(57)【要約】本願発明は、ＢＡＦＦの結晶化可能組成物および結晶に関する。さらに、本発明はまた、ＢＡＦＦに対して少なくとも幾分か構造的に類似の特徴を含む、分子または分子複合体の三次元構造の少なくとも一部を決定する方法を提供する。本発明はまた、ＢＡＦＦに対して少なくとも幾分か構造的に類似の特徴を含む分子または分子複合体の相同性モデル構造の少なくとも一部を決定する方法を提供する。好ましい実施形態において、本発明は、ＡＰＲＩＬの相同性モデルを決定する方法を提供する。本発明はまた、ＡＰＲＩＬの相同性モデル座標を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＢＡＦＦポリペプチドを含む、結晶化可能組成物。
【請求項２】
前記ＢＡＦＦポリペプチドが、ＢＡＦＦの細胞外ドメインを含むポリペプチドである、請求項１に記載の結晶化可能組成物。
【請求項３】
前記、ＢＡＦＦポリペプチドが、ヒトＢＡＦＦ（配列番号２）のアミノ酸１３６〜アミノ酸２８５からなるポリペプチドを含む、請求項１に記載の結晶化可能組成物。
【請求項４】
ＢＡＦＦポリペプチドのトリマーを含む、結晶化可能組成物。
【請求項５】
ＢＡＦＦポリペプチドを含む、結晶。
【請求項６】
前記ＢＡＦＦポリペプチドが、ＢＡＦＦの細胞外ドメインを含む、請求項５に記載の結晶。
【請求項７】
前記ＢＡＦＦポリペプチドが、ヒトＢＡＦＦ（配列番号２）のアミノ酸１３６〜アミノ酸２８５からなるポリペプチドを含む、請求項５に記載の結晶。
【請求項８】
ＢＡＦＦポリペプチドのトリマーを含む、結晶。
【請求項９】
以下についての３次元表示を作成するためのコンピュータであって：
ａ）図８に示すＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される、分子もしくは分子複合体、
ｂ）前記分子もしくは分子複合体のホモログであって、ここで該ホモログは、０．００Åと１．５０Åとの間の、該アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、ホモログ；
ここで、該コンピュータが、以下：
（ｉ）機械読取り可能なデータがコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで、該データは、図８に示される該ＢＡＦＦアミノ酸の該構造座標を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；および
（ｉｉ）該機械読取り可能なデータを該３次元表示へと処理するための指示
を備える、コンピュータ。
【請求項１０】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、前記アミノ酸の前記骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項９に記載の３次元表示を作成するためのコンピュータ。
【請求項１１】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、前記アミノ酸の前記骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項９に記載の３次元表示を作成するためのコンピュータ。
【請求項１２】
分子または分子複合体から得られたＸ線回折データに対応する構造座標を決定するためのコンピュータであって、ここで、
該コンピュータが、以下：
ａ）機械読取り可能なデータがコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで、該データは、図８によるＢＡＦＦの構造座標を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；
ｂ）機械読取り可能なデータでコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで、該データは、該分子または分子複合体から得られたＸ線回折データを含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；ならびに
ｃ）（ａ）の該機械読取り可能なデータのフーリエ変換を実施するため、および（ｂ）の該機械読取り可能なデータを構造座標へと処理するための指示
を備える、コンピュータ。
【請求項１３】
以下についての３次元表示を作成するためのコンピュータであって：
ａ）図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される第１結合部位を含む、分子もしくは分子複合体；または
ｂ）該分子もしくは分子複合体のホモログであって、ここで該ホモログは、０．００Åと１．５０Åとの間の、複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、ホモログ；
ここで、該コンピュータが、以下：
（ｉ）機械読取り可能なデータがコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで、該データは、図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５ｌ、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される該複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；ならびに
（ｉｉ）該機械読取り可能なデータを該３次元表示へと処理するための指示
を備える、コンピュータ。
【請求項１４】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、請求項１３に記載の３次元表示を作成するためのコンピュータ。
【請求項１５】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、請求項１３に記載の３次元表示を作成するためのコンピュータ。
【請求項１６】
前記第１結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載のコンピュータ。
【請求項１７】
前記第２結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載のコンピュータ。
【請求項１８】
以下についての３次元表示を作成するためのコンピュータであって：
ａ）図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される第１結合部位を含む、分子もしくは分子複合体；または
ｂ）該分子もしくは分子複合体のホモログであって、ここで該ホモログは、０．００Åと１．５０Åとの間の該少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、ホモログ；
ここで、該コンピュータは、以下：
（ｉ）機械読取り可能なデータがコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで該データは、図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される該少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の構造座標を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；ならびに
（ｉｉ）該機械読取り可能なデータを該３次元表示へと処理するための指示
を備える、コンピュータ。
【請求項１９】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、前記アミノ酸の前記骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、請求項１８に記載の３次元表示を作成するためのコンピュータ。
【請求項２０】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、前記アミノ酸の前記骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、請求項１８に記載の３次元表示を作成するためのコンピュータ。
【請求項２１】
前記第１結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載のコンピュータ。
【請求項２２】
前記第２結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載のコンピュータ。
【請求項２３】
前記構造座標を表示するためのディスプレイをさらに備える、請求項９〜２２のいずれか１項に記載のコンピュータ。
【請求項２４】
構造未知の分子もしくは分子複合体のＸ線回折パターンに対応する構造座標の少なくとも一部を決定するためのコンピュータであって、ここで、該コンピュータは、以下：
ａ）機械読取り可能なデータがコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで、データは、図８による該構造座標の少なくとも一部を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；
ｂ）機械読取り可能なデータがコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで、該データは、該分子もしくは分子複合体のＸ線回折パターンを含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；
ｃ）ａ）およびｂ）の該機械読取り可能なデータを処理するための指示を記憶するためのワーキングメモリ；
ｄ）（ａ）の該機械読取り可能なデータのフーリエ変換を行うため、および（ｂ）の該機械読取り可能なデータを構造座標へと処理するための、ａ）およびｂ）の該ワーキングメモリおよび該機械読取り可能なデータに取り付けられた中央処理装置；ならびに
ｅ）該分子もしくは分子複合体の該構造座標を表示するための、該中央処理装置に取り付けられたディスプレイ
を備える、コンピュータ。
【請求項２５】
前記構造未知の分子もしくは分子複合体が、ＡＰＲＩＬポリペプチドを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＡＰＲＩＬポリペプチドが、ＡＰＲＩＬの細胞外ドメインを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記構造未知の分子もしくは分子複合体が、ＡＰＲＩＬポリペプチドのトリマーを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
化学実体が、以下：
ａ）図８に示されるＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される、分子もしくは分子複合体；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間の、該アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、該分子もしくは分子複合体のホモログ；
と会合する可能性を評価するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）計算手段を用いて、該化学実体と、該分子もしくは分子複合体または該分子もしくは分子複合体の該ホモログとの間での当てはめ作業を行う工程；ならびに
（ｉｉ）該当てはめ作業の結果を分析して、該化学実体と、該分子もしくは分子複合体または該分子もしくは分子複合体の該ホモログとの間での会合を定量する工程
を包含する、方法。
【請求項２９】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
化学実体が、以下：
ａ）図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される複数のＢＡＦＦアミノ酸によって規定される第１結合部位を含む、分子もしくは分子複合体；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間の、複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、該分子もしくは分子複合体のホモログ；
と会合する可能性を評価するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）計算手段を用いて、該化学実体と、該第１結合部位または該第２結合部位との間での当てはめ作業を行う工程；ならびに
（ｉｉ）該当てはめ作業の結果を分析して、該化学実体と該第１結合部位または該第２結合部位との間での会合を定量する工程
を包含する、方法。
【請求項３２】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記第１結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項３１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記第２結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項３１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
化学実体が、以下：
ａ）図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸によって規定される第１結合部位を含む、分子もしくは分子複合体；または
ｂ）０．００Åと１．００Åとの間の、該少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む、該分子もしくは分子複合体のホモログ；
と会合する可能性を評価するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）計算手段を用いて、該化学実体と、該第１結合部位または該第２結合部位との間での当てはめ作業を行う工程；ならびに
（ｉｉ）該当てはめ作業の結果を分析して、該化学実体と、該第１結合部位または該第２結合部位との間での会合を定量する工程
を包含する、方法。
【請求項３７】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記第１結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項３６〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
前記第２結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項３６〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
請求項２８〜４０のいずれか１項に記載の方法によって評価された、化学実体。
【請求項４２】
請求項４１に記載の化学実体のうちの１以上から組み立てられた、化合物。
【請求項４３】
ＢＡＦＦの潜在的アンタゴニストを同定するための方法であって、以下の工程：
ａ）（図８によるＢＡＦＦのアミノ酸の構造座標）±（０．００Åと１．５０Åとの間の、該アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差）を用いて、結合部位を含む、分子もしくは分子複合体の３次元構造を作成する工程；
ｂ）該３次元構造を用いて、該潜在的アンタゴニストを設計または選択する工程；
ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する工程；および
ｄ）該潜在的アンタゴニストをＢＡＦＦと接触させて、該潜在的アンタゴニストがＢＡＦＦと相互作用する能力を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項４４】
前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差が、０．００Åと１．００Åとの間にある、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差が、０．００Åと０．５０Åとの間にある、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
前記結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
ＢＡＦＦの潜在的アンタゴニストを同定するための方法であって、以下の工程：
ａ）図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標または±０．００Åと１．５０Åとの間の、該複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を用いて、結合部位を含む、分子もしくは分子複合体の３次元構造を作成する工程；
ｂ）該３次元構造を用いて、該潜在的アンタゴニストを設計または選択する工程；
ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する工程；ならびに
ｄ）該潜在的アンタゴニストとＢＡＦＦとを接触させて、該潜在的アンタゴニストがＢＡＦＦと相互作用する能力を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項４８】
前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差が、０．００Åと１．００Åとの間にある、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差が、０．００Åと０．５０Åとの間にある、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
前記結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
ＢＡＦＦの潜在的アンタゴニストを同定するための方法であって、以下の工程：
ａ）図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の構造座標または±０．００Åと１．５０Åとの間の、該少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を用いて、結合部位を含む、分子もしくは分子複合体の３次元構造を作成する工程；
ｂ）該３次元構造を用いて、該潜在的アンタゴニストを設計または選択する工程；
ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する工程；ならびに
ｄ）該潜在的アンタゴニストとＢＡＦＦとを接触させて、該潜在的アンタゴニストがＢＡＦＦと相互作用する能力を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項５２】
前記少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差が、０．００Åと１．００Åとの間にある、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差が、０．００Åと０．５０Åとの間にある、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
（ｅ）該潜在的アンタゴニストが、ＢＡＦＦとＢＡＦＦレセプターとの相互作用を妨害するか否かを決定する工程
をさらに包含する、請求項４３〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
請求項４３〜５５のいずれか１項に記載の方法によって同定された、ＢＡＦＦの潜在的アンタゴニスト。
【請求項５７】
ＢＡＦＦのアンタゴニストの改変体が、以下：
ａ）図８に示される、ＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される、分子もしくは分子複合体；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、該分子もしくは分子複合体のホモログ；
と会合する可能性を評価するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）計算手段を用いて、該改変体と、該分子もしくは分子複合体との間での当てはめ作業を行う工程；ならびに
（ｉｉ）該当てはめ作業の結果を分析して、該改変体と、該分子もしくは分子複合体との間での会合を定量する工程
を包含する、方法。
【請求項５８】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、前記アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
ＢＡＦＦのアンタゴニストの改変体が、以下：
ａ）図８に示される、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される、複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される、分子もしくは分子複合体の第１結合部位；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間の、複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、第２結合部位を含む、該分子もしくは分子複合体のホモログ；
と会合する可能性を評価するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）計算手段を用いて、該改変体と、該第１結合部位または該第２結合部位との間での当てはめ作業を行う工程；ならびに
（ｉｉ）該当てはめ作業の結果を分析して、該改変体と、該第１結合部位または該第２結合部位との間での会合を定量する工程
を包含する、方法。
【請求項６１】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項６０に記載の方法。
【請求項６３】
前記第１結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項６０〜６２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
前記第２結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項６０〜６２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
ＢＡＦＦのアンタゴニストの改変体が、以下：
ａ）図８に示される、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される、少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される、分子もしくは分子複合体の第１結合部位；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間の、少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、第２結合部位を含む、該分子もしくは分子複合体のホモログ；
と会合する可能性を評価するための方法であって、以下の工程：
（ｉ）計算手段を用いて、該改変体と、該第１結合部位または該第２結合部位との間での当てはめ作業を行う工程；ならびに
（ｉｉ）該当てはめ作業の結果を分析して、該改変体と、該第１結合部位または該第２結合部位との間での会合を定量する工程
を包含する、方法。
【請求項６６】
前記ホモログが、０．００Åと１．００Åとの間の、前記少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記ホモログが、０．００Åと０．５０Åとの間の、前記少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
前記第１結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項６５〜６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６９】
前記第２結合部位が、ＢＡＦＦの１以上のレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位である、請求項６５〜６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７０】
請求項５７〜６９のいずれか１項に記載の方法によって同定された、ＢＡＦＦのアンタゴニスト改変体。
【請求項７１】
薬学的に適切なキャリアと、請求項４１に記載の化学実体または請求項４２に記載の化合物、請求項５６に記載のＢＡＦＦの潜在的アンタゴニスト、または請求項７０に記載のＢＡＦＦのアンタゴニスト改変体とを含む、薬学的組成物。
【請求項７２】
被験体における不適切または異常なＢＡＦＦ誘発性活性化に関連した状態を処置する方法であって、請求項７１に記載の薬学的組成物の有効量を該被験体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項７３】
被験体における不適切または異常なＢＡＦＦ誘発性活性化に関連した状態を予防する方法であって、請求項７１に記載の薬学的組成物の有効量を該被験体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項７４】
前記被験体が、霊長類である、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
前記霊長類が、ヒトである、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記状態が、自己免疫疾患である、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７７】
前記状態が、アレルギーである、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記状態が、治療剤に対する阻害応答である、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７９】
前記状態が、ドナー器官または組織の拒絶である、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８０】
前記状態が、望ましくない炎症応答である、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８１】
前記状態が、望ましくない免疫応答である、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８２】
前記状態が、全身性エリテマトーデス、狼瘡神経炎、喘息、慢性閉塞性肺疾患、気管支炎、気腫、多発性硬化症、ブドウ膜炎、アルツハイマー病、外傷性脊髄損傷、発作、アテローム性動脈硬化症、冠状再狭窄、虚血性うっ血性心不全、肝硬変、Ｃ型肝炎、糖尿病性腎症、糸球体腎炎、変形性関節症、慢性関節リウマチ、乾癬、アトピー性皮膚炎、全身性硬化症、放射線誘発性線維症、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性骨髄症および悪液質からなる群より選択される、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８３】
前記状態が、全身性エリテマトーデスである、請求項７２〜７３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８４】
構造未知でかつ構造の少なくとも一部分がＢＡＦＦの構造に類似する分子の少なくとも一部分の相同性モデル構造を得るためにＢＡＦＦの構造座標を利用する方法であって、以下の工程：
図８に示される該構造座標の少なくとも一部を適用して、該構造未知の分子の少なくとも一部分の３次元分子モデルを作成して、該分子の少なくとも一部分の相同性モデル構造を作成する工程
を包含する、方法。
【請求項８５】
前記構造未知の分子が、ＡＰＲＩＬポリペプチドを含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記ＡＰＲＩＬポリペプチドが、ＡＰＲＩＬの細胞外ドメインを含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記構造未知の分子が、ＡＰＲＩＬポリペプチドのトリマーを含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８８】
以下についての３次元表示を作成するためのコンピュータであって：
ａ）構造未知でかつ構造の少なくとも一部分がＢＡＦＦの構造に類似する分子の少なくとも一部分の相同性モデル構造であって、ここで、該相同性モデル構造が、図１０に示されるＡＰＲＩＬアミノ酸の相同性モデル構造座標の少なくとも一部分によって規定される、相同性モデル構造；ここで、該コンピュータが、以下：
（ｉ）機械読取り可能なデータがコードされたデータ記憶材料を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体であって、ここで、該データが、図１０に示されるＡＰＲＩＬアミノ酸の全ての該構造座標の少なくとも一部を含む、機械読取り可能なデータ記憶媒体；および
（ｉｉ）該機械読取り可能なデータを該３次元表示へと処理するための指示
を備える、コンピュータ。
【請求項８９】
前記相同性モデル構造座標を表示するためのディスプレイをさらに備える、請求項８８に記載のコンピュータ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は米国仮特許出願第６０／３１７，５２４号（２００１年９月６日出願）の利益を主張し、この仮出願の開示は、本明細書中に参考として援用される。
【０００２】
（発明の技術分野）
本発明は、ＢＡＦＦの結晶化可能な組成物およびＢＡＦＦの結晶に関する。さらに本発明は、Ｘ線結晶学より得られるＢＡＦＦポリペプチドの高解像度の構造に関する。本発明は、本発明により提供される構造座標を含む機械読み取り可能なデータをコードするデータ記憶マテリアルを含む機械読み取り可能データ記憶媒体を含むコンピューター（機械）にも関する。本発明は、ＢＡＦＦの構造座標を、ＢＡＦＦに類似または相同であるＡＰＲＩＬなどの分子または分子複合体の構造を解くために使用する方法、および類似または相同の分子の相同モデルを決定する方法にも関する。本発明は、相同モデルの構造座標に基づいたＡＰＲＩＬの三次元表現を製作可能なコンピュータも提供する。本発明は、ＢＡＦＦに特異的に結合するＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストを含む化学実体または化合物を設計するために、また、改善した特性（ＢＡＦＦへの結合親和性の増加または低減など）を持つＢＡＦＦアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を設計するために、ＢＡＦＦの構造座標を使用する方法にも関する。本発明は、ＢＡＦＦ改変体も提供する。本発明は、ＢＡＦＦアゴニストもしくはアンタゴニスト、またはその改変体を含む、前記化学実体、化合物を含む組成物にも関する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
ＢＡＦＦ（腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）ファミリーに属するＢ細胞活性化因子を表す）は、ＴＮＦファミリーリガンドの近年同定されたメンバーである（Ｓｈｕ，Ｈ．Ｂ．ら，Ｊ  Ｌｅｕｋｏｃ  Ｂｉｏｌ，６５（５）：ｐ．６８０‐３（１９９９）；Ｍｏｏｒｅ，Ｐ．Ａ．ら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２８５（５４２５）：ｐ．２６０‐３（１９９９）；Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ，Ｐ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１８９（１１）：ｐ．１７４７‐５６（１９９９））。ＢＡＦＦはＢｌｙＳ、ＴＡＬＬ‐１、ＴＨＡＮＫおよびｚＴＮＦ４などの他の名でも公知である。
【０００４】
ＢＡＦＦは、Ｔ細胞および樹状細胞を含む種々の細胞型で発現される、ＩＩ型膜タンパク質である。ＢＡＦＦは、可溶な形態でも存在し得る；そして可溶形態のＢＡＦＦは、全長のＢＡＦＦタンパク質と同様に、末梢の血液リンパ球の増殖を誘導し得る（Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ，Ｐ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１８９（１１）：ｐ．１７４７‐５６（１９９９），これらの開示は、本明細書中に参考として援用される）。全長のＢＡＦＦは、球状細胞外ＴＮＦ相同ドメイン、細胞外柄、短い膜貫通セグメント、および小さな細胞質ドメインを含む、三量体分子である。可溶形態のＢＡＦＦも、三量体を形成する。ＢＡＦＦは、末梢Ｂ細胞集団の重要な調節因子であることを、複数の研究が示す（Ｍｏｏｒｅ，Ｐ．Ａ．ら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２８５（５４２５）：ｐ．２６０‐３（１９９９）；Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ，Ｐ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１８９（１１）：ｐ．１７４７‐５６（１９９９）；Ｂａｔｔｅｎ，Ｍ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９２（１０）：ｐ．１４５３‐６６（２０００））。ＢＡＦＦは、Ｂ細胞の正常発生において不可欠な役割を果たすことも示されてきた（Ｓｃｈｉｅｍａｎｎら，Ａｎ  Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｒｏｌｅ  ｆｏｒ  ＢＡＦＦ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｎｏｒｍａｌ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｂ‐ｃｅｌｌｓ  Ｔｈｒｏｕｇｈ  ａ  ＢＣＭＡ‐Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  Ｐａｔｈｗａｙ，Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ（Ａｕｇ．１６，２００１），ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ．ｏｒｇ、およびＳｃｈｉｅｍａｎｎら．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２００１  Ｓｅｐ．１４；２９３（５３３７）：２１１１‐２１１４；これら両方の開示は、本明細書中に参考として援用される）。
【０００５】
ＢＡＦＦは、Ｂ細胞上に発現されるレセプターに結合し、Ｂ細胞の増殖および生存を誘導することによって作用する。これまでに、ＢＡＦＦの３つのレセプターが同定されている：Ｂ細胞成熟抗原（「ＢＣＭＡ」）（Ｍａｄｒｙ，Ｃ．ら，Ｉｎｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，１０（１１）：ｐ．１６９３‐７０２（１９９８）；Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９２（１）：ｐ．１２９‐３５（２０００））、膜貫性活性化因子およびＣＡＭＬ相互作用子（「ＴＡＣＩ」）（Ｘｉａ，Ｘ．Ｚ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９２（１）：ｐ．１３７‐４３（２０００）；Ｙａｎ，Ｍ．ら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９０（５４９１）：ｐ．５２３‐７（２０００））およびＢＡＦＦレセプター（「ＢＡＦＦ‐Ｒ」）（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，ＢＡＦＦ‐Ｒ，ａ  Ｎｏｖｅｌ  ＴＮＦ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔｈａｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ＢＡＦＦ，Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ（Ａｕｇ．１６，２００１），ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ．ｏｒｇ、およびＴｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００１  Ｓｅｐ．１４）；２９３（５５３７）：２１０８‐２１１１、これらの開示は、本明細書中に参考として援用される）。これらのレセプターは、シグナル配列を欠いており、したがってＩＩＩ型膜タンパク質に分類されるが、これはＴＮＦファミリーレセプターにはまれな事実である。レセプターのうち２つ（ＢＣＭＡおよびＴＡＣＩ）は、構造的にも機能的にもＢＡＦＦと深く関わる別のＴＮＦファミリーメンバーであるＡＰＲＩＬ（これは、増殖誘導リガンドを表す）（Ｈａｈｎｅ，Ｍ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１８８（６）：ｐ．１１８５‐９０（１９９８）；Ｘｉａ，Ｘ．Ｚ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９２（１）：ｐ．１３７‐４３（２０００）；Ｇｒｏｓｓ，Ｊ．Ａ．ら，Ｎａｔｕｒｅ，４０４（６７８１）：ｐ．９９５‐９（２０００）；Ｗｕ，Ｙ．ら，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２７５（４５）：ｐ．３５４７８‐８５（２０００）；Ｍａｒｓｔｅｒｓ，Ｓ．Ａ．ら，Ｃｕｒｒ  Ｂｉｏｌ．１０（１３）：ｐ．７８５‐８（２０００））にも結合する。ＢＡＦＦシグナル伝達は、主にＢＡＦＦ‐Ｒレセプターを介するようである（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，ＢＡＦＦ‐Ｒ，ａ  Ｎｏｖｅｌ  ＴＮＦ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔｈａｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ＢＡＦＦ，Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ（Ａｕｇ．１６，２００１），ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ．ｏｒｇ、およびＴｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００１  Ｓｅｐ．１４）；２９３（５５３７）：２１０８‐２１１１）。ＢＡＦＦの細胞外ドメインは、１つ以上のＢＡＦＦレセプターとの相互作用に関わる。ＡＰＲＩＬの細胞外ドメインは、１つ以上のＡＰＲＩＬレセプターとの相互作用に関わる。
【０００６】
ＴＮＦファミリーリガンドは、とりわけ、ＴＮＦ‐α、リンホトキシン‐α（ＬＴ‐α）、リンホトキシン‐β（ＬＴ‐β）、ＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０Ｌ）、ＯＸ４０リガンド（ＯＸ４０Ｌ）、Ｆａｓリガンド、およびＡｐｏ２Ｌ／ＴＲＡＩＬ（Ｌｏｃｋｓｌｅｙ，Ｒ．Ｍ．ら，Ｃｅｌｌ，１０４（４）：ｐ．４８７‐５０１（２００１））を含む。ＴＮＦ‐αのＴＮＦ相同ドメインの結晶構造は、決定されている（Ｊｏｎｅｓ，Ｅ．Ｙ．，Ｄ．Ｉ．ＳｔｕａｒｔおよびＮ．Ｐ．Ｗａｌｋｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ，３３８（６２１２）：ｐ．２２５‐８（１９８９）；Ｅｃｋ，Ｍ．Ｊ．およびＳ．Ｒ．Ｓｐｒａｎｇ，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２６４（２９）：ｐ．１７５９５‐６０５（１９８９））、ＬＴ‐α（Ｅｃｋ，Ｍ．Ｊ．ら，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２６７（４）：ｐ．２１１９‐２２（１９９２））、ＣＤ４０Ｌ（Ｋａｒｐｕｓａｓ，Ｍ．ら，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，３（１２）：ｐ．１４２６（１９９５）およびＫａｒｐｕｓａｓ，Ｍ．ら，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，３：ｐ．１０３１‐１０３９（１９９５））およびＡｐｏ２Ｌ／ＴＲＡＩＬ（Ｃｈａ，Ｓ．Ｓ．ら，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，１１（２）：ｐ．２５３‐６１（１９９９）；Ｈｙｍｏｗｉｔｚ，Ｓ．Ｇ．ら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３９（４）：ｐ．６３３‐４０（２０００））。これらの構造は、これらのドメインが、ロール状（ｊｅｌｌｙｒｏｌｌ）またはβシートサンドイッチモチーフを呈することを示す。
【０００７】
ＴＮＦリガンドは、標的細胞の表面上に発現される、対応するＴＮＦファミリーレセプターとの結合によりシグナルを誘導する。各レセプターは、縦列反復を含む細長い分子であり、その反復配列は、多数のジスルフィド架橋を、それぞれの反復において有するので、システインリッチドメイン（「ＣＲＤ」）と呼ばれる。ＴＮＦファミリーレセプターの単位構造のより明確な説明は、基礎構築ブロックはＣＲＤの大きさのおよそ半分で、かつ、幾つかの型で存在し得、Ａ型、Ｂ型、Ｃ型は、それぞれ１つまたは２つのジスルフィド架橋を有していることを示唆する（Ｎａｉｓｍｉｔｈ，Ｊ．Ｈ．およびＳ．Ｒ．Ｓｐｒａｎｇ，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ，２３（２）：ｐ．７４‐９（１９９８））。
【０００８】
レセプターと複合体化したＬＴ‐αおよびＴＲＡＩＬの結晶構造は、ＴＮＦファミリーのリガンド‐レセプター間の認識における共通の側面に関する識見を提供した（Ｂａｎｎｅｒ，Ｄ．Ｗ．ら，Ｃｅｌｌ，７３（３）：ｐ．４３１‐４５（１９９３）；Ｈｙｍｏｗｉｔｚ，Ｓ．Ｇ．ら，Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ，４（４）：ｐ．５６３‐７１（１９９９）；Ｍｏｎｇｋｏｌｓａｐａｙａ，Ｊ．ら，Ｎａｔ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｂｉｏｌ，６（１１）：ｐ．１０４８‐１０５３（１９９９）；Ｃｈａ，Ｓ．Ｓ．ら，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２７５（４０）：ｐ．３１１７１‐７（２０００））。これらの構造は、ＴＮＦリガンドは、レセプターと３量体複合体を形成することによりシグナルを誘導することを示す。
【０００９】
ＢＡＦＦとそのレセプターの相互作用における構造基底は、非常に非凡な特徴に起因して特に興味深い。その特徴は以下である：ＢＣＭＡおよびＢＡＦＦ‐Ｒは、１つのＣＲＤしか持たないようである、他にない公知のＴＮＦレセプターである。さらに、ＢＣＭＡ、ＴＡＣＩおよびＢＡＦＦ‐Ｒの配列の比較は、これらが他のＴＮＦレセプターファミリーの他のメンバーにいくぶん遠縁に関わっていることを示す（Ｍａｄｒｙ，Ｃ．ら，Ｉｎｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，１０（１１）：ｐ．１６９３‐７０２（１９９８）；Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  ら，ＢＡＦＦ‐Ｒ，ａ  Ｎｏｖｅｌ  ＴＮＦ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔｈａｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ＢＡＦＦ，Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ（Ａｕｇ．１６，２００１），ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ．ｏｒｇおよびＴｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００１  Ｓｅｐ．１４）；２９３（５５３７）：２１０８‐２１１１）。これは、レセプター細胞外ドメインにおける別の折りたたみモチーフの存在を示唆しており、これは新規の結合様式を伴い得る。
【００１０】
近年のデータは、ＢＡＦＦおよびＡＰＲＩＬは自己免疫疾患において主要な役割を果たすものであり、ＡＰＲＩＬは癌にも関わっていることを示している（Ｗａｒｅ，Ｃ．Ｆ．，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９２（１１）：ｐ．Ｆ３５−８（２０００）；Ｙｕ，Ｇ．ら，Ｎａｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，１（３）：ｐ．２５２‐６（２０００）；Ｋｈａｒｅ，Ｓ．Ｄ．およびＨ．Ｈｓｕ，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，２２（２）：ｐ．６１‐６３（２００１））（ＢＡＦＦを過剰発現するマウスも成熟Ｂ細胞過形成を示す（Ｍａｃｋａｙ、Ｆ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９０（１１）：ｐ．１６９７‐７１０（１９９９））。ＢＡＦＦ過剰発現トランスジェニックマウスは、全身性エリテマトーデス（「ＳＬＥ」）と同様、末梢Ｂリンパ球の数の増加を示し、そして自己免疫状態を発達させた（Ｍａｃｋａｙ，Ｆ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９０（１１）：ｐ．１６９７‐７１０（１９９９））。さらに、ＳＬＥ患者血清中のＢＡＦＦの量は、健康個体と比較して高まっていることが見出される（Ｚｈａｎｇ，Ｊ．ら，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，１６６（１）：ｐ．６‐１０（２００１））。これらの結果は、ＢＡＦＦの、抗体を介した自己免疫疾患への関わりを示す。したがって、ＢＡＦＦは、自己免疫疾患の診断および処置のための、魅力的な候補対象であり、かつ、おそらく他の免疫系障害の診断および治療の対象にもなり得る。実際に、ＢＡＦＦ過剰発現トランスジェニックマウスが可溶性ＢＡＦＦレセプターで処置された場合、Ｂ細胞の数量およびＳＬＥ様疾患の重篤度は、有意に減少した（Ｇｒｏｓｓ，Ｊ．Ａ．ら，Ｎａｔｕｒｅ，４０４（６７８１）：ｐ．９９５‐９（２０００））。さらに、ＡＰＲＩＬの発現は、多くの腫瘍においてアップレギュレートされ、可溶形状のＢＣＭＡは、腫瘍の成長を阻害することがわかった（Ｒｅｎｎｅｒｔ，Ｐ．ら，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ，１９２（１１）：ｐ．１６７７‐８４（２０００））。
【００１１】
ＢＡＦＦに結合し、１つ以上のレセプターとの相互作用を妨害する薬物は、自己免疫疾患および他の不適当または異常なＢＡＦＦ発現に関連する免疫性または非免疫性障害の治療に使用され得る。現在、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストとして働き得る薬物の需要がある。ＢＡＦＦおよびその１つ以上のレセプターとの相互作用の妨害に有効なヒトの治療薬として働く新規薬物のさらなる開発は、ＢＡＦＦの構造情報の欠如により阻まれている。この情報は、本発明により初めて提供される。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
（発明の要旨）
出願人らは、ＢＡＦＦの組成物（これは、結晶化可能であり得る）およびＢＡＦＦの結晶を提供し、そしてこのような組成物および結晶を使用する方法を提供することによって、上記で確認された問題を解決した。
【００１３】
本発明はまた、ＢＡＦＦの構造座標を提供する。
【００１４】
本発明はまた、ＢＡＦＦに対して少なくとも幾分か構造的に類似の特徴を含む、分子または分子複合体の三次元構造の少なくとも一部を決定する方法を提供する。本発明はまた、ＢＡＦＦに対して少なくとも幾分か構造的に類似の特徴を含む分子または分子複合体の相同性モデル構造の少なくとも一部を決定する方法を提供する。好ましい実施形態において、本発明は、ＡＰＲＩＬの相同性モデルを決定する方法を提供する。本発明はまた、ＡＰＲＩＬの相同性モデル座標を提供する。
【００１５】
本発明はまた、化学的要素、化合物（例えば、ＢＡＦＦのアゴニストおよびアンタゴニスト）ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を設計する方法を提供する。本発明はさらに、化学的要素、化合物（例えば、ＢＡＦＦのアゴニストおよびアンタゴニスト、ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体）を含む組成物に関し、ここで、このような化学的要素、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストおよびアンタゴニストを含む）ならびに改変体は、ＢＡＦＦの構造座標またはその一部によって合理的に設計される。本発明はさらに、被験体における不適切なまたは異常なＢＡＦＦの活性化または不活化に関連する状態を処置するための、上記で確認された化学的要素、化合物（例えば、ＢＡＦＦのアゴニストおよびアンタゴニスト）ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体の使用に関する。
【００１６】
本発明はまた、ＢＡＦＦの分子または分子複合体の三次元構造表示を生成するためのコンピュータ（データ記憶材料を含む記憶媒体を備える）を提供し、そして、１）ＢＡＦＦに関連する化学的要素および化合物、２）化合物（例えば、ＢＡＦＦの潜在的なアゴニストまたはアンタゴニスト）、ならびに３）ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を設計するために、これらの三次元表示を使用することについての方法を、コンピュータ手段を使用して、化学的要素、化合物（例えば、ＢＡＦＦのアゴニストおよびアンタゴニスト）ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体と、本発明の分子または分子複合体との間のフィッティング操作を実施することによって、提供する。本発明はまた、化学的要素、化合物（例えば、ＢＡＦＦのアゴニストおよびアンタゴニスト、ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を提供し、そしてこれら化学的要素、化合物ならびに改変体を含む組成物を提供する。
【００１７】
本発明はまた、ＢＡＦＦの改変体を設計する方法を提供する。好ましい実施形態において、これらの方法によって設計されたＢＡＦＦの改変体は、ＢＡＦＦに結合するレセプターのサブセットに結合する。別の好ましい実施形態において、ＢＡＦＦの改変体は、ネイティブのＢＡＦＦより高いかまたは低い親和性で、１つ以上のＢＡＦＦのレセプターに結合する。本発明はまた、これらのＢＡＦＦ改変体を提供する。
【００１８】
前述の目的および他の目的（例えば、ＡＰＲＩＬの相同性モデルを使用して、化学的要素、ＢＡＦＦのアゴニストおよびアンタゴニストを含む化合物、ならびにＡＰＲＩＬのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を設計する方法）、本発明特徴および利点ならびに本発明自体は、以下の好ましい実施形態の説明からより完全に理解される。
【００１９】
（発明の詳細な説明）
以下の議論は、本発明が実施され得る種々の文脈および環境を実証および例示し、そして本発明の特定の実施形態を提供する。
【００２０】
本明細書および特許請求の範囲の全体を通じて、語「包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、またはそのバリエーション（例えば、「包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」あるいは「包含している（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」）は、記述された完全体または完全体の群の包含を意味するが、他の任意の完全体の除外も完全体の群の除外も意味しないように、理解される。
【００２１】
さらに、ＢＡＦＦまたはＡＰＲＩＬについて、本明細書および特許請求の範囲の全体を通じて与えられたアミノ酸残基番号は、それぞれ、全長ヒトＢＡＦＦ（図９ａ；配列番号１）または全長ＡＰＲＩＬ（図９ｃ；配列番号３）における番号付けシステムに対応する。
【００２２】
（アミノ酸略号）
Ａ  ＝  Ａｌａ  ＝  アラニン
Ｖ  ＝  Ｖａｌ  ＝  バリン
Ｌ  ＝  Ｌｅｕ  ＝  ロイシン
Ｉ  ＝  Ｉｌｅ  ＝  イソロイシン
Ｐ  ＝  Ｐｒｏ  ＝  プロリン
Ｆ  ＝  Ｐｈｅ  ＝  フェニルアラニン
Ｗ  ＝  Ｔｒｐ  ＝  トリプトファン
Ｍ  ＝  Ｍｅｔ  ＝  メチオニン
Ｇ  ＝  Ｇｌｙ  ＝  グリシン
Ｓ  ＝  Ｓｅｒ  ＝  セリン
Ｔ  ＝  Ｔｈｒ  ＝  トレオニン
Ｃ  ＝  Ｃｙｓ  ＝  システイン
Ｙ  ＝  Ｔｙｒ  ＝  チロシン
Ｎ  ＝  Ａｓｎ  ＝  アスパラギン
Ｑ  ＝  Ｇｌｎ  ＝  グルタミン
Ｄ  ＝  Ａｓｐ  ＝  アスパラギン酸
Ｅ  ＝  Ｇｌｕ  ＝  グルタミン酸
Ｋ  ＝  Ｌｙｓ  ＝  リジン
Ｒ  ＝  Ａｒｇ  ＝  アルギニン
Ｈ  ＝  Ｈｉｓ  ＝  ヒスチジン
（組成物および結晶）
好ましい実施形態に従って、本発明の組成物は、結晶化可能である。これらの組成物は、ＢＡＦＦポリペプチドを含む。
【００２３】
本発明はまた、ＢＡＦＦポリペプチドを含む結晶を提供する。
【００２４】
ＢＡＦＦポリペプチドは、任意のＢＡＦＦポリペプチドであり、好ましくは、ＢＡＦＦのレセプターに特異的に結合し得るポリペプチドである。好ましい実施形態において、ＢＡＦＦポリペプチドは、ＢＡＦＦの細胞外ドメイン、またはその一部を含む。別の好ましい実施形態において、ＢＡＦＦポリペプチドは、ヒトＢＡＦＦ（図９ａ；配列番号１）アミノ酸残基１３６〜２８５からなるポリペプチド（これはＢＣＭＡ−Ｆｃ融合タンパク質に結合する）を含む。好ましい実施形態において、ＢＡＦＦは、ヒトＢＡＦＦ（図９ａおよび９ｂ；配列番号１；配列番号２）である。別の好ましい実施形態において、結晶化可能な組成物は、ＢＡＦＦポリペプチドの三量体を含む。
【００２５】
ＢＡＦＦポリペプチドは、ＢＡＦＦ、またはその一部、および１以上の他のタンパク質を含む融合タンパク質であり得る。この融合タンパク質は、ＢＡＦＦ、またはその一部、および１つ以上のエピトープタグ（例えば、ｍｙｃタグ）を含み得る。
【００２６】
（結晶構造、およびＢＡＦＦの三次元構造を規定する構造座標を用いる方法）
本発明によって提供される結晶化可能な組成物は、Ｘ線結晶学に適用可能である。それゆえに、本発明はまた、結晶化可能な組成物の結晶を包含する。本発明はまた、高分解能（例えば、２．８Å分解能）でのＢＡＦＦポリペプチドのＸ線構造学によって得られるような三次元構造を提供する。実施例１を参照のこと。好ましい実施形態において、このＢＡＦＦポリペプチドは、ＢＡＦＦの細胞外ドメイン（例えば、ヒトＢＡＦＦのアミノ酸１３６〜２８５（図９ｂ；配列番号２または図９ｂ；配列番号１を参照のこと））である。好ましい実施形態において、ＢＡＦＦは、ヒトＢＡＦＦ（図９ａ；配列番号１を参照のこと）である。このＢＡＦＦポリペプチドは、好ましくは、少なくとも１つのＢＡＦＦレセプターに結合し得るポリペプチドであり、すなわち、このＢＡＦＦポリペプチドは、少なくとも１つのＢＡＦＦレセプターに対する結合部位を含む。
【００２７】
好ましい実施形態において、本明細書に記載されるＢＡＦＦまたはＡＰＲＩＬは、ヒトＢＡＦＦまたはヒトＡＰＲＩＬである。
【００２８】
本発明の他の結晶化可能な組成物の三次元構造はまた、当該分野において慣用的なＸ線結晶学技術を用いて、Ｘ線結晶学により決定され得る。
【００２９】
Ｘ線結晶学は、分子要素の構造を決定することを可能にする技術の集合である。これらの技術は、要素の結晶化、Ｘ線回折強度の収集および処理、相の決定（例えば、複数の同形置換、分子置換または差分フーリエ技術による）、ならびにモデル構築ならびに改良を包含する。
【００３０】
ＢＡＦＦポリペプチドの細胞外ドメインの三次元構造は、図８に示される構造座標のセットによって規定される。用語「構造座標」は、結晶形態中のＢＡＦＦポリペプチドの細胞外ドメインの原子によるＸ線の単色光の回折（散乱中心）に対して得られるパターンに関する数式から導き出されるデカルト原子座標をいう。回折データを使用して、結晶の反復単位の電子密度マップを計算する。次いで、この電子密度マップを使用して、ＢＡＦＦポリペプチドの細胞外ドメインの個々の原子の位置を確立する。
【００３１】
本発明の１つの実施形態は、図８に示されるＢＡＦＦポリペプチドアミノ酸の構造座標の少なくとも一部または全部によって規定される分子もしくは分子複合体、またはこの分子または分子複合体のホモログを提供し、ここで、このホモログは、このアミノ酸の骨格原子からの、０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは、０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは、０．００Åと０．５０Åとの間の、平均２乗平方根の偏差を有する。
【００３２】
本発明の別の実施形態は、図８に従った、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される、少なくとも１つのＢＡＦＦアミノ酸または複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標により規定される第１の結合部位を含む分子もしくは分子複合体；またはこの分子もしくは分子複合体のホモログを提供し、ここで、このホモログは、少なくとも１つのＢＡＦＦアミノ酸または複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子から、０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは、０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは、０．００Åと０．５０Åとの間の平均２乗平方根の偏差を有する第２の結合部位を含む。第１または第２の結合部位は、好ましくは、１つ以上のＢＡＦＦレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位である。
【００３３】
好ましくは、本発明の特定の実施形態は、図８に従った、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の構造座標により規定される第１の結合部位を含む分子もしくは分子複合体；またはこの分子もしくは分子複合体のホモログを提供し、ここで、このホモログは、少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子から、０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは、０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは、０．００Åと０．５０Åとの間の平均２乗平方根の偏差を有する第２の結合部位を含む。第１または第２の結合部位は、好ましくは、１以上のＢＡＦＦレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位である。
【００３４】
当業者は、ポリペプチドに対する構造座標のセットが、三次元で形状を規定する相対的な点のセットであることを理解する。従って、まったく異なる座標のセットが、同様の形状または同一の形状であると規定し得ることが可能である。さらに、個々の座標におけるわずかなバリエーションは、全体の形状に少ししか影響しない。
【００３５】
上で議論された座標におけるバリエーションは、構造座標の機械的操作に起因して生成され得る。例えば、図８に示された構造座標は、構造座標の結晶学的置換、構造座標の分割、構造座標のセットへの整数加算もしくは減算、構造座標の反転またはそれらの組み合わせによって操作され得る。
【００３６】
あるいは、アミノ酸の変異、付加、置換および／または欠失に起因して、結晶構造の改変または結晶を形成する任意の成分の他の変化はまた、構造座標のバリエーションを説明し得る。このようなバリエーションが、もとの座標と比較して容認できる標準誤差内である場合、得られる三次元形状は、改変していない結晶の形態と同じであるとみなされる。
【００３７】
従って、種々の計算的分析は、分子もしくは分子複合体、またはそれらの一部が、同じであるとみなされる本明細書中に記載のＢＡＦＦポリペプチド構造の細胞外ドメインのすべてまたはその一部と十分に類似しているか否かを決定する必要がある。このような分析は、現行のソフトウェアアプリケーション（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＱＵＡＮＴＡ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ  Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）バージョン４．１）および添付のユーザーガイドに記載されているように実行され得る。
【００３８】
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎは、異なる構造間、同じ構造の異なる配置間、同じ構造の異なる部分間の比較を可能にする。構造を比較するためのＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙの使用手順は、以下の４つの工程に分割される：１）比較されるべき構造をロードする工程；２）これらの構造における原子等価性を規定する工程；３）フィッティング操作を実施する工程；および４）結果を分析する工程。
【００３９】
各構造は、名称によって同定される。１つの構造は、標的（すなわち、固定された構造）として同定される；残りのすべての構造は、作動している構造（すなわち、動く構造）である。ＱＵＡＮＴＡ内の原子等価性は、利用者の入力によって規定されるので、本発明の目的において、等価な原子（例えば、タンパク質骨格原子（Ｎ、Ｃα、ＣおよびＯ））は、比較されている２つの構造間のすべての保存された残基について規定される。また、厳密なフィッティング操作だけが、考慮される。
【００４０】
厳密なフィッティング方法が使用される場合、作動している構造は、標的構造を有する最適な適合を得るように平行移動および回転される。フィッティング操作は、作動している構造に適用されるべき最適な平行移動および回転を計算するアルゴリズムを使用し、その結果、特定の等価原子対に対して適合値の２乗平均の差違が、絶対的に最小値である。オングストロームで与えられるこの値は、ＱＵＡＮＴＡによって報告される。
【００４１】
本発明の目的のために、０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、さらに好ましくは０．００Åから０．５０Åとの間で保存された残基骨格原子（Ｎ、Ｃα、Ｃ、Ｏ）の平方自乗平均偏差を有する任意の分子または分子複合体が、図８に列挙される構造座標によって記載される、関連する骨格原子の上に重なる場合、同一であるとみなされる。
【００４２】
用語「平方自乗平均偏差」、「ｒ．ｍ．ｓ．偏差」または「ｒ．ｍ．ｓ．位置偏差」は、平均からの偏差の２乗の算数上の意味の平方根を意味する。それは、傾向または目標からの偏差またはバリエーションを表す方法である。本発明の目的のために、「平方自乗平均偏差」は、本明細書中に記載された構造座標によって規定されるようにＢＡＦＦポリペプチドの骨格に関連する部分からタンパク質の骨格内のバリエーションと規定する。
【００４３】
一度、タンパク質結晶の構造座標が決定されると、それらは、他の結晶の構造を解析する際に、有用である。
【００４４】
本発明に従って、ＢＡＦＦポリペプチドの細胞外ドメインを含む分子または分子複合体の構造座標は、機械可読記憶媒体に保存される。機械は、コンピュータであり得る。そのようなデータは、種々の目的（例えば、薬物発見および他のタンパク質結晶Ｘ線結晶学的分析）に対して使用され得る。
【００４５】
ＢＡＦＦ分子もしくはＢＡＦＦ分子複合体またはその結合部位もしくはそれらのホモログの１つに対して生成される構造座標を使用するために、それらを三次元形状に変換する必要がある。このことは、構造座標のセットから、分子もしくは分子複合体またはそれらの一部の三次元グラフィック表示を生成し得る市販されているソフトウェアの利用を通じて達成される。Ｏ（Ｊｏｎｅｓら、Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔ．Ａ４７：ｐ．１１０−９（１９９１））およびＩＮＳＩＧＨＴ  ＩＩ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ，Ｉｎｃ．およびＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ,Ｉｎｃ.,Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ（著作権））（これらに限定されない）を含む市販の図式化ソフトウェアプログラムは、構造座標のセットから分子もしくは分子複合体またはそれらの一部の三次元表示をもたらすことができる。
【００４６】
従って、本発明の１つの実施形態は、図８に示される構造座標セットの一部または全部を含む機械可読データでコードされるデータ保存物質を含む機械可読データ記憶媒体を提供する。機械は、コンピュータであり得る。データ記憶媒体を含むコンピュータはまた、本発明によって提供される。本発明はまた、本発明の機械可読データを処理することによってＢＡＦＦ分子またはＢＡＦＦ分子複合体を三次元表示させるような指示をコンピュータに提供する。本発明のコンピュータは、本発明の構造座標を表示するためのディスプレイをさらに備える。
【００４７】
本発明はまた、ＢＡＦＦ分子またはＢＡＦＦ分子複合体から得られるＸ線回析データに対応する構造座標の少なくとも一部または全部を決定するためのコンピュータを提供する。ここで、そのコンピュータは、以下：
ａ）機械可読データでコードされるデータ保存材料を含む機械可読データ記憶媒体。ここで、そのデータは、図８に従って、ＢＡＦＦポリペプチドの構造座標の少なくとも一部または全部を含む；
ｂ）機械可読データでコードされるデータ保存材料を含む機械可読データ記憶媒体。ここで、そのデータは、その分子または分子複合体から得られたＸ線回析データを含む；および
ｃ）構造座標に（ａ）の機械可読データのフーリエ変換の実施および（ｂ）の機械可読データの処理のための指示
を含む。
本発明のコンピュータは、本発明の構造情報を表示するディスプレイをさらに含む。
【００４８】
本発明はまた、構造が未知である分子または分子複合体のＸ線回析データに対応する構造座標の少なくとも一部を決定するためのコンピュータを提供し、ここで、そのコンピュータは、以下：
ａ）機械可読データでコードされるデータ保存材料を含む機械可読データ記憶媒体。ここで、そのデータは、図８に従う構造座標の少なくとも一部または全部を含む；
ｂ）機械可読データでコードされるデータ保存材料を含む機械可読データ記憶媒体。ここで、そのデータは、その分子または分子複合体のＸ線回析パターンを含む；
ｃ）ａ）およびｂ）の機械可読データを処理するための指示を保存するためのワーキングメモリ；
ｄ）（ａ）の機械可読データのフーリエ変換を実施し、（ｂ）の機械可読データを構造座標に処理するためのワーキングメモリならびにａ）およびｂ）の機械可読データに連結される中央処理装置；および
ｅ）好ましくは、その分子の分子複合体の構造座標を表示するための中央処理装置に連結されたディスプレイを含む。１つの実施形態においては、未知の構造は、ＢＡＦＦの少なくとも一部である。別の実施形態においては、未知の構造は、ＡＰＲＩＬポリペプチドを含む。好ましい実施形態においては、未知の構造は、ＡＰＲＩＬの細胞外ドメインを含む。より好ましい実施形態においては、未知の構造は、ＡＰＲＩＬペプチドのトリマーを含む。
【００４９】
本発明は、以下の三次元表示をもたらすためのコンピュータをさらに提供する：
ａ）図８に示されるＢＡＦＦアミノ酸の構造座標の少なくとも一部または全部によって規定される分子または分子複合体、または
ｂ）その分子または分子複合体のホモログであって、ここでそのホモログは、０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åから０．５０Åとの間のそのアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有し；ここでそのコンピュータは、以下：
（ｉ）機械可読データでコードされるデータ保存材料を含む機械可読データ記憶媒体。ここで、そのデータは、図８に示されるすべてのＢＡＦＦアミノ酸の構造座標の少なくとも一部または全部を含み；そして
（ｉｉ）その機械可読データを三次元表示に処理するための指示
を含む、分子または分子複合体のホモログ、を含む。
【００５０】
本発明はまた、以下の三次元表示をもたらすためのコンピュータを提供する：
ａ）図８に従って、Ｈｉｓ２１８，Ｖａｌ２１９，Ｐｈｅ２２０，Ｇｌｙ２２１，Ａｓｐ２２２，Ｇｌｕ２２３，Ｌｅｕ２２４，Ｓｅｒ２２５，Ｌｅｕ２２６，Ｖａｌ２２７，Ｐｒｏ２６４，Ａｒｇ２６５，Ｇｌｕ２６６，Ｇｌｙ１６１，Ｓｅｒ１６２，Ｔｙｒ１６３，Ａｌａ１５１，Ａｓｐ１５２，Ｓｅｒ１５３，Ｇｌｕ１５４，Ｔｈｒ１５５，Ｐｒｏ１５６，Ｌｅｕ２４０，Ｐｒｏ２４１，Ａｓｎ２４２，Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択されるＢＡＦＦアミノ酸の少なくとも１つまたは複数個の構造座標によって規定される第一の結合部位を含む分子または分子複合体；または
ｂ）その分子または分子複合体のホモログ。ここでそのホモログは、０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åから０．５０Åとの間のＢＡＦＦアミノ酸の少なくとも１つまたは複数個の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第二の結合部位を含む；
ここでそのコンピュータは、以下：
（ｉ）機械可読データでコードされるデータ保存材料を含む機械可読データ記憶媒体。ここで、図８に従って、Ｈｉｓ２１８，Ｖａｌ２１９，Ｐｈｅ２２０，Ｇｌｙ２２１，Ａｓｐ２２２，Ｇｌｕ２２３，Ｌｅｕ２２４，Ｓｅｒ２２５，Ｌｅｕ２２６，Ｖａｌ２２７，Ｐｒｏ２６４，Ａｒｇ２６５，Ｇｌｕ２６６，Ｇｌｙ１６１，Ｓｅｒ１６２，Ｔｙｒ１６３，Ａｌａ１５１，Ａｓｐ１５２，Ｓｅｒ１５３，Ｇｌｕ１５４，Ｔｈｒ１５５，Ｐｒｏ１５６，Ｌｅｕ２４０，Ｐｒｏ２４１，Ａｓｎ２４２，Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択されるＢＡＦＦアミノ酸の少なくとも１つまたは複数個の構造座標を含み；そして
（ｉｉ）その機械可読データを三次元表示に処理するための指示
を含む。
【００５１】
本発明はまた、以下の三次元表示をもたらすためのコンピュータを提供する：
ｃ）図８に従って、Ｈｉｓ２１８，Ｖａｌ２１９，Ｐｈｅ２２０，Ｇｌｙ２２１，Ａｓｐ２２２，Ｇｌｕ２２３，Ｌｅｕ２２４，Ｓｅｒ２２５，Ｌｅｕ２２６，Ｖａｌ２２７，Ｐｒｏ２６４，Ａｒｇ２６５，Ｇｌｕ２６６，Ｇｌｙ１６１，Ｓｅｒ１６２，Ｔｙｒ１６３，Ａｌａ１５１，Ａｓｐ１５２，Ｓｅｒ１５３，Ｇｌｕ１５４，Ｔｈｒ１５５，Ｐｒｏ１５６，Ｌｅｕ２４０，Ｐｒｏ２４１，Ａｓｎ２４２，Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択されるＢＡＦＦアミノ酸の少なくとも４つの構造座標によって規定される第一の結合部位を含む分子または分子複合体；または
ｄ）その分子または分子複合体のホモログ。ここでそのホモログは、０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åから０．５０Åとの間の少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第二の結合部位を含む；
ここでそのコンピュータは、以下：
（ｉ）機械可読データでコードされるデータ保存材料を含む機械可読データ記憶媒体。ここで、そのデータは、図８に従って、Ｈｉｓ２１８，Ｖａｌ２１９，Ｐｈｅ２２０，Ｇｌｙ２２１，Ａｓｐ２２２，Ｇｌｕ２２３，Ｌｅｕ２２４，Ｓｅｒ２２５，Ｌｅｕ２２６，Ｖａｌ２２７，Ｐｒｏ２６４，Ａｒｇ２６５，Ｇｌｕ２６６，Ｇｌｙ１６１，Ｓｅｒ１６２，Ｔｙｒ１６３，Ａｌａ１５１，Ａｓｐ１５２，Ｓｅｒ１５３，Ｇｌｕ１５４，Ｔｈｒ１５５，Ｐｒｏ１５６，Ｌｅｕ２４０，Ｐｒｏ２４１，Ａｓｎ２４２，Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも４つのＢＡＦＦアミノ酸の構造座標を含み；そして
（ｉｉ）その機械可読データを三次元表示に処理するための指示
を含む。
【００５２】
好ましくは、本発明のコンピュータは、本発明の構造座標を表示するためのディスプレイ（コンピュータの画面であり得る）をさらに含む。第一または第二の結合部位は、とりわけ１つ以上のＢＡＦＦレセプターに対する結合部位であり得る。
【００５３】
図５は、これらの実施形態の１つのバージョンを示す。システム１０は、中央処理装置（「ＣＰＵ」）２０、例えば、ＲＡＭ（ランダムアクセスメモリ）または「磁気コア」メモリであり得るワーキングメモリ２２、大容量記憶メモリ２４（例えば、１つ以上のディスクドライブまたはＣＤ−ＲＯＭもしくはＤＶＤ−ＲＯＭドライブ）、１つ以上の陰極線管（「ＣＲＴ」）表示端末２６、１つ以上のキーボード２８、１つ以上の出力回線３０、１つ以上の入力回線４０、従来の二方向システムバス５０によって相互接続されたすべてのものを備える。
【００５４】
入力回線３０によってコンピュータ１１に連結された入力ハードウェア３６は、種々の方法で実行され得る。本発明の機械可読データは、電話回線または専用のデータ回線３４によって連結された１つのモデムまたは複数のモデム３２の使用を介して入力され得る。あるいはまたはさらに、入力ハードウェア３５は、ＣＤ−ＲＯＭドライブもしくはＤＶＤ−ＲＯＭドライブまたはディスクドライブ２４を備え得る。表示端末２６に結合して、キーボード２８はまた、入力デバイスとして使用され得る。
【００５５】
出力回線４０によってコンピュータ１１に連結された出力ハードウェア４６は、従来のデバイスによって同様に実行され得る。例として、出力ハードウェア４６は、本明細書中に記載されるように、ＱＵＡＮＴＡのようなプログラムを使用して本発明の結合部位のグラフ表示するためのＣＲＴ表示端末２６を備え得る。出力ハードウェアはまた、プリンター４２を備え得、その結果、ハードコピー出力がなされるか、または後の使用のためにシステム出力を保存するためのディスクドライブ２４を備え得る。
【００５６】
作動中、ＣＰＵ２０は、様々な入力装置および出力装置３６、４６の使用を調整し、大容量記憶装置２４からのデータアクセス、およびワーキングメモリ２２へのおよびこれからのデータアクセスするデータを調整し、そしてデータ処理工程の順序を決定する。多くのプログラムが、本発明の機械可読データを処理するために使用され得る。このようなプログラムは、本明細書に記述されるような薬剤発見の計算方法を参照して議論される。ハードウェアシステム１０の部品に対する特定の参照は、データ記憶媒体の以下の記述が全体にわたって適切に含まれる。
【００５７】
図６は、図５のシステム１０のようなシステムにより実行され得る機械可読データを符号化し得る磁気データ記憶媒体１００の断面を示しする。媒体１００は、従来型のフロッピー（登録商標）ディスケットまたはハードディスクであり得、これは適切な基板１０１（従来型であり得る）および片面または両面に適切なコーティング（従来型であり得る）を有し、このコーティングは、その極性または配向性は磁気的に変更され得る磁区（見えない）を含む。媒体１００はまた、ディスク・ドライブまたは他のデータ記憶装置（例えば、図５の大容量記憶装置２４）のスピンドルを収容するための開口部（図示されず）を有し得る。
【００５８】
媒体１００のコーティング１０２の磁区は、図５のシステム１０のようなシステムによる実行のための、本明細書に記したような機械可読データを従来型であり得る様式で符号化するため、分極または配向される。
【００５９】
図７は、このような機械可読データで符号化され得る光学的可読データ記憶媒体１１０の断面、または図５のシステム１０のようなシステムにより実行され得る一連の命令を示している。媒体１１０は、従来型のコンパクトディスク読み出し専用メモリまたはＤＶＤディスク読み出し専用メモリ（ＣＤ−ＲＯＭまたはＤＶＤ−ＲＯＭ）、あるいは再書き込み可能媒体（例えば、磁気光学ディスク（光学的に読み取り可能かつ磁気光学的に書き込み可能である））であり得る。媒体１００は、好ましくは適切な基板１１１（従来型であり得る）、および適切なコーティング１１２（従来型で、通常、この基板１１１の一つの片面であり得る）を有する。
【００６０】
ＣＤ−ＲＯＭの場合、周知のとおり、コーティング１１２は、反射性であり、機械可読データを符号化するため、複数のピッチ１１３を印加される。ピッチの配置は、コーティング１１２の表面に反射しているレーザー光により読み取られる。好ましくは実質的に透明である、保護用コーティング１１４は、コーティング１１２上に提供される。
【００６１】
磁気光学ディスクの場合、周知のとおり、コーティング１１２は、ピッチ１１３を有さず、複数の磁区を有している。その磁区の極性または配向は、例えばレーザ（図示せず）により、特定の温度で熱せられた場合、磁気的に変化され得る。ドメインの配向はコーティング１１２から反射したレーザー光の偏光を測定することにより読み取られ得る。このドメインの配置は、上記のように、データーを符号化する。
【００６２】
初めに、本発明は、化学物質および化合物（例えば、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト）の設計、選択、および合成のための構造を基本とした合理的な薬物設計技術の使用を可能にする。加えて、本発明は、従来のＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト（ＢＡＦＦの細胞外ドメインに結合可能である）を改良するための構造を基本とした合理的な薬物設計技術の使用を可能にする。
【００６３】
特に有用な、本発明により可能な薬物設計技術は、反復性薬物設計である。反復性薬物設計は、タンパク質と化合物（その化合物は、抗体を含む）との間の会合を、連続的なタンパク質／化合物複合体のセットの三次元構造を、決定または評価することにより至適化するための方法である。
【００６４】
当業者は、天然のレセプターまたは基質と、その対応するリガンド（例えば、ＢＡＦＦ）または酵素の結合部位との会合が作用の多くの生物学的機構の基礎であることを理解する。同様に、多くの薬剤（モノクローナル抗体を含む）は、その生物学的効果を、例えば、リガンド（例えば、ＢＡＦＦのような）、レセプター（例えば、ＢＡＦＦのレセプターの１つのような）の結合部位と酵素の会合を介して、発揮する。このような会合は、結合部位のすべてまたは任意の部分と起こり得る。このような会合の理解は、それらの標的リガンド（例えばＢＡＦＦ）、レセプターまたは酵素とより好ましい会合、従って改善された生物学的効果を有する薬物の設計を導く助けとなる。従って、この情報は、リガンド（例えば、ＢＡＦＦ）、レセプターおよび酵素と結合する、潜在的な化学物質または合成化合物の設計において価値がある。このような合成化合物は、リガンド（例えば、ＢＡＦＦ）、レセプターおよび酵素のアゴニストまたはアンタゴニストとして働く。
【００６５】
本明細書で使用される場合、用語「結合部位」とは、その形状の結果として、好ましくは、特に別のタンパク質、化学物質、合成化合物または抗体、あるいはそれらの抗原結合フラグメントと会合するタンパク質の領域についていう。例えば、ＢＡＦＦは、３つの既知のレセプター、ＢＣＭＡ、ＴＡＣＩおよびＢＡＦＦ−Ｒのそれぞれに対する結合部位を有する。
【００６６】
本発明はまた、１つ以上のＢＡＦＦレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位を検出する方法を提供する。一つの実施形態において、１つ以上のＢＡＦＦレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位は、これらのレセプターの既知の相同なＴＮＦファミリーメンバーの結合部位の位置に基づいて決定される。例えば、実施例１を参照のこと。好ましい実施形態において、１つ以上のＢＡＦＦレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位は、以下の工程を含む方法により決定される：
（ａ）生化学的手段により、生化学的構造−機能データを生成する工程であって、このデータは、ＢＡＦＦの１つ以上のアミノ酸残基を含み、これらのアミノ酸残基は、変異した場合、ＢＡＦＦと１つ以上のＢＡＦＦレセプターとの間の結合が減少する（すなわち、例えば、このデータは、ＢＡＦＦの１つ以上の特定のアミノ酸残基の変異の結果、ＢＡＦＦとＢＡＦＦの１つ以上のレセプター間との結合が減少することを示す）工程；および
（ｂ）このデータを使用して、図８に従う１つ以上のＢＡＦＦレセプターと相互作用するＢＡＦＦ構造座標のアミノ酸残基を規定する、工程。
より好ましい実施形態において、１つ以上のＢＡＦＦレセプターの結合部位は、ＢＡＦＦ、ＢＡＦＦのレセプターの共結晶構造に結合するその一部、およびそのレセプター、またはＢＡＦＦに結合するそのレセプターの一部を決定することにより決定される。すべてのＢＡＦＦレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位は、ＢＡＦＦおよびそのレセプターそれぞれの共結晶構造を決定することにより決定され得る。
【００６７】
反復性薬物設計において、そのタンパク質と結合する化合物、化学物質または別のタンパク質と複合体化した、一連のタンパク質の結晶が得られ、次いで、それぞれの分子または分子複合体の三次元構造が解析される。このようなアプローチは、それぞれの複合体の、タンパク質と化合物または化学物質との間の会合の洞察を提供する。これは、アゴニスト活性またはアンタゴニスト活性を有するタンパク質、化合物または化学物質を選択し、この新しいタンパク質／タンパク質、化合物または化学物質複合体の結晶を得、この複合体の三次元構造を解析し、そして新しいタンパク質／タンパク質、化合物または化学物質複合体と以前に解析されたタンパク質／タンパク質、化合物または化学物質複合体との間の会合を比較することにより成し遂げられる。タンパク質、化合物または化学物質の会合における変化が、タンパク質／タンパク質、化合物または化学物質にどのように影響を与えるかを観察することにより、これらの会合は、至適化され得る。
【００６８】
いくつかの場合、反復性薬物設計は、連続的なタンパク質／タンパク質複合体、タンパク質／化合物複合体またはタンパク質／化学物質複合体を形成し、次いでそれぞれ新しい複合体を結晶化することによって実施される。あるいは、予め形成したタンパク質結晶を、別のタンパク質、化合物または化学物質が存在中に浸し、それにより、タンパク質／タンパク質複合体、タンパク質／化合物複合体またはタンパク質／化学物質複合体を形成し、それぞれの複合体の結晶化の必要性を排除する。
【００６９】
図８に示したＢＡＦＦの構造座標は、別の結晶化分子または、結晶化分子複合体に関する構造情報を得ることを助けるために使用され得る。これは、分子置換を含む、多くの周知の技術のいずれかにより成し遂げられる。この方法は、ＢＡＦＦ変異体およびＢＡＦＦホモログ（一つのホモログは、ＡＰＲＩＬである）の構造を決定するために特に有用である。
【００７０】
図８に示した構造座標はまた、そのタンパク質と３０％以上の相同性有するタンパク質の相同性モデルを作成するために使用され得る。図８に示したＢＡＦＦの構造座標を使用して作成されたヒトＡＰＲＩＬの相同性モデルは、実施例２で詳述される。
【００７１】
従って、本発明は、ＢＡＦＦの構造座標を使用して、分子（または、分子複合体）（その構造は未知で、その構造の少なくとも一部は、ＢＡＦＦの構造に類似している（そのような分子の一つはＡＰＲＩＬである））の相同性モデル構造を得る、方法を提供し、その方法は、以下の工程を包含する：
図８に示した構造座標の少なくとも一部（または全部）を適用して、構造が未知の分子の少なくとも一部（または全部）の三次元分子モデルを作成し、その分子の相同性モデル構造を作成する工程。一つの実施形態において、未知の構造は、ＢＡＦＦの構造の少なくとも一部である。別の実施形態において、未知の構造は、ＡＰＲＩＬポリペプチドを含む。好ましい実施形態において、未知の構造は、ＡＰＲＩＬの細胞外ドメインを含む。さらに好ましい実施形態において、未知の構造は、ＡＰＲＩＬポリペプチドの三量体を含む。
【００７２】
本発明はまた、以下の三次元表現を作成するためのコンピュータを提供する：
（ａ）構造が未知であり、その構造の一部が、ＢＡＦＦの構造と類似した、分子または分子複合体の少なくとも一部または全部の相同性モデル構造（この相同性モデル構造は、図１０に示した全てのＡＰＲＩＬアミノ酸の相同性モデル構造座標の少なくとも一部（または全部）により規定される。）；
ここで、このコンピュータは、以下を含む：
（ｉ）機械可読データで符号化されたデータ記憶材料を含む機械可読データ記憶媒体（ここでこのデータは図１０に示されるＡＰＲＩＬアミノ酸のすべての構造座標の少なくとも一部を含む）；および
（ｉｉ）前記機械可読データを前記の三次元表現に処理するための指示書。
上記のコンピュータは、前記の相同性モデル構造座標を表示すためのディスプレイをさらに含み得る。
【００７３】
図８に示した構造座標はまた、ＢＡＦＦの少なくとも一部と類似している少なくともいくつかの構造的特徴を含む分子または分子複合体の三次元構造の少なくとも一部を決定するために使用され得る。特に、別の結晶化分子または結晶化分子複合体に関する構造情報が取得され得る。これは、分子置換を含む、多くの周知技術のいずれかにより達成され得る。
【００７４】
従って、本発明の別の実施形態は、構造が未知の結晶化分子または結晶化分子複合体に関する構造情報を得るために、分子置換を利用する方法を提供する。この方法は、以下の工程を包含する：
（ａ）この結晶化分子または結晶化分子複合体からＸ線回折パターンを作成する工程；および
（ｂ）図８に示した構造座標の少なくとも一部をこのＸ線回折パターンに適用して、構造が未知の分子または分子複合体の三次元電子密度マップを作成する、工程。
【００７５】
好ましくは、結晶化分子または結晶化分子複合体は、ＢＡＦＦポリペプチドを包む。別の好ましい実施形態において、結晶化分子または結晶化分子複合体は、ＡＰＲＩＬポリペプチドを包む。
【００７６】
分子置換を用いることによって、本発明により提供される（および図８に示した）ＢＡＦＦの細胞外ドメインの構造座標のすべてまたは一部が、構造が未知の結晶化分子または結晶化分子複合体の構造を、最初からこのような情報を決定することを試みるより速くかつ効果的に決定するために使用され得る。この方法は、ＢＡＦＦ変異体およびホモログ（このようなホモログの一つが、ＡＰＲＩＬである）の構造決定において、特に有用である。
【００７７】
分子置換は、未知の構造に対する位相の正確な推定を提供する。位相は、直接決定され得ない結晶構造を解析するために用いる式の要素である。分子置換より他の方法によって、位相の正確な値を得ることは、近似および微調整の反復性サイクルを包含し、また結晶構造の解析の大きな妨げとなる時間のかかるプロセスである。しかしながら、少なくとも相同タンパク質を含むタンパク質の結晶構造を解析する場合、既知の構造の位相が未知の構造からの位相の十分な推定を提供する。
【００７８】
従って、分子置換は、図８に従うＢＡＦＦの細胞外ドメインの関連した一部を、構造が未知の分子または分子複合体の結晶の観察されたＸ線パターンを最も良く説明するように、未知の分子および未知の分子複合体の結晶の単位格子内に配向および位置決めすることによって、構造座標が未知の分子または分子複合体の予備モデルを作成する工程を包含する。次いで、位相は、このモデルから計算され、座標が未知の構造の電子密度マップを作成するため、観察されたＸ線回折パターン振幅と合され得る。これは、次いで、未知の結晶化分子または結晶化分子複合体の最終の、正確な構造を提供するため、任意の周知のモデル構築技術および構造微調整技術に供され得る［Ｅ．Ｌａｔｔｍａｎ，「Ｕｓｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｏｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ」，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１１５，ｐｐ．５５〜７７（１９８５）；Ｍ．Ｇ．Ｒｏｓｓｍａｎｎ，編，「Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ  Ｍｅｔｈｏｄ」，Ｉｎｔ．Ｓｃｉ．Ｒｅｖ．Ｓｅｒ．，Ｎｏ．１３，Ｇｏｒｄｏｎ＆Ｂｒｅａｃｈ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９７２）］。
【００７９】
ＢＡＦＦの細胞外ドメインの任意の部分と十分に相同である任意の結晶化分子または結晶化分子複合体の任意の部分の構造は、この方法で解析され得る。用語「ＢＡＦＦの細胞外ドメインの任意の部分と十分に相同な」は、ＢＡＦＦの細胞外ドメインの任意の部分と比較して、少なくとも２５％の配列相同性を有するタンパク質またはその部分を言う。ある実施形態において、配列相同性は、少なくとも３０％である。ある実施形態において、配列相同性は、少なくとも４０％である。
【００８０】
好ましい実施形態において、分子置換の方法は、分子または分子複合体に関する構造情報を得るために利用される。ここで、分子または分子複合体は、ＢＡＦＦ様ポリペプチドを含む。好ましくは、ＢＡＦＦ様ポリペプチドは、ＢＡＦＦ、その変異体またはそのホモログである（このようなホモログの一つが、ＡＰＲＩＬである）。
【００８１】
この発明によって提供されるようなＢＡＦＦの細胞外ドメインの構造的座標は、ＢＡＦＦ様ポリペプチドの他の結晶形態、好ましくはＢＡＦＦの他の結晶形態；ＢＡＦＦ様ポリペプチド、好ましくはＢＡＦＦの細胞外ドメイン、またはＢＡＦＦ様ポリペプチド；または上記の任意のものを含む複合体の構造を解く際に特に有用である。ＡＰＲＩＬは、ＢＡＦＦ様ポリペプチドである。
【００８２】
このような構造的座標はまた、ＢＡＦＦ様ポリペプチドの結晶、特に一つ以上のＢＡＦＦレセプター、さまざまな化学的実体、化合物（例えば、ＢＡＦＦのアゴニストもしくはアンタゴニスト、またはＢＡＦＦのアゴニストもしくはアンタゴニストの改変体）とともに共複合体化されたＢＡＦＦの細胞外ドメインの構造を解く際にも特に有効である。このアプローチは、化学的実体の間で相互作用、ＢＡＦＦと候補ＢＡＦＦアゴニストもしくは候補ＢＡＦＦアンタゴニストとの相互作用、またはＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストの改変体の相互作用とＢＡＦＦの細胞外ドメインとの間の相互作用に対する最適な部位の決定を可能にする。例えば、異なる型の溶媒にさらされた結晶から集められた高分解能Ｘ線回折データは、それぞれの型の溶媒分子が存在する位置の決定を可能にする。次いで、これらの部位に強固に結合する低分子は、設計され、合成され、ＢＡＦＦアゴニスト活性またはＢＡＦＦアンタゴニスト活性について試験され得る。
【００８３】
上記に述べられたすべての分子または分子複合体は、周知のＸ線回折技術を使用することにより研究され得、そして、Ｘ−ＰＬＯＲ（Ｙａｌｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、（ｃ）１９９２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｉｎｃ．によって配布された、例えば、ＢｌｕｎｄｅｌｌおよびＪｏｈｎｓｏｎ、前出；Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１１４巻および１１５巻、Ｈ．Ｗ．Ｗｙｃｋｏｆｆら偏、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８５）を参照のこと）のようなコンピューターソフトウェアを使用することにより約０．２５以下のＲ作業値に対し１．５〜３．５Å分解能Ｘ線データに対比して洗練され得る。このように、この情報は、ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを最適化するため、およびより重要なことには、新規なまたは改良されたＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを設計するために使用され得る。ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストは、抗体またはその抗原結合フラグメントであり得る。
【００８４】
抗体またはその抗原結合フラグメント、または別のタンパク質であり得る化学的実体または化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストを含む）並びにＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストの改変体は、あてはめ操作を実施することによって計算手段によって設計され得る。化合物は、タンパク質またはポリペプチドのような高分子であり得る。
【００８５】
本発明はまた、化学的実体が本発明の分子もしくは分子複合体、または該分子または分子複合体のホモログと関連する可能性を評価する方法を包含する。
【００８６】
本発明は、化学的実体が以下と会合する可能性を評価するための方法を提供する：
ａ）図８に示すＢＡＦＦアミノ酸の構造座標の少なくとも一部もしくはすべてによって規定される分子もしくは分子複合体；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の該アミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する該分子もしくは分子複合体のホモログ。
この方法は、以下の工程を含む：
（ｉ）該化学的実体と該分子もしくは分子複合体との間、または該化学的実体と該分子もしくは分子複合体のホモログとの間であてはめ操作を実施するための計算手段を使用する工程；および
（ｉｉ）該化学的実体と該分子もしくは分子複合体、または該分子もしくは分子複合体の該ホモログとの間の会合を数量化するための該あてはめ操作の結果を分析する工程。この方法では、分子もしくは分子複合体、または分子もしくは分子複合体のホモログは、好ましくは結合部位を含む；該結合部位は、一つ以上のそのレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位であり得る。上記（ｉ）に記載されるあてはめ操作は、該化学的実体と該分子もしくは分子複合体の結合部位または該分子もしくは分子複合体のホモログの結合部位との間に存在し得る。（ｉｉ）における会合は、該化学的実体と該分子もしくは分子複合体の結合部位または該分子もしくは分子複合体のホモログの結合部位との間の会合であり得る。
【００８７】
この発明はまた、化学的実体が以下と会合する可能性を評価するための方法も提供する：
ａ）図８による、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）もしくは複数のＢＡＦＦアミノ酸によって規定される第１結合部位を含む分子もしくは分子複合体；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の該少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）もしくは複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方自乗平均偏差を有する第２結合部位を含む該分子もしくは分子複合体のホモログ。
この方法は、以下の工程を含む：
（ｉ）該化学的実体と該第一結合部位または該第２結合部位との間であてはめ操作を実施するための計算手段を使用する工程；および
（ｉｉ）該化学的実体と該第一結合部位または該第２結合部位との間の会合を数量化するための該あてはめ操作の結果を分析する工程。
【００８８】
好ましくは、第一結合部位または第２結合部位は、ＢＡＦＦの一つ以上のレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位である。
【００８９】
他のＴＮＦファミリーメンバー（実施例１を参照）に対する相同性によって決定されたように、一つ以上のそのレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位は、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される複数のアミノ酸残基を含んでいる。
【００９０】
また、他のＴＮＦファミリーメンバー（実施例１を参照）に対する相同性によって決定されたように、一つ以上のそのレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位は、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）のアミノ酸残基を含んでいる。
【００９１】
本発明はまた、以下の工程を含むＢＡＦＦの潜在的アゴニストを同定するための方法も含んでいる：
ａ）図８によるＢＡＦＦのアミノ酸の少なくとも一部またはすべての構造座標±０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の該ＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方二乗平均偏差を使用して、分子または分子複合体の３次元構造を作成する、工程；
ｂ）該３次元構造を使用して、該潜在的アゴニストを設計または選択する、工程；
ｃ）該潜在的アゴニストを合成する、工程；および
ｄ）該潜在的アゴニストとＢＡＦＦとを接触させて、該潜在的アゴニストがＢＡＦＦと相互作用する能力を決定する、工程。
【００９２】
本発明はまた、以下の工程を包含するＢＡＦＦの潜在的アンタゴニストを同定するための方法も含んでいる：
ａ）図８によるＢＡＦＦのアミノ酸の少なくとも一部またはすべての構造座標±０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の該ＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方二乗平均偏差を使用して、分子または分子複合体の３次元構造を作成する、工程；
ｂ）該３次元構造を使用して、該潜在的アンタゴニストを設計または選択する、工程；
ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する、工程；および
ｄ）該潜在的アンタゴニストとＢＡＦＦとを接触させて、該潜在的アンタゴニストがＢＡＦＦと相互作用する能力を決定する、工程。
分子または分子複合体は、好ましくは結合部位を含み；該結合部位は、１つ以上のそのレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位であり得る。この方法は、さらに以下の工程を包含し得る：
ｅ）該潜在的アンタゴニストが、ＢＡＦＦとそのレセプターの１つとの間の相互作用を妨げるか否かを決定する、工程。
【００９３】
本発明はまた、以下の工程を含む、ＢＡＦＦの潜在的アンタゴニストを同定するための方法も提供する：
ａ）図８によるＨｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）または複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標±０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の該少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）または複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方二乗平均偏差を使用して、結合部位を含む分子または分子複合体の３次元構造を作成する、工程；
ｂ）該３次元構造を使用して、該潜在的アンタゴニストを設計または選択する、工程；
ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する、工程；および
ｄ）該潜在的アンタゴニストとＢＡＦＦとを接触させて、該潜在的アンタゴニストがＢＡＦＦと相互作用する能力を決定する、工程。
工程ａ）における結合部位は、１つ以上のそのレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位であり得る。この方法は、さらに以下の工程を包含し得る：
ｅ）該潜在的アンタゴニストが、ＢＡＦＦとそのレセプターの１つとの間の相互作用を妨げるかまたはＢＡＦＦを活性化するかを決定する、工程。
【００９４】
この発明はまた、以下の工程を含むＢＡＦＦの潜在的アゴニストを同定するための方法も提供する：
ａ）図８によるＨｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）または複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標±０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）または複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方二乗平均偏差を使用して、結合部位を含む分子または分子複合体の３次元構造を作成する、工程；
ｂ）該３次元構造を使用して、該潜在的アゴニストを設計または選択する、工程；
ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する、工程；および
ｄ）該潜在的アゴニストとＢＡＦＦとを接触させて、該潜在的アゴニストがＢＡＦＦと相互作用する能力を決定する、工程。
工程ａ）における結合部位は、１つ以上のそのレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位であり得る。
【００９５】
ＢＡＦＦの潜在的アゴニストまたは潜在的アンタゴニストは、化合物である。化合物は、例えば、タンパク質またはポリペプチドのような高分子であり得る。
【００９６】
本発明はまた、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体が以下と会合する可能性を評価するための方法も含む：
ａ）図８に示される、ＢＡＦＦアミノ酸の少なくとも一部もしくは全ての構造座標によって規定された分子もしくは分子複合体；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の該アミノ酸の骨格原子からの平方二乗平均偏差を有する該分子または分子複合体のホモログ。
この方法は、以下の工程を包含する：
（ｉ）計算手段を使用して、該改変体と該分子もしくは該分子複合体、または該分子の該ホモログもしくは該分子複合体の該ホモログとの間であてはめ操作を実施する、工程；および
（ｉｉ）該あてはめ操作の結果を分析して、該改変体と該分子もしくは該分子複合体との間、または該改変体と該分子の該ホモログもしくは該分子複合体の該ホモログとの間の会合を数量化する、工程。
分子もしくは分子複合体、または分子のホモログもしくは分子複合体のホモログは、好ましくは結合部位を含み；該結合部位は、１つ以上のそのレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位であり得る。
【００９７】
本発明はまた、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体が以下と関連する可能性を評価するための方法も提供する：
ａ）図８に示される、Ｈｉｓ２１８、Ｖａｌ２１９、Ｐｈｅ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｌｅｕ２２４、Ｓｅｒ２２５、Ｌｅｕ２２６、Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４、Ａｒｇ２６５、Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙ１６１、Ｓｅｒ１６２、Ｔｙｒ１６３、Ａｌａ１５１、Ａｓｐ１５２、Ｓｅｒ１５３、Ｇｌｕ１５４、Ｔｈｒ１５５、Ｐｒｏ１５６、Ｌｅｕ２４０、Ｐｒｏ２４１、Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒ１７１およびＰｈｅ１７２からなる群より選択される少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）もしくは複数のＢＡＦＦアミノ酸の構造座標によって規定される分子もしくは分子複合体の第１結合部位；または
ｂ）０．００Åと１．５０Åとの間、好ましくは０．００Åと１．００Åとの間、より好ましくは０．００Åと０．５０Åとの間の該少なくとも一つ（好ましくは少なくとも４つ）または複数のＢＡＦＦアミノ酸の骨格原子からの平方二乗平均偏差を有する第２結合部位を含む該分子または該分子複合体のホモログ。
この方法は、以下の工程を包含する：
（ｉ）改変体と該第１結合部位または第２結合部位との間であてはめ操作を実施するための計算手段を使用する、工程；および
（ｉｉ）該あてはめ操作の結果を分析して、該改変体と該第１結合部位または該第２結合部位との間の会合を数量化する、工程。
好ましくは、工程ａ）における第１結合部位または工程ｂ）における第２結合部位は、ＢＡＦＦの１つ以上のそのレセプターに対するＢＡＦＦの結合部位である。上記（ｉ）のあてはめ操作は、該改変体と該分子もしくは分子複合体の結合部位、または該分子のホモログもしくは分子複合体のホモログの結合部位との間で可能であり得る。（ｉｉ）の会合は、該改変体と該分子もしくは分子複合体の結合部位、または分子のホモログもしくは分子複合体のホモログの結合部位との間の関連であり得る。
【００９８】
このように、本発明は、改良された特性（例えば、ＢＡＦＦについて増加または減少した結合親和性）を有するＢＡＦＦアゴニストまたはアンタゴニスト改変体を提供する。
【００９９】
本発明はまた、これらの方法によって同定される、化学的実体、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、ＢＡＦＦアゴニストまたはアンタゴニストの改変体、および組成物（例えば、化学的実体、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、ＢＡＦＦアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を含む薬学的組成物）も包含する。
【０１００】
初めて、本発明は、化学的実体、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、およびＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストの改変体を含む）を設計し、選択しそして合成するための分子設計技術の使用を可能にする。
【０１０１】
本発明に従う、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体は、一般的に、２つの因子の考慮に関わる。第１に、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体は、物理的かつ構造的にＢＡＦＦと会合し得なければならない。タンパク質（例えば、ＢＡＦＦ）とその結合パートナーとの会合において重要な非共有結合性の分子相互作用としては、水素結合、ファンデルワースル力および疎水性相互作用が挙げられる。
【０１０２】
第２に、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体は、これらをＢＡＦＦに直接的に会合可能とする立体配座を想定し得なければならない。化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体の特定の部分は、これらの会合に直接的には関与しないが、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体のそれらの部分は、依然として分子の全体的な立体配座に影響し得る。次いで、このことは、効力に対して有意な影響を有し得る。このような構造的要件としては、結合部位（例えば、ＢＡＦＦの活性部位もしくはアクセサリー結合部位）の全体もしくは一部、またはＢＡＦＦと直接的に相互作用するいくつかの化学実体を含む化合物の、官能基の間の間隔に関係した、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、および改変体の、全体的な三次元構造および配向性（ｏｒｉｅｎｔａｔｉｏｎ）が挙げられる。
【０１０３】
化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体の、ＢＡＦＦに対する潜在的な結合の影響を、その実際の合成および試験、または生成および試験の前に、コンピューターモデル化技術の使用によって、分析し得る。所定の化学実体もしくは化合物または改変体の理論上の構造は、ＢＡＦＦとの不十分な相互作用および不十分な会合を示唆する場合、その実体または化合物の合成および試験、または生成およびその特定の改変体の試験は、不要になる。しかし、コンピューターモデル化が強力な相互作用を示す場合、その実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、または改変体は、次いで、生成され得、そして以下に記載されるアッセイを使用して、ＢＡＦＦに結合するその能力、および１つ以上のＢＡＦＦレセプターとの相互作用を阻害する能力について試験され得る。このようにして、所望されないかまたは操作不能な化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、または改変体の生成は不要になる。
【０１０４】
ＢＡＦＦ結合性の化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体もしくはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体は、本発明において規定されるように、化学実体またはフラグメントをＢＡＦＦの結合部位と会合する能力についてスクリーニングされ選択され、一連の工程によって、コンピュータ上で評価され得、そして設計され得る。同様にして、ＢＡＦＦ改変体を獲得し得る。ＢＡＦＦ改変体の例は、以下である：ＢＡＦＦを結合するレセプターのサブセットのみに結合するＢＡＦＦ改変体；ネイティブなＢＡＦＦタンパク質よりも高い親和性または低い親和性で、ＢＡＦＦの特定のレセプターに結合するＢＡＦＦ改変体。例えば、ＢＣＭＡおよびＢＡＦＦ−Ｒは、システインリッチなドメイン（「ＣＲＤ」）を１つのみ有する。ＴＡＣＩの第２ＣＲＤへの結合に関与するＢＡＦＦ残基の変異は、ＢＣＭＡおよびＢＡＦＦ−Ｒに結合し得るが、ＴＡＣＩには結合し得ないＢＡＦＦ改変体を生じるはずである。
【０１０５】
当業者は、ＢＡＦＦと会合する能力、およびより特定すると、ＢＡＦＦの結合部位と会合する能力について、化学実体をスクリーニングするいくつかの方法のうちの１つを使用し得る。このプロセスは、例えば、機械読取り可能な記憶媒体から形成された、図８のＢＡＦＦ構造座標、および本明細書中に記載される正確な結合部位を得るプロセスに基づく、コンピュータの画面上でのＢＡＦＦレセプターについての結合部位の目視検査で始まり得る。次いで、選択された化学実体は、上記のように、ＢＡＦＦの個々の結合部位（例えば、ＢＡＦＦレセプターのうちの１つについてのＢＡＦＦの結合部位）の中で、種々の方向に配置され得るか、またはドッキングされ得る。ドッキングは、例えば、ＱｕａｎｔａまたはＳｙｂｙｌのようなソフトウェアを使用して達成され得、その後、標準的な分子力学の力場（例えば、ＣＨＡＲＭＭおよびＡＭＢＥＲ）を用いて、エネルギー最小化および分子動力学が達成され得る。
【０１０６】
特定のコンピュータープログラムもまた、化学実体を選択するプロセスを支援し得る。これらとしては、とりわけ以下が挙げられる：
１．ＧＲＩＤ（Ｇｏｏｄｆｏｒｄ，Ｐ．Ｊ．，「Ａ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ  ｆｏｒ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ  Ｅｎｅｒｇｅｔｉｃａｌｌｙ  Ｆａｖｏｒａｂｌｅ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｉｔｅｓ  ｏｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ  Ｉｍｐｏｒｔａｎｔ  Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ」，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２８，８４９−８５７頁（１９８５））。ＧＲＩＤは、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｏｘｆｏｒｄ、ＵＫから入手可能である。
２．ＭＣＳＳ（Ｍｉｒａｎｋｅｒ，Ａ．およびＭ．Ｋａｒｐｌｕｓ、「Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ  Ｍａｐｓ  ｏｆ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｉｔｅｓ：Ａ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｃｏｐｙ  Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｍｅｔｈｏｄ」Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１１、２９−３４頁（１９９１））。ＭＣＳＳは、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡから入手可能である。
３．ＡＵＴＯＤＯＣＫ（Ｇｏｏｄｓｅｌｌ，Ｄ．Ｓ．およびＡ．Ｊ．Ｏｌｓｅｎ，「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  Ｄｏｃｋｉｎｇ  ｏｆ  Ｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ  ｔｏ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｂｙ  Ｓｉｍｕｌａｔｅｄ  Ａｎｎｅａｌｉｎｇ」，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，８，１９５−２０２頁（１９９０））。ＡＵＴＯＤＯＣＫは、Ｓｃｒｉｐｐｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＣＡから入手可能である。
４．ＤＯＣＫ（Ｋｕｎｔｚ，Ｉ．Ｄ．ら，「Ａ  Ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅ−Ｌｉｇａｎｄ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ」，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１６１，２６９−２８８頁（１９８２））。ＤＯＣＫは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡから入手可能である。
【０１０７】
一旦適切な化学実体が選択されると、これらは、単独の化合物に組み立てられ得る。組み立ては、ＢＡＦＦの構造座標に関係した、コンピュータ画面上に表示される三次元画像に対して、その化学実体の互いに対する関係の目視調査によって、進行し得る。この後、ＱｕａｎｔａまたはＳｙｂｙｌのようなソフトウェアを使用した、手動のモデル構築が続く。
【０１０８】
化学実体についての上記の評価プロセスは、ＢＡＦＦと会合する化合物について、またはＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体について、同様の様式で実施され得る。
【０１０９】
個々の化学実体を連結するのに当業者を助ける有用なプログラグとしては、以下が挙げられる：
１．  ＣＡＶＥＡＴ（Ｂａｒｔｌｅｔｔ  Ｐ．Ａ．ら、「ＣＡＶＥＡＴ：Ａ  Ｐｒｏｇｒａｍ  ｔｏ  Ｆａｃｉｌｉｔａｔｅ  ｔｈｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ−Ｄｅｒｉｖｅｄ  Ｄｅｓｉｇｎ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ  Ａｃｔｉｖｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ」。「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｐｒｏｂｌｅｍｓ」、Ｓｐｅｃｉａｌ  Ｐｕｂ．、Ｒｏｙａｌ  Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、７８、１８２−１９６頁（１９８９））。ＣＡＶＥＡＴは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｂｅｒｋｅｌｅｙ、ＣＡから入手可能である。
２．ＭＡＣＣＳ−３Ｄのような３Ｄデータベースシステム（ＭＤＬ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｓａｎ  Ｌｅａｎｄｒｏ，ＣＡ）。この領域は、Ｍａｒｔｉｎ，Ｙ．Ｃ．、「３Ｄ  Ｄａｔａｂａｓｅ  Ｓｅａｒｃｈｉｎｇ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ」、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、３５、２１４５−２１５４頁（１９９２））に概説されている。
３．ＨＯＯＫ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡより入手可能）。
【０１１０】
工程毎の様式で、ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニスト、またはＢＡＦＦ結合性化合物を構築することを進める代わりに、上記のように、一度に１つの化学実体、ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニスト、または他のＢＡＦＦ結合性化合物（ＢＡＦＦアゴニスト改変体もしくはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体を含む）は、空の結合部位（例えば、１つ以上のＢＡＦＦレセプターについての結合部位）、またはＢＡＦＦの既知アンタゴニストもしくはＢＡＦＦ結合性化合物のいくらかの部分を必要に応じて含めた空の結合部位（例えば、１つ以上のＢＡＦＦレセプター結合部位、または必要に応じてＢＡＦＦもしくはＢＡＦＦ結合化合物の公知のアンタゴニストのいくらかの部分を含む結合部位）のいずれかを使用して、全体として設計され得るか、または「デノボ」で設計され得る。これらの方法としては、以下が挙げられる：
１．ＬＵＤＩ（Ｂｏｈｍ，Ｈ．−Ｊ．、「Ｔｈｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｐｒｏｇｒａｍ  ＬＵＤＩ：Ａ  Ｎｅｗ  Ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｄｅ  Ｎｏｖｏ  Ｄｅｓｉｇｎ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ」、Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ａｉｄ．Ｍｏｌｅｃ．Ｄｅｓｉｇｎ、６、６１−７８頁（１９９２））。ＬＵＤＩは、Ｂｉｏｓｙｍ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡより入手可能である。
２．ＬＥＧＥＮＤ（Ｎｉｓｈｉｂａｔａ，Ｙ．およびＡ．Ｉｔａｉ、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ、４７、８９８５頁（１９９１））。ＬＥＧＥＮＤは、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡより入手可能である。
３．ＬｅａｐＦｒｏｇ（Ｔｒｉｐｏｓ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯより入手可能）。
【０１１１】
他の分子モデル化技術もまた、本発明に従って利用可能であり得る。例えば、以下を参照のこと：Ｃｏｈｅｎ，Ｎ．Ｃ．ら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、３３、８８３−８９４頁（１９９０）。以下もまた参照のこと：Ｎａｖｉａ，Ｍ．Ａ．およびＭ．Ａ．Ｍｕｒｃｋｏ、「Ｔｈｅ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ」、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、２、２０２−２１０頁（１９９２）。
【０１１２】
一旦、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、またはＢＡＦＦアゴニスト改変体もしくはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体は、上記の方法によって設計されるかまたは選択されると、その化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、または改変体がＢＡＦＦに結合し得る有効性を、コンピュータ上の評価によって試験し得、そして最適化し得る。例えば、ＢＡＦＦ結合性化合物としての機能するよう設計され、そして選択された化合物は、好ましくは、これがネイティブなＢＡＦＦに結合する場合に、結合部位によって占められる容積には重ならない容積もまた妨害しなければならない。有効なＢＡＦＦ結合性化合物は、好ましくは、その結合状態と遊離状態との間のエネルギーについて比較的小さな差異（すなわち、小さな結合崩壊（ｄｅｆｏｒｍａｔｉｏｎ）エネルギー）を示さなければならない。従って、最も有効なＢＡＦＦ結合性化合物は、好ましくは、約１０ｋｃａｌ／ｍｏｌ以下、好ましくは約７ｋｃａｌ／ｍｏｌ以下の結合崩壊エネルギーで設計されるべきである。ＢＡＦＦ結合性化合物は、全体的な結合エネルギーについて同様である１つより多くの立体配座で、ＢＡＦＦと相互作用し得る。これらの場合、結合崩壊エネルギーは、遊離した化合物のエネルギーと、その化合物がタンパク質に結合する場合に観察される立体配座の平均エネルギーとの間の差異であるように採られる。
【０１１３】
ＢＡＦＦに結合するように設計されるかまたは選択された化合物は、さらに、その結合状態で、好ましくはその標的タンパク質との斥力性の静電的相互作用を欠くように、コンピュータ上で最適化され得る。このような非相補的（例えば、静電的）相互作用としては、斥力性の電荷−電荷相互作用、斥力性の双極子−双極子相互作用、および斥力性の電荷−双極子相互作用が挙げられる。具体的には、その化合物がＢＡＦＦに結合される場合、その化合物とタンパク質との間の全静電的相互作用の総計は、好ましくは結合エンタルピーへの中和的または都合の良い寄与を成す。
【０１１４】
特定のコンピューターソフトウェアは、化合物の崩壊エネルギーおよび静電的相互作用を評価するために、当該分野で利用可能である。このような用途のために設計されたプログラムの例としては、以下が挙げられる：Ｇａｕｓｓｉａｎ  ９２、改訂版Ｃ（Ｍ．Ｊ．Ｆｒｉｓｃｈ、Ｇａｕｓｓｉａｎ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ、ＰＡ（著作権）１９９２）；ＡＭＢＥＲ、バージョン４．０（Ｐ．Ａ．Ｋｏｌｌｍａｎ、Ｓａｎ  ＦｒａｎｃｉｓｃｏのＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、（著作権）１９９４）；ＱＵＡＮＴＡ／ＣＨＡＲＭＭ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡ（著作権）１９９４）；およびＩｎｓｉｇｈｔ  ＩＩ／Ｄｉｓｃｏｖｅｒ（Ｂｉｏｓｙｓｍ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ（著作権）１９９４）。これらのプログラムは、例えば、Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｒａｐｈｉｃｓワークステーション（ＩＲＩＳ  ４Ｄ／３５）またはＩＢＭ  ＲＩＳＣ／６０００ワークステーションモデル５５０を使用して実行され得る。他のハードウェアシステムおよびソフトウェアパッケージは、当業者に公知である。
【０１１５】
一旦、ＢＡＦＦ結合性化合物が、上記のように最適に選択されるかまたは設計されると、次いで、その結合特性を改善するかまたは改変するために、その原子または側鎖基のいくつかにおいて、置換が成され得る。一般的に、最初の置換は、保存的である（すなわち、置換基は元の基と概ね同じサイズ、同じ形、同じ疎水性および同じ電荷を有する）。勿論、立体配座を変更することが当該分野で公知の成分が避けられるべきであることは、理解されるべきである。次いで、このように置換された化合物は、上に詳細に記載された、同じコンピュータープログラムによってＢＡＦＦに対する適合の有効性について分析され得る。
【０１１６】
本発明が可能にさせ、そして可能にする別のアプローチは、ＢＡＦＦ（好ましくは、１つ以上のＢＡＦＦレセプターについてのＢＡＦＦの結合部位）に、全体でかまたは部分的に結合し得る化学実体または化合物についての低分子データベースのコンピュータ上のスクリーニングである。このスクリーニングにおいて、結合部位に対するこのような実体の適合の質は、形状相補性によってかまたは推定される相互作用エネルギーによってかのいずれかで判断される。Ｍｅｎｇ，Ｅ．Ｃ．ら、Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．、１３、５０５−５２４頁（１９９２）。
【０１１７】
化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体もしくはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体を設計し、そして得るための、上記と同じ方法は、ＢＡＦＦ改変体を設計し、そして得るために使用され得る。
【０１１８】
（合成化合物）
本発明の化合物は、合成化合物でありえる。１つの実施形態において、本発明の方法によって設計された合成化合物は、約１０００ダルトン以下の分子量を有する。本発明の方法によって設計された合成化合物は、好ましくは、生理条件下で可溶性である。本発明の方法によって設計された合成化合物は、好ましくは、生物利用可能である。本発明の方法によって設計された合成化合物は、好ましくは、経口投与可能である。本発明の方法によって設計された合成化合物は、好ましくは、その標的（ＢＡＦＦ）が生理的濃度で存在する場合に標的に結合し得る。本発明の方法によって設計された合成化合物は、好ましくは、無毒性であるかまたは医療上許容可能な毒性を有する。
【０１１９】
（新規化合物がＢＡＦＦとその１つ以上のレセプターとの間に結合し、そしてその相互作用を阻害することを確認するためのアッセイ）
当業者は、本発明の方法に従って設計された、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、またはＢＡＦＦアゴニスト改変体もしくはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体が、一旦作製されると、ＢＡＦＦに特異的に結合するかどうか、そしてそれらがＢＡＦＦとそのレセプターのうちの１つとの間の相互作用を阻害するかまたはＢＡＦＦアゴニストとして作用するかどうかについて、評価するための従来のアッセイを承知している。
【０１２０】
（被験体における、不適切なＢＡＦＦに誘導される活性化と関連した状態）
本発明の方法に従って設計された、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体、ならびに本発明の方法によって設計された、化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストもしくはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）または改変体、あるいはそれらの組み合わせの１つ以上を含む組成物（例えば、薬学的組成物）を使用して、１つ以上の薬剤と併用可能で、不適切または異常な、ＢＡＦＦ発現またはＢＡＦＦ活性化と関連した状態を患う被験体を処置し得るか、または予防し得る。
【０１２１】
被験体における、不適切または異常な、ＢＡＦＦ発現またはＢＡＦＦ活性化と関連した状態の例としては、とりわけ、以下が挙げられる：全身性エリテマトーデス、ループス腎炎、ループル神経炎（ｌｕｐｕｓ  ｎｅｕｒｉｔｉｓ）、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ｃｈｒｏｎｉｃ  ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ）、気管支炎、気腫、多発性硬化症、ブドウ膜炎、アルツハイマー病、外傷性脊髄損傷、発作、アテローム性動脈硬化症、環状再狭窄（ｃｏｒｏｎａｒｙ  ｒｅｓｔｅｎｏｓｉｓ）、虚血性うっ血性心不全（ｉｓｃｈｅｍｉｃ  ｃｏｎｇｅｓｔｉｖｅ  ｈｅａｒｔ  ｆａｉｌｕｒｅ）、肝硬変、Ｃ型肝炎、糖尿病性ニューロパシー、糸球体腎炎、変形性関節症、慢性関節リウマチ、乾癬、アトピー性皮膚炎、全身性硬化症、放射線誘導性線維症（ｒａｄｉａｔｉｏｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ）、クローン病、潰瘍性大腸（結腸）炎、多発性骨髄腫、および．悪液質。
【０１２２】
被験体における、不適切または異常な、ＢＡＦＦ発現またはＢＡＦＦ活性化と関連した状態としては、とりわけ、以下が挙げられる：癌、自己免疫疾患、アレルギー、所望されない免疫応答、所望されない炎症性応答、ドナーの組織または器官の拒絶、治療剤（例えば、タンパク質）に対する阻害性応答。
【０１２３】
（被験体）
本発明の方法に従って設計された、新規の化学実体、化合物（ＢＡＦＦアゴニストまたはＢＡＦＦアンタゴニストを含む）、およびＢＡＦＦアゴニスト改変体またはＢＡＦＦアンタゴニスト改変体は、不適切な、ＢＡＦＦ発現またはＢＡＦＦ活性化と関連した状態に羅患しているかまたは羅患しそうな、任意の哺乳動物被験体の処置または予防のために、投与され得る。好ましくは、この被験体は霊長類であり、より好ましくはより高等な霊長類であり、最も好ましくはヒトである。別の実施形態において、この被験体は商業的に重要な哺乳動物であり得るか、またはコンパニオンアニマルであり得るか、または他の価値ある動物（例えば、絶滅に瀕した種のメンバー）であり得る。従って、被験体は、とりわけ、ヒツジ、ウマ、ウシ、ヤギ、ブタ、犬、ネコ、ウサギ、モルモット、ハムスター、アレチネズミ、ラットおよびマウスであり得る。
【０１２４】
（投与経路）
本発明に従って設計される、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を含む新規の実体、化合物は、医学的に受容可能である任意の様式で投与され得る。具体的な状況に依存して、局所的または全身的な投与が、所望され得る。局所的な投与は、例えば、結膜下の投与によるものであり得る。好ましくは、新規の実体、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、およびＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を含む）は、経口経路、経腸経路、また非経口経路（例えば、静脈内、動脈内、皮下、筋内、眼窩内、心室内、腹膜内、被膜下、頭蓋内、髄腔内、局所的、または鼻腔内の注射、注入または吸入）によって投与される。新規の実体、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体）はまた、注入ポンプ、あるいは、生体適合性または生体侵食性の徐放性移植物を被験体に移植することによって投与され得る。
【０１２５】
（投薬量および処置の頻度）
一般的には、本明細書に記載の方法は、少なくとも２週間または３週間にわたって、所望する間隔（例えば、１日毎、１週間に２回、１週間に１回、２週間に１回、１月毎、または適切と考えられる他の間隔）で、新規の実体、化合物（本発明の方法に従って設計された、ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、ならびにＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を含む）の投与を含む。投与スケジュールは、被験体内の非適切なＢＡＦＦ活性化または異常なＢＡＦＦ活性化と関連する状態を処置するための必要に応じて調整される。本発明の処置レジメンは、疾患のその後のエピソードの事象において反復され得る。
【０１２６】
不適切または異常なＢＡＦＦの発現または活性化、あるいはそれらに関連する所定の免疫学的状態に関して、患者に投与される特定の化合物のいずれかについて投与の量および頻度は、医学分野および薬理学分野に従事するものの能力および臨床的判断の範囲にある。一般的な、投与量および投与レジメンは、臨床前試験および臨床試験によって、達成され得、これらの試験としては、その化合物の最適な投与パラメーターを決定するための、広範であるが慣用的な研究が挙げられる。このような推奨がなされた後でさえ、実施者は、しばしば、種々の考慮事項（例えば、個体の年齢、医学的状態、体重、性別、および他の医薬品を用いる同時処置）に基づいて様々な被験体に対してそれらの投与量を変更する。新規の、使用されるＢＡＦＦの、実体、化合物、アゴニスト、またはアンタゴニストの各々に対して最適な投薬量およびレジメンを決定することは、医学分野および薬理学分野の当業者にとって慣用的な事項である。
【０１２７】
一般的に、投薬の頻度は、在籍する医師または同等の当業者によって決定され得、１ヶ月よりも長い間隔のような低い頻度投薬の期間に替わって、より高い投薬頻度（例えば、１日または１週間の間隔）の期間を含み得る。
【０１２８】
処置のために、本発明の方法によって設計された、新規の実体、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、あるいはＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を含む）は、薬学的組成物または予防学的組成物中で処方され、その薬学的組成物または予防学的組成物は、それぞれ、薬学的に受容可能なキャリアの中に分散された、それらの実体、化合物の薬学的有効量または予防学的有効量を含む。いくつかの実施形態において、その薬学的組成物または予防学的組成物はまた、薬学的有効量または予防学的有効量の別の医学的に有益な化合物を含み得る。
【０１２９】
（処方物）
一般に、本発明の化学実体、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、あるいはＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を含む）は、薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤中に、懸濁、溶解、または分散される。得られた治療組成物は、レシピエントの恒常性（特に、電解質バランス）に悪影響を与えない。従って、例示的なキャリアは、標準的な生理学的食塩水（０．１５Ｍ  ＮａＣｌ，ｐＨ  ７．０〜７．４）を含む。他の受容可能なキャリアが、当該分野において公知であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｇｅｎｎａｒｏ，ｅｄ．，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，１９９０において記載されている。受容可能なキャリアは、生体適合性、不活性、または生体分解性の塩、緩衝剤、オリゴサッカリドまたはポリサッカリド、ポリマー、粘弾性化合物（例えば、ヒアルロン酸）、粘度改善剤、保存剤などを含み得る。
【０１３０】
本発明の化学実体、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニスト、あるいはＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体を含む）は、薬学的有効量、予防学的有効量、または治療学的有効量で投与され得、この量は、不適切であるかまたは異常であるＢＡＦＦの発現または活性化に関連する状態の危険に瀕しているかまたはそのような状態に罹患している被験体に対して、検出可能な、好ましくは医学的に有益な効果を生じるのに十分な量である。医学的に有益な効果としては、被験体の医学的状態の、予防、阻害、逆転、またはこの状態の悪化の減弱、検出可能な改善が挙げられる。
【０１３１】
（ＡＰＲＩＬ）
実施例２（ここで、ヒトＡＰＲＩＬアミノ酸１１４〜２５０のホモロジーモデルが、構築された；図１０を参照のこと）において例示されるように、ＡＰＲＩＬのホモロジーモデルは、ＢＡＦＦポリペプチドの結晶構造座標に基づき構築され得る。さらに、ＢＡＦＦペプチドの構造座標が、使用されて、本明細書中で議論したように、ＡＰＲＩＬの結晶構造を解明し得る。ＡＰＲＩのレセプターのうち１以上に対するＡＰＲＩＬの結合部位の３次元構造は、ＢＡＦＦの１以上のレセプター対するＢＡＦＦの結合部位を決定するための本明細書中に記載された方法を使用して決定され得る。ＡＰＲＩＬのレセプターに対するＡＰＲＩＬの推定結合部位は、本発明の１実施形態によって、本明細書中おいて、決定される。ヒトＡＰＲＩＬレセプターのうちの１以上に関してヒトＡＰＲＩＬ上のこの推定レセプター結合部位残基としては、以下が挙げられる：Ｇｌｙｌ８８、Ａｒｇｌ８９、Ｇｌｎｌ９０、Ｇｌｕｌ９１、Ｐｒｏ２３０、Ａｒｇ２３１、Ａｌａ２３２、Ｓｅｒｌ３１、Ａｓｐｌ３２、Ｖａｌｌ３３、Ｐｒｏｌ２２、Ｉｌｅｌ２３、Ａｓｎｌ２４、Ａｌａｌ２５、Ｔｈｒｌ２６、Ｓｅｒｌ２７、Ａｒｇ２０６、Ａｌａ２０７、Ｔｙｒ２０８、Ａｌａｌ４１およびＬｅｕｌ４２、ならびに可能な他のヒトＡＰＲＩＬアミノ酸残基。実施例２を参照のこと。ＢＡＦＦの場合のように、ＡＰＲＩＬのレセプターの１以上に対するＡＰＲＩＬの結合部位の３次元表示を生成するコンピュータは、本発明において包含される。
【０１３２】
一旦、ＡＰＲＩＬおよびＡＰＲＩＬのレセプターのうちの１つ以上に対するＡＰＲＩＬの結合部位の３次元構造が所得されると、これらの３次構造を使用して、化学実体、化合物（例えば、ＡＰＲＩＬのアゴニストおよびアンタゴニスト、ならびにＡＰＲＩＬのアゴニストまたはアンタゴニストの改変体）、ならびにそれらの実体、化合物（ＢＡＦＦのアゴニストまたはアンタゴニストあるいは改変体を含む）を含む組成物（薬学的組成物を含む）を、ＢＡＦＦについて本明細書中で記載されたものと同じ様式で、設計および取得し得る。また、一旦、ＡＰＲＩＬのレセプターの１以上に対するＡＰＲＩＬの結合部位の３次元構造が取得されると、それらの構造は、ＡＰＲＩＬタンパク質のレセプターのサブセットに結合し得る新規のＡＰＲＩＬタンパク質、以前はＡＰＲＩＬタンパク質が結合し得なかったレセプターに結合し得る新規のＡＰＲＩＬタンパク質、および天然のＡＰＲＩＬタンパク質よりも高い親和性または低い親和性で、ＡＰＲＩＬレセプターに結合し得る新規のＡＰＲＩＬタンパク質を設計しそしてそれらを取得するために使用され得る。
【０１３３】
ＢＡＦＦの場合のように、ＡＰＲＩＬ改変体およびそれ自体の改変体を生成するための方法が、本発明に含まれる。
【０１３４】
ＢＡＦＦの場合のように、本発明は、図１０において示されるＡＰＲＩＬの構造座標によって定義づけられる分子または分子複合体、ならびにＡＰＲＩＬのレセプターのうちの１以上に対するＡＰＲＩＬの結合部位（実施例２において詳説される）を含む分子または分子複合体を含む。本発明はまた図１０において示されるＡＰＲＩＬの構造座標によって定義づけられる分子または分子複合体、ならびにＡＰＲＩＬのレセプターのうちの１以上に対するＡＰＲＩＬの結合部位（実施例２において詳説される）を含む分子または分子複合体の３次元表示を作成するためのコンピュータも含む。本発明はまた、図１０において示されるＡＰＲＩＬの構造座標によって定義づけられる分子または分子複合体の構造を使用する方法、ならびにＡＰＲＩＬのレセプターのうちの１以上に対するＡＰＲＩＬの結合部位（実施例２において詳説される）を含む分子または分子複合体の構造を使用する方法を含む。
【０１３５】
以下は、本発明の方法および組成物を例示する実施例である。これらの実施例は、限定として解釈されるべきでなく、例示目的のみのために含まれる。
【０１３６】
本明細書中で引用された全ての参考文献は、本明細書中で、参考して援用される。
【実施例】
【０１３７】
（実施例１  ＢＡＦＦポリペプチドの結晶構造の決定）
解像度２．８ÅでのヒトＢＡＦＦのＴＮＦ相同性ドメインの結晶構造が、本明細書中において提供される。その構造座標が、図８において示される。
【０１３８】
ヒトＢＡＦＦ（ｈＢＡＦＦ）のｍｙｃタグ化細胞外フラグメント（残基１３６〜２８５）（図９ｂを参照のこと；配列番号２）を酵母細胞において発現させ、精製し、そして結晶化した。
【０１３９】
組換えｍｙｃ−ｈＢＡＦＦ（そのＮ末端に結合した以下の配列を伴ったＢＡＦＦの残基Ｑ１３６〜Ｌ２８５：ｍｙｃ配列：ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬＮＫＥＬ（配列番号４））を、クローニングして、そして、酵母細胞（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）において発現させた。このタンパク質を、アニオン交換クロマトグラフィー、その後のゲル濾過によって精製した。簡潔には、Ｐｉｃｈｉａ細胞からの上清を、透析し；１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣ１，ｐＨ  ７．２；５０ｍＭ  ＮａＣｌの緩衝液へと交換して；次いで、Ｑカラムにロードして、そして、ＮａＣｌ勾配（５０ｍＭ〜５００ｍＭ）を用いて溶出した。ｍｙｃ−ｈＢＡＦＦの更なる精製を、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ  ７５（２６／７０）カラムを使用するサイズ排除クロマトグラフィーによって達成した。精製したタンパク質を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、その後の、クマシーブルー染色、マウスモノクローナル９Ｅ１０抗体（抗ｍｙｃ抗体）を使用するウェスタンブロット分析およびＮ−末端配列決定によって、分析した。
【０１４０】
結晶化のために、このタンパク質を、ＰＢＳ緩衝液（１５０  ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７），１５０ｍＭ  ＮａＣｌ）中で９ｍｇ／ｍｌまで濃縮した。結晶化条件を、Ｈａｍｐｔｏｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｌｉｇｕｎａ  Ｎｉｇｕｅｌ，ＣＡ）製の結晶スクリーニングキットを用いて決定した。最適サイズの結晶を、３μｌのタンパク質溶液と３μｌのレザバ溶液（８％  ＰＥＧ  ４０００、０．１Ｍ酢酸ナトリウム（ｐＨ４．５））を混合することによって作製されたハンギングドロップ中にて４℃で拡散蒸着法により成長させた。この結晶（６角形の断面を有するロッド状であって、最大の寸法０．２ｍｍ×０．２ｍｍ×１ｍｍを有していた）は、３日〜７日で成長した。
【０１４１】
２５％エチレングリコール、１２％ＰＥＧ４０００、０．１Ｍ酢酸ナトリウム（ｐＨ４．５）を含む溶液中でこの結晶を漸進的に平衡化し、次いで、液体窒素によって瞬間冷凍することによって、この結晶を冷却保護（ｃｒｙｏｐｒｏｔｅｃｔ）した。解像度３．３ÅまでのネイティブのＸ線回折データを、−１７５℃にて、Ｃｕ  Ｋα放射を使用してＲ−軸ＩＶ検出システム（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｗｏｏｄｌａｎｄｓ，ＴＸ）上で収集した。単位格子は、６角形であって、格子寸法ａ＝ｂ＝１２２．１２Å，ｃ＝１５７．５５Åを有していた。ＤＥＮＺＯおよびＳＣＡＬＥＰＡＣＫ（Ｏｔｗｉｎｏｗｓｋｉ，Ｚ．，Ｏｓｃｉｌｌａｔｉｏｎ  Ｄａｔａ  Ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ  Ｐｒｏｇｒａｍ，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＣＣＰ４  ｓｔｕｄｙ  ｗｅｅｋｅｎｄ：ｄａｔａ  ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ．Ｄａｒｅｓｂｕｒｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｗａｒｒｉｎｇｔｏｎ，ＵＫ：Ｓａｗｅｒ，Ｌ．，Ｉｓａａｃｓ，Ｎ．＆  Ｂａｉｌｅｙ，Ｓ．ｅｄｓ．５６−６２（１９９３））を使用したデータ処理によって、空間群がＰ６１またはその鏡像異性のＰ６５であることが示された。Ｍａｔｔｈｅｗｓ係数（Ｍａｔｔｈｅｗｓ，Ｂ．Ｗ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，３３：ｐ．４９１−４９７（１９６８））は、２．８３Å３Ｄａ−１であり、溶媒含有率は５６．１％であって、これは、非対称単位においてＢＡＦＦの２つの３マー（３量体）が存在することを示している。データ統計量を、表１において示した。
【０１４２】
この結晶構造は、多重重原子同型置換法（ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｉｓｏｍｏｒｐｈｏｕｓ  ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ）（ＭＩＲ）によって解かれ、解像度２．８Åまで精緻化された。検索プローブとして種々のＴＮＦ関連構造を利用して、ＣＣＰ４プログラムパッケージ（Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４．Ｔｈｅ  ＣＣＰ４  Ｓｕｉｔｅ：Ｐｒｏｇｒａｍｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５０：ｐ．７６０−７６３）からのプログラムＡＭｏＲｅ（Ｎａｖａｊａ，Ｊ．，ＡＭｏＲｅ：Ａｕｔｏｍａｔｅｄ  Ｐａｃｋａｇｅ  ｆｏｒ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ａ，５０：ｐ．１５７−１６３（１９９４））を用いる分子置換法によってその構造を解く試みは、成功しなかった。その２つのＢＡＦＦ３量体の３回回転軸に対応する明確なピークが、自己回転機能において観測されなかった。これは、ＴＮＦの場合（Ｊｏｎｅｓ，Ｅ．Ｙ．ら，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ａ，．４７（Ｐｔ  ６）：ｐ．７５３−７０（１９９１））と同様に、明らかに、散乱性のパターソンマップ（ｄｉｆｆｕｓｅ  Ｐａｔｔｅｒｓｏｎ  ｍａｐ）に起因する。重原子誘導体（ｈｅａｖｙ  ａｔｏｍ  ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ）についての探索が行なわれ、そして、有用な位相情報が、プログラムＳＯＬＶＥ（Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ，Ｔ．Ｃ．およびＪ．Ｂｅｒｅｎｄｚｅｎ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ，５５（Ｐｔ  ４）：ｐ．８４９−６１（１９９９））を使用することによって、Ｈｇ，Ｐｔ、ＩｒおよびＳｍの誘導体から取得られた（表１）。この得られた電子密度マップ（良度指数（ｆｉｇｕｒｅ  ｏｆ  ｍｅｒｉｔ）：０．４１）は、プログラムＲＥＳＯＬＶＥを用いた密度改変によってかなり改善された（良度指数０．６７）（Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ，Ｔ．Ｃ．，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ，５６：ｐ．９６５−９７２（２０００））。マップの検査によって、ポリペプチド鎖についての連続密度が明らかとなり、そしてこれは、正確な空間群（ｓｐａｃｅ  ｇｒｏｕｐ）がＰ６５であることを示した。ヒトＣＤ４０Ｌの構造（Ｋａｒｐｕｓａｓ，Ｍ．ら，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，３（１２）：ｐ．１４２６（１９９５）およびＫａｒｐｕｓａｓ，Ｍ．ら，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，３：ｐ．１０３１−１０３９（１９９５））に基づくＢＡＦＦの部分モデルが、このマップに手動であてはめられ、ＸＰＬＯＲ（Ｂｒｕｎｇｅｒ，Ａ．Ｔ．，Ｘ−ＰＬＯＲ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ３．０  ：ａ  Ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  Ｘ−ｒａｙ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ  ａｎｄ  ＮＭＲ，Ｎｅｗ  Ｈａｖｅｎ，ＵＳＡ，Ｙａｌｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９９２））を用いて剛体精密化された。初期の結晶学的Ｒ因子は、５０．５％であった。フィッティングされたモデルを使用して、非結晶学的対称演算子（ｎｏｎ−ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ  ｓｙｍｍｅｔｒｙ（ＮＣＳ）ｏｐｅｒａｔｏｒ）を計算した。このモデルから計算した位相は、ＣＣＰ４パッケージ（Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ  Ｃｏｍｐｕ��ａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４．Ｔｈｅ  ＣＣＰ４  Ｓｕｉｔｅ：Ｐｒｏｇｒａｍｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５０：ｐ．７６０−７６３）のＳＩＧＭＡＡを用いて実験的な位相と組み合わされ、溶媒フラッタリング（ｓｏｌｖｅｎｔ  ｆｌａｔｔｅｎｉｎｇ）、ヒストグラムマッチング（ｈｉｓｔｏｇｒａｍ  ｍａｔｃｈｉｎｇ）およびＣＣＰ４パッケージ（Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ  Ｎｏ．４．Ｔｈｅ  ＣＣＰ４  Ｓｕｉｔｅ：Ｐｒｏｇｒａｍｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５０：ｐ．７６０−７６３）のプログラムＤＭを用いて６倍平均法（６−ｆｏｌｄ  ａｖｅｒａｇｉｎｇ）によって改良された。このＲＥＳＯＬＶＥおよびＤＭのマップならびに２Ｆｏ−Ｆｃマップを、グラフィックスプログラムＱＵＡＮＴＡ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を用いて反復モデル構築のために使用した。
【０１４３】
全てのその後の精密化工程を、プログラムＣＮＸ（Ｂｒｕｎｇｅｒ，Ａ．Ｔ．，Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ  ＆  ＮＭＲ  Ｓｙｓｔｅｍ：ａ  Ｎｅｗ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｆｏｒ  Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ．，５４：ｐ．９０５−９２１（１９９８）；およびＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．）を用いて実施した。これらには、最尤ポテンシャル精密化、ねじれ角シュミュレーテッドアニーリング、およびＮＣＳ拘束（ｒｅｓｔｒａｉｎ）を使用するグループ化した（ｇｒｏｕｐｅｄ）Ｂ因子精密化が含まれる。これらのデータの１０％を、Ｒフリー因子の計算のために割り当てた。バルク溶媒補正を、完全なモデルを構築したのちに使用した。シュミレーティッドアニーリングオミットマップを使用して、モデルの信頼をチェックした。精密化の後半段階において、分子の特定の領域に対して、ＮＣＳ拘束を取り除いた。精密化の完了の後に、このモデルのＲワーキング因子（Ｒ−ｗｏｒｋｉｎｇ  ｆａｃｔｏｒ）およびＲフリー因子は、３５〜３．３Åの解像度範囲における、これらのデータ（Ｆ＞２σ）に関して、それぞれ、２２．６％および２６．８％であった。その段階において、解像度２．８Åまでのシンクロトロンデータを、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｙｎｃｒｏｔｒｏｎ  Ｌｉｇｈｔ  Ｓｏｕｒｃｅ（ＮＳＬＳ）のビームラインＸ４Ａで収集して、そして、この構造を、新規のデータに対してさらに精密化した（表１）。最終的な精密化モデルのＲワーキング因子およびＲフリー因子は、３０〜２．８Ａの解像度範囲における、これらのデータ（Ｆ＞２σ）に関して、それぞれ、２１．７％および２５．０％であった（Ｒワーキング因子およびＲフリー因子は、３５〜２．８Åの解像度範囲におけるデータ（Ｆ＞０σ）に関してそれぞれ２２．２％および２５．４％である）。立体化学統計値を、ＰＲＯＣＨＥＣＫ（Ｌａｓｋｏｗｓｋｉ，Ｒ．Ａ．ら，Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．，２６：ｐ．２８３−２９０（１９９３））およびＣＮＸ（Ｂｒｕｎｇｅｒ，Ａ．Ｔ．，Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ  ＆  ＮＭＲ  Ｓｙｓｔｅｍ：Ｎｅｗ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｆｏｒ  Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ．，５４：ｐ．９０５−９２１（１９９８））を用いて算出した。
【０１４４】
静電ポテンシャル面を、ＧＲＡＳＰ（Ｎｉｃｈｏｌｌｓ，Ａ．，ＧＲＡＳＰ：Ｇｒａｐｈｉｃａｌ  Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｕｒｆａｃｅ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｃｏｌｕｍｂｉａ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）（１９９２））を用いて計算した。さらなるデータ統計値を、表１に示す。
【０１４５】
限定された解像度範囲にもかかわらず、ｍｙｃタグおよびＮ末端残基１３６〜１４１を除く全ての残基が、一様に、最終的な２Ｆｏ−Ｆｃ電子密度マップ（図１）において良好に規定された。この結晶の非対称単位は、２つのＢＡＦＦの３量体を含んでいた。最終的な結晶学的なＲワーキングおよびＲフリーは、３０〜２．８Å解像度範囲におけるデータ（Ｆ＞２σ）に対して、それぞれ、２１．７％および２５．０％であった。このモデルは、６個のポリペプチドを構成する８６４アミノ酸残基からなる。水分子を、このモデルには添加しなかった。結合長における平方自乗平均（ｒ．ｍ．ｓ．）偏差は、０．００８Åであり、そして、結合角においては、１．４°であった。全ての非グリシン残基は、Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎダイアグラムの許容された領域にφ／ψ角を有しており、それらの残基の８４．８％は、最も好ましい領域にφ／ψ角を有していた。主鎖原子の平均Ｂ因子は、３７．４Å２であった。結晶学的統計値を、表１にまとめた。
【０１４６】
他のＴＮＦファミリーメンバーと同様に、この結晶化ＢＡＦＦフラグメントは、短縮型ピラミッドの形状に類似の全体形状を有するホモ３量体のタンパク質であった（図２ａおよび２ｂ）。この分子３量体の寸法は、５８Å×５８Å×５４Åであった。各々の単量体（モノマー）は、グリークキートポロジーを有する２つのアンチパラレルβシートのサンドイッチとして折り畳まれた。以下の説明で、このβストランドおよび他の構造特徴に関して、ＴＮＦに導入された記号を、使用する（Ｅｃｋ，Ｍ．Ｊ．およびＳ．Ｒ．Ｓｐｒａｎｇ，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２６４（２９）：ｐ．１７５９５−６０５（１９８９））。内部βシートはモノマー接触に関与しており、βストランドＡ”、Ａ、Ｈ、ＣおよびＦから構成される（図２ａ）。この外側シートは、溶媒露出残基の殆どを含んでおり、Ａ１ストランド、Ａ２ストランド、Ｂ’ストランド、Ｂストランド、Ｇストランド、ＤストランドおよびＥストランドから構成される。このβストランドは、長さが著しく変化するループによって接続されている。このタンパク質のコアは、殆どが疎水性であるが、これはまた、相互作用に関与する埋没した、いくつかの極性残基（例えば、Ｈｉｓ２１０側鎖Ｔｙｒ２０１側鎖との間の残基）を含む。βストランドＥのＣｙｓ２３２とβストランドＦのＣｙｓ２４５とを接続するジスルフィド架橋が観察された。溶媒に対して部分的曝されているＡストランドのＮ末端化末端に遊離システイン（Ｃｙｓ１４６）もまた存在している。
【０１４７】
３つのモノマーは、モノマーのβ鎖とほぼ整列した３倍軸によって互いに関係付けられた。モノマーの接合面は、主として疎水性であり、５つの芳香族側鎖残基（Ｔｙｒ１９２、Ｐｈｅ１９４、Ｔｙｒ１９６、Ｔｙｒ２４６、Ｐｈｅ２７８）が関与していることによって特徴付けられた。３残基クラスターが、錐体の頂点付近の３倍軸上の各々のモノマーからのＧｌｎ２３４によって形成された。約９４５Å２のモノマー溶媒接触可能表面が、三量体を形成するために埋没しており、その表面領域の５６％が疎水性であった。
【０１４８】
異なるＢＡＦＦモノマー由来の等価な残基間でのｒ．ｍ．ｓ．位置偏差は、小さかった（０．６６Å）。この偏差は、いくつかの原子について３．５Å程度の大きさの位置シフトを含むＤ−Ｅループについての立体配座の有意差に大部分は起因した。３つの異なるヘアピン様立体配座が、Ｄ−Ｅループについて認められた。第一の立体配座は、６つ中４つのモノマーによって採用され、Ｇｌｕ２２３のアミド群とＰｈｅ２２０のカルボニル群との間の内部水素結合、および対称関係にある分子との相互作用により安定化された。その他の２つの立体配座は、他の２つのモノマーにそれぞれ採用され、ループへの結晶的接触が全くないことによって特徴付けられた。これらのモノマーのうちの一つにおいて、ループは、Ｇｌｕ２２３の側鎖原子０ε１とＰｈｅ２２０のアミド窒素との間の水素結合によって安定化された。Ｇｌｕ２２３の側鎖はまた、０ε２のＬｙｓ２１６のＮζとの相互作用により安定化された。
【０１４９】
弱い電子密度が、ＢＡＦＦのＦ鎖上のＡｓｎ２４２残基に結合している二触角の複合体型糖質について観察された。結晶化に使用されたタンパク質材料の質量分析は、タンパク質＋高マンノースグリカンに対応するＢＡＦＦ成分の存在を示した。明らかに、結晶化のプロセスは、ＢＡＦＦのグリコシル化された種およびアグリコシル化された種の両方を選択した。電子密度は、糖質残基のモデル構成を許容するのに十分に明らかではなかった。しかし、Ｔｙｒ２０６残基およびＡｒｇ２３１残基が糖質と接触するのは明白である。その領域に近接する結晶的接触はなく、そしてその糖質の残りの部分は、結晶中の大きな溶媒チャネルの中で不規則になっている。
【０１５０】
ＢＡＦＦの全体的な構造は他のＴＮＦファミリーメンバーの構造と類似していたが、ループおよび特定のβ鎖の構造は他のＴＮＦファミリーメンバーのものと比較するとかなり異なった。ＢＡＦＦは、他のファミリーメンバーと低い配列相同性を有する：ＴＮＦ-α、ＬＴ-α、ＣＤ４０ＬおよびＴＲＡＩＬの各々とのＢＡＦＦの配列同一性はそれぞれ２１．５％、２１．５％、１７．４％および２０．１％であり、これは構造的配列に基づいた（図３ａおよび３ｂ）；そして、ＴＮＦ-α、ＬＴ-α、ＣＤ４０ＬおよびＴＲＡＩＬの各々とのＢＡＦＦの等価なＣα原子との対応するｒ．ｍ．ｓ．位置偏差はそれぞれ２．１Å、２．０Å、２．０Åおよび２．４Åである。本明細書中で決定されたＢＡＦＦの結晶構造は、β鎖−Ｅとβ鎖−Ｆとを連結するジスルフィド架橋の存在によって特徴付けられるＴＮＦファミリーメンバータンパク質群の利用可能な最初の構造である。
【０１５１】
ＢＡＦＦの構造は、Ｔｒｐ１６８およびＰｈｅ２７９のようなＴＮＦファミリーメンバーのタンパク質コアの重要な成分である疎水性残基の保存を示した。主要なβ鎖のサイズおよび位置は、著しく短い鎖Ｆを除いては、他のＴＮＦファミリーメンバーのものと類似している。その構造は、鎖Ａと鎖Ａ”とを連結する第一ループがかなり長く、外側のβシートの伸長を形成する２本の短いβ鎖（Ａ１およびＡ２と称する）を含むことを示した。類似しているβ鎖は、Ａ１と同様な、利用可能なＡｐｏ２Ｌ／ＴＲＡＩＬ構造の１つにおいて観察されている、１本の鎖（Ｍｏｎｇｋｏｌｓａｐａｙａ，Ｊ．ら、Ｎａｔ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｂｉｏｌ、６（１１）：Ｐ．１０４８−１０５３（１９９９））を除くこれまでに決定されたＴＮＦファミリーのメンバーの中には観察されていない。Ａ−Ａ”ループの立体配座は、２本の小さなβ鎖、およびよく規定された電子密度によって証明される、その分子の他の部分との他の少数の相互作用によって安定化された。ＢＡＦＦ構造のもう一つの珍しい特性は、Ａ’鎖およびＡ”鎖を連結するループが存在しないことであった。ＢＡＦＦの場合、これらの２本の鎖は、中央にβ隆起を有する１本の連続的なＡ”鎖を形成した。
【０１５２】
錐体の「頂点」に位置されるＢＡＦＦ構造のＣ−Ｄループ構造およびＥ−Ｆループ構造は、ＴＮＦファミリーの他のメンバーのものよりも短かった。これらの短い長さが、十分に規定された電子密度の原因となり得、この電子密度は、ＴＮＦリガンドのこの領域に共通ではない。ＢＡＦＦ構造の最も顕著な特性は、異常に長くかつ、伸長されたＤ−Ｅループ（残基Ｌｙｓ２１６−残基Ｓｅｒ２１５）であった（図２ａおよび２ｂ）。このＤ−Ｅループは、ＴＮＦファミリーの全ての公知のメンバーの中で最長のＤ−Ｅループであるように見え、そして６〜１１アミノ酸残基の挿入に相当した（比較されるＴＮＦメンバーに依存する）。このループは、結晶の３つの異なる立体配座の存在によって証明されるように、可撓性がある。
【０１５３】
Ｇ−Ｈループの構造は、ＴＮＦファミリーメンバーの他の４つの公知の構造において一般に保存されているが、ＢＡＦＦ、特にループのＮ末端部分（Ｐｒｏ２６４−Ａｓｎ２６７）では、顕著に異なる。ループのこの部分は、分子のコアから遠く離れて伸びているのが観察され、そしてＡｓｐ２０３の０δ１とＡｌａ２６８のカルボニル酸素との間の水素結合およびＧｌｎ１５９の０ε１とＡｓｎ２６７のアミド窒素との間の水素結合を含む、いくつかの相互作用によって安定化された。
【０１５４】
鎖Ｅおよび鎖Ｆを連結するジスルフィド架橋は、ＢＡＦＦ分子を安定化することに役割を果たし得る。この架橋は、頻繁に安定化要素（例えば、ＴＮＦαおよびＣＤ４０Ｌに見られるような他のジスルフィド結合、またはＡｐｏ２Ｌ／ＴＲＡＩＬに見られるようなＺｎ２＋結合部位）を含む分子領域の３倍軸に近接して存在した(Ｈｙｍｏｗｉｔｚ，Ｓ．Ｇ．ら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、３９（４）：Ｐ．６３３−４０（２０００））。
【０１５５】
ＢＡＦＦについての構造−機能データおよびＢＡＦＦとその受容体の１つとの複合体の共結晶構造の非存在下で、３つの公知のＢＡＦＦ受容体（ＢＣＭＡ、ＴＡＣＩおよびＢＡＦＦ−Ｒ）についての結合部位の位置は、他のＴＮＦファミリーメンバーについて公知のことの類似によりただ推測され得る。それゆえ、この結合部位は、ＢＡＦＦ三量体の近接するモノマー間に形成される間隙中に位置することが予想される。３つの受容体結合部位は、ＢＡＦＦ三量体ごとに存在することが予想される；大まかには、Ｄ−Ｅループ、Ａ”−Ａループ、Ｃ−ＤループおよびＤ−Ｈループの残基からなり、ＢＡＦＦアミノ酸残基（Ｈｉｓ２１８−Ｖａｌ２２７、Ｐｒｏ２６４−Ｇｌｕ２６６、Ｇｌｙｌ６１−Ｔｙｒｌ６３、Ａｌａｌ５１−Ｐｒｏｌ５６、Ｌｅｕ２４０−Ａｓｎ２４２、Ｓｅｒｌ７１およびＰｈｅｌ７２）を含み、そして、もしかすると他の残基を含む。ＬＴ−αおよびＴＲＡＩＬに関するＢＡＦＦのいかなる結合部位残基の保存もほとんどない。推定結合部位表面の特性は混合されており、正荷電極性残基および負荷電極性残基、非荷電極性残基ならびに疎水性残基を含む。
【０１５６】
公知のＴＮＦリガンド−受容体複合体の２つの場合において、この受容体は、リガンド間隙の全長に沿って結合し、ＴＮＦリガンドと多数の接触をする、伸長された分子であることが観察される。受容体由来の２つの連続したＣＲＤは、２つのパッチに分類され得るＴＮＦリガンドと接触する。この２つのパッチは、頂上のパッチ（パッチＡ）および底面のパッチ（パッチＢ）である（Ｈｙｍｏｗｉｔｚ，Ｓ．Ｇ．ら、Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ、４（４）：Ｐ．５６３−７１（１９９９））。パッチＡは主に第三受容体ＣＲＤとの接触に対応し、パッチＢは主に第二ＣＲＤとの接触に対応する。公知の構造を有する全てのＴＮＦファミリーメンバーにおいて、結合部位間隙は部分的に浅い。
【０１５７】
しかし、ＢＡＦＦの場合、異常に長いＤ−Ｅループ残基の存在は、結果として、間隙の低部（錐体の底面）において比較的深い凹面部位を形成する。この間隙の低部は、受容体結合部位の重要な部分を構成する可能性がある。この部位は、上記のパッチＢに対応する。Ｄ−Ｅループの観察された可動性は、受容体結合のための構造的適応に必要な特性であり得る。静電ポテンシャル表面の計算は、パッチＢ表面の負電荷支配があることを示す（図４）。これらの電荷は、主に空洞の「周縁」に局在化される。これらの電荷の主な原因である残基は、Ａｓｐｌ５２、Ａｓｐ２２２、Ｇｌｕ２２３、Ｇｌｕ２５４、Ａｓｐ２７３およびＡｓｐ２７５である。推定受容体結合部位の残りは、Ａｒｇ２３１残基に起因する小さな正荷電領域を除いては、主に中性電荷を有する。このアルギニンは、ＣＤ４０Ｌにおいて保存され（Ａｒｇ２０７）、ここでこのＡｒｇ２０７は、結合および特異性に対する重要な貢献者であることが見出された（Ｓｉｎｇｈ，Ｊ．ら、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ、７（５）：Ｐ．１１２４−３５（１９９８））。ＢＡＦＦのＡｒｇ２３１は、パッチＡおよびパッチＢの間に位置され、Ａｓｎ２４２残基に付着される糖質と接触する。
【０１５８】
ＢＡＦＦの糖質は、パッチＡに近接する推定受容体結合部位の一部分を占める。糖質が限定されたセットの立体配座を採用される場合を除いて、その糖質はＴＮＦＲ（腫瘍壊死因子受容体）のサイズおよび形状を有する結合受容体と立体衝突する。
【０１５９】
その受容体のいくつかの異常な特性に起因して、構造レベルでＢＡＦＦとその受容体との相互作用を理解することが目的である。ＢＣＭＡおよびＢＡＦＦ−Ｒの細胞外ドメインは、公知の全てのＴＮＦ受容体の中で最小である：これらは１つのＣＲＤに相当するサイズを有する。全てのほかのＴＮＦ受容体は、少なくとも２つのＣＲＤを有し（例えばＴＡＣＩ）、そして通常はおよそ４つのＣＲＤを有する（例えば、ＴＮＦＲおよびＣＤ４０）。いくつかの受容体（例えば、ＴＮＦＲおよびＣＤ４０）のＮ末端ＣＲＤはリガンドとの直接的な接触に関与しないが、そのＮ末端ＣＲＤは、リガンド結合に必要であるようであり、そして、他の重要な機能を有し得る（Ｃｈａｎ，Ｋ．Ｆ．ら、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、１３（４）：ｐｐ．４１９−４２２（２０００））。従って、ＢＡＦＦ受容体の小さなサイズは、これらの分子の機能の異なる局面に十分であるということは注目すべきである。
【０１６０】
他のＴＮＦファミリー受容体についての既存の構造情報は、ＢＡＦＦとその受容体との相互作用のモデル化のためには十分でない。ＢＣＭＡ配列およびＴＡＣＩ配列の解析は、これらのタンパク質がＡ１Ｃ２モチーフを採用し得ることを示唆する（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ、１９２（１）：Ｐ．１２９−３５（２０００））。このモチーフは、リガンド−受容体接触に関与しないＴＮＦＲの第四ＣＲＤにおいて観察されており（Ｎａｉｓｍｉｔｈ，Ｊ．Ｈ．ら、  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ、４（１１）：Ｐ．１２５１−６２（１９９６））、従って、このモチーフはＢＡＦＦ−受容体複合体のモデル化に使用され得ない。さらに、ＢＡＦＦ−Ｒ配列との他の受容体配列いずれかとの満足できるアライメントは、作成しにくい；このことは、ＢＡＦＦ−Ｒ細胞外ドメインが、他のＴＮＦＲファミリーメンバーに関して遠縁であるか、または新規でさえある、折りたたみモチーフに採用され得ることを示す（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら、ＢＡＦＦ−Ｒ，ａ  Ｎｏｖｅｌ  ＴＮＦ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔｈａｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ＢＡＦＦ、Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ（２００１年８月１６日）、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ．ｏｒｇで公開中）およびＴｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００１年９月１４日）；２９３（５５３７）：２１０８−２１１１）。
【０１６１】
ＢＡＦＦが、深い間隙の形成を促進する異常に長いＤ−Ｅループを有する事実は、ＢＡＦＦ受容体、ＢＣＭＡおよびＢＡＦＦ−Ｒのうちの２つの異常に小さいサイズに関係し得る。深い間隙に起因する接触のリガンド−受容体の数における潜在的な増加は、第二ＣＤＲの不在に起因する接触の減少を補填し得る。従って、ＢＣＭＡおよびＢＡＦＦ−Ｒは、ＴＮＦＲの第二ＣＤＲに類似している様式で間隙に結合する可能性がある。
【０１６２】
ＢＡＦＦ間隙の負荷電領域の観察もまた、目的である。なぜなら、ＢＡＦＦ−Ｒ受容体が、特にＮ末端に近接して、異常に多数の正荷電残基を有するタンパク質であるようであるためである（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら、ＢＡＦＦ−Ｒ，ａ  Ｎｏｖｅｌ  ＴＮＦ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔｈａｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ＢＡＦＦ、Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ（２００１年８月１６日）、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ．ｏｒｇ）およびＴｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００１年９月１４日）；２９３（５５３７）：２１０８−２１１１）。静電相補性の明白な存在は、ＢＡＦＦ−Ｒ−ＢＡＦＦ会合の結合エネルギーが重要な静電成分を有し得ることを示唆し得る。密接に関連したＡＰＲＩＬ分子の相同性モデル化は、実施例２に詳細に記載するように、ＡＰＲＩＬは同様な負荷電領域を有さないが、その代わりに、広範に正荷電した領域を有することを示す（図４）。この知見は、ＢＡＦＦ−ＲはＡＰＲＩＬと結合しないという事実に一致する（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら、ＢＡＦＦ−Ｒ，ａ  Ｎｏｖｅｌ  ＴＮＦ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔｈａｔ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ＢＡＦＦ、Ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ（２００１年８月１６日）、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｘｐｒｅｓｓ．ｏｒｇで公開中）およびＴｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００１年９月１４日）；２９３（５５３７）：２１０８−２１１１）。逆に、ＢＣＭＡ配列およびＴＡＣＩ配列は、これらの分子が混合した静電荷を含むことを示す。このことは、これらの分子がＢＡＦＦおよびＡＰＲＩＬの両方に結合するという事実に一致する。上記の考察は、静電相補性に基づく異なるＴＮＦファミリーリガンドと受容体との間の特異性の予測は、十分な構造情報が入手可能である場合に、実現可能であり得ることを示唆する。
【０１６３】
【表１−１】
2005527473.tif 000002
【０１６４】
【表２】
2005527473.tif 000003
【０１６５】
（実施例２  ＡＰＲＩＬの相同モデル構造）
Ｍａｒｔｉｎ，Ａ．Ｃ．ら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  Ｓｕｐｐｌ．、１：ｐ．１４〜２８（１９９７）およびＳａｎｃｈｅｚ，Ｒ．およびＡ．Ｓａｌｉ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ、Ｓｕｐｐｌ（１）：ｐ．５０〜８（１９９７）によれば、３０％またはそれ以上の配列相同性は、有意なレベルの精度の相同性モデル生成に十分である。ＡＰＲＩＬは、ＢＡＦＦと３４％の配列同一性を有する（図３ａ）。従って、ヒトＡＰＲＩＬ３量体のＴＮＦ−相同性領域の相同性モデルは、ＢＡＦＦの結晶構造をテンプレートとして使用することで構築された。ヒトＡＰＲＩＬの相同性モデル構造の座標を図１０に示す。
【０１６６】
ＡＰＲＩＬおよびＢＡＦＦ  ＴＮＦ−相同性領域配列の配列アライメントは、プログラムＱＵＡＮＴＡによって発生し、そして手仕事で精密化された（図３ａ）。ＢＡＦＦのアライメントおよび結晶構造は、プログラムＭＯＤＥＬＥＲ（Ｓａｌｉ，ＡおよびＴ．Ｌ．Ｂｌｕｎｄｅｌｌ、Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ、２１２（２）：ｐ．４０３〜２８（１９９０））とともにヒトＡＰＲＩＬの相同性モデルの生成に使用された。これは、空間の拘束（例えば、ＢＡＦＦ構造からのＣα間距離および二平面角）を使用した自動化されたプログラムであり、拘束の侵害を最小にすることでモデルを生成するプログラムである。ＡＰＲＩＬの３量体は、３つのＢＡＦＦ単量体に関連する同じ転換を適用することで単量体から生成した。
【０１６７】
モデリングに基づいて、ＡＰＲＩＬおよびＢＡＦＦの全体の構造は実に似たものであると予測される。ＢＡＦＦと比較したＡＰＲＩＬにおける主な違いは、Ｄ−Ｅループにおける６残基欠失、Ｅ−Ｆループの頂上における２残基挿入、ＡＰＲＩＬのＡ−Ａ”ループにおける１残基欠損である。３量体形成の界面の形成に関与する芳香族残基は、ＢＡＦＦのＰｈｅ１９４（それはＡＰＲＩＬのロイシンである）を除いて保存される。ＡＰＲＩＬ３量体の単量体間で有意な立体的衝突は存在しない。
【０１６８】
ＡＰＲＩＬのＤ−Ｅループのより短い長さは、有意な構造的違いであって、それはＡＰＲＩＬとＢＡＦＦの間で特異性の違いにおいて役割を担うようである。より短いループサイズの結果として、ＡＰＲＩＬのレセプターの１以上に対するＡＰＲＩＬの推定上のレセプター結合部位は、かなりより浅くなる。特異性の違いの原因となり得る他の構造的違いは、異なる表面上のアミノ酸側鎖であり得る。推定上のレセプター結合部位残基のほとんどは、ＢＡＦＦと比較した場合、パッチＡ近くに位置する連続した領域に存在する残基を除いてＡＰＲＩＬにおいて異なっており、そのパッチの大部分は、Ｅ鎖の残基から成り立っている。１つもしくはそれ以上のＡＰＲＩＬレセプターに対するＡＰＲＩＬの推定レセプター結合部位残基は、Ｇｌｙ１８８、Ａｒｇ１８９、Ｇｌｎ１９０、Ｇｌｕ１９１、Ｐｒｏ２３０、Ａｒｇ２３１、Ａｌａ２３２、Ｓｅｒ１３１、Ａｓｐ１３２、Ｖａｌ１３３、Ｐｒｏ１２２、Ｉｌｅ１２３、Ａｓｎ１２４、Ａｌａ１２５、Ｔｈｒ１２６、Ｓｅｒ１２７、Ａｒｇ２０６、Ａｌａ２０７、Ｔｒｙ２０８、Ａｌａ１４１およびＬｅｕ１４２ならびにおそらく他の残基が挙げられる。ＡＰＲＩＬ３量体の静電気的ポテンシャル表面は、推定レセプター結合部位上に正電荷の優位性が存在することを示す（図４）。これは、ＢＡＦＦの負電荷の優位性と反対である。正ポテンシャルの優位な特徴は、結合部位の中間に位置し、ＢＡＦＦ（Ａｒｇ２３１）において保存されているＡｒｇ１９５に関連がある。
【０１６９】
（等価物）
本発明は、その意図または必須な特徴から逸脱することなく、他の特異的な型において具体化され得る。前実施形態は、従って全てに関して本発明の上記で記載した発明の限定ではなく、例示とみなされるべきである。考察される。特許請求の等価物の意味および範囲内で起こる全ての変化は、特許請求の範囲に含まれることを意図する。
【０１７０】
以下の略号は、図８および１０において使用する。
【０１７１】
「Ａｔｏｍ  ｔｙｐｅ」とは、座標が測定される元素をいう。列中の最初の文字は、元素を規定する。
【０１７２】
「Ｒｅｓｉｄ」とは、アミノ酸残基同一性をいう。ＢＡＦＦまたはＡＰＲＩＬについてのアミノ酸残基の数は、それぞれ、全長ヒトＢＡＦＦ（図９ａ；配列番号１）または全長ＡＰＲＩＬ（図９ｃ；配列番号３）における番号付けシステムに対応する。
【０１７３】
「Ｘ、Ｙ、Ｚ」は、測定された元素の原子位置を規定する。
【０１７４】
「Ｂ」は、原子中心の周囲での原子の移動を維持する熱的因子である。
【０１７５】
「Ｏｃｃ」は、各原子が、座標により特定された位置を占める分子の部分をいう占有因子である。「１」という値は、各原子が、結晶の全分子において同じ立体配座（すなわち、同じ位置）を有することを示す。
【０１７６】
「Ｍｏｌ」とは、非対称ユニットにおける分子をいう。
【図面の簡単な説明】
【０１７７】
【図１】図１は、１．０σずつ等高線を引いた最終２Ｆｏ−Ｆｃ電子密度マップの表示領域の図を示す。
【図２】図２ａは、ＢＡＦＦ三量体のリボン図である。前方の単量体は、標識されたβ鎖を有し、一方、暗い灰色および明るい灰色の後方の単量体は、標識されていない。この図は、ＲＩＢＢＯＮＳ（Ｃａｒｓｏｎ、Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔ．、２４、９５８〜９６１ページ（１９９１））を用いて作成した。図２ｂは、３つのくぼみに沿って眺めた、ＢＡＦＦ三量体の空間充填モデルを示す。矢印は、推定のレセプター結合部位を指し示す。この図は、ＲＩＢＢＯＮＳ（Ｃａｒｓｏｎ、Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔ．、２４、９５８〜９６１ページ（１９９１））を用いて作成した。
【図３ａ】図３ａは、構造的重ね合わせに基づくＴＮＦファミリーメンバーの配列整列を示す。二次構造の割当および番号付けは、ＢＡＦＦに対応する。
【図３ｂ】図３ｂは、ＢＡＦＦの重ね合わされたＣα骨格およびＴＮＦ−α構造を立体的に示す。ＢＡＦＦは暗い灰色、そしてＴＮＦ−αは明るい灰色で示される。この構造のβ鎖は、よく重なり合っているが、β鎖を結合するループは、２つの構造において異なる。
【図４】図４は、ＧＲＡＳＰを用いて計算された静電位に従って明暗をつけた、ＢＡＦＦおよびＡＰＲＩＬの３量体の、溶媒接近可能な表面を示す。より暗く陰をつけられた領域は、正に荷電した領域または負に荷電した領域を示す。可能なＢＡＦＦ−Ｒ二次構造の図がまた、示される。矢印は、ＢＡＦＦ−Ｒ結合部位の推定の位置を指し示す。ＢＡＦＦ構造において、推定のＢＡＦＦ−Ｒ結合部位は、負に荷電し、そしてそれゆえに、正に荷電したＢＡＦＦ−Ｒ二次構造元素を受け入れる（これは正に荷電される）。しかし、ＡＰＲＩＬ構造における推定のＢＡＦＦ−Ｒ結合部位は、正に荷電し、従って、正に荷電したＢＡＦＦ−Ｒ二次構造元素を寄せ付けない。短い垂直線は、ＢＡＦＦ３つのくぼみの軸およびＡＰＲＩＬ３倍軸の適切な方向を示す。
【図５】図５は、図６および図７の記憶媒体によりコードされる指示を実行するのに使用されるシステムの概略図を示す。
【図６】図６は、磁気記憶媒体の断面である。
【図７】図７は、必要に応じて読取り可能なデータ記憶媒体の断面を示す。
【図８】図８（８−１〜８−１０４）は、ヒトＢＡＦＦの細胞外ドメインについての原子構造座標の一覧であり、タンパク質データバンク（ＰＤＢ）フォーマットでのそのポリペプチドの結晶からのＸ線結晶学により誘導される。分子Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｋ、ＬおよびＭは、非対称ユニットにおける２つのＢＡＦＦ三量体を示す。
【図９ａ】図９ａは、全長ＢＡＦＦ（配列番号１）のアミノ酸（ａａ）配列を示す。結晶化された構築物において存在するＢＡＦＦの区間を太字で示す。
【図９ｂ】図９ｂは、２８５融合タンパク質（配列番号２）に対するｍｙｃタグされたヒトＢＡＦＦアミノ酸１３６を示す。ｍｙｃタグを太字で示す。
【図９ｃ】図９ｃは、ヒトＡＰＲＩＬのアミノ酸（ａａ）配列（配列番号３；Ｓｗｉｉｓ−Ｐｒｏｔエントリー０７５８８８）を示す。大括弧内の残基は、残基１１４〜２５０に対応する。
【図１０】図１０（１０−１〜１０−５０）は、タンパク質データバンク（ＰＤＢ）フォーマットでのＡＰＲＩＬの細胞外ドメインについての相同性モデル構造座標を一覧にしたものであり、ＢＡＦＦポリペプチドの結晶からのＸ線回折に基づく相同性モデルにより誘導される。
【配列表】
2005527473.tif 000004
2005527473.tif 000005
2005527473.tif 000006
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2005527473.tif 000008
【図１】
2005527473.tif 000009
【図２】
2005527473.tif 000010
【図３ａ】
2005527473.tif 000011
【図３ｂ】
2005527473.tif 000012
【図４】
2005527473.tif 000013
【図５】
2005527473.tif 000014
【図６】
2005527473.tif 000015
【図７】
2005527473.tif 000016
【図８−１】
2005527473.tif 000017
【図８−２】
2005527473.tif 000018
【図８−３】
2005527473.tif 000019
【図８−４】
2005527473.tif 000020
【図８−５】
2005527473.tif 000021
【図８−６】
2005527473.tif 000022
【図８−７】
2005527473.tif 000023
【図８−８】
2005527473.tif 000024
【図８−９】
2005527473.tif 000025
【図８−１０】
2005527473.tif 000026
【図８−１１】
2005527473.tif 000027
【図８−１２】
2005527473.tif 000028
【図８−１３】
2005527473.tif 000029
【図８−１４】
2005527473.tif 000030
【図８−１５】
2005527473.tif 000031
【図８−１６】
2005527473.tif 000032
【図８−１７】
2005527473.tif 000033
【図８−１８】
2005527473.tif 000034
【図８−１９】
2005527473.tif 000035
【図８−２０】
2005527473.tif 000036
【図８−２１】
2005527473.tif 000037
【図８−２２】
2005527473.tif 000038
【図８−２３】
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【図８−２４】
2005527473.tif 000040
【図８−２５】
2005527473.tif 000041
【図８−２６】
2005527473.tif 000042
【図８−２７】
2005527473.tif 000043
【図８−２８】
2005527473.tif 000044
【図８−２９】
2005527473.tif 000045
【図８−３０】
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【図８−３１】
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【図８−３２】
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【図８−３３】
2005527473.tif 000049
【図８−３４】
2005527473.tif 000050
【図８−３５】
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【図８−３６】
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【図８−３７】
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【図８−３８】
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【図８−３９】
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【図８−４０】
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【図８−４１】
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【図８−４２】
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【図８−４３】
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【図８−４４】
2005527473.tif 000060
【図８−４５】
2005527473.tif 000061
【図８−４６】
2005527473.tif 000062
【図８−４７】
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【図８−４８】
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【図８−４９】
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【図８−５０】
2005527473.tif 000066
【図８−５１】
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【図８−５２】
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【図８−５３】
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【図８−５４】
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【図８−５５】
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【図８−５６】
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【図８−５７】
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【図８−５８】
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【図８−５９】
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【図８−６０】
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【図８−６１】
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【図８−６２】
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【図８−６３】
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【図８−６４】
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【図８−６５】
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【図８−６６】
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【図８−６７】
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【図８−６８】
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【図８−６９】
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【図８−７０】
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【図８−７１】
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【図８−７２】
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【図８−７３】
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【図８−７４】
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【図８−７５】
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【図８−７６】
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【図８−７７】
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【図８−７８】
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【図８−７９】
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【図８−８０】
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【図８−８１】
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【図８−８２】
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【図８−８３】
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【図８−８４】
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【図８−８５】
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【図８−８６】
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【図８−８７】
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【図８−８８】
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【図８−８９】
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【図８−９０】
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【図８−９１】
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【図８−９２】
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【図８−９３】
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【図８−９４】
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【図８−９５】
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【図８−９６】
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【図８−９７】
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【図８−９８】
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【図８−９９】
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【図８−１００】
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【図８−１０１】
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【図８−１０２】
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【図８−１０３】
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【図８−１０４】
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【図９ａ】
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【図９ｂ】
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【図９ｃ】
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【図１０−１】
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【図１０−２】
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【図１０−３】
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【図１０−４】
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【図１０−５】
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【図１０−６】
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【図１０−７】
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【図１０−８】
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【図１０−９】
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【図１０−１０】
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【図１０−１１】
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【図１０−１２】
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【図１０−１３】
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【図１０−１４】
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【図１０−１５】
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【図１０−１６】
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【図１０−１７】
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【図１０−１８】
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【図１０−１９】
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【図１０−２０】
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【図１０−２１】
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【図１０−２２】
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【図１０−２３】
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【図１０−２４】
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【図１０−２５】
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【図１０−２６】
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【図１０−２７】
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【図１０−２８】
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【図１０−２９】
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【図１０−３０】
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【図１０−３１】
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【図１０−３２】
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【図１０−３３】
2005527473.tif 000156
【図１０−３４】
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【図１０−３５】
2005527473.tif 000158
【図１０−３６】
2005527473.tif 000159
【図１０−３７】
2005527473.tif 000160
【図１０−３８】
2005527473.tif 000161
【図１０−３９】
2005527473.tif 000162
【図１０−４０】
2005527473.tif 000163
【図１０−４１】
2005527473.tif 000164
【図１０−４２】
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【図１０−４３】
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【図１０−４４】
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【図１０−４５】
2005527473.tif 000168
【図１０−４６】
2005527473.tif 000169
【図１０−４７】
2005527473.tif 000170
【図１０−４８】
2005527473.tif 000171
【図１０−４９】
2005527473.tif 000172
【図１０−５０】
2005527473.tif 000173
【手続補正書】
【提出日】平成16年5月12日(2004.5.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７７】
【図１】図１は、１．０σずつ等高線を引いた最終２Ｆｏ−Ｆｃ電子密度マップの表示領域の図を示す。
【図２】図２ａは、ＢＡＦＦ三量体のリボン図である。前方の単量体は、標識されたβ鎖を有し、一方、暗い灰色および明るい灰色の後方の単量体は、標識されていない。この図は、ＲＩＢＢＯＮＳ（Ｃａｒｓｏｎ、Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔ．、２４、９５８〜９６１ページ（１９９１））を用いて作成した。図２ｂは、３つのくぼみに沿って眺めた、ＢＡＦＦ三量体の空間充填モデルを示す。矢印は、推定のレセプター結合部位を指し示す。この図は、ＲＩＢＢＯＮＳ（Ｃａｒｓｏｎ、Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔ．、２４、９５８〜９６１ページ（１９９１））を用いて作成した。
【図３ａ】図３ａは、構造的重ね合わせに基づくＴＮＦファミリーメンバーの配列整列（配列番号１のＢＡＦＦの残基１４２〜２８５；配列番号３のＡＰＲＩＬの残基１１１〜２５０；ならびにその順番どおりに、それぞれ、配列番号５〜８）を示す。二次構造の割当および番号付けは、ＢＡＦＦに対応する。
【図３ｂ】図３ｂは、ＢＡＦＦの重ね合わされたＣα骨格およびＴＮＦ−α構造を立体的に示す。ＢＡＦＦは暗い灰色、そしてＴＮＦ−αは明るい灰色で示される。この構造のβ鎖は、よく重なり合っているが、β鎖を結合するループは、２つの構造において異なる。
【図４】図４は、ＧＲＡＳＰを用いて計算された静電位に従って明暗をつけた、ＢＡＦＦおよびＡＰＲＩＬの３量体の、溶媒接近可能な表面を示す。より暗く陰をつけられた領域は、正に荷電した領域または負に荷電した領域を示す。可能なＢＡＦＦ−Ｒ二次構造の図がまた、示される。矢印は、ＢＡＦＦ−Ｒ結合部位の推定の位置を指し示す。ＢＡＦＦ構造において、推定のＢＡＦＦ−Ｒ結合部位は、負に荷電し、そしてそれゆえに、正に荷電したＢＡＦＦ−Ｒ二次構造元素を受け入れる（これは正に荷電される）。しかし、ＡＰＲＩＬ構造における推定のＢＡＦＦ−Ｒ結合部位は、正に荷電し、従って、正に荷電したＢＡＦＦ−Ｒ二次構造元素を寄せ付けない。短い垂直線は、ＢＡＦＦ３つのくぼみの軸およびＡＰＲＩＬ３倍軸の適切な方向を示す。
【図５】図５は、図６および図７の記憶媒体によりコードされる指示を実行するのに使用されるシステムの概略図を示す。
【図６】図６は、磁気記憶媒体の断面である。
【図７】図７は、必要に応じて読取り可能なデータ記憶媒体の断面を示す。
【図８】図８（８−１〜８−１０４）は、ヒトＢＡＦＦの細胞外ドメインについての原子構造座標の一覧であり、タンパク質データバンク（ＰＤＢ）フォーマットでのそのポリペプチドの結晶からのＸ線結晶学により誘導される。分子Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｋ、ＬおよびＭは、非対称ユニットにおける２つのＢＡＦＦ三量体を示す。
【図９ａ】図９ａは、全長ＢＡＦＦ（配列番号１）のアミノ酸（ａａ）配列を示す。結晶化された構築物において存在するＢＡＦＦの区間を太字で示す。
【図９ｂ】図９ｂは、２８５融合タンパク質（配列番号２）に対するｍｙｃタグされたヒトＢＡＦＦアミノ酸１３６を示す。ｍｙｃタグを太字で示す。
【図９ｃ】図９ｃは、ヒトＡＰＲＩＬのアミノ酸（ａａ）配列（配列番号３；Ｓｗｉｉｓ−Ｐｒｏｔエントリー０７５８８８）を示す。大括弧内の残基は、残基１１４〜２５０に対応する。
【図１０】図１０（１０−１〜１０−５０）は、タンパク質データバンク（ＰＤＢ）フォーマットでのＡＰＲＩＬの細胞外ドメインについての相同性モデル構造座標を一覧にしたものであり、ＢＡＦＦポリペプチドの結晶からのＸ線回折に基づく相同性モデルにより誘導される。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2005527473000001.app
【国際調査報告】
2005527473.tif 000174
2005527473.tif 000175
2005527473.tif 000176