(57)【要約】      （修正有）【課題】繊維芽細胞増殖因子１９（ＦＧＦ１９修飾薬）及び／又は胆汁酸代謝バイオマーカーを使用する方法の提供。【解決手段】個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与し胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを評価することを含む個体における疾患または障害を治療するための方法。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与し、ＦＧＦ１９修飾薬による治療の最中において個体からのサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを（例えば参照と比較して）評価することを含む、個体における疾患又は障害を治療するための方法。
【請求項２】
個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを含む、個体における疾患又は障害を治療するための方法であって、該治療は、個体からのサンプル中で（例えば参照と比較した）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づく方法。
【請求項３】
個体において疾患又は障害を治療するための方法であって、該方法は、個体からのサンプルが（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの実質的に正常なレベル又は減少したレベルを含むことを決定し、個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される方法。
【請求項４】
（ａ）個体が（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの実質的に正常なレベル又は減少したレベルを含む、疾患又は障害を有する個体を選択し；（ｂ）ＦＧＦ１９修飾薬の有効量をこのようにして選択された個体に投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される、疾患又は障害を治療するための方法。
【請求項５】
ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が高いか又は低い個体を同定する方法であり、該方法は、個体からのサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含み、ここでサンプル中で（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が高いことを示し、又は（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が低いことを示す方法。
【請求項６】
疾患又は障害を持つ個体が、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を生じる可能性が高いか又は低いかを予測するための方法であって、該方法は、個体からのサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含み、それによって（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を生じる可能性が高いことを示し、及び／又は（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を生じる可能性が低いことを示す方法。
【請求項７】
毒性は、下痢（重度の下痢）、脱水、低摂取量、体重の減少、及び／又は病的状態である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
疾患又は障害を持つ個体が、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続するか中止すべきかを決定する方法であって、該方法は、個体からのサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を中止すべきことを決定し、及び（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続すべきことを決定する方法。
【請求項９】
治療を継続するのに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い個体を同定する方法であって、ここで治療は、個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づき、ＦＧＦ１９修飾薬を含み、（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続するのに適している可能性が低い個体を同定し、及び（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続するのに適している可能性が高い個体を同定する方法。
【請求項１０】
個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む、治療を受けている疾患又は障害を有する個体において疾患又は障害の治療に関連した治療効果を最適化し及び／又は毒性を低減させる方法であって、ここで一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体に対してその後投与されるＦＧＦ１９修飾薬の量及び／又は頻度を減少させる必要性を示す方法。
【請求項１１】
治療の用量及び／又は投与計画を継続するのに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い疾患又は障害を有する個体を同定する方法であって、ここで治療は、個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づき、ＦＧＦ１９修飾薬を含み、（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の用量及び／又は投与計画を継続するのに適している可能性が低い個体を同定し、及び（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の用量及び／又は投与計画を継続するのに適している可能性が高い個体を同定する方法。
【請求項１２】
個体の投与量有効性を最適化するためのアッセイ方法であって、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、ＦＧＦ１９修飾薬のその後の用量を推奨することを含むアッセイ方法。
【請求項１３】
個体がＦＧＦ１９修飾薬に対して毒性を生じるであろうリスクを評価するためのアッセイ方法であって、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、個体がＦＧＦ１９修飾薬に対して毒性を示すであろうリスクを評価することを含むアッセイ方法。
【請求項１４】
（例えば、（参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルを有する個体に対して）ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む、請求項５から１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
胆汁酸代謝バイオマーカーは肝臓酵素である、請求項１から１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
肝臓酵素は血清肝酵素である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
胆汁酸代謝バイオマーカーは胆汁酸である、請求項１から１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１８】
胆汁酸は総胆汁酸である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
胆汁酸は疎水性胆汁酸である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
胆汁酸は二次胆汁酸である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
二次胆汁酸はリトコール酸である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
二次胆汁酸はデオキシコール酸である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
胆汁酸代謝バイオマーカーは、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）、γグルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）、α−Ｌ−フコシダーゼ（ＡＦＵ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）、コリンエステラーゼ活性（ＣＨＥ）、α−フェトプロテイン（ＡＦＰ）、及び／又は総ビリルビンレベル（ＴＢＩＬ）である、請求項１から１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項２４】
胆汁酸代謝バイオマーカーは、Ｃｙｐ７α１、ＢＳＥＰ、ＭＲＰ２、ＭＲＰ３、Ｏｓｔ−α、Ｏｓｔ−β、及び／又はＩＢＡＢＰである、請求項１から１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項２５】
胆汁酸代謝バイオマーカーは、約１．１倍、約１．５倍、約２倍、約２．５倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、及び／又は約２０倍を超える増加である、請求項１から２４の何れか一項に記載の方法。
【請求項２６】
参照は、健常個体及び／又は個体の健常集団の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの平均レベルである（例えば、ここではレベルは類似及び／又は同一方法により測定される）、請求項１から２５の何れか一項に記載の方法。
【請求項２７】
参照は、疾患又は障害を有する第二個体及び／又は疾患又は障害を有する個体の集団の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの平均レベルである（例えば、ここではレベルは類似及び／又は同一方法により測定される）、請求項１から２５の何れか一項に記載の方法。
【請求項２８】
参照は、ＦＧＦ１９修飾薬による処置を開始する前及び／又は処置を開始する時点での一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルである、請求項１から２７の何れか一項に記載の方法。
【請求項２９】
サンプルは血清サンプル及び／又は糞便サンプルである、請求項１から２８の何れか一項に記載の方法。
【請求項３０】
ＦＧＦ１９修飾薬はＦＧＦ１９アンタゴニストである、請求項１から２９の何れか一項に記載の方法。
【請求項３１】
ＦＧＦ１９アンタゴニストは、ＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）を阻害及び／又は結合する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ＦＧＦ１９アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、小分子、及び／又はポリヌクレオチドである、請求項３０又は３１の何れか一項に記載の方法。
【請求項３３】
ＦＧＦ１９アンタゴニストは抗ＦＧＦ１９抗体である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
抗体が、モノクローナル抗体である、請求項３２又は３３の何れか一項に記載の方法。
【請求項３５】
抗体が、ヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である、請求項３２から３４の何れか一項に記載の方法。
【請求項３６】
抗ＦＧＦ１９抗体は、（ｉ）（ａ）アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＡ（配列番号１）又はＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＳ（配列番号７）を含む超可変領域（ＨＶＲ）−Ｌ１；（ｂ）アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＤ（配列番号２）、ＲＡＮＲＬＶＳ（配列番号８）、又はＲＡＮＲＬＶＥ（配列番号９）を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）アミノ酸配列ＬＱＹＤＥＦＰＬＴ（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び（ｉｉ）（ａ）アミノ酸配列ＧＦＳＬＴＴＹＧＶＨ（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）アミノ酸配列ＧＶＩＷＰＧＧＧＴＤＹＮＡＡＦＩＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）アミノ酸配列ＶＲＫＥＹＡＮＬＹＡＭＤＹ（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む、請求項３３から３５の何れか一項に記載の方法。
【請求項３７】
ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＤ（配列番号２）を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＳ（配列番号８）を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＥ（配列番号９）を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＡ（配列番号１）を含む、請求項３６から３９の何れか一項に記載の方法。
【請求項４１】
ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＳ（配列番号７）を含む、請求項３６から３９の何れか一項に記載の方法。
【請求項４２】
抗体は、（ｉ）ヒトＫサブグループ１コンセンサスフレームワーク配列、又は（ｉｉ）重鎖ヒトサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワーク配列を含む、請求項３２から４１の何れか一項に記載の方法。
【請求項４３】
ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば抗ＦＧＦ１９抗体）は、３ｍｇ／ｋｇ以上（例えば、約１０ｍｇ／ｋｇ以上、約３０ｍｇ／ｋｇ以上、及び／又は約１００ｍｇ／ｋｇ以上及び／又は約１０−１００ｍｇ／ｋｇ以上）の投与量である、請求項１から４２の何れか一項に記載の方法。
【請求項４４】
疾患又は障害は、増殖性疾患又は障害である、請求項１から４３の何れか一項に記載の方法。
【請求項４５】
増殖性疾患又は障害は癌である、請求項４４に記載の方法。．
【発明の詳細な説明】
【発明の開示】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１２年１月１８日に出願された米国仮特許出願第６１／５８７，８８５号に対して、米国特許法第１１９条の下で優先権を主張し、その内容はその全体が参照することにより本明細書に援用される。
【０００２】
配列表
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂ経由で提出された配列表を含み、その全体が本明細書中で参照することにより援用される。２０１３年１月１７日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、P4854R1WO_PCTSequenceListing.txtと命名され、１３，９７５バイトの大きさである。
【発明の分野】
【０００３】
分野
本明細書に提供されるのは、ＦＧＦ１９修飾薬及び／又は胆汁酸代謝バイオマーカーを使用する方法である。
【背景技術】
【０００４】
背景
胆汁酸は、肝臓でコレステロールから合成される生理学的な界面活性剤であり、胆嚢内に貯蔵され、脂肪及び脂溶性栄養素の吸収のために小腸内に放出される。Chiang JY. 2004. J Hepatol 40(3):539-51; Russell DW. 2003. Annu Rev Biochem 72:137-74．胆汁酸の９０％以上が回腸に再吸収されるが、これは主に、内腔からの頂端取り込み、側底膜への細胞内輸送、及び肝臓へ戻るための門脈循環への続く排出からなる担体媒介性メカニズムによって達成される。コレステロールは、ヒト肝臓において２つの一次胆汁酸、コール酸（ＣＡ）及びケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ）に変換され、その合成はＣｙｐ７α１、Ｃｙｐ８β１、Ｃｙｐ２７α１、及びＣｙｐ７β１を含む主要な酵素によって調節される。胆汁中に分泌される一次胆汁酸はグリシン及びタウリンにコンジュゲートされ、次いで腸で加水分解又は脱ヒドロキシル化され、上皮を通過する受動拡散により吸収される二次胆汁酸であるデオキシコール酸（ＤＣＡ）及びリトコール酸（ＬＣＡ）をそれぞれ形成する。Chiang JY. 2009. J Lipid Res 50(10):1955-66.一次胆汁酸の合成と代謝の違いは、ヒト（ＣＡ及びＣＤＣＡ）及びげっ歯類（α−及びβ−ムリコール酸）で同定されているが（Russell DW. 2003. Annu Rev Biochem 72:137-74）、カニクイザルとヒトは、コレステロールの代謝回転と胆汁酸合成に関して類似しているが（Dietschy JM and Turley SD. 2002. J Biol Chem 277(6):3801-4; Hayes KC. 1988. Nutr Res Rev 1(1):99-113; Rudel LL et al. 2002. J Biol Chem 277(35):31401-6）、その解毒経路で異なる（Alnouti Y. 2009. Toxicol Sci 108(2):225-46）。
【０００５】
ファルネソイドＸ受容体（ＦＸＲ、ＮＲ１Ｈ４）は、ステロイド／甲状腺ホルモンレセプターファミリーのメンバーであり、胆汁酸活性化転写因子である。Makishima M. et al. 1999. Science 284(5418):1362-5; Parks DJ et al. 1999. Science 284(5418):1365-8.肝臓では、ＦＸＲ惹起性ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）輸送体、胆汁酸塩排出ポンプ（ＢＳＥＰ、ＡＢＣＢ１１）及び多剤耐性タンパク質２（ＭＲＰ２、ＡＢＣＣ２）は、肝細胞からの胆汁酸及び胆汁成分の胆汁への排出に必要不可欠である。Ananthanarayanan M. et al. 2001. J Biol Chem 276(31):28857-65; Kast HR et al. 2002. J Biol Chem 277(4):2908-15; Plass JR et al. 2002. Hepatology 35(3):589-96. タンパク質のタウロコール酸ナトリウム共輸送ポリペプチド（ＮＴＣＰ、Ｓｌｃ１０ａ１）と有機アニオン輸送体（ＯＡＴ）ポリペプチドファミリーは、肝細胞の側底膜で胆汁酸塩の取り込みに重要な役割を果たしている。Eloranta JJ and Kullak-Ublick GA. 2008. Physiology (Bethesda) 23:286-95. 回腸において、ＮＴＣＰ及び頂端側ナトリウム依存性胆汁酸輸送体（ＡＳＢＴ、Ｓｌｃ１０ａ２）を含む輸送体は、頂端刷子縁膜を通過して胆汁酸取り込みを媒介し、回腸胆汁酸結合タンパク質（ＩＢＡＢＰ）の細胞内輸送を媒介する。その後、側底膜上に位置する有機溶質輸送体α−β（ＯＳＴ−α、ＯＳＴ−β）は、門脈循環へ胆汁酸を排出する。Ballatori N. et al. 2005. Hepatology 42(6):1270-9; Dawson PA et al. 2005. J Biol Chem 280(8):6960-8. このように、胆汁酸及びリポタンパク質代謝に加えて、ＦＸＲ制御的輸送体は胆汁酸輸送及び腸肝循環及び恒常性に重要な役割を果たしている。Ballatori N. et al. 2008. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 295(1):G179-G186; Dawson PA et al. 2003. J Biol Chem 278(36):33920-7; Nakahara M. et al. 2005. J Biol Chem 280(51):42283-9. 
【０００６】
線維芽細胞増殖因子１９（ＦＧＦ１９）は、Ｃｙｐ７α１、胆汁酸の合成における最初の律速段階をコードする遺伝子の抑制を介して、他の標的の中でも、グルコース代謝及び肝臓胆汁酸代謝を調節することができる線維芽細胞成長因子ファミリーの非定型的メンバーである。Inagaki T. et al. 2005. Cell Metab 2(4):217-25．マウスＦＧＦ１５は、いくつかの保存されたエンハンサー／プロモーター領域を持つヒト及びニワトリＦＧＦ１９の構造的及び機能的ホモログとして同定されている。Wright TJ et al. 2004. Dev Biol 269(1):264-75．ＦＧＦ１５／ＦＧＦ１９は、線維芽細胞増殖因子受容体４（ＦＧＦＲ４）に結合し、Ｃｙｐ７α１の活性化を妨げることにより、胆汁酸合成を妨げることができる。腸によって分泌されるＦＧＦ１９は、肝細胞上でＦＧＦＲ４に結合することにより、内分泌ホルモンとして働き、ｃ−ｊｕｎ Ｎ末端キナーゼ（ＪＮＫ）のシグナル伝達経路を開始し、その後、肝臓の胆汁酸合成を抑制する。Jones S. 2008. Mol. Pharma. 5(1):42-48．ＦＧＦＲ４ノックアウトマウスは、より大きな胆汁酸プール、胆汁酸の排出の増加、及び胆汁酸が枯渇した胆嚢を有し、コレステロール及び胆汁酸合成の負の調節を示している。Xie MH et al. 1999. Cytokine 11(10):729-35; Yu C. et al. 2000. J Biol Chem 275(20):15482-9．ＦＸＲは、ＦＧＦＲ４受容体チロシンキナーゼを介してシグナルを伝達するＦＧＦ１９を直接調節することが示されており、そのＦＧＦ１９は一次肝細胞及びマウス肝臓においてＣｙｐ７α１の発現を強く抑制する。Holt JA et al. 2003. Genes Dev 17(13):1581-91．最近、キナーゼ活性は予測されていない膜貫通タンパク質、βクロトーは、ＦＧＦ１９の肝臓特異的活性に必要な補因子として同定されており（Lin BC et al. 2007. J Biol Chem 282(37):27277-84）、胆汁酸合成の負のフィードバック抑制障害がβ−クロトー欠損マウスにおいて記載されている。Ito S. et al. 2005. J Clin Invest 115(8):2202-8．
【０００７】
以前の研究では、抗ＦＧＦ１９抗体を用いた治療的ＦＧＦ１９中和は、任意の有意な毒性を伴うことなく結腸及び肝細胞癌のげっ歯類モデルにおいて腫瘍増殖を阻害することを示した (Desnoyers LR et al. 2008. Oncogene 27(1):85-97) 。しかし、ヒトＦＧＦ１９に対する大きな相同性を持つＣＡ及びＣＤＣＡ及びＦＧＦ１９を含む胆汁酸の類似合成経路を持つカニクイザルにおいては、用量関連毒性が生じた。特に、本明細書に記載されるカニクイザルにおける反復投与安全性試験は、重度の下痢、低摂取量を伴う用量依存性の肝毒性をもたらした。ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）処置と関連した毒性のメカニズムは、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）と関連した任意の毒性を和らげる治療法を開発するために更に理解される必要がある。
【発明の概要】
【０００８】
概要
本発明は、個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与し、ＦＧＦ１９修飾薬による治療の最中において個体からのサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを（例えば参照と比較して）評価することを含む、個体における疾患又は障害を治療するための方法を提供する。
【０００９】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを含む、個体における疾患又は障害を治療するための方法であり、ここで治療は、個体からのサンプル中で（例えば参照と比較した）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づく。
【００１０】
更に本明細書に提供されるのは、個体において疾患又は障害を治療するための方法であり、該方法は、個体からのサンプルが（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの実質的に正常なレベル又は減少したレベルを含むことを決定し、個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される。
【００１１】
更に、本明細書に提供されるのは、（ａ）個体が（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの実質的に正常なレベル又は減少したレベルを含む、疾患又は障害を有する個体を選択し；（ｂ）ＦＧＦ１９修飾薬の有効量をこのようにして選択された個体に投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される、疾患又は障害を治療するための方法である。
【００１２】
本明細書に提供されるのは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が高いか又は低い個体を同定する方法であり、該方法は、個体からのサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含み、ここでサンプル中で（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が高いことを示し、又は（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が低いことを示す。
【００１３】
本明細書に更に提供されるのは、疾患又は障害を持つ個体が、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を生じる可能性が高いか又は低いかを予測するための方法であって、該方法は、個体からのサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含み、それによって（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を生じる可能性が高いことを示し、及び／又は（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を生じる可能性が低いことを示す。幾つかの実施態様において、毒性は、下痢（重度の下痢）、脱水、低摂取量、体重の減少、及び／又は病的状態である。
【００１４】
本明細書に更に提供されるのは、疾患又は障害を持つ個体が、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続するか中止すべきかを決定する方法であって、該方法は、個体から得られたサンプル中で個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を中止すべきことを決定し、及び（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続すべきことを決定する。
【００１５】
また本明細書に提供されるのは、治療を継続するのに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い個体を同定する方法であって、ここで治療は、個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づき、ＦＧＦ１９修飾薬を含み、（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続するのに適している可能性が低い個体を同定し、及び（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続するのに適している可能性が高い個体を同定する。
【００１６】
本明細書に提供されるのは、個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む、治療を受けている疾患又は障害を有する個体において疾患又は障害の治療に関連した治療効果を最適化し及び／又は毒性を低減させる方法であり、ここで一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体に対してその後投与されるＦＧＦ１９修飾薬の量及び／又は頻度を減少させる必要性を示している。
【００１７】
本明細書に提供されるのは、治療の用量及び／又は投与計画を継続するのに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い疾患又は障害を有する個体を同定する方法であって、ここで治療は、個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づき、ＦＧＦ１９修飾薬を含み、（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の用量及び／又は投与計画を継続するのに適している可能性が低い個体を同定し、及び（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の用量及び／又は投与計画を継続するのに適している可能性が高い個体を同定する。
【００１８】
本明細書に提供されるのは、個体の投与量有効性を最適化するためのアッセイ方法であって、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、ＦＧＦ１９修飾薬のその後の用量を推奨することを含む。
【００１９】
別の態様において、個体がＦＧＦ１９修飾薬に対して毒性を生じるであろうリスクを評価するためのアッセイ方法が提供され、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、個体がＦＧＦ１９修飾薬に対して毒性を示すであろうリスクを評価することを含む。
【００２０】
任意の方法の幾つかの実施態様において、本方法は、（例えば、（参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルを有する個体に対して）ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【００２１】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは肝臓の酵素である。幾つかの実施態様において、肝臓酵素は血清肝臓酵素である。
【００２２】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは胆汁酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、総胆汁酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、疎水性胆汁酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、二次胆汁酸である。幾つかの実施態様において、二次胆汁酸はリトコール酸である。幾つかの実施態様において、二次胆汁酸はデオキシコール酸である。
【００２３】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）、γグルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）、α−Ｌ−フコシダーゼ（ＡＦＵ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）、コリンエステラーゼ活性（ＣＨＥ）、α−フェトプロテイン（ＡＦＰ）、及び／又は総ビリルビンレベル（ＴＢＩＬ）である。
【００２４】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは、Ｃｙｐ７α１、ＢＳＥＰ、ＭＲＰ２、ＭＲＰ３、Ｏｓｔ−α、Ｏｓｔ−β、及び／又はＩＢＡＢＰである。
【００２５】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは、約１．１倍、約１．５倍、約２倍、約２．５倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、及び／又は約２０倍を超える増加である。
【００２６】
任意の方法の幾つかの実施態様において、参照とは、健常個体及び／又は個体の健常集団の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの平均レベルである（例えば、ここではレベルは類似及び／又は同一方法により測定される）。任意の方法の幾つかの実施態様において、参照とは、疾患又は障害を有する第二個体及び／又は疾患又は障害を有する個体の集団の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの平均レベルである（例えば、ここではレベルは類似及び／又は同一方法により測定される）。任意の方法の幾つかの実施態様において、参照とは、ＦＧＦ１９修飾薬による処置を開始する前及び／又は処置を開始する時点での一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルである。
【００２７】
任意の方法の幾つかの実施態様において、サンプルは血清サンプルである。任意の方法の幾つかの実施態様において、サンプルは糞サンプルである。任意の方法の幾つかの実施態様において、サンプルは尿サンプルである。幾つかの実施態様において、サンプルは組織サンプル（例えば、肝臓組織サンプル及び／又は回腸組織サンプル）である。
【００２８】
任意の方法の幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬はＦＧＦ１９アンタゴニストである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストは、ＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）を阻害及び／又は結合する。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、及び／又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストは抗ＦＧＦ１９抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は、モノクローナル抗体である。幾つかの実施態様において、抗体はヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。幾つかの実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体は、（ｉ）（ａ）アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＡ（配列番号１）又はＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＳ（配列番号７）を含む超可変領域（ＨＶＲ）−Ｌ１；（ｂ）アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＤ（配列番号２）、ＲＡＮＲＬＶＳ（配列番号８）、又はＲＡＮＲＬＶＥ（配列番号９）を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）アミノ酸配列ＬＱＹＤＥＦＰＬＴ（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び（ｉｉ）（ａ）アミノ酸配列ＧＦＳＬＴＴＹＧＶＨ（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）アミノ酸配列ＧＶＩＷＰＧＧＧＴＤＹＮＡＡＦＩＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）アミノ酸配列ＶＲＫＥＹＡＮＬＹＡＭＤＹ（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む。
【００２９】
幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＤ（配列番号２）を含む。幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＳ（配列番号７）を含む。
【００３０】
幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＳ（配列番号８）を含む。幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＥ（配列番号９）を含む。幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＡ（配列番号１）を含む。
【００３１】
幾つかの実施態様において、抗体は、（ｉ）ヒトサブグループ１コンセンサスフレームワーク配列、又は（ｉｉ）重鎖ヒトサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワーク配列を含む。
【００３２】
任意の方法の幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば抗ＦＧＦ１９抗体）の投与量は、３ｍｇ／ｋｇ以上（例えば、約１０ｍｇ／ｋｇ以上、約３０ｍｇ／ｋｇ以上、及び／又は約１００ｍｇ／ｋｇ以上及び／又は約１０−１００ｍｇ／ｋｇ以上）である。
【００３３】
任意の方法の幾つかの実施態様において、疾患又は障害は増殖性疾患又は障害である。幾つかの実施態様において、増殖性疾患又は障害は癌である。幾つかの実施態様において、癌は肝細胞癌である。
【００３４】
製造品は、容器及び容器上又は容器と関連するラベル又はパッケージ挿入物を含み、ここで容器はＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト）を含み、容器上のラベルは、その組成物が、胆汁酸のレベルに基づいて、疾患又は障害を有する個体を治療及び／又は治療を継続するために用いることができることを示している。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬は本明細書に記載される抗ＦＧＦ１９抗体である。任意の方法の幾つかの実施態様において、疾患又は障害は増殖性疾患又は障害である。幾つかの実施態様において、増殖性疾患又は障害は癌である。
【図面の簡単な説明】
【００３５】
【図１】カニクイザルの抗ＦＧＦ１９抗体処置は、血清のＡ）アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）のレベル、Ｂ）アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）のレベル、Ｃ）総胆汁酸（ＴＢＡ）のレベル、及びＤ）総ビリルビン（ＴＢＩＬ）のレベルの増加を全ての用量にわたって引き起こした。しかし、３ｍｇ／ｋｇを処置された動物は続く投薬のため若干の耐性を示した。値は、ＡＳＴ及びＡＬＴについては平均±ＳＤ Ｕ／Ｌ、ＴＢＡについてはμｍｏｌｅ／Ｌ及びＴＢＩＬについてはｍｇ／ｄＬである（ｎ＝５±ＳＤ）。
【図２Ａ−Ｄ】抗ＦＧＦ１９抗体処置は、胆汁酸及びその誘導体の糞便排泄を増加させた。ビヒクル及び１００ｍｇ／ｋｇからのサルの排泄中の二次胆汁酸の特性評価及び総胆汁酸量はＧＣ−ＭＳ法を用いて解析した。胆汁酸の濃度はμｇ／ｇ湿重量に正規化した。値は平均±ＳＤである（対照、ｎ＝４、処置、ｎ＝５）。
【図３Ａ−Ｇ】抗ＦＧＦ１９抗体処置は、カニクイザル肝臓中のＣｙｐ７α１及び胆汁酸関連遺伝子発現レベルを調節する。総ＲＮＡは、抗ＦＧＦ１９抗体（１００ｍｇ／ｋｇ）又はビヒクルの何れかで処置されたカニクイザルの肝臓から単離された。Ｃｙｐ７α１、ＢＳＥＰ、ＭＲＰ２、ＭＲＰ３、ＭＲＰ４、ＮＴＣＰ及びＯＡＴ２の相対的発現レベルを、定量的リアルタイムＰＣＲ分析により分析し、結果はＲＰＬ１９に対して正規化した。値は平均±ＳＤである（対照、ｎ＝４、処置、ｎ＝６）。
【図４Ａ−Ｇ】抗ＦＧＦ１９抗体処置は、カニクイザル一次肝細胞中のＣｙｐ７α１及び胆汁酸関連遺伝子発現レベルを調節する。凍結保存されたカニクイザル一次肝細胞は、アイソタイプ対照抗体又は抗ＦＧＦ１９抗体（１００μｇ／ｍｌ）の何れかで２４時間処置された。Ｃｙｐ７α１、ＢＳＥＰ、ＭＲＰ２、ＭＲＰ３、ＭＲＰ４、ＮＴＣＰ及びＯＡＴ２の相対的発現レベルは、定量的リアルタイムＰＣＲ分析により分析され、結果はＲＰＬ１９に対して正規化した。値は、重複して行った３つの別個の実験からの平均±ＳＤである。
【図５Ａ−Ｄ】抗ＦＧＦ１９抗体処置は、カニクイザル回腸の胆汁酸輸送遺伝子発現レベルを調節する。総ＲＮＡは、抗ＦＧＦ１９抗体（１００ｍｇ／ｋｇ）又はビヒクルの何れかで処置されたカニクイザルの回腸組織から単離された。Ｏｓｔ−α、Ｏｓｔ−β、ＩＢＡＢＰ及びＡＳＢＴの相対的発現レベルを、定量的リアルタイムＰＣＲ分析により分析し、結果はＲＰＬ１９に対して正規化した。値は平均±ＳＤである（対照、ｎ＝４、処置、ｎ＝６）。
【図６Ａ−Ｄ】腸上皮（Ｃａｃｏ−２）細胞における胆汁酸輸送体遺伝子発現レベルに対する抗ＦＧＦ１９抗体およびデオキシコール酸（ＤＣＡ）の効果。Ｃａｃｏ−２単層は、ａ）アイソタイプ対照抗体、ｂ）抗ＦＧＦ１９抗体（両方とも１００μｇ／ｍＬ）、又はｃ）ＤＣＡを５０μＭの何れかで２４時間処置された。総ＲＮＡは単離され、Ｏｓｔ−α、Ｏｓｔ−β、ＩＢＡＢＰ及びＡＳＢＴの相対的発現レベルを、定量的リアルタイムＰＣＲ分析により分析し、結果はＲＰＬ１９に対して正規化した。値は、重複して行った３つの別個の実験からの平均±ＳＤである。
【図７】Ａ）ＣＤＡは腸上皮細胞中でＦＧＦ１９ ｍＲＮＡ発現を増加させる。総ＲＮＡは、ＤＣＡ（５０μＭ）を含み又は含まずに２４時間処置されたＣａｃｏ−２単層から単離された。ＦＧＦ１９の相対的発現レベルを、定量的リアルタイムＰＣＲ分析により分析し、結果はＲＰＬ１９に対して正規化した。値は、トリプリケートで行った２つの別個の実験からの平均±ＳＤである。Ｂ）抗ＦＧＦ１９抗体処置は、膜の完全性を変えることなく経上皮電気抵抗を減少させる。Ｃａｃｏ−２細胞はトランスウェルインサート上に播種され、アイソタイプ対照抗体（１００μｇ／ｍＬ）、ＦＧＦ１９（５００ｎｇ／ｍＬ）、抗ＦＧＦ１９抗体（１００μｇ／ｍＬ）、ＤＣＡ（５０μＭ）又はＤＣＡ（５０μＭ）＋抗ＦＧＦ１９抗体（１００μｇ／ｍＬ）の何れかと２４時間処置され、ＬＹ、アテノロール、及びタウロコール酸の透過性は、側底側（Ａ−Ｂ）方向に頂端において評価した。値は平均±ＳＤである（ｎ＝６）。
【図８】抗体によるＦＧＦ１９の阻害はＣｙｐ７α１を増加させ、胆汁酸合成を上昇させ、胆汁酸の排出を亢進させ肝細胞への取り込みを減少させた。胆汁酸の増加は、腸細胞中の溶質輸送体を変化させ、胆汁酸の腸肝再循環が中断され、その後下痢や肝臓毒性を引き起こす。
【図９】Ａ）抗ＦＧＦ１９抗体の可変軽鎖配列（出現順にそれぞれ配列番号１１〜１５）。Ｂ）抗ＦＧＦ１９抗体の可変重鎖配列（出現順にそれぞれ配列番号１６〜２０）。
【００３６】
詳細な説明
Ｉ．定義
特に断らない限り、用語「ＦＧＦ１９」及び「線維芽細胞増殖因子１９」は、霊長類（例えばヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス、ラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物由来の任意の天然型ＦＧＦ１９を指す。その用語は、「完全長」で未処理のＦＧＦ１９、並びに細胞内でのプロセシングから生じた任意の形態のＦＧＦ１９を含む。その用語はまた、天然に存在するＦＧＦ１９の変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。典型的なヒトＦＧＦ１９核酸配列の配列は、Ｇｅｎｅｂａｎｋ配列ＡＢ０１８１２２、ＡＦ１１０４００、ＡＹ３５８３０２、ＢＣ０１７６６４、及び／又はＢＴ００６７２９であり、又は典型的なヒトＦＧＦ１９アミノ酸配列はＧｅｎｅｂａｎｋ配列ＮＰ＿００５１０８．１である。
【００３７】
「ＦＧＦ１９変異体」「線維芽細胞増殖因子１９変異体」又はそのバリエーションは、本明細書に開示される任意のＦＧＦ１９と少なくとも約８０％アミノ酸配列同一性を有し本明細書に定義される、一般に活性なＦＧＦ１９ポリペプチドであるか又は該ポリペプチドをコードするＦＧＦ１９ポリペプチド又はポリヌクレオチドを意味する。そのようなＦＧＦ１９変異体は、例えば、一以上の核酸又はアミノ酸残基が追加され又は削除されたＦＧＦ１９を含む。通常、ＦＧＦ１９変異体は、本明細書に開示されるＦＧＦ１９に対して、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有する。通常、ＦＧＦ１９変異体は、長さが少なくとも約１０アミノ酸であり、あるいは長さが少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、又はそれ以上である。通常、ＦＧＦ１９変異体は、ＦＧＦ１９に比較してわずか一の保存的アミノ酸置換、あるいはＦＧＦ１９に比較してわずか２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０の保存的アミノ酸置換を有する配列を有するか又はコードするであろう。
【００３８】
特に断らない限り、用語「ＦＧＦＲ４」及び「線維芽細胞増殖因子受容体４」は、霊長類（例えばヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス、ラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物由来の任意の天然型ＦＧＦＲ４を指す。その用語は、「完全長」、未処理のＦＧＦＲ４並びに細胞内でのプロセシングから生じた任意の形態のＦＧＦＲ４を含む。その用語はまた、天然に存在するＦＧＦ１９の変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。典型的なヒトＦＧＦＲ４核酸配列の配列は、Ｇｅｎｅｂａｎｋ配列ＡＢ２０９６３１、ＡＦ２０２０６３、ＡＦ３５９２４１、ＡＦ３５９２４６、ＡＦ４８７５５５、ＡＫ３０１１６９、ＢＣ０１１８４７、ＥＦ５７１５９６、ＥＵ８２６６０２、ＥＵ８２６６０３、Ｌ０３８４０、Ｍ５９３７３、Ｘ５７２０５、及び／又はＹ１３９０１であり、又は典型的なヒトＦＧＦＲ４核酸配列の配列は、Ｇｅｎｅｂａｎｋ配列ＮＰ＿９９８８１２．１である。
【００３９】
特に断らない限り、用語「ＫＬＢ」及び「βクロトー」は、霊長類（例えばヒト）及びげっ歯類（例えば、マウス、ラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物由来の任意の天然型ＫＬＢを指す。その用語は、「完全長」で未処理のＫＬＢ、並びに細胞内でのプロセシングから生じた任意の形態のＫＬＢを含む。その用語はまた、天然に存在するＫＬＢの変異体、例えば、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。典型的なヒトＫＬＢ核酸配列の配列は、Ｇｅｎｅｂａｎｋ配列ＡＢ０７９３７３、ＡＫ３０２４３６、ＢＣ０３３０２１、ＢＣ１０４８７１、及び／又はＢＣ１１３６５３であり、又は典型的なヒトＫＬＢアミノ酸配列はＧｅｎｅｂａｎｋ配列ＮＰ＿７８３８６４．１である。
【００４０】
本明細書で定義される用語「ＦＧＦ１９アンタゴニスト」は、ＦＧＦ１９（例えばＦＧＦ１９ポリペプチド）により媒介される生物学的活性を部分的又は完全に遮断、阻害、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様において、そのようなＦＧＦ１９アンタゴニストはＦＧＦ１９ポリペプチドを阻害し又は該ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様において、そのようなＦＧＦ１９アンタゴニストはＦＧＦＲ４ポリペプチドを阻害し又は該ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様において、そのようなＦＧＦ１９アンタゴニストはクロトー（例えば、ＫＬＢ）ポリペプチドを阻害し又は該ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは抗体である。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００４１】
「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、互換的に本明細書で使用され、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡが含まれる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチド又は塩基、及び／又はそれらの類似体、又はＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼにより、もしくは合成反応によりポリマー中に組み込むことができる任意の基質であることができる。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそれらの類似体などの修飾ヌクレオチドを含むことができる。ヌクレオチドの配列は非ヌクレオチド成分により中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば標識とのコンジュゲーションなどによって、合成後に作成される修飾を含み得る。他の型の修飾は、例えば天然に存在するヌクレオチド１つ以上の類似体による「キャップ」置換、ヌクレオチド間修飾、例えば非荷電連結による（例えばメチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアミデート、カーバメート等）、及び、荷電連結（例えばホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等）によるもの、ペンダント部分を含有するもの、例えば蛋白（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リジン等）、インターカレーターを有するもの（例えばアクリジン、ソラレン等）、キレート形成剤を含有するもの（例えば金属、放射活性金属、ホウ素、酸化金属等）、アルキル化剤を含有するもの、修飾された連結部を有するもの（例えばアルファ芳香族核酸等）、並びに、未修飾形態のポリヌクレオチドを包含する。更に、糖類中に通常存在する任意のヒドロキシル基は、例えばホスホナート基、ホスファート基で置き換えられてもよく、標準的な保護基で保護されてもよく、又は付加的なヌクレオチドへのさらなる連結を調製するように活性化されてもよく、もしくは固体又は半固体担体に結合していてもよい。５’及び３’末端のＯＨはホスホリル化可能であり、又は１〜２０の炭素原子を有するアミン又は有機キャッピング基部分で置換することもできる。また他のヒドロキシル類は標準的な保護基に誘導されてもよい。さらにポリヌクレオチドは当該技術で一般的に知られているリボース又はデオキシリボース糖類の類似形態のものをさらに含み、これらには例えば２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−又は２’−アジド−リボース、炭素環式糖の類似体、α−アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース類又はリキソース類、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び脱塩基性ヌクレオチド類似体、例えばメチルリボシドが含まれる。一又は複数のホスホジエステル結合は代替の結合基で置き換えてもよい。これらの代替の結合基には、限定されるものではないが、ホスファートがＰ（Ｏ）Ｓ（「チオアート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオアート」）、「（Ｏ）ＮＲ２（「アミダート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ又はＣＨ２（「ホルムアセタール」）と置き換えられた実施態様のものが含まれ、ここでそれぞれのＲまたはＲ’は独立して、Ｈ又は、エーテル（−Ｏ−）結合を含んでいてもよい置換もしくは未置換のアルキル（１−２０Ｃ）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケ���ル又はアラルジル（ａｒａｌｄｙｌ）である。ポリヌクレオチド中の全ての架橋が同一である必要はない。先の記述において、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む、ここで引用された全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００４２】
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、短く、一般的に単鎖であり、また必ずしもそうではないが、一般的に約２００未満のヌクレオチド長さの合成のポリヌクレオチドを意味する。「オリゴヌクレオチド」と「ポリヌクレオチド」という用語は互いに排他的ではない。上記のポリヌクレオチドの記述は、オリゴヌクレオチドにも等しく全て適用できる。
【００４３】
用語「プライマー」は、核酸とハイブリダイズし、一般には遊離３’−ＯＨ基を提供することによって、続く相補的核酸の重合が可能である単鎖ポリヌクレオチドを指す。
【００４４】
用語「小分子」は、約２０００ダルトン以下の、好ましくは、約５００ダルトン以下の分子量を有する任意の分子を指す。
【００４５】
用語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養」は互換的に使用され、外因性の核酸が導入された細胞を指し、そのような細胞の子孫を含める。宿主細胞は、「形質転換体」及び「形質転換された細胞」を含み、継代の数に関係なく、それに由来する一次形質転換細胞及び子孫が含まれる。子孫は親細胞と核酸含量が完全に同一ではないかもしれないが、突然変異が含まれる場合がある。最初に形質転換された細胞においてスクリーニングまたは選択されたものと同じ機能又は生物活性を有する変異型子孫が本明細書において含まれる。
【００４６】
本明細書で使用される、用語「ベクター」は、それがリンクされている別の核酸を伝播することができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、並びにそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターを含む。ある種のベクターは、それらが動作可能なようにリンクされている核酸の発現を指示することができる。このようなベクターは、本明細書では「発現ベクター」と言う。
【００４７】
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から分離されたものである。幾つかの実施態様において、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）により決定されるように、９５％以上または９９％の純度に精製される。抗体純度の評価法の総説としては、例えばFlatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)を参照のこと。
【００４８】
「単離された」核酸は、その自然環境の成分から分離された核酸分子を指す。単離された核酸は、核酸分子を通常含む細胞に含まれる核酸分子を含むが、しかし、その核酸分子は、染色体外又はその自然の染色体上の位置とは異なる染色体位置に存在している。
【００４９】
用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造を包含し、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及び、所望の抗原結合活性を示す限り、抗体断片を含む。
【００５０】
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原を結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、限定されないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、直鎖状抗体、単鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）、及び抗体断片から形成される多重特異性抗体を含む。
【００５１】
参照抗体として「同一のエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて５０％以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体、逆に競合アッセイにおいて５０％以上、その抗体のその抗原への結合をブロックするその参照抗体を指す。典型的な競合アッセイが、本明細書において提供される。
【００５２】
用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」は、本明細書中で互換的に使用され、天然型抗体構造と実質的に類似の構造を有するか、又は本明細書で定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
【００５３】
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、すなわち、例えば、天然に生じる変異を含み、又はモノクローナル抗体製剤の製造時に発生し、一般的に少量で存在している変異体などの、可能性のある変異体抗体を除き、集団を構成する個々の抗体は同一であり、及び／又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を一般的に含む、ポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。従って、修飾語「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものとして解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、限定されないが、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含む様々な技術によって作成され、モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法及び他の例示的な方法は、本明細書に記載されている。
【００５４】
「天然型抗体」は、天然に生じる様々な構造をとる免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然型ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合している２つの同一の軽鎖と２つの同一の重鎖から成る約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端に、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）を有し、３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）が続く。同様に、Ｎ末端からＣ末端に、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）を有し、定常軽鎖（ＣＬ）ドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）とラムダ（λ）と呼ばれる、２つのタイプのいずれかに割り当てることができる。
【００５５】
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の起源又は種から由来し、一方重鎖及び／又は軽鎖の残りが異なる起源又は種から由来する抗体を指す。
【００５６】
「ヒト抗体」は、ヒト又はヒト細胞により産生されるか、又はヒト抗体のレパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト起源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
【００５７】
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基、及びヒトＦＲ由来アミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。所定の実施態様において、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、全て又は実質的にＦＲの全てが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意で、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部を含んでもよい。抗体の「ヒト化型」、例えば、非ヒト抗体は、ヒト化を遂げた抗体を指す。
【００５８】
抗体の「クラス」は、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを指す。抗体の５つの主要なクラスがあり：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭ、及びこれらの幾つかは、更にサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２に、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩＧＡ１、及びＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【００５９】
「エフェクター機能」とは、抗体のアイソタイプにより変わる、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性を指す。抗体のエフェクター機能の例には、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞障害（ＣＤＣ）；Ｆｃレセプター結合；抗体依存性細胞媒介性細胞障害（ＡＤＣＣ）；貪食作用；細胞表面レセプター（例えば、Ｂ細胞レセプター）のダウンレギュレーション；及びＢ細胞活性化が含まれる。
【００６０】
用語「Ｆｃ領域」は、定常領域の少なくとも一部を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。その用語は、天然配列Ｆｃ領域と変異体Ｆｃ領域を含む。一実施態様において、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域はＣｙｓ２２６又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端まで伸長する。しかし、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は存在しているか、又は存在していない場合がある。本明細書に明記されていない限り、Ｆｃ領域又は定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載されるように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
【００６１】
「フレームワーク」又は「ＦＲ」は、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般的に４つのＦＲのドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。従って、ＨＶＲ及びＦＲ配列は一般にＶＨ（又はＶＬ）の以下の配列に現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
【００６２】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」とは、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般的に存在するアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般的には、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループからのものである。一般的には、配列のサブグループは、Ｋａｂａｔら、免疫学的に興味のあるタンパク質の配列（Sequences of Proteins of Immunological Interest）、第五版, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991),1~3巻にあるサブグループである。一実施態様において、ＶＬについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔらにあるサブグループカッパＩである。一実施態様において、ＶＨについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔらにあるサブグループＩＩＩである。
【００６３】
本明細書における目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」とは、下記に定義されるように、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークから得られる軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワーク又は重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含有するフレームワークである。ヒト免疫グロブリンのフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク「に由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同一のアミノ酸配列を含んでもよく、又はそれはアミノ酸配列の改変を含み得る。幾つかの実施態様において、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下である。幾つかの実施態様において、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、Ｖはヒト免疫グロブリンのフレームワーク配列又はヒトコンセンサスフレームワーク配列に、配列が同一である。
【００６４】
用語「可変領域」又は「可変ドメイン」は、抗体の抗原への結合に関与する抗体の重鎖または軽鎖のドメインを指す。天然型抗体の可変重鎖ドメイン及び軽鎖（それぞれＶＨおよびＶＬ）は、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）と３つの超可変領域（ＨＶＲ）を含む各ドメインを持ち、一般的に似たような構造を有する。（例えば、Kindt et al. Kuby Immunology, 第６版, W.H. Freeman and Co., 91頁 (2007)を参照）。単一のＶＨ又はＶＬドメインが、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。更に、特定の抗原に結合する抗体は、相補的なＶＬ又はＶＨドメインのそれぞれのライブラリーをスクリーニングするために、抗原に特異的に結合する抗体由来のＶＨ又はＶＬドメインを用いて単離することができる。例えば、Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)を参照。
【００６５】
本明細書で使用される用語「超可変領域」又は「ＨＶＲ」は、配列が超可変であるか、及び／又は構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般的に、天然型４本鎖抗体体は、ＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）に３つ、及びＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）に３つの６つのＨＶＲを含む。ＨＶＲは、一般的に超可変ループ由来及び／又は「相補性決定領域」（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含み、後者は、最高の配列可変性であり、及び／又は抗原認識に関与している。典型的な超可変ループはアミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）で生じる。（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。典型的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の２４−３４、Ｌ２の５０−５６、Ｌ３の８９−９７、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−６５、及びＨ３の９５−１０２で生じる。（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)）。ＶＨのＣＤＲ１の例外を除いて、ＣＤＲは一般的に超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲは、抗原に接触する残基である「特異性決定残基」又は「ＳＤＲ」をも含む。ＳＤＲは、略称(abbreviated-)ＣＤＲ、又はａ−ＣＤＲと呼ばれる、ＣＤＲの領域内に含まれている。典型的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、及びａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の３１−３４、Ｌ２の５０−５５、Ｌ３の８９−９６、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−５８、及びＨ３の９５−１０２で生じる。（Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照）。特に断らない限り、可変ドメイン内のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、上掲のＫａｂａｔらに従い、本明細書において番号が付けられる。
【００６６】
「親和性」は、分子（例えば抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば抗原）との間の非共有結合的な相互作用の総和の強度を意味する。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映している本質的な結合親和性を指す。そのパートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載したものを含む、当技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための具体的な例示であって典型的な実施態様は、以下で説明される。
【００６７】
「親和性成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、その一又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）において一又は複数の改変を持つものである。
【００６８】
用語「抗ＦＧＦ１９抗体」及び「ＦＧＦ１９に結合する抗体」は、抗体が、ＦＧＦ１９を標的とし、診断薬剤及び／又は治療的薬剤として有用であるように、十分な親和性でＦＧＦ１９に結合することができる抗体を指す。一実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体の、無関係な非ＦＧＦ１９ポリペプチドへの結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される場合、抗体のＦＧＦ１９ポリペプチドへの結合の約１０％未満である。所定の実施態様において、ＦＧＦ１９ポリペプチドへ結合する抗体は、解離定数（Ｋｄ）が、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）を有する。ある実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体は、異なる種由来のＦＧＦ１９間で保存されているＦＧＦ１９のエピトープに結合する。
【００６９】
「遮断（ブロック）」抗体又は「アンタゴニスト」抗体は、結合する抗原の生物学的活性を阻害するか又は低減させるものである。好適な阻止抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を、実質的に又は完全に阻害する。
【００７０】
「ネイキッド抗体」とは、異種の部分（例えば、細胞傷害性部分）又は放射性標識にコンジュゲートしていない抗体を指す。ネイキッド抗体は薬学的製剤中に存在してもよい。
【００７１】
「イムノコンジュゲート」は、一以上の異種分子にコンジュゲートした抗体であり、限定されないが、細胞傷害性薬物を含む。
【００７２】
参照ポリペプチド配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入した後、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、参照ポリペプチドのアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアのような公に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の完全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインするための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性の値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用することによって生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテック社によって作製され、ソースコードは米国著作権庁、ワシントンＤ．Ｃ．，２０５５９に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２もまた、ジェネンテック社、サウスサンフランシスコ、カリフォルニアから公的に入手可能であり、又はそのソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸのＶ４．０Ｄを含む、ＵＮＩＸオペレーティングシステム上での使用のためにコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され変動しない。
【００７３】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（或いは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して所定の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍、ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２により、ＡとＢのそのプログラムのアラインメントにおいて同一と一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。特に断らない限り、本明細書で使用されるすべての％アミノ酸配列同一性値が、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用し、直前の段落で説明したように得られる。
【００７４】
用語「検出」は、直接的及び間接的な検出を含む検出する任意の手段を含む。
【００７５】
本明細書で使用される用語「バイオマーカー」は、サンプル中で検出することができる指標、例えば、予測、診断及び／又は予後を指す。バイオマーカーは、特定の、分子性、病理学的、組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられる特定のサブタイプの疾患又は障害（例えば、癌）の指標として機能することができる。幾つかの実施態様において、バイオマーカーは遺伝子である。幾つかの実施態様において、バイオマーカーは遺伝子の多様性(variation)（例えば、変異及び／又は多型）である。幾つかの実施態様において、バイオマーカーは代謝産物である。バイオマーカーには、限定されないが、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチド修飾（例えば、翻訳後修飾）、炭水化物、及び／又は糖脂質に基づく分子マーカーが含まれる。
【００７６】
個体に対する臨床的利益の増大に関連したバイオマーカーの「量」又は「レベル」は、生物学的サンプルにおいて検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、また、本明細書に開示された方法により測定することができる。評価するのバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療に対する反応を決定するために使用することができる。
【００７７】
「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、交換可能に使用され、一般に、生物学的試料中のバイオマーカーの量を指す。「発現」は、一般に、情報（例えば遺伝子コード化及び／又はエピジェネティックな）が、細胞中に存在し作動する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、本明細書で使用されるように、「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、又はポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドの修飾（例えば、ポリペプチド、翻訳後修飾）を指しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又はポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドの修飾（例えば、ポリペプチド、翻訳後修飾）の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来するに関わらず、発現したとみなされる。「発現した遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでポリペプチドに翻訳されたもの、及びＲＮＡに転写はされたが、ポリペプチドには翻訳されていないもの（例えば、移転ＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ）が含まれる。
【００７８】
「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」又は「上昇したレベル」は、疾患又は障害（例えば、癌）に罹患していない個体（単数）又は個体（複数）などの対照又は内部標準（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較して、個体におけるバイオマーカーの増加した発現又は増加したレベルを指す。
【００７９】
「減少した発現」、「減少した発現レベル」又は「減少したレベル」は、疾患又は障害（例えば、癌）に罹患していない個体（単数）又は個体（複数）などの対照又は内部標準（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較して、個体におけるバイオマーカーの減少した発現又は減少したレベルを指す。
【００８０】
用語「ハウスキーピングバイオマーカー」は、典型的には、全ての細胞型において同様に存在するバイオマーカー又はバイオマーカー（例えば、ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチド）の群を意味する。幾つかの実施態様において、ハウスキーピングバイオマーカーは、「ハウスキーピング遺伝子」である。本明細書において「ハウスキーピング遺伝子」は、活性が細胞機能の維持に必須であるタンパク質をコードし、一般的に、すべての細胞型において同じように発現される遺伝子又は一群の遺伝子を指す。
【００８１】
「増幅」は、本明細書で使用されるように、一般的に、所望の配列の複数のコピーを生成するプロセスを指す。「複数のコピー」は、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は、鋳型配列に対して相補的な又は同一な完全な配列を必ずしも意味するものではない。例えば、コピーは、ヌクレオチド類似体、例えばデオキシイノシン、意図的配列変化（鋳型に相補的ではないがハイブリダイズすることができる配列を含んでなるプライマーにより導入された配列変化など）及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
【００８２】
用語「多重ＰＣＲ」は、単一反応において２つ又はそれ以上のＤＮＡ配列を増幅する目的のため複数のプライマーセットを用いて、単一の供給源（例えば、個体）から得られた核酸上で行われる単一ＰＣＲ反応を指す。
【００８３】
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に相補鎖がその融点より低い環境で存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望のホモロジーの度合いが高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにするが、低い温度はストリンジェンシーを低下させる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明は、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley InterScience Publishers, (1995)を参照のこと。
【００８４】
ここに定義される「ストリンジェントな条件」又は「高いストリンジェントな条件」は、（１）洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃で０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いる；（２）ハイブリダイゼーションの間にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃で７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを含むｐＨ６．５の０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭのリン酸ナトリウムバッファーによる５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを用いる；又は（３）０．２ｘＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中で４２℃での１０分間の洗浄とその後の５５℃でＥＤＴＡを含む０．１ｘＳＳＣからなる１０分間の高ストリンジェンシーな洗浄を伴う、４２℃での５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％のデキストラン硫酸を用いた溶液中での一晩のハイブリダイゼーションによるものによって同定することができる。
【００８５】
「中程度のストリンジェントな条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されているようにして同定されることができ、上述のものよりストリンジェンシーが低い洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリンジェントな条件の一例は、３７℃で、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液での終夜にわたるインキュベーションと、それに続く３７−５０℃で１×ＳＳＣでのフィルターの洗浄である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかが分かるであろう。
【００８６】
本明細書中で用いる「診断」なる用語は、分子又は病理学的状態、疾患ないしは症状（例えば癌）の同定又は分類を指す。例えば、「診断」は特定のタイプの癌の同定を指し得る。「診断」はまた、例えば、組織病理学的基準によって、又は分子の機能（例えば、バイオマーカー（例えば、前記遺伝子によりコードされる特定の遺伝子又はタンパク質）の一つ又は組み合わせの発現によって特徴付けられるサブタイプ）による、癌の特定のサブタイプの分類を指すことができる。
【００８７】
用語「診断支援」は、本明細書において、疾患又は障害（例えば、癌）の特定のタイプの症状又は状態の存在又は性質に関して臨床決定を行うことを支援する方法を指す。例えば、疾患又は状態（例えば癌）の診断を支援する方法は、個体からの生物学的サンプル中の特定のバイオマーカーを測定することを含むことができる。
【００８８】
用語「サンプル」は。本明細書で使用される場合、例えば、物理的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特性に基づいて、特徴付けされ及び／又は同定されるべき、細胞性及び／又は他の分子性実体を含む、対象の被験者及び／又は個体から得られた又は由来した組成物を指す。例えば、「疾患サンプル」なる句及びその変形は、特徴付けられるべきである細胞性及び／又は分子性実体を含むことが予想されるか又は知られている、対象の被験者から得られた任意のサンプルを指す。サンプルは、限定されないが、初代又は培養細胞又は細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳汁、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、組織培養培地、ホモジナイズした組織などの組織抽出物、腫瘍組織、細胞抽出物、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
【００８９】
「組織試料」又は「細胞試料」とは、被験体又は個体の組織から得られる類似細胞の集まりを意味する。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び／又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検及び／又は吸引からの固形組織、血液又は血漿などの任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織試料は、初代又は培養細胞又は細胞株であってもよい。任意で、組織又は細胞のサンプルは、疾患組織／臓器から得られる。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。
【００９０】
「参照サンプル」、「参照細胞」、「基準組織」、「対照サンプル」、「対照細胞」、又は「対照組織」は、本明細書で使用する場合、比較目的のために使用されるサンプル、細胞、組織、標準、又はレベルを指す。一実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、同一被験体又は個体の身体の健常及び／又は非疾患部分（例えば組織又は細胞）から得られる。例えば、疾患細胞又は組織に近接した健常細胞及び／又は非疾患細胞又は組織（例えば、腫瘍に近接した細胞又は組織）。別の実施態様において、参照サンプルは、同一被験体又は個体の身体の未処置組織及び／又は細胞から得られる。別の実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験体又は個体でない個体の身体の健常及び／又は非疾患部分（例えば組織又は細胞）から得られる。更に別の実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験体又は個体でない個体の身体の未処置組織及び／又は細胞から得られる。
【００９１】
本明細書における目的において、組織サンプルの「切片」とは、組織サンプルの一部又は一片、例えば組織サンプルから切り出した組織又は細胞の一薄片を意味する。組織サンプルの同じ切片が形態学的及び分子的レベルで分析され得るか、又はポリペプチド及びポリヌクレオチドの両方に関して分析され得ると理解される場合に、組織サンプルの複数の切片が採取され、分析に供されてもよいと理解される。
【００９２】
「相関」又は「相関する」は、任意の方法で、第一の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果を、第二の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコルを行う際に第一の分析又はプロトコルの結果を用いてもよいし、及び／又は第一の分析又はプロトコルの結果を用いて、第二の分析又はプロトコルを行うかどうかを決定してもよい。ポリヌクレオチド分析又はプロトコルの実施態様に関し、ポリヌクレオチド発現分析又はプロトコルの結果を用いて、特定の治療投薬計画を実行するかどうかを決定してもよい。
【００９３】
「個体の応答」又は「応答」は、個体に対して利益を示す任意のエンドポイントを用いて評価することができ、限定されないが、（１）減速及び完全停止を含む、疾患進行（例えば癌の進行）のある程度の阻害；（２）腫瘍の大きさの減少；（３）癌細胞の近接末梢器官及び／又は組織への浸潤の阻害（即ち、減少、減速又は完全停止）；（４）転移の阻害（即ち、減少、減速又は完全停止）；（５）疾患又は障害（例えば癌）に関連した一以上の症状のある程度の軽減；（６）無増悪生存期間の長さの増大；及び／又は治療後の特定の時点における死亡率の減少が含まれる。
【００９４】
本明細書で用いる「実質的に類似」という句は、当業者が、２つの値の間の差異が、その値（例えばＫｄ値）によって測定される生物学的特性という脈絡の中で、統計学的に有意ではないと考慮するであろうほどに、２つの数値（一般には、一つは分子に関連するもの、他方は参照／比較分子に関連するもの）の間の十分に高度な類似性を指す。前記２つの値の間の差異は、参照／比較値に応じて、例えば約２０％未満、約１０％未満、及び／又は約５％未満である。「実質的に正常」という句は、参照（例えば、正常な参照）に対して実質的に類似していることを指す。
【００９５】
「実質的に類似」という句は、当業者が、２つの値の間の差異が、その値（例えばＫｄ値）によって測定される生物学的特性という脈絡の中で、統計学的に有意であると考慮するであろうほどに、２つの数値（一般には、一つは分子に関連するもの、他方は参照／比較分子に関連するもの）の間の十分に高度な差異を指す。前記２つの値の間の差異は、参照／比較分子の値に応じて、例えば約１０％より大きく、約２０％より大きく、約３０％より大きく、約４０％より大きく、及び／又は約５０％より大きい場合がある。
【００９６】
本明細書で用いられる「標識」なる単語は、検出可能な化合物又は組成物を指す。標識は、典型的には、例えばポリヌクレオチドプローブ又は抗体などの試薬に直接又は間接的にコンジュゲート又は融合しており、それがコンジュゲート又は融合している試薬の検出を容易にする。標識自体が検出可能なもの（例えば放射性標識又は蛍光性標識）であってもよく、酵素標識の場合、検出可能な基質化合物ないしは組成物の化学的変化を触媒するものであってもよい。
【００９７】
薬剤の「有効量」とは、所望される治療的又は予防的結果を達成するのに必要な期間、必要な用量での有効量を意味する。
【００９８】
本発明の物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの「治療的有効量」は、病状、年齢、性別、個体の体重、及び個体に所望する反応を引き出すための物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの能力等の要因に応じて変わり得る。また、治療的有効量とは、物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの任意の毒性又は有害な影響を、治療的に有益な効果が上回るものである。「予防的有効量」は、所望の予防結果を達成するために必要な用量及び期間において有効な量を指す。一般的には必ずしもそうではないが、予防的用量は、疾患の初期段階で又は前に被験体に使用されるので、予防的有効量は治療的有効量よりも少ないであろう。
【００９９】
用語「薬学的製剤」は、その中に有効で含有される活性成分の生物学的活性を許容するような形態であって、製剤を投与する被検体にとって許容できない毒性である他の成分を含まない調製物を指す。
【０１００】
「薬学的に許容される担体」は、被検体に非毒性であり、有効成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存剤を含む。
【０１０１】
本明細書で用いられるように、「治療」（及び「治療する(treat)」または「治療している(treating)」など文法上の変形）は、治療されている個体の自然経過を変えようと試みる臨床的介入を指し、予防のために、または臨床病理の過程においてのいずれかで実行できる。治療の望ましい効果は、限定されないが、疾患の発症又は再発を予防すること、症状の緩和、疾患の直接的または間接的な病理学的帰結の縮小、転移を予防すること、疾患の進行の速度を遅らせること、疾患状態の改善又は緩和、及び寛解又は予後の改善を含む。幾つかの実施態様において、抗体は、疾患の発症を遅延させるか又は疾患の進行を遅くするために使用される。
【０１０２】
用語「細胞増殖性障害」及び「増殖性疾患」は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害を言う。一実施態様において、細胞増殖性疾患は癌である。
【０１０３】
用語「癌」及び「癌性」は、無秩序な細胞成長／細胞増殖を典型的に特徴とする、哺乳動物における生理学的状態を記述する。癌の例には、限定されないが、癌腫、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫と非ホジキンリンパ腫）、芽細胞腫、肉腫、及び白血病を含む。そのような癌のより具体的な例は、肺癌、腹膜の癌、肝細胞癌、消化器癌、膵臓癌、神経膠腫を含む、子宮頚癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、腎細胞癌、子宮内膜又は子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、白血病、及びその他のリンパ増殖性疾患、及び様々な型の頭頸部癌を包含する。
【０１０４】
用語「抗癌治療法」は、癌を治療するのに有用な治療法を指す。抗癌治療薬の例には、限定されないが、例えば、化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害性薬剤、放射線療法に用いられる薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及び癌を治療するための他の薬剤、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来成長因子阻害剤（例えば、ＧｌｅｅｖｅｃＴＭ（メシル酸イマチニブ））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、次の標的、ＰＤＧＦＲ−ｂｅｔａ、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ受容体、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２の一以上に特異的に結合するアンタゴニスト（例えば中和抗体）、及び他の生物活性薬剤及び有機化学薬剤などが含まれる。その組合せもまた本発明に含まれる。
【０１０５】
本明細書で用いられる「細胞傷害性薬物」という用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し及び／又は細胞死又は破壊を生ずる物質を指す。細胞障害性剤は、限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）：化学療法剤又は薬物（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシンまたは他の挿入剤）、成長阻害剤、酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素など、抗生物質、小分子毒素などの毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又はその変異体を含む）、及び以下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗癌剤を包含する。
【０１０６】
「化学療法剤」は、癌の治療に有用な化合物を指す。化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））；スルホン酸アルキル、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン(piposulfan)；アジリジン類、例えばベンゾドーパ(benzodopa)、カルボコン、メツレドーパ(meturedopa)、及びウレドーパ(uredopa)；アルトレトアミン(altretamine)、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド(triethylenethiophosphaoramide)及びトリメチローロメラミン(trimethylolomelamine)を含むエチレンイミン類及びメチラメラミン類；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；デルタ−９−テトラヒドロカナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標）；βラパチョーネ；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン（合成アナログトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標）、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標）を含む）、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン(scopolectin)及び９−アミノカンプトテシン；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸(podophyllinic acid)；テニポシド；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；ドゥオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；クロランブシル、クロロナファジン(chlornaphazine)、チョロホスファミド(cholophosphamide)、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベンビチン(novembichin)、フェネステリン(phenesterine)、プレドニムスチン(prednimustine)、トロフォスファミド(trofosfamide)、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン(chlorozotocin)、フォテムスチン(fotemustine)、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなどのニトロスレアス(nitrosureas)；抗生物質、例えばエネジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン(calicheamicin)、特にカリケアマイシンγ１Ｉ及びカリケアマイシンωＩ１（例えばNicolaou et al., Agnew Chem Intl. Ed. Engl. 33:183-186(1994)参照）；ＣＤＰ３２３、経口α−４インテグリン阻害剤；ダイネマイシン(dynemicin)Ａを含むダイネマイシン；エスペラマイシン；並びにネオカルチノスタチン発色団及び関連する色素タンパクエネジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン類(aclacinomysins)、アクチノマイシン、オースラマイシン(authramycin)、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン(cactinomycin)、カラビシン(carabicin)、カルミノマイシン、カルジノフィリン(carzinophilin)、クロモマイシン類、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン(detorbicin)、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤（ＤＯＸＩＬ（登録商標）、リポソームドキソルビシンＴＬＣＤ−９９���ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ペグ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標）、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マーセロマイシン(marcellomycin)、マイトマイシンＣのようなマイトマイシン、マイコフェノール酸(mycophenolic acid)、ノガラマイシン（nogalamycin)、オリボマイシン(olivomycins)、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(potfiromycin)、ピューロマイシン、ケラマイシン(quelamycin)、ロドルビシン(rodorubicin)、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン(tubercidin)、ウベニメクス、ジノスタチン(zinostatin)、ゾルビシン(zorubicin)；代謝拮抗剤、例えばメトトレキセート、ゲムシタビン(gemcitabine)（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフル(tegafur)（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン(capecitabine)(ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン(epothilone)、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えばデノプテリン(denopterin)、メトトレキセート、プテロプテリン(pteropterin)、トリメトレキセート(trimetrexate)；プリンアナログ、例えばフルダラビン(fludarabine)、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えばアンシタビン、アザシチジン(azacitidine)、６−アザウリジン(azauridine)、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン(enocitabine)、フロキシウリジン(floxuridine)；アンドロゲン類、例えばカルステロン(calusterone)、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン(testolactone)；抗副腎剤、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸リプレニッシャー(replenisher)、例えばフロリン酸(frolinic acid)；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン(amsacrine)；ベストラブシル(bestrabucil)；ビサントレン(bisantrene)；エダトラキセート(edatraxate)；デフォファミン(defofamine)；デメコルシン(demecolcine)；ジアジコン(diaziquone)；エルフォルニチン(elfornithine)；酢酸エリプチニウム(elliptinium)；エポチロン；エトグルシド(etoglucid)；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン(lonidainine)；メイタンシン(maytansine)及びアンサマイトシン類(ansamitocins)のようなメイタンシノイド類(maytansinoids)；ミトグアゾン(mitoguazone)；ミトキサントロン；モピダンモール(mopidanmol)；ニトラクリン(nitracrine)；ペントスタチン；フェナメット(phenamet)；ピラルビシン；ロソキサントロン(losoxantron)；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖類複合体(JHS Natural Products, Eugene, OR)；ラゾキサン(razoxane)；リゾキシン(rhizoxin)；シゾフィラン；スピロゲルマニウム(spirogermanium)；テニュアゾン酸(tenuazonic acid)；トリアジコン(triaziquone)；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン(trichothecenes)（特に、Ｔ−２トキシン、ベラキュリンＡ(verracurin A）、ロリジンＡ（roridin A)及びアングイジン(anguidine))；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン(mannomustine)；ミトブロニトール；ミトラクトール(mitolactol)；ピポブロマン(pipobroman)；ガシトシン(gacytosine)；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥＴＭ）、及びドキセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；プラチナ剤、例えばシスプラチン、オキサリプラチン（例えばＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））及びカルボプラチン；ビンカ類でチューブリン重合の微小管形成を阻害するもの、例えばビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標）、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボビン(leucovovin)；ノバントロン(novantrone)；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロナート(ibandronate)；トポイソメラーゼ阻害薬ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチロールニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸などのレチノイド、例えば、ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））；ビスホスホネート、例えばクロドロネート（例えばＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロン酸（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロン酸（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロン酸（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロン酸（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；トロキサシタビン(troxacitabine)（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に結びつくシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えばＰＫＣ−α、Ｒａｆ、及びＨ−Ｒａｓ、及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン及び遺伝子治療ワクチン等のワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；トポイソメラーゼ１阻害薬（例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えばＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（スニチニブ、ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Pfizer）；ペリフォシン(perifosine)、ＣＯＸ−２阻害剤（例えばセレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオゾーム阻害剤（例えばＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；チピファルニブ(tipifarnib)（Ｒ１１５７７）；オラフィニブ(orafenib)、ＡＢＴ５１０；ＢＣＬ−２阻害剤、例えばオブリメルセンナトリウム(oblimersen sodium)（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（以下の定義を参照）；チロシンキナーゼ阻害剤；セリン−スレオニンキナーゼ阻害剤、例えばラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えばロナファーニブ（ＳＣＨ６６３６，ＳＡＲＡＳＡＲＴＭ）；及び上述したものの何れかの薬学���に許容可能な塩、酸又は誘導体：並びに上記のうち２以上の組合せ、例えば、シクロフォスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニソロンの併用療法の略称であるＣＨＯＰ；及び５−ＦＵ及びロイコボリンとオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮＴＭ）を組合せた治療法の略称であるＦＯＬＦＯＸが含まれる。
【０１０７】
ここで定義された化学療法剤には、癌の増殖を促進しうるホルモンの作用を調節、低減、遮断、又は阻害するように働く「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療剤」が含まれる。それらはそれ自体がホルモンであってもよく、限定するものではないが、混合アゴニスト／アンタゴニストプロファイルを持つ抗エストロゲン、例えばタモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標））、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン(raloxifene)（ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン(trioxifene)、ケオキシフェン(keoxifene)、及びＳＥＲＭ３などの選択的なエストロゲン受容体調節因子（ＳＥＲＭ）；アゴニスト特性を有さない純粋な抗エストロゲン類、例えばフルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））、及びＥＭ８００（このような薬剤はエストロゲン受容体（ＥＲ）二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増加させ、及び／又はＥＲレベルを抑制しうる）；アロマターゼインヒビター、例えば、ホルメスタン及びエキセメスタン（ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））などのステロイド系アロマターゼインヒビター、及びアナストロゾール（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））及びアミノグルテチミドなどの非ステロイド性アロマターゼインヒビター、及びボロゾール（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、メゲストロールアセテート（ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾール及び４（５）−イミダゾールを含む他のアロマターゼインヒビター；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、例えばロイプロリド（ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプトレリン；性ステロイド、例えばプロゲスチン、例えばメゲストロールアセテート及びメドロキシプロゲステロンアセテート、エストロゲン、例えばジエチルスチルベストロール及びプレマリン、及びアンドロゲン／レチノイド、例えばフルオキシメステロン、全てのトランスレチオニン酸及びフェンレチニド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方制御因子（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン類、例えばフルタミド、ニルタミド及びビカルタミド；及び上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体；並びに、上記のうちの２以上の組合せを含む。
【０１０８】
この出願で用いられる用語「プロドラッグ」なる用語は、親薬剤と比較して腫瘍細胞に対する細胞障害性が低く、酵素的に活性化又はより活性な親形態に変換されうる薬学的に活性な物質の前駆体又は誘導体の形態を指す。例として、Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, 頁375-382, 615th Meeting Belfast (1986)、及びStella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al.,（編）、頁247-267, Humana Press (1985)を参照のこと。本発明のプロドラッグには、限定するものではないが、ホスファート含有プロドラッグ、チオホスファート含有プロドラッグ、スルファート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β−ラクタム含有プロドラッグ、任意に置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ、又は任意に置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、より活性のある細胞毒のない薬剤に転換可能な５−フルオロシトシン及び他の５−フルオロウリジンプロドラッグを含む。限定はしないが、本発明で使用されるプロドラッグ形態に誘導体化可能な細胞障害性剤の例には、前記の化学療法剤が含まれる。
【０１０９】
本明細書で使用される「増殖阻害剤」は、細胞（例えば、増殖が、ＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）遺伝子及び／又はＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）の発現にインビトロ又はインビボのどちらかで依存している細胞）の増殖を阻害する化合物又は組成物を意味する。増殖阻害剤の例は、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の位置で）阻害する薬剤、例えばＧ１停止又はＭ期停止を誘発する薬剤を含む。古典的なＭ期ブロッカーには、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、及び例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンなどのトポイソメラーゼＩＩ阻害剤が含まれる。またＧ１停止させるこれらの薬剤は、Ｓ期停止にも波及し、例えば、ＤＮＡアルキル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、５−フルオロウラシル、及びアラ−Ｃである。更なる情報は、The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn及びIsrael, 編, 第１章, 表題「Cell cycle regulation, oncogene, and antineoplastic drugs」, Murakami等, (WB Saunders: Philadelphia, 1995)、特に１３頁に見出すことができる。タキサン類（パクリタキセル及びドセタキセル）は、共にイチイに由来する抗癌剤である。ヨーロッパイチイに由来するドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、ローン・プーラン ローラー）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、ブリストル−マイヤー スクウィブ）の半合成類似体である。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体から微小管の集合を促進し、細胞の有糸分裂を阻害する結果となる脱重合を防ぐことによって微小管を安定化にする。
【０１１０】
「放射線療法」とは、正常に機能する能力を制限するか、又は完全に細胞を破壊するために、細胞に十分な損傷を誘導するために指定されたγ線又はβ線の使用を意味する。治療の用量及び持続時間を決定するための当技術分野で公知の多くの方法が存在することが理解されるであろう。典型的な治療法は一回の投与として与えられ、典型的な投与量は、１日あたり１０から２００単位（グレイ）の範囲である。
【０１１１】
「個体」又は「被検体」は、哺乳動物である。哺乳動物は、限定されないが、家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウマ）、霊長類（例えば、ヒト、サルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ、げっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含む。所定の実施態様において、個体又は被検体はヒトである。
【０１１２】
用語「同時に」は、投与の少なくとも一部が時間的に重なる二以上の治療薬の投与に言及するために使用される。従って、同時投与とは、一以上の他の薬剤の投与を中止した後に一以上の薬剤投与が継続する場合の投与計画を含む。
【０１１３】
「低減する又は阻害する」とは、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又はそれ以上の全体的減少を引き起こす能力を意味する。低減する又は阻害するとは、治療する疾患の症状、転移の存在又は大きさ、又は原発腫瘍の大きさを指しうる。
【０１１４】
用語「パッケージ挿入物」は、効能、用法、用量、投与、併用療法、禁忌についての情報、及び／又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
【０１１５】
「製造品」は、例えば、疾患又は障害（例えば、癌）の治療のための医薬、又は本明細書に記載のバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブなど少なくとも一の試薬を含んでなる任意の製品（例えばパッケージ又は容器）又はキットである。ある実施態様において、製品又はキットは、本明細書に記載の方法を実施するためのユニットとして、宣伝され、配布され又は販売される。
【０１１６】
「ターゲット層(target audience)」は、個体、集団；新聞、医学文献、雑誌の読者；テレビやインターネットの視聴者；ラジオやインターネットのリスナー：医師、製薬会社など、とりわけ特定の使用、治療、又は適応症について、マーケティング又は広告により、特定の医薬が宣伝されるか又は宣伝されることが意図される人々のグループ又は機関である。
【０１１７】
当業者によって理解されるように、本明細書中の「およそ」の値又はパラメーターへの言及は、その値又はパラメーター自体に対する実施態様を含む（記載する）。例えば、「およそＸ」との記載には「Ｘ」の記載が含まれる。
【０１１８】
本明細書に記載の発明の態様及び実施態様は、態様及び実施態様「からなる」及び／又は「本質的になる」を含む。本明細書で使用されるように、単数形の「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、特に指示がない限り、複数への参照が含まれる。
【０１１９】
ＩＩ．方法と使用
本明細書に提供されるのは、個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを評価し、及び／又はＦＧＦ１９修飾薬による個体の疾患又は障害を治療する方法である。具体的には、本明細書に提供されるのは、個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与し、ＦＧＦ１９修飾薬による治療の最中において個体において一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを（例えば参照と比較して）評価することを含む、個体における疾患又は障害を治療するための方法を提供する。例えば、本明細書に提供されるのは、個体にＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）の有効量を投与し、ＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）による治療の最中において個体において一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを（例えば参照と比較して）評価することを含む、個体における疾患又は障害を治療するための方法である。
【０１２０】
本明細書で更に提供されるのは、個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを含む、個体における疾患又は障害を治療するための方法であり、ここで治療は、（例えば参照と比較した）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づく。例えば、本明細書で提供されるのは、個体にＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）の有効量を投与することを含む、個体において癌を治療するための方法であり、ここで治療は、（例えば参照と比較した）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づく。
【０１２１】
更に本明細書に提供されるのは、個体において疾患又は障害を治療するための方法であり、該方法は、個体からのサンプルにおいて（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し、個体にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される。例えば、本明細書に提供されるのは、個体において癌を治療するための方法であり、該方法は、個体からのサンプルにおいて（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し、個体にＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）の有効量を投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される。
【０１２２】
本明細書に提供されるのは、（ａ）個体が（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを含む、疾患又は障害を有する個体を選択し；（ｂ）ＦＧＦ１９修飾薬の有効量をこのようにして選択された個体に投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される、疾患又は障害を治療するための方法である。例えば、本明細書に提供されるのは、（ａ）個体が（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを含む、癌を有する個体を選択し；（ｂ）ＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）の有効量をこのようにして選択された個体に投与することを含み、それによって疾患又は障害が治療される、癌を治療するための方法である。
【０１２３】
また本明細書に提供されるのは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から多かれ少なかれ利益を示す可能性がある個体を同定する方法であり、該方法は、個体から得られたサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む。例えば、本明細書に提供されるのは、ＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）を含む治療から多かれ少なかれ利益を示す可能性がある個体を同定する方法であり、該方法は、個体から得られたサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１２４】
本明細書に提供されるのは、疾患又は障害を持つ個体が、ＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して多かれ少なかれ毒性を示す可能性があるかどうかを予測するための方法であり、該方法は一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む。例えば、本明細書に提供されるのは、癌を有する個体が、ＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）を含む治療に対して多かれ少なかれ毒性を示す可能性があるかどうかを予測するための方法であり、該方法は一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む。幾つかの実施態様において、毒性は、下痢（重度の下痢）、脱水、低摂取量、体重の減少、及び／又は病的状態である。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１２５】
また本明細書に提供されるのは、疾患又は障害を持つ個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続すべきか又は中止すべきかを決定する方法であり、該方法は個体から得られたサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルは（例えば参照と比較して）、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続すべきか又は中止すべきかを決定する。例えば、本明細書に提供されるのは、癌を有する個体がＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）を含む治療を継続すべきか又は中止すべきかを決定する方法であり、該方法は個体から得られたサンプル中で一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを測定することを含み、ここで一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルは（例えば参照と比較して）、個体がＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続すべきか又は中止すべきかを決定する。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１２６】
更に、本明細書に提供されるのは、治療を継続することに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い個体を同定する方法であり、ここで治療は、サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいてＦＧＦ１９修飾薬を含む。例えば、本明細書に提供されるのは、治療を継続することに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い個体を同定する方法であり、ここで治療は、サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいてＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）を含む。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１２７】
本明細書に提供されるのは、個体において一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む、疾患又は障害を有し、治療を受けている個体において、治療効果を最適化し及び／又は疾患又は障害の治療に関連した毒性を減少させる方法である。例えば、本明細書に提供されるのは、個体において一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含む、癌を有し、治療を受けている個体において、治療効果を最適化し及び／又は疾患又は障害の治療に関連した毒性を減少させる方法である。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１２８】
更に、本明細書に提供されるのは、治療の投薬及び／又は投薬計画を継続することに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い、疾患又は障害を有する個体を同定する方法であり、ここで治療は、サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいてＦＧＦ１９修飾薬を含む。例えば、本明細書に提供されるのは、治療の投薬及び／又は投薬計画を継続することに適している可能性が高いか又は適している可能性が低い、疾患又は障害を有する個体を同定する方法であり、ここで治療は、サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいてＦＧＦ１９修飾薬を含む。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１２９】
本明細書に提供されるのは、個体の投与量有効性を最適化するためのアッセイ方法であって、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、ＦＧＦ１９修飾薬のその後の用量を推奨することを含む。例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）を受ける個体において投与量有効性を最適化するためのアッセイ方法が提供され、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、ＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）のその後の用量を推奨することを含む。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１３０】
別の態様において、個体がＦＧＦ１９修飾薬に対して毒性を生じるであろうリスクを評価するためのアッセイ方法が提供され、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、個体がＦＧＦ１９修飾薬に対して毒性を示すであろうリスクを評価することを含む。例えば、個体がＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）に対して毒性を生じるであろうリスクを評価するためのアッセイ方法が提供され、該方法は、（ａ）個体からのサンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定し；（ｂ）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルに基づいて、個体がＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗ＦＧＦ１９抗体）に対して毒性を示すであろうリスクを評価することを含む。幾つかの実施態様において、本方法は、ＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを更に含む。
【０１３１】
任意の方法の幾つかの実施態様において、個体からのサンプルにおける（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が高く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を示す可能性は低く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続することに適している可能性が高く、及び／又は個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の投薬及び／又は投薬計画を継続することに適している可能性が高いことを示唆するか又は決定する。
【０１３２】
任意の方法の幾つかの実施態様において、（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が低く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を示す可能性が高く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続することを中止すべきであり、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続することに適している可能性が低く、個体に対して続いて投与されるＦＧＦ１９修飾薬の量及び／又は頻度を減らす必要性、及び／又は個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の投薬及び／又は投薬計画を継続することに適している可能性が低いことを示唆する。
【０１３３】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは肝臓の酵素である。幾つかの実施態様において、肝臓酵素は血清肝臓酵素である。
【０１３４】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは胆汁酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、総胆汁酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、疎水性胆汁酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、一次胆汁酸である。幾つかの実施態様において、一次胆汁酸は、コール酸（３α−７α、１２α−トリヒドロキシ−５βコラン酸）、ケノデオキシコール酸（３α、７α−ジヒドロキシ−５β−コラン酸）、及び／又はそれらのコンジュゲート形態である。幾つかの実施態様において、一次胆汁酸は、グリココール酸、及び／又はタウロコール酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、二次胆汁酸である。幾つかの実施態様において、二次胆汁酸は、デオキシコール酸（３β、１２α−ジヒドロキシ−５β−コラン酸）、リトコール酸（３α−ヒドロキシ−５β−コラン酸）、及び／又はそのコンジュゲート形態（例えば、グリシン及び／又はタウリン）である。幾つかの実施態様において、二次胆汁酸は、３α、１２α−ヒドロキシ−５β−コラン酸、イソ−リトコール酸、及び／又は１２−オキソ−３α−ヒドロキシ−５β−コラン酸である。幾つかの実施態様において、二次胆汁酸はリトコール酸である。幾つかの実施態様において、二次胆汁酸はデオキシコール酸である。幾つかの実施態様において、胆汁酸は、三次胆汁酸である。幾つかの実施態様において、三次胆汁酸、はウルソデオキシコール酸（３ａ、７β−デオキシコール酸）及び／又はそれらのコンジュゲート（例えば、グリシン及び／又はタウリン）である。
【０１３５】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）、γグルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）、α−Ｌ−フコシダーゼ（ＡＦＵ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）、コリンエステラーゼ活性（ＣＨＥ）、α−フェトプロテイン（ＡＦＰ）、及び／又は総ビリルビンレベル（ＴＢＩＬ）である。
【０１３６】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは、チトクロームＰ４５０、サブファミリーＶＩＩＡ（コレステロール７アルファ−モノオキシゲナーゼ）、ポリペプチド１（Ｃｙｐ７α１）、胆汁塩排出ポンプ（ＢＳＥＰ）、多剤耐性関連タンパク質２（ＭＲＰ２／ＡＢＣＣ２）、多剤耐性関連タンパク質３（ＭＲＰ３／ＡＢＣＣ３）、有機溶質輸送体アルファ（Ｏｓｔ−α）、有機溶質輸送体ベータ（Ｏｓｔ−β）、及び／又は回腸胆汁酸結合タンパク質（ＩＢＡＢＰ）である。幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーはＣｙｐ７α１である。
【０１３７】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは肝細胞傷害及び／又は機能不全である。任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは肝細胞の単一細胞壊死である。
【０１３８】
任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの実質的に正常なレベルは、コール酸については約３６〜３８％の間、ケノデオキシコール酸については約３２〜３４％の間、デオキシコール酸については約２６〜２８％の間、及び／又はリトコール酸については約１〜２％の間の何れかのレベル、及び／又は総胆汁酸のウルソデオキシコール酸については１％未満のレベルである。任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベルは、コール酸については約３６％、ケノデオキシコール酸については約３２％、デオキシコール酸については約２６％、及び／又は総胆汁酸のリトコール酸については約１％の何れか未満（例えば、有意に少ない）レベルである。任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、コール酸については約３８％、ケノデオキシコール酸については約３４％、デオキシコール酸については約２８％、リトコール酸については約２％、及び／又は総胆汁酸のウルソデオキシコール酸については約１％の何れかを超える（例えば、有意に超える）レベルである。
【０１３９】
任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの実質的に正常なレベルは、血清中（例えば、末梢血清）の胆汁酸では２〜１０μｍｏｌ／Ｌの間、糞便中の胆汁酸では０．２〜０．５ｇ／ｄの間、及び／又は尿中の胆汁酸では８μｍｏｌ／Ｌである。任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、血清中（例えば末梢血清）の胆汁酸の約１２、約２５、約５０、約７５、約１００、約１２５、約１５０、約１７５、約２００、約２２５、約２５０、約２７５又は約３００μｍｏｌ／Ｌの何れかを超える。任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、血清中（例えば末梢血清）の胆汁酸の約１２から約３００μｍｏｌの間及び／又は約１００から約３００μｍｏｌ／Ｌの間である。任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、尿中の胆汁酸の約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、又は約１２０μｍｏｌ／Ｌの何れかを超える。任意の方法の幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは約１２０μｍｏｌ／Ｌである。幾つかの実施態様において、レベルは空腹時のレベルとして測定される。幾つかの実施態様において、レベルは食後のレベルとして測定される。
【０１４０】
任意の方法の幾つかの実施態様において、個体からのサンプルにおける（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇したレベルは、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が高く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を示す可能性は低く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続することに適している可能性が高く、及び／又は個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の投薬及び／又は投薬計画を継続することに適している可能性が高いことを示唆するか又は決定する。
【０１４１】
任意の方法の幾つかの実施態様において、（例えば参照と比較して）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの減少したレベル及び／又は実質的に正常なレベルは、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療から利益を示す可能性が低く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療に対して毒性を示す可能性が高く、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続することを中止すべきであり、個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療を継続することに適している可能性が低く、個体に対して続いて投与されるＦＧＦ１９修飾薬の量及び／又は頻度を減らす必要性、及び／又は個体はＦＧＦ１９修飾薬を含む治療の投薬及び／又は投薬計画を継続することに適している可能性が低いことを示唆する。
【０１４２】
任意の方法の幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは、ナトリウム−タウロコール酸共輸送ポリペプチド（ＮＴＣＰ）、有機アニオン輸送ポリペプチド、有機アニオン輸送体２（ＯＡＴ２）及び多剤耐性関連タンパク質４（ＭＲＰ４／ＡＢＣＣ４）、胆汁排泄指標（ＢＥＩ）、頂端側ナトリウム依存性胆汁酸輸送体（ＡＳＢＴ／ＳＬＣ１０Ａ２）、胆汁酸吸収、及び／又はタウロコール酸の取り込みである。
【０１４３】
任意の方法の幾つかの実施態様において、上昇した発現レベル及び／又はレベル、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、胆汁酸代謝バイオマーカー（例えば、代謝物、タンパク質及び／又は核酸（例えば、遺伝子又はｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの及び／又はそれら以上の全体的な増加を指す。ある実施態様において、上昇した発現レベル及び／又はレベルとは、サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの発現レベル及び／又はレベルの増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織において、それぞれの胆汁酸代謝バイオマーカーの発現レベル及び／又はレベルの少なくとも約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約２５倍、約５０倍、約７５倍、又は約１００倍の何れかである。幾つかの実施態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの上昇した発現レベル及び／又はレベルは、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、約１．１倍、約１．５倍、約２倍、約２．５倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１２倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、及び／又は約３０倍の何れか及び／又はそれを超える全体的な増加を意味する。
【０１４４】
任意の方法の幾つかの実施態様において、減少した発現レベル及び／又はレベル、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、胆汁酸代謝バイオマーカー（例えば、代謝物、タンパク質及び／又は核酸（例えば、遺伝子又はｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約８％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約５０％、約６０％、約６４％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの及び／又はそれら以上の全体的な減少を指す。ある実施態様において、減少した発現レベル及び／又はレベルとは、サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの発現レベル及び／又はレベルの減少を指し、ここでその減少は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織において、それぞれの胆汁酸代謝バイオマーカーの発現レベル及び／又はレベルの少なくとも約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約２５倍、約５０倍、約７５倍、又は約１００倍の何れかである。ある実施態様において、減少した発現レベル及び／又はレベルとは、サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの発現レベル及び／又はレベルの減少を指し、ここでその減少は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織において、それぞれのバイオマーカーの発現レベル及び／又はレベルの少なくとも約０．９倍、約０．８倍、約０．７倍、約０．６倍、約０．５倍、約０．４倍、約０．３倍、約０．２倍、約０．１倍、約０．０５倍、又は約０．０１倍及び／又はその何れかである。
【０１４５】
任意の方法の幾つかの実施態様において、参照とは、健常個体及び／又は個体の健常集団の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの平均レベルである（例えば、ここではレベルは類似及び／又は同一方法により測定される）。任意の方法の幾つかの実施態様において、参照とは、疾患又は障害を有する第二個体及び／又は疾患又は障害を有する個体の集団の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの平均レベルである（例えば、ここではレベルは類似及び／又は同一方法により測定される）。任意の方法の幾つかの実施態様において、参照とは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む処置を開始する前及び／又は処置を開始する時点における、疾患又は障害を有する個体の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルである。任意の方法の幾つかの実施態様において、参照とは、ＦＧＦ１９修飾薬を含む処置の間の時点における、疾患又は障害を有する個体の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルである。
【０１４６】
任意の方法の幾つかの実施態様において、疾患又は障害は増殖性疾患又は障害である。幾つかの実施態様において、増殖性疾患又は障害は癌である。癌及び癌細胞の例は、限定されないが、癌、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽腫および網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマ、および膵島細胞癌を含む）、中皮腫、神経鞘腫（聴神経腫を含む）、髄膜腫、腺癌、黒色腫、及び白血病又はリンパ性悪性腫瘍を含む。このような癌のより具体的な例には、扁平上皮癌（例えば上皮の扁平細胞癌）、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）を含む肺癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺癌及び肺の扁平上皮癌、腹膜の癌、肝細胞性癌、胃腸癌を含む胃(gastric、stomach)癌、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌（転移性乳癌を含む）、大腸癌、直腸癌、大腸直腸癌、子宮内膜癌又は子宮癌、唾液腺細胞腫、腎臓癌又は腎癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝細胞腫、食道細胞腫、肝細胞腫、肛門部の細胞腫、陰茎細胞腫、並びに頭部及び頚部の癌が含まれる。幾つかの実施態様において、癌は結腸直腸癌である。幾つかの実施態様において、癌は腎細胞癌である。幾つかの実施態様において、癌は肝細胞癌である。幾つかの実施態様において、癌は転移性癌である。
【０１４７】
一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの存在及び／又は発現レベル／量は、代謝物、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡを含むがこれらに限定されない当技術分野で公知の任意の適切な基準に基づいて、定性的及び／又は定量的に決定することができる。ある実施態様において、第一サンプル中の胆汁酸代謝バイオマーカーの存在及び／又は発現／量は、第二サンプル中の存在及び／又は発現／量と比較して増加する。ある実施態様において、第一サンプル中の胆汁酸代謝バイオマーカーの存在及び／又は発現／量は、第二サンプル中の存在及び／又は発現／量と比較して減少する。ある実施態様において、第二サンプルは、参照サンプル、参照セル、基準組織、対照サンプル、対照細胞又は対照組織である。遺伝子の存在及び／又は発現レベル／量を決定するための更なる開示が本明細書に記載される。
【０１４８】
サンプル中の種々の胆汁酸代謝バイオマーカーの存在及び／又は発現レベル及び／又は量は、多くの方法論によって分析することができ、その多くは、当該分野で公知であり、当業者によって理解され、限定されないが、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ウェスタンブロット解析、免疫沈降、分子結合アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＦＡ、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、定量的な血液に基づくアッセイ（例えば血清ＥＬＩＳＡ）、生化学酵素活性アッセイ、インサイチュハイブリダイゼーション、ノーザン分析、定量的リアルタイムＰＣＲ（定量ＲＴ−ＰＣＲ）を含むポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）及び他の増幅型検出方法、例えば、分枝ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＦＩＳＨ、マイクロアレイ解析、遺伝子発現プロファイリング、及び／又は遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、気液クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、質量分析、酵素アッセイ、並びにタンパク質、遺伝子及び／又は組織アレイ分析によって実施することができる多種多様なアッセイの何れか一が含まれる。遺伝子の状態および遺伝子産物を評価するための典型的なプロトコルは、例えば、Ausubel et al. eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, ユニット２（ノーザンブロッティング）、４（サザンブロッティング）、１５（イムノブロッティング）及び１８（ＰＣＲ分析）．に見いだされる。Rules Based Medicine又はMeso Scale Discovery (MSD)から入手可能なものとして多重イムノアッセイを使用してもよい。幾つかの実施態様において、発現は、気液クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、質量分析（例えば、ＧＳ−ＭＳ）及び／又は酵素アッセイによって測定される。
【０１４９】
胆汁酸及び／又は胆汁酸の取り込み及び排出の評価のための方法は、当該技術分野で公知であり、実施例に記載される。胆汁酸取り込みと排出は、Ｂ−Ｃｌｅａｒ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＴＭ(Qualyst Inc., NC)を用いて、プローブ基質としてｄ８タウロコール酸を用いて評価することができる。内因性胆汁酸（タウロコール酸、ＴＣＡ：グリココール酸、ＧＣＡ；タウロケノデオキシコール酸；ＴＣＤＣＡ、グリコケノデオキシコール酸；ＧＣＤＣＡ）の総質量はカルシウムを含まない緩衝液中で測定することができ、取り込まれ及び排出された化合物の総重量はＬＣ／ＭＳ／ＭＳを用いてカルシウム含有緩衝液中で測定することができ、安定同位体同等物（ｄ８−ＴＣＡ、ｄ４−ＧＣＡ、ｄ４−ＴＣＤＣＡ、又はｄ４−ＧＣＤＣＡ）を用いて調製した標準曲線に対して定量することができる。胆汁排出指数及びインビトロでの胆汁クリアランスは、Liu X. et al. 1999. Drug Metab Dispos 27(6):637-44に以前記載されるように算出することができる。
【０１５０】
酵素学的ＴＢＡアッセイ法は、ＮＡＤ＋から補酵素ＮＡＤＨの同時形成を伴って全ての胆汁酸の３−α−ヒドロキシル基を３−ケト基に変換する酸化反応を触媒する３−α−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼを使用する。ＮＡＤＨは、５４０ｎｍでの吸光度測定値によって監視することができ、血清中の胆汁酸濃度に比例するニトロテトラゾリウムブルーと更に反応させる。酵素サイクリングに基づくＴＢＡアッセイにおいて、血清胆汁酸分子は３−α−ヒドロキシステロイド脱水素酵素によって繰り返し酸化還元され、４０５ｎｍで検出される還元型補酵素チオ−ＮＡＤＨの同時蓄積を伴う。
【０１５１】
細胞内におけるｍＲＮＡの評価方法は周知であり、例えば、相補的ＤＮＡプローブを用いたハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、一以上の遺伝子に特異的な標識リボプローブを用いたインサイツハイブリダイゼーション、ノーザンブロットおよび関連した技術）、および様々な核酸増幅アッセイ（例えば、一以上の遺伝子に特異的な相補的プライマーを用いたＲＴ−ＰＣＲおよび、他の増幅型の検出法、例えば枝分れＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど）が含まれる。
【０１５２】
哺乳動物の生体サンプルは、例えばノーザン、ドットブロットまたはＰＣＲ分析を用いて、ｍＲＮＡについて都合よくアッセイすることができる。また、そのような方法は、（例えばアクチンファミリーメンバーのような「ハウスキーピング」遺伝子の比較コントロールｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることによって）生物学的試料中の標的ｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする一又は複数の工程を含みうる。場合によっては、増幅された標的ｃＤＮＡの配列を決定することができる。
【０１５３】
選択的方法は、マイクロアレイ技術によって、組織又は細胞試料中における標的ｍＲＮＡなどのｍＲＮＡを、検査又は検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを用いて、試験及び対照組織サンプル由来の試験及び対照のｍＲＮＡサンプルは逆転写され、ｃＤＮＡプローブを生成するために標識される。次いで、プローブを固体支持体上に固定化された核酸のアレイにハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列と位置が分かるように構成される。例えば、発現が抗血管新生療法の臨床的利益の増加又は減少と相関する遺伝子の選択を、固体支持体上に配置することができる。特定のアレイメンバーとの標識プローブのハイブリダイゼーションは、プローブが由来するサンプルがその遺伝子を発現することを示している。
【０１５４】
幾つかの実施態様によれば、存在及び／又は発現レベル／量は、上記の遺伝子のタンパク質発現レベルを観察することにより測定される。所定の実施態様において、本方法は、バイオマーカーの結合を許容する条件下で、本明細書に記載の抗体と胆汁酸代謝バイオマーカーを接触させること、及び複合体が抗体とバイオマーカーとの間に形成されているかどうかを検出することを含む。そのような方法は、インビトロ又はインビボでの方法であり得る。一実施態様において、抗ＦＧＦ１９修飾薬、特に抗ＦＧＦ１９抗体、例えば患者の選択用の胆汁酸代謝バイオマーカー、による治療に好適な被検体を選択するために抗体が使用される。
【０１５５】
ある実施態様において、サンプル中の胆汁酸代謝バイオマーカータンパク質の存在及び／又は発現レベル／量は、ＩＨＣプロトコル及び染色プロトコルを用いて調べられる。組織切片のＩＨＣ染色は、サンプル中のタンパク質の存在を決定又は検出するための信頼性のある方法であることが示されている。一態様において、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの発現レベルは、（ａ）抗体によりサンプル（例えば、患者の癌サンプルなど）のＩＨＣ解析を行い；ｂ）サンプル中の一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーの発現レベルを決定することを含む方法を用いて決定される。幾つかの実施態様において、ＩＨＣ染色強度は参照値に対して決定される。
【０１５６】
ＩＨＣは、例えば、形態学的染色および／または蛍光インサイツハイブリダイゼーションなどの追加技術と組み合わせて行ってもよい。ＩＨＣの２つの一般的な方法が利用可能である；直接アッセイ及び間接アッセイ。第一のアッセイによれば、標的抗原に対する抗体の結合が直接決定される。この直接アッセイは、更なる抗体相互作用無しで視覚化することができる、蛍光タグ又は酵素標識一次抗体などの標識試薬を使用する。典型的な間接アッセイでは、コンジュゲートしていない一次抗体は抗原に結合し、次いで標識した二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識にコンジュゲートされる場合、発色性又は蛍光発生基質が、抗原の可視化を提供するために添加される。幾つかの二次抗体が一次抗体上の異なるエピトープと反応し得るため、シグナルの増幅が生じる。
【０１５７】
ＩＨＣのために用いられる一次及び／又は二次抗体は、典型的には、検出可能な部分で標識される。通常、以下の種類に分類できる多くの標識が利用可能である：（ａ）ラジオアイソトープ、例えば３５Ｓ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈおよび１３１Ｉ；（ｂ）コロイド金粒子；（ｃ）希有土類キレート（ユウロピウムキレート）、テキサスレッド、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコクリセリン（ｐｈｙｃｏｃｒｙｔｈｅｒｉｎ）、フィコシアニン、又はＳＰＥＣＴＲＵＭ ＯＲＡＮＧＥ７およびＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ７などの市販の蛍光体及び／又は上記の何れか一ないしは複数の誘導体を含むが、これらに限定されるものではない蛍光標識。（ｄ）様々な酵素基質標識が利用可能であり、米国特許第４２７５１４９号にはこの概説がある。酵素標識の例には、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４７３７４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタルアジネジオン(dihydrophthalazinediones)、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）などのペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リソチーム、サッカライドオキシダーゼ（例えばグルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼおよびグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環のオキシダーゼ（例えばウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼ）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼなどが含まれる。
【０１５８】
酵素基質の組合せの例には、例えば、基質として水素ペルオキシダーゼを有する西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）；発色性基質としてリン酸パラグラフ−ニトロフェニルを有するアルカリホスファターゼ（ＡＰ）；及び色素生産性基質（例えばｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）又は蛍光発生基質（例えば、４−メチルウンベリフェリル(methylumbelliferyl)−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）を有するβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）が含まれる。これらの一般的な概要については、米国特許第４２７５１４９号及び同第４３１８９８０号を参照。
【０１５９】
調製される検査材料はマウントしてカバーグラスをかけてもよい。その後、例えば顕微鏡を使用してスライドの評価を行い、当分野で通常用いられる染色強度判定基準を用いてもよい。幾つかの実施態様において、約１＋以上の染色パターンスコアは、診断的及び／又は予後徴候である。ある実施態様において、ＩＨＣアッセイにおける約２＋以上の染色パターンスコアは、診断的及び／又は予後徴候である。他の実施態様において、約３以上の染色パターンスコアは、診断的及び／又は予後徴候である。一実施態様において、腫瘍または結腸腺腫からの細胞および／または組織がＩＨＣを用いて試験される場合、（サンプル中に存在し得る間質又は周囲の組織とは対照的に）染色は、腫瘍細胞および／または組織で一般に決定又は評価されることが理解される。
【０１６０】
別法において、サンプルは、抗体−バイオマーカー複合体を形成するのに十分な条件下で、前記胆汁酸代謝バイオマーカーに特異的な抗体と接触させ、次いで前記複合体を検出してもよい。胆汁酸代謝バイオマーカーの存在は、血漿又は血清を含む広く様々な組織及びサンプルをアッセイするために、ウェスタンブロッティングやＥＬＩＳＡ法など多くの方法で検出することができる。このようなアッセイ形式を使用する広範囲のイムノアッセイ技術が利用可能であり、例えば、米国特許第４，０１６，０４３号、第４，４２４，２７９号及び第４，０１８，６５３号を参照。これらは、非競合型の単一部位及び二部位又は「サンドイッチ」アッセイ、並びに従来の競合結合アッセイの両方が含まれる。これらのアッセイはまた、標識抗体の標的胆汁酸代謝バイオマーカーへの直接的結合を含む。
【０１６１】
選択された胆汁酸代謝バイオマーカーの存在及び／又は発現レベル／量はまた、機能性又は活性に基づいたアッセイを手段として調べることが可能である。例えば、胆汁酸代謝バイオマーカーが酵素である場合、試料中の所定の酵素活性の存在を決定又は検出するための当技術分野で公知のアッセイを行うことができる。
【０１６２】
ある実施態様において、サンプルは、アッセイしたバイオマーカーの量における両方の差異、及び使用したサンプルの純度のばらつき、及びアッセイの実行間のばらつきについて正規化される。そのような正規化は、ＡＣＴＢなどの周知のハウスキーピング遺伝子を含む特定の正規化バイオマーカーの発現を測定し、組み込むことによって達成することができる。別法として、正規化は、アッセイされた遺伝子の全て又はその大きなサブセットの平均値又は中央値に基づいて行うことができる（グローバル標準化アプローチ）。遺伝子ごと基づいて、患者の腫瘍のｍＲＮＡ又はタンパク質の測定された正規化された量は、参照セットにおいて見出される量と比較される。患者あたりの試験された腫瘍当たりの各ｍＲＮＡ又はタンパク質の正規化された発現レベルは、参照セットにおいて測定された発現レベルの割合として表すことができる。分析されるべき特定の患者のサンプル中で測定される存在及び／又は発現レベル／量は、この範囲内でかなりのパーセンタイルで含まれ、当技術分野で周知の方法によって決定することができる。
【０１６３】
ある実施態様において、以下のように遺伝子の相対的発現レベルが決定される。
相対発現ｇｅｎｅ１サンプル１＝２ｅｘｐ（Ｃｔ ハウスキーピング遺伝子−Ｃｔ ｇｅｎｅ１）、Ｃｔはサンプル中で測定される。
相対発現ｇｅｎｅ１参照ＲＮＡ＝２ｅｘｐ（Ｃｔ ハウスキーピング遺伝子−Ｃｔ ｇｅｎｅ１）、Ｃｔは参照サンプル中で測定される。
正規化された相対的発現ｇｅｎｅ１サンプル１＝（相対的発現ｇｅｎｅ１サンプル１／相対的発現ｇｅｎｅ１参照ＲＮＡ）×１００
Ｃｔは閾値サイクルである。Ｃｔは、反応内で生成される蛍光が閾値線と交差するサイクル数である。
【０１６４】
全ての実験は、様々な組織源からのＲＮＡの網羅的混合物である、参照ＲＮＡに対して正規化される（例えば、Clontech, Mountain View, CAからの参照ＲＮＡ＃６３６５３８）。同一の参照ＲＮＡは、各ｑＲＴ−ＰＣＲの実行に含まれ、異なる実験実行の間の結果の比較を可能にする。
【０１６５】
一実施態様では、サンプルは診断アッセイにおいて使用される。別の実施態様において、サンプルは原発性又は転移性腫瘍から得られる。幾つかの実施態様において、サンプルは原発性又は転移性腫瘍から得られる。組織生検は、腫瘍組織の代表的な一片を得るためにしばしば使用される。あるいは、腫瘍細胞は、目的の腫瘍細胞を含有することが知られているか又は考えられる組織又は体液の形で間接的に得ることができる。例えば、肺癌病変のサンプルは切除術、気管支鏡検査法、細針吸引、気管支ブラッシングにより、又は痰、胸膜液または血液から得ることができる。遺伝子又は遺伝子産物は、癌又は腫瘍組織から、又は、尿、糞便サンプル、回腸組織、肝臓組織、痰、血清又は血漿などの他の身体サンプルから検出することができる。幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは糞便サンプルから検出される。幾つかの実施態様において、胆汁酸代謝バイオマーカーは血清サンプルから検出される。幾つかの実施態様において、サンプルは組織サンプル（例えば、肝臓組織サンプル及び／又は回腸組織サンプル）である。癌性サンプル中の標的遺伝子又は遺伝子産物の検出のために、上述の同一技術を他の身体サンプルに適用することができる。癌細胞は、癌病変からはがれ落ちて、こうした身体サンプルに現れる場合がある。このような身体サンプルをスクリーニングすることによって、簡単な早期診断を、これらの癌のために成し遂げることができる。加えて、治療法の進捗は、標的遺伝子又は遺伝子産物についてこれらの身体サンプルを試験することによって、より容易にモニターすることができる。
【０１６６】
ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞又は対照組織は、試験サンプルが得られるときとは異なる一又は複数の時点で得られる、同一被験体または個体からの単一のサンプル又は組み合わせた複数のサンプルである。例えば、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、同一被験体または個体から、試験サンプルが得られるときよりも、より早い時点で得られる。そのような参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、参照サンプルが癌の初期診断時に得られ、試験サンプルが、癌が転移性になったときに後に得られる場合に、有用である場合がある。
【０１６７】
ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない一又は複数の健康な個体からの混合性複数サンプルである。ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない、疾患又障害（例えば癌）を持つ一又は複数の健康な個体からの混合性複数サンプルである。ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない一又は複数の個体からの、正常組織からのプールされたＲＮＡサンプル又はプールされた血漿又は血清サンプルである。ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない、疾患又は障害（例えば癌）を持つ一又は複数の個体からの、正常組織からのプールされたＲＮＡサンプル又はプールされた血漿又は血清サンプルである。
【０１６８】
任意の方法の幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬はＦＧＦ１９アンタゴニストである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は、モノクローナル抗体である。幾つかの実施態様において、抗体はヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は抗体断片であり、抗体断片はＦＧＦ１９に結合する。
【０１６９】
何れかの方法の幾つかの実施態様において、上記実施態様の何れかによる個体は、ヒトであり得る。幾つかの実施態様において、ヒトは女性である。幾つかの実施態様において、ヒトは男性である。
【０１７０】
任意の方法の幾つかの実施態様において、本方法は、そのような癌を有する個体に対して、ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９修飾薬の有効量を投与することを含む。一つのそのような実施態様において、本方法は、後述するように、少なくとも一の付加的治療剤の有効量を個体に投与することを更に含む。幾つかの実施態様において、個体は、ヒトであり得る。
【０１７１】
本明細書に記載されるＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストは、治療において、単独で、又は他の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、本明細書に記載されるＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストは、別のＦＧＦ１９修飾薬を含む少なくとも一の更なる治療薬と共投与され得る。所定の実施態様において、更なる治療薬は、化学療法剤である。
【０１７２】
上記のこうした併用療法は、併用投与（２つ以上の治療薬が、同一または別々の製剤に含まれている）、及び、ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストの投与が、追加の治療薬及び／又はアジュバントの投与の前、同時、及び／又はその後に起きうる分離投与を包含する。ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストはまた放射線治療と併用して用いることができる。
【０１７３】
ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗体、結合性ポリペプチド、及び／又は小分子）（及び任意の追加の治療薬）は、経口、肺内、および鼻腔内を含む任意の適切な手段によって投与することができ、局所治療が所望される場合、病巣内投与が含まれる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が含まれる。投薬は、その投与が短期間か又は長期であるかどうかに部分的に依存し、任意の適切な経路、例えば、静脈内または皮下注射などの注射により行うことができる。限定されないが、様々な時間点にわたる、単一または複数回投与、ボーラス投与、パルス注入を含む様々な投与スケジュールが本明細書で考えられている。
【０１７４】
ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニスト（例えば、抗体、結合性ポリペプチド、及び／又は小分子）は、良好な医療行為と一致する様式で、処方され、服用され及び投与することができる。この観点において考慮すべき要因は、治療すべき特定の障害、治療すべき特定の哺乳類、個々の患者の臨床状態、障害の原因、薬剤送達部位、投与方法、投与日程及び医療従事者が知る他の要因を包含する。ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストは、必要ではないが任意で、問題となる障害の予防又は治療のために、現在使用中の一又は複数の薬剤ともに処方される。かかる他の薬剤の有効量は、製剤中に存在するＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストの量、疾患又は治療のタイプ、及び上で検討した他の因子に依存する。これらは一般的には本明細書に記載されるのと同じ用量及び投与経路において、又は、本明細書に記載された用量の１％から９９％で、又は経験的に／臨床的に妥当であると決定された任意の用量及び任意の経路により使用される。
【０１７５】
疾患の予防又は治療のためには、本明細書中に記載されるＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストの適切な用量（単独で使用されるか、又は、一以上の更なる治療的薬剤との組み合わされる場合）は治療すべき疾患の種類、疾患の重症度及び経過、ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストを予防又は治療目的のいずれにおいて投与するか、以前の治療、患者の臨床履歴及びＦＧＦ１９修飾薬に対する応答性、及び主治医の判断に依存する。ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストは、患者に対して、単回、又は一連の治療に渡って適切に投与される。１つの典型的な一日当たり用量は上記した要因に応じて約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上の範囲である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば抗ＦＧＦ１９抗体）の投与量は、約３ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ、約２０ｍｇ／ｋｇ、約３０ｍｇ／ｋｇ、約４０ｍｇ／ｋｇ、約５０ｍｇ／ｋｇ、約６０ｍｇ／ｋｇ、約７０ｍｇ／ｋｇ、約８０ｍｇ／ｋｇ、約９０ｍｇ／ｋｇ、及び／又は約１００ｍｇ／ｋｇの何れかを超える及び／又はそれ以上である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば抗ＦＧＦ１９抗体）の投与量は、約３〜約１００ｍｇ／ｋｇの間、約１０〜約１００ｍｇ／ｋｇの間、約１０〜約３０ｍｇ／ｋｇの間、約３０〜約１００ｍｇ／ｋｇの間、及び／又は約３〜約３０ｍｇ／ｋｇの間の何れかである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば抗ＦＧＦ１９抗体）の投与量は、約３ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ、約３０ｍｇ／ｋｇ、及び／又は約１００ｍｇ／ｋｇである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば抗ＦＧＦ１９抗体）の投与量は、約０．５μｇ／ｍＬ、約１μｇ／ｍＬ、約１．５μｇ／ｍＬ、約５μｇ／ｍＬ、約１０μｇ／ｍＬ、約２５μｇ／ｍＬ、約５０μｇ／ｍＬ、約７５μｇ／ｍＬ、及び／又は約１００μｇ／ｍＬの何れかを超える及び／又はそれ以上である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト、例えば抗ＦＧＦ１９抗体）の投与量は、約１．５６〜約１００μｇ／ｍＬの間、及び／又は約５００ｎｇ／ｍｌ〜約１００μｇ／ｍＬの間の何れかである。
【０１７６】
数日間以上に渡る反復投与の場合には、状態に応じて、治療は疾患症状の望まれる抑制が起こるまで持続するであろう。このような用量は断続的に、例えば毎週又は３週毎（例えば患者がＦＧＦ１９修飾薬の約２投与量から約２０投与量、又は例えば約６投与量を受けるように）投与してよい。初期の高負荷投与量の後に一以上の低投与量が投与されても良い。典型的な投与計画は、投与することを含む。しかしながら他の投薬計画が有用であるかもしれない。この治療法の進行は従来の手法及びアッセイにより容易にモニタリングされる。
【０１７７】
上記の製剤または治療方法のいずれかが、ＦＧＦ１９修飾薬、特にＦＧＦ１９アンタゴニストの代わりか又はそれに加えて、イムノコンジュゲートを用いて行うことができることが理解される。
【０１７８】
ＩＩＩ．治療用組成物
本明細書に提供されるのは、本明細書に記載される方法において有用なＦＧＦ１９修飾薬である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬は、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、及び／又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬はＦＧＦ１９アンタゴニストである。
【０１７９】
Ａ．抗体
一態様において、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載される方法において使用のための、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリペプチドに結合する単離された抗体である。上記実施態様の何れかにおいて、抗体はヒト化されている。本発明の更なる態様では、上記実施態様のいずれかに記載の抗ＦＧＦ１９抗体、抗クロトー抗体（例えば、抗ＫＬＢ抗体）、及び／又は抗ＦＧＦＲ４抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体、抗クロトー抗体（例えば、抗ＫＬＢ抗体）、及び／又は抗ＦＧＦＲ４抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖを、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様において、抗体は、全長抗体、例えば、本明細書において定義されるインタクトなＩｇＧ１抗体又は他の抗体クラス又はアイソタイプである。
【０１８０】
幾つかの実施態様において、本明細書に記載される方法の何れかにおいて使用のための抗ＦＧＦ１９抗体は、２００７年２月９日に出願された米国特許出願第１１／６７３，４１１号、及び／又は２０１１年１２月６日に出願された米国特許出願第１２／６７１，９７４号であり、それらは参照によってその全体が援用される。
【０１８１】
幾つかの実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体は、（ｉ）（ａ）アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＡ（配列番号１）又はＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＳ（配列番号７）を含む超可変領域（ＨＶＲ）−Ｌ１；（ｂ）アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＤ（配列番号２）、ＲＡＮＲＬＶＳ（配列番号８）、又はＲＡＮＲＬＶＥ（配列番号９）を含むＨＶＲ−Ｌ２；及び（ｃ）アミノ酸配列ＬＱＹＤＥＦＰＬＴ（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び（ｉｉ）（ａ）アミノ酸配列ＧＦＳＬＴＴＹＧＶＨ（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｈ１；（ｂ）アミノ酸配列ＧＶＩＷＰＧＧＧＴＤＹＮＡＡＦＩＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び（ｃ）アミノ酸配列ＶＲＫＥＹＡＮＬＹＡＭＤＹ（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む。
【０１８２】
幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＤ（配列番号２）を含む。幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＳ（配列番号７）を含む。
【０１８３】
幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＳ（配列番号８）を含む。幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＲＡＮＲＬＶＥ（配列番号９）を含む。幾つかの実施態様において、ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＫＡＳＱＤＩＮＳＦＬＡ（配列番号１）を含む。
【０１８４】
幾つかの実施態様において、抗体は、ヒトκサブグループ１コンセンサスフレームワーク配列を含む。幾つかの実施態様において、抗体は、重鎖ヒトサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワーク配列を含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体は、ヒトＦＧＦ１９のヒトＦＧＦＲ４への結合を阻害し、又は参照抗体のそれと実質的に同じであるＩＣ５０によりヒトＦＧＦＲ４活性化を阻害する。幾つかの実施態様において、ＩＣ５０は抗体濃度が約０．０１ｎｍから約１０００ｎＭの範囲にわたって決定される。
【０１８５】
幾つかの実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体は上記抗体と結合を競合する。幾つかの実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体は上記抗体と同じエピトープに結合する。幾つかの実施態様において、アミノ酸番号Ｇ１３３−Ｒ１５５に結合する抗ＦＧＦ１９抗体は、ヒトＦＧＦ１９の成熟ヒトＦＧＦ１９アミノ酸配列に基づく。幾つかの実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体は、ＧＦＬＰＬＳＨＦＬＰＭＬＰＭＶＰＥＥＰＥＤＬＲ（配列番号１０）からなるペプチドに結合する。
【０１８６】
更なる態様にて、以下のセクションで説明されるように、上記実施態様のいずれかに記載の抗ＦＧＦ１９抗体、抗クロトー抗体（例えば、抗ＫＬＢ抗体）、及び／又は抗ＦＧＦＲ４抗体は、単独又は組み合わせで、任意の特徴を組み込むことができる。
【０１８７】
１．抗体親和性
ある実施態様において、本明細書に提供される抗体は、１μＭ以下の解離定数（Ｋｄ）を有する。一実施態様において、以下のアッセイにより説明されるように、Ｋｄは、目的の抗体のＦａｂ型とその抗原を用いて実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）により測定される。非標識抗原の滴定系列の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）−標識抗原にてＦａｂを均衡化して、抗Ｆａｂ抗体コートプレートと結合した抗原を捕獲することによって抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性を測定する（例としてChen, et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999）を参照）。アッセイの条件を決めるために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート(Thermo Scientific)を、５μｇ／ｍｌの捕獲抗Ｆａｂ抗体(Cappel Labs)を含む５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）にて一晩コートして、その後２％（ｗ／ｖ）のウシ血清アルブミンを含むＰＢＳにて室温（およそ２３℃）で２〜５時間、ブロックする。非吸着プレート（Nunc＃２６９６２０）において、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を、段階希釈した目的のＦａｂと混合する（例えば、Presta等, (1997) Cancer Res. 57: 4593-4599の抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一致する）。ついで目的のＦａｂを一晩インキュベートする；しかし、インキュベーションは平衡状態に達したことを確認するまでに長時間（例えばおよそ６５時間）かかるかもしれない。その後、混合物を捕獲プレートに移し、室温で（例えば１時間）インキュベートする。そして、溶液を取り除き、プレートを０．１％のポリソルベート２０（Ｔｗｅｅｎ２０（登録商標））を含むＰＢＳにて８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μｌ／ウェルの閃光物質（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０ＴＭ；Packard）を加え、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭγ計測器(Packard)にて１０分間計測する。最大結合の２０％か又はそれ以下を与える各Ｆａｂの濃度が、競合結合測定における使用のために選択される。
【０１８８】
他の実施態様に従って、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定した抗原ＣＭ５チップを用いて２５℃のＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００(BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)を用いる表面プラズモン共鳴アッセイを使用してＫｄを測定する。簡単に言うと、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ(CM5, BIACORE, Inc.)を、提供者の指示書に従ってＮ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシニミド（ＮＨＳ）で活性化した。抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈し、結合したタンパク質の反応単位（ＲＵ）がおよそ１０になるように５μｌ／分の流速で注入する。抗原の注入後、反応しない群をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。速度論の測定のために、Ｆａｂの２倍の段階希釈（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を、２５℃で、およそ２５μｌ／分の流速で、０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ２０ＴＭ）界面活性剤（ＰＢＳＴ）を含むＰＢＳに注入した。会合及び解離のセンサーグラムを同時にフィットさせることによる単純一対一ラングミュア結合モデル(simple one-to-one Langmuir binding model) （ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標） Evaluationソフトウェアバージョン３．２）を用いて、会合速度（ｋｏｎ）と解離速度（ｋｏｆｆ）を算出した。平衡解離定数（Ｋｄ）をｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出した。例えば、Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)を参照。上記の表面プラスモン共鳴アッセイによる結合速度が１０６−１Ｍ−１Ｓ−１を上回る場合、分光計、例えば、流動停止を備えた分光光度計(stop-flow equipped spectrophometer)(Aviv Instruments)又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズのＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ分光光度計(ThermoSpectronic)で測定される、漸増濃度の抗原の存在下にて、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中、２５℃で、２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、帯域通過＝１６ｎｍ）における増加又は減少を測定する蛍光消光技術を用いて結合速度を測定することができる。
【０１８９】
２．抗体断片
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、及び下記の他の断片を含む。所定の抗体断片の総説については、 Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照。ｓｃＦｖ断片の総説については、例えば、Pluckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, 113巻, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), 269-315頁 (1994)を参照；また、国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５，５７１，８９４号及び第５，５８７，４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
【０１９０】
ダイアボディは２価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４，０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及びHollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照。トリアボディ及びテトラボディもまたHudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
【０１９１】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。ある実施態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である(Domantis, Inc., Waltham, MA; 例えば、米国特許第６，２４８，５１６号Ｂ１を参照）。
【０１９２】
抗体断片は様々な技術で作成することができ、限定されないが、本明細書に記載するように、インタクトな抗体の分解、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌やファージ）による生産を含む。
【０１９３】
３．キメラ及びヒト化抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。所定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更された「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
【０１９４】
所定の実施態様において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したまま、ヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（又はその一部）が、非ヒト抗体から由来し、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する、一以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、抗体特異性又は親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
【０１９５】
ヒト化抗体およびそれらの製造方法は、例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)に総説され、更に、 Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５，８２１，３３７号、第７，５２７，７９１号、６，９８２，３２１号、及び第７，０８７，４０９号；Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングを記述）；Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) （「リサーフェシング」を記述）； Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) （「ＦＲシャッフリング」を記述）；及びOsbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 及びKlimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) （ＦＲのシャッフリングへの「誘導選択」アプローチを記述）に記載されている。
【０１９６】
ヒト化に用いられ得るヒトフレームワーク領域は、限定されないが、「ベストフィット」法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)）；軽鎖又は重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列由来のフレームワーク領域（例えば、Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照）；及びＦＲライブラリスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及びRosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照）を含む。
【０１９７】
４．ヒト抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技術を用いて生産することができる。ヒト抗体は、van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 及びLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に一般的に記載されている。
【０１９８】
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を持つ又はインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は一般的に不活性化される。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、 Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載している、米国特許第６，０７５，１８１号及び第６，１５０，５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載している米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７，０４１，８７０号及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号）を参照。このような動物で生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変される可能性がある。
【０１９９】
ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法によって作成することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ細胞株が記載されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); and Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照。）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している）及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) （ヒト−ヒトハイブリドーマを記載している）に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）はまた、Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005)及びVollmers and Brandlein, Methods and Findings in Exp. & Clin. Pharma., 27(3):185-91 (2005)に記載される。
【０２００】
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。このような可変ドメイン配列は、次に所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術が、以下に説明される。
【０２０１】
５．ライブラリー由来の抗体
抗体は、所望の活性または活性（複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)に総説され、更に、例えば、McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 及びLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
【０２０２】
所定のファージディスプレイ法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片、またはＦａｂ断片のいずれかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性を伴うことなく免疫原に高親和性抗体を提供する。代わりに、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されるように、ナイーブなレパートリーが、任意の免疫感作無しで、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して、抗体の単一起源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローン化することができる。最後に、ナイーブなライブラリはまた、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)に記載されるように、非常に可変なＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の未転位Ｖ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０を含む。
【０２０３】
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体又は抗体断片は、本明細書でヒト抗体又はヒト抗体の断片とみなされる。
【０２０４】
６．多重特異性抗体
所定の実施態様において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。所定の実施態様において、結合特異性の一つはＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４に対してであり、他は、任意の他の抗原に対してである。ある実施態様において、二重特異性抗体は、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリペプチドの２つの異なるエピトープに結合し得る。二重特異性抗体はまた、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリペプチドなどのポリペプチドを発現する細胞に対して細胞傷害性薬物を局在化させるために用いられ得る。二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
【０２０５】
多重特異性抗体を作製するための技術は、限定されないが、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現(Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983))、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照）及び「ノブインホール(knob-in-hole)」エンジニアリング（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照）を含む。多重特異抗体はまた、抗体のＦｃ−ヘテロ２量体分子を作成するための静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）；２つ以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば米国特許第４，６７６，９８０号、及びBrennan et al., Science, 229: 81 (1985)を参照）；２重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること（例えば、Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照）；二重特異性抗体フラグメントを作製するため、「ダイアボディ」技術を使用すること（例えば、Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照）；単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを使用すること（例えば、Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照）；及び、例えばTutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されているように、三重特異性抗体を調製することによって作成することができる。
【０２０６】
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を持つ改変抗体もまた本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照）。  
【０２０７】
本明細書中の抗体又は断片はまた、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリペプチド並びにその他の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む、「２重作用(Dual Acting) ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」を含む（例えば米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号参照）。
【０２０８】
７．抗体変異体
ａ）グリコシル化変異体
所定の実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少するように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、一以上のグリコシル化部位が作成または削除されるようにアミノ酸配列を変えることによって簡便に達成することができる。
【０２０９】
抗体がＦｃ領域を含む場合には、それに付着する糖を変えることができる。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ−結合により一般的に付着した分岐鎖、二分岐オリゴ糖を含んでいる。例えばWright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合した、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、並びにフコースを含み得る。幾つかの実施態様において、抗体のオリゴ糖の改変は、一定の改善された特性を有する抗体変異体を作成するために行われ得る。
【０２１０】
一実施態様において、抗体変異体は、Ｆｃ領域に（直接または間接的に）付着されたフコースを欠いた糖鎖構造を有して提供される。例えば、このような抗体のフコース量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、または２０％から４０％であり得る。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定されるＡｓｎ２９７に付着しているすべての糖構造の合計（例えば、コンプレックス、ハイブリッド及び高マンノース構造）に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）でおよそ２９７の位置に位置するアスパラギン残基を指し、しかし、Ａｓｎ２９７もまた位置２９７の上流または下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置２９４と３００の間に配置され得る。このようなフコシル化変異体はＡＤＣＣ機能を改善させた可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号(Presta, L.)；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（協和発酵工業株式会社）を参照。「フコース非修飾」又は「フコース欠損」抗体変異体に関連する出版物の例としては、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号、国際公開第２０００／６１７３９号、国際公開第２００１／２９２４６号、米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号、米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号、米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号、米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号、米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号、米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号、米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号、国際公開第２００３／０８５１１９号、国際公開第２００３／０８４５７０号、国際公開第２００５／０３５５８６号、国際公開第２００５／０３５７７８号、国際公開第２００５／０５３７４２号、国際公開第２００２／０３１１４０号、Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。フコース非修飾抗体を産生する能力を有する細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞(Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986);米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号Ａ、Presta, L；及び国際公開第２００４／０５６３１２号Ａ１、Adamsら、特に実施例１１において）、及びノックアウト細胞株、アルファ−１、６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）を含む。
【０２１１】
抗体変異体は、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖を更に備えている。このような抗体変異体はフコシル化を減少させ、及び／又はＡＤＣＣ機能を改善している可能性がある。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Jean-Mairettら）；米国特許第６，６０２，６８４号（Umanaら）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Umanaら）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を持つ抗体変異体も提供される。このような抗体変異体はＣＤＣ機能を改善させた可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Patelら）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Raju, S.）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Raju, S.）に記載されている。
【０２１２】
ｂ）Ｆｃ領域変異体
ある実施態様において、１つまたは複数のアミノ酸改変を、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入することができ、それによってＦｃ領域変異体を生成する。Ｆｃ領域の変異体は、１つまたは複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば置換）を含むヒトＦｃ領域の配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域）を含んでもよい。
【０２１３】
ある実施態様において、本発明は、インビボにおける抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能（例えば補体およびＡＤＣＣなど）が不要または有害である用途のための望ましい候補とならしめる、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体変異体を意図している。インビトロ及び／又はインビボでの細胞毒性アッセイを、ＣＤＣ活性及び／又はＡＤＣＣ活性の減少／枯渇を確認するために行うことができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイは、抗体がＦｃγＲ結合を欠くが（それゆえ、おそらくＡＤＣＣ活性を欠く）、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確認するために行うことができる。ＡＤＣＣ、ＮＫ細胞を媒介する初代細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)の４６４頁の表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Hellstrom, I. et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)を参照）及びHellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；第５，８２１，３３７号（例えば、Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照）に説明される。あるいは、非放射性アッセイ法を用いることができる（例えば、フローサイトメトリー用のＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ（CellTechnology, Inc. Mountain View, CA；及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ（Promega, Madison, WI）。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又は更に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、Clynes et al., PNAS USA 95:652-656 (1998)に開示されるように、インビボで、例えば動物モデルにおいて評価することができる。Ｃ１ｑ結合アッセイはまた、抗体が体Ｃ１ｑを結合することができないこと、したがって、ＣＤＣ活性を欠いていることを確認するために行うことができる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑおよびＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを行うことができる（例えば、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003)；及びCragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照）。ＦｃＲｎ結合、及びインビボでのクリアランス／半減期の測定はまた、当該分野で公知の方法を用いて行うことができる（例えば、Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)を参照）。
【０２１４】
エフェクター機能が減少した抗体は、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、３２９の一つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体は、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有する、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２以上での置換を有するＦｃ変異体を含む（米国特許第７，３３２，５８１号）。
【０２１５】
ＦｃＲへの改善又は減少させた結合を持つ特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照）。所定の実施態様において、抗体変異体はＡＤＣＣを改善する一又は複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４における置換（ＥＵの残基番号付け）を含む。幾つかの実施態様において、改変された（すなわち改善されたか減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる、Ｆｃ領域における改変がなされ、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に説明される。
【０２１６】
増加した半減期を持ち、胎仔への母性ＩｇＧの移送を担う、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体(Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 及びKim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号 (Hintonら)に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一つまたは複数の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域の残基の１以上の置換を有するものが含まれる：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４、例えば、Ｆｃ領域の残基４３４の置換（米国特許第７，３７１，８２６号）。Ｆｃ領域の変異体の他の例に関しては、Duncan & Winter、Nature 322:738-40 (1988)；米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
【０２１７】
ｃ）システイン操作抗体変異体
ある実施態様において、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂ（複数）」を作成することが望まれ得る。特定の実施態様において、置換される残基は、抗体のアクセス可能な部位で生じる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、その結果抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書中でさらに記載されるように、イムノコンジュゲーを作成するために、例えば薬物部分またはリンカー−薬剤部分などの他の部分に抗体をコンジュゲートするために使用することができる。ある実施態様において、一以上の以下の残基がシステインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔの番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン改変抗体は、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載のように生成され得る。
【０２１８】
Ｂ．イムノコンジュゲート
本明細書に更に提供されるのは、化学療法剤又は薬物、成長抑制剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素活性毒素、又はそれらの断片）、又は放射性同位元素など、１つ以上の細胞傷害性薬物にコンジュゲートした本明細書中の抗ＦＧＦ１９抗体、抗クロトー抗体（例えば、抗ＫＬＢ抗体）、及び／又は抗ＦＧＦＲ４抗体を含むイムノコンジュゲートである。
【０２１９】
一実施態様において、イムノコンジュゲートは、抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、そこでは抗体は、限定されないが、メイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、第５４１６０６４号及び欧州特許ＥＰ０ ４２５２３５ Ｂ１を参照）；モノメチルアウリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５６３５４８３号及び５７８０５８８号及び７４９８２９８号を参照）などのアウリスタチン；ドラスタチン；カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、第５７１４５８６号、第５７３９１１６号、第５７６７２８５号、第５７７０７０１号、第５７７０７１０号、第５７７３００１号、及び第５８７７２９６号を参照；Hinman et al., Cancer Res. 53:3336-3342 (1993)；及びLode et al., Cancer Res. 58:2925-2928 (1998))；ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン(Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523 (2006); Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006); Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002); King et al., J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)；及び米国特許第６，６３０，５７９号を参照）；メトトレキサート；ビンデシン；ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルなどのタキサン；トリコテセン；及びＣＣ１０６５を含む一つ以上の薬物とコンジュゲートしている。
【０２２０】
その他の実施態様において、イムノコンジュゲートは、酵素的に活性な毒素又はその断片にコンジュゲートした、本明細書に記載の抗体を含み、限定されないが、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン(modeccin)Ａ鎖、アルファ−サルシン、アレウリテス・フォーディ(Aleurites fordii)タンパク質、ジアンチン(dianthin)タンパク質、フィトラカ・アメリカーナ(Phytolaca americana)タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、モモルディカ・チャランチア(momordica charantia)インヒビター、クルシン(curcin)、クロチン(crotin)、サパオナリア・オフィシナリス(sapaonaria oficinalis)インヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン(mitogellin)、レストリクトシン(restrictocin)、フェノマイシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)及びトリコテセン(tricothecene)が含まれる。
【０２２１】
その他の実施態様では、イムノコンジュゲートは、放射性コンジュゲートを形成するために放射性原子にコンジュゲートした本明細書に記載されるような抗体を含む。様々な放射性同位体が放射性コンジュゲートの生産のために入手可能である。例としては、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体を含む。放射性コンジュゲートが検出に使用される場合、それはシンチグラフィー研究用の放射性原子、例えばＴｃ９９又はＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）映像（磁気共鳴映像、ＭＲＩとしても公知）用のスピン標識、例えばヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含有し得る。
【０２２２】
抗体と細胞傷害性薬物のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの２官能性誘導体（例えばジメチルアジピミデートＨＣｌ）、活性エステル（例えばジスクシンイミジルズベレート）、アルデヒド（例えばグルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えばビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えばビス（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えばトルエン２，６−ジイソシアネート）及びビス活性フッ素化合物（例えば１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）などを使って作成され得る。Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)に記載されるように、例えば、リシンイムノトキシンを調製することができる。カーボン−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体へのコンジュゲーションのためのキレート剤の例である国際公開第９４／１１０２６号を参照。リンカーは、細胞中に細胞毒性薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸に不安定なリンカー、ペプチダーゼ過敏性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー(Chari et al., Cancer Res. 52:127-131 (1992)；米国特許第５，２０８，０２０号）が使用され得る。
【０２２３】
本明細書において、イムノコンジュゲート又はＡＤＣは、限定されないが、市販の（例えばPierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.Aからの）、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＰＢ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、ＳＶＳＢ（スクシンイミジル（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）を含むクロスリンカー試薬を用いて調製されるコンジュゲートを明示的に意図する。
【０２２４】
Ｃ．結合性ポリペプチド
本明細書に提供されるのは、本明細書に記載の方法の何れかにおける、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦ１９修飾薬として使用のためのＦＧＦＲ４結合性ポリペプチド、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４結合性ポリペプチドは、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４結合性ポリペプチドアンタゴニストである。ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４結合性ポリペプチドアンタゴニストは、好ましくは特異的に、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリペプチドに結合するポリペプチドである。
【０２２５】
結合性ポリペプチドは既知のオリゴペプチド合成手法を用いて化学的に合成することができるか、又は組換え技術を用いて調製され、精製することができる。結合性ポリペプチドは、通常長さが少なくとも５個のアミノ酸であり、あるいは長さが少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、又は１００アミノ酸かそれ以上であり、本明細書に記載されるように、そのポリペプチドは標的のＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦ１９ポリペプチドに、好ましくは、特異的に結合することが可能である。結合性ポリペプチドは、周知の技術を用いて過度の実験なしに同定することができる。この点に関して、特異的に標的ポリペプチドに結合することができる結合ペプチドについてペプチドライブラリーをスクリーニングするための技術が、当技術分野において周知であることが留意される（例えば、米国特許第５，５５６，７６２号、第５，７５０，３７３号、第４，７０８，８７１号、第４，８３３，０９２号、第５，２２３，４０９号、第５，４０３，４８４号、第５，５７１，６８９号、第５，６６３，１４３号；ＰＣＴ公開番号国際公開第８４／０３５０６号及び国際公開第８４／０３５６４号； Geysen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA, 81:3998-4002 (1984); Geysen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA, 82:178-182 (1985); Geysen et al., in Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986); Geysen et al., J. Immunol. Meth., 102:259-274 (1987); Schoofs et al., J. Immunol., 140:611-616 (1988), Cwirla, S. E. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378; Lowman, H.B. et al. (1991) Biochemistry, 30:10832; Clackson, T. et al. (1991) Nature, 352: 624; Marks, J. D. et al. (1991), J. Mol. Biol., 222:581; Kang, A.S. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363, and Smith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668)。
【０２２６】
この点に関して、バクテリオファージ（ファージ）ディスプレイは１つの周知の技術であり、標的ポリペプチド、例えばＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリペプチドに特異的に結合することができるこれらのライブラリのメンバーを同定するため、大規模なポリペプチドライブラリーをスクリーニングすることができる。ファージディスプレイは、変異体ポリペプチドが、バクテリオファージ粒子の表面上のコートタンパク質への融合タンパク質として表示される技術である(Scott, J.K. and Smith, G. P. (1990) Science, 249: 249)。ファージディスプレイ法の有用性は、選択的にランダム化されたタンパク質変異体（またはランダムにクローニングされたｃＤＮＡ）の大規模なライブラリーを、高親和性で標的分子に結合するそれらの配列について迅速かつ効率的にソートすることができるという事実にある。ファージ上のペプチド(Cwirla, S. E. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378)又はタンパク質 (Lowman, H.B. et al. (1991) Biochemistry, 30:10832; Clackson, T. et al. (1991) Nature, 352: 624; Marks, J. D. et al. (1991), J. Mol. Biol., 222:581; Kang, A.S. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363)のライブラリーの表示は、特定の結合特性を有するものについて、何百万ものポリペプチドまたはオリゴペプチドをスクリーニングするために使用されている(Smith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668)。ランダム変異体のファージライブラリーをソートすることは、多数の変異体を構築して増殖するための戦略、標的受容体を用いた親和性精製のための手順、及び結合濃縮の結果を評価する方法が必要である。米国特許第５，２２３，４０９号、第５，４０３，４８４号、第５，５７１，６８９号、及び第５，６６３，１４３号。
【０２２７】
ほとんどのファージディスプレイ法は、糸状ファージ、λファージディスプレイシステムを使用していたが（国際公開第９５／３４６８３号；米国特許第５，６２７，０２４号）、Ｔ４ファージディスプレイシステム(Ren et al., Gene, 215: 439 (1998); Zhu et al., Cancer Research, 58(15): 3209-3214 (1998); Jiang et al., Infection & Immunity, 65(11): 4770-4777 (1997); Ren et al., Gene, 195(2):303-311 (1997); Ren, Protein Sci., 5: 1833 (1996); Efimov et al., Virus Genes, 10: 173 (1995))及びＴ７ファージディスプレイシステム (Smith and Scott, Methods in Enzymology, 217: 228-257 (1993)；米国特許第５，７６６，９０５号）も知られている。
【０２２８】
更なる改善は、選択された標的分子への結合についてペプチドライブラリーをスクリーニングし、及び所望の特性について、これらのタンパク質をスクリーニングする可能性を持つ機能性タンパク質を表示するディスプレイシステムの能力を増強する。ファージディスプレイ反応のためのコンビナトリアル反応装置が開発され（国際公開第９８／１４２７７号）、ファージディスプレイライブラリーは二分子相互作用（国際公開第９８／２０１６９号；国際公開第９８／２０１５９号）及び束縛されたヘリカルペプチドの性質（国際公開第９８／２００３６号）を分析し、調節するために使用されてきた。国際公開第９７／３５１９６号は、ファージディスプレイライブラリーが、リガンドが標的分子に結合する第一の溶液及びアフィニティーリガンドが標的分子に結合しないであろう第二の溶液と接触されて、結合するリガンドを選択的に単離する、アフィニティーリガンドを単離する方法を記載している。国際公開第９７／４６２５１号は、アフィニティ精製抗体でランダムファージディスプレイライブラリーをバイオパニングし、次いで結合ファージを単離し、その後マイクロプレートウェルを使用するマイクロパニングプロセスにより高親和性結合ファージを単離する方法を記載している。アフィニティータグとしての黄色ブドウ球菌プロテインＡの使用もまた報告されている(Li et al. (1998) Mol Biotech., 9:187)。国際公開第９７／４７３１４号は、ファージディスプレイライブラリーでもよいコンビナトリアルライブラリーを用いて酵素特異性を識別するための基質サブトラクションライブラリーの使用を記載している。ファージディスプレイに用いる界面活性剤における使用に適した酵素を選択する方法は、国際公開第９７／０９４４６号に記載されている。特異的結合タンパク質を選択する更なる方法が、米国特許第５，４９８，５３８号、第５，４３２，０１８号及び国際公開第９８／１５８３３号に記載されている。
【０２２９】
ペプチドライブラリーを作製し、これらのライブラリーをスクリーニングする方法もまた、米国特許第５，７２３，２８６号、第５，４３２，０１８号、第５，５８０，７１７号、第５，４２７，９０８号、第５，４９８，５３０号、第５，７７０，４３４号、第５，７３４，０１８号、第５，６９８，４２６号、第５，７６３，１９２号、及び第５，７２３，３２３号に開示されている。
【０２３０】
Ｄ．結合性小分子
本明細書に提供されるのは、本明細書に記載の方法の何れかにおける、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦ１９修飾薬として使用のためのＦＧＦＲ４小分子（例えばＦＧＦ１９アンタゴニスト）である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４小分子は、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４小分子アンタゴニストである。
【０２３１】
何れかの小分子の幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストはＦＧＦ１９小分子アンタゴニストである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストは、クロトー（例えば、ＫＬＢ）小分子アンタゴニストである。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９アンタゴニストは、ＦＧＦＲ４小分子アンタゴニストである。
【０２３２】
何れかの小分子の幾つかの実施態様において、小分子はＦＧＦ１９ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様において、小分子は、クロトー（例えば、ＫＬＢ）ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様において、小分子はＦＧＦＲ４に結合する。
【０２３３】
小分子は、好ましくは、本明細書に記載される、ＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）ポリペプチドに好ましくは特異的に結合する、本明細書に定義される結合性ポリペプチド又は抗体以外の有機分子である。有機小分子が同定され、化学的に既知の方法論を用いて合成することができる（例えば、ＰＣＴ公開番号国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照）。有機小分子は、通常約２０００ダルトン未満の大きさであり、あるいは、１５００、７５０、５００、２５０又は２００ダルトンより小さい大きさであって、本明細書に記載されるように、好ましくは特異的にポリペプチドに結合することができるそうした有機小分子は、周知の技術を用いて過度の実験なしに同定することができる。この点に関して、標的ポリペプチドに結合することができる分子について、有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技術は、当技術分野において周知であることが特記される（例えば、ＰＣＴ公開番号国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照）。有機小分子は、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、第一アミン、第二級アミン、第３級アミン、Ｎ−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、尿素、カルバメート、カーボネート、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホン酸塩、アルキルハライド、アルキルスルホン酸塩、芳香族化合物、複素環化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアネート、塩化スルホニル、ジアゾ化合物、酸塩化物等であり得る。
【０２３４】
Ｅ．アンタゴニストポリヌクレオチド
本明細書に提供されるのは、本明細書に記載の方法の何れかにおける、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦ１９修飾薬として使用のためのＦＧＦＲ４ポリヌクレオチド（例えばＦＧＦ１９アンタゴニスト）である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリヌクレオチドは、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４ポリヌクレオチドアンタゴニストである。ポリヌクレオチドは、アンチセンス核酸及び／又はリボザイムであってもよい。アンチセンス核酸は、ＦＧＦ１９、クロトー（例えば、ＫＬＢ）、及び／又はＦＧＦＲ４遺伝子のＲＮＡ転写物の少なくとも一部に相補的な配列を含む。しかし、絶対的な相補性は、好ましいものの、要求されない。
【０２３５】
何れかのポリヌクレオチドの幾つかの実施態様において、ポリヌクレオチドはＦＧＦ１９ポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様において、ポリヌクレオチドは、クロトー（例えば、ＫＬＢ）ポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様において、ポリヌクレオチドはＦＧＦＲ４ポリヌクレオチドに特異的に結合する。
【０２３６】
本明細書で言及される「ＲＮＡの少なくとも一部分に相補的」配列は、ＲＮＡとハイブリダイズし安定な二重鎖を形成することができるために十分な相補性を有する配列を意味し；二本鎖アンチセンス核酸の場合、二重鎖ＤＮＡの一本鎖が試験されることができ、又は三重らせんの形成をアッセイすることができる。ハイブリダイズする能力はアンチセンス核酸の相補性の程度および長さの両方に依存する。一般的に、ハイブリダイズする核酸が大きいほどと、それが含み得るＲＮＡとの塩基のミスマッチが多く、それでも安定な二重鎖（又は場合によっては三重鎖）を形成する。当業者は、ハイブリダイズした複合体の融点を決定するための標準的な手順の使用によって、ミスマッチの許容程度を確認することができる。
【０２３７】
メッセージの５’末端、例えばＡＵＧ開始コドンを含むところまでの５’非翻訳配列に相補的であるポリヌクレオチドは、翻訳を阻害するのに最も効率的に働くはずである。しかし、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列は、同様にｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに有効であることが示されている。一般に、Wagner, R., 1994. Nature 372:333-335を参照。従って、遺伝子の５’−又は３’−非翻訳、非コード領域の何れかに相補的なオリゴヌクレオチドは、内因性のｍＲＮＡの翻訳を阻害するアンチセンスアプローチにおいて使用することができる。ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に相補的なポリヌクレオチドは、ＡＵＧ開始コドンの相補体を含むべきである。ｍＲＮＡコード領域に相補的なアンチセンスポリヌクレオチドは、翻訳の効率の低い阻害剤であるが、本発明に従って使用することができる。ｍＲＮＡの５’、３’又はコード領域にハイブリダイズするように設計されるかどうかに関わらず、アンチセンス核酸は、長さが少なくとも６ヌクレオチドであるべきで、好ましくは、６から約５０ヌクレオチド長の範囲のオリゴヌクレオチドである。特定の態様において、オリゴヌクレオチドは少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１７ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド又は少なくとも５０ヌクレオチドである。
【０２３８】
一実施態様において、アンチセンス核酸は、外因性配列からの転写により細胞内で産生される。例えば、ベクター又はその一部が転写され、遺伝子のアンチセンス核酸（ＲＮＡ）を生成する。そのようなベクターは、アンチセンス核酸をコードする配列を含むであろう。このようなベクターは、所望のアンチセンスＲＮＡを生成するように転写することが可能である限りエピソームのままでいるか又は染色体に組み込まれることができる。このようなベクターは、当技術分野で標準的な組換えＤＮＡ技術方法によって構築することができる。ベクターは、脊椎動物細胞における複製および発現のために使用される、プラスミド、ウイルス性、又は当技術分野で知られる他のものであり得る。ＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）、又はその断片をコードする配列の発現は、脊椎動物、好ましくはヒトの細胞において作用するその技術分野で公知の任意のプロモーターによることができる。そのようなプロモーターは誘導性又は構成的であり得る。このようなプロモーターとしては、限定されないが、ＳＶ４０初期プロモーター領域(Bernoist and Chambon, Nature 29:304-310 (1981)、ラウス肉腫ウイルスの３’末端反復配列に含まれるプロモーター (Yamamoto et al., Cell 22:787-797 (1980)、ヘルペスチミジンプロモーター(Wagner et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 78:1441-1445 (1981)、メタロチオネイン遺伝子の調節配列(Brinster, et al., Nature 296:39-42 (1982))等を含む。
【０２３９】
Ｆ．抗体及び結合性ポリペプチド変異体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体及び／又は結合性ポリペプチドの結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、抗体及び／又は結合性ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、またはペプチド合成によって調製することができる。このような改変は、例えば、抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列内における、残基の欠失、及び／又は挿入及び／又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、標的結合を有していることを条件として、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが、最終コンストラクトに到達させるために作成され得る。
【０２４０】
ある実施態様において、一つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体及び／又は結合性ポリペプチド変異体が提供される。置換型変異誘発の対象となる部位は、ＨＶＲとＦＲを含む。保存的置換は、表１の「保存的置換」の見出しの下に示されている。より実質的な変更が、表１の「典型的な置換」の見出しの下に与えられ、アミノ酸側鎖のクラスを参照して以下に更に説明される。アミノ酸置換は、目的の抗体及び／又は結合性ポリペプチドに導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、又はＡＤＣＣ又はＣＤＣの改善についてスクリーニングされる。
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【０２４１】
アミノ酸は共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ．
【０２４２】
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。
【０２４３】
置換変異体の一つのタイプは、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体など）の一以上の高頻度可変領域残基の置換を含む。一般的には、更なる研究のために選択され得られた変異体は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の改変（例えば、改善）（例えば、親和性の増加、免疫原性を減少）を有し、及び／又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。典型的な置換型変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を用いて、簡便に生成され得る。簡潔に言えば、一つ以上のＨＶＲ残基が変異し、変異体抗体は、ファージ上に表示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
【０２４４】
改変（例えば、置換）は、例えば抗体の親和性を向上させるために、ＨＶＲで行うことができる。このような変更は、ＨＶＲの「ホットスポット」、即ち、体細胞成熟過程中に高頻度で変異を受けるコドンにコードされた残基で（例えばChowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）で行うことができ、得られた変異体ＶＨ又はＶＬが結合親和性について試験される。二次ライブラリから構築し選択し直すことによる親和性成熟が、例えばHoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001)に記載されている。親和性成熟の幾つかの実施態様において、多様性が、種々の方法（例えば、変異性ＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチドを標的とした突然変異誘発）の何れかにより、成熟のために選択された可変遺伝子中に導入される。次いで、二次ライブラリーが作成される。次いで、ライブラリーは、所望の親和性を持つ抗体変異体を同定するためにスクリーニングされる。多様性を導入するするもう一つの方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４から６残基）がランダム化されるＨＶＲ指向のアプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えばアラニンスキャニング突然変異誘発、又はモデリングを用いて、特異的に同定され得る。ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３がしばしば標的にされる。
【０２４５】
所定の実施態様において、置換、挿入、または欠失は、そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限りにおいて、一以上のＨＶＲ内で生じる可能性がある。例えば、実質的に結合親和性を低下させない保存的改変（例えば本明細書で与えられる保存的置換）をＨＶＲ内で行うことができる。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側であってもよい。上記に与えられた変異体ＶＨ又はＶＬ配列の所定の実施態様において、各ＨＶＲは不変であるか、又はわずか１個、２個または３個のアミノ酸置換が含まれているかの何れかである。
【０２４６】
突然変異誘発のために標的とすることができる抗体及び／又は結合性ポリペプチドの残基又は領域を同定するための有用な方法は、Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085により説明されるように、「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法では、標的残基の残基またはグループ（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ及びｇｌｕなどの荷電残基）が同定され、抗原と抗体との相互作用が影響を受けるかどうかを判断するために、中性または負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）に置換される。更なる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸の位置に導入され得る。代わりに、又は更に、抗原抗体複合体の結晶構造が、抗体と抗原との接触点を同定する。そのような接触残基及び隣接残基が、置換の候補として標的とされるか又は排除され得る。変異体はそれらが所望の特性を含むかどうかを決定するためにスクリーニングされ得る。
【０２４７】
アミノ酸配列挿入は、一残基から百以上の残基を含有するポリペプチド長にわたるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニン残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、酵素に対する抗体のＮ末端またはＣ末端への融合（例えばＡＤＥＰＴの場合）、または抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。
【０２４８】
Ｇ．抗体及び結合性ポリペプチド誘導体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体及び／又は結合性ポリペプチドは、当技術分野で知られ、容易に入手される追加の非タンパク質部分を含むように更に改変することができる。抗体及び／又は結合性ポリペプチドの誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例は、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体の何れか）及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物を包含する。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性のために製造上の利点を有し得る。ポリマーは何れかの分子量のものであってよく、そして分枝鎖又は未分枝鎖であってよい。抗体及び／又は結合性ポリペプチドに結合するポリマーの数は変動してよく、そして、一以上の重合体が結合する場合は、それらは同じか又は異なる分子であってよい。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は種類は、限定されないが、向上させるべき抗体及び／又は結合性ポリペプチドの特定の特性又は機能、抗体誘導体及び／又は結合性ポリペプチド誘導体が限定された条件下で治療に使用されるのか等を含む考慮に基づいて決定することができる。
【０２４９】
別の実施態様において、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る抗体及び／又は結合性ポリペプチドと非タンパク質部分とのコンジュゲートが提供される。一実施態様において、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである(Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005))。放射線は、任意の波長であって良いが、限定されないものの、通常の細胞に害を与えないが、抗体及び／又は結合性ポリペプチド−非タンパク質部分の近位細胞が死滅される温度に非タンパク質部分を加熱する波長が含まれる。
【０２５０】
Ｈ．組換え方法及び組成物
抗体及び／又は結合性ポリペプチドは、例えば米国特許第４，８１６，５６７号で説明したように、組換え法及び組成物を用いて製造することができる。一実施態様において、単離された核酸は、抗ＦＧＦ１９抗体、抗ＦＧＦＲ４抗体、及び／又は抗クロトー抗体（例えば、抗ＫＬＢ抗体）をコードする。このような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列、及び／又は抗体のＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／又は重鎖）をコードし得る。更なる実施態様において、抗体及び／又は結合性ポリペプチドをコードするそのような核酸を含む一以上のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。更なる実施態様において、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。一実施態様において、宿主細胞は以下を含む（例えば、以下で形質転換される）：（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第一ベクター、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第二ベクター。一実施態様において、宿主細胞は、真核生物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、又はリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施態様において、抗ＦＧＦ１９抗体、抗ＦＧＦＲ４抗体、及び／又は抗クロトー抗体（例えば、抗ＫＬＢ抗体）、及び／又は結合性ポリペプチドを作る方法が提供され、その方法は、上記のように、抗体及び／又は結合性ポリペプチドの発現に適した条件下で、抗体及び／又は結合性ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を培養することを含み、および必要に応じて、宿主細胞（または宿主細胞培養培地）から抗体及び／又は結合性ポリペプチドを回収することを含む。
【０２５１】
抗ＦＧＦ１９抗体、抗ＦＧＦＲ４抗体、及び／又は抗クロトー抗体（例えば、抗ＫＬＢ抗体）。及び／又は結合性ポリペプチドの組換え生産のために、例えば上述したように、抗体及び／又は結合性ポリペプチドをコードする核酸が単離され、宿主細胞内でのさらなるクローニング及び／又は発現のために一以上のベクターに挿入される。このような核酸は、容易に単離され、従来の手順を用いて（例えば、抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合できるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）配列決定することができる。
【０２５２】
ベクターのクローニング又は発現に適切な宿主細胞は、本明細書に記載の原核細胞又は真核細胞を含む。例えば、特に、グリコシル化およびＦｃエフェクター機能が必要ない場合には、抗体は、細菌で産生することができる。細菌における抗体断片およびポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、第５，７８９，１９９号及び第５，８４０，５２３号を参照。（また、大腸菌における抗体の発現を説明している、Charlton, Methods in Mol. Bio., 第２４８巻(B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003), 頁245-254も参照）。発現の後、抗体は可溶性画分において細菌の細胞ペーストから単離され、更に精製することができる。
【０２５３】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、ベクターのための適切なクローニング宿主又は発現宿主であり、そのグリコシル化経路が、「ヒト化」されており、部分的または完全なヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす菌類や酵母菌株を含む。Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)、及びLi et al., Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)を参照。
【０２５４】
グリコシル化抗体及び／又はグリコシル化結合性ポリペプチドの発現に適した宿主細胞はまた、多細胞生物（無脊椎動物と脊椎動物）から派生している。無脊椎動物細胞の例としては、植物および昆虫細胞が挙げられる。多数のバキュロウイルス株が同定され、これらは特にSpodoptera frugiperda細胞のトランスフェクションのために、昆虫細胞と組み合わせて使用することができる。
【０２５５】
植物細胞培養もまた宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、第６，０４０，４９８号、第６，４２０，５４８号、第７，１２５，９７８号及び第６，４１７，４２９号（トランスジェニック植物における抗体産生に関するＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＴＭ技術を記載）を参照。
【０２５６】
脊椎動物細胞もまた宿主として用いることができる。例えば、懸濁液中で増殖するように適合されている哺乳動物細胞株は有用であり得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ−７）で形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株、ヒト胚腎臓株(Graham et al., J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載された２９３細胞又は２９３細胞；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスのセルトリ細胞(Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されるＴＭ４細胞）；サル腎細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頚癌細胞（ＨｅＬａ）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（ＨｅｐＧ２）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；例えばMather et al., Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載されるＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株は、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞(Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980))を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞；及びＹ０、ＮＳ０およびＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株を含む。抗体産生及び／又は結合性ポリペプチド産生に適した特定の哺乳動物宿主細胞系の総説については、例えば、Yazaki and Wu, Methods in Mol. Bio., 248巻 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ),255-268頁 (2003)を参照。
【０２５７】
説明は、抗体及び結合性ポリペプチドをコードする核酸を含むベクターで形質転換またはトランスフェクトされた細胞を培養することによる、主に抗体及び／又は結合性ポリペプチドの産生に関するものである。もちろん、当技術分野でよく知られている他の方法は、抗体及び／又は結合性ポリペプチドを調製するために使用され得ることが企図される。例えば、適切なアミノ酸配列、又はその一部は、固相技術を用いた直接ペプチド合成によって製造することができる［例えば、Stewart et al., Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, CA (1969); Merrifield, J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154 (1963)を参照］。インビトロタンパク質合成は、手動技術を用いて、又は自動化によって行うことができる。自動合成は、製造者の指示に従って使用して、例えばアプライド・バイオシステムズ・ペプチド合成機(Foster City, CA)を用いて達成され得る。抗体及び／又は結合性ポリペプチドの種々の部分は、所望の抗体及び／又は結合性ポリペプチドを生成するための化学的又は酵素的方法を用いて別々に化学的に合成され組み合わせることができる。
【０２５８】
ＩＶ．所望の機能を有するＳＣＤ１アンタゴニストのスクリーニング及び／又は同定する方法
抗体、結合性ポリペプチド、及び／又は小分子などのＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストを生成する技術について上記に説明した。本明細書で提供される、抗体、結合性ポリペプチド、小分子、及び／又はポリヌクレオチドなどの更なるＦＧＦ１９修飾薬は、同定され、当技術分野で公知の様々なアッセイによってその物理的／化学的性質及び／又は生物学的活性についてスクリーニングされ、または特徴づけることができる。
【０２５９】
本明細書に提供されるのは、（Ａ）ＦＧＦ１９シグナル伝達を阻害し、細胞周期停止を誘導し、細胞増殖を阻害し、及び／又は細胞死を促進し、かつ（Ｂ）（例えば、臨床的に許容できる、及び／又は許容可能な）許容可能な毒性を有する、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストなどのＦＧＦ１９修飾薬をスクリーニングし及び／又は同定するための方法であり、該方法は、（ａ）（ｉ）細胞、組織、及び／又はサンプルが一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーを含む細胞、組織、及び／又はサンプルと（ｉｉ）参照細胞、参照組織、及び／又は参照サンプルを、候補のＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストと接触させ、（ｂ）（ｉ）ＦＧＦ１９シグナル伝達のレベル、細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又は細胞死のレベルと（ｉｉ）一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルを決定することを含み、それによって、ＦＧＦ１９シグナル伝達のレベルの減少、細胞周期段階の分布の相違、細胞増殖のレベルの減少、及び／又は細胞死のレベルの増加、及び細胞、組織、及び／又はサンプル間における一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーのレベルの減少及び／又は実質的に類似レベルが（ここで細胞、組織、及び／又はサンプルは、一以上の胆汁酸代謝バイオマーカーを含み、参照細胞、参照組織、及び／又は参照サンプルは、ＦＧＦ１９シグナル伝達を阻害するＦＧＦ１９修飾薬として、ＦＧＦ１９アンタゴニストなどの候補ＦＧＦ１９修飾薬を同定する）、癌細胞周期停止を誘導し、細胞増殖を阻害し、及び／又は細胞死及び（例えば、臨床的に許容できる、及び／又は許容可能な）許容可能な毒性を促進する。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬はＦＧＦ１９アンタゴニストである。幾つかの実施態様において、細胞、組織、及び／又はサンプルは、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルである。
【０２６０】
ＦＧＦ１９シグナル伝達のレベルを決定する方法は、当技術分野において公知であり、本明細書の実施例に記載されている。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９シグナル伝達のレベルは、実施例に記載のようにルシフェラーゼレポーターアッセイを用いて決定される。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストは、ＦＧＦ１９シグナル伝達のレベルを、約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、又は約１００％の何れかだけ減少させることにより、ＦＧＦ１９シグナル伝達を阻害する。
【０２６１】
本明細書に記載されるＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストの増殖阻害効果は、例えば、内因性に又はそれぞれの遺伝子によるトランスフェクションの後での何れかによりＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及びクロトー（例えば、ＫＬＢ）を発現する細胞を用いて、当技術分野で公知の方法によって評価することができる。例えば、適切な腫瘍細胞株、およびＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）ポリペプチドをトランスフェクトした細胞は、本明細書に記載されるＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストにより、数日間（例えば、２〜７日）、種々の濃度で処置することができ、クリスタル・バイオレット又はＭＴＴで染色されるか又は他の比色アッセイによって分析され得る。増殖を測定する別の方法は、本発明の抗体、結合性ポリペプチド、小分子及び／又はポリヌクレオチドの存在下または非存在下で処置された細胞による３Ｈ−チミジンの取り込みを比較することによるであろう。処置後、細胞を収集し、ＤＮＡへ取り込まれた放射能の量をシンチレーションカウンターで定量した。適切な陽性対照には、細胞株の増殖を阻害することが知られている成長阻害性抗体により選択された細胞株を処置することが含まれる。インビボでの腫瘍細胞の増殖阻害は、当該分野で既知の種々の方法で決定することができる。
【０２６２】
細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又は癌細胞死のレベルを決定する方法は当該技術分野で知られている。幾つかの実施態様において、癌細胞周期の停止は、Ｇ１での停止である。
【０２６３】
幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストは、インビトロ又はインビボで、癌細胞、癌組織、又は癌サンプルの癌細胞増殖を、未処置の癌細胞、癌組織、又は癌サンプルと比較して、約２５−１００％、より好ましくは、約３０−１００％、更により好ましくは約５０−１００％又は約７０〜１００％だけ阻害するであろう。例えば、増殖阻害は、ＦＧＦ１９修飾薬の濃度が細胞培養中で約０．５μｇ／ｍｌから約３０μｇ／ｍｌ又は約０．５ｎＭから約２００ｎＭで測定され得、ここで増殖阻害は、ＦＧＦ１９候補アンタゴニストへの腫瘍細胞の曝露後１〜１０日に決定される。約１μｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ体重での候補ＦＧＦ１９修飾薬、例えば候補ＦＧＦ１９アンタゴニストの投与が、候補ＦＧＦ１９修飾薬、例えば候補ＦＧＦ１９アンタゴニスの最初の投与から約５日から約３月の間に、好ましくは約５から３０日の間に腫瘍サイズ又は腫瘍細胞増殖の減少を生じる場合、ＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストはインビボで増殖阻害性である。
【０２６４】
癌細胞死を誘導するＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストを選択するため、例えば、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、トリパンブルー又は７ＡＡＤの取り込みにより示される膜の完全性の喪失を参照に対して評価することができる。ＰＩ取り込みは、補体及び免疫エフェクター細胞の非存在下で行うことができる。ＦＧＦ１９、ＦＧＦＲ４、及び／又はクロトー（例えば、ＫＬＢ）を発現する腫瘍細胞は、培地単独ま又は適切なＦＧＦ１９修飾薬を含む培地で培養した。細胞は、３日間インキューベートされる。各処理後に、細胞凝集塊の除去のために、細胞は洗浄され、３５ｍｍのストレーナキャップ付き１２×７５チューブに等分される（チューブ当たり１ｍｌ、処理群当たり３チューブ）。次いで、チューブはＰＩを受け入れる（１０μｇ／ｍｌ）。サンプルはＦＡＣＳＣＡＮ（登録商標）フローサイトメーター及びＦＡＣＳＣＯＮＶＥＲＴ（登録商標）ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア(Becton Dickinson)を用いて解析され得る。ＰＩ取り込みにより決定される統計的に有意な細胞死のレベルを誘導するこれらのＦＧＦ１９修飾薬は、細胞死誘導性抗体、結合性ポリペプチド、小分子、及び／又はポリヌクレオチドとして選択することができる。
【０２６５】
対象の抗体が結合するポリペプチド上のエピトープに結合又は相互作用するＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストをスクリーニングするために、Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow and David Lane (1988)に記載のものなどの常套的な交差遮断(cross-blocking)アッセイを行ってもよい。このアッセイは、候補ＦＧＦ１９修飾薬が、既知の抗体と同じ部位またはエピトープを結合するかどうかを決定するために用いることができる。代わりに又は付加的に、エピトープマッピングを、当該分野で公知の方法によって行うことができる。例えば、抗体及び／又は結合性ポリペプチド配列は、接触残基を同定するために、例えばアラニンスキャニングなどによって突然変異を誘発することができる。変異体抗体は、適切なフォールディングを確実にするために、最初にポリクローナル抗体及び／又は結合性ポリペプチドとの結合について試験される。別の方法において、ポリペプチドの異なる領域に対応するペプチドを、特徴付けされ又は既知のエピトープによる、候補抗体又はポリペプチドとの競合アッセイ、又は候補抗体又は結合性ポリペプチド及び抗体との競合アッセイにおいて使用することができる。
【０２６６】
スクリーニング及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、候補ＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、候補ＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えばＦＧＦ１９アンタゴニスト）は小分子である。
【０２６７】
一態様において、ＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストは、例えばＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット法など公知の方法により、その抗原結合活性について試験される。
【０２６８】
Ｖ．薬学的製剤
本明細書に記載のＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストの薬学的製剤は、所望の程度の純度を有するその抗体と任意の薬学的に許容される一以上の担体(Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed.: Williams and Wilkins PA, USA (1980))とを、凍結乾燥製剤または水性溶液の形態で混合することによって調製される。幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬は、結合性小分子、抗体、結合性ポリペプチド、及び／又はポリヌクレオチドである。薬学的に許容される担体は、使用される投薬量および濃度でレシピエントに毒性でなく、そしてこれには、限定しないが、リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸のような緩衝液；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（例えば、オクタデシルジメチオルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルまたはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリジン；マンノサッカライド、ジサッカライド、およびグルコース、マンノースまたはデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；及び／又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が挙げられる。本明細書における典型的な薬学的に許容される担体は、介在性薬物分散剤、例えば、水溶性の中性アクティブヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Baxter International, Inc.）などのヒト可溶性ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質を更に含む。所定の典型的なｓＨＡＳＥＧＰ及び使用法は、ｒＨｕＰＨ２０を含み、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び第２００６／０１０４９６８に開示されている。一態様において、ｓＨＡＳＥＧＰは、コンドロイチナーゼなどの１つまたは複数の追加のグルコサミノグリカンと組み合わされる。
【０２６９】
典型的な凍結乾燥製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性の抗体製剤は、米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されているものが含まれ、後者の製剤はヒスチジン−酢酸緩衝液を含む。
【０２７０】
本明細書の製剤はまた、治療を受けている特定の徴候のために必要な一以上の活性成分、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を持つものが含まれる場合がある。このような活性成分は、意図した目的のために有効な量で組み合わされ適切に存在する。
【０２７１】
活性成分は、例えば、コアセルベーション技術又は界面重合法によって、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル及びポリ（メチルメタクリレート（ｍｅｔｈｙｌｍｅｔｈａｃｙｌａｔｅ））マイクロカプセルにより、コロイド薬物送達系に（例えばリポソーム、アルブミンミクロスフィア、ミクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）又はマクロ・エマルジョンで調製されたマイクロカプセルに封入されてもよい。このような技術は、Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に開示されている。
【０２７２】
徐放性製剤が調製されてもよい。徐放性製剤の好適な例は、ＦＧＦ１９修飾薬、例えばＦＧＦ１９アンタゴニストを含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、そのマトリックスが成形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形をしている。
【０２７３】
インビボ投与に使用される製剤は、一般的に無菌である。無菌性は、例えば、滅菌濾過膜を通して濾過することにより、達成することができる。
【０２７４】
ＶＩ．製造品
本発明の他の実施態様において、上述した障害の治療、予防、及び／又は診断に有用な物質を含む製造品が提供される。製造品は、容器とラベルまたは容器上にある又は容器に付属するパッケージ挿入物を含む。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ、ＩＶ輸液バッグ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、疾患の治療、予防、及び／又は診断に有効である、それ自体か、又はその他の組成物と併用される化合物を収容し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下注射針による穴あきストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってよい）。組成物中の少なくとも一の活性薬剤は、本明細書に記載されるＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト）である。ラベルまたはパッケージ挿入物は、組成物が特定の症状の治療のために使用されることを示している。更に、製造品は、（ａ）組成物がＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト）を含有する組成物を含む第一の容器；および（ｂ）組成物が更なる細胞障害性又はその他の治療的薬剤を包含する組成物を含む第２の容器を含み得る。幾つかの実施態様において、容器のラベルは、その組成物は一以上の胆汁酸のレベルに基づいて個体を治療するために用いることができることを示している。
【０２７５】
幾つかの実施態様において、製造品は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に含まれる組成物を含み；ここで組成物は、一以上の試薬（例えば、本明細書に記載される、胆汁酸代謝バイオマーカーの一又は複数に結合する一次抗体又は胆汁酸代謝バイオマーカーの一又は複数に対するプローブ及び／又はプライマー）、組成物がサンプル中の一又は複数の胆汁酸代謝バイオマーカーの存在を評価するために使用することができることを示す容器上のラベル、及びサンプル中の一又は複数の胆汁酸代謝バイオマーカーの存在を評価するための試薬の使用説明書を含む。製造品は、サンプルを調製し、試薬を利用するための使用説明書と物質を更に含みうる。幾つかの実施態様において、製造品は、一次及び二次抗体の両方を含み、ここでは該二次抗体は標識、例えば酵素標識にコンジュゲートしている。幾つかの実施態様において、製造品は、本明細書に記載される、一又は複数のプローブ及び／又は一又は複数の胆汁酸代謝バイオマーカーである。
【０２７６】
任意の製造品の幾つかの実施態様において、ＦＧＦ１９修飾薬（例えばＦＧＦ１９アンタゴニスト）は、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、抗体は、モノクローナル抗体である。幾つかの実施態様において、抗体はヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。
【０２７７】
本実施態様における製造品は、組成物が特定の疾患を治療することに用いることができることを示すパッケージ挿入物を更に含んでいてもよい。別法として、又は加えて、製造品は、薬学的に許容されるバッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化生理食塩水、リンガー溶液およびデキストロース溶液を含む第二（または第三）の容器をさらに含んでもよい。これは、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質をさらに含んでもよい。
【０２７８】
製造品の他の任意の成分には、一又は複数のバッファー（例えば、ブロッキングバッファー、洗浄バッファー、基質バッファー等）、他の試薬、例えば酵素標識により化学的に改変される基質（例えば色素原）、エピトープ回収液、対照サンプル（正及び／又は負の対照）、対照スライド等が含まれる。
【０２７９】
上記の製造品のいずれかは、ＦＧＦ１９修飾薬（例えば、ＦＧＦ１９アンタゴニスト）の代わりか又はそれに加えて、本明細書に記載されるイムノコンジュゲートを含み得ることが理解される。
【実施例】
【０２８０】
ＶＩＩ．実施例
以下は本発明の方法および組成物の例である。上記提供される一般的な説明を前提として、他の様々な実施態様が実施され得ることが理解される。
【０２８１】
材料と方法
カニクイザルにおけるインビボでの研究
高親和性（Ｋｄ＝１１８ｐＭ）でｈｕＦＧＦ１９への結合を示し、かつ効果的にＦＧＦＲ４へのＦＧＦ１９の結合をブロックした完全ヒト化抗ＦＧＦ１９抗体を用いた。カニクイザルは、抗ＦＧＦ１９のヒト及びカニクイザルＦＧＦ１９に対する類似の結合親和性のため（データ非表示）、及びマウスはＦＧＦ１９の相同分子種であるＦＧＦ１５を発現するだけであるため、安全性を評価するのに最も適した動物モデルと判断された。毒性試験は、２〜３歳で、〜３ｋｇの重量である健常なナイーブカニクイザルで実施した。動物を５つのグループ（３／性別／群）に無作為に分け、動物あたりビヒクル（２０ｍＭヒスチジン酢酸、８％トレハロース二水和物、０．０２％ポリソルベート２０、ｐＨ５．５）又は３ｍｇ、１０ｍｇ、３０ｍｇ及び１００ｍｇの抗ＦＧＦ１９を静脈内ボーラス投与として８週間隔週投与した（合計５回投与）。標準的な臨床観察、体重、臨床化学／血液学分析、および解剖病理学パラメーター（臓器重量、肉眼的病理および組織病理を含む）を評価した。肝臓及び回腸組織サンプルは定期又は不定期の剖検で全動物から収集され、ＲＮＡ解析用に液体窒素で急速凍結した。糞便サンプルが各群の２匹の動物から試験日第１４日に収集され、−２０℃で貯蔵された。糞便の胆汁酸は以前記述された手順に従ってＧＣ−ＭＳ分析により測定された。Daggy BP et al. 1997. J Lipid Res 38(3):491-502。質量分析が用いられ、ＧＣ−ＭＳ分析で検出された全ての胆汁酸を同定した。総胆汁酸排出量は、全個体の胆汁酸の合計から決定され、そしてこれらの濃度から、前述のようにコール酸及びケノデオキシコール酸経路への寄与を決定した(Setchell KD et al. 1987. Clin Chim Acta 162:257-75)。正に同定された胆汁酸は更に定量化され、Setchell KDR et al. 1983. J Lipid Res. 24:1085-100に前述されるように胆汁酸の濃度は、μｇ／ｇ湿重量に正規化された。
【０２８２】
肝細胞毒性アッセイ
凍結保存した一次カニクイザル肝細胞をＣｅｌｌｚＤｉｒｅｃｔ(Durham, NC)から購入し、供給者の指示に従って、コラーゲンＩでコーティングされたプレート中に、０．６×１０６／ウェルで０．１ｍＬ蒔いた。細胞は、試験材料を３通り添加する前に、一晩インキュベートし、更に４８時間インキュベートした。この抗体はげっ歯類において非結合性であるため、用量濃度（１．６−１００μｇ／ｍＬ）はマウスにおけるキメラ抗体投与からのＰＫデータを使用してインシリコモデリングに基づいて選択した。陽性対照及びアイソタイプ対照抗体として機能を果たすタモキシフェン（Tamoxifen) （１００μＭ）（ｇｐ１２０， Genentech Inc., CA）（１００μｇ／ｍＬ）が陰性対照として用いられた。インキュベーション終了時に、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−ＧｌｏＴＭ発光細胞生存率アッセイキット及び関連プロトコルを使用して、ＡＴＰレベルを測定することにより細胞生存率を評価した(Promega; Madison, WI)。
【０２８３】
カニクイザル肝細胞サンドイッチ培養物を使用した肝胆汁酸輸送研究。
マトリゲルＴＭが被覆された６穴プレートに蒔かれた新鮮に単離されたサル肝細胞はCellzDirect Inc. (Durham, NC)から入手した。胆汁酸取り込みと排出はカニクイザル肝細胞におけるプローブ基質としてｄ８タウロコール酸を用いて、Ｂ−Ｃｌｅａｒ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＴＭ (Qualyst Inc., NC)を用いて評価した。細胞培養物を、抗ＦＧＦ１９抗体又はアイソタイプ対照抗体（１００μｇ／ｍＬ）の何れかにより６時間及び２４時間処理した。インキュベーション期間の終了時点での内因性胆汁酸（タウロコール酸、ＴＣＡ：グリココール酸、ＧＣＡ；タウロケノデオキシコール酸；ＴＣＤＣＡ、グリコケノデオキシコール酸；ＧＣＤＣＡ）の総質量はカルシウムを含まない緩衝液中で測定し、取り込まれ及び排出された化合物の総重量はＬＣ／ＭＳ／ＭＳを用いてカルシウム含有緩衝液中で測定し、安定同位体同等物（ｄ８−ＴＣＡ、ｄ４−ＧＣＡ、ｄ４−ＴＣＤＣＡ、又はｄ４−ＧＣＤＣＡ）を用いて調製した標準曲線に対して定量した。ｄ８タウロコール酸についての全ての質量値は、ミリグラムタンパク質に対して正規化した。胆汁排出指数及びインビトロでの胆汁クリアランスは、Liu X. et al. 1999. Drug Metab Dispos 27(6):637-44に以前記載されるように算出した。
【０２８４】
トランスウェルシステムを用いた腸上皮細胞（Ｃａｃｏ−２）透過性研究。
Ｃａｃｏ−２ヒト腺癌細胞株及びイーグル最小必須培地（ＥＭＥＭ）は、ＡＴＣＣ（アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション、Rockville, MD）から購入した。Ｃａｃｏ−２細胞はトランスウェルインサート（０．４μｍの細孔サイズ、Corning, NY）上に１．５×１０５細胞／ｍＬの密度で播種され、２３日間、毎週３回培地交換して培養された。２３日目に、透過性実験に先立ち、細胞は、アイソタイプ対照抗体（１００μｇ／ｍＬ）、ＦＧＦ１９（ｇｐ１２０, Genentech Inc., CA）（５００ｎｇ／ｍＬ）、抗ＦＧＦ１９（１００μｇ／ｍＬ）、ＤＣＡ(Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) （５０μＭ）又はＤＣＡ（５０μＭ）＋抗ＦＧＦ１９（１００μｇ／ｍＬ）の何れかで２４時間処置された。単層は輸送緩衝液（１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４を含むＨＢＳＳ）で３０分間３７℃で平衡化し、各ウエルの経上皮電気抵抗［ＴＥＥＲ（Ωｃｍ２）、膜面積１．１２ｃｍ２］は、電圧抵抗計とＳＴＸ−２電極を用いて測定した。ルシファーイエロー（ＬＹ）、及びタウロコール酸の透過率は、側底側（Ａ−Ｂ）方向に頂端で評価した。輸送投薬溶液は、輸送緩衝液、試験化合物、１００μＭの単層の完全性マーカーＬＹから構成された。レシーバーウェルは、輸送緩衝液から構成された。タウロコール酸、及びＬＹ（Papp）の見かけの透過性は以下の式を用いて計算した。
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ここで、ｄＱ／ｄｔはレシーバーコンパートメントにおける化合物の出現速度であり、Ｃ０はドナーコンパートメントにおける濃度であり、Ａは、挿入物の表面積である。ＬＹは、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ（登録商標）Ｍ５マルチモードプレートリーダー(Molecular Devices, Sunnyvale, CA)、Ｅｘ＝４２５ｎｍ、Ｅｍ＝５１５ｎｍを使用して定量化された。サンプルは、１２００系のポンプ、脱気剤(Applied Biosystems, Foster City, CA) 、ＬＸ２ (Thermo Fisher Scientific, Inc., Waltham, MA) 及びＬｅａｐ ＨＴＳ ＰＡＬオートサンプラーを用いてＡＰＩ４０００(Applied Biosystems, Foster City, CA) 上で化合物について分析した。移動相は０．１％ギ酸を含む水（移動相Ａ）及び０．１％ギ酸を含むアセトニトリル（移動相Ｂ）からなる。全てのサンプルはＳｙｎｅｒｇｉ Ｈｙｄｒｏ−ＲＰカラム(Phenomenex, Torrance, CA)へ注入され、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して分析した。質量分析計データは、アナリストソフトウェアバージョン１．４．２を用いて処理した。
【０２８５】
遺伝子発現解析
総ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙキット (Qiagen Inc., Valencia, CA)を用いて、ビヒクル又は抗ＦＧＦ１９で処置されたサルの肝臓と回腸のサンプル、一次カニクイザル肝細胞培養物及びＣａｃｏ−２細胞培養物から単離され、製造業者のプロトコルに従って、カラム(Qiagen Inc., Valencia, CA)上でＤＮａｓｅで処理された。ＲＮＡ濃度はＮＤ−１０００分光光度計を用いて測定した(Nanodrop Products, Wilmington, DE)。定量的ＲＴ−ＰＣＲが実施され、ＦＧＦ１９−及び胆汁酸調節遺伝子のｍＲＮＡの相対的存在量を決定した。Ｃｙｐ７α１、ＢＳＥＰ、ＮＴＣＰ、ＯＡＴ２、ＭＲＰ２、ＭＰＲ３、ＡＳＢＴ、ＩＢＡＢＰ、ＯＳＴα、ＯＳＴβ、ＦＧＦ１９及び６０ｓリボソームタンパク質Ｌ１９、（ＲＰＬ１９、内部対照）のための蛍光発生プローブ及びヒト特異的プライマーはApplied Biosystems (Foster City, CA)から入手した。増幅反応を、リアルタイのＭｘ−３０００Ｘｐサーモサイクラー(Stratagene, La Jolla, CA)上でＴａｑｍａｎワンステップＲＴ−ＰＣＲマスターミックス（ＡＢＩ）を用いて行った。各サンプルは、三通りに行われ、目的の遺伝子についての結果はＲＰＬ１９ハウスキーピング遺伝子に対して正規化した。
【０２８６】
統計的分析
ウェルチ補正によるスチューデントの両側ｔ検定を用いて、２つのグループ間でデータを比較した。Ｐ値が＜０．０５は統計的に有意と見なされた。
実施例１  インビボでのカニクイザルの研究による知見
１０−１００ｍｇ／ｋｇの群における抗ＦＧＦ１９の単一用量投与に関連した臨床的に観察された主な毒性は重度の下痢、低摂餌量及び体重の減少であり、これは、２匹の動物に予定外の安楽死をもたらした（表１）。最終的には、１０−１００ｍｇ／ｋｇの群の全ての動物は、不良な臨床状態のため、一回投与後に安楽死させた。３ｍｇ／ｋｇを与えられた動物は軽度の臨床徴候のみを有しており、研究の最初の２週間の間、臨床病理パラメータに最小の効果を示し、従って、合計５回投与の投与スケジュールは、このグループ内の全ての動物においてそのままにした。低用量動物における被験物質に関連した唯一の臨床的兆候は、周期的な形態をなさない液体状の糞便と体重減少を伴わない摂餌量の減少であった（表１）。
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【０２８７】
抗ＦＧＦ１９を１０、３０及び１００ｍｇ／ｋｇで処置された群にわたって、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）、総胆汁酸（ＴＢＡ）及び総ビリルビン値（ＴＢＩＬ）の実質的な用量依存性増加が観察された（それぞれ、図１Ａ−１Ｄ）。それらのより高用量においては、ＡＳＴ、ＡＬＴ及びＴＢＡの平均活性は、対照動物に対してそれぞれ２１〜３０倍、１３〜２７倍、及び２〜４倍増加した。３ｍｇ／ｋｇの処置群は最小から軽度の増加を血清ＡＳＴ（２〜３倍）及び血清ＴＢＡ（１倍）で示し、軽度から中程度の増加を血清ＡＬＴ（３〜６倍）において示し、それらは続く投薬により進行性に悪化しなかった（図１Ａ−１Ｃ）。ＡＬＴ及びＴＢＡの活性増大は、肝細胞傷害及び／又は機能不全と一致していたものの、対応する組織病理学的変化は、大部分の動物では観察されなかった。予定外の安楽死を受け２匹の動物のみが肝細胞の軽度から著しい単一細胞壊死があった（データ非表示）。全ての試験動物からの胃、十二指腸、回腸の切片を病理組織学的に調べたところ、正常範囲内であると考えられ、下痢及び脱水症状は、これらの動物で瀕死と病的状態の推定される主な原因であったことを示している。集団データに基づいて、１０、３０及び１００ｍｇ／ｋｇの単回投与量は許容できないと考えられた。従って、本研究の目的のために、我々は、抗ＦＧＦ１９の毒性のメカニズムを理解する試みにおいて、ビヒクル及び高用量（１００ｍｇ／ｋｇ）の群のみからの組織サンプルを分析した。更に、臨床徴候の重症度及び肝酵素の上昇の程度に基づいて、抗ＦＧＦ１９は、男性より女性においてより毒性であるように思われた。興味深いことに、ジェンダー効果において同様の観察がＦＧＦ１９トランスジェニックマウスにおいて肝細胞癌の発生率で報告されたが、この理由は不明である。Nicholes K. et al. 2002. Am J Pathol 160(6):2295-307.
【０２８８】
実施例２  抗ＦＧＦ１９処置カニクイザルからの糞便胆汁酸の解析
大腸へ入る高濃度の胆汁酸（＞０．５グラム／２４時間）は、水の分泌と腸の運動性を刺激することができ、慢性水様下痢を引き起こす。Hofmann AF. 1967. Gastroenterology 52(4):752-7．抗ＦＧＦ１９で処理した動物は、重篤な下痢を伴う血清胆汁酸レベルの上昇を示したので、次に、吸収不良に起因して過剰の胆汁酸が糞便中に存在するかどうかを評価した。 Setchell KDR et al. 1983. J Lipid Res. 24:1085-100に記載されるように、全ての糞便胆汁酸のＧＣ−ＭＳ解析により、対照群に比較した場合に高用量の抗ＦＧＦ１９処置群において絶対的胆汁酸濃度の実質的増加が観察された。正に同定された胆汁酸プロファイルの更なる特徴付けでは、二次胆汁酸、ＬＣＡ（ＣＤＣＡの誘導体）及びＤＣＡの存在下で、増加する傾向を、特に３α、１２α−ヒドロキシ−５β−コラン酸（双方ともＣＡの誘導体、全ｐ値＜０．０５）で大きな増加を示した（図２Ａ−２Ｄ）。
【０２８９】
実施例３−一次カニクイザル肝細胞の抗ＦＧＦ１９処置の効果
臨床化学的所見は、血清ＡＳＴレベル及びＡＬＴレベルの増加を示唆したので、最初に、抗ＦＧＦ１９は、様々な濃度（１．５６−１００μｇ／ｍＬ）の抗ＦＧＦ１９により一次サル肝細胞を最大４８時間処置することによって、直接肝細胞の細胞毒性を引き起こすことができるかどうかを決定した。ＡＴＰレベルの有意な変化は、全ての濃度試験において処置及び未処置の細胞間で観察されなかった（データ非表示）。これらの知見は、抗ＦＧＦ１９は、肝細胞に対する直接的な細胞毒性を持たないことを示唆している。
【０２９０】
実施例４−カニクイザル肝臓及び一次肝細胞培養物における、ＦＧＦ１９に対する抗ＦＧＦ１９処置の作用及び胆汁酸制御遺伝子発現
Ｃｙｐ７α１（＞４倍）、ＢＳＥＰ（＞２倍）、ＭＲＰ２（＞１．６倍）、及びＭＲＰ３（＞１．３倍）（全ての値＜０．０５）遺伝子発現の有意な増加が、ビヒクル処置対照に比較して抗ＦＧＦ１９を１００ｍｇ／ｋｇで処置したサルの肝臓組織中で観察された（図３Ａ−３Ｄ）。対照的に、ＮＴＣＰ（８％減少）、ＯＡＴ２（３５％減少）及びＭＲＰ４（６４．９％減少、ｐ値＜０．０４）の発現レベルは控えめに減少した（図３Ｅ−３Ｇ）。一次サル肝細胞培養物において、抗ＦＧＦ１９は、ＣＹＰ７α１（＞１１倍）、ＢＳＥＰ（＞９倍）（両方のｐ値＜０．０５）、ＭＲＰ２（＞１．１倍）、ＭＲＰ３（＞１．５倍、ｐ値＜０．０５）遺伝子の発現レベルに類似の増加を引き起こし（図４Ａ−４Ｄ）、対照に対してＮＴＣＰにおいてのみ小さな減少を引き起こした（図４Ｆ）。
【０２９１】
実施例５−肝細胞における胆汁酸輸送機能に対する抗ＦＧＦ１９の作用
抗ＦＧＦ１９によるサル肝細胞の６時間及び２４時間の処置は、内因性胆汁酸の総質量により決定されるように、アイソタイプ対照と比較すると、カルシウムの存在下及び非存在下で、胆汁酸（タウロコール酸、ＴＣＡ：グリココール酸、ＧＣＡ；タウロケノデオキシコール酸；ＴＣＤＣＡ、グリコケノデオキシコール酸；ＧＣＤＣＡ）の取り込み及び排出において最小の変化を引き起こした（表２）。ＢＥＩの多少の減少が２４時間で観察されたが、高い変動性のため統計的に有意ではなかった（表３）。
2018065787.tif 000006
2018065787.tif 000007
【０２９２】
実施例６−カニクイザル回腸及びヒト腸上皮細胞（Ｃａｃｏ−２）における胆汁酸輸送遺伝子発現への抗ＦＧＦ１９処置の作用
１００ｍｇ／ｋｇの抗ＦＧＦ１９で処置された動物からの回腸組織サンプルは、対照と比較してＯｓｔ−α（＞２．７倍）、Ｏｓｔ−β（＞２．３倍）、及びＩＢＡＢＰ（＞２．７倍）のｍＲＮＡ発現レベルの増加を示したが、その変化は対照群における高い可変性のため統計的に有意ではなかった（図５Ａ−５Ｃ）。これらの評価は抗ＦＧＦ１９の直接の作用か又は抗ＦＧＦ１９誘導性胆汁酸からの間接的作用によるのかを更に究明するために、我々は、抗ＦＧＦ１９（１００μｇ／ｍＬ、２４時間）又はＤＣＡ（５０μＭ、２４時間）の何れかで処置後にＣａｃｏ−２細胞培養物中において選択された溶質輸送体の遺伝子発現を評価した。Ｃａｃｏ−２細胞において、抗ＦＧＦ１９処置はこれらの溶質輸送体のｍＲＮＡ発現にいかなる有意な変化も生じなかったが、一方ＤＣＡによる処置は、インビトロで観察されたものと類似したＩＢＡＢＰ（＞３０倍、ｐ値＜０．０００１）、Ｏｓｔ−α（２倍、ｐ値ｐ＜０．００１５）、及びＯｓｔ−β（１．３倍、ｐ値＜０．０５）の発現を有意に増加させ、回腸組織において観察された変化は、胆汁酸の上昇によって駆動される可能性が高く、抗ＦＧＦ１９抗体の直接的な作用ではないかもしれないことを示唆している。更に、抗ＦＧＦ１９処置は、インビボ及びインビトロで、ＡＳＢＴのｍＲＮＡ発現レベルの適度な減少を生じた（図５Ｄ＆６Ｄ）。
【０２９３】
実施例７−腸上皮細胞（Ｃａｃｏ−２）膜透過性及び輸送機能への抗ＦＧＦ１９処置の作用
ＦＧＦ１９タンパク質によるＣａｃｏ−２単層の前処置（５００ｎｇ／ｍｌ、２４時間）は、タウロコール酸の取り込み又は膜透過性を変化させなかった。しかしながら、抗ＦＧＦ１９による処置（１００μｇ／ｍＬ、２４時間）は、インビトロでタウロコール酸の取り込みを大きく損ね（対照に対して〜６４％の減少、ｐ値＜０．００２）、類似の作用はＤＣＡによる処置（５０μＭ、２４時間）で観察された（対照に対して〜８０％の減少、ｐ値＜０．００１）。胆汁酸は、腸上皮（ＬＳ１７４Ｔ）細胞においてＦＧＦ１９の発現を誘導することが示されているため (Wistuba W. et al. 2007. World J Gastroenterol 13(31):4230-5)、我々は、ＤＣＡはＦＧＦ１９の誘導を介して間接的にＣａｃｏ−２輸送機能に影響を与えるかどうか、そしてこの作用は、抗ＦＧＦ１９によって細胞を前処置することによって減衰させることができるかどうかを決定した。ＤＣＡによるＣａｃｏ−２細胞の処置（５０μＭ、２４時間）は、ＦＧＦ１９のｍＲＮＡ発現を有意に減少させたが（図７Ａ、ｐ値＜０．００１）；しかし、抗ＦＧＦ１９による前処置（１００μｇ／ｍｌ、２４時間）は、タウロコール酸の取り込みにおけるＤＣＡ媒介性減少を一部のみレスキューした（ＤＣＡに対して〜３０％回復）（図７Ｂ）。全体として、ＤＣＡは回腸上皮細胞共役型胆汁酸（タウロコール酸）取り込みを、回腸上皮細胞のＦＧＦ１９発現の誘導を通じて直接的及び部分的の両方で阻害した。
【０２９４】
線維芽細胞増殖因子１９（ＦＧＦ１９）は、コレステロール７α−ヒドロキシラーゼ（Ｃｙｐ７α１）を抑制し、インビトロ及びインビボで胆汁酸合成を阻害する。以前の研究では、抗ＦＧＦ１９抗体処置は、結腸腫瘍異種移植片の増殖を減少させ、ＦＧＦ１９トランスジェニックマウスにおいて肝細胞癌を予防し、従って有用な癌標的である可能性があることを示した。カニクイザルにおける反復投与安全性試験において、抗ＦＧＦ１９処置（３〜１００ｍｇ／ｋｇ）は重度の下痢、低摂取量を伴う用量依存性の肝毒性を実証した。抗ＦＧＦ１９の毒性のメカニズムは、インビトロ及びインビボのアプローチを用いて探究した。結果は、抗ＦＧＦ１９抗体は、サル肝細胞に対する直接的な細胞毒性作用を持たなかったことを示している。抗ＦＧＦ１９は、処置したサルからの肝臓組織及び一次肝細胞において、予想されるようにＣｙｐ７α１を増加するだけでなく、胆汁酸排出輸送体遺伝子（ＢＳＥＰ、ＭＲＰ２、ＭＲＰ３）の発現を増加させ、かつＮＴＣＰ及びＯＡＴ２の発現を減少させた。更に、抗ＦＧＦ１９の処置は、Ｃａｃｏ−２細胞においてではなく、処置したサルからの回腸の組織において溶質輸送体遺伝子（ＩＢＡＢＰ、ＯＳＴ−α、ＯＳＴ−β）発現を増加させた。しかし、デオキシコール酸（ＤＣＡ：二次胆汁酸）は、Ｃａｃｏ−２細胞においてＦＧＦ１９及びこれらの溶質輸送体遺伝子の発現を増加させた。サルの糞便のＧＣ−ＭＳ分析は、総胆汁酸およびコール酸誘導体の増加を示した。これらの知見は、抗ＦＧＦ１９の高投与量は、Ｃｙｐ７α１発現および胆汁酸の合成を増加させ、肝臓における胆汁酸輸送体の発現を変えて、胆汁酸排出の増大と取り込みの減少をもたらすことを示している。胆汁酸の増加は回腸で溶質輸送体の発現を変化させて下痢を引き起こし、胆汁酸の腸肝再循環の増大は肝臓毒性につながる。
【０２９５】
吸収、分布、代謝、及び排泄を含む複数のプロセスは、薬物動態、薬力学および薬物の毒性に影響を及ぼすことが知られている。本研究において、＞３ｍｇ／ｋｇの用量での抗ＦＧＦ１９抗体処置はカニクイザルにおいて、血清肝酵素とビリルビンの上昇によって証明されるように肝毒性を生じる。処置の他の副作用は、急性下痢、低摂取量及び病的状態を含んでいた。この研究では、これらの作用は、回腸における胆汁酸代謝の調節不全及び胆汁酸再吸収障害に関連していることを示唆している。
【０２９６】
ＦＧＦ１５及びβクロトーノックアウトマウスは肝臓のＣｙｐ７α１ｍＲＮＡ及び糞便胆汁酸排泄の増加を示し (Inagaki T. et al. 2005. Cell Metab 2(4):217-25; Ito S. et al. 2005. J Clin Invest 115(8):2202-8; Wu X. et al. 2007. J Biol Chem 282(40):29069-7)、そしてＣｙｐ７α１遺伝子中の変異が高コレステロール血症、早発性胆石疾患及び早発性アテローム性動脈硬化症を有する患者において同定され(Pullinger CR et al. 2002. J Clin Invest 110(1):109-17)、胆汁酸によるＣｙｐ７α１転写の負のフィードバック抑制は胆汁酸及びコレステロールの恒常性を維持するために重要であることを示唆している。本明細書のデータは、抗ＦＧＦ１９による処理群におけるＣｙｐ７α１の肝臓発現の増加及びサルの血清及び糞便中の胆汁酸の増加を示している。更に、抗ＦＧＦ１９処理後の一次サル肝細胞中のＣｙｐ７α１発現の増加は更に、抗ＦＧＦ１９はＣｙｐ７α１に直接作用し、これらの動物において胆汁酸合成の増加を生じさせることを示している。
【０２９７】
胆汁酸の腸肝循環は主に肝臓及び腸において発現される特異的な輸送体が機能することによって駆動され、変化は血清胆汁酸の上昇の一因となり得る。ヒト及びカニクイザルにわたって５０の主要な輸送体遺伝子の発現プロファイルは、臓器特異的発現と輸送体遺伝子の保存に可変性を示さなかった。Bleasby K. et al. 2006. Xenobiotica 36(10-11):963-88．肝細胞の側底膜を通過する胆汁酸輸送は、ＮＴＣＰ並びにＯＡＴＰにより主に媒介されるが、一方胆汁酸排出はＭＲＰ３とＭＲＰ４を介して起こる（代償的役割）。ＡＴＰ結合カセット輸送体、ＢＳＥＰ及びＭＲＰ２は、胆管側膜を通過する胆汁酸の分泌を媒介し、その胆汁酸はＡＳＢＴを介して遠位回腸で受動的又は能動的に吸収される。高レベルの胆汁酸によるＢＳＥＰの誘導及びＮＴＣＰ遺伝子発現の抑制は、肝細胞中の疎水性胆汁酸の蓄積に対する適応反応であると考えられている。Anwer MS. 2004. Hepatology 39(3):581-90; Arrese M. and Ananthanarayanan M. 2004. Pflugers Arch 449(2):123-31．ＦＧＦ１９の阻害は、ＮＴＣＰ及びＯＡＴＰの発現レベルの減少及びインビボ及びインビトロの両方においてＢＳＥＰ、ＭＲＰ２及びＭＲＰ３の発現の実質的増加をもたらすことを示している本データは、肝臓における改変された胆汁酸輸送を示唆している。更に、インビボでの効果はインビトロで再現され、インビトロの一次肝細胞モデルは、抗ＦＧＦ１９作用の合理的なモデルであることを示唆している。残念なことに、胆汁酸輸送体遺伝子の変化が私たちの肝細胞サンドイッチ培養モデルにおいては有意な機能的作用へ変換されず、これはそのモデルで観察された高い変異性(variability)に起因する可能性がある。
【０２９８】
腸細胞の管腔側面を横断する胆汁酸の細胞内輸送は、ＩＢＡＢＰによって促進され、Ｏｓｔ−α及びＯＳＴ−βは、腸肝循環を完了するために、門脈血へ再進入のため腸細胞からの輸送を促進する。Alrefai WA and Gill RK. 2007. Pharm Res 24(10):1803-23．ＩＢＡＢＰ及びＯＳＴ−αの発現の増加は、下痢を伴い、抗ＦＧＦ１９で処置されたサルからの回腸組織において観察された。更に、胆汁酸処置された腸上皮細胞（Ｃａｃｏ−２）におけるＩＢＡＢＰ及びＯｓｔ−αの発現の増加が観察され、回腸における胆汁酸吸収と一致する変化を示している。更に、ＤＣＡはＣａｃｏ−２細胞においてＦＧＦ１９の発現を増加させ、タウロコール酸の取り込みを減少させることを示すデータは、胆汁酸は、腸上皮細胞において、直接ＦＧＦ１９を上方調節し経上皮電気抵抗（ＴＥＥＲ）を減少させることを示すこれまでの研究と一致している。Hughes R. et al. 2008. Nutr Cancer 60(2):259-66; Raimondi F. et al. 2008. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 294(4):G906-13．興味深いことに、本研究において、ＤＣＡ及び抗ＦＧＦ１９によるＣａｃｏ−２単層の同時処置は、タウロコール酸の取り込みにおけるＤＣＡ媒介性減少を部分的にのみレスキューし、輸送機能におけるＤＣＡ媒介性減少はＦＧＦ１９に完全には依存しえないことを示している。胆汁酸は、ＡＳＢＴ、ＩＢＡＢＰ、Ｏｓｔα及びＯｓｔβなどの回腸輸送体遺伝子を調節することを示す幾つかの研究、及び小腸における胆汁酸輸送や恒常性におけるそれらの重要性は、インビボ及びインビトロで胆汁酸に応答して改変される回腸輸送体発現を示すデータと一致している。Ballatori N. et al. 2008. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 295(1):G179-G186; Dawson PA et al. 2003. J Biol Chem 278(36):33920-7; Dawson PA et al. 2005. J Biol Chem 280(8):6960-8; Lee H. et al. 2006. J Lipid Res 47(1):201-14; Nakahara M. et al. 2005. J Biol Chem 280(51):42283-9; Rao A. et al. 2008. Proc Natl Acad Sci USA 105(10):3891-6．
【０２９９】
ケノデオキシコール酸（ＣＤＣＡ）およびコール酸（ＣＡ）は、一次胆汁酸と呼ばれる胆汁酸合成経路の直接の生成物であり、抱合及び脱ヒドロキシル化により、主要な二次胆汁酸であるＬＣＡとＤＣＡをそれぞれ得る。Lefebvre P. et al. 2009. Physiol Rev 89:147-91．通常の条件下で、ほとんどの二次胆汁酸は、回腸に再吸収され、小さな非吸収画分は糞便中に排泄される。糞便の総胆汁酸排泄は、定常状態条件下での肝臓の胆汁酸合成の程度を反映する一方、糞便の胆汁酸排泄の増加は、回腸輸送体の変化と腸肝循環に関連している。Lefebvre P. et al. 2009. Physiol Rev 89:147-91．データは、抗ＦＧＦ１９で処理した動物における回腸輸送体遺伝子の発現に関連した糞便胆汁酸組成物の変化を示したデータは、腸肝循環の摂動を示唆している。更に、糞便胆汁酸の過剰の瀉下作用は、慢性の水様性下痢や脂肪便を通して現れる胆汁酸吸収障害に関連した幾つかの臨床症状において根本的な原因の一つであることが示されている。Westergaard H. 2007. Curr Treat Options Gastroenterol 10(1):28-33．実施例において、糞便の胆汁酸の特徴付けは、Hofmann AF. 1977. The J Infect Dis. 135、捕捉 S126-32に記載されるように、非常に瀉下性であるＤＣＡ及びイソ−リトコール酸を含むコール酸代謝産物の増加を示し、抗ＦＧＦ１９で処置されたマウスにおいて観察された下痢を説明し得る。他の研究では、胆汁酸吸収不良の患者は血清ＦＧＦ１９が減少することを示したが(Walters JR et al. 2009. Clin Gastroenterol Hepatol 7(11):1189-94)、これはＦＧＦ１９の抗体媒介性阻害は胆汁酸合成の増加と、その後の消化不良を引き起こしたことを示す最初の研究である。
【０３００】
結論として、図８に示すように本知見は、抗ＦＧＦ１９によるＦＧＦ１９の阻害は、Ｃｙｐ７α１の制御を抑制解除し、インビトロ及びインビボで胆汁酸合成を増加させ、また肝臓の胆汁酸輸送体発現を変化させることを示している。結果として、血清胆汁酸の上昇は、続いて、腸内の胆汁酸輸送体発現を変化させ、腸肝循環の摂動と下痢や肝毒性の発症を生じる。この研究は、オンターゲット効果の結果として、ヒト以外の霊長類における胆汁酸の恒常性との関係を実証する最初のものである。
【０３０１】
前述の発明は、理解を明確にするために説明と実施例によって少し詳細に説明してきたが記述及び実施例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書に引用される全ての特許及び科学文献の開示は、参照することによりその全体が援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成29年11月2日(2017.11.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【外国語明細書】
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