【手続補正書】
【提出日】平成27年4月6日(2015.4.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を、心欠陥の発症および／またはリスクを特定しおよび／または特徴づけることの指標とするための方法であって、
心欠陥の範囲または程度に相関する参照の微生物の特性を提供すること、および
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき該個体からの該微生物叢の試料に存在する該微生物の特性を決定すること
を含む方法。
【請求項２】
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき個体からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を参照の微生物の特性と比較することをさらに含む請求項１に記載の方法。
【請求項３】
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる１種類以上の微生物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる実質的に全種類の微生物のセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
個体の特定の臓器または組織が個体の消化管である、請求項３または４に記載の方法。
【請求項６】
微生物叢の試料が糞便の試料である請求項５に記載の方法。
【請求項７】
個体がヒトである請求項１に記載の方法。
【請求項８】
個体が動物である請求項１に記載の方法。
【請求項９】
微生物の特性が微生物叢の試料に存在する１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する実質的に全種類の微生物または要素または産生物のセットのレベルのセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の１６Ｓ  ＲＮＡ遺伝子配列のレベルのまたはレベルのセットを含む、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の微生物代謝産物のレベルまたはレベルのセットを含む、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１３】
患者からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を、心臓の処置を受ける予定がある、または受けたことのある患者をモニターすることの指標とするための方法であって、
心欠陥の範囲または程度に相関する参照の微生物の特性を提供し、および
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき該患者からの該微生物叢の試料に存在する該微生物の特性を決定することを含む方法。
【請求項１４】
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき個体からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を、参照の微生物の特性と比較することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる１種類以上の微生物を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる実質的に全種類の微生物のセットを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
個体の特定の臓器または組織が個体の消化管である、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項１８】
微生物叢の試料が糞便の試料である請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
個体がヒトである請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
個体が動物である請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２２】
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する実質的に全種類の微生物または要素または産生物のセットのレベルのセットを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２３】
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の１６Ｓ  ＲＮＡ遺伝子配列のレベルまたはレベルのセットを含む、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の微生物代謝産物のレベルまたはレベルのセットを含む、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２５】
１種類以上の微生物または構成要素またはその産生物のレベルのセットを、心欠陥の発症および／またはリスクに相関する微生物の特性を特定する、および／または特徴づけることの指標とするための方法であって、
微生物叢の試料の第１の収集物中の１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルの第１のセットを決定することであって、ここで、微生物叢の試料の第１の収集物の各試料は、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴を共有する、決定することと、
微生物叢の試料の第２の収集物中の１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルの第２のセットを決定することであって、微生物叢の試料の該第２の収集物は、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴を共有しないが、それ以外では微生物叢の試料の第１のセットと同等である、決定することと、
心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴の存在または非存在に相関する第１または第２のセットにおけるレベルを含んでいる微生物の特性を特定すること
を含む方法。
【請求項２６】
微生物叢の試料は、微生物叢の試料が収集される決定の臓器または組織に認められる１種類以上の微生物の試料を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
微生物叢の試料が収集される特定の臓器または組織に認められる実質的に全種類の微生物の試料を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
特定の臓器または組織が消化管である請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項２９】
微生物叢の試料が糞便の試料である請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットが、微生物叢の試料に存在する１つ以上の１６Ｓ  ＲＮＡ遺伝子配列のレベルまたはレベルのセットを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３１】
１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットが、微生物叢の試料に存在する１つ以上の微生物代謝産物のレベルまたはレベルのセットを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３２】
微生物叢の試料は宿主生物から得られ、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は宿主生物における冠動脈性心疾患の発症を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３３】
微生物叢の試料は宿主生物から得られ、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は宿主生物における心筋梗塞の前病歴を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３４】
微生物叢の試料は宿主生物から得られ、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は、宿主生物における虚血／再灌流傷害への感受性の増加を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３５】
心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は、心欠陥に相関することが知られているミクロビオームを変化させる作用因子に曝露することを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３６】
ミクロビオームを変化させる作用因子は１つ以上の抗生物質を含む請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
抗生物質は非吸収性の抗生物質を含む請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
非吸収性の抗生物質はバンコマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、バシトラシン、および／またはポリミキシンＢまたはその組み合わせを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
ミクロビオームを変化させる作用因子は微生物を含む請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
微生物はラクトバチルス・プランタルムおよび／またはビフィドバクテリウム・ラクティスを含む請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
個体のミクロビオームを変化させることによって、個体の心欠陥を治療し、またはそのリスクを軽減するための組成物であって、
ミクロビオームを変化させる作用因子であって、該組成物が該個体に投与されることによって、心欠陥の重症度またはリスクが変化することに相関するように、個体のミクロビオームを変化させることを特徴とする、ミクロビオームを変化させる作用因子を
含む、組成物。
【請求項４２】
ミクロビオームを変化させる作用因子は１つ以上の抗生物質を含む請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
抗生物質は非吸収性の抗生物質を含む請求項４２に記載の組成物。
【請求項４４】
非吸収性の抗生物質はバンコマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、バシトラシン、および／またはポリミキシンＢ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項４３に記載の方組成物。
【請求項４５】
ミクロビオームを変化させる作用因子は１種類以上の微生物を含む請求項４１に記載の組成物。
【請求項４６】
微生物はラクトバチルス・プランタルムおよび／またはビフィドバクテリウム・ラクティスを含む請求項４５に記載の組成物。
【請求項４７】
心欠陥の重症度またはリスクの変化は、レプチンのレベルの減少を含む請求項４１に記載の組成物。
【請求項４８】
心欠陥の重症度またはリスクの変化は、１つ以上の微生物代謝産物のレベルの変化を含む請求項４１に記載の組成物。
【請求項４９】
１つ以上の微生物代謝産物のレベルの変化は、キヌレニン、インドール酢酸、インドールプロピオン酸、３−インドキシル硫酸、フェニル乳酸、フェニルアセチルグリシン、フェニル酢酸塩、３−フェニルプロピオン酸、桂皮酸エステル、ｐ−クレゾール硫酸塩、フェノール硫酸塩、３−（４−ヒドロキシフェニル）乳酸塩、および／または４−ヒドロキシフェニルピルビン酸、またはその組み合わせの減少を含む、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】
個体に投与されたときに、心欠陥の重症度またはリスクが変化することに相関するように、個体のミクロビオームを変化させるミクロビオームを変化させる作用因子を含む組成物。
【請求項５１】
薬剤的に許容可能な担体をさらに含む請求項５０に記載の組成物。
【請求項５２】
食品製品、機能性食品または栄養補助食品中に、または、食品製品として提供される請求項５０に記載の組成物。
【請求項５３】
心欠陥の重症度またはリスクの減少を達成することに相関する投与計画に沿った投与のための単位用量が単位剤形で含まれる、請求項５０に記載の組成物。
【請求項５４】
ミクロビオームを変化させる作用因子は微生物細胞である、または、それを含む、請求項５０に記載の組成物。
【請求項５５】
食品製品、機能性食品または栄養補助食品中に、または、食品製品として提供される請求項５４に記載の組成物。
【請求項５６】
ミクロビオームを変化させる作用因子は少なくとも１，０００個の微生物細胞である、または、それを含む、請求項５４に記載の組成物。
【請求項５７】
ミクロビオームを変化させる作用因子は抗生物質である、または、それを含む、請求項５０に記載の組成物。
【請求項５８】
ミクロビオームを変化させる作用因子は抗生物質をさらに含む請求項５４に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
本発明は、ミクロビオーム組成および／または活性の再現可能および検出可能な変化が、心欠陥の発症および／またはリスクに関連するという認識を含む。本発明は、このような変化を反映している微生物の特性の確認および／または特徴づけを可能にし、この微生物の特性を使用することについて、例えば、心欠陥の発症および／またはリスクを評価するための系も提供する。
実施形態において、本発明は、例えば、下記の項目を提供する。
（項目１）
心欠陥の発症および／またはリスクを特定しおよび／または特徴づける方法であって、
心欠陥の範囲または程度に相関する参照の微生物の特性を提供すること、および
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき個体からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を決定すること
を含む方法。
（項目２）
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき個体からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を参照の微生物の特性と比較することをさらに含む項目１に記載の方法。
（項目３）
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる１種類以上の微生物を含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる実質的に全種類の微生物のセットを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
個体の特定の臓器または組織が個体の消化管である、項目３または４に記載の方法。
（項目６）
微生物叢の試料が糞便の試料である項目５に記載の方法。
（項目７）
個体がヒトである項目１に記載の方法。
（項目８）
個体が動物である項目１に記載の方法。
（項目９）
微生物の特性が微生物叢の試料に存在する１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットを含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する実質的に全種類の微生物または要素または産生物のセットのレベルのセットを含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の１６Ｓ  ＲＮＡ遺伝子配列のレベルのまたはレベルのセットを含む、項目９または１０に記載の方法。
（項目１２）
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の微生物代謝産物のレベルまたはレベルのセットを含む、項目９または１０に記載の方法。
（項目１３）
心臓の処置を受ける予定がある、または受けたことのある患者をモニターする方法であって、
心欠陥の範囲または程度に相関する参照の微生物の特性を提供し、および
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき患者からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を決定することを含む方法。
（項目１４）
心欠陥の発症および／またはリスクが特定される、または特徴づけられるべき個体からの微生物叢の試料に存在する微生物の特性を、参照の微生物の特性と比較することをさらに含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる１種類以上の微生物を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
微生物叢の試料が個体の特定の臓器または組織に認められる実質的に全種類の微生物のセットを含む、項目１３に記載の方法。
（項目１７）
個体の特定の臓器または組織が個体の消化管である、項目１５または１６に記載の方法。
（項目１８）
微生物叢の試料が糞便の試料である項目１７に記載の方法。
（項目１９）
個体がヒトである項目１３に記載の方法。
（項目２０）
個体が動物である項目１３に記載の方法。
（項目２１）
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットを含む、項目１３に記載の方法。
（項目２２）
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する実質的に全種類の微生物または要素または産生物のセットのレベルのセットを含む、項目１３に記載の方法。
（項目２３）
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の１６Ｓ  ＲＮＡ遺伝子配列のレベルまたはレベルのセットを含む、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２４）
微生物の特性が、微生物叢の試料に存在する１つ以上の微生物代謝産物のレベルまたはレベルのセットを含む、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２５）
心欠陥の発症および／またはリスクに相関する微生物の特性を特定する、および／または特徴づける方法であって、
微生物叢の試料の第１の収集物中の１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルの第１のセットを決定することであって、ここで、微生物叢の試料の第１の収集物の各試料は、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴を共有する、決定することと、
微生物叢の試料の第２の収集物中の１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルの第２のセットを決定することであって、微生物叢の試料の第２の収集物は、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴を共有しないが、それ以外では微生物叢の試料の第１のセットと同等である、決定することと、
心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴の存在または非存在に相関する第１または第２のセットにおけるレベルを含んでいる微生物の特性を特定すること
を含む方法。
（項目２６）
微生物叢の試料は、微生物叢の試料が収集される決定の臓器または組織に認められる１種類以上の微生物の試料を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
微生物叢の試料が収集される特定の臓器または組織に認められる実質的に全種類の微生物の試料を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２８）
特定の臓器または組織が消化管である項目２６または２７に記載の方法。
（項目２９）
微生物叢の試料が糞便の試料である項目２８に記載の方法。
（項目３０）
１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットが、微生物叢の試料に存在する１つ以上の１６Ｓ  ＲＮＡ遺伝子配列のレベルまたはレベルのセットを含む、項目２５に記載の方法。
（項目３１）
１種類以上の微生物または要素または産生物のレベルまたはレベルのセットが、微生物叢の試料に存在する１つ以上の微生物代謝産物のレベルまたはレベルのセットを含む、項目２５に記載の方法。
（項目３２）
微生物叢の試料は宿主生物から得られ、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は宿主生物における冠動脈性心疾患の発症を含む、項目２５に記載の方法。
（項目３３）
微生物叢の試料は宿主生物から得られ、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は宿主生物における心筋梗塞の前病歴を含む、項目２５に記載の方法。
（項目３４）
微生物叢の試料は宿主生物から得られ、心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は、宿主生物における虚血／再灌流傷害への感受性の増加を含む、項目２５に記載の方法。
（項目３５）
心欠陥の発症および／またはリスクの共通の特徴は、心欠陥に相関することが知られているミクロビオームを変化させる作用因子に曝露することを含む、項目２５に記載の方法。
（項目３６）
ミクロビオームを変化させる作用因子は１つ以上の抗生物質を含む項目３５に記載の方法。
（項目３７）
抗生物質は非吸収性の抗生物質を含む項目３６に記載の方法。
（項目３８）
非吸収性の抗生物質はバンコマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、バシトラシン、および／またはポリミキシンＢまたはその組み合わせを含む、項目３６に記載の方法。
（項目３９）
ミクロビオームを変化させる作用因子は微生物を含む項目３５に記載の方法。
（項目４０）
微生物はラクトバチルス・プランタルムおよび／またはビフィドバクテリウム・ラクティスを含む項目３９に記載の方法。
（項目４１）
個体のミクロビオームを変化させることによって、個体の心欠陥を治療し、またはそのリスクを軽減する方法であって、
心欠陥の重症度またはリスクが変化することに相関するように、個体のミクロビオームを変化させるように、心欠陥を罹患しているまたは感受性のある個体に、ミクロビオームを変化させる作用因子を投与するステップを含む方法。
（項目４２）
ミクロビオームを変化させる作用因子は１つ以上の抗生物質を含む項目４１に記載の方法。
（項目４３）
抗生物質は非吸収性の抗生物質を含む項目４２に記載の方法。
（項目４４）
非吸収性の抗生物質はバンコマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、バシトラシン、および／またはポリミキシンＢ、またはそれらの組み合わせを含む、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
ミクロビオームを変化させる作用因子は１種類以上の微生物を含む項目４１に記載の方法。
（項目４６）
微生物はラクトバチルス・プランタルムおよび／またはビフィドバクテリウム・ラクティスを含む項目４５に記載の方法。
（項目４７）
心欠陥の重症度またはリスクの変化は、レプチンのレベルの減少を含む項目４１に記載の方法。
（項目４８）
心欠陥の重症度またはリスクの変化は、１つ以上の微生物代謝産物のレベルの変化を含む項目４１に記載の方法。
（項目４９）
１つ以上の微生物代謝産物のレベルの変化は、キヌレニン、インドール酢酸、インドールプロピオン酸、３−インドキシル硫酸、フェニル乳酸、フェニルアセチルグリシン、フェニル酢酸塩、３−フェニルプロピオン酸、桂皮酸エステル、ｐ−クレゾール硫酸塩、フェノール硫酸塩、３−（４−ヒドロキシフェニル）乳酸塩、および／または４−ヒドロキシフェニルピルビン酸、またはその組み合わせの減少を含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
個体に投与されたときに、心欠陥の重症度またはリスクが変化することに相関するように、個体のミクロビオームを変化させるミクロビオームを変化させる作用因子を含む組成物。
（項目５１）
薬剤的に許容可能な担体をさらに含む項目５０に記載の組成物。
（項目５２）
食品製品、機能性食品または栄養補助食品中に、または、食品製品として提供される項目５０に記載の組成物。
（項目５３）
心欠陥の重症度またはリスクの減少を達成することに相関する投与計画に沿った投与のための単位用量が単位剤形で含まれる、項目５０に記載の組成物。
（項目５４）
ミクロビオームを変化させる作用因子は微生物細胞である、または、それを含む、項目５０に記載の組成物。
（項目５５）
食品製品、機能性食品または栄養補助食品中に、または、食品製品として提供される項目５４に記載の組成物。
（項目５６）
ミクロビオームを変化させる作用因子は少なくとも１，０００個の微生物細胞である、または、それを含む、項目５４に記載の組成物。
（項目５７）
ミクロビオームを変化させる作用因子は抗生物質である、または、それを含む、項目５０に記載の組成物。
（項目５８）
ミクロビオームを変化させる作用因子は抗生物質をさらに含む項目５４に記載の組成物。