(57)【要約】新規のポリペプチドをコードする核酸配列が、本明細書中で開示される。これらの核酸配列によりコードされるポリペプチドおよびこのポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体、ならびに上記ポリペプチド、ポリヌクレオチド、または抗体の誘導体、改変体、変異体、またはフラグメントもまた開示される。本発明はさらに、これらの新規のヒト核酸およびタンパク質のいずれか１つに関与する障害を診断、処置、および予防するための治療方法、診断方法、および研究方法を開示する。本発明はまた、新規のポリペプチドをコードする核酸配列を含むベクター、このようなベクターを含む宿主細胞、抗体ならびにこのポリペプチドおよびポリヌクレオチドを産生するための組換え方法、およびこれらを使用するための方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたポリペプチドであって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体における１つ以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なるが、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と１５％以下のアミノ酸残基が異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列；ならびに
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体における１つ以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なるが、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と１５％以下のアミノ酸残基が異なる、改変体、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項２】
請求項１に記載のポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の天然に存在する対立遺伝子改変体のアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項３】
請求項２に記載のポリペプチドであって、前記対立遺伝子改変体が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、および５５からなる群より選択される核酸配列から単一ヌクレオチドが異なる核酸配列の翻訳物であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項４】
請求項１に記載のポリペプチドであって、前記改変体のアミノ酸配列が、保存的アミノ酸置換を含む、ポリペプチド。
【請求項５】
単離された核酸分子であって、該核酸分子が、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体における１つ以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なるが、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と１５％以下のアミノ酸残基が異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体における１つ以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なるが、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と１５％以下のアミノ酸残基が異なる、改変体；
（ｅ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたは該ポリペプチドの改変体の少なくとも一部をコードする核酸フラグメントであって、ここで、該改変体における１つ以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なるが、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と１５％以下のアミノ酸残基が異なる、核酸フラグメント；ならびに
（ｆ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、または（ｅ）の相補体を含む、核酸分子、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が天然に存在する対立遺伝子核酸改変体のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項７】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が天然に存在するポリペプチド改変体のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
【請求項８】
請求項５に記載の核酸分子であって、前記核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、および５５からなる群より選択される核酸配列と単一ヌクレオチドが異なる、核酸分子。
【請求項９】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が以下：
（ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、および５５からなる群より選択されるヌクレオチド配列；
（ｂ）ヌクレオチド配列であって、該ヌクレオチド配列が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、および５５からなる群より選択されるヌクレオチド配列と１つ以上のヌクレオチドが異なり、ただし、該ヌクレオチドの２０％以下が該ヌクレオチド配列と異なる、ヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）の核酸フラグメント；ならびに
（ｄ）（ｂ）の核酸フラグメント、
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１０】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、および５５からなる群より選択されるヌクレオチド配列または該ヌクレオチド配列の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、核酸分子。
【請求項１１】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、以下：
（ａ）前記アミノ酸配列をコードするコード配列と１つ以上のヌクレオチド配列が異なるコード配列を含む第１のヌクレオチド配列であって、ただし、該第１のヌクレオチド配列の該コード配列における２０％以下のヌクレオチドが該コード配列と異なる、第１のヌクレオチド；
（ｂ）該第１のポリヌクレオチドの相補体である単離された第２ポリヌクレオチド；および
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の核酸フラグメント、
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１２】
請求項１１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項１３】
前記核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
請求項１２に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する、抗体。
【請求項１６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記抗体がヒト化抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１８】
サンプル中の請求項１に記載のポリペプチドの存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体と接触させる工程；および
（ｃ）該ポリペプチドに結合する抗体の存在または量を決定して、それによって該サンプル中のポリペプチドの存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１９】
サンプル中の請求項５に記載の核酸分子の存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを該核酸分子に結合するプローブと接触させる工程；および
（ｃ）該核酸分子に結合した該プローブの存在または量を決定して、それによって該サンプル中の該核酸分子の存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
請求項１に記載のポリペプチドに結合する因子を同定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを該因子と接触させる工程；および
（ｂ）該因子が該ポリペプチドに結合するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】
請求項１に記載のポリペプチドの発現または活性を調節する薬剤を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）該細胞と該薬剤とを接触させる工程；および
（ｃ）該薬剤が、該ポリペプチドの発現または活性を調節するか否かを決定する工程であって、それによって該ポリペプチドの発現または活性における変化は、該薬剤が該ポリペプチドの発現または活性を調節することを示す、工程、
を包含する方法。
【請求項２２】
請求項１に記載のポリペプチドの活性を調節するための方法であって、該方法が、請求項１に記載のポリペプチドを発現する細胞サンプルを、該ポリペプチドの活性を調節するに十分な量で該ポリペプチドに結合する化合物と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項２３】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するための方法であって、該方法が、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で請求項１に記載のポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項２４】
前記被験体がヒトである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するための方法であって、該方法が、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で請求項５に記載の核酸を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２６】
前記被験体がヒトである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するための方法であって、該方法が、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で請求項１５に記載の抗体を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２８】
前記被験体がヒトである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
請求項１に記載のポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３０】
請求項５に記載の核酸分子および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３１】
請求項１５に記載の抗体および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３２】
請求項２９に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３３】
請求項３０に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３４】
請求項３１に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３５】
ヒト疾患に関連する症候群を処置するための医薬の製造における治療剤の使用であって、該疾患は、ＮＯＶＸ関連障害から選択され、ここで、該治療剤は、ＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸、およびＮＯＶＸ抗体からなる群より選択される、使用。
【請求項３６】
ＮＯＶＸ関連障害に対する活性もしくは潜伏性または素因のモジュレーターをスクリーニングするための方法であって、該方法が、以下：
（ａ）ＮＯＶＸ関連障害に対する危険性が増加した試験動物に試験化合物を投与する工程であって、ここで、該試験動物は請求項１に記載のポリペプチドを組み換え発現する、工程；
（ｂ）工程（ａ）の化合物を投与する工程の後に、該試験動物における該ポリペプチドの活性を測定する工程；および
（ｃ）該試験動物における該タンパク質の活性を、該ポリペプチドが投与されていないコントロール動物における該ポリペプチドの活性と比較する工程であって、ここで、該コントロール動物に対する該試験動物中の該ポリペプチドの活性における変化は、該試験化合物がＮＯＶＸ関連障害に対する潜伏性のまたは素因のモジュレーターであることを示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項３７】
請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記試験動物が、野生型試験動物に対して増加したレベルで、試験タンパク質導入遺伝子を発現するかまたはプロモーターの制御下で該導入遺伝子を発現する、組換え試験動物であり、ここで、該プロモーターは、該導入遺伝子のネイティブな遺伝子プロモーターではない、方法。
【請求項３８】
第１の哺乳動物被験体における請求項１に記載のポリペプチドの変化したレベルと関連する疾患の存在または素因を決定するための方法であって、該方法が、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該ポリペプチドの発現レベルを測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）の該サンプル中の該ポリペプチドの量を、該疾患を有さないことが既知であるかまたは該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該ポリペプチドの量と比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の該第１の被験体における該ポリペプチドの発現レベルにおける変化が、該疾患の存在または素因を示す、方法。
【請求項３９】
第１の哺乳動物被験体における請求項５に記載の核酸分子の変化したレベルと関連する疾患の存在または素因を決定するための方法であって、該方法が、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該核酸の量を測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）の該サンプル中の該核酸の量を、該疾患を有さないことが既知であるかまたは該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該核酸の量と比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の該第１の被験体における該核酸のレベルにおける変化が、該疾患の存在または素因を示す、方法。
【請求項４０】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法が、該病理学的状態を緩和するに十分な量でポリペプチドを該哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、および５６のうちの少なくとも１つのアミノ酸配列またはそれらの生物学的に活性なフラグメントを含むポリペプチドに少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドである、方法。
【請求項４１】
哺乳動物の病理学的状態を処置する方法であって、該方法が、該病理学的状態を緩和するに十分な量で請求項１５に記載の抗体を該哺乳動物に投与する工程を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、ポリヌクレオチド、およびこのようなポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド、ならびにベクター、宿主細胞、抗体ならびにこのポリペプチドおよびポリヌクレオチドを産生するための組換え方法、およびこれらを使用するための方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
本発明は、以下のタンパク質ファミリーの新たなメンバーであるタンパク質をコードする核酸に一部基づく：フィブロモジュリン（ｆｉｂｒｏｍｏｄｕｌｉｎ）、セクレチンレセプター前駆体、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ１、プロスタシン（ｐｒｏｓｔａｓｉｎ）、リソソーム酸リパーゼ（ｌｙｓｏｓｏｍａｌ  ａｃｉｄ  ｌｉｐａｓｅ）、トリプターゼ４、Ｐ４５０、ミツグミン（ｍｉｔｓｕｇｕｍｉｎ）２９、マイクロモル濃度の（ｍｉｃｒｏｍｏｌａｒ）カルシウムにより活性化される中性プロテアーゼ１、Ｐ２Ｘ２Ｃ、ＤＩＡＢＬＯ、ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質、Ｂ７−Ｈ２Ｂ、ガラクトシルトランスフェラーゼ、リンパ球抗原前駆体、ペプシノゲンＣ、およびＡＬＲ。より詳細には、本発明は、新規のポリペプチドをコードする核酸、ならびにこれらの核酸およびポリペプチドを産生するためのベクター、宿主細胞、抗体、組換え方法に関する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
（発明の要旨）
本発明は、新規のポリペプチドをコードする核酸配列の発見に一部は基づく。この新規な核酸およびポリペプチドを、本明細書において、ＮＯＶＸ、またはＮＯＶ１、ＮＯＶ２、ＮＯＶ３、ＮＯＶ４、ＮＯＶ５、ＮＯＶ６、ＮＯＶ７、ＮＯＶ８、ＮＯＶ９、ＮＯＶ１０、ＮＯＶ１１、ＮＯＶ１２、ＮＯＶ１３、ＮＯＶ１４、ＮＯＶ１５、ＮＯＶ１６、ＮＯＶ１７、およびＮＯＶ１８の核酸およびポリペプチドと称する。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにその誘導体、相同体（ホモログ）、類似体（アナログ）、およびフラグメントを、本明細書において以降は、総称して「ＮＯＶＸ」核酸配列または「ＮＯＶＸ」ポリペプチド配列と称する。
【０００４】
１つの局面において、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドをコードする単離されたＮＯＶＸ核酸分子を提供し、これは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に開示される核酸に対して同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、このＮＯＶＸ核酸分子は、ＮＯＶＸ核酸配列のタンパク質コード配列を含む核酸分子に相補的な核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、あるいはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体をコードする、単離された核酸を包含する。例えば、この核酸は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも８０％同一であるポリペプチドをコードし得る。この核酸は、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のいずれかの核酸配列を含む、ゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡ分子であり得る。
【０００５】
オリゴヌクレオチド（例えば、ＮＯＶＸ核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５）の少なくとも６個連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドまたはそのオリゴヌクレオチドの相補体）もまた、本発明に含まれる。実質的に精製されたＮＯＶＸポリペプチド（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６）もまた、本発明に含まれる。特定の実施形態において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ヒトＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列に実質的に同一であるアミノ酸配列を含む。
【０００６】
本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、あるいはそれらのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体に免疫選択的に結合する抗体を特徴とする。
【０００７】
別の局面において、本発明は、治療有効量または予防有効量の治療剤および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物を包含する。この治療剤は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸポリペプチドに特異的な抗体であり得る。さらなる局面において、本発明は、１以上の容器に、この薬学的組成物の治療有効量または予防有効量を含む。
【０００８】
さらなる局面において、本発明は、ポリペプチドを産生する方法を包含し、この方法は、ＮＯＶＸ核酸を含む細胞を、このＤＮＡによってコードされるＮＯＶＸポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養することによる。所望の場合、次いで、このＮＯＶＸポリペプチドを回収し得る。
【０００９】
別の局面において、本発明は、サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドの存在を検出する方法を包含する。この方法において、サンプルを、このポリペプチドに選択的に結合する化合物と、このポリペプチドとこの化合物との間での複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。この複合体は、存在するならば、検出され、それによって、このサンプル中のＮＯＶＸポリペプチドを同定する。
【００１０】
本発明はまた、ＮＯＶＸの発現に基づいて特定の細胞型または組織型を同定するための方法を包含する。
【００１１】
サンプル中のＮＯＶＸ核酸分子の存在を検出する方法もまた本発明に包含され、この方法は、このサンプルに、ＮＯＶＸ核酸プローブまたはプライマーを接触させ、そしてこの核酸プローブまたはプライマーが、このサンプル中のＮＯＶＸ核酸分子に結合したか否かを検出することによる。
【００１２】
さらなる局面において、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドの活性を調節するための方法を提供し、この方法は、このＮＯＶＸポリペプチドを含む細胞サンプルに、このＮＯＶＸポリペプチドに結合する化合物を、このポリペプチドの活性を調節するに十分な量で接触させることによる。この化合物は、例えば、本明細書中にさらに記載されるような、低分子（例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、糖質、脂質または他の有機分子（炭素含有）または無機分子）であり得る。
【００１３】
以下を含む障害または症候群を処置または予防するための医薬の製造における治療剤の使用もまた、本発明の範囲内にある：例えば、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウィルス／細菌／寄生生物感染フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性小児麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、光線性角化症、挫瘡、発毛障害、脱毛症（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害、結合組織障害（例えば、重症新生児マルファン症候群、優性水晶体転位、家族制上行大動脈動脈瘤、マルファン症候群の孤立性骨格機構（ｉｓｏｌａｔｅｄ  ｓｋｅｌｅｔａｌ  ｆｅａｔｕｒｅｓ）、Ｓｈｐｒｉｎｔｚｅｎ−Ｇｏｌｄｂｅｒｇ症候群、遺伝性皮膚症、拘縮クモ指症、炎症性障害（例えば、変形性関節症および慢性関節リウマチ）、炎症性腸疾患、クローン病；免疫学的障害、ＡＩＤＳ；癌（肺癌、結腸癌、新生物；腺癌；リンパ腫；前立腺癌；子宮癌、白血病または膵臓癌が挙げられるが、これらに限定されない）；血液障害；喘息；乾癬；血管障害、高血圧、皮膚障害、アルポート症候群を含む腎障害、免疫学的障害、組織損傷、線維症障害、骨疾患、ＶＩ型エーレルス−ダンロー症候群、ＶＩＩ型エーレルス−ダンロー症候群、ＩＶ型エーレルス−ダンロー症候群、Ｓ−関連（Ｓ−ｌｉｎｋｅｄ）弛緩性皮膚およびＶ型エーレルス−ダンロー症候群、骨形成不全症、神経学的疾患、脳および／または脳脊髄炎のような自己免疫障害、神経変性障害、免疫障害、造血障害、筋肉障害、炎症および創傷治癒、細菌感染、真菌感染、原生生物感染およびウイルス感染（特に、ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２によって引き起こされる感染）、疼痛、急性心不全、低血圧、高血圧、残尿、骨粗鬆症、オールブライト遺伝性骨形成異常症の処置、狭心症、心筋梗塞、潰瘍、良性前立腺肥大、先天性多発性関節拘縮症、骨形成不全、円錐角膜、側弯症、十二指腸閉鎖症，食道閉鎖症、腸異常回転、膵炎、肥満、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、神経保護、受精能  重症筋無力症、糖尿病、肥満、増殖障害および生殖障害、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損、対宿主性移植片、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、子宮内膜症、口内乾燥症、潰瘍、肝硬変、移植、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、虫垂炎、関節炎、強直性脊椎炎、腱炎、腎動脈狭窄症、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎症、エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、食欲不振、過食症、精神異常（ｐｓｙｃｈｏｔｉｃ  ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）（不安を含む）、精神分裂病、躁うつ病、せん妄、痴呆、重症の精神遅滞および運動異常（例えば、ハンティングトン病）および／または他の病状および障害など。
【００１４】
治療剤は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸ特異的抗体、あるいはそれらの生物学的に活性な誘導体またはフラグメントであり得る。
【００１５】
例えば、本発明の組成物は、上に開示された疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などに罹患した患者の処置のために有効性を有する。このポリペプチドは、本発明に特異的な抗体を産生するための免疫原として、およびワクチンとして使用され得る。これらはまた、潜在的なアゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物についてスクリーニングするために使用され得る。例えば、ＮＯＶＸをコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてＮＯＶＸは、それを必要とする被験体に投与される場合に有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、上に開示された疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などに罹患した患者の処置に対する効力を有する。
【００１６】
本発明はさらに、例えば、上に開示された疾患および障害ならびに／または他の病状および障害などを含む障害または症候群のモジュレーターについてスクリーニングするための方法を包含する。この方法は、試験化合物をＮＯＶＸポリペプチドと接触させる工程、およびこの試験化合物がこのＮＯＶＸポリペプチドに結合するか否かを決定する工程を包含する。ＮＯＶＸポリペプチドへの試験化合物の結合は、この試験化合物が、前述の障害または症候群に対する活性のモジュレーターあるいは前述の障害または症候群に対する潜在性または素因のモジュレーターであることを示す。
【００１７】
また、本発明の範囲内には、前述の障害または症候群についての危険性の増大した試験動物に対して、試験化合物を投与することによって、以下を含む障害もしくは症候群の活性のモジュレーター、または以下を含む障害もしくは症候群の潜伏もしくは素因のモジュレーターについてスクリーニングする方法が含まれる：例えば、上に開示された疾患および障害ならびに／または他の病状および障害など。試験動物は、ＮＯＶＸ核酸によってコードされる組換えポリペプチドを発現する。次いで、ＮＯＶＸポリペプチドの発現または活性を、この試験動物において測定し、同様に、コントロール動物（これは、ＮＯＶＸポリペプチドを組換え的に発現し、かつ障害または症候群についての危険性を増大していない）におけるこのタンパク質の発現または活性を測定する。次いで、試験動物およびコントロール動物の両方におけるＮＯＶＸポリペプチドの発現を比較する。コントロール動物と比較した、試験動物におけるＮＯＶＸポリペプチドの活性の変化は、この試験化合物が、障害または症候群の潜伏のモジュレーターであることを示す。
【００１８】
なお別の局面では、本発明は、被験体（例えば、ヒト被験体）におけるＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸またはその両方のレベルの変化に関連した疾患の存在または素因を決定するための方法を含む。この方法は、この被験体由来の試験サンプル中におけるＮＯＶＸポリペプチドの量を測定する工程、およびこの試験サンプル中におけるこのポリペプチドの量をコントロールサンプル中に存在するＮＯＶＸポリペプチドの量と比較する工程、を包含する。コントロールサンプルと比較した場合の試験サンプルにおけるＮＯＶＸポリペプチドレベルの変化は、この被験体における疾患の存在または素因を示す。好ましくは、この素因としては、以下が挙げられる：上に開示された疾患および障害ならびに／または他の病状および障害など。また、本発明の新規なポリペプチドの発現レベルは、種々の癌についてスクリーニングするための方法および癌の病期を決定するための方法において使用され得る。
【００１９】
さらなる局面では、本発明は、病理学的状態を緩和または予防するに十分な量において、被験体（例えば、ヒト被験体）にＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸、またはＮＯＶＸ特異的抗体を投与することによって、哺乳動物における障害に関連した病理学的状態を処置または予防する方法を包含する。好ましい実施形態では、この障害としては、以下が挙げられる：例えば、上に開示された疾患および障害ならびに／または他の病状および障害など。
【００２０】
なお別の局面では、本発明は、当該分野において一般的に使用される多数の技術のうちのいずれか１つによって、本発明の細胞性レセプターおよび下流エフェクターを同定する方法において使用され得る。これらの技術としては、ツーハイブリッド系、アフィニティ精製、抗体または他の特異的な相互作用分子を用いる共沈が挙げられるが、これらに限定されない。
【００２１】
ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法における使用のための新規なＮＯＶＸ物質に免疫特異的に結合する抗体の生成に有用である。これらのＮＯＶＸ抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って、生成され得る。開示されるＮＯＶＸタンパク質は、複数の親水性領域を有し、この各々が、免疫原として使用され得る。これらのＮＯＶＸタンパク質は、種々のヒト障害の機能的な分析のためのアッセイ系において使用され得、これが、疾患の病理の理解において、そして種々の障害のための新しい薬物標的の開発において助けとなる。
【００２２】
本明細書で同定されたＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸタンパク質は、以下に示すような種々の病態および障害（ただしこれに限定されない）に関連する潜在的な治療適用において有用であり得る。本発明の潜在的な治療適用としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：タンパク質治療剤、低分子薬物標的、抗体標的（治療標的、診断標的、薬物標的／細胞傷害性抗体）、診断マーカーおよび／または予測マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除）、検索ツール、本明細書に規定される組織および細胞（ただしこれに限定されない）からなる全ての組織および細胞型のインビボおよびインビトロでの組織再生。
【００２３】
他に規定されない限り、本明細書中において使用されるすべての専門用語および科学技術用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中に記載された方法および物質と類似または等価な方法および物質が、本発明の実施または試験において使用され得るが、適切な方法および物質を以下に記載する。本明細書中で引用されるすべての刊行物、特許出願、特許および他の参考文献が、それらの全体において、参考として援用される。矛盾する場合には、定義を含む本明細書が制御する。さらに、物質、方法および実施例は例示のみであり、限定されることは意図されない。
【００２４】
本発明の他の特徴および利点が、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかである。
（発明の詳細な説明）
本発明は、新規なヌクレオチドおよびそれによってコードされるポリペプチドを提供する。新規な核酸配列およびそれらがコードするポリペプチドが本発明に含まれる。それらの配列は、集合的に「ＮＯＶＸ核酸」または「ＮＯＶＸポリヌクレオチド」と呼ばれ、そして対応するコードされるポリペプチドは、「ＮＯＶＸポリペプチド」または「ＮＯＶＸタンパク質」と呼ばれる。他に示されない場合、「ＮＯＶＸ」は、本明細書中に開示された新規な配列のいずれかをいうことを意味する。表Ａは、ＮＯＶＸ核酸およびそれらがコードするポリペプチドのまとめを提供する。
【００２５】
【表１】
2005501516.tif 000002
ＮＯＶＸ核酸およびそれらがコードするポリペプチドは、種々の適用および状況において有用である。本発明に従う種々のＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドは、先に記載されたタンパク質に対するドメインおよび配列の関連性の存在に従って、タンパク質ファミリーの新規なメンバーとして有用である。さらに、ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドはまた、ＮＯＶＸポリペプチドが属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定するために使用され得る。
【００２６】
ＮＯＶ１は、フィブロモジュリン（ｆｉｂｒｏｍｏｄｕｌｉｎ）ファミリーのタンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１核酸、ＮＯＶ１ポリペプチド、ＮＯＶ１抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：軟骨および靱帯への損傷の修復；関節修復、他の疾患、障害および状態などへの治療適用。
【００２７】
フィブロモジュリンは、Ｉ型コラーゲン原線維およびＩＩ型コラーゲン原線維と相互作用する能力およびインビトロでの原線維発生を阻害する能力によって、細胞外マトリクスの構築に関与することが示唆されている。
【００２８】
ＮＯＶ２は、セクレチンレセプター前駆体様ファミリーのタンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ２の核酸、ポリペプチド、抗体、および関連化合物は、例えば、以下に関与する治療適用および診断適用において有用である：発達障害、ＭＨＣＩＩ疾患およびＭＨＣＩＩＩ疾患（免疫疾患）、味覚検出能力障害および嗅覚検出能力障害、バーキットリンパ腫、皮質神経性疾患、シグナル伝達経路障害、網膜疾患（光受容に関する網膜疾患を含む）、細胞増殖速度障害；細胞形状障害、摂食障害；摂食の調節；過食に起因する潜在的肥満；飢餓に起因する潜在的障害（食欲（ａｐｅｔｉｔｅ）の欠乏）、インスリン非依存性糖尿病（ＮＩＤＤＭ１）、細菌感染、真菌感染、原生生物感染およびウイルス感染（特に、ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２によって引き起こされる感染）、疼痛、癌（新生物；腺腫；リンパ腫；前立腺癌；子宮癌が挙げられるが、これらに限定されない）、食欲不振、過食症、喘息、パーキンソン病、急性心不全、低血圧、高血圧、残尿、骨粗鬆症、クローン病；多発性硬化症；およびオールブライト遺伝性骨形成異常症、狭心症、心筋梗塞、潰瘍、喘息、アレルギー、良性前立腺肥大、ならびに精神病性疾患および神経学的疾患（不安、精神分裂病、躁病性鬱病、せん妄、痴呆、重症の精神遅滞、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）低リン酸血症のくる病、常染色体優性の（２）脳梁先端の（ａｃｒｏｃａｌｌｏｓａｌ）症候群およびジスキネジー（例えば、ハンティングトン病またはジル・ド・ラ・ツレット症候群）を含む）ならびに／または、他の病態および障害などの処置。
【００２９】
セクレチンは、消化管ホルモンの歴史において独自の地位を占有している。なぜなら、セクレチンは、ＢａｙｌｉｓｓおよびＳｔａｒｌｉｎｇ（１９０２）によって、十二指腸の粘膜において最初に発見されたからである。この２７アミノ酸ペプチドが、膵臓による重炭酸塩、酵素、およびカリウムイオンの分泌を刺激する。
【００３０】
ＮＯＶ３は、Ｂ７−Ｈ２様タンパク質に相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ３の核酸およびポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：脳障害（てんかんを含む）摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤ、および癌；心臓病；炎症および自己免疫障害（クローン病を含む）、ＩＢＤ、アレルギー、慢性関節リウマチおよび変形性関節症、炎症性皮膚障害、アレルギー、血液障害；乾癬  結腸癌、白血病、ＡＩＤＳ；視床障害；代謝障害（糖尿病および肥満を含む）；肺疾患（例えば、喘息、気腫、嚢胞性線維症および癌）；膵臓障害（膵臓機能不全および膵臓癌を含む）；および前立腺障害（前立腺癌を含む）、ならびに他の疾患、障害、および状態。
【００３１】
Ｂ７ファミリーリガンドとそれらのレセプターとの間の同時刺激の相互作用は、Ｔ細胞の増殖、分化および死において重要な役割を果たす。特異的抗体またはその天然のリガンド（Ｂ７−１およびＢ７−２）のいずれかによる、Ｔ細胞の同時刺激物質ＣＤ２８との関与は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の抗原特異的増殖を増加させ、サイトカインの産生を増強し、ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の成熟を誘導し、そしてＴ細胞の生存を促進する。
【００３２】
ＮＯＶ４は、Ｂ７−Ｈ１様タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ４の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：脳障害（てんかんを含む）、摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤ、および癌；心臓病；炎症および自己免疫障害（クローン病を含む）、ＩＢＤ、アレルギー、慢性関節リウマチおよび変形性関節症、炎症性皮膚障害、血液障害；乾癬  結腸癌、白血病、ＡＩＤＳ；視床障害；代謝障害（糖尿病および肥満を含む）；肺疾患（例えば、喘息、気腫、嚢胞性線維症および癌）；膵臓障害（膵臓機能不全および癌を含む）；および前立腺障害（前立腺癌を含む）ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００３３】
いくつかの最近の研究は、Ｂ７ＲＰ−１（Ｂ７関連タンパク質−１）、Ｂ７−１、およびＢ７−２のようなＢ７ファミリーメンバーの、抗原レセプター（例えば、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４（細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４）およびＩＣＯＳ（誘導性同時刺激分子（Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｃｏ−Ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ））との同時刺激相互作用の重要性を立証している。これらのタンパク質相互作用は、正常Ｔ細胞の活性化および増殖、Ｂ細胞刺激および抗体産生、免疫グロブリンクラススイッチ、インターロイキン産生、および胚中心形成に重要であることが示されている。
【００３４】
ＮＯＶ５は、プロスタシン（ｐｒｏｓｔａｓｉｎ）タンパク質ファミリーに対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ５の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心欠陥、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００３５】
ヒト精液は、種々のタンパク質分解性酵素（前立腺特異抗原（ＯＭＩＭ番号１７６８２０）およびアクロシン（ＯＭＩＭ番号１０２４８０）を含む）を含む。これらの酵素は、射精後のタンパク質加水分解および精液の凝固および液化に関与しており（Ｙｕら（１９９５））、最初にＹｕら（１９９４）によって精液から単離された４０−ｋＤのタンパク質の一部のアミノ酸配列が得られた。セリンプロテアーゼ−８（遺伝子記号＝ＰＲＳＳ８）と名付けられたこのタンパク質は、命名者等にプロスタシン（ｐｒｏｓｔａｓｉｎ）と呼ばれた。その前駆体プロプロスタシン（ｐｒｏｐｒｏｓｔａｓｉｎ）は、残基１２と残基１３との間で切断されて、１２アミノ酸の軽鎖および２９９アミノ酸の重鎖を生じ、これらは、ジスルフィド結合を介して結合する。予測されるアミノ酸配列は、ヒトアクロシン、血清カリクレイン（ＯＭＩＭ番号２２９０００）、およびヘプシン（ｈｅｐｓｉｎ）（ＯＭＩＭ番号１４２４４０）に対して３４％と４２％との間で同一である。
【００３６】
ＮＯＶ６は、リソソーム酸リパーゼファミリーのタンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ６の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、ウォルマン病およびコレステリルエステル貯蔵病に関与する治療適用および診断適用において有用である。
【００３７】
リソソーム酸リパーゼＡ（ＬＩＰＡ）（おそらく対立遺伝子のウォルマン病およびコレステロールエステル貯蔵病において欠損している酵素（ＯＭＩＭ番号２７８０００））は、第１０番染色体上に位置する。リパーゼＡおよびリパーゼＢの明確な反応速度論的特性および物理学的特性は、Ｗａｒｎｅｒら（１９８０）によって定義された。彼らは、ＬＩＰＢについての天然の基質が未知であること、そしてＬＩＰＢがリソソームの加水分解酵素であることは明らかではないことを述べた。ＬＩＰＡは、コレステロールを放出することにより、細胞代謝において重要な役割を果たし得る。遊離したコレステロールは、さらなるコレステロールの合成を抑制し、細胞内のコレステロールのエステル化を刺激する。
【００３８】
ＮＯＶ７は、トリプターゼ４に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ７の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵炎、肥満、心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心欠陥、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、移植、受精能、子宮内膜症、ヒルシュスプルング病、クローン病、虫垂炎、ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００３９】
ヒトトリプターゼは、構造的に独特で、かつマスト細胞に特異的なトリプシン様セリンプロテアーゼである。最近の生物学的研究および免疫学的研究は、多数のアレルギー状態および炎症状態（鼻炎、結膜炎、そして最も顕著には喘息が挙げられる）の病態における媒介物としての、トリプターゼに関連する。増大するデータの主部はさらに、特定の胃腸障害、皮膚障害、および心血管障害などにもトリプターゼを関連付ける。しかし、強力で選択的なトリプターゼインヒビターの最近の有効性は、重要な治療標的としてもこのプロテアーゼの検証を促進している。
【００４０】
ＮＯＶ８は、Ｐ４５０ファミリーのタンパク質に対して相同性である。本発明に従うＮＯＶ８の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、特定の病態および障害の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である。なぜなら、本発明のＮＯＶ８タンパク質は、多くの組織において遍在的に発現されているからである。
【００４１】
このＰ４５０遺伝子スーパーファミリーは、生物学的に多様なオキシダーゼ酵素のクラスであり；このクラスのメンバーは、生物全てにおいて見出される。Ｐ４５０タンパク質は、ヒトにおいて臨床的および毒物学的に重要であり；それらは、薬物および生体異物化合物の代謝において、ならびにコレステロール、ステロイド、および他の脂質の合成において重要な酵素である。いくつかのＰ４５０遺伝子の誘導はまた、いくつかの型の癌に対する危険因子であり得る。この機能の多様性は、ヌクレオチド配列およびタンパク質配列の多様性において反映され；現在、記載される、１００を越えるヒトＰ４５０形態が存在する。多くのシトクロムＰ４５０遺伝子の対立遺伝子形態は、量的に異なる薬物代謝速度を引き起こすと同定されており、従って、安全かつ効果的なヒト薬学的治療の開発を検討することは重要である。例えば、Ｅ．Ｔａｎａｋａ，Ｊ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｙ＆Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ２４：３２３−３２９，１９９９での総説を参照のこと。
【００４２】
ＮＯＶ９は、ミツグミン（ｍｉｔｓｕｇｕｍｉｎ）２９タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ９の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：ヴィスコット−オールドリッチ症候群、オールドリッチ症候群、湿疹−血小板減少免疫不全症候群、血小板減少症、夜盲症、筋萎縮性側索硬化症、バッテン病、セロイド脂褐素症、レット症候群、ピック病（葉性萎縮症（ｌｏｂａｒ  ａｔｒｏｐｈｙ））、心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心欠陥、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００４３】
ミツグミン２９は、骨格筋細胞および腎尿細管細胞における特定化した小胞体系形成に関与する。その細胞下分布およびタンパク質構造は、ミツグミン２９が、Ｔ−尿細管と接合部のＳＲ膜との間の情報伝達に関与していることを示唆する。
【００４４】
ＮＯＶ１０は、マイクロモルのカルシウムに活性化される中性プロテアーゼ１ファミリーのタンパク質のメンバーに対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１０の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵炎、肥満、高カルシウム血症、潰瘍、子宮内膜症、受精能、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫疾患、アレルギー、免疫不全、移植、対宿主性移植片病、乾癬、光線性角化症、結節硬化症、挫瘡、発毛／脱毛症、脱毛症（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害、血友病、リンパ水腫、ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００４５】
本明細書中に記載される、予想される配列は、カルパインプロテアーゼファミリーに属する。カルパインまたはカルシウム活性化中性プロテアーゼは、非リソソームの細胞内システインプロテアーゼ（Ｒｉｃｈａｒｄら）である。カルパインは、カルシウムによって調節される、多くの重要な細胞性機能に関連する細胞内プロテアーゼである。
【００４６】
ＮＯＶ１１は、Ｐ２Ｘ２Ｃ様タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１１の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、疼痛に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である。なぜなら、感覚ニューロンのＰ２Ｘレセプターの活性化は、インビボで疼痛モデル（ラットの後ろ足および膝関節の調製物を含む）ならびに炎症性モデルにおいて、立証されている。ＣＮＳにおけるＰ２Ｘ４および／またはＰ２Ｘ６レセプターはまた、疼痛経路に関与していると思われる。感覚神経上の非侵害受容性のＰ２レセプターは、迷走神経の求心性神経線維および遠心性神経線維を含む、反射活性を起こす心臓および肺の筋肉内および感覚神経終末に存在する（Ｂｒ  Ｊ  Ａｎａｅｓｔｈ  ２０００  Ａｐｒ；８４（４）：４７６−８８）。本発明の組成物はまた、糖尿病、肥満、Ｘ症候群、ならびに他の疾患、障害、および状態などに罹患している患者の処置に効力を有し得る。
【００４７】
ＮＯＶ１２は、ＤＩＡＢＬＯ様タンパク質に関する。従って、本発明に従うＮＯＶ１２の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：癌、外傷、細菌感染およびウイルス感染、再生（インビトロおよびインビボで）、受精能、糖尿病、自己免疫疾患、腎動脈狭窄、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎疾患、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、高カルシウム血症、レッシュ−ナイハン症候群、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、結節硬化症、内分泌障害、アルツハイマー病、発作、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００４８】
このＤＩＡＢＬＯタンパク質（低いｐＩを有するＩＡＰ結合タンパク質を指示する）は、カスパーゼ（１）に対するＩＡＰ（アポトーシスタンパク質のインヒビター）の阻害効果を排除することにより、アポトーシスにおける重要な機能を果たす。このタンパク質はまた、第２のミトコンドリア由来のカスパーゼの活性化因子について、Ｓｍａｃとして公知である。ＤＩＡＢＬＯ／Ｓｍａｃは、通常、ミトコンドリアのタンパク質であるが、細胞がアポトーシスを起こす場合、サイトゾル中に放出される。ミトコンドリアの、そのシグナルペプチドの取り込みおよび切断は、ＤＩＡＢＬＯ／Ｓｍａｃがそのアポトーシス活性を得るために必要とされる。さらに、ＤＩＡＢＬＯ／Ｓｍａｃの過剰発現は、アポトーシス刺激（２）に対する細胞の感受性を増大させることが示されている。
【００４９】
ＮＯＶ１３は、ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１３の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心欠陥、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室性（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵炎、受精能、子宮内膜症、口内乾燥症、肝硬変、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫疾患、アレルギー、免疫不全、対宿主性移植片病、リンパ水腫、血友病、凝固能亢進、アルツハイマー病、発作、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、全身性エリテマトーデス、喘息、気腫、強皮症、ＡＲＤＳ、乾癬、光線性角化症、挫瘡、発毛／脱毛症、脱毛症（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害、腎動脈狭窄、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎疾患、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００５０】
ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質は、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ、ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）、マウスおよびヒトの間で、種を越えて高度に保存されている。このタンパク質は、膜に結合すると予測される。主要配列における高度な保存は、重要な生物学的機能を有するが、現在のところ未知であることを示す。このＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質はまた、植物の接着分子と相同性を示し、このことは、ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質が、細胞相互作用および細胞遊走に関与する細胞接着分子であるようであることを示唆する。
【００５１】
ＮＯＶ１４は、Ｂ７−Ｈ２Ｂタンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１４の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：脳障害（てんかん、摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤ、および癌を含む）；心臓病；炎症および自己免疫障害（クローン病、ＩＢＤ、アレルギー、慢性関節リウマチおよび変形性関節症、炎症性皮膚障害、アレルギー、血液障害を含む）；乾癬  結腸癌、白血病  ＡＩＤＳ；視床障害；代謝障害（糖尿病および肥満を含む）；肺疾患（例えば、喘息、気腫、嚢胞性線維症、および癌）；膵臓障害（膵臓機能不全および癌を含む）；および前立腺障害（前立腺癌を含む）ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００５２】
Ｂ７ファミリーリガンドとそれらのレセプターとの間の共刺激相互作用は、Ｔ細胞の増殖、分化、および死において重要な役割を果たす。特異的抗体またはその天然リガンドＢ７−１およびＢ７−２のいずれかによるＴ細胞の同時刺激物質ＣＤ２８の会合（ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ）は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の抗原特異的増殖を増大させ、サイトカイン産生を増強し、ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の成熟を誘導し、そしてＴ細胞の生存を促進する。しかし、活性化されたＴ細胞上のＢ７−１およびＢ７−２の相同ＣＴＬＡ−４レセプターを介するシグナル伝達は、Ｔ細胞の増殖、インターロイキン（ＩＬ）−２産生、および細胞周期の進行を阻害するネガティブなシグナルを送達すると考えられる。
【００５３】
ＮＯＶ１５は、ガラクトシルトランスフェラーゼ様タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１５の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：プロテオデルマタン硫酸、ＰＤＳの不完全な生合成、デルマタン硫酸の不完全な生合成  プロテオグリカンキシロシルタンパク質４−β−ガラクトシルトランスフェラーゼ欠損症  ｘｇｐｔ欠損症  ガラクトシルトランスフェラーゼＩ欠損症、エーレルス−ダンロー症候群、心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心欠陥、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植、子宮内膜症、受精能、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００５４】
この酵素ガラクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ２．４．１．３８）は、ガラクトースβ−１，４−Ｎ−アセチルグルコサミンの産生のためにＵＤＰガラクトースおよびＮ−アセチルグルコサミンが関与する反応を触媒する。このガラクトシルトランスフェラーゼ酵素はまた、調節タンパク質α−ラクトアルブミンとヘテロダイマーを形成して、ラクトースシンテターゼ（ＥＣ２．４．１．２２）を形成する。生合成の役割に加え、ガラクトシルトランスフェラーゼは、それらが細胞間認識および／または接着において機能し得る形質膜の成分であり得る。
【００５５】
ＮＯＶ１６は、リンパ球抗原前駆体様タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１６の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：癌、外傷、再生、ウイルス感染／細菌感染／寄生虫感染。
【００５６】
ＮＯＶ１７は、ペプシノゲンＣ様タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１７の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：潰瘍，高血圧（Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ  Ｓｕｐｐｌ  １９９２；２１０：１１１−９）、胃粘膜の炎症および萎縮症ならびに他の疾患、障害、および状態など。ＰＧＣ遺伝子多型は、胃潰瘍に関連しており、そして胃潰瘍に対する遺伝性素因の亜臨床的なマーカであり得る（Ｎｉｐｐｏｎ  Ｒｉｎｓｈｏ  １９９６  Ａｐｒ；５４（４）：１１４９−５４）。ペプシノゲンＡ（ＰＧＡ）およびペプシノゲンＣ（ＰＧＣ）の血清定量は、胃粘膜の炎症および萎縮症を示し得る。身体胃粘膜は、ＰＧＡおよびＰＧＣの両方を産生するが、洞粘膜はＰＧＣのみを発現する。従って、主に洞に関する疾患（例えば、Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ感染）は、主に血清ＰＧＡよりも血清ＰＧＣの変化によって示される。同意の下で、洞粘膜を、重篤な炎症を引き起こす、より病原性のｃａｇＡ陽性Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ株によって感染させた場合、血清ＰＧＣの顕著な増加を引き起こす（Ｒｅｃｅｎｔｉ  Ｐｒｏｇ  Ｍｅｄ  １９９９  Ｊｕｎ；９０（６）：３４２−６）。
【００５７】
胃のアスパラギン酸プロテイナーゼ（ペプシンＡ、ペプシンＢ、ガストリクシン／ペプシノゲンＣおよびキモシン）は、不活性な前駆体（チモーゲンとして公知）として胃粘膜で合成される。胃のチモーゲン各々は、不活性形態を安定化させるように働き、そして活性部位への基質の移行を防止するプロセグメント（すなわち、活性酵素のＮ末端の付加残基）を含む。食物摂取の際、各々のチモーゲンが胃管腔内に放出され、そして酸性胃液中で活性酵素への変換を受ける。
【００５８】
ＮＯＶ１８は、ＡＬＲ様タンパク質に対して相同性である。従って、本発明に従うＮＯＶ１８の核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、例えば、以下に罹患している患者の処置に関与する治療適用および診断適用において有用である：癌（例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、転座関連白血病、ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【００５９】
このＡＬＬ−１遺伝子は、染色体転座または内部再配列を介するヒト急性白血病に関する。ＡＬＬ−１は、ショウジョウバエのトリソラックス（ｔｒｉｔｈｏｒａｘ）のヒトホモログである。このトリソラックスは、トリソラックスグループ（ｔｒｘ−Ｇ）遺伝子のメンバーであり、ポリコーム（Ｐｏｌｙｃｏｍｂ）グループ（Ｐｃ−Ｇ）遺伝子と一緒になって、ショウジョウバエの体構造（ｂｏｄｙ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ）を決定するために、それぞれ、ポジティブ調節因子およびネガティブ調節因子として働く。ＡＬＬ−１関連タンパク質であるＡＬＲは、ＳＥＴドメイン、５つのＰＨＤフィンガー、潜在的なジンクフィンガー、および疎水性残基（大部分がロイシン）によって中断（ｉｎｔｅｒｒｕｐｔ）されるグルタミンの非常に長い連続（ｒｕｎ）を含む５２６２アミノ酸の巨大な長いタンパク質をコードする。
【００６０】
ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドはまた、ＮＯＶＸ活性またはＮＯＶＸ機能を阻害または増大させる分子についてスクリーニングするために使用され得る。詳細には、本発明に従う核酸およびポリペプチドは、例えば、神経発生、細胞分化、細胞増殖、造血、創傷治癒および新脈管形成を調節または阻害する低分子の同定のために、標的として使用され得る。
【００６１】
本発明に従うＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドについてのさらなる有用性は、本明細書中に開示される。
【００６２】
（ＮＯＶ１）
本発明の１つのＮＯＶＸタンパク質（本明細書中でＮＯＶ１と呼ばれる）は、４つのフィブロモジュリン（ｆｉｂｒｏｍｏｄｕｌｉｎ）様タンパク質を含む。これらの開示されるタンパク質は、ＮＯＶ１ａ、ＮＯＶ１ｂ、ＮＯＶ１ｃおよびＮＯＶ１ｄと名付けられている。
【００６３】
（ＮＯＶ１ａ）
開示されるＮＯＶ１ａ（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ−５６２０１−０１と示される）は、新規のフィブロモジュリン様タンパク質をコードしており、そして１４５５ヌクレオチドの配列（配列番号１）を含み、表１Ａに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１９７〜１９９のＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１４４５〜１４４７のＴＧＡ終止コドンで終わることが同定された。推定非翻訳領域は、表１Ａにおいて下線を付しており、そして開始コドンおよび終止コドンを太字にしている。
【００６４】
【表１Ａ】
2005501516.tif 000003
開示されるＮＯＶ１ａ核酸配列は、第１番染色体に位置し、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＦＩＢＲ｜ａｃｃ：Ｘ７２９１３．１  ｍＲＮＡ（フィブロモジュリンについてのＨ．ｓａｐｉｅｎｓ遺伝子）に対して１０６１塩基のうち１０５０塩基（９８％）の同一性を有する（Ｅ＝２．０ｅ−２４６）。
【００６５】
ＮＯＶ１ａポリペプチド（配列番号２）は、４１６アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表１Ｂに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ１ａは、シグナルペプチドを有し、そして０．５５００の確実性でリソソーム（管腔）に局在する可能性があることが予測される。代替の実施形態において、ＮＯＶ１ａポリペプチドは、０．３７００の確実度で細胞外部に、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。ＳｉｇｎａｌＰによって、ＮＯＶ１ａペプチドについての可能性のある切断部位は、アミノ酸１８位と１９位との間（すなわち、配列ＳＱＡ−ＱＹのダッシュ線）であると予想される。
【００６６】
【表１Ｂ】
2005501516.tif 000004
2005501516.tif 000005
ＮＯＶ１ａアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ０６８２８タンパク質（フィブロモジュリン前駆体（ＦＭ）（５９ＫＤＡのコラーゲン結合タンパク質））（３７６アミノ酸残基）に対して３５３アミノ酸残基のうち３３６アミノ酸残基（９５％）の同一性を、そして３５３アミノ酸残基のうち３３８アミノ酸残基（９５％）の類似性を有する（Ｅ＝３．９ｅ−１８４）。
【００６７】
ＮＯＶ１ａについて見出される、起こり得る小さなヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を表１Ｃに列挙する。
【００６８】
【表１Ｃ】
2005501516.tif 000006
（ＮＯＶ１ｂ）
開示されるＮＯＶ１ｂ（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２０１−０２と示される）は、９６５ヌクレオチドの配列（配列番号３）を含み、表１Ｄに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド５７〜５９のＡＴＧコドンで始まり、ヌクレオチド９６３〜９６５のＴＧＡコドンで終わることが同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンを、太字で強調している。推定非翻訳領域には、下線を付している。
【００６９】
【表１Ｄ】
2005501516.tif 000007
開示されるＮＯＶ１ｂ核酸配列は、第１番染色体に位置し、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＦＩＢＲ｜ａｃｃ：Ｘ７２９１３．１  ｍＲＮＡ（フィブロモジュリンについてのＨ．ｓａｐｉｅｎｓ遺伝子）に対して６１３塩基のうち６１３塩基（１００％）の同一性を有する（Ｅ＝２．７ｅ−２１１）。
【００７０】
このＮＯＶ１ｂポリペプチド（配列番号４）は、３０２アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表１Ｅに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ１ｂが、シグナルペプチドを有し、そして０．４５９５の確実性でリソソーム（管腔）に局在する可能性があることが予測される。代替の実施形態において、ＮＯＶ１ｂポリペプチドは、０．３７００の確実度で細胞外部に、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。ＳｉｇｎａｌＰによって、ＮＯＶ１ｂペプチドについての可能性のある切断部位は、アミノ酸１８位と１９位との間（すなわち、配列ＳＱＡ−ＱＹのダッシュ線）であると予想される。
【００７１】
【表１Ｅ】
2005501516.tif 000008
ＮＯＶ１ｂアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ０６８２８タンパク質（フィブロモジュリン前駆体（ＦＭ）（５９ＫＤＡのコラーゲン結合タンパク質））（３７６アミノ酸残基）に対して２１７アミノ酸残基のうち２０７アミノ酸残基（９５％）の同一性を、そして２１７アミノ酸残基のうち２０９アミノ酸残基（９６％）の類似性を有する（Ｅ＝７．２ｅ−１０５）。
【００７２】
（ＮＯＶ１ｃ）
開示されるＮＯＶ１ｃ（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２０１−０４と示される）は、１１３９ヌクレオチドの配列（配列番号５）を含み、表ｌＦに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド５７〜５９のＡＴＧコドンで始まり、ヌクレオチド１１３７〜１１３９のＴＧＡコドンで終わることが同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンを、太字で強調している。推定非翻訳領域には、下線を付している。
【００７３】
【表１Ｆ】
2005501516.tif 000009
2005501516.tif 000010
ＮＯＶ１ｃの核酸配列は、第１番染色体に位置し、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＦＩＢＲ｜ａｃｃ：Ｘ７２９１３．１  ｍＲＮＡ（フィブロモジュリンについてのＨ．ｓａｐｉｅｎｓ遺伝子）に対して１０６５塩基のうち１０３６塩基（９７％）の同一性を有する（Ｅ＝９．４ｅ−２２０）。
【００７４】
ＮＯＶ１ｃポリペプチド（配列番号６）は、３６０アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表１Ｇに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ１ｃが、シグナルペプチドを有し、そして０．５３０５の確実性でリソソーム（管腔）に局在する可能性があることが予測される。代替の実施形態において、ＮＯＶ１ｃポリペプチドは、０．３７００の確実度で細胞外部に、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。ＳｉｇｎａｌＰによって、ＮＯＶ１ｃペプチドについての可能性のある切断部位は、アミノ酸１８位と１９位との間（すなわち、配列ＳＱＡ−ＱＹのダッシュ線）であると予想される。
【００７５】
【表１Ｇ】
2005501516.tif 000011
ＮＯＶ１ｃアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ０６８２８タンパク質（フィブロモジュリン前駆体（ＦＭ）（５９ＫＤＡのコラーゲン結合タンパク質））（３７６アミノ酸残基）に対して３７６アミノ酸残基のうち３６０アミノ酸残基の同一性（９５％）を、そして３７６アミノ酸残基のうち３６０アミノ酸残基の類似性（９５％）を有する（Ｅ＝１．４ｅ−１９５）。
【００７６】
ＮＯＶ１ｃは、少なくとも以下の組織で発現される：大動脈、骨髄（ｂｏｎｅ  ｍａｒｒｏｗ）、脳、軟骨、蝸牛、結腸、心臓、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、乳腺／乳房、筋肉、卵巣、膵臓、上皮小体、耳下腺の唾液腺、胎盤、前立腺、網膜、唾液腺、皮膚、脊髄（ｓｐｉｎａｌ  ｃｈｏｒｄ）、胃、精巣、甲状腺、子宮、生物全体。
【００７７】
（ＮＯＶ１ｄ）
開示されるＮＯＶ１ｄ（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２０１−０１；アセンブリー２２４７０００３３と示される）は、１０５３ヌクレオチド配列（配列番号７）を含み、表１Ｈに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＧＧＡコドンで始まり、そしてヌクレオチド１０５１〜１０５３のＧＡＧコドンで終わることが同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンを、太字で強調している。
【００７８】
【表１Ｈ】
2005501516.tif 000012
ＮＯＶ１ｄポリペプチド（配列番号８）は、３６０アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表１Ｉに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ１ｃが、シグナルペプチドを有し、そして０．５３０５の確実性でリソソーム（管腔）に局在する可能性があることが予測される。代替の実施形態において、ＮＯＶ１ｄポリペプチドは、０．３７００の確実度で細胞外部に、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。ＳｉｇｎａｌＰによって、ＮＯＶ１ｄペプチドについての可能性のある切断部位は、アミノ酸１８位と１９位との間（すなわち、配列ＳＱＡ−ＱＹのダッシュ線）であると予想される。
【００７９】
【表１Ｉ】
2005501516.tif 000013
ＮＯＶ１ｄは、少なくとも以下の組織で発現される：大動脈、骨髄（ｂｏｎｅ  ｍａｒｒｏｗ）、脳、軟骨、蝸牛、結腸、心臓、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、リンパ組織、乳腺／乳房、筋肉、卵巣、膵臓、上皮小体、耳下腺の唾液腺、胎盤、前立腺、網膜、唾液腺、皮膚、脊髄（ｓｐｉｎａｌ  ｃｈｏｒｄ）、胃、精巣、甲状腺、子宮、生体全体。発現情報は、ＮＯＶ１ｄの配列の誘導（ｄｅｒｉｖａｔｉｏｎ）に含まれる配列の組織供給源に由来する。
【００８０】
ＮＯＶ１ａ、ＮＯＶ１ｂ、ＮＯＶｌｃおよびＮＯＶ１ｄは、表１Ｊでのアミノ酸アラインメントに示されるように、非常に厳密に相同である。
【００８１】
【表１Ｊ】
2005501516.tif 000014
2005501516.tif 000015
上記ＮＯＶ１タンパク質のいずれかに対する相同性は、上記に示されるように互いに相同な範囲で、他のＮＯＶ１タンパク質によって共有される。ＮＯＶ１に対するいずれの参照も、他に記載されない限り、概して、それらＮＯＶ１タンパク質の両方に言及すると仮定される。
【００８２】
ＮＯＶ１ａはまた、表１Ｋに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列に相同性を有する。
【００８３】
【表１Ｋ】
2005501516.tif 000016
これらの配列の相同性は、表１Ｌに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【００８４】
【表１Ｌ】
2005501516.tif 000017
2005501516.tif 000018
2005501516.tif 000019
表１Ｍおよび１Ｎは、ＮＯＶ１に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を列挙する。この結果は、ＮＯＶ１配列が、これらのドメインを含むことが知られている他のタンパク質の特性に類似する特性を有することを示す。
【００８５】
【表１Ｍ】
2005501516.tif 000020
【００８６】
【表１Ｎ】
2005501516.tif 000021
ロイシンリッチリピートのＮ末端ドメイン（Ａｃｃｎｏ．ｇｎｌ｜Ｐｆａｍ｜ｐｆａｍ０１４６２）は、配列ドメインＬＲＲＮＴによって示される。ロイシンリッチリピート  ｐｆａｍ００５６０は、多くのタンパク質中に存在する、多様な機能および細胞位置を有する短い配列のモチーフである。ロイシンリッチリピートは、システインリッチなドメインにしばしば隣接される。このドメインは、しばしば、直列なロイシンリッチリピートのＮ末端に見出される。
【００８７】
このフィブロモジュリン前駆体（５９ｋｄのコラーゲン結合タンパク質）は、Ｉ型コラーゲンおよびＩＩ型コラーゲンに結合し、そして筋原線維形成速度に作用する。このフィブロモジュリン前駆体はまた、ケラタン硫酸鎖に結合し、そして低分子の間質性プロテオグリカンファミリーに属する。このタンパク質はまた、１０個繰り返されるロイシンリッチな（ｌｒｒ）セグメントを含む。
【００８８】
フィブロモジュリンは、低分子の間質性プロテオグリカンファミリー（デコリン（ｄｅｃｏｒｉｎ）（ＤＣＮ；ＯＭＩＭ１２５２５５）、ビグリカン（ＢＧＮ；ＯＭＩＭ３０１８７０）、およびルミカン（ｌｕｍｉｃａｎ）（ＬＤＣ；ＯＭＩＭ６００６１６）も含む）のメンバーである。これらのプロテオグリカンのコアタンパク質は、ジスルフィド結合した末端ドメインによって挟まれたロイシンリッチリピートからなる中心部からなり、ロイシンリッチなドメイン内に４つ以下のケラタン硫酸鎖を有するフィブロモジュリンのコアタンパク質と構造的に関連する。フィブロモジュリンは広い組織分布を示し、関節の軟骨、腱、および靱帯において最大量が観察される。フィブロモジュリンは、Ｉ型コラーゲンおよびＩＩ型コラーゲン筋原線維と相互作用し、そしてインビトロでの原線維発生を阻害する能力によって、細胞外マトリクスのアセンブリーに関与することが示唆されている。
【００８９】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１タンパク質およびＮＯＶ１核酸についてのそのタンパク質の類似性情報、発現パターン、細胞局在、およびマッピング位置は、このＮＯＶ１が、糖タンパク質ファミリーに特徴的な重要な構造および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において、そして研究道具として有用である。これらは、核酸またはタンパク質の特異的または選択的な診断マーカーおよび／または予後マーカーとして（ここで、その核酸またはタンパク質の存在および量が評価される）役立つことを含む。これらはまた、以下のような潜在的な治療適用を含む：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体の標的（治療標的、診断標的、薬剤標的化／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する薬剤、ならびに（ｖｉ）生物学的防御手段。
【００９０】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：軟骨および靱帯への損傷の修復；関節修復、ならびに他の疾患、障害、および状態への治療適用。
【００９１】
本発明のフィブロモジュリン様タンパク質をコードする新規の核酸、またはそのフラグメントは、診断適用において有用であり、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が、評価されるべきである。これらの物質はさらに、治療方法または診断方法における使用のために、本発明の新規の物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の項に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＮＯＶ１タンパク質は、複数の親水性領域を有し、この各々が、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、企図されるＮＯＶ１エピトープは、アミノ酸約３０〜３２である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ１エピトープは、アミノ酸約４５〜４９である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ１エピトープは、アミノ酸約６５〜８０、１０５〜１２０、１４０〜１５０、１５５〜１８０、１９０〜１９２、１９８〜２００、２１０〜２１５、２２０〜２２５、２３０〜２５０および２８０〜３００である。
【００９２】
（ＮＯＶ２）
ＮＯＶ２は、３つの新規のセクレチンレセプター前駆体様タンパク質を含む。これらの開示されるタンパク質は、ＮＯＶ２ａ、ＮＯＶ２ｂ、およびＮＯＶ２ｃと名付けられている。
【００９３】
（ＮＯＶ２ａ）
開示されるＮＯＶ２ａ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２１３−０１と示される）は、新規のセクレチンレセプター前駆体様タンパク質をコードしており、１２８０ヌクレオチドの配列（配列番号９）を含み、表２Ａに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＣＴコドンで始まり、そしてヌクレオチド１２６４〜１２６６のＴＧＡコドンで終わることが同定された。推定非翻訳領域は、表２Ａにおいて下線を付しており、そして開始コドンおよび終止コドンを太字にしている。
【００９４】
【表２Ａ】
2005501516.tif 000022
ＮＯＶ２ａの核酸配列は、第２番染色体ｑｌ４．１に位置し、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＵ１３９８９｜ａｃｃ：Ｕｌ３９８９．１  ｍＲＮＡ（ヒトセクレチンレセプターｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に対して９３２塩基のうち８６８塩基（９３％）の同一性を有する（Ｅ＝２．５ｅ−１７６）。
【００９５】
ＮＯＶ２ａポリペプチド（配列番号１０）は、４２１アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表２Ｂに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ２ａが、０．６０００の確実性で形質膜に局在する可能性があることが予測される。代替の実施形態において、ＮＯＶ２ａポリペプチドは、０．４０００の確実度でゴルジ体に、０．３０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．３０００の確実度でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に局在される。
【００９６】
【表２Ｂ】
2005501516.tif 000023
ＮＯＶ２ａアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ４７８７２タンパク質（セクレチンレセプター前駆体（ＳＣＴ−Ｒ））（４４０アミノ酸残基）に対して４２１アミノ酸残基のうち４１６アミノ酸残基（９８％）の同一性を、そして４２１アミノ酸残基のうち４１６アミノ酸残基（９８％）の類似性を有する（Ｅ＝３．７ｅ−２２７）。
【００９７】
ＮＯＶ２ａは、少なくとも以下の組織で発現される：膵臓、肺。この情報は、本発明に含まれる配列の組織供給源（ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源が挙げられるが、これに限定されない）を決定することによって導かれる。
【００９８】
ＮＯＶ２ａについて見出される、起こり得る小さなヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を表２Ｃに列挙する。
【００９９】
【表２Ｃ】
2005501516.tif 000024
（ＮＯＶ２ｂ）
開示されるＮＯＶ２ｂ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２１３−０２と示される）は、７８９ヌクレオチドの配列（配列番号１１）を含み、表２Ｄに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド７６〜７８のＡＴＧコドンで始まり、そしてヌクレオチド５５９〜５６１のＴＧＡコドンで終わることが同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンを、太字で強調している。開始コドンから上流および終止コドンから下流に見出される推定非翻訳領域には、下線を付している。
【０１００】
【表２Ｄ】
2005501516.tif 000025
2005501516.tif 000026
ＮＯＶ２ｂの核酸配列は、第２番染色体ｑｌ４．１に位置し、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＵ２８２８１｜ａｃｃ：Ｕ２８２８１．１  ｍＲＮＡ（ヒトセクレチンレセプターｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に対して５２６塩基のうち４７２塩基（８９％）の同一性を有する（Ｅ＝４．１ｅ−１１８）。
【０１０１】
ＮＯＶ２ｂポリペプチド（配列番号１２）は、１６１アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表２Ｅに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ２ｂが、シグナルペプチドを有し、そして０．４６００の確実度で形質膜に局在する可能性があることが予測される。代替の実施形態において、ＮＯＶ２ｂポリペプチドは、０．２５４３の確実度でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。ＳｉｇｎａｌＰによって、ＮＯＶ２ｂペプチドについての可能性のある切断部位は、アミノ酸６１位と６２位との間（すなわち、配列ＬＨＣ−ＴＲのダッシュ線）であると予想される。
【０１０２】
【表２Ｅ】
2005501516.tif 000027
ＮＯＶ２ｂアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ４７８７２タンパク質（セクレチンレセプター前駆体（ＳＣＴ−Ｒ））（４４０アミノ酸残基）に対して９２アミノ酸残基のうち８２アミノ酸残基（８９％）の同一性を、そして９２アミノ酸残基のうち８４アミノ酸残基（９１％）の類似性を有する（Ｅ＝９．６ｅ−８１）。
【０１０３】
ＮＯＶ２ｂは、少なくとも以下の組織で発現される：膵臓、肺。発現情報は、ＮＯＶ２ｂの配列の誘導に含まれる配列の組織供給源に由来した。
【０１０４】
（ＮＯＶ２ｃ）
開示されるＮＯＶ２ｃ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２１３−０３と示される）は、１６３３ヌクレオチドの配列（配列番号１３）を含み、表２Ｆに示される。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１０９〜１１１のＡＴＧコドンで始まり、そしてヌクレオチド９７９〜９８１のＴＡＡコドンで終わることが同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンを、太字で強調している。推定非翻訳領域には、下線を付しており、開始コドンから上流および終止コドンから下流に見出される。
【０１０５】
【表２Ｆ】
2005501516.tif 000028
ＮＯＶ２ｃの核酸配列は、第２番染色体ｑｌ４．１に位置し、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＵ２８２８１｜ａｃｃ：Ｕ２８２８１．１  ｍＲＮＡ（ヒトセクレチンレセプターｍＲＮＡ、完全なｃｄｓ）に対して９６１塩基のうち９６０塩基（９９％）の同一性を有する（Ｅ＝０．０）。
【０１０６】
ＮＯＶ２ｃポリペプチド（配列番号１４）は、２９０アミノ酸残基長であり、そして１文字アミノ酸コードを用いて表２Ｇに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ２ｃが、シグナルペプチドを有し、そして０．４６００の確実度で形質膜に細胞外で局在する可能性があることが予測される。代替の実施形態において、ＮＯＶ２ｃポリペプチドは、０．１５８９の確実度でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。ＳｉｇｎａｌＰによって、ＮＯＶ２ｃペプチドについての可能性のある切断部位は、配列ＴＧＡ−ＬＰのダッシュ線であるアミノ酸２７位と２８位との間であると予想される。
【０１０７】
【表２Ｇ】
2005501516.tif 000029
ＮＯＶ２ｃアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ４７８７２タンパク質（セクレチンレセプター前駆体（ＳＣＴ−Ｒ））（４４０アミノ酸残基）に対して２８４アミノ酸残基のうち２８３アミノ酸残基（９９％）の同一性を、そして２８４アミノ酸残基のうち２８３アミノ酸残基（９９％）の類似性を有する（Ｅ＝１．５ｅ−１５５）。
【０１０８】
ＮＯＶ２ｃは、少なくとも以下の組織で発現される：膵臓、肺。発現情報は、ＮＯＶ２ｃの配列の誘導に含まれる配列の組織供給源に由来する。
【０１０９】
ＮＯＶ２ａ、ＮＯＶ２ｂ、およびＮＯＶ２ｃは、表２Ｈでのアミノ酸アラインメントに示されるように、非常に厳密に相同である。
【０１１０】
【表２Ｈ】
2005501516.tif 000030
上記ＮＯＶ２タンパク質のいずれかに対する相同性は、上記に示されるように互いに相同な範囲で、他のＮＯＶ２タンパク質によって共有される。ＮＯＶ２に対する任意の言及は、他に記載されない限り、概して、それらＮＯＶ２タンパク質の両方に言及すると仮定される。
【０１１１】
ＮＯＶ２ａはまた、表２Ｉに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列に相同性を有する。
【０１１２】
【表２Ｉ】
2005501516.tif 000031
これらの配列の相同性は、表２Ｊに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０１１３】
【表２Ｊ】
2005501516.tif 000032
2005501516.tif 000033
2005501516.tif 000034
表２Ｋ、２Ｌ、および２Ｍは、ＮＯＶ２に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を列挙する。この結果は、ＮＯＶ２配列が、これらのドメインを含むことが知られている他のタンパク質の特性に類似する特性を有することを示す。
【０１１４】
【表２Ｋ】
2005501516.tif 000035
【０１１５】
【表２Ｌ】
2005501516.tif 000036
この細胞外ドメインは、恐らくジスルフィド結合のための４つの保存されたシステインを含有する。このドメインは、種々のホルモンレセプター中に見出される。これはリガンド結合ドメインであり得る。
【０１１６】
【表２Ｍ】
2005501516.tif 000037
セレクチン（ＳＣＴ；ＯＭＩＭ番号１８２０９９）は、ＢａｙｌｉｓｓおよびＳｔａｒｌｉｎｇ（１９０２）により十二指腸粘膜において最初に発見されたことに起因して、胃腸ホルモンの歴史において、特有の位置を占める。この２７アミノ酸ペプチドは、膵臓による重炭酸塩、酵素およびカリウムイオンの分泌を刺激する。Ｉｓｈｉｈａｒａら（１９９１）は、ラットのセクレチンレセプターをコードするｃＤＮＡを単離した。このヌクレオチド配列は、このセクレチンレセプターが、４８，６９６の算出された分子量を有することを示した。このレセプターは、７つの推定の膜貫通セグメントを含有し、Ｇプロテイン結合レセプターのファミリーに属する。Ｇプロテイン結合レセプターとしては、パラチロイドホルモンレセプター（ＯＭＩＭ番号１６８４６８）、グルカゴン様レセプター（ＯＭＩＭ番号１３８０３２）、およびカルシトニンレセプター（ＯＭＩＭ番号１１４１３１）が挙げられる。
【０１１７】
Ｃｈｏｗ（１９９５）は、膵臓線癌細胞株ｃＤＮＡライブラリから単離したセクレチンレセプターｃＤＮＡが１，７１７ｂｐ長であり、そして４４０アミノ酸ポリペプチドをコードしたことを示した。ノーザンブロット分析によって、１．８ｋｂのｍＲＮＡが、ヒト膵臓および小腸中において検出されたが、一方でヒトの結腸、腎臓、および肺において弱いハイブリダイゼーションシグナルが検出された。
【０１１８】
本明細書中に開示されるＮＯＶ２タンパク質およびＮＯＶ２核酸は、それがセクレチンレセプター前駆体ファミリーに特徴的な重要な構造的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用ならびに研究ツールとして有用である。これらには、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカー（ここでこの核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される）、ならびに以下のような潜在的治療適用としての役割を果たすものが挙げられる：（ｉ）タンパク質治療薬、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療において有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、および（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物（ｖｉ）生物学的防御手段。
【０１１９】
本発明の核酸およびタンパク質は、下記の種々の疾患および障害および／または他の病理に関与する潜在的診断適用および潜在的治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に効力を有する：発達障害、ＭＨＣＩＩ疾患およびＭＨＣＩＩＩ疾患（免疫疾患）、味覚検出能力障害および嗅覚検出能力障害、バーキットリンパ腫、皮質神経性疾患、シグナル伝達経路障害、網膜疾患（光受容に関する網膜疾患を含む）、細胞増殖速度障害；細胞形状障害、摂食障害；摂食の調節；過食に起因する潜在的肥満；飢餓（食欲（ａｐｅｔｉｔｅ）の欠乏）、非インスリン依存性糖尿病（ＮＩＤＤＭ１）に起因する潜在的障害、細菌感染、真菌感染、原生生物感染およびウイルス感染（特に、ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２によって引き起こされる感染）、疼痛、癌（新生物；腺腫；リンパ腫；前立腺癌；子宮癌が挙げられるが、これらに限定されない）、食欲不振、過食症、喘息、パーキンソン病、急性心不全、低血圧、高血圧、残尿、骨粗鬆症、クローン病；多発性硬化症；およびオールブライト遺伝性骨形成異常症、狭心症、心筋梗塞、潰瘍、喘息、アレルギー、良性前立腺肥大、ならびに精神病性障害および神経学的障害（不安、精神分裂病、躁病性鬱病、せん妄、痴呆、重症の精神遅滞、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）低リン酸血症のくる病、常染色体優性の（２）先端脳梁症候群およびジスキネジー（例えば、ハンティングトン病またはジル・ド・ラ・ツレット症候群）を含む）ならびに／あるいは他の病理および障害など。このポリペプチドは、本発明に特異的な抗体を産生するための免疫原として、およびワクチンとして用いられ得る。これらはまた、潜在的なアゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物をスクリーニングするために用いられ得る。例えば、このＮＯＶ２タンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり得、そしてこのＮＯＶ２タンパク質は、それを必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非限定の例として、本発明の組成物は、細菌性感染、真菌性感染、寄生虫性感染、およびウイルス性感染（特にＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２により引き起こされる感染）、疼痛、癌（新生物；腺癌；リンパ節；前立腺癌；子宮癌を含むが、これらに限定されない）、食欲不振、過食症、喘息、パーキンソン病、急性心不全、低血圧、高血圧、残尿、骨粗鬆症、クローン病；多発性硬化症およびオールブライト遺伝性骨形成異常症、狭心症、心筋梗塞、潰瘍、喘息、アレルギー、良性前立腺肥大、および精神病性障害および神経学的障害（不安感、精神分裂病、躁うつ病、せん妄、痴呆、重症性精神遅滞およびジスキネジー（例えば、ハンティングトン病またはジル・ド・ラ・ツレット症候群）ならびに／あるいは他の病理および障害の処置に効力を有する。本発明のＮＯＶ２タンパク質をコードする新規の核酸、およびＮＯＶタンパク質、あるいはそれらのフラグメントは、診断適用にさらに有用であり得る（ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）。これらの物質は、心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心臓欠損、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、房室中隔欠損（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植；結腸癌、結腸直腸癌；６型家族性ノンポリポーシス（ｎｏｎｐｏｌｙｐｏｓｉｓ）；食道癌；肝芽腫；低ベータリポ蛋白血症家族性２；肺癌、骨幹端軟骨形成不全、Ｍｕｒｋ  Ｊａｎｓｅｎ型；卵巣癌、類内膜癌型；毛質腫；偽ツェルヴェーガー症候群ならびに他の疾患、障害、および状態などの治療的方法または診断的方法における使用のための本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製にさらに有用である。
【０１２０】
本発明のセクレチンレセプター前駆体様タンパク質をコードする新規核酸（またはそのフラグメント）は、診断適用（ここでこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）に有用である。これらの材料は、治療的方法または診断的方法に使用するための本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製にさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて当該分野において公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ２タンパク質は、複数の親水性領域を有し、それらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ２エピトープは、ほぼアミノ酸１０〜アミノ酸２５である。別の実施形態において、意図されるＮＯＶ２エピトープは、ほぼアミノ酸７０からアミノ酸８０である。代替的実施形態において、意図されるＮＯＶ２エピトープとしては、ほぼアミノ酸１００〜アミノ酸１２０、ほぼアミノ酸１６０〜アミノ酸１７０、ほぼアミノ酸２３０〜アミノ酸２３５、ほぼアミノ酸２５５〜アミノ酸２６０、ほぼアミノ酸３１０〜アミノ酸３２０、ほぼアミノ酸３７０〜アミノ酸３８０、およびほぼアミノ酸４００〜アミノ酸４０５が挙げられる。
【０１２１】
（ＮＯＶ３）
ＮＯＶ３には、２つの新規Ｂ７−Ｈ２様タンパク質が挙げられる。開示されたタンパク質は、ＮＯＶ３ａおよびＮＯＶ３ｂと名づけられている。
【０１２２】
（ＮＯＶ３ａ）
開示されるＮＯＶ３ａ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５５７９０−０３として示される）は、新規Ｂ７−Ｈ２様タンパク質をコードし、そして表３Ａに示される１４４９ヌクレオチドの配列（配列番号１５）を含む。ヌクレオチド２〜４のＡＴＧコドンで開始し、ヌクレオチド９０８〜９１０のＴＧＡコドンで終結する成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームを同定した。終止コドンの下流および開始コドンの上流の推定の非翻訳領域を、表３Ａ中に下線し、そして開始コドンおよび終止コドンを太字にした。
【０１２３】
【表３Ａ】
2005501516.tif 000038
第２１染色体にマップされる本発明のＮＯＶ３ａの核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ２８９０２８｜ａｃｃ：ＡＦ２８９０２８．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ膜貫通タンパク質  Ｂ７−Ｈ２  ＩＣＯＳリガンドｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して１４４９塩基のうち１４４８塩基（９９％）が同一である（Ｅ  ＝  ０．０）。
【０１２４】
ＮＯＶ３ａポリペプチド（配列番号：１６）は、３０２アミノ酸残基長であり、そして表３Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはヒドロパシーは、ＮＯＶ３ａがシグナルペプチドを有し、そして０．４６００の確かさで原形質膜に局在化されている可能性があると予想する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ３ａポリペプチドは、０．２０００の確かさでリソソーム（内腔）に配置されるか、０．１０００の確かさで小胞体（膜）に配置されるか、または０．１０００の確かさで小胞体（内腔）に配置される。シグナルＰは、アミノ酸位置１８と１９との間（すなわち、配列ＬＲＡ−ＤＴのダッシュ）のＮＯＶ３ａペプチドの可能性のある切断部位を予想する。
【０１２５】
【表３Ｂ】
2005501516.tif 000039
ＮＯＶ３ａアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の３０２アミノ酸の残基ｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＡＡＧ０１１７６  タンパク質（膜貫通タンパク質  Ｂ７−Ｈ２  ＩＣＯＳリガンド）に対して、３０２アミノ酸残基のうち３０２（１００％）が同一であり、そして３０２アミノ酸残基のうち３０２（１００％）が類似である（Ｅ＝４．０ｅ１６１）。
【０１２６】
ＮＯＶ３ａは、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、および子宮。発現情報は、ＮＯＶ３ａの配列の誘導に含まれた配列の組織情報に由来した。
【０１２７】
ＮＯＶ３ａについて見出される可能な小ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を、表３Ｃおよび表３Ｄに列挙する。
【０１２８】
【表３Ｃ】
2005501516.tif 000040
【０１２９】
【表３Ｄ】
2005501516.tif 000041
（ＮＯＶ３ｂ）
開示されるＮＯＶ３ｂ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  登録番号．ＣＧ５５７９０−０４として示される）は、新規Ｂ７−Ｈ２−様タンパク質（これは、表３Ｅに示される８２５０ヌクレオチド配列（配列番号１７）を含む）をコードする。ヌクレオチド４〜６のＡＴＧコドンで開始し、ヌクレオチド１４２０〜１４２２の終止コドンで終結する成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームを同定した。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンは、太字で強調した。推定の非翻訳領域は、下線され、開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出される。
【０１３０】
【表３Ｅ】
2005501516.tif 000042
2005501516.tif 000043
ＮＯＶ３ｂポリペプチド（配列番号１８）は、４７３アミノ酸残基長であり、そして表３Ｆにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。
【０１３１】
【表３Ｆ】
2005501516.tif 000044
ＮＯＶ３ａとＮＯＶ３ｂとは、表３Ｇのアミノ酸アラインメントに示されるように、非常に近い相同性を有する。
【０１３２】
【表３Ｇ】
2005501516.tif 000045
2005501516.tif 000046
上記ＮＯＶ３タンパク質のいずれかに対する相同性は、上に示されるようにそれらがお互いに相同である範囲で、他のＮＯＶ３タンパク質によって共有される。ＮＯＶ３に対する任意の参照は、他に示されない限り、両方のＮＯＶ３タンパク質を一般に示すことが想定される。
【０１３３】
ＮＯＶ３ａはまた、表３Ｈに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０１３４】
【表３Ｈ】
2005501516.tif 000047
これらの配列の相同性は、表３Ｉに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０１３５】
【表３Ｉ】
2005501516.tif 000048
2005501516.tif 000049
2005501516.tif 000050
表３Ｊは、ＮＯＶ３に対するドメイン分析結果からのドメインの記載を列挙する。これは、ＮＯＶ３配列が、これらのドメインを有することが知られている他のタンパク質の特性に類似する特性を含むことを示す。
【０１３６】
【表３Ｊ】
2005501516.tif 000051
Ｂ７ファミリーリガンドとそれらのレセプターとの間の同時刺激相互作用は、Ｔ細胞の増殖、分化および死に重要な役割を果たす。特異的抗体またはその天然のリガンドＢ７−１およびＢ７−２のいずれかによるＴ細胞同時刺激因子ＣＤ２８の連動は、抗原特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を増加させ、サイトカインの産生を増大させ、ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の成熟を誘導し、そしてＴ細胞の生存を促進する。しかし、活性化Ｔ細胞上のＢ７−１およびＢ７−２の相同ＣＴＬＡ−４レセプターを介するシグナル伝達は、Ｔ細胞の増殖、インターロイキン（ＩＬ）−２産生、および細胞周期の進行を阻害するネガティブなシグナルを伝達すると考えられている。Ｂ７−１とＢ７−２とは、それらのアミノ酸においてたった約２０％の相同性を共有するが、これらは、類似の３次構造および同時刺激機能を有する。最近の研究は、このＢ７−ＣＤ２８ファミリーの他のメンバーもまた、細胞性免疫応答および体液性免疫応答の調節に関与し得ることを示す。新規メンバーのうちの１つは、誘導性同時刺激因子（ＩＣＯＳ）（ＣＤ２８様レセプター）である。ヒトＩＣＯＳに対するＦ４４モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、最適な用量の抗ＣＤ３抗体の存在下で、Ｔ細胞増殖を同時刺激し、そして複数のサイトカイン（ＩＬ−１０、インターフェロン−、およびＩＬ４を含むがＩＬ−２を含まない）の分泌を増加させる。
【０１３７】
別の新規Ｂ７ファミリーメンバーは、マウスＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１である。Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１は、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ−４に結合せず、そして抗原性シグナルの存在下でＴ細胞増殖を同時刺激し得ない。Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１の表面発現は、３Ｔ３線維芽細胞株中の腫瘍壊死因子によってアップレギュレートされ、そしてＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の増加もまた、リポポリサッカライド（ＬＰＳ）に曝された非リンパ組織において観察されることが示された。Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１は、マウスＣＲＰ−１（ヒトＩＣＯＳのマウスホモログ）についてのリガンドであることが示されている。トランスジェニックマウスにおけるＢ７ＲＰ−１融合タンパク質の発現は、複数のリンパ様器官の過形成を導き、そしてＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１融合タンパク質でのマウスの処置は、オキサゾリン誘導接触過敏性を増加させた。ヒトＢ７ファミリーの新規メンバー（Ｂ７−Ｈ１）が、最近報告された。Ｂ７−Ｈ１は、ＩｇＶ様およびＩｇＣ様の細胞外ドメインにおいて、Ｂ７−１およびＢ７−２と約２０％同一なアミノ酸配列を共有するが、細胞質ドメインにおいては、Ｂ７−１およびＢ７−２とより大きく異なる。それらの間のアミノ酸の同一性が３０％未満であるので、Ｂ７−Ｈ１は、マウスＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１のヒトホモログではないようである。さらに、Ｂ７−ＨＩは、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、およびＩＣＯＳに結合しない。Ｂ７−Ｈｌの表面発現は、大多数の活性化ＣＤ１４＋マクロファージおよび一部の活性化Ｔ細胞に検出され得る。
【０１３８】
Ｂ７−Ｈ１は、最適下限の用量の抗−ＣＤ３  ｍＡｂの存在下で、Ｔ細胞応答を同時刺激し、同種異系混合リンパ球応答を増強し、そしてＴ細胞からのＩＬ−１０の分泌を優先的に誘導する。ＮＣＢＩデータベース中でＢ７−１、Ｂ７−２、およびＢ７−ＨｌのＩｇ  ＶドメインおよびＩｇ  Ｃドメインと相同性を共有する分子を検索し、続いてクローニングし、そして配列決定することによって、Ｂ７−Ｈ２（Ｂ７ホモログ２）とし称される新規のＢ７様遺伝子を同定した。Ｂ７−１、Ｂ７−２、およびＢ７−Ｈｌに対する全体的構造類似性に加えて、Ｂ７−Ｈ２は、ＩＣＯＳに結合し、そしてヒトＴ細胞の増殖およびサイトカイン産生を同時刺激する。Ｂ７−Ｈ２タンパク質の細胞表面発現は、単球由来の未成熟樹状細胞において検出される。可溶性Ｂ７−Ｈ２および免疫グロブリン（Ｉｇ）融合タンパク質（Ｂ７−Ｈ２Ｉｇ）は、活性化Ｔ細胞と結合するが、休止Ｔ細胞とは結合せず、そしてこの結合は、誘導性同時刺激因子Ｉｇ（ＩＣＯＳＩｇ）によって排除されるが、ＣＴＬＡ４Ｉｇによって排除されない。さらに、ＩＣＯＳＩｇは、Ｂ７−Ｈ２遺伝子を用いてトランスフェクトされたチャイニーズハムスター卵巣細胞を染色する。ＣＤ３の最適下の架橋によって、Ｂ７−Ｈ２ＩｇによるＴ細胞増殖の同時刺激は、用量依存的であり、そしてインターロイキン（ＩＬ）−２の分泌に相関するが、最適なＣＤ３ライゲーションは、ＩＬ−１０産生を、優先的に刺激する。この結果は、Ｂ７−Ｈ２がＩＣＯＳ  Ｔ細胞分子の推定リガンドであることを示す（Ｂｌｏｏｄ．２０００；９６：２８０８−２８１３）ＰＭＩＤ：１１０２３５１５，ＵＩ：２０４７７８４６）。
【０１３９】
Ｔ細胞特異的細胞表面レセプターＣＤ２８およびＣＴＬＡ４は、免疫系の重要な調節因子である。ＣＤ２８は、効果的な抗原特異的免疫応答に必須のＴ細胞機能を強力に増強し、そしてＣＴＬＡ４は、ＣＤ２８媒介シグナルを相殺し、従って、それが無ければ致命的であるリンパ系の過剰刺激を防ぐ。活性化ヒトＴ細胞に対するモノクローナル抗体を作製することによって、ＩＣＯＳと表される「誘導性同時刺激因子」の分子のこのファミリーの別のメンバーが、同定されている。ＩＣＯＳ特異的モノクローナル抗体は、休止ヒト末梢血Ｔ細胞と反応しないが、Ｔ細胞抗原レセプター複合体の刺激によって活性化されたＣＤ４＋Ｔリンパ球およびＣＤ８＋Ｔリンパ球を染色した。免疫沈降は、ＩＣＯＳ抗原を、５５〜６０ｋＤの見かけの相対分子量を有するジスルフィド結合した二量体として規定した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥによるタンパク質精製は、ＩＣＯＳが、翻訳後修飾においてのみ異なる２つの鎖を有するホモ二量体タンパク質として、細胞表面上で発現されることを示した。２，６４１塩基対の全長ＩＣＯＳ  ｃＤＮＡを、ＭＯＬＴ−４Ｖ  Ｔリンパ芽球ｃＤＮＡライブラリからクローン化した。ノーザン分析は、活性化ヒトＴ細胞中に、約２．８ｋｂ長の単一のＩＣＯＳ  ｍＲＮＡ種を明らかにした。ＩＣＯＳ  ｍＲＮＡのオープンリーディングフレームは、１９９アミノ酸のタンパク質をコードする。ＩＣＯＳアミノ酸配列は、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ４と、各々、２４％および１７％の同一性を共有する。予想される成熟ＩＣＯＳは、４２位および１０９位に保存されたシステイン残基によって安定化された、単一の免疫グロブリンＶ様ドメイン；約２３アミノ酸の膜貫通領域；および３５アミノ酸の細胞質テイルからなるＩ型膜貫通分子である。それは、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ４に対する近い構造的類似性を示す。ＣＤ２８の１４１位に配置されたシステイン残基（ＣＴＬＡ４においても見出される）は、明らかに、これらのタンパク質のホモ二量体鎖の間のジスルフィド架橋の形成に関与し、そして、これはまた、ＩＣＯＳにおいて、１３６位に見出される。ＩＣＯＳは、有効性においてＣＤ２８と一致し、そして外部抗原に対する全ての基本的なＴ細胞応答（すなわち増殖、リンホカインの分泌、細胞−細胞相互作用を媒介する分子のアップレギュレーション、およびＢ細胞による抗体分泌のための効果的な補助）を増強する。構成的に発現されたＣＤ２８とは異なり、ＩＣＯＳは、新たにＴ細胞表面上で誘導されなくてはならず、そしてインターロイキン−２（ＩＬ２）の産生をアップレギュレートしないが、インターロイキン−１０（ＩＬ１０）（Ｂ細胞分化因子）の合成を過剰誘導する。インビボで、ＩＣＯＳは、扁桃のＴ細胞上で高度に発現され、これらは、Ｔ細胞胚中心の先端の明領域（ｌｉｇｈｔ  ｚｏｎｅ）（末端Ｂ細胞の成熟の部位）においてＢ細胞に密接に会合している。
【０１４０】
Ｉｃｏｓ欠損マウスが作製されており、そしてＩｃｏｓの不存在が、Ｔ細胞の発達を損なわないことが決定されている。しかし、増殖およびＩＬ２産生に関するＴ細胞活性化は、損なわれた。分化したＩｃｏｓ−／−細胞は、ＩＦＮＧを産生し得たが、ＩＬ４もＩＬ２も産生し得なかった。インビボ免疫はまた、ＩＬ２およびＩＬ４の産生の欠損ならびに血清ＩｇＧ１およびＩｇＥの減少を明らかにした。アレルギーモデルを用いて、ＩｃｏｓがＴｈ２細胞分化には必要とされないが、ＩＬ４およびＩＬ１３の産生を調節することが見出されている。多発性硬化症の実験的自己免疫脳炎（ＥＡＥ）モデルを用いて、Ｉｃｏｓ−／−マウスが、野生型マウス（ＥＡＥ耐性に関するもの以外の遺伝的バックグラウンドは、等しく有する）と比較して強力に増強された疾患を発症することが見出されている。ノックアウトマウスおよび野生型マウス由来の脾細胞は、検出不可能なレベルのＩＬ４ならびに同様のレベルのＩＬＩ０およびＩＦＮＧを産生したが；しかし、Ｉｃｏｓ−／−マウス由来細胞は、ＩＬ１３を産生せず、一方で、野生型マウスは、豊富な量を産生する。ＩＣＯＳが、ＩＬ１３の誘導を介して、炎症性疾患に対する保護において重要な負の調節因子の役割を有し得ると結論付けられている。
【０１４１】
Ｉｃｏｓ欠損マウスは、野生型マウスと比較して、同様の基底レベルのＩｇＭ、わずかに増加したレベルのＩｇＧ３、ならびに減少したレベルのＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、およびＩｇＥを有したことが見出されている。免疫されたノックアウトマウスおよび野生型マウスはまた、高度に炎症性の完全フロインドアジュバントの存在下である場合を除いて、同様のレベルのＩｇＭ特異的抗体を有するが、ＩｇＧ１特異的抗体およびＩｇＧ２ａ特異的抗体を減少させそして胚中心の形成を減少させた。ＩｇＭからＩｇＧへのクラススイッチングは、ＣＤ４０の刺激によって、Ｉｃｏｓ−／−マウスにおいて回復した。
【０１４２】
Ｉｃｏｓ欠損マウス由来の細胞における減少したＴ細胞増殖が、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＤ２５、およびＣＤ６９の発現の顕著な減少と関連していたことが見出されている。Ｂ細胞活性化およびＴ細胞非依存性抗体応答は、Ｉｃｏｓノックアウトマウスにおいて損なわれなかった。基底レベルのＩｇＧ１のみが、Ｉｃｏｓ−／−マウスにおいて、有意に減少したことが見出されているが；これらは、免疫後、血清ＩｇＧ１レベルおよび血清ＩｇＧ２ａレベルが減少し、そしてＩｇＥレベルが、検出不可能であったことと一致した。ＥＬＩＳＡアッセイは、このクラススイッチングの減損が、減少したＩＬ４産生と関連するが、ＩＦＮＧ産生と関連しないことを示した。免疫組織化学分析は、胚中心形成もまた、Ｃｄ４０ｌｇまたはＣｄ２８が欠損したマウスにおけるように、Ｉｃｏｓノックアウトマウスにおいても減少することを決定した。
【０１４３】
本明細書中に開示されるＮＯＶ３タンパク質およびＮＯＶ３核酸に関するタンパク質類似性情報、発現パターン、細胞局在、およびマップ位置は、それが、免疫グロブリンドメイン含有タンパク質ファミリーに特徴的な重要な構造的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。したがって、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断適用および潜在的治療適用において、ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断および／または予後マーカーとしての役割を果たすことを含む（ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される）。これらはまた、以下のような潜在的な治療適用を含む：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除）に有用な核酸、（ｖ）インビトロおよびインビボで組織再生を促進する薬剤、ならびに（ｖｉ）生物学的保護手段。
【０１４４】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置における適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置について効力を有し得る：てんかんを含む脳障害、摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤおよび癌；心臓疾患；炎症性障害およびクローン病を含む自己免疫疾患、ＩＢＤ、アレルギー、リウマチ性および変形性関節症、炎症性皮膚障害、アレルギー、血液障害；乾癬、結腸癌、白血病、ＡＩＤＳ；視床障害；代謝障害（糖尿病および肥満を含む）；肺疾患（例えば、喘息、気腫、嚢胞性線維症および癌）；膵臓障害（膵臓機能不全および膵臓癌を含む）；および前立腺障害（前立腺癌を含む）、ならびに他の疾患、障害、および状態。
【０１４５】
本発明のＢ７−Ｈ２様タンパク質をコードする新規核酸、またはそのフラグメントは、診断適用において有用である（ここでこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）。これらの物質は、治療的方法または診断的方法における使用のための本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製にさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて当該分野において公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ３タンパク質は、複数の親水性領域を有し、それらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ３エピトープは、ほぼアミノ酸２０〜アミノ酸２５である。別の実施形態において、意図されるＮＯＶ３エピトープは、ほぼアミノ酸４０からアミノ酸４２である。他の特定の実施形態において、意図されるＮＯＶ３エピトープは、ほぼアミノ酸４８〜アミノ酸５５、ほぼアミノ酸６０〜アミノ酸７５、ほぼアミノ酸９０〜アミノ酸１２０、ほぼアミノ酸１４５〜アミノ酸１８０、ほぼアミノ酸２３０〜アミノ酸２５０およびほぼアミノ酸２７０〜アミノ酸２９０である。
【０１４６】
（ＮＯＶ４）
ＮＯＶ４は、２つの新規Ｂ７−Ｈ１様タンパク質を含む。開示されるタンパク質は、ＮＯＶ４ａおよびＮＯＶ４ｂと名づけられている。
【０１４７】
（ＮＯＶ４ａ）
開示されるＮＯＶ４ａ核酸（ＣＧ５６１１０−０１と称される）は、新規Ｂ７−Ｈ１様タンパク質をコードし、４５８２ヌクレオチド配列（配列番号１９）を含み、表４Ａに示される。ヌクレオチド１０〜１２のＡＴＧコドンで始まりヌクレオチド８８７〜８８９のＴＡＡコドンで終了する、成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームが、同定された。終止コドンから下流および開始コドンから上流の推定非翻訳領域は、表４Ａにおいて下線を付してあり、そして開始コドンおよび終止コドンは、太字になっている。
【０１４８】
【表４Ａ】
2005501516.tif 000052
2005501516.tif 000053
第９染色体マップされたＮＯＶ４ａの核酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ３１７０８８｜ａｃｃ：ＡＦ３１７０８８．１  ｍＲＮＡ（Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  Ｂ７−Ｈ１タンパク質  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して８７３塩基のうち６７２塩基（７６％）が同一である（Ｅ  ＝  ８．５ｅ−１０６）。
【０１４９】
ＮＯＶ４ａポリペプチド（配列番号２０）は２９０アミノ酸残基長であり、そして表４Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはヒドロパシーは、ＮＯＶ４ａがシグナルペプチドを有し、そして０．４６００の確かさで原形質膜に局在化されている可能性があると予想する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ４ａポリペプチドは、０．１０００の確かさで小胞体（膜）に配置されるか、０．１０００の確かさで小胞体（内腔）に配置されるか、または０．１０００の確かさで細胞の外側に配置される。シグナルＰは、アミノ酸位置１８と１９との間（すなわち、配列ＬＮＡ−ＦＴのダッシュ）のＮＯＶ４ａペプチドの可能性のある切断部位を予想する。
【０１５０】
【表４Ｂ】
2005501516.tif 000054
ＮＯＶ４ａアミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の２９０アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＡＡＧ１８５０９タンパク質（ＰＤ−１リガンド前駆体）に対して、２９０アミノ酸残基のうち２０２（６９％）が同一であり、そして２９０アミノ酸残基のうち２３６（８１％）が類似である（Ｅ＝３．０ｅ−１１６）。
【０１５１】
ＮＯＶ４ａは、少なくとも以下の組織で発現される：ＬＰＳ処理した樹状細胞、ＬＰＳ処理した単球およびマクロファージ、脳、頸部、卵巣、下垂体、胎盤、子宮、器官全体。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、公共のＥＳＴ供給源、文献供給源および／またはＲＡＣＥ供給源が挙げられるが、これらに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することにより得た。
【０１５２】
ＮＯＶ４ａについて見出される可能な小ヌクレオチド多型（ＳＮＰｓ）を表４Ｃに列挙する。
【０１５３】
【表４Ｃ】
2005501516.tif 000055
（ＮＯＶ４ｂ）
開示されるＮＯＶ４ｂ核酸（ＣＧ５６１１０−０４として示される）（これはＮＯＶ４ａのスプライシング改変体である）は、表４Ｄに示される７４５ヌクレオチド配列（配列番号２１）を含む。ヌクレオチド１〜３のＡＴＧコドンで始まりヌクレオチド５３５〜５３７のＴＡＧコドンで終了する、成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームが、同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンは、太字で強調されている。推定非翻訳領域は下線を付してあり、そして開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出される。
【０１５４】
【表４Ｄ】
2005501516.tif 000056
2005501516.tif 000057
第９染色体にマップされるＮＯＶ４ｂの核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ２３３５１６｜ａｃｃ：ＡＦ２３３５１６．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓＰＤ−１リガンド前駆体ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して５３０塩基のうち５３０塩基（１００％）が同一である（Ｅ＝２．８ｅ−１６０）。
【０１５５】
ＮＯＶ４ｂポリペプチド（配列番号２２）は、１７８アミノ酸残基長であり、そして表４Ｅにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはヒドロパシーは、ＮＯＶ４ｂがシグナルペプチドを有し、そして０．４１８０の確かさで細胞の外側に局在化されている可能性があると予想する。他の実施形態において、ＮＯＶ４ｂは、０．１０００の確かさで小胞体（膜）リソソーム（内腔）に配置されるか、または０．１０００の確かさでマイクロボディ（ペルオキシソーム）に局在する。ＮＯＶ４ｂペプチドについての最も可能性がある切断部位は、アミノ酸位置１８と１９との間（ＬＮＡ−ＦＴのダッシュ）である。
【０１５６】
【表４Ｅ】
2005501516.tif 000058
ＮＯＶ４ｂアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の２９０アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＮＺＱ７タンパク質（Ｂ７−Ｈ１（ＰＤ−１リガンド前駆体））に対して、１７７アミノ酸残基のうち１７７（１００％）が同一であり、そして１７７アミノ酸残基のうち１７７（１００％）が類似である（Ｅ＝１．８ｅ−９２）。
【０１５７】
ＮＯＶ４ｂは、少なくとも以下の組織において発現される：哺乳動物組織、子宮。発現情報は、ＮＯＶ４ｂの配列の誘導に含まれる配列の組織供給源から得た。
【０１５８】
ＮＯＶ４ａおよびＮＯＶ４ｂは、表４Ｆのアミノ酸アラインメントに示されるように非常に密接に相同である。
【０１５９】
【表４Ｆ】
2005501516.tif 000059
2005501516.tif 000060
任意の上記ＮＯＶ４タンパク質のいずれかに対する相同性は、上に示されるようにそれらが互いに相同である範囲で他のＮＯＶ４タンパク質によって共有される。ＮＯＶ４に対する任意の参照は、他に示されない限り、両方のＮＯＶ４タンパク質を一般に示すことが想定される。
【０１６０】
ＮＯＶ４ａはまた、表４Ｇに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０１６１】
【表４Ｇ】
2005501516.tif 000061
これらの配列の相同性は、表４Ｈに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０１６２】
【表４Ｈ】
2005501516.tif 000062
2005501516.tif 000063
表４Ｉおよび４Ｊは、ＮＯＶ４に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記載を列挙する。これは、ＮＯＶ４配列が、これらのドメインを含むことが知られている他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０１６３】
【表４Ｉ】
2005501516.tif 000064
【０１６４】
【表４Ｊ】
2005501516.tif 000065
Ｂ７−１またはＢ７−２によるＣＴＬＡ４の連動は、一方で、増殖およびインターロイキン−２（ＩＬ２）産生を阻害し得る。ＣＤ２８関連分子ＩＣＯＳに対する抗体は、Ｔ細胞増殖を刺激し得、そしてＩＬ１０およびＩＬ４の産生を誘導し得る。Ｂ７−１ホモログおよびＢ７−２ホモログについてＥＳＴデータベースを検索し、次いで胎盤ｃＤＮＡライブラリをＲＴ−ＰＣＲすることにより、Ｄｏｎｇら（１９９９）は、Ｂ７Ｈｌ（Ｂ７ホモログ−１）をコードするｃＤＮＡを得た。配列分析は、この２９０アミノ酸のＩ型膜貫通タンパク質（これは、Ｂ７−１およびＢ７−２に対して、各々、２０％および１５％同一である）が、免疫グロブリンＶ様ドメインおよび免疫グロブリンＣ様ドメインならびに３０アミノ酸の細胞質テイルを有すると予想した。ノーザンブロット分析は、心臓、骨格筋、胎盤、および肺において、最も豊富に４．１ｋｂおよび７．２ｋｂのＢ７Ｈ１転写物を検出し、胸腺、脾臓、腎臓、および肝臓において、弱い発現でこれらの転写物を検出し、そして脳、結腸、および小腸においては、発現が検出されなかった。蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）分析は、単球画分でのＢ７Ｈ１発現、およびＴ細胞およびＢ細胞での弱い発現を実証した。活性化は、Ｔ細胞および単球の両方での発現を有意に増加させ、Ｂ細胞ではより低い程度で発現を増加させた。結合分析は、Ｂ７Ｈ１と、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、またはＣＤ２８との間の相互作用を実証しなかった。Ｂ７Ｈ１存在下でのＴ細胞の刺激は、ＩＬ２依存性の様式で、増殖ならびにＩＬ１０およびγインターフェロン（ＩＦＮＧ）の優先的産生を増加させたが、ＩＬ４の優先的産生は増加させなかった。
【０１６５】
Ｆｒｅｅｍａｎら（２０００）もまた、Ｂ７Ｈ１をクローン化した、彼らは、それを、「プログラム細胞死−１（ＰＤＣＤ１またはＰＤ１）リガンド−１」すなわちＰＤＬ１と称した。マウスＰｄｌ１は、ヒトタンパク質に対して７０％同一である。フローサイトメトリー分析およびＢＩＡｃｏｒｅ分析ＰＤＬＩがＰＤＣＤ１に結合するが、構造的に類似のＣＴＬＡ４、ＣＤ２８、またはＩＣＯＳタンパク質には結合しないことを決定した。ＲＮＡブロットハイブリダイゼーションは、ＰＤＬ１が、ＩＦＮＧを用いた処理によって単球においてアップレギュレートされ、そして他の活性化因子と共にＩＦＮＧで処理することによって樹状細胞およびケラチノサイトにおいてアップレギュレートされることを示した。樹状細胞において、Ｂ７−１およびＢ７−２が、ＰＤＬ１と平行して、アップレギュレートされた。ＰＤＬ１の発現はまた、表面のＩｇ架橋により活性化されたＢ細胞において、アップレギュレートされた。ＰＤＬ１の存在下でのヒトＴ細胞およびマウスＰｄｃｄｌ  ＋／＋  Ｔ細胞の活性化は、恐らくＰＤＣＤ１上の細胞質免疫レセプターチロシンベースの阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）の存在に起因して、増殖およびサイトカイン分泌の減少を導いた。
【０１６６】
ＰＣＲおよび体細胞ハイブリッド分析によって、Ｆｒｅｅｍａｎら（２０００）は、第９染色体にＰＤＬＩをマッピングした。Ｓｃｏｔｔ（２０００）は、Ｂ７Ｈ１配列（ＧｅｎＢａｎｋ  ＧＥＮＢＡＮＫ  ＡＦ１７７９３７）と第９染色体クローンＲＰ１１−５７４Ｆ１１（ＧｅｎＢａｎｋ  ＧＥＮＢＡＮＫ  ＡＬ１６２２５３）との間の配列類似性に基いて、Ｂ７ＨＩ遺伝子を第９染色体にマッピングした。
【０１６７】
Ｒｅｎｎｅｒｔら（１９９７）  Ｉｎｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９，  ８０５−１３：Ｂ７−１（ＣＤ８０）およびＢ７−２（ＣＤ８６）は、抗原提示細胞上で発現される遺伝的および構造的に関連する分子である。これらの両方は、ＣＤ２８に結合して、Ｔリンパ球を同時刺激し、増殖およびサイトカイン産生を生じる。ＣＤ２８およびＣＴＬＡ−４に結合するＢ７−１およびＢ７−２の細胞外部分は、Ｉｇ可変（Ｖ）ドメイン配列およびＩｇ定常（Ｃ）ドメイン配列に関連する。最近の報告は、インビボで生じ、かつ機能が未知であるＢ７タンパク質のスプライシング改変体形態を記載している。ここで本発明者らは、Ｉｇ様細胞外ドメインまたはＩｇＦｃテイルに結合された個々のＩｇＶドメインもしくはＩｇＣドメインの両方のうちいずれかを含む可溶性組換え形態のＢ７−１およびＢ７−２を記載する。可溶性Ｂ７−１およびＢ７−２は、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ−４に結合し、そして効果的にＴリンパ球を同時刺激して、それらの増殖およびサイトカインの分泌を生じる。さらに、Ｂ７−２のＩｇＶドメインは、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ−４に結合し、これらのレセプターへの結合についてＢ７−１およびＢ７−２と競合し、Ｔリンパ球を同時刺激する。架橋された可溶性Ｂ７−２ｖは、最も可能性のある試験された同時刺激分子であり、そして架橋された可溶性のＢ７−１タンパク質またはＢ７−２タンパク質よりも約１／１００倍低い濃度で活性であった。トシル活性化ビーズに結合された場合、Ｂ７−２ｖは、複数回のＴ細胞の増殖を支持し得た。これらのデータは、天然に存在する改変体の記載を補って、Ｔ細胞のインビボでの同時刺激が、可溶性形態または短縮形態のＢ７タンパク質によって調製され得ることを示唆する。
【０１６８】
いくつかの最近の研究は、Ｂ７ファミリーメンバー様Ｂ７ＲＰ−Ｉ（Ｂ７関連タンパク質−１）、Ｂ７−１、およびＢ７−２と、抗原レセプター（例えば、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４（細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４）およびＩＣＯＳ（誘導性同時刺激分子））との同時刺激相互作用の重要性を実証する。これらのタンパク質相互作用が、正常なＴ細胞の活性化および増殖、Ｂ細胞の刺激および抗体産生、免疫グロブリンクラススイッチング、インターロイキン産生、ならびに胚中心形成のために必須であることが示されてきた。これらの事象が、適切な体液性免疫応答を媒介するのに必須の段階を構成するので、これらの調節は、多くの種類の免疫系障害についての潜在的な治療として作用し得る（Ｄｏｎｇ，Ｃ．，ら、ＩＣＯＳ  ｃｏ−ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｉｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ．  Ｎａｔｕｒｅ．  ４０９，  ９７−１０１  （２００１）；  ＭｃＡｄａｍ，  Ａ．Ｊ．，ら．  ＩＣＯＳ  ｉｓ  ｃｒｉｔｉｃａｌ  ｆｏｒ  ＣＤ４０−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｃｌａｓｓ  ｓｗｉｔｃｈｉｎｇ．  Ｎａｔｕｒｅ．  ４０９，  １０２−１０５  （２００１）；  Ｔａｆｔｕｉｒｉ，  Ａ．，ら．  ＩＣＯＳ  ｉｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ  Ｔ−ｈｅｌｐｅｒ−ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．  Ｎａｔｕｒｅ．  ４０９，  １０５−１０９  （２００１）；  Ｙｏｓｈｉｎａｇａ，  Ｓ．Ｋ．，ら．  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｃｏ−ｓｔｉｍｕｌａｔｉｏｎ  ｔｈｒｏｕｇｈ  Ｂ７ＲＰ−１  ａｎｄ  ＩＣＯＳ．  Ｎａｔｕｒｅ．  ４０２，  ８２７−９３２  （１９９９））。
【０１６９】
Ｂ７ファミリーメンバーであるＢ７−１およびＢ７−２は、ＣＤ２８と相互作用し、そして抗原特異的体液性免疫応答および細胞媒介免疫応答の開始において必須のＴ細胞同時刺激経路を構成する。ここで本発明者らは、Ｂ７−Ｈｌと呼ばれるＢ７ファミリーの第３のメンバーを記載する。これは、ＣＤ２８、細胞傷害性Ｔリンパ球Ａ４またはＩＣＯＳ（誘導性同時刺激因子）に結合しない。Ｂ７−Ｈ１同時刺激されたＴ細胞のライゲーションは、ポリクローナル刺激剤および同種異系の抗原に応答し、そして優先的に、インターロイキン−１０の産生を刺激した。少量で産生されるが、インターロイキン−２は、Ｂ７−Ｈ１同時刺激の効果のために必要であった。従って、本発明者らの研究は、細胞媒介免疫応答の負の調節に関与し得るこれまで未知であった同時刺激因子分子を規定する。ＰＭＩＤ：１０５８１０７７，ＵＩ：２００４８１５４
同時刺激は、Ｔ細胞活性化に必須である。抗原提示細胞上で、重要な因子が、Ｂ７遺伝子の拡張されたファミリーにおいて見出され、この拡張されたファミリーは、ｃｄ８０、ｃｄ８６、Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１およびＢ７−Ｈｌを含む。ｃｄ８０およびｃｄ８６は、Ｔ細胞上でＣＤ２８およびＣＴＬＡ４に結合するタンパク質をコードする。強力なＣＴＬＡ４−Ｉｇ融合タンパク質を用いてこの経路を遮断することは、治療薬剤としての能力を促進することを示す。ｃｄ８０およびｃｄ８６経路は、主に、未処理Ｔ細胞上で作用するが、Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１およびＢ７−Ｈ１は、抗原を受けたリンパ球上でそれらの効果を発揮するようである。ＰＭＩＤ：１１０２９３８８，ＵＩ：２０４８５７１７。
【０１７０】
抗原存在下でのＢ７−１（ＣＤ８０；ＯＭＩＭ  ＃１１２２０３）またはＢ７−２（ＣＤ８６；ＯＭＩＭ  ＃６０１０２０）によるＣＤ２８（ＯＭＩＭ  ＃１８６７６０）の連動は、Ｔ細胞増殖、サイトカイン産生、エフェクターＴ細胞の分化、およびＢＣＬ−Ｘ（ＯＭＩＭ  ＃６０００３９）（Ｔ細胞生存のプロモーター）の誘導を促進する。一方、Ｂ７−１またはＢ７−２によるＣＴＬＡ４（ＯＭＩＭ  ＃１２３８９０）の連動は、増殖およびインターロイキン−２（ＩＬ２；ＯＭＩＭ  ＃１４７６８０）産生を阻害し得る。ＣＤ２８関連分子ＩＣＯＳ（ＯＭＩＭ  ＃６０４５５８）に対する抗体は、Ｔ細胞増殖を刺激し得、そしてＩＬ１０（ＯＭＩＭ  ＃１２４０９２）およびＩＬ４（ＯＭＩＭ  ＃１４７７８０）の産生を誘導し得る。Ｂ７−１ホモログおよびＢ７−２ホモログについてＥＳＴデータベースを検索し、次いで胎盤ｃＤＮＡライブラリのＲＴ−ＰＣＲを行うことによって、Ｄｏｎｇら（１９９９）は、Ｂ７−Ｈｌ（Ｂ７ホモログ−１）をコードするｃＤＮＡを得た。配列分析は、２９０アミノ酸のＩ型膜貫通タンパク質（これらは、Ｂ７−１およびＢ７−２に対して各々、２０％および１５％同一である）は、免疫グロブリンＶ様ドメインおよび免疫グロブリンＣ様ドメインならびに３０アミノ酸の胞質テイルを有することを予想した。ノーザンブロット分析は、心臓、骨格筋、胎盤、および肺において、最も豊富に４．１ｋｂおよび７．２ｋｂのＢ７−Ｈ１転写物を検出し、胸腺、脾臓、腎臓、および肝臓において、弱い発現でこれらの転写物を検出し、そして脳、結腸、および小腸においては、発現が検出されなかった。蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）分析は、単球画分でのＢ７−Ｈ１発現、ならびにＴ細胞およびＢ細胞での弱い発現を実証した。活性化は、Ｔ細胞および単球の両方での発現を有意に増加させ、Ｂ細胞ではより低い程度で発現を増加させた。結合分析は、Ｂ７−Ｈ１と、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、またはＣＤ２８との間の相互作用を実証しなかった。Ｂ７−Ｈ１存在下でのＴ細胞の刺激は、ＩＬ２依存性の様式で、増殖ならびにＩＬ１０およびγインターフェロン（ＩＦＮＧ；ＯＭＩＭ  ＃１４７５７０）の優先的産生を増加させたが、ＩＬ４の優先的産生は増加させなかった。
【０１７１】
本明細書中に開示されるＮＯＶ４タンパク質およびＮＯＶ４核酸に関するタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、それが、Ｂ７ファミリーに特徴的な重要な構造的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。したがって、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断適用および潜在的治療適用において、ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断および／または予後マーカーの役割を果たすことを含む（ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される）。これらはまた、以下のような潜在的な治療適用を含む：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除）に有用な核酸、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボで組織再生を促進する組成物、および（ｖｉ）生物学的保護手段。
【０１７２】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／あるいは他の病理に関連する潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置について効力を有する：てんかんを含む脳障害、摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤ、および癌；心臓疾患；炎症性障害およびクローン病を含む自己免疫疾患、ＩＢＤ、アレルギー、リウマチ様および変形性関節症、炎症性皮膚障害、アレルギー、血液障害；乾癬、結腸癌、白血病、ＡＩＤＳ；視床障害；代謝障害（糖尿病および肥満を含む）；肺疾患（例えば、喘息、気腫、嚢胞性線維症および癌）；膵臓障害（膵臓機能不全および膵臓癌を含む）；および前立腺障害（前立腺癌を含む）、免疫媒介性の病因、Ｔ細胞媒介性疾患、多発性硬化症、結腸炎、癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、ならびに他の疾患、障害、および状態など。
【０１７３】
これらの物質は、治療方法または診断的方法に使用するための本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製にさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、親水性チャートからの予測を用いて当該分野において公知の方法に従って作製される。開示されるＮＯＶ４タンパク質は、複数の親水性領域を有し、それらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ４エピトープは、ほぼアミノ酸４０〜アミノ酸４５である。別の実施形態において、意図されるＮＯＶ４エピトープは、ほぼアミノ酸５２からアミノ酸５５である。他の特定の実施形態において、意図されるＮＯＶ４エピトープは、ほぼアミノ酸６０〜アミノ酸６８、ほぼアミノ酸７０〜アミノ酸９０、ほぼアミノ酸１１０〜アミノ酸１１２、ほぼアミノ酸１３０〜アミノ酸１４０、ほぼアミノ酸１４２〜アミノ酸１４５、ほぼアミノ酸１５０〜アミノ酸１５５、ほぼアミノ酸１５７〜アミノ酸１６０、ほぼアミノ酸１７５〜アミノ酸１９０、ほぼアミノ酸２２０〜アミノ酸２４０、およびほぼアミノ酸２６０〜アミノ酸２８０である。
【０１７４】
（ＮＯＶ５）
ＮＯＶ５は、２つの新規プロスタシン様タンパク質を含む。開示されるタンパク質は、ＮＯＶ５ａおよびＮＯＶ５ｂと呼ばれる。
【０１７５】
（ＮＯＶ５ａ）
開示されるＮＯＶ５ａ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５６１４２−０１と称される）は、新規プロスタシン様タンパク質をコードし、８６６ヌクレオチド配列（配列番号２３）を含み、表５Ａに示される。ヌクレオチド１９〜２１のＡＴＧコドンで始まりヌクレオチド８２０〜８２２のＴＧＡコドンで終了する、オープンリーディングフレームが、同定された。終止コドンから下流および開始コドンから上流の推定非翻訳領域は、表２Ａにおいて下線を付してあり、そして開始コドンおよび終止コドンは、太字になっている。
【０１７６】
【表５Ａ】
2005501516.tif 000066
第１６染色体にマップされるＮＯＶ５ａの核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ１７５５２２｜ａｃｃ：ＡＦｌ７５５２２．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ膜貫通トリプターゼｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して６３９塩基のうち４２１塩基（６５％）が同一である（Ｅ  ＝  １．２ｅ−３０）。
【０１７７】
ＮＯＶ５ａポリペプチド（配列番号２５）は２６７アミノ酸残基長であり、そして表５Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはヒドロパシーは、ＮＯＶ５ａがシグナルペプチドを有し、そして０．６９０２の確かさで細胞外に局在化されている可能性があると予想する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ５ａポリペプチドは、０．１０００の確かさで小胞体（膜）に配置されるか、０．１０００の確かさで小胞体（内腔）に配置されるか、または０．１０００の確かさでリソソーム（内腔）に配置される。シグナルＰは、アミノ酸位置１８と１９との間（すなわち、配列ＡＣＧ−ＱＰのダッシュ）のＮＯＶ５ａペプチド可能性のある切断部位を予想する。
【０１７８】
【表５Ｂ】
2005501516.tif 000067
ＮＯＶ５ａアミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ（ラット）由来３４２アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＡＡＧ３２６４１タンパク質（ＰＲＯＳＴＡＳＩＮ）タンパク質に対して、２０１アミノ酸残基のうち９３（４６％）が同一であり、そして２０１アミノ酸残基のうち１２５（６２％）が類似である（Ｅ＝１．２ｅ−４５）
ＮＯＶ５ａは、少なくとも以下の組織で発現される：子宮内膜癌組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、公共のＥＳＴ供給源、文献供給源および／またはＲＡＣＥ供給源が挙げられるが、これらに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することにより得た。
【０１７９】
ＮＯＶ５ａについて見出される可能な小ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を表５に列挙する。
【０１８０】
【表５Ｃ】
2005501516.tif 000068
（ＮＯＶ５ｂ）
開示されるＮＯＶ５ｂ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  ＣＧ５６１４２−０２として示される）は、新規プロススタチン様タンパク質をコードし、そして表５Ｄに示される１０２０ヌクレオチド配列（配列番号２５）を含む。ヌクレオチド９１〜９３のＡＴＧコドンで始まりヌクレオチド９３１〜９３３のＴＡＡコドンで終了する、成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームが、同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンは、太字で強調されている。推定非翻訳領域は下線を付してあり、そして開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出される。
【０１８１】
【表５Ｄ】
2005501516.tif 000069
第１６染色体にマップされるＮＯＶ５ｂの核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＡ３０６５９３｜ａｃｃ：ＡＪ３０６５９３．１  ｍＲＮＡ（マラプシン（ｍａｒａｐｓｉｎ）（ＭＰＮ遺伝子）についてのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ）に対して８６３塩基のうち５６１塩基（６５％）が同一である（Ｅ＝４．８ｅ−４７）。
【０１８２】
ＮＯＶ５ｂポリペプチド（配列番号：２６）は、２８０アミノ酸残基長であり、そして表５Ｅにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはヒドロパシーは、ＮＯＶ５ｂがシグナルペプチドを有し、そして０．８２００の確かさで小胞体（膜）に局在化されている可能性があると予想する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ５ｂポリペプチドは、０．１９００の確かさで原形質膜に配置されるか、０．１０００の確かさで小胞体（内腔）に配置されるか、または０．１０００の確かさで細胞の外側に配置される。シグナルＰは、アミノ酸位置２２と２３との間（すなわち、配列ＴＱＧ−ＲＫのダッシュ）のＮＯＶ５ｂペプチドの可能性のある切断部位を予想する。
【０１８３】
【表５Ｅ】
2005501516.tif 000070
ＮＯＶ５ｂアミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ（ラット）由来の３４２アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＥＳ８７タンパク質（ＰＲＯＳＴＡＴＩＮ）に対して、２７６アミノ酸残基のうち１３２（４７％）が同一であり、そして２７６アミノ酸残基のうち１７２（６２％）が類似である（Ｅ＝６．９ｅ−６７）。
【０１８４】
ＮＯＶ５ａおよびＮＯＶ５ｂは、表５Ｆのアミノ酸アラインメントに示されるように、非常に密接に相同である。
【０１８５】
【表５Ｆ】
2005501516.tif 000071
上記ＮＯＶ５タンパク質のいずれかに対する相同性は、上に示されるようにそれらが互いに相同である範囲で他のＮＯＶ５タンパク質によって共有される。ＮＯＶ５に対する任意の参照は、他に示されない限り、両方のＮＯＶ５タンパク質を一般に示すことが想定される。
【０１８６】
ＮＯＶ５ａはまた、表５Ｇに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０１８７】
【表５Ｇ】
2005501516.tif 000072
これらの配列の相同性は、表５Ｈに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０１８８】
【表５Ｈ】
2005501516.tif 000073
2005501516.tif 000074
本明細書中に開示されるＮＯＶ５タンパク質およびＮＯＶ５核酸に関するタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、このファミリーに特徴的な重要な構造的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断適用および潜在的治療適用において、ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカー（ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される）ならびに以下のような潜在的な治療適用を役割を果たす：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子切除）に有用な核酸、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボで組織再生を促進する薬剤、および（ｖｉ）生物学的保護手段。
【０１８９】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下の記載される種々の疾患および障害ならびに／あるいは他の病理に関連する潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置について効力を有する：心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心臓欠損、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、癌、外傷、再生（インビボおよびインビトロ）、ウイルス感染／細菌感染／寄生生物感染、心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心障害、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、動脈瘤、線維筋性形成異常、発作、貧血、出血障害、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵臓炎、上皮小体機能亢進、上皮小体機能低下、ＳＩＤＳ、子宮内膜症、受胎能、口内乾燥、高カルシウム血症、潰瘍、肝硬変、炎症性腸疾患、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、クローン病、虫垂炎、血友病、凝固能亢進性症、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫疾患、アレルギー、免疫欠損、対宿主性移植片病、毛細血管拡張性運動失調、血友病、リンパ水腫、扁桃炎、骨粗鬆症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症、腱炎、筋ジストロフィー、レッシュ−ナイハン症候群、重症筋無力症、歯科疾患および感染、アルツハイマー病、結節硬化、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性小児麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質ジストロフィー、行動障害（ｂｅｈａｖｉｏｒａｌ  ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）、嗜癖、不安、疼痛、神経保護（ｎｅｕｒｏｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ）、成長障害および生殖障害（ｇｒｏｗｔｈ  ａｎｄ  ｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅ  ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）、分泌不全、全身性エリテマトーデス、喘息、気腫、ＡＲＤＳ、咽頭炎、喉頭炎、聴覚障害、耳鳴、乾癬、光線性角化症、結節硬化、挫瘡、髪の成長、アロペシア（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、膀胱炎、失禁、腎動脈狭窄、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎疾患、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡネフロパシー、膀胱尿管逆流、緑内障、失明、および甲状腺機能低下性心室中隔欠損（ＶＳＤ）、弁障害、結節硬化、強皮症、肥満症、移植ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０１９０】
本発明のプロスタシン様タンパク質をコードする新規核酸、またはそのフラグメントは、診断適用（ここでこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）に有用である。これらの物質は、治療方法または診断方法に使用するための本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製にさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、親水性チャートからの予測を用いて当該分野において公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ５タンパク質は、複数の親水性領域を有し、それらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、意図されるＮＯＶ５エピトープは、ほぼアミノ酸３０〜アミノ酸３５である。別の実施形態において、意図されるＮＯＶ５エピトープは、ほぼアミノ酸４０〜アミノ酸４５である。他の特定の実施形態において、意図されるＮＯＶ５エピトープは、ほぼアミノ酸７０〜アミノ酸８０、ほぼアミノ酸９５〜アミノ酸１０５、ほぼアミノ酸１１０〜アミノ酸１１５、ほぼアミノ酸１４０〜アミノ酸１５０、ほぼアミノ酸１６０〜アミノ酸１７０、ほぼアミノ酸１７５〜アミノ酸１８０、ほぼアミノ酸１９０〜アミノ酸１９５、ほぼアミノ酸２２０〜アミノ酸２２５、ほぼアミノ酸２３０〜アミノ酸２４０、ほぼアミノ酸２４５〜アミノ酸２４８、ほぼアミノ酸２４９〜アミノ酸２５２、およびほぼアミノ酸２６０〜アミノ酸２６２である。
【０１９１】
（ＮＯＶ６）
ＮＯＶ６は、３つの新規リソソーム酸性リパーゼ様タンパク質を含む。開示されるタンパク質は、ＮＯＶ６ａおよびＮＯＶ６ｂと呼ばれる。
【０１９２】
（ＮＯＶ６ａ）
開示されるＮＯＶ６ａ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５０１５９−０１と称される）は、新規リソソーム酸性リパーゼ様タンパク質をコードし、１２６７ヌクレオチド配列（配列番号２７）を含み、表６Ａに示される。ヌクレオチド９〜１０のＡＴＧコドンで始まりヌクレオチド１１２７〜１１２９のＴＡＡコドンで終了する、成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームが、同定された。終止コドンから下流および開始コドンから上流の推定非翻訳領域は、表６Ａにおいて下線を付してあり、そして開始コドンおよび終止コドンは、太字になっている。
【０１９３】
【表６Ａ】
2005501516.tif 000075
第１０染色体にマップされるＮＯＶ６ａの核酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＲＮＬＩＰ｜ａｃｃ：Ｘ０２３０９．１  ｍＲＮＡ（舌リパーゼについてのラットｍＲＮＡ）に対して８２０塩基のうち５４５塩基（６６％）が同一である（Ｅ＝２．５ｅ−７１）。
【０１９４】
ＮＯＶ６ａポリペプチド（配列番号２８）は３７３アミノ酸残基長であり、そして表６Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはヒドロパシーの結果は、ＮＯＶ６ａがシグナルペプチドを有し、そして０．５５００の確かさでリソソーム（内腔）に局在化されている可能性があると予想する。代替的な実施形態において、ＮＯＶ６ａポリペプチドは、０．３７００の確かさで細胞外に配置されるか、０．２９６７の確かさでマイクロボディ（ペルオキシソーム）に配置されるか、または０．１０００の確かさで小胞体（膜）に配置される。シグナルＰは、アミノ酸位置１７と１８との間（すなわち、配列ＬＮＡ−ＧＧのダッシュ）のＮＯＶ６ａペプチドの可能性のある切断部位を予想する。
【０１９５】
【表６Ｂ】
2005501516.tif 000076
ＮＯＶ６ａアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の３９９アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ１６５２９タンパク質（リソソーム酸性リパーゼ前駆体）に対して、２９７アミノ酸残基のうち１５２（５１％）が同一であり、そして２９７アミノ酸残基のうち２０１（６７％）が類似である（Ｅ＝６．２ｅ−１０８）。
【０１９６】
ＮＯＶ６について見出される可能な小ヌクレオチド多型（ＳＮＰｓ）を表６Ｃに列挙する。
【０１９７】
【表６Ｃ】
2005501516.tif 000077
（ＮＯＶ６ｂ）
開示されるＮＯＶ６ｂ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５０１５９−０２と称される）は、新規リソソーム酸性リパーゼ様タンパク質をコードし、そして表６Ｄに示す１２６７ヌクレオチドの配列（配列番号２９）を含む。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド８〜１０のＡＴＧコドンで始まってヌクレオチド１１２６〜１１２８のＴＡＡコドンで終わると同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンを、太字で強調する。推定非翻訳領域に下線を付し、そしてこれは、開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出される。
【０１９８】
【表６Ｄ】
2005501516.tif 000078
ＮＯＶ６ｂの核酸配列は、第１７染色体にマッピングされ、そしてＲａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＲＮＬＩＰ｜ａｃｃ：Ｘ０２３０９．１  ｍＲＮＡ（舌リパーゼについてのラットｍＲＮＡ）に対して同一な５４５塩基（８２０塩基中；６６％）を有する（Ｅ＝２．５ｅ−７１）。
【０１９９】
ＮＯＶ６ｂポリペプチド（配列番号３０）は３７３アミノ酸残基長であり、そしてこれを１文字アミノ酸コードを用いて表６Ｅに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果は、ＮＯＶ６ｂが、シグナルペプチドを有して、０．５５００の確実性でリソソーム（内腔）に局在するようであることを推測する。代替の実施形態では、ＮＯＶ６ｂポリペプチドは、０．３７００の確実性で細胞の外側に、０．２９６７の確実性でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に、または０．１０００の確実性で小胞体（膜）に位置する。ＳｉｇｎａｌＰは、アミノ酸１７位と１８位との間にＮＯＶ６ｂペプチドについてありそうな切断部位（すなわち、配列ＬＮＡ−ＧＧにおけるダッシュ）を推測する。
【０２００】
【表６Ｅ】
2005501516.tif 000079
ＮＯＶ６ｂのアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の３９９アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ１６５２９タンパク質（リソソームの酸性リパーゼ前駆体）に対して同一な１５２アミノ酸残基（２９７アミノ酸残基中；５１％）および類似な２０１アミノ酸残基（２９７アミノ酸残基中；６７％）を有する（Ｅ＝６．２ｅ−１０８）。
【０２０１】
（ＮＯＶ６ｃ）
開示されるＮＯＶ６ｃ核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５０１５９−０４と称される）は、新規リソソーム酸性リパーゼ様タンパク質をコードし、そして表６Ｆに示す１１９５ヌクレオチドの配列（配列番号３０）を含む。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド８〜１０のＡＴＧコドンで始まってヌクレオチド１１２６〜１１２８のＴＡＡコドンで終わると同定された。オープンリーディングフレームの開始コドンおよび終止コドンを、太字で強調する。推定非翻訳領域に下線を付し、そしてこれは、開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出される。
【０２０２】
【表６Ｆ】
2005501516.tif 000080
ＮＯＶ６ｃの核酸配列は、第１０染色体にマッピングされ、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：Ａ０１０４６｜ａｃｃ：Ａ０１０４６．１  ｍＲＮＡ（ヒトの胃リパーゼについてのＨ．ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡ）に対して同一な５５７塩基（８２７塩基中；６７％）を有する（Ｅ＝２．５ｅ−７１）。
【０２０３】
ＮＯＶ６ｃポリペプチド（配列番号３０）は３４９アミノ酸残基長であり、そしてこれを１文字アミノ酸コードを用いて表６Ｇに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果は、ＮＯＶ６ｃが、シグナルペプチドを有して、０．８３０６の確実性でリソソーム（内腔）に局在するようであることを推測する。代替の実施形態では、ＮＯＶ６ｃポリペプチドは、０．３７００の確実性で細胞の外側に、０．２９４４の確実性でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に、または０．１０００の確実性で小胞体（膜）に位置する。ＳｉｇｎａｌＰは、アミノ酸１７位と１８位との間にＮＯＶ６ｂペプチドについてありそうな切断部位（すなわち、配列ＬＮＡ−ＧＧにおけるダッシュ）を推測する。
【０２０４】
【表６Ｇ】
2005501516.tif 000081
ＮＯＶ６ｃのアミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の３９５アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９Ｄ７９８タンパク質（２３１００５１Ｂ２１ＲＩＫタンパク質）に対して同一な１４３アミノ酸残基（２７８アミノ酸残基中；５１％）および類似な１８５アミノ酸残基（２７８アミノ酸残基中；６６％）を有する（Ｅ＝７．２ｅ−９９）。
【０２０５】
ＮＯＶ６ｃは、少なくとも以下の組織において発現される：プールされた哺乳動物組織。発現情報は、ＮＯＶ６ｃ配列の誘導体化において含まれたこの配列の組織供給源から導かれた。
【０２０６】
ＮＯＶ６ａ、ＮＯＶ６ｂおよびＮＯＶ６ｃは、表６Ｈにおけるアミノ酸のアラインメントにおいて示されるように、非常に緊密に類似している。
【０２０７】
【表６Ｈ】
2005501516.tif 000082
上記のＮＯＶ６タンパク質のいずれかに対する類似性は、上記に示したようなこれらが互いに類似する範囲で、他のＮＯＶ６タンパク質によって共有され得る。ＮＯＶ６に対する何らかの言及は、そうでないと示されない限り、ＮＯＶ６タンパク質の両方を一般に言及するとみなされる。
【０２０８】
ＮＯＶ６ａはまた、表６Ｉに列挙したＢＬＡＳＴＰデータに示されるようなアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２０９】
【表６Ｉ】
2005501516.tif 000083
これらの配列の相同性を、表６Ｊに示すＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図として示す。
【０２１０】
【表６Ｊ】
2005501516.tif 000084
2005501516.tif 000085
表６Ｋは、ＮＯＶ６に対するドメイン分析の結果からのドメインの説明を列挙する。これは、ＮＯＶ６配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特異性に類似した特性を有することを示す。
【０２１１】
【表６Ｋ】
2005501516.tif 000086
ＬＩＰＢは、体細胞ハイブリッドの研究（Ｖａｎ  Ｃｏｎｇら，１９８０）によって第１６染色体に割り当てられた。リソソーム酸性リパーゼ−Ａ（ＬＩＰＡ）は、おそらく対立遺伝子ウォルマン病およびコレステロールエステル貯蔵病において欠損している酵素である。リパーゼＡおよびリパーゼＢの異なった反応速度論的特性および物理的特性が、Ｗａｒｎｅｒら（１９８０）によって規定された。彼らは、ＬＩＰＳについての天然の基質が未知であること、およびＬＩＰＢがリソソームヒドロラーゼであるか明らかでないことを述べた。ＬＩＰＡは、コレステロールを遊離させることによって、細胞代謝において重要な役割を果たし得る。遊離したコレステロールは、さらなるコレステロール合成を抑制し、そして細胞内でのコレステロールのエステル化を刺激する。リソソーム酸性リパーゼ（ＬＩＰＡまたはＬＡＬ）（さもなければ、酸性コレステリルエステルヒドロラーゼとして公知）は、第１０染色体上の遺伝子（ＬＩＰＡ）によってコードされる。
【０２１２】
２つの主な疾患（より重篤な乳児発症ウォルマン病およびより軽度の後期発症コレステリルエステル貯蔵病（ＣＥＳＤ））は、表面上、ＬＩＰＡ遺伝子の異なる部分における変異によって引き起こされる。Ｗｏｌｍａｎら（Ｐｅｄｉａｔｒｉｃｓ  ２８：７４２−７５７，１９６１）は、内臓の関与が重要な特徴であり、約３ヶ月齢で死が起こる３つの同胞を記載した。黄色腫変化が、肝臓、副腎、脾臓、リンパ節、骨髄、小腸、肺および胸腺において観察され、そしてわずかな変化が、皮膚、網膜および中枢神経系において見られた。副腎は石灰化した。死は、腸の関与から生じる小腸の吸収不良に起因すると考えられた。親（ペルシャ系ユダヤ人）は、いとこであった。血漿中の脂質は、正常であるか中程度に上昇していた。いくつかの特徴によって、この実体が、高コレステロール血症および高脂血症とは異なることが示唆された（参照のこと）。３つの症例（第一は米国由来）は、Ｃｒｏｃｋｅｒら（Ｐｅｄｉａｔｒｉｃｓ  ３５：６２７−６４０，１９６５）によって報告され、Ｃｒｏｃｋｅｒらは、民族性については何の情報も与えなかった。比較的非特異的な臨床像は、乏しい体重増加、嘔吐、下痢、異常な隆起を伴う増大する肝脾腫大、および２〜４ヶ月齢までの栄養欠損による死亡を含む。ニーマン−ピック病（２５７２００）においてのように、泡沫細胞は、骨髄において見出され、そして空胞のあるリンパ球は末梢血に見出される。副腎のびまん性斑点状カルシウム化は代表的である。播種性泡沫細胞浸潤が、多くの器官のいて見出される。コレステロールの大きな増大が器官において見出される。Ｋｏｎｎｏら（Ｔｏｈｏｋｕ  Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．９０：３７５−３８９，１９９６）は、３人の罹患同胞を有する日本人家族を報告した。Ｓｐｉｅｇｅｌ−Ａｄｏｌｆら（Ｃｏｎｆｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．２８：３９９−４０６，１９６６）は、アメリカ人家族における３人の罹患同胞を報告した。
【０２１３】
ＰａｔｒｉｃｋおよびＬａｋｅ（Ｎａｔｕｒｅ  ２２２：１０６７−１０６８，１９６９）は、罹患者の組織中のリソソームにおいてトリグリセリドおよびコレステロールエステルの進行性蓄積を明らかにもたらす、酸性リパーゼ（コレステリルエステルヒドロラーゼ；ＥＣ  ３．１．１．１３）欠損を実証した。Ｌｏｕｇｈら（Ａｒｃｈ．Ｐａｔｈ．８９：１０３−１１０，１９７０）は、カルシウム化副腎が生後５日目に実証されるギリシャ人家系の罹患した乳児を記載した。ＹｏｕｎｇおよびＰａｔｒｉｃｋ（Ａｒｃｈ．Ｄｉｓ．Ｃｈｉｌｄ．４５：６６４−６６８，１９７０）は、急性乳児形態においてと同じ生化学的変化および組織学的変化を有するが、発症がより遅く、劇症経過がずっと少ない、症例の経験についてコメントした。彼らの症例の１つは、８歳まで生存して良好であり、このことは、中程度の肝腫以外には臨床的異常がないことを示した。この同じ酵素は、全ての症例において欠損している。それゆえ、彼らは、全体のグループについて用語「酸性リパーゼ不全」を示唆し、ウォルマン病を急性乳児形態についての名称とすることを示唆した。ＢｕｒｔｏｎおよびＲｅｅｄ（Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．３３：２０３−２０８，１９８１）は、３人のウォルマン病患者および３人のコレステロールエステル貯蔵病患者の線維芽細胞中の、酸性リパーゼに対する抗体と交叉反応する物質を実証した。ＣＲＭの定量は、両方の細胞型における正常なレベルを示した。酵素活性は、ウォルマン病線維芽細胞において約２００倍減少し、そしてコレステロールエステル貯蔵病細胞において５０倍〜１００倍減少した。おそらく、コレステロールエステル貯蔵病は、ウォルマン病に対して対立遺伝子的な障害である（ＡｓｓｍａｎｎおよびＦｒｅｄｒｉｃｋｓｏｎ：Ａｃｉｄ  ｌｉｐａｓｅ  ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ（Ｗｏｌｍａｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｎｄ  ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｙｌ  ｅｓｔｅｒ  ｓｔｏｒａｇｅ  ｄｉｓｅａｓｅ），Ｓｔａｎｂｕｒｙ，Ｊ．Ｂ．；Ｗｙｎｇａａｒｄｅｎ，Ｊ．Ｂ．；Ｆｒｅｄｒｉｃｋｓｏｎ，Ｄ．Ｓ．；Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ，Ｊ．Ｌ．；Ｂｒｏｗｎ，Ｍ．Ｓ．；Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｉｎｈｅｒｉｔｅｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ（出版社）（第５版）１９８３．８０３−８１９頁）が、細胞融合研究のような実験は、発明者の知るところでは、この事実を確立するためには行われていない。ウォルマン病およびコレステリルエスエル貯蔵病の対立遺伝子的性質を支持するのは、可能な遺伝的複合物、すなわち、中間の重篤度の症例の出現である（ＳｃｈｍｉｔｚおよびＡｓｓｍａｎｎ：Ａｃｉｄ  ｌｉｐａｓｅ  ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ：Ｗｏｌｍａｎ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｎｄ  ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｙｌ  ｅｓｔｅｒ  ｓｔｏｒａｇｅ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｓｃｒｉｖｅｒ，Ｃ．Ｒ．；Ｂｅａｕｄｅｔ，Ａ．Ｌ．；Ｓｌｙ，Ｗ．Ｓ．；Ｖａｌｌｅ，Ｄ．：Ｔｈｅ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｉｎｈｅｒｉｔｅｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ（出版社）（第６版）１９８９．１６２３−１６４４頁）。
【０２１４】
ウォルマン病およびコレステリルエスエル貯蔵病の両方において、Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅら（Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．２９：３６０−３６８，１９８６）は、尿中に脱落した腎臓の尿細管細胞が、コレステリルエステルおよびトリアシルグリセロールを持っていること、ならびにＬＩＰＡがこれらの細胞で欠けていることを実証した。ＹｏｓｈｉｄａおよびＫｕｒｉｙａｍａ（Ｌａｂ．Ａｎｉｍａｌ  Ｓｃｉ．４０：４８６−４８９，１９９０）は、ラットにおけるリソソーム酸性リパーゼ欠損を記載した。Ｒｏｙｔｔａら（Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．４２：１−７，１９９２）は、オーランド諸島における罹患した１ヶ月齢の少女の症例（ウォルマン病の最初に公開されたスカンジナビア人例）を報告した。皮膚生検によって、１９５０年代の間に約３ヶ月齢で死亡したオーランド諸島の２人の同胞において見られた細胞質蓄積と同一の細胞質蓄積が示された。家系学的分析によって、２つの家族が、１７世紀の間の同じ制限された地域由来の先祖および共通の先祖を有することが示された。罹患した２人の同胞の親は、小さな島で生まれ、そして「多くの異なる方法で」互いに関連付けられた。Ｓｃｈｉｆｆら（Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．４４：５３８−５４６，１９６８）は、１０代の兄弟および姉妹（彼らの肝臓は色がオレンジ色であった）における肝臓におけるコレステロールエステル貯蔵病を記載した。４人のより若い同胞は、より軽度の変化を示した。親は、関連することは知られていなかった。コレステロールエステルおよびトリグリセリドの組織蓄積は、この疾患およびウォルマン病の両方において生じる。化学的異常および酵素的異常は類似する。表現型的発現における顕著な差異は、説明されないが、ハーラー症候群とシャイエ症候群との間、乳児後期型異染性白質萎縮と成人型異染性白質萎縮との間、および古典的形態（Ａ型）のニーマン−ピック病と内臓形態（Ｂ型）のニーマン−ピック病との間の差異に匹敵する。これらの各々は、おそらく、一対の対立遺伝子障害である。
【０２１５】
ウォルマン病とは対照的に、コレステロールエステル貯蔵病は比較的良性である；しかし、１組の兄弟姉妹において、３人の姉妹は、急性肝不全によって、７歳、９歳および１７歳で死亡した（Ｂｅａｕｄｅｔら，Ｊ．Ｐｅｄｉａｔ．９０：９１０−９１４，１９７７）。動脈にける中性脂肪およびコレステロールエステルの蓄積は、罹患者をアテローム性動脈硬化に罹患しやすくする。高コレステロール血症は、普通である。大肝腫および肝臓線維症は、食道静脈瘤をもたらし得る。ウォルマン病およびこの障害の両方において欠損している酵素である、リソソーム酸性リパーゼＡは、３つの酸性リパーゼアイソザイムのうちの１つである。リパーゼＢおよびリパーゼＣの役割は未知である。Ｂｅｓｌｅｙら（Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．２６：１９５−２０３，１９８４）は、アイルランドにおいて観察された最初の患者を報告した。次いで、肝腫および骨髄にシーブルー組織球を有する３９歳で、この患者は、２１歳から、全身の倦怠感および下痢の再発期間に罹っている。Ｄｅｓａｉら（Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．２６：６８９−６９８，１９８７）は、危険性のある胎児由来の培養羊膜細胞（ａｍｎｉｏｃｙｔｅ）において欠損したリソソーム酸性リパーゼ活性の実証によって、この障害の出生前診断を行った。１７週目の罹患した胎児におけるこの知見は、記載された。大リソソームコレステロールおよび脂質蓄積は、胎児の肝臓細胞、副腎細胞および合胞体層において実証された。特に注目されたのは、胎児副腎における広範囲の壊死の知見であった。副腎の壊死は、これらの患者において後に観察されたカルシウム化に先行し得る。Ｃａｇｌｅら（Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．２４：７１１−７２２，１９８６）は、ＣＥＳＤを有する患者は、肺高血圧症を発症する危険性があると結論した。このようなことは、１８歳で死亡した１５歳の患者において認められていた。Ｄｉ  Ｂｉｓｃｅｇｌｉｅら（Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  １１：７６４−７７２，１９９０）は、血清リポタンパク質濃度にも肝臓の組織病理にも、ロバスタチン（コレステロール低化剤）での処置の１２ヶ月以上後まで顕著な変化が見られないことを実証し得た。ＹｏｋｏｙａｍａおよびＭｃＣｏｙ（Ｊ．Ｉｎｈｅｒｉｔ．Ｍｅｔａｂ．Ｄｉｓ．１５：２９１−２９２，１９９２）は、組み合わせたコレスチラミンおよびロバスタチン治療を用いて何らかの改善を観察した。Ｋｏｃｈら（Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ．Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔ．２５：１７４，１９７９；Ｓｏｍａｔ．Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔ．７：３４５−３５８，１９８１）は、リソソーム酸性リパーゼＡを、ヒト−チャイニーズハムスター体細胞ハイブリッドによって、第１０染色体に割り当てた。ＧＯＴ１（１３８１８０）との密接な一致から判断して、これらの遺伝子座は、１０の長腕に共に近接し得る。リパーゼＡは、マウスにおいて第１９染色体によってコードされる（Ｋｏｃｈら，１９８１）。
【０２１６】
可溶性グルタミン酸オキザロ酢酸トランスアミナーゼ（１３８１８０）はまた、ヒトにおいて第１０ｑ染色体に、そしてマウスにおいて１９に存在する。蛍光インサイチュハイブリダイゼーションによって、Ａｎｄｅｒｓｏｎら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １５：２４５−２４７，１９９３）は、ＬＩＰＡ遺伝子座を１０ｑ２３．２−ｑ．２３．３にマッピングした。これは、１０ｑ２６．１での膵臓リパーゼ（２４６６００）についての遺伝子座とは明らかに別個であった。ＡｎｄｅｒｓｏｎおよびＳａｎｄｏ（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６：２２４７９−２２４８４，１９９１）は、２．６ｋｂのｃＤＮＡヌクレオチド配列から推定されたＬＡＬのアミノ酸配列が、ヒトの胃リパーゼ（これは、摂取されたトリグリセリドの十二指腸前分解に関与する）のアミノ酸配列と５８％同一であることを報告した。Ａｓｌａｎｉｄｉｓら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２０：３２９−３３１，１９９４）は、各エキソンにハイブリダイズするゲノムＥｃｏＲＩおよびＳａｃＩフラグメントの大きさと一緒に、ＬＩＰＡ遺伝子（これは、１０個のエキソンからなる）のエキソン構造をまとめた。推定プロモーター領域のＤＮＡ配列が提示された。Ａｎｄｅｒｓｏｎら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９１：２７１８−２７２２，１９９４）は、ＬＩＰＡについての遺伝子を単離して配列決定した。彼らは、これが、ゲノムＤＮＡの３６ｋｂにわたって広がっていることを見出した。５−プライム隣接領域はＧＣリッチであり、そして「ハウスキーピング」遺伝子のプロモーターの特徴を有する。Ａｓｌａｎｉｄｉｓら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ３３：８５−９３，１９９６）は、著しくより重篤な経過のウォルマン病が、残りの酵素活性が全くないＬＡＬの遺伝欠損によって引き起こされるという証拠を提供した。ＣＥＳＤ患者では、エキソン８スプライスドナー部位の−１位でのＧからＡへのトランジションが、この対立遺伝子から生じるｍＲＮＡの９７％においてエキソン８のスキップをもたらし、一方、３％が正確にスプライスされて全長ＬＡＬ酵素となった。
【０２１７】
Ｐａｇａｎｉら（Ｈｕｍ．Ｍｏｌｅｃ．Ｇｅｎｅｔ．５：１６１１−１６１７，１９９６）は、３人の患者におけるＣＥＳＤの分子的基礎を記載した。彼らは、ＬＡＬ  ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡの配列分析によって変異を同定した。この疾患の直接的原因としての変異の役割は、ＬＡＬ変異体でトランスフェクトした細胞由来の抽出物のＬＡＬ酵素活性を測定することによって確認された。３人のＣＥＳＤ患者は、複合ヘテロ接合体であることが見出された。Ｐａｇａｎｉら（１９９６）は、３つの異なるミスセンス変異、２つのスプライシング欠損およびｎｕｌｌ対立遺伝子を同定した。Ｄｕら（Ｈｕｍ．Ｍｏｌｅｃ．Ｇｅｎｅｔ．７：１３４７−１３５４，１９９８）は、マウス遺伝子の破壊を標的化することにより生成されたｎｕｌｌ変異によるリソソーム酸性リパーゼ欠損のマウスモデルを生成した。ホモ接合体ノックアウトマウスは、Ｌｉｐ１のｍＲＮＡも、タンパク質も、酵素活性も生じなかった。このホモ接合性欠損マウスは、メンデル比で生まれ、誕生時は正常なようであり、そして成体への正常な発生に従った。しかし、トリグリセリドおよびコレステリルエステルの大蓄積は、いくつかの器官において生じた。２１日目までに、肝臓は、黄色から橙色を表し、そして正常より２倍まで大きくなった。蓄積したコレステリルエステルおよびトリグリセリドは、正常よりも約３０倍高かった。ヘテロ接合性マウスは、正常の約５０％の酵素活性を有し、そして脂質蓄積を示さなかった。雄性および雌性のホモ接合性欠損マウスは受精能があり、そして交配して子孫を生じ得た。このマウスモデルは、ヒトＣＥＳＤの表現型モデルであり、そしてヒトのウォルマン病の生化学的および組織病理学的模倣物である。対立遺伝子改変体（選択された例）。０００１  コレステリルエステル貯蔵病［ＬＩＰＡ，ＬＥＵ１７９ＰＲＯ］。
【０２１８】
ＣＥＳＤに罹患した２人の小児がいる家族において、ＭａｓｌｅｎおよびＩｌｌｉｎｇｗｏｒｔｈ（ｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５３（補遺）：Ａ９２６，１９９３）は、父から遺伝した対立遺伝子における、アミノ酸２５４−２７７に対応する、７２ｂｐの欠失、および母から遺伝した対立遺伝子における、１７９位のロイシンについてのプロリンの置換をもたらす、６３９位でのＴからＣへのトランジションについての複合ヘテロ接合性を見出した。０００６  ウォルマン病［ＬＩＰＡ，ＴＹＲ２２ＴＥＲ］。ウォルマン病を有する日本人患者においては、Ｆｕｊｉｙａｍａら（Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．８：３７７−３８０，１９９６）は、ＬＩＰＡ遺伝子のｔｙｒ２２からｔｅｒへの変異を同定した。この女性患者は、出生時に臍帯ヘルニア形成を有した。生後約３０日目に、この患者は、肝脾腫大ならびに下痢および嘔吐の頻繁なエピソードを伴う、腹部膨満を示した。腹部コンピュータ連動断層撮影は、大肝脾腫大およびカルシウム化を伴う副腎の腫脹を明らかにした。貧血および肝不全は、迅速に進行し、そしてこの患者は、１１４日目に死亡した。これらの患者は、いとこであった。姉は、類似の症状で生後８０日目に死亡した。
【０２１９】
本明細書中に開示されたＮＯＶ６のタンパク質および核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、細胞局在およびマップの位置は、ＮＯＶ６のリソソーム酸性リパーゼ様タンパク質が、リソソーム酸性リパーゼファミリーに特有の重要な構造的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。それゆえ、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断および治療適用において、ならびに研究ツールとして有用である。これらとしては、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとして役立つことが挙げられ、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである。これらとしてはまた、以下のような潜在的治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療薬、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療において有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する薬剤、ならびに（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０２２０】
本発明の核酸およびタンパク質は、種々の疾患および障害の診断および／または処置において適用を有する。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：重篤な乳児発症ウォルマン病およびより軽度の後期発症コレステリルエステル貯蔵病（ＣＥＳＤ）、肥満、糖尿病、フォンヒッペルリンダウ（ＶＨＬ）症候群、および膵炎、ならびに他の疾患、障害および状態。本発明のポリドーム（ｐｏｌｙｄｏｍ）様タンパク質をコードする新規核酸またはそのフラグメントは、診断適用において有用であり、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである。
【０２２１】
これらの物質は、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ６タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態では、意図されるＮＯＶ６エピトープは、約アミノ酸４０〜６０である。別の実施形態では、意図されるＮＯＶ６エピトープは、約アミノ酸７０〜８０である。他の特定の実施形態では、意図されるＮＯＶ６エピトープは、約アミノ酸９０〜９５、１１０〜１４０、１５０〜１５２、１５５〜１５７、２４０〜２５０、２７０〜２８０、３１０〜３１５および３２０〜３２５である。
【０２２２】
（ＮＯＶ７）
開示されるＮＯＶ７核酸（あるいは、本明細書中でＣＧ５６１４０−０１といわれる）は、新規トリプターゼ−４様タンパク質をコードし、そして表７Ａに示す１６０８ヌクレオチドの配列（配列番号３３）を含む。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＴＧコドンで始まってヌクレオチド１２７９〜１２８１のＴＧＡコドンで終わると同定された。表７Ａにおいて推定非翻訳領域に下線を付し、そして開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０２２３】
【表７Ａ】
2005501516.tif 000087
ＮＯＶ７の核酸配列は、第１６染色体にマッピングされ、そしてこの発明は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０３１３２９｜ａｃｃ：ＡＢ０３１３２９．１  ｍＲＮＡ（好塩基性セリンプロテアーゼについてのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｅｓｐ−１  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して同一な５８７塩基（８５３塩基中；６８％）を有する（Ｅ＝５．７ｅ−５８）。
【０２２４】
ＮＯＶ７ポリペプチド（配列番号３４）は４２６アミノ酸残基長であり、そしてこれを１文字アミノ酸コードを用いて表７Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果は、ＮＯＶ７が、シグナルペプチドを有して、０．５５００の確実性でリソソーム（内腔）に局在するようであることを推測する。代替の実施形態では、ＮＯＶ７ポリペプチドは、０．３７００の確実性で細胞の外側に、０．１９００の確実性で原形質膜に、または０．１０００の確実性で小胞体（膜）に位置する。ＳｉｇｎａｌＰは、アミノ酸１９位と２０位との間にＮＯＶ７ペプチドについてありそうな切断部位（すなわち、配列ＧＬＧ−ＫＰにおけるダッシュ）を推測する。
【０２２５】
【表７Ｂ】
2005501516.tif 000088
ＮＯＶ７のアミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）由来の３０５アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＪＨＪ７タンパク質（トリプターゼ４）に対して同一な１０５アミノ酸残基（１９９アミノ酸残基中；５２％）および類似な１４０アミノ酸残基（１９９アミノ酸残基中；７０％）を有する（Ｅ＝６．５ｅ−７３）。
【０２２６】
ＮＯＶ７は、少なくとも以下の組織で発現される：膵臓。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ供給源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれらに限定されない、本発明において含まれた配列の組織供給源を決定することによって導かれた。
【０２２７】
ＮＯＶ７はまた、表７Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２２８】
【表７Ｃ】
2005501516.tif 000089
これらの配列の相同性を、表７Ｄに示すＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図として示す。
【０２２９】
【表７Ｄ】
2005501516.tif 000090
2005501516.tif 000091
表７Ｅおよび表７Ｆは、ＮＯＶ７に対するドメイン分析の結果からのドメインの説明を記載する。これは、ＮＯＶ７配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０２３０】
【表７Ｅ】
2005501516.tif 000092
【０２３１】
【表７Ｆ】
2005501516.tif 000093
ヒトトリプターゼは、構造的に独特でかつ肥満細胞特異的なトリプシン様セリンプロテアーゼである。近年の生物学的調査および免疫学的調査は、トリプターゼを、多数のアレルギー状態および炎症状態（鼻炎、結膜炎および最も顕著な喘息を含む）の病因の媒介因子と推定した。増え続ける一連のデータによってさらに、トリプターゼは、特定の胃腸障害、皮膚障害および心臓血管障害にも推定された。とはいえ、強力および選択的なトリプターゼインヒビターが近年入手可能であるので、重要な治療標的としてもこのプロテアーゼの確認が促進されている。本明細書では、本発明者らは、４つのクラスの選択的トリプターゼインヒビターの設計および効力を記載する。これらの選択的プロテアーゼのうちの、最初の３つの型は、合成物であり、そして４つ目は、天然起源のものである：１）ペプチド性インヒビター（例えば、ＡＰＣ−３６６）、２）二塩基性インヒビター（すなわち、ペンタミジン様）、３）Ｚｎ（２＋）媒介インヒビター（すなわち、ＢＡＢＩＭ様）、および４）ヘパリンアンタゴニスト（例えば、ラクトフェリン）。これらのインヒビターは、アレルギーヒツジの気道および皮膚において試験されている。アレルゲンチャレンジの３０分前、ならびに４時間後および２４時間後の、各構造クラス由来のトリプターゼインヒビターのエアゾール投与は、用量応答様式で、後期相気管支収縮および気道過反応をなくす。さらに、ＡＰＣ−３６６の皮内注射は、抗原に対する皮膚応答をブロックする。これらの研究は、喘息およびおそらく他のアレルギー性疾患の処置に関するトリプターゼインヒビターのさらなる研究についての必須の概念証明を提供する。喘息の処置について現在第ＩＩ相試験にある、第一世代トリプターゼインヒビターＡＰＣ−３６６を用いた臨床研究からの結果は、この疾患におけるトリプターゼの病理学的役割についてのさらなる支持を提供する。Ａｘｙｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．でのトリプターゼインヒビター設計の領域における顕著な進歩としては、新規な亜鉛媒介セリンプロテアーゼインヒビター技術（本明細書中に記載される）および独特のクラスの極めて強力かつ選択的な二塩基性トリプターゼインヒビターが見出されたことが挙げられる。独立して、４−アミジノフェニルピルビン酸と複合体化した、活性なトリプターゼテトラマーのＸ線結晶構造が報告されている。これらの知見は、構造的に新規なトリプターゼインヒビターの設計ならびに肥満細胞トリプターゼ媒介障害の処置のための新規な薬物の開発をさらに加速すると予想される。
【０２３２】
本明細書中に開示されるＮＯＶ７のタンパク質および核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップの位置は、これが、セリンプロテアーゼファミリーに特有の重要な構造的および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。それゆえ、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断適用および治療適用において、ならびに調査ツールとして有用である。これらとしては、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとしての役割（ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである）、ならびに、例えば以下の潜在的治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療薬、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療において有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０２３３】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害、ならびに／または他の病理に関与する、潜在的診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：糖尿病、フォンヒッペルリンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵炎、肥満、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心不全、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化、強皮症、移植、受精能、子宮内膜症、ヒルシュスプルング病、クローン病、虫垂炎、ならびに他の同様の疾患、障害および状態。
【０２３４】
本発明の新規なトリプターゼ−４タンパク質をコードする新規な核酸またはそのフラグメントは、診断適用において有用であり、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ７タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態では、意図されるＮＯＶ７エピトープは、約アミノ酸１０〜１５である。別の実施形態では、意図されるＮＯＶ７エピトープは、約アミノ酸２０〜２５である。他の特定の実施形態では、意図されるＮＯＶ７エピトープは、約アミノ酸４０〜６０、７０〜８０、８０〜８５、１２０〜１６０、１８０〜２００、２２０〜２６０、２８０〜３００、３４０〜３６０および４２０〜４３０である。
【０２３５】
（ＮＯＶ８）
開示されるＮＯＶ８核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６１３４−０１と称される）は、新規Ｐ４５０様タンパク質をコードし、そして表８Ａに示す１５３９ヌクレオチドの配列（配列番号３５）を含む。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＴＧコドンで始まってヌクレオチド１５３７〜１５３９のＴＡＡコドンで終わると同定された。開始コドンおよび終止コドンは、表８Ａにおいて太字である。
【０２３６】
【表８Ａ】
2005501516.tif 000094
ＮＯＶ８の核酸配列は、第４染色体にマッピングされ、そしてＴｒｉｂｏｌｉｕｍ  ｃａｓｔａｎｅｕｍ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ２５１５４８｜ａｃｃ：ＡＦ２５１５４８．１  ｍＲＮＡ（Ｔｒｉｂｏｌｉｕｍ  ｃａｓｔａｎｅｕｍシトクロムＰ４５０モノオキシゲナーゼＣＹＰ４Ｑ４（ＣＹＰ４Ｑ４）ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して同一な１５８塩基（２５２塩基中；６２％）を有する（Ｅ＝１．５ｅ−０６）。
【０２３７】
ＮＯＶ８ポリペプチド（配列番号３６）は５１２アミノ酸残基長であり、そしてこれを１文字アミノ酸コードを用いて表８Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果は、ＮＯＶ８が、シグナルペプチドを有して、０．６０００の確実性で原形質膜に局在するようであることを推測する。代替の実施形態では、ＮＯＶ８ポリペプチドは、０．４０００の確実性でゴルジ体に、０．３１３１の確実性でミトコンドリア内膜腔に、または０．３０００の確実性で小胞体（膜）に位置する。ＳｉｇｎａｌＰは、アミノ酸３９位と４０位との間にＮＯＶ８ペプチドについてありそうな切断部位（すなわち、配列ＶＡＳ−ＹＡにおけるダッシュ）を推測する。
【０２３８】
【表８Ｂ】
2005501516.tif 000095
ＮＯＶ８のアミノ酸配列は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ（ショウジョウバエ）由来の５３５アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ９ＶＡ２７タンパク質（シトクロムＰ４５０  ４Ｃ３（ＥＣ  １．１４．−．−）（ＣＹＰＩＶＣ３））に対して同一な５７アミノ酸残基（１３１アミノ酸残基中；４３％）および類似な７７アミノ酸残基（１３１アミノ酸残基中；５８％）を有する（Ｅ＝１．６ｅ−４０）。
【０２３９】
ＮＯＶ８は、少なくとも以下の組織において発現される：肝臓、肺。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ供給源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれらに限定されない、本発明において含まれた配列の組織供給源を決定することによって導かれた。
【０２４０】
ＮＯＶ８はまた、表８Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２４１】
【表８Ｃ】
2005501516.tif 000096
これらの配列の相同性を、表８Ｄに示すＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図として示す。
【０２４２】
【表８Ｄ】
2005501516.tif 000097
2005501516.tif 000098
2005501516.tif 000099
Ｐ４５０遺伝子スーパーファミリーは、生物学的に多様なクラスのオキシダーゼ酵素である；このクラスのメンバーは、全ての生物に見出される。Ｐ４５０タンパク質は、ヒトにおいて臨床的および毒物学的に重要である；これらは、薬物および生物異物化合物の代謝、ならびにコレステロール、ステロイドおよび他の脂質の合成において主な酵素である。いくつかのＰ４５０遺伝子の誘導はまた、いくつかの型の癌についての危険因子であり得る。この多様な機能は、ヌクレオチド配列およびタンパク質配列の多様性に反映される；現在、１００を超えるヒトＰ４５０形態が記載されている。対立遺伝子形態の多くのシトクロムＰ４５０遺伝子は、定量的に異なる速度の薬物代謝を引き起こすと同定されており、それゆえ、安全かつ有効なヒトの薬学的治療剤の開発を考慮する際に重要である。［Ｅ．Ｔａｎａｋａ，Ｊ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  ＆  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ２４：３２３−３２９，１９９９に概説される］。
【０２４３】
本明細書中に開示されるＮＯＶ８のタンパク質および核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップの位置は、これが、Ｐ４５０ファミリーに特有の重要な構造的および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。それゆえ、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断適用および治療適用において、ならびに調査ツールとして有用である。これらとしては、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとしての役割（ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである）、ならびに、例えば以下の潜在的治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療薬、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療において有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、ならびに（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０２４４】
本発明のＰ４５０様タンパク質をコードする新規な核酸またはそのフラグメントは、診断適用において有用であり、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ８タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態では、意図されるＮＯＶ８エピトープは、約アミノ酸２０〜２５である。別の実施形態では、意図されるＮＯＶ８エピトープは、約アミノ酸８０〜８５である。他の特定の実施形態では、意図されるＮＯＶ８エピトープは、約アミノ酸１１０〜１１５、１４０〜１４５、２０２〜２０５、２２０〜３２０、３３０〜３３５、３８０〜４０５、４２０〜４２５および４９０〜５００である。
【０２４５】
（ＮＯＶ９）
開示されるＮＯＶ９核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２０７−０１と称される）は、新規ミツグミン（ｍｉｔｓｕｇｕｍｉｎ）２９様タンパク質をコードし、そして表９Ａに示す８１３ヌクレオチドの配列（配列番号３７）を含む。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１で始まってヌクレオチド８０５〜８０７のＴＡＡコドンで終わると同定された。終止コドンの下流の推定非翻訳領域に表９Ａにおいて下線を付し、そして終止コドンは太字である。
【０２４６】
【表９Ａ】
2005501516.tif 000100
ＮＯＶ９の核酸配列は、第３染色体にマッピングされ、そしてＯｒｙｃｔｏｌａｇｕｓ  ｃｕｎｉｃｕｌｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ００４８１６｜ａｃｃ：ＡＢ００４８１６．１  ｍＲＮＡ（ミツグミン２９についてのＯｒｙｃｔｏｌａｇｕｓ  ｃｕｎｉｃｕｌｕｓ  ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して同一な６０６塩基（６７６塩基中；８９％）を有する（Ｅ＝２．０ｅ−１１６）。
【０２４７】
ＮＯＶ９ポリペプチド（配列番号３７）は２６８アミノ酸残基長であり、そしてこれを１文字アミノ酸コードを用いて表９Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果は、ＮＯＶ９が、シグナルペプチドを有して、０．６０００の確実性で原形質膜に局在するようであることを推測する。代替の実施形態では、ＮＯＶ９ポリペプチドは、０．４０００の確実性でゴルジ体に、０．３０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．３０００の確実性でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に位置する。ＳｉｇｎａｌＰは、アミノ酸５０位と５１位との間にＮＯＶ９ペプチドについてありそうな切断部位（すなわち、配列ＳＣＧ−ＳＹにおけるダッシュ）を推測する。
【０２４８】
【表９Ｂ】
2005501516.tif 000101
ＮＯＶ９のアミノ酸配列は、Ｏｒｙｃｔｏｌａｇｕｓ  ｃｕｎｉｃｕｌｕｓ（ウサギ）由来の２６４アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ６２６４６タンパク質（ミツグミン２９）に対して同一な２２３アミノ酸残基（２６８アミノ酸残基中；８３％）および類似な２３５アミノ酸残基（２６８アミノ酸残基中；８７％）を有する（Ｅ＝７．９ｅ−１１５）。
【０２４９】
ＮＯＶ９は、少なくとも以下の組織で発現される：脳、骨格筋、心臓。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ供給源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれらに限定されない、本発明において含まれた配列の組織供給源を決定することによって導かれた。
【０２５０】
ＮＯＶ９についての見出された可能な小さなヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を表９Ｃに列挙する。
【０２５１】
【表９Ｃ】
2005501516.tif 000102
ＮＯＶ９はまた、表９Ｄに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２５２】
【表９Ｄ】
2005501516.tif 000103
これらの配列の相同性を、表９Ｅに示すＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図として示す。
【０２５３】
【表９Ｅ】
2005501516.tif 000104
2005501516.tif 000105
シナプトフィシンおよびシナプトポーリン（ｓｙｎａｐｔｏｐｏｒｉｎ）は、関連する糖タンパク質である；これらは、特定のクラスの小さな神経分泌小胞の主な内在性膜タンパク質であるが、これらはまた、種々の非内分泌細胞においても見出され得る［１，２］。このポリペプチド鎖は、膜を４回貫通し、そしておそらく、イオンまたは溶媒のチャネルとして作用する。
【０２５４】
近年、骨格筋中の三つ組連結部に独特のミツグミン２９は、シナプトフィシンファミリーの新規メンバーとして同定された；このファミリーのメンバーは、４つの膜貫通セグメントのメンバーであり、そして細胞内小胞に分布する。マウスミツグミン２９のｃＤＮＡおよびこの遺伝子を含むゲノムＤＮＡは、単離されて分析されている。ミツグミン２９位は、エキソン−イントロン構成においてシナプトフィシン遺伝子に密接に関連するマウスの第３染色体Ｆ３−Ｈ２にマッピングされており、このことは、これらが、分子進化において密接な関連にあることを示す。ＲＮＡブロットハイブリダイゼーションおよび免疫ブロット分析によって、ミツグミン２９が、骨格筋において豊富に発現され、そして腎臓においてより低いレベルで発現されることが明らかになった。免疫蛍光顕微鏡法によって、ミツグミン２９が、腎臓の近位細管細胞および遠位細管細胞の細胞質領域に特異的に存在することが実証された。得られた結果は、ミツグミン２９が、骨格筋および腎臓の細管細胞における特化した小胞体系の形成に関与することを示唆し得る。
【０２５５】
骨格筋では、興奮−収縮（Ｅ−Ｃ）カップリングは、陥入した表面膜（すなわち、横行（Ｔ型）細管）の分極シグナルの、筋小胞体（ＳＲ）からのＣａ２＋放出への変換を必要とする。シグナル伝達は、Ｔ型の細管とＳＲとの間の連結複合体（三つ組連結部と称される）で生じる。この連結複合体は、Ｅ−Ｃカップリングに必須の２つの成分（すなわち、Ｔ型の細管電圧センサーとしてのジヒドロピリジンレセプターおよびＳＲ  Ｃａ２＋放出チャネルとしてのリアノジンレセプター）を含む。しかし、この２つのレセプターの機能的発現は、培養細胞において、シグナル伝達系も、表面膜と細胞内膜との間の連結部も構成しないようであり、このことは、未だ未知のいくつかの分子が両方の機構に関与することを示唆した。さらに、三つ組連結部の形成の分子的基礎は、全体として未知である。それゆえ、この三つ組連結部に局在する成分を調べることが重要である。それゆえ、本発明者らは、骨格筋中の三つ組連結部由来の新規膜貫通タンパク質であるミツグミン２９の、モノクローナル抗体を用いた同定およびｃＤＮＡクローニングによる一次構造を報告する。このタンパク質は、シナプトフィシンファミリーのメンバーとアミノ酸配列が相同であり、そして特徴的構造特性を共有する。細胞内分布およびタンパク質構造は、ミツグミン２９が、Ｔ型の細管と連結部のＳＲ膜との連絡に関与することを示唆する。
【０２５６】
４つの膜貫通セグメントを有し、そして細胞内膜（シナプス小胞を含む）に基本的に分布する、シナプトフィシンファミリーのメンバーの生理学的役割は、今だに確立されていない。近年、ミツグミン２９（ＭＧ２９）は、骨格筋由来のシナプトフィシンファミリーの新規メンバーと同定された。ＭＧ２９は、細胞表面横行（Ｔ型）細管と筋小体（ＳＲ）との間の連結部膜複合体（三つ組連結部と呼ばれる）に発現され、ここで、脱分極シグナルが、ＳＲからのＣａ（２＋）放出へと変換される。この研究において、本発明者らは、ノックアウトマウスを作製することによって、ＭＧ２９の生物学的機能を調べた。ＭＧ２９欠損マウスは、正常な健康および生殖を示したが、体重がわずかに減少していた。三つ組連結部の膜の超微細構造異常（すなわち、膨張したＴ型細管、不規則なＳＲ構造および三つ組連結部の部分的誤形成）が、変異体マウス由来の骨格筋において検出された。変異体の筋肉では、明らかに正常な持続性筋強直緊張が観察され、一方、単収縮緊張はわずかに減少した。さらに、変異体筋肉は、Ｃａ（２＋）が存在しない条件下での単収縮緊張のより速い減少を示した。変異体筋肉の形態学的異常および機能的異常は、互いに関連するようであり、そしてＭＧ２９が膜構造の微妙な点および骨格筋三つ組連結部における有効な興奮−収縮カップリングの両方に必須であることを示す。本発明者らの結果はさらに、細胞表面と細胞内膜との間の連結部複合体の正確な形成におけるシナプトフィシンファミリーのメンバーとしてのＭＧ２９の役割を示す。
【０２５７】
本明細書中に開示されるＮＯＶ９のタンパク質および核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップの位置は、これが、ミツグミン２９ファミリーに特有の重要な構造的および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。それゆえ、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断適用および治療適用において、ならびに調査ツールとして有用である。これらとしては、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとしての役割（ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである）、ならびに例えば以下の潜在的治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療薬、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療において有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０２５８】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害、ならびに／または他の病理に関与する、潜在的診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：ヴィスコット−オールドリッチ症候群、オールドリッチ症候群、湿疹（ｅｃｚｅｍａ）−血小板減少−免疫不全症候群、血小板減少、夜盲、筋萎縮性側索硬化症、バッテン病、セロイド脂褐素症、レット症候群、ピック病（葉萎縮）、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心臓欠損、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化、硬皮症、肥満、移植、フォンヒッペルリンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性小児麻痺、癲癇、レッシュ−ノイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質萎縮、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、ならびに他の同様の疾患、障害および状態。本発明の核酸およびタンパク質は、以下の種々の疾患および障害、ならびに／または他の病理に関与する、潜在的診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：糖尿病、フォンヒッペルリンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵炎、肥満、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心臓欠損、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化、硬皮症、移植、受精能、子宮内膜症、ヒルシュスプルング病、クローン病、虫垂炎、ならびに他の同様の疾患、障害および状態。
【０２５９】
本発明のミツグミン２９タンパク質をコードする新規な核酸、またはそのフラグメントは、診断適用において有用であり、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである。これらの物質は、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ９タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態では、意図されるＮＯＶ９エピトープは、約アミノ酸２０〜２５である。別の実施形態では、意図されるＮＯＶ９エピトープは、約アミノ酸３０〜３５である。他の特定の実施形態では、意図されるＮＯＶ９エピトープは、約アミノ酸６０〜６５、７５〜１０５、１４５〜１５５、１７０〜１７５、１８０〜１８５および２４０〜２６０である。
【０２６０】
（ＮＯＶ１０）
開示されるＮＯＶ１０核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６１２７−０１と称される）は、新規なマイクロモル濃度のカルシウムで活性化される中性プロテアーゼ１様タンパク質をコードし、そして表１０Ａに示す２５４２ヌクレオチドの配列（配列番号３９）を含む。成熟タンパク質についてのオープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２６０〜２６２のＡＴＧコドンで始まってヌクレオチド２３１８〜２３２０のＴＡＡコドンで終わると同定された。表１０Ａにおいては、終止コドンの下流の推定非翻訳領域および開始コドンの上流の推定非翻訳領域に下線を付し、そして開始コドンおよび終止コドンは太字である。
【０２６１】
【表１０Ａ】
2005501516.tif 000106
ＮＯＶ１０の核酸配列は、第２染色体にマッピングされ、そしてＢｏｓ  ｔａｕｒｕｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ２２１１２９｜ａｃｃ：ＡＦ２２１１２９．１  ｍＲＮＡ（Ｂｏｓ  ｔａｕｒｕｓのマイクロモル濃度のカルシウム依存性中性プロテアーゼラージサブユニット（ＣＡＰＮ１）ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して同一な５７４塩基（９０９塩基中；６３％）を有する（Ｅ＝１．４ｅ−３１）。
【０２６２】
ＮＯＶ１０ポリペプチド（配列番号３９）は６８６アミノ酸残基長であり、そしてこれを１文字アミノ酸コードを用いて表１０Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果は、ＮＯＶ１０が、０．７４８０の確実性でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に局在するようであることを推測する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１０ポリペプチドは、０．７０００の確実性で原形質膜に、０．２０００の確実性で小胞体（内腔）に、または０．１０００の確実性でミトコンドリア内膜に位置する。
【０２６３】
【表１０Ｂ】
2005501516.tif 000107
ＮＯＶ１０のアミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ（ラット）由来の７０３アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ６４６９８タンパク質（カルパイン、ラージ（触媒）サブユニット（ＥＣ  ３．４．２２．１．７）（カルシウム活性化中性プロテイナーゼ）（ＣＡＮＰ）（胃特異的カルシウム活性化中性プロテアーゼラージサブユニット）（ＮＣＬ２））に対して同一な１９４アミノ酸残基（５０３アミノ酸残基中；３８％）および類似な２５８アミノ酸残基（５０３アミノ酸残基中；５１％）を有する（Ｅ＝７．２ｅ−８０）。
【０２６４】
ＮＯＶ１０は、少なくとも以下の組織において発現される：膵臓、結腸、皮膚、肺、胸部、子宮、胎盤、リンパ、白血球搬出、眼および骨髄。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ供給源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれらに限定されない、本発明において含まれた配列の組織供給源を決定することによって導かれた。
【０２６５】
ＮＯＶ１０はまた、表１０Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２６６】
【表１０Ｃ】
2005501516.tif 000108
これらの配列の相同性を、表１０Ｄに示すＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図として示す。
【０２６７】
【表１０Ｄ】
2005501516.tif 000109
2005501516.tif 000110
2005501516.tif 000111
表１０Ｅおよび表１０Ｆは、ＮＯＶ１０に対するドメイン分析の結果からのドメインの説明を記載する。これは、ＮＯＶ１０配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０２６８】
【表１０Ｅ】
2005501516.tif 000112
【０２６９】
【表１０Ｆ】
2005501516.tif 000113
本明細書に記載される推定配列は、カルパインプロテアーゼファミリーに属する。カルパイン（すなわち、カルシウム活性化中性プロテアーゼ）は、非リソソーム性細胞内システインプロテアーゼである（Ｒｉｃｈａｒｄら）。カルパインは、カルシウムによって調節される多くの重要な細胞機能に関与する、細胞内プロテアーゼである。哺乳動物カルパインとしては、２つの遍在性タンパク質ＣＡＰＮ１およびＣＡＰＮ２、ならびに２つの胃特異的タンパク質、ならびにＣＡＰＮ３（これは、筋肉特異的である）が挙げられる。これらの遍在性酵素は、共通のスモールサブユニットに会合した別個のラージサブユニットを有するヘテロダイマーからなり、これらの全ては異なる遺伝子によってコードされる。組織特異的ラージサブユニットとスモールサブユニットとの会合は、実証されていない。カルパインのラージサブユニットは、４つのドメインに細分され得る；ドメインＩおよびＩＩＩ（これらの機能は未知のままである）は、既知のタンパク質に相同性を示さない。しかし、前者は、タンパク質分解活性の調節に重要であり得る。ドメインＩＩは、他のシステインプロテアーゼとの類似性を示し、これらは、それらの活性部位でヒスチジン、システインおよびアスパラギン残基を共有する。ドメインＩＶは、潜在的カルシウム結合部位である４つのＥＦ−ハンド構造を含む。さらに、既知の相同性を有さない３つの独特の領域（すなわち、ＮＳ、ＩＳ１およびＩＳ２（後者は、核トランスロケーションシグナルを含む））は、筋肉特異的ＣＡＰＮタンパク質に存在する。これらの領域は、ＣＡＰＮ３の筋肉特異的機能に重要であり得る（Ｒｉｃｈａｒｄら）。
【０２７０】
ヒトカルパイン３遺伝子における欠損が、近位四肢筋肉に主に罹患する遺伝性疾患である、四肢の帯状筋ジストロフィー２Ａ型（ＬＧＭＤ２Ａ）の原因であることが以前に示された。カルパイン３の機能およびＬＧＭＤ２Ａの病態生理学的機構をより良く理解するために、そしてまた、治療研究に適切なモデルを開発するために、本発明者らは、遺伝子標的化によって、ｃａｐｎ３欠損マウスを作製した。ｃａｐｎ３欠損マウスは、完全に受精能があり、そして生存可能である。異種交配子孫における対立遺伝子の伝達は、メンデルの法則からの統計的に有意な離脱を実証した。ｃａｐｎ３欠損マウスは、特定の群の筋肉に影響を与える、軽度の進行性筋ジストロフィーを示す。筋障害の特徴の出現齢は、遺伝的背景によって変動し、このことは、モディファイヤ遺伝子の関与を示唆する。罹患した筋肉は、ＬＧＭＤ２Ａ患者において見られたようなＩκＢα／核因子κＢ経路のアポトーシス関連変動を表す。さらに、筋線維のエバンスブルー染色は、カルパイン３欠損に起因する病理学的プロセスが、膜の変化に関連することを明らかにする（Ｒｉｃｈａｒｄら）。
【０２７１】
近年、カルパインは、シェーグレン症候群（ＳＳ）の発症におけるα−ホドリンタンパク質分解および組織破壊の進行に関与することが示唆された（Ｈａｙａｓｈｉら）。ＳＳは、不充分な分泌に起因して口の渇きおよび眼の乾燥の症状となる、唾液腺および涙腺におけるびまん性リンパ球浸潤によって特徴付けられる自己免疫疾患である。免疫学的因子、遺伝的因子および環境因子の組合せが、唾液腺および涙腺における自己免疫傷害の発症において重要な役割を果たし得ることが仮定されているが、ヒトにおけるＳＳの疾患の病因についてはほとんど知られていない。１２０ｋＤａのα−ホドリンは、動物モデルおよびＳＳ患者の両方においてＳＳの発症における重要な自己抗原であるが、ＳＳにおける組織破壊をもたらすα−ホドリン切断の機構は不明のままである。ＳＳについてのマウスモデルの唾液腺から精製した組織浸潤性ＣＤ４＋  Ｔ細胞は、大きな比率のＦａｓリガンドを保有し、そして唾液腺管は、アポトーシスレセプターＦａｓを保有する。抗Ｆａｓ抗体誘導性アポトーシス唾液腺細胞は、インビトロで、１２０ｋＤａのフラグメントへの特異的α−ホドリン切断をもたらす。カルパインとカスパーゼインヒビターペプチドとの組合せとのプレインキュベーションは、１２０ｋＤａのα−ホドリン切断の阻害の原因であり得る。従って、カルパインおよびカスパーゼを含むアポトーシスプロテアーゼ活性における増大は、ＳＳの発症におけるα−ホドリンタンパク質分解および組織破壊の進行に関与し得る（Ｈａｙａｓｈｉら）。
【０２７２】
本明細書に記載される新規配列が、カルパインプロテアーゼに類似した有用な特性および機能を有すると予想される。なぜなら、カルパイン型システインプロテアーゼ（Ｃ２ファミリー）ドメインが存在し、そしてカルパインＩＩＩに対する相同性があるからである。
【０２７３】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１０のタンパク質および核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップの位置は、これが、システインプロテアーゼファミリーに特有の重要な構造的および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。それゆえ、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的診断適用および治療適用において、ならびに調査ツールとして有用である。これらとしては、特異的または選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとしての役割（ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである）、ならびに、例えば以下の潜在的治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療薬、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療において有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０２７４】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害、ならびに／または他の病理に関与する、潜在的診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患している患者の処置に効力を有する：糖尿病、フォンヒッペルリンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵炎、肥満、高カルシウム血症、潰瘍、子宮内膜症、受精能、血友病、凝固能亢進症、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫疾患、アレルギー、免疫不全、移植、移植片対宿主病、乾癬、光線角化症、結節硬化、挫瘡、毛成長／喪失、アロペシア（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害、血友病、リンパ浮腫（ｌｙｍｐｈａｅｄｅｍａ）、ならびに他の同様の疾患、障害および状態。
【０２７５】
本発明のマイクロモル濃度のカルシウム活性化中性プロテアーゼー１タンパク質をコードする新規核酸またはそのフラグメントは、診断適用において有用であり、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価されるべきである。これらの物質は、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作製においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って作製され得る。開示されるＮＯＶ１０タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態では、意図されるＮＯＶ１０エピトープは、約アミノ酸５〜９０である。別の実施形態では、意図されるＮＯＶ１０エピトープは、約アミノ酸１０５〜１１０である。他の特定の実施形態では、意図されるＮＯＶ１０エピトープは、約アミノ酸１７０〜１８０、２３０〜３１０、３７０〜４００、４２０〜４３０、４５０〜４５５、４６０〜４６５、４８０〜４８５、５１０〜５１５、５７０〜５８０および６８０〜６９０である。
【０２７６】
（ＮＯＶ１１）
開示されるＮＯＶ１１核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６１７９−０１と称される）は、新規Ｐ２Ｘ２Ｃ様タンパク質をコードし、そして表１１Ａに示す１４２２ヌクレオチドの配列（配列番号４１）を含む。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＴＧ開始コドンで始まってヌクレオチド１４２０〜１４２２のＴＧＡコドンで終わると同定された。表１１Ａにおいて開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０２７７】
【表１１Ａ】
2005501516.tif 000114
ＮＯＶ１１の核酸配列は、第１染色体にマッピングされ、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ１９０８２４｜ａｃｃ：ＡＦ１９０８２４．１  ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  Ｐ２Ｘ２Ｃレセプター（Ｐ２Ｘ２）ｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）に対して同一な９９０塩基（９９１塩基中；９９％）を有する（Ｅ＝３．６ｅ−２９５）。
【０２７８】
ＮＯＶ１１ポリペプチド（配列番号４２）は４７３アミノ酸残基長であり、そしてこれを１文字アミノ酸コードを用いて表１１Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはハイドロパシーの結果は、ＮＯＶ１１が、シグナルペプチドを有して、０．６５７７の確実性でミトコンドリア内膜に局在するようであることを推測する。代替の実施形態では、ＮＯＶ１１ポリペプチドは、０．６５００の確実性で原形質膜に、０．３５５６の確実性でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に、または０．３０００の確実性でゴルジ体に位置する。ＳｉｇｎａｌＰは、アミノ酸６８位と６９位との間にＮＯＶ１１ペプチドについてありそうな切断部位（すなわち、配列ＳＹＱ−ＥＳにおけるダッシュ）を推測する。
【０２７９】
【表１１Ｂ】
2005501516.tif 000115
ＮＯＶ１１のアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の４４７アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＵＨＤ６タンパク質（Ｐ２Ｘ２Ｃセプター）に対して同一な３３０アミノ酸残基（３３０アミノ酸残基中；１００％）および類似な３３０アミノ酸残基（３３０アミノ酸残基中；１００％）を有する（Ｅ＝８．７ｅ−２４８）。
【０２８０】
ＮＯＶ１１は、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳；脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−Ｒａｊｉ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、骨髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ  ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ供給源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれらに限定されない、本発明において含まれた配列の組織供給源を決定することによって導かれた。
【０２８１】
ＮＯＶ１１について見出される可能な小さなヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を、表１１Ｃおよび表１１Ｄに列挙する。
【０２８２】
【表１１Ｃ】
2005501516.tif 000116
【０２８３】
【表１１Ｄ】
2005501516.tif 000117
ＮＯＶ１１はまた、表１１Ｅに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２８４】
【表１１Ｅ】
2005501516.tif 000118
これらの配列の相同性を、表１１Ｆに示すＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図として示す。
【０２８５】
【表１１Ｆ】
2005501516.tif 000119
2005501516.tif 000120
2005501516.tif 000121
表１１Ｇは、ＮＯＶ１１に対するドメイン分析の結果からのドメインの説明を記載する。これは、ＮＯＶ１１配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０２８６】
【表１１Ｇ】
2005501516.tif 000122
Ｐ２Ｘレセプターは、細胞外アデノシン５’−トリホスフェート（ＡＴＰ）によってコントロールされる（ｇａｔｅｄ）膜イオンチャネルであり；ヌクレオチドはまた、７つの膜貫通Ｇタンパク質結合レセプター（Ｐ２Ｙ）のファミリーを活性化する。Ｐ２Ｘレセプターは、哺乳動物細胞上に広範に発現され、これらは３つのグループに広く分化され得る。第１のグループは、ＡＴＰおよびそのアナログのαβメチレンＡＴＰ（αβｍｅＡＴＰ）によって、ほとんど等しく十分に活性化され、一方、第２のグループは、αβｍｅＡＴＰによって活性化されない。アゴニストの適用が数秒より長く続く場合、チェネルの開口が細胞透過化処理および細胞溶解の後に続くという事実によって、レセプターの第３のグループ型（Ｐ２Ｚと名付けられる）は、区別される。Ｐ２Ｘレセプターサブユニットをコードする７つのｃＤＮＡは、クローン化された。非相同的系において個別に発現される場合、Ｐ２Ｘ１およびＰ２Ｘ３サブユニットは、ＡＴＰまたはαβｍｅＡＴＰによって活性化されたチャネルを形成し；一方、Ｐ２Ｘ２、Ｐ２Ｘ４およびＰ２Ｘ５は、ＡＴＰによって活性化されたチャネルを形成するが、αβｍｅＡＴＰでは形成しない。Ｐ２Ｘ６レセプターは迅速に発現せず、そしてＰ２Ｘ７レセプターは、Ｐ２Ｚに対するそれらの特性において密接に対応する。２つのサブユニットが共発現される場合、さらなる表現型が生産され得、これはヘテロ多量体化を示す。電気生理学的な実験で分離する平滑筋および神経は、Ｐ２Ｘレセプターの３つの異なる表現型を示した：（１）迅速な脱感作（最も代表的な平滑筋のβメチレンＡＴＰ感受性応答）；（２）非脱感作（ＰＣ１２フェオクロモサイトーマ細胞およびラット優性頚部神経節ニューロンに特徴的なα，βメチレンＡＴＰ非感受性応答）；および（３）非脱感作（感覚性ニューロンにおいて観察されるα，βメチレンＡＴＰ感受性応答）。
【０２８７】
これら全てのプリン受容体は、類似のカチオン性および高いＣａ２＋透過性、ならびにスラミン、Ｃｉｂａｃｒｏｎ  ｂｌｕｅ、酸化ＡＴＰ、ピリドキサール−５−リン酸およびピリドキサルリン酸−６−アゾフェニル−２’，４’−ジスルホン酸による遮断に対する感受性を共有する。クローン化Ｐ２Ｘレセプター（ラットの精管およびＰＣ１２細胞由来）の２つの形態の非相同的発現は、互いのクローン化レセプターが著しい忠実度でネイティブな応答を再構成し得ることを示す。このような結果は、ホモオリゴマーのチャネルが、平滑筋、ＰＣ１２細胞およびいくつかのニューロン中でＰ２Ｘレセプターの単一サブユニットから形成され得ることを示唆する。ネイティブな細胞中で観察される第３の表現型は、クローン化レセプターのサブユニットの共アセンブリから生じ得る。しかし、共発現研究は、Ｐ２Ｘレセプターのこれら２つの形態が、ヘテロ多量体化しないことを示す。従って、非脱感作、感覚性ニューロンにおいて観察されるα，βメチレンＡＴＰ感受性応答は、異なるＰ２Ｘレセプターを生じるか、または１より多い異なるＰ２Ｘプリン受容体のヘテロ多量体化を生じる。
【０２８８】
現在公知である７つのＰ２ＸレセプターｃＤＮＡが存在する。６つのホモマー（Ｐ２Ｘ１、Ｐ２Ｘ２、Ｐ２Ｘ３、Ｐ２Ｘ４、Ｐ２Ｘ５、Ｐ２Ｘ７）および３つのヘテロマー（Ｐ２Ｘ２／Ｐ２Ｘ３、Ｐ２Ｘ４／Ｐ２Ｘ６、Ｐ２Ｘ１／Ｐ２Ｘ５）のＰ２Ｘレセプターチャネルは、非相同的発現系において特徴付けられた。ホモマーのＰ２Ｘ１レセプターおよびＰ２Ｘ３レセプターは、それらの迅速な脱感作、αβメチレンＡＴＰのアゴニスト作用および２’，３’−Ｏ−（２，４，６−トリニトロフェニル）−ＡＴＰによるブロックによって容易に区別可能である。Ｐ２Ｘ２レセプターは、低いｐＨによるそれらの相乗作用におけるホモマー形態の間で、特有である。ホモマーのＰ２Ｘ４レセプターは、セラミンおよびピリドキサル５−リン酸−６−アゾ−２’，４’−ジスルホン酸による拮抗作用に対してわずかに感受性である。ホモマーのＰ２Ｘ７レセプターは、２’，３’−Ｏ−（４−ベンゾイルベンゾイル）−ＡＴＰがＡＴＰより強力である形態のみである。ヘテロマーのＰ２Ｘ２／Ｐ２Ｘ３レセプターは、遅い脱感作動力学および低いｐＨによる相乗作用においてＰ２Ｘ２と共通し、そしてαβメチレンＡＴＰによる闘争性、および２’，３’−Ｏ−（２，４，６−トリニトロフェニル）−ＡＴＰによるブロックについてＰ２Ｘ３に類似する。リガンドコントロールイオンチャネル（ＡＴＰに応答性）のＰ２Ｘレセプターファミリーの７つのサブタイプは、同定され、ホモ多量体細孔、またはヘテロ多量体細孔を形成する。Ｐ２Ｘ３レセプターは、後根、三叉神経節および下神経節（特にレクチンＩＢ４を用いて標識された非ペプチド作動性亜集団）中の小二量体侵害受容感覚ニューロンで、主に選択的に発現される。Ｐ２Ｘ２／３標識はまた、脊髄の内部薄膜ＩＩならびに皮膚および内蔵に対する感覚神経突出中に存在するが、少しのレセプターは、骨格筋中に存在する。Ｐ２Ｘ３レセプターは、末梢神経損傷後に下方制御され、そしてこれらの発現は、神経膠細胞誘導神経栄養性因子によって調節され得る。感覚神経のＰ２Ｘレセプター活性化は、インビボでの疼痛モデル（ラットの後足および膝関節の調製を含む）および炎症性モデルにおいて示されている。ＣＮＳ中のＰ２Ｘ４および／またはＰ２Ｘ６レセプターはまた、疼痛経路に関するようである。感覚神経上の非侵害受容Ｐ２レセプター（これらは、迷走神経の求心性線維および遠心性神経線維に関する反射作用を開始する）は、筋肉内ならびに心臓および肺の感覚器末端に存在する。
【０２８９】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１１タンパク質およびＮＯＶ１１核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１１が、ＡＴＰ  Ｐ２Ｘレセプターファミリーに特徴的な重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用および研究ツールとして有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸診断マーカーおよび／もしくは核酸予後マーカーまたはタンパク質診断マーカーおよび／もしくはタンパク質予後マーカーとして役立つものが挙げられ、ここで、その核酸もしくはそのタンパク質の存在、またはその核酸もしくはそのタンパク質の量が評価され、そして、以下のような潜在的な治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０２９０】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的な診断適用および治療適用に有用である。例えば、感覚神経のＰ２Ｘレセプター活性化が、インビボでの疼痛モデル（ラットの後足および膝関節の調製を含む）および炎症性モデルにおいて示されているので、本発明の組成物は、疼痛に羅患している患者の処置に対して効果を有し得る。ＣＮＳ中のＰ２Ｘ４および／またはＰ２Ｘ６レセプターはまた、疼痛経路に関するようである。感覚神経上の非侵害性Ｐ２レセプター（これらは、迷走神経の求心性線維および遠心性神経線維に関する反射作用を開始する）は、筋肉内ならびに心臓および肺の感覚器末端に中に存在する（Ｂｒ  Ｊ  Ａｎａｅｓｔｈ  ２０００  Ａｐｒ；８４（４）：４７６−８８）。本発明の組成物はまた、以下に罹患する患者の処置に対して有効性を有する：糖尿病、肥満症、Ｘ症候群ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０２９１】
本発明のＰ２Ｘ２Ｃ様タンパク質をコードする新規核酸またはそれらのフラグメントは、診断的用途において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ１１タンパク質は、各々が免疫原として使用され得る、複数の親水性領域を有する。１つの実施形態では、企図されるＮＯＶ１１エピトープは、アミノ酸約５〜約１０である。別の実施形態では、企図されるＮＯＶ１１エピトープは、アミノ酸約２０〜約２５である。他の特定の実施形態では、企図されるＮＯＶ１１エピトープは、アミノ酸約４０〜約５０、約７０〜約８０、約９５〜約１０５、約１４０〜約１４８、約１９５〜約２１５、約２５０〜約３００、約３４０〜約３６０、約３７０〜約３８０、約４１０〜約４３０および約４５５〜約４６５である。
【０２９２】
（ＮＯＶ１２）
開示されたＮＯＶ１２核酸（ＣｕｒｅＧｅｎ登録番号ＣＧ５６１３２−０１と名付けられる）は、新規のＤＩＡＢＬＯ様タンパク質をコードし、そして表１２Ａに示される１８２３ヌクレオチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４３）を含む。オープンリーディングフレームが同定され、これは、ヌクレオチド３１〜３３においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１６０６〜１６０８においてＴＧＡコドンで終了する。開始コドンから上流の推定非翻訳領域および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、表１２Ａにおいて下線が引かれ、そして開始コドンおよび終止コドンは太字である。
【０２９３】
【表１２Ａ】
2005501516.tif 000123
本発明のＮＯＶ１２の核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ２００８１  ｆｉｓ、クローンＣＯＬ０３２４２）由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＫ００００８８｜ａｃｃ：ＡＫ００００８８．１  ｍＲＮＡに対して９１８塩基中９０９塩基（９９％）の同一性を有する（Ｅ＝９．３ｅ−１９８）。
【０２９４】
ＮＯＶ１２ポリペプチドは、（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４３）は、５２５アミノ酸残基であり、そして表１２Ｂに一文字コードを用いて表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１２が、おそらく０．８５００の確実性で小胞体（膜）に局在化されることを予測する。代替の実施形態において、ＮＯＶ１２ポリペプチドはまた、０．４４００の確実性で原形質膜に、０．３０８４の確実性でマイクロボディー（ペルオキシソーム）に、または０．１０００の確実性でミトコンドリア内膜に局在化される。
【０２９５】
【表１２Ｂ】
2005501516.tif 000124
ＮＯＶ１２のアミノ酸配列は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ（Ｆｒｕｉｔ  ｆｌｙ）由来６２３アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＮＧＸ７タンパク質（ＤＯＭＡＩＮ）に対して５２１アミノ酸残基中２２５アミノ酸残基（４３％）の同一性、そして５２１アミノ酸残基中３２４アミノ酸残基（６２％）の類似性を有する（Ｅ＝２．０ｅ−１０９）。
【０２９６】
本発明におけるＮＯＶ１２は、少なくとも以下の組織で発現される：包皮、視床下部、腎臓、前立腺、網膜、扁桃、胸部、生物全体。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。
【０２９７】
ＮＯＶ１２はまた、表１２Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列と相同性を有する。
【０２９８】
【表１２Ｃ】
2005501516.tif 000125
これらの配列の相同性を、表１２Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示する。
【０２９９】
【表１２Ｄ】
2005501516.tif 000126
2005501516.tif 000127
2005501516.tif 000128
表１２Ｅ、表１２Ｆおよび表１２Ｇは、ＮＯＶ１２に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＮＯＶ１２配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０３００】
【表１２Ｅ】
2005501516.tif 000129
【０３０１】
【表１２Ｆ】
2005501516.tif 000130
【０３０２】
【表１２Ｇ】
2005501516.tif 000131
アポトーシスまたはプログラム化された細胞死は、後生動物の発達およびカスパーゼによって行なわれるホメオスタシスにおいて必須のプロセスである。ＤＩＡＢＬＯタンパク質（低いｐＩを直接有するＩＡＰ結合タンパク質）は、カスパーゼに対するＩＡＰ（アポトーシスタンパク質のインヒビター）の阻害的効果を排除することによってアポトーシスにおける重大な機能を遂行する（１）。このタンパク質はまた、カスパーゼの二次ミトコンドリア誘導化アクチベーターのＳｍａｃとして公知である。ＤＩＡＢＬＯ／Ｓｍａｃは、通常ミトコンドリアタンパク質であるが、細胞がアポトーシスを経験する場合、細胞質ゾルに放出される。ミトコンドリアの移入およびそのシグナルペプチドの切断は、アポトーシス活性を増すためにＤＩＡＢＬＯ／Ｓｍａｃにとって必要である。さらに、ＤＩＡＢＬＯ／Ｓｍａｃの過剰発現は、アポトーシスの刺激薬に対する細胞感受性を増大することを示す（２）。
【０３０３】
本発明において記載されたタンパク質は、ＤＩＡＢＬＯ／Ｓｍａｃタンパク質と相同であり、従って、アポトーシスの役割を果たすことが予測される。これは、ＢＴＢ／ＰＯＺドメインならびにケルヒ（ｋｅｌｃｈ）モチーフの５コピーを含む。ＢＴＢ／ＰＯＺドメインは、ホモマーの二量体化およびある場合にはヘテロマーの二量体化を媒介することを示した（３）。ケルヒは、５０残基モチーフであり、これが最初に同定されたＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ変異体にちなんで名付けられた（４）。ケルヒ含有タンパク質の公知の機能は、多様である。本発明において記載された遺伝子は、第１４染色体にマップし、そしてこれに基づく発現パターンは、多くのヒト疾患（例えば、癌、炎症性疾患／自己免疫疾患、代謝疾患およびＣＮＳ障害など）に寄与し得る。さらに、新規ＤＩＡＢＬＯ様タンパク質は、おそらくアポトーシスを調節する機能を果たすので、この遺伝子は、診断ツールまたは予後ツールとして、および遺伝子治療において有用であり得る。
【０３０４】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１２タンパク質およびＮＯＶ１２核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１２が、ＤＩＡＢＬＯファミリーに特徴的な重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において、および研究ツールとして有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸診断マーカーおよび／もしくは核酸予後マーカーまたはタンパク質診断マーカーおよび／もしくはタンパク質予後マーカーとして役立つものが挙げられ、ここで、その核酸もしくはそのタンパク質の存在、またはその核酸もしくはそのタンパク質の量が評価され、そして、これらとしては以下のような潜在的な治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０３０５】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的な診断適用および治療適用に有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して有効性を有する：癌、外傷、細菌感染およびウイルス感染、再生（インビボおよびインビトロ）、受胎能、糖尿病、自己免疫疾患、腎動脈狭窄症、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、高カルシウム血症、レッシュ−ナイハン症候群、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、結節硬化症、内分泌障害、アルツハイマー病、発作、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性小児麻痺、てんかん、多発性硬化症、運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０３０６】
本発明のＤＩＡＢＬＯ様タンパク質をコードする新規核酸またはそれらのフラグメントは、診断的用途において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ１２タンパク質は、各々が免疫原として使用され得る、複数の親水性領域を有する。１つの実施形態では、企図されるＮＯＶ１２エピトープは、アミノ酸約５〜約７である。別の実施形態では、企図されるＮＯＶ１２エピトープは、アミノ酸約１０〜約１５である。他の特定の実施形態では、企図されるＮＯＶ１２エピトープは、アミノ酸約８０〜約９０、約１３０〜約１３５、約１４０〜約１４５、約１７０〜約１８０、約１９０〜約１９２、約１９８〜約２０５、約２２０〜約２７０、約２９５〜約３２０、約３４０〜約３７０、約４００〜約４１５、約４２０〜約４７０および約４９０〜約５００である。
【０３０７】
（ＮＯＶ１３）
開示されたＮＯＶ１３核酸（ＣｕｒｅＧｅｎ登録番号ＣＧ５６１９５−０１と名付けられる）は、新規のＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質様タンパク質をコードし、そして表１３Ａに示される１９７０ヌクレオチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４５）を含む。
【０３０８】
【表１３Ａ】
2005501516.tif 000132
2005501516.tif 000133
ＮＯＶ１３の核酸配列は、第２２染色体にマップし、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１３１３０  ｆｉｓ、クローンＮＴ２ＲＰ３００２９７２、ＨｒＰＥＴ−１のＨａｌｏｃｙｎｔｈｉａ  ｒｏｒｅｔｚｉ  ｍＲＮＡに対して弱い類似性）由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＫ０２３１９２｜ａｃｃ：ＡＫ０２３１９２．１  ｍＲＮＡに対して１２２８塩基中８９１塩基（７２％）の同一性を有する（Ｅ＝０．０）。
【０３０９】
ＮＯＶ１３ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４６）は、５０８アミノ酸残基であり、そして表１３Ｂに一文字コードを用いて表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１３が、おそらく、０．７０００の確実性で原形質膜に局在化されると予測される。別の実施形態において、ＮＯＶ１３は、おそらく０．３０００の確実性で核に、０．２０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性でミトコンドリア内膜に局在化される。
【０３１０】
【表１３Ｂ】
2005501516.tif 000134
ＮＯＶ１３のアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）（ＷＵＧＳＣ：Ｈ＿ＤＪ１３０Ｈ１６．２ＰＲＯＴＥＩＮ）由来４３８アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ７６０５３タンパク質に対して４３８アミノ酸残基中４３８アミノ酸残基（１００％）の同一性、および４３８アミノ酸残基中４３８アミノ酸残基（１００％）の類似性を有する。（Ｅ＝４．３ｅ−２４２）
ＮＯＶ１３は、少なくとも以下の組織で発現される：骨髄、脳、気管支、真皮、表皮、心臓、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、リンパ系組織、乳房。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。さらに、密接に関連したＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｃＤＮＡ  ＦＬＪ１３１３０  ｆｉｓ、クローンＮＴ２ＲＰ３００２９７２（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種におけるＨｒＰＥＴ−１ホモログのＨａｌｉｃｙｎｔｈｉａ  ｒｏｒｅｔｚｉ  ｍＲＮＡに対して弱い類似性）（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＫ０２３１９２｜ａｃｃ：ＡＫ０２３１９２．１）の発現パターンに起因して、この配列は、以下の組織において発現されることが予測される：精巣、卵巣、結腸、上皮小体、甲状腺、骨、脾臓、胃、頸、副腎、頭−頸。
【０３１１】
ＮＯＶ１３はまた、表１３Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列と相同性を有する。
【０３１２】
【表１３Ｃ】
2005501516.tif 000135
これらの配列の相同性を、表１３Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示する。
【０３１３】
【表１３Ｄ】
2005501516.tif 000136
2005501516.tif 000137
2005501516.tif 000138
表１３Ｅおよび表１３Ｆは、ＮＯＶ１３に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＮＯＶ１３配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０３１４】
【表１３Ｅ】
2005501516.tif 000139
【０３１５】
【表１３Ｆ】
2005501516.tif 000140
ＮＯＶ１３は、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ、マウスおよびヒトの間で、種を超えて高度に保存される。これは、膜に関連することが予測される。主な配列における高度な保存は、現在未知であるが、重要な生物学的機能を有することを示す。ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質はまた、植物接着分子と相同性を示し、ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質がおそらく細胞相互作用および細胞移動に関する細胞接着分子であることを示唆する。
【０３１６】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１３タンパク質およびＮＯＶ１３核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１３が、細胞接着分子ファミリーに特徴的な重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸診断マーカーおよび／もしくは核酸予後マーカーまたはタンパク質診断マーカーおよび／もしくはタンパク質予後マーカーとして役立つものが挙げられ、ここで、その核酸もしくはそのタンパク質の存在、またはその核酸もしくはそのタンパク質の量が評価され、そして、これらとしては、以下のような潜在的な治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０３１７】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的な診断適用および治療適用に有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して有効性を有する：心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心疾患、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室性（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵臓炎、受胎能、子宮内膜症、口内乾燥症、肝硬変症、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、自己免疫疾患、アレルギー、免疫欠損、対宿主性移植片病、リンパ水腫、血友病、凝固能亢進、アルツハイマー病、発作、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性小児麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、全身性エリテマトーデス、喘息、気腫、強皮症、ＡＲＤＳ、乾癬、光線性角化症、挫瘡、毛髪増殖／欠損、ａｌｌｏｐｅｃｉａ、色素沈着障害、内分泌障害、腎動脈狭窄症、間質性腎炎、糸球体腎炎、多発性嚢胞腎、全身性エリテマトーデス、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、レッシュ−ナイハン症候群、ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０３１８】
本発明のＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質をコードする新規核酸またはそれらのフラグメントは、診断的用途において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ１３タンパク質は、各々が免疫原として使用され得る、複数の親水性領域を有する。１つの実施形態では、企図されるＮＯＶ１３エピトープは、アミノ酸約２〜約７０である。別の実施形態では、企図されるＮＯＶ１３エピトープは、アミノ酸約９０〜約１２０である。他の特定の実施形態では、企図されるＮＯＶ１３エピトープは、アミノ酸約１２５〜約２００、約２１０〜約２１５、約２２０〜約２３０、約３１０〜約３２０、約３８０〜約３９０、約３９０〜約３９８、約４１０〜約４２５、および約４８０〜約５００である。
【０３１９】
（ＮＯＶ１４）
Ｂ７−Ｈ２様タンパク質をコードする、開示されたＮＯＶ１４核酸（ＣｕｒｅＧｅｎ登録番号ＣＧ５５７９０−０２と名付けられる）は、８２７０ヌクレオチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７）を含み、そして表１４Ａに示される。オープンリーディングフレームが同定され、ヌクレオチド２４〜２６においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１４４３〜１４４５においてＴＡＧコドンで終了する。終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、表１４Ａにおいて下線が引かれ、そして開始コドンおよび終止コドンは太字である。
【０３２０】
【表１４Ａ】
2005501516.tif 000141
2005501516.tif 000142
ＮＯＶ１４の核酸配列は、第２１染色体にマップし、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ゲノムＤＮＡ、染色体２１ｑ、位置９７／１０５）由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＰ００１７５３｜ａｃｃ：ＡＰ００１７５３．１  ｍＲＮＡに対して６０７塩基中４８０塩基（７９％）の同一性を有する（Ｅ＝１．５ｅ−１１７）。
【０３２１】
ＮＯＶ１４ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８）は、４７３アミノ酸残基であり、そして表１４Ｂに一文字コードを用いて表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１４がシグナルペプチド含み、そしておそらく０．４６００の確実性で原形質膜に局在化されることと予測する。別の実施形態において、ＮＯＶ１４は、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に、または０．１０００の確実性で細胞の外側に局在化される。ＮＯＶ１４ペプチドについて最も可能性のある切断部分は、アミノ酸１８と１９との間（ＬＲＡ−ＤＴ）である。
【０３２２】
【表１４Ｂ】
2005501516.tif 000143
ＮＯＶ１４のアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）（ＴＲＡＮＳＭＥＭＢＲＡＮＥ  ＰＲＯＴＥＩＮ  Ｂ７−Ｈ２  ＩＣＯＳ  ＬＩＧＡＮＤ）由来３０２アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＡＡＧ０１１７６タンパク質に対して３００アミノ酸残基中３００アミノ酸残基（１００％）の同一性、および３００アミノ酸残基中３００アミノ酸残基（１００％）の類似性を有する。（Ｅ＝７．３ｅ−１６０）
ＮＯＶ１４は、少なくとも以下の組織で発現される：骨髄、脳、視床、脂肪、扁桃、骨、心臓、腎臓、リンパ系組織、乳腺／胸部、卵巣、膵臓、末梢血、前立腺、視床、扁桃、膀胱、子宮、外陰部、生物全体、垂、気管支、軟骨、心臓、腎臓、肺、リンパ節、胎盤、右小脳、骨格筋、精巣、胸腺。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。
【０３２３】
可能な小数のヌクレオチド多型（ｓｍａｌｌ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ）（ＳＮＰ）は、表１４Ｃに列挙されるＮＯＶ１４ｒｅを見出した。
【０３２４】
【表１４Ｃ】
2005501516.tif 000144
ＮＯＶ１４はまた、表１４Ｄに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列に相同である。
【０３２５】
【表１４Ｄ】
2005501516.tif 000145
これらの配列の相同性を、表１４Ｅに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示する。
【０３２６】
【表１４Ｅ】
2005501516.tif 000146
2005501516.tif 000147
2005501516.tif 000148
表１４Ｆは、ＮＯＶ１４に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＮＯＶ１４配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０３２７】
【表１４Ｆ】
2005501516.tif 000149
Ｂ７ファミリーのリガンドとそれらのレセプターとの間の同時刺激性相互作用は、Ｔ細胞の増殖、分化および死において重大な役割を果たす。特定の抗体またはその天然のリガンドＢ７−１およびＢ７−２のいずれかによるＴ細胞の同時刺激因子（ｃｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒ）ＣＤ２８の結合は、ＣＤ４＋Ｔ細胞の抗原特異的増殖を増加し、サイトカインの生成を増強し、ＣＤ８＋エフェクターＴ細胞の変異を誘導し、そしてＴ細胞の生存を促進する。しかし、活性化Ｔ細胞によるＢ７−１およびＢ７−２の相同性ＣＴＬＡ−４レセプターを介するシグナル伝達は、Ｔ細胞の増殖、インターロイキン（ＩＬ）−２の生成および細胞周期の進行を阻害するネガティブなシグナルを送達すると考えられる。Ｂ７−１およびＢ７−２は、それらのアミノ酸中に約２０％の相同性のみを共有するが、これらは、類似の三次構造および同時刺激性機能を有する。
【０３２８】
現在の研究は、Ｂ７−ＣＤ２８ファミリーの他のメンバーもまた細胞応答および体液性免疫応答の調節に関与し得ることを示す。新しいメンバーの１つは、誘導性同時刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２８様レセプターである。ヒトＩＣＯＳに対するＦ４４モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、Ｔ細胞増殖を同時刺激し、そしていくつかのサイトカイン（ＩＬ−１０、インターフェロン−、およびＩＬ−４を含むが、抗ＣＤ３抗体の最適用量の存在下ではＩＬ−２は含まない）の分泌を増加する。別の新しいＢ７ファミリーのメンバーは、マウスＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１である。Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１は、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ−４に結合せず、そして抗原性シグナルの存在下でＴ細胞増殖を同時刺激し得る。Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１の表面発現は、３Ｔ３線維芽細胞中の腫瘍壊死因子によって上方制御され、そしてＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の増加はまた、リポ多糖類（ＬＰＳ）に曝露された非リンパ系組織中で観察されることが示された。Ｙｏｓｈｉｎａｇａおよび研究者らは、Ｂ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１がマウスＣＲＰ−１のリガンド、ヒトＩＣＯＳのマウスホモログであることを示した。トランスジェニックマウスのＢ７ＲＰ−１融合タンパク質の発現は、いくつかのリンパ系器官中の過形成およびオキサゾロン誘導接触過敏を増強するＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１融合タンパク質を用いてのマウスの処置を導く。
【０３２９】
ヒトＢ７ファミリーの新しいメンバー（Ｂ７−Ｈ１）は、ＩｇＶ様細胞外ドメインおよびＩｇＣ様細胞外ドメイン中のＢ７−１およびＢ７−２と約２０％同一アミノ酸配列を共有するが、細胞質ドメイン中のＢ７−１およびＢ７−２とはより大いに異なる。Ｂ７−Ｈ１とマウスＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１との間のアミノ酸の同一性が３０％未満であるので、Ｂ７−Ｈ１は、マウスＢ７ｈ／Ｂ７ＲＰ−１のヒトホモログではなさそうである。さらに、Ｂ７−Ｈ１はＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４およびＩＣＯＳに結合しない。Ｂ７−Ｈ１の表面発現は、大多数の活性化ＣＤ１４＋マクロファージおよび活性化Ｔ細胞の画分中で検出され得る。Ｂ７−Ｈ１は、抗ＣＤ３  ｍＡｂの最適用量の存在化でＴ細胞応答を同時刺激し、同種異系混合リンパ球応答を増強し、そしてＴ細胞からのＩＬ−１０分泌を優先的に誘導する。ＮＣＢＩデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）中のＢ７−１、Ｂ７−２およびＢ７−Ｈ１のＩｇＶドメインおよびＩｇＣドメインと相同性を共有する分子検索、次いで、その後のクローニングおよび配列決定によって、Ｂ７−Ｈ２（Ｂ７ホモログ２）と名付けられた新しいＢ７様遺伝子を同定した。Ｂ７−１、Ｂ７−２およびＢ７−Ｈ１に類似する全体構造に加えて、Ｂ７−Ｈ２は、ＩＣＯＳに結合し、そしてヒトＴ細胞の増殖およびサイトカイン生産を同時刺激する。Ｂ７−Ｈ２タンパク質の細胞表面発現は、単球由来未成熟樹状細胞中で検出される。可溶性Ｂ７−Ｈ２および免疫グロブリン（Ｉｇ）融合タンパク質（Ｂ７−Ｈ２Ｉｇ）は、活性化された休止Ｔ細胞ではなく活性化Ｔ細胞に結合し、そして結合はＣＴＬＡ４Ｉｇではなく誘導性同時刺激因子Ｉｇ（ＩＣＯＳＩｇ）によって抑止される。さらに、ＩＣＯＳＩｇ株チャイニーズハムスターの卵巣細胞は、Ｂ７−Ｈ２遺伝子を用いてトランスフェクションした。最適以下のＣＤ３の交差結合によって、Ｂ７−Ｈ２ＩｇによるＴ細胞増殖の同時刺激は、用量に依存し、そしてインターロイキン（ＩＬ−２）の分泌と関連するが、最適なＣＤ３ライゲーションは、ＩＬ−１０生産を優先的に刺激する。この結果は、Ｂ７−Ｈ２が、ＩＣＯＳ  Ｔ細胞分子の推定リガンドであることを示す（Ｂｌｏｏｄ．２０００；９６：２８０８−２８１３）。ＰＭＩＤ：１１０２３５１５、ＵＩ：２０４７７８４６。
【０３３０】
Ｔ細胞特異的細胞表面レセプターＣＤ２８（ＯＭＩＭ  ＃１８６７６０）およびＣＴＬＡ４（ＯＭＩＭ  ＃１２３８９０）は、免疫系の重要な制御因子である。ＣＤ２８は、効果的な抗原特異的免疫応答に必須のこれらのＴ細胞機能を強力に増強し、そしてＣＴＬＡ４は、ＣＤ２８媒介シグナルを平衡させる。従って、リンパ球系の他の致命的な過剰刺激を防ぐ。活性化ヒトＴ細胞に対するモノクローナル抗体を作製することによって、Ｈｕｔｌｏｆｆら（１９９９）は、このファミリーの分子の別のメンバー（「誘導性同時刺激因子」ＩＣＯＳと記号で表される）を同定した。ＩＣＯＳ特異的モノクローナル抗体は、休止ヒト末梢血Ｔ細胞と反応しないが、Ｔ細胞抗原レセプター複合体の刺激によって活性化されたＣＤ４＋Ｔリンパ球およびＣＤ８＋Ｔリンパ球を染色した。免疫沈降は、５５〜６０ｋＤの見かけ上の相対的分子量を有するジスルフィド結合ダイマーとしてＩＣＯＳ抗原を規定した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥによるタンパク質精製は、ＩＣＯＳがそれらの翻訳後修飾中においてのみ異なる２つの鎖を有するホモダイマータンパク質として細胞表面上に発現することを示した。２，６４１塩基対の全長ＩＣＯＳ  ｃＤＮＡを、ＭＯＬＴ−４Ｖ  Ｔリンパ芽球ｃＤＮＡライブラリーからクローン化した。ノーザン分析は、活性化ヒトＴ細胞中に約２．８ｋｂ長の単一ＩＣＯＳ  ｍＲＮＡ種を示した。ＩＣＯＳ  ｍＲＮＡのオープンリーディングレームは、１９９アミノ酸のタンパク質をコードする。このＩＣＯＳアミノ酸は、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ４とそれぞれ、２４％および１７％の相同性を共有する。予測された成熟ＩＣＯＳは、単一免疫グロブリンＶ様ドメイン（４２位および１０９位の保存されたシステイン残基によって安定化される）；約２３アミノ酸の膜貫通領域；および３５アミノ酸の細胞質テールからなるＩ型膜貫通分子である。これは、ＣＤ２８およびＣＴＬＡ４に対して密接な構造類似点を示す。ＣＤ２８の１４１位に局在するシステイン残基（ＣＴＬＡ４中にもまた見出される）は、これらのタンパク質のホモダイマー鎖間のジスルフィド結合形成におそらく関与し、そしてＩＣＯＳの１３６位にもまた見出される。ＩＣＯＳは、有効性においてＣＤ２８に対応し、外来抗原に対する全ての基本的なＴ細胞応答を増強する（すなわち、増殖およびリンフォカインの分泌、細胞−細胞相互作用を媒介する分子の上方制御およびＢ細胞による抗体分泌に対する効果的補助）。本質的に発現したＣＤ２８とは異なり、ＩＣＯＳは、Ｔ細胞表面上に新規に誘導され、そしてインターロイキンー２（ＩＬ２；ＯＭＩＭ＃１４７６８０）の生産を上方制御しないが、インターロイキン−１０（ＩＬ１０；ＯＭＩＭ＃１２４０９２）（Ｂ細胞分化因子）の合成をさらに誘発する。インビボで、ＩＣＯＳは、扁桃Ｔ細胞上で高度に発現し、この扁桃Ｔ細胞は胚中心の先端のライトゾーン（Ｂ細胞変異の末端部位）のＢ細胞に密接に関連する。
【０３３１】
Ｄｏｎｇら（２００１）は、Ｉｃｏｓ欠損マウスを生成し、Ｉｃｏｓの不在がＴ細胞発達を障害しないことを決定した。しかし、増殖期におけるＴ細胞活性化およびＩＬ２生産は、障害される。分化したＩｃｏｓ−／−細胞は、ＩＦＮＧ（ＯＭＩＭ＃１４７５７０）を生産し得るが、ＩＬ４（ＯＭＩＭ＃１４７７８０）もＩＬ２も生産し得ない。インビボでの免疫化はまた、ＩＬ２およびＩＬ４生産における欠損ならびに血清ＩｇＧ１およびＩｇＥにおける減少を示した。アレルギーモデルを使用して、Ｄｏｎｇら（２００１）は、ＩｃｏｓがＴｈ２細胞分化に必要でないが、ＩＬ４およびＩＬ１３（ＯＭＩＭ＃１４７６８３）生産を制御することが見出された。多発性硬化症に対する実験的自己免疫性脳炎（ＥＡＥ）モデルを使用して、著者らは、発達したＩｃｏｓ−／−マウスが、野生型マウスと比較してＥＡＥ耐性に関連する他の遺伝的背景と比較した場合でさえも、疾患をより強く増強したことを見出した。ノックアウトマウスおよび野生型マウス由来の球状赤血球は、検出可能でないレベルのＩＬ４および類似のレベルのＩＬ１０およびＩＦＮＧを生産した；しかし、Ｉｃｏｓ−／−マウス由来の細胞は、ＩＬ１３を生産しなかったが、一方、野生型マウスは大量のＩＬ１３を生産した。Ｄｏｎｇら（２００１）は、ＩＣＯＳが、炎症性疾患に対する保護においてＩＬ１３の誘導を介して、重要なネガティブ制御因子の役割を有し得ると結論付けた。
【０３３２】
ＭｃＡｄａｍら（２００１）は、Ｉｃｏｓ欠損マウスが野生型マウスと比較して、類似の基本レベルのＩｇＭ、わずかに増加したＩｇＧ３、ならびに減少したＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａおよびＩｇＥを有することを見出した。免疫化ノックアウトマウスおよび野生型マウス（高炎症性完全Ｆｒｅｕｎｄ’ｓアジュバントの存在を除く）はまた、類似レベルのＩｇＭ特異的抗体を有するが、ＩｇＧ１特異的抗体およびＩｇＧ２ａ特異的抗体を減少し、そして胚中心形成を減少した。ＩｇＭからＩｇＧまでのクラススウィッチングは、ＣＤ４０（ＯＭＩＭ＃１０９５３５）の刺激によってＩｃｏｓ−／−マウス中で回復される。
【０３３３】
Ｔａｆｕｒｉ（２００１）は、Ｉｃｏｓ欠損マウス由来の細胞中の減少したＴ細胞増殖は、ＣＤ４０ＬＧ（ＯＭＩＭ＃３０８２３０）、ＣＤ２５（ＩＬ２ＲＡ；ＯＭＩＭ＃１４７７３０）、およびＣＤ６９（ＯＭＩＭ＃１０７２７３）の発現において顕著な減少に関連することを見出した。Ｂ細胞活性化およびＴ細胞非依存性抗体応答は、Ｉｃｏｓノックアウトマウスにおいて損なわれなかった。対照的に、ＭｃＡｄａｍら（２００１）、Ｔａｆｕｒｉら（２００１）の知見は、基底レベルのＩｇＧ１のみがＩｃｏｓ−／−マウス中で有意に減少することを見出した；しかし、彼らは、血清ＩｇＧ１よびＩｇＧ２ａレベルが減少され、そしてＩｇＥレベルは免疫化後に検出可能ではないことに同意した。ＥＬＩＳＡアッセイは、このクラススウィッチング障害がＩＬ４生産に関連するが、ＩＦＮＧ生産には関連しないことを示した。免疫組織化学分析は、胚中心形成がＣｄ４０１ｇまたはＣｄ２８欠損マウスに存在するので、胚中心形成はまた、Ｉｃｏｓノックアウトマウス中で減少することを示した。
【０３３４】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１４タンパク質およびＮＯＶ１４核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１４が、Ｂ７免疫グロブリンファミリーに特徴的な重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において、ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸診断マーカーおよび／もしくは核酸予後マーカーまたはタンパク質診断マーカーおよび／もしくはタンパク質予後マーカーとして役立つものが挙げられ、ここで、その核酸もしくはそのタンパク質の存在、またはその核酸もしくはそのタンパク質の量が評価され、そして、これらとしては、以下のような潜在的な治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０３３５】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的な診断適用および治療適用に有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して有効性を有する：てんかん、摂食障害、精神分裂病、ＡＤＤ、および癌を含む脳障害；心臓疾患；クローン病、ＩＢＤ、アレルギー、リウマチおよび変形性関節症、炎症性皮膚障害、アレルギー、血液障害を含む炎症性障害および自己免疫性障害；乾癬結腸癌、白血病ＡＩＤＳ；視床障害；糖尿病および肥満症を含む代謝障害；喘息、気腫、嚢胞性線維症および癌のような肺疾患；膵臓機能不全症および癌を含む膵臓障害；前立腺癌を含む前立腺障害ならびに他の疾患、障害および状態など。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。
【０３３６】
本発明のＢ７−Ｈ２Ｂ様核酸およびＢ７−Ｈ２Ｂ様タンパク質またはそれらのフラグメントは、診断的用途において有用であり、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ１４タンパク質は、各々が免疫原として使用され得る、複数の親水性領域を有する。１つの実施形態では、企図されるＮＯＶ１４エピトープは、アミノ酸約２０〜約２５である。別の実施形態では、企図されるＮＯＶ１４エピトープは、アミノ酸約４８〜約４９である。他の特定の実施形態では、企図されるＮＯＶ１０エピトープは、アミノ酸約５０〜約５２、約５８〜約７５、約１００〜約１２０、約１５０〜約１９０、約２４０〜約２６０、約２９０〜約３５０、約３７０〜約４２０、および約４４０〜約４５０である。
【０３３７】
（ＮＯＶ１５）
新規のガラクトシルトランスフェラーゼ様タンパク質をコードする、開示されたＮＯＶ１５核酸（ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５６２５２−０１と名付けられる）は、１３０２ヌクレオチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４９）を含み、そして表１５Ａに示される。オープンリーディングフレームが同定され、これはヌクレオチド１〜３においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１２７６〜１２７８においてＴＡＧコドンで終了する。終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、表１５Ａにおいて下線が引かれ、そして開始コドンおよび終止コドンは太字である。
【０３３８】
【表１５Ａ】
2005501516.tif 000150
ＮＯＶ１５の核酸配列は、第１６染色体にマップし、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ膜貫通トリプターゼｍＲＮＡ、完全ｃｄｓ）由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ１７５５２２｜ａｃｃ：ＡＦ１７５５２２．１  ｍＲＮＡに対して６３９塩基中４２１塩基（６５％）の同一性を有する（Ｅ＝１．９ｅ−３３）。
【０３３９】
ＮＯＶ１５ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５０）は、４２５アミノ酸残基であり、そして表１５Ｂに一文字コードを用いて表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１５がシグナルペプチド含み、そしておそらく０．７９００の確実性で原形質膜に局在化されることを予測する。別の実施形態において、ＮＯＶ１５は、０．６４００の確実性でマイクロボディー（ペルオキソーム）に、０．３０００の確実性でゴルジ体に、または０．２０００の確実性で小胞体（膜）に局在化される。ＮＯＶ１５ポリペプチドに対する最も可能性のある切断部位は、アミノ酸５５とアミノ酸５６の間（ＤＧＡ−ＡＰ）である。
【０３４０】
【表１５Ｂ】
2005501516.tif 000151
ＮＯＶ１５のアミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ（ラット）（ＰＲＯＳＴＡＳＩＮ）由来３４２アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＡＡＧ３２６４１タンパク質に対して２０１アミノ酸残基中９３アミノ酸残基（４６％）の同一性、および２０１アミノ酸残基中１２５アミノ酸残基（６２％）の類似性を有する（Ｅ＝９．６ｅ−５５）。
【０３４１】
ＮＯＶ１５は、少なくとも以下の組織で発現される：大細胞癌腫、成体の脳、扁桃、大動脈、垂、動脈、骨髄、脳、軟骨、小脳、頸、表皮、腎臓、肺、リンパ節、リンパ系組織、卵巣、卵管（ｏｖｉｄｕｃｔ）／卵管（ｕｔｅｒｉｎｅ  ｔｕｂｅ）／ファローピウス管、下垂体、前立腺、皮膚、小腸、脊髄、脾臓、滑膜（ｓｙｎｏｖｉｕｍ）／滑膜（ｓｙｎｏｖｉａｌ  ｍｅｍｂｒａｎｅ）、精巣、視床、胸腺、甲状腺、外陰部、生物全体、骨髄。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。さらに、この配列は、ＩＩ型膜貫通タンパク質、完全ｃｄｓ、クローン：Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種におけるＨＰ１０３２８ホモログのＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡに密接に関連する（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＢ０１５６３０｜ａｃｃ：ＡＢ０１５６３０．１）の発現パターンに起因して以下の組織において発現されると予測される：類表皮癌腫。
【０３４２】
ＮＯＶ１５はまた、表１５Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列に相同である。
【０３４３】
【表１５Ｃ】
2005501516.tif 000152
これらの配列の相同性を、表１５Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示する。
【０３４４】
【表１５Ｄ】
2005501516.tif 000153
2005501516.tif 000154
表１５Ｅは、ＮＯＶ１５に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＮＯＶ１５配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０３４５】
【表１５Ｆ】
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酵素ガラクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ２．４．１．３８）は、ガラクトースβ−１，４−Ｎ−アセチルグルコサミンを生成するための、ＵＤＰガラクトースおよびＮ−アセチルグルコサミンに関する反応を触媒する。ガラクトシルトランスフェラーゼ（ガラクトース−１−ホスフェートウリジルトランスフェラーゼ）にＵＤＰ−ガラクトースを提供する酵素は、同じバンドにマップする。ガラクトシルトランスフェラーゼ酵素はまた、ラクトースシンテターゼ（ＥＣ２．４．１．２２）を形成するために、制御タンパク質のα−ラクトアルブミンとヘテイダイマーを形成し得る。生合成の役割に加えて、ガラクトシルトランスフェラーゼは、細胞内の認識および／または接着において機能し得る場合、原形質膜の成分であり得る。Ｍａｓｒｉら（１９８８）は、ガラクトシルトランスフェラーゼ（β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼと呼ばれる）が、主にゴルジ複合体のトランス−槽に局在し、そして膜結合形態および可溶性形態の両方で存在することを報告した。
【０３４６】
Ａｐｐｅｒｔら（１９８６）は、精製したタンパク質の配列に基づくプローブを用いてヒト肝臓ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることによってガラクトシルトランスフェラーゼｃＤＮＡをクローン化した。部分的ｃＤＮＡは、推定のＮ末端膜結合領域を含まなかった。Ａｐｐｅｒｔら（１９８６）によって単離された部分的ガラクトシルトランスフェラーゼｃＤＮＡを用いるヒト胎盤ｃＤＮＡライブラリーのスクリーニングによって、Ｍａｓｒｉら（１９８８）は、全長のβ−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼｃＤＮＡをクローン化した。これはＮ末端膜付着ドメインを有する予測された４００アミノ酸タンパク質をコードする。酵素の可溶性形態は、アルギニン７７の膜結合形態のタンパク質分解切断に起因するようである。Ｍｅｎｇｌｅ−Ｇａｗら（１９９１）は、ガラクトシルトランスフェラーゼ遺伝子（ＧａｌＴａｓｅと呼ばれる）が５０ｋｂより多いスパンの６つのエキソンからなることを報告した。ノーザンブロット分析によって、ＧａｌＴａｓｅは試験された全ての細胞株で４．２ｋｂ  ｍＲＮＡとして発現された；細胞株の間での発現レベルにおいて高度の可変性が存在する。Ａｐｐｅｒｔら（１９８６）は、第９染色体にガラクトシルトランスフェラーゼ遺伝子をマップした。Ｓｈａｐｅｒら（１９８６）は、クローン化ウシｃＤＮＡプローブを用いたインサイチュハイブリダイゼーションによって９ｐ１３にガラクトシルトランスフェラーゼの構造遺伝子を局在した。投薬効果に基づいて、Ｆｕｒｕｋａｗａら（１９８６）は、様々なガラクトシルトランスフェラーゼ遺伝子がマウスの第１７染色体に局在し得；トリソミー１７胚が二倍体胚よりもほぼ１．５倍高い酵素活性を有することを示唆した。Ｆｕｒｕｋａｗａら（１９８６）は、これらのガラクトシルトランスフェラーゼと主要な組織適合性複合体との間の関連性を示唆した。Ｌｏら（１９９８）は、Ｂ４ＧＡＬＴガラクトシルトランスフェラーゼファミリーの６つの膜を分析した。ノーザンブロット分析は、これらのホモログに対して、Ｂ４ＧＡＬＴ１のみがマウスの授乳中の乳腺に発現することを示した。彼らは、Ｂ４ＧＡＬＴ１ヌルマウスがラクトースを生産し得ないことを述べた。従って、Ｂ４ＧＡＬＴ１は、哺乳動物の発達の間、ラクトース生合成を増大した（ｒｅｃｒｕｉｔｅｄ）遺伝子であるようである。
【０３４７】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１５タンパク質およびＮＯＶ１５核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１５が、ガラクトシルトランスフェラーゼファミリーに特徴的な重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において、ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸診断マーカーおよび／もしくは核酸予後マーカーまたはタンパク質診断マーカーおよび／もしくはタンパク質予後マーカーとして役立つものが挙げられ、ここで、その核酸もしくはそのタンパク質の存在、またはその核酸もしくはそのタンパク質の量が評価され、そして、これらとしては、以下のような潜在的な治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０３４８】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的な診断適用および治療適用に有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して有効性を有する：プロテオデルマタン硫酸、ＰＤＳの欠損生合成、デルマタン硫酸プロテオグリカンキシロシルプロテイン４−β−ガラクトシルトランスフェラーゼ欠損の欠損生合成、ｘｇｐｔ欠損ガラクトシルトランスフェラーゼＩ欠損、エーレルス−ダンロー症候群、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心疾患、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、子宮内膜症、受胎能、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性小児麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０３４９】
本発明のガラクトシルトランスフェラーゼ様タンパク質をコードする新規核酸またはそれらのフラグメントは、診断的用途において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ１０タンパク質は、各々が免疫原として使用され得る、複数の親水性領域を有する。１つの実施形態では、企図されるＮＯＶ１５エピトープは、アミノ酸約３０〜約４５である。別の実施形態では、企図されるＮＯＶ１５エピトープは、アミノ酸約６０〜約６５である。他の特定の実施形態では、企図されるＮＯＶ１５エピトープは、アミノ酸約８０〜約１１０、約１４０〜約１４５、約１５５〜約１６５、約１７０〜約１７５、約１８０〜約１８３、約１９０〜約１９２および約２１０〜約２６０である。
【０３５０】
（ＮＯＶ１６）
新規のリンパ球抗原前駆体様タンパク質をコードする開示されたＮＯＶ１６核酸（ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５６３０３−０１と名付けられる）は、４４７ヌクレオチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１）を含み、そして表１６Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド３１〜３３においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド４１８〜４２０においてＴＧＡコドンで終了すると同定された。終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、表１３Ａにおいて下線が引かれ、そして開始コドンおよび終止コドンは太字である。
【０３５１】
【表１６Ａ】
2005501516.tif 000156
ＮＯＶ１６の核酸配列は、第８染色体にマップし、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（特許ＷＯ９６３５８０８由来の配列１）由来ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：Ａ５８０８４｜ａｃｃ：Ａ５８０８４  ｍＲＮＡに対して４４０塩基中３８３塩基（８７％）の同一性を有する（Ｅ＝３．６ｅ−６７）。
【０３５２】
ＮＯＶ１６ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１）は、１２９アミノ酸残基であり、そして表１６Ｂに一文字コードを用いて表される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１６がシグナルペプチド含み、そしておそらく０．９１９０の確実性で原形質膜に局在化されることを予測する。別の実施形態において、ＮＯＶ１６は、０．２０００の確実性でリソソーム（膜）に、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在化される。ＮＯＶ１６に対する最も可能性のある切断部位は、アミノ酸２０とアミノ酸２１との間（ＡＱＡ−ＬＤ）である。
【０３５３】
【表１６Ｂ】
2005501516.tif 000157
ＮＯＶ１６のアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）（ＬＹＭＰＨＯＣＹＴＥ  ＡＮＴＩＧＥＮ  ＬＹ−６Ｄ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（Ｅ４８  ＡＮＴＩＧＥＮ）由来１２８アミノ酸残基のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ１４２１０タンパク質に対して１２９アミノ酸残基中１００アミノ酸残基（７７％）の同一性、および１２９アミノ酸残基中１０８アミノ酸残基（８３％）の類似性を有する。（Ｅ＝５．１ｅ−４８）
ＮＯＶ１６は、少なくとも以下の組織で発現されると予測される：ヒト胸部腺癌。
【０３５４】
可能な小数のヌクレオチド多型（ＳＮＰ）は、表１６Ｃに列挙されるＮＯＶ１６を見出した。
【０３５５】
【表１６Ｃ】
2005501516.tif 000158
ＮＯＶ１６はまた、表１６Ｄに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列に相同である。
【０３５６】
【表１６Ｄ】
2005501516.tif 000159
これらの配列の相同性を、表１６Ｅに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示する。
【０３５７】
【表１６Ｅ】
2005501516.tif 000160
2005501516.tif 000161
表１６Ｆは、ＮＯＶ１６に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＮＯＶ１６配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０３５８】
【表１６Ｆ】
2005501516.tif 000162
Ｌｙ−６Ａ．２分子およびＬｙ−６Ｅ．１分子は、相反しそしてＭＡＬＡ−１と同一である。オクチルグルコシド中で可溶化そして電気泳動的に分離されるリンパ球の表面タンパク質のウェスタンブロットによって、Ｌｙ−６Ａ．２抗原またはＬｙ−６Ｅ．１抗原と同時移動するバンドを検出した。細胞上または免疫アッセイにおいて、これらはＬｙ−６Ａ．２またはＬｙ−６Ｅ．１に対する同種異系抗体をブロックした。ＭＡＬＡ−１の組織分布はまた、Ｌｙ−６Ａ．２またはＬｙ−６Ｅ．１と相関した。オクチルグルコシドまたはドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル電気泳動で、これらの抗原は同じ大きさを示した。従って、Ｌｙ−６Ａ．２およびＬｙ−６Ｅ．１は代替の対立遺伝子を最も生産しそうである。電気泳動分析は、Ｌｙ−６Ａ．２、Ｌｙ−６Ｂ．２、Ｌｙ−６Ｄ．２およびＬｙ−２７．２．Ｌｙ−６Ｃ．２ならびにＬｙ−２８．２に対する類似の大きさおよび電荷が同一であるようであり、そしてＬｙ−６Ａ．２については同じ大きさであるが、電荷および内鎖ジスルフィドの拘束（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｔ）において異った。Ｌｙ−６Ｄ．２およびＬｙ−２７．２は、Ｌｙ−６Ａ．２分子上の同じまたは異なるエピトープを表し得るので、以前に仮定された、組織分布に基づいて分離可能と考えられる５つのＬｙ−６様抗原は、オクチルグリコシドを含むゲルの電気泳動の移動度によって２つの異なるカテゴリーのうちの１つに割当てられ得る３個以下の別個のタンパク質を表し得る。
【０３５９】
競合的結合研究および免疫沈降実験は、Ｌｙ−６−結合遺伝子（Ｌｙ−６Ａ．２、Ｌｙ−６Ｂ．２、Ｌｙ−６Ｃ．２、Ｌｙ−６Ｄ．２およびＴｈＢ）によってコードされた少なくとも５つの異なるエピトープを規定する。３３ｋｄタンパク質のＬｙ−６Ｃ．２およびＬｙ−６Ｄ．２は、それぞれ、１０％〜２０％または９０％より高いそれらの独特な胸腺反応よって識別され得る密接な重複エピトープである。同様に、１４ｋｄ部分に存在するＬｙ−６Ｃ．２抗原は、Ｌｙ−６Ｂ．２抗原と弱く重複する。しかし、Ｌｙ−６Ｃ．２抗原およびＬｙ−６Ｂ．２抗原は、Ｌｙ−６Ａ．２およびＬｙ−６Ｄ．２と異なる。ＴｈＢは、他のいずれの「Ｌｙ−６」抗原とも細胞表面で関連しない１６〜１８ｋｄの抗原である。さらに、Ｌｙ−６Ｃ．２に作製された独立して誘導された抗体は、Ｌｙ−６Ａ．２およびＬｙ−６Ｂ．２に対する抗原を検出するので、同一のエピトープを検出する。これらの結果は、これらの各分子の単一抗原性部位の存在を意味する。
【０３６０】
これらが認識する抗原およびこれらが実行するエフェクター機能における差異に関わらず、Ｂリンパ球およびＴリンパ球は、応答を開始するために著しく類似したシグナル形質導入成分を使用する。これらの両方は、異なる認識およびシグナル形質導入サブユニットを含むオリゴマーレセプターを使用する。両方の細胞上の抗原レセプター（これらは、一般的な進化した前駆体からおそらく進化した）は、一般的な配列モチーフ（ＡＲＡＭ）を介して、これらの不変鎖の細胞テールにおいて少なくとも２つの異なるＰＴＫのファミリーと相互作用する。補助受容体は、リガンド結合およびシグナル形質導入に影響する事象を介して、これらのレセプター系の両方の感受性を増加するように働くようである。下流のシグナル伝達成分（例えば、ホスホリパーゼＣ）のチロシンリン酸化の重要な役割は、抗原レセプター制御ＰＴＫおよびＰＴＰａｓｅの作用のバランスにおける変化の正味の結果である。リンフォカイン遺伝子発現のような細胞応答を制御する下流エフェクター（カルシニュリンおよびＲａｓを含む）の同定は、将来、リンパ球において原形質膜から核までの複合経路を結合し得ることを期待する。ＴＣＲ刺激およびＢＣＲ刺激のシグナル伝達経路の下流の研究から得られる洞察は、発達細胞および成熟細胞における異物から自己のリンパ球の分化および区別を担う機構の将来の理解に十分に貢献しそうである。
【０３６１】
Ｅ４８抗原（２０ｋＤタンパク質の推定ヒトホモログが、ウシ鼻鏡部のデスモソーム調製物に存在し、そして以前にデスモグレイン（ｄｅｓｍｏｇｌｅｉｎ）ＩＩＩ（ｄｇ４）と呼ばれた）は、ヒトの扁平上皮細胞癌腫の抗体に基づく治療のための有望な標的抗原である。高い抗体用量処置の効果を予測するために、そして発癌における抗原の可能な生物学的関与を評価するために、発明者らは抗原の分子的な特徴付けを試みた。Ｅ４８抗原をコードするｃＤＮＡクローンは、ＣＯＳ細胞中での発現クローニングによって単離された。配列分析は、クローンが１２８アミノ酸のオープンリーディングフレームを含み、１３，２８６ｋＤのコアタンパク質をコードすることを示した。データベース検索は、Ｅ４８抗原がマウスＴｈＢ抗原（Ｌｙ−６抗原ファミリーのメンバー）と高いレベルの配列類似性を有することを示した。ホスホファチジルイノシトール特異的（ＰＩ−特異的）ホスホリパーゼ−Ｃ処置は、Ｅ４８抗原が原形質膜に対するグリコシルホスホファチジルイノシトール結合（ＧＰＩ結合）であることを示した。Ｅ４８抗原をコードする遺伝子は、単一コピー遺伝子であり、ヒト第８染色体の８ｑ２４−ｑｔｅｒ領域に局在される。遺伝子の発現は、ケラチノサイトおよび扁平上皮腫瘍細胞に制限される。リンパ球直系の細胞上の抗原として本来同定された推定のマウスホモログ（ＴｈＢ抗原）は、扁平上皮マウスの上皮中で高く発現されることが示された。さらに、ＴｈＢ発現レベルはケラチノサイト中に存在し、対照的にリンパ球ではマウス株には関連しない。マウスＳＶ４０ポリオーマのトランスフェクションは、抗原が細胞−細胞接着におそらく関与することが確認されたＥ４８  ｃＤＮＡを用いて、マウスＮＩＨ／３Ｔ３細胞を形質転換した。
【０３６２】
Ｔｈｂ遺伝子座は、マウス胸腺細胞およびＢ細胞で１５ｋＤａのホスホファチジルイノシトール結合分子（ＴｈＢ）の発現を担う。ｍＡｂで検出されるようなＴｈｂの発現は２つの対立遺伝子を有するＢ細胞で多型性であり、ＴｈｂｈおよびＴｈｂ１はＢ細胞でのＴｈＢの高い発現および低い発現を担う。Ｔｈｂ発現の調節遺伝子座は、Ｃｈｒ  １５に対する遺伝子のＬｙ−６クラスターにマップした。本発明者らの研究において、本発明者らは、ＣＯＳ細胞中での発現クローニングを使用して、トランスフェクション後のＴｈｂをコードするｃＤＮＡクローンを単離した；このｃＤＮＡ産物は抗ＴｈＢ抗体と反応するが、Ｌｙ−６Ａ．２抗体、Ｌｙ−６Ｂ．２抗体、Ｌｙ−６Ｃ．２抗体、またはＬｙ−６Ｄ．２抗体とは反応しない。これらのクローンの１つのｐＴｈＢ−Ａは、配列決定された７０２塩基の挿入を含む。翻訳されたアミノ酸配列は、１１個のシステイン残基を有し、そして潜在的Ｎ結合グリコシル化部位の非存在ではともに、Ｌｙ−６分子の構造に類似する。ＴｈＢ  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、Ｌｙ−６遺伝子およびＬｙ−６関連ヒトＣＤ５９のものと比較され、そして明確な相同性を示した。最後に種間の交雑を用いて、構造的なＴｈｂ遺伝子は、Ｃｈｒ  １５にマップされた；従って、構造遺伝子および調節遺伝子の両方が類似の部位にマップする。Ｌｙ−６付近の遺伝子的マップ位置および配列類似性は、ＴｈｂおよびＬｙ−６が遺伝子の重複による同じ祖先に由来し得ることを示唆する。
【０３６３】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１６タンパク質およびＮＯＶ１６核酸についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１６が、ＴＧＦファミリーに特徴的な重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において、ならびに、研究ツールとして有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸診断マーカーおよび／もしくは核酸予後マーカーまたはタンパク質診断マーカーおよび／もしくはタンパク質予後マーカーとして役立つものが挙げられ、ここで、その核酸もしくはそのタンパク質の存在、またはその核酸もしくはそのタンパク質の量が評価され、そして、これらとしては、以下のような潜在的な治療適用が挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０３６４】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的な診断適用および治療適用に有用である。例えば、本発明の組成物は、以下に罹患する患者の処置に対して有効性を有する：癌、外傷、再生、ウイルス感染／細菌感染／寄生虫感染。
【０３６５】
本発明のリンパ球抗原前駆体様タンパク質をコードする新規核酸またはそれらのフラグメントは、診断的用途において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節で記載されるような、疎水性チャートからの予測を用いる、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されたＮＯＶ１６タンパク質は、各々が免疫原として使用され得る、複数の親水性領域を有する。１つの実施形態では、企図されるＮＯＶ１６エピトープは、アミノ酸約２５〜約３０である。別の実施形態では、企図されるＮＯＶ１６エピトープは、アミノ酸約５０〜約７０である。他の特定の実施形態では、企図されるＮＯＶ１０エピトープは、アミノ酸約８２〜約１０２である。
【０３６６】
（ＮＯＶ１７）
新規なペプシノーゲンＣ様タンパク質をコードする開示されたＮＯＶ１７核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６３０７−０１とも呼ばれる）は、１２７０ヌクレオチド（配列番号５３）を含み、これを表１３Ａに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド８〜１０においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１１２４〜１１２６においてＴＡＧコドンで終わることを同定した。終止コドンより下流の推定非翻訳領域を、表１７Ａにおいて下線で示し、開始コドンおよび終止コドンを、太字で示す。
【０３６７】
【表１７Ａ】
2005501516.tif 000163
ＮＯＶ１７の核酸配列は、染色体１６ｑ２１．３−ｐ２１．１にマッピングされ、そして本発明は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＵＭＰＧＣＡ｜ａｃｃ：Ｊ０４４４３．１ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓペプシノーゲンＣ（ＰＧＣ）ｍＲＮＡ、完全コード）に対して、１２７７塩基中１１７１塩基（９１％）の同一性を有する（Ｅ＝７．０ｅ−２２８）。
【０３６８】
ＮＯＶ１７ポリペプチド（配列番号５４）は、３７２アミノ酸残基であり、そして表１７Ｂに１文字コードを使用して提示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果によって、ＮＯＶ１７が、シグナルペプチドを有し、そして０．８２００の確実性で細胞外に局在するようであることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ１７は、０．２０７６の確実性でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に局在するか、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に局在するか、または０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に局在する。ＮＯＶ１７ペプチドについての最も可能性の高い切断部位は、アミノ酸１６とアミノ酸１７との間（ＬＥＡ−ＡＶ）である。
【０３６９】
【表１７Ｂ】
2005501516.tif 000164
2005501516.tif 000165
ＮＯＶ１７アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の３８８アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ２０１４２タンパク質（ＧＡＳＴＲＩＣＳＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＥＣ３．４．２３．３））（ＰＥＰＳＩＮＯＧＥＮ  Ｃ）に対して、３８８アミノ酸残基のうち３７２アミノ酸残基（９５％）の同一性、および３８８アミノ酸残基のうち３７２アミノ酸残基（９５％）の類似性を有する（図３Ｂ）。本発明の配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来のｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ２０１４２タンパク質（ＧＡＳＴＲＩＣＳＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ（ＥＣ３．４．２３．３））（ＰＥＰＳＩＮＯＧＥＮ  Ｃ）と比較した場合、１６個の内部アミノ酸を欠失している（Ｅ＝１．１ｅ−１９７）。
【０３７０】
ＮＯＶ１７は、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−Ｒａｊｉ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮、大動脈、十二指腸、胆嚢、肝臓、肺、肺胸膜、リンパ節、卵巣、末梢血。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ（文献）供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれらに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって誘導された。さらに、この配列は、胃粘膜において発現されることが推定される。なぜなら、（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＵＭＰＧＣＡ｜ａｃｃ：Ｊ０４４４３．１）の発現パターンは、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓペプシノーゲンＣ（ＰＧＣ）ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ種における完全コードホモログ）に密接に関連するからである。
【０３７１】
ＮＯＶ１７はまた、表１７Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０３７２】
【表１７Ｃ】
2005501516.tif 000166
これらの配列の相同性は、表１７Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図的に示される。
【０３７３】
【表１７Ｄ】
2005501516.tif 000167
2005501516.tif 000168
表１７Ｅは、ＮＯＶ１７に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメイン内容を列挙する。これは、ＮＯＶ１７配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質に類似の特性を有することを示す。
【０３７４】
【表１７Ｅ】
2005501516.tif 000169
胃アスパラギン酸プロテイナーゼ（ペプシンＡ、ペプシンＢ、ガストリクシン／ペプシノーゲンＣおよびキモシン）は、チモーゲンとして知られる不活性前駆体として胃粘膜内で合成される。胃チモーゲンは、それぞれプロセグメント（すなわち、活性酵素のＮ末端にさらなる残基を含み）、これは、不活性形態を安定化し、そして活性部位への基質の侵入を妨げるように作用する。食物の摂取の際に、チモーゲンのそれぞれは、胃の管腔内へ放出され、そして酸性の胃液中で活性酵素への変換を受ける。この活性化反応は、酸性ｐＨ値で、プロセグメントと活性酵素部分との間の静電相互作用の崩壊によって開始される。その活性形態へのチモーゲンの変換は、複雑なプロセスであり、このプロセスは、一連のコンフォメーション変化および結合切断工程に関連し、活性部位の露出（ｕｎｖｅｉｌｉｎｇ）ならびに最終的には酵素の活性中心からのプロセグメントの除去および解離を導く。この活性化反応の間、プロセグメントおよび活性酵素の両方は、コンフォーメーションにおける変化を受け、そしてプロセグメントのタンパク質分解性の切断が、分子内反応または分子間反応のいずれかによって１つ以上の工程で生じ得る。タンパク質分解の機構における可変性は、プロセグメントの構造に部分的に起因するようである。４つの型の胃チモーゲンの間および同一型のチモーゲンの種間での活性化機構における相違のために、単一の活性化のモデルは、提案され得ない。
【０３７５】
ペプシノーゲンは、ペプシン（典型的なアルパラギン酸プロテイナーゼであり、胃腺の主細胞において合成される）の不活性前駆体である。ペプシノーゲンの２つの主要な群、すなわち、ペプシノーゲンＡ（ＰＧＡ）およびペプシノーゲンＣ（ＰＧＣ）（すなわち、プロガストリクシン）が存在し、そしてそれぞれは、頻繁にアイソチモーゲン（ｉｓｏｚｙｍｏｇｅｎ）を有する。２つのペプシノーゲンの発現の相対程度は、動物種の間で変動し、さらに、これらの生合成は、ガストリンおよびセクレチンのような生理活性ペプチドによって影響されることが知られている。しかし、ペプシノーゲン生合成の調節機構、従ってペプシノーゲン遺伝子発現は、いまだに明らかでない。従って、このような研究のためにペプシノーゲン遺伝子の一次構造を解明することは根本的に重要であると考えられる。ヒトＰＧＡ遺伝子およびヒトＰＧＣ遺伝子ならびにラットＰＧＣ遺伝子の構成（ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ）は、本質的に同一であり；対応するプレペプシノーゲンのアミノ酸配列をコードする各遺伝子は、種々の長さの８つのイントロンによって９つのエキソンに分離されていることが見出された。これらの結果は、これらの遺伝子が、全て共通の祖先の遺伝子に由来することを示す。しかし、ヒトＰＧＡ遺伝子の５’隣接領域は、ヒトＰＧＣ遺伝子およびラットＰＧＣ遺伝子の５’隣接領域との異なり、一方、ヒトＰＧＣ遺伝子およびラットＰＧＣ遺伝子の５’隣接領域は、互いに類似した。従って、ＰＧＡ遺伝子およびＰＧＣ遺伝子の発現は、幾分異なって調節されることが示唆される。ヒトアスパラギン酸プロテイナーゼ（ペプシノーゲンＡ、ペプシノーゲンＣ、カテプシンＤ、カテプシンＥおよびレニン）についての遺伝子の比較分析は、それらのそれぞれのコード配列およびエキソン−イントロン接合部位置に関して高い類似性を明らかにしている。
【０３７６】
活性部位アスパルチル基を含有する領域の高い（ｓｔｒｏｎｇ）保存にも関わらず、遺伝的多型は、カテプシンＤ以外のプロテイナーゼ遺伝子のそれぞれについて同定されてきた。これらの遺伝的多型は、連鎖地図に関する遺伝子の位置決定（ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）および遺伝子コピー数の決定のために有用である。各アスパルチルプロテイナーゼの染色体位置は、体細胞ハイブリッドマッピングパネルの分析、分裂中期染色体調製物に対するインサイチュハイブリダイゼーションおよび多型マーカーを用いる家系連鎖分析を含む、組換えＤＮＡプローブを使用する種々の遺伝子マッピング方法によって決定されてきた。ペプシノーゲンＡは、アスパラギン酸プロテイナーゼの中で最も広範な多型を示し、ペプシノーゲンＡは、タンパク質電気泳動によってか、またはＤＮＡ分析によって検出され得る。それぞれのＤＮＡプローブを用いるサザンブロットハイブリダイゼーションおよびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅は、アスパラギン酸プロテイナーゼ遺伝子のコード部分および非コード部分に位置したヌクレオチド差異を明らかにしてきた。これらの多型は、遺伝的に影響された臨床状態におけるそれぞれのプロテイナーゼの潜在的な役割を研究するために使用され得る。分岐したヌクレオチド配列反復のＰＣＲ増幅によって検出されるさらに高度な多型マーカーの開発は、特定の臨床疾患（例えば、潰瘍および高血圧症）を有し得るアスパラギン酸プロテイナーゼの遺伝的改変の効果の考証に非常に役立つ。ＰＧＣ遺伝子多型は、胃潰瘍に関連し、そして胃潰瘍に対する遺伝的疾病素因の無症状マーカーであり得る。ペプシノーゲンＡ（ＰＧＡ）およびペプシノーゲンＣ（ＰＧＣ）の血清決定は、胃粘膜の炎症および萎縮症を示し得る。身体の胃粘膜は、ＰＧＡおよびＰＧＣの両方を生成するが、洞の粘膜は、ＰＧＣのみ生成する。従って、主に洞に関する疾患（例えば、Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ感染）は、主として、血清ＰＧＡよりも血清ＰＧＣにおける改変体によって示される。一致して、洞粘膜が、より毒性のｃａｇＡポジティブＨ．ｐｙｌｏｒｉ株によって感染される場合、これは、重篤な炎症を生じ、血清ＰＧＣが有意に増加する。
【０３７７】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１７タンパク質およびＮＯＶ１７核酸に対するタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１７が真核生物のアスパルチルプロテアーゼファミリーの重要な構造的および／または生理学的機能の特徴を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的なまたは選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとして機能すること（ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）、ならびに以下のような潜在的な治療適用を含む：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療的、診断的、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボで組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０３７８】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理と関係付けられる潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、潰瘍、高血圧症（Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ  Ｓｕｐｐｌ  １９９２；２１０：１１１〜９）、胃粘膜炎症および萎縮症、ならびに他の疾患、障害および状態などで苦しむ患者の処置に対して効力を有し得る。ＰＧＣ遺伝子多型は、胃潰瘍と関連し、そして胃潰瘍に対する遺伝的疾病素因の無症状マーカーであり得る（Ｎｉｐｐｏｎ  Ｒｉｎｓｈｏ  １９９６  Ａｐｒ；５４（４）：１１４９〜５４）。ペプシノーゲンＡ（ＰＧＡ）およびペプシノーゲンＣ（ＰＧＣ）の血清決定は、胃粘膜炎症および萎縮症を示し得る。身体の胃粘膜は、ＰＧＡおよびＰＧＣの両方を生成するが、洞の粘膜は、ＰＧＣのみ生成する。従って、主に洞に関する疾患（例えば、Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ感染）は、主として、血清ＰＧＡよりも血清ＰＧＣにおける改変体によって示される。一致して、洞粘膜が、より毒性のｃａｇＡポジティブＨ．ｐｙｌｏｒｉ株によって感染される場合、これは、重篤な炎症を生じ、血清ＰＧＣが有意に増加する（Ｒｅｃｅｎｔｉ  Ｐｒｏｇ  Ｍｅｄ  １９９９  Ｊｕｎ；９０（６）：３４２〜６）。
【０３７９】
本発明のペプシノーゲンＣ様タンパク質をコードする新規な核酸、またはそのフラグメントは、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される場合、診断適用において有用である。これらの材料は、さらに、治療方法または診断方法における使用のための本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って、生成され得る。開示されたＮＯＶ１０タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々が、免疫原として用いられ得る。１つの実施形態において、企図されるＮＯＶ１７エピトープは、アミノ酸約３０〜約６０である。別の実施形態において、企図されるＮＯＶ１７エピトープは、アミノ酸約１１０〜約１３０である。他の特定の実施形態において、企図されるＮＯＶ１７エピトープは、アミノ酸約１６０〜約１７０、約１８０〜約１８１、約２０１〜約２０２、約２０４〜約２０５、約２０７〜約２０８、約２４０〜約２５２、約２９０〜約３１０、約３４０〜約３４５または約３６０〜約３６５である。
【０３８０】
（ＮＯＶ１８）
新規なＡＲＬ様タンパク質をコードする開示されたＮＯＶ１８核酸（ＣｕｒａＧｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＣＧ５６２９４−０１とも呼ばれる）は、１４８５９ヌクレオチド（配列番号５５）を含み、表１８Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３においてＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１４８５７〜１４８５９においてＴＡＡコドンで終わると同定された。開始コドンおよび終止コドンを、表１８Ａにおいて太字で示す。
【０３８１】
【表１８Ａ】
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2005501516.tif 000171
2005501516.tif 000172
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ＮＯＶ１８の核酸配列は、染色体１２ｑ１２−ｑ１４にマッピングされ、そしてＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来のｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ０１０４０４｜ａｃｃ：ＡＦ０１０４０４．１ｍＲＮＡ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＡＬＲ  ｍＲＮＡ、完全コード）に対して、１３１５３塩基中１３０８１塩基（９９％）の同一性を有する（Ｅ＝０．０）。
【０３８２】
ＮＯＶ１８ポリペプチド（配列番号５６）は、４９５２アミノ酸残基であり、そして表１８Ｂに１文字コードを使用して提示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果によって、ＮＯＶ１８が、０．９８００の確実性で核に局在するようであることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ１８は、０．３０００の確実性でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に局在するか、０．１０００の確実性で糸粒体基質腔に局在するか、または０．１０００の確実性でリソソーム（ｌｙｓｏｓｏｍｙ）（管腔）に局在する。
【０３８３】
【表１８Ｂ】
2005501516.tif 000174
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ＮＯＶ１８アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）由来の４９５７アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ１４９８７タンパク質（ＡＬＲ）に対して、４９５７アミノ酸残基のうち４９４６アミノ酸残基（９９％）の同一性、および４９５７アミノ酸残基のうち４９４６アミノ酸残基（９９％）の類似性を有する（Ｅ＝０．０）。
【０３８４】
ＮＯＶ１８は、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−Ｒａｊｉ、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、Ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴ供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれらに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって誘導された。
【０３８５】
ＮＯＶ１８はまた、表１８Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０３８６】
【表１８Ｃ】
2005501516.tif 000176
2005501516.tif 000177
これらの配列の相同性は、表１８Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図的に示される。
【０３８７】
【表１８Ｄ】
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表１８Ｅ、表１８Ｆ、表１８Ｇおよび表１８Ｈは、ＮＯＶ１８に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメイン内容を列挙する。これは、ＮＯＶ１８配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質に類似の特性を有することを示す。
【０３８８】
【表１８Ｅ】
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【０３８９】
【表１８Ｆ】
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【０３９０】
【表１８Ｇ】
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【０３９１】
【表１８Ｈ】
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ＡＬＬ−１遺伝子は、染色体転座または内部再配列を介したヒト急性白血病に関与する。ＡＬＬ−１は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｔｒｉｔｈｏｒａｘのヒトホモログである。後者（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｔｒｉｔｈｏｒａｘ）は、Ｐｏｌｙｃｏｍｂグループ（Ｐｃ−Ｇ）遺伝子と一緒に、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａの身体構造を決定について、それぞれポジティブ調節因子（ｒｅｇｕｌａｔｏｒ）およびネガティブ調節因子として作用する、ｔｒｉｔｈｏｒａｘグループ（ｔｒｘ−Ｇ）遺伝子のメンバーである。ＡＬＲ（ＡＬＬ−１関連タンパク質）は、巨大な５２６２アミノ酸長のタンパク質をコードし、ＳＥＴドメイン、５つのＰＨＤフィンガー、潜在的なジンクフィンガー、および疎水性残基（大部分はロイシン）によって中断される非常に長い連続したグルタミンを含む。ＳＥＴモチーフ、ＰＤＨフィンガー、ジンクフィンガーおよび２つの他の領域は、ＡＬＬ−１およびＴＲＸのドメインについて最も類似している。最初の２つのモチーフはまた、他のｔｒｘ−Ｇタンパク質およびＰｃ−Ｇタンパク質においても見出される。このＡＬＲ遺伝子は、ＶＤＲ遺伝子に隣接する染色体バンド１２ｑ１２−１３にマッピングされた。この領域は、癌に関連した重複および転座に関係付けられる。ＡＬＲ発現の分析は、約１８ｋｂ長のそのｍＲＮＡが、ＡＬＬ−１のように、肝臓を除いて種々の造血性細胞を含むほとんどの成人組織において発現されることを示した。マウス初期胚に対するホールマウントインサイチュハイブリダイゼーションは、複数の組織における発現を示す。構造および発現パターンの類似性に基づいて、ＡＬＲは、ＡＬＬ−１およびｔｒｘと同様な役割を果たしそうであるが、その標的遺伝子は、未だに同定されていない（Ｐｒａｓａｄら、１９９７，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ｖｏｌ．１５：５４９〜６０）。
【０３９２】
本明細書中に開示されるＮＯＶ１８タンパク質およびＮＯＶ１８核酸に対するタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ１８が細胞内ファミリーの重要な構造的および／または生理学的機能の特徴を有し得ることを示唆する。従って、本発明の核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用ならびに研究ツールとして有用である。これらは、特異的なまたは選択的な核酸またはタンパク質の診断マーカーおよび／または予後マーカーとして機能すること（ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）、ならびに以下のような潜在的な治療適用を含む：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療的、診断的、薬物標的／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボで組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防御兵器。
【０３９３】
本発明の核酸およびタンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理と関係付けられる潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、癌（例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、転座関連白血病）、ならびに他の疾患、障害および状態などで苦しむ患者の処置に対して効力を有する。
【０３９４】
本発明のＡＬＲ様タンパク質をコードする新規な核酸、またはそのフラグメントは、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される場合、診断適用において有用である。これらの材料は、さらに、治療方法または診断方法における使用のための本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って、生成され得る。開示されたＮＯＶ１８タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々が、免疫原として用いられ得る。
【０３９５】
（ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチド）
本発明の１つの局面は、ＮＯＶＸポリペプチドまたはその生物学的に活性な部分をコードする単離された核酸分子に関する。ＮＯＶＸコード核酸（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ）を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用するに十分な核酸フラグメント、およびＮＯＶＸ核酸分子の増幅および／または変異のためのＰＣＲプライマーとして使用するためのフラグメントもまた本発明に含まれる。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ヌクレオチドアナログを用いて生成されたＤＮＡもしくはＲＮＡのアナログ、ならびにこれらの誘導体、フラグメントおよびホモログを含むことが意図される。この核酸分子は、１本鎖または２本鎖であり得るが、好ましくは、２本鎖ＤＮＡで構成される。
【０３９６】
ＮＯＶＸ核酸は、成熟ＮＯＶＸポリペプチドをコードし得る。本明細書中で用いられる場合、本発明において開示されるポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、天然に存在するポリペプチドまたは前駆体形態もしくはプロタンパク質の産物である。この天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質としては、非限定的な例として、対応する遺伝子によりコードされる全長遺伝子産物が挙げられる。あるいは、これは、本明細書中に記載されるＯＲＦによりコードされるポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質として規定され得る。産物の「成熟」形態は、この遺伝子産物が生じる細胞、または宿主細胞内で生じ得る場合に、１以上の自然に起こるプロセシング工程の結果として（再び、非限定的な例として）生じる。「成熟」形態のポリペプチドまたはタンパク質をもたらすこのようなプロセシング工程の例としては、ＯＲＦの開始コドンによりコードされるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドもしくはリーダー配列のタンパク質分解切断が挙げられる。従って、残基１〜Ｎを有する（ここで、残基１は、Ｎ末端メチオニンである）前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、Ｎ末端メチオニンの除去後に残っている残基２〜Ｎを有する。あるいは、残基１〜Ｎ（ここで、残基１〜残基ＭのＮ末端シグナル配列が切断される）を有する前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、残っている残基Ｍ＋１〜残基Ｎの残基を有する。さらに、本明細書中で使用される場合、ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、タンパク質分解切断事象以外の翻訳後修飾の工程から生じ得る。このようなさらなるプロセスとしては、非限定的な例として、グリコシル化、ミリストイル化またはリン酸化が挙げられる。一般に、成熟ポリペプチドまたはタンパク質は、これらのプロセスの１つのみの操作またはこれらのプロセスのいずれかの組み合わせから生じ得る。
【０３９７】
本明細書中で用いられる場合、用語「プローブ」は、特定の用途に依存して、種々の長さ（好ましくは、少なくとも約１０ヌクレオチド（ｎｔ）、１００ｎｔ、または例えば、ほぼ６，０００ｎｔ程度の長さ）の核酸配列をいう。プローブは、同一の、類似の、または相補的な核酸配列の検出に用いられる。より長い長さのプローブは、一般に、天然供給源または組換え供給源から得られ、より短い長さのオリゴマープローブより高度に特異的であり、かつよりゆっくりとハイブリダイズする。プローブは、１本鎖または２本鎖であり得、そしてＰＣＲ、膜ベースのハイブリダイゼーション技術、またはＥＬＩＳＡ様技術において特異性を有するように設計され得る。
【０３９８】
本明細書中で用いられる場合、用語「単離された」核酸分子は、核酸の天然の供給源に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子である。好ましくは、「単離された」核酸は、その核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中の核酸に天然に隣接する配列（すなわち、その核酸の５’末端および３’末端に位置する配列）がない。例えば、種々の実施形態において、この単離されたＮＯＶＸ核酸分子は、核酸が由来する細胞／組織（例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓など）のゲノムＤＮＡ中の核酸分子に天然で隣接するヌクレオチド配列の約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂまたは０．１ｋｂ未満を含み得る。さらに、ｃＤＮＡ分子のような「単離された」核酸分子は、組換え技術により生成された場合、他の細胞物質もしくは培養培地を実質的に含まないこともでき、または化学的に合成される場合、化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まないこともできる。
【０３９９】
本発明の核酸分子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヌクレオチド配列を有する核酸分子、またはこの前述のヌクレオチド配列の相補体）は、標準的な分子生物学技術および本明細書中で提供される配列情報を用いて単離され得る。ハイブリダイゼーションプローブとして配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の核酸配列の全部または一部を用いて、ＮＯＶＸ分子は、標準的なハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術を用いて単離され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ら（編），ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ  ２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９；およびＡｕｓｕｂｅｌ，ら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，１９９３に記載される）。
【０４００】
本発明の核酸は、標準的なＰＣＲ増幅技術に従って、テンプレートおよび適切なオリゴヌクレオチドプライマーとして、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、または代わりにゲノムＤＮＡを用いて増幅され得る。このように増幅された核酸は、適切なベクターにクローニングされ得、そしてＤＮＡ配列分析により特徴付けられ得る。さらに、ＮＯＶＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的な合成技術により、例えば、自動化ＤＮＡ合成機を用いて、調製され得る。
【０４０１】
本明細書中で用いられる場合、用語「オリゴヌクレオチド」とは、一連の連結されたヌクレオチド残基をいい、このオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ反応において使用される十分な数のヌクレオチド塩基を有する。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列またはｃＤＮＡ配列に基づき得るか、またはこれらの配列から設計され得、そして特定の細胞もしくは組織中の同一の、類似の、または相補的なＤＮＡもしくはＲＮＡを増幅、確認またはこれらの存在を明らかにするために用いられる。オリゴヌクレオチドは、約１０ｎｔ長、５０ｎｔ長、または１００ｎｔ長、好ましくは、約１５ｎｔ〜３０ｎｔ長を有する、核酸配列の一部を含む。本発明の１つの実施形態において、１００ｎｔ長未満の核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５、またはその相補体の少なくとも６つの連続するヌクレオチドをさらに含む。オリゴヌクレオチドは、化学的に合成され得、そしてプローブとしても用いられ得る。
【０４０２】
別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に示されるヌクレオチド配列、またはこのヌクレオチド配列の一部（例えば、プローブもしくはプライマーとして用いられ得るフラグメント、またはＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードするフラグメント）の相補体である核酸分子を含む。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９または４１に示されるヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９または４１に示されるヌクレオチド配列に十分相補的なものであり、これは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に示されるヌクレオチド配列に対してほとんどまたは全くミスマッチなく水素結合し得、これにより安定な二重鎖を形成する。
【０４０３】
本明細書中で用いられる場合、用語「相補的」とは、核酸分子のヌクレオチド単位間のワトソンクリック塩基対形成またはフーグスティーン塩基対形成をいい、そして用語「結合」は、２つのポリペプチドもしくは化合物、または関連するポリペプチドもしくは化合物、またはこれらの組み合わせの間の物理的相互作用または化学的相互作用を意味する。結合としては、イオン性相互作用、非イオン性相互作用、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用などが挙げられる。物理的相互作用は、直接的または間接的のいずれかであり得る。間接的相互作用は、別のポリペプチドまたは化合物の効果を介し得るか、またはこの効果に起因し得る。直接的結合とは、別のポリペプチドまたは化合物の効果を介して、またはこの効果に起因して生じない相互作用をいうが、代わりに、他の実質的な化学的中間体がない。
【０４０４】
本明細書中に提供されるフラグメントは、少なくとも６個（連続する）核酸の配列または少なくとも４個（連続する）アミノ酸の配列（それぞれ、核酸の場合には、特異的なハイブリダイゼーションを可能にし、またはアミノ酸の場合には、エピトープの特異的な認識を可能にするに十分な長さ）として規定され、そして長くても全長配列未満の何らかの部分である。フラグメントは、選り抜きの核酸配列またはアミノ酸配列の任意の連続する部分に由来し得る。誘導体は、直接的にか、または改変もしくは部分的置換によってかのいずれかでネイティブな化合物から形成される、核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、ネイティブな化合物に類似する（が、同一ではない）構造を有するが、特定の構成要素または側鎖に関してそれとは異なる核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、合成物であり得るか、または進化的に異なる起源に由来し得、そして野生型と比較して、類似の代謝活性または反対の代謝活性を有し得る。ホモログは、異なる種由来の特定の遺伝子の核酸配列またはアミノ酸配列である。
【０４０５】
誘導体およびアナログは、以下に記載のように、誘導体またはアナログが、改変された核酸またはアミノ酸を含む場合、全長、または全長以外のものであり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体またはアナログとしては、種々の実施形態において、本発明の核酸もしくはタンパク質に、同一の大きさの核酸またはアミノ酸配列にわたって、または整列した配列と比較した場合（この整列は、当該分野で公知であるコンピューター相同性プログラムによって実施される）、少なくとも約７０％、８０％、または９５％の同一性（好ましい同一性は、８０〜９５％）で実質的に相同であるか、あるいはそのコードする核酸が、ストリンジェントの、中程度にストリンジェントの、または低いストリンジェントの条件下で上記のタンパク質をコードする配列の相補体にハイブリダイズし得る、領域を含む分子が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３、および以下を参照のこと。
【０４０６】
「相同な核酸配列」もしくは「相同なアミノ酸配列」、またはそれらの改変体とは、上記で考察したように、ヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルにおける相同性によって特徴付けられる配列をいう。相同なヌクレオチド配列は、ＮＯＶＸポリペプチドのアイソフォームをコードする配列をコードする。アイソフォームは、例えば、ＲＮＡの選択的スプライシングの結果として、同一の生物の異なる組織において発現され得る。あるいは、アイソフォームは、異なる遺伝子によってコードされ得る。本発明において、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の種（脊椎動物が挙げられるが、これに限定されず、従って、例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマおよび他の生物が挙げられ得る）のＮＯＶＸポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。相同なヌクレオチド配列としてはまた、天然に存在する対立遺伝子改変体および本明細書に記載されるヌクレオチド配列の変異体が挙げられるが、これらに限定されない。しかし、相同なヌクレオチド配列は、ヒトＮＯＶＸタンパク質をコードする正確なヌクレオチド配列を含まない。相同な核酸配列は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の保存的アミノ酸置換（以下を参照のこと）、ならびにＮＯＶＸの生物学的活性を保有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む。ＮＯＶＸタンパク質の種々の生物学的活性は以下に記載されている。
【０４０７】
ＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸ核酸のオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）によりコードされる。ＯＲＦは、ポリペプチドに潜在的に翻訳され得るヌクレオチド配列に対応する。ＯＲＦを含む核酸のストレッチは、終止コドンによって途切れない。全タンパク質についてのコード配列を表すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始（ｓｔａｒｔ）」コドンで始まり、そして３つの「終止（ｓｔｏｐ）」コドン（すなわち、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡ）のうちの１つで終結する。本発明の目的のために、ＯＲＦは、開始コドン、終止コドンまたはその両方を有するかまたは有さない、コード配列の任意の部分であり得る。ｂｏｎａ  ｆｉｄｅ細胞タンパク質のコードのための良好な候補としてみなされるＯＲＦについて、最小サイズの必要条件（例えば、５０アミノ酸以上のタンパク質をコードするＤＮＡストレッチ）がしばしば設定される。
【０４０８】
ヒトＮＯＶＸ遺伝子のクローニングから決定されたヌクレオチド配列は、他の細胞型（例えば、他の組織由来）におけるＮＯＶＸホモログ、ならびに他の脊椎動物由来のＮＯＶＸホモログを同定および／またはクローニングする際の使用のために設計されるプローブおよびプライマーの作製を可能にする。このプローブ／プライマーは、代表的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。このオリゴヌクレオチドは、代表的には、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の少なくとも約１２個、約２５個、約５０個、約１００個、約１５０個、約２００個、約２５０個、約３００個、約３５０個または約４００個の連続するセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の天然に存在する変異体のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。
【０４０９】
ヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に基づくプローブは、同じか、または相同なタンパク質をコードする転写物またはゲノム配列を検出するために使用され得る。種々の実施形態において、このプローブはさらに、プローブに付着した標識基を含み、例えば、この標識基は放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る。このようなプローブは、ＮＯＶＸタンパク質を誤って発現する細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として、例えば、被験体由来の細胞サンプル中のＮＯＶＸをコードする核酸のレベルを測定すること（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡレベルを検出すること）またはゲノムＮＯＶＸ遺伝子が変異しているかもしくは欠失しているか否かを決定することによって使用され得る。
【０４１０】
「ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」とは、特定の生物学的アッセイにおいて測定した場合に、本発明のポリペプチド（成熟形態を含む）の活性に類似するが、必ずしも同一ではない活性を示す、用量依存性を有するかまたは有さない、ポリペプチドをいう。「ＮＯＶＸの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、ＮＯＶＸの生物学的活性（ＮＯＶＸタンパク質の生物学的活性は、以下に記載される）を有するポリペプチドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の一部を単離し、ＮＯＶＸタンパク質のコードされた部分を（例えば、インビトロでの組換え発現によって）発現させ、そしてＮＯＶＸのコードされた部分の活性を評価することによって調製され得る。
【０４１１】
（ＮＯＶＸの核酸およびポリペプチドの改変体）
本発明はさらに、遺伝コードの縮重に起因して、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に示されるヌクレオチド配列とは異なり、従って、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同じＮＯＶＸタンパク質をコードする、核酸分子を包含する。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
【０４１２】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に示されるヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に加えて、このＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列における変化を導くＤＮＡ配列多型が、集団（例えば、ヒト集団）内に存在し得ることが、当業者によって理解される。ＮＯＶＸ遺伝子中のこのような遺伝的多型は、天然の対立遺伝子のバリエーションに起因して、集団内の個体に存在し得る。本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」とは、ＮＯＶＸタンパク質（好ましくは、脊椎動物のＮＯＶＸタンパク質）をコードするオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む核酸分子をいう。このような天然の対立遺伝子のバリエーションは、代表的には、ＮＯＶＸ遺伝子のヌクレオチド配列において１〜５％の変動を生じ得る。天然の対立遺伝子バリエーションの結果であり、かつこのＮＯＶＸポリペプチドの機能的活性を変化させない、任意および全てのこのようなヌクレオチドのバリエーションならびに得られるＮＯＶＸポリペプチド内のアミノ酸多型は、本発明の範囲内であることが意図される。
【０４１３】
さらに、他の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードし、従って、ヒトの配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５とは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあることが意図される。本発明のＮＯＶＸのｃＤＮＡの天然の対立遺伝子改変体およびホモログに対応する核酸分子は、本明細書中に開示されるヒトＮＯＶＸ核酸に対するその相同性に基づいて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標準的なハイブリダイゼーション技術に従って、ハイブリダイゼーションプローブとしてヒトｃＤＮＡまたはその一部を用いて単離され得る。
【０４１４】
従って、別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも６ヌクレオチド長であり、そしてストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする。別の実施形態では、この核酸は、少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００以上のヌクレオチド長である。なお別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、コード領域にハイブリダイズする。本明細書中で用いられる場合、用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、互いに少なくとも６０％相同なヌクレオチド配列が代表的には互いにハイブリダイズしたままであるハイブリダイゼーション条件および洗浄条件を記載することを意図する。
【０４１５】
ホモログ（すなわち、ヒト以外の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸）または他の関連配列（例えば、パラログ）は、特定のヒト配列の全てまたは一部をプローブとし、核酸ハイブリダイゼーションおよびクローニングに関して当該分野で周知の方法を使用して、低い、中程度の、または高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションによって入手され得る。
【０４１６】
本明細書で用いられる場合、語句「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」とは、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが、その標的配列にハイブリダイズするが、その他の配列にはハイブリダイズしない条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、そして異なる状況で異なる。より長い配列は、より短い配列より高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨで、特定の配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５℃低いように選択される。このＴｍは、標的配列に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下での）温度である。標的配列は一般に過剰で存在するので、Ｔｍでは、５０％のプローブが平衡状態で占有されている。代表的には、ストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０〜８．３で、塩濃度が約１．０Ｍナトリウムイオンより低く、代表的には約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン（またはその他の塩）であり、そして温度が、短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド（例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ）については、少なくとも約３０℃、そしてより長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドについては、少なくとも約６０℃であるような条件である。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドのような、不安定化剤の添加によって達成され得る。
【０４１７】
ストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、そしてＡｕｓｕｂｅｌら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６に見出され得る。好ましくは、この条件は、互いに少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８５％、約９０％、約９５％、約９８％または約９９％相同な配列が、代表的には互いにハイブリダイズしたままであるような条件である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．０２％  ＢＳＡ、および５００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中での６５℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、０．２×ＳＳＣ、０．０１％  ＢＳＡ中での５０℃での１回以上の洗浄である。ストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の配列にハイブリダイズする、本発明の単離された核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子とは、天然に存在する（例えば、天然のタンパク質をコードする）ヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子をいう。
【０４１８】
第２の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体に、中程度のストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸配列が提供される。中程度のストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％  ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡ中での５５℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での３７℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る中程度のストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹおよびＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０；ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと。
【０４１９】
第３の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体に、低ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸が提供される。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、３５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．２％  ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％（重量／容量）デキストラン硫酸中での４０℃でのハイブリダイゼーション、それに続く、２×ＳＳＣ、２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、５ｍＭ  ＥＤＴＡおよび０．１％  ＳＤＳ中での５０℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る低ストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である（例えば、種交差（ｃｒｏｓｓ−ｓｐｅｃｉｅｓ）ハイブリダイゼーションについて用いられるような条件）。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹならびにＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ；ＳｈｉｌｏおよびＷｅｉｎｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ７８：６７８９−６７９２を参照のこと。
【０４２０】
（保存的変異）
集団中に存在し得る、ＮＯＶＸ配列の天然に存在する対立遺伝子改変体に加えて、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヌクレオチド配列への変異によって変化が導入され得、それによって、このＮＯＶＸタンパク質の機能的能力を変更することなく、コードされるＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に変化がもたらされ得ることを、当業者はさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基にてアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６の配列において行われ得る。「非必須」アミノ酸残基は、その生物学的活性を変更することなく、このＮＯＶＸタンパク質の野生型配列から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、このような生物学的活性に必要とされる。例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質の間で保存されているアミノ酸残基は、特に変更を受け入れ難いと予測される。保存的置換がなされ得るアミノ酸は、当該分野で周知である。
【０４２１】
本発明の別の局面は、活性に必須ではないアミノ酸残基における変化を含む、ＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子に関する。このようなＮＯＶＸタンパク質は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５とはアミノ酸配列が異なるが、生物学的活性をなお保持する。１つの実施形態では、単離された核酸分子は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、このタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同であるアミノ酸配列を含む。好ましくは、この核酸分子によってコードされるタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に対して少なくとも約６０％相同であり；より好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に対して少なくとも約７０％相同であり；なおより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に対してして少なくとも約８０％相同であり；さらにより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に対して少なくとも約９０％相同であり；そして最も好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に対して少なくとも約９５％相同である。
【０４２２】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６のタンパク質に相同なＮＯＶＸタンパク質をコードする単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヌクレオチド配列に１以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を導入することにより作製され得、その結果、１以上のアミノ酸の置換、付加または欠失が、このコードされるタンパク質に導入される。
【０４２３】
変異は、標準技術（例えば、部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発）によって配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、１以上の推定非必須アミノ酸残基にてなされる。「保存的アミノ酸置換」は、そのアミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換される、置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で定義されている。これらのファミリーとしては、以下が挙げられる：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）。従って、ＮＯＶＸタンパク質中の推定非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態では、変異が、ＮＯＶＸコード配列の全てまたは一部に沿って（例えば、飽和変異誘発（ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）によって）ランダムに導入され得、そして得られる変異体がＮＯＶＸの生物学的活性についてスクリーニングされて、活性を維持する変異体を同定し得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の変異誘発後、コードされるタンパク質は、当該分野で公知の任意の組換え技術によって発現され得、そしてこのタンパク質の活性が決定され得る。
【０４２４】
アミノ酸ファミリーの関連性はまた、側鎖の相互作用に基づいて決定され得る。置換されるアミノ酸は、完全に保存された「強い」残基または完全に保存された「弱い」残基であり得る。保存されたアミノ酸残基の「強い」群は、以下の群のいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ（ここで、一文字アミノ酸コードは、互いに置換され得るアミノ酸によりグループ化されている）。同様に、保存された残基の「弱い」群は、以下のいずれか１つであり得る：ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＶＬＩＭ、ＨＦＹ（ここで、各群内の文字は、一文字アミノ酸コードを表す）。
【０４２５】
１つの実施形態では、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、以下についてアッセイされ得る：（ｉ）他のＮＯＶＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質、または生物学的に活性なそれらの部分と、タンパク質：タンパク質相互作用を形成する能力、（ｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質とＮＯＶＸのリガンドとの間の複合体形成；または（ｉｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質が細胞内標的タンパク質または生物学的に活性なその部分に結合する能力；（例えば、アビジンタンパク質）。
【０４２６】
なお別の実施形態において、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、特定の生物学的機能（例えば、インスリン放出の調節）を調節する能力についてアッセイされ得る。
【０４２７】
（アンチセンス核酸）
本発明の別の局面は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヌクレオチド配列を含む核酸分子またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体にハイブリダイズし得るかまたは相補的である、単離されたアンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的である（例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的であるかまたはｍＲＮＡ配列に相補的である）ヌクレオチド配列を含む。特定の局面では、ＮＯＶＸコード鎖全体の少なくとも約１０、約２５、約５０、約１００、約２５０もしくは約５００ヌクレオチドまたは全体、またはそれらの一部のみに相補的な配列を含む、アンチセンス核酸分子が提供される。配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６のＮＯＶＸタンパク質のフラグメント、ホモログ、誘導体およびアナログをコードする核酸分子、または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のＮＯＶＸ核酸配列に相補的なアンチセンス核酸がさらに提供される。
【０４２８】
１つの実施形態では、アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対してアンチセンスである。用語「コード領域」とは、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含む、ヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態では、このアンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対してアンチセンスである。用語「非コード領域」とは、コード領域に隣接する、アミノ酸に翻訳されない、５’配列および３’配列をいう（すなわち、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域ともいわれる）。
【０４２９】
本明細書中に開示されるＮＯＶＸタンパク質をコードするコード鎖配列を考慮すれば、本発明のアンチセンス核酸は、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋまたはＨｏｏｇｓｔｅｅｎの塩基対形成の規則に従って設計され得る。アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域全体に相補的であり得るが、より好ましくは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部に対してのみアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５または約５０ヌクレオチドの長さであり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を用いて、化学的合成または酵素連結反応を用いて構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、またはこの分子の生物学的安定性を増大させるように、もしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成される二重鎖の物理的安定性を増大させるように設計された、種々に改変されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成され得る（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが用いられ得る）。
【０４３０】
アンチセンス核酸を作製するために用いられ得る改変されたヌクレオチドの例としては以下が挙げられる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルキューオシン（ｂｅｔａ−Ｄ−ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルキューオシン（ｂｅｔａ−Ｄ−ｍａｎｎｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、プソイドウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、キューオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、および２，６−ジアミノプリン。あるいは、アンチセンス核酸は、発現ベクターを用いて生物学的に生成され得、このベクター中で、核酸は、アンチセンス方向でサブクローニングされている（すなわち、その挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、以下の小節にさらに記載されるように、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向のＲＮＡである）。
【０４３１】
本発明のアンチセンス核酸分子は、代表的には被験体に投与されるか、またはインサイチュで生成され、その結果、それらは、ＮＯＶＸタンパク質をコードする細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするか、またはそれらに結合し、それによって、（例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって）このタンパク質の発現を阻害する。このハイブリダイゼーションは、安定な二重鎖を形成する従来のヌクレオチド相補性によってか、または例えば、ＤＮＡ二重鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合には、二重らせんの主溝における特異的相互作用を介して行われ得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例としては、組織部位での直接的注射が挙げられる。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的化するように改変され得、次いで全身に投与され得る。例えば、全身投与のために、アンチセンス分子は、選択された細胞表面上に発現されたレセプターまたは抗原にそれらが特異的に結合するように、（例えば、そのアンチセンス核酸分子を細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に連結することによって）改変され得る。アンチセンス核酸分子はまた、本明細書中に記載されるベクターを用いて細胞に送達され得る。十分な核酸分子を達成するために、アンチセンス核酸分子が強力なｐｏｌ  ＩＩプロモーターまたはｐｏｌ  ＩＩＩプロモーターの制御下に置かれているベクター構築物が、好ましい。
【０４３２】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、このハイブリッドでは、通常のβ−ユニットとは対照的に、これらの鎖は、互いに平行に延びる。例えば、Ｇａｕｌｔｉｅｒら，１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１を参照のこと。アンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（例えば、Ｉｎｏｕｅら，１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１〜６１４８を参照のこと）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（例えば、Ｉｎｏｕｅら，１９８７，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７〜３３０を参照のこと）を含み得る。
【０４３３】
（リボザイムおよびＰＮＡ部分）
核酸の改変としては、非制限的な例として、改変された塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの改変は、改変された核酸の化学的安定性を増強するために少なくとも一部で実施され、その結果、それらは、例えば、被験体での治療的適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。
【０４３４】
１つの実施形態において、本発明のアンチセンス核酸はリボザイムである。リボザイムは、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を切断し得るリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡ分子であり、これらは、その一本鎖核酸に対して相補領域を有する。従って、リボザイム（例えば、ＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ  １９８８．Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１に記載されるようなハンマーヘッド型リボザイム）を使用して、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによって、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳を阻害し得る。ＮＯＶＸをコードする核酸に特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示されるＮＯＶＸ  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５）に基づいて設計され得る。例えば、活性部位のヌクレオチド配列が、ＮＯＶＸをコードするｍＲＮＡ内の切断されるヌクレオチド配列に相補的である、テトラヒメナ（Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ）Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体が構築され得る。例えば、Ｃｅｃｈらの米国特許第４，９８７，０７１号およびＣｅｃｈらの米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡはまた、ＲＮＡ分子のプールから、特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡを選択するために、使用され得る。例えば、Ｂａｒｔｅｌら、（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１〜１４１８を参照のこと。
【０４３５】
あるいは、ＮＯＶＸ遺伝子発現は、ＮＯＶＸ核酸の調節領域（例えば、ＮＯＶＸのプロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的化し、標的細胞中でＮＯＶＸ遺伝子の転写を妨害する三重らせん構造を形成することによって阻害され得る。例えば、Ｈｅｌｅｎｅ，１９９１．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９〜８４；Ｈｅｌｅｎｅら．１９９２．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；Ｍａｈｅｒ，１９９２．Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照のこと。
【０４３６】
種々の実施形態において、ＮＯＶＸ核酸は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格で改変されて、例えば、その分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは可溶性を改善し得る。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を改変して、ペプチド核酸を生成し得る。例えば、Ｈｙｒｕｐら，１９９６．Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ４：５−２３を参照のこと。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」すなわち「ＰＮＡ」とは、デオキシリボースリン酸骨格が偽ペプチド骨格によって置換され、そして４つの天然の核酸塩基のみが保持されている核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低いイオン強度の条件下でＤＮＡおよびＲＮＡに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐら，１９９６．前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら，１９９６．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９３：１４６７０−１４６７５において記載されるような標準的固相ペプチド合成プロトコルを用いて行われ得る。
【０４３７】
ＮＯＶＸのＰＮＡは、治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、（例えば、転写もしくは翻訳の停止を誘導することまたは複製を阻害することによる）遺伝子発現の配列特異的調節のための、アンチセンス剤または抗遺伝子（ａｎｔｉｇｅｎｅ）剤として使用され得る。ＮＯＶＸのＰＮＡはまた、例えば、遺伝子における一塩基対変異の分析（例えば、ＰＮＡ指向性ＰＣＲクランピング（ｃｌａｍｐｉｎｇ））において；他の酵素（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ）と組み合わせて使用される場合の人工制限酵素として（Ｈｙｒｕｐら，１９９６．前出を参照のこと）；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブもしくはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐら，１９９６，前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら，１９９６，前出を参照のこと）使用され得る。
【０４３８】
別の実施形態において、ＮＯＶＸのＰＮＡは、例えば、それらの安定性または細胞性取り込みを増強するために、ＰＮＡに親油性基もしくは他のヘルパー基を結合することによってか、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によってか、またはリポソームもしくは当該分野において公知の薬物送達の他の技術の使用によって、改変され得る。例えば、ＰＮＡおよびＤＮＡの有利な特性を組み合わせ得る、ＮＯＶＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラが生成され得る。そのようなキメラは、ＰＮＡ部分が高い結合親和性および特異性を提供しながら、ＤＮＡ認識酵素（例えば、ＲＮａｓｅ  ＨおよびＤＮＡポリメラーゼ）がＤＮＡ部分と相互作用するのを可能にする。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基のスタッキング、核酸塩基間の結合数および方向を考慮して選択される適切な長さのリンカーを使用して連結され得る（Ｈｙｒｕｐら，１９９６．前出を参照のこと）。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐら，１９９６，前出およびＦｉｎｎら，１９９６．Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２４：３３５７−３３６３において記載されるように行われ得る。例えば、ＤＮＡ鎖は、標準的なホスホルアミダイトカップリング化学を用いて固体支持体上で合成され得、そして改変されたヌクレオシドアナログ（例えば、５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホルアミダイト）が、ＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間に使用され得る。例えば、Ｍａｇら，１９８９．Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ  １７：５９７３〜５９８８を参照のこと。次いで、ＰＮＡモノマーが段階的様式でカップリングされ、５’ＰＮＡセグメントおよび３’ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子を生成する（例えば、Ｆｉｎｎら，１９９６，前出を参照のこと）。あるいは、５’ＤＮＡセグメントおよび３’ＰＮＡセグメントを有する、キメラ分子が合成され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｅｎら，１９７５、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９〜１１１２４を参照のこと。
【０４３９】
他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、以下のような他の付属の基を含み得る：ペプチド（例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的化するため）、または細胞膜（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８６：６５５３〜６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、１９８７、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：６４８〜６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）もしくは血液脳関門（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）を横切る輸送を容易にする因子。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（例えば、Ｋｒｏｌら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８〜９７６を参照のこと）またはインターカレート剤（例えば、Ｚｏｎ，１９８８、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９〜５４９を参照のこと）で改変され得る。この目的のために、オリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発切断剤など）に結合され得る。
【０４４０】
（ＮＯＶＸポリペプチド）
本発明に従うポリペプチドは、ＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドを含み、その配列は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に提供される。本発明はまた、その任意の残基が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に示される対応する残基から変化され得るが、なおそのＮＯＶＸの活性および生理学的機能を維持するタンパク質をコードする、変異体または改変体タンパク質、またはその機能的フラグメントを含む。
【０４４１】
一般に、ＮＯＶＸ様機能を保持するＮＯＶＸ改変体は、その配列中の特定位置の残基が他のアミノ酸により置換されており、そしてさらに、親タンパク質の２つの残基間にさらなる残基を挿入する可能性、および親配列から１つ以上の残基を欠失する可能性を含む、任意の改変体を含む。任意のアミノ酸置換、挿入または欠失が、本発明に包含される。好適な状況では、この置換は、上記で規定されるような保存的置換である。
【０４４２】
本発明の１つの局面は、単離されたＮＯＶＸタンパク質、およびその生物学的に活性な部分、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに関する。抗ＮＯＶＸ抗体を惹起するための免疫原としての使用のために適切なポリペプチドフラグメントもまた提供される。１つの実施形態において、ネイティブなＮＯＶＸタンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を用いる適切な精製スキームによって、細胞または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、組換えＤＮＡ技術によって産生される。組換え発現に代わるものとして、ＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸポリペプチドは、標準的なペプチド合成技術を用いて化学合成され得る。
【０４４３】
「単離された」または「精製された」ポリペプチドまたはタンパク質あるいはその生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質の由来する細胞または組織供給源由来の細胞性物質または他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、あるいは化学合成される場合に化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含み、この調製物において、ＮＯＶＸタンパク質が単離または組換え産生される細胞の細胞性成分から、ＮＯＶＸタンパク質は分離されている。１つの実施形態において、用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、非ＮＯＶＸタンパク質（本明細書中において「夾雑タンパク質」とも呼ばれる）を（乾燥重量にて）約３０％未満、より好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約２０％未満、なおより好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約１０％未満、そして最も好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約５％未満有する、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換え産生される場合、これらはまた、好ましくは、調製物はまた培養培地を実質的に含まない。すなわち、培養培地は、そのＮＯＶＸタンパク質調製物の容量の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは約５％未満を示す。
【０４４４】
用語「化学前駆体も他の化学物質も実質的に含まない」は、タンパク質が、そのタンパク質の合成に関与する化学前駆体からも他の化学物質から分離されているＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態において、用語「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、化学前駆体または非ＮＯＶＸの化学物質を約３０％未満（乾燥重量にて）、より好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約２０％未満、なおより好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約１０％未満、そして最も好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約５％未満有する、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。
【０４４５】
ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、全長ＮＯＶＸタンパク質より少ないアミノ酸を含み、そしてＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を示す、ＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に示されるアミノ酸配列）に十分に相同なアミノ酸配列、またはこのようなＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列を含むペプチドを含む。代表的には、生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフを含む。ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、長さが１０、２５、５０、１００またはそれより多いアミノ酸残基であるポリペプチドであり得る。
【０４４６】
さらに、タンパク質の他の領域が欠失している他の生物学的に活性な部分は、組換え技術によって調製され得、そしてネイティブなＮＯＶＸタンパク質の機能的活性のうちの１つ以上について評価され得る。
【０４４７】
１つの実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６に実質的に相同であり、そして以下に詳細に記載されるように、天然の対立遺伝子バリエーションまたは変異誘発に起因してアミノ酸配列が異なるが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６のタンパク質の機能的活性を保持する。従って、別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、そして、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６のＮＯＶＸタンパク質の機能的活性を保持するタンパク質である。
【０４４８】
（２つ以上の配列間の相同性の決定）
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の相同性の百分率を決定するために、配列は、至適な比較の目的のために整列される（例えば、ギャップが、第２のアミノ酸配列または核酸配列との最適な整列のために、第１のアミノ酸配列または核酸配列の配列中に導入され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、その分子は、その位置で相同である（すなわち、本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「相同性」は、アミノ酸または核酸の「同一性」と等価である）。
【０４４９】
核酸配列の相同性は、２つの配列間の同一性の程度として決定され得る。相同性は、当該分野において公知のコンピュータープログラム（例えば、ＧＣＧプログラムパッケージにおいて提供されるＧＡＰソフトウェア）を用いて決定され得る。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，１９７０  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ４８：４４３〜４５３を参照のこと。核酸配列比較のための以下の設定（ＧＡＰ生成ペナルティー、５．０、およびＧＡＰ伸長ペナルティー、０．３）を用いてＧＣＧ  ＧＡＰソフトウェアを使用すると、上記で言及される類似の核酸配列のコード領域は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５に示されるＤＮＡ配列のＣＤＳ（コード）部分と、好ましくは少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性の程度を示す。
【０４５０】
用語「配列同一性」は、２つのポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が、特定の比較領域にわたって、残基毎を基準として同一である程度をいう。用語「配列同一性のパーセンテージ」は、以下により算出される：この比較領域にわたって最適に整列された２つの配列を比較すること、両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、核酸の場合にはＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ）が存在する位置の数を決定し、一致した位置の数を導くこと、この一致した位置の数を、比較領域の内の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算すること、およびその結果を１００で乗算して、配列同一性のパーセンテージを導くこと。用語「実質的な同一性」は、本明細書中で使用される場合、ポリヌクレオチド配列の特徴を示し、ここでこのポリヌクレオチドは、比較領域にわたり参照配列と比較して、少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の同一性、そして頻繁には９０〜９５％の配列同一性、より通常には少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【０４５１】
（キメラタンパク質および融合タンパク質）
本発明はまた、ＮＯＶＸキメラタンパク質またはＮＯＶＸ融合タンパク質を提供する。本明細書中で使用される場合、ＮＯＶＸ「キメラタンパク質」またはＮＯＶＸ「融合タンパク質」は、非ＮＯＶＸポリペプチドに作動可能に連結された、ＮＯＶＸポリペプチドを含む。「ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４および５６）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、「非ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質に対して実質的に相同ではないタンパク質（例えば、ＮＯＶＸタンパク質とは異なり、かつ同一かまたは異なる生物体に由来するタンパク質）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。ＮＯＶＸ融合タンパク質において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸタンパク質の全てまたは一部分に対応し得る。１つの実施形態では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含む。別の実施形態では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも２つの生物学的に活性な部分を含む。なお別の実施形態においてＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも３つの生物学的に活性な部分を含む。融合タンパク質において、用語「作動可能に連結された」は、ＮＯＶＸポリペプチドおよび非ＮＯＶＸポリペプチドが、インフレームで互いに融合されていることを示すことが意図される。非ＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０４５２】
１つの実施形態においては、この融合タンパク質は、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質であり、ここではＮＯＶＸ配列が、ＧＳＴ（グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列のＣ末端に融合される。このような融合タンパク質は、組換えＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【０４５３】
別の実施形態において、この融合タンパク質は、そのＮ末端に異種シグナル配列を含むＮＯＶＸタンパク質である。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）において、ＮＯＶＸの発現および／または分泌は、異種シグナル配列の使用を介して増加され得る。
【０４５４】
なお別の実施形態において、この融合タンパク質は、ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質であり、ここで、ＮＯＶＸ配列が、免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合される。本発明のこのＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、薬学的組成物中に取り込まれ、そして被験体に投与されて、細胞の表面上でＮＯＶＸリガントとＮＯＶＸタンパク質との間の相互作用を阻害し、それによってインビボのＮＯＶＸ媒介シグナル伝達を抑制し得る。このＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を用い、ＮＯＶＸ同族リガンドのバイオアベイラビリティに影響を与え得る。ＮＯＶＸリガンド／ＮＯＶＸ相互作用の阻害は、増殖障害および分化障害の両方の処置、および細胞生存を調節（例えば、促進または阻害）することに、治療的に有用であり得る。さらに、本発明のこのＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、被験体中で抗ＮＯＶＸ抗体を産生するための免疫原として用いられ得、ＮＯＶＸリガンドを精製するために用いられ得、そしてＮＯＶＸリガンドとのＮＯＶＸの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイで用いられ得る。
【０４５５】
本発明のＮＯＶＸキメラまたはＮＯＶＸ融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技術により産生され得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントを、従来の技術に従って、例えば、連結のための平滑末端または付着（ｓｔａｇｇｅｒ）末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて粘着（ｃｏｈｅｓｉｖｅ）末端のフィルイン、所望しない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結を採用することにより、インフレームで一緒に連結する。別の実施形態では、融合遺伝子を、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来技術により合成し得る。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅を、２つの連続する遺伝子フラグメント間の相補的オーバハングを生じるアンカープライマーを用いて実施し得、このフラグメントは、次いで、キメラ遺伝子配列を生成するためにアニールおよび再増幅され得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編）ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、１９９２を参照のこと）。さらに、融合成分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードした多くの発現ベクターが市販されている。ＮＯＶＸをコードする核酸は、この融合成分がＮＯＶＸタンパク質にインフレーム連結されるように、このような発現ベクター中にクローン化され得る。
【０４５６】
（ＮＯＶＸのアゴニストおよびアンタゴニスト）
本発明はまた、ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）として、またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の改変体に関する。ＮＯＶＸタンパク質の改変体（例えば、ＮＯＶＸタンパク質の離散した点変異または短縮型）が、変異誘発により生成され得る。ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質と実質的に同じ生物学的活性、またはその生物学的活性のサブセットを保持し得る。ＮＯＶＸタンパク質のアンタゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質の活性の１つ以上を、例えば、ＮＯＶＸタンパク質を含む細胞シグナル伝達カスケードの下流または上流メンバーに競合的に結合することにより阻害し得る。従って、特定の生物学的効果が、限られた機能の改変体を用いた処理により惹起され得る。１つの実施形態では、このタンパク質の天然に存在する形態の生物学活性のサブセットを有する改変体を用いた被験体の処置は、ＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する形態を用いた処置に対して被験体における副作用がさらに少ない。
【０４５７】
ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）、またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の改変体は、ＮＯＶＸタンパク質アゴニスト活性またはＮＯＶＸタンパク質アンタゴニスト活性についてＮＯＶＸタンパク質の変異体（例えば短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより同定され得る。１つの実施形態では、ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発により生成され、そして多彩な遺伝子ライブラリーによりコードされる。ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、例えば、潜在的なＮＯＶＸ配列の縮重セットが、個々のポリペプチドとして、あるいは、その中にＮＯＶＸ配列のセットを含む（例えば、ファージディスプレイのための）より大きな融合タンパク質のセットとして発現可能であるように、合成オリゴヌクレオチドの混合物を、遺伝子配列に酵素的に連結することによって、産生され得る。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的なＮＯＶＸ改変体のライブラリーを産生するために用いられ得る種々の方法がある。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動化ＤＮＡ合成機中で実施され得、次いでこの合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結される。遺伝子の縮重セットの使用は、１つの混合物において、潜在的なＮＯＶＸ配列の所望のセットをコードする全ての配列の供給を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当該分野で周知である。例えば、Ｎａｒａｎｇ，１９８３．Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９：３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８：１０５６；Ｉｋｅら，１９８３．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１１：４７７を参照のこと。
【０４５８】
（ポリペプチドライブラリー）
さらに、ＮＯＶＸタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーを用いて、ＮＯＶＸタンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のためのＮＯＶＸフラグメントの多彩な集団を生成し得る。１つの実施形態では、コード配列フラグメントのライブラリーは、ＮＯＶＸコード配列の二本鎖ＰＣＲフラグメントを、１分子あたり約１つのみのニックが生じる条件下で、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖ＤＮＡを変性させること、異なるニック産物からのセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡを形成するためにこのＤＮＡを再生すること、Ｓ１ヌクレアーゼを用いた処理により再形成された二重鎖から一本鎖部分を除去すること、および得られるフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結することにより生成し得る。この方法によって、ＮＯＶＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端および内部フラグメントをコードする発現ライブラリーが派生し得る。
【０４５９】
点変異または短縮化により作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、および選択された性質を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための種々の技術が当該分野で公知である。このような技術を、ＮＯＶＸタンパク質のコンビナトリアル変異誘発により生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための、ハイスループット分析に適した最も広く用いられる技術は、代表的には、複製可能な発現ベクター中に遺伝子ライブラリーをクローニングすること、得られるベクターのライブラリーで適切な細胞を形質転換すること、およびこのコンビナトリアル遺伝子を、所望の活性の検出が、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離を容易にする条件下で発現することを含む。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増大する新規技術であるリクルーシブアンサンブル変異誘発（Ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）を、スクリーニングアッセイと組み合わせて用い、ＮＯＶＸ改変体を同定し得る。例えば、ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ，１９９２．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら，１９９３．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１を参照のこと。
【０４６０】
（抗ＮＯＶＸ抗体）
ＮＯＶＸタンパク質、またはＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに対する抗体もまた本発明に含まれる。用語「抗体」とは、本明細書において用いる場合、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン（Ｉｇ）分子の免疫学的に活性な部分（すなわち、抗原に特異的に結合（抗原と免疫反応）する抗原結合部位を含む分子）をいう。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、およびＦ（ａｂ’）２フラグメント、ならびにＦａｂ発現ライブラリーが挙げられるがこれらに限定されない。一般に、ヒトから得た抗体分子は、この分子に存在する重鎖の性質が互いに異なるクラスであるＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＤのいずれかに関する。特定のクラスは、同様にサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２等）を有する。さらに、ヒトにおいては、軽鎖は、κ鎖またはλ鎖であり得る。抗体に関する本明細書における言及は、ヒト抗体種のこのようなクラス、サブクラス、およびタイプの全てに関する言及を包含する。
【０４６１】
本発明の単離されたＮＯＶＸ関連タンパク質は、抗原またはその一部もしくはフラグメントとして機能することが意図され得、そしてさらに、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体調製のための標準的な技術を用いて、抗原に免疫特異的に結合する抗体を生成するための免疫原として用いられ得る。全長のタンパク質が用いられ得るか、あるいは、本発明は、免疫原としての使用のための抗原の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ペプチドフラグメントは、全長タンパク質のアミノ酸配列の少なくとも６つのアミノ酸残基を含み、そしてこのペプチドに対して惹起された抗体が、全長タンパク質と、またはこのエピトープを含む任意のフラグメントと特異的な免疫複合体を形成するように、そのエピトープを包含する。好ましくは、この抗原性ペプチドは、少なくとも１０アミノ酸残基、または少なくとも１５アミノ酸残基、または少なくとも２０アミノ酸残基、または少なくとも３０アミノ酸残基を含む。抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、その表面上に位置するタンパク質の領域である；通常これらは親水性領域である。
【０４６２】
本発明の特定の実施形態では、抗原性ペプチドに含まれる少なくとも１つのエピトープは、ＮＯＶＸ関連タンパク質の表面上に位置するＮＯＶＸ関連タンパク質の領域、例えば、親水性領域である。ヒトＮＯＶＸ関連タンパク質配列の疎水性分析によって、ＮＯＶＸ関連タンパク質のどの領域が特に親水性であり、従って抗体産生を標的するのに有用な表面残基をコードする可能性が高いかが示される。抗体産生を標的するための手段として、親水性領域および疎水性領域を示すヒドロパシープロットを、例えば、フーリエ変換を伴うかまたは伴わないかのいずれかである、Ｋｙｔｅ  ＤｏｏｌｉｔｔｌｅまたはＨｏｐｐ  Ｗｏｏｄｓ法を含む、当該分野で周知の任意の方法により生成し得る。例えば、その各々がその全体において本明細書に参考として援用される、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、１９８１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：３８２４−３８２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ  １９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１４２を参照のこと。抗原性タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログ内の１つ以上のドメインに対して特異的な抗体もまた、本明細書中で提供される。
【０４６３】
本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログは、これらのタンパク質成分に免疫特異的に結合する抗体の産生における免疫原として利用され得る。
【０４６４】
当該分野において公知の種々の手順が、本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログに対して指向されるポリクロナール抗体またはモノクロナール抗体の産生のために使用され得る（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，１９８８，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ（本明細書中に参考として援用される）を参照のこと）。これらの抗体のうちのいくつかは、以下で考察される。
【０４６５】
（ポリクロナール抗体）
ポリクロナール抗体の産生のために、種々の適切な宿主動物（例えば、ウサギ、ヤギ、マウスまたは他の動物）は、ネイティブなタンパク質、その合成改変体、または上記の誘導体を用いる１回以上の注射によって免疫され得る。適切な免疫原性調製物は、例えば、天然に存在する免疫原性タンパク質、免疫原性タンパク質を示す化学的に合成されたポリペプチド、または組換え的に発現される免疫原性タンパク質を含み得る。さらに、このタンパク質は、免役されている哺乳動物において免疫原性であることが知られている第２のタンパク質に結合体化され得る。このような免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、および大豆トリプシンインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。この調製物はさらに、アジュバントを含み得る。種々のアジュバントが免疫学的応答を増加させるために使用され、このようなアジュバントとしては、フロイントのアジュバント（完全および不完全）、ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム）、界面活性物質（例えば、リゾレシチン、プルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳濁液、ジニトロフェノールなど）、ヒトにおいて使用可能なアジュバント（例えば、Ｂａｃｉｌｌｅ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ−ＧｕｅｒｉｎおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ）または類似の免疫刺激剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバントのさらなる例としては、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート）が挙げられる。
【０４６６】
免疫原性タンパク質に対して指向されるポリクロナール抗体分子は、哺乳動物から（例えば、血液から）単離され得、そして周知の技術（例えば、プロテインＡまたはプロテインＧを用いるアフィニティクロマトグラフィー（これは、主に免疫血清のＩｇＧ画分を提供する））によってさらに精製され得る。続いて、または代替的に、求められている免疫グロブリンの標的である特定の抗原またはその抗原のエピトープがカラムに固定され、免疫アフィニティクロマトグラフィーによって免疫特異的抗体を精製し得る。免疫グロブリンの精製は、例えば、Ｄ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  ＰＡより発行）、第１４巻、第８号（２０００年４月１７日）、２５〜２８頁）によって考察される。
【０４６７】
（モノクローナル抗体）
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」（ＭＡｂ）または「モノクローナル抗体組成物」は、独特の軽鎖遺伝子産物および独特の重鎖遺伝子産物からなる抗体分子の唯一の分子種を含む抗体分子の集団をいう。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、この集団の全ての分子に同一である。従って、ＭＡｂは、抗原への独特の結合親和性によって特徴付けられる抗原の特定のエピトープと免疫反応可能な抗原結合部位を含む。
【０４６８】
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ方法（例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）に記載されるような方法）を使用して調製され得る。ハイブリドーマ方法において、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物は、免疫因子で代表的に免疫され、その免疫因子に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生し得るリンパ球を誘発する。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫され得る。
【０４６９】
免疫因子としては、代表的に、タンパク質抗原、そのフラグメントまたはその融合タンパク質が挙げられる。一般的には、ヒト起源の細胞が所望される場合に末梢血リンパ球が使用されるか、または、非ヒト哺乳動物供給源が望まれる場合に脾臓細胞またはリンパ節細胞が使用されるかのいずれかである。次いで、適切な融合因子（例えば、ポリエチレングリコール）を使用して、リンパ球を不死化細胞株に融合し、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ：ＰＲＩＮＣＩＰＬＥＳ  ＡＮＤ  ＰＲＡＣＴＩＣＥ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８６）第５９−１０３頁）。不死化細胞株は、通常、形質転換された哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシおよびヒト起源の骨髄腫細胞である。通常、ラットまたはマウスの骨髄腫細胞株が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、１以上の物質（融合されていない不死化細胞の増殖または生存を阻害する）を含む適切な培養培地中で培養され得る。例えば、親の細胞が酵素、ヒポキサンチングアニンンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、そのハイブリドーマのための培養培地は、代表的にヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、それらの物質はＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を阻害する。
【０４７０】
好ましい不死化細胞株は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による安定な高レベルの抗体の発現を支持し、そしてＨＡＴ培地のような培地に敏感な細胞株である。より好ましい不死化細胞株はマウス骨髄腫細胞株であり、それらは、例えば、Ｓａｌｋ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣａｌｉｆｏｒｎｉａおよびＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａから得ることが可能である。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒト異種骨髄腫（ｈｅｔｅｒｏｍｙｅｌｏｍａ）細胞株はまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について記載されている（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒら、ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＹ  ＰＲＯＤＵＣＴＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，（１９８７）第５１−６３頁）。
【０４７１】
次いで、ハイブリドーマ細胞が培養される培養培地は、抗原に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイされ得る。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降によって決定されるか、またはインビトロ結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ））によって決定される。このような技術およびアッセイは、当該分野で公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、ＭｕｎｓｏｎおよびＰｏｌｌａｒｄ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）のスキャッチャード分析によって決定され得る。好ましくは、標的抗原に対する高い程度の特異性および高結合親和性を有する抗体が、単離される。
【０４７２】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、限界希釈手順によって、クローンをサブクローニングし得、そして標準的な方法によって増殖し得る。例えば、この目的のために適切な培養培地としては、ダルベッコ改変イーグル培地（Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ  Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｅａｇｌｅ’ｓ  Ｍｅｄｉｕｍ）およびＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は、哺乳動物内の腹水としてインビボで増殖され得る。
【０４７３】
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、従来の免疫グロブリン精製手順（例えば、プロテインＡセファロース、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィー）によって、培養培地または腹水から、単離または精製され得る。
【０４７４】
モノクローナル抗体はまた、組換えＤＮＡ方法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される方法）によって作製され得る。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離され得、そして配列決定され得る。本発明のハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦単離されると、ＤＮＡは、発現ベクターに配置され得、次いでそれらは、宿主細胞（例えば、さもなければ免疫グロブリンタンパク質を産生しないサルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞）にトランスフェクトされ、組換え宿主細胞内でのモノクローナル抗体の合成を得る。このＤＮＡはまた、例えば、相同なマウス配列の代わりにヒト重鎖定常ドメインおよびヒト軽鎖定常ドメインについてのコード配列の置換（米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８，８１２−１３（１９９４））によってか、または非免疫グロブリンポリペプチドについてのコード配列の全てまたは一部の、免疫グロブリンコード配列への共有結合的な連結によって改変され得る。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常領域の代りに用いられ得るか、または本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインの代りに用いられ得、キメラの二価抗体を作製する。
【０４７５】
（ヒト化抗体）
本発明のタンパク質抗原に対する抗体は、さらにヒト化抗体またはヒト抗体を含み得る。これらの抗体は、投与された免疫グロブリンに対するヒトによる免疫応答を引き起こすことなく、ヒトへの投与に適切である。抗体のヒト化形態は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合配列）であり、それらは主にヒト免疫グロブリンの配列から構成され、そして非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含む。ヒト化は、ヒト抗体の対応する配列の代わりにげっ歯類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列を用いることによって、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者の方法（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６（１９８８））に従って達成され得る。（米国特許第５，２２５，５３９号もまた参照のこと。）いくつかの場合において、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエントの抗体においても、移入されたＣＤＲまたはフレームワーク配列においても見出されない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、および代表的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含む。これらの内で、全てのまたは実質的に全てのＣＤＲ領域は非ヒト免疫グロブリンの領域に対応し、そして全てまたは実質的に全てのフレームワーク領域はヒト免疫グロブリンコンセンサス配列の領域である。ヒト化抗体はまた、最適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、代表的には、ヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部を含む（Ｊｏｎｅｓら、１９８６；Ｒｉｅｃｈａｍａｎｎら、１９８８；およびＰｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２））。
【０４７６】
（ヒト抗体）
完全ヒト抗体は、ＣＤＲを含む軽鎖および重鎖の両方の、本質的に全体配列がヒト遺伝子から生じる抗体分子に関する。このような抗体を、「ヒト抗体」、または「完全ヒト抗体」と本明細書中で呼ぶ。ヒトモノクローナル抗体は、トリオーマ（ｔｒｉｏｍａ）技術によって調製され得る；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｚｂｏｒら、１９８３  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２を参照のこと）およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）。ヒトモノクローナル抗体は、本発明の実行において使用され得、そしてヒトハイブリドーマの使用（Ｃｏｔｅら、１９８３．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８０：２０２６−２０３０を参照のこと）によってか、またはインビトロでのエプスタイン−バー−ウイルスを用いたヒトＢ細胞の形質転換（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）によって産生され得る。
【０４７７】
さらに、ヒト抗体はまた、さらなる技術（ファージディスプレイライブラリー（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１））を含む）を使用して産生され得る。同様に、ヒト免疫グロブリン遺伝子座をトランスジェニック動物（例えば、内因性免疫グロブリン遺伝子が、部分的または完全に不活化されているマウス）に導入することによって、ヒト抗体は作製され得る。チャレンジの際にヒト抗体の産生が観察され、このことは全ての点（遺伝子再配列、アセンブリ、および抗体レパートリーを含む）でヒトにおいて観察されたものに密接に類似する。このアプローチは、例えば、以下に記載される：米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６号、およびＭａｒｋｓら（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０、７７９−７８３（１９９２））；Ｌｏｎｂｅｒｇら（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８  ８５６−８５９（１９９４））；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８、８１２−１３（１９９４））；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８４５−５１（１９９６））；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８２６（１９９６））；ならびにＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ（Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３  ６５−９３（１９９５））。
【０４７８】
ヒト抗体は、抗原によるチャレンジに応答する動物の内因性抗体ではなく完全ヒト抗体を産生するように改変されたトランスジェニック非ヒト動物を使用して、さらに産生され得る。（ＰＣＴ公開ＷＯ９４／０２６０２を参照のこと）。非ヒト宿主における重鎖免疫グロブリンおよび軽鎖免疫グロブリンをコードする内因性遺伝子は、無能にされており、そしてヒト重鎖免疫グロブリンおよびヒト軽鎖免疫グロブリンをコードする活性な遺伝子座は、宿主のゲノムに挿入される。例えば、不可欠なヒトＤＮＡセグメントを含む酵母人工染色体を使用して、ヒト遺伝子は組み込まれる。次いで、全ての所望の改変を提供する動物を、完全な改変の相補体よりもより少ない改変の相補体を含む中間トランスジェニック動物を交配することによって子孫として得る。このような非ヒト動物の好ましい実施形態は、マウスであり、ＰＣＴ公開ＷＯ９６／３３７３５およびＷＯ９６／３４０９６に開示されるようにＸｅｎｏｍｏｕｓｅＴＭと呼ばれる。この動物は、ヒト免疫グロブリンを十分に分泌するＢ細胞を産生する。目的の免疫原での免疫後の動物から（例えば、ポリクローナル抗体の調製物として）、あるいは動物由来の不死化されたＢ細胞（例えば、モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ）から、抗体を直接得ることが可能である。さらに、ヒト可変領域を有する免疫グロブリンをコードする遺伝子は、抗体を直接得るために回収され、そして発現され得るか、または抗体のアナログ（例えば、単鎖Ｆｖ分子）を得るために、さらに改変され得る。
【０４７９】
内因性免疫グロブリン重鎖の発現を欠く非ヒト宿主（マウスとして例証される）を作製するための方法の例は、米国特許第５，９３９，５９８号に開示される。それは、以下の工程を包含する方法によって得ることが可能である：胚性幹細胞において少なくとも１つの内因性重鎖遺伝子座からこのＪセグメント遺伝子を欠失し、この遺伝子座の再構成を防止し、かつ、再構成された免疫グロブリン重鎖遺伝子座の転写物の形成を防止する工程であって、ここでこの欠失は、選択マーカーをコードする遺伝子を含むベクターを標的化することによってもたらされる、工程；ならびにその胚性幹細胞から、その体細胞および生殖細胞が選択可能なマーカーをコードする遺伝子を含む、トランスジェニックマウスを作製する工程。
【０４８０】
目的の抗体（例えば、ヒト抗体）を産生する方法は、米国特許第５，９１６，７７１号に開示される。それは以下の工程を包含する：重鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、培養中の１つの哺乳動物宿主細胞に導入する工程、軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、別の哺乳動物宿主細胞に導入する工程、およびハイブリッド細胞を形成するためにそれら２つの細胞を融合する工程。ハイブリッド細胞は、重鎖および軽鎖を含む抗体を発現する。
【０４８１】
この手順のさらなる改善において、免疫原上の臨床的に関連するエピトープを同定する方法、および関連するエピトープに高い親和性で免疫特異的に結合する抗体を選択するための関連する方法は、ＰＣＴ公開ＷＯ９９／５３０４９に開示される。
【０４８２】
（Ｆａｂフラグメントおよび単鎖抗体）
本発明に従って、本発明の抗原性タンパク質に特異的な単鎖抗体の産生のために技術が適応され得る（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照のこと）。さらに、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築のために方法が適応され得（例えば、Ｈｕｓｅら、１９８９  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１を参照のこと）、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログについての所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ効果的な同定を可能にする。タンパク質抗原に対するイディオタイプを含む抗体フラグメントは、以下に挙げられるがこれらに限定されない当該分野で公知の技術によって、産生され得る：（ｉ）抗体分子のペプシン消化によって産生されるＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって産生されたＦａｂフラグメント；（ｉｉｉ）パパインおよび還元剤を用いた抗体分子の処理によって産生されたＦａｂフラグメント、および（ｉｖ）Ｆｖフラグメント。
【０４８３】
（二重特異的抗体）
二重特異的抗体は、少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体（好ましくはヒトモノクローナル抗体またはヒト化されたモノクローナル抗体）である。この場合において、結合特異性の１つは、本発明の抗原性タンパク質に対してである。第２の結合標的は、任意の他の抗原であり、そして、この第２の結合標的は、有利に、細胞表面タンパク質あるいはレセプターまたはレセプターサブユニットである。
【０４８４】
二重特異的抗体を作製する方法は、当該分野で公知である。伝統的には、二重特異的抗体の組換え生成は、２つの免疫グロブリンの重鎖／軽鎖の対の同時発現に基づき、ここで、この２つの重鎖は、異なる特異性を有する（ＭｉｌｓｔｅｉｎおよびＣｕｅｌｌｏ、Ｎａｔｕｒｅ，３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリンの重鎖および軽鎖のランダムな組み合わせに起因して、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０の異なる抗体分子の潜在的混合物を作製し、このうち１つのみが正確な二重特異的構造を有する。この正確な分子の精製は、通常アフィニティークロマトグラフィー工程によって達成される。同様の手順は、１９９３年５月１３日公開のＷＯ９３／０８８２９、およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒら、１９９１  ＥＭＢＯ  Ｊ．、１０：３６５５−３６５９において開示される。
【０４８５】
所望の結合特異性（抗体−抗原結合部位）を有する抗体可変ドメインは、免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合され得る。この融合物は、好ましくは免疫グロブリン重鎖定常ドメインを有し、少なくともヒンジ、ＣＨ２、およびＣＨ３領域の部分を含む。この融合物の少なくとも１つに存在する軽鎖結合のために必要な部位を含む第１の重鎖定常領域（ＣＨ１）を有することが好ましい。免疫グロブリン重鎖融合物および所望される場合、この免疫グロブリンの軽鎖をコードするＤＮＡは、別々の発現ベクターに挿入され、そして適切な宿主生物体に同時トランスフェクトされる。二重特異的抗体の作製のさらなる詳細は、例えば、Ｓｕｒｅｓｈら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１２１：２１０（１９８６）を参照のこと。
【０４８６】
ＷＯ９６／２７０１１に記載される別のアプローチに従って、抗体分子の対の間の界面は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロダイマーのパーセンテージを最大化するように操作され得る。好ましい界面は、抗体定常ドメインのＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法において、第１の抗体分子の界面からの１つ以上の小さなアミノ酸側鎖は、より大きな側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）で置換される。大きな側鎖と同一または同様のサイズの補完的な「空洞（キャビティ）」は、大きなアミノ酸側鎖を小さなアミノ酸側鎖（例えば、アラニンまたはスレオニン）で置換することによって、第２の抗体分子の界面上に生成される。このことは、ホモダイマーのような他の不必要な最終生成物よりも、ヘテロダイマーの収量を増加するための機構を提供する。
【０４８７】
二重特異的抗体は、全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異的抗体）として調製され得る。抗体フラグメントから二重特異的抗体を作製するための技術は、文献において記載される。例えば、二重特異的抗体は、化学結合を使用して調製され得る。Ｂｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１（１９８５）は、インタクトな抗体がタンパク分解的に切断されてＦ（ａｂ’）２フラグメントを作製する手順を記載する。これらのフラグメントは、ビシナルジチオールを安定化し、そして分子間ジスルフィド形成を阻止するために、ジチオール錯化剤亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元される。次いで、この作製されたＦａｂ’フラグメントは、チオニトロベンゾエート（ＴＮＢ）誘導体に変換される。次いで、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の１つは、メルカプトエチルアミンでの還元によってＦａｂ’−チオールに再変換され、そしてこれは等モル量の他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合されて二重特異的抗体を形成する。生成された二重特異的抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として使用され得る。
【０４８８】
さらに、Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから直接回収され得、そして化学的にカップリングされて二重特異的抗体を形成する。Ｓｈａｌａｂｙら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７５：２１７−２２５（１９９２）は、完全にヒト化された二重特異的抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の生成を記載する。各Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから別々に分泌され、そしてインビトロの指向性化学的カップリングに供され、二重特異的抗体を形成する。このように、形成されたこの二重特異的抗体は、ＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞および正常なヒトＴ細胞に結合し得、そしてヒト胸部腫瘍標的に対するヒト細胞傷害性リンパ球の溶解活性を誘因し得る。
【０４８９】
組換え細胞培養物から直接二重特異的抗体フラグメントを作製し、そして単離するための種々の技術がまた、記載されてきた。例えば、二重特異的抗体は、ロイシンジッパーを使用して産生される。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）。ＦｏｓおよびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドは、遺伝子融合によって２つの異なる抗体のＦａｂ’部分に結合された。この抗体ホモダイマーは、ヒンジ領域で還元されてモノマーを形成し、次いで再酸化されて抗体ヘテロダイマーを形成した。この方法はまた、抗体ホモダイマーの産生のために使用され得る。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）に記載されるこの「ディアボディー（ｄｉａｂｏｄｙ）」技術は、二重特異的抗体フラグメントを作製するための代替的な機構を提供した。このフラグメントは、短すぎて同じ鎖上の２つのドメインの間で対形成できないリンカーによって軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。従って、１つのフラグメントのＶＨドメインおよびＶＬドメインは、別のフラグメントの相補的なＶＬドメインおよびＶＨドメインと対になるように強制され、これによって２つの抗原結合部位が形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーの使用によって二重特異的抗体フラグメントを作製するための別のストラテジーもまた、報告されてきた。Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと。
【０４９０】
２より多くの結合価を有する抗体が企図される。例えば、三重特異的抗体が調製され得る。Ｔｕｔｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
【０４９１】
例示的な二重特異的抗体は、２つの異なるエピトープに結合し得、このうち少なくとも１つは、本発明のタンパク質抗原に起源を有する。あるいは、免疫グロブリン分子の抗抗原性アームは、Ｔ細胞レセプター分子のような白血球上の誘引分子（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８、またはＢ７）、あるいはＩｇＧに対するＦｃレセプター（ＦｃγＲ）（例えば、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）およびＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６））と結合するアームと結合し得、細胞性防御機構を、この特定の抗原を発現する細胞に集中させる。二重特異的抗体はまた、特定の抗原を発現する細胞に対して細胞傷害性因子に指向するために使用され得る。これらの抗体は、抗原結合アーム、および細胞傷害性因子または放射性核種キレート剤（例えば、ＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、またはＴＥＴＡ）に結合するアームを保有する。目的の別の二重特異的抗体は、本明細書中に記載のタンパク質抗原に結合し、そしてさらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
【０４９２】
（ヘテロ接合体抗体）
ヘテロ接合体抗体もまた、本発明の範囲内である。ヘテロ接合体抗体は、２つの共有結合した抗体から構成される。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不必要な細胞に標的化するために（米国特許第４，６７６，９８０号）、およびＨＩＶ感染の処置のために（ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＥＰ０３０８９）提案されてきた。この抗体は、インビトロで、合成タンパク質化学において公知の方法（架橋剤を含む方法を含む）を使用して調製され得ることが企図される。例えば、免疫毒素は、ジスルフィド交換反応の使用またはチオエーテル結合の形成によって構築され得る。この目的のための適切な試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデート、ならびに例えば米国特許第４，６７６，９８０号において開示される試薬が挙げられる。
【０４９３】
（エフェクター機能の操作）
本発明の抗体を、エフェクター機能について、例えば癌の処置における抗体の効力を増大するように改変することが望ましくあり得る。例えば、システイン残基は、Ｆｃ領域に導入され得、これによってこの領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にする。従って、作製されるこのホモダイマー抗体は、改良されたインターナリゼーションの能力および／または増加した補体媒介細胞死滅、ならびに抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１７６：１１９１−１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照のこと。増大した抗腫瘍活性を有するホモダイマー抗体はまた、Ｗｏｌｆｆら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、５３：２５６０−２５６５（１９９３）に記載されるヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製され得る。あるいは、抗体は操作され得、これは二重のＦｃ領域を有し、そしてこれによって増大した補体溶解およびＡＤＣＣの能力を有し得る。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎら、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，３：２１９−２３０（１９８９）を参照のこと。
【０４９４】
（免疫結合体）
本発明はまた、細胞傷害性の因子（例えば、化学療法剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素学的に活性な毒素、あるいはそれらのフラグメント）、または放射性同位体（すなわち、放射性結合体））に結合体化した抗体を含む免疫結合体に関する。
【０４９５】
このような免疫結合体の作製において有用な化学療法剤は、上記に記載される。使用され得る酵素学的に活性な毒素およびそれらのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、α−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、薬用サボンソウ（ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）インヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）、およびトリコテセン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎｅ）が挙げられる。種々の放射性核種は、放射性結合した抗体の作製のために利用可能である。その例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、および１８６Ｒｅが挙げられる。
【０４９６】
抗体および細胞傷害性因子の結合体は、種々の二官能性タンパク質結合因子（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ｉｍｉｎｏｔｈｉｏｌａｎｅ）（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデート  ＨＣＬ）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジルスベレート）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド（ｇｌｕｔａｒｅｌｄｅｈｙｄｅ））、ビスアジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６−ジイソシアネート）、およびビス−活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製され得る。炭素−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への結合のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。
【０４９７】
別の実施形態において、腫瘍の前標的化における利用のために、この抗体は、「レセプター」（例えば、ストレプトアビジン）に結合され得、ここで抗体−レセプター結合体は患者に投与され、続いて除去剤を使用して結合していない結合体が循環から除去され、次いで細胞傷害性因子に次々に結合する「リガンド」（例えば、アビジン）が投与される。
【０４９８】
１つの実施形態において、所望の特異性を保有する抗体のスクリーニングのための方法としては、当該分野内で公知の酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）および他の免疫学的に媒介された技術が挙げられるがこれらに限定されない。特定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質の特定のドメインに対して特異的である抗体の選択は、このようなドメインを所有しているＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに結合するハイブリドーマの生成により容易にされる。従って、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログ内の所望のドメインについて特異的である抗体がまた、本明細書において提供される。
【０４９９】
抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質の局在化および／または定量化に関する当該分野で公知の方法において用いられ得る（例えば、適切な生理学的サンプル中のＮＯＶＸタンパク質のレベルを測定する使用のために、診断的方法における使用のために、タンパク質の画像化における使用のために、など）。所定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログについての抗体（抗体由来の結合ドメインを含む）は、薬理学的に活性な化合物（本明細書中、以降において「治療剤」）として利用される。
【０５００】
抗ＮＯＶＸ抗体（例えば、モノクローナル抗体）は、標準的技術（例えばアフィニティークロマトグラフィまたは免疫沈降）によって、ＮＯＶＸポリペプチドを単離するために用いられ得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、細胞からの天然のＮＯＶＸポリペプチドの精製、および宿主細胞において発現される組換え的に産生されたＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。さらに、抗ＮＯＶＸ抗体が、（例えば、細胞の溶解産物または細胞上清における）ＮＯＶＸタンパク質を検出するために用いられて、ＮＯＶＸタンパク質の発現の量およびパターンを評価し得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、例えば、所定の治療レジメンの有効性を決定するために、臨床試験の手順の一部として、組織におけるタンパク質レベルをモニターするために診断的に用いられ得る。検出は、抗体を検出可能物質に結合する（すなわち、物理的に連結する）ことにより容易にされ得る。検出可能物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質および放射性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；適切な補欠分子族複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ）フルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられる；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられる；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；そして、適切な放射性物質の例としては１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０５０１】
（ＮＯＶＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞）
本発明の別の局面は、ＮＯＶＸタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログをコードする核酸を含む、ベクター、好ましくは、発現ベクターに関する。本明細書において使用する場合、用語「ベクター」は、連結された別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。１つの型のベクターは、「プラスミド」である。これはさらなるＤＮＡセグメントが連結され得る環状の二本鎖ＤＮＡループをいう。別の型のベクターは、ウイルス性ベクターであり、ここでは、さらなるＤＮＡセグメントが、ウイルスゲノムに連結され得る。特定のベクターは、ベクター（例えば、細菌性の複製起点を有する細菌ベクター、およびエピソーム性哺乳動物ベクター）が導入される宿主細胞中で自律複製し得る。他のベクター（例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入の際、宿主細胞のゲノムに組み込まれ、そして、これにより宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、それらが作動可能に連結される遺伝子の発現を指示し得る。このようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしばプラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、プラスミドが最も一般的に用いられる形態のベクターであるので、交換可能に使用され得る。しかし、本発明は、等価の機能を果たす、ウイルス性ベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス）のような、このような他の形態の発現ベクターを含むことを意図する。
【０５０２】
本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に適切な形態の本発明の核酸を含む。これは、組換え発現ベクターが、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結されている、発現に用いられる宿主細胞に基づいて選択された１つ以上の調節配列を含むことを意味する。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結する」とは、目的のヌクレオチド配列が、（例えば、インビトロの転写／翻訳系において、またはベクターが宿主細胞に導入される場合は、宿主細胞において）ヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で調節配列に連結されることを意味することを意図する。
【０５０３】
用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。このような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ；ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。調節配列は、多くの型の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指示する配列、および特定の宿主細胞のみにおいてヌクレオチド配列の発現を指示する配列（例えば、組織特異的調節配列）を含む。発現ベクターの設計が形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベルなどのような因子に依存し得ることが当業者に理解される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入され得、それにより、本明細書に記載される核酸によってコードされるタンパク質またはペプチド（融合タンパク質または融合ペプチドを含む）（例えば、ＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を産生し得る。
【０５０４】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における、ＮＯＶＸタンパク質発現のために設計され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを用いる）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ；ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）にさらに考察されている。あるいは、組換え型発現ベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写および翻訳され得る。
【０５０５】
原核生物におけるタンパク質の発現は、最も頻繁には、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを用いて、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにおいて実施される。融合ベクターは、そこにコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に、多数のアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、代表的には、以下の３つの目的のために役立つ：（ｉ）組換えタンパク質の発現を増加させるため；（ｉｉ）組換えタンパク質の可溶性を増加させるため；および（ｉｉｉ）アフィニティー精製においてリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製の際に補助するため。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解性の切断部位が、融合部分と組換えタンパク質との結合部に導入されて、融合タンパク質の精製の後に融合部分から組換えタンパク質を分離することを可能とする。このような酵素、およびその同族（ｃｏｇｎａｔｅ）の認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、それぞれ、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを標的の組換えタンパク質に融合する、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．；ＳｍｉｔｈおよびＪｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）が挙げられる。
【０５０６】
適切な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例には、ｐＴｒｃ（Ａｍｒａｎｎら（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６９：３０１−３１５）およびｐＥＴ  １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒら、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）６０−８９）が挙げられる。
【０５０７】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化するための１つのストラテジーは、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力を欠損した宿主細菌中でそのタンパク質を発現させることである。例えば、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）１１９−１２８を参照のこと。別のストラテジーは、各アミノ酸についての個々のコドンが、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて優先的に利用されるコドンであるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変更することである（例えば、Ｗａｄａら、１９９２、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８を参照のこと）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的なＤＮＡ合成技術によって実行され得る。
【０５０８】
別の実施形態において、ＮＯＶＸ発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｉｖｉｓａｅにおける発現のためのベクターの例には、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉら、（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：２２９−２３４）、ｐＭＦａ（ＫｕｒｊａｎおよびＨｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、（１９８２）Ｃｅｌｌ  ３０：９３３−９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚら、（１９８７）Ｇｅｎｅ  ５４：１１３−１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、およびｐｉｃＺ（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。
【０５０９】
あるいは、ＮＯＶＸは、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）中でのタンパク質の発現のために利用可能なバキュロウイルスベクターには、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈら（１９８３）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：２１５６−２１６５）およびｐＶＬシリーズ（ＬｕｃｋｌｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ（１９８９）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １７０：３１−３９）が挙げられる。
【０５１０】
なお別の実施形態において、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞中で発現される。哺乳動物発現ベクターの例には、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ  ３２９：８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳動物細胞中で使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルスの調節エレメントによって提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、およびシミアンウイルス４０に由来する。原核生物細胞および真核生物細胞の両方のために適切な他の発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６章および第１７章を参照のこと。
【０５１１】
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型中で優先的に核酸の発現を指向し得る（例えば、組織特異的調節エレメントを使用して核酸を発現する）。組織特異的調節エレメントは、当該分野で公知である。適切な組織特異的なプロモーターの非限定的な例には、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５−２７５）（特に、Ｔ細胞レセプターのプロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ  Ｊ．８：７２９−７３３）および免疫グロブリンのプロモーター（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７４１−７４８））、ニューロン特異的プロモーター（例えば、神経フィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、ならびに乳腺特異的プロモーター（例えば、乳清プロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されるプロモーターもまた含まれる（例えば、マウスｈｏｘプロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３７４−３７９）およびα−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．３：５３７−５４６））。
【０５１２】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む、組換え発現ベクターを提供する。すなわち、そのＤＮＡ分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写によって）を可能にする様式で調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型においてアンチセンスＲＮＡ分子の持続的な発現を指向する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結された調節配列（例えば、ウイルスプロモーターおよび／もしくはエンハンサー）が選択され得るか、または、アンチセンスＲＮＡの構成的発現、組織特異的発現、または細胞型特異的発現を指示する調節配列が、選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得、ここではアンチセンス核酸は、高効率調節領域の制御下で産生され、その活性は、ベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の考察については、例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ」、Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１巻（１）１９８６を参照のこと。
【０５１３】
本発明の別の局面は、本発明の組換え発現べクターが導入された宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の被験細胞をいうのみでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をもいうことが理解される。変異または環境の影響のいずれかに起因して、特定の改変はその後の世代において生じ得るので、このような子孫は、実際には、親の細胞と同一でないかもしれないが、なお、本明細書中で使用される場合のこの用語の範囲内に含まれる。
【０５１４】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはＣＯＳ細胞）において発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０５１５】
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換技術またはトランスフェクション技術を介して原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞に導入するための当該分野で容認されている種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウム共沈または塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが含まれる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクションするための適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）および他の実験室マニュアルに見出され得る。
【０５１６】
安定な哺乳動物細胞のトランスフェクションに関して、使用される発現ベクターおよびトランスフェクション技術に依存して、細胞のほんの一部のみが外来ＤＮＡをそのゲノムに組み込み得ることが知られている。これらの成分を同定および選択するために、選択マーカー（例えば、抗生物質に対する耐性）をコードする遺伝子が、一般的には目的の遺伝子とともに宿主細胞に導入される。種々の選択マーカーには、薬物（例えば、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、およびメトトレキサート）に対する耐性を付与するものが含まれる。選択マーカーをコードする核酸は、ＮＯＶＸをコードするベクターと同じベクター上で宿主細胞に導入され得るか、あるいは別々のベクター上で導入され得る。導入された核酸で安定にトランスフェクトされた細胞は、薬物選択によって同定され得る（例えば、選択マーカー遺伝子を取り込んだ細胞は生存するが、他の細胞は死滅する）。
【０５１７】
本発明の宿主細胞（例えば、培養中の原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞）は、ＮＯＶＸタンパク質を産生（すなわち、発現）するために使用され得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を産生するための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸタンパク質が産生されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞（ここに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、培地または宿主細胞からＮＯＶＸタンパク質を単離する工程を包含する。
【０５１８】
（トランスジェニックＮＯＶＸ動物）
本発明の宿主細胞はまた、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得る。例えば、１つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、ＮＯＶＸタンパク質コード配列が導入された、受精卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、このような宿主細胞は、外因性のＮＯＶＸ配列がゲノムに導入された非ヒトトランスジェニック動物、または内因性のＮＯＶＸ配列が変更された相同組換え動物を作製するために使用され得る。このような動物は、ＮＯＶＸタンパク質の機能および／または活性を研究するため、ならびにＮＯＶＸタンパク質活性のモジュレーターを同定および／または評価するために有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのような齧歯類であり、ここで、その動物の１つ以上の細胞が、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。導入遺伝子は、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノムに組み込まれ、かつ成熟動物のゲノムに残存し、それによって、このトランスジェニック動物の１つ以上の細胞型または組織においてコードされた遺伝子産物の発現を指示する、外因性のＤＮＡである。本明細書中で使用される場合、「相同組換え動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくはマウスであり、この動物において、内因性のＮＯＶＸ遺伝子は、内因性の遺伝子と、その動物の発生の前にその動物の細胞（例えば、その動物の胚細胞）に導入された外因性のＤＮＡ分子との間の相同組換えによって変更されている。
【０５１９】
本発明のトランスジェニック動物は、ＮＯＶＸをコードする核酸を、（例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって）受精卵母細胞の雄性前核に導入すること、およびその卵母細胞を偽妊娠雌性養育動物（ｆｏｓｔｅｒ  ａｎｉｍａｌ）中で発達させることによって作製され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ配列は、非ヒト動物のゲノムに導入遺伝子として導入され得る。あるいは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログ（例えば、マウスのＮＯＶＸ遺伝子）は、ヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ（上記にさらに記載された）に対するハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた、その導入遺伝子の発現の効率を増大させるために、導入遺伝子中に含まれ得る。組織特異的調節配列は、特定の細胞に対して、ＮＯＶＸタンパク質の発現を指向させるように、ＮＯＶＸ導入遺伝子に作動可能に連結され得る。胚の操作およびマイクロインジェクションを介するトランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を作製するための方法は、当該分野で慣習的になっており、そして例えば、米国特許第４，７３６，８６６号；同第４，８７０，００９号；および同第４，８７３，１９１号；ならびにＨｏｇａｎ  １９８６、ＭＡＮＩＰＵＬＡＴＩＮＧ  ＴＨＥ  ＭＯＵＳＥ  ＥＭＢＲＹＯ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。同様の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニック創始（ｆｏｕｎｄｅｒ）動物は、そのゲノムにおけるＮＯＶＸ導入遺伝子の存在および／またはその動物の組織もしくは細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの発現に基づいて同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物は、導入遺伝子を有するさらなる動物を育種するために使用され得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物に交雑され得る。
【０５２０】
相同組換え動物を作製するために、ＮＯＶＸ遺伝子の少なくとも一部を含むベクターを調製する。ここで、この遺伝子には、欠失、付加、または置換が導入され、それによってそのＮＯＶＸ遺伝子が変更されている（例えば、機能的に破壊されている）。ＮＯＶＸ遺伝子は、ヒト遺伝子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のｃＤＮＡ）であり得るが、より好ましくは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５のヒトのＮＯＶＸ遺伝子のマウスホモログは、マウスゲノムにおける内因性のＮＯＶＸ遺伝子を変更するのに適切な相同組換えベクターを構築するために使用され得る。１つの実施形態において、そのベクターは、相同組換えに際して、その内因性のＮＯＶＸ遺伝子が、機能的に破壊されるように設計される（すなわち、機能的タンパク質をもはやコードしない；「ノックアウト」ベクターともいわれる）。
【０５２１】
あるいは、このベクターは、相同組換えに際して、内因性ＮＯＶＸ遺伝子が変異されるか、あるいはさもなければ、変更されるが、なお機能性タンパク質をコードするように、設計され得る（例えば、上流の調節領域が変更され、それによって内因性ＮＯＶＸタンパク質の発現を変更し得る）。相同組換えベクターにおいて、ＮＯＶＸ遺伝子の変更された部分は、ＮＯＶＸ遺伝子のさらなる核酸によって、その５’末端および３’末端で隣接されることにより、相同組換えが、ベクターによって保有される外因性ＮＯＶＸ遺伝子と胚性幹細胞中の内因性ＮＯＶＸ遺伝子との間で起こることを可能にする。さらなる隣接するＮＯＶＸ核酸は、内因性遺伝子との首尾よい相同組換えのために十分な長さである。典型的に、数キロベースの隣接ＤＮＡ（５’末端および３’末端の両方における）が、ベクターに含まれる。例えば、相同組換えベクターの説明について、Ｔｈｏｍａｓら（１９８７）Ｃｅｌｌ  ５１：５０３を参照のこと。次いで、このベクターは、（例えば、エレクトロポレーションによって）胚性幹細胞株に導入され、そして導入されたＮＯＶＸ遺伝子が内因性ＮＯＶＸ遺伝子と相同組換えした細胞が、選択される（例えば、Ｌｉら（１９９２）Ｃｅｌｌ  ６９：９１５を参照のこと）。
【０５２２】
次いで、選択された細胞が、動物（例えば、マウス）の未分化胚芽細胞へ注入され、凝集キメラを形成する。例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ（１９８７）のＴＥＲＡＴＯＣＡＲＣＩＮＯＭＡＳ  ＡＮＤ  ＥＭＢＲＹＯＮＩＣ  ＳＴＥＭ  ＣＥＬＬＳ：Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ、Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ編、ＩＲＬ、Ｏｘｆｏｒｄ、１１３頁〜１５２頁を参照のこと。次いで、キメラ胚が、適切な偽妊娠雌性養育動物に移植され得、そしてその胚は分娩に到る。相同組換えされたＤＮＡをその生殖細胞中に保有する子孫は、動物を育種するために使用され得、ここでこの動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖系列伝達によって、相同組換えされたＤＮＡを含む。相同組換えベクターおよび相同組換え動物を構築するための方法が、さらに以下に記載される；Ｂｒａｄｌｅｙ（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２：８２３−８２９；ＰＣＴ国際公開番号：ＷＯ９０／１１３５４；ＷＯ９１／０１１４０；ＷＯ９２／０９６８；およびＷＯ９３／０４１６９。
【０５２３】
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含むトランスジェニック非ヒト動物が産生され得る。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系の説明については、例えば、Ｌａｋｓｏら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：６２３２−６２３６を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である（Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５１：１３５１−１３５５を参照のこと）。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系が導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が必要となる。このような動物は、例えば、２つのトランスジェニック動物（一方は選択されたタンパク質をコードした導入遺伝子を含み、他方はリコンビナーゼをコードした導入遺伝子を含む）を交配することによる「二重の」トランスジェニック動物の構築によって提供され得る。
【０５２４】
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンがまた、Ｗｉｌｍｕｔら（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ  ３８５：８１０−８１３に記載される方法に従って、産生され得る。簡単には、トランスジェニック動物からの細胞（例えば、体細胞）が単離され得、そして増殖サイクル（ｇｒｏｗｔｈ  ｃｙｃｌｅ）から出て、Ｇ０期に入るように誘導され得る。次いで、静止性細胞が、例えば、電気パルスの使用により、その静止性細胞が単離されたのと同種の動物由来の除核された卵母細胞へ融合され得る。次いで、この再構築された卵母細胞は培養され、これにより、この細胞は桑実胚または未分化胚芽細胞に発達し、次いで、偽妊娠雌性養育動物に移される。この雌性養育動物から産まれた子孫は、その細胞（例えば、その体細胞）が単離された動物のクローンである。
【０５２５】
（薬学的組成物）
本発明のＮＯＶＸ核酸分子、ＮＯＶＸタンパク質、および抗ＮＯＶＸ抗体（本明細書中で、「活性化合物」とも呼ばれる）、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、およびホモログは、投与に適した薬学的組成物に組み込まれ得る。このような組成物は、典型的に、核酸分子、タンパク質または抗体、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的な投与に適合性の、任意および全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤（ｄｅｌａｙｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）などを含むことが意図される。適切なキャリアは、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（当該分野の標準的参考教科書であって、本明細書中に参考として援用される）の最新版に記載される。このようなキャリアまたは希釈剤の好ましい例としては、水、生理食塩水、リンゲル（ｆｉｎｇｅｒ）溶液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられるが、これらに限定されない。リポソームおよび非水性ビヒクル（例えば、不揮発性油）もまた、使用され得る。薬学的に活性な物質に対するこのような媒体および薬剤の使用は、当該分野で周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除いて、組成物におけるその使用が企図される。補助的な活性化合物もまた、組成物へ組み込まれ得る。
【０５２６】
本発明の薬学的組成物は、その意図される投与経路と適合性であるように処方される。投与経路の例には、非経口（例えば、静脈内、皮内、皮下）投与、経口（例えば、吸入）投与、経皮（すなわち、局所的）投与、経粘膜（ｔｒａｎｓｍｕｃｏｓａｌ）投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：注射用水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒のような、滅菌希釈剤；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような、抗菌剤；アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウムのような、抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）のような、キレート剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝剤、および塩化ナトリウムまたはデキストロースのような、張度の調整のための薬剤。ｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基で調整され得る。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または多用量のバイアル中に封入され得る。
【０５２７】
注入用途に適した薬学的組成物は、滅菌水溶液（水溶性の場合）または分散物、および滅菌注入可能溶液または分散物の即座の調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与のために、適切なキャリアには、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、組成物は、無菌でなければならず、そして容易な注入性（ｓｙｒｉｎｇｅａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度に流動性であるべきである。これは、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして、細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保護されなければならない。このキャリアは、例えば、以下を含む溶媒または分散媒体であり得る：水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）ならびにそれらの適切な混合物。適切な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティングの使用によって、要求される粒子サイズを維持することによって（分散物の場合）および界面活性剤を使用することによって維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合、組成物中に等張剤（例えば、糖、ポリアルコール（例えば、マンニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）、ソルビトール）、塩化ナトリウム）を含むことが好ましい。注入可能組成物の吸収期間の延長は、吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を組成物に含ませることによってもたらされ得る。
【０５２８】
滅菌注射可能溶液は、必要量のこの活性化合物（例えば、ＮＯＶＸタンパク質または抗ＮＯＶＸ抗体）を、適切な溶媒中で、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせと共に組み込み、必要な場合、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般的に、分散物は、活性化合物を、基本（ｂａｓｉｃ）の分散媒体および上記で列挙される成分からの必要とされる他の成分とを含む滅菌ビヒクル中へ組み込むことによって調製される。滅菌注射可能液剤の調製のための滅菌粉末の場合において、調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、予め滅菌濾過されたその溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０５２９】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤へと圧縮され得る。経口治療投与の目的のために、この活性化合物は、賦形剤とともに組み込まれ得、そして錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、うがい薬としての使用のために流体キャリアを使用して調製され得、ここで、この流体キャリア中のこの化合物は、経口的に適用され、そして音を立てられ（ｓｗｉｓｈ）、そして吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および／またはアジュバント物質が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などが、任意の以下の成分または同様の性質を有する化合物を含み得る：結合剤（例えば、微結晶セルロース、ガムトラガントまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸、プリモゲル（Ｐｒｉｍｏｇｅｌ）、またはコーンスターチ）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはステロテス（Ｓｔｅｒｏｔｅｓ））；潤滑剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味剤（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは香味剤（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジフレーバー）。
【０５３０】
吸入による投与について、この化合物は、適切な噴霧剤（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む加圧容器またはディスペンサー、あるいは噴霧器から、エアロゾル噴霧の形態で送達される。
【０５３１】
全身的投与はまた、経粘膜手段または経皮手段により得る。経粘膜投与または経皮投与について、浸透される障壁に適切な浸透剤が、処方物において使用される。このような浸透剤は、一般的に、当該分野で公知であり、そして、例えば、経粘膜投与については、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻噴霧または坐剤の使用によって達成され得る。経皮投与については、この活性化合物は、当該分野で一般的に公知である軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム剤へ処方される。
【０５３２】
この化合物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤基剤と共に）または貯留（ｒｅｎｔｅｎｔｉｏｎ）浣腸の形態で調製され得る。
【０５３３】
１つの実施形態において、この活性化合物は、身体からの迅速な排出に対してこの化合物を保護するキャリアを用いて調製され（例えば、制御放出処方物）、これには、移植片およびマイクロカプセル化された送達系が挙げられる。酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性の生体適合性ポリマーが使用され得る。このような処方物の調製のための方法は、当業者には明らかである。これらの物質はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手され得る。リポソーム懸濁物（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を感染させた細胞へ標的化されるリポソームを含む）もまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０５３４】
投与の容易さおよび投薬量の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態は、処置される被験体に対する単位投薬量として適切な物理的に個々の単位をいい；各単位は、必要とされる薬学的キャリアと関連して所望の治療的効果を生じるように計算された、所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、この活性化合物の固有の特徴、および達成される特定の治療効果、ならびに個体の処置のためのこのような活性化合物を調合する分野に固有の制限によって決定され、そして、これらに直接依存する。
【０５３５】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、被験体へ、例えば静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）によって、または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中の遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれている徐放性マトリックスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞からインタクトで産生され得る（例えば、レトロウイルスベクター）場合、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１以上の細胞を含み得る。
【０５３６】
薬学的組成物は、投与のための使用説明書と共に、容器、包装、またはディスペンサーに含まれ得る。
【０５３７】
（スクリーニングおよび検出の方法）
本発明の単離された核酸分子は、以下にさらに説明されるように、ＮＯＶＸタンパク質を（例えば、遺伝子治療適用における宿主細胞中の組換え発現ベクターを介して）発現するため、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ（例えば、生物学的サンプルにおいて）またはＮＯＶＸ遺伝子における遺伝子損傷を検出するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために使用され得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の活性または発現を調節する薬物または化合物をスクリーニングするために、ならびにＮＯＶＸタンパク質の不十分もしくは過剰な産生によって、あるいはＮＯＶＸ野生型タンパク質と比較して減少した活性もしくは異常な活性を有するＮＯＶＸタンパク質形態の産生によって特徴付けられる障害（例えば；糖尿病（インスリン放出を調節する）；肥満（脂質を結合および輸送する）；肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、ならびに拒食症および慢性疾患および種々の癌に関連する消耗性障害、および感染性疾患（抗菌活性を有する）、および種々の異脂肪血症）を処置するために使用され得る。さらに、本発明の抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質を検出および単離するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために使用され得る。なおさらなる局面において、本発明は、正の様式および負の様式の両方での、食欲、栄養の吸収、および代謝基質の処理に影響する方法において用いられ得る。
【０５３８】
本発明は、さらに、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される新規の薬剤、および上記で本明細書中で記載されるような処置のためのそれらの使用に関する。
【０５３９】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、調節因子、すなわち、ＮＯＶＸタンパク質に結合するか、あるいは例えば、ＮＯＶＸタンパク質の発現またはＮＯＶＸタンパク質の活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、候補または試験化合物または薬剤（例えば、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子または他の薬物）を同定するための方法（本明細書中において「スクリーニングアッセイ」とも称される）を提供する。本発明はまた、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定された化合物を含む。
【０５４０】
１実施形態において、本発明は、ＮＯＶＸタンパク質もしくはポリペプチド、またはその生物学的に活性な部分の膜結合形態に結合するか、あるいはその膜結合形態の活性を調節する、候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー法における多数のアプローチのいずれかを使用して得られ得、これには、以下が挙げられる：生物学的ライブラリー；空間的に位置付け可能な並行固相もしくは溶液相ライブラリー；逆重畳を要する合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチは、ペプチドライブラリーに限定されるが、他の４つのアプローチは、ペプチド、非ペプチドオリゴマーもしくは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である（例えば、Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  １２：１４５を参照のこと）。
【０５４１】
本明細書中で使用される場合、「低分子」とは、約５ｋＤ未満の分子量、最も好ましくは約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物をいうように意味される。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣体、炭水化物、脂質または他の有機分子もしくは無機分子であり得る。化学的および／または生物学的混合物（例えば、真菌、細菌または藻類抽出物）のライブラリーは、当該分野で公知であり、そして本発明のアッセイのいずれかを用いてスクリーニングされ得る。
【０５４２】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当該分野において、例えば以下に見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６９０９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３。
【０５４３】
化合物のライブラリーは、溶液中で（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、あるいはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２３３，４０９号）、プラスミド（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６３７８〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号）において提示され得る。
【０５４４】
１つの実施形態において、アッセイは細胞ベースのアッセイであり、ここで、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上に発現する細胞が、試験化合物と接触され、そしてこの試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力が、決定される。例えば、細胞は、哺乳動物起源または酵母細胞であり得る。この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力の決定は、例えば、その試験化合物を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせて、その結果、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に対するこの試験化合物の結合が、複合体におけるその標識された化合物を検出することによって決定され得ることによって達成され得る。例えば、試験化合物は、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで直接的または間接的のいずれかで標識され得、そしてその放射性同位体が、放射線放射の直接の計数により、またはシンチレーション計数により、検出され得る。あるいは、試験化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そしてこの酵素的標識が、適切な基質の生成物への転換を決定することにより、検出され得る。１つの実施形態において、このアッセイは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質、またはその生物学的に活性な部分をその細胞表面上に発現する細胞を、ＮＯＶＸと結合する既知の化合物と接触させてアッセイ混合物を形成させる工程、このアッセイ混合物に試験化合物を接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０５４５】
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、これは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上で発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物が、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物が、ＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子に結合またはこれら標的分子と相互作用する能力を決定することによって、達成され得る。本明細書中において使用する場合には、「標的分子」とは、ＮＯＶＸタンパク質が自然に結合または相互作用する分子であり、例えば、ＮＯＶＸ相互作用タンパク質を発現する細胞表面上の分子、第二の細胞表面上の分子、細胞外環境中の分子、細胞膜の内面と会合する分子、または細胞質分子である。ＮＯＶＸ標的分子は、非ＮＯＶＸ分子あるいは本発明のＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドであり得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸ標的分子は、シグナル伝達経路の構成要素であり、これは、細胞膜を通る細胞内への細胞外シグナル（例えば、化合物が膜結合ＮＯＶＸ分子に結合することにより発生するシグナル）の伝達を促進する。その標的は、例えば、触媒活性を有する第二の細胞内タンパク質、または下流シグナル伝達分子とＮＯＶＸとの会合を容易にするタンパク質であり得る。
【０５４６】
ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、直接的結合を決定するための上記方法の１つにより、達成され得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、その標的分子の活性を決定することにより、達成され得る。例えば、この標的分子の活性は、その標的の細胞性セカンドメッセンジャー（すなわち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）の誘導を検出すること、適切な基質への標的の触媒活性／酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（検出可能なマーカー（例えば、ルシフェラーゼ）をコードする核酸に作動可能に連結されたＮＯＶＸ応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出すること、または細胞応答（例えば、細胞生存度、細胞分化、または細胞増殖）を検出することにより、決定され得る。
【０５４７】
なお別の実施形態において、本発明のアッセイは、無細胞（ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ）アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物の、ＮＯＶＸタンパク質への結合は、上記のように、直接的または間接的にのいずれかで決定され得る。１つのこのような実施形態において、このアッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸを結合する既知の化合物に接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸ、またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０５４８】
なお別の実施形態において、アッセイは、無細胞アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物がＮＯＶＸの活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子に結合する能力を、直接的結合の決定のための上記方法の１つによって決定することにより、達成され得る。代替の実施形態において、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質の活性を調節する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子をさらに調節する能力を決定することにより、達成され得る。例えば、この標的分子の適切な基質に対する触媒活性／酵素活性は、上記のように決定され得る。
【０５４９】
さらに別の実施形態において、無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸタンパク質を結合する既知の化合物に接触させてアッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子と優先的に結合するか、またはその標的分子の活性を優先的に調節する能力を決定する工程を包含する。
【０５５０】
本発明の無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質の、可溶性の形態または膜結合形態の両方の使用に受け入れられる。膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、ＮＯＶＸタンパク質の膜結合形態が溶液中に維持されるように、可溶化剤を利用することが所望され得る。このような可溶化剤の例には、非イオン性界面活性剤が挙げられ、例えば、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ（（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ  ｅｔｈｅｒ）ｎ）、Ｎ−ドデシル−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−１−プロパンスルホネート（３−（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏｌ−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳ）、または３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（３−（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏｌ−２−ｈｙｄｒｏｘｙ−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳＯ）である。
【０５５１】
本発明の上記アッセイ方法の１つより多い実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子のいずれかを固定して、そのタンパク質の一方または両方の非複合形態からの複合形態の分離を促進し、そしてそのアッセイの自動化に適合させることが、所望され得る。ＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合、または候補化合物の存在下および非存在下での、ＮＯＶＸタンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するために適切な任意の容器内で、達成され得る。このような容器の例としては、マイクロタイタープレート、試験管、およびマイクロ遠心管が挙げられる。１実施形態において、そのタンパク質の一方または両方がマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質またはＧＳＴ標的融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いでこれらは、試験化合物と合わせられるか、あるいは試験化合物および未吸着標的タンパク質またはＮＯＶＸタンパク質のいずれかと合わせられ、そしてこの混合物が、複合体形成を誘導する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートされる。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルを洗浄して、結合していないあらゆる成分を除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定し、例えば上記のように、複合体を直接的または間接的のいずれかで決定する。あるいは、複合体がマトリックスから解離され得、そしてＮＯＶＸタンパク質の結合レベルまたは活性レベルを、標準的な技術を使用して決定し得る。
【０５５２】
タンパク質をマトリックスに固定するための他の技術もまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質、またはその標的分子のいずれかが、ビオチンとストレプトアビジンとの結合を利用して、固定され得る。ビオチン化ＮＯＶＸタンパク質、または標的分子は、当該分野において周知の技術を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から調製され得（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルに固定され得る。あるいは、ＮＯＶＸタンパク質、または標的分子と反応性であるがＮＯＶＸタンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体が、そのプレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的またはＮＯＶＸタンパク質が、抗体の結合によってウェル内に捕捉され得る。このような複合体を検出するための方法としては、ＧＳＴ固定複合体に関して上記で述べた方法に加えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する、複合体の免疫検出、ならびにＮＯＶＸタンパク質、または標的分子に関する酵素活性の検出に依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
【０５５３】
別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレーターは、細胞を候補化合物と接触させ、そして細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を決定する方法において同定される。候補化合物の存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルは、候補化合物の非存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質発現のモジュレーターとして同定され得る。例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下における方が大きい（すなわち、統計的に有意に大きい）場合、この候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現の刺激物質として同定される。あるいは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりその存在下の方が少ない（統計的に有意に少ない）場合、この候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のインヒビターとして同定される。細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の検出に関して本明細書中に記載の方法によって決定され得る。
【０５５４】
本発明のなお別の局面において、ＮＯＶＸタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイにおいて「餌（ベイト）（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら（１９９３）Ｃｅｌｌ  ７２：２２３−２３２；Ｍａｄｕｒａら、１９９３．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６−１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら、１９９３  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０−９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら、１９９３  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）、ＮＯＶＸに結合する（「ＮＯＶＸ結合タンパク質」または「ＮＯＶＸ−ｂｐ」）か、またはこれと相互作用し、そしてＮＯＶＸ活性を調節する他のタンパク質を同定し得る。このようなＮＯＶＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＮＯＶＸ経路の上流エレメントまたは下流エレメントとしてＮＯＶＸタンパク質によるシグナル伝達に関与する可能性がある。
【０５５５】
ツーハイブリッド系は、分離可能なＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる、大部分の転写因子のモジュール的性質に基づく。簡潔には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。一方の構築物においては、ＮＯＶＸをコードする遺伝子が既知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他方の構築物においては、ＤＮＡ配列のライブラリー由来の、未同定タンパク質（「餌食（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列が、既知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「餌」タンパク質および「餌食」タンパク質がインビボで相互作用して、ＮＯＶＸ依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、非常に近くにある。近位にあることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写が可能となる。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが、単離され得、そしてＮＯＶＸと相互作用するタンパク質をコードするクローニングされた遺伝子を得るために使用され得る。
【０５５６】
本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイにより同定される新規な因子および本明細書中に記載されるような処置のためのこの因子の使用に関する。
【０５５７】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定されるｃＤＮＡ配列の一部またはフラグメント（および対応する完全な遺伝子配列）は、ポリヌクレオチド試薬として多くの方法で使用され得る。限定ではなく例として、これらの配列を使用して、（ｉ）染色体上にそれぞれの遺伝子をマッピングし得；従って遺伝病と関連する遺伝子領域を位置決定し得る；（ｉｉ）微量の生物学的サンプルから個体を同定し得（組織型決定）；そして（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的識別を助け得る。これらの適用のいくつかは、以下の節において記載される。
【０５５８】
（染色体マッピング）
一旦、遺伝子の配列（または配列の一部分）が単離されると、この配列を用いて染色体上に遺伝子の位置をマッピングし得る。このプロセスは、染色体マッピングとよばれる。従って、ＮＯＶＸ配列の一部またはフラグメント、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５、またはそのフラグメントもしくは誘導体を用いて、それぞれ、ＮＯＶＸ遺伝子の位置を染色体上にマッピングし得る。ＮＯＶＸ配列を染色体にマッピングすることは、これらの配列と、疾患と関連する遺伝子とを相関付ける際の重要な第一工程である。
【０５５９】
要するに、ＮＯＶＸ遺伝子は、ＮＯＶＸ配列からＰＣＲプライマー（好ましくは、１５〜２５ｂｐの長さ）を調製することにより染色体にマッピングされ得る。ＮＯＶＸ配列のコンピューター分析を用いて、ゲノムＤＮＡにおける１つを超えるエキソンにまたがらないプライマーを迅速に選択し得、従って、増幅プロセスを複雑にし得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングのために使用され得る。ＮＯＶＸ配列に対応するヒト遺伝子を含むハイブリッドのみが増幅されたフラグメントを生じる。
【０５６０】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞（例えば、ヒト細胞およびマウス細胞）を融合することにより調製される。ヒト細胞およびマウスの細胞のハイブリッドが増殖および分裂するにつれ、それらは、無作為な順序で徐々にヒト染色体を失うが、マウス染色体を維持する。特定の酵素を欠くのでマウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を使用することにより、必要な酵素をコードする遺伝子を含む１つのヒト染色体が維持される。種々の培地を使用することによって、ハイブリッド細胞株のパネルが確立され得る。パネルにおける各細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体いずれかおよびマウス染色体の完全なセットを含み、これにより、個々の遺伝子を特定のヒト染色体に容易にマッピングすることが可能になる（例えば、Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２０：９１９−９２４を参照のこと）。ヒト染色体のフラグメントのみを含む体細胞ハイブリッドはまた、転座および欠失を伴うヒト染色体を使用することにより生成され得る。
【０５６１】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の染色体に特定の配列を割り当てるための迅速な手順である。単一のサーマルサイクラーを用いて一日に３つ以上の配列が割り当てられ得る。ＮＯＶＸ配列を使用して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計すると、下位位置決定（ｓｕｂｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）は、特定の染色体由来のフラグメントのパネルを用いて達成され得る。
【０５６２】
中期染色体スプレッドに対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに使用して、一工程で正確な染色体位置を提供し得る。染色体スプレッドは、（紡錘体を破壊する）コルセミドのような化学物質により分裂が中期においてブロックされた細胞を使用して行われ得る。この染色体は、トリプシンで短時間処理され得、次いで、ギムザ染色され得る。薄いバンドおよび濃いバンドのパターンが各染色体で発生し、その結果、この染色体は、個々に同定され得る。ＦＩＳＨ技術は、５００または６００塩基ほどの短さのＤＮＡ配列と共に使用され得る。しかし、１，０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で、独特の染色体位置に結合するより高い可能性を有する。好ましくは、１，０００塩基、そしてより好ましくは、２，０００塩基が妥当な時間量で良好な結果を得るために十分である。この技術の総説については、Ｖｅｒｍａら、ＨＵＭＡＮ  ＣＨＲＯＭＯＳＯＭＥＳ：Ａ  ＭＡＮＵＡＬ  ＯＦ  ＢＡＳＩＣ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ（Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８８）を参照のこと。
【０５６３】
染色体マッピングの試薬は、単一の染色体またはその染色体上の単一部位をマークするために個々に使用され得るか、または試薬のパネルは、複数部位および／または複数染色体をマークするために使用され得る。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、実際に、マッピング目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内に保存されており、従って、染色体マッピングの間にクロスハイブリダイゼーションの機会が増大する可能性が高い。
【０５６４】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、その配列の染色体上の物理的位置は、遺伝子マップデータと相関し得る。このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，ＭＥＮＤＥＬＩＡＮ  ＩＮＨＥＲＩＴＡＮＣＥ  ＩＮ  ＭＡＮ（Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｗｅｌｃｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙを通じてオンラインで入手可能）において見いだされる。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）によって同定され得る。
【０５６５】
さらに、ＮＯＶＸ遺伝子と関連する疾患に罹患した個体と、この疾患に罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における差異が決定され得る。罹患した個体のいくらかまたは全てにおいて変異が認められるが、非罹患個体のいずれにおいても認められない場合、この変異は特定の疾患の原因因子である可能性が高い。罹患個体と非罹患個体の比較は、一般に、染色体における構造的変化（例えば、染色体スプレッドから可視であるか、またはそのＤＮＡ配列に基づいたＰＣＲを用いて検出可能な欠失または転座）を最初に探す工程を包含する。最終的に、いくらかの個体に由来する遺伝子の完全な配列決定を行って、変異の存在を確認し、かつ多型に由来する変異を区別し得る。
【０５６６】
（組織型決定（ｔｉｓｓｕｅ  ｔｙｐｉｎｇ））
本発明のＮＯＶＸ配列はまた、わずかな生物学的サンプルから個体を識別するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、そして同定のための独特のバンドを生成するためにサザンブロット上でプローブされる。本発明の配列は、ＲＦＬＰ（米国特許第５，２７２，０５７号に記載の「制限酵素断片長多型」）のためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である。
【０５６７】
さらに、本発明の配列を用いて、個体のゲノムの選択された部分について実際の塩基ごとにＤＮＡ配列を決定する代替的技術を提供し得る。従って、本明細書中に記載のＮＯＶＸ配列を用いて、配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを使用して、個体のＤＮＡを増幅し得、引き続いて、配列決定し得る。
【０５６８】
この様式で調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、各個体が、対立遺伝子差異に起因するこのようなＤＮＡ配列の独特のセットを有するので、独特の個体識別を提供し得る。本発明の配列は、個体由来および組織由来の配列のこのような識別を得るために使用され得る。本発明のＮＯＶＸ配列は、ヒトゲノムの部分を独特に表す。対立遺伝子変異は、これらの配列のコード領域においてある程度生じ、そして非コード領域においてより大きな程度に生じる。個々のヒト間での対立遺伝子変異は、各５００塩基につき約１回の頻度で生じると見積もられる。対立遺伝子変異の多さは、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）を含む一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に起因する。
【０５６９】
本明細書中で記載の配列の各々は、ある程度、標準物質として使用され得、これに対して個体からのＤＮＡが識別の目的で比較され得る。より多くの多型が非コード領域で生じるので、個体を区別するために、それほど多くの配列が必要であるわけではない。非コード配列は、おそらく１０〜１，０００プライマーのパネルを用いてポジティブな個体識別を不自由なく提供し得る。これらのプライマーは、各々が１００塩基の増幅された非コード配列を生じる。推定コード配列（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５における配列）が使用される場合、ポジティブな個体識別に関するプライマーのより適切な数は、５００〜２，０００である。
【０５７０】
（予測医療）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬物ゲノム（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）および臨床試験のモニタリングが、予後（予測）の目的に使用され、これによって個体を予防的に処置する、予測医療の分野に関する。従って、本発明の１つの局面は、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、組織）の場合においては、ＮＯＶＸタンパク質および／または核酸の発現、ならびにＮＯＶＸの活性を決定するための診断アッセイに関し、これによって、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連して、個体が疾患または障害に罹患するかどうか、あるいは障害を発症するリスクがあるかどうかを決定する。この障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、ならびに慢性疾患および種々のガンと関連する消耗障害が挙げられる。本発明はまた、個体が、ＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性と関連した障害を発症するリスクがあるかどうかを決定するための予後的（または予測的）アッセイを提供する。例えば、ＮＯＶＸ遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後的または予測的な目的に使用され、これによってＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または生物学的活性によって特徴付けられるかまたは関連する障害の発病の前に個体を予防的に処置し得る。
【０５７１】
本発明の別の局面は、個体におけるＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または活性を決定するための方法を提供し、これによって、その個体についての適切な治療的または予防的試薬（本明細書において「薬物ゲノム」とよばれる）を選択する。薬物ゲノムは、個体の遺伝型（例えば、特定の因子に対して応答する個体の能力を決定するために試験された個体の遺伝型）に基づいて個体の治療的処置または予防的処置のための因子（例えば、薬物）の選択を可能にする。
【０５７２】
本発明のなお別の局面は、臨床試験におけるＮＯＶＸの発現または活性に対する因子（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることに関する。
【０５７３】
これらおよび他の因子は、以下の節でさらに詳細に記載される。
【０５７４】
（診断アッセイ）
生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在または非存在を検出するための例示的な方法は、試験被験体から生物学的サンプルを得る工程、およびその生物学的サンプルをＮＯＶＸのタンパク質またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）を検出し得る化合物もしくは薬剤とを接触させ、その結果、ＮＯＶＸの存在が、その生物学的サンプルにおいて検出される、工程を包含する。ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出するための薬剤は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし得る、標識された核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、全長のＮＯＶＸ核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３および５５の核酸）またはそれらの一部（例えば、少なくとも、１５、３０、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、ストリンジェントな条件下でＮＯＶＸのｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするに十分である核酸）であり得る。本発明の診断アッセイにおける使用のための他の適切なプローブは本明細書において記載されている。
【０５７５】
ＮＯＶＸタンパク質を検出するための薬剤は、ＮＯＶＸタンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナルであり得るか、またはより好ましくはモノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。用語「標識（された）」とは、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をそのプローブもしくは抗体にカップリングさせる（すなわち、物理的に連結する）ことによってそのプローブまたは抗体を直接標識すること、ならびに、直接標識された別の試薬との反応性によってそのプローブもしくは抗体を間接的に標識することを包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を用いた一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンを用いて検出され得るようにＤＮＡプローブのビオチンを用いた末端標識が挙げられる。用語「生物学的サンプル」とは、被験体から単離された、組織、細胞および生物学的流体ならびに被験体に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を用いて、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡを、生物学的サンプル中で、インビトロおよびインビボで検出し得る。例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。ＮＯＶＸのタンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光が挙げられる。ＮＯＶＸゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、ＮＯＶＸタンパク質の検出のためのインビボ技術としては、標識された抗ＮＯＶＸ抗体を被験体に導入することが挙げられる。例えば、この抗体は、放射性マーカーを用いて標識され得る。被験体における放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像化技術によって検出され得る。
【０５７６】
１つの実施形態において、この生物学的サンプルは、その試験被験体由来のタンパク質分子を含む。あるいは、その生物学的サンプルは、その試験被験体由来のｍＲＮＡ分子またはその試験被験体由来のゲノムＤＮＡ分子を含み得る。好ましい生物学的サンプルは、被験体から従来の手段によって単離された末梢血白血球サンプルである。
【０５７７】
別の実施形態において、本発明の方法はさらに、コントロール被験体からコントロール生物学的サンプルを得る工程、そのコントロールサンプルを、ＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物もしくは薬剤と接触させ、その結果、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在をその生物学的サンプルにおいて検出する工程、およびそのコントロールサンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在と、その試験サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在とを比較する工程を包含する。
【０５７８】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在を検出するためのキットを包含する。例えば、このキットは、以下を備え得る：生物学的サンプルにおいてＮＯＶＸのタンパク質またはｍＲＮＡを検出し得る、標識された化合物もしくは薬剤；そのサンプルにおいてＮＯＶＸの量を決定するための手段；およびそのサンプルにおいて、標準と、ＮＯＶＸの量とを比較するための手段。この化合物または薬剤は、適切な容器内に包装され得る。このキットは、さらに、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸を検出するためにキットを用いるための指示書を備え得る。
【０５７９】
（予後アッセイ）
本明細書に記載される診断方法をさらに利用して、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連した疾患もしくは障害を有するか、またはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。例えば、本明細書に記載されるアッセイ（例えば、上述の診断アッセイまたは下記のアッセイ）を利用して、ＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性に関連する障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。あるいは、この予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患もしくは障害を同定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルは、被験体から得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）が検出され、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体についての診断指標である。本明細書において使用される場合「試験サンプル」とは、目的の被験体から得られた生物学的サンプルをいう。例えば、試験サンプルは、生物学的流体（例えば、血清）、細胞サンプル、または組織であり得る。
【０５８０】
さらに、本明細書に記載される予後アッセイを使用して、被験体に薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補）を投与してＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を処置し得るか否かを、決定し得る。例えば、このような方法を使用して、被験体が障害のための薬剤で有効に処置され得るか否かを決定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害のための薬剤を用いて、被験体が有効に処置され得るか否かを決定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルが得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸が検出される（例えば、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、この薬剤が投与されてＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害が処置され得る被験体についての、診断指標である）。
【０５８１】
本発明の方法はまた、ＮＯＶＸ遺伝子における遺伝的損傷を検出し、それによって、その損傷遺伝子を有する被験体が異常な細胞増殖および／または分化によって特徴付けられる障害についての危険性を有するか否かを決定するためにも使用され得る。種々の実施形態において、この方法は、その被験体からの細胞のサンプルにおいて、ＮＯＶＸタンパク質をコードする遺伝子の統合性に影響を与える少なくとも１つの変更によって特徴付けられる遺伝的損傷の存在または非存在、あるいはＮＯＶＸ遺伝子の誤発現を検出する工程を包含する。例えば、そのような遺伝的損傷は、以下の少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：（ｉ）ＮＯＶＸ遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失；（ｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加；（ｉｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、（ｉｖ）ＮＯＶＸ遺伝子の染色体再配置；（ｖ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける変更、（ｖｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の異常改変（例えば、ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの異常改変）、（ｖｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、（ｖｉｉｉ）ＮＯＶＸタンパク質の非野生型レベル、（ｉｘ）ＮＯＶＸ遺伝子の対立遺伝子の欠失、ならびに（ｘ）ＮＯＶＸタンパク質の不適切な翻訳後修飾。本明細書において記載されるように、当該分野において、ＮＯＶＸ遺伝子における損傷を検出するために使用され得る、多数の公知のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的サンプルは、従来手段によって被験体から単離された末梢血白血球サンプルである。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプルが使用され得、これには、例えば、頬粘膜細胞が挙げられる。
【０５８２】
特定の実施形態において、損傷の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、あるいは、連結連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０；およびＮａｋａｚａｗａら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３６０−３６４を参照のこと）におけるプローブ／プライマーの使用を包含する。後者は、ＮＯＶＸ遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る（Ａｂｒａｖａｙａら，１９９５  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２３：６７５−６８２を参照のこと）。この方法は、患者から細胞のサンプルを収集する工程、核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）をそのサンプルの細胞から単離する工程、ＮＯＶＸの遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーとその核酸サンプルとを、ＮＯＶＸ遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で接触させる工程、ならびに増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程、またはその増幅産物のサイズを検出する工程およびその長さをコントロールサンプルと比較する工程を包含し得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される技術のいずれかとともに予備的増幅工程として使用されることが望ましくあり得ることが予想される。
【０５８３】
代替的な増幅方法としては、以下が挙げられる：当業者に周知な技術を用いた、その増幅された分子の検出の前の、自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８を参照のこと）、転写増幅系（Ｋｗｏｈら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７を参照のこと）、Ｑβレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７を参照のこと）、または他の任意の核酸増幅方法。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に極少数で存在する場合に、そのような核酸分子の検出のために特に有用である。
【０５８４】
代替の実施形態において、サンプル細胞からのＮＯＶＸ遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールのＤＮＡが単離され、増幅され（必要に応じて）、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼを用いて消化され、そしてフラグメント長の大きさがゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルＤＮＡとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長の大きさにおける差異は、そのサンプルＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的なリボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９３，５３１号を参照のこと）を使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失によって、特異的な変異の存在についてスコア付けし得る。
【０５８５】
他の実施形態において、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、サンプル核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイに対してハイブリダイズさせることによって同定され得る。例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌら（１９９６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２：７５３−７５９を参照のこと。例えば、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎら（前出）に記載されるように光生成ＤＮＡプローブを含む二次元アレイにおいて同定され得る。手短には、プローブの第一ハイブリダイゼーションアレイを用いて、サンプルおよびコントロールにおける長いストレッチのＤＮＡにわたって走査し、連続的に重複するプローブの線形アレイを作成することによって、その配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程に第二のハイブリダイゼーションアレイが続き、これは、検出される全ての改変体または変異体に相補的な、より小さな特化されたプローブアレイを用いることによる特定の変異の特徴付けを可能にする。各変異アレイは、一方が野生型遺伝子に対して相補的であり、そして他方が変異遺伝子に対して相補である並行プローブセットから構成される。
【０５８６】
なお別の実施形態において、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、ＮＯＶＸ遺伝子を直接配列決定し得、そしてサンプルＮＯＶＸ配列と対応する野生型（コントロール）配列とを比較することによって、変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５４６３によって開発された技術に基づくものが挙げられる。診断アッセイを実施する場合、種々の自動化配列決定手順のいずれかを利用し得ることもまた意図される（例えば、Ｎａｅｖｅら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８を参照のこと）。これらには、質量分析法による配列決定法（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ  ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  ３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９を参照のこと）が含まれる。
【０５８７】
ＮＯＶＸ遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡもしくはＲＮＡ／ＤＮＡのヘテロ二重鎖に基づくミスマッチ塩基を検出する方法が挙げられる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２を参照のこと）。一般に、「ミスマッチ切断」の当該分野の技術は、野生型のＮＯＶＸ配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織サンプルから得られた潜在的な変異体ＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることによって形成されるヘテロ二重鎖を提供する工程によって始まる。この二本鎖の二重鎖を、二重鎖の一本鎖領域（例えば、そのコントロール鎖とサンプルの鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するもの）を切断する薬剤を用いて処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖を、ＲＮａｓｅを用いて処理し得、そしてＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを、そのミスマッチ領域を酵素的に消化することに対して、Ｓ１ヌクレアーゼを用いて処理し得る。他の実施形態において、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡのいずれかの二重鎖を、ミスマッチ領域を消化するために、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、およびピペリジンを用いて処理し得る。そのミスマッチ領域の消化後、次いで、得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上で、大きさにより分離して、変異の部位を決定する。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。１つの実施形態において、コントロールのＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
【０５８８】
なお別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、二本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を、細胞のサンプルから得られたＮＯＶＸ  ｃＤＮＡにおける点変異を検出およびマッピングするために規定された系において使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチでＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞からのチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチでＴを切断する。例えば、Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７〜１６６２を参照のこと。例示的な実施形態に従って、ＮＯＶＸ配列（例えば、野生型ＮＯＶＸ配列）に基づくプローブは、試験細胞由来のｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、ＤＮＡミスマッチ修復酵素を用いて処理され、そしてその切断産物（もしあれば）は、電気泳動プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０５８９】
他の実施形態において、電気泳動の移動度における変化は、ＮＯＶＸ遺伝子における変異を同定するために使用される。例えば、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）は、変異体と野生型核酸との間の電気泳動の移動度における差異を検出するために使用され得る。例えば、Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ：８６：２７６６；Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４；Ｈａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９を参照のこと）。サンプルおよびコントロールＮＯＶＸ核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは、変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動の移動度において得られる変化は、１つの塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識され得るか、または標識されたプローブを用いて検出され得る。アッセイの感度は、（ＤＮＡよりもむしろ）二次構造が配列中の変化に対してより感受的であるＲＮＡを使用することによって増強され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度における変化に基づいて二本鎖のヘテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．７：５を参照のこと。
【０５９０】
なお別の実施形態において、一定勾配の変性剤を含有するポリアクリルアミドゲルにおける変異体または野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５を参照のこと。ＤＧＧＥが分析の方法として使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲにより約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、完全には変性されないことを確実するように改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールおよびサンプルＤＮＡの移動度における差異を同定するために、変性剤勾配の代わりに使用される。例えば、ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３を参照のこと。
【０５９１】
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、既知の変異が中心的に配置されるように調製され得、次いで、完全なマッチが見出される場合にのみハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされる。例えば、Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：６２３０を参照のこと。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に付着され、そして標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされる場合に、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたは多くの異なる変異にハイブリダイズされる。
【０５９２】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術は、本発明と合わせて使用され得る。特異的増幅についてのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心において（その結果、増幅は、差次的ハイブリダイゼーションに依存する）；（例えば、Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８を参照のこと）か、あるいは適切な条件下でミスマッチが妨げられ得るかまたはポリメラーゼ伸長を減少し得る、１つのプライマーの３’の最末端で、目的の変異を保有し得る（例えば、Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ．１１：２３８を参照のこと）。さらに、切断に基づく検出を行うために、変異領域に新規な制限部位を導入することは、切断に基づく検出を行うために望ましくあり得る。例えば、Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１を参照のこと。特定の実施形態において、増幅はまた、増幅用Ｔａｑリガーゼを使用して実施され得ることが予測される。例えば、Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９を参照のこと。このような場合において、連結は、５’配列の３’末端に完全なマッチが存在する場合にのみ生じ、増幅の存在または非存在を探索することによって、特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０５９３】
本明細書中に記載される方法は、例えば、本明細書中に記載れる少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実施され得、これは、例えば、ＮＯＶＸ遺伝子を含む疾患または疾病の症状または家族病歴を示す患者を診断するための臨床的設定において簡便に使用され得る。
【０５９４】
さらに、ＮＯＶＸが発現される任意の細胞型または組織（好ましくは、末梢血白血球）は、本明細書中に記載される予後アッセイにおいて利用され得る。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプル（例えば、頬粘膜細胞を含む）が、使用され得る。
【０５９５】
（薬理ゲノム学（Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
ＮＯＶＸ活性（例えば、ＮＯＶＸ遺伝子発現）に対する刺激性または阻害性の影響を有する因子、すなわちモジュレーターは、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるように、障害（この障害としては、以下が挙げられる：代謝障害、糖尿病、肥満、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、および種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、および慢性疾患に関連する消耗障害、および種々の癌。）を（予防的または治療的に）処置するために個体に投与され得る。このような処置と合わせて、個体の薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と外来化合物または薬物に対するその個体の応答との間の関係についての研究）が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗を導き得る。従って、個体の薬理ゲノム学は、個体の遺伝子型の考慮に基づく予防的または治療的処置のために有効な薬剤（例えば、薬物）の選択を許容する。このような薬理ゲノム学は、さらに、適切な投薬量および治療剤レジメンを決定するために使用され得る。従って、ＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸ遺伝子の変異含量が決定されて、それによって個体の治療的または予防的処置のために適切な薬剤を選択し得る。
【０５９６】
薬理ゲノム学は、罹患した人おける変更された薬物の性質および異常な作用に起因して、薬物に応答する臨床的に有意な遺伝性変更を扱う。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ、１９９６、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ，２３：９８３〜９８５およびＬｉｎｄｅｒ、１９９７、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ，４３：２５４〜２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理ゲノム学状態が、区別され得る。薬物が身体に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物作用）、または身体が薬物に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物代謝）。これらの薬理ゲノム学状態は、稀な欠損としてか、または多型としてのいずれかで生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠損は、一般的な遺伝性酵素病であり、この主な臨床的合併症は、酸化剤薬物（抗マラリア剤、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの摂食後の溶血である。
【０５９７】
例示的な実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびシトクロムＰ４５０酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多型の発見は、幾人かの患者が予期される薬物効果を得ないか、または標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に過大な薬物応答および深刻な毒性を示すことに関しての説明を提供した。これらの多型は、集団において２つの表現型（高い代謝能を持つ人（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および低い代謝能を持つ人（ｐｏｏｒ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ））で表現される。ＰＭの有病率は、異なる集団の間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型であり、そしていくらかの変異がＰＭにおいて同定されており、この全ては機能的ＣＹＰ２Ｄ６の非存在に至る。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低い代謝能を持つ人は、彼らが標準的な用量を受ける場合に、かなり頻繁に過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が活性な治療的部分である場合、そのＣＹＰ２Ｄ６形成代謝産物であるモルヒネによって媒介されるコデインの鎮痛効果について実証されるように、ＰＭは治療的応答を示さない。他の極端なものは、標準的な用量に応答しない、いわゆる超迅速な代謝能を持つ人である。最近、超迅速な代謝の基準となる分子は、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に起因していることが同定されている。
【０５９８】
従って、ＮＯＶＸのタンパク質の活性、ＮＯＶＸの核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸの遺伝子の変異内容を決定して、それによって、その個体の治療的または予防的処置のために適切な薬剤を選択し得る。さらに、薬理ゲノム学の研究を使用して、個体の薬物応答性の表現型の同定に対して薬物代謝酵素をコードする多型対立遺伝子の遺伝子型を適用し得る。この知見は、用量または薬物選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、従って、被験体をＮＯＶＸの調節因子（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイの１つによって同定される調節因子）を用いて処置する場合に治療的または予防的効率を増強し得る。
【０５９９】
（臨床試験中の効果のモニタリング）
ＮＯＶＸの発現または活性（例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調節する能力）に対する薬剤（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることは、基本的な薬物スクリーニングだけでなく、臨床試験にも適用され得る。例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって決定される、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを増加するため、またはＮＯＶＸ活性をアップレギュレートする薬剤の効力は、減少したＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートしたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。あるいは、スクリーニングアッセイによって決定される、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを減少、またはＮＯＶＸの活性をダウンレギュレートする薬剤の効力は、増加したＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートしたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。このような臨床試験において、ＮＯＶＸの発現または活性、および好ましくは、例えば、細胞増殖または免疫障害に関与するような他の遺伝子が、「リードアウト（読み出し）（ｒｅａｄ  ｏｕｔ）」、すなわち、特定の細胞の免疫応答性のマーカーとして使用され得る。
【０６００】
例えば、ＮＯＶＸを含む遺伝子（これは、ＮＯＶＸ活性（例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される）を調節する薬剤（例えば、化合物、薬物または低分子）を用いる処置によって、細胞内で調節される）が同定され得るが、これらに限定されない。従って、細胞性増殖障害に対する薬剤の効果を研究するために、例えば、臨床試験において、細胞が単離され得、そしてＲＮＡが調製され得、そしてＮＯＶＸおよびこの障害に関与する他の遺伝子の発現のレベルについて分析され得る。遺伝子発現のレベル（すなわち、遺伝子発現パターン）は、本明細書中に記載されるように、ノーザンブロット分析もしくはＲＴ−ＰＣＲによるか、あるいは産生されるタンパク質の量を測定することによるか、本明細書中に記載されるような方法の１つによるか、あるいはＮＯＶＸまたは他の遺伝子の活性のレベルを測定することによって、定量され得る。この様式で、この遺伝子発現パターンは、この薬剤に対する細胞の生理学的応答の指標であるマーカーとして作用し得る。従って、この応答状態は、この薬剤を用いる個体の処置の前、および処置の間の種々の時点で、決定され得る。
【０６０１】
１つの実施形態において、本発明は、薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、核酸、ペプチド模倣物、低分子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される他の薬物候補物）を用いる、被験体の処置の効力をモニタリングするための方法を提供し、これは、以下の工程を包含する：（ｉ）薬剤の投与の前に、被験体から投与前サンプルを得る工程；（ｉｉ）この投与前サンプルにおいて、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現のレベルを検出する工程；（ｉｉｉ）この被験体から１つ以上の投与後サンプルを得る工程；（ｉｖ）この投与後サンプルにおいて、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを検出する工程；（ｖ）この投与前サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを、この投与後サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルと比較する工程；ならびに（ｖｉ）従って、この被験体に対する薬剤の投与を変更する工程。例えば、この薬剤の増加した投与は、検出されるよりも高いレベルにＮＯＶＸの発現または活性を増加することが（すなわち、この薬剤の効力を増加すること）望ましくあり得る。あるいは、この薬剤の減少した投与は、検出されるよりも低いレベルにＮＯＶＸの発現または活性を減少することが（すなわち、この薬剤の効力を減少すること）望ましくあり得る。
【０６０２】
（処置方法）
本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連する障害の危険性のある（または感受性）か、またはこの障害を有する被験体を処置する予防的および治療的の両方の方法を提供する。このように関連する疾患または障害としては、例えば、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心欠損症、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、前立腺癌、新形成；腺癌、リンパ腫、子宮癌、受胎能、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫不全症、対宿主性移植片病、ＡＩＤＳ、気管支炎ぜん息、クローン病；多発性硬化症、オールブライト遺伝性骨形成異常症の処置、ならびに他の疾患、障害および状態など。
【０６０３】
これらの処置方法は、以下により詳細に記載される。
【０６０４】
（疾患および障害）
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）増加したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を拮抗する（すなわち、低減または阻害する）治療剤を用いて処置され得る。活性を拮抗する治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：（ｉ）上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；（ｉｉ）上記ペプチドに対する抗体；（ｉｉｉ）上記ペプチドをコードする核酸；（ｉｖ）相同組換えによって上記ペプチドの内因性機能を「ノックアウトする」ために利用される、アンチセンス核酸および「機能不全性」である（すなわち、上記ペプチドに対するコード配列のコード配列内の異種挿入に起因する）核酸の投与、（例えば、Ｃａｐｅｃｃｈｉ、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１２８８〜１２９２を参照のこと）；または（ｖ）上記ペプチドとその結合パートナーとの間の相互作用を変化させる、調節因子（すなわち、インヒビター、アゴニストおよびアンタゴニスト（本発明のさらなるペプチド模倣物または本発明のペプチドに対して特異的な抗体を含む））。
【０６０５】
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）減少したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を増加させる（すなわち、活性に対するアゴニストである）治療剤を用いて処置され得る。活性をアップレギュレートする治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；あるいはバイオアベイラビリティーを増加させるアゴニスト。
【０６０６】
増加したレベルまたは減少したレベルは、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することによって、容易に検出され得る。この定量は、患者の組織サンプルを（例えば、生検組織から）入手し、そしてそのサンプルを、その発現したペプチド（または上記ペプチドのｍＲＮＡ）のＲＮＡレベルまたはペプチドレベル、構造および／または活性をインビトロでアッセイすることによる。当該分野において周知の方法としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：イムノアッセイ（例えば、ウェスタンブロット分析、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）ポリアクリルアミドゲル電気泳動が後に続く免疫沈降、免疫細胞化学などによる）および／またはｍＲＮＡの発現を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インサイチュハイブリダイゼーションなど）。
【０６０７】
（予防的方法）
１つの局面において、本発明は、被験体において異常なＮＯＶＸの発現または活性と関連する疾患または状態を、ＮＯＶＸの発現または少なくとも１つのＮＯＶＸ活性を調節する薬剤をこの被験体に投与することによって予防するための方法を提供する。異常なＮＯＶＸの発現または活性によって引き起こされるかまたはこれらに起因する、疾患にかかる危険がある被験体は、例えば、本明細書中に記載の診断アッセイまたは予後アッセイのいずれか、またはそれらの組み合わせによって、同定され得る。予防薬剤の投与は、疾患または障害が予防されるか、あるいはその進行を遅らせられるように、このＮＯＶＸ異常の特徴である症状の発現の前に行い得る。このＮＯＶＸ異常の型に依存して、例えば、ＮＯＶＸアゴニスト薬剤またはＮＯＶＸアンタゴニスト薬剤が、その被験体を処置するために使用され得る。その適切な薬剤は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。本発明の予防方法は、以下の小節において、さらに議論される。
【０６０８】
（治療方法）
本発明の別の局面は、治療目的のためにＮＯＶＸの発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節方法は、細胞を、その細胞に関するＮＯＶＸタンパク質活性の活性のうちの１つ以上を調節する薬剤と接触させる工程を包含する。ＮＯＶＸタンパク質活性を調節する薬剤は、核酸またはタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ＮＯＶＸペプチド模倣物、または他の低分子のような、本明細書中に記載されるような薬剤であり得る。１つの実施形態において、この薬剤は、ＮＯＶＸタンパク質活性のうちの１つ以上を刺激する。このような刺激薬剤の例としては、活性なＮＯＶＸタンパク質、およびその細胞に導入されたＮＯＶＸをコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この薬剤は、ＮＯＶＸタンパク質活性のうちの１つ以上を阻害する。このような阻害薬剤の例としては、アンチセンスＮＯＶＸ核酸分子、および抗ＮＯＶＸ抗体が挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで（例えば、その薬剤とともにその細胞を培養することによって）、あるいはインビボで（例えば、被験体にその薬剤を投与することによって）実施され得る。このように、本発明は、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子の、異常な発現または異常な活性によって特徴付けられる、疾患または障害に罹患した個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸの発現または活性を調節する（例えば、アップレギュレートまたはダウンレギュレートする）薬剤（例えば、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される薬剤）あるいはそのような薬剤の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子を、低減したかまたは異常な、ＮＯＶＸの発現または活性を補償するための治療として、投与する工程を包含する。
【０６０９】
ＮＯＶＸ活性の刺激は、ＮＯＶＸが異常にダウンレギュレートされている状況、および／またはＮＯＶＸ活性の増加が有益な効果を有するようである状況において、望ましい。このような状況の１つの例は、被験体が、異常な細胞増殖および／または細胞分化によって特徴付けられる障害（例えば、癌または免疫関連）を有する場合である。このような状況の別の例は、被験体が妊娠性疾患（例えば、プレクランプシア（ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ））を有する場合である。
【０６１０】
（治療剤の生物学的効果の決定）
本発明の種々の実施形態において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを行って、特定の治療剤の効果およびその投与が罹患組織の処置を示すか否かを決定する。
【０６１１】
種々の特定の実施形態において、インビトロアッセイが患者の障害に関与する代表的な細胞型で行われ、所定の治療剤がこの細胞型に対して所望の効果を発揮するか否かを決定し得る。治療において使用する化合物は、ヒト被験体において試験する前に適切な動物モデル系において試験され得る。これらの動物モデル系としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなど。同様に、インビボ試験については、当該分野で公知の任意の動物モデル系が、ヒト被験体に対する投与の前に使用され得る。
【０６１２】
（本発明の組成物の予防的用途および治療的用途）
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は、以下を含むが、これらに限定されない種々の障害に関連する強力な予防的適用および治療的適用に有用である：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連癌、神経変性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、および慢性疾患に関連する消耗疾患、および種々の癌。
【０６１３】
例のように、本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり、そしてこのタンパク質は、遺伝子治療を必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非制限的例示として、本発明の組成物は、代謝障害、糖尿病、肥満、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）に罹患した患者の処置についての効力を有する。
【０６１４】
本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードする新規の核酸、およびＮＯＶＸタンパク質の両方、またはそれらのフラグメントは、診断適用に有用で有り得る。ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。さらなる用途は、抗菌分子（すなわち、いくつかのペプチドは、抗菌特性を有することが見出されている）としての用途である。これらの材料は、治療的または診断的な方法における用途に関する本発明の新規の物質に免疫特異的に結合する抗体の生成においてさらに有用である。
【０６１５】
本発明は、以下の実施例においてさらに記載され、これらの実施例は、特許請求の範囲中に記載される本明細書の範囲を限定しない。
【実施例】
【０６１６】
（実施例１：ＮＯＶＸ核酸の同定）
ポリペプチドまたはホモログのためのＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ配列ファイルを使用して、ＴｂｌａｓｔＮを、ＧｅｎＢａｎｋによってか、または、個々の配列センターからダウンロードされたファイルから利用可能なＧｅｎｏｍｉｃ  Ｄａｉｌｙ  Ｆｉｌｅｓに対して実施した。エキソンを相同性より予測し、そして、イントロン／エキソンの境界を、標準的な遺伝的役割を使用して決定した。複数のＢＬＡＳＴ（例えば、ｔＢｌａｓｔＮ、ＢｌａｓｔＸ、およびＢｌａｓｔＮ）検索、ならびに、ある場合には、ＧｅｎｅＳｃａｎおよびＧｒａｉｌを使用する類似性決定を用いて、エキソンをさらに選択し、そして、精緻化した。公のデータベースおよび独占のデータベースの両方からの発現された配列をまた、さらなる定義および完全な遺伝子配列が利用可能である場合、追加した。次いで、ＤＮＡ配列を、明確な不一致に対して手動で補正し、これによって、全長タンパク質をコードする配列を得た。
【０６１７】
本発明で同定した新規のＮＯＶＸ標的配列を、配列を確認するためにエキソン連結プロセスに供した。ＰＣＲプライマーを、順方向プライマーについては入手可能な最も上流の配列で、そして逆方向プライマーについては入手可能な最も下流の配列で開始するように設計した。ＰＣＲプライマーの配列を、種々のクローンを得るために使用した。それぞれの場合について、固有であるかまたは高度に選択的であるかのいずれかである適切な配列に遭遇するまで、または逆方向プライマーの場合には終止コドンに達するまで、コード配列に向ってそれぞれの末端から内側にウォーキングすることによって、配列を試験した。このようなプライマーを、標的配列の全長のｃＤＮＡ、ＤＮＡの一部（１つ以上のエキソン）またはタンパク質配列についてのインシリコ（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）予測に基づいてか、または他の種由来の密接に関連するヒト配列に対する推定エキソンの翻訳された相同性によって、設計した。次いで、これらのプライマーを、以下のヒトｃＤＮＡのプールに基づいてＰＣＲ増幅において使用した：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児の脳、胎児の腎臓、胎児の肝臓、胎児の肺、心臓、腎臓、リンパ腫−Ｒａｊｉ、乳腺、膵臓、脳下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。通常は、得られたアンプリコンをゲル精製し、クローン化し、そして高い縮重性について配列決定した。エキソンの連結によって導いたＰＣＲ産物を、ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎによるｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化した。得られた細菌クローンは、ｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化した完全なオープンリーディングフレームを包含している挿入物を有する。全てのクローンから得られた配列を、それ自体とともに、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのデータベース中の他のフラグメントとともに、そして公のＥＳＴとともにまとめた。集合の別の成分とのそれらの同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合には、集合の構成要素としてフラグメントおよびＥＳＴを含めた。さらに、配列のトレースを手動で評価し、そして適切である場合には修正を施した。これらの手順によって本明細書中に報告する配列を提供する。
【０６１８】
物理的クローン：エキソンを相同性によって推定し、そしてイントロン／エキソンの境界を標準的な遺伝子規則を使用して決定した。エキソンを複数のＢＬＡＳＴ（例えば、ｔＢｌａｓｔＮ、ＢｌａｓｔＸ、およびＢｌａｓｔＮ）検索、およびいくつかの場合には、ＧｅｎｅＳｃａｎおよびＧｒａｉｌを使用する類似性の決定手段によって、さらに選択し、そして精緻化した。利用可能な場合、公のデータベースおよび独自データベースの両方からの発現配列もまた加え、これらの遺伝子配列をさらに定義しそして完全なものとした。次いで、ＤＮＡ配列を、明らかな不一致について手動で補正し、それによって、全長タンパク質をコードする配列を得た。
【０６１９】
（実施例２：ＮＯＶＸ核酸配列中の一ヌクレオチド多型の同定）
改変体配列もまた、本出願に含まれる。改変体配列は、一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含み得る。ＳＮＰは、いくつかの例においては、ＳＮＰを含有しているヌクレオチド配列がｃＤＮＡに起源することを示す、「ｃＳＮＰ」と呼ばれる。ＳＮＰは、いくつかの様式で生じ得る。例えば、ＳＮＰは、多型部位でのあるヌクレオチドの別のヌクレオチドへの置換に起因し得る。このような置換は、トランジションまたはトランスバージョンのいずれかであり得る。ＳＮＰはまた、参照対立遺伝子と比較して、ヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入によっても生じ得る。この場合には、多型の部位は、１つの対立遺伝子が、別の対立遺伝子中の特定のヌクレオチドに関してギャップを保有している部位である。遺伝子中に存在しているＳＮＰは、ＳＮＰの位置で遺伝子によってコードされるアミノ酸の変化を生じ得る。ＳＮＰを含むコドンが遺伝子コードの縮重の結果として同じアミノ酸をコードする場合には、遺伝子内ＳＮＰはまた、サイレントでもあり得る。遺伝子の領域の外側に存在しているＳＮＰ、または遺伝子内のイントロンに存在しているＳＮＰは、タンパク質のアミノ酸配列には全く変化を生じないが、発現パターンの調節の変更を生じ得る。例としては、一過性発現、生理学的応答の調節、細胞型発現調節、発現の強度、転写されたメッセージの安定性における変更が挙げられる。
【０６２０】
エキソン連結プロセスにより生成されたＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリを、以下の基準を使用して選択し、そして、伸長させた。開始配列または伸長配列の全てまたは一部に対して９８％の同一性を有する領域を有するゲノムクローンを、ヒトゲノムデータベースを問い合わせるために、関連する配列を使用して、ＢＬＡＳＴＮによって同定した。得られたゲノムクローンを、さらなる解析のために選択した。なぜならば、この同一性は、これらのクローンが、これらのＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリについてのゲノム遺伝子座を含むことを示すからである。これらの配列を、推定コード領域、ならびに、既知のＤＮＡ配列およびタンパク質配列に対しての類似性について分析した。これらの分析のために使用したプログラムとしては、Ｇｒａｉｌ、Ｇｅｎｓｃａｎ、ＢＬＡＳＴ、ＨＭＭＥＲ、ＦＡＳＴＡ、Ｈｙｂｒｉｄおよび他の関連するプログラムが挙げられる。
【０６２１】
いくつかのさらなるゲノム領域をまた、同定し得る。なぜならば、選択したＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリは、これらの領域に位置付けられたからである。このようなＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ配列は、相同性またはエキソン予測によって定義された領域と重複し得る。これらはまた、このフラグメントの位置が、本来の予測された配列中に含まれている相同性、またはエキソン予測により同定されたゲノム領域の近傍にあるので、含まれ得る。このように同定された配列を、手動で構築し、次いで、ＣｕｒａＧｅｎ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのヒトＳｅｑＣａｌｌｉｎｇデータベースから得た１つ以上のさらなる配列を使用して、伸長させ得る。包含に適切なＳｅｑＣａｌｌｉｎｇフラグメントを、ＣｕｒａＴｏｏｌｓＴＭプログラムＳｅｑＥｘｔｅｎｄによってか、または分析されたゲノムクローンの適切な領域に位置付けられるＳｅｑＣａｌｌｉｎｇフラグメントを同定することによって、同定した。
【０６２２】
次いで、上記の手順によって定義された領域を、手動で組込み、そして、明確な不一致（例えば、本来のフラグメント中の読み違えられた塩基からか、または予測されたエキソン接合部と、ＥＳＴ位置と、配列類似性の領域との間の不一致から生じ得る）について補正し、本明細書中で開示した最終の配列を導いた。必要な場合、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリおよびゲノムクローンを同定し、そして分析するためのプロセスを反復し、全長配列を導いた（Ａｌｄｅｒｂｏｒｎら、Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ｂｙ  Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  Ｐｙｒｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．１０（８）１２４９〜１２６５、２０００）。
【０６２３】
（実施例３：種々の細胞および組織におけるクローンの定量的発現分析）
種々のクローンの定量的な発現を、種々の正常および病理状態由来の細胞、細胞株および組織由来のＲＮＡサンプルを含有しているマイクロタイタープレートを使用し、実時間定量ＰＣＲ（ＲＴＱ  ＰＣＲ）を使用して評価した。ＲＴＱ  ＰＣＲを、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７７００またはＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００  ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍによって実施した。サンプルの種々の収集物をプレート上に組み立て、そしてパネル１（正常組織および癌細胞株を含む）、パネル２（正常供給源および癌供給源由来の組織から誘導されたサンプルを含む）、パネル３（癌細胞株を含む）、パネル４（正常組織由来の細胞および細胞株ならびに炎症状態に関連する細胞を含む）、パネル５Ｄ／５Ｉ（代謝疾患に対する重要性を有するヒト組織および細胞株を含む）、ＡＩ＿包括的＿パネル（正常組織および自己炎症疾患由来のサンプルを含む）、パネルＣＮＳＤ．０１（正常脳および疾患性の脳由来のサンプルを含む）、およびＣＮＳ＿神経変性＿パネル（正常脳およびアルツハイマー疾患の脳由来の中枢神経系サンプルを含む）と呼んだ。
【０６２４】
全てのサンプル由来のＲＮＡの完全性を、ガイド（２：１〜２．５：１  ２８ｓ：１８ｓ）として２８Ｓおよび１８ＳのリボソームＲＮＡ染色強度比を使用する、アガロースゲル電気泳動による目視評価、および分解産物の指標である低分子量ＲＮＡの非存在によって、品質を制御する。単一エキソンの長さを横切って増幅するように設計されたプローブおよびプライマーのセットを使用する、逆転写酵素の非存在下で行うＲＴＱ  ＰＣＲ反応によって、サンプルを、ゲノムＤＮＡ混入に対して制御する。
【０６２５】
最初に、ＲＮＡサンプルを、参照核酸（例えば、構成的に発現される遺伝子（例えば、β−アクチンおよびＧＡＰＤＨ））に対して正規化した。正規化したＲＮＡ（５μｌ）をｃＤＮＡに変換し、そしてＯｎｅ  Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３０９１６９）および遺伝子特異的プライマーを使用し、製造業者の説明書に従って、ＲＴＱ−ＰＣＲによって分析した。
【０６２６】
他の場合において、正規化していないＲＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従って、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；カタログ番号１８０６４−１４７）およびランダムヘキサマーを使用して、一本鎖ｃＤＮＡ（ｓｓｃＤＮＡ）に変換した。１０μｇまでの総ＲＮＡを含有する反応を、２０μｌの容量で行い、そして６０分間４２℃にてインキュベートした。この反応は、１００μｌの最終容量において５０μｇまでの総ＲＮＡにまでスケールアップされ得る。次いで、ｓｓｃＤＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従って、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を使用して、以前に記載されたような参照核酸に対して正規化する。
【０６２７】
プローブおよびプライマーを、入力として標的配列を使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｐｒｉｍｅｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅパッケージ（Ａｐｐｌｅ  ＣｏｍｐｕｔｅｒのＭａｃｉｎｔｏｓｈ  Ｐｏｗｅｒ  ＰＣ用バージョンＩ）または類似のアルゴリズムに従って、それぞれのアッセイについて設計した。デフォルト設定を反応条件について使用し、そして以下のパラメーターを、プライマーの選択の前に設定した：プライマー濃度＝２５０ｎＭ、プライマーの融点（Ｔｍ）範囲＝５８〜６０℃、プライマーの最適ＴＭ＝５９℃、最大のプライマー差分＝２℃、プローブは５’にＧを有さず、プローブのＴｍはプライマーのＴｍよりも１０℃高くなければならず、アンプリコンの大きさは７５ｂｐから１００ｂｐである。選択したプローブおよびプライマー（下記を参照のこと）を、Ｓｙｎｔｈｅｇｅｎ（Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）によって合成した。プローブを、ＨＰＬＣによって二重精製して、カップリングされなかった色素を除去し、そしてプローブの５’末端および３’末端に対する、それぞれ、レポーター色素およびクエンチャー色素のカップリングを確認するために、質量スペクトル分析によって評価した。それらの最終濃度は、順方向プライマーおよび逆方向プライマーについては、それぞれ９００ｎＭであり、そしてプローブについては、２００ｎＭであった。
【０６２８】
ＰＣＲ条件：ＲＮＡサンプルを用いて研究する場合、各組織および各細胞株由来の正規化したＲＮＡを、９６ウェルまたは３８４ウェルのいずれかＰＣＲプレート（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の各ウェルにスポットした。ＰＣＲ混液は、単一の遺伝子特異的プローブおよびプライマーセット、または２つの多重化（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ）プローブおよびプライマーセット（標的クローンに特異的なセットおよび標的プローブと多重化する別の遺伝子特異的セット）のいずれかを含有した。ＰＣＲ反応を、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号４３１３８０３）を使用して、製造業者の指示書に従って設定した。逆転写を、４８℃で３０分間行い、続いて、以下のような増幅／ＰＣＲサイクルを行った：９５℃で１０分間、次いで、４０サイクルの、９５℃で１５秒間、６０℃で１分間。結果を、ＣＴ値（所定のサンプルが蛍光の閾値レベルを超えるサイクル）としてｌｏｇスケールを使用して記録し、ここで、所定のサンプルと最も低いＣＴ値を有するサンプルとの間でのＲＮＡ濃度の差分を、２のΔＣＴ乗として表す。次いで、相対的な発現の割合を、このＲＮＡ差分の逆数をとり、そして１００を乗算することによって得る。
【０６２９】
ｓｓｃＤＮＡサンプルを用いて研究する場合、正規化したｓｓｃＤＮＡを、ＲＮＡサンプルについて先に記載したように使用した。１セットまたは２セットのプローブおよびプライマーを含むＰＣＲ反応を、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を使用して、製造業者の指示書に従って、先に記載したように設定した。ＰＣＲ増幅を、以下のように行った：９５℃で１０分間、次いで、４０サイクルの、９５℃で１５秒間、６０℃で１分間。結果を、先に記載したように分析および評価した。
【０６３０】
（パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄ）
パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄのプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学コントロール）および種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含有する９４個のウェルを含む。これらのパネルのサンプルは、２つのクラスに分類される：培養細胞株由来のサンプルおよび初代正常細胞由来のサンプル。これらの細胞株は、以下の型の癌に由来する：肺癌、乳癌、黒色種、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、腎臓癌、胃癌および膵臓癌。これらのパネルにおいて使用される細胞株は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の寄託機関）から広く利用可能であり、ＡＴＣＣによって推奨される条件を使用して培養された。これらのパネルにおいて見出される正常組織は、１人の成人個体または胎児の全ての主要な器官系由来のサンプルから構成される。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人の骨格筋、胎児の骨格筋、成人の心臓、胎児の心臓、成人の腎臓、胎児の腎臓、成人の肝臓、胎児の肝臓、成人の肺、胎児の肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、胸部、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。
【０６３１】
パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄの結果においては、以下の略号を使用する：
ｃａ．＝癌腫
＊＝転移によって確立された
ｍｅｔ＝転移
ｓ  ｃｅｌｌ  ｖａｒ＝小細胞変異株
ｎｏｎ−ｓ＝ｎｏｎ−ｓｍ＝非小
ｓｑｕａｍ＝扁平上皮細胞
ｐｌ．ｅｆｆ＝ｐｌ  ｅｆｆｕｓｉｏｎ＝胸水
ｇｌｉｏ＝神経膠腫
ａｓｔｒｏ＝星状細胞腫、および
ｎｅｕｒｏ＝神経芽細胞腫。
【０６３２】
（一般＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４））
パネル１．４のプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学コントロール）および種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含有する９４個のウェルを含む。パネル１．４のサンプルは、２つのクラスに分類される：培養細胞株由来のサンプルおよび初代正常細胞由来のサンプル。この細胞株は、以下の型の癌に由来する：肺癌、乳癌、黒色種、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、腎臓癌、胃癌および膵臓癌。パネル１．４において使用される細胞株は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の寄託機関）から広く利用可能であり、ＡＴＣＣによって推奨される条件を使用して培養される。パネル１．４において見出された正常組織は、２〜５人の異なる成人個体または胎児の全ての主要な器官系由来のサンプルのプールから構成される。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人の骨格筋、胎児の骨格筋、成人の心臓、胎児の心臓、成人の腎臓、胎児の腎臓、成人の肝臓、胎児の肝臓、成人の肺、胎児の肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、胸部、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。略語は、パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄについて記載される通りである。
【０６３３】
（パネル２Ｄおよび２．２）
パネル２Ｄおよび２．２のプレートは、一般的には、２つのコントロールのウェルと９４個の試験サンプルを含む。これは、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＣｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＣＨＴＮ）またはＮａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ（ＮＤＲＩ）との緊密に協同して研究している、外科医の作業によって入手したヒト組織から単離したＲＮＡまたはｃＤＮＡから構成される。組織は、ヒトの悪性腫瘍に由来し、そして示される場合、多くの悪性組織は、腫瘍にすぐ隣接している非癌性組織から得られる「整合された縁（ｍａｔｃｈｅｄ  ｍａｒｇｉｎ）」を有する。これらを、正常隣接組織と呼び、そして以下の結果には「ＮＡＴ」と記載する。腫瘍組織および「整合された縁」を、２人の別々の病理学者によって評価する（外科の病理学者、およびＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者によって再度）。この分析は、腫瘍の分化の段階の全体的な組織病理学的評価を提供する。さらに、ほとんどのサンプルは、もともとの外科の病理報告を含む。これは、患者の臨床段階に関する情報を提供する。これらの整合された縁を、外科手術領域の周辺（すなわち、すぐ隣接している）組織（表ＲＲにおいては正常な隣接組織を「ＮＡＴ」と明示する）から採取する。さらに、ＲＮＡおよびｃＤＮＡサンプルを、高齢者または突然死の被害者（事故など）について行った検死に由来する種々のヒト組織から得た。これらの組織が疾患を有さないことを確認し、そしてこれを、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、およびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのような種々の商業的な供給元から購入した。
【０６３４】
（パネル３Ｄ）
パネル３Ｄのプレートは、９４個のｃＤＮＡサンプルおよび２個のコントロールサンプルを含む。詳細には、これらのサンプルのうちの９２個は、培養されたヒトの癌細胞株に由来し、２個のサンプルはヒトの初代小脳組織であり、そして２つはコントロールである。ヒトの細胞株は、一般的には、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織グループに分ける：舌の扁平上皮細胞癌、乳癌、前立腺癌、黒色腫、類表皮癌腫、肉腫、膀胱癌、膵臓癌、腎臓癌、白血病／リンパ腫、卵巣／子宮／子宮頚癌、胃癌、結腸癌、肺癌、およびＣＮＳ癌細胞株。さらに、小脳の２つの独立したサンプルが存在する。これらの細胞の全てを、標準的な推奨される条件下で培養し、そして標準的な手順を使用してＲＮＡを抽出した。パネル３Ｄおよび１．３Ｄの細胞株は、科学技術文献において使用される最も一般的な細胞株である。
【０６３５】
（パネル４Ｄ、４Ｒおよび４．１Ｄ）
パネル４は、９６ウェルプレート（２個のコントロールのウェル、９４個の試験サンプル）上にサンプルを含む。これは、炎症状態に関連している種々のヒトの細胞株または組織から単離したＲＮＡ（パネル４Ｒ）またはｃＤＮＡ（パネル４Ｄ／４．１Ｄ）から構成される。結腸および肺（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）ならびに胸腺および腎臓（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）のようなコントロールの正常組織に由来する総ＲＮＡを使用した。肝硬変患者由来の肝臓組織および狼瘡患者由来の腎臓に由来する総ＲＮＡを、ＢｉｏＣｈａｉｎ（Ｂｉｏｃｈａｉｎ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）から入手した。クローン病および潰瘍性大腸炎を有すると診断された患者からのＲＮＡの調製のための腸組織を、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅ（ＮＤＲＩ）（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）から入手した。
【０６３６】
星状細胞、肺繊維芽細胞、皮膚繊維芽細胞、冠状動脈平滑筋細胞、小気道上皮細胞、気管支上皮細胞、微小血管皮膚内皮細胞、微小血管肺内皮細胞、ヒトの肺大動脈の血管内皮細胞、ヒトの臍帯静脈の血管内皮細胞を、全て、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ（Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から購入し、そしてＣｌｏｎｅｔｉｃｓによってこれらの細胞型に供給される培地中で増殖させた。これらの初代細胞型を、示すように、種々のサイトカインまたはサイトカインの組合せを用いて６時間および／または１２〜１４時間の間、活性化した。以下のサイトカインを使用した：約１〜５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１β、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦα、約２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３。内皮細胞を、時折、０．１％の血清を有するＣｌｏｎｅｔｉｃｓによる基底培地中での培養によって種々の時間枯渇させた。
【０６３７】
単核細胞を、Ｆｉｃｏｌｌを使用して、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの従業員の血液から調製した。ＬＡＫ細胞を、ＤＭＥＭ、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびインターロイキン２（Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  ２）中での４〜６日間の培養によって、これらの細胞から調製した。次いで、細胞を、１０〜２０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡ、および１〜２μｇ／ｍｌのイオノマイシン、５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２、２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、および５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１８のいずれかで、６時間活性化した。いくつかの場合には、単核細胞を、約５μｇ／ｍｌのＰＨＡ（フィトヘマグルチニン）またはＰＷＭ（アメリカヤマゴボウ有糸分裂促進物質）を含有する、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で、４〜５日間培養した。ＲＮＡの調製のために、サンプルを２４、４８、および７２時間で採取した。ＭＬＲ（混合リンパ球反応）サンプルを、２人のドナーから採血し、Ｆｉｃｏｌｌを使用して単核細胞の単離し、および単離した単核細胞を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール（５．５×１０−５Ｍ）（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中において約２×１０６個の細胞／ｍｌの最終濃度で１：１にて混合することによって得た。このＭＬＲを培養し、そしてＲＮＡの調製のために１〜７日までの範囲の種々の時点でサンプルを採取した。
【０６３８】
単球を、製造業者の説明書に従って、ＣＤ１４  Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｅａｄｓ、＋ｖｅＶＳ選択カラムおよびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。単球を、ＤＭＥＭ  ５％のウシの胎児の血清（ＦＣＳ）（Ｈｙｃｌｏｎｅ、Ｌｏｇａｎ，ＵＴ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、５０ｎｇ／ｍｌのＧＭＣＳＦ、および５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４中での５〜７日間の培養によって樹状細胞に分化させた。マクロファージを、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０％のＡＢヒト血清または約５０ｎｇ／ｍｌのＭＣＳＦ中で５〜７日間の単球の培養によって調製した。単球、マクロファージおよび樹状細胞を、１００ｎｇ／ｍｌのリポポリサッカライド（ＬＰＳ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。樹状細胞をまた、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ４０モノクローナル抗体（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。
【０６３９】
ＣＤ４リンパ球、ＣＤ８リンパ球およびＮＫ細胞をまた、製造業者の説明書に従って、ＣＤ４、ＣＤ８およびＣＤ５６のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズ、ポジティブＶＳ選択カラム、およびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。ＣＤ４５ＲＡリンパ球およびＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を、ＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４およびＣＤ１９のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズおよびポジティブ選択を使用して、ＣＤ８細胞、ＣＤ５６細胞、ＣＤ１４細胞およびＣＤ１９細胞の単核細胞を涸渇することによって単離した。次いで、ＣＤ４５ＲＯビーズを使用してＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を単離し、残りの細胞はＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４リンパ球であった。ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４およびＣＤ８のリンパ球を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に入れ、そしてＰＢＳ中の０．５μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および３μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、ＡＴＣＣ）で一晩コーティングしたＦａｌｃｏｎ  ６ウェル組織培養プレート上に、１０６細胞／ｍｌでプレートした。６時間および２４時間後、細胞をＲＮＡの調製のために回収した。慢性的に活性化されたＣＤ８リンパ球を調製するために、本発明者らは、抗ＣＤ２８および抗ＣＤ３でコーティングしたプレート上で４日間、単離したＣＤ８リンパ球を活性化し、次いで細胞を回収して、それらをＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中で増殖させた。次いで、再び、増殖したＣＤ８細胞を、プレートに結合させた抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８で４日間活性化し、そして先のように拡大させた。ＲＮＡを２回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびに２回目の培養物の拡大の４日後に単離した。単離したＮＫ細胞を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中で、ＲＮＡを調製する前に４〜６日間培養した。
【０６４０】
Ｂ細胞を得るために、扁桃をＮＤＲＩから獲得した。扁桃を、滅菌した解剖用の鋏で切断し、次いで篩に通過させた。次いで、扁桃体の細胞をスピンダウンし、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に１０６個の細胞／ｍｌで再懸濁した。細胞を活性化するために、本発明者らは、５μｇ／ｍｌでＰＷＭ、または約１０μｇ／ｍｌで抗ＣＤ４０（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および５〜１０ｎｇ／ｍｌでＩＬ−４を使用した。細胞をＲＮＡの調製のために、２４、４８、および７２時間で回収した。
【０６４１】
初代Ｔｒ１細胞ならびに２代目Ｔｈ１／Ｔｈ２細胞およびＴｒ１細胞を調製するために、６ウェルのＦａｌｃｏｎプレートを、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および２μｇ／ｍｌのＯＫＴ３（ＡＴＣＣ）で一晩コーティングし、次いでＰＢＳで２回洗浄した。臍帯血ＣＤ４リンパ球（Ｐｏｉｅｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｇｅｒｍａｎ  Ｔｏｗｎ，ＭＤ）を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（４ｎｇ／ｍｌ）中で１０５〜１０６個の細胞／ｍｌで培養した。ＩＬ−１２（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＬ−４（１μｇ／ｍｌ）を、Ｔｈ１に指向させるために使用し、一方で、ＩＬ−４（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＦＮγ（１μｇ／ｍｌ）をＴｈ２に指向させるために使用し、そして５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１０をＴｒ１に指向させるために使用した。４〜５日後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球およびＴｒ１リンパ球を、ＤＭＥＭ中で１回洗浄し、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（１ｎｇ／ｍｌ）中で４〜７日間増殖させた。この後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球を、抗ＣＤ２８／ＯＫＴ３および上記のようなサイトカインを用いて、しかしアポトーシスを防ぐために抗ＣＤ９５Ｌ（１μｇ／ｍｌ）を添加して、５日間再刺激した。４〜５日後、Ｔｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球およびＴｒ１リンパ球を洗浄し、次いで再び、ＩＬ−２を用いて４〜７日間増殖させた。活性化させたＴｈ１リンパ球およびＴｈ２リンパ球を最大３回のサイクルまで、この方法で維持した。ＲＮＡを、プレートに結合させた抗ＣＤ３  ｍＡｂおよび抗ＣＤ２８  ｍＡｂでの２回目および３回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびにインターロイキン２中での２回目および３回目の増殖培養の４日目に、初代および２代目Ｔｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１から調製した。
【０６４２】
以下の白血球株をＡＴＣＣから入手した：Ｒａｍｏｓ、ＥＯＬ−１、ＫＵ−８１２。ＥＯＬ細胞を、５×１０５個の細胞／ｍｌの０．１ｍＭのｄｂｃＡＭＰ中での８日間の培養、３日毎の培地の交換、および５×１０５個の細胞／ｍｌへの細胞濃度の調節によってさらに分化させた。これらの細胞の培養のために、本発明者らは、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）を添加した、（ＡＴＣＣによって推奨されるような）ＤＭＥＭまたはＲＰＭＩを使用した。ＲＮＡを、休止細胞または１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１μｇ／ｍｌのイオノマイシンで６時間および１４時間活性化した細胞のいずれかから調製した。ケラチノサイト株ＣＣＤ１０６および気道上皮腫瘍株ＮＣＩ−Ｈ２９２もまたＡＴＣＣから入手した。両方を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で培養した。ＣＣＤ１１０６細胞を、約５ｎｇ／ｍｌのＴＮＦαおよび１ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１βで６時間および１４時間活性化し、一方、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を、以下のサイトカインを用いて６時間および１４時間活性化した：５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３、および２５ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ。
【０６４３】
これらの細胞株および血液細胞について、約１０７個の細胞／ｍｌをＴｒｉｚｏｌ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）を使用して溶解させることによってＲＮＡを調製した。簡潔には、１／１０容量のブロモクロロプロパン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）をＲＮＡサンプルに添加し、ボルテックスし、そして室温で１０分後、チューブをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４ローターで１４，０００ｒｐｍで回転させた。水相を採取し、そして１５ｍｌのＦａｌｃｏｎ  Ｔｕｂｅに入れた。等量のイソプロパノールを添加し、そして−２０℃で一晩静置した。沈殿させたＲＮＡをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４ローター中で９，０００ｒｐｍで１５分間スピンダウンさせ、そして７０％のエタノール中で洗浄した。このペレットを３００μｌのＲＮＡｓｅを含まない水中に再度溶解させ、そして３５μｌの緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ）、５μｌのＤＴＴ、７μｌのＲＮＡｓｉｎ、および８μｌのＤＮＡｓｅを添加した。チューブを、混入しているゲノムＤＮＡを除去するために３７℃で３０分間インキュベートし、フェノールクロロホルムで１回抽出し、そして１／１０容量の３Ｍの酢酸ナトリウムおよび２倍容量の１００％エタノールで再度沈殿させた。ＲＮＡをスピンダウンさせ、そしてＲＮＡｓｅを含まない水中に入れた。ＲＮＡを−８０℃で保存した。
【０６４４】
（ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０）
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０のプレートは、２個のコントロールのウェルおよび８９個の試験サンプルを含む。これは、Ｂａｃｋｕｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓ（Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ，ＭＤ）から入手した外科的な死後のヒト組織から単離されたｃＤＮＡを含む。総ＲＮＡを、ＣｕｒａＧｅｎの施設にあるＢａｃｋｕｓ病院からの組織サンプルから抽出した。他の組織由来の総ＲＮＡを、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手した。
【０６４５】
滑液、滑膜、骨および軟骨を含む関節組織を、Ｂａｃｋｕｓ病院で全ての膝または股関節部の置換手術を経験した患者から入手した。組織サンプルは、単離されたＲＮＡが最適な量で、分解されないことを確実にするように液体窒素中で瞬時に冷凍した。変形性関節症および慢性関節リウマチ結合組織のさらなるサンプルが、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手された。正常なコントロール組織がＣｌｉｎｏｍｉｃｓによって供給され、そして外傷犠牲者の死体解剖の間に得られた。
【０６４６】
乾癬組織の外科検体および隣接一致組織がＣｌｉｎｏｍｉｃｓによって総ＲＮＡとして提供された。二人の男性患者および二人の女性患者が、２５歳と４７歳の間で選択された。この患者は、サンプルが単離された時に薬剤を投与されていない。
【０６４７】
潰瘍性大腸炎およびクローン病に罹患した患者由来の罹患した結腸の外科検体および隣接一致組織が、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手された。４１歳〜６９歳の三人の女性クローン病患者および３人の男性クローン病患者由来の腸組織が使用された。二人の患者が処方箋を必要とする薬を摂取しなかったが、他の患者はデキサメタゾン、フェノバルビタール、またはタイレノールを摂取した。潰瘍性大腸炎組織は、三人の男性患者および四人の女性患者由来である。その患者のうちの四人は、レブビド（ｌｅｂｖｉｄ）を摂取し、二人は、フェノバルビタールを摂取した。
【０６４８】
疾患を有さないか、あるいは気腫、ぜん息またはＣＯＰＤを有する外傷犠牲者からの死後の肺組織由来の総ＲＮＡを、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから購入した。気腫患者は、４０歳〜７０歳の範囲であり、全てが喫煙者であり、この年齢範囲は、タバコ関連肺気腫の患者に焦点を当て、α−１アンチトリプシン欠乏の患者を避けるように選択した。ぜん息患者は、３６歳〜７５歳の範囲であり、ＣＯＰＤも有し得る患者であることを避けるために喫煙者を除いた。ＣＯＰＤ患者は、３５歳〜８０歳の範囲であり、喫煙者と非喫煙者の両方を含んだ。ほとんどの患者が副腎皮質ステロイド、および気管支拡張薬を摂取していた。
【０６４９】
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０パネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号を使用した：
ＡＩ＝自己免疫
Ｓｙｎ＝滑液
Ｎｏｒｍａｌ＝見かけ上の疾患なし
Ｒｅｐ２２／Ｒｅｐ２０＝個々の患者
ＲＡ＝慢性関節リウマチ
Ｂａｃｋｕｓ＝Ｂａｃｋｕｓ病院由来
ＯＡ＝変形性関節症
（ＳＳ）（ＢＡ）（ＭＦ）＝個々の患者
Ａｄｊ＝隣接組織
Ｍａｔｃｈ  ｃｏｎｔｒｏｌ＝隣接組織
−Ｍ＝男性
−Ｆ＝女性
ＣＯＰＤ＝慢性閉塞性肺疾患。
【０６５０】
（パネル５Ｄおよび５Ｉ）
パネル５Ｄおよび５Ｉのプレートは、代謝病に重点をおいて、２個のコントロールウェルおよびヒト組織から単離された種々のｃＤＮＡおよび細胞株を含む。代謝組織は、妊娠糖尿病研究に登録された患者から得られた。細胞は、ヒト間葉幹細胞由来の脂肪細胞の分化における異なる段階の間に得られた。ヒト膵臓島もまた得られた。
【０６５１】
妊娠糖尿病研究において、被験体は若く（１８歳〜４０歳）、慣用的な（選択的な）帝王切開を受ける妊娠糖尿病に罹患しているかまたは罹患していない、その他の点では健常な女性である。胎児の分娩後、外科的切開が修復され／閉じられる時に、産科医は、各外科的レベルの閉鎖の間に、曝露された代謝組織の小さなサンプル（１ｃｃ未満）を取り出した。バイオプシー物質を、滅菌生理食塩水でリンスし、ブロットし、そして、組織の除去から５分以内に高速凍結した。次いで、この組織を、液体窒素中で瞬間凍結し、そして、滅菌ネジ蓋管中に個々に保存し、そして、輸送のためにドライアイス上で維持され、そして、ＣｕｒａＧｅｎによって回収された。目的の代謝組織としては、子宮壁（平滑筋）、内臓脂肪、骨格筋（腹直筋）、および皮下脂肪が挙げられる。患者の記述は、以下の通りである：
患者２：ラテンアメリカ系糖尿病患者、体重超過、インスリンなし
患者７〜９：非糖尿病の白人、肥満（ＢＭＩ＞３０）
患者１０：ラテンアメリカ系糖尿病患者、体重超過、インスリン投与
患者１１：非糖尿病のアメリカ黒人、体重超過
患者１２：ラテンアメリカ系糖尿病患者、インスリン投与。
【０６５２】
脂肪細胞分化は、Ｏｓｉｒｕｓ（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ／ＢｉｏＷｈｉｔｔａｋｅｒの部門）から入手されたドナー前駆体細胞において、２つの複製のみ有したドナー３Ｕを除いて、三連で誘導された。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓの科学者は、ＣｕｒａＧｅｎのために、Ｍａｒｋ  Ｆ．Ｐｉｔｔｅｎｇｅｒら、Ｍｕｌｔｉｌｉｎｅａｇｅ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｏｆ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｕｍａｎ  Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９９年４月２日：１４３−１４７において見出される公開されたプロトコルに基づいてヒト間葉幹細胞（ＨｕＭＳＣ）を単離し、増殖および分化させた。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓは、ｍＲＮＡ単離およびｄｓ  ｃＤＮＡ生成に適切なトリゾール溶解物または凍結ペレットを提供した。各ドナーの一般的な記載は、以下のとおりである：
ドナー２および３Ｕ：間葉幹細胞、未分化の脂肪
ドナー２および３ＡＭ：脂肪、分化中の脂肪
ドナー２および３ＡＤ：脂肪、分化された脂肪。
【０６５３】
ヒトの細胞株を、一般的には、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織グループに分けた：近位曲尿細管、子宮平滑筋、小腸、肝臓ＨｅｐＧ２癌細胞、心臓初代基質細胞、および副腎皮質腺種細胞。これらの細胞は、全て標準の推奨条件下において培養され、そしてＲＮＡは、標準の手順を用いて抽出された。全てのサンプルを、一本鎖ｃＤＮＡを生成するためにＣｕｒａＧｅｎで処理した。
【０６５４】
パネル５Ｉは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｉａｍｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  ＭｅｄｉｃｉｎｅにおけるＤｉａｂｅｔｅｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅから入手した５８歳の女性患者由来の膵臓島を追加した、前に記載した全てのサンプルを含む。島組織は、外部供給元において総ＲＮＡに処理され、そしてパネル５Ｉに加えるためにＣｕｒａＧｅｎに送られた。
【０６５５】
５Ｄおよび５Ｉのパネル中の組織を同定するために使用された標識では、以下の略号が使用される：
ＧＯ  Ａｄｉｐｏｓｅ＝大網脂肪
ＳＫ＝骨格筋
ＵＴ＝子宮
ＰＬ＝胎盤
ＡＤ＝分化した脂肪
ＡＭ＝中程度に分化した脂肪
Ｕ＝未分化の幹細胞
（パネルＣＮＳＤ．０１）
パネルＣＮＳＤ．０１についてのプレートは、２個のコントロールウェル、およびＨａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒから得られる死後のヒト脳組織から単離されたｃＤＮＡから構成される９４個の試験サンプルを含む。脳は、死後４時間〜２４時間の間に、ドナーの頭蓋冠から除去され、神経解剖学者によって切片化され、−８０℃の液体窒素蒸気中で凍結される。全ての脳は、切片化され、神経病理学者によって試験されて、神経病理学に明確に関連する診断を確認される。
【０６５６】
疾患の診断を、患者の記録から得る。このパネルは、以下の各診断由来の２つの脳を含む：アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン病、進行性核上麻痺、抑うつ症、および「正常なコントロール」。これらの各脳の中で、以下の領域が表示される：帯状回、大脳側頭極、淡蒼球（ｇｌｏｂｕｓ  ｐａｌｌａｄｕｓ）、黒質、ブロードマン野４（初期運動性細片）、ブロードマン野７（頭頂葉皮質）、ブロードマン野９（プレ前頭皮質）、およびブロードマン野１７（後頭葉皮質）。全ての脳の領域が全ての場合において示されるわけではなく、例えば、ハンティングトン病は、淡蒼球における神経変性によって部分的に特徴付けられ、従って、この領域を、ハンティングトンと確認されたケースから得ることは不可能である。パーキンソン病も同様に、この領域をより入手困難にする黒質の変性によって、特徴付けられる。正常なコントロールの脳は、神経生理学について試験され、神経変性と一致する任意の病理学がないことが見出された。
【０６５７】
ＣＮＳパネル中の組織を同定するために使用された標識では、以下の略号が使用される。
ＰＳＰ＝進行性核上麻痺
Ｓｕｂ  Ｎｉｇｒａ＝黒質
Ｇｌｏｂ  Ｐａｌｌａｄｕｓ＝淡蒼球（Ｇｌｏｂｕｓ  ｐａｌｌａｄｕｓ）
Ｔｅｍｐ  Ｐｏｌｅ＝大脳側頭極
Ｃｉｎｇ  Ｇｙｒ＝帯状回
ＢＡ４＝ブロードマン野４
（パネルＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０（Ｐａｎｅｌ  ＣＮＳ＿Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿Ｖ１．０））
パネルＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０についてのプレートは、２個のコントロールウェル、ならびにＨａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＭｃＬｅａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）およびＨｕｍａｎ  Ｂｒａｉｎ  ａｎｄ  Ｓｐｉｎａｌ  Ｆｌｕｉｄ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＶＡ  Ｇｒｅａｔｅｒ  Ｌｏｓ  Ａｎｇｅｌｅｓ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｓｙｓｔｅｍ）から得られた、死後のヒト脳組織から単離されたｃＤＮＡから構成される４７個の試験サンプルを含む。脳は、死後４時間〜２４時間の間に、ドナーの頭蓋冠から除去され、神経解剖学者によって切片化され、−８０℃の液体窒素蒸気中で凍結される。全ての脳は、切片化され、神経病理学者によって試験され、神経病理学に明確に関連する診断を確認される。
【０６５８】
疾患の診断を患者の記録から得る。このパネルは、アルツハイマー病（ＡＤ）患者由来の６個の脳、および死の前に痴呆の症候を示さない「正常な（Ｎｏｒｍａｌ）コントロール」由来の８個の脳を含む。８個の正常なコントロールの脳は、２つのカテゴリーに分けられる：痴呆もアルツハイマー様病理学も有さないコントロール（コントロール）、および痴呆は有さないが重篤なアルツハイマー様病理学の症候を有するコントロール（特に、０〜３のスケールにおけるレベル３として評価される老人斑負荷；０＝斑の症候なし、３＝重篤なＡＤ老人斑負荷）。これらの各脳の中で、以下の領域が示される：海馬、側頭皮質（ブロードマン野２１）、頭頂葉皮質（ブロードマン野７）、および後頭葉皮質（ブロードマン野１７）。これらの領域は、ＡＤにおける全てのレベルの神経変性を含むように選択された。海馬は、ＡＤにおける、初期の神経損失および重篤な神経損失の領域であり；側頭皮質は、海馬の後で、ＡＤにおける神経変性を示すことが知られており；頭頂葉皮質は、この疾患の後期段階における中程度の神経死を示し、後頭葉皮質は、ＡＤでは生存し、従って、ＡＤ患者において、「コントロール」領域として作用する。全ての脳の領域が、全ての場合において示されるわけではない。
【０６５９】
ＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０パネル中の組織を同定するために使用された標識にでは、以下の略号が使用される。
ＡＤ＝アルツハイマー病の脳；患者は、痴呆になり、検死の際にＡＤ様の病理学を示した
Ｃｏｎｔｒｏｌ＝コントロールの脳；患者は、痴呆にならず、何ら病理学を示さなかった
Ｃｏｎｔｒｏｌ（Ｐａｔｈ）＝コントロールの脳；患者は、痴呆にならないが、重篤なＡＤ様の病理学を示した
Ｓｕｐ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝上側頭皮質
Ｉｎｆ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝下側頭皮質
（Ａ．ＮＯＶ３（ＮＯＶ３ａおよびＮＯＶ３ｂ）：Ｂ７−Ｈ２）
ＮＯＶ３遺伝子（ＣＧ５５７９０−０３およびＣＧ５５７９０−０４）の発現を、表１９、２０および２１に記載される、プライマー−プローブセットＡｇ２５８９、Ａｇ２６２１およびＡｇ２９１５を使用して評価した。ＲＴ−ＰＣＲ実行の結果を、表２２、２３、２４および２５に示す。
【０６６０】
【表１９】
2005501516.tif 000199
【０６６１】
【表２０】
2005501516.tif 000200
【０６６２】
【表２１】
2005501516.tif 000201
【０６６３】
【表２２−１】
2005501516.tif 000202
【０６６４】
【表２２−２】
2005501516.tif 000203
【０６６５】
【表２３−１】
2005501516.tif 000204
【０６６６】
【表２３−２】
2005501516.tif 000205
【０６６７】
【表２３−３】
2005501516.tif 000206
【０６６８】
【表２３−４】
2005501516.tif 000207
【０６６９】
【表２４−１】
2005501516.tif 000208
【０６７０】
【表２４−２】
2005501516.tif 000209
【０６７１】
【表２５−１】
2005501516.tif 000210
【０６７２】
【表２５−２】
2005501516.tif 000211
【０６７３】
【表２５−３】
2005501516.tif 000212
（ＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０の要約）
Ａｇ２５８９／Ａｇ２６２１／Ａｇ２９１５  同じプローブおよびプライマーのセットを用いた複数の実験の生成する結果は、非常によく一致する。全ての場合において、ＮＯＶ３ａ遺伝子の発現は、非痴呆性コントロールと比較する場合、アルツハイマー病患者の側頭皮質で、アップレギュレートされる。この違いは、共変量としてＲＮＡの質および／または量全てを使用して、データがＡＮＣＯＶＡを介して分析される場合に、明らかである。この遺伝子のアップレギュレーションは、Ａｇ１８４５によって検出される改変体において最も明らかである。側頭皮質は、この疾患の中間段階で変性を示す領域である。従って、ＡＤにおいて、死期まで多くのニューロンがすでに失われている海馬および内側嗅皮質とは対照的に、神経変性の現象が、この領域で捕捉されたようである。さらに、神経変性がアルツハイマー病で生じない）後頭皮質において、この遺伝子は、同一の患者においてアップレギュレートされないことが見出される。合わせると、これらのデータは、この遺伝子が少なくともアルツハイマー様神経変性のマーカーであり、神経変性の過程におそらく関与することを示唆する。
【０６７４】
さらに、この遺伝子は、Ｂ７タンパク質の形態（Ｂ７−Ｈ２Ｂ）であり、このタンパク質は、炎症において役割を果たす。神経炎症は、過去の研究において、抗炎症剤の長期の使用が、アルツハイマーの発病率の減少と関連したという点で、ＡＤに関与している。従って、この遺伝子は、アルツハイマー病、および他の任意の神経炎症状態の処置についての優れた薬物標的を表す。
【０６７５】
（パネル１．３Ｄの要約）
Ａｇ２５８９／Ａｇ２６２１／Ａｇ２９１５  同じプローブおよびプライマーのセットを用いた複数の実験は、非常によく一致する結果を生成する。ＮＯＶ３ａ遺伝子の最大の発現は、脳、胎児腎臓、および乳癌細胞株において見られる。
【０６７６】
ＣＮＳパネルにおける発現は、ＣＮＳにおけるこの遺伝子の発現を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネル、ＣＮＳ＿神経変性を参照して下さい。
【０６７７】
成人の骨格筋（ＣＴ＝３３〜３５）における発現と比較した場合、より高いレベルの発現がまた、胎児骨格筋（ＣＴ＝２９〜３０）において、一貫して見られる。従って、ＮＯＶ３ａ遺伝子の発現を使用して、この組織の成人供給源と胎児供給源との間で区別し得る。
【０６７８】
ＮＯＶ３ａ遺伝子産物はまた、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成人肝臓および胎児肝臓、成人心臓および胎児心臓、ならびに脂肪で中程度に発現される。代謝性組織におけるその発現プロフィールに基づいて、この遺伝子産物は、肥満および糖尿病を含む代謝性疾患の診断および／または治療において、有用であり得る。
【０６７９】
（パネル２．２の要約）
Ａｇ２６２１  ＮＯＶ３ａ遺伝子の発現は、正常腎臓縁（ＣＴ＝２９．１）由来のサンプルにおいて最大であるようである。さらに、いくつかの腎臓癌サンプルに関連する実質的な発現が、存在するようである。従って、この遺伝子の発現を使用して、このパネルにおける他のサンプルからこの正常腎臓サンプルを区別し得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用を介する、この遺伝子の治療的調節は、腎臓癌の処置に対して有益であり得る。
【０６８０】
（パネル４Ｄの要約）
Ａｇ２５８９／Ａｇ２６２１／Ａｇ２９１５  ＮＯＶ３ａ転写物は、活性化ＥＯＬ細胞、活性化した肺および皮膚の微小血管内皮、活性化ヒト肺動脈内皮細胞、ならびにＴＮＦα活性化ヒト臍静脈内皮細胞で高度に発現される。ＮＯＶ３ａは、Ｂ７−Ｈ２をコードし、このＢ７−Ｈ２は抗原提示において重要であることが示された。このＢ７−Ｈ２は、ＩＣＯＳに対するリガンドであり、同時刺激分子を提供する（Ｒｅｆ．１〜２）。従って、ＮＯＶ３ａタンパク質産物を使用して設計されたモノクローナル抗体治療薬は、抗原提示を減少または阻害し得、そしてＴ細胞が、慢性的に刺激される喘息のような疾患の処置において重要であり得る。
【０６８１】
（参考文献）
Ｌｉｎｇ  Ｖ，Ｗｕ  ＰＷ，Ｆｉｎｎｅｒｔｙ  ＨＦ，Ｂｅａｎ  ＫＭ，Ｓｐａｕｌｄｉｎｇ  Ｖ，Ｆｏｕｓｅｒ  ＬＡ，Ｌｅｏｎａｒｄ  ＪＰ，Ｈｕｎｔｅｒ  ＳＥ，Ｚｏｌｌｎｅｒ  Ｒ，Ｔｈｏｍａｓ  ＪＬ，Ｍｉｙａｓｈｉｒｏ  ＪＳ，Ｊａｃｏｂｓ  ＫＡ，Ｃｏｌｌｉｎｓ  Ｍ．Ｃｕｔｔｉｎｇ  ｅｄｇｅ：ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＧＬ５０，ａ  ｎｏｖｅｌ  Ｂ７−ｌｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｈａｔ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ  ｂｉｎｄｓ  ｔｏ  ＩＣＯＳ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０００  Ｆｅｂ  １５；１６４（４）：１６５３−７
分泌タンパク質をコードするマウスｃＤＮＡの遺伝的選択によって、Ｂ７ｈと同一の３２２ａａのポリペプチドをコードする、マウスＧＬ５０（ｍＧＬ５０）と名づけられるＢ７様ｃＤＮＡクローンを単離した。このｃＤＮＡのヒトオルソログ（ｈＧＬ５０）の単離は、ｍＧＬ５０と４２％の配列同一性を有する３０９ａａ残基のコード配列を示した。ノザン分析は、ＧＬ５０が、リンパ球サンプル、胚卵黄嚢サンプル、および胎児肝臓サンプルを含む多くの組織において存在することを示した。試験されたＣＤ２８、ＣＴＬＡ４、およびＩＣＯＳ融合構築物の中で、フローサイトメトリー分析によって、マウスＩＣＯＳ−ＩｇＧのみがｍＧＬ５０細胞トランスフェクト物に結合することが示された。続く表現型決定によって、高レベルのＩＣＯＳリガンドが脾臓性ＣＤ１９＋Ｂ細胞上で染色し、低レベルのＩＣＯＳリガンドがＣＤ３＋Ｔ細胞上で染色することが示された。これらの結果は、ＧＬ５０が、ＩＣＯＳレセプターに対する特異的なリガンドであることを示し、そしてＧＬ５０−ＩＣＯＳ相互作用が、リンパ球の同時刺激において機能することを示唆する。
【０６８２】
Ｗａｎｇ  Ｓ，Ｚｈｕ  Ｇ，Ｃｈａｐｏｖａｌ  ＡＩ，Ｄｏｎｇ  Ｈ，Ｔａｍａｄａ  Ｋ，Ｎｉ  Ｊ，Ｃｈｅｎ  Ｌ．Ｃｏｓｔｉｍｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｂｙ  Ｂ７−Ｈ２，ａ  Ｂ７−ｌｉｋｅ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｔｈａｔ  ｂｉｎｄｓ  ＩＣＯＳ．Ｂｌｏｏｄ  ２０００  Ｏｃｔ  １５；９６（８）：２８０８−１３。
【０６８３】
この報告は、Ｂ７−Ｈ２と称される新たなヒトＢ７様遺伝子を記載する。Ｂ７−Ｈ２タンパク質の細胞表面発現は、単球由来未成熟樹状細胞で検出される。可溶性Ｂ７−Ｈ２と免疫グロブリン（Ｉｇ）との融合タンパク質（Ｂ７−Ｈ２Ｉｇ）は、活性化Ｔ細胞を結合するが、休止Ｔ細胞を結合せず、そしてこの結合は、誘導性の同時刺激因子Ｉｇ（ＩＣＯＳＩｇ）によって阻害されるが、ＣＴＬＡ４Ｉｇによっては阻害されない。さらに、ＩＣＯＳＩｇは、Ｂ７−Ｈ２遺伝子でトランスフェクトされたチャイニーズハムスター卵巣細胞を染色する。ＣＤ３の最適下限の架橋によって、Ｂ７−Ｈ２ＩｇによるＴ細胞増殖の同時刺激は、用量依存性であり、そしてインターロイキン（ＩＬ）−２の分泌と相関するが、最適なＣＤ３連結は、ＩＬ−１０産生を優先的に刺激する。この結果は、Ｂ７−Ｈ２がＩＣＯＳ  Ｔ細胞分子に対する推定のリガンドであることが示す。（Ｂｌｏｏｄ．２０００；９６：２８０８−２８１３）
ＰＭＩＤ：１１０２３５１５
（Ｂ．ＮＯＶ４ａ：Ｂ７−Ｈ１）
ＮＯＶ４ａ遺伝子（ＣＧ５６１１０−０１）の発現は、表２６に記載されるプライマー−プローブセットＡｇ１５４４を使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果は、表２７、２８、２９および３０に示される。
【０６８４】
【表２６】
2005501516.tif 000213
【０６８５】
【表２７−１】
2005501516.tif 000214
【０６８６】
【表２７−２】
2005501516.tif 000215
【０６８７】
【表２８−１】
2005501516.tif 000216
【０６８８】
【表２８−２】
2005501516.tif 000217
【０６８９】
【表２９】
2005501516.tif 000218
2005501516.tif 000219
【０６９０】
【表３０】
2005501516.tif 000220
2005501516.tif 000221
2005501516.tif 000222
（パネル１．２概要）：Ａｇ１５４４  ＮＯＶ４ａ遺伝子は、心臓において最も高く発現する（ＣＴ＝２３．４）。この遺伝子はまた、いくつかの他の内分泌／代謝関連組織（副腎、腎臓、肝臓、骨格筋、および小腸を含む）における中程度から高いレベルでの発現を有する。従って、この遺伝子および／または遺伝子産物に対する治療モジュレーターは、内分泌／代謝器官の疾患の処置に有用であり得る。
【０６９１】
このＮＯＶ４ａ遺伝子の発現は、海馬、視床および大脳皮質における発現を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネル１．３Ｄを参照して下さい。
【０６９２】
さらに、３つの肺癌細胞株に関連する実質的な発現が存在する。従って、このＮＯＶ４ａの発現は、心臓組織を、このパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤を介するこの遺伝子の治療的調節は、肺癌の処置に有益であり得る。
【０６９３】
（パネル１．３Ｄ概要）：Ａｇ１５４４  ＮＯＶ４ａ遺伝子の発現は、胃癌細胞株（ＮＣＩ−Ｈ８７）由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝２７．３）。さらに、肺癌細胞株、乳癌細胞株および胎盤組織において見出される（ｆｏｒｕｎｄ）実質的な発現が存在する。従って、この遺伝子の発現は、ＮＣＩ−Ｈ８７細胞を、このパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、肺癌または乳癌の処置に有益であり得る。
【０６９４】
（パネル２Ｄ概要）：Ａｇ１５４４  ＮＯＶ４ａ遺伝子の発現は、パネル２Ｄにおける２つの独立した実行によって評価され、これらの実行間に非常に良好な一致を伴った。この２つの実行において、サンプル由来の膀胱癌組織および肺組織に関連する高い発現が存在する。従って、このＮＯＶ４ａ遺伝子の発現は、これらのサンプルとこのパネル中の残りのサンプルとの間を区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、膀胱癌または肺癌の処置に有益であり得る。
【０６９５】
（パネル４．１Ｄ概要）：Ａｇ１５４４  このＮＯＶ４ａ転写物は、ＬＡＫ細胞において発現され、そしてＰＭＡ／イオノマイシンで活性化されたＬＡＫ細胞、ＬＰＳで処理された樹状細胞、ＬＰＳで処理された単球、γインターフェロン処理されたＨＵＶＥＣ細胞ならびにＴＮＦαおよびＩＬ−１βで処理されたケラチノサイトにおいて誘導される。この転写物は、Ｂ７−Ｈ１のより小さいアイソフォーム、抗原掲示コレセプターをコードする。Ｂ７−Ｈ１は、Ｔ細胞上のＰＤ−１リガンドに結合し、Ｔ細胞の活性化およびＩＬ−１０の産生をもたらす。抗体、またはＢ７−Ｈ１を用いて設計された他の型の治療剤は、Ｔ細胞の活性化をブロックし得、ぜん息、乾癬、ＩＢＤおよび関節炎のようなＴ細胞媒介性の疾患の処置において特に重要である。あるいは、アゴニスト治療剤は、ＮＯＶ４ａタンパク質を用いて設計され得、そしてアジュバンドまたは免疫調節特性を有し得る。
【０６９６】
（参考文献）
Ｄｏｎｇ  Ｈ、Ｚｈｕ  Ｇ、Ｔａｍａｄａ  Ｋ、Ｃｈｅｎ  Ｌ．Ｂ７−Ｈ１，ａ  ｔｈｉｒｄ  ｍｅｍｂｅｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｂ７  ｆａｍｉｌｙ，ｃｏ−ｓｔｉｍｕｌａｔｅｓ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１０  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ  １９９９  Ｄｅｃ；５（１２）：１３６５−９。
【０６９７】
Ｂ７ファミリーのメンバーであるＢ７−１およびＢ７−２は、ＣＤ２８と相互作用し、そして抗原特異的な体液性免疫応答および細胞媒介性免疫応答の開始において必須のＴ細胞の同時刺激経路を構築する。ここで、本発明者らは、Ｂ７ファミリーの第３のメンバー（Ｂ７−Ｈ１と呼ばれる）が、ＣＤ２８、細胞傷害性Ｔリンパ球Ａ４またはＩＣＯＳ（誘導性同時刺激因子）を結合しないことを記載する。Ｂ７−Ｈ１の連結は、ポリクローナル刺激および同種抗原に対するＴ細胞応答を同時刺激し、そしてインターロイキンー１０の産生を優先的に刺激した。インターロイキンー２は、少量しか産生されなかったが、Ｂ７−Ｈ１同時刺激の効果に必要とされた。従って、本発明者らの研究によって、以前に未知であった、細胞媒介性免疫応答のネガティブな調節に関与し得る同時刺激分子が、規定された。
【０６９８】
ＰＭＩＤ：１０５８１０７７
（Ｃ．ＮＯＶ４ｂ）：ＮＯＶ４ａのスプライシング改変体、Ｂ７Ｈ１
ＮＯＶ４ｂ遺伝子（ＣＧ５６１１０−０４）の発現を、表３１に記載されるプライマー−プローブセット（Ａｇ５２８２）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表３２、３３および３４に示す。
【０６９９】
【表３１】
2005501516.tif 000223
【０７００】
【表３２】
2005501516.tif 000224
【０７０１】
【表３３】
2005501516.tif 000225
2005501516.tif 000226
2005501516.tif 000227
【０７０２】
【表３４】
2005501516.tif 000228
2005501516.tif 000229
（ＣＮＳ＿ｎｅｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０  概要）：Ａｇ５２８２  このＮＯＶ４ｂ遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低いかまたは検出できない（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０７０３】
（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．５  概要）：Ａｇ５２８２  ＮＯＶ４ｂ遺伝子の発現は、胃癌細胞株（ＮＣＩ−Ｈ８７）由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝３１）。該して、パネル１．５の残りのサンプルにおいて、相対的に低い発現が存在する。従って、この遺伝子の発現は、ＮＣＩ−Ｈ８７細胞をこのパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得た。
【０７０４】
（パネル４．１Ｄ  概要）：Ａｇ５２８２  ＮＯＶ４ｂ転写物は、このパネル中の正常な組織サンプル中では発現しない。この転写物は、ＬＡＫ細胞中に発現され、そしてＰＭＡ／イオノマイシンで活性化されたＬＡＫ細胞、ＬＰＳで処理された樹状細胞、ＬＰＳで処理された単球、γインターフェロン処理されたＨＵＶＥＣ細胞ならびにＴＮＦαおよびＩＬ−１βで処理されたケラチノサイトおいて誘導される。このＮＯＶ４ｂ転写物は、Ｂ７−Ｈ１のより小さいアイソフォーム、抗原掲示コレセプターをコードする。Ｂ７−Ｈ１は、Ｔ細胞上のＰＤ−１リガンドに結合し、そしてＴ細胞の活性化およびＩＬ−１０の産生をもたらす。抗体、またはＢ７−Ｈ１で設計された他の型の治療剤は、Ｔ細胞の活性化をブロックし、ぜん息、乾癬、ＩＢＤおよび関節炎のようなＴ細胞媒介性の疾患の処置において特に重要である。あるいは、アゴニスト治療剤は、このタンパク質を用いて設計され得、そしてアジュバンドのような特性を有し得る。
【０７０５】
（参考文献）：
Ｄｏｎｇ  Ｈ、Ｚｈｕ  Ｇ、Ｔａｍａｄａ  Ｋ、Ｃｈｅｎ  Ｌ．Ｂ７−Ｈ１，ａ  ｔｈｉｒｄ  ｍｅｍｂｅｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｂ７  ｆａｍｉｌｙ，ｃｏ−ｓｔｉｍｕｌａｔｅｓ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１０  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ  １９９９  Ｄｅｃ；５（１２）：１３６５−９。
【０７０６】
このＢ７ファミリーのメンバーであるＢ７−１およびＢ７−２は、ＣＤ２８と相互作用し、そして抗原特異的な体液性免疫応答および細胞媒介性免疫応答の開始において必須のＴ細胞の同時刺激経路を構築する。ここで、本発明者らは、Ｂ７ファミリーの第３のメンバー（Ｂ７−Ｈ１と呼ばれる）が、ＣＤ２８、細胞傷害性Ｔリンパ球Ａ４またはＩＣＯＳ（誘導性同時刺激物質）を結合しないことを記載する。Ｂ７−Ｈ１の連結は、ポリクローナル刺激および同種抗原に対するＴ細胞応答を同時刺激し、そしてインターロイキンー１０の産生を優先的に刺激した。インターロイキンー２は、少量しか産生されなかったが、Ｂ７−Ｈ１同時刺激の効果に必要とされた。従って、本発明者らの研究によって、以前に未知であった、細胞媒介性免疫応答のネガティブな調節に関与し得る同時刺激分子が、規定された。
【０７０７】
ＰＭＩＤ：１０５８１０７７
（Ｄ．ＮＯＶ５ａ）：プロスタシン
ＮＯＶ５ａ遺伝子（ＣＧ５６１４２−０１）の発現は、表３５に記載されるプライマー−プローブセット（Ａｇ２８８８）を使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表３６、３７および３８に示す。
【０７０８】
【表３５】
2005501516.tif 000230
【０７０９】
【表３６】
2005501516.tif 000231
2005501516.tif 000232
2005501516.tif 000233
【０７１０】
【表３７】
2005501516.tif 000234
2005501516.tif 000235
【０７１１】
【表３８】
2005501516.tif 000236
2005501516.tif 000237
（パネル１．３Ｄ概要）：Ａｇ２８８８  ＮＯＶ５ａ遺伝子の発現は、パネル１．３Ｄにおける２つの独立した実行において評価された。この遺伝子の発現は、結腸癌由来のサンプルに対して最も高くそしてほとんど排他的であるようである（ＣＴ＝３１）。従って、このＮＯＶ５ａ遺伝子の発現は、このサンプルをこのパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、結腸癌の処置に有益であり得る。
【０７１２】
（パネル２Ｄ概要）：Ａｇ２８８８  ＮＯＶ５ａ遺伝子の発現は、結腸癌由来のサンプルに対して最も高くそしてほとんど排他的であるようである（ＣＴ＝３０）。この発現は、パネル１．３Ｄにおける発現と一致する。従って、このＮＯＶ５ａ遺伝子の発現は、このサンプルをこのパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、結腸癌の処置に有用であり得る。
【０７１３】
（パネル３Ｄ概要）：Ａｇ２８８８  ＮＯＶ５ａ遺伝子の発現は、胃癌細胞株由来のサンプルに対して最も高くそしてほとんど排他的であるようである（ＣＴ＝３４．１）。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルをこのパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるＮＯＶ５ａ遺伝子の治療的調節は、胃癌の処置に有益であり得る。
【０７１４】
（パネル４Ｄ概要）：Ａｇ２８８８  ＮＯＶ５ａ遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低いかまたは検出できない（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０７１５】
（Ｅ．ＮＯＶ５ｂ）：プロスタシン
ＮＯＶ５ｂ遺伝子（ＣＧ５６１４２−０２）の発現を、表３９に記載されるプライマー−プローブセット（Ａｇ４０９５）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表４０、４１および４２に示す。
【０７１６】
【表３９】
2005501516.tif 000238
【０７１７】
【表４０】
2005501516.tif 000239
2005501516.tif 000240
【０７１８】
【表４１】
2005501516.tif 000241
2005501516.tif 000242
【０７１９】
【表４２】
2005501516.tif 000243
2005501516.tif 000244
2005501516.tif 000245
（ＣＮＳ＿ｎｅｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０  概要）：Ａｇ４０９５  ＮＯＶ５ｂ遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低いかまたは検出できない（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０７２０】
（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４  概要）：Ａｇ４０９５  ＮＯＶ５ｂ遺伝子の発現は、結腸癌細胞株由来のサンプルに対して最も高くそしてほとんど排他的であるようである（ＣＴ＝２７）。従って、この遺伝子の発現は、この結腸癌サンプルをこのパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用によるＮＯＶ５ｂ遺伝子の治療的調節は、結腸癌の処置に有益であり得る。
【０７２１】
（パネル４．１Ｄ概要）：Ａｇ４０９５  ＮＯＶ５ｂ遺伝子（プロスタシンホモログ）は、休止している好中球においてほとんど排他的に発現される。この発現は、ＴＮＦ−α＋ＬＰＳによって活性化された好中球中でほとんどバックグラウンドレベルにまで減少される（ＣＴ＝３４．１８）。この発現プロファイルは、ＮＯＶ５ｂ遺伝子によってコードされるセリンプロテイナーゼホモログが、休止している好中球によって産生されるが、活性化された好中球によっては産生されないことを示唆する。従って、このＮＯＶ５ｂ遺伝子産物は、これらの炎症性細胞の活性化を軽減し得、そしてクローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、ぜん息、気腫、リウマチ様動脈炎、エリテマトーデスまたは乾癬を伴う患者の症状を軽減または除去するためのタンパク質治療剤として有用である。
【０７２２】
さらに、低分子のＮＯＶ５ｂ遺伝子産物または抗体アンタゴニストのＮＯＶ５ｂ遺伝子産物は、ＡＩＤＳまたは他の免疫欠損を伴う患者における免疫応答を増加するのに効果的であり得る。
【０７２３】
（Ｆ．ＮＯＶ６（ＮＯＶ６ａ、ＮＯＶ６ｂおよびＮＯＶ６ｃ））：リソソーマル酸リパーゼ前駆体
ＮＯＶ６ａ遺伝子およびＮＯＶ６ｂ遺伝子（ＣＧ５０１５９−０１およびＣＧ５０１５９−０２）の発現を表４３、４４、４５、４６、４７および４８に記載されるプライマー−プローブセット（Ａｇ１４５６、Ａｇ２４６６、Ａｇ２１３２、Ａｇ２４４４、Ａｇ１８９９およびＡｇ２０５９）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表５２、５３、および５４に示す。プローブおよびプライマーセット（Ａｇ２０５９、Ａｇ２１３２、Ａｇ２４４４、Ａｇ２４４６）は、ＮＯＶ６ｂ改変体に対応しないことに注意して下さい。表４９に記載されるプローブおよびプライマーセット（Ａｇ２９１９）は、ＮＯＶ６ａに対応しない。ＮＯＶ６ｃ（ＣＧ５０１５９−０４）は、プローブおよびプライマーセット（Ａｇ２０５９およびＡｇ２１３２）に一致しない。表５１および５０に記載されるプローブおよびプライマーセット（Ａｇ２１３１およびＡｇ６０４８）は、ＮＯＶ６ｃに排他的である。これらの排除は、以下に示される発現結果または発現分析を変化しない。
【０７２４】
【表４３】
2005501516.tif 000246
【０７２５】
【表４４】
2005501516.tif 000247
【０７２６】
【表４５】
2005501516.tif 000248
【０７２７】
【表４６】
2005501516.tif 000249
【０７２８】
【表４７】
2005501516.tif 000250
【０７２９】
【表４８】
2005501516.tif 000251
【０７３０】
【表４９】
2005501516.tif 000252
2005501516.tif 000253
【０７３１】
【表５０】
2005501516.tif 000254
【０７３２】
【表５１】
2005501516.tif 000255
【０７３３】
【表５２】
2005501516.tif 000256
2005501516.tif 000257
【０７３４】
【表５３】
2005501516.tif 000258
2005501516.tif 000259
【０７３５】
【表５４】
2005501516.tif 000260
2005501516.tif 000261
2005501516.tif 000262
【０７３６】
【表５５】
2005501516.tif 000263
2005501516.tif 000264
2005501516.tif 000265
2005501516.tif 000266
【０７３７】
【表５６】
2005501516.tif 000267
2005501516.tif 000268
2005501516.tif 000269
2005501516.tif 000270
（ＡＩ＿ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｐａｎｅｌ＿ｖ１．０  概要）：Ａｇ１４５６  ＮＯＶ６ａ転写物の最も高い発現は、クローン病または潰瘍性大腸炎に罹患した組織に隣接する正常な結腸組織において見出される（ＣＴ＝３３）。この転写物は、パネル１．２Ｄおよび２Ｄにおける正常な結腸においてもまた見出される。このＮＯＶ６ａ転写物は、罹病結腸において下方制御されるようであり、この遺伝子またはそのタンパク質産物の、タンパク質治療剤の使用による発現または機能の治療的調節は、この組織の正常な恒常性を調節し得、そして炎症性腸疾患の処置に有益であり得る。
【０７３８】
（ＣＮＳ＿ｎｅｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０  概要）：Ａｇ２４４６  ＮＯＶ６ａ遺伝子の発現は、このこのパネル中の全てのサンプルにおいて低いかまたは検出できない（ＣＴ＞３５）。ａｍｐプロットは、この実験においてプローブの不全が存在し得たことを示す。（データは示さず）。
【０７３９】
（パネル１．２  概要）：Ａｇ１４５６  ＮＯＶ６ａ遺伝子の最も高い発現は、骨髄において検出される（ＣＴ＝２８．９）。さらに、心臓（ＣＴ＝３１．２）と胎児心臓組織（ＣＴ＝３６．２）との間の発現の差異は、このパネルにおいて有意である。従って、ＮＯＶ６ａ遺伝子の発現は、骨髄をこのパネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、この遺伝子の発現は、成人心臓組織を胎児心臓組織と区別するのに使用され得る。
【０７４０】
ＮＯＶ６ａ遺伝子はまた、代謝機能を有する多くの組織（心臓、胎児肝臓および成人肝臓、骨格筋ならびに副腎を含む）において発現する。このＮＯＶ６ａ遺伝子によってコードされるタンパク質は、リパーゼホモログであり、そしてこれらの組織中の脂肪の動的な流動に関与し得る。従って、この遺伝子産物またはこれに対して設計された、アゴニストの投与は、リポリーシスを増強し、肥満、および脂肪異栄養症に対する効果的な治療として作用し得る。逆に、この遺伝子産物のアンタゴニストは、悪液質のような貯蔵脂肪の過剰な枯渇を含む状態の処置に有用であり得る。
【０７４１】
（パネル１．３Ｄ  概要）：Ａｇ１４５６／Ａｇ２１３２／Ａｇ２４４４  異なるプローブおよびプライマーのセットを使用する４つの実験のうち３つは、骨髄（ＣＴ＝３３〜３４）および肺（ＣＴ＝３２．４）におけるＮＯＶ６ａの発現を示す。骨髄における高い発現は、パネル１．２に見られるその発現と一致する。従って、ＮＯＶ６ａ遺伝子の発現は、骨髄および肺由来のサンプルを、このこのパネル中の他の組織と区別するのに使用され得る。さらに、このＮＯＶ６ａ遺伝子の発現は、成人肺組織と胎児肺組織との間を区別するのに使用され得る。Ａｇ２０５９／Ａｇ２４４６  この遺伝子の発現は、パネル１．３Ｄ中の全てのサンプルにおいて低いかまたは検出不可能（ＣＴ値＞３５）である（データは示さず）。
【０７４２】
（パネル２Ｄ  概要）：Ａｇ１４５６  同じプローブおよびプライマー手順を用いる３つの実験は、良好な一致を示す結果を生成し、腫瘍に隣接する正常な肺組織におけるＮＯＶ６ａ遺伝子の最も高い発現を伴う（ＣＴ＝３０〜３１）。さらに、このＮＯＶ６ａ遺伝子は、対応する癌組織と比較される場合、３対の正常な肺組織において過剰発現するようである。さらに９つの腎臓癌のうち４つは、これらのそれぞれの正常隣接組織と比較される場合、この遺伝子の過剰発現を示す。従って、このＮＯＶ６ａ遺伝子の発現は、正常な肺組織を悪性の肺組織と、ならびに悪性の腎臓を正常な腎臓と区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用によるこのＣＧ５０１５９−０１遺伝子またはその遺伝子産物の発現の治療的調節は、腎臓癌または肺癌の処置に効果的であり得る。
【０７４３】
（パネル４Ｄ  概要）：Ａｇ１４５６／Ａｇ１８９９／Ａｇ２０５９／Ａｇ２１３２  異なるプローブおよびプライマーセットを用いる複数の実験は、休止している単球におけるＮＯＶ６ａ遺伝子の最も高い発現を示す（ＣＴ＝２９〜３２）。この遺伝子は、ＬＰＳ処理後にこれらの細胞において下方制御されるようであり（ＣＴ＝３２〜３４）、そしてマクロファージにおいては、検出可能なレベルで発現しない。このＮＯＶ６ａ遺伝子によってコードされるタンパク質は、酸性リパーゼと相同であり、そしてこれらの細胞の脂肪代謝、分化、および食作用のような活性において役割を果たし得る。従って、このＮＯＶ６ａ遺伝子またはそのタンパク質産物の、タンパク質治療剤の使用による発現または機能の治療的調節は、単球の機能および／または分化を調節し得る。
【０７４４】
逆に、抗体または低分子による、この転写物によってコードされる推定タンパク質の発現または活性の調節は、ぜん息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、またはリウマチ様動脈炎のような疾患に見られる単球の蓄積に関連する炎症症状を軽減または予防し得る。その他の２つの実験（１４４５７５３３１および１６４３９１５６８と示される）の結果は、含まれなかったことに注意してください。不良なａｍｐプロットは、これらの実験に実験的な困難さが存在したことを示す。
【０７４５】
（Ｇ．ＮＯＶ７）：トリプターゼ４
ＮＯＶ７遺伝子（ＣＧ５６１４０−０１）の発現を、表５７および５８に記載されるプライマー−プローブセット（Ａｇ２８８６およびＡｇ２８８７）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表５９および６０に示す。
【０７４６】
【表５７】
2005501516.tif 000271
【０７４７】
【表５８】
2005501516.tif 000272
【０７４８】
【表５９】
2005501516.tif 000273
2005501516.tif 000274
【０７４９】
【表６０】
2005501516.tif 000275
2005501516.tif 000276
2005501516.tif 000277
（ＣＮＳ＿ｎｅｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０  概要）：Ａｇ２８８６／Ａｇ２８８７  このＮＯＶ７遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて低いかまたは検出できない（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０７５０】
（パネル１．３Ｄ  概要）：Ａｇ２８８６  ＮＯＶ７遺伝子の発現は、正常な結腸直腸組織に限定される（ＣＴ＝３４．８）。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルとこのこのパネル中の他のサンプルとの間、ならびに結腸直腸組織と他の正常組織および悪性組織との間を区別するために使用され得た。プローブおよびプライマーセット（Ａｇ２８７７）を用いる他の２つの実験は、このこのパネル中の全てのサンプル中で低いかまたは検出不可能なレベル（ＣＴ＞３５）を示した。（データは示さず）。
【０７５１】
（パネル２Ｄ  概要）：Ａｇ２８８６／Ａｇ２８８７  ＮＯＶ７遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプル中で低いかまたは検出不可能（ＣＴ＞３５）である。（データは示さず）。
【０７５２】
（パネル３Ｄ  概要）：Ａｇ２８８７  ＮＯＶ７遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプル中で低いかまたは検出不可能（ＣＴ＞３５）である。（データは示さず）。
【０７５３】
（パネル４Ｄ  概要）：Ａｇ２８８６／Ａｇ２８８７  ＮＯＶ７遺伝子の発現は、正常な結腸組織に限定される（ＣＴ＝３４．５）。さらに、この遺伝子の発現は、炎症性腸疾患を有する患者由来のサンプルにおいて検出不可能である。さらに、ＮＯＶ７転写物の発現は、正常な結腸と罹病結腸との間を区別するのに使用され得る。さらに、このパネルおよびパネル１．３Ｄにおける結腸直腸組織中のＮＯＶ７遺伝子の高度に特異的な発現は、この遺伝子によってコードされるタンパク質の活性の治療的調節が、炎症性腸疾患の処置に有用であり得ることを示唆する。
【０７５４】
（Ｈ．ＮＯＶ９）：ミツグミン（ｍｉｔｓｕｇｕｍｉｎ）２９
ＮＯＶ９遺伝子（ＣＧ５６２０７−０１）の発現を、表６１に記載されるプライマー−プローブセット（Ａｇ２２８４）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表６２および６３に示す。
【０７５５】
【表６１】
2005501516.tif 000278
【０７５６】
【表６２】
2005501516.tif 000279
2005501516.tif 000280
2005501516.tif 000281
【０７５７】
【表６３】
2005501516.tif 000282
2005501516.tif 000283
（パネル１．３Ｄ  概要）：Ａｇ２２８４  このＮＯＶ９遺伝子（ミツグミン２９ホモログ）は、胎児骨格筋（ＣＴ＝２６．３）および成人骨格筋（ＣＴ＝２６．４）において最も高度に発現される。非常に低いが有意な発現がまた、脂肪、精巣、子宮、卵巣、腎臓、心臓、甲状腺および副腎（ＣＴ＝３１〜３３）において検出される。従って、このＮＯＶ９遺伝子の発現は、骨格筋を他の組織と区別するのに使用され得た。Ｎｉｓｈｉ  Ｍらは、ミツグミンが、筋肉の適切な機能に必須であることを示している。従って、ＮＯＶ９遺伝子または遺伝子産物の、代償療法による治療的調節は、筋肉疾患の再生治療として使用され得た。
【０７５８】
（参考文献）：
１．Ｎｉｓｈｉ  Ｍ．，Ｋｏｍａｚａｋｉ  Ｓ．，Ｋｕｒｅｂａｙａｓｈｉ  Ｎ．，Ｏｇａｗａ  Ｙ．，Ｎｏｄａ  Ｔ．，Ｉｉｎｏ  Ｍ．，Ｔａｋａｓｈｉｍａ  Ｈ．（１９９９）Ａｂｎｏｒｍａｌ  ｆｅａｔｕｒｅｓ  ｉｎ  ｓｋｅｌｅｔａｌ  ｍｕｓｃｌｅ  ｆｒｏｍ  ｍｉｃｅ  ｌａｃｋｉｎｇ  ｍｉｔｓｕｇｕｍｉｎ２９．Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１４７：１４７３−１４８０。
【０７５９】
４つの膜貫通セグメントを保有し、シナプス小胞を含む細胞内膜に基本的に分布する、シナプトフィジンファミリーのメンバーの生理学的な役割は、まだ確立されていない。最近、ミツグミン２９（ＭＧ２９）は、骨格筋由来のシナプトフィジンファミリーの新規のメンバーとして同定された。ＭＧ２９は、細胞表面横行（Ｔ）小管と筋小胞体（ＳＲ）（三連接合部（ｔｒｉａｄ  ｊｕｎｃｔｉｏｎ）と呼ばれる）との間の接合膜複合体において発現され、ここで、脱分極シグナルは、ＳＲからのＣａ（２＋）放出に変換される。この研究において、本発明者らは、ノックアウトマウスを作製するとによってＭＧ２９の生物学的機能を試験した。このＭＧ−２９欠損マウスは、正常な健康状態および再生を示したが、体重はわずかに減少した。三連接合部のまわりの膜の超微細構造異常は、変異筋肉（すなわち、腫大したＴ細管、不規則なＳＲ構造、および三連接合部の部分的な誤形成）由来の骨格筋において検出された。この変異筋肉において、正常な強縮張力が明らかに観察されたが、単収縮張力は有意に低減された。さらに、この変異筋肉は、Ｃａ（２＋）を含まない条件下で単収縮張力のより迅速な減少を示した。この変異筋肉の形態学的な異常および機能的な異常は、互いに関連するようであり、ＭＧ２９が膜構造の純化および骨格筋三連接合部に結合する効果的な興奮収縮連関の両方に必須であることを示す。さらに、本発明の結果は、細胞表面と細胞内膜との間の接合複合体の正確な形成におけるシナプトフィジンファミリー膜としてのＭＧ２９の役割を暗示する。
【０７６０】
ＰＭＩＤ：１０６１３９０５
（パネル４．１Ｄ  概要）：Ａｇ２２８４  パネル中のこのＮＯＶ９遺伝子の有意な発現は、主に腎臓において見られる。さらに、相同なミツグミン２９遺伝子はまた、腎臓において発現され、そして分泌活性およびおそらく特定化された小胞体系に関与し得ると考えられる（参考文献１）。従って、ＮＯＶ９遺伝子産物に対して設計された治療薬物は、腎臓機能の調節のために重要であり得る。
【０７６１】
（参考文献）：
１．Ｓｈｉｍｕｔａ  Ｍ．，Ｋｏｍａｚａｋｉ  Ｓ．，Ｎｉｓｈｉ  Ｍ．，Ｉｉｎｏ  Ｍ．，Ｎａｋａｇａｗａｒａ  Ｋ．，Ｔａｋｅｓｈｉｍａ  Ｈ．（１９９８）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｍｉｔｓｕｇｕｍｉｎ２９  ｇｅｎｅ．ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．４３１：２６３−２６７。
【０７６２】
最近、骨格筋中の三連接合部特有のミツグミン２９が、シナプトフィジンファミリーの新規のメンバーとして同定された；このファミリーのメンバーは、４つの膜貫通セグメントを有しそして細胞内小胞に分布される。この研究において、本発明者らは、マウスミツグミン２９ｃＤＮＡおよびこの遺伝子を含むゲノムＤＮＡを単離しそして分析した。マウス第３染色体、Ｆ３−Ｈ２にマッピングされたミツグミン２９遺伝子は、エキソン−イントロン機構においてのシナプトフィジン遺伝子に密接に関連し、このことは、これらの分子進化における密接な関連を示す。ＲＮＡブロットハイブリダイゼーション分析およびイムノブロット分析によって、ミツグミン２９が、骨格筋において大量に、そして腎臓においてより低いレベルで発現されることが明らかとなった。免疫蛍光顕微鏡検査法は、ミツグミン２９が、腎臓中の近位尿細管細胞および遠位尿細管細胞の細胞質領域において特異的に存在することを示した。得られたこの結果は、ミツグミン２９が、骨格筋および腎臓尿細管細胞中の特定化された小胞体系の形成に関与し得ることを示唆し得る。
【０７６３】
ＰＭＩＤ：９７０８９１６
（Ｉ．ＮＯＶ１０）：マイクロモル濃度のカルシウムに活性化された中性のプロテアーゼ１様
ＮＯＶ１０遺伝子（ＣＧ５６１２７−０１）の発現を、表６４および６５に記載されるプライマー−プローブセット（Ａｇ２８８５およびＡｇ２８８２）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を表６６、６７、６８および６９に示す。
【０７６４】
【表６４】
2005501516.tif 000284
【０７６５】
【表６５】
2005501516.tif 000285
【０７６６】
【表６６】
2005501516.tif 000286
2005501516.tif 000287
【０７６７】
【表６７】
2005501516.tif 000288
2005501516.tif 000289
2005501516.tif 000290
【０７６８】
【表６８】
2005501516.tif 000291
2005501516.tif 000292
2005501516.tif 000293
【０７６９】
【表６９】
2005501516.tif 000294
2005501516.tif 000295
2005501516.tif 000296
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０要約）Ａｇ２８８５  ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、成体中枢神経系において、低いが有意なレベルで、広範囲に及ぶ。本パネルのこの結果から、この遺伝子は、アルツハイマー病において差示的に発現されそうである。ゆえに、このＮＯＶ１０プロテアーゼホモログの阻害は、アルツハイマー病の処置に有利であり得る。
【０７７０】
（パネル１．３Ｄ要約）Ａｇ２８８２／２８８５  同一のプローブおよびプライマーセットを用いる２つの実験は、妥当な同意である結果を生じる。ＮＯＶ１０遺伝子の最も高度な発現が、卵巣癌細胞株（ＯＶＣＡＲ−５）（ＣＴ＝３３）および気道（ＣＴ＝３０）において見られる。さらに、他の卵巣癌細胞株、乳癌細胞株、結腸組織、小腸組織、胃組織、腎臓組織、肺組織、および乳腺組織中で、かなり発現しそうである。従って、ＮＯＶ１０遺伝子の発現を使用して、パネル中の他のサンプルからＯＶＣＡＲ−５細胞を区別し得る。カルパインの差示的な発現を、様々な癌において観察し、そして、Ｂｒａｕｎら（以下の参考文献を参照のこと）は、このカルパインが、恐らく、発癌および腫瘍発達において役割を果たすことを示唆する。ゆえに、低分子薬物、抗体治療薬、またはタンパク質治療薬の使用を介するＮＯＶ１０遺伝子の治療調節は、卵巣癌または乳腺癌の処置において有用であり得る。
【０７７１】
（参考文献：）
Ｂｒａｕｎ  Ｃ，Ｅｎｇｅｌ  Ｍ，Ｓｅｉｆｅｒｔ  Ｍ，Ｔｈｅｉｓｉｎｇｅｒ  Ｂ，Ｓｅｉｔｚ  Ｇ，Ｚａｎｇ  ＫＤ，Ｗｅｌｔｅｒ  Ｃ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｃａｌｐａｉｎ  Ｉ  ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ  ＲＮＡ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｒｅｎａｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ：ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｌｙｍｐｈ  ｎｏｄｅ  ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌ  ｔｙｐｅ．Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １９９９  Ｆｅｂ  １９；８４（１）：６−９。
【０７７２】
カルパイン（ＣＡＮＰ（カルシウム活性化神経プロテアーゼを表して）とも名付けられる）は、活性にカルシウムイオンを必要とする細胞内細胞質非リソソームシステインエンドペプチダーゼである。カルパインアイソザイムの多くの基質（例えば、転写因子ｃ−Ｆｏｓおよびｃ−Ｊｕｎ、腫瘍抑制因子タンパク質ｐ５３、プロテインキナーゼＣ、ｐｐ６０ｃ−ｓｒｃ、ならびに接着分子インテグリン）は、異なるヒト腫瘍の病因に関しており、悪性疾患におけるカルパインの重要な役割を示唆する。本発明者らは、ここで、種々の腫瘍中でのカルパインＩ遺伝子（ＣＬ  Ｉ）の差示的な発現を報告し、より大きな一連の腎臓細胞癌まで本発明者らの研究を広げる。ノーザンブロット分析を使用して、本発明者らは、一致する健康細胞と比較して、３０の腎臓細胞癌におけるカルパインＩ発現を研究した。腫瘍サンプルを、それらの以下の組織学型に従って分類した：２１の明細胞癌、４つの難染性癌、３つの乳癌および２つの膨大細胞。腎臓腫瘍サンプルにおいて、カルパインＩ遺伝子ｍＲＮＡは、非常に可変的なレベルで発現され、これは、有意に異なる組織学型に依存した。さらに、より高いカルパインＩ発現と悪性腫瘍に相互関係があった：明細胞癌サブセット内では、重症の結節状態を有する腫瘍サンプル（Ｎ１およびＮ２）は、領域リンパ節への転移を有さない腫瘍よりも、有意に高いカルパインＩ発現を示した。本発明者らのデータは、発癌および腫瘍進行におけるカルパインアイソザイムの重要な役割を示唆する。
ＰＭＩＤ：９９８８２２４
（パネル２．２要約）：Ａｇ２８８２／２８８５  同一のプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、妥当な合意の結果を導いた。ＮＯＶ１０遺伝子の最も高い発現は、乳癌または正常な胃組織由来のサンプルにおいて見られる（ＣＴ＝３３）。さらに、他の乳癌サンプル、子宮癌サンプルおよび肺癌サンプル中で多く発現すると思われる。従って、ＮＯＶ１０遺伝子の発現を使用して、このパネルにおいて、これらのサンプルと他のサンプルを区別し得る。このカルパインホモログ中の有意な発現レベルは、種々の腫瘍中の差示的なカルパインの発現を示す、公開されたデータ、ならびに、このカルパインが発癌および腫瘍進行において役割を果たすという示唆に従う（参考として、パネル１．３Ｄを参照のこと）。従って、低分子薬物、抗体治療薬またはタンパク質治療薬の使用を介したＮＯＶ１０遺伝子の治療調節は、乳癌、肺癌または卵巣癌の処置に有用であり得る。
【０７７３】
（パネル４Ｄ要約）：Ａｇ２８８２／２８８５  同一のプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、妥当な合意の結果を導いた。ＮＯＶ１０遺伝子の有意な発現は、正常結腸、正常胸腺および正常肺に限定される。ＮＯＶ１０転写産物は、カルシウム活性化神経プロテアーゼ様分子をコードする。分子のこのファミリーは、細胞骨格組織、細胞増殖、細胞移動および止血に関する。従って、ＮＯＶ１０遺伝子産物は、これらの組織の正常なホメオスタシスに重要な役割を果たし得る。さらに、カルパイン１は、ＮＦ−κＢの活性化を阻害することを示し、そして、局部炎症または全身炎症に関連する状態の処置に有用であり得る（以下の参考文献を参照のこと）。従って、低分子を使用して、ＮＯＶ１０転写産物によってコードされるタンパク質を用いて設計された治療薬は、炎症中の肺、結腸、および胸腺に対する正常機能を維持するか、または回復するのに重要であり得る。
【０７７４】
（参考文献）：
Ｒｕｅｔｔｅｎ  Ｈ，Ｔｈｉｅｍｅｒｍａｎｎ  Ｃ．Ｅｆｆｅｃｔ  ｏｆ  ｃａｌｐａｉｎ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  Ｉ，ａｎ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｉ  ｋａｐｐａ  Ｂ，ｏｎ  ｔｈｅｃｉｒｃｕｌａｔｏｒｙ  ｆａｉｌｕｒｅ  ａｎｄ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｏｒｇａｎ  ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｃａｕｓｅｄ  ｂｙ  ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｒａｔ．Ｂｒ  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  １９９７  Ｊｕｎ；１２１（４）：６９５−７０４。
【０７７５】
１．著者らは、カルパインインヒビターＩの効果を比較した。ここで、このカルパインインヒビターＩは、ＩκＢのタンパク質分解（従って、核因子κＢ（ＮＦκＢ）の活性化）、および（ｉ）循環障害、（ｉｉ）多臓器機能障害および（ｉｉｉ）内毒素性ショックを有する麻酔されたラット中の、一酸化窒素（ＮＯ）シンターゼの誘導性アイソフォーム（ｉＮＯＳ）およびシクロ−オキシゲナーゼ（ＣＯＸ−２）の誘導に対するデキサメタゾンのインヒビターである。２．リポ多糖（ＬＰＳ，Ｅ．ｃｏｌｉ、１０ｍｇ  ｋｇ−１、ｉ．ｖ．）の注射は、低血圧およびノルアドレナリンにより誘導される昇圧応答の減少を生じた。この循環障害は、カルパインインヒビターＩ（１０ｍｇ  ｋｇ−１，ｉ．ｖ．、ＬＰＳの前に２時間）またはデキサメタゾン（１ｍｇ  ｋｇ−１、ｉ．ｖ．）でＬＰＳ−ラットを予備処置することによって、減衰された。３．内毒素（ｅｎｄｏｔｏｘａｅｍｉａ）はまた、（ｉ）尿素およびクレアチニン（腎臓機能障害）、（ｉｉ）アラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）（肝細胞傷害）、ビリルビンおよびγ−グルタミルトランスフェラーゼ（γＧＴ）（肝臓機能障害）（ｉｉｉ）リパーゼ（膵臓傷害）および（ｉｖ）乳酸の血清レベルの上昇を引き起こした。カルパインインヒビターＩおよびデキサメタゾンは、肝臓傷害、膵臓傷害、乳酸アシドーシスならびにＬＰＳにより引き起こされる低血糖症を減衰した。デキサメタゾンは、ＬＰＳにより引き起こされた腎臓機能傷害を軽減したが、カルパインインヒビターＩは軽減しなかった。４．６時間の内毒素血症（ｅｎｄｏｔｏｘａｅｍｉａ）は、肺および肝臓中のｉＮＯＳおよびＣＯＸ−２のタンパク質および活性の実質的な増加を生じ、これは、カルパインインヒビターＩまたはデキサメタゾンで予備処置したＬＰＳ−ラット中で減衰された。５．従って、カルパインインヒビターＩおよびデキサメタゾンは、（ｉ）循環障害、（ｉｉ）多臓器機能障害（肝臓および膵臓の機能障害／傷害、乳酸アシドーシス、低血糖症）、ならびに（ｉｉｉ）内毒素ショックを有するラットにおけるｉＮＯＳおよびＣＯＸ−２のタンパク質および活性の誘導を減衰する。著者らは、インビボでのＮＦ−κＢの活性化の防止は、循環ショックまたは局部炎症もしくは全身性炎症に関連する障害の治療において有用であり得ることを示唆する。
【０７７６】
（ＰＭＩＤ：９２０８１３６）
（Ｊ．ＮＯＶ１１：新規なＰ２Ｘ２Ｃレセプター）
ＮＯＶ１１遺伝子（ＣＧ５６１７９−０１）の発現を、表７０中に記載した。プライマー−プローブセットＡｇ３４９１を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実施の結果を、表７１および表７２中に示した。
【０７７７】
【表７０】
2005501516.tif 000297
【０７７８】
【表７１】
2005501516.tif 000298
2005501516.tif 000299
【０７７９】
【表７２】
2005501516.tif 000300
2005501516.tif 000301
（一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４要約：Ａｇ３４９１）ＮＯＶ１１遺伝子の発現は、乳癌細胞株（ＭＣＦ−７）由来のサンプル中で最も高い（ＣＴ＝２９．８）と思われる。従って、ＮＯＶ１１遺伝子の発現を使用して、このパネル中の他のサンプルからＭＣＦ−７を区別し得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬、または抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、乳癌の処置において有利であり得る。
【０７８０】
さらに、成体肺における発現と比較した場合、胎児肺に関連するＮＯＶ１１の実質的な発現がありそうである（ＣＴ＝３０．３）。従って、ＮＯＶ１１遺伝子発現を使用して、成体肺組織から胎児肺組織を区別し得る（ＣＴ＝３５．６）。
【０７８１】
代謝的機能を有する組織の中で、ＮＯＶ１１遺伝子は、膵臓で発現される（ＣＴ＝３３）。代謝疾患におけるこの遺伝子の有用性の討論について、パネル５を参照のこと。
【０７８２】
ＮＯＶ１１遺伝子はまた、海馬、皮質、視床および扁桃中で低レベルで発現される。ＮＯＶ１１遺伝子は、新規なイオノトロピープリン性レセプターである。これらのレセプターは、神経興奮性伝達において重要な役割を果たす。さらに、現在公知である遺伝連鎖をともなう全ての発作性疾患は、イオンチャネル変異から生じる。従って、ＮＯＶ１１遺伝子は、癲癇、または任意の発作性疾患、ならびに、改変された神経伝達が関連する任意の精神神経疾患（統合失調症、双極性疾患またはうつ病）の処置のための、優れた低分子標的である。
【０７８３】
（参考文献）
Ｐａｎｋｒａｔｏｖ  Ｙ，Ｃａｓｔｒｏ  Ｅ，Ｍｉｒａｓ−Ｐｏｒｔｕｇａｌ  ＭＴ，Ｋｒｉｓｈｔａｌ  Ｏ．Ａ  ｐｕｒｉｎｅｒｇｉｃ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｅｘｃｉｔａｔｏｒｙ  ｐｏｓｔｓｙｎａｐｔｉｃ  ｃｕｒｒｅｎｔ  ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｂｙ  Ｐ２Ｘ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ＣＡ１  ｎｅｕｒｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｒａｔ  ｈｉｐｐｏｃａｍｐｕｓ．Ｅｕｒ  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  １９９８  Ｄｅｃ；１０（１２）：３８９８−９０２。
【０７８４】
１７日齢〜１９日齢のラット由来の海馬薄片のＣＡ１領域中の錐体神経を、パッチクランプ法により研究した。興奮性シナプス電流（ＥＰＳＣ）を、０．２Ｈｚ未満の周波数でシェーファー側副を刺激することによって誘発した。２０μＭの６−シアノ−７−ニトロキノキサリン−２，３−ジオン（ＣＮＱＸ）および１００μＭの２−アミノ−５−ホスホノバレリアン酸（Ｄ−ＡＰＶ）によるグルタミン酸伝達の阻害は、ＥＰＳＣの低分子成分を阻害されないままにしたことを見出した。この残渣ＥＰＳＣ（ｒＥＰＳＣ）の振幅は、−５０ｍＶの保持電圧で測定した場合、全ＥＰＳＣの２５＋／−１１％を含んだ。ｒＥＰＳＣを、選択的なＰ２ブロッカーであるピリドキサルホスフェート−６−アゾフェニル−２’−４’−ジスルホン酸（ＰＰＡＤＳ）１０μＭ、ならびに非加水分解性ＡＴＰアナログ、ＡＴＰ−γ−Ｓおよびα，β−メチレン−ＡＴＰ、各々５０μＭおよび２０μＭとの浴槽インキュベーションによって、ブロックした。ｒＥＰＳＣは、外部Ｚｎ２＋（１０μＭ）により、劇的に増強された。別の一連の実験において、外因性ＡＴＰを、インサイチュでＣＡ１ニューロンに供した。ＡＴＰにより誘起された内向き電流は、ｒＥＰＳＣと同一の程度までＰＰＡＤＳによって阻害された。膜電位に依存して、ラットの海馬ＣＡ１ニューロンへの興奮性シナプス入力により生成されたＥＰＳＣの５分の１〜４分の１は、Ｐ２Ｘレセプターの活性に起因するということを結論付けた。
【０７８５】
（パネル５島（ｉｓｌｅｔ）要約：Ａｇ３４９１）ＮＯＶ１１遺伝子の発現は、ヒトランゲルハンス島由来のサンプルに制限される（ＣＴ＝３３）。これは、パネル１．３Ｄ中の膵臓において見られる発現と一致する。リガンドを用いたＰ２レセプターの刺激は、島からのインスリン分泌を増強する。従って、この遺伝子によりコードされるＰ２レセプターホモログについてのアゴニストは、β細胞分泌欠損を伴う２型糖尿病の全ての型の処置剤であり得る。
【０７８６】
（参考文献：）
Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ−Ａｌｖａｒｅｚ  Ｊ，Ｈｉｌｌａｉｒｅ−Ｂｕｙｓ  Ｄ，Ｌｏｕｂａｔｉｅｒｅｓ−Ｍａｒｉａｎｉ  ＭＭ，Ｇｏｍｉｓ  Ｒ，Ｐｅｔｉｔ  Ｐ．Ｐ２  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ａｇｏｎｉｓｔｓ  ｓｔｉｍｕｌａｔｅ  ｉｎｓｕｌｉｎ  ｒｅｌｅａｓｅ  ｆｒｏｍ  ｈｕｍａｎ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｉｓｌｅｔｓ．Ｐａｎｃｒｅａｓ．２００１  Ｊａｎ；２２（１）：６９−７１。
【０７８７】
アデノシン５’三リン酸（ＡＴＰ）および／またはアデノシン５’−二リン酸（ＡＤＰ）に対するＰ２レセプターを、哺乳動物膵臓β細胞中で特徴付けたが、Ｐ２レセプターアゴニストのインスリン分泌効果についてのいかなる証明も、ヒトにおいては今のところ報告されていない。本研究は、Ｐ２レセプターアゴニストが脳死器官ドナーから得られたヒト膵臓島におけるインスリン放出を刺激し得るか否かを研究することを目的とした。実験を、異なるグルコース濃度を使用して実施し、そして、インスリンを、ラジオイムノアッセイによって測定した。グルコース濃度（８．３ｍｍｏｌ／Ｌ）がインスリン放出をわずかに刺激している場合、α，β−メチレンＡＴＰ（２００μｍｏｌ／Ｌ）およびＡＤＰβＳ（５０μｍｏｌ／Ｌ）は、同様にインスリン分泌を増幅した：両化合物は、インスリン応答を３倍増加させた。非刺激グルコース濃度（３．０ｍｍｏｌ／Ｌ）の存在下で、α，β−メチレンＡＴＰのみが、インスリン放出の有意な１．４倍の増加を誘導し得、ＡＤＰβＳは、完全に無効であった。これらの結果は、Ｐ２レセプターアゴニストが、ヒト中でインスリン放出を刺激する際に有効であり、Ｐ２Ｙアゴニストの効果は、本質的にグルコース依存であるという証明を与える。
【０７８８】
（ＰＭＩＤ：１１１３８９７４）
（Ｋ．ＮＯＶ１２：ＤＩＡＢＬＯ様）
ＮＯＶ１２遺伝子（ＣＧ５６１３２−０１）の発現を、表７３中に記載した。プライマー−プローブセット（Ａｇ２８８４）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表７４、表７５および表７６に示す。
【０７８９】
【表７３】
2005501516.tif 000302
【０７９０】
【表７４】
2005501516.tif 000303
2005501516.tif 000304
【０７９１】
【表７５】
2005501516.tif 000305
2005501516.tif 000306
【０７９２】
【表７６】
2005501516.tif 000307
2005501516.tif 000308
2005501516.tif 000309
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０要約：Ａｇ２８８４）痴呆でないコントロールと比較した場合、ＡＤ患者の死後の脳におけるＮＯＶ１２遺伝子の発現において、差異は認められなかった。このパネルは、独立した群の患者のＣＮＳにおけるＮＯＶ１２遺伝子の発現を実証する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の討論について、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７９３】
（パネル１．３Ｄ要約：Ａｇ２８８４）ＮＯＶ１２遺伝子（ダイアブロ（ｄｉａｂｌｏ）ホモログ）の発現は、肺癌細胞株（ＳＨＰ−７７）由来のサンプルにおいて最も高いと思われる（ＣＴ＝３０．４）。さらに、他の肺癌細胞株、乳癌細胞株、および卵巣癌細胞株における実質的な発現がある。従って、ＮＯＶ１２遺伝子の発現を使用して、ＳＨＰ−７７細胞とこのパネル中の他のサンプルとを区別し得る。ダイアブロは、カスパーゼを活性化し、そして、アポトーシスを促進する。ミトコンドリア媒介アポトーシスは、動物発達および組織ホメオスタシスにおいて中心的な役割を担い、そして、その改変は、癌を含む様々な悪性疾患を生じる。従って、低分子薬物、タンパク質治療薬、または抗体の使用を介するＮＯＶ１２遺伝子の治療的調節は、肺癌、乳癌または卵巣癌の処置に有用であり得る。
【０７９４】
ＮＯＶ１２遺伝子はまた、試験した全てのＣＮＳ領域において低レベルであるが、有意なレベルで発現される。アポトーシスは、アルツハイマー病、外傷性脳傷害、病的疼痛、発作、ＣＮＳのウイルス感染、パーキンソン病、ハンティングトン病、および多発性硬化症に関連する。従って、ＮＯＶ１２遺伝子またはそのタンパク質生成物の選択的な閉塞／下方制御は、多くのＣＮＳ疾患／臨床状態において、広範な関連および有用性を有し得る。
【０７９５】
代謝的機能を有する組織の中で、ＮＯＶ１２遺伝子は、下垂体、胎児心臓、骨格筋、および脂肪において低レベルの発現を有する。ダイアブロタンパク質は、ミトコンドリアカスパーゼを活性化することによってアポトーシスを促進する。従って、ＮＯＶ１２遺伝子の阻害は、下垂体または骨格筋の疾患におけるアポトーシス／組織消耗に対して保護し得る。
【０７９６】
（参考文献）
Ｍａｄｅｓｈ  Ｍ，Ａｎｔｏｎｓｓｏｎ  Ｂ，Ｓｒｉｎｉｖａｓｕｌａ  ＳＭ，Ａｌｎｅｍｒｉ  ＥＳ，Ｈａｊｎｏｃｚｋｙ  Ｇ．Ｒａｐｉｄ  ｋｉｎｅｔｉｃｓ  ｏｆ  ｔＢｉｄ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ  ｃ  ａｎｄ  Ｓｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯ  ｒｅｌｅａｓｅ  ａｎｄ  ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ  ｄｅｐｏｌａｒｉｚａｔｉｏｎ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２００１  Ｄｅｃ  ６［ｅｐｕｂ  ａｈｅａｄ  ｏｆ  ｐｒｉｎｔ］
Ｂｉｄの切断は、膜間スペースからサイトゾルへのアポトーシス誘導タンパク質の生じた放出を伴う、ミトコンドリア膜透過を誘導することによって、アポトーシスを促進することが示された。しかし、高度に区分化された膜間スペースからの種々のタンパク質のＢｉｄ誘導化放出の直接的な可視化、およびミトコンドリアの代謝機構における変化は、理解し難いままである。ＧＦＰ融合タンパク質を使用し、そして個々の透過したＨｅｐＧ２細胞を免疫染色することで、著者らは、最初に、短縮化Ｂｉｄ（１５．５−ｋＤａのＣ末端フラグメント、ｔＢｉｄ）は、全てのミトコンドリアからシトクロムｃおよびＳｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯの迅速かつ本質的に完全な放出を誘起したことを実証した。ｔＢｉｄ誘導化シトクロムｃおよびＳｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯの放出および脱分極の速度論の間接的な解決を確立するために、著者らは、透過した細胞において蛍光定量的にミトコンドリア膜電位をモニターし、そして、急速濾過法に供し、ウェスタンブロッティングのためのサイトゾル画分を得た。著者らは、ｎＭ以下の用量のｔＢｉｄが、シトクロムｃ放出およびミトコンドリア脱分極を誘発するのに十分である一方、全長Ｂｉｄは、効果が１００倍少ないことを見出した。Ｂｃｌ−ｘＬは、ｔＢＩＤ誘導化シトクロムｃ放出および脱分極を防止した。２．５ｎＭのｔＢｉｄに応答して、シトクロムｃ放出は、１０秒の遅延後に開始し、迅速な進行を示し、そして、５０秒〜７０秒で完了した。Ｓｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯの放出は、シトクロムｃ放出と同期化した一方、ミトコンドリア膜電位の減少は、シトクロムｃ放出より僅かに遅かった。さらに、ｔＢｉｄ誘導化シトクロムｃ放出は、基質組成物の変化に感受性ではないが、ｔＢｉｄ誘導化脱分極は、ミトコンドリア外ＡＴＰ供給の存在下で生じなかった。従って、外部膜のｔＢＩＤ−誘導化透過は、膜間スペースの全てのドメインからのシトクロムｃおよびＳｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯの迅速な放出を可能にする。ミトコンドリア膜電位のｔＢＩＤ−誘導化減少は、シトクロムｃ放出後に生じ、そして、酸化的代謝の障害を反映する。
【０７９７】
（ＰＭＩＤ：１１７４１８８２）
Ａｄｒａｉｎ  Ｃ，Ｃｒｅａｇｈ  ＥＭ，Ｍａｒｔｉｎ  ＳＪ．Ａｐｏｐｔｏｓｉｓ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｒｅｌｅａｓｅ  ｏｆ  Ｓｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯ  ｆｒｏｍ  ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ  ｒｅｑｕｉｒｅｓ  ａｃｔｉｖｅ  ｃａｓｐａｓｅｓ  ａｎｄ  ｉｓ  ｂｌｏｃｋｅｄ  ｂｙ  Ｂｃｌ−２．ＥＭＢＯ  Ｊ．２００１  Ｄｅｃ  ３；２０（２３）：６６２７−３６。
【０７９８】
Ｓｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯは、恐らく、アポトーシス阻害タンパク質のＩＡＰファミリーの１つ以上のメンバーを中和することによって、アポトーシスのいくつかの形態を可能にするミトコンドリアタンパク質である。Ｓｍａｃは、ミトコンドリアに存在し、そして、ＵＶ放射またはγ放射によって引き起こされるアポトーシスの間にサイトゾルに入ることが示されている。ここで、著者らは、ミトコンドリアからサイトゾルへのＳｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯ輸送が、細胞傷害性薬物およびＤＮＡ損傷によって、ならびにＣＤ９５死レセプターのライゲーションによって誘発されることを報告する。種々のプロアポトーシス性の薬剤に応答して、Ｓｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯのミトコンドリア流速は、Ｂｃｌ−２過剰発現細胞中で大いに阻害された。従って、アポトーシス関連ミトコンドリアシトクロムｃ放出の調節に加えて、Ｂｃｌ−２はまた、Ｓｍａｃ放出を調節し、これは、両方の分子が、同じ経路を介して免れ得ることを示唆する。しかし、細胞ストレス関連ミトコンドリアシトクロムｃ放出は、ほとんどはカスパーゼに依存せず、同じ刺激への応答におけるＳｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯの放出は、広域スペクトルのカスパーゼ阻害剤によりブロックされた。これは、ミトコンドリアからのアポトーシス関連シトクロムｃおよびＳｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯの放出が、同じ経路を介して起こらないことを示唆する。むしろ、ミトコンドリアからのＳｍａｃ／ＤＩＡＢＬＯ流速は、シトクロムｃ放出の下流で生じるカスパーゼ触媒化事象である。
【０７９９】
（ＰＭＩＤ：１１７２６４９９）
Ｈｕａｎｇ  Ｐ，Ｏｌｉｆｆ  Ａ．Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｐａｔｈｗａｙｓ  ｉｎ  ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  ａｓ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｔａｒｇｅｔｓ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ２００１  Ａｕｇ；１１（８）：３４３−８。
【０８００】
遺伝的不安定性は、癌の発生ならびに癌細胞が種々の治療薬耐性になる能力に寄与する。これに起因して、細胞増殖抑制性治療ではなく細胞傷害性治療が、この疾患に対して最も有効であり得る。多くのオンコジーンおよび腫瘍抑制因子は、アポトーシスシグナル伝達を妨害するか、または誘導することによって、それらの効果を媒介する。従って、アポトーシス経路は、形質転換されていない細胞と比較して癌細胞において有意に改変され得、そして、これらの差異は、癌薬物の開発のために開拓され得る治療域を表し得る。
【０８０１】
（ＰＭＩＤ：１１４８９６４０）
（パネル４Ｄ要約：Ａｇ２８８４）ＮＯＶ１２転写産物の発現は、パネル４Ｄにわたって遍在性であり、イオノマイシンで処置したとき、腎臓で（ＣＴ＝２８．７）、好塩基性細胞株Ｋｕ−８１２およびＢ細胞リンパ腫細胞株であるＲａｍｏｓで（ＣＴ  ２８．６）で最も高く発現した。初代Ｔｈ１細胞、および、ＰＷＭ活性化Ｂ細胞（これは、生存を促進すると報告された条件）でも、中程度に発現されるが、ＣＤ４０Ｌで処置したＢ細胞では発現されない。ＮＯＶ１２転写産物の中程度の発現はまた、細胞傷害性がよく実証されているＴＮＦ−ａで処置した皮膚線維芽細胞および小気道上皮で見出される。ＮＯＶ１２転写産物は、Ｄｉａｂｌｏ様タンパク質をコードする。Ｄｉａｂｌｏタンパク質は、アポトーシスの下流エフェクターの活性化のために重要である、前アポトーシス性ミトコンドリアタンパク質である。アポトーシスは、多くの自己免疫疾患および炎症性疾患の病状に関連する。従って、低分子によるＮＯＶ１２推定タンパク質の発現または活性の調節は、慢性関節リウマチ、炎症性腸疾患、乾癬、１型糖尿病、エリテマトーデスおよび肺炎症性疾患の処置に有利であり得る。
【０８０２】
（Ｌ．ＮＯＶ１３：ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質）
ＮＯＶ１３遺伝子（ＣＧ５６１９５−０１）の発現を、表７７に記載されるプライマープローブセットＡｇ２８９５を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実験の結果を、表７８、表７９、表８０および表８１に示す。
【０８０３】
【表７７】
2005501516.tif 000310
【０８０４】
【表７８】
2005501516.tif 000311
【０８０５】
【表７９】
2005501516.tif 000312
2005501516.tif 000313
2005501516.tif 000314
【０８０６】
【表８０】
2005501516.tif 000315
2005501516.tif 000316
【０８０７】
【表８１】
2005501516.tif 000317
2005501516.tif 000318
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０の概要）
Ａｇ２８９５。ＡＤ患者の死後の脳におけるＮＯＶ１３遺伝子の発現を、痴呆ではないコントロールと比較した場合、差異は見い出されない。このパネルは、患者の独立した分のＣＮＳにおけるＮＯＶ１３遺伝子の発現を実証する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０８０８】
（パネル１．３Ｄの概要）
Ａｇ２８９５。ＮＯＶ１３遺伝子の発現は、卵巣癌細胞株（ＯＶＣＡＲ−５）由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝２８．５）。このパネルの残りにわたって、全般的に低レベルの発現が存在するようである。従って、この遺伝子の発現は、パネルにおけるサンプルの残りからＯＶＣＡＲ−５細胞を区別するために使用され得る。
【０８０９】
この遺伝子はまた、膵臓、副腎、胸腺、下垂体、成人および胎児の心臓、骨格筋および肝臓ならびに脂肪において、有意ではあるがわずかな発現レベルを有する。従って、この新規に同定された遺伝子産物は、代謝性疾患ならびに内分泌性疾患（肥満ならびに１型糖尿病および２型糖尿病を含む）の病原論、診断および／または処置にとって重要であり得る。
【０８１０】
この遺伝子は、試験した全てのＣＮＳ領域において中程度に発現する。ＮＯＶ１３遺伝子は、細胞接着および／または移動に関わり得る膜結合タンパク質であることが報告されているＥＰＩ６４（６４ｋｄのｅｂｐ５０−ｐｄｚインターアクター（ｉｎｔｅｒａｃｔｏｒ））に類似するタンパク質をコードする。ＣＮＳにおいて、これらの機能は、通常、軸索／樹状突起の成長および標的化に関連する。従って、この分子は、脊髄または脳の外傷、発作、アルツハイマー病、パーキンソン病またはハンティングトン病あるいは脊髄小脳性運動失調におけるニューロン死に応答する代償性シナプス形成への指向において使用され得る。
【０８１１】
（参考文献）
Ｒｅｃｚｅｋ  Ｄ，Ｂｒｅｔｓｃｈｅｒ  Ａ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＥＰＩ６４，ａ  ＴＢＣ／ｒａｂＧＡＰ  ｄｏｍａｉｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｍｉｃｒｏｖｉｌｌａｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｈａｔ  ｂｉｎｄｓ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｆｉｒｓｔ  ＰＤＺ  ｄｏｍａｉｎ  ｏｆ  ＥＢＰ５０  ａｎｄ  Ｅ３ＫＡＲＰ．Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ２００１  Ａｐｒ  ２；１５３（１）：１９１−２０６。
【０８１２】
皮質の足場タンパク質ＥＢＰ５０（ＥＲＭ−結合リンタンパク質−５０）およびＥ３ＫＡＲＰ（ＮＨＥ３キナーゼＡ調節タンパク質）は、２つのＰＤＺ（ＰＳＤ−５２／Ｄ１ｇＡ／ＺＯ−１様）ドメインに続いてＣＯＯＨ末端配列（活性なＥＲＭファミリーメンバーに結合する）を含む。親和性クロマトグラフィーを使用して、本発明者らは、胎盤の微絨毛からＥＢＰ５０のＰＤＺドメインに結合するポリペプチドを同定した。これらのうちでもとりわけ、６４ｋＤおよび／または６５ｋＤの異なるリン酸化ポリペプチドであり、これらは、ＥＢＰ５０の第１のＰＤＺドメインに、ならびにＥ３ＫＡＲＰ（本発明者らはＥＰＩ６４（６４ｋＤのＥＢＰ５０−ＰＤＺインターアクター）と呼ぶ）に優先的に結合する。ヒトＥＰＩ６４遺伝子は、第２２染色体上に存在し、ここで、９つのエキソンは、Ｔｒｅ／Ｂｕｂ２／Ｃｄｃ１６（ＴＢＣ）／ｒａｂ  ＧＴＰａｓｅ作用性タンパク質（ＧＡＰ）ドメインを含む５０８残基のタンパク質を特定する。ＥＰＩ６４は、ＥＢＰ５０のＰＤＺドメインに結合するために必要な（なぜなら、ＤＴＹＬＡで終了する変異体はもはや相互作用しないからである）ＤＴＹＬにおいて終了する。ＥＰＩ６４は、合胞体層および培養した細胞微絨毛において、ＥＢＰ５０およびエズリンと共存し、そして培養細胞におけるこの局在は、ＤＴＹＬＡ変異の導入によって回避される。ＥＰＩ６４に加えて、固定したＥＢＰ５０  ＰＤＺドメインは、胎盤微絨毛由来のいくつかのポリペプチド（小胞輸送の調節に関わるナドリン（ｎａｄｒｉｎ）のアイソフォーム、ｒｈｏＧＡＰドメイン含有タンパク質を含む）を保持する。ナドリンは、ＥＢＰ５０に直接的に、好ましくは、そのＣＯＯＨ末端ＳＴＡＬ配列を通して結合する。従って、ＥＢＰ５０は、膜タンパク質ならびに膜輸送（ｔｒａｆｆｉｃ）の調節に潜在的に関わる因子に結合するようである。
【０８１３】
ＰＭＩＤ：１１２８５２８５
（パネル２．２概要）
Ａｇ２８９５。ＮＯＶ１３遺伝子発現は、転移性乳癌由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝３０．８）。従って、この遺伝子の発現は、パネル内のサンプルの残りからこの乳癌サンプルを区別するために使用され得る。さらに、ＮＯＶ１３遺伝子の治療的改変（タンパク質治療剤の使用、低分子薬物または抗体の使用による）は、乳癌の処置において有益であり得る。
【０８１４】
（パネル４Ｄの概要）
Ａｇ２８９５。ＮＯＶ１３転写物は、パネル４Ｄに提示する大部分の細胞において高レベル〜中程度のレベルで発現する。この転写物の最も高い発現は、ＴＮＦ−ａで処置した皮膚線維芽細胞（ＣＴ＝２８．１）、ＴＮＦ−ａおよびＩＬ−１ｂで処置した小気道上皮および気管支上皮において見い出される。Ｔ細胞およびＢ細胞においてもまた、中程度のレベルで発現する。ＮＯＶ１３転写物は、ＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質（６４ｋｄのｅｂｐ５０−ｐｄｚインターアクターに類似する）をコードする。このＨＲＰＥＴ−１関連タンパク質は、細胞接着および／または移動に関わり得る膜結合タンパク質であることが報告されている（上記の参考文献を参照のこと）。従って、抗体によるこの推定タンパク質の発現および／または活性の調節は、Ｂ細胞およびＴ細胞の機能ならびに局所的な上皮または線維芽細胞とのこれらの細胞の相互作用をブロックし得る。結果として、これは、慢性閉塞性肺炎疾患、喘息、気腫、気管支炎、乾癬、炎症性腸疾患、エリテマトーデスおよび慢性リウマチの症状を減少または排除し得る。
【０８１５】
（Ｍ．ＮＯＶ１４：Ｂ７−Ｈ２Ｂ）
ＮＯＶ１４遺伝子（ＣＧ５５７９０−０２）の発現をプライマー−プローブセット（Ａｇ１８４５、Ａｇ２５８９、Ａｇ２６２１、Ａｇ２９１５およびＡｇ２１０、表８２、８３、８４、８５および８６に記載される）を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ試験の結果を表８７、８８、８９、９０、９１、９２および９３に示す。
【０８１６】
【表８２】
2005501516.tif 000319
【０８１７】
【表８３】
2005501516.tif 000320
【０８１８】
【表８４】
2005501516.tif 000321
【０８１９】
【表８５】
2005501516.tif 000322
【０８２０】
【表８６】
2005501516.tif 000323
【０８２１】
【表８７】
2005501516.tif 000324
2005501516.tif 000325
【０８２２】
【表８８】
2005501516.tif 000326
2005501516.tif 000327
2005501516.tif 000328
【０８２３】
【表８９】
2005501516.tif 000329
2005501516.tif 000330
【０８２４】
【表９０】
2005501516.tif 000331
2005501516.tif 000332
2005501516.tif 000333
【０８２５】
【表９１】
2005501516.tif 000334
2005501516.tif 000335
【０８２６】
【表９２】
2005501516.tif 000336
2005501516.tif 000337
2005501516.tif 000338
【０８２７】
【表９３】
2005501516.tif 000339
2005501516.tif 000340
2005501516.tif 000341
2005501516.tif 000342
（ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０の要約：Ａｇ１８４５）
ＮＯＶ１４の転写物は、多くの異なる疾患組織で低いレベルで発現される。対照的に、正常な肺および結合組織は、この転写物を全く発現しないか、または非常に低いレベルでの発現する。ＮＯＶ１４転写物は単球で発現し、そしてマッチしたコントロール組織が最もおそらくこれらの炎症細胞（乾癬、クローン病および潰瘍性大腸炎）を含むので、転写物発現がこれらの部位で検出されることは驚くことではない。ＮＯＶ１４転写物は、Ｂ７−Ｈ２をコードし、抗原提示において重要であることが示された。これはＩＣＯＳのリガンドであり、そして同時刺激分子として働く（パネル４を参照のこと）。従って、ＮＯＶ１４転写物で設計された治療物は、抗原提示を減少または阻害し得、そしてＴ細胞が慢性的に刺激される喘息、ＩＢＤ、乾癬および関節炎のような疾患の処置において重要であ得る。
【０８２８】
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０の要約：Ａｇ１８４５／Ａｇ２５８９／Ａｇ２６２１／Ａｇ２９１５）
２つの異なるプローブおよびプライマーセットを用いての複数の実験は、良好な一致でる。全ての場合において、非痴呆コントロールと比較した場合、ＮＯＶ１４遺伝子の発現は、アルツハイマー病患者の側頭皮質において上方制御される。共変量として全体のＲＮＡの質および／または量を用いてＡＮＣＯＶＡを介してデータを分析した場合、この差異は明白である。ＮＯＶ１４の上方制御は、Ａｇ１８４５によって検出された改変体において最も明らかにされる。側頭皮質は、この疾患の中期の変性を示す領域である。従って、多数のニューロンがＡＤにおける死の時点までにすでに失われている海馬および嗅内皮質と対照的に、神経変性の現象はこの領域で捕らえられたようである。さらに、後頭皮質（神経変性がアルツハイマー病において生じない）において、ＮＯＶ１４遺伝子は、同じ患者で上方制御されることが見出されていない。まとめると、これらのデータは、この遺伝子が少なくともアルツハイマー様神経変性のマーカーであり、神経変性のプロセスにおそらく関与されることを示唆する。
【０８２９】
さらに、ＮＯＶ１４遺伝子は、Ｂ７タンパク質（Ｂ７−Ｈ２Ｂ）の形態であり炎症において機能する。神経炎症は、ＡＤにおいて、長期の抗炎症剤の用法が遡及研究における減少したアルツハイマー病の発生率と相関される範囲に関係される。従って、この遺伝子はアルツハイマー病および任意の他の神経炎症状態の処置のための優れた薬物標的を表す。
【０８３０】
（パネル１の要約：Ａｇ２１０）
ＮＯＶ１４遺伝子の発現は、小脳の正常な脳組織に由来するサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝１９．５）。従って、この遺伝子の発現を使用して、パネル中の他の組織から正常な小脳組織を区別し得た。
【０８３１】
ＮＯＶ１４遺伝子はまた、膵臓、副腎を含む代謝組織中で広範な発現および高度〜中度の発現を示す。代謝または内分泌学においてＢ７−Ｈ２分子の役割は記載されていないが、その発現に基づいてこの遺伝子産物は、肥満症ならびに１型および２型糖尿病を含む代謝疾患または内分泌疾患の処置のための抗体標的であり得る。
【０８３２】
（パネル１．３Ｄ要約：Ａｇ１８４５／Ａｇ２５８９／Ａｇ２６２１／Ａｇ２９１５）２つの異なるプローブおよびプライマーセットを用いた複数の実験は、最良に一致した。ＮＯＶ１４遺伝子の最高の発現は、脳、胎児腎臓および乳癌細胞株で見られる。
【０８３３】
ＣＮＳパネルにおける発現は、ＣＮＳにおけるＮＯＶ１４遺伝子の発現
を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の利用性についての討論のために、パネルＣＮＳ＿神経変性を参照にされたい。
【０８３４】
高度なレベルの発現はまた、成体骨格筋における発現（ＣＴ＝３３〜３５）と比較した場合、胎児骨格筋において一貫して見られる（ＣＴ＝２９〜３０）。従って、ＮＯＶ１４遺伝子の発現を使用して、この組織の成体供給源および胎児供給源の間を区別し得る。
【０８３５】
ＮＯＶ１４遺伝子産物はまた、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体肝臓および胎児肝臓、成体心臓および胎児心臓、ならびに脂肪において中程度で発現される。代謝組織におけるその発現プロフィールに基づいて、ＮＯＶ１４遺伝子産物は、代謝疾患（肥満および糖尿病を含む）の診断および／または処置において有用であり得る。
【０８３６】
（パネル２．２要約：Ａｇ２６２１）ＮＯＶ１４遺伝子の発現は、正常腎臓縁由来のサンプルにおいて最も高いと思われる（ＣＴ＝２９．１）。さらに、いくつかの腎臓癌サンプルに関連する実質的な発現が存在するようである。従って、ＮＯＶ１４遺伝子の発現を使用して、このパネルにおいて、正常腎臓サンプルと他のものを区別し得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬または抗体の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、腎臓癌の処置に有用であり得る。
【０８３７】
（パネル２Ｄ要約：Ａｇ１８４５）ＮＯＶ１４遺伝子の発現を、パネル２Ｄにおいて、実施間で最良の一致を伴う２回の独立した実施において評価した。この遺伝子の発現は、腎臓癌由来のサンプルにおいて最高である（ＣＴ＝２８）。さらに、腎臓組織、膀胱癌および乳癌由来の他のサンプルに関連する実質的な発現が存在する。従って、ＮＯＶ１４遺伝子の発現を使用して、本パネル中で、この腎臓癌サンプルと他のサンプルとを区別し得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬、または抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、腎臓癌、乳癌または膀胱癌の処置に有用であり得る。
【０８３８】
（パネル４Ｄ要約：Ａｇ２５８９／Ａｇ２６２１／Ａｇ２９１５／Ａｇ１８４５）ＮＯＶ１４転写産物は、活性化ＥＯＬ細胞、活性化肺微小血管吻合内皮および皮膚微小血管吻合内皮、活性化ヒト肺大動脈内皮細胞、ならびにＴＮＦα活性化ヒト臍静脈内皮細胞において高度に発現される。ＣＧ５５７９０−０２は、Ｂ７−Ｈ２をコードし、これは、抗原提示において重要であることが示されている。このＢ７−Ｈ２は、ＩＣＯＳのためのリガンドであり、そして、同時刺激分子として役立つ（参考文献１〜２）。したがって、ＣＧ５５７９０−０２タンパク質産物で設計されたモノクローナル抗体治療薬は、抗原提示を減少させ得るか、または阻害し得、そして、Ｔ細胞が慢性的に刺激される喘息のような疾患の処置において重要であり得る。
【０８３９】
（参考文献：）
Ｌｉｎｇ  Ｖ，Ｗｕ  ＰＷ，Ｆｉｎｎｅｒｔｙ  ＨＦ，Ｂｅａｎ  ＫＭ，Ｓｐａｕｌｄｉｎｇ  Ｖ，Ｆｏｕｓｅｒ  ＬＡ，Ｌｅｏｎａｒｄ  ＪＰ，Ｈｕｎｔｅｒ  ＳＥ，Ｚｏｌｌｎｅｒ  Ｒ，Ｔｈｏｍａｓ  ＪＬ，Ｍｉｙａｓｈｉｒｏ  ＪＳ，Ｊａｃｏｂｓ  ＫＡ，Ｃｏｌｌｉｎｓ  Ｍ．Ｃｕｔｔｉｎｇ  ｅｄｇｅ：ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＧＬ５０，ａ  ｎｏｖｅｌ  Ｂ７−ｌｉｋｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｈａｔ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ  ｂｉｎｄｓ  ｔｏ  ＩＣＯＳ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０００  Ｆｅｂ  １５；１６４（４）：１６５３−７。
【０８４０】
分泌されたタンパク質をコードするマウスｃＤＮＡの遺伝的選択によって、Ｂ７様ｃＤＮＡクローン（マウスＧＬ５０（ｍＧＬ５０）と名付けられる）を単離し、このクローンは、Ｂ７ｈと同一な３２２アミノ酸のポリペプチドをコードする。このｃＤＮＡ（ｈＧＬ５０）のヒトオルトログの単離は、ｍＧＬ５０と４２％の配列同一性を有する、３０９アミノ酸残基のコード配列を示した。ノーザン分析は、ＧＬ５０が、リンパサンプル、胚卵黄嚢サンプルおよび胎児肝臓サンプルを含む多くの組織に存在することを示した。試験されたＣＤ２８、ＣＴＬＡ４およびＩＣＯＳ融合構築物のうち、フローサイトメトリー分析は、マウスＩＣＯＳ−ＩｇＧのみがｍＧＬ５０細胞トランスフェクト体に結合することを実証した。続く表現型試験は、脾臓ＣＤ１９＋Ｂ細胞で高レベルのＩＣＯＳリガンド染色を、そして、ＣＤ３＋Ｔ細胞で低レベルの染色を実証した。これらの結果は、ＧＬ５０が、ＩＣＯＳレセプターのための特異的なリガンドであることを示し、そして、ＧＬ５０−ＩＣＯＳ相互作用が、リンパ球共刺激において機能することを示唆する。
【０８４１】
Ｗａｎｇ  Ｓ，Ｚｈｕ  Ｇ，Ｃｈａｐｏｖａｌ  ＡＩ，Ｄｏｎｇ  Ｈ，Ｔａｍａｄａ  Ｋ，Ｎｉ  Ｊ，Ｃｈｅｎ  Ｌ．Ｃｏｓｔｉｍｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｂｙ  Ｂ７−Ｈ２，ａ  Ｂ７−ｌｉｋｅ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｔｈａｔ  ｂｉｎｄｓ  ＩＣＯＳ．Ｂｌｏｏｄ  ２０００  Ｏｃｔ  １５；９６（８）：２８０８−１３。
【０８４２】
この報告は、Ｂ７−Ｈ２と命名された新規なヒトＢ７様遺伝子を記載する。Ｂ７−Ｈ２タンパク質の細胞表面の発現を、単球由来の未成熟樹状細胞において検出する。可溶性Ｂ７−Ｈ２および免疫グロブリン（Ｉｇ）融合タンパク質であるＢ７−Ｈ２Ｉｇは、休止Ｔ細胞ではなく活性化Ｔ細胞に結合し、そして、この結合は、ＣＴＬＡ４Ｉｇではなく、誘導型同時刺激因子Ｉｇ（ＩＣＯＳＩｇ）によって排除される。さらに、ＩＣＯＳＩｇは、Ｂ７−Ｈ２遺伝子でトランスフェクトされたチャイニーズハムスター卵巣細胞を染色する。ＣＤ３の最適下限の架橋により、Ｂ７−Ｈ２ＩｇによるＴ細胞増殖の同時刺激は、用量依存性であり、そして、インターロイキン（ＩＬ）−２の分泌に関連するが、最適なＣＤ３ライゲーションは、ＩＬ−１０生成を優先的に刺激する。この結果は、Ｂ７−Ｈ２が、ＩＣＯＳ  Ｔ細胞分子の推定リガンドであることを示す（Ｂｌｏｏｄ．２０００；９６：２８０８−２８１３）ＰＭＩＤ：１１０２３５１５。
【０８４３】
（Ｎ．ＮＯＶ１５：ガラクトシルトランスフェラーゼ）
ＮＯＶ１５遺伝子（ＣＧ５６２５２−０１）の発現を、表９４に記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２９０２を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表９５、９６および９７に示す。
【０８４４】
【表９４】
2005501516.tif 000343
【０８４５】
【表９５】
2005501516.tif 000344
2005501516.tif 000345
【０８４６】
【表９６】
2005501516.tif 000346
2005501516.tif 000347
【０８４７】
【表９７】
2005501516.tif 000348
2005501516.tif 000349
2005501516.tif 000350
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０概要）：Ａｇ２９０２  ＮＯＶ１５遺伝子を用いた１つの実験からの結果を含まない。ａｍｐプロットは、この実行には実験的困難性があったことを示す。
【０８４８】
（パネル１．３Ｄ概要）：Ａｇ２９０２  ＮＯＶ１５遺伝子の最も高い発現は、卵巣において見られる（ＣＴ＝２８）。従って、この遺伝子の発現は、正常な卵巣組織のマーカーとして使用され得る。ＮＯＶ１５遺伝子はまた、いくつかの内分泌／代謝関連組織（脂肪、副腎、胃腸管、下垂体、骨格筋および胸腺を含む）において中程度レベル〜高レベルの発現を有する。従って、ＮＯＶ１５遺伝子および／または遺伝子産物を標的化する治療モジュレーターは、これらの組織に罹患する任意の多くの疾患を処置する際に有用であり得る。
【０８４９】
有意な発現は、胎児骨格筋においても検出される（ＣＴ＝２９）。興味深いことに、この遺伝子は、成体骨格筋（ＣＴ＝３３．７）と比較した場合、胎児においてずっと高レベルで発現される。この観測は、ＮＯＶ１５遺伝子の発現が、胎児骨格筋と成体骨格筋とを区別するために使用され得ることを示唆する。さらに、胎児骨格筋におけるこの遺伝子の相対的な過剰発現は、このタンパク質産物が、胎児における筋肉成長または発達を増強し得、そして従って、成体における再生能力において作用し得ることを示唆する。従って、この遺伝子によってコードされるタンパク質の治療的調節は、筋肉関連疾患の処置に有用であり得る。より詳細には、ＮＯＶ１５遺伝子によってコードされるタンパク質を用いる、弱い筋肉またはジストロフィー筋肉の処置は、筋肉質量または機能を回復し得る。
【０８５０】
種々の脳癌細胞株と関連する実質的な発現もまた存在するようである。さらに、低分子薬物、タンパク質治療または抗体の使用による、ＮＯＶ１５遺伝子の治療的調節は、脳癌の処置において有益であり得る。
【０８５１】
さらに、ＮＯＶ１５遺伝子（ガラクトシルトランスフェラーゼホモログ）は、試験されるＣＮＳの全ての領域において、低レベル〜中程度レベルで発現される。ガラクトシルトランスフェラーゼは、軸索髄鞘形成においてある役割を果たす。従って、この遺伝子またはそのタンパク質産物の治療的調節は、多発性硬化症または任意の脱髄疾患の処置に利点があり得る。
【０８５２】
（参考文献）：
Ｓｉｍｏｎｓ  Ｍ，Ｋｒａｍｅｒ  ＥＭ，Ｔｈｉｅｌｅ  Ｃ，Ｓｔｏｆｆｅｌ  Ｗ，Ｔｒｏｔｔｅｒ  Ｊ．Ａｓｓｅｍｂｌｙ  ｏｆ  ｍｙｅｌｉｎ  ｂｙ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｏｌｉｐｉｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｗｉｔｈ  ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ−ａｎｄ  ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｃｅｒａｍｉｄｅ−ｒｉｃｈ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｄｏｍａｉｎｓ．Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ２０００  Ｏｃｔ  ２；１５１（１）：１４３−５４。
【０８５３】
ミエリンは、限定された範囲のタンパク質を含むグリコスフィンゴリピドおよびコレステロールにおいて豊富な専門化された膜である。本発明者らは、稀突起神経膠細胞によりミエリン成分の構築を調査し、そしてこのプロセスにおける脂質−タンパク質相互作用の役割を分析した。プロテオリピドタンパク質（ＰＬＰ）（主要ミエリンタンパク質）を、ミエリン脂質中に濃縮された、低密度ＣＨＡＰＳ不溶性膜画分（ＣＩＭＦ）由来の培養された稀突起神経膠細胞から回収した。小胞体を離れた後であるがゴルジ装置を出る前に、ＰＬＰは、ＣＩＭＦと関連し、これは、ミエリン脂質およびタンパク質成分が、ゴルジ複合体で構築することを示唆する。ＣＩＭＦにおけるミエリン脂質とＰＬＰとの特定の関連は、光活性化可能コレステロールに効果的に架橋されるが、ホスファチジルコリン（これは、ミエリンおよびＣＩＭＦの両方において過小評価される）には効果的に架橋しなかったという知見によって支持された。さらに、稀突起神経膠細胞におけるコレステロールの枯渇またはスフィンゴリピド合成の阻害は、ＣＩＭＦとＰＬＰの関係を消滅させた。従って、ＰＬＰは、脂質−タンパク質相互作用を介して、ＣＩＭＦによって表されるミエリンラフト（ｒａｆｔ）に補充され得る。稀突起神経膠細胞と対照的に、ＢＨＫ細胞におけるトランスフェクションの後に、ＰＬＰは、単離されたＣＩＭＦから非存在であり、これは、ＰＬＰがラフト会合に関して特定の脂質を必要とすることを示唆する。酵素セラミドガラクトシルトランスフェラーゼを欠損するマウス（これは、主要ミエリングリコスフィンゴリピドを合成し得ない）において、大きな画分のＰＬＰが、もはやラフトに会合しない。コレステロールリッチおよびガラクトシルセラミドリッチな膜ドメイン（ミエリンラフト）の形成は、ＰＬＰの分類および稀突起神経膠細胞におけるミエリンの構築について重要であり得る。
【０８５４】
（パネル２Ｄ  概要）：Ａｇ２９０２  ＮＯＶ１５遺伝子の発現は、乳癌由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝２８．１）。他の乳癌、腎臓癌、膀胱癌および卵巣癌と関連する実質的な発現が存在するようである。従って、この遺伝子の発現は、この乳癌サンプルとパネル上のサンプルの残りとを区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療または抗体の使用による、ＮＯＶ１５遺伝子の治療的調節は、乳癌、卵巣癌、膀胱癌または腎臓癌の処置において有益であり得る。
【０８５５】
（パネル４Ｄ  概要）：Ａｇ２９０２  ＮＯＶ１５転写物は、線維芽細胞および粘膜表皮細胞株において高度に発現され、造血細胞株においてかなり低い発現がある。転写物は、ガラクトシルトランスフェラーゼアイソフォームをコードする。この酵素は、ガラクトース  β−１，４−Ｎ−アセチルグルコサミンの合成のためおよび形質膜（ここで、細胞間認識および／または接着において機能し得る）の成分としての両方で重要であり得る（ＯＭＩＭ  １３７０６０）。線維芽細胞および白血球における、タンパク質グリコシル化または細胞内区画を介する往来は、この酵素の活性によって変更され得る。これは、次いで、これらの細胞が、細胞間相互作用において正常な造血に関係するタンパク質を発現する能力を調節し得る。従って、ＮＯＶ１５転写物によってコードされるタンパク質を用いて設計された治療は、喘息、気腫、乾癬、ＩＢＤ、および関節炎から生じる炎症を減少または阻害し得る。
【０８５６】
（Ｏ．ＮＯＶ１６：リンパ球抗原前駆体様タンパク質）
ＮＯＶ１６遺伝子（ＣＧ５６３０３−０１）の発現を、表９８および９９に記載されるように、プライマー−プローブセットＡｇ３７９８およびＡｇ４１１９を使用して評価した。
【０８５７】
【表９８】
2005501516.tif 000351
【０８５８】
【表９９】
2005501516.tif 000352
（一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４  概要）：Ａｇ３７９８  ＮＯＶ１６遺伝子の発現は、このパネルにおいて全てのサンプルで低い／検出不可能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０８５９】
（パネル４．１Ｄ  概要）：Ａｇ３７９８／Ａｇ４１１９  ＮＯＶ１６遺伝子の発現は、このパネルにおいて全てのサンプルで低い／検出不可能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０８６０】
（他の実施形態）
特定の実施形態が本明細書中で詳細に開示されているが、これは例示の目的のみのための例として行われており、そして添付される特許請求の範囲の範囲に関して限定するようには意図されない。詳細には、種々の置換、変更、および改変が、特許請求の範囲によって定義される本発明の精神および範囲を逸脱することなく本発明に対して行われ得ることが、本発明者らによって企図される。核酸の出発物質、目的のクローン、ライブラリーの型の選択は、本明細書中に記載されている実施形態の知見を考慮すると、当業者にとって慣用的な事項であると考えられる。他の局面、利点、および改変は、添付の特許請求の範囲内にあると考えられる。
【国際公開パンフレット】
2005501516.tif 000353
2005501516.tif 000354
2005501516.tif 000355
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
2005501516.tif 000733
2005501516.tif 000734
【国際調査報告】
2005501516.tif 000735
2005501516.tif 000736
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