【手続補正書】
【提出日】平成27年5月15日(2015.5.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個別化癌ワクチンを提供する方法であって、
(a)癌患者の腫瘍検体中の癌特異的体細胞突然変異を同定して患者の癌突然変異シグネチャを提供するステップと、
(b)ステップ(a)で得られた癌突然変異シグネチャを特長とするワクチンを提供するステップと
を含む方法。
【請求項２】
癌特異的体細胞突然変異を同定するステップが、1つまたは複数の癌細胞のエクソームの癌突然変異シグネチャを同定することを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
癌特異的体細胞突然変異を同定するステップが、1つまたは複数の癌細胞の単一細胞シーケンシングを含む、請求項1または2に記載の方法。
【請求項４】
癌細胞が循環腫瘍細胞である、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
癌特異的体細胞突然変異を同定するステップが、次世代シーケンシング(NGS)を使用することを含む、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
癌特異的体細胞突然変異を同定するステップが、腫瘍検体のゲノムDNAおよび/またはRNAのシーケンシングを行うことを含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
癌特異的体細胞突然変異を同定するステップが、少なくともデュプリケートで反復される、請求項6に記載の方法。
【請求項８】
癌ワクチン接種用のエピトープ中の同定された突然変異の有用性を決定するさらなるステップを含む、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
患者の突然変異シグネチャを特長とするワクチンが、突然変異に基づくネオエピトープを含むポリペプチド、または前記ポリペプチドをコードしている核酸を含む、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ポリペプチドが、30個までの突然変異に基づくネオエピトープを含む、請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
ポリペプチドが、癌細胞によって発現される癌特異的体細胞突然変異を含有しないエピトープをさらに含む、請求項9または10に記載の方法。
【請求項１２】
エピトープが、ワクチン配列を形成するような天然の配列構成中に存在する、請求項9から11のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
ワクチン配列が約30個のアミノ酸の長さである、請求項12に記載の方法。
【請求項１４】
ネオエピトープ、エピトープおよび/またはワクチン配列が頭-尾で並んでいる、請求項9から13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
ネオエピトープ、エピトープおよび/またはワクチン配列がリンカーによって離間されている、請求項9から14のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ワクチンがRNAワクチンである、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ワクチンが予防ワクチンおよび/または治療ワクチンである、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
患者に投与した場合に、同定された突然変異に基づく配列変化を取り込んだ、MHCに提示されたエピトープのコレクションを提供する、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法によって得ることができるワクチン。
【請求項１９】
突然変異に基づくネオエピトープを含む組換えポリペプチド、または前記ポリペプチドをコードしている核酸を含むワクチンであって、前記ネオエピトープが癌患者の腫瘍検体中の癌特異的体細胞突然変異によって生じるワクチン。
【請求項２０】
ポリペプチドが、癌細胞によって発現される癌特異的体細胞突然変異を含有しないエピトープをさらに含む、請求項19に記載のワクチン。
【請求項２１】
癌患者を処置する方法であって、
(a)請求項1から17のいずれか一項に記載の方法によって個別化癌ワクチンを提供するステップと、
(b)前記ワクチンを患者に投与するステップと
を含む方法。
【請求項２２】
請求項18から20のいずれか一項に記載のワクチンを患者に投与するステップを含む、癌患者を処置する方法。
【請求項２３】
次世代シーケンシングデータに基づいて偽発見率を決定する方法であって、
遺伝物質の第1の試料を動物またはヒトから採取するステップと、
遺伝物質の第2の試料を動物またはヒトから採取するステップと、
遺伝物質の第1の試料を腫瘍細胞から採取するステップと、
遺伝物質の第2の試料を前記腫瘍細胞から採取するステップと、
腫瘍と、動物またはヒトからの遺伝物質の前記第1の試料および動物またはヒトからの遺伝物質の前記第2の試料のうちの少なくとも1つとのどちらにも含まれる参照ゲノムのすべての塩基を計数することによって、共通カバレッジ腫瘍比較を決定するステップと、
動物またはヒトからの遺伝物質の前記第1の試料および動物またはヒトからの遺伝物質の前記第2の試料のどちらにも含まれる参照ゲノムのすべての塩基を計数することによって、共通カバレッジ対同一物比較を決定するステップと、
前記共通カバレッジ腫瘍比較を前記共通カバレッジ対同一物比較で除算することによって正規化を形成するステップと、
1)動物またはヒトからの遺伝物質の前記第1の試料と動物またはヒトからの遺伝物質の前記第2の試料との比較においてQよりも高い品質スコアを有する単一ヌクレオチド変異の数を、2)前記腫瘍細胞からの遺伝物質の前記第1の試料と前記腫瘍細胞からの遺伝物質の前記第2の試料との比較においてQよりも高い品質スコアを有する単一ヌクレオチド変異の数で除算し、3)結果に前記正規化を乗ずることによって、偽発見率を決定するステップと
を含む方法。
【請求項２４】
前記遺伝物質がDNAである、請求項23に記載の方法。
【請求項２５】
Qが、
一組の品質特性S=(s1,…, sn)を確立するステップであって、すべてのi=1,…, nについてsi>tiである場合にSがT=(t1,…, tn)よりも好ましく、S>Tによって示されるステップと、
1)動物またはヒトからの前記第1のDNA試料と動物またはヒトからの前記第2のDNA試料との比較において品質スコアS>Tを有する単一ヌクレオチド変異の数を、2)前記腫瘍細胞からの前記第1のDNA試料と前記腫瘍細胞からの前記第2のDNA試料との比較において品質スコアS>Tを有する単一ヌクレオチド変異の数で除算し、3)結果に前記正規化を乗ずることによって、中間偽発見率を規定するステップと、
それぞれn個の品質特性を有するm個の突然変異について、それぞれの特性の値範囲を決定するステップと、
前記値範囲のうち、p個までの値をサンプリングするステップと、
サンプリングした品質値のそれぞれの可能な組合せを作成し、pn個のデータ点をもたらすステップと、
前記データ点のランダムサンプルをランダムフォレストトレーニングの予測子として使用するステップと、
対応する中間偽発見率値を前記ランダムフォレストトレーニングの応答として使用するステップと
によって決定され、その結果生じる、前記ランダムフォレストトレーニングの回帰スコアがQである、請求項23に記載の方法。
【請求項２６】
動物またはヒトからの前記第2のDNA試料が、動物またはヒトからの前記第1のDNA試料に対して同種異系である、請求項24に記載の方法。
【請求項２７】
動物またはヒトからの前記第2のDNA試料が、動物またはヒトからの前記第1のDNA試料に対して自己である、請求項24に記載の方法。
【請求項２８】
動物またはヒトからの前記第2のDNA試料が、動物またはヒトからの前記第1のDNA試料に対して異種である、請求項24に記載の方法。
【請求項２９】
前記遺伝物質がRNAである、請求項23に記載の方法。
【請求項３０】
Qが、
一組の品質特性S=(s1,…, sn)を確立するステップであって、すべてのi=1,…, nについてsi>tiである場合にSがT=(t1,…, tn)よりも好ましく、S>Tによって示されるステップと、
1)動物またはヒトからの前記第1のRNA試料と動物またはヒトからの前記第2のRNA試料との比較において品質スコアS>Tを有する単一ヌクレオチド変異の数を、2)前記腫瘍細胞からの前記第1のRNA試料と前記腫瘍細胞からの前記第2のRNA試料との比較において品質スコアS>Tを有する単一ヌクレオチド変異の数で除算し、3)結果に前記正規化を乗ずることによって、中間偽発見率を規定するステップと、
それぞれn個の品質特性を有するm個の突然変異について、それぞれの特性の値範囲を決定するステップと、
前記値範囲のうち、p個までの値をサンプリングするステップと、
サンプリングした品質値のそれぞれの可能な組合せを作成し、pn個のデータ点をもたらすステップと、
前記データ点のランダムサンプルをランダムフォレストトレーニングの予測子として使用するステップと、
対応する中間偽発見率値を前記ランダムフォレストトレーニングの応答として使用するステップと
によって決定され、その結果生じる、前記ランダムフォレストトレーニングの回帰スコアがQである、請求項29に記載の方法。
【請求項３１】
動物またはヒトからの前記第2のRNA試料が、動物またはヒトからの前記第1のRNA試料に対して同種異系である、請求項30に記載の方法。
【請求項３２】
動物またはヒトからの前記第2のRNA試料が、動物またはヒトからの前記第1のRNA試料に対して自己である、請求項30に記載の方法。
【請求項３３】
動物またはヒトからの前記第2のRNA試料が、動物またはヒトからの前記第1のRNA試料に対して異種である、請求項30に記載の方法。
【請求項３４】
前記偽発見率を使用してワクチン配合物が製造される、請求項23に記載の方法。
【請求項３５】
前記ワクチンが静脈送達可能である、請求項34に記載の方法。
【請求項３６】
前記ワクチンが経皮送達可能である、請求項34に記載の方法。
【請求項３７】
前記ワクチンが筋肉送達可能である、請求項34に記載の方法。
【請求項３８】
前記ワクチンが皮下送達可能である、請求項34に記載の方法。
【請求項３９】
前記ワクチンが特定の患者に特化されている、請求項34に記載の方法。
【請求項４０】
動物またはヒトからの遺伝物質の前記第1の試料および動物またはヒトからの遺伝物質の前記第2の試料のうちの1つが前記特定の患者に由来する、請求項39に記載の方法。
【請求項４１】
腫瘍と、動物またはヒトからの遺伝物質の前記第1の試料および動物またはヒトからの遺伝物質の前記第2の試料のうちの少なくとも1つとのどちらにも含まれる参照ゲノムのすべての塩基を計数することによって、共通カバレッジ腫瘍比較を決定する前記ステップが、すべての塩基を計数するために自動システムを使用する、請求項23に記載の方法。
【請求項４２】
動物またはヒトからの遺伝物質の前記第1の試料および動物またはヒトからの遺伝物質の前記第2の試料のどちらにも含まれる参照ゲノムのすべての塩基を計数することによって、共通カバレッジ対同一物比較を決定する前記ステップが、前記自動システムを使用する、請求項41に記載の方法。
【請求項４３】
前記共通カバレッジ腫瘍比較を前記共通カバレッジ対同一物比較で除算することによって正規化を形成する前記ステップが、前記自動システムを使用する、請求項41に記載の方法。
【請求項４４】
1)動物またはヒトからの遺伝物質の前記第1の試料と動物またはヒトからの遺伝物質の前記第2の試料との比較においてQよりも高い品質スコアを有する単一ヌクレオチド変異の数を、2)前記腫瘍細胞からの遺伝物質の前記第1の試料と前記腫瘍細胞からの遺伝物質の前記第2の試料との比較においてQよりも高い品質スコアを有する単一ヌクレオチド変異の数で除算し、3)結果に前記正規化を乗ずることによって、偽発見率を決定する前記ステップが、前記自動システムを使用する、請求項41に記載の方法。
【請求項４５】
推定受信者動作曲線(ROC)を決定する方法であって、
それぞれの突然変異が偽発見率(FDR)を伴う突然変異のデータセットを受信するステップと、
それぞれの突然変異について:
前記FDRを1から減算することによって真陽性率(TPR)を決定するステップと、
偽陽性率(FPR)を前記FDRに等しく設定することによってFPRを決定するステップと、
それぞれの突然変異について、前記突然変異までの累積TPRおよびFPR値の点を、すべてのTPRおよびFPR値の合計で除算してプロットすることによって、推定ROCを形成するステップと
を含む方法。
【請求項４６】
MHCに提示されたエピトープが、MHCに提示されたエピトープが由来する抗原を発現する細胞に対するCD4+ヘルパーT細胞応答を誘発することができる、MHCクラスIIに提示されたエピトープであり、任意選択で、MHCに提示されたエピトープが由来する抗原を発現する細胞に対するCD8+T細胞応答を誘発することができる、MHCクラスIに提示されたエピトープである、請求項18に記載のワクチン。