(57)【要約】【課題】より正確なバレイショの品種識別技術を提供すること。【解決手段】バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の識別法であって、  被験ゲノムＤＮＡにおいて、１以上の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づいて、前記品種を識別することを含み、  前記１以上の４塩基反復ＳＳＲが、所定の４塩基反復ＳＳＲ（ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４、ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６、およびＳＳＲ  ＩＤ４６５１４）からなる群より選ばれるものである、識別法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の識別法であって、
被験ゲノムＤＮＡにおいて、１以上の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づいて、前記品種を識別することを含み、
前記１以上の４塩基反復ＳＳＲが、以下：
（１）ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７；
（２）ＳＳＲ  ＩＤ８２４２；
（３）ＳＳＲ  ＩＤ１２００２；
（４）ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０；
（５）ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４；
（６）ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４；
（７）ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６；
（８）ＳＳＲ  ＩＤ４６５１４；
からなる群より選ばれるものである、識別法。
【請求項２】
品種が、日本産品種または米国産品種である、請求項１記載の識別法。
【請求項３】
品種が、ニシユタカ、男爵薯、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ホッカイコガネ、インカのめざめ、ムサマル、およびレッドムーンからなる群より選ばれる１以上の日本産品種、ならびに／あるいはＲｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｒａｎｇｅｒ  Ｒｕｓｓｅｔ、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｕｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂａｎｎｏｃｋ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒ、Ｃａｌ  ｗｈｉｔｅ、およびＷｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔからなる群より選ばれる１以上の米国産品種である、請求項１または２記載の識別法。
【請求項４】
識別が下記により行われる、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法：
（Ａ）ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ムサマル、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂａｎｎｏｃｋ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｂ）ＳＳＲ  ＩＤ８２４２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ムサマル、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｃ）ＳＳＲ  ＩＤ１２００２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、トヨシロ、メークイン、インカのめざめ、ムサマル、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｕｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔ、またはＳｈｅｐｏｄｙの識別；
（Ｄ）ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、男爵薯、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ホッカイコガネ、インカのめざめ、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｅ）前記ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、男爵薯、ホッカイコガネ、インカのめざめ、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｒａｎｇｅｒ  Ｒｕｓｓｅｔ、またはＷｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔの識別；
（Ｆ）ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ムサマル、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｇ）ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、メークイン、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、またはＡｌｔｕｒａｓの識別；あるいは
（Ｈ）ＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、メークイン、ホッカイコガネ、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｕｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、またはＷｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔの識別。
【請求項５】
識別が下記により行われる、請求項４記載の方法：
（Ａ’）ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、Ａｌｔｕｒａｓ、またはＣｌｅａｒｗａｔｅｒの識別；
（Ｂ’）ＳＳＲ  ＩＤ８２４２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒの識別；
（Ｃ’）ＳＳＲ  ＩＤ１２００２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、インカのめざめ、またはムサマルの識別；あるいは
（Ｅ’）ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、男爵薯、またはインカのめざめの識別。
【請求項６】
ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づいて、日本産品種が識別される、請求項１〜４のいずれか一項記載の識別法。
【請求項７】
指定の品種のバレイショまたはそれに由来する組織、あるいは指定の品種を含む加工品において、他の品種の混在の可能性を評価するために、以下の検査が行われる、請求項１〜６のいずれか一項記載の識別法：
（１）指定の品種がニシユタカである場合、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４、またはＳＳＲ  ＩＤ４３０１６においてニシユタカ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（２）指定の品種が男爵薯である場合、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０である単独の４塩基反復ＳＳＲ、またはこれを含む組合せにおいて男爵薯特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（３）指定の品種がトヨシロである場合、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０においてトヨシロ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（４）指定の品種がメークインである場合、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０においてメークイン特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（５）指定の品種がキタアカリである場合、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ１２００２の組み合わせにおいてキタアカリ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（６）指定の品種がホッカイコガネである場合、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０、またはＳＳＲ  ＩＤ４６５１４においてホッカイコガネ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（７）指定の品種がインカのめざめである場合、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２、またはＳＳＲ  ＩＤ１６４１０においてインカのめざめ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（８）指定の品種がムサマルである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、またはＳＳＲ  ＩＤ１２００２においてムサマル特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（９）指定の品種がレッドムーンである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７とＳＳＲ  ＩＤ８２４２の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７とＳＳＲ  ＩＤ１２００２の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ１２００２の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の組み合わせ、またはＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の組み合わせにおいてレッドムーン特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１０）指定の品種がＲｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７とＳＳＲ  ＩＤ８２４２の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７とＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせ、またはＳＳＲ  ＩＤ３１９２４とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせにおいてＲｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１１）指定の品種がＲｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７とＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、またはＳＳＲ  ＩＤ１６４１０とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせにおいてＲｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１２）指定の品種がＲａｎｇｅｒ  Ｒｕｓｓｅｔである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７とＳＳＲ  ＩＤ８２４２の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７とＳＳＲ  ＩＤ１２００２の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０とＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４とＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４とＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の組み合わせ、またはＳＳＲ  ＩＤ４３０１６とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせにおいてＲａｎｇｅｒ  Ｒｕｓｓｅｔ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１３）指定の品種がＡｌｔｕｒａｓである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、またはＳＳＲ  ＩＤ１２００２においてＡｌｔｕｒａｓ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１４）指定の品種がＵｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔである場合、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２においてＵｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１５）指定の品種がＲｕｓｓｅｔ  Ｂａｎｎｏｃｋである場合、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ１２００２の組み合わせ、またはＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の組み合わせにおいてＲｕｓｓｅｔ  Ｂａｎｎｏｃｋ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１６）指定の品種がＳｈｅｐｏｄｙである場合、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０においてＳｈｅｐｏｄｙ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１７）指定の品種がＣｌｅａｒｗａｔｅｒである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、またはＳＳＲ  ＩＤ８２４２においてＣｌｅａｒｗａｔｅｒ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；
（１８）指定の品種がＣａｌ  ｗｈｉｔｅである場合、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７においてＣａｌ  ｗｈｉｔｅ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること；あるいは
（１９）指定の品種がＷｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔである場合、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２とＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２とＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０とＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の組み合わせ、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４とＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の組み合わせ、またはＳＳＲ  ＩＤ３１９２４とＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の組み合わせにおいてＷｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔ特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示すか否かを検査すること。
【請求項８】
識別が、以下からなる群より選ばれるプライマーの組合せを含む１以上のプライマー対を用いる遺伝子増幅法により行われる、請求項１〜６のいずれか一項記載の方法：
（１ａ）配列番号１に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５６１〜１０６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（１ｂ）配列番号１に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５６１〜１０６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（２ａ）配列番号２に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における９３３〜１４３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（２ｂ）配列番号２に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における９３３〜１４３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（３ａ）配列番号３に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５３３〜１０３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（３ｂ）配列番号３に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５３３〜１０３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（４ａ）配列番号４に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５８５〜１０８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（４ｂ）配列番号４に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５８５〜１０８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（５ａ）配列番号５に示される塩基配列における１〜５０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における７２９〜１２２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（５ｂ）配列番号５に示される塩基配列における１〜５０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における７２９〜１２２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（６ａ）配列番号６に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５４９〜１０４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（６ｂ）配列番号６に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５４９〜１０４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（７ａ）配列番号７に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５４１〜１０４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；および
（７ｂ）配列番号７に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５４１〜１０４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ；
（８ａ）配列番号８に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５４５〜１０４４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；および
（８ｂ）配列番号８に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５４５〜１０４４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種（例、日本産品種、米国産品種）の識別法に関する。
【背景技術】
【０００２】
農作物の品種識別技術は、食品表示の適正化や育成者権の保護に利用される重要な技術である。バレイショにおいても、加工品の品種識別にニーズがある他、育成者権の侵害事例についての類似性試験において品種識別のニーズがある。
【０００３】
バレイショの品種識別技術としては、ＲＡＰＤ（Ｒａｎｄｏｍ  Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ  ＤＮＡ）法を用いた手法（非特許文献１）、ＳＳＲ（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅｐｅａｔ）マーカー（非特許文献２および３）を用いた日本国内品種のデータベース化（非特許文献４）が報告されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】Ｍｏｔｏｙｕｋｉ  ＭＯＲＩ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊｐｎ．Ｊ．Ｇｅｎｅｔ．  （１９９３）  ６８，  ｐｐ．１６７−１７４
【非特許文献２】Ｍ．  Ｇｈｉｓｌａｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．，  ２００４，  １０８：８８１−９０
【非特許文献３】Ｍａｒｃ  Ｇｈｉｓｌａｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌ  Ｂｒｅｅｄｉｎｇ  （２００９）  ２３：３７７−３８８
【非特許文献４】ＤＮＡ分析によるバレイショ遺伝子型データベース化、育種学研究、１０：６３−６９（２００８）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、ＲＡＰＤマーカーは結果の再現性が低く、また得られる遺伝的多型情報が少ないという問題がある。
【０００６】
一方、ＳＳＲマーカーは、再現性がよくまた多型性にも富むが、従来技術で用いられているＳＳＲマーカーの多くは、２〜３塩基の短い反復単位から構成されることから、スタッターピーク（付随ピーク）が生じやすく、正確な判定が困難な場合がある。
【０００７】
そこで、より正確なバレイショの品種識別技術が求められている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明者らは、鋭意検討した結果、バレイショにおいて、識別性の高い８種類の４塩基反復ＳＳＲマーカーを同定することに成功した。これらのＳＳＲマーカーは、スタッターピークが少なく、バレイショの品種に応じた正確なピークの検出が可能となる。これらのＳＳＲマーカーを１以上使用することにより、日本産品種および米国産品種の幅広いバレイショの品種を高精度に識別することに成功し、本発明を完成するに至った。
【０００９】
すなわち、本発明は、後述するような、４塩基反復ＳＳＲ（ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４、ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６、およびＳＳＲ  ＩＤ４６５１４）の遺伝的多型に基づいて品種を識別する、バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の識別法を提供する。
【発明の効果】
【００１０】
ＳＳＲマーカーは、ＲＡＰＤマーカーより結果の再現性が高く、また得られる多形情報が多いという利点がある。また、４塩基反復ＳＳＲマーカーは、２〜３塩基の短い反復単位から構成されるＳＳＲマーカーよりスタッターピークが少ないことから、バレイショの品種に応じた正確なピークの検出が可能となる。したがって、本発明の識別法は、バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の識別能力に優れている。また、本発明の識別法は、各ＳＳＲマーカーに応じた品種特異的なピークを検出することができ、これらのＳＳＲマーカーを組み合わせることで、より高精度なバレイショの品種の識別が可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】図１は、実施例１における、Ｒ．Ｂｕｒｂａｎｋを被験物とした８種のＳＳＲマーカーに対応する増幅フラグメントのキャピラリー電気泳動による分析チャート図を示す。横軸は増幅フラグメントのヌクレオチド長（ｎｔ）を示し、縦軸は増幅フラグメントピークのシグナル強度を示す。８種のＳＳＲマーカーは、２種類ずつ４色の蛍光色素で標識したプライマー対を用いてマルチプレックスＰＣＲで増幅反応させ、反応物をキャピラリー電気泳動で分析した。図１中の各分析チャート図は、色素の種類ごとに分解した図を示す。各ＳＳＲマーカー（ＳＳＲ  ＩＤ番号で表記する）に対応する増幅フラグメントの長さ（ヌクレオチド長）は、分析チャート図の下にボックスで示してある。
【図２】図２は、実施例１における、Ｒ．Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒ．Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｒａｎｇｅｒ  Ｒ．、およびＡｌｔｕｒａｓ、を被験物とした８種のＳＳＲマーカーに対応する増幅フラグメントのキャピラリー電気泳動による分析チャート図を示す。横軸は増幅フラグメントのヌクレオチド長（ｎｔ）を示し、縦軸は増幅フラグメントピークのシグナル強度を示す。８種のＳＳＲマーカーは、２種類ずつ４色の蛍光色素で標識したプライマー対を用いてマルチプレックスＰＣＲで増幅反応させ、反応物をキャピラリー電気泳動で分析した。各分析チャート図は、全種類のＳＳＲマーカー（ＳＳＲ  ＩＤ番号で表記する）に対応する増幅フラグメントを重ね合わせた図を示す。各ＳＳＲマーカーに対応する増幅フラグメントの長さ（ヌクレオチド長）は、分析チャート図の下にボックスで示してある。
【図３】図３は、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号１）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【図４】図４は、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号２）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【図５】図５は、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号３）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【図６】図６は、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号４）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【図７】図７は、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号５）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【図８】図８は、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号６）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【図９】図９は、ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号７）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【図１０】図１０は、ＳＳＲ  ＩＤ４６５１４のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列（配列番号８）を示す図である。下線はＳＳＲ配列、二重下線は実施例で使用したプライマー配列を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
本発明は、バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品（以下、必要に応じて、「バレイショ等」と省略する）の品種の識別法を提供する。
【００１３】
本明細書において、「バレイショ」とは、バレイショの植物体、およびバレイショの植物体に成長する種苗類（例、種いも、苗、種子）を意味する。
【００１４】
本明細書において、「バレイショに由来する組織」とは、上記で定義したバレイショの一部分を意味するものとし、例えば、塊茎、芽、根、茎、葉、花、果実、およびこれらの一部分が挙げられる。
【００１５】
本明細書において、バレイショまたはそれに由来する組織の「加工品」は、バレイショまたはそれに由来する組織（例、塊茎）を含む加工物であって、本発明の識別法により使用され得るバレイショのゲノムＤＮＡを抽出できるものである限り特に限定されない。このような加工品としては、例えば、食品（例、ポテトフレーク、ポテトチップス、フライドポテト、ポテトサラダ、コロッケ）、飼料、デンプン（例、片栗粉、水・畜産練り製品、インスタント麺）、加工デンプン（例、異性化糖）、蒸留酒（例、ウォッカ、ジン、アクアビット、焼酎）が挙げられる。
【００１６】
バレイショ等の品種としては、例えば、日本産品種、および米国産品種が挙げられる。日本産品種としては、例えば、ニシユタカ、男爵薯、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ホッカイコガネ、インカのめざめ、ムサマル、およびレッドムーンが挙げられる。米国産品種としては、例えば、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ（Ｒ．Ｂｕｒｂａｎｋ）、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ（Ｒ．Ｎｏｒｋｏｔａｈ）、Ｒａｎｇｅｒ  Ｒｕｓｓｅｔ（Ｒａｎｇｅｒ  Ｒ．）、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｕｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔ（Ｕｍａｔｉｌｌａ  Ｒ．）、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂａｎｎｏｃｋ（Ｒ．Ｂａｎｎｏｃｋ）、Ｓｈｅｐｏｄｙ、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒ、Ｃａｌ  ｗｈｉｔｅ、Ｗｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔ（Ｗｅｓｔｅｒｎ  Ｒ．）が挙げられる。
【００１７】
本発明の識別法は、被験ゲノムＤＮＡにおいて、１以上の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づいて、前記品種を識別することを含む。
ここで、１以上の４塩基反復ＳＳＲは、以下からなる群より選ばれる：
（１）ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７；
（２）ＳＳＲ  ＩＤ８２４２；
（３）ＳＳＲ  ＩＤ１２００２；
（４）ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０；
（５）ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４；
（６）ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４；
（７）ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６；
（８）ＳＳＲ  ＩＤ４６５１４。
【００１８】
本発明の識別法で利用される４塩基反復ＳＳＲの数は、１以上であれば特に限定されないが、例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上または８であってもよい。
【００１９】
４塩基反復ＳＳＲ（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅｐｅａｔ）は、４塩基のモチーフ配列が反復した部分である。１つのＳＳＲ中のモチーフ配列は、１種類であることが多いが、複数種（例、２種）のモチーフ配列の反復を含むこともある。
【００２０】
ＳＳＲ  ＩＤ番号で特定される４塩基反復ＳＳＲは、Ｓｐｕｄ  ＤＢ  Ｐｏｔａｔｏ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ａｔ  Ｍｉｃｈｉｇａｎ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ｈｔｔｐ：／／ｓｏｌａｎａｃｅａｅ．ｐｌａｎｔｂｉｏｌｏｇｙ．ｍｓｕ．ｅｄｕ／）でアクセス可能なＰｏｔａｔｏ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＰＧＳＣ）のデータベース（ＰＧＳＣ  Ｄａｔａ、「Ｐｕｔａｔｉｖｅ  ＳＳＲｓ  ｏｎ  ｔｈｅ  ＰＧＳＣ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ４．０３  Ｐｓｅｕｄｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ」）に登録されたＩＤ番号で特定される４塩基反復ＳＳＲを示す。本発明で利用される４塩基反復ＳＳＲの詳細を表１に示す。また、これらの４塩基反復ＳＳＲが位置する近傍領域のゲノム配列（配列番号１〜８。基準種：Ｓｏｌａｎｕｍ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ  ｇｒｏｕｐ  Ｐｈｕｒｅｊａ  ＤＭ１−３）を図３〜１０に示す。これらの配列は、バレイショゲノムデータベース（例、Ｓｐｕｄ  ＤＢ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｒｏｗｓｅｒ  Ｐｏｔａｔｏ  （Ｓｏｌａｎｕｍ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ  ｇｒｏｕｐ  Ｐｈｕｒｅｊａ  ＤＭ１−３）  ＰＧＳＣ  ｖ４．０３  Ｐｓｅｕｄｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、ＵＲＬ  ｈｔｔｐ：／／ｓｏｌａｎａｃｅａｅ．ｐｌａｎｔｂｉｏｌｏｇｙ．ｍｓｕ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｇｂｒｏｗｓｅ／ｐｏｔａｔｏ／）にアクセスすることで閲覧できる。
【００２１】
【表１】
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【００２２】
本発明の識別法において、被験物（バレイショ等）からの４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型の検出は、例えば、被験物のゲノムＤＮＡに対する遺伝子増幅法（例、ＰＣＲ）により行うことができる。遺伝子増幅法で得た増幅フラグメントは、例えば、電気泳動またはシークエンシングによって解析することができる。複数の増幅フラグメントが検出される場合は、シークエンシングによる解析が困難な場合があるため、電気泳動（例、キャピラリー電気泳動）により解析することが好ましい。
【００２３】
遺伝子増幅法により４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマーは、４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を含むゲノム領域を増幅でき、標的部位にアニーリングし、１ヌクレオチド長単位で解析できる程度の長さ（例、５０〜１０００ｎｔ）の増幅フラグメントを生成するものである限り特に限定されずに設計できる。プライマーのヌクレオチド長は、例えば、１５ｎｔ以上、１６ｎｔ以上、１７ｎｔ以上、１８ｎｔ以上、または２０ｎｔ以上であってもよく、５０ｎｔ以下、４０ｎｔ以下、または３０ｎｔ以下であってもよい。プライマーは、増幅フラグメントを検出するために、蛍光物質で標識されていてもよい。蛍光物質としては、例えば、ＮＥＤ、６−ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＰＥＴが挙げられる。複数種類の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を同時に解析する場合は、各遺伝的多型を区別するために、各プライマー対は、それぞれ異なる波長を有する蛍光物質（例、ＮＥＤ、６−ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＰＥＴ）で標識してもよく、および／または遺伝子増幅物の長さが異なるプライマー対として設計してもよい。
【００２４】
ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（１ａ）配列番号１に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５６１〜１０６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（１ｂ）配列番号１に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号１に示される塩基配列における５６１〜１０６０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号９に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１０に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００２５】
ＳＳＲ  ＩＤ８２４２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（２ａ）配列番号２に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における９３３〜１４３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（２ｂ）配列番号２に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号２に示される塩基配列における９３３〜１４３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号１１に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１２に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００２６】
ＳＳＲ  ＩＤ１２００２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（３ａ）配列番号３に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５３３〜１０３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（３ｂ）配列番号３に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号３に示される塩基配列における５３３〜１０３２番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号１３に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１４に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００２７】
ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（４ａ）配列番号４に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５８５〜１０８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（４ｂ）配列番号４に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号４に示される塩基配列における５８５〜１０８４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号１５に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１６に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００２８】
ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（５ａ）配列番号５に示される塩基配列における１〜５０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における７２９〜１２２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（５ｂ）配列番号５に示される塩基配列における１〜５０１番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号５に示される塩基配列における７２９〜１２２８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号１７に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号１８に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００２９】
ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（６ａ）配列番号６に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５４９〜１０４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（６ｂ）配列番号６に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号６に示される塩基配列における５４９〜１０４８番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号１９に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２０に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００３０】
ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（７ａ）配列番号７に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５４１〜１０４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（７ｂ）配列番号７に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号７に示される塩基配列における５４１〜１０４０番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号２１に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２２に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００３１】
ＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマー対は、好ましくは、以下である：
（８ａ）配列番号８に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５４５〜１０４４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第２のプライマーの組合せ；または
（８ｂ）配列番号８に示される塩基配列における１〜５００番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第１のプライマー、および配列番号８に示される塩基配列における５４５〜１０４４番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第２のプライマーの組合せ。
より好ましくは、このようなプライマー対は、配列番号２３に示される塩基配列を有する第１のプライマー、および配列番号２４に示される塩基配列を有する第２のプライマーの組合せである。
【００３２】
上述した「均等な塩基配列」とは、バレイショ等の品種間における塩基配列のバリエーションに対応する塩基配列であり得る。したがって、所定の塩基配列に均等な塩基配列は、所定の塩基配列において数個（例えば１〜１０個、好ましくは１〜５個、より好ましくは１、２または３個）の塩基の修飾（置換、欠失、挿入または付加）を含む塩基配列であり得る。このような均等な塩基配列は、当該技術分野における当業者にとって明らかであり、バレイショの品種の遺伝子情報を登録しているデータベースを参照することにより、あるいはバレイショの品種において染色体番号および塩基のゲノム上の位置で特定される４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型の近傍領域の塩基配列を解読することにより、決定できる。
【００３３】
遺伝子増幅法は、単独のプライマー対を含む反応系で遺伝子増幅するシングルプレックス遺伝子増幅法、または複数のプライマー対を含む反応系で遺伝子増幅するマルチプレックス遺伝子増幅法のいずれで行ってもよい。マルチプレックス遺伝子増幅法の場合は、異なる波長を有する蛍光物質（例、ＮＥＤ、６−ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＰＥＴ）で標識したプライマー対を混合してもよく、同じ蛍光物質で標識した遺伝子増幅物の長さが異なるプライマー対を混合してもよい。マルチプレックス遺伝子増幅法の場合は、最大で、使用する全種類の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応するプライマー対を混合してもよく、例えば８種類の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を利用する場合は、２〜８種類のプライマー対を混合してもよい。
【００３４】
増幅フラグメントを電気泳動により解析する場合は、単一の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応する増幅フラグメントを電気泳動してもよく、複数の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応する増幅フラグメントの混合物を電気泳動してもよい。電気泳動により、各４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応する増幅フラグメントをピークとして検出し、各ピークの長さ（ヌクレオチド長）を測定し、４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応したピークパターンのデータを得る。
【００３５】
各４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応したピークパターンは、４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型の遺伝的多型を反映する。ピークパターンにより表現される遺伝的多型に基づいて、被験物（バレイショ等）の品種を識別することができる。品種の識別は、あらかじめ品種が判明しているバレイショ等を対照とした実験を行ってピークパターンを照合することにより行ってもよく、品種ごとに知られているピークパターン（例：表３に示されるピークパターン）と照合することにより行ってもよい。
【００３６】
一実施形態では、本発明の識別法は、バレイショの特定品種に特有のピークパターンを生じる特定の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を利用して行うことができる。本実施形態によれば、１種の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づきバレイショの特定品種を簡便に同定できる。このような場合、本発明の識別法は、例えば、下記により行うことができる：
（Ａ）ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ムサマル、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂａｎｎｏｃｋ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｂ）ＳＳＲ  ＩＤ８２４２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ムサマル、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｃ）ＳＳＲ  ＩＤ１２００２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、トヨシロ、メークイン、インカのめざめ、ムサマル、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ａｌｔｕｒａｓ、Ｕｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔ、またはＳｈｅｐｏｄｙの識別；
（Ｄ）ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、男爵薯、トヨシロ、メークイン、キタアカリ、ホッカイコガネ、インカのめざめ、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｅ）ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、男爵薯、ホッカイコガネ、インカのめざめ、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｒａｎｇｅｒ  Ｒｕｓｓｅｔ、またはＷｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔの識別；
（Ｆ）ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ムサマル、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、またはＣａｌ  ｗｈｉｔｅの識別；
（Ｇ）ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、ニシユタカ、メークイン、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｂｕｒｂａｎｋ、またはＡｌｔｕｒａｓの識別；あるいは
（Ｈ）ＳＳＲ  ＩＤ４６５１４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、メークイン、ホッカイコガネ、レッドムーン、Ｒｕｓｓｅｔ  Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｕｍａｔｉｌｌａ  Ｒｕｓｓｅｔ、Ｓｈｅｐｏｄｙ、またはＷｅｓｔｅｒｎ  Ｒｕｓｓｅｔの識別。
【００３７】
別の実施形態では、本発明の識別法は、バレイショの特定品種に特有のシングルピークを生じる特定の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を利用して行うことができる。本実施形態によれば、電気泳動のみならず、シークエンシングによる解析も容易に行うことができる。このような場合、本発明の識別法は、例えば、下記により行うことができる：
（Ａ’）ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、Ａｌｔｕｒａｓ、またはＣｌｅａｒｗａｔｅｒの識別；
（Ｂ’）ＳＳＲ  ＩＤ８２４２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、Ｃｌｅａｒｗａｔｅｒの識別；
（Ｃ’）ＳＳＲ  ＩＤ１２００２の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、インカのめざめ、またはムサマルの識別；あるいは
（Ｅ’）ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づく、男爵薯、またはインカのめざめの識別。
【００３８】
さらに別の実施形態では、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に基づいて、日本産品種が識別されてもよい。ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型は、ムサマルを除く日本産品種を米国産品種から識別することができる。ムサマルの識別が所望される場合、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に加えて、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２、およびＳＳＲ  ＩＤ３５５８４からなる群より選ばれる１以上の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を解析することにより、ムサマルを識別することができる。
【００３９】
別の実施形態では、本発明の識別法は、指定の品種のバレイショまたはそれに由来する組織、あるいは指定の品種を含む加工品において、他の品種の混在の可能性の評価に利用することができる。例えば、指定の品種のバレイショまたはそれに由来する組織、あるいは指定の品種を含む加工品について、指定の品種の４塩基反復ＳＳＲに特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示す場合（例、他の品種の４塩基反復ＳＳＲに特有の遺伝的多型が検出される場合）、他の品種の混在の可能性、および／または指定の品種が他の品種で代用されている可能性があると評価することができる一方で、指定の品種の４塩基反復ＳＳＲに特有の遺伝的多型以外の遺伝的多型を示さない場合、他の品種の混在の可能性、および／または指定の品種が他の品種で代用されている可能性が無いか、または低いと評価することができる。
【００４０】
具体的には、上述したような他の品種の混在の可能性の評価のために、指定の品種に応じて、単独の４塩基反復ＳＳＲを用いてもよく、または２以上（例、２、３、４、５、６、７または８、好ましくは２）の４塩基反復ＳＳＲの組合せを用いてもよい。例えば、このような評価のため、表２に掲げる単独の４塩基反復ＳＳＲ、および４塩基反復ＳＳＲの最小の組合せを用いることができる。
【００４１】
【表２】
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【００４２】
以下、本発明を実施例により詳細に説明するが、本発明は、これらの実施例に限定されるものではない。  
【実施例】
【００４３】
実施例１：バレイショの塊茎からの品種識別のプロトコル
（１）被験物
Ｒ．Ｂｕｒｂａｎｋ、Ｒ．Ｎｏｒｋｏｔａｈ、Ｒａｎｇｅｒ  Ｒ．、およびＡｌｔｕｒａｓの塊茎を被験物として使用し、品種識別を行った。
（２）ＤＮＡ抽出
ＤＮＡは、各塊茎から、ＧＭ  ｑｕｉｃｋｅｒ  ２（ニッポンジーン）を用いてキットの指示に従い抽出した。抽出したＤＮＡを濃度測定した後、滅菌水で２．５ｎｇ／μＬの濃度となるよう希釈した。
（３）プライマー
８種の４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を検出するためのプライマーとして、表３に示すプライマーを用いた。なお、Ｆプライマーには、６−ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＮＥＤもしくはＰＥＴの蛍光色素で５’末端をラベルしたものを用いた。
【００４４】
【表３】
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【００４５】
（４）ＰＣＲ反応
ＰＣＲ反応は、８対１６本のプライマーを表３の使用濃度となるよう混合して用いる８−Ｐｌｅｘ  ＰＣＲとして行った。反応液は、上記濃度のプライマー、５ｎｇの抽出ＤＮＡ、１ｘＰＣＲ  Ｂｕｆｆｅｒ  ｆｏｒ  ＫＯＤ  −Ｍｕｌｔｉ  ＆  Ｅｐｉ−（登録商標）（東洋紡）、０．２ＵのＫＯＤ  −Ｍｕｌｔｉ  ＆  Ｅｐｉ−（登録商標）（東洋紡）を含む１０μＬとした。温度サイクル条件は、９４℃２分、４０サイクルの９８℃１０秒；６３℃３０秒；６８℃３０秒とした。
（５）電気泳動サンプルの調製
ＰＣＲ終了後、反応液を滅菌水で１００倍に希釈した。１．０μＬの希釈したＰＣＲ反応液、０．３μＬのＧｅｎｅＳｃａｎ（商標）  ５００  ＬＩＺ（商標）  ｄｙｅ  Ｓｉｚｅ  Ｓｔａｎｄａｒｄ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）、１４．７μＬのＨｉ−Ｄｉ（商標）  Ｆｏｒｍａｍｉｄｅ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を混合し、熱変性処理を行い、電気泳動サンプルとした。
（６）キャピラリー電気泳動および増幅フラグメント解析
電気泳動サンプルを、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）  ３１０  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒにて３６ｃｍキャピラリー、ＰＯＰ−４ポリマー、専用バッファー（Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ  Ｂｕｆｆｅｒ  ｗｉｔｈ  ＥＤＴＡ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ））を用いて、プロトコルに従い、キャピラリー電気泳動にかけた。結果の解析は、Ｇｅｎｅ  Ｍａｐｐｅｒ（登録商標）ソフトウエア（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を用いて行った（図１）。各４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応して、用いた品種に特有のヌクレオチド長を有する増幅フラグメントのピークが検出された。
【００４６】
実施例２：バレイショの品種の遺伝子型の同定
実施例１に記載されたプロトコルにしたがって、各品種について、表３に示すプライマー対により増幅されたフラグメントを解析した。各品種についての各４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型に対応して検出された増幅フラグメントのピークサイズ（ヌクレオチド長）のパターンの結果を表４に示す。表中、四角印は、ピークが検出されたことを示す。
【００４７】
なお、「インカのめざめ」を除くバレイショは、ゲノムが４倍体であり、かつヘテロ接合体であり得るため、増幅フラグメントの長さに応じて最大で４本のピークが検出される。「インカのめざめ」は２倍体であるため、増幅フラグメントの長さに応じて最大で２本のピークが検出される。
【００４８】
【表４−１】
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【００４９】
【表４−２】
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【００５０】
【表４−３】
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【００５１】
その結果、８種の４塩基反復ＳＳＲ（ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４、ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６、およびＳＳＲ  ＩＤ４６５１４）により、バレイショの種々の品種（日本産品種および外国産品種）を識別することができた（表４）。なかでも、特定の４塩基反復ＳＳＲは、バレイショの特定品種に特有のピークパターン（例、複数ピーク、シングルピーク）を生じた。したがって、このような４塩基反復ＳＳＲの遺伝的多型を利用する本発明の識別法は、バレイショの種々の品種の識別に有用であることが示された。
【００５２】
実施例３：バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の識別
バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品を被験物とし、実施例１（２）〜（６）に準拠した手順にしたがってフラグメントのピークを検出する。検出されたピークを表４に示す情報と照合することにより、バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種を識別する。
【００５３】
参考例１：バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の識別のための４塩基反復ＳＳＲの同定
バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の識別のための４塩基反復ＳＳＲの同定は、以下のとおり行った。
（１）バレイショゲノムからの４塩基反復ＳＳＲの抽出
バレイショゲノムから４塩基反復かつ反復数が８以上の領域（ＳＳＲ）を抽出した。反復数が８以上であるものを抽出した理由は、これまでの経験上、反復数が多い方が品種間での多型を得やすいためであり、抽出されるＳＳＲ数とのバランスの関係から下限の反復数を８とした。ゲノム配列の検索により、５６個の４塩基反復ＳＳＲが抽出された。
（２）選抜
（ａ）先ず、抽出された５６個の４塩基反復ＳＳＲについて、増幅用プライマー対を作製し、この増幅用プライマー対を用いて数品種のバレイショに対するＰＣＲを行った後、アガロース電気泳動により多型を解析して、多型が認められた４塩基反復ＳＳＲを選抜した。
（ｂ）次に、多型が認められた４塩基反復ＳＳＲについて、蛍光標識プライマー対を作製し、この蛍光標識プライマー対を用いて数品種（ニシユタカを除く）のバレイショに対するＰＣＲを行った後、キャピラリー電気泳動により多型を解析して、４塩基反復ＳＳＲを選抜した。この選抜では、（ｉ）アガロース電気泳動と同じように多型が認められること、（ｉｉ）スタッターピークが出ないこと、（ｉｉｉ）「増幅なし」の結果が得られないようにすることの３つを指標として行った。
（ｃ）マーカーの独立性を担保するため、ゲノム領域上で隣接する４塩基反復ＳＳＲを除外した。具体的には、今回の場合、１つの染色体ごとに１つの４塩基反復ＳＳＲを選抜した。
（ｄ）最後に、マルチプレックス遺伝子増幅法（例、ＰＣＲ）による迅速、簡便かつ容易な解析を可能にするため、異なるサイズの増幅産物が得られるように調整し易い４塩基反復ＳＳＲを選抜した。
その結果、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４、ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６、およびＳＳＲ  ＩＤ４６５１４という８つの４塩基反復ＳＳＲを、バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種の識別に特に有用であるマーカーとして同定することができた。
【産業上の利用可能性】
【００５４】
以上のように、本発明の識別法は、バレイショまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の品種（特に、日本産品種、米国産品種）を識別することが可能であり、バレイショ青果物やその加工品の品種検査や、バレイショの種苗管理に利用することが期待できる。
【配列表フリーテキスト】
【００５５】
配列番号１〜８は、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４、ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６、およびＳＳＲ  ＩＤ４６５１４のＳＳＲマーカーが位置する部分のバレイショのゲノム配列を示す。
配列番号９および１０は、ＳＳＲ  ＩＤ４０２６／４０２７のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
配列番号１１および１２は、ＳＳＲ  ＩＤ８２４２のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
配列番号１３および１４は、ＳＳＲ  ＩＤ１２００２のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
配列番号１５および１６は、ＳＳＲ  ＩＤ１６４１０のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
配列番号１７および１８は、ＳＳＲ  ＩＤ３１９２４のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
配列番号１９および２０は、ＳＳＲ  ＩＤ３５５８４のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
配列番号２１および２２は、ＳＳＲ  ＩＤ４３０１６のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
配列番号２３および２４は、ＳＳＲ  ＩＤ４６５１４のＳＳＲマーカーを増幅するためのプライマー対（（ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＲｅｖｅｒｓｅプライマー）の配列を示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【配列表】
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