(57)【要約】【課題】抗デングウイルス抗体およびその使用を提供すること。【解決手段】本発明は、とりわけ、ＤＶエピトープに結合する抗体剤（例えば、抗体および／またはその抗原結合フラグメント）、ならびにそれらを含む組成物、ならびにそれらを設計する、提供する、製剤化する、使用する、同定するおよび／または特徴付ける方法を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、複数のＤＶ血清型に対して有意な結合を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、４つすべてのＤＶ血清型に対して有意な結合を示す。そのような抗体剤は、例えば、ＤＶの予防、処置、診断および／または研究において有用である。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
本願明細書に記載の発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
この出願は、米国特許法１１９（ｅ）の下、２０１２年８月７日に出願された米国仮出願第６１／６８０，３８５号および２０１３年３月１３日に出願された米国仮出願第６１／７８０，２０９号（これら各々の内容は、それらの全体が参考として本明細書に援用される）の利益を主張する。
【０００２】
政府の支援
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈによって付与された助成金番号Ｒ３７  ＧＭ０５７０７３の下、政府の支援を受けてなされた。政府は、本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
配列表
本明細書は、配列表（「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ」という名称の．ｔｘｔファイルとして２０１３年７月２５日に電子的に提出された）について言及する。この．ｔｘｔファイルは、２０１３年７月２２日に作成され、１２．６ｋｂのサイズである。この配列表の全内容が、参照により本明細書中に援用される。
【背景技術】
【０００４】
背景
デングウイルス（ＤＶ）は、Ｆａｌｖｉｖｉｒｉｄａｅ科のウイルスのメンバーであり、Ａｅｄｅｓ属のいくつかの種の蚊、主にＡｅｄｅｓ  ａｅｇｙｐｔｉによって人に伝染する。世界中で３６億人を超える人々が、ＤＶに感染するリスクがあり、世界中で毎年、２億例を超えるＤＶ感染が発生すると推定されている（ＭｃＢｒｉｄｅら、２０００  Ｍｉｃｒｏｂｅｓ  ＆  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ２：１０４１−１０５０，Ｇｕｚｍａｎら、２０１０  Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．８：Ｓ７−１６）。デング熱は、ヒトにおいて最も医学的に重要なアルボウイルス疾患である。デング熱の疾患症例の発生数、地理的範囲（ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃａｌ  ｏｕｔｒｅａｃｈ）および重症度の著しい増加のせいで、ＤＶは重要なヒト病原体になっている。残念なことに、現在、有効な治療レジメンは利用可能でない；最も有効な現在の予防策は、蚊の防除にある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】ＭｃＢｒｉｄｅら、Ｍｉｃｒｏｂｅｓ  ＆  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ（２０００）２：１０４１〜１０５０
【非特許文献２】Ｇｕｚｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（２０１０）８：Ｓ７〜１６
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
要旨
本発明は、ＤＶ感染の処置および／または予防のための方法および組成物を提供する。とりわけ、本発明は、４つすべてのＤＶ血清型を中和する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、参照抗体４Ｅ１１の改変体であり；いくつかのそのような実施形態において、提供される抗体剤は、４Ｅ１１のアミノ酸配列と高い全体的な配列同一性を示すアミノ酸配列またはその関連するフラグメントを有するが、４Ｅ１１と比べて特定の配列バリエーションを含み、４Ｅ１１で観察される中和と比べて、少なくとも１つのＤＶ血清型の中和の有意な改善を示す。
【０００７】
本発明は、参照抗体４Ｅ１１が、ある特定の望ましい特質（４つすべてのＤＶ血清型に結合することおよび４つのうち３つのＤＶ血清型を強力に中和する能力を有することを含む）を有するが、第４のＤＶ血清型を効果的に中和する能力を欠くという見識を提供する。本発明は、４Ｅ１１がこの第４のＤＶ血清型を効果的に中和することができないという問題の原因を特定する。特に、本発明は、構造的特徴の改変を有しない４Ｅ１１の能力と比べて、関連するＤＶ血清型を中和する改変を含む配列を有する抗体剤の能力を改善する構造的特徴の改変を定義する。ゆえに、本発明は、関連する構造的特徴の改変を含む構造を有し（しかし、その他は４Ｅ１１の構造と実質的に同一であり得る）、かつＤＶ血清型４（ＤＶ４）を中和する能力を特徴とする、抗体を定義し、提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、４Ｅ１１と比べて有意に低くない、他の３つのＤＶ血清型の各々を中和する能力を示す。実際に、いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、４Ｅ１１で観察される中和能と比べて、他の３つのＤＶ血清型の１つ以上（ＤＶ１〜４）の中和能の驚くべき増加を特徴とする。
【０００８】
本発明は、他の活性を保つのに必要な構造的特徴は維持しつつ、目的の生物学的活性をポリペプチドに付与する構造的改変を定義するための技術を提供する。
【０００９】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶエピトープに結合する抗体剤ならびにそれらを含む組成物、ならびにそれらを設計する、提供する、製剤化する、使用する、同定するおよび／または特徴付ける方法を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、複数のＤＶ血清型に対して有意な結合を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、４つすべてのＤＶ血清型に対して有意な結合を示す。提供される抗体剤は、例えば、ＤＶの予防、処置、診断および／または研究において有用である。
【００１０】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、１つ以上の前述の参照抗ＤＶ抗体と交差競合する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、配列番号１７（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ１）、配列番号１８（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ２）、配列番号１９（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ３）、配列番号２０（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４）および／またはそれらの組み合わせの中のアミノ酸配列であるかまたはそれを含むエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、１つ以上の特定の前述の抗ＤＶ抗体と有意に交差競合しない。
【００１１】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、確立されたモデル系において、１つ以上の前述の参照抗ＤＶ抗体よりも高力価でＤＶを中和する。本発明は、とりわけ、提供される抗体剤が、前述の抗ＤＶ抗体よりも大きな治療的および／または予防的な利点を提供し得るという認識を含む。
【００１２】
提供される抗体剤は、例えば、治療、予防、診断および／または研究への適用を含む、種々の状況において有用である。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、例えば、慢性および／または急性のＤＶ感染に罹患しているかまたは感受性である被験体に、治療有効量の１つ以上の提供されるそのような提供される抗体剤を投与することによる、そのような感染の処置において有用である。いくつかの実施形態において、治療有効量は、（ｉ）ＤＶ感染に感受性であるもしくは罹患している個体におけるＤＶ感染の１つ以上の症状もしくは特色の、重症度もしくは頻度を低下させること、および／またはその発生もしくは再出現を遅延させること；ならびに／あるいは（ｉｉ）ＤＶ感染に曝露された個体もしくはその曝露のリスクがある個体におけるＤＶ感染に感染するリスクおよび／またはその１つ以上の症状もしくは特色を発症するリスクを低下させることを含むがこれらに限定されない１つ以上の特定の生物学的効果を達成するのに十分な量である。いくつかの実施形態において、ＤＶ感染の１つ以上の症状または特色は、高熱および少なくとも１つ以上のさらなる症状（例えば、重度の頭痛、重度の眼痛、関節痛、筋肉痛、骨の疼痛、発疹、軽度の出血の発現（例えば、鼻または歯肉からの出血、点状出血、あざができやすい（ｅａｓｙ  ｂｒｕｉｓｉｎｇ））、腹痛、嘔吐、タール状の黒色便、眠気または被刺激性、蒼白色の、冷たいまたはベトベトした皮膚、呼吸困難（ｄｉｆｆｉｃｕｌｔｙ  ｂｒｅａｔｈｉｎｇ）、低白血球数、個体またはその１つ以上の組織（例えば、血液、骨髄）もしくは臓器（例えば、肝臓）における循環ウイルス粒子から選択される）であるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態において、ＤＶ感染に罹患している個体は、高熱および少なくとも２つのそのようなさらなる症状を示す。
【００１３】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、ＤＶ感染の１つ以上の症状または特色の再発を予防するため、減少させるため、および／またはその発生を遅延させるために使用され得る。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、例えば、ＤＶに最近曝露されたもしくはＤＶに曝露されるリスクがある個体、ＤＶ陽性の母親から生まれた乳児および／または肝臓移植患者の受動免疫法のために、使用され得る（例えば、そのような患者における可能性のある再発性のＤＶ感染を予防するために）。
【００１４】
いくつかの実施形態において、本発明は、ウイルス模倣剤を提供し、そのウイルス模倣剤の構造は、例えば、そのウイルス模倣剤が、関連するＤＶ抗原の１つ以上の生物学的活性の模倣を可能にするのに十分なある特定のＤＶ抗原の保存された１つ以上のエレメントを含む。いくつかの実施形態において、そのようなウイルス模倣剤は、例えば本明細書中で定義されるような、ＤＶ抗原のそのような保存された構造エレメントを含み、かつＤＶ抗原の１つ以上の他の構造エレメントを欠く。いくつかの実施形態において、提供されるウイルス模倣剤は、１つ以上のポリペプチドであるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態において、提供されるウイルス模倣剤ポリペプチドは、ＤＶ抗原由来の１つ以上の保存配列エレメントを含むアミノ酸配列を有し；いくつかの実施形態において、提供されるウイルス模倣剤ポリペプチドは、ＤＶ抗原由来の１つ以上の他の配列エレメントを欠く。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるウイルス模倣剤ポリペプチドは、ＤＶ抗原のフラグメントであるかまたはそれらを含む。
【００１５】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ感染の１つ以上の症状が発症した後に利用される治療的な処置方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ感染の１つ以上の症状が発症する前および／またはＤＶ、ＤＶ感染もしくはそのリスクに曝される前に利用される治療的な予防方法を提供する。いくつかの特定の実施形態において、本発明は、受動免疫技術を提供する。
【００１６】
いくつかの実施形態において、本発明は、サンプル（例えば、臨床、環境および／または研究サンプル）中のＤＶを検出するおよび／または別途特徴付ける診断方法を提供する。
【００１７】
本発明は、有用な抗ＤＶ抗体剤を設計するため、同定するためおよび／または特徴付けるためのシステムを提供する。例えば、いくつかの実施形態において、本発明は、タンパク質の界面に共通する特定の物理化学的な特徴を捕捉する、コンピュータによる経験的なアプローチを提供する。いくつかの実施形態において、そのようなアプローチは、タンパク質間相互作用（例えば、抗原−抗体相互作用）の予測（例えば、どのアミノ酸配列が特に高い相互作用親和性を示し得るかを予測することを含む）を可能にする。いくつかの実施形態において、提供されるアプローチは、参照配列とは異なり、かつタンパク質間相互作用に関する１つ以上の改善された特色（例えば、改善された親和性）を示す、配列を設計するため、同定するためおよび／または特徴付けるために有用に適用される。
【００１８】
本発明は、ＤＶに対する免疫学的応答に基づいて患者を層別化するためのシステムを提供する。本発明は、ＤＶ免疫療法に対して良好に反応する可能性が高い患者を同定するための方法を提供する。例えば、患者の血清を使用することにより、ＤＶの特定のエピトープ（例えば、提供される抗体剤が特異的に結合するエピトープ）に対して指向される抗体の存在について試験され得る。その患者が、適切なレベルの、そのようなエピトープに指向される抗体を有しない場合、提供される１つ以上のＤＶ抗体剤が、その患者に投与され得る。提供されるＤＶ抗体剤によって、その患者自身の免疫応答が補われ得る。いくつかの実施形態において、免疫療法は、ＤＶウイルスのクリアランスおよび／またはＤＶ感染の消散を助ける。いくつかの実施形態において、本発明に係る免疫療法は、慢性ＤＶ感染を処置および／または予防する。
【００１９】
いくつかの実施形態において、本発明は、有用な抗体剤を設計する、同定するおよび／または特徴付ける方法を提供する。例えば、いくつかの実施形態において、そのような方法は、被験抗体剤が、１つ以上の参照抗ＤＶ抗体および／または他の抗体剤と抗原結合について競合するか否かを決定する工程を含む。いくつかの実施形態において、被験抗体剤が、１つ以上の参照ＤＶ抗体と交差競合する場合、それは、有用な抗体剤と同定される。
【００２０】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、１つ以上のさらなる薬学的に許容され得る物質と組み合されることにより、薬学的組成物を提供する。本発明は、ＤＶ感染の処置、予防、診断および／または特徴付けのための薬学的組成物を提供する。
【００２１】
いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、例えば、インビトロにおいて任意のＤＶ血清型に結合してＤＶ感染を中和するヒト抗体またはそのフラグメントもしくは改変体であるかまたはそれを含む抗体剤を含む。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、例えば、インビボにおいて任意のＤＶ血清型に結合してＤＶ感染を中和するヒト抗体またはそのフラグメントもしくは改変体であるかまたはそれを含む抗体剤を含む。いくつかの実施形態において、インビトロの系における提供される抗体剤によるＤＶの中和は、インビボにおける（例えば、ヒトおよび／または他の哺乳動物における）提供される抗体剤によるＤＶの中和と相関するおよび／またはそれを予測する。
【００２２】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、ＤＶ感染またはその１つ以上の症状もしくは特色を処置するため、その発生数、頻度もしくは重症度を低下させるため、および／またはその発生を遅延させるための１つ以上の他の治療とともに利用され得る。例えば、いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、１つ以上の抗ウイルス剤、抗炎症剤、鎮痛剤、免疫調節治療薬（ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｉｎｇ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、および好ましくは他のＤＶ標的が関わる併用療法とともに利用される。例えば、いくつかの実施形態において、いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、１つ以上のインターフェロン（例えば、インターフェロンα−２ｂ、インターフェロン−γなど）、鎮痛薬（好ましくは、アセトアミノフェンを含むもの、ならびにアスピリンおよび／またはイブプロフェンを含まないもの）、抗ＤＶモノクローナル抗体、抗ＤＶポリクローナル抗体、ＲＮＡポリメラーゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、ヌクレオシドアナログ、ヘリカーゼ阻害剤、免疫調節物質、アンチセンス化合物、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ＲＮＡアプタマー、リボザイムおよびそれらの組み合わせとともに投与される。
【００２３】
したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、詳細には、デングウイルス血清型Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３およびＤ４の各々に結合してそれらを中和する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、その抗体剤は、配列番号１７（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ１）、配列番号１８（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ２）、配列番号１９（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ３）、配列番号２０（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４）またはそれらの組み合わせの中のアミノ酸配列であるかまたはそれを含むエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、その抗体剤は、デングウイルスのエンベロープ糖タンパク質のＡ鎖領域内のエピトープに結合する。
【００２４】
いくつかの実施形態において、エピトープは、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３０５、３０６、３０７、３０８、３０９、３１０、３１１、３１２、３２３、３２５、３２７、３２９、３６０、３６１、３６２、３６３、３６４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１位およびそれらの組み合わせからなる群より選択される位置の残基に対応する１つ以上の残基を含む。いくつかの実施形態において、３０５位の対応する残基は、セリン、リジンおよびトレオニンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、３１０位の対応する残基は、リジンである。いくつかの実施形態において、３１１位の対応する残基は、リジンである。いくつかの実施形態において、３２３位の対応する残基は、アルギニン、リジンおよびグルタミンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、３２７位の対応する残基は、リジンおよびグルタミン酸からなる群より選択される。いくつかの実施形態において、３２９位の対応する残基は、アルギニン、アスパラギン酸、グルタミン酸およびトレオニンからなる群より選択される。
【００２５】
いくつかの実施形態において、本発明は、重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域が、参照抗体４Ｅ１１のＣＤＲと少なくとも８０％の配列同一性を共有する少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むが、そのＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ残基の置換によって異なる、抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、抗体剤は、抗体４Ｅ１１の参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、参照ＣＤＲは、４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基２７〜３３に見られるもの、４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基５３〜５８に見られるもの、４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基１００〜１０６に見られるもの、４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基２４〜３８に見られるもの、４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基５４〜６０に見られるもの、４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基９３〜１０１に見られるもの；およびそれらの組み合わせからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、抗体剤は、下記に示される参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む：ＧＦＮＩＫＤＴ（配列番号７）、ＤＰＡＮＧＤ（配列番号８）、ＧＷＥＧＦＡＹ（配列番号９）、ＲＡＳＥＮＶＤＫＹＧＮＳＦＭＨ（配列番号１４）、ＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号１５）および／またはＱＲＳＮＥＶＰＷＴ（配列番号１６）。いくつかの実施形態において、参照ＣＤＲは、重鎖ＣＤＲである。いくつかの実施形態において、参照ＣＤＲは、軽鎖ＣＤＲである。いくつかの実施形態において、抗体剤は、重鎖参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つの重鎖ＣＤＲを含み、軽鎖参照ＣＤＲと同一である少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲも含む。いくつかの実施形態において、抗体剤におけるＣＤＲの各々は、参照ＣＤＲのうちの１つと実質的に同一である。
【００２６】
いくつかの実施形態において、本発明は、重鎖可変領域が、参照抗体４Ｅ１１のＣＤＲと少なくとも９５％の配列同一性を共有する少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むが、そのＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換によって異なる、抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、抗体剤は、抗体４Ｅ１１の参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態において、参照ＣＤＲは、４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基２７〜３３に見られるもの、４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基５３〜５８に見られるもの、４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基１００〜１０６に見られるもの、４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基２４〜３８に見られるもの、４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基５４〜６０に見られるもの、４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基９３〜１０１に見られるものおよびそれらの組み合わせからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、抗体剤は、下記に示される参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む：ＧＦＮＩＫＤＴ（配列番号７）、ＤＰＡＮＧＤ（配列番号８）、ＧＷＥＧＦＡＹ（配列番号９）、ＲＡＳＥＮＶＤＫＹＧＮＳＦＭＨ（配列番号１４）、ＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号１５）および／またはＱＲＳＮＥＶＰＷＴ（配列番号１６）。いくつかの実施形態において、参照ＣＤＲは、重鎖ＣＤＲである。いくつかの実施形態において、参照ＣＤＲは、軽鎖ＣＤＲである。いくつかの実施形態において、抗体剤は、重鎖参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つの重鎖ＣＤＲを含み、軽鎖参照ＣＤＲと同一である少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲも含む。いくつかの実施形態において、抗体剤におけるＣＤＲの各々は、参照ＣＤＲのうちの１つと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域ＣＤＲは、５５位にアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、５５位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる群より選択される。いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域ＣＤＲは、３１、５７、５９、６０位およびそれらの組み合わせからなる群より選択される位置にアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、３１位における代わりのアミノ酸残基は、リジンである。いくつかの実施形態において、５７位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸およびセリンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、５９位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミンおよびアスパラギンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、６０位における代わりのアミノ酸残基は、トリプトファン、チロシンおよびアルギニンからなる群より選択される。
【００２７】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＩｇＧである抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、抗体剤は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、抗体剤は、マウス抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、精製された抗体、単離された抗体、キメラ抗体、ポリクローナル抗体およびそれらの組み合わせからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、抗原結合フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、Ｆｄ’フラグメント、Ｆｖフラグメント、ｄＡｂフラグメント、ｓｃＦｖフラグメント、単離されたＣＤＲ領域、ｄｓＦｖダイアボディ、一本鎖抗体およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、抗体剤が、提供される。
【００２８】
いくつかの実施形態において、本発明は、デングウイルスに特異的な抗体剤を発現する細胞株を提供し、ここで、その抗体剤は、デングウイルス血清型Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３およびＤ４の各々に結合して中和する。いくつかの実施形態において、本発明は、１つ以上の抗体剤（ここで、その抗体剤は、デングウイルス血清型Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３およびＤ４の各々に結合して中和する）および薬学的に許容され得る賦形剤を含む薬学的組成物を提供する。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、少なくとも１つのさらなる抗ウイルス剤をさらに含む。
【００２９】
いくつかの実施形態において、本発明は、抗体剤を投与する工程を含む、処置を必要とする被験体を処置する方法を提供し、ここで、その抗体剤は、デングウイルス血清型Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３およびＤ４の各々に結合して中和する。いくつかの実施形態において、本発明は、少なくとも１つの抗体剤（ここで、その抗体剤は、デングウイルス血清型Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３およびＤ４の各々に結合して中和する）、少なくとも１つの抗体またはフラグメントを被験体に投与するための注射器、針またはアプリケーター、および使用のための指示書を備えるキットを提供する。
【００３０】
いくつかの実施形態において、本発明は、薬学的組成物を製造する方法を提供し、その方法は、抗体剤を提供する工程（ここで、その抗体剤は、デングウイルス血清型Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３およびＤ４の各々に結合して中和する）およびその抗体剤を少なくとも１つの薬学的に許容され得るキャリアとともに製剤化する工程を含み、その結果、薬学的組成物が、生成される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、液体組成物である。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、非経口投与用に製剤化される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、静脈内投与用に製剤化される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、小児への静脈内投与用に製剤化される。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
デングウイルスに特異的な抗体剤であって、ここで、前記抗体剤は、デングウイルス血清型Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３およびＤ４の各々に結合し、それらを中和する、抗体剤。
（項目２）
前記抗体剤が、配列番号１７（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ１）、配列番号１８（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ２）、配列番号１９（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ３）、配列番号２０（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４）またはそれらの組み合わせの中のアミノ酸配列であるかまたはそれを含むエピトープに結合する、項目１に記載の抗体剤。
（項目３）
前記抗体剤が、デングウイルスのエンベロープ糖タンパク質のＡ鎖領域内のエピトープに結合する、項目１に記載の抗体剤。
（項目４）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３０５、３０６、３０７、３０８、３０９、３１０、３１１、３１２、３２３、３２５、３２７、３２９、３６０、３６１、３６２、３６３、３６４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１位およびそれらの組み合わせからなる群より選択される位置の残基に対応する１つ以上の残基を含む、項目２に記載の抗体剤。
（項目５）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３０５、３１０、３１１、３２３、３２７、３２９位およびそれらの組み合わせからなる群より選択される位置の残基に対応する１つ以上の残基を含む、項目４に記載の抗体剤。
（項目６）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３０５位の残基に対応する残基を含む、項目４に記載の抗体剤。
（項目７）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３１０位の残基に対応する残基を含む、項目４に記載の抗体剤。
（項目８）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３１１位の残基に対応する残基を含む、項目４に記載の抗体剤。
（項目９）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３２３位の残基に対応する残基を含む、項目４に記載の抗体剤。
（項目１０）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３２７位の残基に対応する残基を含む、項目４に記載の抗体剤。
（項目１１）
前記エピトープが、配列番号１７〜２０のうちのいずれか１つの３２９位の残基に対応する残基を含む、項目４に記載の抗体剤。
（項目１２）
前記対応する残基が、セリン、リジンおよびトレオニンからなる群より選択される、項目６に記載の抗体剤。
（項目１３）
前記対応する残基が、リジンである、項目７に記載の抗体剤。
（項目１４）
前記対応する残基が、リジンである、項目８に記載の抗体剤。
（項目１５）
前記対応する残基が、アルギニン、リジンおよびグルタミンからなる群より選択される、項目９に記載の抗体剤。
（項目１６）
前記対応する残基が、リジンおよびグルタミン酸からなる群より選択される、項目１０に記載の抗体剤。
（項目１７）
前記対応する残基が、アルギニン、アスパラギン酸、グルタミン酸およびトレオニンからなる群より選択される、項目１１に記載の抗体剤。
（項目１８）
その重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域が、抗体４Ｅ１１の参照ＣＤＲと少なくとも８０％の配列同一性を共有する少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むが、前記ＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ残基の置換によって異なり、前記抗体剤が、４つすべてのＤＶ血清型を強力に中和する、項目１に記載の抗体剤。
（項目１９）
前記抗体剤が、抗体４Ｅ１１の参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む、項目１８に記載の抗体剤。
（項目２０）
前記参照ＣＤＲが、
４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基２７〜３３に見られるもの；
４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基５３〜５８に見られるもの；
４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基１００〜１０６に見られるもの；
４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基２４〜３８に見られるもの；
４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基５４〜６０に見られるもの；
４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基９３〜１０１に見られるもの；および
それらの組み合わせ
からなる群より選択される、項目１９に記載の抗体剤。
（項目２１）
前記抗体剤が、下記：
参照ＣＤＲ：ＧＦＮＩＫＤＴ（配列番号７）、ＤＰＡＮＧＤ（配列番号８）、ＧＷＥＧＦＡＹ（配列番号９）、ＲＡＳＥＮＶＤＲＹＧＮＳＦＭＨ（配列番号１４）、ＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号１５）および／またはＱＲＳＮＥＶＰＷＴ（配列番号１６）
に示される参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む、項目１９に記載の抗体剤。
（項目２２）
前記参照ＣＤＲが、重鎖ＣＤＲである、項目１９に記載の抗体剤。
（項目２３）
前記参照ＣＤＲが、軽鎖ＣＤＲである、項目１９に記載の抗体剤。
（項目２４）
前記抗体剤が、重鎖参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つの重鎖ＣＤＲを含み、かつ軽鎖参照ＣＤＲと同一である少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲも含む、項目１９に記載の抗体剤。
（項目２５）
前記抗体剤におけるＣＤＲの各々が、前記参照ＣＤＲのうちの１つと実質的に同一である、項目１９に記載の抗体剤。
（項目２６）
その重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域が、抗体４Ｅ１１の参照ＣＤＲと少なくとも９５％の配列同一性を共有する少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むが、前記ＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換によって異なり、前記抗体剤が、４つすべてのＤＶ血清型を強力に中和する、項目１に記載の抗体剤。
（項目２７）
前記抗体剤が、抗体４Ｅ１１の参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む、項目２６に記載の抗体剤。
（項目２８）
前記参照ＣＤＲが、
４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基２７〜３３に見られるもの；
４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基５３〜５８に見られるもの；
４Ｅ１１の重鎖（配列番号１）の残基１００〜１０６に見られるもの；
４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基２４〜３８に見られるもの；
４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基５４〜６０に見られるもの；
４Ｅ１１の軽鎖（配列番号２）の残基９３〜１０１に見られるもの；および
それらの組み合わせ
からなる群より選択される、項目２７に記載の抗体剤。
（項目２９）
前記抗体剤が、下記：
参照ＣＤＲ：ＧＦＮＩＫＤＴ（配列番号７）、ＤＰＡＮＧＤ（配列番号８）、ＧＷＥＧＦＡＹ（配列番号９）、ＲＡＳＥＮＶＤＲＹＧＮＳＦＭＨ（配列番号１４）、ＲＡＳＮＬＥＳ（配列番号１５）および／またはＱＲＳＮＥＶＰＷＴ（配列番号１６）
に示される参照ＣＤＲと同一であるかまたはそのような参照ＣＤＲ内に１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、そのような参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲを含む、項目２７に記載の抗体剤。
（項目３０）
前記参照ＣＤＲが、重鎖ＣＤＲである、項目２７に記載の抗体剤。
（項目３１）
前記参照ＣＤＲが、軽鎖ＣＤＲである、項目２７に記載の抗体剤。
（項目３２）
前記抗体剤が、重鎖参照ＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つの重鎖ＣＤＲを含み、かつ軽鎖参照ＣＤＲと同一である少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲも含む、項目２７に記載の抗体剤。
（項目３３）
前記抗体剤におけるＣＤＲの各々が、前記参照ＣＤＲのうちの１つと実質的に同一である、項目２７に記載の抗体剤。
（項目３４）
前記重鎖可変領域ＣＤＲが、５５位にアミノ酸残基の置換を有する、項目１８または２６のいずれか１項に記載の抗体剤。
（項目３５）
５５位における代わりのアミノ酸残基が、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる群より選択される、項目３４に記載の抗体剤。
（項目３６）
５５位における代わりのアミノ酸残基が、グルタミン酸である、項目３４に記載の抗体剤。
（項目３７）
前記軽鎖可変領域ＣＤＲが、３１、５７、５９、６０位およびそれらの組み合わせからなる群より選択される位置にアミノ酸残基の置換を有する、項目１８または２６のいずれか１項に記載の抗体剤。
（項目３８）
前記軽鎖可変領域ＣＤＲが、３１位にアミノ酸残基の置換を有する、項目３７に記載の抗体剤。
（項目３９）
３１位における代わりのアミノ酸残基が、リジンである、項目３８に記載の抗体剤。
（項目４０）
前記軽鎖可変領域ＣＤＲが、５７位にアミノ酸残基の置換を有する、項目３７に記載の抗体剤。
（項目４１）
５７位における代わりのアミノ酸残基が、グルタミン酸およびセリンからなる群より選択される、項目４０に記載の抗体剤。
（項目４２）
５７位における代わりのアミノ酸残基が、グルタミン酸である、項目４０に記載の抗体剤。
（項目４３）
前記軽鎖可変領域ＣＤＲが、５９位にアミノ酸残基の置換を有する、項目３７に記載の抗体剤。
（項目４４）
５９位における代わりのアミノ酸残基が、グルタミンおよびアスパラギンからなる群より選択される、項目４３に記載の抗体剤。
（項目４５）
５９位における代わりのアミノ酸残基が、グルタミンである、項目４３に記載の抗体剤。
（項目４６）
前記軽鎖可変領域ＣＤＲが、６０位にアミノ酸残基の置換を有する、項目３７に記載の抗体剤。
（項目４７）
６０位における代わりのアミノ酸残基が、トリプトファン、チロシンおよびアルギニンからなる群より選択される、項目４６に記載の抗体剤。
（項目４８）
６０位における代わりのアミノ酸残基が、トリプトファンである、項目４６に記載の抗体剤。
（項目４９）
ＩｇＧである、項目１に記載の抗体剤。
（項目５０）
モノクローナル抗体である、項目１に記載の抗体剤。
（項目５１）
前記抗体剤が、マウス抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、精製された抗体、単離された抗体、キメラ抗体、ポリクローナル抗体およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目１に記載の抗体剤。
（項目５２）
前記抗体剤が、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｄフラグメント、Ｆｄ’フラグメント、Ｆｖフラグメント、ｄＡｂフラグメント、ｓｃＦｖフラグメント、単離されたＣＤＲ領域、ｄｓＦｖダイアボディ、一本鎖抗体およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、項目１に記載の抗体剤。
（項目５３）
項目１に記載の抗体剤を発現する細胞株。
（項目５４）
項目１に記載の１つ以上の抗体剤；および
薬学的に許容され得るキャリアまたは賦形剤
を含む、薬学的組成物。
（項目５５）
少なくとも１つのさらなる抗ウイルス剤をさらに含む、項目５４に記載の薬学的組成物。
（項目５６）
項目１に記載の抗体剤を投与する工程を含む、処置を必要とする被験体を処置する方法。
（項目５７）
項目１に記載の少なくとも１つの抗体剤；
前記少なくとも１つの抗体またはフラグメントを被験体に投与するための注射器、針またはアプリケーター；および
使用のための指示書
を備える、キット。
（項目５８）
薬学的組成物を製造する方法であって、前記方法は、
項目１に記載の抗体剤を提供する工程；および
前記抗体剤を少なくとも１つの薬学的に許容され得るキャリアまたは賦形剤とともに製剤化する工程
を含み、その結果、薬学的組成物が生成される、方法。
（項目５９）
前記薬学的組成物が、液体組成物である、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記薬学的組成物が、非経口投与用に製剤化される、項目５８に記載の方法。
（項目６１）
前記薬学的組成物が、静脈内投与用に製剤化される、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記薬学的組成物が、小児への静脈内投与用に製剤化される、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
抗体剤であって、その重鎖が、配列番号２１の中のアミノ酸配列であるかまたはそれを含み、かつその軽鎖が、配列番号２２の中のアミノ酸配列であるかまたはそれを含む、抗体剤。
（項目６４）
配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８からなる群より選択される配列を有する少なくとも１つのＣＤＲを有する抗体剤。
【００３１】
図面の図は、単に例証目的であって、限定目的でない。
【図面の簡単な説明】
【００３２】
【図１】図１は、予測精度に対するウィンドウサイズの影響を示している。ウィンドウサイズは、予測される陽性の数である。予測精度は、正確に予測される試験例の構造の数（全体で３７個）によって測定される。ウィンドウサイズが、１であるとき（すなわち、１０１個のうち１つの構造が、陽性と予測されるとき）、Ｘ線構造のほぼ半数（４８％，３７個中１８個）が、正確に同定され、それらの構造が、ランダムに選択される場合、その二項確率（ｂｉｎｏｍｉａｌ  ｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙ）は、１．４６Ｅ−２６（ｎ＝３７，ｐ＝０．００９，成功数＝１８）である。ＭＬＲ法の予測精度は、ウィンドウサイズ５において８５％およびウィンドウサイズ１０において１００％に達する精度を有する、ウィンドウサイズの対数増加関数であると判明する。逆に、ＺＲＡＮＫは、ウィンドウサイズが２０のときでさえ、構造の１００％を予測しない。
【図２Ａ】図２Ａ〜Ｃは、局所探索のドッキングの結果を図示している。この評価のために、天然様の（ｎａｔｉｖｅ−ｌｉｋｅ）構造は、固定されたレセプターの７Å以内のリガンド原子について計算されるとき、Ｘ線構造においてリガンドから３オングストローム（Å）未満のＲＭＳＤを有すると定義される。ＲＭＳＤ＞３Åを有する構造は、非天然の構造と称される。（Ａ）表面プロット上の各点は、ドッキングデコイである。ｘ軸は、ＺＲＡＮＫスコアを示しており；Ｙ軸は、Ｘ線構造に対するＲＭＳＤ（単位はÅ）であり；Ｚ軸は、ＭＬＲに基づく予測確率である。天然様の構造のＺＲＡＮＫスコアは、−６０〜−３０Ｋｃａｌ／ｍｏｌで変動する。（Ｂ）ＺＲＡＮＫスコア（ｘ軸）とＲＭＳＤ（ｙ軸）との相関関係。点線円の中のデータポイントは、天然のＸ線構造に近い。（Ｃ）ＭＬＲに基づく確率とＲＭＳＤとの相関関係。予測確率とＲＭＳＤとの間に有意な相関関係が存在するが、ＺＲＡＮＫとＲＭＳＤとの間にそのような相関関係は、存在しない。
【図２Ｂ】図２Ａ〜Ｃは、局所探索のドッキングの結果を図示している。この評価のために、天然様の（ｎａｔｉｖｅ−ｌｉｋｅ）構造は、固定されたレセプターの７Å以内のリガンド原子について計算されるとき、Ｘ線構造においてリガンドから３オングストローム（Å）未満のＲＭＳＤを有すると定義される。ＲＭＳＤ＞３Åを有する構造は、非天然の構造と称される。（Ａ）表面プロット上の各点は、ドッキングデコイである。ｘ軸は、ＺＲＡＮＫスコアを示しており；Ｙ軸は、Ｘ線構造に対するＲＭＳＤ（単位はÅ）であり；Ｚ軸は、ＭＬＲに基づく予測確率である。天然様の構造のＺＲＡＮＫスコアは、−６０〜−３０Ｋｃａｌ／ｍｏｌで変動する。（Ｂ）ＺＲＡＮＫスコア（ｘ軸）とＲＭＳＤ（ｙ軸）との相関関係。点線円の中のデータポイントは、天然のＸ線構造に近い。（Ｃ）ＭＬＲに基づく確率とＲＭＳＤとの相関関係。予測確率とＲＭＳＤとの間に有意な相関関係が存在するが、ＺＲＡＮＫとＲＭＳＤとの間にそのような相関関係は、存在しない。
【図２Ｃ】図２Ａ〜Ｃは、局所探索のドッキングの結果を図示している。この評価のために、天然様の（ｎａｔｉｖｅ−ｌｉｋｅ）構造は、固定されたレセプターの７Å以内のリガンド原子について計算されるとき、Ｘ線構造においてリガンドから３オングストローム（Å）未満のＲＭＳＤを有すると定義される。ＲＭＳＤ＞３Åを有する構造は、非天然の構造と称される。（Ａ）表面プロット上の各点は、ドッキングデコイである。ｘ軸は、ＺＲＡＮＫスコアを示しており；Ｙ軸は、Ｘ線構造に対するＲＭＳＤ（単位はÅ）であり；Ｚ軸は、ＭＬＲに基づく予測確率である。天然様の構造のＺＲＡＮＫスコアは、−６０〜−３０Ｋｃａｌ／ｍｏｌで変動する。（Ｂ）ＺＲＡＮＫスコア（ｘ軸）とＲＭＳＤ（ｙ軸）との相関関係。点線円の中のデータポイントは、天然のＸ線構造に近い。（Ｃ）ＭＬＲに基づく確率とＲＭＳＤとの相関関係。予測確率とＲＭＳＤとの間に有意な相関関係が存在するが、ＺＲＡＮＫとＲＭＳＤとの間にそのような相関関係は、存在しない。
【図３】図３は、４Ｅ１１抗体の親和性およびインビトロ活性を図示している。
【図４】図４は、抗体設計アプローチのフローチャートを示している。
【図５】図５は、固定されたＥＤＩＩＩ上の、上位５つのドッキングモデルの重ね合わせを図示している。ＥＤＩＩＩドメインは、球として表されており；４Ｅ１１は、各モデルにおいて表面として示されている。
【図６Ａ】図６Ａ〜Ｂは、弱いＤＶ４結合の配列および構造的決定因子を図示している。（Ａ）４つの血清型のＥＤＩＩＩドメイン領域の配列アラインメント。推定ｍＡｂ結合残基に、灰色の影が付けられている。３０７、３２９、３６１、３６４、３８５、３８８および３９０における残基は、ＤＶ４と残りの配列とで異なる；これらは、ナンバリングされている。５つのｍＡｂ変異によってもたらされる残基の接触が、四角で囲まれている。とりわけ、６つ中５つの新しい接触が、Ａ鎖およびＢ鎖の保存されたエピトープ残基に対して形成される。これは、なぜ新しい変異がＤＶ１〜３の結合に対して有害でないかを説明する。（Ｂ）４Ｅ１１／ＥＤＩＩＩ相互作用の構造モデル。ＤＶ４と他の系統を区別する配列位置が表示されており、その中のアミノ酸の側鎖が棒として表されている。
【図６Ｂ】図６Ａ〜Ｂは、弱いＤＶ４結合の配列および構造的決定因子を図示している。（Ａ）４つの血清型のＥＤＩＩＩドメイン領域の配列アラインメント。推定ｍＡｂ結合残基に、灰色の影が付けられている。３０７、３２９、３６１、３６４、３８５、３８８および３９０における残基は、ＤＶ４と残りの配列とで異なる；これらは、ナンバリングされている。５つのｍＡｂ変異によってもたらされる残基の接触が、四角で囲まれている。とりわけ、６つ中５つの新しい接触が、Ａ鎖およびＢ鎖の保存されたエピトープ残基に対して形成される。これは、なぜ新しい変異がＤＶ１〜３の結合に対して有害でないかを説明する。（Ｂ）４Ｅ１１／ＥＤＩＩＩ相互作用の構造モデル。ＤＶ４と他の系統を区別する配列位置が表示されており、その中のアミノ酸の側鎖が棒として表されている。
【図７】図７は、親和性増大変異が、４Ｅ１１：ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４界面の周囲に局在することを図示している。結合スクリーニングにおいて同定された陽性の位置が、４Ｅ１１：ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４相互作用の構造モデルにおいて強調されて示されている。すべての正の変異が、結合界面の周囲に位置している。２つのパネルは、同じモデルの異なる視野である。ＥＤＩＩＩ（上）、ＶＨ（右）およびＶＬ（左）タンパク質が、各パネルにおいてそれぞれ表されている。
【図８】図８Ａ〜Ｈは、ＤＶ１〜４の抗原ＥＤＩＩＩを用いたときの４Ｅ１１  ＷＴおよび４Ｅ５Ａの表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）のセンサーグラムを示している。
【図９】図９は、フォーカス減少中和試験（ｆｏｃｕｓ  ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ  ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｔｅｓｔ）（ＦＲＮＴ）によって評価された抗体のインビトロ中和活性を図示している。ＤＶ１〜４ならびに抗体４Ｅ１１  ＷＴ、ｍ４Ｅ１１  ＷＴ、４Ｅ５Ａおよび４Ｇ２を用いて中和アッセイを行った。抗体の段階希釈物を等量のウイルスと混合し、粘稠性の上層を有する単層のＶｅｒｏ細胞に加えた。４〜６日後、細胞を固定し、フォーカスを免疫染色し、数えた。データポイントは、標準偏差を表すエラーバーを伴う２つ組の平均である。最小二乗回帰を用いて、そのデータに標準的な４パラメータロジスティックモデルを当てはめた。４Ｅ５Ａは、ＤＶ１〜３に対して４Ｅ１１およびｍ４Ｅ１１と類似の中和活性を示し、ＤＶ４に対する中和活性の実質的な増加を示している。代表的なフラビウイルス融合ループ特異的抗体である４Ｇ２は、４Ｅ５Ａと比べて、ＤＶ１〜３に対してはより低い中和活性を示し、ＤＶ４に対しては、ほんのわずかに高い活性を示す。
【図１０】図１０は、インビボ予防的ＤＶ２チャレンジモデルを示している。データは、ウイルスチャレンジ後の３日目のＡＦ１２９マウスの血清中のウイルスを示している。ウイルスチャレンジの１日前にＡＢ１またはプラセボでマウスを処置した。マウスの血清から抽出されたＲＮＡをＱＲＴ−ＰＣＲによって増幅し、既知力価のサンプルから採取されたコントロールＲＮＡの曲線に基づいて、およそＬｏｇ１０ＣＣＩＤ５０力価を外挿した。破線は、おおよその検出限界を表している。
【図１１】図１１は、パラトープおよびエピトープにおけるアミノ酸頻度を示している。データは、７７個の抗原−抗体複合体から生成された。
【発明を実施するための形態】
【００３３】
定義
本発明が、より簡単に理解されるために、まず、ある特定の用語を下記に定義する；当業者は、下記に定義されるようなおよび／または本明細書中の他の箇所で使用されるようなこれらの用語の使用および範囲を認識し、理解するだろう。
【００３４】
成人：本明細書中で使用されるとき、用語「成人」とは、１８歳以上のヒトのことを指す。成人の体重は、９０ポンド〜２５０ポンドである典型的な範囲で広く変動し得る。
【００３５】
親和性：当該分野で公知であるように、「親和性」は、特定のリガンド（例えば、抗体）がそのパートナー（例えば、エピトープ）に結合する堅固さの尺度である。親和性は、種々の方法で測定され得る。
【００３６】
アミノ酸：本明細書中で使用されるとき、用語「アミノ酸」とは、その最も広い意味において、ポリペプチド鎖に組み込まれ得る任意の化合物および／または物質のことを指す。いくつかの実施形態において、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｈ）（Ｒ）−ＣＯＯＨを有する。いくつかの実施形態において、アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態において、アミノ酸は、合成アミノ酸であり；いくつかの実施形態において、アミノ酸は、ｄ−アミノ酸であり；いくつかの実施形態において、アミノ酸は、ｌ−アミノ酸である。「標準的なアミノ酸」とは、天然に存在するペプチドに通常見られる２０種の標準的なｌ−アミノ酸のうちのいずれかのことを指す。「標準的でないアミノ酸」とは、それが合成的に調製されるかまたは天然の供給源から得られるかに関係なく、標準的なアミノ酸以外の任意のアミノ酸のことを指す。本明細書中で使用されるとき、「合成アミノ酸」は、塩、アミノ酸誘導体（例えば、アミド）および／または置換を含むがこれらに限定されない、化学的に改変されたアミノ酸を包含する。ペプチドにおけるカルボキシ末端および／またはアミノ末端のアミノ酸を含むアミノ酸は、メチル化、アミド化、アセチル化、保護基、および／またはそのペプチドの活性に悪影響を及ぼさずにその循環半減期を変化させ得る他の化学基による置換によって改変され得る。アミノ酸は、ジスルフィド結合に関与し得る。アミノ酸は、１つまたは翻訳後の修飾（例えば、１つ以上の化学実体（例えば、メチル基、酢酸基、アセチル基、リン酸基、ホルミル部分、イソプレノイド基、硫酸基、ポリエチレングリコール部分、脂質部分、炭水化物部分、ビオチン部分など）との会合）を含み得る。用語「アミノ酸」は、「アミノ酸残基」と交換可能に使用され、遊離アミノ酸および／またはペプチドのアミノ酸残基のことを指し得る。この用語が遊離アミノ酸のことを指すのかまたはペプチドの残基のことを指すのかは、この用語が使用されている文脈から明らかになるだろう。
【００３７】
動物：本明細書中で使用されるとき、用語「動物」とは、動物界の任意のメンバーのことを指す。いくつかの実施形態において、「動物」とは、いずれかの性別の任意の発生段階のヒトのことを指す。いくつかの実施形態において、「動物」とは、任意の発生段階の非ヒト動物のことを指す。ある特定の実施形態において、非ヒト動物は、哺乳動物（例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類および／またはブタ）である。いくつかの実施形態において、動物には、哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、昆虫および／または蠕虫が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態において、動物は、ＤＶによる感染に感受性である。いくつかの実施形態において、動物は、トランスジェニック動物、遺伝的に操作された動物および／またはクローンであり得る。
【００３８】
抗体剤：本明細書中で使用されるとき、用語「抗体剤」とは、特定の抗原に特異的に結合する作用物質のことを指す。いくつかの実施形態において、この用語は、特異的結合をもたらすのに十分な免疫グロブリン構造エレメントを有する任意のポリペプチドを包含する。好適な抗体剤としては、ヒト抗体、霊長類化（ｐｒｉｍａｔｉｚｅｄ）抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体、結合体化抗体（すなわち、他のタンパク質、放射標識、細胞毒に結合体化または融合された抗体）、小モジュール免疫薬剤（Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｄｕｌａｒ  ＩｍｍｕｎｏＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）（「ＳＭＩＰｓＴＭ」）、一本鎖抗体、ラクダ科（ｃａｍｅｌｏｉｄ）抗体および抗体フラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書中で使用されるとき、用語「抗体剤」は、インタクトなモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、単一ドメイン抗体（例えば、サメ単一ドメイン抗体（例えば、ＩｇＮＡＲまたはそのフラグメント））、少なくとも２つのインタクトな抗体から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、および抗体フラグメント（それが所望の生物学的活性を示す限り）も含む。いくつかの実施形態において、この用語は、ステープルドペプチド（ｓｔａｐｌｅｄ  ｐｅｐｔｉｄｅ）を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、１つ以上の抗体様で結合するペプチド模倣物を包含する。いくつかの実施形態において、この用語は、１つ以上の抗体様で結合する足場タンパク質（ｓｃａｆｆｏｌｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ）を包含する。いくつかの（ｃｏｍｅ）実施形態において、この用語は、モノボディ（ｍｏｎｏｂｏｄｙ）またはアドネクチン（ａｄｎｅｃｔｉｎｓ）を包含する。多くの実施形態において、抗体剤は、そのアミノ酸配列が当業者が相補性決定領域（ＣＤＲ）として認識する１つ以上の構造エレメントを含むポリペプチドであるかまたはそれを含み；いくつかの実施形態において、抗体剤は、そのアミノ酸配列が参照抗体に見られるＣＤＲと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲ（例えば、少なくとも１つの重鎖ＣＤＲおよび／または少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲ）を含むポリペプチドであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、含まれるＣＤＲは、配列が同一であるかまたは参照ＣＤＲと比べて１〜５個のアミノ酸置換を含むという点において、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、含まれるＣＤＲは、それが、参照ＣＤＲと少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を示すという点において、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、含められるＣＤＲは、それが、参照ＣＤＲと少なくとも９６％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を示すという点において、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、含められるＣＤＲは、その含められるＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比べて欠失しているか、付加されているかまたは置換されているが、その含められるＣＤＲが、その他では参���ＣＤＲのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を有するという点において、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、含められるＣＤＲは、含められるＣＤＲ内の１〜５個のアミノ酸が、参照ＣＤＲと比べて欠失しているか、付加されているかまたは置換されているが、その含められるＣＤＲが、その他では参照ＣＤＲと同一であるアミノ酸配列を有するという点において、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、含められるＣＤＲは、その含められるＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比べて置換されているが、その含められるＣＤＲが、その他では参照ＣＤＲのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を有するという点において、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、含められるＣＤＲは、その含められるＣＤＲ内の１〜５個のアミノ酸が、参照ＣＤＲと比べて欠失しているか、付加されているかまたは置換されているが、その含められるＣＤＲが、その他では参照ＣＤＲのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を有するという点において、参照ＣＤＲと実質的に同一である。いくつかの実施形態において、抗体剤は、そのアミノ酸配列が当業者によって免疫グロブリンの可変ドメインとして認識される構造エレメントを含むポリペプチドであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、抗体剤は、免疫グロブリン結合ドメインと相同であるかまたは大部分は相同である結合ドメインを有するポリペプチドタンパク質である。
【００３９】
抗体：当該分野で公知であるように、「抗体」は、特定の抗原に特異的に結合する免疫グロブリンである。この用語は、それが抗原に反応する生物によって産生されるという点において天然に生成される免疫グロブリン、および合成的に生成されるかまたは操作される免疫グロブリンを包含する。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであり得る。抗体は、任意のヒトクラス：ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡおよびＩｇＤを含む任意の免疫グロブリンクラスのメンバーであり得る。当該分野において理解されている典型的な免疫グロブリン（抗体）の構造単位は、四量体を構成すると知られている。各四量体は、同一の２対のポリペプチド鎖から構成され、各対は、１本の「軽」鎖（およそ２５ｋＤ）および１本の「重」鎖（およそ５０〜７０ｋＤ）を有する。各鎖のＮ末端は、主に抗原認識に関与する約１００〜１１０またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を定義する。用語「可変軽鎖」（ＶＬ）および「可変重鎖」（ＶＨ）とは、それぞれこれらの軽鎖および重鎖のことを指す。各可変領域はさらに、超可変（ＨＶ）領域およびフレームワーク（ＦＲ）領域に細分される。超可変領域は、ベータシート構造を形成し、ＨＶ領域を適所に保持する足場として働く４つのフレームワーク領域（ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ２およびＦＲ４）で分断された、相補性決定領域と呼ばれる超可変性配列の３つの区域（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）を含む。各重鎖および各軽鎖のＣ末端は、軽鎖の場合は１つのドメイン（ＣＬ）および重鎖の場合は３つのドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）からなる定常領域を定義する。いくつかの実施形態において、用語「完全長」は、抗体に関しては、天然に生成された抗体で生じているような、必要に応じてジスルフィド結合によって会合される２本の重鎖および２本の軽鎖を含むことを意味するために使用される。いくつかの実施形態において、抗体は、細胞によって産生される。いくつかの実施形態において、抗体は、化学合成によって生成される。いくつかの実施形態において、抗体は、哺乳動物から得られる。いくつかの実施形態において、抗体は、動物（例えば、マウス、ラット、ウマ、ブタまたはヤギであるがこれらに限定されない）から得られる。いくつかの実施形態において、抗体は、組換え細胞培養系を用いて生成される。いくつかの実施形態において、抗体は、精製された抗体であり得る（例えば、免疫アフィニティークロマトグラフィーによって）。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒト抗体であり得る。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒト化抗体（そのタンパク質配列が、ヒトにおいて天然に産生される抗体改変体に対する類似度を高めるために改変された、非ヒト種由来の抗体）であり得る。いくつかの実施形態において、抗体は、キメラ抗体（非ヒト供給源、例えば、マウス、ラット、ウマまたはブタ由来の遺伝物質をヒト由来の遺伝物質と組み合わせることによって生成される抗体）であり得る。
【００４０】
抗体フラグメント：本明細書中で使用されるとき、「抗体フラグメント」は、インタクトな抗体の一部（例えば、抗体の抗原結合領域または可変領域）を含む。抗体フラグメントの例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２およびＦｖフラグメント；トリアボディ（ｔｒｉａｂｏｄｙ）；テトラボディ（ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）；線状抗体；一本鎖抗体分子；および抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体が挙げられる。例えば、抗体フラグメントには、単離されたフラグメント、重鎖および軽鎖の可変領域からなる「Ｆｖ」フラグメント、軽鎖可変領域および重鎖可変領域がペプチドリンカーによって接続された組換え一本鎖ポリペプチド分子（「ＳｃＦｖタンパク質」）および超可変領域を模倣するアミノ酸残基からなる最小認識単位が含まれる。多くの実施形態において、抗体フラグメントは、そのフラグメントの親抗体と同じ抗原に結合する、その親抗体の十分な配列を含み；いくつかの実施形態において、フラグメントは、親抗体に匹敵する親和性で抗原に結合し、かつ／または抗原への結合について親抗体と競合する。抗体の抗原結合フラグメントの例としては、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ｓｃＦｖフラグメント、Ｆｖフラグメント、ｄｓＦｖダイアボディ、ｄＡｂフラグメント、Ｆｄ’フラグメント、Ｆｄフラグメントおよび単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）領域が挙げられるが、これらに限定されない。抗体の抗原結合フラグメントは、任意の手段によって生成され得る。例えば、抗体の抗原結合フラグメントは、インタクトな抗体の断片化によって酵素的もしくは化学的に生成され得、かつ／または部分的な抗体配列をコードする遺伝子から組換え的に生成され得る。代替的または付加的に、抗体の抗原結合フラグメントは、完全にまたは部分的に合成的に生成され得る。抗体の抗原結合フラグメントは、必要に応じて、一本鎖抗体フラグメントを含み得る。代替的または付加的に、抗体の抗原結合フラグメントは、例えばジスルフィド結合によって、共に連結された複数の鎖を含み得る。抗体の抗原結合フラグメントは、必要に応じて、多分子複合体を構成し得る。機能的な抗体フラグメントは、代表的には、少なくとも約５０個のアミノ酸を含み、より代表的には、少なくとも約２００個のアミノ酸を含む。
【００４１】
抗ウイルス剤：本明細書中で使用されるとき、用語「抗ウイルス剤」とは、ウイルス粒子を阻害、不活性化または破壊することによってウイルス感染を処置するために特異的に使用される医薬品の１クラスのことを指す。通常、抗ウイルス剤は、任意の化学クラス（例えば、小分子、金属、核酸、ポリペプチド、脂質および／または炭水化物）の化合物であり得るかまたはそれを含み得る。いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、抗体または抗体模倣物であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、核酸剤（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなど）またはその模倣物であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、小分子であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、天然に存在する化合物（例えば、小分子）であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、人間の手によって作製されたおよび／または改変された化学構造を有する。
【００４２】
およそ：本明細書中で使用されるとき、用語「およそ」または「約」は、１つ以上の目的の値に適用されるとき、述べられている参照値に類似の値のことを指す。ある特定の実施形態において、用語「およそ」または「約」は、別段述べられていないかまたは別段文脈から明らかでない限り（そのような数が可能性のある値の１００％を超え得る場合を除く）、述べられている参照値のいずれかの方向（超または未満）の２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％以内に入る値の範囲のことを指す。
【００４３】
乳児：本明細書中で使用されるとき、用語「乳児」とは、２歳未満のヒトのことを指す。乳児の代表的な体重は、３ポンド〜最大２０ポンドの範囲である（ｒａｇｅｓ）。
【００４４】
生物学的に活性な：本明細書中で使用されるとき、句「生物学的に活性な」とは、生体系（例えば、細胞培養物、生物など）において活性を有する任意の物質の特色のことを指す。例えば、生物に投与されたときに、その生物に対して生物学的効果を有する物質が、生物学的に活性であるとみなされる。特定の実施形態において、タンパク質またはポリペプチドが、生物学的に活性である場合、そのタンパク質またはポリペプチドの少なくとも１つの生物学的活性を共有するそのタンパク質またはポリペプチドの一部は、通常、「生物学的に活性な」部分と称される。
【００４５】
特徴的な部分：本明細書中で使用されるとき、用語「特徴的な部分」は、その存在（または非存在）が、ある物質の特定の特徴、特質または活性の存在（または非存在）と相関する、その物質の部分のことを指すために、その最も広い意味において使用される。いくつかの実施形態において、ある物質の特徴的な部分は、特定の特徴、特質または活性を共有する物質および関連物質に見られるが、その特定の特徴、特質または活性を共有しないものには見られない部分である。ある特定の実施形態において、特徴的な部分は、インタクトな物質と少なくとも１つの機能的特色を共有する。例えば、いくつかの実施形態において、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的な部分」は、一続き（ｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓ  ｓｔｒｅｔｃｈ）のアミノ酸、または一体となってタンパク質またはポリペプチドに特徴となる一続きのアミノ酸のコレクションを含むものである。いくつかの実施形態において、そのような各一続きは、通常、少なくとも２、５、１０、１５、２０、５０個またはそれ以上のアミノ酸を含む。一般に、ある物質（例えば、タンパク質、抗体など）の特徴的な部分は、上に明記された配列同一性および／または構造的同一性に加えて、関連するインタクトな物質と少なくとも１つの機能的特色を共有するものである。いくつかの実施形態において、特徴的な部分は、生物学的に活性であり得る。
【００４６】
小児：本明細書中で使用されるとき、用語「小児」とは、２〜１８歳のヒトのことを指す。体重は、年齢の間でおよび特定の小児の間で広く変動し得、代表的な範囲は、３０ポンド〜１５０ポンドである。
【００４７】
併用療法：用語「併用療法」は、本明細書中で使用されるとき、２つ以上の異なる医薬品が重複レジメンで投与されて、その被験体が両方の薬剤に同時に曝露される状況のことを指す。
【００４８】
匹敵する：用語「匹敵する」は、得られた結果または観察された現象の比較が可能であるのに十分互いによく似た２つ（またはそれ以上）の条件セットまたは状況セットのことを記載するために本明細書中で使用される。いくつかの実施形態において、匹敵する条件セットまたは状況セットは、複数の実質的に同一の特徴および様々な特徴のうちの１つまたは少数によって特徴づけられる。当業者は、異なる条件セットまたは状況セットの下で得られた結果または観察された現象の差異が、変動するそれらの特徴のバリエーションによって引き起こされるかまたはそのバリエーションを示唆するという合理的な結論を保証するのに十分な数およびタイプの実質的に同一の特徴によって特徴付けられるとき、それらの条件セットは互いに匹敵することを認識するだろう。
【００４９】
〜に対応する：本明細書中で使用されるとき、用語「〜に対応する」は、目的のポリペプチドにおけるアミノ酸残基の位置／正体を指定するために使用されることが多い。当業者は、単純にするために、ポリペプチドにおける残基が、関連する参照ポリペプチドに基づいて正準のナンバリングシステムを使用して指定されることが多いことを認識するだろう。例えば、１９０位の残基「に対応する」アミノ酸は、実際に、特定のアミノ酸鎖における１９０番目のアミノ酸である必要はなく、参照ポリペプチドにおいて１９０位に見られる残基に対応する；当業者は、どのようにして「対応する」アミノ酸を同定するかを容易に理解する。
【００５０】
剤形：本明細書中で使用されるとき、用語「剤形」および「単位剤形」とは、処置されるべき患者に対する治療用タンパク質（例えば、抗体）の物理的に分離した単位のことを指す。各単位は、所望の治療効果をもたらすように計算された所定の量の活性な材料を含む。しかしながら、組成物の合計投与量は、適切な医学的判断の範囲内で、主治医によって決定されることが理解されるだろう。
【００５１】
投与レジメン：「投与レジメン」（または「治療レジメン」）は、この用語が本明細書中で使用されるとき、代表的には期間を隔てて、被験体に個別に投与される単位用量（代表的には１より大きい）のセットである。いくつかの実施形態において、所与の治療薬は、推奨される投与レジメンを有し、それは、１回以上の投与を含み得る。いくつかの実施形態において、投与レジメンは、複数回の投与を含み、その各々は、同じ長さの期間だけ互いに隔てられており；いくつかの実施形態において、投与レジメンは、複数回の投与、および個々の投与を隔てる少なくとも２つの異なる期間を含む。いくつかの実施形態において、投与レジメン内のすべての投与が、同じ単位用量である。いくつかの実施形態において、投与レジメン内の異なる投与は、異なる量である。いくつかの実施形態において、投与レジメンは、第１の用量での第１の投与に続く、第１の用量とは異なる第２の用量での１回以上のさらなる投与を含む。いくつかの実施形態において、投与レジメンは、第１の用量での第１の投与に続く、第１の用量と同じ第２の用量での１回以上のさらなる投与を含む。
【００５２】
ＤＶ血清型：本明細書中で使用されるとき、用語「血清型」とは、一般に、ＤＶ内の異なるバリエーションのことを指す。ＤＶ遺伝群を構成する４つの異なるＤＶ血清型（ＤＶ１〜４）は、アミノ酸レベルにおいて、互いにおよそ２５％〜４０％異なる。ＤＶの４つの血清型は、病原性が異なるが、すべてが、アジア、アフリカ、中央アメリカおよび南アメリカの地域で流行している。これらの血清型のうちの１つへの感染は、その血清型への終生免疫を提供するが、しかしながら、異種ＤＶ血清型による二次的な感染時の重篤な疾患のリスクを高める。
【００５３】
エピトープ：本明細書中で使用されるとき、用語「エピトープ」は、当該分野において理解されているような意味を有する。抗原決定基としても知られるエピトープは、免疫系、具体的には、抗体、Ｂ細胞またはＴ細胞によって認識される抗原の分子領域であることが、当業者によって認識されるだろう。エピトープは、糖、脂質またはアミノ酸から構成され得ることがさらに認識されるだろう。タンパク質抗原のエピトープは、その構造およびパラトープ（エピトープを認識する抗体の一部）との相互作用に基づいて、２つのカテゴリー、すなわち、コンフォメーションエピトープおよび線状エピトープに分けられる。コンフォメーションエピトープは、抗原のアミノ酸配列の不連続な区画から構成され、これらのエピトープは、抗原の３Ｄ表面の特徴および形状または三次構造に基づいてパラトープと相互作用する。線状エピトープは、その１次構造に基づいてパラトープと相互作用し、線状エピトープは、抗原由来のアミノ酸の連続した配列によって形成される。
【００５４】
発現：本明細書中で使用されるとき、核酸配列の「発現」とは、以下の事象のうちの１つ以上のことを指す：（１）ＤＮＡ配列からのＲＮＡ鋳型の生成（例えば、転写によるもの）；（２）ＲＮＡ転写物のプロセシング（例えば、スプライシング、エディティング、５’キャップ形成および／または３’末端形成によるもの）；（３）ＲＮＡからポリペプチドもしくはタンパク質への翻訳；および／または（４）ポリペプチドもしくはタンパク質の翻訳後修飾。
【００５５】
機能的：本明細書中で使用されるとき、「機能的な」生物学的分子は、それを特徴づける特性および／または活性を示す形態の生物学的分子である。
【００５６】
遺伝子：本明細書中で使用されるとき、用語「遺伝子」は、当該分野において理解されているような意味を有する。用語「遺伝子」は、遺伝子制御配列（例えば、プロモーター、エンハンサーなど）および／またはイントロン配列を含み得ることが当業者によって認識されるだろう。遺伝子の定義には、タンパク質をコードせず、機能的なＲＮＡ分子（例えば、ｔＲＮＡ、ＲＮＡｉ誘発剤など）をコードする核酸への言及が含まれることがさらに認識されるだろう。明確にする目的で、本発明者らは、本願において使用されるとき、用語「遺伝子」が、通常、タンパク質をコードする核酸の一部のことを指すことを注記し；この用語は、文脈から当業者に対して明らかであるとき、必要に応じて制御配列も包含し得る。この定義は、タンパク質をコードしない発現単位に用語「遺伝子」を適用することを排除することを意図しておらず、むしろ、ほとんどの場合、この文書において使用されるこの用語は、タンパク質をコードする核酸のことを指すことを明らかにする。
【００５７】
遺伝子産物または発現産物：本明細書中で使用されるとき、用語「遺伝子産物」または「発現産物」は、通常、遺伝子から転写されたＲＮＡ（プロセシング前および／またはプロセシング後）または遺伝子から転写されたＲＮＡによってコードされるポリペプチド（修飾前および／または修飾後）のことを指す。
【００５８】
相同性：本明細書中で使用されるとき、用語「相同性」とは、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子および／またはＲＮＡ分子）間および／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性のことを指す。いくつかの実施形態において、ポリマー分子は、それらの配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％同一である場合、互いに「相同」であるとみなされる。いくつかの実施形態において、ポリマー分子は、それらの配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％類似である場合、互いに「相同」であるとみなされる。
【００５９】
同一性：本明細書中で使用されるとき、用語「同一性」とは、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子および／またはＲＮＡ分子）間および／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性のことを指す。例えば、２つの核酸配列の同一性パーセントの計算は、その２つの配列を最適な比較目的のためにアラインメントすることによって行われ得る（例えば、最適なアラインメントのために第１および第２の核酸配列の一方または両方にギャップが導入され得、同一でない配列は、比較目的のために無視され得る）。ある特定の実施形態において、比較目的でアラインメントされる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または実質的に１００％である。次いで、対応するヌクレオチドの位置におけるヌクレオチドが、比較される。第１の配列内の位置が、第２の配列内の対応する位置と同じヌクレオチドによって占められているとき、それらの分子は、その位置において同一である。２つの配列の間の同一性パーセントは、２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮したときの、それらの配列によって共有される同一である位置の数の関数である。２つの配列間の配列の比較および同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。例えば、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＰＡＭ１２０重み付き残基表（ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ）、１２というギャップ長ペナルティ（ｇａｐ  ｌｅｎｇｔｈ  ｐｅｎａｌｔｙ）および４というギャップペナルティ（ｇａｐ  ｐｅｎａｌｔｙ）を使用する、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれた、ＭｅｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒのアルゴリズム（ＣＡＢＩＯＳ，１９８９，４：１１−１７）を用いて決定され得る。あるいは、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰ行列を使用する、ＧＣＧソフトウェアパッケージにおけるＧＡＰプログラムを用いて決定され得る。
【００６０】
単離された：本明細書中で使用されるとき、用語「単離された」とは、（１）最初に生成されたときに関連していた構成要素の少なくともいくつかから分離された物質および／もしくは実体（天然に存在するかおよび／または実験環境に存在するかに関係なく）、ならびに／または（２）人間の手によって生成、調製および／もしくは製造された物質および／もしくは実体のことを指す。単離された物質および／または実体は、それらが最初に関連していた他の構成要素の約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％または約９９％超から分離され得る。いくつかの実施形態において、単離された作用物質は、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％または約９９％超純粋である。本明細書中で使用されるとき、物質は、それが他の構成要素を実質的に含まない場合、「純粋」である。本明細書中で使用されるとき、単離された物質および／または実体の純度パーセントの計算には、賦形剤（例えば、緩衝剤、溶媒、水など）を含めるべきでない。
【００６１】
ミモトープ（Ｍｉｍｏｔｏｐｅ）：本明細書中で使用されるとき、用語「ミモトープ」とは、エピトープの構造を模倣する高分子のことを指す。いくつかの実施形態において、ミモトープは、対応するエピトープによって誘発される抗体応答と同一または類似の抗体応答を誘発する。いくつかの実施形態において、エピトープを認識する抗体は、そのエピトープを模倣するミモトープも認識する。いくつかの実施形態において、ミモトープは、ペプチドである。いくつかの実施形態において、ミモトープは、小分子、炭水化物、脂質または核酸である。いくつかの実施形態において、ミモトープは、保存されたＤＶエピトープのペプチドまたは非ペプチドのミモトープである。いくつかの実施形態において、規定のウイルスエピトープの構造を模倣することによって、ミモトープは、ＤＶウイルス粒子が、例えば、その天然の結合パートナー（例えば、ＤＶ標的レセプターであるＲａｂ５、ＧＲＰ７８）自体への結合によって、その天然の結合パートナーに結合する能力を干渉する。
【００６２】
変異体：本明細書中で使用されるとき、用語「変異体」とは、参照実体と有意な構造的同一性を示すが、参照実体と比べたとき１つ以上の化学部分の存在またはレベルにおいて参照実体と構造的に異なる実体のことを指す。多くの実施形態において、変異体は、その参照実体と機能的にも異なる。通常、特定の実体が、参照実体の「変異体」であると正しくみなされるか否かは、参照実体との構造的同一性の程度に基づく。当業者が認識するように、任意の生物学的または化学的な参照実体は、ある特定の特徴的な構造エレメントを有する。変異体は、定義上、１つ以上のそのような特徴的な構造エレメントを共有する異なる化学的実体である。ほんの少しの例を挙げると、小分子は、特徴的なコア構造エレメント（例えば、大環状分子コア）および／または１つ以上の特徴的なペンダント部分を有し得、その小分子の変異体は、そのコア構造エレメントおよび特徴的なペンダント部分を共有するが、他のペンダント部分および／またはそのコア内に存在する結合のタイプ（一重対二重、Ｅ対Ｚなど）が異なる変異体であり、ポリペプチドは、線状もしくは３次元空間において互いに対して指定の位置を有するおよび／または特定の生物学的機能に寄与する、複数のアミノ酸を含む特徴的な配列エレメントを有し得、核酸は、線状または３次元空間において互い（ｏｎ  ａｎｏｔｈｅｒ）に対して指定の位置を有する複数のヌクレオチド残基を含む特徴的な配列エレメントを有し得る。例えば、変異体ポリペプチドは、アミノ酸配列の１つ以上の差および／またはポリペプチド骨格に共有結合的に付着された化学部分（例えば、炭水化物、脂質など）の１つ以上の差の結果として、参照ポリペプチドと異なり得る。いくつかの実施形態において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドと少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％または９９％である全体的な配列同一性を示す。代替的または付加的に、いくつかの実施形態において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドと少なくとも１つの特徴的な配列エレメントを共有しない。いくつかの実施形態において、参照ポリペプチドは、１つ以上の生物学的活性を有する。いくつかの実施形態において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドの生物学的活性の１つ以上を共有する。いくつかの実施形態において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドの生物学的活性の１つ以上を欠く。いくつかの実施形態において、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドと比べて低レベルの１つ以上の生物学的活性を示す。
【００６３】
核酸：本明細書中で使用されるとき、用語「核酸」は、その最も広い意味において、オリゴヌクレオチド鎖に組み込まれるかまたは組み込まれ得る任意の化合物および／または物質のことを指す。いくつかの実施形態において、核酸は、ホスホジエステル結合を介してオリゴヌクレオチド鎖に組み込まれるかまたは組み込まれ得る化合物および／または物質である。いくつかの実施形態において、「核酸」とは、個々の核酸残基（例えば、ヌクレオチドおよび／またはヌクレオシド）のことを指す。いくつかの実施形態において、「核酸」とは、個々の核酸残基を含むオリゴヌクレオチド鎖のことを指す。本明細書中で使用されるとき、用語「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」は、交換可能に使用され得る。いくつかの実施形態において、「核酸」は、ＲＮＡならびに一本鎖および／または二本鎖のＤＮＡおよび／またはｃＤＮＡを包含する。さらに、用語「核酸」、「ＤＮＡ」、「ＲＮＡ」および／または同様の用語は、核酸アナログ、すなわち、ホスホジエステル骨格以外を有するアナログを含む。例えば、当該分野で公知であり、ホスホジエステル結合の代わりにその骨格にペプチド結合を有する、いわゆる「ペプチド核酸」は、本発明の範囲内であるとみなされる。用語「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」は、互いの縮重バージョンであるおよび／または同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。タンパク質および／またはＲＮＡをコードするヌクレオチド配列は、イントロンを含み得る。核酸は、天然の供給源から精製され得、組換え発現系を使用して生成され得、必要に応じて、精製され得、化学的に合成され得る、など。適切な場合には、例えば、化学的に合成される分子の場合、核酸は、ヌクレオシドアナログ（例えば、化学的に改変された塩基または糖、骨格修飾などを有するアナログ）を含み得る。核酸配列は、別段示されない限り、５’から３’の方向で示される。用語「核酸セグメント」は、より長い核酸配列の一部である核酸配列のことを指すために本明細書中で使用される。多くの実施形態において、核酸セグメントは、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上の残基を含む。いくつかの実施形態において、核酸は、天然のヌクレオシド（例えば、アデノシン、チミジン、グアノシン、シチジン、ウリジン、デオキシアデノシン、デオキシチミジン、デオキシグアノシンおよびデオキシシチジン）；ヌクレオシドアナログ（例えば、２−アミノアデノシン、２−チオチミジン、イノシン、ピロロ−ピリミジン、３−メチルアデノシン、５−メチルシチジン、Ｃ−５プロピニル−シチジン、Ｃ−５プロピニル−ウリジン、２−アミノアデノシン、Ｃ５−ブロモウリジン、Ｃ５−フルオロウリジン、Ｃ５−ヨードウリジン、Ｃ５−プロピニル−ウリジン、Ｃ５−プロピニル−シチジン、Ｃ５−メチルシチジン、２−アミノアデノシン、７−デアザアデノシン、７−デアザグアノシン、８−オキソアデノシン、８−オキソグアノシン、Ｏ（６）−メチルグアニンおよび２−チオシチジン）；化学的に改変された塩基；生物学的に改変された塩基（例えば、メチル化された塩基）；インターカレートされた塩基；改変された糖（例えば、２’−フルオロリボース、リボース、２’−デオキシリボース、アラビノースおよびヘキソース）；および／または改変されたリン酸基（例えば、ホスホロチオエートおよび５’−Ｎ−ホスホルアミダイト結合）であるかまたはそれらを含む。いくつかの実施形態において、本発明は、送達を促進または達成するために、化学的に改変されていない核酸（例えば、ヌクレオチドおよび／またはヌクレオシドを含む、ポリヌクレオチドおよび残基）を意味する「改変されていない核酸」に明確に関する。
【００６４】
患者：本明細書中で使用されるとき、用語「患者」または「被験体」とは、例えば、実験、診断、予防、美容および／または治療の目的で、提供される組成物を投与され得る任意の生物のことを指す。代表的な患者には、動物（例えば、哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類および／またはヒト）が含まれる。いくつかの実施形態において、患者は、ヒトである。ヒトには、出生前および出生後の形態が含まれる。
【００６５】
薬学的に許容され得る：用語「薬学的に許容され得る」は、本明細書中で使用されるとき、過剰な毒性、刺激作用、アレルギー反応または他の問題もしくは合併症を伴わずに、適切な医学的判断の範囲内において、人間および動物の組織と接触させて使用するのに適しており、妥当なベネフィット／リスク比と釣り合った、物質のことを指す。
【００６６】
薬学的に許容され得るキャリア：本明細書中で使用されるとき、用語「薬学的に許容され得るキャリア」は、薬学的に許容され得る材料、組成物またはビヒクル（例えば、液体または固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、または対象化合物を１つの臓器すなわち身体の一部から別の臓器すなわち身体の一部に運搬もしくは輸送するのに関わる溶媒封入材料）のことを意味する。各キャリアは、その製剤の他の成分と適合性でありかつ患者にとって有害でないという意味において「許容され得る」ものでなければならない。薬学的に許容され得るキャリアとして働き得る材料のいくつかの例としては：糖類（例えば、ラクトース、グルコースおよびスクロース）；デンプン（例えば、トウモロコシデンプンおよびジャガイモデンプン）；セルロースおよびその誘導体（例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロース）；トラガント末；麦芽；ゼラチン；タルク；賦形剤（例えば、カカオバターおよび坐剤ろう）；油（例えば、落花生油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油）；グリコール（例えば、プロピレングリコール）；ポリオール（例えば、グリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコール）；エステル（例えば、オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチル）；寒天；緩衝剤（例えば、水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウム）；アルギン酸；発熱物質非含有水；等張食塩水；リンガー溶液；エチルアルコール；ｐＨ緩衝化溶液；ポリエステル、ポリカーボネートおよび／またはポリ無水物；ならびに薬学的製剤において使用される他の無毒性の適合性の物質が挙げられる。
【００６７】
薬学的組成物：本明細書中で使用されるとき、用語「薬学的組成物」とは、１つ以上の薬学的に許容され得るキャリアとともに製剤化された活性な作用物質のことを指す。いくつかの実施形態において、活性な作用物質は、関連する集団に投与されたとき、所定の治療効果を達成する統計学的に有意な確率を示す治療レジメンにおける投与にとって適切な単位用量で存在する。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、以下のために適合された薬学的組成物を含む固体または液体の形態で投与するために特別に製剤化され得る：経口投与、例えば、水薬（ｄｒｅｎｃｈ）（水性または非水性の溶液または懸濁液）、錠剤、例えば、頬側、舌下および全身性の吸収を標的にした錠剤、ボーラス、散剤、顆粒剤、舌に適用するためのペースト；例えば、滅菌溶液もしくは懸濁液または徐放製剤としての、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または硬膜外注射による、非経口投与；例えば、クリーム、軟膏もしくは放出制御パッチ、または皮膚、肺もしくは口腔に適用されるスプレーとしての、局所的適用；例えば、ペッサリー、クリームまたはフォームとしての、膣内または直腸内；舌下；眼；経皮的；または経鼻的、肺および他の粘膜面。
【００６８】
ポリペプチド：本明細書中で使用されるとき、「ポリペプチド」は、概して、ペプチド結合によって互いに付着された少なくとも２つのアミノ酸の鎖（ｓｔｒｉｎｇ）である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、少なくとも３〜５個のアミノ酸を含み得、それらのアミノ酸の各々は、少なくとも１つのペプチド結合によって他のアミノ酸に付着されている。当業者は、ポリペプチドが、時折、「非天然の」アミノ酸またはそれでもなお必要に応じてポリペプチド鎖に組み込むことができる他の実体を含むことを認識するだろう。
【００６９】
タンパク質：本明細書中で使用されるとき、用語「タンパク質」とは、ポリペプチド（すなわち、ペプチド結合によって互いに連結された少なくとも２つのアミノ酸の鎖）のことを指す。タンパク質は、アミノ酸以外の部分を含み得（例えば、糖タンパク質、プロテオグリカンなどであり得）、かつ／または別の方法でプロセシングもしくは修飾され得る。当業者は、「タンパク質」が、細胞によって産生されるような完全なポリペプチド鎖（シグナル配列を有するかまたは有しない）であり得るか、またはその特徴的な一部であり得ることを認識するだろう。当業者は、タンパク質が時折、例えば、１つ以上のジスルフィド結合によって連結されたまたは他の手段によって会合された、２本以上のポリペプチド鎖を含み得ることを認識するだろう。ポリペプチドは、ｌ−アミノ酸、ｄ−アミノ酸またはその両方を含み得、当該分野で公知の種々の任意のアミノ酸修飾またはアミノ酸アナログを含み得る。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化などが挙げられる。いくつかの実施形態において、タンパク質は、天然のアミノ酸、非天然のアミノ酸、合成アミノ酸およびそれらの組み合わせを含み得る。用語「ペプチド」は、通常、約１００アミノ酸未満、約５０アミノ酸未満、２０アミノ酸未満または１０アミノ酸未満の長さを有するポリペプチドのことを指すために使用される。いくつかの実施形態において、タンパク質は、抗体、抗体フラグメント、その生物学的に活性な一部および／またはその特徴的な一部である。
【００７０】
再発性のＤＶ感染：本明細書中で使用されるとき、「再発性のＤＶ感染」とは、感染に関する臨床および／または研究室でのエビデンス、例えば、１つ以上の感染の症状または循環ＤＶ粒子および／もしくは被験体の肝臓におけるＤＶ粒子の存在の再出現のことを指す。
【００７１】
不応性：用語「不応性」は、本明細書中で使用されるとき、提供される組成物の投与後に、現場の医療関係者が通常観察するような、予想される臨床的有効性で反応しない任意の被験体のことを指す。
【００７２】
血清型：通常、「血清型」または「血液型亜型」とは、細菌もしくはウイルスの種の中または異なる個体の免疫細胞の間における異なるバリエーションのことを指す。これらの微生物は、代表的には、それらの細胞表面抗原に基づいて一緒に分類され、生物の亜種レベルへの疫学的分類が可能になる。
【００７３】
小分子：通常、「小分子」は、約５キロダルトン（ｋＤ）未満のサイズの分子である。いくつかの実施形態において、小分子は、約４ｋＤ、３ｋＤ、約２ｋＤまたは約１ｋＤ未満である。いくつかの実施形態において、小分子は、約８００ダルトン（Ｄ）、約６００Ｄ、約５００Ｄ、約４００Ｄ、約３００Ｄ、約２００Ｄまたは約１００Ｄ未満である。いくつかの実施形態において、小分子は、約２０００ｇ／ｍｏｌ未満、約１５００ｇ／ｍｏｌ未満、約１０００ｇ／ｍｏｌ未満、約８００ｇ／ｍｏｌ未満または約５００ｇ／ｍｏｌ未満である。いくつかの実施形態において、小分子は、非ポリマーである。いくつかの実施形態において、本発明によると、小分子は、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、ペプチド、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、多糖、糖タンパク質、プロテオグリカンなどではない。
【００７４】
実質的に：本明細書中で使用されるとき、用語「実質的に」とは、目的の特色または特性の全体またはほぼ全体の範囲または程度を示す定性的な条件のことを指す。生物学の分野の当業者は、生物学的および化学的な現象が、完了まで進むことおよび／もしくは完全なところまで進むこと、または決定的な結果に到達することもしくは決定的な結果を回避することがあったとしてもごくまれであることを理解するだろう。ゆえに、用語「実質的に」は、多くの生物学的および化学的な現象に固有の完全性を潜在的に欠くことを捉えるために本明細書中で使用される。
【００７５】
実質的な配列相同性：句「実質的な相同性」は、アミノ酸配列間または核酸配列間の比較のことを指すために本明細書中で使用される。当業者が認識するように、２つの配列は、対応する位置に相同な残基を含む場合、通常、「実質的に相同」であるとみなされる。相同な残基は、同一の残基であり得る。あるいは、相同な残基は、適度に類似の構造的特色および／または機能的特色を有する（ｗｉｌｌ）同一でない残基であり得る。例えば、当業者に周知であるように、ある特定のアミノ酸は、代表的には、「疎水性」もしくは「親水性」アミノ酸として、および／または「極性」もしくは「非極性」側鎖を有するアミノ酸として、分類される。１つのアミノ酸から同じタイプの別のアミノ酸への置換は、しばしば「相同」置換であるとみなされ得る。代表的なアミノ酸の分類を下記に要約する：
【００７６】
【表１−１】
2018087237.tif 000002
【００７７】
【表１−２】
2018087237.tif 000003
【００７８】
この分野において周知であるように、アミノ酸配列または核酸配列は、商業的なコンピュータプログラム（例えば、ヌクレオチド配列用のＢＬＡＳＴＮならびにアミノ酸配列用のＢＬＡＳＴＰ、ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴおよびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ）において利用可能なものを含む種々のアルゴリズムのいずれかを用いて比較され得る。例示的なそのようなプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２１５（３）：４０３−４１０，１９９０；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、“Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ”，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９９７；Ｂａｘｅｖａｎｉｓら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗｉｌｅｙ，１９９８；およびＭｉｓｅｎｅｒら（ｅｄｓ．），Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１３２），Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，１９９９に記載されており；それらの前述のすべてが、参照により本明細書中に援用される。上で述べられたプログラムは、相同配列の同定に加えて、代表的には、相同性の程度の指標を提供する。いくつかの実施形態において、２つの配列の対応する残基の少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％またはそれ以上が、関連する一続きの残基に対して相同である場合、その２つの配列は、実質的に相同であるとみなされる。いくつかの実施形態において、その関連する一続きは、完全な配列である。いくつかの実施形態において、その関連する一続きは、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１２５、少なくとも１５０、少なくとも１７５、少なくとも２００、少なくとも２２５、少なくとも２５０、少なくとも２７５、少なくとも３００、少なくとも３２５、少なくとも３５０、少なくとも３７５、少なくとも４００、少なくとも４２５、少なくとも４５０、少なくとも４７５、少なくとも５００またはそれ以上の残基である。
【００７９】
実質的な同一性：句「実質的な同一性」は、アミノ酸配列間または核酸配列間の比較のことを指すために本明細書中で使用される。当業者が認識するように、２つの配列は、対応する位置に同一の残基を含む場合、通常、「実質的に同一」であるとみなされる。この分野において周知であるように、アミノ酸配列または核酸配列は、商業的なコンピュータプログラム（例えば、ヌクレオチド配列用のＢＬＡＳＴＮならびにアミノ酸配列用のＢＬＡＳＴＰ、ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴおよびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ）において利用可能なものを含む種々のアルゴリズムのいずれかを用いて比較され得る。例示的なそのようなプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２１５（３）：４０３−４１０，１９９０；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ；Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９９７；Ｂａｘｅｖａｎｉｓら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗｉｌｅｙ，１９９８；およびＭｉｓｅｎｅｒら（ｅｄｓ．），Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１３２），Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，１９９９に記載されている。上で述べられたプログラムは、同一の配列の同定に加えて、代表的には、同一性の程度の指標も提供する。いくつかの実施形態において、２つの配列の対応する残基の少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上が、関連する一続きの残基に対して同一である場合、その２つの配列は、実質的に同一であるとみなされる。いくつかの実施形態において、その関連する一続きは、完全な配列である。いくつかの実施形態において、その関連する一続きは、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００またはそれ以上の残基である。
【００８０】
〜に罹患している：疾患、障害または状態（例えば、ＤＶ）に「罹患している」個体は、その疾患、障害または状態と診断されており、かつ／またはそれらの１つ以上の症状を示す。ＤＶ感染は、無症候であることが多い。いくつかの実施形態において、ＤＶに罹患している個体は、ＤＶに曝露されたことがあり、かつ／またはＤＶに感染したことがあるが、ＤＶ感染のいかなる症状も示さず、かつ／またはＤＶ感染と診断されたことがない。いくつかの実施形態において、ＤＶに罹患している個体は、その個体の血液中に１つ以上のＤＶ粒子を有する個体である。
【００８１】
〜に感受性である：ある疾患、障害または状態（例えば、ＤＶ）に「感受性である」個体は、その疾患、障害または状態の発症に対するリスクがある。いくつかの実施形態において、ある疾患、障害または状態に感受性である個体は、その疾患、障害または状態のいかなる症状も示さない。いくつかの実施形態において、ある疾患、障害または状態に感受性である個体は、その疾患、障害および／または状態と診断されたことがない。いくつかの実施形態において、ある疾患、障害または状態に感受性である個体は、その疾患、障害または状態の発症に関連する条件に曝露されたことがある個体である（例えば、その個体は、ＤＶに曝露されたことがある）。いくつかの実施形態において、ある疾患、障害および／または状態を発症するリスクは、集団に基づくリスクである（例えば、静脈内薬物使用者；以下のような製品がスクリーニングされ始めた１９９２年より前の、献血された血液、血液製剤および臓器のレシピエント；針を取り扱う医療従事者；ＤＶに感染した母親から生まれた乳児；など）。
【００８２】
症状が減少する：本発明によると、特定の疾患、障害または状態の１つ以上の症状の大きさ（例えば、強度、重症度など）または頻度が低下するとき、「症状は減少する」。明確にする目的で、特定の症状の発生の遅延は、その症状の頻度の低下の１つの形態とみなされる。ほんの少しの例を挙げると、ＤＶの例示的な症状としては、急激な発熱、高熱（４０℃より高いことが多い）、筋肉痛および関節痛、頭痛、嘔吐、下痢、紅潮した皮膚のような発疹または麻疹様発疹の発生、点状出血（皮膚を押しても消えない、毛細血管の破壊によって引き起こされる小さな赤色斑）、粘膜からの出血、低白血球数、低血小板、代謝性アシドーシス、肝臓からの高レベルのアミノトランスフェラーゼ、血液濃縮（ヘマトクリットの増加によって示される）および低アルブミン血症をもたらす血漿漏出、胸部および腹腔における体液の蓄積（例えば、胸水または腹水）、胃腸出血、ショックおよび出血、陽性の駆血帯試験、血圧低下、脳もしくは心臓の感染、生命の維持に必要不可欠な重要な臓器（例えば、肝臓）の機能障害、横断性脊髄炎などの神経障害ならびに／またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。本発明は、それらの症状が排除される場合にだけ限定されると意図されていない。本発明は、完全に排除されなくても、１つ以上の症状が減少する（およびそれによって、その被験体の状態が「改善される」）ような処置を明確に企図する。
【００８３】
治療薬：本明細書中で使用されるとき、句「治療薬」とは、生物に投与されたとき、所望の薬理学的効果を誘発する任意の作用物質のことを指す。いくつかの実施形態において、ある作用物質は、それが適切な集団にわたって統計学的に有意な効果を示す場合に、治療薬であるとみなされる。いくつかの実施形態において、適切な集団は、モデル生物の集団であり得る。いくつかの実施形態において、適切な集団は、様々な基準（例えば、ある特定の年齢群、性別、遺伝的背景、既存の臨床的状態など）によって定義され得る。いくつかの実施形態において、治療薬は、ある疾患、障害および／または状態の１つ以上の症状または特徴を軽減する、回復させる、緩和する、阻害する、予防する、その発生を遅延させる、その重症度を低下させる、および／またはその発生数を低下させるために使用され得る任意の物質である。
【００８４】
治療有効量：本明細書中で使用されるとき、用語「治療有効量」とは、任意の医学的処置に適用可能な妥当なベネフィット／リスク比で、処置される被験体に対して治療効果をもたらす治療用タンパク質の量のことを指す。治療効果は、客観的（すなわち、何らかの試験またはマーカーによって測定可能）または主観的（すなわち、被験体が効果の指標を与えるかまたは効果を感じる）であり得る。特に、「治療有効量」とは、所望の疾患もしくは状態を処置する、回復させるもしくは予防するのに効果的かまたは検出可能な治療的もしくは予防的な効果を示すのに有効な（例えば、その疾患に関連する症状を回復させる、その疾患を予防するもしくはその疾患の発生を遅延させる、および／またはその疾患の症状の重症度もしくは頻度を下げることによって）治療用タンパク質または組成物の量のことを指す。治療有効量は、通常、複数の単位用量を含み得る投与レジメンで投与される。任意の特定の治療用タンパク質の場合、治療有効量（および／または有効な投与レジメンの範囲内で適切な単位用量）は、例えば、投与経路、他の医薬品との併用に応じて、変動し得る。また、任意の特定の患者に対する具体的な治療有効量（および／または単位用量）は、処置される障害およびその障害の重症度；使用される特定の医薬品の活性；使用される特定の組成物；患者の年齢、体重、全般的な健康状態、性別および食事；使用される特定の融合タンパク質の投与時間、投与経路および／または排出速度もしくは代謝速度；処置の期間；ならびに医学分野において周知の類似の因子を含む種々の因子に依存し得る。
【００８５】
処置：本明細書中で使用されるとき、用語「処置」（また、「処置する（ｔｒｅａｔ）」または「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」）とは、特定の疾患、障害および／または状態（例えば、ＤＶ）の１つ以上の症状、特徴および／または原因を部分的または完全に軽減する、回復させる、緩和する、阻害する、その発生を遅延させる、その重症度を低下させる、および／またはその発生数を低下させる物質（例えば、提供される組成物）の任意の投与のことを指す。そのような処置は、関連する疾患、障害および／もしくは状態の徴候を示さない被験体ならびに／またはその疾患、障害および／もしくは状態の初期徴候だけを示す被験体の処置であり得る。代替的または付加的に、そのような処置は、関連する疾患、障害および／または状態の１つ以上の確立された徴候を示す被験体の処置であり得る。いくつかの実施形態において、処置は、関連する疾患、障害および／または状態に罹患していると診断された被験体の処置であり得る。いくつかの実施形態において、処置は、関連する疾患、障害および／または状態を発症する高リスクと統計的に相関する１つ以上の感受性因子を有すると知られている被験体の処置であり得る。
【００８６】
単位用量：表現「単位用量」は、本明細書中で使用されるとき、薬学的組成物の単回用量としておよび／または物理的に分離した単位で投与される量のことを指す。多くの実施形態において、単位用量は、所定の量の活性な作用物質を含む。いくつかの実施形態において、単位用量は、作用物質の全単回用量を含む。いくつかの実施形態において、２以上の単位用量が、総単回用量を達成するために投与される。いくつかの実施形態において、意図される効果を達成するために、複数の単位用量の投与が、必要とされるかまたは必要とされると予想される。単位用量は、例えば、所定の量の１つ以上の治療薬を含むある体積の液体（例えば、許容され得るキャリア）、所定の量の１つ以上の固体形態の治療薬、所定の量の１つ以上の治療薬を含む徐放製剤または薬物送達デバイスなどであり得る。単位用量は、治療薬に加えて種々の任意の構成要素を含む製剤中に存在し得ることが認識されるだろう。例えば、下に記載されるような、許容され得るキャリア（例えば、薬学的に許容され得るキャリア）、希釈剤、安定剤、緩衝剤、保存剤などが含められ得る。多くの実施形態において、特定の治療薬の適切な総１日投与量は、単位用量の一部または複数を含み得、それは、例えば、適切な医学的判断の範囲内で主治医によって決定され得ることが当業者によって認識されるだろう。いくつかの実施形態において、任意の特定の被験体または生物に対する具体的な有効量のレベルは、処置される障害およびその障害の重症度；使用される特定の活性な化合物の活性；使用される特定の組成物；被験体の年齢、体重、全般的な健康状態、性別および食事；使用される特定の活性な化合物の投与時間および排出速度；処置の期間；使用される特定の化合物と併用してもしくは同時に使用される薬物および／またはさらなる治療、ならびに医学分野において周知の類似の因子を含む種々の因子に依存し得る。
【００８７】
ワクチン接種：本明細書中で使用されるとき、用語「ワクチン接種」とは、例えば疾患を引き起こす因子に対して免疫応答をもたらすことを意図された組成物の投与のことを指す。本発明の目的のために、ワクチン接種は、疾患を引き起こす因子への曝露の前、曝露中および／または曝露の後に、ならびにある特定の実施形態において、その疾患を引き起こす因子への曝露の前、曝露中および／または曝露の直後に、投与され得る。いくつかの実施形態において、ワクチン接種には、適切な時間間隔での、ワクチン接種組成物の複数回の投与が含まれる。
【００８８】
ベクター：本明細書中で使用されるとき、「ベクター」とは、会合する別の核酸を輸送することができる核酸分子のことを指す。いくつかの実施形態において、ベクターは、宿主細胞（例えば、真核細胞および／または原核細胞）において、それらが連結されている核酸を染色体外で複製および／または発現することができる。作動可能に連結された遺伝子の発現を指示することができるベクターは、本明細書中で「発現ベクター」と称される。
【００８９】
野生型：本明細書中で使用されるとき、用語「野生型」は、「正常な」（変異体、病的なもの、変化したものなどと対照をなすとき）状態または状況において天然に見られるような構造および／または活性を有する実体のことを指す、当該分野において理解されている意味を有する。当業者は、野生型の遺伝子およびポリペプチドが、しばしば、複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在することを認識するだろう。
【００９０】
ＤＶ命名法
ＤＶ命名法が、代表的に、ＤＶの遺伝子型を表すローマ数字（例えば、「Ｉ」、「ＩＩ」、「ＩＩＩ」、「ＩＶ」など）およびＤＶのサブタイプを表す小文字（例えば、「ａ」、「ｂ」など）を利用することは、当業者に周知である。この命名法の規則は、当該分野において広く受け入れられているが、当業者は、この命名法の規則が、必ずしも、刊行物、発表、会話などにおいて厳密に従われていないことを認識する。したがって、当業者であれば、例えば、「ＤＶ  Ｉａ」、「ＤＶ遺伝子型Ｉａ」および「ＤＶサブタイプＩａ」が当業者によって交換可能に使用され得ること、ならびにこの３つすべての用語がＤＶ遺伝子型Ｉのサブタイプａのことを指すと意図されていることが、暗に意味されていることを認識するだろう。
【００９１】
本明細書中で使用されるとき、ローマ数字（例えば、「Ｉ」、「ＩＩ」、「ＩＩＩ」、「ＩＶ」など）は、ＤＶの遺伝子型のことを指すために使用され、小文字（例えば、「ａ」、「ｂ」など）は、ＤＶのサブタイプのことを指すために使用される。特定の遺伝子型のＤＶが本明細書中で言及されるとき、それは、命名される遺伝子型のサブタイプのすべてを包含すると意味されていることも理解されるだろう。ただ１つの例を挙げると、「遺伝子型Ｉ」は、遺伝子型Ｉのサブタイプのすべて（例えば、遺伝子型Ｉのサブタイプａ；遺伝子型Ｉのサブタイプｂ；など）のことを指すために本明細書中で使用される。
【００９２】
本明細書中で使用されるとき、遺伝子型およびサブタイプの指定の後に存在する任意のローマ数字（例えば、「Ｉ」、「ＩＩ」、「ＩＩＩ」、「ＩＶ」など）は、ＤＶの株のことを指すと理解されるだろう。
【００９３】
ある特定の実施形態の詳細な説明
本発明は、特定の構造的特色および／または機能的特色を有する有用な抗ＤＶ抗体剤、ならびにそのような抗体剤に関する組成物および方法を提供する。
【００９４】
デングウイルス（ＤＶ）感染  ＤＶ感染は、主要な節足動物媒介性のウイルス性疾患であり、３５億人を超える人々が、この疾患のリスクがある地域に居住しており、世界中の症例は２億を超え、１年あたり２１，０００人が死亡している。著しいことに、デングウイルス感染の年間平均報告数、地理的蔓延および疾患の重症度のすべてが、近年、劇的に増加している。デングウイルスの流行は、有意な罹患率をもたらし得、かなりの経済費用をもたらし、保健医療に影響している（Ｇｕｚｍａｎら、２０１０  Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．８：Ｓ７−１６）。
【００９５】
ＤＶ感染は、主にＡｅｄｅｓ  ａｅｇｙｐｔｉの蚊によって伝染する４つの関連ウイルスのいずれかが原因であり、熱帯および亜熱帯の地域に固有である。哺乳動物における感染は、感染したＡｅｄｅｓ蚊の吸血中のＤＶの注入によって開始され、それにより、そのＤＶは、主に血管外組織に沈着する。蚊に刺された後のＤＶの潜伏期間は、３〜１４日間である。樹状細胞、単球およびマクロファージが、ＤＶの最初の標的である。皮膚およびリンパ節（ｌｙｍｐｈａｔｉｃ  ｇａｎｇｌｉａ）における最初の複製の後、ＤＶは、急性発熱期の間、通常、３〜５日間、血液中に現れる。
【００９６】
デングウイルス感染の日常的な研究室での診断は、ＤＶの単離および／またはＤＶに特異的な抗体の検出に基づく。感染は、感染個体の年齢および／または免疫学的状況によって影響されるいくつかの異なる症候群を引き起こし得る。初めてのＤＶ感染は、無症候であり得るか、またはデング熱になり得る。デング熱は、概して２相性の高熱および少なくとも１つのさらなる症状（例えば、頭痛（しばしば重度）、種々の身体部分のいずれか（例えば、眼、関節、筋肉、骨、腹部）における疼痛（重度であり得る）、皮膚の皮疹または発疹、軽度の出血の発現（例えば、鼻または歯肉からの出血、点状出血、あざができやすい）、リンパ節腫脹、嘔吐、変色した（黒色）便、気分への影響（例えば、虚脱、眠気または被刺激性）、蒼白色の、冷たいまたはベトベトした皮膚、呼吸困難、低白血球数、生物の組織（例えば、血液、骨髄など）および／もしくは臓器（例えば、肝臓）の１つ以上における循環ウイルス粒子）によって特徴付けられる（例えば、Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌの説明を参照のこと；ＵＳ２０１１／０１８９２２６も参照のこと）。白血球数および血小板数の減少が、頻繁に生じる。
【００９７】
デング出血熱（ＤＨＦ）は、ＤＶ感染の潜在的に致命的な合併症である。ＤＨＦは、高熱およびデング熱に関連する他の症状に加えて、極度の嗜眠および眠気によって特徴付けられる。血管透過性の増大および異常なホメオスタシスのせいで、血液量の減少、血圧低下、および重篤な場合は、血液量減少性ショックおよび内出血に至り得る。出血性デング熱の発生において主要な役割を果たすとみられる２つの因子は：高レベルのウイルス血症を伴う急速なウイルス複製；および高レベルの炎症性メディエーターの放出を伴う大きな炎症反応である。処置しないと、出血性デング熱の死亡率は、１０％に達し得る。
【００９８】
小児は、特に、ＤＶ感染の影響を受けやすく、それは、反復曝露によって劇的に高まり得る。初めてのデングウイルス感染では、ほとんどの小児が、不顕性の感染または軽度の未分化型の発熱症候群を経験する。２回目のデングウイルス感染では、この疾患の病態生理学は、劇的に変化することが多い。逐次的な感染は、デングショック症候群（ＤＳＳ）として知られる急性の血管透過性症候群になり得る。ＤＳＳは、通常、ＤＨＦの進行であり、致死的であることが多い。ＤＳＳは、頻脈および脈拍微弱（ｒａｐｉｄ  ａｎｄ  ｐｏｏｒ  ｖｏｌｕｍｅ  ｐｕｌｓｅ）、血圧低下、四肢の冷えおよび不安・興奮状態（ｒｅｓｔｌｅｓｓｎｅｓｓ）によって特徴づけられる。医学的介入を行わないと、ＤＳＳの致命率は、４０〜５０％に達し得る（Ｔｈｕｌｌｉｅｒら、１９９９  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６９：１８３−１９０）。ＤＳＳの重症度は、年齢依存的であり、低年齢小児では血管漏出が最も重篤である。
【００９９】
成人におけるＤＶ感染は、重度の出血に至り得る出血の傾向を伴うことが多い。ＤＶ感染は、喘息、糖尿病および／または他の慢性疾患を有する個体に生じるとき、生命を危うくし得る（Ｇｕｚｍａｎら、２０１０  Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．８：Ｓ７−１６）。
【０１００】
２回目のＤＶの場合における重度の疾患の高リスクを説明するために提唱されている有力な説は、抗体依存性増強（ＡＤＥ）である。デングウイルス（ＤＶ）は、各血清型に特有の抗体エピトープ、ならびに血清型間で共有されるエピトープを提示する。最初のＤＶ感染を経験した（およびそれから回復した）被験体は、すべてのＤＶ血清型（ＤＶ１〜４）と交差反応する強い抗体応答を起こし得る。しかしながら、その交差反応性にもかかわらず、抗体は、同じ（相同）血清型による再感染を予防するだけであり、個体は、異なる（異種）血清型によるその後の感染に感受性である。新しい血清型による２回目のデング熱感染を経験している個体は、ＤＨＦを発症する一層大きなリスクに直面することから、ＤＶに対する既存の免疫が疾患を悪化させ得ると示唆される。ＤＶのＡＤＥ説は、最初の感染からの弱い中和抗体が、第２の血清型に結合し、ＦｃγＲを有する骨髄性細胞（例えば、単球およびマクロファージ）の感染を増強すると仮定する（Ｗａｈａｌａら、２０１１  Ｖｉｒｕｓｅｓ  ３：２３７４−２３９５）。
【０１０１】
少なくとも３つのタイプの機序が、重度の形態のＤＶ感染の発生を説明するために提唱されている：（ｉ）それらが、特に毒性のウイルス株によって引き起こされ得る；（ｉｉ）既存の中和未満の（ｓｕｂｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ）抗体が、ＤＶの宿主細胞として指定される単球またはマクロファージによるＤＶの抗体媒介性取り込みを増強し得る（例えば、ＡＤＥ）；および（ｉｉｉ）ウイルスの非構造タンパク質（ＮＳ１）に対して指向される抗体が、フィブリノゲン、血小板および内皮細胞と交差反応し得るので、出血が引き起こされ得る。
【０１０２】
現在、デング熱に特異的な処置は存在しない。推奨されている治療は、症状に対処するものであり、それらとしては、床上安静、解熱薬および／または鎮痛薬による発熱および疼痛の管理、ならびに適切な水分補給が挙げられる。液体喪失の調整、凝固因子の置換およびヘパリンの注入に労力が費やされている。ＤＶの配列変異性および抗原変異性は、有効なワクチンまたは治療薬を開発する努力を困難なものにした（Ｗｈｉｔｅｈｅａｄら、２００７  Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ５：５１８−５２８）。残念なことに、優れたワクチン候補が、最近、第ＩＩ相試験においてたった３０％の保護効能しか示さなかった（Ｔｈｏｍａｓら、２０１１  Ｃｕｒｒ  Ｏｐ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  ２４：４４２−４５０；Ｓａｂｃｈａｒｅｏｎら、２０１２  Ｌａｎｃｅｔ  ３８０（９８５３）：１５５９−１５６７）。ゆえに、改善されたＤＶ治療、ワクチンを開発する必要がある。特に価値があるのは、すべてのＤＶ血清型に適用可能である処置の開発だろう。そのような治療は、ヒトの健康に対して、特に、開発途上国において、極めて大きな影響を与えるだろう。
【０１０３】
ＤＶ抗原
ＤＶ感染は、類似の血清学的タイプであるが抗原的に異なる４つのウイルス（ＤＶ１〜４）が原因である。ＤＶは、フラビウイルス科のフラビウイルス属に属するプラス鎖一本鎖ＲＮＡウイルスである。そのビリオンは、リポ多糖エンベロープを有する直径４０〜５０ｎｍの球状粒子を構成する。そのＲＮＡゲノムは、およそ１１ｋｂ長であり、５’タイプＩ末端を含むが、３’ポリＡテイルを欠く。そのゲノムの構成は、以下のエレメントを含む：５’非コード領域（ＮＣＲ）、構造タンパク質をコードする領域（キャプシド（Ｃ）、プレ膜／膜（ｐｒＭ／Ｍ）、エンベロープ（Ｅ））および非構造タンパク質をコードする領域（ＮＳ１−ＮＳ２Ａ−ＮＳ２Ｂ−ＮＳ３−ＮＳ４Ａ−ＮＳ４Ｂ−ＮＳ５）ならびに３’ＮＣＲ。
【０１０４】
そのウイルスゲノムＲＮＡは、キャプシドタンパク質と会合して、ヌクレオカプシドを形成する。フラビウイルスに典型的であるように、デングウイルスゲノムは、単一のポリプロテインに翻訳され、翻訳後にプロセシングされる、中断されていないコード領域をコードする。ＤＶの重要な生物学的特性としては、レセプター結合、赤血球の血球凝集、中和抗体の誘導および防御免疫応答が挙げられ、これらの特性は、Ｅタンパク質と関連する（Ｗａｈａｌａら、２０１１  Ｖｉｒｕｓｅｓ  ３：２３７４−２３９５）。
【０１０５】
約１９ｋＤａの糖タンパク質でもあるＰｒＭタンパク質は、３つのジスルフィド架橋を形成する６つの高度に保存されたシステイン残基を含み、成熟中にフューリンまたはフューリン様プロテアーゼによってＰｒおよびＭタンパク質に切断される。
【０１０６】
約４０ｋＤａの糖タンパク質であるＮＳ１タンパク質は、６つのジスルフィド架橋を形成する１２個の高度に保存されたシステイン残基を含み、細胞内、細胞表面上および細胞外に存在する（Ｌａｉら、２００８  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ８２（１３）：６６３１−４３）。
【０１０７】
およそ５５ｋＤａの糖タンパク質であるＥタンパク質は、６つのジスルフィド架橋を形成する１２個の厳密に保存されたシステイン残基を含み、ビリオンの成熟前は、ＰｒＭタンパク質とのヘテロ二量体として存在する。Ｅタンパク質の外部ドメインのＸ線結晶学的研究から、らせん状のステムアンカーによってウイルス膜に接続された３つの異なるベータ−バレルドメインおよび２つの逆平行の膜貫通ドメインが明らかになった。ドメインＩＩＩ（ＥＤＩＩＩ）は、免疫グロブリン様の折り畳みを採用し、レセプター相互作用において決定的な役割を果たすと示唆された。ドメインＩＩ（ＥＤＩＩ）は、２つの中指様構造から構成される伸長ドメインであり、その先端に高度に保存された１３個のアミノ酸融合ループ（ＥＤＩＩ−ＦＬ）を含み、Ｅタンパク質の膜融合および二量体化に関与する。Ｅの中央のドメイン（ドメインＩ；ＥＤＩ）は、ＥＤＩＩＩおよびＥＤＩＩにそれぞれ１つおよび４つの可撓性リンカーによって接続された９本鎖β−バレルである。Ｅタンパク質は、フラビウイルスの生活環において、ウイルス集合、レセプター付着、侵入、ウイルス融合およびおそらく免疫回避にとって重要であり、ゆえに、ウイルス粒子上でいくつかの異なる立体配座および配置を取るために必要とされる動的タンパク質である。さらに、Ｅタンパク質は、中和抗体と増強抗体の両方の主要な標的である（Ｌａｉら、２００８  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ８２：６６３１−６６４３；Ｐｉｅｒｓｏｎら、２００８  Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ  ＆  Ｍｉｃｒｏｂｅ  ４：２２９−３８）。
【０１０８】
ＤＶは、小胞体（ＥＲ）の膜上で集合し、このウイルスは、未熟なウイルス粒子としてＥＲの内腔に出芽する。滑面を有する成熟したウイルス粒子とは異なり、ＥＲの中に出芽する未熟なウイルス粒子は、ウイルスエンベロープ上に正二十面体の対称性を有する６０個の先のとがった突起を形成するＥ／ｐｒＭヘテロ二量体の三量体によって形成される粗面を有する（Ｐｅｒｅｒａら、２００８  Ａｎｔｉｖｉｒ．Ｒｅｓ．８０  １１−２２）。各三量体のＥタンパク質は、ビリオンの表面から突出し、融合ループを含むＥＤＩＩの遠位末端を介してｐｒＭと相互作用する。未熟なビリオン上のＰｒＭは、Ｅタンパク質が、ウイルス放出中に低ｐＨゴルジ由来の分泌性コンパートメント内でオリゴマー再配列を起こす能力を制限し、ゆえに、成熟前かつ外因性の融合を防ぐ（Ｇｕｉｒａｋｈｏｏら、１９９１  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ７２：１３２３−１３２９；Ｈｅｉｎｚら、１９９４  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １９８（１）：１０９−１１７）。未熟なビリオンは、トランスゴルジネットワーク（ＴＧＮ）の酸性コンパートメントを通るとき、ｐｒＭおよびＥタンパク質の配向の変化によって、細胞セリンプロテアーゼフューリンに対する部位を露出する。この低ｐＨ環境では、未熟なビリオンのＥタンパク質は、そのビリオンの表面に対して平らである逆平行の二量体を形成し、Ｔ＝３準正二十面体の対称性で配置される（Ｙｕら、２００９  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ８３（２３）：１２１０１−１２１０７）。ｐｒＭタンパク質は、フューリンの切断の後に放出され、細胞外空間において中性ｐＨへの遷移が生じるまで、ＥＤＩＩの融合ループをマスクし続ける。得られた成熟した感染性ウイルスは、９０個のＥタンパク質二量体および１８０コピーの約７０アミノ酸のＭタンパク質から構成される比較的滑らかな粒子である。この構成において、成熟ＤＶ上のＥタンパク質は、２、３または５回対称軸への近接によって定義される３つの異なる環境に存在する（Ｋｕｈｎら、２００２  Ｃｅｌｌ  １０８：７１７−２５）。したがって、Ｅタンパク質サブユニットのすべてが、ウイルスの表面上の同一の環境に存在するわけではなく、立体的なおよび他の考慮によって、レセプターおよび抗体とのその他の相互作用よりも、いくつかのＥサブユニットの優先的な相互作用がもたらされる。
【０１０９】
Ｅタンパク質上の高度に保存された融合ループを認識する抗体は、４つすべてのＤＶ血清型に対して広範な反応性を示す；しかしながら、おそらくこのエピトープの大部分が成熟ＤＶでは接近しにくいことに起因して、それらの中和能力は、典型的に限定的である。Ｅタンパク質ドメインＩＩＩ（ＥＤＩＩＩ）の「Ａ」β鎖を認識するいくつかの抗体は、特定のＤＶ株を強力に中和すると示されているが、４つすべての血清型に対して有効であるとは知られていない（Ｌｏｋら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ＆  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌ．１５：３１２−３１７）。この「Ａ」β鎖は、ＥＤＩＩＩ上の３０５〜３０８位（ＤＶ３ナンバリング）に中心を置く部分複合体エピトープの一部である。本明細書中に記載されるように、本発明は、Ｅ抗原および特にＥＤＩＩＩドメインが、広いスペクトルの抗ＤＶ抗体剤に対する有用な抗原性標的として働き得るという知見を包含する。本発明は特に、Ｅ抗原（例えば、ＥＤＩＩＩドメイン）に結合するがすべてのＤＶ血清型を中和しない抗体が、ＤＶ血清型１〜４のすべてを中和する改変体および／または他の抗体剤を生成するように合理的に操作され得ることを証明する（例えば、図３を参照のこと）。さらに、本発明は、Ｅ抗原（例えば、ＥＤＩＩＩドメイン）に結合して、いくつかであってすべてではないＤＶ血清型を中和する抗体が、親抗体と比べて、ある特定の他の株および／またはサブタイプに対する活性を有意に枯渇させずに、親抗体と比べて、１つ以上の特定の株および／または血清型に対する中和活性を獲得した改変体および／または他の抗体剤を生成するように合理的に操作され得ることを証明する。
【０１１０】
４Ｅ１１抗体
抗体は、その高い生化学的特異性および確立された安全記録に部分的に起因して、有効なクラスの抗ウイルス治療薬であると判明した。さらに、抗体は、デングウイルスを含む急速な大流行を示す感染症にとって特に必要とされる適用である、人において予防的に使用することを可能にする長い血清半減期（約２１日間）を有する。
【０１１１】
フラビウイルス感染から保護する抗体は、（１）レセプター結合の直接的な中和、（２）ウイルスの融合の阻害、（３）Ｆｃ−γ−レセプター依存性のウイルスクリアランス、（４）ウイルスまたは感染細胞の補体媒介性溶解、および（５）感染細胞の抗体依存性細胞傷害のうちの１つ以上を含む複数の機序によって作用すると考えられている（Ｐｉｅｒｓｏｎら、２００８  Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ  ＆  Ｍｉｃｒｏｂｅ  ４：２２９−３８）。フラビウイルスの中和は、複数の抗体による結合を必要とすると考えられている（Ｄｏｗｄら、２０１１  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ４１１：３０６−１５）。付着後の段階において西ナイルウイルスを中和する、ＥＤＩＩＩに結合するｍＡｂであるＥ１６を用いた研究は、有効な中和のために約３０個の抗体が結合する必要があることを示唆している。研究は、抗体結合の親和性と接近可能なエピトープの総数の両方が、抗体の中和能力に寄与することを示唆した。したがって、高親和性で結合する抗体であっても、接近可能なエピトープの数が、中和に必要とされるある特定のレベル未満である場合、その抗体は中和しない。逆に、エピトープの多くが、結合のために接近可能である場合、より低い親和性の抗体でも、中和し得る。
【０１１２】
すでに述べたように、デングウイルス（ＤＶ）は、各血清型に対して独特の抗体エピトープおよび血清型間で共有されるエピトープを提示する。どのようにして抗体がＤＶを中和するかまたは増強するかを理解するためのほとんどの研究が、マウスモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を用いて行われた。Ｅタンパク質は、ビリオンの表面上に露出された主要な抗原であるので、Ｅタンパク質に結合するマウスｍＡｂは、多くの解析の焦点だった。マウスの中和ｍＡｂは、３つすべてのドメインにマッピングされたが、最も強く中和するｍＡｂは、血清型特異的であり、ビリオンの表面から突出するＥＤＩＩＩに結合する。外側隆起部（ｌａｔｅｒａｌ  ｒｉｄｇｅ）エピトープおよびＡ鎖エピトープと命名された、ＥＤＩＩＩ上の部分的に重複する２つのエピトープは、ＤＶを中和するマウスｍＡｂの主要な標的である。
【０１１３】
外側隆起部エピトープは、血清型特異的な強力な中和抗体と相互作用する。例えば、ｍＡｂ  ３Ｈ５は、ＤＶ血清型２のＥＤＩＩＩ−ＬＲにマッピングされ、これらのｍＡｂによって認識されるエピトープは、Ａ鎖（アミノ酸３０４）とＦＧループ（残基３８３および３８４）の両方に位置する（Ｓｕｋｕｐｏｌｖｉ−Ｐｅｔｔｙら、２００７  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ８１（２３）：１２８１６−１２８２６）。
【０１１４】
しかしながら、ＥＤＩＩＩに結合するすべての抗体が、タイプ特異的中和活性を示すわけではない。Ａ鎖エピトープに結合するｍＡｂは、２つ以上の血清型のＤＶと交差反応し、デングウイルス部分複合体中和ｍＡｂと命名される。例えば、部分複合体特異的ｍＡｂ  １Ａ１Ｄ−２は、ＥＤＩＩＩの側面のＡ鎖に中心を置くエピトープを認識し、ＤＶ血清型１〜３（ＤＶ１〜３）による感染を中和できるが、ＤＶ血清型４（ＤＶ４）による感染を中和できない（Ｌｏｋら、２００８  Ｎａｔｕｒｅ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  １５（３）：３１２−３１７；Ｒｏｅｈｒｉｇら、１９９８  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ２４６（２）：３１７−３２８；Ｓｕｋｕｐｏｌｖｉ−Ｐｅｔｔｙら、２００７  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ８１（２３）：１２８１６−１２８２６）。このｍＡｂの特異性に対する分子基盤は、調査されてきた；１Ａ１Ｄ−２エピトープの中心に存在する３つの残基のうちの１つだけが、４つすべてのＤＶ血清型（ＤＶ１〜４）の間で保存されている。類似のＡ鎖エピトープもまた、広く中和する交差反応性のＤＶ  ｍＡｂ  ４Ｅ１１によって認識される（Ｔｈｕｌｌｉｅｒら、２００１  Ｊｏｕｒｎａｌ  Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ．８２（８）：１８８５−１８９２）。しかしながら、これまでの実験アプローチは、４つすべてのＤＶ血清型を強力に中和できる抗体をもたらさなかった。
【０１１５】
Ｅ糖タンパク質のＥＤＩＩＩ内に結合する４Ｅ１１として知られる１つの特定のマウスモノクローナル抗体は、ＤＶ血清型１〜４に対して強力な中和活性を示す。４Ｅ１１は、Ｅ糖タンパク質のＤＶ  ＥＤＩＩＩ上のコンフォメーションエピトープに結合し、４つすべての血清型と交差反応する。４Ｅ１１は、宿主細胞への付着を干渉することによって、ＤＶ１〜３を強力に中和する。しかしながら、４Ｅ１１は、ＤＶ４に対して不十分な親和性しか有しないので、ＤＶ４に対して弱い中和活性しか有しない。
【０１１６】
マウスモノクローナル抗体４Ｅ１１を分泌するハイブリドーマ細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）アクセッション番号：ＨＢ−９２５９として寄託されている。野生型（「ｗｔ」）の４Ｅ１１重鎖（ＨＣ；配列番号１）および軽鎖（ＬＣ；配列番号２）の配列は、公知である。ｗｔ  ４Ｅ１１フレームワーク（ＦＲ）および相補性決定領域（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ  ｒｅｇｉｏｎｓ）（ＣＤＲ）の配列は、公知である（ｗｔ  ４Ｅ１１  ＨＣ  ＦＲ１は、配列番号３であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＨＣ  ＦＲ２は、配列番号４であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＨＣ  ＦＲ３は、配列番号５であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＨＣ  ＦＲ４は、配列番号６であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＨＣ  ＣＤＲ１は、配列番号７であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＨＣ  ＣＤＲ２は、配列番号８であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＨＣ  ＣＤＲ３は、配列番号９であり；ｗｔ  ４Ｅ１１  ＬＣ  ＦＲ１は、配列番号１０であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＬＣ  ＦＲ２は、配列番号１１であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＬＣ  ＦＲ３は、配列番号１２であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＬＣ  ＦＲ４は、配列番号１３であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＬＣ  ＣＤＲ１は、配列番号１４であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＬＣ  ＣＤＲ２は、配列番号１５であり、ｗｔ  ４Ｅ１１  ＬＣ  ＣＤＲ３は、配列番号１６である）。
【０１１７】
【化１】
2018087237.tif 000004
【０１１８】
【化２】
2018087237.tif 000005
【０１１９】
本発明は、ｗｔ  ４Ｅ１１の改変体である抗体（または他の抗体剤）を開発することが望ましいだろうという認識を包含する。本発明は特に、そのような抗体および抗体剤を提供する。つまり、本発明は、４Ｅ１１と有意な構造的同一性を示し、ｗｔ  ４Ｅ１１で観察されるものと比べて改善された機能的特色（例えば、ＤＶ４の中和）をさらに示す、様々な抗体剤を提供する。
【０１２０】
本開示は、抗原抗体相互作用をドッキングさせるための新規のスコアリング測定基準（ｓｃｏｒｉｎｇ  ｍｅｔｒｉｃ）を提供する。スコアリング測定基準のフレームワークは、タンパク質間の界面を、分子間の界面において観察される対アミノ酸相互作用の物理化学的な特徴および傾向に従ってランク付けする。本開示は、このフレームワークを使用して、既存の抗体の特性を改変する。いくつかの実施形態において、抗原に対する抗体の特異性および親和性が、改変される。いくつかの実施形態において、改変される抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、本発明に開示されるフレームワークは、抗ＤＶ中和ｍＡｂに対するより広い特異性および親和性を操作するために使用される。
【０１２１】
ドッキングされたモデルを用いて、抗ＤＶ抗体がＤＶの４つすべての血清型（ＤＶ１〜４）に結合する様式を調べ、ＤＶ４に対するこれらの抗体の親和性が低いことの構造的根拠を特定した。これらの抗体のＤＶ１〜３に対する親和性および中和活性を維持しつつ、ＤＶ４に対する親和性、およびそれにより中和活性を改善するために、これらの抗体のパラトープに対して入念に変異を設計した。変異を設計するために、それらのｍＡｂのＣＤＲループ残基を１つずつ入念に調べた。所与のＣＤＲの位置において、「野生型」残基を、グリシン（Ｇｌｙ）およびプロリン（Ｐｒｏ）を除く残りのアミノ酸で系統的に置換し、統計的な対の傾向を用いて、各場合における置換の確率を評価した。骨格の立体配座の変更を回避するために、ＧｌｙおよびＰｒｏ残基は改変しなかった。高い置換能力を有する単一変異をモデル化し、コンピュータで再評価して、（１）ｐｈｉ−ｐｓｉ値を変化させない変異；（２）極性基を埋没させない変異；ならびに（３）水素結合、塩橋、ファンデルワールス、疎水性接触およびパッキングを改善した変異を発見した。コンピュータでのアプローチによって同定された有望な単一変異を、ハイスループット間接的酵素結合免疫吸着測定（ＥＬＩＳＡ）法を使用してスクリーニングすることにより、ＤＶ１〜３  ＥＤＩＩＩに対する親和性は維持しつつ、ＤＶ４  ＥＤＩＩＩに対する親和性を改善する正の変異を同定した。最後に、正の単一変異を組み合わせることにより、高親和性抗体を合理的に設計した。操作された抗体と４つの各血清型由来のＥＤＩＩＩとの間の親和性を溶液中の平衡時において測定するために、競合ＥＬＩＳＡ実験を行った。表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）解析を用いて、結合の測定を検証した。
【０１２２】
いくつかの実施形態において、Ａ鎖エピトープに対する抗体は、ＤＶの４つすべての血清型に結合するように操作され得る。いくつかの実施形態において、ＤＶ１〜３に対する親和性は維持しつつ、ｗｔ  ４Ｅ１１抗ＤＶ抗体を、ＤＶ４に対する親和性、およびそれにより中和活性を改善するように改変する。いくつかの実施形態において、操作された抗体のうちの１つは、ＤＶ１およびＤＶ３のＥＤＩＩＩに対する元の親和性は維持しつつ、ＤＶ２およびＤＶ４のＥＤＩＩＩに対する親和性の、それぞれ約１５および約４５０倍の改善を示す。いくつかの実施形態において、ｗｔ  ｍＡｂ  ４Ｅ１１と比べて、操作された抗体は、他の血清型に対する「野生型」活性をなおも維持しつつ、ＤＶ４に対して＞７５倍高い中和能力を示した。本発明に係る操作された４Ｅ１１抗体は、デング熱疾患を処置する治療用抗体の興味深い候補である。
【０１２３】
提供される改変体ＤＶ抗体剤
提供される抗体剤は、その抗体剤の特色および／または活性を改善するような方法で操作、生成および／または精製され得ることが、認識されるだろう。例えば、提供される抗体剤の改善された特色としては、とりわけ、高い安定性、改善された結合親和性および／またはアビディティー、高い結合特異性、増大された生成、凝集の減少、非特異的結合の減少が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１２４】
通常、本明細書中に記載されるように、提供される抗体剤は、例えば、ポリクローナル抗体；モノクローナル抗体もしくはその抗原結合フラグメント；改変された抗体（例えば、キメラ抗体、再形成抗体、ヒト化抗体もしくはそのフラグメント（例えば、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２））；または生合成抗体、例えば、一本鎖抗体、単一ドメイン抗体（ＤＡＢ）、Ｆｖ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）などであり得るかまたはそれらを含み得る。
【０１２５】
ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を作製および使用する方法は、例えば、Ｈａｒｌｏｗら、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ：Ｐｏｒｔａｂｌｅ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ  Ｉ．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｄｅｃ．１，１９９８）に記載されている。改変された抗体剤（例えば、抗体および抗体フラグメント（例えば、キメラ抗体、再形成抗体、ヒト化抗体もしくはそのフラグメント、例えば、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント））；または生合成抗体（例えば、一本鎖抗体、単一ドメイン抗体（ＤＡＢ）、Ｆｖ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）など）を作製するための方法は、当該分野で公知であり、例えば、Ｚｏｌａ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ（Ｄｅｃ．１５，２０００；１ｓｔ  ｅｄｉｔｉｏｎ）に見られる。
【０１２６】
本発明は、ＤＶの４つすべての血清型（ＤＶ１〜４）に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のＤＶ１に対する親和性と比べてより高い親和性でＤＶ１に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のＤＶ２に対する親和性と比べてより高い親和性でＤＶ２に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のＤＶ３に対する親和性と比べてより高い親和性でＤＶ３に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のＤＶ４に対する親和性と比べてより高い親和性でＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のＤＶ１、ＤＶ２、ＤＶ３およびＤＶ４に対する親和性と比べてより高い親和性でＤＶ１、ＤＶ２、ＤＶ３およびＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のこれらのＤＶ血清型に対する親和性と比べて、より高い親和性でＤＶ４に結合し、かつＤＶ１、ＤＶ２およびＤＶ３に対する結合親和性を保持する、抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のこれらのＤＶ血清型に対する親和性と比べて、より高い親和性でＤＶ１およびＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、別の抗体のこれらのＤＶ血清型に対する親和性と比べて、より高い親和性でＤＶ１およびＤＶ４に結合し、かつＤＶ２およびＤＶ３に対する結合親和性を保持する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のこれらのＤＶ血清型に対する親和性と比べて、より高い親和性でＤＶ２およびＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、別の抗体のこれらのＤＶ血清型に対する親和性と比べて、より高い親和性でＤＶ２およびＤＶ４に結合し、かつＤＶ１およびＤＶ３に対する結合親和性を保持する。いくつかの実施形態において、本発明は、別の抗体のこれらのＤＶ血清型に対する親和性と比べて、より高い親和性でＤＶ３およびＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、別の抗体のこれらのＤＶ血清型に対する親和性と比べて、より高い親和性でＤＶ３およびＤＶ４に結合し、かつＤＶ１およびＤＶ２に対する結合親和性を保持する。
【０１２７】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、異なる抗体のＤＶ１〜４の１つ以上に対する親和性と比べて少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％またはそれを超える親和性で、ＤＶ１〜４の１つ以上に結合する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、異なる抗体のＤＶ１〜４の１つ以上に対する親和性と比べて少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも６０倍、少なくとも７０倍、少なくとも８０倍、少なくとも９０倍、少なくとも１００倍、少なくとも２００倍、少なくとも３００倍、少なくとも４００倍、少なくとも５００倍の親和性またはそれを超える親和性でＤＶ１〜４の１つ以上に結合する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、異なるＤＶ血清型に対して、互いの２倍以内、５倍以内、１０倍以内、２５倍以内、５０倍以内、１００倍以内、１５０倍以内、２００倍以内、２５０倍以内、３００倍以内、３５０倍以内または４００倍以内の親和性である結合親和性を示す。
【０１２８】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、本明細書中に記載および／または例証されるような範囲内の中和ＩＣ５０（μｇ／ｍｌ）を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、下界が約０．０５μｇ／ｍｌであり、上界が約１０μｇ／ｍｌである、中和ＩＣ５０（μｇ／ｍｌ）を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、下界が、０．０５μｇ／ｍｌ、０．１μｇ／ｍｌ、０．２μｇ／ｍｌ、０．３μｇ／ｍｌ、０．４μｇ／ｍｌ、０．５μｇ／ｍｌ、０．６μｇ／ｍｌ、０．７μｇ／ｍｌ、０．８μｇ／ｍｌ、０．９μｇ／ｍｌ、１．０μｇ／ｍｌ、１．１μｇ／ｍｌ、１．２μｇ／ｍｌ、１．３μｇ／ｍｌ、１．４μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、１．６μｇ／ｍｌ、１．７μｇ／ｍｌ、１．８μｇ／ｍｌ、１．９μｇ／ｍｌ、２．０μｇ／ｍｌ、２．５μｇ／ｍｌ、３．０μｇ／ｍｌ、３．５μｇ／ｍｌ、４．０μｇ／ｍｌ、４．５μｇ／ｍｌ、５．０μｇ／ｍｌまたはそれを超えるものからなる群より選択され、上界が、下界より高く、１．５μｇ／ｍｌ、１．６μｇ／ｍｌ、１．７μｇ／ｍｌ、１．８μｇ／ｍｌ、１．９μｇ／ｍｌ、２．０μｇ／ｍｌ、２．５μｇ／ｍｌ、３．０μｇ／ｍｌ、３．５μｇ／ｍｌ、４．０μｇ／ｍｌ、４．５μｇ／ｍｌ、５．０μｇ／ｍｌ、５．５μｇ／ｍｌ、６．０μｇ／ｍｌ、６．５μｇ／ｍｌ、７．０μｇ／ｍｌ、７．５μｇ／ｍｌ、８．０μｇ／ｍｌ、８．５μｇ／ｍｌ、９．０μｇ／ｍｌ、９．５μｇ／ｍｌ、１０．０μｇ／ｍｌまたはそれを超えるものからなる群より選択される、中和ＩＣ５０（μｇ／ｍｌ）を示す。
【０１２９】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、４００００ｎＭ未満、３００００ｎＭ未満、２００００ｎＭ未満、１００００ｎＭ未満、５０００ｎＭ未満、２０００ｎＭ未満、１５００ｎＭ未満、１０００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２２５ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１７５ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１２５ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、２．５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、０．５ｎＭ未満、０．２５ｎＭ未満、０．１ｎＭ未満のＫＤ（ｎＭ）でのＤＶ１〜４への結合を示す。
【０１３０】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、下界が約０．０１×１０５Ｍ−１ｓ−１であり、上界が約５．０×１０６Ｍ−１ｓ−１である、Ｋｏｎ（Ｍ−１ｓ−１）でのＤＶ１〜４への結合を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体は、下界が、０．０１×１０５Ｍ−１ｓ−１、０．０５×１０５Ｍ−１ｓ−１、０．１×１０５Ｍ−１ｓ−１、０．５×１０５Ｍ−１ｓ−１、１．０×１０５Ｍ−１ｓ−１、２．０×１０５Ｍ−１ｓ−１、５．０×１０５Ｍ−１ｓ−１、７．０×１０５Ｍ−１ｓ−１またはそれを超えるものからなる群より選択され、上界が、下界より高く、１．０×１０６Ｍ−１ｓ−１、１．５×１０６Ｍ−１ｓ−１、２．０×１０６Ｍ−１ｓ−１、２．５×１０６Ｍ−１ｓ−１、３．０×１０６Ｍ−１ｓ−１、３．５×１０６Ｍ−１ｓ−１、４．０×１０６Ｍ−１ｓ−１、４．５×１０６Ｍ−１ｓ−１、５．０×１０６Ｍ−１ｓ−１またはそれを超えるものからなる群より選択される、Ｋｏｎ（Ｍ−１ｓ−１）でのＤＶ１〜４への結合を示す。
【０１３１】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、下界が約５×１０−４ｓ−１であり、上界が約９００×１０−４ｓ−１である、Ｋｏｆｆ（ｓ−１）でのＤＶ１〜４への結合を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、下界が、５×１０−４ｓ−１、１０×１０−４ｓ−１、１２×１０−４ｓ−１、１３×１０−４ｓ−１、１４×１０−４ｓ−１、１５×１０−４ｓ−１、１８×１０−４ｓ−１、２０×１０−４ｓ−１またはそれを超えるものからなる群より選択され、上界が、下界より高く、５０×１０−４ｓ−１、１００×１０−４ｓ−１、１２０×１０−４ｓ−１、１４０×１０−４ｓ−１、１５０×１０−４ｓ−１、２００×１０−４ｓ−１、３００×１０−４ｓ−１、４００×１０−４ｓ−１、５００×１０−４ｓ−１、６００×１０−４ｓ−１、７００×１０−４ｓ−１、８００×１０−４ｓ−１、９００×１０−４ｓ−１またはそれを超えるものからなる群より選択される、Ｋｏｆｆ（ｓ−１）でのＤＶ１〜４への結合を示す。
【０１３２】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、ＤＶ１〜４のＥ糖タンパク質に結合する。ある特定の実施形態において、提供される抗体剤は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）に結合する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、ＤＶ１〜４のＡ鎖に結合する。いくつかの実施形態において、本発明は、より高い親和性でＤＶ４のＥＤＩＩＩ（配列番号２０）に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、より高い親和性でＤＶ４のＡ鎖に結合する抗体剤を提供する。
【０１３３】
【化３】
2018087237.tif 000006
【０１３４】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３０５、３０６、３０７、３０８、３０９、３１０、３１１、３１２、３２３、３２５、３２７、３２９、３６０、３６１、３６２、３６３、３６４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９０、３９１位および／またはそれらの組み合わせにおける１つ以上のアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３０５、３１０、３１１、３２３、３２７、３２９位および／またはそれらの組み合わせにおける１つ以上のアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３０５、３１０、３１１、３２３、３２７および３２９位におけるアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３０５位におけるアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３１０位におけるアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。ある特定の実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３１１位におけるアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３２３位におけるアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３２７位におけるアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ１〜４のＥＤＩＩＩ（配列番号１７〜２０）の中の３２９位におけるアミノ酸残基に結合する抗体剤を同定する。
【０１３５】
いくつかの実施形態において、３０５位におけるセリン、リジンおよび／またはトレオニン残基は、提供される抗体剤への結合に寄与する。いくつかの実施形態において、３１０位におけるリジン残基は、提供される抗体剤への結合に寄与する。いくつかの実施形態において、３１１位におけるリジン残基は、提供される抗体剤への結合に寄与する。いくつかの実施形態において、３２３位におけるアルギニン、リジンおよび／またはグルタミン残基は、提供される抗体剤への結合に寄与する。いくつかの実施形態において、３２７位におけるセリンおよび／またはグルタミン酸残基は、提供される抗体剤への結合に寄与する。いくつかの実施形態において、３２９位におけるアルギニン、アスパラギン酸および／またはグルタミン酸残基は、提供される抗体剤への結合に寄与する。
【０１３６】
いくつかの実施形態において、本発明は、野生型（「ｗｔ」）ＤＶ抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ１に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ｗｔまたは親参照ＤＶ抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ２に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ｗｔ  ＤＶ抗体などの参照抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ３に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、参照ＤＶ抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、参照ＤＶ抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ１、ＤＶ２、ＤＶ３およびＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、参照ＤＶ抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ４に結合し、かつＤＶ１、ＤＶ２およびＤＶ３に対する結合親和性を保持する、抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、参照（ｗｔ）ＤＶ抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ２およびＤＶ４に結合する抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、参照ＤＶ抗体と比べて、より高い親和性でＤＶ２およびＤＶ４に結合し、かつＤＶ１およびＤＶ３に対する結合親和性を保持する。いくつかの実施形態において、ｗｔ
ＤＶ抗体は、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体である。
【０１３７】
本明細書中に記載されるように、本発明は、４Ｅ１１とある特定の構造的（すなわち、配列）関係性を示し、かつ／または特定の機能的特質（例えば、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べてある特定の改善された機能的特質を含む）を有する、抗体剤を提供する。
【０１３８】
いくつかの実施形態において、本発明は、アミノ酸配列が、ｗｔ  ４Ｅ１１と指定のレベルの相同性および／または同一性を示す、抗体剤を提供する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、ｗｔ  ４Ｅ１１（すなわち、配列番号１〜２）と少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を示す。
【０１３９】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、配列ＧＦＮＩＫＤＴ（配列番号２３）を含む重鎖（ＨＣ；配列番号２１）ＣＤＲ１、配列ＤＰＥＮＧＤ（配列番号２４）を含むＨＣ  ＣＤＲ２、配列ＧＷＥＧＦＡＹ（配列番号２５）を含むＨＣ  ＣＤＲ３、配列ＲＡＳＥＮＶＤＫＹＧＮＳＦＭＨ（配列番号２６）を含む軽鎖（ＬＣ；配列番号２２）ＣＤＲ１、配列ＲＡＳＥＬＱＷ（配列番号２７）を含むＬＣ  ＣＤＲ２領域および配列ＱＲＳＮＥＶＰＷＴ（配列番号２８）を含むＬＣ  ＣＤＲ３領域を有する。
【０１４０】
【化４】
2018087237.tif 000007
【０１４１】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、ｗｔ  ４Ｅ１１の対応するＣＤＲまたはＦＲ（すなわち、配列番号７〜９、１４〜１６または３〜６、１０〜１３のうちの１つ以上）と配列が同一である１つ以上のＣＤＲおよび／または１つ以上のＦＲを有する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、下記で考察されるようなｗｔ  ４Ｅ１１の対応するＣＤＲおよび／またはＦＲと指定の程度の相同性および／または同一性を示す１つ以上のＣＤＲおよび／またはＦＲを有する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＣＤＲおよびＦＲのすべてが、少なくとも指定のレベルの相同性および／または同一性を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤は、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べて、合わせて１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１個以下の置換を含むＣＤＲおよびＦＲ配列を有する。
【０１４２】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体剤の相補性決定領域（ＣＤＲ）１は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号７および配列番号１４）と少なくとも６５％、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超または９９％超の同一性を示す。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ１は、ｗｔ  ４Ｅ１１のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有し、かつ／またはｗｔ  ４Ｅ１１のＣＤＲ１（配列番号７および配列番号１４）と比べていかなるアミノ酸置換も含まない。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ１は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号７および配列番号１４）と比べて、１つ以上のアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ１は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号７および配列番号１４）と比べて、２つ以上のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べて、１、２、３、４または５個の置換、いくつかの実施形態では１、２または３個の置換を有する。
【０１４３】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体剤のＣＤＲ２は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号８および配列番号１５）と少なくとも６５％、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超または９９％超の同一性を示す。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ２は、ｗｔ  ４Ｅ１１のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有し、かつ／またはｗｔ  ４Ｅ１１のＣＤＲ２（配列番号８および配列番号１５）と比べていかなるアミノ酸置換も含まない。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ２は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号８および配列番号１５）と比べて、１つ以上のアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ２は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号８および配列番号１５）と比べて、２つ以上のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べて、１、２、３、４または５個の置換、いくつかの実施形態では１、２または３個の置換を有する。
【０１４４】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体剤のＣＤＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号９および配列番号１６）と少なくとも６５％、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超または９９％超の同一性を示す。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有し、かつ／またはｗｔ  ４Ｅ１１のＣＤＲ３（配列番号９および配列番号１６）と比べていかなるアミノ酸置換も含まない。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号９および配列番号１６）と比べて、１つ以上のアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号９および配列番号１６）と比べて、２つ以上のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べて、１、２、３、４または５個の置換、いくつかの実施形態では１、２または３個の置換を有する。
【０１４５】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体剤の提供されるフレームワーク領域１（ＦＲ１）は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＩＤ  ＮＯ．）３および配列番号１０）と６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超または９９％超の同一性パーセントを共有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ１は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号３および配列番号１０）と比べてアミノ酸置換を有しないだろう。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ１は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号３および配列番号１０）と比べて１つ以上のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ１は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号３および配列番号１０）と比べて２つ以上のアミノ酸置換を有し得る。
【０１４６】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体剤の提供されるフレームワーク領域２（ＦＲ２）は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号４および配列番号１１）と６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超または９９％超の同一性パーセントを共有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ２は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号４および配列番号１１）と比べてアミノ酸置換を有しないだろう。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ２は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号４および配列番号１１）と比べて１つ以上のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ２は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号４および配列番号１１）と比べて２つ以上のアミノ酸置換を有し得る。
【０１４７】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体剤の提供されるフレームワーク領域３（ＦＲ３）は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号５および配列番号１２）と６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超または９９％超の同一性パーセントを共有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号５および配列番号１２）と比べてアミノ酸置換を有しないだろう。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号５および配列番号１２）と比べて１つ以上のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号５および配列番号１２）と比べて２つ以上のアミノ酸置換を有し得る。
【０１４８】
いくつかの実施形態において、本発明の抗体剤の提供されるフレームワーク領域４（ＦＲ４）は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号６および配列番号１３）と６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超または９９％超の同一性パーセントを共有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ４は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号６および配列番号１３）と比べてアミノ酸置換を有しないだろう。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ４は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号６および配列番号１３）と比べて１つ以上のアミノ酸置換を有し得る。いくつかの実施形態において、提供されるＦＲ３は、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号６および配列番号１３）と比べて２つ以上のアミノ酸置換を有し得る。
【０１４９】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＨ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号７〜９）と少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＨ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号７〜９）と少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を示すが、そのＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸置換の置換によって異なる。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＨ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の５５位に、対応するアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、５５位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる群より選択される。いくつかの実施形態において、５５位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸である。いくつかの実施形態において、ｗｔ  ４Ｅ１１の５５位のアミノ酸残基に対応する、提供される抗体のＶＨ  ＣＤＲ内のアミノ酸残基は、アラニンではない。
【０１５０】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号１４〜１６）と少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１（配列番号１４〜１６）と少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を示すが、そのＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸置換の置換によって異なる。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の３１、５７、５９、６０位および／またはそれらの組み合わせに、対応するアミノ酸残基の１つ以上の置換を有する。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の３１位に、対応するアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、３１位における代わりのアミノ酸残基は、リジンである。いくつかの実施形態において、ｗｔ  ４Ｅ１１の５５位のアミノ酸残基に対応する、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲ内のアミノ酸残基は、アルギニンではない。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の５７位に、対応するアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、５７位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸およびセリンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、５７位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸である。いくつかの実施形態において、ｗｔ  ４Ｅ１１の５７位のアミノ酸残基に対応する、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲ内のアミノ酸残基は、アスパラギンではない。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の５９位に、対応するアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、５９位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミンおよびアスパラギンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、５９位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミンである。いくつかの実施形態において、ｗｔ  ４Ｅ１１の５９位のアミノ酸残基に対応する、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲ内のアミノ酸残基は、グルタミン酸ではない。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の６０位に、対応するアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、６０位における代わりのアミノ酸残基は、トリプトファン、チロシンおよびアルギニンからなる群より選択される。いくつかの実施形態において、６０位における代わりのアミノ酸残基は、トリプトファンである。いくつかの実施形態において、ｗｔ  ４Ｅ１１の６０位のアミノ酸残基に対応する、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲ内のアミノ酸残基は、セリンではない。
【０１５１】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＨおよびＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１（それぞれ配列番号７〜９および１４〜１６）と少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を示す。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＨおよびＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１（それぞれ配列番号７〜９および１４〜１６）と少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を示すが、それらのＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸置換の置換によって異なる。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のＶＨ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の５５位に、対応するアミノ酸残基の置換を有し、提供される抗体剤のＶＬ  ＣＤＲは、ｗｔ  ４Ｅ１１抗体の３１、５７、５９および６０位に、対応するアミノ酸残基の置換を有する。いくつかの実施形態において、５５位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸である。いくつかの実施形態において、３１位における代わりのアミノ酸残基は、リジンである。いくつかの実施形態において、５７位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミン酸である。いくつかの実施形態において、５９位における代わりのアミノ酸残基は、グルタミンである。いくつかの実施形態において、６０位における代わりのアミノ酸残基は、トリプトファンである。
【０１５２】
いくつかの実施形態において、本発明は、４００００ｎＭ未満、３００００ｎＭ未満、２００００ｎＭ未満、１５０００ｎＭ未満、１００００ｎＭ未満、８０００ｎＭ未満、５０００ｎＭ未満、４０００ｎＭ未満、３０００ｎＭ未満、２０００ｎＭ未満、１５００ｎＭ未満、１０００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２２５ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１７５ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１２５ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満または５０ｎＭ未満のＫＤ（ｎＭ）でのＥＤＩＩＩ−ＤＶ４（配列番号２０）への結合を示す抗体剤を提供する。
【０１５３】
いくつかの実施形態において、本発明は、３ｎＭ未満、２．５ｎＭ未満、２ｎＭ未満、１．５ｎＭ未満、１．０ｎＭ未満、０．５ｎＭ未満、０．４ｎＭ未満、０．３ｎＭ未満、０．２ｎＭ未満、０．１ｎＭ未満または０．０５ｎＭ未満のＫＤ（ｎＭ）でのＥＤＩＩＩ−ＤＶ１（配列番号１７）への結合を示す抗体剤を提供する。
【０１５４】
いくつかの実施形態において、本発明は、１５ｎＭ未満、１２ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、８ｎＭ未満、７ｎＭ未満、５ｎＭ未満、２．５ｎＭ未満、２ｎＭ未満、１．５ｎＭ未満、１ｎＭ未満、０．５ｎＭ未満、０．４ｎＭ未満、０．３ｎＭ未満、０．２ｎＭ未満または０．１ｎＭ未満のＫＤ（ｎＭ）でのＥＤＩＩＩ−ＤＶ２（配列番号１８）への結合を示す抗体剤を提供する。
【０１５５】
いくつかの実施形態において、本発明は、１２０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、４０ｎＭ未満、３５ｎＭ未満、３０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、２０ｎＭ未満、１５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満、５ｎＭ未満、２．５ｎＭ未満または１．０ｎＭ未満のＫＤ（ｎＭ）でのＥＤＩＩＩ−ＤＶ３（配列番号１９）への結合を示す抗体剤を提供する。
【０１５６】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４に対する結合について、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べて少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍またはそれを超える親和性を有する抗体剤を提供する。
【０１５７】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ２への結合について、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べて少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍またはそれを超える親和性を有する抗体剤を提供する。
【０１５８】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ１および／またはＥＤＩＩＩ−ＤＶ３への結合について、ｗｔ  ４Ｅ１１と比べて少なくとも１倍、１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍またはそれを超える親和性を有する抗体剤を提供する。
【０１５９】
いくつかの実施形態において、本発明は、６０μｇ／ｍｌ以下、５０μｇ／ｍｌ以下、４０μｇ／ｍｌ以下、３０μｇ／ｍｌ以下、２０μｇ／ｍｌ以下、１０μｇ／ｍｌ以下、５μｇ／ｍｌ以下、４μｇ／ｍｌ以下、３μｇ／ｍｌ以下、２μｇ／ｍｌ以下という、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４（配列番号２０）の中和ＩＣ５０（μｇ／ｍｌ）を示す抗体剤を提供する。
【０１６０】
いくつかの実施形態において、本発明は、７．０μｇ／ｍｌ以下、６．０μｇ／ｍｌ以下、５．０μｇ／ｍｌ以下、４．０μｇ／ｍｌ以下、３．０μｇ／ｍｌ以下、２．０μｇ／ｍｌ以下、１．５μｇ／ｍｌ以下、１．０μｇ／ｍｌ以下、０．９０μｇ／ｍｌ以下、０．８０μｇ／ｍｌ以下、０．７０μｇ／ｍｌ以下、０．６０μｇ／ｍｌ以下、０．５０μｇ／ｍｌ以下という、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ３（配列番号１９）の中和ＩＣ５０（μｇ／ｍｌ）を示す抗体剤を提供する。
【０１６１】
いくつかの実施形態において、本発明は、０．２μｇ／ｍｌ以下、０．１９μｇ／ｍｌ以下、０．１８μｇ／ｍｌ以下、０．１７μｇ／ｍｌ以下、０．１６μｇ／ｍｌ以下、０．１５μｇ／ｍｌ以下、０．１４μｇ／ｍｌ以下、０．１３μｇ／ｍｌ以下、０．１２μｇ／ｍｌ以下、０．１１μｇ／ｍｌ以下、０．１０μｇ／ｍｌ以下、０．０９μｇ／ｍｌ以下、０．０７μｇ／ｍｌ以下、０．０６μｇ／ｍｌ以下、０．０５μｇ／ｍｌ以下、０．０４μｇ／ｍｌ以下、０．０３μｇ／ｍｌ以下、０．０２μｇ／ｍｌ以下、０．０１μｇ／ｍｌ以下という、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ２（配列番号１８）の中和ＩＣ５０（μｇ／ｍｌ）を示す抗体剤を提供する。
【０１６２】
いくつかの実施形態において、本発明は、５．０μｇ／ｍｌ以下、４．０μｇ／ｍｌ以下、３．０μｇ／ｍｌ以下、２．５μｇ／ｍｌ以下、２．０μｇ／ｍｌ以下、１．５μｇ／ｍｌ以下、１．０μｇ／ｍｌ以下、０．９０μｇ／ｍｌ以下、０．７０μｇ／ｍｌ以下、０．５０μｇ／ｍｌ以下、０．４０μｇ／ｍｌ以下、０．３０μｇ／ｍｌ以下、０．２０μｇ／ｍｌ以下、０．１０μｇ／ｍｌ以下という、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ１（配列番号１７）の中和ＩＣ５０（μｇ／ｍｌ）を示す抗体剤を提供する。
【０１６３】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４の中和に対するＩＣ５０がｗｔ  ４Ｅ１１と比べて少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、４００倍、５００倍またはそれ以上減少した抗体剤を提供する。
【０１６４】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ２の中和に対するＩＣ５０がｗｔ  ４Ｅ１１と比べて少なくとも１倍、１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍またはそれ以上減少した抗体剤を提供する。
【０１６５】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ１および／またはＥＤＩＩＩ−ＤＶ３の中和に対するＩＣ５０がｗｔ  ４Ｅ１１と比べて少なくとも１倍、１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍またはそれ以上減少した抗体剤を提供する。
【０１６６】
いくつかの実施形態において、提供される抗体剤における１つ以上の配列は、当該分野で公知であるように、１つ以上の特色または活性を改善するために（例えば、安定性を高めるため、凝集を減少させるため、免疫原性を低下させるためなど）操作されている（例えば、親和性成熟または他の最適化アプローチによって）。
【０１６７】
いくつかの実施形態において、抗体剤は、ＰＥＧ化、メチル化、シアリル化、アミノ化または硫酸化によって修飾される。いくつかの実施形態において、抗体剤は、両親媒性のコア／シェルに結合体化されることにより、ポリマーミセルを生成する。いくつかの実施形態において、抗体剤は、超分岐高分子（すなわち、デンドリマー）に結合体化される。いくつかの実施形態において、抗体剤は、アルブミン、キトサン、ヘパリン、パクリタキセル、ポリ−（Ｌ−グルタメート）、Ｎ−（２−ヒドロキシプロピル）メタクリルアミド（ＨＰＭＡ）、ポリ−（Ｌ−ラクチド）（ＰＬＡ）、ポリ（アミドアミン）（ＰＡＭＡＭ）、フォレート（ｆｏｌａｔｅ）および／またはそれらの組み合わせからなる群より選択される天然のポリマーに結合体化される。いくつかの実施形態において、抗体剤は、親水性アミノ酸（ｒＰＥＧ）の１つ以上の組織化されていない長いテイルを含む。いくつかの実施形態において、抗体結合部位を変化させない反応条件を用いて免疫グロブリンのＦｃ領域にスルフヒドリル基を選択的に導入することによる免疫グロブリンの誘導体化が、企図される。この方法に従って生成された抗体結合体は、改善された長寿命、特異性および感度を示し得る（参照により本明細書中に援用される米国特許第５，１９６，０６６号）。エフェクターまたはレポーター分子の部位特異的付着（ここで、そのレポーターまたはエフェクター分子は、Ｆｃ領域における炭水化物残基に結合体化されている）もまた、文献（Ｏ’Ｓｈａｎｎｅｓｓｙら、１９８７）に開示されている。
【０１６８】
抗体および／または抗体フラグメント
いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、抗体またはそのフラグメントであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、モノクローナル抗体またはそのフラグメントであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、ポリクローナル抗体またはそのフラグメントであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、ＤＶ抗体剤は、それが、天然に生成される抗体で生じているような、必要に応じてジスルフィド結合によって会合される２本の重鎖および２本の軽鎖を含むという点において、「完全長」抗体であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、ＤＶ抗体剤は、完全長抗体に見られる配列の全部ではないが一部を含むという点において、完全長抗体のフラグメントであるかまたはそれを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ＤＶ抗体剤は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、ｄｓＦｖダイアボディおよびＦｄフラグメントを含むがこれらに限定されない抗体フラグメントであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥからなる群より選択される抗体クラスのメンバーである抗体またはそのフラグメントであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、化学合成によって生成された抗体であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、細胞によって産生された抗体であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、組換え細胞培養系を用いて生成された抗体であるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、ヒト定常および／または可変領域ドメインを有する、例えば、マウス、ラット、ウマ、ブタまたは他の種由来のキメラ抗体であるかまたはそれを含む。
【０１６９】
いくつかの実施形態において、ＤＶ抗体剤は、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、単一ドメイン抗体（ＤＡＢ）、Ｆｖ、ｓｃＦｖ（一本鎖Ｆｖ）、抗体ＣＤＲを有するポリペプチド、ＣＤＲを提示する骨格ドメイン（例えば、アンチカリン（ａｎｔｉｃａｌｉｎｓ））またはナノボディを含むがこれらに限定されない１つ以上の抗体フラグメントを含む。例えば、提供される抗体は、重鎖だけを含むＶＨＨ（すなわち、抗原特異的ＶＨＨ）抗体であり得る。そのような抗体分子は、ラマもしくは他のラクダ科動物の抗体（例えば、ラクダ科動物のＩｇＧ２もしくはＩｇＧ３またはそのようなラクダ科動物のＩｇ由来のＣＤＲ提示フレーム）またはサメ抗体に由来し得る。いくつかの実施形態において、ＤＶ抗体剤は、アビボディ（ａｖｉｂｏｄｙ）（ダイアボディ、トリボディ（ｔｒｉｂｏｄｙ）、テトラボディ）であるかまたはそれを含む。様々な抗体ベースの構築物およびフラグメントを調製および使用するための手法は、当該分野で周知である。抗体を調製するためおよび特徴付けるための手段もまた、当該分野で周知である（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと；参照により本明細書中に援用される）。
【０１７０】
いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、１つ以上の「ミニ抗体（Ｍｉｎｉ−ａｎｔｉｂｏｄｙ）」または「ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）」を含む。ミニボディは、ヒンジ領域によってｓＦｖから隔てられたオリゴマー形成ドメインをＣ末端に含むｓＦｖポリペプチド鎖である（Ｐａｃｋら（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９−１５８４）。オリゴマー形成ドメインは、さらなるジスルフィド結合によってさらに安定化され得る、自己会合性α−ヘリックス、例えば、ロイシンジッパーを含む。オリゴマー形成ドメインは、そのポリペプチドがインビボにおいて機能的結合タンパク質に折り畳まれるのを容易にすると考えられるプロセスである、膜を横断する指向性の折り畳み（ｖｅｃｔｏｒｉａｌ  ｆｏｌｄｉｎｇ）と適合するように設計される。一般に、ミニボディは、当該分野で周知の組換え法を用いて生成される。例えば、Ｐａｃｋら（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ  ３１：１５７９−１５８４；Ｃｕｍｂｅｒら（１９９２）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １４９Ｂ：１２０−１２６を参照のこと。
【０１７１】
抗体剤結合体
いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、抗体部分が、結合体化される部分とともに抗体またはその機能的部分を含むかまたはそれらからなる、結合体であるかまたはそれを含む。いくつかの特定の実施形態において、本明細書中に記載されるようなＤＶ抗体剤は、治療剤または検出剤などの１つ以上の活性な作用物質または「ペイロード（ｐａｙｌｏａｄ）」と会合された状態で提供および／または利用される。そのようないくつかの実施形態において、ＤＶ抗体剤と活性な作用物質および／またはペイロードとの会合は、ＤＶ抗体結合体が提供されるように少なくとも１つの共有結合性の相互作用を含む。
【０１７２】
いくつかの実施形態において、抗体剤は、所望の活性、例えば、抗ウイルス活性、抗炎症活性、細胞傷害活性などを有するエフェクター体である、治療用ペイロード剤である。治療薬は、任意のクラスの化学的実体（例えば、タンパク質、炭水化物、脂質、核酸、有機小分子、非生物学的ポリマー、金属、イオン、放射性同位体などを含む）であり得るかまたはそれらを含み得る。いくつかの実施形態において、本発明に従って使用するための治療薬は、ＤＶ感染の１つ以上の症状または原因の処置に関連する生物学的活性（例えば、例えば、抗ウイルス活性、疼痛緩和活性、抗炎症活性、免疫調節活性、睡眠誘発活性など）を有し得る。いくつかの実施形態において、本発明に従って使用するための治療薬は、１つ以上の他の活性を有する。
【０１７３】
いくつかの実施形態において、抗体剤は、例えば、その特異的な機能特性および／または化学的特色に起因して、アッセイを用いて検出され得る任意の部分であるかまたはそれを含むペイロード検出剤である。そのような作用物質の非限定的な例としては、酵素、放射標識、ハプテン、蛍光標識、リン光分子、化学発光分子、発色団、発光分子、光親和性分子、有色粒子、またはビオチンなどのリガンドが挙げられる。
【０１７４】
多くの適切なペイロード検出剤は、当該分野で公知であり、抗体に付着するための系も当該分野で公知である（例えば、米国特許第５，０２１，２３６号；同第４，９３８，９４８号；および同第４，４７２，５０９号（各々が参照により本明細書中に援用される）を参照のこと）。そのようなペイロード検出剤の例としては、とりわけ、常磁性イオン、放射性同位体、蛍光色素、ＮＭＲ検出可能物質、Ｘ線イメージング剤が挙げられる。例えば、いくつかの実施形態において、常磁性イオンは、クロム（ＩＩＩ）、マンガン（ＩＩ）、鉄（ＩＩＩ）、鉄（ＩＩ）、コバルト（ＩＩ）、ニッケル（ＩＩ）、銅（ＩＩ）、ネオジム（ＩＩＩ）、サマリウム（ＩＩＩ）、イッテルビウム（ＩＩＩ）、ガドリニウム（ＩＩＩ）、バナジウム（ＩＩ）、テルビウム（ＩＩＩ）、ジスプロシウム（ＩＩＩ）、ホルミウム（ＩＩＩ）、エルビウム（ＩＩＩ）、ランタン（ＩＩＩ）、金（ＩＩＩ）、鉛（ＩＩ）および／またはビスマス（ＩＩＩ）のうちの１つ以上である。
【０１７５】
いくつかの実施形態において、放射性同位体は、アスタチン２１１、１４炭素、５１クロム、３６塩素、５７コバルト、５８コバルト、銅６７、１５２Ｅｕ、ガリウム６７、３水素、ヨウ素１２３、ヨウ素１２５、ヨウ素１３１、インジウム１１１、５９鉄、３２リン、ラジウム２２３、レニウム１８６、レニウム１８８、７５セレン、３５硫黄、テクネチウム（ｔｅｃｈｎｉｃｉｕｍ）９９ｍ、トリウム２２７および／またはイットリウム９０のうちの１つ以上である。放射性に標識された抗体剤は、当該分野で周知の方法に従って生成され得る。例えば、モノクローナル抗体は、ヨウ化ナトリウムおよび／もしくはヨウ化カリウム、ならびに化学的酸化剤（例えば、次亜塩素酸ナトリウム）または酵素的酸化剤（例えば、ラクトペルオキシダーゼ）との接触によって、ヨウ素化され得る。提供される抗体剤は、配位子交換プロセスによって、例えば、ペルテクネテート（ｐｅｒｔｅｃｈｎａｔｅ）を第一スズ溶液で還元し、還元されたテクネチウムをＳｅｐｈａｄｅｘカラム上にキレート化し、このカラムに抗体を適用することによって、テクネチウム９９ｍで標識され得る。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、直接標識法を用いて、例えば、ペルテクネテート、ＳＮＣｌ２などの還元剤、フタル酸ナトリウム−カリウム溶液などの緩衝液、および抗体をインキュベートすることによって、標識される。金属イオンとして存在する放射性同位体を抗体に結合するために使用されることが多い中間官能基は、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）またはエチレンジアミン四酢酸（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｄｉａｍｉｎｅｔｅｔｒａｃｅｔｉｃ  ａｃｉｄ）（ＥＤＴＡ）である。
【０１７６】
いくつかの実施形態において、蛍光標識は、とりわけ、Ａｌｅｘａ３５０、Ａｌｅｘａ４３０、ＡＭＣＡ、ＢＯＤＩＰＹ６３０／６５０、ＢＯＤＩＰＹ６５０／６６５、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、ＢＯＤＩＰＹ−Ｒ６Ｇ、ＢＯＤＩＰＹ−ＴＭＲ、ＢＯＤＩＰＹ−ＴＲＸ、カスケードブルー（Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ）、Ｃｙ３、Ｃｙ５、６−ＦＡＭ、フルオレセインイソチオシアネート（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ  Ｉｓｏｔｈｉｏｃｙａｎａｔｅ）、ＨＥＸ、６−ＪＯＥ、オレゴングリーン（Ｏｒｅｇｏｎ  Ｇｒｅｅｎ）４８８、オレゴングリーン５００、オレゴングリーン５１４、パシフィックブルー（Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ）、ＲＥＧ、ローダミングリーン（Ｒｈｏｄａｍｉｎｅ  Ｇｒｅｅｎ）、ローダミンレッド（Ｒｈｏｄａｍｉｎｅ  Ｒｅｄ）、レノグラフィン（Ｒｅｎｏｇｒａｐｈｉｎ）、ＲＯＸ、ＴＡＭＲＡ、ＴＥＴ、テトラメチルローダミン（Ｔｅｔｒａｍｅｔｈｙｌｒｈｏｄａｍｉｎｅ）および／またはテキサスレッド（Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ）のうちの１つ以上であるかまたはそれらを含む。
【０１７７】
抗体剤をペイロードに付着または結合体化するためのいくつかの方法が、当該分野で公知である。いくつかの付着方法は、例えば、抗体に付着された、有機キレート剤、例えば（ｓｕｃｈ  ａ）、ジエチレントリアミン五酢酸無水物（ＤＴＰＡ）；エチレントリアミン四酢酸；Ｎ−クロロ−ｐ−トルエンスルホンアミド；および／またはテトラクロロ−３α−６α−ジフェニルグリコウリル−３を使用する、金属キレート錯体の使用を含む（米国特許第４，４７２，５０９号および同第４，９３８，９４８号、各々が参照により本明細書中に援用される）。提供されるＤＶ抗体剤は、グルタルアルデヒドまたはペルヨーデートなどのカップリング剤の存在下において酵素とも反応し得る。フルオレセインマーカーとの結合体は、これらのカップリング剤の存在下において、またはイソチオシアネートとの反応によって、調製される。
【０１７８】
抗体の作製
抗体および／もしくはその特徴的な部分を含む提供される抗体剤またはそれらをコードする核酸が、任意の利用可能な手段によって作製され得る。抗体（例えば、モノクローナル抗体および／またはポリクローナル抗体）を作製するための方法は、当該分野で周知である。ウサギ、マウス、ラット、ハムスター、モルモットまたはヤギを含む広範囲の動物種が抗血清の生成のために使用され得ることが認識されるだろう。動物の選択は、当業者に公知であり得るように、操作の容易さ、コストまたは血清の所望量によって決定され得る。抗体剤が、目的の免疫グロブリン重鎖および軽鎖配列についてトランスジェニックである哺乳動物または植物の作出ならびにそれらからの回収可能な形態での抗体の産生を通じて、遺伝子組換え的にも作製され得ることが認識されるだろう。哺乳動物におけるトランスジェニックでの生成に関連して、抗体は、ヤギ、ウシまたは他の哺乳動物の乳汁中に産生され得、そこから回収され得る。例えば、米国特許第５，８２７，６９０号、同第５，７５６，６８７号、同第５，７５０，１７２号および同第５，７４１，９５７号を参照のこと。
【０１７９】
提供される抗体剤（抗体および／または特徴的な部分を含む）は、例えば、本発明の抗体をコードする核酸を発現するように操作された宿主細胞系を利用することによって、作製され得る。代替的または付加的に、提供される抗体剤は、化学合成によって（例えば、自動ペプチド合成装置を用いて）部分的または全体的に調製され得る。
【０１８０】
本発明に適した抗体剤の調製に対する例示的な供給源としては、目的のタンパクを発現する組換え細胞株の培養から得られる馴化培養培地、または、例えば、抗体産生細胞、細菌、真菌細胞、昆虫細胞、トランスジェニック植物もしくはトランスジェニック植物細胞、トランスジェニック動物もしくはトランスジェニック動物細胞の細胞抽出物、あるいは動物の血清、腹水、ハイブリドーマまたはミエローマ上清が挙げられるが、これらに限定されない。好適な細菌細胞としては、大腸菌細胞が挙げられるが、これに限定されない。好適な大腸菌株の例としては：ＨＢ１０１、ＤＨ５α、ＧＭ２９２９、ＪＭ１０９、ＫＷ２５１、ＮＭ５３８、ＮＭ５３９および外来ＤＮＡを切断しない任意の大腸菌株が挙げられる。使用され得る好適な真菌宿主細胞としては、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓおよびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ属の細胞が挙げられるが、これらに限定されない。好適な昆虫細胞としては、Ｓ２  Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ細胞、Ｄ．Ｍｅｌ−２細胞、ＳＦ９、ＳＦ２１、Ｈｉｇｈ−５ＴＭ、ＭｉｍｉｃＴＭ−ＳＦ９、ＭＧ１およびＫＣ１細胞が挙げられるが、これらに限定されない。好適な例示的な組換え細胞株としては、ＢＡＬＢ／ｃマウスミエローマ株、ヒト網膜芽細胞腫（ｒｅｔｉｎｏｂｌａｓｔｓ）（ＰＥＲ．Ｃ６）、サル腎臓細胞、ヒト胎児腎株（２９３）、ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）、マウスセルトリ細胞、アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６）、ヒト子宮頸癌腫細胞（ＨｅＬａ）、イヌ腎臓細胞、バッファローラット（ｂｕｆｆａｌｏ  ｒａｔ）肝臓細胞、ヒト肺細胞、ヒト肝臓細胞、マウス乳腺腫瘍細胞、ＴＲＩ細胞、ＭＲＣ５細胞、ＦＳ４細胞およびヒトヘパトーム株（ＨｅｐＧ２）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１８１】
目的の抗体剤は、当該分野で公知の様々なベクター（例えば、ウイルスベクター）を用いて発現され得、細胞は、当該分野で公知の様々な条件下（例えば、流加培養）で培養され得る。抗体を産生するように細胞を遺伝的に操作する様々な方法が、当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓａｂｅｌら、ｅｄｓ．（１９９０），Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）を参照のこと。
【０１８２】
提供される抗体剤は、所望であれば、濾過、遠心分離および／またはＨＰＬＣもしくはアフィニティークロマトグラフィーなどの様々なクロマトグラフィー法を用いて、精製され得る。いくつかの実施形態において、提供される抗体剤のフラグメントは、ペプシンもしくはパパインなどの酵素による消化および／または化学的還元によるジスルフィド結合の切断を含む方法によって得られる。
【０１８３】
核酸
ある特定の実施形態において、本発明は、抗体剤をコードする核酸を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、抗体剤をコードする核酸に相補的な核酸を提供する。
【０１８４】
いくつかの実施形態において、本発明は、抗体剤をコードする核酸にハイブリダイズする核酸分子を提供する。そのような核酸は、例えば、プライマーまたはプローブとして使用され得る。ほんの少しの例を挙げると、そのような核酸は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）におけるプライマー、ハイブリダイゼーション（インサイチュハイブリダイゼーションを含む）のためのプローブおよび／または逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）のためのプライマーとして使用され得る。
【０１８５】
ある特定の実施形態において、核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得、一本鎖または二本鎖であり得る。いくつかの実施形態において、核酸は、１つ以上の非天然ヌクレオチドを含み得；いくつかの実施形態において、核酸は、天然のヌクレオチドだけを含む。
【０１８６】
ＤＶに関連する作用物質の特徴付けおよび／または同定
いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶエピトープもしくはＤＶ作用物質を模倣するおよび／またはＤＶに対して強い抗体応答を誘導する１つ以上の作用物質を同定するおよび／または特徴付けるために使用され得る抗体剤を提供する。
【０１８７】
いくつかの実施形態において、そのような作用物質には、１つ以上の抗体様結合ペプチド模倣物が含まれる。Ｌｉｕら、Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ（Ｎｏｉｓｙ−ｌｅ−ｇｒａｎｄ）．２００３  Ｍａｒ；４９（２）：２０９−１６には、切り詰められた抗体として作用し、より長い血清半減期ならびにより煩雑でない合成方法というある特定の利点を有するペプチドである、「抗体様結合ペプチド模倣物」（ＡＢｉＰ）が記載されている。同様に、いくつかの態様において、抗体様分子は、環式または二環式ペプチドである。例えば、抗原に結合する二環式ペプチドを単離するため（例えば、ファージディスプレイによって）の方法およびそのようなペプチドを使用するための方法は、参照により本明細書中に援用される米国特許公開番号２０１００３１７５４７に提供されている。
【０１８８】
いくつかの実施形態において、そのような作用物質には、１つ以上の抗体様結合足場タンパク質が含まれる。例えば、いくつかの実施形態において、抗体から生じる１つ以上のＣＤＲが、タンパク質骨格上に移植され得る。一般に、タンパク質骨格は、以下の基準：（Ｓｋｅｒｒａ  Ａ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎ．，２０００，１３：１６７−１８７）：良好な系統的保存；３次元構造が公知である（例えば、結晶学、ＮＭＲ分光法または当業者に公知の他の任意の手法によるもの）；サイズが小さい；転写後修飾がほとんどもしくはまったくない；ならびに／または生成、発現および精製が容易であることの最大数を満たし得る。そのようなタンパク質骨格の起源は、フィブロネクチン（例えば、フィブロネクチンタイプＩＩＩドメイン１０）、リポカリン、アンチカリン（Ｓｋｅｒｒａ  Ａ．，Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２００１，７４（４）：２５７−７５）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓのプロテインＡのドメインＢから生じるプロテインＺ、チオレドキシンＡ、または反復モチーフ（例えば、「アンキリンリピート」（Ｋｏｈｌら、ＰＮＡＳ，２００３，ｖｏｌ．１００，Ｎｏ．４，１７００−１７０５）、「アルマジロリピート」、「ロイシンリッチリピート」および「テトラトリコペプチドリピート」）を有するタンパク質であり得るが、これらに限定されない。例えば、アンチカリンまたはリポカリン誘導体は、参照により本明細書中に援用される、米国特許公開番号２０１００２８５５６４、２００６００５８５１０、２００６００８８９０８、２００５０１０６６６０およびＰＣＴ公開番号ＷＯ２００６／０５６４６４に記載されている。トキシン（例えば、サソリ、昆虫、植物、軟体動物など由来のトキシン）および神経型ＮＯシンターゼのタンパク質阻害剤（ＰＩＮ）に由来する骨格もまた、本発明に従って使用され得る。
【０１８９】
いくつかの実施形態において、そのような作用物質は、インフルエンザウイルスとＨＡポリペプチドレセプターとの相互作用を妨害するために使用され得るミモトープを含む。いくつかの実施形態において、ミモトープは、その対応する標的エピトープによって誘発される抗体応答と同一または類似の抗体応答を誘発するために使用される。いくつかの実施形態において、標的エピトープは、２種以上のＤＶ血清型にわたって保存された配列である。いくつかの実施形態において、保存されたエピトープは、ＤＶ血清型１〜４にわたって保存された配列である。いくつかの実施形態において、エピトープは、Ｅ糖タンパク質のＡ鎖領域内に位置する保存された配列である。いくつかの実施形態において、ミモトープは、ペプチドである。いくつかの実施形態において、ミモトープは、小分子、炭水化物、脂質または核酸である。いくつかの実施形態において、ミモトープは、保存されたインフルエンザエピトープのペプチドミモトープまたは非ペプチドミモトープである。いくつかの実施形態において、規定のウイルスエピトープの構造を模倣することによって、ミモトープは、例えば、天然の結合パートナー自体に結合することによって、ＤＶ粒子がその天然の結合パートナーに結合する能力を干渉する。
【０１９０】
いくつかの実施形態において、そのような作用物質は、ステープルドペプチドである。いくつかの実施形態において、ステープルドペプチドは、抗ＤＶ抗体（例えば、４Ｅ１１）の対応するＣＤＲおよび／またはＦＲと少なくとも６５、７０、７５、８０、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８または９９％超の相同性および／または同一性を含む１つ以上のＣＤＲおよび／またはＦＲをコードするアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ステープルドペプチドは、抗ＤＶ抗体（例えば、４Ｅ１１）の対応するＶＨおよびＶＬ鎖と少なくとも６５、７０、７５、８０、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８または９９％超の相同性および／または同一性を含む１つ以上のＶＨおよび／またはＶＬ鎖配列をコードするアミノ酸配列を含む。
【０１９１】
ある特定の実施形態において、そのような作用物質は、ＤＮＡまたはＲＮＡなどの核酸であるかまたはそれを含む。ある特定の実施形態において、核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡであり得、一本鎖または二本鎖であり得る。いくつかの実施形態において、核酸は、１つ以上の非天然ヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態において、核酸は、天然のヌクレオチドだけを含む。いくつかの実施形態において、核酸は、ＤＶポリペプチド内のエピトープを模倣するように設計されている。いくつかの実施形態において、核酸は、１つ以上のＤＶ血清型内の保存されたエピトープを模倣するように設計されている。いくつかの実施形態において、そのような作用物質は、１つ以上のオリゴヌクレオチドであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、そのような作用物質は、二次構造（例えば、ループ、ヘアピン、折り畳みまたはそれらの組み合わせ）を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、そのような作用物質は、より高次の（三次または四次）構造を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドであるかまたはそれを含む。いくつかの実施形態において、そのような作用物質は、アプタマーであるかまたはそれを含む。
【０１９２】
いくつかの実施形態において、ワクチンは、患者において欠いていると見出された抗体の産生を誘導するように設計され得る。いくつかの実施形態において、ワクチン組成物が、天然の立体配座を有する、防御応答（例えば、補体の活性化、ウイルスの中和など）を媒介する、および／または強い抗体応答を誘導し得る抗原を含むことが望ましい。いくつかの実施形態において、ワクチンは、その個体では抗体を天然に産生させていないエピトープまたはそのミモトープを含む。例えば、ＤＶ抗体（例えば、複数の血清型を認識するＤＶ抗体）を用いて単離される合成ペプチドミモトープは、ミモトープの最初の単離において使用された抗体と類似の強力な免疫応答を誘導する潜在能力を有する。そのようなワクチンの投与は、投与されたエピトープに対する抗体セットを患者の免疫系が産生し始めるように誘導し得る。本発明に係るミモトープ（またはエピトープ）は、単独で、または組換えタンパク質、不活性化されたＤＶウイルス、殺滅されたＤＶウイルスと組み合わせておよび／もしくはいくつかの異なるミモトープのカクテルとして、使用され得ることが認識されるだろう。
【０１９３】
いくつかの実施形態において、ＤＶに対するワクチンは、能動免疫法（すなわち、微生物、タンパク質、ペプチド、エピトープ、ミモトープなどが被験体に投与される免疫化）のために利用され得る。いくつかの実施形態において、ＤＶに対するワクチンは、ＤＶエンベロープ糖タンパク質のＤＶ  Ａ鎖領域の少なくとも１つのコンフォメーションエピトープを模倣する任意の作用物質を含み得、使用され得る。例えば、その作用物質は、ペプチド、タンパク質、糖ペプチド、糖タンパク質、小分子、ミモトープ、有機化合物、脂質、サッカリド、有機金属化合物、無機化合物などであり得る。いくつかの実施形態において、ワクチンにおいて提示されるエピトープには、感染を予防すると知られている抗体を誘導するエピトープが含まれる。いくつかの実施形態において、本発明に係るワクチンにおいて提示されるエピトープには、そのウイルスの異なる遺伝子型および／もしくはサブタイプの間または異なるウイルス株の間で保存されているエピトープが含まれる。いくつかの実施形態において、ＤＶのＡ鎖領域のコンフォメーション的に定義されたエピトープを含むペプチドまたはタンパク質が、ＤＶによる感染を予防する、その発生を遅延させる、処置する、その症状を回復させる、および／またはその重症度を低下させるワクチンの製剤化において使用される。いくつかの実施形態において、ＤＶ  Ａ鎖領域エピトープは、線状エピトープであり得る。いくつかの実施形態において、Ａ鎖領域エピトープは、線状エピトープとコンフォメーションエピトープとの混合物であり得る。いくつかの実施形態において、Ａ鎖領域エピトープは、コンフォメーションエピトープであり得る。いくつかの実施形態において、ペプチドエピトープは、１００アミノ酸長未満である。ある特定の実施形態において、ペプチドエピトープは、５０未満、４０未満、３０未満、２０未満または１０未満のアミノ酸長である。いくつかの実施形態において、ワクチンの製剤化において使用されるペプチドは、ＤＶのＡ鎖領域タンパク質のペプチドフラグメントである。代表的には、天然のＡ鎖領域タンパク質におけるその３次元の折り畳みと類似の様式で折り畳まれ、ゆえに、そのコンフォメーションエピトープの３次元構造が保存されたペプチドが、使用される。
【０１９４】
ＤＶ結合剤を同定するためおよび／または特徴付けるための系
本発明は、ＤＶ抗体剤を試験するため、特徴付けるため、および／または同定するための種々の系を提供する。いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ抗体剤は、他のＤＶ結合剤（例えば、抗体、ポリペプチド、小分子など）を同定するためおよび／または特徴付けるために使用される。
【０１９５】
いくつかの実施形態において、提供されるＤＶ結合剤は、ＤＶ結合剤を１つ以上の候補基質（例えば、ＤＶポリペプチド、ＤＶポリペプチド上のＮ−グリカン、ＤＶレセプター、シアル化されたＤＶレセプターおよび／またはシアル化されたＤＶレセプター上のグリカンの領域）と接触させることを含む、そのような系および方法によって特徴付けられる。
【０１９６】
いくつかの実施形態において、ＤＶ結合剤（例えば、交差反応性抗体）は、コンピュータによるアプローチを用いて試験され得、特徴付けられ得、かつ／または同定され得る。いくつかの実施形態において、コンピュータによるアプローチは、タンパク質間の（例えば、抗体−抗原）相互作用に共通の物理化学的特徴を使用して、タンパク質間相互作用および親和性増大変異を予測する工程を含む。例えば、ＤＶの中和においてこのアプローチを使用して作製された抗体の力価は、当該分野で公知の様々なアッセイ（例えば、プラーク減少中和試験、ＥＬＩＳＡ、血球凝集アッセイおよびウエスタンブロット）によって予測され得る。
【０１９７】
いくつかの実施形態において、ＤＶ結合剤および／または候補基質は、溶液中に遊離し得る、支持体に固定され得る、ならびに／または、細胞内でおよび／もしくは細胞の表面上に発現され得る。その候補基質および／または作用物質は、標識され得、それにより、結合の検出が可能になる。ＤＶ結合剤または候補基質のいずれかが、標識される種である。それらの物質のうちの一方を標識し、遊離標識  対  結合標識の量を測定することにより、結合に対する影響が測定され得る競合的結合の形式が行われ得る。
【０１９８】
いくつかの実施形態において、結合アッセイは、例えば、候補基質をＤＶ結合剤に曝露する工程、および候補基質とそのＤＶ結合剤との結合を検出する工程を含む。結合アッセイは、インビトロにおいて（例えば、実質的に述べられた構成要素だけを含む候補チューブにおいて；無細胞抽出物において；および／または実質的に精製された構成要素において）行われ得る。代替的または付加的に、結合アッセイは、細胞内（ｉｎ  ｃｙｔｏ）および／またはインビボ（例えば、細胞、組織、臓器および／または生物内；下記でさらに詳細に記載される）で行われ得る。
【０１９９】
ある特定の実施形態では、少なくとも１つのＤＶ結合剤を、少なくとも１つの候補基質と接触させ、効果を検出する。いくつかの実施形態では、例えば、ＤＶ結合剤を候補基質と接触させ、それら２つの実体間の結合をモニターする。いくつかの実施形態において、アッセイは、候補基質をある作用物質の特徴的な部分と接触させる工程を含み得る。その候補基質へのＤＶ剤の結合が検出される。ＤＶ結合剤のフラグメント、一部、ホモログ、改変体および／または誘導体が１つ以上の候補基質と結合する能力を含むという条件で、それらが使用され得ることが認識されるだろう。
【０２００】
候補基質へのＤＶ剤の結合は、当該分野で周知の種々の方法によって測定され得る。いくつかの実施形態において、結合の測定は、ＳＰＲ解析を用いて行われ得る。いくつかの実施形態において、ＳＰＲ解析は、ＤＶ結合剤の親和性パラメータおよび結合動態（ｋｉｎｅｔｉｃ  ｂｉｎｄｉｎｇ）パラメータを測定するために使用され得る。いくつかの実施形態において、固相に結合したＤＶ剤を必要とするアッセイ、および１つ以上の候補基質とのそれらの相互作用を検出するアッセイが、使用され得る。したがって、ＤＶ結合剤は、検出可能なマーカー（例えば、放射性、蛍光および／または発光標識）を含み得る。さらに、候補基質は、間接的な検出（例えば、発色基質を用いる酵素の使用によって、および／または検出可能な抗体の結合によって）を可能にする物質に結合され得る。候補基質との相互作用の結果としてのＤＶ結合剤の立体配座の変化は、例えば、検出可能なマーカーの放射の変化によって検出され得る。代替的または付加的に、固相に結合したタンパク質複合体が、質量分析を用いて解析され得る。
【０２０１】
いくつかの実施形態において、ＤＶ結合剤は、固定化され得ない。いくつかの実施形態において、固定化されていない構成要素が、標識され得る（例えば、放射性標識、エピトープタグ、酵素−抗体結合体などで）。代替的または付加的に、結合は、免疫学的検出法によって測定され得る。例えば、反応混合物をウエスタンブロッティングに供し、そのブロットを、固定化されていない構成要素を検出する抗体でプロービングし得る。代替的または付加的に、ＥＬＩＳＡを利用することにより、結合についてアッセイされ得る。いくつかの実施形態において、候補基質へのＤＶ剤の結合親和性は、ハイスループット間接ＥＬＩＳＡアッセイを使用することによって測定され得る。
【０２０２】
いくつかの実施形態において、ＤＶ結合剤の活性または中和能力を測定するために、フォーカス減少中和試験（ＦＲＮＴ）アッセイが利用され得る。いくつかの実施形態において、抗ＤＶ活性をインビボで測定するために、動物宿主が使用され得る。
【０２０３】
ある特定の実施形態では、ＤＶ剤と候補基質との結合について細胞を直接アッセイし得る。結合を評価する免疫組織化学的な手法、共焦点の手法および／または他の手法は、当業者に周知である。この目的のために特異的に操作された細胞を含む様々な細胞株が、そのようなスクリーニングアッセイのために利用され得る。スクリーニングアッセイにおいて使用される細胞の例としては、哺乳動物細胞、真菌細胞、細菌細胞またはウイルス細胞が挙げられる。細胞は、刺激された細胞（例えば、成長因子で刺激された細胞）であり得る。当業者は、本明細書中に開示される本発明が、ＤＶ結合剤が候補基質に結合する能力を測定するための多種多様の細胞内アッセイを企図することを理解するだろう。
【０２０４】
アッセイに応じて、細胞培養および／または組織培養が必要になり得る。細胞は、いくつかの異なる生理学的アッセイのいずれかを用いて調べられ得る。代替的または付加的に、タンパク質発現をモニターするおよび／またはタンパク質間相互作用について試験するウエスタンブロッティング；他の化学修飾をモニターする質量分析などを含むがこれらに限定されない分子解析が行われ得る。
【０２０５】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される結合アッセイは、一連の濃度のＤＶ結合剤および／または候補基質を用いて行われ得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される結合アッセイは、ある範囲の抗体濃度（例えば、約１００μｇ／ｍｌ超、約１００μｇ／ｍｌ、約５０μｇ／ｍｌ、約４０μｇ／ｍｌ、約３０μｇ／ｍｌ、約２０μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ、約５μｇ／ｍｌ、約４μｇ／ｍｌ、約３μｇ／ｍｌ、約２μｇ／ｍｌ、約１．７５μｇ／ｍｌ、約１．５μｇ／ｍｌ、約１．２５μｇ／ｍｌ、約１．０μｇ／ｍｌ、約０．９μｇ／ｍｌ、約０．８μｇ／ｍｌ、約０．７μｇ／ｍｌ、約０．６μｇ／ｍｌ、約０．５μｇ／ｍｌ、約０．４μｇ／ｍｌ、約０．３μｇ／ｍｌ、約０．２μｇ／ｍｌ、約０．１μｇ／ｍｌ、約０．０５μｇ／ｍｌ、約０．０１μｇ／ｍｌおよび／または約０．０１μｇ／ｍｌ未満）にわたって候補基質がＤＶ剤に結合する能力を評価するために使用される。
【０２０６】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される任意の結合研究が、ハイスループット形式で実行され得る。ハイスループットアッセイを使用すると、最大数千個の作用物質を１日でスクリーニングすることができる。いくつかの実施形態において、マイクロタイタープレートの各ウェルを使用することにより、選択された候補基質に対して別個のアッセイを行うことができるか、または、濃度および／もしくはインキュベーション時間の効果を観察する場合、５〜１０ウェルごとに単一の候補基質を試験することができる。したがって、１枚の標準的なマイクロタイタープレートで、最大９６個の、作用物質と候補基質との間の結合相互作用をアッセイすることができる；１５３６ウェルのプレートを使用する場合、１枚のプレートで、最大１５３６個の、作用物質と候補基質との間の結合相互作用をアッセイすることができる；など。１日あたり多くのプレートをアッセイすることができる。例えば、本発明に係るハイスループットの系を用いると、最大約６，０００、約２０，０００、約５０，０００個または約１００，０００個超のアッセイスクリーニングを、抗体と候補基質との間の結合相互作用に対して行うことができる。
【０２０７】
いくつかの実施形態において、そのような方法は、動物宿主を利用する。本明細書中で使用されるとき、「動物宿主」には、インフルエンザ研究に適した任意の動物モデルが含まれる。例えば、本発明に適した動物宿主は、霊長類、フェレット、ネコ、イヌ、ウシ、ウマ、げっ歯類、例えば、マウス、ハムスター、ウサギおよびラットを含む、任意の哺乳動物宿主であり得る。ある特定の実施形態において、本発明のために使用される動物宿主は、フェレットである。特に、いくつかの実施形態において、動物宿主は、作用物質（必要に応じて、本発明の組成物中の）の投与前は、ウイルス曝露または感染に対してナイーブである。いくつかの実施形態において、動物宿主は、作用物質の投与前または投与と同時に、ウイルスを接種されるか、感染されるか、または別途曝露される。本発明の実施において使用される動物宿主は、当該分野で公知の任意の方法によって、ウイルスに接種され得るか、感染され得るか、または別途曝露され得る。いくつかの実施形態において、動物宿主は、ウイルスを鼻腔内に、接種され得るか、感染され得るか、または曝露され得る。
【０２０８】
ナイーブな動物および／または接種された動物が、種々の任意の研究のために使用され得る。例えば、そのような動物モデルは、当該分野で公知であるようなウイルス伝染研究のために使用され得る。ウイルス伝染研究におけるフェレットの使用は、ヒトにおけるウイルス伝染に対する信頼できる予測因子として働き得ることが企図される。ウイルス伝染研究を使用して、作用物質が試験され得る。例えば、ウイルス結合の阻止におけるＤＶ結合剤の有効性および／または動物宿主における感染性を測定するために、前記ＤＶ結合剤が、ウイルス伝染研究の前、研究中または研究後に、好適な動物宿主に投与され得る。動物宿主におけるウイルス伝染研究から集められた情報を使用すると、ウイルス結合の阻止における作用物質の有効性および／またはヒト宿主における感染性が予測され得る。
【０２０９】
薬学的組成物
本発明は、１つ以上の提供される抗体剤を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、少なくとも１つの抗体および少なくとも１つの薬学的に許容され得る賦形剤を提供する。そのような薬学的組成物は、必要に応じて、１つ以上のさらなる治療的に活性な物質を含み得、かつ／またはそれらと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、提供される薬学的組成物は、医薬において有用である。いくつかの実施形態において、提供される薬学的組成物は、ＤＶ感染またはＤＶ感染に関連するかもしくは相関する負の副次的影響（ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｒａｍｉｆｉｃａｔｉｏｎ）の処置または予防における予防薬（すなわち、ワクチン）として有用である。いくつかの実施形態において、提供される薬学的組成物は、治療的な適用、例えば、ＤＶ感染に罹患しているかまたは感受性である個体において有用である。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、ヒトへの投与のために製剤化される。
【０２１０】
例えば、本明細書中に提供される薬学的組成物は、滅菌された注射可能な形態（例えば、皮下注射または静脈内注入に適した形態）で提供され得る。例えば、いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、注射に適した液体の剤形で提供される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、注射の前に水性希釈剤（例えば、水、緩衝液、塩溶液など）で再構成される、粉末（例えば、凍結乾燥されたおよび／または滅菌された粉末）として必要に応じて真空下において提供される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、水、塩化ナトリウム溶液、酢酸ナトリウム溶液、ベンジルアルコール溶液、リン酸緩衝食塩水などに希釈および／または再構成される。いくつかの実施形態において、粉末は、水性希釈剤と静かに混合されるべきである（例えば、振盪されない）。
【０２１１】
いくつかの実施形態において、提供される薬学的組成物は、１つ以上の薬学的に許容され得る賦形剤（例えば、保存剤、不活性な希釈剤、分散剤、界面活性剤および／または乳化剤、緩衝剤など）を含む。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、１つ以上の保存剤を含む。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、保存剤を含まない。
【０２１２】
いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、冷蔵され得るおよび／または冷凍され得る形態で提供される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、冷蔵され得ないおよび／または冷凍され得ない形態で提供される。いくつかの実施形態において、再構成された溶液および／または液体剤形は、再構成後、ある特定の期間（例えば、２時間、１２時間、２４時間、２日間、５日間、７日間、１０日間、２週間、１ヶ月、２ヶ月またはそれ以上）にわたって保管され得る。
【０２１３】
液体の剤形および／または再構成された溶液は、投与前に粒子状物質および／または変色を含み得る。いくつかの実施形態において、溶液は、変色しているかもしくは濁っている場合および／または濾過後に粒子状物質が残留している場合、使用されるべきでない。
【０２１４】
本明細書中に記載される薬学的組成物の製剤は、薬理学の分野において公知のまたは今後開発される任意の方法によって調製され得る。いくつかの実施形態において、そのような調製方法は、活性成分を１つ以上の賦形剤および／または１つ以上の他の副成分と合わせる工程、ならびに次いで、必要であるおよび／または望ましい場合、生成物を所望の単一用量または複数回用量の単位に成形するおよび／または包装する工程を含む。
【０２１５】
本発明に係る薬学的組成物は、バルクで、単一単位用量として、および／または複数の単一単位用量として、調製され得、包装され得、かつ／または販売され得る。本明細書中で使用されるとき、「単位用量」は、所定の量の活性成分を含む薬学的組成物の分離した量である。活性成分の量は、通常、被験体に投与され得る用量および／またはそのような用量の好都合な一部分、例えば、そのような用量の２分の１または３分の１に等しい。
【０２１６】
本発明に係る薬学的組成物中の活性成分、薬学的に許容され得る賦形剤および／または任意のさらなる成分の相対量は、処置される被験体の正体、サイズおよび／もしくは状態に応じて、ならびに／または組成物が投与される経路に応じて、変動し得る。例としては、組成物は、０．１％〜１００％（ｗ／ｗ）の活性成分を含み得る。
【０２１７】
本発明の薬学的組成物は、薬学的に許容され得る賦形剤をさらに含み得、本明細書中で使用されるとき、その賦形剤は、所望の特定の剤形に適しているような、溶媒、分散媒、希釈剤または他の液体ビヒクル、分散助剤または懸濁助剤、界面活性剤、等張剤、増粘剤または乳化剤、保存剤、固体結合剤、滑沢剤などであり得るかまたはそれらを含み得る。Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ，（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ，２００６）には、薬学的組成物を製剤化する際に使用される様々な賦形剤およびそれらの調製のための公知の手法が開示されている。任意の従来の賦形剤の媒質が、任意の望ましくない生物学的作用をもたらすこと、または別途、その薬学的組成物の他の任意の構成要素と有害な様式で相互作用することなどによって、物質またはその誘導体と不適合である場合を除いては、その使用は、本発明の範囲内であると企図される。
【０２１８】
ワクチン
いくつかの実施形態において、本発明は、ＤＶ感染に罹患しているまたは感受性である被験体の受動免疫法（すなわち、被験体に抗体を投与する免疫化）において使用するためおよび／または受動免疫法を調べるためのワクチン組成物を提供する。いくつかの実施形態において、受動免疫法は、抗体が、妊娠中に母体から胎児に移動するときに生じる。いくつかの実施形態において、受動免疫法は、個体に直接（例えば、注射によって、経口的に、経鼻的になど）抗体剤を投与することを含む。
【０２１９】
いくつかの実施形態において、予防的適用は、ワクチンの投与を含み得る。いくつかの実施形態において、ワクチン接種は、個々の患者に合わせて調整される。例えば、下記に記載されるように、血清を、患者から回収して、ＤＶの存在、およびいくつかの実施形態では、１つ以上の特定のＤＶ血清型について試験し得る。いくつかの実施形態において、提供されるワクチンの適切なレシピエントは、提供される抗体に結合されるかつ／または中和される１つ以上のＤＶ血清型への感染に罹患しているかまたは感受性である個体である。
【０２２０】
いくつかの実施形態において、ワクチンは、経口的に、鼻腔内に、皮下に、筋肉内に、皮内に、または他の任意の医学的に適切な投与経路を介して、投与される。各投与経路は、異なる製剤または送達機序を必要とし得、そのような可変のパラメータは、本発明の範囲内と企図されることが認識されるだろう。いくつかの実施形態において、投与経路および／または製剤は、被験体の年齢および／または状態によって部分的に定められ得る。例えば、乳児へのワクチンの投与は、大きな筋肉量に起因して大腿の前外側面への注射を介して行われ得る。いくつかの実施形態において、被験体が、小児または成人である場合、三角筋へのワクチンの投与が、好ましい場合がある。適切な（ｓｏｕｎｄｓ）医学的判断が、特定の被験体への投与にとって妥当な経路および／または製剤を決定するために使用されるべきであることが理解される。
【０２２１】
いくつかの実施形態において、ワクチン組成物は、少なくとも１つのアジュバントを含む。任意のアジュバントが、本発明に従って使用され得る。多数のアジュバントが、公知であり；多くのそのような化合物の有用な概論が、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈによって作成されており、ｗｗｗ．ｎｉａｉｄ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｄａｉｄｓ／ｖａｃｃｉｎｅ／ｐｄｆ／ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ．ｐｄｆで見ることができる；Ａｌｌｉｓｏｎ（１９９８，Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．Ｓｔａｎｄ．，９２：３−１１；参照により本明細書中に援用される）、Ｕｎｋｅｌｅｓｓら（１９９８，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，６：２５１−２８１；参照により本明細書中に援用される）およびＰｈｉｌｌｉｐｓら（１９９２，Ｖａｃｃｉｎｅ，１０：１５１−１５８；参照により本明細書中に援用される）も参照のこと。数百個の異なるアジュバントが、当該分野で公知であり、本発明の実施において使用され得る。本発明に従って利用され得る例示的なアジュバントとしては、サイトカイン、ゲルタイプのアジュバント（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、リン酸カルシウムなど）；微生物アジュバント（例えば、ＣｐＧモチーフを含む免疫調節性ＤＮＡ配列）；エンドトキシン（例えば、モノホスホリルリピドＡ）；外毒素（例えば、コレラ毒素、大腸菌易熱性トキシンおよび百日咳毒素）；ムラミルジペプチドなど）；オイルエマルジョンおよび乳化剤ベースのアジュバント（例えば、フロイントアジュバント、ＭＦ５９［Ｎｏｖａｒｔｉｓ］、ＳＡＦなど）；粒子アジュバント（例えば、リポソーム、生分解性ミクロスフェア、サポニンなど）；合成アジュバント（例えば、非イオン性ブロック共重合体、ムラミルペプチドアナログ、ポリホスファゼン、合成ポリヌクレオチドなど）；および／またはそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。他の例示的なアジュバントとしては、いくつかのポリマー（例えば、ポリホスファゼン；参照により本明細書中に援用される米国特許第５，５００，１６１号に記載されている）、Ｑ５７、ＱＳ２１、スクアレン、テトラクロロデカオキシドなどが挙げられる。薬学的に許容され得る賦形剤は、先の「薬学的組成物」と題された上記の項にさらに詳細に記載された。
【０２２２】
併用療法
本発明に係るＤＶ抗体剤および／またはその薬学的組成物は、併用療法において使用され得ることが認識されるだろう。「〜と併用して」は、作用物質が、同時に投与されなければならないことおよび／または一緒に送達されるように製剤化されなければならないことを意味すると意図されていないが、これらの送達方法は、本発明の範囲内である。組成物は、１つ以上の他の所望の治療薬または医学的手技と同時に、それらの前に、またはそれらの後に、投与され得る。併用して利用される治療的に活性な作用物質が、単一の組成物として一緒に投与され得るか、または異なる組成物として別々に投与され得ることが認識されるであろう。通常、各作用物質は、その作用物質に対して決定された用量および／または時間スケジュールで投与され得る。
【０２２３】
併用レジメンにおいて使用される治療（例えば、治療薬または手技）の特定の併用は、所望の治療薬および／または手技の適合性ならびに達成されるべき所望の治療効果を考慮し得る。本発明の薬学的組成物は、併用療法（例えば、併用ワクチン療法）において使用され得、つまり、その薬学的組成物は、１つ以上の他の所望の治療薬および／またはワクチン接種手順と同時、それらの前、またはそれらの後に、投与され得ることも認識されるだろう。
【０２２４】
治療有効量の本発明に係る抗体剤が、提供される薬学的組成物および少なくとも１つの他の活性成分との併用での使用のために組み合わされる。いくつかの実施形態において、活性成分は、抗ウイルス剤（例えば、インターフェロン（例えば、インターフェロンα−２ｂ、インターフェロン−γなど）であるがこれらに限定されない）、抗ＤＶモノクローナル抗体、抗ＤＶポリクローナル抗体、ＲＮＡポリメラーゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、ヘリカーゼ阻害剤、免疫調節物質、アンチセンス化合物、低分子干渉ＲＮＡ、短ヘアピンＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ＲＮＡアプタマー、リボザイムおよびそれらの組み合わせである。併用レジメンにおいて使用する治療の特定の組み合わせは、通常、所望の治療薬および／または手技の適合性ならびに達成されるべき所望の治療効果を考慮し得る。使用される治療および／もしくはワクチンが、同じ障害に対して所望の効果を達成し得るか（例えば、本発明の抗原は、別のＤＶワクチンと同時に投与され得る）、またはそれらが、異なる効果を達成し得ることも認識されるだろう。
【０２２５】
使用される治療は、同じ目的のために所望の効果を達成し得る（例えば、ＤＶ感染の処置、予防および／またはその発生の遅延に有用なＤＶ抗体は、ＤＶ感染の処置、予防および／またはその発生の遅延に有用な別の作用物質と同時に投与され得る）か、または異なる効果（例えば、任意の有害作用の制御）を達成し得ることが認識されるだろう。本発明は、薬学的組成物のバイオアベイラビリティを改善し得、その代謝を低下および／もしくは改変し得、その排出を阻害し得、ならびに／またはその体内分布を改変し得る作用物質と併用される薬学的組成物の送達を包含する。
【０２２６】
いくつかの実施形態において、併用して使用される作用物質は、それらが個々に使用されるレベルを超えないレベルで利用されるだろう（ｗｉｔｈ）。いくつかの実施形態において、併用して使用されるレベルは、個々に使用されるレベルより低いだろう。
【０２２７】
いくつかの実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体は、インターフェロン、ＲＮＡポリメラーゼ阻害剤またはインターフェロンとＲＮＡポリメラーゼ阻害剤の両方とともに投与され得る。
【０２２８】
いくつかの実施形態において、併用療法は、単一のエピトープ（例えば、単一のコンフォメーションエピトープ）に指向される複数の抗体剤の投与を含み得る。いくつかの実施形態において、併用療法は、異なるエピトープ（例えば、同じウイルスのエンベロープタンパク質上または異なるウイルスのエンベロープタンパク質上のエピトープであって、そのエピトープは、コンフォメーション性でもよいし、そうでなくてもよい）を認識する複数の抗体剤を含むことにより、例えば、感染プロセスにおける複数の機序が同時に干渉され得る。
【０２２９】
ある特定の実施形態において、本発明に係る組成物は、Ａ鎖領域に対する厳密に１つの抗体剤を含む。ある特定の実施形態において、組成物は、厳密に２つのＤＶ  Ａ鎖領域抗体剤を含み、かつ／または併用療法は、厳密に２つのＤＶ  Ａ鎖領域抗体剤を利用する。
【０２３０】
本発明に係る抗体剤の任意の順列または組み合わせが、他の任意の抗体剤と組み合されることにより、複数の異なる抗体剤を含む組成物および／または併用療法レジメンが製剤化され得ることが、当業者によって認識されるだろう。
【０２３１】
投与方法
本発明に係るＤＶ抗体剤および本発明に係るその薬学的組成物は、任意の適切な経路およびレジメンに従って投与され得る。いくつかの実施形態において、経路またはレジメンは、正の治療的利益と相関したものである。いくつかの実施形態において、経路またはレジメンは、ＦＤＡおよび／またはＥＰによって承認されたものである。
【０２３２】
いくつかの実施形態において、投与される正確な量は、医学分野において周知であるような１つ以上の要因に応じて被験体ごとに変動し得る。そのような要因としては、例えば、被験体の種、年齢、全般的な状態、感染の重症度、具体的な組成、その投与様式、活性の様式、処置される障害およびその障害の重症度；使用される特定のＤＶ抗体剤の活性；投与される特定の薬学的組成物；投与後の組成物の半減期；被験体の年齢、体重、全般的な健康状態、性別および食事；使用される特定の化合物の投与時間、投与経路および排出速度；処置期間；使用される特定の化合物と併用されるまたは同時に使用される薬物などのうちの１つ以上が挙げられ得る。薬学的組成物は、投与を容易にするためおよび投与量を均一にするために投薬単位形態（ｄｏｓａｇｅ  ｕｎｉｔ  ｆｏｒｍ）で製剤化され得る。しかしながら、本発明の組成物の総１日使用量は、適切な医学的判断の範囲内で主治医によって決定され得ることが理解されるだろう。
【０２３３】
本発明の薬学的組成物は、当業者によって認識されるように、任意の経路によって投与され得る。いくつかの実施形態において、本発明の薬学的組成物は、経口（ＰＯ）、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、動脈内、髄内（ｉｎｔｒａｍｅｄｕｌｌａｒｙ）、髄腔内、皮下（ＳＱ）、脳室内／心室内（ｉｎｔｒａｖｅｎｔｒｉｃｕｌａｒ）、経皮的、皮膚間（ｉｎｔｅｒｄｅｒｍａｌ）、皮内、直腸（ＰＲ）、膣、腹腔内（ＩＰ）、胃内（ＩＧ）、局所的（例えば、粉末、軟膏、クリーム、ゲル、ローションおよび／または液滴によって）、粘膜、鼻腔内、頬側、経腸的、硝子体、舌下によって；気管内滴注、気管支滴注および／または吸入によって；経口スプレー、点鼻薬および／もしくはエアロゾルとして、ならびに／または門脈カテーテルを通じて、投与される。
【０２３４】
特定の実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤および／またはその薬学的組成物は、静脈内に、例えば、静脈内注入によって、投与され得る。特定の実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤および／またはその薬学的組成物は、筋肉内注射によって投与され得る。特定の実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤および／またはその薬学的組成物は、皮下注射によって投与され得る。特定の実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤および／またはその薬学的組成物は、門脈カテーテルを介して投与され得る。しかしながら、本発明は、薬物送達科学のありうる進歩を考慮して、任意の適切な経路による本発明に係るＤＶ抗体剤および／またはその薬学的組成物の送達を包含する。
【０２３５】
ある特定の実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤および／または本発明に係るその薬学的組成物は、所望の治療効果を得るために、約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇまたは約１ｍｇ／ｋｇ〜約２５ｍｇ／ｋｇ被験体体重／日を送達するのに十分な投与量レベルで投与され得る。所望の投与量は、１日あたり３回より多く、１日あたり３回、１日あたり２回、１日あたり１回、１日おき、２日おき、毎週、２週間毎、３週間毎、４週間毎、２ヶ月毎、６ヶ月毎または１２ヶ月毎に送達され得る。ある特定の実施形態において、所望の投与量は、複数回の投与（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４回またはそれ以上の投与）を用いて送達され得る。
【０２３６】
予防的適用
いくつかの実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤は、予防的適用のために利用され得る。いくつかの実施形態において、予防的適用は、ＤＶ感染に感受性であるおよび／またはその症状を示している個体におけるＤＶ感染および／または他の任意のＤＶ関連状態を予防するため、その進行を阻害するためおよび／またはその発生を遅延させるための系および方法を含む。いくつかの実施形態において、予防的適用は、脳の感染を予防するため、その進行を阻害するためおよび／またはその発生を遅延させるための系および方法を含む。いくつかの実施形態において、予防的適用は、生命の維持にとって重要な臓器（例えば、肝臓）の機能障害を予防するため、その進行を阻害するためおよび／または遅延させるための系および方法を含む。
【０２３７】
診断的適用
いくつかの実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤は、診断的適用のために使用される。例えば、ＤＶ抗体剤の結合プロファイルの多様性のおかげで、サブトラクティブ解析によって個々の血清型を同時に精査することができながら、汎用的（ｐａｎ）ＤＶ抗体剤を提供するために複数のＤＶ血清型を検出する診断アッセイが使用され得る。
【０２３８】
診断目的のために、抗体剤は、エンベロープ糖タンパク質のＡ鎖領域を検出するため、ＤＶ血清型を識別するため、ビリオンおよび抗体を検出するための多種多様の形式で使用され得る（例えば、米国特許第５，６９５，３９０号を参照のこと；参照により本明細書中に援用される）。抗体剤は、個々に、または対象の群の他の抗体もしくは他の抗体と組み合わせて、あるいはＤＶエンベロープタンパク質上のグリコシル基に結合するレクチンとともに、使用され得る。診断目的のために、先に述べた多種多様の標識が大部分に対して使用され得る。これらとしては、フルオロフォア、化学発光部分、放射性同位体、酵素、粒子（例えば、コロイド炭素粒子、金粒子、ラテックス粒子など）、高親和性レセプターが存在するリガンド、および活性化されると検出可能なシグナルを提供し得るプロラベル（ｐｒｏｌａｂｅｌ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２３９】
いくつかの実施形態において、ある表面が、遊離タンパク質（例えば、循環タンパク質）として、またはインタクトなもしくは部分的にインタクトなビリオンの一部として、ＤＶ抗原に結合し得るタンパク質でコートされる。複数のＤＶ血清型またはレクチン（例えば、Ｇａｌａｎｔｈｕｓ  ｎｉｖａｌｉｓレクチン；「ＧＮＡ」）に結合する本発明の抗体が使用され得る。
【０２４０】
いくつかの実施形態において、アッセイは、遊離タンパク質またはＤＶと会合したタンパク質を含み得る媒質と表面を接触させる工程を含み得、ここで、その媒質は、サンプル、または１つ以上の血清型の公知のＡ鎖領域の溶液であり得る。インキュベートし、洗浄して、非特異的に結合したタンパク質を除去した後、そのアッセイは、何がアッセイされているかに応じて、様々な様式で進められ得る。血清陽性であると疑われる血液サンプルがアッセイされている場合、そのサンプルは、Ａ鎖領域タンパク質の層に適用され、インキュベートされ、洗浄され、そのタンパク質層に結合したヒト抗体の存在が測定され得る。標識されたα−ヒト抗体が使用され得る（最初に使用された対象抗体のアイソタイプに対するもの以外）。血清陽性の被験体における抗体に対するアッセイでは、対象抗体は、そのような被験体の血清中の任意のヒト抗ＤＶ抗体を検出するために使用される同じ試薬とともに、コントロールとして使用され得る。そのサンプル中の抗体の特異性は、抗ヒト抗体と差次的に標識された対象抗体を使用することによって確かめることができ、かつサンプル中の抗体によってその対象抗体が阻止されるか否かを決定することができる。
【０２４１】
サンプルが、ＤＶ  Ａ鎖領域タンパク質についてアッセイされる場合、検出では、標識された対象抗体が使用され、その選択は、ジェノタイピングが注目されているのかまたはＡ鎖領域タンパク質の検出が注目されているのかに依存する。非特異的に結合した抗体を洗浄した後、公知の手法に従って標識の存在を検出することによって、標識された抗体の存在が測定される。代替的または付加的に、対象抗体が、表面に結合している場合、Ａ鎖領域に対する標識されたレクチンが、Ａ鎖領域タンパク質の存在を検出するために使用され得る。
【０２４２】
本発明に係る抗体剤は、血清中の抗体、モノクローナル抗体、遺伝子操作の結果として発現された抗体などを含む他の抗体の反応性を測定するために使用され得る。いくつかの実施形態において、インタクトなビリオンが、使用される。いくつかの実施形態において、コンフォメーション的に保存されたエンベロープタンパク質が、使用される。ビリオンの捕捉については、例えば、Ｋｉｍｕｒａら、１９９８，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，５６：２５−３２；Ｍｏｒｉｔａら、１９９６，Ｈａｐａｔｏ−Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，４３：５８２−５８５；Ｓａｔａら、１９９３，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，１９６：３５４−３５７；およびＨｉｊｉｋａｔａら、１９９３，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，６７：１９５３−１９５８を参照のこと；これらのすべてが、参照により本明細書中に援用される。１つのプロトコルは、固体支持体をレクチン（例えば、ＧＮＡ）でコーティングし、次いで、その表面を、インタクトなＤＶビリオンを含む媒質（例えば、血清陽性の患者の血清）と接触させる工程を含む。通常、ビリオンを破壊し得る添加物は、回避されるべきである（例えば、洗浄剤）。媒質をインキュベートし、洗浄して、その媒質の非特異的に結合した構成要素を除去した後、ビリオンを、本発明に係る抗体およびサンプルの抗体と接触させ得る。これは、同時に、または連続的に（最初にサンプルが加えられる）行われ得る。別の抗体で置換されやすい量の対象抗体が使用される。そのような量は、経験的に決定され得、種々の量の対象抗体を一連の試験において使用することが望まれ得る。サンプルの非存在下および存在下において得られるシグナルを知ることによって、サンプル中の抗体の反応性または結合親和性が測定され得る。様々な手法が、ビリオンに結合した対象抗体の量を測定するために使用され得る。対象抗体が、例えば、ビオチンまたはジゴキシゲニンで標識される場合、基質が検出可能なシグナルを生成する酵素またはフルオロフォアで標識された、ストレプトアビジンまたは抗ジゴキシゲニンが、対象抗体の量を測定するために役立ち得る。
【０２４３】
標識された対象抗体剤は、生検材料のＤＶの存在についてアッセイする際に使用され得る。標識された抗体は、標識された対象抗体の１つ以上の溶液を用いて、固定化された生検材料（例えば、肝臓切片）とともにインキュベートされ得る。非特異的に結合した抗体を洗浄した後、生検組織の細胞に結合した抗体の存在は、その標識の性質に従って検出され得る。
【０２４４】
いくつかの実施形態において、本発明に係るＤＶ抗体剤は、ＤＶレセプターを同定するために使用され得る。当業者は、これを達成できる数多くの方法を認識するだろう（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  Ｊ．，Ｆｒｉｔｓｃｈ  Ｅ．ａｎｄ  Ｍａｎｉａｔｉｓ  Ｔ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９；およびＡｕｓｕｂｅｌら、ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９８７；両方が参照により本明細書中に援用される）。代表的には、ＤＶエンベロープ糖タンパク質のＡ鎖領域に対する抗体が、ＤＶ感染に感受性である細胞へのＤＶビリオンの付着を阻害し得るか否かを決定することによって、タンパク質レセプターおよびペプチドレセプターは、同定され得る。したがって、ＤＶ  Ａ鎖領域タンパク質およびペプチドに対するレセプターは、この様式で同定され得る。感受性である細胞が、ＤＶおよび抗ＤＶ  Ａ鎖領域抗体の存在下においてインキュベートされ得、細胞結合アッセイを利用することにより、その抗体の存在下において付着が減少するか否かが決定され得る。
【０２４５】
ＤＶに対する推定レセプターおよび／またはＤＶに対する推定レセプターのライブラリーを発現する細胞は、ＤＶに結合する能力についてスクリーニングされ得る。例えば、推定ＤＶレセプター（例えば、ＤＶ  Ａ鎖領域に対するレセプター）を発現する細胞が、細胞の表面上の推定レセプターへのＤＶタンパク質またはペプチドの結合を可能にするのに十分な時間にわたっておよびそのような十分な条件下において、抗体の存在下でＤＶタンパク質またはペプチドと接触され得る。代替的または付加的に、ＤＶタンパク質、ペプチドまたはビリオンは、細胞表面上の推定レセプターを接触させる前に、抗体とともにプレインキュベートされ得る。結合は、当該分野で公知の任意の手段、例えば、フローサイトメトリーなどによって検出され得る（ＡｕｓｕｂｅｌらまたはＳａｍｂｒｏｏｋら、前出を参照のこと）。抗体の非存在下の細胞の非存在下における結合と比べて、抗体の存在下における細胞表面への結合の減少は、ＤＶレセプターの同定を示す。
【０２４６】
いくつかの実施形態において、ＤＶレセプターを同定する方法は、ビーズ、カラムなどの固体支持体の使用を含む。例えば、ＤＶタンパク質およびペプチド（例えば、Ａ鎖領域タンパク質および／またはそのフラグメント）ならびに／またはＤＶビリオンに対するレセプターは、ＤＶ抗体を固体支持体に付着させ、次いで、ＤＶタンパク質またはペプチドがその抗体に結合するのに十分な時間にわたってその抗体をそのＤＶタンパク質またはペプチドと接触させることによって、同定され得る。これにより、ＤＶタンパク質またはペプチドへのレセプターの結合を可能にするのに十分な時間にわたっておよびそのような十分な条件下において、固体支持体上の抗体：リガンド複合体と接触し得る推定ＤＶレセプターに対するＤＶタンパク質リガンドが提供される。タンパク質は、ライブラリーから発現され得るか、または天然の細胞もしくは組換え細胞からの細胞抽出物もしくは精製されたタンパク質調製物として提供され得る。いったん、ＤＶタンパク質ペプチド間の特異的結合複合体が形成されたら、未結合のＤＶタンパク質またはペプチド、例えば、ＤＶタンパク質またはペプチドに特異的に結合しなかったライブラリータンパク質またはペプチドが、例えば、標準的な洗浄工程によって、除去される。次いで、結合したタンパク質は、溶出され、例えば、ゲル電気泳動によって、同定される。
【０２４７】
キット
本発明は、本発明に係る方法を好都合におよび／または効率的に行うための種々のキットを提供する。キットは、代表的には、本発明に係る１つ以上のＤＶ抗体剤を備える。いくつかの実施形態において、キットは、異なる目的（例えば、診断、処置および／または予防）のために使用される種々のＤＶ抗体剤のコレクションを備える。代表的には、キットは、使用者が被験体への複数回の投与を行うことおよび／または複数の実験を行うことを可能にするのに十分な量のＤＶ抗体剤を備え得る。いくつかの実施形態において、キットは、購入者が指定した１つ以上のＤＶ抗体剤とともに供給されるか、またはそのようなＤＶ抗体剤を備える。
【０２４８】
ある特定の実施形態において、本発明に従って使用するためのキットは、１つ以上の参照サンプル；指示書（例えば、サンプルを処理するため、試験を行うため、結果を解釈するため、ＤＶ抗体剤を可溶化するため、ＤＶ抗体剤の貯蔵のためなど）；緩衝剤；および／または試験を行うために必要な他の試薬を備え得る。ある特定の実施形態において、キットは、抗体のパネルを備え得る。キットの他の構成要素としては、細胞、細胞培養培地、組織および／または組織培養培地が挙げられ得る。
【０２４９】
キットは、使用のための指示書を備え得る。例えば、指示書は、ＤＶ抗体剤を含む薬学的組成物を調製する適切な手順および／または被験体に薬学的組成物を投与するために適切な手順を使用者に通知し得る。
【０２５０】
いくつかの実施形態において、キットは、いくつかの単位投与量の、ＤＶ抗体剤を含む薬学的組成物を備える。記憶補助物（ｍｅｍｏｒｙ  ａｉｄ）が、例えば、投薬が施され得る処置スケジュールにおける日／時間を指定する、数字、文字および／もしくは他のしるしの形態で、ならびに／またはカレンダー挿入物として、提供され得る。薬学的組成物の製剤（ｄｏｓａｇｅ）と類似のまたは異なる形態の、プラセボ製剤および／またはカルシウム栄養補助食品が、製剤が毎日摂取されるキットを提供するように含められ得る。
【０２５１】
キットは、ある特定の個々の構成要素または試薬が別々に収容され得るように、１つ以上の器または容器を備え得る。キットは、商業的販売のために比較的厳重に閉じ込めた状態で個々の容器を同封するための手段（例えば、指示書、発泡スチロールのような包装材料などが同封され得るプラスチックの箱）を備え得る。
【０２５２】
いくつかの実施形態において、キットは、ＤＶに罹患しているおよび／またはＤＶに感受性である被験体の処置、診断および／または予防において使用される。いくつかの実施形態において、そのようなキットは、（ｉ）少なくとも１つのＤＶ抗体剤；（ｉｉ）その少なくとも１つのＤＶ抗体剤を被験体に投与するための注射器、針、アプリケーターなど；および（ｉｉｉ）使用のための指示書を備える。
【０２５３】
いくつかの実施形態において、キットは、ＤＶに罹患しているおよび／またはＤＶに感受性である被験体の処置、診断および／または予防において使用される。いくつかの実施形態において、そのようなキットは、（ｉ）凍結乾燥された粉末として提供される少なくとも１つのＤＶ抗体剤；および（ｉｉ）その凍結乾燥された粉末を再構成するための希釈剤を備える。そのようなキットは、必要に応じて、少なくとも１つのＤＶ抗体剤を被験体に投与するための、注射器、針、アプリケーターなど；および／または使用のための指示書を備え得る。
【０２５４】
本発明は、少なくとも１つのＤＶ抗体剤を含むワクチンを生成するための試薬を備えるキットを提供する。いくつかの実施形態において、そのようなキットは、ＤＶ抗体、その特徴的な部分および／またはその生物学的に活性な一部を発現する細胞；（ｉｉ）それらの細胞を生育するための培地；ならびに（ｉｉｉ）カラム、樹脂、緩衝剤、チューブ、および抗体精製に有用な他のツールを備え得る。いくつかの実施形態において、そのようなキットは、（ｉ）ＤＶ抗体、その特徴的な部分および／またはその生物学的に活性な部分をコードするヌクレオチドを含むプラスミド；（ｉｉ）それらのプラスミドで形質転換されることができる細胞（例えば、ＶｅｒｏおよびＭＤＣＫ細胞株を含むがこれらに限定されない哺乳動物細胞株）；（ｉｉｉ）それらの細胞を生育するための培地；（ｉｖ）ネガティブコントロールとして、ＤＶ抗体をコードするヌクレオチドを含まない発現プラスミド；（ｖ）カラム、樹脂、緩衝剤、チューブおよび抗体精製に有用な他のツール；ならびに（ｖｉ）使用のための指示書を備え得る。
【０２５５】
いくつかの実施形態において、キットは、１つ以上のサンプル中のＤＶの存在を検出するために使用される。そのようなサンプルは、血液、血清／血漿、末梢血単核球／末梢血リンパ球（ＰＢＭＣ／ＰＢＬ）、痰、尿、便、咽頭スワブ、皮膚病変スワブ、脳脊髄液、子宮頸部スミア、膿サンプル、食品マトリックス、および身体の様々な部分（例えば、脳、脾臓および肝臓）由来の組織を含むがこれらに限定されない病理学的サンプルであり得る。そのようなサンプルは、土壌、水および微生物叢を含むがこれらに限定されない環境サンプルであり得る。列挙されていない他のサンプルにも、適用可能であり得る。いくつかの実施形態において、そのようなキットは、（ｉ）少なくとも１つのＤＶ抗体；（ｉｉ）ポジティブコントロールとして、ＤＶを含むことが既知であるサンプル；および（ｉｉｉ）ネガティブコントロールとして、ＤＶを含まないことが既知であるサンプル；および（ｉｖ）使用のための指示書を備える。
【０２５６】
いくつかの実施形態において、キットは、１つ以上のサンプル中のＤＶを中和するために使用される。そのようなキットは、ＤＶ含有サンプルを少なくとも１つのＤＶ抗体剤で処理するために必要な材料、およびその処理されたサンプルが、未処理のサンプルと比べて、培養された細胞に感染する能力を試験するために必要な材料を提供し得る。そのようなキットは、（ｉ）少なくとも１つのＤＶ抗体剤；（ｉｉ）ＤＶとともに培養されることおよびＤＶに感染することができる細胞；（ｉｉｉ）ネガティブコントロールとして、ＤＶに結合することおよびＤＶを中和することができない抗体；（ｉｖ）ポジティブコントロールとして、ＤＶに結合して中和することができる抗体；（ｖ）ネガティブコントロールとして、ＤＶを含まないことが既知であるサンプル；（ｖｉ）ポジティブコントロールとして、ＤＶを含むことが既知であるサンプル；および（ｖｉｉ）使用のための指示書を備え得る。
【実施例】
【０２５７】
本発明は、以下の実施例に関してよりよく理解されるだろう。しかしながら、これらの実施例は、単に例証的な目的であって、本発明の範囲を限定すると意味しないことが理解されるべきである。開示される実施形態に対する様々な変更および改変が、当業者に明らかになるだろうし、本発明の製剤化および／または方法に関するものを含むがこれらに限定されないそのような変更および改変は、本発明の精神および添付の請求項の範囲から逸脱することなく行われ得る。
【０２５８】
実施例１：相互作用の物理化学的特徴を解析することによるタンパク質−タンパク質複合体の構造の予測
この実施例における研究は、タンパク質間の（例えば、抗原−抗体）相互作用をモデル化する重要な物理化学的特徴の開発および使用を例証する。この実施例における解析は、抗原−抗体相互作用に対する正確な天然様の構造と不正確な構造とを区別するのを助け、ゆえに、コンピュータによるドッキングモデルを使用してタンパク質間相互作用をモデル化する際に行われるように、ポーズをランク付けするためにエネルギー関数だけしか使用しないという限界を克服するのに有用である。さらに、この実施例において解析された９つの試験例の天然のポーズを同定できなかったことは、現行の探索アルゴリズムの限界および抗原−抗体複合体に対する親和性増大変異の設計に関連する問題を強調する。
【０２５９】
分子認識の基礎を形成する多くの幾何学的特性および化学的特性を捉えるために、１３個の原子レベルの特徴：７つの化学的特徴および６つの物理的特徴（表１）を使用して、抗原−抗体の界面を記載した。さらに、７７個の抗原−抗体複合体の非冗長３Ｄ構造を含むデータセットをアセンブルし（方法の項を参照のこと）、２つ、つまり、４０個の構造からなる学習用セットおよび残りの３７個の構造からなる検査用セットに分けた。各構造に対応して、コンピュータによるドッキング（方法の項を参照のこと）を用いて１００個のデコイモデルを構築して、合計７，７７７個の構造（７，７００個のデコイ＋７７個のＸ線）を得た。学習段階では、多変量ロジスティック回帰分析（ＭＬＲ）を使用して、各特徴（説明変数）と、それがＸ線ポーズとデコイポーズ（結果変数）との判別に成功し得る程度との関係性を決定した。この解析は、結果変数の値を予測するために組み合され得るすべての説明変数のサブセットを得るのを助けた。各ＰＤＢファイル（およびそのデコイ）から生成されたインプット特徴は、有意性の過大（または過小）評価をもたらし得る不均一な学習を防ぐために、標準化されたＺ−スコアとして表された。予測段階のために、事前に計算された有意な特徴を使用して、検査用データセットにおける構造が天然様である確率を予測した。
【０２６０】
ＭＬＲ解析の結果は、天然構造とデコイ構造とを正確に判別する確率に影響する個々の特徴の相対的優位性が、ＺＥＰＩＩ＞主鎖−主鎖水素結合＞水素結合の密度＞荷電基のパーセンテージ＞カチオン−π相互作用の密度＞埋もれた表面積＞中性極性基のパーセンテージ＞イオン結合の密度の順であることを示唆した。上記の特徴の各々が、０．０５のアルファレベルで有意であると見出された。ロジスティック回帰係数に基づくと、水素結合およびイオン結合の密度、主鎖−主鎖水素結合ならびに埋もれた表面積は、ドッキングされたモデルにおいて過大評価されるとみられる。これは、上記の特徴の値が上昇すると、スコア化関数を最大にする傾向があるので、予想される。逆に、ＺＥＰＩＩ、カチオン−π相互作用、荷電基および中性極性基のパーセンテージは、ドッキングされたモデルにおいて過小表示されると見られる。カチオン−π相互作用、荷電基および中性極性基のパーセンテージは、エネルギースコア化関数に有意に寄与しない；ゆえに、これらの特徴は、ドッキングされた界面において最適化されなかった。さらに、ドッキングされたモデルの評価は、ドッキング手順が、解離できる抗原抗体複合体に共通した対相互作用を忠実に要約しないことを示す；ゆえに、その模擬界面は、低いＺＥＰＩＩ値を有すると見出された。
【０２６１】
次に、ＭＬＲを使用し、事前に計算された有意な特徴を用いて、検査用データセットにおける３７個の抗原−抗体相互作用のＸ線構造を予測し、次いで、ＭＬＲに基づく予測の感度を、ドッキングされたモデルにおいて使用されたＺＲＡＮＫエネルギー関数と比較した（方法の項を参照のこと）。全体的に見て、ＭＬＲは、ＺＲＡＮＫエネルギー関数よりもＸ線構造の予測においてより良いことが示されたことから（図１）、ＭＬＲアプローチは、天然様の結合ポーズの予測においてＺＲＡＮＫよりも改善をもたらすことが示唆された。デコイモデル、それらのＺＲＡＮＫスコアおよびＭＬＲに基づく予測確率のより詳しい検査は、興味深い見識を明らかにした（図２）。ＺＤＯＣＫは、３７個のうち２９個の構造に対して天然様の構造を同定したことから、コンピュータによる探索アルゴリズムが非常に正確であると示唆される。しかしながら（１）ＺＲＡＮＫスコアは、構造的に類似したポーズ間でさえ有意に異なっていた（図２Ａ）；（２）非常に種々の構造が、正確な解と不正確な解とを判別しにくくするほぼ同じスコアを受け取り得る（図２Ａ）；（３）より悪い不正確な解が、天然様の構造よりも良いスコアを受け取ることが多かった（図２Ａ）；（４）ＭＬＲに基づく予測確率もまた、構造的に類似したポーズ間で異なるが、非天然のポーズが、高い予測確率を受け取ることはまれであることから、偽陽性の構造予測の可能性は、それらのポーズが予測確率に従ってランク付けられるときよりも低いことが示唆される。したがって、予測確率は、ＺＲＡＮＫスコアと比べてＲＭＳＤとより良く相関することが判明した（図２Ｂおよび２Ｃを参照のこと）。
【０２６２】
実施例２：親和性増大変異を予測するための物理化学的特徴の使用
この実施例における研究は、タンパク質間（例えば、抗原−抗体）相互作用に対する親和性増大変異を設計するためのスコアリングスキームの開発を示す。
【０２６３】
詳細には、この実施例では、対アミノ酸相互作用の傾向を数量化するために開発された数学的モデルを説明する（方法の項を参照のこと）。これらの統計的傾向は、可能性のある各アミノ酸対に重みを割り当てる相互作用行列として公式化された。アミノ酸界面適応度（ＡＩＦ）とも呼ばれる、ＣＤＲの位置における残基の適応度は、その残基を含むタンパク質間の対接触（互いのある特定の距離内の２つのアミノ酸として定義される）のすべての組み合わされた傾向だった。いかなる構造的影響もなくＡＩＦ値を改善させる置換は、親和性増大に対する候補と考えられた。それらの傾向は、公知のタンパク質構造のデータベースにおけるアミノ酸接触に対して統計学を使用して測定された（方法の項を参照のこと）。複数の距離カットオフおよびエネルギー最小化工程を回避することにより、原子座標に大きく依存しなくなった。
【０２６４】
以前の研究によってもたらされた観察結果と一致して、傾向データは、パラトープでは他の残基よりもチロシン、トリプトファン、セリンおよびフェニルアラニンが優勢であることを示した（表２）。次いで、ＡＩＦ測定基準を使用して、発表されたデータがそれらの予測を確証した３つの異なる系にわたって抗体の親和性増大変異を予測した。その試験例の１つは、抗ＥＧＦＲ抗体薬のセツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）であり、ここで、５２ｐＭまでの１０倍の親和性改善が、軽鎖上の３つの変異によって作出された。これらの予測される変異のうちの２つであるＳ２６ＤおよびＴ３１Ｅは、セツキシマブにおける単一変異として結合親和性を改善すると示され、第３の変異（Ｎ９３Ａ）のより詳しい調査から、Ａｌａが、全体的に弱い接触の傾向を有する残基のセットに含まれていることが明らかになった。別の試験例は、抗リゾチームモデル抗体Ｄ４４．１であり、ここで、１８個の変異が、親和性増大に適すると予測された。重鎖上の予測された変異のうちの４つであるＴ２８Ｄ、Ｔ５８Ｄ、Ｅ３５Ｓ、Ｇ９９Ｄは、Ｄ４４．１の発表された高親和性改変体の一部だった。別の試験例は、癌関連セリンプロテアーゼＭＴ−ＳＰ１を標的にする抗体Ｅ２だった。ＡＩＦ測定基準は、Ｔ９８Ｒを含む８つの変異を予測し、抗体親和性を３４０ｐＭまで１４倍改善するための単一変異Ｔ９８Ｒを同定した以前のインシリコでの親和性増大研究が確かめられた。
【０２６５】
実施例３：デング抗体における親和性増大変異の設計
この実施例における解析は、ＤＶの４つすべての血清型の活性を強力に中和する改変体が生成されるように、ＤＶのある特定の血清型だけに結合する抗ＤＶ抗体が操作によって改変され得ることを例証する。詳細には、この実施例における研究は、デングｍＡｂ  ４Ｅ１１における合理的に設計された変異が、ＤＶ血清型４（ＤＶ４）に対する親和性を増強し、かつＤＶ血清型１〜３（ＤＶ１〜３）への結合に対して有意に悪影響を及ぼさないことを示す。
【０２６６】
ｍＡｂ  ４Ｅ１１の結合プロファイルおよび中和活性プロファイルは、ＤＶ１〜３に対して高い親和性および阻害能力を示すが、ＤＶ４に対しては低い親和性および中和活性しか示さない（図３）。４つすべての血清型に対する強力な中和活性のために４Ｅ１１を操作するために、設計アプローチ（図４）は、３つの重要な要因：（１）４Ｅ１１−ＥＤＩＩＩ相互作用の正確なモデルを生成すること、（２）血清型特異的な構造エレメントを理解し、親和性および特異性の決定基を再度捉えること、ならびに（３）ＤＶ４との好ましい相互作用、ゆえに、改善された親和性をもたらす置換を設計することに依存した。
【０２６７】
抗体の結晶構造が無い場合、Ｆｖ領域の構造モデルを構築し、モデル化されたＦｖを、ＺＤＯＣＫソフトウェアを使用してＤＶ１のＥＤＩＩＩに対してドッキングさせ、エピトープおよびＣＤＲ  Ｈ３パラトープに対する以前に発表された機能データ（Ｗａｔａｎａｂｅら、２０１２  Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ２０：１１−２０）を結合界面に特定の残基として含めることにより、天然の複合体から有意に逸脱しないドッキングポーズを確かなものにした（方法の項を参照のこと）。ＺＤＯＣＫを、異なる組み合わせのインプット界面残基で５回実行し、各回の最善のランキングモデル（図５）を、ＭＬＲ確率を用いて再度ランク付けした（表３）。ＭＬＲアプローチによって予測された上位のモデルは、ＺＲＡＮＫ法の予測とマッチしなかった。
【０２６８】
ＭＬＲアプローチによって予測された上位のモデルを、ウェブサーバーＡＮＣＨＯＲ［Ｄｏｓｚｔａｎｙｉら、２００９  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２５：２７４５−２７４６］によってコンピュータ的に予測されたパラトープホットスポットと、ＥＤ−ＩＩＩ（ＤＶ１）の間接ＥＬＩＳＡによる結合評価とともに、４Ｅ１１の全ＣＤＲループにおける各位置のＡｌａスキャニングによって実験的に決定されたホットスポットとの間で行われた比較によって検証した。選択されたモデルのホットスポット予測は、実験的に決定されたホットスポットの６１％を正確に同定したのに対し、残りのポーズは、＜４５％（２８〜４４％の範囲）のホットスポット予測精度を有したことから、選択されたポーズは、真の４Ｅ１１／ＥＤ−ＩＩＩ結合配置を反映する可能性が高いと示された。
【０２６９】
上位の４Ｅ１１−ＥＤ−ＩＩＩ（ＤＶ１）モデルを使用して、４Ｅ１１と他の３つの各血清型由来の代表的なＥＤＩＩＩ系統との相互作用のモデル化を導いた（方法の項を参照のこと）。４つの構造モデルを使用して、各血清型への抗体結合の様式を調べ、ＤＶ４血清型に対する不十分な親和性の分子基盤を、配列とＥＤ−ＩＩＩドメイン−レベル構造解析との組み合わせを用いて同定した。解析から、４Ｅ１１結合界面内および結合界面付近において、ＤＶ４と他の血清型との間に複数のアミノ酸の差異が明らかになった。特に、近くのβ鎖に対するＡ鎖（残基３０５〜３０８）の配向が、３０７位に差異が局在するせいでＤＶ４において異なっていた（図６）。ＤＶ４に対する低い親和性および中和能力と一致して、４Ｅ１１−ＥＤＩＩＩ（ＤＶ４）界面は、より小さいＢＳＡ、より少ない水素結合および塩橋接触を有した。
【０２７０】
次に、ＤＶ４結合に対する親和性を高める変異を設計するためにＡＩＦインデックスを適用した。これにより、２３個のＣＤＲ位置に及ぶ８７個の変異セットがもたらされた。予測された変異は、すべてのタイプのアミノ酸を含んだ。アミノ酸置換の選択は、必ずしも直観的でなかった（例えば、パラトープＣＤＲ位置の周りのエピトープ領域が、負に荷電していた場合、ＡｒｇおよびＬｙｓは、そのＣＤＲ位置において必ずしも統計的に好ましくなかった）。エネルギー論（ｅｎｅｒｇｅｔｉｃｓ）を改善する残基が好まれるが、親和性の獲得は、静電気的相補性、充填および疎水性表面積の改善によって生じ得る。ＤＶ４血清型特異的残基に最も近いＣＤＲ位置に親和性増大変異を設計することに意識的な努力がなされた（図６）。ＤＶ４への親和性を改善する潜在能力を有するが他の血清型に対しては有害でない変異に、より高い優先度を与えた。結合親和性に対する点変異の影響について知る試みにおいて、変異体は、最も高い成功確率を有する残基に限定されなかった。
【０２７１】
実施例４：操作されたデング抗体の実験的特徴付け
この実施例における実験は、抗体における特定の操作された部位特異的変異が、ＤＶ１〜３のＥＤＩＩＩに対する結合親和性および／または結合能力を低下させることなく、または最小限の低下だけで、ＤＶ４のＥＤＩＩＩに対する親和性および／または効力を高めることを解明する。この実施例における実験は、操作された抗体の結合特性も正確に定量され得ることも実証する。この研究における実験は、さらに、特定の成功した単一変異を組み合わせることによって設計された操作されたデング抗体が、その抗体の親和性を最大に増加させることを示す。さらに、この実施例における実験は、この研究において設計された操作された抗体が、ＤＶの４つすべての血清型に対して強い阻害活性を示すだけでなく、インビボにおいて強力な抗ウイルス活性も有することを確かめる。
【０２７２】
コーティングされる抗原として、ＤＶ１〜４の精製された組換えＥＤＩＩＩを使用する間接ＥＬＩＳＡによる実験的試験のために、合計８７個の変異を選択した。変異体を、部位特異的突然変異誘発によって生成し、配列を確かめ、一過性のトランスフェクションによって２９３細胞から発現させた。ＤＶ１〜３のＥＤＩＩＩへの結合の減少が無くまたは最小限であり、かつＥＤＩＩＩ−ＤＶ４親和性を高めた１０個の変異が、同定された（表３）。これらの１０個の変異は、５つのＣＤＲ位置に及び、４つがＶＬに存在し（Ｒ３１、Ｎ５７、Ｅ５９およびＳ６０）、１つがＶＨに存在した（Ａ５５）。１０個のうち８個の変異が、ＶＬに存在し、７つが、Ｌ２だけに存在した。首尾よい変異は、大半は荷電されたまたは極性の性質であり、抗体−抗原界面領域の周囲に存在すると見出された（図７）。構造解析は、高度に保存されたエピトープ残基との接触をもたらす変異体の側鎖を示したことから、なぜそれらがＤＶ１〜３の結合に対して有害でないかが示唆された（図６および表５）。
【０２７３】
上で考察されたこれらの１０個の単一変異体の結合特性のさらなる正確な定量のために、溶液中の平衡時において親和性を測定する競合ＥＬＩＳＡ実験を行った。表６は、５つの単一変異体抗体からの親和性の結果を概説しており、これらは、ＤＶ１〜３のＥＤＩＩＩに対する親和性を維持しつつ、最も大きなＥＤＩＩＩ−ＤＶ４親和性増大を示した変異だった。ＤＶ４の親和性増大の程度は、１．１倍（ＶＬ−Ｒ３１Ｋ）から９．２倍（ＶＨ−Ａ５５Ｅ）の範囲だった。驚いたことに、２つの変異は、他の血清型に対して高い親和性を与えた；ＶＨ−Ａ５５Ｅは、ＥＤ−ＩＩＩ−ＤＶ２およびＥＤ−ＩＩＩ−ＤＶ３に対してそれぞれ１６倍および７倍の親和性増加をもたらし、ＶＬ−Ｎ５７Ｅは、ＥＤ−ＩＩＩ−ＤＶ２に対して３倍の親和性増加を示した。血清型１〜３に対して測定された１５個のうちの３つの親和性だけが（上記の５つの単一変異体抗体とともに）、２倍超の減少を示し、ただ１つの抗体−ＥＤＩＩＩ親和性（ＥＤＩＩＩ−ＤＶ３に対するＶＬ−Ｅ５９Ｑ）が、３倍超の親和性減少をもたらした。
【０２７４】
構造的に、親和性を高める上記５つの位置が、パラトープの空間的に異なる領域にマップされることから（図７）、さらなる増大が、成功した単一変異を組み合わせることによって達成され得ると示唆される。複数の３、４および５変異体組み合わせを試験し、４Ｅ５Ａと呼ばれる五重変異体抗体が、最も大きい親和性増加を示した。驚いたことに、４Ｅ５Ａは、単一変異体としてのＥＤＩＩＩ−ＤＶ４に最も大きな親和性改善を与える各位置におけるアミノ酸変化である５つの置換から構成された。親ｍＡｂと比べて、４Ｅ５Ａは、ＤＶ１およびＤＶ３のＥＤＩＩＩへの親和性を維持しつつ、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４に対して４５０倍の親和性改善（ＫＤ＝９１ｎＭ）およびＤＶ２に対して１５倍の親和性増加を示した（表７および表８）。著しいことに、これらの結果は、抗体の親和性が、マイクロモル濃度からナノモル濃度付近の親和性に増加し得ることを例証した。表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用して、親和性測定を検証し、ならびに結合動態パラメータを得た（表９および図８）。ＳＰＲからの親和性値は、ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４に対する４Ｅ１１  ＷＴの特異的結合が検出できなかったこと（非常に低い親和性を示唆する）（競合ＥＬＩＳＡの結果と概して一致した（ＫＤ＝４１μＭ））を除いては、競合ＥＬＩＳＡによって得られた親和性値と定量的に良好に一致した。
【０２７５】
ＥＤＩＩＩ−ＤＶ４に対する４Ｅ５Ａの親和性の増大が、活性の増大に解釈される至るか否かを決定するために、フォーカス減少中和試験（ＦＲＮＴ）アッセイを使用した。ＷＴ  ４Ｅ１１と比べて、４Ｅ５Ａは、ＤＶ４に対する中和能力の＞７５倍増加を示し、ＤＶ１〜３に対する効力を維持した（図９）。４Ｅ５Ａは、ＤＶ１〜４に対してそれぞれ０．１９、０．０２８、０．７７および４．０μｇ／ｍｌというＦＲＮＴ５０値で、４つすべての血清型に対して強い阻害活性を示した。４Ｅ５Ａの活性をさらに解明するために、感染後３日目にウイルス血症のピークを示すＤＶ２チャレンジのＡＧ１２９マウスモデルにおいて抗体を評価した。１ｍｇ／ｋｇと５ｍｇ／ｋｇの両方において、４Ｅ５Ａは、ウイルス血症の有意な減少を示し、５ｍｇ／ｋｇでの処置は、検出限界未満のウイルス力価レベルをもたらした（図１０）。まとめると、これらの結果は、操作されたｍＡｂ  ４Ｅ５Ａが、ＤＶの４つすべての血清型に対して強い阻害活性を示し、インビボにおいて強力な抗ウイルス活性を有することを示した。
【０２７６】
この研究に基づいて設計され得る操作された抗体（例えば、４Ｅ５Ａ）は、重要な薬物候補であり、さらに、当該分野で公知であるような、さらなる親和性成熟およびヒト化の段階のために採用され得る。４Ｅ１１／ＥＤ−ＩＩＩ複合体の結晶構造は、本特許出願の提出の前に発表されており、それにより、発表された複合体構造とこの研究において考察された構造モデルとの比較が可能になり、実際に、１．４オングストロームのＣ−アルファＲＭＳＤ値でのその２つの構造間の優れた対応が観察され、この研究の有意性がさらに確認された。
【０２７７】
考察
治療目的の抗体を発見するための従来のアプローチは、ファージディスプレイ法などの実験的方法に依存する。しかしながら、これらのアプローチは、費用がかかり、技術的に難しく、かつ時間もかかる。例えば、クレード１および２ウイルスを中和するインフルエンザＦＩ６  ｍＡｂは、１０４，０００個のＢ細胞をスクリーニングすることによって同定された。代替のストラテジーは、合理的な操作によって既存の抗体の特性を改変するものであり得る。本研究では、アブイニシオモデリングおよび抗体の再設計のためのコンピュータによる方法を提供した。試験運用において、（いくつかのデコイモデルから）Ｘ線構造を選び出す際のＭＬＲ予測法の感度は、ＺＲＡＮＫより優れていると見られた。さらに、ＡＩＦ測定基準は、複数の系にわたって、公知の親和性増大変異を捉えることができることが示された。次いで、このフレームワークを、抗デング中和ｍＡｂに対するより広い特異性および親和性を操作するために適用した。本研究によって得られた結果は、（１）ほんの少しの研究しか、抗体の交差反応性を改善しようと試みていなかった；（２）これは、抗体再設計および親和性増大に対して経験的なアプローチを使用した最初の研究である；および（３）抗体−抗原複合体の結晶構造なしで、親和性増大変異を予測した（ブラインド予測としても知られる）ので、重要だった。本研究は、コンピュータによるアプローチの適用によって、抗体の親和性が約４００倍超改善されたことを初めて示した（表１０）。これらのコンピュータによる方法の単純さを考慮すれば、これらの方法は、抗体工学に広く使用され得るものであり、物理学に基づくエネルギーアプローチとは違って、開始構造の原子座標の正確な位置によって影響されない。
【０２７８】
ＺＲＡＮＫによる上位のドッキングの解は、天然構造と構造的に非常に異なったことから、上位のＺＲＡＮＫモデルに従う任意の親和性増大の試みは、有益な結果をもたらさないであろうことが示された。親和性増大変異は、エネルギー論アプローチによってＸ線構造を用いても予測されたが、結果は、安定化変異と中性変異との判別が難しいことを強調した（表１１）。より顕著なことに、親和性増大変異Ｎ５７Ｅ、Ｎ５７ＳおよびＥ５９Ｎは、不安定化として分類された（表１１）。ＺＲＡＮＫは、ＣＡＰＲＩ実験において広く使用されて、かなりの成功を収めているので、本研究において提供される方法は、他のドッキングアルゴリズムに対して積み重ねられると、匹敵して良好に機能するだろう。ＺＥＰＩＩが有意に現れたという事実は、アミノ酸組成および残基間接触が判別力を含むことを示した。興味深いことに、いくつかの幾何学的特徴もまた、天然の界面をデコイと判別する予測力を有する。これは、抗原−抗体界面が、より平面であり、有意に秩序立っていたかまたは充填されていたという、以前の研究によってもたらされた観察結果と相関した。５つの異なるモデルを生成するために使用された界面残基の種々の組み合わせの間で、より多くの状況を付加することにより、探索空間が狭くなり、ゆえに天然に近い複合体の構造を発見する機会を増大させたように、公知のエピトープ界面残基およびパラトープ界面残基のすべてを使用することによって正確なモデルが生成された。
【０２７９】
ＣＤＲループ、特に、ＶＨ−ＣＤＲループが、安定化接触の大部分を占めるので、ファージディスプレイ法および指向進化法は、選択されたそれらのループをランダム化した。４Ｅ１１に対する結果は、多様化ストラテジーが、合理的なアプローチを使用しなければならないこと、および標的化された多様化のためにＶＬ−ループを含めなければならないことを示した。親和性増大変異が、主に極性の性質であり、結合界面の周囲に存在したという観察結果は、公知のデータと一致した。これらの変異は、衝突の効率を上げることによって会合速度を高めた可能性がある。目標とされた活性を有する変異の予測の成功率は、１２％（１０／８７）である。設計の問題の複雑さ（すなわち、複数の抗原の関与）を考慮し、ランダム変異が、平均して、結合親和性に対して有害な影響を及ぼし得ることを考慮すると、これらの結果は、有望だった。
【０２８０】
研究から、マウス生殖細胞系列が、ＥＤＩＩＩドメインへの高親和性結合のための固有の能力を有する遺伝子セグメントを有することが示されてきた（Ｒｅｆ  ２４、３２）。上記５つの変異の有益な効果にもかかわらず、これらの変異は、インビボにおいて共進化してこなかった。コドンレベルの解析によって、Ｎ５７ＥおよびＳ６０Ｗにおけるアミノ酸置換が、少なくとも２つの塩基の変更を必要とすることが示されたことから、ゲノムレベルでの限界が強調された。以前の研究は、抗ＤＶ抗体によって認識されるエピトープが、３つの異なる領域：（１）ＥＤ−ＩＩＩ上の外側隆起部エピトープ（血清型特異的な強力な中和剤）；（２）ＤＩＩＩのＡ鎖（部分複合体特異的中和剤）；ならびに（３）他のＤＩＩおよびＤＩＩＩエピトープ（複合体特異的なまたはフラビウイルス交差反応性の、中程度に強力な中和剤）に入ることを示した。本研究では、Ａ鎖エピトープに対する抗体が、インビトロにおいて良好な力価で、４つすべての血清型に結合するように操作され得ることが初めて示された。まとめると、４Ｅ５Ａは、興味深い広域性の中和プロファイルを示し、デング熱疾患を処置するための潜在的な治療薬開発のための目的の抗体であり得る。ヒトのＤＶに対するｍＡｂ治療薬は、抗体依存性増強に起因して、調節のハードルに直面し得る。しかしながら、最近の研究は、組換え抗ＤＶ抗体のＦｃ領域への改変によって、インビボにおいてＡＤＥが妨げられたことを示し、ゆえに、これらのより新しい補完的なアプローチの機会がもたらされた。ｍＡｂエピトープの保存の程度は、中和スペクトルおよびインビボでの保護を決定する際の重要な因子であり得る。ＤＶ４ウイルスの系統発生解析は、４つの異なる遺伝子型：Ｉ（東南アジア）、ＩＩ（インドネシア）、ＩＩＩおよびＩＶ（森林（Ｓｙｌｖａｔｉｃ）またはマレーシア）の存在を明らかにした。遺伝子型ＩＩの中で、ウイルスは、以前はＩＩａおよびＩＩｂと定義されていた２つの異なるクレードにクラスター形成する。４Ｅ１１−５Ａのエピトープ領域の配列解析から、遺伝子型Ｉにおける保存は比較的低かったが、遺伝子型ＩＩａ、ＩＩｂおよび４における高い保存の程度が明らかになったことから、本発明者らには、操作された抗体が、ＤＶ４ウイルスの大部分に対しておそらく有効であるだろうということが示唆された。
【０２８１】
【表１−３】
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【０２８２】
【表２】
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【０２８３】
【表３】
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【０２８４】
【表４】
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【０２８５】
【表５】
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【０２８６】
【表６】
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【０２８７】
【表７】
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【０２８８】
【表８】
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【０２８９】
【表９】
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【０２９０】
【表１０】
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【０２９１】
【表１１−１】
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【０２９２】
【表１１−２】
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【０２９３】
方法
抗原−抗体界面におけるアミノ酸の接触の傾向を推定するための数学的モデル
簡潔には、抗原−抗体界面において、残基が、好ましい相互作用のエネルギー論を有する場合、その残基の対は、おそらく相互作用するか、または偶然、相互作用する。アミノ酸相互作用の傾向を、偶然によって期待される相互作用の数、すなわち期待度数（ｅｘｐｅｃｔｅｄ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）をコンピュータで計算し、この数で観察度数（ｏｂｓｅｒｖｅｄ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）を除算することによって、計算した。
【０２９４】
２つのアミノ酸（抗原−抗体界面の各側に由来するもの）が、互いから４．５Å以内に存在する（すなわち、最も短い非Ｈ原子の距離が４．５Å未満である）場合、それらを対残基として定義した。界面における残基ｘ（抗原）とｙ（抗体）との間の対相互作用の総数が、Ｎ（ｘ，ｙ）である場合、それらの同時出現（ｃｏｎｃｕｒｒｅｎｃｅ）度数Ｆ（ｘ，ｙ）は、以下の通り定義された：
【０２９５】
【化５】
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【０２９６】
上記の方程式の分母は、界面におけるすべての残基対の対相互作用の総和を示す。
【０２９７】
パラトープおよびエピトープにおけるすべてのアミノ酸の出現度数を計算しなければならない。エピトープにおける特定のアミノ酸ｘの度数Ｆエピトープ（ｘ）を、以下のとおり定義した：
【０２９８】
【化６】
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【０２９９】
上記方程式において、Ｎ（ｘ）は、エピトープにおけるアミノ酸ｘの数を示す。分母は、エピトープにおけるすべてのアミノ酸の総数である。
【０３００】
同様に、パラトープにおけるアミノ酸ｙの出現度数Ｆパラトープ（ｙ）を、以下のとおり定義した：
【０３０１】
【化７】
2018087237.tif 000022
【０３０２】
上記方程式において、Ｎ（ｙ）は、パラトープにおけるアミノ酸ｙの数を示す。分母は、パラトープにおけるすべてのアミノ酸の総数を示す。
【０３０３】
パラメータＦ（ｘ，ｙ）、Ｆエピトープ（ｘ）およびＦパラトープ（ｙ）を、データセットにおける７７個すべてのベンチマークテストされた抗原−抗体構造を使用して決定した。以前の研究によってもたらされた観察結果と一致して、チロシン、セリン、グリシンおよびアスパラギンが、最も多いパラトープ残基だったのに対し、リジン、アルギニン、ロイシンおよびグリシンが、最も多いエピトープ残基だった（図１１）。アミノ酸ｘおよびｙの出現が独立している場合、下記の方程式において定義されるＥＦエピトープ−パラトープ（ｘ，ｙ）は、アミノ酸ｘおよびｙが同時に現れる期待度数率だった
ＥＦ（ｘ，ｙ）＝Ｆエピトープ（ｘ）Ｆパラトープ（ｙ）  。
【０３０４】
抗原に対する界面におけるアミノ酸ｘおよびｙの同時出現率が、期待される率より高い場合、以下の比ＲＡａ（ｘ，ｙ）は、１より大きくなる。
【０３０５】
【化８】
2018087237.tif 000023
【０３０６】
ＲＡＳ（ｘ，ｙ）は、２０×２０行列だった。ＲＡＳ（ｘ，ｙ）の例示的な適用は、下記に示唆される。
【０３０７】
ＲＡ（ｘ，ｙ）を使用して、ＣＤＲ残基のＡＩＦを求める。界面におけるＣＤＲ残基のＡＩＦを、その近隣のものとＲＡ（ｘ，ｙ）の総和と定義した。近隣のものを、距離の判定基準（４．５Å）によって定義した。
【０３０８】
ある界面位置におけるアミノ酸の最適な選択を決定する（パラトープの再操作）。抗原−抗体複合体を考慮して、ＣＤＲ位置におけるアミノ酸の優先度を、接触可能性スコアを使用してコンピュータで計算した。詳細には、所与のＣＤＲ位置において、野生型（ＷＴ）残基を、グリシンおよびプロリンを除く（骨格の立体配座の変化を回避するために）残りのアミノ酸で系統的に置換し、ＡＩＦ測定基準を用いて、各場合における置換の確率を評価した。野生型残基より高い置換能力を有する単一変異をコンピュータで再評価して、（ａ）極性基を埋没させない変異および（ｂ）立体障害を引き起こさない変異を発見した。
【０３０９】
ＲＡ（ｘ，ｙ）を使用して、抗原−抗体界面の相互作用の強度を定量する（エピトープ−パラトープ界面インデックス）。抗原と抗体との相互作用は、数多くの非共有結合の形成によって生じる。ゆえに、相互作用の親和性は、引力と斥力との総和に直接関連した（ファンデルワールス相互作用、水素結合、塩橋および疎水性力）。本明細書中では、抗体−抗原界面の相互作用の強度を、アミノ酸対の組み合わせのすべてに対するＲＡの線形結合によって定量的に調査した。抗原−抗体界面の強度を表すインデックス「ｉ」（エピトープ−パラトープ界面インデックス（ＥＰＩＩ）とも呼ばれる）は、以下によって定義された：
【０３１０】
【化９】
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【０３１１】
上記の方程式においてＦｉ（ｘ，ｙ）は、界面ｉにおけるアミノ酸ｘ（ｘは、二次構造群（ｓｅｃｏｎｄａｒｙ  ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  ｇｒｏｕｐ）に属する）とｙとの同時出現度数を表す。
【０３１２】
ＥＰＩＩを使用して、真の抗原−抗体相互作用をドッキングデコイと判別する。最も高いポテンシャルを有する界面を、コンピュータによるドッキングによって生成された他のデコイ界面と区別するために、ＥＰＩＩ値は、そのタンパク質におけるすべての界面によって正規化されるべきである。この目的のために、Ｚスコア化ＥＰＩＩを使用した。Ｍ個の界面が、あるタンパク質に見られる場合、界面ｉに対するＺスコア化ＥＰＩＩは、以下のとおり計算された：
【０３１３】
【化１０】
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【０３１４】
デコイモデルを生成するための、非冗長抗原−抗体構造複合体およびコンピュータによるドッキングのデータセット
Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋからの合計５６８個の抗原−抗体複合体を解析した。幾何学的な界面の特徴（平面性、埋もれた表面積など）の妥当な数え上げを確実にするために、抗原の長さが２０アミノ酸未満の構造を排除した。さらに、多くの構造が、同じまたは類似の抗原を含んだことから（これにより、この研究は偏り得る）、多重表示されたタンパク質抗原から得られた因子に対してより大きい重みを与えた。データセットから冗長な構造を除去するために、相同な抗原（ＢＬＡＳＴ＿ＥＮＲＥＦ＿４０  Ｐ値１０ｅ２７によって定義される）を有しかつ５０％のエピトープ残基を共有する構造を、同じ群の下に分類し、最も高い解像度を有する構造を代表として選択した。これにより、７７個の非冗長抗原−抗体複合体構造が得られた。
【０３１５】
ＺＤＯＣＫを使用して、抗原−抗体相互作用のコンピュータによるデコイモデルを生成した。デコイモデルを生成するためのプロトコルは、７７個のすべての構造的複合体に対して同じだった。抗体の可変ドメインだけをドッキングに使用した。２つの分子のうちの大きいほうをレセプターと見なし、小さい分子をリガンドとみなした。様々な立体配座をサンプリングするために、リガンドの配向を各工程において６度回転させた。最初のドッキング手順は、比較的大きな面積を探索するので、エピトープおよびパラトープ上の推定ホットスポット残基間の距離の制約を、生成されたモデルが天然のポーズから有意に変化しないことを確実にするように設定した。構造予測で直面する課題が４Ｅ１１のシナリオと等価であることを確実にするために、いずれかの側において２つのホットスポット残基を選択した。すべてのデコイモデルにおいて、推定エピトープホットスポットおよび推定パラトープホットスポットは、互いから１０オングストローム以内だった。ウェブサーバーＡＮＣＨＯＲを使用して、ホットスポットを同定した。最初のドッキング手順は、２，０００個のポーズを生成し、次いでそれらを、先に記載された総当たりの（ａｌｌ−ｖｅｒｓｕｓ−ａｌｌ）ＲＭＳＤ行列に基づいてクラスター化した。２つのドッキングされたポーズ間のＲＭＳＤを、結合界面の７オングストローム以内のリガンド残基に基づいて計算した。クラスターの中心に相当するドッキングされたタンパク質のポーズをデコイモデルとみなした。ＺＤＯＣＫは、ドッキングされたポーズをランク付けする脱溶媒和および静電気的エネルギーの用語（「ＺＲＡＮＫ」）とともに形状相補性（ｓｈａｐｅ  ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ）を使用する。これらのデコイの各々をさらに、ＣＨＡＲＭｍ最小化を使用して洗練させた。
【０３１６】
予測方法の感度を評価するために、Ｘ線構造をデコイモデルと組み合わせた。
【０３１７】
４Ｅ１１  Ｆｖの相同性モデリング
４Ｅ１１  Ｆｖの構造モデルを、ＳＩＷＷ−ＭＯＤＥＬ相同性モデリングサーバーを使用して構築した。研究は、（１）標的と鋳型との間の配列類似性の程度が高かったとき、（２）ＣＤＲループＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｈ１、Ｈ２の主鎖の立体配座が「正準の構造」に従うとき、および（３）重鎖ＣＤＲ３（Ｈ３）が、異常に長くなかったとき、超可変ＣＤＲのモデリングの全体的な精度が適切であることを示した。
【０３１８】
４Ｅ１１−ＥＤＩＩＩ（ＤＶ１〜４）ポーズを生成するためのコンピュータによるドッキング
モデル化されたＦｖを、ＺＤＯＣＫを使用して、選択されたＤＶ１系統のＥＤＩＩＩに対してドッキングさせた。ＤＶ１ウイルスに感染したマウスからｍＡｂ  ４Ｅ１１を最初に単離したので、ＤＶ１抗原を使用した。ＤＶ１抗原の構造を、鋳型として、ＤＶ１  ＥＤＩＩＩ（ＰＤＢ：３ＩＲＣ）の解かれた結晶構造を維持しているＳＷＩＳＳ  ＭＯＤＥＬ相同性モデリングサーバーを使用してモデル化した。ＺＤＯＣＫは、ドッキングされたポーズをランク付けする脱溶媒和および静電気的エネルギーの用語（「ＺＲＡＮＫ」）とともに形状相補性を使用する。ドッキングされたポーズが天然の複合体から有意に逸脱しないことを確実にするために、文献に見られるマッピングされたエピトープ残基およびパラトープ残基を結合界面に含めざるを得なかった。界面に含められた残基は、３０７Ｋ、３８９Ｌおよび３９１Ｗ（エピトープ；３ＩＲＣにおけるようなＤＶ１のナンバリング）および１０１Ｗ、１０２Ｅ（パラトープ；配列位置に基づくナンバリング）だった。
【０３１９】
ＤＶ２、３、４との複合体における４Ｅ１１の構造（ＥＤＩＩＩ）を、鋳型として４Ｅ１１−ＤＶ１  ＥＤＩＩＩ構造モデルを使用してモデル化した。
【０３２０】
等価物および範囲
当業者は、本明細書中に記載される本発明の特定の実施形態の多くの等価物を、認識し得るか、またはただの通例のものにすぎない実験法を使用して確かめることができるだろう。本発明の範囲は、上記の明細書に限定されると意図されておらず、むしろ、添付の請求項に示されるとおりである。
【０３２１】
請求項において、「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」などの冠詞は、反対のことが示されていないかまたは別途文脈から明らかでない限り、１つまたは１つより多いことを意味し得る。反対のことが示されていないかまたは別段文脈から明らかでない限り、ある群の１つ以上のメンバーの間に「または」を含む請求項または明細書は、１つの、１つより多いまたはすべての群メンバーが、所与の生成物またはプロセスに存在するか、使用されているか、または別途関連していることを満たすとみなされる。本発明は、その群の厳密に１つのメンバーが、所与の生成物またはプロセスに存在するか、使用されているか、または別途関連している実施形態を含む。本発明は、１つより多いまたはすべての群メンバーが、所与の生成物またはプロセスに存在するか、使用されているか、または別途関連している実施形態を含む。さらに、本発明は、列挙される請求項の１つ以上からの１つ以上の制限、エレメント、節および記述用語などが別の請求項に導入されているすべてのバリエーション、組み合わせおよび順列を包含すると理解されるべきである。例えば、別の請求項に従属している任意の請求項は、同じ基本請求項に従属している他の任意の請求項に見られる１つ以上の制限を含むように改変され得る。さらに、請求項が、組成物を述べる場合、別段示されないか、または矛盾もしくは不一致が生じ得ることが当業者に明らかでない限り、本明細書中に開示される任意の目的のためにその組成物を使用する方法が含まれ、本明細書中に開示される任意の生成方法または当該分野で公知の他の方法に従ってその組成物を生成する方法が含まれる。
【０３２２】
エレメントが、リストとして、例えば、マーカッシュ群の形式で提示される場合、それらのエレメントの各部分群もまた開示され、任意のエレメントがその群から除かれ得ることが、理解されるべきである。通常、本発明または本発明の態様が、特定のエレメント、特徴などを含むと言及される場合、本発明のある特定の実施形態または本発明の態様は、そのようなエレメント、特徴などからなるか、またはそれらから本質的になることが理解されるべきである。単純化するために、それらの実施形態は、本明細書中においてこの通りの言葉で具体的に示されてこなかった。用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、オープンであると意図されており、さらなるエレメントまたは工程の包含を許容することに注意する。
【０３２３】
範囲が与えられる場合、終点は含まれる。さらに、別段示されないかまたは別段文脈および当業者の理解から明らかでない限り、範囲として表現された値は、文脈が明らかに他のことを指示しない限り、本発明の種々の実施形態において述べられた範囲内の任意の特定の値または部分範囲をその範囲の下限の単位の１０分の１まで想定し得る。
【０３２４】
さらに、従来技術の範囲内に含まれる本発明の任意の特定の実施形態は、請求項の任意の１つ以上から明白に除外され得ると理解されるべきである。そのような実施形態は、当業者に公知であるとみなされるので、それらは、その除外が本明細書中に明示的に示されなかったとしても、除外され得る。
【０３２５】
上でおよび本文全体を通して述べられた刊行物は、単に、本願の出願日より前にそれらの開示のために提供されただけである。先行開示を理由に本発明者らがそのような開示に先行する権利がないことを自認するものとして、本明細書中のいかなる記載も解釈されるべきでない。
【０３２６】
当業者は、本明細書中に記載される本発明の特定の実施形態の多くの等価物を、認識し得るか、またはただの通例のものにすぎない実験法を使用して確かめることができるだろう。本発明の範囲は、上記の明細書に限定されると意図されておらず、むしろ、以下の請求項に示されるとおりである。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【配列表】
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