【手続補正書】
【提出日】平成26年12月3日(2014.12.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（Ｉ）：
【化１】
2014501524.tif 000001
［式中、
Ｒ１は、Ｒ２とは独立して、Ｈ、Ｘ、Ｎ３、ＣＮ、ＮＯ２、ＯＨ、（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、Ｓ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、ＮＲ３Ｒ４、ＯＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、ＮＲ３ＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、ＣＨ２−Ｒ５、場合により置換された単環式または二環式アリール、複素環式または脂環式基を表し；ならびに
Ｒ２は、Ｒ１とは独立して、Ｈ、（ＣＨ２）ｍ−ＣＨ３もしくはアリールを表すか；または
Ｒ１およびＲ２のどちらも、Ｘ、ＯＨもしくはＯ（（ＣＨ２）ｎＣＨ３）のいずれかを表すか；または
Ｒ１とＲ２は、一緒になって＝Ｏ、＝ＣＨ−Ｒ５を表すか、もしくは一緒になって環−（ＣＨ２）ｐ−、−（ＣＨ２）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＨ２）ｓ−を形成し、前記式中、
上記に示されるＣＨ２もしくはＣＨ３基のいずれか一方は、Ｘ、Ｎ３、ＣＮ、ＮＯ２、ＯＨ、（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、アリール、Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、ＯＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、ＮＲ３Ｒ４、ＮＲ３ＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３によって場合によりさらに置換されていてもよく；または
炭素原子を連結する各々のＣＨ２は、Ｏ、ＳもしくはＮＲ３によって置換されていてもよく；前記式中、
Ｒ３およびＲ４は、互いに独立してもしくは一緒になってＨ、（ＣＨ２）ｍ−ＣＨ３を表すか、または一緒になって環−（ＣＨ２）ｐ−、−（ＣＨ２）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＨ２）ｓ−、−（ＣＯ）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＯ）ｓ−を形成し；
Ｒ５は、場合により置換された単環式または二環式アリール、複素環式または脂環式基を表し；
Ｘは、Ｆ、Ｃｌ、ＢｒまたはＩを表し；
ｎは０から１０の整数であり；
ｍは０から３の整数であり；
ｐは２から６の整数であり；ならびに
ｒおよびｓの少なくとも一方は１である。］
の化合物、または医薬的として許容されるこの塩もしくはエステルもしくは立体異性体を調製するための工程であって、式（ＩＩ）：
【化２】
2014501524.tif 000002
［式中、Ｒ１およびＲ２は上記のように定義される。］
の化合物を、酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素と接触させること、および場合により生成物を塩化する、エステル化するまたは立体選択的に分解することを含む工程。
【請求項２】
Ｒ５が、式（ＩＩＩ）、（ＩＶ）、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩＩ）および（ＩＸ）：
【化３】
2014501524.tif 000003
から選択される部分を表す、請求項１に記載の工程。
【請求項３】
Ｒ１は、Ｒ２とは独立して、Ｈ、Ｘ、Ｎ３、ＣＮ、ＮＯ２、ＯＨ、（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、Ｓ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、ＮＲ３Ｒ４、ＯＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３またはＮＲ３ＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、場合により置換された単環式または二環式アリール、複素環式または脂環式基を表し；ならびに
Ｒ２は、Ｒ１とは独立して、Ｈ、（ＣＨ２）ｍ−ＣＨ３もしくはアリールを表すか；または
Ｒ１およびＲ２のどちらも、Ｘ、ＯＨもしくはＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３を表すか；または
Ｒ１とＲ２は一緒になって＝Ｏを表すか、もしくは一緒になって環−（ＣＨ２）ｐ−、−（ＣＨ２）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＨ２）ｓ−を形成し、前記式中、
上記に示されるＣＨ２もしくはＣＨ３基のいずれか一方は、Ｘ、Ｎ３、ＣＮ、ＮＯ２、ＯＨ、（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、アリール、Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、ＯＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、ＮＲ３Ｒ４、ＮＲ３ＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３によって場合によりさらに置換されていてもよく；または
炭素原子を連結する各々のＣＨ２は、Ｏ、ＳもしくはＮＲ３で置換されていてもよく；前記式中、
Ｒ３およびＲ４は、互いに独立してもしくは一緒になってＨ、（ＣＨ２）ｍ−ＣＨ３を表すか、または一緒になって環−（ＣＨ２）ｐ−、−（ＣＨ２）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＨ２）ｓ−、−（ＣＯ）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＯ）ｓ−を形成し；
Ｘは、Ｆ、Ｃｌ、ＢｒまたはＩを表し；
ｎは０から１０の整数であり；
ｍは０から３の整数であり；
ｐは２から６の整数であり；ならびに
ｒおよびｓの少なくとも一方は１である、
請求項１または２に記載の式（Ｉ）の化合物を調製するための工程。
【請求項４】
酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素が、アルドースデヒドロゲナーゼである、請求項１から３のいずれか一項に記載の工程。
【請求項５】
酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素が、ピロロキノリンキニン（ＰＱＱ）依存性デヒドロゲナーゼである、請求項１から４のいずれか一項に記載の工程。
【請求項６】
アルドースデヒドロゲナーゼ酵素が、ＹｌｉｌアルドースデヒドロゲナーゼまたはｍＧＤＨグルコースデヒドロゲナーゼである、請求項１から５のいずれか一項に記載の工程。
【請求項７】
酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素が、配列番号：０１、０３、０５、０７、０９、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９および６１のヌクレオチド配列のいずれか１つの中に含まれるもしくはいずれか１つによって構成されるデヒドロゲナーゼコード遺伝子によってコードされるデヒドロゲナーゼ、または配列番号：０２、０４、０６、０８、１０、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０および６２の中に含まれるもしくはこれらによって構成されるアミノ酸配列のいずれか１つによって定義されるデヒドロゲナーゼ、または前記配列にそれぞれ少なくとも５０％のヌクレオチド配列同一性もしくはアミノ酸配列同一性を有し、ただし生じる配列変異体がデヒドロゲナーゼ活性を維持する、任意のデヒドロゲナーゼから成る群より選択される、請求項１から６のいずれか一項に記載の工程。
【請求項８】
２−デオキシリボース−５−リン酸アルドラーゼ（ＤＥＲＡ、ＥＣ  ４．１．２．４）酵素を、式（ＩＩ）の化合物を調製するために使用する、請求項１から７のいずれか一項に記載の工程。
【請求項９】
２−デオキシリボース−５−リン酸アルドラーゼ酵素を、式（ＩＩ）の化合物を酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素と接触させる前に、または少なくとも重複する期間同時に、合成段階のために使用する、請求項８に記載の工程。
【請求項１０】
酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素が、場合により独立してＤＥＲＡ酵素も、生存全細胞、不活性化全細胞、ホモジナイズされた全細胞もしくは無細胞抽出物中に含まれる、または精製され、固定化されているおよび／または細胞外で発現されるタンパク質の形態である、請求項１から９のいずれか一項に記載の工程。
【請求項１１】
２−デオキシリボース−５−リン酸アルドラーゼ（ＤＥＲＡ）酵素および酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素を含む反応系であって、式（ＩＸ）：
【化４】
2014501524.tif 000004
［式中、Ｒは、式（Ｉ）：
【化５】
2014501524.tif 000005
［式中、Ｒ１およびＲ２は上記で定義されたとおりである。］
のＲ１−ＣＨ−Ｒ２部分を表し、Ｒ１およびＲ２は請求項１から４のいずれか一項で定義されたとおりである。］
の化合物をアセトアルデヒドで式（Ｉ）の化合物に変換することができるまたは変換するように設計されている、反応系。
【請求項１２】
前記酵素、即ちＤＥＲＡおよび酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素の両方が１以上の細胞によって発現され、細胞の種類が、細菌、酵母、昆虫細胞および哺乳動物細胞から成る群より選択される、請求項８に記載の工程または請求項１１に記載の反応系。
【請求項１３】
ピロロキノリンキニン（ＰＱＱ）の存在をさらに提供する、請求項８に記載の工程または請求項１１に記載の反応系。
【請求項１４】
ピロロキノリンキニン（ＰＱＱ）の存在を提供することが、
（ｉ）ＰＱＱを外部から添加する；
（ｉｉ）デヒドロゲナーゼ活性の存在を提供することのほかに、内因性ＰＱＱ生合成能をさらに有する宿主生物を使用する；および
（ｉｉｉ）ＰＱＱの内因性生合成能は有さないが、ＰＱＱ合成関連遺伝子クラスターを発現するように遺伝子操作されている微生物を使用する
ことから成る群より選択される手段によって達成される、請求項１３に記載の工程または反応系。
【請求項１５】
手段（ｉｉｉ）に従って使用される微生物が、配列番号：１１、１７、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０のヌクレオチド配列のいずれか１つの中に含まれるもしくはいずれか１つによって構成されるＰＱＱ合成コード遺伝子の発現、または配列番号：１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１および２２のアミノ酸配列のいずれか１つをコードするＰＱＱ合成遺伝子の発現を提供するように遺伝子操作されている、または前記配列にそれぞれ少なくとも５０％のヌクレオチド配列同一性もしくはアミノ酸配列同一性を有し、ただし生じる配列変異体がＰＱＱを産生する活性を維持する、ＰＱＱ合成コード遺伝子の発現を提供するように遺伝子操作されている、請求項１４に記載の工程または反応系。
【請求項１６】
前記化合物（Ｉ）を、スタチンまたは医薬的として許容されるこの塩を調製するのに十分な条件に供すること、場合によりスタチン生成物を塩化する、エステル化するまたは立体選択的に分解することをさらに含む、請求項１から１５のいずれか一項に記載の工程。
【請求項１７】
スタチンが、ロバスタチン、プラバスタチン、シンバスタチン、アトルバスタチン、セリバスタチン、ロスバスタチン、フルバスタチン、ピタバスタチン、ベルバスタチンおよびダルバスタチン、ならびに医薬的として許容されるこれらの塩から選択される、請求項１６に記載の工程。
【請求項１８】
医薬組成物を調製するための工程であって、請求項１６または１７に記載の工程に従って工程を実施すること、および前記スタチンまたは医薬的として許容されるこの塩を少なくとも１つの医薬的として許容される賦形剤と共に製剤して前記医薬組成物を得ることを含む工程。
【請求項１９】
２−デオキシリボース−５−リン酸アルドラーゼ（ＤＥＲＡ）酵素および酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素を翻訳することができ、ならびに前記翻訳のために必要な遺伝子の両方を過剰発現することができる発現系。
【請求項２０】
２−デオキシリボース−５−リン酸アルドラーゼ（ＤＥＲＡ）酵素および酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素を翻訳することができる発現系であって、前記翻訳が１以上の細胞型において設計されており、それぞれの細胞型が、細胞型全体でおよび好ましくは同じ細胞型内で、前記２−デオキシリボース−５−リン酸アルドラーゼ（ＤＥＲＡ）酵素および酸化または脱水素反応を触媒することができる前記酵素の両方を発現するように遺伝子操作されている、発現系。
【請求項２１】
酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素が、配列番号：０１、０３、０５、０７、０９、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９および６１のヌクレオチド配列のいずれか１つの中に含まれるもしくはいずれか１つによって構成されるデヒドロゲナーゼコード遺伝子によってコードされるデヒドロゲナーゼ、または配列番号：０２、０４、０６、０８、１０、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０および６２の中に含まれるもしくはこれらによって構成されるアミノ酸配列のいずれか１つによって定義されるデヒドロゲナーゼ、または前記配列にそれぞれ少なくとも５０％のヌクレオチド配列同一性もしくはアミノ酸配列同一性を有し、ただし生じる配列変異体がデヒドロゲナーゼ活性を維持する、任意のデヒドロゲナーゼから成る群より選択される、請求項１９または２０に記載の発現系。
【請求項２２】
配列番号：１１、１７、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０のヌクレオチド配列のいずれか１つの中に含まれるもしくはいずれか１つによって構成されるＰＱＱ合成コード遺伝子の発現、または配列番号：１２、１３、１４、１５、１６、１８、１９、２０、２１および２２のアミノ酸配列のいずれか１つをコードするＰＱＱ合成遺伝子の発現、または前記配列にそれぞれ少なくとも５０％のヌクレオチド配列同一性もしくはアミノ酸配列同一性を有し、ただし生じる配列変異体がＰＱＱを産生する活性を維持する、ＰＱＱ合成コード遺伝子の発現をさらに提供する、請求項１９から２１のいずれか一項に記載の発現系。
【請求項２３】
それぞれ、請求項１から３のいずれか一項で定義されるとおりである、式（Ｉ）の化合物を調製するため、および場合によりスタチンまたは医薬的として許容されるこの塩のさらなる調製のための、請求項１１から１５のいずれか一項に記載の反応系または請求項１９から２２のいずれか一項に記載の発現系の使用。
【請求項２４】
合成ＡＰＩまたはこの中間体を調製するための、酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素の使用であって、基質化合物を、酸化または脱水素反応を触媒することができる酵素による酸化に供することを含み、基質化合物が、置換または非置換ジデオキシアルドース糖、合成非天然アルコール、さらにヒドロキシル化されたエステルおよびさらにヒドロキシル化されたラクトールから成る群より選択される非天然化合物である、使用。
【請求項２５】
スタチンまたは医薬的として許容されるこの塩を調製するためのアルドースデヒドロゲナーゼ酵素の使用。
【請求項２６】
式（Ｉ）：
【化６】
2014501524.tif 000006
［式中、
Ｒ１は、Ｒ２とは独立して、Ｈ、Ｘ、Ｎ３、ＣＮ、ＮＯ２、ＯＨ、（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、Ｓ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、ＮＲ３Ｒ４、ＯＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、ＮＲ３ＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、ＣＨ２−Ｒ５、場合により置換された単環式または二環式アリール、複素環式または脂環式基を表し；ならびに
Ｒ２は、Ｒ１とは独立して、Ｈ、（ＣＨ２）ｍ−ＣＨ３もしくはアリールを表すか；または
Ｒ１およびＲ２はどちらも、Ｘ、ＯＨもしくはＯ（（ＣＨ２）ｎＣＨ３）のいずれかを表すか；または
Ｒ１とＲ２は一緒になって＝Ｏ、＝ＣＨ−Ｒ５を表すか、もしくは一緒になって環−（ＣＨ２）ｐ−、−（ＣＨ２）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＨ２）ｓ−を形成し、前記式中、
上記に示されるＣＨ２もしくはＣＨ３基のいずれか一方は、Ｘ、Ｎ３、ＣＮ、ＮＯ２、ＯＨ、（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、アリール、Ｏ−（ＣＨ２）ｎ−ＣＨ３、ＯＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、ＮＲ３Ｒ４、ＮＲ３ＣＯ（ＣＨ２）ｎＣＨ３によって場合によりさらに置換されていてもよく；または
炭素原子を連結する各々のＣＨ２は、Ｏ、ＳもしくはＮＲ３によって置換されていてもよく；前記式中、
Ｒ３およびＲ４は、互いに独立してもしくは一緒になってＨ、（ＣＨ２）ｍ−ＣＨ３を表すか、または一緒になって環−（ＣＨ２）ｐ−、−（ＣＨ２）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＨ２）ｓ−、−（ＣＯ）ｒ−（１，２−アリーレン）−（ＣＯ）ｓ−を形成し；
Ｒ５は、場合により置換された単環式または二環式アリール、複素環式または脂環式基を表し；
Ｘは、Ｆ、Ｃｌ、ＢｒまたはＩを表し；
ｎは０から１０の整数であり；
ｍは０から３の整数であり；
ｐは２から６の整数であり；ならびに
ｒおよびｓの少なくとも一方は１である。］
の化合物、または医薬的として許容されるこの塩もしくはエステルもしくは立体異性体を調製するための、場合によりスタチンを調製するための式（Ｉ）の化合物のさらなる処理を伴う、微生物の使用であって、微生物が、
（ｉ）プロテオバクテリア属（ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、アクチノミセタール属（ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ）、ミクソバクテリア属（ｍｉｘｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｏｒｏｂａｃｔｅｒ）、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｏｕｍ）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、クルイベラ属（Ｋｌｕｙｖｅｒａ）、グルコノバクター属（Ｇｌｕｃｏｎｏｂａｃｔｅｒ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、エルウィニア属（Ｅｒｗｉｎｉａ）、ラーネラ属（Ｒａｈｎｅｌｌａ）およびデイノコッカス属（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）の細菌起源から選択される；または
（ｉｉ）ピロロキノリンキニン（ＰＱＱ）を提供するための遺伝子クラスターの遺伝子を発現することができるように遺伝子操作されているもしくは外因性ＰＱＱの添加によって補完されているエシェリキア・コリ（大腸菌）（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）である、
使用。