【手続補正書】
【提出日】平成27年7月14日(2015.7.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された核酸分子であり：
（ｉ）配列番号１［ｒｓ６６６２４７］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｉ）配列番号２［ｒｓ１２７０７０３４］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｉｉ）配列番号３［ｒｓ７０７４９７］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｖ）配列番号４［ｒｓ１７０２４１７２］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｖ）配列番号５［ｒｓ１６９５０７０５］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｖｉ）配列番号６［ｒｓ１１９５６４６１］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｖｉｉ）配列番号７［ｒｓ６０９５３９］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；
（ｖｉｉｉ）配列番号８［ｒｓ７９７５８３８］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｘ）配列番号９［ｒｓ１２０６３２９６］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｘ）配列番号１０［ｒｓ１６９１３７１９］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｘｉ）配列番号１１［ｒｓ１１４９７８９８］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｘｉｉ）配列番号１２［ｒｓ１７１６８５７２］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｘｉｉｉ）配列番号１３［ｒｓ１６９３３４１２］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び
（ｘｉｖ）配列番号１４［ｒｓ１６８６４５０５］（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
を含む群から選択される、単離された核酸分子。
【請求項２】
請求項１に記載の単離された核酸分子又は請求項１に記載の核酸分子の群であり、前記多型変化を有する配列の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は全てのパネルが、前記指標ヌクレオチドを含み、ベータサラセミア、好ましくはベータサラセミアマイナーに対するマーカーを構成する、単離された核酸分子又は核酸分子の群。
【請求項３】
請求項２に記載の単離された核酸分子又は核酸分子の群であり、前記パネルが少なくとも：
（ｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；又は
（ｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；又は
（ｉｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；又は
（ｉｖ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；又は
（ｖ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｖｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号６（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｖｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号６（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号７（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；又は
（ｖｉｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号６（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号７（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；及び配列番号８（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号９（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号１０（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号１１（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号１２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号１３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号１４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｉｘ）配列番号８（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号１４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｘ）配列番号８（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号９（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；又は
（ｘｉ）配列番号２（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；配列番号１３（但し、５０１位で単一の多型変化を有し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
を含む、単離された核酸分子又は核酸分子の群。
【請求項４】
被験者のベータサラセミア、好ましくはベータサラセミアマイナーを検出又は診断する方法であり、当該方法は：
（ａ）被験者のサンプルから核酸を単離するステップ、
（ｂ）請求項１乃至３のいずれか一項に記載の１又は複数の多型部位に存在するヌクレオチド配列及び／又は分子構造を決定するステップ、
を含み、
請求項１乃至３のいずれか一項に記載の指標ヌクレオチドの存在が、ベータサラセミアの存在を示す、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であり、前記ヌクレオチド配列の決定が、アレル特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）−ドットブロット分析、プライマー伸長分析、ｉＰＬＥＸＳＮＰ遺伝子型判定、ダイナミックアレル−特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）遺伝子型判定、分子ビーコンの使用、テトラプライマーＡＲＭＳＰＣＲ、フラップエンドヌクレアーゼインベーダーアッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、ＰＣＲ−本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析、定量的リアルタイムＰＣＲアッセイ、ＳＮＰマイクロアレイ系分析、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ターゲットリシーケンシング分析及び／又は全ゲノム配列分析により、実施される、方法。
【請求項６】
請求項４又は５のいずれか一項に記載の方法であり、追加のステップとして、サンプル中のＨｂＡ２濃度の決定を含む方法。
【請求項７】
請求項６に記載の方法であり、前記ＨｂＡ２濃度の決定は、ＨＰＬＣ、ミクロクロマトグラフィー、等電点電気泳動法又はキャピラリー電気泳動法により実施される、方法。
【請求項８】
請求項４乃至７のいずれか一項に記載の方法であり、前記サンプルは、組織、臓器、細胞の混合物及び／若しくはそれらの断片、又は、膣組織、舌、膵臓、肝臓、脾臓、卵巣、筋肉、関節組織、神経組織、胃腸組織、腫瘍組織からの組織生検などの組織若しくは臓器特異的サンプル、又は体液、血液、血清、唾液若しくは尿であり、好ましくは血液である、方法。
【請求項９】
請求項４乃至８のいずれか一項に記載の方法であり、配列番号８及び配列番号９の多型部位に存在するヌクレオチド配列及び／又は分子構造の決定、並びに、配列番号８及び／又は配列番号９の遺伝子近傍のデオキシリボヌクレアーゼ過敏部位の検出を含み、請求項１乃至３のいずれか一項に記載の指標ヌクレオチドの存在と、前記デオキシリボヌクレアーゼ過敏部位の存在が、ベータサラセミアの存在を示す、方法。
【請求項１０】
請求項４乃至８のいずれか一項に記載の方法であり、配列番号２、配列番号４及び配列番号１３の多型部位に存在するヌクレオチド配列及び／又は分子構造の決定と、配列番号２及び／又は配列番号４及び／又は配列番号１３の遺伝子近傍のヒストン３リジン２７トリメチル化の検出を含み、請求項１乃至３のいずれか一項に記載の指標ヌクレオチドの存在と、前記ヒストン３リジン２７トリメチル化の存在が、ベータサラセミアの存在を示す、方法。
【請求項１１】
請求項１乃至３のいずれか一項に記載の核酸分子の、被験者のベータサラセミア、好ましくはベータサラセミアマイナーを検出又は診断するための使用、又は、ベータサラセミア、好ましくはベータサラセミアマイナーの存在に対して、被験者の集団、好ましくは南アジアの被験者の集団をスクリーニングするための使用。
【請求項１２】
請求項４乃至１０のいずれか一項に記載の方法、又は、請求項１３の使用であり、前記ベータサラセミアの診断が、被験者及び／又は被験者の子孫のベータサラセミア発症のリスクを評価することを含む、方法又は使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の詳細な説明】
【発明の名称】ベータサラセミア形質に対する新規関連マーカー
【技術分野】
【０００１】
本発明は、配列番号１から配列番号１４の単離された核酸分子に関し、これらは５０１位にて単一の多型変化を示し、ここで野生型ヌクレオチドはそれぞれ指標ヌクレオチドで置換されている。本発明はさらに前記核酸分子又は前記核酸の群に関し、そこで１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は１４の前記指標ヌクレオチドを含む多型変化を有する配列のパネルが、ベータサラセミア、特にベータサラセミアマイナーに対するマーカーを構成する。さらには、配列番号１；又は配列番号１と２；又は配列番号１、２及び３；又は配列番号１、２、３及び４；又は配列番号１から５；又は配列番号１から６；又は配列番号１から７；又は配列番号１から１４；又は配列番号８と１４；又は配列番号８と９；又は配列番号２、４及び１３を含む特定のパネルが考察される。本発明はさらに、被験者で、ベータサラセミア、好ましくはベータサラセミアマイナーを検出するか又は診断するための方法に関し、前記方法は：
（ａ）被験者のサンプルから核酸を単離し、
（ｂ）前記の多型の１つ又は複数の部位に存在するヌクレオチド配列及び／又は分子構造を決定し、前記指標ヌクレオチドの存在が前記ベータサラセミアの存在を示す、ことを含む。また、ベータサラセミアの検出又は診断のための対応する組成物、ベータサラセミア検出又は診断のため又はベータサラセミアの存在について集団をスクリーンするための前記核酸分子の使用だけでなく、同様に対応するキットも考察されるか又はそれぞれ本明細書において記載される。本発明の、又は、それぞれ本明細書において記載される方法、組成物、使用及びキットはまた、被験者及び／又は被験者の子孫のベータサラセミア発症のリスクを評価することに関する。
【背景技術】
【０００２】
サラセミアは、遺伝的疾患、すなわち常染色体劣性血液疾患である。前記遺伝子欠陥は、突然変異又は欠失であり得、通常はヘモグロビンのグロビン鎖の一つの合成速度を減少させる結果又はこれらの鎖を合成させない結果となる。その結果、異常ヘモグロビン分子が形成され、これにより貧血、即ち全てのサラセミア型の特徴的症状をもたらす。通常の場合、サラセミアは従って、合成されるグロビンの数が低減するという定量的問題に関係し、しばしば制御遺伝子又は領域の突然変異又は変性によるものであり、一方、他の主な貧血疾患鎌状赤血球貧血は、機能不全グロビンの合成の定性的な問題により生じるものである。サラセミアは、影響を受ける前記ヘモグロビン遺伝子の鎖により、２つの主な形、アルファサラセミアとベータサラセミアに分類され：アルファサラセミアでは、アルファグロビン鎖の生成が影響を受け、一方、ベータサラセミアでは、ベータグロビン鎖の生成が影響を受ける。
【０００３】
アルファサラセミアの病因では、遺伝子ＨＢＡ１（ヘモグロビンサブユニットアルファ１をエンコードし；染色体１６ｐ１３．３に位置する）及びＨＢＡ２（ヘモグロビンサブユニットアルファ２をエンコードし；染色体１６ｐ１３．３に位置する）の少なくとも４つのアレルが関与し、同様に染色体１６ｐの欠失が関与している。これによりアルファグロビン生成を減少させ、成人の、付随するベータグロビン鎖を過剰にさせて不安定なベータグロビンテトラマーを形成させ（又これはヘモグロビンＨと呼ばれ）、異常な酸素解離曲線を示す。正常なヘモグロビンは、これとは対照的に、２つのアルファ及び２つのベータユニットのヘテロテトラマーを形成し、これはヘモグロビンＡと呼ばれる。
【０００４】
ベータサラセミアの病因では、主にＨＢＢ遺伝子（ヘモグロビンサブユニットベータをエンコードし；染色体１１ｐ１５．５に位置する）又は関連する領域での突然変異に関連する。これまで、ＨＢＢ遺伝子に関連する４７０突然変異が、ＨＧＭＤ及びその他のデータベースにおいて報告されており、これらはベータサラセミアを発症させ得る。これらの突然変異は、前記ベータグロビン遺伝子座内で、前記領域でのいくつかの大きい欠失と同様に、小さい点突然変異又はリーディングフレームシフトを含む。前記突然変異は、例えば、プライマリーベータグロビン転写物の正しいスプライシングに影響を与え、異常なスプライシングパターンを与える。異なるタイプの突然変異が、ベータグロビン遺伝子に先行して前記プロモーター領域で生じ得る。全ての場合において、前記ベータ鎖の完全な又はある程度の欠失が、アルファ鎖の過剰をもたらし、これによりテトラマーが形成されずに血液細胞に結合され、膜の損傷やさらには毒性の凝集体を形成するおそれが生じる。
【０００５】
この疾患の重篤度は明らかに、突然変異の性質に依存する。ベータサラセミアメジャー又はＣｏｏｌｅｙ貧血では、ベータ鎖の形成が妨害されている。特に、前記疾患は、両方のアレルがサラセミア突然変異を持つ。これは通常、重篤な貧血である低色素性貧血を生じる。治療されない場合には、これにより貧血、脾腫及び重篤な骨奇形が生じ得る。通常は進行して２０歳になる前に死亡する。治療は通常は、定期的輸血、脾腫がある場合には脾臓摘出、及び輸血に起因する鉄過剰摂取の治療からなる。それを生じる遺伝子状態又は突然変異は、通常、β＋／β０、β０／β０又はβ＋／β＋として表され、ここで、「β」は、ベータヘモグロビンの機能を低減させる突然変異のないアレルを記載し、「β＋」は、いくらかのベータ鎖形成を可能にする突然変異を含むアレルを記載し、及び「β０」は、ベータ鎖の生成を完全に抑制する突然変異を含むアレルを記載する。
【０００６】
ベータサラセミアインターメディアでは、いくらかのベータ鎖が生じる。影響を受けた個人はしばしば、正常な生活を送ることができるが、例えば、病気、妊娠の際に、その貧血の重篤性に依存して輸血が必要となる場合がある。遺伝的状態又はそれを生じる突然変異は通常は、β＋／β＋又はβ＋／β０で記載される。
【０００７】
ベータサラセミアマイナー又はベータサラセミア形質では、１つだけのベータグロビンアレルが１つの突然変異を持つ。このことは、軽度の小球性貧血と考えられる。サラセミアマイナーは、それ自体生命を脅かすものではないが、軽度から中程度の貧血により生活品質に影響を与え得る。これは常に活発に治療されているものではなく、気づかれていない場合すらあり、特に発展途上国ではそうでる。伝統的な検出は通常は、平均赤血球容積の測定（即ち、赤血球細胞のサイズ）であり、これはこの患者が正常よりもやや少ない平均容積を持つという観察を導き得る。さらに、前記患者は通常は、ヘモグロビンＡ２の割合が増加し（＞３．５％、例えば３．８％から７％）、及びヘモグロビンＡの割合が減少する（＜９７．５％）。サラセミアマイナー又はサラセミア形質を導く遺伝子状態又は突然変異は、通常はβ＋／β又はβ０／β＋で記載される。前記疾患の常染色体劣性遺伝により、ベータサラセミアマイナーは、しかし公衆衛生上大きな脅威であり、これは、後続世代において劣性形質の組み合わせがこの疾患をより重症とすることにつながる可能性があるからである。
【０００８】
加えて、さらなるベータサラセミア変種が知られており、例えばＨｂＥ／β０サラセミアであり、これはタイで最も流行した（Ｓｈｅｒｖａ  ｅｔ  ａｌ．、２０１０、ＢＭＣ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１１、５１）。この変種では、ベータグロビン遺伝子のコドン２６での点突然変異が、スプライシングの変化を誘導し、これによりベータグロビンＥ鎖を減少させ、低色素赤血球症を生じさせ、及び最小から重度の貧血となる。
【０００９】
Ｓｈｅｒｖａらは、この特定のサラセミア形に伴う５０の一塩基変異多型を見出し、これらは前記ベータグロビン遺伝子クラスタの制御領域セントロメアに最も機能的にリンクされていた。
【００１０】
前記サラセミア形は、異なる地理領域でクラスタ化されている。アルファサラセミアが西アフリカ及びアメリカで流行する一方で、ベータサラセミアは、地中海領域、北アフリカ、西アジア及び南アジアの集団で見出され、世界最高のキャリア密度を示す。例えば、インドでは、ベータサラセミアのキャリア率は、３から１７％と見積もられている。
【００１１】
ベータサラセミアのキャリアは、世界中で６から８千万人と見積もられている。特に、インド、パキスタン又はタイなどの国では、遺伝カウンセリング及びスクリーニングがなされていないことからベータサラセミア患者の大きな増加が見られ、及びベータサラセミアは、次の数十年で非常に深刻な問題となる恐れがあり、とりわけ世界の血液バンク供給及び一般の健康管理システムに大きな負担を強いることになる懸念が大きくなっている。
【００１２】
通常、ベータサラセミアキャリア識別の最も有用な試験は、ヘモグロビンＡ２の定量的決定であり、これは、とりわけ、セルロースアセテート電気泳動、等電点電気泳動、キャピラリー電気泳動、及び高性能カチオン交換クロマトグラフ（ＨＰＬＣ）後のデンシトメトリースキャンを含む。デンシトメトリースキャンの結果が不満足であり、及び等電点電気泳動が煩わしく時間のかかる方法である一方で、前記優れたＨＰＬＣ方法は、必要な装置のない場所で実施することが最も困難である。
【００１３】
従って、ベータサラセミア、特にベータサラセミアキャリアを、容易に、より直接的に、より高感度で、より特異的にスクリーニングし得る手段及び方法についての要求が存在する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１４】
本発明は、この要求に対処するものであり、ベータサラセミア特にベータサラセミアキャリアを検出し、識別し得る手段及び方法を提供することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
【００１５】
前記課題は、特に、
（ｉ）配列番号１［ｒｓ６６６２４７］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｉ）配列番号２［ｒｓ１２７０７０３４］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｉｉ）配列番号３［ｒｓ７０７４９７］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｖ）配列番号４［ｒｓ１７０２４１７２］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｖ）配列番号５［ｒｓ１６９５０７０５］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｖｉ）配列番号６［ｒｓ１１９５６４６１］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｖｉｉ）配列番号７［ｒｓ６０９５３９］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；
（ｖｉｉｉ）配列番号８［ｒｓ７９７５８３８］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｘ）配列番号９［ｒｓ１２０６３２９６］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｘ）配列番号１０［ｒｓ１６９１３７１９］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｘｉ）配列番号１１［ｒｓ１１４９７８９８］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｘｉｉ）配列番号１２［ｒｓ１７１６８５７２］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｘｉｉｉ）配列番号１３［ｒｓ１６９３３４１２］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び
（ｘｉｖ）配列番号１４［ｒｓ１６８６４５０５］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）、
を含む群から選択される単離された核酸分子により達成される。
【００１６】
これらの配列は、ベータサラセミアに関連する新規な一塩基多型（ＳＮＰ）を構成する。従ってこれらは、例えば、特に世界の発展途上国で高い適用性と稼働率を持つことが予想される、ＰＣＲや核酸ハイブリダイゼーションなどの広範囲に使われ使用容易な技術を適用することで、ベータサラセミアを高感度、特異的、効率的及び簡単に検出及び識別可能にするものである。高スループット遺伝子分類技術に基づき、北インド集団からのサンプルで行われたゲノム広域関連研究（ＧＷＡＳ）に関連するゲノムで識別された、前記新規なＳＮＰは、ベータサラセミア病理生理、特に集団遺伝的側面に関してのよりよい理解を提供するというさらなる利点を提供する。特に、ＨＰＬＣ分析により裏付けられた、ベータサラセミアマイナーの表現型に大きく基づくことで、前記ＳＮＰは、このベータサラセミア変種の検出、即ちベータサラセミアキャリア（表現型的にはむしろ明確ではない）の識別のために非常に有用となる。対応する遺伝的スクリーニング又はカウンセリング手法は、常染色体劣性遺伝病としてベータサラセミアの影響を封じ込めるためには非常に有用である。さらには、前記ＳＮＰは、マイクロアレイ分析とゲノム解析などの高度に現代的な検出方法を使用することを可能にし、高スループットに基づき実行され得る。最後に、前記ＳＮＰは、インドの集団で識別されたという事実から、南アジア集団のために特にインド集団に合わせてアッセイの設計を可能にする。前記新規ＳＮＰは従って、南アジア集団、特にインド集団のために特定のベータサラセミア検出のために有用であると考えられる。
【００１７】
本発明の好ましい実施態様では、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は全ての、前記指標ヌクレオチドを含む多型変化を有する配列のパネルが、ベータサラセミアに対するマーカーを構成する。本発明のさらなる好ましい実施態様では、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は全ての、前記指標ヌクレオチドを含む多型変化を有する配列のパネルが、ベータサラセミアマイナーに対するマーカーを構成する。
【００１８】
本発明のさらに好ましい実施態様では、前記個別核酸又は核酸の群又はパネルに関し、前記パネルは少なくとも：
（ｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；又は
（ｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；又は
（ｉｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；又は
（ｉｖ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；又は
（ｖ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｖｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号６（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｖｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号６（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号７（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；又は
（ｖｉｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号６（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号７（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；及び配列番号８（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号９（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号１０（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び配列番号１１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号１２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び配列番号１３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号１４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｉｘ）配列番号８（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号１４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；又は
（ｘ）配列番号８（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号９（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；又は
（ｘｉ）配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；配列番号１３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；を含む。
【００１９】
本発明のさらなる側面は、被験者のベータサラセミアを検出又は診断するための方法に関し、前記方法は：
（ａ）被験者のサンプルから核酸を単離するステップ、
（ｂ）ここで定めた１又は複数の多型部位に存在する前記ヌクレオチド配列及び／又は分子構造を決定するステップを含み、上で定めた指標ヌクレオチドの存在が、ベータサラセミアの存在を示す。
【００２０】
好ましい実施態様では、本発明は、被験者のベータサラセミアマイナーを検出又は診断する方法に関し、前記方法は：
（ａ）被験者のサンプルから核酸を単離するステップ、
（ｂ）ここで定めた１又は複数の多型部位に存在する前記ヌクレオチド配列及び／又は分子構造を決定するステップを含み、上で定めた指標ヌクレオチドの存在が、ベータサラセミアマイナーの存在を示す。
【００２１】
さらに好ましい実施態様では、前記ヌクレオチド配列の決定は、アレル特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）−ドットブロット分析、プライマー伸長分析、ｉＰＬＥＸＳＮＰ遺伝子型決定、ダイナミックアレル−特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）遺伝子型決定、分子ビーコンの使用、テトラプライマーＡＲＭＳＰＣＲ、フラップエンドヌクレアーゼインベーダーアッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、ＰＣＲ−本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析、定量的リアルタイムＰＣＲアッセイ、ＳＮＰマイクロアレイ系分析、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ターゲットリシーケンシング分析及び／又は全ゲノム配列分析により、実施される。
【００２２】
本発明のさらに好ましい実施態様では、前記方法は追加のステップとして、サンプル中のＨｂＡ２濃度の決定を含む。
【００２３】
さらに好ましい実施態様では、前記ＨｂＡ２濃度の決定は、ＨＰＬＣ、ミクロクロマトグラフィー、等電点電気泳動法又はキャピラリー電気泳動法により実施され得る。
【００２４】
本発明の別の好ましい実施態様では、前記サンプルは、組織、臓器、細胞の混合物及び／若しくはそれらの断片、又は、膣組織、舌、膵臓、肝臓、脾臓、卵巣、筋肉、関節組織、神経組織、胃腸組織、腫瘍組織からの組織生検などの組織若しくは臓器特異的サンプル、又は、体液、血液、血清、唾液若しくは尿であり得る。特に血液が好ましい。
【００２５】
本発明の他の好ましい実施態様において、前記方法は、配列番号８及び配列番号９の多型部位に存在するヌクレオチド配列及び／又は分子構造の決定、及び配列番号８及び／又は配列番号９の遺伝子近傍のデオキシリボヌクレアーゼ過敏部位を検出することを含み、前記指標ヌクレオチドの存在と、前記デオキシリボヌクレアーゼ過敏部位の存在が、ベータサラセミアの存在を示す。
【００２６】
本発明の他の好ましい実施態様では、前記方法は、配列番号２、配列番号４及び配列番号１３の多型部位に存在するヌクレオチド配列及び／又は分子構造の決定と、配列番号２及び／又は配列番号４及び／又は配列番号１３の遺伝子近傍のヒストン３リジン２７トリメチル化の決定を含み、前記指標ヌクレオチドの存在と、前記ヒストン３リジン２７トリメチル化の存在が、ベータサラセミアの存在を示す。
【００２７】
本発明に関連して、被験者のベータサラセミアを決定又は診断するための組成物も記載され、これは前記の１又は複数の多型部位に対する核酸アフィニティーリガンドを含む。
【００２８】
前記定めた１又は複数の多型部位に対する核酸アフィニティーリガンドを含む、被験者のベータサラセミアマイナーを検出又は診断するための組成物が記載される。
【００２９】
前記アフィニティーリガンドは、前記の１又は複数の多型部位に対する特異的なオリゴヌクレオチドであり、又は前記の１又は複数の多型部位に対する特異的なプローブであり得る。さらに、前記アフィニティーリガンドは、前記の指標ヌクレオチドに相補的な配列を持つオリゴヌクレオチドであり得る。
【００３０】
他の側面では、本発明は、前記の核酸分子の、被験者のベータサラセミアを検出又は診断のための使用、又はベータサラセミアの存在のための被験者集団をスクリーニングするための使用に関する。特に好ましい実施態様では、前記ベータサラセミアは、ベータサラセミアマイナーである。特に好ましい実施態様では、前記被験者の集団は、被験者の南アジア集団である。
【００３１】
本発明に関連して、前記の１又は複数の多型部位に特異的なオリゴヌクレオチド、又は前記の１又は複数の多型部位に特異的なプローブを含む、被験者のベータサラセミアを検出又は診断するためのキットも記載される。前記オリゴヌクレオチドは、前記指標ヌクレオチドと相補的な配列を持っていてもよい。さらに、前記ベータサラセミアはベータサラセミアマイナーであってもよい。
【００３２】
好ましい実施態様では、前記方法又は使用は、被験者及び／又は被験者の子孫のベータサラセミア発症のリスク評価に関連する。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
【図１】図１は、事例及びコントロール被験者について、ヘモグロビンＡ２を％で示す。
【図２】図２は、ベータサラセミアマイナーについてゲノム広域関連研究の全スキームを示す
【図３】図３は、  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰ６．０の使用に基づく、遺伝子型決定及び下流の分析の工程図を示す。
【図４】図４は、遺伝子型決定コンソールで得られた全てのサンプルについて品質管理分析の結果を示す。全ての４８事例及び６６のコントロールは８６％を超えるＱＣコールレートを持っていた。
【図５】図５は、識別されたＳＮＰのｐ−値の、ヒト細胞の染色体に対するプロットを示す。
【図６Ａ】図６Ａは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体１のハプロタイプブロックを示す。
【図６Ｂ】図６Ｂは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体２のハプロタイプブロックを示す。
【図６Ｃ】図６Ｃは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体５のハプロタイプブロックを示す。
【図６Ｄ】図６Ｄは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体６のハプロタイプブロックを示す。
【図６Ｅ】図６Ｅは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体７のハプロタイプブロックを示す。
【図６Ｆ】図６Ｆは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体８のハプロタイプブロックを示す。
【図６Ｇ】図６Ｇは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体１０のハプロタイプブロックを示す。
【図６Ｈ】図６Ｈは、関連ＳＮＰを捕捉する染色体１２のハプロタイプブロックを示す。
【発明を実施するための形態】
【００３４】
本発明者は、ベータサラセミア、特にベータサラセミアマイナー及びベータサラセミアキャリアの検出及び識別を可能にする手段及び方法を開発した。
【００３５】
本発明は具体的な実施態様につき記載されているが、本記載はこれらに限定的に解釈されるべきではない。
【００３６】
本発明の詳細な例示実施態様を説明する前に、本発明を理解する上で重要な定義を以下に与える。
【００３７】
本明細書及び特許請求の範囲で使用される、単数の「ひとつ」は、また特に断りがない限り、それぞれの複数を含む。
【００３８】
本発明において、用語「約」、「ほぼ」とは、当業者が問題となる技術的効果がなお保証されることを理解する精度の間隔を意味する。
前記用語は通常は、示される数値から、±２０％、好ましくは±１５％、より好ましくは±１０％、及びさらにより好ましくは±５％の変動である。
【００３９】
理解されるべきことは、用語「含む」は、限定的な意味ではないということである。本発明の目的で、用語「からなる」とは「を含む」の好ましい実施態様として理解されるべきである。以下で、ある群が少なくともある数の実施態様を含むとして定められる場合、これはまた、好ましくはこれらの実施態様のみからなる群をも含むことを意味する。
【００４０】
さらに、明細書及び特許請求の範囲で、「第１」、「最初」、「第２」、「第３」又は「（ａ）」、「（ｂ）」、「（ｃ）」、「（ｄ）」などは、類似の要素を識別するためであり、必ずしも順序や時間的順序を説明するものではない。理解されるべきことは、そのように使用される用語は、適切な条件下では交換可能であり、ここで記載される本発明の実施態様は、ここで記載され説明されるものとは異なる他の順でも操作が可能なものである。
【００４１】
用語「第１」、「第２」、「第３」又は（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）などは、方法又は使用のステップに関連するものであり、これらのステップの間には時間間隔はないか、又は一貫性はない、即ち、前記ステップは本明細書において特に断りがない限り、同時に実施され得るし、又は、秒、分、時、日、週、付き又は年などの間隔で実施され得る。
【００４２】
理解されるべきことは、本発明は、具体的な方法論、手順、試薬などここで説明されるものに限定されるものではなく、これらは変更され得る、ということである。また理解されるべきことは、ここで使用される用語は、具体的な実施態様を説明する目的のためであり、本発明の範囲を限定することを意図するものではなく、本発明は特許請求の範囲でのみ限定される、ということである。特に断りがない限り、ここで使用される全ての技術的及び科学的用語は当業者により共通して理解されるものと同様の意味を持つ。
【００４３】
上で説明したように、本発明は、ひとつの側面で、単離された核酸分子に関し、前記核酸分子は、
（ｉ）配列番号１［ｒｓ６６６２４７］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｉ）配列番号２［ｒｓ１２７０７０３４］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｉｉ）配列番号３［ｒｓ７０７４９７］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｖ）配列番号４［ｒｓ１７０２４１７２］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｖ）配列番号５［ｒｓ１６９５０７０５］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｖｉ）配列番号６［ｒｓ１１９５６４６１］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｖｉｉ）配列番号７［ｒｓ６０９５３９］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；
（ｖｉｉｉ）配列番号８［ｒｓ７９７５８３８］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｉｘ）配列番号９［ｒｓ１２０６３２９６］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｘ）配列番号１０［ｒｓ１６９１３７１９］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
（ｘｉ）配列番号１１［ｒｓ１１４９７８９８］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；
（ｘｉｉ）配列番号１２［ｒｓ１７１６８５７２］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；
（ｘｉｉｉ）配列番号１３［ｒｓ１６９３３４１２］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び
（ｘｉｖ）配列番号１４［ｒｓ１６８６４５０５］（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；
を含む群から選択される。
【００４４】
ここで使用される用語「単離された核酸分子」とは、核酸実体物を意味し、例えばＤＮＡ、ＲＮＡなどであり、前記実体物は実質的に他の生体分子、例えば核酸、タンパク質、脂質、炭水化物又は細胞残存物や成長媒体などの他の材料などを含まない。一般に用語「単離された」は、本発明の方法に実質的に干渉する量で存在しない限り、かかる材料が完全に存在しないことや又は水、緩衝剤又は塩が存在しないことを意味するものではない。
【００４５】
ここで意味する用語「野生型配列」とは、本発明による前記関連表現型を示さず、好ましくはベータサラセミアの関連表現型を示さないひとつのアレルの配列を意味する。前記用語はさらに、好ましくは南アジア集団、より好ましくはインド集団内で最高有病率を持つ前記の非表現型−関連アレルの配列を意味する。
【００４６】
ここで使用される用語「指標配列」とは、本発明のよる表現型との関連を示すアレルの前記配列を意味する。好ましくは、それはベータサラセミアの表現型との関連を示す。本発明の具体的な実施態様では、指標配列は、配列番号１から１４のそれぞれの上で示されたアレル配列だけではなく、ここで定めた野生型配列からさらに変異した独立したアレルでもあり得る。
【００４７】
ここで使用される用語「アレル」又は「アレル配列」とは、遺伝子又は具体的な塩基の特定の形を意味し、好ましくは特定の染色体部位又は遺伝子座でのＤＮＡ配列を意味する。本発明のある実施態様では、ここで定める１つのＳＮＰが、単一の被験者のヒトゲノム内の２つのアレルの１つで見出される。さらなる具体的な実施態様では、ここで定める１つのＳＮＰはまた、単一被験者の両方のアレルで見出される。
【００４８】
前記の配列番号１から１４は、それぞれ１００１塩基長を持ち、１つの多型部位の上流５００塩基の野生型配列、及び下流５００塩基の野生型配列を持つ。従って本発明は、配列番号１から１４で示される配列、特にその５０１位での多型塩基を含み、同様に配列番号１から１４の相補的配列、特にその前記相補鎖の５０１位での多型塩基を含む。分析目的で、前記鎖の同一性は、定められ又は固定されることができ、又は結合元素、ＧＣ−含量などの利用可能性などの要素に依存して自由に選択されることができる。さらに精度のために、前記ＳＮＰは両方の鎖で同時に定められ、従って分析され得る。
【００４９】
前記配列番号１は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ６６６２４７を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体６、サイトバンドｐ２２．３、位置２００３２９５９−２００３３９５９に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＴがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｃと置換されている。前記ＳＮＰは、０．２１５５９６３３のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＬＯＣ７２９１０５の近傍で、２３９６７及び１３７７８の距離で位置する。前記距離は、前記ＳＮＰの両方の側での最大距離を示す。
【００５０】
前記配列番号２は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１２７０７０３４を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体７、サイトバンドｑ３２．３、位置１３２０１６６５８−１３２０１７６５８に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＴがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｃと置換されている。前記ＳＮＰは、０．２３３００９７０９のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＰＬＸＮＡ４の近傍で、２０９０６７及び３１６２８９の距離で位置する。
【００５１】
前記配列番号３は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ７０７４９７を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体２、サイトバンドｑ１４．３、位置１２５０６４８０９−１２５０６５８０９に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＴがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｃと置換されている。前記ＳＮＰは、０．２２３３００９７１のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＣＮＴＮＡＰ５の近傍で、２８２４４５及び６０７５５５の距離で位置する。
【００５２】
前記配列番号４は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１７０２４１７２を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体２、サイトバンドｐ２２．１、位置３９９３１７６３−３９９３２７６３に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＡがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｇと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１８６３６３６３６のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＴＭＥＭ１７８の近傍で、３９１７３及び１２８４の距離で位置する。
【００５３】
前記配列番号５は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１６９５０７０５を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体１６、サイトバンドｑ１２．１、位置５２０６１７５９−５２０６２７５９に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＣがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｔと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１８３９６２２６４のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＬＯＣ３８８２７６の近傍で、１９９５及び４６６０４の距離で位置する。
【００５４】
前記配列番号６は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１１９５６４６１を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体５、サイトバンドｑ２１．２、位置１０４３７８１２３−１０４３７９１２３に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＣがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｔと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１６０３７７３５８のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＮＵＤＴ１２及びＲＡＢ９Ｐ１の近傍で、それぞれ−１４８０１３３及び−５６５５２の距離で位置する。
【００５５】
前記配列番号７は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ６０９５３９を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体５、サイトバンドｑ２１．３、位置１０６９０４４９７−１０６９０５４９７に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＧがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ａと置換されている。前記ＳＮＰは、０．２９１２６２１３６のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＥＦＮＡ５の近傍で、１８８６４６及び１０１５９９の距離で位置する。
【００５６】
前記配列番号８は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ７９７５８３８を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体１２、サイトバンドｑ２４．２２、位置１１６８８１２２４−１１６８８２２２４に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＴがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｃと置換されている。前記ＳＮＰは、０．３２７１０２８０４のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＭＥＤ１３Ｌ及びＦＬＪ４２９５７の近傍で、それぞれ−１６６５８１及び−８９５０３の距離で位置する。
【００５７】
前記配列番号９は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１２０６３２９６を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体１、サイトバンドｑ２５．１、位置１７３９２９３９９−１７３９３０３９９に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＡがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｇと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１３２０７５４７２のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＲＣ３Ｈ１の近傍で、２９５４７及び３２３１１の距離で位置する。
【００５８】
前記配列番号１０は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１６９１３７１９を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体９、サイトバンドｐ２１．１、位置２８８１９１７４−２８８２０１７４に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＣがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｔと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１４１５９２９２のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＬＯＣ６４６７００及びＭＩＲＮ８７６の近傍で、それぞれ−６７０４４０及び−４３９４９の距離で位置する。
【００５９】
前記配列番号１１は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１１４９７８９８を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体１０、サイトバンドｑ２１．３、位置６６５１８３５２−６６５１９３５２に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＴがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｃと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１３５５１４０１９のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＬＯＣ１００１２９２６７及びＡＮＸＡ２Ｐ３の近傍で、それぞれ−５８７９７７及び−６６４３３の距離で位置する。
【００６０】
前記配列番号１２は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１７１６８５７２を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体７、サイトバンドｑ２１．３、位置９７０６５５１９−９７０６６５１９に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＡがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｇと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１３３０２７５２３のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＬＯＣ４４２７１２及びＴＡＣ１の近傍で、それぞれ−２３５２５９及び−２９５３５６の距離で位置する。
【００６１】
前記配列番号１３は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１６９３３４１２を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体８、サイトバンドｑ１３．２、位置６８４９７４０５−６８４９８４０５に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＴがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｃと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１６９７２４７７１のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＣＰＡ６の近傍で、１６３４９７及び１６０６７５の距離で位置する。
【００６２】
前記配列番号１４は、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１６８６４５０５を定め、これはＮＣＢＩビルド３７．１によると、染色体２、サイトバンドｑ３６．１、位置２２４０１８２７０−２２４０１９２７０に位置し、その５０１位で前記野生型ヌクレオチドＣがひとつの指標ヌクレオチド、好ましくは塩基Ｔと置換されている。前記ＳＮＰは、０．１９９０２９１２６のマイナーアレル頻度を示す。前記ＳＮＰ座は、遺伝子ＫＣＮＥ４及びＳＣＧ２の近傍で、それぞれ−９８４１５及び−４４２８８８の距離で位置する。
【００６３】
配列番号１から１４の配列を含むか、本質的に配列番号１から１４の配列からなるか、又は配列番号１から１４の配列からなる特定の核酸分子も本明細書において記載される。例えば、前記配列は、配列番号１から１４の３’及び／又は５’配列に隣接する領域を含むことができ、例えばさらに約１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、１００００又はそれ以上を前記の示された遺伝子位置から３’及び／又は５’方向に伸長して追加され得る。
【００６４】
本発明に関連して、想定される核酸分子は、配列番号１から１４の多型部位を少なくとも必ず含む、配列番号１から１４の断片を含むか、本質的に前記断片からなるか、前記断片からなり得るということがさらに記載される。例えば、配列番号１から１４の５０１位での多型を少なくとも必ず含む、約９００、８００、６００、５００、４００、３００、２００、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、又は１０又はそれ以下又はこれらの数の間の任意の数の長さの配列も記載される。前記断片は、５’又は３’方向に、又は両方向に、５’及び３’方向に示された長さで伸長することができる。好ましくは、１００塩基以下の長さの、５０位付近又は対応する位置、即ち前記配列の中心で前記ＳＮＰを含み断片である。
【００６５】
さらなる実施態様では、本発明はまたここで定める、即ち、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１、ＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２、ＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３、ＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４、ＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号５、ＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６、ＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７、ＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８、ＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９、ＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０、ＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１、ＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２、ＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３、ＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４、の１又は複数のＳＮＰを含むハプロタイプを含む。ここで用語「ハプロタイプ」とは、単一の被験者からの単一の染色体上のひとつの遺伝子座で１つ又は複数の関連する多型部位で見出される５’から３’への配列を意味する。好ましくは本発明は、実施例２又は図６ＡからＨで示され、又は表６で示されるハプロタイプを含む。特に好ましくは、表６から誘導され得るようにｐ−値≦１０−１０を示すハプロタイプである。
【００６６】
より好ましくは本発明は、次のハプロタイプに関する：
（ｉ）染色体１：ｒｓ１１５７３２６９（配列番号９）、ｒｓ４６５４８８５、ｒｓ４４１３８０、ｒｓ１０４９３１３７、ｒｓ６６５７２７９、ｒｓ６６８３００３、ｒｓ１２０８２１２６、ｒｓ１５２９５９４、ｒｓ１２０８７６７６、ｒｓ１１２０９８１９、ｒｓ５７６０５６、ｒｓ１１８０８４４５、ｒｓ６９８９４４、ｒｓ２９１５６５、ｒｓ１７１２０２６８、ｒｓ４１３４３１４５、ｒｓ１７０１８４８４、ｒｓ１６８５７０６１、ｒｓ１２１３１１９２、ｒｓ１２０６３２９６、ｒｓ１０９１３０８７、ｒｓ３００９３２３、ｒｓ８０５９１１、ｒｓ６７０１２２２、ｒｓ１３８９９７０、ｒｓ６６９３２２４、ｒｓ６６６７３０９；
（ｉｉ）染色体２：ｒｓ１６０７５７４、ｒｓ１９４６７７９、ｒｓ１７２７０３９４、ｒｓ１７４２３４、ｒｓ１０９３０１３９、ｒｓ１６８６１４４４、ｒｓ１６８３０９７９、ｒｓ１６８３０９８４、ｒｓ１６８３１７６６、ｒｓ６７４６４８６、ｒｓ１３３９６０２７、ｒｓ１０２１００１６、ｒｓ１６８６４５０５（配列番号１４）、ｒｓ６５４３５１７；
（ｉｉｉ）染色体６：ｒｓ１７１３３２２５、ｒｓ６９０１９１８、ｒｓ６６６２４７（配列番号１）、ｒｓ６９１６５９６、ｒｓ１６８９２９５８；
（ｉｖ）染色体７：ｒｓ２０９１１４８、ｒｓ２９０６３８８、ｒｓ１７１３８３６０、ｒｓ７７９３２０９、ｒｓ６９７４８１３、ｒｓ５７９６９９、ｒｓ１７１６８５７２（配列番号１２）；及び
（ｖ）染色体８：ｒｓ１１９８９４１４、ｒｓ９２９８４４９、ｒｓ７８３６０８１、ｒｓ６９８８３５６、ｒｓ６９９４５５５、ｒｓ１６９３３４１２（配列番号１３）、ｒｓ１１９９５６１３、ｒｓ１１９８９９０８。
【００６７】
当業者は、従って、正確な位置、ヌクレオチド配列及び指標配列を前記識別されたｒｓ−命名法から導くことが可能であり、例えば、好適なデータベースや関連する情報システムの利用、例えば一塩基多型データベース（ｄｂＳＮＰ）などであり、これらは参照されて本明細書に援用される。
【００６８】
さらなる実施態様では、本発明は、ベータサラセミアに対するマーカーを構成する前記指標ヌクレオチドを含む変更された配列の１又は複数の前記の多型、例えばパネルに関する。ここで使用される用語「ベータサラセミアに対するマーカー」とは、少なくとも１つ、又は具体的な実施態様では、単一被験者の２つのアレルにおいて、前記の配列位置で前記識別された指標ヌクレオチドを含む前記ＳＮＰの関連付け及び疾患ベータサラセミアへの関連付けを意味する。従って、ここで定める１又は複数のＳＮＰ、具体的には前記対応する指標ヌクレオチドを持つ配列番号１から１４の配列内で定められるＳＮＰを含むか、示す被験者は、ベータサラセミアに罹患していると考えられ得る。ここで使用される用語「ベータサラセミア」とは、１又は複数の遺伝子変性を意味し、通常は、常染色体劣性突然変異であり、これにより被験者のベータヘモグロビンタンパク質が欠如するかその量が減少する。前記疾患は、サラセミアインターメディア又は好ましくはサラセミアマイナー、又は例外的にサラセミアメジャーの型で存在し、例えば、可能な遺伝子状態β＋／β、β０／β、β＋／β０、β０／β０、β＋／β＋を示し、ここで「β」は、ベータヘモグロビンの機能を低減させる突然変異のないアレルを記載し、「β＋」は、いくらかのベータヘモグロビン鎖形成を可能にする突然変異を含むアレルを記載し、及び「β０」は、ベータヘモグロビンの製造を完全に抑制する突然変異を含むアレルを記載する。
【００６９】
さらに好ましい実施態様では、本発明は、ベータサラセミアマイナーに対するマーカーとして、前記指標ヌクレオチドを含む変化配列である、前記多型の１又は複数、例えばパネルに関する。ここで使用される用語「ベータサラセミアマイナー」とは、可能な遺伝子状態β＋／β又はβ０／βを意味する。この疾患は、軽度から中程度の貧血により特徴づけられ、生命を脅かすほどではない。前記疾患はさらに、ヘモグロビンＡ２の増加割合の表現型（＞３．５％、例えば３．８％から７％）及びヘモグロビンＡの減少割合の表現型（＜９７．５％）を示す。ベータサラセミアマイナーに罹患した被験者は、ベータサラセミアの常染色体劣性形質のキャリアであることから、前記指標ヌクレオチドを含む変更配列の前記多型の１つ又は複数、例えばパネルはまた、好ましく、ベータサラセミアキャリアのマーカー又は識別子を構成する。ここで使用される用語「ベータサラセミア」は、従ってまた、前記のベータサラセミアキャリア状況を含み、これは明瞭であるか、又は他の実施態様でははっきりとしないおそれがある。
【００７０】
さらに好ましい実施態様では、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３又は全ての前記指標ヌクレオチドを含む多型変化を有する配列がマーカーを構成し得る。好ましくは、１つのＳＮＰが、ここでのベータサラセミア、好ましくはベータサラセミアマイナー又はベータサラセミアキャリアに対するマーカーとして使用され得る。又は本発明の前記ＳＮＰの全ての可能な２つの組み合わせが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２、ＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４、ＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６、ＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８、ＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０、ＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２、又はＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４などである。さらに、前記ＳＮＰの全ての他の２つのＳＮＰの順列又はグループが含まれる。
【００７１】
さらには本発明の前記ＳＮＰの可能な３つの組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３、ＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６、ＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９、ＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２、ＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４とＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１である。さらに、前記ＳＮＰの全ての他の３つのＳＮＰの順列又はグループが含まれる。
【００７２】
さらには前記本発明のＳＮＰの可能な全ての４つの組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４、ＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８、ＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２、ＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４とＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２などである。さらに前記ＳＮＰの全ての４つの順列又はグループが含まれる。
【００７３】
さらには、本発明のＳＮＰの全ての可能な５つの組み合又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５、ＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０、ＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４とＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１などである。さらに前記ＳＮＰの全ての５つの順列又はグループが含まれる。
【００７４】
さらには本発明のＳＮＰの可能な６つの組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６、ＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２、ＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４とＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４である。さらに前記ＳＮＰの全ての６つの順列又はグループが含まれる。
【００７５】
さらに本発明の前記ＳＮＰの７つの可能な全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７、ＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４である。さらに前記ＳＮＰの全ての７つの順列又はグループが含まれる。
【００７６】
さらに本発明のＳＮＰの８つの可能な全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８、ＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４とＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２である。さらに前記ＳＮＰの全ての８つの順列又はグループが含まれる。
【００７７】
さらには、本発明のＳＮＰの可能な９の全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９、ＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０、ＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４である。さらに前記ＳＮＰの全ての９の順列又はグループが含まれる。
【００７８】
さらには、本発明のＳＮＰの可能な１０の全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０、ＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６である。さらに前記ＳＮＰの全ての１０の順列又はグループが含まれる。
【００７９】
さらには、本発明のＳＮＰの可能な１１の全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１、ＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４とＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８である。さらに前記ＳＮＰの全ての１１の順列又はグループが含まれる。
【００８０】
さらには、本発明のＳＮＰの可能な１２の全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２、ＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４とＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０である。さらに前記ＳＮＰの全ての１２の順列又はグループが含まれる。
【００８１】
さらには、本発明のＳＮＰの可能な１３の全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、例えば、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３、ＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２である。さらに前記ＳＮＰの全ての１３の順列又はグループが含まれる。
【００８２】
さらには、本発明のＳＮＰの可能な１４の全ての組み合わせ又はパネルが好ましく、即ち、ＳＮＰｒｓ６６６２４７を持つ配列番号１とＳＮＰｒｓ１２７０７０３４を持つ配列番号２とＳＮＰｒｓ７０７４９７を持つ配列番号３とＳＮＰｒｓ１７０２４１７２を持つ配列番号４とＳＮＰｒｓ１６９５０７０５を持つ配列番号５とＳＮＰｒｓ１１９５６４６１を持つ配列番号６とＳＮＰｒｓ６０９５３９を持つ配列番号７とＳＮＰｒｓ７９７５８３８を持つ配列番号８とＳＮＰｒｓ１２０６３２９６を持つ配列番号９とＳＮＰｒｓ１６９１３７１９を持つ配列番号１０とＳＮＰｒｓ１１４９７８９８を持つ配列番号１１とＳＮＰｒｓ１７１６８５７２を持つ配列番号１２とＳＮＰｒｓ１６９３３４１２を持つ配列番号１３とＳＮＰｒｓ１６８６４５０５を持つ配列番号１４である。
【００８３】
他の好ましい実施態様では、本発明は、単離された核酸又は核酸のグループ又はパネルに関し、及び／又は対応するベータサラセミアに対するマーカーに関し、そこで前記パネル又はグループは少なくとも：
（ｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び／又は
（ｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び／又は
（ｉｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び／又は
（ｉｖ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び／又は
（ｖ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び／又は
（ｖｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）及び配列番号６（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び／又は
（ｖｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）及び配列番号６（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）及び配列番号７（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）；及び／又は
（ｖｉｉｉ）配列番号１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）及び配列番号５（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）及び配列番号６（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）及び配列番号７（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＧが指標ヌクレオチドＡに置換されている）及び配列番号８（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号９（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）及び配列番号１０（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）及び配列番号１１（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号１２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）及び配列番号１３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号１４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び／又は
（ｉｘ）配列番号８（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号１４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＣが指標ヌクレオチドＴに置換されている）；及び／又は
（ｘ）配列番号８（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号９（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）；及び／又は
（ｘｉ）配列番号２（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）及び配列番号４（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＡが指標ヌクレオチドＧに置換されている）及び配列番号１３（但し、５０１位で単一多型変化し、野生型ヌクレオチドＴが指標ヌクレオチドＣに置換されている）；及び／又は全ての前記ＳＮＰのパネル又は組み合わせを含む。特に好ましくは、（ｉ）、（ｉｉ）、（ｖｉｉｉ）、（ｉｘ）、（ｘ）及び（ｘｉ）のグループである。
【００８４】
本発明の具体的な実施態様では、ＳＮＰの前記パネル又はグループ又は組み合わせはさらに追加のマーカーと組み合わせることが可能であり、例えば前記同じ染色体上のハプロタイプ又はハプログループのＳＮＰであり、例えば実施例２又は表６中、又は図６のＳＮＰであり、又はハプロタイプに含まれるＳＮＰの前記グループ中のＳＮＰである。ＳＮＰのパネル又はグループ又は組み合わせは、また独立したマーカーとも組み合わせることができ、例えば、被験者の血液容量、ヘモグロビンＡ２の割合、ヘモグロビンＡの割合などの血液関連マーカー、ゲノム配列情報、又はその他の当業者に知られるベータサラセミアのための好適なマーカーであり得る。
【００８５】
本発明のさらなる具体的な実施態様では、前記パネル、特にグループ（ｉ）から（ｘｉ）のパネルは、単一被験者の１又は２つのアレルで前記指標ヌクレオチドを示し得る。
【００８６】
さらなる側面で、本発明は、被験者のベータサラセミアを検出又は診断する方法に関し、前記方法は；
（ｃ）被験者のサンプルから核酸を単離し、
（ｄ）前記の１又は複数の多型部位の存在する、前記ヌクレオチド配列及び／又は分子構造を決定するステップを含み、前記指標ヌクレオチドの存在がベータサラセミアの存在を示す、方法である。
【００８７】
ここで使用される用語「ベータサラセミアを検出する」とは、ベータサラセミアの存在がヒトで検出されることを意味する。前記用語はまた、ベータサラセミアキャリア状態の検出また、識別を含み、表現型として明瞭ではないか、また、軽度貧血などの症状を伴うことがあり得る。
【００８８】
ここで使用される「ベータサラセミアを診断する」とは、ベータサラセミアがヒトで識別され得ることを意味する。前記用語は特に、前記被験者が実際に疾患症状に苦しんでいるか、又は前記疾患の表現型、即ち例えば貧血に苦しんでいることを示す状況を識別することを意味する。
【００８９】
ここで使用される用語「多型部位で前記ヌクレオチド配列を決定する」とは、配列番号１から１４を含む全てのグループ又はパネルの５０１位での塩基の同一性を検出する好適な方法及び技術を意味する。この決定方法は主には、配列決定技術又は相補核酸結合に基づく技術であり得る。
【００９０】
ここで使用される「多型部位の存在する分子構造を決定する」とは、配列番号１から１４を含む１つ又は全てのグループ又はパネルの５０１位での塩基の同一性を、例えば前記核酸などの構造又は三次元性質を介して検出する方法を意味する。
【００９１】
配列番号１から１４を含む１つ又は全てのグループ又はパネルの５０１位での塩基の決定においては様々な状況が生じる可能性があり、最も通常の状況は以下の通りである。
（ａ）配列番号１から１４のすべてで分析された５０１位が、野生型ヌクレオチドを示す場合、この場合にはベータサラセミアの存在は除外される。全ての可能なさらなる症状は、従って、異なる疾患又は障害例えば異なる貧血に帰属され得る。
（ｂ）配列番号１から１４のいくつか、例えば前記パネルのいずれかで分析された５０１位が野生型ヌクレオチドを示し、一方で１又は複数又は場合により配列番号１から１４の全てで、その位置で指標ヌクレオチドを示す場合；この場合は、ベータサラセミアの存在が与えられ得る。
（ｃ）配列番号１から１４のいくつか、例えば前記パネルのいずれかで分析された５０１位が野生型ヌクレオチドを示し、一方で他のパネルの要素で、野生型ヌクレオチド又は野生型ヌクレオチドでも指標ヌクレオチドでもない塩基が存在する場合；この場合にはまたベータサラセミアの存在が与えられる。
（ｄ）配列番号１から１４のいずれの５０１位の分析が前記指標ヌクレオチドではない塩基を示すし；この塩基は野生型ヌクレオチドと同一ではないが、しかし又は前記指標ヌクレオチドでもない場合；この場合はベータサラセミアの存在は除外され得ない。全ての可能なさらなる症状が従って考慮され得る。また追加の検出ステップ、さらなる遺伝子分析などが、例えば被験者が実際にベータサラセミアに苦しんでいることを確認するために被験者の健康状態を決定するために必要となり得る。
（ｅ）配列番号１から１４のいくつかの５０１位の分析が前記指標ヌクレオチドではない塩基を示し；この塩基は野生型ヌクレオチドとは同一ではない異なる塩基であるが、前記指標ヌクレオチドでもないが、一方で他のパネル要素では野生型ヌクレオチドが存在する場合；この場合もまたベータサラセミアの存在は除外され得ない。全ての可能なさらなる症状が従って、考慮され得る。またさらなる決定ステップ、さらなる遺伝子分析などが、例えば被験者が実際にベータサラセミアに苦しんでいることを確認するために被験者の健康状態を決定するために必要となり得る。
【００９２】
前記状況（ａ）から（ｅ）により、ベータサラセミアの存在が決定され得る。具体的な実施態様では、前記試験は、例えば１、２、３、４又は５回以上繰り返され得る。さらには、現在説明されているＳＮＰの１つのみの使用に基づき、明確でない又は結論を導けない結果について、拡張されたＳＮＰパネル、例えば分析されるＳＮＰのグループが１、２、３、４、５、６、７、１０などで増加され、分析され得る。
【００９３】
さらなる具体的な好ましい実施態様では、前記方法は、被験者のベータサラセミアマイナーを検出し、診断するための方法である。前記状況（ａ）から（ｅ）の検出は、被験者のベータサラセミアマイナーの存在に関連付けられるか、又はこの疾患が不存在及び／又は異なる、類似の疾患、例えば可能な異なる貧血に関連付けされ得る。
【００９４】
ここで使用される「被験者のサンプル」とは、被験者の身体のいずれかの好適な部分又は一部から取得されるサンプルである。ひとつの実施態様では、前記サンプルは、純粋な組織や器官又は細胞タイプから取得され、又は、非常に特定の位置、例えば一種類のタイプの組織、細胞又は器官のみを含む位置から取得され得る。さらなる実施態様では、前記サンプルは、組織、器官、細胞の混合物又はこれらの断片から取得され得る。サンプルは、例えば、消化管、膣、胃、心臓、舌、膵臓、肝臓、肺、腎臓、皮膚、脾臓、卵巣、筋肉、関節、脳、前立腺、リンパ系器官又は当業者に知られている組織から得ることができる。本発明のさらなる実施態様では、前記サンプルは、例えば血液、血清、唾液、尿、便、精液、リンパ液などの体液から取得され得る。本発明の特に好ましい実施態様では、前記サンプルは、組織、器官、細胞及び／又はそれらの断片の混合物又は、膣組織、舌、膵臓、肝臓、脾臓、卵巣、筋肉、関節組織、神経組織、胃腸組織、腫瘍組織からの生検組織などの組織又は器官の特異的なサンプル、又は体液、血液、血清又は尿であり得る。好ましくは血液サンプルである。特に好ましくは、例えば非成熟赤血球細胞、赤血球前駆細胞、白血球などＤＮＡ含有細胞を含む血液サンプルの使用である。また、骨髄細胞、赤血球細胞などの使用が想定される。本発明において使用されるサンプルは、好ましくは臨床的に許容される方法で取得されるべきであり、より好ましくは核酸又はタンパク質が保存される方法で取得される。
【００９５】
具体的な実施態様では、血液サンプルは、異なるタイプの分析、例えばＤＮＡ系ＳＮＰ分析同様に血液成分分析、ヘモグロビン鎖濃度など分析で使用され得る。
【００９６】
本発明のさらなる実施態様では、前記サンプルは、１又は複数の細胞を含み、例えば組織学的又は形態学的に同一又は類似細胞のグループ、又は組織学的又は形態学的に異なる細胞の混合物などを含み得る。好ましくは組織学的又は形態学的に同一又は類似細胞、例えば前記身体の１つの閉鎖領域から生じる細胞の使用である。
【００９７】
具体的な実施態様では、サンプルは、時間的に異なる時点で、同じ被験者から、同じ被験者の異なる器官や組織から、又は同じ被験者の異なる時点で、異なる器官や組織から取得され得る。例えば、同じ組織や器官の隣接領域の１又は複数の特定の組織のサンプルが取得され得る。
【００９８】
本発明のさらなる好ましい実施態様では、前記ヌクレオチド配列決定の方法は、アレル特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）−ドットブロット分析、プライマー伸長分析、ｉＰＬＥＸＳＮＰ遺伝子型決定、ダイナミックアレル−特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）遺伝子型決定、分子ビーコンの使用、テトラプライマーＡＲＭＳＰＣＲ、フラップエンドヌクレアーゼインベーダーアッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、ＰＣＲ−本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析、定量的リアルタイムＰＣＲアッセイ、ＳＮＰマイクロアレイ系分析、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ターゲットリシーケンシング分析及び／又は全ゲノム配列分析により、実施される。
【００９９】
ここで使用される用語「アレル特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）−ドットブロット分析」とは、多型目標部位の配列と相補的な合成ＤＮＡの小断片を使用して、ドットブロットアッセ又はそれに代えてサザンブロットアッセイを行うものである。前記アレル特異的オリゴヌクレオチドは、長さが１５〜２１塩基のオリゴヌクレオチドであり、例えば配列番号１から１４の５０１位周りの１５から２１長さの塩基又はその相補配列であり得る。前記ＡＳＯは長さは可変であり、前記２つの核酸鎖のいずれからでも選択され、前記ドットブロット又はサザンブロットでの結合特異性は、好適な緩衝液、ハイブリダイゼーションや、洗浄条件で変更され得るものであり、これらは当業者には知られている。前記ＡＳＯは、好適なラベル、例えば放射性元素、酵素又は蛍光タグなどでラベル化され得る。
【０１００】
ここで使用される用語「プライマリー伸長アッセイ」とは、２つのステップを意味し、第１のステップは、プローブを前記多型塩基のすぐ上流の塩基とハイブリダイゼーションさせ、次にミニ配列決定反応を行い、そこでＤＮＡポリメラーゼが前記ハイブリダイゼーションしたプライマーを、前記多型塩基に相補的な塩基を追加することで伸長させる。前記取り込まれた塩基は続いて検出され、従って、ＳＮＰアレルが決定され得る。前記プライマー伸長方法は、さらなるアッセイ手順、例えばＭＡＬＤＩ−ＴＯＦＭａｓｓスペクトル及びＥＬＩＳＡ様方法を含む検出技術で使用され得る。
【０１０１】
ここで使用される用語「ｉＰＬＥＸＳＮＰ遺伝子決定」とは、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ質量分析計及び、ＰＣＲカクテル中で４０の異なるＳＮＰアッセイが増幅、分析され得るように設計された伸長プローブの使用を含む方法を意味する。前記伸長反応は好ましくはｄｄＮＴＰを使用し、前記ＳＮＰアレルの検出は、通常は、前記伸長生成物の実際の質量に依存する。さらなる詳細は当業者に知られている。
【０１０２】
用語「ダイナミックアレル−特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）遺伝子決定」は、ミスマッチ塩基対の結果ＤＮＡの融点が異なることを利用する技術である。好ましくは、第１のステップでは、例えばビオチン化プライマーを用いてＰＣＲ反応でゲノム断片が増幅されビーズに結合され得る。第２のステップでは、前記増幅産物がストレプトアビジンカラムに結合され、例えば好ましくはＮａＯＨで洗浄されて未ビオチン化鎖を除去する。続いて、アレル−特異的オリゴヌクレオチドが、二本鎖ＤＮＡへ結合されると発光する分子の存在下で添加され得る。前記強度が続いて、温度を上げながら測定されＴｍが決定される。ＳＮＰは通常予期Ｔｍよりも低い。好ましい実施態様では、前記プロセスは自動化装置で実施され得る。
【０１０３】
ここで使用される用語「分子ビーコンの使用」とは、それぞれの端部に相補的領域とその間にプローブ配列を含む特異的に設計された一本鎖オリゴヌクレオチドを用いて多型を検出することを意味する。この設計は、通常は、前記プローブがヘアピン構造又はステムループ構造をとることができるように設計されている。前記プローブは、好ましくは、一端部に発色基及び他端に消光基を持ち、ある実施態様では、前記プローブ配列が、前記アッセイに使用される前記ゲノムＤＮＡと相補的であるように合成されている。前記分子ビーコンの前記プローブ配列が、目標ＤＮＡと遭遇すると、前記分子ビーコンはアニールしてハイブリダイズして発光することとなる。しかし、前記プローブが、非−相補的塩基を持つ変性目標配列と遭遇すると、前記分子ビーコンは、その通常のヘアピン状態を維持して、発光は観測されないこととなり、それにより野生型状況と変性状況と間の区別が可能となる。本発明の好ましい実施態様では、複数のかかる分子ビーコンが使用され得る、例えば、野生型のための１つ、及び指標ヌクレオチドを含む配列のためのさらなる１つである。それにより、少なくとも１つの野生型ヌクレオチド及び前記指標ヌクレオチドが決定され得る。
【０１０４】
ここで使用される用語「テトラプライマーＡＲＭＳＰＣＲ」とは、１つのＰＣＲ反応で２つのアレルへの２組のプライマーを含む方法である。前記プライマーは、通常、前記２つのプライマー対は多型部位又はＳＮＰ位置で重なるが、それぞれは前記可能なＳＮＰの１つにのみ完全にマッチする。その結果、所与のアレルが前記ＰＣＲ反応で存在する場合、前記プライマーは前記アレルに特異的に対になり、続いて生成物を生成し得るが、異なるＳＮＰを持つ他のアレルではそうはならない。前記２プライマー対は、さらなる実施態様ではまた、それらのＰＣＲ生成物が大きく異なる長さとなるように、例えばゲル電気泳動により容易に識別可能なバンドとなるように設計され得る。
【０１０５】
ここで使用される用語「フラップエンドヌクレアーゼインベーダーアッセイ」とは、フラップエンドヌクレアーゼ開裂を用いるものであり、これは２つの特異的オリゴヌクレオチドプローブと組み合わされ、前記目標ＤＮＡと共に、前記開裂により認識される三重鎖構造を形成する。前記第１のプローブ、即ちインベーダーオリゴヌクレオチドは、好ましくは前記目標ＤＮＡの３’末端で相補的である。前記インベーダーオリゴヌクレオチドの最後の塩基は、前記目標ＤＮＡの前記ＳＮＰ塩基と重なる非−マッチング塩基であり得る。前記第２のプローブは、アレル−特異的プローブであり、前記目標ＳＮＰの５’末端に相補的であるが、また前記ＳＮＰ塩基の前記３’側を超えて伸長し得る。前記アレル−特異的プローブは、前記ＳＮＰ塩基と相補的塩基を含む。前記目標ＤＮＡが望ましいアレルを含む場合、前記インベーダー及びアレル−特異的プローブは、前記目標ＤＮＡに結合して三重鎖構造を形成する。前記開裂部は続いて開裂されて前記アレル−特異的プローブの３’末端を放出する。好ましい実施態様では、前記インベーダーアッセイは、前記開裂事象を検出するために光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）システムと組み合わせることができる。
【０１０６】
ここで使用される「定量的リアルタイムＰＣＲアッセイ」とは、ＰＣＲ反応と同時にＴａｑｍａｎ酵素又は類似の活性物と共に実施され、前記ＰＣＲ反応の進行と共に結果がリアルタイムで読み出される。前記アッセイは通常は、前方及び後方プライマーを必要とし、これらは前記多型部位を含む領域を増幅し、好ましくはプライマーは、配列番号１から１４のいずれかの５０１位に関する５’又は３’領域に結合する。アレル識別は、具体的な実施態様では、また前記ＳＮＰ多型部位にハイブリダイズする１又は２のアレル−特異的プローブと組み合わせたＦＲＥＴを用いて達成され得る。前記プローブは、その５’末端の発光基及びその３’末端の消光基を含む。前記プローブが変化しない場合、前記消光基が前記発光基に接近状態にあって発光信号を消光することとなる。前記ＰＣＲ増幅の間、前記アレル−特異的プローブが前記ＳＮＰアレルに完全に相補的となると、それは目標ＤＮＡに結合して、前記ＰＣＲプライマーから前記ＤＮＡを伸長するに伴い、Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性により分解される。前記アレル−特異的プローブが完全に相補的ではない場合には、それはより低融点を持ち、効果的には結合しないこととなる。
【０１０７】
ここで使用される用語「オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ」とは、ＤＮＡリガーゼにより触媒される酵素反応を意味し、前記ＳＮＰ多型部位に直接２つのプローブをハイブリダイゼーションさせることでＳＮＡＰを調べるために使用され得る。通常、２つのプローブは：前記目標ＤＮＡにハイブリダイズしてその３’末端塩基が直接前記ＳＮＰ塩基に位置するアレル−特異的プローブと、ライゲーション反応を与える５’末端の前記テンプレート上流（前記相補鎖の下流）にハイブリダイズする第２のプローブである。ライゲーション反応を受けた又は受けなかった生成物は次に、ゲル電気泳動、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析スペクトル、又はキャピラリー電気泳動により検出される。
【０１０８】
ここで使用される用語「ＰＣＲ−一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析」とは、通常は１５０と２５０塩基の間のＤＮＡの一本鎖での配列変異を識別することを可能にする。前記方法は、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）は三次元構造に折りたたまれるという事実に基づく。前記高次構造は通常は、配列依存性であり、ほとんどの一塩基突然変異はその構造を変化させる。ゲル中では、前記三次元構造は、ｓｓＤＮＡの移動性を決定し、多型アレル間を識別するためのメカニズムを与える。好ましい実施態様では、前記方法は最初に目標ＤＮＡのＰＣＲ増幅を含む。前記二本鎖ＰＣＲ産物を熱及びホルムアルデヒドで変性させてｓｓＤＮＡを生成させる。前記ｓｓＤＮＡは、非−変性電気泳動ゲルに適用して、三次元構造に折りたたませる。
【０１０９】
ここで使用される用語「ＳＮＰマイクロアレイ分析」とは、チップ上に配列された１００、１０００又は１００００を超えるプローブを含む高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイを用いて、多くのＳＮＰを同時に調査することを可能にするものである。目標ＤＮＡは前記アレイにハイブリダイズさせ、好ましくはそれぞれのＳＮＰを調査するための冗長性を持ついくつかのプローブを用いる。具体的な実施態様では、プローブは、いくつかの異なる位置でのＳＮＰ部位、同様に前記ＳＮＰアレルとのミスマッチを含む部位を持つように設計され得る。さらなる実施態様では、これらの冗長性のあるプローブのそれぞれへの前記目標ＤＮＡのハイブリダイゼーションの異なる量はまた、ホモ接合及びヘテロ接合アレルの決定を可能にし、例えば配列番号１から１４の１又は２つのアレルが指標配列を示すかどうかを検出することを可能にする。本発明に含まれるＳＮＰマイクロアレイの一例は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ５．０ＧｅｎｅＣｈｉｐである。
【０１１０】
ここで使用される用語「制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）分析」とは、ゲノムサンプルの消化を実行して、例えばゲルアッセイで断片長さを決定し、前記酵素が予期される制限位置で切断したかどうかを決定することを意味する。前記ＲＦＬＰ分析は好ましくは、配列番号１から１４のいずれかの５０１位付近のＰＣＲ増幅された断片に基づいて実施され得る。前記対応するプライマー結合位置と前記長さは、好適な制限位置の利用可能性に依存して決定され得る。
【０１１１】
ここで使用される用語「ターゲット配列決定分析」とは、対象となる領域を捕捉して配列決定することを意味し、前記捕捉は溶液中又はアレイ上であり、及び配列決定は、第１、第２及び第３世代の配列決定装置を用いて実施され得る。さらなる詳細及び構成は、当業者には知られている。
【０１１２】
ここで使用される用語「全ゲノム配列決定分析」とは、被験者の全ゲノムの配列決定、好ましくは多型部位の両方のアレルの全ゲノム配列決定を意味し、これはパイロシーケンシングなどの次世代配列決定技術などのハイスループット技術に基づく。前記技術は、ある実施態様ではまた、対象となる小領域などの全ゲノムの一部の配列決定のために使用され得る。この技術は、好ましい実施態様ではまた、染色体領域又は特定の染色体上のハプロタイプ又はハプロタイプグループを決定するために使用され得る。
【０１１３】
本発明のさらなる実施態様では、ベータサラセミアを検出又は診断する方法は、血液構造、血液容量、血液成分、血液成分又は因子の存在又は濃度の決定、血液パラメータの決定、血液組成濃度の決定、ヘモグロビン濃度又は挙動の決定に関連する１又は複数の追加のステップが含まれる。これらのステップは、被験者からサンプルを取得すること、又は被験者から予め取得したサンプルを分析することを含む。前記ステップは、具体的にはまた、当業者に知られる健康状態に関連する標準又は値と比較することを含む。
【０１１４】
特に好ましくは、サンプル中のＨｂＡ２濃度の決定である。前記ＨｂＡ２濃度の決定のために、当業者に知られる好適な方法が使用され得る。
【０１１５】
好ましくは、ＨｂＡ２濃度の決定は、ＨＰＬＣマイクロクロマトグラフ、等電点電気泳動又はキャピラリー電気泳動、又はこれらの任意の組み合わせ、又はまだ知られていない好適な方法で実施され得る。さらには、ひとつの方法で得られた結果は、好ましくは他の方法で確認され得ることである。特に好ましくは、カチオン交換ＨＰＬＣの使用であり、これはヘモグロビンの定性的かつ定量的分析を可能にし、前記ＨｂＡ２濃度の効果的な測定を可能にする。
【０１１６】
前記ＨｂＡ２濃度の決定において、約２％から３．２％のＨｂＡ２値が得られる場合、前記被験者は健康状態にあると考えられる。好ましくは、この濃度は、前記被験者がベータサラセミアには罹患しておらず、被験者はベータサラセミアキャリアではないことを示し得る。
【０１１７】
前記ＨｂＡ２濃度の決定において、約３．２％を超えるＨｂＡ２値、例えば約３．３％、３．４％、３．５％、３．６％、３．７％又は３．８％から約７％の値が得られる場合、前記被験者はベータサラセミアに罹患していると考えられる。さらには、この濃度は、前記被験者がベータサラセミアのキャリアであり得ることを示す。
【０１１８】
前記ＨｂＡ２値は、具体的な実施態様では、例えば多型が野生型や指標ＳＮＰのグループ内に属さない場合などの前記ＳＮＰ分析により得られた結果を修正するために使用され得るか、又は大きいパネルで非常に少ないＳＮＰが指標状態を示す一方で大部分が野生型状態である場合に、その結果を裏付けるために使用され得る。
【０１１９】
さらなる好ましい実施態様では、本発明は、分子機能分析ステップと組み合わされ得る。例えば、前記ＳＮＰが特定の分子パターンを伴うことを示す場合には、この対応する分子パターンは前記方法の診断値を改善するためにさらに分析され得る。ここで使用される「分子パターン」とは、好適な分子又は機能状態であり、例えば機能的ゲノム状態であり、これは本発明の１又は複数のＳＮＰと関連付けされている。
【０１２０】
本発明の特に好ましい実施態様では、前記方法は、配列番号８及び配列番号９の多型部位に存在する前記ヌクレオチド配列及び／又は分子構造を、配列番号８の遺伝子近傍、配列番号９の遺伝子近傍又は配列番号８及び配列番号９の近傍でのデオキシリボヌクレアーゼ超敏感部位の検出とを組み合わせて決定することを含む。本実施態様で使用する用語「遺伝子近傍」とは、配列番号８又は配列番号９の配列の前記遺伝子位置に関してここで示される領域の間に、約０．７５ｋｂ、１ｋｂ、１．５ｋｂ、２ｋｂ、２．５ｋｂ、３ｋｂ、４ｋｂ、５ｋｂ又はそれ以上の値の領域を意味する。
【０１２１】
ここで使用される用語「デオキシリボヌクレアーゼ超敏感部位」とは、前記ゲノムのヌクレオソーム構造が前記通常の形では構造化されてないクロマチンの短い領域であり、その結果クロマチン全体と比較して酵素の攻撃に対して非常に敏感である領域を意味する。好ましくは、かかるデオキシリボヌクレアーゼ超敏感部位は、デオキシリボヌクレアーゼＩ及び／又はデオキシリボヌクレアーゼＩＩ又は小球菌ヌクレアーゼなどの他のヌクレアーゼによる開裂に対する超敏感性が検出され得る。
【０１２２】
本発明の具体的な実施態様では、デオキシリボヌクレアーゼＩ、デオキシリボヌクレアーゼＩＩ及び／又は小球菌ヌクレアーゼ又は当業者に知られる好適な酵素が、従って、被験者から、例えば前記のサンプルから得られるゲノムＤＮＡの分析のために使用され得る。
【０１２３】
配列番号８又は配列番号９に関連するＳＮＰ内、又は配列番号８と配列番号９に関連するＳＮＰ内の指標ヌクレオチドの存在で、及び対応するＳＮＰの近傍、即ち配列番号８、配列番号９の遺伝子近傍又は配列番号８及び配列番号９の遺伝子近傍でのデオキシリボヌクレアーゼ超敏感性の存在で、被験者はベータサラセミアに罹患していると考えられ得る。
【０１２４】
さらに、本発明の具体的な実施態様は、医薬組成物に関し、これは、配列番号８の遺伝子近傍、配列番号９の遺伝子近傍、又は配列番号８と配列番号９の遺伝子近傍でのデオキシリボヌクレアーゼ超敏感性を相殺、低減又は逆転させることのできる化合物を含む。具体的な実施態様では、前記医薬組成物はベータサラセミアの治療に使用され得る。
【０１２５】
本発明のさらに具体的な好ましい実施態様では、前記方法は、配列番号２及び／又は配列番号４及び／又は配列番号１３の遺伝子近傍でのヒストン３リジン２７トリメチル化の検出と組み合わせた、配列番号２及び配列番号４及び配列決定１３の多型部位のヌクレオチド配列及び／又は分子構造の決定を含む。本実施態様で使用される用語「遺伝子近傍」とは、配列番号２又は配列番号４又は配列番号１３の配列の遺伝子位置に関して、前記示された領域の間の、約０．７ｋｂ、０．７５ｋｂ、０．８ｋｂ、０．９ｋｂ、１ｋｂ、１．２５ｋｂ、１．５ｋｂ、１．７５ｋｂ、２ｋｂ、２．５ｋｂ、３ｋｂ、３．５ｋｂ、４ｋｂ又はそれ以上の値の領域を意味する。
【０１２６】
用語「ヒストン３リジン２７トリメチル化」とは、ヒトゲノムＤＮＡ内のヒストン３分子のリジン２７への付加メチル残基を意味する。通常は、ヒストンリジン２７でのトリメチル化は阻害マークとして作用すると考えている。
【０１２７】
本発明の具体的な実施態様では、ヒストン３リジン２７メチル化特異的検出システム、例えば特異的抗体などが、配列番号２又は配列番号４又は配列番号１３の配列の遺伝子近傍でのヒトゲノムリジン２７トリメチル化を検出するために使用され得る。例えば、被験者サンプルから得られる遺伝子ＤＮＡは、ヒストン３リジン２７トリメチル化の検出のために特異的富化ステップで直接使用され得る。好適な方法及び詳細は当業者に知られている。
【０１２８】
前記の、配列番号２又は配列番号４、又は配列番号４、又は配列番号１３、又は配列番号２及び配列番号４及び配列番号１４、又は配列番号２及び配列番号４、又は配列番号４及び配列番号１３、又は配列番号２及び配列番号１３に関連するＳＮＰ内の指標塩の存在と、例えば配列番号２の遺伝子近傍、配列番号４の遺伝子近傍、又は配列番号１３などの遺伝子近傍で対応するＳＮＰの近傍での被験者リジン２７トリメチル化の存在とで、被験者はベータサラセミアに罹患していると考えられる。
【０１２９】
さらに、本発明の具体的な実施態様は、医薬組成物に関し、これは、配列番号２に対応するＳＮＰの近傍で、配列番号４の遺伝子近傍で、又は配列番号１３の遺伝子近傍などでのヒストン３リジン２７トリメチル化を相殺、低減又は逆転させることができる化合物を含む。具体的な実施態様では、前記医薬組成物は、ベータサラセミアの治療のために使用され得る。
【０１３０】
さらに具体的な実施態様では、本発明のさらなるＳＮＰ、例えば配列番号１、３、５、６、７、１０、１１、１２又は１４に関連するＳＮＰであって、前記ＳＮＰの近傍で遺伝子又は制御領域への明確な機能的関連性を示さないものは、非コード化ＲＮＡに対しての機能関連性を持ち得る（Ｎａｒｄｅｌｌａ  Ｃ．ｅｔ  ａｌ．、Ｃｕｒｒ  Ｔｏｐ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１０；３４７：１３５−６８）。対応する非コード化ＲＮＡは従って、当業者に知られる好適な方法の助けにより検出され得る。さらなる実施態様では、かかる非コード化ＲＮＡは、そのリプレッサーやアクチベーターと同様に、ベータサラセミアの検出のための改良診断方法のため、又は対応する治療方法のために使用され得る。
【０１３１】
本発明に関連して、前記１つ又は複数の多型部位に対する核酸親和性リガンドを含む、被験者のベータサラセミアを検出し診断するための組成物も記載される。そのような組成物を、前記のベータサラセミアマイナーの検出又は診断のために使用してもよい。
【０１３２】
ここで使用される用語「核酸親和性リガンド」とは、前記多型部位へ結合され得る核酸分子を意味する。好ましくは、前記親和性リガンドは、前記の多型部位を含む、配列番号１から１４の配列、又はその断片に結合することができ、前記配列から１４の配列は、前記のそれぞれの指標ヌクレオチドを含むものである。前記核酸親和性リガンドはまた特異的に、前記の多型部位を含み、前記配列番号１から配列番号１４の配列は前記のそれぞれの指標ヌクレオチドを含む、配列１から配列１４又はその断片の配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．９％、９９．６％、９９．７％、９９．８％又は９９．９％同一であるＤＮＡ配列、又前記配列のいずれかの断片と、特異的に結合し得るものである。上記の核酸親和性リガンドはまた、前記の多型部位を含む配列番号１から配列番号１４のＤＮＡ配列、即ち、前記のそれぞれの指標ヌクレオチドを含まない野生型配列へ特異的に結合し得る。さらに、前記核酸親和性リガンドはまた、前記多型部位を含み、即ち前記のそれぞれの指標ヌクレオチドを含まない野生型配列である配列番号１から配列番号１４の配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．９％、９９．６％、９９．７％、９９．８％又は９９．９％同一であるＤＮＡ配列、又前記配列のいずれかの断片と、特異的に結合し得るものである。前記指標ヌクレオチドの前記多型部位を含むが、前記指標ヌクレオチドを含むか、又は含まない、配列番号１から配列番号１４の配列の相補的配列に結合する核酸親和性リガンドも記載される。
【０１３３】
前記核酸親和性リガンドは、さらに、短い核酸分子、例えばＲＮＡ、ＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＨＮＡ、ＬＮＡ又はＡＮＡ分子又は当業者に知られる全ての好適な核酸形であって、配列番号１から配列番号１４のＳＮＰ配列（例えば指標ヌクレオチド又は野生型配列）へ特異的に結合可能なものであり得る。
【０１３４】
前記核酸親和性リガンドは、さらに、当業者に知られた好適な機能部分を含み、例えばタグ、蛍光ラベル、放射性ラベル、色素、タンパク質又は抗体又はペプチドの結合認識部位、さらにはＰＣＲ手法のために有用なＤＮＡ拡張部分、制限酵素のための認識部位として有用なＤＮＡ拡張部分などである。前記核酸親和性リガンドは、さらに、本発明によるＳＮＰを含む配列に特異的に結合し開裂する触媒ＳＮＰの形成において提供され得るものであり、例えば前記多型部位での前記指標ヌクレオチド、野生型核酸又は異なる塩基などである。
【０１３５】
本発明は、核酸親和性リガンドのペア（組）を含み、１つは配列１から配列番号１４の野生型配列に特異的に結合し、他の１つは、前記指標ヌクレオチドを含む配列１から配列番号１４の配列に特異的に結合することができる。そのようなペアは、さらに、例えば異なるラベル、異なる色素又は他の前記の異なる機能により識別され得るものである。さらには、２を超えるペア（組）、例えば配列番号１から配列番号１４のそれぞれについて、その１つのペアと１つのサブペアが提供され、これらはまた異なる色素、ラベル又はその他の機能により識別され得るものである。
【０１３６】
本発明に関連して、前記の１又は複数の多型部位に特異的な非核酸親和性リガンドも記載される。そのような親和性リガンドは、ペプチド、アプタマー様要素、抗体、制限酵素などのＤＮＡモチーフ認識タンパク質など、又はこれらと核酸との組み合わせであり得る。
【０１３７】
本発明に関連して記載される組成物は、追加してさらに、ベータサラセミアの検出のために必要又は有用な成分を含み、例えばｄＮＴＰ、ポリメラーゼ、イオン性二価カチオン又は一価カチオン、ハイブリダイゼーション溶液などである。
【０１３８】
親和性リガンドは、前記１又は複数の多型部位に特異的なオリゴヌクレオチド、又は前記１又は複数の多型部位に特異的なプローブであり得る。ここで使用される用語「１又は複数の多型部位に特異的オリゴヌクレオチド」とは、核酸分子、好ましくは約１２から３８塩基、好ましくは約１５から３０塩基の長さのＤＮＡ分子を意味する。前記オリゴヌクレオチドは、例えば、長さが１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０塩基を持ち得る。これらの分子は、好ましくは、配列番号１から配列番号１４に関しての前記指標ヌクレオチドにつき又は、その周りの２、３、４、５、６、７、８、９、１０塩基に対して相補的であり得る。前記分子は、好ましくは、野生型配列を含む、配列番号１から配列番号１４に関して前記多型部位で又はその周りでの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９又は１０塩基と相補的であり得る。
【０１３９】
前記オリゴヌクレオチドは、前記の本発明のＳＮＰの指標ヌクレオチドを含む配列に相補的な配列を持ち得る。さらなる実施態様では、前記オリゴヌクレオチドはまた、前記本発明のＳＮＰの指標ヌクレオチドを含む前記配列の対向鎖への相補的配列を持ち得る。
【０１４０】
本発明に関連して、配列１から配列番号１４内のｎを超えて示される前記多型部位の近傍で特異的に結合するオリゴヌクレオチドも記載される。これらのオリゴヌクレオチドは、５０ｂｐ、７５ｂｐ、１００ｂｐ、１５０ｂｐ、２００ｂｐ、２５０ｂｐ、３００ｂｐ、４００ｂｐ、５００ｂｐ、７５０ｂｐ、１０００ｂｐ又はそれ以上のＤＮＡの拡張部長さ、又は本発明の前記ＳＮＰの多型部位周り及びこれを含む長さの形となるように設計され得る。好適な配列情報は、前記遺伝子配列位置である配列情報から配列番号１から配列番号１４の配列から誘導され、当業者は、データデポジトリー、例えばヒトゲノムｂｕｉｌｄ  ３７．１から必要なＤＮＡ配列内容を得ることが可能である。
【０１４１】
ここで使用される用語「前記多型部位に特異的なプローブ」とは、ＤＮＡの一片を意味し、これは上記の多型部位に特異的に結合し得る。前記プローブは、例えば、前記指標ヌクレオチドを含む配列にのみ結合する、又は野生型配列にのみ結合する、又はそれらの相補配列にのみ結合するように設計され得る。前記プローブは、さらに、本発明の多型部位に結合できる、即ち、前記野生型配列、前記の位置での配列他のいずれかの変異を含む指標ヌクレオチドへ結合することが可能である。前記プローブの特異性はさらに、例えばハイブリダイゼーション実験条件で、塩濃度変更、反応温度変更、反応物に好適な化合物の添加などにより、調節され得る。前記プローブはまた、例えば配列番号１から配列番号１４内の前記多型部位の外側に結合するように設計され得る。
【０１４２】
本発明に関連して記載される前記プローブは、さらに、配列番号１から配列番号１４又はその断片の配列であって、前記多型部位を含み、前記配列番号１から配列番号１４の配列が前記のそれぞれの指標ヌクレオチドを含む配列と、又は前記配列の全ての断片と、又は対応する前記野生型配列又はこれらの配列の相補的配列と、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は９９．９％、９９．６％、９９．７％、９９．８％又は９９．９％同一である。
【０１４３】
上記のプローブは、好適な長さ、例えば１５、２０、３０、４０、５０、１００、１５０、２００、３０、５００、１０００又それ以上の塩基を持ち得る。前記プローブはさらに、例えばラベル、例えば蛍光ラベル、色素、放射性ラベルなどのラベルなどを追加して好適に変性されてよい。
前記プローブはまた、前記説明したように検出方法に適合させて機能的に調節され得る。
【０１４４】
他の側面で、本発明は、前記核酸分子の、被験者のベータサラセミア検出又は診断のための使用に関する。好ましい実施態様では、本発明は、前記核酸分子の、被験者のベータサラセミアマイナーの検出又は診断のために使用に関する。前記核酸分子は、例えば前記方法に基づいて対応する検出方法のためのテンプレートとして使用され得る。より好ましくは、本発明による多型部位の親和性リガンド、例えばオリゴヌクレオチドプローブが、配列番号１から配列番号１４の５０１位での野生型又は指標ヌクレオチドの存在を検出するための好適な方法において適用され得る。対応する配列を決定する際に、ベータサラセミア、好ましくはベータサラセミアマイナーの存在は、前記説明されたように確認され又は否定され得る。
【０１４５】
他の特に好ましい実施態様では、本発明は前記核酸分子の、ベータサラセミアの存在について被験者集団をスクリーニングするための使用に関する。用語「スクリーニング」とは、大病院及び／又は地方病院、及び／又は全地域、全州又は全国での出先機関での検出／診断施設での大規模での検出プログラムを意味する。前記スクリーニングは、当業者に知られる標準化手法により実行され、例えば同一の緩衝液、核酸分子、ラベル化試薬などを用いるものである。スクリーニング結果は、例えば対応するプラットフォームに基づき好適なデータベースの形で、局所的に又は領域、州又は国などにわたり統合されて得られる。さらなる実施態様では、スクリーニングは、例えば地域、州又は全国的に、医学現場で実行され得る。
【０１４６】
さらなる実施態様では、前記スクリーニング方法は、例えばベータサラセミアクアリアの識別においては、遺伝子カウンセリングにより補助され得る。
【０１４７】
特に好ましい実施態様では、前記スクリーニングはベータサラセミアマイナーについて実施され得る。特に好ましい実施態様では、前記スクリーニングは、ベータサラセミアキャリアについて実施され得る。
【０１４８】
ここで使用される用語「集団」とは、類似する被験者のグループを意味し、これは例えば同じ地域、州に居住する人々か、又は遺伝的集団の典型的特徴で識別される人々を意味する。特に好ましくは、南アジアからの被験者集団である。より好ましくはインド人集団である。また、これらのサブ集団も含まれ、例えば北又は南インド人集団などである。
【０１４９】
本発明に関連して、前記１又は複数の多型部位に特異的なオリゴヌクレオチド、又は前記１又は複数の多型部位に特異的なプローブを含む、被験者のベータサラセミアを検出又は診断するためのキットも記載される。前記オリゴヌクレオチドは、前記指標ヌクレオチドに相補的な配列を持っていてもよい。さらに、前記ベータサラセミアは、ベータサラセミアマイナーであってもよい。前記キットは、ＰＣＲ緩衝液、ｄＮＴＰ、ポリメラーゼ、イオン性二価カチオン又は一価カチオン、ハイブリダイゼーション溶液などの追加備品を含む。さらに、前記キットはまた、例えば二次抗体などの二次親和性リガンド、検出用色素又はその他の好適な化合物、又は核酸検出の実施のための必要な溶液などの補助備品を含む。このような備品、及びこれらの詳細は当業者に知られているものであり、実施される検出方法に大きく依存する。これに加えて、前記キットは、指示書を含み、及び／又は得られる結果に関連する情報が与えられる。
【０１５０】
他の好ましい実施態様では、前記方法又は使用は、被験者及び／又は被験者の子孫のベータサラセミアの発症のリスクを評価することに関する。ここで使用する「ベータサラセミアの発症のリスク」とは、被験者が、その一生においてベータサラセミアを発症するリスクを意味する。例えば、被験者が、前記方法によりベータサラセミアに罹患していると診断されるが、非常に軽度の貧血を示すのみである場合、被験者の残る寿命においてより深刻な貧血を発症するリスクが存在すると、考えられる。この推定は、当業者に知られる好適なリスク因子を伴うものであり得る。
【０１５１】
ここで使用される用語「被験者の子孫のベータサラセミアの発症のリスク評価」とは、被験者がベータサラセミアキャリアだと診断された場合に、例えばベータサラセミアインターメディア又はベータサラセミアメオジャーの次世代での発症のリスクを意味する。例えば前記のスクリーニング方法の際に夫婦又は家族がそれを示している場合、前記リスクはそれにより計算され得る。従って、男と女の両方が共にベータサラセミアキャリアであると診断される場合には、子供がベータサラセミアを発症するリスク、及び特にベータサラセミアの重篤な形、例えばベータサラセミアインターメディア又はベータサラセミアメジャーを発症するリスクは大きくなると考えられる。前記リスク評価は、好ましくは、家族計画又は遺伝子カウンセリング方法に統合化されるものであり、これは病院、特別医療又は医療キャンペーンで提供され得るものである。
【０１５２】
以下の実施例及び図面は、説明を目的とするだけである。理解されるべきことは、前記実施例及び図面は、限定することを目的とするものではない、ということである。当業者は、ここで説明されるさらなる変形を想定することができることは明らかである。
【実施例】
【０１５３】
実施例１：ＳＮＰの識別
ＳＮＰを識別するために以下の実験ステップが実施された。
【０１５４】
（１）  サンプルが、以下のいくつかのパラメータに基づき選択された：
（ａ）  人種−サンプルは、北インド人集団から収集した。
（ｂ）  性
（ｃ）  年齢
（ｄ）  サンプルタイプ−血液サンプルが、個人（健康及び罹患）から収集された。
（ｅ）  家族履歴
（ｆ）  医学履歴
合計１６１サンプルを収集し、事例サンプルが７１及びコントロールサンプルが９０であった。
【０１５５】
（２）  患者及びコントロールからの臨床病理学的情報が、「独立倫理委員会」から認められた「インフォームドコンセント」に基づき収集された。
【０１５６】
（３）  血液サンプルが、前記の選考個人から収集され、高性能液体クロマトグラフを用いてベータサラセミア形質につきスクリーニングし（結果は図１に示される）、ＤＮＡ抽出及び増幅をＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘにより推奨された標準手順を用いて実施した。
前記研究の全スキームは図２に与えられる。
【０１５７】
（４）  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｗｉｄｅ  Ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ  Ａｒｒａｙ６．０を用いて、ベータサラセミアを持つ７１個人とコントロール個人９０において遺伝子型が９０６、０００ＳＮＰで生じた。ＳＮＰ  ６．０Ａｒｒａｙからのデータ生成に関連するステップ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの標準手順）はつぎの（ａ）から（ｍ）を含む。
（ａ）  ゲノムＤＮＡプレート調製：ヒトゲノムＤＮＡの濃度は定量化され、それに従い、それぞれのサンプルは、低減ＴＥ（Ｔｒｉｓ−エチレンジアミン四酢酸）緩衝液を用いて５０ｎｇ／μｌへ希釈される。
【０１５８】
【表１】
2014511691.tif 000001
表１は、あるサンプルについてＤＮＡ抽出の詳細を示す（ＱＣ及び最終濃度）。
（ｂ）Ｓｔｙ制限酵素（ＲＥ）消化：ゲノムＤＮＡをＳｔｙ１制限酵素で消化する。消化マスターミックス（蒸留水、ＮＥ緩衝液、ウシ血清アルブミン、Ｓｔｙ１）を前記ゲノムに添加して、サーモサイクラーに置く。消化プログラムは、本質的に前記サンプルを０３７℃で１２０分間維持し、その後６５℃で２０分間維持する。
（ｃ）Ｓｔｙライゲーション：前記消化サンプルをＳｔｙライゲーターにライゲーションさせる。前記マスターミックスはリガーゼ緩衝液、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ及びアダプターＳｔｙＩからなる。前記ライゲーション混合物を１６℃で１８０分間維持し、次に７０℃で２０分間保持した。
（ｄ）ＳｔｙＰＣＲ：ＰＣＲマスターミックスは、プライマー、ポリメラーゼ緩衝液、ｄＮＴＰ及びＴａＤＮＡポリメラーゼからなる。前記ライゲーションされたサンプルを前記ＰＣＲミックス中で前記ＰＣＲプログラムにより実行した。
（ｅ）ＮｓｐＲＥ消化：ゲノムサンプルをＮｓｐＩ制限構造で前記同様の消化手順で行った。
（ｆ）Ｎｓｐライゲーション：前記ＮｓｐＩ消化断片を、前記同様のライゲーション手順を用いてＮｓｐＩアダプターとライゲーションした。
（ｇ）ＮｓｐＰＣＲ：ライゲーションされた断片を、別にＰＣＲ実施した。
（ｈ）ＰＣＲ増幅物プール及び精製：ＳｔｙＩ及びＮｓｐＩＰＣＲ増幅物を単一のウェルプレートに一緒にプールした。前記混合物にビーズを添加してインキュベーションした。前記プールを次にフィルタープレートに移し真空乾燥した。前記ＰＣＲ増幅物を洗浄し、溶出緩衝液を用いて溶出した。
（ｉ）定量化：それぞれのサンプルのＤＮＡを、分光装置を用いて定量化した。
（ｊ）断片化：精製されたＰＣＲ増幅物を、断片化試薬を用いて断片化し、次にゲル電気泳動法で評価した。
（ｋ）ラベル化：ＴｄＴ酵素を用いて、前記断片化ＰＣＲ増幅物をラベル化した。
（ｌ）ターゲットハイブリダイゼーション：ハイブリダイゼーションミックスをそれぞれのサンプルに添加し、前記ミックスを変性した。変性後、前記サンプルを前記ＳＮＰ  ６．０マイクロアレイ上に負荷し、１６から１８時間前記ハイブリダイゼーションチャンバ内でインキュベートした。
（ｍ）ハイブリダイゼーション後、前記ＳＮＰアレイを適切に洗浄して、非特異的結合物を除去し、次にＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｓｃａｎｎｅｒ  ３０００  ７Ｇを用いてスキャンした。
【０１５９】
前記スキャナーに関連するソフトウェアは、前記チップ上のそれぞれ及び全てのスポットをスキャンし、色素強度を、バックグラウンド修正することで標準化し、及び前記アレイ上の全てのプローブについて前記標準化前強度及び標準化強度を示す資料を生成する。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｃｏｍｍａｎｄ  Ｃｏｎｓｏｌｅは、前記画素強度をプローブ注釈（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘにより提供）にマッピングして、前記プローブについてシグナル値を含む．ＣＥＬファイルを生成する。
【０１６０】
（５）  それぞれの個人についての前記．ＣＥＬファイルは品質管理（ＱＣ）の対象とされた。前記サンプルで実行された種々のＱＣのいくつかの例が表２に示される。
遺伝子型コンソール（ＧＴＣ）は、次のマトリクスを用いてＱＣを実施するために使用された。
（ａ）コントラストＱＣ：それぞれのサンプルにつき０．４以上（＞＝）の閾値が設定された。
この値を下回るコントラストＱＣを持つサンプルを捨てた。４８事例及び６６コントロールが０．４以上のコントラストＱＣを持っていた。
（ｂ）ＱＣコールレート：閾値を８６％に設定した。全ての４８事例及び６６コントロールが８６％を超えるＱＣコールレートを持っていた。
【０１６１】
通常は、良好な品質データセットで、サンプルの９０％が前記ＱＣコールレート閾値を超え、平均ＱＣコールレートは、９０％の範囲であるべきである。場合により、低品質サンプルが前記ＱＣコールレートマトリクスを満たすことがあり得るが、これが、コントラストＱＣが前記ＳＮＰ  Ａｒｒａｙ６．０のために使用され得るかの理由である。
【０１６２】
【表２】
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表２は、前記アレイの処理の後あるサンプルの品質管理を示す。境界内のサンプルがさらなる分析のために取得された。
【０１６３】
（６）  前記サンプルの．ＣＥＬファイルは、ＧＴＣを用いて個人の遺伝子型を生成するために使用される。その結果．ＣＨＰファイルが生成され、これには、特定の個人について前記マイクロアレイ上のそれぞれのＳＮＰの遺伝子型を含む。前記遺伝子型分けされたデータが出力され、出力されたデータは、ＨａｐｌｏＶｉｅｗで分析を実施するように血統フォーマット（．ｐｅｄ、．ｍａｐ及び．ｉｎｆｏファイル）へ変換される。
【０１６４】
（７）  マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）は無関係なＳＮＰをフィルタして得られた。ＭＡＦ＜０．０５、非欠如遺伝子型≦０．９、及びｐ−値≦０．０１を持つ全てのＳＮＰがさらなる分析から除外された。
【０１６５】
（８）  事例−コントロール関連試験は、マーカーと、前記事例−コントロールデータを用いた形質との間の関連性を見出すために実施された。これらの試験からのＰ−値は、前記マーカーマップにプロットされる。前記最も有意な−値（≧１０−１４）が、１４の多型部位で見出された（表３及び４）。
【０１６６】
（９）  マーカーと、疾患状態との間の関連性は、続く異なる参加者の組による独立した研究により検証された。
【０１６７】
【表３】
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表３は、有意の関連性を示す短リスト化ＳＮＰを示す。
【０１６８】
【表４】
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表４は、最も有意なＳＮＰの観察されたｐ−値の関連性を試験する多重仮説検定を示す。
【０１６９】
【表５】
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表５は、本発明による短リスト化ＳＮＰ及び関連する遺伝子を示す。
【０１７０】
実施例２−連鎖不平衡の評価
より低い閾値（カイ二乗ｐ−値≦１０−１０）を用いて観察された最も有意な１４のＳＮＰ上の染色体について、関連するＳＮＰを抽出し、それらの間の連鎖不平衡を評価した。これらの間の高ＬＤを持つＳＮＰは、Ｈａｐｌｏｖｉｅｗを用いて可視化し、図６に示される（最高のＬＤは、暗黒色ブロックで示される：オッズ≧２の対数、Ｄ’＝１）。これらのハロタイプブロック間の関連性の強さがこれにより見出され、罹患状況が評価され表６に示される。疾患状況をチェックするためのアレイを設計する際、有意のｐ−値（≦１０−１０）を伴うことを示すハプロタイプブロックはそれに含まれる。これらのハプロタイプに捕捉される全てのＳＮＰがここに含まれる；被験者／患者遺伝子型での有意のハプロタイプの存在及び分析は、前記診断手順で助けとなると考えられる。
【０１７１】
【表６】
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表６は、ハプロタイプ分析の結果を示す。