(57)【要約】      （修正有）【課題】心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置、スクリーニングプログラム、およびスクリーニング方法を提供する。【解決手段】心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置１は、被験物質処理検体中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得部１１、および前記第１の測定値取得部１１が取得した測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する候補物質決定部１４を備える。【選択図】図３
2018105726.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の演算手段を有する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得手段、および
前記第１の測定値取得手段が取得した測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定手段、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング装置。
【請求項２】
被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第２の測定値取得手段、および
被験物質処理検体の前記測定値および未処理検体の前記測定値を比較する測定値比較手段、
をさらに有し、
前記決定手段は、前記測定値比較手段の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、請求項１に記載のスクリーニング装置。
【請求項３】
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
請求項１または２に記載のスクリーニング装置。
【請求項４】
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、請求項１〜３のいずれか一項に記載のスクリーニング装置。
【請求項５】
コンピュータに実行させたときに、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質をスクリーニングするための下記の処理を当該コンピュータに実施させるスクリーニングプログラム：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得処理、および
前記第１の測定値取得処理で取得された測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定処理、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニングプログラム。
【請求項６】
さらに、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第２の測定値取得処理、および
被験物質処理検体の前記測定値および未処理検体の前記測定値を比較する測定値比較処理、
を前記コンピュータに実施させ、
前記決定処理では、前記測定値比較処理の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、請求項４に記載のスクリーニングプログラム。
【請求項７】
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
請求項５または６に記載のスクリーニングプログラム。
【請求項８】
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、請求項５〜７のいずれか一項に記載のスクリーニングプログラム。
【請求項９】
以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法：
（Ｉ）被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する工程、および
（ＩＩ）前記工程（Ｉ）で得られた測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング方法。
【請求項１０】
前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の測定値と、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値とを比較する工程
をさらに含む、請求項９に記載のスクリーニング方法。
【請求項１１】
前記工程（Ｉ）の前に、
（ｉ）被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞を、被験物質で処理する工程、
（ｉｉ）前記工程（ｉ）において被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から検体を採取する工程、および
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）で得られた検体からタンパク質および／またはｍＲＮＡを回収する工程
を含む、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
請求項９〜１１のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
【請求項１３】
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、請求項９〜１２のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
【請求項１４】
以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法：
（Ａ）被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡを検出する工程、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング方法。
【請求項１５】
さらに、（Ｂ）前記工程（Ａ）で得られた結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程を含む、請求項１４に記載のスクリーニング方法。
【請求項１６】
前記工程（Ａ）と工程（Ｂ）の間に、前記工程（Ａ）で取得された被験物質処理検体の前記検出結果と、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの検出結果とを比較する比較工程、
をさらに含む、請求項１５に記載のスクリーニング方法。
【請求項１７】
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
請求項１４〜１６のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
【請求項１８】
下記の演算手段を有する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第１の評価結果取得手段、および
前記第１の評価結果取得手段が取得した評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定手段、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング装置。
【請求項１９】
被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第２の評価結果取得手段、および
被験物質処理検体の前記評価結果および未処理検体の前記評価結果を比較する評価結果比較手段、
をさらに有し、
前記決定手段は、前記評価結果比較手段の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、請求項１８に記載のスクリーニング装置。
【請求項２０】
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
請求項１８または１９に記載のスクリーニング装置。
【請求項２１】
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、請求項１８〜２０のいずれか一項に記載のスクリーニング装置。
【請求項２２】
コンピュータに実行させたときに、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質をスクリーニングするための下記の処理を当該コンピュータに実施させるスクリーニングプログラム：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第１の評価結果取得処理、および
前記第１の評価結果取得処理で取得された評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定処理、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニングプログラム。
【請求項２３】
さらに、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第２の評価結果取得処理、および
被験物質処理検体の前記評価結果および未処理検体の前記評価結果を比較する評価結果比較処理、
を前記コンピュータに実施させ、
前記決定処理では、前記評価結果比較処理の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、請求項２２に記載のスクリーニングプログラム。
【請求項２４】
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
請求項２２または２３に記載のスクリーニングプログラム。
【請求項２５】
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、請求項２２〜２４のいずれか一項に記載のスクリーニングプログラム。
【請求項２６】
以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法：
（Ｉ）被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能を評価する工程、および
（ＩＩ）前記工程（Ｉ）で得られた評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング方法。
【請求項２７】
前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の前記評価結果と、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質の機能の評価結果とを比較する工程
をさらに含む、請求項２６に記載のスクリーニング方法。
【請求項２８】
前記工程（Ｉ）の前に、
（ｉ）被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞を、被験物質で処理する工程、および（ｉｉ）前記工程（ｉ）において被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から検体を採取する工程
を含む、請求項２６または２７に記載のスクリーニング方法。
【請求項２９】
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
請求項２６〜２８のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
【請求項３０】
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置、スクリーニングプログラム、およびスクリーニング方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
厚生労働省から発表された「平成２６年人口動態統計月報年計（概数）の概況」によれば、平成２６年の死亡数（死亡率（人口１０万対））を死因順位別にみると、第１位は悪性新生物（悪性腫瘍）で３６万７９４３人（２９３．３）、第２位は心疾患１９万６７６０人（１５６．９）となっている。心疾患は、昭和６０年に脳血管疾患にかわり第２位となり、その後も死亡数・死亡率ともに増加傾向が続き、平成２６年は全死亡者に占める割合は１５．５％となっている。
【０００３】
また、厚生労働省のホームページによれば、認知症は、生後いったん正常に発達した種々の精神機能が慢性的に減退・消失することで、日常生活・社会生活を営めない状態であるとされている。さらに、同ホームページによれは、平成２７年以降認知症の有病者数は年々増加しており、平成２７年の集計では認知症を有する高齢者人口は約２６２万人であり、６５歳以上の高齢者人口に対する有病率は８．４％とされている。さらに２０２０年には、６５歳以上の高齢者人口に対する有病率は８．９％になると予測されている。
【０００４】
認知症は、アメリカ精神医学会によるＤＳＭ−ＩＶに基づいて診断されるが、この診断基準を満たす患者はかなり認知症が進んだ段階であり、ＤＳＭ−ＩＶに基づいて診断されてから治療をはじめても、早期治療にはつながらない点が指摘されている。Ｍｉｌｄ  Ｃｏｇｎｉｔｉｖｅ  Ｉｍｐａｉｒｍｅｎｔ（ＭＣＩ）は、アルツハイマー病など認知症の前駆状態である軽度認知障害の１つであり、この段階、あるいはさらに早い段階で治療を開始することが必要であるといわれている。
このように、心筋梗塞、認知症、および腫瘍は、現代人の平均寿命に影響を及ぼす重大な疾患である。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
本発明は、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法および装置を提供することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明者は、鋭意研究を重ねたところ、心筋梗塞、認知症、および腫瘍モデルにおいて、ある種のバイオマーカータンパク質の発現が上昇することを見出した。さらに、当該知見に基づいて被験物質を投与した被験体において当該バイオマーカータンパク質の発現の変動、または機能の変動を観察することにより、当該被験物質が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質となりうるか否かをスクリーニングすることができることを見出した。
本発明は、当該知見に基づいて完成されたものであり、以下の態様を含む。
【０００７】
項１．
下記の演算手段を有する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得手段、および
前記第１の測定値取得手段が取得した測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定手段、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング装置。
項２．
被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第２の測定値取得手段、および
被験物質処理検体の前記測定値および未処理検体の前記測定値を比較する測定値比較手段、
をさらに有し、
前記決定手段は、前記測定値比較手段の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、項１に記載のスクリーニング装置。
項３．
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
項１または２に記載のスクリーニング装置。
項４．
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、項１〜３のいずれか一項に記載のスクリーニング装置。
項５．
コンピュータに実行させたときに、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質をスクリーニングするための下記の処理を当該コンピュータに実施させるスクリーニングプログラム：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得処理、および
前記第１の測定値取得処理で取得された測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定処理、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニングプログラム。
項６．
さらに、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第２の測定値取得処理、および
被験物質処理検体の前記測定値および未処理検体の前記測定値を比較する測定値比較処理、
を前記コンピュータに実施させ、
前記決定処理では、前記測定値比較処理の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、項４に記載のスクリーニングプログラム。
項７．
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
項５または６に記載のスクリーニングプログラム。
項８．
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、項５〜７のいずれか一項に記載のスクリーニングプログラム。
項９．
以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法：
（Ｉ）被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する工程、および
（ＩＩ）前記工程（Ｉ）で得られた測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング方法。
項１０．
前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の測定値と、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値とを比較する工程
をさらに含む、項９に記載のスクリーニング方法。
項１１．
前記工程（Ｉ）の前に、
（ｉ）被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞を、被験物質で処理する工程、
（ｉｉ）前記工程（ｉ）において被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から検体を採取する工程、および
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）で得られた検体からタンパク質および／またはｍＲＮＡを回収する工程
を含む、項９または１０に記載の方法。
項１２．
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
項９〜１１のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
項１３．
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、項９〜１２のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
項１４．
以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法：
（Ａ）被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡを検出する工程、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング方法。
項１５．
さらに、（Ｂ）前記工程（Ａ）で得られた結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程を含む、項１４に記載のスクリーニング方法。
項１６．
前記工程（Ａ）と工程（Ｂ）の間に、前記工程（Ａ）で取得された被験物質処理検体の前記検出結果と、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの検出結果とを比較する比較工程、
をさらに含む、項１５に記載のスクリーニング方法。
項１７．
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
項１４〜１６のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
項１８．
下記の演算手段を有する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第１の評価結果取得手段、および
前記第１の評価結果取得手段が取得した評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定手段、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング装置。
項１９．
被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第２の評価結果取得手段、および
被験物質処理検体の前記評価結果および未処理検体の前記評価結果を比較する評価結果比較手段、
をさらに有し、
前記決定手段は、前記評価結果比較手段の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、項１８に記載のスクリーニング装置。
項２０．
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
項１８または１９に記載のスクリーニング装置。
項２１．
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、項１８〜２０のいずれか一項に記載のスクリーニング装置。
項２２．
コンピュータに実行させたときに、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質をスクリーニングするための下記の処理を当該コンピュータに実施させるスクリーニングプログラム：
被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第１の評価結果取得処理、および
前記第１の評価結果取得処理で取得された評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定処理、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニングプログラム。
項２３．
さらに、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第２の評価結果取得処理、および
被験物質処理検体の前記評価結果および未処理検体の前記評価結果を比較する評価結果比較処理、
を前記コンピュータに実施させ、
前記決定処理では、前記評価結果比較処理の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する、項２２に記載のスクリーニングプログラム。
項２４．
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
項２２または２３に記載のスクリーニングプログラム。
項２５．
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、項２２〜２４のいずれか一項に記載のスクリーニングプログラム。
項２６．
以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の疾患を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法：
（Ｉ）被験物質で処理された被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能を評価する工程、および
（ＩＩ）前記工程（Ｉ）で得られた評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程、であって
前記疾患が、心筋梗塞であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、認知症であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が、腫瘍であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４〜１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
スクリーニング方法。
項２７．
前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の前記評価結果と、被験物質で処理されていない被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質の機能の評価結果とを比較する工程
をさらに含む、項２６に記載のスクリーニング方法。
項２８．
前記工程（Ｉ）の前に、
（ｉ）被験体（ヒトを除く）、被験組織または被験細胞を、被験物質で処理する工程、および（ｉｉ）前記工程（ｉ）において被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から検体を採取する工程
を含む、項２６または２７に記載のスクリーニング方法。
項２９．
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が神経膠腫であるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１４に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が乳がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１５および１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質であり、
前記疾患が腫瘍であり、当該腫瘍が肺がんであるとき、前記バイオマーカータンパク質は、図１６および１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である、
項２６〜２８のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
項３０．
前記疾患が腫瘍であるとき、前記被験物質処理検体は、前記被験体の皮膚または血液試料である、項２６〜２９のいずれか一項に記載のスクリーニング方法。
【発明の効果】
【０００８】
本発明によれば、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】本発明の第１の態様に係るシステム１００の概観図である。
【図２】本発明の第１の態様に係るシステム１００のハードウェア構成を示すブロック図である。
【図３】本発明の第１の態様に係るスクリーニング装置１の機能を説明するためのブロック図である。
【図４】本発明の第１の態様に係るスクリーニング装置１がスクリーニング方法を実行するために行うデータ処理の順序を示すフローチャートである。
【図５】本発明の第２の態様に係るシステム１１０の概観図である。
【図６】本発明の第２の態様に係るシステム１１０のハードウェア構成を示すブロック図である。
【図７】本発明の第２の態様に係るスクリーニング装置２の機能を説明するためのブロック図である。
【図８】本発明の第２の態様に係るスクリーニング装置２がスクリーニング方法を実行するために行うデータ処理の順序を示すフローチャートである。
【図９】心筋梗塞モデルにおいてMI／Shamが5より大きいRNAおよび0．2より小さいRNAについて、器官毎のRNA発現の経時的変化を示す。図内の記号は１ｄ：冠動脈結紮後１日、１ｗ：冠動脈結紮後１週間、８ｗ：冠動脈結紮後８週間である。図中「Line No」は表の行番号を示し、「Gene Name」は米国National Center for Biotechnology Information（NCBI）に登録の遺伝子名を、「Reference Seq. ID」はNCBIに登録のReferense Sequence ID番号を示す。
【図１０】リアルタイムPCR解析の結果を示す。図内の記号は１ｈ：冠動脈結紮後１時間、６ｈ：冠動脈結紮後６時間、１ｄ：冠動脈結紮後１日、１ｗ：冠動脈結紮後１週間、８ｗ：冠動脈結紮後８週間である。「Gene Name」は、NCBIに登録の遺伝子名を示す。
【図１１】GCMS解析において[MI／Sham]の値が１より大きいかまたは１より小さい値を示した代謝物質の組織毎の経時的変化を示す。図内の記号は１ｄ：冠動脈結紮後１日、１ｗ：冠動脈結紮後１週間、８ｗ：冠動脈結紮後８週間である。
【図１２】認知症モデルにおいて[SAMP8／Control]が５より大きいか０．２より小さかったRNAの器官毎の発現の経時的変化を示す。図内の記号はＥ：若年性認知症早期、Ｍ：若年性認知症中期、Ｌ：若年性認知症後期である。図中「Line No」は表の行番号を示し、「Gene Name」は米国National Center for Biotechnology Information（NCBI）に登録の遺伝子名を、「Reference Seq. ID」はNCBIに登録のReferense Sequence ID番号を示す。
【図１３】CEMS解析において[SAMP8／Control]の値が１より大きいかまたは１より小さい値を示した代謝物質の組織毎の経時的変化を示す。図内の記号はＥ：若年性認知症早期、Ｍ：若年性認知症中期である。
【図１４】神経膠腫モデルにおいて、[Glioma／Control]が５より大きいか０．２より小さかったRNAの器官毎の発現の経時的変化を示す。図内の記号は３ｄ：腫瘍移植後３日目、７ｄ：腫瘍移植後７日目である。図中「Line No」は表の行番号を示し、「Gene Name」は米国National Center for Biotechnology Information（NCBI）に登録の遺伝子名を、「Reference Seq. ID」はNCBIに登録のReferense Sequence ID番号を示す。
【図１５】ヒト乳がん保有患者の皮膚において、［BC／Control］が５より大きいか０．２より小さかったRNAを示す。図中「Line No」は表の行番号を示し、「Gene Name」は米国National Center for Biotechnology Information（NCBI）に登録の遺伝子名を、「Reference Seq. ID」はNCBIに登録のReferense Sequence ID番号を示す。
【図１６】ヒト肺がん保有患者の皮膚において、［LC／Control］が５より大きいか０．２より小さかったRNAを示す。図中「Line No」は表の行番号を示し、「Gene Name」は米国National Center for Biotechnology Information（NCBI）に登録の遺伝子名を、「Reference Seq. ID」はNCBIに登録のReferense Sequence ID番号を示す。
【図１７】ヒト乳がん保有患者の血液において、［BC／Control］が５より大きいか０．２より小さかったRNAを示す。図中「Line No」は表の行番号を示し、「Gene Name」は米国National Center for Biotechnology Information（NCBI）に登録の遺伝子名を、「Reference Seq. ID」はNCBIに登録のReferense Sequence ID番号を示す。
【図１８】ヒト肺がん保有患者の血液において、［LC／Control］が５より大きいか０．２より小さかったRNAを示す。図中「Line No」は表の行番号を示し、「Gene Name」は米国National Center for Biotechnology Information（NCBI）に登録の遺伝子名を、「Reference Seq. ID」はNCBIに登録のReferense Sequence ID番号を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
１．用語の説明
はじめに、本明細書、特許請求の範囲で使用する用語を説明する。
【００１１】
本発明において心筋梗塞とは、心臓の虚血性疾患であり、急性期、亜急性期、慢性期が含まれる。広義には狭心症を含んでいても良い。心筋梗塞として、好ましくは、狭心症、急性期、亜急性期である。
【００１２】
本発明において認知症とは、「生後いったん正常に発達した種々の精神機能が慢性的に減退・消失することで、日常生活・社会生活を営めない状態」であり、好ましくは、アルツハイマー病、脳血管性認知症、ピック病など前頭側頭型、レビー小体型認知症、および感染症（スピロヘータ、ＨＩＶウイルス、プリオンなど）による認知症が含まれる。また、認知症には、ＭＣＩ等の軽度認知障害も含まれる。認知症として好ましくは、軽度認知障害、アルツハイマー病、脳血管性認知症であり、より好ましくは、軽度認知障害、アルツハイマー病であり、より好ましくは、軽度認知障害である。
【００１３】
本発明において腫瘍とは、非上皮性および上皮性の悪性腫瘍の両方を指す。具体的には、気管、気管支または肺等から発生する呼吸器系悪性腫瘍；上咽頭、食道、胃、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、虫垂、上行結腸、横行結腸、S状結腸、直腸または肛門部等から発生する消化管系悪性腫瘍；肝臓癌；膵臓癌；膀胱、尿管または腎臓から発生する泌尿器系悪性腫瘍；卵巣、卵管および子宮等のから発生する女性生殖器系悪性腫瘍；乳癌：前立腺癌；皮膚癌；視床下部、下垂体、甲状腺、副甲状腺、副腎等の内分泌系悪性腫瘍；中枢神経系悪性腫瘍；骨軟部組織から発生する悪性腫瘍等の固形腫瘍、および骨髄異形成症候群、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性骨髄単球性白血病、慢性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、慢性単球性白血病、急性全骨髄性白血病、急性巨核球性白血病、赤白血病、好酸球性白血病、慢性好酸球性白血病、慢性好中球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、ヘアリー細胞白血病、形質細胞性白血病、多発性骨髄腫、悪性リンパ腫等の造血系悪性腫瘍；リンパ系悪性腫瘍等の造血器腫瘍；星細胞腫、乏突起膠腫、上衣腫、脈絡乳頭腫、髄芽腫等の神経膠腫等の転移性脳腫瘍を除く脳腫瘍が挙げられる。より好ましくは、神経膠腫（特に星細胞腫）、肺癌、または乳癌等である。
【００１４】
本発明において、「予防」には、症状の発症を抑制、および／または遅延させることを含む。また「治療」には、発症している症状を軽減、および／または消失させることを含む。
【００１５】
本発明において、「個体」は、特に制限されないが、個体にはヒトおよびヒト以外の哺乳動物が含まれる。ヒト以外の哺乳動物としては、例えばウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、イヌ、ネコ、ウサギ、サル等が挙げられる。好ましくは、ヒト、ネコ、イヌである。また、個体の年齢、性別は問わない。
【００１６】
また、「被験体」は、被験物質を投与する対象となる個体であり、好ましくはヒトが除かれる。被験体は、心筋梗塞、認知症、または腫瘍の既往を有している個体であることが好ましい。また、被験体となりうる個体は、心筋梗塞、認知症、または腫瘍に伴う少なくとも一種の症状があることが好ましい。さらに、被験体となりうる個体には、医療面接、尿検査、血液の生化学的検査、画像診断、生検等の公知の診断方法に従って、心筋梗塞、認知症、または腫瘍が疑われた個体、および疾患モデル動物等も含まれる。
【００１７】
本明細書において、「被験組織」とは、被験物質を投与する対象となる組織であり、例えば、前記被験体となりうる個体から採取され、体外で培養される等して体外において生存している組織である。当該組織は、一器官全体であってもよく、一器官の一部であってもよい。また、被験組織は、心筋梗塞、認知症、または腫瘍の病変部を含むか、若しくは、心筋梗塞、認知症、または腫瘍に関連する症状を含む組織であることが好ましい。
【００１８】
本明細書において、「被験細胞」とは、被験物質を投与する対象となる細胞であり、例えば、前記被験体となりうる個体から採取され、体外で培養される等して体外において生存している細胞である。当該細胞は、初代培養等の継代性が限られている細胞であってもよく、継代性が維持されている、いわゆる培養細胞であってもよい。また、これらは、遺伝子操作によって作成された細胞であってもよい。さらに、被験細胞は、心筋梗塞、認知症、または腫瘍の病変部の細胞を含むか、若しくは、心筋梗塞、認知症、または腫瘍に関連する症状を含む細胞であることが好ましい。
【００１９】
本明細書において、「検体」には、上記被験体由来の細胞、組織（脳、副腎、大動脈、脳、肺、膵臓、下垂体、皮膚、頭蓋骨、骨格筋、脾臓、精巣、甲状腺、腎臓、大腸、眼球、心臓、肝臓、顎下腺、胸腺、脂肪組織、胃、空腸、および回腸等）、体液（汗、皮膚からの分泌液、涙液、唾液、髄液、腹水および胸水）、尿、および血液試料等が含まれる。検体として好ましくは、心臓、腫瘍原発組織、脳、脂肪組織、皮膚、および血液試料である。
【００２０】
また、「検体」には、被験組織そのもの、被験組織の一部、被験細胞そのもの、被験細胞の一部、さらに被験組織または被験細胞の培養上清が含まれていてもよい。
【００２１】
後述する「２．各測定値の取得方法」において、バイオマーカーのタンパク質の測定値を取得する場合には、検体として好ましくは、血液試料、または体液である。また、同項においてバイオマーカータンパク質のｍＲＮＡの測定値の取得する場合には、検体として好ましくは、組織、血液試料、または体液である。
【００２２】
「血液試料」には、被験体から採取した血液（全血）、または当該血液から調製した血清、または血漿等が含まれる。バイオマーカーのタンパク質の測定値を取得する場合、より好ましくは、血清または血漿であり、さらに好ましくは血清である。バイオマーカータンパク質のｍＲＮＡ測定値を取得する場合、全血を用いることが好ましい。血漿を採取する際に使用する抗凝固剤の種類は特に制限されない。測定に用いる被験体の血液試料と所定の基準値を決定する血液試料は同種であっても異種であっても良いが、同種であることが好ましい。また、血液試料として血漿を用いる場合、所定の基準値を決定するための血漿は、被験体の血漿と同じ抗凝固剤を用いて採血された血液から調製されることが好ましい。
【００２３】
さらに、検体は、新鮮なものであっても、保存されていたものであってもよい。検体を保存する場合には、室温環境、冷蔵環境または冷凍環境において保存することができるが、好ましくは冷凍保存である。
【００２４】
本明細書において、「被験物質」とは、有効成分の候補物質であるか否かを評価する対象となりうる物質であり、特に制限されない。例えば、化合物、タンパク質、ペプチド、核酸、脂質、糖質、糖脂質、糖タンパク、金属等を挙げることができる。被験物質の投与方法も特に制限されない。被験細胞や被験組織に被験物質を投与する場合には、例えばその培養培地に１ｐｇ／ｍｌから１ｍｇ／ｍｌとなるように被験物質を投与することができる。また、被験体個体の場合には、１日あたり１ｎｇ／ｋｇ〜１ｇ／ｋｇとなるように被験物質を投与することができる。被験物質の投与から、検体の採取までの期間は、当該被験物質の効果が得られる限り、特に制限されない。
【００２５】
さらに、被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体は、本明細書において、「被験物質処理検体」と呼ばれることもある。また、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体は、本明細書において、「未処理検体」と呼ばれることもある。
【００２６】
「健常個体」とは、特に制限されない。好ましくは「個体」の項に記載されたヒトまたはヒト以外の哺乳動物であって、生化学的検査、血液検査、尿検査、血清検査、生理学的検査等において異常データを示さない個体をいう。健常個体の年齢、性別は特に制限されない。
【００２７】
心筋梗塞を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングする場合には、本発明の「バイオマーカータンパク質」には、図９に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質が含まれる。
【００２８】
認知症を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングする場合には、本発明の「バイオマーカータンパク質」には、図１２に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質が含まれる。
【００２９】
腫瘍を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングする場合には、本発明の「バイオマーカータンパク質」には、図１４〜図１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質が含まれる。
腫瘍が脳腫瘍である場合、バイオマーカータンパク質として好ましくは、図１３に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である。
【００３０】
皮膚を検体として腫瘍を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行う場合、バイオマーカータンパク質として好ましくは、図１５および図１６に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である。より好ましくは、ＦＣＧＲ３Ｂ、ＦＰＲ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＬＩＮＣ００２６０、ＬＯＣ２８６４３７、ＭＡＬＡＴ１、ＭＩＲ１１８４−１、ＭＩＲ１２４７、ＰＲＧ４、ＲＰＬ２１Ｐ４４、ＲＰＰＨ１、ＲＰＳ１５ＡＰ１０、ＳＣＡＲＮＡ４、ＳＮＯＲＡ３１、ＳＮＯＲＡ７７、およびＺＢＴＢ２０からなる群から選択される少なくとも一種の遺伝子から発現されるタンパク質である。中でも、皮膚を検体として乳がんを予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行う場合、バイオマーカータンパク質として好ましくは、図１５に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である。より好ましくは、ＰＲＧ４、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＭＩＲ１１８４−１、ＭＩＲ１２４８、ＭＩＲ２０３、ＭＩＲ２０５、ＭＩＲ５７０、ＲＰＰＨ１、ＳＣＡＲＮＡ４、ＳＮＯＲＡ３１、およびＳＮＯＲＡ４からなる群から選択される少なくとも一種の遺伝子から発現されるタンパク質である。皮膚を検体として肺がんを予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行う場合、バイオマーカータンパク質として好ましくは、図１６に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である。より好ましくは、ＡＧＳＫ１、ＣＹＰ２Ｅ１、ＫＲＴ６Ｃ、ＲＰＬ２１、ＲＰＬ９、ＴＰＰＰ、ＤＣＤ、ＤＤＸ３Ｙ、ＦＣＧＲ３Ｂ、ＨＢＡ２、ＨＩＳＴ１Ｈ４Ｃ、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＬＯＣ２８６４３７、ＭＡＬＡＴ１、ＭＩＲ１１８４−１、ＲＰＰＨ１、ＲＰＳ１５ＡＰ１０、ＲＰＳ４Ｙ１、ＳＣＡＲＮＡ４、ＳＣＧＢ２Ａ１、ＳＦＴＰＡ１、ＳＦＴＰＡ２、ＳＮＯＲＡ３１、ＳＮＯＲＡ７７、およびＺＢＴＢ２０からなる群から選択される少なくとも一種の遺伝子から発現されるタンパク質をバイオマーカータンパク質である。
【００３１】
血液を検体として腫瘍を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行う場合、バイオマーカータンパク質として好ましくは、図１７および図１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である。より好ましくは、ＨＮＲＮＰＨ２、ＨＰ、ＬＯＣ２８３６６３、ＳＮＯＲＡ４０、およびＴＣＮ２からなる群から選択される少なくとも一種の遺伝子から発現されるタンパク質をバイオマーカータンパク質として使用することが好ましい。中でも、血液を検体として乳がんを予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行う場合、好ましくは図１７に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である。また、血液を検体として乳がんを予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行う場合、好ましくは図１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質である。
【００３２】
また、図９〜図１８に記載される遺伝子由来の少なくとも一種のタンパク質には、それぞれの遺伝子由来のスプライシングバリアント、またはオーソログが含まれていてもよい。
【００３３】
「バイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のタンパク質の測定値」とは、バイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のタンパク質の量または濃度を反映した値をいう。当該測定値を「量」で標記する場合には、モルであっても質量であってもよいが、質量で標記することが好ましい。また、値を「濃度」で表記する場合には、モル濃度であっても検体の一定容量あたりの質量の割合（質量／容量）であってもよいが、好ましくは質量／容量である。量または濃度を反映する値としては、上記の他に、蛍光や発光などのシグナルの強度であってもよい。
【００３４】
「バイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のｍＲＮＡの測定値」とは、一定量の検体中に存在するバイオマーカー  ｍＲＮＡのコピー数（絶対量）で表されてもよく、または、β２−ミクログロブリンｍＲＮＡ、ＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡ、Ｍａｅａ  ｍＲＮＡおよびβ−アクチン  ｍＲＮＡ等のハウスキーピング遺伝子の発現量に対する相対発現量を反映した値であってもよい。また、蛍光や発光などのシグナルの強度で表されてもよい。
【００３５】
「抗バイオマーカー抗体」は、上述したバイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のタンパク質と特異的に結合する限り制限はなく、バイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のタンパク質またはその一部を抗原としてヒト以外の動物に免疫して得られたポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、およびそれらの断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２等）のいずれも用いることができる。また、免疫グロブリンのクラスおよびサブクラスは特に制限されない。また、キメラ抗体であってもよい。さらに、ｓｃＦｖ等であってもよい。
【００３６】
抗バイオマーカー抗体を作製するために用いられる、抗原となるバイオマーカータンパク質としては、上述したバイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のタンパク質の全体、または一部を挙げることができる。
【００３７】
本発明における「バイオマーカーｍＲＮＡ検出核酸」は、上述したバイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のｍＲＮＡ、または当該ｍＲＮＡの逆転写産物と特異的にハイブリダイズする配列を含む限り制限されない。検出核酸は、ＤＮＡであっても、ＲＮＡであってもよく、また、検出核酸に含まれるヌクレオチドは、天然のヌクレオチドであっても人工的に合成されたヌクレオチドであってもよい。
【００３８】
検出核酸の長さは、特に制限されない。検出核酸が、マイクロアレイ等においてキャプチャープローブとして使用されるものであれば、標的核酸とハイブリダイズする配列が、好ましくは１００ｍｅｒ程度であり、より好ましくは６０ｍｅｒ程度であり、さらに好ましくは、２０〜３０ｍｅｒ程度である。キャプチャープローブは、公知のオリゴヌクレオチド合成機等を使用して製造することができる。キャプチャープローブには、標的核酸とハイブリダイズしない配列が含まれていてもよい。
【００３９】
検出核酸が、ＰＣＲ反応に使用されるプライマーであれば、標的核酸とハイブリダイズする配列が、好ましくは５０ｍｅｒ程度であり、より好ましくは３０  ｍｅｒ程度であり、さらに好ましくは、１５〜２５ｍｅｒ程度である。プライマーは、公知のオリゴヌクレオチド合成機等を使用して製造することができる。プライマーには、標的核酸とハイブリダイズしない配列が含まれていてもよい。また、プライマーは、蛍光色素等で標識されていてもよい。
【００４０】
また、ＲＴ−ＰＣＲには、プライマーの他にＰＣＲ産物のリアルタイムの定量のために使用される、ＰＣＲ反応中に分解される定量用プローブを使用することもできる。定量用プローブも標的核酸とハイブリダイズする限り、制限されない。定量用プローブは、標的核酸とハイブリダイズする配列を含む、５〜２０ｍｅｒ程度の核酸であることが好ましい。さらに定量用プローブの一端には、蛍光色素が標識され、定量用プローブのもう一端には、当該蛍光色素のクエンチャーが標識されていることが好ましい。
【００４１】
２．各測定値の取得方法
本明細書におけるバイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のタンパク質の測定値、およびバイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のｍＲＮＡの測定値の取得方法は、それぞれの測定値が取得できる限り制限されない。例えば、以下に述べる方法に従って取得することができる。
【００４２】
２−１．バイオマーカーのタンパク質の測定方法
バイオマーカーからなる群から選択される少なくとも一種のタンパク質の測定値（以下、本明細書において「バイオマーカータンパク質の測定値」と略記することもある）を測定する場合、本工程では、当該測定値を取得するために、上記「１．用語の説明」で述べた抗バイオマーカー抗体を用いた測定方法を使用することができる。バイオマーカータンパク質の測定値を取得する測定方法としては、公知のＥＬＩＳＡ法等を使用して行うことができる。
【００４３】
本態様では、あらかじめ抗原捕捉用の抗バイオマーカー抗体をマイクロプレート、蛍光ビーズ、または磁気ビーズ等の固相上に固定化し、固定化された抗バイオマーカー抗体と検体中のバイオマーカータンパク質の複合体を形成させることができる。固相上に固定化された当該複合体または固相上で形成された複合体を、当該技術において公知の方法で検出することにより、検体に含まれるバイオマーカータンパク質の量または濃度を測定することができる。また、本態様では、先に抗原捕捉用の抗バイオマーカー抗体と検体中のバイオマーカータンパク質の複合体を形成させてから、当該複合体を固相に固定化してもよい。
【００４４】
抗原捕捉用の抗バイオマーカー抗体の固相への固定の方法は、特に限定されない。公知の方法を使用して、直接的に、または別の物質を介して間接的に行うことができる。直接の結合としては、例えば、物理的吸着などが挙げられる。好ましくは、イムノプレート等を使用して、直接抗バイオマーカー抗体をマイクロプレートに物理的に結合させることができる。
【００４５】
固相の形状は特に限定されず、例えば、マイクロプレート、マイクロチューブ、試験管、ビーズ等が挙げられる。固相の素材は特に限定されず、例えば、マイクロプレート、マイクロチューブ、試験管等には、ポリスチレン、ポリプロピレン等を使用することができる。また、ビーズの場合には、ポリスチレンＸｍａｐ（登録商標）ビーズ（Ｌｕｍｉｎｅｘ社）やＭａｇＰｌｅｘ（登録商標）ミクロスフェア（Ｌｕｍｉｎｅｘ社）等を使用することができる。
【００４６】
本方法においては、前記複合体の形成に続いて、固相を洗浄する操作を含んでもよい。洗浄する場合には、界面活性剤等を含むＰＢＳ等を使用することができる。
【００４７】
本方法において、前記複合体の検出は、標識物質で標識された検出用抗バイオマーカー抗体を使用して行うか、未標識の抗バイオマーカー抗体と当該未標識の抗バイオマーカー抗体と結合することができる標識物質で標識された抗イムノグロブリン抗体等を使用して行うことができるが、標識された検出用抗バイオマーカー抗体を使用することが好ましい。また、検出用抗バイオマーカー抗体のバイオマーカータンパク質におけるエピトープと抗原捕捉用抗バイオマーカー抗体のバイオマーカータンパク質におけるエピトープとは異なることが好ましい。
【００４８】
検出用抗バイオマーカー抗体または標識抗イムノグロブリン抗体に用いられる標識物質は、検出可能なシグナルが生じるかぎり、特に限定されない。例えば、蛍光物質、放射性同位元素、および酵素等が挙げられる。酵素としては、アルカリホスファターゼ、ペルオキシダーゼ等が挙げられる。蛍光物質としては、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ（登録商標）などの蛍光色素、ＧＦＰなどの蛍光タンパク質などが挙げられる。放射性同位元素としては、１２５Ｉ、１４Ｃ、３２Ｐなどが挙げられる。それらの中でも、標識物質として、アルカリホスファターゼ、またはペルオキシダーゼが好ましい。
【００４９】
検出用抗バイオマーカー抗体は、当該技術において公知の標識方法により、抗バイオマーカー抗体を上記の標識物質で標識して得られる。また、市販のラベリングキットなどを用いて標識してもよい。また、標識イムノグロブリン抗体は、抗バイオマーカー抗体の標識と同じ手法を用いてもよいし、市販のものを使用してもよい。
【００５０】
本方法では、複合体に含まれる標識抗バイオマーカー抗体の標識物質により生じるシグナルを検出することにより、検体に含まれるバイオマーカーの測定値を取得できる。ここで、「シグナルを検出する」とは、シグナルの有無を定性的に検出すること、シグナル強度を定量すること、および、シグナルの強度を半定量的に検出することを含む。半定量的な検出とは、シグナルの強度を、「シグナル発生せず」、「弱」、「中」、「強」などのように段階的に示すことをいう。本工程では、シグナルの強度を定量的または半定量的に検出することが好ましい。
【００５１】
シグナルを検出する方法は、公知の方法を使用することができる。本方法では、上記の標識物質に由来するシグナルの種類に応じた測定方法を適宜選択することができる。例えば、標識物質が酵素である場合、該酵素に対する基質を反応させることによって発生する光、色などのシグナルを、ルミノメーター、分光光度計などの公知の装置を用いて測定することにより行うことができる。
【００５２】
酵素の基質は、該酵素の種類に応じて公知の基質から適宜選択できる。例えば、酵素としてアルカリホスファターゼを用いる場合、基質としては、ＣＤＰ−Ｓｔａｒ（登録商標）（４−クロロ−３−（メトキシスピロ［１，２−ジオキセタン−３，２’−（５’−クロロ）トリクシロ［３．３．１．１３，７］デカン］−４−イル）フェニルリン酸２ナトリウム）等の化学発光基質、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルリン酸（ＢＣＩＰ）、５−ブロモ−６−クロロ−インドリルリン酸２ナトリウム、ｐ−ニトロフェニルリン酸等の発色基質が挙げられる。標識物質がペルオキシダーゼである場合には、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）等を挙げることができる。
【００５３】
標識物質が放射性同位体である場合は、シグナルとしての放射線を、シンチレーションカウンターなどの公知の装置を用いて測定できる。また、標識物質が蛍光物質である場合は、シグナルとしての蛍光を、蛍光マイクロプレートリーダー、Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）システム（Ｌｕｍｉｎｅｘ社）等の公知の装置を用いて測定できる。なお、励起波長および蛍光波長は、用いた蛍光物質の種類に応じて適宜決定できる。
【００５４】
シグナルの検出結果は、バイオマーカータンパク質の測定値として用いることができる。例えば、シグナルの強度を定量的に検出する場合は、シグナル強度の測定値自体または該シグナル強度の測定値から算出される値を、バイオマーカーのタンパク質の測定値として用いることができる。
【００５５】
２−２．バイオマーカーｍＲＮＡの測定方法
バイオマーカータンパク質からなる群から選択される少なくとも一種のｍＲＮＡの測定値（以下、本明細書において「バイオマーカーｍＲＮＡの測定値」と略記することもある）を取得するために、マイクロアレイ法、ＲＮＡ−ｓｅｑ解析法、定量的ＲＴ−ＰＣＲ法等公知の測定方法を使用することができる。マイクロアレイ法に使用するプローブは、自ら選択したプローブまたは公知のプローブを合成して使用してもよく、また市販のマイクロアレイチップを使用してもよい。
【００５６】
ここで、本方法においては、検体から抽出したｔｏｔａｌ  ＲＮＡおよびｍＲＮＡのいずれを用いてもよい。ｔｏｔａｌ  ＲＮＡおよびｍＲＮＡ抽出に用いる検体は、個体から採取されてすぐにＲＮＡ抽出に供されるか、個体から採取されてすぐに凍結（好ましくは、−１９６℃以下の雰囲気下（液体窒素中で急冷）して、ＲＮＡ抽出まで−８０℃以下で保存されることが好ましい。
検体からのｔｏｔａｌ  ＲＮＡおよびｍＲＮＡの抽出方法は特に制限されず、公知の抽出方法を使用することができる。
【００５７】
マイクロアレイ法による定量は、公知の方法に従って行うことができ、バイオマーカー  ｍＲＮＡの発現量は、ハウスキーピング遺伝子の発現量に対する相対発現量として表してもよく、蛍光色素等のシグナル強度の測定値として表すことができる。
【００５８】
ＲＴ−ＰＣＲによる定量は、検体から抽出したｔｏｔａｌ  ＲＮＡまたはｍＲＮＡを鋳型として逆転写反応を行い、得られたｃＤＮＡを鋳型としてバイオマーカー  ｍＲＮＡの特異的なプライマーを使用してリアルタイムＰＣＲ法等で解析することにより行うことができる。また、この場合、バイオマーカー  ｍＲＮＡの発現量は、ハウスキーピング遺伝子の発現量に対する相対発現量として表してもよく、蛍光色素等のシグナルの強度の測定値として表してもよい。
【００５９】
また、ＲＮＡ−ｓｅｑ解析法は、検体から抽出したｍＲＮＡを断片化し、これを鋳型として逆転写反応によるｃＤＮＡの合成とライブラリ作成を行う。各ライブラリに含まれる断片について次世代シークエンサーによる塩基配列を決定し、その情報をリファレンス遺伝子配列へマッピングし、ｍＲＮＡの発現量をＲＰＫＭ（Ｒｅａｄｓ  Ｐｅｒ  Ｋｉｌｌｏｂａｓｅｓ  ｐｅｒ  Ｍｉｌｌｉｏｎ）として表す。ＲＰＫＭは、ヒートマップ等のシグナルの強度として表してもよい。
【００６０】
上記シグナルの検出結果は、バイオマーカー  ｍＲＮＡの発現量として用いることができる。例えば、シグナルの強度を定量的に検出する場合は、シグナル強度の測定値自体または該シグナル強度の測定値から算出される値を、バイオマーカー  ｍＲＮＡの発現量として用いることができる。
【００６１】
上記シグナル強度の測定値から算出される値としては、例えば、該シグナル強度の測定値から陰性対照試料のシグナル強度の測定値を差し引いた値、該シグナル強度の測定値を陽性対照試料のシグナル強度の測定値で除した値、およびそれらの組み合わせなどが挙げられる。陰性対照試料としては、健常者の検体等が挙げられる。陽性対照試料としては、バイオマーカー  ｍＲＮＡを所定の発現量で含む検体が挙げられる。
【００６２】
３．バイオマーカータンパク質の機能の評価
本発明において、バイオマーカータンパク質の機能を評価する方法としては、バイオマーカータンパク質の機能を評価できる限り特に制限されない。ここで「バイオマーカータンパク質の機能」とは、それぞれのバイオマーカータンパク質が有している本来の機能である。例えば、バイオマーカータンパク質が受容体である場合には、そのリガンドがバイオマーカータンパク質に結合した際に活性化し、当該タンパク質が属する情報伝達経路の下流に存在するタンパク質やケミカルメディエーターにその活性化の情報を伝達し、その受容体の支配下にある情報伝達経路を通じて細胞等に働きかける機能である。また、バイオマーカータンパク質がリガンドである場合には、例えば当該リガンドが結合する受容体を活性化する機能である。
【００６３】
バイオマーカータンパク質の機能を評価する方法としては、例えば、あるバイオマーカータンパク質が属する情報伝達経路において下流に存在するタンパク質のリン酸化あるいは脱リン酸化等の有無；下流に位置するタンパク質の発現量の増減；下流に位置するタンパク質の転写調節領域の活性化あるいは不活化等を検出する方法が挙げられる。タンパク質のリン酸化の有無等はウエスタンブロッティング等の公知の方法を用いて検出することができる。また、タンパク質の発現量の増減等は、ＥＬＩＳＡ法、ウエスタンブロッティング法、定量的ＲＴ−ＰＣＲ法、またはＲＮＡ−Ｓｅｑ法等の公知の方法を使用して検出することができる。さらに、転写調節領域の活性化または不活性化はレポーターアッセイによって検出することができる。レポーターとしては、ホタルルシフェラーゼ、ウミシイタケルシフェラーゼ、ＧＦＰ（Ｇｒｅｅｎ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ）、β−ガラクトシダーゼ等を挙げることができる。レポーターアッセイは、公知の方法に従って行うことができる。
【００６４】
バイオマーカータンパク質の機能を評価する別の方法として、あるバイオマーカータンパク質が属する情報伝達経路において下流に存在するケミカルメディエーター（イノシトール−３−リン酸、ｃＡＭＰ、ｃＧＭＰ、Ｃａ２＋等）の量を測定することによって、バイオマーカータンパク質の機能を評価することもできる。これらのケミカルメディエーターの測定は、公知の方法に従って行うことができる。
また、バイオマーカーの機能を評価するために、各器官の代謝物質を測定してもよい。
【００６５】
代謝物質の解析は、ガスクロマトグラフ／質量分析計（ＧＣＭＳ）、キャピラリ電気泳動／質量分析（ＣＥＭＳ）、液体クロマトグラフィー／質量分析  （ＬＣＭＳ）、高速液体クロマトグラフィー／誘導結合プラズマ質量分析（ＨＰＬＣ／ＩＣＰ−ＭＳ）、高速液体クロマトグラフィー／イオントラップ型質量分析／飛行時間型質量分析（ＬＣＭＳ−ＩＴ−ＴＯＦ）等の公知方法によって行うことができる。また、代謝物質は、解析方法に応じて、シリル化、トリメチルシリル化、メトキシム化、アシル化等の誘導体化を行ってもよい。また、内部標準物質も、公知のものを使用することができる。
例えば、ＧＣＭＳで解析する場合には、細胞や組織からの代謝物質の抽出は、公知の方法によって行うことができ、特に制限されない。例えば、組織を、水、メタノール、エタノール、クロロホルム若しくはこれらの混合物等の溶媒に入れ、破砕し、さらに、当該溶媒に内部標準２−イソプロピルリンゴ酸等を加えた溶媒を添加し粗抽出物とする。当該粗抽出物を水およびクロロホルム等の疎水性溶媒を加えて、水相を精製する。精製された水相をさらに限外濾過等で精製したものを代謝物質の抽出液として解析に使用する。
【００６６】
抽出液中の代謝物質をメトキシム化およびトリメチルシリル化した後、例えばＧＣＭＳ−ＴＱ８０３０（島津製作所）等を使用し、ＧＣ用のキャピラリーカラムとしてＤＢ−５（３０ｍ×内径０．２５  ｍｍ×膜厚１．００  ｕｍ）  （Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）等を使用することができる。ガスクロマトグラフィーの昇温条件は、例えば１００℃から３２０℃までを４℃／分の速度で上昇させる条件が挙げられる。注入口温度は例えば２８０℃程度とし、キャリアガスにはヘリウム等を用い、これを例えば３９．０ｃｍ／秒程度の速度で流すことができる。電子イオン化のエネルギーは１５０ｅＶ程度、イオン源温度は２００℃程度で、スキャンするｍ／ｚの範囲は４５〜６００程度とすることができる。サンプルは１μｌ程度をインジェクションし、下記の条件で測定することができる：
心臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
脳_Split1：25_検出器電圧+0.2kV
腎臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
肝臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
膵臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
骨格筋_Split1:25_検出器電圧+0.2kV
脂肪組織_Split1:3_検出器電圧+0.2kV
血漿_Split1:10_検出器電圧+0.1kV
脾臓_Split1:25_検出器電圧+0.2kV
肺_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
精巣_Split1:10_検出器電圧+0.3kV
胸腺_Split1:25_検出器電圧+0.3kV。
【００６７】
ＧＣＭＳ解析によって得られたデータは、例えばデータ解析ソフトであるＧＣＭＳ  ｓｏｌｕｔｉｏｎ  Ｖｅｒ．  ４．２０とＧＣＭＳ代謝成分データベース（島津製作所）等を用いて検索することができる。代謝物の同定のために、保持試料より推測された保持時間と少なくとも２つの特異的ピーク（ターゲットイオン、確認イオン）のｍ／ｚの存在と比率を確認する。同定された代謝産物はターゲットイオンのピーク面積を計測し、内部標準のピーク面積とサンプル量で補正した。その後、補正した測定結果をＺ−ｓｃｏｒｅ（（サンプルデータ−平均値）／標準偏差）にしてＭｕｌｔｉ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ  Ｖｉｅｗｅｒ（ＭｅＶ）でヒートマップを作成することができる。またＰｙｔｈｏｎでＰａｉｒ−ｗｉｓｅ  ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ（ρ＝１−［６ΣＤ２］／ｎ（ｎ２−１））を計算し、ＭｅＶでヒートマップを作成することができる。さらに、多変量解析ソフトウェアＳＩＭＣＡ（Ｕｍｅｔｒｉｃｓ社）でＰＣＡ（Ｐｒｉｎｃｉｐａｌ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  ａｎａｌｙｓｉｓ）解析等を行うこともできる。
【００６８】
また、代謝物質をＣＥＭＳで解析する場合には、例えば組織を内部標準物質（例えばＳｏｌｕｔｉｏｎ  ＩＤ：  ３０４−１００２；ＨＭＴ）を含む５０％アセトニトリル内で破砕し、破砕後のサンプルを、遠心し、上清を限外濾過後のサンプルを減圧乾燥し、蒸留水に再溶解し、測定用のサンプルとすることができる。
ＣＥ−ＭＳは、例えばＡｇｉｌｅｎｔ  ＣＥ−ＴＯＦＭＳ  ｓｙｓｔｅｍ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  社）を、ＣＥ用のキャピラリーカラムには、Ｆｕｓｅｄ  ｓｉｌｉｃａ  ｃａｐｉｌｌａｒｙ  ｉ．ｄ．  ５０  μｍ  ×  ８０  ｃｍを用いることができる。ＣＥ−の泳動用バッファーには、カチオン用；Ｃａｔｉｏｎ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ  （ｐ／ｎ  ：  Ｈ３３０１−１００１；ＨＭＴ）、アニオン用Ａｎｉｏｎ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ  （ｐ／ｎ  ：  Ｉ３３０２−１０２３；ＨＭＴ）等を用いることができる。
【００６９】
＜カチオン側測定条件＞
例えば、サンプル注入条件を  Ｐｒｅｓｓｕｒｅ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ  ５０  ｍｂａｒ，  １０  ｓｅｃ、ＣＥの泳動電圧を２７ｋＶで電気泳動を行う。電子イオン化のエネルギーを４，０００Ｖとし、スキャンする範囲を５０〜１０００とすることができる。また、サンプルは、５ｎｌ程度をインジェクションすることができる。
CE voltage : Positive, 27 kV
MS ionization : ESI Positive
MS capillary voltage : 4,000 V
MS scan range : m/z 50-1,000
Sheath liquid : HMT Sheath Liquid (p/n : H3301-1020)
【００７０】
＜アニオン側測定条件＞
例えばサンプル注入条件を  Ｐｒｅｓｓｕｒｅ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ  ５０  ｍｂａｒ，  ２５  ｓｅｃ、ＣＥの泳動電圧を３０ｋＶで電気泳動を行う。電子イオン化のエネルギーを３，５００Ｖとし、スキャンする範囲を５０〜１０００とすることができる。サンプルは、５ｎｌ程度をインジェクションすることができる。
CE voltage : Positive, 30 kV
MS ionization : ESI Negative
MS capillary voltage : 3,500 V
MS scan range : m/z 50-1,000
Sheath liquid : HMT Sheath Liquid (p/n : H3301-1020)
【００７１】
検出されたピークは、自動積分ソフトウェアのＭａｓｔｅｒＨａｎｄｓ  ｖｅｒ．２．１６．０．１５（慶應義塾大学開発）を用いて、シグナル／ノイズ  （Ｓ／Ｎ）  比が３  以上のピークを自動抽出し、質量電荷比  （ｍ／ｚ）、ピーク面積値、泳動時間  （Ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ：  ＭＴ）を用いて代謝物の同定を行うことができる。同定された代謝産物はターゲットイオンのピーク面積を計測し、内部標準のピーク面積とサンプル量で補正することができる。
【００７２】
ここで、疾患が心筋梗塞である場合には、図１１に記載の代謝物質を測定することが好ましく、疾患が認知症である場合には、図１３に記載の代謝物質を測定することが好ましい。
【００７３】
上記ＥＬＩＳＡ法、ウエスタンブロッティング法、定量的ＲＴ−ＰＣＲ法、ＲＮＡ−Ｓｅｑ法、およびレポーターアッセイの検出結果、およびケミカルメディエーターの測定結果、ＧＳＭＳ解析結果、およびＣＥＭＳ解析結果は、バイオマーカータンパク質の機能の評価結果として使用することができる。当該評価結果は、定量的なデータであっても、「高い」、「低い」等の判定量的な情報であっても、「有る」、「なし」等の定性的なデータであってもよい。
【００７４】
４．スクリーニングを行うためのシステム構成
本発明においては、上記「２．各測定値の取得方法」において取得された測定値を用いて、後述する「５．スクリーニング１」を行う。また、本発明においては、上記「３．バイオマーカータンパク質の機能の評価」において取得された評価結果を用いて、後述する「６．スクリーニング２」を行う。まず、これらの処理を行うためのシステム構成について説明する。
【００７５】
図１は、本発明の第１の態様に係るスクリーニング１を行うためのシステム１００の概観図であり、図２は、システム１００のハードウェア構成を示すブロック図である。システム１００は一態様として、スクリーニング装置１と、入力部３と、表示部４と、装置５ａまたは装置５ｂとを備える。
【００７６】
スクリーニング装置１は、例えば汎用のパーソナルコンピュータで構成されており、後述するデータ処理を行うＣＰＵ１０１と、データ処理の作業領域に使用するメモリ１０２と、処理データを記録する記録部１０３と、各部の間でデータを伝送するバス１０４と、外部機器とのデータの入出力を行うインタフェース部１０５（以下、Ｉ／Ｆ部と記す）とを備えている。入力部３および表示部４は、スクリーニング装置１に接続されており、入力部３は、キーボード等で構成され、表示部４は、液晶ディスプレイ等で構成されている。入力部３と表示部４とは、一体化されてタッチパネル付き表示装置として実現されてもよい。なお、スクリーニング装置１は一体の装置である必要はなく、ＣＰＵ１０１、メモリ１０２、記録部１０３等が別所に配置され、これらがネットワークで接続されていてもよい。また、入力部３や表示部４を省略した操作者を必要としない装置であってもよい。
【００７７】
また、スクリーニング装置１と、装置５ａ、または装置５ｂとについても、一カ所に配置される必要は必ずしもなく、別所に設けられた装置間をネットワークで通信可能に接続した構成でもよい。
【００７８】
以下の説明においては、特に断らない限りスクリーニング装置１が行う処理は、図２に示す記録部１０３またはメモリ１０２に格納されたスクリーニングプログラムに基づいて、実際にはスクリーニング装置１のＣＰＵ１０１が行う処理を意味する。ＣＰＵ１０１はメモリ１０２を作業領域として必要なデータ（処理途中の中間データ等）を一時記憶し、記録部１０３に演算結果等の長期保存するデータを適宜記録する。
【００７９】
装置５ａは、タンパク質の量または濃度を測定するための装置であり、試料置き場５１と、反応部５２と、検出部５３とを備える。試料置き場５１にセットされた被験体から採取された検体は、反応部５２に設置された抗体捕捉用抗バイオマーカー抗体が固相されたマイクロプレートに分注されインキュベーションされる。必要に応じて未反応の抗原を除去した後、検出抗体がマイクロプレートに分注され、インキュベーションされる。必要に応じて未反応の抗原を除去した後、検出用抗体を検出するための基質がマイクロプレートに分注され、マイクロプレートが検出部５３に移動され、基質が反応して発生したシグナルが測定される。また、装置５ａの別態様は、マイクロアレイ解析によるｍＲＮＡの発現量を測定するための装置であり、試料置き場５１にセットされた逆転写反応物を反応部５２にセットされたマイクロアレイチップ上に分注し、ハイブリダイゼーションを行い、洗浄した後、検出部５３に移動させシグナルを検出する。
【００８０】
さらに、装置５ａの別態様は、ＲＴ−ＰＣＲによるｍＲＮＡの発現量を測定するための装置であり、試料置き場５１にセットされた逆転写反応物を反応部５２にセットされたマイクロチューブ内に分注し、続いて定量的ＰＣＲ用試薬をマイクロチューブ内に分注する。反応部５２でＰＣＲ反応を行いながら、検出部５３でチューブ内のシグナルを検出する。
【００８１】
装置５ｂは、ＲＮＡ−Ｓｅｑ法によってｍＲＮＡの発現量を測定するための装置であり、配列解析部５４を備える。ＲＮＡ−Ｓｅｑ用の反応を行ったサンプルを配列解析部５４にセットし、配列解析部５４内で、塩基配列の解析をおこなう。
【００８２】
装置５ａ、および５ｂは、有線または無線によってスクリーニング装置１に接続されている。装置５ａは、タンパク質の測定値、またはｍＲＮＡの測定値をＡ／Ｄ変換して、デジタルデータとしてスクリーニング装置１に送信する。同様に、装置５ｂは、ｍＲＮＡの測定値をＡ／Ｄ変換して、デジタルデータとしてスクリーニング装置１に送信する。これにより、スクリーニング装置１は、タンパク質の測定値、またはｍＲＮＡの測定値を、演算処理可能なデジタルデータとして取得することができる。
【００８３】
図５は、本発明の第２の態様に係るスクリーニング２を行うためのシステム１１０の概観図であり、図６は、システム１１０のハードウェア構成を示すブロック図である。システム１１０は一態様として、スクリーニング装置２と、入力部３と、表示部４と、装置５ａ、装置５ｂ、または装置５ｃとを備える。
【００８４】
スクリーニング装置２は、例えば汎用のパーソナルコンピュータで構成されており、後述するデータ処理を行うＣＰＵ１０１と、データ処理の作業領域に使用するメモリ１０２と、処理データを記録する記録部１０３と、各部の間でデータを伝送するバス１０４と、外部機器とのデータの入出力を行うインタフェース部１０５（以下、Ｉ／Ｆ部と記す）とを備えている。入力部３および表示部４は、スクリーニング装置１に接続されており、入力部３は、キーボード等で構成され、表示部４は、液晶ディスプレイ等で構成されている。入力部３と表示部４とは、一体化されてタッチパネル付き表示装置として実現されてもよい。なお、スクリーニング装置２は一体の装置である必要はなく、ＣＰＵ１０１、メモリ１０２、記録部１０３等が別所に配置され、これらがネットワークで接続されていてもよい。また、入力部３や表示部４を省略した操作者を必要としない装置であってもよい。
【００８５】
また、スクリーニング装置２と、装置５ａ、装置５ｂまたは装置５ｃとについても、一カ所に配置される必要は必ずしもなく、別所に設けられた装置間をネットワークで通信可能に接続した構成でもよい。
【００８６】
以下の説明においては、特に断らない限りスクリーニング装置２が行う処理は、図６に示す記録部１０３またはメモリ１０２に格納されたスクリーニングプログラムに基づいて、実際にはスクリーニング装置２のＣＰＵ１０１が行う処理を意味する。ＣＰＵ１０１はメモリ１０２を作業領域として必要なデータ（処理途中の中間データ等）を一時記憶し、記録部１０３に演算結果等の長期保存するデータを適宜記録する。
【００８７】
装置５ａは、タンパク質の量または濃度を測定するための装置であり、試料置き場５１と、反応部５２と、検出部５３とを備える。試料置き場５１にセットされた被験体から採取された検体は、反応部５２に設置された抗体捕捉用抗バイオマーカー抗体が固相されたマイクロプレートに分注されインキュベーションされる。必要に応じて未反応の抗原を除去した後、検出抗体がマイクロプレートに分注され、インキュベーションされる。必要に応じて未反応の抗原を除去した後、検出用抗体を検出するための基質がマイクロプレートに分注され、マイクロプレートが検出部５３に移動され、基質が反応して発生したシグナルが測定される。また、装置５ａの別態様は、マイクロアレイ解析によるｍＲＮＡの発現量を測定するための装置であり、試料置き場５１にセットされた逆転写反応物を反応部５２にセットされたマイクロアレイチップ上に分注し、ハイブリダイゼーションを行い、洗浄した後、検出部５３に移動させシグナルを検出する。
【００８８】
さらに、装置５ａの別態様は、ＲＴ−ＰＣＲによるｍＲＮＡの発現量を測定するための装置であり、試料置き場５１にセットされた逆転写反応物を反応部５２にセットされたマイクロチューブ内に分注し、続いて定量的ＰＣＲ用試薬をマイクロチューブ内に分注する。反応部５２でＰＣＲ反応を行いながら、検出部５３でチューブ内のシグナルを検出する。さらにまた、装置５ａの別態様は、ケミカルメディエーターを測定するための装置であり、試料置き場５１にセットされた細胞溶解液を反応部５２にセットされたマイクロチューブ内に分注し、続いてケミカルメディエーター測定用試薬をマイクロチューブ内に分注する。そして、検出部５３でチューブ内のシグナルを検出する。
【００８９】
装置５ｂは、ＲＮＡ−Ｓｅｑ法によってｍＲＮＡの発現量を測定するための装置であり、解析部５４を備える。ＲＮＡ−Ｓｅｑ用の反応を行ったサンプルを解析部５４にセットし、解析部５４内で、塩基配列の解析をおこなう。また、別の態様では装置５ｂは、ＧＳＭＳ解析またはＣＥＭＳ解析によって代謝物質を測定するための装置であり、ＧＳＭＳまたはＣＥＭＳ解析部５４を備える。サンプルを解析部５４にセットし、解析部５４内で、ＧＳＭＳまたはＣＥＭＳによる解析をおこなう。
【００９０】
装置５ｃの一態様は、ウエスタンブロッティング等のシグナルを検出するための装置である。例えば、バイオマーカータンパク質の機能をウエスタンブロッティング法等を用いて評価する場合には、装置５ｃの検出部５５に検出を行うためのメンブレンをセットし、化学発光強度や蛍光強度を測定する。また、装置５ｃの別態様は、レポーターアッセイにおいてレポーター遺伝子の発現強度を検出するための装置である。装置５ｃの検出部５５にレポーターアッセイを行うための細胞溶解液をセットし、そこに基質液を分注したあと、化学発光強度を測定する。
【００９１】
また、装置５ａ、５ｂおよび５ｃは、有線または無線によってスクリーニング装置２に接続されている。装置５ａは、タンパク質の検出結果、ｍＲＮＡの検出結果、またはケミカルメディエーターの測定結果をＡ／Ｄ変換して、デジタルデータとしてスクリーニング装置２に送信する。また、装置５ｂは、ｍＲＮＡの検出結果、若しくはＧＳＭＳまたはＣＥＭＳの解析結果をＡ／Ｄ変換して、デジタルデータとしてスクリーニング装置２に送信する。そして、装置５ｃは、ウエスタンブロッティング等のシグナルの測定結果またはレポーターアッセイ等の測定結果をＡ／Ｄ変換して、デジタルデータとしてスクリーニング装置２に送信する。これにより、スクリーニング装置２は、タンパク質の検出結果、ｍＲＮＡの検出結果、ケミカルメディエーターの測定結果、ウエスタンブロッティングのシグナルの測定結果またはレポーターアッセイの測定結果を、演算処理可能なバイオマーカータンパク質の機能の評価結果のデジタルデータとして取得することができる。
【００９２】
５．スクリーニング１
５−１．概要
本態様においては、上記「２．各測定値の取得方法」を実施することによって取得される、被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を用いて、当該被験物質が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質であると決定する。より具体的には、本態様は、工程（Ｉ）：被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する工程、および工程（ＩＩ）：前記工程（Ｉ）で得られた測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程を含む。この場合、被験物質処理検体中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値が、健常個体の対応するバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値に近づいていれば、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。
【００９３】
ここで、工程（Ｉ）は、実際に上記「２．各測定値の取得方法」を実施することによって測定値を取得する態様であっても、既に取得された測定値を、さらに後述する予測装置等に取得させる態様であってもよい。また、工程（Ｉ）と工程（ＩＩ）は、必ずしも同一機関において連続して行われる必要はなく、例えば、工程（Ｉ）で取得された測定値を、第三者機関に送り工程（ＩＩ）以降を実施してもよい。
【００９４】
本態様は、さらに、上記「２．各測定値の取得方法」によって得られた、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を被験物質処理検体の該測定値と比較し、当該被験物質が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質であると決定してもよい。より具体的には、前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の測定値と、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値とを比較する工程を含んでいてもよい。この場合、被験物質処理検体のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値が、未処理検体の対応するバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値よりも改善している場合に、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。
【００９５】
ここで、例えば検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って上昇する場合、未処理検体の前記測定値と比較して被験物質処理検体の対応する測定値の方が低下していれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。この場合、測定値の低下の程度は特に制限されない。被験物質処理検体の測定値が未処理検体の測定値の例えば８５％以下、好ましくは７０％以下、より好ましくは５０％以下になっている場合に、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。
【００９６】
また、検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って低下する場合、未処理検体の前記測定値と比較して被験物質処理検体の対応する測定値の方が上昇していれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。この場合、測定値の上昇の程度は特に制限されない。被験物質処理検体の測定値が未処理検体の測定値の例えば１１５％以上、好ましくは１３０％以上、より好ましくは１５０％以上になっている場合に、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。
【００９７】
さらに、スクリーニング１は、前記工程（Ｉ）の前に、（ｉ）被験体、被験組織または被験細胞に、被験物質を投与する投与工程、（ｉｉ）前記工程（ｉ）で被験物質を投与された被験体、被験組織または被験細胞から検体を採取する工程、および（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）で得られた検体からタンパク質および／またはｍＲＮＡを回収する工程を含んでいてもよい。この場合にも、工程（ｉｉ）と工程（ｉｉｉ）は、必ずしも同一機関において連続して行われる必要はなく、例えば、工程（ｉｉ）で採取された検体を、第三者機関に送り工程（ｉｉｉ）以降を実施してもよい。また、工程（ｉｉｉ）と工程（Ｉ）も、必ずしも同一機関において連続して行われる必要はなく、例えば、工程（ｉｉｉ）で回収されたタンパク質および／またはｍＲＮＡを、第三者機関に送り工程（ｉｉｉ）以降を実施してもよい。
【００９８】
５−２．スクリーニング装置
本発明は、第１の態様として、下記の演算手段を有する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置を含む：
被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得手段、および
前記第１の測定値取得手段が取得した測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定手段。
【００９９】
好ましくは、上記スクリーニング装置は、さらに、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第２の測定値取得手段、および
被験物質処理検体の前記測定値および未処理検体の前記測定値を比較する測定値比較手段、
をさらに有し、
前記決定手段は、前記測定値比較手段の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。決定方法は、後述する「５−４．スクリーニング方法」の記載に準ずる。
【０１００】
本態様では、上記スクリーニング装置としてスクリーニング装置１を備えたシステム１００（図１および図２）によって、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行うことができる。
【０１０１】
図３は、本態様に係るスクリーニング装置１の機能を説明するためのブロック図である。スクリーニング装置１は、第１の測定値取得部１１と、第２の測定値取得部１２と、測定値比較部１３と、候補物質決定部１４とを備える。第２の測定値取得部１２は任意の構成である。これらの機能ブロックは、本発明に係るスクリーニングプログラムを、図２に示すスクリーニング装置１の記録部１０３またはメモリ１０２にインストールし、このスクリーニングプログラムをＣＰＵ１０１が実行することにより実現される。これにより、スクリーニング装置１は、後述する「５−４．スクリーニング方法」に記載のスクリーニング方法を実行する。なお、特許請求の範囲に記載の第１の測定値取得手段、第２の測定値取得手段、測定値比較手段および決定手段が、図３に示す第１の測定値取得部１１、第２の測定値取得部１２、測定値比較部１３および候補物質決定部１４にそれぞれ対応する。
【０１０２】
言い換えると、スクリーニング装置１は、ＣＰＵ１０１により下記の演算機能を実行する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置である：
被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得機能、および
前記第１の測定値取得機能が取得した測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定機能。
【０１０３】
好ましくは、スクリーニング装置１は、さらに、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第２の測定値取得機能、および
被験物質処理検体の前記測定値および未処理検体の前記測定値を比較する測定値比較機能、
をＣＰＵ１０１により実行し、
前記決定機能は、前記測定値比較機能の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。
【０１０４】
本態様では、被験物質処理検体のバイオマーカータンパク質の測定値Ｍ１１は、装置５ａからスクリーニング装置１に取り込まれ、前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値Ｍ２１は、装置５ａまたは５ｂからスクリーニング装置１に取り込まれる。同様に、未処理検体のバイオマーカータンパク質の測定値Ｍ１２も、装置５ａからスクリーニング装置１に取り込まれ、前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値Ｍ２２も、装置５ａまたは５ｂからスクリーニング装置１に取り込まれる。
【０１０５】
なお、これら被験物質処理検体および未処理被検体のバイオマーカータンパク質の測定値Ｍ１１，Ｍ１２、前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値Ｍ２１，Ｍ２２は、ネットワークを介して第三者機関（図示せず）からスクリーニング装置１に取り込まれてもよい。
【０１０６】
また、第１の測定値取得部１１、第２の測定値取得部１２、測定値比較部１３および候補物質決定部１４の各機能ブロックは、単一のＣＰＵで実行されることは必ずしも必要なく、複数のＣＰＵで分散して処理されてもよい。たとえば、第１の測定値取得部１１および第２の測定値取得部１２の機能は第１のコンピュータのＣＰＵにより実行され、測定値比較部１３および候補物質決定部１４の機能は別の第２のコンピュータのＣＰＵにより実行される、というような構成であってもよい。
【０１０７】
５−３．スクリーニングプログラム
本発明の第１の態様に係るスクリーニング装置１は、以下の図４で説明するステップＳ１１〜Ｓ１７の処理を行うために、本態様に係るスクリーニングプログラムを、例えば実行形式（例えばプログラミング言語からコンパイラにより変換されて生成される）で記録部１０３に予め記録しており、スクリーニング装置１は、記録部１０３に記録したスクリーニングプログラムを使用して処理を行う。
【０１０８】
すなわち、本発明の第１の態様に係るスクリーニングプログラムは、コンピュータに実行させたときに、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質をスクリーニングするための下記の処理を当該コンピュータに実施させるスクリーニングプログラムである：
被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第１の測定値取得処理、および
前記第１の測定値取得処理で取得された測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定処理。
【０１０９】
好ましくは、上記スクリーニングプログラムは、さらに、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する第２の測定値取得処理、
を前記コンピュータに実施させ、
【０１１０】
前記決定処理では、第１の測定値取得処理で取得された測定値を前記第２の測定値取得処理で取得された測定値と比較することにより前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。決定方法は、後述する「５−４．スクリーニング方法」の記載に準ずる。
【０１１１】
本態様では、図２に示すように、上記スクリーニングプログラムは、ＣＤ−ＲＯＭ等の、コンピュータ読み取り可能であって一時的でない有形の記録媒体１０９に記録されており、記録媒体１０９から、スクリーニング装置１にインストールされる。あるいは、スクリーニング装置１をインターネット（図示せず）と接続し、インターネットを介して上記スクリーニングプログラムのプログラムコードをダウンロードしてもよい。
【０１１２】
５−４．スクリーニング方法
本発明の第１の態様に係るスクリーニング装置１は、本発明の第１の態様に係るスクリーニング方法を実行する。本発明の第１の態様に係るスクリーニング方法は、以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法を含む：
（Ｉ）被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）中のバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値を取得する工程、および
（ＩＩ）前記工程（Ｉ）で得られた測定値に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程。
【０１１３】
好ましくは、上記スクリーニング方法は、前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の測定値と、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質の測定値および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの測定値とを比較する工程をさらに含む。
【０１１４】
図４は、本発明の第１の態様に係るスクリーニング装置１が上記のスクリーニング方法を実行するために行うデータ処理の順序を示すフローチャートである。なお、図３に示す第１の測定値取得部１１、第２の測定値取得部１２および測定値比較部１３により、ステップＳ１１、Ｓ１２およびＳ１３がそれぞれ実行され、図３に示す候補物質決定部１４により、ステップＳ１４〜Ｓ１７が実行される。
【０１１５】
ステップＳ１１では、第１の測定値取得部１１が、被験物質処理検体中のタンパク質測定値Ｍ１１および／またはｍＲＮＡ測定値Ｍ２１を取得する。
ステップＳ１２では、第２の測定値取得部１２が、未処理検体中のタンパク質測定値Ｍ１２および／またはｍＲＮＡ測定値Ｍ２２を取得する。
【０１１６】
ステップＳ１３では、測定値比較部１３が、ステップＳ１１で得られた被験物質処理検体の測定値を、ステップＳ１２で得られた未処理検体の測定値と比較する。当該比較結果は、候補物質決定部１４に出力される。
【０１１７】
候補物質決定部１４は、測定値比較部１３の比較結果に基づいて、被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。具体的には、比較結果が「改善している」である場合（ステップＳ１４においてＹＥＳ）、ステップＳ１５において、候補物質決定部１４は、被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。
【０１１８】
より具体的には、被験物質処理検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡが、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って上昇する場合、測定値比較部１３は、Ｍ１１をＭ１２で除した値、または、Ｍ２１をＭ２２で除した値が、例えば、０．８５以下、好ましくは０．７、より好ましくは０．５以下であれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定し、「改善している」という比較結果を出力する。候補物質決定部１４は、前記比較結果が「改善している」である場合に、被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。また、被験物質処理検体が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡが、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って低下する場合、測定値比較部１３は、Ｍ１１をＭ１２で除した値、または、Ｍ２１をＭ２２で除した値が、例えば、１．１５以上、好ましくは１．３以上、より好ましくは１．５以上であれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定し、「改善している」という比較結果を出力する。また、測定値比較部１３は、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していないと決定した場合には、「改善していない」という比較結果を出力する。候補物質決定部１４は、前記比較結果が「改善している」である場合に、被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。
【０１１９】
ステップＳ１６では、候補物質決定部１４がステップＳ１５で決定された結果を出力する。本態様では、有効成分の候補物質を表示部４に表示するとともに、決定結果が、スクリーニング装置１内の記録部１０３に記録される。なお、決定結果を表示部４に表示する代わりに、インターネットを介して接続された、スクリーニング装置１の外部の例えば第三機関（図示せず）におけるコンピュータ端末の表示部に表示してもよい。
【０１２０】
また、ステップＳ１４において、比較結果が「改善していない」である場合、ステップＳ１７に移行し、候補物質決定部１４は、被験物質は有効成分ではないと決定する。この場合、被験物質が有効成分ではない旨を表示部４に表示してもよい。
【０１２１】
６．スクリーニング２
６−１．概要
本態様においては、上記「３．バイオマーカータンパク質の機能の評価」の方法を実施することによって取得される、被験物質処理検体中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を用いて、当該被験物質が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質であると決定する。より具体的には、本態様は、工程（Ｉ）：被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能を評価する工程、および工程（ＩＩ）：前記工程（Ｉ）で得られた評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程を含む。この場合、被験物質処理検体中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果が、健常個体の対応するバイオマーカータンパク質の機能の評価結果に近づいていれば、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。
【０１２２】
ここで、工程（Ｉ）は、実際に「３．バイオマーカータンパク質の機能の評価」を実施することによって評価結果を取得する態様であっても、既に取得された評価結果を、さらに後述する予測装置等に取得させる態様であってもよい。また、工程（Ｉ）と決定する工程（ＩＩ）は、必ずしも同一機関において連続して行われる必要はなく、例えば、工程（Ｉ）で取得された評価結果を、第三者機関に送り工程（ＩＩ）以降を実施してもよい。
【０１２３】
本態様は、さらに、上記「３．バイオマーカータンパク質の機能の評価」の方法によって得られた、未処理検体中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果と前記評価結果を比較し、当該被験物質が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質であると決定することができる。より具体的には、前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の前記評価結果と、未処理検体の対応するバイオマーカータンパク質の機能の評価結果とを比較する工程をさらに含む。この場合、被験物質処理検体のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果が、未処理検体の対応するバイオマーカータンパク質の機能の評価結果よりも改善している場合に、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。
【０１２４】
例えば、検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質の機能が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って活性化する場合、未処理検体の前記評価結果と比較して被験物質処理検体の対応する評価結果の方が低下していれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。この場合、評価結果の低下の程度は特に制限されない。被験物質処理検体の測定値が未処理検体の評価結果の例えば８５％以下、好ましくは７０％以下、より好ましくは５０％以下になっている場合に、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。
【０１２５】
また、検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質の機能が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って抑制される場合、未処理検体の前記評価結果と比較して被験物質処理検体の対応する評価結果の方が上昇していれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。この場合、評価結果の上昇の程度は特に制限されない。被験物質処理検体の測定値が未処理検体の評価結果の例えば１１５％以上、好ましくは１３０％以上、より好ましくは１５０％以上になっている場合に、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定することができる。
【０１２６】
さらに、スクリーニング２は、前記工程（Ｉ）の前に、（ｉ）被験体、被験組織または被験細胞に、被験物質を投与する工程、および（ｉｉ）上記工程（ｉ）の後に前記被験体、被験組織または被験細胞から検体を採取する工程を含んでいてもよい。この場合にも、工程（ｉｉ）と工程（ｉｉｉ）は、必ずしも同一機関において連続して行われる必要はなく、例えば、工程（ｉｉ）で採取された検体を、第三者機関に送り工程（Ｉ）以降を実施してもよい。
６−２．スクリーニング装置
【０１２７】
本発明は、第２の態様として、下記の演算手段を有する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置を含む：
被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第１の評価結果取得手段、および
前記第１の評価結果取得手段が取得した評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定手段。
【０１２８】
好ましくは、上記スクリーニング装置は、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第２の評価結果取得手段、および
被験物質処理検体の前記評価結果および未処理検体の前記評価結果を比較する評価結果比較手段、
をさらに有し、
前記決定機能は、前記評価結果比較手段の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。決定方法は、後述する「６−４．スクリーニング方法」の記載に準ずる。
【０１２９】
本態様では、上記スクリーニング装置２を備えたシステム１１０（図５および図６）によって、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニングを行うことができる。
【０１３０】
図７は、本発明の第２の態様に係るスクリーニング装置２の機能を説明するためのブロック図である。スクリーニング装置２は、第１の評価結果取得部２１と、第２の評価結果取得部２２と、評価結果比較部２３と、候補物質決定部２４とを備える。第２の評価結果取得部２２は任意の構成である。これらの機能ブロックは、本発明に係るスクリーニングプログラムを、図２に示すスクリーニング装置２の記録部１０３またはメモリ１０２にインストールし、このスクリーニングプログラムをＣＰＵ１０１が実行することにより実現される。これにより、スクリーニング装置２は、後述する「６−４．スクリーニング方法」に記載のスクリーニング方法を実行する。なお、特許請求の範囲に記載の第１の評価結果取得手段、第２の評価結果取得手段、評価結果比較手段および決定手段が、図７に示す第１の評価結果取得部２１、第２の評価結果取得部２２、評価結果比較部２３および候補物質決定部２４にそれぞれ対応する。
【０１３１】
言い換えると、スクリーニング装置２は、ＣＰＵ１０１により下記の演算機能を実行する、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング装置である：
被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第１の評価結果取得機能、および
前記第１の評価結果取得機能が取得した評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定機能。
【０１３２】
好ましくは、スクリーニング装置２は、さらに、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第２の評価結果取得機能、および
被験物質処理検体の前記評価結果および未処理検体の前記評価結果を比較する評価結果比較機能、
をＣＰＵ１０１により実行し、
【０１３３】
前記決定機能は、前記評価結果比較機能の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。決定方法は、後述する「６−４．スクリーニング方法」の記載に準ずる。
【０１３４】
本態様では、被験物質処理検体のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果Ｍ３１は、装置５ａ、５ｂまたは５ｃからスクリーニング装置２に取り込まれる。同様に、未処理検体のバイオマーカータンパク質の評価結果Ｍ３２も、装置５ａ、５ｂまたは５ｃからからスクリーニング装置２に取り込まれる。
【０１３５】
なお、これら被験物質処理検体および未処理被検体のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果Ｍ３１，Ｍ３２は、ネットワークを介して第三者機関（図示せず）から取り込まれてもよい。
【０１３６】
また、第１の評価結果取得部２１、第２の評価結果取得部２２、評価結果比較部２３および候補物質決定部２４の各機能ブロックは、単一のＣＰＵで実行されることは必ずしも必要なく、複数のＣＰＵで分散して処理されてもよい。たとえば、第１の評価結果取得部２１および第２の評価結果取得部２２の機能は第１のコンピュータのＣＰＵにより実行され、評価結果比較部２３および候補物質決定部２４の機能は別の第２のコンピュータのＣＰＵにより実行される、というような構成であってもよい。
【０１３７】
６−３．スクリーニングプログラム
本発明の第２の態様に係るスクリーニング装置２は、以下の図８で説明するステップＳ２１〜Ｓ２７の処理を行うために、本態様に係るスクリーニングプログラムを、例えば実行形式（例えばプログラミング言語からコンパイラにより変換されて生成される）で記録部１０３に予め記録しており、スクリーニング装置２は、記録部１０３に記録したスクリーニングプログラムを使用して処理を行う。
【０１３８】
すなわち、本発明の第２の態様に係るスクリーニングプログラムは、コンピュータに実行させたときに、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質をスクリーニングするための下記の処理を当該コンピュータに実施させるスクリーニングプログラムである：
被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第１の評価結果取得処理、および
前記第１の評価結果取得処理で取得された評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する決定処理。
【０１３９】
好ましくは、上記スクリーニングプログラムは、さらに、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）中のバイオマーカータンパク質の機能の評価結果を取得する第２の評価結果取得処理、および
被験物質処理検体の前記評価結果および未処理検体の前記評価結果を比較する評価結果比較処理、
を前記コンピュータに実施させ、
前記決定処理では、前記評価結果比較処理の比較結果に基づいて前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。決定方法は、後述する「６−４．スクリーニング方法」の記載に準ずる。
【０１４０】
本態様では、図６に示すように、上記スクリーニングプログラムは、ＣＤ−ＲＯＭ等の、コンピュータ読み取り可能であって一時的でない有形の記録媒体１０９に記録されており、記録媒体１０９から、スクリーニング装置２にインストールされる。あるいは、スクリーニング装置２をインターネット（図示せず）と接続し、インターネットを介して上記スクリーニングプログラムのプログラムコードをダウンロードしてもよい。
【０１４１】
６−４．スクリーニング方法
本発明の第２の態様に係るスクリーニング装置２は、本発明の第２の態様に係るスクリーニング方法を実行する。本発明の第２の態様に係るスクリーニング方法は、以下の工程を含む、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法を含む：
（Ｉ）被験物質で処理された被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（被験物質処理検体）のバイオマーカータンパク質の機能を評価する工程、および
（ＩＩ）前記工程（Ｉ）で得られた評価結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程。
好ましくは、上記スクリーニング方法は、前記工程（Ｉ）と（ＩＩ）の間に、前記工程（Ｉ）で取得された被験物質処理検体の前記評価結果と、被験物質で処理されていない被験体、被験組織または被験細胞から採取された検体（未処理検体）の対応するバイオマーカータンパク質の機能の評価結果とを比較する工程
をさらに含む。
【０１４２】
図８は、本発明の第２の態様に係るスクリーニング装置２が上記の方法を実行するために行うデータ処理の順序を示すフローチャートである。なお、図７に示す第１の評価結果取得部２１、第２の評価結果取得部２２および評価結果比較部２３により、ステップＳ２１、Ｓ２２およびＳ２３がそれぞれ実行され、図７に示す候補物質決定部２４により、ステップＳ２４〜Ｓ２７が実行される。
ステップＳ２１では、第１の評価結果取得部２１が、被験物質処理検体中のタンパク質の機能の評価結果Ｍ３１を取得する。
ステップＳ２２では、第２の評価結果取得部２２が、未処理検体中のタンパク質の機能の評価結果Ｍ３２を取得する。
【０１４３】
ステップＳ２３では、評価結果比較部２３が、ステップＳ２１で得られた被験物質処理検体の評価結果を、ステップＳ２２で得られた未処理検体の評価結果と比較する。当該比較結果は、候補物質決定部２４に出力される。
【０１４４】
候補物質決定部２４は、評価結果比較部２３の比較結果に基づいて、有効成分の候補物質を決定する。具体的には、比較結果が「改善している」である場合（ステップＳ２４においてＹＥＳ）、ステップＳ２５において、候補物質決定部２４は、被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。
【０１４５】
より具体的には、被験物質処理検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質の機能が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って活性化する場合、評価結果比較部２３は、Ｍ３１をＭ３２で除した値が、例えば、０．８５以下、好ましくは０．７以下、より好ましくは０．５以下であれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していると決定し、「改善している」という比較結果を出力する。候補物質決定部２４は、前記比較結果が改善している場合に、被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。また、被験物質処理検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質の機能が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って抑制される場合、評価結果比較部２３は、Ｍ３１をＭ３２で除した値が、例えば、１．１５以上、好ましくは１．３以上、より好ましくは１．５以上であれば、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善している決定し、「改善している」という比較結果を出力する。評価結果比較部２３は、当該被験物質により、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種が改善していないと決定した場合には、「改善していない」という比較結果を出力する。候補物質決定部２４は、前記比較結果が改善している場合に、被験物質が有効成分の候補物質であると決定する。
【０１４６】
ステップＳ２６では、候補物質決定部２４がステップＳ２５で決定された結果を出力する。本態様では、決定結果を表示部４に表示するとともに、決定結果が、スクリーニング装置２内の記録部１０３に記録される。なお、決定結果を表示部４に表示する代わりに、インターネットを介して接続された、スクリーニング装置２の外部の例えば第三者機関におけるコンピュータ端末の表示部に表示してもよい。
【０１４７】
また、ステップＳ２４において、比較結果が「改善していない」である場合、ステップＳ２７に移行し、候補物質決定部２４は、被験物質は有効成分ではないと決定する。この場合、被験物質が有効成分ではない旨を表示部４に表示してもよい。
【０１４８】
７．スクリーニング３
さらに本発明は、第３のスクリーニング方法を含む。本態様は、被験物質処理検体中のバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡを検出する検出工程（Ａ）を含む心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質のスクリーニング方法である。バイオマーカータンパク質の検出は、例えば上記「１．用語の説明」に記載の「抗バイオマーカー抗体」を用いて、ウエスタンブロッティング法、ＥＬＩＳＡ法、等のタンパク質の公知の検出方法によって行うことができる。バイオマーカータンパク質の検出は、例えば上記「１．用語の説明」に記載の「バイオマーカー  ｍＲＮＡ検出核酸」を用いて、マイクロアレイ法、ＲＴ−ＰＣＲ等の公知の方法によって行うことができる。
検出の結果は、目視で取得してもよく、吸光度、蛍光強度、発光強度として取得してもよい。
【０１４９】
本態様は、前記検出工程で得られた結果に基づいて、前記被験物質が有効成分の候補物質であると決定する工程（Ｂ）を含んでいてもよい。本工程において、例えば、検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って増加するタンパク質である場合には、被験物質処理検体においてバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡが検出されない、または検出されても著しく少ないという結果が得られた場合に、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。また検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質が心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って減少するタンパク質である場合には、被験物質処理検体においてバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡが未処理献体の対応するバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡよりも多く検出された場合に、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。
【０１５０】
さらに、本態様は、被験物質処理検体におけるバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの検出結果を未処理検体における対応する検出結果と比較して、被験物質が有効成分の候補物質であると決定してもよい。より具体的には、前記工程（Ａ）と工程（Ｂ）の間に、前記工程（Ａ）で取得された被験物質処理検体の前記検出結果と、未処理検体の対応するバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの検出結果とを比較する比較工程を含んでいてもよい。例えば、検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡが、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って上昇する場合、未処理検体においては前記タンパク質および／またはｍＲＮＡが検出されており、被験物質処理検体においては対応する前記タンパク質および／またはｍＲＮＡが検出されないか減少していれば、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。また、検体が、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を患っている被験体から採取されたものであって、バイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡが、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種の罹患に伴って低下する場合、被験物質処理検体の前記タンパク質および／またはｍＲＮＡが未処理献体のバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡよりも多く検出されれば、当該被験物質が有効成分の候補物質であると決定することができる。被験物質処理検体におけるバイオマーカータンパク質および／または前記タンパク質のｍＲＮＡの検出結果と未処理検体における対応する検出結果と比較において、両者の差は、目視で検出できる程度であってもよい。
【０１５１】
本態様は、前記工程（Ａ）の前に、（ａ）被験体、被験組織または被験細胞に、被験物質を投与する投与工程、（ｂ）前記工程（ａ）で被験物質を投与された被験体、被験組織または被験細胞から検体を採取する工程、および（ｃ）前記工程（ｂ）で得られた検体からタンパク質またはｍＲＮＡを回収する工程を含んでいてもよい。
【０１５２】
８．バイオマーカー
本発明は、バイオマーカータンパク質および／または、バイオマーカータンパク質のｍＲＮＡを、心筋梗塞、認知症、および腫瘍からなる群から選択される一種を予防、または治療するための有効成分の候補物質をスクリーニングするためのバイオマーカーとして使用する方法に関する。ここで、「バイオマーカー」の定義は、上記「１．用語の説明」の記載にしたがう。
これらのバイオマーカーは、各検体に含まれる。
【実施例】
【０１５３】
以下に実施例を示して本発明を具体的に説明するが、本発明は実施例に限定し解釈されるものではない
【０１５４】
１．心筋梗塞モデル
１−１．心筋梗塞モデルマウスの作製および臓器摘出・血液採取
8〜12週齢のオスICRマウスを2〜2.5%のイソフルラン(Abbott Japan, Wako Japan)で麻酔し、20-gaugeの静脈用カテーテルで気管挿管した。人工呼吸はvolume-controlled respirator (Harvard Apparatus)で１サイクル200μLになるように設定し、１分間に110サイクルで行った。マウスの毛を脱毛剤で除いた後に開胸し、左心耳の1〜2mm下の左冠動脈を8-0ナイロン縫合糸で縛り、閉塞は左心室壁の色の変化（青白くなる）で確認した。切り開いた肋骨と肋骨の間は5-0シルク糸で縫合し、皮膚は9 mm Autoclipにて縫合した。手術後に37℃に設定したホットプレートに置き30分間覚醒を待った。Sham手術マウスは左冠動脈の下に縫合糸を通しただけで縛らず、その他はすべて同じ作業を行った。その後心機能は心エコー測定にてモニタリングし、心筋梗塞後1時間、6時間、1日、7日、8週間後に心臓、脳、腎臓、脂肪組織、脾臓、肝臓、肺、精巣、筋肉、膵臓、胸腺、骨髄、耳（軟骨部分を含まない皮膚、以下同じ）といった組織を摘出して液体窒素で速やかに凍結後-80℃にて保存した。また心筋梗塞後1日、7日、8週間に尾静脈よりヘパリンリチウム処理済み微量採血管（テルモ株式会社）で採血を行った。採取した血液はノボ・ヘパリン（持田製薬株式会社）でリンスした1.5 mLチューブに移して15,000 rpm 5分間遠心し、上澄み（血漿）を分離し-80℃にて保存した。臓器摘出用のマウスと血液採取用のマウスは別に用意した。
【０１５５】
１−２．心エコー測定
上記心筋梗塞モデルマウスが、適切に作製されていることを心エコーを用いて評価した。
心エコー測定はToshiba Diagnostic Ultrasound System Machin (Aplio MX SSA-780A)およびVevo2100 Imaging System（プライムテック株式会社）で心筋梗塞後1時間、6時間、1日、7日、2週間、4週間、6週間、8週間のマウスで測定した。マウスは2-2.5%のisofluraneにて麻酔後、心臓の動きをlong-axis 2D-mode viewとM-mode viewにて記録した。long-axis 2D-mode viewで拡張期と収縮期での空腔の直径を測定し、左心室の収縮機能は駆出率（%EF）で評価した。%EF =[(EDv - ESv)/EDv ] × 100
EDv：拡張期末期の直径
ESv：収縮期末期の直径
冠動脈を結紮後、%EF値が低下しなかったマウスは、結紮失敗と見なし実験から排除した。また、結紮後、%EF値が低下したにもかかわらず、後日当該値の再上昇が認められたマウスも、結紮が何らかの原因で解けたと判断し、実験から排除した。
【０１５６】
１−３．代謝物質の解析
（１）代謝産物の抽出および誘導化
脂肪、膵臓、精巣ではジルコニア（Zr）ビーズ（5 mm×2個、3 mm×5個、1.5 mm×50個）の入った破砕用チューブ（バイオメディカルサイエンス社）に組織とメタノール（組織100 mgに対して100 μL）を入れ、セルデストロイヤーPS1000（バイオメディカルサイエンス社）で破砕した（4,260 rpm、45秒間を2回）。その後50mg相当の組織に500μLのメタノール（内部標準である2-イソプロピルリンゴ酸を含む）を加え、セルデストロイヤーにて混ぜ、サンプルとして使用した（4,260 rpm、45秒間を1回）。脾臓、肺ではZrビーズ（5 mm×2個、3 mm×5個、1.5 mm×50個）の入った破砕用チューブに組織試料100mgと500μLのメタノール（2-イソプロピルリンゴ酸0.5mg/mL水溶液20μLを含む）を加え、セルデストロイヤーで破砕したものをサンプルとした（4,260 rpm、45秒間を2回）。心臓、脳、腎臓、肝臓、筋肉ではZrビーズ（5 mm×2個、3 mm×5個、1.5 mm×50個）の入った破砕用チューブに組織試料と500μLのメタノール（2-イソプロピルリンゴ酸を含む）を加え、セルデストロイヤーで破砕した（4260rpm、45秒間を2回）。その後15,000 rpmで15分間遠心して上澄みを別のチューブに移した。そのうち50 mg相当をさらに別の新しいチューブに移してそれをサンプルとして使用した。血漿サンプルでは血漿サンプル10μLに500μLのメタノール（2-イソプロピルリンゴ酸を含む）を加えてボルテックスで30秒間撹拌し、10分間室温においたものをサンプルとして使用した。これらのサンプルにMilli-Q水 200μLとクロロホルム500μLを加えて、ボルテックスで30秒間撹拌し、7,100 rpmで5分遠心して水層400μLを新しいチューブに回収した。そこにMilli-Q 200μLとクロロホルム 200μLを加えて、再度ボルテックスで30秒間撹拌し、7,100 rpmで5分間遠心した。その後水層400μLを限外濾過ユニットカップ（Hydrophlic PTFE membrane、0.2μm；ミリポア）に移し10,000 rpmで15分間遠心し、分析するまで-80℃にて保管した。サンプルは測定の前に10mgもしくは10μL相当分のサンプルを減圧乾燥し、20 mg/mL メトキシアミン塩酸塩を含むピリジン溶液50μLを添加し37℃で90分間シェイカーにて振盪した。その後さらにN-メチル-N-トリメチルシリルトリフルオロアセトアミド（MSTFA）を50μLを添加し37℃で30分間シェイカーにて振盪し、トリメチルシリル化させた。
【０１５７】
（２）GCMS測定
GCMSにはGCMS-TQ8030（島津製作所）を、GC用のキャピラリーカラムにはDB-5(30m x 内径0.25 mm x 膜厚1.00 μm) (Agilent Technologies)を用いた。GCの昇温条件は100℃から320℃までを4℃／分の速度で上昇させた。注入口温度は280℃とし、キャリアガスにはヘリウムを用い、39.0cm／秒の速度で流した。電子イオン化のエネルギーは150 eVとし、イオン源温度は200℃で、スキャンするm/zの範囲は45〜600とした。サンプルは1μLをインジェクションし、下記の条件で測定した。
心臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
脳_Split1;25_検出器電圧+0.2kV
腎臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
肝臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
膵臓_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
骨格筋_Split1:25_検出器電圧+0.2kV
脂肪組織_Split1:3_検出器電圧+0.2kV
血漿_Split1:10_検出器電圧+0.1kV
脾臓_Split1:25_検出器電圧+0.2kV
肺_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
精巣_Split1:10_検出器電圧+0.3kV
胸腺_Split1:25_検出器電圧+0.3kV
【０１５８】
（３）GCMSデータの解析
データ解析ソフトであるGCMS solution Ver. 4.2とGCMS代謝成分データベース（島津製作所）を用いて検索を行った。代謝物の同定のために、推測された保持時間と少なくとも2つの特異的ピーク（ターゲットイオン、確認イオン）のm/zの存在と比率を確認した。同定された代謝産物はターゲットイオンのピーク面積を計測し、内部標準（2-イソプロピルリンゴ酸）のピーク面積とサンプル量で補正した。
【０１５９】
GCMSによって検出された代謝物質に関し、心筋梗塞モデルマウスで検出された代謝物質の上記補正されたピーク面積の値をShamのこの代謝物質に対応する値で除し、その値（[MI/Sham]値ともいう）が１より大きいまたは１より小さいものを、図11に示した。なお、１つの代謝物質について複数種のトリメチルシリル化誘導体が存在する代謝物質については、複数種の誘導体合計の値をもとめた。
【０１６０】
１−４．RNAの解析
（１）各組織からのRNA抽出（RNAseq用）
凍結保存された各組織をTRIzol Reagent (Life technologies)中で、PT 10-35 6T Polytron homogenizer (KINEATICA) にて組織をホモジナイズした。その後タンパク質を分離するため室温にて5分インキュベート後、1 mL のTRIzolに対して0.2mLのクロロホルムを加え、チューブの蓋をした後に15秒間激しくボルテックスした。撹拌後3分室温でインキュベートし、4℃で15分間12,000 gで遠心し、RNAを含む水相を新しいチューブに回収した。回収した水相に等量の70％エタノールを加え撹拌後、RNeasy mini column (Qiagen)に700μLずつアプライしRNeasy mini kit（Qiagen） 標準プロトコルに従って精製RNAを回収した。回収したRNAは1％アガロース電気泳動およびNanodrop にて品質および濃度の確認を行った。
【０１６１】
（２）RNAseqデータの取得
上記試料を使用してRNAseqのデータを以下の手順で取得した。
ｉ．品質検査
下記項目にて、受入サンプルの品質検定を行った。
・Nanodrop（分光光度計）を用いた濃度測定
・Agilent 2100 Bioanalyzerによる濃度測定・品質の確認
ｉｉ．サンプル調製
品質検定に合格したTotal RNAについて、500~1000ng のTotal RNAをテンプレートとしてイルミナ社TruSeq RNA Sample Prep Kit を用いて標準プロトコルに従い下記の要領でシーケンス用ライブラリ調製を行った。
（a）Oligo-dT ビーズを用いたpoly(A)-RNAの精製
（b）poly(A)-RNA断片化
（c） 逆転写/2nd鎖cDNA合成
（d） 末端修復・3'A付加
（e） アダプターライゲーション
※アダプターには、各検体識別用のインデックスタグを含む。
（f） PCR増幅
（g） AMPure XP ビーズによる精製・低分子除去（＜200bp） 
ｉｉｉ．次世代シーケンサによるデータ取得
次世代シーケンサ「Illumina HiSeq」を使用し、Single-Read法  100塩基読み取りにより塩基配列データを取得した。
【０１６２】
（３）RNAseqデータの解析とheat map作成
（３−１）次世代シーケンサ出力データの解析
上記出力データについて、下記に挙げる情報処理を実施した。
ｉ．ベースコール：出力された解析生データ（画像データ）より、塩基配列のテキストデータを取得した。
ｉｉ．フィルタリング：所定のフィルタリングによるリードデータの選別を行った。
ｉｉｉ．Index配列による振り分け：Index情報による各サンプルデータの振り分けを行った。
【０１６３】
（３−２）出力されたデータの2次解析
Illumina Hiseqにて得られたデータファイル（Fastq形式）をローカルサーバーにダウンロードしたGalaxy (https://usegalaxy.org/) 上にアップロードした。その後マウスゲノムマップ情報mm9に各配列をマッピングするためにBowtie2（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml） を用いて解析した。Bowtie2で得られたBAMファイルをCufflinks (http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/) にて解析することで遺伝子毎にFPKM（RPKM）を算出した。
【０１６４】
（３−３）RNAの分類
心筋梗塞モデルマウスでのRNA発現量（FPKM値）をSham手術マウスの対応するRNAの発現量（FPKM値）で除した値（以下、［MI／Sham］ともいう）が5より大きいRNAおよび0．2より小さかったRNAについて、器官毎のRNA発現の経時的変化を図９に示した。
【０１６５】
（４）cDNA合成とリアルタイムPCRによる相対的発現量定量
RNAの解析を行った中で、［MI／Sham］が、より大きい、またはより小さい遺伝子を選択し、リアルタイムPCRで発現を確認した（図10）。
各組織から得られたTotal RNA  1 μgをcDNA合成のテンプレートとしOligo dT20プライマーを用いてSuperscrtipt III First-Strand Synthesis Supermix (Life technologies) の標準プロトコルに従いcDNAを合成した。合成されたcDNAを10倍希釈したTEバッファー（10mM Tris-HCl pH8.0、0.1 mM EDTA）にて20倍希釈した後 、LightCycler 480 SYBR Green I Master (Roche) の標準プロトコルに従い、LightCycler480II (Roche) にてリアルタイムPCRを行いCp値を測定した。各遺伝子で得られたCp値はreference geneとしてβ２−ミクログロブリン（B2m）もしくはMaeaのCp値と比較することでreference geneに対する各遺伝子の相対的発現量を定量し、［MI／Sham］を求めた。リアルタイムPCRで使用したプライマーペアは表１−１〜表１−３の通りである。ただし、Hba-aのプライマーセットではHba-a1とHba-a2をPCRで区別することはできず、Hbb-bのプライマーセットではHbb-b1、Hbb-bsおよびHbb-btをPCRで区別することはできないため、サンプル中にHba-a1とHba-a2、またはHbb-b1、Hbb-bsおよびHbb-btが存在する場合には、発現量はその合計となる。
【０１６６】
【表１−１】
2018105726.tif 000003
【０１６７】
【表１−２】
2018105726.tif 000004
【０１６８】
【表１−３】
2018105726.tif 000005
【０１６９】
２．若年性認知症モデル
２−１．若年性認知症モデルマウス、および器官摘出・血液採取
若年性認知症モデルマウスとしてSAMP8/Ta Slc（以下、「SAMP8」ともいう；日本ＳＬＣ株式会社）の雄を用い、コントロールマウスとしてSAMR1/Ta Slc（以下、「SAMR1」ともいう；日本ＳＬＣ株式会社）の雄を使用した。SAM系マウスは、竹田俊男（Jpn. J. Hyp., 51, 569-578, 1996）で報告された老化促進モデルマウスである。
【０１７０】
SAMP8およびSAMR1のそれぞれの系統のマウスにおいて８週齢（早期）、16週齢（中期）および32週齢（後期）の時点で各10匹につきステップスルーテストを実施し、初期、中期、後期それぞれ6匹ずつマウスを選択した。
【０１７１】
（１）ステップスルーテスト
１日目に馴化および獲得試行を行い、２日目に再生試行を行った。各試行はシャトルボックス（室町機械）を用いて行った。シャトルボックスは片側が明室、もう片側が暗室の構造であり、２室の間に開閉式の仕切りがあり、暗室のみ通電を行った。
【０１７２】
馴化ではマウスを明室に入れて、その10秒後に仕切りを開けた。マウスが暗室に移動した直後に仕切りを閉め、10秒間そのままにした。通電によるショックは与えなかった。
【０１７３】
獲得試行ではマウスを明室に入れて、その10秒後に仕切りを開けた。ここから潜時（暗室に移動するまでの時間）を最長300秒まで測定した。マウスが暗室に移動した場合は速やかに仕切りを閉め。通電によるショック（0.2 mA，3秒）を１回負荷した。300秒経過しても、マウスが暗室に移動しない場合は、強制的に暗室に移動させて仕切りを閉め、通電によるショック（0.2 mA，3秒）を1回負荷した。
再生試行では、マウスを明室に入れて、その10秒後に仕切りを開けた。ここから潜時（暗室に移動するまでの時間）を最長300秒まで測定した。
【０１７４】
（２）動物の選択および群分け
それぞれの系統と週齢のマウスについて、ステップスルーテストの再生試行の潜時の平均値を求めた。この平均値に再生試行の潜時が近い順に、それぞれ同じ動物種と週齢のマウスを６匹ずつ（RNA抽出用に３匹、代謝物質抽出用に３匹）選抜した。同じ潜時の場合は、個体識別番号の小さいものを選抜した。
ステップスルーテストの結果を表２に示す。
【０１７５】
【表２】
2018105726.tif 000006
【０１７６】
（３）器官摘出・血液採取
代謝物質を抽出するために器官を採取するマウスについては、はじめに、イソフルラン麻酔下で開腹し、注射筒と注射針を用いて腹部大静脈より採血した。得られた血液は微量採血管（BD Microtainer Tubes with K2E（K2EDTA））に採取した。遠心分離まで氷中にて保管し、遠心分離後、血漿分離した。得られた血漿は、-80℃にて保存した。採血後、各器官を摘出するために、頸椎脱臼によりマウスを安楽死させ、14器官（心臓、脳、腎臓、脂肪組織（精巣上体周囲）、褐色脂肪、脾臓、肝臓、肺、精巣、筋肉、膵臓、胸腺、胃、大腸、を摘出した。摘出した器官は、湿重量を測定した後，液体窒素で速やかに凍結後-80℃にて保存した。
【０１７７】
RNAを抽出するために器官を摘出するマウスについては，無麻酔下で頸椎を脱臼させ，安楽死させ、16器官（筋肉、褐色脂肪、心臓、肺、胸腺、腎臓、肝臓、大腸、胃、脂肪組織（精巣上体周囲）、精巣、脾臓、膵臓、脳、耳、骨髄）を摘出し、湿重量を測定した後，液体窒素で速やかに凍結後-80℃にて保存した。
【０１７８】
２−２．代謝物質の測定
（１）代謝産物の抽出
脳、脂肪組織（精巣上体周囲）、褐色脂肪、脾臓、膵臓、精巣、胃、大腸、肝臓、腎臓、肺、心臓、骨格筋はジルコニア（Zr）ビーズ（5 mm×5個、10 mm×1個）の入った破砕用チューブ（バイオメディカルサイエンス社）に組織と内部標準物質（Solution ID: 304-1002；HMT）を含む50%アセトニトリル（組織50 mgに対して1500μLの割合）を入れ、シェイクマスターネオV.1.0（バイオメディカルサイエンス社）で破砕したものをサンプルとした（1,500 rpm、60秒間を3回）。
【０１７９】
胸腺は、ジルコニア（Zr）ビーズ（5 mm×1個、3 mm×5個）の入った破砕用チューブ（バイオメディカルサイエンス社）に組織と内部標準物質（Solution ID: 304-1002；HMT）を含む50%アセトニトリル（組織50 mgに対して1500μLの割合）を入れ、トミー精工、MS-100Rで破砕した（1,500 rpm、60秒間を3回）。破砕が不十分な場合は、破砕されるまで行った。
【０１８０】
破砕後のサンプルを、遠心（2,300 X g 4℃ 5分間）し、上清800μLを限外濾過ユニットカップ（UFC3LCCNB-HMT、5k；HMT）（9,100 X g 4℃ 5時間）を用いて限外濾過した。限外濾過後のサンプルを減圧乾燥し、MiliQ 50μLに再溶解し、測定に供した。
【０１８１】
血漿は、サンプル50μLに内部標準物質（Solution ID: 304-1002；HMT）を含むメタノール450μL、クロロホルム500μL、MiliQ 200μLを加えて撹拌し、遠心（2,300 X g 4℃ 5分間）し、上清400μLを限外濾過（UFC3LCCNB-HMT、5k；HMT）（9,100 X g 4℃ 5時間）した。限外濾過後のサンプルを減圧乾燥し、減圧乾燥物をMiliQ 50μLに溶解し、測定に供した。
【０１８２】
（２）CE-MS測定
CE-MSには、Agilent CE-TOFMS system（Agilent Technologies 社）をCE用のキャピラリーカラムには、Fused silica capillary i.d. 50 μm × 80 cmを用いた。CE-の泳動用バッファーには、カチオン用；Cation Buffer Solution (p/n : H3301-1001；HMT)、アニオン用Anion Buffer Solution (p/n : I3302-1023；HMT)を用いた。
＜カチオン側測定条件＞
サンプル注入条件を Pressure injection 50 mbar, 10 sec、CEの泳動電圧を27kVで電気泳動を行った。電子イオン化のエネルギーを4,000Vとし、スキャンする範囲を50〜1000とした。サンプルは、5nLをインジェクションした。
CE voltage : Positive, 27 kV
MS ionization : ESI Positive
MS capillary voltage : 4,000 V
MS scan range : m/z 50-1,000
Sheath liquid : HMT Sheath Liquid (p/n : H3301-1020)
＜アニオン側測定条件＞
サンプル注入条件を Pressure injection 50 mbar, 25 sec、CEの泳動電圧を30kVで電気泳動を行った。電子イオン化のエネルギーを3,500Vとし、スキャンする範囲を50〜1000とした。サンプルは、5nLをインジェクションした。
CE voltage : Positive, 30 kV
MS ionization : ESI Negative
MS capillary voltage : 3,500 V
MS scan range : m/z 50-1,000
Sheath liquid : HMT Sheath Liquid (p/n : H3301-1020)
【０１８３】
（３）CE-MSデータの解析
検出されたピークは、自動積分ソフトウェアのMasterHands ver.2.16.0.15（慶應義塾大学開発）を用いて、シグナル/ノイズ (S/N) 比が3 以上のピークを自動抽出し、質量電荷比 (m/z)、ピーク面積値、泳動時間 (Migration time: MT)を用いて代謝物の同定を行った。対象項目は、HMT CE-MSアノテーションリストに記載の代謝物質とした。
同定された代謝産物はターゲットイオンのピーク面積を計測し、内部標準のピーク面積とサンプル量で補正した。
【０１８４】
SAMP8の代謝産物のピーク面積をSAMR1（コントロール）の代謝産物のピーク面積で除した値（[SAMP8／Control]の値）を、図13に示した。
【０１８５】
２−３．RNAの解析
（１）各組織からのRNA抽出
凍結保存された各組織をTRIzol Reagent (Life technologies)中で、Cell Destroyer PS1000 (Pro Sense inc) あるいは、 PT 10-35 6T Polytron homogenizer (KINEATICA) にて組織をホモジナイズした。その後タンパク質を分離するため室温にて5分インキュベート後、1 mL のTRIzolに対して0.2mLのクロロホルムを加え、チューブの蓋をした後に15秒間激しくボルテックスした。撹拌後3分室温でインキュベートし、4℃で15分間12,000 gで遠心し、RNAを含む水相を新しいチューブに回収した。回収した水相に等量の70％エタノールを加え撹拌後、RNeasy mini column (Qiagen)に700μLずつアプライしRNeasy mini kit（Qiagen） 標準プロトコルに従って精製RNAを回収した。回収したRNAは1％アガロース電気泳動およびNanodrop にて品質および濃度の確認を行った。
（２）RNAseqデータの取得
上記試料を使用してRNAseqのデータを以下の手順で取得した。
ｉ．品質検査
下記項目にて、受入サンプルの品質検定を行った。
・Agilent 2200 TapeStationSytemによる濃度測定・品質の確認
ｉｉ．サンプル調製
品質検定に合格したTotal RNAについて、500~1000ng のTotal RNAをテンプレートとしてイルミナ社TruSeq RNA Sample Prep Kit を用いて標準プロトコルに従い下記の要領でシーケンス用ライブラリ調製を行った。
（a）Oligo-dT ビーズを用いたpoly(A)-RNAの精製
（b）poly(A)-RNA断片化
（c） 逆転写/2nd鎖cDNA合成
（d） 末端修復・3'A付加
（e） アダプターライゲーション
※アダプターには、各検体識別用のインデックスタグを含む。
（f） PCR増幅
（g） AMPure XP ビーズによる精製・低分子除去（＜200bp） 
ｉｉｉ．次世代シーケンサによるデータ取得
次世代シーケンサ「Illumina HiSeq 4000」を使用し、Paired-End法  100塩基読み取りにより塩基配列データを取得した。
【０１８６】
（３）RNAseqデータの解析とheat map作成
（３−１）次世代シーケンサ出力データの解析
上記出力データについて、下記に挙げる情報処理を実施した。
ｉ．ベースコール：出力された解析生データ（画像データ）より、塩基配列のテキストデータを取得した。
ｉｉ．フィルタリング：所定のフィルタリングによるリードデータの選別を行った。
ｉｉｉ．Index配列による振り分け：Index情報による各サンプルデータの振り分けを行った。
【０１８７】
（３−２）出力されたデータの2次解析
Illumina Hiseqにて得られたデータファイル（Fastq形式）をローカルサーバーにダウンロードしたGalaxy (https://usegalaxy.org/) 上にアップロードした。その後マウスゲノムマップ情報mm10に各配列をマッピングするためにBowtie2（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml） を用いて解析した。Bowtie2で得られたBAMファイルをCufflinks (http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/) にて解析することで遺伝子毎にFPKMを算出した。
【０１８８】
（３−３）RNAの分類
SAMP8のRNA発現量（FPKM値）をSAMR1（コントロール）の対応するRNAの発現量（FPKM値）で除した値（以下、［SAMP8／Control］ともいう）が５より大きいか０．２より小さかったRNAの器官毎の経時的変化を図12に示した。
【０１８９】
３．神経膠腫モデル
３−１．神経膠腫モデルマウス、および器官摘出・血液採取
7週齢の雄NOD/ShiJic-scid JCIマウスを、移植当日までに、バリカンを用いて頭部の毛刈りを無麻酔下で行った。三種混合麻酔液（(i)塩酸メデトミジン、商品名：ドミトール、日本全薬工業株式会社、(ii)ミタゾラム、商品名：ドルミカム、アステラス、(iii)酒石酸ブトルファノール、商品名：ベトルファール Meiji Seikaファルマ株式会社）の腹腔内投与により、動物を深麻酔に誘導した。
【０１９０】
脳定位固定装置（型番：68012、RWD社）を用いて、動物の頭部を固定し、頭部の皮膚を切開して、頭蓋骨を露出させた。脳定位固定装置を操作して、移植部位の上部に位置する頭蓋骨上に注射針を触れさせて、印を付けた。歯科用ドリルを用いて、頭蓋骨の印の箇所に穴を開けた。
【０１９１】
ヒト神経膠芽腫U87-MGの細胞懸濁液（移植細胞濃度：1×108 cells/mL）を充填したマイクロシリンジ（型番：80300、ハミルトン社）を脳定位固定装置に付属のManual Stereotaxic Injector（型番：68606、RWD社）に取り付けた。マイクロシリンジの針の周囲に付着した細胞懸濁液は拭取った。脳定位固定装置の電極ホルダーのダイアルを回し、マイクロシリンジの針先を移植部位の硬膜までゆっくりと下げた。硬膜を破り、脳脊髄液の流出を確認した後、そこからゆっくりと脳実質内3 mmの深さまで刺入した。Manual Stereotaxic Injector のダイアルを回し、2 μLの細胞懸濁液を2分間かけて注入した。逆流がないこと、マイクロシリンジの目盛りが2 μL進んだことを確認した。注入後、5分間保持した。その後、電極ホルダーのダイアルを逆方向にゆっくりと回し、マイクロシリンジの針を2分間かけて抜いた。マイクロシリンジの針を抜いた後、細胞懸濁液が認められる場合、滅菌ガーゼでふき取った。ナイロン製縫合糸で切開した部位を縫合した。塩酸アチパメゾール（商品名：アンチセダン、日本全薬工業（株））を腹腔内に投与して、麻酔から覚醒させて飼育ケージに戻した。なお、媒体移植群（コントロール）は細胞懸濁液の代わりに媒体であるPBSのみを脳内に投与した。
【０１９２】
移植3日目および7日目に頚椎脱臼により動物を安楽死させ、16臓器（筋肉、褐色脂肪、心臓、肺、腎臓、肝臓、大腸、胃、脂肪組織（精巣上体周囲）、精巣、脾臓、膵臓、左脳、右脳、耳、骨髄）および血液を採取し、湿重量を測定した後，液体窒素で速やかに凍結後-80℃にて保存した。
【０１９３】
３−２．RNAの解析
各組織からのRNA抽出、RNAseqデータの取得、RNAseqデータの解析とheat map作成、出力されたデータの2次解析は、上記２−１．および２−３．にしたがった。 
神経膠腫モデルマウスでのRNAの発現量（FPKM値）をコントロール群マウスの対応するRNAの発現量（FPKM値）で除した値（以下、［Glioma／Control］ともいう）が５より大きいか０．２より小さかったRNAの器官毎の経時的変化を図14に示した。
【０１９４】
４．ヒト腫瘍患者
４−１．ヒト腫瘍患者、および健常人からの皮膚の採取・血液採取
ヒト検体の採取は、国立病院機構呉医療センター・中国がんセンター倫理審査委員会の承認を得て実施された臨床研究「肺がんおよび乳がん患者から採取した組織・体液の遺伝子発現解析」の中で実施した。
【０１９５】
乳がん患者女性１名、肺がん患者男性１名から血液を採取した。また、乳がん患者女性２名、肺がん患者男性１名から皮膚を採取した。患者は、以下の基準に合致する者を選択した。
（選択基準）
（１） 肺がんおよび乳がんと診断され手術を施行予定の患者
肺がんは非小細胞肺がん臨床病期StageI〜StageIIの患者
乳がんは臨床病期StageI〜StageIIの患者
（２） 本研究計画について十分理解し、本人による同意が可能な患者
（３） 同意取得時における年齢が満２０歳以上の患者
（除外基準）
（１） 研究者が被験者として適当でないと判断した患者
（２） HBs抗原陽性者、HBc抗体陽性者、HCV抗体陽性者、HIV感染者、
HTLV-1感染者、Syphilis陽性者
（３） 過去にがんの既往のある患者
（４） 心筋梗塞の既往のある患者
（５） 糖尿病の既往のある患者
（６） 腎臓疾患の既往のある患者
また健常人の女性５名から採取した血液および健常人の女性から採取した胸部の皮膚は、BIOPREDIC international社から入手した。
【０１９６】
血液は、Tempus Blood RNA Tube（Thermo Fisher Scientific） に３ｍLを採取し、採取後直ちにチューブを激しく10秒間振りまぜて血液と安定剤が均一に混合した後-20℃で保管した。
皮膚は、使用時まで−80℃で保管した。
【０１９７】
３−２．RNAの解析
各組織からのRNA抽出、RNAseqデータの取得、RNAseqデータの解析とheat map作成、出力されたデータの2次解析は、上記２−１．および２−３．にしたがった。
但しヒトゲノムデータベースとして、hg19を使用した。
【０１９８】
乳がん患者の皮膚のRNAの発現量（FPKM値）を健常人の皮膚の対応するRNAの発現量（FPKM値）で除した値を求めた。この値が５より大きいか０．２より小さかったRNAを図15に示した。
【０１９９】
肺がん患者の皮膚のRNAの発現量（FPKM値）を健常人の皮膚の対応するRNAの発現量（FPKM値）で除した値を求めた。この値が５より大きいか０．２より小さかったRNAを図16に示した。
【０２００】
なお健常人間でばらつきが大きかったRNAについては、結果から除外した。より具体的には、一方の健常人のFPKMの値ともう一方の健常人のFPKMの値の比をとり、当該比が×0.75〜×1.25に入るRNAについてグループ分けを行った。
【０２０１】
FCGR3B、FPR1、HLA-DQA1、LINC00260、LOC286437、MALAT1、MIR1184-1、MIR1247、PRG4、RPL21P44、RPPH1、RPS15AP10、SCARNA4、SNORA31、SNORA77、ZBTB20は、皮膚において乳がんおよび肺がん共に変動が大きかったため、癌のマーカーとなりうると考えられた。
【０２０２】
また、乳がん患者の血液のRNAの発現量（FPKM値）を健常人の血液の対応するRNAの発現量（FPKM値）で除した値を求めた。この値が５より大きいか０．２より小さかったRNAを図17に示した。
【０２０３】
肺がん患者の血液のRNAの発現量（FPKM値）を健常人の血液の対応するRNAの発現量（FPKM値）で除した値を求めた。この値が５より大きいか０．２より小さかったRNAを図18に示した。
【０２０４】
なお健常人間でばらつきが大きかったRNAについては、結果から除外した。より具体的には、健常人間で各RNAのFPKMの値の平均（AV）と標準偏差（SD）を求め、SD値をAV値で除した値が0.25より小さいRNAについてグループ分けを行った。
【０２０５】
HNRNPH2、HP、LOC283663、SNORA40、TCN2は、血液において乳がんおよび肺がん共に変動が大きかったため、癌のマーカーとなりうると考えられた。
【符号の説明】
【０２０６】
１，２  スクリーニング装置
３  入力部
４  表示部
５ａ  装置
５ｂ  装置
５ｃ  装置
６，７  予測装置
１１  第１の測定値取得部
１２  第２の測定値取得部
１３  測定値比較部
１４  候補物質決定部
２１  第１の評価結果取得部
２２  第２の評価結果取得部
２３  評価結果比較部
２４  候補物質決定部
５２  反応／泳動部
５３  検出部
６１  被験データ取得部
６２  パターン類似度算出部
６３  予測部
７１  病期情報取得部
７２  病期情報照合部
７３  パターン抽出部
７４  予測部
１００，１１０，１２０，１３０  システム
１０１  ＣＰＵ
１０２  メモリ
１０３  記録部
１０４  バス
１０５  インタフェース部
１０９  記録媒体
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９−１】
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【図９−２】
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【図９−３】
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【図９−４】
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【図９−５】
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【図９−６】
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【図９−７】
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【図９−８】
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【図９−９】
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【図９−１０】
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【図９−１１】
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【図９−１２】
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【図９−１３】
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【図９−１４】
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【図９−１５】
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【図９−１６】
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【図９−１７】
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【図９−１８】
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【図９−１９】
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【図９−２０】
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【図９−２１】
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【図９−２２】
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【図９−２３】
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【図９−２４】
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【図９−２５】
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【図９−２６】
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【図９−２７】
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【図９−２８】
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【図９−２９】
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【図９−３０】
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【図９−３１】
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【図９−３２】
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【図９−３３】
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【図９−３４】
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【図９−３５】
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【図９−３６】
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【図９−３７】
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【図９−３８】
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【図９−３９】
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【図９−４０】
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【図９−４１】
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【図９−４２】
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【図９−４３】
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【図９−４４】
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【図９−４５】
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【図９−４６】
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【図９−４７】
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【図９−４８】
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【図９−４９】
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【図９−５０】
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【図９−５１】
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【図９−５２】
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【図９−５３】
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【図９−５４】
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【図９−５５】
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【図９−５６】
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【図９−５７】
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【図９−５８】
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【図９−５９】
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【図９−６０】
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【図９−６１】
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【図９−６２】
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【図９−６３】
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【図９−６４】
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【図９−６５】
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【図９−６６】
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【図９−６７】
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【図９−６８】
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【図９−６９】
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【図１５】
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【図１６−１】
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【図１６−２】
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【図１７−１】
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【図１７−２】
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【図１７−３】
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【図１８】
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【配列表】
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