持体に固定される、方法。
（項目８）  前記固定するステップが、ステップ（ａ）の前に実行される、項目７に記載の方法。
（項目９）  ステップ（ａ）における前記抗体が、ＬＯＸＬ２が該ＬＯＸＬ２の酵素活性を阻害する作用物質に結合している場合に、該ＬＯＸＬ２に結合することができる、項目１〜８のいずれかに記載の方法。
（項目１０）  該作用物質が、ＬＯＸＬ２酵素活性のアロステリック阻害剤である、項目９に記載の方法。
（項目１１）  該アロステリック阻害剤が、抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体である、項目１０に記載の方法
（項目１２）  該抗ＬＯＸＬ２モノクローナル抗体が、ＬＯＸＬ２のＳＲＣＲ３−４ドメイン内のエピトープに結合する、項目１１に記載の方法。
（項目１３）  項目１〜１２のいずれかに記載の方法であって、ｃ）前記検出レベルを正常コントロール値と比較するステップをさらに含み、ここで、正常コントロール値よりも高い検出レベルが、前記疾患または状態の存在を示すか、あるいは、前記個体が該疾患または状態に対する処置に応答する確度を示す、方法。
（項目１４）  前記疾患または状態が、線維症性疾患またはがんである、項目１〜１３のいずれかに記載の方法。
（項目１５）  前記疾患または状態が、線維症性疾患であり、正常コントロールレベルよりも高いＬＯＸＬ２の循環レベルが、前記個体が該線維症性疾患に対する処置に有益な臨床応答を示す可能性があることを示す、項目１４に記載の方法。
（項目１６）  前記疾患または状態が、肺線維症、肝線維症、腎線維症、心線維症、もしくは骨髄線維症、硬変、慢性ウイルス性肝炎、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、またはＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）である、項目１４または項目１５に記載の方法。
（項目１７）  前記疾患または状態が、特発性肺線維症（ＩＰＦ）である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）  前記検出レベルが、前記個体における、ＩＰＦ疾患転帰、エンドポイント、またはイベントの確度を示す、項目１７に記載の方法。
（項目１９）  前記ＩＰＦ疾患転帰、エンドポイント、またはイベントが、ＩＰＦ疾患増悪、肺機能低下、呼吸器系の入院、移植なしの生存、死、または処置への応答性である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）  項目１７〜１９のいずれかに記載の方法であって、該方法が、前記個体において、ＩＰＦ疾患重症度または機能的ステータスの量を検出するステップであって、該量が、予測努力肺活量（ＦＶＣ）のパーセント、予測一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）のパーセント、６分間の歩行距離（６ＭＷＤ）、平均肺動脈圧（ｍＰＡＰ）、最低安静時酸素飽和度（ＳｐＯ２）、複合生理学指数（ＣＰＩ）、セントジョージ呼吸器質問票スコア（ＳＧＲＱ）、遷移呼吸困難指数（ＴＤＩ）スコア、処置への応答性、およびＩＰＦ疾患のバイオマーカーからなる群から選択されるステップをさらに含む、方法。
（項目２１）  予測モデルを使用して、前記ＬＯＸＬ２レベルを分析するステップをさらに含む、項目１〜２０のいずれかに記載の方法。
（項目２２）  前記個体における、前記疾患または状態に対する処置を開始する、改変する、または中止するステップをさらに含む、項目１〜２１のいずれかに記載の方法。
（項目２３）  前記個体を１つ以上のさらなる診断試験にかけるステップをさらに含む、項目１〜２２のいずれかに記載の方法。
（項目２４）  前記１つ以上のさらなる診断試験が、肺機能検査または肝機能検査である、項目２３に記載の方法。
（項目２５）  前記検出レベルが、前記個体が活動性線維症性疾患または進行期線維症性疾患を有することを示す、項目１〜２４のいずれかに記載の方法。
（項目２６）  前記活動性線維症性疾患が、ＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ１もしくはＦ２肝線維症である、または前記進行期線維症性疾患が、ＭＥＴＡＶＩＲ  Ｆ４肝線維症である、項目２５に記載の方法。
（項目２７）  個体から得られる液体生物学的サンプルにおけるリシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドのレベルを決定するのに使用するためのアッセイデバイスであって、該デバイスが、軸流路を定めるマトリックスであって、
ｉ）流動サンプルを受け入れる該流路の上流の端にサンプル受け入れゾーンと、
ｉｉ）該流路内に、かつ該サンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上の試験ゾーンであって、該１つ以上の試験ゾーンのそれぞれがＬＯＸＬ２に特異的な抗体を含み、ここで、該ＬＯＸＬ２に特異的な抗体のそれぞれが、液体サンプル中に存在するＬＯＸＬ２ポリペプチドに結合し、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体を形成することができる、１つ以上の試験ゾーンと、
ｉｉｉ）該流路内に、かつ該サンプル受け入れゾーンの下流に位置する１つ以上のコントロールゾーンとを含むマトリックスを含む、アッセイデバイス。
（項目２８）  前記１つ以上の試験ゾーンが、少なくとも２つの試験ゾーンを含み、前記１つ以上のコントロールゾーンの少なくとも１つが、２つの試験ゾーンの間に位置する、項目２７に記載のアッセイデバイス。
（項目２９）  前記少なくとも２つの試験ゾーンおよび少なくとも１つのコントロールゾーンが、任意のコントロールゾーンの上流に位置する試験ゾーンから始まる前記流路内に交互の様式で位置する、項目２８に記載のアッセイデバイス。
（項目３０）  １つ以上の前記抗ＬＯＸＬ２抗体が、前記試験ゾーンにおける前記マトリックスに固定される、項目２８または２９に記載のアッセイデバイス。
（項目３１）  標識ゾーンをさらに含む、項目２７〜３０のいずれかに記載のアッセイデバイスであって、ＬＯＸＬ２に特異的な抗体に対して特異的な標識抗体を含み、ここで、該標識抗体が、抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２複合体に存在する抗ＬＯＸＬ２抗体に結合して、標識抗ＬＯＸＬ２抗体／ＬＯＸＬ２を形成することができ、
該標識抗体が、液体サンプルの存在下で移動可能である、アッセイデバイス。
（項目３２）  前記標識抗体が、化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、および放射性同位体からなる群から選択される標識成分を含む、項目３１に記載のアッセイデバイス。
（項目３３）  前記マトリックスが、支持体および必要に応じてカバーを含むハウジング内に位置し、該ハウジングが、適用開口部および１つ以上の観察窓を含有する、項目２７〜３２のいずれかに記載のアッセイデバイス。
（項目３４）  前記デバイスが、試験ストリップである、項目２８〜３３のいずれかに記載のアッセイデバイス。
（項目３５）  前記デバイスが、ディップスティックアッセイデバイスである、項目２８〜３４のいずれかに記載のアッセイデバイス。
（項目３６）  個体から得られる生物学的サンプルにおけるリシルオキシダーゼ様２（ＬＯＸＬ２）ポリペプチドのレベルを決定するためのキットであって、
ａ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第１の抗体および
ｂ）ＬＯＸＬ２に対して特異的な第２の抗体を含む、キット。
（項目３７）  標準曲線を生成するのに使用するための精製ＬＯＸＬ２をさらに含む、項目３６に記載のキット。
（項目３８）  前記抗体の少なくとも１つが、検出可能な標識を含む、項目３６または項目３７に記載のキット。
（項目３９）  前記検出可能な標識が、化学発光剤、微粒子標識、比色剤、エネルギー伝達剤、酵素、蛍光剤、および放射性同位体を含む、項目３８に記載のキット。
（項目４０）  前記接触させるステップおよび検出するステップが、項目２７〜３５のいずれかに記載のアッセイデバイスまたは項目３６〜３９に記載のキットを使用して実行される、項目１〜２６のいずれかに記載の方法。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１３Ｃ】
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【図１３Ｄ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８−１】
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【図１８−２】
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【図１９】
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【配列表】
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【外国語明細書】
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