【手続補正書】
【提出日】平成27年6月11日(2015.6.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された生体触媒または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された生体触媒を用いてシクロアルカン酸化プロセスからの混合有機性廃棄流を処理する工程であって、該生体触媒が、該廃棄流のダイマー成分および／またはオリゴマー成分の少なくとも一部をモノマー成分に酵素的に変換する工程
を含む、シクロアルカン酸化プロセスの混合有機性廃棄流中のモノマー含有量を富化するための方法。
【請求項２】
前記生体触媒が、前記廃棄流中のオリゴマーエステルをモノマーに加水分解するかまたは前記混合有機性廃棄流中のラクトンの少なくとも一部をヒドロキシ酸に加水分解し、それによって該混合有機性廃棄流中のモノマー成分の量を増大させる、少なくとも1種のヒドロラーゼ酵素を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
天然のまたは非天然の宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理する工程であって、該細胞が、単独でまたは組み合わせで、該混合有機酸廃棄流中に存在している直鎖状C4-C6一酸、ヒドロキシ酸、およびオキソ酸の少なくとも一部を対応する二酸に酵素的に酸化し、それによって該流中の二酸の相対量を増大させる、工程
をさらに含む、請求項2記載の方法。
【請求項４】
前記生体触媒が非天然宿主細胞によって分泌され、該非天然宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理することが、単独でまたは組み合わせで、酵素的に：
a．該混合有機性廃棄流中のオリゴマーエステルの少なくとも一部の、モノマーへの加水分解；
b．該混合有機性廃棄流中のε-カプロラクトンの少なくとも一部の、6-ヒドロキシカプロン酸への加水分解；
c．該混合有機性廃棄流中のカプロン酸、6-ヒドロキシカプロン酸、および6-オキソカプロン酸の少なくとも一部の、アジピン酸への酸化；
d．該混合有機性廃棄流中の環状C6成分の少なくとも一部の、アジピン酸への変換；
e．該混合有機性廃棄流中に存在しているC3、C4、およびC5成分の少なくとも一部の異化；または
f．該混合有機性廃棄流中のC3、C4、およびC5成分よりも低い割合でのC6成分の異化
をもたらし、それによって
該廃棄流中のアジピン酸の相対濃度を増大させ、かつ該流中の一酸およびヒドロキシ酸の量を低下させる、請求項1記載の方法。
【請求項５】
前記生体触媒が非天然宿主細胞によって分泌され、該非天然宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理することが、単独でまたは組み合わせで、酵素的に：
i．該混合有機性廃棄流中のオリゴマーエステルの少なくとも一部の、モノマーへの加水分解；
ii．該混合有機性廃棄流中のカプロン酸の少なくとも一部の、6-ヒドロキシカプロン酸への酸化；
iii．該混合有機性廃棄流中の環状C6成分の少なくとも一部の、6-ヒドロキシカプロン酸もしくは6-オキソカプロン酸への変換；
iv．該混合有機性廃棄流中のC3、C4、およびC5成分の少なくとも一部の異化；または
v．該混合有機性廃棄流中のC3、C4、およびC5成分よりも低い割合でのC6成分の異化
をもたらし、該非天然宿主細胞が、アジピン酸、6-ヒドロキシカプロン酸、もしくは6-オキソヘキサン酸を1,6-ヘキサンジオール、6-アミノカプロン酸、ε-カプロラクタム、もしくはヘキサメチレンジアミンに変換する少なくとも1種の生合成経路酵素を発現し、かつ
該流中に存在しているC6成分および前駆体をα,ω-二官能性C6アルカンに変換する、請求項1記載の方法。
【請求項６】
前記混合有機性廃棄流が、NVR、洗浄水、COP酸、苛性洗浄液流、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
前記ヒドロラーゼが、単離されたもしくは固定化されたヒドロラーゼ、または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって発酵および生物変換の間に分泌される内在性もしくは異種性ヒドロラーゼである、請求項2〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
ヒドロラーゼ（EC 3.1.1.-）が、リパーゼ（EC 3.1.1.3）、エステラーゼ（EC 3.1.1.1）、クチナーゼ（EC 3.1.1.74）、ポリヒドロキシアルカノエート（PHA）デポリメラーゼ（EC 3.1.1.75およびEC 3.1.1.76）、ラクトンヒドロラーゼ、グルコノラクトナーゼ（EC 3.1.1.17）、ラッカーゼ（EC 1.10.3.2）、またはそれらの組み合わせである、請求項7記載の方法。
【請求項９】
前記ラクトンヒドロラーゼが1,4-ラクトナーゼ（EC 3.1.1.25）である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
前記ヒドロラーゼが酸性pH、生理的pH、またはアルカリ性pHで活性を有する、請求項2〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記ヒドロラーゼを用いた処理によって前記混合有機性廃棄流の粘性を低下させて、該流を燃焼させる効率を改善し、かつ／またはさらなる化学的もしくは生物学的処理のために該流を調製する、請求項2記載の方法。
【請求項１２】
前記処理された混合有機性廃棄流を燃料価値のためにまたは合成ガスを産生するために燃焼させる工程をさらに含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
(i) 混合エステルもしくはポリオールを産生するために前記処理された混合有機性廃棄流の1種もしくは複数種の成分をエステル化する工程、(ii) ジオールを産生するために該処理された混合有機性廃棄流の1種もしくは複数種の成分を水素化する工程、(iii) 二酸を産生するために該処理された混合有機性廃棄流の1種もしくは複数種の成分を酸化する工程、(iv) アミンを産生するために該処理された混合有機性廃棄流の1種もしくは複数種の成分を還元的アミノ化する工程、(v) 該処理された混合有機性廃棄流の1種もしくは複数種の成分のスルホン化、または(vi) NH4OHもしくはポリアミンを用いた該処理された混合有機性廃棄流の1種もしくは複数種の成分の処理をさらに含む、請求項11記載の方法。
【請求項１４】
さらなる分離、化学的変換、または生体触媒による酵素的変換を同時に実施する工程を含む、請求項2記載の方法。
【請求項１５】
オキソ酸を介してC4-C6またはC6一酸、ヒドロキシ酸、およびオキソ酸を二酸に変換する天然のまたは非天然の宿主細胞が、以下の変換のうちの1つまたは複数を触媒する内在性または異種性のω酸化経路を有する、請求項3〜5のいずれか一項記載の方法：
a．酪酸、吉草酸、および／もしくはアジピン酸のコハク酸、グルタル酸、および／もしくはアジピン酸への変換；
b．酪酸、吉草酸、および／もしくはアジピン酸の4-ヒドロキシ酪酸、5-ヒドロキシ吉草酸、および／もしくは6-ヒドロキシカプロン酸への変換；
c．4-ヒドロキシ酪酸、5-ヒドロキシ吉草酸、および／もしくは6-ヒドロキシカプロン酸の4-オキソブタン酸、5-オキソペンタン酸、および／もしくは6-オキソヘキサン酸への変換；または
d．4-オキソブタン酸、5-オキソペンタン酸、および／もしくは6-オキソヘキサン酸のコハク酸、グルタル酸、および／もしくはアジピン酸への変換。
【請求項１６】
内在性または異種性のω酸化経路を有する天然のまたは非天然の宿主細胞が、ヒドロキシル酸およびオキソ酸を介して脂肪族脂肪酸を二酸に変換し、かつ該天然のまたは非天然の宿主細胞が、n-アルカンを利用する酵母または細菌である、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
前記n-アルカンを利用する酵母が、ヤロウイア・リポリティカ（Yarrowia lipolytica）、カンジダ・トロピカリス（Candida tropicalis）、C.アルビカンス（C. albicans）、C.クロアカエ（C. cloacae）、C.ギリエルモンジイ（C. guillermondii）、C.インターメディア（C. intermedia）、C.マルトサ（C. maltosa）、C.パラプシローシス（C. parapsilosis）、C.ゼイラノイデス（C. zeylenoides）、もしくはそれらの組み合わせ、またはロドトルラ（Rhodotorula）属、リゾプス（Rhizopus）属、トリコスポロン（Trichosporon）属、デバリオマイセス（Debaryomyces）属、およびリポマイセス（Lipomyces）属の酵母、もしくはそれらの組み合わせであり；かつ前記n-アルカンを利用する細菌が、シュードモナス（pseudomonads）、シュードモナス・フルオレッセンス（Pseudomonas fluorescens）、P.プチダ（P. putida）、P.エルギノーサ（P. aeroginosa）、P.オレオボランス（P. oleoverans）、マリノバクター・ハイドロカーボノクラスティカス（Marinobacter hydrocarbonoclasticus）、アシネトバクター・ベネチアヌス（Acinetobacter venetianus）、オレイフィラス・メシネンシス（Oleiphilus messinensis）、アルスロバクター・ビスコサス（Arthrobacter viscosus）、カプリアビダス・メタリデュランス（Cupriavidus metallidurans）、ロドコッカス（Rhodococcus）属、ロドコッカス・ロドクラウス（Rhodococcus rhodochrous）もしくはロドコッカス・エリスロポリス（Rhodococcus erythropolis）、スフィンゴモナス・パウシモビリス（Sphingomona spaucimobilis）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、デルフチア・アシドボランス（Delftia acidovorans）、アルカニボラクス・ディエソレイ（Alcanivorax diesolei）、またはそれらの組み合わせである、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
前記廃棄流の環状C6成分の少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、またはアジピン酸に変換する、前記天然のまたは非天然の宿主細胞が、以下の変換のうちの1つまたは複数を触媒する内在性または異種性の経路を有する、請求項4または5記載の方法：
I．シクロヘキサノールの6-オキソヘキサン酸への変換であって、以下の変換：
a．シクロヘキサノールのシクロヘキサノンへの変換；
b．シクロヘキサノンのε-カプロラクトンへの変換；
c．ε-カプロラクトンの6-ヒドロキシヘキサン酸への変換；もしくは
d．6-ヒドロキシヘキサン酸の6-オキソヘキサン酸への変換
のうちの1つもしくは複数が触媒される、変換；
II．1,2-シクロヘキサンジオールの6-オキソヘキサン酸への変換であって、以下の変換：
a．シクロヘキサン-1,2-ジオールのシクロヘキサン-1,2-ジオンへの変換；もしくは
b．シクロヘキサン-1,2-ジオンの6-オキソヘキサン酸への変換
のうちの1つもしくは複数が触媒される、変換；および
III．6-オキソヘキサン酸のアジピン酸への変換。
【請求項１９】
前記天然のまたは非天然の宿主細胞がNVRに対して耐性を有する、請求項2〜18のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
前記宿主細胞が混合有機性廃棄流の少なくとも1容量％に対して耐性を有する、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記廃棄流からより高収率のC6成分を提供するために、前記宿主細胞によるC6化合物の異化の割合を減少させる工程を含む、請求項4または5記載の方法。
【請求項２２】
前記宿主細胞によるβ酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸のアセチル-CoAへの分解を低下させる工程を含む、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
カプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸を用いてCoAエステルを生成する酵素を欠失させるまたは阻害することによって、β酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸の分解を低下させる、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
CoAエステルを酸化する酵素を欠失させるまたは阻害することによって、β酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸の分解を低下させる工程を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
CoAエステルが、CoAリガーゼ、トランスフェラーゼ、アシル-CoAオキシダーゼ、またはアシル-CoAデヒドロゲナーゼを含む、請求項23または24記載の方法。
【請求項２６】
C4、C5、またはC6二酸への分離の前に二酸混合物をエステル化する工程を含む、請求項3記載の方法。
【請求項２７】
混合物からアジピン酸を結晶化させる工程を含む、請求項3〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
オリゴマーエステル、カプロン酸、および環状C6化合物を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、およびアジピン酸に変換する前記非天然宿主細胞が、1,6-ヘキサンジオールまたは6-アミノカプロン酸も産生する、請求項5記載の方法。
【請求項２９】
1,6-ヘキサンジオールを産生する前記宿主細胞が、6-オキソヘキサン酸の6-ヒドロキシカプロン酸への変換を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ、および6-ヒドロキシカプロン酸の1,6-ヘキサンジオールへの変換を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼを発現する、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-オキソヘキサン酸を6-アミノカプロン酸に変換するアミノトランスフェラーゼを発現する、請求項28記載の方法。
【請求項３１】
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸をε-カプロラクタムに変換するアミドヒドロラーゼも発現する、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸を6-アミノヘキサナールに変換するアルデヒドデヒドロゲナーゼ、および6-アミノヘキサナールをヘキサメチレンジアミンに変換する1-アミノトランスフェラーゼによって、ヘキサメチレンジアミンを産生する、請求項30記載の方法。
【請求項３３】
前記単離されたまたは分泌された生体触媒が、単離された酵素または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された酵素を含み、かつ該酵素が、P450シトクロムオキシダーゼ、ω-ヒドロキシラーゼ、ω-オキシゲナーゼ酵素、もしくはクラスEC 1.14.15.3由来のアルカン-1-モノオキシゲナーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；クラスEC 1.1.1由来のアルコールデヒドロゲナーゼ；バイヤー・ビリガーモノオキシゲナーゼ；カプロラクトンラクトノヒドロラーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；アルコールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；またはα,β-ヒドロラーゼ折り畳みファミリー由来のカルボキシルエステラーゼ（EC 3.1.1.-）である、請求項1〜32のいずれか一項記載の方法。
【請求項３４】
前記単離されたまたは分泌された生体触媒が、単離された酵素または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された酵素であり、かつ該酵素が、クラスEC 1.1.1.245由来のシクロヘキサノールデヒドロゲナーゼ／ChnA；クラスEC 1.14.13.22由来のシクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ／ChnB；クラスEC 3.1.1.17由来のグルコノラクトナーゼ／ChnC；クラスEC 1.1.1.2由来のChnD；EC 1.1.1.174由来のシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；EC 3.7.1.10もしくはEC 3.7.1.11由来のシクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；リパーゼ（EC 3.1.1.3）；エステラーゼ（EC 3.1.1.1）；クチナーゼ（EC 3.1.1.74）；ポリヒドロキシアルカノエート（PHA）デポリメラーゼ（EC 3.1.1.75およびEC 3.1.1.76）；1,4-ラクトナーゼ（EC 3.1.1.25）；グルコノラクトナーゼ（EC 3.1.1.17）；ラッカーゼ（EC 1.10.3.2）；またはそれらの組み合わせである、請求項1〜32のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
前記宿主細胞が、pH5.0〜8.0で前記廃棄流中の炭素供給源を利用する、請求項3〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
シクロアルカン酸化プロセスの混合有機性廃棄流と生体触媒とを含み、該生体触媒が、単離された酵素または該酵素を分泌する天然のもしくは非天然の宿主細胞である、組成物。
【請求項３７】
前記混合有機性廃棄流が、NVR、洗浄水、COP酸、苛性洗浄液流、またはそれらの組み合わせである、請求項36記載の組成物。
【請求項３８】
前記宿主細胞がNVRに対して耐性を有する、請求項36記載の組成物。
【請求項３９】
前記宿主細胞が前記混合有機性廃棄流の少なくとも1容量％に対して耐性を有する、請求項38記載の組成物。
【請求項４０】
前記天然のまたは非天然の宿主細胞が、ヒドロキシル酸およびオキソ酸を介して脂肪族脂肪酸を二酸に変換する内在性または異種性の共酸化経路を含み、かつ該天然のまたは非天然の宿主細胞が、n-アルカンを利用する酵母または細菌である、請求項36〜39のいずれか一項記載の組成物。
【請求項４１】
前記n-アルカンを利用する酵母が、ヤロウイア・リポリティカ、カンジダ・トロピカリス、C.アルビカンス、C.クロアカエ、C.ギリエルモンジイ、C.インターメディア、C.マルトサ、C.パラプシローシス、C.ゼイラノイデス、もしくはそれらの組み合わせ、またはロドトルラ属、リゾプス属、トリコスポロン属、デバリオマイセス属、およびリポマイセス属の酵母、もしくはそれらの組み合わせであり；かつ前記n-アルカンを利用する細菌が、シュードモナス属由来、例えばシュードモナス・フルオレッセンス、P.プチダ、P.エルギノーサ、P.オレオボランスであるか、マリノバクター・ハイドロカーボノクラスティカス、アシネトバクター・ベネチアヌス、オレイフィラス・メシネンシス、アルスロバクター・ビスコサス、カプリアビダス・メタリデュランスであるか、ロドコッカス属由来、例えばロドコッカス・ロドクラウスもしくはロドコッカス・エリスロポリスであるか、スフィンゴモナス・パウシモビリス、バークホルデリア・セパシア、デルフチア・アシドボランス、アルカニボラクス・ディエソレイ、またはそれらの組み合わせである、請求項40記載の組成物。
【請求項４２】
前記酵素がヒドロラーゼである、請求項40記載の組成物。
【請求項４３】
前記ヒドロラーゼが、リパーゼ（EC 3.1.1.3）、エステラーゼ（EC 3.1.1.1）、クチナーゼ（EC 3.1.1.74）、ポリヒドロキシアルカノエート（PHA）デポリメラーゼ（EC 3.1.1.75およびEC 3.1.1.76）、ラクトンヒドロラーゼ；グルコノラクトナーゼ（EC 3.1.1.17）、ラッカーゼ（EC 1.10.3.2）、またはそれらの組み合わせである、請求項42記載の組成物。
【請求項４４】
前記ラクトンヒドロラーゼが1,4-ラクトナーゼ（EC 3.1.1.25）である、請求項43記載の組成物。
【請求項４５】
前記酵素が、P450シトクロムオキシダーゼ、ω-ヒドロキシラーゼ、ω-オキシゲナーゼ酵素、もしくはクラスEC 1.14.15.3由来のアルカン-1-モノオキシゲナーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；クラスEC 1.1.1由来のアルコールデヒドロゲナーゼ；バイヤー・ビリガーモノオキシゲナーゼ；カプロラクトンラクトノヒドロラーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；アルコールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；α,β-ヒドロラーゼ折り畳みファミリー由来のカルボキシルエステラーゼ（EC 3.1.1.-）；またはそれらの組み合わせである、請求項40記載の組成物。
【請求項４６】
前記酵素が、クラスEC 1.1.1.245由来のシクロヘキサノールデヒドロゲナーゼ／ChnA；クラスEC 1.14.13.22由来のシクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ／ChnB；クラスEC 3.1.1.17由来のグルコノラクトナーゼ／ChnC；クラスEC 1.1.1.2由来のChnD；EC 1.1.1.174由来のシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；EC 3.7.1.10もしくはEC 3.7.1.11由来のシクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；またはそれらの組み合わせである、請求項45記載の組成物。
【請求項４７】
前記廃棄流から前記モノマー成分、二酸、アジピン酸、または他のα,ω-二官能性C6アルカンを回収するまたは分離する工程をさらに含む、請求項1〜35のいずれか一項記載の方法。
【請求項４８】
(a) NVR、COP酸、または洗浄水の存在下で微生物を培養する工程であって、該NVR、COP酸、または洗浄水が、該微生物の増殖に必要とされる炭素の少なくとも一部を補給する工程、ならびに
(b) 該微生物によって分泌されたヒドロラーゼを用いて該NVR、COP酸、または洗浄水中のモノマー含有量を富化する工程であって、該ヒドロラーゼが、該廃棄流のダイマー成分および／またはオリゴマー成分をモノマー成分に酵素的に変換する工程
を含む、微生物の流加培養または連続培養のための方法。
【請求項４９】
培養物のpHを6.0〜7.5の間で制御する、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
栄養供給物または前記廃棄流とともに、グリセロールまたはグルコース等の追加の発酵性炭素供給源を補給する工程をさらに含む、請求項48または49記載の方法。
【請求項５１】
流加培養発酵の場合には部分的滴下による細胞保持またはケモスタット培養の最中の細胞保持をさらに含む、請求項48〜50のいずれか一項記載の方法。
【請求項５２】
前記微生物がY.リポリティカである、請求項48〜51のいずれか一項記載の方法。
【請求項５３】
前記モノマー成分が、二酸、アジピン酸、α,ω-二官能性アルカン、またはそれらの組み合わせを含む、請求項48〜51のいずれか一項記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４１】
一局面において、天然のまたは非天然の宿主細胞は、ヒドロキシル酸およびオキソ酸を介して脂肪族脂肪酸を二酸に変換し得る内在性または異種性のω酸化経路を含み、該宿主細胞は、n-アルカンを利用する酵母または細菌である。特定の局面において、n-アルカンを利用する酵母は、ヤロウイア・リポリティカ、カンジダ・トロピカリス、C.アルビカンス、C.クロアカエ、C.ギリエルモンジイ、C.インターメディア、C.マルトサ、C.パラプシローシス、C.ゼイラノイデス、もしくはそれらの組み合わせ、またはロドトルラ属、リゾプス属、トリコスポロン属、デバリオマイセス属、およびリポマイセス属の酵母、もしくはそれらの組み合わせであり；n-アルカンを利用する細菌は、シュードモナス・フルオレッセンス、P.プチダ、P.エルギノーサ、P.オレオボランス、マリノバクター・ハイドロカーボノクラスティカス、A.ベネチアヌス等のアシネトバクター種、オレイフィラス・メシネンシス、アルスロバクター・ビスコサス、カプリアビダス・メタリデュランス、ロドコッカス・ロドクラウスおよびR.エリスロポリス等のロドコッカス種、スフィンゴモナス・パウシモビリス、バークホルデリア・セパシア、デルフチア・アシドボランス、もしくはアルカニボラクス・ディエソレイ、またはそれらの組み合わせである。
[本発明1001]
（a）シクロアルカン酸化プロセスからの混合有機性廃棄流と生体触媒とを組み合わせる工程；ならびに
（b）該廃棄流のダイマー成分および／またはオリゴマー成分をモノマー成分に酵素的に変換する工程
を含む、シクロアルカン酸化プロセスの混合有機性廃棄流中のモノマー含有量を富化するための方法。
[本発明1002]
前記生体触媒を用いて前記混合有機性廃棄流を処理する工程であって、該生体触媒が、少なくとも1種のヒドロラーゼ酵素、天然宿主細胞、または非天然宿主細胞を含む、工程；
該廃棄流中のオリゴマーエステルをモノマーに加水分解する工程；および
該混合有機性廃棄流中のモノマー成分の量を増大させる工程
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
天然のまたは非天然の宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理する工程であって、該細胞が、単独でまたは組み合わせで、酵素的に：
a．該混合有機性廃棄流中のオリゴマーエステルの少なくとも一部をモノマーに加水分解するか；
b．該混合有機性廃棄流中のラクトンの少なくとも一部をヒドロキシ酸に加水分解するか；または
c．該混合有機酸廃棄流中に存在している直鎖状C4-C6一酸、ヒドロキシ酸、およびオキソ酸の少なくとも一部を対応する二酸に酸化する
、工程；ならびに
該流中の二酸の相対量を増大させる工程
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1004]
非天然宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理する工程であって、該細胞が、単独でまたは組み合わせで、酵素的に：
a．該混合有機性廃棄流中のオリゴマーエステルの少なくとも一部をモノマーに加水分解する；
b．該混合有機性廃棄流中のε-カプロラクトンの少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸に加水分解する；
c．該混合有機性廃棄流中のカプロン酸、6-ヒドロキシカプロン酸、および6-オキソカプロン酸の少なくとも一部をアジピン酸に酸化する；
d．該混合有機性廃棄流中の環状C6成分の少なくとも一部をアジピン酸に変換する；
e．該混合有機性廃棄流中に存在しているC3、C4、およびC5成分の少なくとも一部を異化する；または
f．該混合有機性廃棄流中のC3、C4、およびC5成分よりも低い割合でC6成分を異化する
、工程；ならびに
該廃棄流中のアジピン酸の相対濃度を増大させ、かつ該流中の一酸およびヒドロキシ酸の量を低下させる工程
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
非天然宿主細胞を用いて前記混合有機性廃棄流を処理する工程であって、該細胞が、単独でまたは組み合わせで、酵素的に：
i．該混合有機性廃棄流中のオリゴマーエステルの少なくとも一部をモノマーに加水分解する；
ii．該混合有機性廃棄流中のカプロン酸の少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸に酸化する；
iii．該混合有機性廃棄流中の環状C6成分の少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸もしくは6-オキソカプロン酸に変換する；
iv．該混合有機性廃棄流中のC3、C4、およびC5成分の少なくとも一部を異化する；または
v．該混合有機性廃棄流中のC3、C4、およびC5成分よりも低い割合でC6成分を異化し；かつ、アジピン酸、6-ヒドロキシカプロン酸、もしくは6-オキソヘキサン酸を1,6-ヘキサンジオール、6-アミノカプロン酸、ε-カプロラクタム、もしくはヘキサメチレンジアミンに変換する少なくとも1種の生合成経路酵素を発現する
、工程；ならびに
該流中に存在しているC6成分および前駆体をα,ω-二官能性C6アルカンに変換する工程
を含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
前記混合有機性廃棄流が、NVR、洗浄水、COP酸、苛性洗浄液流、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1001〜1005のいずれかの方法。
[本発明1007]
単離されたもしくは固定化されたヒドロラーゼ、または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって発酵および生物変換の間に分泌される内在性もしくは異種性ヒドロラーゼによる、オリゴマーエステルのモノマーへの加水分解をさらに含む、本発明1002〜1005のいずれかの方法。
[本発明1008]
ヒドロラーゼ（EC 3.1.1.-）が、リパーゼ（EC 3.1.1.3）、エステラーゼ（EC 3.1.1.1）、クチナーゼ（EC 3.1.1.74）、ポリヒドロキシアルカノエート（PHA）デポリメラーゼ（EC 3.1.1.75およびEC 3.1.1.76）、ラクトンヒドロラーゼ；グルコノラクトナーゼ（EC 3.1.1.17）、ラッカーゼ（EC 1.10.3.2）、またはそれらの組み合わせである、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記ラクトンヒドロラーゼが1,4-ラクトナーゼ（EC 3.1.1.25）である、本発明1008の方法。
[本発明1010]
酸性pH、生理的pH、またはアルカリ性pHで活性を有するヒドロラーゼによる、オリゴマーエステルのモノマーへの加水分解を触媒する工程をさらに含む、本発明1002〜1005のいずれかの方法。
[本発明1011]
前記ヒドロラーゼを用いた処理によって前記混合有機性廃棄流の粘性を低下させて、該流を燃焼させる効率を改善し、かつ／またはさらなる化学的もしくは生物学的処理のために該流を調製する、本発明1002の方法。
[本発明1012]
前記処理された混合有機性廃棄流を燃料価値のためにまたは合成ガスを産生するために燃焼させる工程をさらに含む、本発明1011の方法。
[本発明1013]
混合エステルもしくはポリオールを産生するためのエステル化、ジオールへの水素化、二酸への酸化、還元的アミノ化、スルホン化、またはNH4OHもしくはポリアミンを用いた処理のために、前記処理された混合有機性廃棄流の1種もしくは複数種の成分を使用する工程をさらに含む、本発明1011の方法。
[本発明1014]
さらなる分離、化学的変換、または生体触媒による酵素的変換と同時に、オリゴマーエステルをモノマーに加水分解する工程を含む、本発明1002の方法。
[本発明1015]
オキソ酸を介してC4-C6またはC6一酸、ヒドロキシ酸、およびオキソ酸を二酸に変換する天然のまたは非天然の宿主細胞が、以下の変換のうちの1つまたは複数を触媒する内在性または異種性のω酸化経路を有する、本発明1003〜1005のいずれかの方法：
a．酪酸、吉草酸、および／もしくはアジピン酸のコハク酸、グルタル酸、および／もしくはアジピン酸への変換；
b．酪酸、吉草酸、および／もしくはアジピン酸の4-ヒドロキシ酪酸、5-ヒドロキシ吉草酸、および／もしくは6-ヒドロキシカプロン酸への変換；
c．4-ヒドロキシ酪酸、5-ヒドロキシ吉草酸、および／もしくは6-ヒドロキシカプロン酸の4-オキソブタン酸、5-オキソペンタン酸、および／もしくは6-オキソヘキサン酸への変換；または
d．4-オキソブタン酸、5-オキソペンタン酸、および／もしくは6-オキソヘキサン酸のコハク酸、グルタル酸、および／もしくはアジピン酸への変換。
[本発明1016]
内在性または異種性のω酸化経路を有する天然のまたは非天然の宿主細胞が、ヒドロキシル酸およびオキソ酸を介して脂肪族脂肪酸を二酸に変換し、かつ該天然のまたは非天然の宿主細胞が、n-アルカンを利用する酵母または細菌である、本発明1015の方法。
[本発明1017]
前記n-アルカンを利用する酵母が、ヤロウイア・リポリティカ（Yarrowia lipolytica）、カンジダ・トロピカリス（Candida tropicalis）、C.アルビカンス（C. albicans）、C.クロアカエ（C. cloacae）、C.ギリエルモンジイ（C. guillermondii）、C.インターメディア（C. intermedia）、C.マルトサ（C. maltosa）、C.パラプシローシス（C. parapsilosis）、C.ゼイラノイデス（C. zeylenoides）、もしくはそれらの組み合わせ、またはロドトルラ（Rhodotorula）属、リゾプス（Rhizopus）属、トリコスポロン（Trichosporon）属、デバリオマイセス（Debaryomyces）属、およびリポマイセス（Lipomyces）属の酵母、もしくはそれらの組み合わせであり；かつ前記n-アルカンを利用する細菌が、シュードモナス・フルオレッセンス（Pseudomonas fluorescens）、P.プチダ（P. putida）、P.エルギノーサ（P. aeroginosa）、P.オレオボランス（P. oleoverans）、マリノバクター・ハイドロカーボノクラスティカス（Marinobacter hydrocarbonoclasticus）、アシネトバクター・ベネチアヌス（Acinetobacter venetianus）、オレイフィラス・メシネンシス（Oleiphilus messinensis）、アルスロバクター・ビスコサス（Arthrobacter viscosus）、カプリアビダス・メタリデュランス（Cupriavidus metallidurans）、ロドコッカス・エリスロポリス（Rhodococcus erythropolis）、スフィンゴモナス・パウシモビリス（Sphingomona spaucimobilis）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、デルフチア・アシドボランス（Delftia acidovorans）、アルカニボラクス・ディエソレイ（Alcanivorax diesolei）、またはそれらの組み合わせである、本発明1016の方法。
[本発明1018]
前記廃棄流の環状C6成分の少なくとも一部を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、またはアジピン酸に変換する、前記天然のまたは非天然の宿主細胞が、以下の変換のうちの1つまたは複数を触媒する内在性または異種性の経路を有する、本発明1004または1005の方法：
I．シクロヘキサノールの6-オキソヘキサン酸への変換であって、以下の変換：
a．シクロヘキサノールのシクロヘキサノンへの変換；
b．シクロヘキサノンのε-カプロラクトンへの変換；
c．ε-カプロラクトンの6-ヒドロキシヘキサン酸への変換；もしくは
d．6-ヒドロキシヘキサン酸の6-オキソヘキサン酸への変換
のうちの1つもしくは複数が触媒される、変換；
II．1,2-シクロヘキサンジオールの6-オキソヘキサン酸への変換であって、以下の変換：
a．シクロヘキサン-1,2-ジオールのシクロヘキサン-1,2-ジオンへの変換；もしくは
b．シクロヘキサン-1,2-ジオンの6-オキソヘキサン酸への変換
のうちの1つもしくは複数が触媒される、変換；および
III．6-オキソヘキサン酸のアジピン酸への変換。
[本発明1019]
前記天然のまたは非天然の宿主細胞がNVRに対して耐性を有する、本発明1002〜1018のいずれかの方法。
[本発明1020]
前記宿主細胞が混合有機性廃棄流の少なくとも1容量％に対して耐性を有する、本発明1019の方法。
[本発明1021]
前記混合有機性廃棄流に対する前記宿主細胞の前記耐性を、該流中の阻害性化合物の量を低下させることによって改善する工程を含む、本発明1019または1020の方法。
[本発明1022]
前記阻害性化合物がラクトンを含み、前記方法が、前記天然のまたは非天然の宿主細胞を用いた前記混合有機性廃棄流の処理の前または最中の、ラクトンを対応するヒドロキシル酸に加水分解する1種または複数種の生体触媒を用いた該流の処理によって、該混合有機性廃棄流中のラクトンの量を低下させる工程をさらに含む、本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記生体触媒が、前記宿主細胞によって発現されかつ発酵の間に分泌される酵素である、本発明1022の方法。
[本発明1024]
前記廃棄流からより高収率のC6成分を提供するために、前記宿主細胞によるC6化合物の異化の割合を減少させる工程を含む、本発明1004または1005の方法。
[本発明1025]
前記宿主細胞によるβ酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸のアセチル-CoAへの分解を低下させる工程を含む、本発明1024の方法。
[本発明1026]
カプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸を用いてCoAエステルを生成する酵素を欠失させるまたは阻害することによって、β酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸の分解を低下させる、本発明1025の方法。
[本発明1027]
CoAエステルを酸化する酵素を欠失させるまたは阻害することによって、β酸化を通じたカプロン酸、ヒドロキシカプロン酸、およびアジピン酸の分解を低下させる工程を含む、本発明1026の方法。
[本発明1028]
CoAエステルが、CoAリガーゼ、トランスフェラーゼ、アシル-CoAオキシダーゼ、またはアシル-CoAデヒドロゲナーゼを含む、本発明1026または1027の方法。
[本発明1029]
C4、C5、またはC6二酸への分離の前に二酸混合物をエステル化する工程を含む、本発明1003の方法。
[本発明1030]
混合物からアジピン酸を結晶化させる工程を含む、本発明1003〜1005のいずれかの方法。
[本発明1031]
オリゴマーエステル、カプロン酸、および環状C6化合物を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、およびアジピン酸に変換する前記非天然宿主細胞が、1,6-ヘキサンジオールも産生する、本発明1005の方法。
[本発明1032]
1,6-ヘキサンジオールを産生する前記宿主細胞が、6-オキソヘキサン酸の6-ヒドロキシカプロン酸への変換を触媒するアルデヒドデヒドロゲナーゼ、および6-ヒドロキシカプロン酸の1,6-ヘキサンジオールへの変換を触媒するアルコールデヒドロゲナーゼを発現する、本発明1031の方法。
[本発明1033]
オリゴマーエステル、カプロン酸、および環状C6化合物を6-ヒドロキシカプロン酸、6-オキソヘキサン酸、またはアジピン酸に変換する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸も産生する、本発明1005の方法。
[本発明1034]
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-オキソヘキサン酸を6-アミノカプロン酸に変換するアミノトランスフェラーゼを発現する、本発明1033の方法。
[本発明1035]
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸をε-カプロラクタムに変換するアミドヒドロラーゼも発現する、本発明1034の方法。
[本発明1036]
6-アミノカプロン酸を産生する前記非天然宿主細胞が、6-アミノカプロン酸を6-アミノヘキサナールに変換するアルデヒドデヒドロゲナーゼ、および6-アミノヘキサナールをヘキサメチレンジアミンに変換する1-アミノトランスフェラーゼによって、ヘキサメチレンジアミンを産生する、本発明1034の方法。
[本発明1037]
前記生体触媒が、単離された酵素または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された酵素を含み、かつ該酵素が、P450シトクロムオキシダーゼ、ω-ヒドロキシラーゼ、ω-オキシゲナーゼ酵素、もしくはクラスEC 1.14.15.3由来のアルカン-1-モノオキシゲナーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；クラスEC 1.1.1由来のアルコールデヒドロゲナーゼ；バイヤー・ビリガーモノオキシゲナーゼ；カプロラクトンラクトノヒドロラーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；アルコールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；またはα,β-ヒドロラーゼ折り畳みファミリー由来のカルボキシルエステラーゼ（EC 3.1.1.-）である、本発明1001〜1036のいずれかの方法。
[本発明1038]
生体触媒が、単離された酵素または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された酵素であり、かつ該酵素が、クラスEC 1.1.1.245由来のシクロヘキサノールデヒドロゲナーゼ／ChnA；クラスEC 1.14.13.22由来のシクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ／ChnB；クラスEC 3.1.1.17由来のグルコノラクトナーゼ／ChnC；クラスEC 1.1.1.2由来のChnD；EC 1.1.1.174由来のシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；EC 3.7.1.10もしくはEC 3.7.1.11由来のシクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；リパーゼ（EC 3.1.1.3）；エステラーゼ（EC 3.1.1.1）；クチナーゼ（EC 3.1.1.74）；ポリヒドロキシアルカノエート（PHA）デポリメラーゼ（EC 3.1.1.75およびEC 3.1.1.76）；1,4-ラクトナーゼ（EC 3.1.1.25）；グルコノラクトナーゼ（EC 3.1.1.17）；ラッカーゼ（EC 1.10.3.2）；またはそれらの組み合わせである、本発明1001〜1036のいずれかの方法。
[本発明1039]
前記混合有機性廃棄流中の炭素供給源を利用する宿主細胞生体触媒を用いて、該廃棄流をpH5.0〜8.0で処理する工程を含む、本発明1003〜1005のいずれかの方法。
[本発明1040]
シクロアルカン酸化プロセスの混合有機性廃棄流と生体触媒とを含む、組成物。
[本発明1041]
前記混合有機性廃棄流が、NVR、洗浄水、COP酸、苛性洗浄液流、またはそれらの組み合わせである、本発明1040の組成物。
[本発明1042]
前記生体触媒が、単離された酵素または天然のもしくは非天然の宿主細胞によって分泌された酵素である、本発明1039または1040の組成物。
[本発明1043]
前記宿主細胞がNVRに対して耐性を有する、本発明1042の組成物。
[本発明1044]
前記宿主細胞が前記混合有機性廃棄流の少なくとも1容量％に対して耐性を有する、本発明1043の組成物。
[本発明1045]
前記天然のまたは非天然の宿主細胞が、ヒドロキシル酸およびオキソ酸を介して脂肪族脂肪酸を二酸に変換する内在性または異種性のω酸化経路を含み、かつ該天然のまたは非天然の宿主細胞が、n-アルカンを利用する酵母または細菌である、本発明1042〜1044のいずれかの組成物。
[本発明1046]
前記n-アルカンを利用する酵母が、ヤロウイア・リポリティカ、カンジダ・トロピカリス、C.アルビカンス、C.クロアカエ、C.ギリエルモンジイ、C.インターメディア、C.マルトサ、C.パラプシローシス、C.ゼイラノイデス、もしくはそれらの組み合わせ、またはロドトルラ属、リゾプス属、トリコスポロン属、デバリオマイセス属、およびリポマイセス属の酵母、もしくはそれらの組み合わせであり；かつ前記n-アルカンを利用する細菌が、シュードモナス・フルオレッセンス、P.プチダ、P.エルギノーサ、P.オレオボランス、マリノバクター・ハイドロカーボノクラスティカス、アシネトバクター・ベネチアヌス、オレイフィラス・メシネンシス、アルスロバクター・ビスコサス、カプリアビダス・メタリデュランス、ロドコッカス・エリスロポリス、スフィンゴモナス・パウシモビリス、バークホルデリア・セパシア、デルフチア・アシドボランス、アルカニボラクス・ディエソレイ、またはそれらの組み合わせである、本発明1045の組成物。
[本発明1047]
前記酵素がヒドロラーゼである、本発明1042の組成物。
[本発明1048]
前記ヒドロラーゼが、リパーゼ（EC 3.1.1.3）、エステラーゼ（EC 3.1.1.1）、クチナーゼ（EC 3.1.1.74）、ポリヒドロキシアルカノエート（PHA）デポリメラーゼ（EC 3.1.1.75およびEC 3.1.1.76）、ラクトンヒドロラーゼ；グルコノラクトナーゼ（EC 3.1.1.17）、ラッカーゼ（EC 1.10.3.2）、またはそれらの組み合わせである、本発明1047の組成物。
[本発明1049]
前記ラクトンヒドロラーゼが1,4-ラクトナーゼ（EC 3.1.1.25）である、本発明1048の組成物。
[本発明1050]
前記酵素が、P450シトクロムオキシダーゼ、ω-ヒドロキシラーゼ、ω-オキシゲナーゼ酵素、もしくはクラスEC 1.14.15.3由来のアルカン-1-モノオキシゲナーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；クラスEC 1.1.1由来のアルコールデヒドロゲナーゼ；バイヤー・ビリガーモノオキシゲナーゼ；カプロラクトンラクトノヒドロラーゼ；脂肪アルコールオキシダーゼ；アルコールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；シクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；α,β-ヒドロラーゼ折り畳みファミリー由来のカルボキシルエステラーゼ（EC 3.1.1.-）；またはそれらの組み合わせである、本発明1042の組成物。
[本発明1051]
前記酵素が、クラスEC 1.1.1.245由来のシクロヘキサノールデヒドロゲナーゼ／ChnA；クラスEC 1.14.13.22由来のシクロヘキサノンモノオキシゲナーゼ／ChnB；クラスEC 3.1.1.17由来のグルコノラクトナーゼ／ChnC；クラスEC 1.1.1.2由来のChnD；EC 1.1.1.174由来のシクロヘキサン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ；EC 3.7.1.10もしくはEC 3.7.1.11由来のシクロヘキサン-1,2-ジオンアシルヒドロラーゼ；またはそれらの組み合わせである、本発明1050の組成物。
[本発明1052]
前記廃棄流から前記モノマー成分、二酸、アジピン酸、または他のα,ω-二官能性C6アルカンを回収するまたは分離する工程をさらに含む、本発明1001〜1039のいずれかの方法。
[本発明1053]
NVR、COP酸、または洗浄水の存在下で微生物を培養する工程であって、該NVR、COP酸、または洗浄水が、該微生物の増殖に必要とされる炭素の少なくとも一部を補給する工程、ならびに
該NVR、COP酸、または洗浄水中のモノマー含有量を富化する工程であって、該微生物が、該廃棄流のダイマー成分および／またはオリゴマー成分をモノマー成分に酵素的に変換する工程
を含む、微生物の流加培養または連続培養のための方法。
[本発明1054]
培養物のpHを6.0〜7.5の間で制御する、本発明1053の方法。
[本発明1055]
栄養供給物または前記廃棄流とともに、グリセロールまたはグルコース等の追加の発酵性炭素供給源を補給する工程をさらに含む、本発明1053または1054の方法。
[本発明1056]
流加培養発酵の場合には部分的滴下による細胞保持またはケモスタット培養の最中の細胞保持をさらに含む、本発明1053〜1055のいずれかの方法。
[本発明1057]
前記微生物がY.リポリティカである、本発明1053〜1056のいずれかの方法。
[本発明1058]
前記モノマー成分が、二酸、アジピン酸、α,ω-二官能性アルカン、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1053〜1057のいずれかの方法。