【誤訳訂正書】
【提出日】平成26年12月12日(2014.12.12)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１の配列乃至ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６００の配列からなる配列のグループから選択される配列の一つ以上のＣｐＧジヌクレオチドのゲノムメチル化状態を決定するステップを有する乳癌疾患の分析のための方法であって、
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１の配列乃至ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６００の配列からなる配列の前記グループによるメチル化状態を決定するためのリストからメチル化特徴の少なくとも一つのポストを有する特徴サブセットを選択するステップと、前記特徴サブセットに対応する被験者のＤＮＡの一つ以上のＣｐＧジヌクレオチドのメチル化状態を決定するステップと、前記メチル化状態を決定するためのリストを、階層的クラスタ形成により統計学的に分析するステップと、
乳癌の５つの主要サブタイプ、すなわち、ｌｕｍｉｎａｌ  Ａ、ｌｕｍｉｎａｌ  Ｂ、ｂａｓａｌ、ＥＲＢＢ２過剰発現、又はｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅの１つに帰属するとして被験者を分類するステップとが実施され、前記特徴サブセットは、表１のＦｒａｇＩＤ：ｓに対応する番号により示される少なくとも以下の配列、
145469, 158845, 1211, 110545, 133397, 99554, 114107, 151442, 99150, 6914, 14609, 74424, 130315, 152714, 117255, 96210, 149605, 146589, 77777, 115251, 25023, 120416, 124390, 147887, 123955, 79123, 152716, 134495, 118998, 133709, 91076, 14457, 110848, 54400, 158624, 134595, 1321, 80728, 146294, 136763, 158958, 115870, 20895, 56289, 59067, 104383, 114205, 130161, 152748, 123890, 142557, 86866, 26333, 80726
を有する、方法。
【請求項２】
メチル化状態が、重亜硫酸塩塩基配列決定、ピロ塩基配列決定、メチル化感受性一本鎖形態分析（ＭＳ―ＳＳＣＡ）、高解像度メチル化分析（ＨＲＭ）、メチル化感受性単一のヌクレオチドプライマ伸展（ＭＳ―ＳｎｕＰＥ）、ベース特有の開裂／ＭＡＬＤＩ―ＴＯＦ、メチル化特有のＰＣＲ（ＭＳＰ）、マイクロアレイベースの方法、及びｍｓｐＩ開裂のグループから選択される一つ以上の方法により決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
データ処理装置で実行されるとき、請求項１又は２に記載の方法のステップを実施するソフトウェアコードを有するコンピュータ可読媒体に格納されるコンピュータプログラム。
【請求項４】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．１の配列乃至ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ．６００の配列からなる配列のグループによるメチル化状態を決定するためのリストからメチル化特徴の少なくとも一つのポストを有する特徴サブセットを選択するための手段と、前記特徴サブセットに対応する被験者のＤＮＡの一つ以上のＣｐＧジヌクレオチドのメチル化状態を決定するための手段と、前記メチル化分類リストを階層的クラスタ形成により統計学的に分析して、乳癌の５つの主要サブタイプ、すなわち、ｌｕｍｉｎａｌ  Ａ、ｌｕｍｉｎａｌ  Ｂ、ｂａｓａｌ、ＥＲＢＢ２過剰発現、又はｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅの１つに帰属するとして被験者を分類する手段とを有し、これらの手段が互いに動作的に接続され、前記特徴サブセットは、表１のＦｒａｇＩＤ：ｓに対応する番号により示される少なくとも以下の配列、
145469, 158845, 1211, 110545, 133397, 99554, 114107, 151442, 99150, 6914, 14609, 74424, 130315, 152714, 117255, 96210, 149605, 146589, 77777, 115251, 25023, 120416, 124390, 147887, 123955, 79123, 152716, 134495, 118998, 133709, 91076, 14457, 110848, 54400, 158624, 134595, 1321, 80728, 146294, 136763, 158958, 115870, 20895, 56289, 59067, 104383, 114205, 130161, 152748, 123890, 142557, 86866, 26333, 80726
を有する、臨床医を支援するための装置。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２０】
幾つかのＤＮＡ配列、配列番号１乃至６００は、驚くべきことに、細分類腫瘍により乳癌を分析するために用いられるエピジェネティックなマーカーとして作用することがわかった。従来技術では、遺伝子発現に基づいて乳癌を細分類（サブタイプ）することが可能である。５つの異なるサブタイプ、ｌｕｍｉｎａｌ  Ａ、ｌｕｍｉｎａｌ  Ｂ、ｂａｓａｌ、ＥＲＢＢ２過剰発現、及びｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅが報告された。発明者は、ＤＮＡメチル化を使用して、同じサブタイプを特定した。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２１】
ＤＮＡ配列番号１乃至６００は、８３個の胸部腫瘍セット間で、メチル化のために１５００００個の個別のゲノム座を分析することにより特定された。腫瘍標本に関する臨床情報の有効性は、乳癌サブタイプ、組織学及び腫瘍積極性との関連で、ＤＮＡメチル化の調査を可能にした。５つの主要な乳癌分子サブタイプ、ｌｕｍｉｎａｌ  Ａ、ｌｕｍｉｎａｌ  Ｂ、ｂａｓａｌ、ＥＲＢＢ２過剰発現、及びｎｏｒｍａｌ−ｌｉｋｅが特定された。最初に、メチル化を使用して腫瘍セットの監視されていないクラスタ形成に関する調査が実行されたが、腫瘍セットの監視されていないクラスタ形成は、表現分析により特定された又はされていない主要な管腔及び基礎分類を繰り返す。フィルタ基準が、クラスタ形成時に使われる特徴を特定するために用いられた。この基準は、８３個の腫瘍サンプル間で最も変化したトップ５００の座であった。この時、通常の組織から腫瘍と区別されたトップ１００座が加えられた。表１に示されるこれら６００の特徴は、表現サブタイプデータが利用できた８３個の腫瘍をクラスタ化するために用いられた。これらの６００の座に基づいてサンプルのピアソン相関及び完全な結合で階層的なクラスタ形成は、表現分析によりできるものに驚くほど類似するデンドログラム（系統樹）を与えた。
表１  癌の分類のための６００の特徴
2012517215.tif 000001
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【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２７】
次に、クラスタ形成が実施される。図５は、ピアソン相関及び完全なリンケージでの階層的クラスタ形成に従属するときの図２乃至図４からのデータセットに基づくクラスタ又はデンドログラムを示す。図５Ａは、全体のデータセット２０に基づく第１のクラスタ５１を示す。図５Ｂは、第１の特徴サブセット３０に基づく第２のクラスタ５２を示し、図５Ｃは、第２の特徴サブセット４０に基づく第３のクラスタ５３を示す。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２９】
他の実施例では、サンプルの幾つかの特性（例えば病変に基づく癌サブタイプ）が、ランクを付けるために使われる。この特性から、同じ又は関係するサブタイプが一緒にグループ化される。例えば、図２乃至図４から５つのサンプルがそれぞれこれら｛１＝Ｘ、２＝Ｘ、３＝Ｙ、４＝Ｙ、５＝Ｘ｝に関連した以下のサブタイプラベルを持つ場合、このときこれは、図５に示される３つのクラスタのための以下のラベルグループ化を作るだろう。Ａ：｛ＸＸＹ、ＹＸ｝；Ｂ：｛ＸＹ、ＹＸＸ｝；Ｃ：｛ＸＸＸ、ＹＹ｝。この場合、図５Ｃにより表される第２のサブセット４０は、正しくサブタイプを一緒にクラスタ形成するので、第１の特徴サブセット３０、又は全体のデータセット２０に基づくクラスタ化と比較して明らかにより良好である。