(57)【要約】本発明は、新規のアンドロゲン調節性核酸分子を提供する。関連するポリペプチドおよび診断方法もまた、提供される。本発明は、個体由来の試料をＡＲＰ１５結合因子（ＡＲＰ１５ポリペプチドに、選択的に結合する）と接触させる工程；試料におけるＡＲＰ１５ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ１５ポリペプチドの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ１５ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ１５結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ１５ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１５ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項２】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＡＲＰ１５ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ１５結合因子が抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ１５核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ１５  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１５  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項６】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記ＡＲＰ１５核酸分子が、配列番号３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記ＡＲＰ１５核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１５調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１１】
配列番号１に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ７核酸分子。
【請求項１２】
配列番号１のヌクレオチド１〜４５５のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ７核酸分子。
【請求項１３】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ７核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ７  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ７  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１４】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＡＲＰ７核酸分子が、配列番号１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＡＲＰ７核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ７ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ７結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ７ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ７ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１９】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＡＲＰ７ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ７結合因子が抗体である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ７調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２３】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ１６核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ１６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１６  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項２４】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＡＲＰ１６核酸分子が、配列番号５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＡＲＰ１６核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
配列番号６の残基２６〜１００の、少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１６ポリペプチドフラグメント。
【請求項２９】
請求項２８に記載のＡＰＲ１６ポリペプチドフラグメントを選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ１６結合因子。
【請求項３０】
抗体である、請求項２９に記載のＡＲＰ１６結合因子。
【請求項３１】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ１６ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ１６結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ１６ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１６ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項３２】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記ＡＲＰ１６ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ１６結合因子が抗体である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１６調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項３６】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ８核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ８  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ８  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項３７】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記サンプルが、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
前記ＡＲＰ８核酸分子が、配列番号７のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
前記ＡＲＰ８核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項３６に記載の方法。
【請求項４１】
配列番号８と少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチド。
【請求項４２】
配列番号８に示されるアミノ酸配列を含む、請求項４１に記載の実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチド。
【請求項４３】
配列番号８の残基１〜１１６の、少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチドフラグメント。
【請求項４４】
配列番号８の残基２４９〜５７６の、少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチドフラグメント。
【請求項４５】
配列番号８の残基１〜１１６の少なくとも８個連続したアミノ酸を、選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ８結合因子。
【請求項４６】
抗体である、請求項４５に記載のＡＲＰ８結合因子。
【請求項４７】
配列番号８の残基２４９〜５７６の少なくとも８個連続したアミノ酸を、選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ８結合因子。
【請求項４８】
抗体である、請求項４７に記載のＡＲＰ８結合因子。
【請求項４９】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ８ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ８結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ８ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ８ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項５０】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５２】
前記ＡＲＰ８ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ８結合因子が抗体である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５３】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ８調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項５４】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ９核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ９  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ９  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項５５】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記サンプルが、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＡＲＰ９核酸分子が、配列番号９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５８】
前記ＡＲＰ９核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項５４に記載の方法。
【請求項５９】
配列番号１０と少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチド。
【請求項６０】
配列番号１０に示されるアミノ酸配列を含む、請求項５９に記載の実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチド。
【請求項６１】
配列番号１０の残基１〜８３の、少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチドフラグメント。
【請求項６２】
配列番号１０の残基４７〜６２の、少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、請求項６１に記載の実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチドフラグメント。
【請求項６３】
配列番号１０の残基１〜８３の少なくとも８個連続したアミノ酸を、選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ９結合因子。
【請求項６４】
抗体である、請求項６３に記載のＡＲＰ９結合因子。
【請求項６５】
配列番号１０の残基４７〜６２の少なくとも８個連続したアミノ酸を、選択的に結合する分子を含む、請求項６３に記載のＡＲＰ９結合因子。
【請求項６６】
抗体である、請求項６５に記載のＡＲＰ９結合因子。
【請求項６７】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ９ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ９結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ９ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ９ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項６８】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
前記ＡＲＰ９ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ９結合因子が抗体である、請求項６７に記載の方法。
【請求項７１】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ９調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項７２】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ１３核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ１３  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１３  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項７３】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項７２に記載の方法。
【請求項７５】
前記ＡＲＰ１３核酸分子が、配列番号１１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７６】
前記ＡＲＰ１３核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項７２に記載の方法。
【請求項７７】
配列番号１２と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチド。
【請求項７８】
配列番号１２に示されるアミノ酸配列を含む、請求項７７に記載の実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチド。
【請求項７９】
配列番号１２の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチドフラグメント。
【請求項８０】
配列番号１２のＡＲＰ１３ポリペプチドの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ１３結合因子。
【請求項８１】
抗体である、請求項８０に記載のＡＲＰ１３結合因子。
【請求項８２】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ１３ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ１３結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ１３ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１３ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項８３】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項８２に記載の方法。
【請求項８５】
前記ＡＲＰ１３ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ１３結合因子が抗体である、請求項８２に記載の方法。
【請求項８６】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１３調節因子を投与する工程を包含する方法。
【請求項８７】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ２０核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ２０  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２０  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項８８】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項８７に記載の方法。
【請求項９０】
前記ＡＲＰ２０核酸分子が、配列番号１３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項９１】
前記ＡＲＰ２０核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項８７に記載の方法。
【請求項９２】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ２０ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２０結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ２０ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２０ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項９３】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項９２に記載の方法。
【請求項９５】
前記ＡＲＰ２０ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ２０結合因子が抗体である、請求項９２に記載の方法。
【請求項９６】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ２０調節因子を投与する工程を包含する方法。
【請求項９７】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ２４核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ２４  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２４  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項９８】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】
前記ＡＲＰ２４核酸分子が、配列番号１５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０１】
前記ＡＲＰ２４核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０２】
配列番号１６と少なくとも３０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチド。
【請求項１０３】
配列番号１６に示されるアミノ酸配列を含む、請求項１０２に記載の実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチド。
【請求項１０４】
配列番号１６の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチドフラグメント。
【請求項１０５】
配列番号１６のＡＲＰ２４ポリペプチドの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ２４結合因子。
【請求項１０６】
抗体である、請求項１０５に記載のＡＲＰ２４結合因子。
【請求項１０７】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ２４ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２４結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ２４ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２４ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１０８】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１０】
前記ＡＲＰ２４ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ２４結合因子が抗体である、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１１】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ２４調節因子を投与する工程を包含する方法。
【請求項１１２】
配列番号１７に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２４核酸分子。
【請求項１１３】
配列番号１７のヌクレオチド１４０４〜１５１６のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ２６核酸分子。
【請求項１１４】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ２６核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ２６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２６  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１１５】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１７】
前記ＡＲＰ２６核酸分子が、配列番号１７のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１８】
前記ＡＲＰ２６核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１９】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ２６ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２６結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ２６ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２６ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１２０】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２２】
前記ＡＲＰ２６ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ２６結合因子が抗体である、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２３】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ２６調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１２４】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ２８核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ２８  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２８  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１２５】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２７】
前記ＡＲＰ２８核酸分子が、配列番号１９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２８】
前記ＡＲＰ２８核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２９】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ２８ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２８結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ２８ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２８ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１３０】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３２】
前記ＡＲＰ２８ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ２８結合因子が抗体である、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３３】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ２８調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１３４】
配列番号２１のヌクレオチド２３４６〜２７９６のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ３０核酸分子。
【請求項１３５】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号２１のヌクレオチド１〜１８２９またはヌクレオチド２３４６〜３３１８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ３０核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ３０  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ３０  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１３６】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３８】
前記ＡＲＰ３０核酸分子が、配列番号２１のヌクレオチド２３４６〜３３１８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３９】
前記ＡＲＰ３０核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１４０】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ３０ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ３０結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ３０ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ３０ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１４１】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４２】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４３】
前記ＡＲＰ３０ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ３０結合因子が抗体である、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４４】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ３０調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１４５】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、ＡＲＰ３３核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ３３  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ３３  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１４６】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４８】
前記ＡＲＰ３３核酸分子が、配列番号２３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４９】
前記ＡＲＰ３３核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１５０】
配列番号２４と少なくとも７０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチド。
【請求項１５１】
配列番号２４に示されるアミノ酸配列を含む、請求項１５０に記載の実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチド。
【請求項１５２】
配列番号２４の残基１〜１３２または残基２５１〜４０５の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチドフラグメント。
【請求項１５３】
配列番号２４の残基１〜１３２または残基２５１〜４０５の少なくとも８個連続したアミノ酸を、選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ３３結合因子。
【請求項１５４】
抗体である、請求項１５３に記載のＡＲＰ３３結合因子。
【請求項１５５】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ３３ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ３３結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ３３ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ３３ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１５６】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５８】
前記ＡＲＰ３３ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ３３結合因子が抗体である、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５９】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ３３調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１６０】
配列番号２５に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ６核酸分子。
【請求項１６１】
配列番号２５のヌクレオチド５０５〜５２６のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ６核酸分子。
【請求項１６２】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号２５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ６核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ６  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１６３】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６４】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６５】
前記ＡＲＰ６核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６６】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ６調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１６７】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、配列番号２６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１０核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ１０  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１０  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１６８】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項１６７に記載の方法。
【請求項１６９】
前記試料が、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１６７に記載の方法。
【請求項１７０】
前記ＡＲＰ１０核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１６７に記載の方法。
【請求項１７１】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１０調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１７２】
配列番号２７に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１２核酸分子。
【請求項１７３】
配列番号２７のヌクレオチド１６３５〜１６５９のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１２核酸分子。
【請求項１７４】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号２７のヌクレオチド１〜１６５９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１２核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ１２  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１２  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１７５】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７７】
前記ＡＲＰ１２核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７８】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１２調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１７９】
前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号２８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１８核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ１８  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１８  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１８０】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８１】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８２】
前記ＡＲＰ１８核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８３】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１８調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１８４】
配列番号２９に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１９核酸分子。
【請求項１８５】
配列番号２９のヌクレオチド１〜３１またはヌクレオチド４７８〜６４４のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１９核酸分子。
【請求項１８６】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号２９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１９核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ１９  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１９  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１８７】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１８６に記載の方法。
【請求項１８８】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１８６に記載の方法。
【請求項１８９】
前記ＡＲＰ１９核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９０】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１９調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１９１】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号３０のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ２１核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ２１  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２１  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１９２】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９３】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９４】
前記ＡＲＰ２１核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９５】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ２１調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１９６】
配列番号３１に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２２核酸分子。
【請求項１９７】
配列番号３１のヌクレオチド１〜７３またはヌクレオチド４４７〜４６４のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ２２核酸分子。
【請求項１９８】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号３１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ２２核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ２２  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２２  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項１９９】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項１９８に記載の方法。
【請求項２００】
前記サンプルが、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項１９８に記載の方法。
【請求項２０１】
前記ＡＲＰ２２核酸分子が、配列番号３１のヌクレオチド１〜７３またはヌクレオチド４４７〜４６４のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、請求項１９８に記載の方法。
【請求項２０２】
前記ＡＲＰ２２核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項１９８に記載の方法。
【請求項２０３】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ２２調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２０４】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来のサンプルを、配列番号３２のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ２９核酸分子と接触させる工程；
（ｂ）該サンプルにおけるＡＲＰ２９  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ２９  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項２０５】
前記サンプルが、前立腺組織を含む、請求項２０４に記載の方法。
【請求項２０６】
前記試料が、血液、尿および精液からなる群から選択される、請求項２０４に記載の方法。
【請求項２０７】
前記ＡＲＰ２９核酸分子が、１５〜３５ヌクレオチド長である、請求項２０４に記載の方法。
【請求項２０８】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ２９調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２０９】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該個体由来の試料を、ＡＲＰ１１ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ１１結合因子と接触させる工程；
（ｂ）該試料におけるＡＲＰ１１ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；および
（ｃ）該試験発現レベルを、ＡＲＰ１１ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール発現レベルと比較して変化された試験発現レベルが、該個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程を包含する、方法。
【請求項２１０】
前記試料が、前立腺組織を含む、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１１】
前記試料が、血液、血清、尿および精液からなる群から選択される、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１２】
前記ＡＲＰ１１ポリペプチドを選択的に結合する前記ＡＲＰ１１結合因子が抗体である、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１３】
個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法であって、該方法は、該個体にＡＲＰ１１調節因子を投与する工程を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の背景）
（発明の分野）
本発明は、一般に癌に関し、より詳細には、前立腺癌を診断および処置するために使用され得る前立腺特異的遺伝子に関する。
【背景技術】
【０００２】
（背景情報）
癌は、現在、米国における死亡率の第２の主要な原因である。しかし、２０００年には、癌は、心疾患を凌いで、米国における第１の死因になると推定される。前立腺癌は、米国において最も一般的な非皮膚癌であり、男性の癌死亡率の第２の主因である。
【０００３】
癌性腫瘍は、細胞が、その正常な増殖調節機構から逸脱し、制御不能な様式で増殖する場合に、生じる。このような制御不能な増殖の結果として、癌性腫瘍は、通常、隣接する組織に進入し、リンパ液または血液の流れによって拡散し、他の組織において、第２の増殖または転移増殖を引き起こす。処置されない場合、癌性腫瘍は致命的な経過を追う。前立腺癌は、その遅い増殖プロフィールに起因して、早期検出および治療的介入についての優れた候補である。
【０００４】
この１０年間、前立腺癌研究における最もな進歩は、前立腺特異的発現プロフィールを示すセリンプロテアーゼファミリーのメンバーである、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）に主眼を置いている。血清ＰＳＡは、依然として前立腺癌をモニタリングするための最も広範に使用される腫瘍マーカーであるが、その特異性は、良性の前立腺肥大（ＢＰＨ）を有する男性における、高頻度の誤った上昇値により、限定される。前立腺癌進行の他の生物マーカーは、臨床的な使用が限定されることが、近年の調査において証明されている。なぜなら、これらは進行型の前立腺癌を有する男性において、一様に上昇しないためである。現在利用可能な生物マーカーの制限のために、前立腺特異的遺伝子の同定および特徴付けは、より正確な診断方法および治療標的の開発のために、必須である。多くの場合において、新規の腫瘍マーカーの臨床的可能性は、他の腫瘍マーカーと組み合わせて使用することにより、診断および治療の様式の開発において、最適化され得る。
【０００５】
正常な前立腺組織は、３つの異なった非間質性細胞集団（管腔分泌細胞、基底細胞、および内分泌パラクリン細胞）からなる。正常な管腔細胞と前立腺癌細胞との間の表現系類似性（ＰＳＡの発現を含む）は、前立腺腺癌が管腔細胞に由来することを示唆している。しかし、最近の研究の多くは、少なくとも幾つかの前立腺癌が、基底細胞の形質転換から生じ得ることを示唆し、そして正常前立腺基底細胞ならびに前立腺癌腫細胞における種々の遺伝子の発現を報告する。これらの遺伝子としては、前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）、ｃ−ｍｅｔおよびＢｃｌ−２が挙げられる。これらのどの遺伝子もが、基底細胞および前立腺癌腫の全てで普遍的に発現するわけではないため、診断マーカーとしてのこれらの遺伝子の有用性は、限定される。同様に、ＰＳＡは、正常な前立腺組織における管腔分泌細胞でも発現するので、この抗原は、基底細胞に由来する癌腫のためのマーカーとしての制限された有用性を有する。
【０００６】
従って、前立腺癌の診断マーカーおよび治療標的として使用され得る、さらなる前立腺特異的遺伝子の同定の必要が存在する。本発明は、この必要を満たし、その上、関連する利益を提供する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（発明の要旨）
本発明は、アドロゲン応答性前立腺特異的（ＡＲＰ）核酸およびアドロゲン応答性前立腺特異的ポリペプチド分子を、提供する。
【０００８】
本発明は、個体由来の試料をＡＲＰ１５結合因子（ＡＲＰ１５ポリペプチドに、選択的に結合する）と接触させる工程；試料におけるＡＲＰ１５ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ１５ポリペプチドの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。このような方法において有用な試料としては、例えば、前立腺組織が挙げられ得るか、または、例えば、血液、血清、尿および精液であり得る。１つの実施形態において、選択的にＡＲＰ１５ポリペプチドに結合するＡＲＰ１５結合因子は、抗体である。
【０００９】
本発明は、個体由来のサンプルをＡＲＰ１５核酸分子と接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１５  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ１５  ＲＮＡの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、さらに提供する。本発明のこのような方法において有用なサンプルとしては、例えば、前立腺組織が挙げられ得るか、または、例えば、血液、尿および精液であり得る。本発明において有用なＡＲＰ１５核酸分子としては、例えば、配列番号３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドが挙げられ得る。本発明の方法において有用なＡＲＰ１５  核酸分子は、さらに、例えば１５〜３０ヌクレオチド長を有し得る。
【００１０】
個体にＡＲＰ１５調節因子を投与する工程により、個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置するかまたは軽減する方法が、本明細書中に、さらに提供される。
【００１１】
本発明は、配列番号１で示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ７核酸分子を提供する。本発明はまた、配列番号１のヌクレオチド１〜４４５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する、実質的に純粋なＡＲＰ７核酸分子を提供する。
【００１２】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、本発明によってさらに提供される。本方法は、個体由来のサンプルをＡＲＰ７核酸分子と接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ７  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ７  ＲＮＡの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、実行される。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織サンプルを用いて実行される。別の実施形態において、本方法は、血液、尿および精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明は、配列番号１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ７核酸分子を用いて、実行される。なおさらなる実施形態において、本方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ７核酸分子を用いて、実行される。
【００１３】
本発明はまた、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。本発明は、個体由来の試料をＡＲＰ７結合因子（ＡＲＰ７ポリペプチドに選択的に結合する）と接触させる工程；試料におけるＡＲＰ７ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ７ポリペプチドの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を、包含する。本発明の方法は、例えば前立腺組織を含む試料、または、血液、血清、尿および精液の試料を使用して実行され得る。所望される場合、前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測するための本発明の方法は、抗体であるＡＲＰ７結合因子を用いて、実行され得る。
【００１４】
個体にＡＲＰ７調節因子を投与する工程により、個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置するかまたは軽減する方法もまた、本発明によって提供される。
【００１５】
本発明はまた、個体由来のサンプルをＡＲＰ１６核酸分子と接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ１６  ＲＮＡの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。本発明の方法において有用なサンプルとしては、例えば、前立腺組織サンプル、ならびに、血液、尿および精液のサンプルが挙げられる。１つの実施形態において、本発明の方法は、配列番号５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１６核酸分子を用いて実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１６核酸分子を用いて、実行される。
【００１６】
配列番号６の残基２６〜１００の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、実質的に純粋なＡＲＰ１６ポリペプチドフラグメントもまた、本発明によって提供される。配列番号６の残基２６〜１００の少なくとも８個連続したアミノ酸に、選択的に結合する分子を含むＡＲＰ１６結合因子もまた、本明細書中で提供される。このようなＡＲＰ１６結合因子は、例えば、抗体であり得る。
【００１７】
個体由来の試料をＡＲＰ１６結合因子（ＡＲＰ１６ポリペプチドに選択的に結合する）と接触させる工程；試料におけるＡＲＰ１６ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ１６ポリペプチドの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法もまた、本明細書中で提供される。前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測するための有用な試料としては、例えば、前立腺組織が挙げられ得るか、または、例えば、血液、血清、尿および精液の試料であり得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ１６ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ１６結合因子は、抗体である。
【００１８】
個体にＡＲＰ１６調節因子を投与する工程により、個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置するかまたは軽減する方法が、本明細書中でさらに提供される。
【００１９】
本発明は、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、さらに提供する。本方法は、個体由来のサンプルとＡＲＰ８核酸分子とを接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ８  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびＡＲＰ８  ＲＮＡの試験発現レベルを、非腫瘍性コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここでコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を、包含する。１つの実施形態において、このサンプルは、前立腺組織を含む。他の実施形態において、このサンプルは、血液、尿および精液である。別の実施形態において、このＡＲＰ８核酸分子は、配列番号７のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む。さらなる実施形態において、このＡＲＰ８核酸分子は、１５〜３５ヌクレオチド長を有する。
【００２０】
本発明は、配列番号８と少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチドを、さらに提供する。このようなＡＲＰ８ポリペプチドは、例えば、配列番号８に示されるアミノ酸配列を有し得る。さらに、配列番号８の残基１〜１１６の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチドフラグメントを、本明細書中で提供する。１つの実施形態において、ＡＲＰ８フラグメントは、配列番号８の残基２４９〜５７６の、少なくとも８個連続したアミノ酸を有する。
【００２１】
配列番号８の残基１〜１１６の少なくとも８個連続したアミノ酸で、選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ８結合因子（例えば、配列番号８の残基１〜１１６の少なくとも８個連続したアミノ酸で、選択的に結合する抗体）もまた、本明細書中提供される。さらに、本発明は、配列番号８の残基２４９〜５７６の少なくとも８個連続したアミノ酸で、選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ８結合因子を提供する。このようなＡＲＰ８結合因子は、例えば、抗体であり得る。
【００２２】
以下の工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、本明細書中でさらに提供する：個体由来の試料を、ＡＲＰ８ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ８結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ８ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ８ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含む試料を用いて、あるいは血液、血清、尿または精液である試料を用いて、実行され得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ８ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ８結合因子は、抗体である。
【００２３】
本明細書中で、以下の工程により、個体にＡＲＰ８調節因子を投与する工程により、個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法もまた、提供される。
【００２４】
個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、本明細書中でさらに提供される。この方法は、この個体由来のサンプルをＡＲＰ９核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ９  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ９  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程によって実行される。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本発明の方法は、血液、尿および精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ９核酸分子を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ９核酸分子を用いて、実行される。
【００２５】
本発明はまた、配列番号１０と少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチドを提供する。このようなＡＲＰ９ポリペプチドは、例えば、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を、有し得る。実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチドフラグメントもまた、本明細書中で提供される。本発明のＡＲＰ９フラグメントは、配列番号１０の残基１〜８３の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する。１つの実施形態において、本発明のこのようなＡＲＰ９フラグメントは、配列番号１０の残基４７〜６２の、少なくとも８個連続したアミノ酸を有する。
【００２６】
本発明はまた、配列番号１０の残基１〜８３の少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ９結合因子を提供する。１つの実施形態において、ＡＲＰ９結合因子は、配列番号１０の残基４７〜６２の少なくとも８個連続したアミノ酸を、選択的に結合する分子を含む。本発明のＡＲＰ９結合因子は、例えば、抗体であり得る。
【００２７】
本発明はまた、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法をさらに提供し、ここで、個体由来の試料は、ＡＲＰ９ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ９結合因子と接触され；この試料におけるＡＲＰ９ポリペプチドの試験発現レベルが、決定され；そしてこの試験発現レベルが、ＡＲＰ９ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較され、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含む試料、または例えば、血液、血清、尿および精液の試料を用いて、実行され得る。所望される場合、本発明の方法は、抗体であるＡＲＰ９結合因子を用いて実行され得る。
【００２８】
個体にＡＲＰ９調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法が、本明細書中でさらに提供される。
【００２９】
本発明はまた、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。この方法は、以下の工程を包含する：個体由来のサンプルを、ＡＲＰ１３核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ１３  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１３  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含むサンプル、または例えば、血液、尿および精液のサンプルを用いて、実行され得る。例えば、配列番号１１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１３核酸分子および１５〜３５ヌクレオチド長のＡＲＰ１３核酸分子を含む、種々のＡＲＰ１３核酸分子が、本発明の方法において有用である。
【００３０】
配列番号１２と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチドもまた、本明細書中提供される。一例として、本発明の実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチドは、配列番号１２に示されるアミノ酸配列を有し得る。本発明は、配列番号１２の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチドフラグメントを、さらに提供する。
【００３１】
配列番号１２の少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含むＡＲＰ１３結合因子が、本明細書中でさらに提供される。１つの実施形態において、ＡＲＰ１３結合因子は、抗体である。
【００３２】
本発明はまた、個体由来の試料を、ＡＲＰ１３ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ１３結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ１３ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１３ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。種々の試料が、前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測するための本発明の方法において有用であり、これらの試料としては、前立腺組織、血液、血清、尿および精液が挙げられるが、これらに限定はされない。本発明の方法に有用なＡＲＰ１３結合因子は、例えば、抗体であり得る。
【００３３】
個体にＡＲＰ１３調節因子を投与する工程により、個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法が、本明細書中でさらに提供される。
【００３４】
個体由来のサンプルを、ＡＲＰ２０核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ２０  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２０  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、本明細書中でさらに提供される。本発明の方法において有用なサンプルは、前立腺組織、血液、尿および精液が挙げられる。１つの実施形態において、本発明の方法は、配列番号１３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２０核酸分子を用いて、実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２０核酸分子を用いて、実行される。
【００３５】
本明細書中で、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、さらに提供される。本方法は、個体由来の試料を、ＡＲＰ２０ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２０結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ２０ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２０ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す、工程により、実行される。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織の試料を用いて、実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、血液、血清、尿および精液の生研を用いて、実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、抗体であるＡＲＰ２０結合因子を用いて、実行される。
【００３６】
本発明は、個体にＡＲＰ２０調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、提供する。
【００３７】
本明細書中でまた、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、さらに提供される。本方法は、個体由来のサンプルを、ＡＲＰ２４核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ２４  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２４  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を、包含する。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて、実行される。他の実施形態において、本発明の方法は、血液、血清、尿および精液のサンプルを用いて、実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号１５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２４核酸分子、または１５〜３５ヌクレオチド長であるＡＲＰ２４核酸分子を用いて、実行される。
【００３８】
本明細書中で、配列番号１６と少なくとも３０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチドが、提供される。本発明の実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチドは、例えば、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を有し得る。本発明はまた、配列番号１６の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチドフラグメントを、提供する。
【００３９】
さらに、本明細書中で、配列番号１６のＡＲＰ２４ポリペプチドの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ２４結合因子が、提供される。１つの実施形態において、このＡＲＰ２４結合因子は、抗体である。
【００４０】
本発明はまた、個体由来の試料を、ＡＲＰ２４ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２４結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ２４ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２４ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。本発明の方法において有用であるサンプルとしては、前立腺組織、血液、尿および精液が、挙げられる。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２４核酸分子を用いて、実行される。
【００４１】
本明細書中で、個体にＡＲＰ２４調節因子を投与する工程により、個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法が、さらに提供される。
【００４２】
本発明は、配列番号１７に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２６核酸を、さらに提供する。本発明はまた、配列番号１７のヌクレオチド１４０４〜１５１６のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、本発明の実質的に純粋なＡＲＰ２６核酸分子も、提供する。
【００４３】
本明細書中ではまた、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、提供される。本発明の方法は、個体由来のサンプルを、ＡＲＰ２６核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ２６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２６  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を、包含する。本発明の方法において有用なサンプルとしては、前立腺組織、血液、尿および精液が、挙げられる。１つの実施形態において、本発明の方法は、配列番号１７のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２６核酸分子を用いて、実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２６核酸分子を用いて、実行される。
【００４４】
本発明はまた、個体由来の試料を、ＡＲＰ２６ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２６結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ２６ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２６ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。本発明において有用な試料としては、例えば前立腺組織が挙げられ得るか、または、例えば、血液、血清、尿または精液試料であり得る。１つの実施形態において、このＡＲＰ２６結合因子は、抗体である。
【００４５】
本発明はまた、個体にＡＲＰ２６調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法も、提供する。
【００４６】
本発明は、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法をさらに提供し、ここで、個体由来のサンプルがＡＲＰ２８核酸分子と接触され；このサンプルにおけるＡＲＰ２８  ＲＮＡの試験発現レベルが決定され；そしてこの試験発現レベルがＡＲＰ２８  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較され、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す。１つの実施形態において、ＡＲＰ２８核酸分子と接触したサンプルは、前立腺組織を含む。他の実施形態において、このサンプルは、血液、尿および精液のサンプルである。別の実施形態において、ＡＲＰ２８核酸分子は、配列番号１９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む。さらなる実施形態において、ＡＲＰ２８核酸分子は、１５〜３５ヌクレオチド長を有する。
【００４７】
本明細書中で、本発明は、個体由来の試料を、ＡＲＰ２８ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ２８結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ２８ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２８ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、さらに提供する。本発明において有用な試料は、例えば前立腺組織を含むか、または例えば、血液、血清、尿および精液であり得る。本発明の方法において有用なＡＲＰ２８結合因子としては、抗体が挙げられるが、これに限定されない。
【００４８】
本発明は、個体にＡＲＰ２８調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００４９】
本発明はまた、配列番号２１のヌクレオチド２３４６〜２７９６のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ３０核酸分子も、提供する。
【００５０】
本発明はまた、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。この方法は、個体由来のサンプルを、配列番号２１のヌクレオチド１〜１８２９またはヌクレオチド２３４６〜３３１８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ３０核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ３０  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ３０  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を、包含する。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて、実行される。他の実施形態において、本発明の方法は、血液、尿および精液のサンプルを用いて、実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号２１のヌクレオチド２３４６〜３３１８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有するＡＲＰ３０核酸分子を用いて、実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ３０核酸分子を用いて、実行される。
【００５１】
本明細書中で、本発明はまた、個体由来の試料を、ＡＲＰ３０ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ３０結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ３０ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ３０ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法も、提供する。本発明において有用な試料としては、例えば前立腺組織を挙げられ得るか、または、血液、血清、尿および精液の試料であり得る。本発明において有用であるＡＲＰ３０結合因子としては、抗体が挙げられるが、これに限定されない。
【００５２】
本発明は、個体にＡＲＰ３０調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００５３】
本発明はまた、個体由来のサンプルを、ＡＲＰ３３核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ３３  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ３３  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法も、提供する。本発明において有用であるサンプルとしては、前立腺組織が含まれ得る。本発明において有用なサンプルは、血液、尿または精液のサンプルであり得る。本発明の方法において有用である種々のＡＲＰ３３核酸分子としては、例えば、配列番号２３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ３３核酸分子、または１５〜３５ヌクレオチド長であるＡＲＰ３３核酸分子が、挙げられる。
【００５４】
本発明はまた、配列番号２４と少なくとも７０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチドも、提供する。このような実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチドは、例えば、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を有し得る。本明細書中で、配列番号２４の残基１〜１３２または残基２５１〜４０５の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチドフラグメントもまた、提供される。
【００５５】
本発明はまた、配列番号２４の残基１〜１３２または残基２５１〜４０５の少なくとも８個連続したアミノ酸を、選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ３３結合因子も、提供する。このようなＡＲＰ３３結合因子は、例えば、抗体であり得る。
【００５６】
本明細書中で、本発明はまた、個体由来の試料を、ＡＲＰ３３ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ３３結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ３３ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ３３ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法も、提供する。本発明において有用な試料としては、前立腺組織が挙げられ得るか、または、血液、血清、尿または精液の試料であり得る。本発明において有用であるＡＲＰ３３結合因子としては、抗体が挙げられるが、これに限定されない。
【００５７】
本明細書中で、本発明はまた、個体にＡＲＰ３３調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００５８】
本発明はまた、個体由来の試料を、ＡＲＰ１１ポリペプチドを選択的に結合するＡＲＰ１１結合因子と接触させる工程；この試料におけるＡＲＰ１１ポリペプチドの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１１ポリペプチドの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。この方法は、例えば、前立腺組織試料、または血液、血清、尿または精液を用いて、実行され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、抗体であるＡＲＰ１１結合因子を用いて、実行される。
【００５９】
本発明は、個体にＡＲＰ１１調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００６０】
本発明はまた、配列番号２５に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ６核酸分子も、提供する。本明細書中で、配列番号２５のヌクレオチド５０５〜５２６のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ６核酸分子が、さらに提供される。
【００６１】
本発明は、個体由来のサンプルを、配列番号２５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ６核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ６  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ６  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、さらに提供する。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて、実行される。別の実施形態において、本方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ６核酸分子を用いて、実行される。
【００６２】
本発明は、個体にＡＲＰ６調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００６３】
本発明は、個体由来のサンプルを、配列番号２６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１０核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ１０  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１０  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、さらに提供する。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて、実行される。他の実施形態において、本方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて、実行される。さらなる実施形態において、本方法は、１５〜３５ヌクレオチド長のＡＲＰ１０核酸分子を用いて実行される。
【００６４】
本発明は、個体にＡＲＰ１０調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００６５】
本発明は、配列番号２７に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１２核酸分子を、さらに提供する。さらに、本発明は、配列番号２７のヌクレオチド１６３５〜１６５９のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１２核酸分子を、提供する。
【００６６】
本明細書中でまた、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、提供される。本方法は、個体由来のサンプルを、配列番号２７のヌクレオチド１〜１６５９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１２核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ１２  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１２  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を、包含する。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて、実行される。他の実施形態において、本方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて、実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１２核酸分子を用いて、実行される。
【００６７】
本明細書中で、個体にＡＲＰ１２調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法が、さらに提供される。
【００６８】
本発明は、個体由来のサンプルを、配列番号２８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１８核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ１８  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１８  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、さらに提供する。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行され得るか、または、例えば、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行され得る。本発明の方法において、種々のＡＲＰ１８核酸分子が、有用である。１つの実施形態において、本発明は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１８核酸分子を用いて実行される。
【００６９】
本発明はまた、個体にＡＲＰ１８調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法もまた、提供する。
【００７０】
本明細書中で、本発明はまた、配列番号２９に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１９核酸分子を、提供した。さらに、本明細書中で、配列番号２９のヌクレオチド１〜３１またはヌクレオチド４７８〜６４４のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１９核酸分子が、提供される。
【００７１】
本発明は、個体由来のサンプルを、配列番号２９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ１９核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ１９  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１９  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、さらに提供する。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含むサンプル、または、例えば、血液、尿もしくは精液のサンプルを用いて、実行され得る。本発明の方法において、種々のＡＲＰ１９核酸分子（例えば、１５〜３５ヌクレオチド長であるＡＲＰ１９核酸分子）が有用である。
【００７２】
本発明は、個体にＡＲＰ１９調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００７３】
本発明はまた、個体由来のサンプルを、配列番号３０のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ２１核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ２１  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２１  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法も、提供する。本発明において有用なサンプルとしては、前立腺組織を含むサンプル、ならびに血液、尿および精液のサンプルが挙げられるが、これらに限定されない。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２１核酸分子を用いて、実行される。
【００７４】
本発明はまた、個体にＡＲＰ２１調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、提供する。
【００７５】
本発明はまた、配列番号３１に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２２核酸分子を、提供する。さらに、本発明は配列番号３１のヌクレオチド１〜７３またはヌクレオチド４４７〜４６４のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ２２核酸分子を、提供する。
【００７６】
本発明により、個体由来のサンプルを、配列番号３１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ２２核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ２２  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２２  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、さらに提供される。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて、実行される。他の実施形態において、本方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて、実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号３１のヌクレオチド１〜７３またはヌクレオチド４４７〜４６４のうちの、少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２２核酸分子を用いて、実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２２核酸分子を用いて、実行される。
【００７７】
本発明はまた、個体にＡＲＰ２２調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法も、提供する。
【００７８】
本発明はまた、個体由来のサンプルを、配列番号３２のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、ＡＲＰ２９核酸分子と接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ２９  ＲＮＡの試験発現レベルを、決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ２９  ＲＮＡの非腫瘍コントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルは、この個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺腫瘍性状態を診断するかまたは前立腺腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、提供する。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本方法は、血液、尿または精液を用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２９核酸分子を用いて、実行される。
【００７９】
本発明は、個体にＡＲＰ２９調節因子を投与する工程により、この個体における前立腺腫瘍性状態の重症度を処置または軽減する方法を、さらに提供する。
【００８０】
（発明の詳細な説明）
本発明は、アンドロゲン調節性前立腺（ＡＲＰ）発現核酸分子の知見に関する。このアンドロゲン調節性前立腺発現核酸分子およびコードされる遺伝子産物は、腫瘍性状態および他の前立腺障害に対する診断マーカーとして有用であり、そしてさらに、本明細書中以下でさらに記載されるように、治療の標的である。
【００８１】
本明細書中の実施例Ｉで開示されるように、ＡＲＰ７  ｃＤＮＡは、アンドロゲン調節性配列（ａｎｄｒｏｇｅｎ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）である。ＡＲＰ７核酸分子（５４７０ヌクレオチドを含む）は、本明細書中で、配列番号１として提供される。ヌクレオチド４７４〜４９６７は、１４９８アミノ酸（配列番号２）のポリペプチドをコードする。図１において示されるように、ＡＲＰ７  ｍＲＮＡは、飢餓ＬＮＣａＰ細胞において、アンドロゲンにより劇的にアップレギュレートされる。図２においてさらに示されるように、ＡＲＰ７は、前立腺において最も高く発現され、他の組織においては、ほとんど発現しないか、または発現がまったく検出されない。
【００８２】
本明細書中でさらに開示されるように、ＡＲＰ１５  ｃＤＮＡはまた、ヒトアンドロゲン調節性配列でもある（図１を参照）。３０７０ヌクレオチドを含むヒトＡＲＰ１５核酸分子（配列番号３）は、ヌクレオチド２５３〜１５２７のオープンリーディングフレームを有する。ＡＲＰ１５  ｃＤＮＡ配列は、少なくとも３つの膜貫通ドメインを有する４２５アミノ酸（配列番号４）のポリペプチドをコードすることが予測される。図３において示されるように、ＡＲＰ１５は、前立腺組織において発現され、そして精巣および卵巣においても発現される。
【００８３】
本明細書中でさらに開示されるように、ＡＲＰ１６  ｃＤＮＡは、ヒト前立腺細胞において、アンドロゲンによってアップレギュレートされる。配列番号５として本明細書中で示されるヒトＡＲＰ１６  ｃＤＮＡは、ヌクレオチド１３８〜１６０１のオープンリーディングフレームを含む２１６１ヌクレオチドを有する。さらに、ヒトＡＲＰ１６は、少なくとも８つの膜貫通ドメインを有すると予測される、４８８アミノ酸（配列番号４）のポリペプチドである。図１に示されるように、ＡＲＰ１６  ｍＲＮＡは、飢餓ＬＮＣａＰ細胞において、アンドロゲンにより劇的にアップレギュレートされる。
【００８４】
さらなるアンドロゲン調節性ｃＤＮＡもまた、本明細書中で、開示される。ＡＲＰ８は、前立腺細胞においてアンドロゲンによってアップレギュレートされる、ヒトの配列である。ヒトＡＲＰ８  ｃＤＮＡ（配列番号７）は、ヌクレオチド１〜１７２８のオープンリーディングフレームを有する２０９６ヌクレオチドを含む；コードされるヒトＡＲＰ８ポリペプチド（配列番号８）は、５７６アミノ酸を有する。前立腺において発現される別のヒトアンドロゲン調節性ｃＤＮＡであるＡＲＰ９の核酸配列は、本明細書中で配列番号９として開示される。本明細書中で開示されるＡＲＰ９核酸配列は、ヌクレオチド５５９〜２２３２のオープンリーディングフレームを有する２５６８ヌクレオチドを有する。コードされるヒトＡＲＰ９ポリペプチド（配列番号１０）は、５５８残基を有し、少なくとも４つの膜貫通ドメインを含むことが予測される。ＡＲＰ１３  ｃＤＮＡもまた、ＬＮＣａＰ細胞株においてアンドロゲンに応答して増加する。ＡＲＰ１３ヌクレオチド配列（配列番号１１）は、ヌクレオチド１４１〜１０２２のオープンリーディングフレームを有する２９２０ヌクレオチドを有する。ヒトＡＲＰ１３ポリペプチドは、２９４アミノ酸配列（本明細書中で配列番号１２に示される）を有し、少なくとも１つの膜貫通ドメインを含むことが予測される。ＡＲＰ２０ヌクレオチド配列（本明細書中で配列番号１３に示される）もまた、ＬＮＣａＰ細胞においてアンドロゲンに応答してポジティブに調節されることで同定された。ヒトＡＲＰ２０ヌクレオチド配列は、ヌクレオチド１１３〜６６１のオープンリーディングフレームを含む１０９５ヌクレオチドを有する；ヒトＡＲＰ２０ポリペプチドは、本明細書中で配列番号１４に示される。
【００８５】
本明細書中でさらに開示されるように、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ２６、ＡＲＰ２８、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３およびＡＲＰ１１もまた、ＬＮＣａＰ前立腺細胞株において発現する、アンドロゲン調節性ｃＤＮＡである。ＡＲＰ２４  ｃＤＮＡ配列（本明細書中で配列番号１５に示される）は、ヌクレオチド３８〜１３７８のオープンリーディングフレームを有する３００７ヌクレオチドを含む；コードされるヒトＡＲＰ２４ポリペプチド（配列番号１６）は、少なくとも４つの膜貫通ドメインをコードすることが予測される４４７アミノ酸を有する。ＡＲＰ２６  ｃＤＮＡ配列（本明細書中で配列番号１７に示される）は、ヌクレオチド２４０〜１０１３のオープンリーディングフレームを有する３９３７ヌクレオチドの配列である。対応するアンドロゲン調節性ヒトＡＲＰ２６ポリペプチド（配列番号１８）は、２５８残基を有する。さらに、ＡＲＰ２８  ｃＤＮＡ配列（本明細書中で配列番号１９に示される）は、ヌクレオチド４５〜１０８５のオープンリーディングフレームを有する１４０１ヌクレオチドの配列であり、そして少なくとも３つの膜貫通ドメインを含む、３４７アミノ酸のヒトＡＲＰ２８ポリペプチド（配列番号２０）をコードすることが、予測される。アンドロゲン調節性ｃＤＮＡ  ＡＲＰ３０は、３３１８ヌクレオチドの配列（配列番号２１）を、有する；６０１アミノ酸のタンパク質であるヒトＡＲＰ３０ポリペプチド（配列番号２２）は、配列番号２１のヌクレオチド２５２〜２０５４に位置するオープンリーディングフレームによってコードされる。本明細書中でさらに開示されるように、アンドロゲン調節性ＡＲＰ３３  ｃＤＮＡ配列は、ヌクレオチド９８〜１３１３のオープンリーディングフレームを含む１６９０ヌクレオチドの核酸配列（配列番号２３）を、有する。４０５残基のタンパク質であるヒトＡＲＰ３３ポリペプチド（本明細書中で配列番号２４に示される）は、少なくとも１つの膜貫通ドメインを含むことが予測される。さらに、ヒトＡＲＰ１１  ｃＤＮＡは、ヌクレオチド７９０〜１８０５のオープンリーディングフレームを含む３０６７ヌクレオチドの核酸配列（配列番号３３）を有し、この配列は、本明細書中で配列番号３４として開示される、ヒトＡＲＰ１１ポリペプチドをコードする。
【００８６】
本明細書中でさらに開示されるように、ＡＲＰ６、ＡＲＰ１０、ＡＲＰ１２、ＡＲＰ１８、ＡＲＰ１９、ＡＲＰ２１、ＡＲＰ２２およびＡＲＰ２９もまた、前立腺細胞において発現する、アンドロゲン調節性配列である。ヒトＡＲＰ６  ｃＤＮＡ配列は、５０４ヌクレオチドの配列（配列番号２５）として本明細書中で示される；  ヒトＡＲＰ１０  ｃＤＮＡ配列は、２１８９ヌクレオチドの配列（配列番号２６）として本明細書中で示される；ヒトＡＲＰ１２  ｃＤＮＡ配列は、２５７６ヌクレオチドの配列（配列番号２７）として本明細書中で示される；  そしてヒトＡＲＰ１８  ｃＤＮＡ配列は、５２１ヌクレオチドの配列（配列番号２８）として本明細書中で示される。さらに、ヒトＡＲＰ１９  ｃＤＮＡ配列は、６４４ヌクレオチドの配列（配列番号２９）として本明細書中で示される；ヒトＡＲＰ２１  ｃＤＮＡ配列は、１４６０ヌクレオチドの配列（配列番号３０）として本明細書中で示される；ヒトＡＲＰ２２  ｃＤＮＡ配列は、７７４ヌクレオチドの配列（配列番号３１）として本明細書中で示される；そしてヒトＡＲＰ２９  ｃＤＮＡ配列は、３８６ヌクレオチドの配列（配列番号３２）として本明細書中で示される。
【００８７】
これらの新規の前立腺発現配列に基づき、本発明は、前立腺腫瘍性状態を診断する方法を、提供する。本発明のＡＲＰ核酸分子またはＡＲＰポリペプチドは、前立腺細胞または前立腺腫瘍性状態についての特異的マーカーとして、単独でまたは他の分子と組み合わせて、使用され得る。
【００８８】
本発明は、配列番号１に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ７核酸分子を提供する。本発明はまた、配列番号１のヌクレオチド１〜４４５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する、実質的に純粋なＡＲＰ７核酸分子も、提供する。
【００８９】
本発明はまた、配列番号３に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１５核酸分子も、提供する。さらに本発明はまた、配列番号３のヌクレオチド１〜８６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する、実質的に純粋なＡＲＰ１５核酸分子を、提供する。
【００９０】
本発明はさらに、配列番号６と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するＡＲＰ１６ポリペプチドをコードする核酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１６核酸分子を、提供する。このような核酸分子は、例えば、配列番号６に示されるアミノ酸配列をコードし得る。１つの実施形態において、本発明のＡＲＰ１６核酸分子は、配列番号５に示されるヌクレオチド配列を含む。本発明により、配列番号５のヌクレオチド１〜１５３１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１６核酸分子が、さらに提供される。
【００９１】
本明細書中でまた、配列番号８と少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するＡＲＰ８ポリペプチドをコードする核酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８核酸分子が、提供される。このような実質的に純粋なＡＲＰ８核酸分子は、例えば、配列番号８に示されるアミノ酸配列をコードし得る。１つの実施形態において、本発明のＡＲＰ８核酸分子は、配列番号７に示されるヌクレオチド配列を有する。本明細書中で、配列番号７のヌクレオチド１〜３４９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ８核酸分子もまた、提供される。
【００９２】
本発明はさらに、配列番号１０と少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するＡＲＰ９ポリペプチドをコードする核酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ９核酸分子を、提供する。本発明の実質的に純粋なＡＲＰ９核酸分子は、例えば、配列番号１０に示されるアミノ酸配列をコードし得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ９核酸分子は、配列番号９に示されるヌクレオチド配列を含む。本発明はまた、配列番号９のヌクレオチド６９７〜７４５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ９核酸分子も、提供する。
【００９３】
本発明はまた、配列番号１２と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するＡＲＰ１３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１３核酸分子も、提供する。このような実質的に純粋なＡＲＰ１３核酸分子は、例えば、配列番号１２に示されるアミノ酸配列をコードし得る。１つの実施形態において、本発明の実質的に純粋なＡＲＰ１３核酸分子は、配列番号１１に示されるヌクレオチド配列を有する。
【００９４】
本発明は、配列番号１７に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２６核酸を、さらに提供する。本発明はまた、配列番号１７のヌクレオチド１４０４〜１５１６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、本発明の実質的に純粋なＡＲＰ２６核酸分子も、提供する。
【００９５】
本明細書中で、配列番号２２と少なくとも３０％のアミノ酸同一性を有するＡＲＰ３０ポリペプチドをコードする核酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ３０核酸分子を、さらに提供する。本発明の実質的に純粋なＡＲＰ３０核酸分子は、例えば、配列番号２２に示されるアミノ酸配列をコードし得、そして１つの実施形態に配列番号２１に示されるヌクレオチド配列を含む。本明細書中でまた、配列番号２１のヌクレオチド１〜１３２、ヌクレオチド８３２〜１６９６、またはヌクレオチド２３４６〜２７９６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ３０核酸分子も、提供する。
【００９６】
本発明はまた、配列番号３３に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１１核酸分子も、提供する。さらに、配列番号３３のヌクレオチド１〜４５８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１１核酸分子が、提供される。
【００９７】
本発明はまた、配列番号２５に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ６核酸分子も、提供する。さらに、本明細書中で、配列番号２５のヌクレオチド５０５〜５２６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ６核酸分子が、提供される。
【００９８】
本発明は、配列番号２７に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１２核酸分子を、さらに提供する。さらに、本発明は、配列番号２７のヌクレオチド１６３５〜１６５９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１２核酸分子を、提供する。
【００９９】
本発明はまた、配列番号２９に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１９核酸分子も、提供する。さらに、本明細書中で、配列番号２９のヌクレオチド１〜３１または４７８〜６４４のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ１９核酸分子が、提供される。
【０１００】
さらに、本発明は、配列番号３１に示されるヌクレオチド配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２２核酸分子を、提供する。さらに、本発明は、配列番号３１のヌクレオチド１〜７３または４４７〜４６４のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む、実質的に純粋なＡＲＰ２２核酸分子を、提供する。
【０１０１】
独特の配列に相当する本発明の核酸分子は、プローブハイブリダイゼーション方法を用いる種々の診断手順において、有用である。診断手順において核酸ハイブリダイゼーションを用いる１つの利点は、非常に少量のサンプルが、使用され得る点である。何故なら、核酸分子分析物は、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）または核酸分子の増幅および合成についての他の周知の方法によって、多くのコピーに増幅され得るからである。
【０１０２】
本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡおよびｍＲＮＡを含む、１本鎖または２本鎖の、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子を意味する。この用語は、合成および天然の両方の起源の核酸分子を含むことを意図する。天然起源の核酸分子は、任意の動物（ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、ウサギ、ウシ、ブタ、ヒツジ、イヌ、ネコ、もしくは両生類に由来し得、または下等真核生物に由来し得る。本発明の核酸分子は、直鎖状、環状、または分枝鎖の構造のものであり得、そしてネイティブ核酸分子のセンス鎖もしくはアンチセンス鎖のどちらか、または両方を表し得る。本発明の核酸分子は、放射性標識、蛍光色素、強磁性物質、発光タグのような検出可能部分、またはビオチンのような検出可能部分を、さらに組み込み得る。
【０１０３】
本明細書中で使用される場合、用語「実質的に純粋な核酸分子」は、所望の分子でない細胞成分も他の夾雑物も実質的に含まない核酸分子を意味する。実質的に純粋な核酸分子は、充分に均質でもあり得るため、ゲル電気泳動によってバンドとして分離され得、そして主な種と一致したヌクレオチド配列プロファイルを産生し得る。
【０１０４】
特定の実施形態において、本発明は、配列番号１のヌクレオチド１〜４４５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ７核酸分子；配列番号３のヌクレオチド１〜８６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ１５核酸分子；配列番号５のヌクレオチド１〜１５３１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ１６核酸分子；配列番号７のヌクレオチド１〜３４９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ８核酸分子；配列番号９のヌクレオチド６９７〜７４５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ９核酸分子；配列番号１７のヌクレオチド１４０４〜１５１６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ２６核酸分子；配列番号２１の、ヌクレオチド１〜１３２のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチド、ヌクレオチド８３２〜１６９６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチド、またはヌクレオチド２３４６〜２７９６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ３０核酸分子；および配列番号３３のヌクレオチド１〜４５８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ１１核酸分子を提供する。
【０１０５】
本発明はまた、配列番号２５のヌクレオチド５０５〜５２６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ６核酸分子；配列番号２７のヌクレオチド１６３５〜１６５９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ１２核酸分子；配列番号２９の、ヌクレオチド１〜３１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドまたはヌクレオチド４７８〜６４４のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ１９核酸分子；および配列番号３１の、ヌクレオチド１〜７３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドまたはヌクレオチド４４７〜４６４のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する実質的に純粋なＡＲＰ２２核酸分子を提供する。
【０１０６】
このような「少なくとも１０個連続したヌクレオチド」を有する核酸分子は、親核酸分子と選択的にハイブリダイズする能力を有する全長核酸分子の一部である。本明細書中で使用される場合、用語「選択的にハイブリダイズする」は、親核酸分子でない分子に対する実質的な交差反応性を有さずに、親核酸分子を結合する能力を意味する。従って、用語「選択的にハイブリダイズする」は、他の核酸分子に対する交差反応性がほとんどないか、または検出不可能である、特異的なハイブリダイゼーションを含む。この用語はまた、親核酸分子へのハイブリダイゼーションが、交差反応性の種類へのハイブリダイゼーションから識別可能であるという条件で、他の分子に対する微量な交差反応性を含む。従って、本発明の核酸分子は、例えば、親核酸分子を選択的に増幅するためのＰＣＲプライマー；親核酸分子のさらなる５’配列または３’配列を決定するための５’ＲＡＣＥまたは３’ＲＡＣＥのための選択的プライマー；ＲＮＡブロットもしくはＤＮＡブロット上で、またはゲノムライブラリーもしくはｃＤＮＡライブラリーの中で、親核酸分子を同定するかまたは単離するための、選択的プローブ；あるいは組織、細胞または細胞抽出物におけるＡＲＰの転写または翻訳の選択的指標として、使用され得る。
【０１０７】
本発明の核酸分子は、参照核酸分子に相当する少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含み、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０ヌクレオチドを含み得、所望される場合、参照核酸分子の少なくとも１００、２００、３００、４００、５００または１０００ヌクレオチドまたは全長までを含み得る。このような長さの核酸分子は、本明細書中で記載される種々の検出様式において、目的の核酸分子に、選択的にハイブリダイズし得る。
【０１０８】
本明細書中で使用される場合、用語「実質的なヌクレオチド配列」は、本発明の核酸分子または核酸プローブに関して、この核酸分子が目的の核酸分子に選択的にハイブリダイズする能力を有する限り、参照配列に対して１つ以上の付加、欠失または置換を有する配列を含む。
【０１０９】
本発明の核酸分子は、診断手順におけるハイブリダイゼーションプローブとして、部分的に有用である。核酸分子は、全長転写物と同程度に長くあり得るか、または約１０〜１５ヌクレオチドの長さ（例えば、約１５〜１８ヌクレオチド長）と同程度に短くあり得る。全長配列ではない本発明の核酸分子は、コード領域または非転写領域に対応し得る。特定の適用および所望の特異性の程度は、特定の適用のための核酸分子の選択における、当業者に周知の１つの検討材料である。例えば、ＡＲＰおよび他の関連の種を検出することが所望される場合、このプローブはコード配列に対応し得、そして低ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件で使用され得る。あるいは、本発明のプローブを用いた高いストリンジェンシー条件の使用は、特異的なＡＲＰ７、ＡＲＰ１５、ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２６、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ１１、ＡＲＰ６、ＡＲＰ１２、ＡＲＰ１９またはＡＲＰ２２の核酸分子を選択する。ＡＲＰ転写物に対応する非翻訳領域配列もまた、非コードドメインを保存するための進化学的圧力はほとんどないため、プローブを構築するために使用され得る。１５ヌクレオチド程度の長さの核酸分子は、ヒトゲノム内で統計学的に独特の配列である。従って、本明細書中で配列番号１、３、５、７、９、１１、１７、２１、２５、２７、２９、３１および３３として開示されるＡＲＰ配列の１５ヌクレオチド以上のフラグメントは、本質的にＡＲＰ  ｃＤＮＡ、ＡＲＰ  ｍＲＮＡ、またはＡＲＰプロモーター領域／調節領域の任意の領域から構築され得、そしてＡＲＰ  ＤＮＡまたはＡＲＰ  ＲＮＡに独自にハイブリダイズ可能である。
【０１１０】
本発明の核酸分子は、当該分野で周知の方法を使用して、組換え的に産生され得るかまたは化学的に合成され得る。さらに、ＡＲＰ核酸分子は、種々の検出可能標識（例えば、放射性同位体、蛍光タグ、レポーター酵素、ビオチンおよびハイブリダイゼーション方法においてプローブとして使用される他のリガンドが挙げられる）で標識され得る。このような検出可能標識は、例えば、分光光度法検出のための比色定量の指標物質または測光の指標物質と、さらに結合され得る。核酸分子の標識および検出のための方法は、当該分野で周知であり、そして例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版），Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８９）、およびＡｕｓｕｂｅｌら，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（補遺４７），Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９９）における記載が見出される。
【０１１１】
本発明の核酸分子は、当業者に容易に決定される種々のストリンジェンシー条件下で、ハイブリダイズされ得る。特定のアッセイに依存して、ＡＲＰ核酸分子の検出を最適化するように、当業者はストリンジェンシー条件を容易に変え得る。
【０１１２】
一般に、ハイブリッドの安定性は、イオン濃度および温度の関数である。代表的には、ハイブリダイゼーション反応は、低ストリンジェンシー条件下で行われ、その後に、種々の（しかしより高い）ストリンジェンシーの洗浄が続く。中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーションは、プローブのような核酸分子を相補的核酸分子に結合させる条件を言う。ハイブリッド核酸分子は、一般に、親核酸配列または標的核酸配列に対し、少なくとも６０％の同一性、少なくとも７５％の同一性、少なくとも８５％の同一性；少なくとも９０％の同一性を有する。中程度にストリンジェントな条件は、５０％ホルムアミド、５×デンハルト溶液、５×ＳＳＰＥ、０．２％  ＳＤＳ中、４２℃でのハイブリダイゼーション、そしてその後に続く０．２×ＳＳＰＥ、０．２％  ＳＤＳ中４２℃での洗浄に、相当する条件である。高ストリンジェンシー条件は、例えば、５０％ホルムアミド、５×デンハルト溶液、５×ＳＳＰＥ、０．２％  ＳＤＳ中、４２℃でハイブリダイゼーション、そしてその後に続く０．１×ＳＳＰＥおよび０．１％  ＳＤＳ中、６５℃での洗浄により、提供され得る。
【０１１３】
用語「低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション」は、１０％ホルムアミド、５×デンハルト溶液、６×ＳＳＰＥ、０．２％  ＳＤＳ中、２２℃でのハイブリダイゼーション、そしてその後に続く１×ＳＳＰＥ、０．２％  ＳＤＳ中、３７℃での洗浄に等価な条件を意味する。デンハルト溶液は、１％フィコール、１％ポリビニルピロリジン、および１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を含有する。２０×ＳＳＰＥ（塩化ナトリウム、リン酸ナトリウム、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ））は、３Ｍ塩化ナトリウム、０．２Ｍリン酸ナトリウム、および０．０２５Ｍ（ＥＤＴＡ）を含有する。他の適切な中程度ストリンジェンシーハイブリダイゼーション緩衝液および高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション緩衝液およびこれらの条件は、当業者に周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版），Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８９）；およびＡｕｓｕｂｅｌら（前出）（１９９９）において記載される。ポリペプチドをコードする核酸分子は、中程度にストリンジェントな条件かまたは高度にストリンジェントな条件の下で、実質的に配列全体とハイブリダイズするか、または実質的な部分（例えば、代表的に少なくとも１５〜３０ヌクレオチドのＡＲＰ核酸配列）とハイブリダイズする。
【０１１４】
本発明はまた、中程度にストリンジェントな条件下でＡＲＰ核酸分子（例えば、本明細書中で配列番号１、３、５、７、９、１１、１７、２１、２５、２７、２９、３１または３３として言及されるＡＲＰ核酸分子）にハイブリダイズする、ＡＲＰヌクレオチド配列の改変を提供する。ＡＲＰヌクレオチド配列の改変は、この改変がＡＲＰヌクレオチド配列に対し少なくとも６０％の同一性を有する場合にもまた、提供される。本発明はまた、配列番号１、３、５、７、９、１１、１７、２１、２５、２７、２９、３１または３３に対して少なくとも６５％の同一性、少なくとも７０％の同一性、少なくとも７５％の同一性、少なくとも８０％の同一性、少なくとも８５％の同一性、少なくとも９０％の同一性または少なくとも９５％の同一性を有する、ＡＲＰヌクレオチド配列の改変も、提供する。
【０１１５】
任意の２つの核酸配列の同一性は、例えば、ＢＬＡＳＴ  ２．０電算アラインメントにおいて、初期パラメータを使用して、当業者により決定され得る。ＢＬＡＳＴ  ２．０検索は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｏｒｆ／ｂ１２．ｈｔｍｌで利用可能であり、Ｔａｔｉａｎａら，ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｌｅｔｔ．１７４：２４７−２５０（１９９９）；Ａｌｔｓｃｈｕｌら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２５：３３８９−３４０２（１９９７）によって記載される。
【０１１６】
本発明は、本発明の前立腺発現核酸分子によってコードされる、実質的に純粋なＡＲＰポリペプチドを、さらに提供する。特に、本発明は、配列番号６に対し少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１６ポリペプチドを、提供する。本発明のＡＲＰ１６ポリペプチドは、例えば、配列番号６に示されるアミノ酸配列を含み得る。本発明により、配列番号６の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、実質的に純粋なＡＲＰ１６ポリペプチドフラグメントもまた、提供される。１つの実施形態において、本発明のＡＲＰ１６ポリペプチドフラグメントは、配列番号６の残基１〜４６５の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する。
【０１１７】
本発明は、配列番号８に対し少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチドを、さらに提供する。このようなＡＲＰ８ポリペプチドは、例えば、配列番号８に示されるアミノ酸配列を有し得る。さらに、配列番号８の残基１〜１１６の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ８ポリペプチドフラグメントが、本明細書中で提供される。１つの実施形態において、ＡＲＰ８ポリペプチドフラグメントは、配列番号８の残基２４９〜５７６の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する。
【０１１８】
本発明はまた、配列番号１０に対し少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチドも、提供する。このようなＡＲＰ９ポリペプチドは、例えば、配列番号１０に示されるアミノ酸配列を有し得る。本明細書中で、実質的に純粋なＡＲＰ９ポリペプチドフラグメントもまた、提供される。本発明のＡＲＰ９フラグメントは、配列番号１０の残基１〜８３の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する。１つの実施形態において、このようなＡＲＰ９フラグメントは、配列番号１０の残基４７〜６２の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する。
【０１１９】
本明細書中でまた、配列番号１２に対し少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有する、実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチドも、提供される。例として、本発明の実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチドは、配列番号１２に示されるアミノ酸配列を有し得る。本発明は、配列番号１２の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、実質的に純粋なＡＲＰ１３ポリペプチドフラグメントを、さらに提供する。
【０１２０】
本発明はまた、配列番号１４に対し少なくとも５５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２０ポリペプチドも、提供する。このようなＡＲＰ２０ポリペプチドは、例えば、配列番号１４に示されるアミノ酸配列を有し得る。配列番号１４の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２０ポリペプチドフラグメントもまた、本明細書中で提供される。
【０１２１】
本明細書中で、配列番号１６に対し少なくとも３０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチドが、さらに提供される。本発明の実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチドは、例えば、配列番号１６に示されるアミノ酸配列を有し得る。本発明はまた、配列番号１６の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ２４ポリペプチドフラグメントも、提供する。
【０１２２】
本明細書中で、配列番号２２に対し少なくとも３０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ３０ポリペプチドもまた、提供される。１つの実施形態において、本発明の実質的に純粋なＡＲＰ３０ポリペプチドは、配列番号２２に示されるアミノ酸配列を有する。本発明はまた、配列番号２２の少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、実質的に純粋なＡＲＰ３０ポリペプチドフラグメントも、提供する。
【０１２３】
本発明はまた、配列番号２４に対し少なくとも７０％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有する、実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチドも、提供する。このような実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチドは、例えば、配列番号２４に示されるアミノ酸配列を有し得る。配列番号２４の残基１〜１３２または２５１〜４０５の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ３３ポリペプチドフラグメントもまた、本明細書中で提供される。
【０１２４】
本発明は、配列番号３４に対し少なくとも７５％のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１１ポリペプチドを、さらに提供する。このようなＡＲＰ１１ポリペプチドは、例えば、配列番号３４に示されるアミノ酸配列を含み得る。配列番号３４の少なくとも８個連続したアミノ酸を含む、実質的に純粋なＡＲＰ１１ポリペプチドフラグメントもまた、提供される。
【０１２５】
模範的なポリペプチドフラグメントとしては、配列番号６、８、１０、１２、１４、１６、２２、２４または３４のアミノ酸１〜８、２〜９、３〜１０などを有するフラグメントが挙げられる。本発明はまた、免疫応答を誘発し得る抗原性フラグメントである可能性がある他のポリペプチドフラグメントもまた含み得、そしてそれにより、本発明のポリペプチドフラグメントまたはポリペプチドフラグメント（ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１）に対して選択的な抗体を、産生する。他の長さのポリペプチドフラグメント（例えば、配列番号６として本明細書中で開示されるアミノ酸配列の少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５またはこれより大きい連続したアミノ酸、配列番号６の残基１〜４６５、配列番号８の残基１〜１１６、配列番号８の残基２４９〜５７６、配列番号１０の残基１〜８３、配列番号１０の残基４７〜６２、配列番号１２として本明細書中で開示されるアミノ酸配列、配列番号１４として本明細書中で開示されるアミノ酸配列、配列番号１６として本明細書中で開示されるアミノ酸配列、配列番号２２として本明細書中で開示されるアミノ酸配列、配列番号２４として本明細書中で開示されるアミノ酸配列の残基１〜１３２、配列番号２４として本明細書中で開示されるアミノ酸配列の残基２５１〜４０５、または配列番号３４として本明細書中で開示されるアミノ酸配列を有するポリペプチド）もまた有用であり得ることが、理解される。本発明に含まれるポリペプチドフラグメントは、例えば、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号２２、配列番号２４または配列番号３４の残基１、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１１０、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０で開始する、少なくとも５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１１０、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０または１５００のアミノ酸を有するポリペプチドフラグメントをさらに含むことが、理解される。このようなポリペプチドフラグメントは、本発明の結合因子を産生するため、あるいは任意の組成物または診断方法もしくは治療方法において、有用であり得る。
【０１２６】
本明細書中で使用される場合、用語「ＡＲＰ１６ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ１６（配列番号６）に構造的に類似し、そしてヒトＡＲＰ１６の生物学的活性の少なくとも１つを有するポリペプチドを、意味する。このようなＡＲＰ１６ポリペプチドは、配列番号１６に対し９０％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ１６（配列番号６）に対し、例えば、９２％、９４％、９６％、９８％、９９％またはそれより大きい配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性パーセントは、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２２：４６７３−４６８０（１９９４））を使用して決定され得る。
【０１２７】
従って、用語「ＡＲＰ１６ポリペプチド」は、配列番号６と比較して、１つ以上の、天然に存在するかまたは天然に存在しないアミノ酸置換、アミノ酸欠失またはアミノ酸挿入を有するポリペプチドを含む（このペプチドが配列番号６に対し少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ１６の少なくとも１つの生物学的活性を保持するとする場合）ことは、当業者に明らかである。ＡＲＰ１６ポリペプチドは、例えば、ヒトＡＲＰ１６（配列番号６）の天然に存在する改変体；ブタ、ウシまたは霊長類ホモログのような、種ホモログ；組換え技術により変異させられたＡＲＰ１６ポリペプチド、などであり得る。上述の定義から見て、ヒトＡＲＰ１６（配列番号６）に対して８７％のアミノ酸同一性を有するマウスタンパク質（Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＢＡＢ２８５５６において示される）が、本発明に含まれないことは、当業者に明らかである。
【０１２８】
本明細書中で使用される場合、用語「ＡＲＰ８ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ８（配列番号８）に構造的に類似し、そしてヒトＡＲＰ８の生物学的活性の少なくとも１つを有するポリペプチドを、意味する。このようなＡＲＰ８ポリペプチドは、配列番号５に対し６５％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そして例えば、ヒトＡＲＰ８（配列番号８）に対し、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれより大きいアミノ酸配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性パーセントは、上述のＣｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７を使用して決定され得る。
【０１２９】
従って、用語「ＡＲＰ８ポリペプチド」は、配列番号８と比較して、１つ以上の、天然に存在するかまたは天然に存在しないアミノ酸置換、アミノ酸欠失またはアミノ酸挿入を有するポリペプチドを含む（このペプチドが配列番号８に対し少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ８の少なくとも１つの生物学的活性を保有するとする場合）。ＡＲＰ８ポリペプチドは、例えば、ヒトＡＲＰ８（配列番号８）の天然に存在する改変体；非哺乳動物ホモログまたは哺乳動物ホモログ（例えば、マウス、ウシまたは霊長類ホモログ）のような、種ホモログ；組換え技術により変異させられたＡＲＰ８ポリペプチド、などであり得る。ヒトＡＲＰ８（配列番号８）と６２％のアミノ酸同一性を共有するマウスタンパク質（Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号ＢＡＢ２８４５５において示される）によってコードされるポリペプチドは、本発明に含まれない。
【０１３０】
本明細書中で使用される場合、用語「ＡＲＰ９ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ９（配列番号１０）に構造的に類似し、そしてヒトＡＲＰ９の生物学的活性の少なくとも１つを有するポリペプチドを、意味する。このようなＡＲＰ９ポリペプチドは、配列番号１０に対し６５％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ９（配列番号１０）に対し、例えば、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれより大きいアミノ酸配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性パーセントは、上述のＣｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７を使用して決定され得る。
【０１３１】
従って、用語「ＡＲＰ９ポリペプチド」は、配列番号１０と比較して、１つ以上の、天然に存在するかまたは天然に存在しないアミノ酸置換、アミノ酸欠失またはアミノ酸挿入を有するポリペプチドを含む（このペプチドが配列番号１０に対し少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ９の少なくとも１つの生物学的活性を保持するとする場合）。ＡＲＰ９ポリペプチドは、例えば、ヒトＡＲＰ９（配列番号１０）の天然に存在する改変体；非哺乳動物ホモログまたは哺乳動物ホモログ（例えば、マウス、ウシまたは霊長類ホモログ）のような、種ホモログ；組換え技術により変異させられたＡＲＰ９ポリペプチド、などであり得る。ヒトＡＲＰ９（配列番号１０）と６３％のアミノ酸同一性を共有する、Ｇｅｎｂａｎｋ受入  ＮＰ＿０７１７６９において示されるポリペプチドは、本発明に含まれない。
【０１３２】
本明細書中で使用される場合、用語「ＡＲＰ１３ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ１３（配列番号１２）に構造的に類似し、そしてヒトＡＲＰ１３の生物学的活性の少なくとも１つを有するポリペプチドを、意味する。このようなＡＲＰ１３ポリペプチドは、配列番号１２に対し９０％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ１３（配列番号１２）に対し、例えば、９２％、９４％、９６％、９８％、９９％またはそれより大きい配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性パーセントは、上述のＣｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら（前出）（１９９４））を使用して決定され得る。
【０１３３】
用語「ＡＲＰ１３ポリペプチド」は、配列番号１２と比較して、１つ以上の天然に生じるまたは天然に生じないアミノ酸の置換、欠失または挿入を有するポリペプチドを含むが、ただし、このペプチドは、配列番号１２と少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ１３の少なくとも１つの生物学的活性を保持する。ＡＲＰ１３ポリペプチドは、例えば、ヒトＡＲＰ１３（配列番号１２）の天然に存在する改変体；非哺乳類ホモログまたは哺乳類ホモログのような種ホモログ（例えば、マウスホモログ、ウシホモログまたは霊長類ホモログ；組換え技術によって変異させたＡＲＰ１３ポリペプチドなどであり得る。上記の定義を考慮すれば、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＢＡＢ２９１９０によってコードされるポリペプチド（ヒトＡＲＰ１３（配列番号１２）と８６％のアミノ酸同一性を共有する）は本発明に含まれないことが、当業者にとって明らかである。
【０１３４】
本明細書で使用される場合、用語「ＡＲＰ２０ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ２０（配列番号１４）と構造的に類似であり、そしてヒトＡＲＰ２０の少なくとも１つの生物学的活性を有するポリペプチドを意味する。このようなＡＲＰ２０ポリペプチドは、配列番号１２と５５％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そして、例えばヒトＡＲＰ２０（配列番号１４）と例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上の配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性のパーセントは、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら（前出）、１９９４）を使用して、決定され得る。
【０１３５】
用語「ＡＲＰ２０ポリペプチド」は、配列番号１４と比較して、１つ以上の天然に生じるかまたは天然に生じない、アミノ酸の置換、欠失または挿入を有するポリペプチドを含むが、ただし、このペプチドは、配列番号１４と少なくとも５５％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ２０の少なくとも１つの生物学的活性を保持する。ＡＲＰ２０ポリペプチドは、例えば、ヒトＡＲＰ２０（配列番号１４）の天然に存在する改変体；非哺乳類のホモログまたは哺乳類のホモログ（例えば、マウスホモログ、ウシホモログまたは霊長類のホモログ）のような種ホモログ；組換え技術によって変異させたＡＲＰ２０ポリペプチドなどであり得る。上記の定義を考慮すれば、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＡＡＬ２７１８４によってコードされるポリペプチド（ヒトＡＲＰ２０（配列番号１４）と５０％のアミノ酸同一性を共有する）が本発明に含まれないことが、当業者にとって明らかである。
【０１３６】
本明細書中で使用される場合、用語「ＡＲＰ２４ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ２４（配列番号１６）と構造的に類似し、そしてヒトＡＲＰ２４の少なくとも１つの生物学的活性を有するポリペプチドを意味する。このようなＡＲＰ２４ポリペプチドは、配列番号１４と３０％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そして例えば、ヒトＡＲＰ２４（配列番号１６）と４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上の配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性のパーセントは、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら（前出）、１９９４）を使用して決定され得る。
【０１３７】
用語「ＡＲＰ２４ポリペプチド」は、配列番号１６と比較して、１つ以上の天然に生じるかまたは天然に生じないアミノ酸の置換、欠失または挿入を有するポリペプチドを含むが、ただし、このペプチドは、配列番号１６と少なくとも３０％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ２４の少なくとも１つの生物学的活性を保持する。ＡＲＰ２４ポリペプチドは、例えばヒトＡＲＰ２４（配列番号１６）の天然に存在する改変体；例えば、非哺乳類のホモログまたは哺乳類のホモログ（例えば、マウスホモログ、ウシホモログまたは霊長類ホモログ）のような種ホモログ；組換え技術によって変異させたＡＲＰ２４ポリペプチドなどであり得る。
【０１３８】
同様に、本明細書で使用される場合、用語「ＡＲＰ３０ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ３０（配列番号２２）と構造的に類似であり、そしてヒトＡＲＰ３０の少なくとも１つの生物学的活性を有するポリペプチドを意味する。このようなＡＲＰ３０ポリペプチドは、配列番号２０と３０％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そして例えば、ヒトＡＲＰ３０（配列番号２２）と４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上の配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性のパーセントは、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら（前出）、１９９４）を使用して決定され得る。
【０１３９】
用語「ＡＲＰ３０ポリペプチド」は、配列番号２２と比較して、１つ以上の天然に生じるかまたは天然に生じないアミノ酸の置換、欠失または挿入を有するポリペプチドを含むが、ただし、このペプチドは、配列番号２２と少なくとも３０％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ３０の少なくとも１つの生物学的活性を保持する。ＡＲＰ３０ポリペプチドは、例えばヒトＡＲＰ３０（配列番号２２）の天然に存在する改変体；非哺乳類のホモログまたは哺乳類のホモログ（例えば、マウスホモログ、ウシホモログまたは霊長類ホモログのような種ホモログ；組換え技術によって変異させたＡＲＰ３０ポリペプチドなどであり得る。
【０１４０】
本明細書で使用される場合、用語「ＡＲＰ３３ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ３３（配列番号２４）と構造的に類似であり、そしてヒトＡＲＰ３３の少なくとも１つの生物学的活性を有するポリペプチドを意味する。このようなＡＲＰ３３ポリペプチドは、配列番号２２と７０％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そして例えば、ヒトＡＲＰ３３（配列番号２４）と７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上の配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性のパーセントは、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら（前出）、１９９４）を使用して決定され得る。
【０１４１】
用語「ＡＲＰ３３ポリペプチド」は、配列番号２４と比較して、１つ以上の天然に生じるかまたは天然に生じない、アミノ酸の置換、欠失または挿入を有するポリペプチドを含むが、ただし、このペプチドは、配列番号２４と少なくとも７０％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ３３の少なくとも１つの生物学的活性を保持する。ＡＲＰ３３ポリペプチドは、例えばヒトＡＲＰ３３（配列番号２４）の天然に存在する改変体；例えば、哺乳類のホモログまたは非哺乳類のホモログおよびマウスホモログ、ウシホモログおよび霊長類ホモログを含むのような種ホモログ；組換え技術によって変異させたＡＲＰ３３ポリペプチドなどであり得る。上記を考慮すると、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿０３３３８７によってコードされるマウスポリペプチド（ヒトＡＲＰ３３（配列番号２４）と６７％のアミノ酸同一性を共有する）は本発明に含まれないことが理解される。
【０１４２】
本明細書で使用される場合、用語「ＡＲＰ１１ポリペプチド」は、ヒトＡＲＰ１１（配列番号３４）と構造的に類似であり、そしてヒトＡＲＰ１１の少なくとも１つの生物学的活性を有するポリペプチドを意味する。このようなＡＲＰ１１ポリペプチドは、配列番号３４と７５％以上のアミノ酸配列同一性を有し、そして例えば、ヒトＡＲＰ１１（配列番号３４）と８０％、８５％、９０％、９５％以上の配列同一性を有し得る。アミノ酸同一性のパーセントは、Ｃｌｕｓｔａｌ  Ｗ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．７（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２２：４６７３〜４６８０（１９９４））を使用して決定され得る。
【０１４３】
従って、用語「ＡＲＰ１１ポリペプチド」が、配列番号３４と比較して、１つ以上の天然に生じるかまたは天然に生じないアミノ酸の置換、欠失または挿入を有するポリペプチドを含むが、ただし、このペプチドが、配列番号３４と少なくとも７５％のアミノ酸同一性を有し、そしてヒトＡＲＰ１１の少なくとも１つの生物学的活性を保持することが当業者に明らかである。ＡＲＰ１１ポリペプチドは、例えば、ヒトＡＲＰ１１（配列番号３４）の天然に存在する改変体；ブタホモログ、ウシホモログまたは霊長類ホモログのような種ホモログ；組換え技術によって変異させたＡＲＰ１１ポリペプチドなどであり得る。上記の定義を考慮すると、Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＢＡＢ２８０２８に示されるマウスタンパク質（ヒトＡＲＰ１１（配列番号３４）と７２％のアミノ酸同一性を共有する）が本発明に含まれないことが、当業者にとって明らかである。
【０１４４】
本発明の範囲に含まれる、配列番号６、８、１０、１２、１４、１６、２２、２４および３４のＡＲＰ１６のポリペプチド、ＡＲＰ８のポリペプチド、ＡＲＰ９のポリペプチド、ＡＲＰ１３のポリペプチド、ＡＲＰ２０のポリペプチド、ＡＲＰ２４のポリペプチド、ＡＲＰ３０のポリペプチド、ＡＲＰ３３のポリペプチドおよびＡＲＰ１１のポリペプチドに対する改変としては、例えば、１つ以上の保存的アミノ酸残基または非保存的アミノ酸残基の付加、欠失、または置換；アミノ酸の構造または機能を模倣する化合物の置換；あるいはアミノ基またはアセチル基のような化学部分の付加が挙げられる。
【０１４５】
本発明はまた、本発明のＡＲＰポリペプチドに選択的に結合する種々の結合因子を提供する。このような結合因子としては、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体ならびにそれらの結合部分が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１４６】
本発明は、配列番号６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む、ＡＲＰ１６結合因子を提供する。１つの実施形態において、このようなＡＲＰ１６結合因子は、配列番号６の残基１〜４６５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する。別の実施形態において、結合因子は、抗体である。
【０１４７】
配列番号８の残基１〜１１６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子（例えば、配列番号８の残基１〜１１６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する抗体）を含むＡＲＰ８結合因子もまた、本明細書中で提供される。さらに、本発明は、配列番号８の残基２４９〜５７６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む結合因子を提供する。このようなＡＲＰ８結合因子は、例えば、抗体であり得る。
【０１４８】
本発明はまた、配列番号１０の残基１〜８３のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含むＡＲＰ９結合因子を提供する。１つの実施形態において、ＡＲＰ９結合因子は、配列番号１０の残基４７〜６２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合する分子を含む。本発明のＡＲＰ９結合因子は、例えば、抗体であり得る。
【０１４９】
配列番号１２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合する分子を含むＡＲＰ１３結合因子が、本明細書中でさらに提供される。ＡＲＰ１３結合因子としては抗体が挙げられるが、これに限定されない。
【０１５０】
本発明はまた、配列番号１４のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含むＡＲＰ２０結合因子を提供する。１つの実施形態において、ＡＲＰ２０結合因子は、抗体である。
【０１５１】
さらに、配列番号１６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含むＡＲＰ２４結合因子もまた、本明細書中で提供される。１つの実施形態において、ＡＲＰ２４結合因子は、抗体である。
【０１５２】
さらに、ＡＲＰ３０結合因子（配列番号２２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む）が、本明細書中で提供される。ＡＲＰ３０結合因子としては抗体が挙げられるが、これに限定されない。
【０１５３】
本発明はまた、配列番号２４の残基１〜１３２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸または２５１〜４０５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含むＡＲＰ３３結合因子を提供する。特定の実施形態において、ＡＲＰ３３結合因子は、抗体である。
【０１５４】
ＡＲＰ１１結合因子（配列番号３４のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を選択的に結合する分子を含む）が、本明細書中でさらに提供される。ＡＲＰ１１結合因子としては抗体が挙げられるが、これに限定されない。
【０１５５】
本明細書中で使用される場合、用語「結合因子」は、特定のＡＲＰポリペプチドに関連して使用される場合、ＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチド、あるいはそれらの特定フラグメントを選択的に結合する化合物（単純な有機分子または複雑な有機分子、金属含有化合物、炭水化物、ペプチド、タンパク質、ペプチド模倣体、糖タンパク質、リポタンパク質、脂質、核酸分子、抗体などを含む）を意味する。例えば、結合因子は、他の無関連なポリペプチドに対して実質的に交差反応することなく、特定のＡＲＰポリペプチドに対して、高い親和性およびアビディティで選択的に結合するポリペプチドであり得る。ＡＲＰポリペプチドを選択的に結合する結合因子の親和性は、一般的に約１０５Ｍ−１より大きく、そして約１０６Ｍ−１より大きくあり得る。結合因子はまた、高い親和性で結合し得る；このような薬剤は、一般的に１０８Ｍ−１〜１０９Ｍ−１より高い親和性で結合する。このような選択的な結合因子の特定の例としては、ＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドもしくはＡＲＰ１１ポリペプチドまたはこれらの特定のフラグメントに対して選択的なポリクローナル抗体もしくはモノクローナル抗体；あるいは、例えば、適切なライブラリーのアフィニティースクリーニングによって同定された核酸分子、核酸アナログ、または有機低分子が挙げられる。特定の適用について、特定のＡＲＰポリペプチドの特定の立体配座または翻訳後に修飾状態を優先的認識する結合因子が、利用され得る。結合因子は、所望される場合、検出可能な部分で標識され得るか、または検出可能な二次結合因子への特異的結合によって、検出可能にされ得る。
【０１５６】
本明細書中で使用される場合、用語「抗体」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体（このような抗体の抗原結合フラグメントを含む）を意味するような、最も広い意味で使用される。本明細書中で使用される場合、用語抗原は、本発明のポリペプチドのネイティブなフラグメントまたは合成フラグメントを意味する。本発明のこのような抗体またはこのような抗体の抗原結合フラグメントは、ＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチド、またはＡＲＰ１１ポリペプチド、あるいはそれらの特定のフラグメントに対する、少なくとも約１×１０５Ｍ−１という特異的結合活性を有することによって特徴付けられる。従って、本発明のＡＲＰポリペプチドに対して特異的結合活性を保持する、抗ＡＲＰ抗体のＦａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ＦｄフラグメントおよびＦｖフラグメントまたはそれらのフラグメントは、抗体の定義の範囲に含まれる。特異的結合活性は、当業者によって、例えば、特定のＡＲＰポリペプチドまたはそのフラグメントに対する抗体の結合活性を、本発明のポリペプチドを含まないコントロールポリペプチドに対する抗体の結合活性と比較することにより、容易に決定され得る。ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を調製する方法は、当業者に周知である（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９８８）を参照のこと）。
【０１５７】
用語「抗体」はまた、天然に存在する抗体および天然に存在しない抗体（例えば、単鎖抗体、キメラ抗体、二機能性抗体およびヒト化抗体、ならびにそれらの抗原結合性フラグメントを含む）を含む。このような天然に存在しない抗体は、固相ペプチド合成を使用して構築され得るか、組換え的に産生され得るか、または、例えば、Ｈｕｓｅら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５〜１２８１（１９８９））によって記載されるような種々の重鎖および種々の軽鎖からなるコンビトリナルライブラリーをスクリーニングすることによって得られ得る。例えば、キメラ抗体、ヒト化抗体、ＣＤＲ移植抗体、単鎖抗体、および二機能性抗体を作製するこれらの方法および他の方法は、当業者に周知である（ＷｉｎｔｅｒおよびＨａｒｒｉｓ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  １４：２４３〜２４６（１９９３）；Ｗａｒｄら，Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：５４４〜５４６（１９８９）；ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（前出）（１９８８）；Ｈｉｌｙａｒｄら，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ａ  ｐｒａｃｔｉｃａｌ  ａｐｐｒｏａｃｈ（ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ  １９９２）；Ｂｏｒｒａｂｅｃｋ，Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，第２版（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ  １９９５））。
【０１５８】
本発明の抗体は、免疫原としてＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチド（天然の供給源から調製され得るかまたは組換えで産生され得る）、あるいは配列番号６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を含むポリペプチドフラグメント、配列番号８の残基１〜１１６または残基２４９〜５７６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸；配列番号１０の残基１〜８３または残基４７〜６２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸；配列番号１２、１４、１６または２２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸；配列番号２４の残基１〜１３２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸；配列番号２４の残基２５１〜４０５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸；または配列番号３４のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸を含むポリペプチドフラグメントを使用して調製され得る。この抗原ペプチドが、本発明のＡＲＰポリペプチドにとって選択的な抗体を産生させるために使用され得る場合、このようなポリペプチドフラグメントは、機能的抗原フラグメントである。当該分野において周知であるように、本発明の非免疫原性のＡＲＰポリペプチドもしくは弱免疫原性のポリペプチド、またはそれらのポリペプチドフラグメントは、ハプテンをキャリア分子（例えば、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ））に結合させることによって免疫原性にされ得る。ハプテンをキャリア分子に結合するための種々の他のキャリア分子および方法は、当該分野において周知である（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（前出）、１９８８を参照のこと）。本発明の免疫原性のＡＲＰポリペプチドフラグメントはまた、例えば、グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、ポリＨｉｓなどへの融合タンパク質としてペプチド部分を発現することによって生成され得る。ペプチド融合物を発現する方法は、当業者に周知である（Ａｕｓｕｂｅｌら，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（補遺４７），Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９９））。
【０１５９】
本発明はまた、個体において、前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。この方法は、個体からのサンプルと、配列番号１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ７核酸分子を接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ７  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ７  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって実行される。１つの実施形態において、この方法は、前立腺組織サンプルを用いて実行される。別の実施形態において、この方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、この方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ７の核酸分子を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本発明は、配列番号１のヌクレオチド１〜４４５のうちの少なくとも１０個した連続したヌクレオチドを有するＡＲＰ７核酸分子を用いて実行される。
【０１６０】
個体において、個体からのサンプルと、配列番号３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１５核酸分子を接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ１５  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１５  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程により、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法もまた、本明細書中で提供される。本発明のこのような方法において有用なサンプルは、例えば、前立腺組織を含み得るか、あるいは、例えば、血液、尿または精液であり得る。本発明の方法において有用なＡＲＰ１５核酸分子は、例えば、１５〜３５ヌクレオチド長を有し得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ１５核酸分子は、配列番号３のヌクレオチド１〜８６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有する。
【０１６１】
本発明はまた、個体からのサンプルと、配列番号５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１６核酸分子を接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ１６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ１６  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本発明の方法において有用なサンプルは、例えば、前立腺組織サンプルおよび血液、尿または精液のサンプルを含む。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１６の核酸分子を用いて実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、配列番号５のヌクレオチド１〜１５３１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有するＡＲＰ１６核酸分子を用いて実行される。
【０１６２】
本発明は、さらに、個体からのサンプルと、配列番号７のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ８核酸分子を接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ８  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ８  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。１つの実施形態において、このサンプルは、前立腺組織を含む。他の実施形態において、このサンプルは、血液、尿または精液サンプルである。さらなる実施形態において、ＡＲＰ８核酸分子は、１５〜３５ヌクレオチド長を有する。なおさらなる実施形態において、ＡＲＰ８核酸分子は、配列番号７のヌクレオチド１〜３４９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含む。
【０１６３】
個体からのサンプルと、配列番号９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ９核酸分子を接触させる工程；このサンプルにおけるＡＲＰ９  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルを、ＡＲＰ９  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルと比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺の腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予想する方法を、さらに本明細書中で提供する。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本発明の方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ９核酸分子を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号９のヌクレオチド６９７〜７４５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有するＡＲＰ９核酸分子を用いて実行される。
【０１６４】
本発明はまた、個体からのサンプルと、配列番号１１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１３核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１３  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１３  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含むサンプル、または、例えば、血液サンプル、尿サンプルまたは精液サンプルを用いて実行され得る。種々のＡＲＰ１３核酸分子は、１５〜３５ヌクレオチド長であるＡＲＰ１３核酸分子を含む本発明の方法において有用である。
【０１６５】
本明細書中で、個体からのサンプルと、配列番号１３のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２０核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ２０  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２０  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、さらに提供される。本発明の方法における有用なサンプルとしては、前立腺組織、血液、尿または精液が挙げられる。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２０核酸分子を用いて実行される。
【０１６６】
本明細書中で、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、さらに提供される。本方法は、個体からのサンプルと、配列番号１５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２４核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ２４  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２４  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を包含する。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本発明の方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行される。さらに別の実施形態において、この方法は、１５〜３５ヌクレオチド長であるＡＲＰ２４核酸分子を用いて実行される。
【０１６７】
本明細書中で、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、さらに提供される。本発明の方法は、個体からのサンプルと、配列番号１７のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２６核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ２６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２６  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程を包含する。本発明の方法において有用なサンプルとしては、前立腺組織、血液、尿または精液が挙げられる。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２６核酸分子を用いて実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、配列番号１７のヌクレオチド１４０４〜１５１６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有するＡＲＰ２６核酸分子を用いて実行される。
【０１６８】
本発明は、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法（ここで、個体からのサンプルは、配列番号１９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２８の核酸分子と接触され；サンプルにおけるＡＲＰ２８  ＲＮＡの試験発現レベルが決定され；そしてこの試験発現レベルが、ＡＲＰ２８  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルと比較される工程であって、ここで、コントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示すを、さらに提供する。１つの実施形態において、ＡＲＰ２８ヌクレオチド分子と接触されるサンプルは、前立腺組織を含む。他の実施形態において、サンプルは、血液サンプル、尿サンプルまたは精液サンプルである。さらなる実施形態において、ＡＲＰ２８核酸分子は、１５〜３５ヌクレオチド長を有する。
【０１６９】
本発明はまた、本明細書中で、個体からのサンプルと、配列番号２１のヌクレオチド１〜１８２９またはヌクレオチド２３４６〜３３１８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ３０核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ３０  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ３０  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法をさらに提供する。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本発明の方法は、血液サンプル、尿サンプルまたは精液サンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ３０核酸分子を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号２１のヌクレオチド１〜１３２、ヌクレオチド８３２〜１６９６、またはヌクレオチド２３４６〜２７９６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ３０核酸分子を用いて実行される。
【０１７０】
本発明はまた、個体からのサンプルと、配列番号２３の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドを含むＡＲＰ３３核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ３３  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ３３  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本発明において有用なサンプルは、例えば、前立腺組織を含み得る。本発明において有用なサンプルはまた、血液、尿または精液のサンプルであり得る。種々のＡＲＰ３３核酸分子は、本発明の方法において有用であり、例えば、１５〜３５ヌクレオチド長であるＡＲＰ３３核酸分子を含む。
【０１７１】
本明細書中で、個体からのサンプルと、配列番号３３のヌクレオチド１〜４５８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１１核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１１  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１１  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法がまた、提供される。本発明の方法に従って、前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測するために有用なサンプルは、例えば、前立腺組織のサンプルあるいは血液、尿または精液のサンプルであり得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１１核酸分子を用いて実行される。
【０１７２】
本発明は、個体からのサンプルと、配列番号２５のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ６核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ６  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ６  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法をさらに提供する。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織サンプルを用いて実行される。別の実施形態において、本方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ６核酸分子を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本方法は、配列番号２５のヌクレオチド５０５〜５２６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ６核酸分子を用いて実行される。
【０１７３】
本発明は、個体からのサンプルと、配列番号２６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１０の核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１０  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１０  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法をさらに提供する。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織サンプルを用いて実行される。別の実施形態において、本方法は、血液サンプル、尿サンプルまたは精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１０核酸分子を用いて実行される。
【０１７４】
本明細書中で、個体からのサンプルと、配列番号２７のヌクレオチド１〜１６５９または２１７６〜２５７６のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１２核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１２  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１２  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、さらに提供される。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本方法は、血液サンプル、尿サンプルまたは精液サンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１２核酸分子を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号２７のヌクレオチド１６３５〜１６５９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１２核酸分子を用いて実行される。
【０１７５】
本発明は、個体からのサンプルと、配列番号２８のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１８核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１８  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１８  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法をさらに提供する。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含むサンプル、あるいは、例えば、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行され得る。種々のＡＲＰ１８核酸分子は、本発明の方法において有用である。１つの実施形態において、本発明は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ１８核酸分子を用いて実行される。
【０１７６】
本発明は、個体からのサンプルと、配列番号２９のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ１９核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ１９  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１９  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法をさらに提供する。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含むサンプル、あるいは、例えば、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行され得る。種々のＡＲＰ１９核酸分子（例えば、１５〜３５ヌクレオチド長であるＡＲＰ１９核酸分子）は、本発明の方法において有用である。特定の実施形態において、本発明の方法は、配列番号２９のヌクレオチド１〜３１または４７８〜６４４のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有するＡＲＰ１９核酸分子を用いて実行される。
【０１７７】
本発明はまた、個体からのサンプルと、配列番号３０のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２１核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ２１  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２１  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本発明において有用なサンプルとしては、前立腺組織を含むサンプルならびに血液サンプル、尿サンプルおよび精液サンプルが挙げられるが、これらに限定されない。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２１核酸分子を用いて実行される。
【０１７８】
個体からのサンプルと、配列番号３１のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２２核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ２２  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２２  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、本発明によってさらに提供される。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本方法は、血液サンプル、尿サンプルまたは精液サンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２２核酸分子を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号３１のヌクレオチド１〜７３または４４７〜４６４のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを有するＡＲＰ２２核酸分子を用いて実行される。
【０１７９】
本発明はまた、個体からのサンプルと、配列番号３２のうちの少なくとも１０個連続したヌクレオチドを含むＡＲＰ２９核酸分子を接触させる工程；サンプルにおけるＡＲＰ２９  ＲＮＡの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２９  ＲＮＡの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。１つの実施形態において、本方法は、前立腺組織を含むサンプルを用いて実行される。他の実施形態において、本方法は、血液、尿または精液のサンプルを用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２９核酸分子を用いて実行される。
【０１８０】
本発明の診断方法において、サンプルは、例えば、前立腺組織であり得るか、または、例えば、血液、尿または精液のような流体であり得る。非腫瘍性のコントロール発現レベルは、例えば、正常前立腺細胞株またはアンドロゲン依存性細胞株を使用して決定され得る。
【０１８１】
本明細書中で記載される場合、用語「前立腺の腫瘍状態」は、増殖性細胞の良性または悪性の前立腺病巣あるいは転移性の増殖性細胞の前立腺病巣を意味する。例えば、原発性の前立腺腫瘍は、ステージＴＸ、Ｔ０、Ｔ１、Ｔ２、Ｔ３、およびＴ４に分類される。転移性の前立腺癌は、ステージＤ１、Ｄ２、およびＤ３に分類される。この用語は、前立腺新生物をさらに含む。上記の状態それぞれは、用語「前立腺の腫瘍性状態」の範囲に含まれる。
【０１８２】
本明細書中で使用される場合、用語「サンプル」は、任意の生物学的流体、細胞、組織、器官またはそれらの部分を意味し、これらは、ＡＲＰ核酸分子を含むか、または含む可能性がある。用語サンプルは、個体に存在する物質および個体から得られるかまたは個体に由来する物質を含む。例えば、サンプルは、生検で得られた試料の組織学的切片、または組織培養物中に配置されるか、またはこれに適合される細胞であり得る。サンプルは、さらに、細胞下分画または細胞下抽出物、あるいは粗製の核酸分子または実質的に純粋な核酸分子であり得る。サンプルは、特定の形式の検出方法に適切な、当該分野において公知の方法によって調製され得る。
【０１８３】
本明細書中で使用される場合、用語「試験発現レベル」は、以下で記載されるようにＡＲＰ  ＲＮＡ発現またはＡＲＰのポリペプチド発現に関して使用され、そして特定のＡＲＰ  ＲＮＡまたはポリペプチドの合成の程度、量または速度を意味する。合成量または合成速度は、特定のＡＲＰ  ＲＮＡまたはポリペプチドの蓄積または合成を測定すること、あるいは本発明のポリペプチドに関連する活性を測定することによって測定され得る。
【０１８４】
本明細書中で使用される場合、「変化した試験発現レベル」は、コントロール発現レベルと比較して、上昇されるかまたは低下されるかのいずれかである試験発現レベルを意味する。当業者は、このような上昇または低下は、アッセイの固有可変性の範囲ではなく、そして一般的に、少なくとも２倍上昇されるかまたは低下される発現レベルであることを理解する。変化した試験発現レベルは、特定のＲＮＡまたはポリペプチドの合成の程度、量または速度において、特定のＡＲＰ  ＲＮＡまたはポリペプチドのコントロール発現レベルと比較して、例えば、２倍、５倍、１０倍、１００倍、２００倍、または１０００倍増加し得る。変化した試験発現レベルはまた、特定のＡＲＰ  ＲＮＡまたはポリペプチドの合成の程度、量または速度において、同じＡＲＰ  ＲＮＡまたはポリペプチドのコントロール発現レベルと比較して、例えば、１／２倍、１／５倍、１／１０倍、１／１００倍、１／２００倍、または１／１０００倍に減少し得る。
【０１８５】
本明細書中で使用される場合、用語「非腫瘍性のコントロール発現レベル」は、ＡＲＰのＲＮＡ発現レベルまたは以下に記載されるようなＡＲＰポリペプチド発現レベル（試験発現レベルとの比較のためのベースラインとして使用される）を意味する。例えば、適切なコントロール発現レベルは、非腫瘍性の前立腺細胞または正常な個体から得られた流体サンプルからのＡＲＰ核酸またはポリペプチドの発現レベルであり得る。別の適切な非腫瘍性のコントロールは、アンドロゲン依存性の前立腺細胞株である。細胞株内で決定されたＡＲＰ核酸の発現レベルまたはＡＲＰポリペプチドの発現レベルは、一般的に、非腫瘍性のコントロール発現レベルに相関し得るアンドロゲンが欠損した増殖条件下で決定される。アンドロゲン刺激に対するアンドロゲン欠損のアンドロゲン依存性の前立腺細胞株の、応答は、新生物細胞中のＡＲＰ核酸の発現レベルまたはポリペプチド発現レベルを示す。このコントロール発現レベルは、１つ以上の試験サンプルで同時に決定され得るか、あるいは発現レベルは、特定の型のサンプルについて確立され得、そして内部パラメーターまたは外部パラメーター（例えば、組織のタンパク質含量または核酸含量、細胞数あるいは質量）に対して標準化され得る。次いで、このような標準化されたコントロールサンプルは、試験サンプルから得られた結果と直接比較され得る。上で示されるように、例えば、特定のＡＲＰ核酸またはポリペプチドの試験発現レベルの２倍以上の増加は、試験された個体における前立腺の腫瘍性状態の存在または病理の存在を示す。
【０１８６】
検出可能な標識は、本発明の方法において有用であり得、そして検出可能な標識とは、本発明の核酸分子を分析方法によって検出可能にする分子をいう。適切な検出可能な標識は、特定のアッセイ様式に依存する（このような標識は、当業者によって周知である）。例えば、核酸分子について選択的な検出可能な標識は、その核酸分子に選択的にハイブリダイズするハイブリダイゼーションプローブのような、相補的な核酸分子であり得る。ハイブリダイゼーションプローブは、測定可能な部分（例えば、放射性同位元素、蛍光色素、化学発光マーカー、ビオチン、または分析方法によって測定可能な当該分野において公知の他の部分）で標識され得る。検出可能な標識はまた、測定可能な部分を除いた核酸分子であり得る。例えば、ＰＣＲプライマーまたはＲＴ−ＰＣＲプライマーは、核酸分子の全ての部分または所望の部分を選択的に増幅するために、に結合体化することなく、使用され得る。次いで、この増幅された核酸分子は、当該分野において公知の方法によって検出され得る。
【０１８７】
本発明はまた、特定のＡＲＰポリペプチドに選択的に結合する結合因子に依存する診断方法を提供する。特に、本発明は、個体からの試料と、ＡＲＰ７ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ７結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ７ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ７ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本発明の方法は、例えば前立腺組織を含む試料、あるいは血液、血清、尿または精液である試料を用いて、実行され得る。所望される場合、前立腺の腫瘍状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測するための本発明の方法は、ＡＲＰ７結合因子（抗体である）を用いて実行され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ７（配列番号２）に選択的に結合するＡＲＰ７結合因子を用いて実行される。
【０１８８】
本発明はまた、個体からの試料と、ＡＲＰ１５ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ１５結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ１５ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１５ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、前立腺の腫瘍状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測するための方法を提供する。このような方法において有用な試料としては、例えば、前立腺組織であり得るか、あるいは、例えば、血液、血清、尿または精液であり得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ１５ポリペプチドに選択的に結合する、このＡＲＰ１５結合因子は、抗体である。別の実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ１５（配列番号４）に選択的に結合するＡＲＰ１５結合因子を用いて、実行される。
【０１８９】
個体からの試料と、ＡＲＰ１６ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ１６結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ１６ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１６ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法がまた、本明細書中で提供される。前立腺の腫瘍性状態に対する感受性を診断するかまたは予想するために有用な試料は、例えば、前立腺組織を含み得るか、あるいは例えば、血液、血清、尿または精液の試料であり得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ１６結合因子は、抗体である。さらなる実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ１６（配列番号６）に選択的に結合するＡＲＰ１６結合因子を用いて実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、配列番号６の残基１〜４６５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合するＡＲＰ１６結合因子を用いて実行される。
【０１９０】
個体からの試料と、ＡＲＰ８ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ８結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ８ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ８ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示すことによって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、本明細書中でさらに提供される。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含む試料あるいは血液、血清、尿または精液である試料を用いて実行され得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ８結合因子は、抗体である。別の実施形態において、ＡＲＰ８結合因子は、ヒトＡＲＰ８（配列番号８）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合する。さらなる実施形態において、ＡＲＰ８結合因子は、配列番号８の残基１〜１１６のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合する。なおさらなる実施形態において、ＡＲＰ結合因子は、配列番号８の残基２４９〜５７６に選択的に結合する。
【０１９１】
本発明はまた、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供し、この方法において、個体からの試料が、ＡＲＰ９ポリペプチドと選択的に結合するＡＲＰ９結合因子と接触され；個体におけるＡＲＰ９ポリペプチドの試験発現レベルが決定され；そしてこの試験発現レベルが、ＡＲＰ９ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルと比較される（このコントロール発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す。本発明の方法は、例えば、前立腺組織を含む試料あるいは例えば、血液試料、血清試料、尿試料または精液試料を用いて実行され得る。所望される場合、本発明の方法は、ＡＲＰ９結合因子（抗体である）を用いて実行され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ９（配列番号１０）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合するＡＲＰ９結合因子を用いて実行される。
【０１９２】
本発明はまた、個体からの試料と、ＡＲＰ１３ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ１３結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ１３ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１３ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。種々の試料（前立腺組織、血液、血清、尿および精液が挙げられるが、これらに限定されない）が、前立腺の腫瘍性状態に対する感受性を診断するかまたは予想するための本発明の方法において、有用である。本発明の方法において有用なＡＲＰ１３結合因子は、例えば、抗体であり得る。本発明において有用なＡＲＰ１３結合因子はまた、ヒトＡＲＰ１３（配列番号１２）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合するＡＲＰ１３結合因子であり得る。
【０１９３】
個体からの試料と、ＡＲＰ２０ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ２０結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ２０ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２０ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体において前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法が、本明細書中でさらに提供される。１つの実施形態において、本発明の方法は、前立腺組織の試料を用いて実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、血液試料、血清試料、尿試料または精液試料を用いて実行される。さらなる実施形態において、本発明の方法は、ＡＲＰ２０結合因子（抗体である）を用いて実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ２０（配列番号１４）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合するＡＲＰ２０結合因子を用いて実行される。
【０１９４】
本発明はまた、個体からの試料と、ＡＲＰ２４ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ２４結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ２４ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２４ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本発明の方法において有用なサンプルとしては、前立腺組織、血液、尿および精液が挙げられる。１つの実施形態において、本発明の方法は、１５〜３５ヌクレオチド長を有するＡＲＰ２４核酸分子を用いて実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ２４（配列番号１６）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合するＡＲＰ２４結合因子を用いて実行される。
【０１９５】
本発明はまた、個体からの試料と、ＡＲＰ２６ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ２６結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ２６ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２６ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本発明において有用な試料は、例えば、前立腺組織を含み得るか、あるいは例えば、血液試料、血清試料、尿試料または精液試料であり得る。１つの実施形態において、ＡＲＰ２６結合因子は、抗体である。別の実施形態において、ＡＲＰ２６結合因子は、ヒトＡＲＰ２６（配列番号１８）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合する。
【０１９６】
本発明は、個体からの試料と、ＡＲＰ２８ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ２８結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ２８ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ２８ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、本明細書中でさらに提供する。本発明において有用な試料は、例えば、前立腺組織を含み得るか、あるいは例えば、血液試料、血清試料、尿試料または精液試料であり得る。本発明の方法において有用なＡＲＰ２８結合因子としては、抗体が挙げられるが、これに限定されない。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ２８（配列番号２０）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合するＡＲＰ２８結合因子を用いて実行される。
【０１９７】
本発明はまた、個体からの試料と、ＡＲＰ３０ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ３０結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ３０ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ３０ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、本明細書中で提供する。本発明において有用な試料は、例えば、前立腺組織を含み得るか、あるいは例えば、血液試料、血清試料、尿試料または精液試料であり得る。本発明の方法において有用なＡＲＰ３０結合因子としては、抗体が挙げられるが、これに限定されない。本発明において有用なさらなるＡＲＰ３０結合因子としては、ヒトＡＲＰ３０（配列番号２２）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合する結合因子が挙げられる。
【０１９８】
本発明はまた、個体からの試料と、ＡＲＰ３３ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ３３結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ３３ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ３３ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示す工程によって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を、本明細書中で提供する。本発明において有用な試料は、例えば、前立腺組織を含み得るか、あるいは、例えば、血液試料、血清試料、尿試料または精液試料であり得る。本発明の方法において有用なＡＲＰ３３結合因子としては、抗体が挙げられるが、これに限定されない。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ３３（配列番号２４）に選択的に結合するＡＲＰ３３結合因子で実行される。別の実施形態において、本発明の方法は、配列番号２４の残基１〜１３２のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸で実行される。なおさらなる実施形態において、本発明の方法は、配列番号２４の残基２５１〜４０５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合するＡＲＰ３３結合因子を用いて実行される。
【０１９９】
本発明はまた、個体からの試料と、ＡＲＰ１１ポリペプチドに選択的に結合するＡＲＰ１１結合因子を接触させる工程；試料におけるＡＲＰ１１ポリペプチドの試験発現レベルを決定する工程；およびこの試験発現レベルとＡＲＰ１１ポリペプチドの非腫瘍性のコントロール発現レベルを比較する工程であって、ここで、コントロールの発現レベルと比較して変化した試験発現レベルが、個体における前立腺腫瘍性状態の存在を示すことによって、個体における前立腺の腫瘍性状態を診断するか、または前立腺の腫瘍性状態に対するかかりやすさを予測する方法を提供する。本方法は、例えば、前立腺組織試料あるいは血液、血清、尿または精液の試料を用いて実行され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヒトＡＲＰ１１（配列番号３４）のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に選択的に結合する抗体であるＡＲＰ１１結合因子を用いて実行される。
【０２００】
本発明の方法において、試料は、例えば、前立腺細胞または前立腺組織を含み得、そして１つの実施形態において、試料は、血液、血清、尿または精液のような流体である。コントロール発現レベルは、例えば、正常前立腺細胞株またはアンドロゲン依存性細胞株を使用して決定され得る。さらに、本発明のポリペプチドに対して選択的な結合因子は、例えば、抗体であり得、そして所望される場合、結合因子は、検出可能な標識をさらに含み得る。
【０２０１】
本明細書中で使用される場合、用語「試料」は、流体、細胞、組織、器官またはそれらの部分を含むあらゆる生物学的物質を意味し、これは、本発明のＡＲＰポリペプチドを含むか、またはおそらく含む。用語試料は、個体中に存在する物質および個体から得られるかまたは個体に由来する物質を含む。例えば、試料は、生検によって得られる組織学的標本であり得るか、あるいは組織培養中に配置されているか、またはこれに適合されている細胞であり得る。試料は、細胞成分または細胞成分抽出物、あるいは粗製のタンパク質調製物または実質的に純粋なタンパク質調製物であり得る。試料は、特定の形式の検出方法に適切な、当該分野において公知の方法によって調製され得る。
【０２０２】
本発明の方法において、試料は、例えば、組織生検のような前立腺細胞または前立腺組織であり得る。試料はまた、流体サンプル（例えば、血液、血清、尿または精液）であり得る。正常な試料は、例えば、正常な前立腺細胞株またはアンドロゲン依存性細胞株であり得る。
【０２０３】
本発明のこれらの診断方法は、結合因子に依存する。上述されるように、ＡＲＰポリペプチドに関連して使用される場合、用語「結合因子」は、特定のＡＲＰポリペプチドまたはそれらのフラグメントに選択的に結合する化合物（単純な有機分子または複雑な有機分子、金属含有化合物、糖質、ペプチド、タンパク質、ペプチド模倣体、糖タンパク質、リポタンパク質、脂質、核酸分子、抗体などを含む）を意味することが意図される。所望される場合、結合因子は、検出可能な部分で標識され得るか、または検出可能な第２の結合因子への特異的結合によって、検出可能にされ得る。例示的な結合因子は、本明細書中の上記で考察される。
【０２０４】
前立腺の腫瘍性状態は、増殖性細胞の良性または悪性の前立腺病巣である。前立腺の腫瘍性状態としては、例えば、前立腺上皮内腫瘍（ＰＩＮ）および前立腺癌が挙げられる。前立腺癌は、隣接の組織を浸潤して破壊しそして転移し得る、前立腺細胞の制御不能の増殖である。原発性前立腺腫瘍は、ステージＴＸ，Ｔ０、Ｔ１、Ｔ２，Ｔ３、およびＴ４に分類され得、そして転移性の腫瘍は、ステージＤ１、Ｄ２およびＤ３に分類され得る。同様に、前癌性病変またはＰＩＮの進行期については、当業者に公知の分類が存在する。本明細書中の方法は、前立腺の腫瘍性状態のいかなるステージまたはあらゆるステージの診断または処置にも適用可能である。
【０２０５】
本発明の方法はまた、腫瘍性状態以外の前立腺の病理に適用可能である。そのような他の病理としては、例えば、良性前立腺過形成（ＢＰＨ）および前立腺炎が挙げられる。ＢＰＨは、成人男性において最も一般的な疾患の１つである。ＢＰＨの組織学的証拠は、５０代の男性の４０％より多くにおいて、および８０代の男性の約９０％において見出されている。この疾患は、尿道前立腺部の近位の部分の周囲にある小さな領域中に発生する非悪性の小結節の蓄積（前立腺体積における増大につながる）から生じる。処置されずに放置される場合、ＢＰＨは、急性尿閉および慢性尿閉、閉塞性尿路疾患に続く腎不全、重篤な尿路感染症ならびに不可逆的な膀胱の代償不全を生じ得る。前立腺炎は、前立腺の感染症である。当業者に公知の他の前立腺の病理もまた存在し、そして本発明の方法を使用する診断または処置が同様に適用可能である。種々の前立腺の腫瘍性状態および前立腺病理は、例えば、Ｃａｍｐｂｅｌｌ’ｓ  Ｕｒｏｌｏｇｙ、第７版、Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（１９９８）において、記載が見出される。従って、本発明の方法は、前立腺の腫瘍性状態および前立腺の病理の両方に適用可能である。
【０２０６】
従って、本発明は、前立腺の腫瘍性状態（前立腺癌および前立腺上皮内腫瘍を含む）および他の前立腺病理（例えば、ＢＰＨおよび前立腺炎）の診断ならびに予後判定の両方のための方法を提供する。
【０２０７】
本発明は、前立腺の新生物細胞におけるＡＲＰポリペプチドもしくはＡＲＰ核酸の試験発現レベルと、腫瘍性状態もしくは病理の程度または範囲との間の正の相関の発見に基づいた、前立腺の腫瘍性状態を診断するかあるいは予想する方法を提供する。本発明の診断方法は、上述されるような多数の前立腺の腫瘍性状態および病理に対して適用可能である。これらの腫瘍性状態および病理学的状態への進行の１つの結果は、前立腺組織中のＡＲＰポリペプチドまたはＡＲＰ核酸の変化した発現であり得る。前立腺の腫瘍性状態に苦しむ個体におけるＡＲＰポリペプチド発現またはＡＲＰ核酸発現における変化は、例えば、ＡＲＰポリペプチドまたはＡＲＰ核酸の量と、正常な前立腺組織サンプルあるいは正常な血液サンプルまたは血清サンプルにおいて見出されるＡＲＰポリペプチドまたはＡＲＰ核酸の量を比較することによって測定され得る。例えば、正常な前立腺細胞またはアンドロゲン依存性細胞株から得られた非腫瘍性のコントロール発現細胞に対する、前立腺細胞サンプルにおける試験発現レベルの２倍以上の増加または１／２以下への減少は、前立腺の腫瘍性状態または病理を示す。同様に、非腫瘍性のコントロール血液サンプルもしくは流体サンプルと比較して、増大または減少した個体の血液もしくは他の循環性流体への分泌につながるＡＲＰポリペプチド発現またはＡＲＰ核酸発現における変化はまた、前立腺の腫瘍性状態または病理を示し得る。例えば、ＡＲＰポリペプチド発現またはＡＲＰ核酸発現における変化は、非腫瘍性のコントロール血液サンプルまたは流体サンプルと比較して２倍、５倍、１０倍、１００倍、２００倍または１０００倍増加した、個体の血液または他の循環性流体への分泌を導き得る。別の例として、ＡＲＰポリペプチド発現またはＡＲＰ核酸発現における変化は、非腫瘍性のコントロール血液サンプルまたは流体サンプルと比較して、個体の血液または他の循環性流体への１／２倍、１／５倍、１／１０倍、１／１００倍、１／２００倍または１／１０００倍に減少した分泌を導き得る。
【０２０８】
診断指標として、ＡＲＰポリペプチドまたは核酸分子は、上述されるような前立腺の腫瘍性状態または病理を明確に同定するために定性的に使用され得る。あるいは、ＡＲＰポリペプチドまたは核酸分子はまた、前立腺の腫瘍性状態または病理の程度または感受性を決定するために定量的に使用され得る。例えば、ＡＲＰポリペプチドまたは核酸の発現レベルにおける連続的な増加または減少は、前立腺の腫瘍性状態または病理の程度あるいは重篤度の予測的な指標として使用され得る。例えば、増加した発現は、蓄積レベルの上昇を導き得、そして前立腺の腫瘍性状態の増加した重篤度と正に相関され得る。ＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現のより高いレベルは、前立腺の腫瘍性状態または病理の後期ステージと相関され得る。例えば、正常なサンプルと比較して、発現レベルにおける２倍以上の増加は、少なくとも前立腺の新形成を示し得る。ＡＲＰポリペプチドまたは核酸分子はまた、病理と腫瘍性状態との間を区別するために、そして異なる型の腫瘍性状態間を区別するために、定量的に使用され得る。
【０２０９】
相関性のある変化は、腫瘍性状態の前立腺を有するかまたは有することが推測される個体からのＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現と、前立腺の腫瘍性状態を示すことが決定されている公知の試料またはサンプルからのＡＲＰポリペプチドの発現レベルまたは核酸の発現レベルとの比較によって決定され得る。あるいは、相関性のある変化はまた、ＡＲＰポリペプチドの発現または核酸発現の試験発現レベルと、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、腺性カリクレイン２（ｈＫ２）および前立腺／ＰＲＳＳ１８のような前立腺癌の他の公知のマーカーの発現レベルとの比較によって決定され得る。これらの他の公知のマーカーは、例えば、ステージ特異的発現と、変化したＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現との相関、およびこの腫瘍性状態または病理学的状態の重篤度との相関についての内部標準または外部標準として、使用され得る。逆に、前立腺の腫瘍性状態または病理の重篤度における後退は、ＡＲＰポリペプチド発現レベルまたは核酸発現レベルに対応する逆転へ続き得、そして本明細書中で記載される方法を使用して、同様に評価され得る。
【０２１０】
教示および指針が本明細書中で提供される場合、当業者は、ＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現の決定に基づく、前立腺の腫瘍性状態もしくは病理の段階または重篤度および前立腺の腫瘍状態または病理との相関を認知するか、あるいは決定し得る。相関は、本明細書中で記載されるような公知の手順およびマーカーの比較を使用して決定され得る。正常な組織  対  病理的組織におけるこのような他のマーカーについて認識される有用性の概説については、例えば、Ｃａｍｐｂｅｌｌ’ｓ  Ｕｒｏｌｏｇｙ（第７版）、Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（１９９８）を参照のこと。
【０２１１】
前立腺の病理の診断指標としての前立腺細胞中のＡＲＰポリペプチド発現レベルまたは核酸発現レベル、循環系および尿の使用は、生理学的な症状または病理学的な症状が現れない場合、予測的な指標として初期診断を可能にする。本方法は、５０歳以上のあらゆる雄性、アフリカ−アメリカ雄性および家族が前立腺の腫瘍性状態または病理の病歴を持っている雄性に特に適用可能である。本発明の診断方法はまた、明白な臨床症状の開始前に確かな前立腺指標によって前立腺が腫瘍性状態または病理の危険にあることが予測される個体に、特に適用可能である。必要な全てのことは、正常な個体において観察されるレベルのようなコントロール発現レベルと比較して、前立腺病理を有することが推測される個体において変化したＡＲＰポリペプチドレベルまたは核酸レベルが存在するか否かを決定するために、ＡＲＰポリペプチドもしくは核酸の前立腺組織発現レベルまたは循環性の流体での発現レベルもしくは体液での発現レベルを決定することである。当業者は、医学の分野において慣用的な実験および実施を、本発明の方法による診断についての適用可能な候補である個体に使用することによって認知する。
【０２１２】
例えば、前立腺の腫瘍性状態または病理を有することが予測される個体は、例えば、明白な結節（このケースの５０％より大きい）、排尿障害、膀胱炎および前立腺炎、頻度、尿貯留、または減少した尿の流れを含む前立腺癌の示される兆候によって同定され得る。進行型の疾患の兆候としては、疼痛、尿毒症、体重減少および全身性出血が挙げられる。本発明の予後の方法は、例えば、当該分野において公知であり、ＡＲＰポリペプチドまたは核酸を標的化する画像化処理方法を使用して改善をモニターするか、または残された腫瘍性前立腺細胞を同定するために、例えば、前立腺の腫瘍性状態の診断後に個体に対して適用可能である。従って、本発明はまた、本発明のＡＲＰ核酸分子またはポリペプチドのうちの１つの変化した試験発現レベルを決定することにより、前立腺の腫瘍性状態または病理の開始を予測的な方法を提供する。
【０２１３】
本発明の診断方法は、前立腺の腫瘍性状態または前立腺の病理を有するか、有することが予測される個体から単離されるか、あるいはこの個体から得られた種々の異なる型のサンプルまたは試料を用いた使用に適用可能である。例えば、本発明の１つ以上の診断様式での使用に適用可能なサンプルとしては、組織サンプルおよび細胞サンプルが挙げられる。組織サンプルまたは細胞サンプルあるいは試料は、例えば、生検または外科手術によって得られ得る。以下で記載され、そして本方法の様式に依存するように、組織は、そのまま使用され得るか、あるいはサンプルまたは試料を、より小さい断片、細胞凝集体または個々の細胞に分離するために当該分野において公知の種々の方法に供され得る。従って、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような増幅方法と併用した場合、単一の前立腺細胞が、ハイブリダイゼーション検出方法を使用する本発明の診断アッセイにおける使用に十分なサンプルであり得る。同様に、ＡＲＰポリペプチドレベルまたは活性レベルを測定する場合、酵素的な結合または測光の増強を有するシグナルの増幅は、数個の細胞のみまたは少数の細胞を使用して利用され得る。
【０２１４】
前立腺の生検または外科手術から得られる組織全体は、前立腺細胞サンプルまたは試料の１つの例である。全組織前立腺細胞サンプルまたは試料は、以下に記載される様式のうちのいずれかを使用してアッセイされ得る。例えば、前立腺組織サンプルはマウントされ得、そしてＡＲＰ核酸プローブでインサイチュでハイブリダイズされ得る。タンパク質検出方法およびインサイチュでの活性アッセイを使用する同様の組織学的な様式はまた、全組織前立腺細胞試料におけるＡＲＰポリペプチドを検出するために使用され得る。タンパク質検出方法としては、例えば、ＡＲＰ特異的抗体での染色および活性アッセイが挙げられる。このような組織学的方法および当業者に周知の他の方法は、前立腺細胞の試料の供給源として全組織を使用する、本発明の診断方法における使用に適用可能である。サンプルおよび試料を調製し、そしてマウントする方法は、当該分野において同様に周知である。
【０２１５】
前立腺の腫瘍性状態または病理を有するか、あるいは有すると予測される個体からの個々の前立腺細胞および細胞凝集体はまた、本発明の方法における変化した試験発現レベルについて分析され得る前立腺細胞サンプルである。この細胞は、培養液中で増殖され得、そして上述されるような手順を使用してインサイチュで分析され得る。ＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現と関連する細胞表面マーカーを発現する全細胞サンプルは、表面マーカーに対して選択的な標識化結合因子とともに蛍光活性化細胞分類または磁気活性化細胞分類（ＦＡＣＳまたはＭＡＣＳ）を使用して、あるいは上皮細胞集団または前立腺細胞集団に対して選択的な結合因子を使用して、急速に試験され得、次いで、例えば、この集団内の特定のＡＲＰポリペプチドまたは核酸の試験発現レベルを決定する。この試験発現レベルは、例えば、本発明のポリペプチドに対して選択的な結合因子を使用して、または本発明の特定の核酸分子へのハイブリダイゼーションによって決定され得る。全細胞サンプル中のＡＲＰポリペプチドまたは核酸の発現レベルを測定する他の方法は、当該分野において公知であり、そして以下に記載される診断様式のうちのいずれかで、同様に適用可能である。
【０２１６】
個体から得られる組織または全細胞前立腺細胞サンプルまたは試料はまた、増加したＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現について、細胞を溶解し、そしてこの溶解物、それの分画部分もしくはそれの精製された成分中のＡＲＰポリペプチドまたは核酸の試験発現レベルを、本明細書中で記載される診断様式のうちのいずれかを使用して測定することによって分析され得る。例えば、ハイブリダイゼーション様式が使用される場合、ＡＲＰのＲＮＡは、ＰＣＲまたは当該分野において周知の他の増幅手順（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、ＡＲＰ核酸分子の発現レベルを直接測定するための５’ＲＡＣＥまたは３’ＲＡＣＥ）を使用して、この溶解物から直接増幅され得る。ＲＮＡはまた、単離され得、そして直接的に（例えば、溶液ハイブリダイゼーションによって）または間接的に（固定化されたＲＮＡへのハイブリダイゼーションによって）プローブされ得る。同様に、ポリペプチド検出様式を使用してＡＲＰの試験発現レベルを決定する場合、溶解物は、直接アッセイされ得るか、またはそれらは、ＡＲＰポリペプチドおよびその対応する活性を富化するために、さらに分画され得る。全前立腺細胞サンプルを用いた使用に適用可能な多数の他の方法は当業者に周知であり、従って、本発明の方法において使用され得る。
【０２１７】
前立腺組織サンプルもしくは試料または前立腺細胞サンプルもしくは試料は、個体から直接得られ得るか、あるいは、試験のために他の供給源から得られ得る。同様に、細胞サンプルが新鮮に単離される場合に、この細胞サンプルは試験され得るか、あるいは正確さまたは感受性を実質的に消失することなく、短期間または長期間の凍結保存の後に試験され得る。このサンプルが中間の期間に続いて試験されるべきである場合、例えば、サンプルは得られ得、次いで凍結保存され得るか、または短期間の間４℃で保存され得る。本発明の診断方法の利点は、本発明がサンプルの組織学的分析を必要としないことである。そういうものとして、このサンプルは、初めに脱凝集され得、溶解され得、分画され得るかまたは精製され得、そしてこの活性成分は、後の診断のために保存され得る。
【０２１８】
本発明の診断方法は、前立腺細胞サンプル以外の種々の異なった型のサンプルおよび試料を用いた使用に適用可能である。例えば、細胞外間隙（循環性流体および他の体液を含む）へ放出されるＡＲＰポリペプチドまたはそれのフラグメントは、本発明の方法において検出され得る。このような場合、本発明の診断方法は、前立腺の腫瘍性状態または前立腺の病理を有するか、有することが推測される個体から収集された流体サンプルを用いて実施される。
【０２１９】
流体サンプルおよび流体試料（ＡＲＰポリペプチド発現レベルまたは核酸発現レベルについて測定され得る）としては、例えば、血液、血清、リンパ、尿および精液が挙げられる。他の体液が当業者に公知であり、そして他の体液が、本発明の診断方法におけるサンプルまたは試料としての使用に同様に適用可能である。流体サンプルまたは流体試料を分析することの１つの利点は、これらの流体サンプルまたは流体試料が、生検または外科手術により必要とされる優勢性手順をふむことなく、十分な量が容易に入手可能であることである。血液、血清および尿などの流体サンプルまたは流体試料の分析は、概して、ＡＲＰポリペプチドレベルまたは活性を測定する、本明細書中で記載される診断様式である。ＡＲＰ関連ポリペプチドが可溶形態で循環している場合、本方法は、細胞溶解物、それの分画部分または精製された成分から発現レベルを測定する方法と類似である。
【０２２０】
前立腺の腫瘍性状態および前立腺の病理は、個体から得られた前立腺細胞サンプル、循環性の流体または他の体液中のＡＲＰポリペプチドまたは核酸の試験発現レベルを測定することによって診断され得るか、予測され得るか、あるいは予後し得る。本明細書中で記載されるように、試験発現レベルまたはコントロール発現レベルは、当該分野において公知の種々の方法によって測定され得る。例えば、特定のＡＲＰの試験発現レベルは、個体からのサンプルまたは試料中のＡＲＰのＲＮＡまたはポリペプチドの量を測定することにより決定され得る。あるいは、ＡＲＰの試験発現レベルは、試料中のＡＲＰ活性量（特定のＡＲＰポリペプチドの発現レベルを示す活性量）を測定することによって決定され得る。
【０２２１】
当業者は、本明細書中で提供される教示および指針を与える適切なアッセイ系を容易に決定し得、そしてＡＲＰのＲＮＡ、ポリペプチドまたは活性の測定に基づく方法を選択し得る。サンプルの型または試料の型、有用性および量のような考慮すべき事柄はまた、特定の診断様式の選択に影響する。例えば、このサンプルまたは試料が前立腺細胞サンプルであり、そして少量のみが利用可能である場合、例えば、ＰＣＲ増幅によってＡＲＰのＲＮＡの量を測定するか、あるいは例えばＦＡＣＳ分析によってＡＲＰ関連の細胞表面ポリペプチドを測定する診断様式が、試験発現レベルを決定するための適切な選択であり得る。あるいは、この試料が血液サンプルであり、そして使用者が多数の異なるサンプルを同時に分析する（例えば、臨床的な設定において）場合、酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）のような複数サンプル様式（ＡＲＰポリペプチドの量を測定する）は、特定のＡＲＰの試験発現レベルを決定するために適切な選択であり得る。さらに、腫瘍性の前立腺細胞または病理的な前立腺細胞から体液中へ放出されるＡＲＰ核酸分子もまた、例えば、ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲによって分析され得る。当業者は、いずれの様式が、特定の適用に関して受け入れ可能であるか、そして当該分野の範囲で公知であるいずれの方法または改変が、特定の型の様式に適合可能であるかを認知し得るか、または決定し得る。
【０２２２】
ハイブリダイゼーション方法は、ＡＲＰ発現レベルの指標としてのＡＲＰのＲＮＡの量の測定に適用可能である。相補的な核酸分子との特異的または選択的なハイブリダイゼーションによって核酸分子を検出するための、当該分野において周知の多数の方法がある。このような方法としては、溶液ハイブリダイゼーション手順および固相ハイブリダイゼーション手順（プローブまたはサンプルが固形支持体に固定化される）の両方が挙げられる。このような方法に関する記載は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）およびＡｕｓｕｂｅｌら（前出）において見出され得る。このような方法の特定の例としては、例えば、ＰＣＲおよびＲＴ−ＰＣＲ、５’ＲＡＣＥまたは３’ＲＡＣＥのような他の増幅方法、ＲＮａｓｅ保護、ＲＮＡブロット、ドットブロットまたは他のメンブレンベースの技術、ディップスティック、ピン、ＥＬＩＳＡまたは固形支持体のようなチップ上に固定化される二次元アレイが挙げられる。これらの方法は、定性的な測定または定量的な測定のいずれかを使用して実行され得、これらの全ては、当業者に周知である。
【０２２３】
ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲは、単離されたＲＮＡまたは粗製の細胞溶解調製物とともに使用され得る。以前に記載されたように、開始物質の量が限定されている場合、ＰＣＲは有利である。ＰＣＲ方法のさらなる記載は、例えば、Ｄｉｅｆｆｅｎｂａｃｈ，Ｃ．Ｗ．およびＤｖｅｋｓｌｅｒ，Ｇ．Ｓ．、ＰＣＲ  Ｐｒｉｍｅｒ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ、Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９５）において見出され得る。ＥＬＩＳＡまたは二次元アレイのような複数サンプル様式は、一回のアッセイで多数の異なるサンプルを分析する利点を提供する。固相のディップスティックベースの方法は、患者の流体サンプルを迅速に分析し得、そしてすぐに結果を得ることが出来る利点を提供する。
【０２２４】
特定のＡＲＰのＲＮＡの試験発現レベルを測定するために有用な核酸分子は、本明細書中の上記で開示される。簡単には、ハイブリダイゼーションによる検出のために、検出可能な標識を有するＡＲＰ核酸分子が、前立腺の腫瘍性状態または病理を有するか、あるいは有することが疑われる個体から得られる前立腺細胞サンプルまたは流体サンプルに、この分子をＡＲＰのＲＮＡにアニーリングさせる条件下で添加される。サンプル中のＡＲＰのＲＮＡを検出するための方法としては、例えば、ＲＴ−ＰＣＲの使用が挙げられ得る。溶液ハイブリダイゼーション手順および固相ハイブリダイゼーション手順の両方のための条件が、当該分野において周知である。さらに、所望される場合、ハイブリダイゼーション条件の最適化は、サンプルのアリコートを種々の温度、持続時間および種々の緩衝液条件でハイブリダイズさせることによって実行され得る。このような手順は、慣用的であり、そして当業者に周知である。アニーリング後、このサンプルは洗浄され、そしてシグナルは測定され、適切なコントロールまたは基準値と比較される。ハイブリダイゼーションシグナルの大きさは、ＡＲＰのＲＮＡの発現レベルに直接比例する。
【０２２５】
本明細書中で記載される診断手順は、サンプルを同時にまたは別個に確証するために、前立腺特異的抗原のような他の前立腺マーカー（ヒト腺性カリクレイン２（ｈｋ２）および前立腺／ＰＲＳＳ１８）と関連してさらに使用され得る。さらに、ＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現は、前立腺の正常基底細胞、分泌細胞および腫瘍性細胞をさらに区別するために、例えば、他のマーカーと組み合わせて使用され得る。さらに、ＡＲＰポリペプチド発現または核酸発現は、良性前立腺過形成（ＢＰＨ）のような病理学的状態と新形成との間を区別するために、平滑筋細胞マーカーと関連して使用され得る。当業者は、いずれのマーカーが、より特異的な診断情報（例えば、上述される診断情報）を描写するために、ＡＲＰポリペプチドまたは核酸と関連する使用に適用可能であるかを認知する。
【０２２６】
本発明はまた、列挙されたポリペプチドの少なくとも８つの連続したアミノ酸に選択的に結合する結合因子を使用して、ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１ポリペプチドの変化した試験発現レベルが存在するか否かを決定することに基づく診断方法を提供する。本質的に、親和性結合アッセイの全様式は、本発明の方法におけるＡＲＰポリペプチドの試験発現レベルを決定する際の使用に適用可能である。このような方法は、迅速で、効率的でそして感受性である。さらに親和性結合方法は単純であり、そして種々の特定の必要に合わせるために、種々の臨床設定および条件下で実行されるように改変され得る。公知であり、そして本発明の方法において使用され得る親和性結合アッセイとしては、可溶相様式および固相様式の両方が挙げられる。可溶相の親和性結合アッセイの特定の例は、ＡＲＰ選択的抗体または他の結合因子を使用する免疫沈降である。固相様式は、この様式が迅速であり、そして感受性または正確さを消失することなく、複数の異なるサンプルに関して容易かつ同時に実行され得るという点が利点である。さらに、固相親和性結合アッセイは、ハイスループットスクリーニングおよび自動化ならびに超ハイスループットスクリーニングおよび自動化にさらに受け入れられる。
【０２２７】
固相親和性結合アッセイの特定の例としては、ＥＬＩＳＡおよびラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）のような免疫親和性結合アッセイが挙げられる。他の固相親和性結合アッセイは当業者に公知であり、そして本発明の方法に適用可能である。親和性結合アッセイは、一般的に目的の分析物またはリガンドに選択的な抗体結合分子とともに使用するために様式化されるが、本質的に任意の結合因子は、この選択的な結合抗体と代替的に置換され得る。このような結合因子としては、例えば、ポリペプチド、ペプチド、核酸分子、脂質および糖のような高分子ならびに低分子化合物が挙げられる。特定の分析物またはリガンドに選択的に結合するこのような分子を同定するための方法が、当該分野において公知であり、そしてこの方法としては、例えば、表面表示ライブラリーおよびコンビナトリアルライブラリーが挙げられる。従って、親和性結合アッセイにおいて使用される抗体以外の分子について、必要である全ては、この結合因子が、本発明のポリペプチドに対する選択的な結合活性を示すことである。
【０２２８】
本発明の診断方法において使用され得る親和性結合様式の種々の形態は、同様に公知である。説明の目的のために、このような親和性結合アッセイの特定の実施形態は、免疫親和性アッセイに関連してさらに記載される。免疫親和性結合アッセイのような親和性結合アッセイの種々の形態としては、例えば、固相ＥＬＩＳＡおよび固相ＲＩＡならびにそれらの改変が挙げられる。このような改変としては、例えば、捕捉アッセイおよびサンドイッチアッセイならびに競合アッセイ様式との組み合わせにおけるいずれかの形態の使用が挙げられる。いずれの形態または様式の免疫親和性結合アッセイを選択して、使用するかは、使用者の目的に依存する。このような方法は、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９９）のような通常の実験室手引きに記載されることが見出され得る。
【０２２９】
以前に記載されるハイブリダイゼーション方法と同様に、親和性結合を使用する診断様式は、分析されるサンプル中の本発明のペプチドの量を定量するために、当該分野において公知の種々の検出標識および系に関連して使用され得る。検出系としては、直接的な方法および間接的な手段の両方による、本発明に関する結合ポリペプチドの検出が挙げられる。直接的な検出方法としては、ＡＲＰに選択的な抗体または結合因子の標識が挙げられる。間接的な検出系としては、例えば、標識された二次抗体および結合因子の使用が挙げられる。
【０２３０】
二次抗体、標識および検出系は、当該分野において周知であり、そして市販または当該分野において周知の技術によって得られ得る。ＡＲＰに選択的な結合因子とともに使用される検出可能な標識および系は、この結合因子と対応するＡＲＰポリペプチドの結合を損なうべきではない。さらに、複数の抗体系および標識系は、所望される場合、結合アッセイの感受性を増強するような結合したＡＲＰに選択的な抗体を検出するために使用され得る。
【０２３１】
以前に記載されたハイブリダイゼーション様式と同様に、検出可能な標識は、本質的に、分析方法により定量され得、そして測定され得るあらゆる標識であり得る。このような標識としては、例えば、酵素、ラジオアイソトープ、蛍光色素ならびに化学発光体化合物および生体発光化合物が挙げられる。酵素標識の特定の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ），アルカリホスファターゼ（ＡＰ），βガラクトシダーゼ、ウレアーゼおよびルシフェラーゼが挙げられる。
【０２３２】
西洋ワサビペルオキシダーゼ検出系は、例えば、色素生産性基質テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）とともに使用され得、この色素生産性基質テトラメチルベンジジンは、過酸化水素の存在下で可溶性の産物（４５０ｎｍで吸光度を測定することにより検出可能である）を産生する。アルカリホスファターゼ検出系は、色素生産性基質ｐ−ニトロフェニルホスフェート（例えば、４０５ｎｍでの吸光度を測定することにより容易に検出可能である可溶性産物を産生する）とともに使用され得る。同様に、βガラクトシダーゼ検出系は、色素生産性基質ｏ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトピラノシド（ＯＮＰＧ）とともに使用され得、この色素生産性基質は、４１０ｎｍでの吸光度を測定することにより検出可能な可溶性産物を産生するか、またはウレアーゼ検出系は、ウレア−ブロモクレゾール・パープル（Ｓｉｇｍａ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）のような基質とともに使用され得る。
【０２３３】
蛍光色素検出標識は、光エネルギー供給源または別のエネルギー供給源による励起後、光波長、紫外線波長または可視波長の放射を介して検出可能にされる。ＤＡＰＩ、フルオレセイン、Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３２５８、Ｒ−フィコシアニン、Ｂ−フィコエリトリン、Ｒ−フィコエリトリン、ローダミン、Ｔｅｘａｓ  ｒｅｄおよびリサミンは、本発明の親和性結合様式において利用され得る蛍光色素検出標識の特定の例である。特に有用な蛍光色素は、フルオレセインまたはローダミンである。
【０２３４】
化学発光体検出標識および生体発光体検出標識は、ＡＲＰポリペプチドの感受性で非放射性の検出のために便利であり、そしてＡｍｅｒｓｈａｍ  Ｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｉｎｃ．（Ａｒｌｉｎｇｔｏｎ  Ｈｅｉｇｈｔｓ、ＩＬ）のような種々の供給源から市販で得られ得る。
【０２３５】
あるいは、ラジオアイソトープは、本発明の方法において検出可能な標識として使用され得る。ヨード−１２５は、検出可能な標識として有用なラジオアイソトープの特定の例である。
【０２３６】
検出可能な標識からのシグナルは、例えば、色素生産性基質から色素を検出するために分光光度計；特定の波長の光の存在下で色素を検出するために蛍光光度計；放射能を測定するために放射能計測器（例えば、ヨード−１２５の検出のためのγ線計測器）を使用して、分析され得る。酵素に結合した二次抗体を検出するために、例えば、結合因子の量の定量分析が、製造者の指示書に従ってＥＭＡＸ  Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ  Ｒｅａｄｅｒ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ、Ｍｅｎｌｏ、Ｐａｒｋ、ＣＡ）のような分光光度計を使用して行われ得る。所望される場合、本発明のアッセイは、自動化され得るかまたはロボットで実行され得、そして複数のサンプルからのシグナルは、同時に検出され得る。
【０２３７】
本発明の診断様式は、米国特許第４，３７６，１１０号および同第４，７７８，７５１号において記載されるように、前進性であり得るか、後進的であり得るかまたは併発性であり得る。本明細書中で記載される種々のアッセイ様式とは別個の工程（未結合の二次抗体の除去を包含する）は、当該分野において公知の方法によって実行され得る（ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（前出））。例えば、適切な緩衝液での洗浄の後に、濾過、吸引、減圧または磁気分離および遠心分離が続けられ得る。
【０２３８】
ＡＲＰポリペプチドに選択的な結合因子はまた、ＡＲＰを発現する前立腺細胞で標的化される画像処理方法において使用され得る。これらの画像処理方法は、例えば、前立腺全摘出術、放射線治療またはホルモン治療を含む標準的な治療後に原発性部位に残っている新生物細胞の同定における有用性を有する。さらに、腫瘍性の前立腺細胞を検出する画像処理技術は、転移の第二の部位を検出することにおいて有用性を有する。ＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチドに選択的に結合する結合因子は、例えば、１１１インジウムで放射能標識され、そしてＫａｈｎら、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｕｒｏｌｏｇｙ  １５２：１９５２〜１９５５（１９９４）によって記載されるように静脈内に注入され得る。ＡＲＰポリペプチドに選択的な結合因子は、例えば、ＡＲＰポリペプチドに選択的なモノクローナル抗体であり得る。画像処理は、例えば、Ｋａｈｎら（前出）によって記載されるような放射線免疫シンチグラフィーによって達成され得る。
【０２３９】
１つの実施形態において、本発明は、腫瘍性状態の前立腺を有することが予測される個体における前立腺の腫瘍性状態の感受性を診断するか、または予想する方法を提供し、ここで、ＡＲＰポリペプチドの試験発現レベルは、ＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチドの活性の量を測定することにより決定され得る。本方法は、個体からの試料と、本発明のＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチドに関連する活性を測定するように機能する結合因子を接触させることによって実行される。
【０２４０】
上述されるようなハイブリダイゼーション様式および親和性結合様式と同様に、活性アッセイは、本質的に同一の方法および分析形態を使用して、同様に実行され得る。従って、溶液相形態および固相形態（複数サンプルのＥＬＩＳＡ、ＲＩＡおよび二次元アレイ手順を含む）は、ＡＲＰポリペプチドに関連する活性を測定する際の使用に適用可能である。この活性は、例えば、ＡＲＰポリペプチドに関連する活性を測定するように機能する物質をサンプルとともにインキュベートし、そしてＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチドの活性に対応する、形成された産物の量を決定することによって測定され得る。形成された産物の量は、試料におけるＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチドの活性と直接関連があり、従って、形成された産物の量は、試料中の本発明の対応するポリペプチドの発現レベルと関連がある。
【０２４１】
本発明は、ＡＲＰ１６ポリペプチド、ＡＲＰ８ポリペプチド、ＡＲＰ９ポリペプチド、ＡＲＰ１３ポリペプチド、ＡＲＰ２０ポリペプチド、ＡＲＰ２４ポリペプチド、ＡＲＰ３０ポリペプチド、ＡＲＰ３３ポリペプチドまたはＡＲＰ１１ポリペプチドの活性を阻害する化合物を同定する方法をさらに提供する。この方法は、ＡＲＰポリペプチドおよびＡＲＰポリペプチドに関連する活性を測定するように機能する物質を含む試料と、試験化合物を、ＡＲＰポリペプチドの活性に対応する産物の形成を可能にする条件下で接触させる工程ならびに形成された産物の量を測定する工程からなり、ここで、試験化合物の非存在と比較して、試験化合物の存在下で形成される産物の量は、この化合物が、ＡＲＰポリペプチド阻害活性を有することを示す。同様に、ＡＲＰポリペプチドの活性を増加させる化合物がまた、同定され得る。ＡＲＰポリペプチドおよびＡＲＰポリペプチドに関連する活性を測定するように機能する（試験化合物の非存在と比較して形成された産物の量を増加させる）物質を含む試料に添加された試験化合物は、この化合物が、対応するＡＲＰポリペプチド活性を増加させることを示す。従って、本発明は、ＡＲＰポリペプチドの活性を調節する化合物を同定する方法を提供する。このような方法のために使用される試料を含むＡＲＰポリペプチドは、血清であり得るか、前立腺組織であり得るか、前立腺細胞集団であり得るか、またはＡＲＰポリペプチドを発現する組換え細胞集団であり得る。
【０２４２】
阻害活性を有するこれらの化合物は、効力のあるポリペプチドアンタゴニストとして、および腫瘍性状態にある前立腺を処置するためのさらに効力のある治療剤としてみなされる。同様に、ＡＲＰポリペプチド活性を増加させるこれらの化合物は、効力のあるＡＲＰポリペプチドアゴニストおよび腫瘍性状態にある前立腺を処置するためのさらに効力のある治療剤としてみなされる。これらの化合物のクラスの各々は、本明細書中で定義されるように、用語ＡＲＰ調節剤に含まれる。
【０２４３】
生物分野の範囲において、特定の活性または測定に関連して使用される場合、用語「約」は、参照値を含む値の範囲内および当該分野の範囲内の確かなアッセイの受容される基準内、または当該分野の範囲内の確かなアッセイの受容される統計的な分散の範囲内にあるような参照活性または測定を称することが意図される。
【０２４４】
ＡＲＰポリペプチド活性を阻害するかまたは増強する化合物を同定するための反応系は、ＡＲＰポリペプチド活性の本質的な任意の供給源を使用して実行され得る。このような供給源としては、例えば、前立腺細胞サンプル、溶解物およびその分画部分；前立腺が腫瘍状態である個体からの血液、血清または尿のような体液；組換え細胞または可溶性の組換え供給源、およびインビトロで翻訳された供給源が挙げられる。ＡＲＰポリペプチド供給源は、上述されるようなＡＲＰポリペプチドと関連する活性を測定するように物質と組み合わせられ、そして試験阻害化合物の存在下または非存在下でインキュベートされる。試験化合物の存在下で形成されるＡＲＰポリペプチド活性と対応する産物の量は、試験化合物の非存在下で形成される産物の量と比較される。産物形成を阻害するこれらの試験化合物は、ＡＲＰポリペプチドインヒビターであるとみなされる。例えば、試験化合物は、産物形成を、少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９９％、９９．５％、９９．９％まで阻害し得る。同様に、産物形成を増加させるこれらの試験化合物は、ＡＲＰポリペプチドのエンハンサーまたはアクチベーターであるとみなされる。例えば、試験化合物は、産物形成を、少なくとも２倍、５倍、１０倍、１００倍、２００倍または１０００倍まで増加させ得る。次いで、ＡＲＰポリペプチドインヒビターおよびアクチベーターは、それらが細胞内および動物モデルにおけるＡＲＰポリペプチド活性を阻害することを確認するために、さらなるインビトロ試験またはインビボ試験に供され得る。
【０２４５】
阻害アッセイまたは増強アッセイのために適切な試験化合物は、あらゆる基質、分子、化合物、分子または化合物の混合物、あるいはインビボまたはインビトロでＡＲＰポリペプチド活性を阻害し得ることが予測されるあらゆる他の組成物であり得る。この試験化合物は、生体ポリマー（タンパク質、多糖類および核酸分子を含む）のような高分子であり得る。ＡＲＰポリペプチド阻害活性についてスクリーニングされ得る試験化合物の供給源としては、例えば、ペプチド、ポリペプチド、ＤＮＡ，ＲＮＡおよび低分子の有機化合物のライブラリーが挙げられる。この試験化合物は、無作為に選択され得、そして本発明のスクリーニング方法によって試験され得る。試験化合物は、約１ｐＭ〜１ｍＭの範囲内の濃度で反応系に投与される。
【０２４６】
ＡＲＰポリペプチドの活性を調節する化合物（ＡＲＰ活性のインヒビターまたはエンハンサーである化学的分子あるいは生物学的分子（例えば、単純な有機分子または複雑な有機分子、金属を含む化合物、炭水化物、ペプチド、タンパク質、ペプチド模倣体、糖タンパク質、リポタンパク質、核酸分子、抗体など）を含む）をスクリーニングする際に使用するために多数の化合物を産生する方法は、当該分野において周知であり、そして例えば、Ｈｕｓｅ、米国特許第５，２６４，５６３号；Ｆｒａｎｃｉｓら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．２：４２２〜４２８（１９９８）；Ｔｉｅｔｚｅら、Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．、２：３６３〜３７１（１９９８）；Ｓｏｆｉａ、Ｍｏｌ．Ｄｉｖｅｒｓ．３：７５〜９４（１９９８）；Ｅｉｃｈｌｅｒら、Ｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｒｅｖ．１５：４８１〜４９６（１９９５）などに記載される。多数の天然の化合物および合成化合物を含むライブラリーはまた、市販の供給源から得られ得る。分子のコンビナトリアルライブラリーは、周知のコンビナトリアル化学方法を使用して調製され得る（Ｇｏｒｄｏｎら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３〜１２５１（１９９４）；Ｇｏｒｄｏｎら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１３８５〜１４０１（１９９４）；Ｇｏｒｄｏｎら，Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．２９：１４４〜１５４（１９９６）；ＷｉｌｓｏｎおよびＣｚａｒｎｉｋ（編），Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９７））。
【０２４７】
従って、本発明は、ＡＲＰ活性を阻害するかまたは増強する化合物を同定する方法を提供し、ここでこのサンプルは、さらに、前立腺細胞溶解物、ＡＲＰポリペプチドを発現する組換え細胞溶解物、ＡＲＰ  ｍＲＮＡを含むインビトロでの翻訳溶解物、前立腺細胞溶解物の画分、ＡＲＰポリペプチドを発現する組換え細胞溶解物の画分、ＡＲＰ  ｍＲＮＡまたは単離されたＡＲＰポリペプチドを含むインビトロでの翻訳溶解物の分画されたサンプルからなる。この方法は、単一サンプル様式または複数サンプル様式で実行され得る。
【０２４８】
別の実施形態において、本発明のポリペプチドは、前立腺の腫瘍性状態または病理の発生に対して、個体を予防的に処置するためのワクチンとして使用され得る。このようなワクチンは、Ｂ細胞免疫応答またはＴ細胞免疫応答あるいは個体の内因性の免疫機構の両局面を誘導するために使用され得る。これらの免疫応答のいずれかまたは両方を誘導するための投与形態および処方形態は、当業者に周知である。例えば、ポリペプチドは、多くの可能な処方物で投与され得、この可能な処方物としては、薬学的に受容可能な媒体が挙げられる。これらの処方物は、単独で投与され得るか、または、例えばペプチドの場合、このペプチドは、その免疫原性を増強するためにＫＬＨのようなキャリアと結合体化され得る。このワクチンは、アジュバント（種々のアジュバントが当業者に公知である）を含み得るか、またはこれと結合して投与され得る。このワクチンでの初回免疫後、所望される場合、さらなる追加免疫が提供され得る。従って、このワクチンは、慣用的な方法で、免疫学的な応答を誘発するために十分な投薬量（当業者によって容易に決定され得る）で投与され得る。あるいは、このワクチンは、本発明のポリペプチドの内部像である抗イディオタイプ抗体を含み得る。このような抗イディオタイプワクチンを作成し、選択し、そして投与する方法は、当該分野で周知である。例えば、Ｅｉｃｈｍａｎｎら、ＣＲＣ  Ｃｒｉｔｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ７：１９３〜２２７（１９８７）を参照のこと。さらに、このワクチンは、ＡＲＰ核酸分子を含み得る。ワクチンとしてＤＮＡのような核酸分子を使用する方法は、当業者に周知である（例えば、Ｄｏｎｎｅｌｌｙら，（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：６１７〜６４８（１９９７））；Ｆｅｌｇｎｅｒら（１９９６年１２月３日に発行された米国特許第５，５８０，８５９号）；Ｆｅｌｇｎｅｒ（１９９７年１２月３０日に発行された米国特許第５，７０３，０５５号）；およびＣａｒｓｏｎら（１９９７年１０月２１日に発行された米国特許第５，６７９，６４７号）を参照のこと）。
【０２４９】
さらに、本発明は、前立腺の腫瘍性状態の重篤度を処置する方法または軽減させる方法を提供する。
【０２５０】
個体における前立腺の腫瘍性状態の重篤度を、ＡＲＰ７、ＡＲＰ１５、ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ２６、ＡＲＰ２８、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１の調節剤を個体に投与することによって処置する方法あるいは軽減させる方法もまた、本明細書によって提供される。
【０２５１】
本発明は、個体における前立腺の腫瘍性状態の重篤度を、ＡＲＰ６、ＡＲＰ１０、ＡＲＰ１２、ＡＲＰ１８、ＡＲＰ１９、ＡＲＰ２１、ＡＲＰ２２またはＡＲＰ２９の調節剤を個体に投与することによって処置する方法あるいは軽減させる方法を提供する。
【０２５２】
本発明の方法は、腫瘍性状態にある前立腺または他の病理状態にある前立腺を有する個体に、ＡＲＰ７、ＡＲＰ１５、ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ２６、ＡＲＰ２８、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１の調節剤を投与することによって実行され得る。「調節剤」は、特定のＡＲＰポリペプチドの生物活性を阻害するかまたは増強する物質を意味する。このようなＡＲＰ調節剤は、産生されるＡＲＰポリペプチドの量に変化をもたらすか、あるいはポリペプチドの量に変化をもたらすことなく活性を阻害し得るかまたは増強し得る。このようなＡＲＰ調節剤は、例えば、ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１ポリペプチドの顕性不活性形態；ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１に選択的な結合因子、あるいはＡＲＰ７、ＡＲＰ１５、ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ２６、ＡＲＰ２８、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１のアンチセンス分子であり得る。当業者は、このようなＡＲＰ７、ＡＲＰ１５、ＡＲＰ１６、ＡＲＰ８、ＡＲＰ９、ＡＲＰ１３、ＡＲＰ２０、ＡＲＰ２４、ＡＲＰ２６、ＡＲＰ２８、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３またはＡＲＰ１１の調節剤が、特定のＡＲＰポリペプチドの生物活性を選択的に調節する物質であり得るか、あるいは、特定のポリペプチドの生物活性の調節に加えて、１つ以上のポリペプチドの活性も調節する非選択的な物質であり得ることを理解する。
【０２５３】
ＡＲＰ調節剤は、ＡＲＰポリペプチドの量または活性において、２倍、５倍、１０倍、２０倍、１００倍以上の減少を引き起こし得る。別の例として、調節剤は、ＡＲＰポリペプチドもしくは核酸の量または活性において、２倍、５倍、１０倍、２０倍、１００倍以上の増加を引き起こし得る。ＡＲＰ調節剤としては、ＡＲＰ核酸分子（例えば、アンチセンス核酸分子）；リボザイムのような他の核酸分子；抗体を含む結合因子、および本明細書中で記載される方法によって同定される化合物が挙げられる。このような調節剤は、腫瘍性状態にある前立腺を有する個体の重篤度を処置するかまたは軽減するために、あるいは前立腺の別の病理を処置するために治療上有用であり得る。
【０２５４】
ＡＲＰ調節剤の１つの型はインヒビターであり、ＡＲＰポリペプチドの発現または活性の範囲、量または速度において減少をもたらす物質を意味する。ＡＲＰインヒビターの例は、ＡＲＰの５’プロモーター領域／調節領域に結合する、ＡＲＰアンチセンス核酸分子または転写インヒビターである。
【０２５５】
用語阻害量は、ＡＲＰポリペプチドの範囲、量または速度において減少をもたらすために必要なインヒビターの量を意味する。例えば、インヒビターの阻害量は、本発明のＡＲＰポリペプチドの量または活性において、２倍、５倍、１０倍、２０倍、１００倍以上の減少を引き起こし得る。
【０２５６】
このようなインヒビターは、当該分野おいて一般的に公知である方法を使用して産生され得、そしてこのような方法は、対応するＡＲＰポリペプチドに特異的に結合するインヒビターを産生するために、以前に記載されたような抗体産生すまたは化合物のライブラリーのスクリーニング用に精製されたＡＲＰポリペプチドの使用を包含する。例えば、１つの局面において、本発明のＡＲＰポリペプチドに選択的な抗体は、アンタゴニストとして直接的に、あるいは腫瘍性の前立腺細胞に細胞障害剤または細胞分裂停止剤を運搬するための標的化機構または送達機構として間接的に使用され得る。このような物質は、例えば、ラジオアイソトープであり得る。この抗体は、当該分野において周知である方法を使用して生成され得、そしてこの抗体としては、例えば、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化単鎖、Ｆａｂフラグメント、およびＦａｂ発現ライブラリーによって産生されたフラグメントが挙げられる。
【０２５７】
本発明の別の実施形態において、ＡＲＰポリヌクレオチドまたはそれらのあらゆるフラグメント、あるいはアンチセンス分子は、本発明の方法においてＡＲＰ調節剤として使用され得る。１つの局面において、ＡＲＰをコードする核酸分子に対するアンチセンス分子は、対応するｍＲＮＡの転写または翻訳をブロックするために使用され得る。詳細には、細胞は、本発明の核酸分子に相補的な配列で形質転換され得る。このような方法は、当該分野において周知であり、そしてセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドあるいはより巨大なフラグメントが、ＡＲＰポリペプチドまたは核酸をコードする配列のコード領域または制御領域に沿った種々の位置から設計され得る。従って、アンチセンス分子は、ＡＲＰ活性を調節するか、またはＡＲＰ遺伝子機能の調節を達成するために使用され得る。
【０２５８】
レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、ヘルペスウイルスまたはワクシニアウイルス由来の発現ベクター、あるいは種々の細菌性プラスミド由来の発現ベクターは、アンチセンスヌクレオチド核酸を前立腺細胞集団に送達するために使用され得る。選択されたウイルスベクターは、腫瘍細胞に感染し得るべきであり、かつ宿主にとって安全であるべきであり、かつ最小の細胞形質転換を引き起こすべきである。れ戸ウイルスベクターおよびアデノウイルスは、哺乳動物細胞内に外来遺伝子を効率的に導入し、そして発現する、効率的で、有用で、そして現在最も特徴付けられた方法を提供する。これらのベクターは、当該分野において周知であり、そして非常に幅広い宿主の範囲および細胞型の範囲を有し、遺伝子を安定にかつ効率的に発現する。当業者に周知の方法は、このような組換えベクターを構築するために使用され得、そしてＳａｍｂｒｏｏｋら（前出）において記載される。ＤＮＡへの統合が存在しない場合においても、このようなベクターは、これらが内因性のヌクレアーゼによって無効になるまで、ＲＮＡ分子を転写し続け得る。一過性の発現は、非複製性のベクターで１ヶ月以上持続し得、そして適切な複製エレメントがベクター系の一部である場合、より長く持続し得る。
【０２５９】
リボザイム（酵素的なＲＮＡ分子である）はまた、ＡＲＰ  ｍＲＮＡの特異的切断を触媒するために使用され得る。リボザイム作用の機構は、リボザイム分子と相補的な標的ＡＲＰ  ＲＮＡとの配列特異的なハイブリダイゼーション、続くヌクレオチド結合分解性の切断を含む。あらゆる潜在的なＲＮＡ標的内の特定のリボザイム切断部位は、以下の配列を含むリボザイム切断部位についてのＡＲＰ  ＲＮＡのスキャンニングによって同定される：ＧＵＡ、ＧＵＵ、およびＧＵＣ。一旦同定されたならば、この結合部位を含む標的遺伝子の領域に対応する１５ヌクレオチドと２０ヌクレオチドとの間の短いＲＮＡ配列は、オリゴヌクレオチドを作動不可能にし得る二次構造的特徴について評価され得る。候補標的の適合性はまた、リボヌクレアーゼ保護アッセイを使用して相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションへの到達性を試験することによって評価され得る。本発明のアンチセンス分子およびリボザイムは、核酸分子の合成について当該分野に公知のあらゆる方法によって調製され得る。
【０２６０】
別の実施形態において、ＡＲＰプロモーター領域および調節領域は、前立腺癌の遺伝子治療のためのベクターを構築するために使用され得る。このプロモーター領域および調節領域は、前立腺に特異的な発現についての治療遺伝子に融合し得る。この方法は、組織特異性を損なうことなく、異種の治療遺伝子の発現を増幅する１つ以上のエンハンサーエレメントの付加を含み得る。遺伝子プロモーター領域および調節領域を同定するための方法は、例えば、コード配列の５’末端から適切なプライマーを選択し、そしてゲノムＤＮＡからプロモーター領域および調節領域を単離することにより、当業者に周知である。
【０２６１】
ＡＲＰプロモーターを使用する前立腺遺伝子治療の候補である治療遺伝子の例としては、自殺遺伝子が挙げられる。自殺遺伝子の発現は、腫瘍性の前立腺細胞の増殖を直接的または間接的に阻害するか、あるいは腫瘍性の前立腺細胞の死を促進するタンパク質または薬剤を産生する。自殺遺伝子としては、酵素をコードする遺伝子、発癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、毒素をコードする遺伝子、サイトカインをコードする遺伝子、またはオンコスタチンをコードする遺伝子が挙げられる。治療遺伝子は、アンチセンス発現のために、以前に記載されたベクターを使用して発現され得る。
【０２６２】
本発明の別の実施形態に従って、例えば、キットの形態で診断システムが提供される。このような診断システムは、本発明の少なくとも１つの核酸分子または抗体を、適切なパッケージング物質中に含む。核酸分子を含む診断キットは、本明細書中で記載のＡＲＰ核酸分子に由来する。本発明の診断系は、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのいずれかにおいて、ＡＲＰ核酸分子の存在または非存在についてアッセイするために有用であり得る。
【０２６３】
適切な診断システムは、少なくとも１つのＡＲＰ核酸分子または抗体を、少なくとも１つのアッセイに十分な量で別個にパッケージされた化学試薬として含む。本発明の核酸分子を含む診断キットについて、このキットは、一般的に２つ以上の核酸分子を含む。この診断キットがＰＣＲで使用され得るべきである場合、このキットは、ＰＣＲのためのプライマーとして作用し得る少なくとも２つのオリゴヌクレオチドをさらに含み得る。当業者は、本明細書中で記載されるように、本発明の核酸分子抗体を、本発明の方法を実施するための適切な緩衝液および溶液との組み合わせたキット形態に、容易に組み込み得る。ＡＲＰポリペプチドに特異的な抗体を含むキットは、試料中の対応するＡＲＰポリペプチドの発現レベルを決定するためのアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡまたは他の免疫アッセイ）を実行するために適切な条件を提供する反応カクテルを含み得、そして公知の量の対応するＡＲＰポリペプチド、および所望される場合、この対応する抗ＡＲＰ抗体に選択的な二次抗体を含むコントロールサンプルを含み得る。
【０２６４】
本発明のキット含有物（例えば、ＡＲＰ核酸または抗体）は、パッケージング物質中に含まれ、このパッケージング物質は、滅菌された、混入物の無い環境を提供し得る。さらに、このパッケージング物質は、キット内の物質が、本発明の特定の核酸配列もしくはポリペプチドの存在または非存在を検出するためか、あるいは、本発明の核酸配列もしくはポリペプチドの存在または非存在と関連する状態（例えば、前立腺癌）の存在、またはこれに関する素因を診断する両方のために、どのように利用され得るを示す指示書を含む。代表的な使用指示書は、試薬濃度または少なくとも１つのアッセイ方法パラメーター（例えば、混合されるべき試薬およびサンプルの相対量）、試薬濃度または少なくとも１つのアッセイ方法パラメーター（例えば、混合されるべき試薬およびサンプルの相対量）の維持期間、試薬／サンプル混合物の維持期間、温度、緩衝液の条件などを記載する明白な表現を含む。
【０２６５】
括弧または他の方法で、上で提供された全ての雑誌の記事、参考文献、および特許引用例は、以前に記載されているか否かに関わらず、本明細書中で参考として援用される。
【０２６６】
本発明の種々の実施形態の活性に実質的に影響を及ぼさない改変はまた、本明細書中で提供される本発明の定義の範囲内に含まれる。従って、以下の実施例は、本発明を例示するが、これに限定されないことが意図される。
【実施例】
【０２６７】
（実施例１  ＡＲＰ  ｃＤＮＡの単離）
本実施例は、いくつかのアンドロゲン調節性配列の単離を記載する。
【０２６８】
ＡＲＰ７  ｃＤＮＡを、以下に記載されるようにアンドロゲンアップレギュレート配列として単離した。ＡＲＰ７（配列番号１）は、５４７０ヌクレオチドを含む。ヌクレオチド４７４〜４９６７は、１４８９アミノ酸（配列番号２）のポリペプチドをコードする。図１において示されるように、ＡＲＰ７は、飢餓性のＬＮＣａＰ細胞中のアンドロゲンによって劇的にアップレギュレートされる。図２においてさらに示されるように、ＡＲＰ７は、前立腺において最も高度に発現し、他の組織においてはほとんど発現しないか、または検出不可能なくらいにしか発現しない。
【０２６９】
３０７０ヌクレオチドを含むヒトＡＲＰ１５  ｃＤＮＡ（配列番号３）は、膜貫通ドメイン由来のオープンリーディングフレームを有する（表１を参照のこと）。図３において示されるように、ＡＲＰ１５は、前立腺細胞において発現し、そしてまた精巣および卵巣においても発現する。
【０２７０】
ヒトＡＲＰ１６  ｃＤＮＡは、配列番号５として本明細書中で示されるように、ヌクレオチド１３８〜１６０１に由来するオープンリーディングフレームを有する２１６１個のヌクレオチドの配列である。さらに、このヒトＡＲＰ１６は、少なくとも８つの予測される膜貫通ドメインを有する４８８個のアミノ酸（配列番号４）のポリペプチドである。図１において示されるように、ＡＲＰ１６  ｍＲＮＡは、飢餓性のＬＮＣａＰ細胞中のアンドロゲンによって劇的にアップレギュレートされる。
【０２７１】
ＡＲＰ８もまた、前立腺細胞中のアンドロゲンによってアップレギュレートされるヒト配列として同定した。ヒトＡＲＰ８  ｃＤＮＡ（配列番号７）は、ヌクレオチド１〜１７２８に由来するオープンリーディングフレームを有する２０９６個のヌクレオチドを含み；このコードされたヒトＡＲＰ８ポリペプチド（配列番号８）は、５７６個のアミノ酸を有する。前立腺で発現する別のヒトアンドロゲン調節性ｃＤＮＡの核酸配列（ＡＲＰ９（配列番号９））を、以下で記載するように同定した。本明細書中で開示したＡＲＰ９の核酸配列は、ヌクレオチド５５９〜２２３２に由来するオープンリーディングフレームを有する２５６８個のヌクレオチドを有する。このコードされたヒトＡＲＰ９ポリペプチド（配列番号１０）は、５５８個の残基を有し、そして少なくとも４つの膜貫通ドメインを含むことが予測される。ＡＲＰ１３  ｃＤＮＡもまた、ＬＮＣａＰ細胞株中のアンドロゲンに応答して増加した。このＡＲＰ１３ヌクレオチド配列（配列番号１１）は、ヌクレオチド１４１〜１０２２に由来するオープンリーディングフレームを有する２９２０個のヌクレオチドを有する。このＡＲＰ１３ポリペプチドは、配列番号１２として本明細書中で示される２９４個のアミノ酸配列を有し、そして少なくとも１つの膜貫通ドメインを含むことが予測される。配列番号１３として本明細書中で示されるＡＲＰ２０ヌクレオチド配列をまた、ＬＮＣａＰ細胞中のアンドロゲンと反応して正に調節される配列として同定した。ヒトＡＲＰ２０ヌクレオチド配列は、ヌクレオチド１１３〜６６１に由来するオープンリーディングフレームを有する１０９５個のヌクレオチドを有し；このヒトＡＲＰ２０ポリペプチドは、配列番号１４として本明細書中で示される。
【０２７２】
ＡＲＰ２４、ＡＲＰ２６、ＡＲＰ２８、ＡＲＰ３０、ＡＲＰ３３およびＡＲＰ１１をまた、ＬｎＣａＰ前立腺細胞株中で発現するアンドロゲンアップレギュレート性のｃＤＮＡとして同定した。配列番号１５として本明細書中で示されるＡＲＰ２４  ｃＤＡＮ配列は、ヌクレオチド３８〜１３７８由来のオープンリーディングフレームを有する３００７個のヌクレオチドを含み；このコードされたヒトＡＲＰ２４ポリペプチドは、少なくとも４つの膜貫通ドメインをコードすることが予測される４４７個のアミノ酸配列（配列番号１６）有する。配列番号１７として本明細書中で示されるＡＲＰ２６  ｃＤＮＡ配列を、ヌクレオチド２４０〜１０１３由来のオープンリーディングフレームを有する３９３７個の配列として同定した。対応するアンドロゲン調節性のヒトＡＲＰ２６ポリペプチド（配列番号１８）は、２５８残基を有する。さらに、本明細書中で１４０１個のヌクレオチド配列として示されるＡＲＰ２８  ｃＤＮＡ配列（配列番号１９）は、ヌクレオチド４５〜１０８５に由来するオープンリーディングフレームを含み、このオープンリーディングフレームは、少なくとも３つの膜貫通ドメインを有する３４７個のアミノ酸のヒトＡＲＰ２８ポリペプチド（配列番号２０）をコードすることが予測される。アンドロゲン調節性のＡＲＰ３０  ｃＤＮＡは、３３１８個のヌクレオチドの配列（配列番号２１）を有し；ヒトＡＲＰ３０ポリペプチド（配列番号２２）（６０１個のアミノ酸を有するタンパク質）は、配列番号２１のヌクレオチド２５２〜２０５４間に位置するオープンリーディングフレームによってコードされる。さらに、アンドロゲン調節性のＡＲＰ３３  ｃＤＮＡは、ヌクレオチド９８〜１３１３に由来するオープンリーディングフレームを有する１６９０個のヌクレオチドの核酸配列（配列番号２３）を有する。ヒトＡＲＰ３３ポリペプチド（配列番号２４として本明細書中で示される４０５個のアミノ酸残基を有するタンパク質）は、少なくとも１つの膜貫通ドメインを含むことが予測される。アンドロゲン調節性のＡＲＰ１１  ｃＤＮＡは、３０６７個のヌクレオチドの核酸配列（配列番号３３）を有する。ヌクレオチド７９０〜１８０５由来のオープンリーディングフレームは、３３８個の残基のタンパク質（配列番号３４）をコードする。
【０２７３】
ＡＲＰ６、ＡＲＰ１０、ＡＲＰ１２、ＡＲＰ１８、ＡＲＰ１９、ＡＲＰ２１、ＡＲＰ２２およびＡＲＰ２９もまた、前立腺において発現するアンドロゲン調節性配列である。ヒトＡＲＰ６  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で５０４個のヌクレオチド配列（配列番号２５）として示され；ヒトＡＲＰ１０  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で２１８９個のヌクレオチド配列（配列番号２６）として示され；ヒトＡＲＰ１２  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で２５７６個のヌクレオチド配列（配列番号２７）として示され：そしてヒトＡＲＰ１８  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で５２１個のヌクレオチド配列（配列番号２８）として示される。さらに、ヒトＡＲＰ１９  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で６４４個のヌクレオチド配列（配列番号２９）として示され；ヒトＡＲＰ２１  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で１４６０個のヌクレオチド配列（配列番号３０）として示され；ヒトＡＲＰ２２  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で７７４個のヌクレオチド配列（配列番号３１）として示され；そしてヒトＡＲＰ２９  ｃＤＮＡ配列は、本明細書中で３８６個のヌクレオチド配列（配列番号３２）として示される。
【０２７４】
【表１】
2005527196.tif 000003
細胞を以下のように培養した。ＬＮＣａＰ細胞を、５％ＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ）を有するＲＰＭＩ  １６４０培地中で培養した。アンドロゲン刺激として、６個のフラスコ（１７５ｃｍ２）のＬＮＣａＰ細胞を、ＣＳ培地（１０％のチャコール濾過したＦＢＳを有するＲＰＭＩ  １６４０）中で培養することによって、アンドロゲンについて飢餓させた。４８時間のインキュベーション後、３つのフラスコをＣＳ培地およびシクロヘキシミド（１μｇ／μｌ）とともにインキュベーションし、そして他方の３つのフラスコを、ＣＳ培地および１μＭのＲ１８８１およびシクロヘキシミド（１μｇ／μｌ）とともにインキュベートした。全てのＬＮＣａＰ細胞を、さらに４８時間インキュベートし、ついで回収した。経時的実験のために、ＬＮＣａＰ細胞を、Ｒ１８８１を含む培地とともに培養してから４時間後、８時間後、１２時間後、１６時間後、２４時間後、２６時間後、および４８時間後に回収した。
【０２７５】
マイクロアレイ製造を、基本的に以下のように実行した。Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃ、Ｉｎｃ．、（Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ、Ａｌａｂａｍａ）からの４０ｋの配列が確認されたｃＤＮＡを、製造者のプロトコルに従ってＰＣＲ増幅した。ＰＣＲ産物を、３８４ウェル形態で、ＭｕｌｔｉＳｃｒｅｅｎ  ＰＣＲクリーンアッププレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、ＭＡ）を使用して精製し、そしてアガロースゲル電気泳動により確認した。ＰＣＲ産物を、３８４ウェル形態で、０．１５μｇ／μｌの濃度になるように３×ＳＳＣ中で再懸濁した。ＰＣＲ産物をＶＩＩ型のガラススライド（Ａｍｅｒｓｈａｍ）上に、６０％の相対湿度および２０°Ｃで、ＣｈｉｐＷｒｉｔｅｒ高速機械システム（Ｖｉｒｔｅｋ；Ｏｎｔａｒｉｏ、ＣＡ）上の４８ピンのプリントヘッドを使用して整列させた後、整列されたスライドを、８５℃で２時間焼き、次いで、使用前はデシケーター中で保存した。
【０２７６】
ｃＤＮＡの標識およびハイブリダイゼーションを、基本的に以下のように実行した。ｍＲＮＡ（１μｇ）または総ＲＮＡ（３０μｇ）を、１μｌのアンカーオリゴｄＴプライマー（Ａｍｅｒｓｈａｍ）とともに混合し、７０°Ｃで１０分間インキュベートし、次いで氷上で冷却した。次いで、４μｌの５×第１鎖ｃＤＮＡ合成緩衝液（Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ）、２μｌの０．１Ｍ  ＤＴＴ（Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ）、１μｌのＨＰＲＩ（２０μｇ／μｌ）（Ａｍｅｒｓｈａｍ）、および１μｌのｄＮＴＰ混合物（Ａｍｅｒｓｈａｍ）（２ｍＭ  ｄＡＴＰ、２ｍＭ  ｄＧＴＰ、２ｍＭ  ｄＴＴＰおよび１ｍＭ  ｄＣＴＰを含む）、１μｌのＣｙ３  ｄＣＴＰ（１ｍＭ）（Ａｍｅｒｓｈａｍ）ならびに１μｌのＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＩＩ  ＲＴ（２００μｇ／μｌ）を添加し、そしてこの混合物を４２℃で２時間インキュベートした。第１鎖ｃＤＮＡ標識後、反応混合物を９４℃で３分間インキュベートした。未標識のＲＮＡを、１μｌの５Ｎ  ＮａＯＨの添加および３７°Ｃでの１０分間のインキュベーションによって加水分解（ｈｙｂｒｏｌｙｚｅ）した。続いて、１μｌの５Ｍ  ＨＣｌおよび５μｌの１Ｍ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）を、この反応混合物を中和するために添加した。次いで、この混合物を、Ｑｉａｇｅｎ  ＰＣＲ精製キット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用し、ＰＥ緩衝液での２回の洗浄による製造者のプロトコルに基本的に従って精製し；ＤＮＡを３０μｌのｄＨ２Ｏで溶出した。このプローブを、１μｌのｄＡ／ｄＴ（１２−１８）（１μｇ／μｌ）（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）および１μｌのヒトＣｏｔ  Ｉ  ＤＮＡ（１μｇ／μｌ）（Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ）とともに混合し、９４°Ｃで５分間変性した。等容量の２×Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（Ａｍｅｒｓｈａｍ）を添加し、そしてこの混合物を５０℃で１時間プレハイブリダイズした。プレハイブリダイゼーション後、このプローブ混合物を、ＰＣＲ産物を整列させたスライドガラスに添加し、そしてカバーガラスで覆った。ハイブリダイゼーションを５２°Ｃで１６時間湿度の高いチャンバー内で実行した。ハイブリダイゼーション後、このスライドを１×ＳＳＣ／０．２％  ＳＤＳで、室温で５分間振とう器で１回洗浄し、０．１×ＳＳＣ／０．２％  ＳＤＳで、室温で１０分間、２回洗浄し、そして０．１×ＳＳＣで、室温で１０分間、１回洗浄した。洗浄後、このスライドを、微量の塩を除去するために蒸留水でリンスし、そして乾燥させた。ハイブリダイズしたマイクロアレイスライドを、１０μｍの分解能で、ＳｃａｎＡｒｒａｙ  ５０００（ＧＳＩ  Ｌｕｍｏｎｉｃｓ）を用いてスキャンした。
【０２７７】
ハイブリダイゼーションを３回繰り返した。最初の２回のハイブリダイゼーションのために、アンドロゲン刺激性の細胞由来のＲＮＡを、Ｃｙ５  ｄＣＴＰで標識する一方で、アンドロゲン飢餓性の細胞由来のＲＮＡを、Ｃｙ３  ｄＣＴＰで標識した。３回目のハイブリダイゼーションのために、アンドロゲン刺激性の細胞由来のＲＮＡをＣｙ３で標識する一方で、アンドロゲン飢餓性の細胞由来のＲＮＡをＣｙ５で標識した。
【０２７８】
マイクロアレイデータ分析を、以下のように実行した。マイクロアレイ上のそれぞれのスポットを、ＱｕａｎｔＡｒｒａｙソフトウェア（ＧＳＩＬｕｍｏｎｉｃｓ）で定量した。データを、４つの二連のそれぞれについての平均で正規化した。統計分析を、ソフトウェアＶＥＲＡおよびＳＡＭを使用して行った。ラムダ（ｌａｍｂｄａ）値（遺伝子がどれほどの可能性で差示的に発現するかを示す）を、このアレイ上の各スポットについて得た。
【０２７９】
ノーザンハイブリダイゼーションを、以下のように実行した。総ＲＮＡ（１０μｇ）を、１．２％のアガロース変性ゲル上で分画し、そして毛細管方法（Ｍａｎｉａｔｉｓ）によってナイロン膜へ移した。ヒトおよびマウスの複数の組織およびマスターブロット（ｍａｓｔｅｒ  ｂｌｏｔ）をＣＬＯＮＴＥＣＨから購入した。ブロットを、製造者のプロトコルに従ってＲｅｄｉｐｒｉｍｅ  ＩＩランダムプライマー標識化システム（Ａｍｅｒｓｈａｍ）を使用するランダムプライミングにより、［α−３２Ｐ］ｄＣＴＰで標識したＤＮＡプローブとハイブリダイズさせた。フィルターを、リン光体捕捉スクリーンおよびＩｍｅｇｅｑｕａｎｔソフトウェア（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を使用して画像化し、そして定量した。
【０２８０】
（実施例２）
（ＡＲＰ１５の特徴）
本実施例は、抗ＡＲＰ１５抗体の調製およびＡＲＰ１５ポリペプチド発現の特徴を記載する。
【０２８１】
（ＡＲＰ１５は、患者血清において発現する）
全長ＡＲＰ１５  ｃＤＮＡのコード領域を、ＰＧＥＸ  ４Ｔ−１（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）にクローニングした。この結果生じたＧＳＴ−ＡＲＰ１５融合タンパク質を、製造者のプロトコル（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｉｎｃ．）に従って発現させ、そして精製した。このＧＳＴ−ＡＲＰ５融合タンパク質を、標準的なプロトコルを使用してマウスへ免疫するために使用した。ハイブリドーマを、標準的な方法によって生成し、そしてＧＳＴ−ＡＲＰ１５およびＧＳＴタンパク質を使用する差次的ＥＬＩＳＡによってスクリーニングした。
【０２８２】
モノクローナルハイブリドーマを、部分希釈ならびにＥＬＩＳＡおよびウエスタンブロッティングを使用するスクリーニングによって生成した。モノクローナル抗体を産生するいくつかのクローンを得た：３つのクローンは、ＩｇＧ１アイソタイプのｍＡｂを分泌し、そして１つのクローンは、ＩｇＧ２ｂアイソタイプのｍＡｂを分泌した。図５において示されるように、モノクローナル抗体「１Ｒ」は、ＬＮＣａＰ細胞株から調製した溶解物および前立腺癌の患者からの血清サンプルの両方において、３２ｋｄおよび１６ｋｄのバンドを検出した。
【０２８３】
（ＡＲＰ１５の細胞局在化）
上述のように調製した抗ＡＲＰ１５モノクローナル抗体「１Ｒ」を使用して、細胞染色を実行した。図６Ａにおいて示されるように、ＡＲＰ１５は、図６Ｂにおいて示されるβ−インテグリンの発現パターンと同様に、細胞原形質膜に局在化した。
【０２８４】
（正常組織および癌組織におけるＡＲＰ１５の発現）
免疫組織化学的な染色を、抗ＡＲＰ１５モノクローナル抗体１Ｒを使用し、癌性の前立腺組織切片および正常な前立腺組織切片に対して実行した。免疫染色は、ＡＲＰ１５タンパク質発現が前立腺上皮細胞に限定され、間質細胞においてはほとんど発現しないか、または発現しないことを明らかにした（図７を参照のこと）。これらの結果は、ＡＲＰ１５  ＲＮＡが、前立腺組織、精巣組織および卵巣組織において優勢に発現することを示すノーザン分析と一致する。
【０２８５】
まとめると、これらの結果は、ＡＲＰ１５ポリペプチドの発現が、ＡＲＰ１５の転写物の発現と同様に、前立腺と少数の他の組織に制限されることを実証する。これらの結果は、このＡＲＰ１５ポリペプチドが患者血清中で検出され得ることを、さらに実証する。
【図面の簡単な説明】
【０２８６】
【図１】図１は、アンドロゲンで刺激された細胞における、ＡＲＰ７、ＡＲｐ１５、ＡＲＰ１６およびＡＲＰ２１の発現のノーザン分析を、示す。「＋」は、アンドロゲンで刺激されたＲＮＡを示す。「−」は、アンドロゲン飢餓ＲＮＡを示す。
【図２】図２は、２枚の多組織ノーザンブロット（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）への、ＡＲＰ７プローブのハイブリダイゼーションを示す。
【図３】図３は、２枚の多組織ノーザンブロット（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）への、ＡＲＰ１５プローブのハイブリダイゼーションを示す。
【図４】図４は、２枚の多組織ノーザンブロット（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）への、ＡＲＰ２１プローブのハイブリダイゼーションを示す。
【図５】図５は、前立腺癌ＬＮＣａＰ細胞由来の細胞溶解物（左レーン：「ＬＮＣａＰ」）および前立腺癌患者に由来する血清（右レーン：「Ｃａｐ血清」）における、ＡＲＰ１５タンパク質のウエスタンブロット分析を示す。
【図６】図６は、ＡＲＰ１５の細胞局在を示す。（Ａ）抗ＡＲＰ１５モノクローナル抗体１Ｒで染められたＬＮＣａＰ細胞。（Ｂ）抗β−インテグリンモノクローナル抗体で染められたＬＮＣａＰ細胞。
【図７】図７は、抗ＡＲＰ１５モノクローナル抗体１Ｒを用いた、免疫組織化学染色を示す。（Ａ）抗ＡＲＰ１５で染められた前立腺癌組織切片。（Ｂ）抗ＡＲＰ１５で染められた正常前立腺組織切片。
【配列表】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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