【手続補正書】
【提出日】平成27年4月6日(2015.4.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物のゲノムＤＮＡを解析する方法であって、
１種または複数のコンピューティングデバイスが、複数のアリコートからゲノムＤＮＡの断片に対応する複数のリードを受け取ること、ここでゲノムＤＮＡの各断片はアリコート特異的タグ配列でタグ付けされており、各リードはゲノムＤＮＡの断片に由来する配列とアリコート特異的タグ配列を含み、各アリコートはゲノムＤＮＡの１つ未満のハプロイドゲノム相当物を含有する；
アリコート特異的タグ配列を同定することによって、リードが出自するアリコートを決定すること；
１種または複数のコンピューティングデバイスが、
生物のゲノムの少なくとも一部分に対応する複数のヘテロ接合性遺伝子座を同定すること、および
前記複数のヘテロ接合性遺伝子座をフェージングして、第１のハプロタイプと第２のハプロタイプを生成すること、ここでフェージングは、前記複数のヘテロ接合性遺伝子座に対応するリードの出自のアリコートを用いて、前記ヘテロ接合性遺伝子座のどのアレルが同一ハプロタイプ上にあるかを決定し、フェージングされた配列は生物のゲノムの少なくとも一部分に対応するものである、
によって、リードからフェージングされた配列を生成すること、
を含む、方法。
【請求項２】
前記複数のヘテロ接合性遺伝子座をフェージングすることが、
少なくとも３種のヘテロ接合性遺伝子座をフェージングすること；および
前記少なくとも２種のヘテロ接合性遺伝子座のフェージングと一致しない第１の遺伝子座の第１の配列変異体をエラーと同定すること、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ヘテロ接合性遺伝子座の少なくとも７０パーセントがフェージングされる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
領域がショートタンデムリピートを含む、請求項１に記載の方法であって、
前記領域の第１のハプロタイプのリードの第１の数を決定すること；
前記領域の第２のハプロタイプのリードの第２の数を決定すること；
前記第１の数を、前記第２の数と比較すること；および
比較に基づいて、第１のハプロタイプまたは第２のハプロタイプにおけるショートタンデムリピートの拡大を同定すること、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
１種または複数のコンピューティングデバイスが、ゲノムの重複領域にアラインする複数のアセンブルされた配列を生成すること、ここで前記重複領域における各アセンブルされた配列は、異なるアリコートに対応し、前記複数のヘテロ接合性遺伝子座はＮ個のヘテロ接合性遺伝子座を含み、ここでＮは１より大きい整数である；
をさらに含む、請求項１に記載の方法であって、
前記複数の遺伝子座をフェージングすることが、
それぞれのアセンブルされた配列についてＮ個のヘテロ接合性遺伝子座のアレルに基づき２Ｎから４Ｎの可能性の空間においてアセンブルされた配列をクラスタリングし、それによって複数のクラスターを作製すること、および
最高密度を有する２つのクラスターを同定すること
を含む、方法。
【請求項６】
前記フェージングすることが、
Ｎ次元のマトリックスを計算すること、ここで各次元はヘテロ接合性遺伝子座に対応し、各マトリックス要素は前記マトリックス要素に対応するアレルの組合せを有する多数のアセンブルされた配列に対応する；
それぞれ前記２つのクラスターのうちの１つの中心である、第１のマトリックス要素および第２のマトリックス要素を同定すること；
前記第１のマトリックス要素からＮ個のヘテロ接合性遺伝子座の第１のハプロタイプを決定すること；および
前記第２のマトリックス要素からＮ個のヘテロ接合性遺伝子座の第２のハプロタイプを決定すること、
をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
生物が２倍体哺乳類である、請求項１に記載の方法であって、
フェージングされた配列を用いて第１および第２のハプロタイプについてアセンブルされた配列を生成すること、ここで前記アセンブルされた配列は、７０％以上のゲノムコールレートおよび７０％以上のエキソームコールレートを含む、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
アセンブルされた配列が、メガベースあたり１未満の偽の単一ヌクレオチド変異体を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
アセンブルされた配列が、ギガベースあたり６００未満の偽の単一ヌクレオチド変異体を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記アセンブルされた配列の一定位置に、２種以上のアリコートからの前記位置についての予備的ベースコールに基づいて、塩基をコールすること；および
ベースコールが前記２種以上のアリコートからのリード中に３回以上存在する場合に、ベースコールを真実と同定すること、
をさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数のヘテロ接合性遺伝子座をフェージングすることが、
ヘテロ接合性遺伝子座の複数の対のそれぞれについて、
前記対のヘテロ接合性遺伝子座のアレル間で共有される多数のアリコートのマトリックスを決定すること、ここで前記対のヘテロ接合性遺伝子座は互いに特定の距離内に位置している、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のヘテロ接合性遺伝子座をフェージングすることが、
前記各マトリックスを用いて、ヘテロ接合性遺伝子座のそれぞれの対についてスコアおよび配向を計算すること；および
前記スコアおよび前記配向を用いて、第１のハプロタイプおよび第２のハプロタイプを決定すること、
をさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記スコアおよび前記配向を用いて、前記ハプロタイプを決定することが、
前記スコアおよび前記配向に基づいて、ヘテロ接合性遺伝子座の対間の結合のグラフを最適化することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のヘテロ接合性遺伝子座からフェージングされたＳＮＰを同定すること、ここで前記フェージングされたＳＮＰは第１のアレルおよび第２のアレルを有する；
前記フェージングされたＳＮＰに隣接する遺伝子座であって、コールなしとしての遺伝子座を同定すること、ここで前記遺伝子座は第３のアレルおよび第４のアレルを有するリードを有する；
前記フェージングされたＳＮＰに前記第１のアレルおよび前記遺伝子座に前記第３のアレルを含む、共有されるアリコートの第１の数を計算すること；および
前記共有されるアリコートの第１の数に基づいて前記第３の塩基が前記遺伝子座にあると決定すること、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
共有されるアリコートの前記第１の数が閾値を超え、前記閾値が２以上である場合に、前記第３の塩基が前記遺伝子座にあると決定すること、
をさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記フェージングされたＳＮＰに前記第２のアレルおよび前記遺伝子座に前記第３のアレルを含む、共有されるアリコートの第２の数を計算すること；
前記フェージングされたＳＮＰに前記第１のアレルおよび前記遺伝子座に前記第４のアレルを含む共有されるアリコートの第３の数を計算すること；
前記第１の数および前記第２の数が閾値よりも大きく、前記第３の数が前記閾値未満である場合に、前記遺伝子座が前記第３のアレルについてホモ接合性であると決定すること、
をさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記フェージングされたＳＮＰに前記第２のアレルおよび前記遺伝子座に前記第４のアレルを含む、共有されるアリコートの第２の数を計算すること；および
前記第３のアレルを有するリードの全てが前記第１のアレルを有するアリコートを共有し、かつ前記第４のアレルを有するリードの全てが前記第２のアレルを有するアリコートを共有する場合に、前記遺伝子座が前記第３のアレルおよび前記第４のアレルについてヘテロ接合性であると決定すること、
をさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記複数のヘテロ接合性の遺伝子座の少なくとも７０％をフェージングすること、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記各アリコート特異的タグがエラー修正コードを含み、各リードが、正しいタグ配列データまたは１種もしくは複数のエラーを含む不正確なタグ配列データを含む、請求項１に記載の方法であって、
エラー修正コードを使用して、不正確なタグ配列データを修正し、それによって、修正されたタグ配列データおよび修正され得ないタグ配列データを生成すること；
タグ配列データを必要とし、かつ第１のアウトプットを生成する第１のコンピュータプロセスにおいて、正しいタグ配列データおよび修正されたタグ配列データを含むリードを使用すること；および
タグ配列データを必要とせず、かつ第２のアウトプットを生成する第２のコンピュータプロセスにおいて、修正され得ないタグ配列データを含むリードを使用すること、
をさらに含む、方法。
【請求項２０】
前記第１のコンピュータプロセスが、サンプルマルチプレックス化、ライブラリーマルチプレックス化、フェージングおよびタグ配列データを使用するエラー修正プロセスを含むリストから選択され、第２のコンピュータプロセスが、マッピング、アセンブリおよびプールに基づく統計学を含む、請求項１９に記載の方法
【請求項２１】
前記フェージングされた配列が生物のゲノムの第１の領域のものであり、前記第１の領域がショートタンデムリピートを含む、請求項１に記載の方法であって、
前記領域の第１のハプロタイプのリードを、第２のハプロタイプのリードと比較すること；および
比較に基づいて、第１のハプロタイプまたは第２のハプロタイプの一方におけるショートタンデムリピートの拡大を同定すること、
をさらに含む、方法。
【請求項２２】
前記ゲノムＤＮＡが、前記生物のゲノム、前記生物のエキソーム、前記生物を含む種々の生物のゲノムの混合物、前記生物の種々の細胞種のゲノムの混合物、およびそのサブセットからなる群に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記生物が哺乳類である、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記生物がヒトである、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記ゲノムＤＮＡを前記複数のアリコートに分注すること；
前記各アリコートにおけるゲノムＤＮＡの断片を対応するアリコート特異的タグ配列でタグ付けすること；および
前記各アリコートにおいてゲノムＤＮＡの断片を増幅すること、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
プロセッサが操作を実行するのを制御するための複数の命令であって、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の工程を含む命令を保存する、コンピュータによって読み取り可能なメディア。