(57)【要約】ポリペプチドおよびこのポリペプチドをコードする核酸が開示される。ベクター、宿主細胞、抗体ならびにこのポリペプチドおよびポリヌクレオチドを産生するための組換え方法、ならびにこれらを使用するための方法もまた開示される。さらに具体的には、本発明は、細胞質ポリペプチド、核ポリペプチド、膜結合ポリペプチドおよび分泌型ポリペプチドをコードする核酸、ならびにこれらの核酸およびポリペプチドを産生するためのベクター、宿主細胞、抗体、および組換え方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたポリペプチドであって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列；ならびに
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２】
請求項１に記載のポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列の天然に存在する対立遺伝子改変体のアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項３】
請求項２に記載のポリペプチドであって、ここで、前記対立遺伝子改変体が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９からなる群から選択される核酸配列と単一ヌクレオチドで異なる核酸配列の翻訳であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項４】
前記改変体のアミノ酸配列が、保存的アミノ酸置換含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
単離された核酸分子であって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群から選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｅ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたは該ポリペプチドの改変体の、少なくとも一部をコードする核酸フラグメントであって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、核酸フラグメント；ならびに
（ｆ）  （ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）の相補体を含む、核酸分子、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が天然に存在する対立遺伝子核酸改変体のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項７】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、天然に存在するポリペプチド改変体のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
【請求項８】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９からなる群から選択される核酸配列と単一ヌクレオチドで異なる、核酸分子。
【請求項９】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が以下：
（ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９からなる群より選択されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９からなる群より選択されるヌクレオチド配列と１つ以上のヌクレオチドで異なる、ヌクレオチド配列であって、ただし、そのヌクレオチドの２０％以下が、該ヌクレオチド配列と異なる、ヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）の核酸フラグメント；ならびに
（ｄ）（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１０】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９からなる群より選択されるヌクレオチド配列または該ヌクレオチド配列の相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、核酸分子。
【請求項１１】
請求項５に記載の核酸分子であって、該核酸分子は、以下：
（ａ）第１ヌクレオチド配列であって、前記アミノ酸配列をコードするコード配列と１以上のヌクレオチド配列で異なるコード配列を含み、ただし、該第１ヌクレオチド配列中のコード配列におけるヌクレオチドの２０％以下が、該コード配列と異なる、第１ヌクレオチド配列；
（ｂ）該第１ポリヌクレオチドの相補体である、単離された第２ポリヌクレオチド；ならびに
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１２】
請求項１１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項１３】
前記核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
請求項１２に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する、抗体。
【請求項１６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記抗体がヒト化抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１８】
サンプル中の請求項１に記載のポリペプチドの存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体と接触させる工程；および
（ｃ）該ポリペプチドに結合した抗体の存在または量を決定して、それによって該サンプル中のポリペプチドの存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１９】
サンプル中の請求項５に記載の核酸分子の存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該核酸分子に結合するプローブと接触させる工程；および
（ｃ）該核酸分子に結合した該プローブの存在または量を決定して、それによって該サンプル中の該核酸分子の存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
請求項１に記載のポリペプチドに結合する因子を同定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを該因子と接触させる工程；および
（ｂ）該因子が該ポリペプチドに結合するか否かを決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２１】
請求項１に記載のポリペプチドの発現または活性を調節する因子を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）該因子と該細胞とを接触させる工程；および
（ｃ）該因子が、該ポリペプチドの発現または活性を調節するか否かを決定する工程、
を包含し、それによって、該ペプチドの発現または活性における変化が、該因子の該ポリペプチドの発現または活性の調節を示す、方法。
【請求項２２】
請求項１に記載のポリペプチドの活性を調節するための方法であって、該方法は、請求項１に記載のポリペプチドを発現する細胞サンプルを、該ポリペプチドの活性を調節するのに十分な量で、該ポリペプチドに結合する化合物と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項２３】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項１に記載のポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項２４】
前記被験体がヒトである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項５に記載の核酸を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２６】
前記被験体がヒトである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項１５に記載の抗体を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２８】
前記被験体がヒトである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
請求項１に記載のポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３０】
請求項５に記載の核酸分子および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３１】
請求項１５に記載の抗体および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３２】
請求項２９に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３３】
請求項３０に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３４】
請求項３１に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３５】
ヒト疾患に関連する症候群を処置するための医薬品の製造における治療剤の使用であって、該疾患は、ＮＯＶＸ関連障害から選択され、ここで、該治療剤は、ＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸、およびＮＯＶＸ抗体からなる群より選択される、使用。
【請求項３６】
ＮＯＶＸ関連障害の活性もしくは潜伏のモジュレーターまたはＮＯＶＸ関連障害の素因についてスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
（ａ）ＮＯＶＸ関連疾患について増大した危険にさらされている試験動物に対して、試験化合物を投与する工程であって、ここで、該試験動物は、請求項１に記載のポリペプチドを組換え可能に発現する、工程；
（ｂ）工程（ａ）の化合物を投与する工程の後に、該試験動物における該ポリペプチドの活性を測定する、工程；
（ｃ）該ポリペプチドが投与されていないコントロール動物における該ポリペプチドの活性と、該試験動物における該タンパク質の活性を比較する工程であって、ここで、該コントロール動物と比較した場合の該試験動物における該ポリペプチドの活性における変化が、該試験化合物がＮＯＶＸ関連疾患の潜伏のモジュレーターまたはＮＯＶＸ関連疾患の素因を示す、工程
を包含する、方法。
【請求項３７】
請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記試験動物が組換え試験動物であり、該組換え試験動物は試験タンパク質導入遺伝子を発現するか、野生型試験動物と比較して増大したレベルでプロモーターの制御下において該導入遺伝子を発現し、そして、ここで該プロモーターが該導入遺伝子のネイティブ遺伝子プロモーターではない、方法。
【請求項３８】
第１の哺乳動物被験体における請求項１に記載のポリペプチドの変化したレベルと関連する疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該ポリペプチドの発現レベルを測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該ポリペプチドの量を、該疾患を有さないことが既知であるか、または該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該ポリペプチドの量と、比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の該第１の被験体における該ポリペプチドの発現レベルにおける変化が、疾患の存在または該疾患に対する素因を示す、方法。
【請求項３９】
第１の哺乳動物被験体における請求項５に記載の核酸分子の変化したレベルと関連する疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該核酸の量を測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該核酸の量を、該疾患を有さないことが既知であるかまたは該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該核酸の量と比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の、該第１の被験体における該核酸のレベルにおける変化が、該疾患の存在または該疾患に対する素因を示す、方法。
【請求項４０】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理状態を緩和するに十分な量でポリペプチドを該哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０のうちの少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはそれらの生物学的に活性なフラグメントと、少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドである、方法。
【請求項４１】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を緩和するに十分な量で請求項１５に記載の抗体を該哺乳動物に投与する工程を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本出願は、以下による優先権を主張する：２０００年１２月２９日に出願された米国仮特許出願第６０／２５８，９２８号、２００１年１月２日に出願された同第６０／２５９，４１５号、２００１年１月４日に出願された同第６０／２５９，７８５号、２００１年２月２０日に出願された同第６０／２６９，８１４号、２００１年３月２９日に出願された同第６０／２７９，８３２号、２００１年３月２９日に出願された同第６０／２７９，８３３号、２００１年３月２９日に出願された同第６０／２７９，８６３号、２００１年４月１３日に出願された同第６０／２８３，８８９号、２００１年４月１８日に出願された同第６０／２８４，４４７号、２００１年４月２５日に出願された同第６０／２８６，６８３号、２００１年５月２９日に出願された同第６０／２９４，０８０号、２００１年８月１６日に出願された同第６０／３１２，９１５号、２００１年８月１７日に出願された同第６０／３１３，３２５号、２００１年９月１７日に出願された同第６０／３２２，６９９号、２００１年１１月２６日に出願された米国仮特許出願（まだ割り当てられていないが、関連する代理人整理番号２１４０２−２３４Ｅ４）（これらのそれぞれは、その全てにおいて参考として援用される）。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、ポリヌクレオチドおよびこのようなポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド、ならびにこれらのポリペプチドおよびポリヌクレオチドを産生するためのベクター、宿主細胞、抗体および組換え方法、ならびにこれらを使用するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
（発明の背景）
本発明は、概して、核酸およびそれにコードされるポリペプチドに関する。さらに具体的には、本発明は、細胞質ポリペプチド、核ポリペプチド、膜結合ポリペプチドおよび分泌型ポリペプチドをコードする核酸、ならびにこれらの核酸およびポリペプチドを産生するためのベクター、宿主細胞、抗体、および組換え方法に関する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
（発明の要旨）
本発明は、一部、新規のポリペプチドをコードする核酸配列の発見に基づく。この新規の核酸およびポリペプチドを、本明細書において、ＮＯＶＸ、すなわちＮＯＶ１、ＮＯＶ２、ＮＯＶ３、ＮＯＶ４、ＮＯＶ５、ＮＯＶ６、ＮＯＶ７、ＮＯＶ８、ＮＯＶ９、ＮＯＶ１０、ＮＯＶ１１、ＮＯＶ１２、ＮＯＶ１３、ＮＯＶ１４、ＮＯＶ１５、ＮＯＶ１６、ＮＯＶ１７、ＮＯＶ１８、ＮＯＶ１９およびＮＯＶ２０の核酸およびポリペプチドという。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにその改変体、誘導体、ホモログ、アナログ、およびフラグメントを、本明細書において以降は、総称して「ＮＯＶＸ」核酸配列または「ＮＯＶＸ」ポリペプチド配列と称する。
【０００５】
１つの局面において、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドをコードする単離されたＮＯＶＸ核酸分子を提供し、これは、配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９に開示される核酸に対して同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、このＮＯＶＸ核酸分子は、ＮＯＶＸ核酸配列のタンパク質コード配列を含む核酸分子に相補的な核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、あるいはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体をコードする、単離された核酸を含む。例えば、この核酸は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８および６０のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも８０％同一であるポリペプチドをコードし得る。この核酸は、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９のいずれかの核酸配列を含む、ゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡ分子であり得る。
【０００６】
オリゴヌクレオチド（例えば、ＮＯＶＸ核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９）の少なくとも６個連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドまたはそのオリゴヌクレオチドの相補体）もまた、本発明に含まれる。
【０００７】
実質的に精製されたＮＯＶＸポリペプチド（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、および６０）もまた、本発明に含まれる。特定の実施形態において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ヒトＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列に実質的に同一であるアミノ酸配列を含む。
【０００８】
本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、あるいはそれらのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体に免疫選択的に結合する抗体を特徴とする。
【０００９】
別の局面において、本発明は、治療有効量または予防有効量の治療剤および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物を包含する。この治療剤は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸポリペプチドに特異的な抗体であり得る。さらなる局面において、本発明は、１以上の容器中に、この薬学的組成物の治療有効量または予防有効量を含む。
【００１０】
さらなる局面において、本発明は、ポリペプチドを産生する方法を包含し、この方法は、ＮＯＶＸ核酸を含む細胞を、このＤＮＡによってコードされるＮＯＶＸポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養することによる。所望の場合、次いで、このＮＯＶＸポリペプチドを回収し得る。
【００１１】
別の局面において、本発明は、サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドの存在を検出する方法を包含する。この方法において、サンプルを、このポリペプチドに選択的に結合する化合物と、このポリペプチドとこの化合物との間での複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。この複合体は、存在するならば、検出され、それによって、このサンプル中のＮＯＶＸポリペプチドを同定する。
【００１２】
本発明はまた、これらのＮＯＶＸの発現に基づいて特定の細胞型または組織型を同定するための方法を包含する。
【００１３】
サンプル中のＮＯＶＸ核酸分子の存在を検出する方法もまた本発明に包含され、この方法は、このサンプルに、ＮＯＶＸ核酸プローブまたはプライマーを接触させ、そしてこの核酸プローブまたはプライマーが、このサンプル中のＮＯＶＸ核酸分子に結合したか否かを検出することによる。
【００１４】
さらなる局面において、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドの活性を調節するための方法を提供し、この方法は、このＮＯＶＸポリペプチドを含む細胞サンプルに、このポリペプチドの活性を調節するに十分な量のこのＮＯＶＸポリペプチドに結合する化合物を接触させることによる。この化合物は、例えば、本明細書中にさらに記載されるような、低分子（例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質または他の有機（炭素含有）分子または無機分子）であり得る。
【００１５】
障害または症候群（例えば、本明細書中の個々のＮＯＶＸヌクレオチドおよびＮＯＶＸポリペプチドについて記載された障害もしくは症候群、および／またはこのような他の病理状態および障害を含む）を処置または予防するための医薬の製造における治療剤の使用はまた、本発明の範囲内に包含される。
【００１６】
治療剤は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸ特異的抗体、あるいはそれらの生物学的に活性な誘導体またはフラグメントであり得る。例えば、本発明の組成物は、以下に開示される疾患および障害ならびに／またはこのような他の病理状態および障害に罹患する患者の処置のために効力を有する。このポリペプチドは、本発明に特異的な抗体を産生するための免疫原として、およびワクチンとして使用され得る。これらはまた、潜在的なアゴニストおよびアンタゴニスト化合物についてスクリーニングするために使用され得る。例えば、ＮＯＶＸをコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてＮＯＶＸは、それを必要とする被験体に投与された場合に有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、上に開示される疾患および障害ならびに／またはこのような他の病理状態および障害に罹患する患者の処置に対する効力を有する。
【００１７】
本発明はさらに、例えば、上で開示した疾患および障害ならびに／またはこのような他の病理状態および障害を含む、障害または症候群のモジュレーター（ｍｏｄｕｌａｔｏｒ）についてスクリーニングするための方法を包含する。この方法は、試験化合物をＮＯＶＸポリペプチドと接触させる工程、およびこの試験化合物が上記ＮＯＶＸポリペプチドに結合したか否かを決定する工程を包含する。ＮＯＶＸポペプチドペプチドに対するこの試験化合物の結合によって、この試験化合物が、活性のモジュレーター、あるいは上述の障害または症候群の潜伏または素因のモジュレーターであることが示される。
【００１８】
また、本発明の範囲には、前述の障害または症候群についての危険性の増大した試験動物に対して、試験化合物を投与することによって、活性のモジュレーター、あるいは例えば、上で開示した疾患および障害ならびに／またはこのような他の病理状態および障害を含む、障害もしくは症候群の潜伏もしくは素因のモジュレーターについてスクリーニングする方法が含まれる。試験動物は、ＮＯＶＸ核酸によってコードされる組換えポリペプチドを発現する。次いで、ＮＯＶＸポリペプチドの発現または活性を、この試験動物において測定し、同様に、コントロール動物（これは、ＮＯＶＸポリペプチドを組換え的に発現し、かつ上記の障害についての危険性も上記の症候群についての危険性も増大していない）におけるこのタンパク質の発現または活性を測定する。次いで、試験動物およびコントロール動物の両方におけるＮＯＶＸポリペプチドの発現を比較する。コントロール動物と比較した、試験動物におけるＮＯＶＸポリペプチドの活性の変化は、この試験化合物が、上記の障害または症候群の潜伏のモジュレーターであることを示す。
【００１９】
なお別の局面では、本発明は、被験体（例えば、ヒト被験体）におけるＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸またはその両方のレベルの変化に関連した疾患の存在または素因を決定する方法を含む。この方法は、この被験体由来の試験サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドの量を測定する工程、およびコントロールサンプル中に存在するＮＯＶＸポリペプチドの量に対して、この試験サンプル中におけるこのポリペプチドの量を比較する工程、を包含する。コントロールサンプルと比較した場合の試験サンプルにおけるＮＯＶＸポリペプチドレベルの変化は、この被験体における疾患の存在または素因を示す。好ましくは、この素因としては、例えば、上で開示された疾患および障害ならびに／または他のこのような病理状態および障害の素因が挙げられる。また、本発明の新規なポリペプチドの発現レベルは、種々の癌についてスクリーニングするための方法および癌の病期を決定するための方法において使用され得る。
【００２０】
さらなる局面では、本発明は、病理学的状態を緩和または予防するに十分な量で、被験体（例えば、ヒト被験体）にＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸、またはＮＯＶＸ特異的抗体を投与することにより、哺乳動物における障害に関連した病理学的状態を処置または予防する方法を包含する。好ましい実施形態では、この障害としては、例えば、上で開示された疾患および障害ならびに／または他のこのような病理状態および障害が挙げられる。
【００２１】
なお別の局面において、本発明は、当該分野において一般的に使用される多数の技術のうちのいずれか１つによって、本発明の細胞性レセプターおよび下流のエフェクターを同定する方法において使用され得る。これらの技術としては、ツーハイブリッドシステム、アフィニティ精製、抗体または他の特異的相互作用分子を用いる共沈が挙げられるが、これらに限定されない。他に規定されない限り、本明細書中において使用される全ての専門用語および科学技術用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中に記載された方法および材料と類似または等価な方法および材料が、本発明の実施または試験において使用され得るが、適切な方法および材料を以下に記載する。本明細書中で言及された全ての刊行物、特許出願、特許および他の参考文献が、それらの全体において、参考として援用される。矛盾する場合には、定義を含む本明細書が支配する。さらに、材料、方法および実施例は、例示にすぎず、限定されることは意図されない。
【００２２】
本発明の他の特徴および利点が、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかである。
【００２３】
（発明の詳細な説明）
本発明は、新規なヌクレオチドおよびそれによってコードされるポリペプチドを提供する。新規な核酸配列およびそれらのポリペプチドが本発明に含まれる。それらの配列は、集合的に「ＮＯＶＸ核酸」または「ＮＯＶＸポリヌクレオチド」と呼ばれ、そして対応するコードされるポリペプチドは、「ＮＯＶＸポリペプチド」または「ＮＯＶＸタンパク質」と呼ばれる。他に示されない場合、「ＮＯＶＸ」は、本明細書中に開示された新規な配列のいずれかをいうことを意味する。表Ａは、ＮＯＶＸ核酸およびそれらがコードするポリペプチドの要約を提供する。
【００２４】
【表Ａ】
2005500815.tif 000002
2005500815.tif 000003
ＮＯＶＸ核酸およびそれらがコードするポリペプチドは、種々の適用および状況において有用である。本発明に従う種々のＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドは、以前に記載されたタンパク質に対するドメインおよび配列の関連性の存在に従って、タンパク質ファミリーの新規なメンバーとして有用である。さらに、ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドはまた、ＮＯＶＸポリペプチドが属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定するために使用され得る。
【００２５】
ＮＯＶＸ遺伝子およびそれらの対応するコードされたタンパク質は、例えば、タンパク質治療または遺伝子治療によって医学的状態を予防するため、処置するため、または改善するために有用である。病理状態は、サンプルにおけるこれらの新規タンパク質の量を決定すること、または新規遺伝子における変異の存在を決定することによって診断され得る。１６個遺伝子の各々について、これらが最も高度に発現される組織に基づいた、特定の使用法が、記載される。使用は、種々の疾患および障害の診断または処置のための製品を開発する工程を包含する。
【００２６】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドはまた、分子（これは、ＮＯＶＸの活性または機能を阻害または増強する）についてスクリーニングするために用いられ得る。特に、本発明に従う核酸およびポリペプチドは、例えば、神経発生、細胞分化、細胞増殖、造血、創傷治癒および血管形成を調節または阻害する低分子の同定のための標的として用いられ得る。
【００２７】
本発明の１つの実施形態において、ＮＯＶＸまたはそのフラグメントもしくは誘導体は、ＮＯＶＸの発現または活性の減少に関連する障害の処置または予防のために被験体に投与され得る。このような障害の例として、これらに限定しないが、癌（例えば、腺癌、白血病、リンパ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、奇形癌、および特に副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、胸部、頸部、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、および子宮の癌）；神経学的障害（例えば、てんかん、虚血性脳血管疾患、発作、大脳新生物、アルツハイマー病、ピック病、ハンティングトン病、痴呆、パーキンソン病および他の錐体外路系障害、筋萎縮性側索硬化症および他の運動ニューロン障害、進行性神経性筋萎縮症、網膜色素変性、遺伝性運動失調、多発性硬化症および他の脱髄疾患、細菌性およびウイルス性髄膜炎、脳の膿瘍、硬膜下蓄膿、硬膜外膿瘍、化膿性頭蓋内血栓性静脈炎、脊髄炎および神経根炎、ウイルス性中枢神経系疾患、クールー、クロイツフェルト−ヤーコプ病、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインカー症候群を含むプリオン病、致死性家族性不眠症、神経系の栄養疾患および代謝疾患、神経線維腫症、結節硬化症、小脳網膜（ｃｅｒｅｂｅｌｌｏｒｅｔｉｎａｌ）血管芽細胞腫、脳三叉神経症候群、精神遅滞および他の中枢神経系の発達障害、脳性小児麻痺、神経骨格（ｎｅｕｒｏｓｋｅｌｅｔａｌ）障害、自律神経系障害、脳神経障害、脊髄疾患、筋ジストロフィーおよび他の神経筋疾患、末梢神経系障害、皮膚筋炎および多発性筋炎、遺伝した、代謝の、内分泌の、中毒性のミオパシー、重症筋無力症、周期性四肢麻痺、気分、不安、および分裂病性障害を含む精神障害、静座不能、健忘症、緊張性昏迷、糖尿病性ニューロパシー、遅発性ジスキネジー、失調症、妄想性精神病（ｐａｒａｎｏｉｄ  ｐｓｙｃｈｏｓｅｓ）、ヘルペス後神経痛、およびツレット病）；ならびに小胞輸送の障害（例えば、嚢胞性線維症）、グルコース−ガラクトース吸収不良症候群、高コレステロール血症、糖尿病、尿崩症、高血糖症および低血糖症、グレーブス病、甲状腺腫、クッシング病、アジソン病、胃腸の障害（潰瘍性大腸炎、胃潰瘍および十二指腸潰瘍を含む）、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）を含む小胞輸送の異常に関連する他の状態、アレルギー反応、自己免疫性溶血性貧血、増殖性糸球体腎炎、炎症性腸疾患、多発性硬化症、重症筋無力症、慢性関節リウマチ、変形性関節症、強皮症、チェディアック−東症候群、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス、トキシックショック症候群、外傷性組織損傷、およびウイルス性、細菌性、真菌性、寄生虫性、および原生生物の感染、ならびに個々のＮＯＶＸクローンについて列挙されるさらなる適応症が挙げられる。
【００２８】
本発明のＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において、そして研究ツールとして有用である。これらには、特異的もしくは選択的な、核酸診断マーカーおよび／もしくは核酸予後マーカーまたはタンパク質診断マーカーおよび／もしくはタンパク質予後マーカーとして役立つものが挙げられ、ここでその核酸もしくはそのタンパク質の存在、またはその核酸もしくはそのタンパク質の量が評価される。これらには、以下のような潜在的な治療適用がまた挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する薬剤、ならびに（ｖｉ）生物学的防御兵器。本発明に従う、ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドについてのさらなる有用性が、本明細書中に開示される。
【００２９】
（ＮＯＶ１）
新規ＬＹＳＯＳＯＭＡＬ  ＡＣＩＤ  ＬＩＰＡＳＥ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ様タンパク質をコードする１１３８ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１核酸（配列番号１）（ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌとも呼ばれる）を、表１Ａに示す。ヌクレオチド８〜１０のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１１２７〜１１２９のＴＡＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出される推定非翻訳領域を、下線で示す。開始コドンおよび終止コドンを、表１Ａにおいて太字で示す。
【００３０】
【表１Ａ】
2005500815.tif 000004
本発明のＮＯＶ１配列および本明細書中に記載される全てのＮＯＶＸ配列は、本発明のＤＮＡ配列の全長および／または一部にわたるｃＤＮＡフラグメントの研究室クローニングにより誘導され、そして／または公のヒト配列データベースからの本発明のＤＮＡ配列の全長および／または一部のインシリコ予測により誘導された。
【００３１】
配列番号１によってコードされる開示されたＮＯＶ１ポリペプチド（配列番号２）は、３７３アミノ酸残基を有し、１文字アミノ酸コードを使用して表１Ｂに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１が、シグナルペプチドを有し、そしておそらく形質膜に局在するであろうことを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ１はまた、０．５５００の確実性でリソソーム（管腔）に局在されているかもしれない。ＮＯＶ１ペプチドの最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１７と１８との間（すなわち、アミノ酸ＬＮＡ−ＧＧの間のダッシュ）である。ＮＯＶ１は、４２６８１．４ダルトンの分子量を持つ。
【００３２】
【表１Ｂ】
2005500815.tif 000005
本明細書における全てのＢＬＡＳＴアライメントにおいて、「Ｅ値（Ｅ−ｖａｌｕｅ）」または「期待（Ｅｘｐｅｃｔ）」値とは、その整列された配列が、検索したデータベース内で、単なる偶然によって、ＢＬＡＳＴ問い合わせ配列に対してその類似性を達成し得た確率（可能性）の数的な指標である。期待値（Ｅｘｐｅｃｔ  ｖａｌｕｅ）（Ｅ）は、特定のサイズのデータベースを検索する場合に、全く偶然に見出すことを「期待」し得る、ヒット数を示すパラメータである。これは、２つの配列の間のマッチに割り当てられるスコア（Ｓｃｏｒｅ）（Ｓ）に伴い、指数関数的に減少する。本質的に、このＥ値は、配列の間のマッチについて存在するランダムなバックグラウンドノイズを示す。
【００３３】
期待値は、結果を報告するための有意な閾値を作成するための都合のよい手段として使用される。ＢＬＡＳＴを行うために使用されるデフォルト値は、代表的には、０．０００１に設定され、無用な複雑さの少ない配列を除去するためのフィルタはオフにされる。ＢＬＡＳＴ２．０において、この期待値をまた、Ｐ値（確率）の代わりに用いて、マッチの有意性を報告する。例えば、１ヒットに割り当てられる１であるＥ値は、現在のサイズのデータベースにおいて、類似のスコアを有する１つのマッチを単なる偶然によって見出すことを期待し得ることを意味すると解釈され得る。ゼロであるＥ値は、類似のスコアを有するいかなるマッチも単なる偶然では見出すことが期待されないことを意味する。例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ／ＢＬＡＳＴｉｎｆｏ／を参照のこと。時折、ＸまたはＮの文字列は、ＢＬＡＳＴ検索から生じる。これは、人為的なヒットを避けるために実施される低い複雑性の配列についての問合せの自動化フィルタリングの結果である。このフィルタは、見つけた任意の低い複雑性の配列を、ヌクレオチド配列中においては文字「Ｎ」で（例えば、「ＮＮＮＮＮＮＮＮ」）またはタンパク質配列中においては文字「Ｘ」で（例えば、「ＸＸＸ」）置換する。低い複雑性の領域は、有意な位置ごとのアライメントよりも組成上の偏りを反映する高いスコアを生じ得る（ＷｏｏｔｔｏｎおよびＦｅｄｅｒｈｅｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  ２６６：５５４〜５７１（１９９６））。
【００３４】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の●アミノ酸配列は、ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ１６５２９  ＬＹＳＯＳＯＭＡＬ  ＡＣＩＤ  ＬＩＰＡＳＥ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）に、２９７塩基中１５４塩基（５１％）同一性を有することが見出された。
【００３５】
公の配列データベースについてのさらなる検索は、ＮＯＶ１が、表１Ｃ中に列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有することを見出した。
【００３６】
【表１Ｃ】
2005500815.tif 000006
これらの配列の相同性は、表１Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。ＮＯＶ１タンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷアライメント、ならびに本明細書中の全ての他のＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、黒地に白抜きで示されるアミノ酸残基は、保存配列の領域（すなわち、構造的特性または機能的特性を保存するために必要とされ得る領域）を示し、強調していないアミノ酸残基は、それほど保存されておらず、そして潜在的に、タンパク質の構造または機能を変化することなく、非常に広範な程度まで変異され得る。ＮＯＶ１ポリペプチドが、レーン１に提供される。
【００３７】
【表１Ｄ】
2005500815.tif 000007
2005500815.tif 000008
ＢＬＡＳＴ分析は、特許または特許公開公報において公開された配列を含む独自のデータベースである、Ｐａｔｐデータベースに由来する配列について実行された。Ｐａｔｐの結果は、表１Ｅ中に列挙されるものを含む。
【００３８】
【表１Ｅ】
2005500815.tif 000009
2005500815.tif 000010
ＮＯＶ１ならびに他の全てのＮＯＶＸタンパク質における同定可能なドメインの存在は、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索により決定され、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏ数を、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウエブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を使用するドメインマッチ（または数）をクロスすることによって決定した。表１Ｆに開示されるようなＮＯＶ１についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。
【００３９】
表１Ｆは、ＮＯＶ１に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン表示を列挙する。この表は、ＮＯＶ１配列が、これらドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。表１Ｆおよび全ての連続的なＤＯＭＡＩＮ配列アライメントについて、完全に保存された単一の残基は、黒い影（ｂｌａｃｋ  ｓｈａｄｉｎｇ）または符号（｜）によって示され、そして「強い」半保存残基は、灰色の影または符号（＋）によって示される。本明細書中の配列アライメントにおいて、完全に保存された単一の残基は、相同性の百分率を決定するために計算され、そして保存された残基および「強い」半保存残基は、ポジティブの百分率を決定するために計算される。この保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸の群のいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【００４０】
【表１Ｆ】
2005500815.tif 000011
2005500815.tif 000012
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関わる潜在的な診断適用ならびに治療適用において有用である。
【００４１】
（ＮＯＶ２）
新規ＭＥＧＦ／ＦＬＡＭＩＮＧＯ／カドヘリン様タンパク質をコードする１２３４８ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ２核酸（配列番号３）（２０７０８６１３＿ＥＸＴ１とも呼ばれる）を、表２Ａに示す。ヌクレオチド１〜３のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１２３４６〜１２３４８のＴＧＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンおよび終止コドンを、表２Ａに太字で示す。
【００４２】
【表２Ａ】
2005500815.tif 000013
2005500815.tif 000014
2005500815.tif 000015
2005500815.tif 000016
２０７０８６１３＿ＥＸＴ１についての染色体座位は、３ｐ２１．３−４である。この情報は、ＯＭＩＭ、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎにより導入された電子的ノザン生物情報ツール、公共のＥＳＴ、公共の参考文献および／またはゲノムのクローン相同性を用いて割り当てた。これは、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリ、ゲノムクローン、参考文献および／または本発明に包含されるＥＳＴ  ＮＯＶＸ配列の染色体マッピングを導くために実行される。
【００４３】
配列データベースの検索において、例えば、２０７０８６１３＿ＥＸＴ１のＢｌａｓｔＸ分析は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓタンパク質ＭＥＧＦ（ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ８８２７８）に対する９４％（２４４９／２５９９ｂｐ）の相同性が存在することを示すことが見出された。ＭＥＧＦは、タンパク質を繰返し含有する複数の上皮増殖因子を代表する。２０７０８６１３＿ＥＸＴ１はまた、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓタンパク質ＦＬＡＭＩＮＧＯ  １（ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＢＡＡ８４０７０）に対して７０％（１●／２３８４ｂｐ）の相同性を示した。
【００４４】
配列番号３によりコードされる開示されたＮＯＶ２ポリペプチド（配列番号４）は、４１１５個のアミノ酸残基を有し、そして１文字アミノ酸コードを用いて表２Ｂに示される。ＮＯＶ２は、おそらくＩＩＩａ型膜タンパク質（ｃｌｖ）である。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ２がシグナルペプチドを有し、そして０．８２００の確実性で形質膜に局在化されるようであることを予測する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ２は、０．４６００の確実性でゴルジ体に、または０．３７００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に局在化されるようである。ＮＯＶ２ペプチドについて最も起こり得る切断部位は、アミノ酸３１とアミノ酸３２との間、すなわち、アミノ酸ＳＱＥ−ＥＬの間のダッシュである。
【００４５】
【表２Ｂ】
2005500815.tif 000017
2005500815.tif 000018
本発明のタンパク質の全アミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のタンパク質ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ８８２７８  ＭＥＧＦ２のアミノ酸残基に対して、２５９９アミノ酸残基中２３７６残基（９１％）同一であり、そして２５９９残基中２４４９残基（９４％）ポジティブであることが見出された。
【００４６】
公の配列データベースについてのさらなる検索において、ＮＯＶ２が、表２Ｃ中に列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有することが見出された。
【００４７】
【表２Ｃ】
2005500815.tif 000019
これらの配列の相同性は、表２Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。ＮＯＶ２ポリペプチドは、レーン１において提供される。
【００４８】
【表２Ｄ】
2005500815.tif 000020
2005500815.tif 000021
2005500815.tif 000022
2005500815.tif 000023
2005500815.tif 000024
2005500815.tif 000025
2005500815.tif 000026
ＢＬＡＳＴ分析は、特許および特許公開公報において公開された配列を含む独自のデータベースである、Ｐａｔｐデータベースに由来する配列について実行された。Ｐａｔｐの結果は、表２Ｅ中に列挙されるものを含む。
【００４９】
【表２Ｅ】
2005500815.tif 000027
表２Ｆは、ＮＯＶ２に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。
【００５０】
【表２Ｆ】
2005500815.tif 000028
2005500815.tif 000029
2005500815.tif 000030
2005500815.tif 000031
2005500815.tif 000032
2005500815.tif 000033
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関わる潜在的な診断適用ならびに治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、例えば、ＩＸ型ムコ多糖症；結腸直腸癌（遺伝性非腺腫性、２型）；神経膠芽細胞腫を伴うターコット症候群（ｔｕｒｃｏｔ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、２７６３００；ミュア−トール家族性癌症候群、１５８３２０；１型神経線維腫症および白血病；グルタチオンペルオキシダーゼ欠乏に起因する溶血性貧血症；栄養障害型表皮水疱症（優性）、１３１７５０；栄養障害型表皮水疱症（劣性）、２２６６００；表皮水疱症（脛骨前）、１３１８５０；骨幹端の軟骨形成不全（Ｍｕｒｋ  Ｊａｎｓｅｎ型）、１５６４００；結腸直腸癌；肝芽腫；毛質腫；卵巣癌（類内膜型）の患者の処置のための効力を有する。
【００５１】
本発明のタンパク質類似性の情報は、この遺伝子が、それが発現される組織において、そしてそれが関係付けられてきた病理において、ＭＥＧＦ、Ｆｌａｍｉｎｇｏまたはカドヘリンファミリーの遺伝子のように機能し得ることを示唆する（組織発現および疾患関連の節）。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、既に記載される種々の病理／障害、および／またはそれが発現される組織に関連した他の病理／障害、ならびにＭＥＧＦ、Ｆｌａｍｉｎｇｏおよびカドヘリンファミリーのメンバーが関係付けられてきた障害に関わる潜在的な治療的適用において有用である。この遺伝子は、以下の組織において発現される：視床、胎児脳。このタンパク質の転写物は、脳組織において見出されるので、それについてコードする遺伝子は、以下（これらに限定されないが）の神経変性（ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｖｅ）障害において関係され得る：痴呆、筋萎縮性側索硬化症、アルツハイマー病、失調症、視神経萎縮およびハンティングトン病。ＮＯＶ２およびＮＯＶ２改変体についてのさらなる疾患指標および組織発現は、入手可能であれば、実施例において示される。
【００５２】
スクリーニングは、５ｋｂを超えるサイズのｃＤＮＡのプールから得られた５’末端シングルパス配列データを利用する。このスクリーニング手順を用いて、８０００個の重複性ヒト脳ｃＤＮＡクローンから複数のＥＧＦ様モチーフを有するタンパク質について、５つの既知の遺伝子および９つの新たな遺伝子が、同定された。これらの新たな遺伝子は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ脂肪タンパク質の新規な哺乳動物相同体、複数のカドヘリンモチーフおよびＥＧＦ様モチーフを含有する２つの７回膜貫通タンパク質、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａスリット（ｓｌｉｔ）タンパク質の２つの哺乳動物相同体、未同定のＬＤＬレセプター様タンパク質、および３つの全く特徴付けられていないタンパク質をコードすることが見出された。それらの発現プロフィールおよび微細な染色体位置と一緒に、これらのタンパク質におけるドメインの組織化は、これらの生物学的な重要性を示し、モチーフ捕捉（●ｔｉｆ−ｔｒａｐ）スクリーニングが、従来の方法によって同定が困難であった新たな遺伝子の発見に強力なツールであることを示した（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １９９８  Ｊｕｌ  １；５１（１）：２７−３４  ＰＭＩＤ：９６９３０３０，ＵＩ：９８３６００８９）。
【００５３】
Ｆｌａｍｉｎｇｏ（７パスの膜貫通カドヘリン）は、Ｆｒｉｚｚｌｅｄの制御下で平面細胞極性を調節する。Ｆｌａｍｉｎｇｏ（Ｆｍｉ）と命名されるカドヘリンスーパーファミリーの７パスの膜貫通レセプターは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａの羽における細胞−細胞境界に局在した。Ｆｍｉの非存在下において、平面極性は、歪められた。近位−遠位（Ｐ−Ｄ）軸に沿った羽細胞の形態学的な分極の前に、Ｆｍｉは、近位および遠位の細胞端に主に再分布された。この偏ったＦｍｉの局在化は、近位／遠位細胞境界を横切るＦｒｉｚｚｌｅｄ（Ｆｚ）の活性の不均衡によって促進されるようである。ｆｚおよびｆｍｉの異所性発現によって引き起こされる表現型と一緒に、これらの結果は、細胞がＦｍｉのＦｚに依存した境界への局在化を経てＰ−Ｄ極性を獲得したことを示唆する（Ｃｅｌｌ  １９９９  Ｓｅｐ  ３；９８（５）：５８５−９５  ＰＭＩＤ：１０４９００９８，ＵＩ：９９４１８６３０）。
【００５４】
ＭＥＧＦ、Ｆｌａｍｉｎｇｏおよびカドヘリンファミリーのメンバーの種々の機能としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：細胞−細胞接着、細胞−マトリクス接着、レセプター−リガンド相互作用、免疫学的機能、血管−浸透性、細胞認識、組織形態形成、細胞増殖、悪性腫瘍の浸潤および転移。
【００５５】
カドヘリンのような接着分子に関する細胞−細胞相互作用および細胞−マトリクス相互作用は、多くの発生プロセスにおいて重要である。カドヘリンは、多種多様な組織における同種親和性のカルシウム依存性細胞−細胞接着を媒介し、形態形成の重要なレギュレーターであり、そして機能の損失は、悪性腫瘍の浸潤および転移に関与され得る（ＯＭＩＭ  ＩＤ６００９７６）。
【００５６】
（ＮＯＶ３）
新規凝固因子ＩＸ前駆体様タンパク質をコードする、１４３８ヌクレオチドの、開示されたＮＯＶ３核酸（配列番号５）（ＣＧ５５８０６−０１ともいわれる）は、表３Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２〜４のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１１８４〜１１８６のＴＡＡコドンで終了することが同定された。推定非翻訳領域は、開始コドンから上流および終始コドンから下流に見出され、それらに下線を付す。開始コドンおよび終始コドンは、表３Ａに太文字で示される。
【００５７】
【表３Ａ】
2005500815.tif 000034
2005500815.tif 000035
本発明において開示されたＮＯＶ３は、第Ｘ染色体に位置する。
【００５８】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：Ａ１３９９７｜ａｃｃ：Ａ１３９９７．１  ｍＲＮＡ（第ＩＸ因子についてのＨ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ）に対して１０４７塩基中１０４７塩基（１００％）同一性を有することが見出された。
【００５９】
配列番号５によりコードされる開示されたＮＯＶ３ポリペプチド（配列番号６）は、３９４個のアミノ酸残基を有し、そして１文字アミノ酸コードを用いて表３Ｂに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ３を推定する。その結果は、この配列が０．５９４７の確実性で細胞外に局在化されるようであることを推定する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ３は、０．１９００の確実性でリソソーム（管腔）に、または０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に、局在化されるようである。ＮＯＶ３ペプチドについて最も起こり得る切断部位は、アミノ酸２５とアミノ酸２６との間、すなわち、アミノ酸ＬＬＳ−ＡＥの間のダッシュである。
【００６０】
【表３Ｂ】
2005500815.tif 000036
本発明のタンパク質の全アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の４６１個のアミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ００７４０タンパク質（凝固因子ＩＸ前駆体（ＥＣ３●１．２２）（クリスマス因子））に対して、２６４アミノ酸残基中２４６残基（１００％）同一であり、そして２６４残基中２６４残基（１００％）類似であることが見出された。
【００６１】
公の配列データベースについてのさらなる検索において、ＮＯＶ３が、表３Ｃ中に列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有することが見出された。
【００６２】
【表３Ｃ】
2005500815.tif 000037
これらの配列の相同性は、表３Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。ＮＯＶ３ポリペプチドは、レーン１において提供される。
【００６３】
【表３Ｄ】
2005500815.tif 000038
2005500815.tif 000039
ＢＬＡＳＴ分析は、特許および特許公開公報において公開された配列を含む独自のデータベースである、Ｐａｔｐデータベースに由来する配列について実行された。Ｐａｔｐの結果は、表３Ｅ中に列挙されるものを含む。
【００６４】
【表３Ｅ】
2005500815.tif 000040
表３Ｆは、ＮＯＶ３に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。
【００６５】
【表３Ｆ】
2005500815.tif 000041
2005500815.tif 000042
本発明において開示される凝固因子ＩＸ前駆体は、少なくとも以下の組織において発現される：副腎／腎上体、動脈、骨、脳、結腸、肺、乳腺／乳房、下垂体、胎盤、脾臓、黒質、精巣、視床、甲状腺、子宮、および生物全体。
【００６６】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理において関係付けられる潜在的な診断的適用ならびに治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、血友病Ｂならびに他の疾患、障害および状態などに苦しむ患者の処置に対して効力を有する。ＮＯＶ３およびＮＯＶ３改変体についてのさらなる疾患指標および組織発現は、入手可能であれば、実施例において示される。
【００６７】
血友病Ｂまたはクリスマス病は、機能的な凝固因子ＩＸの欠失または減少したレベルによって引き起こされるＸ連鎖状態である。ウシの第ＩＸ因子のペプチド配列に基づいて、Ｊａｇａｄｅｅｓｗａｒａｎら（Ｓｏｍａｔ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｇｅｎｅｔ  １９８４；１０：４６５−７３）は、ヒト肝臓ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするために１７塩基対のオリゴヌクレオチドプローブを合成した。組換えクローンは、その配列がヒト第ＩＸ因子のコード領域の７●に対応する、９１７ヌクレオチド挿入物で同定された。この第ＩＸ因子ｃＤＮＡは、ゲノムの第ＩＸ因子遺伝子に関連したＴａｑＩ多型を同定するため、および一倍体ゲノムあたりこの遺伝子の単一のコピーが存在することを確認するために、制限エンドヌクレアーゼで消化されたヒトＤＮＡを調査（ｐｒｏｂｅ）するために使用された。第ＩＸ因子ｃＤＮＡはまた、Ｘｑ２６からＸｑｔｅｒまでの領域への第ＩＸ因子についての位置をマッピングするために使用された。ヒト第ＩＸ因子ｃＤＮＡのクローニングおよびＴａｑＩ多型の同定およびその領域内の局在化は、血友病Ｂの分子遺伝学を研究するための手段を提供し、そして隣接する座での連鎖分析を可能にする。
【００６８】
（ＮＯＶ４）
１１０８ヌクレオチドの、ＮＯＶ４核酸（あるいは、ＣＧ５５９３６−０１ともいわれる）（配列番号７）は、新規カルボニックアンヒドラーゼＩＶ前駆体様タンパク質をコードし、そして表４Ａに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３８〜４０のＡＴＧ開始コドンから始まり、そしてヌクレオチド１０４６〜１０４８のＴＧＡコドンで終了することが同定された。推定非翻訳領域（開始コドンから上流および終始コドンから下流）は、表４Ａにおいて下線を引かれる。開始コドンおよび終始コドンは、太文字で示される。
【００６９】
【表４Ａ】
2005500815.tif 000043
本発明のＮＯＶ４は、第１７染色体に位置する。
【００７０】
配列データベースの検索において、例えば、本発明のＮＯＶ４核酸が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＵＭＣＡＩＶＡ｜ａｃｃ：Ｍ８３６７０．１  ｍＲＮＡ（ヒトカルボニックアンヒドラーゼＩＶ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して６０８塩基中５８６塩基（９６％）同一性を有することが見出された。
【００７１】
配列番号７によりコードされるＮＯＶ４ポリペプチド（配列番号８）は、３３６アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表４Ｂに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ４がシグナルペプチドを有し、そして０．９１９０の確実性で形質膜に局在化されるようであることを推定する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ４ポリペプチドは、０．２００の確実性でリソソーム膜に、０．１０００の確実性で内質の小胞体膜に、または０．１０００の確実性で内質の小胞体管腔に、位置される。ＳｉｇｎａｌＰは、ＮＯＶ４ペプチドについて起こり得る切断部位が、アミノ酸１９とアミノ酸２０との間、すなわち、アミノ酸ＡＳＡ−ＥＳの間のダッシュであることを推定する。
【００７２】
【表４Ｂ】
2005500815.tif 000044
本発明の開示されたタンパク質の全アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の３１２個のアミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｐ２２７４８タンパク質（カルボニックアンヒドラーゼＩＶ前駆体（ＥＣ４．２．１．１）（カルボネートデヒドラターゼＩＶ）（ＣＡ−ＩＶ））に対して、１７３アミノ酸残基中１７２残基（９９％）同一であり、そして１７３残基中１７２残基（９９％）類似性を有する。
【００７３】
ＮＯＶ４のアミノ酸配列は、表４Ｃに示されるように他のタンパク質に対して高い相同性を有する。
【００７４】
【表４Ｃ】
2005500815.tif 000045
2005500815.tif 000046
マルチプル配列アライメントは、表４Ｃにおいて開示される関連タンパク質配列とＮＯＶ４を比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析で表４Ｄに与えられる。
【００７５】
【表４Ｄ】
2005500815.tif 000047
2005500815.tif 000048
さらなるＢＬＡＳＴ結果は、表４Ｅに示される。
【００７６】
【表４Ｅ】
2005500815.tif 000049
ＮＯＶ４についてのＤｏｍａｉｎ結果は、Ｐｆａｍデータベースから収集され、次いでＩｎｔｅｒｐｒｏドメイン登録番号によって同定された。これらの結果は、統計量およびドメインの詳細とともに表４Ｆにおいて列挙される。これらの結果は、ＮＯＶ４ポリペプチドが、これらのドメインを含有することが既知の他のタンパク質の特性と同様な特性を有することを示す。
【００７７】
【表４Ｆ】
2005500815.tif 000050
2005500815.tif 000051
本発明において開示されるカルボニックアンヒドラーゼは、少なくとも以下の組織において発現される：骨、脳、結腸、腎臓、肺、膵臓、上皮小体、末梢血、前立腺、黒質、および視床。この情報は、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって導かれた。この組織供給源としては、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、公共のＥＳＴ供給源、文献の供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書中に開示されるＮＯＶ４タンパク質およびＮＯＶ４核酸についての、タンパク質の類似性情報、発現パターン、および地図位置は、このタンパク質が、カルボニックアンヒドラーゼファミリーに特徴的な重要な構造的および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ４核酸およびＮＯＶ４タンパク質は、潜在的な診断的適用および治療的適用、ならびに研究ツールとして有用である。例えば、本発明の組成物は、腎臓異常、脳におけるＣＯ２恒常性ならびにＨＣＯ３恒常性ならびに他の疾患、障害および状態などで苦しむ患者の処置に対して効力を有する。本発明の新規ＮＯＶ４核酸およびＮＯＶ４ポリペプチド、またはそれらのフラグメントは、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される、診断的適用において有用である。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための本発明の新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の作製においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＮＯＶＸ抗体」において記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いて当業者に公知の方法に従って作製され得る。
【００７８】
本発明の開示されたＮＯＶ４タンパク質は、複数の親水性領域（これらのそれぞれが免疫原として使用され得る）を有する。ＮＯＶ４タンパク質はまた、種々のヒト障害の機能的な分析のための強力なアッセイシステムの開発において有用性を有し、これは、疾患の病理の理解および種々の障害のための新しい薬物標的の開発において役立つ。
【００７９】
カルボニックアンヒドラーゼは、大きな生理学的重要性を有する亜鉛金属酵素をコードする遺伝子の大きなファミリーを形成している。二酸化炭素の可逆的な水和の触媒として、これらの酵素は、呼吸、石灰化、酸−塩基平衡、骨吸収、ならびに水性体液、脳脊髄液、唾液、および胃酸の形成を含む、種々の生物学的過程に関与する。従って、本発明のＮＯＶ４タンパク質は、診断プローブおよび本明細書中に記載される種々の治療的適用のために利用可能であるようである。
【００８０】
（ＮＯＶ５）
１８０６ヌクレオチドのＮＯＶ５核酸（配列番号９）（あるいは、ＣＧ５５７８４−０１ともいう）は、新規な神経細胞接着分子様タンパク質をコードし、そして、表５Ａに示される。この成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＡＣ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１６４５〜１６４７のＴＡＡコドンで終結することが同定された。表５Ａでは、終止コドンより下流の推定非翻訳領域に下線を引く。開始コドンおよび終止コドンを、太字とする。
【００８１】
【表５Ａ】
2005500815.tif 000052
2005500815.tif 000053
本発明のＮＯＶ５は第１１染色体に位置する。
【００８２】
配列データベースの検索において、例えば、本発明のＮＯＶ５核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＫ０２２７０８｜ａｃｃ：ＡＫ０２２７０８．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１２６４６  ｆｉｓ、クローンＮＴ２ＲＭ４００１９８７、神経細胞接着分子１、大きなアイソフォーム前駆体とわずかに類似）に対して９１９塩基のうちの５６４塩基の同一性（６１％）を有することが見出された。
【００８３】
配列番号９にコードされる、ＮＯＶ５ポリペプチド（配列番号１０）は、５４８アミノ酸残基長であり、そして、表５Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ５が既知のシグナルペプチドを含まず、そして、０．７０００の確実性で原形質膜に局在化されそうであることを予想する。代替の実施形態において、ＮＯＶ５ポリペプチドは、０．２０００の確実性で小胞体膜に、または０．１０００の確実性でミトコンドリア内膜に局在化される。
【００８４】
【表５Ｂ】
2005500815.tif 000054
本発明の開示されたタンパク質の全アミノ酸配列は、５７１アミノ酸残基のＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＢＡＢ１４１９２タンパク質（ＣＤＮＡ  ＦＬＪ１２６４６  ＦＩＳ，ＣＬＯＮＥ  ＮＴ２ＲＭ４００１９８７，神経細胞接着分子１、大きなアイソフォーム前駆体とわずかに類似）に対して、５７０アミノ酸残基のうちの２４４アミノ酸残基の同一性（４２％）、および５７０アミノ酸残基のうちの３３４アミノ酸残基の類似性（５８％）を有する。
【００８５】
ＮＯＶ５のアミノ酸配列は、表５Ｃ中に示されるような他のタンパク質と高い相同性を示す。
【００８６】
【表５Ｃ】
2005500815.tif 000055
マルチプル配列アライメントは、表５Ｃ中に開示される関連タンパク質配列とＮＯＶ５を比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、表５Ｄ中に与えられる。
【００８７】
【表５Ｄ】
2005500815.tif 000056
2005500815.tif 000057
2005500815.tif 000058
2005500815.tif 000059
さらなるＢＬＡＳＴ結果を、表５Ｅ中に示す。
【００８８】
【表５Ｅ】
2005500815.tif 000060
ＮＯＶ５についてのドメイン結果は、Ｐｆａｍデータベースから収集され、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏドメイン登録番号によって同定された。これらの結果は、統計学的記載およびドメイン説明とともに、表５Ｆ中に列挙される。これらの結果は、ＮＯＶ５ポリペプチドがこれらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【００８９】
【表５Ｆ】
2005500815.tif 000061
本発明中で開示された神経細胞接着分子は、少なくとも以下の組織において発現される：扁桃、脳、胎盤、脊髄。さらに、この配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１２６４６  ｆｉｓ，クローンＮＴ２ＲＭ４００１９８７に近縁のＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＫ０２２７０８｜ａｃｃ：ＡＫ０２２７０８．１）（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種中の神経細胞接着分子１、大きなアイソフォーム前駆体ホモログに対して僅かに類似）の発現パターンに起因して、以下の組織で発現されることが予想される：腎臓。
【００９０】
本明細書中で開示されるＮＯＶ５タンパク質およびＮＯＶ５核酸についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、このタンパク質が、細胞接着分子ファミリーに特徴的な重要な構造および／または生理学的機能を有し得るということを示唆する。ゆえに、本発明のＮＯＶ５核酸およびＮＯＶ５タンパク質は、可能性のある診断的適用および治療的適用において、ならびに研究手段として効力を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の治療に有効である：フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、不妊能、糖尿病、自己免疫疾患、腎動脈狭窄症、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎疾患、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡネプロパシー、高カルシウム血症、ならびにこのような他の疾患、障害および状態。
【００９１】
本発明の新規なＮＯＶ５核酸およびポリペプチド、またはそれらのフラグメントは、治療的な適用に有用であり、ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される。これらの物質はさらに、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項中で記載されるような疎水性チャートからの予測を使用して、当業者に公知の方法に従って生成され得る。
【００９２】
本発明の開示されたＮＯＶ５タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。ＮＯＶ５タンパク質はまた、様々なヒト障害の機能的分析のための強力なアッセイ系の開発において、価値を有し、これは、疾患の病理の理解、および様々な障害に対する新規な薬物標的の開発を援助する。
【００９３】
神経細胞接着分子（ＮＣＡＭ）は、免疫グロブリンタンパク質スーパーファミリーに対して相同性を有する細胞接着分子ファミリーの一員である。これらは、ニューロン増殖、分化および発達、ならびに、おそらく細胞−細胞相互作用を調節することによる乏突起膠細胞成熟および髄鞘形成において重要な役割を果たす。ＮＣＡＭはまた、細胞外スペースで認められ得、アルツハイマー病および多発性硬化症のような状態における脳の病状の発達を駆動する障害を、引き起こす。疾患を引き起こす変異および遺伝子ノックアウト研究はさらに、神経細胞接着分子は、軸索誘導（ａｘｏｎ  ｇｕｉｄａｎｃｅ）、脳形成性、長期相乗作用、学習およびニューロン再生に必要とされることを実証する。ゆえに、これらのタンパク質は、脳機能に不可欠であり、そして、その意味では、治療的標的として使用され得る。
【００９４】
（ＮＯＶ６）
新規なホスホリパーゼＣΔ様タンパク質をコードする、２４０５ヌクレオチドのＮＯＶ６核酸（配列番号１１）（あるいはＣＧ５５９１６−０１ともいう）は、表６Ａ中に示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１５３〜１５５のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド２３６１〜２３６３のＴＧＡコドンで終結することが同定された。表６Ａでは、開始コドンよりも上流の推定非翻訳領域および終止コドンより下流の推定非翻訳領域に下線を引く。開始コドンおよび終止コドンを、太字とする。
【００９５】
【表６Ａ】
2005500815.tif 000062
2005500815.tif 000063
本発明のＮＯＶ６は、第１７染色体に位置する。
【００９６】
配列データベースの検索において、例えば、本発明のＮＯＶ６核酸配列は、ヒト由来のａｃｃ：Ｕ０９１１７．１  ｍＲＮＡ（ヒトホスホリパーゼＣΔ１  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ−Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ、２６２７ｂｐ）に対して１４２５塩基のうちの９５６塩基の同一性（６７％）を有することが見出された。
【００９７】
配列番号１１にコードされる、ＮＯＶ６ポリペプチド（配列番号１２）は、７３６アミノ酸残基長であり、そして、表６Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ６が既知のシグナルペプチドを含まず、そして、０．３６００の確実性でミトコンドリアマトリクス空間に局在化されそうであることを予想する。代替の実施形態において、ＮＯＶ６ポリペプチドは、０．３０００の確実性でミクロボディ（ペルオキソーム）に、または０．１６２６の確実性でリソソーム（管腔）に局在化される。
【００９８】
【表６Ｂ】
2005500815.tif 000064
本発明の開示されたタンパク質の全アミノ酸配列は、７５６アミノ酸残基のマウス由来のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９Ｚ１Ｂ４（ＰＨＯＳＰＨＯＬＩＰＡＳＥ  Ｃ−ＤＥＬＴＡ１）に対して、７４４アミノ酸残基のうちの３８８アミノ酸残基の同一性（５２％）、および７４４アミノ酸残基のうちの５１１アミノ酸残基の類似性（６８％）を有する。
【００９９】
ＮＯＶ６のアミノ酸配列は、表６Ｃ中に示されるような他のタンパク質と高い相同性を有する。
【０１００】
【表６Ｃ】
2005500815.tif 000065
2005500815.tif 000066
マルチプル配列アライメントは、表６Ｃ中に開示される関連タンパク質配列とＮＯＶ６を比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、表６Ｄ中に与えられる。
【０１０１】
【表６Ｄ】
2005500815.tif 000067
2005500815.tif 000068
2005500815.tif 000069
さらなるＢＬＡＳＴＰ結果を、表６Ｅ中に示す。
【０１０２】
【表６Ｅ】
2005500815.tif 000070
ＮＯＶ６についてのドメイン結果は、Ｐｆａｍデータベースから収集され、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏドメイン登録番号によって同定された。これらの結果は、統計学的記載およびドメイン説明とともに、表６Ｆ中に列挙される。これらの結果は、ＮＯＶ６ポリペプチドがこれらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０１０３】
【表６Ｆ】
2005500815.tif 000071
2005500815.tif 000072
本発明中で開示されたＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６タンパク質は、少なくとも以下の組織において発現される：脳および結腸。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ情報源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ情報源、および／またはＲＡＣＥ情報源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって導かれた。本明細書中で開示されるＮＯＶ６タンパク質およびＮＯＶ６核酸についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、このタンパク質が、ホスホリパーゼファミリーに特徴的な重要な構造および／または生理学的機能を有し得るということを示唆する。ゆえに、本発明のＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６タンパク質は、可能性のある診断的適用および治療的適用において、ならびに研究手段として有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の治療に効力を有する：フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、血友病、凝固亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損、対宿主性移植片病、リンパ水腫、アレルギー、ならびにこのような他の疾患、障害および状態。
【０１０４】
本発明の新規なＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６ポリペプチド、またはそれらのフラグメントは、治療的な適用に有用であり、ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される。これらの物質はさらに、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項中で記載されるような疎水性チャートからの予測を使用して、当業者に公知の方法に従って生成され得る。
【０１０５】
本発明の開示されたＮＯＶ６タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。ＮＯＶ６タンパク質はまた、様々なヒト障害の機能的分析のための強力なアッセイ系の開発において、価値を有し、これは、疾患の病理の理解、および様々な障害に対する新規な薬物標的の開発を援助する。
【０１０６】
ホスホイノシチド特異的ホスホリパーゼＣ（ＰＬＣ）サブタイプは、イノシトール脂質からの極性頭部基（ｐｏｌａｒ  ｈｅａｄ  ｇｒｏｕｐ）を切断する多領域ホスホジエステラーゼの関連したグループを含む。細胞表面レセプターの全てのクラスによって活性化されることで、これらの酵素は、普遍性の第２のメッセンジャーイノシトール１，４，５−３リン酸およびジアシルグリセロールを生成する。前者は、細胞内遊離Ｃａ（２＋）の一過的増加を誘発し、一方、後者は、プロテインキナーゼＣの直接的なアクチベーターとして役立つ。細胞内Ｃａ（２＋）レベルの増加および活性化プロテインキナーゼＣはさらに、別個のシグナル伝達経路を活性化し、これは、様々な生物学的応答（例えば、細胞増殖および免疫応答）を誘導する。ゆえに、ホスホリパーゼは、治療的薬物標的として潜在的に役立ち得る、重要な膜結合酵素である。
【０１０７】
（ＮＯＶ７）
１０５９ヌクレオチドのＮＯＶ７核酸（配列番号１３）（あるいはＣＧ５５８０２−０１ともいう）は、新規な３αヒドロキシステロイド脱水素酵素様タンパク質をコードし、表７Ａ中に示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３１〜３３のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１０００〜１００２のＴＡＡコドンで終結することが同定された。表７Ａでは、開始コドンよりも上流の推定非翻訳領域および終止コドンより下流の推定非翻訳領域に下線を引く。開始コドンおよび終止コドンを、太字とする。
【０１０８】
【表７Ａ】
2005500815.tif 000073
本発明のＮＯＶ７は、第１０染色体に位置する。
【０１０９】
配列データベースの検索において、例えば、本発明のＮＯＶ７核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＵ０５５９８｜ａｃｃ：Ｕ０５５９８．１  ｍＲＮＡ（ヒトジヒドロジオール脱水素酵素  ｍＲＮＡ  完全ｃｄｓ）に対して１０５３塩基のうちの９４０塩基の同一性（８９％）を有することが見出された。
【０１１０】
配列番号１３にコードされる、ＮＯＶ７ポリペプチド（配列番号１４）は、３２３アミノ酸残基長であり、そして、表７Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ７が既知のシグナルペプチドを有さず、そして、０．４５００の確実性で細胞質に局在化されそうであることを予想する。代替の実施形態において、ＮＯＶ７ポリペプチドは、０．３０００の確実性でミクロボディ（ペルオキソーム）に、または、０．１０００の確実性でミトコンドリアマトリクス空間に、または０．１０００の確実性でリソソーム（管腔）に位置する。
【０１１１】
【表７Ｂ】
2005500815.tif 000074
本発明のＮＯＶ７タンパク質の全アミノ酸配列は、３２３アミノ酸残基のＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＢＡＡ３６１６９タンパク質（ＤＤ２／胆汁酸結合タンパク質／ＡＫＲ１Ｃ２／３α−ヒドロキシステロイド脱水素酵素３型）に対して、３２３アミノ酸残基のうちの２７２アミノ酸残基の同一性（８４％）、および３２３アミノ酸残基のうちの３０２アミノ酸残基の類似性（９３％）を有する。
【０１１２】
ＮＯＶ７のアミノ酸配列は、表７Ｃ中に示されるような他のタンパク質と高い相同性を示す。
【０１１３】
【表７Ｃ】
2005500815.tif 000075
マルチプル配列アライメントは、表７Ｃ中に開示される関連タンパク質配列とＮＯＶ７を比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、表７Ｄ中に与えられる。
【０１１４】
【表７Ｄ】
2005500815.tif 000076
2005500815.tif 000077
さらなるＢＬＡＳＴＰ結果を、表７Ｅ中に示す。
【０１１５】
【表７Ｅ】
2005500815.tif 000078
2005500815.tif 000079
ＮＯＶ７についてのドメイン結果は、Ｐｆａｍデータベースから収集され、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏドメイン登録番号によって同定された。これらの結果は、統計学的記載およびドメイン説明とともに、表７Ｆ中に列挙される。これらの結果は、ＮＯＶ７ポリペプチドがこれらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０１１６】
【表７Ｆ】
2005500815.tif 000080
2005500815.tif 000081
本発明中で開示されたＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７ポリペプチドは、少なくとも以下の組織において発現される：肝臓／脾臓（プール）および胆嚢。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ情報源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ情報源、および／またはＲＡＣＥ情報源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって導かれた。
【０１１７】
本明細書中で開示されるＮＯＶ７タンパク質およびＮＯＶ７核酸についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、このタンパク質が、アルド−ケト還元酵素ファミリーに特徴的な、重要な構造および／または生理学的機能を有し得るということを示唆する。ゆえに、本発明のＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７タンパク質は、可能性のある診断的適用および治療的適用において、ならびに研究手段として有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の治療に効力を有する：癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス／細菌／寄生虫感染、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、肝硬変、移植、ならびにこのような他の疾患、障害および状態。
【０１１８】
本発明の新規なＮＯＶ７核酸およびポリペプチド、またはそれらのフラグメントは、診断適用に有用であり、ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される。これらの物質はさらに、治療的方法または診断方法における使用のための、本発明の新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項中で記載されるような疎水性チャートからの予測を使用して、当業者に公知の方法に従って生成され得る。
【０１１９】
本発明の開示されたＮＯＶ７タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。ＮＯＶ７タンパク質はまた、様々なヒト障害の機能的分析のための強力なアッセイ系の開発において、価値を有し、これは、疾患の病理の理解、および様々な障害に対する新規な薬物標的の開発を援助する。
【０１２０】
アルド−ケト還元酵素ファミリーとしては、多数の関連した単量体のＮＡＤＰＨ依存酸化還元酵素（例えば、アルドース還元酵素、プロスタグランジンＦ合成酵素、キシロース還元酵素、アルデヒド還元酵素、ヒドロキシステロイド脱水素酵素、ジヒドロジオール脱水素酵素、その他多くのもの）が挙げられる。全てが、類似の構造を有し、ヌクレオチド結合タンパク質の特徴のあるβ−α−βの折り畳みを有する。この折り畳みは、平行なβ−８／α−８−バレルを含み、これは、新規なＮＡＤＰ−結合モチーフを含む。（α／β）８−バレル折り畳みは、ＮＡＤ（Ｐ）（Ｈ）依存触媒活性のための共通骨格を提供し、基質特異性は、このバレルのＣ末端側上のループの変化によって決定される。全てのアルド−ケト還元酵素は、触媒のためのニコチンアミド補因子に依存的であり、そして、３０％未満のアミノ酸同一性を有するタンパク質でさえ、類似の補因子結合部位を保持する。アルド−ケト還元酵素（ＡＫＲ）のメンバー、短鎖脱水素酵素／還元酵素（ＳＤＲ）およびキノン還元酵素（ＱＲ）スーパーファミリーのメンバーは、カルボニル基およびヒドロキシル基含有化合物の合成および配置に関する還元経路に関する。
【０１２１】
（ＮＯＶ８）
新規なスクアレン脱飽和酵素様タンパク質をコードする、８７９ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ８核酸（配列番号１５）（ＣＧ５５９０４−０１ともいう）は、表８Ａ中に示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２４〜２６のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド８６１〜８６３のＴＧＡコドンで終結することが同定された。開始コドンよりも上流の推定非翻訳領域および終止コドンより下流の推定非翻訳領域が見出され、これらに下線を引く。開始コドンおよび終止コドンを、表８中に太字で示す。
【０１２２】
【表８Ａ】
2005500815.tif 000082
2005500815.tif 000083
ＮＯＶ８  ＣＧ５５９０４−０１ゲノムクローンは、第５染色体に位置する。
【０１２３】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来の遺伝子ｃｒｔＭおよび遺伝子ｃｒｔＮからのｇｂ：ＧｅｎＢａｎｋ−ＩＤ：ＳＡＰ１Ｐ２｜ａｃｃ：Ｘ７３８８９．１  ｍＲＮＡに対して、８７９塩基のうちの５３２塩基の同一性（６０％）を有することが見出された。
【０１２４】
配列番号１５にコードされる、開示されたＮＯＶ８ポリペプチド（配列番号１６）は、２７９アミノ酸残基長を有し、そして、表８Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ８がシグナルペプチドを含まず、そして、０．３０００の確実性で細胞質に局在化されそうであることを予想する。ＮＯＶ８は、３２３８７．５ダルトンの分子量を有する。
【０１２５】
【表８Ｂ】
2005500815.tif 000084
本発明のタンパク質の全アミノ酸配列は、２８７アミノ酸残基のＳ．ａｕｒｅｕｓ由来のｐｔｎｒ：ＳｐｔｒＥｍｂｌ−ＡＣＣ：Ｑ９９Ｒ７５スクアレン脱飽和酵素タンパク質に対して、２７５アミノ酸残基のうちの１３３アミノ酸残基の同一性（４８％）、および２７５アミノ酸残基のうちの１８３アミノ酸残基の類似性（６６％）を有することが見出された。
【０１２６】
公開配列データベースのさらなる検索において、ＮＯＶ８は、表８Ｃにおいて列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列と高い相同性を有することが見出された。
【０１２７】
【表８Ｃ】
2005500815.tif 000085
これらの配列の相同性は、表８Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図解的に示される。ＮＯＶ８ポリペプチドは、レーン１に与えられる。
【０１２８】
【表８Ｄ】
2005500815.tif 000086
2005500815.tif 000087
ＢＬＡＳＴ分析を、Ｐａｔｐデータベースからの配列に対して実施し、これは特許および特許出願中で公開された配列を含む独占のデータベースである。Ｐａｔｐの結果は、表８Ｅ中に列挙されたものを含む。
【０１２９】
【表８Ｅ】
2005500815.tif 000088
表８Ｆ中に開示されるように、ＮＯＶ８についてのＤＯＭＡＩＮ結果は、反位特異的ＢＬＡＳＴ分析を用いて、保存ドメインデータベース（ＣＤＤ）から収集された。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアサンプルドメインは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍ収集で見出された。
【０１３０】
表８Ｆは、ＮＯＶ８に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメイン説明を列挙する。これは、ＮＯＶ８配列がこれらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０１３１】
【表８Ｆ】
2005500815.tif 000089
ＮＯＶ８は、少なくとも以下の組織において発現される：結腸、脳、肺、リンパおよび扁桃（胚中心Ｂ細胞について濃縮された）。
【０１３２】
スクアレン合成酵素（ファルネシル−２リン酸ファルネシルトランスフェラーゼ）（ＳＱＳ）は、スクアレンおよびフィトエン合成酵素ファミリーに属する。フィトエン合成酵素（ＰＳＹ）は、ゲラニルゲラニル２リン酸（ＧＧＰＰ）の２分子のフィトエンへの転化を触媒する。ＰＳＹによって実施されたこの反応は、２つの別々の工程で触媒される：第１の工程は、ＧＧＰＰの２分子の接近的な縮合であり、プレフィトエン２リン酸塩を形成する；次いで、この中間体を再編成して、フィトエンを形成する。ｐｓｙは、カロチノイドを合成する全ての生物中で見出される：植物および光合成細菌、ならびに、いくつかの非光合成細菌および真菌。細菌において、ＰＳＹは、遺伝子ＣＴＲＢによってコードされる。植物において、ＰＳＹは、葉緑体中に局在化する。
【０１３３】
上記の記載から分かり得るように、ＳＱＳとＰＳＹの両方は、それらの１次構造のレベルでもまた反映される、多数の機能的類似性を共有する。特に、３つの良く保存された領域は、ＳＱＳおよびＰＳＹによって共有される；これらの領域は、基質結合および／または触媒機構に関し得る。スクアレン合成酵素（ファルネシル−２リン酸ファルネシルトランスフェラーゼ）（ＳＱＳ）およびフィトエン合成酵素（ＰＳＹ）は、多数の機能的類似性を共有する。これらの類似性はまた、それらの１次構造のレベルで反映される。特に、３つの良く保存された領域は、ＳＱＳおよびＰＳＹによって共有される；これらの領域は、基質結合および／または触媒機構に関し得る。スクアレン合成酵素（ファルネシル−２リン酸ファルネシルトランスフェラーゼ）（ＳＱＳ）は、ファルネシル２リン酸塩（ＦＰＰ）の２分子のスクアレンへの転化を触媒する。これは、コレステロール生合成経路における第１の関連した工程である。ＳＱＳによって実行される反応は、２つの別々の工程において触媒される：１番目は、ＦＰＰの２分子の接近した縮合で、プレスクアレン２リン酸塩を形成する；次いで、この中間体は、ＮＡＤＰ−依存還元中で再編成され、スクアレンを形成する：２  ＦＦＰ−＞プレスクアレン２リン酸塩＋ＮＡＤＰ−＞スクアレンＳＱＳは、真核生物中で見出される。酵母においては、ＥＲＧ９遺伝子によって、哺乳動物においては、ＦＤＦＴ１遺伝子によってコードされる。
【０１３４】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下で記載される様々な疾患および障害、および／または他の病状に関係する、可能性のある診断的適用および治療的適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の治療に効力を有する：肥満、食餌障害、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、扁桃、リンパ水腫、アレルギー、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、ならびにこのような他の疾患、障害および状態。
【０１３５】
以前に記載したように、ＮＯＶ８は、スクアレン脱飽和酵素ファミリータンパク質と広範な配列相同性を共有する。この構造類似性は、ＮＯＶ８が、スクアレン脱飽和酵素ファミリータンパク質の一員として機能し得ることを示す。従って、ここで同定されたＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８タンパク質は、本明細書中で示されたような種々の病理および疾患（これらに限定されない）に関する、可能性のある治療的適用において有用であり得る。例えば、スクアレン脱飽和酵素様タンパク質であるＮＯＶ８をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そして、このスクアレン脱飽和酵素様タンパク質であるＮＯＶ８は、それらが必要な被験体に投与された場合に有用であり得る。スクアレン脱飽和酵素様タンパク質、および本発明のスクアレン脱飽和酵素様タンパク質をコードするＮＯＶ８核酸、またはこれらのフラグメントはさらに、診断的適用で有用であり得、ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される。さらなる疾患の徴候、およびＮＯＶ８およびＮＯＶ８改変体についての組織発現は、利用可能である場合、実施例中に示される。
【０１３６】
ＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法における使用のための、この新規なＮＯＶ８物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項中で記載されるような疎水性チャートからの予測を使用して、当業者に公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ８タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、意図されたＮＯＶ８エピトープは、アミノ酸約１〜アミノ約酸３５である。別の実施形態において、ＮＯＶ８エピトープは、アミノ酸約５０〜アミノ酸約８５である。さらなる実施形態において、ＮＯＶ８エピトープは、アミノ酸約９５〜アミノ酸約１２５、アミノ酸約１７５〜アミノ酸約２００、アミノ酸約２１５〜アミノ酸約３２５、およびアミノ酸約３３５〜アミノ酸約７１１である。これらの新規なタンパク質は、様々なヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これは、疾患の病理の理解、および様々なヒト障害のための新規な薬物標的の開発を援助する。
【０１３７】
（ＮＯＶ９）
新規なリンパ球抗原６４様タンパク質をコードする、９３９ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ９核酸（配列番号１７）（ＣＧ５５９５４−０１ともいう）は、表９Ａ中に示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１４０〜１４２のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド９２０〜９２２のＴＡＡコドンで終結することが同定された。開始コドンよりも上流の推定非翻訳領域および終止コドンより下流の推定非翻訳領域が見出され、これらに下線を引く。そして開始コドンおよび終止コドンを、表９中に太字で示す。
【０１３８】
【表９Ａ】
2005500815.tif 000090
ＮＯＶ９  ＣＧ５５９５４−０１ゲノムクローンは、第５ｑ１２染色体に位置する。
【０１３９】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧｅｎＢａｎｋ−ＩＤ：Ｄ８３５９７｜ａｃｃ：Ｄ８３５９７．１  ｍＲＮＡ（ＲＰ１０５、完全ｃｄｓ）に対して、４９２塩基のうちの４８７塩基の同一性（９８％）を有することが見出された。
【０１４０】
配列番号１７にコードされる、開示されたＮＯＶ９ポリペプチド（配列番号１８）は、２６０アミノ酸残基であり、そして、表９Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＮＯＶ９は、このタンパク質が膜貫通タンパク質であるという、−２．３９のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度を有する。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ９がシグナルペプチドを有し、そして、０．４６００の確実性で原形質膜に局在化されそうであることを予想する。ＮＯＶ９ペプチドについての最も可能性のある切断部位は、アミノ酸２３とアミノ酸２４との間で、すなわち、アミノ酸ＩＴＳ−ＷＤとの間のダッシュである。ＮＯＶ９は、２８７３８．５ダルトンの分子量を有する。
【０１４１】
【表９Ｂ】
2005500815.tif 000091
本発明のタンパク質の全アミノ酸配列は、６６１アミノ酸残基のＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｐｔｎｒ：ＳｐｔｒＥｍｂｌ−ＡＣＣ：Ｑ９９４６７リンパ球抗原６４前駆体タンパク質に対して、１８９アミノ酸残基のうちの１６６アミノ酸残基の同一性（８７％）、および１８９アミノ酸残基のうちの１７２アミノ酸残基の類似性（９１％）を有することが見出された。
【０１４２】
公開配列データベースのさらなる検索において、ＮＯＶ９は、表９Ｃにおいて列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列と相同性を有することが見出された。
【０１４３】
【表９Ｃ】
2005500815.tif 000092
これらの配列の相同性は、表９Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図解的に示される。ＮＯＶ９ポリペプチドは、レーン１に与えられる。
【０１４４】
【表９Ｄ】
2005500815.tif 000093
2005500815.tif 000094
ＢＬＡＳＴ分析を、Ｐａｔｐデータベースからの配列に対して実施し、これは特許および特許出願中で公開された配列を含む独占のデータベースである。Ｐａｔｐの結果は、表９Ｅ中に列挙されたものを含む。
【０１４５】
【表９Ｅ】
2005500815.tif 000095
表９Ｆ中に開示されるように、ＮＯＶ９についてのＤＯＭＡＩＮ結果は、反位特異的ＢＬＡＳＴ分析を用いて、保存ドメインデータベース（ＣＤＤ）から収集された。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアサンプルドメインは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍ収集で見出された。表９Ｆは、ＮＯＶ９に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメイン説明を列挙する。
【０１４６】
【表９Ｆ】
2005500815.tif 000096
2005500815.tif 000097
リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）は、増殖促進シグナルを伝達し、そして、Ｂ細胞の生／死決定に関するＢ細胞Ｔｏｌｌ様レセプター（ＴＬＲ）である。ＲＰ１０５によって活性化されるこの増殖促進シグナルは、照射誘導化アポトーシスおよび大量のＢ細胞増殖に対する耐性を導く。ＲＰ１０５は、タンパク質−タンパク質相互作用に関与すると予想される細胞外ドメイン中のロイシンリッチのタンデムリピートを有する。ＲＰ１０５の役割は、Ｂ細胞増殖だけでなく、細菌細胞壁リポ多糖への生得的免疫応答としての、多量のＬＰＳ中和抗体の分泌に関している。ＲＰ１０５の欠損は、全身性エリテマトーデスの疾患活性の増大に関する。
【０１４７】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下で記載される様々な疾患および障害、または他の病状に関係する、可能性のある診断的適用および治療的適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の治療に効力を有する：細菌感染、喘息のようなアレルギー疾患、Ｂ細胞新生物、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）のような自己免疫疾患、組織嚢胞性（ｈｉｓｔｏｃｙｓｔｉｃ）白血病、ヘアリーセル白血病、プロリンパ性白血病、骨髄腫、ならびにこのような他の疾患、障害および状態。
【０１４８】
ＮＯＶ９は、リンパ球抗原６４ファミリータンパク質と広範な配列相同性を共有する。この構造類似性は、ＮＯＶ９が、リンパ球抗原６４ファミリータンパク質のメンバーとして機能し得ることを示す。従って、ここで同定されたＮＯＶ９核酸およびＮＯＶ９タンパク質は、本明細書中で示されたような種々の病理および疾患（これらに限定されない）に関する可能性のある治療的適用において有用であり得る。例えば、リンパ球抗原６４様タンパク質であるＮＯＶ９をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そして、このリンパ球抗原６４様タンパク質であるＮＯＶ９は、それらが必要な被験体に投与された場合に有用であり得る。本発明のリンパ球抗原６４様タンパク質コードするＮＯＶ９核酸、およびこのリンパ球抗原６４様タンパク質、またはこれらのフラグメントはさらに、診断的適用で有用であり得、ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される。
【０１４９】
本発明中で開示されたリンパ球抗原６４は、少なくとも以下の組織において発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。ＮＯＶ９が最も高度に発現される組織に基づいて、特定の使用は、それらに関する様々な疾患および障害を診断または処置するための生成物を開発することを含む。正常組織および疾患組織中のＮＯＶ９のさらなる特定の発現は、実施例中に示される。
【０１５０】
ＮＯＶ９核酸およびＮＯＶ９ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法における使用のための、この新規なＮＯＶ９物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項中で記載されるような疎水性チャートからの予測を使用して、当業者に公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ９タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、意図されたＮＯＶ９エピトープは、アミノ酸約１〜アミノ約酸３５である。別の実施形態において、ＮＯＶ９エピトープは、アミノ酸約５０〜アミノ酸約８５である。さらなる実施形態において、ＮＯＶ９エピトープは、アミノ酸約９５〜アミノ酸約１２５、アミノ酸約１７５〜アミノ酸約２００、アミノ酸約２１５〜アミノ酸約３２５、およびアミノ酸約３３５〜アミノ酸約７１１である。これらの新規なタンパク質は、様々なヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これは、疾患の病理の理解、および様々な障害のための新規な薬物標的の開発を援助する。
【０１５１】
（ＮＯＶ１０）
新規なアシルＣＯＡ脱飽和酵素様タンパク質をコードする、２３４９ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１０核酸（配列番号１９）（ＣＧ５５９１０−０１ともいう）は、表１０Ａ中に示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２６０〜２６２のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１２５０〜１２５２のＴＧＡコドンで終結することが同定された。開始コドンよりも上流の推定非翻訳領域および終止コドンより下流の推定非翻訳領域が見出され、これらに下線を引く。そして開始コドンおよび終止コドンを、表１０Ａ中に太字で示す。
【０１５２】
【表１０Ａ】
2005500815.tif 000098
本発明中で開示されたアシルＣＯＡ脱飽和酵素であるＮＯＶ１０は、第４染色体に位置する。
【０１５３】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＫ０２４６８５｜ａｃｃ：ＡＫ０２４６８５．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ：ＦＬＪ２１０３２ｆｉｓ、クローンＣＡＥ０７３６５）に対して、８０８塩基のうちの８０５塩基の同一性（９９％）を有することが見出された。
【０１５４】
配列番号１９にコードされる、開示されたＮＯＶ１０ポリペプチド（配列番号２０）は、３３０アミノ酸残基を有し、そして、表１０Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１０がシグナルペプチドを有し、そして、０．６０００の確実性で細胞外に局在化されそうであることを予想する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１０は、０．４０００の確実性でゴルジ体に、または０．３０００の確実性で小胞体膜に、または０．３０００の確実性でミクロボディ（ペルオキソーム）に局在化しそうである。ＮＯＶ１０は、ＩＩＩａ型膜タンパク質（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）のようであり、そして、１６位と１７位との間（すなわち、アミノ酸配列ＣＤＡ−ＫＥ中のダッシュ）に切断部位を有しそうである。
【０１５５】
【表１０Ｂ】
2005500815.tif 000099
本発明のタンパク質の全アミノ酸配列は、３５７アミノ酸残基のＧａｌｌｕｓ  ｇａｌｌｕｓ（ニワトリ）由来のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＹＧＭ２タンパク質（アシル−ＣＯＡ脱飽和酵素、１（ＥＣ  １．１４．９９．５）（ステロイル−ＣＯＡ脱飽和酵素１）（脂肪酸脱飽和酵素１）に対して、２８４アミノ酸残基のうちの２０３アミノ酸残基の同一性（７１％）、および２８４アミノ酸残基のうちの２４２アミノ酸残基の類似性（８５％）を有することが見出された。
【０１５６】
公開配列データベースのさらなる検索において、ＮＯＶ１０は、表１０Ｃにおいて列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列と相同性を有することが示された。
【０１５７】
【表１０Ｃ】
2005500815.tif 000100
これらの配列の相同性は、表１０Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図解的に示される。ＮＯＶ１０ポリペプチドは、レーン１に与えられる。
【０１５８】
【表１０Ｄ】
2005500815.tif 000101
ＢＬＡＳＴ分析を、Ｐａｔｐデータベースからの配列に対して実施し、これは特許および特許出願中で公開された配列を含む独占のデータベースである。Ｐａｔｐの結果は、表１０Ｅ中に列挙されたものを含む。
【０１５９】
【表１０Ｅ】
2005500815.tif 000102
2005500815.tif 000103
表１０Ｉは、ＮＯＶ１０についてのｐｆａｍ分析からのドメインの記述を列挙する。これは、ＮＯＶ１０配列が、これらのドメインを含むことが既知の他のタンパク質の特性と類似の特性、および、これらのドメインの特性と類似の特性を有することを示す。
【０１６０】
【表１０Ｆ】
2005500815.tif 000104
2005500815.tif 000105
本発明中で開示されたアシルＣＯＡ脱飽和酵素は、少なくとも以下の組織で発現される：脳、副腎、眼、網膜、大腸、卵巣、精巣。本発明の核酸およびタンパク質は、以下で記載される様々な疾患および障害、ならびに／または他の病状に関係する、可能性のある診断的適用および治療的適用において効力を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の治療に有効である：子宮内膜症、不妊能、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、糖尿病、ならびにこのような他の疾患、障害および状態。
【０１６１】
（ＯＭＩＭ  ６０４０３１）ステアリル−ＣｏＡ脱飽和酵素（ＳＣＤ；ＥＣ１．１４．９９．５）は、不飽和脂肪酸の合成中の律速工程を触媒する鉄含有酵素である。ＳＣＤの主要な生成物は、オレイン酸であり、これは、ステアリン酸の脱飽和によって形成される。ステアリン酸とオレイン酸の比率は、細胞膜流動性およびシグナル伝達に対する効果を介した、細胞増殖および細胞分化の調節に関係している。ラットＳＣＤの配列に基づくプライマーを用いた脂肪組織ＲＮＡのＲＴ−ＰＣＲによって、部分ヒトＳＣＤ  ｃＤＮＡが単離された。ＲＮａｓｅ保護アッセイを使用して、ヒトＳＣＤが、対応する正常組織中よりも、結腸癌腫および食道癌腫中で高レベルに発現されたことが、近年示された。全長ヒトＳＣＤ転写産物に対応するさらなるｃＤＮＡがクローニングされ、６個の推定アミノ酸変化を導いた。推定３５９アミノ酸ＳＣＤタンパク質は、酵素触媒活性に不可欠な３つの高度に保存されたヒスチジン含有領域を含むことが、近年報告された。ヒトＳＣＤのコード領域は、マウスＳｃｄ１およびマウスＳｃｄ２のコード領域と、各々、８５％および８２％のヌクレオチド同一性を共有する。ノーザンブロット分析は、ＳＣＤが、遍在的に、３．９ｋｂおよび５．２ｋｂのｍＲＮＡとして発現され、脳および肝臓で最も高レベルであることを示した。２つの転写産物は、選択的のポリアデニル化シグナルの使用から生じる。ヒトＳＣＤ遺伝子は、約２４ｋｂにわたり、そして、６つのエキソンを含むことが立証された。それらは、ヒトＳＣＤ遺伝子、マウスＳＣＤ遺伝子およびラットＳＣＤ遺伝子の構成が非常に類似することを示した。体細胞ハイブリッドパネルの分析によって、ＳＣＤ遺伝子は、第１０染色体に位置付けられ、そして、転写的に不活性で、第１７染色体に対するプロセシングされたＳＣＤ偽遺伝子であった。欠損は、ａｓｅｂｉａ（ａｂ）変異マウスにおけるＳｃｄ１中で同定され、このマウスは、不全な皮脂腺を有し、そして、脱毛を発展する。脂肪酸脱飽和酵素（ＥＣ１．１  ．−）は、脂肪酸のΔ位での二重結合の挿入を触媒する酵素である。
【０１６２】
進化的に関連しそうでない、脂肪酸脱飽和酵素の２つの異なるファミリーがある。ファミリー１は、以下から構成される：ステアリル−ＣｏＡ脱飽和酵素  （ＳＣＤ）（ＥＣ１．１４．９９．５）。ＳＣＤは、不飽和脂肪酸生合成の重要な調節酵素である。ＳＣＤは、脂肪アシルＣｏＡ（例えば、パルミトレオイル−ＣｏＡおよびオレオイル−ＣｏＡ）のΔ（９）位にｃｉｓ二重結合を導入する。ＳＣＤは、脊椎動物および真菌の小胞体中の多酵素複合体の一部として機能すると考えられる、膜結合酵素である。ファミリー２は、以下：植物ステアロイル−アシルキャリアタンパク質脱飽和酵素（ＥＣ  １．１４．９９．６）から構成され、これらの酵素は、ステアロイル−ＡＣＰのΔ（９）位への二重結合の導入を触媒し、オレオイル−ＡＣＰを生成する。この酵素は、植物油の合成における、飽和脂肪酸の不飽和脂肪酸への転化を引き起こす。シアノバクテリアのｄｅｓＡ（これは、脂肪酸のΔ位に第２のｃｉｓ二重結合を導入し得る酵素である）は、膜グリセロ脂質に結合する。ＤｅｓＡは、冷凍耐性に関連する；細胞膜の脂質の相転移温度は、膜脂質の脂肪酸の不飽和の程度に依存する。
【０１６３】
（ＮＯＶ１１）
新規のＷＮＴ−１０Ｂタンパク質前駆体様タンパク質をコードする１４１１ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１１核酸（ＣＧ５０２８１−０１とも呼ばれる）（配列番号２１）を、表１１Ａに示す。ヌクレオチド２５４〜２５６のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１２８０〜１２８２のＴＧＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定非翻訳領域を、表１１Ａに下線で示す。開始コドンおよび終止コドンを、太字で示す。
【０１６４】
【表１１Ａ】
2005500815.tif 000106
2005500815.tif 000107
本発明において開示されるＷＮＴ−１０Ｂ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ様ＮＯＶ１１を、第１２染色体にマップする。
【０１６５】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、６５４塩基中６４１塩基（９８％）が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＵ８１７８７｜ａｃｃ：Ｕ８１７８７．１  ｍＲＮＡ（Ｈｕｍａｎ  Ｗｎｔ１０Ｂ  ｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に同一であることが見出された。
【０１６６】
配列番号２１によってコードされる開示されたＮＯＶ１１ポリペプチド（配列番号２２）は、３４２アミノ酸残基を有し、１文字コードを使用して表１１Ｂに表す。ＮＯＶ１１ポリペプチドは、おそらくＩｂ型（Ｎｅｘｏ  Ｃｃｙｔ）膜タンパク質である。ＩＮＴＥＧＲＡＬソフトウェアを用いたＮＯＶ１１の分析は、残基１５７〜１７３（１５６〜１７４）に膜貫通ドメインを有する−３．８８の尤度を予測する。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１１が、シグナルペプチドを有し、そして０．３７００の確実性でおそらく細胞外中に局在するであろうことを予測する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ１１は、０．１９００の確実性でリソソーム（管腔）に、または０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に局在されているかもしれない。おそらくＮＯＶ１１シグナルペプチドの切断部位は、アミノ酸２８と２９との間（すなわち、配列ＡＬＳ−ＮＥにおけるダッシュ（ｄａｓｈ））である。
【０１６７】
【表１１Ｂ】
2005500815.tif 000108
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の３８９アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｏ００７４４タンパク質（ＷＮＴ−１０Ｂ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＷＮＴ−１２））に、１７６アミノ酸残基中１７１アミノ酸残基（９７％）同一であり、１７６アミノ酸残基中１７３（９８％）類似することが見出された。
【０１６８】
公の配列データベースの検索において、ＮＯＶ１１は、表１１Ｃに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有することが見出された。
【０１６９】
【表１１Ｃ】
2005500815.tif 000109
マルチプル配列アライメントは、表１１Ｃに示される関連したタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析の最初の配列に示されている本発明のタンパク質とともに表１１Ｄに示される。
【０１７０】
【表１１Ｄ】
2005500815.tif 000110
2005500815.tif 000111
他のＢＬＡＳＴの結果は、Ｐａｔｐデータベース由来の配列を含み、これは、特許および特許公報において公開された配列を含む独自のデータベースである。Ｐａｔｐの結果は表１１Ｅに列挙された配列を含む。
【０１７１】
【表１１Ｅ】
2005500815.tif 000112
表１１Ｆは、ＮＯＶ１１に対するＤＯＭＡＩＮ分析によるドメインの記載を列挙する。
【０１７２】
【表１１Ｆ】
2005500815.tif 000113
2005500815.tif 000114
本発明に開示されるＷＮＴ−１０Ｂ  タンパク質前駆体様タンパク質は、少なくとも以下の組織において発現される：メラニン形成細胞、心臓、子宮、脳、肺、精巣、ｂ細胞、卵巣。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源、Ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴ情報源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ（文献）情報源、および／またはＲＡＣＥ情報源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織情報源を決定することによって導かれた。
【０１７３】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的診断剤および治療的適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下を患う患者の処置に対して効力を有する：神経変性障害、癲癇、癌（脳腫瘍、結腸癌および乳癌を含むが、これらに限定されない）、発生障害、ならびに神経管欠損および他の疾患、障害および状態など。
【０１７４】
ＷＮＴ遺伝子は、中胚葉誘導、胚軸の特異化、ならびに中枢神経系、脊髄、および肢のパターン化のような胚発生の重要なプロセスにおいて重要な役割を果たす細胞内シグナル伝達糖タンパク質をコードする。名称ＷＮＴは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａセグメント対立（ｐｏｌａｒｉｔｙ）遺伝子「ウィングレス(ｗｉｎｇｌｅｓｓ)」およびマウス原癌遺伝子である脊椎動物オルトログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）Ｉｎｔ１と、このファミリーの関係を記載する。これは、複数のＷＮＴ遺伝子がＤｒｏｓｏｐｈｉｌａからヒトの範囲にわたって調査されているいくつかの種において存在することが公知であることを記載している。これらは、高い配列相同性および共通の発現パターンに基づいて種々のグループおよびサブグループに分類されている。
【０１７５】
脊椎動物のＷＮＴ８サブファミリーとしては、Ｘｅｎｏｐｕｓ、ゼブラフィッシュ、およびニワトリ由来の遺伝子；第１の哺乳動物ＷＮＴ８ホモログ、ＸｅｎｏｐｕｓおよびゼブラフィッシュＷｎｔ８ｂ遺伝子によってコードされる推定タンパク質の非常に高い配列類似性（９０〜９１％同一）に基づいて特徴付けられたＷＮＴ８Ｂと命名されたＷＮＴ８ファミリーのヒトメンバーが挙げられる。このヒトｃＤＮＡはＣ２Ｈ２ジンクフィンガー様モチーフを含む２９５アミノ酸ポリペプチドをコードする。優勢な１．９−ｋｂ  ｍＲＮＡは、成体よび胎児の種々の組織において検出された。これらは、第１０染色体に対して遺伝子をマップするために、モノクロモソーマル（ｍｏｎｏｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ）ハイブリッド細胞パネルのＰＣＲ分類および１０ｑ２４に位置するためのインサイチュハイブリダイゼーションにおける蛍光を使用した。最近、ヒトＷＮＴ８Ｂ遺伝子の全長ｃＤＮＡ配列およびゲノム組織は、ヒトおよびマウスの胚における遺伝子発現の研究と共に報告された。ＷＮＴ８Ｂ遺伝子は、小さなイントロン（イントロン１を除く）により分けられた６つのエキソンを含む。この推定タンパク質は３５１アミノ酸を有する。この遺伝子は、約２．１ｋｂの転写物として優先的に発現する。ヒトおよびマウスの発現パターンは同一であるようであり、そして発生中の脳に限定される（大部分の発現は、発生中の前脳において見出される）。後の場合、発現は、以下の３つのはっきりと範囲を定められた領域の発芽神経上皮に限定された：終脳脳室の背外側壁（これは、発生中の海馬を含む）、背側視床、および視床下部後部の乳頭領域および乳頭後部（ｒｅｔｒｏｍａｍｍｉｌｌａｒｙ）領域。発生中の海馬における発現は、この領域のパターン形成におけるＷＮＴ８Ｂの役割を示唆し得、そして１０ｑ２４のヒト遺伝子のサブクロモソーマル（ｓｕｂｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ）局在は、疾患がこの領域のマーカーに関連するようなファミリーにおける潜在的な癲癇（ＥＰＴ；ＯＭＩＭ−６００５１２）のための候補遺伝子として示唆し得る。ＷＮＴ１（ＯＭＩＭ−１６４８２０）は、細胞増殖の制御、接着、細胞極性、および細胞運命の決定のような発生の多様なプロセスを媒介する、システインリッチのグリコシル化されたシグナル伝達タンパク質のファミリーメンバーである。
【０１７６】
Ｗｎｔ１は、ウイルス誘導性哺乳類腺癌におけるマウス乳腺腫瘍ウイルスの挿入によって活性化される癌遺伝子として同定された。Ｗｎｔ１は正常な乳腺において発現されないが、トランスジェニックマウスにおけるＷｎｔ１の発現は乳腺腫瘍を引き起こす。形質転換された細胞の表現型に関連するＷＮＴシグナル伝達経路における下流遺伝子を同定するために、ＰＣＲベースのｃＤＮＡサブトラクション（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ）ストラテジーおよび抑制サブトラクションハイブリダイゼーションを使用した。２つの遺伝子（ＷＩＳＰ１およびＷＩＳＰ２（ＯＭＩＭ−６０３３９９））は、Ｗｎｔ４（ＯＭＩＭ−６０３４９０）によってではなく、Ｗｎｔ１によって形質転換されたマウス乳腺上皮細胞株においてアップレギュレートされることが同定された。第３の関連遺伝子（ＷＩＳＰ３（ＯＭＩＭ−６０３３９９））と共に、これらのタンパク質は結合組織増殖因子ファミリーのサブファミリーを定義する。２つの個々の系は、ＷＩＳＰ誘導がＷＮＴ１の発現に関連することを実証した。ＷＩＳＰ１ゲノムＤＮＡは、結腸癌細胞株およびヒト結腸腫瘍において増幅され、そしてそのＲＮＡは患者の一致した正常な粘膜と比較して試験された腫瘍の８４％において過剰発現した。ＷＩＳＰ３はまた、分析された結腸腫瘍の６３％においても過剰発現された。対照的に、ＷＩＳＰ２は、腫瘍の７９％において減少したＲＮＡ発現を示した。これらの結果は、ＷＩＳＰ遺伝子が、ＷＮＴ１シグナル伝達の下流であり得、そして結腸癌における異常なレベルのＷＩＳＰ発現が結腸の腫瘍形成において役割を果たし得ることを示唆する。ＷＩＳＰ１  ｃＤＮＡは３６７アミノ酸のタンパク質をコードすることが見出された。マウスおよびヒトＷＩＳＰ１タンパク質は８４％同一であり；疎水性Ｎ末端シグナル配列（３８の保存的システイン残基）および４つの潜在的なＮ連結グリコシル化部位の両方を有する。３つのヒトＷＩＳＰタンパク質のアライメントは、ＷＩＳＰ１およびＷＩＳＰ３が最も類似しているが（４２％）、ＷＩＳＰ２は、ＷＩＳＰ１と３７％同一であり、そしてＷＩＳＰ３と３２％同一である。
【０１７７】
Ｗｎｔ遺伝子ファミリーのいくつかのメンバーは、マウスにおいて乳腺腫瘍を引き起こすことが証明された。ヒトゲノムＤＮＡに関する変性プライマーＰＣＲおよびｃＤＮＡライブラリーの特異的ＰＣＲを用いて、Ｗｎｔ遺伝子（ヒトにおいてこれまで記載されていない）が単離された。これは、マウスのＷｎｔ１０ｂのヒトホモログであり、マウスにおけるマウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）誘導乳腺癌種の発症において、ＦＧＦ３と協同する癌遺伝子の１つであることが示された。ヒトＷＮＴ１０Ｂ配列は、ヌクレオチドレベルおよびアミノ酸レベルでマウスの遺伝子にそれぞれ８８％および９５％同一である。ＹＡＣおよび蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）マッピングによって、遺伝子は１２ｑ１３（ヒト腫瘍においてしばしば再配列される染色体領域であり、そしてまたＷＮＴ１遺伝子を含んでいる）に局在した。ＷＮＴ１０Ｂ発現は、ヒト胸部組織の正常および良性増殖では観察されないが、５０の原発性胸部癌腫のうちの３つにおいて上昇されることが見出された。高レベルのＷＮＴ１０Ｂを発現する癌腫のサザンブロット分析は、遺伝子の増幅も再配列も示さなかった。最近、ＷＮＴ１０Ｂ遺伝子が、マウスＷｎｔ１０ｂに９６．６％同一性を有する３８９アミノ酸のタンパク質をコードすることが実証された。この発現パターンは、多くの成体組織において合成され、心臓および骨格筋において高レベルで見出される。ヒト／げっ歯類の単一染色体パネルおよびＦＩＳＨのＰＣＲ分類によって、ＷＮＴ１０Ｂを１２ｑ１３．１にマッピングした。最近、ＷＮＴシグナル伝達（おそらくＷＮＴ１０Ｂによって媒介される）が、脂肪生成を決定する分子スイッチであることが示された。ＷＮＴシグナル伝達は、脂肪の転写因子ＣＥＢＰＡおよびＰＰＡＲ−γの阻害を通して未分化な状態で前脂肪細胞を維持する。前脂肪細胞におけるＷＮＴシグナル伝達が、アクシン（ａｘｉｎ）またはドミナントネガティブなＴＣＦ４の過剰発現によって予防される場合、これらの細胞は脂肪細胞分化する。ＷＮＴシグナル伝達の混乱はまた、インビトロで脂肪細胞への筋芽細胞の分化転換を引き起こし、脂肪細胞分化だけでなく、中胚葉性細胞の運命決定においてもまた、この系の重要性を強調する。
【０１７８】
（ＮＯＶ１２）
ＮＯＶ１２は、以下に開示される２つの新規なＫｉｌｏｎタンパク質前駆体様タンパク質を含む。この開示される配列は、ＮＯＶ１２ａおよびＮＯＶ１２ｂと命名された。ＮＯＶ１２ａまたはＮＯＶ１２ｂとして特に説明しない場合、ＮＯＶ１２の任意の参照は全ての改変体を含むことを仮定する。
【０１７９】
（ＮＯＶ１２ａ）
新規のＫｉｌｏｎタンパク質前駆体様タンパク質をコードする１１９６ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１２ａ核酸（ＣＧ５５９２０−０１とも呼ばれる）（配列番号２３）を、表１２Ａに示す。ヌクレオチド９４〜９６のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１１５６〜１１５８のＴＡＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定非翻訳領域を、表１２Ａに下線で示す。開始コドンおよび終止コドンを、太字で示す。
【０１８０】
【表１２Ａ】
2005500815.tif 000115
2005500815.tif 000116
本発明において開示されるＫＩＬＯＮ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ様ＮＯＶ１２ａを、第１染色体にマップする。
【０１８１】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、１１６７塩基中１００３塩基（８５％）が、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０１７１３９｜ａｃｃ：ＡＢ０１７１３９．１  ｍＲＮＡ（Ｋｉｌｏｎに対するＲａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｏｕｓ  ｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に同一であることが見出された。
【０１８２】
配列番号２３によってコードされる開示されたＮＯＶ１２ａポリペプチド（配列番号２４）は、３５４アミノ酸残基を有し、１文字コードを使用して表１２Ｂに表す。ＰｓｏｒｔおよびＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、この配列がシグナルペプチドを有し、そして、０．８２００の確実性でおそらく細胞外に位置するであろうことを予測する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ１２ａは、０．５０８８の確実性でリソソーム（管腔）に、または０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に局在されているかもしれない。おそらくＮＯＶ１２ａシグナルペプチドの切断部位は、アミノ酸３３と３４との間（すなわち、配列ＣＬＰ−ＡＧにおけるダッシュ）である。
【０１８３】
【表１２Ｂ】
2005500815.tif 000117
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ（ラット）由来の３４８アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｑ９Ｚ０Ｊ８タンパク質（ＫＩＬＯＮ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＫＩＮＤＲＥＤ  ＯＦ  ＩＧＬＯＮ））に、３５２アミノ酸残基中３３４アミノ酸残基（９４％）同一であり、３５２アミノ酸残基中３４１（９６％）類似することが見出された。
【０１８４】
本発明に開示されるＮＯＶ１２ａは、少なくとも以下の組織において発現される：脳。本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的診断剤および治療的適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下を患う患者の処置に対して効力を有する：フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調症、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経変性障害ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０１８５】
（ＮＯＶ１２ｂ）
新規のＫｉｌｏｎタンパク質前駆体様タンパク質をコードする１１６５ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１２ｂ核酸（ＣＧ５５９２０−０４とも呼ばれる）（配列番号２５）を、表１２Ｃに示す。ヌクレオチド７７〜７９のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１１３９〜１１４１のＴＡＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定非翻訳領域を、表１２Ｃに下線で示す。開始コドンおよび終止コドンを、太字で示す。
【０１８６】
【表１２Ｃ】
2005500815.tif 000118
本発明において開示されるＫＩＬＯＮ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ様ＮＯＶ１２ｂを、第１染色体にマップする。
【０１８７】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、１１５４塩基中９８９塩基（８５％）が、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０１７１３９｜ａｃｃ：ＡＢ０１７１３９．１  ｍＲＮＡ（Ｋｉｌｏｎに対するＲａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｏｕｓ  ｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に同一であることが見出された。
【０１８８】
配列番号２５によってコードされる開示されたＮＯＶ１２ｂポリペプチド（配列番号２６）は、３５４アミノ酸残基を有し、１文字コードを使用して表１２Ｂに表す。ＮＯＶ１２ｂは、おそらくＩＩ型（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）膜タンパク質であり、−５．４１膜貫通型１７〜３３（１５〜３６）のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度を有する。ＰｓｏｒｔおよびＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、この配列がシグナルペプチドを有し、そして、０．９０００の確実性でゴルジ体に位置するであろうことを予測する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ１２ｂは、０．８０８４の確実性でミトコンドリア内膜に、または０．６５００の確実性で原形質膜に、または０．４８８３の確実性でミトコンドリア膜間腔に局在され得る。おそらくＮＯＶ１２ｂシグナルペプチドの切断部位は、アミノ酸３３と３４との間（すなわち、配列ＣＬＰ−ＡＧにおけるダッシュ）である。
【０１８９】
【表１２Ｄ】
2005500815.tif 000119
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ（ラット）由来の３４８アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｑ９Ｚ０Ｊ８タンパク質（ＫＩＬＯＮ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＫＩＮＤＲＥＤ  ＯＦ  ＩＧＬＯＮ））に、３５２アミノ酸残基中３３２アミノ酸残基（９４％）同一であり、３５２アミノ酸残基中３３９（９６％）類似することが見出された。
【０１９０】
本発明に開示されるＫＩＬＯＮ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ様遺伝子は、少なくとも以下の組織において発現される：脳。本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的診断剤および治療的適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下を患う患者の処置に対して効力を有する：フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調症、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経変性障害ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０１９１】
ＮＯＶ１２ａおよびＮＯＶ１２ｂは、表１２Ｅのアミノ酸アライメントに示されるような高程度の相同性を共有する。
【０１９２】
【表１２Ｅ】
2005500815.tif 000120
公の配列データベースの検索において、ＮＯＶ１２は、表１２Ｆに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有することが見出された。
【０１９３】
【表１２Ｆ】
2005500815.tif 000121
マルチプル配列アライメントは、表１２Ｇに示される。本発明のタンパク質を、表１２Ｆに示される関連したタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析の最初の列に示す。
【０１９４】
【表１２Ｇ】
2005500815.tif 000122
他のＢＬＡＳＴの結果は、Ｐａｔｐデータベース由来の配列を含み、これは、特許および特許公報において公開された配列を含む独自のデータベースである。Ｐａｔｐの結果は表１２Ｈに列挙された配列を含む。
【０１９５】
【表１２Ｈ】
2005500815.tif 000123
表１２Ｉは、ＮＯＶ１２に対するＤＯＭＡＩＮ分析によるドメインの詳細を列挙する。
【０１９６】
【表１２Ｉ】
2005500815.tif 000124
中枢神経系において、多くの細胞接着分子が神経回路の確立および再構築に関与していることが公知である。いくつかの細胞接着分子は、それらのＣ末端に挿入されたグリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）によって膜に固定されることが公知であり、そして多くのＧＰＩに固定されたタンパク質は、低密度の、Ｔｒｉｔｏｎ可溶性膜画分またはいわゆるラフト（ｒａｆｔ）に局在することが公知である。この画分に見出された新規のタンパク質は、３つのＣ２ドメインおよび６つの推定のグリコシル化部位を有する免疫グロブリンスーパーファミリーであった。このタンパク質はＩｇＬＯＮファミリーメンバー（ＬＡＭＰ、ＯＢＣＡＭ、ニューロトリミン（ｎｅｕｒｏｔｒｉｍｉｎ）、ＣＥＰＵ−１、ＡｖＧＰ５０およびＧＰ５５を含む）に高い配列類似性を示すので、このタンパク質はＫｉｌｏｎ（ＩｇＬＯＮの同類）と命名された。Ｋｉｌｏｎ免疫染色は、大脳皮質および海馬（ここでは、強く染色された点が、樹状突起およびいくつかの錐体神経に観察された）において観察された。
【０１９７】
免疫グロブリン（Ｉｇ）分子の基本的構造は、ジスルフィド結合によって連結された２つの軽鎖および２つの重鎖の４量体である。軽鎖には２つの型が存在する：κおよびλ、各々定常ドメイン（ＣＬ）および可変ドメイン（ＶＬ）からなる。重鎖には５つの型がある：α、δ、ε、γおよびμ、全て可変ドメイン（ＶＨ）および３つ（α、δおよびγ）または４つ（εおよびμ）の定常ドメイン（ＣＨ１〜ＣＨ４）からなる。免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーは、種々の機能の何百というタンパク質において見出されている。例としては、抗体、巨大筋肉キナーゼタイチンおよびレセプターチロシンキナーゼが挙げられる。免疫グロブリン様ドメインは、タンパク質−タンパク質およびタンパク質−リガンドの相互作用に関連され得る。
【０１９８】
（ＮＯＶ１３）
ＮＯＶ１３は、以下に開示される２つの新規なＯｒｇａｎｉｃ  Ｃａｔｉｏｎ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ様タンパク質を含む。この開示される配列は、ＮＯＶ１３ａおよびＮＯＶ１３ｂと命名された。ＮＯＶ１３ａまたはＮＯＶ１３ｂとして特に説明しない場合、ＮＯＶ１３の任意の参照は全ての改変体を含むことを仮定する。
【０１９９】
（ＮＯＶ１３ａ）
新規のＯｒｇａｎｉｃ  Ｃａｔｉｏｎ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ様タンパク質をコードする２０６９ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１３ａ核酸（ＣＧ５５９８８−０１とも呼ばれる）（配列番号２７）を、表１３Ａに示す。ヌクレオチド２７９〜２８１のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１８８１〜１８８３のＴＡＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定非翻訳領域を、表１３Ａに下線で示す。開始コドンおよび終止コドンを、太字で示す。
【０２００】
【表１３Ａ】
2005500815.tif 000125
2005500815.tif 000126
本発明において開示されるＯｒｇａｎｉｃ  Ｃａｔｉｏｎ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ様タンパク質ＮＯＶ１３ａを、第６染色体にマップする。
【０２０１】
例えば、配列データベースの検索において、本発明の核酸配列は、６８２塩基中４１１塩基（６０％）が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０１５０１５０｜ａｃｃ：ＡＢ０１５０１５０．１  ｍＲＮＡ（ＯＣＴＮ２についてのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に同一であることが見出された。
【０２０２】
配列番号２７によってコードされる開示されたＮＯＶ１３ａポリペプチド（配列番号２８）は、５３４アミノ酸残基を有し、１文字コードを使用して表１３Ｂに表す。ＮＯＶ１３ａは、おそらくＩＩＩａ型（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）膜タンパク質であり、これは、膜貫通型２２９〜２４５（２２８〜２４６）について−５．８９のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型３７６〜３９２（３７３〜３９５）について−５．１０のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型１７１〜１８７（１６５〜１９１）について−４．５７のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型３４８〜３６４（３４６〜３６４）について−４．５１のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型２０５〜２２１（２０５〜２２２）について−３．０８のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型１１●〜１２７（１０８〜１２９）について−３．０３のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型３９８〜４１４（３９７〜４１５）について−２．●９のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型４６５〜４８１（４６５〜４８１）について−２．０７ＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型１４０〜１５６（１４０〜１５６）について−１．１２のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、および膜貫通型４４６〜４６２（４４６〜４６３）について−０．５９のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度を有する。ＰｓｏｒｔおよびＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１３ａがシグナルペプチドを有し、そして、０．６０００の確実性でおそらく原形質膜に局在するであろうことを予測する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ１３ａは、おそらく０．４０００の確実性でゴルジ体に、または０．３０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．３０００の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在され得る。
【０２０３】
【表１３Ｂ】
2005500815.tif 000127
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の４５６アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ１４５６７タンパク質（ＷＵＧＳＣ：ＲＧ３３１Ｐ０３．１  ＰＲＯＴＥＩＮ）に、４３０アミノ酸残基中４３０アミノ酸残基（１００％）同一であり、４３０アミノ酸残基中４３０（１００％）類似することが見出された。
【０２０４】
本発明に開示されるＯｒｇａｎｉｃ  Ｃａｔｉｏｎ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒは、少なくとも以下の組織において発現される：肝臓、脾臓、生殖細胞、心臓、肺、精巣、ｂ−細胞。本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的診断剤および治療的適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下を患う患者の処置に対して効力を有する：心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心欠損、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損（ＶＳＤ）、弁の疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、肝硬変、血友病、凝固亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損症、対宿主性移植片反応、受胎能、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳならびに他の疾患、障害および状態など。
【０２０５】
（ＮＯＶ１３ｂ）
新規のＯｒｇａｎｉｃ  Ｃａｔｉｏｎ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ様タンパク質をコードする１６６６ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１３ｂ核酸（ＣＧ５５９８８−０２とも呼ばれる）（配列番号２９）を、表１３Ｃに示す。ヌクレオチド７６〜７８のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１６５４〜１６５６のＴＡＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定非翻訳領域を、表１３Ｃに下線で示す。開始コドンおよび終止コドンを、太字で示す。
【０２０６】
【表１３Ｃ】
2005500815.tif 000128
本発明において開示されるＯｒｇａｎｉｃ  Ｃａｔｉｏｎ  Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ様タンパク質ＮＯＶ１３ｂを、第６染色体にマップする。
【０２０７】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、６８２塩基中４０７塩基（５９％）が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０１５０１５０｜ａｃｃ：ＡＢ０１５０１５０．１  ｍＲＮＡ（ＯＣＴＮ２についてのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に同一であることが見出された。
【０２０８】
配列番号２９によってコードされる開示されたＮＯＶ１３ｂポリペプチド（配列番号３０）は、５２６アミノ酸残基を有し、１文字コードを使用して表１３Ｄに表す。ＮＯＶ１３ｂは、おそらくＩＩＩａ型（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）膜タンパク質であり、これは、膜貫通型２２１〜２３７（２２０〜２３８）について−５．８９のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型３６８〜３８４（３６５〜３９９）について−５．１０のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型１６１〜１７７（１６０〜１８０）について−４．９４のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型１９７〜２１３（１９７〜２１４）について−３．０８のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型１１１〜１２７（１０８〜１２９）について−３．０３のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型３４０〜３５６（３４０〜３５８）について−２．１３のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型３９０〜４０６（３８９〜４０７）について−２．０７のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、膜貫通型４５７〜４７３（４５７〜４７３）について−２．０７のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度、および膜貫通型４３８〜４５４（４３８〜４５５）について−０．５９のＩＮＴＥＧＲＡＬ尤度を有する。
【０２０９】
ＮＯＶ１３ｂのＰＳＯＲＴの結果は、オーガニックカチオントランスポーター（ｏｒｇａｎｉｃ  ｃａｔｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ）様タンパク質が、ＩＩＩ型タンパク質の代表的なグリコシルホスファチジルイノシトールアンカーを介して原形質膜に局在され得ることを示唆する。しかし、本明細書中に示されるＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．番号ＣＧ５５９８８−０２は、トランスポーターファミリーに類似し、これらの全てのメンバーは、原形質膜に膜を覆うセグメントで局在される。この予測はまた、疎水性分析の結果と一致する。従って、この新規のオーガニックカチオントランスポーター様タンパク質は、０．６０００の確実性で原形質膜に局在される。代替的な実施形態において、ＮＯＶ１３ａは、おそらく０．４０００の確実性でゴルジ体に、または０．３０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．３０００の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在され得る。
【０２１０】
【表１３Ｄ】
2005500815.tif 000129
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）（ＰＯＬＹＳＰＥＣＩＦＩＣ  ＯＲＧＡＮＩＣ  ＣＡＴＩＯＮ  ＴＲＡＮＳＰＯＲＴＥＲ）由来の５５１アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ１４５４６タンパク質に、４９０アミノ酸残基中１６８アミノ酸残基（３４％）同一であり、４９０アミノ酸残基中２７０（５５％）類似することが見出された。
【０２１１】
本発明に開示されるオーガニックカチオントランスポーター様遺伝子は、少なくとも以下の組織において発現される：骨髄、リンパ組織、精巣、下垂体、膵臓、脳、肝臓および脾臓。これはまた、以下の疾患状態において発現される：未分化星状細胞腫、結腸直腸癌腫、卵巣漿液腺癌、卵巣嚢胞腺腫、線維性星状細胞腫、稀突起膠芽細胞腫、重細胞性星状細胞腫（ｐｉｌｏｃｙｔｉｃ  ａｓｔｒｏｃｙｔｏｍａ）、乳癌。この発現は、血管内皮細胞増殖因子処置に応じて、微小血管の内皮細胞でアップレギュレートされる。さらに、（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０１５０１５０｜ａｃｃ：ＡＢ０１５０１５０．１）の発現パターンが、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種における完全なｃｄｓホモログであるＯＣＴＮ２についてのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡに密接に関連するので、この配列は、以下の組織において発現されるであろうことが予測される：腎臓、骨格筋、心臓および胎盤。
【０２１２】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および処置のおける適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下を患う患者の処置に対して効力を有する：血友病、凝固亢進、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫疾患、アレルギー、免疫欠損症、移植、対宿主性移植片反応（ＧＶＨＤ）、リンパ浮腫、受胎能障害、内分泌機能不全、糖尿病、肥満、成長および生殖の障害、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調症、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経変性障害、膵炎、肝硬変、癌、組織変性、細菌／ウイルス／寄生虫感染、ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０２１３】
ＮＯＶ１３ａおよびＮＯＶ１３ｂは、表１３Ｅのアミノ酸アライメントに示されるような高程度の相同性を共有する。
【０２１４】
【表１３Ｅ】
2005500815.tif 000130
2005500815.tif 000131
公の配列データベースの検索において、ＮＯＶ１３は、表１３Ｆに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有することが見出された。
【０２１５】
【表１３Ｆ】
2005500815.tif 000132
マルチプル配列アライメントは、表１３Ｇに示される。本発明のタンパク質は、表１３Ｆに示される関連したタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析の最初の列に示す。
【０２１６】
【表１３Ｇ】
2005500815.tif 000133
2005500815.tif 000134
他のＢＬＡＳＴの結果は、Ｐａｔｐデータベース由来の配列を含み、これは、特許および特許公報において公開された配列を含む独自のデータベースである。Ｐａｔｐの結果は表１３Ｈに列挙された配列を含む。
【０２１７】
【表１３Ｈ】
2005500815.tif 000135
表１３Ｉは、ＮＯＶ１３に対するＤＯＭＡＩＮ分析によるドメインの詳細を列挙する。
【０２１８】
【表１３Ｉ】
2005500815.tif 000136
2005500815.tif 000137
糖トランスポータードメイン（ＩＰＲ００１０６６）は、１２の膜貫通ドメインからなり、そして糖トランスポーターにおいて最初に同定された。これは、本発明の配列が、このドメインを含み、そしてこれらのドメインの特性に類似することが公知の他のタンパク質のドメインに類似する特性を有することを示す。
【０２１９】
１９９４年に、オーガニックカチオントランスポーターファミリーの最初のメンバー（ＯＣＴ１と命名された）が、発現クローニングによってラットの腎臓から単離された。Ｒａｔ（ｒ）ＯＣＴ１は、１２の推定膜貫通ドメインを有する５５６アミノ酸からなる。ノーザンブロット分析は、ｒＯＣＴ１  ｍＲＮＡが、肝臓、腎臓および腸において発現されることを示した。腎臓において、ｒＯＣＴ１  ｍＲＮＡは、近位尿細管、糸球体、皮質集合管において検出されるが、遠位尿細管では検出されなかった。免疫組織化学的分析によると、ｒＯＣＴ１は近位尿細管および小腸および肝臓のＳ１およびＳ２セグメントの基底膜に局在された。卵母細胞（●ｃｙｔｅ）において発現される場合、ｒＯＣＴ１はＴＥＡの取り込みを刺激し、これは、種々のオーガニックカチオンによって阻害され得る。電圧クランプ状態下でｒＯＣＴ１を発現する卵母細胞を用いる電気生理学的実験は、ＴＥＡ、ＮＭＮ、コリン、ドーパミンまたはＭＰＰがバス培地に添加された場合、陽性の内部電流が誘導されることを実証され、これは、ｒＯＣＴ１媒介性のカチオンの取り込みが起電性であることを示す。
【０２２０】
ヒト（ｈ）ＯＣＴ１は５４４アミノ酸からなり、そして、ｒＯＣＴ１と７８％相同性を示す。このｍＲＮＡ転写物は、肝臓において排他的に検出された。ＯＣＴ１の組織分布および組織化学的局在における、明らかな種の差異が存在する。卵母細胞における発現後、ｈＯＣＴ１は、ＮＭＮ、ＴＥＡおよびＭＰＰのような１型オーガニックカチオンの取り込みを媒介し、これは、ｈＯＣＴ１がヒトのオーガニックカチオンの肝臓排泄に主に関与し得ることを示唆する。ｈＯＣＴ１媒介性のＭＰＰの取り込みは、１４．６ｍｍｏｌ／ＬのＫｍ値で飽和性であり、膜貫通電位に感受性であった。２型疎水性カチオン（例えば、ベクロニウムおよびデシニウム（ｄｅｃｙｎｉｕｍ）−２２）および１型親水性カチオン（例えば、ＴＥＡおよびＮＭＮ）は、ＭＰＰの取り込みを阻害した。ｈＯＣＴ１は、ｒＯＣＴ１よりも種々のカチオン（例えば、デシニウム−２２、テトラペンチルアンモニウム、キニーネ（ｑｕｉｎｉｎｅ）およびＮＭＮ）について低い結合親和性を有し、これは、基質特異性における種の差異を示す。ｈＯＣＴ１およびｈＯＣＴ２のヒト遺伝子（ＳＬＣ２２Ａ１およびＳＬＣ２２Ａ２とも命名されている）は、染色体６ｑ２６上に密接に近接して局在されている。
【０２２１】
ＯＣＴ１はクローニングされたので、ＯＣＴ１に有意な相同性を有する他の遺伝子産物が同定された。ハイブリダイゼーション技術を使用して、本発明者らは、ラット腎臓からＯＣＴ２をコードするｃＤＮＡを単離した。ｒＯＣＴ２は１２の提案された推定膜貫通ドメインを有する５９３アミノ酸からなり、これは、ｒＯＣＴ１と６７％同一であることを示す。ノーザンハイブリダイゼーションおよびＲＴ−ＰＣＲ分析に関して、ｒＯＣＴ２  ｍＲＮＡ転写物は、腎臓（皮質よりも髄質で高レベルで）において優先的に検出されたが、肝臓、肺または腸では検出されなかった。ｒＯＣＴ２が卵母細胞で発現される場合、ＴＥＡの取り込みはＮａ＋とＫ＋の置換によって抑制され、これは、この取り込みが膜電位依存性であることを示唆する。細胞外の培地の酸性化は、ＴＥＡの取り込みの減少を生じるが、ｒＯＣＴ１およびｒＯＣＴ２を発現する卵母細胞からのＴＥＡの流出は、本質的なＨ＋勾配によって刺激されなかった。ｒＯＣＴ１とｒＯＣＴ２の機能特性を比較するために、本発明者らはＭＤＣＫ細胞を用いる安定な形質転換体を確立した。微小孔性の膜フィルタ上で増殖させた、ｒＯＣＴ１およびｒＯＣＴ２の形質転換体の両方によるＴＥＡの取り込みは、ＴＥＡが、基底のバス培地に添加された場合に著しく促進されたが、アピカル（ａｐｉｃａｌ）培地では促進しなかった。両方の形質転換体によるＴＥＡの取り込みは、培地のｐＨを酸性化することによって減少され、これは、ｒＯＣＴ１およびｒＯＣＴ２媒介性のＴＥＡ輸送がｐＨ感受性であることを示唆する。形質転換体からのＴＥＡの流出は、培地の酸性化によって影響されないか、または適度に阻害された。構造的に多様なオーガニックカチオン（ＭＰＰ、シメチジン、ＮＭＮ、●およびプロカインアミドのような１型カチオン、ならびにキニーネおよびキニジンのような２型カチオンを含む）は、形質転換体におけるＴＥＡの取り込みを阻害した。阻害実験は、ｒＯＣＴ１およびｒＯＣＴ２が多くの化合物について類似のインヒビター結合親和性を有することを示唆するが、２〜３の因子によって、いくつかの化合物（例えば、ＭＰＰ、プロカインアミド、ドーパミンおよびテストステロン）に対する阻害感受性において適度な差異を示した。ｒＯＣＴ１およびｒＯＣＴ２（これらは８０％アミノ酸相同性を共有する）は、モノアミン神経伝達物質（例えば、ドーパミン、ノルエピネフリン、エピネフリン、５−ヒドロキシトリプタミン）および基質としてアマンタジンを受容することが示された。これらの知見は、ＯＣＴ２がいくつかの生物活性モノアミンの腎性処理において生理学的な役割を果たすことの可能性を生じさせ、そしてこのトランスポーターが、これらのモノアミンの、Ｎａ＋の腎細尿管の再吸収のような生理学的機能に間接的に関与することを意味する。
【０２２２】
最近、雄性ラット腎臓のスライス（ｓｌｉｃｅ）および単離された基底膜小胞は、雌性のラット腎臓のスライスおよび単離された基底膜小胞よりもＴＥＡの高い輸送活性を示した。雄性の腎臓におけるｒＯＣＴ２のｍＲＮＡおよびタンパク質の発現レベルは、雌性のｒＯＣＴ２のｍＲＮＡおよびタンパク質の発現レベルよりも非常に高かった。ｒＯＣＴ１のｍＲＮＡ発現レベルには、性別の差異は存在しなかった。これらの知見は、ｒＯＣＴ２が、腎性基底膜オーガニックカチオン輸送活性において性別の差異を担っていることを示唆する。
【０２２３】
さらなるＯＣＴ遺伝子ファミリーをコードするｃＤＮＡ（ＯＣＴ３と称される）は、ラット胎盤から単離された。ｒＯＣＴ３は、１２の推定膜貫通ドメインを有し、５５１アミノ酸からなり、ｒＯＣＴ１と４８％同一性を示す。ノーザンブロット分析は、ｒＯＣＴ３  ｍＲＮＡが胎盤において最も豊富に検出され、そして腸、心臓および脳において適度に検出されることを示した。ｒＯＣＴ３  ｍＲＮＡの発現は、腎臓および肺で比較的低く、肝臓では検出されなかった。ＨｅＬａ細胞およびＸｅｎｏｐｕｓ卵母細胞において発現される場合、ｒＯＣＴ３はＴＥＡおよびグアニジンの取り込みを誘導し、この誘導は、ＭＰＰによって阻害された。電位でクランプされる条件下で、ｒＯＣＴ３媒介性ＴＥＡ取り込みは、電位依存性内部電流を誘発した。ＴＥＡ取り込みによって誘導される電流は、細胞外のｐＨによって著しく影響された。しかし、ｒＯＣＴ３を発現する卵母細胞による、このようなＴＥＡ取り込みのｐＨ依存性は、電圧クランプ条件下に確認されなかった。従って、ｒＯＣＴ３は、電位感受性であり、そしてｐＨ勾配非依存性のオーガニックトランスポーターであると考えられる。腎臓におけるｒＯＣＴ３の分布および局在は決定されていないが、これは、オーガニックカチオンの種々の腎性処理に関与し得る。
【０２２４】
ＯＣＴトランスポーターに対するこれらの相同性によって、ＯＣＴ遺伝子ファミリーのさらなる２つのメンバー（ｈＯＣＴＮ１（ＳＬＣ２２Ａ４）およびｈＯＣＴＮ２（ＳＬＣ２２Ａ５）と命名した）が同定された。ｈＯＣＴ１をコードするｃＤＮＡはヒト胎児肝臓からクローニングされ、そして１１の推定膜貫通ドメインおよび１つのヌクレオチド結合部位モチーフを有する５５１アミノ酸残基のタンパク質をコードする。ｈＯＣＴＮ１  ｍＲＮＡは、腎臓、気管、骨髄、胎児肝臓およびいくつかのヒト癌細胞株で豊富に見出されたが、成人肝臓では見出されなかった。ＨＥＫ２９３細胞において発現される場合、ｈＯＣＴＮ１は、飽和性かつｐＨ依存性（酸性のｐＨよりも中性およびアルカリ性において高い活性を伴う）のＴＥＡの取り込みを媒介した。さらに、細胞からのＴＥＡの流出は、ｐＨ依存性（酸性の外部培地のｐＨでの加速した速度を有する）であった。ＴＥＡの取り込みは、膜電位によって影響されず、そしてｈＯＣＴＮ１媒介性のＴＥＡ取り込みは、他のオーガニックカチオン（例えば、シメチジン、プロカインアミド、キニジン、キニーネおよびベラバミル）によって阻害された。卵母細胞で発現された場合、ｈＯＣＴＮ１は、キニジン、ベラバミルおよび両性イオンのＬ−カルニチンの取り込みを刺激した。このＯＣＮＴ１の、オーガニックカチオンの腎分泌における機能的役割は、未知である。
【０２２５】
ｈＯＣＴＮ２はヒト腎臓由来のｈＯＣＴＮ１の相同体として同定された。ｈＯＣＴＮ２  ｃＤＮＡは、ｈＯＣＴＮ１と７６％類似性を有する５５７のアミノ酸残基をコードする。ｈＯＣＴＮ２は、成人の腎臓、気管、脾臓、骨髄、骨格筋、心臓および胎盤において強く発現された。ＨＥＫ２９３において発現される場合、ｈＯＣＴＮ２は４．３ｍｍｏｌ／ＬのＫｍ値で、Ｎａ＋依存性様式においてＬ−カルニチンの取り込みを媒介したが、いくつかのＴＥＡおよびグアニジンの微量な取り込みを媒介した。ｈＯＣＴＮ２の生理学的機能は、高親和性Ｎａ＋のカルニチンコトランスポーターであることが示唆される。原発性の全身性カルニチン欠損（これは、カルニチンの血清および細胞内濃度が低いことにより特徴付けられる常染色体劣性である）が、ｈＯＣＴＮ２遺伝子における変異によって引き起こされることが報告されている。
【０２２６】
興味深いことに、ｒＯＣＴＮ２は、Ｎａ＋に非依存性オーガニックカチオントランスポーターおよびＮａ＋依存性オーガニックカチオントランスポーターであり、これは、心臓、腎臓、胎盤および脳で発現されることが、最近報告された。ラット腎臓において、ｒＯＣＴＮ２  ｍＲＮＡは、皮質に優先的に発現されるが、一方、髄質にはわずかしか発現しない。皮質領域において、ｒＯＣＴＮ２  ｍＲＮＡは、近位および遠位の細尿管で見出された。ＯＣＴＮ２におけるアミノ酸の置換（Ｐ４７８Ｌ（ｈＯＣＴＮ２）およびＬ３５２Ｒ（マウスＯＣＴＮ２））を生じるという、２つの変異が報告された。ｈＯＣＴＮ２におけるこれらの変異は、カルニチン輸送機能の完全な欠損を引き起こす。対象的に、唯一Ｍ３５２Ｒの変異は、オーガニックカチオン輸送機能の完全な欠損に関連するようであるが、Ｐ４７８Ｌの変異は、野生型トランスポーターよりも高いオーガニックカチオン輸送活性を有する。これらの研究は、ＯＣＴＮ２におけるカルニチンおよびオーガニックカチオンについての結合部位が重複しているが同一ではないことを有意に示すことを示唆する。従って、ＯＣＴＮ２における変異がまた、オーガニックカチオン輸送活性をもたらす場合、原発性カルニチン欠損を有する個々の患者における薬物治療のための臨床的な関係が存在し得る。
【０２２７】
オーガニックカチオントランスポーターファミリーは、多くの内在性アミンならびに薬物および環境毒素の除去に決定的である。このファミリーのメンバーは、通常、腎臓、肝臓および小腸において発現される。Ｇｒｕｄｅｍａｎｎら（Ｎａｔｕｒｅ  ３７２：５４９〜５５２、１９９４）は、発現クローニングによってラット腎臓からオーガニックカチオントランスポーターファミリーの最初のメンバーを同定し、ＯＣＴ１と命名した。ｒＯＣＴ１は１２の推定膜貫通ドメインを有する５５６アミノ酸からなり、そして肝臓、腎臓、小腸および結腸において発現される。卵母細胞において発現される場合、ｒＯＣＴ１はＴＥＡの取り込みを刺激し、この取り込みは多様なオーガニックカチオンによって阻害された。電圧クランプ状態下でｒＯＣＴ１を発現する卵母細胞を用いる電気生理学的実験は、ＴＥＡ、ＮＭＮ、コリン、ドーパミンまたはＭＰＰがバス培地に添加された場合、陽性の内部電流が誘導されることを実証され、これは、ｒＯＣＴ１媒介性のカチオンの取り込みが起電性であることを示す。
【０２２８】
ヒトｈＯＣＴＮ１は５５４のアミノ酸からなり、ｒＯＣＴ１と７８％同一性を示す（Ｚｈａｎｇら、Ｍｏｌｅｃ．Ｐｈａｒｍ．５１：９１３〜９２１、１９９７）。このｍＲＮＡ転写物は肝臓において排他的に検出された。ＯＣＴ１の組織分布および組織化学的局在における、明らかな種の差異が存在する。卵母細胞における発現後、ｈＯＣＴ１は、ＮＭＮ、ＴＥＡおよびＭＰＰのような１型オーガニックカチオンの取り込みを媒介し、これは、ｈＯＣＴ１がヒトのオーガニックカチオンの肝臓排泄に主に関与し得ることを示唆する。ｈＯＣＴ１は、ｒＯＣＴ１に対して実質特異性で異なるようである。ｈＯＣＴ１およびｈＯＣＴ２のヒト遺伝子（ＳＬＣ２２Ａ１およびＳＬＣ２２Ａ２とも命名されている）は、染色体６ｑ２６上に密接に近接して局在されている。
【０２２９】
ＯＣＴ１はクローニングされたので、ＯＣＴ１に有意な相同性を有する他の遺伝子産物が同定された。ラット腎臓から単離されたＯＣＴ２は、ｒＯＣ１と６７％同一性を有する（Ｏｋｕｄａら、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２２４（２）：５００〜７、１９９６）。ｒＯＣＴ２は、腎臓（皮質よりも髄質で高レベルで）において優先的に検出されたが、肝臓、肺または腸では検出されなかった。ＯＣＴ２は、いくつかの生物活性モノアミンの腎性処理において生理学的な役割を果たすようである。ＯＣＴ遺伝子ファミリーのさらなるメンバーをコードするｃＤＮＡ（ＯＣＴ３と称される）は、ラット胎盤から単離された（Ｋｅｋｕｄａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７３（２６）：１５９７１〜９、１９９８）。ｒＯＣＴ３は、１２の推定膜貫通ドメインを有し、５５１アミノ酸からなり、ｒＯＣＴ１と４８％同一性を示す。ノーザンブロット分析は、ｒＯＣＴ３  ｍＲＮＡが胎盤において最も豊富に検出され、そして腸、心臓および脳において適度に検出されることを示した。ｒＯＣＴ３  ｍＲＮＡの発現は、腎臓および肺で比較的低く、肝臓では検出されなかった。ｒＯＣＴ３は、電位感受性であり、そしてｐＨ勾配非依存性のオーガニックトランスポーターである。
【０２３０】
ＯＣＴトランスポーターに対するそれらの相同性によって、２つのさらなるＯＣＴ遺伝子ファミリー（ｈＯＣＴＮ１（ＳＬＣ２２Ａ４；Ｔａｍａｉら、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  ４１９（１）：１０７〜１１、１９９７）およびｈＯＣＴＮ２（ＳＬＣ２２Ａ●；Ｗｕら、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２４６（３）：●〜９５、１９９８）が同定された。ｈＯＣＴＮ１  ｍＲＮＡは、腎臓、気管、骨髄、胎児肝臓およびいくつかのヒト癌細胞株で豊富に見出されたが、成人肝臓では見出されなかった。ｈＯＣＴＮ２は、成人の腎臓、気管、脾臓、骨髄、骨格筋、心臓および胎盤において強く発現された。ｈＯＣＴＮ２の生理学的機能は、高親和性Ｎａ＋のカルニチンコトランスポーターであることが示唆される。原発性の全身性カルニチン欠損（これは、カルニチンの血清および細胞内濃度が低いことにより特徴付けられる常染色体劣性である）が、ｈＯＣＴＮ２遺伝子における変異によって引き起こされることが報告されている（Ｗａｎｇら、Ｈｕｍ  Ｍｕｔａｔ  １６（５）：４０１〜７、２０００）。
【０２３１】
（ＮＯＶ１４）
ＮＯＶ１４は、以下に開示される２つの新規Ｄ−βヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ様タンパク質を含む。この開示される配列を、ＮＯＶ１４ａおよびＮＯＶ１４ｂと命名した。ＮＯＶ１４ａまたはＮＯＶ１４ｂと特に指定されない限り、ＮＯＶ１４に対するいかなる参照も、全ての改変体を含むことが想定される。
【０２３２】
（ＮＯＶ１４ａ）
新規Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ様タンパク質をコードする１１９２ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１４ａ核酸（ＣＧ５６００１−０１とも呼ぶ）（配列番号３１）を、表１４Ａに示す。ヌクレオチド６９〜７１のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド１０９８〜１１００のＴＧＡコドンで終わるオープンリーディングフレームを同定した。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、下線部分である。開始コドンおよび終止コドンは、表１４Ａにおいて太字である。
【０２３３】
【表１４Ａ】
2005500815.tif 000138
2005500815.tif 000139
本発明において開示されるヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ様ＮＯＶ１４ａは、第３染色体にマップする。
【０２３４】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ＲＡＴＤＢＨＹＤＥＨ｜ａｃｃ：Ｍ８９９０２．１  ｍＲＮＡ（Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ  Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ  ｍＲＮＡ，完全ｃｄｓ）に対して１１４５塩基のうちの９５８塩基（８３％）が同一であることが見出された。
【０２３５】
配列番号３１によってコードされる開示されるＮＯＶ１４ａポリペプチド（配列番号３２）は、３４３アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを用いて表１４Ｂに表される。ＳｉｇｎａｌＰは、このヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼがシグナルペプチドを有し得ることを示唆する一方で、Ｐｓｏｒｔは、このヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼがミトコンドリアに局在することを推定する。このヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼは、ヒトヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼファミリーに類似するので、これらのメンバーのいくつかは、ミトコンドリア局在を有すると予想される。従って、この新規ヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼは、おそらく、同じ亜細胞局在にて利用可能であり、ゆえに、診断プローブおよび種々の治療適用に利用し易い。それにもかかわらず、ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１４ａがおそらくミトコンドリアマトリクス空間に０．６７２３の確実性で局在すると推定する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１４は、おそらく、ミクロボディ（ペルオキシソーム）に０．３９４２の確実性で局在するか、またはミトコンドリア内膜に０．３６２２の確実性で局在するか、またはミトコンドリア膜間空間に０．３６２２の確実性で局在する。ＳｉｇｎａｌＰデータに従って、最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１２と１３との間、すなわち、配列ＬＳＲ−ＬＰ中の棒線部分である。
【０２３６】
【表１４Ｂ】
2005500815.tif 000140
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ（ラット）由来の３４４アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ２９１４７（Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ前駆体（ＥＣ  １．１．１．３０）（ＢＤＨ）（３−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ））と３４２アミノ酸残基のうち２９７アミノ酸残基が同一であり（８６％）、３４２アミノ酸残基のうちの３１３アミノ酸残基が類似である（９１％）ことが見出された。
【０２３７】
本発明に開示されるヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼは、少なくとも以下の組織で発現される：脳、眼、結腸、腎臓、肝臓、脾臓、肺、胸部、卵巣、精巣、尿生殖器管、リンパ、Ｔ細胞、Ｂ細胞。さらに、この配列は、種Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓにおける密接に関連するＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ  Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼｍＲＮＡ、完全ｃｄｓホモログの発現パターン（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＲＡＴＤＢＨＹＤＥＨ｜ａｃｃ：Ｍ８９９０２．１）に起因して、心臓中で発現されることが推定される。
【０２３８】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病状に関与する、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、糖尿病、肥満ならびに他の疾患、障害および状態などに罹患する患者の処置に対して効力を有する。
【０２３９】
（ＮＯＶ１４ｂ）
新規Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ様タンパク質をコードする１１６６ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１４ｂ核酸（ＣＧ５６００１−０２とも呼ぶ）（配列番号３３）を、表１４Ｃに示す。ヌクレオチド６９〜７１のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド１０９８〜１１００のＴＧＡコドンで終わるオープンリーディングフレームを同定した。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、下線部分である。開始コドンおよび終止コドンは、表１４Ｃにおいて太字である。
【０２４０】
【表１４Ｃ】
2005500815.tif 000141
本発明に開示されるこのヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ様ＮＯＶ１４ｂは、第３染色体にマップされる。
【０２４１】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ＲＡＴＤＢＨＹＤＥＨ｜ａｃｃ：Ｍ８９９０２．１  ｍＲＮＡ（Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ  Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ  ｍＲＮＡ，完全ｃｄｓ）に対して１１０８塩基のうちの９３３塩基（８４％）が同一であることが見出された。
【０２４２】
配列番号３３によってコードされる開示されるＮＯＶ１４ｂポリペプチド（配列番号３４）は、３４３アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを用いて表１４Ｄに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１４ａがおそらくミトコンドリアマトリクス空間に０．６７２３の確実性で局在すると推定する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１４は、おそらく、ミクロボディ（ペルオキシソーム）に０．３９４２の確実性で局在するか、またはミトコンドリア内膜に０．３６２２の確実性で局在するか、またはミトコンドリア膜間空間に０．３６２２の確実性で局在する。ＳｉｇｎａｌＰデータに従って、最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１２と１３との間、すなわち、配列ＬＳＲ−ＬＰ中の棒線部分である。
【０２４３】
【表１４Ｄ】
2005500815.tif 000142
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の３４４アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ０２３３８タンパク質（Ｄ−Β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ前駆体（ＥＣ１．１．１．３０）（ＢＤＨ）（３−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ））と３４４アミノ酸残基のうち３３１アミノ酸残基が同一であり（９６％）、３４４アミノ酸残基のうちの３３３アミノ酸残基が類似である（９６％）ことが見出された。
【０２４４】
本発明に開示されるＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ前駆体様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：脳、眼、結腸、腎臓、肝臓、脾臓、肺、胸部、卵巣、精巣、尿生殖器管、リンパ、Ｔ細胞、Ｂ細胞。発現情報は、ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５６００１−０２の配列の派生物に含まれる、この配列の組織供給源から得た、この配列は、種Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓにおける密接に関連するＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ  Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼｍＲＮＡ、完全ｃｄｓホモログの発現パターン（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＲＡＴＤＢＨＹＤＥＨ｜ａｃｃ：Ｍ８９９０２．１）に起因して、以下の組織中で発現されることが推定される：心臓。
【０２４５】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および治療における適用を有する。例えば、発明の組成物は、糖尿病、肥満ならびに他の疾患、障害および状態に罹患する患者の処置に対して効力を有する。
【０２４６】
ＮＯＶ１４ａおよびＮＯＶ１４ｂは、表１４Ｅ中のアミノ酸アライメントに示されるように高い割合の相同性を共有する。
【０２４７】
【表１４Ｅ】
2005500815.tif 000143
公開配列データベースの検索において、ＮＯＶ１４は、表１４Ｆに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有することが見出された。
【０２４８】
【表１４Ｆ】
2005500815.tif 000144
マルチプル配列アラインメントが表１４Ｇに示され、本発明のタンパク質は、ＣｌｕｓｔａｌＷ分析において一番上のラインに示され、このＣｌｕｓｔａｌＷ分析は、本発明のタンパク質と表１４Ｆに示される関連タンパク質配列とを比較する。
【０２４９】
【表１４Ｇ】
2005500815.tif 000145
2005500815.tif 000146
他のＢＬＡＳＴ結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含み、このデータベースは、特許および特許刊行物に公開される配列を含む所有権のあるデータベースである。Ｐａｔｐの結果は、表１４Ｈに列挙されるものを含む。
【０２５０】
【表１４Ｈ】
2005500815.tif 000147
表１４Ｉは、ＮＯＶ１４に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの説明を列挙する。
【０２５１】
【表１４Ｉ】
2005500815.tif 000148
2005500815.tif 000149
短鎖デヒドロゲナーゼ／レダクターゼファミリー（ＳＤＲ）は、非常に大きな酵素ファミリーであり、これらのうちのほとんどが、ＮＡＤ依存性オキシドレダクターゼまたはＮＡＤＰ依存性オキシドレダクターゼであることが知られている。特徴付けられたこのファミリーの第１のメンバーは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａアルコールデヒドロゲナーゼであるので、このファミリーは、「昆虫型」アルコールデヒドロゲナーゼまたは「短鎖」アルコールデヒドロゲナーゼと呼ばれて使用される。このファミリーのほとんどのメンバーは、約２５０〜３００アミノ酸残基のタンパク質である。ほとんどのデヒドロゲナーゼは、少なくとも２つのドメインを保有し、第１のドメインは、補酵素（しばしば、ＮＡＤ）に結合し、第２のドメインは、基質に結合する。この後者のドメインは、基質特異性を決定し、そして触媒に関与するアミノ酸を含む。補酵素結合ドメインにおいて配列類似性はほとんど見出されていないが、大きな程度の構造類似性が存在し、従って、共通の先祖補酵素ヌクレオチド配列と種々の基質特異的ドメインとの遺伝子融合を介してデヒドロゲナーゼの構造が生じる、と示唆されている。
【０２５２】
このファミリーは、短鎖デヒドロゲナーゼおよびレダクターゼの一般的なファミリーである［ＩＮＴＥＲＰＲＯ：ＩＰＲ００２１９８］に必ず隣接して見出される。この延長への一致は、このタンパク質がおそらくアルコールデヒドロゲナーゼであることを示す。これは、本発明の配列が、このドメイン／これらのドメインを含むことが既知の他のタンパク質に類似した特性を有し、そしてこれらのドメインの特性に類似する特性を有することを示す。
【０２５３】
（Ｒ）−３−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ（ＢＤＨ）は、ホスファチジルコリン（これは、ＢＤＨ酵素活性のアロステリックアクチベーターとして作用する）の絶対的かつ特異的な必要性を有するミトコンドリア膜酵素である。ＢＤＨは、脂質要求酵素についての原型としてはたらく。精製ウシＢＤＨからのペプチド配列に基づく縮重オリゴヌクレオチドを用いてヒト心臓ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることによって、ＢＤＨをコードするｃＤＮＡ（フラグメント、Ｎ末端を欠く）が単離された。推定３４３アミノ酸タンパク質は、４６残基のリーダーペプチドを含み、これは、切断されて、成熟タンパク質を生成する。配列分析によって、このＢＤＨタンパク質の最初の３分の２が、短鎖アルコールデヒドロゲナーゼ（ＳＣＡＤＨ）に対して相同性であり、この相同性は、ＳＣＡＤＨの推定補酵素結合部位および推定補酵素活性部位を含み；ＢＤＨのこの領域はまた、ＳＣＡＤＨの特徴である交互αヘリックスおよびβシートの推定二次構造モチーフを有することが明らかとなった。これらのデータは、このＢＤＨタンパク質の残りが、基質結合部位および脂質結合部位を形成するエレメントを含むことを示唆する。ノーザンブロット分析によって、ＢＤＨがウサギ心臓組織中で発現されることが明らかとなった。
【０２５４】
本発明の新規ヒトＤ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼタンパク質は、Ｍａｒｋｓらによって記載される（Ｒ）−３−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ（ＢＤＨ）に対して９５％の相同性を有する。従って、本新規タンパク質が、本質的に全ての細胞機能の調節において役割を有し、そして薬物の潜在的に重要な標的であり得ることが予想される。このような薬物は、重要な治療適用（例えば、糖尿病および肥満疾患の処置）を有し得る。Ｍａｒｋｓ，Ａ．Ｒ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６７：１５４５９−１５４６３、１９９２を参照のこと。
【０２５５】
（ＮＯＶ１５）
ＮＯＶ１５は、以下に開示される４つの新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質を含む。この開示される配列を、ＮＯＶ１５ａ、ＮＯＶ１５ｂ、ＮＯＶ１５ｃ、およびＮＯＶ１５ｄと命名した。ＮＯＶ１５ａ、ＮＯＶ１５ｂ、ＮＯＶ１５ｃ、およびＮＯＶ１５ｄと特に指定しない限り、ＮＯＶ１５に対する任意の参照は、全ての改変体を含むことが想定される。
【０２５６】
（ＮＯＶ１５ａ）
新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質をコードする８６７５ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１５ａ核酸（ＳＣ１４５６６５４０４＿ＡまたはＣＧ５５０６９−０１とも呼ぶ）（配列番号３５）を、表１５Ａに示す。ヌクレオチド１５１〜１５３のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド８３２６〜８３２８のＴＡＡコドンで終わるオープンリーディングフレームを同定した。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、下線部分であり、そして開始コドンおよび終止コドンは、表１５Ａにおいて太字である。
【０２５７】
【表１５Ａ】
2005500815.tif 000150
2005500815.tif 000151
2005500815.tif 000152
本発明において開示されるＴＥＮ−Ｍ３  ＮＯＶ１５ａは、第４染色体にマップする。
【０２５８】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ＡＢ０４０８８８｜ａｃｃ：ＡＢ０４０８８８．１  ｍＲＮＡ（ＫＩＡＡ１４５５タンパク質についてのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ、部分ｃｄｓ）に対して、５３０９塩基のうちの５３０７塩基（９９％）が同一であることが見出された。
【０２５９】
配列番号３５によってコードされる開示されるＮＯＶ１５ａポリペプチド（配列番号３６）は、２７２５アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを用いて表１５Ｂに表される。ＮＯＶ１５ａは、膜貫通３０９〜３２５（３０５〜３３７）について−９．３９のＩＮＴＥＧＲＡＬ可能性で  型（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）膜タンパク質のようである。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１５ａがシグナルペプチドを有さず、そしておそらく核に０．８０００の確実性で局在することを推定する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１５ａは、おそらく、原形質膜に０．７９００の確実性で局在するか、ミクロボディ（ペルオキシソーム）に０．３４２４の確実性で局在するか、ゴルジ体に０．３０００の確実性で局在する。
【０２６０】
【表１５Ｂ】
2005500815.tif 000153
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の２７１５アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＷＴＳ６タンパク質（ＴＥＮ−Ｍ３）と２７２５アミノ酸残基のうち２６６３アミノ酸残基が同一であり（９７％）、２７２５アミノ酸残基のうちの２６９６アミノ酸残基が類似である（９８％）ことが見出された。
【０２６１】
本発明に開示されるＴＥＮ−Ｍ３は、少なくとも以下の組織で発現される：脳、小脳、結腸、冠状動脈、真皮、心臓、海馬、腎臓、肺、リンパ節、乳腺／胸部、卵巣、上皮小体、松果体、胎盤、前立腺、平滑筋、精巣、子宮。この情報は、本発明に含まれる配列の組織源を決定することによって得られ、これらとしては、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ源、文献源、および／またはＲＡＣＥ源が挙げられるが、これらに限定されない。Ｔａｑｍａｎ発現分析によって、本発明に開示されるこのＴＥＮ−Ｍ３がいくつかの脳領域によって、ならびにＴａｑＭａｎパネル１中の脳腫瘍由来細胞株および肺腫瘍由来細胞株によって、ならびにパネル２中の腎臓腫瘍および肺腫瘍によって、発現される。
【０２６２】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病状に関与する、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、癌（好ましくは、腎臓腫瘍および肺腫瘍）に罹患する患者の処置に対して効力を有する。本明細書中に開示されるＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質およびＴＥＮ−Ｍ３様核酸の腫瘍形成における潜在的な役割は、おそらく、高い転移可能性を与える細胞の移動および細胞の浸潤に関連する。モノクローナル抗体と共に本明細書中に開示されるＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質およびＴＥＮ−Ｍ３様核酸の治療標的は、腫瘍細胞の移動および腫瘍細胞の浸潤の広がりならびに腫瘍転移（好ましくは、黒色腫腫瘍において）の広がりを制限またはブロックすることが予想される。
【０２６３】
（ＮＯＶ１５ｂ）
新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質をコードする８６４５ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１５ｂ核酸（ＣＧ５５０６９−０２とも呼ぶ）（配列番号３７）を、表１５Ｃに示す。ヌクレオチド１５１〜１５３のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド８３１４〜８３１６のＴＡＡコドンで終わるオープンリーディングフレームを同定した。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、下線部分であり、そして開始コドンおよび終止コドンは、表１５Ｃにおいて太字である。
【０２６４】
【表１５Ｃ】
2005500815.tif 000154
2005500815.tif 000155
2005500815.tif 000156
2005500815.tif 000157
本発明において開示されるＴＥＮ−Ｍ３  ＮＯＶ１５ｂは、第４染色体にマップする。
【０２６５】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ＡＢ０２５４１２｜ａｃｃ：ＡＢ０２５４１２．１  ｍＲＮＡ（Ｔｅｎ−ｍ３についてのＭｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、６１７５塩基のうちの５３９５塩基（８７％）が同一であることが見出された。
【０２６６】
配列番号３７によってコードされる開示されるＮＯＶ１５ｂポリペプチド（配列番号３８）は、２７２１アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを用いて表１５Ｄに表される。ＰＳＯＲＴは、ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質が核に局在し得ることを示唆したが、本明細書中に推定されるＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５５０６９−０２のタンパク質は、テネイシンファミリー（このファミリーのうちのいくつかのメンバーは、分泌タンパク質であるかまたは膜タンパク質である）に類似する。従って、この新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質もまた、類似の局在を示す可能性がある。ヒドロパシープロットによって、この結論が支持される。ＮＯＶ１５ｂは、膜貫通３０９〜３２５（３０５〜３３７）について−９．３９のＩＮＴＥＧＲＡＬ可能性でＩＩ型（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）膜タンパク質のようである。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、このＮＯＶ１５ｂがシグナルペプチドを有さず、そしておそらく核に０．８０００の確実性で局在すると推定する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１５ｂは、おそらく、原形質膜に０．７９００の確実性で局在するか、ミクロボディ（ペルオキシソーム）に０．３４５３の確実性で局在するか、ゴルジ体に０．３０００の確実性で局在する。
【０２６７】
【表１５Ｄ】
2005500815.tif 000158
2005500815.tif 000159
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の２７１５アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＷＴＳ６タンパク質（ＴＥＮ−Ｍ３）と２７２１アミノ酸残基のうち２６６４アミノ酸残基が同一であり（９７％）、２７２１アミノ酸残基のうちの２６９７アミノ酸残基が類似である（９９％）ことが見出された。
【０２６８】
本発明に開示されるＴＥＮ−Ｍ３様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−Ｒａｊｉ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管および子宮。
【０２６９】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して効力を有する：ＣＮＳ障害、神経発生障害、心臓疾患（例えば、発作、心筋梗塞）、虚血、癌、限局性強皮症および全身性強皮症、胸膜炎症および繊維性疾患ならびに他の疾患、障害および状態。
【０２７０】
（ＮＯＶ１５ｃ）
新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質をコードする８４７３ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１５ｃ核酸（ＣＧ５５０６９−０３とも呼ぶ）（配列番号３９）を、表１５Ｅに示す。ヌクレオチド２５８〜２６０のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド８１４２〜８１４４のＴＡＡコドンで終わるオープンリーディングフレームを同定した。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、下線部分であり、そして開始コドンおよび終止コドンは、表１５Ｅにおいて太字である。
【０２７１】
【表１５Ｅ】
2005500815.tif 000160
2005500815.tif 000161
2005500815.tif 000162
本発明において開示されるＴＥＮ−Ｍ３  ＮＯＶ１５ｃは、第４染色体にマップする。
【０２７２】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ＡＢ０２５４１２｜ａｃｃ：ＡＢ０２５４１２．１  ｍＲＮＡ（Ｔｅｎ−ｍ３についてのＭｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、６１７５塩基のうちの５３９５塩基（８７％）が同一であることが見出された。
【０２７３】
配列番号３９によってコードされる開示されるＮＯＶ１５ｃポリペプチド（配列番号４０）は、２６２８アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを用いて表１５Ｆに表される。ＮＯＶ１５ｃは、膜貫通２１６〜２３２（２１２〜２４４）について−９．３９のＩＮＴＥＧＲＡＬ可能性でＩＩ型（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）膜タンパク質のようである。ＰＳＯＲＴは、ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質が核に局在し得ることを示唆するが、本明細書中に推定されるＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５５０６９−０３のタンパク質は、膜タンパク質ファミリー（このファミリーのうちのいくつかのメンバーは、分泌タンパク質であるかまたは膜タンパク質である）に類似する。従って、この新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質は、類似の局在を示す可能性がある。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、このＮＯＶ１５ｃがシグナルペプチドを有さず、そしておそらく核に０．８０００の確実性で局在することを推定する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１５ｃは、おそらく、原形質膜に０．７９００の確実性で局在するか、ミクロボディ（ペルオキシソーム）に０．３５７７の確実性で局在するか、またはゴルジ体に０．３０００の確実性で局在する。
【０２７４】
【表１５Ｆ】
2005500815.tif 000163
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の２７１５アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＷＴＳ６タンパク質（ＴＥＮ−Ｍ３）と２５７５アミノ酸残基のうち２５０５アミノ酸残基が同一であり（９７％）、２５７５アミノ酸残基のうちの２５３７アミノ酸残基が類似である（９８％）ことが見出された。
【０２７５】
本発明に開示されるＴＥＮ−Ｍ３様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−Ｒａｊｉ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管および子宮。
【０２７６】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して効力を有する：ＣＮＳ障害、神経発生障害、心臓疾患（例えば、発作、心筋梗塞）、虚血、癌、限局性強皮症および全身性強皮症、胸膜炎症および繊維性疾患ならびに他の疾患、障害および状態。
【０２７７】
（ＮＯＶ１５ｄ）
新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質をコードする８４８７ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１５ｄ核酸（ＣＧ５５０６９−０８とも呼ぶ）（配列番号４１）を、表１５Ｇに示す。ヌクレオチド２９９〜３０１のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド８１３８〜８１４０のＴＡＡコドンで終わるオープンリーディングフレームを同定した。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、下線部分であり、そして開始コドンおよび終止コドンは、表１５Ｇにおいて太字である。
【０２７８】
【表１５Ｇ】
2005500815.tif 000164
2005500815.tif 000165
2005500815.tif 000166
本発明において開示されるＴＥＮ−Ｍ３  ＮＯＶ１５ｄは、第４染色体にマップする。
【０２７９】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ＡＢ０４０８８８｜ａｃｃ：ＡＢ０４０８８８．１  ｍＲＮＡ（ＫＩＡＡ１４５５タンパク質についてのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ、部分ｃｄｓ）に対して、５３０９塩基のうちの５３０７塩基（９９％）が同一であることが見出された。
【０２８０】
配列番号４１によってコードされる開示されるＮＯＶ１５ｄポリペプチド（配列番号４２）は、２６１３アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを用いて表１５Ｈに表される。ＮＯＶ１５ｄは、膜貫通２１６〜２３２（２１２〜２４４）について−９．３９のＩＮＴＥＧＲＡＬ可能性でＩＩ型（Ｎｃｙｔ  Ｃｅｘｏ）膜タンパク質のようである。ＰＳＯＲＴは、ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質が核に局在し得ることを示唆するが、本明細書中に推定されるＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５５０６９−０８は、ＴＥＮ−Ｍ３ファミリー（このファミリーのうちのいくつかのメンバーは、膜局在する）に類似する。従って、この新規ＴＥＮ−Ｍ３様タンパク質は、同じ亜細胞区画に局在するようである。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、このＮＯＶ１５ｄがシグナルペプチドを有さず、そしておそらく核に０．８０００の確実性で局在すると推定する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１５ｄは、おそらく、原形質膜に０．７９００の確実性で局在するか、ミクロボディ（ペルオキシソーム）に０．３６４２の確実性で局在するか、またはゴルジ体に０．３０００の確実性で局在する。
【０２８１】
【表１５Ｈ】
2005500815.tif 000167
2005500815.tif 000168
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の２７１５アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＷＴＳ６タンパク質（ＴＥＮ−Ｍ３）と２５６８アミノ酸残基のうち２４９６アミノ酸残基が同一であり（９７％）、２５６８アミノ酸残基のうちの２５２７アミノ酸残基が類似である（９８％）ことが見出された。
【０２８２】
本発明に開示されるＴＥＮ−Ｍ３様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：脂肪、心臓、大動脈、冠状動脈、上皮小体、松果体、結腸、脾臓、リンパ節、骨、軟骨、筋肉、平滑筋、脳、小脳、右小脳、下垂体、側頭葉、海馬、頸部、乳腺／胸部、卵巣、胎盤、子宮、外陰、前立腺、精巣、肺、腎臓、網膜、皮膚、真皮。
【０２８３】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して効力を有する：心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心臓欠損、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、代謝性障害、糖尿病、動脈瘤、線維筋性形成異常、発作、心筋梗塞、塞栓症、心臓血管障害、バイパス手術、上皮小体機能亢進症、上皮小体機能低下症、甲状腺機能亢進症、甲状腺機能低下症、癌（結腸癌、肺癌、脳の癌、白血病、乳癌、卵巣癌、子宮癌、前立腺癌、精巣癌、腎臓癌および皮膚癌を含むが、これらに限定されない）；ＳＩＤＳ、リンパ腫、アレルギー、骨粗鬆症、高カルシウム血症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症；腱炎；筋ジストロフィー、レッシュ−ナイハン症候群、重症筋無力症；フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性小児麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護；内分泌機能不全、増殖障害および生殖障害；不妊；子宮内膜症、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、ＡＲＤＳ、乾癬、光線性角化症、結節硬化症、挫瘡、頭髪増殖、脱毛（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、腎動脈狭窄症、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎疾患、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡネフロパシー、高カルシウム血症、レッシュ−ナイハン症候群、ＣＮＳ障害、神経発生障害、心臓疾患（例えば、発作、心筋梗塞）、虚血、限局性強皮症および全身性強皮症、胸膜炎症および繊維性疾患ならびに他の疾患、障害および状態。
【０２８４】
ＮＯＶ１５ａ、ＮＯＶ１５ｂ、ＮＯＶ１５ｃ、およびＮＯＶ１５ｄは、表１５Ｉ中のアミノ酸アライメントに示されるように高い割合の相同性を共有する。
【０２８５】
【表１５Ｉ】
2005500815.tif 000169
2005500815.tif 000170
2005500815.tif 000171
公開配列データベースの検索において、ＮＯＶ１５ａは、表１５Ｊに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有することが見出された。
【０２８６】
【表１５Ｊ】
2005500815.tif 000172
他のＢＬＡＳＴ結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含み、このデータベースは、特許および特許刊行物に公開される配列を含む所有権のあるデータベースである。Ｐａｔｐの結果は、表１５Ｋに列挙されるものを含む。
【０２８７】
【表１５Ｋ】
2005500815.tif 000173
表１５Ｌは、ＮＯＶ１５ａに対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの説明を列挙する。
【０２８８】
【表１５Ｌ】
2005500815.tif 000174
2005500815.tif 000175
2005500815.tif 000176
公開配列データベースの検索において、ＮＯＶ１５ｄは、表１５Ｍに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有することが見出された。
【０２８９】
【表１５Ｍ】
2005500815.tif 000177
他のＢＬＡＳＴ結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含み、このデータベースは、特許および特許刊行物に公開される配列を含む所有権のあるデータベースである。Ｐａｔｐの結果は、表１５Ｎに列挙されるものを含む。
【０２９０】
【表１５Ｎ】
2005500815.tif 000178
表１５Ｏは、ＮＯＶ１５ｄに対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの説明を列挙する。
【０２９１】
【表１５Ｏ】
2005500815.tif 000179
2005500815.tif 000180
ＥＧＦ様ドメイン（ＩＰＲ０００５６１）：上皮増殖因子（ＥＧＦ）中に見出される約３０〜約４０アミノ酸残基長の配列が、ほとんどが動物タンパク質である他の多数のものの中に存在する（より保存された形態かあまり保存されていない形態）ことが示された。ＥＧＦ様パターンの１つ以上のコピーを含むことが現在公知のタンパク質の列挙は大きく、そして変動する。何が無関係のタンパク質であるかにおいて、ＥＧＦドメインの機能的有意性はいまだ明らかでない。しかし、共通する特徴は、これらの反復が膜結合タンパク質の細胞外ドメイン中で見出されるか、または分泌されることが公知のタンパク質中に見出されるかということである（例外：プロスタグランジンＧ／Ｈシンターゼ）。このＥＧＦドメインは、ジスルフィド結合に関与することが示されている（ＥＧＦにおいて）６個のシステイン残基を含む。この主要な構造は、２鎖のβシート、その後のループからＣ末端の短い２鎖シートである。保存システイン間のサブドメインはその長さが変動する（Ｃａｍｐｂｅｌｌ  Ｉ．Ｄ．，Ｂｏｒｋ  Ｐ．，１９９３，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：３８５−３９２；Ｗｅｂｅｒ  Ｉ．Ｔ．，Ａｐｐｅｌｌａ  Ｅ．，Ｂｌａｓｉ  Ｆ．，１９８８，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２３１：１−４；Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ  Ｒ．Ｆ．，Ｆｅｎｇ  Ｄ．Ｆ．，Ｊｏｈｎｓｏｎ  Ｍ．Ｓ．，１９８４，Ｎａｔｕｒｅ  ３０７：５５８−５６０；Ｄａｖｉｓ  Ｃ．Ｇ．，１９９０，Ｎｅｗ  Ｂｉｏｌ．２：４１０−４１９；Ｈｕｎｔ  Ｌ．Ｔ．，Ｂａｒｋｅｒ  Ｗ．Ｃ．，Ｂｌｏｍｑｕｉｓｔ  Ｍ．Ｃ．，１９８４，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８１：７３６３−７３６７；Ｈｕｎｔ  Ｌ．Ｔ．，Ｂａｒｋｅｒ  Ｗ．Ｃ．，Ｇｅｏｒｇｅ  Ｄ．Ｇ．，Ｊｏｈｎｓｏｎ  Ｇ．Ｃ．，１９８６，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｅｎｚ．２９：５４−６８）。
【０２９２】
これは、本発明の配列が、このドメイン／これらのドメインを含むことが既知の他のタンパク質に類似した特性を有し、そしてこれらのドメインの特性に類似する特性を有することを示す。
【０２９３】
Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ胚の発生の間の周期性パターンの確立は、階層的様式で作用する遺伝子によって制御される（Ｎｕｅｓｓｌｅｉｎ−ＶｏｌｈａｒｄおよびＷｉｅｓｃｈｈａｕｓ，１９８０，Ｎａｔｕｒｅ  ２８７：７９５−８０１；Ｉｎｇｈａｍ  １９８８，Ｎａｔｕｒｅ  ３３５：２５−３４；Ｓｔ．ＪｏｈｎｓｔｏｎおよびＮｕｅｓｓｌｅｉｎ−Ｖｏｌｈａｒｄ，１９９２，Ｃｅｌｌ  ６８：２０１−２１９）。母性活性は、ｇａｐ遺伝子によってコードされる転写因子の発現を誘導し、この転写因子は、ペアルール遺伝子によってコードされる他の転写因子の発現を調節する。ペアルール遺伝子は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒの前後軸に沿って、７つのストライプ（ｓｔｒｉｐｅ）で発現される。この発現は、セグメント極性遺伝子の連続発現およびＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ胚のセグメントパターンの確立に重要である。ペアルール遺伝子における変異は、小皮セグメントの欠損を生じ、これは、幼生の体軸にそった反復様式で現れる。以下の２つの研究室で独立して同定され、かつ以下のように指定された遺伝子を除いて、全ての既知のペアルール遺伝子は、転写因子をコードする：ｔｅｎ−ｍ（Ｂａｕｍｇａｒｔｎｅｒら、１９９４，ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３７２８−３７４０）およびｏｄｚ（Ｌｅｖｉｎｅら、１９９４，ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３７２８−３７４０）。ｔｅｎ−ｍおよびｏｄｚは、同一の遺伝子であり、これらの変異は、全ての他のセグメントが失われるオッドペアード（ｏｄｄ−ｐａｉｒｅｄ）に類似するペアルール表現型を導く（Ｎｕｓｓｌｅｉｎ−Ｖｏｌｈａｒｄら、１９９５、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ．Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．５０：１４５−１５４）。両方の報告が同一の配列を示したという事実にも関わらす、Ｔｅｎ−ｍは、分泌Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａテネイシン様分子として記載され、Ｏｄｚは、Ｉ型膜貫通レセプターとして記載された。テネイシンは、フィブロネクチンＩＩＩ型（ＦＮＩＩＩ）反復、ＥＧＦ様反復、およびＣＯＯＨ末端フィブリノーゲン様反復を構成するモジュラー構造を有する細胞外マトリクスタンパク質のファミリーである（Ｅｒｉｃｋｓｏｎ，１９９３，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．５：８６９−８７６）。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ細胞株を用いた生化学研究は、Ｔｅｎ−ｍが、コンドロイチナーゼＡＢＣ感受性コンドロイチン硫酸および／またはデルマタン硫酸側鎖を有する大きな分泌プロテオグリカンであることを示した。コアタンパク質は、ＥＧＦ様反復およびＦＮＩＩＩ反復を含むことが報告されたが、フィブリノーゲン様ドメインは欠いていた（Ｂａｕｍｇａｒｔｎｅｒら、１９９４，ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３７２８−３７４０）。Ｏｄｚを、新規ホスホチロシン含有タンパク質として単離した（Ｌｅｖｉｎｅら，１９９４，Ｃｅｌｌ  ７７：５８７−５９８）。膜貫通領域は、ＥＧＦ反復のＣＯＯＨ末端に予想され、これには、いくつかのチロシンキナーゼリン酸化コンセンサス部位を含む細胞質ドメインが続く。より最近では、Ｗａｎｇら（１９９８，ＥＭＢＯ  Ｊ．１７：３６１９−３６３０）は、Ｔｅｎ−ｍ／Ｏｄｚの哺乳動物オルソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇｕｅ）（ＤＯＣ４と呼ばれる���（ｃｈｏｐの下流）を記載し、このオルソログは、ストレス誘導性転写因子ＣＨＯＰによって誘導される。ＤＯＣ４のオープンリーディングフレームは、３１％の配列同一性を共有し、Ｔｅｎ−ｍ／Ｏｄｚと５０％の配列類似性を共有する。さらに、ＤＯＣ４は、疎水性アミノ酸〜推定開始コドンのＣＯＯＨ末端４００アミノ酸の短いストレッチを含む。これは、細胞表面局在と一緒に考えると、ＤＯＣ４がＩＩ型膜貫通分子を構成し得ることを示唆する。Ｔｅｎ−ｍ／ＯｄｚおよびＤＯＣ４は、テネイシンのＥＧＦ反復に最も類似する８つの連続的ＥＧＦ様モジュールのストレッチを含む。ＥＧＦモジュールは、タンパク質の構造単位であるかまたはタンパク質の一部であり、細胞外に位置する。これらは、リーリン（ｒｅｅｌｉｎ）（Ｄ’Ａｒｃａｎｇｅｌｏら、１９９５、Ｎａｔｕｒｅ．３７４：７１９−７２３）およびセクレチン（Ｗｈｅｌａｎ，１９９６，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２１：６５−６９）のような単離されたモジュールとして生じ得るか、またはノッチ（Ｆｌｅｍｉｎｇら，１９９７，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．１２４：２９７３−２９８１）およびテネイシン（Ｓｐｒｉｎｇら，１９８９，Ｃｅｌｌ．５９：３２５−３３４）のような配列として生じ得る。Ｔｅｎ−ｍ／Ｏｄｚ、ＤＯＣ４、およびＴｅｎ−ａ（Ｔｅｎ−ｍ／Ｏｄｚに関連するＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ分子（ＢａｕｍｇａｒｔｎｅｒおよびＣｈｉｑｕｅｔ−Ｅｈｒｉｓｍａｎｎ，１９９３，Ｍｅｃｈ．Ｄｅｖ．４０：１６５−１７６））におけるＥＧＦドメインの保存された特徴は、８つのＥＧＦ様分子のうちの２つにおけるシステイン残基の芳香族アミノ酸との置換である。これは、２つのシステインをモジュラー間パートナーがないままにする。ＥＧＦ様モジュール中のシステインパターンの完全性の重要さは、ノッチ３（これは、常染色体優性障害に起因する発作を有する患者中で観察される）の機能的障害によって例示される（Ｊｏｕｔｅｌら、１９９７、Ｌａｎｃｅｔ．３５０：１５１１−１５１５）。この疾患の分子基礎は、主に、ノッチ３のＥＧＦモジュールにおけるシステインと他のアミノ酸との置換である。５つのシステインを有するＴｅｎ−ｍ／ＯｄｚのＥＧＦ様モジュールが、個体発生的に観察されるという観察は、これらが、そのタンパク質機能に重要であり得る構造へと折り畳まれ得ることを示す。
【０２９４】
パターン形成を制御する多くの遺伝子が、発生の間の数回の異なる期間で発現され、胚形成および出産後の人生の両方の間に種々のプロセスで機能する。細胞胚盤葉段階における７つのストライプの初期発現の後、ｔｅｎ−ｍ／ｏｄｚが下方制御され、中枢神経系（ＣＮＳ）、背側管、気管、ならびに眼およびディスク中で後期に現れ、頭側（触角）、腹側（羽）、および背側（肢）の胸部付属肢を生じる（Ｂａｕｍｇａｒｔｎｅｒら、１９９４，ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３７２８−３７４０；Ｌｅｖｉｎｅら，１９９４，ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３７２８−３７４０）。最も高いレベルのＴｅｎ−ｍ／Ｏｄｚ発現は、タンパク質が軸索表面に沈着されるＣＮＳ中で観察される（Ｌｅｖｉｎｅら、１９９７、Ｄｅｖ．Ｄｙｎ．２０９：１−１４）。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａの眼のディスクは、高いレベルのＴｅｎ−ｍ／Ｏｄｚが非常に異なる部位（眼のディスクの形態形成溝、光レセプター様細胞、および非上皮細胞を含む）で見いだされる別の位置である（Ｌｅｖｉｎｅら、１９９７，Ｄｅｖ．Ｄｙｎ．２０９：１−１４）。哺乳動物におけるＤＯＣ４の発現パターンは、十分に特徴付けられていないが、ｍＲＮＡの存在は発生マウス脳において実証されている（Ｗａｎｇら、１９９８、ＥＭＢＯ  Ｊ．１７：３６１９−３６３０）。
【０２９５】
ｔｅｎ−ｍ／ｏｄｚ遺伝子におけるいくつかの変異が同定され、これらのすべてが、胚致死を生じる（Ｂａｕｍｇａｒｔｎｅｒら，１９９４，ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３７２８−３７４０；Ｌｅｖｉｎｅら，１９９４，ＥＭＢＯ  Ｊ．１３：３７２８−３７４０）。生存可能な低次形態遺伝子変異の欠如に起因して、そのタンパク質がその発現される部位全てで重要な機能を発揮するか否かは不明である。Ｔｅｎ−ｍ／Ｏｄｚについての可能性のある機能は、ＧＡＤＤ１５３／ＣＨＯＰ（増殖停止およびＤＮＡ損傷／Ｃ／ＥＢＰ相同性タンパク質）で誘導されるｍＲＮＡの検索において単離されたＤＯＣ４を用いて研究から生じる。ＧＡＤＤ１５３／ＣＨＯＰは、多くの形態のストレス（アルキル化剤、ＵＶ光、およびＥＲストレス応答を誘発する条件を含む）に対して反応性である。例えば、虚血の間に生じるＥＲストレスは、細胞の増殖を変化させ、細胞死を誘導し、そしてＧＡＤＤ１５３／ＣＨＯＰの発現を誘導する（Ｚｉｎｓｚｎｅｒら、１９９８、Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１２：９８２−９９５）。近年の研究によって、ＧＡＤＤ１５３／ＣＨＯＰが、ＤＯＣ４および他のタンパク質の誘導を介してその機能の少なくとも一部を発揮することが示された（Ｗａｎｇら、１９９８、ＥＭＢＯ  Ｊ．１７：３６１９−３６３０）。
【０２９６】
近年、Ｏｈｉら（１９９９，Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１４５：５６３−５７７）は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｔｅｎ−ｍ／ｏｄｚ  ｃＤＮＡと類似性を有する少なくとも４つの異なるｃＤＮＡが、マウス中で発現されることを示した。これらのうちの１つであるｔｅｎ−ｍ４は、ＤＯＣ４  ｃＤＮＡに同一である。４つの推定マウスタンパク質配列のアラインメントは、ＩＩ型膜貫通分子に対する特徴的な特性の強力な保存を示し、これはまた、ＤＯＣ４についても認められた。さらに、Ｔｅｎ−ｍ１の推定細胞外ドメインの組み換え産生によって、二量体構造の形成が明らかになった。Ｔｅｎ−ｍ１の二量体化は、その内部モジュラー（ｉｎｔｒａｍｏｄｕｌａｒ）パートナーを欠くＥＧＦ分子モジュール中の単一システイン残基を介して媒介される。さらに、Ｔｅｎ−ｍ１は、同種親和性相互作用を作製し得る。
【０２９７】
ＣＤ７９αは、Ｂリンパ球（未成熟Ｂ系統細胞を含む）に特異的であることが報告された細胞質内タンパク質のサブユニットである。急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）におけるＣＤ７９α抗原の発現を評価するために、本発明者らは、パラフィン区分免疫組織化学によって４８症例のＡＭＬを研究した。このケースは、フランス人−アメリカ人−イギリス人の協同グループの基準を用いて、４症例のＭＯ  ＡＭＬ、９症例のＭ１  ＡＭＬ、９症例のＭ２  ＡＭＬ、１０症例のＭ３  ＡＭＬ、１０症例のＭ４  ＡＭＬ、および６症例のＭ５  ＡＭＬを含んだ。１１症例（１症例のＭ１  ＡＭＬ、９症例のＭ３  ＡＭＬ、および１症例のＭ５  ＡＭＬ）が、ＣＤ７９α抗原についての細胞質染色を示した。これらのＣＤ７９α陽性症例が、研究したうち、全てが非前骨髄球ＡＭＬである５％、全てが急性前骨髄性白血病の９０％を示した。全ての急性前骨髄性白血病が、特徴ｔ（１５；１７）（ｑ２４；ｑ２１）を有した（２症例の大顆粒（ｍａｃｒｏｇｒａｎｕｌａｒ）改変体を含む）。他のＢ系統関連抗原は、ＣＤ７９α陽性症例において見出されなかった（１人の患者におけるＣＤ１９陽性白血病細胞の部分集団を除く）。ＣＤ７９αを発現する２つの非前骨髄性白血病は、ｔ（１５；１７）の証拠を何も有さず、混合系統増殖を示唆し得るいかなるさらなるＢ系統関連抗原も発現しなかった。本研究は、急性白血病におけるＣＤ７９α発現が、Ｂ系統急性リンパ芽球白血病に制限されないこと、およびＣＤ７９α発現が、ｔ（１５；１７）急性骨髄性白血病と頻繁に関連することを実証する。
【０２９８】
（ＮＯＶ１６）
ＮＯＶ１６は、以下に開示される５つの新規アルドースレダクターゼ様タンパク質を含む。これらの開示される配列を、ＮＯＶ１６ａ、ＮＯＶ１６ｂ、ＮＯＶ１６ｃ、ＮＯＶ１６ｄ、およびＮＯＶ１６ｅと命名した。ＮＯＶ１６ａ、ＮＯＶ１６ｂ、ＮＯＶ１６ｃ、ＮＯＶ１６ｄ、またはＮＯＶ１６ｅと特に指定されない限り、ＮＯＶ１６に対するいかなる参照も、全ての改変体を含むことが想定される。
【０２９９】
（ＮＯＶ１６ａ）
新規アルドースレダクターゼ様タンパク質をコードする９５６ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１６ａ核酸（ＣＧ５５７７８−０１とも呼ぶ）（配列番号４３）を、表１６Ａに示す。ヌクレオチド３１〜３３のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド９３７〜９３９のＴＧＡコドンで終わるオープンリーディングフレームを同定した。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、下線部分である。開始コドンおよび終止コドンは、表１６Ａにおいて太字である。
【０３００】
【表１６Ａ】
2005500815.tif 000181
本発明において開示されるアルドースレダクターゼＮＯＶ１６ａは、第１０染色体にマップする。
【０３０１】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ＭＭＵ６８５３５｜ａｃｃ：Ｕ６８５３５．１  ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓアルド−ケトレダクターゼｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して９２２塩基のうちの７４０塩基（８０％）が同一であることが見出された。
【０３０２】
配列番号４３によってコードされる開示されるＮＯＶ１６ａポリペプチド（配列番号４４）は、３０２アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを用いて表１６Ｂに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１６ａがシグナルペプチドを有さず、そしておそらく細胞質に０．６５００の確実性で局在すると推定する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１６ａは、おそらく、ミトコンドリアマトリクス空間に０．１０００の確実性で局在するか、またはリソソーム（管腔）に０．１０００の確実性で局在する。
【０３０３】
【表１６Ｂ】
2005500815.tif 000182
2005500815.tif 000183
本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の３０１アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ０９１２５タンパク質（アルド−ケトレダクターゼ）と３０２アミノ酸残基のうち２２３アミノ酸残基が同一であり（７３％）、３０２アミノ酸残基のうちの２５９アミノ酸残基が類似である（８５％）ことが見出された。
【０３０４】
本発明に開示されるアルドースレダクターゼは、少なくとも以下の組織で発現される：肺、精巣、生殖細胞。本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病状に関与する、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して効力を有する：癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス感染／細菌感染／寄生虫感染、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、不妊ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０３０５】
（ＮＯＶ１６ｂ）
新規のアルドースレダクターゼ様タンパク質をコードする８７５ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１６ｂ核酸（ＣＧ５５７７８−０２ともいわれる）（配列番号４５）が、表１６Ｃに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２３〜２５のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド７７６〜７７８のＴＧＡコドンで終わることが確認された。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定の非翻訳領域に下線を付す。開始コドンおよび終止コドンは、表１６Ｃ中の太字である。
【０３０６】
【表１６Ｃ】
2005500815.tif 000184
ＮＯＶ１６ｂは、選択的にスプライスされたエキソン４、エキソン６および７の欠失、ならびにエキソン１０欠失を有する異なるＣ末端を有する、ＣＧ５５７７８＿０１のスプライス形態である。本発明において開示されるアルドースレダクターゼＮＯＶ１６ｂは、第１０染色体に位置決めされる。
【０３０７】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列が、ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＡＦ２６３２４２｜ａｃｃ：ＡＦ２６３２４２．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来）（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  アルド−ケトレダクターゼループＡＤＲ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、６５７塩基中６３４塩基（９６％）の同一性を有することが見出された。
【０３０８】
配列番号４５によりコードされる開示されるＮＯＶ１６ｂポリペプチド（配列番号４６）は、２５１アミノ酸残基を有し、そして一文字コードを用いて表１６Ｄに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１６ｂが、シグナルペプチドを有さず、そして０．４５００の確実性で細胞質に局在する可能性があると予想する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１６ｂは、０．１０４７の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在するか、または０．１０００の確実性でミトコンドリアのマトリクス空間に局在するか、または０．１０００の確実性でリソソーム（内腔）に局在する可能性がある。
【０３０９】
【表１６Ｄ】
2005500815.tif 000185
本発明のタンパク質の完全なアミノ酸配列は、３２０アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＡＡＫ５８５２３タンパク質（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来）（ＡＬＤＯ−ＫＥＴＯ  ＲＥＤＵＣＴＡＳＥ  ＬＯＯＰＡＤＲ）に対して、２０７アミノ酸残基中１９７アミノ酸残基（９５％）の同一性、および２０７アミノ酸残基中２００アミノ酸残基（９６％）の類似性を有することが見出された。
【０３１０】
本発明において開示されるＡＬＤＯＳＥ  ＲＥＤＵＣＴＡＳＥ様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：肺、精巣、生殖細胞。本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置に対する効力を有する：癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、不妊症、ならびに他の疾患、障害、および状態。
【０３１１】
（ＮＯＶ１６ｃ）
新規のアルドースレダクターゼ様タンパク質をコードする７５２ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１６ｃ核酸（ＣＧ５５７７８−０３ともいわれる）（配列番号４７）を、表１６Ｅに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２３〜２５のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド６５３〜６５５のＴＡＡコドンで終わることを確認した。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定の非翻訳領域に下線を付す。開始コドンおよび終止コドンは、表１６Ｅ中の太字である。
【０３１２】
【表１６Ｅ】
2005500815.tif 000186
ＮＯＶ１６ｃは、選択的にスプライスされたエキソン４、エキソン５、６および７の欠失、ならびにエキソン１０欠失を有する異なるＣ末端を有する、アルド−ケトレダクターゼのスプライス形態である。本発明において開示されるアルドースレダクターゼＮＯＶ１６ｃは、第１０染色体に位置付けられる。
【０３１３】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列が、ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＡＦ２６３２４２｜ａｃｃ：ＡＦ２６３２４２．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来）（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  アルド−ケトレダクターゼループＡＤＲ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、４８２塩基中４７８塩基（９９％）の同一性を有することが見出された。
【０３１４】
配列番号４７によりコードされる開示されるＮＯＶ１６ｃポリペプチド（配列番号４８）は、２１０アミノ酸残基を有し、そして一文字コードを用いて表１６Ｆに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１６ｃが、シグナルペプチドを有さず、そして０．４５００の確実性で細胞質に局在する可能性があると予想する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１６ｃは、０．２３６５の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在するか、または０．１０００の確実性でミトコンドリアのマトリクス空間に局在するか、または０．１０００の確実性でリソソーム（内腔）に局在する可能性がある。
【０３１５】
【表１６Ｆ】
2005500815.tif 000187
本発明のタンパク質の完全なアミノ酸配列は、３０７アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＢＵ７１タンパク質（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来）（ＳＩＭＩＬＡＲ  ＴＯ  ＡＬＤＯ−ＫＥＴＯ  ＲＥＤＵＣＴＡＳＥ）に対して、１５６アミノ酸残基中１５３アミノ酸残基（９８％）の同一性、および１５６アミノ酸残基中１５４アミノ酸残基（９８％）の類似性を有することが見出された。
【０３１６】
本発明において開示されるアルド−ケトレダクターゼ様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：肺、精巣、生殖細胞。配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種における、密接に関連したＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓアルド−ケトレダクターゼループＡＤＲ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＡＦ２６３２４２｜ａｃｃ：ＡＦ２６３２４２．１）の発現パターンに起因して、以下の組織において発現されると予想される：小腸。
【０３１７】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置に対する効力を有する：癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、不妊症、ならびに他の疾患、障害、および状態。
【０３１８】
（ＮＯＶ１６ｄ）
新規のアルドースレダクターゼ様タンパク質をコードする７８５ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１６ｄ核酸（ＣＧ５５７７８−０４ともいわれる）（配列番号４９）を、表１６Ｇに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３１〜３３のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド７６６〜７６８のＴＧＡコドンで終わることを確認した。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定の非翻訳領域に下線を付す。開始コドンおよび終止コドンは、表１６Ｇ中の太字である。
【０３１９】
【表１６Ｇ】
2005500815.tif 000188
2005500815.tif 000189
本発明において開示されるアルドースレダクターゼＮＯＶ１６ｄは、第１０染色体に位置付けられる。
【０３２０】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列が、ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＢＣ００２８６２｜ａｃｃ：ＢＣ００２８６２．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来）（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ、アルド−ケトレダクターゼに類似、クローンＭＧＣ：１０６１２  ＩＭＡＧＥ：３９４１２８９、ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、３６１塩基中３５８塩基（９９％）の同一性を有することが見出された。
【０３２１】
配列番号４９によりコードされる開示されるＮＯＶ１６ｄポリペプチド（配列番号５０）は、２４５アミノ酸残基を有し、そして一文字コードを用いて表１６Ｈに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１６ｄが、シグナルペプチドを有さず、そして０．４５００の確実性で細胞質に局在する可能性があると予想する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１６ｄは、０．１６０２の確実性でリソソーム（内腔）に局在するか、または０．１３６９の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在するか、または０．１０００の確実性でミトコンドリアのマトリクス空間に局在する可能性がある。
【０３２２】
【表１６Ｈ】
2005500815.tif 000190
本発明のタンパク質の完全なアミノ酸配列は、３０７アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＢＵ７１タンパク質（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来）（ＳＩＭＩＬＡＲ  ＴＯ  ＡＬＤＯ−ＫＥＴＯ  ＲＥＤＵＣＴＡＳＥ）に対して、１１０アミノ酸残基中１０９アミノ酸残基（９９％）の同一性、および１１０アミノ酸残基中１０９アミノ酸残基（９９％）の類似性を有することが見出された。
【０３２３】
本発明において開示されるＡＬＤＯ−ＫＥＴＯ  ＲＥＤＵＣＴＡＳＥ様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：脂肪、精巣。本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置に対する効力を有する：癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、不妊症、および他の疾患、ならびに他の疾患、障害、および状態。
【０３２４】
（ＮＯＶ１６ｅ）
新規のアルドースレダクターゼ様タンパク質をコードする９３７ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１６ｅ核酸（ＣＧ５５７７８−０５ともいわれる）（配列番号５１）を、表１６Ｉに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３１〜３３のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド８３８〜８４０のＴＡＡコドンで終わることを確認した。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定の非翻訳領域に下線を付す。開始コドンおよび終止コドンは、表１６Ｉ中の太字である。
【０３２５】
【表１６Ｉ】
2005500815.tif 000191
本発明において開示されるアルドースレダクターゼＮＯＶ１６ｅは、第１０染色体に位置付けられる。
【０３２６】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列が、ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＢＣ００２８６２｜ａｃｃ：ＢＣ００２８６２．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来）（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ、アルド−ケトレダクターゼに類似、クローンＭＧＣ：１０６１２  ＩＭＡＧＥ：３９４１２８９、ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、７００塩基中７００塩基（１００％）の同一性を有することが見出された。
【０３２７】
配列番号５１によりコードされる開示されるＮＯＶ１６ｅポリペプチド（配列番号５２）は、２６９アミノ酸残基を有し、そして一文字コードを用いて表１６Ｊに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１６ｅが、シグナルペプチドを有さず、そして０．４５００の確実性で細胞質に局在する可能性があると予想する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１６ｅは、０．１６０２の確実性でリソソーム（内腔）に局在するか、または０．１３６９の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在するか、または０．１０００の確実性でミトコンドリアのマトリクス空間に局在する可能性がある。
【０３２８】
【表１６Ｊ】
2005500815.tif 000192
本発明のタンパク質の完全なアミノ酸配列は、３０７アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＢＵ７１タンパク質（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来）（ＳＩＭＩＬＡＲ  ＴＯ  ＡＬＤＯ−ＫＥＴＯ  ＲＥＤＵＣＴＡＳＥ）に対して、２３３アミノ酸残基中２０６アミノ酸残基（８８％）の同一性、および２３３アミノ酸残基中２１１アミノ酸残基（９０％）の類似性を有することが見出された。
【０３２９】
本発明において開示されるＡＬＤＯ−ＫＥＴＯ  ＲＥＤＵＣＴＡＳＥ様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：脂肪、精巣。本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置に対する効力を有する：癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、不妊症、および他の疾患、ならびに他の疾患、障害、および状態。
【０３３０】
ＮＯＶ１６ａ、ＮＯＶ１６ｂ、ＮＯＶ１６ｃ、ＮＯＶ１５ｄおよびＮＯＶ１５ｅは、表１６Ｋのアミノ酸整列に示されるように、非常に密接に相同である。
【０３３１】
【表１６Ｋ】
2005500815.tif 000193
2005500815.tif 000194
公の配列データベースの検索において、ＮＯＶ１６ａは、表１６Ｌに列挙したＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有することが見出された。
【０３３２】
【表１６Ｌ】
2005500815.tif 000195
他のＢＬＡＳＴ結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含む。Ｐａｔｐデータベースは、特許および特許出願において公開された配列を含む適当なデータベースである。Ｐａｔｐ結果は、表１６Ｍに列挙される結果を含む。
【０３３３】
【表１６Ｍ】
2005500815.tif 000196
2005500815.tif 000197
表１６Ｎは、ＮＯＶ１６ａに対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を列挙する。
【０３３４】
【表１６Ｎ】
2005500815.tif 000198
2005500815.tif 000199
公の配列データベースの検索において、ＮＯＶ１６ｂは、表１６Ｏに列挙したＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有することが見出された。
【０３３５】
【表１６Ｏ】
2005500815.tif 000200
他のＢＬＡＳＴ結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含む。Ｐａｔｐデータベースは、特許および特許出願において公開された配列を含む適当なデータベースである。Ｐａｔｐ結果は、表１６Ｐに列挙される結果を含む。
【０３３６】
【表１６Ｐ】
2005500815.tif 000201
表１６Ｑは、ＮＯＶ１６ｂに対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を列挙する。
【０３３７】
【表１６Ｑ】
2005500815.tif 000202
2005500815.tif 000203
アルド−ケトレダクターゼファミリーとしては、多数の関連した単量体ＮＡＤＰＨ−依存オキシドレダクターゼ（例えば、アルデヒドレダクターゼ、アルドースレダクターゼ、プロスタグランジンＦシンターゼ、キシロースレダクターゼ、ｒｈｏクリスタリン、およびその他多数）が挙げられる。全ては、ヌクレオチド結合タンパク質に特徴的なβ−α−β折たたみを有する、類似の構造を保有する。この折りたたみは、平行なβ−８／α−８−バレル（これは、新規のＮＡＤＰ結合モチーフを含む）を含む。この結合部位は、βシートのＣ末端中の、大きな、深い、楕円形のポケットに位置付けられ、基質は、延びた立体配座で結合されている。このポケットの疎水性特性は、高い極性の基質よりも、芳香族基質および無極性基質を好む。
【０３３８】
ＮＡＤＰＨ補酵素の結合は、大規模な立体配座変化を生じ、ループを再配向し、適所に補酵素を効率よく固定する。この結合は、ＮＡＤ（Ｐ）−結合オキシドレダクターゼよりも、ＦＡＤ−結合オキシドレダクターゼにより類似している。このことは、本発明の配列が、この／これらのドメインを含むことが既知の他のタンパク質の特性に類似する特性、およびこれらのドメインの特性に類似する特性を有することを示す。
【０３３９】
アルド−ケトレダクターゼファミリーとしては、多数の関連する単量体ＮＡＤＰＨ−依存オキシドレダクターゼ（例えば、アルドースレダクターゼ、プロスタグランジンＦシンターゼ、キシロースレダクターゼ、アルデヒドレダクターゼ、ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ、ジヒドロジオールデヒドロゲナーゼ、およびその他多数）が挙げられる。全ては、ヌクレオチド結合タンパク質に特徴的なβ−α−β折たたみを有する、類似の構造を保有する。この折りたたみは、平行なβ−８／α−８−バレル（これは、新規のＮＡＤＰ結合モチーフを含む）を含む。この（α／β）８−バレル折りたたみは、このバレルのＣ末端側のループのバリエーションにより決定される基質特異性を有する、ＮＡＤ（Ｐ）（Ｈ）−依存触媒活性に共通する骨格を提供する。全てのアルド−ケトレダクターゼは、触媒のニコチンアミド補因子に依存し、そして、たとえ、タンパク質の間で３０％未満のアミノ酸配列同一性を有していても、類似の補因子結合部位を保持する。Ｊｅｚ  ＪＭら、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  １９９７年９月１５日；３２６（Ｐｔ３）：６２５−３６を参照のこと。ウサギアルドースレダクターゼ（これは、グルコースからソルビトール（有機浸透圧調節物質（ｏｒｇａｎｉｃ  ｏｓｍｏｌｙｔｅ））への転換を触媒する）は、高浸透圧条件下で腎髄質細胞において誘導される。Ｆｅｒｒａｒｉｓ  ＪＤら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １９９４年１０月２５日；９１（２２）：１０７４２−６を参照のこと。
【０３４０】
（ＮＯＶ１７）
新規のアポリポタンパク質Ａ−Ｉ−様タンパク質をコードする８８４ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１７核酸（ＣＧ５５９８２−０１ともいわれる）（配列番号５３）は、表１７Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド８７〜８９のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド８０７〜８０９のＴＧＡコドンで終わることを確認した。推定の非翻訳領域は、開始コドンの上流および終止コドンの下流に見いだされ、そしてそれらに下線を付す。開始コドンおよび終止コドンを、表１７Ａ中の太字で示す。
【０３４１】
【表１７Ａ】
2005500815.tif 000204
2005500815.tif 000205
本発明において開示されるアポリポタンパク質Ａ−Ｉ−様ＮＯＶ１７は、第１１染色体の長腕に位置付けられる。
【０３４２】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＨＵＭＡＰＯＡＩＢ｜ａｃｃ：Ｍ２７８７５．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来）（ヒトアポリポタンパク質Ａ−Ｉ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、６３７塩基中６３７塩基（１００％）が同一であることが見出された。
【０３４３】
配列番号５３によりコードされる開示されるＮＯＶ１７ポリペプチド（配列番号５４）は、２４０アミノ酸残基を有し、そして一文字コードを用いて表１７Ｂに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１７が、シグナルペプチドを有し、そして、アポリポタンパク質Ａ１／Ａ４／Ｅファミリーのメンバーにより予想されるように、０．３７００の確実性で細胞外に局在する可能性があると予想する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１７は、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に局在するか、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在するか、または０．１０００の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在する可能性がある。シグナルペプチドについて最も可能性が高い切断部位は、アミノ酸１８と１９の間（すなわち、配列ＳＱＡ−ＲＨ中のダッシュ）である。
【０３４４】
【表１７Ｂ】
2005500815.tif 000206
本発明のタンパク質の完全なアミノ酸配列は、２６７アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ０２６４７タンパク質（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来）（ＡＰＯＬＩＰＯＰＲＯＴＥＩＮ  Ａ−Ｉ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＡＰＯ−ＡＩ））に対して、１９３アミノ酸残基中１９３アミノ酸残基（１００％）の同一性、および１９３アミノ酸残基中１９３アミノ酸残基（１００％）の類似性を有することが見出された（図３Ｂ）。ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ０２６４７タンパク質（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来）（ＡＰＯＬＩＰＯＰＲＯＴＥＩＮ  Ａ−Ｉ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＡＰＯ−ＡＩ））と比較した場合、本発明の配列は、２７の内部アミノ酸を欠失している。
【０３４５】
公の配列データベースの検索において、ＮＯＶ１７は、表１７Ｃに列挙したＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有することが見出された。
【０３４６】
【表１７Ｃ】
2005500815.tif 000207
2005500815.tif 000208
マルチプル配列アライメントが、本発明のタンパク質と共に、表１７Ｄに示される。
本発明のタンパク質は、表１７Ｃに示される関連するタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷの第１の列に示される。
【０３４７】
【表１７Ｄ】
2005500815.tif 000209
他のＢＬＡＳＴ結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含む。Ｐａｔｐデータベースは、特許および特許出願において公開された配列を含む適当なデータベースである。Ｐａｔｐ結果は、表１７Ｅに列挙される結果を含む。
【０３４８】
【表１７Ｅ】
2005500815.tif 000210
表１７Ｆは、ＮＯＶ１７に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を列挙する。
【０３４９】
【表１７Ｆ】
2005500815.tif 000211
2005500815.tif 000212
本発明において開示されるアポリポタンパク質Ａ−Ｉは、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ（Ｒａｊｉ）、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気道、子宮、結腸、胆嚢、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、卵巣、脾臓、胸腺、生物全体。この情報は、本発明に含まれる配列の組織情報源（ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源、公のＥＳＴ情報源、文献情報源、および／またはＲＡＣＥ情報源を含むが、これらに限定されない）を決定することにより導き出された。
【０３５０】
さらに、配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種における、密接に関連したヒトアポリポタンパク質Ａ−Ｉ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＨＵＭＡＰＯＡＩＢ｜ａｃｃ：Ｍ２７８７５．１）の発現パターンに起因して、肝臓において発現されると予想される。
【０３５１】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病態において関連する、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置に対する効力を有し得る：アテローム性動脈硬化症、冠状動脈疾患、他の動脈疾患、ならびに他の疾患、障害、および状態など。タンジールＡＰＯＡ−Ｉ（これは、ＨＤＬと会合できない）の構造は、ＰＲＯ−ＡＰＯＡ−Ｉの構造に対応する。このことは、前駆体分子の欠陥のある転換がその構成に起因することを示唆する。タンジール疾患は、血漿ＨＤＬの非存在およびコレステリルエステルの蓄積により、特徴付けられる。ミラノ改変体患者は、可変量の正常ＡＰＯＡ−Ｉ対改変体ＡＰＯＡ−Ｉ、減少した濃度のＨＤＬ、および中程度に増加したトリグリセリド（ｔｒｕｇｌｙｃｅｒｉｄｅ）を有するが、未成熟脈管疾患の証拠はない。配列改変体は、多発神経障害性アミロイド症ＩＩＩ型（ＦＡＰ  ＩＩＩ）（アイオワ型改変体）を有する患者由来のアミロイド筋原線維において、同定された。改変体ＡＲＧ−８４は、常染色体優性アミロイド症を生じる。ＡＰＯＡ１における欠損は、遺伝的非多発神経障害性全身アミロイド症（オステルターク型）の原因であり得る。
【０３５２】
高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）血漿レベルおよび冠状動脈性心臓病との間の反対の関係は、ＨＤＬおよびその主要な成分であるアポリポタンパク質Ａ−Ｉ（ａｐｏＡ−Ｉ）が、逆コレステロール輸送（ＲＣＴ）において果たす役割に寄与している。ＲＣＴの効率は、以下のａｐｏＡ−Ｉの特定の能力に依存する：細胞コレステロール流出を促進する能力、脂質を結合する能力、レシチン：コレステロールアシルトランスフェラーゼ（ＬＣＡＴ）を活性化する能力、および特定のレセプターおよび脂質輸送タンパク質と相互作用する成熟ＨＤＬを形成する能力。ａｐｏＡ−Ｉの集約的な分析から、二次構造は、その異なるクラスの両親媒性αへリックス（これは、脂質結合特異性を制御する）の著者らの現在の理解から明らかとなった。２つのモデルが、２つのａｐｏＡ−Ｉのリン脂質との会合により形成される円盤状のリポタンパク質について考えられる。第１または杭垣（ｐｉｃｋｅｔ  ｆｅｎｃｅ）モデルでは、各ａｐｏＡ−Ｉは、逆平行で隣接するαへリックスおよび小さな分子間相互作用で、この円盤のまわりを包み込む。第２またはベルト（ｂｅｌｔ）モデルでは、２つの逆平行のａｐｏＡ−Ｉは、それらのＣ末端αへリックスにより対合され、リポタンパク質のまわりを包み込み、そして複数の分子間相互作用により安定化される。最近の証拠は、ベルトモデルを支持するが、他のモデル（ハイブリッドモデルを含む）を、排除することは出来ない。ａｐｏＡ−Ｉαへリックスは、脂質結合および様々なレベルの脂質との会合を制御する。Ｎ末端へリックス４４−６５およびＣ末端へリックス２１０−２４１は、脂質との最初の会合について重要であると認識されている。中央ドメインにおいて、へリックス１００−１２１、および、より少ない程度で、へリックス１２２−１４３もまた、脂質結合および成熟ＨＤＬの形成に非常に重要であり、一方、残基１４４と１８６との間のへリックスもわずかに寄与している。ＬＣＡＴ活性化ドメインは、現在、明らかに、へリックス１４４−１６５に割り当てられており、へリックス１６６−１８６による二次的な寄与を伴う。領域１４４−１８６のより低い脂質結合アフィニティは、活性化機構に重要であり得、この機構は、これらのａｐｏＡ−ＩへリックスのＬＣＡＴによる置換、および脂質基質の提示を可能にする。脂質が結合したａｐｏＡ−Ｉへの拡散流出に影響する特定の配列は見出されなかった。対照的に、Ｃ末端ヘリックス（脂質結合および循環におけるＨＤＬの維持に重要であることが知られている）はまた、脂質を含まないａｐｏＡ−Ｉとマクロファージとの相互作用および特定の脂質流出に関与する。高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）コレステロールの減少した濃度と、未成熟の冠状動脈疾患の危険性の増加との間の関連性を示す、疫学的な研究および臨床研究は、ＨＤＬがアテローム性動脈硬化症を予防する機構に興味をもたせた。アポリポタンパク質（ａｐｏ）の重要性の認識は、アポリポタンパク質の組成に従って、ＨＤＬの亜集団への分類を導いた。ＨＤＬは、少なくとも２つの型のａｐｏＡ−Ｉ−含有リポタンパク質（ａｐｏＡ−ＩおよびａｐｏＡ−ＩＩの両方を含むＬｐＡ−Ｉ：Ａ−ＩＩ、およびａｐｏＡ−Ｉを含むがａｐｏＡ−ＩＩを含ま��いＬｐＡ−Ｉ）を含むことが現在認識されている。大多数の研究は、ＬｐＡ−Ｉが、細胞のコレステロール流出を促進する（逆コレステロール輸送の最初の工程）際に、ＬｐＡ−Ｉ：Ａ−ＩＩよりも有効であるという事実を支持する。トランスジェニック動物における研究は、マウスおよびウサギにおけるヒトａｐｏＡ−Ｉの遺伝子移入が、血漿ａｐｏＡ−ＩおよびＨＤＬコレステロールレベル、および、特に、ａｐｏＡ−Ｉ−リッチＨＤＬ粒子濃度を増加させ、食事により誘発されるアテローム性動脈硬化症または遺伝的に誘発されるアテローム性動脈硬化症の発症の阻害を導くことを示した。他方で、マウスにおけるａｐｏＡ−ＩＩの遺伝子移入は、矛盾する結果を与える。いくつかの実験の結果は、ａｐｏＡ−ＩＩおよびａｐｏＡ−ＩＩ−リッチＨＤＬリポタンパク質について、アテローム発生の役割か、または不十分な抗アテローム発生の役割のいずれか、またはさらに強力な抗アテローム発生の役割さえも示す。これらの実験結果は、動物において得られたが、これらは、ヒト臨床試験において得られた以前の研究を確認し、ａｐｏＡ−Ｉ−リッチＨＤＬ（臨床試験においてＬｐＡ−Ｉとして試験した）は、一般に、アテローム性動脈硬化症防御の強力な血漿マーカーであるが、ａｐｏＡ−ＩおよびａｐｏＡ−ＩＩ  ＨＤＬ（臨床試験においてＬｐＡ−Ｉ：Ａ−ＩＩとして試験した）の臨床的重要性は、さらに議論の余地があることを示す。過去数年にわたり、新しい実験アプローチは、ＨＤＬ粒子の不均一性がＨＤＬ粒子の産生および異化において有意な差異を示すという研究者の間での認識を強めている。最近の動力学的研究は、１粒子あたり２つのアポリポタンパク質Ａ−Ｉ分子を含む、小さなＨＤＬが、一方向性の様式で、中間のＨＤＬまたは大きなＨＤＬ（それぞれ、１粒子あたり３個または４個のアポリポタンパク質Ａ−Ｉ分子を含む）に変換されることを示唆した。転換は、細胞との密接な物理的接近を生じ、そしてすぐにＨＤＬ粒子は血漿中で循環すると考えられる。中間のＨＤＬおよび大きなＨＤＬは、肝臓で主に異化される、大きなＨＤＬおよび恐らく中間のＨＤＬによる、ＨＤＬ代謝の最終粒子である。ＨＤＬ亜画分代謝のこれらの動力学的研究は、逆コレステロール輸送におけるＨＤＬの提唱された役割と一致するインビボデータを強いる。ヒトリポタンパク質のタンパク質成分（アポリポタンパク質）は、動脈の壁から他の組織へのコレステロールの再分配を可能にし、そして炎症およびうっ血のような、動脈病巣の発症に関与する系に対して有益な効果を発揮する。これらの特性に起因して、抗アテローム発生性アポリポタンパク質（特に、ａｐｏ  Ａ−Ｉおよびａｐｏ  Ｅ）は、脈管疾患の管理に対して革新的なアプローチを提供し得る。採集分子または生合成分子の最近のアベイラビリティーは、動脈疾患の多数の動物モデルにおける治療の可能性の詳細な概要を可能にする。ａｐｏ  Ｅ、または、より劇的には、ａｐｏＡ−Ｉ（組換えまたは抽出物の両方）の注入は、実験動物におけるアテローム性動脈硬化症の負担の直接的軽減を生じる。天然において、ａｐｏＡ−Ｉ（ミラノ）（ａｐｏ−Ａ−Ｉ（Ｍ））二量体、または血漿および改善された機能において延長した永続性を有する操作された組換えアポリポタンパク質は、動脈疾患の治療的操作に対するさらに良いアプローチを提供し得る。この前進は、ヒトアテローム性動脈硬化症の直接的な、非侵襲的評価のための技術における革新と並行して進行し、従って、治療に対するこの潜在的な新規のアプローチのより密接したモニタリングを可能にする。
【０３５３】
（ＮＯＶ１８）
新規のアポリポタンパク質Ａ−Ｉ前駆体−様タンパク質をコードする７５１ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１８核酸（ＣＧ５６７４７−０２ともいわれる）（配列番号５５）は、表１８Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド８７〜８９のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド７０８〜７１０のＴＧＡコドンで終わることを確認した。推定の非翻訳領域は、開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出され、そしてこれらに下線を付す。開始コドンおよび終止コドンは、表１８Ａ中の太字である。
【０３５４】
【表１８Ａ】
2005500815.tif 000213
2005500815.tif 000214
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列が、ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＨＳＡＰＯＡＩＴ｜ａｃｃ：Ｘ０７４９６．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来）（ヒトタンジールａｐｏＡ−Ｉ遺伝子）に対して、５２１塩基中４２４塩基（８１％）の同一性を有することが見出された。
【０３５５】
配列番号５５によりコードされる開示されるＮＯＶ１８ポリペプチド（配列番号５６）は、２０７アミノ酸残基を有し、そして一文字コードを用いて表１８Ｂに表される。ＮＯＶ１８ポリペプチドは、恐らく、ＩＩＩｂ型（Ｎｅｘｏ  Ｃｃｙｔ）膜タンパク質である。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１８が、シグナルペプチドを有し、そして、０．３７００の確実性で細胞外に局在する可能性があると予想する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１８は、０．１１２９の確実性で微小体（ペルオキシソーム）に局在するか、または０．１０００の確実性で小胞体膜に局在するか、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在する可能性がある。シグナルペプチドは、アミノ酸１８と１９の間（すなわち、配列ＳＱＡ−ＲＨ中のダッシュ）で切断されることがＳｉｇｎａｌＰにより予想される。
【０３５６】
【表１８Ｂ】
2005500815.tif 000215
ＮＯＶ１８は、以前に同定された配列ＮＯＶ１７（登録番号ＣＧ５５９８２−０１）の内部スプライス改変体である。ＮＯＶ１７タンパク質配列とＮＯＶ１８タンパク質配列との間の関係は、表１８Ｃに示される。
【０３５７】
【表１８Ｃ】
2005500815.tif 000216
本発明のＮＯＶ１８タンパク質の完全なアミノ酸配列は、２６７アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ０２６４７タンパク質（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来）（ＡＰＯＬＩＰＯＰＲＯＴＥＩＮ  Ａ−Ｉ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＡＰＯ−ＡＩ））に対して、１５６アミノ酸残基中１０４アミノ酸残基（６６％）の同一性、および１５６アミノ酸残基中１１８アミノ酸残基（７５％）の類似性を有することが見出された。
【０３５８】
公の配列データベースの検索において、ＮＯＶ１８は、表１８Ｄに列挙したＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有することが見出された。
【０３５９】
【表１８Ｄ】
2005500815.tif 000217
マルチプル配列アライメントが、本発明のタンパク質と共に、表１８Ｅに示される。
本発明のタンパク質は、表１８Ｄに示される関連するタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷの第１の列に示される。
【０３６０】
【表１８Ｅ】
2005500815.tif 000218
2005500815.tif 000219
他のＢＬＡＳＴ結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含む。Ｐａｔｐデータベースは、特許および特許出願において公開された配列を含む適当なデータベースである。Ｐａｔｐ結果は、表１８Ｆに列挙される結果を含む。
【０３６１】
【表１８Ｆ】
2005500815.tif 000220
表１８Ｇは、ＮＯＶ１８に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を列挙する。
【０３６２】
【表１８Ｇ】
2005500815.tif 000221
2005500815.tif 000222
ＩＰＲ００００７４：ヒトアポリポタンパク質Ｅ（血漿タンパク質）は、異なる細胞レセプター（低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）レセプターを含む）との高いアフィニティ相互作用により、コレステロールおよび脂質の輸送および取り込みを媒介する。ａｐｏ−ＥのＬＤＬレセプター結合ドメインの三次元構造は、このタンパク質が、異常に伸長した４つのヘリックスバンドルを形成することを示す。この４つのヘリックスバンドルは、ロイシンジッパー型相互作用を含む緊密に充填された疎水性コアにより、および大部分が荷電した表面上の多数の塩橋により、安定化され得る。ＬＤＬレセプター結合に重要な塩基性アミノ酸は、１つの長いヘリックス上の表面パッチへとクラスター化する。
【０３６３】
この配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種における、密接に関連したヒトタンジールａｐｏＡ−Ｉ遺伝子ホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ番号：ＨＳＡＰＯＡＩＴ｜ａｃｃ：Ｘ０７４９６．１）の発現パターンに起因して、以下の組織において発現されることが予想される：リンパ球。
【０３６４】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置について効力を有する：異βリポ蛋白血症、ＩＩＩ型高リポ蛋白血症、アテローム性動脈硬化症、黄色腫症、ならびに未成熟冠状血管疾患および／または未成熟末梢血管疾患、甲状腺機能低下症、全身性エリテマトーデス、糖尿病性アシドーシス、高コレステロール血症、扁平黄色腫および腱黄色腫、異βリポ蛋白血症、高コレステロール血症、未成熟心血管疾患、加速性（ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ）血管疾患、アルツハイマー病、家族性アミロイドポリニューロパシー、ダウン症候群、ならびに他の神経学的疾患、ならびに他の疾患、障害および状態。
【０３６５】
Ｕｔｅｒｍａｎｎら（Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．１５：６３−７２,１９７９）は、分析用等電点電気泳動により区別される、２つの表現型（ａｐｏＥ（ＩＶ＋）およびａｐｏＥ（ＩＶ−））を記載した。彼らは、ヒト血清におけるアポリポタンパク質Ｅのこの多型が、２つの常染色体の共優占性の対立遺伝子（ａｐｏＥ（ｎ）およびａｐｏＥ（ｄ））により決定されると結論付けた。後者についてのホモ接合性は、原発性異βリポ蛋白血症において生じるが、数名のみが、肉眼的高脂血症（ＩＩＩ型高リポタンパク質血症）を発症した。垂直感染は、ａｐｏＥ（ｄ）遺伝子の高い頻度に起因して、偽優性である（Ｕｔｅｒｍａｎｎら、１９７９）。異βリポ蛋白血症は、小児期に既に発症される。彼らは、原発性異βリポ蛋白血症が、リポタンパク質代謝の頻繁な一遺伝子改変体であるが、疾患ではないと結論付けた。この異リポ蛋白血症に関する遺伝子と、家族性高脂血症の単一遺伝子形態または多遺伝子形態に関する遺伝子のいずれかとの同時発生は、ＩＩＩ型高リポタンパク質血症を生じる。アポリポタンパク質Ｅ系の遺伝学のさらなる複雑性は、Ｕｔｅｒｍａｎｎら（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．３２：３３９−３４７，１９８０）により議論された。異なる人物由来の超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）のアポリポタンパク質Ｅ（ａｐｏＥ）は、２つの複雑なパターン（αおよびβといわれる）の内の１つを示す（Ｚａｎｎｉｓら、１９８１）。各パターンの３つのサブクラスが見出され、そしてα−ＩＩ、α−ＩＩＩおよびα−ＩＶ、ならびにβ−ＩＩ、β−ＩＩＩおよびβ−ＩＶと命名された。家族研究から、Ｚａｎｎｉｓら（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．３３：１１−２４，１９８１）は、３つの共通する対立遺伝子を有する単一の遺伝子座が、これらのパターンの原因となると結論付けた。この対立遺伝子は、ε−ＩＩ、ε−ＩＩＩ、およびε−ＩＶと命名された。著者らは、さらに、ε対立遺伝子の１つに対してホモ接合性を示すβクラス表現型（例えば、β−ＩＩ）は、ε−ＩＩ対立遺伝子に対するホモ接合性から生じると結論付けた。対照的に、α表現型は、複合のホモ接合性（すなわち、２つの異なるε対立遺伝子（εＩＩおよびεＩＩＩ由来のαＩＩ；εＩＩＩおよびεＩＶ由来のαＩＩＩ）に対するホモ接合性）を示すと考えられる。εＩＩ対立遺伝子、εＩＩＩ対立遺伝子、およびεＩＶ対立遺伝子の頻度は、それぞれ、０．１１、０．７２、０．１７と見積もられた。ＡｐｏＥサブクラスβ−ＩＶは、ＩＩＩ型高リポタンパク質血症に関連することが見出された。Ｒａｌｌら（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５７：４１７１−４１７８，１９８２）は、完全なアミノ酸配列を公開した。成熟ａｐｏＥは、２９９個のアミノ酸のポリペプチドである。
【０３６６】
ヒトアポリポタンパク質Ｅの３つの主要なアイソフォーム（ａｐｏＥ２、ａｐｏ−Ｅ３、およびａｐｏ−Ｅ４）（等電点電気泳動により同定される）は、３つの対立遺伝子（ε２、ε３、およびε４）によりコードされる。Ｅ２（１０７７４１．０００１）アイソフォーム、Ｅ３（１０７７４１．００１５）アイソフォーム、およびＥ４（１０７７４１．００１６）アイソフォームは、２つの部位（残基１１２（Ａ部位と呼ばれる）および残基１５８（Ｂ部位と呼ばれる））でアミノ酸配列が異なる。Ａ／Ｂ部位で、ａｐｏＥ２、ａｐｏ−Ｅ３、およびａｐｏ−Ｅ４は、それぞれ、システイン／システイン、システイン／アルギニン、およびアルギニン／アルギニンを含む（Ｗｅｉｓｇｒａｂｅｒら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５６：９０７７−９０８３，１９８１；Ｒａｌｌら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７９：４６４９−４７００，１９８２）。この３つの形態は、電気泳動の差異の原因である、０、１＋、および２＋の電荷を有する（Ｍａｒｇｏｌｉｓ、１９８２）。（等電点電気泳動により規定される、アポリポタンパク質Ｅアイソフォームの命名は、発展（ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）を経ている）。Ｅ３は、最も高い頻度（「野生型」）のアイソフォームである。Ｓｍｉｔら（Ｊ．Ｌｉｐｉｄ  Ｒｅｓ．３１：４５−５３，１９９０）により総説されるように、Ｅ４は、１１２位のｃｙｓからａｒｇへの変化により、Ｅ３と異なり、そしてＥ４（ｃｙｓ１１２からａｒｇ）と命名される。等電点電気泳動でＥ２位にバンドを与える４つの異なる変異は、以下を記載している：Ｅ２（ａｒｇ１５８からｃｙｓ）、Ｅ２（ｌｙｓ１４６からｇｌｎ）、Ｅ２（ａｒｇ１４５からｃｙｓ）およびＥ２−クリストチャーチ（ａｒｇ１３６からｓｅｒ）。Ｅ２（ａｒｇ１５８からｃｙｓ）は、４つのうち最も共通するものである。
【０３６７】
ａｐｏＥ改変体の包括的総説において、ｄｅ  Ｋｎｉｊｆｆら（Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．８８：６４３−６５５，１９９４）は、３０個の改変体（最も共通する改変体ａｐｏＥ３を含む）が特徴付けられることを見出した。この時までに、１４個のａｐｏＥ改変体が、上昇した血漿コレステロールおよびトリグリセリドレベル、およびアテローム性動脈硬化症についての増大した危険性によって特徴付けられる、家族性異βリポ蛋白血症に関連することを見出した。
【０３６８】
ａｐｏＥ対立遺伝子改変体の遺伝子頻度のデータは、ＲｏｙｃｈｏｕｄｈｕｒｙおよびＮｅｉ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖ．Ｐｒｅｓｓ（ｐｕｂ．）１９８８）により表にされた。Ｇｅｒｄｅｓら（Ｇｅｎｅｔ．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．９：１５５−１６７，１９９２）およびＧｅｒｄｅｓら（Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９８：５４６−５５０，１９９６）は、世界中の４５の他の研究集団における知見に関連して、それぞれ、デンマーク人集団およびグリーンランドエスキモーにおけるａｐｏＥ多型の頻度を報告した。
【０３６９】
正常な個体において、カイロミクロンレムナントおよび超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）レムナントは、肝臓におけるレセプター媒介エンドサイトーシスにより循環から迅速に除去される。家族性異βリポ蛋白血症、またはＩＩＩ型高リポタンパク質血症（ＨＬＰ  ＩＩＩ）において、増加した血漿コレステロールおよびトリグリセリドは、アポリポタンパク質Ｅの欠損に起因して、カイロミクロンレムナントおよびＶＬＤＬレムナントのクリアランス障害の結果である。レムナントの蓄積は、黄色腫症および未成熟冠状血管疾患および／または末梢血管疾患を生じ得る。ＩＩＩ型高リポタンパク質血症は、アポリポタンパク質代謝における原発性遺伝性欠損か、または続発性の他の状態（例えば、甲状腺機能低下症、全身性エリテマトーデス、または糖尿病性アシドーシス）のいずれかに起因し得る。家族性異βリポ蛋白血症（ＨＬＰ  ＩＩＩ）を有する殆どの患者は、Ｅ２アイソフォームに対してホモ接合性である（Ｊ．Ｌｉｐｉｄ  Ｒｅｓ．２３：１２２４−１２３５，Ｂｒｅｓｌｏｗら、１９８２）。めったに、この障害は、ホモ接合性表現型Ｅ３Ｅ２またはＥ４Ｅ２で生じない。Ｅ２アイソフォームは、肝臓リポタンパク質レセプターに対するレムナントの不完全な結合（Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．６８：１０７５−１０８５，１９８１；Ｒａｌｌら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７９：４６９６−４７００,１９８２）、および血漿からのクリアランス遅延（Ｇｒｅｇｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２１１：５８４−５８６，１９８１）を示す。しかし、Ｅ２Ｅ２ホモ接合体の１〜４％のみが、家族性異βリポ蛋白血症を発症するので、さらなる遺伝的因子および／または環境的因子が、この障害の発症のために必要とされなければならない。この障害における欠損は、外因性コレステロール輸送系に関与するので、高コレステロール血症の程度は、食事におけるコレステロールのレベルに敏感である（Ｂｒｏｗｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２１２：６２８−６３５，１９８１）。通常の食事でさえ、患者は、増加した血漿コレステロール、およびβ−ＶＬＤＬと呼ばれる異常なリポタンパク質の存在を示し得る。一般に、ＶＬＤＬは顕著に増加し、一方で、ＬＤＬは減少する。
【０３７０】
炭水化物（糖質）は、高脂血症を誘発または悪化させて、血漿レベルの著しい変化を生じ、そして食事手段を介する治療を準備させる。頻繁に、結節性黄色腫、扁平黄色腫、および、時折、腱黄色腫、ならびに早発アテローム性動脈硬化症、および異常なブドウ糖耐性が生じる。結節性黄色腫および結節性発疹状黄色腫は、特に、特徴的である。Ｈａｚｚａｒｄ（１９７８）は、ある男性における電気ショックの誘発効果を示した。この男性は、偶発的感電死から蘇生した後に、手掌の黄色腫に罹患したことを示した。表現型の発生は年齢に依存する（このことは、３０年前にはあまり明白ではなかった）。１９７７年までのＩＩＩ型高リポ蛋白血症表現型の疾病分類は、ＬｅｖｙおよびＭｏｒｇａｎｒｏｔｈ（Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．８７：６２５−６２８,１９７７）により総説されている。アポリポタンパク質構造および代謝における特定の生化学的変化の引き続いての記述は、この表現型が遺伝的に異質であることを証明した。この群の疾患に対するアポリポタンパク質免疫アッセイの最初の適用において、Ｋｕｓｈｗａｈａら（Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．８７：５１７−５２５，１９７７）は、アポリポタンパク質Ｅ（アルギニンリッチアポリポタンパク質）が、ＩＩＩ型のＶＬＤリポタンパク質において高いことを見出した。彼らはまた、外因性エストロゲン（これは健常な女性および内因性高トリグリセリド血症を有する女性におけるトリグリセリド産生を刺激する）が、この障害において、矛盾した低トリグリセリド血症効果発揮したことを見出した（Ｋｕｓｈｗａｈａら、１９７７）。等電点電気泳動（ＩＥＦ）によるａｐｏＥの異常なパターン（特に、ａｐｏＥ３の非存在）は、ＨＬＰ  ＩＩＩの最も特徴的な生化学的特性である。Ｇｒｅｇｇら（１９８１）は、ＩＩＩ型ＨＬＰを有する被験体から単離されたａｐｏＥが、ＩＩＩ型ＨＬＰ患者および健常者の両方において、インビボで、低下した分別的（ｆｒａｃｔｉｏｎａｌ）異化率を有したことを示した。
【０３７１】
Ｈａｚｚａｒｄら（Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ３０：７９−８８，１９８１）は、ＩＩＩ型ＨＬＰの発端者であるが故に研究されたＯ’Ｄｏｎｎｅｌｌ大家系について報告した。彼らは、ＶＬＤＬイソアポリポタンパク質Ｅの分布を詳細に研究した。この知見は、Ｅ３対Ｅ２の比率が、低い比率、中間の比率および高い比率に対応する３つの表現型であるａｐｏＥ３−ｄ、ａｐｏＥ３−ｎｄおよびａｐｏＥ３−ｎを生じさせる２つのａｐｏＥ３対立遺伝子（ｄおよびｎと称される）によって決定される、ということを示した初期の研究を確証付けた。Ｇｈｉｓｅｌｌｉら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２１４：１２３９−１２４１，１９８１）は、アポリポタンパク質Ｅの欠損が理由で、ＩＩＩ型ＨＬＰを有する黒人家系を研究した。血漿アポリポタンパク質Ｅは全く検出され得なかった。ＩＩＩ型ＨＬＰを有する他の家族は、増加した量の異常なａｐｏＥを有していた。さらに、Ｇｈｉｓｅｌｌｉら（１９８１）の患者は、軽度の高トリグリセリド血症、ＬＤＬコレステロールの増大、および他のＩＩＩ型ＨＬＰ家族において報告された比率よりもはるかに高い、ＶＬＤＬコレステロール対血漿トリグリセリドの比率のみを有していた。この発端者は、肘および膝の結節状発疹性黄色腫（ｔｕｂｅｒｏｅｒｕｐｔｉｖｅ  ｘａｎｔｈｏｍａ）の１０年の病歴、狭心症の３年の病歴、および動脈造影による第一対角線の冠状動脈（ｆｉｒｓｔ  ｄｉａｇｏｎａｌ  ｃｏｒｏｎａｒｙ  ａｒｔｅｒｙ）の８０％狭小化を有する、６０歳の女性であった。彼女の父親は黄色腫を有し、そして心筋梗塞により６２歳で亡くなった。彼女の母親は生存しており、そして８６歳で健在である。７人の兄弟のうちの３人もまた黄色腫を有し；彼女の２人の子孫は黄色腫を有していない。この証拠は、ａｐｏＥがカイロミクロンフラグメントの異化に重要であることを示唆している。Ｇｈｉｓｅｌｌｉら（１９８１）により研究された家族において罹患していた人物は、ラジオイムノアッセイによって０．０５ｍｇ／ｄｌ未満のａｐｏＥ血漿レベルを有しており、そして２次元ゲル電気泳動によって分離された血漿またはＶＬＤＬのイムノブロットによって、ａｐｏＥの構造的改変体は検出されなかった。Ａｎｃｈｏｒｓら（Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１３４：９３７−９４３，１９８６）は、ａｐｏＥ遺伝子がａｐｏＥ欠損患者において存在したこと、およびサザンブロット分析によって、この遺伝子中に大きな挿入も欠失も存在しないことを報告した。患者から単離された血液の単球−マクロファージは、正常被験体から単離された単球−マクロファージにおいて存在するレベルの１〜３％のａｐｏＥ  ｍＲＮＡレベルを含んでいた。患者のｍＲＮＡは、正常なサイズのものであるようであった。Ａｎｃｈｏｒｓら（１９８６）は、ａｐｏＥ  ｍＲＮＡの減少が、ａｐｏＥ  ｍＲＮＡの一次転写物の転写もしくはプロセシングにおける欠損か、またはａｐｏＥ  ｍＲＮＡの不安定性に起因し得ることを示唆した。ａｐｏＥの血漿レベルの減少は、トリグリセリド富化リポタンパク質のレムナントのクリアランス遅延、高脂血症、およびＩＩＩ型ＨＬＰの表現型を生じさせた。Ｇｈｉｓｅｌｌｉら（１９８１）により研究されたアポリ���タンパク質Ｅ欠損を有する家系において、この欠損は、ＡＰＯＥ遺伝子（１０７７４１．０００５）のイントロン３におけるアクセプタースプライス部位の変異を含むことが、Ｃｌａｄａｒａｓら（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：２３１０−２３１５，１９８７）により示された。カイロミクロンの主要なアポタンパク質であるａｐｏＥは、肝臓細胞上および末梢細胞上の特定のレセプターに結合する。Ｅ２改変体は、より少なく容易に結合する。肝臓細胞上および末梢細胞上のａｐｏＥに対するレセプターの欠損はまた、異βリポ蛋白血症を導き得るが、そのようなことは観察されていない。Ｗｅｉｓｇｒａｂｅｒら（Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５７：２５１８−２５２１，１９８２）によって、２つの可変部位の両方に（アルギニンではなく）システインを含むＥ２形態のヒトＥアポタンパク質は細胞表面レセプターと貧弱に結合するが、Ｅ３およびＥ４は良好に結合することが示された。彼らにより、可変部位Ｂにおける正に荷電した残基は、正常な結合に重要であることが推論された。この仮説を試験するため、彼らは、システアミンでＥ２  ａｐｏＥを処理して、システインを正に荷電したリジンアナログに変換した。これにより、Ｅ２  ａｐｏＥの結合活性において著しい増加が生じた。ほぼすべてのＩＩＩ型高リポ蛋白血症者がＥ２／Ｅ２表現型を有するが、この表現型を有する人物のうちの９５〜９９％は、ＩＩＩ型ＨＬＰを有さず、また上昇した血漿コレステロールレベルも有さない。Ｒａｌｌら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．７２：１２８８−１２９７，１９８３）は、低コレステロール血、正常コレステロール血および高コレステロール血の被験体のａｐｏＥ２が、同じ重篤な機能的異常を示すことを示した。従って、ａｐｏＥ２の欠損性レセプター結合活性以外の因子が、ＩＩＩ型ＨＬＰの発現に必要である。種々の因子が、ＩＩＩ型を増悪または調節する。女性において、これは最も頻繁には閉経後に生じ、そしてそのような場合、患者は特にエストロゲン治療に感受性である。甲状腺機能低下症は、ＩＩＩ型を増悪し、そして甲状腺ホルモンは、レセプター媒介性リポタンパク質代謝を増強することが公知である。肥満、糖尿病および加齢は、ＶＬＤＬおよび／またはコレステロールの肝合成の増加と関連付けられ；これらの因子を有するＥ２／Ｅ２の人物におけるＩＩＩ型の発生は、それにより説明され得る。さらに、ＩＩＩ型の生成においてＥ２／Ｅ２と組み合わされる（ように思われる）（Ｕｔｅｒｍａｎｎら，１９７９；Ｈａｚｚａｒｄら，１９８１）、家族性高リポ蛋白血症（ｆａｍｉｌｉａｌ  ｃｏｍｂｉｎｅｄ  ＨＬＰ）（１４４２５０）における欠損は、コレステロールおよびＶＬＤＬの肝過剰生成であり得る。ＢｒｏｗｎおよびＧｏｌｄｓｔｅｉｎ（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．７２：７４３−７４７，１９８３）により指摘されたように、家族性高コレステロール血症（ＦＨ）は、ＬＤＬレセプター（ＬＤＬＲ；１４３８９０）の遺伝的欠損であり、一方、家族性異βリポ蛋白血症は、リガンドにおける遺伝的欠損である。すべてのａｐｏＥ２／２ホモ接合体が、極度に高い血漿レベルのＩＤＬおよびカイロミクロンレムナント（ａｐｏＥ含有リポタンパク質）を有さないとい���謎は、これらの患者におけるリポタンパク質レベルが、肝ＬＤＬレセプターを減少させる因子（例えば、加齢、甲状腺ホルモンおよびエストロゲンのレベルの減少、ならびにＦＨの遺伝的欠損）に対して非常に感受性であるという観察によって解決され得る。おそらく、高レベルの肝ＬＤＬレセプターは、Ｅ２ホモ接合体の遺伝的結合欠損を補填し得る。Ｇｒｅｇｇら（Ｌａｎｃｅｔ  Ｉ：３５３，１９８３）は、ａｐｏＥ４が、ＩＩＩ型とａｐｏＥ２の関連に匹敵する様式で、重篤なＶ型高リポ蛋白血症と関連することを示唆した。Ｖｏｇｅｌら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８２：８６９６−８７００，１９８５）は、大量のａｐｏＥが、ヒトａｐｏＥ  ｃＤＮＡ含有プラスミドで形質転換されたＥ．ｃｏｌｉにより生成され得ることを示した。部位特異的変異体の生成を通した、構造−機能の関係に関する研究における使用が注目された。Ｗａｒｄｅｌｌら（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：２１２０５−２１２１０，１９８９）は、欠損が、正常な２９９アミノ酸ではなく３０６アミノ酸を有する正常タンパク質を生じさせるアミノ酸残基１２１〜１２７の縦列反復を表す７アミノ酸の挿入であることを実証した。Ｓｃｈａｅｆｅｒら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．７８：１２０６−１２１９，１９８６）は、早発性心臓血管疾患（ｐｒｅｍａｔｕｒｅ  ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ  ｄｉｓｅａｓｅ）、結節状発疹性黄色腫、および家族性アポリポタンパク質Ｅ欠損に関連したＩＩＩ型ＨＬＰを有する、独特のアメリカ黒人家系を記載した。４つのホモ接合体は、コレステロールを富化した非常に低密度のリポタンパク質、および中間密度のリポタンパク質（ＩＤＬ）において著しい増加を有した。ホモ接合体は、わずかに微量の血漿ａｐｏＥを有し、そしてＶＬＤＬ、ＩＤＬおよび低密度リポタンパク質においてａｐｏＢ−４８（１０７７３０）およびａｐｏＡ−４（１０７６９０）の蓄積を有した。偏性ヘテロ接合体は一般的に、正常な血漿脂質および平均的な血漿ａｐｏＥ濃度（これは、正常の４２％であった）を有した。この知見によって、ａｐｏＥは、トリグリセリド富化リポタンパク質の構成要素の正常な異化のために必須であることが示された。培養された末梢血単核細胞は、少量のａｐｏＥ  ｍＲＮＡの２異常形態を合成するが、ａｐｏＥの免疫沈降可能な形態を生成しないことが示されている。マウスメタロチオネインＩプロモーターとの組み合わせにおいて、マウス細胞にトランスフェクトされた正常なＡＰＯＥ遺伝子と異常なＡＰＯＥ遺伝子とを比較する発現研究が行われた。Ｂｅｒｓｏｔら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．７２：１０２４−１０３３，１９８３）は、重篤な高コレステロール血症および高トリグリセリド血症、黄色腫症、早発性心臓血管疾患、ａｐｏＥ３／３表現型（古典的なＥ２／２表現型ではなく）、および優勢なβ−ＶＬＤＬによって特徴付けられる、異型異βリポ蛋白血症（ａｔｙｐｉｃａｌ  ｄｙｓｂｅｔａｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｅｍｉａ）を研究した。彼らにより、これらの被験体に由来するβ−ＶＬＤＬが、マウス腹膜マクロファージにおけるコレステリルエステル蓄積を刺激することが示された。彼らは、加速度的な血管疾患が、アテローム性動���硬化症病変の泡沫細胞に変換されるマクロファージによる、この取り込みから生じることを示唆した。Ｓｍｉｔら（Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．３２：３３５−３４１，１９８７）は、通常のＥ２／Ｅ２ホモ接合体ではなく見かけ上Ｅ３／Ｅ２ヘテロ接合体であった、４１名のオランダ人の異βリポ蛋白血症患者のうちの３名を記載した。遺伝的に無関係の３名すべての患者は、わずか１つのシステイン残基を含む異常なＥ２対立遺伝子を示した。この異常な対立遺伝子は、家族性異βリポ蛋白血症と同時分離（ｃｏｓｅｇｒｅｇａｔｅ）し、これらの家族においてこの対立遺伝子は、優性として挙動するようであった。Ｓｍｉｔら（１９９０）は、これらの無関係の３名の患者がＥ２（ｌｙｓ１４６→ｇｌｎ）を有することを示した。Ｅｔｏら（Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．３６：１８３−１８８，１９８９）は、Ｅ２対立遺伝子およびＥ４対立遺伝子の両方が、Ｅ３対立遺伝子と比較した場合に、虚血性心臓疾患の危険性増大と関連付けられることを示す日本からのデータを提示した。ＢｏｅｒｗｉｎｋｌｅおよびＵｔｅｒｍａｎｎ（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４２：１０４−１１２，１９８８）は、アポリポタンパク質Ｅ、アポリポタンパク質Ｂおよびコレステロールの代謝に対する、アポリポタンパク質Ｅ多型の刺激効果を研究した。ａｐｏＢおよびａｐｏＥは両方ともＬＤＬレセプターに結合するので、そして異なるイソフォームは異なる結合親和性を示すので、これらの効果は予想外ではない。典型的な異βリポ蛋白血症を有する被験体は、ａｐｏＥにおける残基１５８でのアミノ酸置換についてホモ接合性である（１０７７４１．０００１）。Ｃｈａｐｐｅｌｌ（．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．８４：１９０６−１９１５，１９８９）は、不規則な部位（６名において残基１４２、２名において残基１４５、および１名において残基１４６）で置換についてホモ接合性であるかまたはヘテロ接合性であるかのいずれかであった、異βリポ蛋白血症を有する９名の被験体において、リポタンパク質の結合特性を研究した。冠動脈造影について照会された１９名のオーストラリア人男性（３０歳〜５０歳）のうちの５名（２６％）において、ｖａｎ  ＢｏｃｋｘｍｅｅｒおよびＭａｍｏｔｔｅ（Ｌａｎｃｅｔ  ３４０：８７９−８８０，１９９２）は、Ｅ４についてのホモ接合性を観察した。これは、コントロールと比較して１６倍の増加を示した。Ｐａｙｎｅら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４０：１３５０，１９９２）、Ｏ’ＭａｌｌｅｙおよびＩｌｌｉｎｇｗｏｒｔｈ（Ｌａｎｃｅｔ  ３４０：１３５０−１３５１，１９９２）およびｄｅ  Ｋｎｉｊｆｆら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４０：１３５０−１３５１，１９９２）は、Ｅ４とアテローム性動脈硬化症との間の関係に関して疑念を示した。Ｆｅｕｓｓｎｅｒら（Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．６５：１４９−１５４，１９９６）は、ＩＩＩ型低リポ蛋白血症およびヘテロ接合性の家族性高コレステロール血症（ＦＨ；１４３８９０）の組み合わせを有した２０歳の男性を報告した。多発性黄色腫が、肘、指節間関節および指間の水かきにおいて現れた。脂質を低下させる治療は、コレステロールおよびトリグリセリドの顕著な減少、ならびに黄色腫の後退を引き起こした。指間の水か��の扁平な黄色腫はまた、リポタンパク質代謝に関するこれらの障害の組み合わせを有する、以前に報告された４名の患者のうちの３名において記載されていた。Ｆｅｕｓｓｎｅｒら（１９９６）は、これらの黄色腫が、ＩＩＩ型高リポ蛋白血症およびＦＨについて複合的なヘテロ接合性（実際には、二重のヘテロ接合性）を示し得ると述べた。
【０３７２】
Ｓａｕｎｄｅｒｓら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４３：１４６７−１４７２，１９９３）は、Ｄｕｋｅ大学の診療所において、配偶者のコントロールと比較した場合に記憶障害を示す、おそらく可能性がある（ｐｏｓｓｉｂｌｅ−ｐｒｏｂａｂｌｅ）ＡＤ患者の予期的な小群において、Ｅ４対立遺伝子の頻度増加を報告した。Ｃｏｒｄｅｒら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：９２１−９２３，１９９３）は、ＡＰＯＥ＊Ｅ４対立遺伝子が、遅発性の家族性形態および散発性形態のアルツハイマー病と関連付けられることを見出した。遅発性形態のアルツハイマー病（ＡＤ２；１０４３１０）を有する４２家族において、この遺伝子は、ＡＰＯＥ遺伝子として第１９染色体上の同一領域にマッピングされた。Ｃｏｒｄｅｒら（１９９３）は、ＡＰＯＥ＊Ｅ４対立遺伝子の数の増加に伴って、ＡＤの危険性が２０％から９０％に増加し、そして発症年齢の平均が８４歳から６８歳に低下することを見出した。ＡＰＯＥ＊Ｅ４についてのホモ接合性は、８０歳までにＡＤを引き起こすのに実質的に十分であった。Ｌａｎｎｆｅｌｔら（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ  Ｄｉｓ．Ａｓｓｏｃ．Ｄｉｓｏｒｄ．９：１６６−１６９，１９９５）は、アルツハイマー病について不一致であった１３対の二卵性双生児においてアポリポタンパク質Ｅ４の対立遺伝子頻度を比較し、そして健康なもう一方の双生児（ｃｏｔｗｉｎ）と比較して、アルツハイマーにおいてε−４対立遺伝子の予期された頻度増加を見出した。１８世紀にフランスから米国に移住したカップルに由来する、遅発性アルツハイマー病を有することが良く知られたアメリカ人家系において、Ｂｏｒｇａｏｎｋａｒら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４２：６２５，１９９３）は、罹患した６個体のＥ４対立遺伝子の投薬効果を確証付ける証拠を見出し；４名のＥ４／Ｅ４ホモ接合体はそれらの６０歳で発症し、一方、２名のＥ４／Ｅ３ヘテロ接合体は、それぞれ７７歳および７８歳で発症した。アポリポタンパク質Ｅは、アルツハイマー病の老人斑、コンゴ好染血管障害、および神経細線維もつれにおいて見出される。Ｓｔｒｉｔｔｍａｔｔｅｒら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９０：１９７７−１９８１，１９９３）は、最も一般的なイソフォームである、精製されたＡＰＯＥ４およびＡＰＯＥ３に対する合成アミロイドβペプチドの結合を比較した。酸化形態の両方のイソフォームは、アミロイドβペプチドに結合した；しかし、ＡＰＯＥ４への結合は数分で観察されたが、ＡＰＯＥ３への結合は数時間を要した。Ｓｔｒｉｔｔｍａｔｔｅｒら（１９９３）は、酸化ａｐｏＥによるアミロイドβペプチドの結合が、その壊死巣分離を決定し得、そしてａｐｏＥの結合または酸化におけるイソフォーム特異的な差異がアルツハイマー病の病変の病理に関与し得ると結論付けた。散発性アルツハイマー病を有する９１名の患者および７４名のコントロールの研究において、Ｐｏｉｒｉｅｒら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４２：６９７−６９９，１９９３）は、Ｅ４と散発性ＡＤとの間で有意な関係を見出した。この関係は、女性においてより優勢であった。Ｓｃｏｔｔ（１９９３）は、この非常に一般的な障害に関連してＥ４をスクリーニングすることを通して得られる知見の適用に注意の必要性を指摘した。２０歳〜７０歳の年齢の成体と比較した３３８名の１００歳のコントロール研究の場合において、Ｓｃｈａｃｈｔｅｒら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４２：６９６，１９９４）は、早発性アテローム性動脈硬化症を促進するａｐｏＥのＥ４対立遺伝子が、コントロールにおいてよりも１００歳において有意に低頻度であるが（ｐは、０．００１未満）、ＩＩＩ型およびＩＶ型の高脂血症と以前に関連付けられたＥ２対立遺伝子の頻度は、有意に増加する（ｐは、０．０１未満）ことを見出した。Ｔａｌｂｏｔら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４３：１４３２−１４３３，１９９４）は、Ｅ２対立遺伝子がアルツハイマー病に対する保護を付与し得ること、およびその効果が単純に、Ｅ４対立遺伝子の不在ではないことを示唆するデータを提示した。Ｃｏｒｄｅｒら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．７：１８０−１８４，１９９４）は、散発性ＡＤにおけるＥ４対立遺伝子の投薬効果に加えて、Ｅ２対立遺伝子の保護効果を示すデータを提示した。ＡＤのかなりの部分（６５％）は、Ｅ４対立遺伝子の存在に起因し得るが、ＡＤの危険性は、Ｅ２／Ｅ３遺伝子型を有する被験体において最も低く、さらに２３％のＡＤはＥ２対立遺伝子の不在に起因し得る。Ｅ２対立遺伝子およびＥ４対立遺伝子の対立的な作用は、Ｃｏｒｄｅｒら（１９９４）によって、ＡＤの病因におけるＡＰＯＥの直接的な関与についてのさらなる支持を提供すると解釈された。Ｓａｎａｎら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９４：８６０−８６９，１９９４）は、Ｅ４イソフォームが、Ｅ３イソフォームよりも迅速にβアミロイド（Ａβ）ペプチドに結合することを実証した。Ａβペプチドとの共存培養によって形成されるＥ３またはＥ４の可溶性ＳＤＳの安定な複合体は、３７℃での数日間のインキュベーション後に沈殿した。Ｅ４複合体は、Ｅ３複合体よりも迅速に沈殿する。
【０３７３】
Ｈｙｍａｎら（Ａｒｃｈ．Ｎｅｕｒｏｌ．５３：２１５，１９９６）は、神経学的疾患の病歴を有さず、かつ検死で神経細線維もつれを全く表さず、かつ稀な成熟老人斑のみを表した８６歳の男性において、Ｅ４遺伝子型についてのホモ接合性を示した。このことは、その著者らに、ａｐｏＥ４の遺伝が、必ずしも痴呆またはアルツハイマー病の発症を引き起こさないことを示唆した。Ｍｙｅｒｓら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４６：６７３−６７７，１９９６）は、フレーミングハム研究コホート（Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ  Ｓｔｕｄｙ  ｃｏｈｏｒｔ）で１，０３０名の高齢個体において、アルツハイマー病および他の痴呆とアポリポタンパク質Ｅ４との関係を試験した。彼らは、Ｅ４についてホモ接合性またはヘテロ接合性であった患者において、アルツハイマー病および他の痴呆についての危険性増加を見出した。しかし、彼らは、大半のａｐｏＥ４キャリアが痴呆を発症せず、そして約半数のアルツハイマー病がａｐｏＥ４と関連しないことを指摘した。Ｋａｗａｍａｔａら（Ｊ．Ｎｅｕｒｏｌ．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．Ｐｓｙｃｈｉａｔ．５７：１４１４−１４１６，１９９４）は、遅発性の散発性アルツハイマー病を有する４０名の患者、早発性の散発性アルツハイマー病を有する１３名の患者、血管性痴呆を有する１９名の患者、および４９名の痴呆ではないコントロール被験体において、Ｅ４頻度を試験した。遅発性の散発性アルツハイマー群において、この対立遺伝子頻度は０．２５であり、コントロールにおける頻度である０．０９よりもかなり高い。対照的に、早発性の散発性アルツハイマー病または血管性痴呆を有する患者において頻度の増加は存在しなかった。Ｏｌｉｃｈｎｅｙら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４７：１９０−１９６，１９９６）は、アポリポタンパク質Ｅ４対立遺伝子が、アルツハイマー病およびレーヴィ体改変体の両方において、神経炎性局面の増加と強く関連付けられるが、新皮質または原線維のもつれとは関連付けられないことを見出した。Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３８：２５４−２５９，１９９５）は、アポリポタンパク質Ｅ４の存在が、アルツハイマー病の存在について制御した後においてさえも、中程度または重篤な脳アミロイドアンギオパチーのオッズ比を有意に増加させることを見出した。死後の研究において、Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５０：９６１−９６５，１９９８）は、アポリポタンパク質Ｅ２と脳アミロイドアンギオパチーにおける血管症との間の関連を見出した。血管壁の完全なアミロイド置換を有する７５個の脳のうち、２３個のみが血管壁の亀裂において付随する出血兆候を有した。アポリポタンパク質Ｅ２の頻度は、血管症を有する群において有意に高かった。この著者らは、アポリポタンパク質Ｅ２およびＥ４が、別々の機構を通して（Ｅ４は、アミロイド沈着を増強することによって、そしてＥ２は破裂を促進することによって）出血を促進し得ることを示唆した。Ｏ’Ｄｏｎｎｅｌｌら（Ｎｅｗ  Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４２：２４０−２４５，２０００）は、脳アミロイドアンギオパチーの早期再発についての危険性因子として、特定のアポリポタンパク質Ｅ遺伝子型を同定した；Ｅ２（１０７７４１．０００１）またはＥ４（１０７７４１．００１６）の対立遺伝子のキャリアは、Ｅ３／Ｅ３（１０７７４１．００１５）遺伝子型を有する個体と比較して、早期再発の危険性を増加した。Ｋａｗａｍａｔａら（１９９４）は、北米の家族の場合と比較して日本人の群においてＥ４の頻度増加が小規模であることは、正常な日本人の集団においてＥ４頻度が低いこと、および日本ではアルツハイマー病の罹患率が低いことに起因し得ると推測した。Ｎａｌｂａｎｔｏｇｌｕら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３６：８８９−８９５，１９９４）は、モントリオールで、散発性アルツハイマー病の１１３の死後症例および７７のコントロール脳に対してアポリポタンパク質分析を実施した。この集団において、アルツハイマー病とＥ４を関連付けるオッズ比は１５．５であり、そしてこの集団に起因し得る危険性は０．５３であった。Ｙｏｓｈｉｚａｗａら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３６：６５６−６５９，１９９４）は、アルツハイマー病を有する８３名の日本人患者においてアポリポタンパク質遺伝子型を試験した。彼らは、遅発性の散発性アルツハイマー病におけるａｐｏＥ４頻度の顕著な増加、ならびに遅発性および早発性の家族性アルツハイマー病におけるａｐｏＥ４頻度の緩やかな増加を見出した。対照的に、彼らは、ａｐｏＥ４と早発性の散発性アルツハイマー病との間に何の関連も見出さなかった。Ｌｕｃｏｔｔｅら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３６：６８１−６８２，１９９４）は、６０歳よりも後でアルツハイマー病を発症した１３２名のフランス人患者におけるａｐｏＥ４頻度を試験した。彼らは、Ｅ４対立遺伝子についてホモ接合性であることが、Ｅ４対立遺伝子がヘテロ接合性またはＥ４対立遺伝子が不在の場合よりも、若い年齢での疾患発生と関連することを見出した。Ｏｓｕｎｔｏｋｕｎら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３８：４６３−４６５，１９９５）は、インディアナポリスでのアフリカ系アメリカ人に関する彼らの以前の研究で報告された強い関連とは対照的に、高齢のナイジェリア人では、Ｅ４とアルツハイマー病との間で関連を見出さなかった。Ｌｅｖｙ−Ｌａｈａｄら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３８：６７８−６８０．１９９５）は、ε４対立遺伝子が、ヴォルガドイツ人（Ｖｏｌｇａ  Ｇｅｒｍａｎ）において存在する４型アルツハイマー病（６００７５３）または３型アルツハイマー病（１０４３１１）のいずれにおいても、発症年齢には影響しないことを見出した。このことは、彼らに、いくつかの形態の早期に発症する家族性アルツハイマー病がアポリポタンパク質Ｅ系によって影響されないことを示唆した。Ｂｅｎｎｅｔｔら（Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．６０：１−６，１９９５）は、アルツハイマー病の家族病歴−陽性の症例および家族病歴−陰性の症例においてＡＰＯＥ遺伝子型を試験し、そして以前の研究でのひずみと類似したＡＰＯＥ対立遺伝子頻度のひずみを見出した。しかし、彼らはまた、危険性のある兄弟の対立遺伝子分布を試験し、そして罹患した兄弟と変わらない過剰なＥ４対立遺伝子を見出した。これらの家族において、彼らは、ＡＰＯＥ４遺伝子座とアルツハイマー病との間の関連について証拠を見出さなかった。彼らは、ＡＰＯＥ遺伝子座が、アルツハイマー病を引き��こすのに必要でも十分でもないと結論付け、そしてＡＰＯＥ遺伝子座が、前臨床的な進行を改変し得、従って、さもなくばアルツハイマー病を発症する素因を有する人々において発症年齢を改変し得ると推論した。頭部外傷は、アルツハイマー病についての疫学的な危険性因子であり、そしてＡβの沈着は、重篤な頭部外傷後で瀕死の約１／３の個体において起こる。Ｎｉｃｏｌｌら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄ．１：１３５−１３７，１９９５）は、頭部外傷後にＡβ沈着を有する個体におけるＡＰＯＥ４頻度（０．５２）が、アルツハイマー病の大半の研究におけるよりも高いが、Ａβ沈着を有さない頭部外傷個体では、ＡＰＯＥ４頻度（０．１６）は、アルツハイマー病を有さないコントロールと類似であることを見出した（Ｐは、０．００００１未満）。従って、アルツハイマー病についての環境的な危険性因子および遺伝的な危険性因子は、相加的に作用し得る。頭部に重篤な閉塞性外傷（ｂｌｕｎｔ  ｔｒａｕｍａ）を有する６９名の患者の予測的研究において、Ｆｒｉｅｄｍａｎら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５２：２４４−２４８，１９９９）は、７日間よりも長い意識消失について５．６９のオッズ比を見出し、そしてＡＰＯＥ４対立遺伝子を有さない個体と比較してＡＰＯＥ４対立遺伝子を有する個体について、６ヶ月目での最適以下の神経学的結果について１３．９３のオッズ比を見出した。アポリポタンパク質Ｅおよびアルツハイマー病の概説において、ＳｔｒｉｔｔｍａｔｔｅｒおよびＲｏｓｅｓ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９０：１９７７−１９８１，１９９５）は、イソフォーム特異的な差異が、微小管結合タンパク質τ（１５７１４０）（これは、対形成したらせん状フィラメントおよび神経細線維もつれを形成する）、およびアミロイドβペプチド（１０４７６０）（神経炎性局面の主要成分）へのａｐｏＥの結合において同定されたことを指摘した。ヒトニューロンの細胞質におけるａｐｏＥの同定、ならびに微小管結合タンパク質τおよびＭＡＰ−２（１５７１３０）へのａｐｏＥのイソフォーム特異的な結合は、ａｐｏＥがアルツハイマーの脳において微小管機能に影響を及ぼし得ることを可能にする。Ｂｌｅｎｎｏｗら（Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ  ５：２５３４−２５３６，１９９４）は、コントロールの場合と比較して、アルツハイマー病におけるＣＳＦのアポリポタンパク質Ｅの顕著な減少を示した。彼らは、アルツハイマー病の脳におけるアポリポタンパク質Ｅ脂質複合体の再利用（ｒｅｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ）の増加が、低いＣＳＦ濃度を説明し得ることを示唆した。
【０３７４】
ＡＰＯＥ４対立遺伝子が、ＡＤの発現のために必要でも十分でもないという知見は、ＡＰＯＥ４と組み合わせてかまたは単独のいずれかでＡＤのリスクを増加させる、他の環境要因または遺伝要因の重要性を強調する。Ｋａｍｂｏｈら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．１０：４８６−４８８，１９９５）は、アルツハイマー病のリスクに影響し得る候補因子には、α−１−アンチキモトリプシン（ＡＡＣＴ：１０７２８０）が存在すると記載している。なぜなら、ＡＰＯＥタンパク質と同様に、ＡＡＣＴは、ＡＤ脳において見出される繊維状沈着物において高い親和性でβ−アミロイドペプチドに結合するからである。さらに、ＡＡＣＴは、β−アミロイドペプチドからアミロイド繊維への重合において、強力な刺激因子として作用する。Ｋａｍｂｏｈら（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５８：５７４−５８４，１９９５）は、ＡＡＣＴのシグナルペプチド（１０７２８０．０００５）中の一般的な多型は、有意なＡＤリスクを付与すること、およびＡＤリスクと関連するＡＰＯＥ４遺伝子用量効果が、そのＡＡＣＴ多型により有意に改変されることを、示している。Ｋａｍｂｏｒらは、潜在的なＡＤ感受性マーカーとしての、ＡＡＣＴ「ＡＡ」遺伝子型とＡＰＯＥ４／４遺伝子型の組み合わせを同定した。なぜなら、この組み合わせの頻度は、一般的集団コントロールにおける１／３１３と比較して、ＡＤ群において１／１７であったからである。アルツハイマー病の一形態（アルツハイマー３型と呼ばれる、１０４３１１）は、ＡＡＣＴと同様に、１４ｑに位置付けられる；しかし、ＡＡＣＴおよびＡＤ３は、１４ｑ上のいくらか異なる部位に位置付けられる。Ｔａｎｇら（１９９６）は、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ地域社会における３つの人種群からの症例およびコントロールの集合において、ＡＰＯＥ遺伝子型による相対リスクを比較した。ＡＰＯＥ４ホモ接合性と関連するアルツハイマー病の相対リスクは、すべての人種群において増大された。アフリカ系アメリカ人ＲＲ＝３．０；白色人種ＲＲ＝７．３；およびヒスパニックＲＲ＝２．５（ＡＰＯＥ３ホモ接合性のＲＲと比較した）。このリスクは、ＡＰＯＥ４ヘテロ接合性の白色人種およびヒスパニックについても増大されたが、アフリカ系アメリカ人については増大されなかった。ＡＤではない白色人種およびヒスパニックの集団の年齢分布は、他のＡＰＯＥ遺伝子型を有する個体についてよりも、ＡＰＯＥ４ホモ接合性個体およびＡＰＯＥ４ヘテロ接合性個体について一貫して低かった。アフリカ系アメリカ人において、この関係は、ＡＰＯＥホモ接合体においてのみ観察された。初期発症アルツハイマー病である８５人のスコットランド人の研究において、Ｓｔ  Ｃｌａｉｒら（Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．３２：６４２−６４４，１９９５）は、後期発症ＡＤにおけるパターンと非常に類似するパターンで、家族性症例および散発性症例の両方において、ホモ接合性ＡＰＯＥε−４対立遺伝子キャリアおよびヘテロ接合性ＡＰＯＥε−４対立遺伝子キャリアの両方が、非常に有意に豊富であることが見出された。以前に概説されたように、このＡＰＯＥ４対立遺伝子は、散々性および後期発症家族性のアルツハイマー病と関連がある。遺伝子用量は、ＡＤを発症するリスク、��症年齢、脳における老人性斑の蓄積、およびＡＤ患者の海馬におけるコリンアセチルトランスフェラーゼ（１１８４９０）の減少に対して、影響を有する。Ｐｏｒｉｅｒら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９２：１２２６０−１２２６４，１９９５）は、コリン作動性活性のシナプス前マーカーおよびシナプス後マーカーに対するＡＰＯＥ４対立遺伝子コピー数の影響を試験した。ＡＰＯＥ４対立遺伝子コピー数は、ＡＤ患者の海馬形成および側頭皮質の両方における、残存脳ＣＨＡＴ活性およびニコチンレセプター結合部位と、反対の関係を示す。ＡＰＯＥ４対立遺伝子を欠くＡＤ被験体は、年齢が一致する正常コントロール範囲と近いかまたはその範囲内の、ＣＨＡＴ活性を示した。その後、Ｐｏｉｒｉｅｒら（１９９５）は、コリンエステラーゼインヒビターであるタクリンの３０週間の二重盲検臨床試験を完了した４０人のＡＤ患者における、コリン模倣薬物応答性に対するＡＰＯＥ４の影響を評価した。結果は、ＡＰＯＥ４陰性ＡＤ患者のうちの８０％より多くが、３０週間後に顕著な改善を示した一方で、ＡＰＯＥ４キャリアのうちの６０％が、乏しい応答しか有さなかった。Ｐｏｌｖｉｋｏｓｋｉら（Ｎｅｗ  Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．３３３：１２４２−１２４７，１９９５）は、２７１人中９２人において実施した、凍結血液検体の神経病理学的分析およびＤＮＡ分析を含む、剖検研究に関して報告した。これらの被験体は、少なくとも８５歳であり、１９９１年４月１日にＶａｎｔａａ，Ｆｉｎｌａｎｄにおいて生存しており、そしてその時と１９９３年末との間に死亡した。すべての被験体は、痴呆について試験された。アポリポタンパク質Ｅ遺伝子型決定が、固相ミニ配列決定技術を用いて行われた。メテナミン銀染色斑により占められる皮質の割合が、β−アミロイドタンパク質沈着の程度の推定値として使用された。Ｐｏｌｖｉｋｏｓｋｉらは、ＡＰＯＥ４対立遺伝子が、アルツハイマー病と有意に関連していることを見出した。痴呆ではない老齢被験体においてさえ、アポリポタンパク質Ｅ４遺伝子型は、大脳皮質におけるβ−アミロイドタンパク質の沈着の程度と関連していた。Ｒｅｉｍａｎら（Ｎｅｗ  Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．３３４：７５２−７５８，１９９６）は、中年後期において、ＡＰＯＥ４対立遺伝子についてホモ接合性である認知について正常な被験体が、おそらくアルツハイマー病である患者と同じ脳領域において、グルコース代謝を減少させていたことを見出した。これらの知見は、ＡＰＯＥ４対立遺伝子対立遺伝子の存在が、アルツハイマー病についてのリスクファクターである臨床前の証拠を提供した。陽子射出断層撮影法（ＰＥＴ）が、これらの研究において使用された。Ｒｅｉｍａｎら（１９９６）は、ＰＥＴが、将来、アルツハイマー病を予防するための処置を試験する比較的迅速な方法を提供し得ることを、示唆した。後期発症家族性ＡＤにおいて、女性は、男性よりも有意に高いこの疾患の発症リスクを有する。５８個の後期発症家族性ＡＤ家系を研究して、Ｐａｙａｍｉら（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５８：８０３−８１１，１９９６）は、ＡＰＯＥ４ヘテロ接合性遺伝子型について有意な性差を検出した。女性において、ＡＰＯＥ４ヘテロ接合体は、ＡＰＯＥ４を有さない女性より高いリスクを有した；ＡＰＯＥ４ヘテロ接合体とＡＰＯＥ４ホモ接合体との間に、有意な差異は存在しなかった。男性において、ＡＰＯＥ４ヘテロ接合体は、ＡＰＯＥ４ホモ接合体よりも低いリスクを有した；ＡＰＯＥ４ヘテロ接合体とＡＰＯＥ４を有さない男性との間に、有意な差異は存在しなかった。ＡＰＯＥ４ヘテロ接合体の男性および女性の直接比較によって、女性における２倍増加した有意なリスクが明らかになった。これらの研究は、Ｉｎｄｉａｎａ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  ＣｅｎｔｅｒのＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙからの剖検で確認した１５個のＡＤ家系の研究において実証された。Ｍａｈｌｅｙ（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：６２２−６３０，１９８８）は、細胞生物学的におけるコレステロール輸送タンパク質としてのａｐｏＥの拡張する役割を示す、総論を提供した。末梢神経損傷に応答した再生プロセスの間のａｐｏＥの顕著な生成および蓄積は、例えば、ａｐｏＥが、軸索伸長の間の膜生合成のために軸索へ、そしてミエリン形成のためにシュワン細胞へ、コレステロールが再分布する際に顕著な役割を果すことを、示す。Ｐｏｉｒｉｅｒ（Ｔｒｅｎｄｓ  Ｎｅｕｒｏｌ．Ｓｃｉ．１７：５２５−５３０，１９９４）は、再神経支配の初期段階および中期段階の間の、末梢神経系および中枢神経系の両方における、コレステロールおよびホスホリピドの輸送の調節における、ａｐｏＥおよびそのレセプター（ａｐｏＥ／ａｐｏＢ  ＬＤＬレセプター（１４３８９０））の協調発現を概説した。Ｐｏｉｒｉｅｒは、Ｅ４対立遺伝子とアルツハイマー病（１０４３００）との関連は、アルツハイマー病プロセスの中心となる代償性発芽（ｃｏｍｐｅｎｓａｔｏｒｙ  ｓｐｒｏｕｔｉｎｇ）およびシナプスリモデリングと関係する、脂質輸送系の機能不全を示し得ることを、提唱した。Ｔｏｍｉｍｏｔｏら（Ａｃｔａ．Ｎｅｕｒｏｐａｔｈ．９０：６０８−６１４，１９９５）は、９症例の大脳血管疾患および４つのコントロール被験体において、ジストロフィー軸索および付随するマクロファージにおいてアポリポタンパク質Ｅが限局性蓄積しているたった３つの症例を見出した。これらの結果は、アポリポタンパク質Ｅが、脳における他の膜成分において再循環するコレステロールにおいて役割を有し得るが、この現象は、梗塞の末梢に限定され、そして末梢神経系よりも顕著ではないかもしれないことを、著者らに示唆した。Ｅｇｅｎｓｐｅｒｇｅｒら（Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２２４：４８４−４８６，１９９６）は、神経学的に確認されたレーヴィ体振せん麻痺である３５人の被験体（同時にアルツハイマー病であるもの、およびそうではないもの）、２７人のＡＤ患者、および５４人のコントロールにおいて、ａｐｏＥ対立遺伝子頻度を測定した。Ｅｇｅｎｓｐｅｒｇｅｒらは、ａｐｏＥ対立遺伝子が、ＰＤにおけるＡＤ病変の発症に影響するリスクファクターとして機能しないと、結論付けた。まとめると、アルツハイマー病におけるａｐｏＥに関する関連研究は、ε−４が、アルツハイマー病における神経変性プロセスを加速することを示唆する。しかし、独立した３つ��研究において、Ｋｕｒｚら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４７：４４０−４４３，１９９６）、Ｇｒｏｗｄｏｎら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４７：４４４−４４８，１９９６）およびＡｓａｄａら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４７：６０３、１９９６のみ）は、ε−４を有すかまたは有さない新たに診断されたアルツハイマー病患者の臨床的減少速度に差異を見出さなかった。Ｂｉｋｅｂｏｌｌｅｒら（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６０：４３９−４４６，１９９７）は、１，０３０人のコントロール被験体と比較して、４１７人の患者においてＡＰＯＥ４対立遺伝子関連するＡＤについてのリスク増加を確認した。ＡＰＯＥ３対立遺伝子と比較した場合、Ｂｉｋｅｂｏｌｌｅｒらは、ＡＰＯＥ４対立遺伝子（オッズ比＝２．７）およびＡＰＯＥ２対立遺伝子の防御効果（オッズ比＝０．５）と関連するリスク増加を示した。感受性に対するＥ４対立遺伝子用量の影響を確認した。Ｅ３／Ｅ３に対するＥ４／Ｅ４のオッズ比＝１１．２；Ｅ３／Ｅ３に対するＥ３／Ｅ４のオッズ比＝２．２。Ｅ３／Ｅ４個体において、８５歳による性別特異的寿命リスク評価（すなわち、８５歳による性別特異的浸透度）は、男性について０．１４であり、女性について０．１●であった。Ｈｏｕｌｄｅｎら（Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．８●●：１１７−１２１，１９９８）は、ＡＰＯＥ遺伝子型が、プレゼニリンまたはＡＰＰ遺伝子中で検出可能な損傷がない初期発症ＡＤ家族についての唯一のリスクファクターであることを見出した。Ｍｅｙｅｒら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．１９：３２１−３２２，１９９８）は、老齢集団に関するデータを示した。このデータは、ａｐｏＥ遺伝子型が、アルツハイマー病の年齢特異的リスクに影響するが、ａｐｏＥ遺伝子型に関わらず、その集団の半分より多くは１００歳までＡＤを発症しないだろうことを示唆した。ＡｐｏＥ遺伝子型は、被験体がＡＤを発症するか否かに影響するようであったが、この研究は、ａｐｏＥ４対立遺伝子が、いつ感受性個体がＡＤを発症するかに影響するかを確認しなかった。これらの知見は、その状態の脆弱性を、ａｐｏＥとは独立した遺伝子により説明され得る。Ｗｉｅｂｕｓｈら（Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１０４：１５８−１６３，１９９９）は、病理学的に確認された１３５人のＡＤ症例および７０人の非ＡＤコントロール（死亡年齢６０歳以上）の症例−コントロール研究を実行し、彼らをＡＰＯＥε−４およびＢＣＨＥ−Ｋ（１７７４００．０００５）について遺伝子型決定した。ＢＣＨＥ−Ｋの対立遺伝子頻度は、コントロールにおいて０．１３であり症例において０．２３であった。このことは、確認されたＡＤにおけるＢＣＨＥ−Ｋについてのキャリアオッズ比２．１（９５％信頼区間（ＣＩ）１．１−４．１）を与えた。死亡年齢が７５歳以上である老齢の部分サンプル（２７人のコントロールおよび８９人のＡＤ症例）において、キャリアオッズ比は、ＢＣＨＥ−Ｋについて４．５（９５％  ＣＩ  １．４−１．５）まで増加した。ＡＤとＢＣＨＥ−Ｋとの関連は、ＡＰＯＥε−４のキャリアにおいてさらにより顕著になった。８１人の症例中３９人が両方を保有したのと比較して、１９人のコントロール中３人した両方を保有しなかった。このことは、ＡＰ��Ｅε−４キャリア内のＢＣＨＥ−Ｋキャリアについてのオッズ比５．０（９５％  ＣＩ  １．３−１．９）を与えた。Ｗｉｅｂｕｓｈらは、このＢＣＨＥ−Ｋ多型は、ＡＤについての感受性ファクターであり、そして年齢依存性様式で、ＡＰＯＥε−４からのＡＤリスクを増加させると結論付けた。
【０３７５】
Ｓａｕｎｄｅｒら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４２：７１０−７１１，１９９３）は、他のアミロイド形成疾患（すなわち、クロイツフェルト−ヤーコプ病（ＣＪＤ；１２３４００）、家族性アミロイド性多発性ニューロパシー、ダウン症候群（１９０６８５）と、Ｅ４とに関連性を見出さなかった。一方、Ａｍｏｕｙｅｌら（Ｌａｎｃｅｔ  ３４４：１３１５−１３１８，１９９４）は、Ｅ４が、ＣＪＤについての主要な感受性ファクターであると結論付けた。Ａｍｏｕｙｅｌらは、少なくとも１つのＥ４対立遺伝子を有する被験体と、Ｅ４対立遺伝子を有さない被験体との間のＣＪＤの相対リスクが、１．８と４．２との間の範囲にあり、これは、使用されるコントロール群に依存することを見出した。
著者らは、ＡＰＯＥ遺伝子型決定を使用して、アルツハイマー病患者を他の痴呆形態の患者と区別する際にほとんど予測的でない値を見出した。対照的に、Ｍａｈｉｅｕｘら（Ｓｔｒｏｋｅ  ２５：１７０３−１７０４，１９９４）は、アルツハイマー病におけるＥ４の増加を見出したが、血管性痴呆においてＥ４の増加を見出さなかった。Ｍａｈｉｅｕｘらは、Ｍａｈｉｅｕｘらの結果と、Ｆｒｉｓｏｎｉら（１９９４）の結果との間の差異は、彼らが研究した群のサイズの小ささおよび集団の平均年齢の差異に帰せられ得ると推測した。ＭｃＣａｒｒｏｎら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５３：１３０８−１３１１，１９９９）は、メタアナリシスを実施した。このメタアナリシスは、コントロール被験体（オッズ比１．７３）においてよりも虚血性大脳血管疾患の患者において、有意に高いＥ４キャリアを示した。Ｍｙｅｒｓら（１９９６）は、Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ  Ｓｔｕｄｙコホートにおける１，０３０人の老齢個体において、アポリポタンパク質Ｅ４と、アルツハイマー病および他の痴呆との関係性を調べた。Ｍｙｅｒｓらは、Ｅ４についてホモ接合性またはヘテロ接合性である患者において、アルツハイマー病および他の痴呆について増加したリスクを見出した。しかし、Ｍｙｅｒｓらは、ほとんどのａｐｏＥ４キャリアが痴呆を発症せず、そしてアルツハイマー病の約半分が、ａｐｏＥ４と関連がないことを、指摘した。Ｂｌｅｓａら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３９：５４８−５５１，１９９６）は、加齢関連記憶減退している痴呆ではない患者におけるａｐｏＥ４ε−４頻度０．３１５を見出した。これは、アルツハイマー病群において見出された対立遺伝子頻度０．２９３と類似した。このことは、Ｂｌｅｓａらのコントロール群において見出された頻度０．０５７と対照した。Ｐａｙａｍｉら（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６０：９４８−９５６，１９９７）は、予測的症例−コントロール研究の結果を報告した。この研究は、身体が健康であり認識が完全である７５歳の１１４人の白色人種の協力を得た。彼らは、その後、平均４年間、神経学的試験、心理測定学的試験、および神経画像処理学的試験を続けた。開始時の優れた健康は、認識の減退を防御しなかった。認識の減退の発生は、加齢とともに急に生じた。Ｅ４と痴呆の家族歴（Ｅ４とは独立している）とは、痴呆発症時のより早期の年齢と関係している。Ｅ４または痴呆の家族歴を有する被験体は、いずれも有さない被験体よりも９倍高い、痴呆についての年齢特異的リスクを有した。これらの知見から、Ｐａｙａｍｉら（１９９７）は、認識の減退の速度が、加齢とともに増加すること、ならびにＡＰＯＥおよび他の家族性ファクター／遺伝性ファクターが、人生を通して発症年齢に影響することを、示唆した。２２人が痴呆であったパーキンソン病の７９人の患者の研究において、Ｍａｒｄｅｒら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４４：１３３０−１３３１，１９９４）は、Ｅ４対立遺伝子頻度が、痴呆ではない患者において０．１３であり、そして痴呆である患者において０．０６８であり、対照的に、コントロール値が０．１０２であったことを見出した。Ｍａｒｄｅｒらは、パーキンソン病における痴呆の生物学的基礎は、アルツハイマー病とは��なると結論した。Ｔａｂａｔｏｎら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４５：１７６４−１７６５，１９９５）は、アポリポタンパク質Ｅ免疫反応性が、進行性核上麻痺（６０１１０４）の１２人の患者の剖検研究における神経原線維変化と関連していることが見出されたが、そのアポリポタンパク質Ｅ対立遺伝子頻度は、年齢が一致したコントロールと類似したことを、見出した。Ｆａｒｒｅｒら（Ｅｘｐ．Ｎｅｕｒｏｌ．１３６：１６２−１７０，１９９５）は、ε−４対立遺伝子の数が、ピック病（１７２７００）の発症年齢と逆に関連があることを示した。Ｆａｒｒｅｒらの結果は、ε−４は、痴呆についての感受性ファクターであり得る、ＡＤについて特には感受性ファクターではないかもしれないことを示唆した。Ｍｕｉら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３８：４６０−４６３，１９９５）は、アポリポタンパク質Ｅ４と、散発性常染色体優性筋萎縮性側索硬化症（１０５４００）の発生率または発症年齢との間に何の関連性もないことを見出した。Ｇａｒｌｅｐｐら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３８：９５７−９５９，１９９５）は、他の炎症性筋肉疾患の患者または一般的集団と比較した、封入体筋炎（１４７４２１）の患者におけるε−４対立遺伝子の頻度の増加を見出した。剖検に達する精神分裂病患者におけるａｐｏＥ遺伝子型の研究において、Ｈａｒｒｉｎｇｔｏｎら（Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．Ｌｅｔｔ．２０２：１０１−１０４，１９９５）は、精神分裂病が、Ｅ４対立遺伝子頻度の増加と関連があることを見出した。精神分裂病におけるＥ４対立遺伝子頻度は、アルツハイマー病またはレーヴィ小体痴呆（１２７７５０）のいずれかにおいて見出される頻度と区別不能であった。剖検での年齢範囲（１９歳〜９５歳）から、Ｈａｒｒｉｎｇｔｏｎらは、ε−４頻度は、年齢増加と関係がないと決定した。Ｂｅｔａｒｄら（Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ  ５：１８９３〜１８９６，１９９４）は、剖検した１６６人の痴呆のフランス系カナダ人において、ａｐｏＥの対立遺伝子頻度を分析した。このＥ４頻度は、レーヴィ小体痴呆において最高であり（０．４７２）；初老期アルツハイマー病で０．４０５；老年性アルツハイマー病で０．３６４であり、そして大脳血管疾患を伴うアルツハイマー病で０．５１３であった。対照的に、このＥ４対立遺伝子頻度は、血管性痴呆であるがいかなるアルツハイマー病変化もない個体の剖検症例において、０．０７９であった。血管性痴呆の被験体は、老齢のコントロールにおける頻度０．１４４と比較して増加した、相対的Ｅ２対立遺伝子頻度（０．２１１）を示した。Ｂｅｔａｒｄら（１９９４）の知見とは対照的に、Ｌｉｐｐａら（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４５：９７−１０３，１９９５）は、Ｌｉｐｐａらが、Ｃｅｒａｔ基準により同時アルツハイマー病を有するレーヴィ小体患者を排除するように注意を払った場合に、かなり低いＥ４頻度０．２２を見出した。しかし、Ｌｉｐｐａらは、ＣＡ２−３における神経炎性変性が、Ｅ３／Ｅ３遺伝子型のレーヴィ小体患者よりもａｐｏＥ４対立遺伝子を有するレーヴィ小体患者においてわずかに大きいことを見出した。Ｈｙｍａｎら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９２：３５８６−３５９０，１９９５）は、ダウン病のアルツハイマー病における老年性斑が異常に大きい一方で、ＡＰＯＥ４関連アルツハイマー病が、異常に多数であることを見出した。これらの知見は、ダウン病における病理が、アミロイドの生成および沈着の増加に起因するが、ＡＰＯＥ４関連アルツハイマー病における病理が、老年性斑開始の確率の増加と関連することを、示唆した。Ｒｏｙｓｔｏｎら（Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ  ５：２５８３−２５８５，１９９４）は、老齢のダウン症候群患者におけるａｐｏＥ遺伝子型を評価し、そしてε−２改変体が、寿命の増加およびアルツハイマー型痴呆の頻度の有意な減少の両方と関連があることを見出した。Ｒｏｙｓｔｏｎらは、Ｒｏｙｓｔｏｎらの老齢のダウン症候群患者のいずれも、ε−４対立遺伝子についてホモ接合性ではないことを記した。ダウン症候群関連性アルツハイマー病におけるａｐｏＥ遺伝子型の症例−コントロール研究において、ｖａｎ  Ｇｏｏｌら（Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．３●：２２５−２３０，１９９５）は、ａｐｏＥ  ２型、３型、または４型の頻度は、年齢が一致するダウン症候群コントロールと比較して、アルツハイマー病を伴うダウン症候群の症例において有意には異ならないことを示した。アルツハイマー病を伴うダウン症候群症例におけるａｐｏＥ４頻度は、これまでに研究された他のいずれもアルツハイマー病集団においてよりも有意に低かった。このことは、ａｐｏＥ４が、ダウン症候群患者におけるアルツハイマー病の病理に有意には影響しないことを示唆した。Ｋｅｈｏｅら（Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．３６：１０８−１１１，１９９９）は、このＡＰＯＥε−２／ε−３遺伝子型が、女性においてよりも男性において有意に早い、ハンティングトン病（１４３１００）発症年齢に関係することを示した。この性別差は、他のいずれもＡＰＯＥ遺伝子型についても明らかではなかった。
【０３７６】
Ｏｌａｉｓｅｎら（Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６２：２３３−２３６，１９８２）は、Ｃ３（１２０７００）とａｐｏＥとの、組み換え割合１３％で男性においてロッドスコア３．００の連鎖を見出した。Ｃ３遺伝子座は第１９染色体上に存在するので、ａｐｏＥもまた、この染色体に割り当てられ得る。Ｏｌａｉｓｅｎらは、予備的証拠は、このａｐｏＥ遺伝子座が分泌器官遺伝子座（１８２１００）と近いことを示唆すると述べた。Ｂｅｒｇら（Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ．Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔ．３７：４１７，１９８４）は、Ｃ３制限酵素断片長多型を用いてａｐｏＥ−Ｃ３連鎖を研究した。分離が男性（組み換え割合０．１７で最高のスコア）に由来する場合、低い正のロッドスコアが見出された。ＤＮＡプローブを使用して、Ｄａｓら（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０：６２４０−６２４７，１９８５）は、ヒト齧歯類体細胞ハイブリッド由来のＤＮＡのサザンブロット分析によって、第１９染色体にａｐｏＥ遺伝子をマッピングした。Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓら（Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．２６：３８９０３９６，１９８４）は、ＡＰＯＣ２遺伝子付近の一般的ＴａｑＩ  ＲＥＬＰを使用して、ＡＰＯＥタンパク質改変体について分離している７つの家族においてＡＰＯＥに対する密接な連鎖を示した。２０回の機会において、組み換えは観察されなかった。明らかな連鎖不平衡が観察された。一方、Ｈｏｕｌｓｔｏｎら（Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６７：３６４−３６８，１９８９）は、ａｐｏＥ遺伝子型決定のためのロバストなＰＣＲベースの方法を使用して、ＡＰＯＥ遺伝子座とＡＰＯＣ２遺伝子座との間に強い連鎖不平衡がないことを見出した。Ｇｅｄｄｅ−Ｄａｈｌら（Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６７：１７８−１８２，１９８４）は、男性において組み換え割合０．０８でピークロッドスコア３．３であり女性において組み換え割合０．２２でピークロッドスコア１．３６である、ＳｅとＡＰＯＥとの間の連鎖を見出し、そして組み換えなしでロッドスコア４．５２（性別を合わせた）であるＡＰＯＥとＬｕとの間の連鎖を見出した。このＣ３−ＡＰＯＥ連鎖は、男性においてθ０．１８でロッドスコア４．００を、そして女性においてθ０．４５でロッドスコア０．０４を与えた。三重ヘテロ接合性家族は、ＡＰＯＥがＳｅ側上に存在し、そしてＣ３がＬｕ側に存在することを確認した。Ｌｕｓｉｓら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８３：３９２９０３９３３，１９８６）は、第１９染色体の長腕と第１染色体の短腕との間での全腕相互転座を使用して、ＡＰＯＣ１、ＡＰＯＣ２、ＡＰＯＥ、およびＧＰＩを長腕にマッピングし、そしてＬＤＬＲ、Ｃ３およびＰＥＰＤを短腕にマッピングした。さらに、Ｌｕｓｉｓらは、ゲノムＤＮＡ約６ｋｂにより隔てられたＡＰＯＣ１およびＡＰＯＥの両方を保有する、単一のλファージを単離した。家族研究により、ＡＰＯＥとＡＰＯＣ２との密接な連鎖が示されるので、この３者は、１９ｑ上にクラスター状態で存在するに違いない。アポリポタンパク質Ｅは、カイロミクロンおよび超低密度リポタンパク質のレムナントを除去するレセプターのリガンドであるので、ａｐｏＥを欠くと、長期循環するとアテローム発生性であるはずであるコレステロールリッチなレムナントが��血漿中に蓄積することを引き起こすと予測される。Ｚｈａｎｇら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５８：４６８−４７１，１９９２）は、これが、実際の症例であったことを示した：遺伝子ターゲッティングにより作製されたａｐｏＥ欠損マウス（Ｐｉｅｄｒａｈｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８９：４４７１−４４７５，１９９２）は、５倍の正常な血漿コレステロールを有し、そして３ヶ月齢までのその近位大動脈において、泡沫細胞リッチな沈着を発症した。Ｐｌｕｍｐら（Ｃｅｌｌ  ７１：３４３−３５３，１９９２）は、ＥＳ細胞における異種組み換えにより作製したａｐｏＥ欠損マウスにおいて同じことを、独立して見出した。このマウスモデルにおける知見は、遺伝したａｐｏＥ欠損を有する３つのヒト家系における知見と匹敵する（Ｇｈｉｓｅｌｌｉら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２１４：１２３９−１２４１，１９８１；Ｍａｂｕｃｈｉら、Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ３８：１１５−１１９，１９８９；Ｋｕｒｏｓａｋａら、Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ  ８８：１５−２０，１９９１）。Ｐｌｕｍｐら（１９９２）およびＺｈａｎｇら（１９９２）の論文を講評して、ＢｒｏｗｎおよびＧｏｌｄｓｔｅｉｎ（Ｃｅｌｌ  ７１：１８７−１８８，１９９２）は、分子遺伝学が、多因子性代謝疾患についてコッホ仮説を満足させる機会を我々に与えていることを指摘した。ａｐｏＥ遺伝子標的化マウスのさらなる使用が、Ｌｉｎｔｏｎら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６７：１０３４−１０３７，１９９５）により行われた。Ｌｉｎｔｏｎらは、これらのマウスにおける重篤な高脂質血症およびアテローム性動脈硬化症が、骨髄移植により予防され得ることを示した。血漿中のａｐｏＥの大多数は肝臓起源であるが、このタンパク質は、種々の細胞型（マクロファージを含む）により合成される。マクロファージは造血細胞に由来するので、骨髄移植は、可能性のある治療アプローチであるように思われた。正常な骨髄が与えられたＡｐｏ−Ｅ欠損マウスは、血漿中にａｐｏＥが示され、そして血漿コレステロールレベルの正常化を示した。さらに、Ｌｉｎｔｏｎらは、食餌誘導性アテローム性動脈硬化症からの事実上完全な防御を示した。インビボでのａｐｏＥとａｐｏＣ１との間の代謝関係を解明するために、ｖａｎ  Ｒｅｅら（Ｈｕｍ．Ｍｏｌｅｃ．Ｇｅｎｅｔ．４：１４０３−１４０９，１９９５）は、両方のアポリポタンパク質が欠損したマウスを作製した。このことは、その後、ヌルバックグラウンドにおいて種々の比の正常および変異体の、ａｐｏＥおよびａｐｏＣ１を有する、トランスジェニックマウスを作製することを可能にした。ｖａｎ  Ｒｅｅらは、マウスにおけるＡｐｏＥ遺伝子座およびＡｐｏＣ１遺伝子座（１０７７１０）の二重不活化、ならびにこれらの遺伝子座のうちのいずれか１つでの単一不活化もまた、Ａｐｏｅ−ｃ１−ｃ２クラスターの他のメンバーのＲＮＡ発現レベルに影響することを見出した。ホモ接合性Ａｐｏｅ−ｃ１ノックアウトマウスは、高コレステロール血症性であり、血清コレステロールレベルが、コントロール値の４場合より高かった。このことは、ａｐｏＥのみが欠損したマウスと似ていた。
【０３７７】
Ｋａｓｈｙａｐら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９６：１６１２−１６２０，１９９５）は、胚性幹細胞において標的遺伝子を破壊するための相同組換えを用いて作製されたアポリポタンパク質Ｅ欠損マウスが、著しい高脂血症とアテローム性動脈硬化症を発現していることに注目した。Ｋａｓｈｙａｐら（１９９５）は、ヒトＡＰＯＥ遺伝子を含む組換えアデノウイルスを静脈に注入することによって、ＨＤＬが増加すると共にコレステロール総量、ＶＬＤＬ、ＩＤＬおよびＬＤＬの著しい減少を伴う、脂質およびリポタンパク質の性質の正常化が生じたことを発見した。一ヶ月後、大動脈のアテローム性動脈硬化症の程度の著しい減少が観察された。Ｐｌｕｍｐら（１９９２）およびＺｈａｎｇら（１９９２）は、胚性幹細胞においてジーンターゲッティングを用いることによってアポＥ欠損マウスを作製した。これらのマウスは、低脂肪、低コレステロールの食餌でさえも重度の高コレステロール血症を示した。多量のコレステロールを含むリポタンパク質の代謝における重要な調節因子であるアポＥは、多くの肝外組織で合成される。これは、マクロファージにおいて合成される。マクロファージ由来のアポＥの、肝臓における血清コレステロールのクリアランスへの寄与を評価するために、Ｂｏｉｓｖｅｒｔら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９６：１１１８−１１２４，１９９５）は、高コレステロール血症のアポＥ欠損「ノックアウト」マウスに骨髄移植を行った。血清コレステロールのレベルは、骨髄処置したマウスにおいてＶＬＤＬコレステロールの減少に主に起因して劇的に低下した。この骨髄処置したマウスにおけるアテローム性動脈硬化症の程度も大きく減少した。野生型アポＥのｍＲＮＡがこの処置されたマウスの肝臓、脾臓、および脳において検出され、このことは、遺伝子移入が骨髄移植を介して首尾良く達成されたことを示す。Ｍａｓｌｉａｈら（Ｅｘｐ．Ｎｅｕｒｏｌ．１３６：１０７−１２２，１９９５）は、アポＥ欠損（ノックアウト）マウスの新皮質および海馬におけるシナプトフィジン免疫反応性神経末端および微小管関連タンパク質２免疫反応性樹状突起の年齢に依存した欠損を観察した。彼らは、アポＥがシナプト樹状器官の安定性を維持する役割を担う可能性があることを示唆した。Ｓｕｌｌｉｖａｎら（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１７９７２−１７９８０）は、トランスジェニックマウスにおいてマウスアポリポタンパク質Ｅ遺伝子がヒトＡＰＯＥ３遺伝子に置換されたとき、食餌誘発性の高コレステロール血症およびアテローム性動脈硬化症がかなり亢進されることを発見した。インビボにおけるアミロイドβタンパク質の沈着に対するヒトＡＰＯＥアイソフォームの効果を評価するために、Ｈｏｌｔｚｍａｎら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１０３：Ｒ１５−Ｒ２１，１９９９）は、星状細胞によりＡＰＯＥを発現している、アポＥ３とアポＥ４との半接合性（＋／−）のトランスジェニックマウス、および年齢依存性アルツハイマー病の神経病理を生じた変異アミロイド前駆タンパク質およびその導入遺伝子であるＶ７１７Ｆ（１０４７６０．０００３）に関してホモ接合性（＋／＋）のマウスを飼育した。全てのマウスはアポＥがヌル（−／−）のバックグ���ウンドだった。ヒトＶ７１７Ｆ変異体に関してヘテロ接合性のマウスは、９ヶ月齢までに、アミロイドβタンパク質の沈着が進展し、アミロイドβ沈着の量はマウスアポＥを発現しているヘテロ接合性マウスに見られるよりも著しく少なかった。マウスアポＥの効果とは対照的に、ヒトアポＥ３およびヒトアポＥ４の同様のレベルは、アポＥを欠損しているマウスと比較してもＶ７１７Ｆヘテロ接合性トランスジェニックマウスの９ヶ月齢における早期のアミロイドβ沈着を著しく抑制した。ヒトＡＰＯＥアイソフォームが、マウスアポＥが存在するまたはアポＥが存在しない環境と比較して、アミロイドβの凝集を減少すること、またはアミロイドβのクリアランスを増加することをこれらの発見は示唆している。Ｒａｂｅｒら（Ｎａｔｕｒｅ  ４０４：３５２−３５４，２０００）は、ヒトの形態のアミロイド前駆タンパク質およびアポＥ３またはアポＥ４のいずれかをもつトランスジェニックマウスの空間記憶を試験し、たとえこれらのマウスの脳のβアミロイドのレベルが同等でも、アポＥ４を有するマウスにおいて空間記憶が損なわれるが、アポＥ３を有するマウスにおいては空間記憶が損なわれないことを発見した。６ヶ月齢のＡＰＰおよびＡＰＰ／アポＥマウスにおいてプラークが検出されないため、Ｒａｂｅｒら（２０００）は、ヒトアミロイド前駆体タンパク質／アミロイドβ誘発性の認知障害に関するアポＥアイソフォームの差次的な効果がプラーク形成とは独立していることを結論した。学習障害は雄性より雌性マウスにおいて重大である。これらの性に依存した差異は女性のＡＰＯＥ４関連認識障害に対する増加した感受性に関係し得る。
【０３７８】
ＣａｒｂｏおよびＳｃａｃｃｈｉ（Ａｎｎ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．６３：３０１〜３１０，１９９９）は、世界中のＡＰＯＥ対立遺伝子の分布を分析した。彼らは、ＡＰＯＥ３対立遺伝子が全てのヒトの群、特に、長きにわたって確立された農耕経済を有する集団（例えば、地中海内湾（ここでは、対立遺伝子頻度は、０．８４９〜０．８９８である））において最も頻度の高いものであると指摘した。ＡＰＯＥ４対立遺伝子、先祖対立遺伝子の頻度は、ピグミー族（０．４０７）およびコイサン族（０．３７０）、マレーシアの先住民（０．２４０）およびオーストラリア先住民（０．２６０）、パプア人（０．３６８）、いくらかのアメリカ先住民（０．２８０）、ならびにラップ族（０．３１０）のような集団においてより高く、これらの場所では、狩猟採集経済が未だに存在しているか、あるいは食糧供給が不足しておりかつ散在して入手可能であるか、またはこの報告のときの直前まではそのようであった。ＡＰＯＥ２頻度は、明確な傾向（０．１４５〜０．０２）を伴わずに変動しており、そして、アメリカ先住民においては存在しない。ＣａｒｂｏおよびＳｃａｃｃｈｉ（１９９９）は、ＡＰＯＥ４対立遺伝子は、いくつかの機能特性に基づくと、「繁栄している」対立遺伝子であり得ることを示唆した。この報告時での環境条件（西洋式食事、より長い寿命）に対するＡＰＯＥ４の曝露は、これに、冠状動脈疾患およびアルツハイマー病に対して影響を受けやすい対立遺伝子を与え得る。サハラ砂漠以南（ｓｕｂ−Ｓａｈａｒａｎ）のアフリカ民族におけるいずれかの障害とＡＰＯＥ４の関連性の非存在、およびアフリカ系アメリカ人における関連性の存在は、この仮定に確証をあたえているようだ。
【０３７９】
５６７の症例および６７８の対照（コントロール）を使用した、大変複数の機関にまたがった、心筋梗塞の症例対照研究において、Ｌａｍｂｅｒｔら（Ｈｕｍ．Ｍｏｌｅｃ．Ｇｅｎｅｔ．９：５７〜６１，２０００）は、プロモーターの多型である−２１９Ｔ対立遺伝子を保持する患者の中で心筋梗塞の危険性が増大することを同定した。オッズ比は１．２９であって、１．０９から１．５２の９５％信頼区間で、０．００３未満のＰ値であった。この対立遺伝子の効果は、ＡＰＯＥ  ε−２／ε−３／ε−４多型を含む他のプロモーター多型および変異の存在とは独立していた。さらに、−２１９Ｔ対立遺伝子は、用量依存的様式でＡＰＯＥ血漿濃度をおおいに減少させた（Ｐ＜０．００８）。Ｌａｍｂｅｒｔら（２０００）は、ＡＰＯＥ調節領域の−２１９Ｇ−Ｔ多型は、心筋梗塞に対する遺伝的感受性危険因子であり、そして、神経変性疾患および心臓血管疾患の両方についての別の共通する危険因子を構成する。アミロイドβの沈着およびアルツハイマー病の病態におけるＡＰＯＥの効果を決定するために、Ｈｏｌｔｚｍａｎら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９７：２８９２〜２８９７，２０００）は、マウスＡＰＯＥを発現するか，ヒトＡＰＯＥを発現するか、またはＡＰＯＥを発現しない、ＡＰＰ（Ｖ７１７Ｆ）トランスジェニックマウスを比較した。重篤な、老人斑神経炎ジストロフィー（ｐｌａｑｕｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｎｅｕｒｉｔｉｃ  ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）が、マウスＡＰＯＥを発現するトランスジェニックマウスにおいて発症された。有意水準のアミロイドβ沈着が、ＡＰＯＥを完全に欠いたＡＰＰ（Ｖ７１７Ｆ）トランスジェニック体において生じたが、神経突起変性は、巨視的には存在しなかった。ＡＰＯＥがノックアウトされたＡＰＰ（Ｖ７１７Ｆ）トランスジェニック体におけるＡＰＯＥ３およびＡＰＯＥ４の発現は、１５月齢までに繊維状アミロイドβ沈着および老人斑（ｎｅｕｒｉｔｉｃ  ｐｌａｑｕｅ）を生じ、そして、１０倍を超える繊維状沈着がＡＰＯＥ４発現ＡＰＰ（Ｖ７１７）トランスジェニックマウスにおいて観察された。これらのデータによって、アルツハイマー病の病理的特徴である、老人斑形成についての、ＡＰＯＥの重要かつアイソフォーム特異的な役割が実証された。
【０３８０】
（ＮＯＶ１９）
３８３９ヌクレオチドの開示したＮＯＶ１９核酸（これはまた、ＣＧ５５９０６−０１と呼称される）（配列番号５７）が表１９Ａに示され、この核酸は、新規のＳ３−１２様タンパク質をコードする。ヌクレオチド１３１〜１３３のＡＴＧ開始コドンで始まり、かつヌクレオチド３８０６〜３８０８のＴＡＧコドンで終止する、オープンリーディングフレームが、同定された。表１９Ａにおいて、開始コドンの上流にある推定非翻訳領域および終止コドンの下流にある推定非翻訳領域には、下線が付されており、そして開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０３８１】
【表１９Ａ】
2005500815.tif 000223
2005500815.tif 000224
本発明において開示されるＳ３−１２様のＮＯＶ１９は、第１９染色体にマップされる。
【０３８２】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ０６４７４８｜ａｃｃ：ＡＦ０６４７４８．１  ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  Ｓ３−１２  ｍＲＮＡ、完全配列）に対して、３０６２塩基のうち同一な２１００塩基（６８％）を有している。
【０３８３】
配列番号５７によってコードされる、開示されたＮＯＶ１９ポリペプチド（配列番号５８）は、１２２５アミノ酸残基を有し、そして、１文字コードを使用して表１９Ｂに提示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーによって、Ｓ３−１２様ＮＯＶ１９タンパク質が、０．４５００の確実度で細胞質に局在化し得ることが示唆され得るが、本明細書中で予測されるタンパク質は、Ｓ３−１２ファミリーに類似し、そのいくつかのメンバーが膜局在である。したがって、この新規のＳ３−１２様タンパク質は、同じ亜細胞局在で利用可能であり、これによって、診断プローブに接触可能であり、ならびに種々の治療用途に利用可能である。代替的な実施形態において、ＮＯＶ１９は、確実度０．３０００でミクロボディ（ペルオキシソーム）に、または確実度０．２９６６でリソソーム（内腔）に、あるいは、０．１０００の確実度でミトコンドリアマトリクス間隙に局在し得る。
【０３８４】
【表１９Ｂ】
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本発明のタンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来である１４０３アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ８８４９２タンパク質（Ｓ３−１２）に対し、１１９９アミノ酸配列のうち同一な７２１のアミノ酸残基（６０％）および１１９９アミノ酸残基のうち類似である８９８アミノ酸残基（７４％）を有することが見出された。
【０３８５】
公開された配列データベースの検索において、ＮＯＶ１９は、表１９Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列と相同性があることが見出された。
【０３８６】
【表１９Ｃ】
2005500815.tif 000226
2005500815.tif 000227
マルチプル配列アライメントが、表１９Ｄに示され、ここで、本発明のタンパク質は、表１９Ｃに示される関連タンパク質配列と比較する、ＣｌｕｓｔａｌＷ解析の第１行に示される。
【０３８７】
【表１９Ｄ】
2005500815.tif 000228
2005500815.tif 000229
他のＢＬＡＳＴの結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含み、このデータベースは、特許および特許刊行物で公開された配列を含む専用データベースである。Ｐａｔｐの結果は、表１９Ｅに列挙される配列を含む。
【０３８８】
【表１９Ｅ】
2005500815.tif 000230
2005500815.tif 000231
ＮＯＶ１９の重要なドメインは、表１９Ｆに要約される。
【０３８９】
【表１９Ｆ】
2005500815.tif 000232
2005500815.tif 000233
本発明で開示されるＳ３−１２は、少なくとも以下の組織で発現される；結腸、肺。さらに、この配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ種の脂肪細胞における完全ＣＤＳホモログである、近縁のＭｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  Ｓ３−１２  ｍＲＮＡの（ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ０６４７４８｜ａｃｃ：ＡＦ０６４７４８．１）発現パターンのために、以下の組織で発現されると予測される。
【０３９０】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下で記載した種々の疾患および障害ならびに／または他の病理状態において将来性のある診断的および治療的な用途において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下の疾患に罹患する患者の処置において効力を有する：癌、外傷、（インビトロおよびインビボにおける）再生、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、ヒルシュスプルング病、クローン病、虫垂炎、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、および他の疾患、障害、ならびに類似の状態。
【０３９１】
この新規ヒトタンパク質は、差し引きハイブリダイゼーションプロトコルに基づいた抗体を使用する、マウス脂肪細胞からクローン化される新規マウスタンパク質Ｓ３−１２に最も相同性を有している。これはまた、スレオニンリッチの３３アミノ酸モチーフのタンデムリピートを含み；このモチーフは、脂肪細胞分化関連タンパク質（ＡＤＲＰ）における３３アミノ酸モチーフに類似する。
【０３９２】
この配列は、独自の部分ｃＤＮＡ  登録番号（Ａｃｃ  Ｎｏ）Ａ５０２４２に対して９９％相同性を有しており、そして、この配列は、子宮内膜症の特徴である自己抗原（Ｙ９５８５１を参照のこと）をコードすると記載されてきた。これらの自己抗原（Ｙ９５８４３−５５を参照のこと）は、非侵襲性アッセイにおいて使用され、子宮内膜症を検出し得る。これらのアッセイは、患者の体液の中の自己抗体による自己抗原の結合に基づく。自己抗原は、固体支持体に固定化され得、そして、以下において使用され得る：免疫沈降アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、枯渇（ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ）酵素結合免疫吸着アッセイ（ｄＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、粒子凝集アッセイ、発光酸素チャネリングイムノアッセイ、近接性に基づく免疫吸着アッセイおよび／またはそれらに対して免疫特異性である自己抗体の存在を検出するためのバイオセンサーに基づく免疫アッセイ。このような抗体の存在は、子宮内膜症の存在を示唆する。高い臨床的な感受性および特異性、ならびに疾患の進行、予後の効力および治療効力を評価するための手段が達成される。この自己抗原をコードするポリヌクレオチドは、自己抗原の組換え産生において使用され得る。
【０３９３】
（ＮＯＶ２０）
８１０ヌクレオチドの開示したＮＯＶ２０核酸（これはまた、ＣＧ５５９０６−０２と呼称される）（配列番号５９）が表２０Ａに示され、この核酸は、新規のＳ３−１２様タンパク質をコードする。ヌクレオチド１２３〜１２５のＡＴＧ開始コドンで始まり、かつヌクレオチド７９２〜７９４のＴＡＧコドンで終止する、オープンリーディングフレームが、同定された。表２０Ａにおいて、開始コドンの上流にある推定非翻訳領域および終止コドンの下流にある推定非翻訳領域には、下線が付されており、そして開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０３９４】
【表２０Ａ】
2005500815.tif 000234
2005500815.tif 000235
本発明において開示されるＳ３−１２様のＮＯＶ２０遺伝子は、第１９染色体にマップされる。
【０３９５】
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ０６４７４８｜ａｃｃ：ＡＦ０６４７４８．１  ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  Ｓ３−１２  ｍＲＮＡ、完全配列）に対して、５２６塩基のうち同一な３４９塩基（６６％）を有している。
【０３９６】
配列番号５９によってコードされる、開示されたＮＯＶ２０ポリペプチド（配列番号６０）は、２２３アミノ酸残基を有し、そして、１文字コードを使用して表２０Ｂに提示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果によって、ＮＯＶ２０はシグナルペプチドを有さず、そして、ＰＳＯＲＴによって予測される０．６５００の確実度をもって細胞質に局在化し得ることが予測される。本発明のタンパク質は、マウスＳ３−１２（Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  １９９８  Ｊｕｎ；１６（６）：５８１−６）に対する相同性に基づいて、膜結合型であり得る。代替的な実施形態において、ＮＯＶ２０は、確実度０．１９１６でリソソーム（内腔）に、または、確実度０．１０００でミトコンドリアマトリクス間隙で局在する可能性がある。
【０３９７】
【表２０Ｂ】
2005500815.tif 000236
ＮＯＶ１９およびＮＯＶ２０は、両方ともＳ３−１２タンパク質ファミリーのメンバーであり、そしてＮ末端およびＣ末端で類似のタンパク質配列を有する。ＮＯＶ１９タンパク質とＮＯＶ２０タンパク質配列との関係は、表２０Ｃに示されている。
【０３９８】
【表２０Ｃ】
2005500815.tif 000237
2005500815.tif 000238
本発明のＮＯＶ２０タンパク質の全長アミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来である１４０３アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ８８４９２タンパク質（Ｓ３−１２）に、１４２アミノ酸配列のうち同一な７５のアミノ酸残基（５２％）および１４２アミノ酸残基のうち類似である９４アミノ酸残基（６６％）を有することが見出された。
【０３９９】
公開された配列データベースの検索において、ＮＯＶ２０は、表２０Ｄに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列と相同性を有することが見出された。
【０４００】
【表２０Ｄ】
2005500815.tif 000239
マルチプル配列アライメントが、表２０Ｅに示され、ここで、本発明のタンパク質は、表２０Ｄに示される関連タンパク質配列と比較する、ＣｌｕｓｔａｌＷ解析の第１行および第２行に示される。
【０４０１】
【表２０Ｅ】
2005500815.tif 000240
2005500815.tif 000241
他のＢＬＡＳＴの結果は、Ｐａｔｐデータベースからの配列を含み、このデータベースは、特許および特許刊行物で公開された配列を含む専用データベースである。Ｐａｔｐの結果は、表２０Ｆに列挙される配列を含む。
【０４０２】
【表２０Ｆ】
2005500815.tif 000242
表２０Ｇは、ＮＯＶ２０に対するＤＯＭＡＩＮ解析の結果からのドメインの記述を列挙する。
【０４０３】
【表２０ＦＦ】
2005500815.tif 000243
本発明で開示されるＳ３−１２様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される；副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質，脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気道、子宮、肝臓。
【０４０４】
Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ種の脂肪細胞における完全ｃｄｓホモログである、（ＧＥＮＢＡＮＫ  ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ０６４７４８｜ａｃｃ：ＡＦ０６４７４８．１）近縁のＭｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  Ｓ３−１２  ｍＲＮＡの発現パターンのために、この配列は、脂肪細胞において発現されると予測される。
【０４０５】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における用途を有する。例えば、本発明の組成物は、糖尿病ならびに他の疾患、障害および病状に罹患している患者の処置についての効力を有し得る。この新規ヒトタンパク質は、差し引きハイブリダイゼーションプロトコルに基づいた抗体を使用する、マウス脂肪細胞からクローン化される新規マウスタンパク質Ｓ３−１２に最も相同性を有している。これはまた、スレオニンリッチの３３アミノ酸モチーフのタンデムリピートを含み；このモチーフは、脂肪細胞分化関連タンパク質（ＡＤＲＰ）におけるアミノ酸モチーフに類似する。従って、本発明のタンパク質は、肥満ならびに高血圧、糖尿病のような合併症の処置において有用であり得る。
【０４０６】
この新規ヒトタンパク質は、差し引きハイブリダイゼーションプロトコルに基づいた抗体を使用する、マウス脂肪細胞からクローン化される新規マウスタンパク質Ｓ３−１２に最も相同性を有している。これはまた、スレオニンリッチの３３アミノ酸モチーフのタンデムリピートを含み；このモチーフは、脂肪細胞分化関連タンパク質（ＡＤＲＰ）における３３アミノ酸モチーフに類似する。
【０４０７】
この配列は、独自の部分ｃＤＮＡ（Ａｃｃ  Ｎｏ  Ａ５０２４２）に対する９９％相同性を有しており、そして、この配列は、子宮内膜症の診断薬である自己抗原（Ｙ９５８５１を参照のこと）をコードすると記載されてきた。これらの自己抗原（Ｙ９５８４３−５５を参照のこと）は、非侵襲性アッセイにおいて使用され、子宮内膜症を検出し得る。これらのアッセイは、自己抗体による自己抗原の結合に基づく。自己抗原は、固体支持体に固定され得、そして、以下において使用され得る：免疫沈降アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、枯渇（ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ）酵素結合免疫吸着アッセイ（ｄＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、粒子凝集アッセイ、発光酸素チャネリングイムノアッセイ、近接性に基づく免疫吸着アッセイおよび／またはそれらに対して免疫特異性である自己抗体の存在を検出するためのバイオセンサーに基づく免疫アッセイ。このような抗体の存在は、子宮内膜症の存在を示唆する。高い臨床的な感受性および特異性、ならびに疾患進行、診断効力および治療効力を評価するための手段が達成される。この自己抗原をコードするポリヌクレオチドは、自己抗原の組換え産生において使用され得る。
【０４０８】
（ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチド）
本発明の１つの局面は、ＮＯＶＸポリペプチドまたはその生物学的に活性な部分をコードする単離された核酸分子に関する。ＮＯＶＸコード核酸（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ）を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用するに十分な核酸フラグメント、およびＮＯＶＸ核酸分子の増幅および／または変異のためのＰＣＲプライマーとして使用するためのフラグメントもまた本発明に含まれる。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ヌクレオチドアナログを用いて生成されたＤＮＡもしくはＲＮＡのアナログ、ならびにこれらの誘導体、フラグメントおよびホモログを含むことが意図される。この核酸分子は、１本鎖または２本鎖であり得るが、好ましくは、２本鎖ＤＮＡである。
【０４０９】
ＮＯＶＸ核酸は、成熟ＮＯＶＸポリペプチドをコードし得る。本明細書中で用いられる場合、本発明において開示されるポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、天然に存在するポリペプチドまたは前駆体形態もしくはプロタンパク質の産物である。この天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質としては、非限定的な例として、対応する遺伝子によりコードされる全長遺伝子産物が挙げられる。あるいは、これは、本明細書中に記載されるＯＲＦによりコードされるポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質として規定され得る。産物の「成熟」形態は、この遺伝子産物が生じる細胞、または宿主細胞内で生じ得る場合に、１以上の自然に起こるプロセシング過程の結果として（再び、非限定的な例として）生じる。「成熟」形態のポリペプチドまたはタンパク質をもたらすこのようなプロセシング過程の例としては、ＯＲＦの開始コドンによりコードされるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドもしくはリーダー配列のタンパク質分解切断が挙げられる。従って、残基１〜Ｎを有する（ここで、残基１は、Ｎ末端メチオニンである）前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、Ｎ末端メチオニンの除去後に残っている残基２〜Ｎを有する。あるいは、残基１〜Ｎ（ここで、残基１〜残基ＭのＮ末端シグナル配列が切断される）を有する前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、残っている残基Ｍ＋１〜残基Ｎの残基を有する。さらに、本明細書中で使用される場合、ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、タンパク質分解切断事象以外の翻訳後修飾の工程から生じ得る。このようなさらなるプロセスとしては、非限定的な例として、グリコシル化、ミリストイル化またはリン酸化が挙げられる。一般に、成熟ポリペプチドまたはタンパク質は、これらのプロセスの１つのみの操作またはこれらのプロセスのいずれかの組み合わせから生じ得る。本明細書中で用いられる場合、用語「プローブ」は、特定の用途に依存して、種々の長さ（好ましくは、少なくとも約１０ヌクレオチド（ｎｔ）、１００ｎｔ、または例えば、ほぼ６，０００ｎｔ程度の長さ）の核酸配列をいう。プローブは、同一の、類似の、または相補的な核酸配列の検出に用いられる。より長い長さのプローブは、一般に、天然供給源または組換え供給源から得られ、より短い長さのオリゴマープローブより高度に特異的であり、かつよりゆっくりとハイブリダイズする。プローブは、１本鎖または２本鎖であり得、そしてＰＣＲ、膜ベースのハイブリダイゼーション技術、またはＥＬＩＳＡ様技術において特異性を有するように設計され得る。
【０４１０】
本明細書中で用いられる場合、用語「単離された」核酸分子は、核酸の天然の供給源に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子である。好ましくは、「単離された」核酸は、その核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中の核酸に天然に隣接する配列（すなわち、その核酸の５’末端および３’末端に位置する配列）がない。例えば、種々の実施形態において、この単離されたＮＯＶＸ核酸分子は、核酸が由来する細胞／組織（例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓など）のゲノムＤＮＡ中の核酸分子に天然で隣接するヌクレオチド配列の約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂまたは０．１ｋｂ未満を含み得る。さらに、ｃＤＮＡ分子のような「単離された」核酸分子は、組換え技術により生成された場合、他の細胞物質もしくは培養培地を実質的に含まないこともでき、または化学的に合成される場合、化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まないこともできる。
【０４１１】
本発明の核酸分子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９のヌクレオチド配列を有する核酸分子、またはこの前述のヌクレオチド配列の相補体）は、標準的な分子生物学技術および本明細書中で提供される配列情報を用いて単離され得る。ハイブリダイゼーションプローブとして配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９の核酸配列の全部または一部を用いて、ＮＯＶＸ分子は、標準的なハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術を用いて単離され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ら（編），ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ  ２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９；およびＡｕｓｕｂｅｌ，ら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，１９９３に記載される）。
【０４１２】
本発明の核酸は、標準的なＰＣＲ増幅技術に従って、テンプレートおよび適切なオリゴヌクレオチドプライマーとして、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、または代わりにゲノムＤＮＡを用いて増幅され得る。このように増幅された核酸は、適切なベクターにクローニングされ得、そしてＤＮＡ配列分析により特徴付けられる。さらに、ＮＯＶＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的な合成技術により、例えば、自動化ＤＮＡ合成機を用いて、調製され得る。
【０４１３】
本明細書中で用いられる場合、用語「オリゴヌクレオチド」とは、一連の連結されたヌクレオチド残基をいい、このオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ反応において使用される十分な数のヌクレオチド塩基を有する。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列またはｃＤＮＡ配列に基づき得るか、またはこれらの配列から設計され得、そして特定の細胞もしくは組織中の同一の、類似の、または相補的なＤＮＡもしくはＲＮＡを増幅、確認またはこれらの存在を明らかにするために用いられる。オリゴヌクレオチドは、約１０ｎｔ長、５０ｎｔ長、または１００ｎｔ長、好ましくは、約１５ｎｔ〜３０ｎｔ長を有する、核酸配列の一部を含む。本発明の１つの実施形態において、１００ｎｔ長未満の核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９、またはその相補体の少なくとも６つの連続するヌクレオチドをさらに含む。オリゴヌクレオチドは、化学的に合成され得、そしてプローブとしても用いられ得る。
【０４１４】
別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９に示されるヌクレオチド配列、またはこのヌクレオチド配列の一部（例えば、プローブもしくはプライマーとして用いられ得るフラグメント、またはＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードするフラグメント）の相補体である核酸分子を含む。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、または５９に示されるヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、または５９に示されるヌクレオチド配列に十分相補的なものであり、これは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、または５９に示されるヌクレオチド配列に対してほとんどまたは全くミスマッチなく水素結合し得、これにより安定な二重鎖を形成する。
【０４１５】
本明細書中で用いられる場合、用語「相補的」とは、核酸分子のヌクレオチド単位間のワトソンクリック塩基対形成またはフーグスティーン塩基対形成をいい、そして用語「結合」は、２つのポリペプチドもしくは化合物、または関連するポリペプチドもしくは化合物、またはこれらの組み合わせの間の物理的相互作用または化学的相互作用を意味する。結合としては、イオン性相互作用、非イオン性相互作用、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用などが挙げられる。物理的相互作用は、直接的または間接的のいずれかであり得る。間接的相互作用は、別のポリペプチドまたは化合物の効果を介し得るか、またはこの効果に起因し得る。直接的結合とは、別のポリペプチドまたは化合物の効果を介して、またはこの効果に起因して生じない相互作用をいうが、代わりに、他の実質的な化学的中間体がない。
【０４１６】
本明細書中に提供されるフラグメントは、少なくとも６個（連続する）核酸の配列または少なくとも４個（連続する）アミノ酸の配列（それぞれ、核酸の場合には、特異的なハイブリダイゼーションを可能にし、またはアミノ酸の場合には、エピトープの特異的な認識を可能にするに十分な長さ）として規定され、そして長くても全長配列未満の何らかの部分である。フラグメントは、選り抜きの核酸配列またはアミノ酸配列の任意の連続する部分に由来し得る。誘導体は、直接的にか、または改変もしくは部分的置換によってかのいずれかでネイティブな化合物から形成される、核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、ネイティブな化合物に類似する（が、同一ではない）構造を有するが、特定の構成要素または側鎖に関してそれとは異なる核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、合成物であり得るか、または進化的に異なる起源に由来し得、そして野生型と比較して、類似の代謝活性または反対の代謝活性を有し得る。ホモログは、異なる種由来の特定の遺伝子の核酸配列またはアミノ酸配列である。誘導体およびアナログは、以下に記載のように、誘導体またはアナログが、改変された核酸またはアミノ酸を含む場合、全長、または全長以外のものであり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体またはアナログとしては、種々の実施形態において、本発明の核酸もしくはタンパク質に、同一の大きさの核酸またはアミノ酸配列にわたって、または整列した配列と比較した場合（この整列は、当該分野で公知であるコンピューター相同性プログラムによって実施される）、少なくとも約７０％、８０％、または９５％の同一性（好ましい同一性は、８０〜９５％）で実質的に相同であるか、あるいはそのコードする核酸が、ストリンジェントの、中程度にストリンジェントの、または低いストリンジェントの条件下で上記のタンパク質をコードする配列の相補体にハイブリダイズし得る、領域を含む分子が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３、および以下を参照のこと。
【０４１７】
「相同な核酸配列」もしくは「相同なアミノ酸配列」、またはそれらの改変体とは、上記で考察したように、ヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルにおける相同性によって特徴付けられる配列をいう。相同なヌクレオチド配列は、ＮＯＶＸポリペプチドのアイソフォームをコードする配列をコードする。アイソフォームは、例えば、ＲＮＡの選択的スプライシングの結果として、同一の生物の異なる組織において発現され得る。あるいは、アイソフォームは、異なる遺伝子によってコードされ得る。本発明において、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の種（脊椎動物が挙げられるが、これに限定されず、従って、例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマおよび他の生物が挙げられ得る）のＮＯＶＸポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。相同なヌクレオチド配列としてはまた、天然に存在する対立遺伝子改変体および本明細書に記載されるヌクレオチド配列の変異が挙げられるが、これらに限定されない。しかし、相同なヌクレオチド配列は、ヒトＮＯＶＸタンパク質をコードする正確なヌクレオチド配列を含まない。相同な核酸配列は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９の保存的アミノ酸置換（以下を参照のこと）、ならびにＮＯＶＸの生物学的活性を保有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む。ＮＯＶＸタンパク質の種々の生物学的活性は以下に記載されている。
【０４１８】
ＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸ核酸のオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）によりコードされる。ＯＲＦは、ポリペプチドに潜在的に翻訳され得るヌクレオチド配列に対応する。ＯＲＦを含む核酸のストレッチは、終止コドンによって途切れない。全タンパク質についてのコード配列を表すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始（ｓｔａｒｔ）」コドンで始まり、そして３つの「終止（ｓｔｏｐ）」コドン（すなわち、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡ）のうちの１つで終結する。本発明の目的のために、ＯＲＦは、開始コドン、終止コドンまたはその両方を有するかまたは有さない、コード配列の任意の部分であり得る。ｂｏｎａ  ｆｉｄｅ細胞タンパク質のコードのための良好な候補としてみなされるＯＲＦについて、最小サイズの必要条件（例えば、５０アミノ酸以上のタンパク質をコードするＤＮＡストレッチ）がしばしば設定される。
【０４１９】
ヒトＮＯＶＸ遺伝子のクローニングから決定されたヌクレオチド配列は、他の細胞型（例えば、他の組織由来）におけるＮＯＶＸホモログ、ならびに他の脊椎動物由来のＮＯＶＸホモログを同定および／またはクローニングする際の使用のために設計されるプローブおよびプライマーの作製を可能にする。このプローブ／プライマーは、代表的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。このオリゴヌクレオチドは、代表的には、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９の少なくとも約１２個、約２５個、約５０個、約１００個、約１５０個、約２００個、約２５０個、約３００個、約３５０個または約４００個の連続するセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、または５９のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９の天然に存在する変異体のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。
ヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に基づくプローブは、同じか、または相同なタンパク質をコードする転写物またはゲノム配列を検出するために使用され得る。種々の実施形態において、このプローブはさらに、プローブに付着した標識基を含み、例えば、この標識基は放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る。このようなプローブは、ＮＯＶＸタンパク質を誤って発現する細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として、例えば、被験体由来の細胞サンプル中のＮＯＶＸをコードする核酸のレベルを測定すること（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡレベルを検出すること）またはゲノムＮＯＶＸ遺伝子が変異しているかもしくは欠失しているかを決定することによって使用され得る。
【０４２０】
「ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」とは、特定の生物学的アッセイにおいて測定した場合に、本発明のポリペプチド（成熟形態を含む）の活性に類似するが、必ずしも同一ではない活性を示す、用量依存性を有するかまたは有さない、ポリペプチドをいう。「ＮＯＶＸの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、ＮＯＶＸの生物学的活性（ＮＯＶＸタンパク質の生物学的活性は、以下に記載される）を有するポリペプチドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、または５９の一部を単離し、ＮＯＶＸタンパク質のコードされた部分を（例えば、インビトロでの組換え発現によって）発現させ、そしてＮＯＶＸのコードされた部分の活性を評価することによって調製され得る。
【０４２１】
（ＮＯＶＸの核酸およびポリペプチドの改変体）
本発明はさらに、遺伝コードの縮重に起因して、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９に示されるヌクレオチド配列とは異なり、従って、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同じＮＯＶＸタンパク質をコードする、核酸分子を包含する。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８または６０に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
【０４２２】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９に示されるヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に加えて、このＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列における変化を導くＤＮＡ配列多型が、集団（例えば、ヒト集団）内に存在し得ることが、当業者によって理解される。ＮＯＶＸ遺伝子中のこのような遺伝的多型は、天然の対立遺伝子のバリエーションに起因して、集団内の個体に存在し得る。本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」とは、ＮＯＶＸタンパク質（好ましくは、脊椎動物のＮＯＶＸタンパク質）をコードするオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む核酸分子をいう。このような天然の対立遺伝子のバリエーションは、代表的には、ＮＯＶＸ遺伝子のヌクレオチド配列において１〜５％の変動を生じ得る。天然の対立遺伝子バリエーションの結果であり、かつこのＮＯＶＸポリペプチドの機能的活性を変化させない、任意および全てのこのようなヌクレオチドのバリエーションならびに得られるＮＯＶＸポリペプチド内のアミノ酸多型は、本発明の範囲内であることが意図される。
【０４２３】
さらに、他の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードし、従って、ヒトの配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９とは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあることが意図される。本発明のＮＯＶＸのｃＤＮＡの天然の対立遺伝子改変体およびホモログに対応する核酸分子は、本明細書中に開示されるヒトＮＯＶＸ核酸に対するその相同性に基づいて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標準的なハイブリダイゼーション技術に従って、ハイブリダイゼーションプローブとしてヒトｃＤＮＡまたはその一部を用いて単離され得る。
【０４２４】
従って、別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも６ヌクレオチド長であり、そしてストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする。別の実施形態では、この核酸は、少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００以上のヌクレオチド長である。なお別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、コード領域にハイブリダイズする。本明細書中で用いられる場合、用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、互いに少なくとも６０％相同なヌクレオチド配列が代表的には互いにハイブリダイズしたままであるハイブリダイゼーション条件および洗浄条件を記載することを意図する。
【０４２５】
ホモログ（すなわち、ヒト以外の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸）または他の関連配列（例えば、パラログ）は、特定のヒト配列の全てまたは一部をプローブとし、核酸ハイブリダイゼーションおよびクローニングに関して当該分野で周知の方法を使用して、低い、中程度の、または高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションによって入手され得る。
【０４２６】
本明細書で用いられる場合、語句「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」とは、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが、その標的配列にハイブリダイズするが、その他の配列にはハイブリダイズしない条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、そして異なる状況で異なる。より長い配列は、より短い配列より高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨで、特定の配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５℃低いように選択される。このＴｍは、標的配列に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下での）温度である。標的配列は一般に過剰で存在するので、Ｔｍでは、５０％のプローブが平衡状態で占有されている。代表的には、ストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０〜８．３で、塩濃度が約１．０Ｍナトリウムイオンより低く、代表的には約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン（またはその他の塩）であり、そして温度が、短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド（例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ）については、少なくとも約３０℃、そしてより長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドについては、少なくとも約６０℃であるような条件である。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドのような、不安定化剤の添加によって達成され得る。
【０４２７】
ストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、そしてＡｕｓｕｂｅｌら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６に見出され得る。好ましくは、この条件は、互いに少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８５％、約９０％、約９５％、約９８％または約９９％相同な配列が、代表的には互いにハイブリダイズしたままであるような条件である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．０２％  ＢＳＡ、および５００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中での６５℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、０．２×ＳＳＣ、０．０１％  ＢＳＡ中での５０℃での１回以上の洗浄である。ストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９の配列にハイブリダイズする、本発明の単離された核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子とは、天然に存在する（例えば、天然のタンパク質をコードする）ヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子をいう。
【０４２８】
第２の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体に、中程度のストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸配列が提供される。中程度のストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％  ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡ中での５５℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での３７℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る中程度のストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹおよびＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０；ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと。
【０４２９】
第３の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体に、低ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸が提供される。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、３５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．２％  ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％（重量／容量）デキストラン硫酸中での４０℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、２×ＳＳＣ、２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、５ｍＭ  ＥＤＴＡおよび０．１％  ＳＤＳ中での５０℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る低ストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である（例えば、種交差（ｃｒｏｓｓ−ｓｐｅｃｉｅｓ）ハイブリダイゼーションについて用いられるような条件）。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹならびにＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ；ＳｈｉｌｏおよびＷｅｉｎｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ７８：６７８９−６７９２を参照のこと。
【０４３０】
（保存的変異）
集団中に存在し得る、ＮＯＶＸ配列の天然に存在する対立遺伝子改変体に加えて、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９のヌクレオチド配列への変化が変異によって導入され得、それによって、コードされるＮＯＶＸタンパク質の機能的能力を変更することなく、このＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に変化がもたらされ得ることを、当業者はさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基にてアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０の配列において行われ得る。「非必須」アミノ酸残基は、その生物学的活性を変更することなく、このＮＯＶＸタンパク質の野生型配列から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、このような生物学的活性に必要とされる。例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質の間で保存されているアミノ酸残基は、特に変更を受け入れ難いと予測される。保存的置換がなされ得るアミノ酸は、当該分野で周知である。
【０４３１】
本発明の別の局面は、活性に必須ではないアミノ酸残基における変化を含む、ＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子に関する。このようなＮＯＶＸタンパク質は配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０とはアミノ酸配列が異なるが、生物学的活性をなお保持する。１つの実施形態では、単離された核酸分子は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、このタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、および６０のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同であるアミノ酸配列を含む。好ましくは、この核酸分子によってコードされるタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、および６０に対して少なくとも約６０％相同であり；より好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０に対して少なくとも約７０％相同であり；なおより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０に対してして少なくとも約８０％相同であり；さらにより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０に対して少なくとも約９０％相同であり；そして最も好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０に対して少なくとも約９５％相同である。
【０４３２】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０のタンパク質と相同なＮＯＶＸタンパク質をコードする単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９のヌクレオチド配列中に、コードされるタンパク質に１以上のアミノ酸の置換、付加または欠失が導入されるように、１以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を導入することにより、作製され得る。
【０４３３】
変異は、標準技術（例えば、部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発）によって配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、１以上の推定非必須アミノ酸残基にて作製される。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換される、アミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で定義されている。これらのファミリーとしては、以下が挙げられる：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アルパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）。従って、ＮＯＶＸタンパク質中の推定非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態では、変異は、ＮＯＶＸコード配列の全てまたは一部に沿って（例えば、飽和変異誘発（ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）によって）ランダムに導入され得、そして得られる変異体は、ＮＯＶＸの生物学的活性についてスクリーニングされて、活性を維持する変異体が同定され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９の変異誘発の後に、コードされるタンパク質は、当該分野で公知の任意の組換え技術によって発現され得、そしてこのタンパク質の活性が決定され得る。
【０４３４】
アミノ酸ファミリーの関連性はまた、側鎖の相互作用に基づいて決定され得る。置換されたアミノ酸は、完全に保存された「強い」残基または完全に保存された「弱い」残基であり得る。保存されたアミノ酸残基の「強い」群は、以下の群のうちのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ（ここで、一文字アミノ酸コードは、互いに置換され得るアミノ酸残基によりグループ化されている）。同様に、保存された残基の「弱い」群は、以下のうちのいずれか１つであり得る：ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＶＬＩＭ、ＨＦＹ（ここで、各群内の文字は、一文字アミノ酸コードを表す）。１つの実施形態では、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、以下についてアッセイされ得る：（ｉ）他のＮＯＶＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質、または生物学的に活性なその部分と、タンパク質：タンパク質相互作用を形成する能力、（ｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質と、ＮＯＶＸのリガンドとの間の複合体形成；（ｉｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質が細胞内標的タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する能力；（例えば、アビジンタンパク質）。
【０４３５】
なお別の実施形態において、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、特定の生物学的機能を調節する能力（例えば、インスリン放出の調節）についてアッセイされ得る。
【０４３６】
（アンチセンス核酸）
本発明の別の局面は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９またはそのフラグメント、アナログもしくは誘導体のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズし得るかまたは相補的である、単離されたアンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸と相補的である（例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖と相補的であるかまたはｍＲＮＡ配列と相補的である）ヌクレオチド配列を含む。特定の局面では、ＮＯＶＸコード鎖のうちの少なくとも約１０ヌクレオチド、約２５ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド、約１００ヌクレオチド、約２５０ヌクレオチドもしくは約５００ヌクレオチドもしくは全体またはそれらの一部のみと相補的な配列を含む、アンチセンス核酸分子が提供される。配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、もしくは６０のＮＯＶＸタンパク質のフラグメント、ホモログ、誘導体およびアナログをコードする核酸分子、または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、もしくは５９のＮＯＶＸ核酸配列と相補的なアンチセンス核酸が、さらに提供される。
【０４３７】
１つの実施形態では、アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対してアンチセンスである。用語「コード領域」とは、アミノ酸残基へと翻訳されるコドンを含む、ヌクレオチド配列領域をいう。別の実施形態では、このアンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対してアンチセンスである。用語「非コード領域」とは、コード領域に隣接する、アミノ酸に翻訳されない５’配列および３’配列をいう（すなわち、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域とも呼ばれる）。
【０４３８】
本明細書中に開示されるＮＯＶＸタンパク質をコードするコード鎖配列を考慮すれば、本発明のアンチセンス核酸は、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋの塩基対形成の規則またはＨｏｏｇｓｔｅｅｎの塩基対形成の規則に従って、設計され得る。このアンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域全体と相補的であり得るが、より好ましくは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部のみに対してアンチセンスである、オリゴヌクレオチドである。例えば、このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域と相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約５ヌクレオチド、約１０ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約２５ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド、約３５ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド、約４５ヌクレオチドまたは約５０ヌクレオチドの長さであり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を用いて、化学合成または酵素連結反応を用いて構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、またはこの分子の生物学的安定性を増大させるようにかもしくはそのアンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成される二重鎖の物理的安定性を増大させるように設計された、種々に改変されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成され得る（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが用いられ得る）。
【０４３９】
このアンチセンス核酸を作製するために用いられ得る改変されたヌクレオチドの例としては以下が挙げられる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルキューオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、キューオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、および２，６−ジアミノプリン。あるいは、このアンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス方向でサブクローニングされた発現ベクター（すなわち、挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、以下の小節にさらに記載される、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向である）を用いて、生物により生成され得る。
【０４４０】
本発明のアンチセンス核酸分子は、代表的には、被験体に投与されるかまたはインサイチュで生成され、その結果それらは、ＮＯＶＸタンパク質をコードする細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするかまたはそれに結合し、それによって（例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって）このタンパク質の発現を阻害するようになる。このハイブリダイゼーションは、安定な二重鎖を形成する従来のヌクレオチド相補性によってであり得るか、または例えば、ＤＮＡ二重鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合には、その二重らせんの主溝における特異的相互作用を介してであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例としては、組織部位での直接的注射が挙げられる。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的化するように改変され得、次いで全身に投与される。例えば、全身投与のために、アンチセンス分子は、選択された細胞表面上に発現されたレセプターまたは抗原にそれらのアンチセンス分子が特異的に結合するように、（例えば、そのアンチセンス核酸分子を、細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に連結することによって）改変され得る。このアンチセンス核酸分子はまた、本明細書中に記載されるベクターを用いて、細胞に送達され得る。十分な核酸分子を達成するために、このアンチセンス核酸分子が強力なｐｏｌ  ＩＩプロモーターまたはｐｏｌ  ＩＩＩプロモーターの制御下に置かれているベクター構築物が、好ましい。
【０４４１】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、このハイブリッドにおいて、通常のα−ユニットとは対照的に、それらの鎖は、互いに平行に延びる。例えば、Ｇａｕｌｔｉｅｒら，１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１を参照のこと。このアンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（例えば、Ｉｎｏｕｅら，１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１〜６１４８を参照のこと）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（例えば、Ｉｎｏｕｅら，１９８７，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７〜３３０を参照のこと）を含み得る。
【０４４２】
（リボザイムおよびＰＮＡ部分）
核酸の改変としては、非制限的な例として、改変塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が、挙げられる。これらの改変は、少なくとも一部は、その改変された核酸の化学的安定性を増強するために実施され、その結果、それらの改変された核酸は、例えば、被験体での治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。
【０４４３】
１つの実施形態において、本発明のアンチセンス核酸は、リボザイムである。リボザイムは、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を切断可能な、リボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡ分子であり、これらのリボザイムは、その一本鎖核酸に対して相補性領域を有する。従って、リボザイム（例えば、ＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ  １９８８．Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１に記載されるような、ハンマーヘッド型リボザイム）を使用して、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによってＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳を阻害し得る。ＮＯＶＸをコードする核酸に対して特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示されるＮＯＶＸ  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９）に基づいて設計され得る。例えば、活性部位のヌクレオチド配列が、ＮＯＶＸをコードするｍＲＮＡ内の切断されるべきヌクレオチド配列と相補的である、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体が、構築され得る。例えば、Ｃｅｃｈらに対する米国特許第４，９８７，０７１号およびＣｅｃｈらに対する米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡをまた使用して、ＲＮＡ分子のプールから、特定のリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡを選択し得る。例えば、Ｂａｒｔｅｌら、（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１〜１４１８を参照のこと。
【０４４４】
あるいは、ＮＯＶＸ遺伝子発現は、このＮＯＶＸ核酸の調節領域（例えば、ＮＯＶＸのプロモーターおよび／またはエンハンサー）と相補的なヌクレオチド配列を標的化して、標的細胞中でそのＮＯＶＸ遺伝子の転写を妨害する三重らせん構造を形成することによって、阻害され得る。例えば、Ｈｅｌｅｎｅ，１９９１．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９〜８４；Ｈｅｌｅｎｅら．１９９２．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；Ｍａｈｅｒ，１９９２．Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照のこと。
【０４４５】
種々の実施形態において、このＮＯＶＸ核酸は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格で改変されて、例えば、その分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは可溶性が改善され得る。例えば、その核酸のデオキシリボースリン酸骨格を改変して、ペプチド核酸を生成し得る。例えば、Ｈｙｒｕｐら，１９９６．Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ４：５−２３を参照のこと。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」とは、そのデオキシリボースリン酸骨格がシュードペプチド（ｐｓｅｕｄｏｐｅｐｔｉｄｅ）骨格によって置換されており、そして４つの天然の核酸塩基のみが保持されている、核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低イオン強度条件下でのＤＮＡおよびＲＮＡに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐら，１９９６．前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら，１９９６．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９３：１４６７０−１４６７５において記載されるような、標準的固相ペプチド合成プロトコルを用いて行われ得る。
【０４４６】
ＮＯＶＸのＰＮＡは、治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、例えば、転写または翻訳の停止を誘導することまたは複製を阻害することによる、遺伝子発現の配列特異的調節のためのアンチセンス剤またはアンチジーン剤として使用され得る。ＮＯＶＸのＰＮＡはまた、例えば、遺伝子における一塩基対変異の分析において（例えば、ＰＮＡ指向性ＰＣＲクランピング）；他の酵素（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ）と組み合わせて使用される場合に人工制限酵素として（Ｈｙｒｕｐら，１９９６、前出を参照のこと）；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブもしくはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐら，１９９６，前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら，１９９６，前出を参照のこと）、使用され得る。
【０４４７】
別の実施形態において、ＮＯＶＸのＰＮＡは、例えば、それらＰＮＡの安定性または細胞性取り込みを増強するために、ＰＮＡに脂溶性基もしくは他のヘルパー基を結合することによってか、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によってか、またはリポソームもしくは当該分野において公知の他の薬物送達技術の使用によって、改変され得る。例えば、ＰＮＡとＤＮＡとの有利な特性を組合せ得る、ＮＯＶＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラが生成され得る。そのようなキメラは、そのＰＮＡ部分が高い結合親和性および結合特異性を提供する一方で、ＤＮＡ認識酵素（例えば、ＲＮアーゼＨおよびＤＮＡポリメラーゼ）がそのＤＮＡ部分と相互作用するのを可能にする。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基のスタッキング、その核酸塩基間の結合数および方向を考慮して選択される、適切な長さのリンカーを使用して連結され得る（Ｈｙｒｕｐら，１９９６，前出を参照のこと）。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐら，１９９６，前出およびＦｉｎｎら，１９９６，Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２４：３３５７−３３６３において記載されるように、行われ得る。例えば、ＤＮＡ鎖は、標準的なホスホロアミダイトカップリング化学を用いて固体支持体上で合成され得、そして改変されたヌクレオシドアナログ（例えば、５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホロアミダイト）が、そのＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間で使用され得る。例えば、Ｍａｇら，１９８９，Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ  １７：５９７３〜５９８８を参照のこと。次いで、ＰＮＡモノマーが、段階様式でカップリングされ、５’ＰＮＡセグメントおよび３’ＤＮＡセグメントを有する、キメラ分子が生成される。例えば、Ｆｉｎｎら，１９９６，前出を参照のこと。あるいは、５’ＤＮＡセグメントおよび３’ＰＮＡセグメントを用いて、キメラ分子が合成され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｅｎら，１９７５、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９〜１１１２４を参照のこと。
【０４４８】
他の実施形態において、そのオリゴヌクレオチドは、以下のような他の付属の基を含み得る：ペプチド（例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的化するため）、または細胞膜を越える輸送を容易にする因子（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８６：６５５３〜６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、１９８７、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：６４８〜６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）、もしくは血液脳関門を越える輸送を容易にする因子（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（例えば、Ｋｒｏｌら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８〜９７６を参照のこと）、またはインターカレート剤（例えば、Ｚｏｎ，１９８８、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９〜５４９を参照のこと）を用いて改変され得る。この目的のために、このオリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送因子、ハイブリダイゼーション誘発切断剤など）に結合され得る。
【０４４９】
（ＮＯＶＸポリペプチド）
本発明に従うポリペプチドは、その配列が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０にて提供されるＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列を含む、ポリペプチドを包含する。本発明はまた、その残基のいずれかが配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、もしくは６０に示される対応する残基から変化され得る一方で、なおそのＮＯＶＸ活性および生理学的機能を維持するタンパク質またはその機能的フラグメントをコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質を含む。
【０４５０】
一般に、ＮＯＶＸ様機能を保持するＮＯＶＸ改変体は、その配列中の特定位置の残基が他のアミノ酸により置換されており、そしてさらに、親タンパク質の２つの残基間にさらなる残基を挿入する可能性および親配列から１つ以上の残基を欠失する可能性を含む、任意の改変体を包含する。任意のアミノ酸の置換、挿入または欠失が、本発明により包含される。好適な状況では、この置換は、上記で規定されるような保存的置換である。
【０４５１】
本発明の１つの局面は、単離されたＮＯＶＸタンパク質、およびその生物学的に活性な部分、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに関する。抗ＮＯＶＸ抗体を惹起するための免疫原としての使用のために適切なポリペプチドフラグメントもまた、提供される。１つの実施形態において、ネイティブなＮＯＶＸタンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を用いる適切な精製スキームによって、細胞または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、組換えＤＮＡ技術によって産生される。組換え発現に代わるものとして、ＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸポリペプチドは、標準的なペプチド合成技術を用いて化学合成され得る。
【０４５２】
「単離された」または「精製された」、ポリペプチドまたはタンパク質もしくはその生物学的に活性な部分は、そのＮＯＶＸタンパク質が由来する細胞供給源または組織供給源由来の細胞性物質も他の夾雑タンパク質も実質的に含まないか、あるいは化学合成される場合には化学前駆体も他の化学物質も実質的に含まない。用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、ＮＯＶＸタンパク質が単離または組換え産生される細胞の細胞性成分から、ＮＯＶＸタンパク質が分離されている、ＮＯＶＸタンパク質調製物を包含する。１つの実施形態において、用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、非ＮＯＶＸタンパク質（本明細書中において「夾雑タンパク質」とも呼ばれる）を（乾燥重量にて）約３０％未満、より好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約２０％未満、なおより好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約１０％未満、そして最も好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約５％未満有する、ＮＯＶＸタンパク質調製物を包含する。このＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換え産生される場合、これらはまた、好ましくは、培養培地を実質的に含まない。すなわち、培養培地は、そのＮＯＶＸタンパク質調製物の容量の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは約５％未満を示す。
【０４５３】
用語「化学前駆体も他の化学物質も実質的に含まない」は、ＮＯＶＸタンパク質が、そのタンパク質の合成に関与する化学前駆体または他の化学物質から分離されている、ＮＯＶＸタンパク質調製物を包含する。１つの実施形態において、用語「化学前駆体も他の化学物質も実質的に含まない」は、化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を（乾燥重量にて）約３０％未満、より好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約２０％未満、なおより好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約１０％未満、そして最も好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約５％未満有する、ＮＯＶＸタンパク質調製物を含む。
【０４５４】
ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分とは、全長ＮＯＶＸタンパク質より少ないアミノ酸を含み、かつＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を示す、ＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０に示されるアミノ酸配列）と十分に相同性であるアミノ酸配列またはＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列を含む、ペプチドを包含する。代表的には、生物学的に活性な部分は、そのＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を有する、ドメインまたはモチーフを包含する。ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、長さが１０アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、１００アミノ酸残基以上である、ポリペプチドであり得る。
【０４５５】
さらに、そのタンパク質の他の領域が欠失している他の生物学的に活性な部分が、組換え技術によって調製され得、そしてネイティブなＮＯＶＸタンパク質の機能的活性のうちの１つ以上について評価され得る。
【０４５６】
１つの実施形態において、このＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、このＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０と実質的と相同であり、そして以下に詳細に議論されるように、天然の対立遺伝子バリエーションまたは変異誘発に起因してアミノ酸配列が異なるが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０のタンパク質の機能的活性を保持する。
【０４５７】
従って、別の実施形態において、このＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０のアミノ酸配列と少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、かつ、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０のＮＯＶＸタンパク質の機能的活性を保持する、タンパク質である。
【０４５８】
（２つ以上の配列間の相同性の決定）
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の相同性パーセントを決定するために、それらの配列は、最適な比較の目的のために整列される（例えば、ギャップが、第２アミノ酸配列または第２核酸配列との最適な整列のために、第１アミノ酸配列または第２核酸配列の配列中に導入され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが、比較される。その第１配列中の位置が、第２配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、それらの分子は、その位置で相同である（すなわち、本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「相同性」は、アミノ酸または核酸の「同一性」と等価である）。
【０４５９】
この核酸配列の相同性は、２つの配列間の同一性の程度として決定され得る。この相同性は、当該分野において公知のコンピュータープログラム（例えば、ＧＣＧプログラムパッケージにおいて提供されるＧＡＰソフトウェア）を用いて決定され得る。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，１９７０  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ４８：４４３〜４５３を参照のこと。核酸配列比較のための以下の設定（ＧＡＰ生成ペナルティー  ５．０、およびＧＡＰ伸長ペナルティー  ０．３）を用いてＧＣＧ  ＧＡＰソフトウェアを使用すると、上記で言及される類似の核酸配列のコード領域は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９に示されるＤＮＡ配列のＣＤＳ（コード）部分と、好ましくは少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性の程度を示す。
【０４６０】
用語「配列同一性」は、２つのポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が、特定の比較領域にわたって、残基ベースで同一である程度をいう。用語「配列同一性のパーセンテージ」は、以下により算出される：この比較領域にわたって最適に整列された２つの配列を比較すること；両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、核酸の場合にはＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ）が存在する位置の数を決定し、一致した位置の数を導くこと；この一致した位置の数を、比較領域の内の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算すること；そしてその結果に１００を乗算して、配列同一性のパーセンテージを導くこと。用語「実質的な同一性」は、本明細書中で使用される場合、ポリヌクレオチド配列の特徴を示し、ここでこのポリヌクレオチドは、比較領域にわたって参照配列と比較して、少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の同一性、そして頻繁には９０〜９５％の配列同一性、より通常には少なくとも９９％の配列同一性を有する、配列を含む。
【０４６１】
（キメラタンパク質および融合タンパク質）
本発明はまた、ＮＯＶＸキメラタンパク質またはＮＯＶＸ融合タンパク質を提供する。本明細書中で使用される場合、ＮＯＶＸ「キメラタンパク質」またはＮＯＶＸ「融合タンパク質」は、非ＮＯＶＸポリペプチドに作動可能に連結されたＮＯＶＸポリペプチドを包含する。「ＮＯＶＸポリペプチド」とは、ＮＯＶＸタンパク質（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、または６０）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、「非ＮＯＶＸポリペプチド」は、そのＮＯＶＸタンパク質に対して実質的に相同ではないタンパク質（例えば、そのＮＯＶＸタンパク質とは異なり、かつ同一の生物または異なる生物に由来する、タンパク質）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。ＮＯＶＸ融合タンパク質において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸタンパク質のすべてまたは一部分に対応し得る。１つの実施形態では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含む。別の実施形態では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも２つの生物学的に活性な部分を含む。なお別の実施形態においてＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも３つの生物学的に活性な部分を含む。この融合タンパク質において、用語「作動可能に連結された」は、このＮＯＶＸポリペプチドおよびこの非ＮＯＶＸポリペプチドが、インフレームで互いに融合されていることを示すことが、意図される。この非ＮＯＶＸポリペプチドは、このＮＯＶＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０４６２】
１つの実施形態においては、この融合タンパク質は、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質であり、この融合タンパク質において、このＮＯＶＸ配列は、ＧＳＴ（グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列のＣ末端に融合されている。このような融合タンパク質は、組換えＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【０４６３】
別の実施形態において、この融合タンパク質は、そのＮ末端に異種シグナル配列を含むＮＯＶＸタンパク質である。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）において、ＮＯＶＸの発現および／または分泌は、異種シグナル配列の使用を介して増加され得る。
【０４６４】
なお別の実施形態において、この融合タンパク質は、ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質であり、この融合タンパク質において、そのＮＯＶＸ配列は、免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合されている。本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、薬学的組成物中に取り込まれ得、そして被験体に投与されて、細胞の表面上でのＮＯＶＸリガントとＮＯＶＸタンパク質との間の相互作用を阻害し、それによってインビボでのＮＯＶＸ媒介シグナル伝達を抑制し得る。このＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、ＮＯＶＸ同族リガンドのバイオアベイラビリティに影響を与えるために使用され得る。このＮＯＶＸリガンド／ＮＯＶＸ相互作用の阻害は、増殖障害および分化障害の処置、および細胞生存を調節（例えば、促進または阻害）することの両方のために、治療的に有用であり得る。さらに、本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、被験体中で抗ＮＯＶＸ抗体を産生するための免疫原として、ＮＯＶＸリガンドを精製するため、そしてＮＯＶＸリガンドとＮＯＶＸとの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイにおいて、用いられ得る。
【０４６５】
本発明のＮＯＶＸキメラタンパク質またはＮＯＶＸ融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技術により産生され得る。例えば、それらの異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントが、従来の技術に従って、例えば、連結のための平滑末端または粘着（ｓｔａｇｇｅｒ）末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて粘着（ｃｏｈｅｓｉｖｅ）末端のフィルイン、所望しない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結を使用することによって、インフレームで一緒に連結される。別の実施形態では、その融合遺伝子は、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来技術により合成され得る。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅が、キメラ遺伝子配列を生成するためにその後アニールおよび再増幅され得る２つの連続する遺伝子フラグメント間に相補的突出を生じる、アンカープライマーを用いて実施され得る（例えば、Ａｕｓｂｅｌら（編）ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、１９９２を参照のこと）。さらに、融合成分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードしている多くの発現ベクターが、市販されている。ＮＯＶＸをコードする核酸は、この融合成分がこのＮＯＶＸタンパク質とインフレームで連結されるように、このような発現ベクター中にクローン化され得る。
【０４６６】
（ＮＯＶＸアゴニストおよびＮＯＶＸアンタゴニスト）
本発明はまた、ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）としてかまたはＮＯＶＸアンタゴニストとして機能する、このＮＯＶＸタンパク質の改変体に関する。このＮＯＶＸタンパク質の改変体は、変異誘発（例えば、このＮＯＶＸタンパク質の分散した点変異または短縮）により生成され得る。このＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質と実質的に同じ生物学的活性またはその生物学的活性のサブセットを、保持し得る。このＮＯＶＸタンパク質のアンタゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質の１つ以上の活性を、例えば、このＮＯＶＸタンパク質を含む細胞シグナル伝達カスケードの下流メンバーまたは上流メンバーと競合的に結合することによって、阻害し得る。従って、特異的生物学的効果が、限られた機能の改変体を用いた処理によって、惹起され得る。１つの実施形態では、このタンパク質の天然に存在する形態の生物学活性のサブセットを有する改変体での被験体の処置は、このＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する形態での処置と比較して、少ない被験体における副作用を有する。
【０４６７】
ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の改変体は、ＮＯＶＸタンパク質アゴニスト活性またはＮＯＶＸタンパク質アンタゴニスト活性について、このＮＯＶＸタンパク質の変異体（例えば、短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって、同定され得る。１つの実施形態では、ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーが、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発により生成され、そして多彩な遺伝子ライブラリーによりコードされる。ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、例えば、潜在的なＮＯＶＸ配列の縮重セットが、個々のポリペプチドとしてか、またはその中にＮＯＶＸ配列のセットを含む（例えば、ファージディスプレイのための）より大きな融合タンパク質のセットとして発現可能であるように、合成オリゴヌクレオチドの混合物を酵素的に連結して遺伝子配列へとすることによって、生成され得る。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的なＮＯＶＸ改変体のライブラリーを生成するために用いられ得る、種々の方法が存在する。縮重遺伝子配列の化学合成は、自動化ＤＮＡ合成機中で実施され得、次いで、この合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結される。遺伝子の縮重セットの使用は、１つの混合物において、潜在的なＮＯＶＸ配列の所望のセットをコードする配列のすべての提供を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は、当該分野で周知である。例えば、Ｎａｒａｎｇ，１９８３．Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９：３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８：１０５６；Ｉｋｅら，１９８３．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１１：４７７を参照のこと。
【０４６８】
（ポリペプチドライブラリー）
さらに、このＮＯＶＸタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーを用いて、ＮＯＶＸタンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のための、ＮＯＶＸフラグメントの多彩な集団を生成し得る。１つの実施形態では、コード配列フラグメントのライブラリーは、ＮＯＶＸコード配列の二本鎖ＰＣＲフラグメントを、１分子あたり約１つのみニックが生じる条件下で、ヌクレアーゼで処理すること；その二本鎖ＤＮＡを変性させること；異なるニック産物からのセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡを形成するようにこのＤＮＡを再生すること；再形成された二重鎖から、Ｓ１ヌクレアーゼでの処理により一本鎖部分を除去すること；および得られるフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結すること；によって、生成し得る。この方法によって、このＮＯＶＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端フラグメントおよび内部フラグメントをコードする、発現ライブラリーが誘導され得る。
【０４６９】
点変異または短縮により生成されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、および選択された性質を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための、種々の技術が当該分野で公知である。このような技術を、ＮＯＶＸタンパク質のコンビナトリアル変異誘発により生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための、高スループット分析に適した最も広く用いられる技術は、代表的には、その遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングすること；得られるベクターのライブラリーで適切な細胞を形質転換すること；およびこのコンビナトリアル遺伝子を、所望の活性の検出が、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離を容易にする条件下で発現すること；を包含する。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増大する新規技術である再帰的アンサンブル変異誘発（Ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）を、スクリーニングアッセイと組み合わせて用い、ＮＯＶＸ改変体を同定し得る。例えば、ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ，１９９２．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら，１９９３．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１を参照のこと。
【０４７０】
（抗ＮＯＶＸ抗体）
本発明には、ＮＯＶＸタンパク質に対する抗体、またはＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに対する抗体もまた、包含される。用語「抗体」は、本明細書中で使用される場合、免疫グロブリン、および免疫グロブリン（Ｉｇ）分子の免疫学的に活性な部分（すなわち、抗原に特異的に結合する抗原結合部位を含む分子）を指す。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、およびＦ（ａｂ’）２フラグメント、およびＦａｂ発現ライブラリーが挙げられるが、これらに限定されない。一般に、ヒトから得られる抗体分子は、その分子中に存在する重鎖の性質により互いに異なる、クラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＤのうちのいずれかを指す。特定のクラスは、サブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２など）を有する。さらに、ヒトにおいて、その軽鎖は、κ鎖またはλ鎖であり得る。本明細書中での抗体に対する言及は、ヒト抗体種のこのようなクラス、サブクラス、および型すべてに対する言及を包含する。
【０４７１】
本発明の単離されたＮＯＶＸ関連タンパク質は、抗原またはその一部もしくはフラグメントとして作用することが意図され得、そしてさらに、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための標準的技術を使用して、その抗原に免疫特異的に結合する抗体を生成するための免疫原として使用され得る。完全長タンパク質が用いられ得るか、あるいは、本発明は、免疫原としての使用のためのこの抗原の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ペプチドフラグメントは、全長タンパク質のアミノ酸配列のうちの少なくとも６アミノ酸残基を含み、そしてこのペプチドに対して惹起された抗体がこの全長タンパク質またはエピトープを含む任意のフラグメントと特異的な免疫複合体を形成するように、その全長タンパク質のエピトープを含む。好ましくは、この抗原性ペプチドは、少なくとも１０アミノ酸残基、または少なくとも１５アミノ酸残基、または少なくとも２０アミノ酸残基、または少なくとも３０アミノ酸残基を含む。この抗原性ペプチドにより含まれる好ましいエピトープは、その表面上に位置するタンパク質領域である；一般的に、これらは、親水性領域である。
【０４７２】
本発明の特定の実施形態では、この抗原性エピトープにより含まれる少なくとも１つのエピトープは、そのタンパク質の表面上に位置するＮＯＶＸ関連タンパク質の領域（例えば、親水性領域）である。ヒトＮＯＶＸ関連タンパク質配列の疎水性分析は、ＮＯＶＸ関連タンパク質のどの領域が親水性であるか、従って、抗体生成を標的化するために有用な表面残基をコードする可能性が高いか、を示す。抗体生成を標的化する手段として、親水性領域および疎水性領域を示すヒドロパシープロットを、例えば、フーリエ変換を用いるかまたは用いないかのいずれかの、Ｋｙｔｅ  Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ法またはＨｏｐｐ  Ｗｏｏｄｓ法を含む、当該分野で周知の任意の方法により生成し得る。例えば、各々がその全体において本明細書に参考として援用される、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、１９８１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：３８２４−３８２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ  １９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１４２を参照のこと。抗原性タンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、もしくはホモログ内の１つ以上のドメインに特異的な抗体もまた、本明細書中で提供される。
【０４７３】
本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、もしくはホモログは、これらのタンパク質成分と免疫特異的に結合する抗体の生成において、免疫原として使用され得る。
【０４７４】
当該分野で公知の種々の手順が、本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログに対する、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体の生成のために使用され得る（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、１９８８、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（本明細書中に参考として援用される）を参照のこと）。これらの抗体のうちのいくつかは、下記に考察される。
【０４７５】
（ポリクローナル抗体）
ポリクローナル抗体の産生のために、種々の適切な宿主動物（例えば、ウサギ、ヤギ、マウスまたはその他の哺乳動物）が、ネイティプタンパク質、その合成改変体、または前述の誘導体で、１回以上の注射により、免疫され得る。適切な免疫原性調製物は、例えば、天然に存在する免疫原性タンパク質、その免疫原性タンパク質を示す化学合成ポリペプチド、または組換え発現された免疫原性タンパク質を含み得る。さらに、このタンパク質は、免疫される哺乳動物において免疫原性であることが公知である第２のタンパク質と結合体化され得る。このような免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、およびダイズトリプシンインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。この調製物は、アジュバントをさらに含み得る。免疫学的応答を増大するために用いられる種々のアジュバントとしては、フロイント（完全および不完全）アジュバント、ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム）、界面活性物質（例えば、リゾレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョン、ジニトロフェノールなど）、ヒトにおいて使用可能なアジュバント（例えば、Ｂａｃｉｌｌｅ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ−ＧｕｅｒｉｎおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ）、または類似の免疫刺激剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバントのさらなる例としては、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート）が、挙げられる。
【０４７６】
この免疫原性タンパク質に対するポリクローナル抗体分子は、哺乳動物（例えば、血液）から単離され得、そして周知技術（例えば、プロテインＡまたはプロテインＧ（これらは、主に、免疫血清のＩｇＧ画分を提供する）を使用するアフィニティークロマトグラフィー）によって、さらに精製され得る。続いて、または代替的に、求められている免疫グロブリンの標的である特定の抗原またはその抗原のエピトープが、カラムに固定され、免疫アフィニティークロマトグラフィーによって免疫特異的抗体が精製され得る。免疫グロブリンの精製は、例えば、Ｄ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  ＰＡより発行）、第１４巻、第８号（２０００年４月１７日）、２５〜２８頁）によって考察されている。
【０４７７】
（モノクローナル抗体）
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」（ＭＡｂ）または「モノクローナル抗体組成物」は、独特の軽鎖遺伝子産物および独特の重鎖遺伝子産物からなる抗体分子の唯一の分子種を含む、抗体分子集団をいう。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、この集団の分子すべてにおいて同一である。従って、ＭＡｂは、抗原への独特の結合親和性によって特徴付けられる抗原の特定のエピトープと免疫反応可能な抗原結合部位を含む。
【０４７８】
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ方法（例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）に記載されるような方法）を使用して調製され得る。ハイブリドーマ方法において、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物が、代表的には免疫因子で免疫され、その免疫因子に特異的に結合する抗体を産生するかまたは産生し得る、リンパ球を惹起する。あるいは、そのリンパ球は、インビトロで免疫され得る。
【０４７９】
この免疫因子としては、代表的に、タンパク質抗原、そのフラグメントまたはその融合タンパク質が挙げられる。一般的には、ヒト起源の細胞が所望される場合に末梢血リンパ球が使用されるか、または、非ヒト哺乳動物供給源が望まれる場合に脾臓細胞またはリンパ節細胞が使用されるかのいずれかである。次いで、適切な融合因子（例えば、ポリエチレングリコール）を使用して、そのリンパ球を不死化細胞株に融合し、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ：ＰＲＩＮＣＩＰＬＥＳ  ＡＮＤ  ＰＲＡＣＴＩＣＥ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８６）第５９−１０３頁）。不死化細胞株は、通常、形質転換された哺乳動物細胞（特にげっ歯類、ウシおよびヒト）起源の骨髄腫細胞である。通常、ラットまたはマウスの骨髄腫細胞株が使用される。このハイブリドーマ細胞は、好ましくは、融合されていない不死化細胞の増殖または生存を阻害する１つ以上の物質を含む、適切な培養培地中で培養され得る。例えば、親の細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、そのハイブリドーマのための培養培地は、代表的にヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、それらの物質は、ＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を阻害する。
【０４８０】
好ましい不死化細胞株は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による安定な高レベルの抗体の発現を支持し、そしてＨＡＴ培地のような培地に敏感な細胞株である。より好ましい不死化細胞株はマウス骨髄腫株であり、それらは、例えば、Ｓａｌｋ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣａｌｉｆｏｒｎｉａおよびＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａから得ることが可能である。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒト異種骨髄腫（ｈｅｔｅｒｏｍｙｅｌｏｍａ）細胞株はまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について記載される（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒら、ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＹ  ＰＲＯＤＵＣＴＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，（１９８７）第５１−６３頁）。
【０４８１】
次いで、ハイブリドーマ細胞が培養される培養培地は、抗原に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイされ得る。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降によって決定されるか、またはインビトロ結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ））によって決定される。このような技術およびアッセイは、当該分野で公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、ＭｕｎｓｏｎおよびＰｏｌｌａｒｄ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）のスキャッチャード分析によって決定され得る。好ましくは、標的抗原に対する高い程度の特異性および高結合親和性を有する抗体が、単離される。
【０４８２】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、限界希釈手順によって、クローンをサブクローニングし得、そして標準的な方法によって増殖し得る。例えば、この目的のために適切な培養培地としては、ダルベッコ改変イーグル培地（Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ  Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｅａｇｌｅ’ｓ  Ｍｅｄｉｕｍ）およびＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は、哺乳動物内で腹水としてインビボで増殖され得る。サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、従来の免疫グロブリン精製手順（例えば、プロテインＡ−Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィー）によって、培養培地または腹水から、単離または精製され得る。
【０４８３】
モノクローナル抗体はまた、組換えＤＮＡ方法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される方法）によって作製され得る。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離され得、そして配列決定され得る。本発明のハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦、単離されると、ＤＮＡは、発現ベクター中に配置され得、次いでこの発現ベクターは、さもなければ免疫グロブリンタンパク質を産生しない宿主細胞（例えば、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞）にトランスフェクトされ、組換え宿主細胞内でのモノクローナル抗体の合成を得る。このＤＮＡはまた、例えば、相同なマウス配列の代わりにヒト重鎖および軽鎖の定常ドメインをコードする配列を用いること（米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８，８１２−１３（１９９４））によってか、または非免疫グロブリンポリペプチドについてのコード配列の全てまたは一部を、免疫グロブリンコード配列へ共有結合的に連結することによって改変され得る。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常ドメインの代りに用いられて、または本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインの代りに用いられて、キメラの二価抗体が作製され得る。
【０４８４】
（ヒト化抗体）
本発明のタンパク質抗原に対する抗体は、さらにヒト化抗体またはヒト抗体を含み得る。これらの抗体は、投与された免疫グロブリンに対するヒトによる免疫応答を引き起こすことなく、ヒトへの投与に適切である。ヒト化形態の抗体は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合サブ配列）であり、それらは主にヒト免疫グロブリンの配列から構成され、そして非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含む。ヒト化は、ヒト抗体の対応する配列の代わりにげっ歯類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列を用いることによって、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者の方法（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６（１９８８））に従って達成され得る。（米国特許第５，２２５，５３９号もまた参照のこと。）いくつかの場合において、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエントの抗体においても、移入されたＣＤＲまたはフレームワーク配列においても見出されない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、および代表的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。これらの内で、全てのまたは実質的に全てのＣＤＲ領域は非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、そして全てまたは実質的に全てのフレームワーク領域はヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のフレームワーク領域である。ヒト化抗体はまた、最適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）（代表的には、ヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域）の少なくとも一部を含む（Ｊｏｎｅｓら、１９８６；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、１９８８；およびＰｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２））。
【０４８５】
（ヒト抗体）
完全ヒト抗体は、ＣＤＲを含む軽鎖および重鎖の両方の、本質的に全体配列がヒト遺伝子から生じる抗体分子に関する。このような抗体を、「ヒト抗体」、または「完全ヒト抗体」と本明細書中で呼ぶ。ヒトモノクローナル抗体は、トリオーマ（ｔｒｉｏｍａ）技術によって調製され得る；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｚｂｏｒら、１９８３  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２を参照のこと）およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）。ヒトモノクローナル抗体は、本発明の実行において使用され得、そしてヒトハイブリドーマの使用（Ｃｏｔｅら、１９８３．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８０：２０２６−２０３０を参照のこと）によってか、またはインビトロでのエプスタイン−バー−ウイルスを用いたヒトＢ細胞の形質転換（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）によって産生され得る。
【０４８６】
さらに、ヒト抗体はまた、さらなる技術（ファージディスプレイライブラリー（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１））を含む）を使用して産生され得る。同様に、ヒト免疫グロブリン遺伝子座をトランスジェニック動物（例えば、内因性免疫グロブリン遺伝子が、部分的または完全に不活化されているマウス）に導入することによって、ヒト抗体は作製され得る。チャレンジの際にヒト抗体の産生が観察され、このことは全ての点（遺伝子再配列、アセンブリ、および抗体レパートリーを含む）でヒトにおいて観察されたものに密接に類似する。このアプローチは、例えば、以下に記載される：米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６号、およびＭａｒｋｓら（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０、７７９−７８３（１９９２））；Ｌｏｎｂｅｒｇら（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８  ８５６−８５９（１９９４））；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８、８１２−１３（１９９４））；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８４５−５１（１９９６））；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８２６（１９９６））；ならびにＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ（Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３  ６５−９３（１９９５））。
【０４８７】
ヒト抗体は、抗原によるチャレンジに応答する動物の内因性抗体ではなく完全ヒト抗体を産生するように改変されたトランスジェニック非ヒト動物を使用して、さらに産生され得る。（ＰＣＴ公開ＷＯ９４／０２６０２を参照のこと）。非ヒト宿主における免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖をコードする内因性遺伝子は、無力化されており、そしてヒト重鎖および軽鎖免疫グロブリンをコードする活性な位置は、宿主のゲノムに挿入される。例えば、不可欠なヒトＤＮＡセグメントを含む酵母人工染色体を使用して、ヒト遺伝子は組み込まれる。次いで、全ての所望の改変を提供する動物を、完全な改変の相補体よりもより少ない改変の相補体を含む中間トランスジェニック動物を交配することによって子孫として得る。このような非ヒト動物の好ましい実施形態は、マウスであり、ＰＣＴ公開ＷＯ９６／３３７３５およびＷＯ９６／３４０９６に開示されるようにＸｅｎｏｍｏｕｓｅＴＭと呼ばれる。この動物は、ヒト免疫グロブリンを十分に分泌するＢ細胞を産生する。目的の免疫原での免疫後の動物から（例えば、ポリクローナル抗体の調製物として）、あるいはこの動物由来の不死化されたＢ細胞（例えば、モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ）から、抗体を直接得ることが可能である。さらに、ヒト可変領域を有する免疫グロブリンをコードする遺伝子は、抗体を直接得るために回収され、そして発現され得るか、または抗体のアナログ（例えば、単鎖Ｆｖ分子）を得るために、さらに改変され得る。
【０４８８】
内因性免疫グロブリン重鎖の発現を欠く非ヒト宿主（マウスとして例証される）を作製する方法の例は、米国特許第５，９３９，５９８号に開示される。それは、以下の工程を包含する方法によって得ることが可能である：胚性幹細胞において少なくとも１つの内因性重鎖遺伝子座からこのＪセグメント遺伝子を欠失し、この遺伝子座の再構成を防止し、かつ、再構成された免疫グロブリン重鎖遺伝子座の転写物の形成を防止する工程であって、ここでこの欠失は、選択マーカーをコードする遺伝子を含むベクターを標的化することによってもたらされる、工程；ならびにこの胚性幹細胞から、その体細胞および生殖細胞がこの選択可能なマーカーをコードする遺伝子を含む、トランスジェニックマウスを作製する工程。
【０４８９】
目的の抗体（例えば、ヒト抗体）を産生する方法は、米国特許第５，９１６，７７１号に開示される。それは以下の工程を包含する：重鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、培養中の１つの哺乳動物宿主細胞に導入する工程、軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、別の哺乳動物宿主細胞に導入する工程、およびこの２つの細胞を融合して、ハイブリッド細胞を形成する工程。ハイブリッド細胞は、重鎖および軽鎖を含む抗体を発現する。
【０４９０】
この手順のさらなる改善において、免疫原上の臨床的に関連するエピトープを同定する方法、および関連するエピトープに高い親和性で免疫特異的に結合する抗体を選択するための関連する方法は、ＰＣＴ公開ＷＯ９９／５３０４９に開示される。
【０４９１】
（Ｆａｂフラグメントおよび単鎖抗体）
本発明に従って、本発明の抗原性タンパク質に特異的な単鎖抗体の産生のために技術が適応され得る（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照のこと）。さらに、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築のために方法（例えば、Ｈｕｓｅら、１９８９  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１を参照のこと）を適応して、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログについての所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ効果的な同定を可能にし得る。タンパク質抗原に対するイディオタイプを含む抗体フラグメント（以下に挙げられるがこれらに限定されない）は、当該分野で公知の技術によって、産生され得る：（ｉ）抗体分子のペプシン消化によって産生されるＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって産生されたＦａｂフラグメント；（ｉｉｉ）パパインおよび還元剤を用いた抗体分子の処理によって産生されたＦａｂフラグメント、ならびに（ｉｖ）Ｆｖフラグメント。
【０４９２】
（二重特異的抗体）
二重特異的抗体は、少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体（好ましくはヒトモノクローナル抗体またはヒト化されたモノクローナル抗体）である。この場合において、結合特異性の１つは、本発明の抗原性タンパク質に対してである。第２の結合標的は、任意の他の抗原であり、そして、この第２の結合標的は、有利に、細胞表面タンパク質あるいはレセプターまたはレセプターサブユニットである。二重特異的抗体を作製する方法は、当該分野で公知である。伝統的には、二重特異的抗体の組換え生成は、２つの免疫グロブリンの重鎖／軽鎖の対の同時発現に基づき、ここで、この２つの重鎖は、異なる特異性を有する（ＭｉｌｓｔｅｉｎおよびＣｕｅｌｌｏ、Ｎａｔｕｒｅ，３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリンの重鎖および軽鎖のランダムな組み合わせのために、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０の異なる抗体分子の潜在的混合物を作製し、このうち１つのみが正確な二重特異的構造を有する。この正確な分子の精製は、通常、アフィニティークロマトグラフィー工程によって達成される。同様の手順は、１９９３年５月１３日公開のＷＯ９３／０８８２９、およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒら、１９９１  ＥＭＢＯ  Ｊ．、１０：３６５５−３６５９において開示される。
【０４９３】
所望の結合特異性（抗体−抗原結合部位）を有する抗体可変ドメインは、免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合され得る。この融合物は、好ましくは免疫グロブリン重鎖定常ドメインを有し、ヒンジ、ＣＨ２、およびＣＨ３領域の少なくとも部分を含む。この融合物の少なくとも１つに存在する軽鎖結合のために必要な部位を含む第１の重鎖定常領域（ＣＨ１）を有することが好ましい。免疫グロブリン重鎖融合物をコードするＤＮＡおよび所望される場合、免疫グロブリン軽鎖をコードするＤＮＡは、別々の発現ベクターに挿入され、そして適切な宿主生物体に同時トランスフェクトされる。二重特異的抗体の作製のさらなる詳細については、例えば、Ｓｕｒｅｓｈら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１２１：２１０（１９８６）を参照のこと。
【０４９４】
ＷＯ９６／２７０１１に記載される別のアプローチに従って、抗体分子の対の間の界面は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロダイマーのパーセンテージを最大化するように操作され得る。好ましい界面は、抗体定常ドメインのＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法において、第１の抗体分子の界面からの１つ以上の小さなアミノ酸側鎖は、より大きな側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）で置換される。大きな側鎖と同一または同様のサイズの補完的な「空洞（キャビティ）」は、大きなアミノ酸側鎖を、より小さなアミノ酸側鎖（例えば、アラニンまたはスレオニン）で置換することによって、第２の抗体分子の界面上に生成される。このことは、ホモダイマーのような他の不必要な最終生成物よりも、ヘテロダイマーの収量を増大させるための機構を提供する。
【０４９５】
二重特異的抗体は、全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異的抗体）として調製され得る。抗体フラグメントから二重特異的抗体を作製するための技術は、文献において記載される。例えば、二重特異的抗体は、化学結合を使用して調製され得る。Ｂｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１（１９８５）は、インタクトな抗体がタンパク分解的に切断されてＦ（ａｂ’）２フラグメントを作製する手順を記載する。これらのフラグメントは、ビシナルジチオールを安定化し、そして分子間ジスルフィド形成を阻止するために、ジチオール錯化剤亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元される。次いで、この作製されたＦａｂ’フラグメントは、チオニトロベンゾエート（ＴＮＢ）誘導体に変換される。次いで、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の１つは、メルカプトエチルアミンでの還元によってＦａｂ’−チオールに再変換され、そしてこれは等モル量の他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合されて二重特異的抗体を形成する。生成された二重特異的抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として使用され得る。
【０４９６】
さらに、Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから直接回収され得、そして化学的にカップリングされて二重特異的抗体を形成し得る。Ｓｈａｌａｂｙら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７５：２１７−２２５（１９９２）は、完全にヒト化された二重特異的抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の生成を記載する。各Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから別々に分泌され、そしてインビトロの指向性化学的カップリングに供され、二重特異的抗体を形成した。このようにして形成された二重特異的抗体は、ＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞および正常なヒトＴ細胞に結合し得、そしてヒト胸部腫瘍標的に対するヒト細胞傷害性リンパ球の溶解活性を誘引し得た。
【０４９７】
組換え細胞培養物から二重特異的抗体フラグメントを直接作製し、そして単離するための種々の技術がまた、記載されてきた。例えば、二重特異的抗体は、ロイシンジッパーを使用して産生されている。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）。Ｆｏｓタンパク質およびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドは、遺伝子融合によって２つの異なる抗体のＦａｂ’部分に結合された。この抗体ホモダイマーは、ヒンジ領域で還元されてモノマーを形成し、次いで再酸化されて抗体ヘテロダイマーを形成した。この方法はまた、抗体ホモダイマーの産生のために利用され得る。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）に記載されるこの「ディアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）」技術は、二重特異的抗体フラグメントを作製するための代替的な機構を提供した。このフラグメントは、リンカーによって軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含み、このリンカーは、同じ鎖上でこの２つのドメインの間で対形成させるには短すぎる。従って、１つのフラグメントのＶＨドメインおよびＶＬドメインは、別のフラグメントの相補的なＶＬドメインおよびＶＨドメインと対になるように強制され、これによって２つの抗原結合部位が形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーの使用によって二重特異的抗体フラグメントを作製するための別のストラテジーもまた、報告されてきた。Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと。２より多くの結合価を有する抗体が企図される。例えば、三重特異的抗体が調製され得る。Ｔｕｔｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
【０４９８】
例示的な二重特異的抗体は、２つの異なるエピトープに結合し得、このうち少なくとも１つは、本発明のタンパク質抗原に起源を有する。あるいは、免疫グロブリン分子の抗抗原性アームは、Ｔ細胞レセプター分子のような白血球上の誘引分子（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８、またはＢ７）、あるいはＩｇＧに対するＦｃレセプター（ＦｃγＲ）（例えば、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）およびＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６））と結合するアームと結合して、細胞性防御機構を、この特定の抗原を発現する細胞に集中させ得る。二重特異的抗体はまた、特定の抗原を発現する細胞に対して細胞傷害性因子を指向するために使用され得る。これらの抗体は、抗原結合アーム、および細胞傷害性因子または放射性核種キレート剤（例えば、ＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、またはＴＥＴＡ）に結合するアームを保有する。目的の別の二重特異的抗体は、本明細書中に記載のタンパク質抗原に結合し、そしてさらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
【０４９９】
（ヘテロ結合体抗体）
ヘテロ結合体抗体もまた、本発明の範囲内である。ヘテロ結合体抗体は、共有結合した２つの抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不必要な細胞に標的化するために（米国特許第４，６７６，９８０号）、およびＨＩＶ感染の処置のために（ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＥＰ０３０８９）提案されてきた。この抗体は、インビトロで、合成タンパク質化学において公知の方法（架橋剤に関与する方法を含む）を使用して調製され得ることが企図される。例えば、免疫毒素は、ジスルフィド交換反応の使用またはチオエーテル結合の形成によって構築され得る。この目的のための適切な試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデート、ならびに例えば米国特許第４，６７６，９８０号において開示される試薬が挙げられる。
【０５００】
（エフェクター機能操作）
本発明の抗体を、エフェクター機能について、例えば癌の処置における抗体の効力を増大するように改変することが望ましくあり得る。例えば、システイン残基は、Ｆｃ領域に導入されて、それによってこの領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にし得る。このようにして作製されるこのホモダイマー抗体は、改良されたインターナリゼーション能力および／または増加した補体媒介細胞殺傷、ならびに抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１７６：１１９１−１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照のこと。増大した抗腫瘍活性を有するホモダイマー抗体はまた、Ｗｏｌｆｆら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、５３：２５６０−２５６５（１９９３）に記載されるヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製され得る。あるいは、二重のＦｃ領域を有し、そしてこれによって増大した補体溶解およびＡＤＣＣの能力を有し得る抗体が操作され得る。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎら、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，３：２１９−２３０（１９８９）を参照のこと。
【０５０１】
（免疫結合体）
本発明はまた、細胞傷害性の薬剤（例えば、化学療法剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素学的に活性な毒素、あるいはそれらのフラグメント）、または放射性同位体（すなわち、放射性結合体））に結合体化した抗体を含む免疫結合体に関する。
【０５０２】
このような免疫結合体の作製において有用な化学療法剤は、上記に記載される。使用され得る酵素学的に活性な毒素およびそれらのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、α−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）、およびトリコテセン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎ）が挙げられる。種々の放射性核種は、放射性結合体化した抗体の作製のために利用可能である。その例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、および１８６Ｒｅが挙げられる。
【０５０３】
抗体および細胞傷害性因子の結合体は、種々の二官能性タンパク質結合因子（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ｉｍｉｎｏｔｈｉｏｌａｎｅ）（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデート  ＨＣＬ）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジルスベレート）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド（ｇｌｕｔａｒｅｌｄｅｈｙｄｅ））、ビスアジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６−ジイソシアネート）、およびビス−活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製され得る。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への結合のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。
【０５０４】
別の実施形態において、腫瘍の前標的化における利用のために、この抗体は、「レセプター」（例えば、ストレプトアビジン）に結合され得、ここで抗体−レセプター結合体は患者に投与され、続いて除去剤を使用して結合していない結合体が循環から除去され、次いで細胞傷害性因子に次々に結合する「リガンド」（例えば、アビジン）が投与される。
【０５０５】
１つの実施形態において、所望の特異性を保有する抗体のスクリーニングのための方法としては、酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）および当該分野内で公知の他の免疫学媒介技術が挙げられるがこれらに限定されない。特定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質の特定のドメインに対して特異的である抗体の選択は、このようなドメインを所有しているＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに結合するハイブリドーマの生成により容易にされる。従って、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログ内の所望のドメインについて特異的である抗体がまた、本明細書において提供される。
【０５０６】
抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質の局在化および／または定量に関する当該分野で公知の方法において用いられ得る（例えば、適切な生理学的サンプル中のＮＯＶＸタンパク質のレベルを測定する際に使用するために、診断的方法における使用のために、タンパク質の画像化における使用のために、など）。所定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質についての抗体、またはこの抗体由来の結合ドメインを含むそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログは、薬理学的に活性な化合物（本明細書中、以降において「治療剤」）として利用される。
【０５０７】
抗ＮＯＶＸ抗体（例えば、モノクローナル抗体）は、標準的技術（例えばアフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降）によって、ＮＯＶＸポリペプチドを単離するために用いられ得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、細胞からの天然のＮＯＶＸポリペプチドの精製、および宿主細胞において発現される組換え的に産生されたＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。さらに、抗ＮＯＶＸ抗体が、（例えば、細胞の溶解産物または細胞上清における）ＮＯＶＸタンパク質を検出するために用いられて、ＮＯＶＸタンパク質の発現の量およびパターンが評価され得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、例えば、所定の治療レジメンの有効性を決定するために、臨床試験の手順の一部として、組織におけるタンパク質レベルをモニターするために診断的に用いられ得る。検出は、抗体を検出可能物質に結合する（すなわち、物理的に連結する）ことにより容易にされ得る。検出可能物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質および放射性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、□−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；適切な補欠分子族複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ）フルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられる；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられる；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；そして、適切な放射性物質の例としては１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０５０８】
（ＮＯＶＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞）
本発明の別の局面は、ＮＯＶＸタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログをコードする核酸を含む、ベクター、好ましくは、発現ベクターに関する。本明細書において使用する場合、用語「ベクター」は、連結された別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。１つの型のベクターは、「プラスミド」である。これはさらなるＤＮＡセグメントが連結され得る環状の二本鎖ＤＮＡループをいう。別の型のベクターは、ウイルス性ベクターであり、ここでは、さらなるＤＮＡセグメントが、ウイルスゲノムに連結され得る。特定のベクターは、ベクター（例えば、細菌性の複製起点を有する細菌ベクター、およびエピソーム性哺乳動物ベクター）が導入される宿主細胞中で自律複製し得る。他のベクター（例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入の際、宿主細胞のゲノムに組み込まれ、そして、これにより宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、それらが作動可能に連結される遺伝子の発現を指示し得る。このようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしばプラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、プラスミドが最も一般的に用いられる形態のベクターであるので、交換可能に使用され得る。しかし、本発明は、等価の機能を果たす、ウイルス性ベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス）のような、このような他の形態の発現ベクターを含むことを意図する。
【０５０９】
本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に適切な形態の本発明の核酸を含む。これは、組換え発現ベクターが、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結されている、発現に用いられるべき宿主細胞に基づいて選択された１つ以上の調節配列を含むことを意味する。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結される」とは、目的のヌクレオチド配列が、（例えば、インビトロの転写／翻訳系において、またはベクターが宿主細胞に導入される場合は、宿主細胞において）ヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で調節配列に連結されることを意味することを意図する。
【０５１０】
用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。このような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ；ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。調節配列は、多くの型の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指示する配列、および特定の宿主細胞のみにおいてヌクレオチド配列の発現を指示する配列（例えば、組織特異的調節配列）を含む。発現ベクターの設計が形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質発現レベルなどのような因子に依存し得ることが当業者に理解される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入され得、それにより、本明細書に記載されるような核酸によってコードされるタンパク質またはペプチド（融合タンパク質またはペプチドを含む）（例えば、ＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を産生し得る。
【０５１１】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における、ＮＯＶＸタンパク質発現のために設計され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを用いる）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ；ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）にさらに考察されている。あるいは、組換え型発現ベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写および翻訳され得る。原核生物におけるタンパク質の発現は、最も頻繁には、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを有する、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにおいて実施される。融合ベクターは、そこにコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に、多数のアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、代表的には、以下の３つの目的のために役立つ：（ｉ）組換えタンパク質の発現を増加させるため；（ｉｉ）組換えタンパク質の可溶性を増加させるため；および（ｉｉｉ）アフィニティ精製においてリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製を補助するため。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解性切断部位が、融合部分と組換えタンパク質との結合部に導入されて、融合タンパク質の精製の後に融合部分から組換えタンパク質を分離することを可能とする。このような酵素、およびその同族（ｃｏｇｎａｔｅ）の認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、それぞれ、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを標的の組換えタンパク質に融合する、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．；ＳｍｉｔｈおよびＪｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）が挙げられる。適切な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例には、ｐＴｒｃ（Ａｍｒａｎｎら（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６９：３０１−３１５）およびｐＥＴ  １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒら、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）６０−８９）が挙げられる。
【０５１２】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化するための１つのストラテジーは、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力を欠損した宿主細菌中でタンパク質を発現させることである。例えば、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）１１９−１２８を参照のこと。別のストラテジーは、各アミノ酸についての個々のコドンが、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて優先的に利用されるコドンであるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変更することである（例えば、Ｗａｄａら、１９９２、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８を参照のこと）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的なＤＮＡ合成技術によって実行され得る。別の実施形態において、ＮＯＶＸ発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｉｖｉｓａｅにおける発現のためのベクターの例には、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉら、（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：２２９−２３４）、ｐＭＦａ（ＫｕｒｊａｎおよびＨｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、（１９８２）Ｃｅｌｌ  ３０：９３３−９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚら、（１９８７）Ｇｅｎｅ  ５４：１１３−１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、およびｐｉｃＺ（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。
【０５１３】
あるいは、ＮＯＶＸは、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）中でのタンパク質の発現のために利用可能なバキュロウイルスベクターには、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈら（１９８３）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：２１５６−２１６５）およびｐＶＬシリーズ（ＬｕｃｋｌｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ（１９８９）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １７０：３１−３９）が挙げられる。
【０５１４】
なお別の実施形態において、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞中で発現される。哺乳動物発現ベクターの例には、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ  ３２９：８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳動物細胞中で使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルスの調節エレメントによって提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、およびシミアンウイルス４０に由来する。原核生物細胞および真核生物細胞の両方のために適切な他の発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６章および第１７章を参照のこと。別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型中で優先的に核酸の発現を指向し得る（例えば、組織特異的調節エレメントを使用して核酸を発現する）。組織特異的調節エレメントは、当該分野で公知である。適切な組織特異的なプロモーターの非限定的な例には、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５−２７５）（特に、Ｔ細胞レセプターのプロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ  Ｊ．８：７２９−７３３）および免疫グロブリンのプロモーター（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７４１−７４８））、ニューロン特異的プロモーター（例えば、神経フィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、ならびに乳腺特異的プロモーター（例えば、乳清プロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発達的に調節されるプロモーターもまた含まれる（例えば、マウスｈｏｘプロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３７４−３７９）および□−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．３：５３７−５４６））。
【０５１５】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む、組換え発現ベクターを提供する。すなわち、そのＤＮＡ分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写によって）を可能にする様式で調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型においてアンチセンスＲＮＡ分子の持続的な発現を指向する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結された調節配列（例えば、ウイルスプロモーターおよび／もしくはエンハンサー）が選択され得るか、または、アンチセンスＲＮＡの構成的発現、組織特異的発現、または細胞特異的発現を指示する調節配列が、選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得、ここではアンチセンス核酸は、高効率調節領域の制御下で産生され、その活性は、ベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の考察については、例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ」、Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１巻（１）１９８６を参照のこと。
【０５１６】
本発明の別の局面は、本発明の組換え発現ベクターが導入された宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の対象細胞をいうのみでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をもいうことが理解される。変異または環境の影響のいずれかに起因して、特定の改変はその後の世代において生じ得るので、このような子孫は、実際には、親の細胞と同一でないかもしれないが、なお、本明細書中で使用される場合のこの用語の範囲内に含まれる。
【０５１７】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはＣＯＳ細胞）において発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０５１８】
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換またはトランスフェクション技術を介して原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞に導入するために当該分野で容認されている種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウム共沈または塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが含まれる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクションするための適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）および他の実験室マニュアルに見出され得る。
【０５１９】
哺乳動物細胞の安定なトランスフェクションのために、使用される発現ベクターおよびトランスフェクション技術に依存して、細胞のほんの一部のみが外来ＤＮＡをそのゲノムに組み込み得ることが知られている。これらの組込み体を同定および選択するために、選択マーカー（例えば、抗生物質に対する耐性）をコードする遺伝子が、一般的には目的の遺伝子とともに宿主細胞に導入される。種々の選択マーカーには、薬物（例えば、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、およびメトトレキサート）に対する耐性を付与するものが含まれる。選択マーカーをコードする核酸は、ＮＯＶＸをコードするベクターと同じベクターによって宿主細胞に導入され得るか、あるいは別々のベクターによって導入され得る。導入された核酸で安定にトランスフェクトされた細胞は、薬物選択によって同定され得る（例えば、選択マーカー遺伝子を取り込んだ細胞は生存するが、他の細胞は死滅する）。
【０５２０】
本発明の宿主細胞（例えば、培養中の原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞）は、ＮＯＶＸタンパク質を産生（すなわち、発現）するために使用され得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を産生するための方法を提供する。１つの実施形態において、本発明の方法は、ＮＯＶＸタンパク質が産生されるように、適切な培地中で本発明の宿主細胞（ここに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を包含する。別の実施形態において、本発明はさらに、培地または宿主細胞からＮＯＶＸタンパク質を単離する工程を包含する。
【０５２１】
（トランスジェニックＮＯＶＸ動物）
本発明の宿主細胞はまた、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得る。例えば、１つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、ＮＯＶＸタンパク質コード配列が導入された、受精卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、このような宿主細胞は、外因性のＮＯＶＸ配列がゲノムに導入された非ヒトトランスジェニック動物、または内因性のＮＯＶＸ配列が変更された相同組換え動物を作製するために使用され得る。このような動物は、ＮＯＶＸタンパク質の機能および／または活性を研究するため、ならびにＮＯＶＸタンパク質活性のモジュレーターを同定および／または評価するために有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」とは、その動物の１つ以上の細胞が、導入遺伝子を含む、非ヒト動物（好ましくは哺乳動物、より好ましくは、ラットまたはマウスのような齧歯類）である。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。導入遺伝子は、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノムに組み込まれていて、かつ成熟動物のゲノムに残存し、それによって、トランスジェニック動物の１つ以上の細胞型または組織においてコードされた遺伝子産物の発現を指示する、外因性のＤＮＡである。本明細書中で使用される場合、「相同（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ）組換え動物」とは、内因性のＮＯＶＸ遺伝子が、内因性の遺伝子と、その動物の発生の前にその動物の細胞（例えば、その動物の胚細胞）に導入された外因性のＤＮＡ分子との間の相同組換えによって変更されている、非ヒト動物（好ましくは哺乳動物、より好ましくはマウス）である。
【０５２２】
本発明のトランスジェニック動物は、ＮＯＶＸをコードする核酸を、（例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって）受精卵母細胞の雄性前核に導入すること、およびその卵母細胞を偽妊娠雌性養育動物（ｆｏｓｔｅｒ  ａｎｉｍａｌ）中で発達させることによって作製され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９のヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ配列は、非ヒト動物のゲノムに導入遺伝子として導入され得る。あるいは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログ（例えば、マウスのＮＯＶＸ遺伝子）は、ヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ（上記にさらに記載された）に対するハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた導入遺伝子中に含まれ得、その導入遺伝子の発現の効率を増大させ得る。組織特異的調節配列は、特定の細胞に対して、ＮＯＶＸタンパク質の発現を指示するように、ＮＯＶＸ導入遺伝子に作動可能に連結され得る。胚の操作およびマイクロインジェクションを介するトランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を作製するための方法は、当該分野で従来技術となっており、そして例えば、米国特許第４，７３６，８６６号；同第４，８７０，００９号；および同第４，８７３，１９１号；ならびにＨｏｇａｎ  １９８６、ＭＡＮＩＰＵＬＡＴＩＮＧ  ＴＨＥ  ＭＯＵＳＥ  ＥＭＢＲＹＯ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。同様の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニック創始（ｆｏｕｎｄｅｒ）動物は、そのゲノムにおけるＮＯＶＸ導入遺伝子の存在および／またはその動物の組織もしくは細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの発現に基づいて同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物は、導入遺伝子を有するさらなる動物を育種するために使用され得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物に交雑され得る。
【０５２３】
相同組換え動物を作製するために、ＮＯＶＸ遺伝子の少なくとも一部を含むベクターを調製する。ここで、この遺伝子は、欠失、付加、または置換が導入され、それによってそのＮＯＶＸ遺伝子が変更されている（例えば、機能的に破壊されている）。ＮＯＶＸ遺伝子は、ヒト遺伝子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９のｃＤＮＡ）であり得るが、より好ましくは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９のヒトのＮＯＶＸ遺伝子のマウスホモログは、マウスゲノムにおける内因性のＮＯＶＸ遺伝子を変更するのに適切な相同組換えベクターを構築するために使用され得る。１つの実施形態において、そのベクターは、相同組換えに際して、その内因性のＮＯＶＸ遺伝子が、機能的に破壊されるように設計される（すなわち、機能的タンパク質をもはやコードしない；「ノックアウト」ベクターともいわれる）。
【０５２４】
あるいは、このベクターは、相同組換えの際に、内因性ＮＯＶＸ遺伝子が変異されるか、さもなければ変更されるが、なお機能性タンパク質をコードするように設計され得る（例えば、上流の調節領域を変更して、それによって内因性ＮＯＶＸタンパク質の発現を変更し得る）。相同組換えベクターにおいて、ＮＯＶＸ遺伝子の変更された部分は、ＮＯＶＸ遺伝子のさらなる核酸によって、その５’末端および３’末端で隣接され、そのベクターによって保有される外因性ＮＯＶＸ遺伝子と胚性幹細胞中の内因性ＮＯＶＸ遺伝子との間で相同組換えが起こることを可能にする。このさらなる隣接するＮＯＶＸ核酸は、内因性遺伝子との首尾よい相同組換えに十分な長さである。代表的に、数キロベースの隣接ＤＮＡが５’末端および３’末端の両方で、そのベクターに含まれる。例えば、相同組換えベクターの記載について、Ｔｈｏｍａｓら（１９８７）Ｃｅｌｌ  ５１：５０３を参照のこと。このベクターは、その後（例えば、エレクトロポレーションによって）胚性幹細胞株に導入され、この導入されたＮＯＶＸ遺伝子が、内因性ＮＯＶＸ遺伝子と相同組換えされた細胞が、選択される。例えば、Ｌｉら（１９９２）Ｃｅｌｌ  ６９：９１５を参照のこと。
【０５２５】
次いで、この選択された細胞を、動物（例えば、マウス）の胚盤胞へ注入して、凝集キメラを形成する。例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ（１９８７）のＴＥＲＡＴＯＣＡＲＣＩＮＯＭＡＳ  ＡＮＤ  ＥＭＢＲＹＯＮＩＣ  ＳＴＥＭ  ＣＥＬＬＳ：Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ、Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ編、ＩＲＬ、Ｏｘｆｏｒｄ  １１３頁〜１５２頁を参照のこと。次いで、キメラ胚を、適切な偽妊娠雌性養母動物に移植し得、そしてこの胚を、分娩させ得る。それらの生殖細胞中に相同組換えＤＮＡを保有する子孫を使用して、この動物の全ての細胞が、導入遺伝子の生殖系列伝達によって、この相同組換えＤＮＡを含む動物を繁殖し得る。相同的組換えベクターおよび相同的組換え動物を構築するための方法が、以下にさらに記載される；Ｂｒａｄｌｅｙ  １９９１  Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２：８２３−８２９；ＰＣＴ国際公開番号：ＷＯ９０／１１３５４；ＷＯ９１／０１１４０；ＷＯ９２／０９６８；およびＷＯ９３／０４１６９。
【０５２６】
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含む、非ヒトトランスジェニック動物が産生され得る。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系の記載については、例えば、Ｌａｋｓｏら、１９９２、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：６２３２−６２３６を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である。Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら、１９９１、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５１：１３５１−１３５５を参照のこと。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系が導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が、必要となる。このような動物は、例えば、２種のトランスジェニック動物（一方は選択されたタンパク質をコードした導入遺伝子を含み、他方はリコンビナーゼをコードした導入遺伝子を含む）を交配することによる、「二重」トランスジェニック動物の構築によって提供され得る。
【０５２７】
本明細書中に記載されるトランスジェニック非ヒト動物のクローンはまた、Ｗｉｌｍｕｔら、１９９７、Ｎａｔｕｒｅ  ３８５：８１０−８１３に記載される方法に従って、産生され得る。簡単には、トランスジェニック動物由来の細胞（例えば、体細胞）を、単離し、そして成長サイクルから出し、そしてＧ０期に入らせるように誘導し得る。次いで、この静止細胞を、例えば、その静止細胞が単離されるのと同種の動物由来の、除核された卵母細胞へ、電気パルスの使用により、融合し得る。次いで、この再構築された卵母細胞を、この卵母細胞が桑実胚または未分化胚芽細胞に発達するように培養し、次いで、偽妊娠雌性養母動物に移す。この雌性養母動物が産生された子孫は、この細胞（例えば、体細胞）が単離される動物のクローンである。
【０５２８】
（薬学的組成物）
本発明のＮＯＶＸ核酸分子、ＮＯＶＸタンパク質、および抗ＮＯＶＸ抗体（これらはまた、本明細書中で、「活性化合物」とも呼ばれる）、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、およびホモログが、投与に適した薬学的組成物に組み込まれ得る。このような組成物は、典型的に、この核酸分子、タンパク質または抗体、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的な投与に適合性の、任意および全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤（ｄｅｌａｙｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）などを包含することが意図される。適切なキャリアは、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（当該分野の標準的参考文献であって、本明細書中に参考として援用される）の最新版に記載される。このようなキャリアまたは希釈剤の好ましい例としては、水、生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられるが、これらに限定されない。リポソームおよび非水性ビヒクル（例えば、不揮発性油）もまた、使用され得る。薬学的に活性な物質に対するこのような媒体および薬剤の使用は、当該分野で周知である。任意の従来の媒体または薬剤が、活性化合物と不適合である場合を除いて、この組成物におけるその使用が企図される。補助的な活性化合物もまた、この組成物へ組み込まれ得る。
【０５２９】
本発明の薬学的組成物は、その意図される投与経路と適合性であるように処方される。投与経路の例としては、非経口（例えば、静脈内、皮内、皮下）投与、経口（例えば、吸入）投与、経皮（すなわち、局所的）投与、経粘膜（ｔｒａｎｓｍｕｃｏｓａｌ）投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：注射用水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒のような、滅菌希釈剤；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような、抗菌剤；アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウムのような、抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）のような、キレート剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝液、および塩化ナトリウムまたはデキストロースのような、張度の調整のための薬剤。そのｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基で調整され得る。その非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または多用量バイアル中に入れられ得る。
【０５３０】
注入用途に適した薬学的組成物は、滅菌水溶液（ここでは、水溶性）または滅菌分散物、および滅菌注入可能溶液または滅菌注入可能分散物の即座の調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与のために、適切なキャリアには、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、その組成物は、無菌でなければならず、そして容易な注入性（ｓｙｒｉｎｇｅａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度に流動性であるべきである。これは、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして、細菌および真菌のような微生物の汚染行為に対して保護されなければならない。このキャリアは、例えば、以下を含む溶媒または分散媒体であり得る：水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）ならびにそれらの適切な混合物。適切な流動性が、例えば、レシチンのようなコーティングの使用によって、分散物の場合には、要求される粒子サイズを維持することによって、および界面活性剤を使用することによって、維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合、組成物中に等張剤（例えば、糖、ポリアルコール（例えば、マンニトール、ソルビトール）、塩化ナトリウム）を含むことが好ましい。その注入可能組成物の長期吸収は、吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）をその組成物に含ませることによってもたらされ得る。
【０５３１】
滅菌注射可能溶液は、必要量のこの活性化合物（例えば、ＮＯＶＸタンパク質または抗ＮＯＶＸ抗体）を、適切な溶媒中に、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせと共に組み込み、必要な場合、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般的に、分散物は、この活性化合物を、基本（ｂａｓｉｃ）の分散媒体と上記で列挙される成分からの必要とされる他の成分とを含む滅菌ビヒクル中へ組み込むことによって、調製される。滅菌注射可能溶液の調製のための滅菌粉末の場合において、調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、予め滅菌濾過されたその溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０５３２】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤へと圧縮され得る。経口治療投与の目的のために、この活性化合物は、賦形剤とともに組み込まれ得、そして錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、マウスウォッシュとしての使用のために流体キャリアを使用して調製され得、ここで、この流体キャリア中のこの化合物は、経口的に適用され、そして音を立てられ（ｓｗｉｓｈ）、そして吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および／またはアジュバント物質が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などが、以下の成分または同様の性質を有する化合物のいずれかを含み得る：結合剤（例えば、微結晶セルロース、ガムトラガントまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸、プリモゲル（Ｐｒｉｍｏｇｅｌ）、またはコーンスターチ）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはステロテス（Ｓｔｅｒｏｔｅｓ））；潤滑剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味剤（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは矯味矯臭剤（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香味料）。
【０５３３】
吸入による投与について、この化合物は、適切な噴霧剤（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む圧縮容器またはディスペンサー、あるいは噴霧器から、エアロゾル噴霧の形態で送達される。
【０５３４】
全身的投与はまた、経粘膜手段または経皮手段により得る。経粘膜投与または経皮投与について、浸透されるべき障壁に適切な浸透剤が、その処方物において使用される。このような浸透剤は、一般的に、当該分野で公知であり、そして、例えば、経粘膜投与については、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻噴霧または坐剤の使用によって達成され得る。経皮投与については、この活性化合物は、当該分野で一般的に公知である軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム剤へ処方される。
【０５３５】
この化合物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤基剤と共に）または貯留（ｒｅｎｔｅｎｔｉｏｎ）浣腸の形態で調製され得る。
【０５３６】
１つの実施形態において、この活性化合物は、身体からの迅速な排出に対してこの化合物を保護するキャリアを用いて調製される（例えば、制御放出処方物、これには、移植片およびマイクロカプセル化された送達系が挙げられる）。酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性の生体適合性ポリマーが使用され得る。このような処方物の調製のための方法は、当業者には明らかである。これらの物質はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手され得る。リポソーム懸濁物（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を感染させた細胞へ標的化されるリポソームを含む）もまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０５３７】
投与の容易さおよび投薬量の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態は、処置される被験体に対する単位投薬量として適切な物理的に個々の単位をいい；各単位は、必要とされる薬学的キャリアと関連して所望の治療的効果を生じるように計算された、所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、この活性化合物の固有の特徴、および達成される特定の治療効果、ならびに個体の処置のためにこのような活性化合物を調合する分野に固有の制限によって決定されるか、そしてこれらに直接依存する。
【０５３８】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、被験体へ、例えば静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）によって、または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって送達され得る。この遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中にこの遺伝子治療ベクターを含み得るか、またはこの遺伝子送達ビヒクルが組み込まれている徐放性マトリックスを含み得る。あるいは、この完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞からインタクトで産生され得（例えば、レトロウイルスベクター）、この薬学的調製物は、この遺伝子送達系を産生する１以上の細胞を含み得る。
【０５３９】
この薬学的組成物は、投与のための使用説明書と共に、容器、包装、またはディスペンサーに含まれ得る。
【０５４０】
（スクリーニング方法および検出方法）
本発明の単離された核酸分子は、以下にさらに説明されるように、ＮＯＶＸタンパク質を（例えば、遺伝子治療適用において宿主細胞中の組換え発現ベクターを介して）発現するため、（例えば、生物学的サンプルにおける）ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸ遺伝子における遺伝子損傷を検出するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために、使用され得る。さらに、このＮＯＶＸタンパク質は、このＮＯＶＸタンパク質の活性または発現を調節する薬物または化合物をスクリーニングするために、ならびにＮＯＶＸタンパク質の不十分もしくは過剰な産生によって、あるいはＮＯＶＸ野生型タンパク質と比較して減少した活性もしくは異常な活性を有するＮＯＶＸタンパク質形態の産生によって特徴付けられる障害（例えば；糖尿病（インスリン放出を調節する）；肥満（脂質を結合および輸送する）；肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、ならびに拒食症および慢性疾患および種々の癌に関連する消耗性障害、および感染性疾患（抗菌活性を有する）、および種々の異脂肪血症）を処置するために、使用され得る。さらに、本発明の抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質を検出および単離するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために、使用され得る。なおさらなる局面において、本発明は、正の様式および負の様式の両方で、食欲、栄養の吸収、および代謝基質の処理に影響するための方法において用いられ得る。
【０５４１】
本発明は、さらに、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される新規の薬剤、および上記に記載されるような処置のためのそれらの使用に関する。
【０５４２】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、ＮＯＶＸタンパク質に結合するか、あるいは例えば、ＮＯＶＸタンパク質の発現またはＮＯＶＸタンパク質の活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、調節因子、すなわち、（候補化合物もしくは候補薬剤または試験化合物もしくは試験薬剤（例えば、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子または他の薬物））を同定するための方法（本明細書中において「スクリーニングアッセイ」とも称される）を提供する。本発明はまた、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定された化合物を含む。１実施形態において、本発明は、ＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸポリペプチド、あるいはその生物学的に活性な部分の膜結合形態に結合するか、またはその膜結合形態の活性を調節する、候補化合物もしくは試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー法における多数のアプローチのいずれかを使用して得られ得、このライブラリーには、以下が挙げられる：生物学的ライブラリー；空間的に位置付け可能な並行固相ライブラリーもしくは溶液相ライブラリー；逆重畳（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｉｏｎ）を要する合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチはペプチドライブラリーに限定されるが、他の４つのアプローチは、ペプチド、非ペプチドオリゴマーもしくは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である。例えば、Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  １２：１４５を参照のこと。
【０５４３】
本明細書中で使用される場合、「低分子」とは、約５ｋＤ未満の分子量、最も好ましくは約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物をいうように意味される。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、糖質、脂質または他の有機分子もしくは無機分子であり得る。化学的混合物および／または生物学的混合物（例えば、真菌抽出物、細菌抽出物または藻類抽出物）のライブラリーは、当該分野で公知であり、そして本発明のアッセイのいずれかを用いてスクリーニングされ得る。
【０５４４】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当該分野において、例えば以下に見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６９０９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３。
【０５４５】
化合物のライブラリーは、溶液中（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、あるいはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌上（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子上（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２３３，４０９号）、プラスミド上（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６３７８〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号）において提示され得る。
【０５４６】
１つの実施形態において、アッセイは細胞ベースのアッセイであり、ここで、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上に発現する細胞が、試験化合物と接触され、そしてこの試験化合物が、ＮＯＶＸタンパク質に結合する能力が、決定される。例えば、細胞は、哺乳動物起源または酵母細胞であり得る。この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力の決定は、例えば、その試験化合物を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせて、その結果、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に対するこの試験化合物の結合が、複合体におけるその標識化合物を検出することによって決定され得ることによって、達成され得る。例えば、試験化合物は、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで直接的または間接的のいずれかで標識され得、そしてその放射性同位体が、放射線放射の直接の計数により、またはシンチレーション計数により、検出され得る。あるいは、試験化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そしてこの酵素的標識が、生成物への適切な基質の転換を決定することにより、検出され得る。１つの実施形態において、このアッセイは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質、またはその生物学的に活性な部分をその細胞表面上に発現する細胞を、ＮＯＶＸと結合する既知の化合物と接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物に試験化合物を接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０５４７】
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、これは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上で発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物が、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物が、ＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子に結合する能力またはこれら標的分子と相互作用する能力を決定することによって、達成され得る。本明細書中において使用する場合には、「標的分子」とは、ＮＯＶＸタンパク質が天然に結合または相互作用する分子であり、例えば、ＮＯＶＸ相互作用タンパク質を発現する細胞表面上の分子、第二の細胞表面上の分子、細胞外環境中の分子、細胞膜の内面と会合する分子、または細胞質分子である。ＮＯＶＸ標的分子は、非ＮＯＶＸ分子あるいは本発明のＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸポリペプチドであり得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸ標的分子は、シグナル伝達経路の構成要素であり、これは、細胞膜を通る細胞内への細胞外シグナル（例えば、化合物が膜結合ＮＯＶＸ分子に結合することにより発生するシグナル）の伝達を促進する。その標的は、例えば、触媒活性を有する第二の細胞内タンパク質、または下流シグナル伝達分子とＮＯＶＸとの会合を容易にするタンパク質であり得る。
【０５４８】
ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、直接的結合を決定するための上記方法の１つにより、達成され得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、その標的分子の活性を決定することにより、達成され得る。例えば、この標的分子の活性は、その標的の細胞性セカンドメッセンジャー（すなわち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）の誘導を検出すること、適切な基質への標的の触媒活性／酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（検出可能なマーカー（例えば、ルシフェラーゼ）をコードする核酸に作動可能に連結されたＮＯＶＸ応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出すること、または細胞応答（例えば、細胞生存、細胞分化、または細胞増殖）を検出することにより、決定され得る。
【０５４９】
なお別の実施形態において、本発明のアッセイは、無細胞（ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ）アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を決定する工程を包含する。ＮＯＶＸタンパク質へのこの試験化合物の結合は、上記のように、直接的または間接的のいずれかで決定され得る。１つのこのような実施形態において、このアッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸを結合する既知の化合物に接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０５５０】
さらに別の実施形態において、アッセイは、無細胞アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物がＮＯＶＸの活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子に結合する能力を、直接的結合の決定のための上記方法の１つによって決定することにより、達成され得る。代替の実施形態において、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質の活性を調節する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子をさらに調節する能力を決定することにより、達成され得る。例えば、適切な基質に対するこの標的分子の触媒活性／酵素活性は、上記のように決定され得る。
【０５５１】
なお別の実施形態において、無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸタンパク質を結合する既知の化合物に接触させてアッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子と優先的に結合するか、またはその標的分子の活性を優先的に調節する能力を決定する工程を包含する。
【０５５２】
本発明の無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質の、可溶性形態または膜結合形態の両方の使用に受け入れられる。膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、ＮＯＶＸタンパク質の膜結合形態が溶液中に維持されるように、可溶化剤を利用することが所望され得る。このような可溶化剤の例には、非イオン性界面活性剤、例えば、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ、Ｎ−ドデシル−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳ）、または３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳＯ）が挙げられる。本発明の上記アッセイ方法の１つより多い実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子のいずれかを固定して、そのタンパク質の一方または両方の非複合形態からの複合形態の分離を促進すること、およびそのアッセイの自動化に適合させることが、所望され得る。候補化合物の存在下および非存在下での、ＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合、またはＮＯＶＸタンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するために適切な任意の容器内で、達成され得る。このような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、および微小遠心管が挙げられる。１実施形態において、そのタンパク質の一方または両方がマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質またはＧＳＴ標的融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いでこれらは、試験化合物と合わせられるか、あるいは試験化合物と未吸着標的タンパク質またはＮＯＶＸタンパク質のいずれかとが合わされ、そしてこの混合物が、複合体形成を誘導する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートされる。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルが洗浄されて、結合していないあらゆる成分が除去され、ビーズの場合にはマトリックスが固定され、例えば上記のように、複合体が直接的または間接的のいずれかで決定される。あるいは、複合体がマトリックスから解離され得、そしてＮＯＶＸタンパク質の結合レベルまたは活性レベルが、標準的な技術を使用して決定され得る。
【０５５３】
タンパク質をマトリックスに固定するための他の技術もまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子のいずれかが、ビオチンとストレプトアビジンとの結合を利用して、固定され得る。ビオチン化ＮＯＶＸタンパク質またはビオチン化標的分子は、当該分野において周知の技術（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から調製され得、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルに固定され得る。あるいは、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性であるがＮＯＶＸタンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体が、そのプレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的またはＮＯＶＸタンパク質が、抗体の結合によってウェル内に捕捉され得る。このような複合体を検出するための方法には、ＧＳＴ固定複合体に関しての上記で述べた方法に加えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する複合体の免疫検出、ならびにＮＯＶＸタンパク質または標的分子に関する酵素活性の検出に依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
【０５５４】
別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレーターは、細胞を候補化合物と接触させ、そして細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現を決定する方法において同定される。候補化合物の存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルが、候補化合物の非存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ発現またはＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレーターとして同定され得る。例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下において大きい（すなわち、統計的に有意に大きい）場合、この候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現の刺激物質として同定される。あるいは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりその存在下において少ない（統計的に有意に少ない）場合、この候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現のインヒビターとして同定される。細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質を検出するための本明細書中に記載された方法によって決定され得る。
【０５５５】
本発明のなお別の局面において、ＮＯＶＸタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら（１９９３）Ｃｅｌｌ  ７２：２２３−２３２；Ｍａｄｕｒａら、１９９３  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６−１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら、１９９３  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０−９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら、１９９３  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）において「餌（ベイト）（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて、ＮＯＶＸに結合するかまたはこれと相互作用し、そしてＮＯＶＸ活性を調節する他のタンパク質（「ＮＯＶＸ結合タンパク質」または「ＮＯＶＸ−ｂｐ」）を同定し得る。このようなＮＯＶＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＮＯＶＸ経路の上流エレメントまたは下流エレメントとして、ＮＯＶＸタンパク質によるシグナル増幅に関与する可能性がある。ツーハイブリッドシステムは、分離可能なＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる、大部分の転写因子のモジュール的性質に基づく。簡潔には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。一方の構築物においては、ＮＯＶＸをコードする遺伝子が、公知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他方の構築物においては、ＤＮＡ配列のライブラリー由来の、未同定タンパク質（「プレイ」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列が、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「ベイト」タンパク質および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用して、ＮＯＶＸ依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、非常に近くになる。この近位にあることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写が可能になる。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが、単離され得、そしてＮＯＶＸと相互作用するタンパク質をコードするクローン化された遺伝子を得るために使用され得る。
【０５５６】
本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイにより同定される新規な薬剤および本明細書中に記載されるような処置のためのこの薬剤の使用に関する。
【０５５７】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定されるｃＤＮＡ配列の一部分またはフラグメント（および対応する完全な遺伝子配列）は、ポリヌクレオチド試薬として多くの方法で使用され得る。例えば（限定はされない）、これらの配列を使用して、（ｉ）染色体上にそれら各々の遺伝子をマッピングし得；これにより、遺伝性疾患に関連する遺伝子領域を位置決めし得る（ｉｉ）微量の生物学的サンプルから個体を同定し得る（組織型決定）；および（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的識別を助け得る。これらの適用のうちのいくつかは、以下の節において記載される。
【０５５８】
（染色体マッピング）
一旦、遺伝子の配列（または配列の一部分）が単離されると、この配列を用いて染色体上にこの遺伝子の位置をマッピングし得る。このプロセスは、染色体マッピングとよばれる。従って、ＮＯＶＸ配列の一部またはフラグメント、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９、またはそのフラグメントもしくは誘導体を用いて、そのＮＯＶＸ遺伝子の位置を、それぞれ、染色体上にマッピングし得る。ＮＯＶＸ配列を染色体にマッピングすることは、これらの配列と、疾患と関連する遺伝子とを相関付ける際の重要な第一歩である。
【０５５９】
簡潔には、ＮＯＶＸ遺伝子は、ＮＯＶＸ配列からＰＣＲプライマー（好ましくは、１５〜２５ｂｐの長さ）を調製することにより染色体にマッピングし得る。ＮＯＶＸ配列のコンピューター分析を用いて、ゲノムＤＮＡにおける１つを超えるエキソンにまたがらないプライマーを迅速に選択し得、従って、増幅プロセスを複雑にし得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングのために使用され得る。ＮＯＶＸ配列に対応するヒト遺伝子を含むハイブリッドのみが、増幅されたフラグメントを生じる。
【０５６０】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞（例えば、ヒト細胞およびマウス細胞）を融合することにより調製される。ヒト細胞およびマウス細胞のハイブリッドが増殖および分裂するにつれ、それらは、無作為な順序で徐々にヒト染色体を失うが、マウス染色体を維持する。マウス細胞は特定の酵素を欠くので、マウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を使用することにより、必要な酵素をコードする遺伝子を含む１つのヒト染色体が維持される。種々の培地を使用することによって、ハイブリッド細胞株群が確立され得る。一群中の各細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体いずれかおよびマウス染色体の完全なセットを含み、これにより、個々の遺伝子を特定のヒト染色体に容易にマッピングすることが可能になる。例えば、Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２０：９１９−９２４を参照のこと。ヒト染色体のフラグメントのみを含む体細胞ハイブリッドはまた、転座および欠失を伴うヒト染色体を使用することにより生成され得る。
【０５６１】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の染色体に特定の配列を割り当てるためには迅速な手順である。１つのサーマルサイクラーを用いて、一日に３つ以上の配列が割り当てられ得る。ＮＯＶＸ配列を使用して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計すると、部分位置決定（ｓｕｂｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）が、特定の染色体由来のフラグメント群を用いて、達成され得る。
【０５６２】
中期染色体スプレッドに対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに使用して、一工程で正確な染色体位置を提供し得る。染色体スプレッドは、コルセミド（染色体紡錘体を破壊する）のような化学物質により分裂が中期においてブロックされた細胞を使用して、行われ得る。これらの染色体は、トリプシンで短時間処理され得、次いで、ギムザ染色され得る。薄いバンドおよび濃いバンドのパターンが各染色体で発生し、その結果、これらの染色体は、個々に同定され得る。ＦＩＳＨ技術は、５００塩基または６００塩基ほどの短さのＤＮＡ配列と共に使用され得る。しかし、１，０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で、独特の染色体位置に結合する可能性がより高い。好ましくは、１，０００塩基、そしてより好ましくは、２，０００塩基が妥当な時間量で良好な結果を得るために十分である。この技術の総説については、Ｖｅｒｍａら、ＨＵＭＡＮ  ＣＨＲＯＭＯＳＯＭＥＳ：Ａ  ＭＡＮＵＡＬ  ＯＦ  ＢＡＳＩＣ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ（Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８８）を参照のこと。
【０５６３】
染色体マッピングの試薬は、単一の染色体またはその染色体上の単一部位を印付けするために個々に使用され得るか、または試薬の群が、複数部位および／または複数染色体を印付けするために使用され得る。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、実際に、マッピング目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内に保存されており、従って、染色体マッピングの間に交叉ハイブリダイゼーションの機会が増大する可能性が高い。
【０５６４】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、染色体上のその配列の物理的位置は、遺伝子マップデータと相関し得る。このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，ＭＥＮＤＥＬＩＡＮ  ＩＮＨＥＲＩＴＡＮＣＥ  ＩＮ  ＭＡＮ（Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｗｅｌｃｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙを通じてオンラインで入手可能）において見いだされる。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）によって同定され得る。
【０５６５】
さらに、ＮＯＶＸ遺伝子と関連する疾患に罹患した個体と、この疾患に罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における差異が、決定され得る。罹患した個体の何人かまたは全てにおいて変異が認められるが、非罹患個体のいずれにおいても認められない場合、この変異は、その特定の疾患の候補因子である可能性がある。罹患個体と非罹患個体との比較は、一般に、染色体における構造的変化（例えば、染色体スプレッドから可視であるか、またはそのＤＮＡ配列に基づいたＰＣＲを用いて検出可能な、欠失または転座）を最初に探すことを包含する。最終的に、何人かの個体に由来する遺伝子の完全な配列決定を行って、変異の存在を確認し、かつ多型に由来する変異を区別し得る。
【０５６６】
（組織型決定（ｔｉｓｓｕｅ  ｔｙｐｉｎｇ））
本発明のＮＯＶＸ配列は、わずかな生物学的サンプルから個体を識別するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、そして同定のために独特のバンドを生成するためにサザンブロット上でプローブされる。本発明の配列は、ＲＦＬＰ（米国特許第５，２７２，０５７号に記載の「制限断片長多型」）のためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である。さらに、本発明の配列を用いて、個体のゲノムの選択された部分について実際の塩基ごとにＤＮＡ配列を決定する代替的技術を提供し得る。従って、本明細書中に記載のＮＯＶＸ配列を用いて、その配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを使用して、個体のＤＮＡを増幅し得、引き続いて、配列決定し得る。
【０５６７】
このように調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列群は、各個体が、対立遺伝子差異に起因するこのようなＤＮＡ配列の独特のセットを有するので、唯一の個体同定を提供し得る。本発明の配列は、個体由来および組織由来の配列のこのような同定を得るために使用され得る。本発明のＮＯＶＸ配列は、ヒトゲノムの部分を独特に表す。対立遺伝子の変化形は、これらの配列のコード領域においてある程度生じ、そして非コード領域においてより大きな程度に生じる。個々のヒト間での対立遺伝子の変化形は、各５００塩基につき約１回の頻度で生じると見積もられる。対立遺伝子変化形の多さは、制限フラグメント長多型（ＲＦＬＰ）を含むヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に起因する。
【０５６８】
本明細書中で記載の配列の各々は、ある程度、標準物質（これに対して個体からのＤＮＡが同定の目的で比較され得る）として使用され得る。より多くの多型が非コード領域で生じるので、個体を区別するために、それほど多くの配列が必要であるわけではない。非コード配列は、おそらく１０〜１，０００個のプライマーの一群を用いてポジティブな個体同定を不自由なく提供し得る。これらのプライマーは、各々が１００塩基の増幅された非コード配列を生じる。推定コード配列（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、および５９における配列）が使用される場合、ポジティブな個体同定に関するプライマーのより適切な数は、５００〜２，０００である。
【０５６９】
（予測医療）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬理ゲノミクスおよびモニタリング臨床試験が、予後（予測）目的に使用され、これによって個体を予防的に処置する、予測医療の分野に関する。従って、本発明の１つの局面は、ＮＯＶＸタンパク質および／またはＮＯＶＸ核酸の発現、ならびにＮＯＶＸの活性を、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、組織）の関連で決定し、これによって、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連する、疾患または障害に個体が罹患しているかどうか、あるいはその障害を発症するリスクがあるかどうかを決定する。これらの障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満、感染症、食欲不振、癌関連悪疫質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、および種々の脂質代謝障害、肥満に関連する代謝障害、代謝異常症候群Ｘならびに慢性疾患および種々の癌に関連する消耗障害が挙げられる。本発明はまた、個体が、ＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸ核酸の発現または活性と関連した障害を発症するリスクがあるかどうかを決定するための予後的（または予測的）アッセイを提供する。例えば、ＮＯＶＸ遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後目的または予測目的に使用され得、これによってＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸ核酸の発現または生物学的活性によって特徴付けられるかまたはそれに関連した障害の発病の前に、個体を予防的に処置し得る。
【０５７０】
本発明の別の局面は、個体におけるＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸ核酸の発現または活性を決定するための方法を提供し、これによって、その個体についての適切な治療因子または予防因子を選択する（本明細書において「薬理ゲノミクス」とよばれる）。薬理ゲノミクスは、個体の遺伝型（例えば、特定の因子に対して応答する個体の能力を決定するために試験された個体の遺伝型）に基づいた、個体の治療的処置または予防的処置のための因子（例えば、薬物）の選択を可能にする。
【０５７１】
本発明のなお別の局面は、臨床試験におけるＮＯＶＸの発現または活性に対する因子（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることに関する。
【０５７２】
これらおよび他の因子は、以下の節でさらに詳細に記載される。
【０５７３】
（診断アッセイ）
生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在または非存在を検出するための例示的な方法は、試験被験体から生物学的サンプルを得る工程、およびその生物学的サンプルをＮＯＶＸのタンパク質またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）を検出し得る化合物もしくは因子と接触させ、その結果、ＮＯＶＸの存在が、その生物学的サンプルにおいて検出される工程を包含する。ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出するための因子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし得る、標識された核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、全長のＮＯＶＸの核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７および５９の核酸またはそれらの一部）（例えば、少なくとも、１５、３０、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、ストリンジェントな条件下でＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするに十分である核酸）であり得る。本発明の診断アッセイにおける使用のための他の適切なプローブは、本明細書において記載されている。
【０５７４】
ＮＯＶＸタンパク質を検出するための因子は、ＮＯＶＸタンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナルであり得るか、またはより好ましくはモノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。用語「標識（された）」とは、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をそのプローブもしくは抗体にカップリングさせる（すなわち、物理的に連結する）ことによってそのプローブまたは抗体を直接標識すること、ならびに、直接標識された別の試薬との反応性によってそのプローブもしくは抗体を間接的に標識することを包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を用いた一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンを用いて検出され得るようなＤＮＡプローブのビオチンを用いた末端標識が挙げられる。用語「生物学的サンプル」とは、被験体から単離された、組織、細胞および生物学的流体ならびに被験体に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を用いて、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡを、生物学的サンプル中で、インビトロおよびインビボで検出し得る。例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。ＮＯＶＸタンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光が挙げられる。ＮＯＶＸのゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、ＮＯＶＸタンパク質の検出のためのインビボ技術としては、標識された抗ＮＯＶＸ抗体を被験体に導入することが挙げられる。例えば、その抗体は、放射性マーカーを用いて標識され得る。被験体における放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像化技術によって検出され得る。
【０５７５】
１つの実施形態において、この生物学的サンプルは、その試験被験体由来のタンパク質分子を含む。あるいは、その生物学的サンプルは、その試験被験体由来のｍＲＮＡ分子またはその試験被験体由来のゲノムＤＮＡ分子を含み得る。好ましい生物学的サンプルは、被験体から従来の手段によって単離された末梢血白血球サンプルである。
【０５７６】
別の実施形態において、本発明の方法はさらに、コントロール被験体からコントロール生物学的サンプルを得る工程、そのコントロールサンプルを、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物もしくは因子と接触させ、その結果、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在がその生物学的サンプルにおいて検出される工程、およびそのコントロールサンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在と、その試験サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在とを比較する工程を包含する。
【０５７７】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在を検出するためのキットを包含する。例えば、このキットは、以下を備え得る：生物学的サンプルにおいてＮＯＶＸのタンパク質またはｍＲＮＡを検出し得る、標識された化合物もしくは因子；そのサンプルにおいてＮＯＶＸの量を決定するための手段；およびそのサンプルにおけるＮＯＶＸの量と標準とを比較するための手段。この化合物または因子は、適切な容器内に包装され得る。このキットは、さらに、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸を検出するためにキットを用いるための指示書を備え得る。
【０５７８】
（予後アッセイ）
本明細書において記載された診断方法をさらに利用して、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連した疾患もしくは障害を有するか、またはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。例えば、本明細書に記載されるアッセイ（例えば、上述の診断アッセイまたは下記のアッセイ）を利用して、ＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性に関連する障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。あるいは、この予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患もしくは障害を同定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルは、被験体から得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）が検出され、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体についての診断指標である。本明細書において使用される場合「試験サンプル」とは、目的の被験体から得られた生物学的サンプルをいう。例えば、試験サンプルは、生物学的流体（例えば、血清）、細胞サンプル、または組織であり得る。
【０５７９】
さらに、本明細書に記載される予後アッセイを使用して、被験体に因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補）を投与してＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を処置し得るか否かを、決定し得る。例えば、このような方法を使用して、被験体が障害のための因子で有効に処置され得るか否かを決定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害のための因子を用いて、被験体が有効に処置され得るか否かを決定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルが得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸が検出される（例えば、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、この因子が投与されてＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害が処置され得る被験体についての、診断指標である）。
【０５８０】
本発明の方法はまた、ＮＯＶＸ遺伝子における遺伝的損傷を検出し、それによって、その損傷遺伝子を有する被験体が異常な細胞増殖および／または分化によって特徴付けられる障害についての危険性を有するか否かを決定するためにも使用され得る。種々の実施形態において、この方法は、その被験体由来の細胞のサンプルにおいて、ＮＯＶＸタンパク質をコードする遺伝子の統合性に影響を与える少なくとも１つの変更によって特徴付けられる遺伝的損傷の存在または非存在、あるいはＮＯＶＸ遺伝子の誤発現を検出する工程を包含する。例えば、そのような遺伝的損傷は、以下の少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：（ｉ）ＮＯＶＸ遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失；（ｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加；（ｉｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、（ｉｖ）ＮＯＶＸ遺伝子の染色体再配置；（ｖ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける変更、（ｖｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の異常修飾（例えば、ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの異常修飾）、（ｖｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、（ｖｉｉｉ）ＮＯＶＸタンパク質の非野生型レベル、（ｉｘ）ＮＯＶＸ遺伝子の対立遺伝子の欠失、ならびに（ｘ）ＮＯＶＸタンパク質の不適切な翻訳後修飾。本明細書において記載されるように、当該分野において、ＮＯＶＸ遺伝子における損傷を検出するために使用され得る、多数の公知のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的サンプルは、従来手段によって被験体から単離された末梢血白血球サンプルである。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプルが使用され得、これには、例えば、頬粘膜細胞が挙げられる。
【０５８１】
特定の実施形態において、損傷の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、あるいは、連結連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０；およびＮａｋａｚａｗａら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３６０−３６４を参照のこと）におけるプローブ／プライマーの使用を包含する。後者は、ＮＯＶＸ遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る（Ａｂｒａｖａｙａら，１９９５  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２３：６７５−６８２を参照のこと）。この方法は、患者から細胞サンプルを収集する工程、核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）をそのサンプルの細胞から単離する工程、ＮＯＶＸの遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーとその核酸サンプルとを、ＮＯＶＸ遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で接触させる工程、ならびに増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程、またはその増幅産物のサイズを検出する工程およびその長さをコントロールサンプルと比較する工程を包含し得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される技術のいずれかとともに予備的増幅工程として使用されることが望ましくあり得ることが予想される。代替的な増幅方法としては、以下が挙げられる：自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８を参照のこと）、転写増幅系（Ｋｗｏｈら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７を参照のこと）、Ｑβレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７を参照のこと）、または任意の他の核酸増幅法、そして当業者に周知の技術を使用する増幅分子の検出が続く。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に極少数で存在する場合に、そのような核酸分子の検出のために特に有用である。
【０５８２】
代替の実施形態において、サンプル細胞由来のＮＯＶＸ遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールのＤＮＡが単離され、増幅され（必要に応じて）、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼを用いて消化され、そしてフラグメント長の大きさがゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルＤＮＡとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長の大きさにおける差異は、そのサンプルＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的なリボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９３，５３１号を参照のこと）を使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失による特定の変異の存在についてスコア付けし得る。
【０５８３】
他の実施形態において、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、サンプル核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイにハイブリダイズさせることによって同定され得る。例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌら（１９９６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２：７５３−７５９を参照のこと。例えば、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎら（前出）に記載されるように光生成ＤＮＡプローブを含む二次元アレイにおいて同定され得る。手短には、プローブの第一ハイブリダイゼーションアレイを用いて、サンプルおよびコントロールにおける長いストレッチのＤＮＡにわたって走査し、連続的に重複するプローブの線形アレイを作成することによって、その配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程に第二のハイブリダイゼーションアレイが続き、これは、検出される全ての改変体または変異体に相補的な、より小さな特化されたプローブアレイを用いることによる特定の変異の特徴付けを可能にする。各変異アレイは、一方が野生型遺伝子に対して相補的であり、そして他方が変異遺伝子に対して相補的である並行プローブセットから構成される。
【０５８４】
なお別の実施形態において、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、ＮＯＶＸ遺伝子を直接配列決定し得、そしてサンプルＮＯＶＸ配列の配列と対応する野生型（コントロール）配列とを比較することによって、変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ  ７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５４６３によって開発された技術に基づく反応が挙げられる。診断アッセイを実施する場合、種々の自動化配列決定手順のいずれかを利用し得ることもまた意図される（例えば、Ｎａｅｖｅら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８を参照のこと）。これらには、質量分析法による配列決定法（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  ３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９を参照のこと）が挙げられる。
【０５８５】
ＮＯＶＸ遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断試薬からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡもしくはＲＮＡ／ＤＮＡのヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出する方法が挙げられる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２を参照のこと。一般に、「ミスマッチ切断」の当該分野の技術は、野生型のＮＯＶＸ配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織サンプルから得られた潜在的な変異体ＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることによって形成されるヘテロ二重鎖を提供する工程によって始まる。この二本鎖の二重鎖を、二重鎖の一本鎖領域（例えば、そのコントロールとサンプルの鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するもの）を切断する因子を用いて処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖を、ＲＮａｓｅを用いて処理し得、そしてＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを、そのミスマッチ領域を酵素的に消化するために、Ｓ１ヌクレアーゼで処理し得る。他の実施形態において、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡのいずれかの二重鎖を、ミスマッチ領域を消化するために、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、およびピペリジンで処理し得る。そのミスマッチ領域の消化後、次いで、得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上で、大きさにより分離して、変異の部位を決定する。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。１つの実施形態において、コントロールのＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
【０５８６】
なお別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、二本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を、細胞のサンプルから得られたＮＯＶＸ  ｃＤＮＡにおける点変異を検出およびマッピングするために規定された系において使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチでＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチでＴを切断する。例えば、Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７〜１６６２を参照のこと。例示的な実施形態に従って、ＮＯＶＸ配列（例えば、野生型ＮＯＶＸ配列）に基づくプローブは、試験細胞由来のｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、ＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理され、そしてその切断産物（もしあれば）は、電気泳動プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。他の実施形態において、電気泳動の移動度における変化は、ＮＯＶＸ遺伝子における変異を同定するために使用される。例えば、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）は、変異体と野生型核酸との間の電気泳動の移動度における差異を検出するために使用され得る。例えば、Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ：８６：２７６６；Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４；Ｈａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９を参照のこと。サンプルおよびコントロールＮＯＶＸ核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは、変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動の移動度において得られる変化は、１つの塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識され得るか、または標識されたプローブを用いて検出され得る。アッセイの感度は、ＤＮＡよりもむしろ、二次構造が配列中の変化に対してより感受性であるＲＮＡを使用することによって増強され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度における変化に基づいて二本鎖のヘテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．７：５を参照のこと。
【０５８７】
なお別の実施形態において、一定勾配の変性剤を含有するポリアクリルアミドゲルにおける変異体または野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５を参照のこと。ＤＧＧＥが分析の方法として使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲにより約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、完全には変性されないことを確実にするように改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールＤＮＡおよびサンプルＤＮＡの移動度における差異を同定するために、変性剤勾配の代わりに使用される。例えば、ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３を参照のこと。
【０５８８】
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、既知の変異が中心的に配置されるように調製され得、次いで、完全なマッチが見出される場合にのみハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされる。例えば、Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６２３０を参照のこと。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に付着され、そして標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされる場合に、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたは多くの異なる変異にハイブリダイズされる。
【０５８９】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術は、本発明と合わせて使用され得る。特異的増幅のためのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心において（その結果、増幅は、差示的ハイブリダイゼーションに依存する）（例えば、Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８を参照のこと）か、あるいは適切な条件下でミスマッチがポリメラーゼ伸長を妨げるかまたは減少し得る、１つのプライマーの３’の最末端で、（例えば、Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ．１１：２３８を参照のこと）目的の変異を保有し得る。さらに、切断に基づく検出を行うために、変異領域に新規な制限部位を導入することが、望ましくあり得る。例えば、Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１を参照のこと。特定の実施形態において、増幅はまた、増幅用Ｔａｑリガーゼを使用して実施され得ることが予測される。例えば、Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９を参照のこと。このような場合において、連結は、５’配列の３’末端に完全なマッチが存在する場合にのみ生じ、増幅の存在または非存在を探索することによって、特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。本明細書中に記載される方法は、例えば、本明細書中に記載される少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実施され得、これは、例えば、ＮＯＶＸ遺伝子を含む疾患または疾病の症状または家族病歴を示す患者を診断するための臨床的設定において好都合に使用され得る。
【０５９０】
さらに、ＮＯＶＸが発現される任意の細胞型または組織（好ましくは、末梢血白血球）は、本明細書中に記載される予後アッセイにおいて利用され得る。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプル（例えば、頬粘膜細胞を含む）が、使用され得る。
【０５９１】
（薬理ゲノム学（Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
ＮＯＶＸ活性（例えば、ＮＯＶＸ遺伝子発現）に対する刺激効果または阻害効果を有する因子、すなわちモジュレーターは、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるように、障害（この障害は、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、および種々の異常脂肪性浮腫、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗障害を含む）を（予防的または治療的に）処置するために個体に投与され得る。このような処置と合わせて、個体の薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と外来の化合物または薬物に対するその個体の応答との間の関係についての研究）が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗を導き得る。従って、個体の薬理ゲノム学は、個体の遺伝子型の考慮に基づく予防的処置または治療的処置のために有効な因子（例えば、薬物）の選択を可能にする。このような薬理ゲノム学は、さらに、適切な投薬量および治療レジメンを決定するために使用され得る。従って、ＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸ遺伝子の変異含量が決定されて、それによって個体の治療的処置または予防的処置のために適切な因子を選択し得る。
【０５９２】
薬理ゲノム学は、罹患した人において変更された薬物の性質および異常な作用に起因する、薬物への応答における臨床的に有意な遺伝的変動を扱う。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ、１９９６、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．，２３：９８３〜９８５；Ｌｉｎｄｅｒ、１９９７、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．，４３：２５４〜２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理ゲノム学的状態が、区別され得る。薬物が身体に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物作用）、または身体が薬物に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物代謝）。これらの薬理ゲノム学的状態は、稀な欠損としてか、または多型としてのいずれかで生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠損は、一般的な遺伝性酵素病であり、この主な臨床的合併症は、酸化剤薬物（抗マラリア剤、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの摂食後の溶血である。
【０５９３】
例示的な実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびシトクロムＰ４５０酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多型の発見は、幾人かの患者が予期される薬物効果を得ないか、または標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に過大な薬物応答および深刻な毒性を示す理由に関しての説明を提供した。これらの多型は、集団において２つの表現型（高い代謝能を持つ人（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および低い代謝能を持つ人（ｐｏｏｒ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ））で表現される。ＰＭの有病率は、異なる集団の間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型であり、そしていくつかの変異がＰＭにおいて同定されており、この全ては機能的ＣＹＰ２Ｄ６の非存在に至る。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低い代謝能を持つ人は、標準的な用量を受ける場合に、かなり頻繁に過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が活性な治療的部分である場合、そのＣＹＰ２Ｄ６によって形成される代謝産物であるモルヒネによって媒介されるコデインの鎮痛効果について実証されるように、ＰＭは治療的応答を示さない。他の極端なものは、標準的な用量に応答しない、いわゆる超迅速な代謝能を持つ人である。最近、超迅速な代謝の基準となる分子は、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に起因していることが同定されている。
【０５９４】
従って、ＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸ遺伝子の変異内容を決定して、それによって、その個体の治療的処置または予防的処置のために適切な因子を決定し得る。さらに、薬理ゲノム学の研究を使用して、個体の薬物応答性の表現型の同定のために薬物代謝酵素をコードする多型対立遺伝子の遺伝子型決定（ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ）に適用し得る。この知見は、用量または薬物選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、従って、被験体をＮＯＶＸの調節因子（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイの１つによって同定される調節因子）を用いて処置する場合に治療的効率または予防的効率を増強し得る。
【０５９５】
（臨床試験中の効果のモニタリング）
ＮＯＶＸの発現または活性（例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調節する能力）に対する因子（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることは、基本的な薬物スクリーニングだけでなく臨床試験にも適用され得る。例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを増加するため、またはＮＯＶＸ活性をアップレギュレートするために決定される因子の効力は、減少したＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートされたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。あるいは、スクリーニングアッセイによって、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを減少するため、またはＮＯＶＸの活性をダウンレギュレートするために決定される因子の効力は、増加したＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートされたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。このような臨床試験において、ＮＯＶＸの発現または活性、および好ましくは、例えば、細胞増殖または免疫障害に関与する他の遺伝子が、「リードアウト（読み出し）（ｒｅａｄ  ｏｕｔ）」、すなわち、特定の細胞の免疫応答性のマーカーとして使用され得る。
【０５９６】
例えば、ＮＯＶＸを含む遺伝子（これは、ＮＯＶＸ活性（例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される）を調節する因子（例えば、化合物、薬物または低分子）を用いる処置によって、細胞内で調節される）が同定され得るが、これらに限定されない。従って、細胞増殖障害に対する因子の効果を研究するために、例えば、臨床試験において、細胞が単離され得、そしてＲＮＡが調製され得、そしてＮＯＶＸおよびこの障害に関与する他の遺伝子の発現のレベルについて分析され得る。遺伝子発現のレベル（すなわち、遺伝子発現パターン）は、本明細書中に記載されるように、ノーザンブロット分析もしくはＲＴ−ＰＣＲによるか、あるいは産生されるタンパク質の量を測定することによるか、本明細書中に記載されるような方法の１つによるか、あるいはＮＯＶＸまたは他の遺伝子の活性のレベルを測定することによって、定量され得る。この様式で、この遺伝子発現パターンは、この因子に対する細胞の生理学的応答の指標であるマーカーとして作用し得る。従って、この応答状態は、この因子を用いる個体の処置の前、および処置の間の種々の時点で、決定され得る。
【０５９７】
１つの実施形態において、本発明は、因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、核酸、低分子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される他の薬物候補物）を用いる、被験体の処置の効力をモニタリングするための方法を提供し、この方法は、以下の工程を包含する：（ｉ）因子の投与の前に、被験体から投与前サンプルを得る工程；（ｉｉ）この投与前サンプルにおける、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現のレベルを検出する工程；（ｉｉｉ）この被験体から１つ以上の投与後サンプルを得る工程；（ｉｖ）この投与後サンプルにおける、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを検出する工程；（ｖ）この投与前サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを、この投与後サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルと比較する工程；ならびに（ｖｉ）然るべく、この被験体への因子の投与を変更する工程。例えば、この因子の投与の増加は、検出されるよりも高いレベルにＮＯＶＸの発現または活性を増加するため（すなわち、この因子の効力を増加するため）に所望され得る。あるいは、この因子の投与の減少は、ＮＯＶＸの発現または活性を検出されるよりも低いレベルに減少するため（すなわち、この因子の効力を減少するため）に所望され得る。
【０５９８】
（処置方法）
本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連する障害の危険性がある（またはこの障害に感受性である）か、またはこの障害を有する被験体を処置する予防的方法および治療的方法の両方を提供する。この障害としては、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心欠損症、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、前立腺癌、新生物；腺癌、リンパ腫、子宮癌、受胎能、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損症、対宿主性移植片病、ＡＩＤＳ、気管支ぜんそく、クローン病；多発性硬化症、オールブライト遺伝性骨形成異常症の処置、ならびに他の疾患、障害および状態などが挙げられる。
【０５９９】
これらの処置方法は、以下により詳細に考察される。
【０６００】
（疾患および障害）
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）増加したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を拮抗する（すなわち、低減または阻害する）治療剤を用いて処置され得る。活性を拮抗する治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：（ｉ）上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；（ｉｉ）上記ペプチドに対する抗体；（ｉｉｉ）上記ペプチドをコードする核酸；（ｉｖ）相同組換えによって上記ペプチドの内因性機能を「ノックアウトする」ために利用される、アンチセンス核酸および「機能不全性」である（すなわち、上記ペプチドに対するコード配列のコード配列内の異種挿入に起因する）核酸の投与（例えば、Ｃａｐｅｃｃｈｉ、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１２８８〜１２９２を参照のこと）；または（ｖ）上記ペプチドとその結合パートナーとの間の相互作用を変化させる、調節因子（すなわち、インヒビター、アゴニストおよびアンタゴニスト（本発明のさらなるペプチド模倣物または本発明のペプチドに対して特異的な抗体を含む））。
【０６０１】
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）減少したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を増加させる（すなわち、活性に対するアゴニストである）治療剤を用いて処置され得る。活性をアップレギュレートする治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；あるいはバイオアベイラビリティを増加させるアゴニスト。
【０６０２】
増加したレベルまたは減少したレベルは、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することによって、容易に検出され得る。この定量は、患者の組織サンプルを（例えば、生検組織から）入手し、そしてそのサンプルを、発現したペプチド（または上記ペプチドのｍＲＮＡ）のＲＮＡレベルまたはペプチドレベル、構造および／または活性をインビトロでアッセイすることによる。当該分野における周知の方法としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：イムノアッセイ（例えば、ウェスタンブロット分析、免疫沈降、その後の、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）ポリアクリルアミドゲル電気泳動、免疫細胞化学などによる）および／またはｍＲＮＡの発現を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インサイチュハイブリダイゼーションなど）。
【０６０３】
（予防方法）
１つの局面において、本発明は、被験体において異常なＮＯＶＸの発現または活性と関連する疾患または状態を、ＮＯＶＸの発現または少なくとも１つのＮＯＶＸ活性を調節する因子をこの被験体に投与することによって予防するための方法を提供する。異常なＮＯＶＸの発現または活性によって引き起こされるかまたはこれらに起因する疾患についての危険性がある被験体は、例えば、本明細書中に記載の診断アッセイまたは予後アッセイのいずれか、またはそれらの組み合わせによって、同定され得る。予防因子の投与は、疾患または障害が予防されるか、あるいはその進行を遅延させるように、ＮＯＶＸ異常に特徴的な症状が現れる前に行われ得る。このＮＯＶＸ異常の型に依存して、例えば、ＮＯＶＸアゴニスト因子またはＮＯＶＸアンタゴニスト因子が、被験体を処置するために使用され得る。適切な因子は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。本発明の予防方法は、以下の小節において、さらに議論される。
【０６０４】
（治療方法）
本発明の別の局面は、治療目的のためにＮＯＶＸの発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節方法は、細胞を、その細胞に関するＮＯＶＸタンパク質活性のうちの１つ以上の活性を調節する因子と接触させる工程を包含する。ＮＯＶＸタンパク質活性を調節する因子は、核酸またはタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ＮＯＶＸペプチド模倣物、または他の低分子のような、本明細書中に記載されるような因子であり得る。１つの実施形態において、この因子は、１つ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を刺激する。このような刺激因子の例としては、活性なＮＯＶＸタンパク質、および細胞に導入されたＮＯＶＸをコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この因子は、１つ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を阻害する。このような阻害因子の例としては、アンチセンスＮＯＶＸ核酸分子、および抗ＮＯＶＸ抗体が挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで（例えば、その因子とともに細胞を培養することによって）、あるいはインビボで（例えば、被験体にその因子を投与することによって）実施され得る。このように、本発明は、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子の異常な発現または異常な活性によって特徴付けられる、疾患または障害に罹患した個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸの発現または活性を調節する（例えば、アップレギュレートまたはダウンレギュレートする）因子（例えば、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される因子）あるいはそのような因子の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、低下したかまたは異常なＮＯＶＸの発現または活性を補完するための治療として、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子を投与する工程を包含する。
【０６０５】
ＮＯＶＸ活性の刺激は、ＮＯＶＸが異常にダウンレギュレートされている状況、および／またはＮＯＶＸ活性の増加が有益な効果を有する可能性がある状況において、望ましい。このような状況の１つの例は、被験体が、異常な細胞増殖および／または細胞分化によって特徴付けられる障害（例えば、癌または免疫関連障害）を有する場合である。このような状況の別の例は、被験体が妊娠性疾患（例えば、子癇前症（ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ））を有する場合である。
【０６０６】
（治療剤の生物学的効果の決定）
本発明の種々の実施形態において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを行って、特定の治療剤の効果およびその投与が罹患組織の処置を示すか否かを決定する。
【０６０７】
種々の特定の実施形態において、インビトロアッセイが患者の障害に関与する代表的な細胞型で行われ、所定の治療剤がこの細胞型に対して所望の効果を発揮するか否かを決定し得る。治療において使用する化合物は、ヒト被験体において試験する前に、適切な動物モデル系において試験され得る。これらの動物モデル系としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなど。同様に、インビボ試験については、当該分野で公知の任意の動物モデル系が、ヒト被験体に対する投与の前に使用され得る。
【０６０８】
（本発明の組成物の予防的用途および治療的用途）
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は、以下を含むが、これらに限定されない種々の障害に関連する潜在的な予防的適用および治療的適用に有用である：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪性浮腫、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗障害。
【０６０９】
例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり得、そしてこのタンパク質は、遺伝子治療を必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非限定的例として、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置についての効力を有する：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪性浮腫。
【０６１０】
本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードする新規な核酸、およびＮＯＶＸタンパク質の両方、またはそれらのフラグメントは、診断適用にも有用であり得、ここでは、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。さらなる用途は、抗菌分子としての用途であり得る（すなわち、いくつかのペプチドは、抗菌特性を有することが見出されている）。これらの材料は、治療的または診断的な方法における用途のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。
【０６１１】
本発明を以下の実施例においてさらに記載する。この実施例は、特許請求の範囲に記載した本発明の範囲を限定しない。
【実施例】
【０６１２】
（実施例）
（実施例１．ＮＯＶＸクローンの同定）
本発明で同定した新規なＮＯＶＸ標的配列を、この配列を確認するためにエキソン連結プロセス（ｅｘｏｎ  ｌｉｎｋｉｎｇ  ｐｒｏｃｅｓｓ）に供した。ＰＣＲプライマーを、順方向プライマーについては利用可能な最も上流の配列で、そして逆方向プライマーについては利用可能な最も下流の配列で開始するように設計した。異なるクローンを得るために使用したＰＣＲプライマーの配列を、表２１Ａに示す。それぞれの場合において、適切な配列（すなわち、特有であるかまたは高度に選択的であるかのいずれかである）に遭遇するまで、または逆方向プライマーの場合には終止コドンに達するまで、コード配列に向ってそれぞれの末端から内向きにウォーキングさせることによって、配列を試験した。このようなプライマーを、標的配列の全長のｃＤＮＡ、ＤＮＡの一部（１つ以上のエキソン）、もしくはタンパク質配列についてのインシリコ（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）予測に基づいて、または他種由来の密接に関連するヒト配列に対する推定エキソンの翻訳物の相同性によって、設計した。次いで、これらのプライマーを、以下のヒトｃＤＮＡのプールに基づくＰＣＲ増幅において使用した：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児の脳、胎児の腎臓、胎児の肝臓、胎児の肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、脳下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。通常は、得られたアンプリコンをゲル精製し、クローン化し、そして高い重複性まで配列決定した。エキソン連結に由来するＰＣＲ産物を、ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎからのｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化した。得られた細菌クローンは、ｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化した完全なオープンリーディングフレームを包含するインサートを有する。全てのクローンから得られた配列を、それ自体とともに、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのデータベース中の他のフラグメントとともに、そして公的なＥＳＴとともにまとめた。集合の別の成分との同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合に、そのフラグメントおよびＥＳＴを集合の成分として含ませた。さらに、少数の配列を手作業によって評価し、そして適切である場合には修正を施した。これらの手順によって本明細書中に報告する配列を提供する。
【０６１３】
【表２１Ａ】
2005500815.tif 000244
（実施例２．種々の細胞および組織中でのクローンの定量的発現分析）
種々のクローンの定量的な発現を、種々の正常細胞および病理から導いた細胞、細胞株、および組織由来のＲＮＡサンプルを含有しているマイクロタイタープレートを使用し、実時間定量ＰＣＲ（ＲＴＱ  ＰＣＲ）を使用して評価した。ＲＴＱ  ＰＣＲを、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７７００またはＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍを用いて実施した。サンプルの種々のコレクションをプレート上に組立て、そしてパネル１（正常な組織および癌細胞株を含む）、パネル２（正常な供給源および癌の供給源由来の組織から得られたサンプルを含む）、パネル３（癌細胞株を含む）、パネル４（炎症状態に関係している正常組織および正常細胞由来の細胞および細胞株を含む）、パネル５Ｄ／５Ｉ（代謝疾患に注目したヒト組織およびヒト細胞株を含む）、ＡＩ＿包括＿パネル（ＡＩ＿ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ＿ｐａｎｅｌ）（正常な組織および自己免疫疾患由来のサンプルを含む）、パネルＣＮＳＤ．０１（正常な脳および疾患の脳由来の中枢神経系サンプルを含む）、およびＣＮＳ＿神経変性＿パネル（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｐａｎｅｌ）（正常な脳およびアルツハイマー病の脳由来のサンプルを含む）と呼ぶ。
【０６１４】
全てのサンプルに由来するＲＮＡの完全性を、指針として２８Ｓおよび１８ＳリボソームＲＮＡの染色強度比（２：１〜２．５：１の２８ｓ：１８ｓ）、および分解産物の指標である低分子量のＲＮＡが存在しないことを使用して、アガロースゲル電気泳動の視覚的な評価によって質を管理した。サンプルを、単一のエキソンの範囲全体を増幅するように設計したプローブおよびプライマーのセットを使用して、逆転写酵素の非存在下でＲＴＱ  ＰＣＲ反応を実行することにより、ゲノムＤＮＡの混入に対して、管理した。
【０６１５】
最初に、ＲＮＡサンプルを、構成的に発現される遺伝子（例えば、β−アクチンおよびＧＡＰＤＨ）のような参照核酸について標準化した。標準化したＲＮＡ（５μｌ）をｃＤＮＡに転換し、そしてＯｎｅ  Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３０９１６９）および遺伝子特異的プライマーを使用し、製造業者の説明書に従って、ＲＴＱ−ＰＣＲによって分析した。
【０６１６】
他の場合において、標準化されていないＲＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従ってＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；カタログ番号１８０６４−１４７）およびランダムな六量体を使用して、一本鎖ｃＤＮＡ（ｓｓｃＤＮＡ）に転換した。１０μｇまでの全ＲＮＡを含有する反応を、２０μｌの容量で行い、そして６０分間４２℃にてインキュベートした。この反応を、１００μｌの最終容量において５０μｇまでの全ＲＮＡにまでスケールアップし得る。次いで、ｓｓｃＤＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従って、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を使用して、以前に記載されたように、核酸を参照するために標準化する。
【０６１７】
インプットとして標的配列を用いるＡｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのＰｒｉｍｅｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅパッケージ（Ａｐｐｌｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ’ｓ  Ｍａｃｉｎｔｏｓｈ  Ｐｏｗｅｒ  ＰＣ対応のバージョンＩ）、または類似のアルゴリズムに従って、プローブおよびプライマーを、各アッセイのために設計した。反応条件に関してデフォールトセッティングを用い、そして以下のパラメータを、プライマーを選択する前に設定した：プライマーの濃度＝２５０ｎＭ、プライマーの融解温度（Ｔｍ）範囲＝５８℃〜６０℃、プライマーの最適Ｔｍ＝５９℃、プライマーの最大差＝２℃、プローブは、５’Ｇを有さず、プローブＴｍは、プライマーＴｍよりも１０℃高くなければならず、アンプリコンサイズ７５ｂｐ〜１００ｂｐである。選択されるプローブおよびプライマー（以下を参照のこと）は、Ｓｙｎｔｈｅｇｅｎ（Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）によって合成された。プローブを、未結合の色素を除去するためにＨＰＬＣで２回精製し、それぞれプローブの５’末端および３’末端へのレポーター色素およびクエンチャー色素のカップリングを立証するために、質量分析によって評価した。フォワード（順方向）プライマーおよびリバース（逆方向）プライマーの最終濃度は、各々９００ｎＭであり、そしてプローブの濃度は、２００ｎＭであった。
【０６１８】
ＰＣＲ条件：ＲＮＡサンプルを用いて実施する場合、各組織および各細胞株由来の規格化（ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ）したＲＮＡを、９６ウェルＰＣＲプレートまたは３８４ウェルＰＣＲプレート（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の各ウェルにスポットした。ＰＣＲカクテルは、単一の遺伝子特異的プローブとプライマーとのセット、または２つの多重化されたプローブとプライマーとのセット（標的クローンに特異的なセット、および標的プローブで多重化された別の遺伝子特異的セット）を含む。ＰＣＲ反応を、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号４３１３８０３）を用いて、製品指示書に従って調製した。逆転写を、４８℃で３０分間実施し、次いで以下の増幅／ＰＣＲサイクルを実施した：９５℃で１０分、次いで９５℃で１５秒間、６０℃で１分間を４０サイクル。結果は、対数スケールを用いてＣＴ値（所定のサンプルが蛍光の閾値レベルに交差するサイクル）として記録した。この記録には、所定のサンプルと最低のＣＴ値を有するサンプルとの間のＲＮＡ濃度の差異（２ΔＣＴとして示される）を伴う。次いで、このＲＮＡの差異の逆数をとり１００を掛けることによって相対発現パーセントを得る。
【０６１９】
ｓｓｃＤＮＡサンプルを用いて作業する場合、規格化したｓｓｃＤＮＡを、ＲＮＡサンプルについての上記のように使用した。１組または２組のプローブおよびプライマーを含むＰＣＲ反応物を、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を用いて、製品指示書に従って、上記のように調製した。ＰＣＲ増幅を、以下のように実施した：９５℃で１０分、次いで９５℃で１５秒間と６０℃で１分間を４０サイクル。結果を分析し、そして上記のように続けた。
【０６２０】
（パネル１、１．１、１．２、および１．３Ｄ）
パネル１、１．１、１．２、および１．３Ｄについてのプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学的コントロール）、ならびに種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含む９４ウェルを含む。これらのパネルにおけるサンプルを、２つのクラスに分けて使う：培養した細胞株由来のサンプルおよび初代正常組織由来のサンプル。この細胞株は、以下の型の癌由来である：肺癌、乳癌、黒色腫、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮細胞癌、卵巣癌、肝癌、腎癌、胃癌および膵癌。これらのパネルに使用される細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の寄託機関）から広く入手可能であり、そして、ＡＴＣＣにより推奨される条件を用いて培養した。これらのパネル上で見出される正常組織は、単一の成人個体または胎児由来の主要な全ての器官系由来のサンプルからなる。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺、胎児肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄（ｓｐｉｎａｌ  ｃｏｒｄ）、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。
【０６２１】
パネル１、１．１、１．２、および１．３Ｄについての結果においては、以下の略語を使用した：
ｃａ．＝癌（Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）
＊＝転移から定着した（Ｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄ  ｆｒｏｍ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）
ｍｅｔ＝転移（Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）
ｓ  ｃｅｌｌ  ｖａｒ＝小細胞改変体（Ｓｍａｌｌ  Ｃｅｌｌ  Ｖａｒｉａｎｔ）
ｎｏｎ−ｓ＝ｎｏｎ−ｓｍ＝非小（Ｎｏｎ−Ｓｍａｌｌ）
ｓｑｕａｍ＝鱗状（Ｓｑｕａｍｏｕｓ）
ｐｌ．ｅｆｆ＝ｐｌ  ｅｆｆｕｓｉｏｎ＝胸水（Ｐｌｅｕｒａｌ  Ｅｆｆｕｓｉｏｎ）
ｇｌｉｏ＝神経膠腫（Ｇｌｉｏｍａ）
ａｓｔｒｏ＝星状細胞腫（Ａｓｔｒｏｃｙｔｏｍａ）、そして
ｎｅｕｒｏ＝神経芽細胞腫（Ｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａ）。
【０６２２】
（一般のスクリーニングパネル  ｖ１．４）
パネル１．４についてのプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学的コントロール）、ならびに種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含む９４ウェルを含む。パネル１．４におけるサンプルを、２つのクラスに分けて使う：培養した細胞株由来のサンプルおよび初代正常組織由来のサンプル。この細胞株は、以下の型の癌由来である：肺癌、乳癌、黒色腫、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮細胞癌、卵巣癌、肝癌、腎癌、胃癌および膵癌。パネル１．４に使用される細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の寄託機関）から広く入手可能であり、そして、ＡＴＣＣにより推奨される条件を用いて培養した。パネル１．４上で見出される正常組織は、２〜５人の異なる成人個体または２〜５人の異なる胎児由来の主要な全ての器官系由来のサンプルのプールからなる。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺、胎児肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。
【０６２３】
パネル１、１．１、１．２、および１．３Ｄについて記載される通りである。
【０６２４】
（パネル２Ｄおよび２．２）
パネル２Ｄおよび２．２についてのプレートは、一般に、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ’ｓ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＣＨＴＮ）またはＮａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ（ＮＤＲＩ）との密接な協力において、２つのコントロールウェルおよび９４の試験サンプル（外科医の働きによって獲得されたヒト組織から単離されたＲＮＡまたはｃＤＮＡからなる）を含む。この組織は、ヒト悪性腫瘍に由来し、そしてここに示した例では、多くの悪性組織が、この腫瘍に直に隣接する非癌組織から得た「匹敵したマージン（ｍａｔｃｈｅｄ  ｍａｒｇｉｎ）」を有する。これらは、正常な隣接組織と名付けられ、そして以下の結果においては、これを「ＮＡＴ」と示している。腫瘍組織および「匹敵したマージン」は、２人の独立した病理学者（外科病理学者および再度、ＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者によって）によって評価される。この分析によって、腫瘍分化程度の全体的組織病理学的アセスメントが提供される。さらに、ほとんどのサンプルはもともとの外科病理学的報告を含み、これが患者の臨床段階に関する情報を提供する。これらのマッチしたマージンを、周辺の（すなわち、直に近接している）組織から手術の領域へとる（表ＲＲにおいて、正常な隣接組織について、「ＮＡＴ」と命名した）。さらに、高齢者または突然死した犠牲者（事故など）で行った剖検に由来する種々のヒト組織から、ＲＮＡおよびｃＤＮＡサンプルを得た。これらの組織に疾患がないことを確認し、そして種々の商業的供給源（例えば、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ），Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，およびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）から購入した。
【０６２５】
（パネル３Ｄ）
パネル３Ｄのプレートは、９４のｃＤＮＡサンプルおよび２つのコントロールサンプルからなる。詳細には、これらのサンプルのうち９２は、培養したヒト癌細胞株に由来し、２つのサンプルはヒト初代脳組織のものであり、２つがコントロールである。ヒト細胞株は一般に、ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織群に分類される：舌の扁平上皮細胞癌、乳癌、前立腺癌、黒色腫、類表皮癌、肉腫、膀胱癌、膵臓癌、腎臓癌、白血病／リンパ腫、卵巣／子宮／子宮頸部の癌、胃癌、結腸癌、肺癌、およびＣＮＳ癌細胞株。さらに、小脳の２つの独立したサンプルが存在する。これらの細胞は、標準的な推奨される条件下で全て培養され、そして標準的な手順を用いてＲＮＡを抽出する。パネル３Ｄおよび１．３Ｄにおけるこの細胞株は、科学論文において用いられる最も一般の細胞株である。
【０６２６】
（パネル４Ｄ、４Ｒ、および４．１Ｄ）
パネル４は、９６ウェルプレート（２つがコントロールウェル、９４が試験サンプル）上にサンプルを含む。これは、炎症性状態に関連する種々のヒト細胞株または組織から単離されたＲＮＡ（パネル４Ｒ）またはｃＤＮＡ（パネル４Ｄ／４．１Ｄ）からなる。結腸および肺（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）、ならびに胸腺および腎臓（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）のようなコントロールの正常組織由来の総ＲＮＡを使用した。肝硬変患者からの肝臓組織および狼瘡患者からの腎臓由来の総ＲＮＡを、ＢｉｏＣｈａｉｎ（Ｂｉｏｃｈａｉｎ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）から得た。クローン病および潰瘍性大腸炎を有すると診断された患者由来のＲＮＡ調製物の腸組織を、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅ（ＮＤＲＩ）（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）から入手した。
【０６２７】
星状細胞、肺線維芽細胞、真皮線維芽細胞、冠動脈平滑筋細胞、小気道上皮、気管支上皮、微小血管真皮内皮細胞、微小血管肺内皮細胞、ヒト肺動脈内皮細胞、ヒト臍静脈内皮細胞を全てＣｌｏｎｅｔｉｃｓ（Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から購入し、そしてＣｌｏｎｅｔｉｃｓによってこれらの細胞型に対して供給された培地中で増殖した。これらの初代細胞型を種々のサイトカイン、またはサイトカインの組み合わせを用いて、示したように、６時間および／または１２〜１４時間、活性化した。以下のサイトカインを用いた；ＩＬ−１β（約１〜５ｎｇ／ｍｌ）、ＴＮＦα（約５〜１０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＦＮγ（約２０〜５０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ−４（約５〜１０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ−９（約５〜１０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ−１３（５〜１０ｎｇ／ｍｌ）。０．１％血清を含有するＣｌｏｎｅｔｉｃｓ由来の基本培地中での培養によって、内皮細胞を時に、異なる時間の間、飢餓状態にした。
【０６２８】
フィコールを用いて、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの勤務者の血液から単核球を調製した。ＤＭＥＭ  ５％ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）ならびにインターロイキン２における４〜６日間の培養によってこれらの細胞からＬＡＫ細胞を調製した。次いで、１０〜２０ｎｇ／ｍｌ  ＰＭＡ、および１〜２μｇ／ｍｌイオノマイシン、ＩＬ−１２（５〜１０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＦＮγ（２０〜５０ｎｇ／ｍｌ）、およびＩＬ−１８（５〜１０ｎｇ／ｍｌ）を用いて６時間、細胞を活性化した。いくつかの場合、ＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で、ＰＨＡ（フィトヘマグルチニン）またはＰＷＭ（ヤマゴボウマイトジェン）（５μｇ／ｍｌ）とともに、単球細胞を４〜５日間培養した。ＲＮＡ調製のためにサンプルを２４時間、４８時間、および７２時間で採取した。２人のドナーから血液を採取し，フィコールを用いて単核球を単離し、そしてＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール（５．５×１０−５Ｍ）（Ｇｉｂｃｏ）、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で、最終濃度約２×１０６細胞／ｍｌで、単離された単核球を１：１に混合することによって、ＭＬＲ（混合リンパ球反応）サンプルを得た。ＭＬＲを培養して、ＲＮＡ調製のために１〜７日の範囲の種々の時点でサンプルを採取した。
【０６２９】
製品指示書に従って、ＣＤ１４  Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｅａｄｓ，＋ｖｅ  ＶＳ選択カラム、およびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを用いて単核球から単球を単離した。ＤＭＥＭ５％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）（Ｈｙｃｌｏｎｅ，Ｌｏｇａｎ，ＵＴ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、５０ｎｇ／ｍｌ  ＧＭＣＳＦ、および５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−４中での５〜７日間の培養によって、単球を樹状細胞に分化した。ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０％ＡＢヒト血清またはＭＣＳＦ（約５０ｎｇ／ｍｌ）中での５〜７日間の単球の培養によって、マクロファージを調製した。単球、マクロファージ、および樹状細胞を１００ｎｇ／ｍｌでリポポリサッカライド（ＬＰＳ）を用いて６時間、および１２〜１４時間刺激した。樹状細胞をまた、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ４０モノクローナル抗体（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。
【０６３０】
ＣＤ４、ＣＤ８、およびＣＤ５６のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズ、ポジティブＶＳ選択カラム、およびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを製品指示書に従って使用して、単核球からＣＤ４リンパ球、ＣＤ８リンパ球、およびＮＫ細胞をまた単離した。ＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４、およびＣＤ１９のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズおよびポジティブ選択を用いて、単核球のＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４、およびＣＤ１９細胞を枯渇することによって、ＣＤ４５ＲＡおよびＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４のリンパ球を単離した。次いで、ＣＤ４５ＲＯビーズを用いて、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を単離した。残りの細胞は、ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４リンパ球である。ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４、およびＣＤ８のリンパ球をＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）に入れ、そしてＦａｌｃｏｎ６ウェル組織培養プレート上に１０６細胞／ｍｌでプレートし、これをＰＢＳ中で０．５μｇ／ｍｌ  抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および３μｇ／ｍｌ  抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、ＡＴＣＣ）を用いて一晩コーティングした。ＲＮＡ調製のために、６時間後、および２４時間後、この細胞を収集した。慢性的に活性化されたＣＤ８リンパ球を調製するために、本発明者らは、抗ＣＤ２８被覆したプレートおよび抗ＣＤ３被覆したプレートで４日間、単離したＣＤ８リンパ球を活性化し、次いでこの細胞を回収して、それをＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）およびＩＬ−２中で増殖させた。次いで増殖したＣＤ８細胞を、４日間抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８結合したプレートで再度活性化し、前のように増殖した。第二の活性化後、６時間および２４時間で、そして第二の増殖培養の４日後、ＲＮＡを単離した。単離したＮＫ細胞を、ＲＮＡの調製の前に、ＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２中で４〜６日間培養した。
【０６３１】
Ｂ細胞を得るために、ＮＤＲＩから扁桃を獲得した。扁桃を無菌解剖鋏によって切り出し、次に篩いを通過させた。次いで、扁桃細胞をスピンダウンして、ＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に１０６細胞／ｍｌで再懸濁した。細胞を活性化するために、本発明者らは、ＰＷＭ（５μｇ／ｍｌ）、または抗ＣＤ４０（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）（約１０μｇ／ｍｌ）およびＩＬ−４（５〜１０ｎｇ／ｍｌ）を用いた。ＲＮＡ調製のために、２４時間、４８時間、および７２時間で細胞を収集した。
【０６３２】
初代および二代目のＴｈ１／Ｔｈ２およびＴｒ１細胞を調製するため、１０μｇ／ｍｌ抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）、および２μｇ／ｍｌ  ＯＫＴ３（ＡＴＣＣ）を用いて、６ウェルＦａｌｃｏｎプレートを一晩コーティングし、ついでＰＢＳで２回洗浄した。臍帯血ＣＤ４リンパ球（Ｐｏｉｅｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｇｅｒｍａｎ  Ｔｏｗｎ，ＭＤ）を、ＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（４ｎｇ／ｍｌ）中で、１０５〜１０６細胞／ｍｌで培養した。Ｔｈ１を指向するために、ＩＬ−１２（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＬ４（１μｇ／ｍｌ）を用い、一方、Ｔｈ２を指向するためにＩＬ−４（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＦＮγ（１μｇ／ｍｌ）を用い、そしてＴｒ１を指向するためにＩＬ−１０を５ｎｇ／ｍｌで用いた。４〜５日後、活性化したＴｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１のリンパ球を、ＤＭＥＭ中で１回洗浄し、そしてＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）およびＩＬ−２（１ｎｇ／ｍｌ）中で４〜７日間増殖した。この後、活性化したＴｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１リンパ球を、上記のように、ただし、アポトーシスを防ぐための抗ＣＤ９５Ｌ（１μｇ／ｍｌ）の添加を伴って、抗ＣＤ２８／ＯＫＴ３およびサイトカインとともに５日間、再刺激した。４〜５日後、Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１リンパ球を洗浄し、次いでＩＬ−２とともに、再度４〜７日間増殖させた。活性化したＴｈ１およびＴｈ２のリンパ球を、最大３回のサイクルでこの方式で維持した。抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８  ｍＡｂを結合したプレートでの第二および第三の活性化の後６時間後および２４時間後、そしてインターロイキン２における第二および第三の増殖の４日目に、初代および二代目のＴｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１からＲＮＡを調製した。
【０６３３】
以下の白血球細胞株を、ＡＴＣＣから得た：Ｒａｍｏｓ，ＥＯＬ−１、ＫＵ−８１２。ＥＯＬ細胞を０．１ｍＭ  ｄｂｃＡＭＰ中での８日間５×１０５細胞／ｍｌの培養、３日ごとの培地の交換、および細胞濃度を５×１０５細胞／ｍｌに調節することによってさらに分化した。これらの細胞の培養のために、本発明者らは、ＤＭＥＭまたはＲＰＭＩを（ＡＴＣＣによって推奨されるように）、５％ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）の添加を伴って、用いた。休止している細胞、または６時間および１４時間、ＰＭＡ（１０ｎｇ／ｍｌ）およびイオノマイシン（１μｇ／ｍｌ）で活性化した細胞のいずれかから、ＲＮＡを調製した。ケラチノサイト株ＣＣＤ１０６、および気道上皮腫瘍株ＮＣＩ−Ｈ２９２をまた、ＡＴＣＣから得た。この両方をＤＭＥＭ  ５％  ＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭ非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール５．５×１０−５Ｍ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で培養した。約５ｎｇ／ｍｌ  ＴＮＦαおよび１ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−１βを用いて６時間および１４時間、ＣＣＤ１１０６細胞を活性化し、一方、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を以下のサイトカインを用いて６時間および１４時間活性化した：５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−４、５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−９、５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−１３、および２５ｎｇ／ｍｌ  ＩＦＮγ。
【０６３４】
これらの細胞株および血球について、Ｔｒｉｚｏｌ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）を用いて約１０７細胞／ｍｌを溶解することによってＲＮＡを調製した。要するに、ブロモクロロプロパン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）の１／１０容積をＲＮＡサンプルに添加し、ボルテックスし、そして１０分後に室温で、このチューブをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４ローター中で１４，０００ｒｐｍでスピンした。水相を取り出し、そして１５ｍｌ  Ｆａｌｃｏｎ  Ｔｕｂｅに入れた。等容積のイソプロパノールを添加し、そして−２０℃に一晩おいた。沈殿したＲＮＡを、１５分間Ｓｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４ローター中で９，０００ｒｐｍでスピンダウンし、そして７０％エタノール中で洗浄した。このペレットを３００μｌのＲＮＡｓｅを含有しない水に再溶解し、そして３５μｌの緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ）、５μｌ  ＤＴＴ、７μｌ  ＲＮＡｓｉｎおよび８μｌ  ＤＮＡｓｅを添加した。このチューブを３７℃で３０分間インキュベートし、混入しているゲノムＤＮＡを取り除き、フェノールクロロホルムで１回抽出し、そして１／１０容積の３Ｍ酢酸ナトリウム、および２容積の１００％エタノールで再沈殿させた。このＲＮＡをスピンダウンし、そしてＲＮＡｓｅを含有しない水に入れた。ＲＮＡを−８０℃に保管した。
【０６３５】
（ＡＩ＿総合パネル＿ｖ１．０）
ＡＩ＿総合パネル＿ｖ１．０についてのプレートは、２つのコントロールウェルおよび８９の試験サンプル（Ｂａｃｋｕｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓ（Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ，ＭＤ）から入手した、外科手術によるヒト組織および死後のヒト組織から単離したｃＤＮＡからなる）を含む。総ＲＮＡは、ＣｕｒａＧｅｎの施設内にあるＢａｃｋｕｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌからの組織サンプルから抽出した。他の組織由来の総ＲＮＡは、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手した。
【０６３６】
関節組織（滑液、滑膜、骨および軟骨を含む）は、Ｂａｃｋｕｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌで膝全ての置換術または人工股関節置換術を受けた患者から入手した。組織サンプルを、液体窒素で直ちに素早く凍結し、単離したＲＮＡが最良の品質のＲＮＡであり、分解しないことを保証した。変形性関節症および慢性関節リウマチの関節組織のさらなるサンプルは、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手した。正常なコントロール組織はＣｌｉｎｏｍｉｃｓによって提供され、精神的外傷の犠牲者（ｔｒａｕｍａ  ｖｉｃｔｉｍ）の剖検中に入手した。
【０６３７】
乾癬組織および隣接の乾癬組織に匹敵する組織の外科的試料は、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓによって総ＲＮＡとして提供された。２５歳と４７歳との間で、２人の男性患者および２人の女性患者を選んだ。サンプルを採取する時に、処方薬物を服用している者はいなかった。
【０６３８】
潰瘍性結腸炎およびクローン病に罹患している患者由来の病的結腸および隣接した匹敵する組織の外科的試料は、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手した。年齢４１歳〜６９歳の間の、３人の女性クローン病患者および３人の男性クローン病患者由来の腸組織を使用した。２人の患者は処方薬物を服用していなかったが、他の患者はデキサメタゾン、フェノバルビタール、またはタイレノールを服用していた。潰瘍性結腸炎組織は、３人の男性患者および４人の女性患者由来である。患者の内４人は、レブビド（ｌｅｂｖｉｄ）を、２人はフェノバルビタールを服用していた。
【０６３９】
疾患を伴っていないか、または気腫、喘息、もしくはＣＯＰＤに罹患していた精神的外傷の犠牲者の死後の肺組織由来の総ＲＮＡは、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから購入した。気腫患者は年齢４０歳〜７０歳の範囲に及び、全員が喫煙者であり、この年齢範囲は、タバコに関連する気腫を有する患者に焦点を当て、α−１アンチトリプシン欠損を伴う患者を避けて選択した。喘息患者は、年齢３６歳〜７５歳の範囲に及び、そしてＣＯＰＤも有し得る喘息患者を阻止するため、喫煙者を排除した。ＣＯＰＤ患者は、年齢３５歳〜８０歳の範囲に及び、喫煙者と非喫煙者の両方を含んだ。大部分の患者が、コルチコステロイドおよび気管支拡張薬を服用していた。
【０６４０】
ＡＩ＿総合パネル＿ｖ１．０パネルにおいて組織を同定するために使用された標識において、以下の略称を使用した：
ＡＩ＝自己免疫（Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ）
Ｓｙｎ＝滑膜（Ｓｙｎｏｖｉａｌ）
正常（Ｎｏｒｍａｌ）＝明らかな疾患を有しない（Ｎｏ  ａｐｐａｒｅｎｔ  ｄｉｓｅａｓｅ）
ＲＡ＝慢性関節リウマチ
Ｒｅｐ２２／Ｒｅｐ２０＝個々の患者（Ｉｎｄｉｖｉｓｕａｌ  ｐａｔｉｅｎｔ）
Ｂａｃｋｕｓ＝Ｂａｃｋｕｓ病院から（Ｆｒｏｍ  Ｂａｃｋｕｓ  ｈｏｓｐｉｔａｌ）
ＯＡ＝変形性関節症（Ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ）
（ＳＳ）（ＢＡ）（ＭＦ）＝個々の患者（Ｉｎｄｉｖｉｓｕａｌ  ｐａｔｉｅｎｔ）
Ａｄｊ＝隣接組織（Ａｄｊａｃｅｎｔ  ｔｉｓｓｕｅ）
匹敵するコントロール（Ｍａｔｃｈ  ｃｏｎｔｒｏｌ）＝隣接組織（Ａｄｊａｃｅｎｔ  ｔｉｓｓｕｅ）
−Ｍ＝男性（Ｍａｌｅ）
−Ｆ＝女性（Ｆｅｍａｌｅ）
ＣＯＰＤ＝慢性閉塞性肺疾患（Ｃｈｒｏｎｉｃ  ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｄｉｓｅａｓｅ）
（パネル  ５Ｄおよび５Ｉ）
パネル  ５Ｄおよび５Ｉについてのプレートは、２つのコントロールウェル、ならびに代謝病を重要視してヒト組織および細胞株から単離された種々のｃＤＮＡを含む。代謝組織は、妊婦糖尿病研究で登録された患者から入手した。細胞は、ヒト間葉幹細胞由来の脂肪細胞の異なる分化段階中に得た。ヒトランゲルハンス島も入手した。
【０６４１】
妊婦糖尿病研究において、被験体は若く（１８歳〜４０歳）、一方、健康な女性（妊婦糖尿病を伴おうと伴わまいと）は、慣例の（任意の）帝王切開を受けている。乳児出産後、産科医は、外科的切開を修復／閉鎖している時に、小サンプルを取り出した。
【０６４２】
患者２：糖尿病、ラテンアメリカ系、体重過多、インシュリンを摂取していない
患者７−９：糖尿病ではなく、白色人種であり、そして肥満である（ＢＭＩ＞３０）
患者１０：糖尿病、ラテンアメリカ系、体重過多、インシュリンを摂取している
患者１１：糖尿病ではなく、アフリカ系アメリカ人であり、そして体重過多
患者１２：糖尿病、ラテンアメリカ系、インシュリンを摂取している
脂肪細胞分化は、ドナー３Ｕを除いて（ドナー３Ｕは、２連のみ）、Ｏｓｉｒｕｓ（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ／Ｂｉｏ  Ｗｈｉｔｔａｋｅｒの部門）から入手したドナー始原細胞において、三連で誘導される。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓの科学者は、Ｍａｒｋ  Ｆ．Ｐｉｔｔｅｎｇｅｒら、Ｍｕｌｔｉｌｉｎｅａｇｅ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｏｆ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｕｍａｎ  Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９９年４月２日：１４３−１４７で見出された出版されたプロトコルに基づき、ＣｕｒａＧｅｎを支持して、ヒト間葉幹細胞（ＨｕＭＳＣ）を単離し、増殖させ、そして分化させた。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓは、ｍＲＮＡ単離およびｄｓ  ｃＤＮＡ生成に適したＴｒｉｚｏｌ溶解物または凍結ペレットを提供した。各ドナーの概要は、以下の通りである：
ドナー２および３Ｕ：間葉幹細胞、未分化の脂肪
ドナー２および３ＡＭ：脂肪、分化途中の脂肪
ドナー２および３ＡＤ：脂肪、未分化の脂肪
ヒト細胞株は一般に、ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織群に分類される：腎臓近位尿細管、子宮平滑筋細胞、小腸、肝ＨｅｐＧ２癌細胞、心臓初代間質細胞、および副腎皮質アデノーマ細胞。これらの細胞は、標準的な推奨される条件下で全て培養され、そして標準的な手順を用いてＲＮＡを抽出する。サンプル全てが、単鎖ｃＤＮＡを生成するためにＣｕｒａＧｅｎで処理された。
【０６４３】
パネル５Ｉは、マイアミ大学医学部の糖尿病研究所から入手した５８歳の女性患者由来のランゲルハンス島を加えた、前述のサンプル全てを含む。島組織を外部供給源で総ＲＮＡに処理し、そしてパネル５Ｉに加えてＣｕｒａＧｅｎに送達した。
【０６４４】
パネル５Ｄおよび５Ｉにおいて組織を同定するために使用した表示においては、以下の略語を使用した：
ＧＯ脂肪（ＧＯ  Ａｄｉｐｏｓｅ）＝大網脂肪（Ｇｒｅａｔｅｒ  Ｏｍｅｎｔｕｍ  Ａｄｉｐｏｓｅ）
ＳＫ＝骨格筋（Ｓｋｅｌｅｔａｌ  Ｍｕｓｃｌｅ）
ＵＴ＝子宮（Ｕｔｅｒｕｓ）
ＰＬ＝胎盤（Ｐｌａｃｅｎｔａ）
ＡＤ＝分化した脂肪（Ａｄｉｐｏｓｅ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ）
ＡＭ＝分化途中の脂肪（Ａｄｉｐｏｓｅ  Ｍｉｄｗａｙ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ）
Ｕ＝未分化型幹細胞（Ｕｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ）
（パネル  ＣＮＳＤ．０１）
パネルＣＮＳＤ．０１についてのプレートは、２つのコントロールウェルおよび８９の試験サンプル（Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒから入手した死後のヒト脳組織から単離したｃＤＮＡからなる）を含む。脳を、死後４時間〜２４時間の間にドナーの頭蓋冠から取り出し、神経解剖学者によって切片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を神経病理学者によって切片化して試験し、明確に関連した神経病理学によって診断を確認した。
【０６４５】
疾患診断を患者記録から得る。このパネルは、以下の各々の診断由来の２つの脳を含む：アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン舞踏病、進行性核上麻痺（Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  Ｓｕｐｅｒｎｕｃｌｅａｒ  Ｐａｌｓｙ）、抑うつ、および「正常なコントロール（ｎｏｒｍａｌ  ｃｏｎｔｒｏｌ）」。これらの脳の各々において、以下の領域が示される：帯状回、側頭極、淡蒼球、黒質、ブロードマンエリア（Ｂｒｏｄｍａｎ  Ａｒｅａ）４（一次運動条）、ブロードマンエリア（Ｂｒｏｄｍａｎ  Ａｒｅａ）７（頭頂葉皮質）、ブロードマンエリア（Ｂｒｏｄｍａｎ  Ａｒｅａ）９（前前頭皮質）、およびブロードマンエリア（Ｂｒｏｄｍａｎ  Ａｒｅａ）１７（後頭皮質）。全ての場合に全ての脳領域を示すわけではない；例えば、ハンティングトン舞踏病は、淡蒼球における神経変性によって部分的に特徴付けられ、従って、この領域は、確認されたハンティングトン舞踏病の症例から入手することが不可能である。同様にパーキンソン病は、黒質の変性によって特徴付けられ、このことがこの領域を入手することをさらに困難にする。正常なコントロールの脳を神経病理学について試験し、そして神経変性と合致するいかなる病理もないことを見出した。
【０６４６】
ＣＮＳパネルにおける組織を同定するために使用した表示においては、以下の略号を用いる：
ＰＳＰ＝進行性核上麻痺
Ｓｕｂ  Ｎｉｇｒａ＝黒質（Ｓｕｂｓｔａｎｔｉａ  ｎｉｇｒａ）
Ｇｌｏｂ  Ｐａｌｌａｄｕｓ＝淡蒼球（Ｇｌｏｂｕｓ  ｐａｌｌａｄｕｓ）
Ｔｅｍｐ  Ｐｏｌｅ＝側頭極（Ｔｅｍｐｏｒａｌ  ｐｏｌｅ）
Ｃｉｎｇ  Ｇｙｒ＝帯状回（Ｃｉｎｇｕｌａｔｅ  ｇｙｒｕｓ）
ＢＡ  ４＝ブロードマンエリア（Ｂｒｏｄｍａｎ  Ａｒｅａ）４
（パネル  ＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０）
パネルＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０のプレートについては、２つのコントロールウェルおよび４７の試験サンプル（Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＭｃＬｅａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）およびｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｂｒａｉｎ  ａｎｄ  Ｓｐｉｎａｌ  Ｆｌｕｉｄ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＶＡ  Ｇｒｅａｔｅｒ  Ｌｏｓ  Ａｎｇｅｌｅｓ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｓｙｓｔｅｍ）から入手した死後のヒト脳組織から単離したｃＤＮＡからなる）を含む。脳を、死後４時間〜２４時間の間にドナーの頭蓋冠から取り出し、神経解剖学者によって切片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を神経病理学者が切片化して試験し、明確に関連した神経病理学によって診断を確認した。
【０６４７】
疾患診断を患者記録から得る。このパネルは、アルツハイマー病（ＡＤ）患者由来の６つの脳および「正常なコントロール（ｎｏｒｍａｌ  ｃｏｎｔｒｏｌ）」（死ぬ前に痴呆の証拠を示さなかった）由来の８つの脳を含む。この８つの正常なコントロール脳を、２つのカテゴリに分割した：痴呆もアルツハイマー様病状も有しないコントロール（コントロール）、ならびに痴呆は有しないが、重篤なアルツハイマー様病状の証拠（特に、老人斑負荷は、３段階評価で３と見なされる；０＝老人斑の証拠無し、３＝重篤なＡＤ老人斑負荷）を有するコントロール。これらの脳の各々において、以下の領域が示される：海馬、側頭皮質（ブロードマンエリア（Ｂｒｏｄｍａｎ  Ａｒｅａ）２１、頭頂葉皮質（ブロードマンエリア７）および後頭皮質ブロードマンエリア１７。これらの領域を、ＡＤにおける神経変性の全てのレベルを含むように選択した。海馬は、ＡＤにおける初期でかつ重篤な神経損失の領域であり；側頭皮質は、海馬の次に、ＡＤにおける神経変性を示すと公知であり；頭頂葉皮質は、疾患の後期に中程度のニューロン死を示し；後頭皮質は、ＡＤで残され、そして従って、ＡＤ患者における「コントロール」領域として役割を果たす。全ての場合に全ての脳領域を示すわけではない。
【０６４８】
ＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０パネルにおける組織を同定するために使用した表示において、以下の略号を用いる：
ＡＤ＝アルツハイマー病の脳；患者は、痴呆になり、そして検死の際にＡＤ様病状を示した
コントロール（Ｃｏｎｔｒｏｌ）＝コントロールの脳；患者は、痴呆ではなく、神経変性も示さない
コントロール（Ｐａｔｈ）＝コントロールの脳；患者は、痴呆ではなかったが、重篤なＡＤ様病状を示した
Ｓｕｐ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝上側頭皮質（Ｓｕｐｅｒｉｏｒ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｏｒｔｅｘ）
Ｉｎｆ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝下側頭皮質（Ｉｎｆｅｒｉｏｒ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｏｒｔｅｘ）
（Ａ、ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａ１８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ：リソソーム酸リパーゼ（ＮＯＶ１））
表ＡＡ、ＡＢ、ＡＣ、ＡＤ、ＡＥ、およびＡＦに記載したプライマー−プローブセットＡｇ１４５６、Ａｇ２４４６、Ａｇ２１３２、Ａｇ２４４４、Ａｇ１８９９、およびＡｇ２０５９を用いて、遺伝子  ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａ１８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌの発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表ＡＧ、ＡＨ、ＡＩ、ＡＪ、およびＡＫに示す。
【０６４９】
【表ＡＡ】
2005500815.tif 000245
（表ＡＧ、ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０）
【０６５０】
【表ＡＧ】
2005500815.tif 000246
2005500815.tif 000247
（表ＡＨ、パネル１．２）
【０６５１】
【表ＡＨ】
2005500815.tif 000248
2005500815.tif 000249
2005500815.tif 000250
（表ＡＩ、パネル１．３Ｄ）
【０６５２】
【表ＡＩ】
2005500815.tif 000251
2005500815.tif 000252
2005500815.tif 000253
2005500815.tif 000254
【０６５３】
【表ＡＪ】
2005500815.tif 000255
2005500815.tif 000256
2005500815.tif 000257
2005500815.tif 000258
2005500815.tif 000259
【０６５４】
【表ＡＫ】
2005500815.tif 000260
2005500815.tif 000261
2005500815.tif 000262
2005500815.tif 000263
（ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０のまとめ：Ａｇ１４５６）ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａ１８６０１４＿２００００７３０＿ｄａ１転写物の最高の発現が、クローン病または潰瘍性大腸炎に罹患した組織に隣接した正常結腸組織において見出される（ＣＴｓ＝３３）。この転写物はまた、パネル１．２および２Ｄの正常結腸において見出される。この転写物は、罹患した結腸においてダウンレギュレートされるようであるので、タンパク質治療の使用を介したこの遺伝子またはそのタンパク質産物の発現または機能の治療的調節は、この組織の正常のホメオスタシスを調節し得、炎症性腸疾患の処置に有用であり得る。
【０６５５】
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０のまとめ：Ａｇ２４４６）ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子の発現は、このパネルにおいて全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴｓ＞３５）。このａｍｐプロットは、この実験において失敗したプローブがあり得ることを示す（データは示さず）。
【０６５６】
（パネル１．２  まとめ：Ａｇ１４５６）ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子の最高の発現が、骨髄において検出される（ＣＴ＝２８．９）。さらに、心臓（ＣＴ＝３１．２）と胎児心臓組織（ＣＴ＝３６．２）との間の発現差異は、このパネルにおいて有意である。ゆえにこの遺伝子の発現を使用して、このパネルにおける他のサンプルから骨髄を区別し得る。さらに、この遺伝子の発現を使用して、成体心臓組織を胎児心臓組織から区別し得る。
【０６５７】
ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４−２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子はまた、心臓、胎児肝臓および成体肝臓、骨格筋、ならびに副腎を含む、代謝機能を有する多くの組織において発現される。ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子によりコードされるタンパク質は、リパーゼホモログであり、これらの組織における脂肪の動的流動化に関与し得る。従って、この遺伝子産物またはこれに対して設計されたアゴニストの投与は、脂肪分解を増強し得、肥満および脂肪異栄養症に対する有効な治療として働き得る。逆に、この遺伝子産物のアンタゴニストは、脂肪貯蔵の過剰な減少（例えば、悪質液）を含む状態の処置において有用であり得る。
【０６５８】
（パネル１．３Ｄ  まとめ：Ａｇ１４５６／Ａｇ２１３２／Ａｇ２４４４）異なるプローブおよびプライマーセットを用いた４つの実験のうち３つの実験は、骨髄（ＣＴｓ＝３３−３４）および肺（ＣＴ＝３２．４）におけるｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子の発現を示す。骨髄における高い発現は、パネル１．２において見られるその発現と一致している。従って、この遺伝子の発現を使用して、骨髄および肺由来のサンプルをこのパネルの他の組織から区別し得る。さらに、ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子の発現を使用して、成体肺組織と胎児肺組織との間を区別し得る。
【０６５９】
（Ａｇ２０５９／Ａｇ２４４６）この遺伝子の発現は、パネル１．３Ｄの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（Ｃｔ値＞３５）（データは示さず）。
【０６６０】
（パネル２Ｄ  まとめ：Ａｇ１４５６）同じプローブおよびプライマーを使用した３つの実験は、腫瘍に隣接する正常肺組織におけるｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子の最高の発現と優れて一致した結果を生じる（ＣＴｓ＝３０−３１）。さらに、ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子は、対応する癌組織と比較した場合、正常肺組織の３つの対において過剰発現されるようである。さらに、９つの腎臓癌のうち４つが、その各々が隣接する正常組織と比較した場合、この遺伝子の過剰発現を示す。従って、この遺伝子の発現を使用して、正常肺組織を悪性肺組織から、ならびに悪性腎臓を正常腎臓から区別し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療の使用を介するｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子またはその遺伝子産物の発現の治療的調節は、腎臓癌または肺癌の処置において有効であり得る。
【０６６１】
（パネル４Ｄ  まとめ：Ａｇ１４５６／Ａｇ１８９９／Ａｇ２０５９／Ａｇ２ｌ３２）異なるプローブおよびプライマーセットを用いた多数の実験は、休止単球においてｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子の最高の発現を示す（ＣＴｓ＝２９−３２）。この遺伝子は、ＬＰＳ処置後のこれらの細胞においてダウンレギュレートされるようであり（ＣＴｓ＝３２−３４）、マクロファージにおいて検出可能なレベルにて発現されない。ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子によりコードされるタンパク質は、酸性リパーゼに相同であり、これらの細胞の脂質代謝、分化、およびファゴサイトーシスのような活動に役割を果たし得る。従って、ｓｇｇｃ＿ｄｒａｆｔ＿ｂａｌ８６０１４＿２００００７３０＿ｄａｌ遺伝子またはそのタンパク質産物の発現または機能の治療的調節は、タンパク質治療の使用を介して、単球の機能および／または分化を調節し得る。
【０６６２】
逆に、抗体または低分子による、この転写産物によりコードされる推定タンパク質の発現または活性の調節は、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、全身エリテマトーデス、または慢性関節リウマチのような疾患において観察される単球の蓄積と関連する炎症性症状を減少または予防し得る。
【０６６３】
（Ｂ．ＣＧ５１４９３−０１／２０７０８６１３−ＥＸＴ１：ＭＥＧＦ／Ｆｌａｍｉｎｇｏ／カドヘリン様（ＮＯＶ２））
遺伝子ＣＧ５１４９３−０１の発現を、プライマー−プローブセットＡｇ１９８８（表ＢＡに記載される）を使用して、評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表ＢＢ、ＢＣ、ＢＤ、ＢＥ、ＢＦおよびＢＧに示す。
【０６６４】
【表ＢＡ】
2005500815.tif 000264
【０６６５】
【表ＢＢ】
2005500815.tif 000265
【０６６６】
【表ＢＣ】
2005500815.tif 000266
2005500815.tif 000267
2005500815.tif 000268
【０６６７】
【表ＢＤ】
2005500815.tif 000269
2005500815.tif 000270
2005500815.tif 000271
【０６６８】
【表ＢＥ】
2005500815.tif 000272
2005500815.tif 000273
【０６６９】
【表ＢＦ】
2005500815.tif 000274
2005500815.tif 000275
【０６７０】
【表ＢＧ】
2005500815.tif 000276
2005500815.tif 000277
2005500815.tif 000278
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０  まとめ：Ａｇ１９８８）ＣＧ５１４９３−０１遺伝子は、大脳皮質において最も高く発現され、脳の優先的な発現を示す。ＣＮＳ神経変性＿ｖ１．０パネルにおいて遺伝子発現レベルとアルツハイマー病との間では、特定の関連は顕著ではない。中枢神経系におけるこの遺伝子の潜在的有用性の議論についてはパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０６７１】
（パネル１．３Ｄ  まとめ：Ａｇ１９８８）同じプローブおよびプライマーを使用した２つの実験は、大脳皮質におけるＣＧ５１４９３−０１遺伝子の最高の発現と優れて一致した結果を生じる（ＣＴｓ＝２７−２９）。ｆｌａｍｉｎｇｏに対する樹状フィールドを規定する機能と組み合わせた、大脳皮質におけるこの遺伝子のピーク発現は、この遺伝子によりコードされるｆｌａｍｉｎｇｏホモログが脳における樹状フィールド形成を制御し得ることを示唆する。樹状突起変性は、アルツハイマー病の顕著な特徴である。ｆｌａｍｉｎｇｏが樹状突起フィールドの発現において阻害性分子として働くので、この遺伝子産物を阻害性低分子または抗体を使用して標的とすることは、この内因性軸索成長インヒビターを妨害することにより軸索成長を促進し得る。従って、この遺伝子は、アルツハイマー病または他の神経変性疾患の病理学的軸索変性を処置するにおいて有用であり得る。
【０６７２】
代謝機能を有する組織の中で、この遺伝子は、下垂体（ＣＴｓ＝３０）および胎児骨格筋（ＣＴｓ＝３４）において中程度に発現される。さらに、この遺伝子は、成体骨格筋より胎児骨格筋においてはるかに高いレベルにて発現され（ＣＴｓ＝４０）、従って、潜在的には、組織の２つの供給源を区別するために使用され得る。
【０６７３】
この推定タンパク質は、いくつかのホルモンレセプター（カルシトニンレセプター、コルチコトロピン放出因子レセプター１、利尿ホルモンレセプター、グルカゴン様ペプチド１レセプター、および副甲状腺ホルモンペプチドレセプターを含む）の細胞外部分において見出されるドメインを有する。従って、潜在的Ｇプロテイン共役レセプターともいわれるこの遺伝子産物は、下垂体に関連する疾患（内分泌機能不全、糖尿病、肥満、ならびに成長障害および生殖障害を含む）の処置のための低分子薬物標的であり得る。
【０６７４】
全体的に、正常成体組織と比較した場合、癌細胞株と関連する顕著な発現パターンがある。これについての証拠は、この遺伝子の肺、腎臓、前立腺および黒色腫細胞株における発現クラスターである。このデータは、この遺伝子の発現が、これらの癌の形成に関連し得、従って、この遺伝子の治療的調節が、これらの癌の処置において有用であり得ることを示唆する。
【０６７５】
（パネル２Ｄ  まとめ：Ａｇ１９８８）ＣＧ５１４９３−０１の発現は、同じプローブおよびプライマーセットを使用した２つの実験において乳癌において最高であり（ＣＴｓ＝２８〜２９）、結腸癌、乳癌、および膀胱癌は、この遺伝子を正常隣接組織より高いレベルで発現する。これらのデータは、この遺伝子の発現が、癌の形成のこれらの形態と関連し得、診断マーカーとして使用され得ることを示す。さらに、この遺伝子の治療的調節は、これら癌の処置において有用であり得る。
【０６７６】
（パネル３Ｄ  まとめ：Ａｇ１９８８）ＣＧ５１４９３−０１遺伝子は、このパネルの癌細胞株において広く発現され、これらとしては、結腸細胞株、肺細胞株、胃細胞株、脳細胞株、子宮細胞株、膵臓細胞株およびいくつかの肉腫細胞株が挙げられる。このことは、この遺伝子の発現が、細胞成長および増殖に潜在的に有用であり、この遺伝子の発現が、これらの癌組織と関連し得ることを示唆する。従って、この遺伝子の発現は、診断マーカーとして潜在的に使用され得、この遺伝子の治療的調節は、癌の処置において有用であり得る。
【０６７７】
（パネル４Ｄ  まとめ：Ａｇ１９８８）ＣＧ５１４９３−０１転写産物の発現は、肺粘膜−類表皮細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２において調節され、ＩＬ−４およびＩＬ−９処置によりアップレギュレートされる（ＣＴｓ＝２９．５）。両方のサイトカインは、この細胞株におけるムチン遺伝子発現を誘導することが報告されており、従って、慢性閉塞性肺疾患、気腫および喘息の病理状態に寄与すると仮定されている。この転写産物は、カドヘリンファミリーに属するプロトカドヘリンｆｌａｍｉｎｇｏ１様分子をコードする。カドヘリンファミリーのメンバーは、特異的細胞間接着事象において重要な役割を果たす。従って、この推定タンパク質の発現レベルまたは機能性の、抗体または低分子の適用を介した調節は、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギー、および気腫における肺上皮の炎症により引き起こされる症状を減少または排除し得る。
【０６７８】
この転写産物はまた、活性化Ｒａｍｏｓ  Ｂ細胞において中程度に発現され、より低いがなお有意なレベルで、正常活性化Ｂ細胞において発現される。このことは、この推定タンパク質に対して設計された治療が、炎症組織におけるＢ細胞の蓄積を減少または予防し得、従って、慢性関節リウマチおよび狼瘡の処置に有用であり得ることを示唆する。
【０６７９】
（パネルＣＮＳ＿１  まとめ：Ａｇ１９８８）このパネルは、脳におけるこの遺伝子の発現を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論についてはパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０６８０】
（Ｃ．ＣＧ５５８０６−０１：ヒトＩＸ因子（ＮＯＶ３））
遺伝子ＣＧ５５８０６−０１の発現を、プライマー−プローブセットＡｇ２６１３（表ＣＡに記載される）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表ＣＢ、ＣＣおよびＣＤに示す。
【０６８１】
【表ＣＡ】
2005500815.tif 000279
【０６８２】
【表ＣＢ】
2005500815.tif 000280
2005500815.tif 000281
2005500815.tif 000282
【０６８３】
【表ＣＣ】
2005500815.tif 000283
2005500815.tif 000284
2005500815.tif 000285
【０６８４】
【表ＣＤ】
2005500815.tif 000286
2005500815.tif 000287
2005500815.tif 000288
パネル１．３Ｄ要約：Ａｇ２６１３  ＣＧ５５８０６−０１遺伝子の発現は、このパネル上の肝臓および胎児の腎臓サンプルに限定される（ＣＴｓ＝２７−３１）。この遺伝子は、ＩＸ因子に相同なタンパク質をコードする。このタンパク質の分泌された形態は、循環系中に存在し得、そして合成の部位に関係ない効果を示し得る。この遺伝子の発現プロファイルに基づいて、この遺伝子の発現は、肝臓由来の組織と他の組織とを区別するために使用され得る。さらに、この遺伝子産物の発現または機能の治療の調節は、血友病および他の肝臓に関する疾患において見られる凝固系に対する変化を補正するのに有効であり得る。
【０６８５】
パネル２．２要約：Ａｇ２６１３  ＣＧ５５８０６−０１遺伝子の発現は、肝臓由来のサンプルにおいて最も高く（ＣＴ＝２７．９）、この結果は、パネル１．３Ｄにおいて見られる結果と一致する。それ故、この遺伝子の発現は、他の部位からの二次転移である腫瘍（例えば、黒色腫）と比較した肝臓の正常な部分の間を区別するために使用され得る。
【０６８６】
パネル４Ｄ要約：Ａｇ２６１３  ＣＧ５５８０６−０１の転写は、肝硬変組織において高発現される（ＣＴ＝２７．８）。この肝臓特異的発現はまた、先のパネルにおいても見出され、この転写または遺伝子がコードするタンパク質が、肝臓組織のための診断マーカーとして使用され得ることを示唆する。
【０６８７】
（Ｄ．ＣＧ５５９３６−０１：カルボニックアンヒドラーゼＩＶ前駆体（ＮＯＶ４））
遺伝子ＣＧ５５９３６−０１の発現は、表ＤＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ１６７７を用いて評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果は、表ＤＢ、ＤＣ、ＤＤ、ＤＥ、およびＤＦに示される。
【０６８８】
【表Ｄ】
2005500815.tif 000289
2005500815.tif 000290
2005500815.tif 000291
2005500815.tif 000292
2005500815.tif 000293
2005500815.tif 000294
2005500815.tif 000295
2005500815.tif 000296
2005500815.tif 000297
2005500815.tif 000298
ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０要約：Ａｇ１６７７  ＣＧ５５９３６−０１遺伝子の発現の変化は、科学文献と一致してアルツハイマー病に示されていない。しかし、このパネルは、脳におけるこの遺伝子の発現を確認している。中枢神経系におけるこの遺伝子の利用性の考察についてパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０６８９】
一般＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４要約：Ａｇ１６７７  このパネルにおけるＣＧ５５９３６−０１遺伝子の最も高い発現は、小脳において見出され（ＣＴ＝２６．２）、またこのパネル中に表される全ての脳の領域に渡って見出される発現を伴う。この発現プロファイルは、ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０パネルにおいて見出される脳の発現と一致する。中枢神経系におけるこの遺伝子の利用性の考察についてパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０６９０】
全体的に、この遺伝子は、正常な組織において発現され、ほとんどの癌細胞株においてずっと低く発現する。これは、この遺伝子の発現の損失が、これらの癌細胞株の増殖のために必要とされ得ることを示唆する。中程度のレベルの発現は、肺癌および２つの乳癌細胞株に見られる。従って、発現の損失は、肺癌細胞株および乳癌細胞株に由来する癌組織を除いて、ほとんどの癌についての診断マーカーとして使用され得る。さらに、この遺伝子のタンパク質産物は、これらの癌の処置において使用され得る。
【０６９１】
この遺伝子はまた、以下を含む広範な種々の代謝組織において中程度に発現される：膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体および胎児の心臓、成体および胎児の骨格筋、成体および胎児の肝臓、および脂肪。カルボニックアンヒドラーゼＩＩＩは、遺伝的肥満症の様々な動物モデルにおける脂肪組織において還元される。従って、この遺伝子産物の活性因子は、潜在的にヒトにおける肥満症の予防および／または処置のための薬剤処置であり得る。
【０６９２】
さらに、この遺伝子は、成体の肺（ＣＴ＝３１．３）よりも胎児の肺（ＣＴ＝２６．５）において高いレベルで発現される。従って、この遺伝子の発現は、胎児の肺組織と成体の肺組織との間を区別するために使用され得る。肺における有意なレベルでのこの遺伝子の発現は、刊行された報告と一致する（以下の参考を参照のこと）。これは、遺伝子産物が、肺のホメオスタシスに関することを示唆する。それ故、発現の治療的な調節、またはこの遺伝子によってコードされるタンパク質の機能は、肺またはその機能に影響する疾患の処置に有用であり得る。
【０６９３】
パネル１．３Ｄ要約：Ａｇ１６７７  ＣＧ５５９３６−０１遺伝子の発現は、このパネル上の２つの独立した実行において評価され、そしてこれは実行の間で良好な一致を表す。全体的に、この遺伝子は、正常な組織において発現され、大半の癌細胞株においてずっと低く発現する。このパネルにおける遺伝子の最も高い発現は、肺において見られる（ＣＴｓ＝２８）。肺におけるこの有意な発現は、一般＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４における結果と一致し、そしてこの遺伝子産物がこの器官のホメオスタシスに関することを示唆する。この遺伝子と正常な組織との高い関連性は、この遺伝子の発現の損失が、このパネルにおける癌細胞株の増殖のために必要とされ得ることを示唆する。従って、この発現の損失は、癌のための診断マーカーとして使用され得る。
【０６９４】
先のパネルのように、この遺伝子は、以下を含む種々の代謝組織において広範に発現される：膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体および胎児の心臓、成体および胎児の骨格筋、ならびに脂肪。従って、この遺伝子は、１型糖尿病および２型糖尿病を含む、代謝性疾患の処置のための小分子標的であり得る。
【０６９５】
この遺伝子は、乏枝神経膠のためのマーカーとして公知のカルボニックアンヒドラーゼのホモログをコードする。脳におけるカルボニックアンヒドラーゼの発現は、ニューロンと乏枝神経膠との間を区別するために有用である、従って、この遺伝子産物は、乏枝神経膠のミエリン化機能を含む疾患（例えば、多発性硬化症およびアルツハイマー病）の進行をモニタリングすることにおいて有用であり得る。
【０６９６】
パネル２Ｄ要約：Ａｇ１６７７  先のパネルにおけるように、ＣＧ５５９３６−０１遺伝子の発言は、正常な組織とより高度に関連する。このパネルにおける遺伝子の最も高い発現は、正常な結腸サンプル中で見られる（ＣＴ＝２７．８）。さらに、この遺伝子の発現は、正常な結腸、胃、卵巣、甲状腺、腎臓および肺において、近傍する付随の腫瘍組織よりも高い。従って、この遺伝子の発現の損失は、悪性の結腸、肺、胃、卵巣、甲状腺および腎臓組織を、これらの器官の正常な組織から区別するために使用され得る。さらに、この遺伝子のタンパク質産物は、これらの癌の処置における使用のためのものであり得る。
【０６９７】
パネル４Ｄ要約：Ａｇ１６７７  ＣＧ５５９３６−０１転写は、胸腺、肺、および腎臓（ＣＴｓ＝３０−３５）において低いが有意なレベルで発現され、正常な組織において優先的な発現を再度示す。従って、この遺伝子またはこの遺伝子がコードするタンパク質は、これらの組織を検出するために使用され得る。治療的に、この転写によってコードされるタンパク質が、胸腺におけるＴ細胞の増殖を制御することによって免疫を調節するために使用され得る。
【０６９８】
（Ｅ．ＣＧ５５７８４−０１：神経細胞接着分子関連タンパク質（ＮＯＶ５））
遺伝子ＣＧ５５７８４−０１の発現は、表ＥＡに記載される、プライマー−プローブセットＡｇ２８４４を用いて評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果は、表ＥＢ、ＥＣ、ＥＤ、およびＥＥに示される。
【０６９９】
【表Ｅ】
2005500815.tif 000299
2005500815.tif 000300
2005500815.tif 000301
2005500815.tif 000302
2005500815.tif 000303
2005500815.tif 000304
2005500815.tif 000305
ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０要約：Ａｇ２８４４  このパネルは、ＣＧ５５７８４−０１遺伝子とアルツハイマー病との特異的な関連性を示さないが、これらの結果は、脳におけるこの遺伝子の発現を確証する。脳におけるこの遺伝子の利用性の考察のためにパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７００】
パネル１．３Ｄ要約：Ａｇ２８４４  ＣＧ５５７８４−０１遺伝子の高度な脳優先的発現は、脳におけるこの遺伝子産物の特異的な役割を示す。この遺伝子は、神経細胞接着分子（ＮＣＡＭ）に相同なタンパク質をコードする。ＮＣＡＭ関連タンパク質（例えば、Ｎｒ−ＣＡＭ）は、神経突起伸長において重要な役割を果たす。それ故、直接的な脳の領域における、この遺伝子産物（例えば、コンタクチン）に特異的なリガンドの導入は、病巣の神経突起の増殖の助長において有用であり得る。これは、神経変性疾患（例えば、アルツハイマー病、運動失調およびパーキンソン病）の神経突起の変性に治療的に対抗することにおいて有用性を有する。
【０７０１】
さらに、この遺伝子の発現は、脳の癌に由来する癌細胞株と比較して正常な脳サンプルにおいて比較的高い。故に、この遺伝子の発現は、正常な組織と癌組織との間を区別するためのマーカーとして使用され得る。正常な腎臓サンプルと比較して腎臓癌細胞株において優位に高度に発現する。それ故、この遺伝子の発現はまた、腎臓癌においてマーカーとして使用され得る。
【０７０２】
パネル２．２要約：Ａｇ２８４４  ＣＧ５５７８４−０１遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて低く／検出不可能である（ＣＴ＞３５）。（データは示されていない）。
【０７０３】
パネル４Ｄ要約：Ａｇ２８４４  ＣＧ５５７８４−０１転写は、ＩＬ−４およびＩＬ−１３処置ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞中に導入され、皮膚線維芽細胞株中で構成的に発現され、そして肺線維芽細胞中にＩＬ−４によってわずかに導入されるようである。ＣＤ４５ＲＡ（ネイティブ）Ｔ細胞はまた、転写を発現する。この転写物は、ＮＣＡＭ様分子をコードする。この転写の発現パターン、ＮＣＡＭタンパク質に対する相同性、ならびにＩＬ−４およびＩＬ−１３による転写発現の調節に基づいて、この転写によってコードされるタンパク質を用いて設計される治療は、喘息およびＣＯＰＤの処置において重要であり得る。
【０７０４】
パネルＣＮＳ＿１要約：Ａｇ２８４４  このパネルにおける発現は、ＣＧ５５７８４−０１遺伝子の広範な脳の発現を、さらに確証する。脳におけるこの遺伝子の利用性の考察についてパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７０５】
（Ｆ．ＣＧ５５９１６−０１：ホスホリパーゼ（ＮＯＶ６））
遺伝子ＣＧ５５９１６−０１の発現は、表ＦＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２８４３を用いて評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果は、表ＦＢ、ＦＣ、ＦＤ、ＦＥ、およびＦＦに示される。
【０７０６】
【表Ｆ】
2005500815.tif 000306
2005500815.tif 000307
2005500815.tif 000308
2005500815.tif 000309
2005500815.tif 000310
2005500815.tif 000311
2005500815.tif 000312
2005500815.tif 000313
2005500815.tif 000314
【０７０７】
【表ＦＦ】
2005500815.tif 000315
2005500815.tif 000316
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０  まとめ：Ａｇ２８４３）アルツハイマー病とＣＧ５５９１６−０１遺伝子との間の特定の関連はこのパネルにおいて検出されない。これらの結果は、脳におけるこの遺伝子の発現を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７０８】
（パネル１．３Ｄ  まとめ：Ａｇ２７４３）２つの実験はともに、胎児骨格筋および成体骨格筋の両方においてＣＧ５５９１６−０１遺伝子の最高の発現を示す（ＣＴｓ＝２７−２８）。この遺伝子は、ホスホイノシトール特異的（ＰＩ）ホスホリパーゼに相同なタンパク質をコードする。これは、すい臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体心臓および胎児心臓、成体肝臓および胎児肝臓、ならびに脂肪を含む種々の代謝組織において中程度の発現を有する。ＰＩ特異的ホスホリパーゼは、第２のメッセンジャーであるジアシルグリセロールおよびイノシトール三リン酸の生成を担い、これらは、プロテインキナーゼＣの活性化および細胞内貯蔵庫からＣａ＋＋の放出をそれぞれ促進する。これらの第２のメッセンジャーが、細胞代謝において役割を果たすという無数の役割を仮定すると、低分子治療の適用を介したこの遺伝子産物の選択的阻害は、代謝疾患（１型糖尿病および２型糖尿病を含む）、ならびに肥満の処置に有用であり得る。
【０７０９】
さらに、このパネルの癌細胞株全てがこの遺伝子を発現し、このことは、この遺伝子が、増殖しつつある細胞において重要な役割を果たすことを示唆する。正常組織と比較して、いくつかの結腸癌細胞、腎臓癌細胞株、肺癌細胞株、乳癌細胞株、卵巣癌細胞株、前立腺癌細胞株、および膵臓癌細胞株において発現が増大している。このことは、この遺伝子が、悪性および正常組織を分化させるためのマーカーとして使用され得ることを示唆する。
【０７１０】
さらに、脳におけるこの遺伝子の発現は、ニューロンにおけるＰＬＣの重要かつ広い役割を述べる多くの文献を支持する。分裂病の脳におけるＰＬＣの異常調節（dysregulation）は、この遺伝子産物の特異的調節因子が、分裂病弱め、従って、影響を与える際に有用性を有し得る。アルツハイマー病における減少したＰＬＣ酵素活性は、この遺伝子によりコードされるタンパク質の活性を特異的に誘導する薬剤が、アルツハイマー病において有用性を有し得ることを示唆する。
【０７１１】
（パネル２Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４３）ＣＧ５５９１６−０１遺伝子は、ホスホリパーゼファミリーの推定メンバーをコードし、このパネルの全ての組織において中程度に発現される。この最高の発現は、腎臓癌サンプルにおいて認められる（ＣＴ＝２６．８）。正常隣接組織と比較した場合、甲状腺、腎臓および転移性乳癌において有意に高いレベルの発現が存在する。これらのデータは、この遺伝子の発現が、癌のこれらの形態と関連し得ることおよび低分子インヒビターを使用したこの遺伝子の治療的調節がこれら癌の処置のいて有用であり得ることを示す。
【０７１２】
（パネル４Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４３）ＣＧ５５９１６−０１転写産物は、このパネルの大部分の組織において発現されるが、活性化された小さな気道上皮においてより高く発現される（ＣＴ＝２５．８）。この転写産物は、シグナル伝達に関与する推定タンパク質をコードする。転写産物の発現またはタンパク質の機能を阻害するタンパク質治療剤を設計することは、炎症性疾患、特に喘息のような小さな気道上皮に関連する疾患の処置において重要であり得る。
【０７１３】
（パネル５Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４３）ＣＧ５５９１６−０１遺伝子は、脂肪、胎盤および骨格筋において中程度に発現され、この結果は、パネル１．３Ｄにおける発現と一致する。この遺伝子はまた、インビトロで脂肪細胞、軟骨細胞および骨細胞へと分化され得るヒト間葉幹細胞において発現され得る。従って、この遺伝子産物は、骨、軟骨および脂肪における疾患の処置のための低分子標的であり得る。
【０７１４】
（Ｇ．ＣＧ５５８０２−０１：３  α−ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ様（ＮＯＶ７））
遺伝子ＣＧ５５８０２−０１の発現を、表ＧＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２６２４を使用して評価した。
【０７１５】
【表ＧＡ】
2005500815.tif 000317
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０  まとめ：Ａｇ２６２４）ＣＧ５５８０２−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）。このａｍｐプロットは、プローブが失敗したという高い可能性があることを示唆する。
【０７１６】
（パネル１．３Ｄ  まとめ：Ａｇ２６２４）ＣＧ５５８０２−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）。このａｍｐプロットは、プローブが失敗したという高い可能性があることを示唆する。
【０７１７】
（パネル４Ｄ  まとめ：Ａｇ２６２４）ＣＧ５５８０２−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）。このａｍｐプロットは、プローブが失敗したという高い可能性があることを示唆する。
【０７１８】
（Ｈ．ＣＧ５５９０６−０１：Ｓ３−１２（ＮＯＶ１９））
遺伝子ＣＧ５５９０６−０１の発現は、表ＨＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２８４０を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表ＨＢ、ＨＣ、ＨＤ、ＨＥ、ＨＦおよびＨＧに示す。
【０７１９】
【表ＨＡ】
2005500815.tif 000318
【０７２０】
【表ＨＢ】
2005500815.tif 000319
2005500815.tif 000320
2005500815.tif 000321
【０７２１】
【表ＨＣ】
2005500815.tif 000322
2005500815.tif 000323
2005500815.tif 000324
【０７２２】
【表ＨＤ】
2005500815.tif 000325
2005500815.tif 000326
2005500815.tif 000327
【０７２３】
【表ＨＥ】
2005500815.tif 000328
2005500815.tif 000329
2005500815.tif 000330
【０７２４】
【表ＨＦ】
2005500815.tif 000331
2005500815.tif 000332
【０７２５】
【表ＨＧ】
2005500815.tif 000333
2005500815.tif 000334
（パネル１．３Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４０）ＣＧ５５９０６−０１遺伝子の最高の発現は、胎児骨格筋および成体骨格筋において認められた（ＣＴｓ＝２６−２８）。この遺伝子は、脂肪細胞分化の間にアップレギュレートされ得る推定脂肪細胞膜会合タンパク質をコードする。そのアディポフィリン（ａｄｉｐｏｐｈｉｌｉｎ）との相同性に起因して、この遺伝子産物は、脂質取り込みに関与し得る可能性がある。この遺伝子産物の作用の抗体を用いた阻害は、脂質取り込みを制限し、それにより脂肪拡大を阻害することにより、白色脂肪質量を潜在的に減少させ得る。骨格筋における発現は、この遺伝子産物がまた骨格筋において脂質を取り込み得ることを示し得る。筋肉中の過剰な脂質貯蔵は、インスリン耐性と関連するので、この遺伝子産物の抗体阻害はまた、肥満関連インスリン耐性の予防のための処置であり得る。
【０７２６】
さらに、この遺伝子産物はまた、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体心臓および胎児心臓、ならびに成体肝臓および胎児肝臓を含む種々の代謝組織において中程度に発現される。従って、この遺伝子産物はまた、代謝疾患（１型糖尿病および２型糖尿病を含む）、ならびに肥満の処置のための抗体標的であり得る。
【０７２７】
全体的に、この遺伝子は、正常組織において中程度のレベルで発現されるが、このパネルの癌細胞株において有意に低いレベルで発現される。従って、この遺伝子産物は、正常組織のホメオスタシスにおいて役割を果たし得るが、癌細胞株においてはこの役割を果たさない。
【０７２８】
さらに、大脳皮質における中程度であるが有意な発現は、この遺伝子によりコードされるタンパク質が、脳における脂質プロセシングにおいて役割を果たすことを示唆する。ＬＤＬＲは、アルツハイマー病の発症に関連している。従って、この遺伝子産物のインヒビターは、アルツハイマー病の発症に影響を及ぼす際に有用性を有し得る。
【０７２９】
（パネル２Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４０）ＣＧ５５９０６−０１遺伝子は、パネル２の全ての組織サンプルにおいて中程度に発現される。対応する隣接腫瘍組織と比較すると、正常腎臓、正常結腸および正常膀胱のサンプルにおける増大した発現が存在する。正常組織におけるこの優先的な発現はまた、パネル１．３Ｄにおいて認められる。従って、この遺伝子の発現は、正常組織と癌組織との間を区別するために使用され得る。さらに、この遺伝子の発現の治療的調節は、腎臓癌、結腸癌および膀胱癌の処置において有用であり得る。
【０７３０】
（パネル３Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４０）ＣＧ５５９０６−０１遺伝子は、このパネルの癌細胞株において低レベルで発現される。肺癌、膵臓癌、および白血病細胞株において有意な発現が認められる。従って、この遺伝子の発現は、これら細胞株由来のサンプルを、このパネルの他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、この遺伝子の発現の治療的調節は、これら細胞株の誘導において使用される癌の処置の際に有用であり得る。
【０７３１】
（パネル４．１Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４０）ＣＧ５５９０６−０１転写産物は、結腸において発現され、休止好中球において発現される。結腸発現は、パネル４Ｄ、２．２および１．３と一致している。結腸発現は、パネル４Ｄ、２．２および１．３と一致している。従って、この転写産物またはタンパク質は、結腸組織および好中球を検出するために使用され得る。
【０７３２】
（パネル４Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４０）ＣＧ５５９０６−０１転写産物は、結腸において発現され、休止好中球において発現される。結腸発現は、パネル４Ｄ、２．２および１．３と一致している。従って、これがコードする転写産物またはタンパク質は、結腸組織および好中球を検出するために使用され得る。さらに、この遺伝子の発現レベルは、大腸炎またはクローン病を有する患者由来の結腸組織において減少される。このことは、この転写産物によりコードされるタンパク質を用いた治療の設計が、ＩＢＤの処置に重要であり得ることを示唆する。
【０７３３】
（パネル５Ｄ  まとめ：Ａｇ２８４０）ＣＧ５５９０６−０１遺伝子は、脂肪、骨格筋および子宮の臨床標本において中程度に発現される。このことは、代謝機能を有する組織中のこの遺伝子の発現を確認する。代謝疾患におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７３４】
（Ｉ．ＣＧ５５７７８−０１（ＮＯＶ１６ａ）およびＣＧ５５７７８−０５（ＮＯＶ１６ｅ）：アルドースレダクターゼ）
遺伝子ＣＧ５５７７８−０１および改変体ＣＧ５５７７８−０５の発現を、表ＩＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２５９９を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表ＩＢ、ＩＣおよびＩＤに示す。
【０７３５】
【表ＩＡ】
2005500815.tif 000335
【０７３６】
【表ＩＢ】
2005500815.tif 000336
2005500815.tif 000337
【０７３７】
【表ＩＣ】
2005500815.tif 000338
2005500815.tif 000339
2005500815.tif 000340
【０７３８】
【表ＩＤ】
2005500815.tif 000341
2005500815.tif 000342
2005500815.tif 000343
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０  まとめ：Ａｇ２５９９）このパネルは、中枢神経系におけるＣＧ５５７７８−０１遺伝子の発現を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７３９】
（パネル１．３Ｄ  まとめ：Ａｇ２５９９）ＣＧ５５７７８−０１遺伝子は、同じプローブおよびプライマーセットを使用した２回の実施において、胎児心臓および精巣（ＣＴ２９−３１）において最も高く発現された（ＣＴ値＝２９−３４）。この遺伝子産物は、胎児心臓（ＣＴ値＝２９−３１）  対  成体心臓（ＣＴ値＝３４−３５）において差示的に発現されるようであり、この組織における成体表現型を胎児表現型から区別するために有用であり得る。さらに、胎児心臓における発現のより高いレベルは、この遺伝子産物が、この器官の発生およびホメオスタシスに関与し得ることを示唆する。この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、心臓（心筋症、アテローム硬化、高血圧および先天性心臓欠陥を含む）に影響を及ぼす、疾患の処置において有用であり得る。
【０７４０】
この遺伝子はまた、他の代謝組織（成体骨格筋および胎児骨格筋ならびに脂肪を含む）において発現される。
【０７４１】
アルドースレダクターゼは、糖尿病動物モデルにおける末梢神経機能不全および形態的異常を予防する。従って、この遺伝子産物は、ヒトにおける１型糖尿病および２型糖尿病と関連する病的状態の防止のための低分子薬物標的であり得る。
【０７４２】
肝臓腺癌細胞株、黒色腫細胞株および肺癌細胞株におけるこの遺伝子の発現のクラスターもまた存在するようである。このデータは、この遺伝子の発現が、癌のこれらの形態と関連し得、従って、この遺伝子の治療的調節が、これら癌の処置において有用であり得ることを示す。
【０７４３】
アルドースレダクターゼインヒビターは、末梢において神経変性を予防するので、成体におけるこの遺伝子産物の大脳皮質の優先的な発現は、この遺伝子によりコードされるタンパク質のインヒビターが、大脳皮質に関連する神経変性疾患（例えば、アルツハイマー病、ハンチントン舞踏病、鬱病、おそらくさらに分裂病）を処置する際に有用性を有し得ることを示唆する。さらに、脈管透過性は、アルツハイマー病の既知の病理学的特徴である。アルドースレダクターゼインヒビターは、疾患と関連する脈管透過性の増大を予防するので、この遺伝子産物のインヒビターはまた、大脳皮質における血管病理と関連して特に対照することによりアルツハイマー病を処置する際に有用性を有し得る。
【０７４４】
（パネル２Ｄ  まとめ：Ａｇ２５９９）ＣＧ５５７７８−０１遺伝子は、正常隣接組織と比較して、卵巣癌および乳癌においてより高いレベルで発現される（ＣＴｓ＝２７−２９）。隣接する腫瘍と比較した場合、正常甲状腺組織および正常腎臓組織においてより高い発現が存在するようである。従って、この遺伝子の発現は、悪性の卵巣組織、乳房組織、甲状腺組織および腎臓組織を、これら器官の正常組織から区別するために使用され得る。さらに、この遺伝子の治療的調節は、卵巣癌および乳癌の処置において有用であり得る。
【０７４５】
（Ｊ．ＣＧ５５９０４−０１：スクアレンデサチュラーゼ（ＮＯＶ８））
遺伝子ＣＧ５５９０４−０１の発現は、表ＪＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２８３４を使用して評価した。
【０７４６】
【表ＪＡ】
2005500815.tif 000344
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０  まとめ：Ａｇ２８３４）ＣＧ５５９０４−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴｓ＞３５）。
【０７４７】
（パネル１．３Ｄ  まとめ：Ａｇ２８３４）ＣＧ５５９０４−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴｓ＞３５）。
【０７４８】
（パネル２Ｄ  まとめ：Ａｇ２８３４）ＣＧ５５９０４−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴｓ＞３５）。
【０７４９】
（パネル３Ｄ  まとめ：Ａｇ２８３４）ＣＧ５５９０４−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴｓ＞３５）。
【０７５０】
（パネル４Ｄ  まとめ：Ａｇ２８３４）ＣＧ５５９０４−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴｓ＞３５）。
【０７５１】
（Ｋ．ＣＧ５５９２０−０１（ＮＯＶ１２ａ）およびＣＧ５５９２０−０４（ＮＯＶ１２ｂ）：ＫＩＬＯＮタンパク質前駆体）
遺伝子ＣＧ５５９２０−０１および改変体ＣＧ５５９２０−０４の発現を、表ＫＡおよびＫＢに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２８４７およびＡｇ２８８０を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実施の結果を、表ＫＣ、ＫＤ、ＫＥ、ＫＦおよびＫＧに示す。
【０７５２】
【表ＫＡ】
2005500815.tif 000345
2005500815.tif 000346
【０７５３】
【表ＫＢ】
2005500815.tif 000347
【０７５４】
【表ＫＣ】
2005500815.tif 000348
2005500815.tif 000349
【０７５５】
【表ＫＤ】
2005500815.tif 000350
2005500815.tif 000351
2005500815.tif 000352
2005500815.tif 000353
（表ＫＥ．パネル２Ｄ）
【０７５６】
【表ＫＥ】
2005500815.tif 000354
2005500815.tif 000355
2005500815.tif 000356
（表ＫＦ．パネル４Ｄ）
【０７５７】
【表ＫＦ】
2005500815.tif 000357
2005500815.tif 000358
2005500815.tif 000359
（表ＫＧ．パネルＣＮＳ＿１）
【０７５８】
【表ＫＧ】
2005500815.tif 000360
2005500815.tif 000361
2005500815.tif 000362
（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０の概要：Ａｇ２８４７／２８８０）ＣＧ５５９２０−０１遺伝子の発現レベルとアルツハイマー病との間の明らかな関連性は、パネルＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０において明らかではない。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７５９】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２８４７／２８８０）２つの異なるプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、脳において、ＣＧ５５９２０−０１遺伝子（ｋｉｌｏｎホモログ）の最も高い発現を示す。この発現プロフィールは、ｋｉｌｏｎ発現の公開された報告と一致する。ｋｉｌｏｎの配列は、ニワトリタンパク質ｎｅｕｒｏｔｒａｃｔｉｎ（ＬＡＭＰと相互作用し得る、神経突起成長に関与する分子）の配列に対して高い程度の相同性を示す。
【０７６０】
このクラスの分子は、成長する軸索のガイダンスにおいて役割を果たすと考えられるので、ｋｉｌｏｎは、ニューロンで特異的に発現され、これらが、巨大細胞ニューロン上の樹状突起接続性を再編成する能力を付与することを示唆する。樹状突起の形態学（ｏｒｐｈｏｌｏｇｙ）および接続性の変性は、神経変性疾患（例えば、アルツハイマー病）の病理学的特徴である。組換えｎｅｕｒｏｔｒａｃｔｉｎは、終脳ニューロンの神経突起成長を促進し、そしてＩｇＳＦメンバーのＣＥＰＵ−１と相互作用する。従って、この遺伝子産物は、神経変性疾患の範囲において神経変性に対抗するタンパク質治療剤として使用され得る。
【０７６１】
このパネルでの脳における優先的な発現に加えて、発現は、脳の癌に由来する細胞株において、比較的存在しない。従って、この遺伝子の発現は、このパネル中の他の組織から脳に由来する組織を識別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、脳の癌の処置において使用され得る。
【０７６２】
この遺伝子はまた、種々の代謝組織（膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体および胎児の心臓ならびに脂肪を含む）において中程度に発現される。従って、この遺伝子は、１型および２型の糖尿病ならびに肥満を含む、これらの組織における疾患の処置のための抗体標的であり得る。
【０７６３】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２８４７／２８８０）異なるプローブおよびプライマーのセットを用いる２つの実験は、非常に良好に一致する結果を生じ、正常な結腸組織由来のサンプルにおいて、ＣＧ５５９２０−０１遺伝子の発現は最も高い（ＣＴ＝２７〜２９）。さらに、隣接する悪性対応物と比較した場合、正常な結腸組織由来のサンプルにおいて、この遺伝子のかなりの発現が存在する。その悪性対応物を超える、正常組織における差示的発現に向かう傾向はまた、腎臓サンプルおよび膀胱サンプルにおいても見られる。従って、この遺伝子の発現は、その悪性対応物から、正常な結腸、膀胱または腎臓を識別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤による、この遺伝子の治療的調節は、結腸、膀胱または腎臓の癌の処置において使用され得る。
【０７６４】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ２８８０）ＣＧ５５９２０−０１転写物は、内皮細胞、線維芽細胞、活性化Ｒａｍｏｓ  Ｂ細胞および活性化ＣＤ４５ＲＡ（ネイティブ）Ｔ細胞において発現されるが、初代Ｂ細胞においては発現されない。この転写物は、ニューロン回路の確立および再構築に関与すると仮定される、推定接着分子をコードする。免疫系におけるこのタンパク質の役割は、試験されていないが、そのＣＮＳ機能に基づいて、白血球の血管外遊出を生じる、内皮細胞と白血球との相互作用を導く細胞−細胞結合に関与し得る。あるいは、この転写物によってコードされるタンパク質は、他の細胞相互作用において重要であり得る。この転写物によってコードされるタンパク質を用いて設計される治療剤は、喘息、慢性閉塞性肺疾患、炎症性腸疾患、関節炎および乾癬から生じる炎症の処置において重要であり得る。ａｍｐプロットは、この試行での実験的困難が存在したことを示唆するので、このプローブおよびプライマーのセットＡｇ２８４７を用いる第二の実験からのデータは含まれないことに留意のこと。
【０７６５】
（パネルＣＮＳ＿１の概要：Ａｇ２８４７／２８８０）異なるプローブおよびプライマーのセットを用いる２つの実験は、脳におけるＣＧ５５９２０−０１遺伝子の発現を確認する、非常に良好に一致する結果を生じる。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性についての考察は、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７６６】
（Ｌ．ＣＧ５５９８８−０１：有機カチオントランスポーター（ＮＯＶ１３ａ））
遺伝子ＣＧ５５９８８−０１の発現を、表ＬＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２８６１を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ試行の結果は、表ＬＢ、ＬＣおよびＬＤにおいて示される。
【０７６７】
（表ＬＡ．プローブ名Ａｇ２８６１）
【０７６８】
【表ＬＡ】
2005500815.tif 000363
（表ＬＢ．パネル１．３Ｄ）
【０７６９】
【表ＬＢ】
2005500815.tif 000364
2005500815.tif 000365
2005500815.tif 000366
（表ＬＣ．パネル２Ｄ）
【０７７０】
【表ＬＣ】
2005500815.tif 000367
2005500815.tif 000368
2005500815.tif 000369
（表ＬＤ．パネル４Ｄ）
【０７７１】
【表ＬＤ】
2005500815.tif 000370
2005500815.tif 000371
2005500815.tif 000372
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２８６１）ＣＧ５５９８８−０１遺伝子の発現は、同じプローブおよびプライマーを使用する２つの実験において、骨髄で最も高い（ＣＴ＝３１〜３２）。さらに、精巣および胎児肝臓由来のサンプルにおける実質的な発現が存在する。この発現プロフィールは、公開されたデータと一致する（以下の参考文献を参照のこと）。従って、この遺伝子の発現は、このパネル中の他の組織から、これらの組織を識別するために使用され得る。さらに、成体の肝臓と比較した場合の、胎児の肝臓におけるより高い発現レベルは、この遺伝子産物が、肝臓の発生およびホメオスタシスに関与し得ることを示唆する。従って、この遺伝子によってコードされるタンパク質の発現または機能の治療的調節は、肝臓または肝臓におけるこの遺伝子産物の機能に影響を与える疾患の処置において有効であり得る。
【０７７２】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ２８６１）ＣＧ５５９８８−０１転写物は、ＫＵ−８１２細胞、マクロファージおよび樹状細胞において発現される（ＣＴ＝３１〜３３）。この転写物は、これらの型の処理された細胞における発現よりも、休止期のマクロファージおよび単球においてより高く発現されるが、抗ＣＤ４０またはＬＰＳで処理された樹状細胞において誘導される。この転写物によってコードされるタンパク質は、単球の分化ならびに樹状細胞の分化および活性化において重要であり得る。従って、この転写物の発現またはこの転写物がコードするタンパク質の機能を調節することは、サイトカインおよびケモカインの産生ならびにＴ細胞の活性化によって調節される単球細胞の型およびレベルを変更し得る。従って、この転写物によってコードされるタンパク質を用いて設計される治療剤は、喘息、気腫、炎症性腸疾患、関節炎および乾癬の処置のために重要であり得る。
【０７７３】
（Ｍ．ＧＣ５６００１−０１：３−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ（ＮＯＶ１４ａ））
遺伝子ＧＣ５６００１−０１の発現を、表ＭＡに示されるプライマー−プローブセットＡｇ２８６８を使用して評価した。ＰＴＱ−ＰＣＲ試行の結果を、表ＭＢ、ＭＣ、ＭＤ、ＭＥおよびＭＦに示す。
【０７７４】
（表ＭＡ．プローブ名Ａｇ２８６８）
【０７７５】
【表ＭＡ】
2005500815.tif 000373
（表ＭＢ．ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０）
【０７７６】
【表ＭＢ】
2005500815.tif 000374
2005500815.tif 000375
2005500815.tif 000376
（表ＭＣ．パネル１．３Ｄ）
【０７７７】
【表ＭＣ】
2005500815.tif 000377
2005500815.tif 000378
（表ＭＤ．パネル２Ｄ）
【０７７８】
【表ＭＤ】
2005500815.tif 000379
2005500815.tif 000380
2005500815.tif 000381
（表ＭＥ．パネル４Ｄ）
【０７７９】
【表ＭＥ】
2005500815.tif 000382
2005500815.tif 000383
2005500815.tif 000384
（表ＭＦ．パネル５島）
【０７８０】
【表ＭＦ】
2005500815.tif 000385
2005500815.tif 000386
（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０の概要：Ａｇ２８６８）ＣＧ５６００１−０１遺伝子の発現レベルとアルツハイマー病との間の関連性は明らかではない。しかし、Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼの機能は、翻訳、翻訳後および触媒レベルでは制御されているようなので、これは驚くべきことではない（以下の参考文献を参照のこと）。このパネルは、脳におけるこの遺伝子の発現を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７８１】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２８６８）ＣＧ５６００１−０１遺伝子の発現は、大脳皮質において最も高い（ＣＴ＝２７．６）。複数の脳領域におけるこの遺伝子の発現は、ＣＮＳの活動的プロセスにおけるこの遺伝子の公開された役割と一致する。Ｄ−β−ヒドロキシブチレートは、アルツハイマー病およびパーキンソン病のモデルにおいてニューロンを保護する。他の酵素（例えば、アミロイドβ−ペプチド−結合アルコールデヒドロゲナーゼ（これは、Ｄ−β−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ活性を有することが示されている）は、代謝ストレス（特に虚血状況における）に対する保護的応答に寄与する。この遺伝子産物は、Ｄ−β−ヒドロキシブチレートをプロセシングして、神経のエネルギー供給源を提供するので、この遺伝子によってコードされるタンパク質の活性化因子は、アルツハイマー病およびパーキンソン病ならびに発作の患者のＣＮＳを処置および保護する際に有用であり得る。
【０７８２】
全体的に、この遺伝子の発現は、癌細胞株と比較して、正常な組織に大きく関連するようである。従って、この遺伝子の発現は、このパネル中の他の組織から正常な組織を識別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、癌の処置において有益であり得る。
【０７８３】
この遺伝子はまた、種々の代謝組織（膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体および胎児の心臓、成体および胎児の骨格筋、成体および胎児の肝臓ならびに脂肪を含む）において中程度に発現される。この遺伝子は、ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼホモログをコードする。この脂肪酸酸化酵素における変異は、低血糖症および心停止に関連する。この酵素の活性化因子は、肥満のための薬物標的であり得る。なぜなら、脂肪酸の酸化の増加は、トリグリセリドへの脂肪酸の取り込みを防止し得、従って、脂肪塊を減少させる。
【０７８４】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２８６８）ＣＧ５６００１−０１遺伝子の発現は、転位性結腸癌に隣接する正常肝臓組織由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝２５．９）。さらに、その関連する正常な隣接組織と比較した場合に、悪性肝臓組織に関連する実質的発現が存在するようである。従って、この遺伝子の発現は、このパネル中の他の組織から肝臓由来の組織を識別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、肝臓癌の処置において有益であり得る。
【０７８５】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ２８６８）ＣＧ５６００１−０１転写物は、活性化白血球、特にＴ細胞およびＢ細胞において主に発現される（ＣＴ＝２７〜３０）。これはまた、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞およびＴＮＦα処理した皮膚線維芽細胞においても発現される。この転写物によってコードされるタンパク質は、ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ（これは、リンパ球において見出されるタンパク質である（以下の参考文献））に対する相同性を有する。従って、この転写物によってコードされるタンパク質は、炎症／活性化刺激に対する細胞性応答に重要であり得る。従って、この転写物によってコードされるタンパク質を用いて設計された治療剤は、炎症性疾患（例えば、喘息、気腫、ＣＯＰＤ、関節炎、ＩＢＤおよび乾癬）の処置のために使用され得る。
【０７８６】
（パネル５島の概要：Ａｇ２８６８）ＣＧ５６００１−０１遺伝子の発現は、腎臓細胞株において最も高い（ＣＴ＝３２．８）。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルとこのパネル上の他の組織との間を識別するために使用され得る。
【０７８７】
（Ｎ．ＳＣ１４５６６５４０４＿Ａ／ＣＧ５５０６９−０１（ＮＯＶ１５ａ）およびＣＧ５５０６９−０２（ＮＯＶ１５ｂ）およびＣＧ５５０６９−０３（ＮＯＶ１５ｃ）：ＴＥＮ−Ｍ３様）
遺伝子ＳＣ１４５６６５４０４＿Ａならびに改変体ＣＧ５５０６９−０２およびＣＧ５５０６９−０３の発現を、プライマー−プローブセットＡｇ２６７４、Ａｇｌ４７９およびＡｇ２８２０（表ＮＡ、表ＮＢおよび表ＮＣに記載される）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実験の結果を、表ＮＤ、ＮＥ、ＮＦ、およびＮＧに示す。
【０７８８】
【表ＮＡ】
2005500815.tif 000387
【０７８９】
【表ＮＢ】
2005500815.tif 000388
【０７９０】
【表ＮＣ】
2005500815.tif 000389
【０７９１】
【表ＮＤ】
2005500815.tif 000390
2005500815.tif 000391
2005500815.tif 000392
【０７９２】
【表ＮＥ】
2005500815.tif 000393
2005500815.tif 000394
2005500815.tif 000395
2005500815.tif 000396
【０７９３】
【表ＮＦ】
2005500815.tif 000397
2005500815.tif 000398
2005500815.tif 000399
2005500815.tif 000400
2005500815.tif 000401
【０７９４】
【表ＮＧ】
2005500815.tif 000402
2005500815.tif 000403
2005500815.tif 000404
2005500815.tif 000405
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０）の概要：Ａｇ２６７４）  ＳＣ１４５６６５４０４＿Ａ遺伝子の発現とアルツハイマー病との間の関連性は、このパネルでは全く明らかではないが、ここでこのプロフィールは、脳におけるこの遺伝子の発現を確認する。脳におけるこの遺伝子の潜在的有用性に関する考察については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７９５】
パネル１．３Ｄの概要：Ａｇｌ４７９／２６７４／Ａｇ２８２０）  ＳＣ１４５６６５４０４＿Ａ遺伝子は、ｔｅｎ−ｍ３に対して相同なタンパク質をコードし、そして脳の分画に関与し得る。異なるプローブおよびプライマーセットを用いる複数の実験において、この遺伝子の最も高い発現は、脳および脳の癌細胞株において見られる。従って、この遺伝子産物のインヒビターは、軸索の成長（ｏｕｔｇｒｏｗｔｈ）または組織化に関連する疾患（例えば、神経変性疾患）における有用性を有し得る。
【０７９６】
脳の癌細胞株における発現に加えて、癌細胞株（例えば、乳癌、肺癌、および卵巣癌）由来の他のサンプルにおける実質的な発現が存在する。従って、この遺伝子の発現は、パネルにおいて他のサンプルからこれらのサンプルを区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用による、この遺伝子の治療的調節は、脳の癌、肺癌、乳癌または卵巣癌の処置において有用であり得る。
【０７９７】
この遺伝子はまた、代謝組織（副腎、甲状腺、下垂体、胎児心臓、成人骨格筋および胎児骨格筋ならびに脂肪を含む）において中程度に発現される。従って、この遺伝子産物は、これらの組織における任意の疾患または全ての疾患（肥満および糖尿病を含む）の処置のための抗体標的であり得る。
【０７９８】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２６７４／２８２０）  ＳＣ１４５６６５４０４＿Ａ遺伝子の発現を、２つの異なるプローブ／プライマーセットを使用してパネル２Ｄにおける３回の独立した実験で評価した。この遺伝子の最も高い発現は、概して腎臓癌と関連している。特に注目すべきは、悪性の腎臓に対して隣接する正常腎組織において一貫して発現がないことである。さらに、卵巣癌、膀胱癌および肺癌に関連する実質的な発現がある。従って、この遺伝子の発現を使用して、このパネルにおいて、上記の列挙した悪性組織を、他の組織と区別し得る。特に、この遺伝子の発現を使用して、悪性腎組織を正常腎臓と区別し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、腎臓癌、卵巣癌、膀胱癌または肺癌の処置において有益であり得る。
【０７９９】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇｌ４７９／Ａｇ２６７４／Ａｇ２８２０）  ＳＣ１４５６６５４０４＿Ａ転写物の発現は、星状膠細胞および微小血管真皮内皮細胞において最も高く（ＣＴ＝２９〜３０）、ケラチノサイトおよび真皮線維芽細胞では、発現は低いが有意である。発現は、どんな処置によっても調節されず、このタンパク質が正常ホメオスタシスにおいて重要であり得ることを示唆している。従って、この転写物またはこの転写物がコードするタンパク質を使用して、この転写物が発現される組織および細胞を同定し得る。
【０８００】
（Ｏ．ＣＧ５５９１０−０１：  ＡＣＹＬ−ＣＯＡ脱飽和酵素（ｄｅｓａｔｕｒａｓｅ）１（ＮＯＶ１０））
遺伝子ＣＧ５５９１０−０１の発現を、表ＯＡおよび表ＯＢに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２８３９およびＡｇ２０３１を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実験の結果を、表ＯＣ、表ＯＤ、表ＯＥ、表ＯＦ、表ＯＧおよび表ＯＨに示す。
【０８０１】
【表ＯＡ】
2005500815.tif 000406
【０８０２】
【表ＯＢ】
2005500815.tif 000407
【０８０３】
【表ＯＣ】
2005500815.tif 000408
2005500815.tif 000409
【０８０４】
【表ＯＤ】
2005500815.tif 000410
2005500815.tif 000411
2005500815.tif 000412
【０８０５】
【表ＯＥ】
2005500815.tif 000413
2005500815.tif 000414
2005500815.tif 000415
【０８０６】
【表ＯＦ】
2005500815.tif 000416
2005500815.tif 000417
2005500815.tif 000418
2005500815.tif 000419
【０８０７】
【表ＯＧ】
2005500815.tif 000420
2005500815.tif 000421
【０８０８】
【表ＯＨ】
2005500815.tif 000422
2005500815.tif 000423
2005500815.tif 000424
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０の概要：Ａｇ２８３９）  ＣＧ５５９１０−０１遺伝子とアルツハイマー病との間の関連性は、このパネルの結果からは全く明らかではないが、この実験は、脳におけるこの遺伝子の発現を確認した。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０８０９】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２０３１／２８３９）  ＣＧ５５９１０−０１遺伝子の脳特異的発現は、ＣＮＳプロセスにおけるこの遺伝子の役割を示唆する。多不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）（特に、ｎ−３系列およびｎ−６系列）は、肥満、糖尿病、癌、ならびに神経学的疾患および心臓疾患のようなヒトの疾患の進行または予防において重要な役割を果たす。これらは、主に、細胞膜脂質組成、代謝、シグナル伝達経路に影響を及ぼすこと、そして遺伝子発現の直接的な制御により、機能する。従って、この遺伝子産物の調節因子は、アルツハイマー病のような神経学的疾患を処置する際に有用性を有し得る。
【０８１０】
この遺伝子はまた、種々の代謝組織（膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成人心臓および胎児心臓、ならびに脂肪を含む）において中程度に発現される。この遺伝子産物は、成人骨格筋（ＣＴ値＝３４）に対して胎児骨格筋（ＣＴ値＝３０〜３２）において異なって発現されるようであり、そしてこの組織の成人供給源対胎児供給源の同定に有用であり得る。この遺伝子は、脂肪酸脱飽和酵素ホモログをコードする。脂肪酸脱飽和酵素は、トリグリセリド沈着への代謝経路に存在する。従って、この遺伝子産物の低分子阻害は、脂肪の形成を防ぎ得、そして肥満の処置において有効であり得る。
【０８１１】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２８３９）  ＣＧ５５９１０−０１遺伝子の発現は、卵巣癌由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝２７．８）。この卵巣癌とその正常隣接組織との間の発現の差異に注目すべきである。このパネルにおける多数の卵巣癌サンプルにおいても発現がある。従ってこの遺伝子の発現を使用して、その正常隣接組織からこの卵巣癌を区別し得る。さらに、この遺伝子の治療的調節は、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用により、卵巣癌の処置において有益であり得る。
【０８１２】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ２０３１／２８３９）  ＣＧ５５９１０−０１転写物は、ＴＮＦαおよびＩｌ−１βで刺激された、小気道上皮、正常胸腺、真皮繊維芽細胞、およびＮＣＩ−Ｈ２９２細胞において高度に発現されるが、白血球では発現されない。この発現パターンは、プライマーおよびプローブの両方のセットと一致する。発現プロフィールは、この転写物によりコードされるタンパク質が、胸腺におけるＴ細胞発生およびプロ炎症性（ｐｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ）サイトカインに対する小気道上皮の応答を潜在的に調節し得るということを示唆する。従って、この転写物によりコードされるタンパク質を用いて設計される治療剤は、免疫調節およびぜん息およびＣＯＰＤのような肺疾患の処置において重要であり得る。
【０８１３】
（パネル５Ｄの概要：Ａｇ２８３９）  ＣＧ５５９１０−０１遺伝子の発現は、主に脂肪に制限される。この遺伝子は、アセチルｃｏＡ脱飽和酵素をコードする。この遺伝子産物の脂肪酸脱飽和酵素は、トリグリセリド沈着への代謝経路に存在する。従って、この遺伝子産物の低分子阻害は、脂肪の形成を予防し得、そして肥満の処置において有効であり得る。従って、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、肥満の処置において有効であり得る。
【０８１４】
（パネルＣＮＳ＿１の概要：Ａｇ２８３９）  ＣＧ５５９１０−０１遺伝子と任意の疾患との間の関連はこのパネルの結果からは明らかではないが、この実験は、脳におけるこの遺伝子の発現を確認した。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０８１５】
（Ｐ．ＣＧ５０２８１−０１：３４Ｗｎｔ  １０Ｂ様（ＮＯＶ１１）
遺伝子ＣＧ５０２８１−０１の発現を、表ＰＡに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２５３８を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実験の結果を、表ＰＢ、表ＰＣ、表ＰＤ、表ＰＥおよび表ＰＦに示す。
【０８１６】
【表ＰＡ】
2005500815.tif 000425
【０８１７】
【表ＰＢ】
2005500815.tif 000426
【０８１８】
【表ＰＣ】
2005500815.tif 000427
2005500815.tif 000428
2005500815.tif 000429
【０８１９】
【表ＰＤ】
2005500815.tif 000430
2005500815.tif 000431
2005500815.tif 000432
【０８２０】
【表ＰＥ】
2005500815.tif 000433
2005500815.tif 000434
2005500815.tif 000435
【０８２１】
【表ＰＦ】
2005500815.tif 000436
2005500815.tif 000437
2005500815.tif 000438
（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０の概要：Ａｇ２５３８）ＣＧ５０２８１−０１遺伝子の発現とアルツハイマー病との間の関連性は、このパネルにおいては明らかではないが、本明細書中のプロフィールは、脳におけるこの遺伝子の発現を確認する。脳におけるこの遺伝子の潜在的有用性の議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０８２２】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２５３８）この遺伝子は、Ｗｎｔ  １０ｂホモログをコードし、同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２回の実験で、脳における低いが有意な発現を有する。Ｗｎｔ  １０ｂは、毛包発達においてソニックヘッジホッグの下流である。ソニックヘッジホッグは、毛の成長を調節し、そして毛包において発現される場合には新たな毛の成長を誘導し得る。従って、遺伝子治療によるこの遺伝子の発現は、毛の喪失の処置において治療的有用性を有し得る。
【０８２３】
ｗｎｔ経路はまた、アルツハイマー病に関与している。従って、この遺伝子産物のシグナル伝達を増強する薬剤は、アルツハイマー病のような神経変性疾患の処置において有用性を有し得る。
【０８２４】
さらに、この遺伝子の発現は、このパネル上の癌細胞株において非常に低く、発現の減少が細胞増殖に相関することを示唆する。
【０８２５】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２５３８）ＣＧ５０２８１−０１遺伝子の発現は、正常な膀胱サンプルと比較して、膀胱癌において有意に増大する。これらのデータは、この遺伝子の発現が、膀胱癌と関連し得、そして疾患の診断マーカーとして使用され得ることを示す。従って、抗体、低分子インヒビターおよびキメラ分子によるこの遺伝子産物の治療的調節は、膀胱癌の処置において使用され得る。
【０８２６】
（パネル３Ｄの概要：Ａｇ２５３８）ＣＧ５０２８１−０１遺伝子の発現は、肺癌細胞株および舌の扁平上皮癌に由来する細胞株を含む、このパネル上のわずかな細胞株に限定される。従って、この遺伝子の発現は、このパネル上の他の組織からこれらのサンプルを識別するために使用され得る。
【０８２７】
（実施例３．ＮＯＶＸクローンのＳＮＰ分析）
ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇＴＭ技術：ｃＤＮＡを、異なるドナーに由来する複数の組織型、正常および疾患状態、生理学的状態、ならびに発生状態を示す種々のヒトサンプルから導いた。サンプルを、組織全体、細胞株、初代細胞、または組織培養した初代細胞および細胞株として得た。細胞および細胞株を、遺伝子発現を調節する生物学的または化学的な試薬（例えば、成長因子、ケモカイン、ステロイド）で処理していてもよい。次いで、このように誘導したｃＤＮＡを、ＣｕｒａＧｅｎに所有権のあるＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ技術を使用して配列決定した。配列トレースを手作業によって評価し、そして適切である場合には修正を施した。全てのサンプルに由来するｃＤＮＡ配列を、それ自体および公のＥＳＴを用いて、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリのＣｕｒａＧｅｎのヒトＳｅｑＣａｌｌｉｎｇデータベースを作成するためのバイオインフォーマティックプログラムを使用してまとめた。それぞれの集合には、１つ以上のヒトのサンプルに由来する１つ以上の重複しているｃＤＮＡ配列を含んだ。集合の別の成分との同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合には、集合の構成要素としてフラグメントおよびＥＳＴを含んだ。それぞれの集合は、遺伝子、ならびに／あるいはスプライシング形態および／または一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のような改変体、およびそれらの組合せのような改変体を示し得る。
【０８２８】
改変体配列が、本出願に含まれる。改変体配列は、一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含み得る。ＳＮＰは、いくつかの例においては、ＳＮＰを含有しているヌクレオチド配列がｃＤＮＡに起源することを示す、「ｃＳＮＰ」と呼ばれる。ＳＮＰは、いくつかの様式で生じ得る。例えば、ＳＮＰは、多型部位でのあるヌクレオチドの別のヌクレオチドへの置換に起因し得る。このような置換は、トランジションまたはトランスバージョンのいずれかであり得る。ＳＮＰはまた、参照対立遺伝子と比較して、ヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入によっても生じ得る。この場合には、多型の部位は、１つの対立遺伝子が、別の対立遺伝子中の特定のヌクレオチドに関してギャップを保有している部位である。遺伝子中に存在しているＳＮＰは、ＳＮＰの位置で遺伝子によってコードされるアミノ酸の変化を生じ得る。しかし、ＳＮＰを含むコドンが遺伝子コードの縮重の結果として同じアミノ酸をコードする場合には、遺伝子内ＳＮＰはまた、サイレントでもあり得る。遺伝子の領域の外側に存在しているＳＮＰ、または遺伝子内のイントロンに存在しているＳＮＰは、タンパク質のアミノ酸配列には全く変化を生じないが、発現パターンの調節の変更（例えば、一過性発現、生理学的応答の調節、細胞型による発現調節、発現の強度、転写されたメッセージの安定性における変更）を生じ得る。
【０８２９】
新規のＳＮＰの同定方法：ＳＮＰは、ＣｕｒａＧｅｎに所有権があるＳＮＰＴｏｏｌアルゴリズムを使用して配列の集合を分析することによって同定される。ＳＮＰＴｏｏｌは、以下の基準で集合の中の変化を同定する：ＳＮＰは、アラインメントの両方の末端上の１０塩基対は分析しない；ウィンドウの大きさ（視野（ビュー）（ｖｉｅｗ）の中の塩基数）は１０である；ウィンドウ内の許容されるミスマッチの数は２である；最少のＳＮＰ塩基の質（ＰＨＲＥＤスコア）は２３である；ＳＮＰをスコアするための変化の最少の数は２／（集合の位置）である。ＳＮＰＴｏｏｌは、集合を分析し、そしてＳＮＰの位置、集合中の関連する個々の改変体配列、その所定の位置での集合の深さ、推定される集合の対立遺伝子の頻度、およびＳＮＰ配列のバリエーションを示す。次いで、配列トレースが選択され、そして手作業による確認のためにビュー内に入れられる。コンセンサス集合配列は、ＳＮＰの配列のバリエーションによって生じる可能性のあるアミノ酸変化を同定するために、改変体配列の変化とともにＣｕｒａＴｏｏｌにインポートされる。次いで、広範囲のＳＮＰデータ分析が、ＳＮＰＣａｌｌｉｎｇデータベースに送られる。
【０８３０】
新規のＳＮＰの確認方法：ＳＮＰを、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，Ｗｅｓｔｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）として公知の検証方法を使用して確認する。Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇのための詳細なプロトコルは、Ａｌｄｅｒｂｏｒｎら、Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ｂｙ  Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  Ｐｙｒｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（２０００）．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．１０、８月８日発行、１２４９−１２６５に見出される。簡潔には、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇは、遺伝子型分類の実時間プライマーエクステンションプロセスである。このプロトコルは、ゲノムＤＮＡサンプルに由来する二本鎖のビオチン化ＰＣＲ産物を使用し、そしてそれらをストレプトアビジンビーズに結合させる。次いで、これらのビーズは、一本鎖の結合ＤＮＡを生じるように変性させられる。ＳＮＰは、ＤＮＡ鎖の伸張の際にそれぞれのｄＮＴＰから放出されるピロリン酸（ＰＰｉ）の間接的な生体照度アッセイ（ｂｉｏｌｕｍｉｎｏｍｅｔｒｉｃ  ａｓｓａｙ）に基づく技術を利用して特徴付けられる。Ｋｌｅｎｏｗポリメラーゼによって媒介される塩基の取り込み後、ＰＰｉは放出され、そしてＡＴＰスルフリラーゼ（これは、ＡＴＰの形成を生じる）についての基質として、アデノシン５’−ホスホスルフェート（ＡＰＳ）とともに使用される。続いて、ＡＴＰは、ルシフェラーゼの作用によって、そのオキシ誘導体へのルシフェリンの転換を達成する。その後の発光は、約４個の塩基までは付加された塩基の数に比例する。この方法のプロセッシビティーを可能にするために、過剰のｄＮＴＰはアピラーゼによって分解させられる。アピラーゼもまた、最初の反応混合物中に存在し、その結果、配列決定の間にｄＮＴＰのみが鋳型に付加される。このプロセスは、完全に自動化されており、そして９６ウェル形式に適応させられている。これによって、大きなＳＮＰパネルの迅速なスクリーニングが可能である。新規の一ヌクレオチド多型についての改変体のＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、報告する。改変体を個別に報告するが、全ての任意の組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた含む。さらに、改変体の塩基の位置および改変体のアミノ酸残基には、下線を付ける。
【０８３１】
（結果）
改変体を個別に報告するが、全てのあらゆる組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた、本発明の企図されるＮＯＶＸ実施形態として含む。
【０８３２】
【表２１】
2005500815.tif 000439
2005500815.tif 000440
【０８３３】
【表２２】
2005500815.tif 000441
【０８３４】
【表２３】
2005500815.tif 000442
【０８３５】
【表２４】
2005500815.tif 000443
【０８３６】
【表２５】
2005500815.tif 000444
2005500815.tif 000445
【０８３７】
【表２６】
2005500815.tif 000446
（ＮＯＶ１２ｂ）
ヌクレオチド配列の１以上のコンセンサス位置（Ｃｏｎｓ．Ｐｏｓ．）が、ＳＮＰとして同定されている。「Ｄｅｐｔｈ」は、ＳＮＰの領域をカバーするクローンの数を示す。推定対立遺伝子頻度（Ｐｕｔａｔｉｖｅ  Ａｌｌｅｌｅ  Ｆｒｅｑ．）は、ＳＮＰを含む全てのクローンの割合である。
【０８３８】
【表２７】
2005500815.tif 000447
【０８３９】
【表２８】
2005500815.tif 000448
2005500815.tif 000449
【０８４０】
【表２９】
2005500815.tif 000450
（ＮＯＶ１５ｄ）
ヌクレオチド配列の１以上のコンセンサス位置（Ｃｏｎｓ．Ｐｏｓ．）が、表２に示されるように、ＳＮＰとして同定されている。「Ｄｅｐｔｈ」は、ＳＮＰの領域をカバーするクローンの数を示す。推定対立遺伝子頻度（Ｐｕｔａｔｉｖｅ  Ａｌｌｅｌｅ  Ｆｒｅｑ．）は、ＳＮＰを含む全てのクローンの割合である。
【０８４１】
【表３０】
2005500815.tif 000451
2005500815.tif 000452
【０８４２】
【表３１】
2005500815.tif 000453
2005500815.tif 000454
【０８４３】
【表３２】
2005500815.tif 000455
（ＮＯＶ２０）
ヌクレオチド配列の１以上のコンセンサス位置（Ｃｏｎｓ．Ｐｏｓ．）が、表２に示されるように、ＳＮＰとして同定されている。「Ｄｅｐｔｈ」は、ＳＮＰの領域をカバーするクローンの数を示す。推定対立遺伝子頻度（Ｐｕｔａｔｉｖｅ  Ａｌｌｅｌｅ  Ｆｒｅｑ．）は、ＳＮＰを含む全てのクローンの割合である。
【０８４４】
【表３３】
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（他の実施形態）
特定の実施形態が本明細書中で詳細に開示されているが、これは例示の目的のみのための例として行われており、そして添付される特許請求の範囲の範囲に関して限定するようには意図されない。詳細には、種々の置換、変更、および改変が、特許請求の範囲によって定義される本発明の精神および範囲を逸脱することなく本発明に対して行われ得ることが、本発明者らによって企図される。核酸の出発物質、目的のクローン、ライブラリーの型の選択は、本明細書中に記載されている実施形態の知見を考慮すると、当業者にとって慣用的な事項であると考えられる。他の局面、利点、および改変は、添付の特許請求の範囲内にあると考えられる。
【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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