(57)【要約】特定の第二構造を有する２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位を含んでなるポリヌクレオチドが提供される。そのようなポリヌクレオチドを、それに結合する化合物のコンビナトリアルライブラリーを仮想及び現実スクリーニングするために使用する方法も提供される。２３Ｓ ｒＲＮＡ又はそれを含有する原核細胞を、そのような仮想又は現実スクリーニングによって特定された化合物と接触させることにより、その２３Ｓ ｒＲＮＡの活性をモジュレートする方法も提供される。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
約３５〜約１４９ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第３基幹の該第１側内に存在する第３基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第２側が、該第３基幹の該第２側内に存在する第３基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項２】
少なくとも６４又は６５ヌクレオチドであって１１４又は１１５ヌクレオチドまでを含んでなる請求項１のポリヌクレオチドであって：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；８ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；１０ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第３基幹の該第１側の第７及び第８ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；１０ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、５又は６ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第２側が、該第３基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項３】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２を含んでなる請求項２のポリヌクレオチド。
【請求項４】
約１４〜約８６ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側であって、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側内に存在する第１基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項５】
少なくとも２５ヌクレオチドであって７５ヌクレオチドまでを含んでなる請求項４のポリヌクレオチドであって：５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側であって、５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第１基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項６】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３を含んでなる請求項５のポリヌクレオチド。
【請求項７】
約１２〜約８１ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約２〜約５又は４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項８】
少なくとも２１は２２ヌクレオチドであって７１又は７２ヌクレオチドまでを含んでなる請求項７のポリヌクレオチドであって：４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、３又は４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項９】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５を含んでなる請求項８のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
約３１〜約１２７ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１１】
少なくとも４９ヌクレオチドであって１４９ヌクレオチドまでを含んでなる請求項１０のポリヌクレオチドであって：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；１ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１２】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６を含んでなる請求項１１のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
約８〜約７２ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１４】
少なくとも１５ヌクレオチドであって１１５ヌクレオチドまでを含んでなる請求項１３のポリヌクレオチドであって：３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；８ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１５】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７を含んでなる請求項１４のポリヌクレオチド。
【請求項１６】
約１０〜約７６ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１７】
少なくとも１８ヌクレオチドであって６８ヌクレオチドまでを含んでなる請求項１６のポリヌクレオチドであって：２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１８】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８を含んでなる請求項１７のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約１５〜約４８ヌクレオチドを含んでなり、そして、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約７〜約２４ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなり、そして該第１ポリヌクレオチドと相互作用して、その最も５’である２ヌクレオチドが該第３基幹の該第２側を形成しており、かつ最も３’である２ヌクレオチドが該第１基幹の該第２側を形成している組成物。
【請求項２０】
請求項１９の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも３０〜３２であるが８０〜８２以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、２ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；１４〜１６ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び２ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも６であるが５６以下のヌクレオチドを含んでなり、そして該第１ポリヌクレオチドと相互作用して、その最も５’である２ヌクレオチドが該第３基幹の該第２側を形成しており、かつ最も３’である２ヌクレオチドが該第１基幹の該第２側を形成している組成物。
【請求項２１】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１を含んでなる請求項２０の組成物。
【請求項２２】
該第２ポリヌクレオチドが 5'-ccungg-3' を含んでなる請求項２０の組成物。
【請求項２３】
約１８〜約９９ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる第１垂下領域；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約２〜約６又は５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び約７〜約１９ヌクレオチドを含んでなる第２垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項２４】
少なくとも３４又は３５ヌクレオチドであって８４又は８５ヌクレオチドまでを含んでなる請求項２３のポリヌクレオチドであって：９ヌクレオチドを含んでなる第１垂下領域；４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；４又は５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び１３ヌクレオチドを含んでなる第２垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項２５】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３を含んでなる請求項２４のポリヌクレオチド。
【請求項２６】
約１０〜約８６ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約１２ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項２７】
少なくとも２０〜２４ヌクレオチドであって７０〜７４ヌクレオチドまでを含んでなる請求項２６のポリヌクレオチドであって：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４〜８ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項２８】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４〜１８のいずれか１つを含んでなる請求項２７のポリヌクレオチド。
【請求項２９】
約９〜約７３ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項３０】
少なくとも１６ヌクレオチドであって６６ヌクレオチドまでを含んでなる請求項２９のポリヌクレオチドであって：１ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び１ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項３１】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９を含んでなる請求項３０のポリヌクレオチド。
【請求項３２】
約７〜約６９ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項３３】
少なくとも１２ヌクレオチドであって６２ヌクレオチドまでを含んでなる請求項３２のポリヌクレオチドであって：３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項３４】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０を含んでなる請求項３３のポリヌクレオチド。
【請求項３５】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約５〜約１４ヌクレオチドを含んでなり、そして、約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１から約２〜４ヌクレオチドを含んでなる第１膨らみが該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約５〜約１６ヌクレオチドを含んでなり、そして、約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約１〜約６ヌクレオチドを含んでなる第２膨らみが該基幹の該第２側内に存在してもよい該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項３６】
請求項３５の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも８〜１１であるが５８〜６１以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、７ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、１〜４ヌクレオチドを含んでなる第１膨らみが該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも７〜１２であるが５７〜６２以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、１〜４ヌクレオチドを含んでなる第２膨らみが該基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在してもよい該基幹の該第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項３７】
該第１ポリヌクレオチドが、5'-nnnnnnnn-3'、5'-nnnnnnnnn-3'、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１、又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２を含んでなる請求項３６の組成物。
【請求項３８】
該第２ポリヌクレオチドが、5'-nnnnnnn-3'、5'-nnnnnnnn-3'、5'-nnnnnnnnn-3'、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２３、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４、又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５を含んでなる請求項３６の組成物。
【請求項３９】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約１１〜約２８ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約１２〜約２８ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在する該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項４０】
請求項３９の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１７であるが６７以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；１ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；４ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも１７であるが６７以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；４ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項４１】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６を含んでなる請求項４０の組成物。
【請求項４２】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７を含んでなる請求項４０の組成物。
【請求項４３】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約１４〜約３６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドの膨らみが該第１基幹の該第１側内に存在してもよい第２基幹の第１側；及び約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる垂下領域を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約１０〜約２７ヌクレオチドを含んでなり、そして、約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項４４】
請求項４３の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも２３又は２４であるが７３又は７４以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、１ヌクレオチドの膨らみが該第１基幹の該第１側の第１及び第２ヌクレオチドの間に存在してもよい第２基幹の第１側；及び７ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも１８であるが６８以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、８ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項４５】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２９を含んでなる請求項４４の組成物。
【請求項４６】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０を含んでなる請求項４４の組成物。
【請求項４７】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約６〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項４８】
請求項４７の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１３であるが６３以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも９であるが５９以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項４９】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３１を含んでなる請求項４８の組成物。
【請求項５０】
該第２ポリヌクレオチドが、5'-nnucnagnn-3' を含んでなる請求項４８の組成物。
【請求項５１】
約３５〜約１３８ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約２ヌクレオチドの第１膨らみ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第５基幹の第１側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第５基幹の該第１側内に存在する第５基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第５基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が、該第５基幹の該第２側内に存在する第５基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドの第２膨らみ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項５２】
少なくとも５４ヌクレオチドであって１０４ヌクレオチドまでを含んでなる請求項５１のポリヌクレオチドであって：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；１ヌクレオチドの第１膨らみ；３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；９ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；１ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる第５基幹の第１側であって、３ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第５基幹の該第１側の第１及び第２ヌクレオチドの間に存在する第５基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第５基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が、該第５基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第５基幹の第２側；１ヌクレオチドの第２膨らみ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項５３】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２を含んでなる請求項５２のポリヌクレオチド。
【請求項５４】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約７〜約１６６ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約１５０ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側内に存在してもよい基幹の第１側；及び約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約５〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項５５】
請求項５４の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１１〜１１４であるが６１〜１６４以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、１〜１０３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在してもよい基幹の第１側；及び６ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも８であるが５８以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項５６】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３〜１３６のいずれか１つを含んでなる請求項５５の組成物。
【請求項５７】
該第２ポリヌクレオチドが、5'-ggannnnn-3' を含んでなる請求項５５の組成物。
【請求項５８】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約６〜約１７ヌクレオチドを含んでなり、そして、約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；及び約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約８〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項５９】
請求項５８の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１１であるが６１以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、８ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；及び２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも８であるが５８以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、８ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項６０】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７を含んでなる請求項５９の組成物。
【請求項６１】
該第２ポリヌクレオチドが、5'-gngaanuu-3' を含んでなる請求項５９の組成物。
【請求項６２】
約８〜約７２ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項６３】
少なくとも１５ヌクレオチドであって６５ヌクレオチドまでを含んでなる請求項６２のポリヌクレオチドであって：４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項６４】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３８を含んでなる請求項６３のポリヌクレオチド。
【請求項６５】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約１３〜約３４ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項６６】
請求項６５の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１０であるが６０以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも２２であるが７２以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；４ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項６７】
該第１ポリヌクレオチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３９を含んでなる請求項６６の組成物。
【請求項６８】
該第２ポリヌクレオチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４０を含んでなる請求項６６の組成物。
【請求項６９】
１１〜７９ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項７０】
少なくとも１９ヌクレオチドであって６９ヌクレオチドまでを含んでなる請求項６９のポリヌクレオチドであって：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項７１】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４１を含んでなる請求項７０のポリヌクレオチド。
【請求項７２】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約５〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項７３】
請求項７２の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１０であるが６０以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも７であるが５７以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項７４】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４２を含んでなる請求項７３の組成物。
【請求項７５】
該第２ポリヌクレオチドが、5'-nnnncnc-3' を含んでなる請求項７３の組成物。
【請求項７６】
約１５〜約８９ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項７７】
少なくとも２６ヌクレオチドであって６６ヌクレオチドまでを含んでなる請求項７６のポリヌクレオチドであって：１ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項７８】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４３を含んでなる請求項７７のポリヌクレオチド。
【請求項７９】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在しかつ約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項８０】
請求項７９の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも８であるが５８以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも１０であるが６０以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項８１】
該第１ポリヌクレオチドが、5'-nugcnaan-3' を含んでなる請求項８０の組成物。
【請求項８２】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４４を含んでなる請求項８０の組成物。
【請求項８３】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約８〜約２１ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第１側内に存在する第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約７〜約１８ヌクレオチドを含んでなり、そして、約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第２側内に存在する該第２基幹の第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第３ポリヌクレオチドが、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第４ポリヌクレオチドが、約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項８４】
請求項８３の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１４であるが６４以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；１ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも１２であるが６２以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第２基幹の第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第３ポリヌクレオチドが、少なくとも１２であるが６２以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；１ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第４ヌクレオチドが、少なくとも９であるが５９以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項８５】
該第１ポリヌクレオチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４５を含んでなる請求項８４の組成物。
【請求項８６】
該第２ポリヌクレオチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４６を含んでなる請求項８４の組成物。
【請求項８７】
該第３ポリヌクレオチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４７を含んでなる請求項８４の組成物。
【請求項８８】
該第４ポリヌクレオチドが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４８を含んでなる請求項８４の組成物。
【請求項８９】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在しかつ約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在しかつ約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項９０】
請求項８９の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１３であるが６３以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ１ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも１３であるが６３以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が該基幹の該第２側内の第５及び第６ヌクレオチドの間に存在しかつ３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第７及び第８ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項９１】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４９を含んでなる請求項９０の組成物。
【請求項９２】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５０を含んでなる請求項９０の組成物。
【請求項９３】
約９〜約７５ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項９４】
少なくとも１７ヌクレオチドであって６７ヌクレオチドまでを含んでなる請求項９３のポリヌクレオチドであって：６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項９５】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１を含んでなる請求項９４のポリヌクレオチド。
【請求項９６】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約６〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、約９〜約２１ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側内に存在してもよい第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第３ポリヌクレオチドが、約８〜約１９ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項９７】
請求項９６の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１０であるが６０以下のヌクレオチドを含んでなり、３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも１３又は１４であるが６３又は６４以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在してもよい第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第３ポリヌクレオチドが、少なくとも１３であるが６３以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；５ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項９８】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５２を含んでなる請求項９７の組成物。
【請求項９９】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５３又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５４を含んでなる請求項９７の組成物。
【請求項１００】
該第３ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５５を含んでなる請求項９７の組成物。
【請求項１０１】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約１３〜約３４ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約１３〜約３６ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約６〜約１８ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１０２】
請求項１０１の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも２３であるが７３以下のヌクレオチドを含んでなり、４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；９ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも２４であるが７４以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、３ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第２側；５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１０３】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５６を含んでなる請求項１０２の組成物。
【請求項１０４】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５７を含んでなる請求項１０２の組成物。
【請求項１０５】
約１９〜約１０３ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１０６】
少なくとも３６ヌクレオチドであって８６ヌクレオチドまでを含んでなる請求項１０５のポリヌクレオチドであって：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；１１ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１０７】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５８を含んでなる請求項１０６のポリヌクレオチド。
【請求項１０８】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約１１〜約２９ヌクレオチドを含んでなり、そして、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側内に存在する第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、約１７〜約４８ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側内に存在する第３基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第３ポリヌクレオチドが、約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなり、そして、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１０９】
請求項１０８の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１９であるが６９以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、１ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；２ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；及び５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも３２であるが８２以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第３ポリヌクレオチドが、少なくとも７であるが５７以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、２ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；及び５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１１０】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５９を含んでなる請求項１０９の組成物。
【請求項１１１】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６０を含んでなる請求項１０９の組成物。
【請求項１１２】
該第３ポリヌクレオチドが、5'-gnnnuag-3' を含んでなる請求項１０９の組成物。
【請求項１１３】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約１０〜約２７ヌクレオチドを含んでなり、そして、約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該第２基幹の該第１側内に存在する第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、約２６〜約６５ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該第２基幹の該第２側内に存在する該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在しかつ約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在しかつ約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在する該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１１４】
請求項１１３の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１８であるが６８以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、１１ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び４ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該第２基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも４４であるが９４以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、４ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該第２基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；５ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び１１ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第５及び第６ヌクレオチドの間に存在しかつ２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第６及び第７ヌクレオチドの間に存在しかつ１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第１０及び第１１ヌクレオチドの間に存在する該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１１５】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６１を含んでなる請求項１１４の組成物。
【請求項１１６】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６２を含んでなる請求項１１４の組成物。
【請求項１１７】
約１５〜約９０ヌクレオチドを含んでなるポリヌクレオチドであって：約５〜約１３クレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在する該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１１８】
少なくとも２７ヌクレオチドであって７７ヌクレオチドまでを含んでなる請求項１１７のポリヌクレオチドであって：９クレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第６及び第７ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び９ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。
【請求項１１９】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６３を含んでなる請求項１１８のポリヌクレオチド。
【請求項１２０】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、約７〜約１９ヌクレオチドを含んでなり、そして、約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第３ポリヌクレオチドが、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側内に存在する該第３基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１２１】
請求項１２０の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも８であるが５８以下のヌクレオチドを含んでなり、４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；及び４・８ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも１３であるが６３以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、４ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第３ポリヌクレオチドが、少なくとも１３であるが６３以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第３基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１２２】
該第１ポリヌクレオチドが、5'-gnnnnnnn-3' を含んでなる請求項１２１の組成物。
【請求項１２３】
該第２ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６４を含んでなる請求項１２１の組成物。
【請求項１２４】
該第３ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６５を含んでなる請求項１２１の組成物。
【請求項１２５】
第１ポリヌクレオチド及び第２ポリヌクレオチドを含んでなる組成物であって：
該第１ポリヌクレオチドが、約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１２６】
請求項１２５の組成物であって、該第１ポリヌクレオチドが、少なくとも１０であるが６０以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；によって画定される第二構造を含んでなり；そして
該第２ポリヌクレオチドが、少なくとも９であるが５９以下のヌクレオチドを含んでなり、そして、６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなる組成物。
【請求項１２７】
該第１ポリヌクレオチドがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６６を含んでなる請求項１２６の組成物。
【請求項１２８】
該第２ポリヌクレオチドが、5'-nnunnagnn-3' を含んでなる請求項１２６の組成物。
【発明の詳細な説明】
【発明の分野】
【０００１】
本発明は、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位の特定、それに結合する化合物の仮想及び現実スクリーニング、並びにその仮想又は現実スクリーニングで特定された化合物で２３Ｓ ｒＲＮＡをモジュレートすることに関する。
【発明の背景】
【０００２】
リボソームは、タンパク質合成を司る大きくて多サブユニットのリボヌクレオタンパク質（ＲＮＰ）であるので、諸微生物門にわたって構造的及び機能的の両面で高度に保存されている。それらには、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）及びｒＲＮＡに結合したタンパク質から組み立てられた大きな（５０Ｓ）サブユニット及び小さな（３０Ｓ）サブユニットが含まれる。５０Ｓリボソームサブユニットは２３Ｓ ｒＲＮＡを含有する。リボソームは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）及びトランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）と正しく結合したときにタンパク質を合成する。リボソームを阻害する多数の抗微生物性化合物の作用部位が２３Ｓ ｒＲＮＡ内にあることは、今や広く受け入れられている。しかしながら、リボソームのような非常に大きな分子は、通常、高処理スクリーニングの望ましい標的ではない。
【０００３】
潜在的な薬剤候補のリボソーム標的への結合に依拠するリボソーム複雑スクリーニングアッセイ (ribosome complicate screening assays) の構造的複雑さに関係する幾つかの要因には、大量の精製されたリボソームを得ることの困難さと典型的なスクリーニング条件下でのリボソームの劣化が含まれる。
【０００４】
１６Ｓ及び２３Ｓ ｒＲＮＡが、リボソームの解読活性及びペプチド性トランスフェラーゼ活性に、臨界的でないまでも重要な役割を果たしていることは今や広く受け入れられている。抗菌性抗生物質の主要な標的は、原核性リボソームの触媒性ｒＲＮＡである。原核生物は、２３Ｓ及び５Ｓ ｒＲＮＡを収容する５０Ｓサブユニット、及び１６Ｓ ｒＲＮＡを収容する３０Ｓリボソームを所有している。この５０Ｓリボソームは、ペプチド性トランスフェラーゼ活性及びＧＴＰアーゼ活性を含有する。ｔＲＮＡの３’部位アクセプター末端は、２３Ｓ ｒＲＮＡ内の保存領域と相互作用する。２３Ｓ ｒＲＮＡ中の特定のヌクレオチドは、エリスロマイシンを包含する多数のＭＬＳ化合物（マクロライド、リンコマイシン、及びストレプトマイシン）によって標的にされる。
【０００５】
エリスロマイシンは、２３Ｓ ｒＲＮＡに結合して翻訳を阻害する。テトラサイクリンは、２３Ｓ ｒＲＮＡサブユニットと結合してアミノアシル−ｔＲＮＡの結合を阻害する。クロラムフェニコールは、ペプチド性トランスフェラーゼ活性を阻害する。この２３Ｓ ｒＲＮＡのループへの化学結合は、全てのｔＲＮＡの３’−ＣＣＡ末端と相互作用する。Moazed et al., Biochimie, 1987, 69, 879−884。リネゾリド (linezolid) 耐性が２３Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を変化させることによって得ることができるので、オキサゾリジノンクラスの阻害剤は、触媒性ｒＲＮＡと相互作用すると考えられる。Kloss et al., J. Mol. Biol., 1999, 294, 93-101。突然変異を包含するこれら耐性が所在するループは、おそらく前開始複合体のレベルで、ペプチド性トランスフェラーゼ触媒部位の近接にある。
【０００６】
環状ペプチドベースの抗生物質であるチオストレプトンは、５０ＳリボソームサブユニットのリボソームＧＰＴアーゼ中心で幾つかの反応を阻害する。チオストレプトンが、大リボソームタンパク質Ｌ１１と同じ部位で５０Ｓサブユニットの２３Ｓ ｒＲＮＡ成分と結合することによって作用するという証拠が存在する。Ｌ１１の２３Ｓ ｒＲＮＡへの結合は、それらタンパク質の第三構造に大きな配置シフトを起こさせる。チオストレプトンのそのｒＲＮＡへの結合は、Ｌ１１／２３Ｓ ｒＲＮＡ相互作用の強さを増加させ、そしてそのＬ１１タンパク質におけるコンフォメーションの移行を阻止することによって翻訳を止めると考えられる。不運にも、チオストレプトンは、非常に乏しい溶解性しかなく、比較的高い毒性を持つので、概して抗生物質として有用ではない。チオストレプトンの作用様式は、２３Ｓ ｒＲＮＡのある領域を安定化させ、そうすることによってＬ１１タンパク質における構造的翻訳を阻止するものと考えられる。
【０００７】
オリゴヌクレオチド類似体アプローチは、大きなＲＮＰを、かなりの程度まで完全なＲＮＰの類似領域の機能的特性を備えた小さな無タンパク質サブドメインに効果的に細分することによって、そのような用途における有用な別の戦略を提供する。このアプローチが暗示するものは、ＲＮＰ（この場合はリポソーム）が本質的にＲＮＡマシーンであり、そして関係する（リボソーム）タンパク質の全てとは言えないまでも殆どが、大きくて複雑な構造のｒＲＮＡの折り畳みを案内するのを助けることによって本質的に付き添い機能を果たすという概念である。オリゴヌクレオチド類似体戦略の実行可能性は、リボソームの小さな（３０Ｓ）サブユニットのアミノグリコシド抗生物質結合（及び他の）相互作用を備えた１６Ｓ ｒＲＮＡの解読領域の類似体で既に証明されている。本発明は、リボソーム指向性抗菌剤発見のための標的として作用することができる２３Ｓ ｒＲＮＡのサブドメインを特定する。
【０００８】
ゲノミックス、つまり分子生物学、及び構造生物学における最近の進歩は、ＲＮＡ分子が、どのようにして細胞内でタンパク質を発現するのに要求される多くの事象に関与するのか又はそれを制御するのかということに脚光を浴びせている。簡単な中間物として機能するのではなくて、ＲＮＡ分子は活動的に、ＤＮＡからのそれら自身の転写を調節し、ｍＲＮＡ分子及びｔＲＮＡ分子をスプライシング及び編集し、リボソーム内のペプチド結合を合成し、生成したてのタンパク質の細胞膜への移動を触媒し、そしてメッセージの翻訳の速度の微妙な制御を提供する。ＲＮＡ分子は、これら機能を果たすのに要求される枠組みを提供するユニークな種々の構造的モチーフを採用することができる。
【０００９】
構成ＲＮＡ分子に特異的に結合する“小”分子治療剤は、ポリマーではない有機化学分子である。“小”分子治療剤には、例えば、最も強力な天然に存在する抗生物質が含まれる。例えば、アミノグリコシド及びマクロライド抗生物質は、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）構造内の特定領域に結合する“小”分子であって、タンパク質合成に要求されるＲＮＡ内のコンフォメーションの変化を遮断することによって働くと考えられる。加えて、ＲＮＡ分子のコンフォメーションにおける変化が、ｍＲＮＡ分子の転写と翻訳の速度を調節することが示されている。小分子とは概して１０ＫＤ未満である。
【００１０】
ＲＮＡ分子又は関連ＲＮＡ分子のグループは、タンパク質を合成するために細胞によって使用される調節領域を有すると本出願人によって考えられている。その細胞は、直接かつ特異的なＲＮＡとの相互作用によって合成されるタンパク質のタイミング及び量の両方にわたって制御を行使すると考えられる。この概念は、転写に高度に焦点が絞られた遺伝子調節に関する科学文献を読むことによって得られる印象とは一致しない。ＲＮＡ成熟、輸送、細胞内所在及び翻訳のプロセスには、薬剤結合のための良好な機会を提供するＲＮＡ認識部位が豊富である。本出願人の発明は、なかんずく、微生物ゲノム内のＲＮＡ分子、特に２３Ｓ ｒＲＮＡのこれら領域を見出すことに向けられている。本出願人の発明は、非常に多くの化学的存在物を作り、及び／又はこれら薬剤結合部位に結合及び／又はモジュレートするそれらの能力について現実若しくは仮想スクリーニングするためのコンビナトリアル化学の使用も行う。
【００１１】
核酸及びその付随的構造モチーフの潜在的３次元構造の決定は、ＲＮＡ、ＲＮＡ−ＲＮＡ相互作用、ＲＮＡ−核酸相互作用、及びＲＮＡ−タンパク質相互作用による触媒の研究、及び核酸による小分子の認識の研究のような分野に見識を与える。ＲＮＡのモデル三次元構造の生成への４つの大まかなアプローチが文献において証明されている。これら全ては、ＲＮＡのような標的核酸内の折り畳み及び三次相互作用のシミュレーションのための洗練された分子モデリング及びコンピューターアルゴリズムを用いている。Westhof と Altman (Proc. Natl. Acad. Sci., 1994, 91, 5133，参照によりその全体が本明細書に組み込まれる) は、インタラクティブコンピューターモデリングプロトコルを介して、Ｍ１ ＲＮＡ、つまり大腸菌からのＲＮアーゼＰの触媒ＲＮＡサブユニットの三次元活動モデルの生成を記載している。リボソームＲＮＡに関するクライオ−電子顕微鏡（ｃｒｙｏ−ＥＭ）及び生化学研究の分野における業績の有意な部分をてこ入れして、Mueller and Brimacombe (J. Mol. Biol., 1997, 271, 524) は、大腸菌１６ＳリボソームＲＮＡの三次元モデルを構築した。核酸ヘアピンモチーフをモデル化する方法が、核酸構造を表わすための一組の少ない座標系に基づいて及び Monte Carlo (MC) シミュレーション(Tung, Biophysical J., 1997, 72, 876, 参照によりその全体が本明細書に組み込まれる) を使用して構造を釣り合わせるサンプリングアルゴリズムに基づいて開発された。ＭＣ−ＳＹＭは、制約−満足法 (constraint-satisfaction method) を用いてＲＮＡの三次元構造を予測する別のアプローチである。Major et al., Proc. Natl. Acad. Sci., 1993, 90, 9408。ＭＣ−ＳＹＭプログラムは、質問入力制約を満たす全てのモデルについてのコンフォメーションスペースを探す制約と満足に基づくアルゴリズムであり、例えば、Cedergren et al., RNA Structure And Function, 1998, Cold Spring Harbor Lab. Press, p.37-75 に記載されている。ＲＮＡの三次元構造は、１又は幾つかの異なるコンフォメーションを有するヌクレオチドを生長しているオリゴヌクレオチドモデルに段階的に加えることによりその方法によって生成される。
【００１２】
Westhof and Altman (Proc. Natl. Acad. Sci., 1994, 91, 5133) は、インタラクティブコンピューターモデリングプロトコルを介して、Ｍ１ ＲＮＡ、つまり大腸菌からのＲＮアーゼＰの触媒ＲＮＡサブユニットの三次元活動モデルの生成を記載している。モデリングは、その文献に記載された殆どの部分について行われた。Westhof et al., Theoretical Biochemistry and Molecular Biophysics, Beveridge and Lavery (Eds.),Adenine, NY, 1990, 399。一般に、Ｍ１ ＲＮＡの一次配列で始めて、第二構造の基幹ループ構造及び他の要素が作り出された。続いて、コンピューターグラフィックステーションと FRODO (Jones, J. Appl. Crystallogr., 1978, 11, 268) を使用した後に NUCLIN-NUCLSQ を使用する再改良を行うことによってこれら要素を三次元構造に組み立てて、正しい幾何学的配置を有し、間違った接触がなく、そして適切な立体化学を有するＲＮＡモデルが与えられた。そうして生成したモデルは、Ｍ１ ＲＮＡに関する経験的データの大部分と一致していることが分かった。そして、ＲＮアーゼＰの作用のメカニズムについての仮説についてのドアを開けるものである。しかしながら、この方法によって生成したモデルは、Ｘ線結晶学を介して確認された構造をあまり説き明かしていない。
【００１３】
Mueller and Brimacombe (J. Mol. Biol., 1997, 271, 524, 参照によりその全体が本明細書に組み込まれる) は、ERNA-3D と呼ばれるモデリングプログラムを使用して大腸菌１６ＳリボソームＲＮＡの三次元モデルを構築した。このプログラムは、低分解能回折データから得られる電子密度に合わせるための一本鎖の動的ドッキングを介して、Ａ型ＲＮＡヘリックス及び一本鎖領域のような三次元構造を生成する。モデル内でヘリックス要素が画定され位置決定された後、一本鎖領域の配置が調整されて、ＲＮＡ−タンパク質架橋及びフットプリントデータのようなあらゆる公知の生化学的制約を満たすことになる。
【００１４】
核酸ヘアピンモチーフをモデル化する方法が、核酸構造を表わすための一組の少ない座標系に基づいて及び Monte Carlo (MC) シミュレーションを使用して構造を釣り合わせるサンプリングアルゴリズムに基づいて開発された。Tung, Biophysical J., 1997, 72, 876, 参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。核酸の基幹領域は、規範的な二重鎖形成を使用することによって十分にモデル化されることができる。一組の少ない座標系を使用して、一対の固定した末端を有する一本鎖ループの構造を生成することが可能であるアルゴリズムが作り出された。これは、コンフォメーションスペース内でのループの効率的な構造サンプリングを可能にする。このアルゴリズムを Metropolis Monte Carlo アルゴリズムと組み合わせると、コンピューター手段によって核酸ヘアピン構造の研究を単純化する構造シミュレーションパッケージが得られた。一旦、ＲＮＡサブドメインが特定されると、それらは、望ましければ、米国特許第 5,712,096号に記載された方法によって安定化されることができる。
【００１５】
Ｘ線結晶学は、生体ポリマー標的のある種の第二及び第三構造の確認を可能にできる強力な技術であるが (Erikson et al., Ann. Rep. in Med. Chem., 1992, 27, 271-289)、この技術は費用が嵩む操作でありかつ非常に行うのが難しい。生体ポリマーの結晶化は極めて冒険的であり、十分な分解能で行うのが難しく、そして、しばしば科学と同じほど多くの技術があると考えられる。薬剤発見プロセスにおけるＸ線結晶構造の利用性を更に混乱させるのは、結晶学が溶液相の中の見識、従って、生物学的に関連のある興味の対象である標的の構造を明らかにできないことである。リガンド（アゴニスト、アンタゴニスト又は阻害物質）とその標的の間の相互作用の性質及び強さの分析は、全て先に引用された、ＥＬＩＳＡ (Kemeny and Challacombe, in ELISA and other Solid Phase Immunoassays: 1988)、放射性リガンド結合アッセイ (Berson et al., Clin. 1968; Chard, in “An Introduction to Radioimmunoassay and Related Techniques,” 1982)、表面プラズモンレゾナンス (KarIsson et al., 1991, Jonsson et al., Biotechniques, 1991)、又はシンチレーションプロキシミティアッセイ (Udenfriend et al., Anal. Biochem., 1987) によって行われることができる。放射性リガンド結合アッセイは、典型的には、放射性リガンドの結合について、同じ結合部位での未知物質の競合的結合を評価するときにのみ有用であり、そして放射線の使用が必要となる。表面プラズモンレゾナンス技術は、より使用するのが容易であるがコストがかかる。結合速度、及び解離及び結合定数の慣用的な生化学的アッセイも、標的−リガンド相互作用を解明するのに役立つ。
【００１６】
従って、本発明の１つの側面は、２３Ｓ ｒＲＮＡにおける分子相互作用部位を特定することである。第二構造要素を含んでなるこれら分子相互作用部位は“小”分子との有意な治療的相互作用、調節的相互作用又は他の相互作用等を提起する可能性が高い。本発明の別の側面は、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位をそれとの相互作用について提案された化合物と比較することである。
【００１７】
本発明の別の側面は、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位の三次元構造の多数の表記(representations) のデータベースの確立である。そのようなデータベースライブラリーは、分子相互作用部位の構造及び潜在的リガンドとの相互作用及びその予測の解明のための強力なツールを提供する。本発明の別の側面は、２３Ｓ ｒＲＮＡに対する個々の化合物又は化合物の混合物を含んでなるコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングして、そのライブラリーのどの成分がその標的に対するものであるかを決定するための一般的方法を提供することである。
【発明の要旨】
【００１８】
本発明は、特定の第二構造を含んでなる２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位の特定に向けられている。
本発明は、分子相互作用部位に結合する化合物のコンビナトリアルライブラリーを仮想又は現実スクリーニングするのに使用されることができるその分子相互作用部位を含んでなる、核酸分子、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドにも向けられている。
【００１９】
本発明は、分子相互作用部位の構造の三次元表記を含んでなるコンピューター読み取り可能な媒体にも向けられている。
本発明は、２３Ｓ ｒＲＮＡ又はそれを含んでなる原核細胞をそのような仮想又は現実スクリーニングによって特定された化合物と接触させることによって、２３Ｓ ｒＲＮＡの活性をモジュレートすることにも向けられている。
【００２０】
本発明は、原核細胞をそのような仮想又は現実スクリーニングによって特定された化合物と接触させることを含んでなる、原核細胞増殖をモジュレートすることにも向けられている。
【００２１】
本発明は、なかんずく、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位の特定に向けられている。その分子相互作用部位は、翻訳及び他の細胞プロセスに要求される因子及びタンパク質のような細胞成分と相互作用することができる第二構造を含んでなる。分子相互作用部位を含んでなる核酸分子又はポリヌクレオチドは、それに結合する化合物のコンビナトリアルライブラリーを仮想又は現実スクリーニングするために使用されることができる。そのようなスクリーニングによって特定される化合物は、２３Ｓ ｒＲＮＡの活性をモジュレートするために使用されるので、原核細胞増殖をモジュレート、つまり阻害又は刺激のいずれか、をするのに使用されることができる。かくして、２３Ｓ ｒＲＮＡのモジュレートを通して働く新規な薬剤、農業用化学物質、工業用化学物質等が特定され得る。
【００２２】
好ましくは、多くの操作及びプロトコルが、強力な薬剤及び他の生物学的に有用な化合物の特定を提供するために融合される。医薬品、獣医薬品、農業用化学物質、殺虫剤、除草剤、殺カビ剤、工業用化学物質、研究用化学物質、及び、汚染制御、工業的生化学及び生体触媒系において有用な多くの他の有益な化合物が、本発明の態様に従って特定されることができる。操作の新規な組み合わせが本法に並外れた力と多用途性を提供するのである。幾つかの態様において、本願の譲受人によって開発された、本明細書に十分に記載されている多くの方法を融合させることが好ましいが、他の方法論も良好な効果を得るためにそれらと融合されることができる。かくして、この発明の教示に従って２３Ｓ ｒＲＮＡ上の分子相互作用部位を決定することは大いに有益であると同時に、諸リガンド及びリガンドのライブラリーの、興味の対象であるとして特定された他の２３Ｓ ｒＲＮＡとの相互作用も、この発明の他の側面から大いに有益であり得る。そのような全ての組み合わせは、本発明の範囲内のものである。
【００２３】
本出願人の発明の１つの側面は、“分子相互作用部位”と呼ばれる２３Ｓ ｒＲＮＡ内の第二構造を特定することに向けられている。本明細書で使用される“分子相互作用部位”は、第二構造を有する２３Ｓ ｒＲＮＡの領域である。分子相互作用部位は、２３Ｓ ｒＲＮＡの異なる複数の分類種の間で保存され得る。分子相互作用部位は小さくて、好ましくは２００ヌクレオチド未満、好ましくは１５０ヌクレオチド未満、好ましくは７０ヌクレオチド未満、好ましくは５０ヌクレオチド未満、また３０ヌクレオチド未満でもあり、大きなＲＮＡ分子内に含有される独立に折り畳まれた機能的サブドメインである。分子相互作用部位は、一本鎖領域及び二本鎖領域の両方を含有することができる。かくして、分子相互作用部位は、“小”分子や他のもので相互作用を受けることができるので、治療用途及び他の用途において、“小”分子、オリゴヌクレオチドのようなオリゴマー、及び他の化合物との相互作用のための部位として役立つことが期待される。分子相互作用部位は、小分子、薬剤等と結合するためのポケットをも含んでなる。
【００２４】
分子相互作用部位は、少なくとも２３Ｓ ｒＲＮＡ内に存在する。この発明の幾つかの態様では、１つ又は複数の分子相互作用部位を有する２３Ｓ ｒＲＮＡが多くの供給源から誘導され得ることが分かるであろう。かくして、そのような２３Ｓ ｒＲＮＡは、あらゆる手段によって特定され、三次元表記に翻訳され、そして、２３Ｓ ｒＲＮＡのモジュレートを行うためにそれらと相互作用することができる化合物の特定のために使用される。幾つかの態様では、２３Ｓ ｒＲＮＡ内で特定される分子相互作用部位は、真核細胞、特にヒトにはないから、ヒトに毒性を及ぼさずに原核生物の２３Ｓ ｒＲＮＡの同時モジュレーションを伴う“小”分子結合のための部位として役立つことができる。
【００２５】
分子相互作用部位は、当業者に知られているあらゆる手段によって特定されることができる。本発明の幾つかの態様では、２３Ｓ ｒＲＮＡ内の分子相互作用部位は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ９９／５８７１９に記載された一般的方法に従って特定される。簡単に説明すると、標的２３Ｓ ｒＲＮＡヌクレオチド配列が公知の配列の中から選ばれる。どのような２３Ｓ ｒＲＮＡヌクレオチド配列が選ばれてもよい。その標的２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列は、異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列と比較される。その複数の２３Ｓ ｒＲＮＡ及び標的２３Ｓ ｒＲＮＡの間で効果的に保存されている少なくとも１つの配列領域が特定される。そのような保存領域は、何らかの第二構造が存在するか否かを確認するために検査され、そして、第二構造を有する保存領域について、そのような第二構造が特定される。
【００２６】
本発明の幾つかの態様に従えば、標的２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列は、異なる分類種からの複数の対応する２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列と比較される。特定の標的核酸の最初の選択は、あらゆる機能的基準に基づくことができる。例えば、細菌及び酵母のような病原性ゲノムに関与することが知られている２３Ｓ ｒＲＮＡが例示的な標的である。病原性の細菌及び酵母は、当業者に周知である。追加の２３Ｓ ｒＲＮＡ標的が独立に決定されても当業者に知られている公に入手可能な原核生物遺伝子データベースから選択されてもよい。データベースには、例えば、Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)、the Cancer Genome Anatomy Project (CGAP)、GenBank、EMBL、PIR、SWISS-PROT 等が含まれる。疾患に関連する遺伝子突然変異のデータベースである OMIM は、部分的に National Center for Biotechnology Information (NCBI) のために開発された。OMIM は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、ncbi.nlm.nih.gov/Omim/ でアクセス可能である。癌細胞の分子解剖学を解読するために要求される情報的及び技術的ツールを確立するための学際的プログラムである CGAP は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/ でアクセス可能である。加えて、２３Ｓ ｒＲＮＡ標的は、私的遺伝子データベースからでも選択できる。また、２３Ｓ ｒＲＮＡ標的は、入手可能な刊行物から選択されても、本発明との関連で使用するために特別に決定されてもよい。
【００２７】
２３Ｓ ｒＲＮＡ標的が選択又は提供された後、その２３Ｓ ｒＲＮＡ標的のヌクレオチド配列が決定され、次いで、異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列と比較される。本発明の１つの態様では、２３Ｓ ｒＲＮＡ標的のヌクレオチド配列は、少なくとも１つの遺伝子データベースを走査することにより決定され、又は入手可能な刊行物で特定される。当業者に知られておりかつ入手可能なデータベースには、例えば、GenBank 等が含まれる。これらデータベースは、当業者に知られておりかつ入手可能である例えば Entrez 等のような検索プログラムと関連させて使用されることができる。Entrez は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ でアクセス可能である。好ましくは、種々のデータベースから入手可能な殆ど完全な核酸配列表記が使用される。当業者に知られておりかつ入手可能である GenBank データベースも、殆ど完全なヌクレオチド配列を得るのに使用されることができる。GenBank は、NIH 遺伝子配列データベースであり、全ての公に入手可能なＤＮＡ配列のアノーテートされた (annotated) コレクションである。GenBank は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる Nuc. Acids Res., 1998, 26, 1-7 に記載されており、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、ncbi.nlm.nih.goy/web/Genbank/index.html でアクセス可能である。また、完全なヌクレオチド配列を入手できないときは、２３Ｓ ｒＲＮＡ標的の部分ヌクレオチド配列を使用することができる。
【００２８】
２３Ｓ ｒＲＮＡ標的のヌクレオチド配列は、異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列と比較される。異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡ、及びそのヌクレオチド配列は、遺伝子配列データベースに見出されることができ、入手可能な刊行物から見出されることができるか、又は本発明との関連で使用するために特に決定されることができる。本発明の１つの態様では、２３Ｓ ｒＲＮＡ標的は、異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列と、配列類似性検索、オルトログ(ortholog) 検索又はそれら両方によって比較されることができ、そのような検索は当業者に知られている。
【００２９】
配列類似性検索の結果は、標的２３Ｓ ｒＲＮＡの少なくとも８〜２０ヌクレオチド領域に相同性である、ウィンドゥ領域と言われる、少なくともある部分のヌクレオチド配列を有する複数の２３Ｓ ｒＲＮＡである。好ましくは、その複数の２３Ｓ ｒＲＮＡは、標的２３Ｓ ｒＲＮＡのいずれかのウィンドゥ領域に少なくとも６０％相同性である少なくとも１つの部分を含んでなる。より好ましくは、その相同性は少なくとも７０％である。より好ましくは、その相同性は少なくとも８０％である。最も好ましくは、その相同性は少なくとも９０％又は９５％である。例えば、複数の配列が標的２３Ｓ ｒＲＮＡのその部分と比較されるウィンドゥのサイズは、約８〜約２０、好ましくは約１０〜約１５、最も好ましくは約１１〜約１２の連続ヌクレオチドであることができる。ウィンドゥのサイズは、それに従って調節されることができる。次いで、異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡが、好ましくは、標的２３Ｓ ｒＲＮＡ内の各々のウィンドゥと、その複数の配列の全部分が標的２３Ｓ ｒＲＮＡのウィンドゥと比較されるまで比較される。異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡの配列であって、標的２３Ｓ ｒＲＮＡのいずれかのウィンドゥ配列と少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、又は最も好ましくは少なくとも９０％相同性である部分を有する配列が、相同性配列として考慮される。
【００３０】
配列類似性検索は、マニュアルで行われても当業者に知られている幾つかの入手可能なコンピュータープログラムによって行われてもよい。好ましくは、入手可能で当業者に知られている Blast 及び Smith-Waterman アルゴリズム等が使用されることができる。Blast は、ヌクレオチド及びタンパク質配列データベースの分析を支援するためにデザインされたＮＣＢＩの配列類似性検索ツールである。Blast は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ でアクセス可能である。GCG Package は、公のドメインデータベースで又はローカルで入手できる検索可能なデータベースで使用されることができる Blast のローカル版を提供している。GCG Package v.9.0 は、配列を編集し、マッピングし、比較し、そして列に並べることによってそれらの分析を可能にする１００を越える相関したソフトウェアプログラムを含有する商業的に入手可能なソフトウェアパッケージである。GCG Package に含まれる他のプログラムには、例えば、ＲＮＡ第二構造予測、核酸フラグメント組み立て、及び進化分析を容易にするプログラムが含まれる。加えて、最も卓越したデータベース (GenBank、EMBL、PIR、及び SWISS-PROT) が GCG Package と一緒に流通しているので、データベース検索及びマニピュレーションプログラムで十分にアクセス可能である。GCG は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、gcg.com/ でアクセス可能である。Fetch は、アクセス番号に基づいてアノーテートされた GenBank 記録を得ることができる、GCG において入手可能なツールであり、Entrez に類似している。別の配列類似性検索が、Pangea からの GeneWorld 及び GeneThesaurus で行われることができる。GeneWorld 2.5 は、ポリヌクレオチド及びタンパク質配列の分析のための自動化された融通のきく高処理量アプリケーションである。GCG のように、GeneWorld は、相同性検索、遺伝子発見、複数配列アラインメント、第二構造予測、及びモチーフ特定のための幾つかの検索ツールを取り込んでいる。GeneThesaurus 1.0TM は、公のデータ及びローカルデータのためのリレーショナル・データモデルを提供する複数の供給源からの情報を提供する配列及びアノーテーション (annotation) データ有料サービスである。
【００３１】
別の選択肢としての配列類似性検索が、例えば、BlastParse によって行われることができる。BlastParse は、上記の戦略を自動化するＵＮＵＸプラットフォーム上で作動するＰＥＲＬスクリプトである。BlastParse は、興味の対象である標的アクセス番号のリストを持っており、全ての GenBank フィールドを“タブで区切られた”("tab-delimited") テキストの中にパーズ(parse) する。そのテキストは、次いで、より簡単な検索と分析のための、柔軟さを提供する“リレーショナル・データベース”フォーマット内に保存されることができる。この末端結果は、容易に並べ替えられ、フィルターにかけられ、そしてアノーテーション−リレーショナル・データベースと同じように問合せられることができる一連の完全にパーズされた GenBank 記録である。
【００３２】
配列類似性検索及びデータマニピュレーションをすることができる別のツールキットは、やはり NCBI からの SEALS である。このツールセットは、ペルル (perl) とＣで書かれており、これら言語をサポートするあらゆるコンピュータープラットフォーム上でランさせることができる。それは、インターネットの世界規模のウェブで、例えば、ncbi.nlm.nih.gov/Walker/SEALS/ でダウンロードのために利用可能である。このツールキットは、Blast2 又は gapped blast へのアクセスを提供する。それは、tax_break と呼ばれるツールとともに、Blast2 のアウトプットをパーズし、そして各々の存在する種についての問合せ配列に最も相同性の配列の特定者を戻す tax_collector と呼ばれるツールを包含する。別の有用なツールは、アノーテションに基づいてインプット配列からの配列フラグメントを抽出する feature2fasta である。
【００３３】
好ましくは、配列類似性検索において上で説明した標的核酸への相同性を有する異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡが、標的２３Ｓ ｒＲＮＡのオルトログをそこで見出すために、更に描き出される。オルトログは、広く分岐した生物において配列類似性を有し、かつその生物の前後関係内で類似の機能を発揮する２つの遺伝子のことを意味させるために遺伝子分類において規定された用語である。対照的に、パラログは、遺伝子２重化に起因して発生したが新たな機能を進化させた種内の遺伝子のことであり、アイソタイプとも言われる。必要であれば、パラログ検索も行うことができる。オルトログ検索を行うことにより、多様な生物からの相同性配列の徹底的なリストが得られる。続いて、これら配列は、オルトログであるための基準に合致する最良の代表的配列を選択するために分析される。オルトログ検索は、例えば、Compare を包含する当業者にとって入手可能なプログラムによって行われることができる。好ましくは、オルトログ検索は、各々の配列について完全かつでパーズされた GenBank アノーテションへのアクセスで行われる。現在、GenBank から得られる記録は、“フラット−ファイル (flat-files)”であるので、自動分析に理想的に適してはいない。好ましくは、オルトログ検索は、Q-Compare プログラムを使用して行われる。Blast リダルト−リレーション・データベース及びアノーテーション−リレーショナル・データベースは、Q-Compare プロトコルで使用され、以下に記載する種間配列比較プログラムで比較するためのオルトログ配列のリストをもたらす。
【００３４】
上記の類似性検索は、ｅ−スコアと言われるカット−オフ値に基づく結果を提供する。ｅ−スコアは、所与のヌクレオチドのウィンドゥ内のランダム配列マッチングの確率を表わす。ｅ−スコアが低ければ低いほどより良好にマッチングする。当業者はｅ−スコアに詳しい。ユーザーは、ストリンジェンシーに依存してｅ−値カット−オフを定義するか、又は上記の通りに望まれる相同性の程度を定義する。本発明の幾つかの態様において、あらゆる特定される２３Ｓ ｒＲＮＡの相同性ヌクレオチド配列はヒトゲノム内に存在するのが好ましい。
【００３５】
本発明の別の態様では、要求される配列は、オルトログデータベースを検索することにより得られる。１つのそのようなデータベースは、脊椎動物オルトログのキュレートされた (curated) データベースである Hovergen である。オルトログの組がこのデータベースから輸出されて、そのまま使用されても、上記の更なる配列類似性検索のための種として使用されてもよい。更なる検索が、例えば、無脊椎動物オルトログを見出すために望まれてもよい。Hovergen は、ファイル移行プログラムとして、例えば、pbil.univ-lyonl.fr/pub/hovergen/ でダウンロードされることができる。原核生物のオルトログのデータベースである COGS は入手可能であり、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、ncbi.nlm.nih.gov/COG/ で双方向で使用されることができる。
【００３６】
オルトログ又は上記の仮想転写物が配列類似性検索又はオルトログ検索のいずれかを通じて得られた後、異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡ及び標的２３Ｓ ｒＲＮＡの間で保存された少なくとも１つの配列領域が特定される。種間配列比較は、当業者にとって入手可能でかつ知られた多数のコンピュータープログラムを使用して行われることができる。好ましくは、種間配列比較は、当業者にとって入手可能でかつ知られている Compare を使用して行われる。Compare は、ウィンドゥ／ストリンジェンシー基準を使用する配列の対ごとの比較を可能にする GCG ツールである。Compare は、指定したクォリティのマッチングが見出される点を含有するアウトプットファイルをもたらす。これらは、別の GCG ツールである DotPlot でプロットされることができる。
【００３７】
また、保存配列領域の特定は、Q-Compare から生じたオルトログ配列を CompareOverWins と組合わせて使用する種間配列比較によって行われる。好ましくは、比較するための配列のリスト、即ち、Q-Compare から生じたオルトログ配列を CompareOverWins アルゴリズムの中に入れる。好ましくは、種間配列比較は、問合せ配列がマスター標的配列上のウィンドゥをスライドする対ごとの配列比較によって行われる。好ましくは、そのウィンドゥは、約９〜約９９の連続ヌクレオチドである。
【００３８】
標的２３Ｓ ｒＲＮＡのウィンドゥ配列と上記の通りに得られた複数の２３Ｓ ｒＲＮＡのいずれかの問合せ配列との間の配列相同性は、好ましくは少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、そして最も好ましくは少なくとも９０％又は９５％である。境界値を選ぶ最も好ましい方法は、５０％〜１００％の全ての境界値をコンピューターで自動的に試行させて、ユーザーによって提供される測定基準に基づく境界値を選ぶ。１つのそのような測定基準は、正確にｎ回ヒットが繰り返されるように境界値を拾い上げることである。この際、ｎは通常３に設定される。このプロセスは、上記の複数の２３Ｓ ｒＲＮＡのメンバーである問合せ核酸上の全ての塩基がマスター標的配列上の全ての塩基と比較されるまで繰り返される。得られるスコア記録マトリックスは、散乱プロットとしてプロットされることができる。所与の場所におけるマッチング密度に基づいて、無点、孤立点、又は線に見えるように一緒に接近した一組の点があり得る。しかしながら、小さいとはいえ線の存在は、一次的な配列相同性を示すものである。分岐した種における２３Ｓ ｒＲＮＡ内の配列保存は、第二構造を有する可能性の高い保存された調節要素の指標となるようである。種間配列比較の結果は、当業者に知られている完全に自動化されたやり方で、MS Excel 及び目視できる基礎的ツールを用いて分析されることができる。
【００３９】
２３Ｓ ｒＲＮＡ標的のヌクレオチド配列と異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡの間で保存された少なくとも１つの領域が好ましくはオルトログを介して特定された後、その保存領域は、それが第二構造を含有しているか否か確認するために分析される。特定された保存領域が第二構造を含有しているか否かの確認は、当業者に知られている多くの操作によって行われることができる。第二構造の確認は、自己相補性比較、アラインメントと共分散 (covariance) 分析、第二構造予測、又はそれらの組合せによって行われる。
【００４０】
本発明の１つの態様では、第二構造分析は、アラインメントと共分散分析によって行われる。アラインメントと共分散分析のための多数のプロトコルが当業者に知られている。好ましくは、アラインメントは、当業者に入手可能でありかつ知られている ClustalW によって行われる。ClustalW は、GCG の一部ではないが現行の GCG ツールセットの拡張として加えられることができかつローカル配列で使用されることができる複数配列アラインメントのためのツールである。ClustalW は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/Options/clustalw.htmi でアクセス可能である。ClustalW は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる Thompson, et al., Nuc. Acids Res., 1994, 22, 4673-4680 にも記載されている。これら操作は、より早い段階で特定された保存ＵＴＲ領域を自動的に使用するようにスクリプトされ得る。当業者に入手可能でかつ知られている UNIX（登録商標） コマンドラインインタフェースである Seqed は、大きな配列から選択されたローカル領域の抽出を可能にする。多くの異なる種からの複数の配列はクラスターに分けられて更なる分析のために列に並べられることができる。
【００４１】
本発明の別の態様では、全ての可能な対ごとの CompareOverWindows（登録商標） 比較のアウトプットは、当業者によって再現されることができる AlignHits と呼ばれるプログラムを使用してコンパイルされそして参照配列に沿って並べられる。このプログラムの１つの目的は、参照配列上の位置を逆上る対ごとの比較でなされる全てのヒットをマッピングすることである。CompareOverWindows（登録商標） 及び AlignHits と組合わさったこの方法は、あらゆる他のアルゴリズムよりもよりローカルなアラインメント（２０〜１００塩基にわたる）を提供する。このローカルアラインメントは、共変動 (covariation) 又は RevComp のような後で記載する構造発見ルーチンのために必要である。このアルゴリズムは、並べられた配列のファスタファイル (fasta file) を記述する。ClustalW それ自体だけを使用して CompareOverWindows（登録商標） 及び AlignHits なしにこのフォームを分化させてゆくことが重要である。
【００４２】
共変動は、コンセンサス第二構造予測のための一次配列情報の系統発生的分析のプロセスである。共変動は、各々が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる次の文献に記載されている：Gutell et al., “Comparative Sequence Analysis Of Experiments Performed During Evolution” In Ribosomal RNA Group 1 Introns, Green, Ed., Austin: Landes,1996; Gautheret et al., Nuc. Acids Res., 1997, 25, 1559-1564; Gautheret et al., RNA, 1995, 1, 807-814; Lodmell et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92, 10555-10559; Gautheret et al., J. Mol. Biol., 1995, 248, 27-43; Gutell, Nuc. Acids Res., 1994, 22, 3502-3517; Gutell, Nuc. Acids Res., 1993, 21, 3055-3074; Gutell, Nuc. Acids Res.,1993, 21, 3051-3054; Woese, Proc. Nad. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 3119-3122; 及び Woese et al., Nuc. Acids Res., 1980, 8, 2275-2293。好ましくは、共分散ソフトウェアが、共分散分析のために使用される。好ましくは、配列アラインメントからのＲＮＡ構造の比較分析のための一組のプログラムである Covariation が使用される。Covariation は、コンセンサス第二構造予測のための一次配列情報の系統発生的分析を使用する。Covariation は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、mbio.ncsu.edu/RNaseP/info/programs/programs.html で得ることができる。このプログラムのバージョンの完全な説明が公表されている (Brown, J. W. 1991, Phylogenetic analysis of RNA structure on the Macintosh computer. CABIOS7:391-393) 。標準的共変動分析、補償的塩基置換、及び相互情報分析を包含する、ＲＮＡ配列アラインメントからの種々のタイプの共変動分析を行うことができる現行のバージョンはｖ４.1である。このプログラムは、十分にドキュメント化されており、広範な例示ファイルが出ている。それは、一人立ち (stand-alone) プログラムとしてコンパイルされ；Hypercard を必要としない（多くの小さな‘積み上げ (stack)’ バージョンが包含されているが）。このプログラムは、MacOS ｖ７.１又はより高いもので作動するあらゆる Macintosh 環境で作動するであろう。より高速なプロセッサーマシーン (68040 又は PowerPC) が、相互情報分析又は大配列アラインメントの分析用に提案されている。
【００４３】
本発明の別の態様では、第二構造分析は第二構造予測によって行われる。熱力学的パラメーター及びエネルギー計算に基づいてＲＮＡ第二構造を予測する多くのアルゴリズムがある。好ましくは、第二構造予測は、M-fold 又は RNA Structure 2.52 のいずれかを使用して行われる。M-fold は、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、ibc.wustl.edu/-zuker/ma/form2.cgi でアクセスできるか、又はローカル使用のために UNIX（登録商標） プラットフォームでダウンロードされることができる。M-fold は、GCG パッケージの一部としても利用可能である。RNA Structure 2.52 は、M-fold アルゴリズムの Windows（登録商標） 適応版であって、インターネットの世界規模のウェブを通じて、例えば、128.151.176.70/RNAstructure.html でアクセスできる。
【００４４】
本発明の別の態様では、第二構造分析は自己相補性比較によって行われる。好ましくは、自己相補性比較は上記の Compare を使用して行われる。より好ましくは、Compare に修飾を加えて、慣用的な Watson-Crick G-C/C-G 又は A-U/U-A 対に加えて G-U 又は U-G 塩基対をも調べるように、その対合マトリックスを拡張してもよい。そのような修飾された Compare プログラム（修飾 Compare）は、所与配列内の全ての可能な塩基対合を予測することにより開始する。上記のように、小さいが保存された領域が、一連のオルトログの一次配列比較に基づいて特定される。修飾 Compare では、これら配列の各々がそれ自身の逆向き相補体と比較される。認め得る塩基対合には、Watson-Crick A-U、G-C 対合及び非キャノン (non-canonical) G-U 対合が含まれる。全ての利用可能なオルトログのそのような自己相補性プロットの覆い、及び各々における最も反復性のパターンの選択は、最小限の数の可能な折り畳まれた配置をもたらす。次いで、これら覆いは、上記のエネルギー考慮によって課される追加の制約と連絡して、最もありそうな第二構造を推定するために使用されることができる。
【００４５】
本発明の別の態様では、AlignHits のアウトプットが、RevComp と呼ばれるプログラムによって読まれる。このプログラムは、当業者によって再現されるであろう。このプログラムの１つの目的は、塩基対規則とオルトログ進化を使用してＲＮＡ第二構造を予測することである。ＲＮＡ第二構造は、基幹と呼ばれる一本鎖領域と塩基対領域から構成される。進化によって保存される領域が検索されるので、オルトログ配列の所与アラインメントのための最も見込みのある基幹は、最も多くの配列によって形成されることができたものとなる。見込みのある基幹形成及び塩基対合規則は、例えば、ＮＭＲのような他の技術によって確認された基幹の塩基対合統計を分析することによって決定される。RevComp のアウトプットは、可能な構造が蓄えられたリストであって、この構造を形成できたオルトログセットのメンバー配列のパーセンテージによってランク付けされたリストである。このアプローチはパーセンテージ境界値アプローチを使用するので、ノイズ配列に鈍感である。ノイズ配列は、真のオルトログではない配列、又は検索される構造の例に該当しないとしても高い配列相同性のために AlignHits のアウトプットの中に入ってしまった配列のいずれかである。非常に小さなアルゴリズムが、所与の配列セットのための逆向き相補性マトリックスの概観を生じさせるために、ＰＣ上で作動すべき Visual basic for Applications (VBA) 及び Microsoft Excel を使用して実行される。
【００４６】
アラインメントと共分散、自己相補性分析、M-fold 又は他のやり方を使用するなどの第二構造予測によって行われるか否かに関係なく、上記の第二構造分析の結果は、標的２３Ｓ ｒＲＮＡと異なる分類種からの複数の２３Ｓ ｒＲＮＡの間で保存された領域における第二構造の特定である。特定されることができる例示的な第二構造には、膨らみ、ループ、基幹、ヘアピン、隆起、三重相互作用、クローバーの葉、又はヘリックス、又はそれらの組合せが含まれるが、これらに限定されない。また別に、新たな第二構造も特定され得る。
【００４７】
本発明は、ポリヌクレオチド及びオリゴヌクレオチドのような核酸分子であって、２３Ｓ ｒＲＮＡ内に存在する分子相互作用部位を含んでなる核酸分子にも向けられている。核酸分子には、自然界の化合物自体、並びにそれらの in silico 表記物が含まれる。かくして、核酸分子は、２３Ｓ ｒＲＮＡから誘導される。分子相互作用部位は、その分子相互作用部位に結合したときに細胞内での２３Ｓ ｒＲＮＡの発現をモジュレートする少なくとも１つの分子についての結合部位として役立つ。ポリヌクレオチドの核酸配列は、実施例において非常に詳細に記載されている分子相互作用部位の第二構造を提供するように選択される。ポリヌクレオチドの核酸配列は、好ましくは、上記の標的２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列である。また、そのヌクレオチド配列は、好ましくは、その分子相互作用部位をも含有する複数の異なる分類種からの２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド配列である。
【００４８】
本発明のポリヌクレオチドは、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位を含んでなる。かくして、本発明のポリヌクレオチドは、分子相互作用部位のヌクレオチド配列を含んでなる。加えて、それらポリヌクレオチドは、５０まで、より好ましくは４０まで、より好ましくは３０まで、より好ましくは２０まで、そして最も好ましくは１０までの追加のヌクレオチドを、各々のポリヌクレオチドの５’又は３’末端のいずれか又はそれらの組み合わせにおいて含むことができる。かくして、例えば、分子相互作用部位が２５ヌクレオチドを含んでなるなら、そのポリヌクレオチドは７５までのヌクレオチドを含んでなることができる。分子相互作用部位内に存在するものに加えられるヌクレオチドは、その分子相互作用部位の第二構造を保存するように選択される。当業者は、そのような追加ヌクレオチドをその第二構造が保存されるように選択することができる。ポリヌクレオチドは、ＲＮＡもＤＮＡも含んでなることができ、キメラＲＮＡ／ＤＮＡも含んでなることができる。ポリヌクレオチドは、当業者に周知の修飾された塩基、糖及び主鎖を含んでなることができる。更に、一本のポリヌクレオチドが複数の分子相互作用部位を含んでなることができる。加えて、複数のポリヌクレオチドが一緒になって単一の分子相互作用部位を含んでなることができる。また、複数のポリヌクレオチドが一緒になって単一の分子相互作用部位を含むときは、当業者はそれらポリヌクレオチドを相互にくっ付けて一本のポリヌクレオチド形成することができる。
【００４９】
分子相互作用部位を含んでなるポリヌクレオチドの部分は、１又はそれを越える欠失、挿入及び置換を含んでなることができる。基幹、末端ループ、膨らみ、内部ループ、及び垂下領域は、１又はそれを越える欠失、挿入及び置換を含んでなることができる。かくして、例えば、１０ヌクレオチドからなる分子相互作用部位の末端ループは、１又はそれを越える挿入、欠失及び置換を含有するように修飾されることができるので、その末端ループに先んじる基幹の短縮化又は伸長化をもたらすことになる。加えて、例えば、二本鎖領域に隣接する非対合の垂下ヌクレオチドは、削られても、別のヌクレオチドの付加でその基幹を伸長して塩基対合されてもよい。加えて、ある基幹内のヌクレオチド塩基対合も、置換、欠失又は挿入されてもよい。かくして、例えば、分子相互作用部位の基幹部分内の A-U 塩基対が G-C 塩基対で置換されてもよい。更に、非キャノン塩基対（例えば、G-A、C-T、G-U 等）がポリヌクレオチド内に存在してもよい。かくして、以下の実施例に記載のような分子相互作用部位と、少なくとも７０％、より好ましくは８０％、より好ましくは９０％、より好ましくは９５％、及び最も好ましくは少なくとも９９％相同性を有するポリヌクレオチドが本発明の範囲内に含まれる。パーセント相同性は、例えば、Gap プログラム (Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix（登録商標）, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison WI) により、Smith と Waterman (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482-489；参照によりその全体が本明細書に組み込まれる) のアルゴリズムを使用する不履行設定 (default setting) を使用して決定されることができる。
【００５０】
本発明は、２３Ｓ ｒＲＮＡ内に存在する精製され単離された上記の核酸分子又はポリヌクレオチドにも向けられている。分子相互作用部位を含んでなるポリヌクレオチドは、その分子相互作用部位を含んでなる２３Ｓ ｒＲＮＡのその部分を擬似する。
【００５１】
ポリヌクレオチド及びその修飾は当業者に周知である。本発明のポリヌクレオチドは、例えば分子相互作用部位に結合する天然に存在する分子を検出するための例えば研究試薬として使用されることができる。また、本発明のポリヌクレオチドは、以下に非常に詳細に記載するところの、分子相互作用部位に結合する小分子を現実又は仮想スクリーニングするために使用されることができる。分子相互作用部位への結合についての化合物の仮想的生成及びそのスクリーニングは、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ９９／５８９４７に記載されている。本発明のポリヌクレオチドは、研究、診断及び治療的用途のための、細胞内の天然に存在する分子相互作用部位と競合するおとりとして使用されることもできる。特に、本ポリヌクレオチドは、細菌増殖を阻害するために例えば治療用途に使用されることができる。分子相互作用部位に結合する分子は、翻訳に際して２３Ｓ ｒＲＮＡの機能を増大させるか又は縮減させることによりモジュレートする。本ポリヌクレオチドは、農業、工業及び他の用途にも使用されることができる。
【００５２】
本発明は、上記の少なくとも１つのポリヌクレオチドを含んでなる組成物にも向けられている。本発明の幾つかの態様では、２種のポリヌクレオチドがその組成物内に含まれる。本発明の組成物は、担体を含んでなることができる。“担体”は、許容できる溶剤、希釈剤、懸濁剤、又は動物に１又はそれを越える核酸を送達するためのあらゆる他の不活性ビヒクルであって、当業者に周知である。担体は、薬学的に許容できる担体であることができる。担体は液体であっても固体であってもよく、そして、計画された投与のやり方を念頭に入れて、その組成物の他の成分と混合したときに、望まれる量、コンシステンシー等を提供できるように選択される。典型的な担体には、結合剤（例えば、予備ゼラチン化トウモロコシスターチ、ポリビニルピロリドン又はヒドロキシプロピルメチルセルロース等）；充填剤（例えば、ラクトース及び他の糖類、微結晶性セルロース、ペクチン、ゼラチン、硫酸カルシウム、エチルセルロース、ポリアクリレート又はリン酸水素カルシウム等）；滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、シリカ、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸、ステアリン酸金属、水素化植物油、コーンスターチ、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム等）；崩壊剤（例えば、スターチ、スターチグリコール酸ナトリウム等）；又は湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム等）が含まれるが、これらに限定されない。
【００５３】
本発明は、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位に結合する化合物を特定する方法であって、その分子相互作用部位の三次元構造の多数の表記を提供すること、及び複数の有機化合物の三次元構造の多数の表記を提供することを含んでなる方法に向けられている。次いで、分子相互作用部位の多数のそれら表記は、化合物データセットのメンバーと比較されて、それら有機化合物がその分子相互作用部位と物理的相互作用を形成する能力に従ってランク付けされた階級を生じさせる。
【００５４】
本発明は、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位又はそれを含んでなるポリヌクレオチドに結合する化合物を特定する方法にも向けられている。本発明の幾つかの態様では、２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位又はそれを含んでなるポリヌクレオチドに結合する化合物は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ９９／５８９４７に記載された一般的方法に従って特定される。簡単に説明すると、それら方法は、分子相互作用部位又はそれを含んでなるポリヌクレオチドの三次元構造の多数の表記を提供し、複数の有機化合物の三次元構造の多数の表記を含んでなる化合物データセットを提供し、その分子相互作用部位の多数の表記をそれら化合物データセットのメンバーと比較して、それら有機化合物がその分子相互作用部位と物理的相互作用を形成する能力に従ってランク付けされた有機化合物の階級を生じさせることを含んでなる。
【００５５】
分子相互作用部位と、例えば有機化合物のようなリガンドの間の結合を特徴付ける多くのやり方が存在し、各々が本発明の譲受人に譲渡され、かつ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、WO 99/58719、WO 99/59061、WO 99/58722、WO 99/45150、WO 99/58474、及び WO 99/58947 に記載されている。
【００５６】
加えて、本発明は、上記の核酸分子の三次元表記及びそれを含んでなる組成物に向けられている。２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位の三次元構造は、多数の表記としてマニピュレートされることができる。それら三次元の表記、即ち、in sillico（例えば、コンピューター読み取り可能形態）表記は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ９９／５８９４７に開示された方法によって生じさせることができる。簡単に説明すると、分子相互作用部位の、好ましくはＲＮＡの、三次元構造は、多数の表記としてマニピュレートされることができる。行われる化学的事象及び利用可能な反応構築ブロックに基づいて分子を設計する能力を当業者に提供するコンピューターソフトウェアが商業的に入手可能である。例えば、Sybyl/Base (Tripos, St. Louis, MO)、Insight II (Molecular Simulations, San Diego, CA)、及び Sculpt (MDL Information Systems, San Leandro, CA) のようなソフトウェアパッケージは、コンピューターで構造を生じさせるための手段である。これらソフトウェア製品は、コンピューターで生じた分子及びそれらの構造を評価及び比較する手段をも提供する。分子相互作用部位の in sillico コレクションを、上に挙げた販売業者のいずれかからのソフトウェア及び入手可能であるか又は入手可能になるソフトウェアを使用して生じさせることができる。それら三次元表記は、例えば、その分子を潜在的な治療用化合物に結び付けるために使用されることができる。かくして、三次元表記は、薬物スクリーニング操作に使用されることができる。従って、本発明の核酸分子及びそれを含んでなる組成物には、その核酸分子の三次元表記が含まれる。
【００５７】
２３Ｓ ｒＲＮＡの分子相互作用部位についての一組の構造的制約を、例えば、酵素的マッピング及び化学的プローブのような生化学的分析から、及び、例えば、共分散及び配列共変動のようなゲノム情報から生じさせることができる。このような情報は、基幹又は特定の第二構造の他の領域における塩基を対合させるのに使用されることができる。追加の構造的仮説を、ループ及び膨らみ領域における非キャノン塩基対合スキームについて生じさせることができる。Monte Carlo 検索操作は、そのプログラム制約と矛盾しない２３Ｓ ｒＲＮＡの可能なコンフォメーションを見本にして三次元構造を生み出すことができる。
【００５８】
三次元 in sillico 表記の生成の報文が、ライブラリーのデザイン、ライブラリー生成、及びライブラリーのタンパク質標的に対するスクリーニングの観点から利用可能である。同様に、ＲＮＡを生じさせる分野における試みが文献において報告されている。しかしながら、有機分子、“小”分子、ポリヌクレオチド又は他の核酸の in sillico 表記を、２３Ｓ ｒＲＮＡ構造の三次元 in sillico 表記で問合せるための、構造に基づくデザインアプローチの使用に関する報告は存在しない。本発明は、好ましくは、２３Ｓ ｒＲＮＡ構造の三次元モデルを構築すること；複数の有機化合物、“小”分子、ポリマー化合物、ポリヌクレオチド及び他の核酸の三次元 in sillico 表記を構築すること；そのような in sillico 表記を２３Ｓ ｒＲＮＡ分子相互作用部位に対して in sillico でスクリーニングすること；それら複数の化合物からの最良の潜在的結合物質の評点及び特定を行うこと；及び最後にそのような化合物をコンビナトリアル様式で合成してからそれらを実験的に試験してそのような２３Ｓ ｒＲＮＡ標的についての新規なリガンドを特定すること；を可能にするコンピューターソフトウェアを用いる。
【００５９】
この発明の方法を使用することによりスクリーニングされ得る分子には、有機又は無機の小〜大分子量の個々の化合物、及びリガンド、阻害物質、アゴニスト、アンタゴニスト、基質、及びペプチド若しくはポリヌクレオチドのような生体ポリマーのコンビナトリアル混合物又はライブラリーが含まれるが、これらに限定されない。コンビナトリアル混合物には、化合物のコレクション、及び化合物のライブラリーが含まれるが、これらに限定されない。これら混合物は、混合物のコンビナトリアル合成を介して生成されても、個々の化合物の混和物を介して生成されてもよい。化合物のコレクションには、個々の化合物の組又は化合物の混合物若しくはプールの組が含まれるが、これらに限定されない。これらコンビナトリアルライブラリーは、合成供給源から得られても、例えば、微生物、植物、海洋生物、ウイルス及び動物材料のような天然供給源から得られてもよい。コンビナトリアルライブラリーは、少なくとも約２０化合物であるが数千もの個々の化合物を包含してもよく、潜在的にはもっと多くてもよい。コンビナトリアルライブラリーが化合物の混合物であるとき、これら混合物は、典型的には、２０〜５０００の化合物、好ましくは５０〜１０００、より好ましくは５０〜１００を含有する。５００〜１０００の個別種を有する混合物であるとき、１００〜５００の組み合わせが有用である。典型的には、コンビナトリアルライブラリーのメンバーは、約１０，０００Ｄａ未満、より好ましくは７，５００Ｄａ未満、そして最も好ましくは５０００Ｄａの分子量を有する。
【００６０】
仮想スクリーニングの分野の有意な進歩は、既知分子の興味の対象であるレセプターへの相互作用を見出して特定するための、構造に基づくデータベース検索を可能にする DOCK と呼ばれるソフトウェアの開発であった (Kuntz et al., Acc. Chem. Res., 1994, 27, 117; Geschwend and Kuntz, J. Compt.-Aided Mol. Des.,1996, 10, 123)。DOCK は、その３Ｄ構造がin sillico で生じたがそれについてのレセプターとの相互作用の知見が前もってなかった分子のスクリーニングを可能にする。従って、DOCK は、興味の対象であるレセプターへの新規なリガンドを発見するのを補助するためのツールを提供する。かくして、DOCK は、本発明の方法に従って調製された化合物を望まれる標的分子に結び付けるために使用されることができる。DOCK の実行は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ９９／５８９４７に記載されている。
【００６１】
本発明の幾つかの態様では、上記のような自動化されたコンピューター検索アルゴリズムが、ユーザーによって指定された生化学的及びゲノム的制約と矛盾しない、２３Ｓ ｒＲＮＡからの全ての正当な三次元分子相互作用部位構造を予測するのに使用される。例えば、それらの二乗平均の平方根偏差値に基づくと、これら構造は異なるファミリーのクラスターに分けられる。各々のファミリーの代表的メンバー又は代表的諸メンバーは、明確な溶剤及びカチオンとの分子動力学を介して更なる構造的純化に付されることができる。
【００６２】
これらソフトウェアプログラムによる構造的列挙及び表記は、典型的には、分子骨格及び置換基を二次元で描くことによって行われる。コンピューターで描きそしてそこに蓄えたら、これら分子を商業的に入手可能なソフトウェア内に存在するアルゴリズムを使用して三次元構造にすることができる。好ましくは、MC-SYM を使用して、分子相互作用部位の三次元表記を作り出す。分子相互作用部位の二次元構造を三次元モデルにすることは、典型的には、低エネルギーコンフォメーション又は各々の分子の低エネルギーコンフォーマー (conformer) のコレクションを生み出す。これら商業的に入手可能なプログラムの最終結果は、分子相互作用部位を含有する２３Ｓ ｒＲＮＡ配列の、その分子相互作用部位の三次元構造の類似する数値表記のファミリーへの変換である。これら数値表記は、一揃いのデータセットである。
【００６３】
複数の化合物、好ましくは“小”有機化合物の三次元構造は、それら化合物の三次元構造の数値表記を含んでなる化合物データセットとして指定されることができる。この文脈における“小”分子は、非オリゴマーの有機化合物を意味する。化合物の二次元構造は、分子相互作用部位について上で説明した通りに、三次元構造に変換されることができ、そして分子相互作用部位の三次元構造に対する問合せをするために使用されることができる。化合物の二次元構造は、商業的に入手可能な構造描写アルゴリズムを使用して迅速に生じさせることができる。ポリヌクレオチド又は他の核酸構造のようなポリマー性である化合物の三次元表記は、上記の文献の方法を使用して生じさせることができる。“小”分子又は他の化合物の三次元構造は、短分子動力学最小化 (short molecular dynamics minimization) から生じさせることができ、そしてそれから低エネルギーコンフォメーションを得ることができる。これら三次元構造は、リレーショナル・データベース内に蓄えられることができる。その三次元構造が構築された化合物は、所有されていても、商業的に入手可能であっても、仮想物であってもよい。
【００６４】
本発明の幾つかの態様では、複数の有機化合物の三次元構造の数値表記を含んでなる化合物データセットは、例えば、市販のプログラムに手を加えたコンピュータープログラムによって生じた二次元化合物ライブラリーから、例えば、Converter (MSI, San Diego) によって提供される。他の適するデータベースが、上記のように、化合物の二次元構造を三次元構造に変換することによって構築されることができる。その最終結果は、有機化合物の二次元構造の、複数の有機化合物の三次元構造の数値表記への変換である。これら数値表記が化合物データセットとして与えられる。
【００６５】
分子相互作用部位を含んでなるポリヌクレオチドの三次元構造の数値表記、及び複数の有機化合物の三次元構造の数値表記を含んでなる化合物データセットの両方が得られた後、それら分子相互作用部位の数値表記は、それら有機化合物の階級を生じさせるために、化合物データセットのメンバーと比較される。この階級は、分子相互作用部位と物理的相互作用を形成する有機化合物の能力に従ってランク付けされる。好ましくは、この比較は、化合物データセットのメンバーで順次行われる。幾つかの態様によれば、その比較は、分子相互作用部位を含んでなる複数のポリヌクレオチドで同時に行われる。
【００６６】
“小”分子若しくは有機化合物の、核酸のような生物学的標的との相互作用を検討及び最適化するための種々の理論的及びコンピューター的方法が公知である。これら構造に基づく薬剤デザインツールは、タンパク質の小分子リガンドとの相互作用をモデル化するのに及びこれら相互作用を最適化するのに非常に有用である。典型的には、このタイプの検討は、タンパク質レセプターの構造が既知であったときに、このレセプターに対して個々の小分子を一回ずつ問い合わせることによって行われてきた。通常、これら小分子は、レセプターと共結晶化していたか、共結晶化した他の分子に関係していたか、又はそれらとレセプターとの相互作用に関してそれらについて幾らかの知見が存在した分子であった。上記の DOCK は、分子相互作用部位を含んでなるポリヌクレオチド、従って２３Ｓ ｒＲＮＡ、に結合すると考えられる分子を見出して特定するのに使用されることができる。DOCK 4.0 は、the Regents of the University of California から商業的に入手可能である。同等のプログラムも本発明に包含される。
【００６７】
DOCK プログラムは、タンパク質標的とそれらに結合するリガンドの特定に広く応用されてきた。典型的には、既知標的に結合する新たなクラスの分子が特定されてき、そして後で in vitro 実験により証明された。DOCK ソフトウェアプログラムは、SPHGEN (Kuntz e al., J. Mol. Biol., 1982,161, 269) 及び CHEMGRID (Meng et al., J. Comput. Chem., 1992, 13, 505, 各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる) を含む幾つかのモジュールからなる。SPHGEN は、標的レセプター内の結合ポケットの溶剤−接近可能表面を描写する部分重複球面のクラスターを生じる。各々のクラスターは、小分子のための可能な結合部位を表現する。CHEMGRID は、結合性分子と標的２３Ｓ ｒＲＮＡの間の相互作用の力の場を評点するために必要な情報を予備計算してグリッドフィールドに蓄える。その評点機能は、分子力学相互作用エネルギーを概算し、van der Waalsと静電的成分からなる。DOCK は、選択された球面のクラスターを、２３Ｓ ｒＲＮＡ上の標的部位内のリガンド分子に配向させるように使用する。先に生じていた三次元データベース内の各々の分子が、その部位内で数千の方向で試験され、そして各々の方向が評点機能によって評価される。スクリーニングされた各々の化合物について最良の評点の方向だけが、アウトプットファイル内に蓄えられる。最後に、そのデータベースの全ての化合物がそれらの評点の順に階級にランク付けされ、次いで、最良候補のコレクションが実験的にスクリーニングされることができる。
【００６８】
DOCK を使用して、多数のリガンドが種々のタンパク質標的について特定されてきた。この分野での最近の努力で、ＲＮＡ二重ヘリックスのような核酸について結合特異性を示す小分子リガンドを特定及び設計するための DOCK の使用の報文が出ている。ＲＮＡは、ＡＩＤＳ、ウイルス及び細菌感染のような多くの疾患において有意な役割を果たすのに、特異的ＲＮＡ結合の能力がある小分子に関する研究は殆どない。ＲＮＡ二重ヘリックスの深い主要な溝の特有の幾何学的配置に基づいてそのＲＮＡ二重ヘリックスについての特異性を有する化合物が DOCK 方法論を使用して特定された。(Chen et al., Biochemistry, 1997, 36, 11402 及び Kuntz et al., Acc. Chem. Res., 1994, 27, 117)。最近、ＤＮＡ四重鎖におけるリガンド認識の問題への DOCK の応用が報告された Chen et al., Proc. Natl. Acad. Sci., 1996, 93, 2635。
【００６９】
好ましくは、個々の化合物は、例えばモルファイル (mol file) として指定され、そして適切な化学構造プログラム又は同等のソフトウェアを使用して、in sillico 表記のコレクションに入れられる。これら二次元モルファイルは、上記のように、Converter (Molecular Simulations Inc., San Diego) のような市販のソフトウェア又は同等のソフトウェアを使用して、三次元構造に送り出されて変換される。DOCK 又は QXP のような結び付けプログラムで使用するのに適する原子タイプは、例えば、Babel のようなソフトウェア又は他の同等のソフトウェアを使用する三次元モルファイルにおける全ての原子に割り当てられる。
【００７０】
各々の分子の低エネルギーコンフォメーションは、Discover (MSI, San Diego) のようなソフトウェアで生じる。方向検索は、DOCK 又は QXP を使用して多くの方向で、複数の化合物の各々を分子相互作用部位の近くに持って行くことによって行われる。各々の方向について接触評点が決定され、その後にその化合物の最適方向が使用される。また、その化合物のコンフォメーションは、先に決定された骨格のテンプレートコンフォメーションから決定されることができる。
【００７１】
複数の化合物と分子相互作用部位との相互作用は、その分子相互作用部位の数値表記をその化合物のデータセットと比較することによって検査される。好ましくは、コンピュータープログラム又は他のやり方により生じたもののなどの複数の化合物が、分子相互作用部位と比較され、そしてそれら化合物の二平面結合の間でランダムな“モーション”を受ける。好ましくは、約２０，０００〜１００，０００の化合物が少なくとも１つの分子相互作用部位と比較される。典型的には、２０，０００の化合物が約５の分子相互作用部位と比較されて評点される。三次元構造の個々のコンフォメーションは、多くの方向で標的部位に置かれる。更には、DOCK プログラムの執行中は、それら化合物及び分子相互作用部位は、最適な水素結合、静電気的及び van der Waals 接触が実現され得るように“柔軟性”であるようにされる。それら化合物と分子相互作用部位の１０〜１５の可能な方法について、相互作用のエネルギーが計算されて蓄えられる。QXP 方法論がリガンドと標的の両方において真の柔軟性を可能にするので現時点では好ましい。
【００７２】
各々のエネルギー寄与の相対的重要度は、全ての化合物について計算された結合性評点が実験による結合性データを反映することを確実にするために常にアップデートされる。各々の方向についての結合エネルギーは、水素結合、van der Waals接触、静電気、溶媒和／脱溶媒和、及び相性の程度に基づいて評点される。化合物と分子相互作用部位との間の最低エネルギーの van der Waals、双極子、及び水素結合相互作用が決定されて纏められる。幾つかの態様では、これらパラメーターは、経験的に得られる結果に従って調節されることができる。標的に対する各々の分子の結合エネルギーは、リレーショナル・データベースにアウトプットされる。このリレーショナル・データベースは、分子相互作用部位と物理的相互作用を形成する能力に従ってランク付けされた化合物の階級を含有する。より高いランクの化合物が、分子相互作用部位との物理的相互作用をより良好に形成することができる。
【００７３】
別の態様では、最高ランキング、即ち、最良の相性の化合物が合成用に選択される。本発明の幾つかの態様では、結合性データに基づいて、望まれる結合性を有すると思われる化合物が合成用に選択される。好ましくは、最高ランキング５％が合成用に選択される。より好ましくは、最高ランキング１０％が合成用に選択される。なおも好ましくは最高ランキング２０％が合成用に選択される。選択された化合物の合成は、パラレルアレイ合成装置を使用する自動化されたものであっても、溶液相又は他の固相の方法と装置を使用して行われてもよい。加えて、高くランク付けされた化合物の、分子相互作用部位を含有する核酸との相互作用は、以下に説明するようにして評価される。
【００７４】
高くランク付けされた有機化合物の、２３Ｓ ｒＲＮＡ分子相互作用部位を含有するポリヌクレオチドとの相互作用は、当業者に知られている多数の方法によって評価されることができる。例えば、最高ランク化合物は、高処理量（ＨＴＳ）機能性及び細胞スクリーニングで活性について試験されることができる。ＨＴＳアッセイは、シンチレーション近接性、沈降、ルミネッセンスに基づくフォーマット、濾過に基づくアッセイ、発色アッセイ等によって決定される。次いで、リード化合物はスケールアップされ、そして活性と毒性について動物法で試験される。その評価は、好ましくは、２３Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチドと少なくとも１つの化合物の混合物の質量スペクトル法又は機能性バイオアッセイを含んでなる。
【００７５】
質量スペクトル法を用いる一定の評価技術が、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＷＯ９９／４５１５０に、一定の有用な質量スペクトル法として開示されていおり、本発明で使用する質量スペクトル法でもある。しかしながら、これら特定の質量スペクトル法が本発明を実施するために用いられることは本質的ではないことが特に理解されるべきである。むしろ、本発明の目的が維持される限り、あらゆる評価技術が可能である。
【００７６】
本発明の幾つかの態様では、DOCK 又は QXP を使用して生じた階級からの最高ランク２０％の化合物が、階級が高い化合物に化学的に関係する化合物を含んでなる有機化合物の三次元表記の更なるデータセットを生じさせるために使用される。最良の相性の化合物は最高ランキング１％に入ると思われるが、約２０％までの追加の化合物が、多様性（環の大きさ、鎖の長さ、官能基）を提供するために、第２比較用に選択される。このプロセスは、分子相互作用部位における小さな誤りがこの化合物特定プロセスの中に伝播しないことを保証する。最高ランキング例えば２０％から得られる構造／評点データは、結合性を高める諸化合物内の傾向又は特徴を見出すために数学的に検討される（クラスターに分けられる）。それら化合物は、異なるグループに分けられる。それら化合物の上記のような化学合成及びスクリーニングが、コンピューター化された DOCK 又は QXP 評点が現実の結合性データと相関されるのを可能にする。化合物が調製されてスクリーニングされた後、予測された結合エネルギーと実測されたＫｄ値が各々の化合物について相関される。
【００７７】
それら結果は、種々の要因（立体的及び静電気的）を適切に比較考量する予測的評点スキームを開発するために使用される。上記戦略は、高ランク化合物について、変動するサイズ及び形状の異なる官能基を有する多くの骨格の迅速な評価を可能にする。このやり方では、有機化合物の表記の更なるデータセットであって、高い階級にランク付けされたそれら有機化合物に化学的に関連する化合物を含んでなるデータセットが、分子相互作用部位の数値表記と比較されて、それら有機化合物がその分子相互作用部位と物理的相互作用を形成する能力に従ってランク付けされる更なる階級を決定することができる。このやり方では、高い階級にランク付けされた化合物に関連する化合物の三次元構造の表記の更なるデータセットがもたらされ、そして、それらは、現実の結合を仮想の結合と関連付けることによって実際に最適化された。全体のサイクルは、望まれる数の最高階級の化合物がもたらされるまで、繰り返されることができる。
【００７８】
標的生体分子、特に２３Ｓ ｒＲＮＡ、についての親和性及び特異性を有することが確認され、又は標的２３Ｓ ｒＲＮＡに結合してそのモジュレーションを行えることが他のやり方で示された化合物が、この発明の幾つかの態様に従って、検出可能な様式でタグが付けられ又は標識されることができる。そのような標識は、蛍光体、放射性標識、酵素的標識及び多くの他の形態のような当業者に知られている全ての標識形態を包含することができる。そのような標識又はタグ付けは、分子相互作用部位の検出を容易にし、かつ染色体の容易なマッピング及び他の有用なプロセスを可能にする。
【００７９】
本明細書に開示した発明がより効率的に理解されるように、以下に実施例を記載する。これら実施例は説明だけを目的としており、いかなるやり方でも本発明を限定するものとして解されるべきではない。本明細書に記載したものに加えて、当業者には、これまでの記載から種々の修飾が思い浮かぶであろう。そのような修飾も、添付の特許請求の範囲に入ることが意図される。加えて、この書類中で引用し又は記載した各々の特許、特許出願、及び公表物の開示は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【００８０】
実施例１：２３Ｓ ｒＲＮＡの選択
小分子についての分子相互作用部位を特定する戦略を例示するために、２３Ｓ ｒＲＮＡが使用された。完全２３Ｓ ｒＲＮＡ分子の構造は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる Ban et al., Science, 2000, 289, 905-920 に記載されている。
【００８１】
実施例２：２３Ｓ ｒＲＮＡにおける分子相互作用部位
２３Ｓ ｒＲＮＡのコンセンサス配列内に多数の分子相互作用部位が発見されている。以下に開示される特定の例では“ｎ”はあらゆるヌクレオチドを意味する。図１Ａに領域１０１として示したコンセンサス部位１は、約３５〜約９９ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第３基幹の該第１側内に存在する第３基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第２側が、該第３基幹の該第２側内に存在する第３基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図１Ｂに示されるように、領域１０１Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。領域１０１Ｂ内のヌクレオチドは、領域１０１Ｄ内のヌクレオチドと相互作用（１０１Ｃ）を形成している。領域１０１Ｅ内のヌクレオチドは、領域１０１Ｇ内のヌクレオチドと相互作用（１０１Ｆ）を形成している。
【００８２】
幾つかの態様では、コンセンサス部位１は、６４又は６５ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；８ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；１０ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第３基幹の該第１側の第７及び第８ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；１０ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、５又は６ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第２側が、該第３基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-aggangnnnnnnncnncnnnanncnnnggnnagnngnnnnnnnncnnnnanccnnngnunuccg-3' (SEQ ID NO: 1) 又は 5'-aggangnnnnnnncnncnnnanncnnnggnnagnngnnnnnnnncnnnnnanccnnngnunuccg-3' (SEQ ID NO:2) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図１Ｄに示されるように、配列 5'-aggacgugccaagcugcgauaagccauggggagccgcacggaggcgaagaaccauggauuuccg-3' (SEQ I1D NO: 168) を含んでなる。
【００８３】
図１Ａに領域１０２として示したコンセンサス部位２は、約１４〜約３６ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側であって、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側内に存在する第１基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側。図１Ｂに示されるように、領域１０２Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【００８４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２は、２５ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側であって、５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第１基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側；によって画定される第二構造を含んでなるポリヌクレオチド。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnngaanugaaacaucunaguannn-3' (SEQ ID NO:3) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図１Ｄに示されるように、配列 5'-cgagaacugaaacaucucaguaucg-3' (SEQ ID NO: 169) を含んでなる。
【００８５】
図１Ａに領域１０３として示したコンセンサス部位３は、約１２〜約３１ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約２〜約５又は４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側。図１Ｂに示されるように、領域１０３Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【００８６】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３は、２１又は２２ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が、該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、３又は４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が、該基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnguagnggcgagcgaann-3' (SEQ ED NO:4) 又は 5'-nnnnguagnggcgagcgaannn-3' (SEQID NO:5) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図１Ｄに示されるように、配列 5'-guuaguaaccgcgagugaacgc-3' (SEQ ID NO: 170) を含んでなる。
【００８７】
図１Ａに領域１０４として示したコンセンサス部位４は、約３１〜約７７ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図１Ｂに示されるように、領域１０４Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。領域１０４Ｂ内のヌクレオチドは、領域１０４Ｄ内のヌクレオチドと相互作用（１０４Ｃ）を形成している。
【００８８】
幾つかの態様では、コンセンサス部位４は、４９ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；１ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnngaannnnnuggnaagnnnnnnnnnannnggunanannccnguannn-3' (SISQ ID NO:6) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図１Ｄに示されるように、配列 5'-gacgaagucucuuggaacagagcgugauacagggugacaaccccguacuc-3' (SEQ ID NO: 171) を含んでなる。
【００８９】
図１Ａに領域１０５として示したコンセンサス部位５は、約８〜約２２ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。
【００９０】
幾つかの態様において、コンセンサス部位５は、１５ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；８ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnncncgngnnannn-3' (SEQ ED NO:7) を含んでなる。
【００９１】
図１Ａに領域１０６として示したコンセンサス部位６は、約１０〜約２６ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。図１Ｃに示されるように、領域１０６Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【００９２】
幾つかの態様において、コンセンサス部位６は、１８ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nngnnnngaccannnnnn-3' (SEQ ID NO: 8) を含んでなる。
【００９３】
図１Ａに領域１０７として示したコンセンサス部位７は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約１５〜約４８ヌクレオチドを含んでなり、そのポリヌクレオチドの諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約７〜約２４ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなり、そして該第１ポリヌクレオチドと相互作用して、その最も５’である２ヌクレオチドが該第３基幹の該第２側を形成しており、かつ最も３’である２ヌクレオチドが該第１基幹の該第２側を形成している。
【００９４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位７の第１ポリヌクレオチドは、３０〜３２ヌクレオチドを含んでなり、そのポリヌクレオチドの諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：２ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；１４〜１６ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び２ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-ccnauagngnanaguacnguganggaaagg-3' (SEQ ID NO:9) 又は 5'-ccnauagngnannaguacnguganggaaagg-3' (SEQ ID NO: 10) 又は5'-ccnauagngnannnaguacnguganggaaagg-3' (SEQ I1D NO: 11) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、６ヌクレオチドを含んでなり、そして該第１ポリヌクレオチドと相互作用して、その最も５’である２ヌクレオチドが該第３基幹の該第２側を形成しており、かつ最も３’である２ヌクレオチドが該第１基幹の該第２側を形成している。幾つかの態様において、第２ポリヌクレオチドは、5'-ccungg-3' を含んでなる。
【００９５】
図１Ａに領域１０８として示したコンセンサス部位８は、約１８〜約４９ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる第１垂下領域；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約２〜約６又は５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び約７〜約１９ヌクレオチドを含んでなる第２垂下領域。図１Ｃに示されるように、領域１０８Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【００９６】
幾つかの態様において、コンセンサス部位８は、３４又は３５ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：９ヌクレオチドを含んでなる第１垂下領域；４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；４又は５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び１３ヌクレオチドを含んでなる第２垂下領域。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-ngaaaagnacccnnnnangggagugaaanagnnc-3' (SEQ ED NO: 12) 又は 5'-ngaaaagnacccnnnnnangggagugaaanagnnc-3' (SEQ ID NO: 13) を含んでなる。
【００９７】
図２Ａに領域１０９として示したコンセンサス部位９は、約１０〜約３６ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約１２ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図２Ｂに示されるように、領域１０９Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【００９８】
幾つかの態様において、コンセンサス部位９は、好ましくは、２０〜２４ヌクレオチドを含んでなり、このポリヌクレオチドの諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４〜８ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-gnuuaannnnnnnngaagnc-3' (SEQ ID NO:14) 又は 5'-gnuuaannnnnnnnngaagnc-3' (SEQ ID NO:15) 又は 5'-gnuuaannnnnnnnnngaagnc-3' (SEQ 1D NO:16) 又は 5'-gnuuaannnnnnnnnnngaagnc-3'(SEQ ID NO:17) 又は5'-gnuuaannnnnnnnnnnngaagnc-3' (SEQ ID NO:18) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｄに示されるように、配列 5'-gucuaaccggaguauccggggaggc-3' (SEQ ID NO: 172) を含んでなる。
【００９９】
図２Ａに領域１１０として示したコンセンサス部位１０は、約９〜約２３ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。図２Ｂに示されるように、領域１１０Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１００】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１０は、１６ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：１ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び１ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-agunnnaanngngcg-3' (SEQ ID NO:19) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｄに示されるように、配列 5'-gccgucuucaagggcgg-3' (SEQ ID NO:173) を含んでなる。
【０１０１】
図２Ａに領域１１１として示したコンセンサス部位１１は、約７〜約１９ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。
【０１０２】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１１は、１２ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnguaanannn-3' (SEQ ID NO:20) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｄに示されるように、配列 5'-ugccgaaaggca-3' (SEQ ID NO:174) を含んでなる。
【０１０３】
図２Ａに領域１１２として示したコンセンサス部位１２は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約５〜約１４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１から約２〜４ヌクレオチドを含んでなる第１膨らみが該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約５〜約１６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約１〜約６ヌクレオチドを含んでなる第２膨らみが該基幹の該第２側内に存在してもよい該基幹の第２側。
【０１０４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１２の第１ポリヌクレオチドは、８〜１１ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：７ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、１〜４ヌクレオチドを含んでなる第１膨らみが該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnnnnn-3' 又は 5'-nnnnnnnnn-3' 又は 5'-nnnnnnnnnn-3' (SEQ ID NO:21) 又は 5'-nnnnnnnnnnn-3' (SEQ ID NO:22) を含んでなる。他の態様において、第１ポリヌクレオチドは、図２Ｄに示されるように、配列 5'-gccgaggu-3' を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、７〜１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、１〜４ヌクレオチドを含んでなる第２膨らみが該基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在してもよい該基幹の該第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnnnn-3' 又は 5'-nnnnnnnn-3' 又は 5'-nnnnnnnnn-3' 又は 5'-nnnnnnnnnn-3' (SEQ ID NO:23) 又は 5'-nnnnnnnnnnn-3' (SEQ ID NO:24) 又は 5'-nnnnnnnnnnnn-3' (SEQ ID NO:25) を含んでなる。他の態様において、第２ポリヌクレオチドは、図２Ｄに示されるように、配列 5'-gccguuugacgc-3' (SEQ ID NO: 175) を含んでなる。
【０１０５】
図２Ａに領域１１３として示したコンセンサス部位１３は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約１１〜約２８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。その第２ポリヌクレオチドは、約１２〜約２８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在する該第１基幹の第２側。図２Ｂに示されるように、領域１１３Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１０６】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１３の第１ポリヌクレオチドは、１７ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；１ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側；４ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-gagcacugnnnnnnnnn-3' (SEQ ID NO:26) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｄに示されるように、配列 5'-gagcgaccgauuggugug-3' (SEQ ID NO: 176) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、１７ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；４ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nannnnnnnnaaacunc-3' (SEQ ID NO:27) を含んでなる。他の態様において、第２ポリヌクレオチドは、図２Ｄに示されるように、配列 5'-cacaccugucaaacucc-3' (SEQ ID NO: 177) を含んでなる。
【０１０７】
図２Ａに領域１１４として示したコンセンサス部位１４は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約１４〜約３６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドの膨らみが該第１基幹の該第１側内に存在してもよい第２基幹の第１側；及び約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。その第２ポリヌクレオチドは、約１０〜約２７ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図２Ｃに示されるように、領域１１４Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。領域１１４Ｂ内のヌクレオチドは、領域１１４Ｄ内のヌクレオチドと相互作用（１１４Ｃ）を形成している。
【０１０８】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１４の第１ポリヌクレオチドは、２３又は２４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、１ヌクレオチドの膨らみが該第１基幹の該第１側の第１及び第２ヌクレオチドの間に存在してもよい第２基幹の第１側；及び７ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-ggncccnaannnnnnnuaagugg-3' (SEQ ID NO:28) 又は 5'-ggncccnaannnnnnnnuaagugg-3' (SEQ ID NO:29) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-gguccccaaguguggauuaagugu-3' (SEQ ID NO:178) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、１８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：８ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-gggncuaannnnnnnncc-3' (SEQ ID NO:30) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-gggacucaaauccaccacc-3' (SISQ ID NO: 179) を含んでなる。
【０１０９】
図２Ａに領域１１５として示したコンセンサス部位１５は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約６〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図２Ｃに示されるように、領域１１５Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１１０】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１５の第１ポリヌクレオチドは、１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nncnnanacannn-3' (SEQ ID NO: 31) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-gcccuagacagcc-3' (SEQ ID NO: 180) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnucnagnn-3' を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-ggccgaggu-3' (SEQ ID NO: 181) を含んでなる。
【０１１１】
図２Ａに領域１１６として示したコンセンサス部位１６は、約３５〜約８８ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約２ヌクレオチドの第１膨らみ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第５基幹の第１側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第５基幹の該第１側内に存在する第５基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第５基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が、該第５基幹の該第２側内に存在する第５基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドの第２膨らみ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図２Ｃに示されるように、領域１１６Ａ及び１１６Ｂ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。領域１１６Ｄ内のヌクレオチドは、領域１１６Ｃ内のヌクレオチドと相互作用（１１６Ｅ）を形成している。
【０１１２】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１６は、５４ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；１ヌクレオチドの第１膨らみ；３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；９ヌクレオチドを含んでなる第１末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側；３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる第２末端ループ；１ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる第５基幹の第１側であって、３ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が、該第５基幹の該第１側の第１及び第２ヌクレオチドの間に存在する第５基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる第３末端ループ；３ヌクレオチドを含んでなる該第５基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が、該第５基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第５基幹の第２側；１ヌクレオチドの第２膨らみ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nagganguuggcuuagaagcagccancnuunaaaganngcguaanagcucacun-3' (SEQ ID NO:32) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-cgggaggugagcuuagaagcagcuacccucuaagaaaagcguaacagcuuaccg-3' (SEQ ID NO:182) を含んでなる。その分子相互作用部位は、約１２Å×８Åによって定まる面積を囲む薬剤結合ポケット（領域１１６Ａと１１６Ｂの相互作用によって形成される領域）を含んでなり、そして互いに向き合っている基幹４３と４４の大きな溝によって形成される深いポケット内に包まれている。
【０１１３】
図２Ａに領域１１７として示したコンセンサス部位１７は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約７〜約１６６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約１５０ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側内に存在してもよい基幹の第１側；及び約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。その第２ポリヌクレオチドは、約５〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。
【０１１４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１７の第１ポリヌクレオチドは、１１〜１１４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、１〜１０３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在してもよい基幹の第１側；及び６ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:33)、5'-nnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:34)、5'-nnnnnnnnnngaa-3' (SEQ I1D NO:35)、5'-nnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:36)、5'-nnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:37)、5'-nnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:38)、5'-nnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:39)、5'-nnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SISQ ID NO:40)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:41)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ 1D NO:42)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:43)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:44)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:45)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:46)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:47)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:48)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:49)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 50)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:51)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:52)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:53)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:54)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:55)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:56)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:57)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:58)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:59)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:60)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:61)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:62)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:63)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:64)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:65)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ED NO:66)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:67)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:68)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:69)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:70)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:71)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:72)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:73)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:74)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:75)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:76)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:77)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:78)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:79)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 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NO:91)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:92)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:93)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:94)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:95)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:96)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ED NO:97)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:98)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:99)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 100)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:101)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 102)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:103)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID N0: 104)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 105)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 106)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ 5 ID NO: 107)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 108)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 109)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 110)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 111)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 112)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 113)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 114)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 115)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 116)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 117)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 118)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 119)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 120)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 121)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 122)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 123)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 124)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 125)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ED NO. 126)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:127)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ED NO: 128)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 129)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 130)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 131)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ED NO: 132)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 133)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 134)、5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 135)、又は 5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO: 136) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-uggauggaa-3' を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び５ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-ggannnnn-3' を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-ggaccg-3' (SEQ ID NO: 183) を含んでなる。
【０１１５】
図２Ａに領域１１８として示したコンセンサス部位１８は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約６〜約１７ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；及び約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。その第２ポリヌクレオチドは、約８〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。
【０１１６】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１８の第１ポリヌクレオチドは、１１ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：８ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；及び２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-aunaguancga-3' (SEQ ID NO:137) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-cauaguagc-3' を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：８ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-gngaanuu-3' を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-gugaacug-3' を含んでなる。
【０１１７】
図３Ａに領域１１９として示したコンセンサス部位１９は、約８〜約２２ヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなり、そのポリヌクレオチドの諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。
【０１１８】
幾つかの態様において、コンセンサス部位１９は、１５ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnngugananncnnn-3' (SISQ ID NO:138) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｃに示されるように、配列 5'-gggugagaacccc-3' (SEQ ID NO: 187) を含んでなる。
【０１１９】
図３Ａに領域１２０として示したコンセンサス部位２０は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約１３〜約３４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図３Ｂに示されるように、領域１２０Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１２０】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２０の第１ポリヌクレオチドは、１０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nccgnannnc-3' (SEQ ID NO:139) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図３Ｃに示されるように、配列 5'-gccuaaugga-3' (SEQ ID NO: 188) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、２２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；４ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-gnnnngnngagnanncnnaggn-3' (SEQ ID NO:140) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図３Ｃに示されるように、配列 5'-uccauggcggcgaaagccaaggc-3' (SEQ ID NO: 189) を含んでなる。
【０１２１】
図３Ａに領域１２１として示したコンセンサス部位２１は、約１１〜約２９ヌクレオチドを含んでなり、そのポリヌクレオチドの諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図３Ｂに示されるように、領域１２１Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１２２】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２１は、１９ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnnangnunnucnnnnn-3' (SEQ ID NO:141) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図３Ｃに示されるように、配列 5'-cagcacugcugaucagcug-3' (SEQ ID NO: 186) を含んでなる。
【０１２３】
図２Ａに領域１２２として示したコンセンサス部位２２は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約５〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図２Ｃに示されるように、領域１２２Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１２４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２２の第１ポリヌクレオチドは、１０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-gnnnnaannn-3' (SEQ ID NO: 142) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-gggagcaacc-3' (SEQ ID NO:184) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、７ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnncnc-3' を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図２Ｅに示されるように、配列 5'-gggccc-3' を含んでなる。
【０１２５】
図４Ａに領域１２３として示したコンセンサス部位２３は、約１５〜約３９ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第１垂下領域；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図４Ｂに示されるように、領域１２３Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１２６】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２３は、２６ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：１ヌクレオチドを含んでなる第１垂下領域；５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；２ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnccguancuucggnanaaggnnn-3' (SEQ ID NO:143) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-agucccguaccuucggaagaagggau-3' (SEQ ID NO: 190) を含んでなる。
【０１２７】
図４Ａに領域１２４として示したコンセンサス部位２４は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在しかつ約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側。図４Ｂに示されるように、領域１２４Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１２８】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２４の第１ポリヌクレオチドは、８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nugcnaan-3' を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-ccgcaaau-3' を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、１０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nganguauan-3' (SEQ ID NO:144) を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-acucguacgg-3' (SEQ ID NO: 191) を含んでなる。
【０１２９】
図４Ａに領域１２５として示したコンセンサス部位２５は、第１、第２、第３及び第４ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約８〜約２１ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第１側内に存在する第２基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約７〜約１８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第２側内に存在する該第２基幹の第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。その第３ポリヌクレオチドは、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。その第４ポリヌクレオチドは、約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図４Ｂに示されるように、領域１２５Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１３０】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２５の第１ポリヌクレオチドは、１４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；１ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第２基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-cnccugcccngugc-3' (SEQ ID NO:145) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-auccugcccagugc-3' (SEQ ID NO:192) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第２基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第２基幹の第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-gunaacggcggn-3' (SISQ ID NO:146) を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-gucaacggcggg-3' (SEQ ID NO:193) を含んでなる。幾つかの態様において、その第３ポリヌクレオチドは、１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；３ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；１ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第３ポリヌクレオチドは、配列 5'-nucuuaagguag-3' (SEQ ID NO: 147) を含んでなる。他の態様において、この第３ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-cucuuaagguag-3' (SEQ ID NO:194) を含んでなる。幾つかの態様において、その第４ポリヌクレオチドは、９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第４ポリヌクレオチドは、配列 5'-cgaanggng-3' (SEQ ID NO:148) を含んでなる。他の態様において、この第４ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-ugaauggau-3' を含んでなる。その分子相互作用部位は、約１３Å×１７Åによって定まる面積を囲む薬剤結合ポケットを含んでなり、基幹６８と６９の小さな溝側内に局在し、そして基幹６９への３’間近の５ヌクレオチド辺りが中心になっている。
【０１３１】
図４Ａに領域１２６として示したコンセンサス部位２６は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在しかつ約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在しかつ約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側。図４Ｂに示されるように、領域１２６Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１３２】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２６の第１ポリヌクレオチドは、１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、３ヌクレオチドを含んでなる第１内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ１ヌクレオチドを含んでなる第２内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-guuaanngnnnnn-3' (SEQ ID NO:149) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-cugaacacc-3' を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる該第２内部ループの第２側が該基幹の該第２側内の第５及び第６ヌクレオチドの間に存在しかつ３ヌクレオチドを含んでなる該第１内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第７及び第８ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnnannnaagc-3' (SEQ 1D NO:150) を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-ggacgaagg-3' (SEQ ID NO:326) を含んでなる。
【０１３３】
図４Ａに領域１２７として示したコンセンサス部位２７は、約９〜約２５ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。図４Ｂに示されるように、領域１２７Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１３４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２７は、１７ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-gucggguaaguuccgac-3' (SEQ ID NO: 151) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図４Ｃに示されるように、配列 5'-gccgcaucaguagcggc-3' (SEQ ID NO: 195) を含んでなる。その分子相互作用部位は、約１７Å×１３Åによって定まる面積を囲む薬剤結合ポケットを含んでなり、そしてループ７１全体の大きな溝とそれを閉鎖する基幹の最後の２塩基対とを囲んでいる。
【０１３５】
図５Ａに領域１２８として示したコンセンサス部位２８は、第１、第２及び第３ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約６〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約９〜約２１ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側内に存在してもよい第３基幹の第１側。その第３ポリヌクレオチドは、約８〜約１９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図５Ｂに示されるように、領域１２８Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１３６】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２８の第１ポリヌクレオチドは、１０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnanugnnnn-3' (SEQ ID NO: 152) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-ucgcugagacg-3' (SEQ ID NO:196) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、１３又は１４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在してもよい第３基幹の第１側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnucuaacnnnn-3' (SEQ ID NO: 153) 又は 5'-nnnucuaacnnnnn-3' (SEQ 1D NO: 154) を含んでなる。幾つかの態様において、その第３ポリヌクレオチドは、１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；５ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側；及び３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第３ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnngacanugn-3' (SEQ ID NO: 155) を含んでなる。他の態様において、これら第２及び第３ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、一緒になって、配列 5'-cgacucucacuccgggaggaggacaccga-3' (SEQ I1D NO:197) を含んでなる。
【０１３７】
図５Ａに領域１２９として示したコンセンサス部位２９は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約１３〜約３４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約１３〜約３６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約６〜約１８ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。
【０１３８】
幾つかの態様において、コンセンサス部位２９の第１ポリヌクレオチドは、２３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；９ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；５ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側；及び３ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnugunnagnauaggunggagnc-3' (SEQ ID NO: 156) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-gaugugcagcauagguaggagac-3' (SEQ ID NO:198) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、２４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：３ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；１２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第２側；５ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-gncnnnnnugnnauacnacncunn-3' (SEQ, ID NO:157) を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-gucaacagugaaauacuacccguc-3' (SEQ ID NO: 199) を含んでなる。
【０１３９】
図５Ａに領域１３０として示したコンセンサス部位３０は、約１９〜約５３ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側。図５Ｂに示されるように、領域１３０Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１４０】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３０は、３６ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；１１ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-nacuggggcggunnccuccnaaannguaacggaggn-3' (SEQ ID NO: 158) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-gacuggggcgguacgcgcucgaaaagauaucgagcgc-3' (SEQ ID NO:200) を含んでなる。
【０１４１】
図５Ａに領域１３１として示したコンセンサス部位３１は、第１、第２及び第３ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約１１〜約２９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側内に存在する第３基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約１７〜約４８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側内に存在する第３基幹の第２側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。その第３ポリヌクレオチドは、約４〜約１０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。図５Ａ及び５Ｂに示されるように、領域１３１Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。領域１３１Ｂ内のヌクレオチドは、領域１３１Ｅ内のヌクレオチドと相互作用（１３１Ｃ）を形成している。
【０１４２】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３１の第１ポリヌクレオチドは、１９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：１ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；２ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側；及び５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nncnaaggunnncunannn-3' (SEQ ID NO:159) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-cccuauggcuaucucagc-3' (SEQ ID NO:201) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、３２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する第３基幹の第２側；２ヌクレオチドを含んでなる第４基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；２ヌクレオチドを含んでなる該第４基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；及び４ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnnnnnnagunnaanngnanaagnnngcnuna-3' (SEQ 1D NO:160) を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-gcgaagagugcaagagcaaaagauagcuuga-3' (SEQ ID NO:202) を含んでなる。幾つかの態様において、その第３ポリヌクレオチドは、７ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：２ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側；及び５ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第３ポリヌクレオチドは、配列 5'-gnnnuag-3' を含んでなる。他の態様において、この第３ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-ggucuag-3' を含んでなる。
【０１４３】
図５Ａに領域１３２として示したコンセンサス部位３２は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約１０〜約２７ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該第２基幹の該第１側内に存在する第２基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約２６〜約６５ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該第２基幹の該第２側内に存在する該第２基幹の第２側；約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約６〜約１６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在しかつ約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在しかつ約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側内に存在する該第１基幹の第２側。図５Ｂに示されるように、領域１３２Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１４４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３２の第１ポリヌクレオチドは、１８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：１１ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；２ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び４ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側であって、１ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該第２基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する第２基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-cggcucnucncauccugg-3' (SEQ ED NO: 161) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-cgguucccuccauccugc-3' (SEQ ID NO:203) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、４４ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側であって、３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該第２基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第２基幹の第２側；１ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側；５ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側；５ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び１１ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第５及び第６ヌクレオチドの間に存在しかつ２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第６及び第７ヌクレオチドの間に存在しかつ１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第１基幹の該第２側の第１０及び第１１ヌクレオチドの間に存在する該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-ccaagggunnggcuguucgccnnuuaaagnggnacgngagcugg-3' (SEQ ID NO:162) を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図５Ｃに示されるように、配列 5'-gcaagggugagguuguucgccuauuaaaggaggucgugagcug-3' (SEQ ID NO:327) を含んでなる。
【０１４５】
図６Ａに領域１３３として示したコンセンサス部位３３は、約１５〜約４０ヌクレオチドを含んでなり、そのポリヌクレオチドの諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：約５〜約１３クレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側内に存在する基幹の第１側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約５〜約１３ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在する該第１基幹の第２側。図６Ｂに示されるように、領域１３３Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１４６】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３３は、２７ヌクレオチドを含んでなり、その諸部分は、次の特徴を有する二本鎖ＲＮＡを形成している（５’から３’へ）：９クレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第６及び第７ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側；４ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び９ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側であって、２ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-ugnncnuaguacgagaggaccggnnng-3' (SEQ ID NO: 163) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、図６Ｃに示されるように、配列 5'-cguauaguacgagaggaacuacg-3' (SEQ ID NO:204) を含んでなる。その分子相互作用部位は、約１５Å×１０Åによって定まる面積を囲む薬剤結合ポケットを含んでなり、基幹９５の大きな溝の中に横たわっており、そしてヌクレオチドＵ２６５３及びＡ２６５４の辺りが中心になっている。
【０１４７】
図６Ａに領域１３４として示したコンセンサス部位３４は、第１、第２及び第３ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約７〜約１９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。その第３ポリヌクレオチドは、約８〜約２０ヌクレオチドを含んでなり、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約７ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、約１〜約２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側内に存在する該第３基幹の第２側；約２〜約５ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。図６Ｂに示されるように、領域１３４Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１４８】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３４の第１ポリヌクレオチドは、８ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる第１基幹の第１側；及び４・８ヌクレオチドを含んでなる第２基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-gnnnnnnn-3' を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図６Ｃに示されるように、配列 5'-ggucccgc-3' を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる該第２基幹の第２側；４ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び５ヌクレオチドを含んでなる第３基幹の第１側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnngungauaggn-3' (SEQ ID NO:164) を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図６Ｃに示されるように、配列 5'-gcggucgauagac-3' (SEQ ID NO:205) を含んでなる。幾つかの態様において、その第３ポリヌクレオチドは、１３ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：５ヌクレオチドを含んでなる該第３基幹の第２側であって、１ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該第３基幹の該第２側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在する該第３基幹の第２側；３ヌクレオチドを含んでなる膨らみ；及び４ヌクレオチドを含んでなる該第１基幹の第２側。幾つかの態様において、この第３ポリヌクレオチドは、配列 5'-nuacuaaunnnnc-3' (SEQ ID NO:165) を含んでなる。他の態様において、この第３ポリヌクレオチドは、図６Ｃに示されるように、配列 5'-gcacuaacagacc-3' (SEQ ID NO:206) を含んでなる。
【０１４９】
図６Ａに領域１３５として示したコンセンサス部位３５は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約５〜約１５ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側内に存在する該基幹の第２側。図６Ｂに示されるように、領域１３５Ａ内のヌクレオチドは、ポケットを形成している。
【０１５０】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３５の第１ポリヌクレオチドは、１０ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側であって、２ヌクレオチドを含んでなる内部ループの第１側が該基幹の該第１側の第２及び第３ヌクレオチドの間に存在しかつ２ヌクレオチドを含んでなる膨らみが該基幹の該第１側の第３及び第４ヌクレオチドの間に存在する基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnugnaagnn-3' (SEQ ID NO: 166) を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図６Ｃに示されるように、配列 5'-ggugugcgcg-3' (SEQ ID NO:207) を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側であって、４ヌクレオチドを含んでなる該内部ループの第２側が該基幹の該第２側の第４及び第５ヌクレオチドの間に存在する該基幹の第２側。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-nnunnagnn-3' を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図６Ｃに示されるように、配列 5'-cguuaagcc-3' を含んでなる。
【０１５１】
図２Ａに領域１６５として示したコンセンサス部位３６は、約１１〜約３３ヌクレオチドを含んでなり、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約４〜約１２クレオチドを含んでなる基幹の第１側；約３〜約９ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び約４〜約１２ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。
【０１５２】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３６は、２２ヌクレオチドを含んでなり、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：８クレオチドを含んでなる基幹の第１側；６ヌクレオチドを含んでなる末端ループ；及び８ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側。幾つかの態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-cnnngngngnuaannuncnnng-3' (SEQ ID NO: 167) を含んでなる。他の態様において、このポリヌクレオチドは、配列 5'-ugcgcgggguaagccugugua-3' (SEQ ID NO: 185) を含んでなる。
【０１５３】
図３Ａに領域１６４として示したコンセンサス部位３７は、第１及び第２ポリヌクレオチドを含んでなるＲＮＡの領域を含んでなる。その第１ポリヌクレオチドは、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側。その第２ポリヌクレオチドは、約３〜約９ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：約２〜約６ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び約１〜約３ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。
【０１５４】
幾つかの態様において、コンセンサス部位３７の第１ポリヌクレオチドは、６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域；及び４ヌクレオチドを含んでなる基幹の第１側。幾つかの態様において、この第１ポリヌクレオチドは、配列 5'-nannng-3' を含んでなる。他の態様において、この第１ポリヌクレオチドは、図３Ｃに示されるように、配列 5'-aaaccg-3' を含んでなる。幾つかの態様において、その第２ポリヌクレオチドは、６ヌクレオチドを含んでなり、そして、次の特徴を含んでなる（５’から３’へ）：４ヌクレオチドを含んでなる該基幹の第２側；及び２ヌクレオチドを含んでなる垂下領域。幾つかの態様において、この第２ポリヌクレオチドは、配列 5'-cnnnac-3' を含んでなる。他の態様において、この第２ポリヌクレオチドは、図３Ｃに示されるように、配列 5'-ccgugc-3' を含んでなる。
【０１５５】
実施例３：更なる２３Ｓ ｒＲＮＡ種における分子相互作用部位
更なる分子相互作用部位が、２３Ｓ ｒＲＮＡの多数種に局在し得る。本明細書において以下に開示する特定の例において“ｎ”はあらゆるヌクレオチドを意味する。例えば、上記のものに対応する位置における分子相互作用部位が、Candida albicans (SEQ ID NO:208) (図７)、Archaea コンセンサス (SEQ ID NO:209) (図８)、Haloarcula marismortui (SEQ ID NO:210) (図９)、葉緑体 (SEQ ID NO:211) (図１０)、Escherichia coli (SEQ ID NO:212) (図１１)、真菌コンセンサス (SEQ ID NO:213) (図１２)、及び Staphylococcus aureus (SEQ ID NO:214) (図１３) の２３Ｓ ｒＲＮＡ内に見出され得る。特に、次の分子相互作用部位が発見された。幾つかの態様において、分子相互作用部位は１６は、配列 5'-cgggaggugagcuuagaagcagcuacccucuaagaaaagcguaacagcuuaccg-3' (SEQ ID NO:215) (Haloarcula marismortui)、5'-aggacgguggccauggaaguaggaauccgcuaaggaguguguaacaacucaccu-3' (SEQ ID NO:216) (Homo sapien)、5'-nggacgguggccauggaagucggaauccgcuaagganuguguaacaacucaccn-3' (SEQ ID NO:217) (真菌コンセンサス)、5'-caggauguuggcuuagaagcagccaucauuuaaagaaagcguaauagcucacug-3' (SEQ ID NO:218) (Escherichia coli)、5'-cggacgguggccauggaagucggaauccgcuaaggaguguguaacaacucaccg-3' (SEQ ID NO:219) (Candida albicans)、5'-cccauaguaggccuaaaagcagccaccaauuaaggaaagcguucaagcucaaca-3' (SEQ ID NO:220) (Homo sapien ミトコンドリア)、5'-uaggauguuggcuuagaagcagccaucauuuaaagagugcguaauagcucacua-3' (SEQ ID NO:221) (Staphylococcus aureus)、5'-nagganguuggcuuagaagcagccancnuunaaaganngcguaanagcucacun-3' (SEQ ID NO:222) (細菌コンセンサス)、5'-nggacgguggncauggaagungnnauccgcuaaggaguguguaacaacucaccn-3' (SEQ ID NO:223) (真核生物コンセンサス)、5'-nnnnnnnunngnnnnnnanngnnannnnnannnnnunnnannnnnnnn-3' (SEQ ID NO:224) (ミトコンドリア)、5'-nggnaggunngcnnannagcagcnanccnnnaannanngcguaacagcunaccn-3' (SEQ ID NO:225) (Archaea コンセンサス)、5'-cagnanguungcnuagaagcagcnancnuunaaagagugcguaanagcucacug-3' (SEQ ID NO:226) (葉緑体)、5'-nngnnngungncnungaagnngnnancnnnnaanganngnguaanancucacnn-3' (SEQ ID NO:227) (３つの系統発生的ドメイン) 又は 5'-nnnnnngunnncnunnaagnngnnancnnnanngngunanancunannn-3' (SEQ ID NO:228) (３つの系統発生的ドメイン，葉緑体及びミトコンドリア) を含んでなり、これら各々は、図１４Ａ及び１４Ｂに領域１１６として示されている。最後の２つの分子相互作用部位の各々の保存された性質は、基礎となる第二構造に起因して多くの種にまたがる結合ポケットを特定するために使用される本発明の方法の能力を証明している。
【０１５６】
幾つかの態様において、分子相互作用部位２０は２つのポリヌクレオチドを含んでなり、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gccuaaugga-3' (SEQ ID NO:229) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-uccauggcggcgaaagccaaggc-3' (SEQ ID NO:230) (Haloarcula marismortui) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-acugaaguggn-3' (SEQ ID NO:231) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-uccaaggunaacagccucuagu-3' (SEQ ID NO:232) (真菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-accgauunggac-3' (SEQ ID NO:233) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-gucaagaugagaauucuaaggu-3' (SEQ ID NO:234) (Staphylococcus aureus) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnngangnggn-3' (SEQ ID NO:235) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nccnagnunannanncucunnn-3' (SEQ 11D NO:236) (真核生物コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gccgaagugga-3' (SEQ ID NO:237) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-uccaaggugaacagccucuggc-3' (SEQ ID NO:238) (Homo sapien) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ucuccuccgca-3' (SEQ ID NO:239) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ugcunnnncauannnnnnnagg-3' (SEQ ID NO:240) (Homo sapien ミトコンドリア) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-nccgnannnnc-3' (SEQ ID NO:241) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-gnnnngnngagnanncnnaggn-3' (SEQ 1D NO:242) (細菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-cccgaaanacc-3' (SEQ ID NO:243) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggunnguagannauacnnaggg-3' (SEQ ID NO:244) (葉緑体) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-acugaaguggg-3' (SEQ ID NO:245) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-uccaagguuaacagccucuagu-3' (SEQ ID NO:246) (Candida albicans) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gccggaangac-3' (SEQ ID NO:247) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-gucagguagagaauaccaaggc-3' (SEQ ID NO:248) (Escherichia coli) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gccnnanngnn-3' (SEQ ID NO:249) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nncnungnngngnanncnaanggc-3' (SEQ ID NO:250) (Archaea コンセンサス) を含んでなるか；又は、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ncngnannnnn-3' (SEQ 1D NO:251) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnnnngnnnannanncnnngn-3' (SEQ ID NO:252) (３つの系統発生的ドメイン) を含んでなり、これら各々は、図１５に領域１２０として示されている。
【０１５７】
幾つかの態様において、分子相互作用部位３６は、配列 5'-cguggaagccguaauggcaggaagcg-3' (SEQ ID NO:253) (Haloarcula marismortui)、5'-ancccuggaauugguuuauccggagaugggg-3' (SEQ ID NO:254) (Candida albicans)、5'-unngguunuuccaggcaaauccggaanaauca-3' (SEQ ID NO:255) (Escherichia coli)、5'-nnnnnggnannccguaanggnnngnaannn-3' (SEQ H) NO:256) (Archaea コンセンサス)、5'-cgcccuggaauggguucgccccgagagaggg-3' (SEQ ID NO:257) (Homo sapien)、5'-nnncnnnnaaunngnuunncnggnnnnnngn-3' (SEQ ID NO:258) (真菌コンセンサス)、5'-nnnugagnuauuaggcaaauccgguancucgu-3' (SEQ ID NO:259) (Staphylococcus aureus)、又は 5'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnng-3' (SEQ ID NO:260) (真核生物コンセンサス) を含んでなり、これら各々は、図１６に領域１６５として示されている。
【０１５８】
幾つかの態様において、分子相互作用部位１３は２つのポリヌクレオチドを含んでなり、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gagcgaccgauuggugug-3' (SEQ ID NO:261) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-cacaccugucaaacucc-3' (SEQ ID NO:262) (Haloarcula marismortui) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-aagcgaaugauuagaggucu-3' (SEQ ID NO:263) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-accuauucucaaacuuu-3' (SEQ ID NO:264) (Homo sapien) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-aagcgaaugauuagaagucu-3' (SEQ ID NO:265) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-acuuauucucaaacuuu-3' (SEQ ID NO:266) (Candida albicans) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-aagcgaaugauuagngnnnn-3' (SEQ ID NO:267) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ancnauucucaaacuuu-3' (SEQ ID NO:268) (真菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gagcnacuguuucggcanna-3' (SEQ ID NO:269) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-aacccgaugcaaacugc-3' (SEQ ED NO:270) (Escherichia coli) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gagcnacuguuuggacgnna-3' (SEQ ID NO:271) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-gaauucagacaaacucc-3' (SEQ ID NO:272) (Staphylococcus aureus) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gagcnacugnnnnnnnnnnn-3' (SEQ ID NO:273) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nannnnnnnnaaacunc-3' (SEQ ID NO:274) (細菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gagnacngaunggnnnn-3' (SEQ ED NO:275) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnnnccngucnaacucc-3' (SEQ ID NO:276) (Archaea コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-aagcaaugauuagngnnnn-3' (SEQ ID NO:277) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nncnauucucaaacunu-3' (SEQ ID NO:278) (真菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-aagcnacuguuucgnunnnc-3' (SEQ ID NO:279) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-aanucgnngcaaacunn-3' (SEQ ID NO:280) (葉緑体) を含んでなるか；又は、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-nagcnanugnnnngnnnnnn-3' (SEQ ID NO:281) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnnnnnnnnnaaacunn-3' (SEQ ID NO:282) (３つの系統発生的ドメイン) を含んでなり、これら各々は、図１７に領域１１３として示されている。
【０１５９】
幾つかの態様において、分子相互作用部位１４は２つのポリヌクレオチドを含んでなり、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gguccccaaguguggauuaagugu-3' (SEQ ID NO:283) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-gggacucaaauccaccacc-3' (SEQ ID NO:284) (Haloarcula marismortui) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-agugccggaaugncacgcucaucag-3' (SEQ ID NO:285) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggcgcucaagccugcuacu-3' (SEQ ID NO:286) (Candida albicans) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggucccaaagucnaugguuaagugg-3' (SEQ ID NO:287) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggggcunaaaccuagcacc-3' (SEQ ID NO:288) (Escherichia Coli) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggcgcccgaugccgacgcucaucag-3' (SEQ ID NO:289) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggcgcuggagcgucgggcc-3' (SEQ ID NO:290) (Homo sapien) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggugccnganunnnacgcucaucaa-3' (SEQ ID NO:291) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggcgcunaagcgunnnacc-3' (SEQ ID NO:292) (真菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggucccaaaauanuauguuaagugg-3' (SEQ 11D NO:293) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggggcunaaacauauuacc-3' (SEQ ID NO:294) (Staphylococcus aureus) を含んでなるか；又は、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggncccnaannnnnnnnuaagugg-3' (SEQ ID NO:295) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-gggncunaannnnnnnncc-3' (SEQ ID NO:296) (細菌コンセンサス) を含んでなり、これら各々は、図１８に領域１１４として示されている。
【０１６０】
幾つかの態様において、分子相互作用部位１７は２つのポリヌクレオチドを含んでなり、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-uggauggaa-3' を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggaccg-3' (Haloarcula marismortui) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ugagccuugaa-3' (SEQ ID NO:297) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggaggccg-3' (Homo sapien) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ucagugacgaa-3' (SEQ ID NO:298) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-cgaacgg-3' (Candida albicans) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ungugacgaa-3' (SEQ ID NO:299) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-cgaacng-3' (SEQ ID NO:300) (真菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-uaagccugcgaa-3' (SEQ ID NO:301) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggagguau-3' (SEQ ID NO:302) (Escherichia coli) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggngcguugaa-3' (SEQ ID NO:303) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggagcgc-3' (Staphylococcus aureus) を含んでなるか；又は、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnnnnnnngaa-3' (SEQ ID NO:304) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggannnnn-3' (細菌コンセンサス) を含んでなり、これら各々は、図１９に領域１１７として示されている。
【０１６１】
幾つかの態様において、分子相互作用部位１５は２つのポリヌクレオチドを含んでなり、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gcccuagacagcc-3' (SEQ ID NO:305) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggccgaggu-3' (Haloarcula marismortui) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gauauagacagca-3' (SEQ ID NO:306) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ugccgaauc-3' (Homo sapien) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-caucuagacagcc-3' (SEQ ID NO:307) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggccgaaug-3' (Candida albicans) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-caucnngacagcn-3' (SEQ ID NO:308) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ngccgaaug-3' (真菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggcccagacagcc-3' (SEQ ID NO:309) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-ggucgaguc-3' (Escherichia coli) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ugcccagacaacu-3' (SEQ ID NO:310) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-agucgagug-3' (Staphylococcus aureus) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-nncnnanacannn-3' (SEQ ID NO:311) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnucnagnn-Y (細菌コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-gncnnagacannn-3' (SEQ ID NO:312) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnncgagnn-3' (Archaea コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnunnngacagnn-3' (SEQ ID NO:313) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnccgaaun-3' (SEQ ID NO:314) (真核生物コンセンサス) を含んでなるか；第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-ugcnnanacancc-3' (SEQ ID NO:315) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-gnnnnagug-3' (葉緑体) を含んでなるか；又は、第１ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnnnnnnacannn-3' (SEQ ID NO:316) を含んでなり、そして第２ポリヌクレオチドが、配列 5'-nnncnannn-3' (３つの系統発生的ドメイン) を含んでなり、これら各々は、図２０に領域１１５として示されている。
【０１６２】
幾つかの態様において、分子相互作用部位１０は、配列 5'-ccgucuucaagggcgg-3' (SEQ ID NO:317) (Haloarcula marismortui)、5'-ucgcccgccgcgccgggga-3' (SEQ 1D NO:318) (Homo sapien)、 5'-cungaugnuguuncggaug-3' (SEQ ID NO:319) (Candida albicans)、5'-ccnnnnnnnnnngg-3' (SEQ 1D NO:320) (真菌コンセンサス)、5'-nangucuuaacungggcgu-3' (SEQ ID NO:321) (Escherichia coli)、5'-nangucugaauangggcgu-3' (SEQ ID NO:322) (Staphylococcus aureus)、5'-nangunnnaannngngcgn-3' (SEQ 1D NO:323) (細菌コンセンサス)、5'-nnnngunngcnnn-3' (SEQ ID NO:324) (Archaea コンセンサス)、又は 5'-ucgcccnnanangggga-3' (SEQ ID NO:325) (葉緑体) を含まれる。
【図面の簡単な説明】
【０１６３】
【図１】図１Ａ〜１Ｄは、コンセンサス部位１〜８を示すコンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図２】図２Ａ〜２Ｅは、コンセンサス部位９〜１８及び２２を示すコンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図３】図３Ａ〜３Ｃは、コンセンサス部位１９〜２１を示すコンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図４】図４Ａ〜４Ｃは、コンセンサス部位２３〜２７を示すコンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図５】図５Ａ〜５Ｃは、コンセンサス部位２８〜３２を示すコンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図６】図６Ａ〜６Ｃは、コンセンサス部位３３〜３５を示すコンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図７】図７は、Candida albicans ２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図８】図８は、Archaea コンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図９】図９は、Haloarcula marismortui ２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１０】図１０は、葉緑体コンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１１】図１１は、大腸菌２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１２】図１２は、真菌コンセンサス２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（ヌクレオチド：大文字＝＞９５％保存；小文字＝９０〜９５％保存；●＝８０〜９０％保存；及び○＝＜８０％保存；結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１３】図１３は、Staphylococcus aureus ２３Ｓ ｒＲＮＡの代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１４】図１４Ａ及び１４Ｂは、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１１６の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１５】図１５は、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１２０の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１６】図１６は、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１６５の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１７】図１７は、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１１３の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１８】図１８は、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１１４の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図１９】図１９は、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１１７の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図２０】図２０は、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１１５の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【図２１】図２１は、多数の種における２３Ｓ ｒＲＮＡの領域１１０の代表的第二構造を描写している（結合：−＝ワトトン・クリック結合；●と○＝非キャノン結合）。
【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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