(57)【要約】本発明は魚と関係のある単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子に関する。本発明はさらに、魚と関係のあるマイクロサテライト配列を含む分離核酸分子に関する。本発明はさらに魚類サンプル（または魚類と類似した生殖機構を有する生物種からのサンプル）の血統の起源を、各々別個の血統起源を示す候補親遺伝子型のコレクションを含む血統遺伝子型データベースを提供する工程、およびサンプル遺伝子型と血統遺伝子型データベースとを比較して、それにより、サンプル遺伝子型と候補親遺伝子型の一つとの一致が、サンプルの血統起源を決定する工程、によって決定する方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
分離核酸分子であって、
（ａ）図１に示される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子、
からなる群から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子。
【請求項２】
図１に示されるヌクレオチド配列またはその相補体の少なくも１７個連続するヌクレオチドを含む分離オリゴヌクレオチド。
【請求項３】
検出可能標識で標識化した、請求項２に記載の分離オリゴヌクレオチド。
【請求項４】
請求項２に記載の２つのオリゴヌクレオチドを含んでなり、図１に示される群から選択されるヌクレオチド配列を増幅できる、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）に適切に使用できるプライマー対。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドが図１および図２に示される群から選択される請求項４に記載のプライマー対。
【請求項６】
分離核酸分子であって、
（ａ）図４に示される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子、
からなる群から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子。
【請求項７】
図４に示されるヌクレオチド配列またはその相補体の、少なくも１７個連続するヌクレオチドを含む分離オリゴヌクレオチド。
【請求項８】
検出可能標識で標識された、請求項７に記載の分離オリゴヌクレオチド。
【請求項９】
請求項７に記載の２つのオリゴヌクレオチドを含み、図４に示される群から選択されるヌクレオチド配列を増幅でき、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）に適切に使用できるプライマー対。
【請求項１０】
前記オリゴヌクレオチド類が図４に示される群から選択される、請求項９に記載のプライマー対。
【請求項１１】
サンプル中の、単一ヌクレオチド多型を含む核酸分子を検出する方法であって、核酸を含む該サンプルを請求項２または請求項７に記載の１つ以上のオリゴヌクレオチドと接触させ、ここで、該接触工程が高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で行われる、工程、および
該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする核酸を同定する工程、を含んでなる方法。
【請求項１２】
サンプル中の、単一ヌクレオチド多型を含む核酸分子を検出する方法であって、該サンプルと請求項４または請求項９のプライマー対とを接触させる工程、ポリメラーゼ連鎖反応法を使用して核酸分子を増幅する工程、および該増幅を検出する工程を含んでなる方法。
【請求項１３】
分離核酸分子であって、
（ａ）配列番号：３０９−３６７として指定される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列およびその相補体に、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子、
からなる群から選択されるマイクロサテライト配列を含む、分離核酸分子。
【請求項１４】
配列番号：３０９−３６７として指定される群から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体の少なくも１７個連続するヌクレオチドを含む、分離オリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
検出可能標識で標識された、請求項１４に記載の分離オリゴヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１４に記載の２つのオリゴヌクレオチドを含む、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）に適切に使用できるプライマー対。
【請求項１７】
分離核酸分子であって、
（ａ）配列番号：３６８−３７３として指定される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子、
からなる群から選択される多型配列を含む、分離核酸分子。
【請求項１８】
分離核酸分子であって、
（ａ）図１１に示される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に、高ストリンジェントなハイブリッド条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子、
からなる群から選択されるマイクロサテライト配列を含む、分離核酸分子。
【請求項１９】
図４に示される群から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体の少なくも１７個連続するヌクレオチドを含む、分離オリゴヌクレオチド。
【請求項２０】
検出可能標識で標識された、請求項１９に記載の分離オリゴヌクレオチド。
【請求項２１】
請求項１９に記載の２つのオリゴヌクレオチドを含む、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）に適切に使用できるプライマー対。
【請求項２２】
前記オリゴヌクレオチド類が図１１に示されるプライマー配列から選択される、請求項２１に記載のプライマー対。
【請求項２３】
分離核酸分子であって、
（ａ）配列番号３７４−４０９として指定される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子、
からなる群から選択される単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む、分離核酸分子。
【請求項２４】
配列番号３７４−４０９として指定される群から選択されるヌクレオチド配列、またはその相補体の少なくも１７個連続するヌクレオチドを含む、分離オリゴヌクレオチド。
【請求項２５】
検出可能標識で標識された、請求項２４に記載の分離オリゴヌクレオチド。
【請求項２６】
請求項２４に記載の２つのオリゴヌクレオチドを含む、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）に適切に使用できるプライマー対。
【請求項２７】
分離核酸分子であって、
（ａ）配列番号：１５５−１６４として指定される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子
からなる群から選択されるマイクロサテライト配列を含む、分離核酸分子。
【請求項２８】
分離核酸分子であって、
（ａ）配列番号４１０−４１４として指定される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子、
からなる群から選択される多型配列を含む、分離核酸分子。
【請求項２９】
配列番号４１０−４１４として指定される群から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体の、少なくも１７個連続するヌクレオチドを含む、分離オリゴヌクレオチド。
【請求項３０】
検出可能標識で標識された、請求項２９に記載の分離オリゴヌクレオチド。
【請求項３１】
請求項２９に記載の２つのオリゴヌクレオチドを含む、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）に適切に使用できるプライマー対。
【請求項３２】
分離核酸分子であって、
（ａ）配列番号４１５−４７２として指定される群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列またはその相補体に、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子
からなる群から選択される多型配列を含んでなる、分離核酸分子。
【請求項３３】
配列番号４１５−４７２として指定される群から選択されるヌクレオチド配列またはその相補体の、少なくも１７個連続するヌクレオチドを含む、分離オリゴヌクレオチド。
【請求項３４】
検出可能標識で標識された、請求項３３に記載の分離オリゴヌクレオチド。
【請求項３５】
請求項３４に記載の２つのオリゴヌクレオチドを含む、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）に適切に使用できるプライマー対。
【請求項３６】
サンプル中の多型配列を含む核酸分子を検出する方法であって、核酸を含む該サンプルを請求項１４、請求項１９、請求項２４、請求項２９、または請求項３３に記載の１つ以上のオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、ここで、該接触工程は高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で行われる、工程、および該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする核酸を同定する工程を含む、方法。
【請求項３７】
サンプル中のマイクロサテライト配列を含む核酸分子を検出する方法であって、該サンプルを請求項１６、請求項２１、請求項２６、請求項３１、または請求項３５のプライマー対と接触させる工程、ポリメラーゼ連鎖反応法を使って核酸分子を増幅する工程、該増幅を検出する工程を含む、方法。
【請求項３８】
魚類サンプルの起源集団を決定する方法であって、以下の工程：
（ａ）候補親遺伝子型コレクションを含む起源遺伝子型データベースを提供する工程であって、ここで、該候補親遺伝子型の各々は別個の起源集団を表す、工程；および
（ｂ）サンプル遺伝子型を該候補親遺伝子型と比較する工程であって、ここで、該サンプル遺伝子型と該候補親遺伝子型の一つとの一致が該サンプルの起源集団を同定する、工程、
を含む、方法。
【請求項３９】
魚類サンプルの起源を決定する方法であって、以下の工程：
（ａ）候補遺伝子型プロフィールのコレクションを含む起源遺伝子型データベースを提供する工程であって、ここで、該候補遺伝子型プロフィールの各々は別個の起源集団を表す、工程；および
（ｂ）サンプル遺伝子型を該候補遺伝子型プロフィールと比較する工程であって、ここで、該サンプル遺伝子型と、該候補遺伝子型プロフィールの一つとの一致が該サンプルの起源集団を同定する、工程、
を含む、方法。
【請求項４０】
魚サンプルの起源を決定する方法であって、以下の工程：
（ａ）候補親遺伝子型のコレクションを含む血統遺伝子型データベースを提供する工程であって、ここで、該候補親遺伝子型の各々は別個の起源を表す、工程；および
（ｂ）サンプル遺伝子型を該血統遺伝子型データベースと比較する工程であって、ここで、該サンプル遺伝子型と該候補親遺伝子型の一つとの一致が前記サンプルの起源を同定する、工程、
を含む、方法。
【請求項４１】
前記血統遺伝子型データベースが可能性のある全ての起源遺伝子型を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記候補親遺伝子型が２種類以上の別個の種を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がサケ（Ｓａｌｍｏｎｉｄａｅ）科に属する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がサルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）種に属する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がテラピア属に属する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４６】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がオレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）種に属する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
ニジマス、オヒョウ、シーバスおよび大西洋タラからなる群から選択される種に属するサンプルおよび候補親遺伝子型をさらに含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４８】
請求項４０に記載の方法であって、該方法が、以下の初期工程：
（ａ）前記別個の起源集団の各々に相当する核酸を抽出する工程；および
（ｂ）選択した遺伝標識を有する該抽出核酸の遺伝子型を決定して、前記候補親遺伝子型コレクションを得る工程
をさらに包含する、方法。
【請求項４９】
前記核酸が血統個体から抽出される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記遺伝標識が、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、マイクロサテライト、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、増幅断片長多型（ＡＦＬＰ）、無作為増幅多型ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）、ミトコンドリアＤＮＡからなる群から選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】
前記遺伝標識が図１〜９および図１１に示される群から選択される多型ヌクレオチド配列を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記遺伝標識がＳＮＰを含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
前記ＳＮＰが図１に示されるヌクレオチド配列を含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記ＳＮＰが配列番号１６５〜３０８を含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
オリゴヌクレオチド連結アッセイ（ＯＬＡ）の実施によって前記ＳＮＰを同定する工程をさらに包含する、請求項５２に記載の方法。
【請求項５６】
ハイブリダイゼーションアッセイの実施によって前記ＳＮＰを同定する工程をさらに包含する、請求項５２に記載の方法。
【請求項５７】
前記ハイブリダイゼーションアッセイが、ＤＮＡチップ上で行われる、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記一致の欠如が、前記サンプルの起源として前記候補遺伝子型を排除する、請求項４０に記載の方法。
【請求項５９】
前記候補親遺伝子型集団を保存できる集中型データベースを作成する工程をさらに包含する、請求項４０に記載の方法。
【請求項６０】
前記集中型データベースが、前記サンプル遺伝子型と前記候補親遺伝子型コレクションとを瞬時に比較することができる、請求項４０に記載の方法。
【請求項６１】
候補親遺伝子型の前記集中型データベースが、インターネットによってアクセス可能である、請求項６０に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
（発明の背景）
本発明は主に応用ゲノム学的方法に関し、より具体的には、魚のサンプルの起源を決定する方法に関する。
【０００２】
健康的な食品に対する注目がますます高まり、消費者は持続的かつ環境に安全な収穫および生産プロセス、薬品および食品添加物ならびに生産動物の保護などの主要な問題にますます関心をもつようになってきた。政府行政機関、海産食物の小売業者および消費者は現在、その生産プロセスが表示された情報通りなのかどうか、生産物が指示通りの起源を有するのかどうか、または、例えばスーパーマーケットのヒレ肉が正しいブランド名を示しているかどうかを証明するシステムをもっていない。
【０００３】
海産食物の取扱い業者は、彼らの生産物およびブランド名を守るために信頼できる物を確実に作るという目的から、トレサビリティシステムと共に品質管理機構を実現することの重要性に気がつき始めている。同様に、小売業者および消費者は、表示された品質通りの所望された製品またはブランドを入手しているのかどうかを確認できることを望んでいる。
【０００４】
現在存在するトレサビリティシステムは信頼できない。なぜならばそれらのシステムは、価値連鎖に沿った「ペーパーフロー」に依存して、出所；製造指標；処理時刻、日付および場所；ならびに輸送に関する情報を提供するからである。結果として、高速度および低コストで生産物の起源を証明する確実なシステムが必要である。
【０００５】
いくつかの理由から、遺伝子的オンライントレサビリティシステムの必要性が支持される。先ず第一に、ある特定の生産物の消費に関する健康的リスクなどの中心的問題に関する消費者の関心が高まりつつある。さらに、消費者は、生産物が資源を必要とするかどうか、そして環境的にやさしく捕獲され生産されたかどうか、並びに動物保護の問題に関して大きい関心をもつようになっている。これらの消費者の要求に加えて、合衆国および欧州共同体で通過した最近の法律は、環境的にやさしい捕獲および生産に焦点を当てている。重要なことに、前記諸問題の各々が生産物の起源に関係している。
【０００６】
従って、魚のサンプルの起源を明白かつ確実に決定するために使用され得る遺伝標識、およびこのような標識を使用して魚のサンプルの起源を効率的に決定するための方法が必要である。本発明はこの必要を満たし、関連する利点も提供する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（発明の要旨）
本発明は魚に関する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子に関する。本発明はさらに、魚に関するマイクロサテライト配列を含む分離核酸分子および対応するプライマーに関する。本発明はまた、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー、オリゴヌクレオチド連結アッセイ（ＯＬＡ）プライマーに相当するヌクレオチド配列を提供する。本発明により提供される多型ヌクレオチド配列および対応するプライマーは以下に配列番号：１〜１３７７として記載され、図１から図９まで、および図１１に示される。
【０００８】
本発明はさらに、各々別個の血統起源を示す候補となる親の遺伝子型の集合を含む血統遺伝子型データベースを提供し、そしてサンプル遺伝子型を血統遺伝子型データベースと比較し、サンプル遺伝子型と候補親遺伝子型の一つとの一致によってサンプルの血統起源を同定することによってサンプル魚の血統起源を決定する方法に関する。本発明はまた、候補となる遺伝子型プロフィールのコレクションを包含する起源遺伝子型データベースを提供し、ここで候補遺伝子型プロフィール類の各々は明白な起源集団を表し；サンプル遺伝子型を候補遺伝子型プロフィールと比較し、ここでサンプル遺伝子型と候補遺伝子型プロフィールの一つとの間の一致によりサンプルの起源集団を同定することによってサンプル魚の起源を決定する方法を提供する。
【０００９】
（発明の詳細な説明）
本発明はいくつかの別個の魚に関する単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子に関する。本発明はさらに、魚類のいくつかの明白な種に関するマイクロサテライト配列を含む分離核酸分子に関する。遺伝標識の一致に基づくサンプルの血統的起源または起源集団を決定する方法がまた、提供される。
【００１０】
本明細書中に使用される用語「魚」は２群、すなわち「軟骨魚」または軟骨魚綱および「硬骨魚」または硬骨魚綱（以前は分類名であったが、今では広く使用されている）のうちのいずれかの群に属する生物をいう。現代の硬骨魚綱の大部分は真骨類目（ｏｒｄｅｒ  Ｔｅｌｅｏｓｔｅｉ）に属する。
【００１１】
一実施形態において、本発明は単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子を提供する。ここでこの分離核酸分子は、サケ（Ｓａｌｍｏｎｉｆｏｒｍｅｓ）目、サケ（Ｓａｌｍｏｎｉｄａｅ）科、サルモ（Ｓａｌｍｏ）属、およびサルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）種に対応する図１に示される群から選択される。図１に示される群から選択される核酸分子またはその補体に、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリッド化する核酸分子がまた、提供される。図１は単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む離離された核酸分子および対応するＯＬＡプライマーを示す。これらは連続的に配列番号１〜１１２として表される。この配列番号はサケ（Ｓａｌｍｏｎｉｆｏｒｍｅｓ）目、サケ科、サルモ（Ｓａｌｍｏ）属およびサルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）種に一致する。図２はサルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に対応するＰＣＲプライマーを表す分離核酸分子を示す（配列番号：１１３〜１５４）。
【００１２】
ここに用いる用語「サケ（ｓａｌｍｏｎ）」は、サケ（Ｓａｌｍｏｎｉｆｏｒｍｅｓ）目、サケ科、サルモ（Ｓａｌｍｏ）属およびサルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）種に属する生物を言う。サケ科の魚は全て淡水中で生き、または淡水中に移動し、彼らの源流に産卵する。サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）は北欧および北米に生息する主な種であり、養殖サケの主な種でもある。養殖サケの世界的生産は年に８０００００トンを超える。
【００１３】
さらなる実施形態において、本発明は単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子を提供する。ここで分離核酸分子は図４に示す群から選択され、それはスズキ目、カワスズメ科、オレオクロミス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ）属、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）種に相当する。図４に示される群から選択される核酸分子またはその補体に高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリッド化する核酸分子がまた、提供される。図４は単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマー配列を含む本発明の分離核酸分子を示す。これらは連続的に配列番号１６５〜３０８として表され、スズキ目、カワスズメ科、オレオクロミス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ）属、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）種に相当する。図６は配列番号：３６８〜３７３として表される多型ヌクレオチド配列を含む本発明のさらなる分離核酸分子を示す。これはまた、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）に相当する。
【００１４】
本明細書中に使用されるように、用語「テラピア（ｔｉｌａｐｉａ）」は、Ｐｅｒｃｉｆｏｒｍｅｓ目、Ｃｉｃｈｌｉｄａｅ科、Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ属に属する生物である。Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ種は近代的水産養殖において最も一般的なテラピア種であり、ここに示される分離ヌクレオチド配列の大部分はこの種に対応する。Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ属に属する大部分のテラピア種は遺伝的に密接な関連性を有する。異なるテラピア種の個体が互いに自由に交配し、繁殖力の旺盛な、時には良好な生産の質を有するハイブリッド種を作り出す。さらに、或るテラピア種から分離遺伝標識が種々のテラピア種またはテラピアハイブリッドで使用される。したがって、用語「テラピア」は概ねＯｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ属に属する生物を指す。
【００１５】
テラピアは熱帯アフリカの淡水に住むＣｉｃｈｌｉｄａｅ科のパーチ様魚の群であり、現在の養殖において最も重要な水生生物種の１つである。テラピアの世界的生産量は年に１０億ポンドを超え、米国のテラピア生産高は急速に増加しつつある。
【００１６】
本発明は数種の別種の魚と関連するマイクロサテライト配列を含む分離核酸分子を提供する。このような一実施形態において、本発明はマイクロサテライト配列を含む分離核酸分子を提供する。その際前記分離核酸分子は図３に示される配列番号：１５５−１６４としてあらわされる群から選択される。これはサケに対応する。配列番号：１５５−１６４としてあらわされる群から選択される核酸分子またはその補体に、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でハイブリッド化する核酸分子も提供される。
【００１７】
また別の実施形態において、本発明はマイクロサテライト配列を含む分離核酸分子を提供し、その際前記分離核酸分子は図５（配列番号：３０９−３６７）および図１１に示される配列から選択される。これはテラピアに対応する。図５および図１１に示されるマイクロサテライト核酸分子、またはその補体に、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でハイブリッド化する核酸分子も提供される。図１１はテラピアのマイクロサテライト  ヌクレオチド配列および対応するプライマー類を含む分離核酸分子を示す（連続的に配列番号：４７３−１３７７として記載される）。
【００１８】
もう一つの実施形態において、本発明は単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子を提供する。その際分離核酸分子は配列番号：３７４−４０９であらわされ、図７に示される群から選択されるヌクレオチド配列を有する。これはオヒョウに対応する。
【００１９】
ここで用いられるように、用語「オヒョウ（ｈａｌｉｂｕｔ）」は、Ｐｌｅｕｒｏｎｅｃｔｉｆｏｒｍｅｓ目、Ｐｌｅｕｒｏｎｅｃｔｉｄａｅ科、Ｈｉｐｐｏｇｌｏｓｓｕｓ属およびＨｉｐｐｏｇｌｏｓｓｕｓ  ｈｉｐｐｏｇｌｏｓｓｕｓ種に属する生物をいい、長さ４メートルにまでなり得る大きい塩水フラットフィッシュ（カレイ、ヒラメ）であり、北大西洋および太平洋北東部に見いだされる。
【００２０】
配列番号：３７４−４０９としてあらわされる群から選択される核酸分子またはその補体に、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でハイブリッド化する核酸分子も提供される。
【００２１】
その他の実施形態において、本発明は多型配列を含む分離核酸分子を提供する。その際前記分離核酸分子は配列番号：４１５−４７２としてあらわされ、図９に示される群から選択されるヌクレオチド配列を有する。これはシーバスに対応する。配列番号：４１５−４７２としてあらわされる群から選択される核酸分子、またはその補体に、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でハイブリッド化する核酸分子も提供される。
【００２２】
ここに使用されるように、用語「シーバス」はＰｅｒｃｉｆｏｒｍｅｓ目、Ｓｅｒｒａｎｉｄａｅ科に属する生物を指し、ブラックシーバス  Ｃｅｎｔｒｏｐｒｉｓｔｉｓ、並びにＭｏｒｏｎｉｄａｅ科に属する生物、特にヨーロッパシーバス  Ｄｉｃｅｎｔｒａｒｃｈｕｓ  ｌａｂｏｒａｘを含む。
【００２３】
また別の実施形態において、本発明は多型配列を含む分離核酸分子を提供する。その際前記分離核酸分子は配列番号４１０−４１４としてあらわされる、図８に示される群から選択されるヌクレオチド配列を有する。これはタラに対応する。配列番号：４１０−４１４としてあらわされる群から選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子、またはその補体に、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でハイブリッド化する核酸分子も提供される。
【００２４】
ここに用いられるように、用語「タラ」は、Ｇａｄｉｆｏｒｍｅｓ目、Ｇａｄｉｄａｅ科、Ｇａｄｕｓ  ｍｏｒｈｕａ種に属する大西洋タラ（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｃｏｄ）を指す。この魚は４５゜Ｎ以北の北大西洋に見いだされる海水魚である。
【００２５】
上に示したような、ＳＮＰおよびマイクロサテライト配列などの多型ヌクレオチド配列を含む本発明の分離核酸分子は、例えば、魚の遺伝子型決定に利用され得、魚サンプルの起源の決定する本発明の方法における血統的遺伝子型データベースの構成成分として有用な遺伝標識である。さらに、本発明は、例えば魚サンプル中の一つ以上の遺伝標識の存在を検出するためのプローブとして使用できる分離核酸分子、または当業者には公知のその他のスクリーニング適用に使用できる分離核酸分子を提供する。
【００２６】
本発明はさらに、各々が異なる血統起源をあらわす候補親遺伝子型（候補起源遺伝子型ともいわれる）のコレクションを含んでなる血統遺伝子型データベースを提供し、サンプルの遺伝子型を血統遺伝子型データベースと比較し、その結果、サンプル遺伝子型と候補親遺伝子型の一つとの間の一致によってサンプルの血統起源を同定するということによって、魚サンプルの血統起源を決定する方法に関する。
【００２７】
本発明によって提供される方法を用いて、魚サンプルの血統起源が確認できれば、商業的水産養殖における品質管理機構の改善が可能である。例えば、挿入、欠失、再配列、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、マイクロサテライト（ＭＳ）または可変数縦列反復（ＶＮＴＲ）多型の遺伝標識は、本発明によって提供される方法を使用して血統的起源の同定を可能にする重要なツールである。本発明は、単に遺伝子頻度に基づく遺伝プロフィールのマッチングに基づいて或るサンプルを或る集団に割り当てること（ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ）に基づいた間接的同定（或る特異的遺伝子構成または遺伝子型を有する個体がこれらの座に特異的遺伝子頻度を有する特異的集団に属する、という統計的予測に基づいた伝統的に使用される方法）でなく、むしろ血統的個体または起源集団を直接的に同定できるという利点を提供する。対照的に、本発明の方法は子孫またはサンプルの遺伝子型を可能性のある親−または起源遺伝子型に対応する予示された一組のパネルとマッチングすることによって血統性を確立する。こうして、本発明は集団遺伝学に基づく伝統的同定法にまさる有意な改善をもたらす。
【００２８】
魚サンプルの起源または血統の決定のためにここに例示される本発明の方法は、種々のその他の生物および生物材料に等しく応用できる。本発明によって提供される特定の組成物に加えて、本発明の方法の特有の局面は、サンプル遺伝子型を血統または起源遺伝子型データベースに対して照合することに基づく大規模な血統または起源分析の実施であり、それによって特定の個体がどの親の対から発生しているかを決めることができる。本発明の方法は家畜（例えば、畜牛）の伝統的トレーシングシステムとは区別される。この伝統的トレーシングシステムはサンプル類を網羅的な起源データベースに対して比較するのでなく、むしろサンプルを起源の候補と個々に比較することに基づいている。
【００２９】
魚類は、それらの高い生物学的生殖能力（多産性）により、本発明の方法を実施するために特に適した標的を提供する。例えば、雌サケのブリーダーは１０，０００にのぼる子孫を生産でき、或る種の甲殻類は、数百万の子孫を有する。特に、雌サケ−ブリーダーおよびその雄パートナーの遺伝子型決定は海産食物の４０メートルトンの起源を確かめる能力を提供する。魚の多産性による本発明の方法によるその他の利点とは無関係に、これらの方法は、遺伝子型決定およびそれに続く血統／起源遺伝子型データベースの確立、そしてこのようなデータベースに対するサンプル遺伝子型の比較に基づいて、その他の核酸含有生物材料にもやはり適用できる。
【００３０】
本発明はさらに、多型ヌクレオチド配列（例えば、本発明のＳＮＰおよびマイクロサテライト配列）を含む核酸分子（図１−９および図１１に示される）またはその補体に、ストリンジェント条件下でハイブリッド化するヌクレオチド配列を有する分離核酸分子を提供する。一実施形態において、分離オリゴヌクレオチドは図１に示されるサケＳＮＰまたはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含んでなる。このようなオリゴヌクレオチドは、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で相補的核酸分子に特異的にハイブリッド化することができる。
【００３１】
さらに、ＳＮＰ含有核酸分子またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む分離オリゴヌクレオチド類が提供される。マイクロサテライト配列含有核酸分子またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む分離オリゴヌクレオチド類も提供される。したがって分離オリゴヌクレオチドは参照ヌクレオチド配列からの少なくも１８、１９、２０、２２、または少なくも２５の連続ヌクレオチド、例えば少なくも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３５０、４００、５００、６００、７００、８００またはそれ以上の連続ヌクレオチドを、全長配列まで含むことができる。本発明のオリゴヌクレオチドは一本鎖でも二本鎖でもよく、センスまたはアンチセンス鎖を示し得る。
【００３２】
一実施形態において、分離オリゴヌクレオチドは上に記載され、図１に示されるようにサケ単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。その他の実施形態において、前記分離オリゴヌクレオチドは、上に記載され、図４および６に示されるテラピアの単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含む分離核酸分子またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。このようなオリゴヌクレオチド類は高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で本発明の多型核酸分子に特異的にハイブリッド化することができる。
【００３３】
また別の実施形態において、分離オリゴヌクレオチドは配列番号１５５−１６４としてあらわされるマイクロサテライト配列含有核酸分子、またはその補体の、少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。本発明は、配列番号３０９−３６７としてあらわされるマイクロサテライト配列含有核酸分子またはその補体の、少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む分離オリゴヌクレオチドも提供する。さらに別の実施形態において、前記分離オリゴヌクレオチドは、図１１に（対応するプライマーと共に）示され、連続的に配列番号：４７３−１３７７としてあらわされるマイクロサテライト配列含有核酸分子、またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。その他の実施形態において、前記分離オリゴヌクレオチドは配列番号：３６８−３７３としてあらわされる多型配列含有核酸分子またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。その他の実施形態において、前記分離オリゴヌクレオチドは配列番号：３７４−４０９としてあらわされる多型配列含有核酸分子またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。また別の実施形態において、前記分離されたオリゴヌクレオチドは配列番号：４１０−４１４であらわされる多型配列含有核酸分子またはその補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。また別の実施形態において、前記分離オリゴヌクレオチドは配列番号：４１５−４７２としてあらわされる多型配列含有核酸分子またはその補体の、少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む。このようなオリゴヌクレオチド類は、高ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下でマイクロサテライト配列含有核酸分子に特異的にハイブリッド化することができる。
【００３４】
本発明のオリゴヌクレオチド類は、例えばＳＮＰ含有核酸分子およびマイクロサテライト配列含有核酸分子の多型ヌクレオチド配列含有核酸分子をサンプル中に検出するためのプローブとして；配列決定プライマーまたはＰＣＲプライマーとして；またはＳＮＰ含有核酸分子およびマイクロサテライト配列含有核酸分子へのハイブリダイゼーションが所望される当業者には公知のその他の用途にも、有利に使用できる。
【００３５】
一実施形態において、本発明はＳＮＰ含有核酸分子の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む分離オリゴヌクレオチドおよび本発明のＳＮＰ含有核酸分子の補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む分離核酸分子を含むプライマー対を提供する。その他の実施形態において、本発明はマイクロサテライト配列含有核酸分子の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む分離オリゴヌクレオチドおよび本発明のマイクロサテライト配列含有核酸分子の補体の少なくとも１７の連続ヌクレオチドを含む分離核酸分子を含むプライマー対を提供する。本発明によって提供されるプライマー対を使用して、例えばポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）によって核酸分子を増幅することができる。当業者は目的の用途に適したプライマー長および配列組成を決めることができる。
【００３６】
本発明はさらに、テラピアと関係があり、配列番号：３０９−３６７としてあらわされる、および対応するプライマーと共に引き続き配列番号：４７３−１３７７としてあらわされるマイクロサテライト配列含有分離核酸分子；大西洋サケと関係があり、配列番号：１５５−１６４としてあらわされるマイクロサテライト配列含有分離核酸分子；オヒョウと関係があり、配列番号：３７４−４０９としてあらわされる多型ヌクレオチド配列含有分離核酸分子；タラと関係があり、配列番号４１０−４１４としてあらわされる多型ヌクレオチド配列含有分離核酸分子；およびシーバスと関係があり、配列番号：４１５−４７２としてあらわされる多型ヌクレオチド配列含有分離核酸分子を提供する。配列番号：１５５−１６４、３０９−３６７、３７４−４７２としてあらわされる分離核酸分子、および対応するプライマーと共に図１１に示される分離核酸分子（配列番号：４７３−１３７７）は上に挙げた種の多型ヌクレオチド配列を含む。本発明はさらに、配列番号：１５５−１６４、３０９−３６７、３７４−４７２としてあらわされる核酸分子のヌクレオチド配列およびマイクロサテライト配列に相当する図１１に示される核酸分子（これらは対応するプライマーと共に、配列番号４７３−１３７７としてあらわされる）のヌクレオチド配列にハイブリッド化するオリゴヌクレオチドも提供する。
【００３７】
本発明の核酸分子に関して使用される用語“分離（ｉｓｏｌａｔｅｄ）”は、天然ではその分子と結合している構成成分から、その分子が実質的に除去されまたは分離され、またはその分子がそれ以外にも人の手によって変えられ、自然に存在するままの核酸分子は除外されることを意味するものとする。
【００３８】
本明細書中で使用される用語“核酸分子”は、天然または合成起源のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを意味する。核酸分子は一本鎖または二本鎖ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはＲＮＡであり得、センス鎖、アンチセンス鎖、またはその両方をあらわし得る。核酸分子は、例えば塩基、糖、または燐酸塩部分が変化した、または変形ホスホジエステル結合を有する非天然ヌクレオチドを一つ以上含むことができる。このような変化は核酸分子の安定性を高めるために好適である。さらに核酸分子は、例えば、検出可能部分、例えば放射性標識物質、蛍光色素、強磁性物質、発光タグ、またはビオチンのような検出可能結合剤などを含むことができる。このような変化は、ハイブリッド化核酸分子の検出を所望する用途においては好ましくあり得る。
【００３９】
本明細書中で使用される用語“プローブ”または“オリゴヌクレオチド”は、配列番号：１−１３７７のいずれかに示される隣接塩基と同じもの、またはその補体である隣接塩基を、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００または少なくとも５００有するヌクレオチド配列を有する一本鎖または二本鎖ＤＮＡまたはＲＮＡ、またはそれらの類似体である。オリゴヌクレオチドは例えばポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）などの増幅反応のためのプローブまたはプライマーとして有用である。その上、オリゴヌクレオチドはその他の核酸のセンスまたはアンチセンス鎖に結合できる。プローブを構成するのに好ましい領域としては、ＳＮＰまたはマイクロサテライトを含む核酸配列などがある。プローブは以後に記載される当該分野において周知の方法によって標識化され、種々の診断キットに使用することができる。
【００４０】
本明細書中で使用される用語“単一ヌクレオチド多型”または“ＳＮＰ”は、２つの関連核酸分子間で、特定位置の一つのヌクレオチドに、ヌクレオチド配列の差異があることを意味するものである。この用語は、隣接するヌクレオチド位置のそれ以外は同一の核酸配列に比較して、特定位置のヌクレオチドに、ヌクレオチド置換があることを意味する。したがってこの用語は、実質的に関連性がある２つの比較核酸分子間に一次構造の相対的差があることを意味する。
【００４１】
本明細書中で使用する用語“マイクロサテライト”または“マイクロサテライト配列”は、同じヌクレオチド位置のそれ以外は同一である核酸配列に比較して、ある特定の位置に存在し、または長さが種々異なるタンデム・リピート配列を意味するものとする。
【００４２】
本発明のヌクレオチド配列に関して本明細書中で使用する用語“多型”とは、２つの関連核酸分子間に見られるヌクレオチド配列の任意の変化を指し、ＳＮＰおよびマイクロサテライトの両方を含むことを意味する。
【００４３】
真核生物ゲノムは多数の単一ヌクレオチド多型を含み、このことは、或る集団の異なるメンバーからまたは異形接合個体から採取した遺伝子サンプルの配列決定による或る遺伝子の対立遺伝子バージョンの探索を容易にする。同様に、真核生物ゲノムは、多数の散在するシンプル・タンデム・リピート配列（マイクロサテライトと呼ばれる）を含む。これらは個体間で長さが種々異なる。ＳＮＰおよびマイクロサテライトは、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を利用して類型化され得る、高度に有用な多型標識を代表する。このような多型配列の改変体は実施例２に記載されるオリゴヌクレオチド連結アッセイ（ＯＬＡ）または当該分野において公知のその他の適切な検出法によってさらに検出できる。
【００４４】
本発明の核酸分子およびオリゴヌクレオチドは、例えばサンプル中の特定の単一ヌクレオチド多型を含む核酸分子を検出するためのプローブとして：サンプル中の特定のマイクロサテライト配列を含む核酸分子を検出するためのプローブとして；シーケンシングまたはＰＣＲプライマーとして；または本発明の核酸分子へのハイブリダイゼーションが所望される、当業者に公知のその他の用途に好適に利用できる。
【００４５】
ハイブリダイゼーションとは、染色体ＤＮＡにおいて天然に起きる結合と同様な、センス：アンチセンス鎖またはプローブ：標的ＤＮＡなどの、核酸の相補的鎖の水素結合による相互の結合である。与えられたプローブを標的ＤＮＡとハイブリッド化するために用いられるストリンジェントレベルは当業者によって容易に変えることができる。
【００４６】
ストリンジェントなハイブリダイゼーションは、ポリ核酸のハイブリッドが安定である場合の条件である。当業者には公知のように、ハイブリッドの安定性はそれらハイブリッドの融点（Ｔｍ）に反映される。概して、ハイブリッドの安定性はナトリウムイオン濃度および温度の関数である。一般的にハイブリダイゼーション反応は比較的低いストリンジェントな条件下で行われ、その後より高い種々のストリンジェントな条件で洗浄される。ハイブリダイゼーションストリンジェント性の基準はこのような洗浄条件に関係する。
【００４７】
特異的ハイブリダイゼーションは、或る核酸分子が、同一条件下において基準核酸分子でない核酸分子とはハイブリッドを形成せず、基準核酸分子にはハイブリッド化し得る能力を言う。中程度のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下ではハイブリッド化した核酸は概して、少なくも約６０％の同一性、少なくも約７５％の同一性、さらに少なくも約８５％の同一性；または少なくも約９０％の同一性を有する。中程度のストリンジェントな条件とは、４２℃で５０％ホルムアルデヒド、５×デンハルト溶液、５×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ中でハイブリダイゼーションし、その後４２℃で０．２×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ中で洗浄するのに匹敵する条件である。それに対して、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、例えば、４２℃で５０％ホルムアルデヒド、５×デンハルト溶液、５×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ中でハイブリダイゼーションし、その後６５℃で０．１×ＳＳＰＥおよび０．１％ＳＤＳ中で洗浄することによって提供され得る。低ストリンジェントなハイブリダイゼーションは、２２℃で１０％ホルムアルデヒド、５×デンハルト溶液、６×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ中でハイブリダイゼーションし、その後３７℃で１×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ中で洗浄することを含む。デンハルト溶液は１％フィコル（Ｆｉｃｏｌｌ）、１％ポリビニルピロリドン、および１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を含む。２０×ＳＳＰＥ（塩化ナトリウム、燐酸ナトリウム、エチレンジアミド四酢酸（ＥＤＴＡ））は、３Ｍ塩化ナトリウム、０．２Ｍ燐酸ナトリウム、および０．０２５Ｍ（ＥＤＴＡ）を含む。その他の適切な中程度にストリンジェントなおよび高ストリンジェントなハイブリダイゼーション緩衝液および条件は当該分野において公知であり、例えばサムブルック（Ｓａｍｂｒｏｏｋ）らの、分子クローニング：実験室マニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ）、３版、コールドスプリング  ハーバー出版、  プレーンビュー、ニューヨーク（２００１）、およびアウスユーベル（Ａｕｓｕｂｅｌ）らの（最新分子生物学プロトコル（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ）（補遺４７）、ジョン  ウィリー＆ソンズ、ニューヨーク（１９９９））に記載されている。
【００４８】
本発明の核酸分子は中程度にストリンジェントなまたは高ストリンジェントな条件下で実質的に配列全体に、または実質的に部分に、例えば一般的には、配列番号：１−１３７７に示される核酸配列の少なくも１５、１７、２１、２５、３０、４０、５０またはそれ以上のヌクレオチドにハイブリッド化する。
【００４９】
単一ヌクレオチド多型またはマイクロサテライト配列を含む本発明の核酸分子またはオリゴヌクレオチドは、その他に、例えばオリゴヌクレオチドの同定を容易にする配列を含むヌクレオチド付加または付加的ヌクレオチド配列を含むことができる。
【００５０】
本発明は、本発明の多型核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それを検出する分離核酸プローブも提供し、その際多型核酸配列は、図１〜９および図１１に対応するプライマーと共に示され、配列番号：１〜１３７７としてあらわされる核酸分子から選択される。したがって本発明は、本明細書に記載されるＳＮＰまたはマイクロサテライト配列を含む核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それらを検出する分離核酸プローブを提供する。本発明の分離核酸プローブは、本発明の多型核酸分子の補体の少なくも約１７の隣接ヌクレオチドを含む。このプローブを使用して、例えばサンプル中のＳＮＰ含有核酸分子の存在を検出することができる。当業者は目的とする用途に適したプローブ長さおよび配列組成を決めることができる。
【００５１】
本発明はＳＮＰを含む核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それらを検出する分離核酸プローブであって、その核酸配列が図１にプライマー配列と共に配列番号１〜１１２として示される群から選択される前記分離核酸プローブを提供する。本発明はさらに、ＳＮＰを含む核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それらを検出する分離核酸プライマーであって、前記核酸配列が図４にプライマー配列と共に、配列番号：１６５〜３０８として示される群から選択される前記分離核酸プローブも提供する。本発明はさらに、ＳＮＰを含む核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それらを検出する分離核酸プローブであって、前記核酸配列が図７に示され、配列番号：３７４〜４０９としてあらわされる群から選択される前記分離核酸プローブも提供する。
【００５２】
本発明はさらに、多型核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それを検出する分離核酸プローブであって、前記核酸配列が図６、８および９に示され、配列番号：３６８〜３７３および４１０〜４７２としてあらわされる群から選択される前記分離核酸プローブも提供する。本発明は、マイクロサテライト配列を含む核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それを検出する分離核酸プローブであって、前記核酸配列が図３および５に示され；配列番号：１５５〜１６４および３０９〜３６７としてあらわされる群から選択される前記分離核酸プローブも提供する。本発明はさらに、マイクロサテライト配列を含む核酸配列に特異的にハイブリッド化し、それを検出する分離核酸プローブであって、前記核酸配列が図１１にプライマー配列と共に配列番号：４７３〜１３７７としてあらわされる群から選択される前記分離核酸プローブを提供する。本明細書中で記載されるように、本発明の分離核酸プローブは、本発明のＳＮＰ含有核酸分子、または本発明のマイクロサテライト含有核酸分子の補体の少なくも約１７の隣接ヌクレオチドを含む。このプローブを使用して、例えばサンプル中のＳＮＰ含有核酸分子またはマイクロサテライト含有核酸分子の存在を検出することができる。当業者は目的の用途に適したプローブ長さおよび配列組成を決めることができる。
【００５３】
本発明の分離核酸分子またはオリゴヌクレオチドは、当業者に公知の方法によって生成または分離できる。選択される方法は、例えば、分離しようとする核酸分子のタイプに依存する。当業者は、本明細書中に開示されるヌクレオチド配列の知識に基づいて、分離核酸分子をゲノムＤＮＡとして；全長ｃＤＮＡまたはこれ由来の所望フラグメントとして；または全長ｍＲＮＡまたはこれ由来の所望フラグメントとして、当該分野で公知の方法によって容易に分離し得る。
【００５４】
本発明の核酸分子は、公的に入手できるデータベース、例えばＥｘｐｒｅｓｓｅｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｔａｇ（ＥＳＴ）、Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｔａｇｇｅｄ  Ｓｉｔｅ（ＳＴＳ）に示されるヌクレオチド配列、ならびにｎｒ、ｄｂｅｓｔ、ｄｂｓｔｓおよびｇｓｓデータベース、およびＴＩＧＲ、ＳＡＮＧＥＲセンター、ＷＵＳＴ１およびＤＯＥデータベースのような公的なデータベースに寄託されたゲノムフラグメントの正確な配列からは構成されていない。
【００５５】
本発明の分離核酸分子の有用な生産法の一つは、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）と特異的プライマーとを使用して前記核酸分子を増幅し、必要に応じて、生成した産物をゲル電気泳動法によって精製することを含む。ＰＣＲまたは逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）のいずれかを利用して所望のヌクレオチド境界を有する核酸分子を生産することができる。一つ以上の付加、欠失または置換を有する適切なプライマーを選ぶことによって、前記核酸配列に所望の改変を導入することもできる。このような核酸分子は、目的の任意の細胞、組織、または種の、たった１個ほどの少ない遺伝子またはｍＲＮＡコピーから出発して指数関数的に増幅することができる。
【００５６】
さらに本発明の分離核酸分子またはオリゴヌクレオチドは、合成手段によって生成できる。例えば、当業者に公知の自動合成法によって核酸分子の一本鎖の１ピースまたは数ピースを化学的に合成することができる。相補的鎖も同様に１ピース以上合成し、それら相補的鎖をアニーリングすることによって二本鎖分子をつくることができる。比較的短い分子、例えばオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマー、および改変ヌクレオチドまたは結合を含む核酸分子を生成するためには直接合成が特に好ましい。
【００５７】
遺伝標識、例えば、挿入、欠失、再配列、ＳＮＰ、マイクロサテライトまたは可変数タンデム反復（ＶＮＴＲ）多型は、本発明によって提供される方法を使用して血統起源を確認できる重要なツールである。例えば、ＳＮＰまたはマイクロサテライト配列の多型ヌクレオチド配列を含む本発明の核酸分子の、魚サンプル中における存在は、その魚サンプルの起源を示唆する。従って、本発明は、魚サンプル中の、ＳＮＰまたはマイクロサテライトを含有する核酸分子を検出するための方法を提供する。この情報は、例えば、魚サンプルの起源を決定するために有用である。
【００５８】
一実施形態において、この方法は、核酸を含むサンプルと、本発明のＳＮＰ含有核酸分子からの隣接配列を含む一種類以上のオリゴヌクレオチドとを、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下で接触させ、上記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする核酸分子を検出することによって実施される。代替の実施形態において、この方法は、魚サンプルと、本発明のＳＮＰ含有核酸分子の増幅に適したプライマー対とを接触させ、ポリメラーゼ連鎖反応法を使用して核酸分子を増幅させ、その増幅を検出することによって実施される。
【００５９】
本明細書中で使用する場合、用語「サンプル」は、任意の生物学的液、細胞、組織、器官もしくはその部分、または本発明のＳＮＰ含有核酸を含む、または含む可能性のある任意の環境サンプル（例えば土壌、食物、水、廃水など）を意味することが意図される。例えば、サンプルは、卵、市販のフィッシュフィレから得た切片、ブリーダー、食用魚、殺した魚であり得るか、あるいは細胞成分フラクションまたは抽出物、または粗製もしくは実質的に純粋な核酸標本であり得る。サンプルは、使用する検出法の特定の様式に適した、当該分野で公知の方法によって調製され得る。サンプルは個々の魚一匹に対応し得るか、また、２匹以上の魚に対応し得る。
【００６０】
サンプル中の核酸分子の検出法は、定性的でも定量的でもよく、特定の用途に有用である核酸分子の存在、量、完全性または構造を検出できる。適切なハイブリダイゼーションに基づくアッセイ法としては、例えば、インサイチュハイブリダイゼーション法が挙げられる。この方法は、使用するアッセイ様式に基づいて、核酸分子の変化した染色体位置、変化した遺伝子コピー数、およびＲＮＡの量を検出できる。他のハイブリダイゼーション法には、種々のＲＮＡスプライス変異体の量および一体性を測定するために使用できるノザーンブロット法およびＲＮａｓｅ保護アッセイ、および、ＤＮＡのコピー数および完全性を測定するために使用できるサザンブロット法がある。ハイブリダイゼーションプローブは、任意の適切な検出可能部分、例えば、放射性同位体、蛍光色素、化学発光標識、ビオチンまたは、分析的方法によって検出できる当該分野で公知の他の検出可能部分などで標識することができる。
【００６１】
増幅に基づく適切な検出法も当該分野で公知であり、例えば定性的または定量的ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）；逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）；一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）分析法（この方法は、非変性ゲル電気泳動において電気泳動移動度の変化をもたらす一本鎖ＤＮＡの二次構造の差異に基づいて、ＤＮＡの単点突然変異を容易に確認できる）がある。
【００６２】
本発明はまた、各候補親遺伝子型が異なる親を示す、候補親遺伝子型のコレクションを含む血統遺伝子型データベースを提供し；サンプルの遺伝子型を血統遺伝子型データベースと比較し、その際サンプル遺伝子型と候補親遺伝子型の一つ、または親の一対の２個体の各々の遺伝子型との一致がそのサンプルの起源を決定するというやり方で魚サンプルの起源を決定する方法を提供する。
【００６３】
関連はあるが別個の一実施形態において、本発明は、候補遺伝子型プロフィールのコレクションを含む起源遺伝子型データベースを提供し、その際候補遺伝子プロフィールの各々が起源の異なる集団を表し；サンプル遺伝子型を候補遺伝子型プロフィールと比較し、その際サンプル遺伝子型と候補遺伝子型プロフィールの一つとの一致がサンプルの起源の集団を確認するというやり方によって魚サンプルの起源を決定する方法を提供する。
【００６４】
ここに使用する用語“血統遺伝子型データベース”および“起源遺伝子型データベース”は、サンプル遺伝子型で検索して一致を確認できる中心的位置において、候補親遺伝子型または候補遺伝子型プロフィールにそれぞれ対応するヌクレオチド配列のコレクションの編集物（ｃｏｍｐｉｌａｔｉｏｎ）を言う。
【００６５】
本明細書中で使用する場合、用語“候補親遺伝子型”および“候補起源遺伝子型”は、それぞれ、“血統遺伝子型データベース”または“起源遺伝子型データベース”を構成するコレクションの個々の構成要素を言う。起源  対  親の概念を用いて、データベースが二世代以上離れた個体を含むような状況、ならびに親構成要素（ｐａｒｅｎｔ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ）に一致しない遺伝子型を含むその他のデータベース、例えば有性生殖ができない生物材料を含んでなるようなデータベースを含めることができる。さらに、起源遺伝子型は、例えば幼魚などのサンプルを潜在的親の異なる遺伝的組み合わせによって確認するためにこの方法を実施する実施形態で所望されるように、個々の親よりもむしろ特異的集団または群に対応する遺伝的に特徴のある一組の標識を反映するプロフィールまたはパネルからなる。特定の親集団または起源集団によって作り出される遺伝プロフィールの特異なスペクトルを利用して或るサンプルを辿り、特定の産物にまで行き着くことができる。
【００６６】
本明細書中で使用する場合、用語“起源（ｏｒｉｇｉｎ）”はサンプルの遺伝子型を例えば個々の候補親遺伝子型または候補遺伝子型プロフィール／パネルからなる候補遺伝子型のコレクションにマッチングすることによって確認される供給源である。本明細書中で記載されるように、本発明のある特定の実施形態においては、厳密な血統試験によって出発点である親魚（ｂｒｏｏｄｓｔｏｃｋ）を確認することが望ましい。その一方、他の実施形態では、或る候補を、個々の親の一群を集合的に反映する遺伝子型プロフィールまたはパネルによって表される起源集団または起源群にマッチングするために本発明の方法を使用できる。
【００６７】
血統または起源遺伝子型データベースは、候補親または起源遺伝子型のコレクションを含む。これらの遺伝子型は、ここに記載される、当該分野で公知の遺伝標識、例えば本発明によって提供される核酸分子に含まれるＳＮＰおよびマクロサテライト配列によってあらわされるような遺伝標識によって確立できる。これらの遺伝標識はデータベースの一つの候補親遺伝子型と他の候補親遺伝子型とを十分区別することができる。血統的遺伝子型データベースは２以上、３以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、１００以上、２００以上、５００以上、１０００以上、２０００以上、５０００以上、または１０，０００以上、１５，０００以上、３０，０００以上、または６０，０００以上の候補親遺伝子型を含むことができる。その上、本発明の方法の実施に際して要求される統計的効力を得るために必要な遺伝標識の数は、この方法の所望用途、標識の対立頻度、およびデータベースを含むコレクションの規模を含む、種々の要因に依存する。本発明によって或る個体を両親に割り当てる方法では、少なくも３０以上、少なくも４０以上、少なくも５０以上、少なくも６０以上、少なくも７０以上、少なくも８０以上、少なくも９０以上、少なくも１００以上、少なくも１２０以上のＳＮＰの型を決定しなければならないことが企図される。その上、本発明の方法によって或る個体を或る両親に割り当てるためには少なくも５以上、少なくも１０以上、少なくも２０以上、少なくも４０以上のマクロサテライト標識の型を決定することがある。必要な標識数は、品種改良および生産組織からもたらされる特定のパラメータ、例えば、生産単位におけるファミリーの異なる数などに依存することが理解される。
【００６８】
好ましい実施形態において、血統遺伝子型データベースは網羅的である。これはそのデータベースが潜在的に或るサンプルの血統起源となり得る候補親または起源遺伝子型の全てを含み得ることを意味する。例えば、血統遺伝子型データベースは幼魚を生産する各孵化場からの実質的に全ての親の遺伝子型を含む。血統遺伝子型データベース中の候補親または起源遺伝子型の数は、ユーザーの要求に依存し、同定すべきサンプルのソース、候補親または起源遺伝子型の入手可能性およびサンプルにおいて発現される遺伝標識の複雑さによって種々変動する。
【００６９】
血統または起源遺伝子型データベースは単一種の候補親または起源遺伝子型に向けられることもあるし、所望される場合、種々の潜在的起源種、例えばタラおよびテラピアに対応する代表的遺伝子型を含むこともできる。種特異的標識を用いて、或る食物サンプルまたは個々のサンプルがそのサンプルが販売または市販の際に表示されている種であるかどうかを確認し、または検査することができる。
【００７０】
一実施形態において、本発明を実施して種の起源を証明することができる。この点に関して、多数の標識を有するサンプルの遺伝子型決定の総合結果を用いて、そのサンプルが、生産者などから提供され得る、標識に関するあらかじめ決められた情報に基づく種に属することを証明することができる。プロポーション標識は１種類より多い種に対応するとはいえ、対立遺伝子の数、対立遺伝子サイズおよび対立頻度の差を利用して種間を区別することができる。
【００７１】
さらに、ユーザーが望む場合、候補親または起源遺伝子型は例えば養殖場で育てたサケと野生サケのような２集団をあらわすことができ、本発明を使用してあるサンプルを特定の両親よりもむしろこれら起源候補集団の一つに割り当てることができる。
【００７２】
こうして本発明は候補親または起源遺伝子型のコレクションを含む血統または起源遺伝子型データベースを提供する。候補親または起源遺伝子型は当業者に公知であり、ここに記載される種々の遺伝子型決定法によって、例えば本発明によって提供される遺伝標識を用いて構成することができる。
【００７３】
血統遺伝子型データベースは既存の親魚の遺伝子型を含むことができ、全ての親魚の遺伝子型の完全なコレクションとなり得ると考えられる。サンプル類を供給する孵化場からのブリーダーの可能な最大数が遺伝子型決定され、血統遺伝子型データベースに加えられると考えられる。親魚の遺伝子型決定および血統遺伝子型データベースへの適切な挿入に加えて、食用魚（ｓｍｅｌｔ）を養殖場に導入するとか、または養殖場から魚を捕まえて殺す際に、典型的数の個々の魚で遺伝子型決定を行うこともできると考えられる。こうして、本発明の方法において、血統遺伝子型データベースは、潜在的親の所望の集団に対応する候補親または起源遺伝子型の部分的または完全なコレクションとなり得る。ひとたび決定されると、決定されたサンプルの遺伝子型を血統起源データベースと比較することができる。
【００７４】
本発明によって提供される方法によって、ユーザーは、親魚、養殖センターまたは孵化場によって決まる個々の遺伝子起源にさかのぼるだけでなく、この方法を利用して適切な標識を選択することによって、あるサンプルを食物の価値連鎖のあらゆる所望レベルにまでさかのぼることができることが理解される。本発明のこの実施形態は、最適化遺伝子ロジスティックスまたは遺伝子フローコントロールと記載することもできるが、この実施形態は、生産系列の或るメンバー、例えば養殖業者が、起源の親魚から、または養殖業者が種魚（ｓｅｅｄ）を得る最後の繁殖体から、同定可能な別種の遺伝物質群を受け取り、それによってそのサンプルのもとである親を同定し、型を決定し、それを使用して遺伝子型プロフィールまたはパネルを生成できる、という事実に基づいている。より詳細に述べるならば、ある養殖業者は遺伝物質を他の養殖業者と共有するかもしれないが、孵化場からの分配が最適に組織化されているならば、他のファームでは同じ子孫が得られないような明らかに別の親の組み合わせに由来する固有の一連の幼魚を各養殖業者は受け取る。従って幼魚の提供者、一般には孵化場、は異なる養殖業者を供給先とする特異的な子孫群を生ずる異なる雄雌組に相当するＤＮＡを集め、型を決定することができる。本発明の方法のこの実施形態においては、その血統遺伝子型コレクションによって決まる親魚のプロフィールだけが特異的であるわけでなく、あらゆる養殖魚集団または群が、起源集団を辿ることのできる特異な遺伝子起源遺伝子型プロフィールまたはパネルに割り当てられる。
【００７５】
候補遺伝子型プロフィールまたはパネルのコレクションを含む起源遺伝子型データベースを提供することによって魚サンプルの起源を決める本発明の方法は、商業的連鎖内の個々の生産者または存在者、例えば養殖業者が、一般的数の商業魚、例えば卸売レベルで取引される魚などから組織を集めることができるか、候補遺伝子型プロフィールのコレクションを含む起源遺伝子型データベースの別の呼び名である「ビオバンク」を確立することができる。ひとたび確立されたならば、そのビオバンクにアクセスして特定のサンプルの起源を証明することができ、または病原体汚染、不正または不法行為の場合などにはそのサンプルの供給源となり得る生産者を排除することができるかのいずれかである。
【００７６】
本明細書に記載されるように、本発明の方法により、特異的遺伝標識と、包括的または網羅的データベースに対する瞬時の立証テクノロジーとを使用して、ある食物サンプルを商業的連鎖のどのレベルにも辿ることができる。この方法は種々のレベルでの血統または起源テストを含み、さらに、当業者に公知のその他の方法、例えば遺伝子頻度に基づく遺伝プロフィールのマッチングなどと組合わせることができる；前記マッチングは、特異的遺伝子構成または遺伝子型を有する個体が、これらの座に特異的遺伝子頻度を有する特異的集団に属する統計的尤度に基づく方法である。比較によって、本発明の方法は子孫またはサンプルの遺伝子型と、特異な起源集団を反映する個々の血統または遺伝子型プロフィールもしくはパネルをあらわす遺伝子型のコレクションとの直接マッチングに基づいて起源または血統を確認する。ビオバンクはさらにミトコンドリア遺伝標識も含むことができる。この遺伝標識は、母系の遺伝パターンに基づいて血統または起源を確認する方法において有用である。
【００７７】
サンプルに対応する遺伝子型、ならびに起源データベースを構成する候補親または起源遺伝子型のコレクションに対応する遺伝子型の決定は、本明細書中で記載される当業者には公知の種々の遺伝子型決定法によって実現し、本発明によって提供される特殊のＳＮＰおよびマクロサテライト標識などを含む種々の遺伝標識を利用することができる。従って、候補親または起源遺伝子型のコレクションを含むように構成され得る血統遺伝子型データベースに種々の手段でアクセスし、サンプル遺伝子を比較し、その起源／血統を決めることができる。サンプル遺伝子型の決定は例えば当業者には公知のアレーまたはチップテクノロジーを使用して瞬時に行うことができ、その結果はサテライトまたはコンピューターによって好適に伝達され、ここに開示される方法によって起源遺伝子型データベースを有する中心レポジトリーに直接または遠隔連結される。
【００７８】
本発明の方法の好ましい実施形態において、血統遺伝子型データベースを構成する候補親または起源遺伝子型の遺伝子型決定は正確かつ迅速な高処理量法、例えばチップ−ベースまたはゲル−ベースの方法によって行われ、本発明によって提供される図１−９および図１１に、対応するプライマー配列と共に示されるＳＮＰまたはマクロサテライト配列など（配列番号：１〜１３７７）の多型標識を検出する。血統遺伝子型データベースに含めるために遺伝子型決定される個体は多数であるため、使用される遺伝子型決定システムが高処理量条件に適していることが重要である。特に、多数の工程を省き、ＰＣＲまたは電気泳動の実施などを必要としない遺伝子型決定法が、候補の起源個体または親個体の遺伝子型の決定のために特に有用である。例えば、ＩｎｖａｄｅｒＴＭ検出プラットフォームは、ゲノムＤＮＡと種々異なる標識で標識化されたＳＮＰ含有プローブとの直接ハイブリダイゼーションを含み、ＰＣＲによるサンプル増幅をすることなくＳＮＰを高感度で正確に検出できる。また迅速かつ正確な高処理量遺伝子型決定のための当業者に公知のその他の技術も本発明の方法に有用である。
【００７９】
従って、本発明の方法は、遺伝的変化を特徴づけるために使用できる種々の遺伝子型決定法、例えばアレーをベースとする技術、溶液ベース、ビーズベースおよびゲルベースのシステム、ＭＡＬＤＬ−ＴＯＦマススペクトロメトリーなどを使用することができる。サンプル分子と基質上の標的との結合を含むアレーは、ガラススライドまたはニトロセルロース膜のような半固体基質を含むことができ、サンプルヌクレオチド配列はＤＮＡ、ＲＮＡ、またはその変形体であり得る。サンプル遺伝子型を決定する一つの便利な方法はマイクロアレーの使用を含む。
【００８０】
血統遺伝子型データベースを構成する候補親遺伝子型の遺伝子型決定とは異なり、サンプルの遺伝子型決定法の選択には種々の基準が重要である。本明細書中で記載されるように、本発明の方法は、サンプル遺伝子型決定の工程と、サンプル遺伝子型を血統遺伝子型データベースと比較する工程とが物理的に離れている遠隔法を含むことができる。例えばサンプルの遺伝子型決定は遠隔場所、例えば倉庫、ストアまたは商業的連鎖のいずれかの場所で、専門技術レベルの低い個人によって行われる可能性がある。したがってサンプル遺伝子型決定は、信頼できる確実な、比較的簡単な方法、例えばＭｏｔｏｒｏｌａ  ｅＳｅｎｓｏｒＴＭＤＮＡチップシステムのようなチップテクノロジーによって行うのが適切であるというのは理解できる。ＳＮＰ捕獲プローブ、例えば本明細書に記載される本発明の核酸分子をチップの表面に置き、プロファイリング核酸分子をあらわすＰＣＲ産物のプールにハイブリッド化することが企図される。その後異なる標識をつけたプローブ、例えば本発明によって提供され、本明細書中で記載されるオリゴヌクレオチドプローブを使用して第二のハイブリダイゼーションを行うことができる。チップにわずかな電圧をかけると、電気的シグナルがサンプル中に検出される特定のＳＮＰに、したがってサンプル遺伝子型に伝わる。
【００８１】
本明細書中に記載されるように、本発明の方法は、孵化場と消費者との間の生産ラインに沿ったあらゆる点において行われる直接的方法に使用できる。そこで、前記サンプルは卵、ならびに幼魚から作られるフィレサンプル、または遺伝子型決定に適するその他のサンプルであり得る。遺伝子型を決定する核酸物質は、市販の分離ロボットを使用する自動抽出など、ユーザーが所望するいかなる方法によっても抽出できる。好ましい実施形態において、本発明の方法は、サンプルの遺伝子型決定の工程が、サンプル遺伝子型と血統遺伝子型データベースとを比較する工程から物理的に離れている遠隔法に使用できる。例えば、サンプルの遺伝子型決定は、倉庫、ストア、または商業的チェーンに沿ったあらゆる場所など、離れた場所で販売員によって行うことができ、比較工程はインターネットなどのネットワークによって遠隔場所に都合よく連結することによって、違う場所で即座に行うことができる。
【００８２】
ひとたびサンプル遺伝子型が決定されると、起源の決定は即座に行われると考えられる。所望ならば、血統遺伝子型データベースをコンピューター読み取り可能な媒体に好適に保存することができる。よって、本発明は血統遺伝子型データベース、例えば候補親または起源遺伝子型の網羅的コレクションを含むコンピューター読み取り可能な媒体を提供する。血統遺伝子型データベースを含むこのようなコンピューター読み取り可能な媒体はサンプル遺伝子型を候補親または起源遺伝子型と比較するのに有用であり、この比較はコンピューター機器上で便利に行われる。コンピューター機器の使用が便利であるのは、血統遺伝子型データベースが都合よく保存され、サンプルの遺伝子型と比較するためにアクセスできるからである。血統遺伝子型データベースには、適切なハードウェア、ソフトウェア、および／またはネットワークを使用して、例えばインターネットを含むネットワークと連結するハードウェアを使用して、都合よくアクセスできる。種々のハードウェア、ソフトウェアおよびネットワークの組み合わせの使用によって、サンプルの遺伝子型を血統遺伝子型データベースに比較する工程を含む本発明の方法は、種々の形態で好適に実施できる。よって、本発明はさらに、本発明の方法の諸工程に対応するコンピューター実施可能工程を実施するためのコンピューター機器も提供する。例えば、単一のコンピューター機器はあるサンプルについて決定された遺伝子型を血統遺伝子型データベースと比較するコンピューター実施可能工程を実施するための命令と、そのサンプルの遺伝子型が血統遺伝子型データベースの候補親または起源遺伝子型の一つ以上に一致するかどうかを決定するための命令を含むことができる。
【００８３】
あるいは、コンピューター機器は、本発明の方法の諸工程を実施するための命令を含み得、その一方で血統遺伝子型データベースは別の媒体に保存される。その上、サンプル遺伝子型が血統遺伝子型データベースの候補親遺伝子型または候補起源遺伝子型に一致するかどうかを決定するための命令は、別のコンピューター機器、または別の媒体に含まれてもよく、またはこの方法のコンピューター実施可能工程を含むコンピューター機器および／または別の媒体上のデータベースと組み合わせることもできる。このような別のコンピューター読出し可能媒体は別のコンピューター機器、保存媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ジップディスク）またはファイル−サーバーのようなサーバーでもよい；これらは電磁キャリア波のようなキャリア波によってアクセスできる。こうして、血統遺伝子型データベースまたはその血統遺伝子型データベースが保存されているファイル−サーバーを含むコンピューター機器は、遠隔から、例えば衛星によってまたはインターネットなどのネットワークによってアクセスできる。当業者は、本発明のコンピューター機器を連結できる適切なハードウェア、ソフトウェアまたはネットワークインターフェースを知っており、これらを容易に決めることができる。
【００８４】
本発明の方法に有用な血統遺伝子型データベースは双方向性であり、候補親遺伝子型または候補起源遺伝子型を追加して最新のものにすることができる。さらに、上記データベースは、データをその他の場所に移す必要なく、サンプル遺伝子型を候補親遺伝子型コレクションに直接比較するために実施され得る統計的アルゴリズムを提供する適切なソフトウェアを含むことが企図される。あるサンプルの起源の可能性を推定する日常的操作は、当該分野で周知であり、例えば最尤法、準最尤推定および一般化積率法などがある。
【００８５】
本発明の方法を魚の種および魚類製品／海産食物製品について例示したが、本発明によって提供される方法は、サンプルの遺伝子型決定およびそのサンプルの遺伝子型と可能性のある親の遺伝子型との比較によって、その他の種の確認にも適用できると、当業者は認識する。こうして本発明の方法は、例えばテラピア、サケおよびその他の魚種などと同様な繁殖法を行う植物種および動物種（特に一組の子孫を生産するために父系と母系との交配を行う植物および動物種）に適用できる。
【００８６】
本発明の種々の実施形態の活性に実質的に影響を与えない変更もまた、本明細書中に提供される本発明の定義内に含まれることが、理解される。よって、下記の実施例は本発明を説明することを意図し、本発明を制限することは意図しない。
【実施例】
【００８７】
（実施例１）
（サケおよびテラピアからのＳＮＰ標識の分離）
この実施例は大西洋サケ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の個体およびナイルテラピア（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の個体からのＳＮＰ標識含有ゲノムＤＮＡの分離を記載する。
【００８８】
２つのゲノムライブラリー（一つはテラピアのものであり、一つはサケのものである）を下記の手順を用いて構築した。ゲノムＤＮＡを制限酵素Ｓａｕ３Ａ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）で消化し、その後１％ＴＢＥアガロースゲル電気泳動法を行った。１ｋｂ  ＤＮＡサイズのラダー（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ）を用いて、サイズ範囲９００−１１００ｂｐのＤＮＡ断片を上記ゲルから切り取り、ＱＩＡｑｕｉｃｋ  ゲル抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて分離した。分離したＤＮＡ断片をその後Ｒｅａｄｙ−ｔｏ−Ｇｏ  ｐＵＣ１８（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ）に連結し、ＢａｍＨＩで線状にし、ＢＡＰ処理し、Ｔ４ＤＮＡリガーゼで処理し、その後大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）パック  ゴールド  スーパーコンピテント細胞（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）に形質転換した。ライブラリーから得た細胞をＬＡ  ａｍｐ  寒天プレート上で増殖させ、無作為にクローンをピックアップし、ＬＢ培地中で一晩培養した。その後プラスミドをＱＩＡｐｒｅｐ  Ｓｐｉｎ  Ｍｉｎｉｐｒｅｐキット（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて分離し、その後、標準Ｍ１３順方向シーケンシングプライマーおよび標準Ｍ１３逆方向シーケンシングプライマーおよびＢｉｇ  Ｄｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇキット（ＡＢＩ）を使用してクローン挿入物の配列を決定した。
【００８９】
ＰＣＲのためのプライマーは、Ｐｒｉｍｅｒ３ソフトウェア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−ｇｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｉｍｅｒ／ｐｒｉｍｅｒ３  ｗｗｗ．ｃｇｉ）を使用して、挿入物配列から、できるだけ大きい、最小長さ４００ｂｐを有するアンプリコンを得るように設計した。プライマーはＭＷＧ（ドイツ）に注文し、そこで合成された。さらなるＭ１３順方向配列（５’−ＴＧＴ  ＡＡＡ  ＡＣＧ  ＡＣＧ  ＧＣＣ  ＡＧＴ−３’）または逆方向配列（５’−ＣＡＧ  ＧＡＡ  ＡＣＡ  ＧＣＴ  ＡＴＧ  ＡＣＣ−３’）を、各ＰＣＲプライマー対の各順方向および逆方向プライマーの５’末端にそれぞれ付加し、その後の配列決定操作を簡略化した。
【００９０】
上記のＰＣＲプライマーを使用して、６つのＤＮＡサンプル（ここに、５匹の血縁関係のない魚からのゲノムＤＮＡサンプル、および２０匹の魚から採取し、一緒にしたＤＮＡの一サンプル）から、アンプリコンを生成した。ＰＣＲ反応は、１００ｎｇ  ＤＮＡ、５ｐｍｏｌの各プライマー、２μｌのｄＮＴＰ（２ｍＭ）、２μｌの１０×ＰＣＲ緩衝液（ＡＢＩ社から提供され、酵素に対して最適化されている）、０．２μｌのＡｍｐｌｉ−ｔａｑポリメラーゼ（ＡＢＩ）からなる総量２０μｌ中で行った。温度サイクルは、最初の変性工程を９５℃で３分間、その後、各々９５℃で３０秒、５８℃で３０秒および７２℃で３０秒を１２サイクル、その後各々９５℃で３０秒および６８℃で１分間を２５サイクルであった。増幅はＡＢＩ社のＧｅｎｅＡｍｐ  ９６００で行った。
【００９１】
ＰＣＲ実施後に、３．６μｌのＰＣＲ生産物を０．７μｌのエキソヌクレアーゼＩ（１０Ｕ／μｌ，Ａｍｅｒｓｈａｍ）および０．７μｌのエビアルカリホスファターゼ（２Ｕ／μｌ，Ａｍｅｒｓｈａｍ）と混合し、３７℃で１５分間、その後８０℃で１５分間インキュベートした。
【００９２】
精製ＰＣＲセグメントを、ＡＢＩから得たＢｉｇ  Ｄｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒキットを使用し、供給された推奨プロトコルに従って、アンプリコンのプライマー末端のそれぞれの配列に適合する標準Ｍ１３順方向プライマーおよび標準Ｍ１３逆方向プライマーで配列決定し、ＡＢＩ製のＡＢＩ  ３７７自動シーケンサーで分析した。上記５個体からのＤＮＡ配列および上記ＤＮＡプールのＤＮＡ配列を、ＳｅｑｕｅｎｃｈｅｒＴＭ４．１ソフトウェア（Ｇｅｎｅ  Ｃｏｄｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、米国）を使って整列させ、ＳＮＰを不規則点変異として確認した。
【００９３】
（実施例２）
（テラピアおよびサケにおけるＳＮＰ変異の確認）
オリゴヌクレオチド連結アッセイ（ＯＬＡ）によるテラピアＳＮＰおよびサケＳＮＰの分析を記載する。ＯＬＡ分析の３つのプライマーを、次のように設計した：
１）対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド−１：５’ＡＢＩ＿ｃｏｌｏｕｒ−（プライマー配列）−Ｘ−３’
２）対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド−２：５’ＡＢＩ＿ｃｏｌｏｕｒ−ＡＡＡＡＡ−（プライマー配列）−Ｙ−３’
３）結合（Ｊｏｉｎｉｎｇ）−オリゴヌクレオチド：５’−Ｐ−プライマー−３’。
【００９４】
対立遺伝子識別プライマーを、ＳＮＰ点を含む、ＡＢＩ  ３７７自動シーケンサー機器と適合する蛍光色素（ｔａｍｒａ、ｆａｍまたはｔｅｔ）で末端標識したＳＮＰの上流隣接配列から選択した。対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド１（ＡＳ１）およびＡＳ２両方共、同じ色素で標識した。ＡＳ１およびＡＳ２それぞれの３’末端のＸおよびＹは、このＳＮＰを識別するヌクレオチドを示す。ＡＳ２オリゴヌクレオチドは、５個のアデニンヌクレオチド伸長を有し、ＯＬＡ産物を識別し、それにより、この２つの遺伝子型を識別することができる。結合オリゴヌクレオチドを、その５’末端にてリン酸基で標識し、その後の連結を可能とする。
【００９５】
上の実施例１に記載したように、最初のＳＮＰ分離工程で設計したＰＣＲプライマーを使って、ＳＮＰを含むアンプリコンを作製し、その後Ｅｘｏ−ｓａｐ精製を、これも実施例１に記載したようにして行った。
【００９６】
このＯＬＡ反応は、下記の試薬：０．２５μｌリガーゼ（Ｐｆｕ  ＤＮＡリガーゼ、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、４Ｕ／μｌ）、１μｌ  １０×リガーゼ緩衝液（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、２．５μｌ  ＰＣＲ産物（ｅｘｏ−ｓａｐにより精製）、０．５μｌ対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド１（１５０ｆｍｏｌ／μｌ）、０．５μｌ対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド２（１５０ｆｍｏｌ／μｌ）および０．５μｌ結合オリゴヌクレオチド（１５０ｆｍｏｌ／μｌ）を含む、総量１０μｌで、下記の温度プロフィールに従って行った：ＡＢＩ製ＧｅｎｅＡｍｐ  ９６００にて、最初の変性工程は９４℃（１０秒）、その後９５℃（３０秒）および５５℃（１分）の２５サイクル。等量のＯＬＡ産物およびホルムアルデヒドゲルローディング緩衝液を混合し、６％  ＳｅｑｕａＧｅｌＴＭ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）上にローディングし、ＡＢＩ  ３７７自動シーケンサー（ＡＢＩ）上で泳動し、ＧｅｎＳｃａｎソフトウェア（ＡＢＩ）を用いて分析した。
【００９７】
（実施例３）
（大西洋サケ、テラピア、タラ、タイセイヨウオヒョウ、シーバスからのマイクロサテライト標識の分離）
この実施例は、大西洋サケ個体、ナイルテラピア個体、タラ個体、タイセイヨウオヒョウ個体、シーバス個体からのマイクロサテライト標識含有ゲノムＤＮＡの分離を説明する。
【００９８】
マイクロサテライト含有ＤＮＡの分離法はどの種でも同じであった。以下に示す方法は、一つの種からの分離を記載する。
【００９９】
ゲノムライブラリーを下記の方法で構築した。ゲノムＤＮＡを制限酵素Ｓａｕ  ３Ａ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）で消化し、その後１％ＴＢＥアガロースゲル中で電気泳動を行った。１ｋｂ  ＤＮＡサイズ  ラダー（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ）を用い、サイズ範囲９００−１１００ｂｐのＤＮＡ断片をゲルから切り出し、ＱＩＡｑｕｉｃｋゲル抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて分離した。分離したＤＮＡ断片を、その後Ｒｅａｄｙ−ｔｏ−Ｇｏ  ｐＵＣ１８（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ）に連結し、ＢａｍＨＩで線状にし、ＢＡＰ処理し、Ｔ４  ＤＮＡリガーゼで処理し、その後、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｐａｃｋ  Ｇｏｌｄスーパーコンピテント細胞（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）に形質転換した。ライブラリーからの細胞を、ＬＡ  ａｍｐ寒天プレート上で３７℃で１２時間増殖させた。下記の方法に従い、Ｃｏｌｏｎｙ／Ｐｌａｑｕｅ  Ｓｃｒｅｅｎ  ＮＥＦ９９０Ａフィルター（ＤｕＰｏｎｔ，Ｌａｂｏｒｅｌ）を用いて、各プレートのコロニーレプリカを行った。
【０１００】
各フィルターに、鉛筆で独特なマークをつけ、コロニープレートの最上部に置いた。その後、後で行われるオートラジオグラム／ＬＡプレートの方向を最適にするために、それらフィルターの３カ所を針で刺した。
【０１０１】
それらフィルターをコロニープレートから引き上げ、３ｍｌの０．５Ｍ  ＮａＯＨプール上に置き、コロニー／ＤＮＡの変性を２分間行い、その後１分間３ＭＭ濾紙上に置いて短時間乾燥した。変性工程をもう一度繰り返し、それからフィルターを１Ｍ  Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．５）３ｍｌで２分間中和し、３ＭＭフィルター上で１分間、短時間乾燥し、中和工程を一回繰り返した。フィルターを６５℃で３０分間風乾してＤＮＡを固定し、その後２×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ、５０℃で洗浄した。フィルターを、１２０ｍｌ  ２０×ＳＳＣ、２４ｍｌ  １０％ＳＤＳ、２４ｍｌ  Ｄｅｎｈａｒｄｓ、６ｍｌ  ｔＲＮＡ１０ｍｇ／ｍｌ、３０６ｍｌ  Ｈ２Ｏ中で、５０℃で３０分間プレハイブリダイズし、その後Ｐ３２（Ａｍｅｒｓｈａｍ）末端標識プローブを加えた。このハイブリダイゼーション工程を５０℃で１２時間続けた。このプローブは（ＧＴ）１０オリゴヌクレオチド（ＭＷＧ（ドイツ）で合成された）であった。フィルターを２×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ中、室温で１５分間づつ２回洗浄し、０．５×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ中、５０℃で２回洗浄し、３ＭＭ濾紙上で短時間乾かし、プラスチックフィルムで包み、その後、フィルム（ＨｙｐｅｒｆｉｌｍＴＭＭＰ、Ａｍｅｒｓｈａｍ）をフィルターの最上部に置き、約５時間、−７０℃に保持した。供給された推奨プロトコルに従い、そのフィルムを、Ｃｕｒｉｘ６０発色器（ＡＧＦＡ）を使って発色し、ＧＴマイクロサテライトを含むオリジナルプレートのコロニーを確認した。コロニーを拾い上げ、新しいＬＡａｍｐ寒天プレートに移した。それらプレートから、ＬＢａｍｐ培地中で一晩培養物を生成させた。プラスミドを、ＱＩＡｐｒｅｐ  Ｓｐｉｎ  Ｍｉｎｉｐｒｅｐキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使って分離し、その後提供されている推奨プロトコルに従って、標準Ｍ１３順方向および逆方向配列決定プライマー、Ｂｉｇ  Ｄｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇキット（ＡＢＩ）を使用して、クローン挿入物の配列決定を行い、ＡＢＩ製３７７自動シーケンサーでその配列を検出／分析した。
【０１０２】
（ＧＴ）ｎ反復に隣接するＰＣＲプライマーを、Ｐｒｉｍｅｒ３ソフトウェア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−ｇｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｉｍｅｒ／ｐｒｉｍｅｒ３  ｗｗｗ．ｃｇｉ）を使用して設計した。プライマーはＭＷＧ（ドイツ）に注文し、そこで合成された。各ＰＣＲセットにおけるプライマーの一つは、その５’末端がプライマー合成会社によって色素で標識されている。これら色素は、自動シーケンシング機器（ＡＢＩ  ３７７）を使用するその後の分析を可能にするものである。
【０１０３】
（実施例４）
（大西洋サケ、テラピア、タラ、大西洋オヒョウ、シーバスにおけるマイクロサテライト変異の決定）
この実施例は、ＰＣＲ、その後の自動ＤＮＡ配列決定／分析機器（ＡＢＩ３７７）による分析によって、大西洋、ナイルテラピア、タラ、大西洋オヒョウおよびシーバスのマイクロサテライト変異の分析を記載する。
【０１０４】
この方法はそれぞれの種で同一である。以下に示す方法は一つの種のこのような変異の決定について説明する。
【０１０５】
２０種類の血縁のない魚類からのゲノムＤＮＡの遺伝子型を、所定のマイクロサテライト標識に関して決定し、多型レベルを検出し、ＰＣＲによって各マイクロサテライト標識がどの程度効率良く増幅したかを、その質も含めて研究した。ＰＣＲ反応は、１００ｎｇ  ＤＮＡ、５ｐｍｏｌ各プライマー、２μｌ  ｄＮＴＰ（２ｍＭ）、２μｌ  １０×ＰＣＲ緩衝液（ＡＢＩから提供され、酵素のために最適化されている）、０．２μｌ  Ａｍｐｌｉ−ｔａｑポリメラーゼ（ＡＢＩ）からなる総量２０μｌ中で行われた。温度サイクルは最初の変性工程は９５℃で３分間、それから９５℃で３０秒ずつ１２サイクル、５８℃で３０秒、７２℃で３０秒、それから９５℃で３０秒ずつ２５サイクル、その後６８℃で１分間であった。増幅をＡＢＩからのＧｅｎｅＡｍｐ９６００で行った。
【０１０６】
（実施例５）
（魚の血統試験）
この実施例は個体を正しい両親に割り当てるためのマイクロサテライト標識の使用について記載する。このような型決定および割り付けのための方法は全ての種で同じである。従って、具体例として以下に示す方法は、大西洋サケについてのこのような分析を記載する。
【０１０７】
雌６匹および雄４匹のブリーダーから得たゲノムＤＮＡを、合計８マイクロサテライト（配列番号：）について実施例４に記載の方法によって遺伝子型決定した。どの雌にどの雄を交配させたかは既知であった。さらにゲノムＤＮＡを全部で１３匹の子孫から分離した。これらの個体を、その後、可能性のある親の群と同じ標識組について遺伝子型決定した。遺伝子型決定の結果は表１に示される。
表１．１３匹の大西洋サケ子孫、４匹の雄親および６匹の雌パートナーの、８マイクロサテライト標識の遺伝子型
【０１０８】
【表１】
2005514074.tif 000002
子孫の遺伝子型と可能性のある両親の遺伝子型との間で比較分析を行い、特定の子孫に見出される同じ遺伝子型を有する子孫を生産する能力に基づいて正しい両親を決定した。遺伝子型決定した子孫にこのようにして両親を割り当てた結果を表２に示す。
表２．子孫の、その両親への割り当て
【０１０９】
【表２】
2005514074.tif 000003
この実施例は少数の子孫／ファミリーの割り当て分析を示す。任意の数の子孫／サンプルが、入手可能なあらゆる規模の考えられる雄および雌の親個体群から同定された正しい両親に割り当てなければならない場合、正しい両親の同定に同一方法が用いられる。
【０１１０】
この実施例はマイクロサテライト標識に関して示されている。例えばＳＮＰなどのその他の遺伝標識を使用することによって、同じ試験を行うことができる。
【０１１１】
本出願を通じて、種々の出版物が括弧内に参照されている。これらの出版物の開示はその全体が本明細書で参考として援用され、本出願において本発明に関係する技術の状態をより完全に説明する。
【０１１２】
開示された実施形態を参照して本発明を説明したが、当業者は、ここに詳述された特定の実験が、本発明の例証に過ぎないことを容易に理解する。種々の改変が本発明の精神から逸脱することなくなされ得ることは理解されるべきである。従って、本発明は添付の特許請求の範囲によってのみ限定される。
【図面の簡単な説明】
【０１１３】
【図１Ａ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｂ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｃ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｄ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｅ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｆ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｇ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｈ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｉ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図１Ｊ】図１は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）および対応するＯＬＡプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１〜１１２）。
【図２Ａ】図２は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に対応するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１１３〜１５４）。
【図２Ｂ】図２は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に対応するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１１３〜１５４）。
【図３Ａ】図３は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１５５〜１６４）。
【図３Ｂ】図３は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１５５〜１６４）。
【図３Ｃ】図３は、サルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１５５〜１６４）。
【図４Ａ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｂ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｃ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｄ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｅ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｆ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｇ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｈ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｉ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｊ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｋ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｌ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｍ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｎ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図４Ｏ】図４は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）ならびに対応するＯＬＡおよびＳＮＰプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：１６５〜３０８）。
【図５Ａ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｂ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｃ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｄ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｅ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｆ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｇ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｈ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｉ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｊ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｋ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｌ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｍ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｎ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｏ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｐ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｑ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図５Ｒ】図５は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）のマイクロサテライトのヌクレオチド配列を示す（配列番号：３０９〜３６７）。
【図６Ａ】図６は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３６８〜３７３）。
【図６Ｂ】図６は、オレクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）の多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３６８〜３７３）。
【図７Ａ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図７Ｂ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図７Ｃ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図７Ｄ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図７Ｅ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図７Ｆ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図７Ｇ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図７Ｈ】図７は、アトランティク  ハリバット（Ａｔｌａｎｔｉｃ  ｈａｌｉｂｕｔ）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のヌクレオチド配列を示す（配列番号：３７４〜４０９）。
【図８】図８は、タラの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１０〜４１４）。
【図９Ａ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｂ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｃ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｄ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｅ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｆ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｇ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｈ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｉ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｊ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｋ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｌ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｍ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図９Ｎ】図９は、シーバスの多型部位のヌクレオチド配列を示す（配列番号：４１５〜４７２）。
【図１０】図１０は、魚のサンプルの血統起源を決定する本発明の方法の概略図である。
【図１１Ａ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｂ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｃ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｄ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｅ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｆ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｇ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｈ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｉ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｊ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｋ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｌ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｍ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｎ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｏ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｐ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｑ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｒ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｓ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｔ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｕ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｖ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｗ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｘ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｙ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１Ｚ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＡＡ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＢＢ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＣＣ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＤＤ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＥＥ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＦＦ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＧＧ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＨＨ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＩＩ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＪＪ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＫＫ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＬＬ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＭＭ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＮＮ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＯＯ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＰＰ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＱＱ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＲＲ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＳＳ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＴＴ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＵＵ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＶＶ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＸＸ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＹＹ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＺＺ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＡＡＡ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＢＢＢ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＣＣＣ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＤＤＤ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＥＥＥ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＦＦＦ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＧＧＧ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＨＨＨ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＩＩＩ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＪＪＪ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＫＫＫ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＬＬＬ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＭＭＭ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＮＮＮ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＯＯＯ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＰＰＰ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＱＱＱ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＲＲＲ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＳＳＳ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＴＴＴ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＵＵＵ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＶＶＶ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＷＷＷ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＸＸＸ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＹＹＹ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＺＺＺ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＡＡＡＡ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＢＢＢＢ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＣＣＣＣ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＤＤＤＤ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＥＥＥＥ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＦＦＦＦ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＧＧＧＧ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＨＨＨＨ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＩＩＩＩ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＪＪＪＪ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＫＫＫＫ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＬＬＬＬ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＭＭＭＭ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＮＮＮＮ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＯＯＯＯ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＰＰＰＰ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＱＱＱＱ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１１ＲＲＲＲ】図１１は、オレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）マイクロサテライトおよび対応するプライマーのヌクレオチド配列を示す（配列番号：４７３〜１３７７）。
【図１Ａ】
2005514074.tif 000004
【図１Ｂ】
2005514074.tif 000005
【図１Ｃ】
2005514074.tif 000006
【図１Ｄ】
2005514074.tif 000007
【図１Ｅ】
2005514074.tif 000008
【図１Ｆ】
2005514074.tif 000009
【図１Ｇ】
2005514074.tif 000010
【図１Ｈ】
2005514074.tif 000011
【図１Ｉ】
2005514074.tif 000012
【図１Ｊ】
2005514074.tif 000013
【図２Ａ】
2005514074.tif 000014
【図２Ｂ】
2005514074.tif 000015
【図３Ａ】
2005514074.tif 000016
【図３Ｂ】
2005514074.tif 000017
【図３Ｃ】
2005514074.tif 000018
【図４Ａ】
2005514074.tif 000019
【図４Ｂ】
2005514074.tif 000020
【図４Ｃ】
2005514074.tif 000021
【図４Ｄ】
2005514074.tif 000022
【図４Ｅ】
2005514074.tif 000023
【図４Ｆ】
2005514074.tif 000024
【図４Ｇ】
2005514074.tif 000025
【図４Ｈ】
2005514074.tif 000026
【図４Ｉ】
2005514074.tif 000027
【図４Ｊ】
2005514074.tif 000028
【図４Ｋ】
2005514074.tif 000029
【図４Ｌ】
2005514074.tif 000030
【図４Ｍ】
2005514074.tif 000031
【図４Ｎ】
2005514074.tif 000032
【図４Ｏ】
2005514074.tif 000033
【図５Ａ】
2005514074.tif 000034
【図５Ｂ】
2005514074.tif 000035
【図５Ｃ】
2005514074.tif 000036
【図５Ｄ】
2005514074.tif 000037
【図５Ｅ】
2005514074.tif 000038
【図５Ｆ】
2005514074.tif 000039
【図５Ｇ】
2005514074.tif 000040
【図５Ｈ】
2005514074.tif 000041
【図５Ｉ】
2005514074.tif 000042
【図５Ｊ】
2005514074.tif 000043
【図５Ｋ】
2005514074.tif 000044
【図５Ｌ】
2005514074.tif 000045
【図５Ｍ】
2005514074.tif 000046
【図５Ｎ】
2005514074.tif 000047
【図５Ｏ】
2005514074.tif 000048
【図５Ｐ】
2005514074.tif 000049
【図５Ｑ】
2005514074.tif 000050
【図５Ｒ】
2005514074.tif 000051
【図６Ａ】
2005514074.tif 000052
【図６Ｂ】
2005514074.tif 000053
【図７Ａ】
2005514074.tif 000054
【図７Ｂ】
2005514074.tif 000055
【図７Ｃ】
2005514074.tif 000056
【図７Ｄ】
2005514074.tif 000057
【図７Ｅ】
2005514074.tif 000058
【図７Ｆ】
2005514074.tif 000059
【図７Ｇ】
2005514074.tif 000060
【図７Ｈ】
2005514074.tif 000061
【図８】
2005514074.tif 000062
【図９Ａ】
2005514074.tif 000063
【図９Ｂ】
2005514074.tif 000064
【図９Ｃ】
2005514074.tif 000065
【図９Ｄ】
2005514074.tif 000066
【図９Ｅ】
2005514074.tif 000067
【図９Ｆ】
2005514074.tif 000068
【図９Ｇ】
2005514074.tif 000069
【図９Ｈ】
2005514074.tif 000070
【図９Ｉ】
2005514074.tif 000071
【図９Ｊ】
2005514074.tif 000072
【図９Ｋ】
2005514074.tif 000073
【図９Ｌ】
2005514074.tif 000074
【図９Ｍ】
2005514074.tif 000075
【図９Ｎ】
2005514074.tif 000076
【図１０】
2005514074.tif 000077
【図１１Ａ】
2005514074.tif 000078
【図１１Ｂ】
2005514074.tif 000079
【図１１Ｃ】
2005514074.tif 000080
【図１１Ｄ】
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【図１１Ｅ】
2005514074.tif 000082
【図１１Ｆ】
2005514074.tif 000083
【図１１Ｇ】
2005514074.tif 000084
【図１１Ｈ】
2005514074.tif 000085
【図１１Ｉ】
2005514074.tif 000086
【図１１Ｊ】
2005514074.tif 000087
【図１１Ｋ】
2005514074.tif 000088
【図１１Ｌ】
2005514074.tif 000089
【図１１Ｍ】
2005514074.tif 000090
【図１１Ｎ】
2005514074.tif 000091
【図１１Ｏ】
2005514074.tif 000092
【図１１Ｐ】
2005514074.tif 000093
【図１１Ｑ】
2005514074.tif 000094
【図１１Ｒ】
2005514074.tif 000095
【図１１Ｓ】
2005514074.tif 000096
【図１１Ｔ】
2005514074.tif 000097
【図１１Ｕ】
2005514074.tif 000098
【図１１Ｖ】
2005514074.tif 000099
【図１１Ｗ】
2005514074.tif 000100
【図１１Ｘ】
2005514074.tif 000101
【図１１Ｙ】
2005514074.tif 000102
【図１１Ｚ】
2005514074.tif 000103
【図１１ＡＡ】
2005514074.tif 000104
【図１１ＢＢ】
2005514074.tif 000105
【図１１ＣＣ】
2005514074.tif 000106
【図１１ＤＤ】
2005514074.tif 000107
【図１１ＥＥ】
2005514074.tif 000108
【図１１ＦＦ】
2005514074.tif 000109
【図１１ＧＧ】
2005514074.tif 000110
【図１１ＨＨ】
2005514074.tif 000111
【図１１ＩＩ】
2005514074.tif 000112
【図１１ＪＪ】
2005514074.tif 000113
【図１１ＫＫ】
2005514074.tif 000114
【図１１ＬＬ】
2005514074.tif 000115
【図１１ＭＭ】
2005514074.tif 000116
【図１１ＮＮ】
2005514074.tif 000117
【図１１ＯＯ】
2005514074.tif 000118
【図１１ＰＰ】
2005514074.tif 000119
【図１１ＱＱ】
2005514074.tif 000120
【図１１ＲＲ】
2005514074.tif 000121
【図１１ＳＳ】
2005514074.tif 000122
【図１１ＴＴ】
2005514074.tif 000123
【図１１ＵＵ】
2005514074.tif 000124
【図１１ＶＶ】
2005514074.tif 000125
【図１１ＸＸ】
2005514074.tif 000126
【図１１ＹＹ】
2005514074.tif 000127
【図１１ＺＺ】
2005514074.tif 000128
【図１１ＡＡＡ】
2005514074.tif 000129
【図１１ＢＢＢ】
2005514074.tif 000130
【図１１ＣＣＣ】
2005514074.tif 000131
【図１１ＤＤＤ】
2005514074.tif 000132
【図１１ＥＥＥ】
2005514074.tif 000133
【図１１ＦＦＦ】
2005514074.tif 000134
【図１１ＧＧＧ】
2005514074.tif 000135
【図１１ＨＨＨ】
2005514074.tif 000136
【図１１ＩＩＩ】
2005514074.tif 000137
【図１１ＪＪＪ】
2005514074.tif 000138
【図１１ＫＫＫ】
2005514074.tif 000139
【図１１ＬＬＬ】
2005514074.tif 000140
【図１１ＭＭＭ】
2005514074.tif 000141
【図１１ＮＮＮ】
2005514074.tif 000142
【図１１ＯＯＯ】
2005514074.tif 000143
【図１１ＰＰＰ】
2005514074.tif 000144
【図１１ＱＱＱ】
2005514074.tif 000145
【図１１ＲＲＲ】
2005514074.tif 000146
【図１１ＳＳＳ】
2005514074.tif 000147
【図１１ＴＴＴ】
2005514074.tif 000148
【図１１ＵＵＵ】
2005514074.tif 000149
【図１１ＶＶＶ】
2005514074.tif 000150
【図１１ＷＷＷ】
2005514074.tif 000151
【図１１ＸＸＸ】
2005514074.tif 000152
【図１１ＹＹＹ】
2005514074.tif 000153
【図１１ＺＺＺ】
2005514074.tif 000154
【図１１ＡＡＡＡ】
2005514074.tif 000155
【図１１ＢＢＢＢ】
2005514074.tif 000156
【図１１ＣＣＣＣ】
2005514074.tif 000157
【図１１ＤＤＤＤ】
2005514074.tif 000158
【図１１ＥＥＥＥ】
2005514074.tif 000159
【図１１ＦＦＦＦ】
2005514074.tif 000160
【図１１ＧＧＧＧ】
2005514074.tif 000161
【図１１ＨＨＨＨ】
2005514074.tif 000162
【図１１ＩＩＩＩ】
2005514074.tif 000163
【図１１ＪＪＪＪ】
2005514074.tif 000164
【図１１ＫＫＫＫ】
2005514074.tif 000165
【図１１ＬＬＬＬ】
2005514074.tif 000166
【図１１ＭＭＭＭ】
2005514074.tif 000167
【図１１ＮＮＮＮ】
2005514074.tif 000168
【図１１ＯＯＯＯ】
2005514074.tif 000169
【図１１ＰＰＰＰ】
2005514074.tif 000170
【図１１ＱＱＱＱ】
2005514074.tif 000171
【図１１ＲＲＲＲ】
2005514074.tif 000172
【配列表】
2005514074000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成16年2月27日(2004.2.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一組の子孫を生産するために両親の交配を含む生殖法を有する植物および動物由来のサンプルの起源を決定する方法であって：
（ａ）いずれかのタイプの遺伝標識および遺伝子型決定技術を使用して、明白な血統起源をそれぞれあらわす候補親遺伝子型のコレクションを含む血統遺伝子型データベース（ｐａｒｅｎｔ  ｇｅｎｏｔｙｐｅ  ｄａｔａｂａｓｅ）を作成し、その結果、サンプルの遺伝子型を該血統遺伝子型データベース（ｐａｒｅｎｔａｇｅ  ｇｅｎｏｔｙｐｅ  ｄａｔａｂａｓｅ）と比較し、サンプル遺伝子型と候補親遺伝子型の一つとの一致が該サンプルの血統起源を同定する工程、および
（ｂ）いずれかの型の遺伝標識および遺伝子型決定技術を使用して、候補遺伝子型プロフィールのコレクションを含む起源遺伝子型データベースを作成し、ここで該候補遺伝子型プロフィールの各々は明白な起源集団をあらわしており、その後サンプル遺伝子を該候補遺伝子型プロフィールと比較し、ここで該サンプル遺伝子型と前記候補遺伝子型プロフィールの一つとの一致が前記サンプルの起源集団を同定する工程；および
（ｃ）食物価値連鎖のあるメンバーが、起源の親魚または最後の繁殖体から明白な、同定可能な遺伝物質群を受け取り、サンプルに生じる食物価値連鎖のあるメンバーが同定され得る、という事実に基づいて予想される遺伝ロジスティックを作成する工程；そして
ここで該サンプルの起源の血統および起源集団は、ロジスティックス情報と共に、サンプルを食物価値連鎖の任意の段階まで追跡することを可能にする、
ことを包含する、方法。
【請求項２】
前記動物種が水性生物種である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記種が魚である、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記魚が大西洋サケ、テラピア、タラ、大西洋オヒョウまたはシーバスである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記血統遺伝子型データベースが可能性のある全ての起源遺伝子型を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記候補親遺伝子型が２種類以上の別個の種を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がサケ（Ｓａｌｍｏｎｉｄａｅ）科に属する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がサルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）種に属する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がテラピア属に属する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がオレオクロミス  ニロチカス（Ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ）種に属する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
ニジマス、オヒョウ、シーバスおよび大西洋タラからなる群から選択される種に属するサンプルおよび候補親遺伝子型をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、該方法が、以下の初期工程：
（ａ）前記別個の起源集団の各々に相当する核酸を抽出する工程；および
（ｂ）選択した遺伝標識を有する該抽出核酸の遺伝子型を決定して、前記候補親遺伝子型コレクションを得る工程
をさらに包含する、方法。
【請求項１３】
前記核酸が血統個体から抽出される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記遺伝標識が、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、マイクロサテライト、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、増幅断片長多型（ＡＦＬＰ）、無作為増幅多型ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）、ミトコンドリアＤＮＡからなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記遺伝標識がＳＮＰを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
オリゴヌクレオチド連結アッセイ（ＯＬＡ）の実施によって前記ＳＮＰを同定する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
ハイブリダイゼーションアッセイの実施によって前記ＳＮＰを同定する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記ハイブリダイゼーションアッセイが、ＤＮＡチップ上で行われる、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記一致の欠如が、前記サンプルの起源として前記候補遺伝子型を排除する、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記候補親遺伝子型集団を保存できる集中型データベースを作成する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記集中型データベースが、前記サンプル遺伝子型と前記候補親遺伝子型コレクションとを瞬時に比較することができる、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
候補親遺伝子型の前記集中型データベースが、インターネットによってアクセス可能である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
一組の子孫を生産するために両親の交配を含む生殖法を有する植物および動物由来のサンプルの起源を決定する装置であって、以下：
（ａ）それぞれが明白な血統起源を示す候補親遺伝子型コレクションを含む親遺伝子型データベースを包含するコンピュータ読み取り可能な媒体；および
（ｂ）候補遺伝子型プロフィールのコレクションを包含する起源遺伝子型データベースであって、ここで前記候補遺伝子型プロフィールの各々が、明白な起源集団をあらわす該データベースを包含するコンピュータ読み取り可能な媒体；および
（ｃ）食物価値連鎖あるメンバーが起源の親魚からまたは最後の繁殖体から、明白な、同定可能な遺伝物質群を受け取り、サンプルにあらわれる生産系のあるメンバーを同定し得るようにし；そして
ここで、コンピューター装置は適切なハードウエア、ソフトウエアおよび／またはネットワークを含み、サンプル遺伝子型を血統遺伝子型データベースと比較し、サンプル遺伝子型を候補遺伝子型プロフィールと比較する工程、および特定サンプルの起源を証明するか、またはサンプルの可能性のある源としては特定生産体を排除する工程を行い；
ここで、サンプル遺伝子型を血統遺伝子型データベースと比較した際に、サンプル遺伝子型と候補親遺伝子型の一つとの一致がそのサンプルの血統的起源を同定し；そして
ここで、サンプル遺伝子型を候補遺伝子型プロフィールと比較する際にはサンプル遺伝子型と候補遺伝子型プロフィールの一つとの一致が該サンプルの該起源集団を同定し；
ここで、前記サンプルの起源の血統および起源集団がロジスティック情報と共に、該サンプルを食物価値連鎖の任意の段階まで追跡することを可能にする、
装置。
【請求項２４】
前記動物種が水性生物種である、請求項２３に記載の装置。
【請求項２５】
前記種が魚である、請求項２２または請求項２３に記載の装置。
【請求項２６】
前記魚が大西洋サーモン、テラピア、タラ、大西洋オヒョウまたはシーバスである、請求項２４に記載の装置。
【請求項２７】
前記血統遺伝子型データベースが可能性のある全ての起源遺伝子型を含む、請求項２３に記載の装置。
【請求項２８】
前記候補親遺伝子型が２種類以上の別個の種を含む、請求項２３に記載の装置。
【請求項２９】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がサケ（Ｓａｌｍｏｎｉｄａｅ）科に属する、請求項２３に記載の装置。
【請求項３０】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がサルモ  サラ（Ｓａｌｍｏ  ｓａｌａｒ）種に属する、請求項２３に記載の装置。
【請求項３１】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がテラピア属に属する、請求項２３に記載の装置。
【請求項３２】
前記サンプルおよび候補親遺伝子型がＯｒｅｏｃｈｒｏｍｉｓ  ｎｉｌｏｔｉｃｕｓ種に属する、請求項２３に記載の装置。
【請求項３３】
ニジマス、オヒョウ、シーバスおよび大西洋タラからなる群から選択される種に属するサンプルおよび候補親遺伝子型をさらに含む、請求項２３に記載の装置。
【請求項３４】
請求項２３に記載の装置であって、前記候補親遺伝子型コレクションが、以下の初期工程：
（ａ）前記別個の起源集団の各々に相当する核酸を抽出する工程；および
（ｂ）選択された遺伝標識を有する該抽出核酸の遺伝子型を決定する工程
によって得られる、装置。
【請求項３５】
前記核酸が血統個体から抽出される、請求項３４に記載の装置。
【請求項３６】
前記遺伝標識が、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、マイクロサテライト、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、増幅断片長多型（ＡＦＬＰ）、無作為増幅多型ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）、ミトコンドリアＤＮＡからなる群から選択される、請求項３４に記載の装置。
【請求項３７】
前記遺伝標識がＳＮＰを含む、請求項３６に記載の装置。
【請求項３８】
前記ＳＮＰがオリゴヌクレオチド連結アッセイ（ＯＬＡ）を行なうことによって同定される、請求項３７に記載の装置。
【請求項３９】
前記ＳＮＰがハイブリダイゼーションアッセイを行なうことによって同定される、請求項３７に記載の装置。
【請求項４０】
前記ハイブリダイゼーションアッセイが、ＤＮＡチップ上で行われる、請求項３９に記載の装置。
【請求項４１】
前記一致の欠如が、前記サンプルの起源として前記候補遺伝子型を排除する、請求項２３に記載の装置。
【請求項４２】
親遺伝子型データベースを包含する前記コンピュータ読み取り可能な媒体が、前記候補親遺伝子型集団を保存できる集中型データベースである、請求項２３に記載の装置。
【請求項４３】
前記集中型データベースが、前記サンプル遺伝子型と前記候補親遺伝子型コレクションとを瞬時に比較することができる、請求項２３に記載の装置。
【請求項４４】
候補親遺伝子型の前記集中型データベースが、インターネットによってアクセス可能である、請求項４３に記載の装置。
【国際調査報告】
2005514074.tif 000173
2005514074.tif 000174
2005514074.tif 000175
2005514074.tif 000176
2005514074.tif 000177
2005514074.tif 000178
2005514074.tif 000179