(57)【要約】【課題】乳がん転移の診断、予後診断、および処置のための方法を提供すること。【解決手段】本発明は、乳がんにおける転移を診断または予後診断するための方法であって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が原発性腫瘍試料において増幅されるかどうかを決定するステップを含む方法に関する。同様にまた、本発明は、ＥＲ−乳がんにおける転移を診断または予後診断するための方法、ならびに他の器官における転移に関して骨転移を生じる傾向を決定する方法であって、上記ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを決定するステップを含む方法にも関する。最後に、本発明は、ＥＲ−乳がん転移を処置するための治療標的としてのｃ−ＭＡＦインヒビターの使用に関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
本願図面に記載の発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が原発性腫瘍試料において増幅されるかどうかを決定することに基づく、乳がんにおける転移の診断または予後診断に関する。同様にまた、本発明は、乳がんにおける転移を診断または予後診断するための方法、ならびに乳がんを有する被験体におけるカスタマイズ治療をデザインするための方法であって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを決定するステップを含む方法にも関する。最後に、本発明は、乳がんの転移を処置するための治療標的としてのｃ−ＭＡＦインヒビターの使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
乳がんは、世界中で２番目に多い（１０．４％；肺がんに次ぐ）がんの種類であり、がんによる死亡の５番目に多い（肺がん、胃がん、肝臓がん、結腸がんに次ぐ）原因である。女性では、乳がんが、がんによる死亡の最も多い原因である。２００５年には、乳がんが、世界中で５０２，０００人の死亡の原因となった（がんによる死亡の７％；全ての死亡のほぼ１％）。１９７０年代から世界中の症例数は著しく増大しているが、これは、欧米世界における現代的な生活様式に一部起因する現象である。
【０００３】
乳がんは、ＴＮＭシステムにより病期へと分類される。その予後診断は、その病期分類の結果と密接に関連し、その病期分類はまた、患者を、臨床試験および医療実践のいずれにおける処置に割り当てるのにも用いられる。病期へと分類するための情報は、以下の通りである。
【０００４】
・ＴＸ期：原発性腫瘍を評価することができない。Ｔ０期：腫瘍の証拠が認められない。Ｔｉｓ期：上皮内癌であり、浸潤は認められない。Ｔ１期：腫瘍は２ｃｍ以下である。Ｔ２期：腫瘍は２ｃｍ超であるが、５ｃｍ未満である。Ｔ３期：腫瘍は５ｃｍ超である。Ｔ４期：乳房もしくは皮膚の内壁で増殖する任意のサイズの腫瘍、または炎症性乳がん。
【０００５】
・ＮＸ期：隣接するリンパ節は、評価することができない。Ｎ０期：がんは、局所リンパ節へと拡大していない。Ｎ１期：がんは、１〜３カ所の腋窩リンパ節または１カ所の乳房内リンパ節へと拡大している。Ｎ２期：がんは、４〜９カ所の腋窩リンパ節または複数カ所の乳房内リンパ節へと拡大している。Ｎ３期：以下のうちの１つが該当する。
【０００６】
・がんは、１０カ所以上の腋窩リンパ節へと拡大しているか、または鎖骨下リンパ節へと拡大しているか、または鎖骨上リンパ節へと拡大しているか、または腋窩リンパ節に影響を及ぼして乳房内リンパ節へと拡大しているか、または４カ所以上の腋窩リンパ節に影響を及ぼして最小量のがんを乳房節内もしくはセンチネルリンパ節生検に存在している。
【０００７】
・ＭＸ期：遠隔への拡大（転移）の存在は、評価することができない。Ｍ０期：遠隔への拡大は認められない。Ｍ１期：鎖骨上リンパ節を包含しない遠隔の器官への拡大が生じている。
【０００８】
充実性腫瘍がんを有する患者の大半が転移の後に死亡するという事実は、腫瘍が転移することを可能とする分子機構および細胞機構を理解することが極めて重要であることを意味する。近年の刊行物は、転移が複雑でいまだほとんど知られていない機構を介してどのようにして引き起こされるのかについて示し、また、異なる転移性細胞型がどのようにして特定の器官に対する指向性を有するのかについても示している。これらの組織特異的な転移性細胞は、それらが特定の器官にコロニー形成することを可能とする一連の機能獲得を示す。
【０００９】
全ての細胞は、それらの表面上ならびにそれらの細胞質内および細胞核内に受容体を有する。ホルモンなど、特定の化学的メッセンジャーが前記受容体に結合し、これにより、細胞における変化が引き起こされる。乳がん細胞に影響を及ぼしうる３つの重要な受容体：エストロゲン受容体（ＥＲ）、プロゲステロン受容体（ＰＲ）、およびＨＥＲ２／ｎｅｕが存在する。これらの受容体のうちのいずれかを有する細胞を名づけるには、受容体が存在する場合、これらにプラスの記号を付け、受容体が存在しない場合、これらにマイナスの記号を付ける：ＥＲ陽性（ＥＲ＋）、ＥＲ陰性（ＥＲ−）、ＰＲ＋（陽性）、ＰＲ陰性（ＰＲ−）、ＨＥＲ２＋（陽性）、およびＨＥＲ２陰性（ＨＥＲ２−）。受容体の状態は、特定の処置、例えば、タモキシフェンまたはトラスツズマブを用いることの適切性を決定するので、全ての乳がんについて極めて重要な評価となっている。エストロゲン受容体（ＥＲ）のアルファアイソフォームは、乳がんの診断症例のうちの約６５％において過剰発現する。この種の乳がんを、「ＥＲ−陽性」（ＥＲ＋）乳がんと称する。この場合、エストロゲンのＥＲへの結合は、乳房腫瘍細胞の増殖を刺激する。ＥＲ＋腫瘍細胞は、この増殖への刺激に高度に依存し、したがって、現在のところ、ＥＲは、治療標的として用いられている。
【００１０】
可能なホルモン補助療法（タモキシフェンまたはアロマターゼインヒビターによる）、化学療法、および／または放射線療法により腫瘍が限局性である場合、乳がんを処置するための要の処置は、手術である。現在のところ、手術（補助療法）後の処置についての示唆は、あるパターンに従っている。２年ごとに、Ｓｔ．Ｇａｌｌｅｎ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄで世界会議が開催され、世界中の多施設研究の実際の結果について論じられているために、このパターンは、変化を被っている。同様に、前記パターンはまた、米国国立衛生研究所（ＮＩＨ）のコンセンサスの基準によっても総説されている。これらの基準に基づくなら、リンパ節において転移を有さない患者のうちの８５〜９０％超は、全身補助療法を受ける候補患者となるであろう。
【００１１】
現在のところ、Ｏｎｃｏｔｙｐｅ  ＤＸなどのＰＣＲアッセイまたはＭａｍｍａＰｒｉｎｔなどのマイクロアレイアッセイでは、特定の遺伝子の発現に基づき、乳がん再発の危険性を予測することができる。２００７年２月には、ＭａｍｍａＰｒｉｎｔアッセイが、米国食品医薬品局による公式の承認を達成する場合の第１の乳がん指標となった。
【００１２】
特許文献１は、乳がんの骨、肺、肝臓、または脳への転移の発生を予測するための方法であって、腫瘍組織試料における、それらにｃ−ＭＡＦが含まれるうちの１または複数のマーカーの発現レベルを、対照試料におけるそれらの対応する発現レベルに対して決定するステップを含む方法について記載している。しかし、この文献によれば、乳がん患者の生存の決定を可能とするには複数の遺伝子を同時に決定することが必要であり、かつ、骨転移のない場合の生存可能性を予測するための遺伝子署名の能力の間には統計学的に有意な相関がなかった。
【００１３】
非特許文献１は、乳がんの脳への転移に関与する遺伝子について記載している。
【００１４】
特許文献２特許出願は、転移性腫瘍において、特に、脳へと転移する腫瘍において、ランダムに制御されるかまたは下方制御される一連の遺伝子の発現レベルを検出することに基づき、転移性乳がんを検出するための方法について記載している。
【００１５】
特許文献３は、乳がん患者における遠位への転移についてのゲノム予測因子として有用な遺伝子署名について記載している。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１６】
【特許文献１】欧州特許出願公開第１９６１８２５号明細書
【特許文献２】米国特許出願公開第２００５／０１８１３７５号明細書
【特許文献３】国際公開第２０１０／０００９０７号
【非特許文献】
【００１７】
【非特許文献１】Ｂｏｓ，  Ｐ．Ｄ．ら［Ｎａｔｕｒｅ、２００９年、４５９巻：１００５〜１００９頁］
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１８】
しかし、当技術分野では、ＥＲ−乳がんまたはＥＲ＋乳がんなどの特定の乳がんを患う患者が転移を患うかどうかの診断および／または予後診断を可能とする遺伝子マーカーが存在せず、したがって、前記がんを患う被験体に適用することが可能な適切な治療も存在しない。したがって、ＥＲ＋乳がんまたはＥＲ−乳がんを患う被験体における転移の存在を診断し、かつ／またはＥＲ＋乳がんまたはＥＲ−乳がんを患う被験体が転移を生じる可能性を予測することを可能とする、新たなマーカーを同定することが必要である。新たな予後診断因子の同定は、最も適切な処置を選択する指針として用いられる。
【課題を解決するための手段】
【００１９】
本発明の発明者らは、ＥＲ＋乳がんが転移、および、特に、骨転移を引き起こす傾向の増大と関連するマーカーとしてのｃ−ＭＡＦを同定および検証した。この過剰発現は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が位置する１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座の増幅に一部起因する。特に、いかなる理論によって拘束されることも意図しないが、エストロゲン受容体（ＥＲ）のシグナル伝達経路は、前記転移を引き起こすのに必要な分子イベントをもたらす乳がんの転移に寄与すると考えられる。
【００２０】
ＥＲ＋乳がんの転移におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子の役割は、ＭＣＦ７細胞系（ヒトＥＲ＋乳がんの細胞系）を免疫不全マウスへと接種し、次いで、前記ＭＣＦ７細胞の骨転移から得られる細胞系と関連する発現プロファイルを得ることによって、本発明者らにより特徴づけられている。前記発現プロファイルから、および、多様な基準を適用することにより、発現レベルの変化により、示される原発性乳がん腫瘍の骨への再発が予測される、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を選択した。その後、ｃ−ＭＡＦ発現レベルを、乳がんを有する患者に由来する原発性腫瘍および乳がん患者に由来する転移の発現プロファイルおよび臨床記録を含有する２つの異なるデータベースにおいて研究したところ、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現が、観察される再発および転移を含めた、異なる臨床パラメータと正に相関した。加えて、乳がんからの骨転移におけるｃ−ＭＡＦ発現レベルを決定したところ、高ｃ−ＭＡＦレベルが観察されるのは、ＥＲ＋腫瘍およびＥＲ−腫瘍に由来する転移においてであった。最後に、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を、ｉｎ  ｖｉｖｏ転移コロニー形成アッセイにより、続いて、レンチウイルスベクターによる機能獲得実験および干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を用いることによる機能喪失実験によって個別に検証した。これらの研究は、ｃ−ＭＡＦの、予後診断マーカーとしての役割、および乳がんの転移、特に、乳がんの骨転移における標的遺伝子としての役割を示した。同様に、本発明者らは、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を含めた１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座の増幅を、乳がんを有する被験体における転移の存在と関連付け、乳がん細胞系におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を、骨転移を形成する傾向と関連付けた。
【００２１】
したがって、第１の態様では、本発明は、ＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移の診断および／またはＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、
（ｉ）前記被験体の腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）既に得られた発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
前記遺伝子の発現レベルが、対照試料における前記遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、前記被験体が、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される方法に関する。
【００２２】
第２の態様では、本発明は、ＥＲ＋乳がんを有する被験体のためのカスタマイズ治療をデザインするためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、
（ｉ）前記被験体の腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）既に得られた発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
発現レベルが、対照試料における前記遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、前記被験体が、前記転移を防止および／または処置することを目的とする治療を受け入れ易い、方法に関する。
【００２３】
第３の態様では、本発明が、骨転移を伴う乳がんを有する被験体のためのカスタマイズ治療をデザインするｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、
（ｉ）前記被験体の骨転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）ステップ（ｉ）で得られた発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルが、対照試料における前記遺伝子の発現レベルに対して増大すれば、前記被験体が、骨分解を防止することを目的とする治療を受け入れ易い、方法に関する。
【００２４】
第４の態様では、本発明が、乳がんを有する被験体における転移の診断、および／または乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が前記被験体の腫瘍組織試料において増幅されるかどうかを決定するステップを含み、ここで、前記遺伝子が対照試料に対して増幅される場合、前記被験体が、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される方法に関する。
【００２５】
第５の態様では、本発明が、乳がんの転移を処置および／または防止するための医薬品の調製におけるｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質（ａｇｅｎｔｅ  ｉｎｈｉｂｉｄｏｒ）の使用に関する。
【００２６】
最後の態様では、本発明が、乳がんを患い、転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦレベルが対照試料に対して上昇している被験体における骨転移を処置するための医薬品の調製における、骨分解を回避または防止することが可能な作用物質の使用に関する。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移の診断のための、および／またはＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、
（ｉ）該被験体の腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）既に得られた該発現レベルを、対照試料における該遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
ここで、該遺伝子の発現レベルが、該対照試料における該遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、該被験体が、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される方法。
（項目２）
ＥＲ＋乳がんを有する被験体に対するカスタマイズ治療をデザインするためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、
（ｉ）該被験体の腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）既に得られた該発現レベルを、対照試料における該遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
ここで、該発現レベルが、該対照試料における該遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、該被験体が、転移を防止および／または処置することを目的とする治療を受け入れ易い、方法。
（項目３）
前記転移が骨転移である、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目３に記載の方法。
（項目５）
骨転移を伴う乳がんを有する被験体に対するカスタマイズ治療をデザインするためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、
（ｉ）該被験体の骨転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）ステップ（ｉ）で得られた該発現レベルを、対照試料における該遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
該ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルが、該対照試料における該遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、該被験体が、骨分解を防止することを目的とする治療を受け入れ易い、方法。
（項目６）
前記骨分解を防止する作用物質が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨ類似体またはＰＲＧ類似体、ラネル酸ストロンチウム、エストロゲン受容体モジュレーター、カルシトニン、およびカテプシンＫインヒビターからなる群から選択される、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体およびオステオプロテゲリンからなる群から選択される、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体がデノスマブである、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記ビスホスホネートがゾレドロン酸である、項目６に記載の方法。
（項目１０）
前記乳がんがＥＲ＋またはＥＲ−である、項目５から９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの定量化が、該遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、または該ｍＲＮＡの断片、該遺伝子の相補性ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、または該ｃＤＮＡの断片を定量化するステップを含む、項目１から１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
前記発現レベルを、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはＤＮＡアレイもしくはＲＮＡアレイにより定量化する、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの定量化が、前記遺伝子によりコードされるタンパク質またはその変異体のレベルを定量化するステップを含む、項目１から１０のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記タンパク質のレベルを、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、またはタンパク質アレイにより定量化する、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
乳がんを有する被験体における転移の診断のための、および／または乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が該被験体の腫瘍組織試料において増幅されるかどうかを決定するステップを含み、ここで、該遺伝子が増幅される場合、該被験体が、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される方法。
（項目１６）
前記乳がんがＥＲ＋またはＥＲ−である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を、遺伝子座１６ｑ２２−ｑ２４の増幅を決定することによって決定する、項目１５または１６に記載の方法。
（項目１８）
前記ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を、ｃ−ＭＡＦ遺伝子特異的プローブを用いることによって決定する、項目１５または１６に記載の方法。
（項目１９）
対照試料が、転移を患っていない被験体に由来する乳がんの腫瘍組織試料である、項目１５から１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記増幅を、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションまたはＰＣＲによって決定する、項目１５から１９のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
前記転移が骨転移である、項目１５から２０のいずれかに記載の方法。
（項目２２）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
乳がんからの骨転移を処置および／または防止するための医薬品の調製におけるｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質の使用。
（項目２４）
前記乳がんがＥＲ＋またはＥＲ−である、項目２３に記載の使用。
（項目２５）
前記ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質が、ｃ−ＭＡＦ特異的ｓｉＲＮＡ、ｃ−ＭＡＦ特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｃ−ＭＡＦ特異的リボザイム、ｃ−ＭＡＦ阻害性抗体、ドミナントネガティブｃ−ＭＡＦ変異体、および表１または表２の化合物からなる群から選択される、項目２３または２４に記載の使用。
（項目２６）
乳がんを患い、転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦレベルが対照試料に対して上昇している被験体における骨転移を処置するための医薬品の調製における、骨分解を回避または防止することが可能な作用物質の使用。
（項目２７）
前記骨分解を回避または防止することが可能な作用物質が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨ類似体またはＰＲＧ類似体、ラネル酸ストロンチウム、エストロゲン受容体モジュレーター、カルシトニン、およびカテプシンＫインヒビターからなる群から選択される、項目２６に記載の使用。
（項目２８）
前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体およびオステオプロテゲリンの群から選択される、項目２７に記載の使用。
（項目２９）
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体がデノスマブである、項目２８に記載の使用。
（項目３０）
前記ビスホスホネートがゾレドロン酸である、項目２７に記載の使用。
（項目３１）
前記乳がんがＥＲ＋またはＥＲ−である、項目２６から３０のいずれかに記載の使用。
（項目３２）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目２６から３１のいずれかに記載の使用。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
【図１Ａ】図１（Ａ）は、組織特異的な転移性亜集団のｉｎ  ｖｉｖｏ選択プロセスについてのグラフ表示である。後続の骨転移性世代の各々を、ＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２と称した。これらの細胞型の転移能は、免疫抑制マウスの移植モデルにおける心内注射によることで解析した。（Ｂ）は、親ＥＲ＋乳がん細胞、ならびにそれらの後続の転移性の派生細胞系であるＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２の転写プロファイルから得られる階層的なクラスター化を示す図である。（Ｃ）は、患者群をｃ−ＭＡＦ発現レベルで区分して、各患者群が経時的に再発し、骨転移を患う確率を示す、カプラン−マイヤー曲線を示す図である。データセットは、５６０例の原発性乳がん腫瘍を包含する。その解析は、それぞれ、ＥＲ＋腫瘍およびＥＲ−腫瘍（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベース、受託番号：ＧＳＥ  ２６０３、２０３４、および１２２７６）に限定した。（Ｄ）は、ＮＫＩコホートにおいて記載されている３３８例の原発性乳がん腫瘍の発現プロファイルを区分するのに用いたｃ−ＭＡＦ発現レベルを示す図である。各群に由来する患者の経時的な生存確率は、カプラン−マイヤー曲線によって比較して示される。ＣおよびＤに示されるｐ値データは、これらの値を連続変数として用い、ＣＯＸ型の多変量モデルを用いると、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現とＥＲとの間の交差により、再発または転移が独立かつ有意な方法で予測されることを示す（ｐ値＜０．０１）。
【図１Ｂ】図１（Ａ）は、組織特異的な転移性亜集団のｉｎ  ｖｉｖｏ選択プロセスについてのグラフ表示である。後続の骨転移性世代の各々を、ＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２と称した。これらの細胞型の転移能は、免疫抑制マウスの移植モデルにおける心内注射によることで解析した。（Ｂ）は、親ＥＲ＋乳がん細胞、ならびにそれらの後続の転移性の派生細胞系であるＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２の転写プロファイルから得られる階層的なクラスター化を示す図である。（Ｃ）は、患者群をｃ−ＭＡＦ発現レベルで区分して、各患者群が経時的に再発し、骨転移を患う確率を示す、カプラン−マイヤー曲線を示す図である。データセットは、５６０例の原発性乳がん腫瘍を包含する。その解析は、それぞれ、ＥＲ＋腫瘍およびＥＲ−腫瘍（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベース、受託番号：ＧＳＥ  ２６０３、２０３４、および１２２７６）に限定した。（Ｄ）は、ＮＫＩコホートにおいて記載されている３３８例の原発性乳がん腫瘍の発現プロファイルを区分するのに用いたｃ−ＭＡＦ発現レベルを示す図である。各群に由来する患者の経時的な生存確率は、カプラン−マイヤー曲線によって比較して示される。ＣおよびＤに示されるｐ値データは、これらの値を連続変数として用い、ＣＯＸ型の多変量モデルを用いると、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現とＥＲとの間の交差により、再発または転移が独立かつ有意な方法で予測されることを示す（ｐ値＜０．０１）。
【図１Ｃ】図１（Ａ）は、組織特異的な転移性亜集団のｉｎ  ｖｉｖｏ選択プロセスについてのグラフ表示である。後続の骨転移性世代の各々を、ＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２と称した。これらの細胞型の転移能は、免疫抑制マウスの移植モデルにおける心内注射によることで解析した。（Ｂ）は、親ＥＲ＋乳がん細胞、ならびにそれらの後続の転移性の派生細胞系であるＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２の転写プロファイルから得られる階層的なクラスター化を示す図である。（Ｃ）は、患者群をｃ−ＭＡＦ発現レベルで区分して、各患者群が経時的に再発し、骨転移を患う確率を示す、カプラン−マイヤー曲線を示す図である。データセットは、５６０例の原発性乳がん腫瘍を包含する。その解析は、それぞれ、ＥＲ＋腫瘍およびＥＲ−腫瘍（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベース、受託番号：ＧＳＥ  ２６０３、２０３４、および１２２７６）に限定した。（Ｄ）は、ＮＫＩコホートにおいて記載されている３３８例の原発性乳がん腫瘍の発現プロファイルを区分するのに用いたｃ−ＭＡＦ発現レベルを示す図である。各群に由来する患者の経時的な生存確率は、カプラン−マイヤー曲線によって比較して示される。ＣおよびＤに示されるｐ値データは、これらの値を連続変数として用い、ＣＯＸ型の多変量モデルを用いると、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現とＥＲとの間の交差により、再発または転移が独立かつ有意な方法で予測されることを示す（ｐ値＜０．０１）。
【図１Ｄ】図１（Ａ）は、組織特異的な転移性亜集団のｉｎ  ｖｉｖｏ選択プロセスについてのグラフ表示である。後続の骨転移性世代の各々を、ＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２と称した。これらの細胞型の転移能は、免疫抑制マウスの移植モデルにおける心内注射によることで解析した。（Ｂ）は、親ＥＲ＋乳がん細胞、ならびにそれらの後続の転移性の派生細胞系であるＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２の転写プロファイルから得られる階層的なクラスター化を示す図である。（Ｃ）は、患者群をｃ−ＭＡＦ発現レベルで区分して、各患者群が経時的に再発し、骨転移を患う確率を示す、カプラン−マイヤー曲線を示す図である。データセットは、５６０例の原発性乳がん腫瘍を包含する。その解析は、それぞれ、ＥＲ＋腫瘍およびＥＲ−腫瘍（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベース、受託番号：ＧＳＥ  ２６０３、２０３４、および１２２７６）に限定した。（Ｄ）は、ＮＫＩコホートにおいて記載されている３３８例の原発性乳がん腫瘍の発現プロファイルを区分するのに用いたｃ−ＭＡＦ発現レベルを示す図である。各群に由来する患者の経時的な生存確率は、カプラン−マイヤー曲線によって比較して示される。ＣおよびＤに示されるｐ値データは、これらの値を連続変数として用い、ＣＯＸ型の多変量モデルを用いると、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現とＥＲとの間の交差により、再発または転移が独立かつ有意な方法で予測されることを示す（ｐ値＜０．０１）。
【図１Ｅ】図１（Ａ）は、組織特異的な転移性亜集団のｉｎ  ｖｉｖｏ選択プロセスについてのグラフ表示である。後続の骨転移性世代の各々を、ＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２と称した。これらの細胞型の転移能は、免疫抑制マウスの移植モデルにおける心内注射によることで解析した。（Ｂ）は、親ＥＲ＋乳がん細胞、ならびにそれらの後続の転移性の派生細胞系であるＢｏＭ０、ＢｏＭ１、およびＢｏＭ２の転写プロファイルから得られる階層的なクラスター化を示す図である。（Ｃ）は、患者群をｃ−ＭＡＦ発現レベルで区分して、各患者群が経時的に再発し、骨転移を患う確率を示す、カプラン−マイヤー曲線を示す図である。データセットは、５６０例の原発性乳がん腫瘍を包含する。その解析は、それぞれ、ＥＲ＋腫瘍およびＥＲ−腫瘍（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベース、受託番号：ＧＳＥ  ２６０３、２０３４、および１２２７６）に限定した。（Ｄ）は、ＮＫＩコホートにおいて記載されている３３８例の原発性乳がん腫瘍の発現プロファイルを区分するのに用いたｃ−ＭＡＦ発現レベルを示す図である。各群に由来する患者の経時的な生存確率は、カプラン−マイヤー曲線によって比較して示される。ＣおよびＤに示されるｐ値データは、これらの値を連続変数として用い、ＣＯＸ型の多変量モデルを用いると、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現とＥＲとの間の交差により、再発または転移が独立かつ有意な方法で予測されることを示す（ｐ値＜０．０１）。
【図２−１】図２（Ａ）は、他の転移部位（脳、肝臓、および肺）との比較で、乳がんに由来する骨転移における、標準化されたｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベル（ＧＳＥ１４０２０）を示す図である。（Ｂ）は、異なる骨コロニー形成能およびＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＥＲ−）乳がん細胞派生物を伴う異なる亜集団における標準化されたｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを示す図である。（Ｃ）は、異なる骨コロニー形成能およびＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＥＲ−）乳がん細胞派生物を伴う異なる亜集団、またはＭＡＦ遺伝子（長アイソフォーム）をコードするｃＤＮＡの外因性過剰発現を伴う異なる亜集団における、標準化されたＣＴＧＦ遺伝子発現レベル（ｃ−ＭＡＦの転写活性により誘導される遺伝子）を示す図である。
【図２−２】図２（Ａ）は、他の転移部位（脳、肝臓、および肺）との比較で、乳がんに由来する骨転移における、標準化されたｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベル（ＧＳＥ１４０２０）を示す図である。（Ｂ）は、異なる骨コロニー形成能およびＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＥＲ−）乳がん細胞派生物を伴う異なる亜集団における標準化されたｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを示す図である。（Ｃ）は、異なる骨コロニー形成能およびＭＤＡ−ＭＢ−２３１（ＥＲ−）乳がん細胞派生物を伴う異なる亜集団、またはＭＡＦ遺伝子（長アイソフォーム）をコードするｃＤＮＡの外因性過剰発現を伴う異なる亜集団における、標準化されたＣＴＧＦ遺伝子発現レベル（ｃ−ＭＡＦの転写活性により誘導される遺伝子）を示す図である。
【図３Ａ】図３（Ａ）は、ＲＴ定量的ＰＣＲによる、ＭＣＦ７  ＥＲ＋乳がん細胞およびそれらの転移性派生物（ＢｏＭ）におけるｃ−ＭＡＦ発現レベルの解析を示す図である。（Ｂ）および（Ｃ）は、ｃ−ＭＡＦの機能喪失実験および機能獲得実験を示す図である。ｃ−ＭＡＦの喪失および獲得は、それぞれ、骨における転移性が高い細胞および低い細胞において実施した。ｃ−ＭＡＦ発現を伴う上記細胞系の派生物およびｃ−ＭＡＦ発現を伴わない上記細胞系の派生物を免疫抑制マウスの左心室に注射し、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける骨のコロニー形成を、生物発光造影法のよるリアルタイムで解析して、ｃ−ＭＡＦの、ＥＲ＋乳がんにおける骨転移への寄与を検証する。ＭＡＦ−ｓｈｏとは、短ｃ−ＭＡＦ（短アイソフォーム）を示す。
【図３Ｂ】図３（Ａ）は、ＲＴ定量的ＰＣＲによる、ＭＣＦ７  ＥＲ＋乳がん細胞およびそれらの転移性派生物（ＢｏＭ）におけるｃ−ＭＡＦ発現レベルの解析を示す図である。（Ｂ）および（Ｃ）は、ｃ−ＭＡＦの機能喪失実験および機能獲得実験を示す図である。ｃ−ＭＡＦの喪失および獲得は、それぞれ、骨における転移性が高い細胞および低い細胞において実施した。ｃ−ＭＡＦ発現を伴う上記細胞系の派生物およびｃ−ＭＡＦ発現を伴わない上記細胞系の派生物を免疫抑制マウスの左心室に注射し、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける骨のコロニー形成を、生物発光造影法のよるリアルタイムで解析して、ｃ−ＭＡＦの、ＥＲ＋乳がんにおける骨転移への寄与を検証する。ＭＡＦ−ｓｈｏとは、短ｃ−ＭＡＦ（短アイソフォーム）を示す。
【図３Ｃ】図３（Ａ）は、ＲＴ定量的ＰＣＲによる、ＭＣＦ７  ＥＲ＋乳がん細胞およびそれらの転移性派生物（ＢｏＭ）におけるｃ−ＭＡＦ発現レベルの解析を示す図である。（Ｂ）および（Ｃ）は、ｃ−ＭＡＦの機能喪失実験および機能獲得実験を示す図である。ｃ−ＭＡＦの喪失および獲得は、それぞれ、骨における転移性が高い細胞および低い細胞において実施した。ｃ−ＭＡＦ発現を伴う上記細胞系の派生物およびｃ−ＭＡＦ発現を伴わない上記細胞系の派生物を免疫抑制マウスの左心室に注射し、ｉｎ  ｖｉｖｏにおける骨のコロニー形成を、生物発光造影法のよるリアルタイムで解析して、ｃ−ＭＡＦの、ＥＲ＋乳がんにおける骨転移への寄与を検証する。ＭＡＦ−ｓｈｏとは、短ｃ−ＭＡＦ（短アイソフォーム）を示す。
【図４】図４は、ＭＣＦ７親細胞に由来するかまたはｃ−ＭＡＦアイソフォーム（短：短アイソフォームおよび長：長アイソフォーム）のうちのいずれかを過剰発現する細胞に由来する順化培地からの、骨髄由来前駆細胞からの破骨細胞分化についてのアッセイを示す図である。破骨細胞数は、ＴＲＡＰ法により測定する。群間における統計学的差違は、ウィルコクソン両側検定により評価する。
【図５Ａ】図５（Ａ）は、ＢｏＭ２細胞の第１６染色体における遺伝子発現レベルに由来するコピー数の解析を、ＭＣＦ７細胞と比較して示す図である。上部は、発現指標を示す。図の中央部は、発現値が示される転写産物または遺伝子の基準配列（転写産物の基準配列）を示し、これらはそのゲノムの位置により順序づけられる。（Ｂ）は、ＡＣＥ解析（発現データに基づくコピー数による変化の解析）により、３４８例の原発性ＥＲ＋乳がん腫瘍で転移を伴う乳がん患者の１６ｑ１２−ｑ２４領域における反復性のゲノム獲得が同定されることを示す図である。前記領域は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を含有する１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座を包含する。「Ｃｏｘ対数ハザード比（ＨＲ）」モデルを適用することにより、遺伝子の発現と転移の発生とを関連付けた。ゲノム全体においてＨＲの対数を並べ替え（１０００カ所の並替え）、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法によってｐ値を調整して、ＦＤＲ（偽発見率）を０．０５のレベルで制御することにより、統計学的有意性を得た。少なくとも１５の連続する有意な遺伝子を有する領域だけをグレーで報告する。
【図５Ｂ】図５（Ａ）は、ＢｏＭ２細胞の第１６染色体における遺伝子発現レベルに由来するコピー数の解析を、ＭＣＦ７細胞と比較して示す図である。上部は、発現指標を示す。図の中央部は、発現値が示される転写産物または遺伝子の基準配列（転写産物の基準配列）を示し、これらはそのゲノムの位置により順序づけられる。（Ｂ）は、ＡＣＥ解析（発現データに基づくコピー数による変化の解析）により、３４８例の原発性ＥＲ＋乳がん腫瘍で転移を伴う乳がん患者の１６ｑ１２−ｑ２４領域における反復性のゲノム獲得が同定されることを示す図である。前記領域は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を含有する１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座を包含する。「Ｃｏｘ対数ハザード比（ＨＲ）」モデルを適用することにより、遺伝子の発現と転移の発生とを関連付けた。ゲノム全体においてＨＲの対数を並べ替え（１０００カ所の並替え）、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法によってｐ値を調整して、ＦＤＲ（偽発見率）を０．０５のレベルで制御することにより、統計学的有意性を得た。少なくとも１５の連続する有意な遺伝子を有する領域だけをグレーで報告する。
【図６】図６Ａ）は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子特異的プローブ（星印を伴う矢印）およびＩＧＨ遺伝子特異的プローブ（矢印）を用いる、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によるＭＡＦ遺伝子コピー数およびＩＧＨ遺伝子コピー数の検出を示す図である。ＩＧＨ遺伝子は、対照として用いる。スケール：２５μｍ。Ｂ）は、ＩＧＨ遺伝子コピー数と比較したＭＡＦ遺伝子コピー数の間で示される比率による、細胞の百分率の定量化を示す図である（各群についてカウントした細胞総数が示される）。
【発明を実施するための形態】
【００２８】
ｃ−ＭＡＦ発現レベルに基づいて乳がんの転移を診断および予後診断するための方法
本発明者らは、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が、乳がんの転移、特に、ＥＲ＋腫瘍において過剰発現し、原発性腫瘍におけるｃ−ＭＡＦ発現レベルが、乳がんの異なる臨床パラメータ、特に、再発および転移の確率と相関することを示した。したがって、本発明の例において認められる通り（実施例２を参照されたい）、ｃ−ＭＡＦの過剰発現は、ＥＲ＋乳房腫瘍の骨における転移の発症と相関する（図１を参照されたい）。したがって、ｃ−ＭＡＦは、ＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移の診断および／または予後診断のためのマーカーとして用いることができる。
【００２９】
したがって、一態様では、本発明は、ＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移の診断および／またはＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法（以下では、本発明の第１の方法）であって、
（ｉ）前記被験体に由来する腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）既に得られた発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
前記遺伝子の発現レベルが、対照試料における前記遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、前記被験体が転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される、方法に関する。
【００３０】
ｃ−ＭＡＦ遺伝子（また、ＭＡＦまたはＭＧＣ７１６８５としても公知である、筋腱膜線維肉腫のがん遺伝子であるｖ−ｍａｆ（トリ）の相同体遺伝子）とは、ホモ二量体様またはヘテロ二量体様に作用するロイシンジッパーを含有する転写因子である。ＤＮＡ結合部位に応じて、コードされるタンパク質は、転写アクチベーターの場合もあり、転写リプレッサーの場合もある。ｃ−ＭＡＦをコードするＤＮＡ配列は、受託番号ＮＧ＿０１６４４０（配列番号１）の下、ＮＣＢＩデータベースに記載されている。前記ＤＮＡ配列からは２つのメッセンジャーＲＮＡが転写され、それらの各々が、αアイソフォームおよびβアイソフォームの２つのｃ−ＭＡＦタンパク質アイソフォームのうちの１つをもたらす。前記アイソフォームの各々に対する相補性ＤＮＡ配列はそれぞれ、受託番号ＮＭ＿００５３６０．４（配列番号２）および同ＮＭ＿００１０３１８０４．２（配列番号３）の下、ＮＣＢＩデータベースに記載されている。
【００３１】
本発明の文脈では、「転移」が、それが発生した器官から種々の器官へのがんの増殖として理解される。転移は一般に、血液系またはリンパ系を介して生じる。がん細胞が拡大し、新たな腫瘍を形成する場合、後者を続発性腫瘍または転移性腫瘍と称する。続発性腫瘍を形成するがん細胞は、元の腫瘍のがん細胞に類似している。乳がんが、例えば、肺へと拡大する（転移する）場合、続発性腫瘍は、悪性乳がん細胞から形成される。この肺における疾患は、転移性乳がんであり、肺がんではない。本発明の方法の特定の実施形態では、転移は、骨へと拡大した（転移した）ＥＲ＋乳がんである。
【００３２】
本発明では、「ＥＲ＋乳がん」を、その腫瘍細胞がエストロゲン受容体（ＥＲ）を発現する乳がんとして理解する。これにより前記腫瘍がエストロゲンに感受性となり、このことは、エストロゲンががん性の乳房腫瘍を増殖させることを意味する。これに対し、「ＥＲ−乳がん」は、その腫瘍細胞がエストロゲン受容体（ＥＲ）を発現しない乳がんとして理解する。
【００３３】
本発明では、「乳がんを有する被験体における転移の診断」を、疾患（転移）を、その徴候を研究することによって、すなわち、本発明の文脈では、乳がん腫瘍組織におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの、対照試料に対する増大（すなわち、過剰発現）によって同定することとして理解する。
【００３４】
本発明では、「ＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断」を、前記被験体が有するＥＲ＋乳がんが将来において転移するかどうかを徴候に基づいて知ることとして理解する。本発明の文脈では、その徴候は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の腫瘍組織における過剰発現である。
【００３５】
本発明の方法は、第１のステップにおいて、被験体に由来する腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化することを含む。
【００３６】
好ましい実施形態では、本発明の第１の方法は、単一のマーカーとしてのｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルだけを定量化するステップを含む、すなわち、この方法は、任意のさらなるマーカーの発現レベルを決定するステップを包含しない。
【００３７】
本明細書で用いられる「被験体」または「患者」という用語は、哺乳動物として分類される全ての動物を指し、これらには、家畜動物および農場動物、霊長動物およびヒト、例えば、ヒト、非ヒト霊長動物、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ、または齧歯動物が含まれるがこれらに限定されない。被験体は、年齢または人種が任意であるヒトの男性または女性であることが好ましい。
【００３８】
本発明では、「腫瘍組織試料」を、原発性ＥＲ＋乳がん腫瘍に由来する組織試料として理解する。前記試料は、関連する医療技術分野における当業者に周知の方法を用いる従来の方法、例えば、生検によって得ることができる。生検試料を得るための方法には、腫瘍の大型断片への分断、または顕微解剖、または当技術分野で公知の他の細胞分離法が含まれる。加えて、腫瘍細胞は、小ゲージの針を用いる吸引を介する細胞診によって得ることができる。試料の保存および操作を簡単にするため、試料をホルマリン中で固定し、パラフィン中に浸すこともでき、あるいは、まず凍結し、次いで、急速な凍結を可能とする極低温媒体中の浸漬により、ＯＣＴ化合物などの組織凍結媒体に浸すこともできる。
【００３９】
当業者に理解される通り、遺伝子発現レベルは、前記遺伝子のメッセンジャーＲＮＡレベルまたは前記遺伝子によりコードされるタンパク質レベルを測定することにより定量化することができる。
【００４０】
この目的のために、生物学的試料を処理して、組織構造または細胞構造を物理的または機械的に破壊し、細胞内成分を水溶液または有機溶液へと放出し、核酸を調製することができる。その核酸は、当業者に公知である商業的に入手可能な方法によって抽出する（Ｓａｍｂｒｏｏｃｋ，  Ｊ．ら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：  ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ」、第３版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎ．Ｙ．、１〜３巻）。
【００４１】
したがって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルは、前記遺伝子の転写から結果として生じるＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡまたはｍＲＮＡ）から定量化することもでき、代替的に、前記遺伝子の相補性ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）から定量化することもできる。したがって、本発明の特定の実施形態では、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの定量化は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡもしくは前記ｍＲＮＡの断片、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の相補性ＤＮＡもしくは前記ｃＤＮＡの断片、またはこれらの混合物の定量化を含む。
【００４２】
ｃ−ＭＡＦ遺伝子またはそれらの対応するｃＤＮＡによりコードされるｍＲＮＡレベルを検出および定量化するために、本発明の範囲内にある、事実上任意の従来の方法を用いることができる。非限定的な例示を目的として述べると、前記遺伝子によりコードされるｍＲＮＡレベルは、従来の方法、例えば、電気泳動および染色など、ｍＲＮＡの増幅および前記ｍＲＮＡの増幅産物の定量化を含む方法を用いて定量化することもでき、あるいは、代替的に、サザンブロットおよび適切なプローブを用いることによって、ノーザンブロットおよび目的の遺伝子（ｃ−ＭＡＦ）のｍＲＮＡに特異的なプローブまたはそれらの対応するｃＤＮＡに特異的なプローブを用いることによって、Ｓ１ヌクレアーゼ用いるマッピングによって、ＲＴ−ＰＣＲによって、ハイブリダイゼーションによって、マイクロアレイなどによって、好ましくは適切なマーカーを用いるリアルタイム定量的ＰＣＲによって、定量化することもできる。同様に、ｃ−ＭＡＦ遺伝子によりコードされる前記ｍＲＮＡに対応するｃＤＮＡレベルはまた、従来の技法を用いることにより定量化することもできるが、この場合、本発明の方法は、対応するｍＲＮＡの逆転写（ＲＴ）により対応するｃＤＮＡを合成した後に、前記ｃＤＮＡの増幅産物を増幅および定量化するステップを包含する。発現レベルを定量化するための従来の方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、２００１年（上記で引用した）において見出すことができる。
【００４３】
特定の実施形態では、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはＤＮＡアレイもしくはＲＮＡアレイによって定量化する。
【００４４】
加えて、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルはまた、前記遺伝子によりコードされるタンパク質、すなわち、ｃ−ＭＡＦタンパク質（ｃ−ＭＡＦ）［ＮＣＢＩ、受託番号：Ｏ７５４４４］またはｃ−ＭＡＦタンパク質の機能的に同等な任意の変異体の発現レベルを定量化することによって定量化することもできる。２つのｃ−ＭＡＦタンパク質アイソフォームである、４０３アミノ酸からなるαアイソフォーム（ＮＣＢＩ、ＮＰ＿００５３５１．２）（配列番号４）および３７３アミノ酸からなるβアイソフォーム（ＮＰ＿００１０２６９７４．１）（配列番号５）が存在する。ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルは、ｃ−ＭＡＦタンパク質アイソフォームのうちの任意の発現レベルを定量化することによっても定量化することができる。したがって、特定の実施形態では、ｃ−ＭＡＦ遺伝子によりコードされるタンパク質レベルの定量化は、ｃ−ＭＡＦタンパク質の定量化を含む。
【００４５】
本発明の文脈では、「ｃ−ＭＡＦタンパク質の機能的に同等な変異体」を、（ｉ）アミノ酸残基のうちの１または複数が、保存的アミノ酸残基もしくは非保存的アミノ酸残基（保存的アミノ酸残基であることが好ましい）で置換されており、ここで、このような置換されたアミノ酸残基が、遺伝子コードによりコードされるアミノ酸残基の場合もあり、そうでない場合もある、ｃ−ＭＡＦタンパク質の変異体（配列番号４または配列番号５）、または（ｉｉ）１もしくは複数のアミノ酸の挿入もしくは欠失を含み、ｃ−ＭＡＦタンパク質と同じ機能、すなわち、ＤＮＡ結合性転写因子として作用する機能を有する変異体として理解する。ｃ−ＭＡＦタンパク質の変異体は、国際特許出願ＷＯ２００５／０４６７３１において示されている通り、ｃ−ＭＡＦがｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける細胞増殖を促進する能力に基づく方法を用いて同定することもでき、ＷＯ２００８０９８３５１において記載されている通り、サイクリンＤ２プロモーターもしくはｃ−ＭＡＦを発現する細胞において、ｃ−ＭＡＦ応答性領域（ＭＡＲＥまたはｃ−ＭＡＦ応答性エレメント）を含有するプロモーターの制御下で、いわゆるインヒビターがレポーター遺伝子の転写能を遮断する能力に基づく方法を用いて同定することもでき、あるいは、ＵＳ２００９０４８１１７Ａにおいて記載されている通り、ＮＦＡＴｃ２およびｃ−ＭＡＦを発現する細胞において、ＰＭＡ／イオノマイシンによる刺激に応答するＩＬ−４プロモーターの制御下、いわゆるインヒビターがレポーター遺伝子の発現を遮断する能力に基づく方法を用いて同定することもできる。
【００４６】
本発明による変異体は、ｃ−ＭＡＦタンパク質アイソフォーム（配列番号４または配列番号５）のうちのいずれかのアミノ酸配列と、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列類似性を有することが好ましい。上記変異体と既に規定した特定のｃ−ＭＡＦタンパク質配列との間の類似度は、当業者に広く公知のアルゴリズムおよびコンピュータ処理を用いて決定する。２つのアミノ酸配列の間の類似性は、ＢＬＡＳＴＰアルゴリズム［「ＢＬＡＳＴ  Ｍａｎｕａｌ」、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  Ｓ．ら、ＮＣＢＩ  ＮＬＭ  ＮＩＨ  Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．２０８９４；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  Ｓ．ら、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．、２１５巻：４０３〜４１０頁（１９９０年）］を用いて決定することが好ましい。
【００４７】
ｃ−ＭＡＦタンパク質の発現レベルは、被験体に由来する試料における前記タンパク質を検出および定量化することを可能とする任意の従来の方法によって定量化することができる。非限定的な例示を目的として述べると、前記タンパク質レベルは、例えば、ｃ−ＭＡＦ結合能を有する抗体（または抗原決定基を含有するそれらの断片）およびその後に形成される複合体の定量化を用いることにより定量化することができる。これらのアッセイにおいて用いられる抗体は、標識することもでき、標識せずにおくこともできる。用いうるマーカーの例示的な例としては、放射性同位元素、酵素、フルオロフォア、化学発光試薬、酵素基質または共因子、酵素インヒビター、粒子、色素などが挙げられる。本発明において用いうる公知のアッセイであって、標識されていない抗体（一次抗体）および標識された抗体（二次抗体）を用いるアッセイは広範にわたり、これらの技法には、ウェスタンブロットまたはウェスタン転写、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着測定法）、ＲＩＡ（ラジオイムノアッセイ）、競合的ＥＩＡ（競合的酵素イムノアッセイ）、ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ（二重抗体サンドウィッチＥＬＩＳＡ）、免疫細胞化学法および免疫組織化学法、特異的抗体を包含するタンパク質マイクロアレイもしくはバイオチップの使用に基づく技法、またはディップスティックなどのフォーマットにおけるコロイド沈殿に基づくアッセイが挙げられる。前記ｃ−ＭＡＦタンパク質を検出および定量化するための他の方法には、アフィニティークロマトグラフィー法、リガンド結合アッセイなどが挙げられる。免疫学的方法を用いる場合は、ｃ−ＭＡＦタンパク質に高アフィニティーで結合することが公知である任意の抗体または試薬を、それらの量を検出するために用いることができる。にもかかわらず、抗体、例えば、ポリクローナル血清、ハイブリドーマの上清またはモノクローナル抗体、抗体断片、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、およびＦ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、ヒト化ダイアボディー、トリアボディー、テトラボディーおよび複数の抗体の使用。例えば、ａｂ４２７抗体、ａｂ５５５０２抗体、ａｂ５５５０２抗体、ａｂ７２５８４抗体、ａｂ７６８１７抗体、ａｂ７７０７１抗体（Ａｂｃａｍ  ｐｌｃ、３３０  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐａｒｋ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  ＣＢ４  ０ＦＬ、英国）、ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ製のＯ７５４４４モノクローナル抗体（マウス抗ヒトＭＡＦアジド非含有モノクローナル抗体、非コンジュゲート型、クローン６ｂ８）などのような、本発明の文脈で用いうる抗ｃ−ＭＡＦタンパク質抗体が入手可能な。Ａｂｎｏｖａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｂｅｔｈｙｌ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｂｉｏｗｏｒｌｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、ＧｅｎｅＴｅｘなど多くの商業的企業が抗ｃ−ＭＡＦ抗体を提供している。
【００４８】
特定の実施形態では、ｃ−ＭＡＦタンパク質レベルを、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、またはタンパク質アレイによって定量化する。
【００４９】
本発明の第１の方法は、第２のステップにおいて、被験体に由来する腫瘍試料から得られるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較することを含む。
【００５０】
ＥＲ＋乳がんを有する被験体に由来する腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを測定し、対照試料と比較して、前記遺伝子の発現レベルが、対照試料におけるその発現レベルに対して増大する場合、前記被験体が、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断されることを結論づけることができる。
【００５１】
ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの決定は、対照試料または基準試料の値と相関しなければならない。解析される腫瘍の種類に応じて、対照試料の正確な性質は変化しうる。したがって、万一、診断を評価する場合は、基準試料は、転移していないＥＲ＋乳がんを有する被験体に由来する腫瘍組織試料か、または転移していないＥＲ＋乳がんを有する被験体に由来する生検試料の腫瘍組織コレクションにおいて測定されるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの中央値に対応する腫瘍組織試料である。
【００５２】
前記基準試料は典型的に、被験体集団に由来する等量の試料を組み合わせることにより得られる。一般に、典型的な基準試料は、臨床的に十分記録されており、転移の非存在が十分に特徴づけられている被験体から得られる。このような試料では、バイオマーカー（ｃ−ＭＡＦ遺伝子）の通常濃度（基準濃度）を、例えば、基準集団にわたる平均濃度を示すことにより決定することができる。上記マーカーの基準濃度を決定する場合は、多様な検討項目を考慮に入れる。このような検討項目には、患者の年齢、体重、性別、全身状態などがある。例えば、好ましくは前出の検討項目により、例えば、多様な年齢区分により分類した、被験体を少なくとも２例、少なくとも１０例、少なくとも１００例〜好ましくは１０００例超とする総計が等しい群を基準群として選択する。そこから基準レベルを導出する試料コレクションは、研究の患者対象と同じ種類のがんを患う被験体により構成されることが好ましい。
【００５３】
この中央値を確立したら、患者に由来する腫瘍組織において発現したこのマーカーのレベルを、この中央値と比較し、これにより、発現レベルの「増大」に割り当てることができる。被験体間のばらつき（例えば、年齢、人種などに言及する側面）に起因して、ｃ−ＭＡＦ発現の絶対基準値を確立することは極めて困難である（事実上不可能というわけではないにせよ）。したがって、特定の実施形態では、ｃ−ＭＡＦ発現の「増大」または「低減」についての基準値を、その疾患が、上述した方法のうちのいずれかによって、ｃ−ＭＡＦ発現レベルについて十分に記録されている被験体から単離された１または複数の試料においてアッセイを実施することを包含する、従来の手段による百分位数を計算することにより決定する。よって、ｃ−ＭＡＦレベルの「低減」は、例えば、発現レベルが正常集団における第六十分位数以下、正常集団における第七十分位数以下、正常集団における第八十分位数以下、正常集団における第九十分位数以下、および正常集団における第九十五分位数以下を含めた、ｃ−ＭＡＦ発現レベルが正常集団における第五十分位数以下である試料に割り当てうることが好ましい。よって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの「増大」は、例えば、発現レベルが正常集団における第六十分位数以上、正常集団における第七十分位数以上、正常集団における第八十分位数以上、正常集団における第九十分位数以上、および正常集団における第九十五分位数以上を含めた、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルが正常集団における第五十分位数以上である試料に割り当てうることが好ましい。
【００５４】
本発明では、「発現レベルの増大」を、それが基準試料または対照試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子のレベルより大きいｃ−ＭＡＦ遺伝子のレベルを指す場合の発現レベルとして理解する。特に、試料は、上記基準試料における発現レベルが、上記患者から単離された試料に関して、少なくとも１．１倍、１．５倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、またはさらに大きい場合に、ｃ−ＭＡＦ発現レベルが高いと考えることができる。
【００５５】
本発明の文脈では、前記被験体が患うＥＲ＋乳がんが、体の他の器官へと転移した場合、特定の実施形態では骨へと転移した場合に、「被験体が転移について陽性と診断される」ことが理解される。
【００５６】
さらにより好ましい実施形態では、骨への転移は、骨溶解性骨転移である。本明細書で用いられる「骨溶解性骨転移」という表現は、骨吸収（漸進的な骨密度の喪失）が、腫瘍細胞による破骨細胞活性の刺激から結果として生じる、転移の近傍でもたらされる種類の転移を指し、重度の疼痛、病理学的骨折、高カルシウム血症、脊髄圧迫、および神経圧迫から結果として生じる他の症候群を特徴とする。
【００５７】
他方、本発明では、被験体が患うＥＲ＋乳がんが将来において転移する確率が高い場合に、「被験体が転移を生じる傾向を増大させている」ことが理解される。
【００５８】
当業者においては、原発性乳房腫瘍が転移する傾向の予測が、同定される全ての被験体について（すなわち、被験体の１００％について）正確であることを意図しないことを理解する。にもかかわらず、この用語は、被験体のうちの統計学的に有意な部分（例えば、コホート研究におけるコホート）の同定を可能とすることを必要とする。ある部分が統計学的に有意であるかどうかは、当業者が、周知の多様な統計学的評価ツール、例えば、信頼区間の決定、ｐ値の決定、スチューデントのＴ検定、マン−ホイットニー検定などを用いて単純な方法で決定することができる。詳細は、ＤｏｗｄｙおよびＷｅａｒｄｅｎ、「Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ」、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９８３年において示されている。信頼区間は、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であることが好ましい。ｐ値は、０．１、０．０５、０．０１、０．００５、または０．０００１であることが好ましい。集団の被験体のうちの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％を、本発明の方法によって適切に同定しうることがより好ましい。
【００５９】
ＥＲ＋乳房腫瘍を有する患者における本発明のカスタマイズ治療をデザインするための方法
当技術分野で公知の通り、がんを患う被験体に投与される処置は、このがんが悪性腫瘍であるかどうか、すなわち、このがんが転移する確率がが高いかどうか、またはこのがんが良性腫瘍であるかどうかに依存する。第１の仮定では、選り抜きの処置は、化学療法などの全身処置であり、第２の仮定では、選り抜きの処置は、放射線療法などの局部処置である。
【００６０】
したがって、本明細書で記載される通り、乳がん細胞におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子の過剰発現が転移の存在と関連することを踏まえると、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルにより、前記がんを患う被験体に最も適切な治療に関して決定を下すことが可能となる。
【００６１】
したがって、別の態様では、本発明は、ＥＲ＋乳がんを有する被験体のためのカスタマイズ治療をデザインするｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法（以下では、本発明の第２の方法という）であって、
（ｉ）前記被験体の腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）既に得られた発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較するステップと
を含み、
ここで、発現レベルが、対照試料における前記遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、前記被験体が、転移を防止および／または処置することを目的とする治療を受け入れ易い、方法に関する。
【００６２】
特定の実施形態では、転移は骨転移である。より好ましい実施形態では、骨転移は骨溶解性転移である。
【００６３】
「被験体」、「ＥＲ＋乳がん」、「腫瘍組織試料」、「転移」、「発現レベルの決定」、「ｃ−ＭＡＦ遺伝子」、「発現レベルの増大」、および「対照試料」という用語および表現は、本発明の第１の方法との関連で詳細に記載されており、本発明の第２の方法および第３の方法にも同様に適用可能である。
【００６４】
本発明の第２の方法は、第１のステップにおいて、ＥＲ＋乳がんを患う被験体における腫瘍組織試料のｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化することを含む。
【００６５】
好ましい実施形態では、本発明の第２の方法は、単一のマーカーとしてのｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルだけを定量化するステップを含む、すなわち、この方法は、任意のさらなるマーカーの発現レベルを決定するステップを含まない。
【００６６】
本発明の第２の方法の場合、試料は、被験体の原発性腫瘍組織試料である。第２のステップでは、被験体の腫瘍試料において得られるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較する。ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの決定は、対照試料または基準試料の値と関連付けなければならない。解析される腫瘍の種類に応じて、対照試料の正確な性質は変化しうる。したがって、基準試料は、転移していないＥＲ＋乳がんを有する被験体に由来する腫瘍組織試料か、または転移していないＥＲ＋乳がんを有する被験体の生検試料の腫瘍組織コレクションにおいて測定されるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの中央値に対応する腫瘍組織試料であることが好ましい。
【００６７】
試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを測定し、対照試料と比較して、前記遺伝子の発現レベルが、対照試料におけるそれらの発現レベルに対して増大したら、前記被験体が、転移を防止（被験体においていまだ転移がおきていない場合）および／または処置（被験体において既に転移がおきている場合）することを目的とする治療を受け入れ易い、と結論づけることができる。
【００６８】
上記がんが転移した場合は、化学療法、ホルモン処置、免疫療法、またはこれらの組合せが含まれるがこれらに限定されない全身処置を用いる。加えて、放射線療法および／または手術も用いることができる。処置の選択は一般に、原発性がんの種類、サイズ、転移の場所、患者の年齢、全身状態、および既に用いられた処置の種類に依存する。
【００６９】
全身処置とは、体内全体に到達する処置である。
【００７０】
・化学療法とは、がん細胞を破壊する薬物の使用である。その薬物は一般に、経口経路または静脈内経路を介して投与する。化学療法は、放射線照射処置と併せて用いる場合もある。
【００７１】
・ホルモン療法は、一部のホルモンが、一部のがん増殖を促進するという事実に基づく。例えば、卵巣が生成する、女性におけるエストロゲンは、乳がんの増殖を促進する場合がある。これらのホルモンの生成を停止させるための複数の方法が存在する。１つの方法は、それらを生成させる器官：女性の場合における卵巣、男性の場合における精巣を除去することである。より頻繁には、これらの器官がホルモンを産生することを防止するか、またはホルモンががん細胞に作用することを防止する薬物を用いることができる。
【００７２】
・免疫療法とは、患者の免疫系自体ががんと闘うことの一助となる処置である。転移患者を処置するための、複数種類の免疫療法が用いられている。これらには、サイトカイン、モノクローナル抗体、および抗腫瘍ワクチンが挙げられるがこれらに限定されない。
【００７３】
骨転移を有する乳がん患者における本発明のカスタマイズ治療をデザインするための方法
本発明の発明者らは、骨転移を引き起こす能力が高く、ｃ−ＭＡＦを過剰発現する、原発性乳房腫瘍から得られた細胞系の順化培地が、ｃ−ＭＡＦを過剰発現させない細胞よりも、より高い程度で破骨細胞の形成を誘導できることを明確に示した。したがって、既に骨へと転移しており、ｃ−ＭＡＦレベルの上昇が認められる、ＥＲ−乳がんを患う患者は特に、破骨活性の増大により引き起こされる骨分解を防止することを目的とする治療から利益を得ることができる。
【００７４】
したがって、別の態様では、本発明は、骨転移を伴うＥＲ−乳がんを有する被験体のためのカスタマイズ治療をデザインするｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法（以下では、本発明の第３の方法という）であって、
（ｉ）前記被験体の骨に由来する転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化するステップと、
（ｉｉ）既に得られた発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較するステップとを含み、
ここで、上記遺伝子発現レベルが、対照試料における前記遺伝子の発現レベルに対して増大する場合、前記被験体が、骨分解を防止することを目的とする治療を受け入れ易い、方法に関する。
【００７５】
「被験体」、「ＥＲ＋乳がん」、「腫瘍組織試料」、「転移」、「発現レベルの決定」、「ｃ−ＭＡＦ遺伝子」、「発現レベルの増大」、および「対照試料」という用語および表現は、本発明の第１の方法との関連で詳細に記載されており、本発明の第２の方法および第３の方法にも同様に適用可能である。
【００７６】
好ましい実施形態では、骨転移は骨溶解性転移である。
【００７７】
本発明の第３の方法は、第１のステップにおいて、乳がんを患う被験体における腫瘍組織試料のｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量化することを含む。本発明の第３の方法の場合、試料は、骨転移に由来する組織試料である。
【００７８】
好ましい実施形態では、本発明の第３の方法は、単一のマーカーとしてのｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルだけを定量化するステップを含み、すなわち、この方法は、任意のさらなるマーカーの発現レベルを決定するステップを含まない。
【００７９】
第２のステップでは、被験体の腫瘍試料において得られるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを、対照試料における前記遺伝子の発現レベルと比較する。ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの決定は、対照試料または基準試料の値と関連付けなければならない。解析される腫瘍の種類に応じて、対照試料の正確な性質は変化しうる。したがって、本発明の第３の方法を伴う場合には、基準試料は、転移を患っていない、乳がんを有する被験体の腫瘍組織試料であるか、または転移を患っていない、乳がんを有する被験体の生検試料の腫瘍組織コレクションにおいて測定されるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの中央値に対応する腫瘍組織試料である。
【００８０】
試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを測定し、対照試料と比較して、前記遺伝子の発現レベルが、対照試料におけるその発現レベルに対して増大したら、前記被験体が、骨分解を回避または防止することを目的とする治療を受け入れ易い、と結論づけることができる。
【００８１】
本明細書で用いられる「骨分解を回避または防止するための作用物質（ａｇｅｎｔｅ）」とは、骨芽細胞の増殖を刺激するかまたは破骨細胞の増殖を阻害することのいずれかにより、骨分解を処置するかまたはこれを停止させることが可能な任意の分子を指す。骨分解を回避および／または防止するのに用いられる作用物質の例示的な例には、以下が挙げられるがこれらに限定されない。
【００８２】
・副甲状腺ホルモン（ＰＴＨ）またはその組換え形態（ＰＴＨのアミノ酸１〜３４に対応するテリパラチド（ｔｅｒｉｐａｒａｔｉｄａ））。このホルモンは、骨芽細胞を刺激し、それらの活性を増大させることにより作用する。
【００８３】
・ラネル酸ストロンチウム：これは、代替的な経口処置であり、それらが骨芽細胞の増殖を刺激し、かつ、破骨細胞の増殖を阻害するために、「二重作用型骨作用物質」（ＤＡＢＡ）と称する薬物群の一部をなす。
【００８４】
・「エストロゲン受容体モジュレーター」（ＳＥＲＭ）とは、その機構に関わらず、エストロゲンのその受容体への結合に干渉するかまたはこれを阻害する化合物を指す。エストロゲン受容体モジュレーターの例には、とりわけ、エストロゲン、プロゲステロン（ｐｒｏｇｅｓｔａｇｅｎｏ）、エストラジオール、ドロロキシフェン、ラロキシフェン、ラソフォキシフェン、ＴＳＥ−４２４、タモキシフェン、イドキシフェン、ＬＹ３５３３８１、ＬＹ１１７０８１、トレミフェン、フルヴェストラント、４−［７−（２，２−ジメチル−１−オキソプロポキシ−４−メチル−２−［４−［２−（１−ピペリジニル）エトキシ］フェニル］−２Ｈ−１−ベンゾピラン−３−イル］−フェニル−２，２−ジメチルプロパノエート  ４，４’ジヒドロキシベンゾフェノン−２，４−ジニトロフェニル−ヒドラゾン、およびＳＨ６４６が含まれる。
【００８５】
・カルシトニン：カルシトニン受容体を介して破骨細胞活性を直接阻害する。カルシトニン受容体は、破骨細胞の表面において同定されている。
【００８６】
・ビスホスホネート：骨粗鬆症など骨吸収および骨再吸収を伴う疾患、ならびに骨転移を伴うがんの防止および処置に用いられる医薬品群であり、後者は、高カルシウム血症を伴う場合もあり、伴わない場合もあり、乳がんおよび前立腺がんと関連する。本発明の第３の方法によりデザインされる治療で用いうるビスホスホネートの例には、窒素性ビスホスホネート（例えば、パミドロネート、ネリドロネート、オルパドロネート、アレンドロネート、イバンドロネート、リセドロネート、インカドロネート、ゾレドロネートまたはゾレドロン酸など）および非窒素性ビスホスホネート（例えば、エチドロネート、クロドロネート、チルドロネートなど）が含まれるがこれらに限定されない。
【００８７】
・「カテプシンＫインヒビター」とは、カテプシンＫシステインプロテアーゼ活性に干渉する化合物を指す。カテプシンＫインヒビターの非限定的な例には、４−アミノ−ピリミジン−２−カルボニトリル誘導体（Ｎｏｖａｒｔｉｓ  Ｐｈａｒｍａ  ＧＭＢＨの名義下にある国際特許出願ＷＯ０３／０２０２７８において記載されている）、特許公開ＷＯ０３／０２０７２１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ  Ｐｈａｒｍａ  ＧＭＢＨ）および特許公開ＷＯ０４／０００８４３（ＡＳＴＲＡＺＥＮＥＣＡ  ＡＢ）において記載されているピロロ−ピリミジン類のほか、Ａｘｙｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによる特許公開ＰＣＴ  ＷＯ００／５５１２６、Ｍｅｒｃｋ  Ｆｒｏｓｓｔ  Ｃａｎａｄａ  ＆  Ｃｏ．およびＡｘｙｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓによる同ＷＯ０１／４９２８８において記載されているインヒビターが含まれる。
【００８８】
・本明細書で用いられる「ＲＡＮＫＬインヒビター」とは、ＲＡＮＫ活性を低減することが可能な任意の化合物を指す。ＲＡＮＫＬは、骨芽細胞膜の表面、間質細胞の表面およびＴリンパ球細胞の表面において見出されるが、これらのＴリンパ球細胞は、ＲＡＮＫＬを分泌する能力を示したＴリンパ球細胞だけである。その主要な機能は、骨吸収に関与する細胞である、破骨細胞の活性化である。ＲＡＮＫＬインヒビターは、ＲＡＮＫＬのその受容体（ＲＡＮＫ）への結合を遮断することにより作用する場合もあり、ＲＡＮＫ介在型シグナル伝達を遮断することにより作用する場合もあり、ＲＡＮＫＬの転写または翻訳を遮断することによりＲＡＮＫＬの発現を低減することにより作用する場合もある。限定なしに述べると、本発明で用いるのに適するＲＡＮＫＬアンタゴニストまたはＲＡＮＫＬインヒビターには、以下が含まれる。
【００８９】
○適切なＲＡＮＫタンパク質であって、ＲＡＮＫＬに結合することが可能であり、ＲＡＮＫタンパク質の細胞外ドメインの全体または断片を含むＲＡＮＫタンパク質。可溶性ＲＡＮＫは、シグナルペプチドおよびマウスＲＡＮＫポリペプチドまたはヒトＲＡＮＫポリペプチドの細胞外ドメインを含む場合もあり、または、代替的に、上記シグナルペプチドを除去した上記タンパク質の成熟形態を用いることもできる。
【００９０】
○ＲＡＮＫＬ結合能を伴うオステオプロテゲリンまたはその変異体。
【００９１】
○ＲＡＮＫＬ特異的なアンチセンス分子
○ＲＡＮＫＬの転写産物をプロセシングすることが可能なリボザイム
○特異的な抗ＲＡＮＫＬ抗体。本明細書では、「抗ＲＡＮＫＬ抗体またはＲＡＮＫＬに対して向けられた抗体」を、核因子κＢ活性化受容体リガンド（ＲＡＮＫＬ）に特異的に結合し、１または複数のＲＡＮＫＬ機能を阻害することが可能な全ての抗体と理解する。これらの抗体は、当業者に公知の方法のうちのいずれかを用いて調製することができる。こうして、ポリクローナル抗体は、動物を、阻害されるタンパク質で免疫することによって調製する。モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ、Ｍｉｌｓｔｅｉｎら（Ｎａｔｕｒｅ、１９７５年、２５６巻：４９５頁）により記載されている方法を用いて調製する。本発明の文脈で適切な抗体には、抗原結合可変領域および定常領域を含むインタクトな抗体、「Ｆａｂ」断片、「Ｆ（ａｂ’）２」断片および「Ｆａｂ’」断片、Ｆｖ断片、ｓｃＦｖ断片、ダイアボディー、ならびに二重特異性抗体が含まれる。
【００９２】
好ましい実施形態では、抗ＲＡＮＫＬ抗体は、モノクローナル抗体である。さらにより好ましい実施形態では、抗ＲＡＮＫＬ抗体はデノスマブである（Ｐａｇｅａｕ、Ｓｔｅｖｅｎ  Ｃ．（２００９年）、ｍＡｂｓ、１巻（３号）：２１０〜２１５頁、ＣＡＳ番号：６１５２５８−４０−７）。本発明の文脈において、デノスマブとは、ＲＡＮＫＬに結合し、その活性化を防止するモノクローナル抗体である（デノスマブは、ＲＡＮＫ受容体には結合しない）。
【００９３】
好ましい実施形態では、骨分解を防止する作用物質（ａｇｅｎｔｅ）はビスホスホネートである。さらにより好ましい実施形態では、ビスホスホネートはゾレドロン酸である。
【００９４】
代替的に、上述した作用物質からの複数の作用物質を組み合わせて転移を処置および／または防止するか、あるいは前記作用物質をカルシウムもしくはビタミンＤなどの他の補充物質、またはホルモン処置と組み合わせる、組合せ処置を実施することもできる。
【００９５】
ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を検出することに基づく、乳がんにおける転移の診断法または予後診断法
本発明の発明者らは、転移能が高いＥＲ＋乳房腫瘍から得られるどの細胞系が、ｃ−ＭＡＦ遺伝子に対応する遺伝子座を包含する１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座の増幅、およびｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を示すかを同定した。
【００９６】
したがって、一態様では、本発明は、乳がんを有する被験体における転移の診断（以下では、本発明の第４の診断法という）および／または乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断のためのｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける方法であって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が前記被験体の腫瘍組織試料において増幅されるかどうかを決定するステップを含み、ここで、前記遺伝子が対照試料に対して増幅される場合、前記被験体が、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される方法に関する。
【００９７】
特定の実施形態では、本発明の第４の方法において診断される乳がんは、ＥＲ＋またはＥＲ−乳がんである。
【００９８】
「ｃ−ＭＡＦ遺伝子」、「転移」、「腫瘍組織試料」、「ＥＲ＋乳がん」、「ＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移の診断」、「ＥＲ＋乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断」、「被験体」、「患者」、「転移について陽性と診断される被験体」、「転移を生じる傾向が増大した被験体」という用語は、本発明の第１の方法の文脈で詳細に記載されており、本発明の第４の方法にも同様に適用可能である。
【００９９】
特定の実施形態では、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅度を、前記遺伝子を含有する染色体領域の増幅を決定することによって決定することができる。その増幅がｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅の存在を示す染色体領域は、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を包含する１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座であることが好ましい。１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座は、第１６染色体の長腕内のバンド２２〜バンド２４の範囲に位置する。ＮＣＢＩデータベースでは、この領域が、コンティーグであるＮＴ＿０１０４９８．１５およびＮＴ＿０１０５４２．１５に対応する。別の好ましい実施形態では、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅度を、前記遺伝子に特異的なプローブを用いることによって決定することができる。
【０１００】
本発明の第４の診断法／予後診断法は、第１のステップにおいて、ｃ−ＭＡＦ遺伝子が被験体の腫瘍組織試料において増幅されているかどうかを決定することを含む。この目的で、腫瘍試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を、対照試料に対して比較する。
【０１０１】
本明細書で理解される「遺伝子の増幅」という用語は、遺伝子または遺伝子断片の多様なコピーが、個別の細胞または細胞系において形成されるプロセスを指す。遺伝子のコピーは、必ずしも同じ染色体内に位置するわけではない。複製された領域は、「アンプリコン」と称することが多い。通常、生成するｍＲＮＡの量、すなわち、遺伝子発現レベルもまた、特定の遺伝子コピー数に比例して増大する。
【０１０２】
特定の実施形態では、乳がんを有する被験体における転移の診断および／または乳がんを有する被験体における転移を生じる傾向の予後診断のための本発明の第４の方法は、前記被験体の腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数を決定するステップと、前記コピー数を対照試料または基準試料のコピー数と比較するステップとを含み、ここで、ｃ−ＭＡＦのコピー数が対照試料のｃ−ＭＡＦコピー数に対して多い場合、被験体は、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される。
【０１０３】
対照試料とは、転移を患っていない、ＥＲ＋乳がんもしくはＥＲ−乳がん（被験体が患うがんの種類による）を有する被験体の腫瘍組織試料か、または転移を患っていない、ＥＲ＋乳がんもしくはＥＲ−乳がんを有する被験体の生検試料の腫瘍組織コレクションにおいて測定されるｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数の中央値に対応する腫瘍組織試料を指す。前記基準試料は典型的に、被験体集団に由来する等量の試料を組み合わせることにより得られる。ｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数が、対照試料における前記遺伝子コピー数に対して多い場合、被験体は、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される。
【０１０４】
本明細書で用いられる「遺伝子コピー数」という用語は、細胞における核酸分子のコピー数を指す。遺伝子コピー数は、細胞のゲノム（染色体）ＤＮＡにおける遺伝子コピー数を包含する。正常細胞（非腫瘍細胞）では、遺伝子コピー数は、通常２つのコピー（染色体対の各メンバーにおいて１つのコピー）である。遺伝子コピー数は、細胞集団の試料から採取される遺伝子コピー数の半分を包含する場合もある。
【０１０５】
本発明では、「遺伝子コピー数の増大」を、ｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数が基準試料または対照試料のコピー数より多くなる場合として理解する。特に、コピー数が、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の２を超えるコピー、例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０コピーである、およびさらに１０を超えるコピーである場合、試料のｃ−ＭＡＦコピー数が増大したと考えることができる。
【０１０６】
特定の実施形態では、増幅またはコピー数を、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションまたはＰＣＲによって決定する。
【０１０７】
当技術分野では、ｃ−ＭＡＦ遺伝子または染色体領域である１６ｑ２２−ｑ２４が、増幅されるかどうかを決定するための方法が広く公知である。限定なしに述べると、前記方法には、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）（蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、発色ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、または銀ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＳＩＳＨ）など）、比較ゲノムハイブリダイゼーション、またはポリメラーゼ連鎖反応（リアルタイム定量的ＰＣＲなど）が含まれる。任意のＩＳＨ法では、増幅またはコピー数を、蛍光点、着色点、または染色体内または核内において銀を伴う点の数をカウントすることにより決定することができる。
【０１０８】
蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）とは、染色体における特定のＤＮＡ配列の存在または非存在を検出および位置決定するのに用いられる細胞遺伝学的技法である。ＦＩＳＨでは、高度の配列類似性を示す、染色体のある部分だけに結合する蛍光プローブを用いる。典型的なＦＩＳＨ法では、ＤＮＡプローブを、典型的には、ニック翻訳またはＰＣＲなどの酵素反応を用いてＤＮＡに組み込まれる、Ｆｌｕｏｒ−ｄＵＴＰ、ジゴキシゲニン−ｄＵＴＰ、ビオチン−ｄＵＴＰ、またはハプテン−ｄＵＴＰの形態にある蛍光分子またはハプテンで標識する。遺伝物質（染色体）を含有する試料をスライドガラス上に置き、ホルムアミド処理によって変性させる。次いで、標識したプローブを、当業者が決定する適切な条件下で、遺伝物質を含有する試料とハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーションの後、試料を、直接的（フッ素で標識したプローブの場合）または間接的に（ハプテンを検出するための蛍光標識された抗体を用いる）検査する。
【０１０９】
ＣＩＳＨの場合は、プローブをジゴキシゲニン、ビオチン、またはフルオレセインで標識し、適切な条件において、遺伝物質を含有する試料とハイブリダイズさせる。
【０１１０】
ＤＮＡに結合しうる任意のマーキング分子または標識分子を用いて、本発明の第４の方法で用いられるプローブを標識することができ、これにより、核酸分子の検出が可能となる。標識づけのための標識の例には、放射性同位元素、酵素基質、共因子、リガンド、化学発光剤、フルオロフォア、ハプテン、酵素、およびこれらの組合せが含まれるがこれらに限定されない。異なる目的に適する標識を選択するための標識法および指針は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ」、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９８９年）およびＡｕｓｕｂｅｌら（「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９８年）において見出すことができる。
【０１１１】
ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を直接決定することによるか、または１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座の増幅を決定することによるかのいずれかで増幅の存在を決定して、対照試料における前記遺伝子の増幅と比較した後に、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅が検出される場合、それは、被験体が、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断されるという事実を示す。
【０１１２】
ｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅の決定は、転移を患っていない、乳がんを有する被験体の腫瘍組織試料か、または転移を患っていない、乳がんを有する被験体の生検試料の腫瘍組織コレクションにおいて測定されるｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅の中央値に対応する腫瘍組織試料において測定されるｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅レベルに対応する対照試料または基準試料の値と相関することを必要とする。前記基準試料は典型的に、被験体集団に由来する等量の試料を組み合わせることにより得る。一般に、典型的な基準試料は、臨床的に十分記録されており、転移の非存在が十分に特徴づけられている被験体から得る。そこから基準レベルを導出する試料コレクションは、研究の患者対象と同じ種類のがんを患う被験体の試料コレクションから構成することが好ましい。この中央値を確立したら、患者の腫瘍組織におけるｃ−ＭＡＦの増幅レベルをこの中央値と比較することができ、これにより、増幅が認められる場合、被験体は、転移についてまたは転移を生じる傾向の増大について陽性と診断される。
【０１１３】
好ましい実施形態では、転移は骨転移である。さらにより好ましい実施形態では、骨転移は骨溶解性骨転移である。本明細書で用いられる「骨溶解性骨転移」という表現は、骨吸収（漸進的な骨密度の喪失）が、腫瘍細胞による破骨細胞活性の刺激から結果として生じる、転移の近傍でもたらされる種類の転移を指し、重度の疼痛、病理学的骨折、高カルシウム血症、脊髄圧迫、および神経圧迫から結果として生じる他の症候群を特徴とする。
【０１１４】
本発明の治療法
ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質を用いる骨転移の処置
本発明の発明者らは、この目的で実験的異種移植モデルを用いて、乳がん細胞におけるｃ−ＭＡＦ発現を阻害すると、前記細胞からの骨転移の形成の統計学的に有意な低減が引き起こされることを明確に示した。逆にいうと、この同じ系の腫瘍細胞においてｃ−ＭＡＦを過剰発現すると、前記細胞の転移能が増大する。したがって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現阻害性作用物質または前記遺伝子によりコードされるタンパク質の阻害性作用物質を、乳がんの転移を処置および／または防止するのに用いることができる。
【０１１５】
したがって、別の態様では、本発明は、乳がんの転移を処置および／または防止するための医薬品の調製における、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現阻害性作用物質または前記遺伝子によりコードされるタンパク質の阻害性作用物質（以下では、本発明の阻害性作用物質という）の使用に関する。代替的に、本発明は、乳がんの転移の処置および／または防止において用いられる、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現阻害性作用物質または前記遺伝子によりコードされるタンパク質の阻害性作用物質に関する。代替的に、本発明は、被験体における乳がんの転移を処置するための方法であって、ｃ−ＭＡＦインヒビターを前記被験体に投与するステップを含む方法に関する。
【０１１６】
本明細書で用いられる「ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質」とは、前記遺伝子の発現産物が生成することを防止すること（ｃ−ＭＡＦ遺伝子の転写を妨害すること、および／またはｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現から生じるｍＲＮＡの翻訳を遮断すること）、およびｃ−ＭＡＦタンパク質の活性を直接阻害することの両方により、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現を完全または部分的に阻害することが可能な任意の分子を指す。ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現インヒビターは、国際特許出願ＷＯ２００５／０４６７３１に示されるものなど、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける細胞増殖を促進するｃ−ＭＡＦの能力を遮断する、いわゆるインヒビターの能力に基づく方法を用いて同定することもでき、ＷＯ２００８０９８３５１において記載されているものなど、サイクリンＤ２プロモーターもしくはｃ−ＭＡＦを発現する細胞において、ｃ−ＭＡＦ応答領域（ＭＡＲＥまたはｃ−ＭＡＦ応答性エレメント）を含有するプロモーターの制御下にあるレポーター遺伝子の転写能を遮断する、いわゆるインヒビターの能力に基づく方法を用いて同定することもでき、あるいは、ＵＳ２００９０４８１１７Ａにおいて記載されているものなど、ＮＦＡＴｃ２およびｃ−ＭＡＦを発現する細胞において、ＰＭＡ／イオノマイシンによる刺激に応答するＩＬ−４プロモーターの制御下にあるレポーター遺伝子の発現を遮断する、いわゆるインヒビターの能力に基づく方法を用いて同定することもできる。
【０１１７】
非限定的な例示を目的として述べると、本発明で用いるのに適するｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質には、アンチセンスオリゴヌクレオチド、干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、触媒性ＲＮＡ、または特異的リボザイム、および阻害性抗体が含まれる。
【０１１８】
アンチセンスオリゴヌクレオチド
本発明のさらなる態様は、その活性が阻害される、ｃ−ＭＡＦをコードする核酸の発現を阻害する、例えば、その活性が阻害される、ｃ−ＭＡＦをコードする核酸の転写および／または翻訳を阻害するための、単離された「アンチセンス」核酸の使用に関する。アンチセンス核酸は、従来の塩基の相補性により薬物の潜在的標的に結合する場合もあり、例えば、二本鎖ＤＮＡへの結合の場合は、二重螺旋の主溝における特異的相互作用を介して薬物の潜在的標的に結合する場合もある。一般に、これらの方法は、当技術分野で一般に用いられるある範囲の技法を指すが、これらには、オリゴヌクレオチド配列への特異的結合に基づく任意の方法が含まれる。
【０１１９】
本発明のアンチセンス構築物は、例えば、細胞内で転写されると、ｃ−ＭＡＦをコードする細胞ｍＲＮＡの少なくとも１つの固有の部分と相補的なＲＮＡをもたらす発現プラスミドとして施行することができる。代替的に、アンチセンス構築物とは、ｅｘ  ｖｉｖｏにおいて生成させ、細胞内に導入すると、標的核酸のｍＲＮＡおよび／または遺伝子配列とハイブリダイズして遺伝子発現の阻害をもたらすオリゴヌクレオチドプローブである。このようなオリゴヌクレオチドプローブは、内因性ヌクレアーゼ、例えば、エクソヌクレアーゼおよび／またはエンドヌクレアーゼに対して耐性であり、したがって、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて安定な、改変されたオリゴヌクレオチドであることが好ましい。アンチセンスオリゴヌクレオチドとして用いられる核酸分子の例は、ＤＮＡ類似体であるホスホルアミデート、ホスホロチオエート（ｆｏｓｆｏｔｉｏｎａｔｏ）、およびメチルホスホネートである（また、米国特許第５１７６９９６号；同第５２６４５６４号；および同第５２５６７７５号も参照されたい）。加えて、アンチセンス療法において有用なオリゴマーを構築するための一般的な近似法も、例えば、Ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｋｒｏｌら、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、６巻：９５８〜９７６頁、１９８８年；およびＳｔｅｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ、４８巻：２６５９〜２６６８頁、１９８８年において総説されている。
【０１２０】
アンチセンスオリゴヌクレオチドについては、翻訳の開始部位、例えば、標的遺伝子の−１０〜＋１０の間に由来するオリゴデオキシリボヌクレオチド領域が好ましい。アンチセンス近似法は、標的ポリペプチドをコードするｍＲＮＡと相補的なオリゴヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれか）のデザインを伴う。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、転写されるｍＲＮＡに結合し、翻訳を防止する。
【０１２１】
ｍＲＮＡの５’末端、例えば、開始コドンであるＡＵＧを含め最長５’側非翻訳配列に相補的なオリゴヌクレオチドは、翻訳を阻害するのに最も有効な方法で機能しなければならない。にもかかわらず、近年ではまた、ｍＲＮＡの３’側非翻訳配列と相補的な配列もｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに有効であることが示されている（Ｗａｇｎｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ、３７２巻：３３３頁、１９９４年）。したがって、相補的なオリゴヌクレオチドであれば、そのｍＲＮＡの翻訳を阻害するため、アンチセンス近似法において、遺伝子の５’側非翻訳領域または３’側非翻訳領域、非コード領域で用いうる。ｍＲＮＡの５’側非翻訳領域と相補的なオリゴヌクレオチドは、開始コドンであるＡＵＧの相補体を包含しなければならない。ｍＲＮＡのコード領域と相補的なオリゴヌクレオチドは、翻訳インヒビターの有効性では劣るが、本発明では、それらもまた、用いることができる。それらを、ｍＲＮＡの５’側領域、３’側領域、またはコード領域とハイブリダイズするようにデザインする場合、アンチセンス核酸は、少なくとも６ヌクレオチド長であり、かつ、好ましくは、約１００ヌクレオチド長未満であり、より好ましくは約５０ヌクレオチド長未満、２５ヌクレオチド長未満、１７ヌクレオチド長未満、または１０ヌクレオチド長未満でなければならない。
【０１２２】
まず、アンチセンスオリゴヌクレオチドが遺伝子発現を阻害する能力を定量化する、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける研究を実施することが好ましい。これらの研究では、オリゴヌクレオチドによるアンチセンス遺伝子阻害と非特異的な生物学的効果とを識別する対照を用いることが好ましい。また、これらの研究では、標的ＲＮＡまたは標的タンパク質のレベルを、ＲＮＡまたはタンパク質の内部対照のレベルと比較することも好ましい。アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて得られる結果は、対照のオリゴヌクレオチドを用いて得られる結果と比較することができる。対照のオリゴヌクレオチドは、アッセイされるオリゴヌクレオチドとほぼ同じ長さであり、オリゴヌクレオチド配列がアンチセンス配列と異なる程度は、標的配列との特異的なハイブリダイゼーションを防止するのに必要であるとみなされる程度を超えないことが好ましい。
【０１２３】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、一本鎖ＤＮＡもしくは一本鎖ＲＮＡまたは二本鎖ＤＮＡもしくは二本鎖ＲＮＡの場合もあり、それらのキメラ混合物または誘導体もしくは改変バージョンの場合もある。オリゴヌクレオチドは、塩基、糖基、またはリン酸骨格において改変して、例えば、その分子の安定性、そのハイブリダイゼーション能などを改善することができる。オリゴヌクレオチドには、ペプチド（例えば、それらを宿主細胞の受容体へと導く）、または細胞膜（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．、８６巻：６５５３〜６５５６頁、１９８９年；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．、８４巻：６４８〜６５２頁、１９８７年；ＰＣＴ公開ＷＯ８８／０９８１０を参照されたい）もしくは血液脳関門（例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ８９／１０１３４を参照されたい）を介する輸送を促進する作用物質、挿入剤（例えば、Ｚｏｎ、Ｐｈａｒｍ．  Ｒｅｓ．、５巻：５３９〜５４９頁、１９８８年を参照されたい）など他の結合基が含まれうる。この目的で、オリゴヌクレオチドは、例えば、ペプチド、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発型切断剤など他の分子にコンジュゲートすることができる。
【０１２４】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの改変された塩基群を含みうる。アンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、アラビノース、２−フルオロアラビノース、キシルロース、およびヘキソースが含まれるがこれらに限定されない群から選択される、少なくとも１つの改変された糖基も含みうる。アンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、核酸ペプチドと類似する骨格も含有しうる。このような分子は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）オリゴマーとして公知であり、例えば、Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．、９３巻：１４６７０頁、１９９６年；およびＥｇｌｏｍら、Ｎａｔｕｒｅ、３６５巻：５６６頁、１９９３年に記載されている。
【０１２５】
さらに別の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの改変されたリン酸骨格を含む。さらに別の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アルファ−アノマーオリゴヌクレオチドである。
【０１２６】
標的ｍＲＮＡ配列のコード領域と相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いうる一方で、また、転写される非翻訳領域と相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドも用いることができる。
【０１２７】
場合によっては、内因性ｍＲＮＡの翻訳を抑制するのに十分なアンチセンスの細胞内濃度に到達するのが困難でありうる。この場合は、好ましい近似法により、アンチセンスオリゴヌクレオチドが強力なプロモーターであるｐｏｌ  ＩＩＩまたはｐｏｌ  ＩＩの制御下に置かれる組換えＤＮＡ構築物を用いる。
【０１２８】
代替的に、遺伝子制御領域（すなわち、プロモーターおよび／またはエンハンサー）と相補的なデオキシリボヌクレオチド配列を、体内の標的細胞における遺伝子転写を防止する三重螺旋構造を形成するように誘導することにより、標的の遺伝子発現を低減することもできる（一般に、Ｈｅｌｅｎｅ、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．、６巻（６号）：５６９〜８４頁、１９９１年を参照されたい）。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンチセンスモルホリンである。
【０１２９】
ｓｉＲＮＡ
低分子干渉ＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとは、ＲＮＡ干渉によって標的遺伝子の発現を阻害することが可能な作用物質である。ｓｉＲＮＡは、化学合成することもでき、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける転写によって得ることもでき、あるいは、ｉｎ  ｖｉｖｏの標的細胞において合成することもできる。典型的に、ｓｉＲＮＡは、１５〜４０ヌクレオチド長の二本鎖ＲＮＡからなり、１〜６ヌクレオチドの３’側突出領域および／または５’側突出領域を含有しうる。突出領域の長さは、ｓｉＲＮＡ分子の全長に依存しない。ｓｉＲＮＡは、転写後の標的メッセンジャーの分解またはサイレンシングにより作用する。
【０１３０】
本発明のｓｉＲＮＡは、ｃ−ＭＡＦをコードする遺伝子のｍＲＮＡ、または前記タンパク質をコードする遺伝子配列と実質的に相同である。「実質的に相同な」は、ｓｉＲＮＡが、ＲＮＡ干渉を介して標的ｍＲＮＡを分解することが可能となるように、標的ｍＲＮＡと十分に相補的であるかまたは十分に類似する配列を有することとして理解する。前記干渉を引き起こすのに適するｓｉＲＮＡには、ＲＮＡにより形成されるｓｉＲＮＡのほか、
・ヌクレオチド間の結合が、ホスホロチオエート（ｆｏｓｆｏｒｏｔｉｏａｔｏ）結合などの、天然において出現する結合と異なるｓｉＲＮＡ、
・ＲＮＡ鎖の、フルオロフォアなどの機能的試薬とのコンジュゲート、
・ＲＮＡ鎖末端の改変、特に、２’位における異なるヒドロキシル官能基による改変による３’末端の改変、
・２’−Ｏ−メチルリボースまたは２’−Ｏ−フルオロリボースと同様に、２’位におけるＯ−アルキル化残基などの改変された糖を有するヌクレオチド、
・ハロゲン化塩基（例えば、５−ブロモウラシルおよび５−ヨードウラシル）、アルキル化塩基（例えば、７−メチルグアノシン）などの改変された塩基を有するヌクレオチドなど、異なる化学修飾を含有するｓｉＲＮＡが含まれる。
【０１３１】
ｓｉＲＮＡは、すなわち、前記の特徴を有する二本鎖ＲＮＡの形態にあるｓｉＲＮＡとして用いることができる。代替的に、目的の細胞におけるそれらの発現に適するプロモーターの制御下では、ｓｉＲＮＡのセンス鎖配列およびアンチセンス鎖配列を含有するベクターの使用も可能である。
【０１３２】
ｓｉＲＮＡを発現させるのに適するベクターとは、ｓｉＲＮＡの２つの鎖をコードする２つのＤＮＡ領域が、１つの同じＤＮＡ鎖において、スペーサー領域により隔てられてタンデムで配置されており、転写されるとループを形成し、ここで、単一のプロモーターによりｓｈＲＮＡをもたらすＤＮＡ分子の転写を誘導するベクターである。
【０１３３】
代替的に、ｓｉＲＮＡを形成する鎖の各々が、異なる転写単位の転写から形成されるベクターの使用も可能である。これらのベクターは、分岐転写ベクターと収束転写ベクターとに分けられる。分岐転写ベクターでは、各ＤＮＡ鎖の転写が、同じ場合もあり異なる場合もある、その固有のプロモーターに依存するように、ｓｉＲＮＡを形成するＤＮＡ鎖の各々をコードする転写単位が、ベクター内にタンデムで配置されている（Ｗａｎｇ，  Ｊ．ら、２００３年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．、１００巻：５１０３〜５１０６頁；およびＬｅｅ，  Ｎ．Ｓ．ら、２００２年、Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、２０巻：５００〜５０５頁）。収束転写ベクターでは、ｓｉＲＮＡをもたらすＤＮＡ領域が、２つのリバースプロモーターが隣接するＤＮＡ領域のセンス鎖およびアンチセンス鎖を形成する。センスＲＮＡ鎖およびアンチセンスＲＮＡ鎖の転写の後、アンチセンスＲＮＡ鎖は、機能的ｓｉＲＮＡを形成するためのハイブリッド体を形成する。２つのＵ６プロモーター（Ｔｒａｎ，  Ｎ．ら、２００３年、ＢＭＣ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、３巻：２１頁）、マウスＵ６プロモーターとヒトＨ１プロモーター（Ｚｈｅｎｇ，  Ｌ．ら、２００４年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．、１３５〜１４０頁；およびＷＯ２００５０２６３２２）、およびヒトＵ６プロモーターとマウスＨ１プロモーター（Ｋａｙｋａｓ，  Ａ．およびＭｏｏｎ，  Ｒ．、２００４年、ＢＭＣ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．、５巻：１６頁）を用いるリバースプロモーター系を有するベクターが記載されている。
【０１３４】
収束発現ベクターまたは分岐発現ベクターからのｓｉＲＮＡの発現において使用するのに適するプロモーターには、ｓｉＲＮＡを発現する細胞と適合する任意のプロモーターまたはプロモーター対が含まれる。したがって、本発明に適するプロモーターには、ポリオーマウイルス、アデノウイルス、ＳＶ４０、ＣＭＶ、トリ肉腫ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルスなど、真核ウイルスのゲノムに由来する構成的プロモーター、メタロチオネイン遺伝子プロモーター、単純ヘルペスウイルスのチミジンキナーゼ遺伝子プロモーター、レトロウイルスのＬＴＲ領域、免疫グロブリン遺伝子プロモーター、アクチン遺伝子プロモーター、ＥＦ−１アルファ遺伝子プロモーターなどの構成的プロモーターのほか、テトラサイクリン系、ＮＦカッパＢ／ＵＶ光系、Ｃｒｅ／Ｌｏｘ系、および熱ショック遺伝子プロモーター、ＷＯ／２００６／１３５４３６において記載されている制御性ＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーターなど、タンパク質の発現が分子の付加または外因性シグナルに依存する誘導性プロモーター、ならびに特定の組織プロモーター（例えば、ＷＯ２００６０１２２２１において記載されているＰＳＡプロモーター）が含まれるが必ずしもこれらに限定されない。好ましい実施形態では、プロモーターは、構成的に作用するＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターである。ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターは、５Ｓ  ＲＮＡ、ｔＲＮＡ、７ＳＬ  ＲＮＡ、およびＵ６  ｓｎＲＮＡなど、限られた数の遺伝子において見出される。他のＲＮＡポリメラーゼプロモーターと異なり、ＩＩＩ型プロモーターは、任意の遺伝子内配列を必要とせず、−３４位および−２４位のＴＡＴＡボックス、−６６〜−４７位の間に近位配列エレメントまたはＰＳＥ、および、場合によっては、−２６５〜−１４９位の間に遠位配列エレメントまたはＤＳＥを含む５’方向の配列を必要とする。好ましい実施形態では、ＩＩＩ型ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩプロモーターは、ヒトＨ１遺伝子プロモーターとヒトＵ６遺伝子プロモーターであるかまたはマウスＨ１遺伝子プロモーターとマウスＵ６遺伝子プロモーターである。さらにより好ましい実施形態では、これらのプロモーターは、２つのヒトＵ６プロモーターもしくはマウスＵ６プロモーター、マウスＵ６プロモーターとヒトＨ１プロモーター、またはヒトＵ６プロモーターとマウスＨ１プロモーターである。本発明の文脈では、ＥＲアルファ遺伝子プロモーターまたはサイクリンＤ１遺伝子プロモーターがとりわけ適切であり、したがって、これらのプロモーターが、乳房腫瘍、好ましくはＥＲ＋乳房腫瘍における目的の遺伝子を特異的に発現させるのにとりわけ好ましい。
【０１３５】
ｓｉＲＮＡは、ｓｉＲＮＡを形成するアンチパラレル鎖がループ領域またはヘアピン領域により連結されることを特徴とする、いわゆるｓｈＲＮＡ（短ヘアピンＲＮＡ）から、細胞内で生じさせることができる。ｓｈＲＮＡは、プラスミドまたはウイルス、特に、レトロウイルスによってコードさせることが可能であり、プロモーターの制御下にある。ｓｈＲＮＡを発現させるのに適するプロモーターは、上記の段落で示した、ｓｉＲＮＡを発現させるためのプロモーターである。
【０１３６】
ｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡを発現させるのに適するベクターには、ｐＵＣ１８、ｐＵＣ１９、Ｂｌｕｅｓｃｒｉｐｔ、およびそれらの誘導体、ｍｐ１８、ｍｐ１９、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９、ＣｏＩＥｌ、ｐＣＲｌ、ＲＰ４などの原核細胞発現ベクター、ｐＳＡ３およびｐＡＴ２８などのファージベクターおよびシャトルベクター、２ミクロンプラスミド型のベクター、組込みプラスミド、ＹＥＰベクター、セントロメアプラスミドなどの酵母発現ベクター、ｐＡＣシリーズのベクターおよびｐＶＬシリーズのベクターなどの昆虫細胞発現ベクター、ｐＩＢＩシリーズ、ｐＥａｒｌｅｙＧａｔｅシリーズ、ｐＡＶＡシリーズ、ｐＣＡＭＢＩＡシリーズ、ｐＧＳＡシリーズ、ｐＧＷＢシリーズ、ｐＭＤＣシリーズ、ｐＭＹシリーズ、ｐＯＲＥシリーズのベクターなどの植物発現ベクター、ならびにウイルスベクターベース（アデノウイルスベクターベース、アデノ随伴ウイルスベクターベースのほか、レトロウイルスベクターベース、特に、レンチウイルスベクターベース）の高等真核生物細胞発現ベクター、またはｐｃＤＮＡ３、ｐＨＣＭＶ／Ｚｅｏ、ｐＣＲ３．１、ｐＥＦｌ／Ｈｉｓ、ｐＩＮＤ／ＧＳ、ｐＲｃ／ＨＣＭＶ２、ｐＳＶ４０／Ｚｅｏ２、ｐＴＲＡＣＥＲ−ＨＣＭＶ、ｐＵＢ６／Ｖ５−Ｈｉｓ、ｐＶＡＸｌ、ｐＺｅｏＳＶ２、ｐＣＩ、ｐＳＶＬおよびｐＫＳＶ−１０、ｐＢＰＶ−１、ｐＭＬ２ｄおよびｐＴＤＴｌなどの非ウイルスベクターが含まれる。好ましい実施形態では、ベクターはレンチウイルスベクターである。
【０１３７】
本発明のｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡは、当業者に公知である一連の技法を用いて得ることができる。ｓｉＲＮＡをデザインするためのベースとして採用されるヌクレオチド配列の領域は、限定的なものではなく、コード配列の領域（開始コドンと終止コドンとの間の領域）を含有する場合もあり、代替的に、好ましくは２５〜５０ヌクレオチド長であり、開始コドンに対して３’方向の位置の任意の位置に５’側非翻訳領域または３’側非翻訳領域の配列を含有する場合もある。ｓｉＲＮＡをデザインする１つの方法は、ＡＡ（Ｎ１９）ＴＴモチーフ［配列中、Ｎはｃ−ＭＡＦ遺伝子配列中の任意のヌクレオチドであり得る］の同定、およびＧ／Ｃ含量が高いものの選択を伴う。前記モチーフが見出されない場合は、ＮＡ（Ｎ２１）モチーフ［配列中、Ｎは任意のヌクレオチドであり得る］を同定することが可能である。
【０１３８】
ｃ−ＭＡＦ特異的なｓｉＲＮＡには、その鎖のうちの１つが、ＡＣＧＧＣＵＣＧＡＧＣＡＧＣＧＡＣＡＡ（配列番号６）である、ＷＯ２００５０４６７３１において記載されているｓｉＲＮＡが含まれる。他のｃ−ＭＡＦ特異的なｓｉＲＮＡ配列には、ＣＵＵＡＣＣＡＧＵＧＵＧＵＵＣＡＣＡＡ（配列番号７）、ＵＧＧＡＡＧＡＣＵＡＣＵＡＣＵＧＧＡＵＧ（配列番号８）、ＡＵＵＵＧＣＡＧＵＣＡＵＧＧＡＧＡＡＣＣ（配列番号９）、ＣＡＡＧＧＡＧＡＡＡＵＡＣＧＡＧＡＡＧＵ（配列番号１０）、ＡＣＡＡＧＧＡＧＡＡＡＵＡＣＧＡＧＡＡＧ（配列番号１１）、およびＡＣＣＵＧＧＡＡＧＡＣＵＡＣＵＡＣＵＧＧ（配列番号１２）が含まれるがこれらに限定されない。
【０１３９】
ＤＮＡ酵素
他方、本発明はまた、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現を阻害するための本発明のＤＮＡ酵素の使用も意図する。ＤＮＡ酵素は、アンチセンス法およびリボザイム法の両方の機構的特徴のうちの一部を組み込む。ＤＮＡ酵素は、それらがアンチセンスオリゴヌクレオチドと類似する特定の標的核酸配列を認識するが、にもかかわらず、リボザイムと同様に、それらが触媒性であり、標的核酸を特異的に切断するようにデザインする。
リボザイム
標的ｍＲＮＡの転写産物を触媒的に切断して、その活性が阻害されるｃ−ＭＡＦをコードするｍＲＮＡの翻訳を防止するようにデザインされるリボザイム分子も用いることができる。リボザイムとは、特異的なＲＮＡ切断を触媒することが可能な酵素的ＲＮＡ分子である。（総説については、Ｒｏｓｓｉ、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、４巻：４６９〜４７１頁、１９９４年を参照されたい）。リボザイムの作用機構は、リボザイム分子配列の、相補的な標的ＲＮＡへの特異的なハイブリダイゼーションの後で、エンドヌクレアーゼによる（ｅｎｄｏｎｕｃｌｅｏｌｙｔｉｃ）切断イベントを伴う。リボザイム分子の組成は、標的ｍＲＮＡと相補的な１または複数の配列、およびｍＲＮＡまたは機能的に同等な配列を切断する一因となる周知の配列（例えば、米国特許第５０９３２４６号を参照されたい）を包含することが好ましい。
【０１４０】
本発明で用いられるリボザイムには、ハンマーヘッド型リボザイム、エンドリボヌクレアーゼＲＮＡ（以下では、「チェック型リボザイム」という）（Ｚａｕｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２２４巻：５７４〜５７８頁、１９８４年）が含まれる。
【０１４１】
リボザイムは、改変されたオリゴヌクレオチド（例えば、安定性、ターゲティングなどを改善するように改変された）によって形成することができ、それらはｉｎ  ｖｉｖｏにおいて標的遺伝子を発現する細胞に分配されるはずである。好ましい分配方法は、トランスフェクトした細胞が、内因性の標的メッセンジャーを破壊し、翻訳を阻害するのに十分な量のリボザイムを生成するように、強力な構成的プロモーターであるｐｏｌ  ＩＩＩまたはｐｏｌ  ＩＩの制御下でリボザイム「をコードする」ＤＮＡ構築物を用いることを包含する。リボザイムは、他のアンチセンス分子とは異なり触媒性であるので、それが有効であるには、細胞内濃度の低いことが要求される。
【０１４２】
阻害性抗体
本発明の文脈では、「阻害性抗体」を、ｃ−ＭＡＦタンパク質に特異的に結合し、前記タンパク質の機能、好ましくは転写と関連する機能のうちの１または複数を阻害することが可能な任意の抗体として理解する。上記抗体は、それらのうちの一部については上記した、当業者に公知の方法のうちのいずれかを用いて調製することができる。こうして、ポリクローナル抗体は、阻害されるべきタンパク質で、動物を免疫することにより調製する。モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ、Ｍｉｌｓｔｅｉｎら（Ｎａｔｕｒｅ、１９７５年、２５６巻：４９５頁）により記載されている方法を用いて調製する。本発明の文脈では、適切な抗体に、抗原結合可変領域および定常領域を含むインタクトな抗体、「Ｆａｂ」断片、「Ｆ（ａｂ’）２」断片および「Ｆａｂ’」断片、Ｆｖ断片、ｓｃＦｖ断片、ダイアボディー、ならびに二重特異性抗体が含まれる。ｃ−ＭＡＦタンパク質への結合能を有する抗体を同定したら、阻害性作用物質同定アッセイを用いて、このタンパク質の活性を阻害することが可能な抗体を選択する。
【０１４３】
阻害性ペプチド
本明細書で用いられる「阻害性ペプチド」という用語は、ｃ−ＭＡＦタンパク質に結合し、上記で説明した通りにその活性を阻害する、すなわち、ｃ−ＭＡＦが遺伝子転写を活性化することができるようになるのを防止できる、ペプチドを指す。
【０１４４】
ネガティブｃ−ＭＡＦドミナント
ｍａｆファミリーに由来するタンパク質は、ＦｏｓおよびＪｕｎなど、他のＡＰ−１ファミリーメンバーとホモ二量体化およびヘテロ二量体化することが可能であるので、ｃ−ＭＡＦ活性を阻害する１つの方法は、ｃ−ＭＡＦと二量体化することが可能であるが、転写を活性化する能力を欠くネガティブドミナントを用いることによるものである。したがって、ネガティブｃ−ＭＡＦドミナントは、細胞内に存在し、トランス活性化ドメイン（例えば、ｍａｆＫドメイン、ｍａｆＦドメイン、ｍａｆｇドメイン、およびｐｉ８ドメイン）を含有するアミノ末端のうちの３分の２を欠く小型のｍａｆタンパク質のうちのいずれかでありうる（Ｆｕｊｉｗａｒａら（１９９３年）、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、８巻、２３７１〜２３８０頁；Ｉｇａｒａｓｈｉら（１９９５年）、Ｊ．  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２７０巻、７６１５〜７６２４頁；Ａｎｄｒｅｗｓら（１９９３年）、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、９０巻、１１４８８〜１１４９２頁；Ｋａｔａｏｋａら（１９９５年）、Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．、１５巻、２１８０〜２１９０頁；Ｋａｔａｏｋａら（１９９６年）、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、１２巻、５３〜６２頁）。
【０１４５】
代替的には、ネガティブｃ−ＭＡＦドミナントに、他のタンパク質と二量体化する能力は維持するが、転写を活性化する能力は欠くｃ−ＭＡＦの変異体が含まれる。これらの変異体は、例えば、タンパク質のＮ末端に位置する、ｃ−ＭＡＦのトランス活性化ドメインを欠く変異体である。したがって、例示的な方法では、ネガティブｃ−ＭＡＦドミナント変異体に、少なくともアミノ酸１〜１２２、少なくともアミノ酸１〜１８７、または少なくともアミノ酸１〜２５７（ＵＳ６２７４３３８において記載されているヒトｃ−ＭＡＦの番号付けを考慮することによる）を除去した変異体が含まれる。
【０１４６】
本発明は、ネガティブｃ−ＭＡＦドミナント変異体および標的細胞における発現に適するプロモーターの作動的制御下でｃ−ＭＡＦをコードするポリヌクレオチドの両方の使用を意図する。ポリヌクレオチド転写を制御するのに用いうる本発明のプロモーターは、構成的プロモーター、すなわち、基底レベルで転写を誘導するプロモーターである場合もあり、転写活性が外部シグナルを必要とする誘導性プロモーターである場合もある。転写を制御するのに適する構成的プロモーターは、とりわけ、ＣＭＶプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＤＨＦＲプロモーター、マウス乳房腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、１ａ伸長因子（ＥＦｌａ）プロモーター、アルブミンプロモーター、ＡｐｏＡ１プロモーター、ケラチンプロモーター、ＣＤ３プロモーター、免疫グロブリン重鎖または軽鎖プロモーター、神経線維プロモーター、ニューロン特異的エノラーゼプロモーター、Ｌ７プロモーター、ＣＤ２プロモーター、ミオシン軽鎖キナーゼプロモーター、ＨＯＸ遺伝子プロモーター、チミジンキナーゼプロモーター、ＲＮＡポリメラーゼＩＩプロモーター、ＭｙｏＤ遺伝子プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）遺伝子プロモーター、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）プロモーター、アクチン遺伝子プロモーターである。好ましい実施形態では、トランス活性化因子の発現を制御するプロモーターは、ＰＧＫ遺伝子プロモーターである。好ましい実施形態では、ポリヌクレオチド転写を制御する本発明のプロモーターは、Ｔ７ファージのＲＮＡポリメラーゼプロモーターである。
【０１４７】
本発明の文脈で用いうる誘導性プロモーターは、誘導剤に応答する誘導性プロモーターであって、誘導剤の非存在下で示す基底の発現がゼロであるかまたは無視できる程度であり、３’位に位置する遺伝子の活性化を促進することが可能な誘導性プロモーターであることが好ましい。誘導剤の種類に応じて、誘導性プロモーターは、Ｔｅｔ  オン／オフ（ｏｎ／ｏｆｆ）プロモーター（Ｇｏｓｓｅｎ，  Ｍ．およびＨ．  Ｂｕｊａｒｄ（１９９２年）、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、８９巻：５５４７〜５５５１頁；Ｇｏｓｓｅｎ，  Ｍ．ら、１９９５年、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６８巻：１７６６〜１７６９頁；Ｒｏｓｓｉ，  Ｆ．Ｍ．Ｖ．およびＨ．Ｍ．  Ｂｌａｕ、１９９８年、Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ、９巻：４５１〜４５６頁）；Ｐｉｐ  オン／オフプロモーター（ＵＳ６２８７８１３）；抗プロゲスチン依存性プロモーター（ＵＳ２００４１３２０８６）、エクジソン依存性プロモーター（Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈｅｒｓｏｎら、１９９２年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、８９巻：６３１４〜６３１８頁；Ｎｏら、１９９６年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．
Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、９３巻：３３４６〜３３５１頁、Ｓｕｈｒら、１９９８年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、９５巻：７９９９〜８００４頁；およびＷＯ９７３８１１７）、メタロチオネイン依存型プロモーター（ＷＯ８６０４９２０）、およびラパマイシン依存型プロモーター（Ｒｉｖｅｒａら、１９９６年、Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．  ２巻：１０２８〜３２頁）として分類される。
【０１４８】
ネガティブｃ−ＭＡＦドミナント変異体をコードするポリヌクレオチドを発現するのに適するベクターには、ｐＵＣ１８、ｐＵＣ１９、Ｂｌｕｅｓｃｒｉｐｔ、およびそれらの誘導体、ｍｐ１８、ｍｐ１９、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９、ＣｏｌＥｌ、ｐＣＲｌ、ＲＰ４などの原核細胞発現ベクター、ｐＳＡ３およびｐＡＴ２８などのファージベクターおよびシャトルベクター、２ミクロンプラスミド型のベクター、組込みプラスミド、ＹＥＰベクター、セントロメアプラスミドなどのような酵母発現ベクター、ｐＡＣシリーズのベクターおよびｐＶＬシリーズのベクターなどの昆虫細胞発現ベクター、ｐＩＢＩシリーズ、ｐＥａｒｌｅｙＧａｔｅシリーズ、ｐＡＶＡシリーズ、ｐＣＡＭＢＩＡシリーズ、ｐＧＳＡシリーズ、ｐＧＷＢシリーズ、ｐＭＤＣシリーズ、ｐＭＹシリーズ、ｐＯＲＥシリーズのベクターなどのような植物発現ベクター、ならびにウイルスベクターベース（アデノウイルスベクターベース、アデノ随伴ウイルスベクターベースのほか、レトロウイルスベクターベース、特に、レンチウイルスベクターベース）の高等真核生物細胞発現ベクター、またはｐＳｉｌｅｎｃｅｒ４．１−ＣＭＶ（Ａｍｂｉｏｎ）、ｐｃＤＮＡ３、ｐｃＤＮＡ３．１／ｈｙｇ、ｐＨＣＭＶ／Ｚｅｏ、ｐＣＲ３．１、ｐＥＦｌ／Ｈｉｓ、ｐＩＮＤ／ＧＳ、ｐＲｃ／ＨＣＭＶ２、ｐＳＶ４０／Ｚｅｏ２、ｐＴＲＡＣＥＲ−ＨＣＭＶ、ｐＵＢ６／Ｖ５−Ｈｉｓ、ｐＶＡＸｌ、ｐＺｅｏＳＶ２、ｐＣＩ、ｐＳＶＬおよびｐＫＳＶ−１０、ｐＢＰＶ−１、ｐＭＬ２ｄおよびｐＴＤＴｌなどの非ウイルスベクターが含まれる。
ｃ−ＭＡＦタンパク質活性に対する他の阻害性化合物
本発明で用いるのに適する他のｃ−ＭＡＦ阻害化合物には：
【０１４９】
【表１−１】
2018099132.tif 000002
【０１５０】
【表１−２】
2018099132.tif 000003
【０１５１】
【表１−３】
2018099132.tif 000004
【０１５２】
【表１−４】
2018099132.tif 000005
【０１５３】
【表１−５】
2018099132.tif 000006
が含まれる。
他のｃ−ＭＡＦインヒビターは、以下の表（表２）に示されるｃ−ＭＡＦインヒビターなど、特許出願ＷＯ２００５０６３２５２において記載されている。
【０１５４】
【表２−１】
2018099132.tif 000007
【０１５５】
【表２−２】
2018099132.tif 000008
【０１５６】
【表２−３】
2018099132.tif 000009
好ましい実施形態では、ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質を、骨転移の処置および／または防止のために用いる。さらにより好ましい実施形態では、骨転移は骨溶解性転移である。
【０１５７】
ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質は、典型的に、薬学的に許容されるキャリアと組み合わせて投与する。
【０１５８】
「キャリア」という用語は、それにより有効成分を投与するための希釈剤または賦形剤を指す。このような薬学的キャリアは、水およびラッカセイ油、ダイズ油、鉱物油、ゴマ油など、石油、動物油、植物油、または合成由来の油を含めた油など、無菌の液体とすることができる。水または水性の生理食塩液および水性のデキストロース液およびグリセロール液、特に、注射用溶液をキャリアとして用いることが好ましい。適切な薬学的キャリアは、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」、Ｅ．Ｗ．  Ｍａｒｔｉｎ、１９９５年において記載されている。本発明のキャリアは、州政府もしくは連邦政府の規制機関により承認されているか、または米国薬局方もしくは他の薬局方に列挙されて、動物におけるその使用、および、より具体的には、ヒトにおけるその使用について一般に認められていることが好ましい。
【０１５９】
本発明の薬学的組成物の所望の薬学的剤形を製造するのに必要なキャリアおよび補助物質は、とりわけ、選択される薬学的剤形に依存する。薬学的組成物の前記薬学的剤形は、当業者に公知の従来の方法により製造される。有効成分を投与するための種々の方法、用いられる賦形剤およびそれらを生成させるためのプロセスについての総説は、「Ｔｒａｔａｄｏ  ｄｅ  Ｆａｒｍａｃｉａ  Ｇａｌｅｎｉｃａ」、Ｃ．  ＦａｕｌｉおよびＴｒｉｌｌｏ、Ｌｕｚａｎ  ５，  Ｓ．Ａ．、１９９３年版において見出すことができる。薬学的組成物の例には、経口投与、局所投与、または非経口投与のための任意の固体組成物（錠剤、丸薬、カプセル剤、顆粒剤など）または液体組成物（液剤、懸濁剤、または乳剤）が挙げられる。さらに、薬学的組成物は、必要であるとみなされるのに応じて、安定化剤、懸濁化剤、防腐剤、界面活性剤などを含有しうる。
【０１６０】
医療において使用するためには、ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質は、単独の、またはさらなる活性剤と組み合わせるかのいずれかのプロドラッグ、塩、溶媒和物、または包接体の形態で提供することができ、薬学的に許容される賦形剤と併せて製剤化することができる。本発明で用いるのに好ましい賦形剤には、糖、デンプン、セルロース、ゴム、およびタンパク質が挙げられる。特定の実施形態では、本発明の薬学的組成物を、固体の薬学的剤形（例えば、錠剤、カプセル剤、丸薬、顆粒剤、坐剤、再構成して液体形態を提供しうる滅菌の結晶固体またはアモルファス固体など）、液体の薬学的剤形（例えば、液剤、懸濁剤、乳剤、エリキシル剤、ローション、軟膏など）、または半固体の薬学的剤形（ゲル、軟膏、クリームなど）に製剤化する。本発明の薬学的組成物は、経口経路、静脈内経路、筋肉内経路、動脈内経路、髄内経路、髄腔内経路、脳室内経路、経皮経路、皮下経路、腹腔内経路、鼻腔内経路、腸経路、局所経路、舌下経路、または直腸経路が挙げられるがこれらに限定されない任意の経路により投与することができる。有効成分を投与するための種々の方法、用いられる賦形剤およびそれらの製造プロセスについての総説は、「Ｔｒａｔａｄｏ  ｄｅ  Ｆａｒｍａｃｉａ  Ｇａｌｅｎｉｃａ」、Ｃ．  ＦａｕｌｉおよびＴｒｉｌｌｏ、Ｌｕｚａｎ  ５，  Ｓ．Ａ．、１９９３年版；ならびに「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」（Ａ．Ｒ．  Ｇｅｎｎａｒｏ編）、第２０版、Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ  ＰＡ、ＵＳＡ  （２０００年）において見出すことができる。薬学的に許容されるキャリアの例は当技術分野で公知であり、これらには、リン酸緩衝生理食塩液、水、油／水エマルジョンなどのエマルジョン、異なる種類の湿潤剤、滅菌溶液などが挙げられる。前記キャリアを含む組成物は、当技術分野で公知の従来のプロセスによって製剤化することができる。
【０１６１】
万一、核酸（ｓｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡもしくはｓｈＲＮＡをコードするポリヌクレオチド、またはネガティブｃ−ＭＡＦドミナントをコードするポリヌクレオチド）を投与する場合は、本発明が、特に、前記核酸を投与するために調製された薬学的組成物を意図する。薬学的組成物は、前記ネイキッド核酸、すなわち、体内のヌクレアーゼによる分解から核酸を保護する化合物の非存在下にある核酸であって、トランスフェクションに用いられる試薬と関連する毒性を消失させる利点を伴う核酸を含みうる。ネイキッド化合物に適する投与経路には、血管内経路、腫瘍内経路、頭蓋内経路、腹腔内経路、脾臓内経路、筋肉内経路、網膜下経路、皮下経路、経粘膜経路、局所経路、および経口経路が挙げられる（Ｔｅｍｐｌｅｔｏｎ、２００２年、ＤＮＡ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．、２１巻：８５７〜８６７頁）。代替的に、上記核酸は、コレステロールにコンジュゲートしたリポソームの一部を形成するか、またはＨＩＶ−１のＴＡＴタンパク質に由来するＴａｔペプチド、Ｄ．ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒのアンテナペディアタンパク質のホメオドメインの第３のへリックス、単純ヘルペスウイルスのＶＰ２２タンパク質、アルギニンオリゴマー、およびＷＯ０７０６９０９０（Ｌｉｎｄｇｒｅｎ，  Ａ．ら、２０００年、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｓｃｉ、２１巻：９９〜１０３頁、Ｓｃｈｗａｒｚｅ，  Ｓ．Ｒ．ら、２０００年、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｓｃｉ．、２１巻：４５〜４８頁、Ｌｕｎｄｂｅｒｇ，  Ｍら、２００３年、Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒａｐｙ、８巻：１４３〜１５０頁；ならびにＳｎｙｄｅｒ，  Ｅ．Ｌ．およびＤｏｗｄｙ，  Ｓ．Ｆ．、２００４年、Ｐｈａｒｍ．  Ｒｅｓ．、２１巻：３８９〜３９３頁）において記載されているペプチドなど、細胞膜を介するトランスロケーションを促進することが可能な化合物にコンジュゲートしたリポソームの一部を形成して、投与され得る。代替的に、そのポリヌクレオチドは、プラスミドベクターまたはウイルスベクター、好ましくは、アデノウイルスベースのベクターの一部を形成して、投与され得、アデノ随伴ウイルスにより投与することもでき、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）またはレンチウイルス（ＨＩＶ、ＦＩＶ、ＥＩＡＶ）に基づくウイルスなど、レトロウイルスにより投与することもできる。
【０１６２】
ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質またはそれらをを含有する薬学的組成物は、体重１ｋｇ当たり１０ｍｇ未満、好ましくは、体重１ｋｇ当たり５ｍｇ未満、２ｍｇ未満、１ｍｇ未満、０．５ｍｇ未満、０．１ｍｇ未満、０．０５ｍｇ未満、０．０１ｍｇ未満、０．００５ｍｇ未満、０．００１ｍｇ未満、０．０００５ｍｇ未満、０．０００１ｍｇ未満、０．００００５ｍｇ未満、または０．００００１ｍｇ未満の用量で投与することができる。単位用量は、注射投与で投与することもでき、吸入投与で投与することもでき、局所投与で投与することもできる。
【０１６３】
その用量は、重症度および処置される状態の応答に依存し、数日間〜数カ月間または状態が消失するまでの間で変化しうる。最適用量は、患者の体内における薬剤の濃度を定期的に測定することにより決定することができる。最適用量は、既往のｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイまたは動物モデルにおけるｉｎ  ｖｉｖｏアッセイにより得られるＥＣ５０値から決定することができる。単位用量は、１日１回、または１日１回未満、好ましくは２日ごとに１回未満、４日ごとに１回未満、８日ごとに１回未満、または３０日ごとに１回未満投与することができる。代替的に、開始用量の後、１または複数回分の、一般に開始用量より低量である維持用量を投与することが可能である。維持レジメンは、１日当たり体重１ｋｇ当たり０．０１μｇ〜１．４ｍｇ、例えば、１日当たり体重１ｋｇ当たり１０ｍｇ、１ｍｇ、０．１ｍｇ、０．０１ｍｇ、０．００１ｍｇ、または０．００００１ｍｇの範囲の用量で患者を処置することを伴いうる。維持用量は、最大で５日ごとに１回、１０日ごとに１回、または３０日ごとに１回投与することが好ましい。処置は当分の間持続させなければならないが、その期間は、患者が患う障害の種類、それらの重症度、および患者の状態により変化する。処置の後、患者の経過をモニタリングして、万一疾患が処置に応答しない場合は用量を増量するべきか、または疾患の改善が観察される場合または有害な副作用が観察される場合は用量を低減するかを決定しなければならない。
ｃ−ＭＡＦレベルが上昇した骨転移を伴う乳がん患者における骨分解の処置または防止
本発明の発明者らは、乳房腫瘍からの骨転移では、ｃ−ＭＡＦレベルが上昇することを実証した。同様に、本発明の発明者らは、骨転移を引き起こす能力が高く、ｃ−ＭＡＦを過剰発現する、原発性乳房腫瘍から得られた細胞系の順化培地により破骨細胞の形成が誘導されうる程度が、ｃ−ＭＡＦを過剰発現しない細胞より高いことも明確に示した。したがって、骨に転移しており、該転移におけるｃ−ＭＡＦレベルの上昇が認められる、乳がんを患う患者は特に、破骨活性の増大により引き起こされる骨分解を防止することを目的とする治療から利益を得ることができる。
【０１６４】
したがって、別の態様では、本発明は、乳がんを患い、転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦレベルが対照試料に対して上昇している被験体における骨転移を防止および／または処置するための医薬品の調製における、骨分解を回避または防止するための作用物質の使用に関する。
【０１６５】
代替的に、本発明は、乳がんを患い、転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦレベルが対照試料に対して上昇している被験体における骨転移の防止および／または処置において用いられる、骨分解を回避または防止するための作用物質に関する。
【０１６６】
代替的に、本発明は、乳がんを患い、転移性腫瘍組織試料におけるｃ−ＭＡＦレベルが対照試料に対して上昇している被験体における、上記分解を防止および／または処置する方法であって、骨分解を回避または防止するための作用物質を前記被験体に投与するステップを含む方法に関する。
【０１６７】
特定の実施形態では、骨転移は骨溶解性転移である。別の具体的な実施形態では、乳がんはＥＲ＋またはＥＲ−乳がんである。
【０１６８】
「被験体」、「ＥＲ＋乳がん」、「腫瘍組織試料」、「転移」、「ｃ−ＭＡＦ遺伝子」、「発現レベルの増大または上昇」、および「対照試料」という用語および表現は、本発明の第１の方法との関連で詳細に記載されており、骨分解を回避または防止するための作用物質にも同様に適用可能である。
【０１６９】
本明細書で記載されている療法に適する、骨分解を回避または防止することが可能な作用物質については、カスタマイズ療法の文脈において上記で詳細に説明されている。
【０１７０】
基準試料または対照試料とは、転移を患っていない、ＥＲ＋乳がんもしくはＥＲ−乳がんを有する被験体の腫瘍組織試料であるか、または転移を患っていない、ＥＲ＋乳がんを有する被験体の生検試料の腫瘍組織コレクションにおいて測定されるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルの中央値に対応する腫瘍組織試料である。
【０１７１】
ｃ−ＭＡＦレベルが対照試料に対して上昇しているかどうかを決定または定量化するための方法は、本発明の第１の方法との関連で詳細に記載されており、それは、骨分解を回避または防止するための作用物質にも同様に適用可能である。
【０１７２】
代替的に、上述した作用物質からの、骨分解を回避または防止するための複数の作用物質を組み合わせて、転移を処置および／または防止する組合せ処置も実施することができ、または、前記作用物質を、カルシウムまたはビタミンＤなど、他の補充物質、またはホルモンと組み合わせることもできる。
【０１７３】
骨分解を回避または防止するための作用物質は、典型的に、薬学的に許容されるキャリアと組み合わせて投与する。「キャリア」という用語およびキャリアの種類は、ｃ−ＭＡＦ阻害性作用物質ならびにそれらを投与しうる剤形および用量について上記で定義したが、それは、骨分解を回避または防止するための作用物質にも同様に適用可能である。
【０１７４】
以下の実施例は、本発明を例示するものであり、それらの範囲を限定するものではない。
【実施例】
【０１７５】
Ｉ．材料および方法
実験的研究モデル
ＥＲ＋乳がんにおける転移を研究するための新たな実験モデルを開発した。この目的で、ＧＦＰ／ルシフェラーゼの発現を可能とするベクターにより安定的な方法でトランスフェクトした、ＭＣＦ７と称するヒトＥＲ＋乳がん細胞系を用いた。この細胞系を、脳室内注射または尾静脈注射により免疫不全マウス（Ｂａｌｂ−ｃ／ヌードマウス）に接種して、種々の器官に転移能を有する細胞を選択することを可能とした。マウスには、皮下エストロゲン埋没物を施して、この実験を通してこのホルモンの存在を確実にした。
【０１７６】
転移性集団の選択
転移性病変の細胞を同定および単離することにより、種々の組織における転移性集団を選択した。この目的で、種々の時点に、目的の器官における腫瘍細胞の定着および増殖を検出し、存在する腫瘍細胞数を定量化することを可能とする技法を用いる、生物発光造影法を用いた。この技法を適用するため、ルシフェラーゼ遺伝子およびＧＦＰ遺伝子の発現について細胞に翻訳させ、したがって、ｉｎ  ｖｉｖｏにおけるリアルタイムの非侵襲的追跡法を可能とした。それらの感度および速度のため、好ましい方法としてのＸｅｎｏｇｅｎ  ＩＶＩＳ装置およびソフトウェアであるＬｉｖｉｎｇｉｍａｇｅを使用し、麻酔下の動物を用いて発光画像（ルシフェラーゼ活性）を捕捉する。転移性細胞を単離するために、腫瘍病変を切除し、その後、蛍光（ＧＦＰ）によるレーザー走査サイトメトリー法により、転移性細胞を宿主生物の細胞から単離する。これらの細胞を単離したら、それらの種々の組織に対する指向性を富化するプロセスを反復した。これらの方法によって、骨転移を含めた組織特異性を有する、種々の転移性集団を単離した。
【０１７７】
転移性集団を同定および単離したら、高性能転写解析を実施した。この戦略は、全体として、それらの転写が増大し、一部は予後不良のがん性細胞において転移プロセスのメディエーターとして作用する遺伝子を同定することを可能とした。それらの発現が組織および特異的器官における転移性細胞によるコロニー形成において変化する遺伝子の関与を、偏りのないｉｎ  ｖｉｖｏ選択法によって確認した。
【０１７８】
ＥＲ＋乳がんにおいて富化される骨転移遺伝子群の同定
転移性が高い細胞亜集団の遺伝子発現プロファイルと転移性が低い細胞亜集団の遺伝子発現プロファイルとを比較することによって、その過剰発現または抑制が骨転移の骨溶解性の表現型と関連する遺伝子群を同定した。骨の骨溶解性の転移性病変（分解）は、骨形成性の転移性病変（合成）と異なり、臨床的に侵襲性が高い骨転移性乳がんの形態と関連する。骨転移能が高い細胞系と関連する発現プロファイルは、標準化された方法を用いて得た。ＥＲ＋乳房細胞に由来する、種々の骨転移性派生物を、それらの骨侵襲性の表現型およびそれらの発現プロファイルに関する偏りのない解析を介して分類した。いずれの場合においても、転移性細胞系の派生物であるＢｏＭ１およびＢｏＭ２は、遺伝子発現プロファイルレベルならびに表現型の両方において、出発細胞（ＭＣＦ７）の挙動とは異なる転移性の挙動を示した（図１Ａ）。
【０１７９】
ＥＲ＋乳がんにおける、骨転移について富化される遺伝子群には、サイトカイン、細胞接着分子、膜プロテアーゼ、シグナル伝達メディエーター、および転写因子が含まれる。
【０１８０】
次いで、ＥＲ＋乳がんにおける骨転移能を制御する候補として選択された遺伝子群を、ヒトにおける臨床的検証に供した。この目的で、候補遺伝子の発現変化を、それぞれ、５６０例の乳房腫瘍および５８例の転移を包含し、一方は原発性乳房腫瘍に由来するコホートであり、他方は転移に由来するコホートである、２つのコホートの遺伝子発現プロファイルにおいて生じる変化と比較した。
【０１８１】
ＥＲ＋乳がんの骨転移において富化される遺伝子であって、ＥＲ−乳がんの骨転移に関連する遺伝子の同定
次に、ＥＲ＋乳がんの骨転移において富化される遺伝子の、ＥＲ−亜型における役割を評価した。ＥＲ＋乳がんにおける骨転移について富化される遺伝子群には、ｃ−ＭＡＦ転写因子が含まれる。
【０１８２】
バイオインフォマティックスおよびコンピュータ生物学
統計学的ＲパケットおよびＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒを用いて、転移において富化される遺伝子群を得、それらの臨床的相関を証明した。データ処理に特異的な機能および構造は、インポートしたが、これらは、ｗｗｗ．ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ．ｏｒｇを介して一般に公開されたアクセスからのものである。
【０１８３】
（実施例１）
関連遺伝子の選択
骨転移を形成する傾向を有する、ＥＲ＋乳がん細胞系に由来する細胞において示差的な様式で発現する遺伝子の選択について解析を実施した（図１Ａ）。実施された解析により、骨に転移する能力を有するＭＣＦ７  ＥＲ＋細胞系から得られた細胞系において富化されるかまたはサイレンシングされる、９１の遺伝子を同定することが可能となった（図１Ｂ）。以下の基準：
ｉ）侵襲性のＥＲ＋乳がんと骨転移との臨床的相関、
ｉｉ）侵襲性の表現型（例えば、骨再吸収、炎症、新脈管形成）と適合性であるプロセスに関与することによる既に公知の機能、
ｉｉｉ）上記したような親集団と比較した、転移性集団間における発現レベルの変化、および
ｉｖ）遺伝子制御ネットワークおよび細胞のシグナル伝達経路における中心的な役割
に従うより詳細な研究のために、遺伝子および単一決定因子の機能を選択した。これらの基準に基づき、ｃ−ＭＡＦ転写因子を同定し、その発現レベルの変化による、骨における原発性ＥＲ＋乳がん腫瘍の再発を予測する方法を確立した。
【０１８４】
（実施例２）
乳がんの亜型に関わらず、骨転移について富化される遺伝子の治療的価値および予後診断的価値
骨転移において富化される遺伝子を、本明細書で実施される、転移性細胞集団を選択するための実験系により、５６０例の乳がん患者の原発性乳がん腫瘍および５８例の乳がん患者の転移についての発現プロファイルおよび臨床記録を含有する２つの異なるデータベースに対して評価した。これらの腫瘍は、乳がんの全ての亜型および転移の場所を代表する。データベースおよびそれらの臨床記録のいずれもが、公に入手可能である（ＧＳＥ  ２６０３、２０３４、１２２７６、および１４０２０）。
【０１８５】
骨転移の遺伝子を有するＥＲ＋原発性腫瘍における遺伝子発現は、再発、転移なしの生存、および生存（図１ＣおよびＤ）と有意に相関した。
【０１８６】
加えて、５８例の乳がん患者の転移コホート（ＧＳＥ  １４０２０）の転移性組織におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルを評価した。これらの転移は、肺、肝臓、骨、および脳から単離した。腫瘍または転移性病変（図２Ａ）が属する乳がんの亜型であるＥＲ＋乳がんまたはＥＲ−乳がんに関わらず、骨転移に特異的なｃ−ＭＡＦ遺伝子の富化が確認された。
【０１８７】
（実施例３）
ＥＲ−乳がんにおけるｃ−ＭＡＦ骨転移性遺伝子のｉｎ  ｖｉｖｏにおける機能の検証
解析において陽性であったｃ−ＭＡＦ転移性遺伝子を、マウスにおける乳がん転移の実験的移植モデルによる骨転移性コロニー形成アッセイにおいて機能性で検証した。骨における増殖能が高いＥＲ−乳がん細胞の選択は、高レベルのｃ−ＭＡＦ転移性遺伝子の選択を伴う（図２Ｂ）。
【０１８８】
転移プロセスを方向付ける候補遺伝子を検証するために実施される近似法を、機能獲得アッセイとした。この目的で、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を、親ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞において発現させ、その後、転移に寄与する遺伝子（ＣＴＧＦ）の発現を誘導するその能力を評価した（図２Ｃ）。
【０１８９】
（実施例４）
組織特異的な転移性遺伝子のｉｎ  ｖｉｖｏにおける機能の検証
解析において陽性であったｃ−ＭＡＦ転移性遺伝子を、マウスにおける乳がん転移の実験的移植モデルによる骨転移性コロニー形成アッセイにおいて機能性で検証した。
【０１９０】
転移プロセスを方向付ける候補遺伝子を検証するために実施される近似法を、機能喪失アッセイおよび機能獲得アッセイとした。この目的で、ｃ−ＭＡＦ遺伝子を、親細胞または骨転移性が高い細胞の派生物において発現させるかサイレンシングし、その後、ｉｎ  ｖｉｖｏにおけるその骨転移能を評価した。
【０１９１】
機能獲得アッセイ
ｃ−ＭＡＦ遺伝子を発現させるため、レンチウイルス系を用いて、親腫瘍細胞および低転移能により選択された腫瘍細胞における候補遺伝子の異種の（ｈｅｔｅｒｏｌｏｇａ）発現を誘導した。ｃ−ＭＡＦ遺伝子の転移誘導能は、心内経路を介してマウスに接種した（「実験的研究モデル」の節で記載した）転移性細胞を、生物発光によって追跡するための技法により決定した。全ての場合において、タンパク質のｃ−ＭＡＦを発現しないレンチウイルスベクターを感染させた、対応する対照細胞を、陰性対照としての対応する動物コホートに一致する様式で注射した（図３Ｂ）。
【０１９２】
機能喪失アッセイ
内因性のｃ−ＭＡＦ遺伝子発現レベルが高く、骨転移性が高いＢｏＭ２細胞系において、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現は抑制された（図３Ａおよび３Ｃ）。この目的で、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現を、ＢｏＭ２細胞系に存在するレベルと比べて８０％低減する能力を有する干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）の発現を可能とするレンチウイルスベクターを用いた。ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現がサイレンシングされたこの細胞集団を、心内経路を介して免疫抑制マウスに接種し（「実験的研究モデル」の節で記載した）、これらの動物をモニタリングし、生物発光造影法により転移活性を検出した。これらの実験では、転移プロセスには関連しない他の遺伝子の発現に対して有効に作用するｓｉＲＮＡをコードするレンチウイルスベクターで感染させることによってＢｏＭ２細胞系から得られる細胞を、陰性対照として用いた。
【０１９３】
（実施例５）
破骨細胞の分化アッセイ
マウスの骨髄に由来する初代細胞を単離し、Ｍ−ＣＳＦ（マクロファージコロニー刺激因子）の存在下で培養して増殖させた。３日後、細胞をトリプシン処理し、各実験条件について３連で、２４−ウェルプレートに播種した（１ウェル当たり１．５×１０４細胞）。破骨細胞の分化を誘導するため、これらの前駆細胞を、ｃ−ＭＡＦ遺伝子の「短」アイソフォームおよび「長」アイソフォームを過剰発現しているかまたはしていないＭＣＦ７
ＥＲ＋乳がん細胞に由来する順化培地と共に、ＲＡＮＫリガンドおよびＭ−ＣＳＦの存在下で培養した。培地は３日間ごとに交換し、７日目に、酒石酸耐性酸性ホスファターゼ酵素（ＴＲＡＰ）の検出からなる破骨細胞の特異的な染色を実施した。画像は、倒立光学顕微鏡法により得た。ＴＲＡＰ陽性細胞数を決定し、１フィールド当たりの細胞総数で除した。最後に、全ての値を、対照群であるＭＣＦ７細胞の値により標準化した。図４に観察されうる通り、破骨細胞の前駆細胞を、ｃ−ＭＡＦの短アイソフォームまたは長アイソフォームを過剰発現するＭＣＦ７  ＥＲ＋乳がん細胞に由来する培地と接触させた場合に、破骨細胞数が増大した。
【０１９４】
このアッセイにより、転移性細胞の、骨転移性環境または転移性ニッチに由来する成分との相互作用を決定することが可能となる。破骨細胞は、骨の分解に関与し、この分解は、骨溶解性の転移性病変において示される。
【０１９５】
（実施例６）
ｃｈｒ１６ｑ２２−ｑ２４領域（ｃ−ＭＡＦ遺伝子を包含する）における染色体増幅の同定
影響を受けたゲノム領域におけるゲノムの変化と遺伝子発現の異常との間には強い相関が認められるため、発現プロファイルの解析によるコピー数の変化（ＣＮＡ）の検出は、理論的に可能である（Ｐｏｌｌａｃｋら、２００２年；ＰＮＡＳ；９９巻：１２９６３〜１２９６８頁）。とりわけ、遺伝子発現の解析を用いるＣＮＡの正確な検出は可能であるが、開始の発現データの種類からはその困難も生じる（Ｈｕら、２００９年、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ、１５巻：９〜２０頁）。
【０１９６】
ＥＲ＋乳がんの骨転移において富化される遺伝子の役割を評価した。この目的で、研究そのものにより実験室において生成し、高レベルのｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現を特徴とする、ＭＣＦ７乳がん細胞系に由来する骨転移性の高い細胞であるＢｏＭ２におけるゲノムコピー数の変化を解析した。この解析は、親細胞の遺伝子発現プロファイルとＭＣＦ７に由来するＢｏＭ２の遺伝子発現プロファイルとの比較に基づいた。ＢｏＭ２細胞において、ヒト細胞に存在する２３種類の染色体内のそれらの位置において親細胞と比較して観察される遺伝子発現の差違を、アラインメントして位置決定した。
【０１９７】
こうして、ゲノムＤＮＡの増幅または欠失の指標である、ＢｏＭ２細胞におけるそれらの発現が、親細胞と比較して過剰発現または過小発現する遺伝子を示すゲノム領域（図５）を同定した（Ｈｕら、２００９年、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ、１５巻：９〜２０頁）。この目的で、ソフトウェア「Ｐａｒｔｅｋ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｓｕｉｔｅ  ６．５」を用いた。このソフトウェアは、ＢｏＭ２細胞におけるそれらの発現が、親細胞と比較して増大するかまたは低減する遺伝子を同定することを可能とした。これらの遺伝子を同定したら、各遺伝子について観察される発現の差違を前記遺伝子の対応する染色体位置において示した。これらの観察をグラフに示すことにより、連続する染色体位置についての遺伝子の発現の持続した増大または低減に基づき、染色体領域の獲得または染色体領域の喪失を同定することが可能となった（図５）。本発明の発明者らは、周知である上記ｃｙｔｏｂａｎｄを用いてこれらの領域を位置決定することが可能となった。
【０１９８】
ＢｏＭ２細胞における増幅がＭＣＦ７  ＥＲ＋親乳がん細胞と比較して示差的である領域の間では、ｃ−ＭＡＦ遺伝子をコードする遺伝子座を包含する染色体領域１６ｑ２２−ｑ２４における獲得が観察された。
【０１９９】
次いで、乳房腫瘍における遺伝子コピー数と、乳がん患者の転移における遺伝子コピー数との変化の比率を評価した。こうして、「Ｃｏｘ対数ハザード比（ＨＲ）」モデルを用いて、患者における転移と関連する有意な数の遺伝子を有する染色体領域を同定した。ＡＣＥ（発現データにおけるコピー数についての変化解析）（Ｈｕら、２００９年、上記で引用した）における概念に従い、コピー数の変化を伴う潜在的な領域を位置決定した。「ＰｈｅｎｏＴｅｓｔ」Ｒパケットの関数を用いた。こうして、交差検証を介してパラメータを選択し、加算モデルの一般化を介して、各遺伝子についての「ｌｏｇ  ＨＲ」を得、ゲノム全体を通じて「ｌｏｇ  ＨＲ」を並べ替え（１０００カ所の並替え）、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法によってＰ値を調整して、偽発見率（ＦＤＲ）を０．０５のレベルで制御することにより、統計学的有意性を評価した。少なくとも１５の連続する有意な遺伝子を有する領域だけを同定した（図５Ｂ）。ｃ−ＭＡＦ遺伝子を包含する１６ｑ１２−ｑ２４領域は、これらの領域に含まれる。
【０２００】
その後、ＭＣＦ７親細胞における、および骨組織において転移を形成する傾向が強いことを特徴とするＢｏＭ２細胞系におけるｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数を、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって特徴づけた。ＩＧＨ遺伝子コピー数も、本実験の対照として同時に決定した。結果は、被験ＭＣＦ７細胞の大半における、ｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数とＩＧＦ遺伝子コピー数との比率は１．５以下である、すなわち、両方の遺伝子のコピー数が同様である（図６）のに対し、被験ＢｏＭ２細胞の大半が示したｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数とＩＧＦ遺伝子コピー数との比率は２より大きい（図６）ことを示した。これらの結果は、乳がん細胞による骨転移性表現型の獲得が、ｃ−ＭＡＦ遺伝子コピー数の増大を伴うことを実証する。
【０２０１】
結論
ｃ−ＭＡＦは、乳がんの転移プロセス、特に、ＥＲ＋乳がんからの骨転移において、診断および予後診断のマーカーであり、原因となる標的遺伝子である。この結論は、本発明の一部を形成する臨床的な検証データならびに機能獲得実験および機能喪失実験により裏付けられる。
【０２０２】
原発性腫瘍におけるｃ−ＭＡＦの発現により、乳がん患者において骨転移を患うリスクの高いことが予測されることが裏付けられる、本明細書で示される結果を考慮すると、また、腫瘍がゲノム領域ｃｈｒ１６ｑ２２−ｑ２４における増幅またはｃ−ＭＡＦ遺伝子の増幅を有する細胞を含有する患者も、高リスクで骨転移を被り易い。したがって、ｃ−ＭＡＦ遺伝子または１６ｑ２２−ｑ２４遺伝子座の増幅の決定は、原発性乳がん腫瘍からの骨転移の診断法および予測法として有用である。
【０２０３】
同様に、本発明の実験（実施例４および５）は、ｃ−ＭＡＦが、転移（ＥＲ＋腫瘍およびＥＲ−腫瘍の両方に由来する転移）を処置および／または防止するのに適する標的であることも示唆する。したがって、ｃ−ＭＡＦインヒビターであれば、乳がんを有する被験体における転移を処置するのに有用であろう。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
2018099132.tif 000022
【図６】
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【配列表】
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【外国語明細書】
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