(57)【要約】本発明は、新規のチロシンホスファターゼファミリーメンバーをコードする単離された核酸分子（ＭＩＤ  ４４６０核酸分子と示す）を提供する。本発明はまた、アンチセンス核酸分子、ＭＩＤ  ４４６０核酸分子を含む組換え発現ベクター、その発現ベクターが導入される宿主細胞、およびＭＩＤ  ４４６０遺伝子が導入または破壊された非ヒトトランスジェニック動物を提供する。本発明は、なお、単離されたＭＩＤ  ４４６０タンパク質、ＭＩＤ  ４４６０融合タンパク質、ＭＩＤ  ４４６０抗原性タンパク質、および抗ＭＩＤ  ４４６０抗体をさらに提供する。本発明の組成物を利用する診断方法および治療方法もまた、提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
病理学的障害に関連する核酸分子を同定する方法であって、該方法は、以下：
ａ）核酸分子を含むサンプルを、配列番号１または３の少なくとも２５連続するヌクレオチドを含むハイブリダイゼーションプローブと接触させる工程；および該プローブにハイブリダイズする該サンプル中の核酸分子の存在を検出する工程、ならびに
ｂ）核酸分子を含むサンプルを、第一の増幅プライマーおよび第二の増幅プライマーと接触させる工程であって、該第一のプライマーは、配列番号１または３の少なくとも２５連続するヌクレオチドを含み、そして該第二のプライマーは、配列番号１または３の相補体由来の少なくとも２５連続するヌクレオチドを含む、工程；核酸増幅を可能にする条件下で該サンプルをインキュベートする工程；ならびに該サンプル中の増幅された核酸分子の存在を検出する工程、
からなる群より選択され、それによって、病理学的障害に関連する核酸分子を同定する、
方法。
【請求項２】
病理学的障害に関連するポリペプチドを同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）ポリペプチドを含むサンプルを、４４６０結合物質と接触させる工程；および
ｂ）該４４６０結合物質に結合する、該サンプル中のポリペプチドの存在を検出する工程を包含し、
それによって病理学的障害に関連するポリペプチドを同定する、方法。
【請求項３】
病理学的障害を有するか、または病理学的障害を発症する危険性のある被験体を同定する方法であって、該方法は、以下：
ａ）該被験体から得られた、核酸分子を含むサンプルを、配列番号１または３の少なくとも２５連続するヌクレオチドを含むハイブリダイゼーションプローブと接触させる工程；および該プローブにハイブリダイズする、該サンプル中の核酸分子の存在を検出する工程；ならびに
ｂ）該被験体から得られた、核酸分子を含むサンプルを、第一の増幅プライマーおよび第二の増幅プライマーと接触させる工程であって、該第一のプライマーは、配列番号１または３の少なくとも２５連続するヌクレオチドを含み、そして該第二のプライマーは、配列番号１または３の相補体由来の少なくとも２５連続するヌクレオチドを含む、工程；核酸増幅を可能にする条件下で該サンプルをインキュベートする工程；ならびに該サンプル中の増幅された核酸分子の存在を検出する工程、
からなる群より選択され、それによって、病理学的障害を有するか、または病理学的障害を発症する危険性のある被験体を同定する、
方法。
【請求項４】
病理学的障害を有するか、または病理学的障害を発症する危険性のある被験体を同定する方法であって、該方法は、以下：
ａ）該被験体から得たポリペプチドを含むサンプルを、４４６０結合物質と接触させる工程；および
ｂ）該４４６０結合物質に結合する、該サンプル中のポリペプチドの存在を検出する工程を包含し、
それによって、病理学的障害を有するか、または病理学的障害を発症する危険性のある被験体を同定する、方法。
【請求項５】
異常な４４６０ポリペプチド活性または異常な４４６０核酸発現によって特徴付けられる病理学的障害を有する被験体、または該病理学的障害を処置するための方法であって、該方法は、該被験体に４４６０調節因子を投与する工程を包含し、それによって、病理学的障害を有する該被験体を処置する、方法。
【請求項６】
前記調節因子が、有機低分子、ペプチド、ポリヌクレオチドおよび抗体からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記病理学的障害が、心血管障害である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
４４６０ポリペプチドに結合する薬剤を検出する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）有機低分子、ペプチド、ポリヌクレオチドおよび抗体からなる群より選択される薬剤を合わせる工程；ならびに
ｂ）該４４６０ポリペプチドに対する薬剤の結合に適切な条件下で、該薬剤と該４４６０ポリペプチドとの間の複合体の形成を検出または測定する工程、
を包含し、それによって、該４４６０ポリペプチドに結合する薬剤を同定する、方法。
【請求項９】
前記薬剤が、４４６０ポリペプチド活性の調節因子である、請求項７に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本願は、２００１年９月１８日に出願された米国仮出願第６０／３２３，０１８号（この内容は本明細書中で参考として援用される）の優先権を主張する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
タンパク質と密に会合したホスフェートは、１９世紀後半から知られている。その後、タンパク質へのホスフェートの種々の共有結合が見出されてきた。最も一般的なものは、セリンおよびスレオニンへのホスフェートのエステル化を含み、ここで少量は、リジン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸およびシステインに共有結合している。リン酸化されたタンパク質の出現は、タンパク質上のアミノ酸残基をリン酸化し得る１つ以上のタンパク質キナーゼの存在、およびまたタンパク質上のリン酸化されたアミノ酸残基を加水分解し得るタンパク質ホスファターゼの存在を示す。
【０００３】
タンパク質キナーゼは、細胞増殖および細胞分化と関連した生物学的変化および形態学的変化の調節において重要な役割を果たす（Ｄ’Ｕｒｓｏ，Ｇ．ら（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５０：７８６−７９１；Ｂｉｒｃｈｍｅｉｅｒ，Ｃ．ら（１９９３）Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ  １５：１８５−１８９）。これらは、増殖因子レセプターおよびシグナルトランスデューサーとして働き、かつ細胞形質転換および悪性疾患に関連している（Ｈｕｎｔｅｒ，Ｔ．ら（１９９２）Ｃｅｌｌ  ７０：３７５−３８７；Ｐｏｓａｄａ，Ｊ．ら、（１９９２）Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｅｌｌ  ３：５８３−５９２；Ｈｕｎｔｅｒ，Ｔ．ら（１９９４）Ｃｅｌｌ  ７９：５７３−５８２）。例えば、タンパク質キナーゼは、増殖因子レセプターからのシグナルの伝達（Ｓｔｕｒｇｉｌｌ，Ｔ．Ｗ．ら（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３４４：７１５−７１８；Ｇｏｍｅｚ，Ｎ．ら（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５３：１７０−１７３）、細胞の有糸分裂の開始の制御（Ｎｕｒｓｅ，Ｐ．（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ  ３４４：５０３−５０８；Ｍａｌｌｅｒ，Ｊ．Ｌ．（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ，Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．３：２６９−２７５）およびアクチン構築の調節（Ｈｕｓａｉｎ−Ｃｈｉｓｈｔｉ，Ａ．ら（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：７１８−７２１）に関与することが示されている。
【０００４】
細胞におけるタンパク質のチロシンのリン酸化の全レベルおよび任意の所定のタンパク質のリン酸化状態は、タンパク質チロシンキナーゼ（ＰＴＫ）およびタンパク質チロシンホスファターゼ（ＰＴＰａｓｅ）の活性のバランスから生じる。従って、ＰＴＰａｓｅは、細胞増殖制御の重要な調節エレメントとして提案されている（Ｈｕｎｔｅｒ，１９８９，Ｃｅｌｌ  ５８：１０１３−１０１６）。
【０００５】
ＰＴＰａｓｅよりも１０年以上早くＰＴＫが発見され、そして特徴付けられており、そしてここ数年で、多数の研究が、多くの新たなＰＴＰａｓｅの同定に至っており、そしてこれらのいくつかは、正確に特徴付けられている。さらに、細胞におけるいくつかのＰＴＰａｓｅの生物学的役割についての知見が、最近報告されている（Ｐｏｎｄａｖｅｎ，１９９１，Ａｄｖ  Ｐｒｏｔ  Ｐｈｓｐｈａｔａｓｅｓ  ６：３５−５７）。現在の研究は、ＰＴＫおよびＰＴＰａｓｅが、細胞増殖制御から細胞の分化および発生にわたる多くの生物学的プロセスにおいて同様に重要であることを示唆する。特に、ＰＴＫの癌遺伝子潜在性およびＰＴＰａｓｅが抗増殖性アクチンによりＰＴＫ癌遺伝子活性化を妨げる能力は、多くの場合、ＰＴＰａｓｅをコードする遺伝子が、腫瘍抑制遺伝子、またはさらには抗癌遺伝子とみなされ得ることを示唆する。
【０００６】
ＰＴＰａｓｅの存在は、初め、インビトロのリン酸化された膜タンパク質のリン酸化の迅速な現象を説明すると予想された（Ｃａｒｐｅｎｔｅｒら，１９７９，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５４：４８８４−４８９１）。ヒト胎盤における主要なＰＴＰａｓｅ（ＰＴＰ１Ｂ）は、均質になるまで精製され、そして配列決定された（Ｔｏｎｋｓら、１９８８，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６３：６７２２−２７３０；Ｃｈａｒｂｏｎｎｅａｕら、１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５２５２−５２５６）。ＰＴＰ１Ｂの触媒ドメインとリンパ球共通抗原（ＬＣＡまたはＣＤ４５）との間の配列相同性は、証明されており、このことは、ＰＴＰａｓｅが構造的に関連した分子のファミリーとみなされ得ることを示している。
【０００７】
多くの増殖因子（例えば、ＮＧＦ、ＢＤＮＦ、ＮＴ３、ＦＧＦ、インシュリンおよびＩＧＦ１）の効果は、チロシンキナーゼ活性に対する高親和性レセプターにより媒介されることが知られている（Ｆａｎｔｌら、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，６２（１９９３）４５３−４８１；ＳｃｈｌｅｓｓｉｎｇｅｒおよびＵｌｒｉｃｈ  Ｎｅｕｒｏｎ，９（１９９２）３８３−３９１；ＵｌｌｒｉｃｈおよびＳｃｈｌｅｓｓｉｎｇｅｒ  Ｃｅｌｌ，６１（１９９０）２０３−２１２）。いくつかのチロシンホスファターゼ遺伝子の発現は、脳において検出され（Ｊｏｎｅｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６４（１９８９）７７４７−７７５３）、これにはＲＰＴＰα（Ｋａｐｌａｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７  ９１９９０）７０００−７００４；Ｓａｐら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７（１９９０）６１１２−６１１６）、ＲＮＰＴＰＸ（Ｇｕａｎら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７（１９９１０）１５０１−１５０５）、ＳＴＥＰ（Ｌｏｍｂｒｏｓｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８（１９９１）７２４２−７２４６）、ＳＨ−ＰＴＰ２（Ｆｒｅｅｍａｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９（１９９２）１１２３９−１１２４３）、ＭＰＴＰδ（Ｍｉｚｕｎｏら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１３（１９９３）５５１３−５５２３）、ＤＰＴＰ９９ＡおよびＤＰＴＰ１０Ｄ（Ｙａｎｇら、Ｃｅｌｌ，６７（１９９１）６６１−６７３）が挙げられる。
【０００８】
ＮＧＦ、ＢＤＮＦ、インシュリンまたはＩＧＦ１のいずれかの脳室内投与は、海馬のＣＡ１部分領域における遅発性神経細胞死を防止する（Ｂｅｃｋら、Ｊ．Ｃｅｒｅｂ  Ｂｌｏｏｄ  Ｆｌｏｗ  Ｍｅｔａｂ．，１４（１９９４）６８９−６９２；Ｓｈｉｇｅｎｏら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．，１１（１９９１）２９１４−２９１９；ＺｈｕおよびＡｕｅｒ  Ｊ．Ｃｅｒｅｂ．Ｂｌｏｏｄ  Ｆｌｏｗ  Ｍｅｔａｂ．，１４（１９９４）２３７−２４２）。
【０００９】
チロシンキナーゼインヒビターは、ＭＡＰキナーゼのチロシンリン酸化をブロックし（Ｂｌｅｎｉｓ  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０（１９９３）５８８９−５８９２；Ｐｅｌｅｃｈ  ａｎｄ  Ｓａｎｇｈｅｒａ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５７（１９９２）１３３５−１３５６）、そして前脳虚血後の遅発性ニューロン死（ｄｅｌａｙｅｄ  ｎｅｕｒｏｎａｌ  ｄｅａｔｈ）を防ぐ（Ｋｉｎｄｙ  Ｊ．Ｃｅｒｅｂ．Ｂｌｏｏｄ  Ｆｌｏｗ  Ｍｅｔａｂ，１３（１９９３）３７２−３７７）。虚血後の再灌流の間、タンパク質のチロシンリン酸化は、海馬中で増加するが、海馬中のいくらかのタンパク質は、脱リン酸化される（Ｃａｍｐｏｓ−Ｇｏｎｚａｌｅｚ  Ｊ．Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ，５９（１９９２）１９５５−１９５８；ＨｕおよびＷｉｅｌｏｃｈ  Ｊ．Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ，６２（１９９４）１３５７−１３６７；Ｔａｋａｎｏら，Ｊ．Ｃｅｒｅｂ．Ｂｌｏｏｄ  Ｆｌｏｗ  Ｍｅｔａｂ．，１５（１９９５）３３−４１）。これらの観察は、チロシンリン酸化が、虚血−再灌流障害の結果として起こる遅発性ニューロン死において重要な役割を果たすことを示唆する。
【００１０】
多くのＰＴＰａｓｅは、ホスホチロシンに対する加水分解性活性に加えて、ある程度のホスホセリン／ホスホスレオニンホスファターゼ活性を示す。これらの酵素は、ほとんどが核内に局在化され、２重特異的（ｄｕａｌ−ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）ＰＴＰａｓｅ（ｄｓＰＴＰａｓｅ）と呼ばれ、ＥＲＫのようなシグナル変換タンパク質の活性を制御することによって、おそらく細胞周期制御およびマイトジェンのシグナル伝達の重要な制御因子として作用するＰＴＰａｓｅのサブクラスとして出現している。実際、これらの酵素は、インビボの核脱リン酸化ならびに核リン酸化の不活性化およびＭＡＰキナーゼの不活性化を引き起こすようである（Ａｌｅｓｓｉら，１９９５，Ｃｕｒｒ  Ｂｉｏｌ  ５：１９５−２８３）。これらの酵素は、ワクシニアＨ−１遺伝子産物（最初に同定されたｄｓＰＴＰａｓｅである）と同一の配列を示す（Ｇｕａｎら，１９９１，Ｎａｔｕｒｅ  ３５０：３５９−３６２）。長さが互いに異なるいくつかのｄｓＰＴＰａｓｅが、同定されている。これらの酵素および他のＰＴＰａｓｅサブクラスは、この領域を越える制限された配列相同性のみを示す活性部位配列モチーフを共有する。
【００１１】
細胞周期の調節において、このようなタンパク質チロシンホスファターゼの重要性を考えた場合、増殖抑制因子のような細胞周期の調節因子として機能する新規のタンパク質チロシンホスファターゼを同定する必要が存在し、これらの異常な機能は、癌のような不適切な細胞周期調節から生じる障害をもたらし得る。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
（発明の要旨）
本発明は、本明細書中で「ＭＩＤ４４６０」と呼ばれる新規のチロシンホスファターゼファミリーメンバーの発見に一部基づく。ＭＩＤ４４６０をコードするｃＤＮＡのヌクレオチド配列は、配列番号１に示され、そしてＭＩＤ４４６０ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２に示される。さらに、コード領域のヌクレオチド配列は、配列番号３に示される。
【００１３】
従って、１つの局面において、本発明は、ＭＩＤ４４６０タンパク質またはＭＩＤ４４６０ポリペプチドをコードする核酸分子（例えば、ＭＩＤ４４６０タンパク質の生物学的に活性な部分）を特徴とする。好ましい実施形態において、単離された核酸分子は、配列番号２のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする。他の実施形態において、本発明は、配列番号１または配列番号３に示されるヌクレオチド配列を有する、単離されたＭＩＤ４４６０核酸分子を提供する。なお他の実施形態において、本発明は、配列番号１または配列番号３に示されるヌクレオチド配列と実質的に同一である（例えば、天然に存在する対立遺伝子改変体）核酸分子を提供する。他の実施形態において、本発明は、本明細書中に記載されるストリンジェントなハイブリダイゼージョン条件下で、配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする核酸分子を提供し、この核酸は、全長ＭＩＤ４６０タンパク質またはその活性フラグメントをコードする。
【００１４】
関連する局面において、本発明は、本明細書中に記載されるＭＩＤ４４６０核酸分子を含む、核酸構築物をさらに提供する。特定の実施形態において、本発明の核酸分子は、ネイティブの調節配列または異種調節配列に作動可能に連結される。本発明のＭＩＤ４４６０核酸分子を含むベクターおよび宿主細胞（例えば、ポリペプチドを産生するのに適切なベクターおよび宿主細胞）もまた、含まれる。
【００１５】
別の関連する局面において、本発明は、ＭＩＤ４４６０コード核酸の検出用のプライマーまたはハイブリダイゼージョンプローブとして適切な核酸フラグメントを提供する。
【００１６】
なおさらに別の関連する局面において、核酸分子をコードするＭＩＤ４４６０に対するアンチセンスである、単離された核酸分子が提供される。
【００１７】
別の局面において、本発明は、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドおよびその生物学的に活性なフラグメントまたは抗原性フラグメントを提供する。これらは、例えば、チロシンホスファターゼ関連障害または他のＭＩＤ４４６０関連障害の処置および診断に適用可能であるアッセイ中の試薬または標的として有用である。別の実施形態において、本発明はＭＩＤ４４６０活性を有するＭＩＤ４４６０ポリペプチドを提供する。好ましいポリペプチドは、少なくとも１つのチロシンホスファターゼドメインを含むＭＩＤ４４６０タンパク質であり、そして好ましくは、ＭＩＤ４４６０活性（例えば、本明細書中に記載されるようなＭＩＤ４４６０活性）を有する、ＭＩＤ４４６０タンパク質である。
【００１８】
他の実施形態において、本発明は、ＭＩＤ４４６０ポリペプチド（例えば、配列番号２に示されるアミノ酸配列を有するＭＩＤ４４６０ポリペプチド）；配列番号２に示されるアミノ酸配列と実質的に同一であるアミノ酸配列；または、本明細書中に記載されるストリンジェントなハイブリダイゼージョン条件下で配列番号１もしくは配列番号３のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する核酸分子によってコードされるアミノ酸配列を提供し、ここで、この核酸は、全長ＭＩＤ４４６０タンパク質またはその活性フラグメントをコードする。
【００１９】
関連する局面において、本発明は、本明細書中に記載されるＭＩＤ４４６０核酸分子を含む核酸構築物をさらに提供する。
【００２０】
関連する局面において、本発明は、融合タンパク質を形成するように非ＭＩＤ４４６０ポリペプチドに作動可能に連結されたＭＩＤ４４６０ポリペプチドまたはＭＩＤ４４６０フラグメントを提供する。
【００２１】
別の局面において、本発明は、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドと反応するか、あるいはより好ましくはこれに特異的または選択的に結合する抗体およびそれらの抗原結合フラグメントを特徴とする。
【００２２】
別の局面において、本発明は、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドまたはＭＩＤ４４６０核酸の発現または活性を調節する化合物をスクリーニングするための方法を提供する。
【００２３】
なお別の局面において、本発明は、例えば、本明細書中で記載されるスクリーニングにおいて同定される化合物を用いる、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドまたはＭＩＤ４４６０核酸の発現または活性を調節するためのプロセスを提供する。特定の実施形態において、本発明の方法は、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドまたはＭＩＤ４４６０核酸の異常な活性または発現に関連する状態（例えば、異常なチロシンホスファターゼの機能もしくは発現、またはチロシンホスファターゼの機能もしくは発現の欠損に関連する状態または障害）の処置に関連する。そのような障害の例としては、心臓血管障害（高コレステロール血症およびアテローム性動脈硬化症が挙げられるが、これらに限定されない）および肝臓障害が挙げられるが、これらに限定されない。
【００２４】
本発明はまた、疾患の診断に関連する、生物学的サンプル中のＭＩＤ４４６０ポリペプチドまたはＭＩＤ４４６０核酸分子の活性またはその存在もしくは非存在を決定するためのアッセイを提供する。
【００２５】
さらなる局面において、本発明は、疾患の診断に関連する、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドまたはＭＩＤ４４６０核酸分子の遺伝的変化の存在または非存在を決定するためのアッセイを提供する。
【００２６】
別の局面において、本発明は、複数のアドレスを有する二次元のアレイであって、複数のアドレスの各々が、他の複数の各々と位置的に認識可能であり、そして複数のアドレスの各々が、独特の捕捉プローブ（例えば、核酸配列またはペプチド配列）を有するアレイを特徴とする。複数のアドレスのうち少なくとも１つは、ＭＩＤ４４６０分子を認識する捕捉プローブを有する。１つの実施形態において、この捕捉プローブは、核酸（例えば、ＭＩＤ４４６０核酸配列に相補的なプローブ）である。別の実施形態において、捕捉プローブは、ポリペプチド（例えば、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドに特異的な抗体）である。また、前述のアレイに、サンプルを接触させ、そしてこのアレイへのこのサンプルの結合を検出させることによりこのサンプルを分析する方法を、特徴とする。
【００２７】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および添付の特許請求の範囲から明らかである。
【００２８】
（発明の詳細な説明）
ヒトＭＩＤ  ４４６０配列（図１ａ；配列番号１）（非翻訳領域を含み、約３９００ヌクレオチド長である）は、約３３５７ヌクレオチドの、予測されたメチオニンで開始されて終止コドンを含むコード配列を含む（図１ａ〜図１ｃおける配列番号１のコードとして示されるヌクレオチド；配列番号３）。このコード配列は、１１１８アミノ酸のタンパク質（配列番号２）を含んでいる。配列番号２および図２のヒトＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、約２５アミノ酸であり、シグナル配列と一致する、アミノ末端の疎水性アミノ酸配列を含み（配列番号２のアミノ酸１〜アミノ酸約２５、ＰＳＯＲＴ，ＮａｋａｉおよびＫａｎｅｈｉｓａ（１９９２）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １４：８９７−９１１）、これは、切断されて、成熟タンパク質形態の産生をもたらす。この成熟タンパク質形態は、（配列番号２のアミノ酸の約２６〜アミノ酸の約１１１８の）約１０９３アミノ酸残基長である。
【００２９】
ヒトＭＩＤ  ４４６０は、以下の領域または他の構造的特徴を含む（ここで、ＰＦＡＭの識別子、ＰＳプレフィクス（ＰＳ  ｐｒｅｆｉｘ）およびＰＦプレフィクスドメイン識別番号（ＰＦ  ｐｒｅｆｉｘ  ｄｏｍａｉｎ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｎｕｍｂｅｒ）についての一般情報は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら（１９９７）Ｐｒｏｔｅｉｎ  ２８：４０５−４２０およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｓｃ．ｅｄｕ／ｇｅｎｅｒａｌ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｐｆａｍ／ｐｆａｍ．ｈｔｍｌを参照のこと）：
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン（ＰＦＡＭ  アクセション番号ＰＦ０００４１）：２８〜１０８、１１９〜２０１、２９９〜３８１、３８８〜４６９、４７７〜５５９、５６７〜６５６；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるタンパク質−チロシンホスファターゼドメイン（ＰＦＡＭアクセション番号ＰＦ００１０２）：８４６〜１０８０；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるホスファターゼヒドロラーゼ糖タンパク質リピート膜貫通シグナル前駆体ータンパク質ドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ０１６３８８）：２０〜７５６；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるホスファターゼヒドロラーゼタンパク質−チロシンＰＴＰａｓｅドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ０６１７５８）：３１〜１０２７；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるホスファターゼチロシンＳＡＰ−１レセプター型ＰＴＰ前駆体癌関連ヒドロラーゼタンパク質−チロシンドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ１２７８４０）：７７９〜８１４；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるホスファターゼ型ヒドロラーゼ非レセプターＰＴＰａｓｅチロシンホスホチロシンドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ０９７２７６）：７８３〜８６５；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるホスファターゼヒドロラーゼチロシンリピートオステオテスティキュラ（ｏｓｔｅｏｔｅｓｔｉｃｕｌａｒ）前駆細胞シグナル糖タンパク質膜貫通ドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ０３８２３０）：７９７〜９５４；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるヒドロラーゼホスファターゼレセプターチロシンタンパク質−チロシン前駆体シグナル免疫グロブリンドメイン膜貫通ドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ３３３８７１）：９１７〜１０２７；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるヒドロラーゼＲ０９Ｅ１０．２類似Ｔ２２Ｃ１．８  Ｆ５４Ｆ１２．１  Ｆ３６Ｈ１．３タンパク質−チロシンホスファターゼＨ０６Ｉ０４．５ドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ０２８８３６）：９７１〜１９７８；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸残基に位置付けられるＨホスファターゼチロシン膜貫通ドメイン（ＰｒｏＤｏｍ番号ＰＤ３１２２２６）：２７〜７５６；
配列番号２のおよそアミノ酸８〜２５および７５４〜７７８、または成熟タンパク質（配列番号４）のおおよそアミノ酸５９〜７６および７２９〜７５３に位置する２個の膜貫通ドメイン（ＭＥＭＳＡＴ（（Ｊｏｎｅｓら（１９９４）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３：３０３８−３０４９）によって予測した）
配列番号２のおよそアミノ酸１０２０〜１０３２に位置するチロシン特異的タンパク質ホスファターゼ活性部位（ＶＨＣＳＡＧＶＧＲＴＧＴＬ）；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸に位置する5個のジロイシンモチーフ（ｄｉｌｅｕｃｉｎｅ  ｍｏｔｉｆ）（ＰＳＯＲＴ，ｈｔｔｐ：／／ｐｓｏｒｔ．ｎｉｂｂ．ａｃ．ｊｐ．）：９６５〜９６６、９６６〜９６７、９６７〜９６８、９９８〜９９９，および１０３８〜１０３９；
配列番号２のおよそ以下のアミノ酸に位置する９個のタンパク質キナーゼＣリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００５）：１９７〜１９９（ＳＳＲ）、２８９〜２９１（ＳＷＲ）、３７７〜３７９（ＳＳＲ）、５３３〜５３５（ＴＬＫ）、６２４〜６２６（ＴＳＲ）、９６１〜９６３（ＴＶＲ）、９７７〜９７９（ＳＶＲ）、１１０３〜１１０５（ＳＴＲ）、および１１１４〜１１１６（ＳＷＲ）；
１７のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００６）は、配列番号２のアミノ酸約１９７〜２００（ＳＳＲＥ）、約２３７〜２４０（ＴＥＬＤ）、約２４５〜２４８（ＳＡＬＥ）、約２６３〜２６６（ＳＰＶＤ）、約３７７〜３８０（ＳＳＲＥ）、約４８４〜４８７（ＳＫＱＤ）、約５２８〜５３１（ＳＧＴＤ）、約５３３〜５３６（ＴＬＫＥ）、約６６５〜６６８（ＴＹＰＤ）、約７１３〜７１６（ＳＣＧＥ）、約７３５〜７３８（ＴＩＷＤ）、約７９８〜８０１（ＳＰＧＤ）、約８４２〜８４５（ＳＡＳＥ）、約８８７〜８９０（ＳＰＱＥ）、約９０１〜９０４（ＴＶＧＤ）、約９６１〜９６４（ＴＶＲＥ）、および約９９３〜９９６（ＳＳＰＤ）に位置していた；
１つのｃＡＭＰ／ｃＧＭＰ依存性タンパク質キナーゼリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００４）は、配列番号２のアミノ酸約１０９１〜１０９４（ＲＲＫＳ）に位置していた；
１つのチロシンキナーゼリン酸化（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００７）は、アミノ酸約６２６〜６３２（ＲＴＮＥＴＷＹ）に位置していた；
２７のＮ−グリコシリル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００１）は、配列番号２のアミノ酸約３５〜３８（ＮＬＴＶ）、約７８〜８１（ＮＴＴＡ）、約８３〜８６（ＮＶＴＶ）、約１０７〜１１０（ＮＳＳＶ）、約１３２〜１３５（ＮＳＳＩ）、約１４９〜１５２（ＮＳＴＹ）、約１７２〜１７５（ＮＩＴＶ）、約１９６〜１９９（ＮＳＳＲ）、約２０３〜２０６（ＮＡＴＴ｝、約２８６〜２８９（ＮＳＳＳ）、約３０４〜３０７（ＮＬＴＶ）、約３１２〜３１５（ＮＳＳＩ）、約３２９〜３３２（ＮＳＴＹ）、約３５２〜３５５（ＮＩＴＶ）、約３７６〜３７９（ＮＳＳＲ）、約３８３〜３８６（ＮＡＴＴ）、約４０１〜４０４（ＮＳＳＩ）、約４３６〜４３９（ＮＴＴＮ）、約４７０〜４７３（ＮＶＳＩ）、約４９０〜４９３（ＮＳＴＩ）、約５５８〜５６１（ＮＳＴＬ）、約５７５〜５７８（ＮＥＴＱ）、約６２２〜６２５（ＮＱＴＳ）、約６２８〜６３１（ＮＥＴＷ）、約６４４〜６４７（ＮＦＴＶ）、約８７８〜８８１（ＮＡＳＦ）、および約９５９〜９６２（ＮＷＴＶ）に位置していた；そして
２６のＮ−ミリストイル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００８）は、配列番号２のアミノ酸約３〜８（ＧＡＧＧＧＬ）、約９〜１４（ＧＶＷＧＮＬ）、約７２〜７７（ＧＴＴＥＴＲ）、約８８〜９３（ＧＬＧＰＧＳ）、約１０５〜１１０（ＧＶＮＳＳＶ）、約１１１〜１１６（ＧＴＶＴＴＡ）、約１５３〜１５８（ＧＶＥＹＴＧ）、約１６０〜１６５（ＧＧＲＡＧＴ）、約１７７〜１８２（ＧＬＥＰＧＣ）、約１９４〜１９９（ＧＩＮＳＳＲ）、約２６７〜２７２（ＧＬＧＰＧＳ）、約２８４〜２８９（ＧＶＮＳＳＳ）、約３３３〜３３８（ＧＶＥＹＴＧ）、約３４０〜３４５（ＧＧＲＡＧＴ）、約３７４〜３７９（ＧＩＮＳＳＲ）、約４３０〜４３５（ＧＧＴＥＴＲ）、約４５０〜４５５（ＧＴＬＹＴＦ）、約４６３〜４６８（ＧＡＲＧＳＲ）、約５２９〜５３４（ＧＴＤＩＴＬ）、約６４０〜６４５（ＧＴＬＹＮＦ）、約６９３〜６９８（ＧＧＹＥＡＦ）、約７０３〜７０８（ＧＧＱＲＧＳ）、約７２２〜７２７（ＧＬＧＰＡＲ）、約７５５〜７６０（ＧＶＩＡＧＡ）、約１０２５〜１０３０（ＧＶＧＲＴＧ）、および約１０８０〜１０８５（ＧＳＳＮＳＱ）に位置していた。
【００３０】
ＭＩＤ４４６０タンパク質は、チロシンホスファターゼファミリーおよびフィブロネクチンファミリーのメンバーに共通する有意な数の構造的特徴を含む。用語「ファミリー」は、本発明のタンパク質分子および核酸分子を言及する場合、共通の構造ドメインまたはモチーフを有し、そして本明細書中に規定される十分なアミノ酸配列相同性およびヌクレオチド配列相同性を有する、２つ以上のタンパク質分子または核酸分子を意味する。このようなファミリーメンバーは、天然に存在し得るかまたは天然に存在しないものであり得、そして同じ種かまたは異なる種由来のいずれかであり得る。例えば、あるファミリーは、ヒト起源の第１のタンパク質およびヒト起源の他の異なるタンパク質を含み得、あるいは、非ヒト起源（例えば、ラット起源またはマウス起源）のホモログを含み得る。ファミリーのメンバーはまた、共通の機能的特徴を有し得る。
【００３１】
本明細書中で使用される場合、用語「チロシンホスファターゼ」または「ＰＴＰａｓｅ」は、リン酸化されたチロシン残基、セリン残基またはスレオニン残基（好ましくは、このリン酸化アミノ酸残基は、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の一部である）のリン酸エステル結合の加水分解を触媒し得るタンパク質またはポリペプチドを含む。
【００３２】
チロシンホスファターゼファミリーメンバーのタンパク質は、短い膜貫通セグメントにより細胞内（触媒）ドメインに結合されたレセプター様細胞外領域により特徴付けられる（ＳｔｒｅｕｌｉおよびＳａｉｔｏ，１９９３、Ａｄｖ．Ｐｒｏｔ．Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅｓ  ７：６７−９４）。非膜貫通（細胞質）ＰＴＰａｓｅは、代表的に少なくとも１つの触媒ドメインを含む（Ｋｏｃｈら、１９９１、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５２：１０１３−１０１６）。タンパク質チロシンホスファターゼ前駆体（ＥＣ  ３．１．３．４８）（レセプターＨ型前駆体）とのＭＩＤ４４６０タンパク質のアラインメントは、図５に示され、そして２つの配列間の約１００％の配列同一性を実証する（ｂｌｏｓｕｍ６２．ｉｉｊ  ｍａｔｒｉｘからのｍａｔｂｌａｓにおいて計算した場合）。
【００３３】
ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、「タンパク質−チロシンホスファターゼドメイン」または「タンパク質−チロシンホスファターゼドメイン」と相同な領域を含み得る。ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、「フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン」または「フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン」と相同な領域、および少なくとも１つの触媒領域を含み得るか、またはさらに含み得る。
【００３４】
本明細書中で使用される場合、用語「タンパク質−チロシンホスファターゼドメイン」は、約２００〜４００アミノ酸残基長であり、かつタンパク質−チロシンホスファターゼドメイン（ＨＭＭ）に対する配列のアラインメントについて少なくとも３００のビットスコアを有するアミノ酸配列を含む。好ましくは、タンパク質−チロシンホスファターゼドメインは、リン酸エステル結合の加水分解の触媒作用を媒介する。好ましくは、タンパク質−チロシンホスファターゼドメインは、少なくとも約１００〜５００のアミノ酸残基、より好ましくは約２００〜３００のアミノ酸残基、または約２５０〜３００のアミノ酸を含み、そしてタンパク質−チロシンホスファターゼドメイン（ＨＭＭ）に対する配列のアラインメントについて少なくとも３００、３５０、３７５またはより多くのビットスコアを有する。タンパク質−チロシンホスファターゼドメインは、リン酸エステル結合の加水分解を触媒し得る。タンパク質−チロシンホスファターゼドメインは、Ｐｒｏｓｉｔｅチロシン特異的タンパク質ホスファターゼ活性部位シグネチャー（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）配列ＰＳ００３８３（［ＬＩＶＭＦ］−Ｈ−Ｃ−ｘ（２）−Ｇ−ｘ（３）−［ＳＴＣ］−［ＳＴＡＧＰ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹ］）、またはそれに相同な配列を含み得る。上記の保存されたシグネチャー配列、および本明細書中に記載される他のモチーフまたはシグネチャー配列において、アミノ酸の標準ＩＵＰＡＣ一文字コードを使用する。パターン内の各エレメントは、ダッシュ（−）により隔てられる；角括弧（［  ］）は、その位置に受け入れられる特定の残基を示す；ｘは、任意の残基がその位置に受け入れられることを示す；そして括弧（（  ））内の数字は、付随するアミノ酸により表される残基の数を示す。このタンパク質チロシンホスファターゼドメインは、ヒトＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドのＣ末端細胞質ドメインに位置し、そしてこれは、配列番号２のアミノ酸約１０２０〜１０３２に対応する。タンパク質−チロシンホスファターゼドメイン（ＨＭＭ）は、ＰＦＡＭ受入番号ＰＦ００１０２を割り当てられた（ｈｔｔｐ；／／ｇｅｎｏｍｅ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／Ｐｆａｍ／．ｈｔｍｌ）。さらに、タンパク質−チロシンホスファターゼドメイン（ＨＭＭ）は、ＳＭＡＲＴ識別子ｐｔｐ＿７またはＰＴＰｃ＿３（ｈｔｔｐ：／／ｓｍａｒｔ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．ｄｅ／）を割り当てられた。本明細書中で使用される場合、「タンパク質−チロシンホスファターゼドメイン」は、以下のＰｒｏＤｏｍファミリー「Ｈホスファターゼチロシン膜貫通型」ドメイン（ＰｒｏＤｏｍａｉｎ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ２００１．１；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ．ｈｔｍｌ、図４）のいずれかまたは両方に対して相同である（例えば、少なくとも約８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である）、ヒトＭＩＤ  ４４６０タンパク質の一部である。ヒトＭＩＤ  ４４６０のタンパク質−チロシンホスファターゼドメイン（配列番号２のアミノ酸１〜２１７）の、ＰＤ３１２２２６（配列番号Ｘ���とのＢＬＡＳＴ検索モデルから誘導されたアラインメントは、（ｂｌｏｓｕｍ６２  ｍａｔｒｉｘからのＰｒｏＤｏｍａｉｎで計算された場合、図４）１００％の同一性を示す。ヒトＭＩＤ  ４４６０のタンパク質−チロシンホスファターゼドメイン（配列番号２のアミノ酸８４６〜１０８０）の、Ｐｆａｍタンパク質−チロシンコンセンサスアミノ酸配列（配列番号Ｘ）との、隠れた（ｈｉｄｄｅｎ）Ｍａｒｋｏｖモデルに由来するアラインメントを図３に示す。
【００３５】
好ましい実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドまたはタンパク質は、「タンパク質チロシンホスファターゼドメイン」、または少なくとも約２００〜３００のアミノ酸残基、より好ましくは約２５０〜３００のアミノ酸残基、もしくは２７５〜３００のアミノ酸残基を含み、かつ「タンパク質チロシンホスファターゼドメインドメイン」（例えば、ヒトＭＩＤ  ４４６０のタンパク質チロシンホスファターゼドメイン（例えば、配列番号２の残基８４６〜１０８０））と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、もしくは１００％の相同性を有する領域を有する。
【００３６】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質配列における「タンパク質チロシンホスファターゼ」ドメインの存在を同定するため、そして目的のポリペプチドまたはタンパク質のアミノ酸配列が特定のプロファイルを有することを決定するために、このタンパク質のアミノ酸配列は、デフォルトパラメーターを使用してＨＭＭのＰｆａｍデータベース（例えば、Ｐｆａｍ  ｄａｔａｂａｓｅ，ｒｅｌｅａｓｅ  ２．１）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／Ｓｏｆｔｗａｒｅ／Ｐｆａｍ／ＨＭＭ＿ｓｅａｒｃｈ）に対して検索され得る。例えば、ｈｍｍｓｆプログラム（検索プログラムのＨＭＭＥＲパッケージの一部として入手可能）は、ＭＩＬＰＡＴ００６３についてのファミリー特異的デフォルトプログラムであり、そしてスコア１５は、ヒットを決定するためのデフォルトの閾値スコアである。あるいは、ヒットを決定するための閾値スコアは、（例えば、８ビットまで）下げられ得る。Ｐｆａｍデータベースの記載は、Ｓｏｎｈａｍｍｅｒら（１９９７）Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ２８：４０５−４２０に見出され得、そしてＨＭＭの詳細な説明は、例えば、Ｇｒｉｂｓｋｏｖら（１９９０）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｉｎｏｌ．１８３：１４６−１５９；Ｇｒｉｂｓｋｏｖら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：４３５５−４３５８；Ｋｒｏｇｈら（１９９４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２３５：１５０１−１５３１；およびＳｔｕｌｔｚら（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ．２：３０５−３１４（これらの内容は、本明細書中に参考として援用される）に見出され得る。検索をＨＭＭデータベースに対して行い、配列番号２の残基約８４６〜１０８０においてヒトＭＩＤ  ４４６０のアミノ酸配列における「タンパク質−チロシンホスファターゼ」ドメインの同定をもたらした（図１を参照のこと）。
【００３７】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質配列における「タンパク質チロシンホスファターゼ」ドメインの存在を同定するため、そして目的のポリペプチドまたはタンパク質が特定のプロファイルを有することを決定するためのさらなる方法において、このタンパク質のアミノ酸配列は、Ｓｃｈｕｌｔｚら（１９９８）、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９５：５８５７およびＳｃｈｕｌｔｚら（２０００）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２８：２３１に記載されるように、ＨＭＭのＳＭＡＲＴデータベース（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｍｏｄｕｌａｒ  Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ、ｈｔｔｐ：／／ｓｍａｒｔ．ｅｍｂｌ−ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ．ｄｅ／）に対して検索され得る。このデータベースは、ＨＭＭｅｒ２検索プログラムの隠れたＭａｒｋｏｖモデルを用いたプロファイリングにより同定されたドメインを含む（Ｄｕｒｂｉｎら（１９９８）Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ：ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ．Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ．；ｈｔｔｐ：／／ｈｍｍｅｒ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／）。このデータベースはまた、精度を増強するために専門家に広範囲にわたって注釈を付けられ、そしてモニタリングされる。ＨＭＭデータベースに対して検索を実行し、配列番号２の残基約８２１〜１０８３におけるヒトＭＩＤ  ４４６０のアミノ酸配列における「タンパク質チロシンキナーゼ」ドメインの同定をもたらした（図１を参照のこと）。
【００３８】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質配列中のドメインのさらなる同定のため、および目的のポリペプチドまたはタンパク質が特定のプロファイルを有することを決定するために、このタンパク質のアミノ酸配列を、ドメインのデータベース（例えば、ＰｒｏＤｏｍデータベース（Ｃｏｒｐｅｔら（１９９９），Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２７：２６３−２６７））に対して検索し得る。このＰｒｏＤｏｍ  タンパク質ドメインデータベースは、相同ドメインの自動的なコンパイルから構成される。ＰｒｏＤｏｍの現在のバージョンは、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ  ３８タンパク質データベースおよびＴＲＥＭＢＬタンパク質データベースのリカーシブＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ検索（Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２；Ｇｏｕｚｙら（１９９９）Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２３：３３３−３４０）を使用して構築される。このデータベースは、各ドメインについてコンセンサス配列を自動的に作成する。ＢＬＡＳＴサーチを、ＨＭＭデータベースに対して実行し、配列番号２の約残基２７〜７５６におけるヒトＭＩＤ  ４４６０のアミノ酸配列における「タンパク質チロシンホスファターゼ」ドメインの同定をもたらした（図１を参照のこと）。
【００３９】
ＭＩＤ  ４４６０分子は、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、好ましくは配列番号２の残基約２８〜１０８、約１１９〜２０１、約２９９〜３８１、約３８８〜４６９、約４７７〜５５９、および約５６７〜６５６において、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインをさらに含み得る。
【００４０】
ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、少なくとも１つ、好ましくは２つの「膜貫通ドメイン」または「膜貫通ドメイン」と相同な領域を含み得る。本明細書中で使用される場合、用語「膜貫通ドメイン」は、約１０〜４０アミノ酸残基長のアミノ酸配列を含み、そして形質膜に及ぶ。膜貫通ドメインは、疎水性残基が豊富であり、例えば、膜貫通ドメインの少なくとも５０％、６０％、７０％，８０％、９０％、９５％以上のアミノ酸が、疎水性である（例えば、ロイシン、イソロイシン、チロシン、またはトリプトファン）。膜貫通ドメインは、代表的に、α−らせん構造を有し、そして例えば、Ｚａｇｏｔｔａら（１９９６）Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１９：２３５−２６３に記載される（その内容は、本明細書中に参考として援用される）。ヒトＭＩＤ  ４４６０の膜貫通ドメインは、配列番号２の残基約８〜２５および約７５４〜７７８、または配列番号４の残基約５９〜７６および約７２９〜７５３に位置する。
【００４１】
好ましい実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドまたはタンパク質は、少なくとも１つ、好ましくは２つの「膜貫通ドメイン」、または少なくとも約１２〜３５アミノ酸残基、より好ましくは約１４〜３０アミノ酸残基もしくは１５〜２５アミノ酸残基を含み、かつ「膜貫通ドメイン」（例えば、ヒトＭＩＤ  ４４６０の膜貫通ドメイン（（例えば、配列番号２の残基８〜２５および７５４〜７７８））と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％の相同性を有する領域を有する。ヒトＭＩＤ  ４４６０の膜貫通ドメインは、ハイドロパシープロット（図２）において、ハイドロパシートレースが、ほぼ水平線の上にある約１５〜２５アミノ酸の領域として可視化される。
【００４２】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質配列中の「膜貫通」ドメインの存在を同定し、かつ目的のポリペプチドまたはタンパク質が特定のプロファイルを有することを決定するために、このタンパク質のアミノ酸配列は、膜貫通推定方法により解析され得、この方法は、トポロジーモデルの認識に基づいて、内在性膜タンパク質の二次構造およびトポロジーを推定する（ＭＥＭＳＡＴ、Ｊｏｎｅｓら、（１９９４）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３：３０３８−３０４９）。
【００４３】
ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、少なくとも１つ、好ましくは２つの「非膜貫通領域」を含み得る。本明細書中で使用される場合、用語「非膜貫通領域」は、膜貫通ドメインとして同定されないアミノ酸配列を含む。ＭＩＤ  ４４６０中の非膜貫通領域は、配列番号２のアミノ酸約１〜７５４および約７７８〜１１１８に位置する。この非膜貫通領域は、細胞質または細胞外にあり得る。細胞外部分（配列番号２の約アミノ酸１〜７５４）は、接着分子として作用し得、特異的リガンドに結合し得、そして／または細胞間接触において重要であり得る。細胞質部分（配列番号２のアミノ酸約７７８〜１１１８）は、触媒ドメインを含み得る。
【００４４】
ＭＩＤ  ４４６０の非膜貫通領域は、少なくとも１つの細胞質領域を含む。Ｃ末端に位置する場合、この細胞質領域は、本明細書中において「Ｃ末端細胞質ドメイン」と呼ばれる。本明細書中で使用される場合、「Ｃ末端細胞質ドメイン」は、約１〜４００アミノ酸残基長、好ましくは約１〜３７５アミノ酸残基長、より好ましくは約１〜３５０アミノ酸残基長、またさらにより好ましくは約１〜３４０アミノ酸残基長を有するアミノ酸配列を含み、細胞の内側または細胞の細胞質内に位置し、そして触媒ドメインを有する。「Ｃ末端細胞質ドメイン」のＮ末端アミノ酸残基は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質中の膜貫通ドメインのＣ末端アミノ酸残基に隣接する。例えば、Ｃ末端細胞質ドメインは、配列番号２のアミノ酸残基約７７８〜１１１８に位置する。
【００４５】
好ましい実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドまたはタンパク質は、Ｃ末端細胞質ドメインまたは少なくとも約３００アミノ酸残基、好ましくは約３００〜４００アミノ酸残基、そしてより好ましくは約３００〜３５０アミノ酸残基を含み、そして「Ｃ末端細胞質ドメイン」（例えば、ヒトＭＩＤ  ４４６０のＣ末端細胞質ドメイン（例えば、配列番号２の残基７７８〜１１１８）と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％の相同性を有する領域を有する。
【００４６】
ＭＩＤ  ４４６０の非膜貫通領域は、少なくとも１つの細胞外領域を含む。Ｎ末端に位置する場合、この細胞外領域は、本明細書中において「Ｎ末端細胞外ドメイン」と呼ばれる。本明細書中で使用される場合、「Ｎ末端細胞外ドメイン」は、約１〜８００アミノ酸残基長、好ましくは約１〜７７５アミノ酸残基長、より好ましくは約１〜７６０アミノ酸残基長、またはさらに好ましくは約１〜７５４アミノ酸残基長を含み、細胞の内側または細胞の細胞質内に位置し、そして触媒ドメインを有する。「Ｎ末端細胞外ドメイン」のＣ末端アミノ酸残基は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の膜貫通ドメインのＮ末端アミノ酸残基に隣接する。例えば、Ｎ末端細胞外ドメインは、配列番号２のアミノ酸残基約１〜７５４に位置する。
【００４７】
好ましい実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドまたはタンパク質は、Ｎ末端細胞外ドメイン、または約１〜８００アミノ酸残基長、好ましくは約１〜７７５アミノ酸残基長、そしてより好ましくは約１〜７５０アミノ酸残基長を有するアミノ酸配列を含み、そして「Ｎ末端細胞外ドメイン」（例えば、ヒトＭＩＤ  ４４６０のＮ末端細胞外ドメイン（例えば、配列番号２のアミノ酸約１〜７５４））と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％の相同性を有する領域を有する。
【００４８】
ヒトＭＩＤ  ４４６０タンパク質はさらに、ジロイシンモチーフ（例えば、配列番号２の残基９６５〜９６６、９６６〜９６７、９６７〜９６８、９９８〜９９９、および１０３８〜１０３９）および／またはチロシン特異的タンパク質ホスファターゼ活性部位配列（例えば、配列番号２の残基１０２０〜１０３２）をさらに含み得る。
【００４９】
ＭＩＤ  ４４６０ファミリーメンバーは、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、もしくは少なくとも６つのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、または少なくとも１つのタンパク質チロシンホスファターゼドメイン、あるいは膜貫通ドメインもしくは非膜貫通ドメインを含み得る。ＭＩＤ  ４４６０ファミリーメンバーは、少なくとも１つのチロシン特異的タンパク質ホスファターゼ活性部位配列（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００３８３）を含み得る。さらに、ＭＩＤ  ４４６０ファミリーメンバーは、以下を含み得る：少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、好ましくは少なくとも１７のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００６）；少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、好ましくは少なくとも９つのタンパク質キナーゼＣリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００５）；少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６および好ましくは２７のＮ−グリコシル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００１）；少なくとも１つのｃＡＭＰ／ｃＧＭＰタンパク質キナーゼリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００４）；少なくとも１つのチロシンキナーゼリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００７）；ならびに少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、および好ましくは２６のＮ−ミリストイル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００８）。
【００５０】
本発明のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、ＭＩＤ  ４４６０媒介活性を調節し得るので、これらは、以下に記載されるような、チロシンホスファターゼ関連障害または他のＭＩＤ  ４４６０関連障害のための新規な診断剤および治療剤を開発するのに有用であり得る。
【００５１】
本明細書中で使用される場合、「チロシンホスファターゼ関連活性」は、リン酸エステル結合の加水分解反応の触媒作用に関与する活性を含む。この活性はまた、ホスファターゼタンパク質と標的分子（例えば、リン酸化タンパク質またはペプチド）との相互作用に関与し得る。このファミリーのメンバーは、心臓血管疾患または新生物性疾患において役割を果たし得る。
【００５２】
本明細書中で使用される場合、「ＭＩＤ  ４４６０活性」、「ＭＩＤ  ４４６０の生物学的活性」または「ＭＩＤ  ４４６０の機能的活性」とは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチド、またはＭＩＤ  ４４６０核酸分子により、例えば、インビボまたはインビトロで決定された場合のＭＩＤ  ４４６０応答性細胞またはＭＩＤ  ４４６０基質（例えば、タンパク質基質）に対して及ぼされる活性をいう。一実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０活性は、直接的な活性（例えば、ＭＩＤ  ４４６０標的分子との結合）である。「標的分子」または「結合パートナー」は、天然においてＭＩＤ  ４４６０タンパク質が結合するかまたは相互作用する分子である。例示的実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０は、リン酸化基質のレセプターおよび酵素である。ＭＩＤ  ４４６０のレセプター部分へのリガンドの結合は、タンパク質のホスファターゼ活性を調節し得る。この酵素部分は、リン酸化アミノ酸残基（例えば、チロシン、スレオニン、またはセリン）を含む基質に結合し得、そしてホスホエステル結合の加水分解を触媒する。
【００５３】
ＭＩＤ  ４４６０活性はまた、間接的な活性（例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質とＭＩＤ  ４４６０レセプターとの相互作用により媒介される細胞シグナル伝達活性）であり得る。上記の配列構造および既知の機能の分子に対する類似性に基づいて、本発明のＭＩＤ  ４４６０分子は、チロシンホスファターゼファミリーメンバーと同様の生物学的活性を有し得る。例えば、本発明のＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、以下の活性の１つ以上を有し得る：（１）ホスホエステル結合の加水分解を触媒する能力；（２）リガンドに結合する能力；（３）リン酸化タンパク質を脱リン酸化する能力；（４）シグナル伝達を媒介する能力；および（５）接着分子として作用する能力。
【００５４】
本発明のＭＩＤ  ４４６０分子は、ＭＩＤ  ４４６０分子が発現される組織における細胞の活性を調節し得る。例えば、ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡは、肝臓、心臓、結腸、膵臓、脳、脾臓、および小腸において発現される。従って、本発明のＭＩＤ  ４４６０分子は、心臓血管障害、肝臓障害、胃腸管障害、または神経学的障害についての治療剤または診断剤として作用し得る。
【００５５】
従って、ＭＩＤ  ４４６０分子は、１つ以上の心臓血管障害または他のチロシンホスファターゼ障害を制御するための新規な診断標的および治療剤として作用し得る。本明細書中で使用される場合、「チロシンホスファターゼ障害」は、その病因が、異常かまたは欠損したチロシンホスファターゼタンパク質の機能または発現により引き起こされるか、関連するか、または付随する、疾患または障害である。このような障害（例えば、チロシンホスファターゼ関連障害または他のＭＩＤ  ４４６０関連障害）の例としては、細胞増殖性障害および／または細胞分化障害、免疫（例えば、炎症性）障害、心臓血管障害、内皮細胞障害、または肝臓障害が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５６】
細胞増殖性障害および／または細胞分化障害の例としては、癌（例えば、癌腫、肉腫、転移性障害または造血性新形成障害（例えば、白血病））が挙げられる。転移性腫瘍は、多数の原発性腫瘍型（前立腺起源、結腸起源、肺起源、乳房起源および肝臓起源の原発性腫瘍型を含むがこれらに限定されない）から生じ得る。
【００５７】
このＭＩＤ４４６０分子は、心血管障害を処置するために使用され得、これは、部分的には、チロシンホスファターゼファミリーのメンバーが、心臓および肝臓において見出されるからである。このＭＩＤ４４６０は、アテローム性動脈硬化症と関連する脂質リスクファクター（例えば、ＨＤＬ、ＬＤＬ、トリグリセリド）の生合成に影響を与えるために使用され得る。本明細書中で使用される場合、心臓に関与する障害、すなわち「心血管疾患」または「心血管障害」としては、心血管系（例えば、心臓、血管、および／または血液）に影響を与える疾患もしくは障害が挙げられる。心血管障害は、動脈圧における不均衡、心臓の機能不全、または（例えば、血栓による）血管の閉塞によって、引き起こされ得る。心血管障害としては、例えば、以下のような障害が挙げられるが、これらに限定されない：動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、心肥大、虚血性再灌流傷害、再狭窄、動脈炎症、血管壁リモデリング、心室リモデリング、急速心室ペーシング、冠状微小塞栓症、頻拍、徐脈、圧力過剰負荷、大動脈屈曲、冠状動脈結紮、脈管心疾患、弁疾患（カルシウム沈着により引き起こされる弁変性、リウマチ性心疾患、心内膜炎、または人工弁の合併症が挙げられるが、これに限定されない）；心房細動、長ＱＴ症候群、欝血性心不全、洞房結節機能障害、アンギナ、心不全、高血圧、心房細動、心房粗動、心膜疾患（心内膜液浸出および心内膜炎が挙げられるが、これらに限定されない）；心筋症（例えば、拡張型心筋症または特発性心筋症）、心筋梗塞、冠状動脈疾患、冠状動脈痙攣、虚血性疾患、不整脈、突然心臓死、ならびに心血管発生障害（例えば、動静脈先天異常、動静脈瘻、レーノー症候、神経性胸郭出口症候群、カウザルギー／反射性交感神経性ジストロフィー、血管腫、動脈瘤、海綿状血管腫、大動脈弁狭窄、心房中隔欠損、房室管、大動脈の縮窄、エブスタイン異常、左心室発育不全症候群、大動脈弓の中断、僧帽弁逸脱、動脈管、卵円孔開存、部分的肺静脈還流異常、心室中隔欠損を伴う肺動脈閉鎖、心室中隔欠損を伴わない肺動脈閉鎖、胎児循環の存続、肺動脈弁狭窄、単心室、全肺静脈還流異常、大血管転位、三尖弁閉鎖、総動脈幹、心室中隔欠損）。心血管疾患または心血管障害としてはまた、内皮細胞障害も挙げられる。
【００５８】
本明細書中で使用される場合、用語「癌」（用語「過剰増殖」および「新形成」と互換可能にも使用される）とは、自律増殖能力を有する（すなわち、迅速に増殖する細胞増殖により特徴付けられる異常な状態または状況）細胞を指す。癌性疾患状態は、病的と分類され得る（すなわち、疾患状態（例えば、悪性腫瘍増殖）を特徴付けるかまたは構成する）か、あるいは、非病的と分類され得る（すなわち、正常ではないが疾患状態と関連はない、偏位（例えば、創傷修復と関連する細胞増殖）。この用語は、すべての型の癌性増殖または癌原性プロセス、転移性組織または悪性形質転換細胞、悪性形質転換組織、もしくは悪性形質転換器官（組織病理型にも侵襲性の段階にも関わらない）を包含することになっている。この用語「癌」は、種々の器官系の悪性疾患（例えば、肺を冒す悪性疾患、乳房を冒す悪性疾患、甲状腺を冒す悪性疾患、リンパ腺を冒す悪性疾患、胃腸管を冒す悪性疾患および尿生殖器管を冒す悪性疾患、ならびに腺癌（ほとんどの結腸癌、腎細胞癌腫、前立腺癌および／または精巣腫瘍、肺の非小細胞癌腫、小腸の癌および食道の癌のような悪性疾患を包含する）を包含する。用語「癌腫」は、当該分野で認識されており、そしてこの用語は、上皮組織もしくは内分泌組織の悪性疾患（呼吸器系癌腫、胃腸系癌腫、尿生殖器系癌腫、精巣癌腫、乳房癌腫、前立腺癌腫、内分泌系癌腫、および黒色腫を包含する）を指す。例示的癌腫としては、子宮頸部組織から形成する癌腫、肺組織から形成する癌腫、前立腺組織から形成する癌腫、乳房組織から形成する癌腫、頭部および頸部の組織から形成する癌腫、結腸組織から形成する癌腫、ならびに卵巣組織から形成する癌腫が挙げられる。用語「癌腫」はまた、例えば、癌性組織および肉腫性組織から構成される悪性腫瘍を含む、癌肉腫を包含する。「腺癌」とは、腺組織に由来する癌腫、または認識可能な腺構造をその腫瘍細胞が形成する癌腫をさす。用語「肉腫」は当該分野で認識されており、この用語は、間葉由来物の悪性腫瘍を指す。
【００５９】
本発明のＭＩＤ４４６０分子は、種々の増殖障害をモニター、処置、および／または診断するために使用され得る。そのような障害としては、造血性新形成障害が挙げられる。本明細書中で使用される場合、用語「造血性新形成障害」は、造血起源の（例えば、骨髄系列、リンパ系列、もしくは赤血球系列、またはそれらの前駆細胞から生じる）過形成細胞／新形成細胞に関与する疾患を包含する。好ましくは、その疾患は、ほとんど分化していない急性白血病（例えば、赤芽球性白血病および急性巨核芽球性白血病）から生じる。さらなる例示的骨髄性障害としては、急性前骨髄球性白血病（ＡＰＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）（Ｖａｉｃｋｕｓ（１９９１）Ｃｒｉｔ  Ｒｅｖ．ｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．／Ｈｅｍｏｔｏｌ．１１．２６７〜９７に概説される）が挙げられるが、これらに限定されない；リンパ球性悪性疾患としては、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）（Ｂ系列ＡＬＬおよびＴ系列ＡＬＬを包含する）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、前リンパ球性白血病（ＰＬＬ）、毛様細胞白血病（ＨＬＬ）、およびヴァルデンストレームマクログロブリン血症（ＷＭ）が挙げられるが、これらに限定されない。さらなる悪性リンパ腫形態としては、非ホジキンリンパ腫およびその改変体、末梢Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、大型顆粒リンパ球白血病（ＬＧＦ）、ホジキン病、およびリード−スターンバーグ病が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６０】
ＭＩＤ４４６０分子の異常な発現および／または異常な活性は、骨代謝に関係する障害を媒介し得る。「骨代謝」とは、骨構造の形成または変性（例えば、骨形成、骨再吸収など）における、血清中カルシウム濃度およびリン酸濃度に最終的に影響し得る、直接的効果または間接的効果を指す。この用語はまた、骨細胞（例えば、破骨細胞および骨芽細胞）においてＭＩＤ４４６０分子により媒介され、その後骨形成および骨変性を生じ得る、活性を包含する。例えば、ＭＩＤ４４６０分子は、骨再吸収破骨細胞の種々の活性（例えば、単球および単核食細胞から破骨細胞への分化の刺激）を支持し得る。従って、骨細胞の産生を調節するＭＩＤ４４６０分子は、骨形成および骨変性に影響し得、従って骨障害を処置するために使用され得る。そのような障害の例としては、骨粗鬆症、骨形成異常、骨軟化症、くる病、嚢胞性線維性骨炎、腎性骨形成異常、骨硬化、鎮痙処置、骨減少症、不完全骨線維形成（ｏｓｓｉｕｍ）、続発性上皮小体機能亢進、上皮小体機能低下、上皮小体機能亢進、肝硬変、閉塞性黄疸、薬物誘発性代謝、髄様癌、慢性腎疾患、くる病、サルコイドーシス、グルココルチコイド拮抗、吸収不良症候群、脂肪便、熱帯性スプルー、特発性高カルシウム血症、および授乳熱が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６１】
本発明のＭＩＤ４４６０核酸およびＭＩＤ４４６０タンパク質は、種々の免疫（例えば、炎症（例えば、呼吸炎症））障害を処置および／または診断するために使用され得る。免疫障害または免疫疾患の例としては、自己免疫疾患（例えば、真性糖尿病、関節炎（慢性関節リウマチ、若年性関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎を含む）、多発性硬化症、脳脊髄炎、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、自己免疫甲状腺炎、皮膚炎（アトピー性皮膚炎および湿疹性皮膚炎）、乾癬、シェーグレン症候群、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）、アフタ性潰瘍、虹彩炎、結膜炎、角結膜炎、喘息、アレルギー性喘息、慢性閉塞性肺疾患、皮膚エリテマトーデス、強皮症、膣炎、直腸炎、薬疹、らい逆転反応、らい性結節性紅斑、自己免疫ブドウ膜炎、アレルギー性脳脊髄炎、急性壊死性出血性脳障害、特発性両側性進行性感音聴覚障害、再生不良性貧血、赤芽球ろう、特発性血小板減少、多発性軟骨炎、ヴェーゲナー肉芽腫症、慢性活動性肝炎、スティーヴンズ−ジョンソン症候群、特発性スプルー、扁平苔癬、グレーブス病、サルコイドーシス、原発性胆汁性肝硬変、後部ブドウ膜炎、および間質性肺線維症が挙げられる）、宿主対移植片病、移植症例、およびアレルギー（例えば、アトピー性アレルギー）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６２】
本明細書中で使用される場合、「内皮細胞障害」とは、異常な内皮細胞活性、調節されていない内皮細胞活性、または望ましくない内皮細胞活性（例えば、増殖、移動、新脈管形成、または血管新生）により特徴付けられる障害；あるいは細胞表面接着分子の異常な発現または新脈管形成に関連する遺伝子（例えば、ＴＩＥ−２、ＦＬＴおよびＦＬＫ）の異常な発現により特徴付けられる障害を包含する。内皮細胞障害としては、腫瘍形成、腫瘍転移、乾癬、糖尿病性網膜症、子宮内膜症、グレーブス病、虚血性疾患（例えば、アテローム性動脈硬化症）、および慢性炎症疾患（例えば、慢性関節リウマチ）が挙げられる。
【００６３】
本明細書中に記載される方法により処置または診断され得る障害としては、肝臓における線維組織の蓄積に関係する障害（例えば、既存の線維の崩壊および縮合を伴う細胞外マトリックスの生成と分解との間の不均衡から生じる障害）が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書中に記載される方法は、広範な種類の因子により誘導される肝細胞壊死または肝細胞傷害（ホメオスタシスを破壊するプロセス（例えば、炎症性プロセス、毒性傷害から生じる組織損傷または肝血流の変化から生じる組織損傷）、ならびに感染（例えば、細菌感染、ウイルス感染、および寄生生物感染））を診断または処置するために使用され得る。例えば、その方法は、肝傷害（例えば、門脈圧亢進または肝線維症）の早期検出のために使用され得る。さらに、この方法は、先天性代謝異常に帰因する肝線維症（例えば、貯蔵障害（例えば、ゴシェ病（脂質異常）、またはグリコーゲン貯蔵病、Ａ１−抗トリプシン欠損）から生じる線維症）；外因性物質の蓄積（例えば、貯蔵）を媒介する障害（例えば、ヘモクロマトーシス（鉄過剰負荷症候群）および銅貯蔵病（ウィルソン病））、毒性代謝産物の蓄積を生じる障害（例えば、チロシン血症、果糖血症、およびガラクトース血症）、ならびにペルオキシソーム障害（例えば、ツェルヴェーガー症候群）を検出するために使用され得る。さらに、本明細書中に記載される方法は、種々の化学物質または薬物（例えば、メトトレキサート、イソニアジド、オキシフェニサチン、メチルドパ、クロロプロマジン、トルブタミドまたはアルコール）の投与と関連する肝傷害、または脈管障害の肝徴候（例えば、肝臓内胆汁流もしくは肝臓外胆汁流のいずれかの閉塞、または例えば、慢性心不全、静脈閉塞疾患、門脈血栓症もしくはバッド−キアーリ症候群から生じる肝臓循環の変化）を示す肝傷害の早期検出および処置のために使用され得る。
【００６４】
さらに、ＭＩＤ４４６０分子は、特定のウイルス疾患（Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、および単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）が挙げられるが、これらに限定されない）の病因において重要な役割を果たし得る。ＭＩＤ４４６０活性の調節因子は、ウイルス疾患を制御するために使用され得る。この調節因子は、ウイルス感染組織またはウイルス関連組織線維症（特に、肝臓および肝臓線維症）の処置および／または診断において使用され得る。また、ＭＩＤ４４６０調節因子は、ウイルス関連癌腫（特に、肝細胞癌）の処置および／または診断において使用され得る。
【００６５】
さらに、ＭＩＤ４４６０は、代謝障害または疼痛障害の調節において重要な役割を果たし得る。代謝不均衡の疾患としては、肥満、食欲不振、悪液質、脂質障害、および糖尿病が挙げられるが、これらに限定されない。疼痛障害の例としては、種々の形態の組織損傷の間に惹起される疼痛応答（例えば、炎症、感染、および虚血）（通常は、痛覚過敏と呼ばれる）（例えば、Ｆｉｅｌｄｓ（１９８７）Ｐａｉｎ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌに記載される）；筋骨格障害に関係する疼痛（例えば、関節痛）；歯痛；頭痛；手術に関連する疼痛；過敏性腸症候群に関連する疼痛；または胸部の疼痛が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６６】
ＭＩＤ４４６０タンパク質、そのフラグメント、および誘導体、ならびにその配列番号２の配列の他の改変体は、集合的に、「本発明のポリペプチドまたはタンパク質」あるいは「ＭＩＤ４４６０ポリペプチドまたはＭＩＤ４４６０タンパク質」と呼ばれる。このようなポリペプチドまたはタンパク質をコードする核酸分子は、集合的に、「本発明の核酸」または「ＭＩＤ４４６０核酸」と呼ばれる。
【００６７】
本明細書中で使用する場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）およびＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ならびに例えばヌクレオチドアナログの使用により生成されるＤＮＡアナログまたはＲＮＡアナログを含む。この核酸分子は、一本鎖または二本鎖であり得るが、好ましくは、二本鎖ＤＮＡである。
【００６８】
用語「単離された核酸分子」または「精製された核酸分子」は、核酸の天然の供給源に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子を含む。例えば、ゲノムＤＮＡに関して、用語「単離された」は、そのゲノムＤＮＡが天然で結合している染色体から分離された核酸分子を含む。好ましくは、「単離された」核酸は、その核酸の由来となった生物のゲノムＤＮＡにおいて、その核酸に天然で隣接する配列（すなわち、この核酸の５’末端および／または３’末端に位置する配列）を含まない。例えば、種々の実施形態において、単離された核酸分子は、その核酸の由来となった細胞のゲノムＤＮＡにおいて、天然でその核酸分子に隣接する、約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ、または０．１ｋｂ未満の５’側および／または３’側のヌクレオチド配列を含み得る。さらに、「単離された」核酸分子（例えば、ｃＤＮＡ分子）は、他の細胞物質も、組換え技術により生成される場合には培養培地も実質的に含まないか、あるいは、化学合成される場合には化学物質前駆体も他の化学物質も実質的に含まない。
【００６９】
本明細書中で使用される場合、用語「低ストリンジェンシー、中程度のストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、または非常に高いストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズする」とは、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を説明する。ハイブリダイゼーション反応を実施するための手引きは、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９８９），Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．，６．３．１−６．３．６（本明細書中で参考として援用される）において見出され得る。水性および非水性の方法が、その参考文献に記載され、そしてそのいずれかが使用され得る。本明細書中で言及される特定のハイブリダイゼーション条件は、以下の通りである：１）約４５℃で６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での低ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件、その後の少なくとも５０℃で０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での２回の洗浄（洗浄温度は、低ストリンジェンシーの条件について５５℃まで上昇され得る）；２）約４５℃で６×ＳＳＣ中での中程度にストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件、その後の６０℃で０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄；３）約４５℃で６×ＳＳＣ中での高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件、その後の６５℃で０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄；そして好ましくは、４）非常に高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件は、６５℃で０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳ、その後の６５℃で０．２×ＳＳＣ、１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄である。非常に高ストリンジェンシー条件（４）が、好ましい条件であり、そして他にそうでないことが示されない限り、使用されるべき条件である。
【００７０】
本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子は、天然で生じるヌクレオチド配列を有するＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子（例えば、天然のタンパク質をコードする）をいう。
【００７１】
本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」は、ＭＩＤ４４６０タンパク質（好ましくは、哺乳動物ＭＩＤ４４６０タンパク質）をコードする１つのオープンリーディングフレームを含む核酸分子をいう。この遺伝子は、非コード調節配列およびイントロンをさらに含み得る。
【００７２】
「単離された」または「精製された」ポリペプチドまたはタンパク質は、そのタンパク質が得られた細胞または組織供給源由来の細胞物質も他の混入タンパク質も実質的に含まないか、あるいは化学合成された場合には化学物質前駆体も他の化学物質も実質的に含まない。１実施形態において、用語「実質的に含まない」は、約３０％、２０％、１０％、およびより好ましくは、５％未満（乾燥重量）の、非ＭＩＤ４４６０タンパク質（本明細書中で「混入タンパク質」とも呼ばれる）または化学前駆体もしくは非ＭＩＤ４４６０化学物質を有する、ＭＩＤ４４６０タンパク質の調製物を意味する。ＭＩＤ４４６０タンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換え生成される場合、それはまた、好ましくは、培養培地を実質的に含まない（すなわち、培養培地は、タンパク質調製物の量の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは約５％未満を示す）。本発明は、乾燥重量で、少なくとも０．０１ｍｇ、０．１ｍｇ、１．０ｍｇ、および１０ｍｇの単離された調製物または精製された調製物を含む。
【００７３】
「非必須」アミノ酸残基は、生物学的活性を喪失することも、またより好ましくは実質的に変更することもなく、ＭＩＤ４４６０の野生型配列から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、そのような変化を生じる。例えば、本発明のポリペプチドにおいて保存されたアミノ酸残基（例えば、タンパク質チロシンホスファターゼドメインまたはフィブロネクチンドメイン中に存在するアミノ酸残基）は、変更に対して特に影響を受けやすいことが予想される。
【００７４】
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が挙げられる。従って、ＭＩＤ４４６０タンパク質中の予測される非必須アミノ酸残基は、好ましくは、同一側鎖ファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態において、変異は、ＭＩＤ４４６０コード配列の全てまたは一部に沿って無作為に導入され得（例えば、飽和変異誘発によって）、そして得られる変異体は、活性を保持する変異体を同定するために、ＭＩＤ４４６０生物学的活性についてスクリーニングされ得る。配列番号１または配列番号３の変異誘発の後、コードされるタンパク質は、組換え発現され得、そしてタンパク質の活性が、決定され得る。
【００７５】
本明細書中で使用される場合、ＭＩＤ４４６０タンパク質の「生物学的に活性な部分」は、ＭＩＤ４４６０分子と非ＭＩＤ４４６０分子との間の相互作用に関与する、ＭＩＤ４４６０タンパク質フラグメントを包含する。ＭＩＤ４４６０タンパク質の生物学的に活性な部分としては、全長ＭＩＤ４４６０タンパク質より少ないアミノ酸を含みかつＭＩＤ４４６０タンパク質の少なくとも１つの活性を示す、ＭＩＤ４４６０タンパク質のアミノ酸配列に十分に相同であるかまたはそれに由来するアミノ酸配列（例えば、配列番号２に示されるアミノ酸配列）を含むペプチドが挙げられる。代表的には、生物学的に活性な部分は、ＭＩＤ４４６０タンパク質の少なくとも１つの活性（例えば、ホスホエステル結合の加水分解を触媒する能力）を有するドメインまたはモチーフを含む。ＭＩＤ４４６０タンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、１０アミノ酸長、２５アミノ酸長、５０アミノ酸長、１００アミノ酸長、２００アミノ酸長以上であるポリペプチドであり得る。ＭＩＤ４４６０タンパク質の生物学的に活性な部分は、ＭＩＤ４４６０媒介活性（例えば、ホスホエステル結合の加水分解を触媒する能力）を調節する薬剤を開発するための標的として使用され得る。
【００７６】
配列間の相同性または配列同一性（用語「相同性」および「同一性」は、本明細書中で交換可能に使用される）の計算は、以下のように実施される。
【００７７】
２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列の同一性パーセントを決定するために、これらの配列は、最適な比較目的で整列される（例えば、ギャップが、最適な整列のために、第１および第２のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方に導入され得、そして非相同配列は、比較目的で無視され得る）。好ましい実施形態において、比較目的で整列される参照配列の長さは、参照配列の少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらにより好ましくは６０％、およびさらにより好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％の長さである（例えば、１１１８個のアミノ酸残基を有する配列番号２のＭＩＤ４４６０アミノ酸配列に第２の配列を整列する場合、少なくとも３０％のアミノ酸残基、好ましくは少なくとも４０％のアミノ酸残基、より好ましくは少なくとも５０％のアミノ酸残基、なおより好ましくは少なくとも６０％のアミノ酸残基、そしてなおより好ましくは少なくとも７０％、８０％、または９０％のアミノ酸残基が、整列される）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが、比較される。第１の配列における位置が、第２の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、これらの分子は、その位置で同一である（本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と等しい）。２つの配列間の同一性パーセントは、それらの配列により共有される同一の位置の数の関数である（２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要のある、ギャップの数および各ギャップの長さが考慮される）。
【００７８】
配列の比較および２つの配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。好ましい実施形態において、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍから入手可能）においてＧＰＡプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４−４５３）のアルゴリズムを用い、Ｂｌｏｓｓｕｍ  ６２マトリクスまたはＰＡＭ２５０マトリクスのいずれか、ならびにギャップウェイト１６、１４、１２、１０、８、６、または４およびレンクスウェイト（ｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔ）１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。さらに別の好ましい実施形態において、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍから入手可能）のＧＡＰプログラムを用い、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリクスならびにギャップウェイト４０、５０、６０、７０、または８０およびレンクスウェイト１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。特に好ましいパラメータセット（および分子が本発明の配列同一性または配列相同性の限界内にあるか否かを決定するためにどのパラメータが適用されるべきかについて実施者の気持ちが決まっていない場合に使用されるべきパラメータセット）は、Ｂｌｏｓｓｕｍ  ６２スコアリングマトリクス（ギャップペナルティー１２、ギャップエクステンドペナルティー４、およびフレームシフトギャップペナルティー５）である。
【００７９】
２つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれたＭｅｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒ（（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ、４：１１−１７）のアルゴリズムを用い、ＰＡＭ１２０ウェイトレジデューテーブル（ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｄｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ）、ギャップレンクスペナルティー１２、およびギャップペナルティー４を用いて決定され得る。
【００８０】
本明細書中に記載される核酸配列およびタンパク質配列は、「問い合わせ配列」として使用され、公開されたデーターベースに対して（例えば、他のファミリーメンバーまたは関連肺列を同定するために）サーチが実施され得る。このようなサーチは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−１０のＮＢＬＡＳＴプログラムおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて実施され得る。ＢＬＡＳＴヌクレオチドサーチは、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワードレンクス＝１２を用いて実施され得、本発明のＭＩＤ４４６０核酸分子に対するヌクレオチド配列ホモログが獲得される。ＢＬＡＳＴタンパク質サーチは、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワードレンクス＝３を用いて実施され得、本発明のＭＩＤ４４６０タンパク質分子のアミノ酸配列ホモログが獲得される。比較目的でギャップアラインメント（ｇａｐｐｅｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ）を獲得するために、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴが、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２に記載のように使用され得る。ＢＬＡＳＴプログラムおよびＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを使用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータが使用され得る。ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照のこと。
【００８１】
本発明の特定のＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列と実質的に同一のアミノ酸配列を有する。アミノ酸配列の文脈で、用語「実質的に同一」は、第１および第２のアミノ酸配列が、共通の構造的ドメインおよび／または共通の機能的活性を有し得るに十分な数または最小限の数の、ｉ）第２のアミノ酸配列における整列されたアミノ酸残基と同一であるかまたはｉｉ）その保存的置換であるアミノ酸残基を含む第１のアミノ酸をいうように本明細書中で使用される。例えば、配列番号２に対して少なくとも約６０％、または６５％の同一性、おそらく、７５％の同一性、よりおそらくは８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する共通の構造的ドメインを含むアミノ酸配列は、実質的に同一であると言及される。
【００８２】
ヌクレオチド配列の文脈において、用語「実質的に同一」は、第１および第２のヌクレオチド配列が、共通の機能的活性を有するポリペプチドをコードするか、または共通の構造的ポリペプチドドメインもしくは共通の機能的ポリペプチド活性をコードするに十分な数または最小限の数の、第２の核酸配列における整列されたヌクレオチドと同一のヌクレオチドを含む第１の核酸配列をいうよう本明細書中で使用される。例えば、配列番号１または３に対して少なくとも約６０％、または６５％の同一性、おそらく、７５％の同一性、よりおそらくは８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するヌクレオチド配列は、実質的に同一であると言及される。
【００８３】
「誤発現または異常な発現」は、本明細書中で使用される場合、ＲＮＡまたはタンパク質のレベルでの遺伝子発現の非野生型パターンをいう。これらとしては、以下：非野生型レベルでの発現（すなわち、過剰発現または過少発現）；遺伝子が発現される時点または段階の点で野生型と異なる発現パターン（例えば、所定の発達期または段階での増加または減少した発現（野生型と比較した場合））；所定の細胞型または組織型において減少した発現（野生型と比較した場合）の点で野生型と異なる発現パターン；発現されるポリペプチドのスプライシングサイズ、アミノ酸配列、翻訳後修飾、または生物学的活性の点で野生型と異なる発現パターン；遺伝子の発現に対する環境的刺激または細胞外刺激の効果の点で野生型と異なる発現パターン（例えば、刺激の強度における増加または減少の存在下で増加または減少した発現パターン（野生型と比較した場合））、が挙げられる。
【００８４】
「被験体」は、本明細書中で使用される場合、哺乳動物（例えば、ヒト）、または実験モデルもしくは動物モデルもしくは疾患モデルを指し得る。この被験体はまた、非ヒト動物（例えば、ウマ、ウシ、ヤギ、または他の家畜動物）であり得る。
【００８５】
「細胞の精製調製物」は、本明細書中で使用される場合、植物細胞もしくは動物細胞の場合は細胞のインビボ調製物を指し、インタクトな植物全体も動物全体も指さない。培養細胞または微生物細胞の場合、それは、被験体細胞の少なくとも１０％およびより好ましくは少なくとも５０％の調製物からなる。
【００８６】
本発明の種々の局面は、以下でさらに詳細に記載される。
【００８７】
（単離された核酸分子）
１つの局面において、本発明は、本明細書中に記載されるＭＩＤ４４６０ポリペプチド（例えば、全長ＭＩＤ４４６０タンパク質またはそのフラグメント（例えば、ＭＩＤ４４６０タンパク質の生物学的に活性な部分））をコードする単離または精製された核酸分子を提供する。ハイブリダイゼーションプローブとして使用するのに適した核酸フラグメント（これらは、例えば、本発明のポリペプチドをコードする核酸分子を同定するために使用され得る）、ＭＩＤ４４６０  ｍＲＮＡ、およびプライマー（例えば、核酸分子の増幅または変異のためのＰＣＲプライマー）として使用するのに適したフラグメントもまた含まれる。
【００８８】
１つの実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１に示されるヌクレオチド配列、またはこのヌクレオチド配列の任意の一部を含む。１つの実施形態において、この核酸分子は、ヒトＭＩＤ４４６０タンパク質をコードする配列（すなわち、配列番号３に示されるような、配列番号１の「コード領域」、配列番号３に示される）、ならびに５’非翻訳配列（配列番号１のヌクレオチド１〜４２）および３’非翻訳配列（配列番号１のヌクレオチド３３９９〜３９００）を含む。あるいは、この核酸分子は、配列番号１のコード領域（例えば、配列番号３）をのみを含み得、そして例えば、通常対象配列に付随する隣接配列を含まない。別の実施形態において、核酸分子は、配列番号２のアミノ酸約８４６〜１０８０のタンパク質フラグメントに対応する配列をコードする。
【００８９】
別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１もしくは配列番号３に示されるヌクレオチド配列の相補鎖またはこれらのヌクレオチド配列の任意の一部分である、核酸分子を含む。他の実施形態において、本発明の核酸分子は、配列番号１または配列番号３に示されるヌクレオチド配列に十分相補的であり、その結果、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズし得、それによって、安定な二重鎖を形成する。
【００９０】
１つの実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列の全長に対して、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上相同なヌクレオチド配列、またはその一部（好ましくは、これらのヌクレオチド配列のいずれかの同一の長さのもの）を含む。
【００９１】
（ＭＩＤ４４６０核酸フラグメント）
本発明の核酸分子は、配列番号１または３の核酸配列の一部のみを含み得る。例えば、このような核酸分子は、プローブもしくはプライマーとして使用され得るフラグメントまたはＭＩＤ４４６０タンパク質の一部をコードするフラグメント（例えば、ＭＩＤ４４６０タンパク質の免疫原性部分または生物学的に活性な部分）を含み得る。フラグメントは、ヒトＭＩＤ４４６０のタンパク質チロシンホスファターゼドメインまたはフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインをコードする配列番号１のヌクレオチドを含み得る。ＭＩＤ４４６０遺伝子のクローニングから決定されるヌクレオチド配列により、他のＭＩＤ４４６０ファミリーメンバーまたはそのフラグメント、ならびに他の種由来のＭＩＤ４４６０ホモログまたはそのフラグメントを同定および／またはクローニングするのに使用するために設計されたプローブおよびプライマーが作製され得る。
【００９２】
別の実施形態において、核酸は、コード領域の一部または全てを含みかつ５’非コード領域非コード領域または３’ 非コード領域のいずれか（または両方）に延びる、ヌクレオチド配列を含む。他の実施形態は、本明細書中に記載されるアミノ酸フラグメントをコードするヌクレオチド配列を含むフラグメントを含む。核酸フラグメントは、本明細書中に記載される特定のドメインもしくは部位またはそのフラグメント（特に、少なくとも１００アミノ酸長のそのフラグメント）をコードし得る。フラグメントはまた、上記の特定のアミノ酸配列に対応する核酸配列またはそのフラグメントを含む。核酸フラグメントは、本発明以前に開示されたかもしれないフラグメントを包含すると解釈されるべきでない。
【００９３】
核酸フラグメントは、本明細書中に記載されるドメイン、領域、または機能的部位に対応する配列を含み得る。核酸フラグメントはまた、本明細書中に記載される１つ以上のドメイン、領域、または機能的部位を含み得る。従って、例えば、ＭＩＤ４４６０核酸フラグメントは、本明細書中に記載されるような、タンパク質チロシンホスファターゼドメインまたはフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインに対応する配列を含み得る。
【００９４】
ＭＩＤ４４６０プローブおよびＭＩＤ４４６０プライマーが提供される。代表的に、プローブ／プライマーは、単離または精製されたオリゴヌクレオチドである。このオリゴヌクレオチドは、代表的に、ストリンジェントな条件下で、配列番号１もしくは配列番号３のセンス配列もしくはアンチセンス配列、または配列番号１もしくは配列番号３の天然に存在する対立遺伝子改変体もしくは変異体のうちの、少なくとも約７個、１２個、または１５個、好ましくは約２０個または２５個、より好ましくは約３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、または７５個連続するヌクレオチドとハイブリダイズするヌクレオチド配列領域を含む。
【００９５】
好ましい実施形態において、その核酸は、長さが少なくとも５塩基対もしくは１０塩基対であり、かつ２００塩基対未満、より好ましくは１００塩基対未満、もしくは５０塩基対未満である、プローブである。その核酸は、本明細書中に開示される配列と同一であるか、または１塩基または５塩基未満もしくは１０塩基未満異なるべきである。この比較のために整列が必要な場合、それらの配列は、最大相同性のために整列されるべきである。欠失もしくは挿入から生じる「ループアウト配列」またはミスマッチは、差異と見なされる。
【００９６】
プローブまたはプライマーは、配列番号２のアミノ酸およそ１〜２５からのシグナル配列をコードする核酸；配列番号２のアミノ酸およそ１〜７５４もしくは２６〜７５４からのＮ末端細胞外ドメインをコードする核酸；配列番号２のアミノ酸およそ７５４〜７７８からの膜貫通ドメイン；配列番号２のアミノ酸およそ７７８〜１１１８からのＣ末端細胞質ドメインをコードする核酸；配列番号２のアミノ酸およそ２８〜１０８、１１９〜２０１、２９９〜３８１、３８８〜４６９、４７７〜５５９、もしくは５６７〜６５６からのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインをコードする核酸；配列番号２のアミノ酸およそ８４６〜１０８０、９７７〜１０８０、もしくは８２１〜１０８３からのタンパク質チロシンホスファターゼドメインをコードする核酸の、センス鎖またはアンチセンス鎖に由来し得る。
【００９７】
別の実施形態において、ＭＩＤ４４６０配列の選択された領域（例えば、本明細書中に記載されるドメイン、領域、部位、または他の配列）を増幅するために使用され得る１組のプライマー（例えば、ＰＣＲにおいて使用するのに適切なプライマー）が、提供される。そのプライマーは、長さが少なくとも５塩基対、１０塩基対、もしくは５０塩基対であり、かつ１００塩基対未満もしくは２００塩基対未満であるべきである。そのプライマーは、本明細書中に開示される配列または天然に存在する改変体と、同一であるかまたは１塩基異なるべきである。例えば、以下の領域のうちのいずれかのすべてまたは一部を増幅するために適切なプライマーが、提供される：配列番号２のアミノ酸およそ７７８〜１１１８からの細胞質ドメイン；配列番号２のアミノ酸およそ７５４〜７７８からの膜貫通ドメイン；配列番号２のアミノ酸およそ１〜７５４もしくは２６〜７５４からの細胞外ドメイン；配列番号２のアミノ酸およそ２６〜１１１８からの成熟タンパク質；配列番号２のアミノ酸およそ８２１〜１０８３からのタンパク質チロシンホスファターゼドメイン；配列番号２のアミノ酸およそ９７７〜１０８０からのタンパク質チロシンホスファターゼドメイン；配列番号２のアミノ酸およそ８４６〜１０８０からのタンパク質チロシンホスファターゼドメイン；配列番号２のアミノ酸およそ３０〜１０９、１１９〜１９８、２９９〜３７８、３８８〜４６７、４７７〜５５６、もしくは５６７〜６５７からのフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン。
【００９８】
核酸フラグメントは、本明細書中に記載されるポリペプチドのエピトープ保有領域をコードし得る。
【００９９】
「ＭＩＤ４４６０ポリペプチドの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列の一部を単離すること（このヌクレオチド配列は、ＭＩＤ４４６０生物学的活性を有するポリペプチドをコードする（例えば、ＭＩＤ４４６０タンパク質の生物学的活性が、本明細書中に記載されている））、ＭＩＤ４４６０タンパク質のコード部分を（例えば、インビトロにおける組換え発現によって）発現すること、およびＭＩＤ４４６０タンパク質のコード部分の活性を評価することによって、調製され得る。例えば、ＭＩＤ４４６０の生物学的に活性な部分をコードする核酸フラグメントは、タンパク質チロシンホスファターゼドメイン（例えば、配列番号２のアミノ酸残基のおよそ８４６〜１０８０）を含む。ＭＩＤ４４６０ポリペプチドの生物学的に活性な活性部分をコードする核酸フラグメントは、３００ヌクレオチド以上の長さを超えるヌクレオチド配列を含み得る。
【０１００】
好ましい実施形態において、核酸は、約３００ヌクレオチド長、４００ヌクレオチド長、５００ヌクレオチド長、６００ヌクレオチド長、７００ヌクレオチド長、８００ヌクレオチド長、９００ヌクレオチド長、１０００ヌクレオチド長、１１００ヌクレオチド長、１２００ヌクレオチド長、１３００ヌクレオチド長、１４００ヌクレオチド長、１５００ヌクレオチド長、１６００ヌクレオチド長、１７００ヌクレオチド長、１８００ヌクレオチド長、１９００ヌクレオチド長、２０００ヌクレオチド長、２１００ヌクレオチド長、２２００ヌクレオチド長、２３００ヌクレオチド長、２４００ヌクレオチド長、２５００ヌクレオチド長、２６００ヌクレオチド長、２７００ヌクレオチド長、２８００ヌクレオチド長、２９００ヌクレオチド長、３０００ヌクレオチド長、３１００ヌクレオチド長、３２００ヌクレオチド長、３３００ヌクレオチド長、３４００ヌクレオチド長、３５００ヌクレオチド長、３６００ヌクレオチド長、３７００ヌクレオチド長、３８００ヌクレオチド長、３９００ヌクレオチド長以上でありかつ配列番号１または配列番号３の核酸分子に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、ヌクレオチド配列を含む。
【０１０１】
（ＭＩＤ４４６０核酸改変体）
本発明は、さらに、配列番号１または配列番号３に示されるヌクレオチド配列と異なる核酸分子を含む。このような差異は、遺伝的コードの縮重に起因し得、そして本明細書中に開示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同一のＭＩＤ４４６０タンパク質をコードする核酸を生じる。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２に示されるアミノ酸残基が少なくとも１個であるが、５個未満、１０個未満、２０個未満、５０個未満、または１００個個未満異なる、アミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。アライメントが、この比較に必要とされる場合、この配列は、最大の相同性について整列されるべきである。欠失もしくは挿入からの「ループ」アウト配列、またはミスマッチは、差異とみなされる。
【０１０２】
本発明者らの核酸は、特定の発現系に対して、好ましいコドンまたは好ましくないコドンを有するように選択され得る。例えば、核酸は、少なくとも一つのコドン、好ましくは、コドンの少なくとも１０％、または２０％が、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞、酵母細胞、ヒト細胞、昆虫細胞、またはＣＨＯ細胞中での発現に対して最適化される配列のように変更された、核酸であり得る。
【０１０３】
核酸改変体は、天然に存在し得、例えば、対立遺伝子改変体（同一の遺伝子座）、ホモログ（異なる遺伝子座）、およびオルソログ（異なる生物）であり得るか、または天然に存在し得ない。天然に存在しない改変体は、ポリヌクレオチド、細胞、または生物に適用される技術を含む、変異誘発技術により作製され得る。この改変体は、ヌクレオチドの置換、欠失、転化および挿入を含み得る。改変は、コード領域および非コード領域のいずれかまたは両方で生成し得る。この改変は、保存的アミノ酸置換基および非保存的アミノ酸置換基（コードされた産物と比較した場合）の両方を生成し得る。
【０１０４】
好ましい実施形態において、核酸は、例えば、以下のように配列番号１または配列番号３の核酸と異なる：少なくとも１ヌクレオチド異なるが、１０ヌクレオチド未満、２０ヌクレオチド未満、３０ヌクレオチド未満、または４０ヌクレオチド未満異なる；少なくとも１ヌクレオチド異なるが、目的の核酸の１％ヌクレオチド未満、５％ヌクレオチド未満、１０％ヌクレオチド未満または２０％ヌクレオチド未満異なる。分析の必要性がある場合、この配列は、最大の相同性について整列されるべきである。欠失もしくは挿入からの「ループ」アウト配列、またはミスマッチは、差異とみなされる。
【０１０５】
オルソログ、ホモログ、および対立遺伝子改変体は、当該分野で公知の方法を使用して同定され得る。これらの改変体は、配列番号２に示されるヌクレオチド配列またはその配列のフラグメントに対して、５０％、少なくとも約５５％、代表的に、少なくとも約７０〜７５％、より代表的に、少なくとも約８０〜８５％、そして最も代表的に、少なくとも約９０〜９５％以上、同一である、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。このような核酸分子は、配列番号２に示されるヌクレオチド配列またはその配列のフラグメントに対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るとして、容易に同定され得る。本発明のＭＩＤ４４６０  ｃＤＮＡのオルソログ、ホモログ、および対立遺伝子改変体に対応する核酸分子は、ＭＩＤ４４６０遺伝子と同一の染色体または遺伝子座にマッピングすることによって、さらに単離され得る。
【０１０６】
好ましい改変体は、基質のリン酸エステル結合の加水分解を触媒する能力またはリガンドと結合する能力と相関する改変体を包含する。
【０１０７】
ＭＩＤ４４６０の対立遺伝子改変体（例えば、ヒトＭＩＤ４４６０）は、機能性タンパク質または非機能性タンパク質の両方を包含する。機能性対立遺伝子改変体は、リン酸エステル結合の加水分解を触媒する能力またはリガンドに結合する能力を維持する集団中にある、ＭＩＤ４４６０タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体である。機能性対立遺伝子改変体は、代表的には、配列番号２の１個以上のアミノ酸の保存的置換のみ、またはそのタンパク質の非重要領域にある非重要残基の置換、欠失もしくは挿入を含む。非機能性対立遺伝子改変体は、リン酸エステル結合の加水分解を触媒する能力もリガンドに結合する能力を維持するも有さない集団中にある、ＭＩＤ４４６０（例えば、ヒトＭＩＤ４４６０）タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体である。非機能性対立遺伝子改変体は、代表的には、配列番号２のアミノ酸配列の非保存的置換、非保存的欠失、もしくは非保存的挿入、または成熟前切断、あるいはそのタンパク質の重要な残基または重要な領域の置換、挿入、または欠失を含む。
【０１０８】
さらに、他のＭＩＤ４４６０ファミリーメンバーをコードする核酸分子（従って、配列番号１または配列番号３のＭＩＤ４４６０配列と異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子）は、本発明の範囲内であることが意図される。
【０１０９】
（アンチセンス核酸分子、リボザイムおよび改変されたＭＩＤ４４６０核酸分子）
別の局面において、本発明は、ＭＩＤ４４６０に対してアンチセンスである単離された核酸分子を特徴とする。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に対して相補的である（例えば、二重鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に対して相補的であるか、またはｍＲＮＡ配列に対して相補的である）、ヌクレオチド配列を含み得る。このアンチセンス核酸は、全ＭＩＤ４４６０コード鎖、またはその一部のみ（例えば、配列番号３に対応する、ヒトＭＩＤ４４６０のコード領域）に対して相補的であり得る。別の実施形態において、アンチセンス核酸分子は、ＭＩＤ４４６０をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」（例えば、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域）に対してアンチセンスである。
【０１１０】
ＭＩＤ４４６０ｍＲＮＡの全コード領域に対して相補的であるように、アンチセンス核酸が、設計され得るが、より好ましくは、ＭＩＤ４４６０  ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＭＩＤ４４６０  ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域（例えば、目的の標的遺伝子ヌクレオチド配列の−１０領域と＋１０領域との間）に対して相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約７ヌクレオチド長、１０ヌクレオチド長、１５ヌクレオチド長、２０ヌクレオチド長、２５ヌクレオチド長、３０ヌクレオチド長、３５ヌクレオチド長、４０ヌクレオチド長、４５ヌクレオチド長、５０ヌクレオチド長、５５ヌクレオチド長、６０ヌクレオチド長、６５ヌクレオチド長、７０ヌクレオチド長、７５ヌクレオチド長、８０ヌクレオチド長以上であり得る。
【０１１１】
本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を使用する化学合成反応および酵素学的ライゲーション反応を使用して、構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、または分子の生物学的安定性を増加もしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成される二重鎖の物理学的安定性を増加させるように設計された多様に改変されたヌクレオチドを使用して、化学的に合成され得る（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが、使用され得る）。アンチセンス核酸がまた、核酸がアンチセンス配向でサブクローニングされた発現ベクターを生物学的に使用して産生され得る（すなわち、挿入された核酸から転写されるＲＮＡは、以下の小節でさらに記載されている、目的の標的核酸に対してアンチセンス配向である）。
【０１１２】
本発明のアンチセンス核酸分子は、代表的に、（例えば、組織部位での直接的な注入によって）被験体に投与されるか、またはこれらのアンチセンス核酸分子が、ＭＩＤ４４６０タンパク質をコードする細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするかまたは結合することによって、例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって、タンパク質の発現を阻害するように、インサイチュで産生される。あるいは、アンチセンス核酸分子を改変して、選択された細胞が標的され得、次いで、全身に投与され得る。全身投与に関して、例えば、細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に、アンチセンス核酸分子を連結することによって、このアンチセンス分子が、選択された細胞表面上で発現されたレセプターまたは抗原に特異的もしくは選択的に結合するように改変され得る。このアンチセンス核酸分子はまた、本明細書中で記載されるベクターを使用して、細胞に送達され得る。アンチセンス分子の十分な細胞内濃度を達成するために、アンチセンス核酸分子が、強力なｐｏｌ  ＩＩプロモーターまたはｐｏｌ  ＩＩＩプロモーターの制御下に配置されるベクター構築物が、好ましい。
【０１１３】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成する。ここでは、通常のβ−ユニットとは対照的に、鎖は互いに対して平行に延びる（Ｇａｕｌｔｉｅｒら（１９８７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１）。アンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅら（１９８７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（Ｉｎｏｕｅら（１９８７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０）を含み得る。
【０１１４】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸は、リボザイムである。ＭＩＤ４４６０コード核酸に対して特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示されるＭＩＤ４４６０  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１または配列番号３）に対して相補的な１以上の配列、ならびにｍＲＮＡの切断を担う公知の触媒配列を有する配列（米国特許第５，０９３，２４６号またはＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１を参照のこと）を含み得る。例えば、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体は、活性部位のヌクレオチド配列がＭＩＤ４４６０コードｍＲＮＡにおいて切断されるべきヌクレオチド配列に対して相補的であるように構築され得る。例えば、Ｃｅｃｈら、米国特許第４，９８７，０７１号；およびＣｅｃｈら、米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。あるいは、ＭＩＤ４４６０  ｍＲＮＡを使用して、ＲＮＡ分子のプールから特異的なリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡを選択し得る。例えば、Ｂａｒｔｅｌ，Ｄ．およびＳｚｏｓｔａｋ，Ｊ．Ｗ．（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１−１４１８を参照のこと。
【０１１５】
ＭＩＤ４４６０遺伝子の発現は、標的細胞中でＭＩＤ４４６０遺伝子の転写を阻害する三重ヘリックス構造を形成するために、ＭＩＤ４４６０の調節領域に相補的なヌクレオチド配列（例えば、ＭＩＤ４４６０プロモーターまたはＭＩＤ４４６０エンハンサー）を標的することによって阻害され得る。一般に、Ｈｅｌｅｎｅ（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９−８４；Ｈｅｌｅｎｅ（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；およびＭａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照のこと。三重ヘリックスの形成のために標的され得る潜在的な配列は、いわゆる「スイッチバック」核酸分子を作製することによって増加され得る。スイッチバック分子は、交互に５’→３’，３’→５’様式で合成され、これらは、二重鎖の一方の鎖と、次いで他方の鎖と塩基対形成し、プリンまたはピリミジンのいずれかのかなり大きなストレッチが、二重鎖の一方の鎖上に存在することの必要性を排除する。
【０１１６】
本発明はまた、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブ分子を提供する。代表的に、このような標識は、化学発光標識、蛍光標識、放射活性標識、または比色分析標識である。
【０１１７】
ＭＩＤ４４６０核酸分子を、塩基部分、糖部分またはホスフェート骨格において改変し、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーション、または溶解度を改善し得る。例えば、核酸分子のデオキシリボースホルフェート骨格は、ペプチド核酸を生成するために改変され得る（Ｈｙｒｕｐら（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  ＆  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４：５−２３を参照のこと）。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」は、デオキシリボースホスフェート骨格がシュードペプチド骨格により置換され、そして４つの天然の核酸塩基（ｎｕｃｌｅｏｂａｓｅ）のみが保持されている、核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低イオン強度の条件下で、ＤＮＡおよびＲＮＡに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にし得る。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐら（１９９６）前出、およびＰｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：１４６７０−６７５に記載のような、標準的固相ペプチド合成プロトコルを使用して実施され得る。
【０１１８】
ＭＩＤ４４６０核酸分子のＰＮＡは、治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、遺伝子発現の配列特異的調節（例えば、転写または翻訳の停止を誘導すること、または複製を阻害することによる）のためのアンチセンス剤またはアンチジーン剤として使用され得る。ＭＩＤ４４６０核酸分子のＰＮＡはまた、例えば、ＰＮＡ指向ＰＣＲクランピング（ＰＮＡ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ＰＣＲ  ｃｌａｍｐｉｎｇ）による遺伝子内の一塩基対変異の分析において、他の酵素（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ）と組み合わせて使用される場合の人工制限酵素として（Ｈｙｒｕｐ（１９９６）、前出）；またはＤＮＡ配列決定またはハイブリダイゼーションのプローブまたはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐら（１９９６）、前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら（１９９６）、前出）使用され得る。
【０１１９】
他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ペプチドのような他の付加基（例えば、インビボにおける宿主細胞レセプターを標的するため）、または細胞膜を通過する輸送を容易にする薬剤（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６５５３−６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：６４８−６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）もしくは血液脳関門を通過する輸送を容易にする薬剤（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）を通過する輸送を容易にする試薬を含み得る。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発性切断薬剤（例えば、Ｋｒｏｌら（１９８８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８−９７６を参照のこと）、挿入剤（例えば、Ｚｏｎ（１９８８）Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９−５４９を参照のこと）を用いて改変され得る。この目的のために、このオリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、またはハイブリダイゼーション誘発切断剤）に結合体化され得る。
【０１２０】
本発明はまた、本発明のＭＩＤ４４６０核酸に対して相補的である少なくとも一つの領域を有する、分子ビーコンオリゴヌクレオチドプライマー分子およびプローブ分子を含み、２つの相補的な領域は、一つは蛍光団を有し、そして一つは、クエンチャーを有し、その結果、この分子ビーコンは、サンプル中で本発明のＭＩＤ４４６０核酸の存在を定量するために有用である。分子ビーコン核酸は、例えば、Ｌｉｚａｒｄｉら、米国特許第５，８５４，０３３号；Ｎａｚａｒｅｎｋｏら、米国特許第５，８６６，３３６号、およびＬｉｖａｋら，米国特許第５，８７６，９３０号に記載されている。
【０１２１】
（単離されたＭＩＤ４４６０ポリペプチド）
別の局面において、本発明は、抗ＭＩＤ４４６０抗体を惹起するかまたは試験する（またはより一般的には、この抗体に結合する）ための免疫原または抗原として使用するための、単離されたＭＩＤ４４６０タンパク質、またはフラグメント（例えば、生物学的に活性な部分）を特徴とする。ＭＩＤ４４６０タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用して、細胞供給源または組織供給源から単離され得る。ＭＩＤ４４６０タンパク質またはそのフラグメントを、組換えＤＮＡ技術によって産生し得るかまたは化学的に合成し得る。
【０１２２】
本発明のポリペプチドは、複数の遺伝子の存在の結果、選択的転写事象、選択的ＲＮＡスプライシング事象、ならびに代替の翻訳事象および翻訳後事象を惹起するポリペプチドを含む。ポリペプチドは、ポリペプチドがネイティブ細胞中で発現される場合に存在するのと実質的に同一の翻訳後改変を生じる系（例えば、培養細胞）中で発現され得るか、または系においてネイティブ細胞中に存在する翻訳後修飾（例えば、グリコシル化または切断）の変化または欠如を生じる。
【０１２３】
好ましい実施形態において、ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、以下の特徴の一つ以上を有する：
ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、リン酸エステル結合の加水分解を触媒する能力、リガンドに結合する能力、ＭＩＤ４４６０標的タンパク質を脱リン酸する能力、シグナル伝達する能力、ＨＤＬレベルを上昇させる能力、ＬＤＬレベルを低下させる能力、およびアテローム性動脈硬化症を減少させる能力を有する；
ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、ＭＩＤ４４６０ポリペプチド（例えば、配列番号２のポリペプチド）の、翻訳後修飾、アミノ酸組成または他の物理学的特性のいかなる寄与も無視する分子量（例えば、推定分子量）を有する；
ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、配列番号２のポリペプチドと、少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、９０％、または９５％の全体的配列類似性を有する；
ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、少なくとも以下のヒト組織および細胞株で発現され、肝臓および結腸において高レベルで発現され、心臓、膵臓、脳、脾臓、および小腸において中程度のレベルで発現される；
ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸残基およそ８４６〜１０８０と好ましくは約７０％、８０％、９０％または９５％同一である、タンパク質チロシンホスファターゼドメインを有する；
ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸残基およそ２８〜１０８、１１９〜２０１、２９９〜３８１、３８８〜４６９、４７７〜５５９、または５６７〜６５６と好ましくは約７０％、８０％、９０％、もしくは９５％同一である、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメインを有する；そして
ＭＩＤ４４６０ポリペプチドは、ネイティブタンパク質のアミノ酸配列において見出されるシステインのうちの少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、好ましくは１８個、最も好ましくは１９個を有する。
【０１２４】
好ましい実施形態において、ＭＩＤ４４６０タンパク質またはそのフラグメントは、配列番号２の対応する配列と異なる。一つの実施形態において、ＭＩＤ４４６０タンパク質またはそのフラグメントは、少なくとも１個だが、１５個未満、１０個未満または５個未満のアミノ酸残基だけ異なる。別の実施形態において、ＭＩＤ４４６０タンパク質またはそのフラグメントは、少なくとも１残基だが、その残基の２０％未満、１５％未満、１０％未満、または５％未満の残基だけ、配列番号２の対応する配列と異なり、これは、配列番号２の対応する配列と異なる。（この比較が、アライメントを必要とする場合、これらの配列は、最大相同性について整列されるべきである。欠失もしくは挿入からの「ループ」アウト配列またはミスマッチが、差異とみなされる）。この差異は、好ましくは、非必須残基での差異もしくは変化、または保存的置換である。好ましい実施形態において、この差異は、配列番号２の残基およそ８４６〜１０８０のタンパク質チロシンホスファターゼドメインの差異でも、配列番号２の残基およそ２８〜１０８、１１９〜２０１、２９９〜３８１、３８８〜４６９、４７７〜５５９、もしくは５６７〜６５６のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインでの差異でも、配列番号２の残基およそ７５４〜７７８の膜貫通ドメインでの差異でも、配列番号２の残基およそ１〜７５４の細胞外ドメインでの差異でも、配列番号２の残基およそ７７８〜１１１９の細胞内ドメインでの差異でもない。別の実施形態において、１以上の差異が、配列番号２の残基およそ８４６〜１０８０のタンパク質チロシンホスファターゼドメインの差異、配列番号２の残基およそ２８〜１０８、１１９〜２０１、２９９〜３８１、３８８〜４６９、４７７〜５５９、もしくは５６７〜６５６のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインでの差異、配列番号２の残基およそ７５４〜７７８の膜貫通ドメインでの差異、配列番号２の残基およそ１〜７５４の細胞外ドメインでの差異、または配列番号２の残基およそ７７８〜１１１８の細胞内ドメインでの差異である
他の実施形態は、アミノ酸配列の一つ以上の変化（例えば、活性に関して本質的ではないアミノ酸残基の変化）を含有するタンパク質を含む。このようなＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、配列番号２由来のアミノ酸配列において異なるが、なお生物学的活性を保持する。
【０１２５】
一つの実施形態において、このタンパク質は、配列番号２に対して、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％以上の相同性のアミノ酸配列を含む。
【０１２６】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはフラグメントにおいて、少なくとも１個のアミノ酸残基、１５個、１０個または５個未満のアミノ酸残基だけ配列番号２のアミノ酸の約１〜８４６または１０８０〜１１１８によって規定される領域において、配列番号２の配列と異なるが、アミノ酸残基の約８４６〜１０８０によって規定される領域において、配列番号２と異ならない、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはフラグメントが、提供される。（この比較が、アライメントを必要とする場合、この配列は、最大相同性についてアライメントされるべきである。欠失もしくは挿入、またはミスマッチ由来の「ループ」アウト配列が、差異とみなされる）。いくつかの実施形態において、この差異は、非必須残基にあるか、または保存的置換にある一方で、この差異は、必須残基にあるか、または非保存的置換にある。
【０１２７】
一つの実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の生物学的に活性な部分は、タンパク質−チロシンホスファターゼドメインを含む。さらに、他の生物学的に活性な部分（ここで、タンパク質の他の領域は、欠失される）は、組換え技術によって調製され得、そしてネイティブＭＩＤ  ４４６０タンパク質の機能的な活性の１以上について評価され得る。
【０１２８】
好ましい実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、配列番号２に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、配列番号２と十分に同一または実質的に同一である。なお別の実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、上記の節で詳細に記載したような、配列番号２と十分に同一または実質的に同一であり、そして配列番号２のタンパク質の機能的な活性を保持する。
【０１２９】
（ＭＩＤ  ４４６０キメラタンパク質または融合タンパク質）
別の局面において、本発明は、ＭＩＤ  ４４６０キメラタンパク質または融合タンパク質を提供する。本明細書中で使用される場合、ＭＩＤ  ４４６０「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドに連結したＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドを含む。「非ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチド」は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質と実質的に相同性でないタンパク質（例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質と異なるタンパク質）および同一の生物または異なる生物由来のタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。融合タンパク質のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、全てまたは一部（例えば、本明細書中に記載のＭＩＤ  ４４６０アミノ酸配列のフラグメント）に対応し得る。好ましい実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０融合タンパク質は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の少なくとも１個（または２個）の生物学的に活性な部分を含む。非ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０１３０】
この融合タンパク質は、リガンドに対して高度の親和性を有する部分を含み得る。例えば、この融合タンパク質は、ＭＩＤ  ４４６０配列がＧＳＴ配列のＣ末端に対して融合される、ＧＳＴ−ＭＩＤ  ４４６０融合タンパク質であり得る。このような融合タンパク質は、組換えＭＩＤ  ４４６０の精製を容易にし得る。あるいは、この融合タンパク質は、そのＮ末端において、異種シグナル配列を含むＭＩＤ  ４４６０タンパク質であり得る。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物の宿主細胞）において、ＭＩＤ  ４４６０の発現および／または分泌は、異種シグナル配列の使用を介して増強され得る。
【０１３１】
融合タンパク質は、血清タンパク質のすべてまたは一部（例えば、免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡまたはＩｇＥ）の一部（例えば、免疫グロブリンのＦｃ領域ならびに／またはヒンジＣ１およびヒンジＣ２の配列）またはヒト血清アルブミン）を含み得る。
【０１３２】
本発明のＭＩＤ  ４４６０融合タンパク質は、薬学的組成物に取り込まれ得、そしてインビボで被験体に投与され得る。ＭＩＤ  ４４６０融合タンパク質は、ＭＩＤ  ４４６０基質のバイオアベイラビリティーに影響を与えるために使用され得る。ＭＩＤ  ４４６０融合タンパク質は、例えば、以下の（ｉ）、（ｉｉ）および（ｉｉｉ）によって生じる障害の処置のために治療学的に有用であり得る：（ｉ）ＭＩＤ  ４４６０タンパク質をコードする遺伝子の異常な改変または変異；（ｉｉ）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の誤調節；および（ｉｉｉ）ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の異常な翻訳後改変。
【０１３３】
さらに、本発明のＭＩＤ  ４４６０融合タンパク質は、被験体において抗ＭＩＤ  ４４６０抗体を産生して、ＭＩＤ  ４４６０リガンドを精製するための免疫原として使用され得、そしてＭＩＤ  ４４６０とＭＩＤ  ４４６０基質との相互作用を阻害する分子を同定するためのスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。
【０１３４】
融合部分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードする発現ベクターが、市販されている。ＭＩＤ  ４４６０をコードする核酸は、このような発現ベクター中にクローニングされ得、その結果、融合部分がＭＩＤ  ４４６０タンパク質にインフレームで連結される。
【０１３５】
（ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の改変体）
別の局面において、本発明はまた、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドの改変体（例えば、アゴニスト（模倣物）またはアンタゴニストとして機能する）を特徴とする。ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の改変体は、変異誘発（例えば、不連続な点変異）、配列の挿入もしくは欠失、またはＭＩＤ  ４４６０タンパク質の短縮（ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ）によって作製され得る。ＭＩＤ  ４４６０タンパク質のアゴニストは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性と実質的に同一の活性またはサブセットを残存し得る。ＭＩＤ  ４４６０タンパク質のアンタゴニストは、例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質のＭＩＤ  ４４６０媒介活性を競合的に調節することによって、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の天然に存在する形態の活性の１つ以上を阻害し得る。よって、特定の生物学的効果は、種々の限定された機能を用いる処置によって誘導され得る。好ましくは、このタンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性のサブセットを有する改変体を用いる被験体の処置は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の天然に存在する形態での処置と比較して被験体においてわずかな副作用を有する。
【０１３６】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の改変体は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の変異体（例えば、短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをアゴニスト活性またはアンタゴニスト活性についてスクリーニングすることによって同定され得る。
【０１３７】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質をコードする配列のフラグメント（例えば、Ｎ末端フラグメント、Ｃ末端フラグメントまたは内部フラグメント）のライブラリーを使用して、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の改変体のスクリーニング、続く選択のための多様なフラグメント集団を作製し得る。
【０１３８】
システイン残基が付加または欠失されている改変体、あるいはグリコシル化されている残基が付加または欠失されている改変体が、特に好ましい。
【０１３９】
点変異または短縮によって作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする方法、および選択された特性を有する遺伝子産物についてｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための方法が、当該分野において公知である。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を高める新たな技術である再帰的アンサンブル変異誘発（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）をスクリーニングアッセイと組合わせて使用して、ＭＩＤ  ４４６０改変体を同定し得る（ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１）。
【０１４０】
多様なＭＩＤ  ４４６０ライブラリーを分析するために、細胞ベースのアッセイが利用され得る。例えば、発現ベクターのライブラリーが、細胞株（例えば、通常、基質依存的様式でＭＩＤ  ４４６０に応答する細胞株）にトランスフェクトされ得る。次いで、トランスフェクトされた細胞は、ＭＩＤ  ４４６０と接触させられ、そしてＭＩＤ  ４４６０基質によるシグナル伝達に対する変異体発現の効果が、（例えば、ペプチドまたはタンパク質のような基質におけるリン酸エステル結合の加水分解を測定することによって）検出され得る。次いで、プラスミドＤＮＡは、ＭＩＤ  ４４６０基質によるシグナル伝達の阻害または増強を記録する細胞から回収され得、そして個々のクローンがさらに特徴付けられ得る。
【０１４１】
別の局面において、本発明は、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチド（例えば、非野生型活性を有するペプチド、例えば、天然に存在するＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドのアンタゴニスト、アゴニストもしくはスーパーアゴニスト、例えば、天然に存在するＭＩＤ  ４４６０ポリペプチド）を作製する方法を特徴とする。本方法は、以下の工程を包含する：ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドの配列を変更する工程（例えば、本明細書中に開示される非保存領域、ドメインまたは残基の１つ以上の残基の置換または欠失によって配列を変更する工程）；および所望の活性について変更されたポリペプチドを試験する工程。
【０１４２】
別の局面において、本発明は、天然に存在するＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドの生物学的活性を有するＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドのフラグメントまたはアナログを作製する方法を特徴とする。本方法は、以下の工程を包含する：例えば、１つ以上の残基の置換または欠失によってＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドの配列を変更する工程（例えば、本明細書中に記載される非保存領域の配列またはドメインもしくは残基を変更する工程）；および、所望の活性について変更されたポリペプチドを試験する工程。
【０１４３】
（抗ＭＩＤ  ４４６０抗体）
別の局面において、本発明は、抗ＭＩＤ  ４４６０抗体を提供する。本明細書中で使用される場合、用語「抗体」は、免疫グロブリン分子またはその免疫学的に活性な部分（すなわち、抗原結合部分）をいう。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分の例としては、ｓｃＦＶフラグメントおよびｄｃＦＶフラグメント、ＦａｂフラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメント（これらのフラグメントは、それぞれ、パパインまたはペプシンのような酵素で抗体を処理することによって生成され得る）が挙げられる。
【０１４４】
抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、組換え抗体（例えば、キメラ抗体またはヒト化抗体、完全ヒト抗体、非ヒト抗体（例えば、マウス抗体））または単鎖抗体であり得る。好ましい実施形態において、抗体は、エフェクター機能を有し、そして補体を固定し得る。抗体は、毒素または画像化剤に結合され得る。
【０１４５】
全長ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０の抗原性ペプチドフラグメントは、免疫原として使用され得るか、または他の免疫原（例えば、細胞、膜調製物など）を用いて作製される抗ＭＩＤ  ４４６０抗体を同定するために使用され得る。ＭＩＤ  ４４６０の抗原性ペプチドは、配列番号２に示されるアミノ酸配列の少なくとも８アミノ酸残基を含むべきであり、かつＭＩＤ  ４４６０のエピトープを含むべきである。好ましくは、この抗原性ペプチドは、少なくとも１０アミノ酸残基、より好ましくは、少なくとも１５アミノ酸残基、さらにより好ましくは、少なくとも２０アミノ酸残基、そして最も好ましくは、少なくとも３０アミノ酸残基を含む。
【０１４６】
配列番号２の残基約６５〜８５、約１４０〜１７５、約１９０〜２２５、約２３０〜２４０、約２５０〜２６５、約３１５〜３５０、約３６５〜３９５、約４０２〜４２２、約４２０〜４３５、約４５０〜４７０、約４８０〜４８８、約４９５〜５０５、約５１０〜５２５、約５４０〜５５８、約５６１〜５８０、約５９５〜６３０、約７００〜７１５、約７７３〜７９０、約８００〜８１８、約８３５〜８５５、約９２１〜９４５、約９９５〜１０１５、および１０７５〜１１１８を含む、ＭＩＤ  ４４６０のフラグメントは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の親水性領域に対する抗体を作製するために使用され得る（例えば、免疫原として使用され得るか、または抗体の特異性を特徴付けるために使用され得る）（図２を参照のこと）。同様に、配列番号２の残基約１〜２５、約８５〜１００、約３５５〜３６５、約７１０〜７２０、約７５０〜７７５または約１０２０〜１０４０を含む、ＭＩＤ  ４４６０のフラグメントは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の疎水性領域に対する抗体を作製するために使用され得；配列番号２の残基約１〜７５４またはそのサブセット（例えば、約残基１〜２５、約残基２８〜１０８、約残基１１９〜２０１、約残基２９９〜３８１、約残基３８８〜４６９、約残基４７７〜５５９、約残基５６７〜６５６、約残基６５６〜７５４）を含む、ＭＩＤ  ４４６０のフラグメントは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の細胞外領域に対する抗体を作製するために使用され得；配列番号２の残基約７７８〜１１１８、約８４６〜１０８０、約９７７〜１０８０、または約８２１〜１０８３を含む、ＭＩＤ  ４４６０のフラグメントは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の細胞内領域に対する抗体を作製するために使用され得；配列番号２の残基約９７７〜１０８０、約８２１〜１０８３または約８４６〜１０８０を含む、ＭＩＤ  ４４６０のフラグメントは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質のタンパク質−チロシンホスファターゼ領域に対する抗体を作製するために使用され得；配列番号２の残基約７５４〜７７８を含む、ＭＩＤ  ４４６０のフラグメントは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の膜貫通ドメインに対する抗体を作製するために使用され得る。
【０１４７】
本明細書中に記載されるこれらの領域のいずれか、または他の領域もしくはドメインと反応性の抗体、またはそれらと特異的もしくは選択的な抗体が提供される。
【０１４８】
抗原性ペプチドによって含まれる好ましいエピトープは、タンパク質の表面に位置付けられるＭＩＤ  ４４６０の領域（例えば、親水性領域）ならびに高い抗原性を有する領域である。例えば、ヒトＭＩＤ  ４４６０タンパク質配列のＥｍｉｎｉ表面確率分析を使用して、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の表面に位置づけられるという特に高い確率を有し、従って、標的化抗体の生成のために有用な表面残基を構成する可能性が高い領域が示され得る。
【０１４９】
好ましい実施形態において、抗体は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の細胞外部分に結合し得る（例えば、抗体は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質を発現する細胞全体に結合し得る）。別の実施形態において、抗体は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の細胞内部分に結合する。
【０１５０】
好ましい実施形態において、抗体は、本明細書中に記載されるＭＩＤ  ４４６０タンパク質上の任意のドメインまたは領域におけるエピトープに結合する。
【０１５１】
さらに、キメラ抗体、ヒト化抗体、および完全ヒト抗体もまた、本発明の範囲内である。キメラ抗体、ヒト化抗体、しかし最も好ましくは、完全ヒト抗体は、反復投与を含む適用（例えば、ヒト患者の治療的処置）のために、およびいくつかの診断的適用のために所望される。
【０１５２】
キメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体（ヒト部分および非ヒト部分の両方を含む）は、標準的な組換えＤＮＡ技術を使用して作製され得る。このようなキメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体は、当該分野で公知の組換えＤＮＡ技術（例えば、Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９；Ａｋｉｒａら、欧州特許出願１８４，１８７；Ｔａｎｉｇｕｃｈｉ、欧州特許出願１７１，４９６；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、欧州特許出願１７３，４９４；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ８６／０１５３３；Ｃａｂｉｌｌｙら、米国特許第４，８１６，５６７号；Ｃａｂｉｌｌｙら、欧州特許出願１２５，０２３；Ｂｅｔｔｅｒら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１−１０４３；Ｌｉｕら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：３４３９−３４４３；Ｌｉｕら（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１−３５２６；Ｓｕｎら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：２１４−２１８；Ｎｉｓｈｉｍｕｒａら（１９８７）Ｃａｎｃ．Ｒｅｓ．４７：９９９−１００５；Ｗｏｏｄら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１４：４４６−４４９；およびＳｈａｗら（１９８８）Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．８０：１５５３−１５５９に記載の方法を使用する）によって生成され得る。
【０１５３】
ヒト化抗体または相補的決定領域（ＣＤＲ）移植された抗体は、ドナーＣＤＲと置換した少なくとも１つまたは２つ（しかし、一般に３つ全て）のレシピエント（重鎖免疫グロブリン鎖および／または軽鎖免疫グロブリン鎖の）ＣＤＲを有する。抗体は、非ヒトＣＤＲの少なくとも一部と置換され得るか、またはＣＤＲのいくつかは、非ヒトＣＤＲで置換され得る。ＭＩＤ  ４４６０またはそのフラグメントに対するヒト化抗体の結合に必要とされるＣＤＲの数を置換することだけが必要である。好ましくは、ドナーは、げっ歯類抗体（例えば、ラット抗体またはマウス抗体）であり、そしてレシピエントは、ヒトフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークである。代表的に、ＣＤＲを提供する免疫グロブリンは、「ドナー」と呼ばれ、そしてフレームワークを提供する免疫グロブリンは、「アクセプター」と呼ばれる。１つの実施形態において、ドナー免疫グロブリンは、非ヒト（例えば、げっ歯類）である。アクセプターフレームワークは、天然に存在する（例えば、ヒト）フレームワークまたはコンセンサスフレームワーク、あるいはこれらに約８５％以上、好ましくは、９０％、９５％、９９％以上同一である配列である。
【０１５４】
本明細書中で使用される場合、用語「コンセンサス配列」は、あるファミリーの関連する配列において最も頻繁に生じるアミノ酸（またはヌクレオチド）から形成される配列をいう（例えば、Ｗｉｎｎａｋｅｒ（１９８７），Ｆｒｏｍ  Ｇｅｎｅｓ  ｔｏ  Ｃｌｏｎｅｓ（Ｖｅｒｌａｇｓｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ，Ｗｅｉｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙを参照のこと）。あるファミリーのタンパク質において、コンセンサス配列中の各位置が、そのファミリー中のその位置で最も頻繁に存在するアミノ酸によって占められる。２つのアミノ酸が同等に頻繁に生じる場合、いずれもコンセンサス配列中に含まれ得る。「コンセンサスフレームワーク」は、コンセンサス免疫グロブリン配列中のフレームワーク領域をいう。
【０１５５】
抗体は、当該分野において公知の方法によってヒト化され得る。ヒト化抗体は、抗原結合に直接関与しないＦｖ可変領域の配列をヒトＦｖ可変領域からの等価な配列で置換することによって生成され得る。ヒト化抗体を生成するための一般的な方法は、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（１９８５），Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２−１２０７、Ｏｉら（１９８６），ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ４：２１４、ならびにＱｕｅｅｎら米国特許第５，５８５，０８９号，同第５，６９３，７６１号および同第５，６９３，７６２号（これらの全ての内容が、本明細書中に参考として援用される）によって提供される。これらの方法は、重鎖および軽鎖のうちの少なくとも１つからの免疫グロブリンＦｖ可変領域の全てまたは一部をコードする核酸配列を単離する工程、操作する工程、および発現する工程を包含する。このような核酸の供給源は、当業者に周知であり、例えば、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドまたはそのフラグメントに対する抗体を産生するハイブリドーマより取得され得る。次いで、ヒト化抗体をコードする組換えＤＮＡまたはそのフラグメントは、適切な発現ベクター中にクローニングされ得る。
【０１５６】
ヒト化抗体またはＣＤＲ移植された抗体は、ＣＤＲ移植またはＣＤＲ置換によって産生され得、ここで、免疫グロブリン鎖のＣＤＲのうち１つ、２つまたは全てが置換され得る。例えば、米国特許第５，２２５，５３９号；Ｊｏｎｅｓら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５５２−５２５；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４；Ｂｅｉｄｌｅｒら（１９８８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３−４０６０；Ｗｉｎｔｅｒ  米国特許第５，２２５，５３９号（これら全ての内容が本明細書中に参考として明らかに援用される）を参照のこと。Ｗｉｎｔｅｒは、本発明のヒト化抗体を調製するために使用され得るＣＤＲ移植方法を記載する（１９８７年３月２６日に出願されたＵＫ特許出願ＧＢ２１８８６３８Ａ；Ｗｉｎｔｅｒ  米国特許第５，２２５，５３９号（この内容は参考として明らかに援用される）。
【０１５７】
特定のアミノ酸が置換、欠失または付加されているヒト化抗体はまた、本発明の範囲内である。好ましいヒト化抗体は、例えば、抗原に対する結合を改善するようにフレームワーク領域にアミノ酸置換を有する。例えば、ヒト化抗体は、ドナーフレームワーク残基に同一のフレームワーク残基を有するか、またはレシピエントフレームワーク残基以外の別のアミノ酸に同一のフレームワーク残基を有する。このような抗体を生成するために、ヒト化免疫グロブリン鎖の選択された少数のアクセプターフレームワーク残基は、対応するドナーアミノ酸で置換され得る。好ましい置換の位置は、ＣＤＲに隣接するアミノ酸残基またはＣＤＲと相互作用し得るアミノ酸残基を含む（例えば、米国特許第５，５８５，０８９号を参照のこと）。ドナーからアミノ酸を選択するための基準は、米国特許第５，５８５，０８９号（例えば、米国特許第５，５８５，０８９号の１２〜１６欄、例えば、米国特許第５，５８５，０８９号の１２〜１６欄（この内容は、本明細書中に参考として援用される））に記載される。ヒト化抗体のための他の技術は、Ｐａｄｌａｎら、ＥＰ５１９５９６  Ａ１（１９９２年１２月２３日公開）に記載される。
【０１５８】
完全ヒト抗体は、ヒト患者の治療的処置のために特に所望される。このような抗体は、内因性免疫グロブリンの重鎖および軽鎖の遺伝子を発現し得ないがヒトの重鎖および軽鎖の遺伝子を発現し得るトランスジェニックマウスを使用して生成され得る。例えば、ＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ（１９９５）Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３；ならびに米国特許第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６６１，０１６号；および同第５，５４５，８０６号を参照のこと。さらに、Ａｂｇｅｎｉｘ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）およびＭｅｄａｒｅｘ，Ｉｎｃ．（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，ＮＪ）のような企業が、上記技術と類似の技術を使用して、選択された抗原に対して指向されたヒト抗体の提供に従事し得る。
【０１５９】
選択されたエピトープを認識する完全ヒト抗体は、「ガイド化選択（ｇｕｉｄｅｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）」と呼ばれる技術を使用して生成され得る。このアプローチでは、選択された非ヒトモノクローナル抗体（例えば、マウス抗体）を、同一のエピトープを認識する完全ヒト抗体の選択をガイドするために使用する。この技術は、Ｊｅｓｐｅｒｓら（１９９４）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １２：８９９−９０３に記載される。
【０１６０】
抗ＭＩＤ  ４４６０抗体は、単鎖抗体であり得る。単鎖抗体（ｓｃＦｖ）は、例えば、Ｃｏｌｃｈｅｒら（１９９９）Ａｎｎ  Ｎ  Ｙ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８８０：２６３−８０；およびＲｅｉｔｅｒ（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２：２４５−５２に記載されるようにして、操作され得る。単鎖抗体は、同一の標的ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の異なるエピトープに対する特異性を有する多価抗体を生成するために二量体化されても多量体化されてもよい。
【０１６１】
好ましい実施形態において、抗体は、Ｆｃレセプターに結合する能力を低減されているかまたは全く有さない。例えば、抗体は、Ｆｃレセプターに対する結合を支持しないアイソタイプまたはサブタイプ、フラグメントまたは他の変異体である。例えば、抗体は、変異または欠失されたＦｃレセプター結合領域を有する。
【０１６２】
抗体（またはそのフラグメント）は、細胞毒、治療剤または放射活性イオンのような治療的部分に結合体化され得る。細胞毒または細胞傷害剤は、細胞に対して有害な任意の薬剤を含む。例としては、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、エチジウムブロミド、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、メトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ピューロマイシン、マイタンシノイド（ｍａｙｔａｎｓｉｎｏｉｄ）（例えば、マイタンシノール（ｍａｙｔａｎｓｉｎｏｌ）（例えば、米国特許第５，２０８，０２０号を参照のこと）、ＣＣ−１０６５（米国特許第５，４７５，０９２号、同第５，５８５，４９９号、同第５，８４６，５４５号を参照のこと）およびそれらのアナログまたはホモログ）が挙げられる。治療剤としては、代謝拮抗物質（例えば、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシルデカルバジン）、アルキル化剤（例えば、メクロレタミン、チオエパ（ｔｈｉｏｅｐａ）クロラムブシル、ＣＣ−１０６５、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）、およびロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド（ｃｙｃｌｏｔｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、およびシス−ジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ）シスプラチン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（以前の名称は、ダウノマイシン）およびドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（以前の名称は、アクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン（ＡＭＣ））および抗有糸分裂薬（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、タキソール、およびマイタンシノイド）が挙げられるが、これらに限定されない。放射活性イオンとしては、ヨウ素、イットリウム、およびプラセオジミウムが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６３】
本発明の結合体は、所定の生物学的応答を改変するために使用され得、治療的部分は、伝統的な化学的治療剤に限定されると解釈されるべきではない。例えば、治療的部分は、所望の生物学的活性を保有するタンパク質またはポリペプチドであり得る。このようなタンパク質としては、例えば、毒素（例えば、アブリン、リシンＡ、シュードモナス体外毒素またはジフテリア毒素）；タンパク質（例えば、腫瘍壊死因子、α−インターフェロン、β−インターフェロン、神経発育因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲン活性化因子）；または生物学的応答改変因子（例えば、リンホカイン、インターロイキン−１（「ＩＬ−１」）、インターロイキン−２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン−６（「ＩＬ−６」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）または他の増殖因子）など、が挙げられ得る。
【０１６４】
あるいは、抗体は二次抗体と結合体化されて、Ｓｅｇａｌ、米国特許第４，６７６，９８０号に記載のような抗体ヘテロ結合体を形成し得る。
【０１６５】
抗ＭＩＤ  ４４６０抗体（例えば、モノクローナル抗体）を使用して、標準的技術（例えば、アフィニティクロマトグラフィーまたは免疫沈降）によってＭＩＤ  ４４６０を単離し得る。さらに、抗ＭＩＤ  ４４６０抗体を使用して、このタンパク質発現の多さおよびパターンを評価するために、（例えば、細胞溶解物または細胞上清において）ＭＩＤ  ４４６０タンパク質を検出し得る。抗ＭＩＤ  ４４６０抗体を診断的に使用して、臨床試験手順の一部として（例えば、所定の処置レジメンの効率を決定するために）組織中のタンパク質レベルをモニタリングし得る。検出は、抗体を検出可能な物質に結合（すなわち、生理学的結合）すること（すなわち、抗体標識）によって容易にされ得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、補欠分子団、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、および放射活性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ；適切な補欠分子団複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられ；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオロセイン、フルオロセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオロセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられ；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられ；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられ；そして適切な放射活性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０１６６】
好ましい実施形態において、抗体は、精製されたＭＩＤ  ４４６０抗原、またはそのフラグメント（例えば、本明細書中に記載されるフラグメント）、膜結合抗原、組織（例えば、粗製組織調製物）、細胞全体（好ましくは、生きている細胞）、溶解された細胞、または細胞画分（例えば、膜画分）を用いて免疫することによって作製され得る。
【０１６７】
ネイティブのＭＩＤ  ４４６０タンパク質にのみ結合する抗体、変性されたＭＩＤ  ４４６０タンパク質もしくは他の非ネイティブＭＩＤ  ４４６０タンパク質にのみ結合する抗体、または両方に結合する抗体が、本発明の範囲内にある。直鎖状エピトープまたは立体配置エピトープとの抗体が、本発明の範囲内にある。立体配置エピトープは時として、ネイティブのＭＩＤ  ４４６０タンパク質に結合するが変性されたＭＩＤ  ４４６０タンパク質には結合しない抗体を同定することによって同定され得る。
【０１６８】
（組換え発現ベクター、宿主細胞および遺伝子操作された細胞）
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるポリペプチドをコードする核酸を含むベクター、好ましくは、発現ベクターを含む。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」は、連結されている別の核酸を輸送し得る核酸分子をいい、プラスミド、コスミドまたはウイルスベクターを含み得る。ベクターは、自律的な複製を行い得るか、または宿主ＤＮＡ内に組み込み得る。ウイルスベクターとしては、例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルスが挙げられる。
【０１６９】
ベクターは、宿主細胞内での核酸の発現に適切な形態でＭＩＤ  ４４６０核酸を含み得る。好ましくは、組換え発現ベクターは、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結された１つ以上の調節配列を含む。用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサー、および他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含む。調節配列は、ヌクレオチド配列の構成的発現、ならびに組織特異的調節および／または誘導性配列を指向する配列を含む。発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望されるタンパク質発現レベルなどのような因子に依存し得る。本発明の発現ベクターは、宿主細胞内に導入され得、これにより本明細書中に記載されるような核酸によってコードされるタンパク質またはポリペプチド（融合タンパク質またはポリペプチドを含む）（例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を産生し得る。
【０１７０】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞におけるＭＩＤ  ４４６０タンパク質の発現のために設計され得る。例えば、本発明のポリペプチドは、Ｅ．ｃｏｌｉ、昆虫細胞（例えば、バキュロウイルス発現ベクターを使用して）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、さらにＧｏｅｄｄｅｌ，（１９９０）Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡに議論される。あるいは、組換え発現ベクターは、（例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを使用して）インビトロで転写および翻訳され得る。
【０１７１】
原核生物におけるタンパク質発現は、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを用いて、ほとんどＥ．ｃｏｌｉにて行われる。融合ベクターは、多くのアミノ酸をその融合ベクター内でコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に付加する。このような融合ベクターは、代表的に以下の３つの目的で働く：１）組換えタンパク質の発現を増加させるため；２）組換えタンパク質の安定性を増加させるため；および３）アフィニティ精製におけるリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製における補助のため。しばしば、タンパク質分解性切断部位が、融合部分と組換えタンパク質との連結部に導入され、そして組換えタンパク質の融合部分からの分離、続く融合タンパク質の精製を可能にする。このような酵素およびこれらの同族認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ；ＳｍｉｔｈおよびＪｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０），ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）（これらはそれぞれ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを標的組換えタンパク質に融合する）が挙げられる。
【０１７２】
精製された融合タンパク質は、ＭＩＤ  ４４６０活性アッセイ（例えば、以下に詳細に記載される直接アッセイまたは競合アッセイ）において、またはＭＩＤ  ４４６０タンパク質に特異的または選択的な抗体を生成するために使用され得る。好ましい実施形態において、本発明のレトロウイルス発現ベクターにおいて発現される融合タンパク質を使用して、骨髄細胞を感染し続いて照射したレシピエントに移植し得る。次いで、被験体レシピエントの病理学は、十分な時間が経過した後（例えば、６週間）に試験される。
【０１７３】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化するために、その組換えタンパク質をタンパク質分解性切断する能力を欠損した宿主細菌中でタンパク質を発現させる（Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ（１９９０）Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  １１９−１２８）。別のストラテジーは、各アミノ酸に対する個々のコドンがＥ．ｃｏｌｉ中で優先的に利用されるものであるように、発現ベクター中に挿入されるべき核酸の核酸配列を変更することである（Ｗａｄａら（１９９２）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的ＤＮＡ合成技術によって行われ得る。
【０１７４】
ＭＩＤ  ４４６０発現ベクターは、酵母発現ベクター、昆虫細胞内での発現のためのベクター（例えば、バキュロウイルス発現ベクター）または哺乳動物細胞内での発現に適切なベクターであり得る。
【０１７５】
哺乳動物細胞において使用される場合、発現ベクターの制御機能は、ウイルス調節エレメントによってしばしば提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルスおよびシミアンウイルス４０由来である。
【０１７６】
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型において優先的に核酸の発現を指向し得る（例えば、組織特異的調節エレメントが核酸の発現に使用される）。適切な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５−２７５）、Ｔ細胞レセプターの特定のプロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ  Ｊ．８：７２９−７３３）、および免疫グロブリン（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７４１−７４８）、ニューロン特異的プロモーター（例えば、ニューロフィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、および乳腺特異的プロモーター（例えば、乳清ホエープロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州特許出願公開番号２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されるプロモーター（例えば、マウスｈｏｘプロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３７４−３７９）およびα−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．３：５３７−５４６））がまた、含まれる。
【０１７７】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。種々の細胞型のアンチセンスＲＮＡの、構成的発現、組織特異的発現、または細胞型特異的発現を指示する、アンチセンスの向きでクローニングされた核酸に対して作動可能に連結された調節配列（例えば、ウイルスプロモーターおよび／またはエンハンサー）が選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節に関する概説については、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら（１９８６）Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １：１を参照のこと。
【０１７８】
本発明の別の局面は、本明細書中に記載された核酸分子（例えば、組換え発現ベクター内のＭＩＤ  ４４６０核酸分子、またはＭＩＤ  ４４６０核酸分子が宿主細胞ゲノムの特定の部位中に相同的に組換えることを可能とする配列を含むＭＩＤ  ４４６０核酸分子）を含有する宿主細胞を提供する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の被験細胞をいうのみならず、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をもいう。変異または環境的影響のいずれかに起因して、特定の改変は次の世代において存在し得るので、このような子孫は、実際、親の細胞と同一でなくてもよいが、なお、本明細書中で使用されるようなこの用語の範囲内に含まれる。
【０１７９】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはＣＶ−１起源、ＳＶ−４０（ＣＯＳ）細胞）で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０１８０】
ベクターＤＮＡは、従来的な形質転換またはトランスフェクション技術を介して宿主細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞中に導入するための当該分野で認識される種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが挙げられる。
【０１８１】
本発明の宿主細胞を使用して、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質を生成（すなわち、発現）し得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用してＭＩＤ  ４４６０タンパク質を生成するための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質が生成されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞（この中に、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を、包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、培地または宿主細胞からＭＩＤ  ４４６０タンパク質を単離する工程を、包含する。
【０１８２】
別の局面において、本発明は、細胞、またはＭＩＤ  ４４６０トランスジーンを含有する細胞もしくはそれ以外にＭＩＤ  ４４６０を誤発現する（ｍｉｓｅｘｐｒｅｓｓ）細胞からの精製調製物を特徴とする。この細胞調製物は、ヒト細胞または非ヒト細胞（例えば、げっ歯類細胞（例えば、マウス細胞もしくはラット細胞）、ウサギ細胞、またはブタ細胞）からなり得る。好ましい実施形態において、細胞はＭＩＤ  ４４６０トランスジーン（例えば、ＭＩＤ  ４４６０の異種形態、例えば、（非ヒト細胞の場合の）ヒト由来の遺伝子）を、含有する。このＭＩＤ  ４４６０トランスジーンは、誤って発現（例えば、過剰発現または寡少発現（ｕｎｄｅｒｅｘｐｒｅｓｓ））され得る。別の好ましい実施形態において、細胞は、内在性ＭＩＤ  ４４６０を誤って発現する遺伝子（例えば、遺伝子発現が損なわれる遺伝子（例えば、ノックアウト））を含有し得る。このような細胞は、変異したＭＩＤ  ４４６０対立遺伝子、または誤って発現されたＭＩＤ  ４４６０対立遺伝子に関係する障害を研究するためのモデル、または薬物スクリーニングにおける使用のためのモデルとして使用され得る。
【０１８３】
別の局面において、本発明は、本発明のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドをコードする核酸で形質転換されたヒト細胞（例えば、血球幹細胞）を、特徴とする。
【０１８４】
また、細胞、好ましくはヒト細胞（例えば、ヒト血球系細胞または線維芽細胞）が提供され、この細胞中では、内因性ＭＩＤ  ４４６０が、正常では内因性ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の発現を制御しない調節配列の制御下にある。細胞（例えば、細胞株または微生物）中の内因性遺伝子の発現特徴は、挿入された調節エレメントが内因性ＭＩＤ  ４４６０遺伝子に作動可能に連結されるように、細胞のゲノム中に異種性のＤＮＡ調節エレメントを挿入することによって改変され得る。例えば、「転写的にサイレント」（例えば、正常では発現されない）であるか、または極低レベルでのみ発現される内因性ＭＩＤ  ４４６０遺伝子を、その細胞中で正常に発現される遺伝子産物の発現を促進し得る調節性エレメントを挿入することによって、活性化し得る。標的化相同組換えのような技術を使用して、例えば、１９９１年５月１６日に発行されたＣｈａｐｐｅｌ、米国特許第５，２７２，０７１号；ＷＯ  ９１／０６６６７に記載されるように、異種性ＤＮＡを挿入し得る。
【０１８５】
（トランスジェニック動物）
本発明は、非ヒトトランスジェニック動物を提供する。このような動物は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の機能および／または活性を研究するため、ならびにＭＩＤ  ４４６０の活性の調節因子を同定および／または評価するために、有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」は、その動物の細胞の１つ以上がトランスジーンを含有する、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくは、ラットもしくはマウスにようなげっ歯類である。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。トランスジーンとは、好ましくは、トランスジェニック動物の細胞のゲノム中に組み込まれるか、またはゲノム中に生じる、外因性ＤＮＡまたは再配置（例えば、内因性染色体ＤＮＡの欠失）である。トランスジーンは、トランスジェニック動物の１つ以上の細胞型もしくは組織においてコードされる遺伝子産物の発現を指令し得、他のトランスジーン（例えば、ノックアウト）は、発現を減少させる。従って、トランスジェニック動物は、内因性ＭＩＤ  ４４６０遺伝子が、例えば、内因性遺伝子と、その動物の発生前にその動物の細胞（例えば、動物の胚細胞）中に導入された外因性ＤＮＡとの間の相同組換えによって、変更された動物であり得る。
【０１８６】
イントロン配列およびポリアデニル化シグナルはまた、トランスジーンの発現の効率を増加させるためにトランスジーン中に含まれ得る。組織特異的調節配列は、特定の細胞に対してＭＩＤ  ４４６０タンパク質の発現を指向するために、本発明のトランスジーンに作動可能に連結され得る。トランスジェニック創始動物は、そのゲノムにおけるＭＩＤ  ４４６０トランスジーンの存在および／またはこの動物の組織もしくは細胞におけるＭＩＤ  ４４６０  ｍＲＮＡの発現に基づいて、同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物を使用して、トランスジーンを保有するさらなる動物を育種し得る。さらにＭＩＤ  ４４６０タンパク質をコードするトランスジーンを保有するトランスジェニック動物は、さらに、他のトランスジーンを有する他のトランスジェニック動物と交配され得る。
【０１８７】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドは、トランスジェニック動物またはトランスジェニック植物において発現され得る（例えば、このタンパク質またはペプチドをコードする核酸が、動物のゲノム中に導入され得る）。好ましい実施形態において、この核酸を、組織特異的なプロモーター（例えば、母乳特異的プロモーターまたは卵特異的プロモーター）の制御下に配置し、そして動物により産生される母乳または卵から回収される。適切な動物は、マウス、ブタ、ウシ、ヤギおよびヒツジである。
【０１８８】
本発明はまた、例えば、以下に考察されるような、トランスジェニック動物由来の細胞集団を包含する。
【０１８９】
（用途）
本明細書中に記載される核酸分子、タンパク質、タンパク質ホモログ、および抗体は、以下の方法の１以上に使用され得る：ａ）スクリーニングアッセイ；ｂ）予測的な医薬品（例えば、診断アッセイ、予後アッセイ、臨床試験のモニタリング、および薬理遺伝学）；ならびにｃ）処置方法（例えば、治療および予防）。
【０１９０】
本発明の単離された核酸分子を使用して、例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質を（例えば、遺伝子治療の適用における、宿主細胞中の組換え発現ベクターを介して）発現し得、（例えば、生物学的サンプル中の）ＭＩＤ  ４４６０  ｍＲＮＡを検出し得、またはＭＩＤ  ４４６０遺伝子中の遺伝子の変更を検出し得、そして以下にさらに記載されるように、ＭＩＤ  ４４６０の活性を調節し得る。ＭＩＤ  ４４６０タンパク質を使用して、ＭＩＤ  ４４６０基質またはＭＩＤ  ４４６０インヒビターの不十分な生成または過剰な生成によって特徴付けられる障害を処置し得る。さらに、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質を使用して、天然に存在するＭＩＤ  ４４６０の基質についてスクリーニングし得、ＭＩＤ  ４４６０活性を調節する薬物または化合物をスクリーニングし得、ならびにＭＩＤ  ４４６０野生型タンパク質と比較して、減少した活性、異常な活性または所望されない活性（例えば、異常なまたは欠損性のホスファターゼの機能または発現）を有する、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０タンパク質形態の生成物の不十分な生成または過剰な生成によって特徴付けられる障害（例えば、肺癌、結腸癌および乳癌を含む、細胞増殖、細胞分化障害）を、処置し得る。さらに、本発明の抗ＭＩＤ  ４４６０抗体を使用して、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質を検出および単離し得、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の生物利用能を調節し得、そしてＭＩＤ  ４４６０活性を調節し得る。
【０１９１】
本発明のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドと相互作用する（例えば、結合する）能力について化合物を評価する方法を提供する。この方法は、以下を包含する：本発明のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドと化合物とを接触させる工程；および化合物がこの本発明のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドと相互作用する（例えば、結合する）か、または複合体を形成する能力を評価する工程。この方法は、インビトロ（例えば、無細胞系）でか、またはインビボ（ツーハイブリッド相互作用トラップアッセイ）で実施され得る。この方法を使用して、本発明のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドと相互作用する、天然に存在する分子を同定し得る。またこの方法を使用して、本発明のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドの天然インヒビターまたは合成インヒビターを見出し得る。スクリーニング方法を、以下により詳細に考察する。
【０１９２】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質に結合するか、例えばＭＩＤ  ４４６０発現もしくはＭＩＤ  ４４６０活性に対する刺激作用もしくは阻害作用を有するか、または例えばＭＩＤ  ４４６０基質の発現または活性に対する刺激作用または阻害作用を有する、モジュレーター、すなわち候補または試験の化合物または因子（例えば、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、ペプトイド、低分子または他の薬物）を同定するための方法（本明細書中でスクリーニングアッセイともいわれる）を提供する。このように、同定された化合物を使用して、治療プロトコル中で標的遺伝子産物（例えば、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子）の活性を調節し得るか、標的遺伝子産物の生物学的機能を調節し得るか、または正常な標的遺伝子の相互作用を無効化（ｄｅｓｒｕｐｔ）する化合物を、同定し得る。
【０１９３】
１つの実施形態において、本発明は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質もしくはＭＩＤ  ４４６０ポリペプチド、またはその生物学的に活性な部分の基質である、候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。別の実施形態において、本発明は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質もしくはＭＩＤ  ４４６０ポリペプチド、またはその生物学的に活性な部分の活性に結合するかまたはその活性を調節する、候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。
【０１９４】
本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー方法（生物学的ライブラリー；ペプトイドライブラリー（ペプチドの機能を有するが、酵素的分解に対して耐性であるがそれでもなお生物学的に活性なままである、新規の非ペプチド骨格を有する分子のライブラリー；例えば、Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５を参照のこと）；空間的にアドレス可能な並行の固相または溶液相ライブラリー；デコンボルーション（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｉｏｎ）を必要とする合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー方法を含む）における任意の多くのアプローチを使用して獲得され得る。生物学的ライブラリーアプローチおよび、ペプチドライブラリーアプローチは、ペプチドライブラリーに限定されず、一方、他の４つのアプローチは、ペプチド、非ペプチドオリゴマーまたは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である（Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．１２：１４５）。
【０１９５】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、例えば、以下において、当該分野で見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６９０９−１３；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：１１４２２−４２６；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３−５１。
【０１９６】
化合物のライブラリーは、溶液中に存在し得るか（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、ビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌上（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子上（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許’４０９号）、プラスミド上（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８７：６３８７〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ  前出）であり得る。
【０１９７】
１つの実施形態では、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、ここでＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはその生物学的に活性な部分を発現する細胞を、試験化合物と接触させ、そして試験化合物がＭＩＤ  ４４６０活性を調節する能力を決定する。試験化合物がＭＩＤ  ４４６０活性を調節する能力の決定を、例えば、ＭＩＤ  ４４６０基質のリン酸エステルの加水分解をモニターすることによって成し得る。例えばこの細胞は、哺乳動物由来（例えば、ヒト）であり得る。
【０１９８】
試験化合物が化合物（例えば、ＭＩＤ  ４４６０基質）に結合するＭＩＤ  ４４６０を調節する能力、またはＭＩＤ  ４４６０に結合する能力をまた、評価し得る。このことは、例えば、化合物（例えば、基質）を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせることによって達成され得、その結果、複合体中の標識された化合物（例えば、基質）を検出することによって、化合物（例えば、基質）のＭＩＤ  ４４６０への結合を決定し得る。あるいは、ＭＩＤ  ４４６０を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせて、複合体中で試験化合物がＭＩＤ  ４４６０基質に結合するＭＩＤ  ４４６０を調節する能力をモニタリングし得る。例えば、化合物（例えば、ＭＩＤ  ４４６０基質）を、１２５Ｉ、１４Ｃ、３５Ｓ、または３Ｈで、直接的または間接的のいずれかで標識し得、そしてこの放射性同位体が、放射線放射の直接的な計数によってか、またはシンチレーション計数によってかで検出され得る。あるいは、化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そして適切な基質の産物への変換を定量することによって、この酵素標識を検出し得る。
【０１９９】
化合物（例えば、ＭＩＤ  ４４６０基質）が、任意の相互作用体（ｉｎｔｅｒａｃｔａｎｔ）の標識化を有するＭＩＤ  ４４６０またはこれを有さないＭＩＤ  ４４６０と相互作用する能力を、評価し得る。例えば、微小生理機能測定器（ｍｉｃｒｏｐｈｙｓｉｏｍｅｔｅｒ）を使用して、化合物またはＭＩＤ  ４４６０のいずれかの、標識化を有さないＭＩＤ  ４４６０との化合物の相互作用を測定し得る。ＭｃＣｏｎｎｅｌｌら（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５７：１９０６−１９１２。本明細書中で使用される場合、「微小生理機能測定器」（例えば、Ｃｙｔｏｓｅｎｓｏｒ）は、光でアドレス可能な電位差測定センサー（ＬＡＰＳ）を使用して、細胞がその環境を酸性化する速度を測定する、分析装置である。この酸性化速度の変化は、化合物とＭＩＤ  ４４６０との間の相互作用の指標として使用され得る。
【０２００】
なお別の実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させ、そして試験化合物がＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する能力を評価する、無細胞アッセイを提供する。本発明のアッセイに使用するためのＭＩＤ  ４４６０タンパク質の好ましい生物学的に活性な部分としては、非ＭＩＤ  ４４６０分子と相互作用する役割を持つフラグメント（例えば、高い表面存在可能性スコアを有するフラグメント）が挙げられる。
【０２０１】
本発明の無細胞アッセイにおいて、単離したタンパク質（例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはその生物学的に活性な部分）の可溶性形態および／または膜結合形態を、使用し得る。膜結合形態のタンパク質を使用する場合、可溶化剤を利用することが望ましい。このような可溶化剤の例としては、以下のような非イオン性界面活性剤が挙げられる：ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ  ｅｔｈｅｒ）ｎ）、３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］−１−プロパンスルホネート（３−［（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏ］−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳ）、３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（３−［（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏ］−２−ｈｙｄｒｏｘｙ−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳＯ）、またはＮ−ドデシル＝Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート。
【０２０２】
無細胞アッセイは、２つの成分が相互作用しそして結合し、従って除去および／または検出され得る複合体を形成し得る条件下かつそのために十分な時間をかけて、標的遺伝子タンパク質および試験化合物の反応混合物を調製する工程を、包含する。
【０２０３】
２つの分子間の相互作用をまた、例えば、蛍光エネルギー転移（ＦＥＴ）を使用して検出し得る（例えば、Ｌａｋｏｗｉｃｚら、米国特許第５，６３１，１６９号；Ｓｔａｖｒｉａｎｏｐｏｕｌｏｓら、米国特許第４，８６８，１０３号を参照のこと）。第１標識「ドナー」分子上のフルオロフォアは、その放射した蛍光エネルギーが、第２「アクセプター」分子上の蛍光標識によって吸収され、次いで吸収エネルギーに起因して蛍光発光し得るように、選択される。あるいは、この「ドナー」タンパク質分子は、単に、トリプトファン残基の天然の蛍光エネルギーを利用してもよい。異なる光波長を放射する標識を選択して、その結果、「アクセプター」分子標識は、「ドナー」分子標識から識別され得る。これら標識間のエネルギー転移の効率は、分子を隔てる距離の関係するので、これら分子間の空間関係を評価し得る。２つの分子間で結合が生じる状態では、このアッセイにおいて「アクセプター」分子標識の蛍光放射は最大となるはずである。ＦＥＴ結合事象を、当該分野で周知の標準的な蛍光検出手段を介して（例えば、蛍光測定器を用いて）、簡便に測定し得る。
【０２０４】
別の実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質が標的分子に結合する能力の決定を、リアルタイムの生体分子相互作用分析（Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）（ＢＩＡ）を使用して達成し得る（例えば、ＳｊｏｌａｎｄｅｒおよびＵｒｂａｎｉｃｚｋｙ（１９９１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８〜２３４５、ならびにＳｚａｂｏら（１９９５）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９〜７０５を参照のこと）。「表面プラズモン共鳴（ｓｕｒｆａｃｅ  ｐｌａｓｍｏｎ  ｒｅｓｏｎａｎｃｅ）」または「ＢＩＡ」は、いずれの相互作用物（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）も標識することなく、リアルタイムで生体特異的相互作用を検出する。結合表面の質量の変化（結合事象を表す）は、表面付近の光の屈折率の変化（表面プラズモン共鳴の光学的現象（ｏｐｔｉｃａｌ  ｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎ）（ＳＰＲ））を生じ、生物学的分子間のリアルタイム反応の指標として使用され得る、検出可能なシグナルを生じる。
【０２０５】
１つの実施形態において、標的遺伝子産物または試験物質を、固相上に固定する（ａｎｃｈｏｒ）。固相上に固定した標的遺伝子産物／試験化合物の複合体を、反応終了時に検出し得る。好ましくは、標的遺伝子産物を固相表面上に固定し得、そして（固定されていない）試験化合物を、本明細書中で考察される検出可能な標識で、直接的または間接的のいずれかで標識し得る。
【０２０６】
ＭＩＤ  ４４６０、抗ＭＩＤ  ４４６０抗体またはその標的分子のいずれかを固定して、そのタンパク質の一方または両方の非複合体化形態からの複合体化形態の分離を容易にし、そしてこのアッセイの自動化に適用させることが、望ましくあり得る。試験化合物のＭＩＤ  ４４６０タンパク質への結合、または候補化合物の存在下および非存在下でのＭＩＤ  ４４６０タンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するのに適切な任意の容器内で成され得る。このような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、および微小遠心管が挙げられる。１つの実施形態において、そのタンパク質の一方または両方をマトリックスに結合することを可能にするドメインを追加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／ＭＩＤ  ４４６０の融合タンパク質またはグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／標的の融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いで、これらを、試験化合物と混ぜ合わせるか、あるいは試験化合物および非吸着の標的タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０タンパク質のいずれかと混ぜ合わせ、そしてこの混合物を、複合体形成に貢献する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートする。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルを洗浄して、結合していないあらゆる成分を除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定し、例えば、上記のように、複合体を直接的または間接的のいずれかで決定する。あるいは、複合体をマトリックスから解離させ得、そしてＭＩＤ  ４４６０結合レベルまたはＭＩＤ  ４４６０活性レベルを標準的な技術を使用して決定し得る。
【０２０７】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質または標的分子のいずれかをマトリックス上に固定するための他の技術としては、ビオチンとストレプトアビジンとの結合体化を使用することが挙げられる。ビオチン化されたＭＩＤ  ４４６０タンパク質または標的分子を、当該分野において公知の技術を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から調製し得（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェル中に固定し得る。
【０２０８】
このアッセイを行うために、非固定化成分を、固定された成分を含むコーティングされた表面に添加する。反応の完了後、形成された任意の複合体が固相表面上で依然として固定化されているような条件下で、未反応成分を取り除く（例えば、洗浄によって）。固相表面上に固定された複合体の検出を、多く方法で達成し得る。これまで固定化されない成分を予め標識する場合、表面上に固定化された標識の検出は、複合体が形成されることを示す。これまで固定化されない成分が予め標識されない場合、間接標識を使用して、表面上に固定された複合体を検出するために使用され得る：例えば、固定化成分に特異的または選択的な標識抗体の使用（次いで、この抗体は、直接的にか、または例えば標識された抗Ｉｇ抗体で間接的に標識され得る）。
【０２０９】
１つの実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質または標的分子と反応性であるが、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体を利用して、アッセイを実施する。このような抗体は、プレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的またはＭＩＤ  ４４６０タンパク質が、抗体の結合体化によってウェル内にトラップされ得る。このような複合体を検出するための方法には、ＧＳＴ固定化複合体に関しての上記のものに加えて、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する複合体の免疫検出、ならびにＭＩＤ  ４４６０タンパク質または標的分子に関する酵素活性の検出に依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
【０２１０】
あるいは、無細胞アッセイを液相中で行い得る。このようなアッセイにおいて、以下に挙げられる任意の多くの標準的な技術によって、反応生成物を未反応成分から分離するが、これらに限定されない：差次的遠心分離（例えば、ＲｉｖａｓおよびＭｉｎｔｏｎ（１９９３）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ  １８：２８４−７を参照のこと）；クロマトグラフィー（ゲル濾過クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー）；電気泳動（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら編（１９９９）、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊ．Ｗｉｅｌｙ：Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ．を参照のこと）；および免疫沈降（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、編（１９９９）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊ．Ｗｉｅｌｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照のこと）。このような樹脂およびクロマトグラフィー技術は当業者に公知である（例えば、Ｈｅｅｇａａｒｄ（１９９８）Ｊ  Ｍｏｌ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔ  １１：１４１−８；Ｈａｇｅ，およびＴｗｅｅｄ（１９９７）Ｊ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  Ｂ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｓｃｉ  Ａｐｐｌ．６９９：４９９−５２５を参照のこと）。さらに、蛍光エネルギー転移をまた、本明細書中に記載されるように、うまく使用して、溶液からの複合体のさらなる精製なしに結合を検出し得る。
【０２１１】
好ましい実施形態において、このアッセイは、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＭＩＤ  ４４６０を結合する公知化合物と接触させてアッセイ混合物を形成する工程、アッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、および試験化合物がＭＩＤ  ４４６０タンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、試験化合物がＭＩＤ  ４４６０タンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、公知化合物と比較した場合、試験化合物が、好ましくＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する能力、または標的分子の活性を調節する能力を決定する工程を包含する。
【０２１２】
本発明の標的遺伝子産物は、インビボで、１つ以上の細胞性高分子または細胞外高分子（例えば、タンパク質）と相互作用し得る。この考察の目的のために、このような細胞性高分子および細胞外高分子は、本明細書中で、「結合パートナー」といわれる。このような相互作用を無効化する化合物は、標的遺伝子産物の活性を調節するのに有用であり得る。このような化合物としては、抗体、ペプチドおよび低分子のような分子が挙げられ得るが、これらに限定されない。この実施形態における使用のための好ましい標的遺伝子／生成物は、本明細書中で同定されたＭＩＤ  ４４６０遺伝子である。代替の実施形態において、本発明は、試験化合物が、ＭＩＤ  ４４６０標的分子の下流のエフェクターの活性の調節を介して、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の活性を調節する能力を決定するための方法を、提供する。例えば、これまでに記載されたように、適切な標的に対するエフェクター分子の活性を決定し得るか、またはエフェクターの適切な標的に対する結合を決定し得る。
【０２１３】
標的遺伝子産物と、その細胞性結合パートナーまたは細胞外結合パートナーとの間の相互作用を妨害する化合物を同定するために、標的遺伝子産物および結合パートナーを含有する反応混合物を、２つの産物が複合体を形成し得るような条件下かつそのために十分な時間をかけて、調製する。阻害性因子を試験するために、反応混合物を試験化合物の存在下および非存在下で提供する。試験化合物は、最初に、反応混合物中に含まれ得るか、またはある時点で添加され得、続いて標的遺伝子およびその細胞性結合パートナーまたは細胞外結合パートナーを添加する。コントロールの反応混合物を、試験化合物なしでかまたはプラセボと一緒にインキュベートする。次いで、標的遺伝子産物と、細胞性結合パートナーまたは細胞外結合パートナーとの間の任意の複合体の形成を検出する。コントロール反応中で複合体を形成するが、試験化合物を含有する反応混合物中では複合体を形成しないことは、化合物が標的遺伝子産物と相互作用性結合パートナーとの相互作用を妨害することを示す。さらに、試験化合物および正常な標的遺伝子産物を含有する反応混合物中の複合体形成をまた、試験化合物および変異体標的遺伝子産物を含有する反応混合物中の複合体形成と比較し得る。この比較は、変異体標的遺伝子産物の相互作用を無効化するが、正常な標的遺伝子産物の相互作用は無効化しない化合物を同定することが望ましい場合に、重要であり得る。
【０２１４】
これらのアッセイは、不均一形式または均一形式で行われ得る。不均一系アッセイは、標的遺伝子産物またはその結合パートナーのいずれかを固相上に固定する工程、および反応終了時に固相上に固定された複合体を検出する工程を、包含する。均一系アッセイにおいて、全反応を液相中で実行する。いずれかのアプローチにおいて、試験される化合物についての差次的な情報を獲得するために、反応物の添加の順序を変化し得る。例えば、標的遺伝子産物とその結合パートナーとの間の相互作用を、例えば、競合によって妨害する試験化合物を、試験基質の存在下で反応を行うことによって同定し得る。あるいは、形成された複合体を無効化する試験化合物（例えば、複合体から成分のうちの１つを置き換える、より高い結合定数を有する化合物）を、複合体が形成した後に反応混合物中に試験化合物を添加することによって試験し得る。種々の形式を、以下に簡潔に記載する。
【０２１５】
不均質のアッセイ系において、標的遺伝子産物または反応性（ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ）細胞性結合パートナーもしくは細胞外結合パートナーのいずれかは、固体表面（例えば、マイクロタイタープレート）上に固定され、一方で非固定種が直接または間接的に標識される。固定種は、非共有結合または共有結合によって固定され得る。あるいは、固定される種に特異的または選択的な固定化抗体は、固体表面への種の固定のために使用され得る。
【０２１６】
アッセイを行うために、固定化種のパートナーは、試験化合物でコーティングされた表面か、試験化合物でコーティングされていない表面に曝露される。反応が完結した後、未反応の成分が除去され（例えば、洗浄によって）、そして任意の形成された複合体は、固体表面上に固定化されたままである。非固定化種が前標識される場合、表面上に固定化された標識の検出は、複合体が形成されたことを示す。非固定化種が前標識されていない場合、間接標識は、表面に固定された複合体を検出するために使用され得る；例えば、始めに非固定化種に特異的または選択的な標識抗体を用いて（次いで、抗体は、例えば、標識化抗Ｉｇ抗体で直接標識され得るかまたは間接的に標識され得る）。反応成分の添加の順番に依存して、複合体形成を阻害するか、または予め形成された複合体を破壊する試験化合物が、検出され得る。
【０２１７】
あるいは、この反応は、試験化合物の存在下または非存在下で液体層で実行され得、反応産物は、未反応成分から分離され、そして複合体が検出される；例えば、溶液中で形成される任意の複合体を固定させる結合成分の１つに特異的または選択的な固定化抗体、および固定された複合体を検出する他のパートナーに特異的または選択的な標識化抗体を用いて。再度、液相への反応物の添加の順番に依存して、複合体を阻害するか、または予め形成された複合体を破壊する試験化合物が、同定され得る。
【０２１８】
本発明の代替の実施形態において、均質のアッセイが使用され得る。例えば、標的遺伝子産物のおよび反応性細胞性結合パートナー産物または細胞外結合パートナー産物の予め形成された複合体は、標的遺伝子産物が標識されるか、またはその結合パートナーが標識されるかのいずれかで調製されるが、標識によって生成されるシグナルは、複合体形成に起因してクエンチされる（このアプローチを免疫アッセイのために利用する米国特許第４，１０９，４９６号を参照のこと）。予め形成された複合体由来の種の１つと競合し、そして置換する試験物質の添加は、バックグラウンドを上回るシグナルの生成を生じる。この方法において、標的遺伝子産物結合パートナー相互作用を破壊する試験物質が、同定され得る。
【０２１９】
なお別の局面において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら、（１９９３）Ｃｅｌｌ  ７２：２２３〜２３２；Ｍａｄｕｒａら（１９９３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６〜１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０〜９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら（１９９３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）において「ベイト（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて、ＭＩＤ  ４４６０（「ＭＩＤ  ４４６０−結合タンパク質」または「ＭＩＤ  ４４６０−ｂｐ」）と結合または相互作用し、そしてＭＩＤ  ４４６０活性に関する他のタンパク質を同定し得る。このようなＭＩＤ  ４４６０−ｂｐは、例えば、ＭＩＤ  ４４６０媒介性シグナル伝達経路の下流エレメントのような、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０標的によるシグナルのアクティベーターまたはインヒビターであり得る。
【０２２０】
ツーハイブリッドシステムは、大半の転写因子のモジュラー性質に基づき、これは別個のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる。手短には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。１つの構築において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質をコードする遺伝子は、公知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他の構築において、同定されていないタンパク質（「プレイ（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列のライブラリー由来のＤＮＡ配列は、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。（あるいは：ＭＩＤ  ４４６０タンパク質は、アクチベータードメインに融合され得る）。「ベイト」タンパク質および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用してＭＩＤ  ４４６０依存性複合体を形成し得る場合、転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、密接に近くにされる。このように近くにすることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結したレポーター遺伝子（例えば、ｌａｃＺ）の転写が可能になる。レポーター遺伝子の発現は検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーは、単離され得、そしてＭＩＤ  ４４６０タンパク質と相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得るために使用され得る。
【０２２１】
別の実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０発現のモジュレーターが、同定される。例えば、細胞または細胞を含有しない混合物は、候補化合物と接触させられ、そしてＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現は、候補化合物の非存在下でＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルに相関して上昇した。ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下で大きい場合、候補化合物は、ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質発現の刺激因子として同定される。あるいは、ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下でより少ない（統計学的に有意に少ない）場合、候補化合物は、ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質発現のインヒビターとして同定される。ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質発現のレベルが、ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはタンパク質の検出について本明細書中に記載される方法によって決定され得る。
【０２２２】
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるアッセイの２つ以上の組み合わせに関する。例えば、調節剤は、細胞ベースのアッセイまたは無細胞アッセイを用いて同定され得、そしてＭＩＤ  ４４６０タンパク質の活性を調節する因子の能力は、例えば、動物において（例えば、異常なもしくは欠損性のホスファターゼの機能もしくは発現、または心臓血管疾患についての動物モデルのような動物において）インビボで確認され得る。
【０２２３】
本発明は、さらに上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規薬剤に関する。従って、このような薬剤での処置の効果、毒性、副作用、または作用機構を決定するための適切な動物モデルにおいて、本明細書中で記載されるように同定された薬剤（例えば、ＭＩＤ  ４４６０調節剤、アンチセンスＭＩＤ  ４４６０核酸分子、ＭＩＤ  ４４６０特異的抗体、またはＭＩＤ  ４４６０結合パートナー）をさらに使用することは本発明の範囲内である。さらに、上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規薬剤は、本明細書中で記載される処置のために使用され得る。
【０２２４】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定された核酸配列の一部またはフラグメントは、ポリヌクレオチド試薬として使用され得る。例えば、これらの配列は、以下のために使用され得る：（ｉ）染色体上のその各々の遺伝子をマップするため（例えば、遺伝性疾患に関連する遺伝子領域を位置決めするため、またはＭＩＤ  ４４６０と疾患を関係付けるため）；（ｉｉ）わずかな生物学的サンプルからの個体を同定するため（組織タイピング）；および（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的同定における補助。これらの適用は、以下の小節に記載される。
【０２２５】
（染色体マッピング）
ＭＩＤ  ４４６０ヌクレオチド配列またはその一部は、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の位置を染色体上にマッピングするために使用され得る。このプロセスは、染色体マッピンングといわれる。染色体マッピングは、疾患と関連する遺伝子とＭＩＤ  ４４６０配列との相関において有用である。
【０２２６】
手短には、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子は、ＭＩＤ  ４４６０ヌクレオチド配列からＰＣＲプライマー（好ましくは１５〜２５ｂｐ長）を調製することによって染色体にマッピングされ得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングについて有用であり得る。ＭＩＤ  ４４６０配列に対応するヒト遺伝子を含むこれらのハイブリッドのみが、増幅したフラグメントを産生する。
【０２２７】
各細胞株が、単一のヒト染色体、または少数のヒト染色体のいずれか、および完全なセットのマウス染色体を含む、体細胞ハイブリッドのパネルは、特定のヒト染色体に対する個々の遺伝子の容易なマッピングを可能にし得る（Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２０：９１９−９２４）。
【０２２８】
他のマッピングストラテジー（例えば、インサイチュハイブリダイゼーション（Ｆａｎら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：６２２３−２７に記載される）、標識化フローソート染色体でのプレスクリーニング、および染色体特異的ｃＤＮＡライブラリーに対するハイブリダイゼーションによる事前選択）は、染色体の位置に対するＭＩＤ  ４４６０のマッピングのために使用され得る。
【０２２９】
中期染色体拡散（ｓｐｒｅａｄ）に対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、１工程にて正確な染色体位置を提供するためにさらに使用され得る。このＦＩＳＨ技術は、５００塩基または６００塩基程度の短さのＤＮＡ配列を用いて使用され得る。しかし、１，０００塩基よりも大きいクローンは、特有の染色体位置に結合する傾向が高く、簡単な検出のために十分なシグナル強度を有する。好ましくは、１，０００塩基、より好ましくは２，０００塩基が、適切な時間で良好な結果を得るために十分である。この技術の概説について、Ｖｅｒｍａら（１９８８）、Ｈｕｍａｎ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ：Ａ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｂａｓｉｃ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）を参照のこと。
【０２３０】
染色体マッピングのための試薬は、単一の染色体またはその染色体の単一部位をマークするために個々に使用され得るか、または試薬のパネルが複数の部位および／または複数の染色体をマークするために使用され得る。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、実際にマッピングの目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内でより保存されがちであり、従って、染色体マッピング中のクロスハイブリダイゼーションの機会を増加させる。
【０２３１】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、染色体上の配列の物理学的位置は、遺伝子マップデータと相関され得る（このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ，Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｗｅｌｃｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙを介してオンラインで利用可能）に見出される。次いで、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される、連鎖分析（物理学的に隣接した遺伝子の共同遺伝（ｃｏ−ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ））によって同定され得る。
【０２３２】
さらに、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子に関する疾患に罹患した個体と罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における相違が、決定され得る。変異が、いくつかまたは全ての罹患した患者において見出されるが、罹患していない患者では見出されない場合、変異は、特定の疾患の原因因子であるようである。罹患した個体および罹患していない個体の比較は、最初に一般に、染色体における構造的改変（例えば、染色体拡散から観察可能であるか、またはそのＤＮＡ配列に基づくＰＣＲを用いて検出可能である欠失または転座）を探すことを含む。最終的に、いくらかの個体由来の遺伝子の完全な配列決定は、変異の存在を確認するため、および多型から変異を区別するために実行され得る。
【０２３３】
（組織タイピング）
ＭＩＤ  ４４６０配列は、例えば、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）を用いて生物学的サンプルから個体を同定するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、フラグメントは分離され（例えば、サザンブロットにて）、そしてプローブされて同定のためのバンドを産生する。本発明の配列は、ＲＦＬＰのためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である（米国特許第５，２７２，０５７号に記載される）。
【０２３４】
さらに、本発明の配列はまた、個体のゲノムの選択された部分の実際の１塩基ずつのＤＮＡ配列を決定するために使用され得る。従って、本明細書中に記載されるＭＩＤ  ４４６０ヌクレオチド配列は、その配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製するために使用され得る。次いで、これらのプライマーは、個体のＤＮＡを増幅し、次いでその配列を決定するために使用され得る。この様式で調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、特有の個体識別子を提供し得る。なぜならば、それぞれの個体は、対立遺伝子の差異に起因してこのようなＤＮＡ配列の特有のセットを有するからである。
【０２３５】
対立遺伝子改変は、これらの配列のコード領域においてある程度まで生じ、そして非コード領域でかなりの程度生じる。本明細書中に記載される配列の各々は、ある程度まで標準として使用され得、この基準に対して個体由来のＤＮＡが同定の目的のために比較され得る。より多くの数の多型が、非コード領域で生じるために、より少ない配列しか、個体を区別するために必要でない。配列番号１の非コード配列は、それぞれ１００塩基の非コード増幅配列を産生する約１０〜１，０００個のプライマーのパネルを用いて、ポジティブな個体の同定を提供し得る。予測されるコード配列（例えば、配列番号３の配列）が使用される場合、ポジティブな個体の同定のためにより適した数のプライマーは、５００〜２，０００である。
【０２３６】
本明細書中に記載されるＭＩＤ  ４４６０ヌクレオチド配列由来の試薬のパネルが、個体について特有の識別データベースを作成するために使用される場合、これらの同様の試薬が、個体から組織を同定するために後に使用され得る。特有の識別データベースを用いると、生きていても、死んでいても、個体のポジティブな同定は、非常に小さい組織サンプルからなされ得る。
【０２３７】
（法医学的生物学における部分的ＭＩＤ  ４４６０配列の使用）
ＤＮＡベースの同定技術はまた、法医学的生物学において使用され得る。このような同定をするために、ＰＣＲ技術は、組織（例えば、毛髪および皮膚）、または体液（例えば、犯罪現場で見出された血液、唾液、もしくは精液）のような非常に小さい生物学的サンプルから得られたＤＮＡ配列を増幅するために使用され得る。次いで、増幅された配列は、標準と比較され得、これによって生物学的サンプルの起源の同定を可能にする。
【０２３８】
本発明の配列は、ポリヌクレオチド試薬（例えば、ヒトゲノム中の特定の遺伝子座に標的化されるＰＣＲプライマー）を提供するために使用され得、これは、例えば、別の「同定マーカー」（すなわち、特定の個体に特有の別のＤＮＡ配列）を提供することによってＤＮＡベースの法医学的識別子の信頼性を増強し得る。上述のように、実際の塩基配列情報は、制限酵素生成フラグメントによって形成されたパターンに対する正確な代替として、同定のために使用され得る。配列番号１の非コード領域に標的化された配列（例えば、少なくとも２０塩基、好ましくは少なくとも３０塩基の長さを有する配列番号１の非コード領域由来のフラグメント）は、特にこの使用に適切である。
【０２３９】
本明細書中に記載されるＭＩＤ  ４４６０ヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチド試薬（例えば、特定の組織を同定するために例えば、インサイチュハイブリダイゼーション技術で使用され得る標識化プローブまたは標識可能プローブ）を提供するためにさらに使用され得る。これは、法医学者が、未知の起源の組織が提示される場合において非常に有用であり得る。このようなＭＩＤ  ４４６０プローブのパネルは、種および／または器官型によって組織を同定するために使用され得る。
【０２４０】
類似の様式において、これらの試薬（例えば、ＭＩＤ  ４４６０プライマーまたはプローブ）は、汚染について組織培養をスクリーニングするために使用され得る（すなわち、培養物中の異なる型の細胞の混合物の存在についてのスクリーニング）。
【０２４１】
（予測医学）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイおよび治験のモニタリングが、それによって個体を処置するために予後（予測）目的で使用される、予測医学の分野に関する。
【０２４２】
一般に、本発明は、被験体が、病巣に関連する障害についての危険性があるか、またはＭＩＤ  ４４６０をコードする遺伝子の誤発現か否かを決定する方法を提供する。
【０２４３】
このような障害としては、例えば、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の誤発現に関する障害；肝臓の障害または心臓血管系の障害が挙げられる。
【０２４４】
この方法は、以下の１つ以上を包含する：
被験体の組織において、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の発現に影響する変異の存在または非存在を検出する工程、または遺伝子の発現を制御する領域における変異（例えば、５’制御領域における変異）の存在または非存在を検出する工程；
被験体の組織において、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の構造を改変する変異の存在または非存在を検出する工程；
被験体の組織において、ｍＲＮＡレベルでＭＩＤ  ４４６０遺伝子の誤発現を検出する工程（例えば、非野生型のｍＲＮＡレベルを検出する工程）；
被験体の組織において、タンパク質レベルで遺伝子の誤発現を検出する工程（例えば、非野生型のＭＩＤ  ４４６０ポリペプチドレベルを検出する工程）
好ましい実施形態において、この方法は、以下の少なくとも１つの存在を確証する工程を包含する：ＭＩＤ  ４４６０遺伝子由来の１つ以上のヌクレオチドの欠失；遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの挿入、点変異（例えば、遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、遺伝子の全体の染色体再配列（例えば、転座、逆位、または欠失）。
【０２４５】
例えば、遺伝的病巣を検出するための工程としては、以下が挙げられる：（ｉ）配列番号１由来のセンス配列もしくはアンチセンス配列または天然に存在するその変異体、またはＭＩＤ  ４４６０遺伝子と天然に会合する５’もしくは３’の隣接配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含むオリゴヌクレオチドを含むプローブ／プライマー、を提供する工程；（ｉｉ）プローブ／プライマーを、組織の核酸に曝露する工程；ならびに核酸に対するプローブ／プライマーのハイブリダイゼーション（例えば、インサイチュハイブリダイゼーション）によって、遺伝的病巣の存在または非存在を検出する工程。
【０２４６】
好ましい実施形態において、誤発現を検出する工程は、以下の少なくとも１つの存在を確認する工程を包含する：ＭＩＤ  ４４６０遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写のレベルにおける改変；遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写の非野生型スプライシングパターンの存在；または非野生型のＭＩＤ  ４４６０レベル。
【０２４７】
本発明の方法は、出生前か、または被験体の子孫が障害の危険性を有するか否かを決定するために使用され得る。
【０２４８】
好ましい実施形態において、本方法は、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の構造、障害の危険性について指標である異常な構造を決定する工程を包含する。
【０２４９】
好ましい実施形態において、本方法は、被験体由来のサンプルを、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質に対する抗体またはその遺伝子と特異的にハイブリダイズする核酸と接触させる工程を包含する。これらおよび他の実施形態は以下に考察される。
【０２５０】
（診断および予後アッセイ）
生物学的サンプル中のＭＩＤ  ４４６０タンパク質または核酸の存在、レベル、または非存在は、試験被験体から生物学的サンプルを得ることおよび生物学的サンプル中でＭＩＤ  ４４６０タンパク質または核酸の存在が検出されるように、その生物学的サンプルをＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０タンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＲＮＡ）を検出し得る化合物または薬剤と接触させることによって評価され得る。用語「生物学的サンプル」は、被験体から単離された組織、細胞および生物学的流体、ならびに被験体中に存在する組織、細胞、および流体を含む。好ましい生物学的サンプルは、血清である。ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の発現のレベルは、多くの方法で測定され得、この方法として以下が挙げられるがこれらに限定されない：ＭＩＤ  ４４６０遺伝子にコードされるｍＲＮＡを測定する方法；ＭＩＤ  ４４６０遺伝子にコードされるタンパク質の量を測定する方法；またはＭＩＤ  ４４６０遺伝子にコードされるタンパク質の活性を測定する方法。
【０２５１】
ＭＩＤ  ４４６０遺伝子に対応する細胞内のｍＲＮＡのレベルは、インサイチュ形式およびインビトロ形式の両方によって決定され得る。
【０２５２】
単離されたｍＲＮＡは、ハイブリダイゼーションアッセイあるいは増幅アッセイ（サザン解析またはノザン解析、ポリメラーゼ連鎖反応解析およびプローブアレイを含むがこれらに限定されない）において使用され得る。ｍＲＮＡレベルの検出のための一つの好ましい診断方法は、単離されたｍＲＮＡを、検出される遺伝子によってコードされるｍＲＮＡにハイブリダイズし得る核酸分子（プローブ）と接触させる工程を包含する。核酸プローブは、例えば、全長のＭＩＤ  ４４６０核酸（例えば、配列番号１の核酸）、またはその部分（例えば、少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０、または５００ヌクレオチドの長さであり、そしてストリンジェント条件下でＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはＭＩＤ  ４４６０ゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするために十分なオリゴヌクレオチド）であり得る。診断アッセイにおける用途のための他の適切なプローブが、本明細書中に記載される。
【０２５３】
一つの形式において、ｍＲＮＡ（またはｃＤＮＡ）は、例えば、単離されたｍＲＮＡをアガロースゲルで電気泳動し、ゲルからニトロセルロースのような膜にｍＲＮＡを移すことによって表面に固定され、そしてプローブに接触させられる。別の形式において、例えば、２次元遺伝子チップアレイにおいて、このプローブは、表面に固定され、そしてｍＲＮＡ（またはｃＤＮＡ）が、プローブに接触させられる。当業者は、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子にコードされるｍＲＮＡのレベルを検出する用途のために、公知のｍＲＮＡ検出方法を採用し得る。
【０２５４】
ＭＩＤ  ４４６０の１つにコードされるｍＲＮＡのサンプル中のレベルは、例えば、ｒｔＰＣＲ（Ｍｕｌｌｉｓ（１９８７）米国特許第４，６８３，２０２号）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９〜１９３）、自己持続性（ｓｅｌｆ  ｓｕｓｔａｉｎｅｄ）配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４〜１８７８）、転写性増幅システム（Ｋｗｏｈら、（１９８９）、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３〜１１７７）、Ｑ−Ｂｅｔａ  Ｒｅｐｌｉｃａｓｅ（Ｌｉｚａｒｄｉら、（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、ローリングサークル複製（Ｌｉｚａｒｄｉら、米国特許第５，８５４，０３３号）または任意の他の核酸増幅方法による核酸増幅（当該分野で公知の技術を使用する増幅化分子の検出が続く）で評価され得る。本明細書中で使用される場合、増幅プライマーは、遺伝子の５’または３’領域（それぞれプラス鎖およびマイナス鎖、またはその逆も同様）にアニ−ルし得、そして間に短い領域を有する核酸分子の対として規定される。一般に、増幅プライマーは、約１０〜３０ヌクレオチド長であり、約５０〜２００ヌクレオチド長の領域に隣接する。このようなプライマーは、適切な条件下そして適切な試薬を用いて、プライマーに隣接されるヌクレオチド配列を含む核酸分子の増幅を可能にする。
【０２５５】
インサイチュ方法に関して、細胞サンプルまたは組織サンプルは、調製／処理され、そして支持体（代表的にはガラススライド）に固定され、そして次いで、解析されるＭＩＤ  ４４６０遺伝子をコードするｍＲＮＡにハイブリダイズし得るプローブと接触させられ得る。
【０２５６】
別の実施形態において、この方法は、コントロールサンプルを、ＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物または薬剤と接触させ、そしてコントロールサンプル中のＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を試験サンプル中のＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在と比較する工程をさらに含む。なお別の実施形態において、米国特許第５，６９５，９３７号に記載されるような遺伝子発現の連続解析が、ＭＩＤ  ４４６０転写物レベルを検出するために使用される。
【０２５７】
ＭＩＤ  ４４６０にコードされるタンパク質のレベルを決定するために、種々の方法が使用される。一般に、これらの方法として、サンプル中のタンパク質レベルを評価するために、このタンパク質に選択的に結合する薬剤（例えば、抗体）をサンプルと接触させる工程を含む。好ましい実施形態において、この抗体は、検出可能な標識を有する。抗体は、ポリクローナル、またはより好ましくは、モノクローナルであり得る。インタクトな抗体、またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。プローブまたは抗体に関して、用語「標識された」は、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリングする（すなわち、物理的に連結する）ことによるプローブあるいは抗体の直接標識、および検出可能な物質との反応性によるプローブあるいは抗体の関節標識を含むことが意図される。検出可能な物質の例は、本明細書中に提供される。
【０２５８】
この検出方法は、インビトロおよびインビボで生物学的サンプル中のＭＩＤ  ４４６０タンパク質を検出するために使用され得る。ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降、免疫蛍光、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、放射性免疫アッセイ（ＲＩＡ）、およびウエスタンブロット解析が挙げられる。ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の検出のためのインビボ技術としては、被験体中に標識化抗ＭＩＤ  ４４６０抗体を導入する技術が挙げられる。例えば、この抗体は、被験体中の存在および位置が標準的な画像化技術によって検出され得る放射活性マーカーで標識され得る。
【０２５９】
別の実施形態において、この方法は、コントロールサンプルをＭＩＤ  ４４６０タンパク質を検出し得る化合物あるいは薬剤と接触させ、そしてコントロールサンプル中のＭＩＤ  ４４６０タンパク質の存在を、試験サンプル中のＭＩＤ  ４４６０タンパク質の存在と比較する工程をさらに含む。
【０２６０】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるＭＩＤ  ４４６０の存在を検出するためのキットを含む。例えば、このキットは、生物学的サンプル中のＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０ｍＲＮＡを検出し得る化合物または薬剤；および標準物質を備え得る。この化合物または薬剤は、適切な容器に充填され得る。このキットはＭＩＤ  ４４６０タンパク質または核酸を検出するためにキットを使用するための指示書をさらに備え得る。
【０２６１】
抗体ベースのキットに関して、このキットは、以下を備え得る：（１）本発明のマーカーに相当するポリペプチドに結合する（例えば、固体支持体に接着された）１次抗体、および、必要に応じて（２）ポリペプチドまたは１次抗体のいずれかに結合し、検出可能な薬剤に結合体化される異なる２次抗体。
【０２６２】
オリゴヌクレオチドベースのキットに関して、このキットは、以下を備え得る：（１）本発明のマーカーに相当するポリペプチドをコードする核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（例えば、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド）、または（２）本発明のマーカーに相当する核酸分子を増幅するために有用なプライマーの対。このキットはまた、緩衝剤、防腐剤、またはタンパク質安定化剤を備え得る。このキットはまた、検出可能な薬剤（例えば、酵素または基質）を検出するために必要な構成要素を備え得る。このキットはまた、アッセイされ得、そして備えられた試験サンプルと比較され得る、コントロールサンプルまたはコントロールサンプルの系列を備え得る。このキットの各構成要素は、個々の容器内に封入され得、そして種々の容器は全て、このキットを使用して実施されるアッセイの結果を説明するための指示書とともに、単一の包装内であり得る。
【０２６３】
本明細書中に記載される診断方法は、誤発現されているかまたは異常かまたは望ましくないＭＩＤ  ４４６０の発現または活性に関連付けられる疾患または障害を有する被験体あるいはそのような疾患または障害を発症する危険性がある被験体を同定し得る。本明細書中で使用される場合、用語「望ましくない」は、生物学的応答に関与する望ましくない現象（例えば、疼痛または調節されていない細胞増殖）を含む。
【０２６４】
１つの実施形態において、異常なまたは望ましくないＭＩＤ  ４４６０の発現または活性に関連する疾患または障害が同定される。試験サンプルが被験体から得られ、そしてＭＩＤ  ４４６０のタンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡ）が評価される。ここでは、ＭＩＤ  ４４６０のタンパク質または核酸のレベル（例えば、存在または非存在）により、異常なまたは望ましくないＭＩＤ  ４４６０の発現または活性に関連する疾患または障害を有する被験体あるいはそのような疾患または障害を発症する危険性がある被験体が診断される。本明細書中で使用される場合、「試験サンプル」は、目的の被験体から得られる生物学的サンプル（生物学的液体（例えば、血清）、細胞サンプルまたは組織を含む）をいう。
【０２６５】
本明細書中に記載される予後アッセイを使用することにより、被験体が、異常なまたは望ましくないＭＩＤ  ４４６０の発現または活性に関連する疾患または障害を処置するために薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模擬体、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補）を投与され得るか否かについて決定し得る。例えば、このような方法を使用して、被験体が、心臓血管障害（例えば、アテローム性動脈硬化症、高コレステロール血症、アンギナ、冠状動脈疾患、発作など）について薬剤で有効に処置され得るか否かを決定し得る。
【０２６６】
本発明の方法をまた使用して、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子にける遺伝子改変を検出し得、それにより、改変された遺伝子を有する被験体が、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質活性またはＭＩＤ  ４４６０核酸発現における調節不全によって特徴付けられる障害（例えば、心臓血管障害）についての危険性があるか否かを決定し得る。好ましい実施形態において、この方法は、被験体由来のサンプル中において、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質をコードする遺伝子の完全性に影響を及ぼす少なくとも１つの改変またはＭＩＤ  ４４６０遺伝子の誤発現によって特徴付けられる遺伝子改変の存在または非存在を検出する工程を包含する。例えば、このような遺伝子改変は、以下のうちの少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：１）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失；２）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子に対する１つ以上のヌクレオチドの付加；３）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換；４）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の染色体再配列；５）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける改変；６）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の（例えば、ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの）異常な改変；７）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在；８）ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の非野生型レベル；９）ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の対立遺伝子欠損；および１０）ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の不適切な翻訳後修飾。
【０２６７】
変更は、ポリメラーゼ連鎖反応（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、あるいは連結連鎖反応（ＬＣＲ）においてプローブ／プライマーを用いずに検出され得る。この後者は、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子中の点変異を検出するために特に有用であり得る。この方法は、細胞サンプルを被験体から収集する工程、核酸（例えば、ゲノム核酸、ｍＲＮＡまたは両方）をこのサンプルから単離する工程、この核酸サンプルを、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子のハイブリダイゼーションおよび増幅が（存在する場合）生じるような条件下で、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子に特異的にハイブリダイズする１以上のプライマーと接触させる工程、ならびに増幅産物の存在もしくは不存在を検出する工程、または増幅産物のサイズを検出してその長さをコントロールサンプルと比較する工程を包含し得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲが、本明細書中に記載される、変異を検出するために用いられる技術のうちのいずれかと共に、予備的増幅工程として使用することが所望され得ることが予期される。あるいは、本明細書中に記載されるかまたは当該分野で公知の他の増幅方法が用いられ得る。
【０２６８】
別の実施形態では、サンプル細胞由来のＭＩＤ  ４４６０遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更を検出することによって同定され得る。例えば、サンプルＤＮＡおよびコントロールＤＮＡが単離され、（必要に応じて）増幅され、１以上の制限エンドヌクレアーゼで消化され、そして例えば、ゲル電気泳動によってフラグメント長サイズが決定されて比較される。サンプルＤＮＡとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長サイズの相違は、このサンプルＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的リボザイム（例えば、米国特許第５，４９８，５３１号を参照のこと）の使用を用いて、リボザイム切断部位の発生または喪失によって、特定の変異の存在についてスコア付けし得る。
【０２６９】
他の実施形態では、ＭＩＤ  ４４６０における遺伝的変異は、サンプル核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を二次元アレイ（例えば、チップベースのアレイ）にハイブリダイズすることによって同定され得る。このようなアレイは、複数のアドレスを含み、このアドレスの各々は、互いに位置的に識別可能である。異なるプローブは、この複数のうちの各アドレスに位置する。このアレイは、高密度アドレスを有し得る（例えば、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含み得る（Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌら（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２：７５３−７５９））。例えば、ＭＩＤ  ４４６０における遺伝的変異は、Ｃｒｏｎｉｎ，Ｍ．Ｔ．ら（前出）に記載されるような光生成ＤＮＡプローブを含む二次元アレイにおいて同定され得る。手短に述べると、プローブの第１ハイブリダイゼーションアレイを用いて、サンプルおよびコントロール中のＤＮＡの長いストレッチ全体をスキャンして、連続した重複プローブの線形アレイを作製することによって、配列間の塩基塩化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程に続いて、検出される全ての改変体または変異に相補的な、より小さな特化プローブアレイを用いることによって、特定の変異の特徴付けを可能にする第２ハイブリダイゼーションアレイが行われる。各変異アレイは、並行プローブセットから構成され、その一方は、野生型遺伝子に相補的であり、そして他方は変異体遺伝子に相補的である。
【０２７０】
なお別の実施形態では、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを用いて、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子を直接的に配列決定し得、そしてサンプルＭＩＤ  ４４６０の配列と、対応する野生型（コントロール）配列との比較によって変異を検出し得る。質量分析法によって配列決定することを含め、診断アッセイ（Ｎａｅｖｅら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８−５３）を行う場合、自動化配列決定手順が利用され得る。
【０２７１】
ＭＩＤ  ４４６０遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断因子からの防御を用いて、ＲＮＡ／ＲＮＡヘテロ二重鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出する方法（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２；Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５）が挙げられる。
【０２７２】
なお別の実施形態では、ミスマッチ切断反応は、細胞サンプルから得られたＭＩＤ  ４４６０  ｃＤＮＡにおける点変異を検出してマッピングするための規定の系において、２本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を用いる。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチにおいてＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチにおいてＴを切断する（Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７−１６６２；米国特許第５，４５９，０３９号）。
【０２７３】
他の実施形態では、電気泳動移動度における変化を用いて、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子における変異を同定する。例えば、１本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）を用いて、変異体核酸と野生型核酸との間での、電気泳動移動度における相違を検出し得る（Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ：８６：２７６６、Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５−１４４もまた参照のこと；およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３−７９）。サンプルＭＩＤ  ４４６０核酸の１本鎖ＤＮＡフラグメントおよびコントロールＭＩＤ  ４４６０核酸の１本鎖ＤＮＡフラグメントを変性させ、そして再生させる。１本鎖核酸の二次構造は配列に依存して変化し、その結果得られる、電気泳動移動度における変化は、１塩基変化でさえも検出を可能にする。このＤＮＡフラグメントは、標識プローブを用いて標識または検出され得る。このアッセイの感度は、（ＤＮＡよりもむしろ）ＲＮＡを用いることによって増強され得る。ＲＮＡにおいては、二次構造は、配列における変化に対してより敏感である。好ましい実施形態では、本方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動移動度における変化に基づいて２本鎖ヘテロ二重鎖分子を分離する（Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ  ７：５）。
【０２７４】
なお別の実施形態において、変性剤勾配を含むポリアクリルアミドゲルにおける変異体フラグメントまたは野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５）を使用してアッセイされる。ＤＧＧＥを分析法として使用する場合、ＤＮＡは、完全には変性しないことを確実にするために、例えば、約４０ｂｐの高融解性ＧＣリッチＤＮＡであるＧＣクランプをＰＣＲによって付加することによって改変される。さらなる実施形態では、温度勾配を変性勾配の代わりに使用して、コントロールＤＮＡの移動度とサンプルＤＮＡの移動度との相違が同定される（ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｃｈｅｍ  ２６５：１２７５３）。
【０２７５】
点変異を検出するための他の技術の例としては、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長（Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３）；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：６２３０）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２７６】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術が、本発明と共に使用され得る。特異的増幅のためのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、その分子の中心（その結果、増幅はディファレンシャルハイブリダイゼーションに依存する）（Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７−２４４８）または１つのプライマーの最３’末端において目的の変異を保有し得、ここで、適切な条件下において、ミスマッチは、ポリメラーゼ伸長を防止し得るかまたは低下させ得る（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ  １１：２３８）。さらに、切断ベースの検出を行うために変異領域に新規の制限部位を導入することが所望され得る（Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１）。特定の実施形態では、増幅をまた、増幅のためのＴａｑリガーゼを使用して実施し得ることが予期される（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８８：１８９−９３）。このような場合、連結は、５’配列の３’末端において完璧な一致が存在する場合にのみ生じて、増幅の存在または不存在を探索することによって特定部位での既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０２７７】
本明細書中に記載される方法は、例えば、本明細書中に記載される少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実施され得る。このキットは、例えば、臨床設定において便利に使用されて、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子に関与する疾患または病気の症状または家族歴を示す患者が診断され得る。
【０２７８】
（代理マーカーとしてのＭＩＤ  ４４６０分子の使用）
本発明のＭＩＤ  ４４６０分子もまた、被験体の、障害もしくは疾患状態のマーカーとして、疾患状態の前兆についてのマーカーとして、疾患状態の素因についてのマーカーとして、薬物活性のマーカーとして、または薬理ゲノム学的（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃ）プロフィールのマーカーとして有用である。本明細書中に記載される方法を用いて、本発明のＭＩＤ  ４４６０分子の存在、不存在および／または量が検出され得、そしてインビボでの１以上の生物学的状態と相関付けられ得る。例えば、本発明のＭＩＤ  ４４６０分子は、１以上の障害もしくは疾患状態についての、または疾患状態につながる状態についての、代理マーカーとして役立ち得る。本明細書中で用いられる場合、「代理マーカー」は、疾患もしくは障害の存在もしくは不存在と、または疾患もしくは障害の進行と（例えば、腫瘍の存在または不存在と）相関する、客観的生化学的マーカーである。このようなマーカーの存在または量は、疾患とは独立している。それゆえ、これらのマーカーは、特定の処置経過が、疾患状態または障害を低下させる際に有効であるか否かを示すのに役立ち得る。代理マーカーは、疾患状態もしくは障害の存在もしくは程度を、標準的方法論を通して評価することが困難である場合（例えば、初期段階の腫瘍）に、または潜在的に危険な臨床的終点に到達する前に疾患の進行の評価が所望される場合に、特に有用なものである（例えば、心筋梗塞または充分に発達したＡＩＤＳの望ましくない臨床結果よりも充分に前に、代理マーカーとしてコレステロールレベルを用いて、心臓血管疾患の評価が行われ得、そしてＨＩＶ感染の分析が、代理マーカーとしてＨＩＶ  ＲＮＡレベルを用いて行われ得る）。当該分野における代理マーカーの使用の例としては、Ｋｏｏｍｅｎら（２０００）Ｊ．Ｍａｓｓ．Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．３５：２５８−２６４；およびＪａｍｅｓ（１９９４）ＡＩＤＳ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  Ｎｅｗｓ  Ａｒｃｈｉｖｅ  ２０９が挙げられる。
【０２７９】
本発明のＭＩＤ  ４４６０分子はまた、薬力学的マーカーとして有用である。本明細書中で使用される場合、「薬力学的マーカー」は、薬物の効果に特異的に関連する客観的な生化学的マーカーである。薬力学的マーカーの存在または量は、薬物が投与される疾患状態または障害には関連せず、それ故、このマーカーの存在または量は、被験体における薬物の存在または活性を示す。例えば、薬力学的マーカーは、そのマーカーが、薬物のレベルに関連して、この組織の中で、発現するかもしくは転写されるか、または発現も転写もされないかのいずれかであるという点で生物学的組織における薬物の濃度を示し得る。この様態において、薬物の分布または摂取は、薬力学的マーカーによってモニターされ得る。同様に、薬力学的マーカーの存在または量は、薬物の代謝生成物の存在または量に関連し得、その結果、マーカーの存在または量は、インビボでの薬物の相対的分解速度を示す。薬力学的マーカーは、薬物効果の検出の感度の増加において、特に薬物が低用量で投与される場合に、特に有益である。少量の薬物でさえ、複数回のマーカー（例えば、ＭＩＤ  ４４６０マーカー）の転写または発現を、活性化するために十分であり得るので、増幅されたマーカーは、薬物そのものよりも容易に検出される量で存在し得る。また、このマーカーは、マーカーそのものの性質に起因してより容易に検出され得；例えば、本明細書中に記載される方法を使用して、抗ＭＩＤ  ４４６０抗体は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質マーカーのための免疫ベースの検出系に使用され得るか、またはＭＩＤ  ４４６０特異的放射標識プローブは、ＭＩＤ  ４４６０  ｍＲＮＡマーカーを検出するために使用され得る。さらに、薬力学的マーカーの使用は、直接観測が可能な範囲を超える薬物処置に起因する危険性の機構ベースの予測を提供し得る。当該分野における薬力学的マーカーの使用の例としては、Ｍａｔｓｕｄａら、米国特許第６，０３３，８６２号；Ｈａｔｔｉｓら、（１９９１）Ｅｎｖ．Ｈｅａｌｔｈ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．９０：２２９−２３８；Ｓｃｈｅｎｔａｇ（１９９９）Ａｍ．Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６  補遺３：Ｓ２１−Ｓ２４；およびＮｉｃｏｌａｕ（１９９９）Ａｍ．Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６  補遺３：Ｓ１６−Ｓ２０が挙げられる。
【０２８０】
本発明のＭＩＤ  ４４６０分子はまた、薬力学的マーカーとして有用である。本明細書中で使用される場合、「薬力学的マーカー」は、被験体における特定の臨床的薬物応答または薬物感受性と関連する客観的な生物学的マーカーである（例えば、ＭｃＬｅｏｄら、（１９９９）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ３５：１６５０−１６５２を参照のこと）。薬力学的マーカーの存在または量は、薬物の投与前に、特定の薬物または薬物のクラスに対して予測される被験体の応答に関連する。被験体における１つ以上の薬力学的マーカーの存在または量を評価することによって、被験体に対して最も適切であるかまたはより大きな成功の程度を有すると予測される薬物療法が、選択され得る。例えば、被験体における特定の腫瘍マーカーに対する、ＲＮＡまたはタンパク質（例えば、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはＭＩＤ  ４４６０  ＲＮＡ）の存在または量に基づいて、被験体中に存在する可能性のある特定の腫瘍の処置に対して最適化された、薬物または処置の過程が選択され得る。同様に、ＭＩＤ  ４４６０  ＤＮＡにおける特定の配列の変異の存在または非存在は、ＭＩＤ  ４４６０薬物応答に関連し得る。従って、薬力学的マーカーの使用によって、治療を施与する必要なしに、各被験体に対して最も適切な治療の適用が可能になる。
【０２８１】
（薬学的組成物）
本発明の核酸およびポリペプチド、これらのフラグメント、ならびに抗ＭＩＤ  ４４６０抗体（本明細書中では、「活性化合物」ともいわれる）は、薬学的組成物に組込まれ得る。このような組成物は、代表的には、核酸分子、タンパク質、または抗体および薬学的に受容可能なキャリアを包含する。本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的投与と適合する、溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含む。補充活性化合物もまた、組成物に組込まれ得る。
【０２８２】
薬学的組成物は、その意図される投与の経路に適合するように処方される。投与経路の例としては、非経口投与（例えば、静脈投与）、皮内投与、皮下投与、経口（例えば、吸入）投与、経皮（局所的）投与、経粘膜投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用、または皮下適用に使用される溶液または懸濁物は、以下の成分を含み得る：滅菌希釈液（例えば、注射用水、生理食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒）；抗菌剤（例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン）；抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム）；キレート剤（例えば、エチレンジアミンテトラ酢酸）；緩衝液（例えば、酢酸、クエン酸またはリン酸）および張度の調整のための薬剤（例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース）。ｐＨは、酸または塩基（例えば、塩酸または水酸化ナトリウム）で調整され得る。非経口調製物は、アンプル、使い捨てシリンジ、またはガラス製もしくはプラスチック製の複数用量バイアル中に封入され得る。
【０２８３】
注射用途に適する薬学的組成物は、滅菌水溶液（水溶性の場合）または滅菌分散物および滅菌注射可能な溶液または分散物の即席調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与について、適切なキャリアは、生理学的食塩水、静菌性水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ，Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ，ＮＪ）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）を含む。全ての場合において、組成物は、滅菌状態でなければならず、容易に注射可能である程度の流体であるべきである。この組成物は、製造および貯蔵の状態下で安定であるべきであり、細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保護されなければならない。キャリアは、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、およびこれらの適切な混合物を含む、溶媒または分散剤であり得る。適切な流動性は、例えば、コーティング（例えば、レシチン）の使用、分散物の場合の必要な粒径の維持、および界面活性剤の使用によって維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合、等張剤（例えば、糖、ポリアルコール（例えば、マンニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）、ソルビトール）、塩化ナトリウム）を組成物中に含むことが好ましい。注射可能な組成物の長期の吸収は、吸収を遅らせる薬剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を組成物中に含有することによって、引き起こされ得る。
【０２８４】
注射可能な滅菌溶液は、上に列挙される成分の１つまたは組み合わせを含む適切な溶媒中に、必要な量で活性な化合物を組込むことによって（必要な場合、その後、濾過滅菌することによって）調製され得る。一般的に、分散物は、基本分散剤および上に列挙される成分からの他に必要とされる成分を含有する安定なビヒクルに、活性な化合物を組込むことによって調製される。滅菌注入可能な溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これらは、前に滅菌濾過されたその溶液から、活性な成分および任意のさらに所望される成分の粉末を得る。
【０２８５】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈物または食用キャリアを含む。経口治療投与の目的のために、活性な化合物は、賦形剤に組込まれ、錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤（例えば、ゼラチンカプセル剤）の形態で使用され得る。経口組成物はまた、うがい薬としての用途のために流体キャリアを使用して、調製され得る。薬学的に適合可能な結合剤および／またはアジュバント物質が、組成物の一部として含有され得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分または類似した性質の化合物のいずれかを含み得る：結合剤（例えば、微結晶性セルロース、トラガカントゴムまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、スターチまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、またはコーンスターチ）；潤滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅ）；流動促進剤（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味料（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは香料（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、または、オレンジ香料。
【０２８６】
吸入による投与のため、化合物は、適切な噴射体（例えば、二酸化炭素のような気体）または噴霧器を備える、加圧された容器またはディスペンサーからエアロゾルスプレーの形態で送達される。
【０２８７】
全身投与はまた、経粘膜的手段または経皮的手段によってであり得る。経粘膜的投与または経皮的投与について、浸透されるべき障害に適切な浸透剤は、処方物において使用される。このような浸透剤は、一般的に当該分野で公知であり、例えば、経皮的投与のための界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜的投与は、鼻スプレーまたは坐剤の使用を介して達成され得る。経皮的投与について、活性な化合物は、当該分野で一般的に公知のものとして、軟膏（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏剤（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム中に処方される。
【０２８８】
化合物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、従来の坐剤基剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリド）を有する）または停留浣腸の形態で投与され得る。
【０２８９】
１つの実施形態において、活性な化合物は、キャリアと共に調製され、このキャリアは、身体からの迅速な除去に対して化合物を保護し、例えば、徐放性処方物（移植片および微小カプセル化送達系を含む）である。生体分解性の生体適合性ポリマー（例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸）が、使用され得る。このような処方物の調製方法は、当業者に明らかである。これらの材料はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から市販入手され得る。リポソーム懸濁物（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体とともに感染細胞に対して標的化されたリポソームを含む）はまた、薬学的受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０２９０】
投与の容易さおよび投与用量の一様性のために、投与単位形態での経口的組成物または非経口的組成物を処方することは有利である。本明細書中で使用される場合、投与単位形態は、処置される被験体に対する単一投与量として適切な、物理的に別個の単位をいい；各単位は、必要な薬学的なキャリアに関連する所望の治療効果を生成するように計算された所定の量の活性な化合物を含む。
【０２９１】
このような化合物の毒性および治療効力は、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％に対して致死である用量）およびＥＤ５０（集団の５０％における治療有効用量）を決定することについて、細胞培養物または実験動物における標準的な薬学的手順によって決定され得る。毒性と治療効果との間の用量比が、治療指数であり、そしてこの比は、比ＬＤ５０／ＥＤ５０として示され得る。高い治療指数を示す化合物が好ましい。毒性副作用を示す化合物が使用される一方で、非感染細胞に対する潜在的な傷害を最小化するために罹患組織の部位にこのような化合物を標的化する送達システムを設計するために配慮し、それによって副作用を減少するべきである。
【０２９２】
細胞培養物アッセイおよび動物研究から得られたデータは、ヒトにおける用途のための一定範囲の投与量を処方することにおいて使用され得る。このような化合物の投与量は、好ましくは、毒性をほとんどかまたは全く有さずに、ＥＤ５０を含む一定範囲の循環濃度内に入る。投与量は、使用される用量形態または使用される投与経路に依存して、この範囲内で変化し得る。本発明の方法において使用される任意の化合物について、治療有効用量は、最初に細胞培養アッセイから見積もられ得る。用量は、動物モデルにおいて処方され得、細胞培養物において決定されるＩＣ５０（すなわち、症状の最高阻害の半分を達成する試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を達成する。このような情報は、ヒトにおいて有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定され得る。
【０２９３】
本明細書中に定義される場合、治療有効量のタンパク質またはポリペプチド（すなわち、有効投与量）は、約０．００１〜３０ｍｇ／体重１ｋｇ、好ましくは約０．０１〜２５ｍｇ／体重１ｋｇ、より好ましくは約０．１〜２０ｍｇ／体重１ｋｇ、およびさらにより好ましくは約１〜１０ｍｇ／体重１ｋｇ、２〜９ｍｇ／体重１ｋｇ、３〜８ｍｇ／体重１ｋｇ、４〜７ｍｇ／体重１ｋｇ、または５〜６ｍｇ／体重１ｋｇの範囲にある。このタンパク質またはポリペプチドは、１週間に１回、約１〜１０週間の間、好ましくは２〜８週間の間、より好ましくは約３〜７週間、およびさらにより好ましくは約４、５または６週間投与され得る。当業者は、特定の因子が、有効に被験体を処置するために必要な投与量およびタイミングに影響し得、これらの因子としては、疾患または障害の重篤度、以前の処置、被験体の全身の健康状態および／または年齢、および他に存在する疾患が挙げられるがこれらに限定されないことを認識する。さらに、治療有効量のタンパク質、ポリペプチド、または抗体（本明細書中に記載されるような非結合状態であっても結合体化していても）での被験体の処置は、単一処置を含み得るか、または好ましくは、一連の処置を含み得る。
【０２９４】
抗体について、好ましい投与量は、０．１ｍｇ／体重１ｋｇ（一般的に、１０ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇ）である。抗体が脳において作用する場合、５０ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇの投与量が、通常好ましい。一般的に、部分的ヒト抗体および完全なヒト抗体は、人体内で他の抗体より長い半減期を有する。従って、より低い投与量およびより少ない投与頻度が、しばしば可能である。改変（例えば、脂質化）は、抗体を安定化させ、そして取り込みおよび組織浸透（例えば、脳への）を強化するために使用され得る。抗体の脂質化のための方法は、Ｃｒｕｉｋｓｈａｎｋら、（（１９９７）Ｊ．Ａｃｑｕｉｒｅｄ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  Ｓｙｎｄｒｏｍｅｓ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒｏｌｏｇｙ  １４：１９３）によって記載される。
【０２９５】
本発明は、発現または活性を調節する薬剤を包含する。薬剤は、例えば低分子であり得る。例えば、このような低分子としては、ペプチド、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド）、アミノ酸、アミノ酸類似物、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチド類似物、ヌクレオチド、ヌクレオチド類似物、１モル当たり約１０，０００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物（すなわち、ヘテロ有機化合物および有機金属化合物を含む）、１モル当たり約５，０００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物、１モル当たり約１，０００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物、１モル当たり約５００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物、ならびにこのような化合物の塩、エステル、および他の薬学的に受容可能な形態が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２９６】
例示的な用量は、被験体重量１ｋｇまたはサンプル重量１ｋｇ当たりの低分子のミリグラム重またはマイクログラム量を含む（例えば、約１μｇ／ｋｇ〜約５００ｍｇ／ｋｇ、約１００μｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、または約１μｇ〜約５０μｇ／ｋｇ）。さらに、低分子の適切な用量は、調節されるべき発現または活性という点で低分子の効力に依存する。１つ以上のこれらの低分子が本発明のポリペプチドまたは核酸の発現または活性を調節するために動物（例えば、ヒト）に投与される場合、医師、獣医師、または研究者は、例えば、まず相対的に低い用量を処方し、続いて適切な応答が得られるまで用量を増加させ得る。さらに、任意の特定の動物被験体に対する特定の用量レベルは、使用される特定の化合物の活性、被験体の年齢、体重、全身の健康状態、性別、および食事、投与時間、投与経路、排泄速度、任意の薬物の組み合わせ、ならびに調節されるべき発現または活性の程度を含む、種々の因子に依存することが、理解される。
【０２９７】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され、遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら、（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって、被験体に送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中に遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれる徐放マトリクスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞（例えば、レトロウイルスベクター）からインタクトで産生され得る場合、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１つ以上の細胞を含み得る。
【０２９８】
薬学的組成物は、投与のための指示書と共に容器、パック、またはディスペンサー中に含まれ得る。
【０２９９】
（治療方法）
本発明は、障害の危険性がある（もしくはそれに対して感受性である）被験体、または異常もしくは望まれないＭＩＤ  ４４６０の発現もしくは活性に関連する障害を有する被験体を処置する予防法または治療法の両方を提供する。本明細書中で使用される場合、用語「処置」は、疾患、疾患の症状または疾患に対する素因を、治療、治癒、緩和、軽減、改変、矯正、回復、改善するかまたはこれらに影響を与えることを目的とした、疾患、疾患の症状または疾患に対する素因を有する患者に対する治療剤の適用または投与、この患者由来の単離された組織または細胞株に対する治療剤の適用または投与として定義される。治療剤としては、低分子、ペプチド、抗体、リボザイムおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
【０３００】
処置の予防法および治療法の両方に関して、このような処置は、薬理ゲノム学の分野から得られる知識に基づいて、特別に調整され得るかまたは改変され得る。本明細書中で使用される場合、「薬理ゲノム学」は、臨床開発において、および市場での、薬物へのゲノム技術（例えば、遺伝子配列決定、統計遺伝学、および遺伝子発現分析）の適用をいう。より詳細には、この用語は、患者の遺伝子が、薬物に対するこの患者の応答（例えば、患者の「薬物応答表現型」または「薬物応答遺伝子型」）をどのようにして決定するかの研究をいう。従って、本発明の別の局面は、個体の薬物応答遺伝子型に従って、本発明のＭＩＤ  ４４６０分子またはＭＩＤ  ４４６０調節因子のいずれかを用いて、個々の予防処置または治療処置を調整するための方法を提供する。薬理ゲノム学は、臨床医または医師が、予防処置または治療処置を、その処置から最も恩恵を受ける患者に対して標的化し、そして薬物関連の毒性副作用を経験する患者の処置を避けるのを可能にする。
【０３０１】
１つの局面において、本発明は、ＭＩＤ  ４４６０またはＭＩＤ  ４４６０の発現もしくは少なくとも１つのＭＩＤ  ４４６０活性を調節する薬剤を被験体に投与することによって、異常なまたは望まれないＭＩＤ  ４４６０の発現または活性に関連する疾患または状態を被験体において予防するための方法を提供する。異常なまたは望まれないＭＩＤ  ４４６０の発現または活性によって引き起こされるかまたはそれに起因する疾患に対する危険性がある被験体は、例えば、本明細書中に記載されるような診断アッセイまたは予後アッセイのいずれかまたはそれらの組み合わせによって同定され得る。予防剤の投与は、ＭＩＤ  ４４６０の異常に特有の症状の発現前に行われ得、その結果、疾患または障害が、予防されるか、あるいは、その進行が遅延される。ＭＩＤ  ４４６０の異常の種類に依存して、例えば、ＭＩＤ  ４４６０薬剤、ＭＩＤ  ４４６０アゴニスト薬剤またはＭＩＤ  ４４６０アンタゴニスト薬剤が、この被験体を処置するために使用され得る。適切な薬剤は、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。
【０３０２】
いくつかのＭＩＤ  ４４６０障害が、異常なレベルの遺伝子産物または異常な活性を示す遺伝子産物の存在によって、少なくとも部分的に引き起こされ得る。それゆえ、このような遺伝子産物のレベルおよび／または活性の減少は、障害の症状の改善をもたらす。
【０３０３】
ＭＩＤ  ４４６０分子は、１以上の心臓血管障害および肝臓障害（これらの全ては上記に記載される）を制御するための新規の診断標的および新規の治療剤として作用し得る。本発明の分子はまた、細胞増殖障害および／または細胞分化障害、骨代謝関連障害、免疫（例えば、炎症）障害、内皮細胞障害、ウイルス疾患、疼痛障害および代謝障害のうちの１以上を制御するための新規の診断標的および新規の治療薬剤として作用し得る。
【０３０４】
細胞増殖性障害および／または細胞分化障害の例としては、癌（例えば、癌腫、肉腫、転移性障害または造血新生物障害（例えば、白血病））が挙げられる。転移性腫瘍は、多くの原発性腫瘍型から生じ得る（前立腺、結腸、肺、胸部および肝臓の起源の原発性腫瘍型を含むがこれらに限定されない）。
【０３０５】
本明細書中で用いられる場合、用語「癌」（用語「過剰増殖性」および「新生物性」とも交換可能に用いられる）とは、自律増殖する能力を有する（すなわち、迅速に増殖する細胞増殖によって特徴付けられる、異常な状況または状態の）細胞をいう。癌性疾患状態は、病的（すなわち、疾患状態を特徴付けるかまたは構成する；例えば、悪性腫瘍増殖）と分類され得るか、または非病的（すなわち、正常状態からは逸脱しているが、疾患状態とは関連していない；例えば、創傷修復に関連した細胞増殖）と分類され得る。この用語は、組織病理学的型または侵襲性の段階にかかわらず、全ての型の癌性増殖または発癌プロセス、転移性組織または悪性形質転換細胞、悪性形質転換組織もしくは悪性形質転換器官を包含しなければならない。用語「癌」は、種々の器官系の悪性疾患（例えば、肺、胸部、甲状腺、リンパ管、胃腸管、および尿生殖管に罹患する悪性疾患）、ならびに腺癌（これは、大部分の結腸癌、腎細胞癌、前立腺癌および／または精巣腫瘍のような悪性疾患を包含する）、肺の非小細胞癌、小腸癌および食道癌を包含する。用語「癌腫」は、当該分野で認識されており、そして上皮組織または内分泌組織の悪性疾患（呼吸器系癌腫、胃腸系癌腫、泌尿生殖器系癌腫、精巣癌腫、胸部癌腫、前立腺癌腫、内分泌系癌腫、および黒色腫を包含する）をいう。例示的な癌腫としては、子宮頸部、肺、前立腺、胸部、頭部および頸部、結腸ならびに卵巣の組織から形成される癌腫が挙げられる。用語「癌腫」はまた、癌肉腫を包含し、例えば、これは、癌性でかつ肉腫性の組織から構成される悪性腫瘍を包含する。「腺癌」とは、腺組織に由来する癌腫、または腫瘍細胞が認識可能な腺構造を形成する癌腫をいう。用語「肉腫」は、当該分野で認識されており、間葉誘導物である悪性腫瘍をいう。
【０３０６】
本発明のＭＩＤ  ４４６０分子を用いて、種々の増殖性障害をモニタリング、処置および／または診断し得る。このような障害としては、造血新生物障害が挙げられる。本明細書中で用いられる場合、用語「造血新生物障害」としては、（例えば、骨髄系統、リンパ系統もしくは赤血球系統またはそれらの前駆細胞から生じる）造血起源の過形成細胞／新生物細胞を含む疾患が挙げられる。好ましくは、この疾患は、ほとんど分化していない急性白血病（例えば、赤芽球性白血病および急性巨核芽球性白血病）から生じる。さらなる例示的な骨髄障害としては、急性前骨髄球白血病（ＡＰＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）（Ｖａｉｃｋｕｓ（１９９１）Ｃｒｉｔ  Ｒｅｖ．ｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．／Ｈｅｍｏｔｏｌ．１１：２６７−９７において概説される）が挙げられるがこれらに限定されない；リンパ性悪性疾患としては、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）（これは、Ｂ系統ＡＬＬおよびＴ系統ＡＬＬを包含する）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、前リンパ球性白血病（ＰＬＬ）、毛様細胞性白血病（ＨＬＬ）およびヴァルデンストレームマクログロブリン血症（ＷＭ）が挙げられるがこれらに限定されない。さらなる形態の悪性リンパ腫としては、非ホジキンリンパ腫およびその変種、末梢Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、大型顆粒リンパ球白血病（ＬＧＦ）、ホジキン病およびリード−スターンバーグ疾患が挙げられるがこれらに限定されない。
【０３０７】
ＭＩＤ  ４４６０分子の異常な発現および／または活性は、骨代謝に関連した障害を媒介し得る。「骨代謝」とは、カルシウムおよびホスフェートの血清中濃度に最終的に影響を与え得る、骨構造の形成または変性（例えば、骨形成、骨吸収など）における、直接的または間接的な影響をいう。この用語はまた、その後に骨形成および骨変性をもたらし得る、骨細胞（例えば、破骨細胞および骨芽細胞）中の、ＭＩＤ  ４４６０分子によって媒介される活性を包含する。例えば、ＭＩＤ  ４４６０分子は、骨吸収性破骨細胞の異なる活性（例えば、単球および単核食細胞から破骨細胞への分化の刺激）を支持し得る。従って、骨細胞の産生を調整するＭＩＤ  ４４６０分子は、骨形成および骨変性に影響を与え得、従って、骨障害を処置するために用いられ得る。このような障害の例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：骨粗鬆症、骨形成異常、骨軟化症、くる病、嚢胞性線維性骨炎、腎性骨形成異常、骨硬化症、鎮痙処置、骨減少症、骨線維形成不全（ｆｉｂｒｏｇｅｎｅｓｉｓ−ｉｍｐｅｒｆｅｃｔａ  ｏｓｓｉｕｍ）、続発性上皮小体機能亢進症、上皮小体機能低下症、上皮小体機能亢進症、肝硬変、閉塞性黄疸、薬物誘発性代謝、髄様癌、慢性腎臓病、くる病、サルコイドーシス、グルココルチコイド拮抗作用、吸収不良症候群、脂肪便、熱帯性スプルー、特発性高カルシウム血症および授乳熱。
【０３０８】
本発明のＭＩＤ  ４４６０核酸およびＭＩＤ  ４４６０タンパク質を用いて、種々の免疫（例えば、炎症性（例えば、呼吸炎症性））障害を処置および／または診断し得る。免疫性および炎症性の障害または疾患の例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：自己免疫疾患（例えば、真性糖尿病、関節炎（慢性関節リウマチ、若年性慢性関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎を包含する）、多発性硬化症、脳脊髄炎、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、自己免疫性甲状腺炎、皮膚炎（アトピー性皮膚炎および湿疹性皮膚炎を包含する）、乾癬、シェーグレン症候群、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸結腸炎）、アフタ性潰瘍、虹彩炎、結膜炎、角結膜炎、喘息、アレルギー性喘息、慢性閉塞性肺疾患、皮膚エリテマトーデス、強皮症、腟炎、直腸炎、薬疹、らい病逆転反応、らい性結節性紅斑、自己免疫性ブドウ膜炎、アレルギー性脳脊髄炎、急性壊死性出血性脳障害、特発性両側性進行性感音聴力損失、再生不良性貧血、赤芽球ろう、特発性血小板減少症、多発性軟骨炎、ヴェーゲナー肉芽腫症、慢性活性肝炎、スティーヴンズ−ジョンソン症候群、特発性スプルー、扁平苔癬、グレーヴズ病、サルコイドーシス、原発性胆汁性肝硬変、後部ブドウ膜炎、および間質性肺線維症を包含する）、対宿主性移植片病、移植の症例、およびアレルギー（例えば、アトピー性アレルギー）。
【０３０９】
本明細書中で用いられる場合、心臓に関する障害、すなわち、「心血管疾患」または「心血管障害」は、心血管系（例えば、心臓、血管、および／または血液）に影響を与える、疾患または障害を包含する。心血管障害は、動脈圧力における不均等、心臓の機能不全、または（例えば、血栓、塞栓、または斑による）血管の閉塞によって引き起こされ得る。心血管障害としては、例えば、以下のような障害が挙げられるがこれらに限定されない：動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、心肥大、虚血再灌流障害、再狭窄、動脈炎症、血管壁再形成、心室再形成、迅速心室ペーシング、冠状微小塞栓症、頻脈、徐脈、圧力過剰負荷、大動脈屈曲、冠状動脈結紮、脈管心臓病、冠状動脈疾患、弁の疾患（カルシウム沈着によって引き起こされる弁の変性、リウマチ性心疾患、心内膜炎、または人工弁の合併症を包含するがこれらに限定されない）；心房性細動、長ＱＴ症候群（ｌｏｎｇ−ＱＴ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、うっ血性心不全、洞房結節機能不全（ｓｉｎｕｓ  ｎｏｄｅ  ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ）、アンギナ、心不全、高血圧、心房性細動、心房粗動、心膜疾患（心内膜液浸出および心膜炎を包含するがこれらに限定されない）；心筋症（例えば、拡張型心筋症または特発性心筋症）、心筋梗塞、冠状動脈疾患、冠状動脈痙攣、虚血性疾患、不整脈、突然の心臓死、および心血管発生障害（例えば、動静脈先天異常、動静脈瘻、レーノー症候群、神経性胸郭出口症候群、カウザルギー／反射性交感神経性ジストロフィー、血管腫、動脈瘤、海綿状様血管腫、大動脈弁狭窄、心房中隔欠損症、房室管、大動脈の縮窄、エブスタイン異常、左心室発育不全症候群、大動脈弓の中断、僧帽弁逸脱、動脈管、開存性卵円孔、部分肺静脈還流異常、心室中隔欠損を伴う肺動脈弁閉鎖、心室中隔欠損を伴わない肺動脈弁閉鎖、胎児循環の存続、肺動脈弁狭窄、単心室、総肺静脈還流異常、大血管転位、三尖弁閉鎖、総動脈幹、心室中隔欠損）。心血管疾患または心血管障害はまた、内皮細胞障害を包含し得る。
【０３１０】
本明細書中で用いられる場合、「内皮細胞障害」は、異常な、調節されていない、もしくは望まれていない内皮細胞活性（例えば、増殖、移動、新脈管形成、もしくは血管新生）；または細胞表面接着分子または新脈管形成に関連した遺伝子（例えば、ＴＩＥ−２、ＦＬＴおよびＦＬＫ）の異常な発現によって特徴付けられる障害を包含する。内皮細胞障害としては、腫瘍形成、腫瘍転移、乾癬、糖尿病性網膜症、子宮内膜症、グレーヴズ病、虚血性疾患（例えば、アテローム性動脈硬化症）、および慢性炎症疾患（例えば、慢性関節リウマチ）が挙げられる。
【０３１１】
本明細書中に記載される方法によって処置または診断され得る障害としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：肝臓における線維組織の蓄積に関連した障害（例えば、既存の線維の崩壊および縮合を伴う細胞外マトリクスの産生と分解との間の不均等から生じる障害）。本明細書中に記載される方法を用いて、ホメオスタシスをかき乱すプロセス（例えば、炎症性プロセス、毒性傷害または変化した肝臓血流から生じる組織損傷）、および感染（例えば、細菌、ウイルスおよび寄生生物の）を包含する、広範な種々の因子によって誘発される肝細胞壊死または肝細胞傷害を診断または処置し得る。例えば、この方法は、肝臓障害（例えば、門脈圧亢進高血圧または肝臓線維症）の早期検出のために用いられ得る。さらに、この方法を用いて、先天性代謝異常に起因する肝臓線維症（例えば、蓄積障害（例えば、ゴシェ病（脂質異常）またはグリコーゲン蓄積症）から生じる線維症、Ａ１−アンチトリプシン欠損）；外因性物質の蓄積（例えば、貯蔵）を媒介する障害（例えば、ヘモクロマトーシス（鉄過剰負荷症候群）および銅蓄積疾患（ウィルソン病））、毒性代謝産物の蓄積を生じる障害（例えば、チロシン血症、果糖血症およびガラクトース血症）ならびにペルオキシソーム障害（例えば、ツェルヴェーガー症候群）を検出し得る。さらに、本明細書中に記載される方法は、種々の化学物質または薬物（例えば、メトトレキサート、イソニアジド、オキシフェンイサチン、メチルドパ、クロルプロマジン、トルブタミドまたはアルコール）の投与に関連した肝臓傷害、または肝臓での血管障害発現（例えば、肝臓内もしくは肝臓外のいずれかでの胆汁流動の閉塞、または例えば、慢性心不全、静脈閉塞病、門脈血栓症もしくはバッド−キアーリ症候群から生じる、肝臓循環における変化）を表す肝臓傷害の早期検出および早期処置に有用であり得る。
【０３１２】
さらに、ＭＩＤ  ４４６０分子は、特定のウイルス疾患（Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎および単純疱疹ウイルス（ＨＳＶ）が挙げられるが、これらに限定されない）の病因において重要な役割を果たし得る。ＭＩＤ  ４４６０活性の調節因子は、ウイルス疾患を制御するために使用され得る。この調節因子は、ウイルス感染組織またはウイルス関連組織の線維症（特に肝臓および肝臓線維症）の処置および／または診断において使用され得る。また、ＭＩＤ  ４４６０調節因子は、ウイルス関連癌腫（特に肝細胞癌）の処置および／または診断において使用され得る。
【０３１３】
さらに、ＭＩＤ  ４４６０は、代謝障害または疼痛障害の調節において重要な役割を果たし得る。代謝不均衡の疾患としては、肥満、神経性食欲不振、悪液質、脂質障害および糖尿病が挙げられるが、これらに限定されない。疼痛障害の例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：種々の形態の組織損傷（例えば、炎症、感染および虚血）の間に誘発される疼痛応答（通常、痛覚過敏と称される）（例えば、Ｆｉｅｌｄｓ，Ｈ．Ｌ．（１９８７）Ｐａｉｎ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌに記載される）；筋骨格障害に関連する疼痛（例えば、関節痛、歯痛、頭痛）；手術に関連する疼痛；過敏性腸症候群に関連する疼痛；または胸部痛。
【０３１４】
議論されるように、ＭＩＤ  ４４６０障害の首尾よい処置は、標的遺伝子産物の発現または活性を阻害する役目を果たす技術によって、もたらされ得る。例えば、ネガティブな調節性活性を示すことが証明されている化合物（例えば、上記のアッセイを使用して同定される因子）が、本発明に従って使用され、ＭＩＤ  ４４６０障害の症状を予防および／または回復し得る。このような分子としては、以下が挙げられ得るがこれらに限定されない：ペプチド、ホスホペプチド、有機低分子または無機低分子、あるいは抗体（例えば、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗イディオタイプ抗体、キメラ抗体、または単鎖抗体、ならびにＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２およびＦａｂ発現ライブラリーフラグメント、ｓｃＦＶ分子、ならびにそれらのエピトープ結合フラグメントを含む）。
【０３１５】
さらに、標的遺伝子の発現を阻害するアンチセンス分子およびリボザイム分子もまた、本発明に従って使用され、標的遺伝子発現レベルを低下させ得、それによって、標的遺伝子活性レベルは、効果的に減少される。なおさらに、三重らせん分子が、標的遺伝子活性レベルを低下させる際に利用され得る。アンチセンス分子、リボザイム分子および三重らせん分子は、上で議論されている。
【０３１６】
変異体遺伝子発現を低下または阻害するための、アンチセンス分子、リボザイム分子および／または三重らせん分子の使用もまた、正常な標的遺伝子の対立遺伝子によって産生されるｍＲＮＡの転写（三重らせん）および／または翻訳（アンチセンス、リボザイム）を低下または阻害し得、その結果、存在する正常な標的遺伝子産物の濃度が、正常な表現型で必要とされる濃度よりも低くあり得る可能性がある。このような場合、正常な標的遺伝子活性を示す標的遺伝子ポリペプチドをコードおよび発現する核酸分子は、遺伝子治療法によって、細胞に導入され得る。あるいは、この標的遺伝子が細胞外タンパク質をコードする例において、正常な標的遺伝子タンパク質を、細胞または組織に同時に投与して、必要な細胞活性レベルまたは組織標的遺伝子活性レベルを維持することが、好ましくあり得る。
【０３１７】
核酸分子が、ＭＩＤ  ４４６０発現によって特徴付けられる疾患を処置または予防する際に利用され得る別の方法は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質に特異的なアプタマー分子の使用を介する。アプタマーは、三次構造を有する核酸分子であり、この三次構造は、それらがタンパク質リガンドに特異的または選択的に結合するのを可能にする（例えば、Ｏｓｂｏｒｎｅら、（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．１：５−９；およびＰａｔｅｌ（１９９７）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ  １：３２−４６を参照のこと）。核酸分子は、多くの場合において、治療タンパク質分子が標的細胞に導入されるよりも、より簡便に標的細胞に導入されるので、アプタマーは、多能性効果を有し得る薬物または他の分子を導入することなく、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質活性が特異的に低下し得る方法を提供する。
【０３１８】
標的遺伝子産物に特異的であり、かつ標的遺伝子産物活性を低下させる抗体が、作製され得る。従って、このような抗体は、ネガティブな調節技術が、ＭＩＤ  ４４６０障害の処置に適している場合に投与され得る。抗体の記載については、上記の抗体の節を参照のこと。
【０３１９】
抗体産生を刺激するために、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質またはエピトープで、動物またはヒト被験体を注射することが、被験体に対して有害である環境下において、抗イディオタイプ抗体の使用によって、ＭＩＤ  ４４６０に対する免疫応答を生じさせることが可能である（例えば、Ｈｅｒｌｙｎ（１９９９）Ａｎｎ  Ｍｅｄ  ３１：６６−７８；ならびにＢｈａｔｔａｃｈａｒｙａ−ＣｈａｔｔｅｒｊｅｅおよびＦｏｏｎ（１９９８）Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｒｅａｔ  Ｒｅｓ．９４：５１−６８を参照のこと）。抗イディオタイプ抗体が哺乳動物またはヒト被験体に導入される場合、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質に特異的であるべき、抗−抗イディオタイプ抗体の産生が刺激されるはずである。ＭＩＤ  ４４６０発現によって特徴付けられる疾患に対するワクチンもまた、この様式で作製され得る。
【０３２０】
標的抗原が細胞内であり、かつ全抗体が使用される例において、内部移行抗体が好ましくあり得る。リポフェクチンまたはリポソームを使用して、標的抗原を細胞内に結合するＦａｂ領域の抗体またはフラグメントを送達し得る。抗体のフラグメントが使用される場合、標的抗原に結合する最小の阻害性フラグメントが、好ましい。例えば、抗体のＦｖ領域に対応するアミノ酸配列を有するペプチドが、使用され得る。あるいは、細胞内標的抗原に結合する一本鎖中和抗体もまた、投与され得る。このような一本鎖抗体は、例えば、標的細胞集団内の一本鎖抗体をコードするヌクレオチド配列を発現させることによって、投与され得る（例えば、Ｍａｒａｓｃｏら、（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：７８８９−７８９３を参照のこと）。
【０３２１】
標的遺伝子発現、合成および／または活性を阻害する、同定された化合物は、ＭＩＤ  ４４６０障害を予防、処置または回復するのに治療学的に有効な用量で、患者に投与され得る。治療学的に有効な用量とは、その障害の症状を回復させるのに十分な、化合物の量をいう。このような化合物の毒性および治療効果は、上記のような標準的な薬理学的手順によって、決定され得る。
【０３２２】
細胞培養アッセイおよび動物研究から得られたデータは、ヒトにおける使用のための投薬量範囲を処方する際に、使用され得る。このような化合物の投薬量は、好ましくは、毒性をほとんど有さないかまたは全く有さないＥＤ５０を含む循環濃度範囲内にある。投薬量は、用いられる投薬形態および用いられる投与経路に依存して、この範囲内で変化し得る。本発明の方法において使用される任意の化合物について、治療学的に有効な用量は、細胞培養アッセイから、最初に確立され得る。用量は、動物モデルにおいて処方され得、細胞培養物中で決定されるようなＩＣ５０（すなわち、症状の最大半減阻害を達成する試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲に達する。このような情報を使用して、ヒトにおける有用な用量をより正確に決定し得る。血漿レベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって、測定され得る。
【０３２３】
個体に対する有効な用量を決定する別の例は、試験被験体の血清中の「遊離」化合物および「結合」化合物のレベルを直接的にアッセイする能力である。このようなアッセイは、分子のインプリンティング技術によって作製される抗体模倣物および／または「バイオセンサ」を使用し得る。ＭＩＤ  ４４６０活性を調節し得る化合物は、テンプレート、または「インプリンティング分子」として使用され、この化合物の触媒試薬との重合化の前に、重合可能なモノマーを空間的に組織化する。インプリントされた分子のその後の除去は、化合物の繰り返し「ネガ（ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｉｍａｇｅ）」を含むポリマーマトリクスを残し、そして生物学的アッセイ条件下で、分子に選択的に再結合することができる。この技術の詳細な総説は、Ａｎｓｅｌｌら（１９９６）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ７：８９−９４およびＳｈｅａ（１９９４）Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２：１６６−１７３において参照され得る。このような「インプリントされた」アフィニティーマトリクスは、リガンド結合アッセイに適合し、これによって、固定化モノクローナル抗体の構成要素は、適切にインプリントされたマトリクスによって置き換えられる。この方法における、このようなマトリクスの使用の例は、Ｖｌａｔａｋｉｓら（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６１：６４５−６４７において参照され得る。同位体標識の使用によって、ＭＩＤ  ４４６０の発現または活性を調節する化合物の「遊離」濃度は、容易にモニタリングされ得、そしてＩＣ５０の算出に使用され得る。
【０３２４】
このような「インプリントされた」アフィニティーマトリクスはまた、光子放射特性が標的化合物の局在性および選択的結合によって測定可能に変化する蛍光群を含むように設計され得る。これらの変化は、適切な光ファイバーデバイスを使用し、次いで、試験被験体における用量を、その個々のＩＣ５０に基づいて迅速に最適化することによって、実時間で容易にアッセイされ得る。このような「バイオセンサ」の基本的な例は、Ｋｒｉｚら（１９９５）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ６７：２１４２−２１４４において議論されている。
【０３２５】
本発明の別の局面は、治療目的のための、ＭＩＤ  ４４６０発現または活性を調節する方法に関する。従って、例示的な実施形態において、本発明の調節方法は、細胞を、ＭＩＤ  ４４６０またはこの細胞に関連するＭＩＤ  ４４６０タンパク質活性の１つ以上の活性を調節する因子と接触させる工程を包含する。ＭＩＤ  ４４６０タンパク質活性を調節する因子は、本明細書中に記載されるような因子（例えば、核酸またはタンパク質、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の天然に存在する標的分子（例えば、ＭＩＤ  ４４６０基質またはレセプター）、ＭＩＤ  ４４６０抗体、ＭＩＤ  ４４６０アゴニスまたはアンタゴニスト、ＭＩＤ  ４４６０アゴニストもしくはアンタゴニストのペプチド模倣物、または他の低分子）であり得る。
【０３２６】
１つの実施形態において、この因子は、１つ以上のＭＩＤ  ４４６０活性を刺激する。このような刺激性因子の例としては、活性なＭＩＤ  ４４６０タンパク質およびＭＩＤ  ４４６０をコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この因子は、１つ以上のＭＩＤ  ４４６０活性を阻害する。このような阻害因子の例としては、アンチセンスＭＩＤ  ４４６０核酸分子、抗ＭＩＤ  ４４６０抗体、およびＭＩＤ  ４４６０インヒビターが挙げられる。これらの調節方法は、インビトロにおいてか（例えば、この因子とともに細胞を培養することによって）、あるいはインビボにおいて（例えば、この因子を被験体に投与することによって）行われ得る。このように、本発明は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質または核酸分子の、異常なまたは望ましくない発現または活性によって特徴付けられる疾患または障害に罹患している個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、因子（例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される因子）、またはＭＩＤ  ４４６０発現もしくは活性を調節する（例えば、アップレギュレートするかまたはダウンレギュレートする）因子の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、ＭＩＤ  ４４６０タンパク質または核酸分子を、低下した、異常なまたは望ましくないＭＩＤ  ４４６０発現または活性を補償する治療として、投与する工程を包含する。
【０３２７】
ＭＩＤ  ４４６０活性の刺激は、ＭＩＤ  ４４６０が異常にダウンレギュレートする状況、および／またはＭＩＤ  ４４６０活性の増加が有利な効果を有するようである状況において、望ましい。例えば、ＭＩＤ  ４４６０活性の刺激は、ＭＩＤ  ４４６０がダウンレギュレートする状況、および／またはＭＩＤ  ４４６０活性の増加が有利な効果を有するようである状況において、望ましい。同様に、ＭＩＤ  ４４６０活性の阻害は、ＭＩＤ  ４４６０が異常にアップレギュレートする状況、および／またはＭＩＤ  ４４６０活性の低下が有利な効果を有するようである状況において、望ましい。
【０３２８】
（薬理ゲノム学（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
本発明のＭＩＤ  ４４６０分子、および因子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるような、ＭＩＤ  ４４６０活性（例えば、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子発現）に対する刺激効果もしくは阻害効果を有するモジュレーターは、異常なＭＩＤ  ４４６０活性または望ましくないＭＩＤ  ４４６０活性に関連する、ＭＩＤ  ４４６０関連障害（例えば、異常であるかもしくは欠損したホスファターゼの活性もしくは発現、または心血管障害）を（予防的にかまたは治療的に）処置するために、個体に投与され得る。このような処置とともに、薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と、外来性化合物もしくは薬物に対するその個体の応答との間の関係の研究）が、考慮され得る。治療の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血液濃度との間の関係を変更することによって、毒性または治療不全を与えるように導き得る。従って、医師または臨床医は、ＭＩＤ  ４４６０分子またはＭＩＤ  ４４６０モジュレーターを投与するか否かを決定し、そしてＭＩＤ  ４４６０分子またはＭＩＤ  ４４６０モジュレーターでの処置における、投薬量および／または治療レジメンを変更する際に、等価な薬理ゲノム学研究において得られた知識の適用を考慮し得る。
【０３２９】
薬理ゲノム学は、変更された薬物配置および罹患した個人の異常な活性に起因する薬物に対する応答における、臨床学的に有意な遺伝的変異を処置する。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍら、（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３：９８３−９８５およびＬｉｎｄｅｒら、（１９９７）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３：２５４−２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理ゲノム学条件は、異なり得る。遺伝的条件は、薬物が身体に作用する様式を変更する（変更された薬物作用）単一因子として普及したか、または遺伝的条件は、身体が薬物に作用する様式を変更する（変更された薬物代謝）単一因子として普及した。これらの薬理ゲノム学条件は、稀なゲノム欠損としてかまたは天然に存在する多型としてかの、いずれかとして生じ得る。例えば、グルコース−６−ホスフェートデヒドロゲナーゼ欠損（Ｇ６ＰＤ）は、一般的な遺伝性酵素病であり、ここで、主な臨床学的合併症は、酸化薬剤（抗マラリア薬、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの消費後の溶血である。
【０３３０】
「ゲノムワイドアソシエーション（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）」として知られている、薬物応答を予測する遺伝子を同定するための、１つの薬理ゲノム学アプローチは、すでに知られているゲノム関連マーカー（例えば、「二座対立遺伝子」ゲノムマーカーマップ（これは、６０，０００〜１００，０００の多型またはヒトゲノム上の可変性部位からなり、これらの各々が、２つの改変体を有する））からなるヒトゲノムの高解像度マップに、主に依存する。このような高解像度ゲノムマップは、特定の観察された薬物応答または副作用に関連したマーカーを同定するために、第ＩＩ期／第ＩＩＩ期の薬物試行に参加した統計学的に有意な数の患者の各々のゲノムのマップと比較され得る。あるいは、このような高解像度マップは、ヒトゲノムにおいて、数憶の公知の一塩基多型（ＳＮＰ）の組み合わせから生じ得る。本明細書中で使用される場合、「ＳＮＰ」は、ＤＮＡの伸張において、単一ヌクレオチド塩基において生じる一般的な変更である。例えば、ＳＮＰは、ＤＮＡの１０００塩基毎に１回起こり得る。ＳＮＰは、疾患プロセスに関与し得るが、大部分は、疾患に関連し得ない。このようなＳＮＰの発生に基づくゲノムマップが与えられると、個体は、個々のゲノムにおいて、ＳＮＰの特定のパターンに依存して、ゲノムのカテゴリーに分類され得る。このような様式において、処置レジメンは、ゲノム学的に類似の個体の間で共通であり得る特性を考慮して、このようなゲノム学的に類似の個体の群に対して変更され得る。
【０３３１】
あるいは、「候補遺伝子アプローチ」と呼ばれる方法は、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。この方法に従って、薬物の標的をコードする遺伝子が既知である場合（例えば、本発明のＭＩＤ  ４４６０タンパク質）、その遺伝子の全ての共通の改変体は、その集団においてかなり容易に同定され得、そして別の遺伝子バージョンに対する１つの遺伝子バージョンが特定の応答に関連するか否かが決定され得る。
【０３３２】
あるいは、「遺伝子発現プロファイリング」と呼ばれる方法が、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。例えば、薬物（例えば、本発明のＭＩＤ  ４４６０分子またはＭＩＤ  ４４６０モジュレーター）を投薬された動物の遺伝子発現は、毒性に関連する遺伝子経路が変化するか否かの指標を与え得る。
【０３３３】
１より多い上記薬理ゲノム学アプローチから得られる情報を使用して、個体の予防的処置または治療的処置のための、適切な投薬量および処置レジメンを決定し得る。この知識は、投薬または薬物選択に適用される場合、有害反応または治療不全を回避し得、それによって、ＭＩＤ  ４４６０分子またはＭＩＤ  ４４６０モジュレーター（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイのうちの１つによって同定されるモジュレーター）で被験体を処置する場合、治療効果または予防効果を増強させる。
【０３３４】
本発明はさらに、本発明のＭＩＤ  ４４６０遺伝子の１つ以上によってコードされる遺伝子産物の１つ以上の活性を調節する因子の同定に基づく、新たな因子、または組み合わせを同定するための方法を提供し、ここで、これらの産物は、治療因子に対する細胞の耐性に関連し得る。詳細には、本発明のＭＩＤ  ４４６０遺伝子によってコードされるタンパク質の活性は、因子の耐性を克服するために、因子を同定するための基礎として使用され得る。耐性タンパク質の１つ以上の活性をブロックすることによって、標的細胞（例えば、ヒト細胞）は、未改変標的細胞に耐性である因子を用いた処置に対して感受性になる。
【０３３５】
ＭＩＤ  ４４６０タンパク質の発現または活性に対する、因子（例えば、薬物）の影響のモニタリングが、臨床試験において適用され得る。例えば、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートしたＭＩＤ  ４４６０活性を増加させるために、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって決定される因子の効果は、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートしたＭＩＤ  ４４６０活性の低下を示す被験体の臨床試験において、モニタリングされ得る。あるいは、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートしたＭＩＤ  ４４６０活性を低下させるために、スクリーニングアッセイによって決定される因子の効果は、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートしたＭＩＤ  ４４６０活性の増加を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。このような臨床試験において、ＭＩＤ  ４４６０遺伝子の発現または活性、好ましくは、例えば、チロシンホスファターゼ関連障害または別のＭＩＤ  ４４６０関連障害に関与している他の遺伝子の発現または活性は、「読み出し（ｒｅａｄ  ｏｕｔ）」または特定の細胞の表現型のマーカーとして、使用され得る。
【０３３６】
（他の実施形態）
別の局面において、本発明は、複数の捕捉プローブを分析する方法を特徴とする。この方法は、例えば、遺伝子発現を分析するために有用である。この方法は、以下の工程を包含する：複数のアドレスを有する２次元アレイを提供する工程であって、これら複数のアドレスの各々は、これら複数のアドレスの他の各々から、位置的に識別され得、そしてこれら複数のアドレスの各々は、独自の捕捉プローブ（例えば、核酸またはペプチド配列）を有し、ここで、該捕捉プローブは、ＭＩＤ  ４４６０を発現する細胞または被験体、あるいはＭＩＤ  ４４６０媒介性の応答が誘発される細胞または被験体に由来する、工程；このアレイを、ＭＩＤ  ４４６０核酸（好ましくは精製されている）、ＭＩＤ  ４４６０ポリペプチド（好ましくは精製されている）または抗ＭＩＤ  ４４６０抗体と接触させ、それによって、これら複数の捕捉プローブを評価する工程。結合（例えば、核酸の場合、複数のアドレスのうち１つにおける捕捉プローブとのハイブリダイゼーション）は、例えば、ＭＩＤ  ４４６０の核酸、ポリペプチドまたは抗体に結合した標識から生じるシグナルによって、検出される。
【０３３７】
この捕捉プローブは、選択されたサンプル（例えば、コントロールまたは刺激していない、組織または細胞由来の核酸のサンプル）由来の核酸のセットであり得る。
【０３３８】
この方法は、ＭＩＤ  ４４６０の核酸、ポリペプチドまたは抗体を、複数の捕捉プローブを有する第一のアレイ、および異なる複数の捕捉プローブを有する第二のアレイと接触させる工程を包含し得る。各ハイブリダイゼーションの結果が、例えば、第一のサンプルと第二のサンプルとの間の発現の差異を分析するために、比較され得る。第一の複数の捕捉プローブは、コントロールサンプル（例えば、野生型サンプル、正常サンプル、非疾患サンプル、非刺激サンプル）（例えば、生物学的流体サンプル、組織サンプルまたは細胞サンプル）由来であり得る。第二の複数の捕捉プローブは、実験サンプル（例えば、変異型サンプル、疾患状態もしくは障害状態の危険性のあるサンプル、または刺激サンプル）（例えば、生物学的流体サンプル、組織サンプルまたは細胞サンプル）由来であり得る。
【０３３９】
複数の捕捉プローブは、複数の核酸プローブであり得、これらの各々が、ＭＩＤ  ４４６０の対立遺伝子と特異的にハイブリダイズする。このような方法は、被験体を診断するため、例えば、疾患もしくは障害の危険性を評価するため、被験体についての選択された処置の適切性を評価するため、被験体が疾患もしくは障害を有するか否かを評価するために、使用され得る。
【０３４０】
この方法は、上記のように、ＳＮＰを検出するために使用され得る。
【０３４１】
別の局面において、本発明は、ＭＩＤ  ４４６０を分析する方法（例えば、構造、機能または他の核酸配列もしくはアミノ酸配列との関連を分析する方法）を特徴とする。この方法は、以下の工程：ＭＩＤ  ４４６０の核酸配列またはアミノ酸配列を提供する工程；ＭＩＤ  ４４６０配列を、好ましくは１つ以上の、配列の集合（例えば、核酸またはタンパク質の配列データベース）由来の複数の配列と比較する工程、を包含し、それによってＭＩＤ  ４４６０を分析する。
【０３４２】
この方法は、ＭＩＤ  ４４６０配列とデータベース配列との間の配列同一性を評価する工程を包含し得る。この方法は、第二のサイト（例えば、インターネット上）にて、データベースにアクセスすることによって実施され得る。好ましいデータベースとしては、ＧｅｎＢａｎＴＭおよびＳｗｉｓｓＰｒｏｔが挙げられる。
【０３４３】
別の局面において、本発明は、例えば、ＳＮＰを同定するため、またはＭＩＤ  ４４６０の特定の対立遺伝子を同定するために有用な、オリゴヌクレオチドのセットを特徴とする。このセットは、複数のオリゴヌクレオチドを含み、その各々が、問い合わせ位置（例えば、ＳＮＰまたは変異部位）にて、異なるヌクレオチドを有する。好ましい実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、（長さが異なる以外は）互いに配列が同一である。これらのオリゴヌクレオチドは、差示的に標識され得、その結果、１つの対立遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、第二の対立遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドから識別され得るシグナルを提供する。
【０３４４】
ＭＩＤ  ４４６０分子の配列は、その使用を容易にするために、種々の媒体中に提供される。配列は、単離された核酸分子またはアミノ酸分子以外の製造物として提供され得、これは、ＭＩＤ  ４４６０分子を含む。このような製造物は、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列（例えば、オープンリーディングフレーム）を、ヌクレオチド配列もしくはアミノ酸配列またはそれらのサブセットが天然形態または精製形態で存在する場合には、それらを試験するために直接適用可能でない手段を使用する、製造物の試験を可能にする形態で、提供し得る。
【０３４５】
ＭＩＤ  ４４６０のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列は、コンピュータ読出し可能な媒体に記録され得る。本明細書中で使用される場合、「コンピュータ読出し可能な媒体」は、コンピュータによって直接読み出され得、そしてアクセスされ得る、任意の媒体をいう。このような媒体としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：磁気記憶媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク記憶媒体および磁気テープ）；光学記憶媒体（例えば、コンパクトディスクおよびＣＤ−ＲＯＭ）；電気記憶媒体（例えば、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭなど）;および一般的なハードディスクおよびこれらのカテゴリーのハイブリッド（例えば、磁気／光学記憶媒体）。この媒体は、本発明のＭＩＤ  ４４６０配列情報を有するように、適合または構成される。
【０３４６】
本明細書中で使用する場合、用語「電子装置」は、データまたは情報を記憶するように構成または適合された他のデバイスの、任意の適切な計算装置または処理装置を含むことが意図される。本発明での使用に適切な電子装置の例としては、以下が挙げられる：独立型計算装置；ネットワーク（ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、広域ネットワーク（ＷＡＮ）インターネット、イントラネットおよびエキストラネット）；電気器具（例えば、携帯用端末（ＰＤＡ）、携帯電話、ポケットベルなど）；ならびにローカル処理システムおよび分散処理システム。
【０３４７】
本明細書中で使用される場合、「記録（記録される、記録された）」は、電子装置読出し可能媒体に、情報を記憶またはコード化するためのプロセスをいう。当業者は、既知の媒体に情報を記録するための、以前に既知の方法のいずれかを容易に適合して、ＭＩＤ  ４４６０配列情報を含む製造物を作成し得る。
【０３４８】
本発明のＭＩＤ  ４４６０のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列が記録されたコンピュータ読出し可能媒体を作製するための種々のデータ記憶構造が、当業者に利用可能である。データ記憶構造の選択は、一般に、記憶された情報にアクセスするために選択された手段に基づく。さらに、種々のデータ処置プログラムおよびフォーマットが、コンピュータ読出し可能媒体に本発明のヌクレオチド配列情報を記憶するために、使用され得る。配列情報は、文章処理テキストファイルで示され得るか、市販のソフトウェア（例えば、ＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｗｏｒｄ（登録商標））でフォーマットされ得るか、またはＡＳＣＩＩファイルの形態で示され得るか、データベースアプリケーション（例えば、ＤＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅなど）に保存され得る。当業者は、本発明のヌクレオチド配列情報が記録されたコンピュータ読出し可能媒体を得るために、多数のデータ処理構造フォーマット（例えば、テキストファイルまたはデータベース）を容易に適合し得る。
【０３４９】
本発明のＭＩＤ  ４４６０のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列をコンピュータ読出し可能な形態で提供することによって、当業者は、種々の目的のために配列情報に慣用的にアクセスし得る。例えば、当業者は、コンピュータ読出し可能な形態の本発明のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を使用して、データ記憶手段内に記憶された配列情報と、標的配列または標的の構造的モチーフを比較し得る。検索を使用して、特定の標的配列または標的モチーフに一致する、本発明の配列のフラグメントまたは領域が同定される。
【０３５０】
従って、本発明は、被験体が、チロシンホスファターゼ関連またはＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害を有するかどうか、あるいはチロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害への素因を有するかどうかを決定するための方法を実施するための指示書を保持するための媒体を提供し、ここで、この方法は、被験体に関連するＭＩＤ  ４４６０配列情報を決定する工程、およびＭＩＤ  ４４６０配列情報に基づいて、被験体が、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の、疾患もしくは障害を有するか否かを決定する工程、そして／あるいは疾患、障害または前疾患状態についての特定の処置を推奨する工程を包含する。
【０３５１】
本発明は、さらに、被験体が、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害を有するかどうか、あるいはＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害への素因を有するかどうかを決定するための方法を、電子システムおよび／またはネットワークにおいて提供し、ここでこの方法は、被験体に関連するＭＩＤ  ４４６０配列情報を決定する工程、およびＭＩＤ  ４４６０配列情報に基づいて、被験体が、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の、疾患もしくは障害を有するか否か、またはチロシンホスファターゼ関連もしくは別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患もしくは障害への素因を有するか否かを決定を決定する工程、そして／あるいは疾患、障害または前疾患状態についての特定の処置を推奨する工程を包含する。この方法は、被験体に関連する表現型情報を受容する工程、および／またはネットワークから被験体に関連する表現型情報を獲得する工程をさらに包含し得る。
【０３５２】
本発明はまた、ネットワークにおいて、被験体が、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害を有するかどうか、あるいはチロシンホスファターゼ関連またはＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害への素因を有するかどうかを決定するための方法を提供し、ここで、この方法は、被験体からのＭＩＤ  ４４６０配列情報および／またはそれに関連する方法を受容する工程、この被験体に関連する表現型情報を受容する工程、ネットワークから、ＭＩＤ  ４４６０に対応する情報および／またはチロシンホスファターゼ関連もしくは別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患もしくは障害に対応する情報を獲得する工程、ならびに表現型情報、ＭＩＤ  ４４６０情報（例えば、配列情報および／またはそれに関連する情報）および獲得された情報のうち１つ以上に基づいて、被験体が、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害を有するかどうか、あるいはチロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害への素因を有するか否かを決定する工程、を包含する。この方法は、疾患、障害または前疾患状態についての特定の処置を推奨する工程をさらに包含し得る。
【０３５３】
本発明はまた、被験体が、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害を有するかどうか、あるいはチロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害への素因を有するか否かを決定するためのビジネス方法を提供し、この方法は、ＭＩＤ  ４４６０に関連する情報（例えば、配列情報および／またはそれに関連する情報）を受容する工程、被験体に関連する表現型情報を受容する工程、ネットワークから、ＭＩＤ  ４４６０に関連する情報および／またはチロシンホスファターゼ関連もしくは別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患もしくは障害に関連する情報を獲得する工程、ならびに表現型情報、ＭＩＤ  ４４６０情報および獲得された情報のうち１つ以上に基づいて、被験体が、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害を有するかどうか、あるいはチロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害への素因を有するか否かを決定する工程、を包含する。この方法は、疾患、障害または前疾患状態についての特定の処置を推奨する工程をさらに包含し得る。
【０３５４】
本発明はまた、本発明のＭＩＤ  ４４６０配列を含むアレイを含む。このアレイは、アレイ中に１つ以上の遺伝子の発現をアッセイするために使用され得る。１実施形態において、このアレイは、組織中の遺伝子発現をアッセイして、アレイ中の遺伝子の組織特異性を確認するために使用され得る。この様式において、約７６００個までの遺伝子を、発現について同時にアッセイし得、そのうちの１つがＭＩＤ  ４４６０であり得る。このことは、１つ以上の組織において特異的に発現される遺伝子の組を示すプロファイルが作成されることを可能にする。
【０３５５】
このような定性的情報に加えて、本発明は、遺伝子発現の定量を可能にする。従って、組織特異性だけではなく、組織中の遺伝子の組の発現レベルもまた、確認され得る。従って、遺伝子は、その組織発現自体およびその組織における発現レベルに基づいて、分類され得る。これは、例えば、その組織における遺伝子発現の関連性を確認する際に有用である。従って、１つの組織が混乱され得、第二の組織における遺伝子発現に対するその影響が、決定され得る。この文脈において、生物学的刺激に応答した、別の細胞型に対する１つの細胞型の影響が決定され得る。この文脈において、生物学的刺激に応答した、別の細胞型に対する１つの細胞型の影響が決定され得る。このような決定は、例えば、遺伝子発現のレベルで、細胞−細胞相互作用の効果を知るために有用である。ある薬剤が、１つの細胞型を処置するために治療的に投与されるが、別の細胞型に対して望まれない影響を有する場合、本発明は、所望でない影響の分子基礎を決定するためのアッセイを提供し、従って、相殺する薬剤を同時投与する機会またはそうでなければ所望でない効果を処理する機会を提供する。同様に、単一細胞型内でさえ、所望でない生物学的効果が、分子レベルで決定され得る。従って、標的遺伝子以外の遺伝子の発現に対する薬剤の影響が、確認および相殺され得る。
【０３５６】
別の実施形態において、このアレイは、アレイ中の１つ以上の遺伝子の発現の時間過程をモニタリングするために使用され得る。これは、本明細書中に開示されるような種々の生物学的文脈（例えば、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害の発症、チロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害の進行、およびチロシンホスファターゼ関連または別のＭＩＤ  ４４６０関連の疾患または障害に関連する細胞形質転換のようなプロセス）において生じ得る。
【０３５７】
このアレイはまた、同じ細胞または異なる細胞における他の遺伝子の発現に対する、ある遺伝子の発現の影響を確認するため（例えば、他の遺伝子の発現に対する、ＭＩＤ  ４４６０発現の影響を確認するため）に有用である。このことは、例えば、最終的な標的または下流の標的が調節され得ない場合に、治療的介入についての代替的分子標的の選択を提供する。
【０３５８】
このアレイはまた、正常細胞および異常細胞における１つ以上の遺伝子の差示的発現パターンを確認するために有用である。このことは、診断または治療的介入のための分子標的として作用し得る遺伝子の組（例えば、ＭＩＤ  ４４６０を含む）を提供する。
【０３５９】
本明細書中で使用する場合、「標的配列」は、６個以上のヌクレオチドの任意のＤＮＡ配列または２個以上のアミノ酸の任意のアミノ酸配列であり得る。当業者は、標的配列が長くなるほど、標的配列がデータベース中のランダムな存在として存在する可能性が低くなることを、容易に認識し得る。標的配列の代表的な長さは、約１０〜１００アミノ酸、または約３０〜３００ヌクレオチド残基である。しかし、商業的に重要なフラグメント（例えば、遺伝子発現およびタンパク質プロセシングに関与する配列フラグメント）は、より短い長さのものであり得ることが、充分認識される。
【０３６０】
分析および他の配列との比較のために、コンピュータ読出し可能な媒体中に提供される配列情報に、当業者がアクセスすることを可能にするコンピュータソフトウェアが、公に利用可能である。種々の公知のアルゴリズムが公に公開されており、そして検索手段を実行するための種々の市販のソフトウェアが、本発明のコンピュータベースのシステムにおいて使用され得る。このようなソフトウェアの例としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（ＥＭＢＬ）、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ）。
【０３６１】
従って、本発明は、コンピュータ読出し可能なマトリクスに配列を記録する工程を包含する、ＭＩＤ  ４４６０配列のコンピュータ読出し可能な配列の記録を作成する方法を特徴とする。好ましい実施形態において、この記録は、以下のうちの１つ以上を含む：ＯＲＦの同定；ドメイン、領域または部位の同定；転写開始の同定；転写ターミネーターの同定；タンパク質またはその成熟形態の全長アミノ酸配列；翻訳領域の５’末端。
【０３６２】
別の局面において、本発明は、配列を分析する方法を特徴とする。この方法は、以下の：コンピュータ読出し可能な形態で、ＭＩＤ  ４４６０配列または記録を提供する工程；このＭＩＤ  ４４６０配列に対して第二の配列を比較する工程を包含し、それによって、配列を分析する。比較は、配列の正体について配列と比較する工程、または１つの配列が他の配列内に含まれるか否かを決定する工程（例えば、ＭＩＤ  ４４６０配列が、比較される配列に含まれるか否かを決定する工程）を包含し得る。好ましい実施形態において、ＭＩＤ  ４４６０配列または第二の配列は、第一のコンピュータ（例えば、第一のサイト）に記憶され、そしてこの比較は、第二のコンピュータ（例えば、第二のサイト）で実施されるか、読み出されるか、または記録される。例えば、ＭＩＤ  ４４６０配列または第二の配列は、公に記憶され得るか、または１つのコンピュータ中の専有データベース中に記憶され得、そして比較の結果は、第二のコンピュータで実施されるか、読み出されるか、または記録される。好ましい実施形態において、記録は、以下のうちの１つ以上を含む：ＯＲＦの同定；ドメイン、領域または部位の同定；転写開始の同定；転写ターミネーターの同定；タンパク質またはその成熟形態の全長アミノ酸配列；翻訳領域の５’末端。
【０３６３】
本発明は、以下の実験によってさらに例示され、これらは、限定として解釈されるべきではない。
【０３６４】
（実験）
（遺伝子発現分析）
総ＲＮＡを、製造業者（ＴｅｌＴｅｓｔ，Ｉｎｃ．）の指示に従ってＲＮＡ  ＳＴＡＴ−６０を使用して、単一工程の抽出によって、種々のヒト組織から調製した。各ＲＮＡ調製物を、３７℃で１時間にわたって、ＤＮａｓｅ  Ｉ（Ａｍｂｉｏｎ）で処理した。内部アンプリコン参照としてβ−２ミクログロブリンを使用して、蛍光の閾値レベルに到達するために、サンプルが少なくとも３８サイクルのＰＣＲ増幅を必要とした場合に、ＤＮａｓｅ  Ｉ処理が完了したと決定した。ＤＮａｓｅ  Ｉ処理後のＲＮＡサンプルの完全性を、アガロースゲル電気泳動およびエチジウムブロマイド染色によって確認した。フェノール抽出後、ｃＤＮＡを、製造業者（ＧｉｂｃｏＢＲＬ）の指示に従ってＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＴＭＣｈｏｉｃｅ  Ｓｙｓｔｅｍを使用して、サンプルから調製した。逆転写酵素を有さないネガティブコントロールのＲＮＡが、各ＲＮＡサンプルについての逆転写されたモックであった。
【０３６５】
ヒトＭＩＤ  ４４６０発現を、種々の正常および疾患（例えば、癌性の）ヒト組織または細胞株から調製されたｃＤＮＡにおいて、ＴａｑＭａｎ（登録商標）定量的ＰＣＲ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）によって測定した。
【０３６６】
プローブを、ヒトＭＩＤ  ４４６０遺伝子の配列に基づいて、ＰｒｉｍｅｒＥｘｐｒｅｓｓソフトウェア（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）によって設計した。各ヒトＭＩＤ  ４４６０遺伝子プローブを、ＦＡＭ（６−カルボキシフルオレセイン）を使用して標識し、そしてβ２−ミクログロブリン参照プローブを、異なる蛍光色素ＶＩＣで標識した。従って、標的遺伝子および内部参照遺伝子の差示的標識化は、同じウェル中での測定を可能にした。β２−ミクログロブリンおよび標的遺伝子の両方についての順方向および逆方向のプライマーおよびプローブを、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に添加した。プライマーおよびプローブの最終濃度は異なり得るが、各々が、所定の実験内では内的に一貫していた。代表的な実験は、２００ｎＭの順方向および逆方向のプライマー＋β−２ミクログロブリンについてのプローブ１００ｎＭ、ならびに６００ｎＭの順方向および逆方向のプライマー＋標的遺伝子についてのプローブ２００ｎＭを含んだ。ＴａｑＭａｎマトリックス実験を、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７７００  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で実施した。サーマルサイクラーの条件は、以下の通りであった：５０℃で２分間、そして９５℃で１０分間維持、次いで（９５℃で１５秒間次いで６０℃で１分間）×４０サイクルの、２工程ＰＣＲ。
【０３６７】
以下の方法を使用して、同じ組織中のβ−２ミクログロブリン発現と比較して、種々の組織においてヒトＭＩＤ  ４４６０遺伝子の発現を定量的に計算した。閾値サイクル（Ｃｔ）値を、蛍光における統計的に有意な増加が検出されるサイクルとして定義する。より低いＣｔ値は、より高いｍＲＮＡ濃度を示す。ヒトＭＩＤ  ４４６０遺伝子のＣｔ値を、β−２ミクログロブリン遺伝子のＣｔ値を差し引くことによって正規化し、以下の式を使用してΔＣｔ値を得る：ΔＣｔ＝Ｃｔヒト５９９１４および５９９２１−Ｃｔβ−２ミクログロブリン。次いで、発現を、比較的低いレベルのヒトＭＩＤ  ４４６０遺伝子の発現を示すｃＤＮＡサンプルに対して較正する。次いで、標準サンプルについてのΔＣｔ値を、以下の式に従って、各組織サンプルについてのΔＣｔから差し引く：ΔΔＣｔ＝ΔＣｔ−サンプル−ΔＣｔ−標準。次いで、相対的な発現を、２−ΔΔＣｔによって与えられる演算式を使用して較正する。次いで、試験した各組織中の標的ヒトＭＩＤ  ４４６０遺伝子の発現を、以下により詳細に考察されるように、グラフにより示す。
【０３６８】
これらの結果は、心臓、膵臓、脳、結腸、肝臓、脾臓および小腸における有意なＭＩＤ  ４４６０の発現を示す（以下の表を参照のこと）。
【０３６９】
【表１】
2005508160.tif 000002
【０３７０】
2005508160.tif 000003
【０３７１】
2005508160.tif 000004
【０３７２】
本願を通じて引用される全ての参考文献、特許および公開された特許出願の内容は、本明細書中で参考として援用される。
【０３７３】
（等価物）
当業者は、慣用的にすぎない実験を使用して、本明細書中に記載される発明の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するかまたは確認し得る。
【図面の簡単な説明】
【０３７４】
【図１ａ】図１ａは、ヒトＭＩＤ４４６０のｃＤＮＡ配列（配列番号１）および推定アミノ酸配列（配列番号２）を示す。メチオニンで開始するヒトＭＩＤ４４６０のオープンリーディングフレーム（配列番号１の５’側および３’側の非翻訳領域を除く）もまた、コード配列（配列番号３）として示す。シグナル配列が切断された成熟タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４として示す。
【図１ｂ】図１ｂは、ヒトＭＩＤ４４６０のｃＤＮＡ配列（配列番号１）および推定アミノ酸配列（配列番号２）を示す。メチオニンで開始するヒトＭＩＤ４４６０のオープンリーディングフレーム（配列番号１の５’側および３’側の非翻訳領域を除く）もまた、コード配列（配列番号３）として示す。シグナル配列が切断された成熟タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４として示す。
【図１ｃ】図１ｃは、ヒトＭＩＤ４４６０のｃＤＮＡ配列（配列番号１）および推定アミノ酸配列（配列番号２）を示す。メチオニンで開始するヒトＭＩＤ４４６０のオープンリーディングフレーム（配列番号１の５’側および３’側の非翻訳領域を除く）もまた、コード配列（配列番号３）として示す。シグナル配列が切断された成熟タンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４として示す。
【図２】図２は、ヒトＭＩＤ４４６０のヒドロパシープロットを示す。相対的に疎水性の残基を、水平点線の上に示し、そして相対的に親水性の残基を、水平点線の下に示す。システイン残基（ｃｙｓ）を、ヒドロパシートレースの直ぐ下の短い垂線により示す。ヒトＭＩＤ４４６０のアミノ酸配列に対応する数を示す。本発明のポリペプチドは、以下を含むフラグメントを含む：疎水性配列の全てまたは一部分（例えば、点線上の配列（例えば、配列番号２のおよそアミノ酸１〜２５、およそアミノ酸８５〜１００、およそアミノ酸３５５〜３６５、およそアミノ酸７１０〜７２０配列、およそアミノ酸７５０〜７７５、およびおよそアミノ酸１０２０〜１０４０の配列））；親水性配列の全てまたは一部分（例えば、点線の下の配列（例えば、配列番号２のおよそアミノ酸６５〜８５、およそアミノ酸１４０〜１７５、およそアミノ酸１９０〜２２５、およそアミノ酸２３０〜２４０、およそアミノ酸２５０〜２６５、およそアミノ酸３１５〜３５０、およそアミノ酸３６５〜３９５、およそアミノ酸４０２〜４２２、およそアミノ酸４２０〜４３５、およそアミノ酸４５０〜４７０、およそアミノ酸４８０〜４８８、およそアミノ酸４９５〜５０５、およそアミノ酸５１０〜５２５、およそアミノ酸５４０〜５５８、およそアミノ酸５６１〜５８０、およそアミノ酸５９５〜６３０、およそアミノ酸７００〜７１５、およそアミノ酸７７３〜７９０、およそアミノ酸８００〜８１８、およそアミノ酸８３５〜８５５、およそアミノ酸９２１〜９４５、およそアミノ酸９９５〜１０１５、およびおよそアミノ酸１０７５〜１１１８の配列））；Ｃｙｓまたはグリコシル化部位を含む配列。
【図３】図３ａ〜ｂは、ヒトＭＩＤ４４６０のチロシンホスファターゼドメインと、ＰＦＡＭ由来の隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）由来のコンセンサスアミノ酸配列とのアラインメントを示す。上側配列は、コンセンサスアミノ酸配列（配列番号Ｘ）であり、一方、下側のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸８４６〜１０８０に対応する。
【図４】図４は、ＰｒｏＤｏｍａｉｎデータベース（「Ｆｕｌｌ  Ｎａｍｅ  ｏｆ  Ｐｒｏｄｏｍ  ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ；」Ｎｏ．ＰＤ３１２２２６；ＰｒｏＤｏｍａｉｎ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ２００１．１；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ．ｈｔｍｌ）からもたらされたドメインのコンセンサスアミノ酸配列を有するＭＩＤ４４６０ヒトチロシンホスファターゼドメインのＢＬＡＳＴアライメントを示す。下の配列は、２１７アミノ酸のＰＤ３１２２２６コンセンサス配列（配列番号Ｘ）のアミノ酸残基１〜２１７であり、上の配列は、ヒトＭＩＤ４４６０のチロシンホスファターゼドメイン、つまり、配列番号２の５４０〜７５６のアミノ酸残基に対応する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムによって、コンセンサスアミノ酸配列とヒトＭＩＤ４４６０との間のマルチプルローカルアライメントが同定される。
【図５】図５ａ〜図５ｂは、タンパク質−チロシンホスファターゼ（ＥＣ  ３．１．３．４８）、Ｈ型レセプター前駆体（ＳＡＰ−１；ＧｅｎｂａｎｋにおいてＤ１５０４９）とのヒトＭＩＤ４４６０のＧＡＰアライメントを示す。この図における下の配列は、ヒトＭＩＤ  ４４６０（配列番号２）のアミノ酸１〜１１１８であるが、上の配列は、Ｄ１５０４９（配列番号Ｘ）のアミノ酸４２〜３３９５である。ＧＡＰアライメントでは、ｂｌｏｓｕｍ６２．ｉｉｊ．からｍａｔｂｌａｓによって生成されたマトリクスを使用する。
【図１ａ】
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【図１ｂ】
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【図１ｃ】
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【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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