(57)【要約】【課題】遺伝子多型を用いて、服従性などの行動特性が重要とされる、盲導犬等の選抜及び行動特性の検査方法の提供。【解決手段】被験犬において、第28番染色体上のSortilin-related receptor CNS expressed (SORCS)1遺伝子の一塩基多型を分析することを含む、犬の行動特性を判定する方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験犬において、第28番染色体上のSortilin-related receptor CNS expressed (SORCS)1遺伝子の一塩基多型を分析することを含む、犬の行動特性を判定する方法。
【請求項２】
第28番染色体上のSORCS1遺伝子の一塩基多型が以下の(i)〜(viii)の少なくとも１つの一塩基多型である、請求項１記載の方法：
(i)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801488番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801488C>T多型）；
(ii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801539番目の塩基におけるG又はTの一塩基多型であり、配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801539G>T多型）；
(iii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18809171番目の塩基におけるG又はAの一塩基多型であり、配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18809171G>A多型）；
(iv)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18820912番目の塩基におけるC又はAの一塩基多型であり、配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18820912C>A多型）；
(v)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18821030番目の塩基におけるT又はAの一塩基多型であり、配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821030T>A多型）；
(vi)  犬の第28番染色体の全塩基配列の.18821044番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821044C>T多型）；
(vii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18823291番目の塩基におけるA又はGの一塩基多型であり、配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18823291A>G多型）；及び
(viii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18835904番目の塩基におけるT又はCの一塩基多型であり、配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18835904T>C多型）。
【請求項３】
被験犬において以下の(i)〜(viii)のいずれかの場合に、該被験犬は行動特性として服従性を有していると判定する、請求項１又は２に記載の方法。
(i)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801488番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801488C>T多型）部位の遺伝子型がC/C又はC/Tである場合；
(ii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801539番目の塩基におけるG又はTの一塩基多型であり、配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801539G>T多型）部位の遺伝子型がG/G又はG/Tである場合；
(iii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18809171番目の塩基におけるG又はAの一塩基多型であり、配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18809171G>A多型）部位の遺伝子型がA/A又はG/Aである場合；
(iv)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18820912番目の塩基におけるC又はAの一塩基多型であり、配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18820912C>A多型）部位の遺伝子型がA/A又はC/Aである場合；
(v)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18821030番目の塩基におけるT又はAの一塩基多型であり、配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821030T>A多型）部位の遺伝子型がA/A又はT/Aである場合；
(vi)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18821044番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821044C>T多型）部位の遺伝子型がT/T又はC/Tである場合；
(vii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18823291番目の塩基におけるA又はGの一塩基多型であり、配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18823291A>G 多型）部位の遺伝子型がG/G又はA/Gである場合；又は
(viii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18835904番目の塩基におけるT又はCの一塩基多型であり、配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18835904T>C多型）部位の遺伝子型がC/C又はT/Cである場合。
【請求項４】
被験犬からイントロン３の一塩基多型を含むゲノムDNAを抽出し、抽出したDNAに含まれる対立遺伝子の一塩基多型部位の塩基を同定する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記一塩基多型を含む塩基配列の外側に結合する一対のPCRプライマーとリアルタイムPCR機検出用の蛍光標識された対立遺伝子特異的な配列を有する２種類のプローブを用意し、PCR反応を行うことで実施するリアルタイムPCRにより対立遺伝子の一塩基多型部位の塩基を同定する、請求項４記載の方法。
【請求項６】
行動特性として服従性を有していると判定された被験犬を、盲導犬、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、聴導犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬及び家庭犬からなる群から選択される犬として選抜する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
犬の第28番染色体上のSORCS1遺伝子の一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いる以下の(p1)〜(p8)のいずれかのプライマー対であって、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法に用いるプライマー対：
(p1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801488C>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801539G>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18809171G>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18820912C>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821030T>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821044C>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18823291A>Gの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；及び
(p8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18835904T>Cの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー。
【請求項８】
犬の第28番染色体上のSORCS1遺伝子の一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いる以下の(a)〜(e)のいずれかのプライマー対であって、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法に用いるプライマー対：
(a)  NC_006610.3:g.18801488C>T多型及びNC_006610.3:g.18801539G>T多型の少なくとも１つの多型を検出するための、フォワード：5’-ATCCCTGCTGTCATACTT-3’（配列番号１４）及びリバース：  5’-GATGAATGATTGCTTAGGGTT-3’（配列番号１５）のプライマー対；
(b)  NC_006610.3:g.18809171G>A多型を検出するための、フォワード：5’-TCTTTATTAAGGGAGCCTATAT-3’（配列番号１６）及びリバース：5’- TGTTGGTACAAGGTTACCTAAA-3’（配列番号１７）のプライマー対；
(c)  NC_006610.3:g.18820912C>A多型, NC_006610.3:g.18821030T>A多型及びNC_006610.3:g.18821044C>T多型の少なくとも１つの多型を検出するための、フォワード：5’-CAAGATTGGGGCACTGAACT-3’（配列番号１８）及びリバース：5’- AACGAGGCCTAAAGAGCTGA-3’（配列番号１９）のプライマー対；
(d)  NC_006610.3:g.18823291A>G多型を検出するための、フォワード：5’-TGCATATGGGCATCTCTACCC-3’（配列番号２０）及びリバース： 5’- GCCATCACTTACTGAACGTC -3’（配列番号２１）のプライマー対；又は
(e)  NC_006610.3:g.18835904T>Cを検出するための、フォワード：5’-TTTAGGGCAGAATGACCCTG-3’（配列番号２２）及びリバース： 5’-AGGATGCCTTCTTCCTAGTGT-3’（配列番号２３）のプライマー対。
【請求項９】
犬の第28番染色体上のSORCS遺伝子の一塩基多型部位を含む領域にハイブリダイズすることができる以下の(q1)〜(q8)のいずれかのプローブであって、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法に用いるプローブ：
(q1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801488C>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801539G>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18809171G>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18820912C>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821030T>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821044C>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18823291A>Gの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；及び
(q8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18835904T>Cの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ。
【請求項１０】
請求項７に記載の(p1)〜(p8)のプライマー対の少なくとも１対、請求項８に記載の(a)〜(e)のプライマー対の少なくとも１対、又は請求項９に記載の(q1)〜(q8)のプローブの少なくとも１つを含む、犬の行動特性を判定するためのキット。
【請求項１１】
行動特性として服従性を有していると判定された被験犬を、盲導犬、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、聴導犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬及び家庭犬からなる群から選択される犬として選抜する、請求項１０に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は遺伝子多型を用いて、服従性などの行動特性が重要とされる、盲導犬、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、聴導犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬等の社会活動動物（身体障害者補助犬含む）等及び家庭犬の選抜、並びに気質（性格）検査に関するものである。
【０００２】
行動特性と遺伝子型については、盲導犬と非盲導犬についてGWAS解析を使い、多数ある犬遺伝子の中から、一つの遺伝子とその遺伝子型（SNP：一塩基多型）SORCS1を見出し、これが盲導犬の選抜や行動特性に関連する有用なマーカであることを明らかにした。
【背景技術】
【０００３】
盲導犬は、視覚障害者の安全で快適な歩行をサポートする道路交通法第14条に定める犬のことをいう。平成27年12月1日現在、全国で984頭が盲導犬として登録されている。しかし、盲導犬希望者は約4,800人ともいわれ、潜在的希望者も加えると約7,800人と推定されており、視覚障害者への盲導犬供給が十分になされていない。また、訓練犬の合格率も24%と低率となっている上、一頭あたりの育成費用が約530万円と高額であることから、欧米先進諸国と比較して普及率が1/2から1/3にとどまっているといわれている。
【０００４】
その他に、盲導犬は雌雄ともに避妊・去勢を受けた後に訓練を開始するために、優秀な盲導犬であってもその遺伝子を繁殖によって次世代に伝える技術がないことも、課題とされている。
【０００５】
盲導犬の効率的育成のため、人工繁殖技術の開発も行われ、2008年には、帯広畜産大学の鈴木教授らにより冷凍保存した受精卵から数匹の子犬を得た例があるが、実用化のためには莫大な研究費と時間が必要な状況にある。
【０００６】
その他に、犬の性格に関連するといわれている遺伝子を子犬の段階で検査し、診断することで、盲導犬適性を推定することにつなげる技術も開示されている（特許文献１〜３を参照）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】特許第4839439号公報
【特許文献２】特許第5023327号公報
【特許文献３】特許第5023331号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
本発明は、遺伝子多型を用いて、服従性などの行動特性が重要とされる、盲導犬、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、聴導犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬等の社会活動動物（身体障害者補助犬含む）等及び家庭犬の選抜、並びに気質（性格）特性（行動特性）の検査方法の提供を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明者らは、盲導犬等として適した行動特性を遺伝子型を指標に判別し、盲導犬等に適した犬を選抜することができないか鋭意検討を行った。本発明者らは、行動特性と遺伝子型については、盲導犬と非盲導犬について犬全ゲノム関連解析（GWAS）を行い、多数ある犬遺伝子の中から、第28番染色体上の一つの遺伝子SORCS1とその遺伝子型（SNP：一塩基多型）が盲導犬の選抜や行動特性に関連する有用なマーカであることを見出し、本発明を完成させるに至った。
【００１０】
すなわち、本発明は以下のとおりである。
[１]  被験犬において、第28番染色体上のSortilin-related receptor CNS expressed (SORCS)1遺伝子の一塩基多型を分析することを含む、犬の行動特性を判定する方法。
[２]  第28番染色体上のSORCS1遺伝子の一塩基多型が以下の(i)〜(viii)の少なくとも１つの一塩基多型である、[１]の方法：
(i)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801488番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801488C>T多型）；
(ii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801539番目の塩基におけるG又はTの一塩基多型であり、配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801539G>T多型）；
(iii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18809171番目の塩基におけるG又はAの一塩基多型であり、配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18809171G>A多型）；
(iv)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18820912番目の塩基におけるC又はAの一塩基多型であり、配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18820912C>A多型）；
(v)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18821030番目の塩基におけるT又はAの一塩基多型であり、配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821030T>A多型）；
(vi)  犬の第28番染色体の全塩基配列の.18821044番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821044C>T多型）；
(vii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18823291番目の塩基におけるA又はGの一塩基多型であり、配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18823291A>G多型）；及び
(viii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18835904番目の塩基におけるT又はCの一塩基多型であり、配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18835904T>C多型）。
[３]  被験犬において以下の(i)〜(viii)のいずれかの場合に、該被験犬は行動特性として服従性を有していると判定する、[１]又は[２]の方法。
(i)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801488番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801488C>T多型）部位の遺伝子型がC/C又はC/Tである場合；
(ii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18801539番目の塩基におけるG又はTの一塩基多型であり、配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18801539G>T多型）部位の遺伝子型がG/G又はG/Tである場合；
(iii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18809171番目の塩基におけるG又はAの一塩基多型であり、配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18809171G>A多型）部位の遺伝子型がA/A又はG/Aである場合；
(iv)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18820912番目の塩基におけるC又はAの一塩基多型であり、配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18820912C>A多型）部位の遺伝子型がA/A又はC/Aである場合；
(v)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18821030番目の塩基におけるT又はAの一塩基多型であり、配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821030T>A多型）部位の遺伝子型がA/A又はT/Aである場合；
(vi)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18821044番目の塩基におけるC又はTの一塩基多型であり、配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18821044C>T多型）部位の遺伝子型がT/T又はC/Tである場合；
(vii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18823291番目の塩基におけるA又はGの一塩基多型であり、配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18823291A>G 多型）部位の遺伝子型がG/G又はA/Gである場合；又は
(viii)  犬の第28番染色体の全塩基配列の18835904番目の塩基におけるT又はCの一塩基多型であり、配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における一塩基多型（NC_006610.3:g.18835904T>C多型）部位の遺伝子型がC/C又はT/Cである場合。
[４]  被験犬からイントロン３の一塩基多型を含むゲノムDNAを抽出し、抽出したDNAに含まれる対立遺伝子の一塩基多型部位の塩基を同定する、[１]〜[３]のいずれかの方法。
[５]  前記一塩基多型を含む塩基配列の外側に結合する一対のPCRプライマーとリアルタイムPCR機検出用の蛍光標識された対立遺伝子特異的な配列を有する２種類のプローブを用意し、PCR反応を行うことで実施するリアルタイムPCRにより対立遺伝子の一塩基多型部位の塩基を同定する、[４]の方法。
[６]  行動特性として服従性を有していると判定された被験犬を、盲導犬、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、聴導犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬及び家庭犬からなる群から選択される犬として選抜する、[１]〜[５]のいずれかの方法。
[７]  犬の第28番染色体上のSORCS1遺伝子の一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いる以下の(p1)〜(p8)のいずれかのプライマー対であって、[１]〜[６]のいずれかの方法に用いるプライマー対：
(p1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801488C>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801539G>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18809171G>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18820912C>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821030T>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821044C>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18823291A>Gの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；及び
(p8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18835904T>Cの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー。
[８]  犬の第28番染色体上のSORCS1遺伝子の一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いる以下の(a)〜(e)のいずれかのプライマー対であって、[１]〜[６]のいずれかの方法に用いるプライマー対：
(a)  NC_006610.3:g.18801488C>T多型及びNC_006610.3:g.18801539G>T多型の少なくとも１つの多型を検出するための、フォワード：5’-ATCCCTGCTGTCATACTT-3’（配列番号１４）及びリバース：  5’-GATGAATGATTGCTTAGGGTT-3’（配列番号１５）のプライマー対；
(b)  NC_006610.3:g.18809171G>A多型を検出するための、フォワード：5’-TCTTTATTAAGGGAGCCTATAT-3’（配列番号１６）及びリバース：  5’-TGTTGGTACAAGGTTACCTAAA-3’（配列番号１７）のプライマー対；
(c)  NC_006610.3:g.18820912C>A多型, NC_006610.3:g.18821030T>A多型及びNC_006610.3:g.18821044C>T多型の少なくとも１つの多型を検出するための、フォワード：5’-CAAGATTGGGGCACTGAACT-3’（配列番号１８）及びリバース： 5’-AACGAGGCCTAAAGAGCTGA-3’（配列番号１９）のプライマー対；
(d)   NC_006610.3:g.18823291A>G多型を検出するための、フォワード：5’-TGCATATGGGCATCTCTACCC-3’（配列番号２０）及びリバース： 5’-GCCATCACTTACTGAACGTC-3’（配列番号２１）のプライマー対；又は
(e)  NC_006610.3:g.18835904T>Cを検出するための、フォワード：5’-TTTAGGGCAGAATGACCCTG-3’（配列番号２２）及びリバース： 5’-AGGATGCCTTCTTCCTAGTGT-3’（配列番号２３）のプライマー対。
[９]  犬の第28番染色体上のSORCS遺伝子の一塩基多型部位を含む領域にハイブリダイズすることができる以下の(q1)〜(q8)のいずれかのプローブであって、[１]〜[６]のいずれかの方法に用いるプローブ：
(q1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801488C>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801539G>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18809171G>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18820912C>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821030T>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821044C>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18823291A>Gの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；及び
(q8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18835904T>Cの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ。
[１０]  [７]の(p1)〜(p8)のプライマー対の少なくとも１対、[８]の(a)〜(e)のプライマー対の少なくとも１対、又は[９]の(q1)〜(q8)のプローブの少なくとも１つを含む、犬の行動特性を判定するためのキット。
[１１]  行動特性として服従性を有していると判定された被験犬を、盲導犬、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、聴導犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬及び家庭犬からなる群から選択される犬として選抜する、[１０]のキット。
【発明の効果】
【００１１】
SORCS1遺伝子は、中枢神経系に発現することが報告されている遺伝子であり、犬の第28番染色体（Canis lupus familiaris breed boxer chromosome 28, CanFam3.1, whole genome shotgun sequence：NCBI Reference Sequence: NC_006610.3）に存在する遺伝子であり、イントロン３中に存在する８つの一塩基多型が犬の行動特性に関連しており、該一塩基多型をマーカとして利用することにより、被験犬の行動特性を判断することができ、さらに、盲導犬等に適した犬を選抜することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】犬第28番染色体のゲノム関連解析（GWAS）の結果を示す図である。楕円で囲んだ領域が強い相関が認められる領域である。
【図２】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18801488C>T多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図３】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18801539G>T多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図４】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18809171G>A多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図５】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18820912C>A多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図６】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18821030T>A多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図７】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18821044C>T多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図８】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18823291A>G多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図９】盲導犬及び非盲導犬におけるNC_006610.3:g.18835904T>C多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す図である。
【図１０】犬の第28番染色体上のSORCS1遺伝子イントロン中の各多型を含む塩基配列を示す図である。
【図１１】盲導犬選抜に用いられる公知の13個の一塩基多型を示す図である。
【図１２−１】本発明の一塩基多型を用いた場合と、公知の一塩基多型を用いて選抜した盲導犬の合格率の比較を示す図である（その１）。
【図１２−２】本発明の一塩基多型を用いた場合と、公知の一塩基多型を用いて選抜した盲導犬の合格率の比較を示す図である（その２）。
【図１２−３】本発明の一塩基多型を用いた場合と、公知の一塩基多型を用いて選抜した盲導犬の合格率の比較を示す図である（その３）。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明は、犬のSortilin-related receptor CNS(central nervous system)  expressed (SORCS)1遺伝子の一塩基多型（SNP)を分析し、犬を選抜する方法、又は犬の気質（性格）特性を判定する方法である。
【００１４】
SORCS1遺伝子は、中枢神経系に発現することが報告されている遺伝子であり、犬の第28番染色体（Canis lupus familiaris breed boxer chromosome 28, CanFam3.1, whole genome shotgun sequence：NCBI Reference Sequence: NC_006610.3）の全塩基配列の18835904番目〜18801488番目に存在する。
【００１５】
本発明において、選抜される犬は、服従性などの行動特性が重要とされる、盲導犬、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、聴導犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬等の社会活動動物（身体障害者補助犬含む）等及び家庭犬である。本発明において、これらの犬を盲導犬等ということがある。これらの犬の中でも盲導犬が好ましい。服従性などの行動特性を気質（性格）特性ともいう。
【００１６】
行動特性の判定は、被験犬が上記の犬に適した服従性等の行動特性を有しているか否かの判定である。
【００１７】
本発明者らは、SORCS1遺伝子の一塩基多型がイヌの行動特性と関連していることを見出し、本発明を完成させたが、ここで一塩基多型がイヌの行動特性と関連しているとは、被験犬の一塩基多型のアレルと被験犬の服従性等の行動特性が統計学的に関連していることをいう。
【００１８】
本発明においては、SORCS1遺伝子のイントロン３上に存在する以下の(i)〜(viii)の８つの一塩基多型の少なくとも１つの一塩基多型、好ましくは２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ又は８つの一塩基多型を分析する。該遺伝子に存在する一塩基多型に基づいて犬の行動特性を判定することができ、盲導犬等に適した犬を選抜することができる。以下の(i)〜(viii)においては、犬の第28番染色体の全塩基配列における塩基の位置で示す。
【００１９】
(i)  NC_006610.3:g.18801488C>T多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18801488番目の塩基におけるC又はTの多型であり、配列番号１で示される塩基配列の26番目の塩基における多型；
(ii)  NC_006610.3:g.18801539G>T多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18801539番目の塩基におけるG又はTの多型であり、配列番号２で示される塩基配列の26番目の塩基における多型；
(iii)  NC_006610.3:g.18809171G>A多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18809171番目の塩基におけるG又はAの多型であり、配列番号３で示される塩基配列の26番目の塩基における多型；
(iv)  NC_006610.3:g.18820912C>A多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18820912番目の塩基におけるC又はAの多型であり、配列番号４で示される塩基配列の26番目の塩基における多型；
(v)  NC_006610.3:g.18821030T>A多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18821030番目の塩基におけるT又はAの多型であり、配列番号５で示される塩基配列の26番目の塩基における多型；
(vi)  NC_006610.3:g.18821044C>T多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18821044番目の塩基におけるC又はTの多型であり、配列番号６で示される塩基配列の26番目の塩基における多型；
(vii)  NC_006610.3:g.18823291A>G 多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18823291番目の塩基におけるA又はGの多型であり、配列番号７で示される塩基配列の26番目の塩基における多型；
(viii)  NC_006610.3:g.18835904T>C多型
犬の第28番染色体の全塩基配列の18835904番目の塩基におけるT又はCの多型であり、配列番号８で示される塩基配列の26番目の塩基における多型。
【００２０】
上記のNC_006610.3:g.18801488C>T多型及びNC_006610.3:g.18801539G>T多型を含む犬の第28番染色体（Canis lupus familiaris breed boxer chromosome 28, CanFam3.1, whole genome shotgun sequence）上の塩基配列を配列番号９及び図１０Ａに、NC_006610.3:g.18809171G>A多型を含む犬の第28番染色体上の塩基配列を配列番号１０及び図１０Ｂに、NC_006610.3:g.18820912C>A多型、NC_006610.3:g.18821030T>A多型及びNC_006610.3:g.18821044C>T多型を含む犬の第28番染色体上の塩基配列を配列番号１１及び図１０Ｃに、NC_006610.3:g.18823291A>G多型を含む犬の第28番染色体上の塩基配列を配列番号１２及び図１０Ｄに、 NC_006610.3:g.18835904T>C多型を含む犬の第28番染色体上の塩基配列を配列番号１３及び図１０Ｅに示す。
【００２１】
一塩基多型の分析は、一塩基多型部位の塩基の種類、すなわちアレルを決定することをいい、１対の染色体上の一方の染色体について検出する場合も、両方の染色体について検出する場合も包含され、両方の染色体について検出する場合も、一塩基多型部位においてホモ接合性かヘテロ接合性かの検出を含む。被験体から単離した試料に含まれる特定のアレルに対立する各々のアレルを検出し、遺伝子型を決定することができる。あるアレルのみが検出された場合は当該アレルをホモに有するホモ接合性であり、２つのアレルが検出された場合には該２つのアレルをヘテロに有するヘテロ接合性である。
【００２２】
上記の一塩基多型は、犬の行動特性を判定し、上記の盲導犬等の犬を選抜するための遺伝子マーカということができる。
【００２３】
(i)  NC_006610.3:g.18801488C>T多型については、Tアレルを保有している被験犬よりもCアレルを保有している被験犬の方が、すなわちC/Cのホモ接合体又はC/Tのヘテロ接合体の被験犬の方がT/Tのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、C/Cのホモ接合体の被験犬の方がC/Tのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列の18801488番目の一塩基多型部位の遺伝子型がC/C又はC/Tである場合、特にC/Cである場合に、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００２４】
(ii)  NC_006610.3:g.18801539G>T多型については、Tアレルを保有している被験犬よりもGアレルを保有している被験犬の方が、すなわちG/Gのホモ接合体又はG/Tのヘテロ接合体の被験犬の方がT/Tのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、G/Gのホモ接合体の被験犬の方がG/Tのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列18801539番目の一塩基多型部位の遺伝子型がG/G又はG/Tである場合、特にG/Gである場合に、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００２５】
(iii)  NC_006610.3:g.18809171G>A多型については、Gアレルを保有している被験犬よりもAアレルを保有している被験犬の方が、すなわちA/Aのホモ接合体又はG/Aのヘテロ接合体の被験犬の方がG/Gのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、A/Aのホモ接合体の被験犬の方がG/Aのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列の18809171番目の一塩基多型部位の遺伝子型がA/A又はG/Aである場合、特にA/Aである場合に、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００２６】
(iv)  NC_006610.3:g.18820912C>A多型については、Cアレルを保有している被験犬よりもAアレルを保有している被験犬の方が、すなわちA/Aのホモ接合体又はC/Aのヘテロ接合体の被験犬の方がC/Cのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、A/Aのホモ接合体の被験犬の方がC/Aのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列の18820912番目の一塩基多型部位の遺伝子型がA/A又はC/Aである場合に、特にA/Aである場合、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００２７】
(v)  NC_006610.3:g.18821030T>A多型については、Tアレルを保有している被験犬よりもAアレルを保有している被験犬の方が、すなわちA/Aのホモ接合体又はT/Aのヘテロ接合体の被験犬の方がT/Tのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、A/Aのホモ接合体の被験犬の方がT/Aのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列の18821030番目の一塩基多型部位の遺伝子型がA/A又はT/Aである場合、特にA/Aである場合に、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００２８】
(vi)   NC_006610.3:g.18821044C>T多型については、Cアレルを保有している被験犬よりもTアレルを保有している被験犬の方が、すなわちT/Tのホモ接合体又はC/Tのヘテロ接合体の被験犬の方がC/Cのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、T/Tのホモ接合体の被験犬の方がC/Tのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列の18821044番目の一塩基多型部位の遺伝子型がT/T又はC/Tである場合、特にT/Tである場合に、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等として、又は盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００２９】
(vii)  NC_006610.3:g.18823291A>G多型については、Aアレルを保有している被験犬よりもGアレルを保有している被験犬の方が、すなわちG/Gのホモ接合体又はA/Gのヘテロ接合体の被験犬の方がA/Aのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、G/Gのホモ接合体の被験犬の方がA/Gのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列の18823291番目の一塩基多型部位の遺伝子型がG/G又はA/Gである場合、特にG/Gである場合に、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００３０】
(viii)  NC_006610.3:g.18835904T>C多型については、Tアレルを保有している被験犬よりもCアレルを保有している被験犬の方が、すなわちC/Cのホモ接合体又はT/Cのヘテロ接合体の被験犬の方がT/Tのホモ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、さらに、C/Cのホモ接合体の被験犬の方がT/Cのヘテロ接合体の被験犬よりも服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。すなわち、被験犬の第28番染色体の全塩基配列の18835904番目の一塩基多型部位の遺伝子型がC/C又はT/Cである場合、特にC/Cである場合に、該被験犬を服従性等の盲導犬等に適した行動特性を有していると判定でき、このような被験犬を盲導犬等の候補として選抜することができる。
【００３１】
盲導犬等又は盲導犬等の候補として選抜された犬は、盲導犬等になるための訓練を受け、最終的に試験に合格すれば盲導犬等として利用される。
【００３２】
本発明の方法においては、被験犬から試料を採取し、該サンプルのDNAやRNAについて一塩基多型を分析すればよい。すなわち、被験犬からイントロン３の一塩基多型を含むゲノムDNAを抽出し、抽出したDNAに含まれる対立遺伝子の一塩基多型部位の塩基を同定すればよい。
【００３３】
分析に用いるサンプルとしては、染色体DNAを含む試料ならばあらゆる試料を用いることができ、例えば、血液、皮膚、口腔粘膜、毛、尿、爪、細胞等が挙げられる。これらの試料から、常法に従い、染色体、DNA又はRNA等の核酸を単離し分析すればよい。
【００３４】
一塩基多型の解析は、通常の遺伝子多型解析方法によって行うことができる。例えば、ジデオキシ法やMaxam-Gilbert法等の公知の方法により直接配列決定するシークエンス解析による解析法、遺伝子多型に特異的なプローブや該プローブを固定化したマイクロアレイ（DNAチップ）などを用いるハイブリダイゼーション法、遺伝子多型に特異的なプライマーを用いる種々の方法などが挙げられ、さらに具体的に、プライマー伸長法（TaqMan（登録商標）法）、PCR-SSCP法、一本鎖コンフォメーション多型解析（SSCP;single strand conformation polymorphism）、Invader法、シングルヌクレオチドプライマー法、PCR法、NASBA法、LCR法、SDA法、LAMP法、制限断片長多型（RFLP）を利用する方法、変性勾配ゲル電気泳動法（DGGE）、ミスマッチ部位の化学的切断を利用した方法（CCM）、SNaPshot法、MassArray法、Pyrosequncing法、SNP-IT法、BeadArray法、Scorpion法、MADI-TOF/MS法等が挙げられる。
【００３５】
シークエンス解析による解析法は通常の方法により行うことができる。具体的には、一塩基多型部位の５’側の数十塩基の位置に設定したプライマーを使用してシークエンス反応を行い、その解析結果から、一塩基多型部位の塩基を決定することができる。
【００３６】
プライマーを用いる場合、一塩基多型部位を含むSORCS1遺伝子配列の一部に対応するプライマーを用いて、被験犬から単離した核酸サンプルを増幅させて行う。すなわち、例えば、一方のアレルに完全又はほぼ完全に相補的なプライマーと他方のアレルにのみ完全又はほぼ完全に相補的なプライマーを用い、各プライマーを用いた場合に被験犬から単離した核酸サンプルが増幅されるか否かにより一塩基多型のアレルを同定することができる。また、一方のアレルに対応するプライマーのみを用いてもよい。
【００３７】
プローブを用いる場合、一塩基多型部位を含むSORCS1遺伝子配列の一部に対応するオリゴヌクレオチド又はその相補的配列、或いはストリンジェントな条件下でそれらの配列にハイブリダイズし得る配列からなるオリゴヌクレオチドからなるプローブを用いて、被験犬から単離した核酸サンプル、又はそれをPCR等の公知の方法により増幅した核酸サンプルとのハイブリダイゼーションを行うことにより分析することができる。
【００３８】
SORCS1遺伝子の一塩基多型を検出するためのプローブやプライマーは、一塩基多型の配列情報に基づいて適宜設計することができる。
【００３９】
プライマーは、SORCS1遺伝子の一塩基多型部位のアレルを同定できるプライマーであり、たとえば、SORCS1遺伝子の一塩基多型部位を含む配列を有する領域を増幅することのできる配列である。これらのプライマーは、一塩基多型部位を含む配列を含んでいてもよく、また一塩基多型部位を含む領域（好ましくは40〜1000塩基の長さの領域）の3’側と5’側の両端に設定されたフォワードプライマーとリバースプライマーのプライマー対であってもよい。プライマーは、SORCS1遺伝子の一塩基多型部位を含む塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列或いはストリンジェント条件下でそれらの配列にハイブリダイズし得る配列からなるヌクレオチド断片（好ましくは、DNA断片）からなり、塩基の数は5〜50、好ましくは10〜30、さらに好ましくは15〜25である。
【００４０】
プローブは、SORCS1遺伝子の一塩基多型部位を含む塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列或いはストリンジェント条件下でそれらの配列にハイブリダイズし得る配列からなるヌクレオチド断片（好ましくは、DNA断片）からなり、塩基の数は5〜50、好ましくは10〜30、さらに好ましくは10〜25である。
【００４１】
また、プライマー又はプローブはSORCS1遺伝子の塩基配列の一塩基多型部位を含む連続した塩基配列において、数個、好ましくは1〜5個、さらに好ましくは１個又は２個、特に好ましくは１個のミスマッチを有していてもよい。
【００４２】
例えば、対立遺伝子に存在する一塩基多型は、前記一塩基多型を含む塩基配列の外側に結合する一対のPCRプライマーとリアルタイムPCR検出用の蛍光標識された対立遺伝子特異的な配列を有する２種類のプローブを用意し、PCR反応を行うことで実施するリアルタイムPCRにより調べることができる。
【００４３】
プライマーとして以下のプライマーが挙げられる。
(p1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801488C>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801539G>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18809171G>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18820912C>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821030T>Aの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821044C>Tの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；
(p7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18823291A>Gの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー；及び
(p8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18835904T>Cの多型部位の塩基）を含む領域を増幅することができるプライマー。
【００４４】
具体的には、例えば、以下のプライマー対を用いることができる。
(a)  NC_006610.3:g.18801488C>T多型及びNC_006610.3:g.18801539G>T多型を検出するためのPCRプライマーとしては、フォワード：5’-ATCCCTGCTGTCATACTT-3’（配列番号１４）及びリバース：5’-GATGAATGATTGCTTAGGGTT-3’（配列番号１５）を用いることができる。
(b)  NC_006610.3:g.18809171G>A多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-TCTTTATTAAGGGAGCCTATAT-3’（配列番号１６）及びリバース：5’-TGTTGGTACAAGGTTACCTAAA-3’（配列番号１７）を用いることができる。
(c)  NC_006610.3:g.18820912C>A多型, NC_006610.3:g.18821030T>A多型及びNC_006610.3:g.18821044C>T多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-CAAGATTGGGGCACTGAACT-3’（配列番号１８）及びリバース：5’-AACGAGGCCTAAAGAGCTGA-3’（配列番号１９）を用いることができる。
(d)  NC_006610.3:g.18823291A>G多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-TGCATATGGGCATCTCTACCC-3’（配列番号２０）及びリバース：5’-GCCATCACTTACTGAACGTC-3’（配列番号２１）を用いることができる。
(e)  NC_006610.3:g.18835904T>C多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-TTTAGGGCAGAATGACCCTG-3’（配列番号２２）及びリバース：5’-AGGATGCCTTCTTCCTAGTGT-3’（配列番号２３）を用いることができる。
【００４５】
また、プローブとして以下のプローブが挙げられる。
(q1)  配列番号１の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801488C>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q2)  配列番号２の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18801539G>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q3)  配列番号３の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18809171G>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q4)  配列番号４の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18820912C>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q5)  配列番号５の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821030T>Aの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q6)  配列番号６の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18821044C>Tの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；
(q7)  配列番号７の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18823291A>Gの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ；及び
(q8)  配列番号８の塩基配列における26番目の塩基（NC_006610.3:g.18835904T>Cの多型部位の塩基）を含む領域にハイブリダイズすることができるプローブ。
【００４６】
本発明は、SORCS1遺伝子の一塩基多型を分析するために用いるプローブ及び一塩基多型を分析するために一塩基多型部位を含むDNA断片の増幅に用いるプライマー（好ましくは、少なくとも一対のプライマーセット）を包含する。また、プローブを固定化したDNAチップをも包含する。さらに、プローブ、DNAチップ、プライマーを含むSORCS1遺伝子の一塩基多型部位を解析するためのキットも包含する。
【００４７】
該キットは、他に一塩基多型の解析に使用される制限酵素、ポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸、核酸標識分子、緩衝液、取扱説明書等を含んでいてもよい。
【実施例】
【００４８】
本発明を以下の実施例によって具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
【００４９】
実施例１  犬全ゲノム関連解析及びSNPの探索
九州盲導犬協会で飼育・管理されている現役盲導犬３個体、引退盲導犬４個体、訓練後合格犬７個体、訓練後不合格犬（不合格犬）14個体の計28個体の全血より市販キット（QIAGEN社）を用いて抽出したDNAを用いて、CanineHD BeadChip CanineHD BeadChip(illumina社)により、約170，000SNPs（一塩基多型）の遺伝子型を決定し、SNP解析ソフト（SNP & Variation Suite７,Golden Helix社）を用いて、次のＡ及びＢについて、それぞれ各SNPの遺伝子型頻度の差異を統計学的に解析した（GWAS解析）。
Ａ  盲導犬（現役盲導犬（3）・引退盲導犬（4）・訓練合格犬（7））群14例及び盲導犬不合格群14例の2群間
Ｂ  訓練後合格犬群7例と訓練後不合格犬群14例の2群間
【００５０】
結果
（１）  盲導犬群及び非盲導犬群の犬全ゲノム関連解析（GWAS）の結果、犬第28番染色体に強い相関を認める領域を特定した。図１に犬第28番染色体のGWAS解析の結果を示す。図１の楕円で囲んだ領域が強い相関を認める領域である。次に、その領域の遺伝子群を検索した結果、中枢神経系に発現するとされるSORCS１にｐ＜0.05以上相関を有する８個のSNPが集積していることが明らかになった。８個のSNPを表１に示す。
図２〜９に、盲導犬及び非盲導犬における、それぞれ表１の１〜８の多型の遺伝子型と対立遺伝子頻度、合格率を示す。
【００５１】
（２）  SORCS１遺伝子は訓練後合格犬（7）と訓練後不合格犬（14）の２群間の比較においても相関が確認された。以上の結果は、SORC1遺伝子とその遺伝子型が、盲導犬の選抜及び行動特性に関係することが明らかになった。
【００５２】
【表１】
2018110540.tif 000002
【００５３】
図１０にSORCS1遺伝子イントロン中の各多型を含む塩基配列を示す。各配列の下線部は後述のプライマー配列であり、かっこ内はSNP部位を示す。図１０ＡはNC_006610.3:g.18801488C>T多型及びNC_006610.3:g.18801539G>T多型を含む塩基配列（配列番号９）を、図１０ＢはNC_006610.3:g.18809171G>A多型を含む塩基配列（配列番号１０）を、図１０ＣはNC_006610.3:g.18820912C>A多型、NC_006610.3:g.18821030T>A多型及びNC_006610.3:g.18821044C>T多型を含む塩基配列（配列番号１１）を、図１０ＤはNC_006610.3:g.18823291A>G多型を含む塩基配列（配列番号１２）を、図１０ＥはNC_006610.3:g.18835904T>C多型を含む塩基配列（配列番号１３）を示す。
【００５４】
SORC1遺伝子におけるSNPの検出には、一塩基多型部分の塩基配列を決定することによって行うことができる。一塩基多型部分の塩基配列の決定には、例えばダイレクトシークエンス法、TaqMan法による SNPタイピング法などがある。これらの方法に用い得るプライマーを以下のように設計した（図１０）。
【００５５】
NC_006610.3:g.18801488C>T多型及びNC_006610.3:g.18801539G>T多型を検出するためのPCRプライマーとしては、フォワード：5’-ATCCCTGCTGTCATACTT-3’（配列番号１４）及びリバース：5’-GATGAATGATTGCTTAGGGTT-3’（配列番号１５）を用いることができる。
NC_006610.3:g.18809171G>A多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-TCTTTATTAAGGGAGCCTATAT-3’（配列番号１６）及びリバース：5’-TGTTGGTACAAGGTTACCTAAA-3’（配列番号１７）を用いることができる。
NC_006610.3:g.18820912C>A多型, NC_006610.3:g.18821030T>A多型及びNC_006610.3:g.18821044C>T多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-CAAGATTGGGGCACTGAACT-3’（配列番号１８）及びリバース：5’-AACGAGGCCTAAAGAGCTGA-3’（配列番号１９）を用いることができる。
NC_006610.3:g.18823291A>G多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-TGCATATGGGCATCTCTACCC -3’（配列番号２０）及びリバース：5’-GCCATCACTTACTGAACGTC-3’（配列番号２１）を用いることができる。
NC_006610.3:g.18835904T>C多型のPCRプライマーとしては、フォワード：5’-TTTAGGGCAGAATGACCCTG-3’（配列番号２２）及びリバース：5’-AGGATGCCTTCTTCCTAGTGT-3’（配列番号２３）を用いることができる。
【００５６】
実施例２  盲導犬選抜に用いられる公知の一塩基多型との効果の比較
特許第4839439号公報、特許第5023327号公報及び特許第5023331号公報には、盲導犬の選抜に適した一塩基多型として13の一塩基多型が記載されている。
【００５７】
図１１に公知の一塩基多型を示す。表中の下線はp<0.05を示す。図１１に示すように、公知の13の一塩基多型のうち、有意差P<0.05は５個のみであった。
【００５８】
公知の一塩基多型のうち、最も有意差がでなかったDRD4 exon IIIと本発明の最も有効なNo.3〜5、No.7、8（表１）とは約8,700倍、最も有意差があったGLT-1 T471Cと比較しても約9倍以上の選抜能力がある。
【００５９】
本発明の一塩基多型を用いた場合と、公知の一塩基多型を用いて選抜した盲導犬の合格率の比較を図１２−１、１２−２、及び１２−３に示す。図１２−１及び１２−２において、本発明の一塩基多型はNo.8から記載してある。本発明の一塩基多型を用いた場合、合格率100％となることもあり、本発明の一塩基多形を用いて選抜した盲導犬の合格率は公知の一塩基多型を用いて選抜した盲導犬の合格率より高く、本発明の一塩基多型を利用した選抜方法は感度の高い選抜方法であることが明らかになった。
【００６０】
図１２-１、１２−２及び１２−３中、「盲」は、訓練後合格した犬（現役又は引退）の数を示し、「非盲」は、訓練後不合格だった犬の数を示す。
【産業上の利用可能性】
【００６１】
盲導犬の選抜には、特に人に対して友好的な犬や、落ち着きのある犬が盲導犬に向いていると考えられている。また、本研究の不合格犬は盲導犬に不適とされた犬の気質であった高度な興奮、優位性、喜求性の低さ、注意力散漫、分離不安を有している。したがって、盲導犬及び訓練不合格犬のGWAS解析で見出された本発明は、盲導犬の選抜のみならず、災害救助犬、介助犬、麻薬探知犬、がん探知犬、警察犬、アニマルセラーピー犬、動物介在教育犬等の社会活動動物等及び家庭犬繁殖などヒトの福祉向上に重要な犬の選抜に有効である。
【配列表フリーテキスト】
【００６２】
配列番号１４〜２３  プライマー
【図１】
2018110540.tif 000003
【図２】
2018110540.tif 000004
【図３】
2018110540.tif 000005
【図４】
2018110540.tif 000006
【図５】
2018110540.tif 000007
【図６】
2018110540.tif 000008
【図７】
2018110540.tif 000009
【図８】
2018110540.tif 000010
【図９】
2018110540.tif 000011
【図１０】
2018110540.tif 000012
【図１１】
2018110540.tif 000013
【図１２−１】
2018110540.tif 000014
【図１２−２】
2018110540.tif 000015
【図１２−３】
2018110540.tif 000016
【配列表】
2018110540000001.app