(57)【要約】【課題】アバカビルを含むヌクレオシド抗ウイルス性化合物に対する過敏症反応の臨床的徴候のリスクを評価する方法が記載されている。これらの方法は、ＴＮＦα遺伝子、クラスＩ  ＨＬＡ遺伝子、又はＴＮＦα及びＨＬＡ遺伝子の双方の組み合わせにおける多型について被験者を遺伝子型分類することを含む。【特許請求の範囲】
【請求項１】
アバカビル投与に対する応答を予測する際の補助としてヒト被験者をスクリーニングする方法であって、一般集団において予期されるリスクと比較して、アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連したＴＮＦα遺伝子型を該被験者が有するかどうかを決定することを含み、このようなＴＮＦα遺伝子型の存在は、該被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高いことを示す、上記方法。
【請求項２】
上記被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが一般集団に対して上昇していない場合に、アバカビルの治療方式で該被験者を治療することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがない、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがある、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
Ｇ（−２３７）Ａ  ＴＮＦα多型部位における「Ａ」対立遺伝子の存在又は不在を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
アバカビルに対する過敏症反応の上昇したリスクと関連したＨＬＡ遺伝子型を上記被験者が有するかどうかを決定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ＨＬＡ遺伝子型がＨＬＡ−Ｂ５７及びＨＬＡ−Ｂ＊５７０１から選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ＨＬＡ遺伝子型がＨＬＡ−Ｂ５７と連鎖不平衡である遺伝子マーカー及びＨＬＡ−Ｂ＊５７０１と連鎖不平衡である遺伝子マーカーから選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
上記被験者がヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に感染している、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
アバカビル投与に対する応答を予測する際の補助としてヒト被験者をスクリーニングする方法であって、一般集団におけるリスクと比較して、アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連したＨＬＡ遺伝子型を該被験者が有するかどうかを決定することを含み、このようなＨＬＡ遺伝子型の存在が、該被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高いことを示す、上記方法。
【請求項１１】
上記被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高くない場合に、アバカビルの治療方式で該被験者を治療することをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがない、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがある、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
上記ＨＬＡ遺伝子型がＨＬＡ−Ｂ５７である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
ＨＬＡ遺伝子型がＨＬＡ−Ｂ５７と連鎖不平衡である遺伝子マーカー及びＨＬＡ−Ｂ＊５７０１と連鎖不平衡である遺伝子マーカーから選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
ＨＬＡ遺伝子型がＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子の１個又は２個のコピーを含むものである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１７】
対立遺伝子ＨＬＡ  ＤＮＡ配列の存在又は不在を検出する方法によって上記ＨＬＡ遺伝子型を決定する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
上記被験者がヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に感染している、請求項１０に記載の方法。
【請求項１９】
アバカビルで治療する必要があるヒト被験者を治療する方法であって、
（ａ）該被験者のＨＬＡ−Ｂ遺伝子における遺伝子型を決定し；そして
（ｂ）ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子が検出されない場合に該被験者にアバカビルを投与する、
ことを含む、上記方法。
【請求項２０】
上記被験者がＨＩＶに感染している、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
対立遺伝子ＨＬＡ  ＤＮＡ配列の存在又は不在を検出する方法によって上記ＨＬＡ遺伝子型を決定する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがない、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがある、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
アバカビルで治療する必要があるヒト被験者を治療する方法であって、
（ａ）該被験者のＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ部位における遺伝子型を決定し；そして
（ｂ）該部位の遺伝子型が（Ｇ，Ｇ）である場合に該被験者にアバカビルを投与する、ことを含む、上記方法。
【請求項２５】
上記被験者がＨＩＶに感染している、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
上記被験者がＡＩＤＳと診断されている、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがない、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがある、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
アバカビルの治療方式に対する過敏症反応を経験する被験者のリスクを予測する際の補助としてヒト被験者をスクリーニングする方法であって、
（ａ）該被験者のＴＮＦα遺伝子の多型部位であって、一般集団におけるリスクと比較してアバカビルＨＳＲのリスクの上昇と関連した多型部位における遺伝子型を決定する、
ことを含み、アバカビルに対する過敏症反応の出現率の上昇と関連したＴＮＦα遺伝子型の存在が、該被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高いことを示す、上記方法。
【請求項３０】
Ｇ（−２３７）Ａ  ＴＮＦα多型部位における「Ａ」対立遺伝子の存在又は不在を決定することを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
被験者のＨＬＡ遺伝子の多型部位における遺伝子型を決定することをさらに含む請求項２９に記載の方法であって、一般集団におけるＨＳＲのリスクと比較して、該ＨＬＡ多型がアバカビルＨＳＲのリスクの上昇と関連したものである、上記方法。
【請求項３２】
上記ＨＬＡ遺伝子がクラスＩ  ＨＬＡ遺伝子である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
上記ＨＬＡ遺伝子がＨＬＡ−Ｂ遺伝子である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
上記ＨＬＡ多型がＨＬＡ−Ｂ５７及びＨＬＡ−Ｂ＊５７０１から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
上記被験者がヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に感染している、請求項２９に記載の方法。
【請求項３６】
上記被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高くない場合に、アバカビルの治療方式で該被験者を治療することをさらに含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３７】
アバカビルの治療方式に対する過敏症反応を経験する被験者のリスクを予測する際の補助として、ヒト被験者をスクリーニングする方法であって、
（ａ）該被験者の遺伝子型を、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子の多型部位であって、一般集団におけるリスクと比較してアバカビルＨＳＲのリスクの上昇と関連した多型部位において決定する、
ことを含み、アバカビルに対する過敏症反応の出現率の上昇と関連したＨＬＡ−Ｂ遺伝子の存在が、該被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高いことを示す、上記方法。
【請求項３８】
ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ＊５７０１対立遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ５７と連鎖不平衡である遺伝子マーカー及びＨＬＡ−Ｂ＊５７０１対立遺伝子と連鎖不平衡である遺伝子マーカーから選択される遺伝子マーカーの存在又は不在を決定することを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
ＴＮＦα遺伝子における多型の存在を決定することをさらに含む請求項３７に記載の方法であって、該ＴＮＦα多型がアバカビルＨＳＲのリスクの上昇と関連したものである、上記方法。
【請求項４０】
対立遺伝子ＤＮＡ配列の存在を検出する方法によって上記ＨＬＡ遺伝子型を決定する、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
上記被験者がヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に感染している、請求項３７に記載の方法。
【請求項４２】
上記被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高くない場合に、アバカビルの治療方式で該被験者を治療することをさらに含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項４３】
アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するヒト遺伝子型を同定する方法であって、
ａ）試験被験者の集団において、各試験被験者をＴＮＦα遺伝子の少なくとも１つの多型について遺伝子型分類し；
ｂ）各試験被験者にアバカビルの治療方式を投与し；
ｃ）アバカビルに対する過敏症反応の臨床的徴候を示す試験被験者を同定し；そして
ｄ）該試験被験者のＴＮＦα遺伝子型を過敏症反応の臨床的徴候の出現と相関させて、検出された他の遺伝子型と比較して、どの遺伝子型がアバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するのかを決定する、
ことを含む、上記方法。
【請求項４４】
各試験被験者をＨＬＡ遺伝子の少なくとも１つの多型について遺伝子型分類することをさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
上記ＨＬＡ遺伝子がクラスＩ  ＨＬＡ遺伝子である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
上記ＨＬＡ遺伝子がＨＬＡ−Ｂ遺伝子である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
各試験被験者をＨＬＡ−Ｂ５７及びＨＬＡ−Ｂ＊５７０１から選択される対立遺伝子について遺伝子型分類することをさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４８】
遺伝子型分類する前に上記アバカビルの治療方式を投与する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４９】
遺伝子型分類した後に上記アバカビルの治療方式を投与する、請求項４３に記載の方法。
【請求項５０】
アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するヒト遺伝子型を同定する方法であって、
ａ）試験被験者の集団において、各試験被験者をＨＬＡ遺伝子の少なくとも１つの多型について遺伝子型分類し；
ｂ）各試験被験者にアバカビルの治療方式を投与し；
ｃ）アバカビルに対する過敏症反応の臨床的徴候を示す試験被験者を同定し；そして
ｄ）該試験被験者のＨＬＡ遺伝子型を過敏症反応の臨床的徴候の出現と相関させて、検出された他の遺伝子型と比較して、どの遺伝子型がアバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するのかを決定する、
ことを含む、上記方法。
【請求項５１】
各試験被験者をＴＮＦα遺伝子の少なくとも１つの多型について遺伝子型分類することをさらに含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
遺伝子型分類する前に上記アバカビルの治療方式を投与する、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
遺伝子型分類した後に上記アバカビルの治療方式を投与する、請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】
対立遺伝子ＤＮＡ配列の存在を検出する方法によって上記ＨＬＡ遺伝子型を決定する、請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクを予測する際の補助として、アバカビルによる治療に適する医学的状態を有すると診断された該被験者にアバカビルを処方する方法であって、
（ａ）一般集団におけるリスクと比較して、アバカビル過敏症反応のリスクの上昇と関連したＨＬＡ遺伝子型を該被験者が有するかどうかを決定し、そして
（ｂ）該被験者がアバカビル過敏症のリスクの上昇と関連した遺伝子型を有すると決定されなかった場合に、アバカビルによる治療を該被験者に処方する、
ことを含む、上記方法。
【請求項５６】
アバカビル過敏症反応のリスクの上昇と関連した上記ＨＬＡ遺伝子型がＨＬＡ−Ｂ５７及びＨＬＡ−Ｂ＊５７０１から選択される、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがない、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがある、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
上記被験者がＨＩＶ感染、ＨＩＶ疾患、ＡＩＤＳ及びＡＩＤＳ関連複合症から選択される状態と診断されている、請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
対立遺伝子ＤＮＡ配列の存在を検出する方法によって上記ＨＬＡ遺伝子型を決定する、請求項５５に記載の方法。
【請求項６１】
被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクを予測する際の補助として、アバカビルによる治療に適する医学的状態が診断された該被験者にアバカビルを処方する方法であって、
（ａ）一般集団におけるリスクと比較して、アバカビル過敏症反応のリスクの上昇と関連したＴＮＦα遺伝子型を該被験者が有するかどうかを決定し、そして
（ｂ）該被験者がアバカビル過敏症のリスクの上昇と関連した遺伝子型を有すると決定されなかった場合に、アバカビルによる治療を該被験者に処方する、
ことを含む、上記方法。
【請求項６２】
アバカビル過敏症反応のリスクの上昇と関連した上記ＴＮＦα遺伝子型がＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ  （Ｇ／Ａ）又は（Ａ／Ａ）である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがない、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
上記被験者が以前にアバカビルで治療されたことがある、請求項６１に記載の方法。
【請求項６５】
上記被験者がＨＩＶ感染、ＨＩＶ疾患、ＡＩＤＳ及びＡＩＤＳ関連複合症から選択される状態と診断されている、請求項６１に記載の方法。
【請求項６６】
アバカビル過敏症反応の出現率を低下させるためにアバカビルを投与する方法であって、
アバカビルによる治療に適する状態を有する被験者の出発集団から、該出発集団と比較して、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を持つ被験者のパーセンテージが低下した治療集団を選択し、そして
該治療集団にアバカビルを投与する；
ことを含み、これによって、出発集団において生じると予期されるアバカビル過敏症反応の出現率と比較して、アバカビル過敏症反応の出現率が治療集団において低下する、上記方法。
【請求項６７】
ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を欠くことが既知の被験者が治療集団のために選択される、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を有することが既知の被験者が治療集団のために選択されない、請求項６６に記載の方法。
【請求項６９】
上記ＨＬＡ  Ｂ５７対立遺伝子がＨＬＡ  Ｂ＊５７０１対立遺伝子である、請求項６６に記載の方法。
【請求項７０】
アバカビル過敏症反応の出現率を低下させるためのアバカビルを投与する方法であって、
アバカビルによる治療に適する状態を有する被験者の出発集団から、該出発集団と比較して、ＴＮＦ  Ｇ（−２３７）ＡにＡ対立遺伝子を持つ被験者のパーセンテージが低下した治療集団を選択し、そして
該治療集団にアバカビルを投与する；
ことを含み、これによって、出発集団において生じると予期されるアバカビル過敏症反応の出現率と比較して、アバカビル過敏症反応の出現率が治療集団において低下する、上記方法。
【請求項７１】
ＴＮＦ  Ｇ（−２３７）ＡでＧ／Ｇであることが既知の被験者が治療集団のために選択される、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
ＴＮＦ  Ｇ（−２３７）ＡにＡ対立遺伝子を有することが既知の被験者が治療集団のために選択されない、請求項６９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、薬剤過敏症反応についてスクリーニングする方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
過敏症反応（ＨＳＲ）は、抗レトロウイルス治療法で治療される少数の患者において生じる予期されない免疫（アレルギー）様反応である。このような事象を予測又は診断するための単一の症状又は実験室試験法は見出されていない。合併して現れる一般の症状には、発熱、発疹、胃腸反応、酷い疲労及び呼吸器症状が含まれる。このような過敏症反応は明確な臨床的実体を構成し、そして多くの薬剤に対する共通の反応である単純な発疹（全身症状を伴わない軽度発疹）ではない。過敏症反応は、原因薬剤を中止すると解消するが、再開すると再発する。過敏症反応の正確な機序は知られていない。
【０００３】
抗レトロウイルス治療法は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に感染したか又は後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）と診断された個体の治療に有効であることが実証されている。抗レトロウイルス剤を組み合わせた治療法は生存を延長し、かつＨＩＶ−１感染合併症のリスクを低下させることができる。有害反応は全ての抗レトロウイルス剤で生じることがあり、若干のものは重症な罹患状態及び死亡を引き起こす可能性がある。（例えば、Samuelら,Antiretroviral Therapy 2000,Arch. Pharm.Res.23:425(2000)；Carrら，Lancet 356:1423(2000)参照）。普通の、通常あまり重症でない有害反応には、吐き気、頭痛、疲労、下痢及び非重症皮膚発疹が含まれる。抗レトロウイルス剤に対するあまり普通ではないが、時として重症な有害反応には、重症皮膚発疹、膵臓炎、乳酸アシドーシス及び過敏症反応が含まれる。
【０００４】
アバカビル（avacavir）（Ziagen）に対する過敏症反応は、この薬剤を単独で又は他の抗レトロウイルス剤と組み合わせて投与された患者の約５％において生じることが報告されている（Ziagenは、他の抗レトロウイルス剤と組み合わせてＨＩＶ−１感染を治療するために適用されることに注意されたい）。アバカビルを中止すると、結果として過敏症反応の症状が解消する。反応が続いているにもかかわらずアバカビル投与を続行するか、又は反応の前病歴を有する患者にアバカビルを再開すると、結果として突然の、重症かつ潜在的に致命的な反応が生じる。
【０００５】
医薬化合物に対する過敏症反応のリスクが上昇した被験者を同定するスクリーニング試験法は、臨床医学において有用であろう。
【発明の開示】
【０００６】
本発明の第１の態様は、ヒト被験者におけるアバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇又は低下を与える遺伝子型を同定する方法である。試験被験者の集団において、各被験者を、候補遺伝子、例えば、ＴＮＦアルファ（ＴＮＦα）遺伝子、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、及び／又はＨＬＡ遺伝子の多型について遺伝子型分類する。各被験者に（被験者の遺伝子型を分類する前、それと同時又はその後に）アバカビルの治療方式を投与し、そしてアバカビルに対する過敏症反応の臨床的徴候を示す（又は示した）試験被験者を同定する。候補遺伝子の多型部位における試験被験者の遺伝子型を過敏症反応の臨床的徴候の出現と相関させて、どの遺伝子型が（他の遺伝子型、又は遺伝子型によって層別されていない一般集団と比較して）過敏症反応のリスクの上昇又は低下と関連するのかを決定する。
【０００７】
本発明のもう１つの態様は、個体がアバカビルに対する過敏症反応を経験するリスクが高いかどうかを決定する方法であって、他の遺伝子型を有する被験者のリスクと比較して、過敏症反応のリスクの上昇と関連する遺伝子型を該個体が有するかどうかを決定することによって行われる、上記方法である。
【０００８】
本発明のもう１つの態様は、個体がアバカビルに対する過敏症反応を経験するリスクが低いかどうかを決定する方法であって、他の遺伝子型を有する被験者のリスクと比較して、過敏症反応のリスクの低下と関連する遺伝子型を該個体が有するかどうかを決定することによって行われる、上記方法である。
【０００９】
本発明のもう１つの態様は、アバカビル投与に対する適性を評価する際の補助としてヒト被験者をスクリーニングする方法であって、他のＴＮＦα遺伝子型を有する被験者のリスクと比較して、アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連したＴＮＦα遺伝子型を該被験者が有するかどうかを決定することによって行われる、上記方法である。このようなＴＮＦα遺伝子型の存在は、被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高いことを示す。
【００１０】
本発明のもう１つの態様は、アバカビル投与に対する適性を評価する際の補助としてヒト被験者をスクリーニングする方法であって、他のＨＬＡ遺伝子型を有する被験者のリスクと比較して、アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連したＨＬＡ遺伝子型を該被験者が有するかどうかを決定することによって行われる、上記方法である。このようなＨＬＡ遺伝子型の存在は、被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが高いことを示す。
【００１１】
本発明のもう１つの態様は、ヒト被験者をアバカビルで治療する方法であって、最初に該被験者を遺伝子型分類してＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子の存在又は不在を検出し、次いでＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子が検出されない場合にアバカビルを投与することによって行われる、上記方法である。
【００１２】
本発明のもう１つの態様は、アバカビルの治療方式に対して過敏症反応を経験する被験者のリスクを予測する際の補助としてヒト被験者をスクリーニングする方法であって、該被験者からのＤＮＡサンプルを遺伝子型分類して、ＴＮＦα遺伝子における多型の存在を決定することによって行われ、他のＴＮＦα多型と関連するＨＳＲのリスクと比較して、該多型がアバカビルＨＳＲのリスクの上昇と以前に関連したものである、上記方法である。（他のＴＮＦα遺伝子型と関連するアバカビルＨＳＲの出現率と比較して）アバカビルに対する過敏症反応の出現率の上昇と関連したＴＮＦα遺伝子型の存在を検出することは、該被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが上昇していることを示す。
【００１３】
本発明のもう１つの態様は、アバカビルの治療方式に対して過敏症反応を経験する被験者のリスクを予測する際の補助としてヒト被験者をスクリーニングする方法であって、該被験者からのＤＮＡサンプルを遺伝子型分類して、ＨＬＡ遺伝子における多型の存在を決定することによって行われ、他の多型と関連するＨＳＲのリスクと比較して、該多型がアバカビルＨＳＲのリスクの上昇と以前に関連したものである、上記方法である。（他のＨＬＡ遺伝子型と関連するアバカビルＨＳＲの出現率と比較して）アバカビルに対する過敏症反応の出現率の上昇と関連したＨＬＡ遺伝子型の存在は、該被験者のアバカビルに対する過敏症反応のリスクが上昇していることを示す。
【００１４】
本発明のもう１つの態様は、アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するヒト遺伝子型を同定する方法であって、試験被験者の集団の各構成員をＴＮＦα遺伝子における少なくとも１つの多型について遺伝子型分類し、各試験被験者にアバカビルの治療方式を投与し、そしてアバカビルに対する過敏症反応の臨床的徴候を示す試験被験者を同定することによって行われる、上記方法である。ＴＮＦα遺伝子型を過敏症反応の臨床的徴候の出現と相関させることによって、どの遺伝子型が（他の検出された遺伝子型と比較して）アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するのかが決定されるであろう。
【００１５】
本発明のもう１つの態様は、アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するヒト遺伝子型を同定する方法であって、試験被験者の集団の各構成員をＨＬＡ遺伝子における少なくとも１つの多型について遺伝子型分類し、各試験被験者にアバカビルの治療方式を投与し、そしてアバカビルに対する過敏症反応の臨床的徴候を示す試験被験者を同定することによって行われる、上記方法である。ＨＬＡ遺伝子型を過敏症反応の臨床的徴候の出現と相関させることによって、どの遺伝子型が（他の検出された遺伝子型と比較して）アバカビルに対する過敏症反応のリスクの上昇と関連するのかが決定されるであろう。
【００１６】
本発明のもう１つの態様は、アバカビル過敏症反応の出現率を低下させるためにアバカビルを投与又は処方する方法である。この方法は、遺伝子型の状態に基づいて、アバカビルによる治療に適する条件を有する被験者のより大きな出発集団から、治療集団を選択することを含む。治療集団は、アバカビル過敏症反応のリスクの低下と関連した遺伝子型を有する治療集団における被験者のパーセンテージが上昇するように選択される（治療集団における被験者のパーセンテージの上昇は、出発集団における被験者のパーセンテージに対する）。あるいはまた、治療集団は、アバカビル過敏症反応のリスクの上昇と関連した遺伝子型を有する被験者の治療集団におけるパーセンテージが低下するように選択される。次いで、選択された治療集団にアバカビルを投与し、これによって、より大きな出発集団にアバカビルを投与したときに発生したと予期される出現率と比較して、治療された集団におけるアバカビルＨＳＲの出現率を低下させる。「選択」は、当業者には明らかな任意の好適な方法によって行うことができる。好適な選択方法の例には、出発集団被験者の遺伝的スクリーニング、あるいは遺伝子型による被験者の分類（例えば、被験者の遺伝子型が知られている場合には、遺伝子試験を繰り返す必要がない）；あるいはアバカビルＨＳＲのリスクの上昇と関連した遺伝子型を有する治療集団における被験者数を減少させるためのアバカビルへのアクセスの調節が含まれる。このような遺伝子型の１つは、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子であり、この場合、治療集団におけるＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子の出現が最小限になるように治療集団が選択されるであろう。あるいはまた、問題の遺伝子型はＴＮＦ  Ｇ（−２３７）Ａ多型であってよく、この場合、Ａ対立遺伝子型の出現が最小限になるように治療集団が選択される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１７】
ＨＩＶ感染患者の抗レトロウイルス治療法は、プロテアーゼ阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤（ＮＮＲＴＩ）及びヌクレオシド逆転写酵素阻害剤（ＮＲＴＩ）を包含する複数種類の抗レトロウイルス剤の使用をしばしば含む。アバカビルは、硫酸アバカビル（ZIAGEN（登録商標）；GlaxoSmithKline）として市販されており、かつ他の抗レトロウイルス剤と組み合わせてＨＩＶ感染被験者の治療に用いられる合成プリンヌクレオシド類似体である。アバカビルは、天然デオキシヌクレオシドの２’デオキシリボシドの代わりに不飽和シクロペンテン環を含み、かつシクロプロピルアミノ基を含むＨＩＶ−１逆転写酵素の阻害剤（ＮＲＴＩ）である。硫酸アバカビルの化学名は、（cis）−４−［２−アミノ−６−（シクロプロピルアミノ）−９Ｈ-プリン−９−イル］−２−シクロペンテン−１−メタノールスルフェート（塩）（２：１）である。
【００１８】
過敏症反応は、広範囲の薬理学的化合物で生じる推定免疫学的性質の特異体質的イベントである。アバカビル投与に関しては、アバカビルに対する過敏症反応は深刻かつ生命を脅かすようになるほど進行することがある（Clayら，Ann Pharmacotherapy 34(2):247(2000)；Staszewskiら，AIDS 12:F197(1998)）。臨床試験において、アバカビルに対する過敏症反応は被験者の約５％で生じている。アバカビルに対する過敏症反応の徴候及び症状には、発熱、皮膚発疹、疲労、胃腸症状（吐き気、嘔吐、下痢、腹痛を含む）、及び呼吸器症状（咽頭炎、呼吸困難及び咳を含む）が含まれる（しかし、これらに限定されるものではない）。追加の徴候及び症状には、倦怠、嗜眠、筋肉痛、筋肉融解、関節痛、浮腫、頭痛及び感覚異常が含まれる。肉体的所見には、リンパ節症、粘膜病変（結膜炎及び口内潰瘍）が含まれる。過敏症反応に関連する発疹は、通常、斑状丘疹又はじんま疹として出現するが、出現率は変動する；過敏症反応の３０％までは発疹を伴うことなく生じている。実験室的異常には、肝機能試験値の上昇、クレアチンホスホキナーゼ又はクレアチニン値の上昇、及びリンパ球減少が含まれる。パッケージ附属説明書,Ziagen(硫酸アバカビル),Glaxo Wellcome,Research Triangle Park, NC(1998)；Clayら，「アバカビル関連過敏症反応の管理プロトコル（Management Protocol for Abacavir-related Hypersensitivity Reaction）」,Ann Pharmacotherapy 34(2):247(2000)参照。Clayらは、発疹単独の存在は、過敏症反応の他の全身症状が生じない限り、アバカビルの中止を正当化するものではないと述べている。
【００１９】
ＴＮＦアルファ
免疫学的エフェクター分子、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）は、多型であることが知られており、そして多数の多型がＴＮＦαプロモーター領域内で報告されている。若干の報告は、このようなプロモーター多型は免疫学的疾患に影響することを示しているが（Boumaら，Scand.J.Immunol.43:456(1996)；Allenら，Mol.Immunology 36:1017(1999)）、他の報告は、ＴＮＦα多型及び疾患の発症間で観察された関連は、選択性ＨＬＡ対立遺伝子とＴＮＦαの連鎖不平衡によるものであって、ＴＮＦαの機能的効果によるのではないことを示唆している（Uglialoroら，Tissue Antigens,52:359(1998)）。ＴＮＦαプロモーター多型のリストは、Allenら，Mol.Immunology 36:1017(1999)によって与えられる。ＴＮＦα多型の番号付与は、ＴＮＦαプロモーター領域について報告された配列が異なるために著者によって違っている；本明細書における番号付与は、Allenら(1999)で与えられた下記のコンセンサス配列を指す：
2005503152.tif 000002
2005503152.tif 000003
転写開始部位（＋１）は下線付き肉太活字体で示されており；Ｇ（−２３７）Ａ及びＧ（−３０８）Ａ多型は二重下線付き肉太活字体で示されている。報告された配列及び番号付与が異なるために、Ｇ（−２３７）Ａ多型はＧ−２３８Ａとも呼ばれており、そしてＧ（−３０８）Ａ多型は上記配列の−３０７位に位置する。本研究で調査されたもう１つの多型、Ｃ（−５，１００）Ｇは、ＴＮＦαの５’非翻訳領域内のＣ／Ｇ多型であった：
2005503152.tif 000004
2005503152.tif 000005
Ａｌｌｅｎら（上記）は、今日まで観察された多数のＴＮＦαプロモーター多型が−３７５〜−１６２ｂｐの領域でクラスターとなったＧ／Ａ多型であること；これらの多型の若干が共通のモチーフ内に存在することに注目し；そしてこのモチーフが転写レギュレーターのためのコンセンサス結合部位でありうること、又はＤＮＡ構造に影響するかもしれないことを示唆している。−２３７におけるＧ／Ａ多型は、ＤＮＡ湾曲に影響を及ぼすことが報告されている（D’Alfonsoら，Immunogenetics 39:150(1994)）。Huizingaら（J.Neuroimmunology 72:149,1997）は、−２３７がヘテロ接合（Ｇ／Ａ）である個体由来のＬＰＳ刺激細胞によるＴＮＦα産生が（Ｇ／Ｇ個体と比較して）有意に少ないと報告した；しかしながら、別の研究はこれらの効果を観察しなかった（Pociotら，Scand.J.Immunol.42:501,1995）。Ｇ（−２３７）Ａ多型は、自己免疫疾患に影響を及ぼすことも報告されている（Brinkmanら，Br.J.Rheumatol.36:516 1997（慢性関節リウマチ）；Huizingaら，J.Neuroimmunology 72:149,1997（多発性硬化症）；Vinascoら，Tissue Antigens,49:74 1997（慢性関節リウマチ）；及び感染性疾患（Hohlerら，Clin.Exp.Immunol.111:579 1998（Ｂ型肝炎）；Hohlerら，J.Med.Virol.54:173 1998（Ｃ型肝炎））。
【００２０】
遺伝学で周知のように、同じ遺伝子について異なるソースから得られたヌクレオチド及びアミノ酸配列は、番号付与スキーム及び正確な配列の両者において変動することがある。このような相違は、遺伝子内での本来の配列変動性及び／又は配列決定の誤りのためでありうる。従って、本明細書において番号による特定多型部位への言及（例えば、ＴＮＦα  Ｇ−２３８Ａ）は、それらを記載するために異なる番号付与／命名スキームが用いられている場合であっても、遺伝子内の配列及び位置が相当する多型部位を包含するものと当業者によって理解されるであろう。
【００２１】
ＨＬＡ
ヒトのＨＬＡ複合体（主要組織適合性複合体、又はＭＨＣ）は、染色体６上に位置する連結した遺伝子のクラスターである。（ＴＮＦα及びＨＬＡ  Ｂ座は、染色体６上で近位にある）。ＨＬＡ複合体は古典的には３つの領域：クラスＩ、ＩＩ及びＩＩＩ領域に分けられる（Klein J.In:Gotze D.編,「ヒト及び動物における主要組織適合性システム（The Major Histocompatibility System in Man and Animals）」,New York:Springer-Verlag,1976:339-378）。クラスＩ  ＨＬＡは、膜貫通タンパク質（重鎖）及び１分子のベータ−２−ミクログロブリンを含む。クラスＩ膜貫通タンパク質は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ座によってコードされる。クラスＩＨＬＡ分子の機能は、Ｔ細胞に抗原エピトープ（ウイルスタンパク質抗原を含む）を提示することである。クラスＩＩ  ＭＨＣ分子の３つのイソ型、ＨＬＡ−ＤＲ、−ＤＱ及び−ＤＰと呼ばれるものが認められる。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、アルファ鎖及びベータ鎖から構成されるヘテロ２量体である；異なるアルファ−及びベータ鎖が、それぞれＡ遺伝子及びＢ遺伝子のサブセットによってコードされる。種々のＨＬＡ−ＤＲハプロタイプが認められており、これらは各ＤＲハプロタイプに存在するＤＲＢ遺伝子の組織化及び数が相違する；複数のＤＲＢ遺伝子が記載されている。Bodmerら，Eur.J.Immunogenetics 24:105(1997)；Andersson,Frontiers in Bioscience 3:739(1998)）。
【００２２】
ＭＨＣは高度の多型を示す；ＨＬＡ−Ｂの２００を超える遺伝子型対立遺伝子が報告されている。例えば、Schreuderら，Human Immunology 60:1157-1181(1999)；Bodmerら，European Journal of Immunogenetics 26:81-116(1999)参照。ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ座における対立遺伝子の数にもかかわらず、集団で観察されるハプロタイプの数は数学的に予期される数よりも小さい。ある種の対立遺伝子は、ランダムに分離するよりはむしろ、同じハプロタイプにおいて一緒に生じる傾向がある。これは、連鎖不平衡（ＬＤ）と呼ばれ、そして当分野で公知の方法によって定量することができる（例えば、Devlin及びRisch,Genomics 29:311(1995);BS Weir,Genetic Data Analysis II,Sinauer Associates,Sunderland、MD(1996)参照）。
【００２３】
多型ＨＬＡ座によってコードされる産物は、移植及び輸血の組織適合性試験及び血液成分治療のための血清学的方法によって一般的に分類される。血清学的分類は、特性決定された血清とＨＬＡ遺伝子産物との反応に基づく。組織適合性試験のための公知技術には、微量リンパ球毒障害試験法及びフローサイトメトリーが含まれる。ＨＬＡ抗原分類のための標準的微量リンパ球毒障害試験法は、十分に特性決定されたＨＬＡ抗血清のパネルを用いて、被験者のリンパ球のＨＬＡ抗原プロフィールを決定する。ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子は十分に特性決定されており、そしてＨＬＡ−Ｂ５７を検出する血清学的方法は公知である。例えば、ASHI Laboratory Manual, Fourth Edition, American Society for Histocompatibility and Immunogenetics(2000)；Hurleyら，Tissue Antigens 50:401(1997)参照）。
【００２４】
より最近になって、ＨＬＡ多型を遺伝子レベルで分析する方法が開発された。非血清学的ＨＬＡ分類法には、特異的ＨＬＡ  ＤＮＡ配列を同定するためのＤＮＡ制限断片長多型（ＲＦＬＰ；例えば、Erlich  米国特許第4,582,788号（１９８６）参照）、又は標識オリゴヌクレオチドの使用が含まれる。このような方法は、ゲノムのコード又は非コード配列に位置する多型を検出することができる。例えば、Bidwellら，Immunology Today 9:18(1988)；Angeliniら，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,83:4489(1986)；Scharfら，Science,233:1076(1986)；Coxら，Am.J.Hum.Gen.,43:954(1988)；Tiercyら，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:198(1988)；及びTiercyら,Hum.Immunol.24:1(1989)参照。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）方法（米国特許第4,683,202号，１９８７参照）は、ゲノムＤＮＡの増幅を可能にし、そして今はＨＬＡ分類方法で用いられている。Saikiら，Nature 324:163(1986)；Bugawanら，J.Immunol.141:4024(1988)；Gyllenstenら，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,85:7652(1988)参照。また、例えば、Ennisら，PNAS USA 87:2833(1990)；Petersdorfら，Tissue Antigens 46:77(1995)；Girdlestoneら，Nucleic Acids Research 18:6702(1990)；Marcosら，Tissue Antigens 50:665(1997)；Steinerら，Tissue Antigens 57:481(2001)；Madrigalら，J.Immunology 149:3411(1992)も参照されたい。
【００２５】
本明細書で用いる、ＨＬＡ座を「遺伝子型分類すること」は、特定の対立遺伝子、又は核酸若しくはアミノ酸配列の存在又は不在を同定する方法を指す；配列の変動は、直接に（配列決定により）、又は間接的に（例えば、制限断片長多型分析、又は既知配列のプローブのハイブリダイゼーション若しくは基準鎖コンフォーメーション多型の検出により）検出することができる。ＨＬＡ対立遺伝子は、当分野で公知のように、血清学的に検出することができる。
【００２６】
別個のＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＩＶ疾患の進行のリスクの上昇又は低下と関連している。ＨＬＡ−Ｂ５７及びＨＬＡ−Ｂ１４対立遺伝子は、非進行性ＨＩＶ感染と関連する一方で、ＨＬＡ−Ａ２９及びＨＬＡ−Ｂ２２は、急速な進行と関連している。Goulderら，J.Virology 74:5291(2000)；Hendelら，J.Immunology 162:6942(1999)。Carringtonらは、ＨＩＶ感染患者コホートにおけるＨＬＡ−Ｂ５７の対立遺伝子頻度が白人で４．４０％、そしてアフリカ系アメリカ人で５．７％であることを報告した。Carringtonら,Science,283:1748(1999)。
【００２７】
ＭＩＣＡ及びＭＩＣＢ
ＭＨＣ（ＨＬＡ）クラスＩ鎖関連遺伝子Ａ（ＭＩＣＡ）及びＭＨＣ（ＨＬＡ）クラスＩ鎖関連遺伝子Ｂ（ＭＩＣＢ）は、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子付近の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ領域に位置する多コピー遺伝子ファミリーに属する。それらはＨＬＡ−Ｂ及びＴＮＦアルファ付近の染色体６ｐ上の連結領域内に位置している。コードされたＭＨＣクラスＩ分子は、感染及び熱ショックのようなストレス因子により誘導され、そして胃腸上皮で発現される。
【００２８】
ＭＩＣＡは高度に多型であると報告されている。種々の人種群におけるＭＩＣＡ一塩基多型の出現は、Powellら，Mutation Research 432:47(2001)によって報告されている。ＭＩＣＡの多型は、種々の疾患と関連することが報告されているが、この関連は、場合によってはＨＬＡ遺伝子と連鎖不平衡であることに帰せられた。例えば、Salvaraniら，J Rheumatol 28:1867(2001)；Gonzalezら，Hum Immunol 62:632(2001)；Sekiら，Tissue Antigens 58:71(2001)参照。
【００２９】
ＭＩＣＢの種々の多型形態が報告されている（例えば、Visserら，Tissue Antigens 51:649(1998)；Kimuraら，Hum Immunol 59:500(1998);Andoら，Immunogenetics 46:499(1997);Fischerら，Eur J Immunogenet 26:399(1999)参照）。
【００３０】
ホモサピエンスＭＩＣＡ遺伝子に関する部分的配列は、エクソン２及び３を含めて以下に与えられる（GenBank reference AJ295250）。
【００３１】
2005503152.tif 000006
【００３２】
種々のＭＩＣＡ多型を本研究で調査した。エクソン２（Ｔ／Ｇ；National Center for Biotechnology Information SNP database(dbSNP)のrs1063630）及びエクソン３（Ａ／Ｇ；rs1051792）におけるＭＩＣＡ多型は、上記で二重下線付き肉太活字体で示されている。本研究で調査した追加のＭＩＣＡ多型（rs1052416）は、転写開始部位に対して約−９，２６３塩基５’側に位置していた：
2005503152.tif 000007
【００３３】
ヒトＭＩＣＢ遺伝子のための完全ｃｄｓは、配列番号：４（GenBank accession U65416）で与えられる。本研究で調査したＭＩＣＢ多型は、エクソン２に１つ（rs1065075）及びエクソン３に１つ（rs1051788）を含んでいた：
2005503152.tif 000008
【００３４】
ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼｐ４７
この遺伝子によってコードされるタンパク質はＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼのファミリーのメンバーであり、そしてＨＬＡ−Ｂ関連転写物１（ＢＡＴ１）としても知られている（例えば、GenBank Accession No.AF029061参照）。ＢＡＴ１−ＢＡＴ５として知られている遺伝子クラスターは、ＴＮＦ及びＴＮＦ遺伝子付近に位置していた。ＡＴＰ依存性ＲＮＡヘリカーゼｐ４７において以下のものを含む種々の多型を同定した：
2005503152.tif 000009
【００３５】
定義
遺伝学で周知のように、同じ遺伝子について異なるソースから得られたヌクレオチド及びアミノ酸配列は、番号付与スキーム及び正確な配列の両者において変動することがある。このような相違は、番号付与スキーム、遺伝子内での本来の配列の変動及び／又は配列決定時の誤りのためでありうる。従って、本明細書において番号による特定多型部位への言及（例えば、ＴＮＦα  Ｇ−２３８Ａ）は、多型部位を記載するために異なる番号付与／命名スキームが用いられている場合であっても、遺伝子内の配列及び位置が相当する多型部位を包含するものと当業者によって理解されるであろう。
【００３６】
本明細書で用いる、薬剤「過敏症反応」（ＨＳＲ）は、薬剤分子又は該薬剤の代謝産物に対する免疫様応答の展開を指す。この応答は、典型的には複数の症状を特徴とし、そしてこのような症候群の臨床的記述と一致する（Knowlesら，Lancet.356:1587(2000)；Carrら，Lancet.356:1423(2000)）。免疫学的反応はゲル-クームズ系に存在する型の特色を共有するが、必ずしも同一ではない。Sullivan TJ:「薬剤アレルギー（Drug Allergy）」, Middletonら編，:「アレルギー：原理と実際（Allergy:Principles and Practice）」,第４版，St.Louis,Mosby,1993,p.1730参照。アバカビルＨＳＲは複数又は単一の症状の出現を特徴とし、そしてアバカビルＨＳＲ又は慨然アバカビルＨＳＲの臨床診断は、当業者には明らかなように、実験室的異常を伴うか又は伴うことのない、１以上の臨床的徴候及び症状、身体的所見の存在に基づいて行われる。
【００３７】
被験者へのアバカビルの投与（又はアバカビルによる被験者の「治療」）は、当分野で公知の投与方法及び経路を含む。アバカビルの推奨される治療方式（投与量びスケジュール、血漿濃度）は当分野で公知である。本明細書で用いる、アバカビルの投与はＨＩＶ関連疾患又はＡＩＤＳの治療に限定されるものではなく、アバカビルによる治療を施しうる他の状態に対するその医学的使用を包含する。
【００３８】
本明細書で用いる、被験者への薬学的逆転写酵素阻害剤の投与は、その必要がある被験者に該薬剤の有効量を投与することを含む。薬剤の用量は、薬学分野で公知かつ許容される方法に従って決定することができ、そして当業者によって決定され得る。逆転写酵素阻害剤（ＮＲＴＩ及びＮＮＲＴＩ）はＨＩＶ疾患及び／又はＡＩＤＳの治療のために公知である。
【００３９】
本明細書で用いる、「ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子」は、当分野で公知のように、血清学的にＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子と特性決定しうるＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子を指す。血清学的に特性決定されたＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子は、核酸配列レベルで検出しうる配列変異（例えば、ＨＬＡ−Ｂ＊５７０１、ＨＬＡ−Ｂ＊５７０２；例えば、Schreuderら，Human Immunology 60:1157-1181(1999)参照）を含むことが認められるであろう。
【００４０】
本明細書で用いる、遺伝子の多型対立遺伝子について被験者（又はＤＮＡサンプル）を「遺伝子型分類すること」は、遺伝子のどの対立遺伝子又は多型形態が被験者（又はサンプル）に存在するかを検出することを意味する。当分野で周知のように、個体は特定の対立遺伝子に対してヘテロ接合又は又はホモ接合であり得る。２つより多い対立遺伝子形態が存在することがあり、従って３つより多い可能な遺伝子型がありうる。本発明の目的のために、「遺伝子型分類」には、当分野で公知のように、好適な血清学的技術を用いるＨＬＡ対立遺伝子の決定が含まれる。本明細書で用いる、他の可能な対立遺伝子変異が除外されている場合に、対立遺伝子を「検出」することができる；例えば、特定した核酸の位置がアデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）又はシトシン（Ｃ）の何れでもないことが見出される場合には、その位置にグアニン（Ｇ）が存在する（すなわち、Ｇが「検出」される）と結論することができる。
【００４１】
本明細書で用いる、集団の「遺伝子サブセット」は、特定の遺伝子型を有する集団の構成員からなる。二重対立遺伝子多型の場合、集団は潜在的に３つのサブセット：対立遺伝子１についてのホモ接合（１，１）、ヘテロ接合（１，２）及び対立遺伝子２についてのホモ接合（２，２）に分けることができる。被験者の「集団」は、種々の基準、例えば、アバカビルで治療される個体、ＨＩＶ感染個体、特定の人種背景を有する個体を用いて規定することができる。特定対立遺伝子の頻度は、異なる人種背景の集団間で相違しうることが知られている。例えば、ＨＬＡ−Ｂ５７の対立遺伝子頻度は、黒人及び白人では約４％である（結果として、このような集団の約８％はＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子の少なくとも１つのコピーを有する）と報告されているが、日本人では０．３％と報告されている。Caoら，Human Immunology 62:1009(2001)。ＨＬＡ−Ｂ５７のサブタイプの分布も人種によって変化し、ＨＬＡ−Ｂ５７陽性白人の＞９０％はサブタイプＨＬＡ−Ｂ５７０１と報告されているが、アフリカ系アメリカ人は約６０％である。Williamsら，Human Immunology 62:645(2001)。
【００４２】
本明細書で用いる、遺伝子型分類に基づいて、特定表現型応答「の素因を有する」、又は「のリスクが上昇している」被験者は、標的多型座（１以上）に異なる遺伝子型を有する個体より、その表現型を示しやすいであろう。表現型応答が多重対立遺伝子多型又は２以上の遺伝子の遺伝子型分類に基づく場合、相対リスクは複数の可能な遺伝子型の間で異なることがある。
【００４３】
本明細書で用いる、「遺伝子試験」（遺伝子スクリーニングとも呼ばれる）は、被験者からの生物学的サンプルを試験して該被験者の遺伝子型を決定することを指し；そして特定表現型を生じさせるか又はそれに対するなり易さを増強する（又はその表現型を生じさせるか又はそれに対するなり易さを増強する対立遺伝子（１以上）と連鎖不平衡状態にある）対立遺伝子を該被験者の遺伝子型が含むかどうかを決定するために利用することができる。
【００４４】
「連鎖不平衡」は、異なるゲノム位置における特定の対立遺伝子が、偶然に予期されるであろうよりも頻繁に一緒に出現する傾向を指す。所定の座における対立遺伝子は、対立遺伝子（又はハプロタイプ）の任意の特定セットの頻度が、それらの個々の集団頻度の積であるならば、完全な平衡状態にある。普通に用いられる連鎖不平衡の尺度はｒである：
2005503152.tif 000010
【００４５】
ｎｒ２は、二重対立遺伝子マーカーの場合は、自由度１で近似カイ平方分布を有する。ｎｒ２が３．８４より大きい、すなわち、０．０５レベルで有意なカイ平方統計量に相当するようなｒを示す座は、連鎖不平衡であると考えられる（BS Weir 1996 Genetic Data Analysis II Sinauer Associates,Sunderland,MD）。
【００４６】
別法として、連鎖不平衡の標準化尺度は下記のように定義することができる：
2005503152.tif 000011
【００４７】
Ｄ’の値は−１．０〜１．０の範囲を有する。２つのマーカーの場合の統計的に有意な絶対Ｄ’値が０．３未満でないならば、それらは連鎖不平衡であると考えられる。
【００４８】
本明細書で用いる、「ＨＬＡ−Ｂ５７遺伝子型」という表現は、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を含む遺伝子型を指す。ＨＬＡ−Ｂ５７遺伝子型は、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子の存在の検出、又はＨＬＡ−Ｂ５７と連鎖不平衡であることが知られている遺伝子マーカーの検出によって同定することができる。
【００４９】
本明細書で用いる、「多座」遺伝子型の決定は、個体内で２以上の座に存在する対立遺伝子を検出することを指す。被験者を遺伝的にスクリーニングして、ＨＬＡ対立遺伝子（例えば、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子）及びＴＮＦα対立遺伝子（例えば、ＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ座にある）の両者の存在又は不在を決定することができる。
【００５０】
本明細書で用いる、対立遺伝子又は多型の検出方法は、血清学的及び遺伝的方法を含むが、これらに限定されるものではない。検出された対立遺伝子又は多型は、個体の表現型への影響に機能的に関与し得るか、又は機能的多型／対立遺伝子と連鎖不平衡である対立遺伝子又は多型であってよい。多型／対立遺伝子は被験者のゲノムＤＮＡにおいて証明されるが、当業者には明らかなように、この領域から転写若しくは翻訳されたＲＮＡ、ｃＤＮＡ、又はタンパク質配列から検出することもできる。
【００５１】
アバカビルのようなＮＲＴＩに対するＨＳＲと「関連する」対立遺伝子、多型又は遺伝子マーカーは、ＨＳＲを経験する治療被験者における頻度が、ＨＳＲを経験しない治療被験者と比較して、又は一般集団と比較して、過剰提示される。
【００５２】
本発明方法によれば、アバカビルで治療されているか、又はアバカビルによる治療が考慮されている被験者を、アバカビルに対する過敏症反応を経験するリスクを予測する補助として、スクリーニングすることができる。スクリーニングは、被験者から生物学的サンプルを得ること、そしてこれを分析してＴＮＦα及び／又はＨＬＡ遺伝子の遺伝子型を決定すること、すなわち、（他の多型と関連するリスクと比較して）アバカビルＨＳＲのリスクの上昇と関連するこれら遺伝子の一方又は両方における多型の存在又は不在を決定することを含む。
【００５３】
本発明者らは、個体のＨＬＡ遺伝子型（具体的にはクラスＩ、より具体的にはＨＬＡ−Ｂ）及び／又はＴＮＦα遺伝子型と、アバカビル投与に対する過敏症反応を経験するリスクとの間に相関関係が存在することを確立した。従って、個体のアバカビルＨＳＲの相対リスクを評価する方法は、その個体をＴＮＦα遺伝子又はＨＬＡ遺伝子で遺伝子型分類して、個体の遺伝子型がこれら遺伝子をアバカビルＨＳＲの上昇したリスク状態にするかどうかを決定することを伴う。（他の遺伝子型を有する被験者におけるＨＳＲの発症率と比較して）アバカビルＨＳＲの発症の上昇と以前に関連したＴＮＦα又はＨＬＡ遺伝子型を有する個体は、ＨＳＲのリスクが上昇している。
【００５４】
本発明のスクリーニング方法は、ＨＬＡ遺伝子、具体的にはクラスＩ遺伝子、より具体的にはＨＬＡ−Ｂ遺伝子で被験者を遺伝子型分類することを含み、これはＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子の存在又は不在を検出することを包含する（本明細書で定義したとおり）。
【００５５】
本発明のスクリーニング方法はまた、ＴＮＦα遺伝子で被験者を遺伝子型分類すること、より具体的にはＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ多型部位（本明細書で定義したとおり）における遺伝子型を検出することを含み、ここで、Ａ対立遺伝子の検出は、Ｇ／Ｇ遺伝子型の検出と比較して、過敏症反応のリスクの上昇を示す。
【００５６】
本発明の開示によって、アバカビルＨＳＲのリスクの上昇と関連する追加のＴＮＦα及び／又はＨＬＡ遺伝子型を決定する方法は、当業者には明らかであろう。ＴＮＦα及びＨＬＡ遺伝子の種々の対立遺伝子形態が知られており、そしてＴＮＦα及びＨＬＡ遺伝子の分類方法は当分野で公知である。ヒトＴＮＦα及びＨＬＡ遺伝子において追加の多型を検出する場合、このような多型の分類は公知方法に基づくことができる。従って、アバカビルが投与された被験者の集団を分類し、そしてＴＮＦα及び／又はＨＬＡ遺伝子型をＨＳＲの発症と相関させることができる。別法において、ＨＳＲを経験した被験者だけを遺伝子型分類し、そしてマッチした対照（非ＨＳＲ）集団においてＴＮＦα又はＨＬＡ対立遺伝子の出現率が知られている場合に、該対立遺伝子がＨＳＲ集団において、その対立遺伝子がＨＳＲと関連することを示す、過剰提示がされているかどうかを決定することができる。当業者には明らかなように、ＴＮＦα又はＨＬＡ対立遺伝子の検出は、標的ＴＮＦα又はＨＬＡ対立遺伝子／多型と連鎖不平衡であることが知られている遺伝子マーカーを分類することによって行うことができる。好ましくは、このようなマーカーは、実質的な連鎖不平衡状態にあり、より好ましくはマーカーは完全な連鎖不平衡状態にある。
【００５７】
本発明はまた、ＴＮＦα及びＨＬＡ遺伝子の両者で遺伝子型を決定することによりアバカビルに対するＨＳＲを経験する個体の相対リスクを評価する方法であって、該個体の遺伝子型が該遺伝子についてアバカビルＨＳＲのリスクの上昇をさせるかどうかを決定する、上記方法を提供する。アバカビルＨＳＲの出現率の上昇と関連するＴＮＦα／ＨＬＡ遺伝子型の組み合わせを有する個体（他の遺伝子型を有する被験者におけるＨＳＲの出現率と比較して）は、ＨＳＲのリスクが上昇している。特に、本発明の方法は、ＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ多型の対立遺伝子形態、及びＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子（及び／又はそれらと連鎖不平衡であるマーカー）の存在又は不在を検出することを含むことができる。
【００５８】
複数のＴＮＦα及びＨＬＡ遺伝子型が存在するので、アバカビルＨＳＲの相対リスクが複数の遺伝子型間で変動しうることは、当業者には明らかであろう。例えば、２つより多い遺伝子型を見出す多座スクリーニング方法において、相対リスクを、１つの遺伝子型については最高、別の遺伝子型については最低、その他については中間であると決定することができる。「リスクの上昇」は、遺伝子型により層別されていない集団（一般集団）におけるリスクと比較したものであってよく、又は別の規定された遺伝子型において予期されるリスクと比較して上昇していてもよい。
【００５９】
従って、ＨＳＲのリスクの上昇と関連する特定の既定の遺伝子型の存在は、他の遺伝子型を有する被験者に対して、関連表現型（ＨＳＲ反応）を個体が示すであろうという上昇した尤度を示す。遺伝子型が完全に予測的であることは稀であり、すなわち、ある種の遺伝子型を有する集団が関連表現型の高い出現率を示す場合であっても、その遺伝子型を有する全ての個体がその表現型を示すとは限らないであろう。同様に、異なる遺伝子型を有する個体が同じ表現型を示すことがある。しかしながら、本明細書に記載したように被験者を遺伝子型分類することは、アバカビルによる治療に対するＨＳＲの被験者のリスクを予測する際の補助となり、従って、治療の決定を援助するであろうことは、当業者には明らかであろう。本発明の方法は、被験者においてスクリーニングしたのちにＨＳＲのリスクが許容できると考えられる場合に、被験者にアバカビルを投与することをさらに含むことができる；最終的治療決定は、遺伝子試験（当業者には直ちに明らかである）に加えて、被験者の全体的健康状態及び予期される治療成果を含むファクターに基づくだろう。
【００６０】
本発明の方法は、アバカビル以外の合成ヌクレオシド類似体、特にＮＲＴＩに応答して過敏症反応が生じる場合にも適用できることは、当業者には明らかであろう。特に、このような化合物には、プリンヌクレオシド類似体、天然デオキシヌクレオチドの２’デオキシリボシドの代わりに不飽和炭素環を含むプリンヌクレオシド類似体、及び天然デオキシヌクレオシドの２’デオキシリボシドの代わりに不飽和シクロペンテン環を含むプリンヌクレオシド類似体が含まれる。さらに、本発明の方法は、ＮＮＲＴＩ、例えばエファビレンツ（efavirenz）（SUSTIVBA（商標），Dupont Pharmaceuticals）及びネビラピン（nevirapine）（VIRAMUNE（登録商標）（Boerhinger Ingelheim/Roxane）に応答してＨＳＲが生じる場合に適用できる。
【００６１】
本発明の方法によれば、化合物（例えばＮＲＴＩ又はＮＮＲＴＩ）を、被験者の遺伝的亜集団間のＨＳＲの出現率の変動についてスクリーニングすることができる。このような方法は、被験者の集団に化合物を投与し、被験者から生物学的サンプルを得（これは化合物投与の前又は後に行うことができる）、ＴＮＦα遺伝子及び／又はクラスＩ  ＨＬＡ遺伝子（特にＨＬＡ−Ｂ遺伝子）における多型対立遺伝子部位を遺伝子型分類し、そして被験者の遺伝子型をそれらの表現型応答（例えば、過敏症反応の不在と、確認又は疑過敏症反応の存在）と相関させることを含む。当業者には明らかであるように、ＨＳＲの性質が深刻であるために、臨床的症候群と一致する発疹及び／又は他の症状により過敏症反応が疑われる場合には、医薬化合物の投与を中止する必要があることがある。ある種の遺伝子型とＨＳＲの上昇率（ＨＳＲが確認されるか又は臨床的に疑われる場合）との相関関係は、他の遺伝子型を有する被験者におけるＨＳＲの出現率と比較して、ＨＳＲの出現率が遺伝的亜集団間で変動することを示す。
【００６２】
別様に述べると、本発明の方法は、多型対立遺伝子（例えば、ＴＮＦα及び／又はＨＬＡ対立遺伝子におけるもの）と医薬化合物、特にＮＲＴＩに対する過敏症反応の出現率との相関関係を決定するために用いることができる。被験者を遺伝子型に従って層別し、そして治療薬剤に対する彼らの応答を（将来的又は遡及的に）評価し、そして遺伝子型間で比較する。このようにして、ＨＳＲ率の上昇（又は低下）と関連する遺伝子型を同定することができる。ＨＳＲ率の上昇又は低下は、他の遺伝子型間の率、又は全体としての集団（すなわち、遺伝子型によって層別されていない集団における出現率）と比較したものである。
【００６３】
多型対立遺伝子は、当分野で公知の任意の好適な技術を用いて；ＤＮＡポリヌクレオチド配列の決定、又は多型遺伝子由来のＲＮＡ転写物における対応する配列の検出、又は核酸多型がコードされるタンパク質の変化をもたらす場合には、コードされたタンパク質におけるこのようなアミノ酸配列の変化の検出によって検出することができる。分類に利用されるポリヌクレオチドは、典型的にはゲノムＤＮＡ、又はゲノムポリヌクレオチド配列由来のポリヌクレオチド断片、例えば、個体由来のゲノム材料を用いて作製されたライブラリー（例えば、ｃＤＮＡライブラリー）におけるものである。多型は、個体由来のポリヌクレオチド又はタンパク質サンプルを多型に対して特異的な結合剤と接触させ、そして該結合剤がポリヌクレオチド又はタンパク質に結合するかどうかを決定することを含む方法で検出することができる。ここで、結合することは多型が存在することを示す。結合剤は、多型の片側又は両側のフランキングヌクレオチド又はアミノ酸にも結合することができ、例えば、合計で又は各側で少なくとも２、５、１０、１５又はそれ以上のフランキングヌクレオチド又はアミノ酸に結合することができる。多型の存在がポリヌクレオチドにおいて決定される場合には、二本鎖形態で検出できるが、典型的には一本鎖形態で検出される。
【００６４】
結合剤は、典型的には少なくとも１０ヌクレオチド、例えば、少なくとも１５、２０、３０又はそれ以上のヌクレオチドの長さを有するポリヌクレオチド（一本鎖又は二本鎖）であってよい。この方法に用いられるポリヌクレオチド剤は、問題の多型及びフランキング配列に配列特異的な様式で一般的に結合し（例えば、ワトソン−クリック塩基対合に従ってハイブリダイズし）、従って、典型的には、多型及びフランキング領域の配列と完全に又は部分的に相補的な配列を有する。結合剤は、ワトソン−クリック塩基対合に関与しうる単位（例えば、プリン若しくはピリミジン類似体、ペプチド核酸又はロックド核酸（ＬＮＡ）のようなＲＮＡ誘導体）を含むポリヌクレオチドと構造が類似する分子であってよい。結合剤は、典型的には少なくとも１０アミノ酸、例えば少なくとも２０、３０、５０又は１００又はそれ以上のアミノ酸の長さを有するタンパク質であってよい。結合剤は、抗体（多型に結合しうるこのような抗体の断片を含む）であってよい。
【００６５】
本発明方法の１実施形態において、結合剤はプローブとして用いられる。プローブは標識されていてよく、又は間接的に標識可能であってよい。標識の検出を用いて、個体のポリヌクレオチド又はタンパク質上の（又はそれに結合した）プローブの存在を検出することができる。ポリヌクレオチド又はタンパク質へのプローブの結合を用いて、プローブ又はポリヌクレオチド若しくはタンパク質を固定化することができる（従って、それを１つの組成物又は溶液から分離することができる）。
【００６６】
本発明の別の実施形態において、個体のポリヌクレオチド又はタンパク質を固相支持体上に固定化し、次いで、プローブと接触させる。次いで、（その多型への結合を介して）固相支持体に固定化されたプローブの存在を、プローブ上の標識を直接に検出するか、又はプローブとプローブを結合する部分とを接触させることにより間接的に検出する。ポリヌクレオチド多型を検出する場合、固相支持体は一般的にニトロセルロース又はナイロンでできている。タンパク質多型を検出する場合、この方法はＥＬＩＳＡ系に基づくことができる。
【００６７】
本発明方法は、２つのオリゴヌクレオチドプローブを用いるオリゴヌクレオチド連結アッセイに基づくことができる。これらのプローブは、多型を含むポリヌクレオチド上の隣接領域に結合し、（結合したのち）２つのプローブが適切なリガーゼ酵素で一緒に連結されるのを可能にする。しかしながら、２つのプローブは、多型を含むポリヌクレオチドにだけ（連結を可能にする様式で）結合するであろう。従って、連結した産物の検出を用いて、多型の存在を決定することができる。
【００６８】
１実施形態において、ヘテロ二本鎖分析に基づく系でプローブを用いて、多型を検出する。このような系において、多型を含むポリヌクレオチド配列にプローブが結合すると、それは多型が生じる部位でヘテロ二本鎖を形成する（すなわち、２本鎖構造を形成しない）。このようなヘテロ二本鎖構造は、一本鎖又は二本鎖特異的である酵素の使用によって検出することができる。典型的には、プローブはＲＮＡプローブであり、用いられる酵素は、ヘテロ二本鎖領域を切断するＲＮＡアーゼＨであり、従って切断産物の検出によって多型の検出を可能にする。
【００６９】
この方法は、例えば、「PCR法と応用（PCR Methods and Applications）」 3:268-71(1994)及びProc. Natl. Acad.Sci.85:4397-4401(1998)に記載されている蛍光化学的切断ミスマッチ分析に基づくことができる。
【００７０】
１実施形態において、ポリヌクレオチド剤は、それが多型を含むポリヌクレオチドを結合する場合にのみ、ＰＣＲ反応のためのプライマーとして作用することができる（すなわち、配列−または対立遺伝子特異的ＰＣＲ系）。従って、ＰＣＲ産物は個体のポリヌクレオチドに多型が存在する場合にのみ産生され、そして多型の存在はＰＣＲ産物の検出によって決定される。好ましくは、多型に相補的であるプライマーの領域は、プライマーの３’末端又はその付近である。この系の１実施形態において、ポリヌクレオチド剤は野生型配列に結合するが、ＰＣＲ反応のためのプライマーとしては作用しないであろう。
【００７１】
この方法は、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）に基づく系であってよい。これは、ポリヌクレオチドにおける多型の存在が、制限酵素によって認識される制限部位を作り出すか又は破壊する場合に用いることができる。従って、このような多型を有するポリヌクレオチドの処理によって、対応する野生型配列と比較して、異なる産物が産生されることになるであろう。従って、特定の制限消化産物の存在の検出を用いて、多型の存在を決定することができる。
【００７２】
多型の存在は、多型の存在がゲル電気泳動の際のポリヌクレオチド又はタンパク質の移動度に与える変化に基づいて決定することができる。ポリヌクレオチドの場合、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析を用いることができる。これは、対応する野生型ポリヌクレオチドと比較して、変性ゲル上の一本鎖ポリヌクレオチドの移動度を測定するものであり、移動度の差が検出されることは、多型の存在を示す。変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）は、変性勾配を有するゲル中をポリヌクレオチドが泳動する類似の系であり、対応する野生型ポリヌクレオチドと比較して移動度に差があることは多型の存在を示す。
【００７３】
多型の存在は、蛍光色素及び消光剤に基づくＰＣＲアッセイ、例えば、ＴＡＱＭＡＮ（商標）ＰＣＲ検出系を用いて決定することができる。多型を検出する別の方法において、多型領域を含むポリヌクレオチドを、多型を含む領域にわたって配列決定して、多型の存在を決定する。
【００７４】
本発明の方法に使用するのに適する種々の他の検出技術は、多型を検出、同定及び／又は識別する方法に精通している者に明らかであろう。このような検出技術には、直接配列決定、「分子ビーコン」（リアルタイム蛍光ＰＣＲに有用な、ハイブリダイゼーション時に蛍光を発するオリゴヌクレオチドプローブ；例えば、Marrasら，Genet Anal 14:151(1999)参照）の使用；電気化学的検出法（ＤＮＡ塩基又は糖の還元又は酸化；Thorpらの米国特許第5,871,918号参照）；ローリングサークル増幅（例えば、Gusevら，Am J Phathol 159:63(2001)参照）；Third Wave Technologies(Madison WI)INVADER（登録商標）非ＰＣＲに基づく検出方法（例えば、Lieder,Advance for Laboratory Managers,70(2000)参照）が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【００７５】
従って、当分野で公知の任意の好適な検出技術を本発明の方法に利用することができる。
【００７６】
本明細書で用いる、被験者の遺伝子型を「決定すること」は、被験者が以前に遺伝子型分類されており、そして以前の遺伝子試験結果が利用可能である場合には、遺伝子型分類技術を行うことを必要としない；従って、被験者の遺伝子型の決定には、以前に完了した遺伝子分析の参照が含まれる。
【００７７】
本発明はまた、予測的（患者ケア）試験又は試験キットを提供する。このような試験は、遺伝子型と治療化合物に対する表現型応答との予め決められた関連に基づいて、ＮＲＴＩ、例えばアバカビルを含む医薬化合物を治療的に使用する際に補助となるであろう。このような試験は、異なるフォーマットを取ることができ、以下を含む：
（ａ）予め決められた対立遺伝子及び／又は多型の存在についてＤＮＡ又はＲＮＡを分析する試験。適切な試験キットは、１以上の次の試薬又は器具を含むことができる：ポリヌクレオチドに作用しうる酵素（典型的にはポリメラーゼ又は制限酵素）、酵素試薬のための好適な緩衝液、多型のフランキング領域に結合するＰＣＲプライマー、正又は負の対照（又は両者）、及びゲル電気泳動装置。その産物は、当分野で記載されたチップ技術の１つを利用しうる。試験キットには、特定の遺伝子型と特定の医薬化合物で治療された被験者が過敏症反応を経験するであろう尤度との相関関係を示す印刷された指示又は機械可読の指示が含まれるであろう。
【００７８】
（ｂ）予め決められた多型又は対立遺伝子の存在を示す、被験者の身体から誘導された材料、例えばタンパク質又は代謝物を分析する試験。適切な試験キットは、予め決められた多型領域（又は特定の多型のフランキング領域）に特異的に結合する分子、アプタマー、ペプチド又は抗体（抗体断片を含む）を含むことができる。キットはさらに、１以上の追加の試薬又は器具（当分野で公知である）を含むことができる。試験キットにはまた、特定の多型又は遺伝子型の存在と特定の合成ヌクレオシド類似体で治療された被験者が過敏症反応を経験するであろう尤度との相関関係を示す印刷された指示又は機械可読の指示が含まれるであろう。
【００７９】
試験のための好適な生物学的標本は、細胞及びＤＮＡを含むものであり、血液又は血液成分、乾燥血液スポット、尿、舌スワブ及び唾液が含まれるが、これらに限定されるものではない。ＨＬＡ血清学的試験のための好適なサンプルは当分野で周知である。
【００８０】
本明細書で引用した特許及び特許出願を含む全ての刊行物及び参考資料（これらに限定されるものではない）は、それぞれの各刊行物及び参考資料が参照により十分に示されているものとして本明細書に組み入れられると、具体的かつ個々に示されていると同様に、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。本願が優先権を主張している全ての特許出願も、刊行物及び参考資料について上記したように、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【実施例１】
【００８１】
研究計画
遡及的な症例−対照研究を、Glaxo Wellcomeアバカビル臨床開発プログラムに参加した成人（年齢＞１８才）ＨＩＶ感染被験者で行った。被験者を以下に基づいて「症例」又は「対照」被験者として分類した。症例被験者は、アバカビルに対する疑似又は確認過敏症のエピソードを経験している；対照被験者は、少なくとも６週間アバカビルを投与されたが、確認又は疑似ＨＳＲのエピソードを経験していない。６週間の治療期間は、大部分のＨＳＲのイベントが治療の最初の６週間以内に生じるという知見に基づいて選択された。過敏症反応を疑ったか若しくは確認した時点又はそれに近い時点で症例の情報を集めた。研究のために対照被験者は（可能ならば）人種、性別、ＣＤ４＋細胞数（入手可能な場合；４つのＣＤ４＋範囲：＜５０、５０〜２００、２０１〜５００、＞５００細胞／ｍｍ３）；及び年齢（±５年）をマッチさせた。また、可能な場合はいつでも、治療方式もマッチさせた（「治療経験なし」に対して、治療経験あり）。
【００８２】
データ収集は、人口統計学（年齢、性別、人種、ＨＩＶ感染に関するＣＤＣ分類）；医薬及び食品に対するアレルギー歴、薬剤発疹、喘息、湿疹、枯草熱など；抗レトロウイルス剤治療法（ＡＲＴ）、及びＨＳＲの時点（又は対照ではアバカビル処理の最初の６週間中）に投与された同時薬剤投与を含んでいた。
【００８３】
症例対照状態、人口統計学及びアレルギー歴を表１、２及び３に示す。
【表１】
2005503152.tif 000012
【表２】
2005503152.tif 000013
【表３】
2005503152.tif 000014
【００８４】
多数の候補遺伝子における多型を検査した。ＴＮＦα遺伝子で検査した多型はＧ（−２３７）Ａを含んでいた。また、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子の存在又は不在を検査した。
【実施例２】
【００８５】
ＴＮＦαのスクリーニング
ＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ多型の存在は、蛍光色素及び消光剤に基づくＰＣＲアッセイ、例えば、５’ヌクレアーゼアッセイの対立遺伝子区別形態（Lee及びBloch,Nucleic Acids Research 21:3761(1993)）を用いて決定することができる。簡単に述べると、このアッセイは、５’末端が蛍光「リポーター」色素で、そして３’末端が共通の消光剤で異なって標識された２つの対立遺伝子特異的プローブを用いる。通常、各リポーター染料の蛍光は、消光剤が同じオリゴヌクレオチド分子に存在する場合に消光される。対立遺伝子特異的プローブを２つのプライマーと一緒に用いた。その一方は対立遺伝子特異的プローブの鋳型５’にハイブリダイズするが、他方はこのようなプローブの鋳型３’にハイブリダイズする。
【００８６】
ＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ多型の存在は、この５’ヌクレアーゼアッセイを用いる対立遺伝子区別法によって決定される。５’末端が異なる蛍光染料で、しかし３’末端が共通の消光剤で標識された２つの対立遺伝子特異的プローブを用いた：
2005503152.tif 000015
2005503152.tif 000016
【００８７】
両方のプローブは３’リン酸基を有するので、熱安定性ポリメラーゼ、AmpliTaq Gold（商標）  ポリメラーゼは、それらにヌクレオチドを付加させることができなかった。２つの対立遺伝子特異的プローブは、当分野で公知の専門のコンピュータソフトウェアを用いて設計し、対立遺伝子特異的多型塩基が存在する場合にのみ鋳型ＤＮＡへの完全なハイブリダイゼーションが可能となるように、一定の特性（融解温度、ＧＣ含量、多型塩基の位置、アンプリコン内の配置）を可能な限りマッチさせた。
【００８８】
対立遺伝子特異的プローブを２つのプライマーと一緒に用いた。その一方は２つの対立遺伝子特異的プローブの鋳型５’にハイブリダイズしたが、他方は２つのプローブの鋳型３’にハイブリダイズした：
2005503152.tif 000017
【００８９】
特異的プローブの一方に対応する対立遺伝子が存在した場合には、特異的プローブは鋳型由来の標的配列に完全にハイブリダイズした。次いで、対立遺伝子特異的プローブに対して５’から３’方向にプライマーを伸長させる熱安定性ポリメラーゼは、特異的プローブからヌクレオチドを除去し、蛍光染料及び消光剤の両者を放出した。これは結果として、もはや消光剤のごく近位には存在しないリポーター染料からの蛍光を増強させた。
【００９０】
対立遺伝子特異的プローブが他方の対立遺伝子にハイブリダイズした場合には、多型部位におけるミスマッチが熱安定性ポリメラーゼの５’から３’へのエキソヌクレアーゼ活性を阻害し、従って蛍光リポーター染料の放出を阻止した。
【００９１】
サーマルサイクリングＰＣＲが終了したとき、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（商標）  ７７００配列検出装置を用いて、各染料からの蛍光の増強をＰＣＲ反応容器中で直接に測定した。次いで、反応からの情報を分析した。個体が特定の対立遺伝子についてホモ接合であった場合には、その特異的プローブからの染料にのみ相当する蛍光が放出されたが、個体がヘテロ接合であった場合には、両方の染料からの蛍光が増強した。
【００９２】
ＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ多型についてのスクリーニング結果を表４に示す。
【表４】
2005503152.tif 000018
【００９３】
種々の人種グループにおけるＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａの分布を表５に示す（市販の遺伝的集団の遺伝子スクリーニングに基づく）。
【表５】
2005503152.tif 000019
【００９４】
上記の研究において、「Ａ」対立遺伝子（Ａ／Ａ又はＡ／Ｇ遺伝子型）の存在は、対照と比較して、症例ではより高い頻度で生じた。Ｇ／Ｇ遺伝子型は、対照と比較して、症例ではより低い頻度で生じた。
【実施例３】
【００９５】
ＨＬＡ−Ｂ５７のスクリーニング
ＨＬＡ−Ｂ遺伝子の遺伝子型分類を、Anthony Nolan Bone Marrow Trust(Royal Free Hospital,London,UK)の研究所において、１２０人の被験者（４４の症例及び７６の対照）からのサンプルで行った。分類は原則として、当分野で公知の基準鎖仲介構造解析（ＲＳＣＡ；例えば、Pel-Freez（登録商標）Clinical Systems,LLC参照）を用いて行った。Arguelloら，Reviews in Immunogenetics,1:209(1999)；Arguelloら，Tissue Antigens,52:57(1998)。ＨＬＡ遺伝子型を決定するためのバックアップ技術として必要な場合には、ＤＮＡ配列決定及び配列特異的オリゴヌクレオチドプローブ（ＳＳＯＰ）技術（例えば、Yoshidaら，Hum Immunol 34:257(1992)；Smithら，Hum Immunol 55:74(1997)参照）を用いた。
【００９６】
症例のうち、２５／４４（５７％）は、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子が存在することが認められた（すなわち、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子についてヘテロ接合又はホモ接合であった）が、対照では３／７６（４％）だけが、ＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を有することが認められた（各個体がＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子についてヘテロ接合であった）。表６。
【表６】
2005503152.tif 000020
【００９７】
少なくとも１つのＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を有する被験者（症例（ｎ＝２５）及び対照（ｎ＝３））におけるＨＬＡ−Ｂ５７のサブタイプを表７に示す。最も普通の対立遺伝子はＢ＊５７０１であった（症例の２４／２５又は９６％が少なくとも１つのコピーを有したのに対して、対照では１／３又は３３．３％であった）。
【００９８】
本研究において、ＨＬＡ−Ｂ５７遺伝子型は対照よりも症例で頻繁に認められた。
【表７】
2005503152.tif 000021
【実施例４】
【００９９】
上記実施例で報告したものに加えて、被験者からデータを得た。実施例１に記載した遡及的症例−対照研究からの追加の被験者を、ＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ多型及びＨＬＡ−Ｂ５７の存在についてスクリーニングした。累積データ（先の実施例及び追加データで与えられた結果の組み合わせ）を表８及び９に示す。被験者の合計数は１６１であった；５人の被験者ではＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ状態に関するデータを入手することができなかった；そして３人の被験者ではＨＬＡ−Ｂ５７状態に関するデータを入手することができなかった。
【表８】
2005503152.tif 000022
【表９】
2005503152.tif 000023
【０１００】
少なくとも１つのＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を有する被験者（症例＝３０及び対照＝３）を試験して、ＨＬＡ−Ｂ＊５７０１サブタイプの出現を決定した。症例では２８／３０（９３％）が少なくとも１つのＢ＊５７０１対立遺伝子を有した；対照では１／３（３３％）が少なくとも１つのＢ＊５７０１対立遺伝子を有した。
【０１０１】
本研究において、ＨＬＡ−Ｂ５７遺伝子型は対照よりも症例で頻繁に認められた。
【実施例５】
【０１０２】
研究計画
実施例１に記載した遡及的症例−対照研究からの追加のデータを、追加の被験者からの情報及び追加の候補遺伝子に関する情報を含めて分析した。実施例５及び６は累積的であり、そして先行する実施例並びに追加データで与えられた結果を含む。先行する実施例の被験者は実施例５及び６で報告するより大きい集団の一部である。
【０１０３】
複数センターでの、遡及的な、マッチさせた症例−対照の調査研究を行って、アバカビル過敏症と関連する候補遺伝子の変異体を同定した。被験者は、GlaxoWellcome（現GlaxoSmithKline(GSK)）アバカビル臨床開発プログラムに参加した成人（≧１８才）のＨＩＶ感染個体であった。インフォームドコンセントを得た。被験者を「症例」又は「対照」として分類した。下記の基準を用いて症例を同定した：
１．  アバカビルに対する過敏症と一致する症状を経験した被験者（以下の＃２参照）；これらの症状はアバカビルの再投与の１２時間以内に生じた；アバカビルを永続的に停止した。
【０１０４】
２．  互いに２日以内に次の症状：発熱、発疹、胃腸症状（吐き気、嘔吐、下痢、腹痛を含む）の２つ以上を経験し、そしてアバカビル治療を永続的に停止した被験者。
【０１０５】
３．  アバカビルに起因する「ＨＳＲ」、「アレルギー反応」又は「アナフィラキシー」を生じたと非ＧＳＫの医師によって診断され、そしてアバカビル治療を永続的に停止した被験者。
【０１０６】
被験者を「症例」として選択する前に、アバカビルに対する過敏症の診断は、過敏症の臨床的表示との一致についてＧＳＫの医師によって検討された。
【０１０７】
マッチさせた対照：ＧＳＫアバカビル臨床開発プログラムに参加し、そして過敏症反応の証拠なしに少なくとも６週間アバカビルに寛容であった成人ＨＩＶ感染被験者（１８才）。可能な時はいつでも、５つの基準：年齢（５才以内）、性別、人種、ＣＤ４＋細胞数及び治療方式について、対照被験者を特定症例被験者にマッチさせた。可能な時はいつでも、研究に登録した各症例に対して、２つのマッチした対照を用いた。
【０１０８】
サンプルの管理及び処理
血液サンプルを適切な採血管に集めた。ＤＮＡ抽出を、DNA Sciences(Morrisville,NC)によって行い、そして抽出したＤＮＡを遺伝子型分類のためにＧＳＫに送った。ＨＬＡ遺伝子型分類を除き、遺伝的アッセイをＧＳＫによって行った。ＨＬＡ分類をAnthony Nolan Bone Marrow Trust,London,UKによって行った。ＤＮＡ配列決定及び配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）ハイブリダイゼーションをバックアップとして用いて（実施例３参照）、逆鎖コンフォーメーション分析（ＲＳＣＡ）法によりＨＬＡ座（Ａ、Ｂ及びＤＲ）を遺伝子型分類した。ＨＬＡ座以外の多型マーカーを、５’ヌクレアーゼアッセイの対立遺伝子区別形態（Applied Biosystems,Foster City,CA；実施例２参照）を用いて遺伝子型分類した。
【０１０９】
サンプルを１１４の多型対立遺伝子の存在又は不在について分析した。
【０１１０】
研究被験者
合計２２９人の被験者を登録し、そしてインフォームドコンセントを与えた。２９人の被験者を除外した（サンプルが不適切なＤＮＡを生じ、そして／又は被験者が包含規準を遡及的に満たし得なかった）。２００人の被験者（１００の症例のうち８５及び１２９の対照のうち１１５）は、１１４の遺伝子マーカーの少なくとも１つからの評価可能なデータを有した。合計１５７人の被験者のサンプルがＴＮＦα  −２３７について評価可能であった；合計１９７人の被験者のサンプルがＨＬＡ−Ｂについて評価可能であった。
【０１１１】
研究集団は、３９．８（２４〜６５）才の平均年齢を有し、そして主に男性（９２％）及び白人（７４％）であった。人口統計学及び基線特性は症例及びマッチした対照間で類似していた。２７人の被験者（１４％）が黒人；そして２１人（１１％）がヒスパニックであった（表１０）。
【表１０】
2005503152.tif 000024
【０１１２】
８５の症例のうち５０症例（５９％）は少なくとも１つの対照とマッチし、そして症例の４１％はマッチする対照がなかった（表１１参照）。症例が対照を有しなかった理由には：マッチ及び失われたデータを確認できなかったことが含まれる。５０の症例及びそれらの８０のマッチした対照について、対照の８１％は５才以内の年齢によって、９９％は性によって、９０％は人種によって、４％はＣＤ４細胞数によって（主に失われたデータのため）、そして９４％は治療方式（又はアバカビル拡大アクセスプログラムへの参加）によって、症例にマッチしていた。
【表１１】
2005503152.tif 000025
【実施例６】
【０１１３】
結果
過敏症との遺伝的関連の単変量解析
各多型について、症例及び対照間の対立遺伝子頻度を、単変量解析を用いて計算した。症例及び対照間で有意差ある頻度を有する多型（ＨＬＡ多型以外）（０．０５以下のｐ値）を、表１２に示す（フィッシャー正確確率検定、又は率間の差の条件付きロジスティック回帰分析）。ＴＮＦ  Ｇ（−２３７）Ａ多型は、９９の対照のうち７つ（７％）と比較して、５８の症例のうち２５（４３％）に存在した。
【表１２】
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【０１１４】
ＨＬＡ分類の単変量解析は、症例及び対照において有意差のある頻度を有する６つの座を示した（ｐ＜０．１、フィッシャー正確確率検定、表１３）。これらのうち、ＨＬＡ−Ｂ５７の頻度差が最も有意であった（ｐ＜0.0001）。ＨＬＡ−Ｂ５７は、８４の症例のうち３９（４６％）に存在したのに対して、１１３の対照のうち４（４％）に存在した。
【表１３】
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【０１１５】
非ＨＬＡ多型のうち、最高の統計学的有意性を有する２つの多型は、ＴＮＦα（−２３７）及びＭＩＣＡ（−９２６３）であった。ＨＬＡ−Ｂ、ＭＩＣＡ及びＴＮＦα遺伝子は、共に染色体６上に密接に位置しており、そして遺伝子型分類の結果はＨＬＡ−Ｂ５７及びＴＮＦα  Ｇ（−２３７）Ａ対立遺伝子間の高い対立遺伝子関連性と一致した。
【０１１６】
ＨＬＡ−Ｂ５７及びＴＮＦαは、染色体６上に共に密接に位置しており、そして高い対立遺伝子関連性を示した（表１４）。ＴＮＦα  −２３８Ａ対立遺伝子を有する過敏症反応の２つの症例を除く全ては、ＨＬＡ−Ｂ５７も陽性であった。ＨＬＡ−Ｂ５７陽性であった過敏症の５つの症例は、ＴＮＦα  −２３８Ａ対立遺伝子を欠いていた。
【表１４】
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【０１１７】
過敏症との遺伝的関連の多変量解析
探査多変量解析を行って、異なる遺伝子マーカーの寄与を調査した。少なくとも１つのマッチした対照を有する症例のサブセット（５０の症例及び８０の対照、表１１参照）を用いて、条件付きロジスティック回帰分析を行った。マッチングとは無関係に、８５の症例及び１１５の対照の全てによるロジスティック回帰を用いて二次分析を行った。これらの分析は、過敏症について研究したマーカーのうちＨＬＡ−Ｂ５７が最も強いマーカーであることを示した。
【０１１８】
再帰的分割を用いて、マーカー対立遺伝子を含む変量の組み合わせがアバカビル過敏症反応のリスクを有意に改変するように作用しているかどうかを調査した。ＨＬＡ−Ｂ５７は、被験者が症例又は対照であるかどうかについて最も有意な予測因子であった（Bonferroni調整ｐ値＜0.0001）（表１５）。再帰的分割分析に含めるために十分なデータを有する１５９人の被験者のうち、３３人（２１％）がＨＬＡ−Ｂ５７を有した；そのうち３０人（９１％）が症例であった。３３人のＨＬＡ−Ｂ５７陽性被験者のうち、３１人がＤＲＢ０３陰性であった；３１人の被験者のこのグループのうち３０人（９７％）が症例であった（Bonferroni調整ｐ値＝0.001）。
【表１５】
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【０１１９】
ＨＬＡ−Ｂ５７の存在及びアバカビルに対する過敏症の病歴間の統計学的に有意な関連が見出された。ＴＮＦ  −２３７Ａ多型の存在及びアバカビルに対する過敏症間の関連も見出されたが、この関連は、ほとんど完全にＨＬＡ−Ｂ５７の存在によって説明することができる。また、同じ領域内の第三の多型、ＭＩＣＡ  −２９６３Ｇは単変量解析では有意であったが、多変量解析では有意でなかった。
【０１２０】
サブグループ分析
人口統計学的サブグループの記述的分析を以下に示す。この研究における被験者の大部分は白人男性であった。表１６に示すように、白人男性対照の３％と比較して、白人男性症例の５３％は少なくとも１個のＨＬＡ−Ｂ５７対立遺伝子を有した。黒人男性のうち、１６人の黒人男性対照の１人（６％）と比較して、９人の過敏症症例のうち２人（２２％）がＨＬＡ−Ｂ５７陽性であった。ヒスパニック及び他の確認された人種グループのうち、１３の対照のうち１人と比較して、９の症例はいずれもＨＬＡ−Ｂ５７陽性ではなかった。
【表１６】
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【０１２１】
研究被験者の大部分が男性であった。６人の女性登録症例のうち、５人が白人であった（表１７）。５人の白人女性症例の４人はＨＬＡ−Ｂ５７陽性であったのに対して、６人の対照の誰も陽性でなかった。関連を統計学的に試験しなかったが、傾向は白人男性の傾向とマッチする。
【表１７】
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【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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