(57)【要約】本発明は、本発明によるポリヌクレオチドを含む第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子をもつ遺伝子型を有する患者において結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌の治療に用いる医薬組成物を調製するためのイリノテカンまたはその誘導体の使用に関する。好ましくは、これらのポリヌクレオチドが含むヌクレオチドの欠失、付加および／または置換は、対応する野生型対立遺伝子と比較して第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の発現を変化させ、あるいは対応する野生型対立遺伝子がコードするポリペプチドと比較してこれらの対立遺伝子がコードするポリペプチドの活性を変化させる。最後に、本発明は、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌または膵癌を患う対象に適した療法を選択する方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第１の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する対象において結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌の治療に用いる医薬組成物を調製するための、イリノテカンまたはその誘導体の使用：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【化１】
2005501840.tif 000042
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０６、６０８、６１０、６１２、６１８、６２０、６２２、６２４および／または６２８のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性１（ＭＤＲ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、下記の位置に対応する位置において少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失を有するポリヌクレオチド：
ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の
【化２】
2005501840.tif 000043
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の
【化３】
2005501840.tif 000044
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１、３０８、
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１３７、１７６；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８３９４６、７０２００、７０２３７、６５２４１、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１および／または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４１５２９、１７４９０１、１３９１７７、１４０１１８、１４０５６８、１４０７２７、１３９４７９に対応する位置にＡを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置３０８および／または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８４７０１、８３９７３、８４０７４、８４１１９、７８１７０、７０２０４、７０２５３、７０３７１、５０５３７、４３１６２、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１３７または１７６、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４５９８４、１７１４６６、１７５０６８、１７５０７４、１３９０６４、１３９２７６、１４０５７６に対応する位置にＴを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４０８３７、１７１４０４、１７１４５６、１７１５１１、１７１５１２、１３９１１９、１４０４９０、１３９６１９、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置４３２６３に対応する位置にＣを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８４０３２、７７８１１、７３２５２、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４１５９０、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１４０２１６、１４０５９５に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置２１、１０３、１６８、４００、８９３、９９９、１００１、１１０７および／または１１４１に対応する位置においてアミノ酸置換を含む；
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置２１に対応する位置におけるＡｓｎからＡｓｐへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１０３に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１６８に対応する位置におけるＶａｌからＩｌｅへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００に対応する位置におけるＳｅｒからＡｓｎへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置８９３に対応する位置におけるＡｌａからＳｅｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置９９９に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１００１に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１０７に対応する位置におけるＧｌｎからＰｒｏへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１４１に対応する位置におけるＳｅｒからＴｈｒへの置換。
【請求項２】
対象が、下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第２の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する、請求項１に記載の使用：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【化４】
2005501840.tif 000045
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６００、６０２および／または６０４のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５７９９８、５７８５３、５３２８２および／または３９５０８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６６７、１３７６４７、１３７７１０、１２４６６７および／または３８６４６に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７２５８、２７１５９、３４２１８、３４２１５、５５４７２および／または３４２０６−３４２０７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置２１１３３、１４００８、１８０６７、１７９７０および／または１７９００に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置７９、８８および／または２４９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５および／または２５９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２５２７７）の位置１５０７２７および／または３３５５１に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２８）の位置１７４に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２４８および／または２５８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１８８４、１６２５、１１６３、３８１、２３３、１８９、４４０および／または１７２０−１７２３に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７および／または４３７／４３８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置５５１５６／５５１５７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置２１１３３、１４００８および／または１８１９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７２５８および／または３４２１８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置７９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５７９９８および／または５７８５３に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６６７および／または１３７６４７に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２５２７７）の位置１５０７２７および／または３３５５１に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２４８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１８８４、１６２５、２３３および／または１８９に対応する位置にＡを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置３９５０８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１７９００、１８０６７および／または１８１９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２８）の位置１７４に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置４４０および／または１１６３に対応する位置にＴを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置８８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７１５９、５５４７２および／または３４２１５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７および／または３８６４６に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５３２８２に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７７１０に対応する位置にＣを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２５８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１に対応する位置にＧを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１７９７０に対応する位置におけるＴの欠失を；あるいは、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２０６−３４２０７に対応する位置におけるＡＴの欠失を；あるいは、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１７２０−１７２３に対応する位置においてＧＧＴＡの欠失を；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置におけるＴの挿入および／またはその位置４３７／４３８に対応する位置におけるＴＣＣＴＴＣＣの挿入を；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置５５１５６／５５１５７に対応する位置におけるＴＧＧＧＧＣの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置２３９に対応する位置におけるＰｈｅからＣｙｓへの置換；または／およびＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置４３３に対応する位置におけるＡｒｇからＳｅｒへの置換；または／およびＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置７２３に対応する位置におけるＡｒｇからＧｌｎへの置換。
【請求項３】
対象が、下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第３の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する、請求項１または２に記載の使用：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７、１３８、１４１、１４２、１４５、１４６、１４９および／または１５０のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）シトクロムＰ４５０サブファミリーＩＩＩＡ（ニフェジピンオキシダーゼ）ポリペプチド５（ＣＹＰ３Ａ５）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８および／または９７３６に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換、あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１および／または１４５９２９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８に対応する位置にＣを；ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１および／または１４５９２９に対応する位置にＧを；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置９７３６に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド。
【請求項４】
対象が、下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第４の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の使用：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【化５】
2005501840.tif 000046
（ｂ）下記のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド：
【化６】
2005501840.tif 000047
（ａ）ウリジン二リン酸グリコシルトランスフェラーゼ１メンバーＡ１（ＵＧＴ１Ａ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５９、１６０、２２６、５３９、５４４、６４０、７０１、８４１、８５５、８９０、９３８、１００６、１００７、１０２０、１０８４、１０８５、１１１４、１１１７、１１３９、１１５８、１１７５−１１７６、１２１６、１２９７、１３２４、１４７１、１４７８、３７２−３７３、５２３−５２５および／または８９２−９０５に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失、あるいは、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置４７０／４７１および／または１２２２／１２２３に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置２２６、５３９、７０１、８５５、９３８、１０２０および／または１１１７に対応する位置にＡを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１６０、６４０、８９０、１００６、１０８４、１１３９、１１７６、１３２４および／または１４７８に対応する位置にＴを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５４４、８４１および／または１２１６に対応する位置にＣを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１８１３０３）の位置５９、１００７、１０８５、１１１４、１１５８、１１７５、１２９７および／または１４７１に対応する位置にＧを；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置３７２−３７３に対応する位置におけるＣＴの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５２３−５２５に対応する位置におけるＴＴＣの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置８９２−９０５に対応する位置におけるＴＡＣＡＴＴＡＡＴＧＣＴＴＣの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置４７０／４７１に対応する位置におけるＴの挿入を；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１２２２／１２２３に対応する位置におけるＧの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１５に対応する位置におけるＬｅｕからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置７１に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１７５に対応する位置におけるＬｅｕからＧｌｎへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１７７に対応する位置におけるＣｙｓからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２０９に対応する位置におけるＡｒｇからＴｒｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２２９に対応する位置におけるＰｒｏからＧｌｎへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２７６に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるＡｌａからＶａｌへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９３に対応する位置におけるＴｙｒからＴｒｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３０８に対応する位置におけるＧｌｙからＧｌｕへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３１に対応する位置におけるＧｌｎからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３５７に対応する位置におけるＧｌｎからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３６７に対応する位置におけるＡｒｇからＧｌｙへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３６８に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３８７に対応する位置におけるＰｒｏからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３７５に対応する位置におけるＳｅｒからＰｈｅへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３８１に対応する位置におけるＳｅｒからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４０１に対応する位置におけるＡｌａからＰｒｏへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４２８に対応する位置におけるＬｙｓからＧｌｕへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４８６に対応する位置におけるＴｙｒからＡｓｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４８８に対応する位置におけるＳｅｒからＰｈｅへの置換；
（ｄ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置３７２−３７３に対応する位置におけるＣＴの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１１９に対応する位置におけるアミノ酸Ａｓｐに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４７０／４７１に対応する位置にＴの挿入を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１５２に対応する位置におけるアミノ酸Ｐｒｏに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置５２３−５２５に対応する位置におけるＴＴＣの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１６８に対応する位置におけるアミノ酸Ｔｈｒに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置８９２−９０５に対応する位置におけるＴＡＣＡＴＴＡＡＴＧＣＴＴＣの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるアミノ酸Ａｌａに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置１２２２／１２２３に対応する位置におけるＧの挿入を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４０２に対応する位置におけるアミノ酸Ｌｙｓに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失するポリヌクレオチド；および
（ｅ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリヌクレオチドはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４９に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換；および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２８０に対応する位置におけるＣｙｓから終止コドンへのアミノ酸置換；および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３１に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換；および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３５に対応する位置におけるＴｒｐから終止コドンへのアミノ酸置換；および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３５７に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換；および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４３７に対応する位置におけるＬｙｓから終止コドンへのアミノ酸置換を含む。
【請求項５】
ポリヌクレオチドが含むヌクレオチドの欠失、付加および／または置換により、対応する野生型対立遺伝子と比較して第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の発現が変化する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項６】
発現の変化が、発現の低下または増大である、請求項５に記載の使用。
【請求項７】
ポリヌクレオチドが含むヌクレオチドの欠失、付加および／または置換により、対応する野生型対立遺伝子がコードするポリペプチドと比較して第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子がコードするポリペプチドの活性が変化する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の使用。
【請求項８】
活性の変化が、活性の低下または増強である、請求項６に記載の使用。
【請求項９】
対象が動物である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１０】
対象がマウスである、請求項９に記載の使用。
【請求項１１】
対象がヒトである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１２】
ヒトがアフリカ人種またはアジア人種である、請求項１１に記載の使用。
【請求項１３】
結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵癌を患う対象に適切な療法を選択するための、下記を含む方法：
（ａ）対象から得た試料中の対象のゲノム中における、請求項１〜４のいずれか一項に特定した第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の存在または不存在を判定し；そして
（ｂ）（ａ）において得た結果に基づいてその対象に適切な療法を選択すること。
【請求項１４】
癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）患者の遺伝子型をアッセイして、その患者がＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；そして
（ｂ）前記２以上の遺伝子のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量のイリノテカンをその患者に投与するが、この量は、前記２以上の遺伝子における患者の対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少されること。
【請求項１５】
患者がイリノテカンによる治療に対する中毒反応のリスクを有するかを判定する方法であって、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子を含む２以上の遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を患者が有するかを判定することを含む方法。
【請求項１６】
癌を患う患者にイリノテカンを投与するのに最適な治療方式を判定するための、下記を含む方法：
（ａ）その患者が、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）前記２以上の遺伝子それぞれの１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、前記２以上の遺伝子における患者の対立遺伝子を考慮せずにイリノテカンを投与する場合の患者におけるピーク量と比較して、その患者におけるイリノテカンのピーク量を低下させるように方式を変更すること。
【請求項１７】
ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有する患者において癌を治療する方法であって、これら２以上の遺伝子の遺伝子生成物の発現レベルが一般集団のものより低いためイリノテカンに対する高い感受性を示す場合は、その患者に減少された量のイリノテカンを投与することを含む方法。
【請求項１８】
ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有する患者において癌を治療する方法であって、これら２以上の遺伝子の遺伝子生成物の発現レベルが一般集団のものより高いためイリノテカンに対する耐性または耐性素質を示す場合は、その患者に増大された量のイリノテカンを投与することを含む方法。
【請求項１９】
患者において癌を治療する方法であって、患者に有効量のイリノテカンを内部投与することを含み、その際、患者のＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１を含む遺伝子の遺伝子型に基づいて治療方式を改変する方法。
【請求項２０】
癌を患う患者集団を治療するための、下記を含む方法：
（ａ）患者毎に、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子をその患者が有するかを判定し；
（ｂ）前記２以上の遺伝子の１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者の前記２以上の遺伝子の対立遺伝子を考慮しない場合の量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【請求項２１】
癌を患う患者においてイリノテカンに対する感受性を予測する方法であって、その患者がＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定することを含み、これらの対立遺伝子は癌細胞がこれら２以上の遺伝子のタンパク質を低い量または高い量で発現することの指標であり、これにより低発現はイリノテカンに対する感受性が高いことの指標となり、高発現はイリノテカンに対する耐性または耐性素質の指標となる方法。
【請求項２２】
癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＭＤＲ１遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＭＤＲ１遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【請求項２３】
癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＭＲＰ１遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【請求項２４】
癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＵＧＴ１Ａ１遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＵＧＴ１Ａ１遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【請求項２５】
癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＣＹＰ３Ａ５遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＣＹＰ３Ａ５遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、本発明によるポリヌクレオチドを含む第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子をもつ遺伝子型を有する患者における結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌の治療に用いる医薬組成物を調製するための、カンプトテシン系薬物、たとえばイリノテカン（ＣＰＴ−１１）またはその誘導体の使用に関する。好ましくは、これらのポリヌクレオチドが含むヌクレオチドの欠失、付加および／または置換により、対応する野生型対立遺伝子と比較して第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の発現が変化し、あるいは対応する野生型対立遺伝子がコードするポリペプチドと比較して前記変異対立遺伝子がコードするポリペプチドの活性が変化する。最後に、本発明は、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌または膵癌を患う対象に適した療法を選択する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
イリノテカンは、東洋の樹木カンプトテカ・アキュミナタ（Ｃａｍｐｔｏｔｈｅｃａ  ａｃｕｍｉｎａｔａ）から得られる細胞毒性アルカロイドである、カンプトテシン（ＣＰＴ）の半合成類似体である。カンプトテシンは、可逆的な一本鎖破断を誘発することによりＤＮＡのねじれ歪を解消する酵素トポイソメラーゼＩを特異的に阻害することにより、抗新生物活性を示す［Ｄ’Ａｒｐａ，ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ  ９８９：１６３−７７；Ｈｏｒｗｉｔｚ，ｅｔ  ａｌ．，１９７３，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ３３：２８３４−６］。イリノテカンおよびその活性代謝産物ＳＮ−３８はトポイソメラーゼ１−ＤＮＡ複合体に結合し、これらの一本鎖断片の再結合を阻止する［Ｋａｗａｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５１：４１８７−９１］。イリノテカンは、カンプトテシン部分とジピペリジノ側鎖の間のカルバメート結合がカルボキシエステラーゼの仲介により開裂することによってイリノテカンから形成される親油性の代謝産物ＳＮ−３８（７−エチル−１０−ヒドロキシカンプトテシン）の水溶性プロドラッグとして作用する［Ｔｓｕｊｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｂｉｏｄｙｎ  １４：３４１−９］。カルボキシエステラーゼ−２は、薬理学的濃度でこの加水分解に関与する主要な酵素である［Ｈｕｍｅｒｉｃｋｈｏｕｓｅ，ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６０：１１８９−９２］。トポイソメラーゼの阻害およびイリノテカン関連の一本鎖破断は、主にＳＮ−３８により起きる［Ｋａｗａｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５１：４１８７−９１］。イリノテカンを投与すると、げっ歯類由来の癌を有するマウスおよび組織学的に種々のタイプのヒト癌異種移植片において抗腫瘍活性が生じた［Ｆｕｒｕｔａ，ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｇａｎ  Ｔｏ  Ｋａｇａｋｕ  Ｒｙｏｈｏ  １５：２７５７−６０；Ｇｉｏｖａｎｅｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１０４６−８；Ｇｉｏｖａｎｅｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５１：３０５２−５；Ｈａｗｋｉｎｓ，１９９２，Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｈｕｎｔｉｎｇｔ）６：１７−２３；Ｋｕｎｉｍｏｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ４７：５９４４−７］。
【０００３】
イリノテカンはＣＹＰ３Ａ４およびＣＹＰ３Ａ５によっても酸化される［Ｈａａｚ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｐｏｓ  ２６：７６９−７４；Ｋｕｈｎ，１９９８，Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｈｕｎｔｉｎｇｔ）１２：３９−４２；Ｓａｎｔｏｓ，ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６：２０１２−２０；Ｒｉｖｏｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５６：３６８９−９４］。ＳＮ−３８の主な排出経路は、グルクロン酸と抱合して対応するグルクロニド（ＳＮ−３８Ｇ）を形成するものである［Ａｔｓｕｍｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｘｅｎｏｂｉｏｔｉｃａ  ２１：１１５９−６９］。ＳＮ−３８Ｇは腸内細菌叢により脱抱合されてＳＮ−３８を形成すると報告されている［Ｋａｎｅｄａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５０：１７１５−２０］。ＳＮ−３８のグルクロン酸抱合は、ＵＧＴ１Ａ１およびＵＧＴ１Ａ７により仲介される［Ｌｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １０１：８４７−５４；Ｃｉｏｔｔｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２６０：１９９−２０２］。物質収支検討により、全投与量の６４％は糞便中へ排出されることが証明され、胆汁中排出がもつ重要な役割が確認された［Ｓｌａｔｔｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｐｏｓ  ２８：４２３−３３］。以下のことが検討により示唆されている：多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）は、イリノテカンおよびその代謝産物の主要なトランスポーターであり［Ｋｕｈｎ，１９９８，Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｈｕｎｔｉｎｇｔ）１２：３９−４２；Ｃｈｅｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｍｏｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ５５：９２１−８；Ｃｈｕ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５７：１９３４−８；Ｃｈｕ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｅｘｐ  Ｔｈｅｒ  ２８１：３０４−１４］、それらの胆汁中排出を促進し、そこでそれらは副作用を引き起こすが、Ｐ糖タンパク質もイリノテカンの排出に関与する［Ｃｈｕ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５８：５１３７−４３；Ｃｈｕ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｐｏｓ  ２７：４４０−１；Ｃｈｕ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｅｘｐ  Ｔｈｅｒ  ２８８：７３５−４１；Ｍａｔｔｅｒｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｏｎｃｏｌ  Ｒｅｓ  ５：４６７−７４；Ｈｏｋｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ４０：４３３−８；Ｓｕｇｉｙａｍａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ４２：Ｓ４４−９］。
【０００４】
カンプトテシンに対する細胞の耐性、および、かくしてイリノテカンに対する療法応答は、細胞内カルボキシエステラーゼ活性およびトポイソメラーゼＩの開裂活性に関連づけられた［ｖａｎ  Ａｒｋ−Ｏｔｔｅ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ７７：２１７１−６；Ｇｕｉｃｈａｒｄ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ８０：３６４−７０］。
【０００５】
そのようなカンプトテシン系薬物、たとえばイリノテカンの使用は、明らかに用量依存性である骨髄抑制および胃腸毒性によって制限される。これらには吐き気、嘔吐、腹痛および下痢が含まれ、これらの副作用は致命的となる可能性がある。イリノテカン療法の用量を制限する主な毒性は下痢であり、これは最高８８％の患者に起き、腸内ＳＮ−３８蓄積に依存する［ｖａｎ  Ａｒｋ−Ｏｔｔｅ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ７７：２１７１−６；Ｇｕｉｃｈａｒｄ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ８０：３６４−７０；Ａｒａｋｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｊｐｎ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ８４：６９７−７０２］；これはＳＮ−３８の胆汁中排出により二次的に起きるものであり、その程度はＳＮ−３８のグルクロン酸抱合により決まる［Ｇｕｐｔａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５４：３７２３−５；Ｇｕｐｔａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  １５：１５０２−１０］。骨髄抑制は、イリノテカンおよびＳＮ−３８両方の濃度−時間曲線下面積に相関していた［Ｓａｓａｋｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｊｐｎ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ８６：１０１−１０］。
【０００６】
イリノテカンは、５−フルオロウラシル療法に不応性の転移性結腸直腸癌を患う患者について１９９７年に承認されたが、その療法有益性にはなお疑問がある。最近、国立癌研究所（ＮＣＩ）は、結腸直腸癌に関する２０００人以上の患者に係わる２つの大規模な臨床試験を、ほぼ３倍高いイリノテカン毒性関連死亡率のため、治療の最初の６０日以内で取りやめなければならなかった。死因は下痢と嘔吐に関連する脱水症状および好中球減少関連の敗血症であった［２００１，ａｒｚｎｅｉ−ｔｅｌｅｇｒａｍｍ  ３２：５８］。当時イリノテカンは癌自体に有効であることが証明されていたが、短期毒性のため必ずしもすべての患者が長期生存の利益を受けることができるわけではない。したがって、イリノテカン毒性を被る可能性が最も高い患者を同定することが強く望まれている。
【０００７】
現在、患者は大部分の場合、最初はイリノテカン６０〜１２５ｍｇ／ｍ２の標準量を他の抗新生物薬と併用して週ごとの投薬で３〜４回を数コース投与するという治療計画に従って治療され、治療に対する各患者の耐容性に基づいて後続量を２５〜５０ｍｇ／ｍ２漸増量に調整する。イリノテカン関連毒性から回復できるように治療を１〜２週間遅らせてもよく、患者が回復していない場合は療法を中止しなければならない。非耐容性毒性が発現しない場合、患者に臨床的有益性がある限り、追加コースの治療を不定期間継続する。応答率は、腫瘍タイプに応じて１０％未満からほぼ９０％まで変動する。しかし、療法応答を評価して代替法を考慮するには少なくとも６〜８週間はかかる。このように、その患者に対する適正な投与量を見いだすのは長たらしく、時間がかかり、致命的な有害作用のリスクを生じる。治療による利益のない患者は不必要にこのリスクを受ける可能性があり、さらに、これら患者が適切な治療を受ける前に貴重な時間が浪費される。
【０００８】
さらに、多くの化学療法薬にみられるように、細胞がイリノテカンなどの化学療法薬に最適量を下回る量で曝露されると、療法に対する細胞耐性を発現するリスクは高まる。
胆汁中排出の（たとえばＭＲＰおよびＰ糖タンパク質の）阻害薬およびＵＧＴ１Ａ１の誘発薬による薬物動態調節が、カンプトテシン関連毒性を低下させる手段として示唆された［Ｇｕｐｔａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５６：１３０９−１４；Ｇｕｐｔａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ３９：４４０−４］。イリノテカンとサイクロスポリンＡおよびフェノバルビタールを併用した臨床試験の予備データは、カンプトテシン関連下痢の抑制に関してある程度有望な結果を示す［Ｒａｔａｉｎ，２０００，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６：３３９３−４］が、サイクロスポリンＡおよびフェノバルビタールなどの薬物による共治療は有害事象および薬物相互作用のリスクを追加する。
【０００９】
ＳＮ−３８およびＳＮ−３８Ｇの薬物動態は両方とも大きな患者間変動性があり［Ｃａｎａｌ，ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  １４：２６８８−９５］、これは患者間のイリノテカン代謝経路の相異によるものと思われる［Ｒｉｖｏｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ３：１２６１−６］。さらに、ギルバート症候群の患者に重篤なイリノテカン毒性が報告された［Ｗａｓｓｅｒｍａｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ａｎｎ  Ｏｎｃｏｌ  ８：１０４９−５１］。その結果、ＵＧＴ１Ａ１活性の低い患者はイリノテカン毒性のリスクが高いという、イリノテカン代謝に対する遺伝的素質が示唆された［Ｉｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １０１：８４７−５４；Ａｎｄｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ａｎｎ  Ｏｎｃｏｌ  ９：８４５−７］。ＵＧＴ１Ａ１プロモーターにおける共通の多型性［Ｍｏｎａｇｈａｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｌａｎｃｅｔ  ３４７：５７８−８１］がインビトロでのＳＮ−３８のグルクロン酸抱合と関連づけられ［Ｉｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｃｌｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｔｈｅｒ  ６５：５７６−８２］、それを臨床的に利用できる可能性が患者−対照研究から示唆された［Ａｎｄｏ，ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ６０：６９２１−６］。しかし、イリノテカン関連毒性はほんの少数の罹患患者（＜１５％）においてＵＧＴ１Ａ１遺伝子型により予測されたにすぎない。
【００１０】
結論として、カンプトテシンをベースとする療法の療法効果および安全性を有意に改善し、かつ療法による死亡を避け、不必要な耐性発現を避け、そして有害事象および療法遅延に関連する医療費を減らすことが、きわめて望ましい。しかし、イリノテカン毒性の低下または療法効果の改善に関して受け入れられている機序は、現在のところない。
【００１１】
したがって、本発明の基礎となる技術的課題は、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌を効果的に治療するための改良された手段および方法を提供し、これにより前記の望ましくない副作用を避けることである。本発明の基礎となる技術的課題は、特許請求の範囲において特徴が明らかにされた態様により解決される。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
したがって本発明は、下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第１の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する対象において、癌、特に結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌の治療に用いる医薬組成物を調製するための、イリノテカンまたはその誘導体の使用に関する：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【００１３】
【化１】
2005501840.tif 000002
【００１４】
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０６、６０８、６１０、６１２、６１８、６２０、６２２、６２４および／または６２８のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性１（ＭＤＲ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、下記の位置に対応する位置において少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失を有するポリヌクレオチド：
ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の
【００１５】
【化２】
2005501840.tif 000003
【００１６】
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の
【００１７】
【化３】
2005501840.tif 000004
【００１８】
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１、３０８、
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１３７、１７６；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８３９４６、７０２００、７０２３７、６５２４１、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１および／または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４１５２９、１７４９０１、１３９１７７、１４０１１８、１４０５６８、１４０７２７、１３９４７９に対応する位置にＡを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置３０８および／または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８４７０１、８３９７３、８４０７４、８４１１９、７８１７０、７０２０４、７０２５３、７０３７１、５０５３７、４３１６２、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１３７または１７６、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４５９８４、１７１４６６、１７５０６８、１７５０７４、１３９０６４、１３９２７６、１４０５７６に対応する位置にＴを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４０８３７、１７１４０４、１７１４５６、１７１５１１、１７１５１２、１３９１１９、１４０４９０、１３９６１９、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置４３２６３に対応する位置にＣを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８４０３２、７７８１１、７３２５２、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４１５９０、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１４０２１６、１４０５９５に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置２１、１０３、１６８、４００、８９３、９９９、１００１、１１０７および／または１１４１に対応する位置においてアミノ酸置換を含む；
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置２１に対応する位置におけるＡｓｎからＡｓｐへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１０３に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１６８に対応する位置におけるＶａｌからＩｌｅへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００に対応する位置におけるＳｅｒからＡｓｎへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置８９３に対応する位置におけるＡｌａからＳｅｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置９９９に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１００１に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１０７に対応する位置におけるＧｌｎからＰｒｏへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１４１に対応する位置におけるＳｅｒからＴｈｒへの置換。
【００１９】
本発明に従って用いる“イリノテカンまたはその誘導体”という用語は、好ましくは下記の一般構造式により特徴付けられ：
【００２０】
【化４】
2005501840.tif 000005
【００２１】
さらに米国特許ＵＳ０５１０６７４２、ＵＳ０５３４０８１７、ＵＳ０５３６４８５８、ＵＳ０５４０１７４７、ＵＳ０５４６８７５４、ＵＳ０５５５９２３５およびＵＳ０５６６３１７７に記載された物質を示す。さらに用語“イリノテカンまたはその誘導体”には、カンプトテシンの類似体および誘導体も含まれる。使用できるカンプトテシン類似体のタイプおよび範囲は当業者に周知であり、たとえば、以下の多数の文献に記載されている［Ｈａｗｋｉｎｓ，１９９２，Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｈｕｎｔｉｎｇｔ）６：１７−２３；Ｂｕｒｒｉｓ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｈｅｍａｔｏｌ  Ｏｎｃｏｌ  Ｃｌｉｎ  Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ  ８：３３３−５５；Ｓｌｉｃｈｅｎｍｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ８５：２７１−９１；Ｓｌｉｃｈｅｎｍｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ３４：Ｓ５３−７］。活性なカンプトテシン類似体の具体例は下記のものである：６環式カンプトテシン類似体、９−ニトロ−カンプトテシン、９−または１０−置換アミノ、ハロゲンまたはヒドロキシル基を有する２０Ｓ立体配置のカンプトテシン類似体、７−置換水溶性カンプトテシン、９−置換カンプトテシン、Ｅ環修飾カンプトテシン、たとえば（ＲＳ）−２０−デオキシアミノ−７−エチル−１０−メトキシカンプトテシン、および１０−置換カンプトテシン類似体［Ｅｍｅｒｓｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５５：６０３−９；Ｅｊｉｍａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｃｈｅｍ  Ｐｈａｒｍ  Ｂｕｌｌ（Ｔｏｋｙｏ）４０：６８３−８；Ｓｕｇｉｍｏｒｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ３７：３０３３−９；Ｗａｌｌ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ３６：２６８９−７００；Ｗａｎｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９８０，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ２３：５５４−６０；Ｋｉｎｇｓｂｕｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ３４：９８−１０７］。類似の療法活性をもつ他の多様なカンプトテシン類似体が記載されている［Ｈａｗｋｉｎｓ，１９９２，Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｈｕｎｔｉｎｇｔ）６：１７−２３；Ｂｕｒｒｉｓ  ａｎｄ  Ｆｉｅｌｄｓ，１９９４，Ｈｅｍａｔｏｌ  Ｏｎｃｏｌ  Ｃｌｉｎ  Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ  ８：３３３−５５；Ｓｌｉｃｈｅｎｍｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ８５：２７１−９１；Ｓｌｉｃｈｅｎｍｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ３４：Ｓ５３−７］。カンプトテシン類似体を合成するのに適した方法が記載されている［Ｅｍｅｒｓｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５５：６０３−９；Ｅｊｉｍａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｃｈｅｍ  Ｐｈａｒｍ  Ｂｕｌｌ（Ｔｏｋｙｏ）４０：６８３−８；Ｓｕｇｉｍｏｒｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ３７：３０３３−９；Ｗａｌｌ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ３６：２６８９−７００；Ｗａｎｉ，ｅｔ  ａｌ．，１９８０，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ２３：５５４−６０；Ｋｉｎｇｓｂｕｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ３４：９８−１０７；Ｓｕｇａｓａｗａ，ｅｔ  ａｌ．，１９７６，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  １９：６７５−９］。
【００２２】
これらの物質は、次の文献に記載されているように、療法用として、たとえば結腸直腸癌、非−小細胞型および小細胞型の肺癌、食道癌、腎細胞癌、卵巣癌、乳癌、膵癌、扁平上皮癌、白血病およびリンパ腫に有用であることが知られている［Ｋａｗａｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５１：４１８７−９１；Ｆｕｒｕｔａ，ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｇａｎ  Ｔｏ  Ｋａｇａｋｕ  Ｒｙｏｈｏ  １５：２７５７−６０；Ｈａｗｋｉｎｓ，１９９２，Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｈｕｎｔｉｎｇｔ）６：１７−２３；Ｓｌｉｃｈｅｎｍｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ８５：２７１−９１；Ｓｌｉｃｈｅｎｍｙｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ３４：Ｓ５３−７；Ｔｓｕｒｕｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ２１：７１−４；Ｗｅｉｓｅｍａｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｄｒｕｇｓ  ５２：６０６−２３；Ｇｏｔｔｌｉｅｂ，ｅｔ  ａｌ．，１９７０，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｒｅｐ  ５４：４６１−７０；Ｎｅｇｏｒｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ８３：１１６４−８；Ｒｏｗｉｎｓｋｙ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５４：４２７−３６］。同様に本発明による使用に含まれるものは、前記物質の何らかの化学修飾により得られる誘導体であって、本発明の使用にとって療法上同様に好適な誘導体である。本発明物質の誘導体が本発明の使用にとって療法上同様に好適であるかを判定するためには、当技術分野で周知の生物学的アッセイを実施することができる。そのようなアッセイ法は、たとえば次の文献に記載されている［Ｋａｗａｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５１：４１８７−９１；Ｆｕｒｕｔａ，ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｇａｎ  Ｔｏ  Ｋａｇａｋｕ  Ｒｙｏｈｏ  １５：２７５７−６０；Ｇｉｏｖａｎｅｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１０４６−８；Ｇｉｏｖａｎｅｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５１：３０５２−５；Ｋｕｎｉｍｏｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ４７：５９４４−７；Ｍａｔｔｅｒｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｏｎｃｏｌ  Ｒｅｓ  ５：４６７−７４；Ｔｓｕｒｕｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ２１：７１−４；Ｂｕｒｒｉｓ，ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ８４：１８１６−２０；Ｆｒｉｅｄｍａｎ，ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ３４：１７１−４］。
【００２３】
上記刊行物に記載された化合物はいずれも本発明に使用できるものとする。
イリノテカンは、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌の治療に特に好適であることが示されている。したがって、最も好ましくは本発明に従って使用する物質はイリノテカンである。
【００２４】
本明細書中で用いる用語“医薬組成物”は、本発明物質および所望により１種類以上の医薬的に許容できるキャリヤーを含む。本発明物質を医薬的に許容できる塩類として配合してもよい。許容できる塩類には、酢酸塩、メチルエステル、塩酸塩、硫酸塩、塩化物などが含まれる。医薬組成物は薬物投与に慣用されるいずれかの経路によっても、たとえば経口、局所、非経口または吸入によっても、都合よく投与され得る。本発明物質は、薬物と標準的な医薬用キャリヤーを常法により混和することによって調製される慣用的な剤形で投与できる。これらの操作は、目的製剤に応じて成分の混合、造粒および圧縮または溶解を患うことができる。医薬的に許容できるキャラクターまたは希釈剤の形状および性質が、混和する有効成分の量、投与経路その他周知の可変要因により支配されることは自明であろう。キャリヤー（１種類以上）は、配合物の他の成分と適合性でありかつそれのレシピエント (recipient) に対して有害でないという意味で“許容できる”ものでなければならない。用いる医薬用キャリヤーは、たとえば固体または液体であってよい。固体キャリヤーの例は、乳糖、白土、ショ糖、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アラビアゴム、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸などである。液体キャリヤーの例は、リン酸緩衝化生理食塩水、シロップ、油、たとえばラッカセイ油およびオリーブ油、水、エマルション、種々のタイプの湿潤剤、無菌溶液などである。同様に、キャリヤーまたは希釈剤は、当技術分野で周知の遅延剤、たとえばモノステアリン酸グリセリルまたはジステアリン酸グリセリルを単独でまたはろうと共に含有してもよい。本発明による物質は、目的効果を達成するために多様な様式で投与できる。本発明物質を単独でまたは医薬製剤として配合して、治療される対象に経口、局所、非経口または吸入により投与することができる。さらに、本発明物質を他の物質と組み合わせ、共通の医薬組成物中において、または別個の医薬組成物として投与することもできる。
【００２５】
希釈剤は、組合わせ物の生物学的活性に影響を与えないように選択される。そのような希釈剤の例は、蒸留水、生理食塩水、リンゲル液、ブドウ糖溶液およびハンクス液である。さらに医薬組成物または配合物は、他のキャリヤー、佐剤、または無毒性、非療法性、非免疫原性である安定剤などを含有することができる。療法有効量とは、症状または状態を改善する本発明物質量を表わす。そのような化合物の療法有効性および毒性は、標準的な医薬的方法により細胞培養または実験動物において判定できる：たとえばＥＤ５０（その集団の５０％において療法的に有効な量）およびＬＤ５０（その集団の５０％に致死的な量）。療法効力と毒性効果の量比が療法指数であり、それを比ＬＤ５０／ＥＤ５０として表わすことができる。
【００２６】
投与方式は、担当医および他の臨床的要因により、好ましくは上記方法のいずれか１つに従って決定される。医療分野で周知のように、いずれの各患者に対する投与量も多数の要因に依存しうる。これには患者の体格、体表面積、年齢、投与する特定の化合物、性別、投与時間および投与経路、全般的健康状態、および併用する他の薬物が含まれる。経過を定期的な評価によりモニターすることができる。
【００２７】
典型的用量はたとえば５〜１００ｍｇであるが、特に前記要因を考慮して、この例示範囲を下回るかまたは上回る用量も想定される。一般に医薬組成物の通常の投与としての投与方式は、１日当たり１μｇ〜１０ｍｇ単位とすべきである。その方式が連続注入である場合も、体重ｋｇあたり、分 (minute) あたり、それぞれ、１μｇ〜１０ｍｇ単位とすべきである。経過を定期的な評価によりモニターすることができる。しかし、その対象および投与様式に応じて、約１〜約５００ｍｇ／ｍ２（体表面積）、通常は２０〜２００ｍｇ／ｍ２（体表面積）となるように物質投与量を広範に変更できる。
【００２８】
本明細書に述べられる医薬組成物および配合物を、少なくとも１回、本発明の使用法に従って投与する。しかし、本発明の医薬組成物および配合物を１回より多く、たとえば週１回隔週で、非限定数の週間にわたって投与することができる。
【００２９】
本発明による物質の具体的な配合物は、医薬の分野で周知の方法で調製され、通常は本明細書において上記に述べた少なくとも１種類の有効物質を、医薬的に許容できるそれのキャリヤーまたは希釈剤と混合その他の形で組み合わせて含有する。それらの配合物を調製するためには、有効物質（１種類以上）を通常はキャリヤーと混合し、または希釈剤で希釈し、あるいはカプセル、サッシェ、カシェ、紙その他の適切な容器またはビヒクルに封入またはカプセル化する。キャリヤーは、有効成分に対してビヒクル、賦形剤または媒質として作用する固体状、半固体状、ゲルベースまたは液状の材料であってよい。これらの適切なキャリヤーには、上記のもの、および当技術分野で周知の他のものが含まれる。たとえばＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ’（ペンシルベニア州イーストン）参照。配合物を、錠剤、カプセル剤、坐剤、液剤、懸濁液剤などを含む投与様式に適合させることができる。
【００３０】
当該患者群に応じて処方者が用量調整を予測できるように、製品ラベルに推奨投与量を指示する。不適正な薬物を不適正な患者に不適正な量で処方するのを避けるという通告を添える。
【００３１】
用語“治療”または“予防”は、治療した対象または疾患集団において疾病症状が軽減すること、すなわち症状の退行またはそのような症状の進行阻止を意味する。そのような疾病軽減は、疾病に伴う臨床症状の程度（たとえば腫瘍サイズ）によりモニターできる。本発明は治療した患者の１００％に有効ではないかもしれないが、統計的に有意な（ｐ値０．０５未満）人数の患者を治療するのに有効である。その対象人数が有意であるかは、統計学的検定、たとえばスチューデント (Student) のｔ−検定、カイ２乗検定、マン（Ｍａｎｎ）とウィットニー（Ｗｈｉｔｎｅｙ）によるＵ−検定、クラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）検定（Ｈ−検定）、ジョンケーレ−テルプストラ（Ｊｏｎｃｋｈｅｅｒｅ−Ｔｅｒｐｓｔｒａ）検定またはウィルコクソン（Ｗｉｌｃｏｘｏｎ）検定により判定できる。
【００３２】
本発明は、米国特許ＵＳ０５１０６７４２、ＵＳ０５３４０８１７、ＵＳ０５３６４８５８、ＵＳ０５４０１７４７、ＵＳ０５４６８７５４、ＵＳ０５５５９２３５およびＵＳ０５６６３１７７に医薬組成物に関連して記載したすべての態様をも包含する。
【００３３】
用語“結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌”は、癌に関連する疾患および調節不全 (dysregulation) を含む。本発明の使用に包含される好ましい疾患は、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌および膵癌である。これらの疾患および調節不全は当技術分野で周知であり、随伴症状はたとえばステッドマン（Ｓｔｅｄｍａｎ）などの標準的な書籍に記載されている。
【００３４】
本発明の意味において用いる用語“対象”は、動物、好ましくは本明細書において後記に特定するもの、およびヒトを含む。
本明細書中で用いる用語“第１の変異対立遺伝子”は、ＭＤＲ１遺伝子に対応する本明細書において後記に述べられる１以上のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを表わす。対象の各個体はＭＤＲ１遺伝子の少なくとも２つの対立遺伝子を保有し、それらの対立遺伝子は区別できるかまたは同一である。本発明の使用によれば、変異対立遺伝子は本明細書において後記に特定するポリヌクレオチドを少なくとも１つ以上含む。そのようなポリヌクレオチドは第１の変異対立遺伝子の調節または機能に対して相乗作用をもつ可能性がある。好ましくは、本発明の使用による変異対立遺伝子は本明細書において特定されたポリヌクレオチドを少なくとも２つ含む。
【００３５】
本発明の文脈において用語“ポリヌクレオチド”または“ポリペプチド”は、本発明の使用により特定されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドの異なる変異体を表わす。そのような変異体は、本明細書において特定されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドの基準配列、若しくは野生型配列、並びにそれらと構造または組成の異なる変異体を含む。ポリヌクレオチドの基準配列、若しくは野生型配列は、下記のＧｅｎＢａｎｋ寄託番号のものである：
ポリヌクレオチドについて：
【００３６】
【化５】
2005501840.tif 000006
【００３７】
または、ポリペプチドについて寄託番号（Ｐｉｄ  Ｎｏ）：Ｇ８８５０２３６、Ｇ２８２８２０６、Ｇ２５０６１１８またはＧ１２６４４１１８。構造または組成の相異は、通常は１以上のヌクレオチドおよびアミノ酸の置換、付加および／または欠失により起きる。
【００３８】
好ましくは、本発明の使用において述べられる前記ヌクレオチド置換、付加または欠失により、ポリペプチドの対応するアミノ酸１個以上が変化する。変異ポリヌクレオチドには、これらのポリヌクレオチドまたはポリペプチドのフラグメントも含まれる。ポリヌクレオチドまたはポリペプチド並びに前述のフラグメントは、たとえば不十分な、および／または変化した薬物取込みを含めた、ＭＤＲ１の機能不全または調節不全に関連することを特色とする。
【００３９】
本発明は、ＷＯ９９５７３２２、ＷＯ０１０９１８３またはＵＳ５７８６３４４中にポリヌクレオチドに関連して記載したすべての態様をも包含する。
本明細書中で用いる用語“ハイブリダイズする”は、ＭＤＲ１の機能不全または調節不全に関連する上記ポリヌクレオチドまたはその部分にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドを示す。したがって、ハイブリダイズするポリヌクレオチドはこれらの機能不全または調節不全にも関連する。好ましくは、ＭＤＲ１の機能不全または調節不全に関連する前述ポリヌクレオチドまたはその部分にハイブリダイズしうるこれらポリヌクレオチドは、ＭＤＲ１の機能不全または調節不全に関連する前記ポリヌクレオチドまたはその部分に対して少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％同一である。したがってそれらのポリヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡの調製物のノーザンまたはサザンブロット分析におけるプローブとして有用であり得、あるいはそれらの各サイズによってはＰＣＲ分析においてオリゴヌクレオチドプライマーとして使用できるであろう。本発明の使用によれば、たとえば電気泳動移動度シフト分析（ＥＭＳＡ）によるＤＮＡ−タンパク質相互作用の分析に有用な、ハイブリダイズするポリヌクレオチドも含まれる。好ましくは、これらのハイブリダイズするポリヌクレオチドは少なくとも１０、より好ましくは少なくとも１５ヌクレオチドの長さを含み、一方、プローブとして用いるハイブリダイズするポリヌクレオチドは、好ましくは少なくとも１００、より好ましくは少なくとも２００、最も好ましくは少なくとも５００ヌクレオチドの長さを含む。
【００４０】
核酸分子でハイブリダイゼーション実験を行う方法は当技術分野で周知である。すなわち本発明に従って使用すべきハイブリダイゼーション条件は当業者に既知である。そのようなハイブリダイゼーション条件は、標準的な書籍に述べられている。たとえば；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（１９８９）ニューヨーク。本発明の使用に関して好ましいものは、ＭＤＲ１の機能不全または調節不全に関連する上記ポリヌクレオチドまたはその部分に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズしうるポリヌクレオチドである。すなわちこれらは、無関係なポリヌクレオチド、たとえば本発明のＭＤＲ１ポリペプチドとは異なるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに交差ハイブリダイズしない。
【００４１】
さらに、ある対象が本明細書に上記に述べられたポリヌクレオチドを含むかを判定する方法は当技術分野で周知である。この方法を実施するためには、生物学的材料を含む試料、たとえば単離した細胞または組織を、その対象から採取することが必要であろう。さらに、当技術分野で既知の方法には、たとえばＰＣＲをベースとする方法、ＲＦＬＰをベースとする方法、ＤＮＡ配列決定をベースとする方法、ハイブリダイゼーション方法、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ開裂検出、ヘテロ二本鎖分析、質量分析に基づく方法、ＨＰＬＣをベースとする方法、プライマー延長をベースとする方法、および５’−ヌクレアーゼアッセイをベースとする方法が含まれる。上記に特定した１以上のポリヌクレオチドの存在または不存在を判定するために用いるのに好ましい好都合な方法は、対象から血球を単離し、これらの血球から単離したゲノムＤＮＡについてＰＣＲベースのアッセイを実施するものである。これにより、本明細書において特定した上記ポリヌクレオチドまたはその部分が存在するかしないかを、ＰＣＲを利用して判定する。この方法については後記および実施例に詳述する。
【００４２】
本明細書中で用いる用語“対応する”は、ある位置がそれぞれ先行するヌクレオチドおよびアミノ酸の個数だけで決定されるわけではないことを意味する。本発明の使用における所与のヌクレオチドまたはアミノ酸（欠失、置換されていてもよく、または１以上の追加のヌクレオチドを含んでもよい）の位置は、その遺伝子またはポリペプチドの他の位置における欠失もしくは追加のヌクレオチドまたはアミノ酸のため、変動する可能性がある。したがって本発明による“対応する位置”のもとでは、ヌクレオチドまたはアミノ酸を指示する数字が異なる可能性はあるが、依然として類似の隣接ヌクレオチドまたはアミノ酸をもつと理解すべきである。交換、欠失していてもよく、または追加のヌクレオチドもしくはアミノ酸を含んでもよいそれらのヌクレオチドまたはアミノ酸も、“対応する位置”という用語に含まれる。それらのヌクレオチドまたはアミノ酸は、たとえばそれらに隣接するものと一緒になって、遺伝子の発現、対応するＲＮＡもしくはＲＮＡ編集の安定性の調節などに関与し並びに本発明タンパク質の機能ドメインもしくは機能モチーフをコードする配列を形成することができる。
【００４３】
たとえば“位置１７９７０−１７９７０”は、そのポリヌクレオチドがそのポリヌクレオチドの対応する野生型バージョンの位置１７９７０と位置１７９７０の間で欠失した１個以上の欠失ヌクレオチドを含むことを意味する。同じことが、上記態様において述べられたその同じ方式で記載された他のすべての位置数字に、必要に応じて変更を加えて適用される。
【００４４】
たとえば“位置１２２２／１２２３”は、そのポリヌクレオチドがそのポリヌクレオチドの対応する野生型バージョンの位置１２２２と位置１２２３の間に挿入された１個以上の追加のヌクレオチドを含むことを意味する。同じことが、上記態様において述べられたその同じ方式で記載された他のすべての位置数字に、すなわち斜線（／）で分離した２つの連続位置数字に、必要に応じて変更を加えて、適用される。
【００４５】
本発明に従って、ＭＤＲ１遺伝子の遺伝子変動の様式および集団内分布−ＭＤＲ１遺伝子の異なる対立遺伝子−を、多数の異なる個体に由来するヒトのこの遺伝子の関連領域の配列分析により分析した。個体のゲノムＤＮＡ、すなわちＭＤＲ１遺伝子を含む全遺伝子の個体の遺伝的素質を保有するものを個体の血液試料から容易に精製できることは、周知の事実である。次いでこれらの個体のＤＮＡ試料を、その血液試料を提供した個体に存在するＭＤＲ１遺伝子の対立遺伝子の配列組成を分析するのに用いる。配列分析は、それらの遺伝子の関連領域をＰＣＲ増幅した後、ＰＣＲ生成物を精製し、続いて確立されている方法で自動ＤＮＡ配列決定する（たとえばＡＢＩ  ｄｙｅｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｃｙｃｌｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）ことにより行われた。
【００４６】
ヒトの血液ゲノムＤＮＡからのＰＣＲ生成物の直接ＤＮＡ配列決定法により個体の遺伝子型を決定してＭＤＲ１遺伝子の新規な変異体を同定する試みに際して、考慮しなければならない１つの重要なパラメーターは、それぞれのヒトが（通常は；異常な例外はきわめて少ない）常染色体遺伝子の遺伝子コピーを２つもつ（二倍性）という事実である。このため、ホモ接合配列変異だけでなくヘテロ接合変異をも明確に同定できるように、配列を評価する際にはきわめて慎重でなければならない。ＭＤＲ１遺伝子の多型性（ホモ接合性およびヘテロ接合性）を同定および解明する際の異なる工程の詳細を、後記の実施例に記載する。
【００４７】
この２０年間で、薬物応答における変動性の重要な原因として遺伝子の不均一性が次第に認識されるようになった。多くの科学情報（Ｍｅｙｅｒ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．３７（１９９７）２６９−２９６およびＷｅｓｔ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．３７（１９９７）６３５−６４８）が、ある薬物はある患者においては他の患者より有効であるか、または、著しく有毒となる可能性すらあること、そして薬物に対する患者の応答におけるそのような変動が分子的基礎と相関している可能性があることを明確に示している。この“ファーマコゲノミクス”の概念では、薬物に対する応答性と患者の遺伝子プロフィルの相関性に注目している（Ｍａｒｓｈａｌｌ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５（１９９７）９５４−９５７；Ｍａｒｓｈａｌｌ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５（１９９７）１２４９−１２５２）。薬物療法に関するこの集団変動性の文脈において、ファーマコゲノミクスは特定の薬物に副作用なしに応答しうる患者を同定および選択するのに有用な手段として提唱された。この同定／選択は、たとえば患者の血液中の白血球に由来するＤＮＡを遺伝子型特定することにより遺伝子多型性を分子診断して、疾患の特性を判定することに基づくことができる（Ｂｅｒｔｚ，Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔ．３２（１９９７）２１０−２５６；Ｅｎｇｅｌ，Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａ．Ｂ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ａｐｐｌ．６７８（１９９６）９３−１０３）。保健関係機関、たとえば米国の保健機構および欧州諸国の政府公衆衛生局にとって、このファーマコゲノミクスアプローチは、保健を向上させ、かつ不必要な薬物の開発、無効な薬物、および薬物投与による副作用のため生じる保健関連経費を低減する方策となる可能性をもつ。
【００４８】
本発明の変異遺伝子の変異は、時には１個以上のアミノ酸の欠失、挿入、特に置換を単独で、または合わせて生じる。野生型遺伝子または他の変異形にそのような変異を遺伝子工学的に導入することももちろん可能である。それらの遺伝子のＤＮＡ配列にそのような修飾を導入する方法は当業者に周知である；たとえばＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（１９８９）ニューヨークを参照。
【００４９】
本発明のポリペプチドのアミノ酸配列の変化の性質を調べるためには、インターネットから入手可能なＢＲＡＳＭＯＬを使用できる。さらに、他の適切なコンピュータープログラムを用いて、構造モチーフのフォールディングシミュレーション (folding simulation) およびコンピューター再設計を実施できる（Ｏｌｓｚｅｗｓｋｉ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ２５（１９９６）２８６−２９９；Ｈｏｆｆｍａｎ，Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．１１（１９９５）６７５−６７９）。詳細なタンパク質モデルのコンホメーション分析およびエネルギー分析のために、コンピューターを利用できる（Ｍｏｎｇｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４７（１９９５）９９５−１０１２；Ｒｅｎｏｕｆ，Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．３７６（１９９５）３７−４５）。これらの分析を、特定の変異が薬物の代謝、結合、阻害、療法作用の仲介および／または輸送に及ぼす影響を同定するために利用できる。さらに、本発明の使用において特定されるポリヌクレオチドがコードするポリペプチドの構造の変化の知見に基づいて、より効果的に代謝、修飾、輸送、排出および／または結合する前記物質の誘導体を設計および合成することができる。これにより、本明細書に述べられる物質に基づいて、１以上の本発明のポリヌクレオチドの存在を特色とする遺伝子型をもつ対象における結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、特に膵癌の療法において、より効果的な薬物またはプロドラッグを設計できる。
【００５０】
通常は、本発明の使用において述べられるポリヌクレオチドがコードするタンパク質のアミノ酸配列のアミノ酸の欠失、付加または置換は、１以上のヌクレオチドの置換、挿入もしくは欠失またはそのいずれかの組合わせによるものである。好ましくは、そのヌクレオチド置換、挿入または欠失により、下記のアミノ酸置換が起きる：ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置２１に対応する位置におけるＡｓｎからＡｓｐへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１０３に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１６８に対応する位置におけるＶａｌからＩｌｅへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００に対応する位置におけるＳｅｒからＡｓｎへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置８９３に対応する位置におけるＡｌａからＳｅｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置９９９に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１００１に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１０７に対応する位置におけるＧｌｎからＰｒｏへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１４１に対応する位置におけるＳｅｒからＴｈｒへの置換。本明細書に記載する使用において述べられるポリヌクレオチドがコードするポリペプチドは、本発明により述べられる変異のため変化した生物学的特性をもつ。それらの変化した特性の例は、影響を受けるポリペプチドの安定性またはポリペプチドの量であり、その結果たとえば下記の変化が起きる：薬物代謝の変化もしくは薬物輸送の変化または基質特異性の変化もしくは触媒活性の変化：例えばこれらは不十分な薬物代謝もしくは薬物代謝能の完全な喪失または薬物代謝能の増強を特色とする；あるいは輸送活性の変化：これはたとえば不十分な薬物輸送または薬物輸送能の完全な喪失を特色とする；あるいは基質結合性の変化：これはたとえば薬物作用の変化を特色とする；あるいは輸送阻害もしくは輸送誘導の変化または受容体もしくは他のターゲット分子への結合性の変化：これらはたとえば信号伝達経路の活性化の変化またはタンパク質もしくは酵素の機能の変化を特色とする。これらの特性変化は、本発明の使用により治療される対象の、前記物質に対する薬理学的応答性を損なう。さらに、本明細書において特定する変異対立遺伝子がコードするポリペプチドのこれらの特性変化のため、対象に対して有害もしくは有毒または望ましくない副作用を引き起こす物質誘導体を生じるように、前記物質が化学修飾される可能性がある。
【００５１】
本発明により検出されたＭＤＲ１遺伝子の変異を表１および２に挙げる。当業者に自明のとおり、本明細書において前記に特定したポリヌクレオチドの遺伝子知見を利用して、患者の遺伝子型を正確に信頼性をもって特性決定できる。
【００５２】
有利には、これらの遺伝子知見を考慮すると、イリノテカンまたはその誘導体に基づく療法措置をより効果的に適用できる。その対象の遺伝的性質が分かっているため、それらの物質の望ましくない副作用を避け、有効であるが無害な投与量を個別に計算することができる。さらに、前述によれば、ある薬物が異常な作用を生じる場合、対象の個別の遺伝的性質の知見に基づいて適切な個別療法を計画できる。このテーラード療法は、療法耐性の発生を避けるのにも適するであろう。この耐性は、種々の化学療法薬での癌化学療法における重大な問題の１つであり、この事実は当技術分野で周知である。したがって、前記物質の適量および／または適切な誘導体で対象を個別に治療できるので、本発明の使用は本明細書において前記に述べた物質の療法上望ましい既知の効果に基づく療法適用の改善をもたらす。これにより、望ましくない有害または毒性作用が効果的に避けられる。さらに、それらの物質を薬物療法の開始前に同定して、それらの物質による療法が最も有益であると思われる対象のみを前記物質の適量および／または適切な誘導体で治療できるので、本発明の使用は本明細書において前記に述べた物質の療法上望ましい既知の効果に基づく療法適用の改善をもたらす。これにより、それらの物質による治療に応答しない対象（ノンレスポンダー）の不必要な、有害となる可能性のある治療、並びに最適量を下回る薬物投与による薬物耐性の発現を避けることができる。
【００５３】
本発明の使用の好ましい態様において、第１の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４５、４１７または６３６のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１２または６１８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６、またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置において置換を有するポリヌクレオチド：
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１もしくはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置にＡを、または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６もしくはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置にＴを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは、ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００または８９３に対応する位置においてアミノ酸置換を含む；および
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは、ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００に対応する位置におけるＳｅｒからＡｓｎへの、または位置８９３に対応する位置におけるＡｌａからＳｅｒへのアミノ酸置換を含む。
【００５４】
より好ましくは、第１の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１７または６３６の核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置において置換を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６もしくはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置にＴを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは、ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置８９３に対応する位置においてアミノ酸置換を含む；および
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは、ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置８９３に対応する位置におけるＡｌａからＳｅｒへのアミノ酸置換を含む。
【００５５】
最も好ましくは、第１の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１７の核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６に対応する位置において置換を有するポリヌクレオチド；および
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６に対応する位置にＴを有するポリヌクレオチド。
【００５６】
本発明の使用の好ましい態様においては、対象は、下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第２の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【００５７】
【化６】
2005501840.tif 000007
【００５８】
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６００、６０２および／または６０４のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５７９９８、５７８５３、５３２８２および／または３９５０８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６６７、１３７６４７、１３７７１０、１２４６６７および／または３８６４６に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７２５８、２７１５９、３４２１８、３４２１５、５５４７２および／または３４２０６−３４２０７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置２１１３３、１４００８、１８０６７、１７９７０および／または１７９００に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置７９、８８および／または２４９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５および／または２５９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２５２７７）の位置１５０７２７および／または３３３５１に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２８）の位置１７４に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２４８および／または２５８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１８８４、１６２５、１１６３、３８１、２３３、１８９、４４０および／または１７２０−１７２３に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７および／または４３７／４３８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置５５１５６／５５１５７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置２１１３３、１４００８および／または１８１９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７２５８および／または３４２１８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置７９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５７９９８および／または５７８５３に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６６７および／または１３７６４７に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２５２７７）の位置１５０７２７および／または３３５５１に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２４８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１８８４、１６２５、２３３および／または１８９に対応する位置にＡを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置３９５０８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１７９００、１８０６７および／または１８１９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２８）の位置１７４に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置４４０および／または１１６３に対応する位置にＴを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置８８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７１５９、５５４７２および／または３４２１５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７および／または３８６４６に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５３２８２に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７７１０に対応する位置にＣを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２５８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１に対応する位置にＧを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１７９７０に対応する位置におけるＴの欠失を；あるいは、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２０６−３４２０７に対応する位置におけるＡＴの欠失を；あるいは、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１７２０−１７２３に対応する位置におけるＧＧＴＡの欠失を；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置におけるＴの挿入および／または４３７／４３８に対応する位置におけるＴＣＣＴＴＣＣの挿入を；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置５５１５６／５５１５７に対応する位置におけるＴＧＧＧＧＣの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置２３９に対応する位置におけるＰｈｅからＣｙｓへの置換；または／およびＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置４３３に対応する位置におけるＡｒｇからＳｅｒへの置換；または／およびＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置７２３に対応する位置におけるＡｒｇからＧｌｎへの置換。
【００５９】
前記で行った用語の説明および解釈は、必要に応じて変更を加えて適用され得る。
用語“第２の変異対立遺伝子”は、本明細書において前記に述べた第１の対立遺伝子に対応する第１遺伝子とは異なる第２遺伝子の対立遺伝子に示す。本発明によれば、第２の変異対立遺伝子は前記に特定した１以上のポリヌクレオチドを含むＭＲＰ１遺伝子に対応する。
【００６０】
本発明にしたがって、意外にも、ＭＤＲ１遺伝子に対応する第１の変異対立遺伝子およびＭＲＰ１遺伝子に対応する第２の変異対立遺伝子が対象のゲノム中に合わせて存在すると、その対象のイリノテカンまたはその誘導体の投与に対する薬理学的応答を相乗的に変化させることが見いだされた。したがって、本発明の使用によれば、本明細書に述べられる疾患または障害をより効果的に治療または予防することができ、これによりその治療または予防措置がその対象にとってより好都合になる。さらに、本明細書において前記に述べた物質の投与を含む療法措置の適用可能性を効果的に予測できる。
【００６１】
本発明による好ましい欠失は、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１７９７０および／またはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２０６−３４２０７に対応する位置におけるＴまたはＡＴの欠失であり、好ましい挿入は、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：Ｕ０７０５０）の位置４３７／４３８に対応する位置におけるＴＣＣＴＴＣＣの挿入および／またはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置５５１５６／５５１５７に対応する位置におけるＴＧＧＧＧＣの挿入である。
【００６２】
本発明の使用の好ましい態様においては、第２の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８１、２０９、２１７、２０５、２７７、２８１、３０１、３２５、２２９、１９３、３１３、２９３または２５３のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６００のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６４７、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５３２８２、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１、４４０、１６２５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２１８、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１８０６７または１７９００に対応する位置における置換；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６４７、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１８０６７または１７９００、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置４４０に対応する位置にＴを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７に対応する位置にＣを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５３２８２、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１に対応する位置にＧを；またはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２１８もしくはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１６２５に対応する位置にＡを；またはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置におけるＴの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置３２９に対応する位置におけるアミノ酸置換を含む；および
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置３２９に対応する位置におけるＰｈｅからＣｙｓへのアミノ酸置換を含む。
【００６３】
より好ましくは、第２の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０９、２０５、２７７、２８１、３０１または３２５のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６００のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１に対応する位置における置換；またはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７に対応する位置にＣを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１に対応する位置にＧを；または、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置におけるＴの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置３２９に対応する位置におけるアミノ酸置換を含む；および
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置３２９に対応する位置におけるＰｈｅからＣｙｓへのアミノ酸置換を含む。
【００６４】
本発明の使用の好ましい態様において、対象は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第３の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７、１３８、１４１、１４２、１４５、１４６、１４９および／または１５０のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）シトクロムＰ４５０サブファミリーＩＩＩＡ（ニフェジピンオキシダーゼ）ポリペプチド５（ＣＹＰ３Ａ５）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８および／または９７３６に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１および／または１４５９２９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８に対応する位置にＣを；ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１および／または１４５９２９に対応する位置にＧを；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置９７３６に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド。
【００６５】
前記で行った用語の説明および解釈は、必要に応じて変更を加えて適用され得る。
用語“第３の変異対立遺伝子”は、本明細書において前記に述べた第１の対立遺伝子に対応する第１遺伝子および第２の対立遺伝子に対応する第２遺伝子とは異なる第３遺伝子の対立遺伝子を示す。本発明によれば、第３の変異対立遺伝子は前記に特定した１以上のポリヌクレオチドを含むＣＹＰ３Ａ５遺伝子に対応する。
【００６６】
本発明にしたがって、意外にも、ＭＤＲ１遺伝子に対応する第１の変異対立遺伝子、および、所望により、ＭＲＰ１遺伝子に対応する第２の変異対立遺伝子、およびＣＹＰ３Ａ５遺伝子に対応する第３の変異対立遺伝子が、対象のゲノム中に合わせて存在すると、その対象のイリノテカンまたはその誘導体の投与に対する薬理学的応答を相乗的に変化させることが見いだされた。したがって、本発明の使用によれば、本明細書に述べられる疾患または障害をより効果的に治療または予防することができ、これによりその治療または予防措置がその対象にとってより好都合になる。さらに、本明細書において前記に述べた物質の投与を含む療法措置の適用可能性を効果的に予測できる。
【００６７】
本発明の使用の好ましい態様において、第３の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７、１４１、１４５または１４９のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８もしくは９７３６、またはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１もしくは１４５９２９に対応する位置における置換を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８に対応する位置にＣを；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置９７３６またはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１もしくは１４５９２９に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド。
【００６８】
より好ましくは、第３の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７、１４５および／または１４９のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８もしくは９７３６、またはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５９２９に対応する位置における置換を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８に対応する位置にＣを；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置９７３６またはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５９２９に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド。
【００６９】
本発明の使用の好ましい態様において、対象は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第４の変異対立遺伝子をもつゲノムを有する：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【００７０】
【化７】
2005501840.tif 000008
【００７１】
（ｂ）下記のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド：
【００７２】
【化８】
2005501840.tif 000009
【００７３】
（ｃ）ウリジン二リン酸グリコシルトランスフェラーゼ１メンバーＡ１（ＵＧＴ１Ａ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５９、１６０、２２６、５３９、５４４、６４０、７０１、８４１、８５５、８９０、９３８、１００６、１００７、１０２０、１０８４、１０８５、１１１４、１１１７、１１３９、１１５８、１１７５−１１７６、１２１６、１２９７、１３２４、１４７１、１４７８、３７２−３７３、５２３−５２５および／または８９２−９０５に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいは、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置４７０／４７１および／または１２２２／１２２３に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド：
（ｄ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置２２６、５３９、７０１、８５５、９３８、１０２０および／または１１１７に対応する位置にＡを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１６０、６４０、８９０、１００６、１０８４、１１３９、１１７６、１３２４および／または１４７８に対応する位置にＴを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５４４、８４１および／または１２１６に対応する位置にＣを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１８１３０３）の位置５９、１００７、１０８５、１１１４、１１５８、１１７５、１２９７および／または１４７１に対応する位置にＧを；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置３７２−３７３に対応する位置におけるＣＴの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５２３−５２５に対応する位置におけるＴＴＣの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置８９２−９０５に対応する位置におけるＴＡＣＡＴＴＡＡＴＧＣＴＴＣの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置４７０／４７１に対応する位置におけるＴの挿入を；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１２２２／１２２３に対応する位置におけるＧの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１５に対応する位置におけるＬｅｕからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置７１に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１７５に対応する位置におけるＬｅｕからＧｌｎへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１７７に対応する位置におけるＣｙｓからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２０９に対応する位置におけるＡｒｇからＴｒｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２２９に対応する位置におけるＰｒｏからＧｌｎへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２７６に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるＡｌａからＶａｌへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９３に対応する位置におけるＴｙｒからＴｒｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３０８に対応する位置におけるＧｌｙからＧｌｕへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３１に対応する位置におけるＧｌｎからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３５７に対応する位置におけるＧｌｎからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３６７に対応する位置におけるＡｒｇからＧｌｙへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３６８に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３８７に対応する位置におけるＰｒｏからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３７５に対応する位置におけるＳｅｒからＰｈｅへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３８１に対応する位置におけるＳｅｒからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４０１に対応する位置におけるＡｌａからＰｒｏへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４２８に対応する位置におけるＬｙｓからＧｌｕへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４８６に対応する位置におけるＴｙｒからＡｓｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４８８に対応する位置におけるＳｅｒからＰｈｅへの置換；
（ｆ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置３７２−３７３に対応する位置におけるＣＴの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１１９に対応する位置におけるアミノ酸Ａｓｐに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４７０／４７１に対応する位置にＴの挿入を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１５２に対応する位置におけるアミノ酸Ｐｒｏに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置５２３−５２５に対応する位置におけるＴＴＣの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１６８に対応する位置におけるアミノ酸Ｔｈｒに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置８９２−９０５に対応する位置におけるＴＡＣＡＴＴＡＡＴＧＣＴＴＣの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるアミノ酸Ａｌａに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置１２２２／１２２３に対応する位置におけるＧの挿入を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４０２に対応する位置におけるアミノ酸Ｌｙｓに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失するポリヌクレオチド；および
（ｇ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリヌクレオチドは、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４９に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２８０に対応する位置におけるＣｙｓから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３１に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３５に対応する位置におけるＴｒｐから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３５７に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４３７に対応する位置におけるＬｙｓから終止コドンへのアミノ酸置換を含む。
【００７４】
前記で行った用語の説明および解釈は、必要に応じて変更を加えて適用され得る。
用語“第４の変異対立遺伝子”は、本明細書において前記に述べた第１の対立遺伝子に対応する第１遺伝子、第２の対立遺伝子に対応する第２遺伝子および第３の対立遺伝子に対応する第３遺伝子とは異なる第４遺伝子の対立遺伝子を示す。本発明によれば、第４の変異対立遺伝子は前記に特定した１以上のポリヌクレオチドを含むＵＧＴ１Ａ１遺伝子に対応する。
【００７５】
本発明にしたがって、意外にも、ＭＤＲ１遺伝子に対応する第１の変異対立遺伝子、および、所望により、ＭＲＰ１遺伝子に対応する第２の変異対立遺伝子、およびＣＹＰ３Ａ５遺伝子に対応する第３の変異対立遺伝子、およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子に対応する第４の変異対立遺伝子が、対象のゲノム中に合わせて存在すると、その対象のイリノテカンまたはその誘導体の投与に対する薬理学的応答を相乗的に変化させることが見いだされた。したがって、本発明の使用によれば、本明細書に述べられる疾患または障害をより効果的に治療または予防することができ、これによりその治療または予防措置がその対象にとってより好都合になる。さらに、本明細書において前記に述べた物質の投与を含む療法措置の適用可能性を効果的に予測できる。
【００７６】
本発明の使用の好ましい態様においては、第４の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７、６９または９７のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５５８、５７０または５８４のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置８９０、１１１７または１４７１に対応する位置における置換を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１１１７に対応する位置にＡを、位置８９０に対応する位置にＴを、または、位置１４７１に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置２９２、３６８または４８６に対応する位置におけるアミノ酸置換を含む；および
（ｆ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるＡｌａからＶａｌへの、位置３６８に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの、または位置４８６に対応する位置におけるＴｙｒからＡｓｐへのアミノ酸置換を含む。
【００７７】
より好ましくは、第４の変異対立遺伝子は下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９７のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５８４のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１４７１に対応する位置における置換を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１４７１に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４８６に対応する位置におけるアミノ酸置換を含む；および
（ｆ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置３６８に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの、または位置４８６に対応する位置におけるＴｙｒからＡｓｐへのアミノ酸置換を含む。
【００７８】
本発明にしたがって、意外にも、ＭＤＲ１遺伝子に対応する第１の変異対立遺伝子、および、所望により、ＭＲＰ１遺伝子に対応する第２の変異対立遺伝子、およびＣＹＰ３Ａ５遺伝子に対応する第３の変異対立遺伝子、およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子に対応する第４の変異対立遺伝子が、対象のゲノム中に合わせて存在すると、その対象のイリノテカンまたはその誘導体の投与に対する薬理学的応答を相乗的に変化させることが見いだされた。本発明により見いだされたように、イリノテカンまたはその誘導体に基づく薬物の薬物動態および対象の薬理学的応答は、主にＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子がコードするポリペプチドにより支配される。したがって、本発明にしたがって適用する療法措置の予測性および／または効力を高めるためには、本明細書に述べられる第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の存在または不存在に関して対象の遺伝子構成を判定しなければならず、その知見に基づいて、療法的に最も有効でありかつ本発明の物質が引き起こす望ましくない毒性または副作用を避ける個別の療法を開発することができる。
【００７９】
本発明はまた、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵癌を治療するための、下記を含む方法に関する：
（ａ）本明細書に述べられるポリヌクレオチドを含む第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の存在または不存在を判定し；そして
（ｂ）対象に療法有効量のイリノテカンを投与すること。
【００８０】
本発明の使用において用いた定義を、必要に応じて変更を加えて上記方法に適用する。さらに、本発明の使用において記載されたすべての態様を、必要に応じて変更を加えて本発明方法に適用できる。さらに本発明方法には、当業者がその知見および本明細書全体に述べられた文献などの先行技術に基づいて過度の負担なしになしうる本発明方法のいかなるさらなる発展も包含される。
【００８１】
本発明の使用の好ましい態様においては、前記ポリヌクレオチドが含むヌクレオチド欠失、付加および／または置換により、第１、第２または第３の変異対立遺伝子の発現が、対応する野生型対立遺伝子と比較して変化する。
【００８２】
前記のように、本発明の使用において述べられる対立遺伝子は、ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子に対応する。遺伝子がアミノ酸配列をコードする構造要素ならびにその遺伝子の発現の調節に関与する調節要素を含むことは、当技術分野で周知である。構造要素はエキソンにより表わされ、これはアミノ酸配列をコードすることができるか、あるいは、アミノ酸配列をコードしないにもかかわらず、たとえばＲＮＡの安定性またはＲＮＡの核輸出を調節することによりＲＮＡ機能に関与するＲＮＡをコードすることができる。
【００８３】
遺伝子の調節要素には、プロモーター要素またはエンハンサー要素を含めることができ、これらは両者とも遺伝子発現の転写制御に関与する。プロモーターが遺伝子の構造要素の上流になければならないことは、当技術分野できわめてよく知られている。しかし、エンハンサー要素のような調節要素は遺伝子座全体に分布することができる。それらの要素は、たとえばイントロン内、すなわち遺伝子のエキソンを分離するゲノムＤＮＡ領域に存在することもできる。プロモーター要素またはエンハンサー要素は、それらのプロモーター要素またはエンハンサー要素を含む遺伝子の調節に関与するポリペプチドを誘引または結合させることができるポリヌクレオチドフラグメントに対応する。たとえば、その遺伝子の調節に関与するポリペプチドにはいわゆる転写因子が含まれる。
【００８４】
前記イントロンはさらに、適正な遺伝子発現に必要な調節要素を含むことができる。イントロンは通常は遺伝子のエキソンと一緒に転写されて、エキソンとイントロンの両配列を含む新生ＲＮＡ転写物になる。イントロンがコードしたＲＮＡ配列は、通常はＲＮＡスプライシングとして知られるプロセスにより除去される。しかし、そのプロセスはＲＮＡ転写物上に調節配列が存在することを要し、これらの調節配列はイントロンがコードすることができる。
【００８５】
さらに、遺伝子の調節要素は、転写の制御ならびに適正なＲＮＡプロセシングおよび／または安定性の制御におけるそれらの機能のほか、遺伝子座の遺伝的安定性の制御にも関与する。それらの要素は、たとえば組換え事象を制御し、あるいは染色体における一定のＤＮＡ構造またはＤＮＡ配列を維持する作用をもつ。
【００８６】
したがって、前記アミノ酸配列をコードする遺伝子の対立遺伝子のエキソンにおいても、前記プロセスに関与する調節領域における場合と同様に、単一ヌクレオチド多型が起きる可能性がある。本発明の使用において述べられるポリヌクレオチドが含む多型は、ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子の転写の増強もしくは低下、遺伝子のＲＮＡ転写物の安定化、ならびに一次ＲＮＡ転写物のプロセシングの変化に関する機序により、ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５および／またはＵＧＴ１Ａ１タンパク質の発現レベルに影響を与える可能性がある。
【００８７】
対応する野生型遺伝子と比較した変異対立遺伝子の発現の変化を判定する方法は当技術分野で周知であり、これには特に本明細書において前記に述べたもの、たとえばＰＣＲをベースとする方法、ＲＦＬＰをベースとする方法、ＤＮＡ配列決定をベースとする方法、ハイブリダイゼーション方法、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ開裂検出、ヘテロ二重鎖分析、質量分析に基づく方法、ＨＰＬＣをベースとする方法、プライマー延長をベースとする方法、および５’−ヌクレアーゼアッセイをベースとする方法が含まれる。野生型および変異対立遺伝子の発現レベルをそれぞれ測定するために上記方法を実施する前に、生物学的材料を含む試料、たとえば単離した細胞または組織を、対象から得る必要があろう。本発明の使用における発現の変化とは、野生型対立遺伝子の発現と変異対立遺伝子の発現が有意に異なることを意味する。有意な違いは、標準的統計学的方法、たとえばスチューデントのｔ−検定、カイ２乗検定、またはマンとウィットニーによるＵ−検定により判定できる。さらに、当業者はこれらのおよび他の当技術分野で既知の統計学的方法を過度の負担なしに個別に採用できる。
【００８８】
本発明の使用のより好ましい態様においては、前記の発現変化は発現の低下または増大である。
本発明において述べられる対立遺伝子の発現が対応する野生型対立遺伝子と比較して増大または低下しているかを判定するためには、周知の方法、たとえばＰＣＲをベースとする方法、ＲＦＬＰをベースとする方法、ＤＮＡ配列決定をベースとする方法、ハイブリダイゼーション法、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、不適正塩基対合開裂検出、ヘテロデュプレックス分析、質量分析に基づく方法、ＨＰＬＣをベースとする方法、プライマー延長をベースとする方法、および５’−ヌクレアーゼアッセイをベースとする方法を利用できる。前記のように、本発明の使用において述べられる変異対立遺伝子の発現レベルを測定するためには、細胞または組織を含む試料を対象から得る必要があろう。発現の低下または増大は、これらのアッセイにおける野生型対立遺伝子に対比した変異対立遺伝子の発現レベルの有意な違いにより特徴付けられる。発現低下には、変異対立遺伝子の検出可能な発現がないことも含まれる。
【００８９】
本発明の使用のさらに好ましい態様においては、前記ポリヌクレオチドが含むヌクレオチド欠失、付加および／または置換により、第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子によりコードされるポリペプチドの活性が、対応する野生型対立遺伝子によりコードされるポリペプチドと比較して変化する。
【００９０】
前記に述べたように、ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子のコーディング領域に対応する本明細書において特定されたポリヌクレオチドを含む変異対立遺伝子は、それらの変異対立遺伝子がコードするポリペプチドのアミノ酸配列に影響を与える。したがって変異ポリペプチドは、それらの対応する野生型ポリペプチドと比較すると、変化した生物学的および／または免疫学的特性を示す。本発明の使用において好ましい変異ポリペプチドは、下記のような生物学的活性の変化を示すものである：すなわち触媒活性の低下、増強または完全な喪失を生じる、酵素機能の変化；あるいは輸送活性の低下、増強または完全な喪失を生じる、輸送機能の変化；あるいは信号伝達経路の活性化の変化またはトランスポーターもしくは酵素の機能阻害の変化を生じる、受容体または他の薬物ターゲットへの結合の変化。野生型および変異ポリペプチドの活性をそれぞれ測定するために上記方法を実施する前に、生物学的材料を含む試料、たとえば単離した細胞または組織を、対象から得る必要があろう。変異ポリペプチドがそれの対応する野生型ポリペプチドと比較して変化した活性または発現レベルをもつかは、当技術分野で周知の標準的方法により判定できる。そのような標準方法には、たとえば下記のものが含まれる：ＥＬＩＳＡをベースとするアッセイ、ＲＩＡをベースとするアッセイ、ＨＰＬＣをベースとするアッセイ、質量分析をベースとするアッセイ、ウェスタンブロット分析、または下記の文献に記載される当技術分野で既知のアッセイ：
【００９１】
【化９】
2005501840.tif 000010
【００９２】
本発明の使用において活性の変化とは、野生型ポリペプチドの活性と変異ポリペプチドの活性に有意な違いがあることを意味する。有意な違いは、本明細書において前記に述べた標準的統計学的方法により判定できる。
【００９３】
最も好ましくは、活性の変化は活性の低下または増強である。発現の増大または低下に関して記載したように、活性の低下または増強は本明細書に述べられるアッセイにおける野生型ポリペプチドに対する変異ポリペプチドの活性の有意な違いにより特徴づけられる。活性低下には、変異対立遺伝子の検出可能な活性がないことも含まれる。
【００９４】
さらに、本発明の使用におけるより好ましい態様においては、対象は動物である。上記のように、本発明の使用における対象には動物が含まれる。本明細書中で用いる用語“動物”には、すべての動物、好ましくは脊椎動物ファミリー、より好ましくは哺乳動物に属する動物が含まれる。さらに、１以上の前記ポリヌクレオチドを動物のゲノムに組み込ませるために遺伝子導入および相同組換えを含めた周知の方法で、動物を遺伝子工学的に処理することもできる。遺伝子工学的に処理した動物を含めたそのような動物を用いて、本明細書に述べられる物質またはその誘導体を基礎とする薬物またはプロドラッグ、好ましくはイリノテカンの薬理作用を調べることができる。
【００９５】
前記において、最も好ましくは、動物はマウスまたはラットである。それらの動物は、本発明の使用において述べられる物質またはその誘導体の薬理学的特性をアッセイするのに特に好適である；詳細はＧｉｏｖａｎｅｌｌａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９１；Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５１：３０５２−５；Ｋｕｎｉｍｏｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ４７：５９４４−７；Ｋａｎｅｄａ，ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５０：１７１５−２０に記載。
【００９６】
好ましくは、上記マウスは機能性シトクロムＰ４５０、ＭＲＰ１またはＭＤＲ１を欠如する。機能性シトクロムＰ４５０、ＭＲＰ１またはＭＤＲ１を欠如するマウスを得る方法は当技術分野で周知である。たとえばそれらのマウスは、下記の文献に記載されるように相同組換えにより作製できる：Ｐ４５０に関して、Ｐｉｎｅａｕ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｔｏｘｉｃｏｌ  Ｌｅｔｔ  １０３：４５９−６４；ＭＲＰ１に関して、Ｒａｐｐａ，ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３９：３３０４−１０；そしてＭＤＲ１に関して、Ｓｃｈｉｎｋｅｌ，１９９８，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｔｈｅｒ  ３６：９−１３；Ｓｃｈｉｎｋｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  １０：５８３−９０。
【００９７】
さらに、本発明の使用の別の好ましい態様においては、対象はヒトである。
特に、前記から明らかなとおり本発明はヒトに適用できる。本発明の使用は、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵癌を患う患者を治療し、またはその患者における副作用を阻止するために適用される。前記物質またはその誘導体のヒトにおける薬理作用については十分な記載がある。しかし、慣用的な療法は患者個体の遺伝的性質を考慮していない。人種別集団は異なる遺伝的背景をもち、これも変異対立遺伝子の機能または調節に影響を与え、これにより薬物またはプロドラッグの基礎として本発明において使用する物質または誘導体に対する患者の薬理学的応答を変化させる可能性がある。
【００９８】
以上のことからみて、きわめて慎重に、アフリカ人集団からヒトを選択する；アフリカ人種は、白人種または日本人種（約５０％）と比較してより高い頻度（約８０％）でＭＤＲ１高発現性 (high expressor) の対立遺伝子（ＭＤＲ１遺伝子、寄託番号Ｍ２９４４５の位置１３７に対応する位置にヌクレオチドＣ）を示し、したがってイリノテカン毒性を被る可能性がより高い（集団頻度データの出典［Ｃａｓｃｏｒｂｉ，ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｔｈｅｒ  ６９：１６９−７４；Ａｍｅｙａｗ，ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  １１：２１７−２１；Ｉｔｏ，ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  １１：１７５：８４］）。
【００９９】
以上のことからみて、最も好ましくはヒトはアフリカ人種またはアジア人種である。アジア人集団（１６％）は白人種（３９％）と比較してより低い頻度でＵＧＴ１Ａ１低発現性 (lower expressor) の遺伝子型（ＵＧＴ１Ａ１遺伝子、寄託番号ＧＩ：１１１１８７４０の位置１７４９９０−１７４９９３に対応する位置においてホモ接合性野生型）を示し、したがってイリノテカン毒性を被る可能性がより低い。他方、この対立遺伝子はアフリカ人種にはより多くみられる（４３％）。アフリカ人種はさらに別の低発現性の対立遺伝子（ＵＧＴ１Ａ１遺伝子、寄託番号ＧＩ：１１１１８７４０の位置１７４９８９／１７４９９０に対応する位置にＴＡの挿入）をもち、そのホモ接合遺伝子型は７％に起きる。したがって、アフリカ人種はイリノテカン関連の有害事象を生じる可能性がより大きい（集団頻度データの出典［Ｂｅｕｔｌｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９５：８１７０−４；Ｌａｍｐｅ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ９：３４１−９；Ｈａｌｌ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ９：５９１−９］）。
【０１００】
本発明はまた、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵癌を患う対象に適切な療法を選択するための、下記を含む方法に関する：
（ａ）対象から得た試料中の対象のゲノム中における前記に述べた第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の存在または不存在を判定し；そして
（ｂ）（ａ）において得た結果に基づいてその対象に適切な療法を選択すること。
【０１０１】
前記において行った定義および説明を、必要に応じて変更を加えて上記方法に適用する。
本明細書中で用いる用語“適切な療法”は、本発明による物質を選択してその対象に特定量で投与し、その際、その物質および投与量を、本発明の使用において述べられる第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の存在または不存在についての知見に基づいて選択することを意味する。そのような物質およびその物質の投与量は、一方ではそれらが結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵癌の治療または予防に最も有効であり、他方ではそれらが毒性または望ましくない副作用を生じないように選択される。
【０１０２】
前記から明らかなように、適切な療法を選択するための前提条件は、本発明の使用において述べられた第１、第２、第３および／または第４の変異対立遺伝子の存在または不存在についての知見である。したがって本発明方法は、対象から得た試料中における前記の変異対立遺伝子の存在または不存在を判定することを含む。対象から得る試料には、前記の変異対立遺伝子の存在または不存在を判定するのに適した生物学的材料、たとえば単離した細胞または組織が含まれる。本発明方法の変異対立遺伝子の存在または不存在を判定するための方法は、本明細書において前記に述べた方法が含まれる。
【０１０３】
本発明方法により、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵癌を患う対象、好ましくはヒトに適切な療法を効果的に選択できる。これにより、不適正な投薬に基づく患者の不適正な治療、およびそれの結果、たとえば癌療法に対する耐性の発現およびそれに伴う保健費の増大を効果的に避けることができる。さらに、初回投薬の前に高リスク患者を療法から除外でき、および／またはその個体の遺伝的性質に従って薬物療法の開始前に投与量を調整できる。また、遺伝子判定した患者サブポピュレーションに前記トランスポーター遺伝子（たとえばＭＤＲ１）の阻害薬を適用できる。こうして、有害作用を避けることができ、時間および経費のかかる薬物モニタリングに基づいた投与量決定をすることなく速やかに最適薬物レベルに到達できる。これにより疾病の医療費および間接経費を低減することができる（たとえば患者の入院時間の短縮および回数の減少）。
【０１０４】
前記のように本発明は好ましくは、第１のＭＤＲ１の変異対立遺伝子、所望により、第２のＭＲＰ１の変異対立遺伝子、所望により、第３のＣＹＰ３Ａ５の変異対立遺伝子、および、所望により、第４のＵＧＴ１Ａ１の変異対立遺伝子を有するゲノムをもつ対象において、結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵癌を治療するための医薬組成物の調製のための、イリノテカンまたはその誘導体の使用を包含する。しかし、他の組合わせの順位序列も本発明の範囲に含まれる。そのような組合わせの順位序列においては、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１またはＣＹＰ３Ａ５を第１の変異対立遺伝子として選択し、残りの変異対立遺伝子、すなわち第２、第３および第４の変異対立遺伝子はＭＤＲ１を含めた遺伝子群（ただし、第１の変異対立遺伝子として選択した遺伝子を除いたもの）から選択できる。結論として、第１の変異対立遺伝子はＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１またはＣＹＰ３Ａ５であってよく、第２の変異対立遺伝子は第１の変異対立遺伝子として選択した遺伝子を除く同じ遺伝子群から選択され、第３の変異対立遺伝子は第１および第２の変異対立遺伝子として選択した遺伝子を除く同じ遺伝子群から選択され、第４の変異対立遺伝子は第１、第２または第３の変異対立遺伝子として選択しなかった遺伝子である。前記において行った定義および説明を、必要に応じて変更を加えてこのような場合に適用する。
【０１０５】
以下の５９の項目も本発明に包含される。前記において行った定義および説明を、必要に応じて変更を加えて、特許請求の範囲を特徴付けるために用いた用語に適用する。
１．癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）患者の遺伝子型をアッセイして、その患者がＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子のうちの２以上のものの変異対立遺伝子を有するかを判定し；そして
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量のイリノテカンをその患者に投与すること。この量は、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子のうちの２以上のものにおけるそれら患者の対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少される。
【０１０６】
２．ＭＤＲ１遺伝子がそれら２以上の遺伝子の１つである、項目１の方法。
３．それら遺伝子がＭＤＲ１およびＭＲＰ１である、項目１の方法。
４．それら遺伝子がＭＤＲ１およびＣＹＰ３Ａ５である、項目１の方法。
【０１０７】
５．それら遺伝子がＭＤＲ１およびＵＧＴ１Ａ１である、項目１の方法。
６．それら遺伝子がＭＤＲ１、ＭＲＰ１およびＣＹＰ３Ａ５である、項目１の方法。
７．それら遺伝子がＭＤＲ１、ＭＲＰ１およびＵＧＴ１Ａ１である、項目１の方法。
【０１０８】
８．それら遺伝子がＭＤＲ１、ＭＲＰ１およびＣＹＰ３Ａ５である、項目１の方法。
９．それら遺伝子がＭＤＲ１、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１である、項目１の方法。
１０．それら遺伝子がＭＲＰ１およびＵＧＴ１Ａ１である、項目１の方法。
【０１０９】
１１．それら遺伝子がＭＲＰ１およびＣＹＰ３Ａ５である、項目１の方法。
１２．それら遺伝子がＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１である、項目１の方法。
１３．それら遺伝子がＭＲＰ１およびＵＧＴ１Ａ１である、項目１の方法。
【０１１０】
１４．それら遺伝子がＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１である、項目１の方法。
１５．癌が結腸直腸癌、子宮頚癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、または膵癌である、項目１のいずれか１つに記載の方法。
１６．下記の、項目１５の方法：
（ａ）それら１以上の変異対立遺伝子により患者はＭＤＲ１遺伝子生成物の発現量が少なくなり、それにより、毒性を避けるためにその患者へのイリノテカン投与量を減らす；または
（ｂ）それら１以上の変異対立遺伝子により患者はＭＤＲ１遺伝子生成物の発現量が多く、したがって有効性を高めるためにその患者へのイリノテカン投与量を増加する。
【０１１１】
１７．それら変異対立遺伝子がそれら２以上の遺伝子のプロモーター領域にある、項目１６の方法。
１８．それら変異対立遺伝子がそれら２以上の遺伝子のコーディング領域にある、項目１６の方法。
１９．それら２以上の遺伝子それぞれが２以上の変異対立遺伝子を有する、項目１６の方法。
【０１１２】
２０．それら２以上の遺伝子それぞれがそのプロモーター領域に１以上の変異対立遺伝子を有し、そしてそのコーディング領域に１以上の変異対立遺伝子を有する項目１６の方法。
２１．それら２以上の遺伝子それぞれがそのプロモーター領域に１以上の変異対立遺伝子を有するか、またはそのコーディング領域に１以上の変異対立遺伝子を有する、項目１６の方法。
【０１１３】
２２．それら１以上の変異対立遺伝子がそれら２以上の遺伝子のプロモーター領域またはコーディング領域のいずれにもない、項目１６の方法。
２３．ＭＤＲ１がそれら２以上の遺伝子の１つである場合、それら１以上の変異対立遺伝子が下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１６の方法：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【０１１４】
【化１０】
2005501840.tif 000011
【０１１５】
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０６、６０８、６１０、６１２、６１８、６２０、６２２、６２４および／または６２８のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性１（ＭＤＲ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、下記の位置に対応する位置において少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失を有するポリヌクレオチド：
ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の
【０１１６】
【化１１】
2005501840.tif 000012
【０１１７】
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の
【０１１８】
【化１２】
2005501840.tif 000013
【０１１９】
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１、３０８、
および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１３７、１７６；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８３９４６、７０２００、７０２３７、６５２４１、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１および／または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４１５２９、１７４９０１、１３９１７７、１４０１１８、１４０５６８、１４０７２７、１３９４７９に対応する位置にＡを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置３０８および／または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８４７０１、８３９７３、８４０７４、８４１１９、７８１７０、７０２０４、７０２５３、７０３７１、５０５３７、４３１６２、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１３７または１７６、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４５９８４、１７１４６６、１７５０６８、１７５０７４、１３９０６４、１３９２７６、１４０５７６に対応する位置にＴを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４０８３７、１７１４０４、１７１４５６、１７１５１１、１７１５１２、１３９１１９、１４０４９０、１３９６１９、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置４３２６３に対応する位置にＣを；ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００５０６８）の位置８４０３２、７７８１１、７３２５２、および／またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００２４５７）の位置１４１５９０、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１４０２１６、１４０５９５に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置２１、１０３、１６８、４００、８９３、９９９、１００１、１１０７および／または１１４１に対応する位置においてアミノ酸置換を含む；
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置２１に対応する位置におけるＡｓｎからＡｓｐへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１０３に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１６８に対応する位置におけるＶａｌからＩｌｅへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００に対応する位置におけるＳｅｒからＡｓｎへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置８９３に対応する位置におけるＡｌａからＳｅｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置９９９に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１００１に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１０７に対応する位置におけるＧｌｎからＰｒｏへの置換；または／およびＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置１１４１に対応する位置におけるＳｅｒからＴｈｒへの置換。
【０１２０】
２４．ポリヌクレオチドが下記のものよりなる群から選択される、項目２３の方法：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３４５、４１７または６３６のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１２または６１８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６、またはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置において置換を有するポリヌクレオチド：
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４３２）の位置１０１もしくはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置にＡを；または、ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６もしくはＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０１２２１３５）の位置８８８８３に対応する位置にＴを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは、ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００または８９３に対応する位置においてアミノ酸置換を含む；および
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは、ＭＤＲ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２５０６１１８）の位置４００に対応する位置におけるＳｅｒからＡｓｎへの、または位置８９３に対応する位置におけるＡｌａからＳｅｒへのアミノ酸置換を含む。
【０１２１】
２５．ＭＲＰ１がそれら２以上の遺伝子の１つである場合、ＭＲＰ１の１以上の変異対立遺伝子が下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１６の方法：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【０１２２】
【化１３】
2005501840.tif 000014
【０１２３】
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６００、６０２および／または６０４のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５７９９８、５７８５３、５３２８２および／または３９５０８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６６７、１３７６４７、１３７７１０、１２４６６７および／または３８６４６に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７２５８、２７１５９、３４２１８、３４２１５、５５４７２および／または３４２０６−３４２０７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置２１１３３、１４００８、１８０６７、１７９７０および／または１７９００に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置７９、８８および／または２４９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５および／または２５９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２５２７７）の位置１５０７２７および／または３３３５１に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２８）の位置１７４に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２４８および／または２５８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１８８４、１６２５、１１６３、３８１、２３３、１８９、４４０および／または１７２０−１７２３に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７および／または４３７／４３８に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置５５１５６／５５１５７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置２１１３３、１４００８および／または１８１９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７２５８および／または３４２１８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置７９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５７９９８および／または５７８５３に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６６７および／または１３７６４７に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２５２７７）の位置１５０７２７および／または３３５５１に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２４８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１８８４、１６２５、２３３および／または１８９に対応する位置にＡを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置３９５０８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１７９００、１８０６７および／または１８１９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２８）の位置１７４に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置４４０および／または１１６３に対応する位置にＴを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置８８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置２７１５９、５５４７２および／または３４２１５に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７および／または３８６４６に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５３２８２に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７７１０に対応する位置にＣを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８２９）の位置２５８に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９に対応する位置、あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１に対応する位置にＧを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１７９７０に対応する位置におけるＴの欠失を；あるいは、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２０６−３４２０７に対応する位置におけるＡＴの欠失を；あるいは、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１７２０−１７２３に対応する位置におけるＧＧＴＡの欠失を；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置におけるＴの挿入および／または４３７／４３８に対応する位置におけるＴＣＣＴＴＣＣの挿入を；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置５５１５６／５５１５７に対応する位置におけるＴＧＧＧＧＣの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置２３９に対応する位置におけるＰｈｅからＣｙｓへの置換；または／およびＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置４３３に対応する位置におけるＡｒｇからＳｅｒへの置換；または／およびＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置７２３に対応する位置におけるＡｒｇからＧｌｎへの置換。
【０１２４】
２６．ポリヌクレオチドが下記のものよりなる群から選択される、項目２５の方法：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８１、２０９、２１７、２０５、２７７、２８１、３０１、３２５、２２９、１９３、３１３、２９３または２５３のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６００のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６４７、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５３２８２、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１、４４０、１６２５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２１８、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１８０６７または１７９００に対応する位置における置換；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＲＰ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１３７６４７、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ９１３１８）の位置１８０６７、１７９００、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置４４０に対応する位置にＴを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置９５、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２６４５２）の位置１２４６６７に対応する位置にＣを；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：７２０９４５１）の位置５３２８２、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３０）の位置２４９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の位置２５９、ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置３８１に対応する位置にＧを；またはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ００３０２６）の位置３４２１８もしくはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置１６２５に対応する位置にＡを；あるいはＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｕ０７０５０）の位置９２６／９２７に対応する位置におけるＴの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置３２９に対応する位置におけるアミノ酸置換を含む；
（ｆ）ＭＲＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＭＲＰ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ２８２８２０６）の位置３２９に対応する位置におけるＰｈｅからＣｙｓへのアミノ酸置換を含む。
【０１２５】
２７．ＣＹＰ３Ａ５がそれら２以上の遺伝子の１つである場合、ＣＹＰ３Ａ５の１以上の変異対立遺伝子が下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１６の方法：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７、１３８、１４１、１４２、１４５、１４６、１４９および／または１５０のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）シトクロムＰ４５０サブファミリーＩＩＩＡ（ニフェジピンオキシダーゼ）ポリペプチド５（ＣＹＰ３Ａ５）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８および／または９７３６に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１および／または１４５９２９に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８に対応する位置にＣを；ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１および／または１４５９２９に対応する位置にＧを；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置９７３６に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド。
【０１２６】
２８．ポリヌクレオチドが下記のものよりなる群から選択される、項目２７の方法：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７、１４１、１４５または１４９のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８もしくは９７３６、またはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１もしくは１４５９２９に対応する位置における置換を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）ＣＹＰ３Ａ５遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置４７５１８に対応する位置にＣを；あるいはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１０２８１４５１）の位置９７３６またはＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１１１７７４５２）の位置１４５６０１もしくは１４５９２９に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド。
【０１２７】
２９．ＵＧＴ１Ａ１がそれら２以上の遺伝子の１つである場合、それら１以上の変異対立遺伝子が下記のものよりなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目１６の方法：
（ａ）下記のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド：
【０１２８】
【化１４】
2005501840.tif 000015
【０１２９】
（ｂ）下記のいずれか１つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド：
【０１３０】
【化１５】
2005501840.tif 000016
【０１３１】
（ｃ）ウリジン二リン酸グリコシルトランスフェラーゼ１メンバーＡ１（ＵＧＴ１Ａ１）遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５９、１６０、２２６、５３９、５４４、６４０、７０１、８４１、８５５、８９０、９３８、１００６、１００７、１０２０、１０８４、１０８５、１１１４、１１１７、１１３９、１１５８、１１７５−１１７６、１２１６、１２９７、１３２４、１４７１、１４７８、３７２−３７３、５２３−５２５および／または８９２−９０５に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの置換または欠失；あるいは、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置４７０／４７１および／または１２２２／１２２３に対応する位置における少なくとも１個のヌクレオチドの挿入を有するポリヌクレオチド：
（ｄ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置２２６、５３９、７０１、８５５、９３８、１０２０および／または１１１７に対応する位置にＡを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１６０、６４０、８９０、１００６、１０８４、１１３９、１１７６、１３２４および／または１４７８に対応する位置にＴを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５４４、８４１および／または１２１６に対応する位置にＣを；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：１８１３０３）の位置５９、１００７、１０８５、１１１４、１１５８、１１７５、１２９７および／または１４７１に対応する位置にＧを；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置３７２−３７３に対応する位置におけるＣＴの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置５２３−５２５に対応する位置におけるＴＴＣの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置８９２−９０５に対応する位置におけるＴＡＣＡＴＴＡＡＴＧＣＴＴＣの欠失を；ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置４７０／４７１に対応する位置におけるＴの挿入を；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１２２２／１２２３に対応する位置におけるＧの挿入を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドは下記のアミノ酸置換を含む：ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１５に対応する位置におけるＬｅｕからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置７１に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１７５に対応する位置におけるＬｅｕからＧｌｎへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１７７に対応する位置におけるＣｙｓからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２０９に対応する位置におけるＡｒｇからＴｒｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２２９に対応する位置におけるＰｒｏからＧｌｎへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２７６に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるＡｌａからＶａｌへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９３に対応する位置におけるＴｙｒからＴｒｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３０８に対応する位置におけるＧｌｙからＧｌｕへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３１に対応する位置におけるＧｌｎからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３５７に対応する位置におけるＧｌｎからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３６７に対応する位置におけるＡｒｇからＧｌｙへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３６８に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３８７に対応する位置におけるＰｒｏからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３７５に対応する位置におけるＳｅｒからＰｈｅへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３８１に対応する位置におけるＳｅｒからＡｒｇへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４０１に対応する位置におけるＡｌａからＰｒｏへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４２８に対応する位置におけるＬｙｓからＧｌｕへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４８６に対応する位置におけるＴｙｒからＡｓｐへの置換；または／およびＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４８８に対応する位置におけるＳｅｒからＰｈｅへの置換；
（ｆ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置３７２−３７３に対応する位置におけるＣＴの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１１９に対応する位置におけるアミノ酸Ａｓｐに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置４７０／４７１に対応する位置にＴの挿入を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１５２に対応する位置におけるアミノ酸Ｐｒｏに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置５２３−５２５に対応する位置におけるＴＴＣの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置１６８に対応する位置におけるアミノ酸Ｔｈｒに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置８９２−９０５に対応する位置におけるＴＡＣＡＴＴＡＡＴＧＣＴＴＣの欠失を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるアミノ酸Ａｌａに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失し；ならびに／あるいはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置１２２２／１２２３に対応する位置におけるＧの挿入を有し、これにより該ポリペプチドにおいてＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４０２に対応する位置におけるアミノ酸Ｌｙｓに続く１個以上のアミノ酸が置換、付加および／または欠失するポリヌクレオチド；および
（ｇ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリヌクレオチドはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４９に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置２８０に対応する位置におけるＣｙｓから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３１に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３３５に対応する位置におけるＴｒｐから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置３５７に対応する位置におけるＧｌｎから終止コドンへのアミノ酸置換、および／またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：Ｇ８８５０２３６）の位置４３７に対応する位置におけるＬｙｓから終止コドンへのアミノ酸置換を含む。
【０１３２】
３０．ポリヌクレオチドが下記のものよりなる群から選択される、項目２９の方法：
（ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３７、６９または９７のいずれか１つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５５８、５７０または５８４のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置８９０、１１１７または１４７１に対応する位置における置換を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）ＵＧＴ１Ａ１遺伝子にハイブリダイズしうるポリヌクレオチドであって、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３５）の位置１１１７に対応する位置にＡを、位置８９０に対応する位置にＴを、または位置１４７１に対応する位置にＧを有するポリヌクレオチド；
（ｅ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置２９２、３６８または４８６に対応する位置におけるアミノ酸置換を含む；
（ｆ）ＵＧＴ１Ａ１ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチド：該ポリペプチドはＵＧＴ１Ａ１ポリペプチド（寄託番号：ＧＩ：８８５０２３６）の位置２９２に対応する位置におけるＡｌａからＶａｌへの、位置３６８に対応する位置におけるＡｌａからＴｈｒへの、または位置４８６に対応する位置におけるＴｙｒからＡｓｐへのアミノ酸置換を含む。
【０１３３】
３１．患者がイリノテカンによる治療に対する中毒反応のリスクをもつかを判定する方法であって、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子を含む２以上の遺伝子の１以上の変異対立遺伝子をその患者が有するかを判定することを含む方法。
３２．さらに、患者に低下された量のイリノテカンを投与することを含む、項目３１の方法。
【０１３４】
３３．癌を患う患者にイリノテカンを投与するのに最適な治療方式を判定するための、下記を含む方法：
（ａ）その患者が、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）２以上の前記遺伝子それぞれの１以上のそのような対立遺伝子を有する患者において、２以上の前記遺伝子におけるその患者の対立遺伝子を考慮せずにイリノテカンを投与する場合その患者におけるピーク量と比較して、その患者におけるイリノテカンのピーク量を低下させるように方式を変更すること。
【０１３５】
３４．ＭＤＲ１遺伝子がそれら２以上の遺伝子の１つである、項目３３の方法。
３５．ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有する患者において癌を治療する方法であって、これら２以上の遺伝子の遺伝子生成物の発現レベルが一般集団のものより低いためイリノテカンに対する高い感受性を示す場合は、その患者に減少された量のイリノテカンを投与することを含む方法。
【０１３６】
３６．ＭＤＲ１遺伝子がそれら２以上の遺伝子の１つである、項目３５の方法。
３７．ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有する患者において癌を治療する方法であって、これら２以上の遺伝子の遺伝子生成物の発現レベルが一般集団のものより高いためイリノテカンに対する耐性または耐性素質を示す場合は、その患者に増加された量のイリノテカンを投与することを含む方法。
【０１３７】
３８．ＭＤＲ１遺伝子がそれら２以上の遺伝子の１つである、項目３７の方法。
３９．患者を１種類以上の阻害薬で治療し、さらに、その際、阻害薬がＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１の阻害薬よりなる群から選択される、項目３７の方法。
４０．それら阻害薬の１つがＭＤＲ１阻害薬である、項目３９の方法。
【０１３８】
４１．ＭＤＲ１阻害薬が下記のものよりなる群から選択される、項目４０の方法：ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ９５７６、ＸＲ９０５１、フラボノイド（たとえばアピゲニン（ａｐｉｇｅｎｉｎ）、ゲニスチン（ｇｅｎｉｓｔｉｎ）、ナリンギン（ｎａｒｉｎｇｉｎ）、ケルセチン（ｑｕｅｒｃｅｔｉｎ）、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモッチン（ｂｅｒｇａｍｏｔｔｉｎ）、クラリスロマイシン、ケトコナゾール（Ｋｅｔｏｃｏｎａｚｏｌｅ）、レセルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン（１，９−ｄｉｄｅｏｘｙｆｏｒｓｋｏｌｉｎ）、アジドピン（Ａｚｉｄｏｐｉｎｅ）、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン（Ｉｖｅｒｍｅｃｔｉｎ）、ＳＤＺ  ＰＳＣ８３３、ＳＤＺ  ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ−鏡像異性体）およびその主代謝産物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド（Ａｍｉｌｏｒｉｄｅ）、アミトリプチリン（Ａｍｙｔｒｉｐｔｙｌｉｎｅ）、アトルバスタチン（Ａｔｏｒｖａｓｔａｔｉｎ）、オーレオバシジン（Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｎ）および類似体、フッ化ベリリウム（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害薬、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン（Ｃｌｏｆａｚｉｍｉｎｅ）、クレモフォル（Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ）ＥＬ、ジルチアゼム（Ｄｉｌｔｉａｚｅｍ）、ベラパミル（Ｖｅｒａｐａｍｉｌ）、ニフェジピン（Ｎｉｆｅｄｉｐｉｎｅ）、ベプリジル（Ｂｅｐｒｉｄｉｌ）、ニカルジピン（Ｎｉｃａｒｄｉｐｉｎｅ）、ニグルジピン（Ｎｉｇｕｌｄｉｐｉｎｅ）、ニトレンジピン（Ｎｉｔｒｅｎｄｉｐｉｎｅ）、トリフルオペラジン（Ｔｒｉｆｌｕｏｐｅｒａｚｉｎｅ）、フェロジピン（Ｆｅｌｏｄｉｐｉｎｅ）、バリノマイシン、ジピリダモール（Ｄｉｐｙｒｉｄａｍｏｌ）、エリスロマイシン、フルオロキノロン類：フレロキサシン（Ｆｌｅｒｏｘａｃｉｎ）、イエノキサシン（Ｅｅｎｏｘａｃｉｎ）、グレパフロキサシン（Ｇｒｅｐａｆｌｏｘａｃｉｎ）、レボフロキサシン（Ｌｅｖｏｆｌｏｘａｃｉｎ）、ノルフロキサシン（Ｎｏｒｆｌｏｘａｃｉｎ）、グリベンクラミド（Ｇｌｉｂｅｎｃｌａｍｉｄｅ）類および類似体、グルコネート塩類、グラミシジン（Ｇｒａｍｉｃｉｄｉｎ）、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール（Ｉｔｒａｃｏｎａｚｏｌｅ）、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシン（Ｐｒｉｓｔｉｎａｍｙｃｉｎ）Ｉａ、プロパフェノン（Ｐｒｏｐａｆｅｎｏｎｅ）、プロプラノロール（Ｐｒｏｐｒａｎｏｌｏｌ）、タリノロール（Ｔａｌｉｎｏｌｏｌ）、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニンおよびキニジン、キナクリン、シンコニン（Ｃｉｎｃｈｏｎｉｎｅ）、リトナビル（Ｒｉｔｏｎａｖｉｒ）、サキナビル（Ｓａｑｕｉｎａｖｉｒ）、ネルフィナビル（Ｎｅｉｆｉｎａｖｉｒ）、タモキシフェン（Ｔａｍｏｘｉｆｅｎ）および代謝産物、タキソイド（四環式タキソピン（ｔａｘｏｐｉｎｅ）Ｃおよび誘導体）、テルフェナジン（Ｔｅｒｆｅｎａｄｉｎｅ）。
【０１３９】
４２．さらに、治療期間中、癌細胞における前記２以上の遺伝子の発現レベルの変化をアッセイすることにより患者をモニターし、これにより前記２以上の遺伝子の発現レベルの増大を、患者に投与するイリノテカンの量の増加により補償することを含む、項目３５の方法。
【０１４０】
４３．ＭＤＲ１遺伝子がそれら２以上の遺伝子の１つである、項目４２の方法。
４４．患者において癌を治療する方法であって、患者に有効量のイリノテカンを内部投与することを含み、その際、患者のＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１を含む遺伝子の遺伝子型に基づいて治療方式を改変する方法。
【０１４１】
４５．癌を患う患者集団を治療するための、下記を含む方法：
（ａ）患者毎に、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子をその患者が有するかを判定し；
（ｂ）２以上の前記遺伝子の１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者の２以上の前記遺伝子の対立遺伝子を考慮しない場合の量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【０１４２】
４６．ＭＤＲ１遺伝子がそれら２以上の遺伝子の１つである、項目４５の方法。
４７．癌を患う患者においてイリノテカンに対する感受性を予測する方法であって、その患者がＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子それぞれの１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定することを含み、そこで、これらの対立遺伝子は癌細胞がこれら２以上の遺伝子のタンパク質を低い量または高い量発現することの指標であり、これにより低発現はイリノテカンに対する感受性が高いことの指標となり、高発現はイリノテカンに対する耐性または耐性素質の指標となる方法。
【０１４３】
４８．さらに、耐性または耐性素質の指標となる遺伝子型を有する患者に、ＭＤＲ１阻害薬、ＭＲＰ１阻害薬、ＣＹＰ３Ａ５阻害薬およびＵＧＴ１Ａ１阻害薬よりなる群から選択される１種類以上の阻害薬を投与することを含む、項目４７の方法。
４９．少なくとも１種類の阻害薬がＭＤＲ１阻害薬である、項目４８の方法。
【０１４４】
５０．ＭＤＲ１阻害薬が下記のものよりなる群から選択される、項目４０の方法：ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ９５７６、ＸＲ９０５１、フラボノイド（たとえばアピゲニン、ゲニスチン、ナリンギン、ケルセチン、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモッチン、クラリスロマイシン、ケトコナゾール、レセルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン、アジドピン、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン、ＳＤＺ  ＰＳＣ８３３、ＳＤＺ  ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ−鏡像異性体）およびその主代謝産物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド、アミトリプチリン、アトルバスタチン、オーレオバシジンおよび類似体、フッ化ベリリウム（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害薬、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン、クレモフォルＥＬ、ジルチアゼム、ベラパミル、ニフェジピン、ベプリジル、ニカルジピン、ニグルジピン、ニトレンジピン、トリフルオペラジン、フェロジピン、バリノマイシン、ジピリダモール、エリスロマイシン、フルオロキノロン類：フレロキサシン、イエノキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、グリベンクラミド類および類似体、グルコネート塩類、グラミシジン、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシンＩａ、プロパフェノン、プロプラノロール、タリノロール、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニンおよびキニジン、キナクリン、シンコニン、リトナビル、サキナビル、ネルフィナビル、タモキシフェンおよび代謝産物、タキソイド（四環式タキソピンＣおよび誘導体）、テルフェナジン。
【０１４５】
５１．治療期間中、耐性または耐性素質の指標となる遺伝子型を有する患者を、癌細胞におけるＭＤＲ１遺伝子生成物の発現レベルの変化をアッセイすることによりモニターし、これにより更新されたイリノテカンに対する感受性の予測値を判定する、項目４７の方法。
【０１４６】
５２．治療期間中、耐性または耐性素質の指標となる遺伝子型を有する患者を、癌細胞におけるＭＲＰ１遺伝子生成物の発現レベルの変化をアッセイすることによりモニターし、これにより更新されたイリノテカンに対する感受性の予測値を判定する、項目４７の方法。
【０１４７】
５３．治療期間中、耐性または耐性素質の指標となる遺伝子型を有する患者を、癌細胞におけるＣＹＰ３Ａ５遺伝子生成物の発現レベルの変化をアッセイすることによりモニターし、これにより更新されたイリノテカンに対する感受性の予測値を判定する、項目４７の方法。
【０１４８】
５４．治療期間中、耐性または耐性素質の指標となる遺伝子型を有する患者を、癌細胞におけるＵＧＴ１Ａ１遺伝子生成物の発現レベルの変化をアッセイすることによりモニターし、これにより更新されたイリノテカンに対する感受性の予測値を判定する、項目４７の方法。
【０１４９】
５５．治療期間中、耐性または耐性素質の指標となる遺伝子型を有する患者を、癌細胞におけるＭＤＲ１遺伝子、ＭＲＰ１遺伝子、ＣＹＰ３Ａ５遺伝子およびＵＧＴ１Ａ１遺伝子よりなる群から選択される２以上の遺伝子の生成物の発現レベルの変化をアッセイすることによりモニターし、これにより更新されたイリノテカンに対する感受性の予測値を判定する、項目４７の方法。
【０１５０】
５６．癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＭＤＲ１遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＭＤＲ１遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【０１５１】
５７．癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＭＲＰ１遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＭＲＰ１遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【０１５２】
５８．癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＵＧＴ１Ａ１遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＵＧＴ１Ａ１遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【０１５３】
５９．癌を患う患者を治療するためのイリノテカンの使用方法であって、下記を含む方法：
（ａ）その患者が癌組織にＣＹＰ３Ａ５遺伝子の１以上の変異対立遺伝子を有するかを判定し；
（ｂ）１以上のそのような変異対立遺伝子を有する患者において、そのような変異対立遺伝子を有する患者の治療に十分な量であって、患者のＣＹＰ３Ａ５遺伝子における対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して増大または減少された量のイリノテカンを患者に投与すること。
【０１５４】
本明細書において前記に述べた発現低下には、機能性遺伝子生成物をコードする転写物量が有意に減少することのほか、活性をもたないかまたは活性が有意に低下した遺伝子生成物をコードする転写物量が正常であること、さらには増加することも含まれる。
【０１５５】
“ＭＤＲ１遺伝子における患者の対立遺伝子を考慮せずに投与する量と比較して”とは、その必要がある患者にその遺伝子型を考慮せずにルーティンに投与する標準量を意味する。そのような一般的な患者集団を、正常な遺伝子型、すなわち野生型の遺伝子型をもつものとみなす。
【０１５６】
さらに本発明は、療法を改善および／または改変する方法であって、ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１および／またはＣＹＰ３Ａ５の発現レベル（以下、発現プロフィルという）あるいはＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１および／またはＣＹＰ３Ａ５タンパク質のタンパク質レベル（以下、タンパク質プロフィルという）あるいはそれらのタンパク質の活性レベル（以下、活性プロフィルという）を判定することを含む方法を包含する。
【０１５７】
本発明の文脈において述べられる用語“発現レベル”は、ハウスキーピング遺伝子、たとえばＰＬＡ２に対する転写物の量と対比したＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５またはＵＧＴ１Ａ１遺伝子の転写物の検出可能な量を意味する。転写物の量は、ノーザン分析、ＲＮＡｓｅ保護アッセイ、ＰＣＲをベースとする方法（Ｔａｑ−Ｍａｎ分析を含む）を含めた標準的分子生物学的方法により測定できる。好ましくは、この測定は後記実施例４および５の記載に従って実施できる。用語“発現プロフィル”は、前述遺伝子のパネルの発現レベルを測定し、この発現レベルを標準試料と比較することを意味する。標準試料としては、それらゲノム中に前述の各遺伝子の野生型対立遺伝子をもつ対象の細胞または組織から転写物を得ることが好ましい。
【０１５８】
用語“タンパク質レベル”は、ハウスキーピング遺伝子、たとえばＰＬＡ２がコードするタンパク質の量と対比したＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５またはＵＧＴ１Ａ１の検出可能な量を意味する。タンパク質の量は、標準的生物学的方法、たとえばウェスタン分析、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、または抗体をベースとする当技術分野で既知の他の方法により測定できる。用語“タンパク質プロフィル”は、前述のタンパク質のパネルのタンパク質レベルを測定し、このタンパク質レベルを標準試料と比較されることを意味する。標準試料として、それらゲノム中に各遺伝子の前述の野生型対立遺伝子をもつ対象の細胞または組織からタンパク質を得ることが好ましい。
【０１５９】
用語“活性レベル”は、ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＣＹＰ３Ａ５またはＵＧＴ１Ａ１の検出可能な生物学的活性であって、その遺伝子の対応する野生型対立遺伝子の活性と対比したものか、または、本発明において開示するこれらの遺伝子の変異対立遺伝子がコードするものの検出可能な量であって、その遺伝子に対応する野生型対立遺伝子がコードするタンパク質の量と対比したものを意味する。前述のタンパク質の生物学的アッセイ法は当技術分野で周知であり、Ｈｉｔｚｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  １１：２９３−８；Ｃｕｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｏｘｉｃｏｌ  Ｌｅｔｔ．，２００１，１２０：４３−９；Ｓｔｅｖｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｐｏｓ．，２００１，２９：２８９−９５；Ｂａｒｂｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，２００１，５９：６３６−４５；Ｈａｎｉｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｘｅｎｏｂｉｏｔｉｃａ．２００１，３１：６８７−９９；Ｈａｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１９９８，１８：２９８１−７に記載されている。標準試料として、それらのゲノム中に各遺伝子の前述の野生型対立遺伝子をもつ対象の細胞または組織からタンパク質を得ることが好ましい。
【０１６０】
前述の各方法は、好ましくは（ｉ）腫瘍療法の特定の段階に患者から腫瘍試料を採取し；そして、（ｉｉ）ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１および／またはＣＹＰ３Ａ５について発現プロフィル、タンパク質プロフィルまたは活性プロフィルを測定する工程を含む。それら発現プロフィルに基づいて、臨床医は療法を効果的に適合させることができる。これは特に投与量の調整を含み、ならびに／あるいはＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１またはＣＹＰ３Ａ５阻害薬の投与を包含する。好ましくは、そのような阻害薬は下記の阻害薬群から選択される：ＭＤＲ１について：ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ９５７６、ＸＲ９０５１、フラボノイド（たとえばアピゲニン、ゲニスチン、ナリンギン、ケルセチン、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモッチン、クラリスロマイシン、ケトコナゾール、レセルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン、アジドピン、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン、ＳＤＺ  ＰＳＣ８３３、ＳＤＺ  ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ−鏡像異性体）およびその主代謝産物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド、アミトリプチリン、アトルバスタチン、オーレオバシジンおよび類似体、フッ化ベリリウム（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害薬、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン、クレモフォルＥＬ、ジルチアゼム、ベラパミル、ニフェジピン、ベプリジル、ニカルジピン、ニグルジピン、ニトレンジピン、トリフルオペラジン、フェロジピン、バリノマイシン、ジピリダモール、エリスロマイシン、フルオロキノロン類：フレロキサシン、イエノキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、グリベンクラミド類および類似体、グルコネート塩類、グラミシジン、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシンＩａ、プロパフェノン、プロプラノロール、タリノロール、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニンおよびキニジン、キナクリン、シンコニン、リトナビル、サキナビル、ネルフィナビル、タモキシフェンおよび代謝産物、タキソイド（四環式タキソピンＣおよび誘導体）、テルフェナジン；ＭＲＰ１について：ＳＤＺ  ＰＳＣ８３３、ＳＤＺ  ２８０−４４６、ＭＫ５７１、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、ベラパミル、ベンズブロマロン（Ｂｅｎｚｂｒｏｍａｒｏｎ）、ジピリダモール、フロセミド（Ｆｕｒｏｓｅｍｉｄｅ）、ガンマ−ＧＳ（ナフチル）システイニル−グリシンジエチルエステル、ゲニステイン（Ｇｅｎｉｓｔｅｉｎ）、キニジン、リファンピシン、ＲＵ  ４８６、スルフィンピラゾン（Ｓｕｌｆｉｎｐｙｒａｚｏｎｅ）、三環式イソキサゾール（たとえばＬＹ  ４０２９１３）（http://bigfoot.med.unc.edu/watkinsLab/intesinfo.htm、Ｐａｕｌ  Ｗａｔｋｉｎｓ、ノースカロライナ大学）；ＵＧＴ１Ａ１について：β−エストラジオール、４−ヒドロキシエストロン、２−ヒドロキシエストロン、７，８−ベンゾフラボン、ケルセチン、ナリンゲニン（Ｎａｒｉｎｇｅｎｉｎ）、クリシン（Ｃｈｒｙｓｉｎ）、ビリルビン、没食子酸オクチル（Ｂｒｏｕｄ��  Ｍ（２００１），ＢＤ  Ｇｅｎｔｅｓｔ，米国マサチュセッツ州ウーバン）；ならびにＣＹＰ３Ａ５について：クラリスロマイシン、エリスロマイシン、ジルチアゼム（Ｄｉｌｔｉａｚｅｍ）、ミベフラジル（Ｍｉｂｅｆｒａｄｉｌ）、グレープフーツジュース、シメチジン（Ｃｉｍｅｔｉｄｉｎｅ）、シプロフロキサシン（Ｃｉｐｒｏｆｌｏｘａｃｉｎ）、ノルフロキサシン、フルコナゾール（Ｆｌｕｃｏｎａｚｏｌｅ）、イトラコナゾール、ケトコナゾール、フルボキサミン（Ｆｌｕｖｏｘａｍｉｎｅ）、ノルフルオキセチン（Ｎｏｒｆｌｕｏｘｅｔｉｎｅ）、ネファゾドン（Ｎｅｆａｚｏｄｏｎｅ）、トロレアンドマイシン（Ｔｒｏｌｅａｎｄｏｍｙｃｉｎ）、デラビリジン（Ｄｅｌａｖｉｒｉｄｉｎｅ）、インディナビル（Ｉｎｄｉｎａｖｉｒ）、ネルフィナビル（Ｎｅｌｆｉｎａｖｉｒ）、リトナビル（Ｒｉｔｏｎａｖｉｒ）、サキナビル（Ｓａｑｕｉｎａｖｉｒ）、ミフェプリストン（Ｍｉｆｅｐｒｉｓｔｏｎｅ）、ゲントデン（ｇｅｓｔｏｄｅｎｅ）（http://medicine.iupui.edu/flockhart）。
【０１６１】
本明細書中で用いる阻害薬という用語には、競合阻害薬および非競合阻害薬が含まれる。好ましくは、競合阻害薬はＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ９５７６、ＸＲ９０５１、フラボノイドなどの基質である。好ましくは、非競合阻害薬はＳＤＺ  ＰＳＣ８３３、ＳＤＺ  ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５、ベラパミル、ＭＳ−２０９、ＰＡＫ−１０４ｐなどの基質である。
【０１６２】
最後に、本発明は、本発明の文脈において述べられる薬物に対して患者が耐性を発現したかを判定する方法を包含する。この方法は、（ｉ）腫瘍療法の特定の段階中に患者から腫瘍試料を採取し；そして、（ｉｉ）ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１および／またはＣＹＰ３Ａ５の発現レベルを測定する工程を含む。各遺伝子の発現は、実施例４および５の記載または前記に従って測定できる。これら発現プロフィルの評価に基づいて、臨床医は療法をより効果的に適合させることができる。これは特に、投与量の調整を含み、ならびに／あるいは前記に定めたＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ１またはＣＹＰ３Ａ５阻害薬の投与を包含する。
【０１６３】
本明細書に引用した各文献（製造業者の明細、指示などを含む）を参照により本明細書に援用する。
本願中に配列識別番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）で述べられる核酸配列およびアミノ酸配列を下記の表１、２、３および４に挙げる。多型性ヌクレオチドの位置については核酸配列中に適切な下記の文字を用いる：Ｒ，ＧまたはＡ；Ｙ，ＴまたはＣ；Ｍ，ＡまたはＣ；Ｋ，ＧまたはＴ；Ｓ，ＧまたはＣ；Ｗ，ＡまたはＴ。
【０１６４】
アミノ酸配列を１文字コードで示す。多型性アミノ酸の位置における文字Ｘは修飾アミノ酸またはそれの対応する野生型アミノ酸を表わす（寄託番号を参照）。
さらに、本明細書中にＧｅｎＢａｎｋ寄託番号の表示により述べられたすべての核酸配列およびアミノ酸配列を以下の図４〜２９に示す。
【０１６５】
【表１】
2005501840.tif 000017
【０１６６】
【表２】
2005501840.tif 000018
【０１６７】
【表３】
2005501840.tif 000019
【０１６８】
【表４】
2005501840.tif 000020
【０１６９】
【表５】
2005501840.tif 000021
【０１７０】
【表６】
2005501840.tif 000022
【０１７１】
【表７】
2005501840.tif 000023
【０１７２】
【表８】
2005501840.tif 000024
【０１７３】
【表９】
2005501840.tif 000025
【０１７４】
【表１０】
2005501840.tif 000026
【０１７５】
【表１１】
2005501840.tif 000027
【０１７６】
【表１２】
2005501840.tif 000028
【０１７７】
【表１３】
2005501840.tif 000029
【０１７８】
【表１４】
2005501840.tif 000030
【０１７９】
【表１５】
2005501840.tif 000031
【０１８０】
【表１６】
2005501840.tif 000032
【０１８１】
【表１７】
2005501840.tif 000033
【０１８２】
【表１８】
2005501840.tif 000034
【０１８３】
【表１９】
2005501840.tif 000035
【０１８４】
【表２０】
2005501840.tif 000036
【０１８５】
【表２１】
2005501840.tif 000037
【０１８６】
【表２２】
2005501840.tif 000038
【０１８７】
以下の生物学的実施例を参照して本発明を説明する。これらは説明のためのものにすぎず、本発明の範囲の限定と解すべきではない。
【実施例１】
【０１８８】
ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６に対応する位置におけるＣからＴへの置換が表現型に与える影響
ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６に対応する位置におけるＣからＴへの単一ヌクレオチド置換（ＭＤＲ１エキソン２６  ＳＮＰ  Ｃ３４３５Ｔともいう）が腸のＰ−糖タンパク質（ＰＧＰ）の発現に与える影響を調べるために、２１人からの生検材料および十二指腸の腸細胞標本を、Ｄｒ．Ｍａｒｇａｒｅｔｅ  Ｆｉｓｃｈｅｒ−Ｂｏｓｃｈ−Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ（シュツットガルト）において、定量免疫組織化学的方法およびウェスタンブロット法により調べた。結果を図１に示す。Ｔ対立遺伝子（ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６に対応する位置にＴをもつ）のホモ接合性保持者は、Ｃ対立遺伝子（ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の位置１７６に対応する位置にＣをもつ）のホモ接合性保持者と比較して有意に高いＰＧＰレベルを示した。ヘテロ接合性遺伝子型をもつ個体は中間レベルのＰＧＰ発現を示した。
【０１８９】
さらに、ＭＤＲ１遺伝子型が腸のジゴキシンの取込み関連薬物動態に与える影響を、大学メディカルセンター、Ｃｈａｒｉｔｅ、ベルリンにおける臨床試験で調べた。ジゴキシン経口投与後の１４人の健康なボランティアにおいて、定常状態での最大血中ジゴキシン濃度（Ｃｍａｘ）は、ＭＤＲ１  ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型と相関していた。図２は、Ｔ対立遺伝子についてホモ接合性であるボランティアはＣ／Ｃ遺伝子型のボランティアより統計学的に有意に低いジゴキシン濃度を示し（ｐ＝０．００６，マン−ウィットニーのＵ検定）、この多型性がジゴキシンの薬物動態に影響を与えることを示す。
【実施例２】
【０１９０】
ＭＲＰ１多型とＭＲＰ１発現の相関性およびＭＲＰ１基質を用いた療法に際しての副作用
ＭＲＰ１遺伝子における機能性多型は輸送活性に影響を与え、これが結果的にＭＲＰ１基質薬物の血漿中濃度および／または細胞内濃度を調節する。そのような薬物の濃度が上昇すると副作用が生じる可能性があり、これに対し濃度が低下すると療法量以下の薬物濃度になり、療法が失敗する可能性がある。ＭＲＰ１多型は、ＭＲＰ１基質薬物で治療した患者における薬物関連有害作用および療法効果の発生と相関性があった。患者−対照研究において、シスプラチン関連の腎毒性を患う患者群ならびに抗癌薬により起きた腎毒性および肝毒性を患う患者群と、健康な対照群の間で、ＭＲＰ１  ＳＮＰの頻度分布を比較した。さらに、分かっているＭＲＰ１  ｍＲＮＡレベルをもつ試料をＭＲＰ１遺伝子型についてスクリーニングした。抗癌薬治療に際して起きた腎毒性および肝毒性を示す患者群における結果を、１つのＭＲＰ１  ＳＮＰについて次表に挙げる。
【０１９１】
【表２３】
2005501840.tif 000039
【０１９２】
１  寄託番号ＡＣ０２５２７７による；
２  ハーディー−ワインバーグに従って計算。
対照試料と異なり、薬物関連の腎および肝副作用を伴う患者において、Ａ対立遺伝子（ＭＲＰ１遺伝子、寄託番号ＡＣ０２５２７７の位置１５０７２７に従う位置におけるＧからＡへの置換）が健康な対照と比較して統計学的に有意に過剰発現 (overpresent) しており（ｐ＝０．０４４，カイ２乗検定）、したがってこれらの副作用は予測可能であった。
【０１９３】
さらに、リファンピシン投与の前と後におけるＭＲＰ１遺伝子型とｍＲＮＡ発現の関連性を、２種類のＭＲＰ１  ＳＮＰ、すなわち９５Ｔ＞Ｃ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０９、２１０、２１１および２１２；ＭＲＰ１遺伝子、寄託番号ＡＦ０２２８３１の位置９５に対応する位置におけるＴからＣへのヌクレオチド置換）、および２５９Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７７、２７８、２７９および２８０；ＭＲＰ１遺伝子、寄託番号ＡＦ０２２８３１の位置２５９に対応する位置におけるＡからＧへのヌクレオチド置換）について検出した。これらのＳＮＰは連携して１つの対立遺伝子を形成する。図３に示すように、２つの独立した実験（リファンピシン誘導したものと誘導しないもの）において、この変異対立遺伝子（ＭＲＰ１ｍｕｔ；ＭＲＰ１遺伝子、寄託番号ＡＦ０２２８３１の位置９５のＣおよび位置２５９のＧ）は統計学的に有意にＭＲＰ１  ｍＲＮＡの発現低下と相関し、野生型対立遺伝子（ＭＲＰ１ｗｔ；ＭＲＰ１遺伝子、寄託番号ＡＦ０２２８３１の位置９５のＴおよび位置２５９のＡ）はＭＲＰ１  ｍＲＮＡの発現増大と相関する。
【０１９４】
ＭＲＰ１  ｍＲＮＡ含量の相異はＭＲＰ１遺伝子型関連の個体差に基づくものであり、これらのＳＮＰの分析は、ＭＲＰ１発現レベルについて、およびＭＲＰ１基質薬物の療法結果および有害作用を予測するために、診断的および予後診断的に有用性が高いものである。
【実施例３】
【０１９５】
投与量の計算
イリノテカンの療法効果および有害作用は、親化合物および活性代謝産物（たとえばＳＮ−３８）の血漿中濃度および細胞内濃度、ＣＹＰ３Ａ５−およびＵＧＴ１Ａ１−関連の代謝により制御されるプロセス、ならびにＭＲＰ１−およびＭＤＲ１−関連の輸送プロセスに依存する。
【０１９６】
【化１６】
2005501840.tif 000040
【０１９７】
たとえば、ＭＲＰ１はグルクロノシルトランスフェラーゼと密接に関連して細胞性解毒系の一部として作用し、グルクロン酸抱合体、たとえばＳＮ−３８Ｇを輸送することが知られている［Ｋｏｅｎｉｇ，ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ  １４６１：３７７−３９４；Ｋｅｒｂ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２：５１−６４］。たとえばＳＮ−３８Ｇが細胞から胆汁中へ輸出される程度は、それの形成速度に大きな影響を与える。ＳＮ−３８が効果的に解毒されるためには、ＵＧＴ１Ａ１による抱合およびグルクロン酸抱合体による輸出の両プロセスが必要である。
【０１９８】
ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号ＧＩ：１０２８１４５１）の４７５１８Ｔ＞Ｃ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３７、１３８、１３９および１４０）および９７３６Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４９、１５０、１５１、１５２）ヌクレオチド置換、ならびにＣＹＰ３Ａ５遺伝子（寄託番号ＧＩ：１１１７７４５２）の１４５６０１Ｔ＞Ｇ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４１、１４２、１４３、１４４）および１４５９２９Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４５、１４６、１４７および１４８）ヌクレオチド置換は、高ＣＹＰ３Ａ５発現関連の対立遺伝子を形成し、したがって高いイリノテカン代謝不活性化と関連がある。この対立遺伝子をもつ個体は高度メタボライザー（ＥＭ）であり、したがってリマインダー (reminder) の低度メタボライザー（ＰＭ）と対照的にイリノテカン毒性を被る可能性が低い。１つの高発現関連の対立遺伝子および１つの低発現関連の対立遺伝子をもつ者は、中間メタボライザー（ＩＭ）とみなされる。
【０１９９】
ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の１７６Ｃ＞Ｔヌクレオチド置換（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１７、２１８、２１９および２２０）は、低ＰＧＰ発現関連の低薬物排出と関連する；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＦ０２２８３１）の９５Ｔ＞Ｃ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０９、２１０、２１１および２１２）および２５９Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７７、２７８、２７９および２８０）ヌクレオチド置換は、低ｍＲＮＡ発現と関連する；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の１５０７２７Ｇ＞Ａヌクレオチド置換（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１７、２１８、２１９および２２０）は、低ＰＧＰ発現関連の低薬物排出と関連する；ＭＲＰ１遺伝子（寄託番号：ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７Ｇ＞Ａヌクレオチド置換（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１７、２１８、２１９および２２０）は、有害作用と関連する。したがって、低いトランスポーター発現関連の対立遺伝子をもつ個体は、細胞から有害化合物を排除する能力が低い。輸送および代謝の両方が、遺伝子−用量依存性に影響を受ける。各輸送タンパク質の低発現関連の対立遺伝子の数に従って、個体は、高度輸送能（ＥＴ）、中間輸送能（ＩＴ）または低度輸送能（ＰＴ）のいずれかの遺伝子を有するものに分類できる。
【０２００】
イリノテカンによる治療を開始する前に遺伝子検査を行うことにより、患者のＭＤＲ１関連およびＭＲＰ１関連の輸送能を推定できる。個体が有害作用を受けるリスクは、ＰＭおよび／またはＰＴ対立遺伝子の数に依存する。ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１のＰＭ関連対立遺伝子、ならびにＭＤＲ１およびＭＲＰ１のＰＴ関連対立遺伝子をもつ個体は、イリノテカン毒性を被るリスクが最も高い。
【０２０１】
この知見に基づいて、Ｂｒｏｃｋｍｏｅｌｌｅｒら（２０００，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ  １：１２５）がＣＹＰ２Ｄ６、ＣＹＰ２Ｃ９およびＣＹＰ２Ｃ１９の基質薬物について示したように、１回目の投与前に初回投与量を調整できる。
【０２０２】
投与量調整は、評点方式により達成できる。ＰＭ関連またはＰＴ関連対立遺伝子それぞれについて、一定の評点を割り当てる。たとえば評点２をＵＧＴ１Ａ１のＰＭ対立遺伝子２２６Ａ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９、１０、１１、１２、５４０、５４１）および７０１Ａ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５、２６、２７、２８、５５４、５５５）に割り当て、評点１をＣＹＰ３Ａ５のＰＭ関連対立遺伝子（４７５２３Ｔ  プラス  ３５６４９Ａ  プラス  １４５６０１Ｔ  プラス  １４５９２９Ａ、４７５２３Ｔ  プラス  ３５６４９Ｇ  プラス  １４５６０１Ｇ  プラス  １４５９２９Ｇ、および４７５２３Ｃ  プラス  ３５６４９Ａ  プラス  １４５６０１Ｔ  プラス  １４５９２９Ａ）、ＭＤＲ１低発現対立遺伝子１７６Ｔ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１７、４１８、４１９および４２０）、ＭＲＰ１低発現対立遺伝子１５０７２７Ａ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１７、２１８、２１９および２２０）および２５９Ｇ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７７、２７８、２７９および２８０）、ＭＲＰ１  １５０７２７Ａ対立遺伝子（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１７、２１８、２１９および２２０）に割り当てる。遺伝子型判定の後、評点を要約し、その合計に従ってイリノテカン投与量を調整する。各１評点が１０％の投与量減少に相当する。すなわち、評点１は１０％の投与量減少、評点２は２０％の投与量減少、評点３は３０％の投与量減少などとなる。
【実施例４】
【０２０３】
培養条件および生物学的アッセイ
ヒト上皮性子宮頚癌細胞系ＫＢ  ３−１および２つのサブクローン（ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５））、ならびに膀胱癌細胞系ＲＴ１１２およびサブクローン（ＲＴ１１２（ＭＤＲ１＋、ＵＧＴ１Ａ１））を、ダルベッコの改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）、すなわち３．７ｇ／ｌのＮａＨＣＯ３、４．５ｇ／ｌのＤ−グルコース、１．０２８ｇ／ｌのＮ−アセチル−Ｌ−アラニル−Ｌ−グルタミンを含有し、１０％ウシ胎仔、１ｍＭのピルビン酸ナトリウムおよび１％の非必須アミノ酸を補充した培地で培養した。ヒト大腸癌細胞系ＬＳ１７４Ｔを、ダルベッコの改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）、すなわちＬ−グルタミン、塩酸ピリドキシンおよび２５ｍＭのヘペス緩衝液を含有するが、フェノールレッドを含有せず、１０％ウシ胎仔、１ｍＭのピルビン酸ナトリウムおよび１％の非必須アミノ酸を補充した培地で培養した。すべての細胞を３７℃、５％ＣＯ２で加湿雰囲気でインキュベートした。
【０２０４】
薬物
イリノテカン（ＣＰＴ−１１）およびその活性代謝産物ＳＮ−３８はファルマシアから提供された。原液を調製するために、これらの物質をメタノールに溶解して、ＣＰＴ−１１については１０ｍｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８については１ｍｇ／ｍｌとし、遮光下で４℃に保存した。より低濃度の希釈液をＰＢＳおよび細胞培地中に調製した。Ｒ−ベラパミルをシグマから入手し、ＤＭＳＯに溶解して５０ｍｇ／ｍｌとし、さらにＰＢＳ中に希釈した。
【０２０５】
細胞の薬物処理
細胞を処理の２４時間前に９６ウェル培養プレートに接種した。増殖速度の差を考慮して、ＫＢ  ３−１およびＲＴ１１２細胞を７００個／ウェル、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１＋、ＵＧＴ１Ａ１）細胞を１０００個／ウェル、ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）細胞を１２００個／ウェルで接種した。ＬＳ１７４Ｔ細胞は１．０×１０４個／ウェルで接種された。調製したばかりの系列希釈液で培地中で細胞を処理した：ＣＰＴ−１１については０、０．５、１、２．５、５、７．５、１０、２５、５０、７５、１００および２００μｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８については０、０．１、０．２５、０．５、１、５、１０、２５、５０、７５、１００および２００ｎｇ／ｍｌ。４つのウェルを同一の薬物希釈液で処理した。細胞を３７℃、加湿５％ＣＯ２雰囲気で３日間インキュベートした。
ＭＤＲ１阻害実験のために、Ｒ−ベラパミルを１０μｇ／ｍｌの最終濃度となるように各薬物希釈液の２つのウェルに添加した。
【０２０６】
細胞毒性アッセイ
市販のＭＴＳアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ、米国マディソン）を用い、製造業者の指示に従って、増殖阻害および細胞死を測定した。薬物添加後３日目に、２０μｌの混合ＭＴＳ／ＰＭＳ溶液を９６ウェル培養プレートの各ウェルに添加した。プレートを３７℃、加湿５％ＣＯ２雰囲気で少なくとも４５分間インキュベートし、４９２ｎｍで吸光度を測定した。各プレートの非処理対照細胞の吸光度値を１００％増殖と設定し、残りの薬物処理細胞の増殖を計算するのに用いた。培養プレート上の非処理細胞を、影響を受けていない増殖および生存についての対照として用いた。
細胞増殖の５０％阻害作用を示す薬物濃度をＩＣ５０と定めた。
【０２０７】
ＲＮＡの調製およびｃＤＮＡの合成
これらの実験に用いた各細胞バッチから、細胞溶解物からオリゴ−ｄＴ磁性ビーズ（μＭＡＣＳ  ｍＲＮＡ単離キット；Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）によって製造業者の指示に従ってメッセンジャーＲＮＡを単離した。各細胞系のｍＲＮＡ  ２５０ｎｇを、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ逆転写酵素（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）による２０μｌのｃＤＮＡ合成反応に用いた。このｃＤＮＡの希釈液を、転写特異的増幅反応の鋳型として用いた。
【０２０８】
ＰＣＲプライマーおよび反応条件
０．５単位のＴａｑポリメラーゼ（Ｑｕｉａｇｅｎ）、２００μＭのヌクレオチドミックス、５μｌのｃＤＮＡ鋳型希釈液、および０．２μＭの遺伝子特異的プライマー（表５に示す）を含む２５μｌの反応にＰＣＲを設定した。すべての反応を同一の増幅条件で、サイクル数のみを変更して（表）実施した；９４℃で２分間の予備変性、次いで増幅のために：９４℃で４５秒間の変性、６２℃で４５秒間のアニーリング、および７２℃で４５秒間の延長。ただし、より長い延長を必要としたＵＧＴ１Ａ１は２分間。
【０２０９】
【表２４】
2005501840.tif 000041
【実施例５】
【０２１０】
イリノテカン代謝に関与する遺伝子の発現
メッセンジャーＲＮＡを、ヒト膀胱細胞系ＲＴ１１２およびサブクローンＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）、ヒト上皮性子宮頚癌細胞系ＫＢ  ３−１ならびに２つのサブクローンＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）、ならびに大腸癌細胞系ＬＳ１７４Ｔ（ＡＴＣＣ  ＣＬ−１８８）から単離した。これらのｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写し、鋳型として転写物特異的増幅反応に用いて、イリノテカンの輸送および代謝に関与する遺伝子（ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ、ＵＧＴ１Ａ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＣＹＰ３Ａ５）の発現レベルを測定した。ハウスキーピング遺伝子であるホスホリパーゼＡ２（ＰＬＡ２）の増幅を、これらの反応において比較できるｃＤＮＡ量のための対照として用いた。
【０２１１】
図２９の増幅反応は、癌細胞系ＲＴ１１２、ＫＢ  ３−１およびＬＳ１７４ＴはそれぞれＭＤＲ１の発現が全くないか、またはきわめて低いことを示す。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）はＲＴ１１２のサブクローンであり、Ｓｅｅｍａｎｎら（Ｕｒｏｌ  Ｒｅｓ  １９９５；２２：３５３−３６０）の記載に従って細胞毒性薬物に対する耐性のため選択され、ＭＤＲ１発現が中等度に増大していることを特色とする。薬物耐性サブクローンＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）は、同様に元のＫＢ  ３−１細胞系からＭＤＲ１基質への曝露により得られた。これらのサブクローンはＭＤＲ１発現が高度に増大していることを特色とする。それらは元のＫＢ  ３−１細胞より＞２０倍多い転写物を示し、これはＭＤＲ１活性がきわめて高いことに関係する。ＭＲＰ１はすべての細胞系で同レベルに発現する。ＵＧＴ１Ａ酵素の転写物はＲＴ１１２、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）およびＬＳ１７４Ｔ細胞にのみ存在する。ＵＧＴ１Ａ１はＲＴ１１２においてはごく弱く発現し、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）においてはより強く発現し、ＬＳ１７４Ｔ細胞においては最も高い発現を示す。ＣＹＰ３Ａ４は、ＬＳ１７４Ｔにおいてきわめて少量検出されたにすぎない。ＲＴ１１２細胞、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）およびＬＳ１７４Ｔは、ＣＹＰ３Ａ５の機能的に不活性なスプライス変異体と機能的に活性な転写物のヘテロ接合性発現を示す。これに対し、ＫＢ  ３−１およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）細胞は活性ＣＹＰ３Ａ５転写物のみをもち、ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）は活性ＣＹＰ３Ａ５転写物の最も高い発現を示した。これは、後者が最も高いＣＹＰ３Ａ５活性をもつことに関係する。
【実施例６】
【０２１２】
ＭＤＲ１活性およびＣＹＰ３Ａ５活性がないかまたは低い大腸癌細胞系その他の表皮性癌細胞系はＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対して感受性である
大腸癌細胞系ＬＳ１７４Ｔ、子宮頚癌細胞系ＫＢ  ３−１および膀胱癌細胞系ＲＴ１１２を、処理の２４時間前に９６ウェル培養プレートに接種した。４ウェルの各細胞系をＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の系列希釈液と共にインキュベートし、前記と同様に分析した。図３０は、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８で処理すると３種類すべての表皮性癌細胞系が増殖を停止して死滅することを示す。ＣＰＴ−１１に関して５０％阻害を生じる濃度（ＩＣ５０）は、ＬＳ１７４Ｔ細胞については１．５μｇ／ｍｌ、ＲＴ１１２細胞については２．５μｇ／ｍｌ、ＫＢ  ３−１細胞については５μｇ／ｍｌである。ＣＰＴ−１１の活性代謝産物ＳＮ−３８は１０３倍低い濃度で同程度の増殖阻害および細胞死を引き起こすので、ＣＰＴ−１１より１０００倍高い効力を示す。ＳＮ−３８のＩＣ５０は、ＬＳ１７４Ｔ細胞については５ｎｇ／ｍｌ、ＲＴ１１２細胞については４ｎｇ／ｍｌ、ＫＢ  ３−１細胞については２５ｎｇ／ｍｌである。
【０２１３】
これらの結果は、異なる組織に由来するにもかかわらず３種類すべての表皮性癌細胞系がＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８処理に対して同様に感受性であることを示す。これは、ＭＤＲ１を全くまたは発現しないかまたは低いレベルでのみ発現する癌細胞（図２９）はＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８で効果的に殺せることも示す（図３０）。
【実施例７】
【０２１４】
ＭＤＲ１活性はＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する癌細胞の耐性と相関する
ＫＢ  ３−１、ならびにＭＤＲ１を強く発現するそのサブクローンＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）を、処理の２４時間前に９６ウェル培養プレートに接種した。４ウェルの各細胞系をＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の系列希釈液と共にインキュベートし、前記と同様に処理した。ＭＤＲ１高発現体であるＫＢ  ３−１サブクローン（ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５））（図２９）の阻害曲線（図３１）は、ＭＤＲ１低発現体であるＫＢ  ３−１細胞系（ＫＢ３−１）と比較して、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対して有意に高い耐性を示す。ＣＰＴ−１１に対するＩＣ５０は、ＫＢ  ３−１細胞における５μｇ／ｍｌから、ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）細胞における８５μｇ／ｍｌおよびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）細胞における２００μｇ／ｍｌへと、１７〜４０倍増大する。ＳＮ−３８に対するＩＣ５０は、ＫＢ  ３−１細胞における２５ｎｇ／ｍｌから、ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）細胞における２００ｎｇ／ｍｌおよびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）細胞における＞２００ｎｇ／ｍｌへと、少なくとも８倍増大する。
【０２１５】
ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８はＭＤＲ１の基質であり、したがって細胞からＭＤＲ１活性により排除される。ＭＤＲ１の発現レベルは、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する腫瘍細胞の感受性と逆相関する。それに伴い、高ＭＤＲ１発現性表現型をもつ細胞を殺すには、はるかに高い濃度のＣＰＴ−１１が必要である。
【実施例８】
【０２１６】
ＵＧＴ１Ａ１活性はＣＰＴ−１１に対してではなくＳＮ−３８に対する感受性と相関する
ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８感受性を、ＲＴ１１２細胞とそのサブクローンＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）の間で比較した。４ウェルの各細胞系をＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の系列希釈液と共にインキュベートし、前記と同様に処理した。図３２に示すように、ＣＰＴ−１１に対する感受性の差はわずかにすぎない。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞のＣＰＴ−１１  ＩＣ５０である４μｇ／ｍｌは、ＲＴ１１２細胞（２．５μｇ／ｍｌのＩＣ５０）と比較して２倍高い。ＭＤＲ１を発現しないＲＴ１１２と対照的に、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞は中間量のＭＤＲ１を発現する。これにより、ＣＰＴ−１１感受性がわずかではあるが有意に増大することを説明できる。ＳＮ−３８で処理した後は、ＲＴ１１２細胞（４ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０）とＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞（７５ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０）の間にはるかに強い相異がある（図３２Ｂ）。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞系がもつこの１９倍高い耐性は、ＲＴ１１２細胞の場合より高いレベルでＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞に発現するＵＧＴ１Ａ１（図２９）の追加解毒効果により説明できる。ＳＮ−３８と対照的にＣＰＴ−１１はＵＧＴにより代謝されない。したがって、ＣＰＴ−１１関連毒性はＵＧＴ１Ａ１発現により影響されず、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞におけるＵＧＴの耐性増強能はＳＮ−３８投与によってのみ検出される。
【実施例９】
【０２１７】
ＭＤＲ１の阻害は、ＭＤＲ１高発現性の癌細胞においてＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する増感作用をもつが、低発現性の癌細胞においてはその作用をもたない
特異的阻害薬Ｒ−ベラパミルによりＭＤＲ１機能を遮断した後、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対するＫＢ  ３−１細胞およびそのサブクローンＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）の感受性を評価した。４ウェルの各細胞系をＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の系列希釈液と共にインキュベートし、前記と同様に分析した。２ウェルをさらにＭＤＲ１阻害薬Ｒ−ベラパミルで処理した。図３３は、Ｒ−ベラパミルの添加がＭＤＲ１低発現体であるＫＢ  ３−１細胞のＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８感受性にはわずかな影響を与えるにすぎないことを示す（ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８のＩＣ５０は、Ｒ−ベラパミルを用いない場合の５μｇ／ｍｌおよび２５ｎｇ／ｍｌに対して、Ｒ−ベラパミルを用いた場合はそれぞれ４．５μｇ／ｍｌおよび１５ｎｇ／ｍｌ）。これと対照的に、ＭＤＲ１発現性の細胞ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）のＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する感受性は、Ｒ−ベラパミルでＭＤＲ１輸送機能を阻害した後には８倍および１０倍高かった。ＣＰＴ−１１に対しては、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）細胞のＩＣ５０がＲ−ベラパミルを添加しない場合の８５μｇ／ｍｌから添加した場合の１０μｇ／ｍｌに低下し、ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）細胞においてはＲ−ベラパミルを添加しない場合の２００ｎｇ／ｍｌから添加した場合の２５ｎｇ／ｍｌに低下した。ＳＮ−３８処理に際してのＭＤＲ１阻害作用はこれらのＭＤＲ１高発現細胞においてさらに強く、Ｒ−ベラパミルがＭＤＲ１の輸送を完全に遮断してＫＢ  ３−１細胞と同様に感受性になる。
【０２１８】
これらの結果は、ＭＤＲ１活性がＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する癌細胞の耐性と関連すること、ならびにＭＤＲ１の阻害が細胞を増感させ、これによりそれらの細胞がより低い薬物濃度でより効果的に死滅することを証明する。
【実施例１０】
【０２１９】
ＣＹＰ３Ａ５活性はＣＰＴ−１１に対する耐性に影響を与える
ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）細胞とＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）細胞は、それらのＣＹＰ３Ａ５量が異なる（図２９）。４ウェルの各細胞系をＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の系列希釈液と共にインキュベートし、前記と同様に分析した。２ウェルをさらにＭＤＲ１阻害薬Ｒ−ベラパミルで処理した。
【０２２０】
ＭＤＲ１活性はＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する細胞感受性の主決定因子であるので、過剰の特異的ＭＤＲ１阻害薬Ｒ−ベラパミルを用いてこれらのＭＤＲ１高発現細胞系におけるＭＤＲ１活性を完全に遮断し、ＣＹＰ３Ａ５がＭＤＲ１の影響なしにＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８感受性に与える影響を分析した。
【０２２１】
高ＣＹＰ３Ａ５発現細胞系ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋、ＣＹＰ３Ａ５）はＣＰＴ−１１に対して２５μｇ／ｍｌのＩＣ５０をもち、１０μｇ／ｍｌのＩＣ５０を示すＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１＋＋＋）より２．５倍耐性が大きい（図３４）。ＳＮ−３８に対する感受性に関しては、これら２細胞系間に差がみられない。
【０２２２】
これらの実験は、ＣＹＰ３Ａ５発現がＳＮ−３８と対照的にＣＰＴ−１１耐性に有意の影響を与えることを証明する。ＣＹＰ３Ａ５活性がＳＮ−３８毒性に影響を与えなかったという事実により、ＣＹＰ３Ａ５の作用がさらに確認される。ＣＰＴ−１１はＣＹＰ３Ａ５により代謝されるが、ＳＮ−３８は代謝されないからである。
【実施例１１】
【０２２３】
ＭＤＲ１遺伝子型判定は、遺伝子型に基づく薬物耐性の予測およびモニタリングによりイリノテカンの療法効果を改善する
イリノテカンの療法効果および有害作用は、親化合物および活性代謝産物（たとえばＳＮ−３８）の血漿中濃度および腫瘍細胞内濃度に依存する。ＭＤＲ１遺伝子は、膜を通るイリノテカンのＰＧＰ依存性透過を制御し［Ｌｕｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓｐｏｓ  ２００２，３０：７６３−７７０；Ｊａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １９９８，７７：３５９−６５；Ｃｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｅｘｐ  Ｔｈｅｒ  １９９９，２８８，７３５−４１；Ｓｕｇｌｙａｍａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  １９９８，４２，Ｓｕｐｐｌ：Ｓ４４−９］、したがってそれの全身利用能および細胞内蓄積に対する重要な決定因子である。ＭＤＲ１遺伝子（寄託番号：Ｍ２９４４５）の１７６Ｃ＞Ｔヌクレオチド置換（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１７、２１８、２１９および２２０）は、低ＰＧＰ発現関連の低薬物排出と関連し、この置換をもつ患者は下記の２つの理由でよりイリノテカン治療に応答しやすい：１）腸細胞内のＰＧＰ量がより少ないので、より多量のイリノテカンが腸バリヤーを越えて体内へ進入でき、このためより多量のイリノテカンがそれの作用部位である腫瘍へ到達する；２）腫瘍細胞膜中のＰＧＰ量がより少ないので、より多量のイリノテカンが腫瘍細胞内へ透過してその細胞毒性を展開する可能性がある。現在採用されている標準用量のイリノテカンは、大部分の細胞を化学療法の初期サイクル以内にきわめて効果的に殺し、生存する薬物耐性腫瘍細胞はきわめてわずかにすぎず、有害事象は耐容できる。薬物耐性機序とは別に、これらの患者において、もはやイリノテカン療法に応答しない薬物耐性腫瘍を発現するには生存細胞数が少なすぎる。
【０２２４】
高発現性ＭＤＲ１遺伝子型（ＭＤＲ１遺伝子、寄託番号：Ｍ２９４４５の位置１７６におけるヌクレオチドＣ）をもつ患者は、イリノテカン治療に対する応答性がより低いと思われる。十分に効果的に腫瘍細胞を殺すには、薬物耐性腫瘍の発現を阻止するために、より高い投与量が必要であろう。しかし、イリノテカン投与量の増加は、耐容できない有害事象（たとえば下痢、好中球減少症または血栓性合併症）の発生のため制限される。あるいは、イリノテカン治療の効力はＰＧＰ阻害薬の添加によって改善できる。ＰＧＰ阻害薬はＭＤＲ１高発現患者においてＰＧＰ機能を効果的に遮断し、これによりイリノテカンが腫瘍細胞内に濃縮され、ＭＤＲ１低発現患者の場合と同様に有効にその毒性を及ぼすことができる。その結果、遺伝子型においてＭＤＲ１の高発現性である患者が表現型においてはＭＤＲ１低発現患者に類似することとなる。
【０２２５】
ＭＤＲ１遺伝子の低発現性または高発現性の対立遺伝子の数に従って、個体を高度（ＥＴ、２つの高発現性対立遺伝子）、中間（ＩＴ、１つの高発現性対立遺伝子、１つの低発現性対立遺伝子）また低度（ＰＴ、２つの低発現性対立遺伝子）輸送能をもつと分類できる。イリノテカンによる治療の開始前に遺伝子試験を行うことにより、患者をＥＴ、ＩＴまたはＰＴとして分類し、患者のＭＤＲ１関連の輸送能を予測することができる。個体が不十分な抗癌治療を受けるリスクは、ＭＤＲ１高発現性対立遺伝子の数に伴って高まる。ＥＴ遺伝子型をもつ個体はイリノテカンに対する不十分な応答を生じるリスクが最も高く、薬物耐性腫瘍が発現するリスクが最も高い。ＥＴ患者は、イリノテカンに加えてＰＧＰ阻害薬により治療し、有害事象および化学療法関連の薬物耐性の発現をより厳密にモニターすべきである。さらに、薬物耐性腫瘍が発現するリスクが高いこれらの患者は、化学療法の各サイクル間で腫瘍生検を行い、それに伴って腫瘍細胞を薬物耐性に関して個別にプロファイリングすることが特に有益である。
【図面の簡単な説明】
【０２２６】
【図１】２１人のボランティアにおいてウェスタンブロット分析により測定したエキソン２６  ＳＮＰと腸ＭＤＲ１発現の相関を示す。ボックスプロットは、ＭＤＲ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号Ｍ２９４４５）の位置１７６に対応する位置におけるＭＤＲ１  ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型に従ってクラスターしたＭＤＲ１発現の分布を示す。このＴ対立遺伝子はＰ−糖タンパク質の発現低下と関連していた。
【図２】定常状態のピーク血漿ジゴキシン濃度を調べる臨床試験に参加した１４人の健康なボランティアにおけるＭＤＲ１  ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型とジゴキシン取込みの相関を示す［Ｊｏｈｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ  ６６：３３８−３４５］。ＴおよびＣ対立遺伝子に関してそれぞれホモ接合性である２群間で、最大ジゴキシン濃度は統計学的に有意差があった（ｐ＝０．００６，マン−ウィットニーのＵ検定）。
【図３】２つの独立した実験に属する健康なボランティアからリファンピシン投与の前と後に得た十二指腸生検材料中における、遺伝子型（ｗｔ／ｗｔ：１；ｗｔ／ｍｕｔおよびｍｕｔ／ｍｕｔ：２）とＭＲＰ１  ｍＲＮＡ含量の相関を表わす。リファンピシン投与はＭＲＰ１  ｍＲＮＡ発現に影響を与えなかった（ｐ＜０．００１，対ｔ−検定）。ＭＲＰ１遺伝子型とＭＲＰ１  ｍＲＮＡレベルの強い関連傾向が検出された（ｐ＝０．０８６，クルスカル−ウォリス検定）。
【図４】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図５】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図６】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図７】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図８】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図９】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１０】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１１】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１２】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１３】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１４】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１５】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１６】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１７】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１８】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図１９】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２０】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２１】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２２】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２３】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２４】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２５】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２６】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２７】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２８】本明細書に述べられた核酸配列およびアミノ酸配列を示す。
【図２９】癌細胞系におけるイリノテカン代謝関連遺伝子の発現プロフィルを示す。この半定量ＲＴ−ＰＣＲは、アンプリコンの右側に示した遺伝子に関する転写物の量を示す。ＰＣＲ生成物をアガロース電気泳動により分析し、臭化エチジウムで染色した。各フラグメントサイズを左側に塩基対（ｂｐ）で示す。
【図３０】上皮癌細胞系ＬＳ１７４Ｔ（結腸）、ＫＢ  ３−１（子宮頚）およびＲＴ１１２（膀胱）について、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する増殖阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌであった。細胞を３日間処理した。各濃度についてのデータは少なくとも３つのウェルの平均値である。
【図３１】上皮性子宮頚癌細胞系ＫＢ  ３−１、ならびに高い量のＭＤＲ１を発現する２つのサブクローン、ＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１、ＣＹＰ３Ａ５）について、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する増殖阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌであった。細胞を３日間処理した。各濃度についてのデータは少なくとも３つのウェルの平均値および標準偏差である。
【図３２】膀胱癌細胞系ＲＴ１１２、ならびに、ＭＤＲ１および高い量のＵＧＴ１Ａ１を発現するそのサブクローンＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）について、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する増殖阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌであった。細胞を３日間処理した。各濃度についてのデータは少なくとも３つのウェルの平均値および標準偏差である。
【図３３】Ｒ−ベラパミルによりＭＤＲ１を阻害した状態でのＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する増殖阻害曲線を示す。上皮性子宮頚癌細胞系ＫＢ  ３−１、ならびに高い量のＭＤＲ１を発現する２つのサブクローンＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１、ＣＹＰ３Ａ５）を、Ｒ−ベラパミルによるＭＤＲ１の阻害が薬物感受性に与える影響について調べた。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌであり、Ｒ−ベラパミルを最終濃度１０μｇ／ｍｌになるように添加した（＋Ｖ）。細胞を３日間処理した。各濃度についてのデータは２つのウェルの平均値である。
【図３４】Ｒ−ベラパミルによりＭＤＲ１を阻害した状態でのＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する増殖阻害曲線を示す。薬物耐性に対するＭＤＲ１の影響を回避するために、細胞をＲ−ベラパミルで並行処理した。それらのＣＹＰ３Ａ５発現が異なるＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１）およびＫＢ  ３−１（ＭＤＲ１、ＣＹＰ３Ａ５）を、ＭＤＲ１阻害後の残留耐性について調べた。ＣＰＴ−１１の濃度は０〜２００μｇ／ｍｌ、ＳＮ−３８の濃度は０〜２００ｎｇ／ｍｌであり、Ｒ−ベラパミルを最終濃度１０μｇ／ｍｌになるように添加した（＋Ｖ）。細胞を３日間処理した。各濃度についてのデータは２つのウェルの平均値である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【国際公開パンフレット】
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【国際調査報告】
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