(57)【要約】薬剤感受性データおよび網羅的遺伝子発現データを基に、部分最小二乗法タイプ1による多変量解析を用いてモデルを構築した。さらにモデリングパワーおよび遺伝的アルゴリズムを用いてモデル最適化を行った。これにより、薬剤感受性に対する各遺伝子の寄与度を決定し、寄与度の高い遺伝子を選択することができた。また、検体の遺伝子発現レベルを解析し、このモデルを基に薬剤感受性の予測を行った。予測値は、実際に調べた薬剤感受性と高い一致を示した。本発明により提供される薬剤感受性予測方法は、癌などの疾患において少量の検体を用いて、投薬前に薬剤の有効性を評価することを可能にする。これにより、個別の患者に対して最も適切な薬剤の選択が可能となるため、本発明は患者のQOLの向上に極めて有用である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子の発現レベルから薬剤に対する感受性を予測するモデルを構築するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）生物検体における感受性データを取得する工程、
（b）該生物検体において遺伝子発現データを取得する工程、および
（c）工程(a)で得た該生物検体における該感受性データおよび工程(b)で得た少なくとも一部の該遺伝子発現データを用いて部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行う工程。
【請求項２】
工程（c）において、2セット以上の遺伝子の組み合わせにおいて、それぞれ部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行い、遺伝子数が少ないおよび／またはQ2の値が高いモデルを選択することによるモデル最適化を行う、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
工程（c）において、各遺伝子の寄与度を表すパラメーターを計算し、該パラメーターが相対的に大きい遺伝子を選択してモデル構築を行う、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
寄与度を表すパラメーターが、モデリングパワー値（Ψ）である、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
工程（c）において、遺伝的アルゴリズムにより異なる遺伝子の組み合わせを生成してモデル構築を行う、請求項2に記載の方法。
【請求項６】
感受性データが、インビトロにおける生物検体の感受性データを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
感受性データが、動物実験における生物検体の感受性データを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
感受性データが、臨床における生物検体の感受性データを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
薬剤が、以下のファルネシル基転移酵素阻害剤からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)   6-[アミノ-(4-クロロ-フェニル)-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-メチル]-4-(3-クロロ-フェニル)-1-メチル-1H-キノリン-2-オン；塩酸塩 (略号：R115777)；
b)   (R)-2,3,4,5-テトラヒドロ-1-(1H-イミダゾール-4-イルメチル)-3-(フェニルメチル)-4-(2-チエニルスルホニル)-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-7-カルボニトリル (略号：BMS214662)；
c)  (+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-ジブロモ-8-クロロ-5,6-ジヒドロ-11H-ベンゾ[5,6]シクロヘプタ[1,2-b]ピリジン-11-イル)ピペリジン-1-イル]-2-オキソエチル]ピペリジン-1-カルボキシアミド (略号：SCH66336)；
ｄ)  4-[5-[4-(3-クロロフェニル)-3-オキソピペラジン-1-イルメチル]イミダゾール-1-イルメチル]ベンゾニトリル (略号：L778123)；および
e)   4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニル-ベンゾフラン-2-イル)-メチル]ベンゾニトリル塩酸塩。
【請求項１０】
薬剤が、以下のフッ化ピリミジン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  [1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-2-オキソ-1,2-ジヒドロ-ピリミジン-4-イル]-カルバミン酸ブチルエステル(略号：カペシタビン (Xeloda(登録商標))；
b)  1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：フルツロン)；
c)  5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：5-FU)；
d)  5-フルオロ-1-(テトラヒドロ-2-フラニル)-2,4(1H,3H)-ピリミジンジオン (略号：テガフール)；
e)  テガフールおよび2,4(1H,3H)-ピリミジンジオンの組み合わせ (略号：UFT)；
f)  テガフール、5-クロロ-2,4-ジヒドロキシピリジン、およびカリウムオキソナートの組み合わせ (モル比1:0.4:1) (略号：S-1)；ならびに
g)  5-フルオロ-N-ヘキシル-3,4-ジヒドロ-2,4-ジオキソ-1(2H)-ピリミジンカルボキシアミド (略号：カルモフール)。
【請求項１１】
薬剤が、以下のタキサン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  [2aR-[2aα,4β,4aβ,6β,9α(αR*,βS*),11α,12α,12aα,12bα]]-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソール)；
b)  [2aR-[2aα,4β,4aα,6β,9α(αR*,βS*,11α,12α,12aα,12bα)]-β-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸12b-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,6,11-トリヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソテール)；
c)  (2R,3S)-3-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-2-ヒドロキシ-5-メチル-4-ヘキセン酸(3aS,4R,7R,8aS,9S,10aR,12aS,12bR,13S,13aS)-7,12a-ビス(アセチルオキシ)-13-(ベンジルオキシ)-3a,4,7,8,8a,9,10,10a,12,12a,12b,13-ドデカヒドロ-9-ヒドロキシ-5,8a,14,14-テトラメチル-2,8-ジオキソ-6,13a-メタノ-13aH-オキセト[2'',3'':5',6']ベンゾ[1',2':4,5]シクロデカ[1,2-d]-1,3-ジオキソール-4-イルエステル (略号：IDN5109)；
d)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-12b-[(メトキシカルボニル)オキシ]-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS188797)；および
e)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-11-ヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-4-[(メチルチオ)メトキシ]-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS184476)。
【請求項１２】
薬剤が、以下のカンプトテシン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略称：カンプトテシン)；
b)  [1,4'-ビピペリジン]-1'-カルボン酸, (4S)-4,11-ジエチル-3,4,12,14-テトラヒドロ-4-ヒドロキシ-3,14-ジオキソ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-9-イルエステル, 一塩酸塩 (略号：CPT-11)；
c)  (4S)-10-[(ジメチルアミノ)メチル]-4-エチル-4,9-ジヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン 一塩酸塩 (略称：トポテカン)；
d)  (1S,9S)-1-アミノ-9-エチル-5-フルオロ-9-ヒドロキシ-4-メチル-2,3,9,10,13,15-ヘキサヒドロ-1H,12H-ベンゾ[de]ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-10,13-ジオン (略号：DX-8951f)；
e)  5(R)-エチル-9,10-ジフルオロ-1,4,5,13-テトラヒドロ-5-ヒドロキシ-3H,15H-オキセピノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,15-ジオン (略号：BN-80915)；
f)  (S)-10-アミノ-4-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-アミノカンプトテシン)；および
g)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-10-ニトロ-1H-ピラノ[3',4',:6,7]-インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-ニトロカンプトテシン)。
【請求項１３】
薬剤が、以下の核酸系抗腫瘍薬剤類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジン (略号：DFDC)；
b)  2'-デオキシ-2'-メチリデンシチジン (略号：DMDC)；
c)  (E)-2'-デオキシ-2'-(フルオロメチレン)シチジン (略号：FMDC)；
d)  1-(β-D-アラビノフラノシル)シトシン (略号：Ara-C)；
e)  4-アミノ-1-(2-デオキシ-β-D-エリスロ-ペントフラノシル)-1,3,5-トリアジン-2(1H)-オン (略称：デシタビン)；
f)  4-アミノ-1-[(2S,4S)-2-(ヒドロキシメチル)-1,3-ジオキソラン-4-イル]-2(1H)-ピリミジノン (略称：トロキサシタビン)；
g)  2-フルオロ-9-(5-O-ホスホノ-β-D-アラビノフラノシル)-9H-プリン-6-アミン (略称：トロキサシタビン)；および
h)  2-クロロ-2'-デオキシアデノシン (略称：クラドリビン)。
【請求項１４】
薬剤が、以下のドラスタチン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[[(1S)-2-フェニル-1-(2-チアゾリル)エチル]アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略称：ドラスタチン10)；
b)  シクロ[N-メチルアラニル-(2E,4E,10E)-15-ヒドロキシ-7-メトキシ-2-メチル-2,4,10-ヘキサデカトリエノイル-L-バリル-N-メチル-L-フェニルアラニル-N-メチル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N2-メチルアスパラギニル] (略称：ドラスタチン14)；
c)  (1S)-1-[[(2S)-2,5-ジヒドロ-3-メトキシ-5-オキソ-2-(フェニルメチル)-1H-ピロール-1-イル]カルボニル]-2-メチルプロピルエステルN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-L-プロリン（ドラスタチン15)；
d)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[(2-フェニルエチル)アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略号：TZT1027)；および
e)  N,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N-(フェニルメチル)-L-プロリンアミド (略称：セマドチン)。
【請求項１５】
薬剤が、以下のアンスラサイクリン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：アドリアマイシン)；
b)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-アラビノ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：エピルビシン)；
c)  8-アセチル-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン,塩酸塩 (略称：ダウノマイシン)；および
d)  (7S,9S)-9-アセチル-7-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,9,11-トリヒドロキシ-ナフタセン-5,12-ジオン (略称：イダルビシン)。
【請求項１６】
薬剤が、以下のプロテインキナーゼ阻害剤からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  N-(3-クロロ-4-フルオロフェニル)-7-メトキシ-6-[3-(4-モルフォリニル)プロポキシ]-4-キナゾリンアミン (略号：ZD1839)；
b)  N-(3-エチニルフェニル)-6,7-ビス(2-メトキシエトキシ)-4-キナゾリンアミン (略号：CP358774)；
c)  N4-(3-ブロモフェニル)-N6-メチルピリド[3,4-d]ピリミジン-4,6-ジアミン (略号：PD158780)；
d)  N-(3-クロロ-4-((3-フルオロベンジル)オキシ)フェニル)-6-(5-(((2-メチルスルホニル)エチル)アミノ)メチル)-2-フリル)-4-キナゾリンアミン (略号：GW2016)；
e)  3-[(3,5-ジメチル-1H-ピロール-2-イル)メチレン]-1,3-ジヒドロ-2H-インドール-2-オン (略号：SU5416)；
f)  (Z)-3-[2,4-ジメチル-5-(2-オキソ-1,2-ジヒドロ-インドール-3-イリデンメチル)-1H-ピロール-3-イル]-プロピオン酸 (略号：SU6668)；
g)  N-(4-クロロフェニル)-4-(ピリジン-4-イルメチル)フタラジン-1-アミン (略号：PTK787)；
h)  (4-ブロモ-2-フルオロフェニル)[6-メトキシ-7-(1-メチルピペリジン-4-イルメトキシ)キナゾリン-4-イル]アミン (略号：ZD6474)；
i)  N4-(3-メチル-1H-インダゾール-6-イル)-N2-(3,4,5-トリメトキシフェニル)ピリミジン-2,4-ジアミン (略号：GW2286)；
j)  4-[(4-メチル-1-ピペラジニル)メチル]-N-[4-メチル-3-[[4-(3-ピリジニル)-2-ピリミジニル]アミノ]フェニル]ベンズアミド (略号：STI-571)；
k)  (9α,10β,11β,13α)-N-(2,3,10,12,13-ヘキサヒドロ-10-メトキシ-9-メチル-1-オキソ-9,13-エポキシ-1H,9H-ジインドロ[1,2,3-gh:3',2',1'-1m]ピロロ[3,4-j ][1,7]ベンゾジアゾニン-11-イル)-N-メチルベンズアミド (略号：CGP41251)；
l)  2-[(2-クロロ-4-ヨードフェニル)アミノ]-N-(シクロプロピルメトキシ)-3,4-ジフルオロベンズアミド (略号：CI1040)；および
m)  N-(4-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-N'-(4-(2-(N-メチルカルバモイル)-4-ピリジルオキシ)フェニル)ウレア (略号：BAY439006)。
【請求項１７】
薬剤が、以下の白金系抗腫瘍剤からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  cis-ジアミノジクロロ白金(II) (略称：シスプラチン)；
b)  ジアミン(1,1-シクロブタンジカルボキシラート)白金(II) (略称：カルボプラチン)；および
c)  白金(4+), ヘキサアミンジクロロビス[μ-(1,6-ヘキサンジアミン-κN：κN')]トリ-, 立体異性, テトラニトラート (略号：BBR3464)。
【請求項１８】
薬剤が、以下のエポチロン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  4,8-ジヒドロキシ-5,5,7,9,13-ペンタメチル-16-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-(4S,7R,8S,9S,13Z,16S)-オキサシクロヘキサデク-13-エン-2,6-ジオン (略称：エポチロンD)；
b)  7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-, (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-4,17-ジオキサビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン6-ジオン (略称：エポチロン)；および
c)  (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-17-オキサ-4-アザビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン (略号：BMS247550)。
【請求項１９】
薬剤が、以下のアロマターゼ阻害剤類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
a)  α,α,α',α'-テトラメチル-5-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチル)-1,3-ベンゼンジアセトニトリル (略号：ZD1033)；
b)  (6-メチレンアンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン (略号：FCE24304)；および
c)  4,4'-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチレン)ビス-ベンゾニトリル (略号：CGS20267)。
【請求項２０】
薬剤が、以下のホルモンモジュレーターからなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  2-[4-[(1Z)-1,2-ジフェニル-1-ブテニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン (略称：タモキシフェン)；
b)  [6-ヒドロキシ-2-(4-ヒドロキシフェニル)ベンゾ[b]チエン-3-イル][4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェニル]メタノン塩酸塩 (略号：LY156758)；
c)  2-(4-メトキシフェニル)-3-[4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェノキシ]ベンゾ[b]チオフェン-6-オール塩酸塩 (略号：LY353381)；
d)  (+)-7-ピバロイルオキシ-3-(4'-ピバロイルオキシフェニル)-4-メチル-2-(4''-(2'''-ピペリジノエトキシ)フェニル)-2H-ベンゾピラン (略号：EM800)；
e)  (E)-4-[1-[4-[2-(ジメチルアミノ)エトキシ]フェニル]-2-[4-(1-メチルエチル)フェニル]-1-ブテニル]フェノールジヒドロゲンホスフェート(エステル) (略号：TAT59)；
f)  17-(アセチルオキシ)-6-クロロ-2-オキサプレグナ-4,6-ジエン-3,20-ジオン (略号：TZP4238)；
g)  (+,-)-N-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-3-[(4-フルオロフェニル)スルホニル]-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパンアミド (略号：ZD176334)；および
h)  卵黄形成ホルモン放出因子(ブタ), 6-D-ロイシン-9-(N-エチル-L-プロリンアミド)-10-デグリシンアミド (略称：リュープロレリン)。
【請求項２１】
生物検体が癌細胞または癌細胞株である、請求項1に記載の方法。
【請求項２２】
感受性が抗腫瘍効果を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項２３】
遺伝子発現データが高密度核酸アレイデータを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項２４】
請求項1または2のいずれか一項に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の組み合わせの一部または全部を選択する工程を含む、生物感受性を規定する寄与度の高い遺伝子を選択するための方法。
【請求項２５】
特定の刺激に対する被検検体の感受性を予測するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）請求項1に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の少なくとも一部の遺伝子の発現データを、被検検体において取得する工程、
（b）該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の高発現および負の係数を持つ遺伝子の低発現は該感受性が高いことに関連付け、ならびに該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の低発現および負の係数を持つ遺伝子の高発現は該感受性が低いことに関連付ける工程。
【請求項２６】
請求項25に記載の方法であって、
工程（a）が、モデルにおける遺伝子の発現データを被検検体において取得する工程を含み、かつ
工程（b）が、該発現データを該モデルに適用して感受性を算出する工程を含む、方法。
【請求項２７】
被検検体の感受性を予測するコンピューター装置であって、以下の手段を含む装置：
（a）請求項1に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の発現データと感受性値との関係を示すパラメーター（モデル係数）を記憶する手段、
（b）該モデルにおける遺伝子の発現データを入力する手段、
（c）該発現データを記憶する手段、
（d）該発現データおよび該パラメーター（モデル係数）から該モデルに従って該感受性値を予測演算する手段、
（e）予測演算された感受性値を記憶する手段、
（f）該演算された感受性値または該感受性値より導出した結果を出力する手段。
【請求項２８】
請求項24に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を支持体上に固定または生成させる工程を含む、高密度核酸アレイの製造方法。
【請求項２９】
請求項24に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を合成する工程を含む、該各遺伝子の定量的または半定量的PCR用プローブまたはプライマーの製造方法。
【請求項３０】
（a）請求項24に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を含む高密度核酸アレイまたは定量的もしくは半定量的PCR用プローブもしくはプライマー、および（b）該アレイまたは該プローブもしくはプライマーを用いて薬剤に対する感受性を予測できることが記録された記録媒体、を含むキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
技術分野
本発明は、遺伝子発現データを用いて薬剤感受性規定因子を選択するための方法、およびそれにより選択された規定因子を用いて未知検体における薬剤感受性を予測するための方法に関する。本発明は特に、抗腫瘍効果とマイクロアレイデータとの相関関係を明らかにすることで、抗腫瘍活性に大きく寄与する遺伝子を特定し、さらに感受性未知の検体における抗腫瘍効果をこれらの遺伝子の発現データを基に予測する手法に関する。
【背景技術】
【０００２】
背景技術
既存の抗腫瘍剤の奏効率は一般にあまり良くないにもかかわらず、その副作用は重篤であり患者のQOL（quality of life）を著しく低下させている。治療効果の向上、患者のQOL向上のためには、投薬前に対象患者に対しての抗腫瘍剤治療効果を予測し、適切な薬剤を選択する必要がある。
【０００３】
抗腫瘍剤などの薬剤感受性は未知な部分が多く、多分に経験的判断により使用薬剤が決定される。感受性試験として、患者より癌細胞を一部採取し、インビトロにおいて各種薬剤に対する感受性を調べる試験が行われているが、インビボ環境とインビトロ環境の違い、薬物動態の違いなどによりインビボでの感受性の予測は困難とされている。抗体製剤の場合は癌組織での抗原の発現量と効果との間に相関関係があり、癌組織での発現量解析を定量することによって感受性患者を前層別することが可能であるのに対し、低分子量阻害剤の場合は、癌細胞の不均一性や標的分子が単一でないことにより、一分子の解析で感受性を予測することは困難である。
【０００４】
近年、マイクロアレイ技術の出現により、少量の検体における遺伝子発現の網羅的同時解析が可能となり、その遺伝子発現プロファイルにより感受性を予測しようという試みが行われている。しかしながらアレイ上のすべてのデータを用いた場合には予測性がきわめて悪く、有効な予測を行うことは難しい。
【０００５】
これまでに報告されている感受性規定因子の選択手法としては、放射線感受性及び非感受性の腫瘍において発現の異なる遺伝子群をパターン認識のひとつであるクラスタリングの手法で推定する方法が挙げられる（Hannaら、(2001) Cancer Res. 61：2376-2380）。また、検体を薬剤有効群と無効群の2群に分け、U-検定などの検定手法により二群間で有意に発現に差のある遺伝子群を選択する方法が報告されている（Kiharaら、(2001) Cancer Res. 61：6474-6479）。この方法では、その後遺伝子発現レベルを基に選択された遺伝子の発現プロファイルをスコア化することにより感受性を予測する。これらの方法は、各々クラスタリング、および有意差検定によるものであり、検体を薬剤有効群と無効群の2群に分離することのみを目的としている。このため感受性の正確な予測は困難である。また、これらの方法では、感受性に関して定量的な値、即ち効果の程度を予測するには十分ではない。
【０００６】
マイクロアレイ上の遺伝子数は発現解析を行った検体の数と比較して圧倒的に多く、かつ遺伝子の発現は互いに独立ではないため、従来の単回帰解析および重回帰分析などの通常の多変量解析では有効な感受性予測は困難である。マイクロアレイデータから正確に薬剤感受性を予測する手法が求められていた。
【発明の開示】
【０００７】
発明の開示
本発明は、網羅的遺伝子発現データを用いて薬剤感受性規定遺伝子を選択するための方法、選択された遺伝子の発現を検出するための高密度核酸アレイ、ならびにPCRプローブおよびプライマーを提供する。また本発明は、上記により選択された遺伝子を用いて未知検体における薬剤感受性を予測するための方法、および薬剤感受性を予測するためのコンピューター装置を提供する。本発明の方法により、未知検体を分類したり、薬剤感受性に基づく診断および治療方法の策定支援が可能となる。本発明は特に、抗腫瘍効果とマイクロアレイデータの相関関係を明らかにすることで、薬剤の抗腫瘍活性に大きく寄与する遺伝子を特定し、さらに感受性未知の検体における該薬剤の抗腫瘍効果をこれらの遺伝子の発現データを基に予測する方法を提供する。
【０００８】
遺伝子発現データを使って特定薬剤の抗腫瘍効果を投与前に定量的に予測する技術を開発することは医療上不可欠であるが、これまでそれを可能とする方法は開発されていなかった。本発明者らは、上記のような統計的制約条件を超えることが可能な新しい多変量解析手法を駆使し、抗腫瘍効果と遺伝子発現プロファイルとの相関関係を定量的に明らかにし、感受性未知検体の感受性を精度良く予測するモデルの開発を行った。この目的を達成するために本発明者らは、計量経済学および計量化学で使用されてきた新しい多変量解析法である部分最小2乗法タイプ1（PLS1）を用いた。この解析法は、マイクロアレイデータなどの網羅的遺伝子発現データ、および抗腫瘍効果などの薬剤感受性データのそれぞれに対して主成分を導き、この2つの主成分に対してあらためて単回帰分析を実施するものである。主成分を用いることにより、i) 遺伝子発現が互いに独立でない、ii) 遺伝子数が検体数と比較して圧倒的に多い、といった統計的制約条件を回避することが可能であった。部分最小2乗法（PLS）の中でPLSタイプ2（PLS2）は、例えば細胞と複数の遺伝子の発現との間の関係、および細胞と複数の薬剤に対する感受性との間の関係から、これらの薬剤の感受性に共通する重要な遺伝子を同定する。これに対してPLSタイプ1（PLS1）は、例えば細胞と複数の遺伝子の発現との間の関係、および細胞と特定の薬剤に対する感受性との間の関係から、この特定の薬剤の感受性に重要な遺伝子を同定することを可能にする。実施例において本発明者らは、具体的には、大腸癌、肺癌、乳癌、前立腺癌、膵癌、胃癌、神経芽腫、卵巣癌、メラノーマ、膀胱癌、および急性骨髄性白血病に由来する癌細胞株について、薬剤感受性をインビトロおよびインビボにおいて実測した。また、これらの癌細胞株における一万以上の遺伝子の発現を、DNAマイクロアレイを用いて解析した。そしてこれらの遺伝子の発現データと薬剤感受性データとをPLS1を用いて解析し、遺伝子発現から薬剤感受性を予測することができるモデルを構築した。この手法により、解析した各遺伝子発現に対する係数から、薬剤感受性の規定に関する各遺伝子の寄与度を決定することができた。これにより、感受性に対してより寄与度の高い遺伝子群のみを選択することが可能であった。
【０００９】
更に本発明者らは、感受性規定に対して寄与度の高い遺伝子群を選択してPLS1モデルを再構築することにより、少ない遺伝子数で高精度の感受性予測を行う系の開発を行った。このために本発明者らはまず逐次的な方法（sequential method）、具体的にはモデリングパワー（modeling power；MP）法を用いた。MP法においては、MP値（Ψ）が高い遺伝子ほど有意な相関を持つ遺伝子として同定される。各遺伝子発現に対してMP値を計算し、この値の高い遺伝子を選択することによりモデル構築に用いる遺伝子数を大幅に減少させた。これにより、薬剤感受性に対する寄与度が高い遺伝子のみを選択しモデルを構築することに成功した。構築されたPLS1モデルの予測的相関係数2乗値（Q2）は有意に上昇した。
【００１０】
また遺伝子数をさらに絞り込むため、本発明者らは体系的な方法（systematic method）を用いてモデル再構築を行った。具体的には、この方法として遺伝的アルゴリズム（genetic algorithm；GA）を採用した。GAは最近工学分野で利用されている最適化手法で、PLS1モデルの統計量であるQ2値を最大にしかつ選択遺伝子の数が最小になる遺伝子の組み合わせをこの手法で網羅的に探索した。GA法では、まず適当な母集団を作成し、評価関数（この場合、Q2値を最大にしかつ選択遺伝子の数が最小になる関数）で集団のメンバーをそれぞれ評価し、高い評価値を持つメンバーを選択した。次に、選択された複数のメンバーに対して、選択（selection）、交差（crossover）、および変異（mutation）の操作を適用し、高い評価値をもつ別のメンバーを人工的に作成した。そして、これらの操作を繰り返し、最終的に高い評価値からなる集団を形成した。GAによりQ2値は顕著に増加し、かつ遺伝子数を減少させることに成功した。
【００１１】
このように、本発明の方法により、マイクロアレイ上の遺伝子より薬剤感受性の規定に関して寄与度の高い遺伝子群のみを選択することができた。また、PLS1で構築したモデルにおいては、主成分から元の遺伝子発現量へ変換が可能であるので、通常の重回帰分析と同様に各遺伝子発現に対する係数（寄与度）を定量的に得ることができる。この係数値を用いて、薬剤感受性未知検体の遺伝子発現プロファイルに基づき、感受性の予測を行った。その結果、計算された予測値は、実際に実験的に決定した感受性の度合いと極めて近いものであることが確認された。
【００１２】
このように本発明者らは、PLS1を用いた生物検体の遺伝子発現データおよび薬剤感受性データの解析に基づき、薬剤感受性規定に関して寄与度の高い遺伝子を選択し、さらにこれらの遺伝子を用いて感受性の度合いを定量的に予測することに成功した。本発明の方法を用いれば、薬剤または薬剤以外の刺激に対する感受性を規定する重要な遺伝子を選択することが可能となる。そして選択された遺伝子の発現レベルを測定することにより、任意の検体における感受性を予測することができる。特に、モデル構築で同定された遺伝子の発現レベルを測定すれば、その値からモデルに従って感受性の予測値を定量的に算出することができる。本発明の感受性の予測方法は、例えばある薬剤が対象とする疾患に有効であるかを予測するために有用である。また本発明の方法は、例えば未知の検体を感受性の予測値に基づき分類するために有用である。また、疾患患者から得た検体を用いて感受性の予測を行うことにより、疾患を診断したり、治療方針を決定することができる。例えば対象疾患の薬剤治療に対する有効性を予測し、これに基づいた薬剤選択や治療方法の最適化を実施することが可能となる。
【００１３】
すなわち本発明は、遺伝子発現データを用いて薬剤感受性規定遺伝子を選択するための方法、およびそれにより選択された遺伝子を用いて未知検体における薬剤感受性を予測するための方法に関し、より具体的には
〔１〕遺伝子の発現レベルから薬剤に対する感受性を予測するモデルを構築するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）生物検体における感受性データを取得する工程、
（b）該生物検体において遺伝子発現データを取得する工程、および
（c）工程(a)で得た該生物検体における該感受性データおよび工程(b)で得た少なくとも一部の該遺伝子発現データを用いて部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行う工程、
〔２〕工程（c）において、2セット以上の遺伝子の組み合わせにおいて、それぞれ部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行い、遺伝子数が少ないおよび／またはQ2の値が高いモデルを選択することによるモデル最適化を行う、〔1〕に記載の方法、
〔３〕工程（c）において、各遺伝子の寄与度を表すパラメーターを計算し、該パラメーターが相対的に大きい遺伝子を選択してモデル構築を行う、〔2〕に記載の方法、
〔４〕寄与度を表すパラメーターが、モデリングパワー値（Ψ）である、〔3〕に記載の方法、
〔５〕工程（c）において、遺伝的アルゴリズムにより異なる遺伝子の組み合わせを生成してモデル構築を行う、〔2〕に記載の方法、
〔６〕感受性データが、インビトロにおける生物検体の感受性データを含む、〔1〕に記載の方法、
〔７〕感受性データが、動物実験における生物検体の感受性データを含む、〔1〕に記載の方法、
〔８〕感受性データが、臨床における生物検体の感受性データを含む、〔1〕に記載の方法、
〔９〕薬剤が、以下のファルネシル基転移酵素阻害剤からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)   6-[1-アミノ-1-(4-クロロフェニル)-1-(1-メチルイミダゾール-5-イル)メチル]-4-(3-クロロフェニル)-1-メチルキノリン-2(1H)-オン (略号：R115777)；
b)   (R)-2,3,4,5-テトラヒドロ-1-(1H-イミダゾール-4-イルメチル)-3-(フェニルメチル)-4-(2-チエニルスルホニル)-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-7-カルボニトリル (略号：BMS214662)；
c)  (+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-ジブロモ-8-クロロ-5,6-ジヒドロ-11H-ベンゾ[5,6]シクロヘプタ[1,2-b]ピリジン-11-イル)ピペリジン-1-イル]-2-オキソエチル]ピペリジン-1-カルボキシアミド (略号：SCH66336)；
ｄ)  4-[5-[4-(3-クロロフェニル)-3-オキソピペラジン-1-イルメチル]イミダゾール-1-イルメチル]ベンゾニトリル (略号：L778123)；および
e)   4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニル-ベンゾフラン-2-イル)-メチル]ベンゾニトリル塩酸塩、
〔１０〕薬剤が、以下のフッ化ピリミジン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  [1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-2-オキソ-1,2-ジヒドロ-ピリミジン-4-イル]-カルバミン酸ブチルエステル(略号：カペシタビン (Xeloda(登録商標))；
b)  1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：フルツロン)；
c)  5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：5-FU)；
d)  5-フルオロ-1-(テトラヒドロ-2-フラニル)-2,4(1H,3H)-ピリミジンジオン (略号：テガフール)；
e)  テガフールおよび2,4(1H,3H)-ピリミジンジオンの組み合わせ (略号：UFT)；
f)  テガフール、5-クロロ-2,4-ジヒドロキシピリジン、およびカリウムオキソナート（potassium oxonate）の組み合わせ (モル比1:0.4:1) (略号：S-1)；ならびに
g)  5-フルオロ-N-ヘキシル-3,4-ジヒドロ-2,4-ジオキソ-1(2H)-ピリミジンカルボキシアミド (略号：カルモフール)、
〔１１〕薬剤が、以下のタキサン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  [2aR-[2aα,4β,4aβ,6β,9α(αR*,βS*),11α,12α,12aα,12bα]]-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソール)；
b)  [2aR-[2aα,4β,4aα,6β,9α(αR*,βS*,11α,12α,12aα,12bα)]-β-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸12b-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,6,11-トリヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソテール)；
c)  (2R,3S)-3-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-2-ヒドロキシ-5-メチル-4-ヘキセン酸(3aS,4R,7R,8aS,9S,10aR,12aS,12bR,13S,13aS)-7,12a-ビス(アセチルオキシ)-13-(ベンジルオキシ)-3a,4,7,8,8a,9,10,10a,12,12a,12b,13-ドデカヒドロ-9-ヒドロキシ-5,8a,14,14-テトラメチル-2,8-ジオキソ-6,13a-メタノ-13aH-オキセト[2'',3'':5',6']ベンゾ[1',2':4,5]シクロデカ[1,2-d]-1,3-ジオキソール-4-イルエステル (略号：IDN5109)；
d)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-12b-[(メトキシカルボニル)オキシ]-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS188797)；および
e)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-11-ヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-4-[(メチルチオ)メトキシ]-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS184476)、
〔１２〕薬剤が、以下のカンプトテシン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略称：カンプトテシン)；
b)  [1,4'-ビピペリジン]-1'-カルボン酸, (4S)-4,11-ジエチル-3,4,12,14-テトラヒドロ-4-ヒドロキシ-3,14-ジオキソ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-9-イルエステル, 一塩酸塩 (略号：CPT-11)；
c)  (4S)-10-[(ジメチルアミノ)メチル]-4-エチル-4,9-ジヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン 一塩酸塩 (略称：トポテカン)；
d)  (1S,9S)-1-アミノ-9-エチル-5-フルオロ-9-ヒドロキシ-4-メチル-2,3,9,10,13,15-ヘキサヒドロ-1H,12H-ベンゾ[de]ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-10,13-ジオン (略号：DX-8951f)；
e)  5(R)-エチル-9,10-ジフルオロ-1,4,5,13-テトラヒドロ-5-ヒドロキシ-3H,15H-オキセピノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,15-ジオン (略号：BN-80915)；
f)  (S)-10-アミノ-4-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-アミノカンプトテシン)；および
g)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-10-ニトロ-1H-ピラノ[3',4',:6,7]-インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-ニトロカンプトテシン)、
〔１３〕薬剤が、以下の核酸系抗腫瘍薬剤類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジン (略号：DFDC)；
b)  2'-デオキシ-2'-メチリデンシチジン (略号：DMDC)；
c)  (E)-2'-デオキシ-2'-(フルオロメチレン)シチジン (略号：FMDC)；
d)  1-(β-D-アラビノフラノシル)シトシン (略号：Ara-C)；
e)  4-アミノ-1-(2-デオキシ-β-D-エリスロ-ペントフラノシル)-1,3,5-トリアジン-2(1H)-オン (略称：デシタビン（decitabine）)；
f)  4-アミノ-1-[(2S,4S)-2-(ヒドロキシメチル)-1,3-ジオキソラン-4-イル]-2(1H)-ピリミジノン (略称：トロキサシタビン（troxacitabine）)；
g)  2-フルオロ-9-(5-O-ホスホノ-β-D-アラビノフラノシル)-9H-プリン-6-アミン (略称：トロキサシタビン（troxacitabine）)；および
h)  2-クロロ-2'-デオキシアデノシン (略称：クラドリビン（cladribine）)、
〔１４〕薬剤が、以下のドラスタチン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[[(1S)-2-フェニル-1-(2-チアゾリル)エチル]アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略称：ドラスタチン10)；
b)  シクロ[N-メチルアラニル-(2E,4E,10E)-15-ヒドロキシ-7-メトキシ-2-メチル-2,4,10-ヘキサデカトリエノイル-L-バリル-N-メチル-L-フェニルアラニル-N-メチル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N2-メチルアスパラギニル] (略称：ドラスタチン14)；
c)  (1S)-1-[[(2S)-2,5-ジヒドロ-3-メトキシ-5-オキソ-2-(フェニルメチル)-1H-ピロール-1-イル]カルボニル]-2-メチルプロピルエステルN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-L-プロリン（ドラスタチン15)；
d)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[(2-フェニルエチル)アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略号：TZT1027)；および
e)  N,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N-(フェニルメチル)-L-プロリンアミド (略称：セマドチン（cemadotin）)、
〔１５〕薬剤が、以下のアンスラサイクリン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：アドリアマイシン)；
b)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-アラビノ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：エピルビシン)；
c)  8-アセチル-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン,塩酸塩 (略称：ダウノマイシン)；および
d)  (7S,9S)-9-アセチル-7-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,9,11-トリヒドロキシ-ナフタセン-5,12-ジオン (略称：イダルビシン)、
〔１６〕薬剤が、以下のプロテインキナーゼ阻害剤からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  N-(3-クロロ-4-フルオロフェニル)-7-メトキシ-6-[3-(4-モルフォリニル)プロポキシ]-4-キナゾリンアミン (略号：ZD1839)；
b)  N-(3-エチニルフェニル)-6,7-ビス(2-メトキシエトキシ)-4-キナゾリンアミン (略号：CP358774)；
c)  N4-(3-ブロモフェニル)-N6-メチルピリド[3,4-d]ピリミジン-4,6-ジアミン (略号：PD158780)；
d)  N-(3-クロロ-4-((3-フルオロベンジル)オキシ)フェニル)-6-(5-(((2-メチルスルホニル)エチル)アミノ)メチル)-2-フリル)-4-キナゾリンアミン (略号：GW2016)；
e)  3-[(3,5-ジメチル-1H-ピロール-2-イル)メチレン]-1,3-ジヒドロ-2H-インドール-2-オン (略号：SU5416)；
f)  (Z)-3-[2,4-ジメチル-5-(2-オキソ-1,2-ジヒドロ-インドール-3-イリデンメチル)-1H-ピロール-3-イル]-プロピオン酸 (略号：SU6668)；
g)  N-(4-クロロフェニル)-4-(ピリジン-4-イルメチル)フタラジン-1-アミン (略号：PTK787)；
h)  (4-ブロモ-2-フルオロフェニル)[6-メトキシ-7-(1-メチルピペリジン-4-イルメトキシ)キナゾリン-4-イル]アミン (略号：ZD6474)；
i)  N4-(3-メチル-1H-インダゾール-6-イル)-N2-(3,4,5-トリメトキシフェニル)ピリミジン-2,4-ジアミン (略号：GW2286)；
j)  4-[(4-メチル-1-ピペラジニル)メチル]-N-[4-メチル-3-[[4-(3-ピリジニル)-2-ピリミジニル]アミノ]フェニル]ベンズアミド (略号：STI-571)；
k)  (9α,10β,11β,13α)-N-(2,3,10,12,13-ヘキサヒドロ-10-メトキシ-9-メチル-1-オキソ-9,13-エポキシ-1H,9H-ジインドロ[1,2,3-gh:3',2',1'-1m]ピロロ[3,4-j ][1,7]ベンゾジアゾニン-11-イル)-N-メチルベンズアミド (略号：CGP41251)；
l)  2-[(2-クロロ-4-ヨードフェニル)アミノ]-N-(シクロプロピルメトキシ)-3,4-ジフルオロベンズアミド (略号：CI1040)；および
m)  N-(4-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-N'-(4-(2-(N-メチルカルバモイル)-4-ピリジルオキシ)フェニル)ウレア (略号：BAY439006)、
〔１７〕薬剤が、以下の白金系抗腫瘍剤からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  cis-ジアミノジクロロ白金(II) (略称：シスプラチン)；
b)  ジアミン(1,1-シクロブタンジカルボキシラート)白金(II) (略称：カルボプラチン)；および
c)  白金(4+), ヘキサアミンジクロロビス[μ-(1,6-ヘキサンジアミン-κN：κN')]トリ-, 立体異性, テトラニトラート (略号：BBR3464)、
〔１８〕薬剤が、以下のエポチロン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  4,8-ジヒドロキシ-5,5,7,9,13-ペンタメチル-16-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-(4S,7R,8S,9S,13Z,16S)-オキサシクロヘキサデク-13-エン-2,6-ジオン (略称：エポチロンD)；
b)  7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-, (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-4,17-ジオキサビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン6-ジオン (略称：エポチロン)；および
c)  (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-17-オキサ-4-アザビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン (略号：BMS247550)、
〔１９〕薬剤が、以下のアロマターゼ阻害剤類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法、
a)  α,α,α',α'-テトラメチル-5-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチル)-1,3-ベンゼンジアセトニトリル (略号：ZD1033)；
b)  (6-メチレンアンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン (略号：FCE24304)；および
c)  4,4'-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチレン)ビス-ベンゾニトリル (略号：CGS20267)、
〔２０〕薬剤が、以下のホルモンモジュレーターからなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  2-[4-[(1Z)-1,2-ジフェニル-1-ブテニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン (略称：タモキシフェン)；
b)  [6-ヒドロキシ-2-(4-ヒドロキシフェニル)ベンゾ[b]チエン-3-イル][4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェニル]メタノン塩酸塩 (略号：LY156758)；
c)  2-(4-メトキシフェニル)-3-[4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェノキシ]ベンゾ[b]チオフェン-6-オール塩酸塩 (略号：LY353381)；
d)  (+)-7-ピバロイルオキシ-3-(4'-ピバロイルオキシフェニル)-4-メチル-2-(4''-(2'''-ピペリジノエトキシ)フェニル)-2H-ベンゾピラン (略号：EM800)；
e)  (E)-4-[1-[4-[2-(ジメチルアミノ)エトキシ]フェニル]-2-[4-(1-メチルエチル)フェニル]-1-ブテニル]フェノールジヒドロゲンホスフェート(エステル) (略号：TAT59)；
f)  17-(アセチルオキシ)-6-クロロ-2-オキサプレグナ-4,6-ジエン-3,20-ジオン (略号：TZP4238)；
g)  (+,-)-N-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-3-[(4-フルオロフェニル)スルホニル]-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパンアミド (略号：ZD176334)；および
h)  卵黄形成ホルモン放出因子(ブタ), 6-D-ロイシン-9-(N-エチル-L-プロリンアミド)-10-デグリシンアミド (略称：リュープロレリン)、
〔２１〕生物検体が癌細胞または癌細胞株である、〔1〕に記載の方法、
〔２２〕感受性が抗腫瘍効果を含む、〔1〕に記載の方法、
〔２３〕遺伝子発現データが高密度核酸アレイデータを含む、〔1〕に記載の方法、
〔２４〕〔1〕または〔2〕のいずれか一つに記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の組み合わせの一部または全部を選択する工程を含む、生物感受性を規定する寄与度の高い遺伝子を選択するための方法、
〔２５〕特定の刺激に対する被検検体の感受性を予測するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）〔1〕に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の少なくとも一部の遺伝子の発現データを、被検検体において取得する工程、
（b）該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の高発現および負の係数を持つ遺伝子の低発現は該感受性が高いことに関連付け、ならびに該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の低発現および負の係数を持つ遺伝子の高発現は該感受性が低いことに関連付ける工程、
〔２６〕〔25〕に記載の方法であって、
工程（a）が、モデルにおける遺伝子の発現データを被検検体において取得する工程を含み、かつ
工程（b）が、該発現データを該モデルに適用して感受性を算出する工程を含む、方法、
〔２７〕被検検体の感受性を予測するコンピューター装置であって、以下の手段を含む装置：
（a）〔1〕に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の発現データと感受性値との関係を示すパラメーター（モデル係数）を記憶する手段、
（b）該モデルにおける遺伝子の発現データを入力する手段、
（c）該発現データを記憶する手段、
（d）該発現データおよび該パラメーター（モデル係数）から該モデルに従って該感受性値を予測演算する手段、
（e）予測演算された感受性値を記憶する手段、
（f）該演算された感受性値または該感受性値より導出した結果を出力する手段、
〔２８〕〔24〕に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を支持体上に固定または生成させる工程を含む、高密度核酸アレイの製造方法、
〔２９〕〔24〕に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を合成する工程を含む、該各遺伝子の定量的または半定量的PCR用プローブまたはプライマーの製造方法、
〔３０〕（a）〔24〕に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を含む高密度核酸アレイまたは定量的もしくは半定量的PCR用プローブもしくはプライマー、および（b）該アレイまたは該プローブもしくはプライマーを用いて薬剤に対する感受性を予測できることが記録された記録媒体、を含むキット、に関する。
【００１４】
例えば、薬剤または放射線に対する感受性を規定する因子に関連する報告として、Okamuraらは、遺伝子発現と感受性との単回帰解析から、感受性に大きく寄与する遺伝子を推定するための方法を報告している（Okamuraら、(2000) Int. J. Oncol. 16：295-303）。この方法は単回帰分析法に基づくものであるが、遺伝子の発現は互いに相関関係にあるために、この方法では特定の有意な遺伝子群だけを一義的に選択することは困難である。したがって、一般に複数の遺伝子発現と感受性との間の関係の解析にはこの方法は適用できない。
【００１５】
また、Musumarraらは、同一作用機作の化合物間で、共通して相関関係の強い遺伝子群をSoft Independent Modeling of Class Analogy（SIMCA）で選択する方法を報告している（Musumarraら、(2001) J. Comp.-Aid. Mol. Design 15：219-234）。また、Hilsenbeckらは、特定の薬剤に対する耐性決定因子の主成分分析（PCA）による同定を報告している（Hilsenbeckら、(1999) J. Natl. Cancer Inst. 91：453-459）。これらの方法は、主成分解析を主体にしているため、感受性に大きく寄与する遺伝子の選択のみが可能であり、薬剤感受性を定量的に予測するには有用でない。Musumarraらはまた、多変量解析手法（PLSタイプ2）を用いて、共通の作用機作を持つ化合物群の効果に共通して相関の高い遺伝子群を選択することについて報告している（Musumarraら、(2001) Biochem. Pharma. 62：547-553）。しかしながらこの方法では、特定の薬剤の感受性に大きく寄与している遺伝子群の推定および他の未知検体に対する感受性予測はできない。本発明の方法によれば、所望の特定薬剤の感受性を、遺伝子発現データを基に定量的に予測するモデルを構築することが可能となる。特に本発明は、特定薬剤の感受性と高密度核酸アレイデータとの相関関係を明らかにし、これに基づいて感受性を予測する系を構築するために有用である。
【００１６】
本発明の方法においては、特定の薬剤に対する感受性と遺伝子発現データとの相関関係をPLS1を用いて分析し、モデルを構築する。PLS1解析により「モデルを構築する」という用語は、PLS1解析により遺伝子発現データから導出された主成分と感受性値との関係を表す等式を得ることを意味する。主成分は、元の遺伝子発現量へ変換が可能であるので、各遺伝子発現に対する係数（寄与度）を定量的に得ることができる。この係数値を用いれば、感受性未知検体の遺伝子発現プロファイルより、感受性の予測を行うことが可能である。また、PLS1解析で得られたモデルにおいては、相関係数2乗値（R2）および予測的相関係数2乗値（Q2）を決定することができる。これらの統計量については後述する。
【００１７】
本発明において薬剤に対する「感受性」という用語は、薬剤に対する生物検体の応答性、換言すると検体において薬剤が有する効果を意味する。本発明の方法を適用すれば、所望の薬剤感受性が予測可能なモデルを構築することができる。本発明は特に感受性として抗腫瘍効果を予測するモデルを構築するために有用であり、抗腫瘍剤または他の薬剤の候補化合物を用いて抗腫瘍効果の予測を行うことができる。抗腫瘍効果とは、具体的には腫瘍細胞増殖抑制効果、腫瘍増殖抑制作用、または腫瘍細胞の細胞死誘導活性などが挙げられる。また、感受性の規定に対する遺伝子の「寄与度」という用語は、遺伝子の発現と感受性との相関の度合いを意味する。
【００１８】
「生物検体」という用語は、生物から得た検体を意味し、細胞、組織、器官などが含まれる。上記抗腫瘍効果の予測モデルの構築においては、生物検体として癌細胞または癌細胞株が好適に用いられる。特定薬剤の抗腫瘍効果を広範な種類の癌において予測可能なモデルを構築するには、様々な癌由来の癌細胞または癌細胞株から得たデータを用いてモデルを構築することが好ましい。例えば、大腸癌、肺癌、乳癌、前立腺癌、膵癌、胃癌、神経芽腫、卵巣癌、メラノーマ、膀胱癌、、急性骨髄性白血病、子宮癌、子宮内膜癌、および肝癌からなる群より選択される少なくとも2種以上、好ましくは5種以上、より好ましくは7種以上、最も好ましくは10種以上の癌の細胞または細胞株を含む生物検体を用いて薬剤感受性データおよび遺伝子発現データを取得することが好ましい。これらの癌に由来する癌細胞株は多数が知られているが、例えば、HCT116（ATCC CCL-247）、WiDr（ATCC CCL-218）、COLO201（ATCC CCL-224）、COLO205（ATCC CCL-222）、COLO320DM（ATCC CCL-220）、LoVo（ATCC CCL-229）、HT-29（ATCC HTB-38）、DLD-1（ATCC CCL-221）、SW480（ATCC CCL-228）、LS411N（ATCC CRL-2159）、LS513（ATCC CRL-2134）、HCT15（ATCC CCL-225）、およびCX-1（財団法人癌研究会（Japanese Foundation for Cancer Research）（日本）；NCI癌治療部門腫瘍保存施設（Division of Cancer Treatment, Tumor Repository, NCI.）、Osieka, R.、Johnson, R. K.「Evaluation of chemical agents in phase I clinical trial and earlier stages of development against xenografts of human colon carcinoma.」、Houchens, D.P.およびOvejera, A. A編、Proc. Symp. Use Athymic（Nude）Mice Cancer Res. 1978. 217-23）（以上、すべて大腸癌細胞株）；QG56（免疫生物研究所（Immuno-Biological Laboratories Co., Ltd.）（IBL）（日本）から購入）、Calu-1（ATCC HTB-54）、Calu-3（ATCC HTB-55）、Calu-6（ATCC HTB-56）、PC1（免疫生物研究所（日本）から購入）、PC10（免疫生物研究所（日本）から購入）、PC13（免疫生物研究所（日本）から購入）、NCI-H292（ATCC CRL-1848）、NCI-H441（ATCC HTB-174）、NCI-H460（ATCC HTB-177）、NCI-H596（ATCC HTB-178）、PC14（理化学研究所（The Institute of Physical and Chemical Research）（RIKEN）（日本）RCB0446；IBL）、NCI-H69（ATCC HTB-119）、LXFL529（Dr. H. H. Fiebig、フライブルク大学（Freiburg Univ.）（ドイツ）、Fiebig, H. H.およびBerger, D. P.編「Immunodeficient Mice in Oncology.」中、Berger, D. P.、Fiebig, H. H.、Winterhalter, B. R.「Establishment and characterization of human tumor xenograft models in nude mice.」Basel, Karger, 1992, 23-46）、LX-1（財団法人癌研究会（日本）；NCI癌治療部門腫瘍保存施設、Houchens, D. P.、Ovejera, A. A.およびBarker, A. D.；および「The therapy of human tumors in athymic（nude）mice.」Proc. Symp. Use Athymic（Nude）Mice Cancer Res. 1978. 267-80）、およびA549（ATCC CCL-185）（以上、すべて肺癌細胞株）；MDA-MB-231（ATCC HTB-26）、MDA-MB-435S（ATCC HTB-129）、T-47D（ATCC HTB-133）、Hs578T（ATCC HTB-126）、MCF7（ATCC HTB-22）、ZR-75-1（ATCC CRL-1500）、MAXF401（Dr. H. H. Fiebig、フライブルク大学（ドイツ）、Fiebig, H. H.およびBerger, D. P.編「Immunodeficient Mice in Oncology.」中、Berger, D. P.、Fiebig, H. H.、Winterhalter, B. R.「Establishment and characterization of human tumor xenograft models in nude mice.」Basel, Karger, 1992, 23-46）、およびMX1（財団法人癌研究会（日本）；NCI癌治療部門腫瘍保存施設、Ovejera, A. A.、Houchens. D. P.およびBarker A. D.「Chemotherapy of human tumor xenografts in genetically athymic mice.」Ann. Clin. Lab. Sci. 1978. 8：50-56）（以上、すべて乳癌細胞株）；PC-3���ATCC CRL-1435）、DU145（ATCC HTB-81）、およびLNCaP-FGC（ATCC CRL-1740）（以上、すべて前立腺癌細胞株）；AsPC-1（ATCC CRL-1682）、Capan-1（ATCC HTB-79）、Capan-2（ATCC HTB-80）、BxPC3（ATCC CRL-1500）、PANC-1（ATCC CRL-1469）、Hs766T（ATCC HTB-134）、MIA PaCa-2（ATCC CRL-1420）、およびSU.86.86（ATCC CRL-1834）（以上、すべて膵癌細胞株）；MKN-45（免疫生物研究所（日本）から購入）、MKN28（免疫生物研究所（日本）から購入）、およびGXF97（Dr. H. H. Fiebig、フライブルク大学（ドイツ）、Fiebig, H. H.およびBerger, D. P.編「Immunodeficient Mice in Oncology.」中、Berger, D. P.、Fiebig, H. H.、Winterhalter, B. R.「Establishment and characterization of human tumor xenograft models in nude mice.」Basel, Karger, 1992, 23-46）（胃癌細胞株）；T98G（ATCC CRL-1690）（神経芽腫細胞株）；IGROV1（オランダ癌研究所（The Netherlands Cancer Institute）より（オランダ）、Benard, J.、Da Silva, J.、De Blois, M-C.、Boyer, P.、Duvillard, P.、Chiric, E.およびRiou, G.「Characterization of a human ovarian adenocarcinoma line, IGROV1, in tissue culture and in nude mice.」Cancer Res. 1985 45：4970-4979）、SK-OV-3（ATCC HTB-77）、およびNakajima（新潟大学医学部（Faculty of Medicine, Niigata University）、Yanase, T.、Tamura, M.、Fujita, K.、Kodama, S.、Tanaka, K.「Inhibitory effect of angiogenesis inhibitor TNP-470 on tumor growth and metastasis of human cell lines in vitro and in vivo.」Cancer Res. 1993. 53：2566-2570）（卵巣癌細胞株）；C32（ATCC CRL-1585）（メラノーマ細胞株）；HT-1197（ATCC CRL-1437）、T24（ATCC HTB-4）、およびScaber（ATCC HTB-3）（膀胱癌細胞株）；KG-1a（ATCC CCL-246.1）（急性骨髄性白血病細胞株）；Yumoto（千葉県がんセンター（Chiba Cancer Center）、Tokita, H.、Tanaka, N.、Sekimoto, K.、Ueno, T.、Okamoto, K.およびFujimura, S.「Experimental model for combination chemotherapy with metronidazole using human uterine cervical carcinomas transplanted into nude mice.」Cancer Res. 1980 40：4287-4294）（子宮癌細胞株）；ME-180（ATCC HTB-33）（子宮内膜癌細胞株）；HepG2（ATCC HB-8065）、Huh-1（JCRB（Japanese Collection of Research Bioresources）（日本）、JCRB0199）、Huh7（JCRB（日本）、JCRB0403）、およびPLC/PRF/5（ATCC CRL-8024）（肝癌細胞株）；ならびにKB（ATCC CCL-17）（口腔上皮癌）などが挙げられる。これらの癌細胞株からなる群より選択される少なくとも5種以上、好ましくは10種以上、より好ましくは15種以上、最も好ましくは20種以上の細胞株を含む生物検体を用いて薬剤感受性データおよび遺伝子発現データを取得し、本発明の方法に従ってモデル構築を行うことにより、広範な癌に対する感受性を予測する良好なモデルを構築することが可能である。また、特定の癌の種類における感受性予測システムを構築するには、対象とする癌の種類からの細胞を用いてモデルを構築することが好適である。
【００１９】
本発明のモデル構築においては、生物検体における薬剤感受性データを取得する。感受性データはインビトロデータでもインビボデータでもよい。また、データの種類には制限はなく、連続的または非連続的な値をとり得る定量データであってよい。連続値をとり得る感受性データとしては、例えば薬剤のIC50、腫瘍増殖阻害率（TGI%）、血中腫瘍マーカーレベルなどが好ましい。腫瘍増殖阻害率は、例えば癌細胞のゼノグラフトモデルを用いて測定することができ、インビボにおける薬剤感受性データとして用いることができる。具体的には、例えばマウス皮下に癌細胞塊を移植し、薬剤をインビボ投与して移植した腫瘍の増殖の抑制（TGI%）を測定する。
【００２０】
非連続的な値を取る感受性データとしては、感受性の程度をカテゴリー化したデータなどが好ましい。カテゴリー化においては、例えば薬剤感受性の程度に応じたクラス分けの基準を作っておき、その基準に従って生物検体を分類する。このように、本発明においては連続的な定量値のみならず、非連続的なデータを扱うことも可能である。カテゴリー化を利用すれば、定性的な感受性データを定量化することができる。このように、本発明においては、感受性の程度を反映する任意のデータを扱うことが可能である。
【００２１】
本発明において、感受性予測の対象とする薬剤に特に制限はない。生物検体（細胞、組織など）に対して作用を及ぼす所望の薬剤を用いることができる。本発明は、特に医薬または医薬候補化合物、あるいはそれらを含む組成物を用いて、それらの感受性の予測モデルを構築するために有用である。特に、抗腫瘍剤またはそれらの候補化合物などを好適に用いることができる。
【００２２】
好ましい薬剤としては、例えばファルネシル基転移酵素阻害剤が挙げられ、具体的には、6-[1-アミノ-1-(4-クロロフェニル)-1-(1-メチルイミダゾール-5-イル)メチル]-4-(3-クロロフェニル)-1-メチルキノリン-2(1H)-オン（略号：R115777）、(R)-2,3,4,5-テトラヒドロ-1-(1H-イミダゾール-4-イルメチル)-3-(フェニルメチル)-4-(2-チエニルスルホニル)-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-7-カルボニトリル (略号：BMS214662)、(+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-ジブロモ-8-クロロ-5,6-ジヒドロ-11H-ベンゾ[5,6]シクロヘプタ[1,2-b]ピリジン-11-イル)ピペリジン-1-イル]-2-オキソエチル]ピペリジン-1-カルボキシアミド (略号：SCH66336)、4-[5-[4-(3-クロロフェニル)-3-オキソピペラジン-1-イルメチル]イミダゾール-1-イルメチル]ベンゾニトリル (略号：L778123)、および4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニル-ベンゾフラン-2-イル)-メチル]ベンゾニトリル塩酸塩などが含まれる。また、好ましい薬剤としては、例えばフッ化ピリミジン類が挙げられ、具体的には、[1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-2-オキソ-1,2-ジヒドロ-ピリミジン-4-イル]-カルバミン酸ブチルエステル(略号：カペシタビン (Xeloda(登録商標))、1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：フルツロン)、5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：5-FU)、5-フルオロ-1-(テトラヒドロ-2-フラニル)-2,4(1H,3H)-ピリミジンジオン (略号：テガフール)、テガフールおよび2,4(1H,3H)-ピリミジンジオンの組み合わせ (略号：UFT)、テガフール、5-クロロ-2,4-ジヒドロキシピリジン、およびカリウムオキソナートの組み合わせ (モル比1:0.4:1) (略号：S-1)；ならびに
5-フルオロ-N-ヘキシル-3,4-ジヒドロ-2,4-ジオキソ-1(2H)-ピリミジンカルボキシアミド (略号：カルモフール)などが含まれる。他にも、例えばタキサン類が挙げられ、具体的には[2aR-[2aα,4β,4aβ,6β,9α(αR*,βS*),11α,12α,12aα,12bα]]-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：タキソール）、[2aR-[2aα,4β,4aα,6β,9α(αR*,βS*,11α,12α,12aα,12bα)]-β-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸12b-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,6,11-トリヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：タキソテール）、(2R,3S)-3-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-2-ヒドロキシ-5-メチル-4-ヘキセン酸(3aS,4R,7R,8aS,9S,10aR,12aS,12bR,13S,13aS)-7,12a-ビス(アセチルオキシ)-13-(ベンジルオキシ)-3a,4,7,8,8a,9,10,10a,12,12a,12b,13-ドデカヒドロ-9-ヒドロキシ-5,8a,14,14-テトラメチル 2,8-ジオキソ-6,13a-メタノ-13aH-オキセト[2'',3'':5',6']ベンゾ[1',2':4,5]-シクロデカ[1,2-d]-1,3-ジオキソール-4-イルエステル（略号：IDN 5109）、(2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-12b-[(メトキシカルボニル)オキシ]-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：BMS 188797）、および(2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-11-ヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-4-[(メチルチオ)メトキシ]-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：BMS184476）が含まれる。また、例えばカンプトテシン類が挙げられ、具体的には4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン（略称：カンプトテシン）、[1,4'-ビピペリジン]-1'-カルボン酸, (4S)-4,11-ジエチル-3,4,12,14-テトラヒドロ-4-ヒドロキシ-3,14-ジオキソ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-9-イルエステル, 一塩酸塩（略号：CPT-11）、(4S)-10-[(ジメチルアミノ)メチル]-4-エチル-4,9-ジヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン 一塩酸塩（略称：トポテカン）、(1S,9S)-1-アミノ-9-エチル-5-フルオロ-9-ヒドロキシ-4-メチル-2,3,9,10,13,15-ヘキサヒドロ-1H,12H-ベンゾ[de]ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-10,13-ジオン（略号：DX-8951f）、5(R)-エチル-9,10-ジフルオロ-1,4,5,13-テトラヒドロ-5-ヒドロキシ-3H,15H-オキセピノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,15-ジオン（略号：BN-80915）、(S)-10-アミノ-4-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン（略号：9-アミノカンプトテシン）、4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-10-ニトロ-1H-ピラノ[3',4',:6,7]-インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン（略号：9-ニトロカンプトテシン）が含まれる。また、例えば核酸系抗��瘍薬剤類が挙げられ、具体的には、2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジン（略号：DFDC）、2'-デオキシ-2'-メチリデンシチジン（略号：DMDC）、(E)-2'-デオキシ-2'-(フルオロメチレン)シチジン（略号：FMDC）、1-(β-D-アラビノフラノシル) シトシン（略号：Ara-C）、4-アミノ-1-(2-デオキシ-β-D-エリスロ-ペントフラノシル)-1,3,5-トリアジン-2(1H)-オン（略称：デシタビン）、4-アミノ-1-[(2S,4S)-2-(ヒドロキシメチル)-1,3-ジオキソラン-4-イル]-2(1H)-ピリミジノン（略称：トロキサシタビン）、2-フルオロ-9-(5-O-ホスホノ-β-D-アラビノフラノシル)-9H-プリン-6-アミン（略称：トロキサシタビン）、2-クロロ-2'-デオキシアデノシン（略称：クラドリビン）が含まれる。また、例えばドラスタチン類が挙げられ、具体的にはN,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[[(1S)-2-フェニル-1-(2-チアゾリル)エチル]アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド（略称：ドラスタチン10）、シクロ[N-メチルアラニル-(2E,4E,10E)-15-ヒドロキシ-7-メトキシ-2-メチル-2,4,10-ヘキサデカトリエノイル-L-バリル-N-メチル-L-フェニルアラニル-N-メチル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N2-メチルアスパラギニル]（略称：ドラスタチン14）、(1S)-1-[[(2S)-2,5-ジヒドロ-3-メトキシ-5-オキソ-2-(フェニルメチル)-1H-ピロール-1-イル]カルボニル]-2-メチルプロピルエステルN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-L-プロリン（略称：ドラスタチン15）、N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[(2-フェニルエチル)アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド（略号：TZT 1027）、およびN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N-(フェニルメチル)-L-プロリンアミド（略称：セマドチン）が含まれる。また、アンスラサイクリン類が挙げられ、具体的には(8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩（略称：アドリアマイシン）、(8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-アラビノ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩（略称：エピルビシン）、8-アセチル-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン,塩酸塩（略称：ダウノマイシン）、および(7S,9S)-9-アセチル-7-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,9,11-トリヒドロキシ-ナフタセン-5,12-ジオン（略称：イダルビシン）が含まれる。また、例えばプロテインキナーゼ阻害剤が挙げられ、具体的には、N-(3-クロロ-4-フルオロフェニル)-7-メトキシ-6-[3-(4-モルフォリニル)プロポキシ]-4-キナゾリンアミン（略号：ZD1839）、N-(3-エチニルフェニル)-6,7-ビス(2-メトキシエトキシ)-4-キナゾリンアミン（略号：CP358774）、N4-(3-ブロモフェニル)-N6-メチルピリド[3,4-d]ピリミジン-4,6-ジアミン（略号：PD158780）、N-(3-クロロ-4-((3-フルオロベンジル)オキシ)フェニル)-6-(5-(((2-メチルス��ホニル)エチル)アミノ)メチル)-2-フリル)-4-キナゾリンアミン（略号：GW2016）、3-[(3,5-ジメチル-1H-ピロール-2-イル)メチレン]-1,3-ジヒドロ-2H-インドール-2-オン（略号：SU5416）、(Z)-3-[2,4-ジメチル-5-(2-オキソ-1,2-ジヒドロ-インドール-3-イリデンメチル)-1H-ピロール-3-イル]-プロピオン酸（略号：SU6668）、N-(4-クロロフェニル)-4-(ピリジン-4-イルメチル)フタラジン-1-アミン（略号：PTK787）、(4-ブロモ-2-フルオロフェニル)[6-メトキシ-7-(1-メチル-ピペリジン-4-イルメトキシ)キナゾリン-4-イル]アミン（略号：ZD6474）、N4-(3-メチル-1H-インダゾール-6-イル)-N2-(3,4,5-トリメトキシ-フェニル)ピリミジン-2,4-ジアミン（略号：GW2286）、4-[(4-メチル-1-ピペラジニル)メチル]-N-[4-メチル-3-[[4-(3-ピリジニル)-2-ピリミジニル]アミノ]フェニル]ベンズアミド（略号：STI-571）、(9α,10β,11β,13α)-N-(2,3,10,12,13-ヘキサヒドロ-10-メトキシ-9-メチル-1-オキソ-9,13-エポキシ-1H,9H-ジインドロ[1,2,3-gh:3',2',1'-1m]ピロロ[3,4-j][1,7]ベンゾジアゾニン-11-イル)-N-メチルベンズアミド（略号：CGP41251）、2-[(2-クロロ-4-ヨードフェニル)アミノ]-N-(シクロプロピルメトキシ)-3,4-ジフルオロベンズアミド（略号：CI1040）、およびN-(4-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-N'-(4-(2-(N-メチルカルバモイル)-4-ピリジルオキシ)フェニル)ウレア（略号：BAY439006）が含まれる。さらに、例えば白金系抗腫瘍剤が挙げられ、具体的には cis-ジアミノジクロロ白金(II)（略称：シスプラチン）、ジアミン(1,1-シクロブタンジカルボキシラート)白金(II) （略称：カルボプラチン）、および白金(4+), ヘキサアミンジクロロビス[μ-(1,6-ヘキサンジアミン-κN：κN')]トリ-, 立体異性, テトラニトラート（略号：BBR3464）が含まれる。また、エポチロン類が挙げられ、具体的には4,8-ジヒドロキシ-5,5,7,9,13-ペンタメチル-16-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-(4S,7R,8S,9S,13Z,16S)-オキサシクロヘキサデク-13-エン-2,6-ジオン （略称：エポチロンD）、7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル) エテニル]-, (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-4,17-ジオキサビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン6-ジオン（略称：エポチロン）、および(1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-17-オキサ-4-アザビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン（略号：BMS247550）が含まれる。また、アロマターゼ阻害剤類が挙げられ、具体的には、α,α,α',α'-テトラメチル-5-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチル)-1,3-ベンゼンジアセトニトリル（略号：ZD1033）、(6-メチレンアンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン（略号：FCE24304）、および4,4'-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチレン)ビス-ベンゾニトリル（略号：CGS20267）が含まれる。また、ホルモンモジュレーターが挙げられ、例えば 2-[4-[(1Z)-1,2-ジフェニル-1-ブテニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン（略称：タモキシフェン）、[6-ヒドロキシ-2-(4-ヒドロキシフェニル)ベンゾ[b]チエン-3-イル][4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェニル]メタノン塩酸塩（略号：LY156758）、2-(4-メトキシフェニル)-3-[4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェノキシ]ベンゾ[b]チオフェン-6-オール塩酸塩（略号：LY353381）、(+)-7-ピバロイルオキシ-3-(4'-ピバロイルオキシフェニル)-4-メチル-2-(4''-(2'''-ピペリジノエトキシ)フェニル)-2H-ベンゾピラン（略号：EM800）、(E)-4-[1-[4-[2-(ジメチルアミノ)エトキシ]フェニル]-2-[4-(1-メチルエチル)フェニル]-1-ブテニル]フェノールジヒドロゲンホスフェート(エステル)（略号：TAT59）、17-(アセチルオキシ)-6-クロロ-2-オキサプレグナ-4,6-ジエン-3,20-ジオン（略号：TZP4238）、(+,-)-N-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-3-[(4-フルオロフェニル)スルホニル]-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパンアミド（略号：ZD176334）、および卵黄形成ホルモン放出因子(ブタ), 6-D-ロイシン-9-(N-エチル-L-プロリンアミド)-10-デグリシンアミド（略称：リュープロレリン）が含まれる。
【００２３】
本発明のモデル構築においては、感受性データを取得した生物検体において遺伝子発現データを取得する。遺伝子発現データは、薬剤感受性データを取得した検体そのものでなくとも、例えば並行して分取された検体や、由来が同一の検体から取得したものであってもよい。例えば、ある株化細胞の遺伝子発現プロファイルが予め決定されている場合、別途入手したそれらの株化細胞を用いて薬剤感受性データを取得し、該発現プロファイルを用いて本発明の方法を適用することができる。本発明のモデル構築のためには、遺伝子発現データは少なくとも2以上の遺伝子の発現データ、好ましくは5以上、より好ましくは10以上、さらに好ましくは20以上（例えば30以上、40以上、または50以上）の遺伝子の発現データが用いられる。
【００２４】
遺伝子の発現データは任意の方法により取得してよく、例えばノーザンハイブリダイゼーション、および定量的または半定量的RT (reverse transcription)-PCRなどのRNAレベルの測定、あるいはELISA（enzyme linke-immunosorbent assay）およびウェスタンブロッティングなどの蛋白質レベルの測定により取得することができる。好適には、多数の遺伝子発現データを網羅的に取得可能な方法により測定する。このような方法としては高密度核酸アレイを用いた解析が挙げられる。「高密度核酸アレイ」とは、小面積に多数の核酸が結合している基質を意味する。核酸はDNAであってもRNAであってもよく、また非天然のヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチドを含んでいてもよい。基質は通常ガラスが用いられるが、ナイロン、ニトロセルロース、またはその他の樹脂などであってもよい。DNAが結合した高密度核酸アレイは、一般にDNAマイクロアレイとも呼ばれる。「高密度核酸アレイ」は、その密度は1 cm2 当り一般に約60より多い、より好ましくは約100より多い、さらに好ましくは約600より多い、さらに好ましくは約1,000、約5,000、約10,000、または約40,000より多い、最も好ましくは約100,000より多い密度で核酸分子が結合されたアレイを言う。核酸分子の鎖長は特に限定されず、cDNAまたはその断片などの比較的長いポリヌクレオチドであってもよく、あるいはオリゴヌクレオチドであってもよい。基質に結合する核酸の鎖長は、cDNAを固定する場合は通常100〜4000ヌクレオチドであり、好ましくは200〜4000ヌクレオチドである。オリゴヌクレオチドを固定する場合は、通常15〜500ヌクレオチドであり、好ましくは30〜200ヌクレオチドであり、さらに好ましくは50〜200ヌクレオチドである。アレイの表面積は小さいため、各プローブ（アレイ上の核酸）におけるハイブリダイゼーション条件は極めて均一になり、しかも非常に大量のプローブのハイブリダイゼーションを同時に行うことができるため本発明において特に適している。モデル構築において高密度核酸アレイを用いて遺伝子発現データを使用する場合は、通常100以上、より好ましくは500以上、さらに好ましくは1000以上（例えば2000以上、5000以上、または10000以上）の遺伝子の発現データが用いられる。多数の遺伝子の中から、モデル構築に適した遺伝子を選別することができる。
【００２５】
遺伝子発現データは、薬剤の非存在下で測定したものであってよい。あるいは、薬剤存在下で測定した遺伝子発現データであってもよい。
【００２６】
また遺伝子発現データは、インビトロにおける発現データでもインビボにおける発現データでもよい。インビボ発現データは、例えば個体より取り出した生物検体を液体窒素下で速やかに凍結させ、公知の方法によりRNAを抽出して測定することができる。インビボ遺伝子発現データとインビボの薬剤感受性データとを組み合わせて本発明のモデルを構築することにより、生体内の条件に近い感受性予測が可能となると考えられる。
【００２７】
上記のように取得した薬剤感受性データおよび遺伝子発現データから、部分最小二乗法タイプ1を用いてモデル構築を行う。解析に用いる感受性データ数（モデル構築に用いる生物検体の数）は、少なくとも2以上であり、好ましくは10以上、より好ましくは15以上、最も好ましくは20以上である。これらのデータを本発明に従って解析することにより、特定薬剤の抗腫瘍効果と高密度核酸アレイデータの相関関係を明らかにすることができ、解析で得られる各遺伝子発現に対する係数（寄与度）からどの遺伝子が重要であるかを定量的に推定することができる。さらに、解析で得られる各遺伝子発現に対する係数を利用して、未知検体における遺伝子発現データから抗腫瘍効果を予測することができる。
【００２８】
モデル構築に当たっては、多数の遺伝子発現データの中から、モデル構築に用いるデータを選択することが好ましい。例えば高密度核酸アレイデータについて以下のような前処理によりデータ解析に用いる遺伝子を選別することができる。
【００２９】
i) データの前処理 
標準試料に対する被検試料のフォールド変化（Fold Change；FC）をすべての遺伝子に対して計算した後、解析に用いたFCの標準偏差が相対的に大きく、且つ解析に用いた試料の多くで発現が見られるものを用いるこのが好ましい。例えば、FCの標準偏差が2以上、且つ解析に用いた全試料の25％以上で発現が見られるものを用いる。
【００３０】
各試料の標準値に対するFC値は、Affymetrix社製のGeneChipを用いる場合、Affymetrix(登録商標) Microarray Suite User Guideにしたがい（Affymetrix(登録商標) Microarray Suite User Guide, p358）、次式で算出される。 
2005519610.tif 000002
式中、FCkは遺伝子kのFC値、AvgDiffexp, kは、被検試料の遺伝子kの発現レベル、AvgDiffbase, kは、標準試料の遺伝子kの発現レベル、Qは各実験毎の測定値でバックグラウンド（ノイズ）を示す。Qexp とQbaseは各々、被検試料と標準試料のQ値を示す。 
【００３１】
ii)  統計処理
統計手法としては部分最小2乗法タイプ1(PLS1)を用いる（Geladiら、(1986) Anal. Chim. Acta 185：1-17）。PLS1解析は、コンピューターを用いて実施することができる。解析のためのソフトウェアは、上記文献のアルゴリズムに従い作成することができる。
【００３２】
遺伝子発現データおよび薬剤感受性データの形式は、統計処理のために適宜適当な形態に変換することができる。このような変換には、例えば標準化や対数値への変換などが含まれる。例えば遺伝子発現をDNAマイクロアレイにより測定した場合、試料iにおける遺伝子kの発現データとしては、
2005519610.tif 000003
を用いることが好適である（Xik は試料iにおける遺伝子kのFC値、
2005519610.tif 000004
は試料iにおける選択された遺伝子の平均FC値）。また、感受性データとしてIC50を用いる場合は、log(1/IC50)を用いて統計処理を行うことが好ましい。
【００３３】
PLSモデルの性能評価としては、相関係数2乗値R2と予測的相関係数2乗値Q2の2つの指標を用いることができる。
【００３４】
相関係数2乗値R2と予測的相関係数2乗値Q2の定義を以下に示す。
2005519610.tif 000005
式中、
2005519610.tif 000006
および
2005519610.tif 000007
はそれぞれ y（抗腫瘍効果）の平均値、および yi のモデル式による計算値である。yiは、試料iにおける感受性値である。 
2005519610.tif 000008
式中、
2005519610.tif 000009
および yi,pred はそれぞれ y（抗腫瘍効果）の平均値、および yiのleave-one-outによるモデル式の予測値である。leave-one-out法は、1個の試料を除いた残りの試料からモデルを構築し、そのモデルで除いた試料のyの予測値を求める。これをくり返してすべての試料の予測値を計算する方法である。
【００３５】
一般に、R2値よりQ2値をモデルの性能評価に用いる。すなわち、Q2値が1.0に近ければ近いほど、モデルが未知試料に対して予測的である。
【００３６】
iii)  遺伝子の選択によるモデル最適化
モデル構築においては、利用可能な遺伝子の中からより少ない数の遺伝子を選択し、選択された遺伝子を用いてモデルを構築することが好ましい。これにより、感受性予測のために必要な遺伝子発現データ量を削減することができる。また予測度（Q2）を向上させ得る。本発明は、上記本発明のモデル構築において、2セット以上の遺伝子の組み合わせにおいて、それぞれ部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行い、遺伝子数が少ないおよび／またはQ2の値が高いモデルを選択することによるモデル最適化を行う方法を提供する。遺伝子の選択は、薬剤感受性に対する寄与度の高い遺伝子を選択することが好ましい。このような選択は、所望の方法により行ってよいが、一例を挙げれば、最初に全ての遺伝子を用いてモデル構築を行い、係数（寄与度）の絶対値が相対的に大きい遺伝子を選択することができる。より好ましい選択方法としては、モデリングパワー（modelling power；MP）を用いる方法が挙げられる。
【００３７】
モデリングパワー（Ψ値) は薬剤感受性に対する各遺伝子の寄与度をあらわす尺度であり、この値が大きいほど薬剤感受性を説明するのに重要であると考えることができる。
2005519610.tif 000010
式中、nは検体数、AはPLS1の成分数、
2005519610.tif 000011
はk番目の遺伝子だけを使ったときの試料iの抗腫瘍効果の計算値である。
2005519610.tif 000012
は、k番目の遺伝子の発現データの平均Fc値である。Xikは、試料iにおける遺伝子kの発現データである。
【００３８】
例えば、MP値 (Ψk) が、ある値（カットオフ値）より大きい遺伝子のみを選択し、これらの遺伝子の発現データを用いてモデル構築を行うことができる。カットオフ値は、例えば全体の遺伝子の半分、25％、または10％程度の遺伝子が選択されるような値にすることができるが、これらに限定されない。例えば実施例において本発明者らはMP値が0.3より大きい遺伝子、あるいは0.1より大きい遺伝子を選択することにより遺伝子数を減少させ、モデルの予測度（Q2）を上昇させることに成功した。このように、MPを用いた遺伝子選択を行うことにより、本発明のモデルを最適化することが可能である。
【００３９】
また、体系的な方法により遺伝子選択を行うことも好適である。例えば遺伝子選択において寄与度の高い遺伝子を選択するのではなく、別の方法により遺伝子選択を行い、これらの遺伝子を用いてモデル構築を行い、より最適化されたモデルが構築されるような遺伝子の組み合わせを同定することにより遺伝子選択を行うことができる。このような方法の1つとして、遺伝的アルゴリズム（genetic algorithm；GA）を用いた方法が挙げられる。
【００４０】
遺伝的アルゴリズムは、最近工学分野で利用されている最適化手法で、例えばPLS1モデルの統計量であるQ2値を最大にしかつ選択遺伝子の数が最小になる遺伝子の組み合わせをこの手法で網羅的に探索することを可能にする。遺伝的アルゴリズムは、まず適当な母集団を作成し、評価関数（この場合、Q2値を最大にしかつ選択遺伝子の数が最小になる関数）で集団のメンバーをそれぞれ評価し、高い評価値を持つメンバーを選択する。次に、選択された複数のメンバーに対して、選択、交差、変異の操作を適用し、高い評価値をもつ別のメンバーを人工的に作成する。そして、これらの操作を繰り返し、最終的に高い評価値からなる集団を形成する。遺伝的アルゴリズムは、論文に従いコンピューターを用いて実施可能なソフトウェアを作成して実施することができる（Rogersら、(1994) J. Chem. Inf. Comput. Sci. 34：854-866）。
【００４１】
具体的な評価関数としては、例えば以下の定義式を用いることが好適である。
評価関数＝Q2-a*K
式中、Q2はPLS1モデルの予測的相関係数2乗値、Kは選択した遺伝子数、aは適当なペナルティー値である。
【００４２】
また本発明は、上記のようにして構築されたモデルにおける遺伝子の組み合わせの一部または全部を選択する工程を含む、薬剤感受性を規定する寄与度の高い遺伝子を選択する方法に関する。例えば、モデルにおける遺伝子の組み合わせの中から一部の遺伝子を選択する場合は、感受性に対する寄与度の高い遺伝子を選択することが好ましい。そのためには、例えばモデルにおける係数の絶対値が相対的に大きい遺伝子を選択することができる。係数が大きいほど、感受性に対して強い相関を有する。正の係数は正の相関を表し、その遺伝子の発現が高いほど感受性が高い。負の係数は負の相関を表し、その遺伝子の発現が高いほど感受性が低い。選択する遺伝子数に制限はなく、例えば係数の絶対値が大きい上位1、5、10、15、20、50、または100の遺伝子を選択することができる。
【００４３】
また、モデル構築に用いた遺伝子の組み合わせの全てを選択することも好適である。選択された遺伝子の発現をモデルに適用することにより、高精度の感受性予測値を得ることができる。また、例えば選択しようとする遺伝子数またはその上限が予め決まっている場合には、遺伝子数またはその上限を固定しかつQ2値を最大化するように上記のGAにおいて評価関数を設定することもできる。これにより、決められた遺伝子数において最適化されたモデルを構築することができる。
【００４４】
選択された遺伝子は、対象とする生物検体が薬剤感受性をどの程度有するのを予測するために有用である。また、これらの遺伝子は薬剤標的遺伝子の有力な候補であり、創薬のためのターゲットとなる。また、これらの遺伝子は疾患マーカーとして有用であり、発現をモニターすることにより疾患の進行または治療状況を判断することができるかも知れない。
【００４５】
iv) 抗腫瘍効果の予測
PLS1モデル構築または上記の遺伝子選択手法によって選択された遺伝子の発現を被検検体において測定することにより、感受性の予測を行うことができる。本発明は、被検検体の薬剤感受性を予測する方法であって、（a）本発明の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の少なくとも一部の遺伝子の発現データを、該被検検体において取得する工程、および（b）該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の高発現および負の係数を持つ遺伝子の低発現は該感受性が高いことに関連付け、ならびに該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の低発現および負の係数を持つ遺伝子の高発現は該感受性が低いことに関連付ける工程、を含む方法を提供する。本発明の方法を用いれば、定性的または定量的に予測を行うことが可能であるが、本発明の予測方法は特に感受性の定量的な予測を行うために有用である。なお本発明において「定量的」な予測という用語は、少なくとも3段階以上で、好ましくは4段階以上で、より好ましくは5段階以上で、さらに好ましくは6段階以上で、最も好ましくは連続的に感受性の度合いを予測することを言う。例えば、連続的な数値として感受性を予測する場合、および感受性の程度により分類された少なくとも3段階以上の非連続的なカテゴリーを予測する場合などは定量的予測に含まれる。
【００４６】
上記のように、正の係数は感受性に対して正の相関を、負の係数は負の相関を表す。従って、被検検体において正の係数を持つ遺伝子の発現および/または負の係数を持つ遺伝子の発現を調べ、正の係数を持つ遺伝子の発現が他の検体と比べ相対的に高い場合および/または負の係数を持つ遺伝子の発現が他の検体と比べ相対的に低い場合には、この被検検体は薬剤感受性が高いと判断される。そして、被検検体において正の係数を持つ遺伝子の発現が他の検体と比べ相対的に低い場合および/または負の係数を持つ遺伝子の発現が他の検体と比べ相対的に高い場合には、この被検検体は薬剤感受性が低いと判断される。複数の遺伝子の発現を調べる場合においては、係数の絶対値が大きい遺伝子の発現データほど重み付けを高くすることが好ましく、例えば係数の絶対値に応じた重み付けを行うことにより精度の高い定量的な感受性予測を行うことができる。
【００４７】
本発明の感受性予測の方法は、最も好適には、上記の工程（a）が、該モデルにおける遺伝子の発現データを該被検検体において取得する工程を含み、かつ工程（b）が、該発現データを該モデルに適用して該感受性を算出する工程を含む、方法である。すなわち本発明は、被検検体の該感受性を予測する方法であって、（a）本発明の方法で構築されたモデルにおける全ての遺伝子の発現データを該被検検体において取得する工程、および（b）該モデルにおける遺伝子の発現データと該感受性値との関係を示すパラメーター（モデル係数）から、該モデルに従って該感受性値を算出する工程、を含む方法を提供する。薬剤感受性の計算値は、各遺伝子に対する係数を基に、次に示す式を用いて算出できる。
2005519610.tif 000013
式中、coefficientk は遺伝子 k に対する係数であり、Xikは試料iにおける遺伝子kのFC値であり、
2005519610.tif 000014
は試料iにおける選択された遺伝子の平均FC値である。また、
2005519610.tif 000015
は、y（抗腫瘍効果）の平均値である。
【００４８】
この式により算出される感受性の予測値は、予測の度合いを定量的に示す。またこの予測値において、ある値より上ならば感受性あり、それ以下ならば感受性なしと判定するような予測を行うこともできる。このような境界値は、実験的に薬剤感受性を測定することにより決定することができる。また、一定の範囲の値ごとにカテゴリー化し、段階的に感受性の高さを推定することもできる。例えばTGI%であれば、実施例に示したようなカテゴリー分類を行うことができる。このように、本発明の予測方法は、上記の等式から算出される感受性予測値を得ることのみならず、該感受性予測値より2次的な結果を導出することも含む。
【００４９】
上記のような感受性の予測結果に基づき、生物検体を分類することが可能である。この方法は、（a）被検生物検体において、本発明の方法により選択された遺伝子の発現レベルを測定する工程、（b）該遺伝子の発現データから本発明に基づき薬剤感受性を予測する工程、および（c）該予測に基づき該生物検体を分類する工程を含む方法である。例えば、感受性の予測値に基づいて、被検検体を感受性群および非感受性群に分類したり、あるいは感受性の程度に従ってより細かく分類することも可能である。また、被検検体の感受性の程度は、薬剤感受性のみならず他の性質における性質の違いを反映している可能性もあることから、様々な分類においてこの分類方法は有効であると考えられる。
【００５０】
また、疾患個体から得た被検検体を用いて感受性の予測を行った場合においては、その結果に基づき、疾患を診断することが可能である。この方法は、（a）疾患個体から得た被検生物検体において、本発明の方法により選択された遺伝子の発現レベルを測定する工程、（b）該遺伝子の発現データから本発明に基づき薬剤感受性を予測する工程、および（c）該予測に基づき疾患を診断する工程、を含む方法である。この方法により、上記の分類と同様、対象疾患が薬剤に感受性の疾患であるか、非感受性の疾患であるか、またはその感受性の程度を診断することができる。治療候補薬剤のそれぞれについて感受性を予測することにより、どの薬剤が最も効果的かを判断することができ、疾患に適した医療を選択することができる。
【００５１】
例えばその一つの態様は、上記本発明の方法を利用して算出された薬剤の感受性予測値を基に、その薬剤を投与するか否か、またはその薬剤の投与量の決定を行う方法である。例えば、上記方法によって算出された特定の薬剤に対する感受性の予測値が高い場合には、該薬剤の投与を行う。一方、算出された感受性の予測値が低い場合には、該薬剤の投与を行わないか、他の治療方法と組み合わせることができる。このよう医療選択は、疾患の種類毎の医療最適化、または同じ疾患でも個人毎に適した医療を選択するために有用である。
【００５２】
例えば、ある患者の疾患に対して上記方法によって算出された薬剤の感受性予測値が高い場合には、その薬剤の投与を行う。一方、算出された感受性の予測値が低い場合には、その薬剤の投与を行わないか、他の治療方法と組み合わせることができる。また、他の検査または診断の結果を組み合わせて総合的に判断することもできる。従来の医療では、ほとんど個人差を考慮しない画一的なレディメード医療と言われるものであった。本発明の上記方法により、個別の疾患間、または個人間の遺伝子発現の差異に基づく詳細な感受性予測を行うことが可能であり、きめの細かい治療薬の選択、用量等の処方、および治療法の選択が可能となる。その結果、個々の患者に対しより高い効果を有する、もしくは副作用のより低い医療（テーラーメード医療）を施すことが期待される。
【００５３】
本発明の感受性予測は、コンピューターを用いて行うことができる。例えば、モデルから導き出される遺伝子発現と感受性の関係式を用いてコンピューターにより遺伝子発現データから感受性を予測し、結果を表示させることができる。すなわち本発明は、被検検体の該感受性を予測するコンピューター装置であって、以下の手段を含む装置を提供する。
（a）上記本発明の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の発現データと該感受性値との関係を示すパラメーター（モデル係数）を記憶する手段。
（b）該モデルにおける遺伝子の発現データを入力する手段。
（c）該発現データを記憶する手段。
（d）該発現データおよび該パラメーター（モデル係数）から該モデルに従って該感受性値を予測演算する手段。
（e）予測演算された感受性値を記憶する手段。
（f）該演算された感受性値または該感受性値より導出した結果を出力する手段。
【００５４】
上記の「パラメーター」（モデル係数）とは、PLS1により構築されたモデルから導き出された遺伝子発現と感受性との関係式における定数を言う。具体的には、試料iの感受性予測に用いられる式
2005519610.tif 000016
における、coefficientk（遺伝子kに対する係数）である。
【００５５】
また、本発明は、上記本発明の感受性予測方法を実行するためのコンピュータープログラムに関する。このコンピュータープログラムは、遺伝子発現データから、特定の薬剤の感受性の予測値を算出させるものである。さらに本発明は、上記コンピュータープログラムを記録したコンピューター読み取り可能な記録媒体を提供する。本発明の記録媒体は、コンピューターが読み取り可能なものであれば特に制限されず、可搬型および固定型の両方の媒体が含まれる。例えば記録媒体としては、CD-ROM、フレキシブルディスク(FD)、MO、DVD、ハードディスク、半導体メモリ等を挙げることができる。上記プログラムは、上記したような可搬型記録媒体に格納して売買したり、ネットワークを介して接続されたコンピューターの記録装置に格納しておき、ネットワークを通じて他のコンピューターに転送することができる。
【００５６】
本発明の上記コンピューター装置の好ましい態様は、感受性予測方法を実行するためのプログラムがハードディスク等の補助記憶装置に格納されたコンピューター装置である。このコンピューター装置には、感受性予測方法を実行するためのプログラムを制御するための別のプログラムをさらに含んでいてもよい。
【００５７】
本発明のコンピューター装置の構成の一例を図7に示す。入力手段1、出力手段2、メモリ6、および中央演算装置（CPU）3がバス線5を介して接続されている。メモリ6には本発明の処理（タスク）を実行するための各種プログラムが格納されている。また、演算に必要なパラメーターが格納されている。中央処理装置（CPU）3は、これらのプログラムの命令を受けて各種演算を行う。このプログラムは、遺伝子発現データおよび上記パラメーターを基に薬剤感受性の予測演算を行うプログラム、およびこのプログラムを制御するための別のプログラムが含まれている。また、予測演算の結果を画像データに加工したり、予測値を基に検体の分類や治療方法の候補を選択するプログラムが含まれていてよい。これらプラグラムは1つのプログラムにまとめることも可能である。遺伝子発現データは入力手段1を介して入力される。遺伝子発現データは、キーボード等の入力手段から直接本発明の装置へ入力する以外に、可搬型記録媒体、ハードディスク等の固定型媒体、またはインターネット等の通信ネットワークから、モデム等の受信手段を利用してコンピューターに送ることが可能である。入力されたデータは、コンピューターのメインメモリまたは一時記憶手段4に格納しておくことができる。入力された発現データを基に、上記プログラムの命令を受けて中央処理装置（CPU）3が感受性の予測演算を行う。算出された感受性予測値は、コンピューターの記憶手段または一時記憶手段に格納され、出力手段を介して直接出力されたり、予測値を基に結果を表示するプログラムにより加工された上で出力される。この出力手段には、記録媒体への出力、通信媒体への出力、ディスプレイ・モニターへの出力、およびプリンターへの出力等が含まれる。
【００５８】
本発明のコンピューター装置は、通信媒体と接続されていてもよい。これによりオンライン接続によって遺伝子発現データを受信し、感受性予測値を返信することができる。例えばウェブブラウザーを介してオンラインで感受性予測を行えるように、コンピューター装置をインターネット上で利用できるようにすることも可能である。
【００５９】
また本発明は、上記薬剤感受性を規定する寄与度の高い遺伝子を選択する本発明の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を合成する工程を含む、該各遺伝子の定量的または半定量的PCR用プローブまたはプライマーの製造方法を提供する。核酸の合成は、ホスホアミダイト法などの公知の方法により実施することができる。製造されたプローブまたはプライマーは、本発明のモデル構築または感受性予測において、遺伝子の発現レベルを測定するために有用である。
【００６０】
また本発明は、上記薬剤感受性を規定する寄与度の高い遺伝子を選択する本発明の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を支持体上に固定または生成させる工程を含む、高密度核酸アレイの製造方法を提供する。高密度核酸アレイの製造方法としては、基質上にヌクレオチドを重合させる方法、およびポリヌクレオチドを基質に結合させる方法などが知られているが、本発明においてはそれらのいずれの方法も用いることができる。製造された高密度核酸アレイは、本発明のモデル構築あるいは感受性予測において、遺伝子の発現レベルを測定するために有用である。
【００６１】
上記のプローブもしくはプライマー、または高密度核酸アレイは、薬剤感受性を予測するためのキットとすることができる。本発明は、（a）上記のプローブもしくはプライマー、または高密度核酸アレイ、並びに（b）それを用いて薬剤に対する感受性を予測できることが記録された記録媒体、を含むキットを提供する。記録媒体としては、紙、CD-ROM、フレキシブルディスクなどの可搬型記録媒体などが挙げられる。また、例えば該記録媒体に、通信媒体などを介して他の記録媒体を参照するようにインストラクションがあり、そこに、このキットを用いて薬剤に対する感受性が予測可能であると記録されているような場合なども本発明のキットに含まれる。
【００６２】
発明を実施するための最良の形態
以下実施例により本発明を具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。なお、本明細書において引用された文献は、全て本明細書の一部として組込まれる。
【００６３】
［実施例1］4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニルベンゾフラン-2-イル)-メチル]-ベンゾニトリル塩酸塩のインビトロまたはゼノグラフトモデルにおける抗腫瘍効果の解析と予測
薬剤感受性試験
インビトロにおける薬剤感受性試験はMST-8比色法を用いたマイクロタイタープレートでの細胞増殖アッセイにて行った。用いたヒト癌細胞は、HCT116、WiDr、COLO201、COLO205、COLO320DM、LoVo、HT-29、DLD-1、LS411N、LS513、およびHCT15（以上、すべて大腸癌細胞株）；A549、QG56、Calu-1、Calu-3、Calu-6、PC1、PC10、PC13、NCI-H292、NCI-H441、NCI-H460、NCI-H596、およびNCI-H69（以上、すべて肺癌細胞株）；MDA-MB-231、MDA-MB-435S、T-47D、およびHs578T（以上、すべて乳癌細胞株）；PC-3、およびDU145（以上、すべて前立腺癌細胞株）；AsPC-1、Capan-1、Capan-2、BxPC3、PANC-1、Hs766T、およびMIAPaCa2（以上、すべて膵癌細胞株）；HepG2、Huh1、Huh7、およびPLC/PRF/5（以上、すべて肝癌細胞株）；T98G（神経芽腫細胞株）；IGROV1（卵巣癌細胞株）；C32（メラノーマ細胞株）；HT-1197、およびT24（膀胱癌細胞株）；ならびにKG-1a（急性骨髄性白血病細胞株）である。各細胞の培養条件はATCCの推奨条件に準じた標準的な方法を用いた。例えば、大腸癌細胞株HCT116細胞を96ウェルプレート1ウェルあたり2000細胞、上記薬剤共存下で10%ウシ胎児血清を含むマッコイ培地200μlとともに96ウェルプレートのウェルに撒き、37℃、5％ CO2 存在下で4日間培養した。各細胞株のIC50 値を図1に示す。
【００６４】
インビボにおける感受性試験は、Balb/c nu/nuマウス（ヌードマウス）を用いた、ヒト癌細胞皮下移植モデル（ゼノグラフトモデル）にて行った。用いた細胞は、HCT116、LoVo、およびCOLO320DM（以上、すべて大腸癌細胞株）、LXFL529、LX-1、NCI-H292、NCI-H460、PC13、PC10、およびQG56（以上、すべて非小細胞肺癌細胞株）、AsPC1、およびCapan-1（以上、すべて膵癌細胞株）、MAXF401、およびMX1（以上、すべて乳癌細胞株）、ならびにC32（メラノーマ株）の15株である。2×106細胞（1×107細胞/ml Hank's液 0.2ml）をヌードマウス皮下に移植し、300〜500 mm3 まで腫瘍を増殖させた後、腫瘍塊を摘出し 3×2×1 mm角に切り分けた。一群あたり6匹の6週齢マウスに、一匹につき1つの腫瘍片を皮下にトローカーを用いて移植した。移植後、3日目より一週間に5回の経口投与（200 mg/kg）を二週繰り返し、投与開始より14日目の平均腫瘍体積をもとに、未治療群に対する腫瘍増殖阻害率（tumor growth inhibition %, TGI%）を算出し、インビボにおける感受性とした（図2）。
【００６５】
遺伝子発現解析
遺伝子発現解析はAffymetrix社のGeneChip U95A human arrayを用いて行った。インビトロでの発現は、各細胞を75cm2培養ボトルにおいて薬剤感受性試験と同一の培地（薬剤非添加）を用い、サブコンフルエント（sub-confluent）の状態まで増殖させた細胞を用いて解析した。全RNAの回収は、以下のように行った。培地除去後、Sepazol（ナカライテスク）を1ml直接ボトルに加えて細胞を融解し、細胞融解液を15mlの試験管に移し、更によく混和することで溶解を完全にした。クロロホルムを0.2ml加えて混和した後、水層と有機層を遠心分離し、上層である水層を別の試験管に移した。等容のイソプロパノールを加えた後、遠心分離にてRNAを回収した。インビボでの発現は、各細胞を2×106細胞ずつヌードマウス皮下に移植し、腫瘍体積が500〜800mm3になるまで増殖させた後、皮下より腫瘍組織を摘出し、液体窒素下で速やかに凍結させた。凍結した腫瘍組織を液体窒素下で粉砕し、腫瘍重量1gあたり20mlのセパゾールを加え、激しく混和し細胞を融解させた。セパゾール1mlあたり0.2mlのクロロホルムを加え、激しく混和した後、水層と有機層を遠心分離し、上層である水層を別の試験管に移した。等容のイソプロパノールを加え混和した後、遠心分離にて全RNAを回収した。相補的DNA合成、T7 RNAポリメラーゼを用いたインビトロ転写による相補的RNAの合成、ハイブリダイゼーション、洗浄、抗体によるシグナル増幅もAffymetrix社のプロトコールにしたがった（GeneChip Technical Manual）。測定データはAffymetrix社のMicroarray Suite 4.0ソフトウエアを用いて標的蛍光強度を300にしたグローバルスケーリング法で標準化した。各試料の標準値に対するFC（Fold Change）値は、Affymetrix社のMicroarray Suite User Guideにしたがい（Affymetrix(登録商標) Microarray Suite User Guide, p358）、上記に記載したように算出した。
【００６６】
感受性のデータとしては、まずインビトロでのIC50を用いた。インビトロ試料の解析はHCT116、WiDr、COLO205、COLO320DM、LoVo、DLD-1、HCT15、Calu-6、NCI-H460、QG56、AsPC-1、Capan1、MDA-MB-231、MDA-MB-435S、T47D、PC-3、DU145、LNCap-FGC、HepG2、Huh7、PLC/PRF/5、T98G、およびKG-1aの23株の平均値を標準データとした。インビボ試料の解析は、LoVo、LXFL529、LX-1、NCI-H292、NCI-H460、QG56、AsPC1、Capan-1、MAXF401、およびMX1の10株の平均値を標準データとした。
【００６７】
統計処理
インビトロの遺伝子発現データとインビトロの薬剤感受性データ（log(1/IC50)）の相関関係を部分最小2乗法タイプ1（PLS1）で調べた。
【００６８】
遺伝子発現データの前処理として、上記のように標準試料に対する被検試料のFCをすべての遺伝子に対して計算した後、FCの標準偏差が2以上、且つ解析に用いた全試料の25％以上で発現が見られるものを選択した。この前処理により、全12559遺伝子から1784個の遺伝子が選択された。選択された1784の遺伝子発現データと薬剤感受性データ（log(1/IC50)）との相関関係をPLS1で検討した（上記の「 ii）統計処理」参照）。なお、PLS1解析ソフトウェアは論文のアルゴリズムに従いC言語で作成した（Geladiら、(1986) Anal. Chim. Acta 185：1-17）。
【００６９】
その結果、5成分で相関係数2乗値(R2)0.99、予測的相関係数2乗値(Q2)0.32のモデルが得られた。各遺伝子についてモデリングパワーを計算し、その値が0.3を超える遺伝子を重要な遺伝子として選択した。モデリングパワー値は、上記「統計処理」で記載した論文に従い計算した。選択された152個の遺伝子発現データと薬剤感受性データ（log(1/IC50)）とを使って再度PLS1解析し、5成分で相関係数2乗値(R2)0.93、予測的相関係数2乗値(Q2)0.39のモデルが得られた。標準偏差の値は0.27であった。モデリングパワーという簡単な遺伝子選択により予測的相関係数2乗値(Q2)が向上することが判明した。遺伝子152個からなるモデルを最終モデルとした。
【００７０】
感受性予測
選択された遺伝子のうち代表的なものを表1に示す。係数は相関の強さを表し、絶対値が大きいほど強い相関を持つ。正の係数を持つ遺伝子の発現レベルが高いほど感受性は高く、負の係数を持つ遺伝子の発現レベルが高いほど感受性が低い。表1に示したように係数の絶対値の大きい遺伝子を選択し、これらの遺伝子の発現レベルを基に感受性を予測することが可能である。さらに、モデル構築に用いた全ての遺伝子の発現データをモデルに適用して各遺伝子の係数より感受性予測値を算出することができる。最終モデルで同定された152の遺伝子発現データ及びPLS1で求めた係数より理論上のIC50をもとめ、実験値と比較した(図3)。IC50の計算値は、各遺伝子に対する係数を基に、次に示す式を用いて算出した。
2005519610.tif 000017
式中、coefficientk は遺伝子kに対する係数であり、Xik は試料iにおける遺伝子kのFC値であり、
2005519610.tif 000018
は試料iにおける選択された遺伝子の平均FC値である。また、
2005519610.tif 000019
は、y（抗腫瘍効果）の平均値である。
【００７１】
このモデルを用いて、統計解析には用いなかった細胞株の遺伝子発現データより理論上のIC50をもとめ、実験値と比較したところ、その予測性は良く、この手法の有効性が証明された（図3）。
【００７２】
さらに、同定された152の遺伝子群のゼノグラフト組織内での発現レベル及びゼノグラフトモデルでの抗腫瘍活性、即ちTGI%をPLS1にて再度解析し（R2＝0.99、Q2＝0.65、SD＝3.87）、各遺伝子に対する係数をあらためて計算した。この係数とゼノグラフト組織での遺伝子発現データを基に理論上のTGI%を算出し、実験値と比較した（図4）。このモデルを用いて薬剤感受性が未知である種々のゼノグラフト組織の遺伝子発現データより理論上のTGI%を求めた。HCT116、C32、COLO320DM、PC10、およびPC13のゼノグラフトモデルで治療実験を行い、理論上のTGI%と実験値とを比較したところ、その予測性は有効であった（図4）。
【００７３】
【表１】
2005519610.tif 000020
【００７４】
［実施例2］Xeloda(登録商標)の感受性未知細胞株のゼノグラフトモデルにおける抗腫瘍効果の解析と予測（カテゴリー化モデル）
薬剤感受性試験
Xeloda(登録商標)（カペシタビン）のゼノグラフトモデルにおける抗腫瘍効果を、DLD-1、LoVo、SW480、COLO201、WiDr、およびCX-1（以上、すべて大腸癌細胞株）、QG56、Calu-1、NCI-H441、およびNCI-H596（以上、すべて肺癌細胞株）、MDA-MB-231、MAXF401、MCF7、ZR-75-1（以上、すべて乳癌細胞株）、AsPC-1、BxPC-3、PANC-1、およびCapan-1、（以上、すべて膵癌細胞株）、MKN28、およびGXF97（以上、すべて胃癌細胞株）、SK-OV-3、およびNakajima（以上、すべて卵巣癌細胞株）、Scaber、およびT-24（膀胱癌細胞株）、Yumoto（子宮癌細胞株）、ならびにME-180（子宮内膜癌細胞株）の26株を用いて測定した。治療実験は、例えばLoVo（大腸癌細胞株）の場合、5.5×106細胞をヌードマウス皮下に移植し、移植後15日目より、2.1 mmol/kg/day の用量で一群あたり5匹に週五日間、経口投与し、これを4週間続けた。治療開始より28日目（最終投与日の翌日）の平均腫瘍体積をもとに、未治療群に対する腫瘍増殖阻害率（tumor growth inhibition %, TGI%）を算出し、インビボにおける感受性とした。他の細胞株も同様の方法で実験を行った（図5）。
【００７５】
遺伝子発現解析
DNAマイクロアレイを用いて実施例1と同じ手順で行った。
【００７６】
統計処理
腫瘍増殖阻害率(TGI%)の値をそれぞれ、カテゴリー化したスコア値に変換した。すなわち、TGI%≧75をスコア2、50≦TGI%＜75をスコア1、TGI%＜50をスコア0とした。
【００７７】
遺伝子発現データとしては、上記のゼノグラフトによるインビボデータを用いた。遺伝子発現データの前処理として、上記のようにFC値を計算した後、FCの標準偏差が2以上、且つ解析に用いた全試料の25％以上で発現が見られるものを選択した。この前処理により、全12559遺伝子から2929個の遺伝子が選択された。選択された2929個の遺伝子発現データとスコア化した腫瘍増殖阻害率との相関関係をPLS1で解析した。その結果、5成分で相関係数2乗値(R2)1.00、予測的相関係数2乗値(Q2)0.47のモデルが得られた。各遺伝子についてモデリングパワー値（Ψ）を計算し、その値が0.1を超える遺伝子を薬剤感受性への寄与度の高い遺伝子として選択した。選択された821個の遺伝子発現データと腫瘍増殖阻害率とを用いて再度PLS1解析したところ、5成分で相関係数2乗値(R2)1.00, 予測的相関係数2乗値(Q2)0.77のモデルが得られた。遺伝子選択により予測的相関係数2乗値(Q2)が飛躍的に向上した。次に、821個の遺伝子からQ2値が最大となりかつ選択遺伝子の数が最小となる組み合わせを網羅的に探索するために、遺伝的アルゴリズムを用いた。評価関数としては、以下の定義式を用いた。
評価関数＝Q2-a*K
式中、Q2はPLS1モデルの予測的相関係数2乗値、Kは選択した遺伝子数、aは適当なペナルティー値である。
【００７８】
個体数400、世代数100の条件で遺伝的アルゴリズム計算を論文(Rogersら、(1994) J. Chem. Inf. Comput. Sci. 34：854-866)に従い実施した。遺伝的アルゴリズムは、PLS1解析ソフトウェアにリンクしC言語で作成した。
【００７９】
その結果、82遺伝子、5成分で相関係数2乗値(R2)0.98, 予測的相関係数2乗値(Q2)0.84のモデルが得られた。標準偏差の値は0.15であった。このように、PLS1による解析においてモデル最適化を行うことにより、選択遺伝子数を減少させ、かつPLSモデルにおける予測度（Q2）を高めることに成功した。遺伝子82個からなるこのモデルを最終モデルとした。
【００８０】
感受性予測
同定された82遺伝子の発現データ値に基づき算出される各細胞株に対するスコアは、実験値と良く一致していた（図6）。このモデルを基に、COLO205（大腸癌細胞株）、 MIAPaCa-2（膵癌細胞株）及びMKN-45（胃癌細胞株）の3つのゼノグラフトモデルにおける抗腫瘍効果を予測したところ、図6に示すようにその予測性は非常に良好であった。選択された主な遺伝子群とPLS1モデルの係数値を表2および3に示す。表には、これまでXeloda(登録商標)の抗腫瘍効果に対して正相関するとして知られているチミジンホスホリラーゼ遺伝子が正の寄与因子として含まれており、選択手法およびモデルの有効性が証明された。
【００８１】
【表２】
2005519610.tif 000021
【００８２】
【表３】
2005519610.tif 000022
【００８３】
産業上の利用の可能性
本発明によれば、癌を含む少量の感受性未知検体の網羅的遺伝子発現解析により、投薬前に対象患者に対して抗腫瘍剤治療効果を予測することができる。したがって本発明は、個別の患者に対して最も適切な薬剤の選択が可能となり（いわゆるテーラーメイド医療）、患者のQOLの向上に有用である。
【図面の簡単な説明】
【００８４】
【図１】各癌細胞株における薬剤 4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニル-ベンゾフラン-2-イル)-メチル]ベンゾニトリル塩酸塩のインビトロでの感受性を示す図である。50％増殖阻害濃度（IC50値）を決定し、 log10(1/IC50) で示した。
【図２】各癌細胞株におけるインビボでの薬剤感受性を示す図である。ゼノグラフトモデルにおける腫瘍増殖阻害率（TGI%）を示した。
【図３】各癌細胞株におけるインビトロでの遺伝子発現データおよびインビトロでの薬剤感受性データからPLS1モデルを構築し、被検癌細胞株における遺伝子発現データからIC50を予測した結果を示す図である。算出されたIC50予測値および実際に実験で決定した値をグラフで示した。黒丸はモデル構築に用いた癌細胞（学習検体）を、白丸はモデル構築に用いなかった癌細胞（被検検体）を示す。
【図４】各癌細胞株におけるインビボでの遺伝子発現データおよびインビボでの薬剤感受性データ（ゼノグラフトモデルにおけるTGI%値）からPLS1モデルを構築し、被検癌細胞株における遺伝子発現データからTGI%を予測した結果を示す図である。算出されたTGI%予測値および実際に実験で決定した値をグラフで示した。黒丸はモデル構築に用いた癌細胞（学習検体）を、白丸はモデル構築に用いなかった癌細胞（被検検体）を示す。
【図５】各癌細胞株におけるXeloda(登録商標)のインビボ薬剤感受性（ゼノグラフトモデルでのTGI%値）を基に、癌細胞の薬剤感受性をカテゴリー化した結果を示す図である。
【図６】カテゴリー化した感受性データを基にPLS1モデルを構築し、これを基に被検癌細胞の薬剤感受性を予測した結果を示す図である。算出された感受性の予測スコア（計算値）および実際に実験で決定したTGI%を基にカテゴリー化した感受性スコアをグラフで示した。黒丸はモデル構築に用いた癌細胞（学習検体）を、白丸はモデル構築に用いなかった癌細胞（被検検体）を示す。
【図７】遺伝子発現データを基に薬剤感受性を予測演算するコンピューター装置の構造図の一例を示す図である。
【図１】
2005519610.tif 000023
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【手続補正書】
【提出日】平成16年10月8日(2004.10.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
すなわち本発明は、遺伝子発現データを用いて薬剤感受性規定遺伝子を選択するための方法、およびそれにより選択された遺伝子を用いて未知検体における薬剤感受性を予測するための方法に関し、より具体的には
〔１〕遺伝子の発現レベルから薬剤に対する感受性を予測するモデルを構築するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）生物検体における感受性データを取得する工程、
（b）該生物検体において遺伝子発現データを取得する工程、および
（c）工程(a)で得た該生物検体における該感受性データおよび工程(b)で得た少なくとも一部の該遺伝子発現データを用いて部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行う工程、
〔２〕工程（c）において、2セット以上の遺伝子の組み合わせにおいて、それぞれ部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行い、遺伝子数が少ないおよび／またはQ2の値が高いモデルを選択することによるモデル最適化を行う、〔1〕に記載の方法、
〔３〕工程（c）において、各遺伝子の寄与度を表すパラメーターを計算し、該パラメーターが相対的に大きい遺伝子を選択してモデル構築を行う、〔2〕に記載の方法、
〔４〕寄与度を表すパラメーターが、モデリングパワー値（Ψ）である、〔3〕に記載の方法、
〔５〕工程（c）において、遺伝的アルゴリズムにより異なる遺伝子の組み合わせを生成してモデル構築を行う、〔2〕に記載の方法、
〔６〕感受性データが、インビトロにおける生物検体の感受性データを含む、〔1〕に記載の方法、
〔７〕感受性データが、動物実験における生物検体の感受性データを含む、〔1〕に記載の方法、
〔８〕感受性データが、臨床における生物検体の感受性データを含む、〔1〕に記載の方法、
〔９〕薬剤が、以下のファルネシル基転移酵素阻害剤からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)   6-[1-アミノ-1-(4-クロロフェニル)-1-(1-メチルイミダゾール-5-イル)メチル]-4-(3-クロロフェニル)-1-メチルキノリン-2(1H)-オン (略号：R115777)；
b)   (R)-2,3,4,5-テトラヒドロ-1-(1H-イミダゾール-4-イルメチル)-3-(フェニルメチル)-4-(2-チエニルスルホニル)-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-7-カルボニトリル (略号：BMS214662)；
c)  (+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-ジブロモ-8-クロロ-5,6-ジヒドロ-11H-ベンゾ[5,6]シクロヘプタ[1,2-b]ピリジン-11-イル)ピペリジン-1-イル]-2-オキソエチル]ピペリジン-1-カルボキシアミド (略号：SCH66336)；
ｄ)  4-[5-[4-(3-クロロフェニル)-3-オキソピペラジン-1-イルメチル]イミダゾール-1-イルメチル]ベンゾニトリル (略号：L778123)；および
e)   4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニル-ベンゾフラン-2-イル)-メチル]ベンゾニトリル塩酸塩、
〔１０〕薬剤が、以下のフッ化ピリミジン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  [1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-2-オキソ-1,2-ジヒドロ-ピリミジン-4-イル]-カルバミン酸ブチルエステル(略号：カペシタビン (Xeloda(登録商標))；
b)  1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：フルツロン)；
c)  5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：5-FU)；
d)  5-フルオロ-1-(テトラヒドロ-2-フラニル)-2,4(1H,3H)-ピリミジンジオン (略号：テガフール)；
e)  テガフールおよび2,4(1H,3H)-ピリミジンジオンの組み合わせ (略号：UFT)；
f)  テガフール、5-クロロ-2,4-ジヒドロキシピリジン、およびカリウムオキソナート（potassium oxonate）の組み合わせ (モル比1:0.4:1) (略号：S-1)；ならびに
g)  5-フルオロ-N-ヘキシル-3,4-ジヒドロ-2,4-ジオキソ-1(2H)-ピリミジンカルボキシアミド (略号：カルモフール)、
〔１１〕薬剤が、以下のタキサン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  [2aR-[2aα,4β,4aβ,6β,9α(αR*,βS*),11α,12α,12aα,12bα]]-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソール)；
b)  [2aR-[2aα,4β,4aα,6β,9α(αR*,βS*,11α,12α,12aα,12bα)]-β-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸12b-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,6,11-トリヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソテール)；
c)  (2R,3S)-3-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-2-ヒドロキシ-5-メチル-4-ヘキセン酸(3aS,4R,7R,8aS,9S,10aR,12aS,12bR,13S,13aS)-7,12a-ビス(アセチルオキシ)-13-(ベンジルオキシ)-3a,4,7,8,8a,9,10,10a,12,12a,12b,13-ドデカヒドロ-9-ヒドロキシ-5,8a,14,14-テトラメチル-2,8-ジオキソ-6,13a-メタノ-13aH-オキセト[2'',3'':5',6']ベンゾ[1',2':4,5]シクロデカ[1,2-d]-1,3-ジオキソール-4-イルエステル (略号：IDN5109)；
d)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-12b-[(メトキシカルボニル)オキシ]-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS188797)；および
e)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-11-ヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-4-[(メチルチオ)メトキシ]-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS184476)、
〔１２〕薬剤が、以下のカンプトテシン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略称：カンプトテシン)；
b)  [1,4'-ビピペリジン]-1'-カルボン酸, (4S)-4,11-ジエチル-3,4,12,14-テトラヒドロ-4-ヒドロキシ-3,14-ジオキソ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-9-イルエステル, 一塩酸塩 (略号：CPT-11)；
c)  (4S)-10-[(ジメチルアミノ)メチル]-4-エチル-4,9-ジヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン 一塩酸塩 (略称：トポテカン)；
d)  (1S,9S)-1-アミノ-9-エチル-5-フルオロ-9-ヒドロキシ-4-メチル-2,3,9,10,13,15-ヘキサヒドロ-1H,12H-ベンゾ[de]ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-10,13-ジオン (略号：DX-8951f)；
e)  5(R)-エチル-9,10-ジフルオロ-1,4,5,13-テトラヒドロ-5-ヒドロキシ-3H,15H-オキセピノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,15-ジオン (略号：BN-80915)；
f)  (S)-10-アミノ-4-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-アミノカンプトテシン)；および
g)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-10-ニトロ-1H-ピラノ[3',4',:6,7]-インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-ニトロカンプトテシン)、
〔１３〕薬剤が、以下の核酸系抗腫瘍薬剤類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジン (略号：DFDC)；
b)  2'-デオキシ-2'-メチリデンシチジン (略号：DMDC)；
c)  (E)-2'-デオキシ-2'-(フルオロメチレン)シチジン (略号：FMDC)；
d)  1-(β-D-アラビノフラノシル)シトシン (略号：Ara-C)；
e)  4-アミノ-1-(2-デオキシ-β-D-エリスロ-ペントフラノシル)-1,3,5-トリアジン-2(1H)-オン (略称：デシタビン（decitabine）)；
f)  4-アミノ-1-[(2S,4S)-2-(ヒドロキシメチル)-1,3-ジオキソラン-4-イル]-2(1H)-ピリミジノン (略称：トロキサシタビン（troxacitabine）)；
g)  2-フルオロ-9-(5-O-ホスホノ-β-D-アラビノフラノシル)-9H-プリン-6-アミン (略称：フルダラビン（fludarabine）)；および
h)  2-クロロ-2'-デオキシアデノシン (略称：クラドリビン（cladribine）)、
〔１４〕薬剤が、以下のドラスタチン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[[(1S)-2-フェニル-1-(2-チアゾリル)エチル]アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略称：ドラスタチン10)；
b)  シクロ[N-メチルアラニル-(2E,4E,10E)-15-ヒドロキシ-7-メトキシ-2-メチル-2,4,10-ヘキサデカトリエノイル-L-バリル-N-メチル-L-フェニルアラニル-N-メチル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N2-メチルアスパラギニル] (略称：ドラスタチン14)；
c)  (1S)-1-[[(2S)-2,5-ジヒドロ-3-メトキシ-5-オキソ-2-(フェニルメチル)-1H-ピロール-1-イル]カルボニル]-2-メチルプロピルエステルN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-L-プロリン（ドラスタチン15)；
d)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[(2-フェニルエチル)アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略号：TZT1027)；および
e)  N,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N-(フェニルメチル)-L-プロリンアミド (略称：セマドチン（cemadotin）)、
〔１５〕薬剤が、以下のアンスラサイクリン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：アドリアマイシン)；
b)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-アラビノ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：エピルビシン)；
c)  8-アセチル-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン,塩酸塩 (略称：ダウノマイシン)；および
d)  (7S,9S)-9-アセチル-7-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,9,11-トリヒドロキシ-ナフタセン-5,12-ジオン (略称：イダルビシン)、
〔１６〕薬剤が、以下のプロテインキナーゼ阻害剤からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  N-(3-クロロ-4-フルオロフェニル)-7-メトキシ-6-[3-(4-モルフォリニル)プロポキシ]-4-キナゾリンアミン (略号：ZD1839)；
b)  N-(3-エチニルフェニル)-6,7-ビス(2-メトキシエトキシ)-4-キナゾリンアミン (略号：CP358774)；
c)  N4-(3-ブロモフェニル)-N6-メチルピリド[3,4-d]ピリミジン-4,6-ジアミン (略号：PD158780)；
d)  N-(3-クロロ-4-((3-フルオロベンジル)オキシ)フェニル)-6-(5-(((2-メチルスルホニル)エチル)アミノ)メチル)-2-フリル)-4-キナゾリンアミン (略号：GW2016)；
e)  3-[(3,5-ジメチル-1H-ピロール-2-イル)メチレン]-1,3-ジヒドロ-2H-インドール-2-オン (略号：SU5416)；
f)  (Z)-3-[2,4-ジメチル-5-(2-オキソ-1,2-ジヒドロ-インドール-3-イリデンメチル)-1H-ピロール-3-イル]-プロピオン酸 (略号：SU6668)；
g)  N-(4-クロロフェニル)-4-(ピリジン-4-イルメチル)フタラジン-1-アミン (略号：PTK787)；
h)  (4-ブロモ-2-フルオロフェニル)[6-メトキシ-7-(1-メチルピペリジン-4-イルメトキシ)キナゾリン-4-イル]アミン (略号：ZD6474)；
i)  N4-(3-メチル-1H-インダゾール-6-イル)-N2-(3,4,5-トリメトキシフェニル)ピリミジン-2,4-ジアミン (略号：GW2286)；
j)  4-[(4-メチル-1-ピペラジニル)メチル]-N-[4-メチル-3-[[4-(3-ピリジニル)-2-ピリミジニル]アミノ]フェニル]ベンズアミド (略号：STI-571)；
k)  (9α,10β,11β,13α)-N-(2,3,10,12,13-ヘキサヒドロ-10-メトキシ-9-メチル-1-オキソ-9,13-エポキシ-1H,9H-ジインドロ[1,2,3-gh:3',2',1'-1m]ピロロ[3,4-j ][1,7]ベンゾジアゾニン-11-イル)-N-メチルベンズアミド (略号：CGP41251)；
l)  2-[(2-クロロ-4-ヨードフェニル)アミノ]-N-(シクロプロピルメトキシ)-3,4-ジフルオロベンズアミド (略号：CI1040)；および
m)  N-(4-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-N'-(4-(2-(N-メチルカルバモイル)-4-ピリジルオキシ)フェニル)ウレア (略号：BAY439006)、
〔１７〕薬剤が、以下の白金系抗腫瘍剤からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  cis-ジアミノジクロロ白金(II) (略称：シスプラチン)；
b)  ジアミン(1,1-シクロブタンジカルボキシラート)白金(II) (略称：カルボプラチン)；および
c)  白金(4+), ヘキサアミンジクロロビス[μ-(1,6-ヘキサンジアミン-κN：κN')]トリ-, 立体異性, テトラニトラート (略号：BBR3464)、
〔１８〕薬剤が、以下のエポチロン類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  4,8-ジヒドロキシ-5,5,7,9,13-ペンタメチル-16-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-(4S,7R,8S,9S,13Z,16S)-オキサシクロヘキサデク-13-エン-2,6-ジオン (略称：エポチロンD)；
b)  7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-, (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-4,17-ジオキサビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン6-ジオン (略称：エポチロン)；および
c)  (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-17-オキサ-4-アザビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン (略号：BMS247550)、
〔１９〕薬剤が、以下のアロマターゼ阻害剤類からなる群より選択される、〔1〕に記載の方法、
a)  α,α,α',α'-テトラメチル-5-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチル)-1,3-ベンゼンジアセトニトリル (略号：ZD1033)；
b)  (6-メチレンアンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン (略号：FCE24304)；および
c)  4,4'-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチレン)ビス-ベンゾニトリル (略号：CGS20267)、
〔２０〕薬剤が、以下のホルモンモジュレーターからなる群より選択される、〔1〕に記載の方法：
a)  2-[4-[(1Z)-1,2-ジフェニル-1-ブテニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン (略称：タモキシフェン)；
b)  [6-ヒドロキシ-2-(4-ヒドロキシフェニル)ベンゾ[b]チエン-3-イル][4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェニル]メタノン塩酸塩 (略号：LY156758)；
c)  2-(4-メトキシフェニル)-3-[4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェノキシ]ベンゾ[b]チオフェン-6-オール塩酸塩 (略号：LY353381)；
d)  (+)-7-ピバロイルオキシ-3-(4'-ピバロイルオキシフェニル)-4-メチル-2-(4''-(2'''-ピペリジノエトキシ)フェニル)-2H-ベンゾピラン (略号：EM800)；
e)  (E)-4-[1-[4-[2-(ジメチルアミノ)エトキシ]フェニル]-2-[4-(1-メチルエチル)フェニル]-1-ブテニル]フェノールジヒドロゲンホスフェート(エステル) (略号：TAT59)；
f)  17-(アセチルオキシ)-6-クロロ-2-オキサプレグナ-4,6-ジエン-3,20-ジオン (略号：TZP4238)；
g)  (+,-)-N-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-3-[(4-フルオロフェニル)スルホニル]-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパンアミド (略号：ZD176334)；および
h)  卵黄形成ホルモン放出因子(ブタ), 6-D-ロイシン-9-(N-エチル-L-プロリンアミド)-10-デグリシンアミド (略称：リュープロレリン)、
〔２１〕生物検体が癌細胞または癌細胞株である、〔1〕に記載の方法、
〔２２〕感受性が抗腫瘍効果を含む、〔1〕に記載の方法、
〔２３〕遺伝子発現データが高密度核酸アレイデータを含む、〔1〕に記載の方法、
〔２４〕〔1〕または〔2〕のいずれか一つに記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の組み合わせの一部または全部を選択する工程を含む、生物感受性を規定する寄与度の高い遺伝子を選択するための方法、
〔２５〕特定の刺激に対する被検検体の感受性を予測するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）〔1〕に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の少なくとも一部の遺伝子の発現データを、被検検体において取得する工程、
（b）該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の高発現および負の係数を持つ遺伝子の低発現は該感受性が高いことに関連付け、ならびに該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の低発現および負の係数を持つ遺伝子の高発現は該感受性が低いことに関連付ける工程、
〔２６〕〔25〕に記載の方法であって、
工程（a）が、モデルにおける遺伝子の発現データを被検検体において取得する工程を含み、かつ
工程（b）が、該発現データを該モデルに適用して感受性を算出する工程を含む、方法、
〔２７〕被検検体の感受性を予測するコンピューター装置であって、以下の手段を含む装置：
（a）〔1〕に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の発現データと感受性値との関係を示すパラメーター（モデル係数）を記憶する手段、
（b）該モデルにおける遺伝子の発現データを入力する手段、
（c）該発現データを記憶する手段、
（d）該発現データおよび該パラメーター（モデル係数）から該モデルに従って該感受性値を予測演算する手段、
（e）予測演算された感受性値を記憶する手段、
（f）該演算された感受性値または該感受性値より導出した結果を出力する手段、
〔２８〕〔24〕に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を支持体上に固定または生成させる工程を含む、高密度核酸アレイの製造方法、
〔２９〕〔24〕に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を合成する工程を含む、該各遺伝子の定量的または半定量的PCR用プローブまたはプライマーの製造方法、
〔３０〕（a）〔24〕に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を含む高密度核酸アレイまたは定量的もしくは半定量的PCR用プローブもしくはプライマー、および（b）該アレイまたは該プローブもしくはプライマーを用いて薬剤に対する感受性を予測できることが記録された記録媒体、を含むキット、に関する。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
好ましい薬剤としては、例えばファルネシル基転移酵素阻害剤が挙げられ、具体的には、6-[1-アミノ-1-(4-クロロフェニル)-1-(1-メチルイミダゾール-5-イル)メチル]-4-(3-クロロフェニル)-1-メチルキノリン-2(1H)-オン（略号：R115777）、(R)-2,3,4,5-テトラヒドロ-1-(1H-イミダゾール-4-イルメチル)-3-(フェニルメチル)-4-(2-チエニルスルホニル)-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-7-カルボニトリル (略号：BMS214662)、(+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-ジブロモ-8-クロロ-5,6-ジヒドロ-11H-ベンゾ[5,6]シクロヘプタ[1,2-b]ピリジン-11-イル)ピペリジン-1-イル]-2-オキソエチル]ピペリジン-1-カルボキシアミド (略号：SCH66336)、4-[5-[4-(3-クロロフェニル)-3-オキソピペラジン-1-イルメチル]イミダゾール-1-イルメチル]ベンゾニトリル (略号：L778123)、および4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニル-ベンゾフラン-2-イル)-メチル]ベンゾニトリル塩酸塩などが含まれる。また、好ましい薬剤としては、例えばフッ化ピリミジン類が挙げられ、具体的には、[1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-2-オキソ-1,2-ジヒドロ-ピリミジン-4-イル]-カルバミン酸ブチルエステル(略号：カペシタビン (Xeloda(登録商標))、1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：フルツロン)、5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：5-FU)、5-フルオロ-1-(テトラヒドロ-2-フラニル)-2,4(1H,3H)-ピリミジンジオン (略号：テガフール)、テガフールおよび2,4(1H,3H)-ピリミジンジオンの組み合わせ (略号：UFT)、テガフール、5-クロロ-2,4-ジヒドロキシピリジン、およびカリウムオキソナートの組み合わせ (モル比1:0.4:1) (略号：S-1)；ならびに
5-フルオロ-N-ヘキシル-3,4-ジヒドロ-2,4-ジオキソ-1(2H)-ピリミジンカルボキシアミド (略号：カルモフール)などが含まれる。他にも、例えばタキサン類が挙げられ、具体的には[2aR-[2aα,4β,4aβ,6β,9α(αR*,βS*),11α,12α,12aα,12bα]]-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：タキソール）、[2aR-[2aα,4β,4aα,6β,9α(αR*,βS*,11α,12α,12aα,12bα)]-β-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸12b-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,6,11-トリヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：タキソテール）、(2R,3S)-3-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-2-ヒドロキシ-5-メチル-4-ヘキセン酸(3aS,4R,7R,8aS,9S,10aR,12aS,12bR,13S,13aS)-7,12a-ビス(アセチルオキシ)-13-(ベンジルオキシ)-3a,4,7,8,8a,9,10,10a,12,12a,12b,13-ドデカヒドロ-9-ヒドロキシ-5,8a,14,14-テトラメチル 2,8-ジオキソ-6,13a-メタノ-13aH-オキセト[2'',3'':5',6']ベンゾ[1',2':4,5]-シクロデカ[1,2-d]-1,3-ジオキソール-4-イルエステル（略号：IDN 5109）、(2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-12b-[(メトキシカルボニル)オキシ]-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：BMS 188797）、および(2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-11-ヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-4-[(メチルチオ)メトキシ]-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル（略号：BMS184476）が含まれる。また、例えばカンプトテシン類が挙げられ、具体的には4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン（略称：カンプトテシン）、[1,4'-ビピペリジン]-1'-カルボン酸, (4S)-4,11-ジエチル-3,4,12,14-テトラヒドロ-4-ヒドロキシ-3,14-ジオキソ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-9-イルエステル, 一塩酸塩（略号：CPT-11）、(4S)-10-[(ジメチルアミノ)メチル]-4-エチル-4,9-ジヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン 一塩酸塩（略称：トポテカン）、(1S,9S)-1-アミノ-9-エチル-5-フルオロ-9-ヒドロキシ-4-メチル-2,3,9,10,13,15-ヘキサヒドロ-1H,12H-ベンゾ[de]ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-10,13-ジオン（略号：DX-8951f）、5(R)-エチル-9,10-ジフルオロ-1,4,5,13-テトラヒドロ-5-ヒドロキシ-3H,15H-オキセピノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,15-ジオン（略号：BN-80915）、(S)-10-アミノ-4-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン（略号：9-アミノカンプトテシン）、4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-10-ニトロ-1H-ピラノ[3',4',:6,7]-インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン（略号：9-ニトロカンプトテシン）が含まれる。また、例えば核酸系抗��瘍薬剤類が挙げられ、具体的には、2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジン（略号：DFDC）、2'-デオキシ-2'-メチリデンシチジン（略号：DMDC）、(E)-2'-デオキシ-2'-(フルオロメチレン)シチジン（略号：FMDC）、1-(β-D-アラビノフラノシル) シトシン（略号：Ara-C）、4-アミノ-1-(2-デオキシ-β-D-エリスロ-ペントフラノシル)-1,3,5-トリアジン-2(1H)-オン（略称：デシタビン）、4-アミノ-1-[(2S,4S)-2-(ヒドロキシメチル)-1,3-ジオキソラン-4-イル]-2(1H)-ピリミジノン（略称：トロキサシタビン）、2-フルオロ-9-(5-O-ホスホノ-β-D-アラビノフラノシル)-9H-プリン-6-アミン（略称：フルダラビン）、2-クロロ-2'-デオキシアデノシン（略称：クラドリビン）が含まれる。また、例えばドラスタチン類が挙げられ、具体的にはN,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[[(1S)-2-フェニル-1-(2-チアゾリル)エチル]アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド（略称：ドラスタチン10）、シクロ[N-メチルアラニル-(2E,4E,10E)-15-ヒドロキシ-7-メトキシ-2-メチル-2,4,10-ヘキサデカトリエノイル-L-バリル-N-メチル-L-フェニルアラニル-N-メチル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N2-メチルアスパラギニル]（略称：ドラスタチン14）、(1S)-1-[[(2S)-2,5-ジヒドロ-3-メトキシ-5-オキソ-2-(フェニルメチル)-1H-ピロール-1-イル]カルボニル]-2-メチルプロピルエステルN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-L-プロリン（略称：ドラスタチン15）、N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[(2-フェニルエチル)アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド（略号：TZT 1027）、およびN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N-(フェニルメチル)-L-プロリンアミド（略称：セマドチン）が含まれる。また、アンスラサイクリン類が挙げられ、具体的には(8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩（略称：アドリアマイシン）、(8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-アラビノ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩（略称：エピルビシン）、8-アセチル-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン,塩酸塩（略称：ダウノマイシン）、および(7S,9S)-9-アセチル-7-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,9,11-トリヒドロキシ-ナフタセン-5,12-ジオン（略称：イダルビシン）が含まれる。また、例えばプロテインキナーゼ阻害剤が挙げられ、具体的には、N-(3-クロロ-4-フルオロフェニル)-7-メトキシ-6-[3-(4-モルフォリニル)プロポキシ]-4-キナゾリンアミン（略号：ZD1839）、N-(3-エチニルフェニル)-6,7-ビス(2-メトキシエトキシ)-4-キナゾリンアミン（略号：CP358774）、N4-(3-ブロモフェニル)-N6-メチルピリド[3,4-d]ピリミジン-4,6-ジアミン（略号：PD158780）、N-(3-クロロ-4-((3-フルオロベンジル)オキシ)フェニル)-6-(5-(((2-メチルスルホ��ル)エチル)アミノ)メチル)-2-フリル)-4-キナゾリンアミン（略号：GW2016）、3-[(3,5-ジメチル-1H-ピロール-2-イル)メチレン]-1,3-ジヒドロ-2H-インドール-2-オン（略号：SU5416）、(Z)-3-[2,4-ジメチル-5-(2-オキソ-1,2-ジヒドロ-インドール-3-イリデンメチル)-1H-ピロール-3-イル]-プロピオン酸（略号：SU6668）、N-(4-クロロフェニル)-4-(ピリジン-4-イルメチル)フタラジン-1-アミン（略号：PTK787）、(4-ブロモ-2-フルオロフェニル)[6-メトキシ-7-(1-メチル-ピペリジン-4-イルメトキシ)キナゾリン-4-イル]アミン（略号：ZD6474）、N4-(3-メチル-1H-インダゾール-6-イル)-N2-(3,4,5-トリメトキシ-フェニル)ピリミジン-2,4-ジアミン（略号：GW2286）、4-[(4-メチル-1-ピペラジニル)メチル]-N-[4-メチル-3-[[4-(3-ピリジニル)-2-ピリミジニル]アミノ]フェニル]ベンズアミド（略号：STI-571）、(9α,10β,11β,13α)-N-(2,3,10,12,13-ヘキサヒドロ-10-メトキシ-9-メチル-1-オキソ-9,13-エポキシ-1H,9H-ジインドロ[1,2,3-gh:3',2',1'-1m]ピロロ[3,4-j][1,7]ベンゾジアゾニン-11-イル)-N-メチルベンズアミド（略号：CGP41251）、2-[(2-クロロ-4-ヨードフェニル)アミノ]-N-(シクロプロピルメトキシ)-3,4-ジフルオロベンズアミド（略号：CI1040）、およびN-(4-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-N'-(4-(2-(N-メチルカルバモイル)-4-ピリジルオキシ)フェニル)ウレア（略号：BAY439006）が含まれる。さらに、例えば白金系抗腫瘍剤が挙げられ、具体的には cis-ジアミノジクロロ白金(II)（略称：シスプラチン）、ジアミン(1,1-シクロブタンジカルボキシラート)白金(II) （略称：カルボプラチン）、および白金(4+), ヘキサアミンジクロロビス[μ-(1,6-ヘキサンジアミン-κN：κN')]トリ-, 立体異性, テトラニトラート（略号：BBR3464）が含まれる。また、エポチロン類が挙げられ、具体的には4,8-ジヒドロキシ-5,5,7,9,13-ペンタメチル-16-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-(4S,7R,8S,9S,13Z,16S)-オキサシクロヘキサデク-13-エン-2,6-ジオン （略称：エポチロンD）、7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル) エテニル]-, (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-4,17-ジオキサビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン6-ジオン（略称：エポチロン）、および(1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-17-オキサ-4-アザビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン（略号：BMS247550）が含まれる。また、アロマターゼ阻害剤類が挙げられ、具体的には、α,α,α',α'-テトラメチル-5-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチル)-1,3-ベンゼンジアセトニトリル（略号：ZD1033）、(6-メチレンアンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン（略号：FCE24304）、および4,4'-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチレン)ビス-ベンゾニトリル（略号：CGS20267）が含まれる。また、ホルモンモジュレーターが挙げられ、例えば 2-[4-[(1Z)-1,2-ジフェニル-1-ブテニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン（略称：タモキシフェン）、[6-ヒドロキシ-2-(4-ヒドロキシフェニル)ベンゾ[b]チエン-3-イル][4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェニル]メタノン塩酸塩（略号：LY156758）、2-(4-メトキシフェニル)-3-[4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェノキシ]ベンゾ[b]チオフェン-6-オール塩酸塩（略号：LY353381）、(+)-7-ピバロイルオキシ-3-(4'-ピバロイルオキシフェニル)-4-メチル-2-(4''-(2'''-ピペリジノエトキシ)フェニル)-2H-ベンゾピラン（略号：EM800）、(E)-4-[1-[4-[2-(ジメチルアミノ)エトキシ]フェニル]-2-[4-(1-メチルエチル)フェニル]-1-ブテニル]フェノールジヒドロゲンホスフェート(エステル)（略号：TAT59）、17-(アセチルオキシ)-6-クロロ-2-オキサプレグナ-4,6-ジエン-3,20-ジオン（略号：TZP4238）、(+,-)-N-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-3-[(4-フルオロフェニル)スルホニル]-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパンアミド（略号：ZD176334）、および卵黄形成ホルモン放出因子(ブタ), 6-D-ロイシン-9-(N-エチル-L-プロリンアミド)-10-デグリシンアミド（略称：リュープロレリン）が含まれる。
【手続補正３】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子の発現レベルから薬剤に対する感受性を予測するモデルを構築するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）生物検体における感受性データを取得する工程、
（b）該生物検体において遺伝子発現データを取得する工程、および
（c）工程(a)で得た該生物検体における該感受性データおよび工程(b)で得た少なくとも一部の該遺伝子発現データを用いて部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行う工程。
【請求項２】
工程（c）において、2セット以上の遺伝子の組み合わせにおいて、それぞれ部分最小二乗法タイプ1によるモデル構築を行い、遺伝子数が少ないおよび／またはQ2の値が高いモデルを選択することによるモデル最適化を行う、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
工程（c）において、各遺伝子の寄与度を表すパラメーターを計算し、該パラメーターが相対的に大きい遺伝子を選択してモデル構築を行う、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
寄与度を表すパラメーターが、モデリングパワー値（Ψ）である、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
工程（c）において、遺伝的アルゴリズムにより異なる遺伝子の組み合わせを生成してモデル構築を行う、請求項2に記載の方法。
【請求項６】
感受性データが、インビトロにおける生物検体の感受性データを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
感受性データが、動物実験における生物検体の感受性データを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
感受性データが、臨床における生物検体の感受性データを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
薬剤が、以下のファルネシル基転移酵素阻害剤からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)   6-[アミノ-(4-クロロ-フェニル)-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-メチル]-4-(3-クロロ-フェニル)-1-メチル-1H-キノリン-2-オン；塩酸塩 (略号：R115777)；
b)   (R)-2,3,4,5-テトラヒドロ-1-(1H-イミダゾール-4-イルメチル)-3-(フェニルメチル)-4-(2-チエニルスルホニル)-1H-1,4-ベンゾジアゼピン-7-カルボニトリル (略号：BMS214662)；
c)  (+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-ジブロモ-8-クロロ-5,6-ジヒドロ-11H-ベンゾ[5,6]シクロヘプタ[1,2-b]ピリジン-11-イル)ピペリジン-1-イル]-2-オキソエチル]ピペリジン-1-カルボキシアミド (略号：SCH66336)；
ｄ)  4-[5-[4-(3-クロロフェニル)-3-オキソピペラジン-1-イルメチル]イミダゾール-1-イルメチル]ベンゾニトリル (略号：L778123)；および
e)   4-[ヒドロキシ-(3-メチル-3H-イミダゾール-4-イル)-(5-ニトロ-7-フェニル-ベンゾフラン-2-イル)-メチル]ベンゾニトリル塩酸塩。
【請求項１０】
薬剤が、以下のフッ化ピリミジン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  [1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-2-オキソ-1,2-ジヒドロ-ピリミジン-4-イル]-カルバミン酸ブチルエステル(略号：カペシタビン (Xeloda(登録商標))；
b)  1-(3,4-ジヒドロキシ-5-メチル-テトラヒドロ-フラン-2-イル)-5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：フルツロン)；
c)  5-フルオロ-1H-ピリミジン-2,4-ジオン (略号：5-FU)；
d)  5-フルオロ-1-(テトラヒドロ-2-フラニル)-2,4(1H,3H)-ピリミジンジオン (略号：テガフール)；
e)  テガフールおよび2,4(1H,3H)-ピリミジンジオンの組み合わせ (略号：UFT)；
f)  テガフール、5-クロロ-2,4-ジヒドロキシピリジン、およびカリウムオキソナートの組み合わせ (モル比1:0.4:1) (略号：S-1)；ならびに
g)  5-フルオロ-N-ヘキシル-3,4-ジヒドロ-2,4-ジオキソ-1(2H)-ピリミジンカルボキシアミド (略号：カルモフール)。
【請求項１１】
薬剤が、以下のタキサン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  [2aR-[2aα,4β,4aβ,6β,9α(αR*,βS*),11α,12α,12aα,12bα]]-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソール)；
b)  [2aR-[2aα,4β,4aα,6β,9α(αR*,βS*,11α,12α,12aα,12bα)]-β-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸12b-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,6,11-トリヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：タキソテール)；
c)  (2R,3S)-3-[[(1,1-ジメチルエトキシ)カルボニル]アミノ]-2-ヒドロキシ-5-メチル-4-ヘキセン酸(3aS,4R,7R,8aS,9S,10aR,12aS,12bR,13S,13aS)-7,12a-ビス(アセチルオキシ)-13-(ベンジルオキシ)-3a,4,7,8,8a,9,10,10a,12,12a,12b,13-ドデカヒドロ-9-ヒドロキシ-5,8a,14,14-テトラメチル-2,8-ジオキソ-6,13a-メタノ-13aH-オキセト[2'',3'':5',6']ベンゾ[1',2':4,5]シクロデカ[1,2-d]-1,3-ジオキソール-4-イルエステル (略号：IDN5109)；
d)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6-(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-4,11-ジヒドロキシ-12b-[(メトキシカルボニル)オキシ]-4a,8,13,13-テトラメチル-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS188797)；および
e)  (2R,3S)-β-(ベンゾイルアミノ)-α-ヒドロキシベンゼンプロパン酸(2aR,4S,4aS,6R,9S,11S,12S,12aR,12bS)-6,12b-ビス(アセチルオキシ)-12-(ベンゾイルオキシ)-2a,3,4,4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-ドデカヒドロ-11-ヒドロキシ-4a,8,13,13-テトラメチル-4-[(メチルチオ)メトキシ]-5-オキソ-7,11-メタノ-1H-シクロデカ[3,4]ベンズ[1,2-b]オキセト-9-イルエステル (略号：BMS184476)。
【請求項１２】
薬剤が、以下のカンプトテシン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略称：カンプトテシン)；
b)  [1,4'-ビピペリジン]-1'-カルボン酸, (4S)-4,11-ジエチル-3,4,12,14-テトラヒドロ-4-ヒドロキシ-3,14-ジオキソ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-9-イルエステル, 一塩酸塩 (略号：CPT-11)；
c)  (4S)-10-[(ジメチルアミノ)メチル]-4-エチル-4,9-ジヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン 一塩酸塩 (略称：トポテカン)；
d)  (1S,9S)-1-アミノ-9-エチル-5-フルオロ-9-ヒドロキシ-4-メチル-2,3,9,10,13,15-ヘキサヒドロ-1H,12H-ベンゾ[de]ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-10,13-ジオン (略号：DX-8951f)；
e)  5(R)-エチル-9,10-ジフルオロ-1,4,5,13-テトラヒドロ-5-ヒドロキシ-3H,15H-オキセピノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,15-ジオン (略号：BN-80915)；
f)  (S)-10-アミノ-4-エチル-4-ヒドロキシ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-アミノカンプトテシン)；および
g)  4(S)-エチル-4-ヒドロキシ-10-ニトロ-1H-ピラノ[3',4',:6,7]-インドリジノ[1,2-b]キノリン-3,14(4H,12H)-ジオン (略号：9-ニトロカンプトテシン)。
【請求項１３】
薬剤が、以下の核酸系抗腫瘍薬剤類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジン (略号：DFDC)；
b)  2'-デオキシ-2'-メチリデンシチジン (略号：DMDC)；
c)  (E)-2'-デオキシ-2'-(フルオロメチレン)シチジン (略号：FMDC)；
d)  1-(β-D-アラビノフラノシル)シトシン (略号：Ara-C)；
e)  4-アミノ-1-(2-デオキシ-β-D-エリスロ-ペントフラノシル)-1,3,5-トリアジン-2(1H)-オン (略称：デシタビン)；
f)  4-アミノ-1-[(2S,4S)-2-(ヒドロキシメチル)-1,3-ジオキソラン-4-イル]-2(1H)-ピリミジノン (略称：トロキサシタビン)；
g)  2-フルオロ-9-(5-O-ホスホノ-β-D-アラビノフラノシル)-9H-プリン-6-アミン (略称：フルダラビン)；および
h)  2-クロロ-2'-デオキシアデノシン (略称：クラドリビン)。
【請求項１４】
薬剤が、以下のドラスタチン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[[(1S)-2-フェニル-1-(2-チアゾリル)エチル]アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略称：ドラスタチン10)；
b)  シクロ[N-メチルアラニル-(2E,4E,10E)-15-ヒドロキシ-7-メトキシ-2-メチル-2,4,10-ヘキサデカトリエノイル-L-バリル-N-メチル-L-フェニルアラニル-N-メチル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N2-メチルアスパラギニル] (略称：ドラスタチン14)；
c)  (1S)-1-[[(2S)-2,5-ジヒドロ-3-メトキシ-5-オキソ-2-(フェニルメチル)-1H-ピロール-1-イル]カルボニル]-2-メチルプロピルエステルN,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-L-プロリン（ドラスタチン15)；
d)  N,N-ジメチル-L-バリル-N-[(1S,2R)-2-メトキシ-4-[(2S)-2-[(1R,2R)-1-メトキシ-2-メチル-3-オキソ-3-[(2-フェニルエチル)アミノ]プロピル]-1-ピロリジニル-1-[(1S)-1-メチルプロピル]-4-オキソブチル]-N-メチル-L-バリンアミド (略号：TZT1027)；および
e)  N,N-ジメチル-L-バリル-L-バリル-N-メチル-L-バリル-L-プロリル-N-(フェニルメチル)-L-プロリンアミド (略称：セマドチン)。
【請求項１５】
薬剤が、以下のアンスラサイクリン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：アドリアマイシン)；
b)  (8S,10S)-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-アラビノ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-8-(ヒドロキシアセチル)-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン塩酸塩 (略称：エピルビシン)；
c)  8-アセチル-10-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,8,11-トリヒドロキシ-1-メトキシナフタセン-5,12-ジオン,塩酸塩 (略称：ダウノマイシン)；および
d)  (7S,9S)-9-アセチル-7-[(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-L-リキソ-ヘキソピラノシル)オキシ]-7,8,9,10-テトラヒドロ-6,9,11-トリヒドロキシ-ナフタセン-5,12-ジオン (略称：イダルビシン)。
【請求項１６】
薬剤が、以下のプロテインキナーゼ阻害剤からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  N-(3-クロロ-4-フルオロフェニル)-7-メトキシ-6-[3-(4-モルフォリニル)プロポキシ]-4-キナゾリンアミン (略号：ZD1839)；
b)  N-(3-エチニルフェニル)-6,7-ビス(2-メトキシエトキシ)-4-キナゾリンアミン (略号：CP358774)；
c)  N4-(3-ブロモフェニル)-N6-メチルピリド[3,4-d]ピリミジン-4,6-ジアミン (略号：PD158780)；
d)  N-(3-クロロ-4-((3-フルオロベンジル)オキシ)フェニル)-6-(5-(((2-メチルスルホニル)エチル)アミノ)メチル)-2-フリル)-4-キナゾリンアミン (略号：GW2016)；
e)  3-[(3,5-ジメチル-1H-ピロール-2-イル)メチレン]-1,3-ジヒドロ-2H-インドール-2-オン (略号：SU5416)；
f)  (Z)-3-[2,4-ジメチル-5-(2-オキソ-1,2-ジヒドロ-インドール-3-イリデンメチル)-1H-ピロール-3-イル]-プロピオン酸 (略号：SU6668)；
g)  N-(4-クロロフェニル)-4-(ピリジン-4-イルメチル)フタラジン-1-アミン (略号：PTK787)；
h)  (4-ブロモ-2-フルオロフェニル)[6-メトキシ-7-(1-メチルピペリジン-4-イルメトキシ)キナゾリン-4-イル]アミン (略号：ZD6474)；
i)  N4-(3-メチル-1H-インダゾール-6-イル)-N2-(3,4,5-トリメトキシフェニル)ピリミジン-2,4-ジアミン (略号：GW2286)；
j)  4-[(4-メチル-1-ピペラジニル)メチル]-N-[4-メチル-3-[[4-(3-ピリジニル)-2-ピリミジニル]アミノ]フェニル]ベンズアミド (略号：STI-571)；
k)  (9α,10β,11β,13α)-N-(2,3,10,12,13-ヘキサヒドロ-10-メトキシ-9-メチル-1-オキソ-9,13-エポキシ-1H,9H-ジインドロ[1,2,3-gh:3',2',1'-1m]ピロロ[3,4-j ][1,7]ベンゾジアゾニン-11-イル)-N-メチルベンズアミド (略号：CGP41251)；
l)  2-[(2-クロロ-4-ヨードフェニル)アミノ]-N-(シクロプロピルメトキシ)-3,4-ジフルオロベンズアミド (略号：CI1040)；および
m)  N-(4-クロロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-N'-(4-(2-(N-メチルカルバモイル)-4-ピリジルオキシ)フェニル)ウレア (略号：BAY439006)。
【請求項１７】
薬剤が、以下の白金系抗腫瘍剤からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  cis-ジアミノジクロロ白金(II) (略称：シスプラチン)；
b)  ジアミン(1,1-シクロブタンジカルボキシラート)白金(II) (略称：カルボプラチン)；および
c)  白金(4+), ヘキサアミンジクロロビス[μ-(1,6-ヘキサンジアミン-κN：κN')]トリ-, 立体異性, テトラニトラート (略号：BBR3464)。
【請求項１８】
薬剤が、以下のエポチロン類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  4,8-ジヒドロキシ-5,5,7,9,13-ペンタメチル-16-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-(4S,7R,8S,9S,13Z,16S)-オキサシクロヘキサデク-13-エン-2,6-ジオン (略称：エポチロンD)；
b)  7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-, (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-4,17-ジオキサビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン6-ジオン (略称：エポチロン)；および
c)  (1S,3S,7S,10R,11S,12S,16R)-7,11-ジヒドロキシ-8,8,10,12,16-ペンタメチル-3-[(1E)-1-メチル-2-(2-メチル-4-チアゾリル)エテニル]-17-オキサ-4-アザビシクロ[14.1.0]ヘプタデカン-5,9-ジオン (略号：BMS247550)。
【請求項１９】
薬剤が、以下のアロマターゼ阻害剤類からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
a)  α,α,α',α'-テトラメチル-5-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチル)-1,3-ベンゼンジアセトニトリル (略号：ZD1033)；
b)  (6-メチレンアンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン (略号：FCE24304)；および
c)  4,4'-(1H-1,2,4-トリアゾール-1-イルメチレン)ビス-ベンゾニトリル (略号：CGS20267)。
【請求項２０】
薬剤が、以下のホルモンモジュレーターからなる群より選択される、請求項1に記載の方法：
a)  2-[4-[(1Z)-1,2-ジフェニル-1-ブテニル]フェノキシ]-N,N-ジメチルエタンアミン (略称：タモキシフェン)；
b)  [6-ヒドロキシ-2-(4-ヒドロキシフェニル)ベンゾ[b]チエン-3-イル][4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェニル]メタノン塩酸塩 (略号：LY156758)；
c)  2-(4-メトキシフェニル)-3-[4-[2-(1-ピペリジニル)エトキシ]フェノキシ]ベンゾ[b]チオフェン-6-オール塩酸塩 (略号：LY353381)；
d)  (+)-7-ピバロイルオキシ-3-(4'-ピバロイルオキシフェニル)-4-メチル-2-(4''-(2'''-ピペリジノエトキシ)フェニル)-2H-ベンゾピラン (略号：EM800)；
e)  (E)-4-[1-[4-[2-(ジメチルアミノ)エトキシ]フェニル]-2-[4-(1-メチルエチル)フェニル]-1-ブテニル]フェノールジヒドロゲンホスフェート(エステル) (略号：TAT59)；
f)  17-(アセチルオキシ)-6-クロロ-2-オキサプレグナ-4,6-ジエン-3,20-ジオン (略号：TZP4238)；
g)  (+,-)-N-[4-シアノ-3-(トリフルオロメチル)フェニル]-3-[(4-フルオロフェニル)スルホニル]-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパンアミド (略号：ZD176334)；および
h)  卵黄形成ホルモン放出因子(ブタ), 6-D-ロイシン-9-(N-エチル-L-プロリンアミド)-10-デグリシンアミド (略称：リュープロレリン)。
【請求項２１】
生物検体が癌細胞または癌細胞株である、請求項1に記載の方法。
【請求項２２】
感受性が抗腫瘍効果を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項２３】
遺伝子発現データが高密度核酸アレイデータを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項２４】
請求項1または2のいずれか一項に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の組み合わせの一部または全部を選択する工程を含む、生物感受性を規定する寄与度の高い遺伝子を選択するための方法。
【請求項２５】
特定の刺激に対する被検検体の感受性を予測するための方法であって、以下の工程を含む方法：
（a）請求項1に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の少なくとも一部の遺伝子の発現データを、被検検体において取得する工程、
（b）該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の高発現および負の係数を持つ遺伝子の低発現は該感受性が高いことに関連付け、ならびに該モデルにおいて正の係数を持つ遺伝子の低発現および負の係数を持つ遺伝子の高発現は該感受性が低いことに関連付ける工程。
【請求項２６】
請求項25に記載の方法であって、
工程（a）が、モデルにおける遺伝子の発現データを被検検体において取得する工程を含み、かつ
工程（b）が、該発現データを該モデルに適用して感受性を算出する工程を含む、方法。
【請求項２７】
被検検体の感受性を予測するコンピューター装置であって、以下の手段を含む装置：
（a）請求項1に記載の方法で構築されたモデルにおける遺伝子の発現データと感受性値との関係を示すパラメーター（モデル係数）を記憶する手段、
（b）該モデルにおける遺伝子の発現データを入力する手段、
（c）該発現データを記憶する手段、
（d）該発現データおよび該パラメーター（モデル係数）から該モデルに従って該感受性値を予測演算する手段、
（e）予測演算された感受性値を記憶する手段、
（f）該演算された感受性値または該感受性値より導出した結果を出力する手段。
【請求項２８】
請求項24に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を支持体上に固定または生成させる工程を含む、高密度核酸アレイの製造方法。
【請求項２９】
請求項24に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を合成する工程を含む、該各遺伝子の定量的または半定量的PCR用プローブまたはプライマーの製造方法。
【請求項３０】
（a）請求項24に記載の方法により選択された各遺伝子をコードする塩基配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む核酸を含む高密度核酸アレイまたは定量的もしくは半定量的PCR用プローブもしくはプライマー、および（b）該アレイまたは該プローブもしくはプライマーを用いて薬剤に対する感受性を予測できることが記録された記録媒体、を含むキット。
【国際調査報告】
2005519610.tif 000030
2005519610.tif 000031
2005519610.tif 000032
2005519610.tif 000033
2005519610.tif 000034
2005519610.tif 000035