(57)【要約】本発明は、肺疾患、特に間質性肺疾患のあらゆる形について高められた治療のためのインターフェロンγ又はパーフェニドンと候補ポリヌクレオチドの診断アレイとを含有してなる新規な医薬組成物に関する。本発明は、間質性肺疾患における死亡率の低下及び疾患管理の向上のための新規な投薬成分として、分子診断と臨床治療との組み合わせを記載する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
医薬組成物であって、
(i) インターフェロンγ（IFN-γ）（場合によっては製薬学的に許容し得る担体、希釈剤又は賦形剤と一緒であってもよい）と、
(ii) 間質性肺疾患(ILD)の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリー（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列はILD細胞中で過少発現されるか又は過剰発現されるものである）と、
(iii) 病原体の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリー（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列は細菌、マイコプラズマ、ウイルス、真菌又は酵母に特有のものである）と
を含有してなる医薬組成物。
【請求項２】
追加成分として グルココルチコイド化合物を含有してなる請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
医薬組成物であって、
(i) PEG化インターフェロンγ（PEG-IFN-γ)（場合によっては製薬学的に許容し得る担体、希釈剤又は賦形剤と一緒であってもよい）と、
(ii) 間質性肺疾患(ILD)分子特定用のポリヌクレオチドライブラリー（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列はILD細胞中で過少発現されるか又は過剰発現されるものである）と、
(iii) 病原体の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリー（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列は細菌、マイコプラズマ、ウイルス、真菌又は酵母に特有のものである）と
を含有してなる医薬組成物。
【請求項４】
追加成分として グルココルチコイド化合物を含有してなる請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項５】
医薬組成物であって、
(i) 場合によって製薬学的に許容し得る担体、希釈剤又は賦形剤と一緒であってもよいパーフェニドンと、
(ii) 間質性肺疾患(ILD)分子特定用のポリヌクレオチドライブラリー（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列はILD細胞中で過少発現されるか又は過剰発現されるものである）と、
(iii) 病原体の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリー（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列は細菌、マイコプラズマ、ウイルス、真菌又は酵母に特有のものである）と
を含有してなる医薬組成物。
【請求項６】
追加成分としてグルココルチコイド化合物を含有する請求項５に記載の医薬組成物。
【請求項７】
特発性肺線維症(IPF)を治療するための請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
過敏性肺炎を治療するための請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
強皮症を治療するための請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
全身性エリテマトーデスを治療するための請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
慢性関節リウマチを治療するための請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
チャーグ-ストラウス症候群、ヴェーゲナー肉芽腫症及びグッドパスチャー症候群を治療するための請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記の配列がILD患者の良好な予後と不十分な予後との分類に有用なものである請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドライブラリー。
【請求項１４】
前記のポリヌクレオチド配列又は部分配列が少なくとも50％、好ましくは75％、さらに好ましくは100％の所定のセットに含有されるポリヌクレオチドの中から選択される少なくとも１種のポリヌクレオチドの組み合わせに相当するものである請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドライブラリー。
【請求項１５】
前記のポリヌクレオチドがポリヌクレオチドアレイを形成するために固形支持体上に固定化されるものである請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドライブラリー。
【請求項１６】
前記支持体がナイロン膜、ニトロセルロース膜、スライドガラス、ガラスビーズ、ガラス支持体上の膜又はシリコンチップからなる群の中から選択されるものである請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドライブラリー。
【請求項１７】
発現プロファイル画像を使用するILDの素因の存在が、
(a) 肺疾患と臨床診断された個体から材料を単離するか、又はILDの家族性の素因を単離し、
(b) 前記の個体から単離されるか又は生じるmRNA、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、cDNA、タンパク質又はその機能性フラグメントからなる群から選択されるリガンドとして分子プローブを得、
(c) 前記のリガンドとしての分子プローブを、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド又はcDNAプローブ及び抗体又はこれらの機能性フラグメントからなる群の中から選択される固定化された受容体の一組と接触させ、ILDの素因又は分子診断されるべき感染症の存在に関係した遺伝子のそれぞれの一組を特異的に表示し、且つ結合されたリガンド／受容体複合体の存在を定性的及び定量的に検出して診断すべき個体の現在の状態を表している発現プロファイル画像を得、
(d) 工程(c)で得られた発現プロファイル画像を、正常な個体の発現プロファイル画像(１つ又は複数)、臨床学的に類似した疾患を有する個体の発現プロファイル画像(１つ又は複数)、及び／又は診断されるべきILDの素因を有するか該ILDを罹患している個体の発現プロファイル画像(１つ又は複数)と比較し、且つ
(e) 従って工程(d)で得られた比較の結果に基づく
工程からなるものである請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドライブラリー。
【請求項１８】
前記の間質性肺疾患(ILD)の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリーが、下記に示す候補遺伝子：
PTH-反応性骨肉腫Ｂ1タンパク質、AF095771.1、
matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily f, member 1, AF231056.1、
deleted in lung and esophageal 1 (DLEC1)、NM_007337.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DQ β1、AW276186、
SBクラスII組織適合抗原α鎖、AI128225、
ムチン４、気管気管支、AJ242547.1、
フォークヘッド・ボックスＪ1 (FOXJ1)、U69537.1、
仮想タンパク質 FLJ21616、NM_024567.1、
神経特異的転写因子DAT1、AF258348.1、
造血PBX相互作用性タンパク質、BF344265、
プロリンオキシダーゼ同族体、AA074145、
ムチン５、サブタイプＢ、気管気管支、AI697108、
ゴルジ膜タンパク質GP73、AF236056.1、
ATPクエン酸リアーゼ、U18197.1、
NG22タンパク質、NM_025257.1、
cDNA DKFZp434A2322、AL137706.1、
肝細胞核因子３、α、U39840.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DQ alpha １、X00452.1、
ミオシン調節Ｌ鎖２、平滑筋イソ型、J02854.1、
プレキシンＢ1、AV693216、
ピルビン酸キナーゼ、筋肉、BC000481.1、
テトラスパニンTM4-C、AF133425.1、
インスリン様増殖因子結合タンパク質２ (36kD)、BC004312.1、
FLJ13945 fis、clone Y79AA1000969、AU160041、
仮想タンパク質 DKFZp586M1120、NM_031294.1、
CD24シグナルトランスデューサー、L33930、
仮想タンパク質 FLJ23571、NM_025111.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼＭ２(筋肉)、M63509.1、
カドヘリン１、１型、Ｅ-カドヘリン (表皮)、L08599.1、
NTT5タンパク質、AF265578.1、
リポカリン２(癌遺伝子24p3)、NM_005564. 1、
筋緊張性ジストロフィーキナーゼ (DMキナーゼ)、L08835、
脱共役タンパク質２ (ミトコンドリア、プロトンキャリア)、U76367.1、
ダイニン中間体鎖２、NM_023036. 1、
ジスコイジン受容体チロシンキナーゼイソ型ｂ、ジスコイジン ドメイン受容体ファミリー、メンバー１、NM_001954.2、
スペルマ結合抗体６、AF079363.1、
仮想タンパク質 FLJ23049、NM_024687.1、
鼻咽頭上皮特異的タンパク質１、AF094758.1、
核受容体サブファミリー４、グループＡ、メンバー２、NM_006186.1、
仮想タンパク質 FLJ22215、BC003543.1、
非特異性交差反応性抗原、M18728.1、
アミラーゼ、α１A；唾液 (AMY1A)、NM_004038.1、
癌胎児性抗原関連細胞接着分子６（非特異的交差反応性抗原)、BC005008.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼサブユニット４ (EC 2.5.1.18)、X08020.1、
SH3含有タンパク質 SH3GLB2、AF257319.1、
KDEL(Lys-Asp-Glu-Leu)小胞体タンパク質保持受容体１、NM_006801.1、
anterior gradient 2 (Xenepus laevis) homolog、AF038451.1、
sv7-MUC4 アポムチン、ムチン４、気管気管支、AJ242547.1、
stratifin、BC000329.1、
結合性組織成長因子、M92934.1、
シトクロムP450-IIB (hIIB3)、M29873.1、
フィラミンＡ、α(アクチン結合タンパク質-280)、AW051856、
膜糖タンパク質LIG-1、AB050468.1、
E74様因子３（etsドメイン転写因子、上皮特異的)、U73844.1、
エラスチン(大動脈弁上狭窄症、ウイリアムズ-ビューレン症候群)、M36860.1、
エフリン受容体EPHA3、AF213459.1、
フィブリリン１(マルファン症候群)、L13923.1、
discs、large (ショウジョウバエ) homolog 1、U13896.1、
リジルオキシダーゼ様１(LOXL1)、L21186.1、
calumenin、U67280.1、
男性生殖細胞結合キナーゼ、NM_005906.2、
プレクチン１、中間体フィラメント結合タンパク質、500kD、Z54367、
ペルオキシソーム生合成因子１、AF026086.1、
マスト細胞トリプターゼβIII、AF099143、
毛細血管拡張性運動失調グループＤ結合タンパク質、AF230388.1、
仮想タンパク質 FLJ10921、NM-018272. 1、
ビグリカン、BC002416.1、
BLuタンパク質、AC002481、
CGI-92タンパク質、AF151850.1、
adaptor-related protein complex 1、mu 2 subunit、BC003387.1、
ケラチン15、BC002641.1、
B7タンパク質、U72508.1、
S100カルシウム結合タンパク質Ａ2、BC002829.1、
MUF1タンパク質、BC004953.1、
コレステロール25-ヒドロキシラーゼ、AF059214.1、
シチジン一リン酸-N-アセチルノイラミン酸ヒドロキシラーゼ、(CMP-N-アセチルノイラミン酸モノオキシゲナーゼ)、AF074480.1、
ニューロピリン２、AF022859.1、
Fas-相互作用性セリンスレオニンキナーゼ３、ホメオドメイン相互作用性プロテインキナーゼ３、AF305239.1、
a disintegrin and metalloproteinase domain 28 (ADAM28)、transcript variant 2、
AF137334.1、
cDNA DKFZp434A119、AW663632、
補体成分 6、J05064.1、
サイトケラチン17、Z19574、
wingless-type MMTV integration site family、member 5A、AI968085、
マトリックスメタロプロテイナーゼ７(matrilysin、uterine)、BC003635.1、
leiomodin 1 (平滑筋)、NM_012134.1、
Cip１相互作用性ジンクフィンガータンパク質、AB030835.1、
サイクリン依存性キナーゼインヒビター１A (p21、Cip1)、BC000275.1、
インテグリン、α7、AF032108.1
DKFZP586G011タンパク質、BG289527、
脂肪酸結合プロテイン６、ileal (gastrotropin)、U19869.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼＭ４、M96234.1、
Ras-related associated with diabetes、L24564.1、
claudin 3、AB000714.1、
マトリックスメタロプロテイナーゼ10 (ストロメライシン２)、BC002591.1、
fibulin 2、NM_001998.1、
セリンスレオニンキナーゼ11 (STK11)、AF035625、
真核細胞翻訳開始因子１Ａ：AF000987.1、
DEADH(Asp-Glu-Ala-AspHis)ボックスポリペプチド：AF000985.1、
リボソームタンパク質Ｓ４：AF116711.1、
ユビキチン特異的プロテアーゼ９：AF000986.2、
SMC (mouse) homolog：U52191.1、
ミエリン塩基性タンパク質：L18865.1、
S100カルシウム結合タンパク質：NM_005980.1、
Jagged2 (JAG2)：AF003521.1、
潜在的トランスフォーミング成長因子β結合タンパク質４：NM_003573.1、
微小管結合タンパク質、RPEB family、member 3：AB025186.1、
Unknown (protein for MGC: 2854)：BC003629.1、
clone=IMAGE-2406340：AI830563、
アクアポリン３のAQP3遺伝子(水チャンネル)：AB001325、
cDNA DKFZp434A119、
有窓上皮結合構造タンパク質(FELS)、PV1タンパク質(PLVAP)：AF326591.1、
LUNXタンパク質；PLUNC (plate lung and nasal epithelium clone)；tracheal 
epithelium enriched protein (LOC51297)：AB024937.1、
RAB、RAS癌遺伝子ファミリー様２Ａのメンバー：AF095350.1、
染色体11読み取り枠16：NM_020643.1、
仮想タンパク質 FLJ23049：NM_024687.1、
仮想タンパク質 FLJ11767：NM_024593.1、
ダイニン、軸糸、中間体ポリペプチド：AF091619.1、
脳特異的タンパク質 (LOC51673)：AF132972.1、
MUC4アポムチン、ムチン４、気管気管支：AJ242547.1、
ミオトニンプロテインキナーゼ(DM)：M87313.1、
サイトケラチン４：X07695.1、
KIAA0362遺伝子、MCF.2細胞誘導トランスフォーミング配列様：AB002360.1、
サイトケラチン17：Z19574、
LIMドメインタンパク質：BC003096.1、
E74様因子３(etsドメイン転写因子、上皮特異的)：U73844.1、
脂肪酸結合タンパク質６、ileal (gastrotropin)：U19869.1、
精子結合抗原６：AF079363.1、
eyes absent (ショウジョウバエ) homolog 2：U71207.1、
ホスファチジン酸性ホスファターゼタイプ２Ｃ：BC002806.1、
エポキシドヒドロラーゼ２、細胞質内：AF233334.1、
チューブリン、β、２：BC002783.1、
熱ショック 105kD：D86956.1、
ビリン２(エズリン)：J05021.1、
a disintegrin and metalloproteinase domain 28 (ADAM28)、transcript variant 3、
AF137335.1、
deleted in lung and esophaegeal cancer 1：NM_007337.1、
アラキドン酸15-リポキシゲナーゼ：NM_001140.1、
UDPグリコシルトランスフェラーゼ１ファミリー、ポリペプチドＡ１：M57899.1、
仮想タンパク質 PR02834：AF119903.1、
レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、７(ガレクチン７)：L07769.1、
Ｂ７タンパク質：U72508.1、
エフリン受容体EPHA3：AF213459.1、
フォークヘッドボックスＪ１：U69537.1、
BLuタンパク質：U70824.1、
アルデヒドデヒドロゲナーゼ３ family、member A1：BC004370.1、
NG22タンパク質：NM_025257.1、
small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys)、member 14：NM_004166.1、
cystein-rich protein 1 (intestinal)：BC002738.1、
RAYRAB1Cに類似すると推定されるGTP結合タンパク質：BC000566.1 
インテグリン、β４：NM_000213.1、
セリン（又はシステイン）プロテイナーゼ阻害剤、clade B (卵白アルブミン)、メンバー５(SERPINB5)：U04313.1、
Ras-related associated with diabetes：L24564.1、
肝白血病因子：M95585.1、
ケラチン15：BC002641.1、
核受容体サブファミリー４、グループＡ、メンバー２：NM_006186.1、
シアリルトランスフェラーゼ：U14550.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼ、ドメインＭ２ (筋)：M63509.1、
仮想タンパク質 FLJ13110：NM_022912.1、
S100カルシウム結合タンパク質Ａ２：NM_005978.2、
コラーゲン、VII型、α１（epidermolysis bullosa、dystrophic、dominant and 
recessive)：L02870.1、
claudin 3：AB000714.1,
インスリン様増殖因子結合タンパク質６：BC003507.1、
線維芽細胞成長因子受容体２(細菌発現キナーゼ、ケラチノサイト成長因子受容体、頭蓋顔面骨形成不全症１、クルゾン症候群、プファイファー症候群、ジャクソン−ウェイス症候群)：M80634.1、
インスリン様増殖因子１受容体：NM_000875.2、
インスリン様増殖因子結合タンパク質２(36kD)：M35410.1、
毛細血管拡張性運動失調グループＤ結合タンパク質、AF230388.1、
ケラチン５（単純型先天性表皮水疱症、Dowling-MearaKobnerWeber-Cockayne型)：
M21389.1、
ダッフィー血液型：U01839.1、
トランスフォーミング成長因子β１、NM_000660、
sorting nexin 10 (SNX10)、AF121860.1、
ホスホリパーゼＡ２、グループIIA (血小板、滑液)、M22430.1、
ヘモグロビンα-１グロビン鎖(HBA1)、AF349571.1、
マクロファージスカベンジャーレセプター１、AI299239、
界面活性物質、肺結合タンパク質Ｃ、BC005913.1、
disintegrin protease(M12.219)、NM_014479.1、
レチノール結合タンパク質４、腸内、AF119868.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DRβ3、M27635.1、
脂肪分化関連タンパク質、BC005127.1、
ヘモグロビン、δ、NM_000519.2、
β-2-ミクログロブリン、AW188940、
ヘモグロビンα2、BC005931.1、
タンパク質Ｃ受容体、上皮 (EPCR)、L35545.1、
チモシン、β10、M92381.1、
アポリポタンパク質Ｃ-Ｉ、W79394、
仮想タンパク質、AL133067.1、
プロテオグリカン４、(巨核球刺激因子、関節表層帯タンパク質)、U70136.1、
テトラネクチン（プラスミノーゲン結合タンパク質)、NM_003278.1、
血小板第４因子、M25897.1、
組織因子経路阻害剤２、BC005330.1、
脂肪酸結合タンパク質４、脂肪細胞、BC003672.1、
カテプシンＢ(CTSB)、M14221.1、
貫膜４スパーファミリー メンバー１、M90657.1、
MHCクラスＩ HLA-B51主要組織適合複合体、クラスＩ、E、M31183.1、
上皮PASドメインタンパク質１、U51626.1、
Apo-2 リガンド腫瘍壊死因子(リガンド)スパーファミリー、member 10、U37518.1、
ハプトグロビン関連タンパク質、NM_020995.1、
Rhoグアニン交換因子(GEF)12、AF119898.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DR β５、M11867.1、
インターフェロン、γ-誘導タンパク質30、AF097362.1、
フェリチン、Ｌ鎖ポリペプチド、BG537190、
プロサポシン (異型ゴーシェ病及び異型 異染性白質萎縮症)、BC004275.1、
カルシウム結合タンパク質Ａ４(calvasculin、metastasin,)、NM_002961.2、
ヘモグロビン、β、M25079.1、
CDW52抗原 (CAMPATH-1 抗原)、BC000644.1、
アルデヒドデヒドロゲナーゼ１ファミリー、member A2、AB015226.1、
カテプシンＺ、AF032906.1、
MHC HLA-B39主要組織適合複合体、クラスＩ、Ｂ、L37880.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DQ α１、M33906.1、
線維芽細胞成長因子９(グリア活性化因子)、D14838.1、
ヘモグロビン、α2、AF097635.1、
トランスフェリン受容体 (p90、CD71)、BC001188.1、
補体成分３(Ｃ３)、K02765.1、
cDNA DKFZp564D066、AL050025.1、
補体成分１、小成分q、βポリペプチド、NM_000491.2、
small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys)、member 18、pulmonary and 
activation-regulated、AB000221.1、
reticulon 1、L10333.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DR β１、M33600.1、
ハプトグロビン、L29394.1、
酸性ホスファターゼ５、酒石酸抵抗性、J04430.1 
シトクロムP450、サブファミリー XXVIIA (ステロイド 27ヒドロキシラーゼ、脳腱黄色腫症)、ポリペプチド１、M62401.1、
CD36抗原 (コラーゲンＩ型受容体、トロンボスポンジン受容体)、M24795.1、
カルビンジン２、(29kD、カルレチニン)、NM_001740.2、
α-2-HS-糖タンパク質、BG538564、
cDNA DKFZp564A132、AL049963.1、
フィブロネクチン１、AF130095.1、
ホスホジエステラーゼ４Ｃ、cAMP特異的、NM_000923.1、
転写因子７(Ｔ細胞特異的、HMG-ボックス)、NM_003202.1、
found in inflammatory zone 3 (FIZZ3)、AF323081.1、
claudin 15、NM_014343.1、
カルボキシペプチダーゼＢ１(組織)、M81057.1、
仮想タンパク質 FLJ14054、NM_024563.1、
骨髄間質細胞抗原１、D21878.1、
インターロイキン７受容体、M29696.1、
プロコラーゲン Ｃ-エンドペプチダーゼエンハンサー２、AF098269.1、
カルシウム結合タンパク質Ａ８(calgranulin A)、AW238654、
cDNA DKFZp564D193、AL049252.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DP β１、J03041.1、
ヒト白血球抗原Ｃα鎖、主要組織適合複合体、クラスＩ、Ｃ、AK024836.1、
BCM様膜タンパク質プレカーサー、AF144235.1、
CD14抗原、M86511.1、
肺胞界面活性物質タンパク質(SP5)、J03553、
シグナル伝達物質及び転写１の活性化物質、91kD、BC002704.1、
ウィルムス腫瘍１(WT1)、転写物変種Ｄ、NM_024424.1、
アネキシンＡ８、BC004376.1、
コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体、MARCO、AF035819.1、
界面活性物質、肺胞結合タンパク質Ａ２、NM-006926.1、
solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, serotonin)、member 4、
L05568.1、
キチナーゼ１(キトトリオシダーゼ)、U29615.1、
肺Ｉ型細胞膜結合糖タンパク質、AU154455、
フィブロネクチンロイシン富化貫膜タンパク質２、AB007865.1、
γ-アミノ酪酸(GABA)Ａ受容体、α５、BF966183、
仮想タンパク質 FLJ12983、NM_024856.1、
sialophorin (gpL115、ロイコシアリン、CD43)、J04536.1、
脳変性関連タンパク質 (34kD)、M16965.1、
ヒドロキシ酸オキシダーゼ２(長鎖)、ヒドロキシ-δ-5-ステロイドデヒドロゲナーゼ (３β-及びステロイド δ-イソメラーゼ２)、AL359553、
CLONE=IMAGE：1032795=Hs.83623 nuclear receptor subfamily 1、group I、member 3、
small inducible cytokine subfamily C、member 2: NM_003175.1、
ブタアシルノイラミン酸リアーゼ類似の仮想タンパク質：NM_030769.1、
フィブリノーゲン、γポリペプチド：AF118092.1、
トロンボスポンジン１：NM_003246.1、
SAMドメイン、SH3ドメイン及び核内局在シグナル、１：AF222927.1、
キチナーゼ３様１(軟骨糖タンパク質-39)：M80927.1、
カテプシンＺ：AF032906.1、
CLONE=IMAGE：3579023 collagen、type XIV、α１(undulin)、
塩素イオン細胞内チャンネル２：NM_001289.2、
インターフェロン-γで誘導したモノカイン：NM_002416.1、
KIAA0433タンパク質：NM_015216.1、
腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質６：NM_007115.1、
シグナル伝達物質及び転写１の活性化物質、91kD、BC002704.1、
トロンボスポンジン２：L12350.1、
コラーゲン、IV型、α３(グッドパスチャー抗原)：NM_000091.1、
インテグリン、β様１ (with EGF-like repeat domains)：AF072752.1、
ジユビキチン：NM_006398.1、
プロテアーゼ、システイン、１(legumain)：D55696.1、
シトクロムP450、サブファミリー I (ダイオキシン誘導性)、ポリペプチド１ (緑内障３、初期乳児期)：U03688.1、
インテグリン、α１：X68742.1、
GABA-B受容体、Ｇタンパク質連結受容体51：AF056085.1、
KIAA1199タンパク質：AB033025.1、
コラーゲン、Ｖ型、α２：NM_000393.1、
インターロイキン13受容体、α２：U70981.1、
内部ミトコンドリア膜８(酵母)ホモローグＡのトランスロカーゼ：BC005236.1、
ステロイドスルファターゼ(ミクロソーム)、アリールスルファターゼＣ、イソ酵素Ｓ：
M16505.1、
CLONE=IMAGE：1982571 ATPase、H+transporting、lysosomal (空胞プロトンポンプ) 9kD、
プロテオグリカン４、(巨核球刺激因子、関節表層帯タンパク質)、U70136.1、
ニドゲン(enactin)：M30269.1、
KIAA1598タンパク質：AU157109、
血管細胞接着分子１：M60335.1、
グアニル酸結合タンパク質１、インターフェロン誘導性、67kD：BC002666.1、
cDNA DKFZp586E1124、
アポリポタンパク質Ｈ(β-2-糖タンパク質Ｉ)：M62839.1、
リボソームタンパク質L37a：BE857772、
cDNA DKFZp564A132、
カテプシンＳ：M86553.1、
a disintegrin and metalloproteinase domain 9 (meltrin γ) (ADAM9)：U41766.1、
ジンクフィンガータンパク質331：AF272148.1、
リソソーム結合膜タンパク質２：J04183.1、
カルボキシペプチダーゼＭ：NM_001874.1、
コラーゲン、Ｉ型、α２：NM_000089.1、
P311タンパク質：U36189.1、
KIAA0372遺伝子産物：AB002370.1、
ヒトＴ細胞特異的タンパク質 RANTES：M21121、
インターフェロン-γ-誘導性インドールアミン 2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)：M34455.1、
仮想タンパク質 FLJ10430：NM_018092.1、
転写因子ISGF-3：M97935、
インターロイキン１受容体様１(IL1RL1)：NM_003856.1、
putative alpha chemokine (H174)、small inducible cytokine subfamily B 
(Cys-X-Cys)、member 11：AF002985.1、
small inducible cytokine subfamily B (Cys-X-Cys)、member 10：NM_001565.1、
中胚葉特異的転写物(マウス)ホモローグ：BC002413.1、
カルボキシペプチダーゼ Ｂ様タンパク質：AB011969.1、
CD2抗原(p50)、ヒツジ赤血球細胞受容体：M16445、
インターフェロン、α-誘導性タンパク質 (クローンIFI-6-16)：NM_022872.1、
RASグアニル放出タンパク質１(カルシウム及びDAG調節される)：AF081195.1、
リパーゼ、内皮：AF118767.1、
脂肪酸-補酵素Ａリガーゼ、長鎖４：NM_022977.1、
klotho：AB005142.1、
コンドロイチン硫酸プロテオグリカン２(バーシカン)：NM_004385.1、
仮想タンパク質、骨芽細胞で発現される：AB000115.1、
CD14抗原：M86511.1、
CGI-83タンパク質：BC000878.1、
ロイシンアミノペプチダーゼ：AF061738.1、
UDP-Gal：βGlcNAc β 1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド３：
AB050855.1、
プロトカドヘリンα12：AF152308.1、
ニューログリカンＣ：AF059274、
ニューロリギン：AI338338、
HSPC156タンパク質：AF161505.1、
仮想タンパク質 FLJ13310：NM_025118.1、
好酸球走化性サイトカイン(TSA1902)：AB025008.1、
アミノペプチダーゼ：AF191545.1、
セマホリン sem2：AB029496.1、
プロトカドヘリン12：AF231025.1、
Ｘ輸送体タンパク質３：NM_020208.1、
貫膜４スパーファミリーメンバー(テトラスパンNET-2)：AF124522.1、
仮想タンパク質 FLJ10970：NM_018286.1、
パーフォリン１(細孔形成タンパク質)：M28393.1、
中性キラー細胞グループ７配列：NM_005601.1、
仮想タンパク質 DKFZp761N09121：BF435376、
インテグリン、α４(抗原CD49D、VLA-４受容体のα４サブユニット)：BG532690、
キチナーゼ３様２：U58515.1、
FYN癌遺伝子：N20923、
リラキシン１ (H1)：BC005956.1、
ヒドロキシプロスタグランジンデヒドロゲナーゼ15-(NAD)：U63296.1、
スルホトランスフェラーゼファミリー、細胞質ゾル、1C、メンバー１：AF186254.1、
TGF-bスパーファミリー受容体Ｉ型：L17075.1、
グランザイムＢ(グランザイム２、細胞毒性Ｔリンパ球結合セリンエステラーゼ１)：
M36118.1、
シスタチンＦ(ロイコシスタチン)：AF031824.1、
Ｇタンパク質シグナル伝達-Ｚのレギュレーター (RGSZ1)：AF060877.2、
クローンMGC：12387：M16942.1、
亜鉛-α2-糖タンパク質：D90427.1、
BCG誘導膜内在性タンパク質 BIGMo-103：AB040120.1、
ネクチン様タンパク質２(NECL2)：AF132811.1、
CD209抗原様：AB015629.1、
solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, serotonin)、member 4：
L05568.1、
MAD (mothers against decapentaplegic、ショウジョウバエ) homolog 6：U59914.1、
latrophilin：AF104939.1、
血小板第４因子：M25897.1、
カルシトニン受容体様：L76380.1、
マトリリン３：NM_002381.2、
solute carrier family 14 (urea transporter)、member 1 (Kidd blood group)：
U35735.1、
インターロイキン７受容体：M29696.1、
MAPキナーゼキナーゼ６(MKK6)、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ７：
U39656.1、
プロトカドヘリン17：AF029343.1、
グラニュリシン：NM_006433.2、
インターフェロン刺激タンパク質、15 kDa (ISG15)：M13755.1、
カドヘリン５、２型、VE-カドヘリン (vascularepithelium)：U84722.1、
トロンボモジュリン：M16552.1、
インターフェロン、α-誘導タンパク質27：NM_005532.1、
インターフェロン-γ、X87308
及びこれらの対立遺伝子変異体又は突然変異体
からなる遺伝子の群によって定義されるか、又は該遺伝子群に関連するか、あるいは該遺伝子群から誘導される一組の配列から選択されるポリヌクレオチド配列又は部分配列のプールからなるものであり、
且つ病原体に特異的な配列がポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列がマイコバクテリウム属、マイコプラズマ属、黄色ブドウ球菌、連鎖球菌、ボレリア(Borrelia)属、トレポネーマ・ポリダム(Treponema 
pallidum)、レプトスピラ・インタロガンス(Leptospira interrogans)、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）、大腸菌、EPEC、ETEC、EIEC、EHEC サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia 
enterocolitica）、アエロモナス(Aeromonas)属、カンピロバクター・フィタス
（Campylobacter fetus）、モラクセラ・カタラーリス(Moraxella catarrhalis)、ブルセラ(Brucella)属、トキソプラズマ属、サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）、赤痢菌属、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia enterocolitica）、ビブリオ・コレラ(Vibrio cholerae)、緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa)、バークホルデリア・セパシア(Burkholderia cepacia)、ステノトロフォモナス・マルトフィリア
(Stenotrophomonas maltophilia)、アシネトバクター・バーマニー
(Acinetobacter baumanii)、アシネトバクター・カルコアセチカス
(Acitenobacter calcoaceticus)、クレブシエラ(Klebsiella)属、エンテロバクター
(Enterobacter)属、シトロバクター(Citrobacter)属、プロテウス(Proteus)属、セラチア(Serratia)属、モルガネラ(Morganella)、プロビデンシア(Providencia)属、カルジオバクテリウム・ホミニス(Cardiobacterium hominis)、エイケネラ・コローデンス
(Eikenella corrodens)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、カリマトバクテリウム・グラヌロマティス(Calymmatobacterium granulomatis)、バクテロイデス
(Bacteroides)属、ポルフィロモナス(Porphyromonas)属、プレボテラ(Prevotella)属、フソバクテリウム(Fusobacterium)属、発疹チフスリケッチア(Rickettsia prowazekii)、バルトネラ・バシリホルミス(Bartonella bacilliformis)、バルトネラ・ヘンセラエ
(Bartonella henselae)、クラミジア(Chlamydia)属、酵母、真菌類、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘパドナウイルス、ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、パラミクソウイルスに特有のものである請求項１〜６に記載医薬組成物。
【請求項１９】
医薬キットの使用であって、
(i) IFN-γを含有してなるパッケージと、
(ii) 間質性肺疾患(ILD)の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリーを含有してなるパッケージ（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列はILD細胞中で過少発現されるか又は過剰発現されるものである）と、
(iii) 病原体の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリーを含有してなるパッケージ
（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列は細菌、マイコプラズマ、ウイルス、真菌又は酵母に特有のものである）
とからなる医薬キットの使用。
【請求項２０】
グルココルチコイド化合物を含有するパッケージをさらに含有してなる請求項19に記載の医薬キットの使用。
【請求項２１】
医薬キットの使用であって、
(i) PEG化されたIFN-γを含有してなるパッケージと、
(ii) 間質性肺疾患(ILD)の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリーを含有してなるパッケージ（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列はILD細胞中で過少発現されるか又は過剰発現されるものである）と、
(iii) 病原体の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリーを含有してなるパッケージ
（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列は細菌、マイコプラズマ、ウイルス、真菌又は酵母に特有のものである）
とからなる医薬キットの使用。
【請求項２２】
グルココルチコイド化合物を含有するパッケージをさらに含有する請求項21に記載の医薬キットの使用。
【請求項２３】
医薬キットの使用であって、
(i) パーフェニドンを含有するパッケージと、
(ii) 間質性肺疾患(ILD)の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリーを含有してなるパッケージ（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列はILD細胞中で過少発現されるか又は過剰発現されるものである）と、
(iii) 病原体の分子特定用のポリヌクレオチドライブラリーを含有してなるパッケージ
（但し、前記ライブラリーはポリヌクレオチド配列又はその部分配列のプールからなるものであり、前記の配列又は部分配列は細菌、マイコプラズマ、ウイルス、真菌又は酵母に特有のものである）
とからなる医薬キットの使用。
【請求項２４】
グルココルチコイド化合物を含有するパッケージをさらに含有する請求項23に記載の医薬キットの使用。
【請求項２５】
間質性肺疾患(ILD)治療用の医薬を製造するための請求項19〜24に記載の医薬キットの使用。
【請求項２６】
IFN-γを個体に2.0〜3.0μg/kg体重の単一投与量で投与する請求項19〜25に記載の医薬キットの使用。
【請求項２７】
前記グルココルチコイド化合物を個体に100〜150μg/kg体重の単一投与量で投与する請求項19〜26に記載の医薬キットの使用。。
【請求項２８】
インターフェロンγ又はPEG化インターフェロンγを吸入法によって個体に投与する請求項19〜27に記載の医薬キットの使用。
【請求項２９】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の医薬組成物又は請求項19〜28のいずれか１項に記載の医薬キットを個体に投与することからなる間質性肺疾患(ILD)又はその関連する種々の形態を治療する方法。
【請求項３０】
IFN-γを個体に2.0〜3.0μg/kg体重の単一投与量で投与する請求項29に記載の方法。
【請求項３１】
前記グルココルチコイド化合物を個体に100〜150μg/kg体重の単一投与量で投与する請求項29又は30に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、あらゆる形の間質性肺疾患、特に特発性肺線維症(IPFと略記する)の治療を向上させるための候補ポリヌクレオチドの診断アレイと組み合わせたインターフェロンγ(IFN-γと略記する)又はパーフェニドンの生物学的活性を有する化合物の新規な医薬組成物に関する。
【背景技術】
【０００２】
間質性肺疾患
信頼できる診断は、疾病管理、調査、疫学及び特定の治療法の開発にきわめて重要である。
【０００３】
間質性肺疾患（ILDと略記する）は、異質な一群の肺の慢性炎症反応である。様々な形のILDが知られており、例えば、特発性肺線維症(IPFと略記する)、過敏性肺炎、強皮症、全身性エリテマトーデス、慢性関節リウマチ、チャーグ-ストラウス症候群、ヴェーゲナー肉芽腫症、及びグッドパスチャー症候群からなる。このプロセスの特徴は、損傷と、細胞増殖の規則正しい維持を瘢痕の漸進的発育に変える組織修復の過度であるが無意味な試みとの組み合わせにある。この反応の特徴は、繰り返される損傷；増強されたタンパク分解活性及び細胞外マトリックス(ECMと略記する)成分の組成の変化にある。この組み合わせは、変化した細胞性免疫応答と、間葉成長の絶え間ない誘導を招く。
【０００４】
サイトカイニン類、例えば腫瘍壊死因子α、及び成長のメディエータ類、例えばトランスフォーミング成長因子β１（TGFβ１と略記する）が、長い間このプロセスに関係していた。これらのメディエータの中で、TGFβ１は、その間葉成長刺激活性及びその細胞性免疫機能調節能により、おそらくは最も重要なメディエータになっていると思われる。TGFβ１は、動物モデルにおいて過剰発現させた場合には重篤な肺線維症を生じることが知られており(Sime PJ, Xing Z, Graham FL, Csaky KG, Gauldie J., Adenovector-mediated gene transfer of active transforming growth factor β１ induces prolonged severe fibrosis in rat lung. J. Clin. Invest., 1997; 100: 768-76.）、またこのメディエータの著しい過剰発現がヒトの肺線維症で認められる(Broekelmann TJ, Limper AH, Colby TV, McDonald JA., transforming growth factor beta 1 is present at sites of 
extracellularua matrix gene expression in human pulmonary fibrosis.  Proc. 
Natl. Acad. Sci., USA, 1991; 88: 6642-6）。TGFβ１の免疫調節作用は、周知である
（Qin L, Ding Y, Bromberg JS., Gene transfer of transforming growth factor-beta 1 prolongs murine cardiac allograft survival by inhibiting cell-mediated 
immunity.  Hum Gene Ther., 1996; 7: 1981-8;  Gilbert KM, Thoman M, Bauche K, 
Pham T, Weigle WO,  Transforming growth factor-beta 1 induces antigen-specific 
unresponsiveness in naive T cells.  Immunol. Invest., 1997; 26: 459-72; 
Lawrence DA., Transforming growth factor-beta: a general review. Eur Cytokine 
Netw., 1996; 7: 363-74.）。TGFβ１の免疫調節作用としては、インターフェロンγ放出の阻害（Naganuma H, Sasaki A, Satoh E, Nagasaka M, Nakano S, Isoe S, et al.,  
Transforming growth factor-beta inhibits interferon gamma secretion by 
lymphokine-activated killer cells stimulated with tumor cells.  Neurol. Med. 
Chir. Tokyo, 1996; 36: 789-95.）、インターフェロンγ依存性免疫反応の抑制（Lee YJ, Han Y, Lu HT, Nguyen V, Qin H, Howe PH, et al., TGF-beta suppresses interferon gamma induction of class II MHC gene expression by inhibiting class II 
transactivator messenger RNA expression. J. Immunol., 1997; 158: 2065-75.)、及び免疫抑制CD8+リンパ球の誘導（Gray JD, Hirokawa M, Horwitz DA, J. Exp. Med., 180, 1937-1942, 1994.）が挙げられる。実際に、進行性の線維症を有する患者の細胞性免疫の調節は、どんな形であっても数年間認めており、明らかに初期の損傷の種々のメカニズム示す。最近の研究で、特発性肺線維症の進行性の傷が、いわゆるＴヘルパータイプ２(Th２)反応の生成に好都合であるＴリンパ球のサイトカインバランスの移動によって達成されることが証明されている（Prior C, Haslam PL. In vivo levels and in vitro 
production of interferon gamma in fibrosing interstitial lung diseases. Clin. 
Exp. Immunol., 1992; 88: 280-7; Ziesche R, Kink E, Herold C, Podolsky A, Block 
LH., Therapy of chronic interstitial lung disease with a combination of 
Interferon gamma and low-dose prendnisolone. Cheste, 1996; 110: 25S.)。この反応の特徴は、“Th２”サイトカイニン、例えばインターロイキン(IL)-4、IL-10及びIL-13の増加、及びＴヘルパー１型反応の主要なメディエータであるインターフェロンγの減少又は場合によっては完全な喪失にある（Majumdar S, Li D, Ansari T, et al., Tissue 
cytokine profiles of cryptogenic fibrosing alveolitis (CFA) and fibrosing 
alveolitis associated with systemic sclerosis (FASSc) are distinct: 
a quantitative in situ study of open lung biopsies. Eur Respir J., 1999; 14: 
251-7.)。ブレオマイシンで誘発させた肺線維症では、インターフェロンγ遺伝子の転写が７日目以降に低下し、28日目にはもはや検出できない。また線維形成活性を有するIL-13の転写(Romagnani S., Th1/Th2 cells. Inflamm Bowel Dis., 1999; 5: 285-94.; 
Fallon PG, Richardson EJ, McKenzie GJ, McKenzie AN.,  Schistosome  infection of transgenic mice defines distinct and contrasting pathogenic roles for IL-4 and IL-13: IL-13 is a profibrotic agent. J.Immunol., 2000;164:2585-91.)は、７日目に増加し始める。
【０００５】
線維症の慢性炎症反応とは著しく異なり、肺炎マイコプラズマ(M. pneumoniae)に感染した結果としての肺の間質の急性炎症の特徴は、Th１サイトカイン遺伝子とTh２サイトカイン遺伝子の両方の同時転写、すなわちIL-12及びインターフェロンγと、IL-4との両方の同時転写にある。また、この反応は、TGFβ１の転写の増大をおそらくは活性化された組織修復の表れとして含むであろう。あいにく、IPFの通常は遅い認識の結果として、この疾患における初期の細胞現象は、肉眼で確認することができない。しかし、家族性の特発性肺線維症を有し、１年未満の最大労作時の息切れの症状を有する個人のIL-4、インターフェロンγ及びTGFβ１に関するmRNA蓄積の分析は、免疫バランスのシフトと、TGFβ１の転写の強い活性化を既に証明している。特発性肺線維症を有する個体(individual)群において、本発明者らは、TGFβ１遺伝子のmRNA蓄積の量が正常な肺に比べて７倍も高いことを認めた。要するに、本発明者らの観察は、病理学的に強化された修復メカニズムの特徴を明確に証明している。
【０００６】
修復の強さは、ECM成分と細胞成分の両方の強化された代謝回転を生じる炎症のメカニズムによって直接的に影響される。その結果、通常的に種々の病原体によって誘発される慢性炎症は、病理組織修復をさらに悪化させる。
【０００７】
種々の原因物質が知られていたとしても、現在、器官線維症は薬物では十分に治療できない。数百万の人々が、機能器官組織の病理学的再構築による生命器官系のゆっくりした破壊により亡くなっている。この絶え間ない(relentless）プロセスは、主に線維増殖メカニズムによる線維症として又は組織リモデリングとして知られている。唯一の治療は臓器移植であり、これは多数の費用のかかる複雑な問題に関係する。
【０００８】
線維増殖反応は、体の器官全てに関わる。ガス交換肺組織では、それは肺線維症として知られており、気管支ではそれは気管支喘息として知られ、肝臓では、肝硬変として知られ、腎臓では糸球体硬化症として知られ、体循環では動脈硬化症及び冠状動脈硬化症として知られ、そして肺循環では肺高血圧症として知られている。
【０００９】
これらの疾患は、まとめて繊維増殖性疾患として知られている。線維症では、正常な組織が、人体の結合組織及び支持組織の種々の成分によって徐々に置換される。このプロセスは、組織細胞の病理学的に加速された成長に基づくものであり、標準的には規則正しい創傷治癒を達成するであろう。従って、繊維増殖性疾患は、抑制できないほど加速された創傷治癒として定義してもよい。線維症では、機能的な器官組織の置換が、器官機能の完全な喪失が生じるまで継続する。線維増殖疾患の全てについて現在利用できる診断及び治療法は不適当である。
【００１０】
パーフェニドン
パーフェニドンは、コラーゲンの合成を抑制し、多数のサイトカイン類の産生をダウウンレギュレートし且つ線維芽細胞の増殖やサイトカイン類に応答する刺激を遮断すると思われる経口活性の低分子薬である。パーフェニドン（これは多数の線維症の兆候において実証された活性を有する）は、現在、肺、腎臓及び肝臓の線維症について第II相の臨床開発にある、
インターフェロンγ（IFN-γ）
IFN-γは天然糖タンパク質サイトカインであり、他のサイトカイニン類と相乗的に作用して幅広い効果を発揮する。IFN-γは、約17,000の分子量をもつ天然産の糖タンパク質であり、現在では組換え技術によっても商業的に製造できる。
【００１１】
薬物動態学的特性を向上させるために、IFN-γをPEG化により修飾してPEG-IFN-γを得ることができる。注射法の他に、IFN-γは肺に吸入によって投与して望ましくない副作用を減らすことができる。IFN-γは抗ウイルス活性を示し、別のサイトカイン類と一緒にヒトの免疫系内で中心的な免疫調節の役割を果たす（免疫刺激促進又は免疫抑制効果、細胞の活性化及び位置に応じて）。IFN-γの効果としては、MHCクラスII抗原、マクロファージ活性化、Ｂリンパ球からの免疫グロブリン産生の増大及び高められたNK細胞活性が挙げられる。
【００１２】
IFN-γの一般的な抗線維症特性は、十分に文献に記載されている〔Lortat-Jacob H, 
Kleinman HK, Grimaud JA.,  High-affinity binding of interferon-gamma to a 
basement membrane complex (matrigel). J Clin Invest., 1991; 87: 878-83.;  
Narayanan AS, Whithey J, Souza A, Raghu G.,  Effect of gamma-interferon on 
collagen synthesis by normal and fibrotic human lung fibroblasts.  Chest., 1992 May;101(5):1326-31;  Hjelmeland LM, Li JW, Toth CA, Landers MB 3d.  Antifibrotic and uveitogenic properties of gamma interferon in the rabbit eye.  Graefes 
Arch Clin. Exp. Ophthalmol., 1992;230(1):84-90;  Hyde DM, Henderson TS, Giri SN, Tyler NK, Stovall MY., Effect of murine gamma interferon on the cellular 
responses to bleomycin in mice.  Exp. lung. Res., 1988; 14(5): 687-704.〕。IFN-γが線維形成の量の減少と共にTGF-β１の発現の低下を引き起こすことは、既に立証されている〔Giri SN, Hyde DM, Marafino BJ Jr.,  Ameliorating effect of murine 
interferon gamma on bleomycin-induced lung collagen fibrosis in mice.  Biochem. Med. Metab. Biol., 1986 Oct; 36(2): 194-7.〕。IFN-γを臨床条件下で使用すると、
TGF-β１の転写及びCTGFの転写が治療の６ヵ月後に著しく減少する(Ulloa L、Doody J、
Massague J. Inhibition of transforming growth factor-beta/SMAD signalling by 
the interferon-gamma/STAT pathway. Nature, 1999; 397: 710-3.)。IFN-γの投与を受けているIPFを患う個体の肺機能の同時向上は、肺線維症を有する個体の間葉活性化が少なくとも部分的にはTGF-β１及びCTGFの絶え間ない過剰発現に依存するという仮説について、さらなる支持を与えている(Ziesche R, Hofbauer E, Wittmann K, Petkov V, Block LH,. A preliminary study of long-term treatment with interferon gamma-1b and 
low-dose prednisolone in individuals with idiopathic pulmonary fibrosis. 
N. Engl. J. Med., 1999; 341: 1264-9; 欧州特許出願公開第0795332A2号公報)。さらにまた、これらの結果は、IFN-γの後天性欠乏症が進行性の臓器線維症に特徴的な過度の創傷治癒プロセスの一つの理由であり得ることを示唆している。
【００１３】
IFN-γは、最初の臨床適用可能な抗線維症薬であることが明らかにされた。内因性物質として、IFN-γは体内の存在条件に応じた多面発現効果を有する。IPFにおけるような過度の、しかし非炎症性又は低炎症性の創傷治癒の場合には、薬物は強力な高度に有益な抗線維性を発揮する。しかし、付随する感染症、例えば慢性の細菌性、ウイルス性又は真菌性感染症の存在下では、前記薬物は炎症プロセスを助長し、場合によっては組織修復を増強することによって繊維形成プロセスを強化するであろう。
【００１４】
従って、薬物の安全で効果的な使用に関しては、薬物を施用する前に組織応答の状態を分子的に調べることが必要である。創傷治癒の種々の因子の強化された転写の存在下でIFN-γについて遺伝子のmRNA転写の欠如は、調節解除された創傷治癒それ自体の結果としての線維症と、強められた炎症の結果としての線維症との間で最初の漠然としたディスクリミネーター(discriminator)として機能し得る。動物モデルでの肺線維症における遺伝子発現パターンを分析する最初の試みは、線維形成プロセスそれ自体と付随するメカニズムとの間を識別するためにこのツールの能力を立証している〔Kaminski et al., Proc. 
Natl. Acad. Sci., USA, 2000 Feb 15; 97(4): 1778-83. Global analysis of gene 
expression in pulmonary fibrosis reveals distinct programs regulating lung 
inflammation and fibrosis; Katsuma et al., Biochem. Biophys. Res. Commun., 2001 Nov 9; 288(4): 747-51. Molecular monitoring of bleomycin-induced pulmonary by 
cDNA microarray-based gene expression profiling〕。分子診断（病気にかかったILD患者と定量的、特異的発現の明確な相違を有する対照群 −健常者又は種々の肺疾患を患う患者− と比較した病気にかかったILD患者の転写分析）を臨床条件下でIFN-γ又はパーフェニドンのような有効性が証明された抗線維症薬と組み合わせた薬物治療は、これらの多機能疾患の最初の生物医学に基づいた治療に必須のステップを提供する。
【００１５】
要約すれば、IFN-γ療法の実際の有効性は、主として４つの条件：
(a) 肺組織におけるIFN-γ欠乏の証拠（証明）；
(b) 予め存在するか又は治療中に獲得される感染症又は他の炎症条件のコントロール；
(c) 間質性肺疾患を有すると疑われる患者の遺伝子発現プロファイル；
(d) 病気に関連した症状の期間であって、完成した瘢痕化の程度を反映する期間
に依存する、
臨床経験は、種々様々な病原体に起因して強められた炎症の反復状態がILDの治療におけるIFN-γの不足(failure)についての最も一般的な理由であることを示唆している。従って、炎症及び感染症、特に末梢気管支における炎症及び感染症の臨床及び分子コントロールが、IFN-γを用いた抗線維症治療の成功にとって極めて重要である。
【００１６】
従って、医薬組成物にパーフェニドン又はIFN-γを候補ポリヌクレオチドの診断アレイ（遺伝子チップ）と共に使用する新規な医薬を用いて肺疾患、特にILD 及びその種々の派生型（subforms）の治療を向上させることが本発明の研究の目的である。
【００１７】
疾患関連遺伝子発現プロフィール
ヒトゲノム配列プロジェクトの配列決定が完了した折には、生物医学研究はゲノムについて大規模に調査を行うことができることにより革命的に変えられるであろう：
Arch Ophthalmol 2001 Nov; 119(11): 1629-34
Microarray analysis of gene expression in human donor corneas.
Jun AS et al.
Ann Surg 2001 Dec; 234(6): 769-78; discussion 778-9 
Identification of disease-specific genes in chronic pancreatitis using DNA array technology.
Friess H et al.
DNA Cell Biol 2001 Nov; 20 (11) : 683-95 
A gene expression profile of Alzheimer's disease
Loring JF et al.
Pharmacogenomics J 2001; 1 (4): 272-87
Molecular classification of psoriasis disease-associated gene through pharmacogenomic expression profiling 
Oestreicher JL et al.
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１８】
遺伝子発現技術は、もしかすると全てのヒト遺伝子の発現をメッセンジャーRNAのレベルで調べるための手段として、普及した用途を次第に獲得しつつある。遺伝子特異的配列（オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド又はcDNA）は、アレイ上に固定され、ヒト生検試料及びその他のヒト材料（それぞれメッセンジャーRNAから転写される）由来のそれぞれの試料のcDNAの混合物により代表される複合プローブとハイブリダイズされ、次いで種々の色素で標識される。ハイブリダイズされたスライドを、感受性走査法を用いて分析する。遺伝子配列を含む遺伝子チップは、生物学的試料の発現パターンの迅速且つ優れた概要（overview）を送達する。従って、全ゲノム遺伝子発現分析は、病因の新たな洞察を提供し、所定の検出範囲で表面上類似する疾患同士の間の未だ知られていない生物学的遺伝子発現の変化を解明し、正確な診断に価値のある新規な分類体系をもたらす。
【００１９】
重要な用途としては、
(a) 疾患プロセスに寄与する定性的及び定量的な遺伝子発現プロフィールのより包括的な理解の進展；
(b) 新規な診断及び予後指標並びに治療反応のバイオマーカーの発見；
(c) 薬物開発のための新規な分子ターゲットの特定及び確認；
(d) 主要な特定及び最適化の間の作用の分子様式の改良された理解の提供；
(e) より具体的及び効率的な治療戦略の設計；
(f) 開発及び毒物学研究中の可能性のある副作用の予測；
(g) 仮説を試験する臨床試験中の作用の分子様式の確認；
(h) 薬物感受性及び抵抗性の付与に関わる遺伝子の特定；
(i) 薬物から恩恵を受ける可能性が最も高い患者の予測及び一般的な薬理ゲノミクス研究における使用
が挙げられる。
【００２０】
さらなる技術改良の結果として、アレイをベースとする(array-based)遺伝子チップは、大部分の疾患、特に線維増殖プロセスに関係する疾患の機能的な複雑さを考えると、患者に適応させた治療のために個々の遺伝子発現パターンを同定し、定量することにおいて及び個々の患者について薬物の効果を予測するための方法を確立することにおいて臨床処置に必須のパーツとなるであろう。炎症性疾患がある種の遺伝子及び／又は遺伝子クラスターの活性の定性的及び定量的変化を反映することを考慮すると、分子評価は薬物治療のより高い特異性及び効果を可能にし、医薬組成物の不可欠な部分とみなされるであろう。
【００２１】
この目標を達成するために、新規な分子マーカー及び進行のマーカーが、改良された病気分類(staging)及び複雑な疾患の診断及び治療のよりよい評価に必要とされる。治療と組み合わせた遺伝子発現プロファイル法は、疾患のかかる病理-生理学的に関連のあるマーカーを見つけ出す機会を提供する。
【００２２】
本明細書の開示の内容において、多数の用語が利用される。
【００２３】
“ポリヌクレオチド”という用語は、一本鎖のRNA又はDNAの重合体であって場合によっては合成、非天然又は変性ヌクレオチド塩基を含んでいてもよい一本鎖のRNA又はDNAの重合体をいう。DNAの重合体の形のポリヌクレオチドは、cDNA、ゲノムcDNA 又は合成DNAの１つそれ以上のセグメントからなっていてもよい。
【００２４】
“配列”という用語は、核酸の長い配列の一部分からなる核酸の配列をいう。
【００２５】
“支持体上に固定化された”という用語は、支持体上に直接的又は間接的に結合されること、例えば共有結合、水素結合、イオン相互作用、疎水性相互作用、その他による結合を意味する。
【００２６】
本発明の要旨は、ヒト材料において選択された候補遺伝子のmRNA発現レベルを定性的に及び定量的に研究することを可能にするポリヌクレオチドアレイに関する。
【００２７】
ポリヌクレオチド又はDNAアレイは、固体支持体又は基材、例えばナイロン膜、スライドガラス、ガラスビーズ又はシリコンチップ上に規則正しい順序でスポットされた多数のDNA分子からなる。前記アレイ上のそれぞれのDNAスポットの大きさに応じて、DNAアレイは、マイクロアレイ（それぞれのDNAスポットは250ミクロンよりも小さい直径を有する）及びマクロアレイ（スポットの直径は300ミクロンよりも大きい）として分類できる。使用する固体支持体のサイズが小さい場合には、アレイはまたDNAチップとも呼ばれる。使用するスポット法に応じて、ガラスマイクロアレイ上のスポットの個数は数百から数万の範囲に及び得る。
【００２８】
DNAマイクロアレイは、様々な用途、例えば遺伝子発現プロファイル、デノボ遺伝子配列決定、遺伝子突然変異分析、遺伝マッピング及びゲノタイピングに役立つ。cDNAマイクロアレイは、cDNAライブラリーから単離される別個のcDNAを用いて印刷される。従って、それぞれのスポットは、それぞれ個々のmRNAから誘導されることから発現された遺伝子を表す。
【００２９】
典型的には、遺伝子の発現を監視する方法は、 
(1) RNA転写物から誘導される標的遺伝子又は核酸のRNA転写物を含有する試料ポリヌクレオチドのプールを得；
(2) 前記の試料ポリヌクレオチド又はRNA転写物から誘導される核酸を、プローブ（例えば、ポリヌクレオチドライブラリー例えば対照プローブから得られるポリヌクレオチド）のアレイにハイブリダイズし、次いで
(3) ハイブリダイズされた二本鎖ポリヌクレオチド／核酸を検出する
ことを伴う。ポリヌクレオチド試料をマークするのに使用される標識は、放射性標識、比色標識、酵素標識、分子増幅標識、生物発光標識又は蛍光標識からなる群の中から選択される。
【００３０】
本発明はまた、前記のポリヌクレオチドライブラリーであって、前記のポリヌクレオチドがポリヌクレオチドアレイを形成するために固体支持体上に固定されているポリヌクレオチドライブラリーに関する。
【００３１】
好ましくは、固体支持体は、ナイロン膜、スライドガラス、ガラスビーズ、又はシリコンチップからなる群から選択される。
【００３２】
本発明は、特発性肺線維症(IPF)のような線維性間質性肺疾患の分子特定に有用なポリヌクレオチドライブラリーであって、ポリヌクレオチド配列又はその部分配列を含み、前記の配列又は部分配列がIPFに罹患した細胞中で過少発現又は過剰発現されるものであるポリヌクレオチドライブラリーに関する。
【００３３】
好ましくは、一組の配列は、種々の肺疾患を有する患者由来の細胞に対するIPF細胞の高められた遺伝子発現レベルを表す下記のリストに示される候補遺伝子からなる遺伝子の群により定義されるか、該遺伝子群に相互に関連があるか又は該遺伝子群から誘導される配列を有するオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドプローブの中から選択される：
PTH-反応性骨肉腫Ｂ1タンパク質、AF095771.1、
matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily f, 
member 1, AF231056.1、
deleted in lung and esophageal 1 (DLEC1)、NM_007337.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DQ β1、AW276186、
SBクラスII組織適合抗原α鎖、AI128225、
ムチン４、気管気管支、AJ242547.1、
フォークヘッド・ボックスＪ1 (FOXJ1)、U69537.1、
仮想タンパク質 FLJ21616、NM_024567.1、
神経特異的転写因子DAT1、AF258348.1、
造血PBX相互作用性タンパク質、BF344265、
プロリンオキシダーゼ同族体、AA074145、
ムチン５、サブタイプＢ、気管気管支、AI697108、
ゴルジ膜タンパク質GP73、AF236056.1、
ATPクエン酸リアーゼ、U18197.1、
NG22タンパク質、NM_025257.1、
cDNA DKFZp434A2322、AL137706.1、
肝細胞核因子３、α、U39840.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DQ alpha １、X00452.1、
ミオシン調節Ｌ鎖２、平滑筋イソ型、J02854.1、
プレキシンＢ1、AV693216、
ピルビン酸キナーゼ、筋肉、BC000481.1、
テトラスパニンTM4-C、AF133425.1、
インスリン様増殖因子結合タンパク質２ (36kD)、BC004312.1、
FLJ13945 fis、clone Y79AA1000969、AU160041、
仮想タンパク質 DKFZp586M1120、NM_031294.1、
CD24シグナルトランスデューサー、L33930、
仮想タンパク質 FLJ23571、NM_025111.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼＭ２(筋肉)、M63509.1、
カドヘリン１、１型、Ｅ-カドヘリン (表皮)、L08599.1、
NTT5タンパク質、AF265578.1、
リポカリン２(癌遺伝子24p3)、NM_005564. 1、
筋緊張性ジストロフィーキナーゼ (DMキナーゼ)、L08835、
脱共役タンパク質２ (ミトコンドリア、プロトンキャリア)、U76367.1、
ダイニン中間体鎖２、NM_023036. 1、
ジスコイジン受容体チロシンキナーゼイソ型ｂ、ジスコイジン ドメイン受容体ファミリー、メンバー１、NM_001954.2、
スペルマ結合抗体６、AF079363.1、
仮想タンパク質 FLJ23049、NM_024687.1、
鼻咽頭上皮特異的タンパク質１、AF094758.1、
核受容体サブファミリー４、グループＡ、メンバー２、NM_006186.1、
仮想タンパク質 FLJ22215、BC003543.1、
非特異性交差反応性抗原、M18728.1、
アミラーゼ、α１A；唾液 (AMY1A)、NM_004038.1、
癌胎児性抗原関連細胞接着分子６（非特異的交差反応性抗原)、BC005008.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼサブユニット４ (EC 2.5.1.18)、X08020.1、
SH3含有タンパク質 SH3GLB2、AF257319.1、
KDEL(Lys-Asp-Glu-Leu)小胞体タンパク質保持受容体１、NM_006801.1、
anterior gradient 2 (Xenepus laevis) homolog、AF038451.1、
sv7-MUC4 アポムチン、ムチン４、気管気管支、AJ242547.1、
stratifin、BC000329.1、
結合性組織成長因子、M92934.1、
シトクロムP450-IIB (hIIB3)、M29873.1、
フィラミンＡ、α(アクチン結合タンパク質-280)、AW051856、
膜糖タンパク質LIG-1、AB050468.1、
E74様因子３（etsドメイン転写因子、上皮特異的)、U73844.1、
エラスチン(大動脈弁上狭窄症、ウイリアムズ-ビューレン症候群)、M36860.1、
エフリン受容体EPHA3、AF213459.1、
フィブリリン１(マルファン症候群)、L13923.1、
discs、large (ショウジョウバエ) homolog 1、U13896.1、
リジルオキシダーゼ様１(LOXL1)、L21186.1、
calumenin、U67280.1、
男性生殖細胞結合キナーゼ、NM_005906.2、
プレクチン１、中間体フィラメント結合タンパク質、500kD、Z54367、
ペルオキシソーム生合成因子１、AF026086.1、
マスト細胞トリプターゼβIII、AF099143、
毛細血管拡張性運動失調グループＤ結合タンパク質、AF230388.1、
仮想タンパク質 FLJ10921、NM-018272. 1、
ビグリカン、BC002416.1、
BLuタンパク質、AC002481、
CGI-92タンパク質、AF151850.1、
adaptor-related protein complex 1、mu 2 subunit、BC003387.1、
ケラチン15、BC002641.1、
Ｂ7タンパク質、U72508.1、
S100カルシウム結合タンパク質Ａ2、BC002829.1、
MUF1タンパク質、BC004953.1、
コレステロール25-ヒドロキシラーゼ、AF059214.1、
シチジン一リン酸-N-アセチルノイラミン酸ヒドロキシラーゼ、(CMP-N-アセチルノイラミン酸モノオキシゲナーゼ)、AF074480.1、
ニューロピリン２、AF022859.1、
Fas-相互作用性セリンスレオニンキナーゼ３、ホメオドメイン相互作用性プロテインキナーゼ３、AF305239.1、
a disintegrin and metalloproteinase domain 28 (ADAM28)、transcript variant 2、
AF137334.1、
cDNA DKFZp434A119、AW663632、
補体成分６、J05064.1、
サイトケラチン17、Z19574、
wingless-type MMTV integration site family、member 5A、AI968085、
マトリックスメタロプロテイナーゼ７(matrilysin、uterine)、BC003635.1、
leiomodin 1 (平滑筋)、NM_012134.1、
Cip１相互作用性ジンクフィンガータンパク質、AB030835.1、
サイクリン依存性キナーゼインヒビター１A (p21、Cip1)、BC000275.1、
インテグリン、α7、AF032108.1
DKFZP586G011タンパク質、BG289527、
脂肪酸結合プロテイン６、ileal (gastrotropin)、U19869.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼＭ４、M96234.1、
Ras-related associated with diabetes、L24564.1、
claudin 3、AB000714.1、
マトリックスメタロプロテイナーゼ10 (ストロメライシン２)、BC002591.1、
fibulin 2、NM_001998.1、
セリンスレオニンキナーゼ11 (STK11)、AF035625、
真核細胞翻訳開始因子１Ａ：AF000987.1、
DEADH(Asp-Glu-Ala-AspHis)ボックスポリペプチド：AF000985.1、
リボソームタンパク質Ｓ４：AF116711.1、
ユビキチン特異的プロテアーゼ９：AF000986.2、
SMC (mouse) homolog：U52191.1、
ミエリン塩基性タンパク質：L18865.1、
S100カルシウム結合タンパク質：NM_005980.1、
Jagged2 (JAG2)：AF003521.1、
潜在的トランスフォーミング成長因子β結合タンパク質４：NM_003573.1、
微小管結合タンパク質、RPEB family、member 3：AB025186.1、
Unknown (protein for MGC: 2854)：BC003629.1、
clone=IMAGE-2406340：AI830563、
アクアポリン３のAQP3遺伝子(水チャンネル)：AB001325、
cDNA DKFZp434A119、
有窓上皮結合構造タンパク質(FELS)、PV1タンパク質(PLVAP)：AF326591.1、
LUNXタンパク質；PLUNC (plate lung and nasal epithelium clone)；tracheal 
epithelium enriched protein (LOC51297)：AB024937.1、
RAB、RAS癌遺伝子ファミリー様２Ａのメンバー：AF095350.1、
染色体11読み取り枠16：NM_020643.1、
仮想タンパク質 FLJ23049：NM_024687.1、
仮想タンパク質 FLJ11767：NM_024593.1、
ダイニン、軸糸、中間体ポリペプチド：AF091619.1、
脳特異的タンパク質 (LOC51673)：AF132972.1、
MUC4アポムチン、ムチン４、気管気管支：AJ242547.1、
ミオトニンプロテインキナーゼ(DM)：M87313.1、
サイトケラチン４：X07695.1、
KIAA0362遺伝子、MCF.2細胞誘導トランスフォーミング配列様：AB002360.1、
サイトケラチン17：Z19574、
LIMドメインタンパク質：BC003096.1、
E74様因子３(etsドメイン転写因子、上皮特異的)：U73844.1、
脂肪酸結合タンパク質６、ileal (gastrotropin)：U19869.1、
精子結合抗原６：AF079363.1、
eyes absent (ショウジョウバエ) homolog 2：U71207.1、
ホスファチジン酸性ホスファターゼタイプ２Ｃ：BC002806.1、
エポキシドヒドロラーゼ２、細胞質内：AF233334.1、
チューブリン、β、２：BC002783.1、
熱ショック 105kD：D86956.1、
ビリン２(エズリン)：J05021.1、
a disintegrin and metalloproteinase domain 28 (ADAM28)、transcript variant 3、
AF137335.1、
deleted in lung and esophaegeal cancer 1：NM_007337.1、
アラキドン酸15-リポキシゲナーゼ：NM_001140.1、
UDPグリコシルトランスフェラーゼ１ファミリー、ポリペプチドＡ１：M57899.1、
仮想タンパク質 PR02834：AF119903.1、
レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、７(ガレクチン７)：L07769.1、
Ｂ７タンパク質：U72508.1、
エフリン受容体EPHA3：AF213459.1、
フォークヘッドボックスＪ１：U69537.1、
BLuタンパク質：U70824.1、
アルデヒドデヒドロゲナーゼ３ family、member A1：BC004370.1、
NG22タンパク質：NM_025257.1、
small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys)、member 14：NM_004166.1、
cystein-rich protein 1 (intestinal)：BC002738.1、
RAYRAB1Cに類似すると推定されるGTP結合タンパク質：BC000566.1 
インテグリン、β４：NM_000213.1、
セリン（又はシステイン）プロテイナーゼ阻害剤、clade B (卵白アルブミン)、メンバー５(SERPINB5)：U04313.1、
Ras-related associated with diabetes：L24564.1、
肝白血病因子：M95585.1、
ケラチン15：BC002641.1、
核受容体サブファミリー４、グループＡ、メンバー２：NM_006186.1、
シアリルトランスフェラーゼ：U14550.1、
グルタチオン S-トランスフェラーゼ、ドメインＭ２ (筋)：M63509.1、
仮想タンパク質 FLJ13110：NM_022912.1、
S100カルシウム結合タンパク質Ａ２：NM_005978.2、
コラーゲン、VII型、α１（epidermolysis bullosa、dystrophic、dominant and 
recessive)：L02870.1、
claudin 3：AB000714.1,
インスリン様増殖因子結合タンパク質６：BC003507.1、
線維芽細胞成長因子受容体２(細菌発現キナーゼ、ケラチノサイト成長因子受容体、頭蓋顔面骨形成不全症１、クルゾン症候群、プファイファー症候群、ジャクソン−ウェイス症候群)：M80634.1、
インスリン様増殖因子１受容体：NM_000875.2、
インスリン様増殖因子結合タンパク質２(36kD)：M35410.1、
毛細血管拡張性運動失調グループＤ結合タンパク質、AF230388.1、
ケラチン５(単純型先天性表皮水疱症、Dowling-MearaKobnerWeber-Cockayne型)：
M21389.1、
ダッフィー血液型：U01839.1、
トランスフォーミング成長因子β１、NM_000660、
（但し、オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドプローブは、それぞれの候補遺伝子について挙げたそれぞれのアクセッション番号によって提供される配列データによって仲介される構造情報を基準として得ることができる）。
【００３４】
配列のさらに別の組は、種々の肺疾患を有する患者由来の細胞に対するIPF細胞の低下した遺伝子発現レベルを表す下記のリストに示される候補遺伝子からなる遺伝子の群により定義されるか、該遺伝子群に相互に関連があるか又は該遺伝子群から誘導される配列を有するオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドプローブの中から選択される：
sorting nexin 10 (SNX10)、AF121860.1、
ホスホリパーゼＡ２、グループIIA (血小板、滑液)、M22430.1、
ヘモグロビンα-１グロビン鎖(HBA1)、AF349571.1、
マクロファージスカベンジャーレセプター１、AI299239、
界面活性物質、肺結合タンパク質Ｃ、BC005913.1、
disintegrin protease(M12.219)、NM_014479.1、
レチノール結合タンパク質４、腸内、AF119868.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DRβ3、M27635.1、
脂肪分化関連タンパク質、BC005127.1、
ヘモグロビン、δ、NM_000519.2、
β-2-ミクログロブリン、AW188940、
ヘモグロビンα2、BC005931.1、
タンパク質Ｃ受容体、上皮 (EPCR)、L35545.1、
チモシン、β10、M92381.1、
アポリポタンパク質Ｃ-Ｉ、W79394、
仮想タンパク質、AL133067.1、
プロテオグリカン４、(巨核球刺激因子、関節表層帯タンパク質)、U70136.1、
テトラネクチン（プラスミノーゲン結合タンパク質)、NM_003278.1、
血小板第４因子、M25897.1、
組織因子経路阻害剤２、BC005330.1、
脂肪酸結合タンパク質４、脂肪細胞、BC003672.1、
カテプシンＢ(CTSB)、M14221.1、
貫膜４スパーファミリー メンバー１、M90657.1、
MHCクラスＩ HLA-B51主要組織適合複合体、クラスＩ、E、M31183.1、
上皮PASドメインタンパク質１、U51626.1、
Apo-2 リガンド腫瘍壊死因子(リガンド)スパーファミリー、member 10、U37518.1、
ハプトグロビン関連タンパク質、NM_020995.1、
Rhoグアニン交換因子(GEF)12、AF119898.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DR β５、M11867.1、
インターフェロン、γ-誘導タンパク質30、AF097362.1、
フェリチン、Ｌ鎖ポリペプチド、BG537190、
プロサポシン (異型ゴーシェ病及び異型 異染性白質萎縮症)、BC004275.1、
カルシウム結合タンパク質Ａ４(calvasculin、metastasin,)、NM_002961.2、
ヘモグロビン、β、M25079.1、
CDW52抗原 (CAMPATH-1 抗原)、BC000644.1、
アルデヒドデヒドロゲナーゼ１ファミリー、member A2、AB015226.1、
カテプシンＺ、AF032906.1、
MHC HLA-B39主要組織適合複合体、クラスＩ、Ｂ、L37880.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DQ α１、M33906.1、
線維芽細胞成長因子９(グリア活性化因子)、D14838.1、
ヘモグロビン、α2、AF097635.1、
トランスフェリン受容体 (p90、CD71)、BC001188.1、
補体成分３(Ｃ３)、K02765.1、
cDNA DKFZp564D066、AL050025.1、
補体成分１、小成分q、βポリペプチド、NM_000491.2、
small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys)、member 18、pulmonary and 
activation-regulated、AB000221.1、
reticulon 1、L10333.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DR β１、M33600.1、
ハプトグロビン、L29394.1、
酸性ホスファターゼ５、酒石酸抵抗性、J04430.1 
シトクロムP450、サブファミリー XXVIIA (ステロイド 27ヒドロキシラーゼ、脳腱黄色腫症)、ポリペプチド１、M62401.1、
CD36抗原 (コラーゲンＩ型受容体、トロンボスポンジン受容体)、M24795.1、
カルビンジン２、(29kD、カルレチニン)、NM_001740.2、
α-2-HS-糖タンパク質、BG538564、
cDNA DKFZp564A132、AL049963.1、
フィブロネクチン１、AF130095.1、
ホスホジエステラーゼ４Ｃ、cAMP特異的、NM_000923.1、
転写因子７(Ｔ細胞特異的、HMG-ボックス)、NM_003202.1、
found in inflammatory zone 3 (FIZZ3)、AF323081.1、
claudin 15、NM_014343.1、
カルボキシペプチダーゼＢ１(組織)、M81057.1、
仮想タンパク質 FLJ14054、NM_024563.1、
骨髄間質細胞抗原１、D21878.1、
インターロイキン７受容体、M29696.1、
プロコラーゲン Ｃ-エンドペプチダーゼエンハンサー２、AF098269.1、
カルシウム結合タンパク質Ａ８(calgranulin A)、AW238654、
cDNA DKFZp564D193、AL049252.1、
主要組織適合複合体、クラスII、DP β１、J03041.1、
ヒト白血球抗原Ｃα鎖、主要組織適合複合体、クラスＩ、Ｃ、AK024836.1、
BCM様膜タンパク質プレカーサー、AF144235.1、
CD14抗原、M86511.1、
肺胞界面活性物質タンパク質(SP5)、J03553、
シグナル伝達物質及び転写１の活性化物質、91kD、BC002704.1、
ウィルムス腫瘍１(WT1)、転写物変種Ｄ、NM_024424.1、
アネキシンＡ８、BC004376.1、
コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体、MARCO、AF035819.1、
界面活性物質、肺胞結合タンパク質Ａ２、NM-006926.1、
solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, serotonin)、member 4、
L05568.1、
キチナーゼ１(キトトリオシダーゼ)、U29615.1、
肺Ｉ型細胞膜結合糖タンパク質、AU154455、
フィブロネクチンロイシン富化貫膜タンパク質２、AB007865.1、
γ-アミノ酪酸(GABA)Ａ受容体、α５、BF966183、
仮想タンパク質 FLJ12983、NM_024856.1、
sialophorin (gpL115、ロイコシアリン、CD43)、J04536.1、
脳変性関連タンパク質 (34kD)、M16965.1、
ヒドロキシ酸オキシダーゼ２(長鎖)、ヒドロキシ-δ-5-ステロイドデヒドロゲナーゼ (３β-及びステロイド δ-イソメラーゼ２)、AL359553、
CLONE=IMAGE：1032795=Hs.83623 nuclear receptor subfamily 1、group I、member 3、
small inducible cytokine subfamily C、member 2: NM_003175.1、
ブタアシルノイラミン酸リアーゼ類似の仮想タンパク質：NM_030769.1、
フィブリノーゲン、γポリペプチド：AF118092.1、
トロンボスポンジン１：NM_003246.1、
SAMドメイン、SH3ドメイン及び核内局在シグナル、１：AF222927.1、
キチナーゼ３様１(軟骨糖タンパク質-39)：M80927.1、
カテプシンＺ：AF032906.1、
CLONE=IMAGE：3579023 collagen、type XIV、α１(undulin)、
塩素イオン細胞内チャンネル２：NM_001289.2、
インターフェロン-γで誘導したモノカイン：NM_002416.1、
KIAA0433タンパク質：NM_015216.1、
腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質６：NM_007115.1、
シグナル伝達物質及び転写１の活性化物質、91kD、BC002704.1、
トロンボスポンジン２：L12350.1、
コラーゲン、IV型、α３(グッドパスチャー抗原)：NM_000091.1、
インテグリン、β様１ (with EGF-like repeat domains)：AF072752.1、
ジユビキチン：NM_006398.1、
プロテアーゼ、システイン、１(legumain)：D55696.1、
シトクロムP450、サブファミリー I (ダイオキシン誘導性)、ポリペプチド１(緑内障３、初期乳児期)：U03688.1、
インテグリン、α１：X68742.1、
GABA-B受容体、Ｇタンパク質連結受容体51：AF056085.1、
KIAA1199タンパク質：AB033025.1、
コラーゲン、Ｖ型、α２：NM_000393.1、
インターロイキン13受容体、α２：U70981.1、
内部ミトコンドリア膜８(酵母)ホモローグＡのトランスロカーゼ：BC005236.1、
ステロイドスルファターゼ(ミクロソーム)、アリールスルファターゼＣ、イソ酵素Ｓ：
M16505.1、
CLONE=IMAGE：1982571 ATPase、H+transporting、lysosomal(空胞プロトンポンプ) 9kD、
プロテオグリカン４、(巨核球刺激因子、関節表層帯タンパク質)、U70136.1、
ニドゲン(enactin)：M30269.1、
KIAA1598タンパク質：AU157109、
血管細胞接着分子１：M60335.1、
グアニル酸結合タンパク質１、インターフェロン誘導性、67kD：BC002666.1、
cDNA DKFZp586E1124、
アポリポタンパク質Ｈ(β-2-糖タンパク質Ｉ)：M62839.1、
リボソームタンパク質L37a：BE857772、
cDNA DKFZp564A132、
カテプシンＳ：M86553.1、
a disintegrin and metalloproteinase domain 9 (meltrin γ) (ADAM9)：U41766.1、
ジンクフィンガータンパク質331：AF272148.1、
リソソーム結合膜タンパク質２：J04183.1、
カルボキシペプチダーゼＭ：NM_001874.1、
コラーゲン、Ｉ型、α２：NM_000089.1、
P311タンパク質：U36189.1、
KIAA0372遺伝子産物：AB002370.1、
ヒトＴ細胞特異的タンパク質 RANTES：M21121、
インターフェロン-γ-誘導性インドールアミン 2,3-ジオキシゲナーゼ(IDO)：M34455.1、
仮想タンパク質 FLJ10430：NM_018092.1、
転写因子ISGF-3：M97935、
インターロイキン１受容体様１(IL1RL1)：NM_003856.1、
putative alpha chemokine (H174)、small inducible cytokine subfamily B (Cys-X-Cys)、member 11：AF002985.1、
small inducible cytokine subfamily B (Cys-X-Cys)、member 10：NM_001565.1、
中胚葉特異的転写物(マウス)ホモローグ：BC002413.1、
カルボキシペプチダーゼ Ｂ様タンパク質：AB011969.1、
CD2抗原(p50)、ヒツジ赤血球細胞受容体：M16445、
インターフェロン、α-誘導性タンパク質 (クローンIFI-6-16)：NM_022872.1、
RASグアニル放出タンパク質１(カルシウム及びDAG調節される)：AF081195.1、
リパーゼ、内皮：AF118767.1、
脂肪酸-補酵素Ａリガーゼ、長鎖４：NM_022977.1、
klotho：AB005142.1、
コンドロイチン硫酸プロテオグリカン２(バーシカン)：NM_004385.1、
仮想タンパク質、骨芽細胞で発現される：AB000115.1、
CD14抗原：M86511.1、
CGI-83タンパク質：BC000878.1、
ロイシンアミノペプチダーゼ：AF061738.1、
UDP-Gal：βGlcNAc β 1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド３：
AB050855.1、
プロトカドヘリンα12：AF152308.1、
ニューログリカンＣ：AF059274、
ニューロリギン：AI338338、
HSPC156タンパク質：AF161505.1、
仮想タンパク質 FLJ13310：NM_025118.1、
好酸球走化性サイトカイン(TSA1902)：AB025008.1、
アミノペプチダーゼ：AF191545.1、
セマホリン sem2：AB029496.1、
プロトカドヘリン12：AF231025.1、
Ｘ輸送体タンパク質３：NM_020208.1、
貫膜４スパーファミリーメンバー(テトラスパンNET-2)：AF124522.1、
仮想タンパク質 FLJ10970：NM_018286.1、
パーフォリン１(細孔形成タンパク質)：M28393.1、
中性キラー細胞グループ７配列：NM_005601.1、
仮想タンパク質 DKFZp761N09121：BF435376、
インテグリン、α４(抗原CD49D、VLA-４受容体のα４サブユニット)：BG532690、
キチナーゼ３様２：U58515.1、
FYN癌遺伝子：N20923、
リラキシン１ (H1)：BC005956.1、
ヒドロキシプロスタグランジンデヒドロゲナーゼ15-(NAD)：U63296.1、
スルホトランスフェラーゼファミリー、細胞質ゾル、1C、メンバー１：AF186254.1、
TGF-bスパーファミリー受容体Ｉ型：L17075.1、
グランザイムＢ(グランザイム２、細胞毒性Ｔリンパ球結合セリンエステラーゼ１)：
M36118.1、
シスタチンＦ(ロイコシスタチン)：AF031824.1、
Ｇタンパク質シグナル伝達-Ｚのレギュレーター (RGSZ1)：AF060877.2、
クローンMGC：12387：M16942.1、
亜鉛-α2-糖タンパク質：D90427.1、
BCG誘導膜内在性タンパク質 BIGMo-103：AB040120.1、
ネクチン様タンパク質２(NECL2)：AF132811.1、
CD209抗原様：AB015629.1、
solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, serotonin)、member 4：
L05568.1、
MAD (mothers against decapentaplegic、ショウジョウバエ) homolog 6：U59914.1、
latrophilin：AF104939.1、
血小板第４因子：M25897.1、
カルシトニン受容体様：L76380.1、
マトリリン３：NM_002381.2、
solute carrier family 14 (urea transporter)、member 1 (Kidd blood group)：
U35735.1、
インターロイキン７受容体：M29696.1、
MAPキナーゼキナーゼ６(MKK6)、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ７：
U39656.1、
プロトカドヘリン17：AF029343.1、
グラニュリシン：NM_006433.2、
インターフェロン刺激タンパク質、15 kDa (ISG15)：M13755.1、
カドヘリン５、２型、VE-カドヘリン (vascularepithelium)：U84722.1、
トロンボモジュリン：M16552.1、
インターフェロン、α-誘導タンパク質27：NM_005532.1、
インターフェロン-γ、X87308
（但し、オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドプローブは、それぞれの候補遺伝子について挙げたそれぞれのアクセッション番号によって提供される配列データによって仲介される構造情報を基準として得ることができる）。
【００３５】
例えば、オリゴヌクレオチドの設計に使用し得る適当な配列は、the NCBI GenBank 
（http://www.ncbi.nlm.gov/GenBank/index.html）から前記の遺伝子名の後ろに挙げたアクセッション番号を使用してダウンロードし得る。
【００３６】
アクセッション番号は全て、mRNA配列に接近を可能にする；患者のcDNAが逆転写されることから、前記のオリゴヌクレオチドはセンス鎖で有る必要があり、従ってmRNA配列と同じである。好ましくは、ポリヌクレオチド配列又は部分配列のプールは、正常細胞又は非線維化肺疾患を患う患者由来の細胞を、間質性肺疾患、最も好ましくは特発性肺線維症
(IPF)を有する患者の細胞から定性的又は定量的に識別するのに有用なポリヌクレオチド配列に実質的に相当する。
【００３７】
本発明は、IPFと関連がある異なった形で発現されるされるポリヌクレオチドを検出するための医薬組成物のパーツ(part)に関する。前記のパーツは、a) 患者からポリヌクレオチド試料を入手し；次いで b) 工程(a)で得られた試料ポリヌクレオチドを、固体支持体上に固定されたプローブと反応させ（但し、前記プローブは前記のライブラリーのポリヌクレオチド配列からなるか又は前記のライブラリーのポリヌクレオチド配列によってコードされる発現生成物からなる）、且つ c) 適当な薬物のその後の投与のための必要条件として工程(b)の反応生成物を検出することからなる。
【００３８】
また、本発明は、工程(c)の反応生成物の量を対照の試料と比較する本発明の異なった形で発現されるポリヌクレオチド配列を検出する医薬組成物の部分に関する。
【００３９】
異なった形で発現されるポリヌクレオチド配列の検出は、ILDに関連した病気、すなわち特発性肺線維症（IPF）、過敏性肺炎、強皮症、全身性エリテマトーデス、慢性関節リウマチ、チャーグ-ストラウス症候群、ヴェーゲナー肉芽腫症、及びグッドパスチャー症候群を発見、診断、病気分類、監視、予見又は治療するのに使用される。
【００４０】
前記の異なった形で発現されるポリヌクレオチド配列の検出は、前記のポリヌクレオチド配列又は部分配列によってコードされる生成物が、検出が基としている受容体−リガンド反応に関与する場合に特に有用である。
【００４１】
また、本発明は、前記試料が選別されるべき抗ILD薬で処理されている前記の異なった形で発現されるポリヌクレオチド配列を検出することに関する。
【００４２】
また、本発明は、ILD患者から誘導される細胞中で過剰発現されるか又は過少発現される１群のポリヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドのライブラリーに関する。
【００４３】
本発明の具体的な態様は、前記に挙げた所定のポリヌクレオチド配列セット(sets)にそれぞれに含まれるポリヌクレオチド配列の中から選択される少なくとも１種のポリヌクレオチド配列の組み合わせに実質的に対応するポリヌクレオチドライブラリーに関する。
【００４４】
本発明は、少なくとも50％、好ましくは75％、さらに好ましくは100％の所定のセットに含有されるポリヌクレオチドの中から選択される少なくとも１種のポリヌクレオチドを含有するポリヌクレオチドライブラリーであって、正常な個体と、ILD、特にIPFを患う患者とを識別することを可能にするポリヌクレオチドライブラリーに関する。
【００４５】
本発明の具現化に有用なポリヌクレオチド配列ライブラリーは、前記のそれぞれのポリヌクレオチド配列セット(sets)の３´-末端と５´-末端の間に含有される配列であって、関係がある遺伝子の完全な検出を可能にする配列を含有し得る。
【００４６】
本発明はまた、正常細胞をILD患者の細胞と区別するのに有用なポリヌクレオチドライブラリーであって、前記のポリヌクレオチド配列又は部分配列のプールが前記に挙げた所定のポリヌクレオチド配列セットのそれぞれに含まれるポリヌクレオチド配列の中から選択される少なくとも１種のポリヌクレオチド配列の組み合わせに実質的に対応するものであり、正常な個体と、ILD、特にIPFを患う患者とを識別するのに有用なものであるポリヌクレオチドライブラリーに関する。
【００４７】
遺伝子発現における相違は、患者の材料由来の信号が、健常な志願者の材料又は別の病気の材料に由来する比較材料由来の信号よりも少なくとも２倍低いか又は高い場合に異なると認められる。この閾値は、発現アレイの評価について一般的に認められる。
【００４８】
本発明は、さらに遺伝子発現又はゲノムDNAの同定方法であって、病原体(infective 
agents)、例えばILDを有する患者由来の細胞における細胞寄生生物として細菌〔マイコバクテリウム属、マイコプラズマ属、黄色ブドウ球菌、連鎖球菌、ボレリア(Borrelia)属、トレポネーマ・ポリダム(Treponema pallidum)、レプトスピラ・インタロガンス
(Leptospira interrogans)、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）、大腸菌、EPEC、ETEC、EIEC、EHEC サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia enterocolitica）、アエロモナス(Aeromonas)属、カンピロバクター・フィタス（Campylobacter fetus）、モラクセラ・カタラーリス
(Moraxella catarrhalis)、ブルセラ(Brucella)属、トキソプラズマ属、サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）、赤痢菌属、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia enterocolitica）、ビブリオ・コレラ(Vibrio cholerae)、緑膿菌(Pseudomonas 
aeruginosa)、バークホルデリア・セパシア(Burkholderia cepacia)、ステノトロフォモナス・マルトフィリア(Stenotrophomonas maltophilia)、アシネトバクター・バーマニー(Acinetobacter baumanii)、アシネトバクター・カルコアセチカス(Acitenobacter 
calcoaceticus)、クレブシエラ(Klebsiella)属、エンテロバクター(Enterobacter)属、シトロバクター(Citrobacter)属、プロテウス(Proteus)属、セラチア(Serratia)属、モルガネラ(Morganella)、プロビデンシア(Providencia)属、カルジオバクテリウム・ホミニス
(Cardiobacterium hominis)、エイケネラ・コローデンス(Eikenella corrodens)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、カリマトバクテリウム・グラヌロマティス(Calymmatobacterium granulomatis)、バクテロイデス(Bacteroides)属、ポルフィロモナス(Porphyromonas)属、プレボテラ(Prevotella)属、フソバクテリウム(Fusobacterium)属、発疹チフスリケッチア(Rickettsia prowazekii)、バルトネラ・バシリホルミス
(Bartonella bacilliformis)、バルトネラ・ヘンセラエ(Bartonella henselae)、クラミジア(Chlamydia)属〕、酵母、真菌類又はウイルス類（レトロウイルス、アデノウイルス、ヘパドナウイルス、ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、パラミクソウイルス）の遺伝子発現又はゲノムDNAを同定する方法を提供する。
【００４９】
発明の概要
インターフェロンγの医薬組成物を肺疾患を有する患者の遺伝子発現分析と一緒に用いると、肺疾患、好ましくはILD及びILD関連の肺疾患のより早く且つより首尾よい治療をもたらすことが以外にも知見された。従って、発明は、インターフェロンγ又はパーフェニドン及び疾患指向性の遺伝子発現分析を含有してなる新規な医薬組成物及び医薬キットに関する。
【００５０】
要約すれば及びさらに詳しくは、発明は下記の主題に関する：
・  医薬組成物であって、
(i) 場合によっては製薬学的に許容し得る担体、希釈剤又は賦形剤と一緒であってもよいインターフェロンγ (IFN-γ)、PEG化された(PEG)IFN-γ、又はパーフェニドンと、
(ii) 間質性肺疾患を有する患者の遺伝子発現分析(遺伝子チップ)
とを含有してなる医薬組成物；
・  追加成分としてグルココルチコイド 化合物を含有してなる対応する医薬組成物；
・  対応する医薬組成物であって、医薬が下記の群から選択されるものである対応する医薬組成物：
・  医薬キットであって、
(i) IFN-γ、PEG-IFN-γ又はパーフェニドンを含有するパッケージと、
(ii) 肺疾患を有する患者の遺伝子発現分析(遺伝子チップ)を含有するパッケージ
とからなる医薬キット；
・  対応する医薬キットであって、さらにグルココルチコイド化合物を含有するパッケージを含有する医薬キット；
・  間質性肺疾患(ILD)を治療するための医薬を製造するための前記の医薬組成物又は医薬キットの組み合わせの方法又は使用；
・  IFN-γを2.0〜3.0μg/kg体重の単一投与量で個体に投与する上記に対応する方法又は使用；
・  上記に対応する方法又は使用であって、グルココルチコイド化合物を100〜150μg/kg体重の単一投与量で個体に投与する上記に対応する方法又は使用；
・  IFN-γを遺伝子発現分析後に吸入法で個体に投与する対応する上記に対応する方法又は使用。
【００５１】
詳細な説明
本発明の組み合わせの範囲内の治療効果を有する適当な化合物は、罹患患者の遺伝子発現分析と組み合わせたインターフェロンγ、PEG化インターフェロンγ、パーフェニドンの他に、インターフェロンγ、PEG化インターフェロンγ、パーフェニドンと同じ生物活性を有するがこれらよりも高められた生物活性を有する化合物である。
【００５２】
本発明はまた、インターフェロンγ又はパーフェニドンと同じ生物活性を有する上記に詳しく特定したような開示化合物の誘導体、同属体、融合タンパク質、安定化させた形などを包含する。
【００５３】
“同じ生物活性”という用語は、本明細書では実質的に同じ生物学的、生理学的又は治療活性又は機能性を意味する。しかし、該活性は、前記の薬剤の関連特性に比べて定量的に高めるか又は低下させることができる。
【００５４】
“安定化させた形”という用語は、血中及び血清中でよりよい安定性と増大した半減期を得るためにペアレントドラッグを変化させた誘導体又は類縁体を意味する。ポリペプチド及びタンパク質は、化学的部分(chemical part)を結合させることによりタンパク質分から保護し得る。かかる化学的部分の結合は、タンパク分解酵素がタンパク質主鎖それ自体と物理的に接触することを効果的に妨害し得、従って分解を防止し得る。ポリエチレングリコールは、このような化学的部分の一つであり、タンパク質分解から保護することが明らかにされている(Sada, et al., J. Fermentation Bioengineering 71: 137-139, 1991)。タンパク分解開裂からの保護の他に、生物活性タンパク質の化学修飾は、ある種の環境下でさらなる利点、例えば治療用タンパク質の安定性及び循環時間の増大並びに免疫原性の低下を提供することが認められている（米国特許第4,179,337号明細書； Abuchowski et al., Enzymes as Drugs; J.S. Holcerberg and J. Roberts, eds. pp. 367-383, 
1981； Francis、Focus on Growth Factors 3: 4-10；欧州特許第0 401 384号明細書)。ポリエチレングリコールを添加すると、非PEG化化合物と比べて本発明のペプチド及びポリペプチドの生理学的pHでの安定性が高められる。PEG化ポリペプチド／タンパク質もまた塩に関しては安定化される。
【００５５】
“融合タンパク質”という用語は、別のペプチド又はタンパク質に融合されている本発明のポリペプチド、好ましくはインターフェロンγからなる化合物、特に安定化された形を意味する。
【００５６】
“医薬キット”という用語は、２又はそれ以上のパッケージからなるパッケージを意味するか又は１種又はそれ以上、好ましくは１種の医薬活性化合物又は薬剤及び遺伝子発現分析デバイスを含有する容器を意味し、前記のパッケージ又は容器の薬剤又は化合物は、遺伝子発現分析を行った後に個体に投与される。
【００５７】
上記及び下記に定義したようなインターフェロンγ又はパーフェニドンと遺伝子発現分析とを含有する本発明の医薬組成物は、個体の治療用の医薬として使用できる。
【００５８】
“個体(individual)”という用語は、哺乳動物、特にヒトを示す。
【００５９】
本発明の化合物、IFN-γ又はパーフェニドンは、原則として製薬学的に許容し得る担体、賦形剤又は希釈剤を含有してなる医薬製剤で使用される。本発明の化合物を製剤化又は投与する方法は、文献“Remington's Pharmaceutical Sciences” Mack Publishing Co., （Easton PA.）に見出し得る。
【００６０】
本明細書で使用する“製薬学的に許容し得る担体”という用語は、前記の化合物と、あるいは個体と、又はあるいは別の製剤、例えば錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー、懸濁剤などと、不利に反応しない不活性で無毒の固形又は液状充填剤、希釈剤又はカプセル化材料を意味する。適当な、好ましくは液状担体、例えば滅菌水、食塩水、水性ブドウ糖、デキストロース、糖溶液、エタノール、グリコール類及び油類、例えば石油、動物、野菜又は合成起源の油類、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油及び鉱油は、当該技術で周知である。経口投与用の錠剤及びカプセル剤は、慣用の賦形剤、例えば結合剤、充填剤、希釈剤、錠剤化剤、潤滑剤、崩壊剤及び湿潤剤を含有する。錠剤は、当該技術で周知の方法に従って被覆し得る。
【００６１】
本発明の製剤は、非経口投与に代表的な慣用の無毒性の製薬学的に許容し得る担体、希釈剤、補助剤及びビヒクルを含有する単位投与剤として投与し得る。
【００６２】
“非経口”という用語は、本明細書では皮下、静脈内、関節内及び気管内注射及び輸液法を包含する。非経口組成物及び組み合わせは、ボーラスの形で又は公知の方法により一定の融合液(fusion)として静脈内投与することが最も好ましい。また、経口投与のような別の投与又は吸入又は鼻内噴霧による投与もまた、本発明の対象である。前記のようなインターフェロンγを含有する上記の吸入も、投与の好ましい方法である。吸入に関しては、本発明の化合物は、エアゾールの形で導入することが好ましい。エアゾール及びそれを調製する方法は、当該技術で周知である。本発明のポリペプチド、例えばインターフェロンγを含有する吸入器により適用可能なエアゾールは、肺の症状を直接治療しなければならない場合には好適である。
【００６３】
本発明の単位投与剤は、本発明の化合物の１日当たり必要量、又はその所定の用量を調製するためのサブマルチプル(sub-multiples)を含有し得る。所定の個体（哺乳動物、例えばヒト）についての最適な治療的に許容し得る用量又は投与速度は、種々の因子、例えば使用する特定の活性物質、年齢、体重、全体的な健康、性別、食事、投与の時間と経路、排除速度、酵素活性、治療の目的、すなわち治療又は予防及び治療すべき病気の性質に左右される。
【００６４】
従って、個体を治療するための本発明の医薬組成物では、、前記組成物中のそれぞれの化合物の治療に有効な１日当たりの用量は、下記の通りである：
インターフェロンγ（IFN-γ)：インターフェロンγは、本発明の組み合わせ療法において1.0〜5.0μg／kg体重、好ましくは2.0〜3.0μg／kg体重の用量で１週間当たり１〜５回で有効である。インターフェロンγの上記の単一投薬は、患者に非経口投与、好ましくは皮下投与される。個体に対して場合によってはIFN-γと一緒に投与し得るグルココルチコイドの用量は、本発明に従って10〜100 mg/単一投薬、さらに好ましくは15〜80 mgの範囲でで変化し、これは約100〜350μg/kg体重、好ましくは100〜150μg/kg体重に相当する。
【実施例】
【００６５】
重篤な間質性肺疾患(ILD)を患う患者から、インフォームドコンセントにより説明し同意を得た後に、気管支鏡検査法の外科的方法を使用して、生検を得た。得られた組織プローブを、無傷の非凍結組織中で細胞内RNAを安定化させ、保護する水性、無毒性の組織保存用試薬であるRNAlater（登録商標）(特許出願継続中)中に、全RNAの単離のために保存し、処理した。  
解剖組織（いずれか一つのディメンションで0.5cm未満）を、約５倍の容量のRNAlater（例えば、試料0.5gは約2.5mlのRNAlaterを必要とする）に室温で浸した。この溶液は細胞に浸透し、RNAを安定化させる。次いで、RNAをワンステップRNA単離法、例えば供給業者の指示書に従ってTRIzol(登録商標) Reagent（Life Technologies製）を使用して単離し、最後にH2Oに溶出した。
【００６６】
標識化cRNAの調製及びマイクロアレイに対するハイブリダイゼーション
二本鎖cDNAを、単離した患者のRNA試料から、オリゴ(dT)プリマーを用いるcDNA合成キット（Superscript；Life Technologies製）を使用して合成した。得られたcDNAを、ビオチン-11-CTP及びビオチン-16-TP (Enzo Diagnostics製) の存在下でで生体外(in vitro)転写（Ambion T7 Megascript system）に使用した。緩衝液〔40 mMTris-acetate (pH8.1)/100mM酢酸カリウム/30mM酢酸マグネシウム〕中の合計で25〜50μgのcRNA生成物を94℃で35分間断片化した。次いで、これを、推奨されるハイブリダイゼーション(Affymetrix、Santa Clara、CA)について、それぞれの患者からハイブリダイゼーションプローブとして使用した。  
ハイブリダイゼーション患者cRNA混合物のアリコート（10μg cRNA in 200μlのハイブリダイゼーション混合物中に10μgのcRNA）を、Human Genome U133A Arrayにハイブリダイズさせた。それぞれのアレイを洗浄し、製造業者(Affymetrix)によって開発された方法に従って走査した(Hewlett Packard、GeneArray scanner G2500A)。
【００６７】
GENECHIPデータの分析
走査した出力ファイルを、ハイブリダイゼーション結果について肉眼で調べ、次いでソフトウエアGENECHIP 3.1（Affymetrix製）を用いて分析した。  
ソフトウエアGENECHIP 3.1によって作成された発現分析ファイルを、データベース
（Microsoft Access) に写し、インターネットゲノム配列データベース（例えば、NHLBI又はSwiss Prot）に接続した。
【００６８】
生検中の病原体の分析
ILDを有する患者は炎症を繰り返し患うことから、生検を行った材料を病原体の有無について試験した。疱疹、ヘルペスウイルス感染症（ガンシクロビルで治療された）及び種々の細菌感染症（種々の抗生物質で治療された)、又はごく少数の真菌感染症を生じているという観察が最も有力であった。
【００６９】
治療
生じている感染症を首尾よく予備治療し、内因性疾患signiture遺伝子の遺伝子発現を評価した後に、インターフェロンγを用いた治療のみを開始した。分子遺伝子発現分析を適用し、次いでインターフェロンγを適用すると、身体活動量の実質的な増大を伴った全肺気量の意外にも統計的に極めて顕著な増大、統計学的に顕著に増大した静止時の動脈酸素分圧の増大及び病徴の著しい減少を招いた。このことは、遺伝子発現分析、次いでインターフェロンγの医薬組成物が間質性肺疾患における線維形成反応同士を釣り合わせることができ、IPFを有する患者に顕著な延命効果を与えることを示している。
【００７０】
図１a）は治療の開始データ＃１を表す。
【００７１】
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図１b）は、時間＃１と時間＃２の間の、組織学的に証明されたUIP（開胸的肺生検）を有し且つ免疫抑制処理の不全を有する同じ患者（女性、59歳）の全肺気量(TLC)、動脈酸素分圧(PaO2)、及び努力肺活量(FVC)を表す。
【００７２】
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図１c）は、時間＃１と時間＃４の間の上記と同じ患者の上記と同じデータを表す。
【００７３】
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CMVの予備治療、その後の選択された遺伝子転写分析及びそれに続くインターフェロンγ治療は、致死性の病気を有する患者の安定化を招く。
【図面の簡単な説明】
【００７４】
図１：図１は組織学的に証明されたUIP（開胸的肺生検）を有し且つインターフェロンγを用いて治療された免疫抑制処理の不全を有する患者（女性、59歳）の全肺気量(TLC)、動脈酸素分圧(PaO2)、及び努力肺活量(FVC)を表す。
【図１（ａ）】治療の開始データ＃１を表す
【図１（ｂ）】時間＃１と時間＃２の間の、組織学的に証明されたUIP（開胸的肺生検）を有し且つ免疫抑制処理の不全を有する同じ患者（女性、59歳）の全肺気量(TLC)、動脈酸素分圧(PaO2)、及び努力肺活量(FVC)を表す。
【図１（ｃ）】時間＃１と時間＃４の間の上記と同じ患者の上記と同じデータを表す。
【図１（ａ）】
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【図１（ｂ）】
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【図１（ｃ）】
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【国際調査報告】
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