(57)【要約】癌患者がパクリタキセル(タキソール(商標))に応答する又は応答しない可能性を推察することができる一塩基多型(SNP)及びSNPの組合せが提供される。癌患者がパクリタキセルで治療されるべきかどうかを決定する方法も提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者の核酸試料から被験者のパクリタキセル治療に対する応答性を推察する方法であって、核酸試料中の、パクリタキセル応答性に関連した一塩基多型(SNP)を検出する段階を含み、ここでSNPが：
a)配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、シトクロムP450(CYP2C8)遺伝子のヌクレオチド；
b)配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437；配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；
c)配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、エステラーゼD(ESD)遺伝子のヌクレオチド；
d)配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GSTM1)遺伝子のヌクレオチド；
e)配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；
f)配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、モノアミンオキシダーゼ(MAOB)遺伝子のヌクレオチド；
g)配列番号:13のヌクレオチド201、又は配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；
h)配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、又は配列番号:32のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、アグーチシグナル伝達タンパク質(ASIP)遺伝子のヌクレオチド；
i)配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、チューブリン(TUBB)遺伝子のヌクレオチド；
j)配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C9遺伝子のヌクレオチド；
k)配列番号:20のヌクレオチド592に対応するヌクレオチドを含む、チロシナーゼ関連タンパク質(TYRP)遺伝子のヌクレオチド；
1)配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；
m)配列番号:24のヌクレオチド201を含む、AIM遺伝子のヌクレオチド；
n)配列番号:25のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、GSTT遺伝子のヌクレオチド；
o)配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、ドパクロム互変異性酵素(DCT)遺伝子のヌクレオチド；
p)配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチドを含む、眼皮膚白皮症(OCA)遺伝子のヌクレオチド；
q)配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチドを含む、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；
r)配列番号:31のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、POR遺伝子のヌクレオチド；
s)配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、RAB遺伝子のヌクレオチド；又は
t)a)からs)に示されたヌクレオチドを含むSNPの組合せであり、
ここでSNP又はSNPの組合せが、被験者が、パクリタキセル応答者であるか、又は被験者がパクリタキセル非応答者であることを示し、これにより被験者のパクリタキセル治療に対する応答性が推察される、方法。
【請求項２】
SNPが、a)からg)に示されたヌクレオチド、又はそれらの組合せを含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
SNPが、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、配列番号:35のヌクレオチド75、又はそれらの組合せを含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
SNPが、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、配列番号:18のヌクレオチド61、配列番号:19のヌクレオチド122、配列番号:30のヌクレオチド26、配列番号:35のヌクレオチド75、又はそれらの組合せを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
SNP又はSNPの組合せが、被験者がパクリタキセル応答者であることを示している、請求項1記載の方法。
【請求項６】
配列番号:1のヌクレオチド83がAであり；配列番号:3のヌクレオチド401がCであり；配列番号:4のヌクレオチド437がTであり；配列番号:6のヌクレオチド201がCであり；配列番号:7のヌクレオチド201がCであり；配列番号:9のヌクレオチド401がTであり；配列番号:10のヌクレオチド541がGであり；配列番号:11のヌクレオチド501がTであり；配列番号:12のヌクレオチド60がTであり；配列番号:13のヌクレオチド201がGであり；配列番号:14のヌクレオチド101がTであり；配列番号:15のヌクレオチド181がGであり；配列番号:16のヌクレオチド151がCであり；配列番号:17のヌクレオチド151がCであり；配列番号:18のヌクレオチド61がGであり；配列番号:19のヌクレオチド122がAであり；配列番号:30のヌクレオチド26がAであり；配列番号:35のヌクレオチド75がGであり；又は、それらの組合せである、請求項5記載の方法。
【請求項７】
SNP又はSNPの組合せが、被験者がパクリタキセル非応答者であることを示している、請求項1記載の方法。
【請求項８】
配列番号:1のヌクレオチド83がGであり；配列番号:3のヌクレオチド401がTであり；配列番号:4のヌクレオチド437がGであり；配列番号:6のヌクレオチド201がGであり；配列番号:7のヌクレオチド201がTであり；配列番号:9のヌクレオチド401がCであり；配列番号:10のヌクレオチド541がCであり；配列番号:11のヌクレオチド501がCであり；配列番号:12のヌクレオチド60がCであり；配列番号:13のヌクレオチド201がAであり；配列番号:14のヌクレオチド101がCであり；配列番号:15のヌクレオチド181がAであり；配列番号:16のヌクレオチド151がTであり；配列番号:17のヌクレオチド151がTであり；配列番号:18のヌクレオチド61がAであり；配列番号:19のヌクレオチド122がTであり；配列番号:30のヌクレオチド26がGであり；配列番号:35のヌクレオチド75がAであり；又は、それらの組合せである、請求項7記載の方法。
【請求項９】
パクリタキセル応答性に関連したSNPの検出が、核酸試料を、そのSNPを含むヌクレオチド配列、又はそれに相補的なヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブと接触する段階、及びオリゴヌクレオチドプローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
オリゴヌクレオチドプローブが、検出可能な標識を含み、ここでプローブの選択的ハイブリダイゼーションを検出する段階が、検出可能な標識を検出することを含む、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
検出可能な標識が、蛍光標識、ルミネセンス標識、放射性核種、又は化学ルミネセンス標識を含む、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
オリゴヌクレオチドが、蛍光部分及び蛍光消光物質を含む、二標識されたオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項9記載の方法。
【請求項１３】
パクリタキセル応答性に関連したSNPの検出が、
核酸試料を、SNP位置の3'側及びこれに隣接するヌクレオチド配列、又はそれらに相補的なヌクレオチド配列に、ポリメラーゼによるプライマー伸長に十分な条件下で選択的にハイブリダイズする、少なくとも第一のオリゴヌクレオチドプライマーと接触する段階；並びに
プライマー伸長産物が生成されたかどうかを検出し、ここでプライマー伸長産物の存在又は非存在が、前記のSNP位置でのヌクレオチドの指標である段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
パクリタキセル応答性に関連したSNPの検出が、
核酸試料を、少なくとも第一の増幅プライマー対と、SNP位置を含む増幅産物を生成するのに適した条件下で接触する段階；及び
増幅産物中のSNPのヌクレオチド出現が、パクリタキセル応答者又はパクリタキセル非応答者に関連しているかどうかを検出する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
ヌクレオチド出現が、増幅産物の配列決定により検出される、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
ヌクレオチド出現が、そのヌクレオチド出現に関して特異的なオリゴヌクレオチドプローブを用い検出される、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
被験者の核酸試料から、パクリタキセル治療に対する被験者の応答性を推察する方法であって、核酸試料中の、パクリタキセル応答性に関連したハプロタイプアリルを検出することを含み、ここでこのハプロタイプが：
a)配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:15のヌクレオチド181、及び配列番号:35のヌクレオチド75の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；
b)配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437；配列番号:16のヌクレオチド151、及び配列番号:34のヌクレオチド1466の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；
c)配列番号:5のヌクレオチド702、及び配列番号:6のヌクレオチド201に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；
d)配列番号:7のヌクレオチド201、及び配列番号:8のヌクレオチド191に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；
e)配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、及び配列番号:21のヌクレオチド201の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；
f)配列番号:11のヌクレオチド501、及び配列番号:12のヌクレオチド60に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；
g)配列番号:13のヌクレオチド201、又は配列番号:14のヌクレオチド101に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；
h)配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、及び配列番号:32のヌクレオチド101の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、ASIP遺伝子のヌクレオチド；
i)配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチド、及び少なくともTUBB遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、TUBB遺伝子のヌクレオチド；
j)配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチド、及び少なくともCYP2C9遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、CYP2C9遺伝子のヌクレオチド；
k)配列番号:20のヌクレオチド592に対応するヌクレオチド、及び少なくともTYRP遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、TYRP遺伝子のヌクレオチド；
1)配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチド、及び少なくともCYP2D6遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；
m)配列番号:24のヌクレオチド201に対応するヌクレオチド、及び少なくともAIM遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、AIM遺伝子のヌクレオチド；
n)配列番号:25のヌクレオチド61に対応するヌクレオチド、及び少なくともGST遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、GSTT遺伝子のヌクレオチド；
o)配列番号:26のヌクレオチド201、及び配列番号:27のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、DCT遺伝子のヌクレオチド；
p)配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチド、及び少なくともOCA遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、OCA遺伝子のヌクレオチド；
q)配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチド、及び少なくともCYP4B遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；
r)配列番号:31のヌクレオチド61、及び少なくともPOR遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、POR遺伝子のヌクレオチド；
s)配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチド、及び少なくともRAB遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、RAB遺伝子のヌクレオチド；又は
t)a)からs)に示されたハプロタイプアリルの組合せを含み、
ここで、ハプロタイプアリル又はハプロタイプアリルの組合せが、被験者がパクリタキセル応答者であるか、又は被験者がパクリタキセル非応答者であることを示し、これにより被験者のパクリタキセル治療に対する応答性を推察する、方法。
【請求項１８】
ハプロタイプアリルが：
a)配列番号:1のヌクレオチド83、及び配列番号:2のヌクレオチド251を含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；
b)配列番号:3のヌクレオチド401、及び配列番号:4のヌクレオチド437を含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；
c)配列番号:5のヌクレオチド702、及び配列番号:6のヌクレオチド201を含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；
d)配列番号:7のヌクレオチド201、及び配列番号:8のヌクレオチド191を含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；
e)配列番号:9のヌクレオチド401、及び配列番号:10のヌクレオチド541を含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；
f)配列番号:11のヌクレオチド501、及び配列番号:12のヌクレオチド60を含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；
g)配列番号:13のヌクレオチド201、及び配列番号:14のヌクレオチド101を含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；又は
h)ハプロタイプアリルa)からg)の組合せを含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
CYP2C8遺伝子ハプロタイプアリルがGG又はGAを含み；CYP3A4遺伝子ハプロタイプアリルがCTを含み；ESD遺伝子ハプロタイプアリルがTC又はCCを含み；GSTM1遺伝子ハプロタイプアリルがTCを含み；CYP3A7遺伝子ハプロタイプアリルがTGを含み；MAOB遺伝子ハプロタイプアリルがCCを含み；又は、CYP3A5遺伝子ハプロタイプアリルがGTを含む、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
ハプロタイプアリル又はハプロタイプアリルの組合せが、被験者がパクリタキセル応答者であることを示す、請求項17記載の方法。
【請求項２１】
被験者が、GG又はGA以外のCYP2C8遺伝子ハプロタイプアリル；CTのCYP3A4遺伝子ハプロタイプアリル；TC又はCCのESD遺伝子ハプロタイプアリル；TC以外のGSTM1遺伝子ハプロタイプアリル；TGのCYP3A7遺伝子ハプロタイプアリル；CC以外のMAOB遺伝子ハプロタイプアリル；GTのCYP3A5遺伝子ハプロタイプアリル；又は、それらの組合せを有する、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
ハプロタイプアリルが、二倍体ハプロタイプアリルを含み、ここで被験者が、GG/NN又はGA/NN以外のCYP2C8遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CT/CTのCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/TC又はCC/CCのESD遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/NN以外のGSTM1遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TG/TGのCYP3A7遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CC/NN以外のMAOB遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；GT/GTのCYP3A5遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；又は、それらの組合せを含む、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
ハプロタイプアリル又はハプロタイプアリルの組合せが、被験者がパクリタキセル非応答者であることを示す、請求項17記載の方法。
【請求項２４】
被験者が、CT以外のCYP3A4遺伝子ハプロタイプアリルを有する、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
ハプロタイプアリルが、二倍体ハプロタイプアリルを含み、ここで被験者が、CT/CT以外のCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリルを有する、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
被験者の核酸試料からパクリタキセル治療に対する被験者の応答性を推察する方法であって、核酸試料中の、パクリタキセル応答性に関連した二倍体ハプロタイプアリルを検出する段階を含み、ここで二倍体ハプロタイプアリルが：
a)配列番号:1のヌクレオチド83、及び配列番号:2のヌクレオチド251に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；
b)配列番号:3のヌクレオチド401、及び配列番号:4のヌクレオチド437に対応するヌクレオチドを含む、 CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；
c)配列番号:5のヌクレオチド702、及び配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；
d)配列番号:7のヌクレオチド201、及び配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；
e)配列番号:9のヌクレオチド401、及び配列番号:10のヌクレオチド541に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；
f)配列番号:11のヌクレオチド501、及び配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；
g)配列番号:13のヌクレオチド201、及び配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；又は
h)a)からg)に示された二倍体ハプロタイプアリルの組合せを含む、方法。
【請求項２７】
CYP2C8遺伝子二倍体ハプロタイプアリルがGG/NN又はGA/NNを含み；CYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリルがCT/CTを含み；ESD遺伝子二倍体ハプロタイプアリルがTC/NN又はCC/NNを含み；GSTM1遺伝子二倍体ハプロタイプアリルがTC/NNを含み；CYP3A7遺伝子二倍体ハプロタイプアリルがTG/TGを含み；MAOB遺伝子二倍体ハプロタイプアリルがCC/NNを含み；又は、CYP3A5遺伝子二倍体ハプロタイプアリルがGT/GTを含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
二倍体ハプロタイプアリル又は二倍体ハプロタイプアリルの組合せが、被験者がパクリタキセル応答者であることを示している、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
被験者が、GG/NN又はGA/NN以外のCYP2C8遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CT/CTのCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/TC又はCC/CCのESD遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/NN以外のGSTM1遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TG/TGのCYP3A7遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CC/NN以外のMAOB遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；GT/GTのCYP3A5遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；又は、それらの組合せを有する、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
二倍体ハプロタイプアリル又は二倍体ハプロタイプアリルの組合せが、被験者がパクリタキセル非応答者であることを示す、請求項26記載の方法。
【請求項３１】
被験者が、CT/CT以外のCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリルを有する、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
以下に示されたポリヌクレオチド：
配列番号:1であり、少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83がGであるもの；
配列番号:3であり、該少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401がTであるもの；
配列番号:4であり、該少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437がGであるもの；もしくは、
配列番号:8であり、該少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191がTであるもの：
又はそれらに相補的な単離されたポリヌクレオチドの少なくとも15個の隣接ヌクレオチドを含む、単離された核酸分子である、単離された核酸分子。
【請求項３３】
ポリリボヌクレオチドである、請求項32記載の単離された核酸分子。
【請求項３４】
請求項32記載の核酸分子を備える、キット。
【請求項３５】
核酸分子と選択的にハイブリダイズする少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを更に備える請求項34記載のキットであって、ここでオリゴヌクレオチドが、配列番号:1のヌクレオチド83；配列番号:3のヌクレオチド401；配列番号:4のヌクレオチド437、又は配列番号:8のヌクレオチド191の位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズする、キット。
【請求項３６】
請求項32記載の少なくとも1種の核酸分子を含む、複数の単離された核酸分子。
【請求項３７】
以下に示されたポリヌクレオチド：
配列番号:1であり、少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83がAであるもの；
配列番号:3であり、該少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401がCであるもの；
配列番号:4であり、該少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437がTであるもの；もしくは
配列番号:8であり、該少なくとも15個の隣接ヌクレオチドが配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191がCであるもの：
又は前述のいずれかに相補的なポリヌクレオチドの少なくとも15個の隣接ヌクレオチドを更に含む、請求項36記載の複数の単離された核酸分子。
【請求項３８】
配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:5のヌクレオチド702；配列番号:6のヌクレオチド201；配列番号:7のヌクレオチド201；配列番号:8のヌクレオチド191；配列番号:9のヌクレオチド401；配列番号:10のヌクレオチド541；配列番号:11のヌクレオチド501；配列番号:12のヌクレオチド60；配列番号:13のヌクレオチド201；配列番号:14のヌクレオチド101；配列番号:15のヌクレオチド181；配列番号:16のヌクレオチド151；配列番号:17のヌクレオチド151；配列番号:18のヌクレオチド61；配列番号:19のヌクレオチド122；配列番号:20のヌクレオチド592；配列番号:21のヌクレオチド201；配列番号:22のヌクレオチド201；配列番号:23のヌクレオチド201；配列番号:24のヌクレオチド201；配列番号:25のヌクレオチド61；配列番号:26のヌクレオチド201、もしくは配列番号:27のヌクレオチド61；配列番号:28のヌクレオチド135；配列番号:29のヌクレオチド123；配列番号:30のヌクレオチド26；配列番号:31のヌクレオチド61；配列番号:32のヌクレオチド101；配列番号:33のヌクレオチド201、配列番号:34のヌクレオチド1466；もしくは、配列番号:35のヌクレオチド75、
又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチドの少なくとも15個の隣接ヌクレオチドを含む核酸分子を更に含む、請求項36記載の複数の単離された核酸分子。
【請求項３９】
請求項36記載の複数の核酸分子を備える、キット。
【請求項４０】
複数の核酸分子のヌクレオチドの位置又はその近傍で、選択的にハイブリダイズする少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを更に備える、請求項39記載のキット。
【請求項４１】
複数の核酸分子であって：
a)一塩基多型(SNP)を含むシトクロムP450(CYP)遺伝子の少なくとも1種のヌクレオチド配列であり：
配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437；配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:13のヌクレオチド201、又は配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチドを含む、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；もしくは
配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C9遺伝子のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列；
又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列、並びに
b)SNPを含む遺伝子の少なくとも1種のヌクレオチド配列であり：
配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、エステラーゼD(ESD)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GSTM1)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、モノアミンオキシダーゼ(MAOB)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、又は配列番号:32のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、アグーチシグナル伝達タンパク質(ASIP)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、チューブリン(TUBB)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:20のヌクレオチド592に対応するヌクレオチドを含む、チロシナーゼ関連タンパク質(TYRP)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:24のヌクレオチド201を含む、AIM遺伝子のヌクレオチド；配列番号:25のヌクレオチド61を含む、GSTT遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、ドパクロム互変異性酵素(DCT)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチドを含む、眼皮膚白皮症(OCA)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:31のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、POR遺伝子のヌクレオチド；もしくは
配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、RAB遺伝子のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列；
又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を有する遺伝子、
を含む核酸分子。
【請求項４２】
CYP遺伝子のヌクレオチドが：
配列番号:1のヌクレオチド83；配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437；配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；もしくは
配列番号:13のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；
又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む、請求項41記載の複数の核酸分子。
【請求項４３】
遺伝子のヌクレオチドが：
配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチドを含む、請求項41記載の複数の核酸分子。
【請求項４４】
配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、及び配列番号:35のヌクレオチド75；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む、請求項41記載の複数の核酸分子。
【請求項４５】
配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、配列番号:18のヌクレオチド61、配列番号:19のヌクレオチド122、配列番号:30のヌクレオチド26、及び配列番号:35のヌクレオチド75；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む、請求項41記載の複数の核酸分子。
【請求項４６】
存在する場合に、配列番号:1のヌクレオチド83がA又はGであり；配列番号:2のヌクレオチド251がG又はAであり；配列番号:3のヌクレオチド401がC又はTであり；配列番号:4のヌクレオチド437がT又はGであり；配列番号:5のヌクレオチド702がC又はTであり；配列番号:6のヌクレオチド201がC又はGであり；配列番号:7のヌクレオチド201がC又はTであり；配列番号:8のヌクレオチド191がC又はTであり；配列番号:9のヌクレオチド401がC又はTであり；配列番号:10のヌクレオチド541がG又はCであり；配列番号:11のヌクレオチド501がC又はTであり；配列番号:12のヌクレオチド60がC又はTであり；配列番号:13のヌクレオチド201がA又はGであり；配列番号:14のヌクレオチド101がC又はTであり；配列番号:15のヌクレオチド181がA又はGであり；配列番号:16のヌクレオチド151がC又はTであり；配列番号:17のヌクレオチド151がC又はTであり；配列番号:18のヌクレオチド61がA又はGであり；配列番号:19のヌクレオチド122がA又はTであり；配列番号:30のヌクレオチド26がA又はGであり；及び、配列番号:35のヌクレオチド75がA又はGであり、又は前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列である、請求項41記載の複数の核酸分子。
【請求項４７】
複数の核酸分子の各々が、固相支持体に結合されている、請求項41記載の複数の核酸分子。
【請求項４８】
固相支持体が、スライドガラス又はマイクロチップである、請求項47記載の複数の核酸分子。
【請求項４９】
請求項41記載の複数の核酸分子を備える、キット。
【請求項５０】
請求項48記載の複数の核酸分子を備える、キット。
【請求項５１】
複数の核酸分子の一塩基多型の位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズする少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを更に含む、請求項49記載のキット。
【請求項５２】
a)一塩基多型(SNP)を含み、以下を含むシトクロムP450(CYP)遺伝子のヌクレオチド配列：
配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437；配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；もしくは
配列番号:13のヌクレオチド201、又は配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチドを含む、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；もしくは
配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C9遺伝子のヌクレオチド：
又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列のSNPの位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズする、少なくとも1種のオリゴヌクレオチド、並びに
b)以下を含むSNPの遺伝子のヌクレオチド配列：
配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、エステラーゼD(ESD)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GSTM1)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、モノアミンオキシダーゼ(MAOB)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、又は配列番号:32のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、アグーチシグナル伝達タンパク質(ASIP)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、チューブリン(TUBB)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:20のヌクレオチド592に対応するヌクレオチドを含む、チロシナーゼ関連タンパク質(TYRP)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:24のヌクレオチド201を含む、AIM遺伝子のヌクレオチド；配列番号:25のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、GSTT遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、ドパクロム互変異性酵素(DCT)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチドを含む、眼皮膚白皮症(OCA)遺伝子のヌクレオチド；
配列番号:31のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、POR遺伝子のヌクレオチド；もしくは
配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、RAB遺伝子のヌクレオチド：
又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列のSNPの位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズする、少なくとも1種のオリゴヌクレオチド、
を含む、複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項５３】
オリゴヌクレオチドがプローブを含む、請求項52記載の複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項５４】
オリゴヌクレオチドがプライマーを含む、請求項52記載の複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項５５】
オリゴヌクレオチドが、増幅プライマー対のプライイマーを含む、請求項52記載の複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
複数のオリゴヌクレオチドの各々が、固相支持体に結合されている、請求項52記載の複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項５７】
固相支持体が、スライドガラス又はマイクロチップである、請求項56記載の複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項５８】
請求項52記載の複数のオリゴヌクレオチドを備える、キット。
【請求項５９】
配列番号:1であり、ヌクレオチド配列が配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83がGであるもの；
配列番号:3であり、該ヌクレオチド配列が配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401がTであるもの；
配列番号:4であり、該ヌクレオチド配列が配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437がGであるもの；もしくは
配列番号:8であり、該ヌクレオチド配列が配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191がTであるもので示されたヌクレオチド配列；又は
それらに相補的なヌクレオチド配列に、選択的にハイブリダイズする少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを含む、複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項６０】
配列番号:1であり、ヌクレオチド配列が配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83がAであるもの；
配列番号:3であり、該ヌクレオチド配列が配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401がCであるもの；
配列番号:4であり、該ヌクレオチド配列が配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437がTであるもの；もしくは
配列番号:8であり、該ヌクレオチド配列が配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191がCであるもので示されたヌクレオチド配列、
又は、それらに相補的なヌクレオチド配列の位置又はその近傍で、選択的にハイブリダイズする少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを更に含む、請求項59記載の複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項６１】
配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:5のヌクレオチド702；配列番号:6のヌクレオチド201；配列番号:7のヌクレオチド201；配列番号:8のヌクレオチド191；配列番号:9のヌクレオチド401；配列番号:10のヌクレオチド541；配列番号:11のヌクレオチド501；配列番号:12のヌクレオチド60；配列番号:13のヌクレオチド201；配列番号:14のヌクレオチド101；配列番号:15のヌクレオチド181；配列番号:16のヌクレオチド151；配列番号:17のヌクレオチド151；配列番号:18のヌクレオチド61；配列番号:19のヌクレオチド122；配列番号:20のヌクレオチド592；配列番号:21のヌクレオチド201；配列番号:22のヌクレオチド201；配列番号:23のヌクレオチド201；配列番号:24のヌクレオチド201；配列番号:25のヌクレオチド61；配列番号:26のヌクレオチド201、もしくは配列番号:27のヌクレオチド61；配列番号:28のヌクレオチド135；配列番号:29のヌクレオチド123；配列番号:30のヌクレオチド26；配列番号:31のヌクレオチド61；配列番号:32のヌクレオチド101；配列番号:33のヌクレオチド201；配列番号:34のヌクレオチド1466；もしくは、配列番号:35のヌクレオチド75、又はそれらに相補的なヌクレオチド配列の位置又はその近傍に選択的にハイブリダイズする、少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを更に含む、請求項59記載の複数のオリゴヌクレオチド。
【請求項６２】
請求項59記載の複数のヌクレオチドを備える、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の背景
発明の分野
本発明は概して、癌患者の治療に対する応答性の決定に有用な遺伝マーカー、より詳細に述べると、パクリタキセル療法が癌患者に治療的恩恵を生じる可能性があるかどうかの推察を可能にする一塩基多型(SNP)及びSNPの組合せ、並びにそのようなSNP及びそれらの組合せを基に癌患者の治療過程を決定する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
背景情報
癌は、ほとんどの先進国において有病数及び死亡数の主な原因となっている。喫煙者の肺癌のように、一部の癌は特定の原因に直接関連しているが、ほとんどの癌の原因は、明確には定義されていない。このように、癌を予防する具体的方法がわかっているものはほとんどないので、患者における癌治療法の改善に多くの作業が集中されている。
【０００３】
一般に癌は、手術、化学療法、及び放射線療法を、単独で又は組合せてのいずれかにより治療される。手術手技は、例えば、高解像度造影技術を含むコンピュータ支援技術、及び正常組織を残しつつ腫瘍組織をより選択的に摘出する顕微下手術を用いることにより、改善されている。手術の選択性とは対照的に、化学療法は、より全身に作用し、及び転移を含む播種性疾患の治療には特に有用である。残念ながら、化学療法の選択性の欠如は、骨髄細胞及び上皮細胞などの迅速に分裂する細胞を含む、他の健康な組織に実質的損傷を生じることが多い。
【０００４】
化学療法の可能性のある効果は、例えば、化学療法剤に対し抵抗性のある腫瘍細胞の選択によっても制限され得る。生体異物代謝遺伝子は、体内に存在する外来化合物を解毒するように作用するポリペプチドをコードしている。これらの遺伝子は、ヒトが、多くの食品に存在し及びそれから多くの薬物が生成されるタンニン及びアルカロイドのような有害な化学物質を分解及び排泄することができることに関連しているが、これらは化学療法剤の毒性作用を低下するようにも作用することができる。
【０００５】
一般的な抗癌剤であるパクリタキセル(タキソール（Taxol）(登録商標))は、この場合、シトクロムP450ファミリーメンバーの一員CYP2C8により、及びより低い程度にCYP3A4により、人体内で代謝される化学療法剤の例である。パクリタキセルは、大西洋地域のイチイ(Pacific yew)樹から単離され、及び抗悪性腫瘍薬と称される群に属する。パクリタキセルは、卵巣癌、乳癌、ある種の肺癌、並びに後天性免疫不全症候群(AIDS)患者に生じる皮膚及び粘膜の癌の治療に有用であることが証明されている。パクリタキセルは、多くの患者に著しい治療的恩恵を提供することができるが、パクリタキセル治療を受けた患者の約1/3は、その有益な作用に対し非応答性である。このように、パクリタキセル治療は、究極的にはこの療法に応答しない非常に多数の患者においても開始される。観察可能となるパクリタキセル治療の有益な作用には時間がかかるので、そうでなければ代替の治療様式を用い治療される患者の治療において、著しい時間が失われることとなる。
【０００６】
パクリタキセルは体内で代謝されるので、パクリタキセル治療に対する癌患者の応答性の差異には、例えばシトクロムP450タンパク質の過剰発現を生じる変化又はより大きい代謝活性を有する変異体シトクロムP450の発現を生じる変化のような、遺伝的基盤があると推定されている。しかし、シトクロムP450遺伝子の遺伝的変化とパクリタキセル応答性の間の相関関係は説明されていない。このように、ある癌患者がパクリタキセル治療に応答する可能性があるかどうかを確かに推定する方法はない。従って患者のパクリタキセル療法に関する応答性を予測する遺伝マーカーを同定することが必要である。本発明は、この必要性を満足し、及び追加の利点を提供するものである。
【発明の開示】
【０００７】
発明の概要
本発明は、単独又は組合せて、癌患者がパクリタキセルに対し応答するか(又は応答しない)かどうかを引き出す推察を可能にする一塩基多型(SNP)の同定を一部基にしている。従って本発明は、オリゴヌクレオチドプローブ及びプライマーの組合せを含む、パクリタキセル応答性に関する推察を可能にするSNPの位置でのヌクレオチド出現を検出するのに有用なオリゴヌクレオチドプローブ及びプライマーを提供し；並びに、被験者が、パクリタキセルに対し応答者であるか又は非応答者である可能性を推察する方法も提供する。
【０００８】
本発明は、被験者の核酸試料から、被験者のパクリタキセル治療に対する応答性を推察する方法に関する。ひとつの態様において、本発明の方法は、核酸試料中の、パクリタキセル応答性に関連したSNPのヌクレオチド出現を検出することにより行うことができる。本明細書に説明されたように、パクリタキセル応答性に関連したSNPは、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、シトクロムP450(CYP2C8)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437；配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、エステラーゼD(ESD)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GSTM1)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、モノアミンオキシダーゼ(MAOB)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:13のヌクレオチド201、又は配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、又は配列番号:32のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、アグーチ(agouti)シグナル伝達タンパク質(ASIP)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、チューブリン(TUBB)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C9遺伝子のヌクレオチド；配列番号:20のヌクレオチド592に対応するヌクレオチドを含む、チロシナーゼ関連タンパク質(TYRP)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；配列番号:24のヌクレオチド201を含む、膜関連輸送タンパク質(AIM；MATPとも称される)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:25のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、GSTT遺伝子のヌクレオチド；配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、ドパクロム互変異性酵素(dopachrome tautomerase)(DCT)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチドを含む、眼皮膚白皮症(oculocutaneous albinism)(OCA)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチドを含む、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；配列番号:31のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、シトクロムP450酸化還元酵素(POR)遺伝子のヌクレオチド；配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ras-様GTP結合タンパク質(RAB；RAB27Aとも称される)遺伝子のヌクレオチド；又は、前述のヌクレオチドを含むSNPの組合せであり、ここでSNP又はSNPの組合せは、その被験者がパクリタキセル応答者であること又はその被験者がパクリタキセル非応答者であることを示している。
【０００９】
この態様のひとつの局面において、検出されるパクリタキセル応答性に関連しているSNPは、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:13のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチドを含む。
【００１０】
この態様の別の局面において、検出されるパクリタキセル応答性に関連しているSNPは、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、配列番号:35のヌクレオチド75、又はそれらの組合せを含む。
【００１１】
更にこの態様の別の局面において、検出されるパクリタキセル応答性に関連しているSNPは、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、配列番号:18のヌクレオチド61、配列番号:19のヌクレオチド122、配列番号:30のヌクレオチド26、配列番号:35のヌクレオチド75、又はそれらの組合せを含む。
【００１２】
本発明の方法に従い、配列番号:1のヌクレオチド83がAであり；配列番号:2のヌクレオチド251がG又はAであり；配列番号:3のヌクレオチド401がCであり；配列番号:4のヌクレオチド437がTであり；配列番号:5のヌクレオチド702がC又はTであり；配列番号:6のヌクレオチド201がCであり；配列番号:7のヌクレオチド201がCであり；配列番号:8のヌクレオチド191がC又はTであり；配列番号:9のヌクレオチド401がTであり；配列番号:10のヌクレオチド541がGであり；配列番号:11のヌクレオチド501がTであり；配列番号:12のヌクレオチド60がTであり；配列番号:13のヌクレオチド201がGであり；配列番号:14のヌクレオチド101がTであり；配列番号:15のヌクレオチド181がGであり；配列番号:16のヌクレオチド151がCであり；配列番号:17のヌクレオチド151がCであり；配列番号:18のヌクレオチド61がGであり；配列番号:19のヌクレオチド122がAであり；配列番号:30のヌクレオチド26がAであり；配列番号:35のヌクレオチド75がGであり；又は、それらの組合せのようなヌクレオチド出現を検出することにより、被験者は恐らくパクリタキセル応答者であるという推察を行うことができる。
【００１３】
加えて、例えば、配列番号:1のヌクレオチド83がGであり；配列番号2のヌクレオチド251がG又はAであり；配列番号:3のヌクレオチド401がTであり；配列番号:4のヌクレオチド437がGであり；配列番号:5のヌクレオチド702がC又はTであり；配列番号:6のヌクレオチド201がGであり；配列番号:7のヌクレオチド201がTであり；配列番号:8のヌクレオチド191がC又はTであり；配列番号:9のヌクレオチド401がCであり；配列番号:10のヌクレオチド541がCであり；配列番号:11のヌクレオチド501がCであり；配列番号:12のヌクレオチド60がCであり；配列番号:13のヌクレオチド201がAであり；配列番号:14のヌクレオチド101がCであり；配列番号:15のヌクレオチド181がAであり；配列番号:16のヌクレオチド151がTであり；配列番号:17のヌクレオチド151がTであり；配列番号:18のヌクレオチド61がAであり；配列番号:19のヌクレオチド122がTであり；配列番号:30のヌクレオチド26がGであり；配列番号:35のヌクレオチド75がAであり；又は、それらの組合せであることを検出することにより、被験者は恐らくパクリタキセル非応答者であるという推察を行うことができる。本明細書に開示されたように、先に引用した、このような遺伝子ヌクレオチド配列の組合せも提供される。
【００１４】
別の態様において、被験者の核酸試料から被験者のパクリタキセル治療に対する応答性を推察する方法は、核酸試料中の、パクリタキセル応答性に関連したハプロタイプアリルを検出することにより行われる。このような推察は、例えば、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:15のヌクレオチド181、及び配列番号:35のヌクレオチド75の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:16のヌクレオチド151、及び配列番号:34のヌクレオチド1466の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:5のヌクレオチド702、及び配列番号:6のヌクレオチド201に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、及び配列番号:8のヌクレオチド191に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、及び配列番号:21のヌクレオチド201の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、及び配列番号:12のヌクレオチド60に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:13のヌクレオチド201、及び配列番号:14のヌクレオチド101に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、及び配列番号:32のヌクレオチド101の少なくとも2種に対応するヌクレオチドを含む、ASIP遺伝子のヌクレオチド；配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチド、及び少なくともTUBB遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、TUBB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチド、及び少なくともCYP2C9遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、CYP2C9遺伝子のヌクレオチド；配列番号:20のヌクレオチド592に対応するヌクレオチド、及び少なくともTYRP遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、TYRP遺伝子のヌクレオチド；配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチド、及び少なくともCYP2D6遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；配列番号:24のヌクレオチド201に対応するヌクレオチド、及び少なくともAIM遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、AIM遺伝子のヌクレオチド；配列番号:25のヌクレオチド61に対応するヌクレオチド、及び少なくともGST遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、GSTT遺伝子のヌクレオチド；配列番号:26のヌクレオチド201、及び配列番号:27のヌクレオチド61に少なくとも対応するヌクレオチドを含む、DCT遺伝子のヌクレオチド；配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチド、及び少なくともOCA遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、OCA遺伝子のヌクレオチド；配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチド、及び少なくともCYP4B遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；配列番号:31のヌクレオチド61、及び少なくともPOR遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、POR遺伝子のヌクレオチド；配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチド、及び少なくともRAB遺伝子の第二のSNPを含み、ここでSNPがパクリタキセル応答性に関連している、RAB遺伝子のヌクレオチドを含む、ハプロタイプアリル；又は、前述のハプロタイプアリルの組合せを検出することにより行われ、ここで、ハプロタイプアリル又はハプロタイプアリルの組合せは、被験者がパクリタキセル応答者であるか、又は被験者がパクリタキセル非応答者であることを示している。
【００１５】
この態様のひとつの局面において、パクリタキセル応答性に関する推察は、配列番号:1のヌクレオチド83、及び配列番号:2のヌクレオチド251を含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、及び配列番号:4のヌクレオチド437を含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:5のヌクレオチド702、及び配列番号:6のヌクレオチド201を含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、及び配列番号:8のヌクレオチド191を含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、及び配列番号:10のヌクレオチド541を含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、及び配列番号:12のヌクレオチド60を含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:13のヌクレオチド201、及び配列番号:14のヌクレオチド101を含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチドを含む、ハプロタイプアリル；又は、そのようなハプロタイプアリルの組合せを検出することにより行われる。例えば、パクリタキセル応答性の推察は、GG又はGAを含むCYP2C8遺伝子ハプロタイプアリル；CTを含むCYP3A4遺伝子ハプロタイプアリル；TC又はCCを含むESD遺伝子ハプロタイプアリル；TCを含むGSTM1遺伝子ハプロタイプアリル；TGを含むCYP3A7遺伝子ハプロタイプアリル；CCを含むMAOB遺伝子ハプロタイプアリル；又は、GTを含むCYP3A5遺伝子ハプロタイプアリル、又はそのようなハロタイプアリルの組合せを検出することにより行うことができる。
【００１６】
本発明の方法に従い、例えば、被験者におけるハプロタイプアリル又はハプロタイプアリルの組合せが、GG又はGA以外のCYP2C8遺伝子ハプロタイプアリル；CTのCYP3A4遺伝子ハプロタイプアリル；TC又はCCのESD遺伝子ハプロタイプアリル；TC以外のGSTM1遺伝子ハプロタイプアリル；TGのCYP3A7遺伝子ハプロタイプアリル；CC以外のMAOB遺伝子ハプロタイプアリル；GTのCYP3A5遺伝子ハプロタイプアリル；又は、それらの組合せを含むことを検出することにより、被験者が恐らくパクリタキセル応答者であることを推察することができる。この方法は更に、例えば、GG/NN又はGA/NN以外のCYP2C8遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CT/CTのCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/TC又はCC/CCのESD遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/NN以外のGSTM1遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TG/TGのCYP3A7遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CC/NN以外のMAOB遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；GT/GTのCYP3A5遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；又は、それらの組合せを含む、被験者の両方のハプロタイプアリルを決定することを含み、この検出は、被験者が恐らくパクリタキセル応答者であるという推察を可能にする。加えて、更に被験者はCT/CT以外のCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリルを有することを決定することを含む、CT以外のCYP3A4遺伝子ハプロタイプアリルを検出することにより、被験者はパクリタキセル非応答者であるという推察を行うことができる。
【００１７】
更に別の態様において、被験者の核酸試料から、被験者のパクリタキセル応答性を推察する方法は、核酸試料中の、パクリタキセル非応答性に関連した二倍体ハプロタイプアリルを検出することにより行われる。この二倍体ハプロタイプアリルは、例えば、配列番号:1のヌクレオチド83、および配列番号:2のヌクレオチド251に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、及び配列番号:4のヌクレオチド437に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:5のヌクレオチド702、及び配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、及び配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、及び配列番号:10のヌクレオチド541に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、及び配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:13のヌクレオチド201、及び配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；又は、このような二倍体ハプロタイプアリルの組合せを含むことができる。例えば、CYP2C8遺伝子二倍体ハプロタイプアリルGG/NN又はGA/NN；CYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリルCT/CT；ESD遺伝子二倍体ハプロタイプアリルTC/NN又はCC/NN；GSTM1遺伝子二倍体ハプロタイプアリルTC/NN；CYP3A7遺伝子二倍体ハプロタイプアリルTG/TG；MAOB遺伝子二倍体ハプロタイプアリルCC/NN；又は、CYP3A5遺伝子二倍体ハプロタイプアリルGT/GT；又は、それらの組合せを検出することにより、被験者がパクリタキセルに関して非応答者であるという推察を行うことができる。
【００１８】
この態様のひとつの局面において、例えば、GG/NN又はGA/NN以外のCYP2C8遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CT/CTのCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/TC又はCC/CCのESD遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TC/NN以外のGSTM1遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；TG/TGのCYP3A7遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；CC/NN以外のMAOB遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；GT/GTのCYP3A5遺伝子二倍体ハプロタイプアリル；又は、それらの組合せを含む、二倍体ハプロタイプアリル又はそれらの組合せを検出することにより、被験者は恐らくパクリタキセルに対し応答者であるという推察を行うことができる。別のこの態様の局面において、例えば、被験者がCT/CT以外のCYP3A4遺伝子二倍体ハプロタイプアリルを有することを検出することにより、被験者がパクリタキセル非応答者であるという推察を行うことができる。本明細書に開示されたように、先に引用したハプロタイプアリルを含むヌクレオチド配列の組合せも提供される。
【００１９】
本発明は、更にパクリタキセル応答性に関連したSNPを含む単離された核酸分子にも関する。このような単離された核酸分子は、配列番号:1であり、少なくとも配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83はGであるもの；配列番号:3であり、少なくとも配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401はTであるもの；配列番号:4であり、少なくとも配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437はGであるもの；配列番号:8であり、少なくとも配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191はTであるものに示されたポリヌクレオチド、又はそのような単離された核酸分子に相補的なポリヌクレオチドの、少なくとも15個の隣接ヌクレオチド(例えば、15個、18個、21個、25個、30個、40個、50個又はそれよりも多い)を含む。この単離された核酸分子は、ポリリボヌクレオチド(RNA)又はポリデオキシリボヌクレオチド(DNA)であることができ、並びに例えば、DNA/RNAハイブリッドを含む、一本鎖又は二本鎖であることができる。
【００２０】
本発明は更に、本発明の単離された核酸分子を含むキットに関連している。加えてこのキットは更に、キットの核酸分子に選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、特に、配列番号:1のヌクレオチド83；配列番号:3のヌクレオチド401；配列番号:4のヌクレオチド437、又は配列番号:8のヌクレオチド191の位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを備えることができる。
【００２１】
本発明は、複数の単離された核酸分子にも関連し、ここで複数とは、少なくとも1種の本発明の単離された核酸分子、例えば、本発明の核酸分子の2、3、又は4種を含む。複数の単離された核酸分子は、本発明の少なくとも1種の核酸分子に加え、更に、少なくとも1種の単離された核酸分子の別の変種を表わしている相当する核酸分子を含むことができる。例えばキットは、配列番号:1であり、少なくとも配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83はAであるもの；配列番号:3であり、少なくとも配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401はCであるもの；配列番号:4であり、少なくとも配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437はTであるもの；又は、配列番号:8であり、少なくとも配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191はCであるものに示されたポリヌクレオチド、又は、これらに相補的なポリヌクレオチドの、少なくとも15個の隣接ヌクレオチドの核酸分子を含むことができる。
【００２２】
複数の単離された核酸分子を含むキットは、配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:5のヌクレオチド702；配列番号:6のヌクレオチド201；配列番号:7のヌクレオチド201；配列番号:8のヌクレオチド191；配列番号:9のヌクレオチド401；配列番号:10のヌクレオチド541；配列番号:11のヌクレオチド501；配列番号:12のヌクレオチド60；配列番号:13のヌクレオチド201；配列番号:14のヌクレオチド101；配列番号:15のヌクレオチド181；配列番号:16のヌクレオチド151；配列番号:17のヌクレオチド151；配列番号:18のヌクレオチド61；配列番号:19のヌクレオチド122；配列番号:20のヌクレオチド592；配列番号:21のヌクレオチド201；配列番号:22のヌクレオチド201；配列番号:23のヌクレオチド201；配列番号:24のヌクレオチド201；配列番号:25のヌクレオチド61；配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61；配列番号:28のヌクレオチド135；配列番号:29のヌクレオチド123；配列番号:30のヌクレオチド26；配列番号:31のヌクレオチド61；配列番号:32のヌクレオチド101；配列番号:33のヌクレオチド201、配列番号:34のヌクレオチド1466；もしくは、配列番号:35のヌクレオチド75、又は前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチドの少なくとも15個の隣接ヌクレオチドの、1種又は複数の核酸分子を含むことができる。
【００２３】
本発明は更に、複数の核酸分子を含むキットに関し、ここでこのキットは更に、複数の核酸分子の各々の特定のヌクレオチドの位置又はその近傍で、選択的にハイブリダイズする1種又は複数のオリゴヌクレオチドを備えることができる。このようなオリゴヌクレオチドは、例えば、試料中の多型性ヌクレオチドを含む核酸分子の存在を同定するために有用である。従って本発明は、本明細書に開示されたSNP位置に又はその近傍に、各々、選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーも提供する。
【００２４】
本発明は更に、配列番号:1であり、配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83はGであるもの；配列番号:3であり、配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401はTであるもの；配列番号:4であり、配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437はGであるもの；もしくは、配列番号:8であり、配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191はTであるもの、又はそれらに相補的なポリヌクレオチドに示された、ヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを含む、複数のオリゴヌクレオチドに関する。これらの複数は、前記オリゴヌクレオチドの1種及び関心のある第二のオリゴヌクレオチドを含むことができ、又は、前記オリゴヌクレオチドの2種、3種、又は4種、並びに望ましい場合には、プローブ、プライマーなどとして有用であるオリゴヌクレオチドのような、1種又は複数の関心のある他のオリゴヌクレオチドを含むことができる。例えば、複数のオリゴヌクレオチドは、配列番号:1であり、前記ヌクレオチド配列は配列番号:1のヌクレオチド83を含み、ここでヌクレオチド83はAであるもの；配列番号:3であり、前記ヌクレオチド配列は配列番号:3のヌクレオチド401を含み、ここでヌクレオチド401はCであるもの；配列番号:4であり、前記ヌクレオチド配列は配列番号:4のヌクレオチド437を含み、ここでヌクレオチド437はTであるもの；もしくは、配列番号:8であり、前記ヌクレオチド配列は配列番号:8のヌクレオチド191を含み、ここでヌクレオチド191はCであるもの、又はそれらに相補的なポリヌクレオチドに示されたヌクレオチド配列の位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズする少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを含むことができ、このような複数は、例えば、核酸試料において特定のSNP位置に対応する一方又は両方の多型性変種を同定するために有用である(例えば、A又はGであることができる配列番号:1のヌクレオチド83に対応するゲノムDNA試料中の位置のSNP)。
【００２５】
複数のオリゴヌクレオチドは、例えば、配列番号:2のヌクレオチド251；配列番号:5のヌクレオチド702；配列番号:6のヌクレオチド201；配列番号:7のヌクレオチド201；配列番号:8のヌクレオチド191；配列番号:9のヌクレオチド401；配列番号:10のヌクレオチド541；配列番号:11のヌクレオチド501；配列番号:12のヌクレオチド60；配列番号:13のヌクレオチド201；配列番号:14のヌクレオチド101；配列番号:15のヌクレオチド181；配列番号:16のヌクレオチド151；配列番号:17のヌクレオチド151；配列番号:18のヌクレオチド61；配列番号:19のヌクレオチド122；配列番号:20のヌクレオチド592；配列番号:21のヌクレオチド201；配列番号:22のヌクレオチド201；配列番号:23のヌクレオチド201；配列番号:24のヌクレオチド201；配列番号:25のヌクレオチド61；配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61；配列番号:28のヌクレオチド135；配列番号:29のヌクレオチド123；配列番号:30のヌクレオチド26；配列番号:31のヌクレオチド61；配列番号:32のヌクレオチド101；配列番号:33のヌクレオチド201；配列番号:34のヌクレオチド1466；もしくは、配列番号:35のヌクレオチド75、又はそれらに相補的なヌクレオチド配列の位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズする、少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを含むことができる。本明細書に開示されたこのようなオリゴヌクレオチドの組合せは、本発明の方法を行うために有用な道具を提供し、その結果被験者が恐らくパクリタキセル療法に対して応答性であるか又はないかを推察することができる。従って本発明は、そのような複数のオリゴヌクレオチドを備えるキットを提供し、これは、ハイブリダイゼーションプローブとして有用なオリゴヌクレオチドを備えるキット；単独で、プライマー伸長反応のためのプライマーとして、もしくは増幅反応のための増幅プライマー対として組合わせて有用なオリゴヌクレオチドを備えるキット；又は、このようなプローブ及びプライマーの組合せも含む。
【００２６】
本発明は、複数の核酸分子、各々SNPを含む少なくとも2種の核酸分子にも関し、そのヌクレオチド出現は、被験者は恐らくパクリタキセルに応答性であるか又はないかどうかを推察することを可能にする。複数の核酸分子は、例えば、a)このようなSNPを含むシトクロムP450(CYP)遺伝子の少なくとも1種のヌクレオチド配列であり、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；配列番号:13のヌクレオチド201、又は配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチドを含む、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；又は、配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C9遺伝子のヌクレオチドを含むヌクレオチド配列、又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列、並びに、b)SNPを含む遺伝子(CYP遺伝子以外)であり、配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、又は配列番号:32のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、ASIP遺伝子のヌクレオチド；配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、TUBB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:20のヌクレオチド592に対応するヌクレオチドを含む、TYRP遺伝子のヌクレオチド；配列番号:24のヌクレオチド201を含む、AIM遺伝子のヌクレオチド；配列番号:25のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、GSTT遺伝子のヌクレオチド；配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、DCT遺伝子のヌクレオチド；配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチドを含む、OCA遺伝子のヌクレオチド；配列番号:31のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、POR遺伝子のヌクレオチド；配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、RAB遺伝子のヌクレオチド；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を有する遺伝子の少なくとも1種のヌクレオチド配列を含む。
【００２７】
本発明の態様のひとつの局面において、複数の核酸分子は、CYP遺伝子のヌクレオチド、例えば、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、又は配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；配列番号:13のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む。この態様の別の局面において、複数の核酸分子は、配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチドを含む。
【００２８】
別の態様のひとつの局面において、複数の核酸分子は、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、及び配列番号:35のヌクレオチド75；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む。この態様の別の局面において、複数の核酸分子は、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:5のヌクレオチド702、配列番号:6のヌクレオチド201、配列番号:7のヌクレオチド201、配列番号:8のヌクレオチド191、配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:11のヌクレオチド501、配列番号:12のヌクレオチド60、配列番号:13のヌクレオチド201、配列番号:14のヌクレオチド101、配列番号:15のヌクレオチド181、配列番号:16のヌクレオチド151、配列番号:17のヌクレオチド151、配列番号:18のヌクレオチド61、配列番号:19のヌクレオチド122、配列番号:30のヌクレオチド26、及び配列番号:35のヌクレオチド75；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列を含む。
【００２９】
更に別の態様において、複数の核酸分子のヌクレオチド配列は、存在する場合は、配列番号:1のヌクレオチド83がA又はGであり；配列番号:2のヌクレオチド251がG又はAであり；配列番号:3のヌクレオチド401がC又はTであり；配列番号:4のヌクレオチド437がT又はGであり；配列番号:5のヌクレオチド702がC又はTであり；配列番号:6のヌクレオチド201がC又はGであり；配列番号:7のヌクレオチド201がC又はTであり；配列番号:8のヌクレオチド191がC又はTであり；配列番号:9のヌクレオチド401がC又はTであり；配列番号:10のヌクレオチド541がG又はCであり；配列番号:11のヌクレオチド501がC又はTであり；配列番号:12のヌクレオチド60がC又はTであり；配列番号:13のヌクレオチド201がA又はGであり；配列番号:14のヌクレオチド101がC又はTであり；配列番号:15のヌクレオチド181がA又はGであり；配列番号:16のヌクレオチド151がC又はTであり；配列番号:17のヌクレオチド151がC又はTであり；配列番号:18のヌクレオチド61がA又はGであり；配列番号:19のヌクレオチド122がA又はTであり；配列番号:30のヌクレオチド26がA又はGであり；及び、配列番号:35のヌクレオチド75がA又はGであり、又は前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列であるような、特定のヌクレオチド出現を含む。
【００３０】
複数の核酸分子は、2種又はそれよりも多い核酸分子を個別に又は混合して維持することができる。加えて、複数の各核酸分子の各々は、例えば、スライドガラス又はマイクロチップのような、固相支持体に結合され、そこで核酸分子がアドレス指定可能なアレイであることができるような、アレイに組織化することができる。従って本発明は、例えば、それに複数の核酸分子が結合される固相支持体を備えるキットを含む、前述の複数の核酸分子を含むキットも提供する。本発明のキットは更に、例えば、複数の核酸分子の一塩基多型の位置又はその近傍に選択的にハイブリダイズする1種又は複数のオリゴヌクレオチドも備えることができる。
【００３１】
本発明は、複数のオリゴヌクレオチドにも関連し、これは、a)CYP遺伝子のヌクレオチド配列、例えば、配列番号:1のヌクレオチド83、配列番号:2のヌクレオチド251、配列番号:15のヌクレオチド181、又は配列番号:35のヌクレオチド75に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C8遺伝子のヌクレオチド；配列番号:3のヌクレオチド401、配列番号:4のヌクレオチド437、配列番号:16のヌクレオチド151、又は配列番号:34のヌクレオチド1466に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A4遺伝子のヌクレオチド；配列番号:9のヌクレオチド401、配列番号:10のヌクレオチド541、配列番号:17のヌクレオチド151、配列番号:21のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A7遺伝子のヌクレオチド；もしくは、配列番号:13のヌクレオチド201、又は配列番号:14のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、CYP3A5遺伝子のヌクレオチド；配列番号:23のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、CYP2D6遺伝子のヌクレオチド；配列番号:29のヌクレオチド123に対応するヌクレオチドを含む、CYP4B遺伝子のヌクレオチド；もしくは、配列番号:19のヌクレオチド122に対応するヌクレオチドを含む、CYP2C9遺伝子のヌクレオチド；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列のSNPの位置又はその近傍で選択的にハイブリダイズする、少なくとも1種のオリゴヌクレオチド、並びに、b)SNPを含む遺伝子のヌクレオチド配列、例えば、配列番号:5のヌクレオチド702、又は配列番号:6のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、ESD遺伝子のヌクレオチド；配列番号:7のヌクレオチド201、又は配列番号:8のヌクレオチド191に対応するヌクレオチドを含む、GSTM1遺伝子のヌクレオチド；配列番号:11のヌクレオチド501、又は配列番号:12のヌクレオチド60に対応するヌクレオチドを含む、MAOB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:22のヌクレオチド201、配列番号:30のヌクレオチド26、又は配列番号:32のヌクレオチド101に対応するヌクレオチドを含む、ASIP遺伝子のヌクレオチド；配列番号:18のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、TUBB遺伝子のヌクレオチド；配列番号:20のヌクレオチド92に対応するヌクレオチドを含む、TYRP遺伝子のヌクレオチド；配列番号:24のヌクレオチド201を含む、AIM遺伝子のヌクレオチド；配列番号:25のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、GSTT遺伝子のヌクレオチド；配列番号:26のヌクレオチド201、又は配列番号:27のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、DCT遺伝子のヌクレオチド；配列番号:28のヌクレオチド135に対応するヌクレオチドを含む、OCA遺伝子のヌクレオチド；配列番号:31のヌクレオチド61に対応するヌクレオチドを含む、POR遺伝子のヌクレオチド；もしくは、配列番号:33のヌクレオチド201に対応するヌクレオチドを含む、RAB遺伝子のヌクレオチド；又は、前述のいずれかに相補的なヌクレオチド配列のそのSNPの位置又はその近傍に選択的にハイブリダイズする、少なくとも1種のオリゴヌクレオチドを含む。
【００３２】
複数のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドプローブであることができ、これは、SNPの位置を含むヌクレオチド配列へ選択的にハイブリダイズするか、又はSNPを含むヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズし及びSNP位置の方向にポリメラーゼにより伸長することができるプライマーを含むオリゴヌクレオチドであることができる。ひとつの態様において、複数のプライマーは、増幅プライマー対のプライマーを含み、ここでこの増幅プライマー対は、それにプライマー対が選択的にハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列におけるSNPのヌクレオチド出現を含む核酸分子の増幅を可能にする、フォワードプライマー及びリバースプライマーを含む。従って本発明は、複数のこのようなオリゴヌクレオチドも提供し、ここで複数のオリゴヌクレオチドの各々は、例えば、スライドガラス又はマイクロチップのような、固相支持体に結合されている。ひとつの態様において、複数のオリゴヌクレオチドは、アレイにおいて固相支持体に結合されており、並びにこの態様のひとつの局面において、アレイはアドレス指定可能なアレイである。本発明は更に、例えば、一部又は全てのオリゴヌクレオチドが固相支持体に結合されているような、複数のオリゴヌクレオチドなどの、前述のような複数のオリゴヌクレオチドを備えるキットを提供する。
【００３３】
発明の詳細な説明
パクリタキセル(タキソール(登録商標))は、卵巣癌及び乳癌を含む、様々な癌の治療に使用される化学療法剤である。パクリタキセルは、この場合、シトクロムP450ファミリーメンバーであるCYP2C8、及びより低い程度にCYP3A4により、人体において代謝される(Shouら、Eur. J. Pharmacol.、394:199-209(2000)；Daiら、Pharmacogenetics、11:597-607(2001)、各々本明細書に参照として組入れられている)。パクリタキセルは一般に、卵巣癌患者治療のためのファーストライン治療として、カルボプラチンと併用され(パクリタキセル／カルボプラチン；PC)、このような患者の約2/3が、PC治療に大して陽性応答を示している。PCに対する非応答の分子的基礎は明確に定義されていないが、薬物代謝に関連した酵素の配列の可変性が、薬物応答性の可変性に関連していることはわかっている。本明細書に開示されたように、共通の生体異物代謝遺伝子内のSNPの試験は、患者のPC応答性との関連を明らかにした(実施例1及び2)。
【００３４】
従って本発明は、PC応答(及び非応答)を予測する、SNP及びSNPの組合せを含む、遺伝マーカーを提供し、並びに更に患者がPC療法に応答する可能性があるかどうかを決定することにより、癌患者の治療プロトコールを個別化する方法を提供する。本発明の組成物は、その各々は、パクリタキセル応答性を推察することができるSNPを含む核酸分子の組合せ、並びにSNPのようなヌクレオチド出現の検出及び／又は決定のためのプローブ又はプライマーとして有用なオリゴヌクレオチドの組合せを含む。「ヌクレオチド出現(nucleotide occurrence)」という用語は、本明細書において、SNP位置の特定のヌクレオチド(すなわち、A、C、G又はT)を意味するように使用される。パクリタキセル応答性に関連したSNPのヌクレオチド出現を決定する段階を含む本発明の方法は、被験者、例えば癌患者が、パクリタキセル療法に応答する可能性があるか又は応答しない可能性があるかを推察することを可能にする。
【００３５】
開示されたマーカーセットに関する遺伝的配列は、例えば、診断キットの構成要素として含む、予測試験のための基礎として使用することができるプローブの合成を可能にする。このようなプローブは、SNP位置を含むヌクレオチド配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列を含むことができるか、又はSNP位置に隣接するプライマー対を含むことができる。このようなオリゴヌクレオチドプローブ及びプライマーは、例えば本明細書に開示された配列番号:1〜35を基に設計することができ、これらは、標的ヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下で選択的にハイブリダイズし、これらは無関係の遺伝子配列への実質的交差ハイブリダイゼーションは排除する。このようなプローブ又はプライマーの選択法は、当技術分野において周知であり、及び経験的又は数学的公式を用い決定することができる(例えば、Sambrookら、「Molecular Cloning: A laboratory manual」(Cold Spring Harbor Laboratory Press社、1989)参照、これは本明細書に参照として組入れられている)。
【００３６】
CYP3A遺伝子における突然変異及びSNPは、いくつかの薬物への様々な応答に寄与することが示されている。本明細書に開示されたように、SNPは現在、パクリタキセル応答性の予測に関連している。従って本発明は、パクリタキセルによる治療に対する癌患者の応答性を予測するヌクレオチドマーカー及びマーカーセット、癌患者の治療プロトコールを決定する上での補助としてのそのようなマーカー及びマーカーセットの利用法、並びにパクリタキセル応答性を予測するマーカーセットを決定するために有用なプローブのセットを備えたキットを含む、癌患者のパクリタキセル応答性の予測に関連したマーカーの存在又は非存在を決定するために有用な少なくとも1種プローブを備えたキットを提供する。本明細書に開示された方法は、癌治療薬に対する癌患者の応答性を予測するマーカー及びマーカーセットを同定するために使用することができることは認められると思われる。
【００３７】
パクリタキセル及びカルボプラチン(PC)併用療法に関して報告された応答率は、約62％であり、並びにファーストライン化学療法に対する屈折(refraction)が、低下した時間対再発及び低下した長期生存に関連していることは一般に受入れられている。PC療法に対する応答の説明は、狭い治療指標と組合せた、患者間で観察されたパクリタキセルクリアランス速度の広範な変動に起因し得るので、生体異物代謝及びパクリタキセル標的遺伝子は、PC応答に連結されたSNP及び／又はハプロタイプを同定するために労力をかけスクリーニングされた。本明細書に開示されたように、様々な応答の遺伝的特徴が同定され、その結果ファーストライン化学療法の開始前に、PC応答の性癖の分類が可能である。特に、治療前に可能性のある非応答者を同定するための道具を提供する遺伝マーカーが確定されており、従って代わりに代替療法を施すことの決定を可能にしている。このような「個別化された」又は「個人化された」治療法は、患者に著しい恩恵を提供することができる。
【００３８】
本明細書に開示されたように、少なくとも7種の遺伝子の配列は、可変性PC応答に関連し及び予測することができる(表6参照)。更に、複雑な(多因子の)フレームワークの状況において考察される場合、患者応答における可変性の約98％が説明されている。試験されるSNP及び遺伝子のほとんどは可変性PC応答に関連していないので、これらの結果は、恐らく被験試料内の遺伝的構造を反映していない。代わりに、試験された7種の遺伝子の特異的ハプロタイプ及び／又は多座遺伝子型は、PC治療の転帰に関連された。ほとんどの患者は7種の遺伝子の一部についての応答配列、しかしその他についての非応答配列を収容しているので、それらの分布統計を伴わずに同定された配列を使用し分類を行うことは困難であるが、しかしこの分類は、複雑なベクトルとして、個人群及び応答者群を表わし、並びに両群の平均からそれらのユークリッド距離を基に個々の患者を分類するために、線形判別法を使用する場合には、複雑ではなかった(実施例2参照)。
【００３９】
7種の遺伝子の個別のSNP及び、ましてはハプロタイプ(表6)は、パクリタキセル応答に対する推察を可能にしている。しかし驚くべきことに、多座遺伝子型の分類指標(classifier)の使用は、正確に全ての応答者を、及び正確に独りを除き全ての非応答者を類別した(表8)。このように、この分類指標は、応答者を不正確に類別することなく、非応答者のほとんどを同定するので、特に有用である。可能性のある非応答者は、代替療法又は調節された用量から恩恵を受けることができる卵巣癌患者である。応答者は全員正確に分類されるので、可能性のある非応答者に代替治療を提供する恩恵は、標準の治療様式に応答した個人を誤って方向付けることなく、認識することができる。
【００４０】
卵巣癌患者のほぼ1/3は、PC化学療法に対する応答に失敗している。治療前に開示された分類指標の使用により、ほとんどの非応答者は同定され(応答者を非応答者として誤って分類することなく)、従って可能性のある非応答者について代替治療が可能である。非応答者がファーストラインPC治療から除外された場合は、PC応答率は事実上100％となると思われる。更に分類された非応答者が、一般的集団のPC治療の成功率(例えば、70％)に類似した成功率を有する代替療法又は用量変更へと導かれる場合は、この分類指標は、全般的ファーストラインの成功率を63％から約89％へ改善すると思われる。従って本発明は、PC併用化学療法の効能の増強に関してファーストライン化学療法を個人化するために使用することができる分類指標を提供する。これらの結果は、同様の試験を、他の化学療法薬のために開発することができ、その結果最良の薬物を、各々の癌患者について個人的に選択することができることを示している。本明細書に開示されたマーカーのセットは、ハプロタイプシステムを構成しており、これはヒト集団に存在する二倍体の相が既知の(phase-known)ハプロタイプ組合せのセットである。4個のSNPを含む遺伝子は、大きい数の2遺伝子座ハプロタイプシステム、比較的小さい数の3遺伝子座ハプロタイプシステム及びひとつの4遺伝子座ハプロタイプシステムを有する。ハプロタイプシステムは、多型マーカーで構成され、これは、個人が互いに異なる(すなわち多型)であるゲノムDNA中の特定の位置での特異的配列である。
【００４１】
本発明は、4種の新たに説明されたSNPを提供し、これは、ヌクレオチド83がGである配列番号:1；ヌクレオチド401がTである配列番号:3；ヌクレオチド437がGである配列番号:4；及び、ヌクレオチド191がTである配列番号:8を含み；並びに更には、その各々は、パクリタキセル応答性に関連したSNPを含む遺伝子ヌクレオチド配列の組合せを提供する。同じくオリゴヌクレオチドプローブ及びプライマーを含む、望ましいSNP位置でのヌクレオチド出現を決定するのに有用なオリゴヌクレオチドも提供される。「SNP」又は「SNP位置」という用語は、本明細書においてその通常の意味で使用され、集団内に2種又はそれよりも多い変形で存在するヌクレオチド配列の位置を意味する。従ってSNPは、例えば、AもしくはG；又は、CもしくはT；又は、A、GもしくはT；などである。このように、本明細書における例えば配列番号:1のヌクレオチド83を含むSNPへの言及は、本明細書に開示されたようにA又はGであることができるヌクレオチド83を有する少なくともその部分を含む、配列番号:1に示されたヌクレオチド配列を意味すると理解されると思われる。更にSNPは、特定のヌクレオチド出現、例えば、配列番号:1のヌクレオチド83がGであることに関して説明することができる。このように、配列番号:1から35に示された各ポリヌクレオチドは、ふたつの核酸分子に相当し、その各々は、特定の位置において多型性である。
【００４２】
本明細書に使用されたように、「パクリタキセル応答性との関係」という用語は、SNP(加えてハプロタイプアリル又は二倍体ハプロタイプアリル)に関連して使用される場合、SNP位置(又はハプロタイプアリル、又は二倍体ハプロタイプアリル)での1種又は複数のヌクレオチド出現は、被験者が、パクリタキセル治療に応答するか又はパクリタキセル治療に応答しない可能性を引き出す推察を可能にすることを意味する。例えば、配列番号:1のヌクレオチド83でのそのSNPは、パクリタキセル応答性に関連し、より詳細に述べると、配列番号:1のヌクレオチド83でのAの出現は、そのヌクレオチド出現を有する被験者は恐らくパクリタキセル治療に応答することを引き出す推察を可能にする。更に、配列番号:1のヌクレオチド83でのGの出現は、被験者は恐らくパクリタキセルに関して非応答者であることを引き出す推察を可能にする。
【００４３】
本明細書において使用される「ハプロタイプ」という用語は、単独の遺伝子の2種又はそれよりも多いSNPの群別を意味する。本明細書において使用される「ハプロタイプアリル」という用語は、ハプロタイプを作成するSNPのヌクレオチド出現のランダムでない組合せを意味する。例えば、配列番号:1及び2は、ヒトCYP2C8遺伝子に存在するふたつのヌクレオチド配列であり、各々SNP(配列番号:1のヌクレオチド83及び配列番号:2のヌクレオチド251)を含む。配列番号:1のヌクレオチド83のSNPは、A又はGであることができ、及び配列番号:2のヌクレオチド251のSNPは、A又はGであることができる。このように、これらのSNPを含むCYP2C8遺伝子のハプロタイプを、例えば、AA又はAG又はGG又はGAにより表わすことができるが；しかし、特定化された塩基が同じ遺伝子内に存在する場合は、これらはその遺伝子内で隣接しないことに注意しなければならない。本明細書に開示されたように、GA又はGG以外のCYP2C8遺伝子ハプロタイプアリルの同定は、被験者がパクリタキセル応答者であることを引き出すことを推察することができる。
【００４４】
本明細書において使用される「二倍体ハプロタイプアリル」又は「多座遺伝子型」という用語は、ハプロタイプの両アリル、すなわち、両染色体上に存在するハプロタイプを意味する。CYP2C8遺伝子の二倍体ハプロタイプアリルは、例えば、GG/NNにより表わすことができ、ここで一方のアリルは、配列番号:1のヌクレオチド83に対応する位置にGを含み、及び配列番号:2のヌクレオチド251に対応する位置にGを含み、並びに他方のアリルは、これらの位置にいずれかのヌクレオチド(N)を含む(表7参照)。本明細書において使用される「対応する」という用語は、配列番号:1から35のいずれかのヌクレオチド位置に関して、ゲノム、特にヒトゲノムに存在する内因性ヌクレオチド位置を意味する。
【００４５】
SNP位置を含む遺伝子ヌクレオチド配列及び／又はオリゴヌクレオチドの開示された組合せは、患者がパクリタキセル療法に応答する可能性があるかどうかを決定するための、このような治療開始前の癌患者のスクリーニングの道具を提供する。患者が、パクリタキセル非応答者である可能性があると決定された場合、臨床医は、その患者は代替療法から恩恵を受け得ると判断する立場にある。遺伝子ヌクレオチド配列及びオリゴヌクレオチドの組合せは、臨床検査室(medical diagnostic laboratory)に有用であり、個体アッセイ法又はハイスループットアッセイ法に適した個別の又は混合された試薬として提供される。
【００４６】
オリゴヌクレオチドプローブ又はプライマーは、それがパクリタキセル応答性の推察を可能にするSNPの位置で又はその近傍で選択的にハイブリダイズするように、選択される。「標的核酸分子」という用語は、本明細書において一般に、パクリタキセル応答性の推察を可能にするSNPを含むヌクレオチド配列を意味するように使用される。標的核酸分子は、一本鎖又は二本鎖であることができ、及びDNA、RNA、又はDNA/RNAハイブリッドであることができる。各々、単独又は組合わせて、パクリタキセル応答性の推察を可能にするSNPを含む配列番号:1から35は、標的核酸分子の例として提供される。
【００４７】
関連するSNP及びパクリタキセル応答性に関連したヌクレオチド出現の位置を含む、配列番号:1から35について説明された開示された遺伝子配列を基に、SNPを含むヌクレオチド配列(又はそれらに相補的なヌクレオチド配列)に選択的にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドプローブ、及びSNPに隣接する増幅プライマー対を含むプライマーは、容易に調製することができる。本明細書において使用される「選択的ハイブリダイゼーション」又は「選択的にハイブリダイズする」という用語は、ヌクレオチド配列が、選択された標的核酸分子の相補的な配列とは会合するが、無関係のヌクレオチド配列とはしないような、中等度にストリンジェントな又は高度にストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションを意味する。一般に、選択されたヌクレオチド配列に選択的にハイブリダイズするプローブ又はプライマーとして有用なオリゴヌクレオチドは、少なくとも約15ヌクレオチド長であり、通常少なくとも約18ヌクレオチド、特に約21、22、23、24、25もしくは30ヌクレオチド長であるか又はそれよりも長い。選択的ハイブリダイゼーションを可能にする条件は、例えば、標的核酸分子に関連した遺伝子のヌクレオチド配列について標的核酸分子に対するオリゴヌクレオチドプローブの特異性を決定することにより(例えば、プローブ又はプライマーは、標的シトクロムP450ヌクレオチド配列に特異的であるが、他の関連したシトクロムP450遺伝子ファミリーメンバーのヌクレオチド配列にはそうではないことを決定することにより)、経験的に決定することができる。選択的ハイブリダイゼーションを可能にする条件は、例えば、ハイブリダイズするオリゴヌクレオチド及びそれにハイブリダイズされる配列の相対GC:AT含量、ハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの長さ、及びもし存在する場合にはそのオリゴヌクレオチドとハイブリダイズされる配列の間のミスマッチの数を基に、推定することができる(例えば、Sambrookら、「Molecular Cloning: A laboratory manual」(Cold Spring Harbor Laboratory Press社、1989)を参照し、これは本明細書に参照として組入れられている)。
【００４８】
特定のSNPの存在は、オリゴヌクレオチドプローブが、例えば、SNPの特定のヌクレオチド出現を含むが、他のヌクレオチド出現は含まない(例えば、Aは含むが、C、GもしくはTは含まない)標的核酸分子にハイブリダイズするハイブリダイゼーション法を用いて検出することができる。このプローブの選択的ハイブリダイゼーションは、例えば、ゲル電気泳動により検出することができ、ここではプローブ又はそれらの切断産物が同定される。例えば、プローブがSNP位置を含むヌクレオチド配列へハイブリダイズするが、SNPに関してミスマッチを含む場合、エンドヌクレアーゼとの接触は、このプローブを切断し、その切断産物は、ゲルにおいて完全長オリゴヌクレオチドプローブよりもより早い移動を有することにより同定される。逆に、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ法も、SNP位置で特定のヌクレオチドを同定するために使用することができる。このような反応は、SNPの位置まで及びこれを含むよう5'側にハイブリダイズする第一の部分、並びにSNPのすぐ3'側にハイブリダイズする第二の部分を含む、ふたつの部分を構成するオリゴヌクレオチドプローブを利用することができる。SNPに相補的な位置にあるプローブ部分のヌクレオチドがSNP位置で実際にヌクレオチドに相補的であり、及びハイブリダイゼーション配列が更にDNAリガーゼと接触される場合、これらの第一及び第二のプローブ部分はライゲーションされ、ゲルにおいて個別の第一及び第二のプローブ部分よりもよりゆっくり移動する産物を作成する。
【００４９】
オリゴヌクレオチドプローブは、蛍光部分及び蛍光消光部分を含むモレキュラービーコン又はタックマン（TaqMan）(商標)プローブのような、二標識されたオリゴヌクレオチドプローブであることができ、ここで二標識されたオリゴヌクレオチドプローブは、SNP位置を含む標的核酸分子のヌクレオチド配列へ選択的にハイブリダイズし；及び、その蛍光部分に起因した蛍光を検出することができる。このような方法は、増幅反応(下記参照)と組合わせた場合に、増幅産物の生成の実時間検出のための手段を提供する。
【００５０】
特定のSNPの存在も、プライマー伸長反応又は増幅反応を用いて検出することができる。例えば、標的核酸分子を含む(又は含むことが疑われる)核酸試料は、更なるポリメラーゼとの接触時に、SNPの位置まで、及び望ましい場合にはそれを超えて伸長することができるようなオリゴヌクレオチドプライマーと接触することができる。加えて、この核酸試料は、第一のプライマー及び第二のプライマーを含む増幅プライマー対と接触することができ、これは、標的核酸分子の相補鎖と選択的にハイブリダイズし、並びにポリメラーゼの存在下で、増幅産物の生成を可能にする。便宜上、増幅プライマー対のプライマーは、「第一のプライマー」及び「第二のプライマー」と称されるが；しかし、本明細書において「第一のプライマー」又は「第二のプライマー」の表現は、重要性、追加の順番などを示すことは意図されていない。更に増幅プライマー対は、第一及び第二のプライマーは、通常フォワードプライマー及びリバースプライマーと称されるものを含むことを必要とし、例えば、配列番号:1から35を考慮し、これは増幅産物を作成するための周知で慣習的な方法を用い選択することができることは認められると思われる。
【００５１】
プライマー伸長又はPCR増幅反応は、SNP位置での特定のヌクレオチドの存在を、伸長及び／又は増幅産物の存在又はサイズにより決定することができるように設計することができ、この場合そのSNPは、ゲル電気泳動、キャピラリーゲル電気泳動、又は質量分析などの方法を用いて決定することができ；もしくは、その増幅産物は、SNP位置でヌクレオチドを決定するために、配列決定することができる。加えてSNPは、例えば、SNP位置を含む第一の増幅産物のヌクレオチド配列と選択的にハイブリダイズすることができる検出(detector)オリゴヌクレオチドと、試料を更に接触すること；及び、前述のように検出オリゴヌクレオチドの選択的ハイブリダイゼーションを検出することにより、間接的に検出することができる。
【００５２】
様々な終了点検出フォーマットが、当技術分野において公知であり、及び本方法に適用することができる。例えば、PCRは、タックマン(商標)試薬を用い、その後この終了点でのそのプレートの読取りにより行うことができる。モレキュラービーコン、アンプリフルオァ（Amplifluor）(商標)又はトライスター（TriStar）(商標)試薬及び方法も、同様に使用することができる(Stratagene社；Intergen社)。増幅産物は、例えば、一方のプライマーがビオチン化され及び他方がジゴキシゲニンを含むような設計を使用する、ELISAフォーマットを用い検出することもできる。その後この増幅産物を、ストレプトアビジンプレートに結合し、洗浄し、ジゴキシゲニンに酵素結合した抗体と反応させ、その酵素にとっての色素団、蛍光団又はケミルミネセンス基質で発色することができる。または、例えば、増幅反応物へ放射能標識されたデオキシヌクレオシド三リン酸を含ませ、その後検出のためにDEAE紙上に増幅産物をブロッティングすることにより、放射性の方法を使用し、生成された増幅産物を検出することができる。加えて、ひとつのプライマーがビオチン化される場合、その後ストレプトアビジンで被覆したシンチレーション隣接アッセイプレートを用い、PCR産物を測定することができる。追加の検出方法は、例えば、デルフィア（DELFIA）(登録商標)アッセイ法(Pall社)において使用されるようなランタニドキレートなどのケミルミネセンス標識、ルテニウムトリス-ビピリジル(ORI-GEN社)のようなエレクトロケミルミネセンス標識、又は例えば蛍光相関分光法を使用する蛍光標識を用いることができる。
【００５３】
市販されている1種又は複数のSNPのヌクレオチド出現を同定するために使用することができるアッセイシステムは、SNP-IT(商標)アッセイシステムである(Orchid BioSciences社；プリンストン、NJ)。一般にSNP-IT(商標)方法は、3工程プライマー伸長反応である。第一の工程において、標的核酸分子は、試料から、キャプチャープライマーへのハイブリダイゼーションにより単離され、これは第一レベルの特異性を提供する。第二の工程において、キャプチャープライマーは、標的SNP部位の終結ヌクレオチド三リン酸から伸長され、これは第二レベルの特異性を提供する。第三の工程において、伸長されたヌクレオチド三リン酸は、例えば直接的蛍光、間接的蛍光、間接的色素アッセイ法、質量分析、又は蛍光偏光を含む、様々な公知のフォーマットを用い検出される。反応は、都合が良いことに、SNPストリーム（SNPstream）(商標)装置(Orchid BioSciences社)を用いる、自動化されたフォーマットである、384ウェルフォーマットにおいて処理することができる。
【００５４】
本発明の方法は、ハイスループットアッセイ法に容易に適合可能である。例えば、PCRのような増幅反応を、特定数のサイクルについて高価ではないロボット式サーモサイクルを用いて行い、その後生成された増幅産物をこの反応の終了点で決定することができる。更にこれらの方法は、例えば、示差的に標識されたオリゴヌクレオチドプローブを用いる、又は異なるサイズのライゲーション産物を生成するオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ法、又は異なるサイズの増幅産物を生じる増幅反応を行うことにより、多重フォーマットにおいて行うことができる。
【００５５】
オリゴヌクレオチドプローブ及び／又はプライマー、並びにパクリタキセル応答性に関連したSNPのひとつ又は全てのヌクレオチド出現を含む遺伝子ヌクレオチド配列(例えば、配列番号:1から35)は、単離された核酸分子として、例えば、キットにおいて提供されるか、もしくは、マイクロチップ、スライドガラス、膜、又はビーズのような固相支持体に結合することができる。ヌクレオチド配列を固相支持体、特にマイクロチップ又はスライドガラスのような支持体上に固定する方法は、周知である(例えば、DeRisiら、Science、278:680-686(1997)；Martonら、Nat. Med.、4:1293-1301(1998)；Lipshutzら、Nat. Genet.、21:20-24(1999)参照、これらは各々本明細書に参照として組入れられている。)。好ましくは、これらのヌクレオチド配列は、アドレス指定可能なアレイ上に固定され、ここで各ヌクレオチド配列(SNPを含む遺伝子配列又はオリゴヌクレオチドプローブもしくはプライマーのいずれか)は、アレイ内の規定された位置に存在し、従って被験核酸試料中のSNPの特定のヌクレオチド出現の同定を促進する。
【００５６】
本発明の組成物は、都合の良いことに、例えば、2種又はそれよりも多い遺伝子のSNP位置でのヌクレオチド出現の検出に有用な2種又はそれよりも多いオリゴヌクレオチドを備えるキットとして提供することができ、ここで各SNPは、パクリタキセル応答性の推察を提供する。このキットのオリゴヌクレオチドは、SNP位置を含む配列番号:1から35の少なくとも2種のヌクレオチド配列を含む、オリゴヌクレオチドプローブ、特に少なくとも1種のシトクロム遺伝子及び1種のシトクロム遺伝子以外の遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドプローブであることができる。「少なくとも1種」という用語は、1種又は複数のことを意味する。このように、この用語は、1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種、9種、10種などを含み、並びに、例証されたSNP、ハプロタイプアリル、二倍体ハプロタイプアリル、及びオリゴヌクレオチドプローブ及び／又はプライマーの全てを含むことができる。同様に、「少なくとも2種」という用語は、2種又はそれよりも多い、例えば、2種、3種、4種、5種などを含む。
【００５７】
このキットのオリゴヌクレオチドは、SNP位置に存在するヌクレオチドを含む、少なくとも2種の異なる標的核酸分子の伸長(及び／又は増幅)産物を生成するために使用することができるオリゴヌクレオチドプライマー(そのひとつ又は全ては増幅プライマー対の第一の増幅プライマーであることができる)であることができ；もしくは、そのようなプローブ及びプライマー(及びプライマー対)の組合せであることができる。配列番号:1から35に示した各ヌクレオチド配列、又はそれらに相補的なヌクレオチド配列は、SNP位置を含む全体又は一部において、核酸試料中の、パクリタキセル応答性に関連したSNPの特定のヌクレオチド出現を検出するためのプローブとして有用であることも認められるべきである。
【００５８】
本発明のキットは、本発明の方法の実践に有用である、1種又は複数の試薬も備えることができる。例えばこのキットは、そのキットに備えられたプローブ又はプライマーのための対照標的核酸分子を備えることができる。本発明のキットは、プローブ及び／又はプライマーと共に、単独で又は組合せて使用することができる1種又は複数の検出可能な標識を備えることもでき、ここでこのキットは更に、標識のプローブ又はプライマーへの連結のための試薬も備えることができる。様々な検出可能な標識を含むキットは、例えば、多重分析アッセイ法のためのプローブを調製するために有用であることができる。または、キットのプローブは、標識されたプローブ、例えば蛍光標識されたプローブとして提供することができ、及び更に蛍光部分及びこの蛍光部分に隣接した場合に蛍光を消光する消光部分を含む二標識されたオリゴヌクレオチドプローブであることができる。
【００５９】
下記実施例は、本発明を例証することが意図されている。
【００６０】
実施例1  パクリタキセル応答を予測するSNPの同定
本実施例は、癌患者のパクリタキセル応答性を予測するSNPのマーカーセットを同定する方法を提供する。
【００６１】
30種の生体異物代謝遺伝子内の多数のハプロタイプシステムを、スクリーニングした。特にCYP3A4遺伝子内において、50種のハプロタイプシステムを、無作為に選択し、及びパクリタキセル応答との関係について試験した(例えば、スクリーニングされたCYP3A4遺伝子のSNPを示す、表1参照)。これら50種のハプロタイプシステムにおいて、その構成性ハプロタイプがパクリタキセル応答に連結されるひとつのシステムであるTX3A41119(CYP3A4遺伝子)が、同定される(表1及び2；SNPに隣接するヌクレオチド配列の配列表を参照のこと)。
【００６２】
（表１）
2005524388.tif 000002
【００６３】
表1は、卵巣癌患者において、パクリタキセル応答との関係について試験したCYP3A4多型を示している。SNPの名称は、第1列に示した。各SNPに関する独自の識別子を示し(第2列)、NCBI参照配列(第4列)内のその位置(第3列)も示した。各SNPの状態、すなわちそれが確認された多型マーカー(「poly」で示される)であるかどうかは、第5列に示した。多型の種類、すなわち、それが遺伝子のコード領域、サイレント領域又はイントロン領域内に位置するかどうかは、第6列に示した。この実施例に説明されたハプロタイプシステムは、イタリック及び太字で示した3種のSNPの組合せである。
【００６４】
卵巣癌患者は、パクリタキセル及びカルボプラチン療法の数ラウンド(最大15回)の治療を受けた。癌関連タンパク質であるCA125のベースライン測定値は、各ラウンドの前に確定し、及び処置後の測定値は、各患者における各治療の1ヶ月以内に得た。本治験は、療法に応答した患者と応答しなかった患者の間で、生体異物代謝遺伝子配列において遺伝的差異が存在するかどうかを決定するために、設計した。各生体異物代謝遺伝子においてSNPを発見するために設計された、本試験の第一工程において、そのような50種の遺伝子中の30種のSNPの平均を同定した。第二の工程において、患者は、これらのSNPの各々で遺伝子型決定した。30名の卵巣癌患者において、およそ1500種のSNP位置が、配列決定され、450,000種の遺伝子型を生じた。
【００６５】
（表２）
2005524388.tif 000003
【００６６】
表2は、卵巣癌のパクリタキセル応答者と非応答者の間の遺伝子構造の識別試験の結果を示している。ふたつの遺伝子(第1列)内のハプロタイプシステム(第2列)の分析について、表示されている。応答に関するふたつの判定基準が使用された：パクリタキセル治療後のCA125測定値の20％及び50％の低下。これらの分析は、ふたつのレベルについて行った(第4列)。「個人レベル」は、個人当りの平均CA125応答を使用し、及び各個人を1回のみカウントした。「試験対」レベルは、各パクリタキセル治療-CA125測定値の対を使用し；いずれか個人1名を、その個人が受けた治療回数に応じた数だけカウントした。対のあるエフ統計(第4列)及び差の直接法(第5列)に関するP値を示している。
【００６７】
マーカーセット中の遺伝子がパクリタキセル応答に関連しているマーカーセットはどれかを見つけるために、マーカーセットを規定し、その後選択されたマーカーのセット毎に同じである常法を用いた。患者集団を、2群に分けた：1)治療後CA125レベルがベースラインよりも20％又は50％低い患者として定義された、応答者、及び2)非応答者。これは、個人のレベルについては、平均測定値を各患者について用い、及び各患者は1回のみカウントし、並びに測定値のレベルについては、各患者が数回カウントされるように行った。ハプロタイプは、Stephensらのアルゴリズム(Amer. J. Hum. Genet.、68:978-989(2001)、これは本明細書に参照として組入れられている)を用い、各患者内の遺伝子型組合せから推察し、ここで次の目標は、応答者群間でハプロタイプ構成の差異に統計学的有意性が存在するかどうかを決定することであった。回答が「なし」である場合には、別のマーカーセットを選択した。
【００６８】
このプロセスを用い、その構成的エレメントが卵巣癌患者におけるパクリタキセル応答について予測された3遺伝子座ハプロタイプシステム(TX3A41119)を同定した(前記表2参照)。TX3A41119ハプロタイプシステムに関するエフ統計のP値は、20％又は50％のCA125低下判定基準を使用するかどうかにかかわらず、並びに個別の患者又は測定値がカウントされたかにかかわらず、高度に有意であった。個人のハプロタイプのレベルに関する遺伝的相違点を測定し、及びヘテロ／ホモ接合性のようなより複雑な遺伝子構造に対する相対強度である差異を直接検定したところ、測定値をカウントした場合に、有意な結果を生じた。対照的に、CYP2D6ハプロタイプシステムTX2D61120に関する有意な結果は得られず、これは対照を表わしている。TX2D61120としての同様の結果を伴う数百のハプロタイプシステムを、スクリーニングした。
【００６９】
ハプロタイプ対それら自身(統計値ではなく)の検証は、CGC及びCGT TX3A41119ハプロタイプが、パクリタキセルへの非応答に関連していることを明らかにした。CGCハプロタイプを伴う個人(n=4)は、50％低下レベルで応答せず(表3)、及びCGCを含む患者の26種からわずかにふたつの測定値が、応答として分類され；残りの24種は非応答であった(表4)。CGTハプロタイプを伴う個人(n=3；表3)は、応答者ではなく、及びこれらの3名の患者の12種の全ての測定値が、非応答であった(表4)。対照的に、CTCハプロタイプは、パクリタキセル応答性に強力に関連していた。CTC/CTCの個人のみが、平均応答者であり(表3)、及び37種の試験応答の35種が、CTC/CTC個人に由来した(表4)。CTC/CTC遺伝子型を収容している各個人が応答者ではないので、他の遺伝子又は生理的もしくは環境的因子も、パクリタキセル応答性に関連しているかもしれない。
【００７０】
（表３）
2005524388.tif 000004
【００７１】
表3は、27名の患者において平均応答と考えられる応答者(上側の群)及び非応答者(下側の群)のTX3A41119ハプロタイプ対のカウント数を示している。
【００７２】
（表４）
2005524388.tif 000005
【００７３】
表4は、27名の患者において各応答と考えられる応答者(上側の群)及び非応答者(下側の群)のTX3A41120ハプロタイプ対のカウント数を示している。合計143種の応答を測定した。
【００７４】
これらの結果は、開示されたマーカーセットは、パクリタキセル患者分類指標試験の構築の基礎として使用することができることを示しており、ここで患者が、TX3A41119又はTX3A41120ハプロタイプシステムのいずれかについて、CTC/CTCハプロタイプ組合せを有する場合には、その患者は、パクリタキセル療法に適格であるとみなすことができ、他方患者がいずれかのシステムについてCGC又はCGTハプロタイプを有する場合には、その患者は、通常のパクリタキセル治療に応答する可能性がより低いと考えられる。
【００７５】
実施例2  パクリタキセル及びカルボプラチンによる治療に対する応答を予測する分類指標
本実施例は、実施例1に説明した試験を拡大し、及びパクリタキセル応答又は非応答に関連したハプロタイプアリルを同定する。
【００７６】
卵巣癌患者の35％が、ファーストラインパクリタキセル及びカルボプラチン(PC)併用療法に応答しなかった。本試験において、27名の臨床的応答者及び15名の非応答者を含む42名の卵巣癌患者を、38種の生体異物代謝遺伝子及び3種のチューブリン遺伝子から746 SNPで遺伝子型決定した(表5、下記参照)。可変性PC応答に有意に関連したものとして、CYP2C8(p＜0.000)及びCYP3A4(p＝0.005)のハプロタイプアリルを同定した。転帰に有意に関連したものとして、GSTM1(p＝0.018)、CYP3A7(p＝0.022)、及びESD(p＝0.017)のハプロタイプアリルも同定し、並びにCYP3A5(p＝0.070)及びMAOB(p＝0.075)のハプロタイプアリルは、わずかに関連したものとして同定した。線形及び二次判別(quadratic discriminate)技術を適用し、これらの遺伝的特徴をPC応答予測についてモデル化した。治療ライン全体に及ぶ応答の評価のためのふたつの異なる臨床判定基準を用い、この応答者分類の精度は100％であり及び非応答者分類の感度は93％であった。これらの結果は、先の実施例1の結果を確認及び拡大し、これはシトクロムオキシダーゼのCYP2C及びCYP3Aファミリーは、可変性PC応答の重要な決定因子であることを示しており、及び更に決定因子としてのエステラーゼD(ESD)、グルタチオンSトランスフェラーゼ(GSTM1)及びモノアミンオキシダーゼ(MAOB)の遺伝子ファミリーを暗示している。これらの結果は更に、卵巣癌患者において、ファーストラインPC応答は、腫瘍型又は病期よりもむしろ、生体異物代謝の関数であり、従って化学療法を個別化し及び特注化するために、癌患者をプレスクリーニングする道具を提供することができることを示している。
【００７７】
試験設計
患者-対照試験設計を用い、パクリタキセル／カルボプラチン(PC)応答者と非応答者の間の遺伝的相違点を測定した。7種の生体異物代謝遺伝子における一塩基多型(SNP)を、公のデータベース給源から探索した(NCBI:dbSNP、これはワールドワイドウェブ上のURL「ncbi.nlm.nkh.gov/SNP/」でアクセスすることができ、本明細書に参照として組入れられている)。加えて、深い再配列決定を、650名の個人の人種的に包括群の各遺伝子プロモーター、エキソン、及び3'非翻訳領域の、増幅(pfuポリメラーゼを用いる)、配列決定及びコンピュータを使った比較により行った。
【００７８】
データ補正
基本的既往歴(biographical)及び臨床データ(すなわち、他の薬物の服用、腫瘍型、手術段階、手術手技)を、以前にパクリタキセル(175mg/m2での3時間にわたる静脈内注入)及びAUC5又はAUC6で1時間かけ静脈内注入されたカルボプラチン(Calvert式を使用)の併用標準用量による化学療法を受けたことがある卵巣癌の患者42名から得た。これら患者42名のほぼ半数が、ヨーロッパ系(例えばラテン系)であると自己申告したが、残りの半分は、明らかにアフリカ系及び／又はアメリカ先住民の系統であった。ファーストライン治療応答を、循環血中癌抗原125(CA125)の測定を用いて評価した。臨床データは、患者チャート及び治験担当看護師による直接の患者への問診から抽出した。患者は、承認された施設内治験審査委員会(IRB)の同意書を読み署名した後、既往歴の問診票に記入し、血液4mlを採血された。DNAを、循環血中リンパ球から、市販のキット(Qiagen社)を用いて抽出し、及び入れ子式PCRを用い増幅し、25K SNPストリーム(商標)／ウルトラハイスループット(UHT)遺伝子型決定システム(Orchid Biosciences；プリンストン、NJ)を用いる、プライマー伸長プロトコールに着手した(front-end)。
【００７９】
応答測定
治療に対する応答を、ふたつの方法で測定した。両方法について、通常の3週間間隔の治療スケジュール状況において投与される治療のみを考慮した。「平均PC応答」は、治療のファーストラインを通じての1サイクル当りの平均応答として定義した。各サイクル応答を計算するために、PCサイクル後の最初のCA125測定値を、PCサイクル前の最後のCA125測定値(ベースライン)から差し引き、及びその結果をベースライン値で除算した。陽性応答は、PC治療の全ラインに及ぶCA125レベルの少なくとも11％の平均低下と定義した。「全般的PC応答(Overall PC Response)」を用い、ファーストライン治療についての全体の転帰を測定した。「全般的」PC応答の期間に、患者のCA125値が、PC化学療法の最終ラインまでに、正常なCA125上限(35ユニット)を下回るように低下した場合は、その患者は、応答者とみなされる。
【００８０】
統計解析及びモデリング
遺伝的特徴抽出
可変性PC応答の有用な遺伝的特徴を同定するために、応答に関係したアリルのSNPを、デルタ値法を用い最初に同定した(下記参照；同じく、Chakraborty及びWeiss、Proc. Natl. Acad. Sci.、USA、85:9119-9123(1988)；Shriverら、Amer. J. Hum. Genet.、60:957-964(1997)を参照、これらは各々本明細書に参照として組入れられている)。データが失われた個人は、この解析から除外し、及び特徴抽出に関して、遺伝子型があいまいな個人も除外した。
【００８１】
表7(下記参照)のもののような相が既知のSNPアリルのより詳細な解析について、あいまいなSNP遺伝子型を、標本の応答に対して盲検化された方法において、2-D遺伝子型プロットから目視により推定し；Orchid UHTデータ収集ソフトウェアを用い、少なくとも一方の軸上に少なくとも100のシグナル強度を必要とした。試験したSNP組合せの各々について、相が既知のアリルの関係、表現型及び遺伝子型のデータを、Oracleデータべースから検索し、及び独自開発したjavaベースのソフトウェアプログラムを用い、遺伝子型データと統合した。ハプロタイプ相を推察後(Stephensら、Amer. J. Hum. Genet.、68:978-989(2001)、これは本明細書に参照として組入れられている)、PC応答者及び非応答者を群別し、並びにSNP組合せのハプロタイプアリルが可変性PC応答に有意に関連しているかどうかについて試験した。
【００８２】
各SNP組合せのアリルを試験するために、エフ統計及びFishers直接法を用い、群別した応答者と非応答者の間の配列組成に統計学的有意差が存在するかどうかを決定した。可変性PC応答とのアリルの関係について遺伝子内の全ての可能性のあるSNP組合せを試験すること(コンピュータを使用した集中的労作)を避けるために、デルタ値スクリーンから選択されたそれらのSNPのみを組込んでいるそれらの組合せを試験した。1種よりも多いそのような組合せが利用可能である場合には、p値リストを作成し、最低値との組合せを選択した。この方法は、SNP遺伝子座、可変性PC応答と最も有意に関連している相が既知のアリルの最適組合せを同定した。
【００８３】
遺伝的特徴のモデリング
線形／二次分類
PC応答の推察のためにハプロタイプアリルを使用するために、ゲノミクスデータの改変を伴う、パラメトリックな多変量線形分類及び二次分類法を使用するためのソフトウェアプログラムを作成した。標本は、通常の分散共分散行列で異なる平均ベクトルを伴う多変量正規分布から得たという仮定の下で、線形分類手法を適用した(Fisher、Ann. Eugen.、7:179-188(1936)；Rao、Nature、160:835-836(1948)；Smith、Ann. Eugen.、13:272-282(1947)、その各々は本明細書に参照として組入れられている)。プールした母集団内分散共分散行列は、下記式(1)を用いコンピュータ処理した：
2005524388.tif 000006
(式中、Yijは、i番目の群内のj番目の個人についての特徴測定値のベクトルであり、並びにμi及びNiは、i番目の群に関する平均のベクトル及び標本サイズである。)。
【００８４】
これらのベクトルの成分は、SNP、ハプロタイプ又は多座遺伝子型アリルの代理値であり、このベクトルの各次元は、異なる遺伝子座を表わしている。例えば、個人は、ベクトルY=(i, j,...n)で表わされ、ここでi及びj＝0又は1並びにn＝遺伝的特徴の全ての多座遺伝子型の数である。k番目の群の平均からij番目の個人の一般化された距離は、下記式(2)を用い、コンピュータ処理した：
2005524388.tif 000007
このベクトルYijを用い、それ自身の群の平均であるμkを計算する。この方法により生じる循環性を避けるために、エレメントをそれ自身の階級と比較する場合に補正を使用することができる(Smouse及びNeel、Genetics、85:733-752(1977)、これは本明細書に参照として組入れられている)。
【００８５】
複雑な遺伝の場合、下記式(3)を使用し、個人をそれ自身の群の平均と比較することにより生じる循環性を、補正した：
2005524388.tif 000008
ij番目の個人は、(2)/(3)が最小である群に割当てられた。「級内差」と比べて大きい「級間距離」は、分類指標道具として各階級について平均ベクトル値を用いる正当性をもたらす。式(2)及び(3)適用の結果は、各応答者階級の個人の補正群及び非補正群への分類のための確率行列である。
【００８６】
応答者集団が異なる分散共分散行列を有する可能性を提供するために(これらの行列は当然一般的治療集団の標本である)、二次分類手法も実行した。i番目の群に関する二次判別スコアは、下記式(4)を用い決定した：
2005524388.tif 000009
分類は、ij番目の個人を(4)が最小となる群に割当てることである。
【００８７】
モンテカルロシミュレーションを用い、応答者が応答者群に入る、応答者が非応答者群に入る、非応答者が非応答者群に入る、及び非応答者が応答者群に入る分類確率について、分布及び要約的統計量を作成した。乱数作成装置を用い、200名の個人を、両群から観察されたアリル頻度を基に定め、及び多変量線形分類確率行列の計算に使用した。この実験を10,000回反復し、分類及び誤分類率及びそれらの信頼区間の要約的統計量を得た。
【００８８】
結果
表現型同定
42名の卵巣癌(OC)患者を、ファーストラインPC応答について表現型同定した。本治験における平均的患者は、PC治療のファーストライン全体にわたり6サイクルの治療を受けた。これらのおよそ51％(21/41)が、各サイクルの開始から終了までに、CA125の平均20％減少を基に、陽性の「平均」PC応答を有した。患者のおよそ61％(25/41)が、値35未満を超える全般的CA125低下を基に、陽性の「全般的」PC応答を示した。完全な相関関係が、「全般的」CA125応答と、腫瘍容積の縮退により決定された測定した臨床応答の間に認められた。PC応答率は、PC併用療法について先に説明された、63％の平均陽性応答率(例えば、Recchiら、Eur. J. Gynaecol. Oncol.、22:287-291(2001)；Grunlandら、Gynecol. Oncol.、83:128-134(2000)参照)とほぼ同等であり、このことはこの標本サイズが、一般的患者母集団を表わしていることを示している。年齢、体重、身長、人種及び喫煙状態(能動又はなし)などの共変量は、「平均」又は「全般的」PC応答とは無関係であったが、喫煙頻度(箱／日)はわずかに「平均」PC応答に関連していた。これらの共変量と組合わせた重回帰分析は、独立変数として、わずかに0.08の寄与率(R二乗)を明らかにした。わずかに1名の患者が、主要シトクロムP450のインヒビター(ベラパミル-CYP3A4)であることがわかっている薬物を摂取していたが、この患者はPC応答者であった。
【００８９】
遺伝的特徴抽出及び特徴決定
患者を、パクリタキセル素因及び／又は作用について関係する可能性のある41遺伝子における746種のSNP配列について、遺伝子型決定した。38種の遺伝子は、生体異物代謝遺伝子であり、及び3種は薬物標的(チューブリン)遺伝子であった(表5、第1列参照)。SNP配列と応答の間の関係を測定するために、ふたつの母集団(すなわち、応答者と非応答者)間の(小数アリル：主要アリル)比の差異を測定するデルタ値を使用した(Shriverら、前記、1997)。
【００９０】
（表５）卵巣癌患者における「全般的」パクリタキセル及びカルボプラチン応答に関する試験した候補SNP、観察した確認されたSNP(頻度＞0.05)、及び選択された特徴的SNP組合せ予測の組成
2005524388.tif 000010
1. 「全般的」PC応答との関係について本発明者らが試験した一塩基多型の数。各々は、本文に説明されたように、非公開の再配列決定及び／又はNCBI公開データベース源に由来した。
2. 少数アリル頻度＞0.005であるアリルを伴い、及び単塩基伸長アッセイ法により証明された明確な遺伝子型クラスを伴う、確認されたSNPの数(Orchid Biosciences)。
3. 本発明者らが「全般的」PC応答と関係することを発見した、それらのSNPに関する独自の識別子。
4. 本文中に説明されたスクリーニングから選択された、可変性「全般的」PC応答で最適に関連づけられた、特徴的SNP組合せの独自の識別子組成。
【００９１】
下記の判定基準に合致する7種の遺伝子(CYP2C8、CYP3A4、GSTM1、CYP3A7、ESD、MAOB及びCYP3A5)における13種のSNPを同定した：1)「全般的」PC応答を基にした患者の相違点に関する0.23より大きいデルタ値；又は、2)0.22よりも大きいデルタ値であるが、少なくとも2種のこのようなSNPを収容した遺伝子に存在するもの(それ自身を含む；表5、第5列「マーカー」参照；デルタ値を示す、表9も参照)。これらのSNP座の各々に関するアリルは、Hardy-Weinberg平衡内であり、及び遺伝子毎を基に、これらの関係は高度に特異的である。例えば、GSTM1は、応答に関連した3種のSNPを収容しているのに対し、GSTM3、GSTP1、GSTT1又はGSTT2のような関連した遺伝子においては認められない。同様に4種のSNPが、CYP2C8について認められるのに対し、関連したCYP2C9、CYP2C18及びCYP2C19遺伝子においては認められなかった。
【００９２】
試験したCYP3遺伝子の各々は、選択されたデルタ値判定基準を使用し、応答に関連したSNPを収容していた：CYP3A4(2)、CYP3A5(2)及びCYP3A7(3)。パクリタキセル応答に関連していないSNPは、試験した他の12種のシトクロムP450遺伝子において認められた。更に、遺伝子において良好なデルタ値を持つSNPを見つける尤度は、いかに多くのSNPがその遺伝子について調査されるかの関数であることはない。例えば、CYP2D6遺伝子において試験した63種の候補SNPで、PC応答に関連していると同定されたものはなかったが、CYP2C8遺伝子中のわずかに49種の試験した候補SNPの中の4種はそのように同定された(表5)。選択判定基準に合致しないが、他方妥当なデルタ値を有したSNPは、通常この標本では統計学的確実さは低い少数アリル頻度を有した。
【００９３】
選択されたSNPを伴う各遺伝子について、相が既知のアリルの応答との関係は、集団区別のエフ統計及び直接法を用いて検定した(Raymond及びRousset、GenePop.、3.0版、Institut des Siences de 1'Evolution、1994；Wier及びCockerham、Evolution、38:1358-1370(1984)、各々本明細書に参照として組入れられている)。恐らく関心のあるSNP組合せを定義し、相が既知の遺伝子型(二倍体ハプロタイプ対、以後「多座遺伝子型」と称す)を、「全般的」PC応答との統計的関係のために推察した。例えば、4種のCYP2C8 SNPのアリルは、「全般的」PC応答に関連したと同定し、及びこれらの4種のSNPは、6種の異なる2遺伝子座組合せを作成するために一緒にすることができる。これらの各組合せは、観察された相が既知の(ハプロタイプ)アリルのそれ自身のセットを有し、これは、統計的アルゴリズム(Stephensら、前記、2001)を用い再構築し、及び応答との関係について試験することができる。
【００９４】
表5に示されたSNP組合せの遺伝子内の相が既知のアリルを全て試験し、最低p値を持つ組合せを、各遺伝子について選択した。ただひとつのSNPを伴う遺伝子について、その遺伝子内の全ての可能性のある2遺伝子座組合せで、その遺伝子内のSNP及び他の確認されたSNPに関連しているものを、それが良好なデルタ値を有するかどうかに関わらず、試験した；最低p-値を持つ組合せを選択した(例えば、表5、CYP3A5のマーカー247参照)。得られたSNP組合せリストは、14種のSNPを含んだ(表5、第6列、「選択された組み合わせ（COMBO）」)。
【００９５】
最も強力に可変性PC応答に関連している多座遺伝子型は、CYP2C8、CYP3A4及びESD遺伝子のものであり、並びにGSTM1、CYP3A7及びMAOB遺伝子に関する多座遺伝子型も、有意である(表6)。これら6種の遺伝子の各々に関する選択された組合せは、「特徴的SNP組合せ」と称され、並びにそれらのアリルは可変性PC応答の「遺伝的特徴」と称される。CYP3A5多座遺伝子型は、p＝0.05レベルにおいて可変性PC応答とは有意に関連していないが、GT/GT遺伝子型に関するχ-二乗調節した残差とは、有意に関連し(p＝0.033)、その結果選択されたCYP3A5組合せは、特徴的SNP組合せとして含まれる(表7G)。
【００９６】
（表６）選択された特徴的SNP組合せの多座遺伝子型の、PC応答者及び非応答者の間を分離する能力に関する効果の統計
2005524388.tif 000011
*本文中に説明されたような「全般的」PC応答判定基準を用いる、最も強力に関連したものから最も少なく関連したものまでの順位ランク。
**遺伝子型が失われた又はあいまいな個人は、この特別な解析から除外した(方法を参照のこと)。
【００９７】
特徴的SNP組合せの各々に関して、ハプロタイプアリル組合せと可変性PC応答の間の関係は、少なくとも1種の試験を用い、強固なものであり、並びに様々な応答の判定基準を用いることで容易に明らかであり、5％、10％、15％、及び20％の「平均」CA125低下、及び「全般的」CA125低下を含む。この関係は、二倍体対よりもむしろ、個人のハプロタイプのレベルについて統計学的に有意であり、並びに「平均」CA125応答よりもむしろ、個人の応答をカウントする場合に、表にまとめられている。CYP3A4遺伝子型を説明のための変量として使用する重回帰分析(遺伝子型のひとつは、多重共線性の問題点を避けるために切片(intercept)とマージされる)は、R二乗＝0.746であることを明らかにし、これはCYP3A4遺伝子型が、「平均」PC応答の変動の74.6％を説明したことを示している。説明のための変量としてCYP2C8の12種の遺伝子型を使用する重回帰分析は、R二乗＝0.206であることを明らかにし、これはTAX2C81226ハプロタイプアリルは、「平均」PC応答における変動性の20.6％を説明していることを示している。CYP3A4及びCYP2C8の両方の20種の多座遺伝子型の重回帰分析は、これらを組合せて、「平均」PC応答の変動の80％を説明すること、及び残りの15〜20％は他の5種の遺伝子についての遺伝子型により説明されることを明らかにした。
【００９８】
「全般的」PC応答者及び非応答者における観察された多座遺伝子型のカウントから、いくつかの単純な関係則を構築した(表7)。CYP3A4のCT/CT多座遺伝子型は、p値が0.001未満である応答と関連し(表7B)、並びにCYP3A7(TG/TG、p＝0.002；表7D)、ESD(TC/TC又はCC/CC、p=0.003；表7E)及びCYP3A5(GT/GT、p＝0.033；表7G)に関するある種の遺伝子型も、「全般的」PC応答に有意に関連していた。対照的に、CYP2C8遺伝子(GG又はGAハプロタイプを伴わない遺伝子型、p＝0.033；表7A)、GSTM1遺伝子(PCハプロタイプを伴わない遺伝子型、p＝0.085；表7C)及びMAOB遺伝子(CCハプロタイプを伴わない遺伝子型、p＝0.012；表7F)に関する多座遺伝子型は、より多く又はより少ない程度に、「全般的」PC非応答と関連していた。例えば、MAOB「CC」ハプロタイプを伴う患者の半分のみが、応答者(15/28；表7F)であるのに対し、MAOB「CC」ハプロタイプを欠いている患者の87％が応答者(13/14；表7F)であった。従って、下記のような予備的分類則を作成することができる。MAOB CCハプロタイプの1コピーを欠いている個人は、応答者であり(可能性があり)、及びCCハプロタイプの少なくとも1種のコピーを伴う個人は、非応答者である(可能性がある)。類似則を、他の特徴的SNP組合せの各々について構築することができる。
【００９９】
（表７）「全般的」PC応答判定基準を用いた、表2に説明された特徴的SNP組合せの各々に関する多座遺伝子型のカウント
【０１００】
（表７Ａ ）
2005524388.tif 000012
*応答との関連に関する調節した残差p値＝0.033
【０１０１】
（表７Ｂ ）
2005524388.tif 000013
*非応答との関連に関する調節した残差p値＜0.001
【０１０２】
（表７Ｃ ）
2005524388.tif 000014
*応答との関連に関する調節した残差p値＝0.085
【０１０３】
（表７Ｄ ）
2005524388.tif 000015
*応答との関連に関する調節した残差p値＝0.023
【０１０４】
（表７Ｅ ）
2005524388.tif 000016
*応答との関連に関する調節した残差p値＝0.003
【０１０５】
（表７Ｆ ）
2005524388.tif 000017
*応答との関連に関する調節した残差p値＝0.016
【０１０６】
（表７Ｇ ）
2005524388.tif 000018
*応答との関連に関する調節した残差p値＝0.033
【０１０７】
応答又は非応答の遺伝子型は、個人内においては連鎖されていなかった。従って、非応答者のひとりは、非応答性CYP2C8、GSTM1及びMAOB遺伝子型を有し、応答性CYP3A7、及びESD多座遺伝子型も有する。応答者である別の患者は、CYP2C8、GSTM1、CYP3A7、ESD及びMAOB遺伝子について非応答者多座遺伝子型を有し、並びにCYP3A4及びCYP3A5遺伝子について応答者遺伝子型を有する。これらの特徴的SNP関係の全てに由来した規則の検証は、「全般的」PC応答に関する独立した分類指標として利用するのに適した強度はないことを示唆した。この結果は、PC応答は複雑な(すなわち多因子性)特性であることを示唆している。
【０１０８】
特徴モデリング
平均PC応答に関連した特異的配列が同定されたが、これらの結果は、いかにこれらの配列を使用し、卵巣癌患者においてPC応答を包括的に予測するかについて、必ずしも有益なものではない。従って線形判別法を用い、遺伝的特徴を組込んでいる複雑な遺伝モデルは、応答者を非応答者から区別することができるかどうかを決定した。個人標本(患者)は、n-次元ベクトルとしてコードした(ここでn＝観察されたSNP、ハプロタイプ又は多座遺伝子型アリルの数)。これらのベクトルを用い、プールした分散共分散行列をコンピュータ処理し、各個人ベクトルと集団の平均ベクトル(各々、患者群及び応答者又は非応答者群)間の距離を計算し、その後これらの標本を、その距離が最も小さい集団に区分けした(bin)(表8)。
【０１０９】
（表８）本文に説明したような、SNP(A)、ハプロタイプ(B)及び多座遺伝子型(C)からのアリルデータに線形分類法を適用することにより構築した応答者分類可能性の表
列は以下のように読む：本文に説明された14種のSNP(A)を使用し、非応答者(行1、列1)は、「全般的」PC応答判定基準を用い、確率0.867(行1、列2)で非応答者として正確に分類され、並びに応答者(行1、列3)として、確率0.133で不正確に分類された。
【０１１０】
（表８Ａ ）
2005524388.tif 000019
【０１１１】
（表８Ｂ ）
2005524388.tif 000020
【０１１２】
（表８Ｃ ）
2005524388.tif 000021
【０１１３】
最も強力な関係である5種の遺伝子(CYP2C8、CYP3A4、GSTM1、CYP3A7、ESD)についてのSNP遺伝子型を用い、応答者及び非応答者の正確な群への分割の補正された確率は、85.7％であった(検定効率、36/42)。これら5種の最強のものだけではなく、7種全ての関連遺伝子に関するSNP遺伝子型を用い、応答者及び非応答者の正確な群への分割に関して、検定効率88.1％を得た(37/42；表8A参照)。実質的に改善された補正された検定効率95.2％(40/42)は、SNPではなく、7種の遺伝子の各々に関するハプロタイプを用いて達成され(表8B)、並びに7種の遺伝子の各々についての多座遺伝子型(ハプロタイプの二倍体対)の使用は、応答者及び非応答者の正確な群への分割について、補正された検定効率97.6％(41/42)を生じた(表8C)。
【０１１４】
10,000回反復した多座遺伝子型のモンテカルロシミュレーションは、平均の補正された検定効率97％(観察されたデータと一致)、中央値98％、並びに標準偏差4.6％及び95％CI(0.94、1.0)をもたらした。陽性検定結果として非応答分類を用い、この分類指標は、非応答感度93％、応答特異性100％、陰性(非応答者)推察に関する予測値100％、及び陽性(応答者)推察に関する予測値96.4％を明らかにした。これらの結果は、線形分類法よりもむしろ二次分類法を使用した場合に有意差はなく、「平均」PC応答判定基準を用いても(10％及び15％閾値低下を使用)、これらは有意差がなかった。
【０１１５】
（表９）
2005524388.tif 000022
2005524388.tif 000023
2005524388.tif 000024
第1列の括弧中の数は、配列識別子(配列番号：)である。
【０１１６】
開示された分類指標は、カルボプラチンは、比較的安定しており、大部分は尿中に未変化型で排泄されるので、カルボプラチン代謝よりも可変性パクリタキセルを予測する可能性がある。対照的に、パクリタキセルは、高度に芳香族性の分子であり、これは徹底的に代謝され、並びに尿中及び糞便中に高度に酸化された形で排泄される(例えば、McFadyenら、Biochem. Pharmacol.、62:207-212(2001)参照)。更に代謝及びクリアランスの薬物動態は、パクリタキセル投与の患者間で広範に変動する。インビトロ試験は、パクリタキセルは、CYP2C8により代謝され(Daiら、Pharmacogenetics、11:597-607(2001)；Soyamaら、Biol. Pharm. Bull.、24:1427-1430(2001))及び、CYP3A4によりより少ない程度に代謝される(Baumhakelら、Int. J. Clin. Pharmacol. Ther.、39:517-528(2001))ことを示唆している。しかし本開示以前に、これらの遺伝子、又は恐らく他の遺伝子に関する配列の変動は、インビボにおける可変性PC応答に関連しているかどうかは明らかではなかった。
【０１１７】
患者は、ファーストライン治療以前には化学療法未経験(naive)であるので、それらの腫瘍は、恐らく抵抗性を顕在化することはないと思われる。このように、可変性ファーストラインPC応答は、腫瘍抵抗性現象よりもむしろ薬物動態学的現象であると推定した。従って、総-生体異物代謝遺伝子試験を開始し、これらの各遺伝子において同定することができるSNPの全てを試験した。試験されるSNP又は関連している遺伝子に関する仮定は設定しなかった。本明細書に明らかにしたように、関連したSNPはある種の遺伝子内でクラスター化され、このことは同定されたマーカーは、生物学的に有意であることを示している。特に、PC応答と最も強力に関連しているCYP3A4及びCYP2C8遺伝子の同定は、パクリタキセル代謝におけるこれらの遺伝子を関与させる試験の観点において、重要である(Baumhakelら、前記、2001)。
【０１１８】
CYP3A4及びCYP2C8に加え、関連したSNP配列を伴う5種の他の遺伝子を、PC応答と強力に関連したものとして同定した。これらの遺伝子は、ESD-D(ESD)遺伝子のアリルを含む。ESD遺伝子は、パクリタキセル代謝に関して関連性があることはこれまで報告されていないが、パクリタキセルは、5個のエステル基を含み、その結果ESD遺伝子産物の基質であることができる。同様に、MAOB遺伝子は、これまでパクリタキセル応答には関連していない。この遺伝子のパクリタキセル代謝との関係がもし存在する場合には、これはパクリタキセルはアミド基を含むが、アミン基は含まないので、明らかではない。しかし、MAOB遺伝子の可変性PC応答との関係は、カルボプラチン代謝との又は間接的手段を介したいくつかの他の発現産物を通じての関与に起因することができる。別の関連した遺伝子であるGSTM1は、グルタチオンSトランスフェラーゼ(GST)をコードしており、これは先にタキサン代謝に関連するものとして同定され；GSTの発現レベルは、ドセタキセルのIC50と相関され(Parkら、Int. J. Oncol.、20:333-338(2002)；Masanekら、Anticancer Drugs、8:189-198(1997))、これは、パクリタキセルと同じ代謝機構に曝される関連化合物である(Desaiら、Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinet.、23:417-424(1998))。
【０１１９】
試験した3種全てのCYP3ファミリーメンバーのアリルは、PC応答と関連し、更にこれら3種のCYP3ファミリーメンバーの各々に関連したアリルの存在は、非応答よりも応答に関連づけられた。この結果は、CYP3Aファミリーメンバーは、多種多様な生体異物化合物による誘導を介しプレグナンX受容体を通じ調和して調節され、並びに様々なCYP3A遺伝子産物は、共通の基質に作用することが分かっているので、興味深い(Quattrochi及びGuzelian、Drug Metab. Dispos.、29:615-622(2001)；Rippら、Drug Metab. Dispos.、30:570-575(2002)に概説)。複数のCYP3A遺伝子におけるPC応答関係の同定は、これらの遺伝子の協調された作用に関する先の報告と一致し、及び開示された関係が生物学的に意味があることの裏付けを提供する。
【０１２０】
本明細書において開示されたSNP遺伝子座が、先の定義された変種に連関されているかどうかは、依然不明である。細胞がパクリタキセルを含む培養物中で接触されるインビトロアッセイ法を用い、アフリカ系アメリカ人にのみ認められたCYP2C8*2ハプロタイプ、及び主に白人に認められたCYP2C8*3ハプロタイプを含む、ふたつのパクリタキセル不応(incompetent)のCYP2C8ハプロタイプアリルが説明された(Daiら、Pharmacogenetics、11:597-607(2001))。しかしインビボでのこれらのハプロタイプのパクリタキセル応答性に対する関係は決定されておらず、並びにCYCP2C8*2及びCYP2C8*3ハプロタイプのSNP遺伝子座は、本試験において同定されなかった。本明細書において開示されたSNP遺伝子座は、現存するCYP2C8又はCYP3A4命名に組込まれておらず、このことはこれらの命名システムが不完全であり、及びいずれもパクリタキセル又は他の薬物の応答性との関連は説明していないことを示唆している。しかし一部又は全ての開示されたCYP2C8アリルは、CYP2C8*3変種(ARG139LYS及びLYS399ARG)を構成しているふたつのコード変化に連関することができる。しかしながら、開示されたハプロタイプは、ヒト集団における変種の天然の分布の一部であり、これらが先に定義された変種と連関されているかどうか又はいかに連関されているかは、実践上よりも理論上で重要である。第一の複雑な遺伝モデルは、今までのところPC療法に対し応答する個人の性癖の予測に関して説明されているので、開示された分類指標は、ファーストライン化学療法応答率の薬理遺伝学的操作を目指す第一工程を説明している。
【０１２１】
本発明は、前記実施例を参照し説明されているが、本発明の精神及び範囲内での修飾及び変更を包含していることは理解されると思われる。従って本発明は、上記の特許請求の範囲によってのみ制限される。
【配列表】
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【国際調査報告】
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2005524388.tif 000044