(57)【要約】  新規ポリペプチドをコードする核酸配列が本明細書中で開示される。これらの核酸配列によってコードされるポリペプチド、およびこのポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体、ならびに前述のポリペプチド、ポリヌクレオチド、または抗体の誘導体、改変体、変異体、またはフラグメントもまた、開示される。本発明は、これらの新規ヒト核酸およびタンパク質のいずれか１つに関連する障害の、治療方法、診断方法ならびに、診断、処置および予防のための研究方法を、さらに開示する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたポリペプチドであって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列；ならびに
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２】
請求項１に記載のポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列の天然に存在する対立遺伝子改変体のアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項３】
請求項２に記載のポリペプチドであって、ここで、前記対立遺伝子改変体が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、および３５からなる群から選択される核酸配列と単一ヌクレオチドが異なる核酸配列の翻訳産物であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項４】
前記改変体のアミノ酸配列が、保存的アミノ酸置換含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
単離された核酸分子であって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群から選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｅ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたは該ポリペプチドの改変体の、少なくとも一部をコードする核酸フラグメントであって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、そのアミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、核酸フラグメント；ならびに
（ｆ）  （ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）の相補体を含む、核酸分子、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が天然に存在する対立遺伝子核酸改変体のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項７】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、天然に存在するポリペプチド改変体のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
【請求項８】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、および３５からなる群から選択される核酸配列と単一ヌクレオチドが異なる、核酸分子。
【請求項９】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が以下：
（ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、および３５からなる群より選択されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、および３５からなる群より選択されるヌクレオチド配列と１つ以上のヌクレオチドが異なる、ヌクレオチド配列であって、ただし、該ヌクレオチドの２０％以下が、該ヌクレオチド配列と異なる、ヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）の核酸フラグメント；ならびに
（ｄ）（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１０】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、および３５からなる群より選択されるヌクレオチド配列または該ヌクレオチド配列の相補体にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、核酸分子。
【請求項１１】
請求項５に記載の核酸分子であって、該核酸分子は、以下：
（ａ）第１ヌクレオチド配列であって、前記アミノ酸配列をコードするコード配列と１以上のヌクレオチド配列が異なるコード配列を含み、ただし、該第１ヌクレオチド配列中のコード配列におけるヌクレオチドの２０％以下が、該コード配列と異なる、第１ヌクレオチド配列；
（ｂ）該第１ポリヌクレオチドの相補体である、単離された第２ポリヌクレオチド；ならびに
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１２】
請求項１１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項１３】
前記核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
請求項１２に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する、抗体。
【請求項１６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記抗体がヒト化抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１８】
サンプル中の請求項１に記載のポリペプチドの存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体と接触させる工程；および
（ｃ）該ポリペプチドに結合した抗体の存在または量を決定して、それによって該サンプル中のポリペプチドの存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１９】
サンプル中の請求項５に記載の核酸分子の存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該核酸分子に結合するプローブと接触させる工程；および
（ｃ）該核酸分子に結合した該プローブの存在または量を決定して、それによって該サンプル中の該核酸分子の存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法であって、前記核酸分子の存在または量が、細胞型または組織型についてのマーカーとして使用される、方法。
【請求項２１】
前記細胞型または組織型が癌性である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
請求項１に記載のポリペプチドに結合する因子を同定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを該因子と接触させる工程；および
（ｂ）該因子が該ポリペプチドに結合するか否かを決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２３】
前記因子が、細胞レセプターまたは下流エフェクターである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
請求項１に記載のポリペプチドの発現または活性を調節する因子を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）該因子と該細胞とを接触させる工程；および
（ｃ）該因子が、該ポリペプチドの発現または活性を調節するか否かを決定する工程、
を包含し、それによって、該ペプチドの発現または活性における変化が、該因子による該ポリペプチドの発現または活性の調節を示す、方法。
【請求項２５】
請求項１に記載のポリペプチドの活性を調節するための方法であって、該方法は、請求項１に記載のポリペプチドを発現する細胞サンプルを、該ポリペプチドの活性を調節するのに十分な量で、該ポリペプチドに結合する化合物と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項２６】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項１に記載のポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項２７】
前記障害が、心筋症およびアテローム硬化症からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記障害が、細胞シグナルのプロセシングおよび代謝経路の調節に関連する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記被験体がヒトである、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項５に記載の核酸を投与する工程を包含する、方法。
【請求項３１】
前記障害が、心筋症およびアテローム硬化症からなる群から選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記障害が、細胞シグナルのプロセシングおよび代謝経路の調節に関連する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記被験体がヒトである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項１５に記載の抗体を投与する工程を包含する、方法。
【請求項３５】
前記障害が糖尿病である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記障害が、細胞シグナルのプロセシングおよび代謝経路の調節に関連する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記被験体がヒトである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
請求項１に記載のポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３９】
請求項５に記載の核酸分子および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項４０】
請求項１５に記載の抗体および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項４１】
請求項３８に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項４２】
請求項３９に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項４３】
請求項４０に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項４４】
第１の哺乳動物被験体における請求項１に記載のポリペプチドの変化したレベルと関連する疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該ポリペプチドの発現レベルを測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該ポリペプチドの量を、該疾患を有さないことが既知であるか、または該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該ポリペプチドの量と、比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の該第１の被験体における該ポリペプチドの発現レベルにおける変化が、該疾患の存在または該疾患に対する素因を示す、方法。
【請求項４５】
前記素因が癌に対するものである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
第１の哺乳動物被験体における請求項５に記載の核酸分子の変化したレベルと関連する疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該核酸の量を測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該核酸の量を、該疾患を有さないことが既知であるかまたは該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該核酸の量と比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の、該第１の被験体における該核酸のレベルにおける変化が、該疾患の存在または該疾患に対する素因を示す、方法。
【請求項４７】
前記素因が癌に対するものである、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理状態を緩和するに十分な量でポリペプチドを該哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４のうちの少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはそれらの生物学的に活性なフラグメントと、少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドである、方法。
【請求項４９】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を緩和するに十分な量で請求項１５に記載の抗体を該哺乳動物に投与する工程を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、一般的に、核酸およびそれによってコードされるポリペプチドに関する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
上皮増殖因子（ＥＧＦ）スーパーファミリーは、分泌シグナル伝達分子、増殖因子、および細胞外マトリクスの成分として機能する、多様なタンパク質群を含み、その多くが、脊椎動物の発生において機能を有する。Ｃ１ｓ様（ＣＵＢ）ドメインを有するＥＧＦ関連タンパク質が報告されている。ＣＵＢドメインは、背腹性パターン形成タンパク質（ｄｏｒｓｏ−ｖｅｎｔｒａｌ  ｐａｔｔｅｒｎｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ）トロイド（ｔｏｌｌｏｉｄ）、骨形態形成タンパク質−１、精子アドヘジン（ｓｐｅｒｍａｄｈｅｓｉｎ）のファミリー、補体亜成分Ｃ１ｓ／Ｃ１ｒおよび神経認識分子Ａ５のような、１６個の機能的に多様なタンパク質中に見出される。これらのタンパク質のうちのほとんどは、発生プロセスに関与することが知られている。第２のドメインは、主として、発生的に調節されるタンパク質および精子アドヘジンの間で見出される。
【０００３】
脂肪細胞補体関連タンパク質−３（ａｄｉｐｏｃｙｔｅ  ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ  ｒｅｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ−３）（ＡＣＲＰ３）は、排他的に脂肪細胞によって産生され、そして分泌される３０ｋＤａの血清タンパク質であり、これは、エネルギーホメオスタシスおよび肥満に関与する。ＡＣＲＰ３は、補体因子Ｃ１ｑおよびシベリアシマリスの血漿から単離された冬眠特異的タンパク質に構造的に類似し；一連の翻訳後修飾を受ける大きなホモオリゴマーを形成する（Ｓｃｈｅｒｅｒ  ＰＥら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  １９９５  Ｎｏｖ  １０；２７０（４５）：２６７４６−９を参照のこと）。ＡＣＲＰ３０は、補体タンパク質Ｃ１ｑの密接なホモログであり、これは、補体の古典的経路における微生物表面の認識および抗体−抗原複合体の認識に関与する。ＡＣＲＰ３のホモ三量体フラグメントの結晶構造は、２．１Åの解像度まで解明されている。この構造によって、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）ファミリーに対する相同性が明らかになっている。同一の折りたたみトポロジー、重要な残基の保存性、ならびに三量体界面およびイントロン位置の類似性によって、ＴＮＦとＣ１ｑファミリーとの間の進化的な関連が確立されている。
【０００４】
Ｃ１ｑは、補体活性化の古典的経路のＣ１複合体のうち、第１の亜成分である。いくつかの機能がＣ１ｑに対して割り当てられ（これには、抗体依存性免疫機能および抗体非依存性免疫機能が挙げられる）、そしてエフェクター細胞表面上に存在するＣ１ｑレセプターによって媒介されると考えられている。Ｃ１ｑ機能を媒介するレセプターの同一性に関しては、いくらか不確実性が残っている。以前に記載されたＣ１ｑレセプター分子（例えば、ｇＣ１ｑＲおよびｃＣ１ｑＲ）のうちのいくつかは、現在、Ｃ１ｑに対して無関係な機能よりもそれほどＣ１ｑ機能において役割を果たしているようではない。Ｃ１ｑに対する補体結合部位を有するレセプタータンパク質を同定する問題が、Ｃ１ｑ中の異なるドメインの高度に荷電された性質によって複雑になっている。より新しい候補レセプター様Ｃ１ｑＲ（ｐ）およびＣＲ１が明らかとなったが、Ｃ１ｑ−Ｃ１ｑレセプター相互作用の完全な分析は、なおも初期段階にある。Ｃ１ｑが実行すると考えられる多様な機能を考慮して、いくつかのＣ１ｑ結合タンパク質がＣ１ｑレセプター複合体として協力して作用し得、Ｃ１ｑに媒介される機能をもたらすと考えられる。いくつかの主要な進歩が、過去数年間になされている。遺伝子標的化されたホモ接合体Ｃ１ｑ欠損マウスを用いた実験によって、体液性免疫応答の調節におけるＣ１ｑの役割、そしてまた自己免疫の発生に対する防御におけるＣ１ｑの役割が示唆されている。近年記載されたＡＣＲＰ−３０の結晶構造によって、新規Ｃ１ｑ／ＴＮＦスーパーファミリーのタンパク質が明らかになった。このスーパーファミリーのメンバーは多様な機能を有し得るが、それらの系統発生およびそれらの特徴的な球状ドメインのモジュール構成において共通するテーマが存在し得る。
【０００５】
補体の第１成分は、３亜成分Ｃ１ｑ、Ｃ１ｒ、およびＣ１ｓのカルシウム依存性複合体である。亜成分Ｃ１ｑは、免疫グロブリン複合体に結合し、Ｃ１ｒ（酵素）、Ｃ１ｓ（プロ酵素）およびその補体の他の８成分の連続した活性化を生じる。Ｃ１ｑは、３つの異なる種の鎖（Ａ、ＢおよびＣと呼ばれる）を構成する。Ｃ１ｑのＡ鎖のフラグメントは、配列決定されている。Ａ鎖全体は、１９０アミノ酸を含む。Ｃ１ｑは、そのアミノ酸配列中のヒドロキシプロリンの存在をコラーゲンと共有する。
【０００６】
β−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ（β−ＡＲＫ１）は、β−２−アドレナリン作用性レセプターをリン酸化し、そして高いアゴニスト濃度において観察されるアゴニスト特異的脱感作を媒介するようである。β−ＡＲＫ１は、β−アドレナリン作用性レセプターおよび関連するＧタンパク質結合レセプターの活性化形態を特異的にリン酸化する、遍在する細胞質ゾル酵素である。このβ−ＡＲＫ１遺伝子は、約２３ｋｂに広がり、そして２１個のエキソンを構成する。β−ＡＲキナーゼ（β−ＡＲＫ１）は、欠陥のある（ｆａｉｌｉｎｇ）ヒト心臓組織において上昇することが知られ、そしてβ−アドレナリン作用性レセプターのＧタンパク質への異常な結合または非結合、レセプターダウンレギュレーション、インターナリゼーションおよび分解を介して急速に脱感作を生じるその活性は、心臓疾患における収縮機能のいくつかの異常の原因となり得る（参考として援用される、Ｐｏｓｔ，Ｓ．Ｒ．，Ｈａｍｍｏｎｄ，Ｈ．Ｋ．，Ｉｎｓｅｌ，Ｐ．Ａ．，１９９９，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｖｏｌ．３９：３４３−３６０を参照のこと）。
【０００７】
ＴＥＮ−Ｍ４タンパク質は、ＯＤＺ／ＴＥＮＭタンパク質ファミリーに属する。このファミリーは、初期胚の分割に影響を与えるペアルール遺伝子であるとしてＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ中で最初に同定された。ＴＥＮ−Ｍ４は、転写因子ではなくＩＩ型膜貫通タンパク質であると同定された、最初のペアルール遺伝子である。ＴＥＮＭファミリーの脊椎動物ホモログが、マウスおよびゼブラフィッシュにおいて同定されている。マウスにおいて、ＴＥＮ−Ｍ４発現は、脳、気管ならびに発生中の四肢および骨の細胞表面上であることが見出された。ＴＥＮ−Ｍ１タンパク質の分析によって、ＴＥＮ−Ｍ１タンパク質はそれ自体に結合し得ることが明らかとなり、このことよりおそらく、ＴＥＮ−Ｍ４もまた二量体部分であり得る。細胞培養実験において、ＴＥＮ−Ｍタンパク質のフラグメントは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ＰＳ２インテグリンに結合し得る。さらに、ＴＥＮ−Ｍファミリーのメンバーは、細胞のそれらの環境に対する応答を変化させる、小胞体ストレス応答経路の下流にあることが同定されている。このことは、ＯＤＺ／ＴＥＮＭファミリーが細胞接着、細胞分散、および細胞運動性に関与し得ることを示差する。この遺伝子と第８染色体由来のＮＲＧ１／ＨＧＬ遺伝子との融合を導く転座が、１つの乳腺癌腫細胞株に対するパラクリン増殖因子（γ−ヒレグリンと称される）を生成することが見出されている。
【０００８】
Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔは、発生中の神経系全体にわたって胚条伸長の間の細胞クラスター中に、そして生活環全体にわたって両方の性別の性腺において、発現されている。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ遺伝子の変異は、致死的であり、そして神経系の欠損を生じる。
【０００９】
ブチロフィリン（Ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ）は、Ｔ細胞活性化においていくつかの重要な役割を果たす。このタンパク質は、脾臓および肝臓中で発現されることが知られている。
【００１０】
糖輸送は、エネルギー貯蔵および代謝として体内の多くの細胞型の重要な特徴であるか、またはその欠損は、多様なヒト疾患を引き起こし得る。グルコーストランスポーター４（ＧＬＵＴ４）は、インスリン感受性グルコース取り込みに重要である。
【００１１】
マウスＥｐｈＡ６（ｍ−ｅｈｋ２としても公知）は、レセプターチロシンキナーゼのスーパーファミリーに属し、これは、癌遺伝子の大きなファミリーを構成する。このファミリーは、例えば、上皮増殖因子、血小板由来増殖因子などに対するレセプターのような、卓越した増殖因子レセプターを含む。このスーパーファミリーのメンバーは、細胞の形状、移動、分化および増殖に影響を与える。このスーパーファミリー内において、Ｅｐｈｒｉｎ（Ｅｐｈ）レセプターは、最も大きいサブファミリーを構成する。Ｅｐｈレセプターおよびそのリガンド（ｅｐｈｒｉｎ）は、いくつかの正常な発生プロセス（区分に分けられた構造の形成、軸索の誘導、細胞接着および脈管構造の発生を含む）に関与することが公知である。Ｅｐｈｒｉｎレセプターは、２つの主要なサブタイプに分類される：ＥｐｈＡレセプターは、ＧＰＩ固着ｅｐｈｒｉｎ−Ａリガンドに結合し、一方、ＥｐｈＢレセプターは、膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインを有するｅｐｈｒｉｎ−Ｂタンパク質に結合する。ＥｐｈＡ６レセプターは、マウスの脳および内耳（蝸牛を含む）中で高度に発現される。このレセプターはまた、発生中の霊長類の新皮質の特定の領域中で他のｅｐｈｒｉｎレセプターと比較して差次的に発現される。さらに、これは、ニワトリの発生中の網膜および視蓋中で見出されている。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
（発明の要旨）
本発明は、以下のタンパク質ファミリーのメンバーであるタンパク質をコードする核酸に一部基づく：ＥＧＦ関連ＳＣＵＢＥ１様タンパク質、脂肪細胞補体関連タンパク質、補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質、β−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様タンパク質、ＴＥＮＭ４様タンパク質、Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様タンパク質、ＥｐｈＡ６−ｅｈｋ２様タンパク質、グルコーストランスポーター様タンパク質、Ｉａ型膜Ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質（Ｔｙｐｅ  １ａ  Ｍｅｍｂｒａｎｅ  Ｓｕｓｈｉ  Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  Ｄｏｍａｉｎ−ｌｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ）、Ｉａ型膜Ｓｕｓｈｉ含有ドメインタンパク質、ブチロフィリン（Ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ）様タンパク質、およびブチロフィリン前駆体Ｂ７−ＤＣ様タンパク質。これらの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、本明細書中においてＮＯＶ１、ＮＯＶ２ａ、ＮＯＶ２ｂ、ＮＯＶ２ｃ、ＮＯＶ２ｄ、ＮＯＶ３、ＮＯＶ４、ＮＯＶ５ａ、ＮＯＶ５ｂ、ＮＯＶ６ａ、ＮＯＶ６ｂ、ＮＯＶ７、ＮＯＶ８、ＮＯＶ９、ＮＯＶ１０ａ、ＮＯＶ１０ｂおよびＮＯＶ１１と称する。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにこれらの誘導体、ホモログ、アナログおよびフラグメントは、本明細書中以後、総称的に「ＮＯＶＸ」核酸配列または「ＮＯＶＸ」ポリペプチド配列と示す。
【００１３】
１つの局面において、本発明は、配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２３、２５、２７、２９、３１および３３に開示される核酸に対して同一性を有する核酸配列を含む、ＮＯＶＸポリペプチドをコードする単離されたＮＯＶＸ核酸分子を提供する。いくつかの実施形態において、ＮＯＶＸ核酸分子は、ＮＯＶＸ核酸配列のタンパク質コード配列を含む核酸分子に相補的な核酸配列に対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、またはそのフラグメント、ホモログ、アナログもしくは誘導体をコードする単離された核酸を含む。例えば、この核酸は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２および３４のアミノ酸配列を含むポリペプチドに少なくとも８０％同一であるポリペプチドをコードし得る。この核酸は、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３のいずれかの核酸配列を含むゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡ分子であり得る。
【００１４】
例えば、ＮＯＶＸ核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３）の少なくとも６個連続するヌクレオチドまたはこのオリゴヌクレオチドの相補鎖を含むオリゴヌクレオチドのようなオリゴヌクレオチドもまた、本発明に含まれる。実質的に精製されたＮＯＶＸポリペプチド（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２および３４）もまた、本発明に含まれる。特定の実施形態において、ＮＯＶＸポリペプチドは、ヒトＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列に実施形態的に同一であるアミノ酸配列を含む。
【００１５】
本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、またはそのフラグメント、ホモログ、アナログ、もしくは誘導体に免疫選択的に結合する抗体を特徴とする。
【００１６】
別の局面において、本発明は、治療有効量または予防有効量の治療剤および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物を含む。この治療剤は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸポリペプチドに特異的な抗体であり得る。さらなる局面において、本発明は、１つ以上の容器中に、治療有効量または予防有効量の本発明の薬学的組成物を含む。
【００１７】
さらなる局面において、本発明は、ＮＯＶＸ核酸を含む細胞を、そのＤＮＡによってコードされるＮＯＶＸポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養することによって、ポリペプチドを産生する方法を含む。所望される場合、このＮＯＶＸポリペプチドは、その後回収され得る。
【００１８】
別の局面において、本発明は、サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドの存在を検出する方法を含む。この方法において、サンプルをそのポリペプチドに選択的に結合する化合物と、そのポリペプチドと化合物との間の複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。この複合体は、存在する場合検出され、それによってそのサンプル内のＮＯＶＸポリペプチドを同定する。
【００１９】
本発明はまた、ＮＯＶＸの発現に基づいて特定の細胞型または組織型を同定する方法を含む。
【００２０】
サンプル中のＮＯＶＸ核酸分子の存在を検出する方法もまた、本発明に含まれ、この方法は、サンプルをＮＯＶＸ核酸プローブもしくはＮＯＶＸ核酸プライマーと接触させ、そしてその核酸プローブもしくは核酸プライマーがサンプル中のＮＯＶＸ核酸分子に結合したかどうかを検出することによる。
【００２１】
さらなる局面において、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドの活性を調節するための方法を提供し、この方法は、ＮＯＶＸポリペプチドを含む細胞サンプルを、そのポリペプチドの活性を調節するのに十分な量のＮＯＶＸポリペプチドに結合する化合物と接触させることによる。この化合物は、例えば、本明細書中にさらに記載されるような、低分子（例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質または他の有機（炭素含有）分子もしくは無機分子）であり得る。
【００２２】
以下を含む障害または症候群を処置または予防するための医薬の製造における治療剤の使用もまた、本発明の範囲内である：例えば、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、肝硬変、移植障害、膵炎、肥満、糖尿病、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎疾患、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡネフロパシー、高カルシウム血症、レッシュ−ナイハン症候群、発育不全、白内障、脊髄損傷、アルツハイマー病、筋ジストロフィー、音響外傷、癌、学習および記憶の欠如、不妊、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心欠損、大動脈狭窄、心房中隔欠損、房室管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損、弁疾患、結節硬化、強皮症、子宮内膜症、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫不全、対宿主性移植片病、痴呆、発作、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経変性、家族性高コレステロール血症、高リポ蛋白血症ＩＩ型表現型、腱黄色性、角膜弓、冠状動脈疾患、プラナーキサントーマ（ｐｌａｎａｒ  ｘａｎｔｈｏｍａ）、水かきのある足指、高コレステロール血症、不妊、黄色腫症、Ｃ型肝炎感染、ＬＤＬレセプターの調節、合成、輸送、再利用もしくは代謝回転、皮質下梗塞および白質脳症を伴なう大脳動脈症、骨端形成異常、多発性１、魚鱗癬、非層板および非紅皮症の先天性、白血病、Ｔ細胞急性リンパ芽球（ｌｙｍｐｈｏｂｌａｓｔｏｉｄ）、偽性軟骨形成不全、ＳＣＩＤ、常染色体劣性、Ｔ陰性／Ｂ陽性型、Ｃ３欠損、糖尿病、黒色表皮症を伴なうインスリン耐性、グルタル酸尿、Ｉ型、甲状腺機能低下、先天性妖精症、脂肪肉腫、ムコリピドーシスＩＶ、ミュラー管開存症、Ｉ型、Ｒａｂｓｏｎ−Ｍｅｎｄｅｎｈａｌｌ症候群、細胞好酸球を伴なう甲状腺癌腫、赤血球増加症、欠損性トロンボキサンＡ２レセプターに起因するマラリアから出血障害、小脳性運動失調、痙攣、家族性発熱、周期性造血、フコシルトランスフェラーゼ−６欠損、ＧＡＭＴ欠損、乾癬、光線性角化症、結節硬化、挫瘡、髪の成長、脱毛症（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害、外傷、免疫学的疾患、呼吸疾患、胃腸疾患、生殖の健康、神経学的疾患、骨髄移植、代謝性疾患および内分泌疾患、アレルギーおよび炎症、腎臓病学的疾患、造血障害、泌尿器系障害、アトピー；骨粗鬆症−偽性神経膠腫症候群；Ｉ型スミス−レムリ−オピッツ症候群；ＩＩ型スミス−レムリ−オピッツ症候群；色素性乾皮症、喘息、糖尿病、ＩＤＤＭに対する感受性；血管性水腫、パラガングリオーマ、家族性非クロム親和性、神経保護；ランバート−イートン筋無力性症候群、消化系障害、プロテアーゼ／プロテアーゼインヒビター欠損障害の全てまたはいくつか、アシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、短指症、カルバモイルホスフェートシンテターゼＩ欠損、心筋症白内障Ｃｏｐｐｏｃｋ様、結晶性棘器形態白内障、多型性先天性白内障、不定小帯粉状白内障（ｃｏｎｔａｒａｃｔ  ｖａｒｉａｂｌｅ  ｚｏｎｕｌａｒ  ｐｕｌｖｅｒｕｌｅｎｔ）、斑点状進行性若年発症白内障、家族性発作性舞踏病アテトー���ス、脳顔面頭蓋−難聴−ハンド症候群、葉状魚鱗癬、２型、ミオパシー、ＴＢに対するデスミン関連心臓骨格耐性／感受性、肺胞横紋筋肉腫、Ｉ型およびＩＩＩ型ワールデンブルヒ症候群、常染色体劣性アルポート症候群、ブヨルンスタッド症候群、血尿、原発性高シュウ酸尿症、１型、１型合指症、過剰プログルカゴン血症（ｈｙｐｅｒｐｒｏｇｌｕｃａｇｏｎｅｍｉａ）、Ｂｅｔｈｌｅｍミオパシー、Ｅ型短指症、短指症−精神遅延症候群、Ｆｉｎｎｉｓｈ致死性新生児代謝性症候群、Ｓｉｍｐｓｏｎ−Ｇｏｌａｂｉ−Ｂｅｈｍｅｌ症候群、ベックウィズ−ヴィーデマン症候群、病原体感染、心臓疾患、前立腺癌、新脈管形成および創傷治癒、アポトーシスの調節、神経精神医学的障害、老化関連障害、病理学的障害（脾臓、胸腺、肺および腹膜マクロファージを含む）ならびに／あるいは他の病状および障害など。
【００２３】
治療剤は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸ特異的抗体、またはこれらの生物学的に活性な誘導体もしくはフラグメントであり得る。
【００２４】
例えば、本発明の組成物は、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などに罹患している患者の処置に対して効力を有する。ポリペプチドは、本発明に特異的である抗体を生成するための抗原として、およびワクチンとして使用され得る。これらはまた、潜在的なアゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物についてスクリーニングするために使用され得る。例えば、ＮＯＶＸをコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり得、そしてＮＯＶＸは、これを必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非限定的な例として、本発明の化合物は、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などに罹患している患者の処置に対して効力を有する。
【００２５】
本発明はさらに、障害または症候群（例えば、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病状および障害など）の調節因子についてスクリーニングするための方法を含む。この方法は、試験化合物をＮＯＶＸポリペプチドと接触させる工程、およびその試験化合物がそのＮＯＶＸポリペプチドに結合したかどうかを決定する工程を包含する。試験化合物のＮＯＶＸポリペプチドへの結合は、その試験化合物が、上記の障害または症候群に対する、活性の調節因子であるか、または潜伏もしくは素因の調節因子であることを示す。
【００２６】
障害または症候群（例えば、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などを含む）に対する、活性の調節因子であるか、または潜伏もしくは素因の調節因子についてスクリーニングするための方法もまた、本発明の範囲内であり、この方法は、上記の障害または症候群に対する危険性が増加した試験動物に試験化合物を投与することによる。この試験動物は、ＮＯＶＸ核酸によってコードされる組換えポリペプチドを発現する。次いで、ＮＯＶＸポリペプチドの発現または活性は、ＮＯＶＸポリペプチドを組換え発現し、かつ上記の障害または症候群に対する危険性が増加していないコントロール動物におけるそのタンパク質の発現または活性と同様に、その試験動物中で測定される。次に、試験動物およびコントロール動物両方におけるＮＯＶＸポリペプチドの発現が比較される。コントロール動物と比較した試験動物におけるＮＯＶＸポリペプチドの活性における変化は、その試験化合物が、その障害または症候群の潜伏の調節因子であることを示す。
【００２７】
なお別の局面において、本発明は、被験体（例えば、ヒト被験体）中のＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸、またはこれら両方の変更されたレベルと関連する疾患の存在またはその疾患に対する素因の存在を決定するための方法を含む。この方法は、被験体由来の試験サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドの量を測定する工程、およびコントロールサンプル中に存在するＮＯＶＸポリペプチドの量に対して、試験サンプル中のそのポリペプチドの量を比較する工程を包含する。コントロールサンプルと比較した試験サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドレベルの変更は、その被験体における疾患の存在または疾患の素因を示す。好ましくは、この素因としては、例えば、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などが挙げられる。さらに、本発明の新規ポリペプチドの発現レベルは、種々の癌についてスクリーニングするための方法および癌の段階を決定するための方法において使用され得る。
【００２８】
さらなる局面において、本発明は、哺乳動物において障害と関連する病的状態を処置または予防する方法を含み、この方法は、ＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸、またはＮＯＶＸ特異的抗体を、その病的状態を軽減または予防するのに十分な量で被験体（例えば、ヒト被験体）に投与することによる。好ましい実施形態において、この障害としては、例えば、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などが挙げられる。
【００２９】
なお別の実施形態において、本発明は、当該分野で通常使用される多数の技術のうちのいずれか１つによって、本発明の細胞レセプターおよび下流のエフェクターを同定するための方法において使用され得る。これらの技術としては、ツーハイブリッド系、アフィニティー精製、抗体または他の特異的相互作用分子を用いた同時免疫沈降が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３０】
ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法における使用のための新規ＮＯＶＸ物質に対して免疫特異的に結合する抗体の作製に有用である。これらのＮＯＶＸ抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶＸタンパク質は、複数の親水性領域（これらの各々は、免疫原として使用され得る）を有する。これらのＮＯＶＸタンパク質は、種々のヒト障害の機能分析についてのアッセイ系に使用され得、この機能分析は、疾患の病理の理解および種々の障害に対する新規薬物標的の開発の補助となる。
【００３１】
本明細書中に同定されるＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸタンパク質は、以下に示されるように種々の病状および障害（これらに限定されない）に関与する潜在的な治療適用に有用であり得る。本発明のための潜在的な治療適用としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：タンパク質治療、低分子薬物標的、抗体標的（治療的抗体、診断的抗体、抗体標的化抗体／細胞傷害性抗体）、診断マーカーおよび／もしくは予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去）、研究ツール、本明細書中に規定される組織型および細胞型（これらに限定されない）を含む全ての組織型および細胞型のインビボおよびインビトロでの組織再生。
【００３２】
他に規定されない限り、本明細書中に使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する当業者によって通常理解される意味と同じ意味を有する。本明細書中に記載される方法および材料に類似または等価な方法および材料が本発明の実施または試験に使用され得るが、適切な方法および材料は以下に記載される。本明細書中に言及する全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、その全体が参考として援用される。矛盾する場合、定義を含む本明細書が支配する。さらに、材料、方法および例は、例示のみであり、限定することを意図しない。
【００３３】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかである。
【００３４】
（発明の詳細な説明）
本発明は、新規ヌクレオチドおよびそれによってコードされるポリペプチドを提供する。本明細書においてＮＯＶ１、ＮＯＶ２ａ、ＮＯＶ２ｂ、ＮＯＶ２ｃ、ＮＯＶ２ｄ、ＮＯＶ３、ＮＯＶ４、ＮＯＶ５ａ、ＮＯＶ５ｂ、ＮＯＶ６ａ、ＮＯＶ６ｂ、ＮＯＶ７、ＮＯＶ８、ＮＯＶ９、ＮＯＶ１０ａ、ＮＯＶ１０ｂおよびＮＯＶ１１と称する新規核酸配列ならびにこれらにコードされるポリペプチドが、本発明に含まれる。これらの配列を、総称して本明細書中、「ＮＯＶＸ核酸」または「ＮＯＶＸポリヌクレオチド」と称し、そして対応するコードされるポリペプチドを、「ＮＯＶＸポリペプチド」または「ＮＯＶＸタンパク質」と称する。他に示されない限り、「ＮＯＶＸ」は、本明細書中に開示される新規な配列のうちのいずれかをいうことを意味する。表Ａは、ＮＯＶＸ核酸およびそれらにコードされるポリペプチドの要約を提供する。
【００３５】
（表Ａ．配列および対応する配列番号）
【００３６】
【表１】
2005508601.tif 000002
ＮＯＶＸ核酸およびこれらにコードされるポリペプチドは、種々の適用および状況下で有用である。本発明に従う種々のＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、以前に記載されたタンパク質に対するドメイン関連性および配列関連性の存在に従って、タンパク質ファミリーの新規メンバーとして有用である。さらに、ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドはまた、ＮＯＶＸポリペプチドが属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定するために使用され得る。
【００３７】
ＮＯＶ１は、ＥＧＦ関連ＳＣＵＢＥ１様ファミリーのタンパク質に対して相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ１核酸、ＮＯＶ１ポリペプチド、ＮＯＶ１抗体および関連する化合物は、例えば、癌、肥満、子宮内膜症、外傷、ウイルス感染、細菌感染、寄生虫感染、アレルギー、喘息、内分泌機能不全、糖尿病、成長障害および生殖障害、ならびに他の疾患、障害および状態などに関与する治療適用および診断適用において有用である。
【００３８】
ＮＯＶ２は、脂肪細胞補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様ファミリーのタンパク質と相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ２の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、癌、炎症、神経学的障害、神経精神医学的障害、肥満、糖尿病、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、高カルシウム血症、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、糸球体腎炎、間質性腎炎、多発性嚢胞腎疾患、外傷、再生、アルツハイマー病、アレルギー、嗜癖、不安、毛細管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化、行動障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変、心筋症、先天性心臓欠陥、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、エンドメトリオーシス、内分泌不全、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧、性機能低下、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠乏、間質性腎炎、ＩｇＡ腎症、リンパ水腫、炎症性腸疾患、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経変性、神経防御、肥満、パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄、膵炎、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損（ＶＳＤ）および他の疾患、障害および状態など。
【００３９】
ＮＯＶ３は、β−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様タンパク質のファミリーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ３の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、心臓障害および筋収縮などの障害。
【００４０】
ＮＯＶ４は、ＴＥＮ−Ｍ４様ファミリーのタンパク質に相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ４の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、癌、炎症、神経学的障害、神経精神医学的障害、肥満、糖尿病、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、高カルシウム血症、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、糸球体腎炎、間質性腎炎、多発性嚢胞腎疾患、外傷、再生、アルツハイマー病、アレルギー、嗜癖、不安、毛細管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化、行動障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変、心筋症、先天性心臓欠陥、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、エンドメトリオーシス、内分泌不全、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧、性機能低下、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠乏、間質性腎炎、ＩｇＡ腎症、リンパ水腫、炎症性腸疾患、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経変性、神経防御、肥満、パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄、膵炎、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損（ＶＳＤ）および他の疾患、障害および状態など。
【００４１】
ＮＯＶ５は、Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ（ＯＡＦ）様ファミリーのタンパク質に相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ５の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、中枢神経系疾患、障害、および状態など関する治療適用および診断適用において有用である。
【００４２】
ＮＯＶ６は、ＥｐｈＡ６／ｅｈｋ−２様ファミリーのタンパク質に相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ６の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、癌、炎症、神経学的障害、神経精神医学的障害、肥満、糖尿病、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、高カルシウム血症、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、糸球体腎炎、間質性腎炎、多発性嚢胞腎疾患、外傷、再生、アルツハイマー病、アレルギー、嗜癖、不安、毛細管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化、行動障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変、心筋症、先天性心臓欠陥、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、エンドメトリオーシス、内分泌不全、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧、性機能低下、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠乏、間質性腎炎、ＩｇＡ腎症、リンパ水腫、炎症性腸疾患、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経変性、神経防御、肥満，
パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄、膵炎、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損（ＶＳＤ）および他の疾患、障害および状態など。
【００４３】
ＮＯＶ７は、グルコーストランスポーター様ファミリーのメンバーのタンパク質と相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ７の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、肥満、糖尿病、癌、炎症、ＣＮＳ疾患および他の疾患、障害および状態など。
【００４４】
ＮＯＶ８は、Ｉａ型膜Ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様ファミリーのタンパク質と相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ８の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、癌、炎症、神経学的障害、神経精神医学的障害、肥満、糖尿病、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、高カルシウム血症、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、糸球体腎炎、間質性腎炎、多発性嚢胞腎疾患、外傷、再生、アルツハイマー病、アレルギー、嗜癖、不安、毛細管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化、行動障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変、心筋症、先天性心臓欠陥、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、エンドメトリオーシス、内分泌不全、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧、性機能低下、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠乏、間質性腎炎、ＩｇＡ腎症、リンパ水腫、炎症性腸疾患、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経変性、神経防御、肥満、パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄、膵炎、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損（ＶＳＤ）および他の疾患、障害および状態など。
【００４５】
ＮＯＶ９は、Ｉａ型膜Ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様ファミリーのタンパク質と相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ９の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、癌、炎症、神経学的障害、神経精神医学的障害、肥満、糖尿病、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、高カルシウム血症、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、糸球体腎炎、間質性腎炎、多発性嚢胞腎疾患、外傷、再生、アルツハイマー病、アレルギー、嗜癖、不安、毛細管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化、行動障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変、心筋症、先天性心臓欠陥、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、エンドメトリオーシス、内分泌不全、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧、性機能低下、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠乏、間質性腎炎、ＩｇＡ腎症、リンパ水腫、炎症性腸疾患、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経変性、神経防御、肥満、パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄、膵炎、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損（ＶＳＤ）および他の疾患、障害および状態など。
【００４６】
ＮＯＶ１０は、ブチロフィリン様ファミリーのタンパク質と相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ１０の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、癌、炎症、神経学的障害、神経精神医学的障害、肥満、糖尿病、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、高カルシウム血症、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、糸球体腎炎、間質性腎炎、多発性嚢胞腎疾患、外傷、再生、アルツハイマー病、アレルギー、嗜癖、不安、毛細管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化、行動障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変、心筋症、先天性心臓欠陥、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、エンドメトリオーシス、内分泌不全、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧、性機能低下、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠乏、間質性腎炎、リンパ水腫、炎症性腸疾患、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経変性、神経防御、肥満、パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄、膵炎、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損（ＶＳＤ）および他の疾患、障害および状態など。
【００４７】
ＮＯＶ１１は、システインスルフィン酸デカルボキシラーゼ様ファミリーのタンパク質と相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ１１の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、以下に関する治療適用および診断適用において有用である：例えば、癌、炎症、神経学的障害、神経精神医学的障害、肥満、糖尿病、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、高カルシウム血症、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、糸球体腎炎、間質性腎炎、多発性嚢胞腎疾患、外傷、再生、アルツハイマー病、アレルギー、嗜癖、不安、毛細管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化、行動障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変、心筋症、先天性心臓欠陥、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、エンドメトリオーシス、内分泌不全、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧、性機能低下、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠乏、間質性腎炎、ＩｇＡ腎症、リンパ水腫、炎症性腸疾患、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経変性、神経防御、肥満、パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄、膵炎、腎動脈狭窄、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損（ＶＳＤ）および他の疾患、障害および状態など。
【００４８】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドはまた、ＮＯＶＸの活性または機能を阻害または増強する分子をスクリーニングするために使用され得る。具体的には、本発明に従う核酸およびポリペプチドは、例えば、神経発生、細胞分化、細胞増殖、造血、創傷治癒および新脈管形成を調節または阻害する低分子を同定するための標的として使用され得る。
【００４９】
本発明に従うＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドのさらなる有用性が、本明細書中で開示される。
【００５０】
（ＮＯＶ１）
新規ＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質をコードする３１３７ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１核酸（ＣＧ５５７５８−０１とも呼ばれる）を、表１Ａに示す。ヌクレオチド７８〜８０のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド２９７３〜２９７５のＴＧＡコドンで終結する、オープンリーディングフレームが同定された。開始コドンの上流および終止コドンの下流の推定非翻訳領域を、表１Ａに下線で示す。開始コドンおよび終止コドンを、太字で示す。
【００５１】
【表１Ａ】
2005508601.tif 000003
2005508601.tif 000004
公共の配列データベースの検索において、第２２ｑｌ３染色体に位置するＮＯＶ１核酸配列は、Ｍｕｓ  Ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ＥＧＦ−関連タンパク質ＳＣＵＢＥ１（Ｇｅｎｂａｎｋ  ＡＦ２７６４２５）に対して８８％の同一性を示す。公共のヌクレオチドデータベースとしては、全てのＧｅｎＢａｎｋデータベースおよびＧｅｎｅＳｅｑ特許データベースが挙げられる。
【００５２】
本明細書中の全てのＢＬＡＳＴアラインメントにおいて、「Ｅ値」または「期待」値は、整列された配列が、検索されたデータベース内で、偶然のみでＢＬＡＳＴ問い合わせ配列に対する類似性を達成し得る確率の、数値的指標である。例えば、ＮＯＶ１  ＢＬＡＳＴ解析から検索される対象（「Ｓｂｊｃｔ」）（例えば、Ｍｕｓ  Ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ＥＧＦ−関連タンパク質ＳＣＵＢＥ１）が、純粋に偶然に問い合わせＮＯＶ１配列と一致する確率は１．１ｅ−１７である。期待値（Ｅ）は、特定のサイズのデータベースを検索する場合に、まったくの偶然に見ることを「期待」し得るヒット数を記述するパラメーターである。期待値は、２つの配列の間の一致に割り当てられているスコア（Ｓ）とともに、指数関数的に減少する。本質的に、このＥ値は、配列の間の一致に対して存在するランダムなバックグラウンドノイズを記述する。
【００５３】
この期待値は、報告結果に対する有意な閾値を作成するための便利な方法として用いられる。ブラスティングに用いられるデフォルト値は、代表的に、０．０００１に設定される。ＢＬＡＳＴ  ２．０において、この期待値はまた、一致の有意性を報告するためのＰ値（確率）の代わりに用いられる。例えば、あるヒットに割り当てられたＥ値１は、現在のサイズのデータベースにおいて、単に偶然に、類似のスコアを有する１つの一致を見ることを期待し得ることを意味すると解釈され得る。Ｅ値０は、単に偶然に、類似のスコアを有するいかなる一致が見られることも期待しないことを意味する。例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ／ＢＬＡＳＴｉｎｆｏ／を参照のこと。時折、Ｘの文字列またはＮの文字列がＢＬＡＳＴ検索から得られる。これは、人為的なヒットを防止するために行われる、複雑性の低い配列に対する、問い合わせの自動フィルタリングの結果である。このフィルターは複雑性の低い任意の配列を置換し、この配列は、ヌクレオチド配列において文字「Ｎ」で（例えば、「ＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ」）、またはタンパク質配列において文字「Ｘ」で（例えば、「ＸＸＸＸＸＸＸＸＸ」）で見出される。複雑性の低い領域は、有意な位置毎の整列ではなく、組成上のバイアスを反映する高スコアを生じ得る（ＷｏｏｔｔｏｎおよびＦｅｄｅｒｈｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  ２６６：５５４−５７１，１９９６）。
【００５４】
配列番号１によってコードされる、開示されるＮＯＶ１ポリペプチド（配列番号２）は、９６５アミノ酸残基を有し、そして１文字アミノ酸コードを用いて表１Ｂに表される。シグナルＰ、Ｐソートおよび／またはヒドロパシーの結果は、ＮＯＶ１がシグナルペプチドを有し、そして０．３７００の確実性で細胞外におそらく局在化することを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ１はまた、０．１９００の確実性でリソソーム（腔）に、０．１８００の確実性で核に、または０．１０００の確率で小胞体（膜）に、局在し得る。ＮＯＶ１シグナルペプチドに対する、もっとも可能性の高い切断部位は、アミノ酸２３と２４との間（ＲＬＡ−ＧＧ）である。
【００５５】
【表１Ｂ】
2005508601.tif 000005
配列データベースの検索により、ＮＯＶ１アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（Ｈｕｍａｎ）由来の２４８９アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ１６７４４タンパク質（ＣＯＭＰＬＥＭＥＮＴ  ＲＥＣＥＰＴＯＲ  １）に、４８９アミノ酸残基中１４５アミノ酸残基（２９％）同一であり、４８９アミノ酸残基中２１６アミノ酸残基（４４％）が類似することが示される。公共のアミノ酸データベースとしては、ＧｅｎＢａｎｋデータベース、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＰＤＢおよびＰＩＲが挙げられる。
【００５６】
ＮＯＶ１は、少なくとも以下の組織中で発現される：下垂体、卵巣、および気管。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。
【００５７】
上記ＮＯＶ１ポリペプチドに対する相同性は、このＮＯＶ１ポリペプチドとその他のＮＯＶ１タンパク質とが互いに以下に示されるとおりの相同性を有している限り、その他のＮＯＶ１タンパク質と共有される。開示されるＮＯＶ１ポリペプチドは、表１Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【００５８】
【表１Ｃ】
2005508601.tif 000006
2005508601.tif 000007
これらの配列と他の配列との間の相同性は、表１Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ解析で図示される。ＮＯＶ１タンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷアラインメント、および本明細書中の他の全てのＣｌｕｓｔａｌＷ解析において、黒地に白抜きで示されるアミノ酸残基は、保存配列の領域（すなわち、構造的特性または機能的特性を保存するために必要とされ得る領域）を示し、強調していないアミノ酸残基は、それほど保存されておらず、そして潜在的に、タンパク質の構造または機能を変化させることなく、非常に広範な程度に変更され得る。
【００５９】
【表１Ｄ】
2005508601.tif 000008
2005508601.tif 000009
2005508601.tif 000010
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2005508601.tif 000012
ＮＯＶ１ならびに他の全てのＮＯＶＸタンパク質における同定可能なドメインの存在は、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索によって、続いて、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウエブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を用いてドメインマッチ（または数）をクロスすることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ数を決定することによって、決定した。表１Ｅに開示されるようにＮＯＶ１についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。表１Ｅおよびその後の全てのＤＯＭＡＩＮ配列アライメントについて、完全に保存された単一の残基を、黒色影付きまたは印（｜）によって示し、そして「強い」半保存残基は、灰色影付きまたは印（＋）によって示す。この保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸のグループのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【００６０】
表１Ｅは、ＮＯＶ１に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン表示を列挙する。これは、ＮＯＶ１配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【００６１】
【表１Ｅ】
2005508601.tif 000013
上皮増殖因子（ＥＧＦ）スーパーファミリーは、分泌型シグナル伝達分子、増殖因子、および細胞外マトリクスの構成成分として機能する種々の群のタンパク質を含み、その多くは、脊椎動物の発達において役割を有する。ＣＵＢ（Ｃ１ｓ様）ドメインを有するＥＧＦ関連タンパク質をコードする新規の哺乳動物遺伝子は、新規の哺乳動物遺伝子ファミリーを規定する。ＳＣＵＢＥ１（シグナルペプチド−ＣＵＢドメイン−ＥＧＦ関連１）遺伝子を、発達期の（ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ）マウス尿生殖隆線ｃＤＮＡライブラリーから単離した。この遺伝子は、発達期の性腺、神経系、体節、表面外胚葉、および肢芽において顕著に発現される。マウスＳＣＵＢＥ１を、第１５染色体にマッピングし、染色体２２ｑ１３のシンテニー領域におけるヒト遺伝子に相当する（ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ）ことを示す。Ｃ１ｓ様（ＣＵＢ）ドメインを有するＥＧＦ関連タンパク質が報告されている。ＣＵＢドメインは、１６の機能の異なるタンパク質（例えば、背腹パターン形成（ｄｏｒｓｏ−ｖｅｎｔｒａｌ  ｐａｔｔｅｒｎｉｎｇ）タンパク質ｔｏｌｌｏｉｄ、骨形態形成タンパク質１、精子接着因子（ｓｐｅｒｍａｄｈｅｓｉｎ）のファミリー、補体下位成分（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ  ｓｕｂｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）Ｃ１ｓ／Ｃ１ｒ、および神経認識分子Ａ５）において見出される。これらのタンパク質のほとんどは、発達プロセスに関与することが公知である。第２のドメインは、主に、発達期に調節されるタンパク質および精子接着因子の間で見出される。
【００６２】
ＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ１核酸は、表１Ａに提供される核酸配列、またはそのフラグメントを包含する。本発明はまた、任意の塩基が、表１Ａに示される対応する塩基から変化され得るが、そのＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはそのような核酸のフラグメントを包含する。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列の核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を包含する。本発明はさらに、その構造が化学修飾を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはその相補体を包含する。このような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、およびその糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、その修飾された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体中の治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体核酸または改変体核酸、ならびにそれらの相補体において、これらの塩基の約３０％までが、このように変化され得る。
【００６３】
本発明の開示されたＮＯＶ１タンパク質は、表１Ｂに提供される配列のＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質を包含する。本発明はまた、その残基のいずれかが、表１Ｂに示される対応する残基から変化され得るが、そのＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様活性または生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを包含する。これらの変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約１２％までが、そのように変化され得る。
【００６４】
本発明はさらに、本発明のタンパク質のいずれかに免疫特異的に結合する抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２）を包含する。
【００６５】
本発明についての上記に定義された情報は、このＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質（ＮＯＶ１）が、ＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質ファミリーのメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、ここで同定されたＮＯＶ１核酸およびＮＯＶ１タンパク質は、以下に示されるような種々の病理および障害（しかし、これらに限定されない）に関連する、潜在的治療適用において有用であり得る。本発明のこれらの潜在的治療適用としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：タンパク質治療、低分子薬物標的、抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化／細胞傷害性抗体）、診断および／または予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除（ａｂｌａｔｉｏｎ））、研究ツール、全ての組織および細胞型（本明細書中に定義されるものを含む（しかし、限定されない））のインビボおよびインビトロでの組織再生。
【００６６】
本発明のＮＯＶ１の核酸およびタンパク質は、以下で示される種々の病理および障害を含むがこれらに限定されない癌に関連する、潜在的な治療適用において有用である。例えば、ＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質（ＮＯＶ１）をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質（ＮＯＶ１）は、それを必要とする被験体に投与される場合に、有用である。非限定的な例として、本発明の組成物は、癌、外傷、ウイルス／細菌／寄生生物感染、子宮内膜症、受胎能、喘息、アレルギー、内分泌不全、糖尿病、肥満、増殖および再生の障害、ならびに他の疾患、障害、および状態などに罹患している患者の処置に対する効力を有する。本発明のＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質をコードするＮＯＶ１核酸、またはそのフラグメントは、診断適用においてさらに有用であり得、ここで、その核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。
【００６７】
ＮＯＶ１核酸およびＮＯＶ１ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法において使用するための新規ＮＯＶ１物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下のセクション「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＮＯＶ１タンパク質は、複数の疎水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、企図されるＮＯＶ１エピトープは、およそアミノ酸４００〜４５０である。他の実施形態において、ＮＯＶ１エピトープは、およそアミノ酸５００〜６００、およそ１０００〜１１００、およそ１５００〜１６００、およびおよそ２５００〜２８００である。これらの新規タンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これらは、疾患の病理の理解および種々の障害の新規薬物標的の開発を補助する。
【００６８】
（ＮＯＶ２）
ＮＯＶ２は、４つの脂肪細胞補体関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質およびこのタンパク質をコードする核酸を包含する。これらの開示される配列を、ＮＯＶ２ａ、ＮＯＶ２ｂ、ＮＯＶ２ｃ、およびＮＯＶ２ｄと命名して、本明細書中で同定する。。
【００６９】
（ＮＯＶ２ａ）
脂肪細胞補体関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質をコードする、配列番号３として同定される８７４ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ２ａ核酸（ＣＧ５５７２４−０１とも称される）を、表２Ａに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１１〜１３のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド６７４〜６７６のＴＧＡコドンで終結することが同定された。推定上流非翻訳領域および推定下流非翻訳領域を下線で示す。
【００７０】
【表２Ａ】
2005508601.tif 000014
2005508601.tif 000015
開示されたＮＯＶ２ａ核酸配列は、第１１染色体に局在し、これは、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ１９２４９９｜ａｃｃ：ＡＦ１９２４９９．１  ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ推定分泌タンパク質ＺＳＩＧ３７（Ｚｓｉｇ３７）ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、４８５塩基中２９４塩基（６０％）の同一性を有する。
【００７１】
配列番号３によってコードされるＮＯＶ２ａポリペプチド（配列番号４）は、２２１アミノ酸残基を有し、表２Ｂに一文字コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ２ｂが、シグナルペプチドを有さず、そしてＮｏｖ２ａポリペプチドは、０．４５００の確実性で細胞質中に局在している可能性があることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ２ａはまた、０．２６８８の確実性でペルオキシソームマイクロボディに、０．１９３７の確実性でリソソームに、または０．１０００の確実性でミトコンドリアマトリクス空間に局在している可能性がある。
【００７２】
【表２Ｂ】
2005508601.tif 000016
開示されたＮＯＶ２ａアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｃｅ（ヒト）由来の２４４アミノ酸残基ｐｎｔｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ  ＡＣＣ：Ｑ１５８４８タンパク質（３０ｋＤａ脂肪細胞補体関連タンパク質前駆体、ＡＣＲＰ３０）に対して、１５８アミノ酸残基中５５アミノ酸残基（３４％）の同一性、および１５８アミノ酸残基中８４アミノ酸残基（５３％）の同一性を有する。本発明において開示されるＮＯＶ２ａ脂肪細胞補体関連タンパク質前駆体は、少なくとも以下の組織で発現される：精巣、腎臓、胚全体。この情報を、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源、公のＥＳＴ情報源、文献情報源、および／またはＲＡＣＥ情報源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織情報源を決定することによって誘導した。さらに、この配列は、（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ１９２４９９｜ａｃｃ：ＡＦ１９２４９９．１）（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ種において緊密に関連するＭｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ推定分泌タンパク質ＺＳＩＧ３７（Ｚｓｉｇ３７）ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓホモログの発現パターンから、以下の組織において発現されると予想される：含脂肪細胞。
【００７３】
（Ｎｏｖ２ｂ）
補体関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質をコードする１２７７ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ２ｂ核酸（ＣＧ５５７２４−０３とも称される）を、配列番号５として表２Ｃに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２２５〜２２７のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１０７７〜１０７９のＴＧＡコドンで終結することが同定された。推定上流推定非翻訳領域および推定下流非翻訳領域を下線で示す。
【００７４】
【表２Ｃ】
2005508601.tif 000017
開示されたＮＯＶ２ｂ核酸配列は、第１１染色体に局在し、これは、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ３２９８３８｜ａｃｃ：ＡＦ３２９８３８．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子関連様タンパク質ＣＴＲＰ４  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、８１４塩基中７６７塩基（９４％）の同一性を有する。
【００７５】
配列番号５によってコードされるＮＯＶ２ｂポリペプチド（配列番号６）は、２８４アミノ酸残基を有し、表２Ｄに一文字コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ２ｂが、シグナルペプチドを有し、そして、０．４８０１の確実性で細胞外に局在している可能性があることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ２ｂはまた、０．２１７８の確実性でミクロソーム体に、０．１０００の確実性で小胞体（膜または内腔）に局在している可能性がある。ＮＯＶ２ｂシグナルペプチドの最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１６とアミノ酸１７との間、ＣＷＡ−ＬＧである。
【００７６】
【表２Ｄ】
2005508601.tif 000018
開示されたＮＯＶ２ｂアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｃｅ（ヒト）由来の２４４アミノ酸残基ｐｎｔｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ  ＡＣＣ：Ｑ９ＢＸＪ３タンパク質（補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子関連タンパク質）に対して、１５８アミノ酸残基中５５アミノ酸残基（３４％）の同一性、および１５８アミノ酸残基中８４アミノ酸残基（５３％）の同一性を有する。本発明において開示されるＮＯＶ２ｂ補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：脳、生殖細胞、腎臓、ｐｏｏｌｅｄ、精巣、胚全体。発現情報を、ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．  Ｎｏ．ＣＧ５５７２４−０３、ＣＧ５５７２４−０４、またはＣＧ５５７２４−０６の配列の派生に関わる配列の組織供給源から獲得した。
【００７７】
（ＮＯＶ２ｃ）
補体関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質をコードする１３２２ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ２ｃ核酸（ＣＧ５５７２４−０４とも称される）を、配列番号７として表２Ｅに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２２５〜２２７のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１１２２〜１１２４のＴＧＡコドンで終結することが同定された。推定上流非翻訳領域および推定下流非翻訳領域を下線で示す。
【００７８】
【表２Ｅ】
2005508601.tif 000019
2005508601.tif 000020
開示されたＮＯＶ２ｃ核酸配列は、第１１染色体に局在し、これは、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ３２９８３８｜ａｃｃ：ＡＦ３２９８３８．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子関連タンパク質ＣＴＲＰ４  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、１１３６塩基中９４９塩基（８３％）の同一性を有する。
【００７９】
配列番号７によってコードされるＮＯＶ２ｃポリペプチド（配列番号８）は、２９９アミノ酸残基を有し、表２Ｆに一文字コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ２ｃが、シグナルペプチドを有し、そして、０．４８０１の確実性で細胞外に局在している可能性があることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ２ｃはまた、０．２１７８の確実性でミクロソーム体に、０．１０００の確実性で小胞体（膜または内腔）に局在され得る。ＮＯＶ２ｃシグナルペプチドの最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１６とアミノ酸１７との間、ＣＷＡ−ＬＧである。
【００８０】
【表２Ｆ】
2005508601.tif 000021
開示されたＮＯＶ２ｃアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｃｅ（ヒト）由来の３２９アミノ酸残基ｐｎｔｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ  ＡＣＣ：Ｑ９ＢＸＪ３タンパク質（補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子関連タンパク質）に対して、１７０アミノ酸残基中１６４アミノ酸残基（９６％）の同一性、および１７０アミノ酸残基中１６４アミノ酸残基（９６％）の同一性を有する。本発明において開示されるＮＯＶ２ｃ補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：脳、生殖細胞、腎臓、ｐｏｏｌｅｄ、精巣、胚全体。発現情報を、ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．  Ｎｏ．ＣＧ５５７２４−０３、ＣＧ５５７２４−０４、またはＣＧ５５７２４−０６の配列の派生に関わる配列の組織供給源から獲得した。
【００８１】
（ＮＯＶ２ｄ）
補体関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質をコードする４０９ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ２ｄ核酸（ＣＧ５５７２４−０６とも称される）を、配列番号Ｘとして表２Ｇに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド４〜６のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド４０３〜４０５のＴＧＡコドンで終結することが同定された。推定上流非翻訳領域および推定下流非翻訳領域を下線で示す。
【００８２】
【表２Ｇ】
2005508601.tif 000022
開示されたＮＯＶ２ｄ核酸配列は、第１１染色体に局在し、これは、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ３２９８３８｜ａｃｃ：ＡＦ３２９８３８．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子関連タンパク質ＣＴＲＰ４  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、２６０塩基中２３９塩基（９１％）の同一性を有する。
【００８３】
配列番号９によってコードされるＮＯＶ２ｄポリペプチド（配列番号１０）は、１３３アミノ酸残基を有し、表２Ｈに一文字コードを使用して表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ２ｄが、シグナルペプチドを有し、そして、０．４８０１の確実性で細胞外に局在している可能性があることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ２ｄはまた、０．１９７２の確実性でミクロソーム体に、０．１０００の確実性で小胞体（膜または内腔）に局在され得る。ＮＯＶ２ｄシグナルペプチドの最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１６とアミノ酸１７との間、ＣＷＡ−ＬＧである。
【００８４】
【表２Ｈ】
2005508601.tif 000023
開示されたＮＯＶ２ｄアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｃｅ（ヒト）由来の３２９アミノ酸残基ｐｎｔｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ  ＡＣＣ：Ｑ９ＢＸＪ３タンパク質（補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子関連タンパク質）に対して、１７０アミノ酸残基中１６４アミノ酸残基（９６％）のポジティブ、および１７０アミノ酸残基中１６４アミノ酸残基（９６％）のポジティブを有する。本発明において開示されるＮＯＶ２ｄ補体Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様遺伝子は、少なくとも以下の組織で発現される：脳、生殖細胞、腎臓、ｐｏｏｌｅｄ、精巣、胚全体。発現情報を、ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５５７２４−０３、ＣＧ５５７２４−０４、またはＣＧ５５７２４−０６の配列の派生に関わる配列の組織供給源から獲得した。
【００８５】
本発明の開示されたＮＯＶ２核酸は、少なくとも骨髄、脳、視床、精巣、肺、腎臓、および生殖細胞において発現される。この情報を、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することにより獲得した。ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源：副腎、扁桃、骨、骨髄、脳、結腸、冠状動脈、真皮、表皮、包皮、毛包、心臓、海馬、視床下部、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、乳腺／胸部、食道、卵巣、膵臓、上皮小体、末梢血、松果体、下垂体、膵臓、前立腺、網膜、唾液腺、小腸、脾臓、胃、精巣、視床、胸腺、扁桃、気管、臍静脈、および子宮。
【００８６】
ＮＯＶ２はまた、表２Ｉに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【００８７】
【表２Ｉ】
2005508601.tif 000024
2005508601.tif 000025
これらの配列の相同性は、表２Ｊに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示されている。
【００８８】
【表２Ｊ】
2005508601.tif 000026
2005508601.tif 000027
2005508601.tif 000028
表２Ｋは、ＮＯＶ２に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を示す。これは、ＮＯＶ２配列が、このドメインに含まれることが公知の他のタンパク質と類似の特性を有することを示す。
【００８９】
【表２Ｋ】
2005508601.tif 000029
Ｃ１ｑは、典型的な経路の補体活性化におけるＣ１複合体の最初のサブコンポーネントである。いくつかの機能は、Ｃ１ｑに割当てられ、抗体依存性免疫機能および抗体非依存性免疫機能を含み、そしてエフェクター細胞表面上に存在するＣ１ｑレセプターによって媒介されると考えられる。これらは、Ｃ１ｑ機能を媒介するレセプターの同定についていくつかの疑いが残っている。以前に記載されたいくつかのＣ１ｑレセプター分子（例えば、ｇＣ１ｑＲおよびｃＣ１ｑＲ）は、現在Ｃ１ｑに無関係の機能における役割よりも、Ｃ１ｑ機能における役割をそれほど多くは有していないと考えられている。Ｃ１ｑに相補的な結合部位を有するレセプタータンパク質を同定することの問題は、Ｃ１ｑ中の異なるドメインの高度に荷電された性質によってさらに増す。Ｃ１ｑＲ（ｐ）およびＣＲ１のようなより新しい候補レセプターが現われているが、Ｃ１ｑ−Ｃ１ｑレセプター相互作用の完全な分析は、未だ初期段階にある。Ｃ１ｑが実行すると考えられる多様な機能から見て、いくつかのＣ１ｑ結合タンパク質は、一斉に（Ｃ１ｑレセプター複合体として）作用してＣ１ｑ媒介機能をもたらし得ると推測されている。いくつかの主な進展は、この２、３年の間になされている。ホモ接合性Ｃ１ｑ欠損マウスを標的化した遺伝子を用いた実験は、体液の免疫応答の調節およびまた自己免疫の発生に対する保護におけるＣ１ｑの役割を示唆する。ＡＣＲＰ−３０の最近記載された結晶構造は、タンパク質の新しいＣ１ｑ／ＴＮＦスーパーファミリーを示す。このスーパーファミリーのメンバーは、多様な機能を有し得るが、これらの系統発生および特有の球状ドメインのモジュラー機構における共通のテーマが存在し得る。
【００９０】
本明細書中に記載される新規ポリペプチドは、脂肪細胞補体関連タンパク質３（ＡＣＲＰ３）と相同的である。ＡＣＲＰ３タンパク質は、脂肪細胞中で排他的に作製され、そしてそのｍＲＮＡは、脂肪細胞分化の間に、１００倍より多く誘導される。ＡＣＲＰ３は、補体因子Ｃ１ｑおよびシベリアシマリス（Ｓｉｂｅｒｉａｎ  ｃｈｉｐｍｕｎｋｓ）の血漿から単離された冬眠特異的タンパク質と構造的に類似である；これは、一連の翻訳後の修正を受ける大きなホモオリゴマーを形成する。類似タンパク質は、コラーゲンＸおよびコラーゲンＶＩＩＩならびに補体因子Ｃ１ｑと高い局所的な類似性を有するＣ末端付近の芳香族残基のクラスターを有する。Ｃ１ｑは、血清相補系を活性化するＣ１酵素複合体のサブユニットである。Ｃ１ｑは、６Ａ鎖、６Ｂ鎖および６Ｃ鎖を含む。これらは、同じトポロジーを共有し、小さい球状Ｎ末端ドメイン、コラーゲン様Ｇｌｙ／Ｐｒｏ−リッチ中央領域、および保存されたＣ末端領域、Ｃ１ｑドメインをそれぞれ有する。Ｃ１ｑタンパク質は、コラーゲン産生細胞によって産生され、そしてコラーゲンＶＩＩＩおよびコラーゲンＸと類似する配列および構造を示す（Ｓｃｈｅｒｅｒ  ＰＥ，ら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  １９９５  Ｎｏｖ  １０；２７０（４５）：２６７４６−９およびＭａｅｄａ  Ｋ，ら、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  １９９６  Ａｐｒ  １６；２２１（２）：２８６−９（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。
【００９１】
本発明は、補体−Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質のキメラタンパク質および融合タンパク質を含み、本発明の補体−Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質は、本発明の新規タンパク質と実質的に相同ではない第２のポリペプチドまたはタンパク質に結合される。この第２のポリペプチドは、本発明のＣＧ５５７２４−０１ポリペプチド、ＣＧ５５７２４−０３ポリペプチド、ＣＧ５５７２４−０４ポリペプチドまたはＣＧ５５７２４−０６ポリペプチドのアミノ末端か、またはカルボキシ末端のいずれかに融合され得る。特定の実施形態において、第３の非相同ポリペプチドまたはタンパク質はまた、新規補体−Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質に融合し得、その結果、第２の非相同ポリペプチドまたはタンパク質は、アミノ末端に結合され、そして第３の非相同ポリペプチドまたはタンパク質は、ＣＧ５５７２４−０１ポリペプチド、ＣＧ５５７２４−０３ポリペプチド、ＣＧ５５７２４−０４ポリペプチドまたはＣＧ５５７２４−０６ポリペプチドのカルボキシ末端にに結合される。第２のポリペプチドまたはタンパク質か、あるいは第３のポリペプチドまたはタンパク質のいずれかとして取り込まれ得る非相同配列の例としては、以下が挙げられる：グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ、補体−Ｃ１ｑ腫瘍壊死因子様タンパク質のアミノ末端に融合される非相同的なシグナル配列、免疫ブロブリン配列またはドメイン、血清タンパク質またはそのドメイン（例えば、血清アルブミン）、抗原性エピトープ、および（Ｈｉｓ）６のような特異的モチーフ。本発明は、上記の任意のキメラタンパク質または融合タンパク質をコードする核酸をさらに含む。
【００９２】
補体−関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死関連タンパク質様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ２核酸は、その配列が表２Ａ、２Ｃ、２Ｅ、および２Ｇで提供される核酸またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、それらの塩基のいずれかが表２Ａ、２Ｃ、２Ｅ、および２Ｇに示された対応する塩基から変化され得るが、補体−関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死関連タンパク質様タンパク質活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおもコードする変異体核酸または改変体核酸、あるいはこのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その配列が先程記載し配列と相補的である核酸を含む。これは、先程記載した核酸のいずれかと相補的である核酸フラグメントを含む。本発明はさらに、それらの構造が化学的修飾を含む核酸または核酸フラグメントまたはそれらに対する相補体を含む。非限定的な例として、このような修飾は、修飾塩基、および糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸を含む。これらの修飾は、例えば、それらが被験体における治療適用においてアンチセンス結合核酸として使用され得るように、修飾された核酸の化学的安定性を、強化するように少なくとも部分的に行われる。変異体核酸または改変体核酸およびそれらの相補体において、塩基の約４０％（ＮＯＶ２ａ）、６％（ＮＯＶ２ｂ）、６％（ＮＯＶ２ｃ）および９％（ＮＯＶ２ｄ）までがこのように変化され得る。
【００９３】
本発明の開示されたＮＯＶ２タンパク質は、その配列が表２Ｂ、２Ｄ、２Ｆおよび２Ｇに提供される補体−関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死関連タンパク質様タンパク質を含む。本発明はまた、それらの残基のいずれかが表２Ｂ、２Ｄ、２Ｆおよび２Ｇに示される対応する残基から変化され得るが、補体−関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死関連タンパク質様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおもコードする変異体タンパク質あるいは改変体タンパク質、またはそれらの機能的なフラグメントを含む。変異体タンパク質または改変体タンパク質において、残基の約６６％（ＮＯＶ２ａ）、２％（ＮＯＶ２ｂ、ＮＯＶ２ｃ）および９％（ＮＯＶ２ｄ）までがそのように変化され得る。
【００９４】
本発明のＮＯＶ２核酸およびＮＯＶ２タンパク質は、以下に関係する潜在的治療適用において有用であり得る：癌、副腎脳白質ジストロフィー、アルツハイマー病、自己免疫疾患、アレルギー、嗜癖、不安、毛細血管拡張性運動失調、ぜん息、ＡＲＤＳ、アテローム性動脈硬化症、行動障害、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室性（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、アレルギー、脳性小児麻痺、先天性副腎過形成、肝硬変症、心筋症、先天性心欠損、糖尿病、憩室性疾患、てんかん、気腫、子宮内膜症、内分泌系機能障害、対宿主性移植片病、糸球体腎炎、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、成長障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、高カルシウム血症、ハンティングトン病、高血圧症、性機能低下症、受胎能、特発性血小板減少性紫斑病、免疫不全、間質性腎炎、ＩｇＡ腎症、リンパ水腫、炎症性腸疾患、レッシュ−ナイハン症候群、白質萎縮症、多発性硬化症、筋ジストロフィー、重症筋無力症、神経腔、神経保護、肥満症、パーキンソン病、疼痛、多発性嚢胞腎疾患、肺動脈弁狭窄症、膵臓炎、腎動脈狭窄症、尿細管性アシドーシス、発作、全身性エリテマトーデス、強皮症、大動脈弁下部狭窄症、移植、結節硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、潰瘍ならびに他の疾患、病理および障害。補体−関連Ｃ１ｑ腫瘍壊死関連タンパク質様タンパク質、および本発明のタンパク質をコードするＮＯＶ２核酸、またはそれらのフラグメントは、さらに診断的用途において有用であり、この診断において、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。
【００９５】
ＮＯＶ２核酸およびＮＯＶ２ポリペプチドは、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。開示されたＮＯＶａタンパク質、ＮＯＶ２ｂタンパク質、ＮＯＶ２ｃタンパク質およびＮＯＶ２ｄタンパク質は、これらの各々が免疫原として使用され得る、複数の親水性領域を有する。
【００９６】
一つの実施形態において、企図されるＮＯＶ２ａエピトープは、約アミノ酸２５〜１００である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ２ａエピトープは、約アミノ酸１１０〜２７５である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ１エピトープは、約アミノ酸２８０〜３２５、３５０〜４２５、４５０〜６２５、６５０〜６９０、７００〜８２５、および８５０〜９６５である。
【００９７】
一つの実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｂエピトープは、約アミノ酸２０〜５０である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｂエピトープは、約アミノ酸５５〜６５である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｂエピトープは、約アミノ酸９０〜１４５、１９５〜２３５および２４０〜２６０である。
【００９８】
一つの実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｃエピトープは、約アミノ酸２０〜５０である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｃエピトープは、約アミノ酸５５〜６５である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｃエピトープは、約アミノ酸９０〜１４５、１９５〜２３５および２４０〜２６０である。
【００９９】
一つの実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｄエピトープは、約アミノ酸１８〜４０である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｄエピトープは、約アミノ酸４２〜４７である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ２ｂエピトープは、約アミノ酸６０〜８０、８５〜１０５および１０６〜１１０である。
【０１００】
（ＮＯＶ３）
βアドレナリン作用性レセプターキナーゼ様タンパク質をコードするＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１として示される３０７３ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ３核酸（ＣＧ５０３４５−０１ともいう）は、表３Ａで示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１０８〜１１０におけるＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド２１１２〜２１１４におけるＴＧＡコドンで終了すると同定された。
【０１０１】
【表３Ａ】
2005508601.tif 000030
開示されたＮＯＶ３核酸配列は、染色体１１ｑ１３にマッピングされ、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＢＡＲＫ｜ａｃｃ：Ｘ６１１５７．１ｍＲＮＡ（βアドレナリン作用性レセプターキナーゼのＨ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ）に対して１６６６塩基中１６３８塩基（９８％）の同一性を有する。
【０１０２】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１によってコードされる開示されたＮＯＶ３タンパク質（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２）は、６６８アミノ酸残基を有し、そして表３Ｂに一文字コードを用いて表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ３が、シグナルペプチドを有し、そして０．８８００の確実性で核に局在すると考えられると予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ３はまた、０．１５８２の確実性でペルオキソームのマイクロボディに、０．１０００の確実性でミトコンドリアマトリックス中心分画に、０．１０００の確実性でリソソーム内腔に局在すると考えられる。
【０１０３】
【表３Ｂ】
2005508601.tif 000031
開示されたＮＯＶ３のアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）βアドレナリン作用性レセプターキナーゼ１（β−ＡＲＫ１、Ｇ−タンパク質共役レセプターキナーゼ２）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｐ２５０９８タンパク質に対して、６４２アミノ酸残基中３５９アミノ酸残基（５５％）の同一性、および６８９アミノ酸残基の４９７アミノ酸残基に対して４９７アミノ酸残基中４９７アミノ酸残基（１００％）の類似性を有する。
【０１０４】
ＮＯＶ３配列は、少なくとも以下の組織において発現される：脳−副腎／副腎（Ａｄｒｅｎａｌ  Ｇｌａｎｄ／Ｓｕｐｒａｒｅｎａｌ  ｇｌａｎｄ）、扁桃、大動脈、骨、骨髄、脳、小脳、頸、絨毛膜絨毛、蝸牛、結腸、真皮、表皮、包皮、毛包、心臓、海馬、視床下部、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、乳腺／胸部、筋肉、子宮筋層、卵巣、膵臓、耳下腺、唾液腺（Ｐａｒｏｔｉｄ  Ｓａｌｉｖａｒｙ  ｇｌａｎｄｓ）、下垂体、胎盤、前立腺、近位尿細管曲部、小腸、脊髄（Ｓｐｉｎａｌ  Ｃｈｏｒｄ）、網膜、脾臓、胃、黒質、精巣、胸腺、甲状腺、扁桃、臍静脈、膀胱、子宮。
【０１０５】
ＮＯＶ３はまた、表３Ｃで列挙されたＢＬＡＳＴＰデータで示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０１０６】
【表３Ｃ】
2005508601.tif 000032
これらの配列の相同性は、表３Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。
【表３Ｄ】
2005508601.tif 000033
2005508601.tif 000034
2005508601.tif 000035
2005508601.tif 000036
表３Ｅは、ＮＯＶ３に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの説明を列挙する。これは、ＮＯＶ３配列が、このドメインに含まれる公知の他のタンパク質のドメインに対して類似の特性を有することを示す。
【０１０７】
【表３Ｅ】
2005508601.tif 000037
βアドレナリン作用性レセプターキナーゼ（β−ＡＲＫ１）は、β−２−アドレナリン作用性レセプターをリン酸化し、そして高いアゴニスト濃度で観察されるアゴニスト特異的脱感作を媒介すると考えられる。β−ＡＲＫ１は、βアドレナリン作用性レセプターおよび関連Ｇタンパク質共役レセプターの活性化された形態を特異的にリン酸化する遍在性のサイトゾル酵素である。β−ＡＲＫ１遺伝子は、約２３ｋｂの長さであり、そして２１のエキソンから構成される。β−ＡＲキナーゼ（β−ＡＲＫ１）は、欠陥ヒト心臓組織において増加し、そしてＧタンパク質に対するβアドレナリン作用性レセプターの異常な結合または非結合、レセプター下方制御、内部移行、分解を介して、迅速な脱感作を生じるその活性は、心臓疾患における、収縮機能の異常性のいくつかを説明し得る（Ｐｏｓｔ，Ｓ．Ｒ．，Ｈａｍｍｏｎｄ，Ｈ．Ｋ．，Ｉｎｓｅｌ，Ｐ．Ａ．，１９９９，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｖｏｌ．３９：３４３−３６０（参考として援用される）を参照のこと）。
【０１０８】
β−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ（β−ＡＲＫ１）は、β−アドレナリン作用性レセプターをリン酸化し、そして高いアゴニスト濃度で観察される、アゴニスト特異的脱感作を媒介するようである。β−ＡＲＫ１は、β−アドレナリン作用性レセプターの活性型および関連するＧ−タンパク質結合レセプターを特異的にリン酸化する、偏在性細胞質ゾルの酵素である。このβ−ＡＲＫ１遺伝子は、約２３ｋｂの全長であり、そして２１のエキソンから構成される。β−ＡＲキナーゼ（β−ＡＲＫ１）は、欠損しているヒト心臓組織において上昇されることが公知であり、Ｇタンパク質へのβ−アドレナリン作用性レセプターの異常なカップリングまたはアンカップリング、レセプターダウンレギュレート、内界投射、および分解を介する迅速な脱感作を生じるその活性は、心臓疾患における収縮性機能のいくつかの異常の原因となり得る（本明細書中で参考として援用される、Ｐｏｓｔ，Ｓ．Ｒ．，Ｈａｍｍｏｎｄ，Ｈ．Ｋ．，Ｉｎｓｅｌ，Ｐ．Ａ．，１９９９，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｖｏｌ．３９：３４３〜３６０を参照のこと）。
【０１０９】
本明細書中に開示されるβ−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様タンパク質および核酸についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、このβ−アドレナリン作用性レセプターキナーゼがセリン−チロシンタンパク質キナーゼファミリーに特徴的な、重要な構造および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用、ならびに研究手段として有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸もしくはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後判定マーカーとして作用する（ここで、この核酸もしくはタンパク質の存在もしくは量が見積もられる）こと、ならびに以下：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療用抗体、診断用抗体、薬物標的化抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）および、（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防御の武器のような潜在的治療適用を含む。
【０１１０】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下および／または他の病理学に記載される、種々の疾患および障害に関係している、潜在的診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、心臓疾患、欠損した心臓における心筋収縮能、ならびに他の疾患、障害および状態などに罹患した患者の処置について効力を有する。β−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ３核酸は、表３Ａにその配列が提供されている核酸、またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、任意の塩基が、表３Ａに示される対応する塩基から変化され得るが、そのβ−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはそのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列の核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を含む。本発明はさらに、その構造が化学修飾を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはその相補体を含む。このような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、およびその糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、その修飾された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体中の治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体核酸または改変体核酸、ならびにそれらの相補体において、それらの塩基の約２％までが、そのように変化され得る。
【０１１１】
本発明の開示されたＮＯＶ３タンパク質は、表３Ｂに提供される配列のβ−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様タンパク質を含む。本発明はまた、その残基のいずれかが、表３Ｂに示される対応する残基から変化され得るが、そのβ−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを含む。これらの変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約１％までが、そのように変化され得る。
【０１１２】
本明細書中に開示されるβ−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様タンパク質および核酸（ＮＯＶ３）についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ３がβ−アドレナリン作用性レセプターキナーゼ様ファミリーに特徴的な、重要な構造および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ３核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用に有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸もしくはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後判定マーカーとして作用する（ここで、この核酸もしくはタンパク質の存在もしくは量が見積もられる）こと、ならびに以下：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療用抗体、診断用抗体、薬物標的化抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）および、（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、のような潜在的治療適用を含む。
【０１１３】
本発明のＮＯＶ３核酸およびタンパク質は、以下に記載される、種々の疾患および障害に関係している、潜在的診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、癌、炎症、網膜障害、神経学的障害、神経生理学的障害、肥満、糖尿病、出血障害および／または他の病理学に罹患した患者の処置について効力を有する。ＮＯＶ３核酸またはそのフラグメントは、診断適用における使用にさらに有用であり、ここで核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１１４】
ＮＯＶ３核酸およびポリペプチドは、治療方法または診断方法における使用のための本発明の新規の物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗−ＮＯＶＸ抗体」節に記載される、疎水性チャートからの予測を用いる当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＮＯＶ３ポリペプチドは、複数の親水性領域を有し、この親水性領域の各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態では、企図されるＮＯＶ３エピトープは、アミノ酸約２０〜アミノ酸約７０である。別の実施形態では、企図されるＮＯＶ３エピトープは、アミノ酸約９５〜アミノ酸約１１５である。他の特定の実施形態では、企図されるＮＯＶ３エピトープは、アミノ酸約１２０〜アミノ酸約１９０、アミノ酸約２８０〜アミノ酸約３００、アミノ酸約３０５〜アミノ酸約３７５、アミノ酸約３９５〜アミノ酸約４２０、およびアミノ酸約４１５〜アミノ酸約６６０である。
【０１１５】
（ＮＯＶ４）
ＴＥＮ−Ｍ４様タンパク質をコードする８３５４のヌクレオチドの、開示されるＮＯＶ４核酸（配列番号１３（ＣｕｒａＧｅｎ登録番号、ＣＧ５０３０１−０１とも呼ばれる）として述べられる）は、表４Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３５〜３７のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド８３４２〜８３４４のＴＡＧコドンで終わる。推定の非翻訳領域は、下線によって示される。
【０１１６】
【表４Ａ】
2005508601.tif 000038
2005508601.tif 000039
2005508601.tif 000040
開示されるＮＯＶ４核酸は、第１１染色体にマッピングされ、少なくとも脳、脊髄、精巣、心臓、肺、甲状腺、胃、胸部、結腸、表皮、卵巣および腎臓において見出される。ＮＯＶ４核酸は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ＴＥＮ−Ｍ４由来のｍＲＮＡ（ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０２５４１３│ａｃｃ：ＡＢ０２５４１３．１）に対して、８３５９塩基中７５０４塩基（８９％）同一である。
【０１１７】
配列番号１３によりコードされる、ＮＯＶ４ポリペプチド（配列番号１４）は、２７６９アミノ酸残基を有し、表４Ｂにおいて１文字コードを用いて示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果により、ＮＯＶ４がシグナルペプチドを有さず、０．８３６３の確実性でミトコンドリアの内膜に局在するようであることが推定される。他の実施形態において、ＮＯＶ４はまた、０．６５の確実性で細胞膜、または０．６０００の確実性で核、または０．３９３６の確実性でミクロボディーに局在化され得る。
【０１１８】
【表４Ｂ】
2005508601.tif 000041
本発明のタンパク質の完全なアミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ＴＥＮ−Ｍ４由来の２７７１アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＷＴＳ７タンパク質に２７７１アミノ酸残基中２６８８アミノ酸残基（９７％）同一であり、２７７１アミノ酸残基のうち２７２８アミノ酸残基（９８％）類似していることが見出された。
【０１１９】
ＮＯＶ４はまた、表４Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０１２０】
【表４Ｃ】
2005508601.tif 000042
これらの配列の相同性は、表４Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。
【０１２１】
（表４Ｄ  ＮＯＶ４のＣｌｕｓｔａｌＷ分析）
表４Ｅは、ＮＯＶ４に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの説明を列挙する。これは、ＮＯＶ４配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０１２２】
【表４Ｄ】
2005508601.tif 000043
2005508601.tif 000044
2005508601.tif 000045
2005508601.tif 000046
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2005508601.tif 000051
2005508601.tif 000052
2005508601.tif 000053
【０１２３】
【表４Ｅ】
2005508601.tif 000054
本発明の遺伝子によってコードされる新規ＴＥＮ−Ｍ様タンパク質は、マウスＴＥＮ−Ｍ４タンパク質に最も高い相同性を有し、これはタンパク質のＯＤＺ／ＴＥＮＭファミリーに属する。このファミリーは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａにおいて、初期胚のセグメント化に影響するペアルール遺伝子として最初に同定された。これは、転写因子ではないが、ＩＩ型膜貫通タンパク質である最初に同定されたペアルール遺伝子であった。ＴＥＮＭファミリーの脊椎動物のホモログが、マウスおよびゼブラフィッシュにおいて同定されている。マウスにおいて、ＴＥＮ−Ｍ４発現は、細胞表面上、脳、器官ならびに発生中の四肢および骨において見出された。ＴＥＮ−Ｍ１タンパク質の分析は、これがそれ自体に結合し得ることを明らかにし、ＴＥＮ−Ｍ４が同様に二量体部分であり得るようにする。細胞培養実験において、ＴＥＭ−Ｍタンパク質のフラグメントは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ＰＳ２インテグリンに結合し得る。さらに、ＴＥＮ−Ｍファミリーのメンバーは、その環境に対する細胞の応答を変更する、小胞体ストレス応答経路の下流にあると同定されている。これは、ＯＤＺ／ＴＥＮＭファミリーが、細胞接着、細胞分散および細胞運動性に関与し得ることを示唆する。この遺伝子と８番染色体由来のＮＲＧ１／ＨＧＬ遺伝子との融合を導く転座は、γ−ヒレグリンと称される、乳腺癌腫細胞株の１つについてパラクリン増殖因子を生成することが見出されている。それ故、この新規遺伝子は、種々の組織の発生、再生および発癌における広範な関連を有し得る。
【０１２４】
Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ＰＳ２インテグリンの２つの潜在的リガンドは、細胞培養における機能的相互作用によって特徴づけられている。これらの潜在的リガンドは、ウィングブリスター（ｗｉｎｇ  ｂｌｉｓｔｅｒ）遺伝子座およびによってコードされる新しいＤｒｏｓｏｐｈｉｌａのラミニンα２鎖Ｔｅｎ−ｍ（胚のパターン形成に関することが公知の細胞外タンパク質）である。以前に同定されたＰＳ２リガンドを用いる場合、両方ともＲＧＤ配列を含み、そしてこれらの２つのタンパク質のＲＧＤ含有フラグメント（ＤＬＡＭ−ＲＧＤおよびＴＥＮＭ−ＲＧＤ）は、ＰＳ２インテグリン媒介性細胞分散を支持し得る。全ての場合において、この分散は、短いＲＧＤ含有ペプチドによって特異的に阻害される。ＰＳ２リガンドチグリン（ｔｉｇｇｒｉｎ）（およびチグリンフラグメントＴＩＧ−ＲＧＤ）について以前に見い出されたように、ＴＥＮＭ−ＲＧＤは、αＰＳ２Ｃスプライス改変体を含有するインテグリン発現細胞の最大限の分散を誘導する。これは、ＤＬＡＭ−ＲＧＤ（αＰＳ２ｍ８スプライス改変体発現細胞と優先的に相互作用することが示されている第１のＤｒｏｓｏｐｈｉｌａポリペプチド）に対照的である。βＰＳインテグリンサブユニットはまた、選択的スプライシングの結果として推定のリガンド結合領域において変化する。ＴＩＧ−ＲＧＤおよびＴＥＮＭ−ＲＧＤについて、βスプライス改変体は、ほとんど効果を有さない。しかし、ＤＬＡＭ−ＲＧＤについて、最大限の細胞分散が、タンパク質のβＰＳ４Ａ形態によってのみ支持される。従って、種々のマトリクスリガンドとの組合せでの、スプライシングのバリエーションに起因するＰＳ２インテグリンの多様性は、発達中の動物におけるＰＳ２−リガンド相互作用の機能的な複雑性を大きく増強し得る。このデータはまた、スプライス改変体が、リガンド相互作用に直接関連するサブユニットの領域を変更し得ることを示唆し、そしてこれはインテグリン構造のモデルについて考察される。
【０１２５】
上皮増殖因子（ＥＧＦ）の配列において見出される約３０〜４０のアミノ酸残基の長さの配列は、いくらか保存された形態で、多数の他、大半の動物のタンパク質中に存在することが示されている。１つ以上のＥＧＦ様パターンのコピーを含むことが近年知られているタンパク質のリストは、多くそして多様である。無関係なタンパク質であると思われるタンパク質中のＥＧＦドメインの機能的意義は、未だ明らかではない。しかし、共通の特徴は、これらの反復が、膜貫通タンパク質の細胞外ドメインまたは分泌されることが既知のタンパク質（例外：プロスタグランジンＧ／Ｈシンターゼ）において見出されることである。このＥＧＦドメインは、（ＥＧＦにおいて）ジスルフィド結合に関与することが示されている６つのシステイン残基を含む。主な構造は、２本の鎖のβ−シート、それに続くＣ末端の短い２本の鎖のシートへのループである。保存されたシステインの間のサブドメインは、長さが変化する。ＮＨＬ（ＮＣＬ−１、ＨＴ２ＡおよびＬＩＮ−４１）反復が、銅２型の種々の酵素、生物学的ペプチドのＣ末端αアミド化を触媒するアスコルベート依存性モノオキシゲナーゼファミリーにおいて見出される。この反復はまた、レンチウイルスのＴａｔタンパク質の活性化ドメインと特異的に相互作用するヒトジンクフィンガータンパク質中に存在する。この反復ドメインは、しばしばＲＩＮＧフィンガーおよびＢボックスモチーフと関連する（本明細書中で参考として援用される、Ｂｅｎ−Ｚｕｒ  Ｔ，Ｄｅｖ  Ｂｉｏｌ  ２０００  Ｊａｎ  １；２１７（１）：１０７〜２０；Ａｄｅｌａｉｄｅ  Ｊ，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｏｎｃｏｌ  ２０００  Ａｐｒ；１６（４）：６８３〜８；Ｗａｎｇ  ＸＺ，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  １９９９  Ｏｃｔ  ７；１８（４１）：５７１８〜２１；Ｓｃｈａｅｆｅｒ  Ｇ，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  １９９７  Ｓｅｐ  １８；１５（１２）：１３８５〜９４；Ｗａｎｇ  ＸＺ，ＥＭＢＯ  Ｊ  １９９８  Ｊｕｌ  １；１７（１３）：３６１９〜３０；Ｂａｕｍｇａｒｔｎｅｒ  Ｓ，ＥＭＢＯ  Ｊ  １９９４  Ａｕｇ  １５；１３（１６）：３７２８〜４０；Ｏｔａｋｉ  ＪＭ，Ｄｅｖ  Ｂｉｏｌ  １９９９  Ａｕｇ  １；２１２（１）：１６５〜８１；Ｍｉｅｄａ  Ｍ，Ｍｅｃｈ  Ｄｅｖ  １９９９  Ｓｅｐ；８７（１−２）２２３〜７；Ｏｏｈａｓｈｉ  Ｔ，Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １９９９  Ｍａｙ  ３；１４５（３）：５６３〜７７；Ｇｒａｎｅｒ  ＭＷ，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  １９９８  Ｊｕｌ  １７；２７３（２９）：１８２３５〜４１を参照のこと）。
【０１２６】
本明細書中に開示されるＴＥＮ−Ｍ４様タンパク質および核酸についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、このＴＥＮ−Ｍ４様タンパク質がこのファミリーに特徴的な、重要な構造および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用、ならびに研究手段として有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸もしくはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとして作用する（ここで、この核酸もしくはタンパク質の存在もしくは量が見積もられる）こと、ならびに以下：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療用抗体、診断用抗体、薬物標的化抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除）に有用な核酸および、（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防御の武器のような潜在的治療適用を含む。
【０１２７】
本発明のＮＯＶ４核酸およびタンパク質は、以下に記載される、種々の疾患および障害ならびに／または他の病理学に関係している、潜在的診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、心臓疾患、欠損した心臓における心筋収縮能および他の疾患、障害および状態などに罹患した患者の処置について効力を有する。ＴＥＮ−Ｍ４様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ４核酸は、表４Ａに提供される核酸配列、またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、任意の塩基が、表４Ａに示される対応する塩基から変化され得るが、そのＴＥＮ−Ｍ４様タンパク質様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはそのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列の核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を含む。本発明はさらに、その構造が化学的修飾を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはその相補体を含む。このような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、およびその糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、その修飾された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体において治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体核酸または改変体核酸、ならびにそれらの相補体において、これらの塩基の約１１％までが、このように変化され得る。
【０１２８】
本発明の開示されるＮＯＶ４タンパク質は、配列が表３Ｂに提供されるＴＥＮ−Ｍ４様タンパク質を包含する。本発明はまた、βアドレナリン作用性レセプターキナーゼ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしながら、残基が表４Ｂに示される対応する残基から変更され得る変異体または改変体タンパク質、あるいはその機能的フラグメントを包含する。変異体または改変体タンパク質において、約３％までの残基がこのように改変され得る。
【０１２９】
本明細書中に開示されるＴＥＮ−Ｍ４様タンパク質および核酸（ＮＯＶ４）に対するタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ配置は、ＮＯＶ４がＴＥＮ−Ｍ４タンパク質ファミリーの重要な構造的および／または生理学的機能の特徴を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ４核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。これらは、特異的なまたは選択的な核酸またはタンパク質の診断および／または予後マーカーとして機能すること（ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）、ならびに以下のような潜在的な治療適用を含む：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療的、診断的、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボで組織再生を促進する組成物。
【０１３０】
本発明のＮＯＶ４核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害に関係する潜在的な診断的および治療的適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して効力を有する：フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンチントン舞踏病、脳性小児麻痺、癲癇、レッシュ・ナイハン症候群、多発性硬化症、血管拡張性失調症、白質ジストロフィー、行動障害、依存性（嗜癖）、不安、疼痛、神経変性、受精能障害、上皮小体機能亢進症、上皮小体機能低下症、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心欠損症、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化、強皮症、肥満症、移植障害、糖尿病、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、高カルシウム血症、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、ヒルシュスプルング病、クローン病、虫垂炎、炎症性腸疾患、胃潰瘍、乾癬、光線性角化症、挫瘡、毛髪成長／損失、アロペチア（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害および癌ならびに他の類似の疾患、障害および状態。ＮＯＶ４核酸、またはそのフラグメントは、さらに、診断適用において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１３１】
ＮＯＶ４核酸およびポリペプチドは、さらに、治療方法または診断方法における使用のための本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って、生成され得る。開示されたＮＯＶ４ポリペプチドは、複数の親水性領域を有し、これらの各々が、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、企図されるＮＯＶ４エピトープは、アミノ酸約１〜４００である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ４エピトープは、アミノ酸約４５０〜５２０である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ４エピトープは、アミノ酸７５０〜８５０、１１００〜１２００、１２５０〜１４００、１４９０〜１７５０、１７６０〜２３００、２４００〜２６００、そしてアミノ酸２６５０〜２７２５である。
【０１３２】
（ＮＯＶ５）
ＮＯＶ５は、以下に開示される２つのＯｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様タンパク質を含む。開示された配列は、ＮＯＶ５ａおよびＮＯＶ５ｂと名付けられた。
【０１３３】
（ＮＯＶ５ａ）
Ｏｕｔ  ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様タンパク質をコードする配列番号１５として同定された８２２ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ５ａ核酸（ＣＧ５５７６４−０１とも呼ばれる）を、表５Ａに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド８２０〜８２２においてＴＧＡ終止コドンで終わることを同定した。
【０１３４】
【表５Ａ】
2005508601.tif 000055
ＮＯＶ５ａ核酸は、第１１染色体で同定され、そしてＤ．ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＤＲＯＯＡＦＰＲ｜ａｃｃ：Ｌ３１３４９．１ｍＲＮＡ（ｏｕｔ  ａｔ  ｆｉｒｓｔ（ｏａｆ）についてのｍＲＮＡ）に対して、７３３塩基中４５５塩基（６２％）の同一性を有する。
【０１３５】
配列番号１５によってコードされる開示されたＮＯＶ５ａポリペプチド（配列番号１６）は、２７３アミノ酸残基であり、そして表５Ｂに１文字コードを使用して提示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ５ａが、シグナルペプチドを有し、そして０．７５２３の確実性で細胞外に局在するようであることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ５ａはまた、０．１０００の確実性で小胞体に局在し得るか、０．１０００の確実性でマイクロボディに局在し得る。最も可能性の高い切断部位は、位置２７と位置２８の間（残基ＧＴＧ−ＡＰ）にある。
【０１３６】
【表５Ｂ】
2005508601.tif 000056
開示されるＮＯＶ５ａアミノ酸配列は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ（ショウジョウバエ）由来の４８７アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ９ＮＬＡ６タンパク質（Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔタンパク質）に対して、２７４アミノ酸残基のうち１０６アミノ酸残基（３８％）の同一性、および２７４アミノ酸残基のうち１５４アミノ酸残基（５６％）の類似性を有する。
【０１３７】
本発明に開示されるＯｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔタンパク質は、少なくとも以下の組織で発現される：脂肪、副腎（Ａｄｒｅｎａｌ  ｇｌａｎｄ）／副腎（Ｓｕｐｒａｒｅｎａｌ  ｇｌａｎｄ）、扁桃、大動脈、動脈、上行結腸、骨、骨髄、脳、褐色脂肪、軟骨、頸部、蝸牛、結腸、冠状動脈、真皮、十二指腸、表皮、毛包、心臓、海馬、腎臓、腎臓皮質、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、乳腺／乳房、子宮筋層、食道、卵巣、卵管（Ｏｖｉｄｕｃｔ）／卵管（Ｕｔｅｒｉｎｅ  Ｔｕｂｅ）／ファローピウス管、膵臓、耳下腺唾液腺、末梢血、下垂体、前立腺、呼吸細気管支、網膜、唾液腺、皮膚、小腸、脊髄、脾臓、胃、滑膜（Ｓｙｎｏｖｉｕｍ）／滑膜（Ｓｙｎｏｖｉａｌ  ｍｅｍｂｒａｎｅ）、視床、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、静脈、外陰、生物全体。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇソース、Ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴソース、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ（文献）ソース、および／またはＲＡＣＥソースを含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって誘導された。
【０１３８】
（ＮＯＶ５ｂ）
新規なセリン／トレオニンキナーゼ様タンパク質をコードする配列番号１７として同定された１３６２ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ５ｂ核酸（ＣＧ５５７６４−０２とも呼ばれる）を、表５Ｃに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド８２０〜８２２においてＴＧＡで終わることを同定した。
【０１３９】
【表５Ｃ】
2005508601.tif 000057
ＮＯＶ５ｂ核酸は、第１１染色体で同定され、そしてＤ．ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＤＲＯＯＡＦＰＲ｜ａｃｃ：Ｌ３１３４９．１ｍＲＮＡ（ｏｕｔ  ａｔ  ｆｉｒｓｔ（ｏａｆ）についてのｍＲＮＡ）に対して、７３３塩基中４５６塩基（６２％）の同一性を有する。
【０１４０】
配列番号１７によってコードされる開示されたＮＯＶ５ｂポリペプチド（配列番号１８）は、２７３アミノ酸残基であり、そして表５Ｄに１文字コードを使用して提示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ５ｂが、シグナルペプチドを有し、そして０．７５２３の確実性で細胞外に局在するようであることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ５ｂはまた、０．１０００の確実性で小胞体に局在し得るか、０．１０００の確実性でマイクロボディに局在し得る。最も可能性の高い切断部位は、位置２７と位置２８の間（残基ＧＴＧ−ＡＰ）にある。
【０１４１】
【表５Ｄ】
2005508601.tif 000058
開示されたＮＯＶ５ｂアミノ酸配列は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ（ショウジョウバエ）由来の４８７アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ９ＮＬＡ６タンパク質（Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔタンパク質）に対して、２７４アミノ酸残基のうち１０６アミノ酸残基（３８％）の同一性、および２７４アミノ酸残基のうち１５４アミノ酸残基（５６％）の類似性を有する。
【０１４２】
本発明に開示されるＮＯＶ５ｂ  Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔタンパク質は、少なくとも以下の組織で発現される：脂肪、副腎（Ａｄｒｅｎａｌ  ｇｌａｎｄ）／副腎（Ｓｕｐｒｅｒｅｎａｌ  ｇｌａｎｄ）、扁桃、大動脈、動脈、上行結腸、骨、骨髄、脳、褐色脂肪、軟骨、頸部、蝸牛、結腸、冠状動脈、真皮、十二指腸、表皮、毛包、心臓、海馬、腎臓、腎臓皮質、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、乳腺／乳房、子宮筋層、食道、卵巣、卵管（Ｏｖｉｄｕｃｔ）／卵管（Ｕｔｅｒｉｎｅ  Ｔｕｂｅ）／ファローピウス管、膵臓、耳下腺唾液腺、末梢血、下垂体、前立腺、呼吸細気管支、網膜、唾液腺、皮膚、小腸、脊髄、脾臓、胃、滑膜（Ｓｙｎｏｖｉｕｍ）／滑膜（Ｓｙｎｏｖｉａｌ  ｍｅｍｂｒａｎｅ）、視床、胸腺、甲状腺、気管、膀胱、子宮、静脈、外陰、生物全体。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇソース、Ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴソース、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ（文献）ソース、および／またはＲＡＣＥソースを含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって誘導された。
【０１４３】
ＮＯＶ５ｂはまた、表５Ｅに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０１４４】
【表５Ｅ】
2005508601.tif 000059
これらの配列の相同性は、表５Ｆに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図的に示される。
【０１４５】
【表５Ｆ】
2005508601.tif 000060
2005508601.tif 000061
2005508601.tif 000062
表５Ｇ〜Ｉは、ＮＯＶ５ａに対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記載を列挙する。これは、ＮＯＶ５ａ配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の配列に類似の性質を有することを示す。
【０１４６】
【表５Ｇ】
2005508601.tif 000063
ヒト第１１染色体由来のこの配列は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ  Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ（ＯＡＦ）タンパク質に対していくらかの配列類似性を示す新規なタンパク質をコードする。Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔは、胚帯伸長の間の細胞のクラスターにおいて、神経系発生の間中、およびライフサイクルの間中の両性の性腺において、発現される。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ遺伝子の変異は、致死性であり、神経系欠損を引き起こす。
【０１４７】
Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ５核酸は、配列が表５Ａに提供される核酸またはそのフラグメントを包含する。本発明はまた、そのＯｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしながら、任意の塩基が表５Ａに示される対応する塩基から変更され得る変異体または改変体核酸、あるいはそのような核酸のフラグメントを包含する。本発明はさらに、配列がちょうど記載された配列に相補的な核酸（ちょうど記載された核酸のいずれかに相補的である核酸フラグメントを含む）を包含する。本発明はさらに、その構造が化学改変を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれらの相補体を包含する。このような改変としては、非限定的な例として、改変塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの改変は、少なくとも一部は、改変された核酸の化学的安定性を増強するために実施され、その結果、それらは、例えば、被験体での治療的適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体または改変体のＮＯＶ５ａ核酸およびＮＯＶ５ｂ核酸、ならびにそれらの相補体において、約３８％までの塩基がこのように変化され得る。
【０１４８】
本発明の開示されたＮＯＶ５ａタンパク質は、配列が表５Ｂに提供されるＯｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様タンパク質を包含する。本発明はまた、Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしながら、任意の残基が表５Ｂに示される対応する残基から変更され得る変異体または改変体タンパク質、あるいはその機能的フラグメントを包含する。変異体または改変体タンパク質において、約６２％までの残基がこのように改変され得る。
【０１４９】
本発明の開示されたＮＯＶ５ｂタンパク質は、配列が表５Ｄに提供されるＯｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様タンパク質を包含する。本発明はまた、Ｏｕｔ  Ａｔ  Ｆｉｒｓｔ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしながら、任意の残基が表５Ｄに示される対応する残基から変更され得る変異体または改変体タンパク質、あるいはその機能的フラグメントを包含する。変異体または改変体タンパク質において、約６２％までの残基がこのように改変され得る。
【０１５０】
本発明のＮＯＶ５核酸およびタンパク質は、種々の疾患、障害および状態に関係する潜在的な治療適用に有用である。ＮＯＶ５核酸、またはそのフラグメントは、さらに、診断適用において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１５１】
ＮＯＶ５核酸およびポリペプチドは、さらに、治療方法または診断方法における使用のための本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って、生成され得る。
【０１５２】
開示されたＮＯＶ５ａポリペプチドは、複数の親水性領域を有し、これらの各々が、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、企図されるＮＯＶ５ａエピトープは、アミノ酸約４０〜７５である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ５ａエピトープは、アミノ酸約８０〜８７である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ５ａエピトープは、およそ、アミノ酸９５〜１０５、１１０〜１４５、１５５〜１８０、および２２５〜２６０である。
【０１５３】
開示されるＮＯＶ５ｂポリペプチドは、複数の親水性領域を有し、これらの各々が、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、企図されるＮＯＶ５ｂエピトープは、アミノ酸約４０〜７５である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ５ｂエピトープは、アミノ酸約８０〜９０である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ５ｂエピトープは、およそ、アミノ酸９５〜１０５、１１０〜１４５、１６０〜２２０、および２２５〜２６０である。
【０１５４】
（ＮＯＶ６）
ＮＯＶ６は、以下に開示される２つのＥｐｈＡ６／ｅｈｋ−２様タンパク質を含む。開示された配列は、ＮＯＶ６ａおよびＮＯＶ６ｂと名付けられた。
【０１５５】
（ＮＯＶ６ａ）
ＥｐｈＡ６／ｅｈｋ−２様タンパク質をコードする配列番号１９として同定された３６４１ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ６ａ核酸（ＣＧ５５７０４−０１とも呼ばれる）を、表６Ａに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１９〜２１においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド３１２４〜３１２６においてＴＧＡコドンで終わることを同定した。推定非翻訳領域を、下線で示す。
【０１５６】
【表６Ａ】
2005508601.tif 000064
2005508601.tif 000065
開示されたＮＯＶ６ａ核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＭＭＵ５８３３２｜ａｃｃ：Ｕ５８３３２．１ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓレセプターチロシンキナーゼｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、３３６７塩基のうち３０２８塩基（８９％）の同一性を有する。本発明で開示されるＥｐｈＡ６／ｅｈｋ−２は、第３染色体にマッピングされる。
【０１５７】
配列番号１９によってコードされる開示されたＮＯＶ６ａポリペプチド（配列番号２０）は、１０３５アミノ酸残基であり、そして表６Ｂに１文字コードを使用して提示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ６ａが、Ｉａ型膜タンパク質であるようであり、シグナルペプチドを含み、そして０．４６００の確実性で形質膜に局在するようであることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ６ａはまた、０．１０００の確実性で小胞体に局在するようであるか、または０．１０００の確実性で細胞外に局在するようである。最も可能性の高い切断部位は、位置２２と位置２３の間（残基ＬＴＡ−ＷＴ）にある。
【０１５８】
【表６Ｂ】
2005508601.tif 000066
開示されたＮＯＶ６ａアミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の１０３５アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ６２４１３タンパク質（ＥＰＨＲＩＮ  ＴＹＰＥ−Ａ  ＲＥＣＥＰＴＯＲ  ６  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＥＣ２．７．１．１１２）（ＴＹＲＯＳＩＮＥ−ＰＲＯＴＥＩＮ  ＫＩＮＡＳＥ  ＲＥＣＥＰＴＯＲ  ＥＨＫ−２）（ＥＰＨ  ＨＯＭＯＬＯＧＹ  ＫＩＮＡＳＥ−２））に対して１０３５アミノ酸残基のうち１００８アミノ酸残基（９７％）の同一性、および１０３５アミノ酸残基のうちの１０２１アミノ酸残基（９８％）の類似性を有する。
【０１５９】
ＮＯＶ６ａは、少なくとも胚、精巣、Ｂ細胞、脳、耳、卵巣、胸腺、および脾臓において発現される。
【０１６０】
（ＮＯＶ６ｂ）
ＥｐｈＡ６／ｅｈｋ−２様タンパク質をコードする配列番号２１として同定された３６９２ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ６ｂ核酸（ＣＧ５５７０４−０３とも呼ばれる）を、表６Ｃに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１９〜２１においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド３１２４〜３１２６においてＴＧＡ終止コドンで終わることを同定した。推定非翻訳領域を、開始コドンの上流および終止コドンの下流で見出し、そして下線で示す。
【０１６１】
【表６Ｃ】
2005508601.tif 000067
2005508601.tif 000068
開示されたＮＯＶ６ｂ核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＭＭＵ５８３３２｜ａｃｃ：Ｕ５８３３２．１  ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓレセプターチロシンキナーゼｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、３３６７塩基中３０２８塩基（８９％）の同一性を有する。
【０１６２】
配列番号２１によってコードされる、開示されたＮＯＶ６ｂポリペプチド（配列番号２２）は、１０３５個のアミノ酸残基であり、表６Ｄにおいて一文字アミノ酸コードを使用して示される。ＳｉｇｎａｌＰ結果、Ｐｓｏｒｔ結果および／またはヒドロパシー結果は、ＮＯＶ６ｂがＩａ型膜タンパク質であるようであり、シグナルペプチドを含み、そして０．４６００の確実性を有して原形質膜に局在するようであることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ６ｂはまた、０．１０００の確実性を有して小胞体に、０．１０００の確実性を有して細胞外に局在するようである。最も可能性のある切断部位は、２２位と２３位との間（残基ＬＴＡ−ＷＰ）である。
【０１６３】
【表６Ｄ】
2005508601.tif 000069
開示されたＮＯＶ６ｂアミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の、１０３５アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ６２４１３タンパク質（エフリンＡ型レセプター６前駆体（ＥＣ２．７．１．１１２）（チロシンタンパク質キナーゼレセプターＥＨＫ−２）（ＥＰＨ相同性キナーゼ−２））に対して、１０３５アミノ酸残基中１００８残基（９７％）の同一性、および１０３５アミノ酸残基中１０２１残基（９８％）の類似性を有する。
【０１６４】
ＮＯＶ６ｂは、少なくとも肺、精巣、およびＢ細胞、脳、耳、卵巣、胸腺ならびに脾臓に発現される。
【０１６５】
【表６Ｅ】
2005508601.tif 000070
2005508601.tif 000071
これらの配列の相同性は、表６Ｆに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０１６６】
【表６Ｆ】
2005508601.tif 000072
2005508601.tif 000073
2005508601.tif 000074
2005508601.tif 000075
2005508601.tif 000076
2005508601.tif 000077
表６Ｇは、ＮＯＶ６に対するドメイン分析結果からのドメインの記載を列挙する。これは、ＮＯＶ６配列が、このドメインを含むことが知られている他のタンパク質の特性と類似の特性を有することを示す。
【０１６７】
【表６Ｇ】
2005508601.tif 000078
本発明の遺伝子は、癌遺伝子の最大のファミリーを構成するレセプターチロシンキナーゼのスーパーファミリーに属するマウスＥｐｈＡ６（ｍ−ｅｈｋ２としてもまた既知である）のオルソログである。このファミリーとしては、著名な増殖因子（例えば、上皮増殖因子、血小板由来増殖因子など）のレセプターが挙げられる。このスーパーファミリーのメンバーは、細胞の形状、移動、分化および増殖に影響を与える。
【０１６８】
このスーパーファミリーにおいて、Ｅｐｈｒｉｎ（Ｅｐｈ）レセプターは、最大のサブファミリーを構成する。Ｅｐｈレセプターおよびそれらのリガンドであるエフリン（ｅｐｈｒｉｎ）は、いくつかの正常な発達プロセスにおいて含まれることが知られている。このプロセスとしては、セグメント化構造の形成、軸索誘導、細胞接着および脈管形成の発達が挙げられる。エフリンレセプターは、主要な２つのサブタイプに分類される：ＥｐｈＡレセプターは、ＧＰＩ−アンカー型エフリンＡリガンドに結合するが、ＥｐｈＢレセプターは、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを有するエフリン−Ｂタンパク質に結合する。ＥｐｈＡ６レセプターは、マウス脳および内耳（蝸牛を含む）に高度に発現される。このレセプターはまた、発達の間に、霊長類新皮質の特定の領域において、他のエフリンレセプターと比較して差示的に発現される。さらに、ニワトリの発達中の網膜および視蓋において見出される。ゆえに、ＥｐｈＡ６レセプターは、これらの構造の発達に関連され得る。これは、本発明のタンパク質に類似する、保存されたエフリンおよびタンパク質キナーゼドメインを存在を示す。ゆえに、本発明のタンパク質は、種々の組織の発達および／または発育不全に関与し得る（参考として援用される以下の文献：
【０１６９】
【数１】
2005508601.tif 000079
を参照のこと）。
【０１７０】
エフリンドメイン（ＩＰＲ００１０９０）は、エフリンおよびエフリンレセプターの特徴である。ＩＰＲ０００７１９は、真核生物タンパク質キナーゼに特徴的な触媒ドメインである。この触媒ドメインのＮ末端において、リジン残基の近傍にグリシンリッチストレッチの残基が存在する。これは、ＡＴＰ結合に関与することが示されている。この触媒ドメインの中央部において、酵素の触媒活性に重要である、保存されたアスパラギン酸残基が存在する。フィブロネクチンＩＩＩ型リピート領域（ＩＰＲ００１７７７）は、約１００アミノ酸のドメインであり、この領域の種々のタンデムリピートは、ＤＮＡ、ヘパリンおよび細胞表面に対する結合部位を含む。ＦｎＩＩＩリピートを含むと考えられている配列のスーパーファミリーは、４５個の異なるファミリーを示し、この大部分は、ある様式で細胞表面結合に関与するか、またはレセプタータンパク質チロシンキナーゼもしくはサイトカインレセプターである。無菌（ｓｔｅｒｉｌｅ）αモチーフ（ＳＡＭ）ドメイン（ＩＰＲ００１６６０）は、多くの生物学的プロセスに関連する広範な種々のタンパク質に存在する、推定のタンパク質相互作用モジュールである。ＳＡＭドメインは、ホモオリゴマー化およびヘテロオリゴマー化して、特異的なタンパク質−タンパク質相互作用を媒介することが示されている。これは、本発明の配列が、これらのドメインを含むことが公知である他のタンパク質の特性に類似し、そしてこれらのドメインの特性に類似する特性を有することを、示す。
【０１７１】
ＥｐｈＡ６様タンパク質をコードする、開示された本発明のＮＯＶ６ａ核酸は、その配列が表６Ａに提供される核酸またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、変異体核酸もしくは改変体核酸またはそのような核酸のフラグメントを含み、これらの変異体核酸または改変体核酸の任意の塩基は、表６Ａに示される対応する塩基から変化され得るが、なおそのＥｐｈＡ６様活性および生理学的機能を保持するタンパク質をコードする。本発明はさらに、その配列がまさに記載される配列に相補的である核酸を含み、まさに記載される核酸のいずれかに相補的である核酸フラグメントを含む。本発明はさらに、核酸または核酸フラグメント、あるいはその相補体を含み、その構造は、化学的改変を含む。このような改変としては、非限定的な例として以下が挙げられる：改変された塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化される核酸。これらの改変は、改変された核酸の化学的安定性を増強するために、少なくとも一部行われ、その結果、これらは、例えば、アンチセンス結合核酸として、被験体での治療適用において使用され得る。変異体タンパク質または改変体タンパク質において、残基の約３％までが、そのように変化され得る。
【０１７２】
開示された本発明のＮＯＶ６ｂタンパク質は、その配列が表６Ｄに提供されるＥｐｈＡ６様タンパク質を含む。本発明はまた、変異体タンパク質もしくは改変体タンパク質またはその機能的フラグメントを含み、これらの変異体タンパク質または改変体タンパク質の任意の残基は、表６Ｄに示される対応する残基から変化され得るが、なおそのＥｐｈＡ６様活性および生理学的機能を保持するタンパク質をコードする。変異体核酸または改変体核酸、およびこれらの相補体において、塩基の約１１％までが、そのように変化され得る。変異体タンパク質または改変体タンパク質において、残基の約３％までが、そのように変化され得る。
【０１７３】
本発明についての上記の明確にされた情報は、ＥｐｈＡ６様タンパク質（ＮＯＶ６）がＥｐｈｒｉｎレセプターファミリーのメンバーとして機能し得ることを、示唆する。ゆえに、本明細書中で同定されたＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６タンパク質は、以下に示されるような種々の病理学および障害（しかし、これらに限定されない）に関連する潜在的治療適用において有用であり得る。本発明についての潜在的治療適用としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：タンパク質治療剤、低分子薬物標的、抗体標的（治療、診断、薬物標的化／細胞傷害性抗体）、診断マーカーおよび／または予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去）、研究ツール、本明細書中で規定されるものを構成する全ての組織および細胞型（しかしこれらに限定されない）のインビボおよびインビトロでの組織再生。
【０１７４】
ＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６タンパク質は、例えば、以下に罹患する患者の処置に有用である：血友病、凝固能亢進症（ｈｙｐｅｒｃｏａｇｕｌａｔｉｏｎ）、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損症、移植片対宿主疾患、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、喘息、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、多産（ｆｅｒｔｉｌｉｔｙ）、癌、発達障害、ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０１７５】
ＮＯＶ６タンパク質をコードする新規なＮＯＶ６核酸またはそのフラグメントはさらに、診断適用に有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量は、評価されるべきである。これらの物質はさらに、治療法または診断法における使用のための、本発明の新規物質を免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。
【０１７６】
ＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６ポリペプチドはさらに、治療法または診断法における使用のための、本発明の新規物質を免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野において公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ６ａタンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ６ａエピトープは、アミノ酸約５０〜１２５である。他の実施形態において、ＮＯＶ６ａエピトープは、アミノ酸約１７５〜２００、アミノ酸約２１０〜４００、アミノ酸約４２０〜６７５、アミノ酸約７００〜７２０、アミノ酸約７６０〜７８０、アミノ酸約７９５〜８０５、およびアミノ酸約８０６〜９５０である。開示されたＮＯＶ６ｂタンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ６ｂエピトープは、アミノ酸約５０〜１２５である。他の実施形態において、ＮＯＶ６ｂエピトープは、アミノ酸約１７５〜２００、アミノ酸約２１０〜４００、アミノ酸約４２０〜６７５、アミノ酸約７２０〜７４０、アミノ酸約７７０〜７９０、アミノ酸約７９５〜８０５、およびアミノ酸約８０６〜９５０である。この新規タンパク質はまた、種々のヒト障害の機能的分析のための強力なアッセイ系の開発において価値を有し、疾患の病理学の理解、および種々の障害に対する新たな薬物標的の開発において助力する。
【０１７７】
（ＮＯＶ７）
配列番号２３として同定された１６０７ヌクレオチドの、開示されたＮＯＶ７核酸（ＣＧ９４３２３５３８ともいわれる）は、グルコーストランスポーター様タンパク質をコードし、表７Ａに示される。ヌクレオチド６８〜７０でのＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド１５１７〜１５１９でのＴＡＧコドンで終止するオープンリーディングフレームが、同定された。
【０１７８】
【表７Ａ】
2005508601.tif 000080
2005508601.tif 000081
第１染色体に位置される、開示されたＮＯＶ７核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＵＭＧＬＵＴ５｜ａｃｃ：Ｍ５５５３１．１  ｍＲＮＡ（ヒトグルコーストランスポーター（ｔｒａｎｓｐｏｒｔ）様（ＧＬＵＴ５）ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、１３２８塩基中９３３塩基（７０％）の同一性を有する。
【０１７９】
配列番号２３によってコードされる、開示されたＮＯＶ７ポリペプチド（配列番号２４）は、４８３個のアミノ酸残基であり、表７Ｂにおいて一文字アミノ酸コードを使用して示される。ＳｉｇｎａｌＰ結果、Ｐｓｏｒｔ結果および／またはヒドロパシー結果は、ＮＯＶ７がシグナルペプチドを有し、そして０．６０００の確実性を有して原形質膜に局在するようであることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ７はまた、０．４０００の確実性を有してゴルジ体に、０．３０００の確実性を有して小胞体（膜）に、または０．３０００の確実性を有してミトコンドリア内膜に局在するようである。ＮＯＶ７ペプチドについて最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１８位と１９位との間（残基ＧＷＧ−ＮＶ）である。
【０１８０】
【表７Ｂ】
2005508601.tif 000082
2005508601.tif 000083
開示されたＮＯＶ７アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の、５０１アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ２２７３２タンパク質（グルコーストランスポーター５型、小腸（フルクトーストランスポーター））に対して、４５５アミノ酸残基中２７２残基（５９％）の同一性、および４５５アミノ酸残基中３４８残基（７６％）の類似性を有する。
【０１８１】
ＮＯＶ７はまた、表７Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に相同性を有する。
【０１８２】
【表７Ｃ】
2005508601.tif 000084
2005508601.tif 000085
これらの配列の相同性は、表７Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０１８３】
【表７Ｄ】
2005508601.tif 000086
2005508601.tif 000087
2005508601.tif 000088
表７Ｅは、ＮＯＶ７に対するＤＯＭＡＩＮ分析からのドメインの記載を列挙する。これは、ＮＯＶ７配列がこのドメインを含むことが公知の他のタンパク質のドメインに類似の特性を有することを示す。
【０１８４】
【表７Ｅ】
2005508601.tif 000089
糖輸送は、エネルギー貯蔵および代謝として、身体での多くの細胞型の重要な機能であり、そしてその欠損は、種々のヒト疾患を引き起こす。例えば、グルコース輸送体４（ＧＬＵＴ４）は、インシュリン感受性グルコース取り込みに重要である。新規の糖輸送体は、肥満症、糖尿病、および癌標的に重要であり得る（Ｈｕｎｄａｌ  ＨＳら、Ａｄｖ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  Ｂｉｏｌ  １９９８；４４１：３５−４５）。
【０１８５】
生化学的研究および免疫細胞化学的研究は、ＧＬＵＴ１およびＧＬＵＴ４に加え、ヒト骨格筋はまた、ＧＬＵＴ５  ヘキソース輸送体を発現することを明らかにした。ＧＬＵＴ５の亜細胞性の分布は、ＧＬＵＴ４とは別個であり、筋細胞膜中に排他的に局在される。ＧＬＵＴ５の基質選択性はまた、フルクトース輸送体として最初に作動する点で、ＧＬＵＴ１およびＧＬＵＴ４の基質選択性と異なると考えられる。この示唆と一致して、単離されたヒト筋細胞膜小嚢における研究は、フルクトース輸送は、４７７＋／−３７ｐｍｏｌ．ｍｇタンパク質−１分−１のＶｍａｘおよび８．３＋／−１．２ｍＭのＫｍを有する飽和性反応速度論に従うことを示した。グルコース取り込みと異なり、筋細胞膜小嚢におけるフルクトース輸送は、サイトカラシンＢによって阻害されず、このことは、グルコースおよびフルクトースが、ヒト筋肉内への取込の共通の経路を共有する可能性の低いことを示唆する。ＧＬＵＴ４の形質膜へのトランスロケーションの増加を介するグルコースの取込を刺激する筋肉運動は、フルクトース輸送または筋細胞膜のＧＬＵＴ５含量を増加しない。対照的に、四肢不動化の結果誘導される筋肉の無活動（ｉｎａｃｔｉｖｉｔｙ）は、筋肉のＧＬＵＴ４発現において顕著な減少を引き起こし、ＧＬＵＴ５に対して検出可能な効果を有しなかった。ヒト筋肉でのフルクトース輸送体の存在は、この組織が、フルクトースが解糖および糖生成の両方のために使用され得ることを示す研究と一致する。しかし、ＧＬＵＴ５を介したフルクトースの供給が生理学的状態および病態生理学的状態の両方の間のヒト筋肉のエネルギー要求の最中に重要である全ての範囲において、さらなる調査を必要とする問題が残存する。
【０１８６】
開示される本発明のＮＯＶ７核酸は、グルコース輸送体様タンパク質をコードしており、その配列が表７Ａにおいて提供される核酸またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、変異体核酸または改変体核酸、またはこのような核酸のフラグメントを含み、これらの塩基のいずれかは、表７Ａに示される対応する塩基から変更され得るが、そのグルコース輸送体様活性および生理学的機能を保持するタンパク質をなおコードする。本発明はさらに、配列がまさに記載されたこれらの配列に相補的な核酸を含み、この核酸は、まさに記載された任意の核酸に相補的である核酸フラグメントを含む。本発明はさらに、その構造が化学的改変を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれに対する相補体を含む。このような改変としては、非限定的な例示の目的で、改変された塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化されている核酸が挙げられる。これらの改変は、改変された核酸の化学安定性を少なくとも部分的に増強するために、例えば、被験体での治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得るように実施される。変異体核酸または改変体核酸、およびそれらの相補体において、塩基の約３０％までが、このように変化され得る。
【０１８７】
開示される本発明のＮＯＶ７タンパク質は、その配列が表７Ｂで提供されるグルコース輸送体様タンパク質を含む。変異体タンパク質または改変体タンパク質（それらの任意の残基が、表７Ｂに示される対応する残基から変化され得るが、なおもそのグルコース輸送体様の活性および生理学的機能を維持するタンパク質をコードする）、あるいはその機能フラグメントも含む。変異体タンパク質または改変体タンパク質において、残基の約４１％までは、このように変化され得る。
【０１８８】
本明細書中に開示されるグルコース輸送体様タンパク質および核酸（ＮＯＶ７）についてのそのタンパク質の類似性情報、発現パターン、およびマッピング位置は、このＮＯＶ７が、グルコース輸送体ファミリーに特徴的な重要な構造および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７タンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。これらは、核酸またはタンパク質の特異的または選択的な診断マーカーおよび／または予後マーカーとして（ここで、その核酸またはタンパク質の存在および量が評価される）、ならびに潜在的な治療適用（例えば、以下：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体の標的（治療標的、診断標的、薬剤標的化／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物として役立つことを含む。
【０１８９】
本発明のＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７タンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害および／または他の病理学に関連する潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：肥満症、糖尿病、癌、炎症、ＣＮＳ疾患ならびに他の疾患、障害、および状態など。ＮＯＶ７核酸またはそのフラグメントは、診断適用においてさらに有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が、評価されるべきである。
【０１９０】
ＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７ポリペプチドはさらに、本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において、治療方法または診断方法における使用のために有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。例えば、この開示されるＮＯＶ７タンパク質は、複数の親水性領域を有し、この各々が、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、企図されるＮＯＶ７エピトープは、アミノ酸約２０〜４０である。他の実施形態において、企図されるＮＯＶ７エピトープは、アミノ酸２００〜２５０、アミノ酸２６０〜２６５、アミノ酸３６０〜３６５、またはアミノ酸４４０〜４６０である。この新規なタンパク質はまた、種々のヒト障害の機能的分析のための強力なアッセイ系の開発において価値を有し得、これが、疾患の病理学の理解において、そして種々の障害のための新しい薬物標的の開発において助けとなる。
【０１９１】
（ＮＯＶ８）
開示される、３２７０ヌクレオチドのＮＯＶ８核酸は、配列番号２５（Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ９５５４５−０１とも呼ばれる）として同定され、新規のＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質をコードしており、表８Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３０９〜３１１のＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド２５５０〜２５５２でのＴＧＡコドンで終止することが同定された。
【０１９２】
【表８Ａ】
2005508601.tif 000090
配列データベースの検索において、例えば、本発明の核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＭ８０２１３５｜ａｃｃ：ＡＬ１３７４３２．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ；ｃＤＮＡ  ＤＫＦＺｐ７６１Ｅ１８２４（クローンＤＫＦＺｐ７６１Ｅ１８２４由来）；部分的ｃｄｓ）に対して、２４３１塩基のうち２４２８塩基（９９％）の同一性を有することが、見出された。
【０１９３】
開示される、配列番号２５によってコードされるＮＯＶ８ポリペプチド（配列番号２６）は、７４７アミノ酸残基を有し、そして表８Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ８がＩａ型膜タンパク質であり、シグナルペプチドを有し、そして０．９１９０の確実度で形質膜に局在されるようであることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ８はまた、０．１００の確実度で小胞体（膜）に、そして０．２０００の確実度でリソソームに局在され得る。ＮＯＶ８についての最も有望な切断部位は、２９位と３０位との間（ＡＡＧ−ＡＰ）である。
【０１９４】
【表８Ｂ】
2005508601.tif 000091
配列データベースの検索は、ＮＯＶ８アミノ酸配列が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来の５７０アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＮＴＡ７タンパク質（ヒト）（ＨＹＰＯＴＨＥＴＩＣＡＬ  ６３．７ＫＤＡタンパク質）に対して、５７０アミノ酸残基のうち５７０アミノ酸残基（１００％）の同一性を、そして５７０アミノ酸残基のうち５７０アミノ酸残基（１００％）の類似性を有することを示す（図３Ｂ）。
【０１９５】
ＮＯＶ８は、染色体１１ｐ１５．３に位置し、そして少なくとも以下で見出される：副腎／腎上体、扁桃、大動脈、骨髄、脳、結腸、真皮、十二指腸、心臓、海馬、視床下部、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、膵臓、下垂体、胎盤、網膜、小腸、脊髄、脾臓、黒質、滑膜（Ｓｙｎｏｖｉｕｍ）／滑膜（Ｓｙｎｏｖｉａｌ  ｍｅｍｂｒａｎｅ）、精巣、視床、膀胱、子宮。この情報は、本発明に含まれる配列の組織供給源（ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源が挙げられるが、これらに限定されない）を決定することによって導かれた。
【０１９６】
ＮＯＶ８はまた、表８Ｃに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０１９７】
【表８Ｃ】
2005508601.tif 000092
これらの配列の相同性は、表８Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析で写実的に示される。
【０１９８】
【表８Ｄ】
2005508601.tif 000093
2005508601.tif 000094
2005508601.tif 000095
2005508601.tif 000096
表８Ｅは、ＮＯＶ８に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン概要を列挙する。これは、ＮＯＶ８配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性に類似の特性を有することを示す。
【０１９９】
【表８Ｅ】
2005508601.tif 000097
開示されるＮＯＶ８のＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、ヒト染色体１１ｐ１５およびマウスの第７染色体の比較配列決定により同定される。この遺伝子は、発生上のタンパク質に関連する２つの非常に重要なドメイン（ＣＵＢドメインおよびＣｌｒ、Ｃｌｓ、ｕＥＧＦ、および骨形成タンパク質において最初に見出されたドメイン）を含む。このＣＵＢドメインは、１６個の機能的に多様なタンパク質（例えば、背面−腹側パターン形成タンパク質であるトロイド（ｔｏｌｌｏｉｄ）、骨形成タンパク質１、精液粘着因子（ｓｐｅｒｍａｄｈｅｓｉｎ）のファミリー、補体小成分であるＣｌｓ／Ｃｌｒおよび神経認識分子Ａ５）において見出される。これらのほとんどのタンパク質は、発生過程に関連することが公知である。その第２のドメインは、発達中に調節されるタンパク質および精液粘着因子に、主に見出される。
【０２００】
開示される本発明のＮＯＶ８核酸は、Ｉａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質をコードしており、配列が表８Ａにおいて提供される核酸またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、改変された核酸の化学安定性を増強する変異体核酸または改変体核酸を含み、その結果、これらは、例えば、被験体での治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体核酸または改変体核酸、およびそれらの相補体において、塩基の約１％までが、このように変化され得る。
【０２０１】
開示される本発明のＮＯＶ８タンパク質は、その配列が表８Ｂで提供されるＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質を含む。本発明はまた、変異体タンパク質または改変体タンパク質（それらの任意の残基が、表８Ｂに示される対応する残基から変化され得るが、なおもそのＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様の活性および生理学的機能を維持するタンパク質をコードする）、あるいはその機能フラグメントも含む。変異体タンパク質または改変体タンパク質において、残基の約０％までは、このように変化され得る。
【０２０２】
本発明はさらに、本発明の任意のタンパク質に免疫特異的に結合する抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２）を含む。
【０２０３】
本発明に関する上記の規定された情報によって、このＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質（ＮＯＶ８）が、グルコース輸送体ファミリーのメンバーとして機能し得ることが示唆される。従って、本明細書において同定された新規なＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８タンパク質は、以下に示すような種々の病態および障害（ただし限定されない）に関連する潜在的な治療適用において有用であり得る。本発明の潜在的な治療適用としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：タンパク質治療剤、低分子薬物標的、抗体の標的（治療標的、診断標的、薬剤標的化／細胞傷害性抗体）、診断マーカーおよび／または予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除）、検索ツール、本明細書に規定される組織および細胞（ただしこれに限定されない）からなる全ての組織および細胞型のインビボおよびインビトロでの組織再生。
【０２０４】
本発明のＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８タンパク質は、癌に関連する潜在的な治療適用（炎症、自己免疫疾患、老化、および癌が挙げられるが、これらに限定されない）において有用である。例えば、Ｉａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質（ＮＯＶ８）をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質（ＮＯＶ８）は、それを必要とする被験体に投与される場合に有用であり得る。非限定的な例の目的で、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：癌、損傷、再生（インビトロおよびインビボで）、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、アテローム性動脈硬化症、動脈瘤、高血圧、線維筋性形成異常、発作、強皮症、肥満症、移植、心筋梗塞、塞栓症、心臓血管障害、バイパス手術、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵炎、肝硬変、血友病、凝固亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損、対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）、リンパ水腫、アレルギー、自己免疫疾患、アルツハイマー病、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、全身性エリテマトーデス、喘息、気腫、強皮症、ＡＲＤＳ、腎動脈狭窄、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎疾患、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０２０５】
本発明のＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質をコードするＮＯＶ８核酸および本発明のＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質、またはそのフラグメントはさらに、診断適用においてさらに有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が、評価されるべきである。
【０２０６】
ＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８ポリペプチドはさらに、新規のＮＯＶ８物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において、治療方法または診断方法における使用のために有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。この開示されるＮＯＶ８タンパク質は、複数の親水性領域を有し、この各々が、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、企図されたＮＯＶ８エピトープは、アミノ酸約４０〜３００である。別の実施形態において、ＮＯＶ８エピトープは、アミノ酸約３０５〜３６０、アミノ酸約４００〜４５０、アミノ酸約５００〜５６０、アミノ酸約５８０〜６１０、そしてアミノ酸約６２０〜６８０である。これらの新規なタンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これが、疾患の病理学の理解において、そして種々の障害のための新しい薬物標的の開発において助けとなる。
【０２０７】
（ＮＯＶ９）
開示される、２５０７ヌクレオチドのＮＯＶ９核酸は、配列番号２７（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ９５５４５−０２と指定される）として同定され、新規のＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ−含有ドメイン様タンパク質をコードしており、表９Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３０９〜３１１で始まり、そしてヌクレオチド２４６９〜２４７１で終止することが同定された。推定の非翻訳領域を下線で示す。
【０２０８】
【表９Ａ】
2005508601.tif 000098
開示される、第９染色体に局在するＮＯＶ９核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＸ０５００１９｜ａｃｃ：ＡＸ０５００１９．１  ｍＲＮＡ（特許ＷＯ００７１７１０の配列３２）に対して、１７４７塩基の内１７４７塩基（１００％）の同一性を有する（図３Ａ）。本発明のこのタンパク質のアミノ酸配列全てが、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の５７０アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＮＴＡ７タンパク質（ＨＹＰＯＴＨＥＴＩＣＡＬ  ６３．７ＫＤＡタンパク質）に対して、４４１アミノ酸残基のうち４４０アミノ酸残基（９９％）の同一性、および４４１アミノ酸残基のうち４４１アミノ酸残基（１００％）の類似性を有することが、見出された。
【０２０９】
配列番号２７によってコードされる、開示されるＮＯＶ９ポリペプチド（配列番号２８）は、７２０のアミノ酸残基を有し、一文字アミノコードを使用して、表９Ｂに表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ結果、Ｐｓｏｒｔ結果および／またはヒドロパシー結果は、ＮＯＶ９がＩａ型膜タンパク質であり、シグナルペプチドを有し、そして０．９１９０の確実性で血漿膜において局在化されるようであることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ９はまた、０．１００の確実性をもって小胞体（膜）に局在化され得、そして０．２０００の確実性をもってリソソームに局在化され得る。ＮＯＶ９について最も起こり得る切断部位は、２９位と３０位との間の、ＡＡＧ−ＡＰである。
【０２１０】
【表９Ｂ】
2005508601.tif 000099
配列データベースのサーチは、ＮＯＶ９アミノ酸配列がＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の５７０アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＮＴＡ７タンパク質（ＨＹＰＯＴＨＥＴＩＣＡＬ６３．７ＫＤＡ  ＰＲＯＴＥＩＮ）に対して、４４１アミノ酸残基中４４０アミノ酸残基（９９％）が同一であり、そして４４１アミノ酸残基中４４１アミノ酸残基（１００％）が類似である。
【０２１１】
ＮＯＶ９は、少なくとも膵臓、胎盤、神経系、腫瘍組織、脳および視床下部において発現される。
【０２１２】
開示されるＮＯＶ９ポリペプチドは、表９Ｃに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２１３】
【表９Ｃ】
2005508601.tif 000100
これらの配列と他の配列との間の相同性は、表９Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図式的に示される。ＮＯＶ９タンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷ配列および本明細書中における全ての他のＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、黒色で示したアミノ酸残基は、保存された配列の領域（すなわち、構造的特性または機能的特性を保存するのに必要とされ得る領域）を示し、一方で、強調されていないアミノ酸残基は、保存されず、タンパク質構造またはタンパク質機能を変更することなく、はるかに広い程度まで潜在的に変更され得る。
【０２１４】
【表９Ｄ】
2005508601.tif 000101
2005508601.tif 000102
2005508601.tif 000103
2005508601.tif 000104
表９Ｅは、ＮＯＶ９に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン記述を列挙する。これは、ＮＯＶ９配列がこのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と同様の特性を有することを示す。
【０２１５】
【表９Ｅ】
2005508601.tif 000105
開示されたＮＯＶ９ポリヌクレオチドは、ヒト染色体１１ｐ１５およびマウス染色体７の比較配列決定によって同定される、Ｉａ型膜Ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質をコードする。この遺伝子は、発育タンパク質に関連した２個の非常に重要なドメイン、すなわち、ＣＵＢドメインならびにＣ１ｒ、Ｃ１ｓ、ｕＥＧＦ、および骨形態形成タンパク質に最初に見出されるドメインを含む。このＣＵＢドメインは、１６の機能的に多様なタンパク質（例えば、背腹パターニングタンパク質トロイド（ｄｏｒｓｏ−ｖｅｎｔｒａｌ  ｐａｔｔｅｒｎｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｏｌｌｏｉｄ）、骨形態形成タンパク質１、精子付着因子のファミリー、相補的サブコンポーネントＣ１ｓ／Ｃ１ｒおよび神経認識分子Ａ５）において、見出される。これらのタンパク質のほとんどは、発生過程に関与することが公知である。この第２のドメインは、ほとんど発生的に調節されたタンパク質と精子付着因子との間で見出される。
【０２１６】
Ｉａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質をコードする本発明の開示されるＮＯＶ９核酸は、表９Ａに提供される配列を有する核酸、またはそれらのフラグメントを含む。本発明はまた、変異体核酸もしくは改変体核酸（これらの塩基のいずれも、表９Ａに示される対応する塩基から変更され得る一方で、そのＩａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおもコードする）、またはこのような核酸のフラグメントを含む。本発明は、ちょうど記載された配列と相補的な配列を有する核酸をさらに含み、この核酸としては、ちょうど記載された核酸のいずれかに対して相補的である核酸フラグメントが挙げられる。本発明はさらに、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれらの相補体を含み、それらの構造体は化学改変体を含む。このような改変体の非限定的な例として、改変された塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化される核酸が挙げられる。これらの改変は、改変された核酸の化学的安定性を向上させるために少なくとも一部行われ、その結果、それらは、例えば、被験体における治療学的適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。
【０２１７】
本発明の開示されるＮＯＶ９タンパク質は、表９Ｂに提供される配列を有するＩａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質を含む。本発明はまた、変異体タンパク質もしくは改変体タンパク質（それらの残基のいずれかは、表２に示される対応する残基から変更され得る一方で、なお、Ｉａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をコードする）、またはそれらの機能的フラグメントを含む。変異体タンパク質もしくは改変体タンパク質において、その残基の約１％までは、そのように変更され得る。
【０２１８】
本発明は、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２のような抗体および抗体フラグメントをさらに包含し、これらは本発明のタンパク質のいずれかと免疫特異的に結合する。
【０２１９】
本発明について上で規定された情報は、このＩａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質（ＮＯＶ９）がファミリーのメンバーとして機能し得ることを、示唆する。それ故に、本明細書中において同定されたＮＯＶ９核酸およびタンパク質は、以下に示されるような種々の病理および障害（これらに限定されない）に関与する潜在的で治療学的な適用において有用であり得る。本発明についての潜在的な治療学的適用として、タンパク質治療薬、低分子薬物標的、抗体標的（治療薬、診断薬、薬物標的／細胞障害性抗体）、診断学的マーカーおよび／または予後的マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除）、検索ツール、本明細書中で規定されたものを構成するが、これらに限定されない、全ての組織および細胞型のインビボおよびインビトロでの組織再生が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２２０】
本発明のＮＯＶ９核酸およびタンパク質は、癌、肝硬変、または糖尿病についてのｔｒｏｇｌｉｔａｚｏｎｅ処置におけるような肝臓毒性および損傷；脳およびＣＮＳ障害（癌、パーキンソン病、アルツハイマー病、癲癇、精神分裂症ならびに同様の他の疾患、障害および状態を含む）に関与する潜在的で治療学的な適用において有用である。例えば、Ｉａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質（ＮＯＶ９）をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、このＩａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質（ＮＯＶ９）は、それらを必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非限定的な例のために、本発明の組成物は、癌、糖尿病、肥満、受胎能および他の疾患、障害および状態に罹患した患者の処置のための効力を有する。本発明のＩａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質をコードするＮＯＶ９核酸、およびＩａ型膜ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様タンパク質、またはそれらのフラグメントは、さらに診断学的適用において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量は、評価されるべきである。
【０２２１】
ＮＯＶ９核酸およびポリペプチドは、治療学的方法または診断学的方法における使用のための新規なＮＯＶ９物質に対して免疫特異的に結合する抗体の発生において、さらに有用である。これらの抗体は、以下の「Ａｎｔｉ−ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って、発生され得る。この開示されたＮＯＶ９タンパク質は、多くの親水性領域を有し、その各々は免疫源として有用であり得る。１実施形態において、企図されたＮＯＶ９エピトープは、約アミノ酸４０〜３００由来である。別の実施形態において、ＮＯＶ９エピトープは、約アミノ酸３０５〜３６０由来、約４００〜４５０由来、約５００〜５６０由来、約５８０〜６１０由来、および約６２０〜６８０由来である。これらの新規なタンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系に使用され得、これは、疾患の病理学の理解および種々の障害のための新規な薬物標的の開発において役立つ。
【０２２２】
（ＮＯＶ１０）
ＮＯＶ１０は、以下に開示された２つのブチロフィリン様タンパク質を含む。この開示された配列は、ＮＯＶ１０ａおよびＮＯＶ１０ｂと名付けられている。
【０２２３】
（ＮＯＶ１０ａ）
新規なブチロフィリン様タンパク質をコードする配列番号２９（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５５７４６−０１と表される）として同定された８６１ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１０ａ核酸は、表１０Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド４６〜４８においてＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド７９３〜７９５においてＴＧＡコドンで終わると同定された。もしあるとしたら、推定非翻訳領域は、開始コドンより上流でおよび終止コドンより下流に見出される。
【０２２４】
【表１０Ａ】
2005508601.tif 000106
公的な配列データベースのサーチにおいて、ＮＯＶ１０ａ核酸配列（染色体９に対して対応付けされる）は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓｃＤＮＡ  ＦＬＪ１１０１０ｆｉｓ、クローンＰＬＡＣＥ１００３１４５）由来のｍＲＮＡ（ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＫ００１８７２｜ａｃｃ：ＡＫ００１８７２．１）に対して、４７３塩基中４６７塩基（９８％）が同一である
配列番号２９によってコードされる、開示されるＮＯＶ１０ａポリペプチド（配列番号３０）は、２４９のアミノ酸残基を有し、一文字アミノ酸コードを使用して、表１０Ｂに表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ結果、Ｐｓｏｒｔ結果および／またはヒドロパシー結果は、ＮＯＶ１０ａがＩａ型膜タンパク質であり、シグナルペプチドを有し、そして０．４６００の確実性で血漿膜において局在化されることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ１０ａはまた、０．３７００の確実性をもって小胞体（膜）に局在化され得、そして０．３０００の確実性をもってリソソームに局在化され得る。ＮＯＶ８について最も起こり得る切断部位は、１７位と１８位との間の、ＴＶＰ−ＫＨである。
【０２２５】
【表１０Ｂ】
2005508601.tif 000107
配列データベースのサーチは、ＮＯＶ１０ａアミノ酸配列が、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の２４７アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＷＵＬ５タンパク質（ＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ−ＬＩＫＥ  ＰＲＯＴＥＩＮ）に対して、２３１アミノ酸残基のうちの１５９アミノ酸残基（６８％）同一であり、そして２３１アミノ酸残基のうちの１８２アミノ酸残基（７８％）類似である。
【０２２６】
ＮＯＶ１０ａは、少なくとも骨髄、肺、精巣、胸腺、子宮、生物全体において、発現される。
【０２２７】
（ＮＯＶ１０ｂ）
新規なブチロフィリン前駆体（ＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ）Ｂ７−ＤＣ様タンパク質をコードする、配列番号３１として同定される６６０ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ１０ｂ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５５７４６−０５と表される）は、表１０Ｃに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３４〜３６で始まり、ヌクレオチド５８３〜５８５で終止すると同定された。推定非翻訳領域は、下線によって示される。
【０２２８】
【表１０Ｃ】
2005508601.tif 000108
公的な配列データベースのサーチにおいて、ＮＯＶ１０ｂ核酸配列（染色体９に対して対応付けされる）は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓブチロフィリン前駆体Ｂ７−ＤＣｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）由来のｍＲＮＡ（ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ３２９１９３｜ａｃｃ：ＡＦ３２９１９３．１）に対して３９６塩基のうち３９４塩基（９９％）同一である。
【０２２９】
配列番号３１によってコードされる、開示されたＮＯＶ１０ｂポリペプチド（配列番号３２）は、１８３のアミノ酸残基を有し、一文字アミノ酸コードを使用して、表１０Ｄに表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ結果、Ｐｓｏｒｔ結果および／またはヒドロパシー結果は、ＮＯＶ１０ｂがＩＩ型膜タンパク質であり、シグナルペプチドを有し、そして０．８４６３の確実性でミトコンドリア内膜において局在化されるようであることを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ１０ｂはまた、０．４４００の確実性をもって原形質膜に局在化され得、０．３００８の確実性をもってミトコンドリア膜間空間に局在化され得、そして０．２３１７の確実性をもってミトコンドリアマトリクス空間に局在化され得る。ＮＯＶ１０ｂについて最も起こり得る切断部位は、１９位と２０位との間の、ＩＡＡ−ＬＦである。
【０２３０】
【表１０Ｄ】
2005508601.tif 000109
配列データベースのサーチは、ＮＯＶ１０ｂアミノ酸配列が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト））由来の２７３アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＢＱ５１タンパク質（ブチロフィリン前駆体Ｂ７−ＤＣ（ＰＤ−１−リガンド２タンパク質）に対して、１２９アミノ酸残基のうちの１２１アミノ酸残基（９３％）同一であり、そして、１２９アミノ酸残基のうちの１２１アミノ酸残基（９３％）が類似であることを明らかにする。
【０２３１】
ＮＯＶ１０Ｂ、すなわち本発明において開示されたブチロフィリン前駆体Ｂ７−ＤＣ様遺伝子は、少なくとも以下の組織：骨髄、肺、精巣、胸腺、子宮、生物全体において、発現される。
【０２３２】
開示されたＮＯＶ１０ｂポリペプチドは、表１０Ｅに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されたアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２３３】
【表１０Ｅ】
2005508601.tif 000110
これらの配列と他の配列との間の相同性は、表１０Ｆに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図式的に示される。ＮＯＶ１０ａタンパク質およびＮＯＶ１０ｂタンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷ配列、ならびに本明細書中における全ての他のＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、黒色で示したアミノ酸残基は、保存された配列の領域（すなわち、構造的特性または機能的特性を保存するのに必要とされ得る領域）を示し、一方で、強調されていないアミノ酸残基は、ほとんど保存されず、タンパク質構造またはタンパク質機能を変更することなく、はるかに広い程度まで潜在的に変更され得る。
【０２３４】
【表１０Ｆ】
2005508601.tif 000111
2005508601.tif 000112
表１０Ｇは、ＮＯＶ１０に対するＤＯＭＡＩＮ解析結果からのドメインの記載を列挙する。これは、ＮＯＶ１０配列が、このドメインを含むことが公知である他のタンパク質の配列に類似の特性を有することを示す。
【０２３５】
【表１０Ｇ】
2005508601.tif 000113
本明細書において開示される本発明のこの遺伝子配列は、Ｂ７−免疫グロブリンファミリー酵素の新規なメンバーをコードする。具体的には、この配列は、新規のＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ様タンパク質をコードする。ＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ分子は、Ｔ細胞活性化における極めて重要な役割を担い、このことは、ＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ分子を、癌、ＡＩＤＳ、および炎症の治療のもっともらしい標的にする。本明細書中で記載されるタンパク質は、脾臓および肝臓で発現されることが知られている。このことは、狼瘡、内分泌障害、炎症および自己免疫障害、ならびに、肝臓、骨、および白血病を含む癌における役割を示し得る。
【０２３６】
ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ１０核酸は、その配列が表１０中に提供される核酸、またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、その任意の塩基が表１０において示される対応する塩基から変化し得る変異核酸または改変体核酸であるが、なおｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様活性を維持し、そして生理学的機能を有するタンパク質をコードする核酸、あるいはそのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その配列が実際に記載された配列に相補的である核酸を含み、実際に記載された任意の核酸に相補的である核酸フラグメントを含む。本発明はさらに、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれらの相補物を含み、その構造は、化学的修飾を含む。そのような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、およびその糖リン酸骨格が修飾されたか、または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、少なくとも部分的に、修飾された核酸の化学的安定性を増強するために行なわれ、その結果、これらは、例えば、被験体における治療適用において核酸に結合するアンチセンスとして使用され得る。変異体または改変体核酸、およびそれらの相補物において、約２％まで（ＮＯＶ１０）または１％まで（ＮＯＶ１０ｂ）の塩基が変更され得る。
【０２３７】
本発明の開示されるＮＯＶ１０タンパク質は、その配列が表１０Ａおよび１０Ｃにおいて提供されるｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質を含む。本発明はまた、任意の残基が表１０Ｂにおいて示される対応する残基から変更され、なおそのｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様活性および生理学的機能を維持する、タンパク質またはその機能的フラグメントをコードし得る、変異タンパク質または改変体タンパク質を含む。変異タンパク質または改変体タンパク質において、約３２％までの残基（ＮＯＶ１０ａ）または（ＮＯＶ１０ｂ）が、そのように変更され得る。
【０２３８】
本発明はさらに、本発明のいずれかのタンパク質に対して免疫特異的に結合する抗体および、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２のような、抗体フラグメントを包含する。
【０２３９】
本発明の上記に規定された情報は、このｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質（ＮＯＶ１０）が、ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎファミリーのメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、本明細書において同定されるＮＯＶ１０核酸およびタンパク質は、（限定されることはないが）以下に示される種々の病原および疾患に関連する可能性のある治療的適用において有用であり得る。本発明のための可能性のある治療的適用としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：タンパク質治療（ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ）、低分子薬剤標的、抗体標的（治療用、診断用、薬剤ターゲッティング／細胞傷害性抗体）、診断マーカーおよび／または予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去（ｇｅｎｅ  ａｂｌａｔｉｏｎ））、研究ツール、本明細書中において規定されるものを構成する（しかし限定されない）全ての組織および細胞型のインビボおよびインビトロにおける組織再生。
【０２４０】
本発明のＮＯＶ１０核酸およびＮＯＶ１０タンパク質は、下記の様々な病原および疾患を含む癌に関連する可能性のある治療的適用に有用である。例えば、ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質（ＮＯＶ１０）をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてそのｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質（ＮＯＶ１０）は、これを必要とする被験体に投与される場合に有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、以下を罹患する患者の治療に対して有効である：脳傷害（癲癇を含む）、摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤ、癌；心臓疾患、炎症および自己免疫疾患（クローン病を含む）、ＩＢＤ、狼瘡、アレルギー、リウマチおよび変形性関節症、炎症性皮膚障害、血障害、乾癬、結腸癌、白血病、ＡＩＤＳ；視床障害、代謝障害（糖尿病および肥満を含む）、肺疾患（例えば、喘息）、気腫、嚢胞性線維症、癌、多発性硬化症、膵臓障害（膵臓不全および癌を含む）；ならびに前立腺障害（前立腺癌を含む）、ならびに他の疾患、類似の障害および状態。
【０２４１】
本発明のｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質をコードするＮＯＶ１０核酸またはそのフラグメントはさらに、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される診断適用、において有用であり得る。
【０２４２】
ＮＯＶ１０核酸およびポリペプチドはさらに、治療方法および診断方法における使用のための新規なＮＯＶ１０物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項で記載されるように、疎水性チャートに基づく推測による、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＮＯＶ１０ａタンパク質は、複数の親水性領域を有し、各々が免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ１０ａエピトープは、約２５〜４０アミノ酸である。別の実施形態において、ＮＯＶ１０ａエピトープは、約５０〜７０アミノ酸、約６０〜１００アミノ酸、約１１０〜１４０アミノ酸、約１４５〜１８５アミノ酸、および約１９０〜２１０アミノ酸である。開示されるＮＯＶ１０ｂタンパク質は、複数の疎水性領域を有し、その各々が免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ１０ｂエピトープは、約５０〜８０アミノ酸である。別の実施形態において、ＮＯＶ１０ｂエピトープは、約８０〜１１０アミノ酸、約１１１〜１３０アミノ酸、および約１５０〜１７５アミノ酸である。
【０２４３】
これら新規のタンパク質は、種々のヒトの障害の機能分析についてのアッセイシステムに使用され得、疾患の病理学についての理解および種々の障害に対する新しい薬物標的の開発の助けとなる。
【０２４４】
（ＮＯＶ１１）
配列番号３３として同定される、開示される１１１５ヌクレオチドのＮＯＶ１１核酸（またＡｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５０３２９−０１と呼ばれる）は、新規のＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ様タンパク質様タンパク質をコードしており、表１１Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド４６〜４８でのＡＴＧ開始コドンで始まり、９３１〜９３３でのＴＡＡコドンで終止することが同定された。
【０２４５】
【表１１Ａ】
2005508601.tif 000114
公共の配列データベースの検索において、第１染色体に位置するＮＯＶ１１核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ２６９２３２｜ａｃｃ：ＡＦ２６９２３２．１  ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質ＢＵＴＲ−１（Ｂｕｔｒ１）ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して、７８０塩基中５０８塩基（６５％）同一である。
【０２４６】
配列番号３３によってコードされるＮＯＶ１１タンパク質（配列番号３４）は、２９５アミノ酸を有する。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシシーの結果は、ＮＯＶ１１がＩａ型膜タンパク質であり、シグナルペプチドを有し、そして０．６７９７の確実性で、ミトコンドリアマトリクス空間に局在する可能性があることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ１１タンパク質はまた、０．４０２３の確実性でミクロボディーに、０．３６８２の確実性でミトコンドリア内膜に、０．３６８２の確実性でミトコンドリア内膜空間に局在し得る。ＮＯＶ１１の最も可能性の高い切断部位は、３１位と３２位の間、ＧＮＧ−ＫＡである。
【０２４７】
【表１１Ｂ】
2005508601.tif 000115
配列データベースの検索は、ＮＯＶ１１アミノ酸配列が、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＪＫ３９タンパク質（ＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ様タンパク質ＢＵＴＲ−１）の２７５残基に対して、２７４アミノ酸残基中１４０残基の同一性（５１％）、および２７４残基中１８５残基の類似性（６７％）を有することを明らかにする。
【０２４８】
開示されたＮＯＶ１１ポリペプチドは、表１１Ｃに列挙するＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０２４９】
【表１１Ｃ】
2005508601.tif 000116
これらの配列と他の配列との間の相同性は、表１１Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。ＮＯＶ１１タンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷアライメント、および本明細書中の全ての他のＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、黒地に白抜きで示されるアミノ酸残基は、保存配列の領域（すなわち、構造的特性または機能的特性を保存するために必要とされ得る領域）を示し、強調していないアミノ酸残基は、それほど保存されておらず、そして潜在的に、タンパク質の構造または機能を変化させることなく、非常に広範な程度に変更され得る。
【０２５０】
【表１１Ｄ】
2005508601.tif 000117
2005508601.tif 000118
2005508601.tif 000119
表１１Ｅは、ＮＯＶ１１に対するＤＯＭＡＩＮ分析からのドメイン記載を列挙する。この表は、ＮＯＶ１１配列がこのドメインを含むことが公知である他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０２５１】
【表１１Ｅ】
2005508601.tif 000120
本明細書において開示される本発明のこの遺伝子配列は、Ｂ７−免疫グロブリンファミリー酵素の新規なメンバーをコードする。具体的には、この配列は、新規のＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ様タンパク質をコードする。ＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ分子は、Ｔ細胞活性化における極めて重要な役割を担い、このことは、ＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ分子を、癌、ＡＩＤＳ、および炎症の治療のもっともらしい標的にする。本明細書中で記載されるタンパク質は、脾臓および肝臓で発現されることが知られている。このことは、狼瘡、内分泌傷害、炎症傷害および自己免疫傷害、ならびに、肝臓、骨、および白血病を含む癌における役割を示し得る。
【０２５２】
多くの腫瘍が、「外来の」ペプチド抗原を提示するＭＨＣクラスＩ分子を発現するという事実にも関わらず、活発な腫瘍を破壊する免疫応答は、めったに検出されない。可能な解釈は、腫瘍が、専門的な抗原提示細胞によって提供されるような適切な同時刺激シグナルを提供し得ないということである。Ｂ７と相互作用する際、ＣＤ２８は、Ｔ細胞応答に重要な、同時刺激シグナルを誘発する。Ｂ７を有する腫瘍細胞のトランスフェクションは、抗腫瘍免疫応答が増幅され得るように、腫瘍の免疫原性を増強する。Ｂ７−ＣＤ２８の同時刺激が提供される場合、同時刺激が提供されない場合にはサイレントなエピトープに特異的なＣＴＬが、活性化され得る。従って、多くの腫瘍抗原に対するＴ細胞の無応答性は、寛容よりもむしろ無視とみなされるべきである。従って、免疫不応答（ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  ｉｇｎｏｒａｎｃｅ）は、腫瘍抗原に対して応答する免疫系の欠損に寄与し得る。
【０２５３】
免疫応答におけるＴ細胞の増殖および活性化の調節の際の同時刺激分子の重要な役割を支持する、相当の証拠が存在する。特に関連するのは、Ｔ細胞上のＣＤ２８と抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上に発現されるＢ７との間の相互作用である。活性化されたＴ細胞上に存在する別の分子であるＣＴＬＡ−４は、Ｔ細胞活性を下方制御し得るが、その役割は、不確かなままである。ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（ＣＴＬＡ４の細胞外ドメインおよびヒト免疫グロブリンＧ１（ＩｇＧ１）のＦｃ部分からなる融合タンパク質）は、免疫応答におけるＣＤ２８／Ｂ７相互作用の役割を研究をするために有用である。多くの研究は、ＣＴＬＡ４−ＩｇがＴ細胞活性をスイッチオフし得ることを示している。喘息の卵白アルブミン感受性マウスモデルにおいて、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ処置は、吸入されたアレルゲンに対する応答を抑制した（気道の反応性亢進［ＡＨＲ］の増加、ＩｇＥ産生、肺への好酸球の動員、ＩＬ−４、ＩＬ−５、およびＩＬ−１０の産生、ならびにＣＤ３−ＴＣＲ活性化Ｔ細胞からのＩＦＮγ産生の増加）。抗Ｂ７−２処置は、Ｂ７−２のＣＤ２８との相互作用が、マウスでのＴｈ−２型の炎症性応答の発達に重要であるということを示唆する、同様の効果を有する。最近の観察によると、ヒトアレルギー性疾患に関連している。インビトロでの研究は、ＣＴＬＡ４−Ｉｇまたは抗Ｂ７−２抗体が、アトピー性の被験体由来の末梢血の単核細胞により、アレルゲン誘導性増殖およびサイトカイン産生を阻害し得ることを示している。同時刺激の役割は、喘息のヒト気管支移植モデルにおいて研究されている。ＣＴＬＡ４−Ｉｇ融合タンパク質は、アトピー性喘息由来の気管支移植片でのアレルゲン誘導性のＩＬ−５およびＩＬ−１３の産生を効果的にブロックする。これらの研究は、サイトカイン産生およびアレルギー性の炎症における同時刺激分子の間の相互作用の必要性を確認し、そして、喘息におけるアレルゲン誘導性炎症に重要であるような、ＣＤ２８−Ｂ７経路を示す。霊長類における臓器移植の研究は、ＣＴＬＡ４−Ｉｇが、臓器拒絶を防止する際に非常に効果的であることを示唆する。１相の臨床試験において、尋常性乾癬を有する患者のＣＴＬＡ−４−Ｉｇ処置が十分に耐容であることを示し、そして臨床での改善を生じることが示されたが、喘息の管理の利点における役割は、さらに研究されている。
【０２５４】
自己免疫疾患（例えば、インスリン依存性糖尿病（ＩＤＤＭ））の開始および進行は、自己抗原曝露、遺伝的感受性、および自己侵略を促進する二次的な現象に依存する、複雑なプロセスである。Ｔ細胞同時刺激（ＣＤ２８／Ｂ７相互作用によって、大半が媒介される）は、マウスモデルにおいてＩＤＤＭを引き起こすＴ細胞の、活性化および分化における主要な調節経路である。本明細書において、本発明者らは、本発明者らのＩＤＤＭの２つのモデルにおける結果を要約する：非肥満糖尿病（ＮＯＤ）マウスおよび複数回の低用量のストレプトゾトシンを用いて誘導された糖尿病（ＭＤＳＤＭ）。これらモデルの両方において、ＣＤ２８／Ｂ７同時刺激の遮断は、糖尿病の発生を調節する。遮断の効果は、Ｔ細胞に送達される同族のシグナルの強度、同時刺激シグナルのタイミングとともに、そしておそらく抗原提示細胞（ＡＰＣ）において発現されるＣＤ２８リガンドでさえもと、ともに変化する。本発明者らの結果は、ＣＤ２８／Ｂ７シグナルの標的化が自己免疫糖尿病の再発の処置および防止のための実現可能なアプローチであることを示唆する。しかし、これら相互作用の動的な性質は、疾患の調節におけるその役割を明確に理解することの重要性を強調する。
【０２５５】
ＰＭＩＤ：９０４８２０９、ＵＩ：９７２００２７４。
【０２５６】
ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ１１核酸は、その配列が表１１Ａ中に提供される核酸、またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、その任意の塩基が表１１Ａにおいて示される対応する塩基から変化し得る変異核酸または改変体核酸であるが、なおｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をコードする核酸、またはそのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その配列が実際に記載された配列に相補的である核酸を含み、実際に記載された任意の核酸に相補的である核酸フラグメントを含む。本発明はさらに、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれらの相補物を含み、その構造は、化学的修飾を含む。そのような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、およびその糖リン酸骨格が修飾されたか、または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、少なくとも部分的に、修飾された核酸の化学的安定性を増強するために行なわれ、その結果、これらは、例えば、被験体における治療適用においてアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体または改変体核酸、およびそれらの相補物において、約１％まで（ＮＯＶ１１）の塩基が変更され得る。
【０２５７】
本発明の開示されるＮＯＶ１１タンパク質は、その配列が表１１Ｂにおいて提供されるｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質を含む。本発明はまた、任意の残基が表１１Ｂにおいて示される対応する残基から変更され、なおそのｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様活性および生理学的機能を維持するタンパク質またはその機能的フラグメントをコードし得る、変異タンパク質または改変体タンパク質を含む。この変異タンパク質または改変体タンパク質において、約７％までの残基が、そのように変更され得る。
【０２５８】
本発明はさらに、本発明のいずれかのタンパク質に対して免疫特異的に結合する抗体および、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２のような抗体フラグメントを包含する。
【０２５９】
本発明の上記に規定された情報は、このｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質（ＮＯＶ１１）が、ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎファミリーのメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、本明細書において同定されるＮＯＶ１１核酸およびタンパク質は、（限定されることはないが）以下に示される種々の病原および疾患に関連する可能性のある治療的適用において有用であり得る。本発明のための可能性のある治療的適用としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：タンパク質治療剤（ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ）、低分子薬剤標的、抗体標的（治療用、診断用、薬剤ターゲッティング／細胞傷害性抗体）、診断マーカーおよび／または予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去（ｇｅｎｅ  ａｂｌａｔｉｏｎ））、研究ツール、本明細書中において規定されるものを構成する（しかし限定されない）全ての組織および細胞型のインビボおよびインビトロにおける組織再生。
【０２６０】
本発明のＮＯＶ１１核酸およびＮＯＶ１１タンパク質は、下記の様々な病原および障害を含むがこれらに限定されない癌に関連する可能性のある治療的適用に有用である。例えば、ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質（ＮＯＶ１１）をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてそのｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質（ＮＯＶ１１）は、これを必要とする被験体に投与される場合に有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、以下を罹患する患者の治療に対して有効である：脳傷害（癲癇を含む）、摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤ、癌；心臓疾患、炎症および自己免疫疾患（クローン病を含む）、ＩＢＤ、狼瘡、アレルギー、リウマチおよび変形性関節症、炎症性皮膚障害、血障害；乾癬、結腸癌、白血病、ＡＩＤＳ；視床障害、代謝障害（糖尿病および肥満を含む）、肺疾患（例えば、喘息）、気腫、嚢胞性線維症、癌、多発性硬化症、膵臓障害（膵臓不全および癌を含む）；ならびに前立腺障害（前立腺癌を含む）、ならびに他の疾患、障害および状態など。本発明のｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ様タンパク質をコードするＮＯＶ１１核酸またはそのフラグメントはさらに、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される診断適用、において有用であり得る。
【０２６１】
ＮＯＶ１１核酸およびポリペプチドはさらに、治療方法および診断方法における使用のための新規なＮＯＶ１１物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項で記載されるように、疎水性チャートからの推測を用いる、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＮＯＶ１１タンパク質は、複数の親水性領域を有し、各々が免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ１１エピトープは、約２５〜５０アミノ酸である。別の実施形態において、ＮＯＶ１１エピトープは、約６０〜１４０アミノ酸である。さらなる実施形態において、ＮＯＶ１１エピトープは、約１５０〜２００アミノ酸、約２４０〜２８０アミノ酸である。これら新規のタンパク質は、種々のヒトの障害の機能分析についてのアッセイシステムに使用され得、疾患の病理学についての理解および種々の障害に対する新しい薬物標的の開発の助けとなる。
【０２６２】
（ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチド）
本発明の１つの局面は、ＮＯＶＸポリペプチドまたはその生物学的に活性な部分をコードする単離された核酸分子に関する。ＮＯＶＸコード核酸（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ）を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用するに十分な核酸フラグメント、およびＮＯＶＸ核酸分子の増幅および／または変異のためのＰＣＲプライマーとして使用するためのフラグメントもまた本発明に含まれる。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ヌクレオチドアナログを用いて生成されたＤＮＡもしくはＲＮＡのアナログ、これらの誘導体、フラグメントおよびホモログを含むことが意図される。この核酸分子は、１本鎖または２本鎖であり得るが、好ましくは、２本鎖ＤＮＡである。
【０２６３】
ＮＯＶＸ核酸は、成熟ＮＯＶＸポリペプチドをコードし得る。本明細書中で用いられる場合、本発明において開示されるポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、天然に存在するポリペプチドまたは前駆体形態もしくはプロタンパク質の産物である。この天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質としては、非限定的な例として、対応する遺伝子によりコードされる全長遺伝子産物が挙げられる。あるいは、これは、本明細書中に記載されるＯＲＦによりコードされるポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質として規定され得る。産物の「成熟」形態は、この遺伝子産物が生じる細胞、または宿主細胞内で生じ得る場合に、１以上の自然に起こるプロセシング工程の結果として（再び、非限定的な例として）生じる。「成熟」形態のポリペプチドまたはタンパク質をもたらすこのようなプロセシング工程の例としては、ＯＲＦの開始コドンによりコードされるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドもしくはリーダー配列のタンパク質分解切断が挙げられる。従って、残基１〜Ｎを有する（ここで、残基１は、Ｎ末端メチオニンである）前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、Ｎ末端メチオニンの除去後に残っている残基２〜Ｎを有する。あるいは、残基１〜Ｎ（ここで、残基１〜残基ＭのＮ末端シグナル配列が切断される）を有する前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、残っている残基Ｍ＋１〜残基Ｎの残基を有する。さらに、本明細書中で使用される場合、ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、タンパク質分解切断事象以外の翻訳後修飾の工程から生じ得る。このようなさらなるプロセスとしては、非限定的な例として、グリコシル化、ミリストイル化またはリン酸化が挙げられる。一般に、成熟ポリペプチドまたはタンパク質は、これらのプロセスの１つのみの操作またはこれらのプロセスのいずれかの組み合わせから生じ得る。
【０２６４】
本明細書中で用いられる場合、用語「プローブ」は、特定の用途に依存して、種々の長さ（好ましくは、少なくとも約１０ヌクレオチド（ｎｔ）、１００ｎｔ、または例えば、ほぼ６，０００ｎｔ程度の長さ）の核酸配列をいう。プローブは、同一の、類似の、または相補的な核酸配列の検出に用いられる。より長い長さのプローブは、一般に、天然供給源または組換え供給源から得られ、より短い長さのオリゴマープローブより高度に特異的であり、かつよりゆっくりとハイブリダイズする。プローブは、１本鎖または２本鎖であり得、そしてＰＣＲ、膜ベースのハイブリダイゼーション技術、またはＥＬＩＳＡ様技術において特異性を有するように設計され得る。
【０２６５】
本明細書中で用いられる場合、用語「単離された」核酸分子は、核酸の天然の供給源に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子である。好ましくは、「単離された」核酸は、その核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中の核酸に天然に隣接する配列（すなわち、その核酸の５’末端および３’末端に位置する配列）がない。例えば、種々の実施形態において、この単離されたＮＯＶＸ核酸分子は、核酸が由来する細胞／組織（例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓など）のゲノムＤＮＡ中の核酸分子に天然で隣接するヌクレオチド配列の約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂまたは０．１ｋｂ未満を含み得る。さらに、ｃＤＮＡ分子のような「単離された」核酸分子は、組換え技術により生成された場合、他の細胞物質もしくは培養培地を実質的に含まないこともでき、または化学的に合成される場合、化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まないこともできる。
【０２６６】
本発明の核酸分子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３のヌクレオチド配列を有する核酸分子、またはこの前述のヌクレオチド配列の相補体）は、標準的な分子生物学技術および本明細書中で提供される配列情報を用いて単離され得る。ハイブリダイゼーションプローブとして配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３の核酸配列の全部または一部を用いて、ＮＯＶＸ分子は、標準的なハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術を用いて単離され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ら（編），ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ  ２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９；およびＡｕｓｕｂｅｌ，ら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，１９９３に記載される）。
【０２６７】
本発明の核酸は、標準的なＰＣＲ増幅技術に従って、テンプレートおよび適切なオリゴヌクレオチドプライマーとして、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、または代わりにゲノムＤＮＡを用いて増幅され得る。このように増幅された核酸は、適切なベクターにクローニングされ得、そしてＤＮＡ配列分析により特徴付けられる。さらに、ＮＯＶＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的な合成技術により、例えば、自動化ＤＮＡ合成機を用いて、調製され得る。
【０２６８】
本明細書中で用いられる場合、用語「オリゴヌクレオチド」とは、一連の連結されたヌクレオチド残基をいい、このオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ反応において使用される十分な数のヌクレオチド塩基を有する。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列またはｃＤＮＡ配列に基づき得るか、またはこれらの配列から設計され得、そして特定の細胞もしくは組織中の同一の、類似の、または相補的なＤＮＡもしくはＲＮＡを増幅、確認またはこれらの存在を明らかにするために用いられる。オリゴヌクレオチドは、約１０ｎｔ長、５０ｎｔ長、または１００ｎｔ長、好ましくは、約１５ｎｔ〜３０ｎｔ長を有する、核酸配列の一部を含む。本発明の１つの実施形態において、１００ｎｔ長未満の核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３、またはその相補体の少なくとも６つの連続するヌクレオチドをさらに含む。オリゴヌクレオチドは、化学的に合成され得、そしてプローブとしても用いられ得る。
【０２６９】
別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３に示されるヌクレオチド配列、またはこのヌクレオチド配列の一部（例えば、プローブもしくはプライマーとして用いられ得るフラグメント、またはＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードするフラグメント）の相補体である核酸分子を含む。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３に示されるヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３に示されるヌクレオチド配列に十分相補的なものであり、これは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３に示されるヌクレオチド配列に対してほとんどまたは全くミスマッチなく水素結合し得、これにより安定な二重鎖を形成する。
【０２７０】
本明細書中で用いられる場合、用語「相補的」とは、核酸分子のヌクレオチド単位間のワトソンクリック塩基対形成またはフーグスティーン塩基対形成をいい、そして用語「結合」は、２つのポリペプチドもしくは化合物、または関連するポリペプチドもしくは化合物、またはこれらの組み合わせの間の物理的相互作用または化学的相互作用を意味する。結合としては、イオン性相互作用、非イオン性相互作用、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用などが挙げられる。物理的相互作用は、直接的または間接的のいずれかであり得る。間接的相互作用は、別のポリペプチドまたは化合物の効果を介し得るか、またはこの効果に起因し得る。直接的結合とは、別のポリペプチドまたは化合物の効果を介して、またはこの効果に起因して生じない相互作用をいうが、代わりに、他の実質的な化学的中間体がない。
【０２７１】
本明細書中に提供されるフラグメントは、少なくとも６個（連続する）核酸の配列または少なくとも４個（連続する）アミノ酸の配列（それぞれ、核酸の場合には、特異的なハイブリダイゼーションを可能にし、またはアミノ酸の場合には、エピトープの特異的な認識を可能にするに十分な長さ）として規定され、そして長くても全長配列未満の何らかの部分である。フラグメントは、選り抜きの核酸配列またはアミノ酸配列の任意の連続する部分に由来し得る。誘導体は、直接的にか、または改変もしくは部分的置換によってかのいずれかでネイティブな化合物から形成される、核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、ネイティブな化合物に類似する（が、同一ではない）構造を有するが、特定の構成要素または側鎖に関してそれとは異なる核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、合成物であり得るか、または進化的に異なる起源に由来し得、そして野生型と比較して、類似の代謝活性または反対の代謝活性を有し得る。ホモログは、異なる種由来の特定の遺伝子の核酸配列またはアミノ酸配列である。
【０２７２】
誘導体およびアナログは、以下に記載のように、誘導体またはアナログが、改変された核酸またはアミノ酸を含む場合、全長、または全長以外のものであり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体またはアナログとしては、種々の実施形態において、本発明の核酸もしくはタンパク質に、同一の大きさの核酸またはアミノ酸配列にわたって、または整列した配列と比較した場合（この整列は、当該分野で公知であるコンピューター相同性プログラムによって実施される）、少なくとも約７０％、８０％、または９５％の同一性（好ましい同一性は、８０〜９５％）で実質的に相同であるか、あるいはそのコードする核酸が、ストリンジェントの、中程度にストリンジェントの、または低いストリンジェントの条件下で上記のタンパク質をコードする配列の相補体にハイブリダイズし得る、領域を含む分子が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３、および以下を参照のこと。
【０２７３】
「相同な核酸配列」もしくは「相同なアミノ酸配列」、またはそれらの改変体とは、上記で考察したように、ヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルにおける相同性によって特徴付けられる配列をいう。相同なヌクレオチド配列は、ＮＯＶＸポリペプチドのアイソフォームをコードする配列をコードする。アイソフォームは、例えば、ＲＮＡの選択的スプライシングの結果として、同一の生物の異なる組織において発現され得る。あるいは、アイソフォームは、異なる遺伝子によってコードされ得る。本発明において、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の種（脊椎動物が挙げられるが、これに限定されず、従って、例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマおよび他の生物が挙げられ得る）のＮＯＶＸポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。相同なヌクレオチド配列としてはまた、天然に存在する対立遺伝子改変体および本明細書に記載されるヌクレオチド配列の変異が挙げられるが、これらに限定されない。しかし、相同なヌクレオチド配列は、ヒトＮＯＶＸタンパク質をコードする正確なヌクレオチド配列を含まない。相同な核酸配列は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３の保存的アミノ酸置換（以下を参照のこと）、ならびにＮＯＶＸの生物学的活性を保有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む。ＮＯＶＸタンパク質の種々の生物学的活性は以下に記載されている。
【０２７４】
ＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸ核酸のオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）によりコードされる。ＯＲＦは、ポリペプチドに潜在的に翻訳され得るヌクレオチド配列に対応する。ＯＲＦを含む核酸のストレッチは、終止コドンによって途切れない。全タンパク質についてのコード配列を表すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始（ｓｔａｒｔ）」コドンで始まり、そして３つの「終止（ｓｔｏｐ）」コドン（すなわち、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡ）のうちの１つで終結する。本発明の目的のために、ＯＲＦは、開始コドン、終止コドンまたはその両方を有するかまたは有さない、コード配列の任意の部分であり得る。ｂｏｎａ  ｆｉｄｅ細胞タンパク質のコードのための良好な候補としてみなされるＯＲＦについて、最小サイズの必要条件（例えば、５０アミノ酸以上のタンパク質をコードするＤＮＡストレッチ）がしばしば設定される。
【０２７５】
ヒトＮＯＶＸ遺伝子のクローニングから決定されたヌクレオチド配列は、他の細胞型（例えば、他の組織由来）におけるＮＯＶＸホモログ、ならびに他の脊椎動物由来のＮＯＶＸホモログを同定および／またはクローニングする際の使用のために設計されるプローブおよびプライマーの作製を可能にする。このプローブ／プライマーは、代表的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。このオリゴヌクレオチドは、代表的には、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３の少なくとも約１２個、約２５個、約５０個、約１００個、約１５０個、約２００個、約２５０個、約３００個、約３５０個または約４００個の連続するセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３の天然に存在する変異体のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。
【０２７６】
ヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に基づくプローブは、同じか、または相同なタンパク質をコードする転写物またはゲノム配列を検出するために使用され得る。種々の実施形態において、このプローブはさらに、プローブに付着した標識基を含み、例えば、この標識基は放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る。このようなプローブは、ＮＯＶＸタンパク質を誤って発現する細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として、例えば、被験体由来の細胞サンプル中のＮＯＶＸをコードする核酸のレベルを測定すること（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡレベルを検出すること）またはゲノムＮＯＶＸ遺伝子が変異しているかもしくは欠失しているか否かを決定することによって使用され得る。
【０２７７】
「ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」とは、特定の生物学的アッセイにおいて測定した場合に、本発明のポリペプチド（成熟形態を含む）の活性に類似するが、必ずしも同一ではない活性を示す、用量依存性を有するかまたは有さない、ポリペプチドをいう。「ＮＯＶＸの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、ＮＯＶＸの生物学的活性（ＮＯＶＸタンパク質の生物学的活性は、以下に記載される）を有するポリペプチドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３の一部を単離し、ＮＯＶＸタンパク質のコードされた部分を（例えば、インビトロでの組換え発現によって）発現させ、そしてＮＯＶＸのコードされた部分の活性を評価することによって調製され得る。
【０２７８】
（ＮＯＶＸの核酸およびポリペプチドの改変体）
本発明はさらに、遺伝コードの縮重に起因して、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３に示されるヌクレオチド配列とは異なり、従って、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同じＮＯＶＸタンパク質をコードする、核酸分子を包含する。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３３に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
【０２７９】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３および３３に示されるヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に加えて、このＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列における変化を導くＤＮＡ配列多型が、集団（例えば、ヒト集団）内に存在し得ることが、当業者によって理解される。ＮＯＶＸ遺伝子中のこのような遺伝的多型は、天然の対立遺伝子のバリエーションに起因して、集団内の個体に存在し得る。本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」とは、ＮＯＶＸタンパク質（好ましくは、脊椎動物のＮＯＶＸタンパク質）をコードするオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む核酸分子をいう。このような天然の対立遺伝子のバリエーションは、代表的には、ＮＯＶＸ遺伝子のヌクレオチド配列において１〜５％の変動を生じ得る。天然の対立遺伝子バリエーションの結果であり、かつこのＮＯＶＸポリペプチドの機能的活性を変化させない、任意および全てのこのようなヌクレオチドのバリエーションならびに得られるＮＯＶＸポリペプチド内のアミノ酸多型は、本発明の範囲内であることが意図される。
【０２８０】
さらに、他の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードし、従って、ヒトの配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３とは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあることが意図される。本発明のＮＯＶＸのｃＤＮＡの天然の対立遺伝子改変体およびホモログに対応する核酸分子は、本明細書中に開示されるヒトＮＯＶＸ核酸に対するその相同性に基づいて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標準的なハイブリダイゼーション技術に従って、ハイブリダイゼーションプローブとしてヒトｃＤＮＡまたはその一部を用いて単離され得る。
【０２８１】
従って、別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも６ヌクレオチド長であり、そしてストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする。別の実施形態では、この核酸は、少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００以上のヌクレオチド長である。なお別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、コード領域にハイブリダイズする。本明細書中で用いられる場合、用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、互いに少なくとも６０％相同なヌクレオチド配列が代表的には互いにハイブリダイズしたままであるハイブリダイゼーション条件および洗浄条件を記載することを意図する。
【０２８２】
ホモログ（すなわち、ヒト以外の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸）または他の関連配列（例えば、パラログ）は、特定のヒト配列の全てまたは一部をプローブとし、核酸ハイブリダイゼーションおよびクローニングに関して当該分野で周知の方法を使用して、低い、中程度の、または高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションによって入手され得る。
【０２８３】
本明細書で用いられる場合、語句「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」とは、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが、その標的配列にハイブリダイズするが、その他の配列にはハイブリダイズしない条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、そして異なる状況で異なる。より長い配列は、より短い配列より高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨで、特定の配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５℃低いように選択される。このＴｍは、標的配列に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下での）温度である。標的配列は一般に過剰で存在するので、Ｔｍでは、５０％のプローブが平衡状態で占有されている。代表的には、ストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０〜８．３で、塩濃度が約１．０Ｍナトリウムイオンより低く、代表的には約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン（またはその他の塩）であり、そして温度が、短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド（例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ）については、少なくとも約３０℃、そしてより長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドについては、少なくとも約６０℃であるような条件である。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドのような、不安定化剤の添加によって達成され得る。
【０２８４】
ストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、そしてＡｕｓｕｂｅｌら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６に見出され得る。好ましくは、この条件は、互いに少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８５％、約９０％、約９５％、約９８％または約９９％相同な配列が、代表的には互いにハイブリダイズしたままであるような条件である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．０２％  ＢＳＡ、および５００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中での６５℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、０．２×ＳＳＣ、０．０１％  ＢＳＡ中での５０℃での１回以上の洗浄である。ストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３の配列にハイブリダイズする、本発明の単離された核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子とは、天然に存在する（例えば、天然のタンパク質をコードする）ヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子をいう。
【０２８５】
第２の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体に、中程度のストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸配列が提供される。中程度のストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％  ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡ中での５５℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での３７℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る中程度のストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹおよびＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０；ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと。
【０２８６】
第３の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体に、低ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸が提供される。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、３５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．２％  ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％（重量／容量）デキストラン硫酸中での４０℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、２×ＳＳＣ、２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、５ｍＭ  ＥＤＴＡおよび０．１％  ＳＤＳ中での５０℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る低ストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である（例えば、種交差（ｃｒｏｓｓ−ｓｐｅｃｉｅｓ）ハイブリダイゼーションについて用いられるような条件）。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹならびにＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ；ＳｈｉｌｏおよびＷｅｉｎｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ７８：６７８９−６７９２を参照のこと。
【０２８７】
（保存的変異）
集団中に存在し得る、ＮＯＶＸ配列の天然に存在する対立遺伝子改変体に加えて、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のヌクレオチド配列への変異によって変化が導入され得、それによって、このＮＯＶＸタンパク質の機能的能力を変更することなく、コードされるＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に変化がもたらされ得ることを、当業者はさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基にてアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、および３４の配列において行われ得る。「非必須」アミノ酸残基は、その生物学的活性を変更することなく、このＮＯＶＸタンパク質の野生型配列から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、このような生物学的活性に必要とされる。例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質の間で保存されているアミノ酸残基は、特に変更を受け入れ難いと予測される。保存的置換がなされ得るアミノ酸は、当該分野で周知である。
【０２８８】
本発明の別の局面は、活性に必須ではないアミノ酸残基における変化を含む、ＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子に関する。このようなＮＯＶＸタンパク質は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３とはアミノ酸配列が異なるが、生物学的活性をなお保持する。１つの実施形態では、単離された核酸分子は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、このタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同であるアミノ酸配列を含む。好ましくは、この核酸分子によってコードされるタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に対して少なくとも約６０％相同であり；より好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に対して少なくとも約７０％相同であり；なおより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に対してして少なくとも約８０％相同であり；さらにより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に対して少なくとも約９０％相同であり；そして最も好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に対して少なくとも約９５％相同である。
【０２８９】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４のタンパク質に相同なＮＯＶＸタンパク質をコードする単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のヌクレオチド配列に１以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を導入することにより作製され得、その結果、１以上のアミノ酸の置換、付加または欠失が、このコードされるタンパク質に導入される。
【０２９０】
変異は、標準技術（例えば、部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発）によって配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、１以上の推定非必須アミノ酸残基にてなされる。「保存的アミノ酸置換」は、そのアミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換される、置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で定義されている。これらのファミリーとしては、以下が挙げられる：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）。従って、ＮＯＶＸタンパク質中の推定非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態では、変異が、ＮＯＶＸコード配列の全てまたは一部に沿って（例えば、飽和変異誘発（ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）によって）ランダムに導入され得、そして得られる変異体がＮＯＶＸの生物学的活性についてスクリーニングされて、活性を維持する変異体を同定し得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３の変異誘発後、コードされるタンパク質は、当該分野で公知の任意の組換え技術によって発現され得、そしてこのタンパク質の活性が決定され得る。
【０２９１】
アミノ酸ファミリーの関連性はまた、側鎖の相互作用に基づいて決定され得る。置換されるアミノ酸は、完全に保存された「強い」残基または完全に保存された「弱い」残基であり得る。保存されたアミノ酸残基の「強い」群は、以下の群のいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ（ここで、一文字アミノ酸コードは、互いに置換され得るアミノ酸によりグループ化されている）。同様に、保存された残基の「弱い」群は、以下のいずれか１つであり得る：ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＶＬＩＭ、ＨＦＹ（ここで、各群内の文字は、一文字アミノ酸コードを表す）。
【０２９２】
１つの実施形態では、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、以下についてアッセイされ得る：（ｉ）他のＮＯＶＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質、または生物学的に活性なそれらの部分と、タンパク質：タンパク質相互作用を形成する能力、（ｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質とＮＯＶＸのリガンドとの間の複合体形成；または（ｉｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質が細胞内標的タンパク質または生物学的に活性なその部分に結合する能力；（例えば、アビジンタンパク質）。
【０２９３】
なお別の実施形態において、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、特定の生物学的機能（例えば、インスリン放出の調節）を調節する能力についてアッセイされ得る。
【０２９４】
（アンチセンス核酸）
本発明の別の局面は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のヌクレオチド配列を含む核酸分子またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体にハイブリダイズし得るかまたは相補的である、単離されたアンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的である（例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的であるかまたはｍＲＮＡ配列に相補的である）ヌクレオチド配列を含む。特定の局面では、ＮＯＶＸコード鎖の少なくとも約１０、約２５、約５０、約１００、約２５０もしくは約５００ヌクレオチドまたは全体、またはそれらの一部のみに相補的な配列を含む、アンチセンス核酸分子が提供される。配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４のＮＯＶＸタンパク質のフラグメント、ホモログ、誘導体およびアナログをコードする核酸分子、または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のＮＯＶＸ核酸配列に相補的なアンチセンス核酸がさらに提供される。
【０２９５】
１つの実施形態では、アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対してアンチセンスである。用語「コード領域」とは、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含む、ヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態では、このアンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対してアンチセンスである。用語「非コード領域」とは、コード領域に隣接する、アミノ酸に翻訳されない、５’配列および３’配列をいう（すなわち、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域ともいわれる）。
【０２９６】
本明細書中に開示されるＮＯＶＸタンパク質をコードするコード鎖配列を考慮すれば、本発明のアンチセンス核酸は、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋまたはＨｏｏｇｓｔｅｅｎの塩基対形成の規則に従って設計され得る。アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域全体に相補的であり得るが、より好ましくは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部にのみアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５または約５０ヌクレオチドの長さであり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を用いて、化学的合成または酵素連結反応を用いて構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、またはこの分子の生物学的安定性を増大させるように、もしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成される二重鎖の物理的安定性を増大させるように設計された、種々に改変されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成され得る（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが用いられ得る）。
【０２９７】
アンチセンス核酸を作製するために用いられ得る改変されたヌクレオチドの例としては以下が挙げられる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルキューオシン（ｂｅｔａ−Ｄ−ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルキューオシン（ｂｅｔａ−Ｄ−ｍａｎｎｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、シュードウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、キューオシン（ｑｕｅｏｓｉｎｅ）、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、および２，６−ジアミノプリン。あるいは、アンチセンス核酸は、発現ベクターを用いて生物学的に生成され得、このベクター中で、核酸は、アンチセンス方向でサブクローニングされている（すなわち、その挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、以下の小節にさらに記載されるように、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向のＲＮＡである）。
【０２９８】
本発明のアンチセンス核酸分子は、代表的には被験体に投与されるか、またはインサイチュで生成され、その結果、それらは、ＮＯＶＸタンパク質をコードする細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするか、またはそれらに結合し、それによって、（例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって）このタンパク質の発現を阻害する。このハイブリダイゼーションは、安定な二重鎖を形成する従来のヌクレオチド相補性によってか、または例えば、ＤＮＡ二重鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合には、二重らせんの主溝における特異的相互作用を介して行われ得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例としては、組織部位での直接的注射が挙げられる。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的化するように改変され得、次いで全身に投与され得る。例えば、全身投与のために、アンチセンス分子は、選択された細胞表面上に発現されたレセプターまたは抗原にそれらが特異的に結合するように、（例えば、そのアンチセンス核酸分子を細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に連結することによって）改変され得る。アンチセンス核酸分子はまた、本明細書中に記載されるベクターを用いて細胞に送達され得る。十分な核酸分子を達成するために、アンチセンス核酸分子が強力なｐｏｌ  ＩＩプロモーターまたはｐｏｌ  ＩＩＩプロモーターの制御下に置かれているベクター構築物が、好ましい。
【０２９９】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、このハイブリッドでは、通常のβ−ユニットとは対照的に、これらの鎖は、互いに平行に延びる。例えば、Ｇａｕｌｔｉｅｒら，１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１を参照のこと。アンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（例えば、Ｉｎｏｕｅら，１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１〜６１４８を参照のこと）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（例えば、Ｉｎｏｕｅら，１９８７，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７〜３３０を参照のこと）を含み得る。
【０３００】
（リボザイムおよびＰＮＡ部分）
核酸の改変としては、非制限的な例として、改変された塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの改変は、改変された核酸の化学的安定性を増強するために少なくとも一部で実施され、その結果、それらは、例えば、被験体での治療的適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。
【０３０１】
１つの実施形態において、本発明のアンチセンス核酸はリボザイムである。リボザイムは、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を切断し得るリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡ分子であり、これらは、その一本鎖核酸に対して相補領域を有する。従って、リボザイム（例えば、ＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ  １９８８．Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１に記載されるようなハンマーヘッド型リボザイム）を使用して、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによって、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳を阻害し得る。ＮＯＶＸをコードする核酸に特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示されるＮＯＶＸ  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３）に基づいて設計され得る。例えば、活性部位のヌクレオチド配列が、ＮＯＶＸをコードするｍＲＮＡ内の切断されるヌクレオチド配列に相補的である、テトラヒメナ（Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ）Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体が構築され得る。例えば、Ｃｅｃｈらの米国特許第４，９８７，０７１号およびＣｅｃｈらの米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡはまた、ＲＮＡ分子のプールから、特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡを選択するために、使用され得る。例えば、Ｂａｒｔｅｌら、（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１〜１４１８を参照のこと。
【０３０２】
あるいは、ＮＯＶＸ遺伝子発現は、ＮＯＶＸ核酸の調節領域（例えば、ＮＯＶＸのプロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的化し、標的細胞中でＮＯＶＸ遺伝子の転写を妨害する三重らせん構造を形成することによって阻害され得る。例えば、Ｈｅｌｅｎｅ，１９９１．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９〜８４；Ｈｅｌｅｎｅら．１９９２．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；Ｍａｈｅｒ，１９９２．Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照のこと。
【０３０３】
種々の実施形態において、ＮＯＶＸ核酸は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格で改変されて、例えば、その分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは可溶性を改善し得る。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を改変して、ペプチド核酸を生成し得る。例えば、Ｈｙｒｕｐら，１９９６．Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ４：５−２３を参照のこと。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」すなわち「ＰＮＡ」とは、デオキシリボースリン酸骨格が偽ペプチド骨格によって置換され、そして４つの天然の核酸塩基のみが保持されている核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低いイオン強度の条件下でＤＮＡおよびＲＮＡに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐら，１９９６．前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら，１９９６．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９３：１４６７０−１４６７５において記載されるような標準的固相ペプチド合成プロトコルを用いて行われ得る。
【０３０４】
ＮＯＶＸのＰＮＡは、治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、（例えば、転写もしくは翻訳の停止を誘導することまたは複製を阻害することによる）遺伝子発現の配列特異的調節のための、アンチセンス剤または抗遺伝子（ａｎｔｉｇｅｎｅ）剤として使用され得る。ＮＯＶＸのＰＮＡはまた、例えば、遺伝子における一塩基対変異の分析（例えば、ＰＮＡ指向性ＰＣＲクランピング（ｃｌａｍｐｉｎｇ））において；他の酵素（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ）と組み合わせて使用される場合の人工制限酵素として（Ｈｙｒｕｐら，１９９６．前出を参照のこと）；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブもしくはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐら，１９９６，前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら，１９９６，前出を参照のこと）使用され得る。
【０３０５】
別の実施形態において、ＮＯＶＸのＰＮＡは、例えば、それらの安定性または細胞性取り込みを増強するために、ＰＮＡに親油性基もしくは他のヘルパー基を結合することによってか、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によってか、またはリポソームもしくは当該分野において公知の薬物送達の他の技術の使用によって、改変され得る。例えば、ＰＮＡおよびＤＮＡの有利な特性を組み合わせ得る、ＮＯＶＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラが生成され得る。そのようなキメラは、ＰＮＡ部分が高い結合親和性および特異性を提供しながら、ＤＮＡ認識酵素（例えば、ＲＮａｓｅ  ＨおよびＤＮＡポリメラーゼ）がＤＮＡ部分と相互作用するのを可能にする。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基のスタッキング、核酸塩基間の結合数および方向を考慮して選択される適切な長さのリンカーを使用して連結され得る（Ｈｙｒｕｐら，１９９６．前出を参照のこと）。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐら，１９９６，前出およびＦｉｎｎら，１９９６．Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２４：３３５７−３３６３において記載されるように行われ得る。例えば、ＤＮＡ鎖は、標準的なホスホルアミダイトカップリング化学を用いて固体支持体上で合成され得、そして改変されたヌクレオシドアナログ（例えば、５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホルアミダイト）が、ＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間に使用され得る。例えば、Ｍａｇら，１９８９．Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ  １７：５９７３〜５９８８を参照のこと。次いで、ＰＮＡモノマーが段階的様式でカップリングされ、５’ＰＮＡセグメントおよび３’ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子を生成する（例えば、Ｆｉｎｎら，１９９６，前出を参照のこと）。あるいは、５’ＤＮＡセグメントおよび３’ＰＮＡセグメントを有する、キメラ分子が合成され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｅｎら，１９７５、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９〜１１１２４を参照のこと。
【０３０６】
他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、以下のような他の付属の基を含み得る：ペプチド（例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的化するため）、または細胞膜（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８６：６５５３〜６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、１９８７、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：６４８〜６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）もしくは血液脳関門（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）を横切る輸送を容易にする因子。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（例えば、Ｋｒｏｌら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８〜９７６を参照のこと）またはインターカレート剤（例えば、Ｚｏｎ，１９８８、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９〜５４９を参照のこと）で改変され得る。この目的のために、オリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発切断剤など）に結合され得る。
【０３０７】
（ＮＯＶＸポリペプチド）
本発明に従うポリペプチドは、ＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドを含み、その配列は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に提供される。本発明はまた、その任意の残基が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に示される対応する残基から変化され得るが、なおそのＮＯＶＸの活性および生理学的機能を維持するタンパク質をコードする、変異体または改変体タンパク質、またはその機能的フラグメントを含む。
【０３０８】
一般に、ＮＯＶＸ様機能を保持するＮＯＶＸ改変体は、その配列中の特定位置の残基が他のアミノ酸により置換されており、そしてさらに、親タンパク質の２つの残基間にさらなる残基を挿入する可能性、および親配列から１つ以上の残基を欠失する可能性を含む、任意の改変体を含む。任意のアミノ酸置換、挿入または欠失が、本発明に包含される。好適な状況では、この置換は、上記で規定されるような保存的置換である。
【０３０９】
本発明の１つの局面は、単離されたＮＯＶＸタンパク質、およびその生物学的に活性な部分、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに関する。抗ＮＯＶＸ抗体を惹起するための免疫原としての使用のために適切なポリペプチドフラグメントもまた提供される。１つの実施形態において、ネイティブなＮＯＶＸタンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を用いる適切な精製スキームによって、細胞または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、組換えＤＮＡ技術によって産生される。組換え発現に代わるものとして、ＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドが、標準的なペプチド合成技術を用いて化学合成され得る。
【０３１０】
「単離された」または「精製された」ポリペプチドまたはタンパク質あるいはこれらの生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質が由来する細胞または組織供給源由来の細胞性物質または他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、あるいは化学合成される場合に化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、ＮＯＶＸタンパク質が単離または組換え産生される細胞の細胞性成分から、このタンパク質が分離されているＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態において、用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、非ＮＯＶＸタンパク質（本明細書中において「夾雑タンパク質」ともいわれる）を（乾燥重量にて）約３０％未満、より好ましくは約２０％未満の非ＮＯＶＸタンパク質、なおより好ましくは約１０％未満の非ＮＯＶＸタンパク質、そして最も好ましくは約５％未満の非ＮＯＶＸタンパク質を有する、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換え産生される場合、好ましくは、調製物はまた培養培地を実質的に含まず、すなわち、培養培地は、そのＮＯＶＸタンパク質調製物の容量の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは約５％未満に相当する。
【０３１１】
用語「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、タンパク質が、そのタンパク質の合成に関与する化学前駆体または他の化学物質から分離されているＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態において、用語「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、約３０％未満（乾燥重量にて）の化学前駆体または非ＮＯＶＸの化学物質、より好ましくは約２０％未満の化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、なおより好ましくは約１０％未満の化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、そして最も好ましくは約５％未満の化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を有する、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。
【０３１２】
ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、全長ＮＯＶＸタンパク質より少ないアミノ酸を含み、そしてＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を示す、ＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に示されるアミノ酸配列）に十分に相同なアミノ酸配列、またはそのＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列を含むペプチドを含む。代表的には、生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフを含む。ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、長さが１０、２５、５０、１００またはそれより多いアミノ酸残基であるポリペプチドであり得る。
【０３１３】
さらに、タンパク質の他の領域が欠失している他の生物学的に活性な部分は、組換え技術によって調製され得、そしてネイティブなＮＯＶＸタンパク質の機能的活性のうちの１つ以上について評価され得る。
【０３１４】
１つの実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４に実質的に相同であり、そして以下に詳細に記載されるように、天然の対立遺伝子改変体または変異誘発に起因してアミノ酸配列が異なるが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４のタンパク質の機能的活性を保持する。従って、別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、そして配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４のＮＯＶＸタンパク質の機能的活性を保持するタンパク質である。
【０３１５】
（２つ以上の配列間の相同性の決定）
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の相同性のパーセンテージを決定するために、配列は、至適な比較の目的のために整列される（例えば、ギャップが、第２のアミノ酸または核酸配列との最適な整列のために、第１のアミノ酸または核酸配列の配列中に導入され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、分子は、その位置で相同である（すなわち、本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「相同性」は、アミノ酸または核酸の「同一性」と等価である）。
【０３１６】
核酸配列の相同性は、２つの配列間の同一性の程度として決定され得る。相同性は、当該分野において公知のコンピュータープログラム（例えば、ＧＣＧプログラムパッケージにおいて提供されるＧＡＰソフトウェア）を用いて決定され得る。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，１９７０．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ４８：４４３〜４５３を参照のこと。核酸配列比較のための以下の設定（ＧＡＰ作製ペナルティー、５．０、およびＧＡＰ伸長ペナルティー、０．３）を用いてＧＣＧ  ＧＡＰソフトウェアを使用すると、上記で言及される類似の核酸配列のコード領域は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３に示されるＤＮＡ配列のＣＤＳ（コード）部分と、好ましくは少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性の程度を示す。
【０３１７】
用語「配列同一性」は、２つのポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が、特定の比較領域にわたって、残基毎を基準として同一である程度をいう。用語「配列同一性のパーセンテージ」は、以下により算出される：この比較領域にわたって最適に整列された２つの配列を比較すること、両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、核酸の場合にはＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ）が存在する位置の数を決定し、一致した位置の数を導くこと、この一致した位置の数を、比較領域の内の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算すること、およびその結果を１００で乗算して、配列同一性のパーセンテージを導くこと。用語「実質的な同一性」は、本明細書中で使用される場合、ポリヌクレオチド配列の特徴を示し、ここで、このポリヌクレオチドは、比較領域にわたり参照配列と比較して、少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の同一性、そして頻繁には９０〜９５％の配列同一性、より通常には少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【０３１８】
（キメラタンパク質および融合タンパク質）
本発明はまた、ＮＯＶＸキメラタンパク質または融合タンパク質を提供する。本明細書中で使用される場合、ＮＯＶＸ「キメラタンパク質」またはＮＯＶＸ「融合タンパク質」は、非ＮＯＶＸポリペプチドに作動可能に連結された、ＮＯＶＸポリペプチドを含む。「ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、および３４）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、「非ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質に対して実質的に相同ではないタンパク質（例えば、ＮＯＶＸタンパク質とは異なり、かつ同一かまたは異なる生物体に由来するタンパク質）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。ＮＯＶＸ融合タンパク質において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸタンパク質のすべてまたは一部分に対応し得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含む。別の実施形態において、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも２つの生物学的に活性な部分を含む。なお別の実施形態において、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも３つの生物学的に活性な部分を含む。融合タンパク質において、用語「作動可能に連結された」は、ＮＯＶＸポリペプチドおよび非ＮＯＶＸポリペプチドが、インフレームで互いに融合されることを示すことが意図される。非ＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０３１９】
１つの実施形態において、融合タンパク質は、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質であり、ここではＮＯＶＸ配列が、ＧＳＴ（グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列のＣ末端に融合される。このような融合タンパク質は、組換えＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【０３２０】
別の実施形態において、融合タンパク質は、そのＮ末端に異種シグナル配列を含むＮＯＶＸタンパク質である。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）において、ＮＯＶＸの発現および／または分泌は、異種シグナル配列の使用を介して増加され得る。
【０３２１】
なお別の実施形態において、融合タンパク質は、ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質であり、ここで、ＮＯＶＸ配列は、免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合される。本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、薬学的組成物中に取り込まれ、そして被験体に投与されて、細胞の表面上でＮＯＶＸリガントとＮＯＶＸタンパク質との間の相互作用を阻害し、それによってインビボのＮＯＶＸ媒介シグナル伝達を抑制し得る。ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を用いて、ＮＯＶＸ同族リガンドのバイオアベイラビリティに影響を与え得る。ＮＯＶＸリガンド／ＮＯＶＸ相互作用の阻害は、増殖障害および分化障害の両方の処置、および細胞生存を調節（例えば、促進または阻害）するために、治療的に有用であり得る。さらに、本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、被験体中で抗ＮＯＶＸ抗体を産生するための免疫原として用いられ、ＮＯＶＸリガンドを精製し、そしてＮＯＶＸリガンドとのＮＯＶＸの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイで用いられ得る。
【０３２２】
本発明のＮＯＶＸのキメラタンパク質または融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技術により産生され得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントを、従来の技術に従って、例えば、連結のための平滑末端または粘着（ｓｔａｇｇｅｒ）末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて粘着（ｃｏｈｅｓｉｖｅ）末端のフィルイン（ｆｉｌｌｉｎｇ−ｉｎ）、望ましくない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結を採用することにより、インフレームで一緒に連結する。別の実施形態において、融合遺伝子を、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来技術により合成し得る。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅を、キメラ遺伝子配列を生成するために次いでアニールおよび再増幅され得る、２つの連続遺伝子フラグメント間の相補的オーバハングを生じるアンカープライマーを用いて実施し得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編）ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、１９９２を参照のこと）。さらに、融合部分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードした多くの発現ベクターが市販されている。ＮＯＶＸをコードする核酸は、この融合部分がＮＯＶＸタンパク質にインフレームで連結されるように、このような発現ベクター中にクローン化され得る。
【０３２３】
（ＮＯＶＸのアゴニストおよびアンタゴニスト）
本発明はまた、ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の改変体に関する。ＮＯＶＸタンパク質の改変体（例えば、ＮＯＶＸタンパク質の離散した点変異または短縮型）が、変異誘発により生成され得る。ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質と実質的に同じ生物学的活性、またはその生物学的活性のサブセットを保持し得る。ＮＯＶＸタンパク質のアンタゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質の１つ以上の活性を、例えば、ＮＯＶＸタンパク質を含む細胞性シグナル伝達カスケードの下流または上流のメンバーに競合的に結合することにより阻害し得る。従って、特定の生物学的効果が、限られた機能の改変体を用いた処理により誘発され得る。１つの実施形態において、天然に存在する形態のこのタンパク質の生物学活性のサブセットを有する改変体を用いた被験体の処置は、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質を用いた処置に対して、被験体においてより少ない副作用を有する。
【０３２４】
ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）、またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の改変体は、ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストまたはアンタゴニスト活性についてＮＯＶＸタンパク質の変異体（例えば短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより同定され得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発により生成され、そして多彩な遺伝子ライブラリーによりコードされる。ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、例えば、潜在的なＮＯＶＸ配列の縮重セットが、個々のポリペプチドとして、あるいは、その中にＮＯＶＸ配列のセットを含む（例えば、ファージディスプレイのための）より大きな融合タンパク質のセットとして発現可能であるように、合成オリゴヌクレオチドの混合物を、遺伝子配列に酵素的に連結することによって、作製され得る。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的なＮＯＶＸ改変体のライブラリーを産生するために用いられ得る種々の方法が存在する。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動化ＤＮＡ合成機中で実施され得、次いでこの合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結される。遺伝子の縮重セットの使用は、１つの混合物において、潜在的なＮＯＶＸ配列の所望のセットをコードする配列のすべての供給を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当該分野において周知である。例えば、Ｎａｒａｎｇ，１９８３．Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９：３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８：１０５６；Ｉｋｅら，１９８３．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１１：４７７を参照のこと。
【０３２５】
（ポリペプチドライブラリー）
さらに、ＮＯＶＸタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーを用いて、ＮＯＶＸタンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のためのＮＯＶＸフラグメントの多彩な集団を生成し得る。１つの実施形態において、コード配列フラグメントのライブラリーは、ＮＯＶＸコード配列の二本鎖ＰＣＲフラグメントを、１分子あたり約１つのみのニックが生じる条件下で、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖ＤＮＡを変性させること、異なるニック産物からのセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡを形成するためにこのＤＮＡを再生すること、Ｓ１ヌクレアーゼを用いた処理により再形成された二重鎖から一本鎖部分を除去すること、および得られるフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結することにより生成し得る。この方法によって、ＮＯＶＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端および内部フラグメントをコードする発現ライブラリーが誘導され得る。
【０３２６】
点変異または短縮により作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、および選択された性質を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための種々の技術が当該分野で公知である。このような技術は、ＮＯＶＸタンパク質のコンビナトリアル変異誘発により生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための、高スループット分析に従いやすい最も広く用いられる技術は、代表的には、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングすること、得られるベクターのライブラリーで適切な細胞を形質転換すること、およびこのコンビナトリアル遺伝子を、所望の活性の検出がその遺伝子（この産物が検出される）をコードするベクターの単離を容易にする条件下で発現させることを含む。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増大させる新規技術であるリクルーシブアンサンブル変異誘発（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）を、スクリーニングアッセイと組み合わせて用い、ＮＯＶＸ改変体を同定し得る。例えば、ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ，１９９２．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら，１９９３．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１を参照のこと。
【０３２７】
（抗ＮＯＶＸ抗体）
ＮＯＶＸタンパク質、またはＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに対する抗体もまた本発明に含まれる。用語「抗体」とは、本明細書中で使用される場合、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン（Ｉｇ）分子の免疫学的に活性な部分（すなわち、抗原に特異的に結合（抗原と免疫反応する）抗原結合部位を含む分子）をいう。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、およびＦ(ａｂ')2フラグメント、ならびにＦａｂ発現ライブラリーが挙げられるがこれらに限定されない。一般に、ヒトから得た抗体分子は、この分子に存在する重鎖の性質により互いに異なるクラスであるＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＤのいずれかに関する。特定のクラスは、同様にサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２など）を有する。さらに、ヒトにおいては、軽鎖は、κ鎖またはλ鎖であり得る。抗体に対する本明細書における言及は、ヒト抗体種のこのようなクラス、サブクラス、およびタイプの全てに対する言及を包含する。
【０３２８】
本発明の単離されたＮＯＶＸ関連タンパク質は、抗原、またはその部分もしくはフラグメントとして供されるように意図され得、さらに、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための標準的な技術を用いて、抗原に免疫特異的に結合する抗体を産生するための免疫原として用いられ得る。完全長のタンパク質が用いられ得るか、あるいは、本発明は、免疫原としての使用のための抗原の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ペプチドフラグメントは、完全長のタンパク質のアミノ酸配列の少なくとも６アミノ酸残基を含み、そしてこのペプチドに対して惹起された抗体が完全長のタンパク質またはエピトープを含む任意のフラグメントと特異的な免疫複合体を形成するように、そのエピトープを含む。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも１０アミノ酸残基、または少なくとも１５アミノ酸残基、または少なくとも２０アミノ酸残基、または少なくとも３０アミノ酸残基を含む。抗原性ペプチドによって包含される好ましいエピトープは、その表面に位置するタンパク質の領域である；一般的に、これらは、親水性領域である。
【０３２９】
本発明の特定の実施形態において、抗原性ペプチドに含まれる少なくとも１つのエピトープは、タンパク質の表面上に位置するＮＯＶＸ関連タンパク質の領域、例えば、親水性領域である。ヒトＮＯＶＸ関連タンパク質配列の疎水性分析は、ＮＯＶＸ関連タンパク質のどの領域が特に親水性であり、従って、抗体産生を標的するための有用な表面残基をコードする可能性があるかを示す。抗体産生を標的する手段として、親水性および疎水性の領域を示すヒドロパシープロットを、例えば、フーリエ変換を伴うかまたは伴わないかのいずれかの、Ｋｙｔｅ  ＤｏｏｌｉｔｔｌｅまたはＨｏｐｐ  Ｗｏｏｄｓ法を含む、当該分野で周知の任意の方法により生成し得る（例えば、各々がその全体において本明細書に参考として援用される、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、１９８１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：３８２４−３８２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ  １９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１４２を参照のこと）。抗原性タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログ内の１つ以上のドメインに対して特異的な抗体もまた、本明細書中で提供される。
【０３３０】
本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）は、これらのタンパク質成分に免疫特異的に結合する抗体の産生における免疫原として利用され得る。
【０３３１】
当該分野において公知の種々の手順が、本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログに対して指向されるポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体の産生のために使用され得る（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，１９８８，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ（本明細書中に参考として援用される）を参照のこと）。これらの抗体のうちのいくつかは、以下で考察される。
【０３３２】
（ポリクローナル抗体）
ポリクローナル抗体の産生のために、種々の適切な宿主動物（例えば、ウサギ、ヤギ、マウスまたは他の動物）は、ネイティブなタンパク質、その合成改変体、または上記の誘導体を用いる１以上の注射によって免疫され得る。適切な免疫原性調製物は、例えば、天然に存在する免疫原性タンパク質、免疫原性タンパク質を提示する化学的に合成されたポリペプチド、または組換え的に発現される免疫原性タンパク質を含み得る。さらに、このタンパク質は、免疫される哺乳動物において免疫原性であることが知られている第２のタンパク質に結合体化され得る。このような免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、および大豆トリプシンインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。この調製物はさらに、アジュバントを含み得る。種々のアジュバントが免疫学的応答を増加させるために使用され、このようなアジュバントとしては、フロイントのアジュバント（完全および不完全）、ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム）、界面活性物質（例えば、リゾレシチン、プルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳濁液、ジニトロフェノールなど）、ヒトにおいて使用可能なアジュバント（例えば、Ｂａｃｉｌｌｅ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ−ＧｕｅｒｉｎおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ）、または類似の免疫刺激剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバントのさらなる例としては、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート（ｄｉｃｏｒｙｎｏｍｙｃｏｌａｔｅ））が挙げられる。
【０３３３】
免疫原性タンパク質に対して指向されるポリクローナル抗体分子は、哺乳動物から（例えば、血液から）単離され得、そして周知の技術（例えば、プロテインＡまたはプロテインＧを用いるアフィニティークロマトグラフィ（これは、主に免疫血清のＩｇＧ画分を提供する））によってさらに精製され得る。続いて、または代替的に、求められる免疫グロブリンの標的である特定の抗原、またはそのエピトープが、カラムに固定され、免疫アフィニティークロマトグラフィによって免疫特異的抗体を精製し得る。免疫グロブリンの精製は、例えば、Ｄ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  ＰＡより発行）、第１４巻、第８号（２０００年４月１７日）、２５〜２８頁）によって考察される。
【０３３４】
（モノクローナル抗体）
本明細書で用いられる場合、用語「モノクローナル抗体」（ＭＡｂ）または「モノクローナル抗体組成物」は、独特の軽鎖遺伝子産物および独特の重鎖遺伝子産物から構成される唯一の分子種の抗体分子を含む抗体分子の集団をいう。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、そのすべての分子の集団において同一である。従って、ＭＡｂは、抗原への独特の結合親和性によって特徴付けられる抗原の特定のエピトープと免疫反応可能な抗原結合部位を含む。
【０３３５】
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ方法（例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）に記載されるような方法）を使用して調製され得る。ハイブリドーマ方法において、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物は、免疫因子で代表的に免疫され、その免疫因子に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生し得るリンパ球を誘発する。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫され得る。
【０３３６】
免疫因子としては、代表的に、タンパク質抗原、そのフラグメントまたはその融合タンパク質が挙げられる。一般的には、以下のいずれかである：ヒト起源の細胞が望まれる場合は、末梢血リンパ球が使用され、または非ヒト哺乳動物供給源が望まれる場合は、脾臓細胞もしくはリンパ節細胞が使用される。次いで、適切な融合因子（例えば、ポリエチレングリコール）を使用して、リンパ球を不死化細胞株に融合し、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ：ＰＲＩＮＣＩＰＬＥＳ  ＡＮＤ  ＰＲＡＣＴＩＣＥ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８６）、５９−１０３頁）。不死化細胞株は、通常、形質転換された哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシおよびヒト起源の骨髄腫細胞である。通常、ラットまたはマウスの骨髄腫細胞株が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、１以上の物質（融合されていない不死化細胞の増殖または生存を阻害する）を含む適切な培養培地中で培養され得る。例えば、親の細胞が酵素であるヒポキサンチングアニンンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、ハイブリドーマからの培養培地は、代表的にヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、それらの物質はＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を妨げる。
【０３３７】
好ましい不死化細胞株は、効率的に融合する細胞株であり、選択された抗体産生細胞による安定な高レベルの抗体の発現を支持し、そしてＨＡＴ培地のような培地に感受性である。より好ましい不死化細胞株は、マウス骨髄腫株であり、それらは、例えば、Ｓａｌｋ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣａｌｉｆｏｒｎｉａおよびＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａから入手可能であり得る。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒト異種骨髄腫（ｈｅｔｅｒｏｍｙｅｌｏｍａ）細胞株もまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について記載されている（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒら、ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＹ  ＰＲＯＤＵＣＴＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，（１９８７）５１−６３頁）。
【０３３８】
次いで、ハイブリドーマ細胞が培養される培養培地は、抗原に対して指向されるモノクローナル抗体の存在についてアッセイされ得る。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降によって決定されるか、またはインビトロ結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ））によって決定される。このような技術およびアッセイは、当該分野で公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、ＭｕｎｓｏｎおよびＰｏｌｌａｒｄ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）のスキャッチャード分析によって決定され得る。好ましくは、標的抗原に対する高い程度の特異性および高結合親和性を有する抗体が、単離される。
【０３３９】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、限界希釈手順によって、クローンをサブクローニングし得、そして標準的な方法によって増殖し得る。この目的のために適切な培養培地としては、例えば、ダルベッコ改変イーグル培地（Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ  Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｅａｇｌｅ’ｓ  Ｍｅｄｉｕｍ）およびＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は、哺乳動物内の腹水のようなインビボで増殖され得る。
【０３４０】
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、従来の免疫グロブリン精製手順（例えば、タンパク質Ａセファロース、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィなど）によって、培養培地または腹水から、単離または精製され得る。
【０３４１】
モノクローナル抗体はまた、組換えＤＮＡ方法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される方法）によって作製され得る。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離され得、そして配列決定され得る。本発明のハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦単離されると、ＤＮＡは、発現ベクターに配置され得、次いでそれらは、宿主細胞（例えば、さもなければ免疫グロブリンタンパク質を産生しないサルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞）にトランスフェクトされ、組換え宿主細胞内でのモノクローナル抗体の合成を得る。ＤＮＡはまた、例えば、相同なマウス配列の代わりにヒトの重鎖および軽鎖の定常ドメインについてのコード配列の置換（米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８，８１２−１３（１９９４））によってか、または非免疫グロブリンポリペプチドについてのコード配列のすべてまたは一部の配列をコードする免疫グロブリンへの共有結合によって改変され得る。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常領域に置換され得るか、または本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインに置換され、キメラの二価抗体を作製し得る。
【０３４２】
（ヒト化抗体）
本発明のタンパク質抗原に対して指向される抗体は、さらにヒト化抗体またはヒト抗体を含み得る。これらの抗体は、投与された免疫グロブリンに対するヒトによる免疫応答を引き起こすことなく、ヒトに投与するのに適切である。抗体のヒト化形態は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合部分配列）であり、それらは主にヒト免疫グロブリンの配列から構成され、そして非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含む。ヒト化は、ヒト抗体の対応する配列と、げっ歯類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列を置換することによって、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者の方法（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６（１９８８））に従って達成され得る。（米国特許第５，２２５，５３９号もまた参照のこと。）いくつかの場合において、ヒト免疫グロブリンのＦｖ骨格（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ）残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエントの抗体においても、移入されたＣＤＲにおいても骨格配列においても見出されない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、および代表的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。これらの領域内で、すべてのまたは実質的にすべてのＣＤＲ領域が非ヒト免疫グロブリンの領域に対応し、そしてすべてまたは実質的にすべての骨格領域がヒト免疫グロブリンコンセンサス配列の領域である。ヒト化抗体はまた、最適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、代表的には、ヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部を含む（Ｊｏｎｅｓら、１９８６；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、１９８８；およびＰｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２））。
【０３４３】
（ヒト抗体）
ＣＤＲを含む軽鎖および重鎖の両方の全体配列がヒト遺伝子から本質的に生じる抗体分子に、ヒト抗体は十分に関連する。このような抗体を、「ヒト抗体」、または「十分なヒト抗体」と本明細書中で呼ぶ。ヒトモノクローナル抗体は、トリオーマ（ｔｒｉｏｍａ）技術によって調製され得る；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｚｂｏｒら、１９８３  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２を参照のこと）およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁）。ヒトモノクローナル抗体は、本発明の実行において使用され得、そしてヒトハイブリドーマの使用によってか（Ｃｏｔｅら、１９８３．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８０：２０２６−２０３０を参照のこと）、またはインビトロでのＥｐｓｔｅｉｎ  Ｂａｒｒ  Ｖｉｒｕｓを用いたヒトＢ細胞による形質転換によって（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）産生され得る。
【０３４４】
さらに、ヒト抗体はまた、さらなる技術（ファージディスプレイライブラリー（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１））を含む）を使用して産生され得る。同様に、ヒト免疫グロブリン遺伝子座をトランスジェニック動物（例えば、内因性免疫グロブリン遺伝子が、部分的または完全に不活化されているマウス）に導入することによって、ヒト抗体は作製され得る。チャレンジの際にヒト抗体産生が観察され、このことはすべての点（遺伝子再配列、アセンブリ、および抗体レパートリーを含む）でヒトにおいて観察されたものに密接に類似する。このアプローチは、例えば、以下に記載される：米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６号、およびＭａｒｋｓら（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０、７７９−７８３（１９９２））；Ｌｏｎｂｅｒｇら（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８  ８５６−８５９（１９９４））；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８、８１２−１３（１９９４））；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８４５−５１（１９９６））；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８２６（１９９６））；ならびにＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ（Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３  ６５−９３（１９９５））。
【０３４５】
ヒト抗体は、抗原によるチャレンジに応答して動物の内因性抗体よりもヒト抗体を十分に産生するように改変されたトランスジェニック非ヒト動物を使用して、さらに産生され得る。（ＰＣＴ刊行物ＷＯ９４／０２６０２を参照のこと。）非ヒト宿主における重免疫グロブリン鎖および軽免疫グロブリン鎖をコードする内因性遺伝子は、耐えられなくなっており、そしてヒト重鎖および軽鎖免疫グロブリンをコードする活性な遺伝子座は、宿主のゲノムに挿入される。例えば、要求性ヒトＤＮＡセグメントを含む酵母人工染色体を使用して、ヒト遺伝子は組み込まれる。次いで、すべての所望の改変を提供する動物を、完全な改変の相補体よりもより少ない改変の相補体を含む中間トランスジェニック動物を雑種することによって子孫として得る。このような非ヒト動物の好ましい実施形態は、マウスであり、ＰＣＴ刊行物ＷＯ９６／３３７３５およびＷＯ９６／３４０９６に開示されるようにＸｅｎｏｍｏｕｓＴＭと呼ばれる。この動物は、ヒト免疫グロブリンを十分に分泌するＢ細胞を産生する。目的の免疫原を有する免疫後の動物から（例えば、ポリクローナル抗体の調製）、あるいは動物由来の不死化されたＢ細胞（例えば、モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ）から、抗体を直接得ることが可能である。さらに、ヒト可変領域を有する免疫グロブリンをコードする遺伝子は、抗体を直接得るために回復され、そして発現され得るか、または抗体のアナログ（例えば、１本鎖Ｆｖ分子）を得るために、さらに改変され得る。
【０３４６】
内因性免疫グロブリン重鎖の発現を欠く非ヒト宿主（マウスとして例証される）を作製するための方法の例は、米国特許第５，９３９，５９８号に開示される。それを、以下の工程を包含する方法によって得ることが可能である：遺伝子座の再配列を防ぎ、そして再配列された免疫グロブリン重鎖遺伝子座の転写物の形成、および選択マーカーをコードする遺伝子を含む標的ベクターによって影響される欠失を防ぐために、胚幹細胞における少なくとも１つの内因性重鎖遺伝子座由来のＪセグメント遺伝子を欠失させる工程；およびトランスジェニックマウス（その体細胞および生殖細胞は、選択マーカーをコードする遺伝子を含む）を、胚幹細胞から作製する工程。
【０３４７】
目的の抗体（例えば、ヒト抗体）を産生する方法は、米国特許第５，９１６，７７１号に開示される。それは以下の工程を包含する：重鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、培養中の１つの哺乳動物宿主細胞に導入する工程、軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、別の哺乳動物宿主細胞に導入する工程、およびハイブリッド細胞を形成するために２つの細胞融合する工程。ハイブリッド細胞は、重鎖および軽鎖を含む抗体を発現する。
【０３４８】
この手順のさらなる改善において、免疫原上の臨床的に関連するエピトープを同定する方法、および関連するエピトープに高い親和性で免疫特異的に結合する抗体を選択する相関する方法は、ＰＣＴ刊行物ＷＯ９９／５３０４９に開示される。
【０３４９】
（Ｆａｂフラグメントおよび１本鎖抗体）
本発明に従って、技術は、本発明の抗原性タンパク質に特異的な１本鎖抗体の産生に適用され得る（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照のこと）。さらに、方法は、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築に適用され得（例えば、Ｈｕｓｅら、１９８９  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１を参照のこと）、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログについての所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ効果的な同定を可能にする。タンパク質抗原に対するイディオタイプを含む抗体フラグメントは（（ｉ）抗体分子のペプシン消化によって産生されるＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって作製されたＦａｂフラグメント；（ｉｉｉ）パパインおよび還元剤を用いた抗体分子の処理によって作製されたＦａｂフラグメント、および（ｉｖ）Ｆｖフラグメントを含むが、これらに限定ない）は、当該分野で公知の技術によって産生され得る。
【０３５０】
（二重特異的抗体）
二重特異的抗体は、モノクローナル抗体（好ましくはヒトモノクローナル抗体またはヒト化モノクローナル抗体）であって、これは少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有する。この場合において、結合特異性の１つは、本発明の抗原性タンパク質に対してである。第２の結合標的は、任意の他の抗原であり、そして有利には細胞表面タンパク質あるいはレセプターまたはレセプターサブユニットである。
【０３５１】
二重特異的抗体を作製する方法は、当該分野で公知である。伝統的に、二重特異的抗体の組換え生成は、２つの免疫グロブリンの重鎖／軽鎖の対の同時発現に基づき、ここでこの２つの重鎖は異なる特異性を有する（ＭｉｌｓｔｅｉｎおよびＣｕｅｌｌｏ、Ｎａｔｕｒｅ，３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリンの重鎖および軽鎖のランダムな組み合わせのために、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０の異なる抗体分子の潜在的混合物を作製し、このうち１つのみが正確な二重特異的構造を有する。この正確な分子の精製は、通常アフィニティークロマトグラフィ工程によって達成される。同様の手順は、１９９３年５月１３日開示のＷＯ９３／０８８２９、およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒら、１９９１  ＥＭＢＯ  Ｊ．，１０：３６５５−３６５９において開示される。
【０３５２】
所望の結合特異性（抗体−抗原結合部位）を有する抗体可変ドメインは、免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合され得る。この融合は、好ましくは免疫グロブリン重鎖定常ドメインを有し、ヒンジ、ＣＨ２、およびＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この融合物の少なくとも１つに存在する軽鎖結合のために必要な部位を含む第１の重鎖定常領域（ＣＨ１）を有することが好ましい。この免疫グロブリン重鎖融合体、および所望の場合、この免疫グロブリン軽鎖をコードするＤＮＡは、別々の発現ベクターに挿入され、そして適切な宿主生物体に同時トランスフェクトされる。二重特異的抗体の作製のさらなる詳細は、例えば、Ｓｕｒｅｓｈら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１２１：２１０（１９８６）を参照のこと。
【０３５３】
ＷＯ９６／２７０１１に記載される別のアプローチに従って、抗体分子の対の間の界面は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロダイマーのパーセンテージを最大化するために操作され得る。好ましい界面は、抗体定常ドメインのＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法において、第１の抗体分子の界面からの１つ以上の小さなアミノ酸側鎖は、より大きな側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）で置換される。大きな側鎖についての同一または同様のサイズの代償的な「空洞」は、大きなアミノ酸側鎖を小さなアミノ酸側鎖（例えば、アラニンまたはスレオニン）で置換することによって、第２の抗体分子の界面上に生成される。このことは、ホモダイマーのような他の不必要な最終生成物よりも、ヘテロダイマーの収量を増加するための機構を提供する。
【０３５４】
二重特異的抗体は、全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異的抗体）として調製され得る。抗体フラグメントから二重特異的抗体を作製するための技術は、文献において記載される。例えば、二重特異的抗体は、化学結合を使用して調製され得る。Ｂｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１（１９８５）は、インタクトな抗体がタンパク分解的に切断されてＦ（ａｂ’）２フラグメントを作製する手順を記載する。これらのフラグメントは、ビシナルジチオールを安定化し、そして分子間ジスルフィド形成を阻止するために、ジチオール錯化剤ナトリウム亜ヒ酸塩の存在下で還元される。次いで、この作製されたＦａｂ’フラグメントは、チオニトロベンゾエート（ＴＮＢ）誘導体に変換される。次いで、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の１つは、メルカプトエチルアミンでの還元によってＦａｂ’−チオールに再変換され、そしてこれは等モル量の他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合されて二重特異的抗体を形成する。生成された二重特異的抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として使用され得る。
【０３５５】
さらに、Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから直接回収され得、そして化学的にカップリングされて二重特異的抗体を形成する。Ｓｈａｌａｂｙら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７５：２１７−２２５（１９９２）は、完全にヒト化された二重特異的抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の生成を記載する。各Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから別々に分泌され、そしてインビトロの化学的カップリングに供され、二重特異的抗体を形成する。従って、形成されたこの二重特異的抗体は、ＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞および正常なヒトＴ細胞に結合し得、そしてヒト胸部腫瘍標的に対するヒト細胞傷害性リンパ球の溶解性活性を誘因し得る。
【０３５６】
組換え細胞培養物から直接二重特異的抗体フラグメントを作製し、そして単離するための種々の技術もまた記載されてきた。例えば、二重特異的抗体は、ロイシンジッパーを使用して産生される。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）。ＦｏｓおよびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドは、遺伝子融合によって２つの異なる抗体のＦａｂ’部分に結合された。この抗体ホモダイマーは、ヒンジ領域で還元されてモノマーを形成し、次いで再酸化されて抗体ヘテロダイマーを形成した。この方法はまた、抗体ホモダイマーの産生のために使用され得る。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）に記載されるこの「ディアボディー（ｄｉａｂｏｄｙ）」技術は、二重特異的抗体フラグメントを作製するための代替の機構を提供した。このフラグメントは、短すぎて同じ鎖上の２つのドメインの間を対にできないリンカーによって軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。従って、１つのフラグメントのＶＨおよびＶＬドメインは、別のフラグメントの相補的なＶＬおよびＶＨドメインと対になるように強制され、これによって２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーの使用によって二重特異的抗体フラグメントを作製するための別のストラテジーもまた、報告されてきた。Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと。
【０３５７】
２つより多くの結合価を有する抗体が意図される。例えば、三重特異的抗体が調製され得る。Ｔｕｔｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
【０３５８】
例示的な二重特異的抗体は、２つの異なるエピトープに結合し得、このうち少なくとも１つは、本発明のタンパク質抗原に起源を有する。あるいは、免疫グロブリン分子の抗抗原性アームは、Ｔ細胞レセプター分子のような白血球（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８、またはＢ７）、あるいはＩｇＧに対するＦｃレセプター（ＦｃγＲ）（例えば、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）およびＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６））上の誘発分子に結合するアームに、特定の抗原を発現する細胞に対する細胞の防御機構に焦点を合わせるように結合され得る。二重特異的抗体はまた、特定の抗原を発現する細胞に対する細胞傷害性因子に指向するために使用され得る。これらの抗体は抗原結合アーム、および細胞傷害性因子または放射性核種キレーター（例えば、ＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、またはＴＥＴＡ）に結合するアームを保有する。目的の別の二重特異的抗体は、本明細書中に記載のタンパク質抗原に結合し、そしてさらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
【０３５９】
（ヘテロ結合体抗体）
ヘテロ結合体抗体はまた、本発明の範囲内である。ヘテロ結合体抗体は、２つの共有結合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不必要な細胞に標的化するために（米国特許第４，６７６，９８０号）、およびＨＩＶ感染の処置のために（ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＥＰ０３０８９）提案されてきた。この抗体（架橋剤を含む抗体を含む）は、インビトロで、合成タンパク質化学において公知の方法を使用して調製され得ることが意図される。例えば、免疫毒素は、ジスルフィド交換反応の使用またはチオエーテル結合の形成によって構築され得る。この目的のための適切な試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデート、ならびに例えば米国特許第４，６７６，９８０号において開示される試薬が挙げられる。
【０３６０】
（エフェクター機能操作）
本発明の抗体を、エフェクター機能について、例えば癌の処置における抗体の効力を増大するように改変することが望ましい。例えば、システイン残基は、Ｆｃ領域に導入され得、これによってこの領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にする。従って、作製されるこのホモダイマー抗体は、改良されたインターナリゼーションの可能性および／または増加した補体媒介細胞死滅、ならびに抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１７６：１１９１−１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照のこと。増大した抗腫瘍活性を有するホモダイマー抗体はまた、Ｗｏｌｆｆら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、５３：２５６０−２５６５（１９９３）に記載されるヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製され得る。あるいは、抗体は操作され得、これは二重のＦｃ領域を有し、そしてこれによって相補体溶解およびＡＤＣＣの可能性を増大し得た。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎら、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，３：２１９−２３０（１９８９）を参照のこと。
【０３６１】
（免疫結合体）
本発明はまた、細胞傷害性の薬剤（例えば、化学療法剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素学的に活性な毒素、あるいはそれらのフラグメント）、または放射性同位体（すなわち、放射性結合体））に結合した抗体を含む免疫結合体に関する。
【０３６２】
このような免疫結合体の作製において有用な化学療法剤は、上記に記載される。使用され得る酵素学的に活性な毒素およびそれらのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、α−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）、およびトリコテセン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎ）が挙げられる。種々の放射性核種は、放射性結合した抗体の作製のために利用可能である。その例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、および１８６Ｒｅが挙げられる。
【０３６３】
抗体および細胞傷害性因子の結合体は、種々の二官能性タンパク質結合因子（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ｉｍｉｎｏｔｈｉｏｌａｎｅ）（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデート  ＨＣＬ）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジルスベレート）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド（ｇｌｕｔａｒｅｌｄｅｈｙｄｅ））、ビスアジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６−ジイソシアネート）、およびビス−活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製され得る。炭素−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への結合のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。
【０３６４】
別の実施形態において、腫瘍の前標的化における利用のために、この抗体は、「レセプター」（例えば、ストレプトアビジン）に結合され得、ここで抗体−レセプター結合体は患者に投与され、続いて除去剤を使用して結合していない結合体が循環から除去され、次いで細胞傷害性因子に次々に結合する「リガンド」（例えば、アビジン）が投与される。
【０３６５】
１つの実施形態において、所望の特異性を保有する抗体のスクリーニングのための方法は、当該分野内で公知の酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）および他の免疫学的に媒介された技術を含むが、これに限定されない。特定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質の特定のドメインに対して特異的である抗体の選択は、このようなドメインを所有しているＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに結合するハイブリドーマの生成により容易にされる。従って、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログ内の所望のドメインについて特異的である抗体がまた、本明細書において提供される。
【０３６６】
抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質の局在化および／または定量化に関する当該分野で公知の方法において用いられ得る（例えば、適切な生理学的なサンプル中のＮＯＶＸタンパク質のレベルを測定する使用のため、診断的方法における使用のため、タンパク質の画像化における使用のためなど）。所定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログについての抗体（抗体由来の結合ドメインを含む）は、薬理学的に活性な化合物（本明細書中、以降において「治療剤」）として利用される。
【０３６７】
抗ＮＯＶＸ抗体（例えば、モノクローナル抗体）は、標準的技術（例えばアフィニティークロマトグラフィまたは免疫沈降）によって、ＮＯＶＸポリペプチドを単離するために用いられ得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、細胞からの天然のＮＯＶＸポリペプチド、および宿主細胞において発現される組換え的に産生されたＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。さらに、抗ＮＯＶＸ抗体が、（例えば、細胞の溶解産物または細胞上清における）ＮＯＶＸタンパク質を検出するために用いられて、ＮＯＶＸタンパク質の発現のアバンダンスおよびパターンを評価し得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、例えば、所定の治療レジメンの有効性を決定するために、臨床試験の手順の一部として、組織におけるタンパク質レベルを診断的にモニターするために用いられ得る。検出は、抗体を検出可能物質に結合する（すなわち、物理的に連結する）ことにより容易にされ得る。検出可能物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質および放射性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；適切な補欠分子族複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ）フルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられる；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられる；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；そして、適切な放射性物質の例としては１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０３６８】
（ＮＯＶＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞）
本発明の別の局面は、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、もしくはホモログをコードする核酸を含むベクター、好ましくは発現ベクターに関する。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」は、これが接続された別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。ベクターの１つの型は「プラスミド」であり、これはさらなるＤＮＡセグメントが連結し得る環状の二本鎖ＤＮＡループをいう。ベクターの別の型はウイルス性ベクターであり、ここでさらなるＤＮＡセグメントはこのウイルス性ゲノムに連結され得る。特定のベクターは宿主細胞中で自発的に複製し得、この中に導入される（例えば、細菌の複製起源を有する細菌ベクターおよびエピソームの哺乳類ベクター）。他のベクター（例えば、非エピソーム哺乳類ベクター）は、宿主細胞に導入される際に宿主細胞のゲノムに組み込まれ、そしてこれによって宿主のゲノムと同調して複製される。さらに、特定のベクターは、これが作動可能に連結される遺伝子の発現を指向し得る。このようなベクターは、本明細書中で「発現ベクター」といわれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしばプラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、プラスミドが、最も一般的に使用される形態のベクターであるため、交換可能に使用され得る。しかし、本発明は、ウイルス性ベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス）のような発現ベクターのこのような他の形態を含むことを意図し、これは等価な機能を果たす。
【０３６９】
本発明の組換え発現ベクターは、本発明の核酸を、宿主細胞における核酸の発現に適切な形態で含み、これはこの組換え発現ベクターが、発現のために使用される宿主細胞に基づいて選択される１つ以上の調節配列を含むこと意味し、これは発現される核酸配列に作動可能に連結される。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結」は、目的のヌクレオチド配列が、ヌクレオチド配列の発現を可能にする（例えば、このベクターが宿主細胞に導入される場合、インビトロ転写／翻訳系または宿主細胞において）ような様式で調節配列に連結されることを意味することを意図する。
【０３７０】
用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。このような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。調節配列は、多くの型の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指向する配列、および特定の宿主細胞のみにおいてヌクレオチド配列の発現を指向する配列（例えば、組織特異的調節配列）を含む。発現ベクターの設計が形質転換されるべき宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベルなどのような因子に依存し得ることは当業者に理解される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入され、それにより、本明細書に記載されるような核酸によりコードされるタンパク質またはペプチド（融合タンパク質または融合ペプチドを含む）（例えば、ＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を生成し得る。
【０３７１】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における、ＮＯＶＸタンパク質の発現のために設計され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを用いる）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）においてさらに考察される。あるいは、組換え発現ベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写および翻訳され得る。
【０３７２】
原核生物におけるタンパク質の発現は、最も頻繁には、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを有するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにおいて実行される。融合ベクターは、そこにコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に、多数のアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、代表的には、以下の３つの目的のために役立つ：（ｉ）組換えタンパク質の発現を増加させること；（ｉｉ）組換えタンパク質の溶解度を増加させること；および（ｉｉｉ）親和性精製においてリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製の際に補助すること。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解の切断部位が、融合部分の結合部に導入され、そして融合タンパク質の精製の後に、組換えタンパク質が組換えタンパク質の融合部分から分離されることを可能にする。このような酵素、およびその同族の認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを、それぞれ、標的の組換えタンパク質に融合するｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ；Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｊｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）が挙げられる。
【０３７３】
適切な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ（Ａｍｒａｎｎら（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６９：３０１−３１５）およびｐＥＴ  １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒら、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）６０−８９）が挙げられる。
【０３７４】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化するための１つのストラテジーは、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力が損なわれた宿主細菌中でタンパク質を発現させることである。例えば、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）１１９−１２８を参照のこと。別のストラテジーは、各アミノ酸についての個々のコドンが、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて優先的に利用されるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変更することである（例えば、Ｗａｄａら（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８を参照のこと）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的なＤＮＡ合成技術によって実行され得る。
【０３７５】
別の実施形態において、ＮＯＶＸ発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｉｖｉｓａｅにおける発現のためのベクターの例としては、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉら、（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ  ６：２２９−２３４）、ｐＭＦａ（ＫｕｒｊａｎおよびＨｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、（１９８２）Ｃｅｌｌ  ３０：９３３−９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚら、（１９８７）Ｇｅｎｅ  ５４：１１３−１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、およびｐｉｃＺ（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。
【０３７６】
あるいは、ＮＯＶＸは、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養された昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）中でタンパク質の発現のために利用可能なバキュロウイルスベクターとしては、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈら（１９８３）Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ３：２１５６−２１６５）およびｐＶＬシリーズ（ＬｕｃｋｌｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ（１９８９）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １７０：３１−３９）が挙げられる。
【０３７７】
なお別の実施形態において、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞中で発現される。哺乳動物発現ベクターの例には、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ  ３２９：８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ  ６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳動物細胞中で使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルスの調節エレメントによって提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、およびシミアンウイルス４０に由来する。原核生物細胞および真核生物細胞の両方のための他の適切な発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６章および第１７章を参照のこと。
【０３７８】
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型（例えば、組織特異的調節エレメントを使用して核酸を発現する）中で優先的に核酸の発現を指向し得る。組織特異的調節エレメントは、当該分野で公知である。適切な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ  １：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ４３：２３５−２７５）、特に、Ｔ細胞レセプターのプロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ  Ｊ  ８：７２９−７３３）および免疫グロブリンのプロモーター（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７４１−７４８）、ニューロン特異的プロモーター（例えば、ニューロフィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、および乳腺特異的プロモーター（例えば、ミルクホエープロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されるプロモーターもまた含まれる（例えば、マウスホックス（ｍｕｒｉｎｅ  ｈｏｘ）プロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３７４−３７９）およびα−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ  ３：５３７−５４６）。
【０３７９】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。すなわち、そのＤＮＡ分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写によって）を可能にする様式で調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型におけるアンチセンスＲＮＡ分子の連続的な発現を指向する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結される調節配列が選択され得る。例えば、アンチセンスＲＮＡの構成的発現、組織特異的発現、または細胞型特異的発現を指向する、ウイルスプロモーターおよび／もしくはエンハンサー、または調節配列が選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得、ここではアンチセンス核酸は、高効率調節領域の制御下で産生され、その活性は、ベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の議論については、例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ」、Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１巻（１）１９８６を参照のこと。
【０３８０】
本発明の別の局面は、本発明の組換え発現ベクターが導入された宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の対象の細胞のみならず、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫もいうことが理解される。変異または環境的影響のいずれかに起因して、特定の改変は次の世代において存在し得るので、このような子孫は、実際、親細胞と同一でないかもしれないが、なお、本明細書中で使用されるような用語の範囲内に含まれる。
【０３８１】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、ヒトチャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはＣＯＳ細胞）で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０３８２】
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換技術またはトランスフェクション技術を介して原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞中に導入するための当該分野で認識される種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが含まれる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするための適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）および他の実験室マニュアルに見出され得る。
【０３８３】
哺乳動物細胞の安定なトランスフェクションについては、使用される発現ベクターおよびトランスフェクション技術に依存して、細胞のほんの一部のみが外来ＤＮＡをそのゲノム中に組み込み得ることが知られている。これらの要素を同定および選択するために、選択マーカー（例えば、抗生物質に対する耐性）をコードする遺伝子が、一般的には目的の遺伝子とともに宿主細胞に導入される。種々の選択マーカーには、薬物に対する耐性を付与するマーカー（例えば、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、およびメトトレキセート）が含まれる。選択マーカーをコードする核酸は、ＮＯＶＸをコードするベクターと同じベクター上で宿主細胞に導入され得るか、あるいは別々のベクター上で導入され得る。導入された核酸とともに安定にトランスフェクトされる細胞は、薬物選択によって同定され得る（例えば、選択マーカー遺伝子を取り込んだ細胞は生存するが、他の細胞は死滅する）。
【０３８４】
本発明の宿主細胞（例えば、培養中の原核生物宿主細胞および真核生物宿主細胞）は、ＮＯＶＸタンパク質を産生（すなわち、発現）するために使用され得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を産生するための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸタンパク質が産生されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞（ここに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、培地または宿主細胞からＮＯＶＸタンパク質を単離する工程を包含する。
【０３８５】
（トランスジェニックＮＯＶＸ動物）
本発明の宿主細胞はまた、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得る。例えば、１つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、ＮＯＶＸタンパク質コード配列が導入された、受精卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、このような宿主細胞は、外因性のＮＯＶＸ配列がそのゲノムに導入された非ヒトトランスジェニック動物、または内因性のＮＯＶＸ配列が変更された相同組換え動物を作製するために使用され得る。このような動物は、ＮＯＶＸタンパク質の機能および／または活性を研究するため、ならびにＮＯＶＸタンパク質活性のモジュレーターを同定および／または評価するために有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのような齧歯類であり、ここで、その動物の細胞のうちの１つ以上が、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。導入遺伝子は、細胞（この細胞からトランスジェニック動物を発生させた）のゲノムに組み込まれかつ成熟動物のゲノムに残存し、それによって、トランスジェニック動物の１つ以上の細胞型または組織においてコードされた遺伝子産物の発現を指示する、外因性のＤＮＡである。本明細書中で使用される場合、「相同（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ）組換え動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくはマウスであり、ここで、内因性ＮＯＶＸ遺伝子は、その内因性遺伝子と、その動物の発生の前にその動物の細胞（例えば、その動物の胚細胞）に導入された外因性のＤＮＡ分子との間の相同組換えによって変更されている。
【０３８６】
本発明のトランスジェニック動物は、ＮＯＶＸをコードする核酸を、（例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって）受精卵母細胞の雄性前核に導入すること、およびその卵母細胞を偽妊娠雌性養育動物（ｆｏｓｔｅｒ  ａｎｉｍａｌ）中で発達させることを可能にすることによって作製され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３および３５のヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ配列は、非ヒト動物のゲノムに導入遺伝子として導入され得る。あるいは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログ（例えば、マウスのＮＯＶＸ遺伝子）は、ヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ（上記にさらに記載された）に対するハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた導入遺伝子中に含まれ得、その導入遺伝子の発現の効率を増大させ得る。組織特異的調節配列（単数または複数）は、特定の細胞に対して、ＮＯＶＸタンパク質の発現を指示するように、ＮＯＶＸ導入遺伝子に作動可能に連結され得る。胚の操作およびマイクロインジェクションを介してトランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を作製するための方法は、当該分野で慣習的になっており、そして例えば、米国特許第４，７３６，８６６号；同第４，８７０，００９号；および同第４，８７３，１９１号；ならびにＨｏｇａｎ  １９８６、ＭＡＮＩＰＵＬＡＴＩＮＧ  ＴＨＥ  ＭＯＵＳＥ  ＥＭＢＲＹＯ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。同様の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニック創始（ｆｏｕｎｄｅｒ）動物は、そのゲノムにおけるＮＯＶＸ導入遺伝子の存在および／またはその動物の組織もしくは細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの発現に基づいて同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物は、その導入遺伝子を有するさらなる動物を育種するために使用され得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物と交雑され得る。
【０３８７】
相同組換え動物を作製するために、ＮＯＶＸ遺伝子の少なくとも一部を含むベクターを調製する。ここで、このＮＯＶＸ遺伝子は、欠失、付加、または置換が導入され、それによってそのＮＯＶＸ遺伝子が変更されている（例えば、機能的に破壊されている）。ＮＯＶＸ遺伝子は、ヒト遺伝子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のｃＤＮＡ）であり得るが、より好ましくは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、および３３のヒトのＮＯＶＸ遺伝子のマウスホモログは、マウスゲノムにおける内因性のＮＯＶＸ遺伝子を変更するのに適切な相同組換えベクターを構築するために使用され得る。１つの実施形態において、そのベクターは、相同組換えに際して、その内因性のＮＯＶＸ遺伝子が、機能的に破壊される（すなわち、機能的タンパク質をもはやコードしない）ように設計される（「ノックアウト」ベクターともいわれる）。
【０３８８】
あるいは、このベクターは、相同組換えに際して、内因性ＮＯＶＸ遺伝子が変異されるか、あるいはさもなければ、変更されるが、なお機能性タンパク質をコードするように、設計され得る（例えば、上流の調節領域が変更され、それによって内因性ＮＯＶＸタンパク質の発現を変更し得る）。相同組換えベクターにおいて、ＮＯＶＸ遺伝子の変更された部分は、ＮＯＶＸ遺伝子のさらなる核酸によって、その５’末端および３’末端で隣接されることにより、相同組換えが、ベクターによって保有される外因性ＮＯＶＸ遺伝子と胚性幹細胞中の内因性ＮＯＶＸ遺伝子との間で起こることを可能にする。さらなる隣接するＮＯＶＸ核酸は、その内因性遺伝子との首尾よい相同組換えのために十分な長さである。典型的に、数キロベースの隣接ＤＮＡ（５’末端および３’末端の両方における）が、そのベクターに含まれる。例えば、相同組換えベクターの説明について、Ｔｈｏｍａｓら（１９８７）Ｃｅｌｌ  ５１：５０３を参照のこと。次いで、このベクターは、（例えば、エレクトロポレーションによって）胚性幹細胞株に導入され、そして導入されたＮＯＶＸ遺伝子が内因性ＮＯＶＸ遺伝子と相同組換えした細胞が、選択される。例えば、Ｌｉら（１９９２）Ｃｅｌｌ  ６９：９１５を参照のこと。
【０３８９】
次いで、選択された細胞が、動物（例えば、マウス）の胚盤胞へ注入され、凝集キメラを形成する。例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ（１９８７）のＴＥＲＡＴＯＣＡＲＣＩＮＯＭＡＳ  ＡＮＤ  ＥＭＢＲＹＯＮＩＣ  ＳＴＥＭ  ＣＥＬＬＳ：Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ、Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ編、ＩＲＬ、Ｏｘｆｏｒｄ、１１３頁〜１５２頁を参照のこと。次いで、キメラ胚が、適切な偽妊娠雌性養育動物に移植され得、そしてその胚は分娩に到る。その生殖細胞中に相同組換えされたＤＮＡを保有する子孫が、動物を育種するために使用され得、ここでこの動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖系列伝達によって、相同組換えされたＤＮＡを含む。相同組換えベクターおよび相同組換え動物を構築するための方法が、さらに以下に記載される：Ｂｒａｄｌｅｙ（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２：８２３−８２９；ＰＣＴ国際公開番号：ＷＯ９０／１１３５４；ＷＯ９１／０１１４０；ＷＯ９２／０９６８；およびＷＯ９３／０４１６９。
【０３９０】
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含む非ヒトトランスジェニック動物が、産生され得る。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系の説明については、例えば、Ｌａｋｓｏら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：６２３２−６２３６を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である。Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５１：１３５１−１３５５を参照のこと。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系が、導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が必要となる。このような動物は、例えば、２つのトランスジェニック動物（一方は選択されたタンパク質をコードした導入遺伝子を含み、他方はリコンビナーゼをコードした導入遺伝子を含む）を交配することによる「二重」トランスジェニック動物の構築によって提供され得る。
【０３９１】
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンがまた、Ｗｉｌｍｕｔら（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ  ３８５：８１０−８１３に記載される方法に従って、産生され得る。簡単には、トランスジェニック動物から細胞（例えば、体細胞）が単離され得、そして成長サイクルから出て、Ｇ０期に入るように誘導され得る。次いで、静止細胞が、例えば、電気パルスの使用により、その静止細胞が単離されたのと同種の動物由来の除核された卵母細胞へ融合され得る。次いで、この再構築された卵母細胞は培養され、これにより、これは桑実胚または胚盤胞に発達し、次いで、偽妊娠雌性養育動物に移される。この雌性養育動物から産まれた子孫は、その細胞（例えば、その体細胞）が単離された動物のクローンである。
【０３９２】
（薬学的組成物）
本発明のＮＯＶＸ核酸分子、ＮＯＶＸタンパク質、および抗ＮＯＶＸ抗体（これはまた、本明細書中で、「活性化合物」とも呼ばれる）、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、およびホモログが、投与に適した薬学的組成物に組み込まれ得る。このような組成物は、典型的に、この核酸分子、タンパク質または抗体、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的な投与に適合性の、任意および全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤（ｄｅｌａｙｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）などを包含することが意図される。適切なキャリアは、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（当該分野の標準的参考文献であって、本明細書中に参考として援用される）の最新版に記載される。このようなキャリアまたは希釈剤の好ましい例としては、水、生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられるが、これらに限定されない。リポソームおよび非水性ビヒクル（例えば、不揮発性油）もまた、使用され得る。薬学的に活性な物質に対するこのような媒体および薬剤の使用は、当該分野で周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除いて、組成物におけるその使用が企図される。補助的な活性化合物もまた、組成物へ組み込まれ得る。
【０３９３】
本発明の薬学的組成物は、その意図される投与経路と適合性であるように処方される。投与経路の例としては、非経口（例えば、静脈内、皮内、皮下）投与、経口（例えば、吸入）投与、経皮（すなわち、局所的）投与、経粘膜（ｔｒａｎｓｍｕｃｏｓａｌ）投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：注射用水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒のような、滅菌希釈剤；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような、抗菌剤；アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウムのような、抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）のような、キレート剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝液、および塩化ナトリウムまたはデキストロースのような、張度の調整のための薬剤。ｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基で調整され得る。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または多用量バイアル中に入れられ得る。
【０３９４】
注入用途に適した薬学的組成物は、滅菌水溶液（ここでは、水溶性）または分散物、および滅菌注入可能溶液または分散物の即座の調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与のために、適切なキャリアには、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、組成物は、無菌でなければならず、そして容易な注入性（ｓｙｒｉｎｇｅａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度に流動性であるべきである。これは、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして、細菌および真菌のような微生物の汚染行為に対して保護されなければならない。このキャリアは、例えば、以下を含む溶媒または分散媒体であり得る：水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）ならびにそれらの適切な混合物。適切な流動性が、例えば、レシチンのようなコーティングの使用によって、分散物の場合には、要求される粒子サイズを維持することによって、および界面活性剤を使用することによって、維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合、組成物中に等張剤（例えば、糖、ポリアルコール（例えば、マンニトール、ソルビトール）、塩化ナトリウム）を含むことが好ましい。注入可能組成物の長期吸収は、組成物に吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を含ませることによってもたらされ得る。
【０３９５】
滅菌注射可能溶液は、必要量のこの活性化合物（例えば、ＮＯＶＸタンパク質または抗ＮＯＶＸ抗体）を、適切な溶媒中に、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせと共に組み込み、必要な場合、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般的に、分散物は、活性化合物を、基本（ｂａｓｉｃ）の分散媒体と上記で列挙される成分から必要とされる他の成分とを含む滅菌ビヒクル中へ組み込むことによって調製される。滅菌注射可能溶液の調製のための滅菌粉末の場合において、調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、予め滅菌濾過されたその溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０３９６】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤へと圧縮され得る。経口治療投与の目的のために、この活性化合物は、賦形剤とともに組み込まれ得、そして錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、マウスウォッシュとしての使用のために流体キャリアを使用して調製され得、ここで、この流体キャリア中のこの化合物は、経口的に適用され、そして音を立てられ（ｓｗｉｓｈ）、そして吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および／またはアジュバント物質が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などが、以下の成分または同様の性質を有する化合物のいずれかを含み得る：結合剤（例えば、微結晶セルロース、ガムトラガントまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸、プリモゲル（Ｐｒｉｍｏｇｅｌ）、またはコーンスターチ）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはステロテス（Ｓｔｅｒｏｔｅｓ））；潤滑剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味剤（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは矯味矯臭剤（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香味料）。
【０３９７】
吸入による投与について、この化合物は、適切な噴霧剤（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む圧縮容器またはディスペンサー、あるいは噴霧器から、エアロゾル噴霧の形態で送達される。
【０３９８】
全身的投与はまた、経粘膜手段または経皮手段により得る。経粘膜投与または経皮投与について、浸透されるべき障壁に適切な浸透剤が、処方物において使用される。このような浸透剤は、一般的に、当該分野で公知であり、そして、例えば、経粘膜投与については、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻噴霧または坐剤の使用によって達成され得る。経皮投与については、この活性化合物は、当該分野で一般的に公知である軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム剤へ処方される。
【０３９９】
この化合物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤基剤と共に）または貯留（ｒｅｎｔｅｎｔｉｏｎ）浣腸の形態で調製され得る。
【０４００】
１つの実施形態において、この活性化合物は、身体からの迅速な排出に対してこの化合物を保護するキャリアを用いて調製され（例えば、制御放出処方物）、これには、移植片およびマイクロカプセル化された送達系が挙げられる。酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性の生体適合性ポリマーが使用され得る。このような処方物の調製のための方法は、当業者には明らかである。これらの物質はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手され得る。リポソーム懸濁物（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を感染させた細胞へ標的化されるリポソームを含む）もまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０４０１】
投与の容易さおよび投薬量の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態は、処置される被験体に対する単位投薬量として適切な物理的に個々の単位をいい；各単位は、必要とされる薬学的キャリアと関連して所望の治療的効果を生じるように計算された、所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、この活性化合物の固有の特徴、および達成される特定の治療効果、ならびに個体の処置のためにこのような活性化合物を調合する分野に固有の制限によって決定されるか、あるいはこれらに直接依存する。
【０４０２】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、被験体へ、例えば静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）によって、または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中の遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが組み込まれている徐放性マトリックスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞からインタクトで産生され得（例えば、レトロウイルスベクター）、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１以上の細胞を含み得る。
【０４０３】
薬学的組成物は、投与のための使用説明書と共に、容器、包装、またはディスペンサーに含まれ得る。
【０４０４】
（スクリーニング方法および検出方法）
本発明の単離された核酸分子は、以下にさらに説明されるように、ＮＯＶＸタンパク質を（例えば、遺伝子治療適用における宿主細胞中の組換え発現ベクターを介して）発現するため、（例えば、生物学的サンプルにおける）ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸ遺伝子における遺伝子損傷を検出するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために使用され得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の活性または発現を調節する薬物または化合物をスクリーニングするために、ならびにＮＯＶＸタンパク質の不十分もしくは過剰な産生によって、あるいはＮＯＶＸ野生型タンパク質と比較して減少した活性もしくは異常な活性を有するＮＯＶＸタンパク質形態の産生によって特徴付けられる障害（例えば；糖尿病（インスリン放出を調節する）；肥満（脂質を結合および輸送する）；肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、ならびに拒食症および慢性疾患および種々の癌に関連する消耗性障害、および感染性疾患（抗菌活性を有する）、および種々の異脂肪血症）を処置するために、使用され得る。さらに、本発明の抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質を検出および単離するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために、使用され得る。なおさらなる局面において、本発明は、正の様式および負の様式の両方で、食欲、栄養の吸収、および代謝基質の処理に影響するための方法において用いられ得る。
【０４０５】
本発明は、さらに、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される新規の薬剤、および上記に本明細書中で記載されるような処置のためのそれらの使用に関する。
【０４０６】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、調節因子、すなわち、ＮＯＶＸタンパク質に結合するか、あるいは例えば、ＮＯＶＸタンパク質の発現またはＮＯＶＸタンパク質の活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、候補化合物もしくは候補薬剤または試験化合物もしくは試験薬剤（例えば、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子または他の薬物）を同定するための方法（本明細書中において「スクリーニングアッセイ」とも称される）を提供する。本発明はまた、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定された化合物を含む。
【０４０７】
１実施形態において、本発明は、ＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸポリペプチド、あるいはその生物学的に活性な部分の膜結合形態に結合するか、またはその膜結合形態の活性を調節する、候補化合物もしくは試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー法における多数のアプローチのいずれかを使用して得られ得、これには、以下が挙げられる：生物学的ライブラリー；空間的に位置付け可能な並行固相ライブラリーもしくは溶液相ライブラリー；逆重畳（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｉｏｎ）を要する合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィ選択を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチはペプチドライブラリーに限定されるが、他の４つのアプローチは、ペプチド、非ペプチドオリゴマーもしくは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である。例えば、Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  １２：１４５を参照のこと。
【０４０８】
本明細書中で使用される場合、「低分子」とは、約５ｋＤ未満の分子量、最も好ましくは約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物をいうように意味される。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質または他の有機分子もしくは無機分子であり得る。化学的混合物および／または生物学的混合物（例えば、真菌抽出物、細菌抽出物または藻類抽出物）のライブラリーは、当該分野で公知であり、そして本発明のアッセイのいずれかを用いてスクリーニングされ得る。
【０４０９】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当該分野において、例えば以下に見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６９０９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３。
【０４１０】
化合物のライブラリーは、溶液中（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、あるいはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌上（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子上（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２３３，４０９号）、プラスミド上（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６３７８〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号）において提示され得る。
【０４１１】
１つの実施形態において、アッセイは細胞ベースのアッセイであり、ここで、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上に発現する細胞が、試験化合物と接触され、そしてこの試験化合物が、ＮＯＶＸタンパク質に結合する能力が、決定される。例えば、細胞は、哺乳動物起源または酵母細胞であり得る。この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力の決定は、例えば、その試験化合物を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせて、その結果、この試験化合物のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に対する結合が、複合体におけるその標識化合物を検出することによって決定され得ることによって、達成され得る。例えば、試験化合物は、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで直接的または間接的のいずれかで標識され得、そしてその放射性同位体が、放射線放射の直接の計数により、またはシンチレーション計数により、検出され得る。あるいは、試験化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そしてこの酵素的標識が、適切な基質の生成物への転換を決定することにより、検出され得る。１つの実施形態において、このアッセイは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質、またはその生物学的に活性な部分をその細胞表面上に発現する細胞を、ＮＯＶＸと結合する既知の化合物と接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物に試験化合物を接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０４１２】
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、これは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上で発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物が、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物が、ＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子に結合する能力またはこれら標的分子と相互作用する能力を決定することによって、達成され得る。本明細書中において使用する場合には、「標的分子」とは、ＮＯＶＸタンパク質が天然に結合または相互作用する分子であり、例えば、ＮＯＶＸ相互作用タンパク質を発現する細胞表面上の分子、第二の細胞表面上の分子、細胞外環境中の分子、細胞膜の内面と会合する分子、または細胞質分子である。ＮＯＶＸ標的分子は、非ＮＯＶＸ分子あるいは本発明のＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸポリペプチドであり得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸ標的分子は、シグナル伝達経路の構成要素であり、これは、細胞膜を通る細胞内への細胞外シグナル（例えば、化合物が膜結合ＮＯＶＸ分子に結合することにより発生するシグナル）の伝達を促進する。その標的は、例えば、触媒活性を有する第二の細胞内タンパク質、または下流シグナル伝達分子とＮＯＶＸとの会合を容易にするタンパク質であり得る。
【０４１３】
ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、直接的結合を決定するための上記方法の１つにより、達成され得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、その標的分子の活性を決定することにより、達成され得る。例えば、この標的分子の活性は、その標的の細胞性セカンドメッセンジャー（すなわち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）の誘導を検出すること、適切な基質への標的の触媒活性／酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（検出可能なマーカー（例えば、ルシフェラーゼ）をコードする核酸に作動可能に連結されたＮＯＶＸ応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出すること、または細胞応答（例えば、細胞生存度、細胞分化、または細胞増殖）を検出することにより、決定され得る。
【０４１４】
なお別の実施形態において、本発明のアッセイは、無細胞（ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ）アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物の、ＮＯＶＸタンパク質への結合は、上記のように、直接的または間接的のいずれかで決定され得る。１つのこのような実施形態において、このアッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸを結合する既知の化合物に接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０４１５】
なお別の実施形態において、アッセイは、無細胞アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物がＮＯＶＸの活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子に結合する能力を、直接的結合の決定のための上記方法の１つによって決定することにより、達成され得る。代替の実施形態において、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質の活性を調節する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子をさらに調節する能力を決定することにより、達成され得る。例えば、適切な基質に対するこの標的分子の触媒活性／酵素活性は、上記のように決定され得る。
【０４１６】
さらに別の実施形態において、無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸタンパク質を結合する既知の化合物に接触させてアッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子と優先的に結合するかまたはその標的分子の活性を優先的に調節する能力を決定する工程を包含する。
【０４１７】
本発明の無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質の、可溶性形態または膜結合形態の両方の使用に受け入れられる。膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、ＮＯＶＸタンパク質の膜結合形態が溶液中に維持されるように、可溶化剤を利用することが所望され得る。このような可溶化剤の例には、非イオン性界面活性剤が挙げられ、例えば、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ  ｅｔｈｅｒ）ｎ、Ｎ−ドデシル−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳ）、または３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳＯ）である。
【０４１８】
本発明の上記アッセイ方法の１つより多い実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子のいずれかを固定して、そのタンパク質の一方または両方の非複合形態からの複合形態の分離を促進し、そしてそのアッセイの自動化に適合させることが、所望され得る。候補化合物の存在下および非存在下での、ＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合、またはＮＯＶＸタンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するために適切な任意の容器内で、達成され得る。このような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、および微小遠心管が挙げられる。１実施形態において、そのタンパク質の一方または両方がマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質またはＧＳＴ標的融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いでこれらは、試験化合物と合わせられるか、あるいは試験化合物と未吸着標的タンパク質またはＮＯＶＸタンパク質のいずれかとが合わされ、そしてこの混合物が、複合体形成を誘導する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートされる。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルを洗浄して、結合していないあらゆる成分を除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定し、例えば上記のように、複合体を直接的または間接的のいずれかで決定する。あるいは、複合体がマトリックスから解離され得、そしてＮＯＶＸタンパク質の結合レベルまたは活性レベルを、標準的な技術を使用して決定し得る。
【０４１９】
タンパク質をマトリックスに固定するための他の技術もまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質、またはその標的分子のいずれかが、ビオチンとストレプトアビジンとの結合を利用して、固定され得る。ビオチン化ＮＯＶＸタンパク質、または標的分子は、当該分野において周知の技術（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から調製され得、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルに固定され得る。あるいは、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性であるがＮＯＶＸタンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体が、そのプレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的またはＮＯＶＸタンパク質が、抗体の結合によってウェル内に捕捉され得る。このような複合体を検出するための方法には、ＧＳＴ固定複合体に関しての上記で述べた方法に加えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する複合体の免疫検出、ならびにＮＯＶＸタンパク質または標的分子に関する酵素活性の検出に依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
【０４２０】
別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレーターは、細胞を候補化合物と接触させ、そして細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現を決定する方法において同定される。候補化合物の存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルが、候補化合物の非存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質発現のモジュレーターとして同定され得る。例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下における方が大きい（すなわち、統計的に有意に大きい）場合、この候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現の刺激物質として同定される。あるいは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりその存在下の方が少ない（統計的に有意に少ない）場合、この候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現のインヒビターとして同定される。細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＮＯＶＸタンパク質を検出するために本明細書中に記載の方法によって決定され得る。
【０４２１】
本発明のなお別の局面において、ＮＯＶＸタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら（１９９３）Ｃｅｌｌ  ７２：２２３−２３２；Ｍａｄｕｒａら、１９９３  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６−１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら、１９９３  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０−９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら、１９９３  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）において「餌（ベイト）（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて、ＮＯＶＸに結合するかまたはこれと相互作用し、そしてＮＯＶＸ活性を調節する他のタンパク質（「ＮＯＶＸ結合タンパク質」または「ＮＯＶＸ−ｂｐ」）を同定し得る。このようなＮＯＶＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＮＯＶＸ経路の上流エレメントまたは下流エレメントとしてＮＯＶＸタンパク質によるシグナル増幅に関与する可能性がある。
【０４２２】
ツーハイブリッド系は、分離可能なＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる、大部分の転写因子のモジュール的性質に基づく。簡潔には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。一方の構築物においては、ＮＯＶＸをコードする遺伝子が既知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他方の構築物においては、ＤＮＡ配列のライブラリー由来の、未同定タンパク質（「餌食（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列が、既知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「餌」および「餌食」タンパク質がインビボで相互作用して、ＮＯＶＸ依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、非常に近くにある。近位にあることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写が可能となる。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが、単離され得、そしてＮＯＶＸと相互作用するタンパク質をコードするクローニングされた遺伝子を得るために使用され得る。
【０４２３】
本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイにより同定される新規な因子および本明細書中に記載されるような処置のためのこの因子の使用に関する。
【０４２４】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定されるｃＤＮＡ配列の一部またはフラグメント（および対応する完全な遺伝子配列）は、ポリヌクレオチド試薬として多くの方法で使用され得る。例えば、これらの配列を使用して、（ｉ）染色体上にそれぞれの遺伝子をマッピングし得；従って遺伝病と関連する遺伝子領域を位置決定し得る；（ｉｉ）微量の生物学的サンプルから個体を同定し得る（組織型決定）；および（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的識別を助け得るが、これに限定されない。これらの適用のいくつかは、以下の節において記載される。
【０４２５】
（染色体マッピング）
一旦、遺伝子の配列（または配列の一部分）が単離されると、この配列を用いて染色体上に遺伝子の位置をマッピングし得る。このプロセスは、染色体マッピングとよばれる。従って、ＮＯＶＸ配列の配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３の一部またはフラグメント、またはそのフラグメントもしくは誘導体を用いて、それぞれ、ＮＯＶＸ遺伝子の位置を染色体上にマッピングし得る。ＮＯＶＸ配列を染色体にマッピングすることは、これらの配列と、疾患と関連する遺伝子とを相関付ける際の重要な第一歩である。
【０４２６】
要するに、ＮＯＶＸ遺伝子は、ＮＯＶＸ配列からＰＣＲプライマー（好ましくは、１５〜２５ｂｐの長さ）を調製することにより染色体にマッピングし得る。ＮＯＶＸ配列のコンピューター分析を用いて、ゲノムＤＮＡにおける１つを超えるエキソンにまたがらないプライマーを迅速に選択し得、従って、増幅プロセスを複雑にし得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングのために使用され得る。ＮＯＶＸ配列に対応するヒト遺伝子を含むハイブリッドのみが増幅されたフラグメントを生じる。
【０４２７】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞（例えば、ヒトおよびマウス細胞）を融合することにより調製される。ヒトおよびマウスの細胞のハイブリッドが増殖および分裂するにつれ、それらは、無作為な順序で徐々にヒト染色体を失うが、マウス染色体を維持する。特定の酵素を欠くのでマウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を使用することにより、必要な酵素をコードする遺伝子を含む１つのヒト染色体が維持される。種々の培地を使用することによって、ハイブリッド細胞株のパネルが確立され得る。パネルにおける各細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体いずれかおよびマウス染色体の完全なセットを含み、これにより、個々の遺伝子を特定のヒト染色体に容易にマッピングすることが可能になる（例えば、Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２０：９１９−９２４を参照のこと）。ヒト染色体のフラグメントのみを含む体細胞ハイブリッドはまた、転座および欠失を伴うヒト染色体を使用することにより生成され得る。
【０４２８】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の染色体に特定の配列を割り当てるための迅速な手順である。単一のサーマルサイクラーを用いて一日に３つ以上の配列が割り当てられ得る。ＮＯＶＸ配列を使用して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計すると、下位位置決定（ｓｕｂｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）は、特定の染色体由来のフラグメントのパネルを用いて達成され得る。
【０４２９】
中期染色体スプレッドに対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに使用して、一工程で正確な染色体位置を提供し得る。染色体スプレッドは、（紡錘体を破壊する）コルセミドのような化学物質により分裂が中期においてブロックされた細胞を使用して行われ得る。この染色体は、トリプシンで短時間処理され得、次いで、ギムザ染色され得る。薄いバンドおよび濃いバンドのパターンが各染色体で発生し、その結果、この染色体は、個々に同定され得る。ＦＩＳＨ技術は、５００または６００塩基ほどの短さのＤＮＡ配列と共に使用され得る。しかし、１，０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で、独特の染色体位置に結合する可能性がより高い。好ましくは、１，０００塩基、そしてより好ましくは、２，０００塩基が妥当な時間量で良好な結果を得るために十分である。この技術の総説については、Ｖｅｒｍａら、ＨＵＭＡＮ  ＣＨＲＯＭＯＳＯＭＥＳ：Ａ  ＭＡＮＵＡＬ  ＯＦ  ＢＡＳＩＣ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ（Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８８）を参照のこと。
【０４３０】
染色体マッピングの試薬は、単一の染色体またはその染色体上の単一部位をマークするために個々に使用され得るか、または試薬のパネルは複数部位および／または複数染色体をマークするために使用され得る。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、実際に、マッピング目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内により保存されやすく、従って、染色体マッピングの間に交叉ハイブリダイゼーションの機会が増大する。
【０４３１】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、その配列の染色体上の物理的位置は、遺伝子マップデータと相関し得る。このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，ＭＥＮＤＥＬＩＡＮ  ＩＮＨＥＲＩＴＡＮＣＥ  ＩＮ  ＭＡＮ（Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｗｅｌｃｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙを通じてオンラインで入手可能）において見いだされる。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）によって同定され得る。
【０４３２】
さらに、ＮＯＶＸ遺伝子と関連する疾患に罹患した個体と、この疾患に罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における差異が決定され得る。罹患した個体のいくらかまたは全てにおいて変異が認められるが、非罹患個体のいずれにおいても認められない場合、この変異は特定の疾患の候補因子である可能性が高い。罹患個体と非罹患個体の比較は、一般に、染色体における構造的変化（例えば、染色体スプレッドから可視であるか、またはそのＤＮＡ配列に基づいたＰＣＲを用いて検出可能な欠失または転座）を最初に探すことを包含する。最終的に、いくらかの個体に由来する遺伝子の完全な配列決定を行って、変異の存在を確認し、かつ多型と変異とを区別し得る。
【０４３３】
（組織型決定（ｔｉｓｓｕｅ  ｔｙｐｉｎｇ））
本発明のＮＯＶＸ配列はまた、わずかな生物学的サンプルから個体を識別するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、そして同定のために独特のバンドを生成するためにサザンブロット上でプローブされる。本発明の配列は、ＲＦＬＰ（米国特許第５，２７２，０５７号に記載の「制限酵素断片長多型」）のためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である。
【０４３４】
さらに、本発明の配列を用いて、個体のゲノムの選択された部分について実際の塩基ごとにＤＮＡ配列を決定する代替的技術を提供し得る。従って、本明細書中に記載のＮＯＶＸ配列を用いて、配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを使用して、個体のＤＮＡを増幅し得、引き続いて、配列決定し得る。
【０４３５】
この様式で調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、各個体が、対立遺伝子差異に起因するこのようなＤＮＡ配列の独特のセットを有するので、唯一の個体識別を提供し得る。本発明の配列は、個体からおよび組織からこのような識別配列を得るために使用され得る。本発明のＮＯＶＸ配列は、ヒトゲノムの部分を独特に表す。対立遺伝子改変は、これらの配列のコード領域においてある程度生じ、そして非コード領域においてより大きな程度に生じる。個々のヒト間での対立遺伝子改変は、各５００塩基につき約１回の頻度で生じると見積もられる。対立遺伝子改変の多くは、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）を含む一塩基多型（ＳＮＰ）に起因する。
【０４３６】
本明細書中で記載の配列の各々は、ある程度、標準物質（これに対して個体からのＤＮＡが識別の目的で比較され得る）として使用され得る。より多くの多型が非コード領域で生じるので、個体を区別するために、それほど多くの配列が必要であるわけではない。非コード配列は、ポジティブな個体識別に、おそらく１０〜１，０００プライマーのパネルを不自由なく提供し得る。これらのプライマーは、各々が１００塩基の増幅された非コード配列を生じる。推定コード配列（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３における配列）が使用される場合、ポジティブな個体識別に関するプライマーのより適切な数は、５００〜２，０００である。
【０４３７】
（予測医療）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬理ゲノム学（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）およびモニタリング臨床試験が、予後（予測）の目的に使用され、これによって個体を予防的に処置する、予測医療の分野に関する。従って、本発明の１つの局面は、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、組織）の場合においては、ＮＯＶＸタンパク質および／または核酸の発現、ならびにＮＯＶＸの活性を決定するための診断アッセイに関し、これによって、個体が異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連する疾患または障害に罹患しているかどうか、あるいは障害を発症するリスクがあるかどうかを決定する。この障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗疾患が挙げられる。本発明はまた、個体が、ＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性と関連した障害を発症するリスクがあるかどうかを決定するための予後的（または予測的）アッセイを提供する。例えば、ＮＯＶＸの遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後的または予測的な目的に使用され、これによってＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または生物学的活性によって特徴付けられるかまたは関連した障害の発病の前に個体を予防的に処置し得る。
【０４３８】
本発明の別の局面は、個体におけるＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性を決定するための方法を提供し、これによって、その個体についての適切な治療的または予防的試薬（本明細書において「薬理ゲノム学」とよばれる）を選択する。薬理ゲノム学は、個体の遺伝型（例えば、特定の薬剤に対して応答する個体の能力を決定するために試験された個体の遺伝型）に基づく個体の治療的または予防的処置のための薬剤（例えば、薬物）の選択を可能にする。
【０４３９】
本発明のなお別の局面は、臨床試験におけるＮＯＶＸの発現または活性に対する薬剤（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることに関する。
【０４４０】
これらおよび他の薬剤は、以下の節でさらに詳細に記載される。
【０４４１】
（診断アッセイ）
生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在または非存在を検出するための例示的な方法は、試験被験体から生物学的サンプルを得る工程、およびその生物学的サンプルをＮＯＶＸのタンパク質またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）を検出し得る化合物もしくは薬剤とを接触させ、その結果、ＮＯＶＸの存在が、その生物学的サンプルにおいて検出される、工程を包含する。ＮＯＶＸのｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出するための薬剤は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし得る、標識された核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、全長のＮＯＶＸの核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１および３３の核酸）またはそれらの一部（例えば、少なくとも、１５、３０、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、ストリンジェントな条件下でＮＯＶＸのｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするに十分である核酸）であり得る。本発明の診断アッセイにおける使用のための他の適切なプローブは本明細書において記載されている。
【０４４２】
ＮＯＶＸのタンパク質を検出するための薬剤は、ＮＯＶＸのタンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナルであり得るか、またはより好ましくはモノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。用語「標識（された）」とは、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をそのプローブもしくは抗体にカップリングさせる（すなわち、物理的に連結する）ことによってそのプローブまたは抗体を直接標識すること、ならびに、直接標識された別の試薬との反応性によってそのプローブもしくは抗体の間接的な標識をすることを包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を用いた一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンを用いて検出され得るようにＤＮＡプローブのビオチンを用いた末端標識が挙げられる。用語「生物学的サンプル」とは、被験体から単離された組織、細胞および生物学的流体ならびに被験体に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を用いて、ＮＯＶＸのｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡを、生物学的サンプル中で、インビトロおよびインビボで検出し得る。例えば、ＮＯＶＸのｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。ＮＯＶＸのタンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光が挙げられる。ＮＯＶＸのゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、ＮＯＶＸのタンパク質の検出のためのインビボ技術としては、標識された抗ＮＯＶＸ抗体を被験体に導入することが挙げられる。例えば、その抗体は、放射性マーカーを用いて標識され得る。被験体における放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像化技術によって検出され得る。
【０４４３】
１つの実施形態において、この生物学的サンプルは、その試験被験体からのタンパク質分子を含む。あるいは、その生物学的サンプルは、その試験被験体からのｍＲＮＡ分子またはその試験被験体からのゲノムＤＮＡ分子を含み得る。好ましい生物学的サンプルは、被験体から従来の手段によって単離された末梢血白血球サンプルである。
【０４４４】
別の実施形態において、この方法はさらに、コントロール被験体からコントロール生物学的サンプルを得る工程、そのコントロールサンプルを、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物もしくは薬剤と接触させ、その結果、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在がその生物学的サンプルにおいて検出される、工程、およびそのコントロールサンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在と、その試験サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在とを比較する工程を包含する。
【０４４５】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在を検出するためのキットを包含する。例えば、このキットは、以下を備え得る：生物学的サンプルにおいてＮＯＶＸのタンパク質またはｍＲＮＡを検出し得る、標識された化合物もしくは薬剤；そのサンプルにおいてＮＯＶＸの量を決定するための手段；およびそのサンプルにおけるＮＯＶＸの量を標準と比較するための手段。この化合物または薬剤は、適切な容器内に包装され得る。このキットは、さらに、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸を検出するためにキットを用いるための指示書を備え得る。
【０４４６】
（予後アッセイ）
本明細書において記載された診断方法をさらに利用して、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連した疾患もしくは障害を有するか、またはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。例えば、本明細書に記載されるアッセイ（例えば、上述の診断アッセイまたは下記のアッセイ）を利用して、ＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性に関連する障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。あるいは、この予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患もしくは障害を同定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルは、被験体から得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）が検出され、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体についての診断指標である。本明細書において使用される場合「試験サンプル」とは、目的の被験体から得られた生物学的サンプルをいう。例えば、試験サンプルは、生物学的流体（例えば、血清）、細胞サンプル、または組織であり得る。
【０４４７】
さらに、本明細書に記載される予後アッセイを使用して、被験体に薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補）を投与してＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を処置し得るか否かを、決定し得る。例えば、このような方法を使用して、被験体が障害のための薬剤で有効に処置され得るか否かを決定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害のための薬剤を用いて、被験体が有効に処置され得るか否かを決定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルが得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸が検出される（例えば、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、この薬剤が投与されてＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害が処置され得る被験体についての、診断指標である）。
【０４４８】
本発明の方法はまた、ＮＯＶＸ遺伝子における遺伝的損傷を検出し、それによって、その損傷遺伝子を有する被験体が異常な細胞増殖および／または分化によって特徴付けられる障害についての危険性を有するか否かを決定するためにも使用され得る。種々の実施形態において、この方法は、その被験体からの細胞のサンプルにおいて、ＮＯＶＸタンパク質をコードする遺伝子の統合性に影響を与える少なくとも１つの変更によって特徴付けられる遺伝的損傷の存在または非存在、あるいはＮＯＶＸ遺伝子の誤発現を検出する工程を包含する。例えば、そのような遺伝的損傷は、以下の少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：（ｉ）ＮＯＶＸ遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失；（ｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加；（ｉｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、（ｉｖ）ＮＯＶＸ遺伝子の染色体再配置；（ｖ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける変更、（ｖｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の異常改変（例えば、ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの異常改変）、（ｖｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、（ｖｉｉｉ）ＮＯＶＸタンパク質の非野生型レベル、（ｉｘ）ＮＯＶＸ遺伝子の対立遺伝子の欠失、ならびに（ｘ）ＮＯＶＸタンパク質の不適切な翻訳後修飾。本明細書において記載されるように、当該分野において、ＮＯＶＸ遺伝子における損傷を検出するために使用され得る、多数の公知のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的サンプルは、従来手段によって被験体から単離された末梢血白血球サンプルである。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプルが使用され得、これには、例えば、頬粘膜細胞が挙げられる。
【０４４９】
特定の実施形態において、損傷の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、あるいは、連結連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０；およびＮａｋａｚａｗａら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３６０−３６４を参照のこと）におけるプローブ／プライマーの使用を包含する。後者は、ＮＯＶＸ遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る（Ａｂｒａｖａｙａら，１９９５  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２３：６７５−６８２を参照のこと）。この方法は、患者から細胞のサンプルを収集する工程、核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）をそのサンプルの細胞から単離する工程、ＮＯＶＸの遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーとその核酸サンプルとを、ＮＯＶＸ遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で接触させる工程、ならびに増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程、またはその増幅産物のサイズを検出する工程およびその長さをコントロールサンプルと比較する工程を包含し得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される技術のいずれかとともに予備的増幅工程として使用されることが望ましくあり得ることが予想される。
【０４５０】
代替的な増幅方法としては、以下が挙げられる：自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８を参照のこと）、転写増幅系（Ｋｗｏｈら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７を参照のこと）、Ｑβレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７を参照のこと）、または他の任意の核酸増幅方法、その後、当業者に周知な技術を用いるその増幅された分子の検出を行う。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に極少数で存在する場合に、そのような核酸分子の検出のために特に有用である。
【０４５１】
代替の実施形態において、サンプル細胞からのＮＯＶＸ遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールのＤＮＡが単離され、増幅され（必要に応じて）、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼを用いて消化され、そしてフラグメント長の大きさがゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルＤＮＡとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長の大きさにおける差異は、そのサンプルＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的なリボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９３，５３１号を参照のこと）を使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失によって、特異的な変異の存在についてスコア付けし得る。
【０４５２】
他の実施形態において、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、サンプル核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイに対してハイブリダイズさせることによって同定され得る（例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌら（１９９６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２：７５３−７５９を参照のこと）。例えば、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎら（前出）に記載されるように光生成ＤＮＡプローブを含む二次元アレイにおいて同定され得る。手短には、プローブの第一ハイブリダイゼーションアレイを用いて、サンプルおよびコントロールにおける長いストレッチのＤＮＡにわたって走査し、連続的に重複するプローブの線形アレイを作成することによって、その配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程に第二のハイブリダイゼーションアレイが続き、これは、検出される全ての改変体または変異体に相補的な、より小さな特化されたプローブアレイを用いることによる特定の変異の特徴付けを可能にする。各変異アレイは、一方が野生型遺伝子に対して相補的であり、そして他方が変異遺伝子に対して相補である並行プローブセットから構成される。
【０４５３】
なお別の実施形態において、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、ＮＯＶＸ遺伝子を直接配列決定し得、そしてサンプルＮＯＶＸ配列と対応する野生型（コントロール）配列とを比較することによって、変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５４６３によって開発された技術に基づくものが挙げられる。診断アッセイを実施する場合、種々の自動化配列決定手順のいずれかを利用し得ることもまた企図される（例えば、Ｎａｅｖｅら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８を参照のこと）。これらには、質量分析法による配列決定法（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ  ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  ３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９を参照のこと）が含まれる。
【０４５４】
ＮＯＶＸ遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡもしくはＲＮＡ／ＤＮＡのヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出する方法が挙げられる（例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２を参照のこと）。一般に、「ミスマッチ切断」の当該分野の技術は、野生型のＮＯＶＸ配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織サンプルから得られた潜在的な変異体ＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることによって形成されるヘテロ二重鎖を提供する工程によって始まる。この二本鎖の二重鎖を、二重鎖の一本鎖領域（例えば、そのコントロールとサンプルの鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するもの）を切断する薬剤を用いて処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖を、ＲＮａｓｅを用いて処理し得、そしてＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを、そのミスマッチ領域を酵素的に消化するために、Ｓ１ヌクレアーゼを用いて処理し得る。他の実施形態において、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡのいずれかの二重鎖を、ミスマッチ領域を消化するために、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、およびピペリジンを用いて処理し得る。そのミスマッチ領域の消化後、次いで、得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上で、大きさにより分離して、変異の部位を決定する。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。１つの実施形態において、コントロールのＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
【０４５５】
なお別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、二本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を、細胞のサンプルから得られたＮＯＶＸ  ｃＤＮＡにおける点変異を検出およびマッピングするために規定された系において使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチでＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞からのチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチでＴを切断する（例えば、Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７〜１６６２を参照のこと）。例示的な実施形態に従って、ＮＯＶＸ配列（例えば、野生型ＮＯＶＸ配列）に基づくプローブは、試験細胞由来のｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、ＤＮＡミスマッチ修復酵素を用いて処理され、そしてその切断産物（もしあれば）は、電気泳動プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０４５６】
他の実施形態において、電気泳動の移動度における変化は、ＮＯＶＸ遺伝子における変異を同定するために使用される。例えば、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）は、変異体と野生型核酸との間の電気泳動の移動度における差異を検出するために使用され得る（例えば、Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ：８６：２７６６；Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４；Ｈａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９を参照のこと）。サンプルおよびコントロールＮＯＶＸ核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは、変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動の移動度において得られる変化は、１つの塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識され得るか、または標識されたプローブを用いて検出され得る。アッセイの感度は、（ＤＮＡよりもむしろ）二次構造が配列中の変化に対してより敏感であるＲＮＡを使用することによって増強され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度における変化に基づいて二本鎖のヘテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．７：５を参照のこと。
【０４５７】
なお別の実施形態において、変性剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲルにおける変異体または野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５を参照のこと。ＤＧＧＥが分析の方法として使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲにより約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、完全には変性されないことを確実するように改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールおよびサンプルＤＮＡの移動度における差異を同定するために、変性剤勾配の代わりに使用される。例えば、ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３を参照のこと。
【０４５８】
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、既知の変異が中心に配置されるように調製され得、次いで、完全なマッチが見出される場合にのみ、ハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされ得る。例えば、Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６２３０を参照のこと。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に付着され、そして標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされる場合に、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたは多数の異なる変異にハイブリダイズされる。
【０４５９】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術は、本発明と合わせて使用され得る。特異的増幅についてのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心（その結果、増幅は、差次的ハイブリダイゼーションに依存する）（例えば、Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８を参照のこと）か、あるいは適切な条件下でミスマッチがポリメラーゼ伸長を妨げ得るかまたは減少し得る、１つのプライマーの３’の最末端に（例えば、Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ  １１：２３８を参照のこと）、目的の変異を保有し得る。さらに、切断に基づく検出を行うために、変異領域に新規な制限部位を導入することは、望ましくあり得る。例えば、Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１を参照のこと。特定の実施形態において、増幅はまた、増幅用Ｔａｑリガーゼを使用して実施され得ることが予測される。例えば、Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９を参照のこと。このような場合において、連結は、５’配列の３’末端での完全なマッチが存在する場合にのみ生じ、増幅の存在または非存在を探索することによって、特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０４６０】
本明細書中に記載される方法は、例えば、本明細書中に記載される少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実施され得、これは、例えば、ＮＯＶＸ遺伝子を含む疾患または疾病の症状または家族病歴を示す患者を診断するための臨床的設定において好都合に使用され得る。
【０４６１】
さらに、ＮＯＶＸが発現される任意の細胞型または組織（好ましくは、末梢血白血球）は、本明細書中に記載される予後アッセイにおいて利用され得る。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプル（例えば、頬粘膜細胞を含む）が、使用され得る。
【０４６２】
（薬理ゲノム学（Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるような、ＮＯＶＸ活性（例えば、ＮＯＶＸ遺伝子発現）に対する刺激性または阻害性の影響を有する因子、すなわちモジュレーターは、障害を（予防的または治療的に）処置するために、個体に投与され得る（この障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗疾患が挙げられる）。このような処置と合わせて、個体の薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と外来化合物または薬物に対するその個体の応答との間の関係についての研究）が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗を導き得る。従って、個体の薬理ゲノム学は、個体の遺伝子型の考慮に基づく予防的または治療的処置のために有効な因子（例えば、薬物）の選択を可能にする。このような薬理ゲノム学は、さらに、適切な投薬量および治療剤レジメンを決定するために使用され得る。従って、ＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸ遺伝子の変異含量が決定されて、それによって個体の治療的または予防的処置のために適切な因子を選択し得る。
【０４６３】
薬理ゲノム学は、罹患したヒトにおける変更された薬物の性質および異常な作用に起因して、薬物に対する応答における臨床的に有意な遺伝性変更を扱う。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ、１９９６、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．，２３：９８３〜９８５；Ｌｉｎｄｅｒ、１９９７、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ，４３：２５４〜２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理遺伝学状態が、区別され得る。薬物が身体に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物作用）、または身体が薬物に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物代謝）。これらの薬理遺伝学状態は、稀な欠損としてか、または多型としてのいずれかで生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠損は、一般的な遺伝性酵素病であり、この主な臨床的合併症は、酸化剤薬物（抗マラリア剤、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの摂食後の溶血である。
【０４６４】
例示的な実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびシトクロムＰ４５０酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多型の発見は、幾人かの患者が予期される薬物効果を得ないか、または標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に過大な薬物応答および深刻な毒性を示すことに関しての説明を提供した。これらの多型は、集団において２つの表現型（高い代謝能を持つ人（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および低い代謝能を持つ人（ｐｏｏｒ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ））で表現される。ＰＭの有病率は、異なる集団の間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型であり、そしていくらかの変異がＰＭにおいて同定されており、この全ては機能的ＣＹＰ２Ｄ６の非存在に至る。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低い代謝能を持つ人は、彼らが標準的な用量を受ける場合に、かなり頻繁に過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が活性な治療的部分である場合、そのＣＹＰ２Ｄ６によって形成される代謝産物であるモルヒネによって媒介されるコデインの鎮痛効果について実証されるように、ＰＭは治療的応答を示さない。他の極端なものは、標準的な用量に応答しない、いわゆる超迅速な代謝能を持つ人である。最近、超迅速な代謝の基準となる分子は、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に起因していることが同定されている。
【０４６５】
従って、ＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸ遺伝子の変異内容を決定して、それによって、その個体の治療的処置または予防的処置のために適切な因子を選択し得る。さらに、薬理ゲノム学の研究を使用して、個体の薬物応答性の表現型の同定に対して薬物代謝酵素をコードする多型対立遺伝子の遺伝子型を適用し得る。この知見は、用量または薬物選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、従って、被験体をＮＯＶＸの調節因子（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイの１つによって同定される調節因子）を用いて処置する場合に治療的効率または予防的効率を増強し得る。
【０４６６】
（臨床試験中の効果のモニタリング）
ＮＯＶＸの発現または活性（例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調節する能力）に対する因子（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることは、基本的な薬物スクリーニングだけでなく臨床試験にも適用され得る。例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを増加するため、またはＮＯＶＸ活性をアップレギュレートするために決定される因子の効力は、減少したＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートしたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。あるいは、スクリーニングアッセイによって、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを減少するため、またはＮＯＶＸの活性をダウンレギュレートするために決定される因子の効力は、増加したＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートしたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。このような臨床試験において、ＮＯＶＸの発現または活性、および好ましくは、例えば、細胞増殖または免疫障害に関与する他の遺伝子が、「リードアウト（読み出し）（ｒｅａｄ  ｏｕｔ）」、すなわち、特定の細胞の免疫応答性のマーカーとして使用され得る。
【０４６７】
例えば、ＮＯＶＸを含む遺伝子（これは、ＮＯＶＸ活性（例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される）を調節する因子（例えば、化合物、薬物または低分子）を用いる処置によって、細胞内で調節される）が同定され得るが、これらに限定されない。従って、細胞性増殖障害に対する因子の効果を研究するために、例えば、臨床試験において、細胞が単離され得、そしてＲＮＡが調製され得、そしてＮＯＶＸおよびこの障害に関与する他の遺伝子の発現のレベルについて分析され得る。遺伝子発現のレベル（すなわち、遺伝子発現パターン）は、本明細書中に記載されるように、ノーザンブロット分析もしくはＲＴ−ＰＣＲによるか、あるいは産生されるタンパク質の量を測定することによるか、本明細書中に記載されるような方法の１つによるか、あるいはＮＯＶＸまたは他の遺伝子の活性のレベルを測定することによって、定量され得る。この様式で、この遺伝子発現パターンは、この因子に対する細胞の生理学的応答の指標であるマーカーとして作用し得る。従って、この応答状態は、この因子を用いる個体の処置の前、および処置の間の種々の時点で、決定され得る。
【０４６８】
１つの実施形態において、本発明は、因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、核酸、低分子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される他の薬物候補物）を用いる、被験体の処置の効力をモニタリングするための方法を提供し、これは、以下の工程を包含する：（ｉ）因子の投与の前に、被験体から投与前サンプルを得る工程；（ｉｉ）この投与前サンプルにおける、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現のレベルを検出する工程；（ｉｉｉ）この被験体から１つ以上の投与後サンプルを得る工程；（ｉｖ）この投与後サンプルにおける、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを検出する工程；（ｖ）この投与前サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを、この投与後サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルと比較する工程；ならびに（ｖｉ）然るべく、この被験体への因子の投与を変更する工程。例えば、この因子の増加した投与は、検出されるよりも高いレベルにＮＯＶＸの発現または活性を増加するため（すなわち、この因子の効力を増加するため）に所望され得る。あるいは、この因子の減少した投与は、検出されるよりも低いレベルにＮＯＶＸの発現または活性を減少するため（すなわち、この因子の効力を減少するため）に所望され得る。
【０４６９】
（処置方法）
本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連する障害の危険性がある（またはこの障害に感受性である）か、またはこの障害を有する被験体を処置する予防的方法および治療的方法の両方を提供する。この障害としては、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心欠損症、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、前立腺癌、新形成；腺癌、リンパ腫、子宮癌、受胎能、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損症、対宿主性移植片病、ＡＩＤＳ、気管支ぜんそく、クローン病；多発性硬化症、オールブライト遺伝性骨形成異常症の処置、ならびに類似の疾患、障害および状態などが挙げられる。
【０４７０】
これらの処置方法は、以下により詳細に考察される。
【０４７１】
（疾患および障害）
疾患および障害は、（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）増加したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられ、活性を拮抗する（すなわち、低減または阻害する）治療剤を用いて処置され得る。活性を拮抗する治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：（ｉ）上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；（ｉｉ）上記ペプチドに対する抗体；（ｉｉｉ）上記ペプチドをコードする核酸；（ｉｖ）相同組換えによって上記ペプチドの内因性機能を「ノックアウトする」ために利用される、アンチセンス核酸および「機能不全性」である（すなわち、上記ペプチドに対するコード配列のコード配列内の異種挿入に起因する）核酸の投与（例えば、Ｃａｐｅｃｃｈｉ、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１２８８〜１２９２を参照のこと）；または（ｖ）上記ペプチドとその結合パートナーとの間の相互作用を変化させる、調節因子（すなわち、インヒビター、アゴニストおよびアンタゴニスト（本発明のさらなるペプチド模倣物または本発明のペプチドに対して特異的な抗体を含む））。
【０４７２】
疾患および障害は、（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）減少したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられ、活性を増加させる（すなわち、活性に対するアゴニストである）治療剤を用いて処置され得る。活性をアップレギュレートする治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；あるいはバイオアベイラビリティを増加させるアゴニスト。
【０４７３】
増加したレベルまたは減少したレベルは、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することによって、容易に検出され得る。この定量は、患者の組織サンプルを（例えば、生検組織から）入手し、そしてそのサンプルを、発現したペプチド（または上記ペプチドのｍＲＮＡ）のＲＮＡレベルまたはペプチドレベル、構造および／または活性をインビトロでアッセイすることによる。当該分野において周知の方法としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：イムノアッセイ（例えば、ウェスタンブロット分析、免疫沈降、次いで、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）ポリアクリルアミドゲル電気泳動、免疫細胞化学などによる）および／またはｍＲＮＡの発現を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インサイチュハイブリダイゼーションなど）。
【０４７４】
（予防方法）
１つの局面において、本発明は、被験体において異常なＮＯＶＸの発現または活性と関連する疾患または状態を、ＮＯＶＸの発現または少なくとも１つのＮＯＶＸ活性を調節する因子をこの被験体に投与することによって予防するための方法を提供する。異常なＮＯＶＸの発現または活性によって引き起こされるかまたはこれらに起因する疾患についての危険性がある被験体は、例えば、本明細書中に記載の診断アッセイまたは予後アッセイのいずれか、またはそれらの組み合わせによって、同定され得る。予防因子の投与は、疾患または障害が予防されるか、あるいはその進行を遅延させるように、ＮＯＶＸ異常に特徴的な症状が現れる前に行い得る。このＮＯＶＸ異常の型に依存して、例えば、ＮＯＶＸアゴニスト因子またはＮＯＶＸアンタゴニスト因子が、被験体を処置するために使用され得る。適切な因子は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。本発明の予防方法は、以下の小節において、さらに議論される。
【０４７５】
（治療方法）
本発明の別の局面は、治療目的のためにＮＯＶＸの発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節方法は、細胞を、その細胞に関するＮＯＶＸタンパク質活性のうちの１つ以上の活性を調節する因子と接触させる工程を包含する。ＮＯＶＸタンパク質活性を調節する因子は、核酸またはタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ＮＯＶＸペプチド模倣物、または他の低分子のような、本明細書中に記載されるような因子であり得る。１つの実施形態において、この因子は、１つ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を刺激する。このような刺激因子の例としては、活性なＮＯＶＸタンパク質、および細胞に導入されたＮＯＶＸをコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この因子は、１つ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を阻害する。このような阻害因子の例としては、アンチセンスＮＯＶＸ核酸分子、および抗ＮＯＶＸ抗体が挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで（例えば、その因子とともに細胞を培養することによって）、あるいはインビボで（例えば、被験体にその因子を投与することによって）実施され得る。このように、本発明は、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子の異常な発現または異常な活性によって特徴付けられる、疾患または障害に罹患した個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸの発現または活性を調節する（例えば、アップレギュレートまたはダウンレギュレートする）因子（例えば、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される因子）あるいはそのような因子の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、低下したかまたは異常なＮＯＶＸの発現または活性を補完するための治療として、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子を投与する工程を包含する。
【０４７６】
ＮＯＶＸ活性の刺激は、ＮＯＶＸが異常にダウンレギュレートされている状況、および／またはＮＯＶＸ活性の増加が有益な効果を有する可能性がある状況において、望ましい。このような状況の１つの例は、被験体が、異常な細胞増殖および／または細胞分化によって特徴付けられる障害（例えば、癌または免疫関連障害）を有する場合である。このような状況の別の例は、被験体が妊娠性疾患（例えば、子癇前症（ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ））を有する場合である。
【０４７７】
（治療剤の生物学的効果の決定）
本発明の種々の実施形態において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを行って、特定の治療剤の効果およびその投与が罹患組織の処置を示すか否かを決定する。
【０４７８】
種々の特定の実施形態において、インビトロアッセイが患者の障害に関与する代表的な細胞型で行われ、所定の治療剤がこの細胞型に対して所望の効果を発揮するか否かを決定し得る。治療において使用する化合物は、ヒト被験体において試験する前に、適切な動物モデル系において試験され得る。これらの動物モデル系としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなど。同様に、インビボ試験については、当該分野で公知の任意の動物モデル系が、ヒト被験体に対する投与の前に使用され得る。
【０４７９】
（本発明の組成物の予防的用途および治療的用途）
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は、以下を含むが、これらに限定されない種々の障害に関連する潜在的な予防的適用および治療的適用に有用である：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪性浮腫、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗疾患。
【０４８０】
例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり得、そしてこのタンパク質は、遺伝子治療を必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非制限的例示として、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置についての効力を有する：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪性浮腫。
【０４８１】
本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードする新規な核酸、およびＮＯＶＸタンパク質の両方、またはそれらのフラグメントは、診断適用にも有用であり得、ここでは、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。さらなる用途は、抗菌分子としての用途であり得る（すなわち、いくつかのペプチドは、抗菌特性を有することが見出されている）。これらの材料は、治療的または診断的な方法における用途のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。
【０４８２】
本発明を以下の実施例においてさらに記載する。この実施例は、特許請求の範囲に記載した本発明の範囲を限定しない。
【実施例】
【０４８３】
（実施例１．ＮＯＶＸクローンの同定）
本発明で同定した新規なＮＯＶＸ標的配列を、この配列を確認するためにエキソン連結プロセス（ｅｘｏｎ  ｌｉｎｋｉｎｇ  ｐｒｏｃｅｓｓ）に供した。ＰＣＲプライマーを、順方向プライマーについては利用可能な最も上流の配列で、そして逆方向プライマーについては利用可能な最も下流の配列で開始するように設計した。表１２は、ＰＣＲプライマーの配列を、種々のクローンを得るために使用した。それぞれの場合について、適切な配列（すなわち、特有であるかまたは高度に選択的であるかのいずれかである）に遭遇するまで、または逆方向プライマーの場合には終止コドンに達するまで、コード配列に向ってそれぞれの末端から内向きにウォーキングさせることによって、配列を試験した。このようなプライマーを、標的配列の全長のｃＤＮＡ，ＤＮＡの一部（１つ以上のエキソン）、もしくはタンパク質配列についてのインシリコ予測に基づいて、または他の種由来の密接に関連するヒト配列に対する推定エキソンの翻訳物の相同性によって、設計した。次いで、これらのプライマーを、以下のヒトｃＤＮＡのプールに基づくＰＣＲ増幅において使用した：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児の脳、胎児の腎臓、胎児の肝臓、胎児の肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。通常は、得られたアンプリコンをゲル精製し、クローン化し、そして高い重複性について配列決定した。エキソン連結によって誘導されたＰＣＲ産物を、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ製のｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化した。得られた細菌クローンは、ｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化された完全なオープンリーディングフレームを包含するインサートを有する。全てのクローンから得られた配列を、それ自体とともに、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのデータベース中の他のフラグメントおよび公開ＥＳＴを用いてアセンブルした。集合の別の成分との同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合に、そのフラグメントおよびＥＳＴを集合の成分として含ませた。さらに、配列のトレースを手動によって評価し、そして適切である場合には修正を施した。これらの手順によって本明細書中に報告する配列を提供する。
【０４８４】
【表１２Ａ】
2005508601.tif 000121
物理的なクローン：エキソンを相同性によって推定し、そしてイントロン／エキソンの境界を標準的な遺伝子規則を使用して決定した。エキソンを複数のＢＬＡＳＴ（例えば、ｔＢｌａｓｔＮ、ＢｌａｓｔＸ、およびＢｌａｓｔＮ）検索、およびいくつかの場合には、ＧｅｎｅＳｃａｎおよびＧｒａｉｌを使用する類似性決定手段によって、さらに選択し、そして精緻化した。利用可能な場合、公的なデータベースおよび独自データベースの両方からの発現配列も加え、この遺伝子配列をさらに定義しそして完全なものとした。次いで、そのＤＮＡ配列を、明白な不一致について手動で補正し、それによって全長タンパク質をコードする配列を得た。
【０４８５】
（実施例２．種々の細胞および組織中でのクローンの定量的発現分析）
種々のクローンの定量的な発現を、種々の正常細胞および病理から得られる細胞、細胞株、および組織由来のＲＮＡサンプルを含有するマイクロタイタープレートを使用し、実時間定量ＰＣＲ（ＲＴＱ  ＰＣＲ）を使用して評価した。ＲＴＱ  ＰＣＲを、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７７００またはＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍによって実施した。サンプルの種々のコレクションをプレート上に組立て、そしてこれらをパネル１（正常な組織および癌細胞株を含む）、パネル２（正常な供給源および癌の供給源に由来する、組織由来のサンプルを含む）、パネル３（癌細胞株を含む）、パネル４（正常な組織由来の細胞および細胞株ならびに炎症状態に関係している細胞を含む）、パネル５Ｄ／５Ｉ（代謝疾患に対する重要性を有するヒト組織および細胞株）、ＡＩ＿包括＿パネル（ＡＩ＿ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ＿ｐａｎｅｌ）（正常な組織および自己炎症疾患由来のサンプルを含む）、パネルＣＮＳＤ．０１（正常な脳および疾患の脳由来の中枢神経系サンプルを含む）、およびＣＮＳ神経変性パネル（正常な脳およびアルツハイマー病の脳由来のサンプルを含む）と呼ぶ。
【０４８６】
全てのサンプルに由来するＲＮＡの完全性を、ガイドとして２８Ｓおよび１８ＳリボソームＲＮＡの染色強度比（２：１〜２．５：１の２８ｓ：１８ｓ）、および分解産物の指標である低分子量のＲＮＡが存在しないことを使用して、アガロースゲル電気泳動の視覚的な評価によって質を管理した。サンプルを、単一のエキソンの範囲全体を増幅するように設計したプローブおよびプライマーのセットを使用して、逆転写酵素の非存在下でＲＴＱ  ＰＣＲ反応を実行することにより、ゲノムＤＮＡの混入に対して、管理した。
【０４８７】
最初に、ＲＮＡサンプルを、構成的に発現される遺伝子（例えば、β−アクチンおよびＧＡＰＤＨ）のような、参照核酸に対して標準化した。標準化したＲＮＡ（５μｌ）をｃＤＮＡに転換させ、そしてＯｎｅ  Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３０９１６９）および遺伝子特異的プライマーを製造業者の説明書に従って使用し、ＲＴＱ−ＰＣＲによって分析した。
【０４８８】
他の場合において、規格化されていないＲＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従ってＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；カタログ番号１８０６４−１４７）およびランダムな六量体を使用して、一本鎖ｃＤＮＡ（ｓｓｃＤＮＡ）に転換した。１０μｇまでの全ＲＮＡを含有する反応を、２０μｌの容量で行い、そして６０分間４２℃にてインキュベートした。この反応を、１００μｌの最終容量において５０μｇまでの全ＲＮＡにまでスケールアップし得る。次いで、ｓｓｃＤＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従って、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を使用して、以前に記載されたように、核酸を参照するために規格化する。
【０４８９】
プローブおよびプライマーを、Ａｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのＰｒｉｍｅｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅパッケージ（Ａｐｐｌｅ  ＣｏｍｐｕｔｅｒのＭａｃｉｎｔｏｓｈ  Ｐｏｗｅｒ  ＰＣ用バージョンＩ）または同様のアルゴリズムに従って、入力として標的配列を使用して、それぞれのアッセイについて設計した。デフォルト設定を反応条件について使用し、そして以下のパラメーターを、プライマーの選択の前に設定した：プライマー濃度＝２５０ｎＭ、プライマーの融解温度（Ｔｍ）範囲＝５８〜６０℃、プライマーの最適Ｔｍ＝５９℃、最大のプライマー差分＝２℃、プローブは５’にＧを有さない、プローブのＴｍはプライマーのＴｍよりも１０℃高くなければならない、アンプリコンの大きさは７５ｂｐから１００ｂｐである。選択したプローブおよびプライマー（下記を参照のこと）を、Ｓｙｎｔｈｅｇｅｎ（Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）によって合成した。プローブを、カップリングしていない色素を除去するためにＨＰＬＣによって二重精製し、そしてプローブのそれぞれ５’および３’末端へのレポーターおよび失活剤色素のカップリングを確認するために質量分析法によって評価した。それらの最終濃度は：順方向および逆方向プライマーについてはそれぞれ９００ｎＭ、そしてプローブは２００ｎＭであった。
【０４９０】
ＰＣＲ条件：ＲＮＡサンプルを用いて研究する場合、各組織および各細胞株由来の標準化したＲＮＡを、９６ウェルまたは３８４ウェルのＰＣＲプレート（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の各ウェルにスポットした。ＰＣＲカクテルは、単一の遺伝子特異的プローブおよびプライマーセット、または２つの多重合化（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ）プローブおよびプライマーセット（標的クローンに特異的なセット、および標的プローブと多重合化する別の遺伝子特異的セット）のいずれかを含有した。ＰＣＲ反応を、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号４３１３８０３）を使用して、製造業者の指示書に従って設定した。逆転写を、４８℃で３０分間行い、続いて以下のような増幅／ＰＣＲサイクルを行った。：９５℃で１０分間、次いで４０サイクルの、９５℃で１５秒間、６０℃で１分間。結果を、ＣＴ値（所定のサンプルが蛍光の閾値レベルと交差するサイクル）として対数目盛を使用して記録し、ここで、所定のサンプルと最も低いＣＴ値を有するサンプルとの間でのＲＮＡ濃度の差分は、２のΔＣＴ乗として表される。次いで、相対的な発現の割合を、このＲＮＡ差分の逆数をとり、そして１００を乗算することによって得る。
【０４９１】
ｓｓｃＤＮＡサンプルを用いて研究する場合、規格化されたｓｓｃＤＮＡを、ＲＮＡサンプルについて以前に記載したように使用した。１セットまたは２セットのプローブおよびプライマーを含むＰＣＲ反応を、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を使用して、製造業者の指示書に従って、以前に記載したように設定した。ＰＣＲ増幅を、以下のように行った：９５℃で１０分間、次いで４０サイクルの、９５℃で１５秒間、６０℃で１分間。結果を分析し、そして以前に記載したように評価した。
【０４９２】
（パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄ）
パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄのプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学コントロール）および種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含有する９４個のウェルを含む。これらのパネルのサンプルは、２つのクラスに分類される：培養細胞株由来のサンプルおよび初代正常細胞由来のサンプル。この細胞株は、以下の型の癌に由来する：肺癌、乳癌、黒色種、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、腎臓癌、胃癌および膵臓癌。これらのパネルにおいて使用される細胞株は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の貯蔵所）によって広く利用可能であり、ＡＴＣＣによって推奨される条件を使用して培養される。これらのパネルにおいて見出された正常組織は、一人の成人個体または胎児の全ての主要な器官系由来のサンプルから構成される。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人の骨格筋、胎児の骨格筋、成人の心臓、胎児の心臓、成人の腎臓、胎児の腎臓、成人の肝臓、胎児の肝臓、成人の肺、胎児の肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、大腸、膀胱、気管、胸部、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。
【０４９３】
パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄの結果においては、以下の略号を使用する：
ｃａ．＝癌腫
＊＝転移によって確立された
ｍｅｔ＝転移
ｓ  ｃｅｌｌ  ｖａｒ＝小細胞変異株
ｎｏｎ−ｓ＝ｎｏｎ−ｓｍ＝非小
ｓｑｕａｍ＝扁平上皮細胞
ｐｌ．ｅｆｆ＝ｐｌ  ｅｆｆｕｓｉｏｎ＝胸水
ｇｌｉｏ＝神経膠腫
ａｓｔｒｏ＝星状細胞腫、および
ｎｅｕｒｏ＝神経芽細胞腫。
【０４９４】
（一般＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４））
パネル１．４のプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学コントロール）および種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含有する９４個のウェルを含む。パネル１．４のサンプルは、２つのクラスに分類される：培養細胞株由来のサンプルおよび初代正常細胞由来のサンプル。この細胞株は、以下の型の癌に由来する：肺癌、乳癌、黒色種、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、胃癌および膵臓癌。パネル１．４において使用される細胞株は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の貯蔵所）によって広く利用可能であり、ＡＴＣＣによって推奨される条件を使用して培養される。パネル１．４において見出された正常組織は、２〜５人の異なる成人個体または胎児の全ての主要な器官系由来のサンプルのプールから構成される。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人の骨格筋、胎児の骨格筋、成人の心臓、胎児の心臓、成人の腎臓、胎児の腎臓、成人の肝臓、胎児の肝臓、成人の肺、胎児の肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、大腸、膀胱、気管、胸部、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。略語は、パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄについて記載される通りである。
【０４９５】
（パネル２Ｄおよび２．２）
パネル２Ｄおよび２．２のプレートは、一般的には、２つのコントロールのウェルと９４個の試験サンプルを含む。これは、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＣｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＣＨＴＮ）またはＮａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ（ＮＤＲＩ）との緊密な共同研究において、外科医の作業によって入手したヒト組織から単離したＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む。これらの組織は、ヒトの悪性腫瘍に由来し、そして示される場合、多くの悪性組織は、腫瘍にすぐ隣接している非癌性組織から得られる「一致した縁（ｍａｔｃｈｅｄ  ｍａｒｇｉｎ）」を有する。これらを、正常な隣接組織と呼び、そして以下の結果には「ＮＡＴ」と記載する。腫瘍組織および「一致した縁」を、２人の別々の病理学者によって評価する（外科の病理学者、およびＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者によって再度）。この分析は、腫瘍の分化の段階の全体的な組織病理学的評価を提供する。さらに、ほとんどのサンプルは、もともとの外科の病理報告を含む。これは、患者の臨床段階に関する情報を提供する。これらの一致した縁を、外科手術領域の周辺（すなわち、すぐ隣接している）組織（表ＲＲにおいては正常な隣接組織を「ＮＡＴ」と明示する）から採取する。さらに、ＲＮＡおよびｃＤＮＡサンプルを、高齢者または突然死の被害者（事故など）について行った検死による種々のヒト組織から得た。これらの組織が疾患を有さないことを確認し、そしてこれを、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、およびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのような種々の商業的な供給源から購入した。
【０４９６】
（パネル３Ｄ）
パネル３Ｄのプレートは、９４個のｃＤＮＡサンプルおよび２個のコントロールサンプルで構成される。詳細には、これらのサンプルのうちの９２個は、培養されたヒトの癌細胞株に由来し、２個のサンプルはヒトの初代小脳組織であり、そして２つはコントロールである。ヒトの細胞株は、一般的には、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織群に分ける：舌の扁平上皮細胞癌、乳癌、前立腺癌、黒色腫、類表皮癌腫、肉腫、膀胱癌、膵臓癌、腎臓癌、白血病／リンパ腫、卵巣／子宮／子宮頚癌、胃癌、結腸癌、肺癌、およびＣＮＳ癌細胞株。さらに、小脳の２つの独立したサンプルが存在する。これらの細胞の全てを、標準的な推奨される条件下で培養し、そして標準的な手順を使用してＲＮＡを抽出する。パネル３Ｄおよび１．３Ｄの細胞株は、科学技術文献において使用される最も一般的な細胞株である。
【０４９７】
（パネル４Ｄ、４Ｒおよび４．１Ｄ）
パネル４は、９６ウェルプレート（２個のコントロールのウェル、９４個の試験サンプル）上にサンプルを含む。これは、炎症状態に関連している種々のヒトの細胞株または組織から単離したＲＮＡ（パネル４Ｒ）またはｃＤＮＡ（パネル４Ｄ／４．１Ｄ）で構成される。結腸および肺（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）ならびに胸腺および腎臓（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）のようなコントロールの正常組織に由来する総ＲＮＡを使用した。肝硬変患者由来の肝臓組織および狼瘡患者由来の腎臓に由来する総ＲＮＡを、ＢｉｏＣｈａｉｎ（Ｂｉｏｃｈａｉｎ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）から入手した。クローン病および潰瘍性大腸炎を有すると診断された患者からのＲＮＡの調製のための腸組織を、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅ（ＮＤＲＩ）（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）から入手した。
【０４９８】
星状細胞、肺繊維芽細胞、皮膚繊維芽細胞、冠状動脈平滑筋細胞、小気道上皮、気管支上皮、微小血管皮膚内皮細胞、微小血管肺内皮細胞、ヒトの肺大動脈の血管内皮細胞、ヒトの臍帯静脈の血管内皮細胞を、全て、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ（Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から購入し、そしてＣｌｏｎｅｔｉｃｓによってこれらの細胞型に供給される培地中で増殖させた。これらの初代細胞型を、示すように、種々のサイトカインまたはサイトカインの組合せを用いて６時間および／または１２〜１４時間の間、活性化した。以下のサイトカインを使用した：約１〜５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１β、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦα、約２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３。内皮細胞を、時折、０．１％の血清を有するＣｌｏｎｅｔｉｃｓによる基底培地中での培養によって種々の時間枯渇させた。
【０４９９】
単核細胞を、Ｆｉｃｏｌｌを使用して、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの従業員の血液から調製した。ＬＡＫ細胞を、ＤＭＥＭ、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびインターロイキン２（Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  ２）中での４〜６日間の培養によってこれらの細胞から調製した。次いで、細胞を、１０〜２０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡ、および１〜２μｇ／ｍｌのイオノマイシン、５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２、２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、および５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１８のいずれかで、６時間活性化した。いくつかの場合には、単核細胞を、約５μｇ／ｍｌのＰＨＡ（フィトヘマグルチニン）またはＰＷＭ（アメリカヤマゴボウ有糸分裂促進物質）を含有する、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で、４〜５日間培養した。ＲＮＡの調製のために、サンプルを２４、４８、および７２時間で採取した。ＭＬＲ（混合リンパ球反応）サンプルを、２人のドナーからの採血、Ｆｉｃｏｌｌを使用する単核細胞の単離、および単離した単核細胞を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール（５．５×１０−５Ｍ）（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中において約２×１０６個の細胞／ｍｌの最終濃度で１：１にて混合することによって得た。このＭＬＲを培養し、そしてＲＮＡの調製のために１〜７日までの範囲の種々の時点でサンプルを採取した。
【０５００】
単球を、製造業者の説明書に従って、ＣＤ１４  Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｅａｄｓ、＋ｖｅＶＳ選択カラムおよびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。単球を、ＤＭＥＭ  ５％のウシ胎児血清（ＦＣＳ）（Ｈｙｃｌｏｎｅ、Ｌｏｇａｎ，ＵＴ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、５０ｎｇ／ｍｌのＧＭＣＳＦ、および５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４中での５〜７日間の培養によって樹状細胞に分化させた。マクロファージを、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０％のＡＢヒト血清、または約５０ｎｇ／ｍｌのＭＣＳＦ中で５〜７日間の単球の培養によって調製した。単球、マクロファージ、および樹状細胞を、１００ｎｇ／ｍｌのリポポリサッカライド（ＬＰＳ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。樹状細胞をまた、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ４０モノクローナル抗体（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。
【０５０１】
ＣＤ４リンパ球、ＣＤ８リンパ球、およびＮＫ細胞をまた、製造業者の説明書に従って、ＣＤ４、ＣＤ８、およびＣＤ５６のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズ、ポジティブＶＳ選択カラム、およびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。ＣＤ４５ＲＡリンパ球およびＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を、ＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４、およびＣＤ１９のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズおよびポジティブ選択を使用してＣＤ８細胞、ＣＤ５６細胞、ＣＤ１４細胞、およびＣＤ１９細胞の単核細胞を枯渇させることによって単離した。次いで、ＣＤ４５ＲＯビーズを使用してＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を単離し、残りの細胞はＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４リンパ球であった。ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４、およびＣＤ８のリンパ球を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に入れ、そしてＰＢＳ中の０．５μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および３μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、ＡＴＣＣ）で一晩コーティングしたＦａｌｃｏｎ  ６ウェル組織培養プレート上に１０６細胞／ｍｌでプレートした。６時間および２４時間後、細胞をＲＮＡの調製のために回収した。慢性的に活性化されたＣＤ８リンパ球を調製するために、本発明者らは、抗ＣＤ２８および抗ＣＤ３でコーティングしたプレート上で４日間、単離したＣＤ８リンパ球を活性化し、次いで細胞を回収して、それらをＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中で拡大させた。次いで再び、拡大させたＣＤ８細胞を、プレートに結合させた抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８で４日間活性化し、そして先のように拡大させた。ＲＮＡを２回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびに２回目の培養物の拡大の４日後に単離した。単離したＮＫ細胞を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中でＲＮＡを調製する前に４〜６日間培養した。
【０５０２】
Ｂ細胞を得るために、扁桃をＮＤＲＩによって獲得した。扁桃を、滅菌した解剖用の鋏で切断し、次いで篩を通過させた。次いで、扁桃体の細胞を遠心分離させ、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に１０６個の細胞／ｍｌで再懸濁した。細胞を活性化するために、本発明者らは、５μｇ／ｍｌでＰＷＭ、または約１０μｇ／ｍｌで抗ＣＤ４０（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および５〜１０ｎｇ／ｍｌでＩＬ−４を使用した。細胞をＲＮＡの調製のために、２４、４８、および７２時間で回収した。
【０５０３】
初代ならびに二次のＴｈ１／Ｔｈ２細胞およびＴｒ１細胞を調製するために、６ウェルのＦａｌｃｏｎプレートを、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および２μｇ／ｍｌのＯＫＴ３（ＡＴＣＣ）で一晩コーティングし、次いでＰＢＳで２回洗浄した。臍帯血ＣＤ４リンパ球（Ｐｏｉｅｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｇｅｒｍａｎ  Ｔｏｗｎ，ＭＤ）を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（４ｎｇ／ｍｌ）中で１０５〜１０６個の細胞／ｍｌで培養した。ＩＬ−１２（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＬ−４（１μｇ／ｍｌ）を、Ｔｈ１に指向させるために使用し、一方で、ＩＬ−４（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＦＮγ（１μｇ／ｍｌ）をＴｈ２に指向させるために使用し、そして５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１０をＴｒ１に指向させるために使用した。４〜５日後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球をＤＭＥＭ中で１回洗浄し、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（１ｎｇ／ｍｌ）中で４〜７日間拡大させた。この後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球を、抗ＣＤ２８／ＯＫＴ３および上記のようなサイトカインを用いて、しかしアポトーシスを防ぐために抗ＣＤ９５Ｌ（１μｇ／ｍｌ）の添加を用いて５日間再刺激した。４〜５日後、Ｔｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球を洗浄し、次いで再びＩＬ−２を用いて４〜７日間拡大させた。活性化させたＴｈ１リンパ球およびＴｈ２リンパ球を最大３回のサイクルまで、このようにして維持した。ＲＮＡを、プレートに結合させた抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８  ｍＡｂでの２回目および３回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびにインターロイキン２中での２回目および３回目の拡大培養の４日目に、初代および二次Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１から調製した。
【０５０４】
以下の白血球細胞株をＡＴＣＣから入手した：Ｒａｍｏｓ、ＥＯＬ−１、ＫＵ−８１２。ＥＯＬ細胞を、５×１０５個の細胞／ｍｌの０．１ｍＭのｄｂｃＡＭＰ中での８日間の培養、３日毎の培地の交換、および５×１０５個の細胞／ｍｌへの細胞濃度の調節によってさらに分化させた。これらの細胞の培養のために、本発明者らは、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）を添加した、（ＡＴＣＣによって推奨されるように）ＤＭＥＭまたはＲＰＭＩを使用した。ＲＮＡを、休止細胞または１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１μｇ／ｍｌのイオノマイシンで６時間および１４時間活性化した細胞のいずれかから調製した。ケラチノサイト株ＣＣＤ１０６および気道上皮腫瘍株ＮＣＩ−Ｈ２９２もまたＡＴＣＣから入手した。両方を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で培養した。ＣＣＤ１１０６細胞を、約５ｎｇ／ｍｌのＴＮＦαおよび１ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１βで６時間および１４時間活性化し、一方、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を、以下のサイトカインを用いて６時間および１４時間活性化した：５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３、および２５ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ。
【０５０５】
これらの細胞株および血球について、約１０７個の細胞／ｍｌをＴｒｉｚｏｌ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）を使用して溶解させることによってＲＮＡを調製した。簡潔には、１／１０容量のブロモクロロプロパン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）をＲＮＡサンプルに添加し、ボルテックスし、そして室温で１０分後、チューブをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４回転装置で１４，０００ｒｐｍで回転させた。水相を取り出し、そして１５ｍｌのＦａｌｃｏｎ  Ｔｕｂｅに入れた。等量のイソプロパノールを添加し、そして−２０℃で一晩静置した。沈殿させたＲＮＡをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４回転装置中で９，０００ｒｐｍで１５分間遠心分離させ、そして７０％のエタノール中で洗浄した。このペレットを３００μｌのＲＮＡｓｅを含まない水中に再度溶解させ、そして３５μｌの緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ）、５μｌのＤＴＴ、７μｌのＲＮＡｓｉｎ、および８μｌのＤＮＡｓｅを添加した。チューブを、混入しているゲノムＤＮＡを除去するために３７℃で３０分間インキュベートし、フェノールクロロホルムで１回抽出し、そして１／１０容量の３Ｍの酢酸ナトリウムおよび２倍容量の１００％エタノールで再度沈殿させた。ＲＮＡを遠心分離させ、そしてＲＮＡｓｅを含まない水中に入れた。ＲＮＡを−８０℃で保存した。
【０５０６】
（自己免疫（ＡＩ）＿包括的パネル＿ｖ１．０）
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０のプレートは、２個のコントロールのウェルおよび８９個の試験サンプルを含む。これは、Ｂａｃｋｕｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓ（Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ，ＭＤ）から入手した外科的な死後のヒト組織から単離されたｃＤＮＡで構成される。総ＲＮＡを、ＣｕｒａＧｅｎの施設にあるＢａｃｋｕｓ病院からの組織サンプルから抽出した。他の組織由来の総ＲＮＡを、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手した。
【０５０７】
滑液、滑膜、骨および軟骨を含む関節組織を、Ｂａｃｋｕｓ病院で全ての膝または股関節部の置換手術を経験した患者から入手した。組織サンプルは、単離されたＲＮＡが最適な質で、分解されないことを確実にするように液体窒素中で瞬時に冷凍した。変形性関節症および慢性関節リウマチ関節組織のさらなるサンプルが、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手された。正常なコントロール組織がＣｌｉｎｏｍｉｃｓによって供給され、そして外傷犠牲者の死体解剖の間に得られた。
【０５０８】
乾癬組織および隣接一致組織の外科検体がＣｌｉｎｏｍｉｃｓによって総ＲＮＡとして提供された。二人の男性患者および二人の女性患者が、２５歳と４７歳の間で選択された。その患者の誰もサンプルが単離された時に処方薬を投与されていない。
【０５０９】
潰瘍性大腸炎およびクローン病に罹患した患者由来の病気にかかった結腸および隣接一致組織の外科検体が、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手された。４１歳〜６９歳の三人の女性クローン病患者および３人の男性クローン病患者由来の腸組織が使用された。他の患者がデキサメタゾン、フェノバルビタール、またはタイレノールを摂取する一方、二人の患者が処方医薬投与を行っていなかった。潰瘍性大腸炎組織は、三人の男性患者および四人の女性患者由来であった。その患者のうちの四人は、Ｌｅｂｖｉｄ（ｌｅｂｖｉｄ）を摂取し、二人は、フェノバルビタールを服用中であった。
【０５１０】
疾病に冒されていない、または気腫、喘息もしくはＣＯＰＤを有する外傷犠牲者からの死後の肺組織由来の総ＲＮＡを、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから購入した。４０歳〜７０歳の範囲の気腫患者は、全て喫煙者であり、この年齢範囲は、タバコ関連気腫の患者に焦点を当て、α−１抗トリプシン欠乏の患者を避けるために選択した。喘息患者は、３６歳〜７５歳の範囲であり、ＣＯＰＤも有し得る患者であることを避けるために喫煙者を除いた。ＣＯＰＤ患者は、３５歳〜８０歳の範囲であり、喫煙者と非喫煙者の両方を含んだ。ほとんどの患者が副腎皮質ステロイド、および気管支拡張薬を摂取していた。
【０５１１】
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０パネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号を使用した：
ＡＩ＝自己免疫
Ｓｙｎ＝滑液
Ｎｏｒｍａｌ＝見かけ上の疾患なし
Ｒｅｐ２２／Ｒｅｐ２０＝個々の患者
ＲＡ＝慢性関節リウマチ
Ｂａｃｋｕｓ＝Ｂａｃｋｕｓ病院由来
ＯＡ＝変形性関節症
（ＳＳ）（ＢＡ）（ＭＦ）＝個々の患者
Ａｄｊ＝隣接組織
Ｍａｔｃｈ  ｃｏｎｔｒｏｌ＝隣接組織
−Ｍ＝男性
−Ｆ＝女性
ＣＯＰＤ＝慢性閉塞性肺疾患
（パネル５Ｄおよび５Ｉ）
パネル５Ｄおよび５Ｉのプレートは、代謝病に重点をおいて、２個のコントロールウェルおよびヒト組織および細胞株から単離された種々のｃＤＮＡを含む。代謝組織は、妊娠糖尿病研究において登録した患者から得られた。細胞は、ヒト間葉幹細胞由来の脂肪細胞の分化における異なる段階の間に得られた。ヒト膵臓島もまた、得られた。
【０５１２】
妊娠糖尿病研究において、被験体は若く（１８歳〜４０歳）、慣用の（選択の）帝王切開を受ける妊娠糖尿病に罹患しているおよび罹患していない、その他の点では健常な女性である。胎児の分娩後、外科的切開が修復され／閉じられる最中に、産科医は、小さいサンプルを取り出した。
【０５１３】
患者２：ラテンアメリカ系糖尿病患者、体重超過、インスリンなし
患者７〜９：非糖尿病の白人、肥満（ＢＭＩ＞３０）
患者１０：ラテンアメリカ系糖尿病患者、体重超過、インスリン投与
患者１１：非糖尿病のアフリカ系アメリカ人、体重超過
患者１２：ラテンアメリカ系糖尿病患者、インスリン投与
脂肪細胞分化は、Ｏｓｉｒｕｓ（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ／ＢｉｏＷｈｉｔｔａｋｅｒの部門）から入手されたドナー前駆細胞において、２つの複製のみ有するドナー３Ｕを除いて三連で誘導された。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓの科学者は、ＣｕｒａＧｅｎに対してＭａｒｋ  Ｆ．Ｐｉｔｔｅｎｇｅｒら、Ｍｕｌｔｉｌｉｎｅａｇｅ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｏｆ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｕｍａｎ  Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９９年４月２日：１４３−１４７において見出される公開された手段に基づいてヒト間葉幹細胞（ＨｕＭＳＣｓ）を単離し、増殖および分化した。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓは、ｍＲＮＡ単離およびｄｓ  ｃＤＮＡ生成に適切なトリゾール溶解物または凍結ペレットを提供した。各ドナーの一般的な記載は以下のようである：
ドナー２および３Ｕ：間葉幹細胞、未分化の脂肪
ドナー２および３ＡＭ：脂肪、分化中の脂肪
ドナー２および３ＡＤ：脂肪、分化された脂肪
ヒトの細胞株は、一般的には、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織グループに分けた：近位曲尿細管、子宮平滑筋細胞、小腸、肝臓ＨｅｐＧ２癌細胞、心臓一次基質細胞、および副腎皮質アデノーマ細胞。これらの細胞は全て標準の推奨条件下において培養され、そしてＲＮＡは、標準の手順を用いて抽出された。全てのサンプルは一本鎖ｃＤＮＡを生成するためにＣｕｒａＧｅｎで処理された。
【０５１４】
パネル５Ｉは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｉａｍｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  ＭｅｄｉｃｉｎｅにおけるＤｉａｂｅｔｅｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅから入手した５８歳の女性患者由来の膵臓島を追加された、前に記載した全てのサンプルを含む。島組織は、外部供給源で総ＲＮＡに処理され、そしてパネル５Ｉに加えるためにＣｕｒａＧｅｎに運ばれた。
【０５１５】
５Ｄパネルおよび５Ｉパネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号が使用される：
ＧＯ  Ａｄｉｐｏｓｅ＝より大きい網脂肪
ＳＫ＝骨格筋
ＵＴ＝子宮
ＰＬ＝胎盤
ＡＤ＝分化された脂肪
ＡＭ＝分化中の脂肪
Ｕ＝分化されない幹細胞
（中枢神経系パネルＣＮＳＤ．０１）
パネルＣＮＳＤ．０１のプレートは、２個のコントロールのウェルおよび９４個の試験サンプルを含む。これは、Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒから入手した死後のヒトの脳組織から単離されたｃＤＮＡで構成される。脳を、死後４時間から２４時間の間にドナーの頭蓋冠から切り出し、神経解剖学者によって断片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を断片化し、そして明確な関連する神経病理学の診断を確認するために神経病理学者によって試験した。
【０５１６】
疾患の診断を患者の記録から入手する。パネルは、以下の診断のそれぞれに由来する２つの脳を含む：アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン病、進行性核上性麻痺、欝病、および「正常なコントロール」。これらの脳のそれぞれの中で、以下の領域が示される：帯状回、大脳側頭極、淡蒼球（ｇｌｏｂｕｓ  ｐａｌｌａｄｕｓ）、黒質、ブロードマン第４野（主要な運動条片（ｐｒｉｍａｒｙ  ｍｏｔｏｒ  ｓｔｒｉｐ））、ブロードマン第７野（頭頂皮質）、ブロードマン第９野（前前頭皮質）、およびブロードマン第１７野（後頭皮質）。全ての脳の領域が全ての症例において示されるわけではない；例えば、ハンティングトン病は、淡蒼球の神経変性によって一部特徴付けられ、従って、この領域は、確証されたハンティングトン病の症例からは得ることができない。同様に、パーキンソン病は黒質の退化によって特徴付けられ、この領域を得ることをさらに困難にする。正常なコントロールの脳を神経病理学について試験し、そして神経変性に関係しているいかなる病理も含まないことを見出した。
【０５１７】
ＣＮＳパネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号が使用される：
ＰＳＰ＝進行性核上性麻痺
Ｓｕｂ  Ｎｉｇｒａ＝黒質
Ｇｌｏｂ  Ｐａｌｌａｄｕｓ＝淡蒼球
Ｔｅｍｐ  Ｐｏｌｅ＝大脳側頭極
Ｃｉｎｇ  Ｇｙｒ＝帯状回
ＢＡ  ４＝ブロードマン第４野。
【０５１８】
（パネルＣＮＳ＿神経変性（Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿Ｖ１．０）
パネルＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０のプレートは、２個のコントロールウェルおよび４７個の試験サンプルを含む。これは、Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＭｃＬｅａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）およびＨｕｍａｎ  Ｂｒａｉｎ  ａｎｄ  Ｓｐｉｎａｌ  Ｆｌｕｉｄ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＶＡ  Ｇｒｅａｔｅｒ  Ｌｏｓ  Ａｎｇｅｌｅｓ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｓｙｓｔｅｍ）から入手した死後のヒトの脳組織から単離されたｃＤＮＡで構成される。脳を、死後４時間から２４時間の間にドナーの頭蓋冠から摘出し、神経解剖学者によって断片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を断片化し、そして明確な関連する神経病理学の診断を確認するために神経病理学者によって試験した。
【０５１９】
疾患の診断を患者の記録から入手する。パネルは、アルツハイマー病（ＡＤ）患者に由来する６つの脳、および生前に痴呆の兆候を示さない「正常なコントロール」に由来する８つの脳を含む。８つの正常なコントロールの脳は、２つのカテゴリーに分けられる：痴呆もアルツハイマー様の病理症状もないコントロール（コントロール）および痴呆がないが重症のアルツハイマー様病理症状の形跡を示すコントロール、（特に、老人斑負荷を０〜３のスケールでレベル３として評価した；０＝斑を示さない、３＝重症のＡＤの老人斑負荷）。これらの脳のそれぞれの中で、以下の領域が示される：海馬、側頭皮質（ブロードマン第２１野）、頭頂皮質（ブロードマン第７野）、および後頭皮質（ブロードマン第１７野）。これらの領域は、ＡＤでの神経変性のすべてのレベルを含むように選ばれた。海馬は、ＡＤでの早期かつ重症の神経欠損の領域である；側頭皮質は、海馬の後に、ＡＤでの神経変性を示すことが知られている；頭頂皮質は、疾患の後期段階で中程度の神経の死を示す；後頭皮質は、ＡＤで残され、したがってＡＤ患者内の「コントロール」領域として働く。脳のすべての領域がすべての症例において示されるわけではない。
【０５２０】
ＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０パネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号を使用する：
ＡＤ＝アルツハイマー病の脳；患者は痴呆になっており、そして検死でＡＤ様の病理症状を示した
Ｃｏｎｔｒｏｌ＝コントロールの脳；痴呆がなく、神経病理症状を示さない患者
Ｃｏｎｔｒｏｌ（Ｐａｔｈ）＝コントロールの脳；痴呆ではないが重症のＡＤ様の病理症状を示す患者
Ｓｕｐ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝上位の側頭皮質
Ｉｎｆ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝下位の側頭皮質。
【０５２１】
（Ａ．ＣＧ５５７５８−０１：ＥＧＦ関連タンパク質（ＳＣＵＢＥ１）様タンパク質）
遺伝子ＣＧ５５７５８−０１の発現は、表１２ＡＡに記載されたＡｇ２４４２のプライマー−プローブのセットを使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実験の結果を、表１２ＡＢ、１２ＡＣ、ＡＤ、およびＡＥに示す。
【０５２２】
【表１２ＡＡ】
2005508601.tif 000122
【０５２３】
【表１２ＡＢ】
2005508601.tif 000123
2005508601.tif 000124
【０５２４】
【表１２ＡＣ】
2005508601.tif 000125
2005508601.tif 000126
2005508601.tif 000127
【０５２５】
【表１２ＡＤ】
2005508601.tif 000128
2005508601.tif 000129
【０５２６】
【表１２ＡＥ】
2005508601.tif 000130
2005508601.tif 000131
ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０概要：Ａｇ２４４２  ＣＧ５５７５８−０１の発現は、このパネルにおける全てのサンプルにおいて低いかまたは検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０５２７】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２４４２  同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験は、すばらしく一致する結果を生み出し、両方の実験は、星状細胞株におけるＣＧ５５７８−０１遺伝子の最も高い発現を示す（ＣＴ＝２９〜３０）。これはまた、２つの肺癌細胞株および腎臓癌細胞株においてより低いレベルで発現する。精巣、卵巣、乳腺、肺、気管、腎臓、脾臓および脳を含む多くの正常組織における低レベルの発現がまた、存在する。星状細胞腫株において見られる増大した発現によって、この遺伝子がこの細胞株の誘導において使用される癌における役割を担うことが示唆される。従って、抗体または低分子薬物の使用を介する、この遺伝子産物の機能の治療学的阻害は、この疾患における処置において有用である。
【０５２８】
両方の実行（ｒｕｎ）は、小腸の代謝関連性組織の中におけるＳＣＵＢＥ１様遺伝子の最も高い発現を示す。発現の低レベルがまた、副腎、肝臓、および胃において見出される。この発現プロファイルによって、この遺伝子およびその産物が、これらの器官の発生および細胞外環境とのこの相互作用に関連し得る。従って、この遺伝子産物に標的化される抗体またはタンパク質の治療剤は、これらの器官に関連する疾患および状態に対する有効な治療剤であり得る。
【０５２９】
この遺伝子は、発達途中の脳において発現される新規のＳＣＵＢＥ−１様タンパク質であることが示唆される。従って、この遺伝子およびそのタンパク質産物は、発達障害（例えば、自閉症、精神分裂病、注意欠陥障害およびトゥーレット症候群）の処置において有用であり得る。
【０５３０】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ２４４２  ＣＧ５５７５８−０１遺伝子は、正常卵巣サンプル（ＣＴ＝２９．１）において高度に発現される。いくつかの肺、前立腺、卵巣および腎臓の正常サンプルにおける発現レベルは、対比される腫瘍組織と比較して増大しているようである。この逆のことが、肝臓については本質的であり、つまり、ここで、発現は、対比される正常組織よりも腫瘍組織において幾分高い。従って、このプロファイルに基づいて、この遺伝子の発現は、正常な隣接する組織からいくつかの癌を識別するためのマーカーとしてか、または、異なるグレード（ｇｒａｄｅ）または型の癌についてのマーカーとして有用であり得る。ペプチド、ポリペプチド、または低分子の薬物の使用を介する、この遺伝子の治療用途は、肺癌、前立腺癌、卵巣癌および腎臓癌の治療において有用であるが、この活性の阻害は、肝臓癌の治療のために使用され得る。
【０５３１】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ２４４２  このＣＧ５５７５８−０１遺伝子は、このパネルにおける癌細胞株を選択するために使用される。最も高いレベルの発現が、ウィルムス腫瘍Ｇ４０１由来の細胞株において存在する（ＣＴ＝３０．３）。高レベルの発現はまた、横紋筋肉腫細胞株ならびに肺癌細胞株および脳癌細胞株において見出される。従って、抗体または低分子薬物の使用を介する、この遺伝子の機能の治療学的阻害は、これらの細胞株が誘導される癌の治療において有用であり得る。
【０５３２】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ２４４２  ＣＧ５５７５８−０１転写物は、このパネルの腎臓および結腸において低レベルで発現される（ＣＴ＝３２〜３５）。この転写物によってコードされる推定されるＥＧＦ関連タンパク質は、これらの組織の正常な発生および恒常性において重要な役割を担い得る。この転写物によってコードされるタンパク質の発現または機能の調節は、炎症の間のこれらの器官に対する正常な機能を維持または回復するための重要であり得る。
【０５３３】
パネル４Ｄ概要：  Ａｇ２４４２  このプローブおよびプライマーのセットを用いた１つの実験に由来するデータは、ａｍｐプロットによって、サンプルウェルの１つにおける問題が存在することが示唆されるので、含まれない。
【０５３４】
Ｂ．ＣＧ５５７２４−０１：脂肪細胞補完物関連タンパク質
ＣＧ５５７２４−０１遺伝子の発現を、表１２ＢＡに記載される、プライマー−プローブセットＡｇ３０９４を使用して、評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表ＢＢに示す。
【０５３５】
【表１２ＢＡ】
2005508601.tif 000132
【０５３６】
【表１２ＢＢ】
2005508601.tif 000133
2005508601.tif 000134
ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０  概要：Ａｇ３０９４  ＣＧ５５７２４−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低くいか、または検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０５３７】
パネル１．３Ｄ  概要：Ａｇ３０９４  ＣＧ５５７２４−０１遺伝子は、発生途中の脳において発現される新規の脂肪細胞補完物関連タンパク質である。従って、この遺伝子およびそのタンパク質産物は、発達障害（例えば、自閉症、精神分裂病、注意欠陥障害またはトゥーレット症候群）の処置において有用であり得る。
【０５３８】
パネル２．２概要：Ａｇ３０９４  ＣＧ５５７２４−０１遺伝子の発現は、このパネルにおける全てのサンプルにおいて低いか、検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０５３９】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３０９４    ＣＧ５５７２４−０１遺伝子の発現は、このパネルにおける全てのサンプルにおいて低いか、検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０５４０】
Ｃ．ＣＧ５０３４５−０１：βーアドレナリン作用性レセプターキナーゼ
ＣＧ５０３４５−０１遺伝子の発現は、表１２ＣＡに記載の、プライマー−プローブセットＡｇ２３０３を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表ＣＢおよびＣＣで示す。
【０５４１】
【表１２ＣＡ】
2005508601.tif 000135
【０５４２】
【表１２ＣＢ】
2005508601.tif 000136
2005508601.tif 000137
2005508601.tif 000138
【０５４３】
【表１２ＣＣ】
2005508601.tif 000139
2005508601.tif 000140
（パネル１．３Ｄの概要）：ＣＧ５０３４５−０１遺伝子は、このパネルにわたり広範に発現され、結腸癌細胞株ＳＷ６２０において、最も高い発現（ＣＴ＝２６．４）を有する。注目すべきは、関連する結腸癌細胞株ＳＷ６２０とＳＷ４８０との間の発現の差異である。ＳＷ４８０は、結腸癌を有する患者からの原発性の病変を示し、一方で、ＳＷ６２０は、同じ患者からの転移を示す。ＳＷ６２０細胞株とＳＷ４８０細胞株との間でのこの遺伝子の発現の差異は、それが、これらの細胞、またはこれらに類似する他の細胞を区別するために用いられ得ることを示す。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療薬の使用を介する、ＣＧ５０３４５−０１遺伝子の治療的改変は、転移性結腸癌の処置に効果的であり得る。
【０５４４】
代謝機能を有する組織の中で、ＣＧ５０３４５−０１遺伝子は、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、脂肪、成体および胎児の心臓、成体および胎児の肝臓、ならびに成体および胎児の肝臓において、中程度に発現される。この発現プロファイルは、ＣＧ５０３４５−０１遺伝子産物が、肥満および糖尿病を含む、これらの任意または全ての組織における代謝性疾患の処置のために重要な低分子標的であり得ることを示唆する。
【０５４５】
β−アドレナリン作用性レセプターキナーゼをコードする、ＣＧ５０３４５−０１遺伝子はまた、試験された脳の全ての領域において高い発現を示し、特に、大脳皮質において最も高い発現（ＣＴ＝２６．７）を示す。このβアドレナリン作用性レセプターは、記憶の形成および臨床的うつ病における役割を担うことが示されている。現在の多くの抗うつ剤が（他のレセプターへの）非特異的結合の結果として所望されない副作用を生じるので、従って、この遺伝子は、副作用を伴わずに臨床的なうつ病を処置するための優秀な低分子標的である。さらに、記憶の整理におけるβアドレナリン作用性レセプターの役割は、ＣＧ５０３４５−０１遺伝子産物がまた、アルツハイマー病、血管性痴呆、または任意の記憶喪失障害を処置するための低分子標的としても有用であることを示唆する。
【０５４６】
（参考文献）
Ｆｅｉｇｈｎｅｒ  ＪＰ．Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ａｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｔｉｄｅｐｒｅｓｓａｎｔ  ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ  １９９９；６０  Ｓｕｐｐｌ  ４：４−１１；ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ  １２−３
うつ病の精神薬理学は、たった５０年間の間に急速に発展してきた分野である。初期の抗うつ医薬である三環式抗うつ剤（ＴＣＡ）およびモノアミンオキシダーゼインヒビター（ＭＡＯＩ））は、綿密な臨床的観察を通して開発された。これらの第一世代の医薬が、セロトニン様またはノルアドレナリン様の機構あるいはそれらの両方を増強したので、これらの薬剤は、効果的であった。不運なことに、ＴＣＡはまた、ヒスタミン作動性、コリン作動性、およびα１−アドレナリン作用性のレセプター部位をブロックし、そしてこの作用は、体重増加、口の乾燥、便秘、嗜眠状態、およびめまい感のような、必要とされない副作用を引き起こした。ＭＡＯＩは、チラミンと相互作用して、潜在的に致死性の高血圧を引き起こし得、そして多数の医薬および処方箋なしの薬物との潜在的に危険な相互作用をもたらし得る。単一レセプターの選択的セロトニン再取り込みインヒビター（ＳＳＲＩ）および複合レセプターの抗うつ剤である、ベンラファキシン（ｖｅｎｌａｆａｘｉｎｅ）、ミルタザピン（ｍｉｒｔａｚａｐｉｎｅ）、ビュープロピオン、トラゾドン、およびネファゾドン（ｎｅｆａｚｏｄｏｎｅ）を含む、最も新しい世代の抗うつ剤は、ほとんどの場合、必要とされない部位（例えば、ヒスタミンおよびアセチルコリン）を活性化することなく、１つ以上の特異的な脳のレセプター部位を標的化する。この論文は、新規の抗うつ剤、特に作用機構に関して議論し、そしてうつ病の処置の将来の開発を見据える。
【０５４７】
Ｆｅｒｒｙ  Ｂ、ＭｃＧａｕｇｈ  ＪＬ．Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ａｍｙｇｄａｌａ  ｎｏｒｅｐｉｎｅｐｈｒｉｎｅ  ｉｎ  ｍｅｄｉａｔｉｎｇ  ｓｔｒｅｓｓ  ｈｏｒｍｏｎｅ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｅｍｏｒｙ  ｓｔｏｒａｇｅ．Ａｃｔａ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｓｉｎ  ２０００  Ｊｕｎ；２１（６）：４８１−９３。
【０５４８】
扁桃、特に扁桃の基底側部核（ＢＬＡ）のノルアドレナリン作用性系が、記憶の整理に関連することを示す多大な証拠が存在する。この論説は、感情的に覚醒させる経験の間に放出されるストレスホルモンが、ＢＬＡにおいて、ノルアドレナリン作用性の機構を活性化し、これらの事象についての増強した記憶を生じるという主要な仮説を概説する。ラットを用いた実験からの知見は、副腎皮質のストレスホルモンであるエピネフリンおよび糖質コルチコイドの記憶調節効果が、ＢＬＡにおけるβアドレノセプター（ａｄｒｅｎｏｃｅｐｔｏｒ）の活性化を含むことを示している。さらに、行動の研究およびマイクロダイアリシスの研究は、ＢＬＡのノルアドレナリン作用性系がまた、記憶貯蔵に対する他の神経調節系（例えば、オピオイドペプチド作動性系およびＧＡＢＡ作動性系）の影響を媒介することを示している。他の知見は、ＢＬＡにおいてこのストレスホルモンに誘導されたノルアドレナリン機構の活性化が、他の脳の領域における記憶の貯蔵を調節することを示す。
【０５４９】
（パネル２．２の概要）：妙なａｍｐプロットはこの実験に問題があったことを示唆するので、パネル２．２からのＡｇ２３０３データを含んでいない。
【０５５０】
（パネル４Ｄの概要）：ＣＧ５０３４５−０１遺伝子（β−アドレナリン作用性レセプターキナーゼホモログ）は、健常および疾患における免疫応答の有意な広範な細胞において、高度に発現される（ＣＴ＝２６〜２９）。この遺伝子の最も高い発現は、活性化Ｂ細胞および活性化Ｔ細胞において見出される。従って、低分子薬物を用いた、ＣＧ５０３４５−０１遺伝子によってコードされるタンパク質の機能の阻害は、Ｂ細胞およびＴ細胞の機能をブロックし得、そして自己免疫疾患および炎症性疾患（例えば、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、紅斑性狼瘡、または慢性関節リウマチ）に罹患している患者の処置に有益であり得る。
【０５５１】
（Ｄ．ＣＧ５０３０１−０１）：（ヒトＴＥＮＭ４）
遺伝子ＣＧ５０３０１−０１の発現は、プライマー−プローブセットＡｇ２５８１およびＡｇ２９１０（表ＤＡおよび表ＤＢに記載する）を用いて評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表１２ＤＣ、表１２ＤＤ、表１２ＤＥ、表１２ＤＦ、および表１２ＤＧに示す。
【０５５２】
【表１２ＤＡ】
2005508601.tif 000141
【０５５３】
【表１２ＤＢ】
2005508601.tif 000142
【０５５４】
【表１２ＤＣ】
2005508601.tif 000143
2005508601.tif 000144
【０５５５】
【表１２ＤＤ】
2005508601.tif 000145
2005508601.tif 000146
2005508601.tif 000147
【０５５６】
【表１２ＤＥ】
2005508601.tif 000148
2005508601.tif 000149
2005508601.tif 000150
【０５５７】
【表１２ＤＦ】
2005508601.tif 000151
2005508601.tif 000152
【０５５８】
【表１２ＤＧ】
2005508601.tif 000153
2005508601.tif 000154
2005508601.tif 000155
ＣＮＳ 神経変性 ｖ１．０の概要：Ａｇ２９１０／Ａｇ２５８１  ＣＧ５０３０１−０１遺伝子の発現において、正常コントロールと比較した場合にアルツハイマー病患者の死後の脳で差異は検出されない。しかし、このパネルは、独立した患者群のＣＮＳにおいてこの遺伝子の発現を示す。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察についてパネル１．３ｄを参照のこと。
【０５５９】
パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２５８１／Ａｇ２９１０  同じプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、非常に良好な一致を伴う結果を生じる。卵巣および大脳皮質においてＣＧ５０３０１−０１遺伝子の最高の発現が見られる（ＣＴｓ＝２８）。正常な卵巣における発現とは対照的に、卵巣癌細胞株は、この遺伝子を発現しないか、または非常に低いレベルで発現する。この発現プロフィールは、この遺伝子の発現がおそらく卵巣癌のマーカーとして使用され得ることを示唆する。逆に、この遺伝子は、正常な前立腺よりも前立腺癌細胞株において高く発現されるようであり、このことは、この遺伝子がまた、同様に、前立腺癌における診断マーカーであり得ることを示唆する。
【０５６０】
この遺伝子は、ショウジョウバエＴＥＮＭ４遺伝子のホモログであり、試験された全ての脳領域において中程度のレベルで発現される。ＴＥＮＭ４は、神経発達において重要であると考えられる；従って、この遺伝子は、ニューロン死を包含する任意の疾患／状態（アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン病、発作、頭部外傷または脊髄外傷）の処置において代償的なシナプス生成の誘導において有用であり得る。
【０５６１】
代謝組織の間では、胎児骨格筋において発現が最大である。さらに、この遺伝子は、成体骨格筋（ＣＴ＝３５）よりも胎児骨格筋（ＣＴｓ＝２９）において高く発現される。従って、この遺伝子の発現は、成体骨格筋と胎児骨格筋との間を区別するために使用され得る。さらに、胎児骨格筋においてより高いレベルの発現であることは、この遺伝子産物が、この器官の発達において役割を果たし得ることを示唆する。従って、この遺伝子によりコードされるタンパク質は、成体において弱いまたはジストロフィーの筋肉を処置する際に有効であり得る。また、下垂体、甲状腺、および脂肪細胞（ａｄｉｐｏｓｅ）において低いが有意な発現が存在する。従って、この遺伝子は、これらの組織の発達およびシグナル伝達経路に関与し得る。この遺伝子産物に対する抗体およびペプチド治療薬は、これらの組織を包含する代謝障害（肥満および糖尿病を包含する）の処置において使用され得る。
【０５６２】
パネル２Ｄの概要：Ａｇ２５８１／Ａｇ２９１０  同じプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、合理的な一致を示し、両実行とも、卵巣癌においてＣＧ５０３０１−０１遺伝子の最高の発現を示す。この遺伝子の発現のレベルは、対応する正常組織に比較した場合、いくつかの肺癌組織サンプルおよび胃癌組織サンプルにおいて増大しているようである。この逆が、腎臓について当てはまるようである。ここでは、発現は、９つの正常な組織のうち６つにおいて、対応する癌組織におけるよりもわずかに高い。従って、そのプロフィールに基づいて、この遺伝子の発現が、これらの癌を正常な隣接組織から区別するマーカーとして、または異なるグレード／タイプの癌のマーカーとして、有用であり得る。さらに、抗体、ペプチド、またはポリペプチドの使用によるこの遺伝子の産物の活性の治療的阻害が、胃癌および肺癌の処置において有用であり得る。
【０５６３】
パネル３Ｄの概要：Ａｇ２５８１  ＣＧ５０３０１−０１遺伝子は、このパネルにおいて使用される選択細胞株により低レベルで発現される。ＮＣＩ−Ｈ５２６（肺癌細胞株）において、最も高い発現レベルが見られる（ＣＴ＝２７．３）。この遺伝子を発現する他の細胞株としては、神経芽腫細胞株、膀胱癌細胞株、および腎臓細胞癌細胞株が挙げられる。従って、抗体、ペプチド、またはポリペプチドの使用によるこの遺伝子の産物の活性の治療的阻害は、これらの細胞株の誘導において使用される癌の治療において有用であり得る。
【０５６４】
パネル４Ｄの概要：Ａｇ２９１０  ＣＧ５０３０１−０１転写物は、肺線維芽細胞において中程度に発現され、そしてＩＦＮｇまたはＩＬ−４での処置後にこれらの細胞においてわずかに過剰発現される（ＣＴ２７．８）。
【０５６５】
この転写物は、Ｔｅｎ−Ｍ４のヒトホモログをコードし、これは、線維芽細胞成長において役割を果たし得るＥＧＦ−反復を伴うタンパク質である（参考）。抗体または低分子量分子の適用によるこの転写物によりコードされるタンパク質の発現または活性の調整は、線維増殖、慢性閉塞性肺疾患、気腫、喘息、乾癬、および潰瘍性大腸炎と関連した症状の処置のために有用であり得る。プローブおよびプライマーセットＡｇ２５８２を伴う第二の実験は含まれていないことに留意されたい。ａｍｐプロットは、この実行を伴う実験上の困難があったことを示す。
【０５６６】
参考：
Ｍｉｅｄａ  Ｍ、Ｋｉｋｕｃｈｉ  Ｙ、Ｈｉｒａｔｅ  Ｙ、Ａｏｋｉ  Ｍ、Ｏｋａｍｏｔｏ  Ｈ．Ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚｅｄ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｚｅｂｒａｆｉｓｈ  ｔｅｎ−ｍ３  ａｎｄ  ｔｅｎ−ｍ４，ｈｏｍｏｌｏｇｕｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｔｅｎ（ｍ）／ｏｄｄ  Ｏｚ  ｇｅｎｅ、ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｅｎｔｒａｌ  ｎｅｒｖｏｕｓ  ｓｙｓｔｅｍ．Ｍｅｃｈ  Ｄｅｖ  １９９９  Ｓｅｐ；８７（１−２）：２２３−７。
【０５６７】
ゼブラフィッシュｔｅｎ−ｍ３およびｔｅｎ−ｍ４は、ショウジョウバエペアルール（ｐａｉｒ−ｒｕｌｅ）遺伝子ｔｅｎ（ｍ）／ｏｄｄ  Ｏｚ（ｏｄｚ）の産物に非常に類似するタンパク質をコードする。この産物は、細胞外基質分子テネイシンに主に似る８つの上皮増殖因子（ＥＧＦ）様反復を含有する。分割期の間、ｔｅｎ−ｍ４の発現は主として脳に制限されるが、ｔｅｎ−ｍ３は、体節、脊索、鰓弓および脳において発現される。発達中の脳では、ｔｅｎ−ｍ３およびｔｅｎ−ｍ４の発現は、いくつかの区画を線引きする。興味深いことに、ｔｅｎ−ｍ３およびｔｅｎ−ｍ４は、発達期および位置に依存して、体軸および背腹軸に沿って発達中の前脳および中脳において互いに対して相補的な発現パターンを示す。
【０５６８】
パネルＣＮＳ １の概要：Ａｇ２５８２／Ａｇ２９１０  同じプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、脳においてＣＧ５０３０１−０１遺伝子の発現をさらに確認する。中枢神経系における潜在的な有用性の考察についてはパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０５６９】
Ｅ．ＣＧ５５７６４−０１およびＣＧ５５７６４−０２：Ｏｕｔ−Ａｔ−Ｆｉｒｓｔ様
遺伝子ＣＧ５５７６４−０１および改変体ＣＧ５５７６４−０２の発現を、表ＥＡに記載のプライマー−プローブセットＡｇ３２０７を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表１２ＥＢ、１２ＥＣ、１２ＥＤ、１２ＥＥ、および１２ＥＦに示す。
【０５７０】
【表１２ＥＡ】
2005508601.tif 000156
【０５７１】
【表１２ＥＢ】
2005508601.tif 000157
2005508601.tif 000158
【０５７２】
【表１２ＥＣ】
2005508601.tif 000159
2005508601.tif 000160
【０５７３】
【表１２ＥＤ】
2005508601.tif 000161
2005508601.tif 000162
2005508601.tif 000163
【０５７４】
【表１２ＥＥ】
2005508601.tif 000164
2005508601.tif 000165
【０５７５】
【表１２ＥＦ】
2005508601.tif 000166
2005508601.tif 000167
ＣＮＳ 神経変性 ｖ１．０の概要：Ａｇ３２０７  ＣＧ５５７６４−０１遺伝子の発現において、正常コントロールと比較した場合にアルツハイマー病患者の死後の脳で差異は検出されない。しかし、このパネルは、独立した患者群のＣＮＳにおいてこの遺伝子の発現を示す。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察についてパネル１．３ｄを参照のこと。
【０５７６】
パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ３２０７  肝臓においてＣＧ５５７６４−０１遺伝子の最も高い発現が見られる（ＣＴ＝２８．５）。より中程度のレベルでこの遺伝子を発現する他の代謝組織としては、胎児骨格筋、胎児腎臓、胎児肝臓、および脂肪細胞が挙げられる。また、心臓、腎臓、胎児心臓、膵臓、副腎、唾液腺、小腸、骨格筋、下垂体、および胃において、低いが有意な発現レベルが見られる。代謝機能を有する組織間におけるこの遺伝子の広範な発現は、この遺伝子産物に対する抗体またはペプチド治療薬が、これらの組織を包含する代謝障害（肥満および糖尿病を包含する）において有用であり得ることを示唆する。さらに、この遺伝子は、骨格筋の胎児供給源（ＣＴ＝２９．７）と成体供給源（ＣＴ＝３２．７）との間を区別するために使用され得る。さらに、成体における発現に比較した場合に胎児骨格筋においてより高い発現レベルであることは、この遺伝子によりコードされるタンパク質が、この器官の発達に関与し得ることを示唆する。従って、この遺伝子産物の活性または機能の治療的調整は、弱いまたはジストロフィー筋に対する筋肉の量または機能を回復し得る。
【０５７７】
この遺伝子は、ショウジョウバエＯｕｔ−Ａｔ−Ｆｉｒｓｔタンパク質のホモログであり、それが発現されない小脳を除いて、試験した全ての領域において中程度のレベルで発現される。このタンパク質は、神経発達に関与すると考えられ、従って、発達障害（例えば、自閉、精神分裂病、注意欠陥障害、またはツレット症候群）の処置において有用であり得る。
【０５７８】
全体的に、この遺伝子は、このパネル上のほとんど全ての細胞型において中程度のレベルで発現される。この遺伝子の遍在的な発現は、細胞の成長および増殖に必要であることを示唆する。
【０５７９】
パネル４Ｄの概要：Ａｇ３２０７  ＣＧ５５７６４−０１転写物は、皮膚線維芽細胞、小気道上皮および肺線維芽細胞において中程度のレベルで見出される。この転写物の発現は、炎症性サイトカインＴＮＦ−ａ、ＩＬ−１ｂおよびＩＦＮ−ｇによってこれらの細胞型において上方制御されるようである。この遺伝子はまた、ＫＵ−８１２（好塩基性細胞型）において発現される。好塩基性細胞は、アトピー性疾患および炎症性疾患（例えば、喘息、クローン病、および潰瘍性大腸炎）において重要な役割を果たす。従って、抗体またはペプチド治療薬の適用によってこの転写物によりコードされるタンパク質の発現および活性を調整することは、肺炎症性疾患（例えば、喘息、および慢性閉塞性肺疾患）、炎症性皮膚疾患（例えば、乾癬、アトピー性皮膚炎、および潰瘍性皮膚炎）、炎症性腸疾患および変形性関節症の処置のために有用であり得る。
【０５８０】
パネルＣＮＳ １の概要：Ａｇ３２０７  この実験は、脳においてＣＧ５５７６４−０１遺伝子の発現をさらに確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の潜在的な有用性の考察についてはパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０５８１】
パネルＣＮＳ １．１の概要：Ａｇ３２０７  この実験は、脳においてＣＧ５５７６４−０１遺伝子の発現をさらに確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の潜在的な有用性の考察についてはパネル１．３Ｄを参照のこと。
【０５８２】
（Ｆ．ＣＧ５５７０４−０１：エファリン（ｅｐｈｒｉｎ）Ａ型レセプター６前駆体）
遺伝子ＣＧ５５７０４−０１の発現を、表１２ＦＡ、１２ＦＢ、１２ＦＣ、１２ＦＤおよび１２ＦＥに記載するように、プライマー−プローブセットＡｇ４１５５、Ａｇ５６８、Ａｇ１４８６、Ａｇ２８７９およびＡｇ１３０２を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行結果を、表１２ＦＦ、１２ＦＧ、１２ＦＨ、１２ＦＩ、１２ＦＪ、および１２ＦＫに示す。
【０５８３】
【表１２ＦＡ】
2005508601.tif 000168
【０５８４】
【表１２ＦＢ】
2005508601.tif 000169
【０５８５】
【表１２ＦＣ】
2005508601.tif 000170
【０５８６】
【表１２ＦＤ】
2005508601.tif 000171
【０５８７】
【表１２ＦＥ】
2005508601.tif 000172
【０５８８】
【表１２ＦＦ】
2005508601.tif 000173
2005508601.tif 000174
【０５８９】
【表１２ＦＧ】
2005508601.tif 000175
2005508601.tif 000176
【０５９０】
【表１２ＦＨ】
2005508601.tif 000177
2005508601.tif 000178
2005508601.tif 000179
【０５９１】
【表１２ＦＩ】
2005508601.tif 000180
2005508601.tif 000181
【０５９２】
【表１２ＦＪ】
2005508601.tif 000182
2005508601.tif 000183
2005508601.tif 000184
【０５９３】
【表１２ＦＫ】
2005508601.tif 000185
2005508601.tif 000186
2005508601.tif 000187
ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０概要：Ａｇ４１５５  ＣＧ５７０４−０１遺伝子は、推定エフリン（ｅｐｈｒｉｎ）レセプターをコードし、そして、ＣＴ値がＡＮＣＯＶＡによって分析されるときに痴呆性コントロールと比較してＡＤ側頭皮質における有意なダウンレギュレーションを示す。この側頭皮質（ブロードマン野２１）は、アルツハイマー病における重篤な神経変性を示したが、海馬または内嗅野（ｅｎｔｏｒｈｉｎａｌ  ｃｏｒｔｅｘ）ほど初期ではない。従って、ダウンレギュレーションがニューロン損失の結果であるというよりも、おそらくこの遺伝子が神経変性のプロセスの間にダウンレギュレートされる。このエフリンレセプターは、軸索およびシナプス誘導に関連する。さらに、アルツハイマー病（特に、ａｐｏＥ４遺伝型を有する晩年発症型ＡＤ）を有する個体は、不完全な代償性シナプス形成および樹状突起分岐（ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ａｒｂｏｒｉｚａｔｉｏｎ）を示す。従って、この遺伝子は、アルツハイマー病の処置するための優れた低分子標的である。プローブとプライマーのセットＡｇ２８７９を用いる第２の実験は、ａｍｐプロットによって、この実行に伴う実験的困難性が存在することが示唆されるので、含まれない。
【０５９４】
参考文献：
Ｌａｉ  ＫＯ，Ｉｐ  ＦＣ，Ｃｈｅｕｎｇ  Ｊ，Ｆｕ  Ａｋ，Ｉｐ  ＮＹ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｅｐｈ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ｉｎ  ｓｋｅｌｅｔａｌ  ｍｕｓｃｌｅ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ  ａｔ  ｔｈｅ  ｎｅｕｒｏｍｕｓｃｕｌａｒ  ｊｕｎｃｔｉｏｎ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２００１  Ｊｕｎ；１７（６）：１０３４−４７
筋肉神経感応の間に運動軸索を誘導することにおいて、エフリンおよびＥｐｈレセプターの関係が、十分詳細に記録されたが、より後期の発生段階に筋肉におけるこれらの発現および機能的有意性についてはほとんど知られていない。本発明者らの本研究によって、骨格筋におけるＥｐｈレセプターおよびエフリンの発現および局在が調べられる。ＥｈｐＡ４リガンド、Ｅｐｈ７リガンドおよびエフリン−Ａリガンドの顕著な発現が、胚性発生の間の筋肉において検出された。より重要であることに、ＥｐｈＡ４およびＥｐｈ７の両方、ならびにエフリン−Ａ２は、成人の筋肉の神経筋接合部（ＮＭＪ）に局在した。これらが比較的多量であるのにもかかわらず、これらは、胚の段階の間、シナプスにて局在しなかった。ＮＭＪにおける、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ７、およびエフリンＡ２の濃縮は、出生直後の段階で観察され、そして、シナプス局在が、その後の発生段階において顕著になった。さらに、Ｅｐｈレセプターの発現は、ネウレグリン（ｎｅｕｒｅｇｕｌｉｎ）によって、そして神経損傷の後に、増大した。さらに、本発明者らは、ＥｐｈＡの過剰発現によって、アクチン結合タンパク質であるコルタクチン（ｃｏｒｔａｃｔｉｎ）のチロシンリン酸化が生じること、およびＥｐｈＡ４が筋肉においてコルタクチンと同時免疫沈降することを実証した。これらと合わせて、本発明の知見によって、ＥｐｈＡ４がアクチン細胞骨格に関連することが示される。アクチン細胞骨格がＮＭＪの形成および安定性に対して決定的なので、本知見によって、ＥｐｈレセプターがＮＭＪの形成および／または維持において新規の役割を有し得るという興味深い可能性が生じる。
【０５９５】
Ａｒｅｎｄｔ  Ｔ，Ｓｃｈｉｎｄｌｅｒ  Ｃ，Ｂｒｕｃｋｎｅｒ  ＭＫ，Ｅｓｃｈｒｉｃｈ  Ｋ，Ｂｉｇｌ  Ｖ，Ｚｅｄｌｉｃｋ  Ｄ，Ｍａｒｃｏｖａ  Ｌ．Ｐｌａｓｔｉｃ  ｎｅｕｏｎａｌ  ｉｓ  ｒｅｍｏｄｅｌｉｎｇ  ｉｍｐａｉｒｅｄ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｃａｒｒｙｉｎｇ  ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｐｓｉｌｏｎ  ４  ａｌｌｅｌｅ．Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  １９９７  Ｊａｎ  １５；１７（２）：５１６〜２９。
【０５９６】
アポリポタンパク質Ｅ（ａｐｏＥ）遺伝子型とアルツハイマー病を発症する危険性との間に関連性が、近年、確立された。アポリポタンパク質合成は、発生過程および成人神経系の神経修復に関連する。この研究において、発明者らは、アルツハイマー病での、神経変性の重篤度および形成性樹状突起再形成の程度に対するアポリポ多型性の影響を調べた。マイネルトの基底核、青斑核（ｌｏｃｕｓ  ｃｏｅｒｕｌｅｕｓ）、大縫線核（ｒａｐｈｅ  ｍａｇｎｕｓ  ｎｕｃｌｕｅｕｓ）、脚橋被蓋核（ｐｅｄｕｎｃｕｌｏｐｏｎｔｉｎｅ  ｔｅｇｍｅｎｔａｌ  ｎｕｃｌｅｕｓ）、内側扁桃核（ｍｅｄｉａｌ  ａｍｙｇｄａｌｏｉｄ  ｎｕｃｌｅｕｓ）および黒質の脳幹神経節におけるゴルジ飽和（Ｇｏｌｇｉ−ｉｍｐｒｅｇｎａｔｅｄ）ニューロンの樹状突起の長さおよび樹枝状分岐おける変化を、３次元的再構築の後に分析した。１つのａｐｏＥ４対立遺伝子または２つのａｐｏＥ４対立遺伝子のいずれかを有する患者は、ａｐｏＥ４対立遺伝子を欠く患者においてよりも、調べられた全ての領域において重篤な変性を示しただけではなく、有意に少ない形成性の樹状突起変化を示した。ＡｐｏＥε４対立遺伝子のコピー数は、さらに、樹状突起の分岐のパターンにおいて有意な影響を有した。さらに、樹状突起成長の強度と、神経変性の程度およびこのａｐｏＥε４対立遺伝子を欠く患者において見出される疾患の段階との間の関連性は、１つのε４対立遺伝子の存在下において大変薄く、そして、このε４対立遺伝子についてのホモ接合性を患者において完全に失った。これらの結果は、神経再組織化が、ａｐｏＥε４対立遺伝子を保有するアルツハイマー病を有する患者において重篤に冒されているという直接的な証拠を提供する。神経修復の欠損は、より迅速な機能変質を導き、それによって、この疾患の、より早い時期の発症をおよびより迅速な進行に寄与する。
【０５９７】
Ｆｅｌｄｈｅｉｍ  ＤＡ，Ｖａｎｄｅｒｈａｅｇｈｅｎ  Ｐ，Ｈａｎｓｅｎ  ＭＪ，Ｆｒｉｓｅｎ  Ｊ，Ｌｕ  Ｑ，Ｂａｒｂａｃｉｄ  Ｍ，Ｆｌａｎａｇａｎ  ＪＧ．Ｔｏｐｏｇｒａｐｈｉｃ  ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｌａｂｅｌｓ  ｉｎ  ａ  ｓｅｎｓｏｒｙ  ｐｒｏｊｅｃｔｉｏｎ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｆｏｒｅｂｒａｉｎ．Ｎｅｕｒｏｎ  １９９８  Ｄｅｃ；２１（６）１３０３−１３
哺乳動物の前脳に対する視覚の接続は、神経活性によってパターン化されることが既知であるが、このような高度な感覚性投射のマップによる局所解剖が、軸索誘導標識に依存するか否かは依然として未知のままである。ここで、本発明者らは、マウスの網膜におけるレセプターＥｐｈＡ５ならびに複数の網膜標的におけるリガンドである、エフリンＡ２およびエフリンＡ５の代償性の発現および結合を示した（主要な前脳標的である、外側膝状体背側核（ｄｏｒｓａｌ  ｌａｔｅｒａｌ  ｇｅｎｉｃｕｌａｔｅ  ｎｕｃｌｅｕｓ：ｄＬＧＮ）を含む）。これらのリガンドは、哺乳動物における網膜の軸索のための局所解剖学的に特異的な散らし薬としてインビトロで作用し得、そして、インビボでの正常なｄＬＧＮマップ作製のために必要である。これらの結果によって、脳のマップ作製のための一般的かつ実利上の規格構造的機構（ｍｏｄｕｌａｒ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ）が示唆され、この機構によって、投射野が、同じ標識を繰り返して使用することによって複数の標的上にマップされる。これらはまた、前脳に対する感覚性接続のマップ作製のための座標系の特性を示す。
【０５９８】
（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４の概要：Ａｇ４１５５）ＣＧ５５７０４−０１遺伝子は、高度に脳優先的な組織発現プロフィールを示し、胎児脳において最も発現が高い（ＣＴ＝２７．３）。この遺伝子の中枢神経系における有用性の考察については、パネルＣＮＳ＿Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒｔｉｏｎを参照のこと。
【０５９９】
代謝関連組織の中で、この遺伝子の発現は、胃、小腸および膵臓において最も高く、胸腺においてはより低いレベルであり、そして下垂体、胎児心臓および脂肪においては非常に低い。従って、この遺伝子産物を使用して設計された低分子、ペプチドまたは抗体の治療剤は、この遺伝子を発現する組織における細胞プロセスの発達または活性を調節するのに有効であり得る。あるいは、これらの治療剤は、その神経支配を調節することによって、これらの器官の活性を変更するために使用され得る。
【０６００】
さらに、この遺伝子は、胎児肺（ＣＴ＝３４．８）における発現と比較した場合に、成体肺（ＣＴ＝３０．９）においてより高いレベルで発現する。従って、この遺伝子の発現は、肺組織の成体供給源と胎児供給源との間を識別するために使用され得る。
【０６０１】
この遺伝子は、このパネル上のほとんどの癌細胞株および正常組織において低いレベルで発現される。興味深いことに、膵臓および脳の癌細胞株は、この遺伝子を発現しない。従って、この遺伝子の発現の非存在は、膵臓および脳の癌のための診断マーカーとして潜在的に使用され得る。
【０６０２】
（パネル１．１の概要：Ａｇ５６８）ＣＧ５５７０４−０１遺伝子の最も高い発現は、精巣において見られる（ＣＴ＝２３．１）。さらに、この遺伝子は、このパネル上の任意の他のサンプルよりも、精巣においてかなり高いレベルで発現される。従って、この遺伝子の発現は、精巣組織のマーカーとして使用され得る。さらに、この遺伝子産物の発現または機能の治療的調節は、男性の不妊症の処置において有益であり得る。
【０６０３】
代謝関連組織におけるこの遺伝子の発現は、小腸、胃および膵臓において最も高く、パネル１．４における発現と良好に相関する。より低いレベルの発現は、心臓、下垂体および副腎において見られる。従って、この遺伝子産物を使用して設計された低分子、ペプチドまたは抗体の治療剤は、この遺伝子を発現する組織において発生または細胞プロセスの活性化を調節する際に有効であり得る。あるいは、これらの治療剤は、その神経支配を調節することによって、これらの器官の活性を変更するために使用され得る。
【０６０４】
このパネルはまた、この遺伝子についての高度に脳優先的な組織発現プロフィールを確認する。この遺伝子の中枢神経系における有用性の考察については、パネルＣＮＳ＿Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒｔｉｏｎを参照のこと。
【０６０５】
全体として、この遺伝子は、このパネル上のほとんどの癌細胞株および正常組織において低レベルで発現される。興味深いことに、膵臓および脳の癌細胞株は、この遺伝子を発現しない。従って、この遺伝子の発現の欠如は、膵臓および脳の癌のための診断マーカーとして使用され得る。
【０６０６】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２８７９）ＣＧ５５７０４−０１遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）（データ示さず）。プローブおよびプライマーのセットＡｇ１４８６を用いた第二の実験は、含まれない。なぜなら、ａｍｐプロットは、この試行において実験的困難が存在することを示唆するからである。
【０６０７】
（パネル２．２の概要：Ａｇ１４８６）この遺伝子は、このパネルにおいて低いが有意なレベルで発現され、最も高い発現は、正常結腸組織サンプルにおいて見られる（ＣＴ＝３２．８５）。正常な前立腺、胃、子宮および卵巣のサンプルの単一の発現量はまた、隣接癌組織と比較して、より高い発現を示す。従って、この遺伝子の発現は、これらの器官において癌性組織から正常組織を同定するためのマーカーとして使用され得る。
【０６０８】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２８７９）ＣＧ５５７０４−０１遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）（データ示さず）。
【０６０９】
（パネル４．１Ｄの概要：Ａｇ４１５５）同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２回の実験において、ＣＧ５５７０４−０１転写物は、ＴＮＦ−ａおよびＩＬ−４で処理した肺微小血管ならびに結腸において、低いが有意なレベルで発現される。この転写物は、インテグリン活性において役割を果たし得るタンパク質のファミリーに属する、エフリン型レセプターホモログをコードする。このファミリーのいくつかのメンバーは、血管発達において記載されている。抗体または低分子の適用による、この遺伝子産物の発現または活性の調節は、血管形態形成、脈管形成、白血球血管外遊走および走化性を制御する際に重要であり得る。従って、この遺伝子産物は、癌の処置において有益であり得る。さらに、この遺伝子によってコードされるタンパク質はまた、炎症性肺疾患（例えば、喘息、気腫または気管支炎）を処置するために、肺への移動および蓄積を予防する際に有用であり得る。
【０６１０】
結腸におけるこの転写物の存在は、この遺伝子によってコードされるタンパク質がまた、結腸の発達において役割を果たし得ることを示唆する。このタンパク質の機能を調節するための治療剤は、これらの組織内の細胞プロセスを調節するように機能し得る。
【０６１１】
同じプローブおよびプライマーを使用する三回目の試行、Ｒｕｎ１７３３３３２０１は、含まれないことに留意のこと。なぜなら、ａｍｐプロットは、この試行において実験的困難が存在することを示唆するからである。
【０６１２】
（参考文献）
Ｇｕ  Ｃ，Ｐａｒｋ  Ｓ．Ｔｈｅ  ＥｐｈＡ８  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ｉｎｔｅｇｒｉｎ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｔｈｒｏｕｇｈｔ  ｐ１１０ｇａｍｍａ  ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ−３  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎ  ａ  ｔｈｒｏｓｉｎｅ  ｋｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｍａｎｎｅｒ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ２００１年７月；２１（１４）：４５７９−９７。
【０６１３】
最近の遺伝学的研究は、エフリンが、キナーゼ非依存的Ｅｐｈレセプター経路において機能し得ることを示唆する。本明細書中で、本発明者らは、ＮＩＨ  ３Ｔ３細胞またはＨＥＫ２９３細胞のいずれかにおけるＥｐｈＡ８の発現が、α（５）β（１）インテグリンまたはβ（３）インテグリンを介したフィブロネクチンへの細胞接着を増強したことを報告する。興味深いことに、キナーゼ不活性なＥｐｈＡ８変異体もまた、これらの細胞株におけるフィブロネクチンへの細胞接着を顕著に促進した。ＥｐｈＡ８点変異のパネルを使用して、本発明者らは、ＥｐｈＡ８キナーゼ活性が、フィブロネクチンへの細胞接着を促進するその能力と相関しないことを実証した。ＥｐｈＡ８の細胞外ドメインおよび細胞内ドメインの変異を使用する分析は、増強された細胞接着が、このレセプターの細胞外ドメインおよび細胞質ドメインの膜隣接セグメントに結合するエフリンＡに依存することを明らかにした。ＥｐｈＡ８に促進される接着は、ワートマニン（ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（ＰＩ３−キナーゼ）インヒビター）によって効果的に阻害された。さらに、本発明者らは、ＥｐｈＡ８が、ＰＩ３−キナーゼ活性に関連し、そしてＰＩ３−キナーゼのｐ１１０γアイソフォームが、ＥｐｈＡ８に関連することを見出した。インビトロの結合実験は、ＥｐｈＡ８の膜隣接セグメントが、ｐ１１０γとの安定な複合体の形成に十分であることを明らかにした。類似の結果が、予めクラスター化したエフリンＡ５−Ｆｃタンパク質を用いる処理によって内因性エフリンＡリガンドが剥ぎ取られた細胞を使用するアッセイにおいて得られた。さらに、膜標的化脂質キナーゼ不活性ｐ１１０γ変異体は、ＥｐｈＡ８と安定に会合し、そしてＥｐｈＡ８が促進するフィブロネクチンへの細胞接着を抑制することが実証された。一緒に考慮して、これらの結果は、ＥｐｈＡ８レセプターが、チロシンキナーゼ非依存的様式で、ｐ１１０γＰＩ３−キナーゼを原形質膜へ局在させ、それによって脂質基質がインテグリン媒介性の細胞接着に必要なシグナルを有効にするのを加速する、新規機構の存在を示唆する。
【０６１４】
Ａｄａｍｓ  ＲＨ、Ｋｌｅｉｎ  Ｒ．Ｅｐｈ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ａｎｄ  ｅｐｈｒｉｎ  ｌｉｇａｎｄｓ．ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  ｍｅｄｉａｔｏｒｓ  ｏｆ  ｖａｓｃｕｌａｒ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｍｅｄ  ２０００年７月；１０（５）：１８３−８。
【０６１５】
血管の発達を支配する分子機構および細胞機構は、まだあまり理解されていない。血管網目構造の最初の確立（脈管形成と称する）および引き続く再構成プロセス（新脈管形成と称する）を制御する細胞間シグナルの中で顕著なものは、レセプターチロシンキナーゼ（ＲＴＫ）を介してシグナルを伝達する可溶性リガンドである。最近の報告は、細胞結合エフリンリガンドおよびその同族Ｅｐｈ  ＲＴＫを、血管発達における重要なプレイヤーのリストに付け加えた。：Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２００１年４月２７日；２７６（１７）：１３７７１−７。
【０６１６】
（関連の論文、書籍、リンクアウト（ＬｉｎｋＯｕｔ））
Ａｄａｍｓ  ＲＨ、Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ  ＧＡ、Ｗｅｉｓｓ  Ｃ、Ｄｉｅｌｌａ  Ｆ、Ｇａｌｅ  ＮＷ、Ｄｅｕｔｓｃｈ  Ｕ、Ｒｉｓａｕ  Ｗ、Ｋｌｅｉｎ  Ｒ．Ｒｏｌｅｓ  ｏｆ  ｅｐｆｒｉｎＢ  ｌｉｇａｎｄｓ  ａｎｄ  ＥｐｈＢ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ｉｎ  ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ：ｄｅｍａｒｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｒｔｅｒｉａｌ／ｖｅｎｏｕｓ  ｄｏｍａｉｎｓ、Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ  １９９９年２月１日；１３（１）：２９５−３０６。
【０６１７】
Ｅｐｈレセプターチロシンキナーゼおよびその細胞表面結合リガンドであるエフリンは、発達中の脳における軸索ガイダンスおよび束化を調節し、細胞の移動および接着を制御し、そして胚におけるパターン形成を補助する。本明細書中で、本発明者らは、２つのＥｐｈＢリガンドおよび３つのＥｐｈＢレセプターが、血管網目構造において発現され、そして血管網目構造の形成を調節することを報告する。エフリンＢ２ならびにＥｐｈＢ２およびＥｐｈＢ３レセプターのシグナル伝達における二重変異欠損の調和を欠くマウスは、胚血管系の再構成における欠損に起因して、胚１１．５日齢（Ｅ１１．５）前に子宮内で死亡する。本発明者らの表現型分析は、胚の血管系における、Ｅｐｈレセプターおよびエフリンの複雑な相互作用および複数の機能を示唆する。動脈上のエフリンＢ２と静脈上のそのＥｐｈＢレセプターとの間の相互作用は、動脈領域と静脈領域との間の境界を規定する役割を示唆する。動脈および静脈の内皮細胞によるエフリンＢ１の発現ならびに静脈およびいくつかの動脈によるＥｐｈＢ３の発現は、エフリンとＥｐｈレセプターとの間の内皮細胞−細胞相互作用が、動脈と静脈との間の境界を限定しないことを示唆する。さらに、血管に隣接する間充織におけるエフリンＢ２およびＥｐｈＢ２の発現、ならびにｅｐｈＢ２／ｅｐｈＢ３二重変異体における血管欠損は、内皮細胞と周りの間充織細胞との間のエフリン−Ｅｐｈ相互作用についての必要条件を示す。最後に、エフリンＢリガンドは、アンギオポイエチン−１（Ａｎｇ１）および血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）と類似の有効性で、インビトロの毛細管出芽を誘導し、このことは、発達中の血管系の再構成におけるエフリンの刺激性の役割を実証する。
【０６１８】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ１３０２／Ａｇ１４８６）２つの異なるプローブおよびプライマーのセットを用いる２つの実験は、結腸および胸腺における、低いが有意なＣＧ５５７０４−０１遺伝子の発現を示す。この発現は、パネル４．１Ｄの結果と一致する。胸腺および結腸におけるこの転写物の存在は、この遺伝子によってコードされるタンパク質が、これらの組織の発達において役割を果たし得ることを示唆する。従って、このタンパク質産物の機能を調節するための治療剤は、これらの組織内の細胞プロセスを調節するように作用し得る。
【０６１９】
プローブおよびプライマーのセットＡｇ２８７９を用いる第三の実験は、このパネル上の全てのサンプルにおいて、低い／検出不能な発現（ＣＴ＞３５）を示したことに留意のこと。
【０６２０】
（Ｇ．ＣＧ５５７０４−０３：Ａ型エフリンレセプター６前駆体）
遺伝子ＣＧ５５７０４−０３の発現を、以下のプローブ−プライマーセットを使用して評価した：Ａｇ４１５５、Ａｇ７８１、Ａｇ５６８、Ａｇ１４８６、Ａｇ２８７９およびＡｇ１３０２（表１２ＧＡ、１２ＧＢ、１２ＧＣ、１２ＧＤ、１２ＧＥおよび１２ＧＦに示される）。ＲＴＱ−ＰＣＲ試行の結果を、表１２ＧＧ、１２ＧＨ、１２ＧＩ、１２ＧＪ、１２ＧＫ、１２ＧＬ、１２ＧＭおよび１２ＧＮに示す。
【０６２１】
【表１２ＧＡ】
2005508601.tif 000188
【０６２２】
【表１２ＧＢ】
2005508601.tif 000189
【０６２３】
【表１２ＧＣ】
2005508601.tif 000190
【０６２４】
【表１２ＧＤ】
2005508601.tif 000191
【０６２５】
【表１２ＧＥ】
2005508601.tif 000192
【０６２６】
【表１２ＧＦ】
2005508601.tif 000193
2005508601.tif 000194
【０６２７】
【表１２ＧＧ】
2005508601.tif 000195
2005508601.tif 000196
2005508601.tif 000197
【０６２８】
【表１２ＧＨ】
2005508601.tif 000198
2005508601.tif 000199
【０６２９】
【表１２ＧＩ】
2005508601.tif 000200
2005508601.tif 000201
【０６３０】
【表１２ＧＪ】
2005508601.tif 000202
2005508601.tif 000203
【０６３１】
【表１２ＧＫ】
2005508601.tif 000204
2005508601.tif 000205
【０６３２】
【表１２ＧＬ】
2005508601.tif 000206
2005508601.tif 000207
2005508601.tif 000208
【０６３３】
【表１２ＧＭ】
2005508601.tif 000209
2005508601.tif 000210
【０６３４】
【表１２ＧＮ】
2005508601.tif 000211
2005508601.tif 000212
2005508601.tif 000213
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０概要）：Ａｇ７８１／Ａｇ４１５５  このＣＧ５５７０４−０３遺伝子は、推定エフリン（ｅｐｈｒｉｎ）レセプターをコードし、そしてＣＴ値がＡＮＣＯＶＡによって分析される場合、痴呆になっていないコントロールと比較して、ＡＤ側頭皮質において有意な下方制御を示す。この側頭皮質（ブロードマン野２１）は、海馬または嗅内皮質ほど早くはないが、アルツハイマー病において重度の神経変性を示す。従って、この遺伝子は、下方制御がニューロン欠損の結果であるというよりもむしろ、神経変性のプロセスの間に下方制御されるようである。このエフリンレセプターは、軸索ガイダンスおよびシナプスガイダンスに関係している。さらに、アルツハイマー病（特にａｐｏＥ４遺伝子型による遅発性ＡＤ）に罹患する個体は、損なわれた代償的シナプス形成および樹状分枝を示す。従って、この遺伝子は、アルツハイマー病の処置のための優れた低分子標的である。プローブおよびプライマーセットＡｇ２８７９による１つの実験は、ａｍｐプロットがこの実行に実験的な困難さがあることを示したので含まれていないことを注意されたい。
【０６３５】
（参考文献）
Ｌａｉ  ＫＯ、Ｉｐ  ＦＣ、Ｃｈｅｕｎｇ  Ｊ、Ｆｕ  ＡＫ、Ｉｐ  ＮＹ。Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｅｐｈ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ｉｎ  ｓｋｅｌｅｔａｌ  ｍｕｓｃｌｅ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ  ａｔ  ｔｈｅ  ｎｅｕｒｏｍｕｓｃｕｌａｒ  ｊｕｎｃｔｉｏｎ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２００１  Ｊｕｎ；１７（６）１０３４−４７。
【０６３６】
筋肉神経支配の間の運動軸索の誘導におけるエフリンおよびＥｐｈレセプターの関与は、良く立証されているが、より後期の発生段階での筋肉におけるこれらの発現および機能有意性についてはわずかしか知られていない。本発明者らの本研究は、骨格筋におけるＥｐｈレセプターおよびエフリンの発現および局在を研究する。ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ７、およびエフリン−Ａリガンドの顕著な発現が、胚発生の間に筋肉において検出された。さらに重要なことに、ＥｐｈＡ４とＥｐｈＡ７の両方、ならびにエフリン−Ａ２が、成体筋肉の神経筋接合部（ＮＭＪ）に局在した。これらの相対的な豊富さにもかかわらず、これらは、胚性段階の間にシナプスに局在しなかった。ＮＭＪにおけるＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ７、およびエフリン−Ａ２の集中は、出生後段階で観察され、そしてシナプス局在は、より後期の発生段階で顕著となった。さらに、Ｅｐｈレセプターの発現は、ニューレグリン（ｎｅｕｒｅｇｕｌｉｎ）によって神経損傷後に増加された。さらに、本発明者らは、ＥｐｈＡ４の過剰発現が、アクチン結合タンパク質コルタクチン（ｃｏｒｔａｃｔｉｎ）のチロシンリン酸化を導くこと、およびＥｐｈＡ４が、筋肉においてコルタクチンと同時免疫沈降されたことを証明した。これらを考えあわせると、本発明者らの発見は、ＥｐｈＡ４が、アクチン細胞骨格と関連することを示す。アクチン細胞骨格が、ＮＭＪの形成および安定性に重大な意味を持つので、本発明の発見により、Ｅｐｈレセプターが、ＮＭＪの形成および／または維持に新規の役割を有し得るという興味のある可能性が生じた。
【０６３７】
Ａｒｅｎｄｔ  Ｔ、Ｓｃｈｉｎｄｌｅｒ  Ｃ、Ｂｒｕｃｋｎｅｒ  ＭＫ、Ｅｓｃｈｒｉｃｈ  Ｋ、Ｂｉｇｌ  Ｖ、Ｚｅｄｌｉｃｋ  Ｄ、Ｍａｒｃｏｖａ  Ｌ。Ｐｌａｓｔｉｃ  ｎｅｕｒｏｎａｌ  ｒｅｍｏｄｅｌｉｎｇ  ｉｓ  ｉｍｐａｉｒｅｄ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｃａｒｒｙｉｎｇ  ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｐｓｉｌｏｎ  ４  ａｌｌｅｌｅ．Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  １９９７  Ｊａｎ  １５；１７（２）５１６−２９。
【０６３８】
アポリポタンパク質Ｅ（ａｐｏＥ）遺伝子型とアルツハイマー病を発症するリスクとの間の関連は、最近、確立された。アポリポタンパク質合成は、成体神経系の発達プロセスおよびニューロン修復に関連する。本研究において、本発明者らは、アルツハイマー病における神経変性の重症度および形成性樹状リモデリングの程度におけるアポリポタンパク質多型性の影響を研究した。Ｍｅｙｎｅｒｔの基底核、青斑核、大縫線核、内側の扁桃核、脚橋（ｐｅｄｕｎｃｕｌｏｐｏｎｔｉｎｅ）被蓋核、および黒質中のＧｏｌｇｉ−浸透性ニューロンの樹状突起の長さおよび分枝の変化は、３次元の再構築後に分析された。１つまたは２つのａｐｏＥε４対立遺伝子を有する患者は、ａｐｏＥ４対立遺伝子を欠く患者よりも研究された全ての領域においてより重大な変性を示しただけではなく、わずかな形成性樹状突起の変化もまた有意に明らかにした。さらに、ＡｐｏＥε４対立遺伝子コピー数は、樹状分枝のパターンに有意な影響を有する。さらに、樹状成長の強度と神経変性の程度およびａｐｏＥε４対立遺伝子を欠く患者に見られる疾患の段階の両方との間の関係は、１つのε４対立遺伝子の存在下で非常に弱く、そしてε４対立遺伝子に対するホモ接合性である患者において完全に失われていた。この結果は、神経再構築が、ａｐｏＥε４対立遺伝子を保有するアルツハイマー病に罹患する患者において激しく影響されるという直接的な証拠を提供する。このニューロン修復の障害は、さらなる急速な機能代償不全を引き起こし得、それによってこの疾患の早発性およびより急速な進行に寄与する。
【０６３９】
Ｆｅｌｄｈｅｉｍ  ＤＡ、Ｖａｎｄｅｒｈａｅｇｈｅｎ  Ｐ、Ｈａｎｓｅｎ  ＭＪ、Ｆｒｉｓｅｎ  Ｊ、Ｌｕ  Ｑ、Ｂａｒｂａｃｉｄ  Ｍ、Ｆｌａｎａｇａｎ  ＪＧ、Ｔｏｐｏｇｒａｐｈｉｃ  ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｌａｂｅｌｓ  ｉｎ  ａ  ｓｅｎｓｏｒｙ  ｐｒｏｊｅｃｔｉｏｎ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｆｏｒｅｂｒａｉｎ．Ｎｅｕｒｏｎ  １９９８  Ｄｅｃ；２１（６）：１３０３−１３。
【０６４０】
哺乳動物前脳への視覚の連結は、神経活性によってパターン化されることが知られているが、そのようなより高い感覚投射のマップ組織分布が、軸索ガイダンス標識に依存するか否かは未知のままである。ここで、本発明者らは、マウス網膜におけるレセプターＥｐｈＡ５ならびに複数の網膜標的（主要な前脳標的、背側外側膝状核（ｄｏｒｓａｌ  ｌａｔｅｒａｌ  ｇｅｎｉｃｕｌａｔｅ  ｎｕｃｌｅｕｓ）（ｄＬＧＮ）を含む）におけるそのリガンドｅｐｈｒｉｎ−Ａ２およびｅｐｈｒｉｎ−Ａ５の、相補的な発現ならびに結合を示す。これらのリガンドは、哺乳動物網膜軸索に対する組織分布的に特異的な忌避物質としてインビトロで作用し得、インビボでの正常なｄＬＧＮマッピングに必要である。この結果は、脳マッピングのための一般的で経済的なモジュラー機構を示唆し、それによって投射領域は、同じ標識の反復した使用によって複数の標的にマッピングされる。これらはまた、前脳に対する感覚結合のマッピングのための座標系の性質を示す。
【０６４１】
（一般＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４概要）：Ａｇ４１５５  このＣＧ５５７０４−０３遺伝子は、高度な脳優先性なる組織発現プロフィールを示し、胎児脳において最も高い発現（ＣＴ＝２７．３）を示す。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネルＣＮＳ＿神経変性を参照のこと。
【０６４２】
代謝的に関連する組織間で、この遺伝子の発現は、胃、小腸および膵臓において最も高く、甲状腺においてより低いレベル、そして下垂体、胎児心臓および脂肪において非常に低いレベルである。従って、この遺伝子産物を使用して設計される低分子、ペプチドまたは抗体治療法は、この遺伝子を発現する組織における細胞内プロセスの発達または活性の調節に有効であり得る。あるいは、これらの治療法は、これらの神経支配を調節することによってこれらの器官の活性を変化させるのに使用され得る。
【０６４３】
さらに、この遺伝子は、胎児肺における発現（ＣＴ＝３４．８）と比較する場合、成体肺においてより高いレベル（ＣＴ＝３０．９）で発現される。従って、この遺伝子の発現は、成人供給源の肺組織と胎児供給源の肺組織との間を区別するのに使用され得る。
【０６４４】
この遺伝子は、このパネルにおける癌細胞株および正常組織のほとんどにおいて低いレベルで発現する。興味深いことに、膵臓癌細胞株および脳癌細胞株は、この遺伝子を発現しない。従って、この遺伝子の発現の非存在は、膵臓癌および脳癌の診断マーカーとして潜在的に使用され得る。
【０６４５】
（パネル１．１概要）：Ａｇ５６８  このＣＧ５５７０４−０３遺伝子の最も高い発現は、精巣において見られる（ＣＴ＝２３．１）。さらに、この遺伝子は、このパネルにおけるいずれの他のサンプルよりも精巣においてより高いレベルで発現する。従って、この遺伝子の発現は、精巣組織のマーカーとして使用され得る。さらに、この遺伝子産物の発現または機能の治療的調節は、男性不妊の処置において有益であり得る。
【０６４６】
代謝的に関連する組織の間のこの遺伝子の発現は、小腸、胃および膵臓において最も高く、パネル１．４における発現とよく相関する。より低い発現レベルは心臓、下垂体および副腎において見られる。従って、この遺伝子産物を使用して設計される低分子、ペプチドまたは抗体治療法は、この遺伝子を発現する組織における細胞プロセスの発達または活性を調節するのに有効であり得る。あるいは、これらの治療法は、これらの神経支配を調節することによってこれらの器官の活性を変化させるのに使用され得る。
【０６４７】
このパネルはまた、この遺伝子について高度に脳優先的な組織発現特性を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネルＣＮＳ＿神経変性（ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）を参照されたい。
【０６４８】
全体的に、この遺伝子は、このパネル上のほとんどの癌細胞株および正常組織において低いレベルで発現される。興味深いことに、膵臓癌細胞株および脳腫瘍細胞株は、この遺伝子を発現しない。従って、この遺伝子の発現の欠如は、膵臓癌および脳腫瘍の診断マーカーとして使用され得る。
【０６４９】
（パネル１．２の概要）  Ａｇ７８１。このパネルにおけるＣＧ５５７０４−０３遺伝子の最高の発現は、大脳皮質において観察される（ＣＴ＝２８．８）。このパネルは、この遺伝子について高度に脳優先的な組織発現特性を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネルＣＮＳ＿神経変性を参照されたい。
【０６５０】
代謝関連組織の中で、この遺伝子の発現は、膵臓、小腸および胃において中程度のレベルで観察される。これは、パネル１．４およびパネル１．１における発現と一致する。従って、この遺伝子産物を使用して設計された低分子、ペプチドまたは抗体の治療剤は、この遺伝子を発現する組織において細胞性プロセスの発生または活性を調節することにおいて有効であり得る。あるいは、この治療剤は、これらの神経支配を変更することによってこれらの器官の活性を変更するために使用され得る。
【０６５１】
全体的に、この遺伝子は、このパネル上のほとんどの癌細胞株および正常組織において低いレベルで発現される。興味深いことに、膵臓癌細胞株および脳腫瘍細胞株は、この遺伝子を発現しない。従って、この遺伝子の発現の欠如は、膵臓癌および脳腫瘍についての診断マーカーとして使用され得る。
【０６５２】
（パネル１．３Ｄの概要）  Ａｇ２８７９。ＣＧ５５７０４−０３遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データを示さず。）ａｍｐプロットがプローブおよびプライマーのセットＡｇ１４８６での第二の実験での実験的困難の存在を示唆するので、この実行は、含まれない。
【０６５３】
（パネル２．２の概要）  Ａｇ１４８６。この遺伝子は、このパネルにおいて低いが有意なレベルで発現され、正常結腸組織サンプルにおいて観察される最高の発現を伴う（ＣＴ＝３２．８５）。正常な前立腺、胃、子宮および卵巣のサンプルの単一の代表はまた、隣接する癌組織と比較して高い発現を示す。従って、この遺伝子の発現は、これらの器官において正常組織を癌性組織から同定するためのマーカーとして使用され得る。
【０６５４】
（パネル２Ｄの概要）  Ａｇ２８７９。ＣＧ５５７０４−０３遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データを示さず）。
【０６５５】
（パネル４．１Ｄの概要）  Ａｇ４１５５。同一のプローブおよびプライマーのセットを用いる２つの実験において、ＣＧ５５７０４−０３転写物は、ＴＮＦ−ａおよびＩＬ−４で処理した肺微小血管および結腸において低いが有意なレベルで発現される。この転写物は、エフリン（ｅｐｈｒｉｎ）型レセプターホモログをコードし、これは、インテグリン活性において役割を果たし得るタンパク質のファミリーに属する。このファミリーのいくつかのメンバーは、脈管の発生において記載されてきた。抗体または低分子の適用を介するこのタンパク質産物の発現または活性の調節は、脈管形態発生、新脈管形成、白血球の管外遊出、および化学走性の制御において重要であり得る。従って、この遺伝子産物は、癌の処置において有益であり得る。さらに、この遺伝子によってコードされるタンパク質はまた、炎症性肺疾患（例えば、喘息、肺気腫または気管支炎）を処置するために、肺への白血球の移動および蓄積の防止に有用であり得る。
【０６５６】
結腸におけるこの転写物の存在は、この遺伝子によってコードされるタンパク質がまた、結腸の発生において役割を果たし得ることを示唆する。このタンパク質の機能の調節を目的とする治療剤は、これらの組織内の細胞性プロセスを調節することで作用し得る。
【０６５７】
ａｍｐプロットが同一のプローブおよびプライマーを用いる第三の実行（Ｒｕｎ１７３３３３２０１）での実験的困難の存在を示唆するので、この実行は、含まれないことに注意されたい。
【０６５８】
（参考文献）
Ｇｕ  Ｃ，Ｐａｒｋ  Ｓ．Ｔｈｅ  ＥｐｈＡ８  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ｉｎｔｅｇｒｉｎ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ｐ１１０ｇａｍｍａ  ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ−３  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎ  ａ  ｔｙｒｏｓｉｎｅ  ｋｉｎａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｍａｎｎｅｒ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ２００１  Ｊｕｌ；２１（１４）：４５７９−９７。
【０６５９】
最近の遺伝子研究は、エフリンが、キナーゼ非依存性Ｅｐｈレセプター経路において機能し得ることを示唆する。ここで、本発明者らは、ＮＩＨ３Ｔ３細胞またはＨＥＫ２９３細胞のいずれかにおけるＥｐｈＡ８の発現が、α（５）β（１）−インテグリンまたはβ（３）−インテグリンを介してフィブロネクチンへの細胞接着を増強したことを報告する。興味深いことに、キナーゼ不活性ＥｐｈＡ８変異体はまた、これらの細胞株においてフィブロネクチンへの細胞接着を顕著に促進した。ＥｐｈＡ８の点変異のパネルを使用して、本発明者らは、ＥｐｈＡ８キナーゼ活性が、フィブロネクチンへの細胞接着を促進するその能力と相関しないことを示してきた。ＥｐｈＡ８の細胞外および細胞内のドメイン変異体を使用する分析は、増強された細胞接着が、細胞外ドメインおよびレセプターの細胞質ドメインの膜近傍セグメントに結合するエフリンＡに依存することを明らかにしてきた。ＥｐｈＡ８促進性接着は、ウォルトマンニン（ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（ＰＩ３−キナーゼ）インヒビター）によって効率的に阻害された。さらに、本発明者らは、ＥｐｈＡ８が、ＰＩ−３キナーゼ活性に関連し、そしてＰＩ３−キナーゼのｐ１１０γイソ型が、ＥｐｈＡ８と結合することを見出した。インビトロでの結合実験は、ＥｐｈＡ８の膜近傍セグメントが、ｐ１１０γとの安定な複合体の形成のために十分であることを明らかにした。同様な結果は、プレクラスター化エフリンＡ５−Ｆｃタンパク質を用いる処置によって内因性エフリンＡリガンドを除去（ｓｔｒｉｐ）された細胞を使用するアッセイにおいて得られた。さらに、膜標的化脂質キナーゼ不活性ｐ１１０γ変異体は、ＥｐｈＡ８と安定に結合し、そしてフィブロネクチンへのＥｐｈＡ８促進性細胞接着を抑制することを示した。まとめると、これらの結果は、ＥｐｈＡ８レセプターが、チロシンキナーゼ非依存性様式において形質膜へｐ１１０γＰＩ３−キナーゼを局在化させる新規な機構の存在を示唆し、これによって、インテグリン媒介性細胞接着のために必要なシグナルを可能にする脂質基質の接近を可能にする。
【０６６０】
Ａｄａｍｓ  ＲＨ，Ｋｌｅｉｎ  Ｒ．Ｅｐｈ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ａｎｄ  ｅｐｈｒｉｎ  ｌｉｇａｎｄｓ．ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  ｍｅｄｉａｔｏｒｓ  ｏｆ  ｖａｓｃｕｌａｒ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ  Ｍｅｄ  ２０００  Ｊｕｌ；１０（５）：１８３−８。
【０６６１】
脈管発生を支配する分子機構および細胞性機構は、なお不十分に理解されるままである。脈管ネットワークの初期の樹立（脈管形成と命名される）および引き続く再構築過程（新脈管形成と命名される）を制御する細胞間シグナルの中で重要なのは、レセプターチロシンキナーゼ（ＲＴＫ）を介してシグナル伝達する可溶性リガンドである。最近の報告は、脈管発生における重要物質のリストに細胞結合性エフリンリガンドおよびそれらの同族のＥｐｈ  ＲＴＫを追加してきた：Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２００１  Ａｐｒ  ２７；２７６（１７）：１３７７１−７  Ｒｅｌａｔｅｄ  Ａｒｔｉｃｌｅｓ，Ｂｏｏｋｓ，ＬｉｎｋＯｕｔ。
【０６６２】
Ａｄａｍｓ  ＲＨ，Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ  ＧＡ，Ｗｅｉｓｓ  Ｃ，Ｄｉｅｌｌａ  Ｆ，Ｇａｌｅ  ＮＷ，Ｄｅｕｔｓｃｈ  Ｕ，Ｒｉｓａｕ  Ｗ，Ｋｌｅｉｎ  Ｒ．Ｒｏｌｅｓ  ｏｆ  ｅｐｈｒｉｎＢ  ｌｉｇａｎｄｓ  ａｎｄ  ＥｐｈＢ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ｉｎ  ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ：ｄｅｍａｒｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｒｔｅｒｉａｌ／ｖｅｎｏｕｓ  ｄｏｍａｉｎｓ，Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ  １９９９  Ｆｅｂ  １；１３（３）：２９５−３０６。
【０６６３】
Ｅｐｈレセプターチロシンキナーゼおよびそれらの細胞表面結合リガンド（エフリン）は、軸索誘導および発生中の脳における束化（ｂｕｎｄｌｉｎｇ）を調節し、細胞移動および接着を制御し、そして胚のパターン化に役立つ。ここで、本発明者らは、２つのエフリンＢリガンドおよび３つのＥｐｈＢレセプターが、脈管ネットワーク内で発現され、そして脈管ネットワークの形成を調節することを報告する。胚性脈管系の再構築における欠損のために、エフリンＢ２を欠如するマウスならびにＥｐｈＢ２およびＥｐｈＢ３のレセプターシグナル伝達が欠乏した二重変異体の割合（ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ）は、胚性１１．５日（Ｅ１１．５）前に子宮内で死亡する。本発明者らの表現型分析は、胚性脈管構造におけるＥｐｈレセプターおよびエフリンの複雑な相互作用および複数の機能を示唆する。動脈上のエフリンＢ２と静脈上のそのＥｐｈＢレセプターとの間の相互作用は、動脈のドメインと静脈のドメインとの間の境界を規定する際の役割を示唆する。動脈および静脈の内皮細胞によるエフリンＢ１の発現ならびに静脈およびある動脈によるＥｐｈＢ３は、エフリンおよびＥｐｈレセプターとの間の内皮細胞−細胞相互作用が、動脈と静脈との間の境界に限定されないことを示す。さらに、脈管に隣接する間葉におけるエフリンＢ２およびＥｐｈＢ２の発現ならびにｅｐｈＢ２／ｅｐｈＢ３二重変異体における脈管性欠損は、内皮細胞と周囲の間葉細胞との間のエフリンＥｐｈシグナル伝達についての必要性を示す。最終的に、エフリンＢリガンドは、アンギオポイエチン−１（Ａｎｇ１）および脈管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）と同様な効率でインビトロで毛細血管の発芽（ｓｐｒｏｕｔ）を誘導し、発生中の脈管系の再構築におけるエフリンの刺激性の役割を示す。
【０６６４】
（パネル４Ｄの概要）  Ａｇ１３０２／Ａｇ１４８６。２つの異なるプローブおよびプライマーのセットを用いる２つの実験は、結腸および胸腺において、ＣＧ５５７０４−０３遺伝子の低いが有意な発現を示す。この発現は、パネル４．１Ｄからの結果と一致する。胸腺および結腸におけるこの転写物の存在は、この遺伝子によってコードされるタンパク質が、これらの組織の発生において役割を果たし得ることを示唆する。従って、このタンパク質産物の機能の調節を目的とする治療剤は、これらの組織内の細胞性プロセスを調節することで作用し得る。
【０６６５】
プローブおよびプライマーのセットＡｇ２８７９を用いる第三の実験は、このパネル上の全てのサンプルにおいて低い／検出不能な発現を示したことに注意されたい（ＣＴ＞３５）。（データを示さず）。
【０６６６】
（パネル＿ＣＮＳ＿１の概要）  Ａｇ７８１。このパネルは、高度に脳優先的な組織発現特性を確認する。中枢神経系におけるＣＧ５５７０４−０３遺伝子の有用性の議論については、パネルＣＮＳ＿神経変性を参照のこと。
【０６６７】
（Ｈ．ＣＧ９５５４５−０１／ＣＧ９５５４５−０１およびＣＧ９５５４５−０２：タイプＩＡ膜ｓｕｓｈｉ−含有ドメインタンパク質）
遺伝子ＣＧ９５５４５−０１および改変体ＣＧ９５５４５−０２の発現は、表１２ＨＡ、１２ＨＢおよび１２ＨＣに記載される、プライマー−プローブセットＡｇ４０００、Ａｇ１９２３およびＡｇ７２９を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果は、表１２ＨＤ、１２ＨＥ、１２ＨＦ、１２ＨＧ、１２ＨＨおよび１２ＨＩに示される。
【０６６８】
【表１２ＨＡ】
2005508601.tif 000214
【０６６９】
【表１２ＨＢ】
2005508601.tif 000215
【０６７０】
【表１２ＨＣ】
2005508601.tif 000216
【０６７１】
【表１２ＨＤ】
2005508601.tif 000217
【０６７２】
【表１２ＨＥ】
2005508601.tif 000218
2005508601.tif 000219
2005508601.tif 000220
【０６７３】
【表１２ＨＦ】
2005508601.tif 000221
2005508601.tif 000222
【０６７４】
【表１２ＨＧ】
2005508601.tif 000223
2005508601.tif 000224
【０６７５】
【表１２ＨＨ】
2005508601.tif 000225
2005508601.tif 000226
2005508601.tif 000227
【０６７６】
【表１２ＨＩ】
2005508601.tif 000228
2005508601.tif 000229
（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０の概要：Ａｇ４０００）
ＣＧ９５５４５−０１遺伝子は、新規の膜レセプターをコードし、ＣＴ値をＡＮＣＯＶＡによって分析する場合、非痴呆のコントロールと比較して、ＡＤの側頭皮質において有意なダウンレギュレーションを示す。海馬または嗅内皮質ほど早期からではないが、側頭皮質（ブロードマン野２１）は、アルツハイマー病において重篤な神経変性を示す。従って、この遺伝子は、このダウンレギュレーションがニューロン損失の結果というよりは、神経変性プロセスの間ダウンレギュレートされるようである。脳におけるレベルはまた、パネル１．２およびＧｅｎｅｒａｌ＿Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿１．４によって決定した場合、中程度から高度である。従って、この遺伝子は、アルツハイマー病の処置のための優れた低分子標的である。
【０６７７】
（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４の概要：Ａｇ１９２３）
ＣＧ９５５４５−０１遺伝子は、本パネルにおいて使用される癌細胞株ならびに正常組織において遍在的に発現される。最高レベルの発現は、結腸癌ＣａＣｏ−２細胞株においてである（ＣＴ＝２７．３）。この広範な発現は、この遺伝子によってコードされるタンパク質が、細胞増殖および生存に潜在的に有用であることを示唆する。
【０６７８】
このパネルはさらに、ＣＮＳにおけるこの遺伝子の発現を確証する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察についてのパネルＣＮＳ＿Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎを参照のこと。
【０６７９】
代謝組織の中で、この遺伝子の最高の発現は、胎盤および膵臓においてである。より低レベルの発現は、副腎、脂肪、下垂体、甲状腺、小腸、胃、胎児の骨格筋、胎児の肝臓、胎児の腎臓、胎児の心臓、心臓、骨格筋、肝臓および腎臓において見られる。従って、この遺伝子産物を使用するペプチド治療および抗体治療はまた、これらの組織での発達および／または生理学的な活性を調節するために使用され得る。
【０６８０】
さらに、成体の肝臓および肺（ＣＴ＝３２〜３３）における発現と比較した場合に胎児の肝臓および肺（ＣＴ＝２８〜２９）における、より高レベルの発現は、この遺伝子の発現が、これらの組織の成体の供給源と胎児の供給源との間の識別のために使用され得ることを示唆する。加えて、胎児組織における高レベルの発現は、この遺伝子によってコードされるタンパク質が、腎臓および肺の発達に関与し得、従って、成体における、よりこれらの器官の疾患の処置に有用であり得ることを示唆する。
【０６８１】
（パネル１．２の概要：Ａｇ７２９）
ＣＧ９５５４５−０１遺伝子は、このパネルにおいて使用される癌細胞株ならびに正常組織において遍在的に発現される。最高レベルの発現は、ＣａＣｏ−２細胞株においてである（ＣＴ＝２４）。これらの観察の両方は、Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４の結果と見事に一致する。この発現プロフィールは、この遺伝子の発現が、細胞増殖および細胞生存のために潜在的に有用であることを示唆する。
【０６８２】
代謝的に関連する組織の中で、最高の発現は、胎盤において見られ、次いで、腎臓、胎児の腎臓、下垂体、膵臓、小腸、胃および甲状腺である。ＣＴ値に基づく比較的高レベルの発現はまた、心臓、骨格筋、肝臓および胎児の肝臓において見られる。従って、この遺伝子産物を使用するペプチド治療および抗体治療はまた、これらの組織における発達および／または生理学的な活性を調節するために使用され得る。
【０６８３】
このパネルはまた、ＣＮＳにおけるこの遺伝子の発現を、確証する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察について、パネルＣＮＳ＿Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎを参照のこと。
【０６８４】
（パネル２．２の概要：Ａｇ１９２３）
ＣＧ９５５４５−０１遺伝子は、このパネルの全ての正常サンプルおよび腫瘍サンプルにおいて低レベルで発現される。最高レベルの発現は、正常部隣接腎臓（ｎｏｒｍａｌ  ａｄｊａｃｅｎｔ  ｋｉｄｎｅｙ）のサンプル（ＣＴ＝２９．６）において見られる。胃癌において明瞭な相違が見られ、ここで正常な組織は、胃の腫瘍よりもわずかに高いレベルでこの遺伝子を発現する。従って、この遺伝子の発現は、胃の腫瘍についてのマーカーとして潜在的に使用され得る。
【０６８５】
（パネル４．１Ｄの概要：Ａｇ４０００）
ＣＧ９５５４５−０１転写物の最高の発現は、ＰＭＡおよびイオノマイシンによる処理の後のＫｕ−８１２において見出される（ＣＴ＝２７．４）。ＰＭＡおよびイオノマイシンによる処理は、多様なアトピー性疾患の総体的症状の原因であるヒスタミンおよびプロテアーゼのような媒介物の放出を刺激する条件である。この転写物はまた、免疫応答に関与する広範な細胞（単球細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞およびＮＫ細胞）ならびに炎症プロセスに関与する広範な細胞（皮膚線維芽細胞および肺線維芽細胞）において発現される。従って、抗体治療またはペプチド治療の適用を介する、この転写物にコードされるタンパク質の発現または活性の調節は、喘息のような肺の炎症性疾患の処置、および慢性の閉塞性肺疾患、乾癬のような炎症性皮膚疾患、アトピー性皮膚炎、潰瘍性皮膚炎、潰瘍性大腸炎、ならびにクローン病、エリテマトーデス、慢性関節リウマチおよび変形性関節症のような自己免疫疾患に有用であり得る。
【０６８６】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ４０００）
ＣＧ９５５４５−０１転写物の発現は、このパネル上のサンプル中に遍在する。免疫／炎症応答におけるこの遺伝子の有用性の考察についてのパネル４．１Ｄを参照のこと。
【０６８７】
（Ｉ．ＣＧ５５７４６−０１およびＣＧ５５７４６＿０５：ブチロフィリン（Ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ）様タンパク質）
遺伝子ＣＧ５５７４６−０１および改変体ＣＧ５５７４６＿０５の発現を、表１２ＩＡに記載したプライマープローブセットＡｇ２３６１を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ操作の結果を、表１２ＩＢ、１２ＩＣ、１２ＩＤに示す。
【０６８８】
【表１２ＩＡ】
2005508601.tif 000230
【０６８９】
【表１２ＩＢ】
2005508601.tif 000231
2005508601.tif 000232
【０６９０】
【表１２ＩＣ】
2005508601.tif 000233
2005508601.tif 000234
2005508601.tif 000235
【０６９１】
【表１２ＩＤ】
2005508601.tif 000236
2005508601.tif 000237
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２３６１）
ＣＧ５５７４６−０１遺伝子は、脳、胸および腎臓の癌細胞株において正常組織と比較して、中程度に高レベルで発現され、最高の発現（ＣＴ＝２８．５）は脳癌細胞株においてであった。それ故、この遺伝子の発現は、これらの細胞株の誘導において使用された、脳の癌、腎臓癌および乳癌の異なる程度（ｇｒａｄｅ）／型（ｔｙｐｅ）のマーカーとして有用であり得る。さらに、低分子薬物の使用を介したこの遺伝子の産物の活性の治療上の阻害は、脳腫瘍、腎臓癌および乳癌の治療において有用であり得る。
【０６９２】
代謝組織の中で、このブチロフィリン様遺伝子の発現は、胎盤で最も高く、胎児の骨格筋、脂肪、胃、小腸、副腎、甲状腺、心臓、肝臓および胎児の肝臓においてこれより低いレベルである。この分子は、免疫系とこれらの組織との相互作用に関与し得、そしてペプチド治療および抗体治療によるこの遺伝子産物の調節は、これらの組織において生じる障害を軽減し得る。
【０６９３】
ブチロフィリンホモログであるこの遺伝子は、ＣＮＳにおいて中程度から低い程度の発現を示す。ブチロフィリンは、多発性硬化症において免疫応答を調節することが示されており、この疾患または免疫系が誘導するミエリン損傷に関連する他の疾患の処置において、このタンパク質が、有用であり得ることを示唆する。
【０６９４】
（参考文献）
Ｓｔｅｆｆｅｒｌ  Ａ，Ｓｃｈｕｂａｒｔ  Ａ，Ｓｔｏｒｃｈ２  Ｍ，Ａｍｉｎｉ  Ａ，Ｍａｔｈｅｒ  Ｉ，Ｌａｓｓｍａｎｎ  Ｈ，Ｌｉｎｉｎｇｔｏｎ  Ｃ．  Ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ，ａ  ｍｉｌｋ  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｍｏｄｕｌａｔｅｓ  ｔｈｅ  ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｇｅｎｉｃ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｍｙｅｌｉｎ  ｏｌｉｇｏｄｅｎｄｒｏｃｙｔｅ  ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｎ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ  ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０００  Ｓｅｐ  １；１６５（５）：２８５９−６５。
【０６９５】
ミエリン稀突起膠細胞糖タンパク質（ＭＯＧ）を伴う感作により誘導される実験的な自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）は、多発性硬化症の炎症性脱髄性経路を再生するＴ細胞依存性自己免疫疾患である。本発明者らは、ＭＯＧに対する脳炎誘発性のＴ細胞応答が、免疫学的交差反応性あるいは乳タンパク質ブチロフィリン（ＢＴＮ）の細胞外ＩｇＶ様ドメインを用いた「分子模倣」の結果として誘導され得るかあるいは抑制され得ることを報告する。黒色アグーチラット（Ｄａｒｋ  Ａｇｏｕｔｉ  ｒａｔ）においては、ネイティブＢＴＮを用いた能動免疫は、ＣＮＳにおける炎症性の応答を誘発し、散在性の髄膜の形成ならびにＴ細胞およびマクロファ−ジの血管周囲浸潤物によって特徴付けられる。本発明者らは、この病理状態が、ＭＨＣクラスＩＩ拘束型Ｔ。細胞応答（これは、ＭＯＧペプチド配列７６〜８７、Ｉ  ＧＥＧ  ＫＶＡ  ＬＲＩＱ  Ｎ（同一部を下線で示す）と交差反応する）によって媒介されることを実証する。逆に、ＢＴＮを用いる分子模倣は、ＭＯＧ誘導型ＥＡＥにおいて疾患活性を抑制するために利用され得る。本発明者らは、ＭＯＧ７４〜９０  Ｔ細胞株の養子移入（ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｔｒａｎｓｆｅｒ）によって媒介されるＥＡＥが、相同的ＢＴＮペプチド（ＢＴＮ７４〜９０）の静脈内処置により顕著に改善されるだけではなく、この保護効果がまた、このペプチドの経粘膜（ｔｒａｎｓｍｕｃｏｓａｌ）（鼻腔内）投与後に活発に誘導された疾患においても見られることを実証する。これらの結果は、乳製品の消費がＭＯＧに対する病原性の自己免疫応答を調節し得る機構を同定する。
【０６９６】
（パネル２Ｄ  概要：Ａｇ２３６１）
ＣＧ５５７４６−０１遺伝子は、このパネルの全ての組織において遍在的に発現され（ＣＴ＝２８．４）、最高の発現は腫瘍に隣接する正常肺組織においてである。肺に転移した黒色腫と比較して、正常肺組織においては、有意により高い発現が見られる。従って、この発現は、正常肺組織と転移性黒色腫との間の識別のために使用され得る。
【０６９７】
（パネル４Ｄ  概要：Ａｇ２３６１）
ＣＧ５５７４６−０１転写物は、このパネルの全ての細胞型において、中程度のレベルで遍在的に発現され、この転写物の最高の発現は、ＩＦＮｇ処置によって肺線維芽細胞においてみられる（ＣＴ＝２６．８）。高レベルの発現はまた、ＴＮＦ−ａで処置された皮膚の線維芽細胞、ＴＮＦ−ａおよびＩＦＮｇで処置されたＨＵＶＥＣならびにＴＮＦ−ａおよびＩＬ−１ｂで処置された小気道上皮においても見られる。これらの全ての細胞型において、この転写物の発現は、構成的ではあるが、強力な炎症性のサイトカインであるＴＮＦ−ａおよびＩＦＮｇでの処置により劇的にアップレギュレートされ、このことは、この転写物によってコードされるタンパク質の、これらの細胞型における炎症の間の役割を示唆する。従って、抗体治療または低分子治療によるこの遺伝子産物の調節は、喘息、慢性の閉塞性肺疾患および乾癬において観察される炎症プロセスに関連する症状の処置のために有益であり得る。
【０６９８】
（Ｊ．ＣＧ５０３２９−０１：ブチロフィリン様タンパク質）
遺伝子ＣＧ５０２９−０１の発現を、表１２ＪＡおよび１２ＪＢに記載したプライマー−プローブセットＡｇ２５６３およびＡｇ２５６３ｂを使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ操作の結果を、表１２ＪＣおよび１２ＪＤに示す。
【０６９９】
【表１２ＪＡ】
2005508601.tif 000238
【０７００】
【表１２ＪＢ】
2005508601.tif 000239
【０７０１】
【表１２ＪＣ】
2005508601.tif 000240
2005508601.tif 000241
【０７０２】
【表１２ＪＤ】
2005508601.tif 000242
2005508601.tif 000243
（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０の概要：Ａｇ２５６３）ＣＧ５０３２９−０１遺伝子の発現を、このパネル上の全てのサンプル中で、有意ではない／検出不能である（データ示さず）。
【０７０３】
（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４の概要：Ａｇ２５６３ｂ）ＣＧ５０３２９−０１遺伝子の最も高い発現は、胎児肝臓において見られる（ＣＴ＝２８．１）。従って、この遺伝子は、肝臓の発生に関与し得、そして胎児および成体の肝臓を分化させるために使用され得る。さらに、ペプチドまたは抗体の治療剤は、この遺伝子産物が、肝臓の発生または機能に影響を与える能力を調節するために使用され得る。
【０７０４】
この遺伝子は、このパネル上の癌細胞株および正常組織のほとんどにおいて低レベルで発現される。肺および卵巣の癌細胞株は、正常な肺および卵巣の組織よりも高いレベルでこの遺伝子を発現する。従って、この遺伝子の発現は、これらの細胞株の誘導のために使用された肺癌および卵巣癌についての診断マーカーとして使用され得る。
【０７０５】
この遺伝子は、脊髄で低く発現される新規ブチロフィリン（ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ）様タンパク質をコードする。ブチロフィリンは、多発性硬化症において免疫応答を調節することが示されており、このタンパク質が、この疾患または免疫系誘導性のミエリン損傷に関連する他の疾患の処置において有用であり得ることを示唆する。
【０７０６】
（参考文献）
Ｓｔｅｆｆｅｒｌ  Ａ、Ｓｃｈｕｂａｒｔ  Ａ、Ｓｔｏｒｃｈ２  Ｍ、Ａｍｉｎｉ  Ａ、Ｍａｔｈｅｒ  Ｉ、Ｌａｓｓｍａｎｎ  Ｈ、Ｌｉｎｉｎｇｔｏｎ  Ｃ、Ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ、乳汁タンパク質、実験的自己免疫脳脊髄炎におけるミエリン稀突起神経膠細胞糖タンパク質に対する脳炎誘発性Ｔ細胞応答を調節する。Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０００年９月１日；１６５（５）：２８５９−６５。
【０７０７】
ミエリン稀突起神経膠細胞糖タンパク質（ＭＯＧ）を用いる感作によって誘導される実験的自己免疫脳脊髄炎（ＥＡＥ）は、Ｔ細胞依存性の自己免疫疾患であり、多発性硬化症の炎症性脱髄病理を再現する。本発明者らは、ＭＯＧに対する脳炎誘発性Ｔ細胞応答が、免疫学的交差反応性、または乳汁タンパク質ブチロフィリン（ＢＴＮ）の細胞外ＩｇＶ様ドメインを用いる「分子模倣」の結果として誘導されるか、あるいは抑制されるかのいずれかであり得ることを報告する。Ｄａｒｋ  Ａｇｏｕｔｉラットにおいて、ネイティブのＢＴＮを用いる能動免疫は、Ｔ細胞およびマクロファージの散乱した髄膜の形成および血管周囲の浸潤によって特徴付けられるＣＮＳにおける炎症応答を誘発する。本発明者らは、この病理が、ＭＯＧペプチド配列７６〜８７（ＩＧＥＧＫＶＡＬＲＩＱＮ（下線で示される））と交差反応する、ＭＨＣクラスＩＩ制限Ｔ細胞応答によって媒介されることを実証する。逆に、ＢＴＮを用いる分子模倣は、ＭＯＧ誘導性のＥＡＥにおける疾患活性を抑制するために開発され得る。本発明者らは、ＭＯＧ７４〜９０  Ｔ細胞株の養子移入によって媒介されるＥＡＥが、相同ＢＴＮペプチド（ＢＴＮ７４〜９０）での静脈内処置によって顕著に緩和されるだけでなく、この防御効果が、このペプチドの経粘膜（鼻腔内）投与後に、能動的に誘導された疾患においても見られることを実証する。これらの結果は、乳汁産物の消費がＭＯＧに対する病原性自己免疫応答を調節し得る機構を同定する。
【０７０８】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２５６３）ゲノムＤＮＡコントロールと共にこのプローブおよびプライマーセットを用いた１回の実験は、失敗した（データ示さず）。
【０７０９】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２５６３  Ａｇ２５６３）ＣＧ５０３２９−０１遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルで、低い／検出不能である（ＣＴ＞３５）（データ示さず）。
【０７１０】
（パネル４．１Ｄの概要：Ａｇ２５６３ｂ）ＣＧ５０３２９−０１転写物の最も高い発現は、腎臓、胸腺および肺において見出される。従って、この転写物によってコードされるタンパク質は、これらの組織の正常なホメオスタシスにおいて重要な役割を果たす。この遺伝子はまた、ＫＵ−８１２（好塩基球細胞株）においても発現される。この細胞型は、アトピー性疾患（例えば、喘息）、接触性皮膚炎および他の炎症性疾患（例えば、炎症性腸疾患）に関与する。従って、この転写物によってコードされるタンパク質を用いて設計された抗体または低分子の治療剤は、炎症の間の胸腺および肺に対する正常な機能を維持または保存するために、そして特に、喘息、炎症性腸疾患およびアレルギーの処置のために重要であり得る。
【０７１１】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ２５６３）ゲノムＤＮＡコントロールと共にこのプローブおよびプライマーセットを用いた２回の実験は、失敗した（データ示さず）。
【０７１２】
（実施例３．ＮＯＶＸクローンのＳＮＰ分析）
ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇＴＭ技術：ｃＤＮＡを、異なるドナーに由来する複数の組織型、正常および疾患状態、生理学的状態、ならびに発生状態を示す種々のヒトサンプルから導いた。サンプルを、組織全体、細胞株、初代細胞、または組織培養した初代細胞および細胞株として得た。細胞および細胞株を、遺伝子発現を調節する生物学的または化学的な試薬（例えば、成長因子、ケモカイン、ステロイド）で処理していてもよい。次いで、このように誘導したｃＤＮＡを、ＣｕｒａＧｅｎに所有権のあるＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ技術を使用して配列決定した。配列トレースを手作業によって評価し、そして適切である場合には修正を施した。全てのサンプルに由来するｃＤＮＡ配列を、それ自体および公のＥＳＴを用いて、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリのＣｕｒａＧｅｎのヒトＳｅｑＣａｌｌｉｎｇデータベースを作成するためのバイオインフォーマティックプログラムを使用してまとめた。それぞれの集合は、１つ以上のヒトのサンプルに由来する１つ以上の重複しているｃＤＮＡ配列を含む。集合の別の成分との同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合には、集合の構成要素としてフラグメントおよびＥＳＴを含んだ。それぞれの集合は、遺伝子、ならびに／あるいはスプライシング形態および／または一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のような改変体、およびそれらの組合せを示し得る。
【０７１３】
改変体配列が、本出願に含まれる。改変体配列は、一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含み得る。ＳＮＰは、いくつかの例においては、ＳＮＰを含有しているヌクレオチド配列がｃＤＮＡに起源することを示すために、「ｃＳＮＰ」と呼ばれる。ＳＮＰは、いくつかの様式で生じ得る。例えば、ＳＮＰは、多型部位でのあるヌクレオチドの別のヌクレオチドへの置換に起因し得る。このような置換は、トランジションまたはトランスバージョンのいずれかであり得る。ＳＮＰはまた、参照対立遺伝子と比較して、ヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入によっても生じ得る。この場合には、多型の部位は、１つの対立遺伝子が、別の対立遺伝子中の特定のヌクレオチドに関してギャップを保有している部位である。遺伝子中に存在しているＳＮＰは、ＳＮＰの位置で遺伝子によってコードされるアミノ酸の変化を生じ得る。しかし、ＳＮＰを含むコドンが遺伝子コードの縮重の結果として同じアミノ酸をコードする場合には、遺伝子内ＳＮＰはまた、サイレントでもあり得る。遺伝子の領域の外側に存在しているＳＮＰ、または遺伝子内のイントロンに存在しているＳＮＰは、タンパク質のアミノ酸配列には全く変化を生じないが、発現パターンの調節の変更（例えば、一過性発現、生理学的応答の調節、細胞型による発現調節、発現の強度、転写されたメッセージの安定性における変更）を生じ得る。
【０７１４】
新規のＳＮＰの同定方法：ＳＮＰは、ＣｕｒａＧｅｎに所有権があるＳＮＰＴｏｏｌアルゴリズムを使用して配列の集合を分析することによって同定される。ＳＮＰＴｏｏｌは、以下の基準で集合の中の変化を同定する：ＳＮＰは、アラインメントの両方の末端上の１０塩基対は分析しない；ウィンドウの大きさ（視野（ビュー）（ｖｉｅｗ）の中の塩基数）は１０である；ウィンドウ内の許容されるミスマッチの数は２である；最少のＳＮＰ塩基品質（ＰＨＲＥＤスコア）は２３である；ＳＮＰをスコアするための変化の最少の数は２／（集合の位置）である。ＳＮＰＴｏｏｌは、集合を分析し、そしてＳＮＰの位置、集合中の関連する個々の改変体配列の部位、その所定の位置での集合の深さ、推定される集合の対立遺伝子の頻度、およびＳＮＰ配列のバリエーションを示す。次いで、配列トレースが選択され、そして手作業による確認のためにビュー内に入れられる。コンセンサス集合配列は、ＳＮＰの配列のバリエーションによって生じる可能性のあるアミノ酸変化を同定するために、改変体配列の変化とともにＣｕｒａＴｏｏｌにインポートされる。次いで、広範囲のＳＮＰデータ分析が、ＳＮＰＣａｌｌｉｎｇデータベースに送られる。
【０７１５】
新規のＳＮＰの確認方法：ＳＮＰを、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，Ｗｅｓｔｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）として公知の検証方法を使用して確認した。Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇのための詳細なプロトコルは、Ａｌｄｅｒｂｏｒｎら、Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ｂｙ  Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  Ｐｙｒｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（２０００）．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．１０、８月８日発行、１２４９−１２６５に見出され得る。簡潔には、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇは、遺伝子型分類の実時間プライマーエクステンションプロセスである。このプロトコルは、ゲノムＤＮＡサンプルに由来する二本鎖のビオチン化ＰＣＲ産物を使用し、そしてそれらをストレプトアビジンビーズに結合させる。次いで、これらのビーズは、一本鎖のＤＮＡを生じるように変性させられる。ＳＮＰは、ＤＮＡ鎖の伸長の際にそれぞれのｄＮＴＰから放出されるピロリン酸（ＰＰｉ）の間接的な生体照度アッセイ（ｂｉｏｌｕｍｉｎｏｍｅｔｒｉｃ  ａｓｓａｙ）に基づく技術を利用して特徴付けられる。Ｋｌｅｎｏｗポリメラーゼによって媒介される塩基の取り込み後、ＰＰｉは放出され、そしてＡＴＰスルフリラーゼ（これは、ＡＴＰの形成を生じる）についての基質として、アデノシン５’−ホスホスルフェート（ＡＰＳ）とともに使用される。続いて、ＡＴＰは、ルシフェラーゼの作用によって、ルシフェリンのそのオキシ誘導体への転換を達成する。その後の発光は、約４個の塩基までは付加された塩基の数に比例する。この方法のプロセッシビティーを可能にするために、過剰のｄＮＴＰはアピラーゼによって分解させられる。アピラーゼもまた、最初の反応混合物中に存在し、その結果、配列決定の間にのみｄＮＴＰが鋳型に付加される。このプロセスは、完全に自動化されており、そして９６ウェル形式に適応させられている。これによって、大きなＳＮＰパネルの迅速なスクリーニングが可能である。新規の一ヌクレオチド多型による改変体のＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、報告する。改変体を個別に報告するが、全ての任意の組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた含む。さらに、改変体の塩基の位置および改変体のアミノ酸残基には、下線を付ける。
【０７１６】
（結果）
改変体を個別に報告するが、全てのあらゆる組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた、本発明の企図されるＮＯＶＸ実施形態として含む。
【０７１７】
（ＮＯＶ３）
ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５０３４５−０１のβアドレナリン作用性レセプターキナーゼ様遺伝子の新規一ヌクレオチド多型改変体についてのＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、表１３に報告する。改変体は、個々に報告されるが、全てのあらゆる組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた、含まれる。改変体塩基および改変体アミノ酸の位置に下線を付す。まとめると、５つの改変体が報告され、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列についての改変体位置は、それぞれ、配列番号１１および１２に従って番号付けされる。改変体１３３７５８４５は、ヌクレオチド配列の２０３ｂｐにて、ＡからＣへのＳＮＰであり、これは、タンパク質配列において変化を生じず（サイレント）、改変体１３３７５８４６は、ヌクレオチド配列の２９２ｂｐにて、ＡからＧへのＳＮＰであり、タンパク質配列のアミノ酸６２にて、ＬｙｓからＡｒｇへの変化を生じ、改変体１３３７６０６４は、ヌクレオチド配列の１８１４ｂｐにて、ＧからＡへのＳＮＰであり、タンパク質配列のアミノ酸５６９にて、Ｔｒｐから終止への変化を生じ、改変体１３３７６０６３は、ヌクレオチド配列の１８８５ｂｐにて、ＴからＣのＳＮＰであり、タンパク質配列のアミノ酸５９３にてＩｌｅからＴｈｒへの変化を生じ、そして改変体１３３６０６２は、ヌクレオチド配列の２００１ｂｐにてＧからＡへのＳＮＰであり、タンパク質配列のアミノ酸６３２にて、ＧｌｕからＬｙｓへの変化を生じる。
【０７１８】
【表１３】
2005508601.tif 000244
（ＮＯＶ４）
３つの改変体を表１４に報告する。これらのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列についての改変体位置は、それぞれ、配列番号１３および１４に従って番号付けされる。改変体１３３７４２６１は、タンパク質配列のアミノ酸２８にてＡｓｐからＧｌｙへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の１１７ｂｐでのＡからＧへのＳＮＰであり、改変体１３３７４２６２は、タンパク質配列のアミノ酸６４にてＶａｌからＡｌａへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の２２５ｂｐでのＴからＣへのＳＮＰであり、そして改変体１３３７４２６３は、タンパク質配列のアミノ酸７６にてＡｌａからＴｈｒへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の２６０ｂｐでのＧからＡへのＳＮＰである。
【０７１９】
【表１４】
2005508601.tif 000245
（ＮＯＶ５Ａ）
ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５５７６４−０１のＯｕｔ−Ａｔ−Ｆｉｒｓｔ様遺伝子の新規一ヌクレオチド多型改変体についてのＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、表１５に報告する。改変体は、個々に報告されるが、全てのあらゆる組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた、含まれる。報告された４つの改変体のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列についての改変体位置は、それぞれ、配列番号１５および１６に従って番号付けされる。改変体１３３７４５９１は、タンパク質配列のアミノ酸９４にてＧｌｎからＡｒｇへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の２８１ｂｐでのＡからＧへのＳＮＰであり、改変体１３３７４５９２は、タンパク質配列のアミノ酸１１５にてＧｌｕからＧｌｙへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の３４４ｂｐでのＡからＧへのＳＮＰであり、改変体１３３７４５９３は、タンパク質配列のアミノ酸２１０にてＡｒｇからＨｉｓへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の６２９ｂｐでのＧからＡへのＳＮＰであり、そして改変体１３３７４５９４は、タンパク質配列のアミノ酸２１７にてＨｉｓからＡｒｇへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の６５０ｂｐでのＡからＧへのＳＮＰである。
【０７２０】
【表１５】
2005508601.tif 000246
（ＮＯＶ６Ａ）
ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５５７０４−０１のＥｐｈＡ６  ｅｈｋ２様遺伝子の新規一ヌクレオチド多型改変体についてのＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、表１６に報告する。改変体は、個々に報告されるが、全てのあらゆる組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた、含まれる。報告された２つの改変体のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列についての改変体位置は、それぞれ、配列番号１９および２０に従って番号付けされる。改変体１３３７６３１４は、タンパク質配列中に変化を生じない（サイレント）、ヌクレオチド配列の１６７４ｂｐでのＣからＴへのＳＮＰであり、そして改変体１３３７６３１５は、タンパク質配列中に変化を生じない（サイレント）、ヌクレオチド配列の２８８９ｂｐでのＧからＡへのＳＮＰである。
【０７２１】
【表１６】
2005508601.tif 000247
（ＮＯＶ８およびＮＯＶ９）
ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ９５５４５−０１のＩａ型膜Ｓｕｓｈｉ含有ドメイン様遺伝子の新規一ヌクレオチド多型改変体についてのＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、表１７に報告する。改変体は、個々に報告されるが、全てのあらゆる組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた、含まれる。報告された１つの改変体のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列についての改変体位置は、それぞれ、配列番号２５、２６、２７および２８に従って番号付けされる。改変体１３３７６３２４は、タンパク質配列に変化を生じない（このＳＮＰは、アミノ酸コード領域中ではないので）、ヌクレオチド配列の２６９３ｂｐでのＴからＧへのＳＮＰである。
【０７２２】
【表１７】
2005508601.tif 000248
（ＮＯＶ１０Ａ）
ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５５７４６−０１のＢＵＴＹＲＯＰＨＩＬＩＮ様遺伝子の新規一ヌクレオチド多型改変体についてのＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、表１８に報告する。改変体は、個々に報告されるが、全てのあらゆる組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた、含まれる。報告された６つの改変体のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列についての改変体位置は、それぞれ、配列番号２９および３０に従って番号付けされる。改変体１３３７６３２１は、タンパク質配列の変化を生じない（サイレント）、ヌクレオチド配列の４２６ｂｐでのＡからＧへのＳＮＰであり、改変体１３３７６３２０は、タンパク質配列のアミノ酸１５４にてＡｌａからＶａｌへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の５０６ｂｐでのＣからＴへのＳＮＰであり、改変体１３３７６３１９は、タンパク質配列のアミノ酸１５７でのＳｅｒからＡｓｎへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の５１５ｂｐでのＧからＡへのＳＮＰであり、改変体１３３７６３１８は、タンパク質配列のアミノ酸１８０でのＡｒｇから終止への変化を生じる、ヌクレオチド配列の５８３ｂｐでのＡからＴへのＳＮＰであり、改変体１３３７６３１７は、タンパク質配列のアミノ酸１９９でのＩｌｅからＴｈｒへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の６４１ｂｐでのＴからＣへのＳＮＰであり、そして改変体１３３７６３１６は、タンパク質配列のアミノ酸２３３でのＩｌｅからＴｈｒへの変化を生じる、ヌクレオチド配列の７４３ｂｐでのＴからＣへのＳＮＰである。
【０７２３】
【表１８】
2005508601.tif 000249
（実施例４．ＰＣＲクローニング）
（ＮＯＶ４：ＣＧ５０３０１−０１：ヒトＴＥＮＭ４）
残基３７１〜８３０の間の、ＣＧ５０３０１−０１の全長のドメインをコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲにより「インフレーム」でのクローニングのために標的化した。ＰＣＲテンプレートは、ヒトｃＤＮＡに基づく。
【０７２４】
配列番号９２および９３として同定される以下のオリゴヌクレオチドプライマーを、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングするために使用した：
【０７２５】
【数２】
2005508601.tif 000250
下流をクローニングする目的のために、順方向プライマー（Ｆ１：配列番号９２）は、インフレームのＢａｍＨＩ制限部位を含み、そして逆方向プライマー（Ｒ１：配列番号９３）は、インフレームのＸｈｏＩ制限部位を含む。
【０７２６】
２つの並列ＰＣＲ反応を、各反応のためのテンプレートとしてプールしたヒトｃＤＮＡの合計０．５〜１．０ｎｇを使用して、設定した。このプールは、以下のヒト組織のｃＤＮＡ各々５μｇから構成されている：副腎、脳全体、扁桃、小脳、視床、骨髄、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、肝臓、リンパ腫、バーキットラージ細胞株、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脾臓、胃、甲状腺、気管、子宮。
【０７２７】
発現組織が既知でありかつ入手可能である場合、上記プライマーと、以下のヒト組織のｃＤＮＡのうちの１つの０．５ｎｇ〜１．０ｎｇとを使用して、第２のＰＣＲを実施した：骨格筋、精巣、乳腺、副腎、卵巣、結腸、正常小脳、正常脂肪、正常皮膚、骨髄、脳扁桃、脳海馬、脳黒質、脳視床、甲状腺、胎児肺、胎児肝臓、胎児脳、腎臓、心臓、脾臓、子宮、下垂体、リンパ節、唾液腺、小腸、前立腺、胎盤、脊髄、末梢血、気管、胃、膵臓、視床下部。
【０７２８】
この反応混合物は、２μｌの各プライマー（元の濃度５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を、５０μｌ反応体積中に含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復する
ｅ）９６℃  １５秒変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復する
ｈ）７２℃  １０分最終伸長。
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒変性
ｃ）７６℃  ３０秒、プライマーアニーリング、１サイクルあたり１℃ずつ温度を低下させる
ｄ）７２℃  ４分伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復する
ｅ）７２℃  １０分最終伸長。
【０７２９】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動により検出した。このフラグメントを、ゲル精製し、そして製造業者の推奨に従ってｐＣＲ２．１ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）中に連結した。ＰＣＲ反応１回あたり１２クローンを選び、そして配列決定した。それらの挿入物を、ベクター特異的Ｍ１３  ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＭ１３  Ｒｅｖｅｒｓｅプライマーと、以下の遺伝子特異的プライマーとを使用して、配列決定した：
【０７３０】
【数３】
2005508601.tif 000251
挿入物１７２８８５４４７は、ＣＧ５０３０１−０１の標的配列の残基３７１〜８３０の間のオープンリーディングフレームと類似したオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。クローニングされた挿入物は、元の配列に対して９９％同一である。これは、３つのヌクレオチド位置および１つのアミノ酸位置が、元の配列とは異なる。
【０７３１】
（ＮＯＶ１１：ＣＧ５０３２９−０１）
残基３２〜２３６の間の、ＣＧ５０３２９−０１の全長のドメインをコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲにより「インフレーム」でのクローニングのために標的化した。ＰＣＲテンプレートは、ヒトｃＤＮＡに基づく。
【０７３２】
以下のオリゴヌクレオチドプライマーを、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングするために使用した：
【０７３３】
【数４】
2005508601.tif 000252
下流をクローニングする目的のために、順方向プライマー（Ｆ１：配列番号１０４）は、インフレームのＢａｍＨＩ制限部位を含み、そして逆方向プライマー（Ｒ３：配列番号１０５）は、インフレームのＸｈｏＩ制限部位を含む。
【０７３４】
２つの並列ＰＣＲ反応を、各反応のためのテンプレートとしてプールしたヒトｃＤＮＡの合計０．５〜１．０ｎｇを使用して、設定した。このプールは、以下のヒト組織のｃＤＮＡ各々５μｇから構成されている：副腎、脳全体、扁桃、小脳、視床、骨髄、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、肝臓、リンパ腫、バーキットラージ細胞株、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脾臓、胃、甲状腺、気管、子宮。
【０７３５】
発現組織が既知でありかつ入手可能である場合、上記プライマーと、以下のヒト組織のｃＤＮＡのうちの１つの０．５ｎｇ〜１．０ｎｇとを使用して、第２のＰＣＲを実施した：骨格筋、精巣、乳腺、副腎、卵巣、結腸、正常小脳、正常脂肪、正常皮膚、骨髄、脳扁桃、脳海馬、脳黒質、脳視床、甲状腺、胎児肺、胎児肝臓、胎児脳、腎臓、心臓、脾臓、子宮、下垂体、リンパ節、唾液腺、小腸、前立腺、胎盤、脊髄、末梢血、気管、胃、膵臓、視床下部。
【０７３６】
この反応混合物は、２μｌの各プライマー（元の濃度５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を、５０μｌ反応体積中に含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復する
ｅ）９６℃  １５秒変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復する
ｈ）７２℃  １０分最終伸長。
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒変性
ｃ）７６℃  ３０秒、プライマーアニーリング、１サイクルあたり１℃ずつ温度を低下させる
ｄ）７２℃  ４分伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復する
ｅ）７２℃  １０分最終伸長。
【０７３７】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動により検出した。このフラグメントを、ゲル精製し、そして製造業者の推奨に従ってｐＣＲ２．１ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）中に連結した。ＰＣＲ反応１回あたり１２クローンを選び、そして配列決定した。それらの挿入物を、ベクター特異的Ｍ１３  ＦｏｒｗａｒｄプライマーおよびＭ１３  Ｒｅｖｅｒｓｅプライマーと、以下の遺伝子特異的プライマーとを使用して、配列決定した：
【０７３８】
【数５】
2005508601.tif 000253
挿入物アセンブリ１７４１２４８８８、１７４１２４９００および１７４１２４９１２は、全て、ＣＧ５０３２９−０１の標的配列の残基３２〜２３６の間のオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。これら全てのアセンブリは、元の配列と比較して３アミノ酸の欠失を有する。１７４１２４８８８および１７４１２４９１２はまた、３つのヌクレオチド位置および２つのアミノ酸位置が、元の配列とは異なる。１７４１２４９００はまた、２つのヌクレオチド位置および１つのアミノ酸位置が、元の配列とは異なる。
【０７３９】
（他の実施形態）
特定の実施形態が本明細書中で詳細に開示されているが、これは例示の目的のみのための例として行われており、そして添付される特許請求の範囲の範囲に関して限定するようには意図されない。詳細には、種々の置換、変更、および改変が、特許請求の範囲によって定義される本発明の精神および範囲を逸脱することなく本発明に対して行われ得ることが、本発明者らによって企図される。核酸の出発物質、目的のクローン、ライブラリーの型の選択は、本明細書中に記載されている実施形態の知見を考慮すると、当業者にとって慣用的な事項であると考えられる。他の局面、利点、および改変は、添付の特許請求の範囲内にあると考えられる。
【国際調査報告】
2005508601.tif 000254
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2005508601.tif 000259
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