【手続補正書】
【提出日】平成27年2月18日(2015.2.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの重鎖または軽鎖のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を得る方法であって、
（ａ）少なくとも１つの動物の免疫グロブリン鎖またはその可変領域をコードする核酸配列を準備するステップ；
（ｂ）抗原に特異的に結合するポリクローナル免疫グロブリンの集団を得、そして該集団の重鎖または軽鎖、またはその可変領域のペプチド断片の質量スペクトル情報を得るステップ；
（ｃ）ペプチド断片の質量スペクトル情報を、核酸配列からの予測質量スペクトル情報、該核酸配列によってコードされる予測アミノ酸配列から導き出された該予測質量スペクトル情報と関連づけてペプチド断片を含む免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を同定するステップ；および
（ｄ）ペプチド断片による免疫グロブリン鎖またはその断片のアミノ酸配列包括度に基づいて、抗原に特異的に結合する免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）の同定されたヌクレオチド配列またはアミノ酸配列から選択して抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの重鎖または軽鎖のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を得るステップ：
を含む方法。
【請求項２】
ステップ（ａ）の前記少なくとも１つの動物が抗原に暴露された動物であり、および／または任意に、
核酸配列が発現された核酸配列であり、および／または任意に、
免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）をコードする核酸配列が、
（１）前記少なくとも１つの動物の白血球から核酸分子を単離すること；および
（２）免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）をコードする核酸分子に隣接するポリヌクレオチド配列に特異的なプライマーを用いて、該免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）をコードする核酸分子を増幅すること、および
（３）免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）をコードする該増幅された核酸分子のヌクレオチド配列を得ること：
によって該少なくとも１つの動物から得られ、および／または任意に、
ポリペプチドをコードする核酸分子がＲＮＡ分子であり、そして前記増幅ステップが最
初の逆転写ステップを含み、および／または任意に、
前記免疫グロブリン鎖（または、その可変領域）をコードする核酸分子に隣接した前記ポリヌクレオチド配列が、ゲノムＤＮＡフランキング免疫グロブリン遺伝子、免疫グロブリン鎖定常領域をコードするポリヌクレオチド配列、および免疫グロブリン鎖フレームワーク領域をコードするポリヌクレオチド配列からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
予測質量スペクトル情報が、
（ｉ）１つ又はそれ以上のプロテアーゼおよび／または１つ又はそれ以上の化学的タンパク質切断試薬を用いて、核酸配列のヌクレオチド配列によってコードされた予測されたアミノ酸配列の理論的消化を行って仮想ペプチド断片を生成するステップ；および
（ii）該仮想ペプチド断片の予測質量スペクトルを作製するステップ：
を含む方法を用いて得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ステップ（ａ）の核酸配列、予測アミノ酸配列、および該核酸配列から誘導される予測質量スペクトルが、遺伝物質データベース内にある、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ｂ）の免疫グロブリンの前記ポリクローナル集団が動物の体液サンプルまたはその画分から得られ、および／または任意に、
前記体液が、血液、脳脊髄液、関節液、腹膜液、粘膜分泌液、涙、鼻汁、唾液、乳、および尿生殖器分泌液からなる群から選択され、および／または任意に、
動物が、以前に抗原に暴露された動物であり、および／または任意に、
以前に抗原に暴露された動物が、以前に抗原で免疫化された動物であり、および／または任意に、
動物がステップ（ａ）における前記少なくとも１つの動物と同じであり、および／または任意に、
前記体液サンプルまたはその画分から、ステップ（ｂ）の免疫グロブリンの前記ポリクローナル集団を精製し、および／または任意に、
プロテインＡまたはプロテインＧ精製または抗原に基づくアフィニティー精製によって精製を実施する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ステップ（ｂ）の免疫グロブリンの前記ポリクローナル集団が、in vitroで培養された細胞の培地から得られ、および／または任意に、
１つまたはそれ以上のプロテアーゼおよび／または１つまたはそれ以上の化学的タンパク質切断試薬を用いて集団を消化して断片を生成し、そして生成された断片を質量分析にかけることによって、免疫グロブリンのポリクローナル集団から、ステップ（ｂ）のペプチド断片の質量スペクトル情報が得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ステップ（ｄ）における選択が、ペプチド断片による免疫グロブリンのＣＤＲ３配列のアミノ酸配列包括度に基づき、および／または任意に、
ステップ（ｄ）における選択が、ペプチド断片による免疫グロブリンの可変領域のアミノ酸配列包括度に基づき、および／または任意に、
ステップ（ｄ）における選択が、ペプチド断片によるＣＤＲ３配列のアミノ酸配列包括度および免疫グロブリンの可変領域のアミノ酸配列包括度に基づき、および／または任意に、
ステップ（ｄ）における選択が、マップされたユニークペプチドの数、スペクトル共用、総ペプチド計数、ユニークペプチド計数、コード核酸配列の頻度、およびクローン関連性からなる群から選択される少なくとも１つのパラメーターにさらに基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
抗原に特異的に結合する免疫グロブリンを作製する方法であって、
請求項１の方法を用いて重鎖および軽鎖のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を得るステップ、
得られたヌクレオチド配列またはアミノ酸配列に基づいて、組換え分子生物学的手法または遺伝子合成手法によって該重鎖および該軽鎖を作るステップ、ならびに
該重鎖を該軽鎖とアセンブリングして抗原に特異的に結合する免疫グロブリンを作製するステップ、
を含む方法。
【請求項９】
免疫測定法において免疫グロブリンを評価して該免疫グロブリンが特異的に抗原に結合することを確認するステップをさらに含み、および／または任意に、
免疫測定法が、フローサイトメトリーアッセイ、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウエスタンブロッティングアッセイ、免疫組織化学的アッセイ、免疫蛍光測定法、放射免疫測定法、中和アッセイ、結合アッセイ、親和性アッセイ、タンパク質免疫沈降アッセイ、およびペプチド免疫沈降アッセイからなる群から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの免疫グロブリン鎖可変領域のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を得る方法であって、
（ａ）少なくとも１つの動物の多数の免疫グロブリンの免疫グロブリン可変領域をコードする核酸配列を準備するステップ；
（ｂ）抗原に特異的に結合するポリクローナル免疫グロブリンの集団の免疫グロブリン鎖可変領域のペプチド断片の質量スペクトル情報を得るステップ；
（ｃ）ペプチド断片の質量スペクトル情報を、核酸配列の予測質量スペクトル情報、該核酸配列によってコードされる予測アミノ酸配列から導き出された該予測質量スペクトル情報と関連づけて、ペプチド断片を含む免疫グロブリン鎖可変領域のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を同定するステップ；および
（ｄ）ペプチド断片による可変領域のアミノ酸配列包括度に基づいて、免疫グロブリン鎖可変領域の同定されたヌクレオチド配列またはアミノ酸配列から選択して抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの可変領域のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を得るステップ：
を含む方法。
【請求項１１】
（ｅ）ステップ（ｄ）において得られたヌクレオチド配列またはアミノ酸配列に基づいて、組換え分子生物学的手法または遺伝子合成手法によって免疫グロブリン鎖可変領域を作るステップ、
をさらに含み、および／または任意に、
（ｆ）免疫測定法により免疫グロブリン鎖可変領域をスクリーニングして抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの免疫グロブリン鎖可変領域を単離するステップ、
をさらに含み、および／または任意に、
免疫グロブリン鎖が重鎖または軽鎖である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの抗原結合ドメインを作製する方法であって、
（ａ）請求項１０に記載の方法に従って抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの免疫グロブリン鎖可変領域のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を得るステップ；および
（ｂ）免疫グロブリン重鎖可変領域を免疫グロブリン軽鎖可変領域とアセンブリングして抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの抗原結合ドメインを作製するステップ：
を含む方法、および／または任意に、
動物がヒト、ウサギまたはマウスである、上記方法。
【請求項１３】
請求項８に記載の方法に従って作製された、抗原に特異的に結合する免疫グロブリン。
【請求項１４】
請求項１０に記載の方法に従って単離された、抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの免疫グロブリン鎖可変領域。
【請求項１５】
請求項１２に記載の方法に従って作製された、抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの抗原結合ドメイン。
【請求項１６】
ｉ）請求項１３に記載の免疫グロブリン、
ii）請求項１４に記載の免疫グロブリン鎖可変領域、または、
iii）請求項１５に記載の抗原結合ドメイン、および薬学的に許容しうる担体を含む組成物。
【請求項１７】
疾患抗原によって特徴づけられる疾患を有するか、または有することが疑われる動物の治療で使用するための、有効量の請求項１６に記載の組成物であって、抗原と疾患抗原とが同一であり、および／または任意に、
動物がヒトである、上記組成物。
【請求項１８】
疾患抗原の動物中に存在することによって特徴づけられる疾患の動物において発症の可能性を低減させる方法で使用するための、有効量の請求項１６に記載の組成物であって、抗原と疾患抗原とが同一であり、および／または任意に、
組成物がアジュバントをさらに含み、および／または任意に、
動物がヒトである、上記組成物。
【請求項１９】
抗原に暴露された対象の抗原特異的抗体集団をモニターする方法であって、
（ａ）抗原に暴露された対象から多数の免疫グロブリンの免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）をコードする核酸配列を提供するステップ；
（ｂ）抗原に特異的に結合する、対象からのポリクローナル免疫グロブリン集団の免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖のペプチド断片の質量スペクトル情報を得るステップ；
（ｃ）ペプチド断片の質量スペクトル情報を、核酸配列の予測質量スペクトル情報、該核酸配列によってコードされる予測アミノ酸配列から導き出された該予測質量スペクトル情報と関連づけて、抗原に特異的に結合する、対象からのポリクローナル免疫グロブリン集団の配列を同定するステップ；および
（ｄ）ペプチド断片による免疫グロブリン鎖またはその断片のアミノ酸配列包括度に基づいて、免疫グロブリン鎖（またはその可変領域）の同定されたヌクレオチド配列またはアミノ酸配列から選択して、抗原に特異的に結合する免疫グロブリンの重いまたは軽鎖のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を得るステップ：
を含む方法。
【請求項２０】
ポリクローナル免疫グロブリンの核酸配列および集団が、それぞれ抗原に対する対象の暴露後の時点に対応し、および／または任意に、
ポリクローナル免疫グロブリンの核酸配列および集団が、それぞれ抗原に対する対象の暴露後の複数の時点に対応する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
疾患抗原によって特徴づけられる動物において疾患を治療するか、またはその可能性を低減させるのに有用な薬剤を製造するための、請求項１３に記載の免疫グロブリン、請求項１４に記載の免疫グロブリン鎖可変領域、または、請求項１５に記載の抗原結合ドメインの使用であって、抗原と疾患抗原とが同一であり、および／または任意に、
動物がヒトである、上記使用。