(57)【要約】本明細書には、ポリペプチドをコード化する核酸配列を開示する。また開示されるものは、ポリペプチドならびに誘導体、変異体、突然変異体、または上述のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体のフラグメントに免疫特異的に結合した抗体である。本発明は、これらの新規なヒト核酸およびタンパク質のいずれか一つに関与する障害の診断、処置および予防のための治療的、診断的および研究的方法をさらに開示する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離ポリペプチドであって、
ａ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群より選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型；
ｂ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型の変異体、但し、成熟型中の任意のアミノ酸は、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変化を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている；
ｃ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群より選択されるアミノ酸配列；
ｄ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群より選択されるアミノ酸配列を持つ変異体、但し、選択された配列で特定される任意のアミノ酸は、配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている；および
ｅ)ａ)ないしｄ)のいずれかのフラグメント
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
【請求項２】
配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択される配列を持つ天然に存在する対立遺伝子の変異体である、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
対立遺伝子の変異体が、配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群より選択される核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる核酸配列の翻訳物であるアミノ酸配列を含む、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
請求項１に記載された変異体ポリペプチドであり、選択された配列中で特定される任意のアミノ酸が保存的置換を生じるように変更されている、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
請求項１に記載のポリペプチドおよび医薬的に許容される担体を含む、医薬組成物。
【請求項６】
請求項５に記載の医薬組成物を一つまたはそれ以上の容器内に含む、キット。
【請求項７】
ヒトの疾患に関連する症候群を処置する医薬の製造における治療物質の使用であって、疾患が請求項１に記載のポリペプチドに関連する病変から選択され、治療物質が請求項１に記載のポリペプチドである、使用。
【請求項８】
試料中の請求項１に記載のポリペプチドの存在または量を測定する方法であって、その方法は：
(ａ)試料を用意すること；
(ｂ)ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体に試料を導入すること；および
(ｃ)ポリペプチドに結合した抗体の存在または量を測定し、それにより試料中のポリペプチドの存在または量を測定すること
を含む、方法。
【請求項９】
第１の哺乳動物の対象中の請求項１に記載のポリペプチドの変化したレベルと関連した疾患の存在または素因を測定する方法であって、
ａ)第１の哺乳動物の対象由来の試料におけるポリペプチドの発現レベルを測定すること；および
ｂ)ステップ（a)の試料中のポリペプチドの量を、疾患または素因を有さないことが知られている第２の哺乳動物の対象由来の対照試料中に存在するポリペプチドの量と比較すること
を含み、対照試料に比較するときの第１の対象中のポリペプチドの発現レベルの変化は、疾患の存在または素因を示す、方法。
【請求項１０】
請求項１に記載のポリペプチドの活性を調整する方法であって、ポリペプチドの活性を調整するのに十分な量でポリペプチドに結合する化合物と共に請求項に記載のポリペプチドを発現する細胞試料を導入することを含む、方法。
【請求項１１】
対象がヒトである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ポリペプチドをコード化する核酸配列を含む単離核酸分子であって、そのポリペプチドは：
ａ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)を与えられたアミノ酸配列を持つ成熟型；
ｂ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群より選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型の変異体であり、選択された配列の成熟型中の任意のアミノ酸が、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、変異体；
ｃ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列；
ｄ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列の変異体であり、選択された配列中の特定されるアミノ酸が、配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、変異体；
ｅ)配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドの少なくとも一部分、または選択された配列の任意のアミノ酸が、配列においてアミノ酸残基の１０％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、ポリペプチドの任意の変異体をコードする核酸のフラグメント；および
ｆ)核酸分子のいずれかの相補的分子
からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離核酸分子。
【請求項１３】
核酸分子が天然に存在する対立遺伝子の核酸変異体のヌクレオチド配列を含む、請求項１２に記載の核酸分子。
【請求項１４】
変異体ポリペプチドをコードする請求項１２に記載の核酸分子であって、変異体ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド変異体のポリペプチド配列を有する、核酸分子。
【請求項１５】
請求項１２に記載の核酸分子であって、核酸分子が配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群から選択される核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる、核酸分子。
【請求項１６】
請求項１２に記載の核酸分子であって、核酸分子は
ａ)配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群から選択されるヌクレオチド配列
ｂ)配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択されるヌクレオチド配列中で一つまたはそれ以上のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、ヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で異なるヌクレオチドに変化されているヌクレオチド配列；
ｃ)配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択される配列を持つ核酸フラグメント；および
ｄ)配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)からなる群から選択されるヌクレオチド配列中で一つまたはそれ以上のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、ヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で異なるヌクレオチドに変更されている核酸フラグメント
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１７】
請求項１２に記載の核酸分子であって、核酸分子が配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはヌクレオチド配列の相補的配列（complement）に厳密な条件下でハイブリダイズする、核酸分子。
【請求項１８】
請求項１２に記載の核酸分子であって、選択されたヌクレオチド配列のコード化配列で特定化される任意のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、選択されたコード化配列中のヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で、異なるヌクレオチドに変化されているヌクレオチド配列、第１のポリヌクレオチドの相補的分子である単離された第２のポリヌクレオチド、またはそれらのいずれかのフラグメントを含む、核酸分子。
【請求項１９】
請求項１２に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項２０】
核酸分子に機能し得るように結合されたプロモーターをさらに含む、請求項１９に記載のベクター。
【請求項２１】
請求項２０に記載のベクターを含む細胞。
【請求項２２】
請求項１２に記載の核酸分子の存在または量を試料中で測定する方法であって：
（ａ）試料を用意すること；
（ｂ）核酸分子に結合するプローブに試料を導入すること；および
（ｃ）核酸分子に結合したプローブの存在または量を測定し、それにより試料中の核酸分子の存在または量を測定すること
を含む、方法。
【請求項２３】
核酸分子の存在または量が、細胞または組織のタイプに対するマーカーとして使用される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
細胞または組織のタイプが癌性である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
第一の哺乳動物の対象中の請求項１２に記載の核酸分子の変化したレベルと関連する疾患の存在または素因を測定する方法であって：
ａ）第１の哺乳動物の対象由来の試料における核酸の量を測定すること；および
ｂ）ステップ（ａ）の試料中の核酸の量を、疾患または素因を有さないことが知られている第２の哺乳動物の対象由来の対照試料中に存在する核酸の量と比較すること；
を含み；
対照試料に比較するときの第１の対象における核酸のレベルの変化は、疾患の存在または素因を示す、方法。
【請求項２６】
請求項１に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体。
【請求項２７】
モノクローナル抗体である、請求項２６に記載の抗体。
【請求項２８】
ヒト化抗体である、請求項２６に記載の抗体。
【請求項２９】
完全なヒト抗体である、請求項２６に記載の抗体。
【請求項３０】
抗体へのポリペプチドの結合解離定数が１×１０−９Ｍ未満である、請求項２６に記載の抗体。
【請求項３１】
ポリペプチドの活性を平衡化する請求項２６に記載の抗体。
【請求項３２】
請求項２６に記載のポリペプチドおよび医薬的に許容される担体を含む医薬組成物
【請求項３３】
請求項２９に記載の医薬組成物を一つまたはそれ以上の容器内に含む、キット。
【請求項３４】
ヒトの疾患に関連する症候群を処置する医薬の製造における治療物質の使用であって、疾患が請求項１に記載のポリペプチドに関連する病変から選択され、治療物質がＮＯＶＸ抗体である、使用。
【請求項３５】
ＮＯＶＸに関連する病変を処置または予防する方法であって、そのような処置または予防が望まれる対象に、対象におけるＮＯＶＸと関連する病変を処置または予防するために十分な量で請求項２６に記載の抗体を投与することを含む、方法。
【請求項３６】
哺乳動物の病態を処置する方法であって、請求項２６に記載の抗体を哺乳動物に病態を軽減するのに十分な量で投与することを含む方法。
【請求項３７】
請求項１に記載のポリペプチドに関連する病変を処置または予防する方法であって、そのような処置または予防が望まれる対象に、対象におけるＮＯＶＸと関連する病変を処置または予防するために十分な量で請求項２６に記載の抗体を投与することを含む、方法。
【請求項３８】
対象がヒトである、請求項３７に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（技術分野）
本発明は抗原性ポリペプチドに免疫特異的に結合する新規抗体に関し、こらはポリペプチドは細胞、組織、器官または生物における生化学的または生理学的応答に関係する特徴的な性質を有する。新規ポリペプチドは、新規遺伝子の遺伝子産物またはそれらの生物学的に活性な特定のフラグメントまたは誘導体である。抗体の使用方法は、ポリペプチドの診断的および予後的アッセイ法ならびに広範な病態を処置する方法を含む。
【０００２】
（背景技術）
真核細胞は、通常の条件下では細胞の維持および増殖を達成するために精妙にバランスを受けている、生化学的および生理学的方法を特色とする。そのような細胞が脊椎動物のような多細胞生物、またはさらに特別には哺乳動物のような生物の構成要素であるとき、生化学的および生理学的方法の調節には精緻な情報伝達経路を伴う。しばしば、そのような情報伝達経路は、細胞外の情報伝達タンパク質、情報伝達タンパク質に結合する細胞性受容体、および細胞内に局在する情報伝達構成要素より成る。
【０００３】
情報伝達タンパク質は、内分泌性エフェクター、パラクリンエフェクターまたはオートクリンエフェクターに分類され得る。内分泌性エフェクターは特定の器官により循環系中に分泌される情報伝達分子であり、これは次いで遠隔の標的器官または標的組織へと輸送される。標的細胞は内分泌性エフェクターの受容体を含み、内分泌性エフェクターが結合すると情報伝達カスケードが誘導される。パラクリンエフェクターには、互いに近傍にある分泌細胞と受容細胞、例えば同じ組織または器官内の２つの異なるクラスの細胞が関与する。第１のクラスの細胞がパラクリンエフェクターを分泌し、これが次いで、例えば細胞外液を介する拡散により、第２のクラスの細胞に到達する。第２のクラスの細胞はパラクリンエフェクターに対する受容体を含有しており、エフェクターの結合は情報伝達カスケードを誘導し、これが対応する生化学的または生理学的作用をもたらす。オートクリンエフェクターは、オートクリンエフェクターを分泌する同じタイプの細胞が受容体をも含有していること以外は、パラクリンエフェクターと高度の類似性を有している。かくして、オートクリンエフェクターは、同じ細胞上でまたは近接する同じ細胞上で受容体に結合する。次いで、結合過程は特色的な生化学的または生理学的作用をひき起こす。
【０００４】
情報伝達過程は細胞および組織に対し、これらに限定されない例として、細胞または組織の増殖の誘導、成長または増殖の抑制、細胞または組織の分化または成熟の誘導、および細胞または組織の分化または成熟の抑制を含む多様な作用をひき起こし得る。
【０００５】
多くの病態には、重要なエフェクタータンパク質の発現の調節不全が関与している。特定のクラスの病態においては、調節不全は、タンパク質エフェクターの合成および分泌の増加または過多として現れる。臨床現場において、対象が興味のあるタンパク質エフェクターレベルの増加または過多によりもたらされる異常に罹患していることを疑うことがある。
【０００６】
抗体は、特定の抗原に特異的に結合し、同族の抗原とは見なされない物質には弱く結合するか、または全く結合しない複数鎖タンパク質である。抗体は、Ｌ鎖と呼称する２本の短い鎖とＨ鎖と呼称する２本の長い鎖から成る。これらの鎖はイムノグロブリン領域より構成され、これらには一般的に２種類のクラス、即ち鎖１本当たり１個の可変領域およびＬ鎖の中には１個の定常領域、Ｈ鎖の中には３個以上の定常領域がある。免疫グロブリン分子の抗原特異的な部位は可変領域中に存在し、１本のＬ鎖および１本のＨ鎖の可変領域が互いに会合して抗原結合部分を形成する。同族のまたは標的の抗原に免疫特異的に結合する抗体は高親和性で結合する。従って、これらは試料中の抗原の存在を特異的にアッセイするのに有用である。加えて、これらは抗原の活性を不活化する潜在能力を有している。
【０００７】
それ故に、そのような対象由来の生物学的試料中の興味のあるタンパク質エフェクターのレベルをアッセイし、そしてそのレベルを非病態的状態に特色的なものと比較する必要がある。特に、抗原に免疫特異的に結合する抗体の使用に基づくそのようなアッセイの必要性がある。さらに、病態が、エフェクターに免疫特異的に結合する抗体の使用に基づいてエフェクターのレベルの増加または過多によりひき起こされる症例において、タンパク質エフェクターの活性を阻害する必要がある。かくして、生産産物としての抗体の必要性がある。さらに抗体を対象に投与することに基づく興味のあるタンパク質エフェクターのレベルの増加または過多によりもたらされる病態の処置方法の必要性がある。
【０００８】
(発明の要約)
本発明は新規ポリペプチドをコード化する核酸配列の発見に部分的に基づく。新規核酸およびポリペプチドは、本明細書においては、ＮＯＶＸまたはＮＯＶ１、ＮＯＶ２、ＮＯＶ３等、核酸およびポリペプチドと呼ばれる。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにその誘導体、ホモログ、アナログおよびフラグメントは以後総称して「ＮＯＶＸ」核酸またはポリペプチド配列と呼ばれる。
【０００９】
一つの態様では、本発明はＮＯＶＸアミノ酸の成熟型を含む単離ペプチドを提供する。ポリペプチドは、例えば、ＮＯＶＸアミノ酸配列、または選択された配列に特定される任意のアミノ酸が、配列中においてアミノ酸残基の１５％未満が変更されるという条件で、異なるアミノ酸に変更されているＮＯＶＸアミノ酸配列の変異体であってもよい。本発明はまた、任意のＮＯＶＸポリペプチドのフラグメントを含む。もう一つの態様では、本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチドをコード化する単離核酸、またはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体を含む。
【００１０】
本発明にはまた、ＮＯＶＸ配列の天然に存在する変異体であるＮＯＶＸポリペプチドが含まれる。一つの実施態様では、変異体は、ＮＯＶＸ核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる核酸配列の翻訳物であるアミノ酸配列を含む。もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸポリペプチドはそこに記載される変異体ポリペプチドであり、そこでは選択された配列で特定される任意のアミノ酸が保存的置換を生じるように変更されている。
【００１１】
もう一つの態様では、本発明は、試料を提供すること；ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体に試料を導入すること；そしてＮＯＶＸポリペプチドに結合した抗体の存在または量を測定し、それにより試料中のＮＯＶＸポリペプチドの存在または量を測定すること；により、試料中のＮＯＶＸポリペプチドの存在または量を測定する方法を提供する。
【００１２】
さらにもう一つの態様では、本発明は、哺乳動物の対象中のＮＯＶＸポリペプチドの変化したレベルと関連した疾患の存在または素因を測定する方法を含み、これは第１の哺乳動物の対象由来の試料中のポリペプチドの発現レベルを測定し；第１ステップの試料中のポリペプチドの量を、疾患または素因を有しないことが知られている第２の哺乳動物の対象由来の対照試料中に存在するポリペプチドの量と比較する。第１の対象中のポリペプチドの発現レベルの対照試料に比較する変化は、疾患の存在または素因を示す。
【００１３】
もう一つの態様では、本発明は治療上または予防上有効な量の医薬組成物および医薬的に許容される担体を含む医薬組成物を含む。治療薬は、例えば、ＮＯＶＡ核酸、ＮＯＶＡポリペプチド、またはＮＯＶＡポリペプチドに特異的な抗体であっても良い。さらなる態様では、本発明は、治療上または予防上有効な量の本医薬組成物を一つまたはそれ以上の容器内に含む。
【００１４】
さらにもう一つの態様では、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドに関連するヒトの疾患に関連する症候群を処置する医薬品の製造における治療薬の使用を提供する。
【００１５】
さらなる態様では、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドを発現する細胞試料を、ポリペプチドの活性を調整するのに十分な量でＮＯＶＸポリペプチドに結合する抗体と接触させることにより、ＮＯＶＸポリペプチドの活性を調整する方法を提供する。
【００１６】
本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチドをコード化する単離核酸、またはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体を含む。好ましい実施態様では、核酸分子は天然に存在する対立遺伝子の核酸変異体のヌクレオチド配列を含む。もう一つの実施態様では、核酸は変異体ポリペプチドをコード化し、そこでは変異体ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド変異体のポリペプチド配列を有する。もう一つの実施態様では、核酸分子はＮＯＶＸ核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる。一つの実施態様では、ＮＯＶＸ核酸分子は配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数である）からなる群から選択されたヌクレオチド配列または核酸配列の相補的配列（complement）に厳密な条件下でハイブリダイズする。一つの実施態様では、本発明は、核酸が天然に存在する対立遺伝子の核酸変異体のヌクレオチド配列を含む、核酸分子を提供する。
【００１７】
また本発明は、本明細書で説明される一つまたはそれ以上の核酸を含有するベクター、および本明細書で説明されるベクターまたは核酸を含有する細胞を含む。本発明はまた、上述の核酸分子のいずれかを含むベクターで形質転換した宿主細胞に向けられている。
【００１８】
さらにもう一つの態様では、本発明は、試料をＮＯＶＸ核酸に結合するプローブと接触させ、そしてＮＯＶＸ核酸に結合するプローブの量を測定することにより、試料中の核酸分子の存在または量を測定する方法を提供する。例えば、ＮＯＶＸ核酸は癌性の細胞または組織タイプのような細胞または組織タイプに対するマーカーであり得る。
【００１９】
さらなる態様では、本発明は、第１の哺乳動物の対象中の核酸分子の変化したレベルに関連する疾患の存在または素因を測定する方法を提供し、そこでは対照試料と比較しての第１の対象中の核酸のレベルの変化は疾患の存在または素因を示す。
【００２０】
本発明はさらに、ＮＯＶＸポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を提供する。ＮＯＶＸ抗体は、モノクローナル、ヒト化、または完全なヒト抗体であっても良い。好ましくは、抗体はＮＯＶＸポリペプチドの抗体に対する１×１０−９Ｍ未満の解離定数を有する。さらに好ましくは、ＮＯＶＸ抗体はＮＯＶＸポリペプチドの活性を中和する。
【００２１】
さらなる態様では、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドに関連したヒトの疾患に関連した症候群を処置する医薬品の製造における治療薬の使用を提供する。好ましくは、治療薬はＮＯＶＸ抗体である。
【００２２】
なおさらなる態様では、本発明は、疾患を処置しまたは予防するのに十分な量でＮＯＶＸ抗体を対象に投与することにより、ＮＯＶＸ関連疾患を処置または予防する方法、哺乳動物における病態の処置方法、およびポリペプチドに関連する病変を処置または予防する方法を提供する。
【００２３】
特に規定されない限り、本明細書で使用する全ての技術的および科学的用語は本発明が属する技術分野に通常の技能を有する業者により普通に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で説明されるものと類似または同等の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、適当な方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及される全ての刊行物、特許申請、特許、および他の参考文献は全体的な出典明示により本明細書の一部とする。抵触がある場合には本明細書が、定義を含め優先する。加えて、材料、方法および実施例は例示的なものであって限定することを意図しない。
本発明の他の特性および利点は以下の発明の開示および請求項より明らかであろう。
【００２４】
（発明の開示）
本発明は、新規ヌクレオチドおよびそれによりコード化されるポリペプチドを提供する。本発明には、新規核酸配列、それらのコード化されたポリペプチド、抗体、および他の関連化合物が含まれる。本明細書では、これらの配列を「ＮＯＶＸ核酸」または「ＮＯＶＸポリヌクレオチド」と総称し、そして対応するコード化されたポリペプチドを「ＮＯＶＸポリペプチド」または「ＮＯＶＸタンパク質」と総称する。特に記述がない限り、「ＮＯＶＸ」は本明細書で説明される任意の新規配列を意味する。表１にＮＯＶＸ核酸およびそれらのコード化されたポリペプチドの要約を示す。
【００２５】
【表１】
2005508604.tif 000002
【００２６】
表１の続き
【表２】
2005508604.tif 000003
【００２７】
表１の続き
【表３】
2005508604.tif 000004
【００２８】
表１はＮＯＶＸ核酸の既知のタンパク質ファミリーとのホモロジーを示す。従って、表１の第１欄で特定されるＮＯＶＸに対応する本発明にしたがう核酸およりポリヌクレオチド、抗体および関連化合物は、例えば、表１の第５欄に特定される既知タンパク質ファミリーに関連する病変および疾患に関係する治療的応用および診断的応用において有用である。
【００２９】
ＮＯＶＸ核酸およびそれらのコード化されたポリペプチドは種々の応用および状況において有用である。本発明にしたがう種々のＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、該タンパク質とのドメインおよび配列関連性の存在にしたがうタンパク質ファミリーの新規メンバーとして有用である。加えて、ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドを用いて、ＮＯＶＸポリペプチドが属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定し得る。
【００３０】
表１の第５欄で特定されるタンパク質ファミリーの他の既知のメンバーと一致して、本発明のＮＯＶＸポリペプチドは、そのようなタンパク質ファミリーの他のメンバーにホモロジーを示し、そしてそれらを特徴とするドメインを含有する。それぞれのＮＯＶＸについての配列関連性分析およびドメイン分析の詳細を実施例Ａに示す。
【００３１】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドを、ＮＯＶＸの活性または機能を阻害または促進する分子をスクリーニングするのに使用し得る。特に、本発明にしたがう核酸およびポリペプチドは、表１に掲げたタンパク質ファミリーと関連する疾患を調整または阻止する低分子の同定用の標的として使用され得る。
【００３２】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドはまた、特定の細胞タイプを検出にも有用である。ＮＯＶＸそれぞれに対する発現分析の詳細を実施例Ｂに示す。従って、本発明にしたがうＮＯＶＸ核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、正常組織対疾患組織、例えば、種々のがん、において異なる発現を有する種々の疾患の検出における診断的応用および治療的応用を有する。
本発明にしたがうＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドのさらに別の利用法が本明細書に開示される。
【００３３】
ＮＯＶＸクローン
ＮＯＶＸ核酸およびそれらのコード化されたポリペプチドは、種々の応用および状況において有用である。本発明にしたがう種々のＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、上記該タンパク質と関連するドメインおよび配列の存在にしたがうタンパク質ファミリーの新規メンバーとして有用である。加えて、ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドを、ＮＯＶＸポリペプチドが所属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定するために使用され得る。
【００３４】
ＮＯＶＸ遺伝子およびそれらの対応するコード化されたタンパク質は、例えば、タンパク質治療または遺伝子治療により、医学的状態を予防、処置または緩和するのに有用である。病態を、試料中の新規タンパク質の量を測定または新規遺伝子中の変異の存在を測定することにより診断し得る。ＮＯＶＸ遺伝子が最も高発現する組織に基づいて、それぞれのＮＯＶＸ遺伝子に対する特異的な使用を説明する。使用は、種々の疾患および障害を診断または処置するための産物を開発することを含む。
【００３５】
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は、潜在的な診断応用および治療応用、および研究ツールとして有用である。これらは、特異的または選択的核酸、または特異的または選択的タンパク質を、診断マーカーおよび／または予後マーカーとして役立つことを含む。ここで核酸またはタンパク質の存在または量、ならびに以下のような潜在的な治療応用を評価する：(i)タンパク質治療薬、(ii)低分子薬の標的、(iii)抗体の標的(治療的、診断的、薬の標的／細胞障害性抗体)、(iv)遺伝子治療(遺伝子送達／遺伝子手術)に有用な核酸、および(v)インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、(ｖｉ)生物学的防衛兵器。
【００３６】
一つの特別な実施態様では、本発明は、(ａ)配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列の成熟型；(ｂ) 配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列の成熟型の変異体、ここで成熟型の任意のアミノ酸を、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％以上をそのように変換しないという条件で、異なるアミノ酸に変換したものである変異体；(ｃ)配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列；(ｄ) 配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列の変異体、ここで選択した配列中の任意のアミノ酸を、配列中のアミノ酸残基の１５％以上をそのように変換しないという条件で、異なるアミノ酸に変換したものである変異体；および(ｅ)(ａ)から(ｄ)のいずれかのフラグメント、からなる群より選択したアミノ酸配列を含有する単離ポリペプチドを含む。
【００３７】
もう一つの特別な実施態様では、本発明は、(ａ)配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のアミノ酸配列の成熟型；(ｂ) 配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列の成熟型の変異体、ここで選択した配列の成熟型の任意のアミノ酸を、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％以上をそのように変換しないという条件で、異なるアミノ酸に変換したものである変異体；(ｃ)配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列；(ｄ) 配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列の変異体、ここで選択した配列中に特定する任意のアミノ酸を、配列中のアミノ酸残基の１５％以上をそのように変換しないという条件で、異なるアミノ酸に変換したものである変異体；および(ｅ)配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したアミノ酸配列を含むポリペプチドの少なくとも一部をコード化する核酸フラグメント、または該ポリペプチドの任意の変異体、ここで選択した配列の任意のアミノ酸を、配列中のアミノ酸残基の１０％以上をそのように変換しないという条件で、異なるアミノ酸に変換する核酸フラグメントおよび変異体；および(ｆ) 任意の該核酸分子の補体、からなる群より選択したアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード化する核酸配列を含む単離核酸分子を含む。
【００３８】
なおもう一つの特別な実施態様では、本発明は単離核酸分子を含む。ここで該核酸分子は、(ａ)配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したヌクレオチド配列；(ｂ)配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる
群より選択したヌクレオチド配列中の一つまたはそれ以上のヌクレオチドを、ヌクレオチドの１５％以上をそのように変換しないという条件で選択した配列からなる群より選択したものから異なるヌクレオチドに変換するヌクレオチド配列；(ｃ)配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択した配列の核酸フラグメント；および(ｄ)配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)からなる群より選択したヌクレオチド配列中の一つまたはそれ以上のヌクレオチドを、ヌクレオチドの１５％以上がそのように変換しないという条件で、選択した配列からなる群より選択したものから異なるヌクレオチドに変換した核酸フラグメント、からなる群より選択したヌクレオチド配列を含む。
【００３９】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチド
本発明の一つの態様は、ＮＯＶＸポリペプチドまたはそれらの生物学的に活性な部分をコード化する単離核酸分子に関する。また、本発明は、ＮＯＶＸをコード化する核酸(例えば、ＮＯＶＸのｍＲＮＡ)を同定するためのハイブリダーゼーションプローブとしての使用に十分な核酸フラグメント、およびＮＯＶＸ核酸分子の増幅および／または変異用のＰＣＲプライマーとしての使用のためのフラグメントを含む。本明細書において使用する用語「核酸分子」とは、ＤＮＡ分子(例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ)、ＲＮＡ分子(例えば、ｍＲＮＡ)、ヌクレオチド類似体を用いて生成されたＤＮＡ類似体またはＲＮＡ類似体、およびそれらの誘導体、フラグメントおよび同族体を含むことを意図する。核酸分子は一本鎖でも二本鎖であり得るが、好ましくは二本鎖ＤＮＡである。
【００４０】
ＮＯＶＸ核酸は成熟ＮＯＶＸポリペプチドをコード化し得る。本明細書において使用するように、本発明に開示するポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」型とは、天然に存在するポリペプチド、前駆体、またはプロタンパク質の産物である。天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質は、限定されない例として、対応する遺伝子によりコード化される全長遺伝子産物を含む。これに代えて、本明細書に説明するＯＲＦによりコード化するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質として定義し得る。産物の「成熟」体は、限定されない例として、遺伝子産物を生じる細胞(宿主細胞)内で起こり得る一つまたはそれ以上の天然に存在するプロセシングステップの結果として生じる。ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」型を導くそのようなプロセシングステップの例として、ＯＲＦの開始コドンによりコード化されるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドまたはリーダー配列のタンパク質分解的切断を挙げる。従って、残基１がＮ末端メチオニンである１〜Ｎの残基を有する前駆ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟型は、Ｎ末端メチオニン除去後に残存する残基２〜Ｎを有する。これに代えて、残基１〜残基ＭからＮ末端シグナル配列を切断する、残基１〜Ｎを有する前駆ポリペプチドまたはたんぱく質より生じる成熟型は、残存する残基Ｍ＋１〜残基Ｎを有する。さらに本明細書において使用するように、ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」型はタンパク質分解による切断事象以外の転写後の修飾段階により生じ得る。そのようなさらに別な方法は、限定されない例として、グリコシル化、ミリスチル化、またはリン酸化を含む。一般に、成熟ポリペプチドまたはタンパク質を、これらの方法のただ一つ、またはそれらのいずれかの組合せの操作によりもたらし得る。
【００４１】
本明細書において使用する用語「プローブ」は、好ましくは少なくとも約１０ヌクレオチド(ｎｔ)から１００ｎｔの間、または特定の使用によっては約、例えば６，０００ｎｔもの長さである可変的長さの核酸配列を指す。プローブを、同一、類似、または相補的な核酸配列の検出に使用し得る。より長いプローブを天然または組換え供給源から一般的に得る。より長いプローブは、特異性が高くより短長オリゴマーのプローブよりハイブリダイズするのが遅い。プローブは、一本鎖または二本鎖でもよく、そしてＰＣＲ、メンブレン−ベースのハイブリダイゼーション技術、またはＥＬＩＳＡ様技術において特異性を有するようにデザインされ得る。
【００４２】
本明細書において使用する用語「単離」核酸分子は、核酸の天然供給源に存在する他の核酸分子から分離された核酸である。好ましくは、「単離」核酸は、核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中で核酸に天然に隣接する配列(即ち核酸の５’末端および３’末端に位置する配列)を有しない。例えば、種々の実施態様において、単離ＮＯＶＸ核酸分子は、核酸が由来する細胞／組織(例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓等)のゲノムＤＮＡ中の核酸分子に天然に隣接する約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０.５ｋｂ、０.１ｋｂ以下、またはそれ未満のヌクレオチド配列を含有し得る。さらに、ｃＤＮＡ分子のような「単離」核酸分子は、組換え技術によって作った場合に、他の細胞性物質、培地、または化学的に合成した場合に、化学的前駆物質または他の化学物質、を実質的に含まない。
【００４３】
本発明の核酸分子、例えば、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列を有する核酸分子、または前記ヌクレオチド配列の補体を、標準的分子生物学の技術および本明細書に示す配列情報を用いて単離し得る。配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の核酸配列の全てまたは一部をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、標準的ハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術(例えば、Sambrook, et al., (eds.), MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989; and Ausubel, et al., (eds.), CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York, NY, 1993に記載されるように)を用いてＮＯＶＸ分子を単離し得る。
【００４４】
本発明の核酸は、鋳型としてｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはこれに代えてゲノムＤＮＡを使用して標準的ＰＣＲ増幅技術にしたがって適切なオリゴヌクレオチドプライマーで増幅し得る。そのように増幅した核酸を、適切なベクターにクローニングし、ＤＮＡ配列分析により特徴づけ得る。さらに、ＮＯＶＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドを、標準合成技術、例えば自動ＤＮＡ合成装置の使用、により調製し得る。
【００４５】
本明細書において使用する用語「オリゴヌクレオチド」は、一連の連結するヌクレオチド残基を指し、このオリゴヌクレオチオドは、ＰＣＲ反応で使用し得るに十分な数のヌクレオチド塩基を持つ。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列またはｃＤＮＡ配列に基づき得るし、またはそれらからデザインし得る。そして短いオリゴヌクレオチド配列を使用して、特定の細胞または組織の同一、類似、または相補的ＤＮＡまたはＲＮＡの存在を増幅し、確認し、または明らかにする。オリゴヌクレオチドは、長さ約１０ｎｔ、５０ｎｔ、または１００ｎｔ、好ましくは長さ約１５ｎｔ〜３０ｎｔの核酸配列の一部を含む。本発明の一つの実施態様では、長さ１００ｎｔ未満の核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の少なくとも６個の連続したヌクレオチド、またはそれらの補体をさらに含む。オリゴヌクレオチドを、化学的に合成し、プローブとして使用し得る。
【００４６】
もう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子は、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)に示すヌクレオチド配列、またはこのヌクレオチド配列の一部(例えば、ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコード化するプローブ、プライマー、またはフラグメントとして使用し得るフラグメント)の補体である核酸分子を含む。配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)を示すヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)を示すヌクレオチド配列に十分に相補的であるものであり、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)を示すヌクレオチド配列と殆どミスマッチなしでまたは全くミスマッチ無しで水素結合し得。そのため核酸分子は安定な二本鎖を形成する。
【００４７】
本明細書において使用する用語「相補的」は、核酸分子のヌクレオチド単位間のWatson-CrickまたはHoogsteen塩基対を指し、用語「結合」は、２個のポリペプチドまたは化合物、または関連するポリペプチドまたは化合物またはそれらの組合せ間の物理的相互作用または化学的相互作用を意味する。結合は、イオン、非イオン、ファン・デー・ワールス、疎水性相互作用等を含む。物理的相互作用は直接的または間接的であり得る。間接的相互作用は、他のポリペプチドまたは化合物の作用を介したまたはこれに因るものであり得る。直接的結合は、他のポリペプチドまたは化合物の作用を介したまたはこれに因り起こるのではなく、代わりに他の実質的な化学的仲介物無しで起こる相互作用を指す。
【００４８】
本明細書で提供する「フラグメント」は、核酸の場合特異的ハイブリダイゼーションを可能にするのに十分な長さ、アミノ酸の場合にはエピトープの特異的認識に十分な長さである、少なくとも６個の(連続した)核酸または少なくとも４個の(連続した)アミノ酸の配列として定義され、そして全長より短い或る一部である。フラグメントは、選択した核酸またはアミノ酸配列の任意の連続した部分から由来するものであり得る。誘導体は、天然の化合物から直接、修飾によりまたは部分的置換によるいずれかで生成した核酸配列またはアミノ酸配列である。類似体は、天然化合物に類似しているが同一ではない構造を有する核酸配列またはアミノ酸配列であり、例えば、それらは特定の成分または側鎖に関して天然化合物と異なっている。類似体は、合成であり得るし異なる進化起源を由来とし得るし、野生型と比較して類似または反対の代謝活性を有し得る。同族体は、異なる生物種を由来とする特定の遺伝子の核酸配列またはアミノ酸配列である。
【００４９】
全長ＮＯＶＸのクローンを、ＡＴＧ翻訳開始コドンおよびインフレームの停止コドンを含有するとして同定する。ＡＴＧ開始コドンを欠く任意の開示するＮＯＶＸヌクレオチド配列は、それ故にれぞれのＮＯＶＸポリペプチドの切断型Ｃ末端フラグメントをコード化し、対応する全長ｃＤＮＡが開示する配列の５’方向へ伸長することを要求する。インフレームの停止コドンを欠く任意の開示するＮＯＶＸヌクレオチド配列は、同様にそれぞれのＮＯＶＸポリペプチドの切断型Ｎ末端フラグメントをコード化し、対応する全長ｃＤＮＡが開示する配列の３’方向へ伸長することを要求する。
【００５０】
誘導体または類似体が、下記に示すような修飾核酸またはアミノ酸を含有する場合、誘導体および類似体は、全長または全長以外であり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体または類似体は、同一サイズの核酸またはアミノ酸配列に亘って、または当分野において公知のコンピューターホモロジープログラムにより整列する整列化配列と比較した際、種々の実施態様において、少なくとも約７０％、８０％、または９５％の同一性(好ましくは、８０〜９５％の同一性)で本発明の核酸またはタンパク質に実質的に相同である領域を含む分子、またはそれらのコード化する核酸が前記タンパク質をコード化する配列の補体と厳密、中等度に厳密、または低い厳密度の条件下でハイブリダイズ可能である分子を含むが、これらに限定されない。例えば、Ausubel, et al., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York, NY, 1993および以下を参照されたい。
【００５１】
「相同な核酸配列」または「相同なアミノ酸配列」またはそれらの変異体は、上述のようにヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルでのホモロジーにを特徴とする配列を指す。相同なヌクレオチド配列は、ＮＯＶＸポリペプチドのアイソフォームをコード化するこれらの配列をコードする。アイソフォームを、例えばＲＮＡの選択的スプライシングの結果として同一生物の異なる組織において発現し得る。これに代えて、アイソフォームを、異なる遺伝子によりコード化し得る。本発明では、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の生物種のＮＯＶＸポリペプチドをコード化するヌクレオチド配列を含み、脊椎動物を含むが脊椎動物に限定されない。よって例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、および他の生物を含む。相同なヌクレオチド配列はまた、本明細書に示すヌクレオチド配列の天然に存在する対立変異体および対立変異体を含むが、これらに限定しない。しかしながら、相同なヌクレオチド配列は、ヒトＮＯＶＸタンパク質をコード化する正確なヌクレオチド配列を含まない。相同な核酸配列は、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の保存的アミノ酸置換(下記参照)をコード化する核酸配列ならびにＮＯＶＸの生物活性を有するポリペプチドを含む。ＮＯＶＸタンパク質の種々の生物学的活性を、以下に説明する。
【００５２】
ＮＯＶＸポリペプチドを、ＮＯＶＸ核酸のオープンリーディングフレーム(「ＯＲＦ」)によりコード化する。ＯＲＦは、ポリペプチドに潜在的に翻訳し得るヌクレオチドに対応する。ＯＲＦを有する一連の核酸を、停止コドンにより中断しない。全長タンパク質をコード化する配列を表すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始」コドンで始まり、３種の「停止」コドン即ちＴＡＡ、ＴＡＧまたはＴＧＡの一つで終わる。本発明の目的のため、ＯＲＦは、開始コドン、停止コドン、またはその両方があってもなくてもよい、コード化配列の任意の部分であり得る。ＯＲＦを真正の細胞性タンパク質をコード化する良好な候補として考えるために、最小限の要件、例えば、５０個のアミノ酸またはそれ以上をコード化する一連のＤＮＡ、がしばしば定めらる。
【００５３】
ヒトＮＯＶＸ遺伝子のクローニングから決定するヌクレオチド配列は、他の細胞タイプ、例えば他の組織由来のＮＯＶＸ同族体、ならびに他の脊椎動物由来のＮＯＶＸ同族体を同定および／またはクローニングする際に有用であるようデザインするプローブおよびプライマーの作成を可能にする。プローブ／プライマーは、実質的に精製するオリゴヌクレオチドを典型的に含む。オリゴヌクレオチドは、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の少なくとも約１２、２５、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０または４００個の連続したセンス鎖のヌクレオチド配列；または配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列；または配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の天然に存在する変異体に厳密な条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を典型的に含む。
【００５４】
ヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に基づくプローブを、同一タンパク質または相同タンパク質をコード化する転写体またはゲノム配列を検出するのに使用し得る。種々の実施態様において、プローブは、そこに結合した標識基をさらに含み、例えば、標識基は放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、または酵素のコファクターであり得る。かかるプローブは、対象由来の細胞試料中のＮＯＶＸコード化核酸のレベルを測定することによるように、ＮＯＶＸタンパク質を誤って発現している細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として使用し得る、例えば、ＮＯＶＸのｍＲＮＡを検出するかまたはゲノムＮＯＶＸ遺伝子が変異または欠失をしたか否かを測定する。
【００５５】
「ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」は、特定の生物学的分析において測定するような成熟型を含み、本発明のポリペプチドの活性に類似な、しかし必ずしも同一ではない活性を用量依存性の有無を問わず発揮するポリペプチドを指す。「ＮＯＶＸの生物学的に活性な部分」をコード化する核酸フラグメントを、ＮＯＶＸの生物活性(ＮＯＶＸタンパク質の生物活性を以下に説明する)を有するポリペプチドをコード化する配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の一部を単離し、ＮＯＶＸタンパク質のコード化する部分を発現し(例えば、インビトロ組換え発現により)、ＮＯＶＸのコード化する部分の活性を評価するすることにより調製し得る。
【００５６】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチド変異体
本発明はさらに、遺伝子コードの縮重により配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列と異なっており、従って配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)に示すヌクレオチド配列によりコード化するのと同一のＮＯＶＸタンパク質をコード化する核酸分子を包含する。もう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子は、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のアミノ酸配列を有するタンパク質をコード化するヌクレオチド配列を有する。
【００５７】
配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)に示すヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に加えて、ＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列に変化をもたらすＤＮＡ配列の多型が、集団(例えばヒトの集団)中に存在し得ることを当業者は理解する。ＮＯＶＸ遺伝子のかかる遺伝子多型は、天然の対立遺伝子変異に因り集団の中の個人間に存在し得る。本明細書において使用する用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」は、Ａ  ＮＯＶＸタンパク質、好ましくは脊椎動物のＮＯＶＸタンパク質をコード化するオープンリーディングフレーム(ＯＲＦ)を含む核酸分子を指す。かかる天然の対立遺伝子変異は、ＮＯＶＸ遺伝子のヌクレオチド配列中に１〜５％の変化を典型的にもたらす。天然の対立遺伝子変異の結果でありＮＯＶＸポリペプチドの機能活性を変化しない任意のおよび全てのかかるヌクレオチド変異体およびそこで得られるＮＯＶＸポリペプチド中のアミノ酸多型は、本発明の範囲内にあるものとする。
【００５８】
さらに、他の生物種由来のＮＯＶＸタンパク質をコード化する核酸分子、および従ってヒト配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のいずれか一つとは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあるものとする。本発明のＮＯＶＸｃＤＮＡの天然の変異体および同族体に対応する核酸分子は、厳密なハイブリダイゼーション条件下で標準的なハイブリダイゼーション技術にしたがうヒトｃＤＮＡまたはその一部をハイブリダイゼーション用プローブとして用いて、本明細書に開示するヒトＮＯＶＸ核酸との相同性に基づいて単離し得る。
【００５９】
従って、もう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子は少なくとも６ヌクレオチド長であり、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列を含む核酸分子に厳密な条件下でハイブリダイズする。もう一つの実施態様では、核酸は少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、２０００またはそれ以上のヌクレオチド長である。なおもう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子はコード化領域にハイブリダイズする。本明細書において用いる用語「厳密な条件下でハイブリダイズする」は、お互いに少なくとも約６０％相同なヌクレオチド配列がお互いに典型的にハイブリダイズしたままであるハイブリダイゼーション条件および洗滌条件を記載することを意図する。
【００６０】
同族体(即ち、ヒト以外の生物種由来のＮＯＶＸタンパク質をコード化する核酸)または他の関連配列(例えばパラログ)を、核酸のハイブリダイゼーションおよびクローニングの当分野において既知の方法を用いて特定のヒト配列の全部または一部をプローブとし、低度、中度、または高度に厳密なハイブリダイゼーションにより得られる。
【００６１】
本明細書において使用する用語「厳密なハイブリダイゼーション条件」は、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが標的配列にハイブリダイズするが他の配列にはハイブリダイズしない条件を指す。厳密な条件は配列依存性であり、異なる環境にり差がある。より長い配列は、より短い配列よりもより高温で特異的にハイブリダイズする。一般的に、厳密な条件を、一定のイオン強度およびｐＨにおいて、特定の配列の融解温度(Ｔｍ)より約５℃低いように選択する。Ｔｍは、標的配列と相補的なプローブの５０％が平衡時に標的配列にハイブリダイズする温度(一定のイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下で)である。標的配列はＴｍにおいて一般的に過剰に存在するので、プローブの５０％を平衡時に占める。典型的に、厳密な条件はｐＨ７.０〜８.３で塩濃度が約１.０Ｍナトリウムイオン未満、典型的には約０.０１〜１.０Ｍナトリウムイオン(または他の塩)であり、温度は短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド(例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ)に対して少なくとも約３０℃であり、より長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドに対して少なくとも約６０℃である。厳密な条件を、フォルムアミドのような不安定化剤の添加によっても達成し得る。
【００６２】
厳密な条件は当業者に公知であり、Ausubel, et al., (eds.), CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6.に見出すことができる。好ましくは、条件は、互いに少なくとも６５％、７０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％相同な配列が互いに典型的にハイブリダイズしたままであるようなものである。厳密なハイブリダイゼーションの限定されない例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ(ｐＨ７.５)、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０.０２％ＰＶＰ、０.０２％Ｆｉｃｏｌｌ、０.０２％ＢＳＡおよび５００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中６５℃でハイブリダイゼーションを行い、引き次いで０.２×ＳＳＣ、０.０１％ＢＳＡ中６５℃で１回またはそれ以上洗滌する。配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の配列のいずれか一つに厳密な条件下でハイブリダイズする本発明の単離核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書において使用づる用語「天然に存在する」核酸分子は、天然に(例えば、天然のタンパク質をコード化する)存在する核酸配列を有するＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子を指す。
【００６３】
第２の実施態様では、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、類似体または誘導体と中度に厳密な条件下でハイブリダイズする核酸配列を提供する。中度に厳密なハイブリダイゼーション条件の限定されない例は、６×ＳＳＣ、５×Reinhardt溶液、０.５％ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ中５５℃でハイブリダイゼーションを行い、引き次いで１×ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中３７℃で１回またはそれ以上洗滌することである。使用され得る他の中度に厳密な条件は当分野内で周知である。例えば、Ausubel, et al. (eds.), 1993, CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, NY, and Kriegler, 1990; GENE TRANSFER AND EXPRESSION, A LABORATORY MANUAL, Stockton Press, NY.を参照されたい。
【００６４】
第３の実施態様では、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、類似体または誘導体と低度に厳密な条件下でハイブリダイズする核酸配列を提供する。低度に厳密なハイブリダイゼーション条件の限定されない例は、３５％フォルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ(ｐＨ７.５)、５ｍＭ ＥＤＴＡ、０.０２％ＰＶＰ、０.０２％Ｆｉｃｏｌｌ、０.２％ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％(ｗｔ／ｖｏｌ)硫酸デキストラン中４０℃でハイブリダイゼーションを行い、引き次いで２×ＳＳＣ、２５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ(ｐＨ７.４)、５ｍＭ ＥＤＴＡ、および０.１％ＳＤＳ中５０℃で１回またはそれ以上洗滌することである。使用し得る他の低度に厳密な条件(例えば種間ハイブリダイゼーションに使用する)は当分野において周知である。例えば、Ausubel, et al. (eds.), 1993, CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, NY, and Kriegler, 1990; GENE TRANSFER AND EXPRESSION, A LABORATORY MANUAL, Stockton Press, NY.；Shilo and Weinberg, 1981. Proc Natl Acad Sci USA 78: 6789-6792を参照されたい。
【００６５】
保存的変異
集団中に存在し得るＮＯＶＸ配列の天然に存在する対立遺伝子変異に加えて、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列中に変異により変換を導入することができ、それによって該ＮＯＶＸタンパク質の機能活性を変えること無しに、コード化するＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列の変化を導くことができることを当業者はさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基でアミノ酸置換に導くヌクレオチド置換を、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)の配列中で行い得る。「非必須」アミノ酸残基は、ＮＯＶＸタンパク質の野生型の配列をそれらの生物活性を変化させることなく変えることのできる残基であるが、一方で「必須」アミノ酸残基をそのような生物活性に必要とする。例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質中で保存するアミノ酸残基を、特に変換に耐えられないと予想する。保存的置換が行われ得るアミノ酸は当分野内で周知である。
【００６６】
本発明のもう一つの態様は、活性に必須でないアミノ酸残基中に変化を含有するＮＯＶＸタンパク質をコード化する核酸分子に関する。かかるＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のいずれか一つとアミノ酸配列において異なっているが、生物活性を依然保持している。一つの実施態様では、単離核酸分子はタンパク質をコード化するヌクレオチド配列を含み、ここでタンパク質は、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のアミノ酸配列と少なくとも約４５％相同であるアミノ酸配列を含む。好ましくは、核酸分子によりコード化するタンパク質は、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)に少なくとも約７０％相同であり；さらに好ましくは、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)に少なくとも約８０％相同であり；それよりさらにより好ましくは、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)に少なくとも約９０％相同であり；最も好ましくは、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)に少なくとも約９５％相同である。
【００６７】
配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のタンパク質に相同なＮＯＶＸタンパク質をコード化する単離核酸分子を、１個またはそれ以上のアミノ酸の置換、付加または欠失をコード化するタンパク質内に導入するように配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列の中に１個またはそれ以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を導入することにより創成し得る。
【００６８】
変異を、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のいずれかの中に、部位直接的変異誘発およびＰＣＲ仲介性変異誘発のような、標準的技術により導入し得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換を、予想する１個またはそれ以上の非必須アミノ酸残基において行う。「保存的アミノ酸置換」は、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えるアミノ酸残基中の一つである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーを当分野内で定義する。これらのファミリーは、塩基性側鎖をもつアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖をもつアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、電荷のない側鎖をもつアミノ酸(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、無極性側鎖をもつアミノ酸(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、ベータ位側鎖をもつアミノ酸(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、ならびに芳香族側鎖をもつアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を含む。従って、ＮＯＶＸタンパク質中に予想する非必須アミノ酸残基を、同じ側鎖ファミリーの別のアミノ酸残基で置換する。これに代えて、もう一つの実施態様では、変異を、飽和突然変異誘発のように、ＮＯＶＸコード化配列の全部または一部に沿って無作為に導入し得るし、得られた変異体をＮＯＶＸの生物学的活性についてスクリーニングして活性を保持する変異体を同定し得る。配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のいずれか一つの変異誘発に引き続いて、コード化されたタンパク質を当分野において公知の任意の組換え技術で発現し、タンパク質の活性を測定し得る。
【００６９】
アミノ酸ファミリーの関連性を、側鎖の相互作用に基づいても決定し得る。置換したアミノ酸は、十分に保存された「強い」残基または十分に保存された「弱い」残基であり得る。保存したアミノ酸残基の「強い」群は、次の群のいずれか一つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷであり、ここでアミノ酸の一文字表記は、互いに置換し得るアミノ酸でグル−プ分けする。同様に、保存した残基の「弱い」群は、次のいずれか一つであり得る：ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＶＬＩＭ、ＨＦＹであり、ここでそれぞれの群の文字はアミノ酸の一文字表記を表す。
【００７０】
一つの実施態様では、変異ＮＯＶＸタンパク質を、(i)他のＮＯＶＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質またはそれらの生物学的活性部位と相互作用するタンパク質：タンパク質を形成する活性、(ii)変異ＮＯＶＸタンパク質とＮＯＶＸリガンド間の複合体形成、または(iii)細胞内標的タンパク質またはそれらの生物学的活性部位に結合する変異ＮＯＶＸタンパク質の活性についてアッセイし得る；(例えば、アビジンタンパク質)。
なおもう一つの実施態様では、変異ＮＯＶＸタンパク質を、特定の生物学的機能を調節する活性(例えば、インスリン分泌の調節)についてアッセイし得る。
【００７１】
アンチセンス核酸
本発明のもう一つの態様は、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、同族体または誘導体、とハイブリダイズ可能なまたは相補的な単離アンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコード化する「センス」核酸に相補的な(例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード化鎖に相補的な、またはｍＲＮＡ配列に相補的な)ヌクレオチド配列を含む。特別な態様では、少なくとも約１０、２５、５０、１００、２５０、または５００のヌクレオチドまたは全ＮＯＶＸコード化鎖に相補的な配列、またはそれらの一部のみにを含むアンチセンス核酸分子を提供する。配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のＮＯＶＸタンパク質のフラグメント、同族体、誘導体および類似体をコード化する核酸分子、または配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のＮＯＶＸ核酸配列に相補的なアンチセンス核酸を加えて提供する。
【００７２】
一つの実施態様では、アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコード化するヌクレオチド配列のコード化鎖の「コード化領域」に対するアンチセンスである。用語「コード化領域」は、アミノ酸残基に翻訳するコドンを含むヌクレオチド配列の領域を指す。もう一つの実施態様では、アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコード化するヌクレオチド配列のコード化鎖の「非コード化領域」に対するアンチセンスである。用語「非コード化領域」は、アミノ酸に翻訳しないコード化領域に隣接する５’配列および３’配列を指す(即ち、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域とも呼ぶ)。
【００７３】
本明細書に開示するＮＯＶＸタンパク質をコード化するコード化鎖の配列を与えると、本発明のアンチセンス核酸をWatsonとCrickまたはHoogsteenの塩基対の規則にしたがってデザインし得る。アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸのｍＲＮＡの全コード化領域と相補的であり得るが、さらに好ましくは、ＮＯＶＸのｍＲＮＡのコード化または非コード化領域の一部のみに対するアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＮＯＶＸのｍＲＮＡの翻訳開始部位を囲む領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さ約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０ヌクレオチドであり得る。本発明のアンチセンス核酸を、当分野において公知の手順を用いる化学合成または酵素ライゲーション反応を用いて構築し得る。例えば、アンチセンス核酸(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド)は、天然に存在するヌクレオチドまたは分子の生物学的安定性を増加またはアンチセンス核酸とセンス核酸の間で形成する二本鎖の物理的安定性を増加するようデザインした様々に修飾したヌクレオチドを用いて、化学合成し得る(例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジンで置換したヌクレオチドを使用しうる)。
【００７４】
アンチセンス核酸を作成に使用し得る修飾ヌクレオチドの例として以下のものを挙げる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−(カルボキシヒドロキシメチル)ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ−Ｄ−ガラクトシルクエノシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２,２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、ベータ−Ｄ−マンノシルクエオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸(ｖ)、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、クエオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸(ｖ)、５−メチル−２−チオウラシル、３−(３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル)ウラシル、(ａｃｐ３)ｗ、および２、６−ジアミノプリン。これに代えて、アンチセンス核酸を、核酸がアンチセンスの配向(即ち、挿入した核酸から転写したＲＮＡが、興味ある標的核酸に対するアンチセンスの配向であり、以下の小節でさらに説明する)においてサブクローニングする発現ベクターを使用して生物学的に生産し得る。
【００７５】
本発明のアンチセンス核酸分子を、それらがＮＯＶＸタンパク質をコード化する細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズまたは結合し、それにより(例えば、転写および／または翻訳を阻害することにより)タンパク質発現を阻害するように典型的に対象に投与するか、または組織で作成する。ハイブリダイゼーションは、安定な二本鎖を形成する従来のヌクレオチドの相補性によるものでもあり得る。または、例えば、ＤＮＡ二本鎖に結合するアンチセンス核酸の場合には、二本鎖の大溝での特異的相互作用を介するものであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例として、組織部位への直接の注射を挙げる。これに代えて、アンチセンス核酸分子を、選択した細胞標的へ修飾しそこで全身性に投与し得る。例えば、全身性投与のために、アンチセンス分子を、選択した細胞表面上に発現する受容体または抗原に特異的に結合するように(例えば、ペプチドにアンチセンス核酸分子を連結させることまたは細胞表面受容体または抗原に結合する抗体により)修飾し得る。アンチセンス核酸分子をまた、本明細書に説明するベクターを用いて細胞に送達し得る。十分な核酸分子を送達するために、アンチセンス核酸分子を強力なｐｏｌＩＩプロモーターまたはｐｏｌＩＩＩプロモーターの調節下に置くベクター構造が好ましい。
【００７６】
なおもう一つの実施態様では、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的二本鎖ハイブリッドを形成し、これは通常のβユニットとは反対で鎖が互いに並行に走行する。例えば、Gaultier, et al., 1987. Nucl. Acids Res. 15: 6625-6641を参照されたい。アンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド(例えば、Inoue, et al. 1987. Nucl. Acids Res. 15: 6131-6148を参照)またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似体(例えば、Inoue, et al., 1987. FEBS Lett. 215: 327-330を参照)を含み得る。
【００７７】
リボゾームおよびＰＮＡ部分
核酸の修飾は、非限定的な例として、修飾した塩基、および糖リン酸主鎖を修飾または誘導した核酸を挙げる。これらの修飾を少なくとも部分的に行い、例えば対象への治療応用において核酸へ結合するアンチセンスとして使用し得るように修飾した核酸の化学的安定性を増強する。
【００７８】
一つの実施態様では、本発明のアンチセンス核酸はリボゾームである。リボゾームは、それらが相補的領域を有するｍＲＮＡのような一本鎖核酸を切断する能力のあるリボヌクレアーゼ活性を有する触媒活性ＲＮＡ分子である。従って、リボゾーム(例えば、Haselhoff and Gerlach 1988. Nature 334: 585-591に記載されているようなハンマーヘッドリボゾーム)を使用して、ＮＯＶＸのｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによりＮＯＶＸのｍＲＮＡの翻訳を阻害し得る。ＮＯＶＸをコード化する核酸に対する特異性を有するリボゾームは、本明細書に開示するＮＯＶＸｃＤＮＡのヌクレオチド配列(即ち、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のいずれか一つ)に基づいてデザインし得る。例えば、その中で活性部位のヌクレオチド配列がＮＯＶＸをコード化するｍＲＮＡ中で切断し得るヌクレオチド配列に相補的であるテトラヒメナＬ−１９ＩＶＳ ＲＮＡの誘導体を構築し得る。例えば、Cech, et al.の米国特許第４,９８７,０７１号およびCech, et al.の米国特許第５,１１６,７４２号を参照されたい。ＮＯＶＸｍＲＮＡをまた、ＲＮＡ分子のプールから特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡを選択するのに使用し得る。例えば、Bartel et al., (1993) Science 261:1411-1418を参照されたい。
【００７９】
これに代えて、ＮＯＶＸ遺伝子発現は、ＮＯＶＸ核酸の調節領域(例えば、ＮＯＶＸプロモーターおよび／またはエンハンサー)に相補的なヌクレオチド配列を標的とすることで阻害し、標的細胞中のＮＯＶＸ遺伝子の転写を阻止する三重鎖構造を形成し得る。例えば、Helene, 1991. Anticancer Drug Des. 6: 569-84; Helene, et al. 1992. Ann. N.Y. Acad. Sci. 660: 27-36; Maher, 1992. Bioassays 14: 807-15を参照されたい。
【００８０】
種々の実施態様において、ＮＯＶＸ核酸を塩基部分、糖部分、またはリン酸骨格部分において修飾し、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは溶解度を改善し得る。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を修飾して、ペプチド核酸を生成し得る。例えば、Hyrup, et al., 1996. Bioorg Med Chem 4: 5-23を参照されたい。本明細書において使用する用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」は、デオキシリボースリン酸骨格を擬似ペプチド骨格で置換し、４個のヌクレオチド塩基のみを保持する核酸模倣体(例えばＤＮＡ模倣体)を指す。ＰＮＡの中性骨格は、低イオン強度の条件下でＤＮＡおよびＲＮＡへの特異的ハイブリダイゼーションを可能にすると示す。ＰＮＡオリゴマーの合成を、Hyrup, et al., 1996. supra; Perry-O'Keefe, et al., 1996. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 14670-14675に記載されているように、標準固相ペプチド合成プロトコールを用いて実施し得る。
【００８１】
ＮＯＶＸのＰＮＡを治療的応用および診断的応用に使用し得る。例えば、ＰＮＡを、例えば転写または翻訳停止を誘導することまたは複製を阻害することにより、遺伝子発現の配列特異的調整のためのアンチセンスまたは抗原薬剤として使用し得る。ＮＯＶＸのＰＮＡはまた、例えば、遺伝子中の単塩基対変異の分析(例えば、ＰＣＲ固定を指示するＰＮＡ；他の酵素、例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ、との組合せで使用し得る人工的制限酵素として(Hyrup, et al., 1996.supraを参照)；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブまたはプライマーとして(Hyrup, et al., 1996, supra; Perry-O'Keefe, et al., 1996. supraを参照))にも使用し得る。
【００８２】
もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸのＰＮＡを修飾して、例えば、ＰＮＡに親油性なまたは他の補助的な基をＰＮＡに結合することにより、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの生成により、またはリポゾームまたは当分野において公知の他の薬剤送達技術の使用によりそれらの安定性または細胞への取り込みを増強し得る。例えば、ＰＮＡとＤＮＡの有益な性質を結合し得るＮＯＶＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラを生成し得る。かかるキメラは、ＤＮＡ認識酵素(例えば、ＲＮａｓｅ ＨおよびＤＮＡポリメラーゼ)がＤＮＡ部分と相互作用し、一方でＰＮＡ部分が結合高親和性および結合高特異性を提供することを可能にする。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基結合、核酸塩基間の結合数および配向について選択した適当な長さのリンカーを使用して結合し得る(Hyrup, et al., 1996. supraを参照)。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成を、Hyrup, et al., 1996. supra and Finn, et al., 1996. Nucl Acids Res 24: 3357-3363に記載のように実施し得る。例えば、ＤＮＡ鎖を、標準ホスホラミダイトカップリング化学反応を使用して固相支持体上で合成し得る。そして修飾したヌクレオシド類似体、例えば、5'-(4-メトキシトリチル)アミノ-5'-デオキシチミジンホスホラミダイトをＰＮＡとＤＮＡの５’末端間で使用し得る。例えば、Mag, et al., 1989. Nucl Acid Res 17: 5973-5988を参照されたい。次いで、ＰＮＡモノマーを段階的にカップリングし、５’ＰＮＡセグメントおよび３’ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子を生成する。例えば、Finn, et al., 1996. supraを参照されたい。これに代えて、キメラ分子を５’ＤＮＡセグメントおよび３’ＰＮＡセグメントで合成することもできる。例えば、Petersen, et al., 1975. Bioorg. Med. Chem. Lett. 5: 1119-11124を参照されたい。
【００８３】
他の実施態様では、オリゴヌクレオチドは、ペプチドのような添付群(例えば、インビボにおいて宿主細胞を標的とするため)、または細胞膜(例えば、Letsinger, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 6553-6556; Lemaitre, et al., 1987. Proc. Natl. Acad. Sci. 84: 648-652; ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照)または血液脳関門(例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照)を横切る輸送を促進する薬剤を含み得る。加えて、オリゴヌクレオチドを、ハイブリダイゼーション誘発性切断剤(例えば、Krol, et al., 1988. BioTechniques 6:958-976を参照)または挿入剤(例えば、Zon, 1988. Pharm. Res. 5: 539-549を参照)で修飾し得る。この目的のために、オリゴヌクレオチドを、例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発性架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発性切断剤等に複合し得る。
【００８４】
ＮＯＶＸポリペプチド
本発明にしたがうポリペプチドは、配列が配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のいずれか一つにおいて提供するＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列を含有するポリペプチドを含む。本発明はまた、その任意の残基が、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜１０１の整数)のいずれか一つに示す対応する残基から変換し得る一方で、そのＮＯＶＸ活性および生理機能を保持するタンパク質、またはそれらの機能的フラグメントを依然コード化する変異タンパク質または変種タンパク質を含む。
【００８５】
一般に、ＮＯＶＸ様機能を保持するＮＯＶＸ変異体は、配列中の特定部位の残基を他のアミノ酸で置換する任意の変異体を含み、親タンパク質の２個の残基間にもう一残基または複数残基を挿入する可能性ならびに親配列から１個またはそれ以上の残基を欠失する可能性をさらに含む。任意のアミノ酸の置換、挿入または欠失を本発明に包含する。好ましい状況では、置換は上で定義した保存的置換である。
【００８６】
本発明の一つの態様は、単離ＮＯＶＸタンパク質およびそれらの生物活性部分、またはそれらの誘導体、フラグメント、類似体、または同族体に関する。また、抗ＮＯＶＸ抗体産生用の免疫源としての使用に適当なポリペプチドフラグメントも提供し得る。一つの実施態様では、細胞または組織供給源から標準タンパク質精製技術を使用する適当な精製スキームにより天然のＮＯＶＸタンパク質を単離し得る。もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質を、組換えＤＮＡ技術により生産する。組換え発現に代えて、ＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドを、標準ペプチド合成技術を使用して化学的に合成し得る。
【００８７】
「単離」または「精製」ポリペプチドまたはタンパク質またはそれらの生物活性部分は、ＮＯＶＸタンパク質の由来する細胞供給源または組織供給源の細胞性物質または他の混入タンパク質を実質的に含まず、または化学的に合成したと際化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。「細胞性物質が実質的に含まれていない」という用語は、タンパク質を単離または組換え的に生産した元の細胞の細胞成分からタンパク質を分離したＮＯＶＸタンパク質の標本を含む。一つの実施態様では、「細胞原料が実質的に含まれていない」という用語は、約３０％(乾燥重量比)未満の非ＮＯＶＸタンパク質(ここでは「混入タンパク質」とも言う)、さらに好ましくは約２０％未満の非ＮＯＶＸタンパク質、なおさらに好ましくは約１０％未満の非ＮＯＶＸタンパク質、そして最も好ましくは約５％未満の非ＮＯＶＸタンパク質を有するＮＯＶＸタンパク質の標本を含む。ＮＯＶＸタンパク質またはそれらの生物活性部分を組換え的に生産する際には、それはまた、好ましくは培地を実質的に含まず、即ち、培地はＮＯＶＸタンパク質標本の容積の約２０％未満、さらに好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは５％未満を表す。
【００８８】
「化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という用語は、ＮＯＶＸタンパク質の標本を含み、ここでタンパク質を、タンパク質の合成に関与する化学的前駆体または他の化学物質から分離する。一つの実施態様では、「化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という用語は、約３０％未満(乾燥重量比)の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、さらに好ましくは約２０％未満の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、なおさらに好ましくは約１０％未満の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、および最も好ましくは約５％未満の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を有するＮＯＶＸタンパク質の標本を含む。
【００８９】
ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、全長ＮＯＶＸタンパク質より少ないアミノ酸を含有しＮＯＶＸタンパク質の少なくとも一つの活性を示すＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列(例えば、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)）に十分相同なアミノ酸配列またはＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に示されるアミノ酸配列)に由来するアミノ酸配列を含むペプチドを含む。典型的に、生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも一つの活性を有するドメインまたはモチーフを含む。ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば１０、２５、５０、１００またはそれ以上のアミノ酸残基の長さのポリペプチドであり得る。
さらに、タンパク質の他の領域が欠失した他の生物学的に活性な部分を、組換え技術で調製しそして天然のＮＯＶＸタンパク質の機能活性の一つまたはそれ以上について評価し得る。
【００９０】
一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)に示すアミノ酸配列を有する。他の実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)に実質的に相同であり、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)のタンパク質の機能活性を保持するが、なお以下に詳述するように天然の対立遺伝子の変異体または変異に因りアミノ酸配列を異にする。従って、もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)のアミノ酸配列と少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)のＮＯＶＸタンパク質の機能活性を保持するタンパク質である。
【００９１】
２個またはそれ以上の配列間のホモロジーを測定すること
２個のアミノ酸配列または２個の核酸のホモロジーの割合を測定するために、配列を至適な比較目的でアラインメント(例えば、ギャップを、２番目のアミノ酸または核酸配列と至適なアラインメントになるように第１のアミノ酸配列または核酸配列の中に入れ得る)。対応するアミノ酸部位または核酸部位におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドを次いで比較する。第１の配列の部位を、第２の配列の対応する部位と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドにより占めると、両分子はその部位において相同である(即ち、本明細書において使用するように、アミノ酸または核酸の「相同性」はアミノ酸または核酸の「同一性」と同等である)。
【００９２】
核酸配列の相同性を、２個の配列間の同一性の程度として測定し得る。相同性は、ＧＣＧプログラムパッケージに提供されるＧＡＰソフトウエアのような、当分野において公知のコンピュータープログラムを使用して測定し得る。Needleman and Wunsch, 1970. J Mol Biol 48: 443-453を参照されたい。以下のセッティング：ＧＡＰ生成ペナルティー５．０またはＧＡＰ伸長ペナルティー０．３で、ＧＣＧ ＧＡＰソフトウエアを使用して、上述の類似核酸配列のコード化領域は、配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)に示すＤＮＡ配列のＣＤＳ(コード化)部分と好ましくは少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の同一性の程度を示す。
【００９３】
用語「配列同一性」は、２個のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列が比較の特定領域に亘って残基毎に同一である程度を指す。用語「配列同一性の百分率」を、比較の領域に亘って至適にアラインメントした２個の配列を比較し、一致部位の数を求め同一の核酸塩基(例えば、核酸の場合には、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ)が両方の配列中に存在する部位数を測定して、一致部位の数を比較領域の部位の総数(即ち、ウインドウサイズ)で除し、商を１００倍して、配列同一性の百分率を得ることにより計算しうる。本明細書において使用する用語「実質的同一性」は、ポリヌクレオチド配列の特性を意味する。ここでポリヌクレオチドは、比較領域に亘って標準配列と比較して少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の配列同一性、およびしばしば９０〜９５％の配列同一性、さらに通常には少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【００９４】
キメラタンパク質または融合タンパク質
本発明はまた、ＮＯＶＸキメラタンパク質または融合タンパク質を提供する。本明細書において使用するように、ＮＯＶＸ「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非ＮＯＶＸポリペプチドに機能し得るように結合したＮＯＶＸポリペプチドを含む。「ＮＯＶＸポリペプチド」は、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)のＮＯＶＸタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドを指す一方で、「非ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質と実質的に相同でないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチド、例えば、ＮＯＶＸタンパク質と異なり同一または異なる生物由来であるタンパク質を指す。ＮＯＶＸ融合タンパク質内では、ＮＯＶＸポリペプチドはＮＯＶＸタンパク質の全部または一部に対応し得る。一つの実施態様では、ＮＯＶＸ融合タンパク質はＮＯＶＸタンパク質の少なくとも一つの生物学的に活性な部分を含む。もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも二つの生物学的に活性な部分を含む。なおもう一つの実施態様では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも三つの生物学的に活性な部分を含む。融合タンパク質内では、用語「機能し得るように結合した」は、ＮＯＶＸポリペプチドおよび非ＮＯＶＸポリペプチドがお互いにインフレームで融合していることを示すものとする。非ＮＯＶＸポリペプチドを、ＮＯＶＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合し得る。
【００９５】
一つの実施態様では、融合タンパク質は、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質である。ここでＮＯＶＸ配列がＧＳＴ(グルタチオンＳ転移酵素)のＣ末端に融合する。そのような融合タンパク質は、組換えＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【００９６】
もう一つの実施態様では、融合タンパク質は、そのＮ末端に異種のシグナル配列を含有するＮＯＶＸタンパク質である。特定の宿主細胞(例えば、哺乳動物の宿主細胞)において、ＮＯＶＸの発現および／または分泌を異種シグナル配列の使用を介して増強し得る。
【００９７】
なおもう一つの実施態様では、融合タンパク質は、ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質である。ここでＮＯＶＸ配列は、免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバー由来の配列と融合している。本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を、医薬組成物中に組み入れ、対象に投与し、細胞上でのＮＯＶＸリガンドとＮＯＶＸタンパク質との相互作用を阻害し、それによりインビボでのＮＯＶＸ仲介性の情報伝達を抑制し得る。ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を使用して、ＮＯＶＸと同族のリガンドの生物学的利用性に影響を及ぼし得る。ＮＯＶＸリガンド／ＮＯＶＸ相互作用の阻害は、増殖および分化障害の処置ならびに細胞生存を調整(例えば増強または阻害)のために治療上有用であり得る。さらに、本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を使用して、対象中で抗ＮＯＶＸ抗体を生産し、ＮＯＶＸリガンドを精製し、そしてスクリーニングアッセイにおいて、ＮＯＶＸのＮＯＶＸリガンドとの相互作用を阻害する分子を同定し得る。
【００９８】
本発明のＮＯＶＸキメラタンパク質または融合タンパク質を、標準組換えＤＮＡ技術により生産し得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコード化するＤＮＡフラグメントを、例えば、連結のための平滑末端化または互い違い末端を用いること、適切な末端を提供するための制限酵素による切断、適切に粘着末端の充填、望ましくない結合を防止するためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的結合などの従来の方法にしたがってインフレームで一緒に連結する。もう一つの実施態様では、融合遺伝子を、自動ＤＮＡ合成機を含む従来の技術により合成し得る。これに代えて、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅を、２個の連続する遺伝子フラグメント間で相補的なオーバーハングを生じるアンカープライマーを用いて行い、それらを引き続いてアニールし、再増幅して、キメラ遺伝子配列を生成し得る(例えば、Ausubel, et al. (eds.) CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, 1992を参照)。さらに、融合部分を既にコード化する多くの発現ベクター(例えば、ＧＳＴポリペプチド)が市販されている。ＮＯＶＸをコード化する核酸を、融合部分がＮＯＶＸタンパク質にインフレームで結合するように、そのような発現ベクターの中にクローン化することができる。
【００９９】
ＮＯＶＸアゴニストおよびアンタゴニスト
本発明はまた、ＮＯＶＸアゴニスト(即ち、ミメティクス)またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の変異体を含む。ＮＯＶＸタンパク質の変異体は、突然変異(例えば、ＮＯＶＸタンパク質の離散的変異または切断)により生成し得る。ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形のＮＯＶＸタンパク質と実質的に同一な生物学的諸活性またはそのサブセットを保持する。ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、例えば、ＮＯＶＸタンパク質を含む、細胞の情報伝達カスケードの下流または上流メンバーに拮抗的に結合することにより、天然に存在する形のＮＯＶＸタンパク質の一つまたはそれ以上の活性を阻害し得る。従って、特異的な生物学的作用を、限定された機能を有する変異体での処置により発揮することができる。一つの実施態様では、天然に存在する形のタンパク質の生物学的活性のサブセットを有する変異体による対象の処置は、天然に存在する形のＮＯＶＸタンパク質による処置と比べて対象における副作用がより少ない。
【０１００】
ＮＯＶＸアゴニスト(即ちミメティック)またはＮＯＶＸアンタゴニストのどちらかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の変異体は、ＮＯＶＸタンパク質の変異体(例えば切断変異体)の組換えライブラリーをＮＯＶＸタンパク質アゴニストまたはアンタゴニスト活性についてスクリーニングすることにより同定し得る。一つの実施態様では、ＮＯＶＸ変異体の変化に富むライブラリーを、核酸レベルでの組換え変異誘発によって生成し、そして変化に富む遺伝子ライブラリーによりコード化する。ＮＯＶＸ変異体の変化に富むライブラリーは、例えば、潜在的ＮＯＶＸ配列の縮重したセットが個別のポリペプチドとして発現可能であるように、合成オリゴヌクレオチドの混合物を遺伝子配列に酵素的に連結することにより、またはこれに代えて、その中にＮＯＶＸ配列のセットを含有するさらに大きい融合タンパク質(例えば、ファージディスプレー用に)のセットとして、生成し得る。縮重したオリゴヌクレオチド配列から潜在的ＮＯＶＸ変異体のライブラリーを使用して生成し得る種々の方法がある。縮重遺伝子配列の化学合成を自動ＤＮＡ合成機により行い、次いで、合成遺伝子を適切な発現ベクター内に連結し得る。遺伝子の縮重セットの使用は、潜在的ＮＯＶＸ配列の所望のセットをコード化する配列の全ての、一つの混合物の提供を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当分野内において周知である。例えば、Narang, 1983. Tetrahedron 39: 3; Itakura, et al., 1984. Annu. Rev. Biochem. 53: 323; Itakura, et al., 1984. Science 198: 1056; Ike, et al., 1983. Nucl. Acids Res. 11: 477を参照されたい。
【０１０１】
ポリペプチドライブラリー
加えて、ＮＯＶＸタンパク質コード化配列のフラグメントライブラリーを用いて、ＮＯＶＸタンパク質の変異体のスクリーニングおよびそれに続く選択のためにＮＯＶＸフラグメントの変化に富む集団を生成し得る。一つの実施態様では、コード化配列フラグメントのライブラリーを、ＮＯＶＸコード化配列の二本鎖ＰＣＲ断片を、ニッキングが分子あたり約１回生じる条件でヌクレアーゼ処置し、二本鎖ＤＮＡを変性させ、ＤＮＡを異なるニッキング産物由来のセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡに再生し、Ｓ１ヌクレアーゼで再生成した二本鎖から単鎖部分を除去し、そして得られたフラグメントライブラリーを発現ベクターに連結することにより、生成し得る。この方法によって、ＮＯＶＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端または内部フラグメントをコード化する発現ライブラリーを誘導し得る。
【０１０２】
点変異または切断により作成した組換えライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする、および選択した性質を有する遺伝子産物のためにｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする種々の技術は、当分野において公知である。かかる技術は、ＮＯＶＸタンパク質の組換え変異により生成した遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするハイスループット分析に適用可能な最も広く使用する技術は、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクターにクローニングし、得られたベクターライブラリーで適切な細胞を形質転換すること、そして、所望の活性の検出がその生産物を検出する遺伝子をコード化するベクターの単離を容易する条件で、組換え遺伝子を発現することを典型的に含む。ライブラリー中の機能的変異の頻度を増大する新しい技術である繰り返しアンサンブル変異誘発(ＲＥＭ)をスクリーニングアッセイと組み合わせて使用して、ＮＯＶＸ変異体を同定し得る。例えば、Arkin and Yourvan, 1992. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 7811-7815; Delgrave, et al., 1993. Protein Engineering 6:327-331を参照されたい。
【０１０３】
ＮＯＶＸ抗体
本明細書において使用する用語「抗体」は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン(Ｉｇ)分子の免疫学的に活性な部分、即ち、抗原に特異的に結合する(と免疫学的に反応する)抗原結合部位を含有する分子を指す。かかる抗体としては、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖、Ｆａｂ、Ｆａｂ’ およびＦ(ａｂ)2フラグメントならびにＦａｂ発現ライブラリーが挙げるが、これらに限定しない。一般に、ヒトから得る抗体分子は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥおよびＩｇＤのクラスのいずれかに関し、これらは分子中に存在するＨ鎖の性質によりお互いに異なる。特定のクラスは、ＩｇＧ1、ＩｇＧ2およびその他のような、サブクラスを同様に有する。さらに、ヒトにおいて、Ｌ鎖は、ｋ鎖またはラムダλ鎖であり得る。本明細書における抗体への参照は、ヒト抗体種の全てのそのようなクラス、サブクラスおよびタイプへの参照を含む。
【０１０４】
抗原として使用することを意図した本発明の単離タンパク質、またはその部分またはフラグメントを免疫源として使用しポリクローナルおよびモノクローナル抗体調製の標準的技術を使用し、抗原に免疫特異的に結合する抗体を生成し得る。全長のタンパク質を使用し得るが、またはこれに代えて、本発明は、免疫源として使用するための抗原の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ペプチドフラグメントは、配列番号２ｎ(ｎは１〜１０１の整数である)に示すアミノ酸配列のような全長タンパク質のアミノ酸配列の少なくとも６個のアミノ酸残基を含み、そしてペプチドに対して育成した抗体が、エピトープを含有する全長タンパク質または任意のフラグメントと特異的な免疫複合体を形成するようそのエピトープを包含する。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも１０個のアミノ酸残基、または少なくとも１５個のアミノ酸残基、または少なくとも２０個のアミノ酸残基、または少なくとも３０個のアミノ酸残基を含む。抗原性ペプチドにより包含する好ましいエピトープは、表面に局在するタンパク質領域であり；これらは通常親水性領域である。
【０１０５】
本発明の特定の実施態様において、抗原性ペプチドにより包含される少なくとも一つのエピトープは、タンパク質の表面に局在するＮＯＶＸ領域、例えば、親水性領域である。ヒトＮＯＶＸタンパク質配列の疎水性分析は、ＮＯＶＸポリペプチドのどの領域が特に親水性であり、したがって抗体生産を目標とするために有用な表面残基をコード化する可能性が高いかを示す。抗体生産を目標とするための手段として、親水性および疎水性領域を示すハイドロパシープロットを、例えば、どちらもフーリエ変換を用いるかまたは用いないで、Kyte DoolittleまたはHopp Woods方法を含む当分野において周知の任意の方法で生成し得る。例えば、Hopp and Woods, 1981, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 78: 3824-3828; Kyte and Doolittle 1982, J. Mol. Biol. 157: 105-142(いずれも全体的な出典明示により本明細書の一部とする)を参照されたい。抗原性タンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体または同族体内の一つまたはそれ以上のドメインに特異的である、抗体はまた、本明細書において提供する。
【０１０６】
用語「エピトープ」には、免疫グロブリンまたはＴ細胞受容体に特異的に結合し得る全てのタンパク質決定基(部位）が含まれる。エピトープ様決定基（部位）は、通常、化学的に活性な分子（例えば、アミノ酸もしくは糖側鎖など）表面群を含み、通常、特定の３次構造特性、に加えて特定電荷特性を示す。ＮＯＶＯＸポリペプチドまたはそれらのフラグメントは、少なくとも１つの抗原エピトープを持つ。アッセイ（例えば、当業者には既知のラジオリガンド結合アッセイまたは類似のアッセイ）によって測定されるような、平衡結合定数ＫＤが、＜１μＭ、好ましくは＜１００ｎＭ、より好ましくは＜１０ｎＭ、もっとも好ましくは＜１００ｐＭ〜約１ｐＭである場合、本発明の抗ＮＯＶＯＸ抗体は、抗原ＮＯＶＸに特異的に結合するといわれている。
【０１０７】
本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、類似体、同族体、またはオーソログを、これらのタンパク質成分に免疫特異的に結合する抗体の生成において免疫源として利用することができる。
【０１０８】
当分野内において公知の種々の方法を、本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、類似体、同族体、またはオーソログ、に対するポリクローナルまたはモノクローナル抗体の生産に使用し得る(例えば、Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow E, and Lane D, 1988, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NYを出典明示により本明細書の一部とする)を参照されたい。これらの抗体の幾つかについて以下に考察する。
【０１０９】
ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体の生産には、種々の適当な宿主動物(例えばウサギ、ヤギ、マウス、または他の哺乳動物)を、天然タンパク質、その合成変異体、または前述の誘導体を1回またはそれ以上注射して免疫を行い得る。適切な免疫原性製剤としては、例えば、天然に存在する免疫原性タンパク質、免疫原性タンパク質を代表する化学的に合成したポリペプチド、または組換え的に発現した免疫原性タンパク質を挙げ得る。さらに、タンパク質を、免疫する哺乳動物において免疫原性であることが知られている第２のタンパク質と複合体を形成してもよい。かかる免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシニアン、血清アルブミン、ウシサイログロブリンおよび大豆トリプシン阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。製剤はさらにアジュバントを含有し得る。免疫応答を増大するために使用する種々のアジュバントとしては、フロイントの(完全および不完全)アジュバント、鉱物ゲル(例えば水酸化アルミニウム)、界面活性剤(例えばリゾレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョン、ジニトロフェノール等)、カルメット-ゲラン杆菌およびコリネバクテリウム-パルヴムのようなヒトに使用可能なアジュバント、または類似の免疫促進剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用し得るアジュバントのさらに別な例としては、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント(モノホスホリルリピドＡ、合成ジコリノミコール酸トレハロース)を挙げ得る。
【０１１０】
免疫原性タンパク質に対するポリクローナル抗体を、哺乳動物から(例えば、血液から)単離して、免疫血清中の主としてＩｇＧ画分を提供するプロテインＡまたはプロテインＧを用いるアフィニティークロマトグラフィーのような、公知の技術を用いてさらに精製し得る。引き続いて、またはこれに代えて、求める免疫グロブリンの標的である特異的抗原、またはそのエピトープ、をカラム上に固相化して、イムノアフィニティークロマトグラフィーにより免疫特異的抗体を精製し得る。免疫グロブリンの精製を、例えば、D. Wilkinson (The Scientist, published by The Scientist, Inc., Philadelphia PA, Vol. 14, No. 8 (April 17, 2000), pp. 25-28)により考察する。
【０１１１】
モノクローナル抗体
本明細書において使用する用語「モノクローナル抗体」(ＭＡｂ)または「モノクローナル抗体組成物」は、特徴的なＬ鎖遺伝子産物および特徴的なＨ鎖遺伝子産物より成る抗体分子の１分子種のみを含有する抗体分子の集団を指す。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域(ＣＤＲ)は、集団の全ての分子において同一である。従って、ＭＡｂは、それに対する特徴的な結合活性を特徴とする抗原の特定のエピトープと免疫反応する能力がある抗原結合部位を含有する。
【０１１２】
モノクローナル抗体を、Kohler and Milstein, Nature, 256:495 (1975)により記載するような、ハイブリドーマ方法を用いて調製し得る。ハイブリドーマ方法では、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物を典型的に免疫化剤で免疫することにより、免疫化剤に特異的に結合する抗体を生産するかまたは生産する能力のあるリンパ球を誘発する。これに代えて、リンパ球をインビトロで免疫することができる。
【０１１３】
免疫化剤としては典型的に、タンパク質抗原、それらのフラグメントまたはその融合タンパク質が挙げられる。一般的に、ヒト由来の細胞を所望するならば、末梢血リンパ球を使用し、またはヒト以外の哺乳動物源を所望するならば、脾臓細胞またはリンパ節細胞を使用するかのいずれかである。次いで、リンパ球を、ポリエチレングリコールのような適当な融合剤を用いて不死化細胞株と融合し、ハイブリドーマ細胞を生成する（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, (1986) pp. 59-103）。不死化細胞株は通常、形質転換した哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシまたはヒト由来の骨髄腫細胞である。通常、ラットまたはマウスの骨髄腫細胞株を使用し得る。ハイブリドーマ細胞を、融合していない不死化細胞の増殖または生存を阻害する一つまたはそれ以上の物質を好ましくは含有する適切な培地中で培養し得る。例えば、親細胞が、酵素ヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ)を欠くならば、ハイブリドーマ用の培地は典型的に、その物質がＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を阻止する、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含む(「ＨＡＴ培地」)。
【０１１４】
好ましい不死化細胞株は、効率的に融合し、選択した抗体生産細胞による抗体の高レベル発現を支持し、そしてＨＡＴ培地のような培地に感受性のあるものである。さらに好ましい不死化細胞株は、例えば、Salk Institute Cell Distribution Center, San Diego, Californiaおよびthe American Type Culture Collection, Manassas, Virginiaから入手し得るマウス骨髄腫細胞株である。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株はまた、ヒトモノクローナル抗体の生産用に記載する（Kozbor, J. Immunol., 133:3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, Marcel Dekker, Inc., New York, (1987) pp. 51-63）。
【０１１５】
ハイブリドーマが培養する培地を次いで、抗原に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイし得る。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって生産したモノクローナル抗体の結合特異性を、免疫沈降によりまたはラジオイムノアッセイ(ＲＩＡ)または酵素結合免疫吸着検査法(ＥＬＩＳＡ)のような、インビトロ結合アッセイによって測定する。そのような技術またはアッセイは当分野において公知である。モノクローナル抗体の結合親和性を、例えば、Munson and Pollard, Anal. Biochem., 107:220 (1980)のScatchard分析により測定し得る。標的抗原に対して高度の特異性および高い結合親和性を有する抗体を同定することは、モノクローナル抗体の治療的応用において特に重要な目的である。
【０１１６】
所望のハイブリドーマ細胞を同定した後、クローンを限界希釈法でサブクローン化して、標準方法で増殖し得る(Goding,1986)。この目的のための適当な培地としては、例えば、Dulbecco's Modified Eagle's Medium培地およびＲＰＭＩ−１６４０培地を挙げ得る。これに代えて、ハイブリドーマ細胞を哺乳動物中で腹水としてインビボで増殖し得る。
【０１１７】
サブクローンにより分泌したモノクローナル抗体を、培地または腹水から、例えば、プロテイン−Ａセファローズ、ハイドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィーのような従来の免疫グロブリン精製手順により単離または精製し得る。
【０１１８】
モノクローナル抗体をまた、米国特許第４,８１６,５６７号に記載するような組換えＤＮＡ方法により作り得る。本発明のモノクローナル抗体をコード化するＤＮＡを、従来の手順を使用して(例えば、マウス抗体のＨ鎖およびＬ鎖をコード化する遺伝子に特異的に結合する能力のある、オリゴヌクレオチドプローブを使用することにより)容易に単離し配列決定し得る。本発明のハイブリドーマ細胞はそのようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦単離すれば、ＤＮＡを発現ベクター中に配置し、それを次いでサルのＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣(ＣＨＯ)細胞、またはそうしなければ免疫グロブリンタンパク質を産生しない骨髄腫細胞のような宿主細胞中に形質移入して、組換え宿主細胞中でモノクローナル抗体の合成を取得し得る。ＤＮＡをまた、例えば相同なマウスの配列の代わりにヒトのＨ鎖およびＬ鎖の通常ドメインに対するコード化配列を置換することにより(米国特許第４,８１６,５６７号; Morrison, Nature 368, 812-13 (1994))、または非免疫グロブリンペプチドに対するコード化配列の全部または一部を免疫グロブリンのコード化配列に共有結合することにより、修飾し得る。そのような非免疫グロブリンポリペプチドを、本発明の抗体の通常ドメインに対して置換することができるか、または本発明の抗体の一つの抗原結合部位の可変ドメインに対して置換して、キメラ２価抗体を創成することができる。
【０１１９】
ヒト化抗体
本発明のタンパク質抗原に対する抗体はさらに、ヒト化抗体またはヒト抗体を含む。これらの抗体は、投与した免疫グロブリンに対してヒトによる免疫応答を惹き起こすことなくヒトに投与するのに適している。抗体のヒト化型は、主としてヒト免疫グロブリンの配列より成って、非ヒト免疫グロブリン由来の最小限の配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、またはそれらのフラグメント(Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ’)２または抗体の他の抗原結合サブ配列)である。ヒト化は、Winterまたは共同研究者(Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature, 332:323-327 (1988); Verhoeyen et al., Science, 239:1534-1536 (1988))の方法にしたがって、げっ歯類のＣＤＲまたはＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列で置換することにより、実施し得る。(また、米国特許第５,２２５,５３９号を参照)場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレーム枠の残基を対応する非ヒト残基により置換し得る。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体またはＣＤＲまたはフレーム枠配列にも見出さない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は少なくとも一つ、また典型的には二つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ここでＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、そしてフレーム枠領域の全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリンのコンセンサス配列のものである。ヒト化抗体は至適にはまた、免疫グロブリンの通常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくとも一部を含む(Jones et al., 1986; Riechmann et al., 1988; and Presta, Curr. Op. Struct. Biol., 2:593-596 (1992))。
【０１２０】
ヒト抗体
完全なヒト抗体は、ＣＤＲを含むＬ鎖およびＨ鎖の全配列がヒトの遺伝子より生じる、抗体分子に本質的に関する。かかる抗体は本明細書では、「ヒト抗体」または「完全なヒト抗体」と呼称する。ヒトモノクローナル抗体を、トリオーマ技術；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術(Kozbor, et al., 1983 Immunol Today 4: 72を参照)およびＥＢＶハイブリドーマ技術により調製し、ヒトモノクローナル抗体を生産し得る(Cole, et al., 1985 In: MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96を参照)。ヒト化モノクローナル抗体を、本発明の実施に利用し得て、そしてヒトハイブリドーマを用いて(Cote, et al., 1983. Proc Natl Acad Sci USA 80: 2026-2030を参照)またはヒトＢ細胞をインビトロでEpstein Barrウイルスにより形質転換することによって(Cole, et al., 1985 In: MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96を参照)生産し得る。
【０１２１】
加えて、ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリー(Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581 (1991))を含むさらに別な技術を用いて生産し得る。同様に、ヒト抗体を、ヒト免疫グロブリンの座位をトランスジェニック動物、例えば、マウスに導入することによって作り得る。ここで内在性免疫グロブリン遺伝子を部分的にまたは完全に不活化する。チャレンジによって、遺伝子再配列、アセンブリー、および抗体レパトリ−を含む全ての面でヒトにおいて見られるのと非常に良く似たヒト抗体生産を観察する。このアプローチは、例えば、米国特許第５,５４５,８０７号; ５,５４５,８０６号; ５,５６９,８２５号; ５,６２５,１２６号; ５,６３３,４２５号; ５,６６１,０１６号、ならびに Marks et al. (Bio/Technology 10, 779-783 (1992))、Lonberg et al. (Nature 368 856-859 (1994))、Morrison ( Nature 368, 812-13 (1994))、Fishwild et al,( Nature Biotechnology 14, 845-51 (1996))、Neuberger (Nature Biotechnology 14, 826 (1996))、 Lonberg and Huszar (Intern. Rev. Immunol. 13 65-93 (1995))に記載されている。
【０１２２】
ヒト抗体を、抗体によるチャレンジに応答して動物の内在性抗体ではなく完全なヒト抗体を生産するように修飾したトランスジェニック非ヒト動物を用いて、付加的に生産し得る(ＰＣＴ公開番号ＷＯ９４／０２６０２を参照)。非ヒト宿主中の免疫グロブリンＨ鎖およびＬ鎖をコード化する内在性遺伝子を無能にし、そしてヒト免疫グロブリンのＨ鎖およびＬ鎖をコード化する活性座位を宿主のゲノムの中に挿入する。ヒトの遺伝子を、例えば、必要なヒトＤＮＡセグメントを含有する酵母の人工染色体を用いて組み入れ得る。全ての所望の修飾を提供する動物は次いで、修飾の全補体より少ない補体を含有するトランスジェニック動物を直接交配することにより子孫として得られる。そのような非ヒト動物の好ましい実施態様はマウスであり、ＰＣＴ公開番号ＷＯ９６／３３７３５およびＷＯ９６／３４０９６号に開示されているようにXenomouse[登録商標]と呼称する。この動物は、完全なヒト免疫グロブリンを分泌する、Ｂ細胞を生産する。抗体は、興味のある免疫原で免疫後、動物から、例えば、ポリクローナル抗体の標本として、直接得ることも、またはこれに代えて、モノクローナル抗体を生産するハイブリドーマのような、動物由来の不死化Ｂ細胞から得ることもできる。これに加えて、ヒトの可変領域を持つ免疫グロブリンをコード化する遺伝子を回収し、発現して、抗体を直接得ることもでき、またはさらに修飾して、例えば、単鎖Ｆｖ分子のような抗体の類似体を得ることができる。
【０１２３】
内在性免疫グロブリンのＨ鎖の発現を欠失する、マウスとして例証した、非ヒト宿主を生産する方法の実施例は、米国特許第５,９３９,５９８号、に開示されている。それは、座位の再配列を阻止するためにそして再配列した免疫グロブリンＨ鎖の座位の転写物生成を阻止するために、胚性幹細胞中の少なくとも一つの内在性Ｈ鎖の座位からＪセグメントを欠失させ、この欠失は選択マーカーをコード化する遺伝子を含有するターゲティングベクターによりもたらされ、そして体細胞または胚細胞が選択マーカーをコード化する遺伝子を含有するトランスジェニックマウスを胚性幹細胞から生産することを含む方法により得られる。
【０１２４】
ヒト抗体のような興味のある抗体を生産する方法は、米国特許第５,９１６,７７１号、に開示されている。それは、Ｈ鎖をコード化するヌクレオチド配列を含有する発現ベクターを一つの培養哺乳動物宿主細胞に導入すること、Ｌ鎖をコード化するヌクレオチド配列を含有する発現ベクターをさらに別な哺乳動物宿主細胞に導入すること、および２個の細胞を融合してハイブリッド細胞を生成することを含む。ハイブリッド細胞は、Ｈ鎖およびＬ鎖を含有する抗体を発現する。
【０１２５】
この手順のさらなる改良において、免疫原上の臨床的に関係のあるエピトープを同定する方法、および関係のあるエピトープに高親和性で免疫特異的に結合する抗体を選択する相関的方法が、ＰＣＴ公開番号ＷＯ９９／５３０４９に開示されている。
【０１２６】
Ｆａｂフラグメントおよび単鎖抗体
本発明にしたがって、技術を、本発明の抗原タンパク質に特異的な単鎖抗体の生産に適合することができる(例えば米国特許第４,９４６,７７８号を参照)。加えて、方法を、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築に適合し(例えば、Huse, et al., 1989 Science 246: 1275-1281、を参照)、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体または同族体に対して所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ効果的な同定を可能し得る。タンパク質抗原に対するイディオタイプを含有する抗体フラグメントを、当分野において公知の技術により生産し得て、それは、(i)抗体分子のペプシン消化により生産するＦ(ａｂ’)２フラグメント；(ii)Ｆ(ａｂ’)２フラグメントのジスルフィド架橋を還元して得られるＦａｂフラグメント；(iii)抗体分子をパパインおよび還元剤で処置して生成するＦａｂフラグメント；ならびに(iv)Ｆｖフラグメントを含むが、これらに限定されない。
【０１２７】
二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる抗原に結合特異性を有するモノクローナル抗体、好ましくはヒトのまたはヒト化の抗体である。本明細書においては、結合特異性の一つは本発明の抗原タンパク質に対するものである。２番目の結合標的は、任意の他の抗原であって、有利に細胞表面タンパク質または受容体または受容体サブユニットである。
【０１２８】
二重特異性抗体の作成方法は当分野において公知である。伝統的に、二重特異性抗体の組換え生産は、２個のＨ鎖が異なる特異性を有する２個の免疫グロブリンＨ鎖／Ｌ鎖対の共発現に基づく(Milstein and Cuello, Nature, 305:537-539 (1983))。免疫グロブリンＨ鎖およびＬ鎖のランダムな組合せのため、これらのハイブリドーマ(クアドローマ)は１０種の異なる抗体分子の潜在的混合物を生産し、そのうちの一つだけが正しい２重特異性構造を有する。正しい分子の精製は通常、アフィニティークロマトグラフィーにより行う。類似の方法が、１９９３年５月に公開されたＷＯ９３／０８８２９およびTraunecker et al., EMBO J., 10:3655-3659 (1991)に開示されている。
【０１２９】
所望の結合特異性を持つ抗体の可変ドメイン(抗体−抗原結合部位)を、免疫グロブリンの通常ドメイン配列に融合し得る。融合は、好ましくは、ヒンジ、ＣＨ２およびＣＨ３領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリンＨ鎖の通常ドメインと共にある。少なくとも融合の一つの中に存在するＬ鎖結合に必要な部位を含有する第１のＨ鎖通常領域(ＣＨ１)を有することが好ましい。免疫グロブリンＨ鎖の融合をコード化するＤＮＡ、および所望ならば、免疫グロブリンＬ鎖を別々の発現ベクター中に挿入し適当な宿主生物中に形質移入する。二重特異性抗体のさらなる詳細については、例えば、Suresh et al., Methods in Enzymology, 121:210 (1986)を参照されたい。
【０１３０】
ＷＯ９６／２７０１１に記載されたもう一つのアプローチによれば、一対の抗体分子間の境界面を工学操作して、組換え細胞培地から回収するヘテロダイマーの百分率を最大にし得る。好ましい境界面は、抗体の通常ドメインのＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法では、第１の抗体分子の境界面の一つまたはそれ以上の小さなアミノ酸側鎖を、より大きな側鎖(例えばチロシンまたはトリプトファン)で置換する。大きな側鎖(複数を含む)と同一または類似のサイズの代償的な「空隙」を、大きなアミノ酸側鎖をより小さなもの(例えばアラニンまたはスレオニン)で置換することにより第２の抗体分子の境界面に生成する。これは、ホモダイマーのような他の望ましくない最終産物以上にヘテロダイマーの収量を増加する機構を提供する。
【０１３１】
二重特異性抗体を、抗体の全長または抗体フラグメント(例えばＦ(ａｂ’)２二重特異性抗体)として調製することができる。抗体フラグメントから二重特異性抗体を生成する技術は文献に記載されている。例えば、二重特異性抗体フラグメントを、化学的結合を用いて調製することができる。Brennan et al., Science 229:81 (1985)は、完全な抗体をタンパク質分解酵素で切断してＦ(ａｂ’)２フラグメントを生成する手順を記載する。これらのフラグメントをジチオール錯化剤の亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元して、隣接するジチオールを安定化させて、分子間ジスルフィド形成を阻止する。次いで、生成したＦａｂ’フラグメントをチオニトロ安息香酸(ＴＮＢ)誘導体に変換する。次いで、Ｆａｂ’−ＴＮＢの一つをメルカプトエチルアミンとの還元によりＦａｂ’−チオールに再変換し、そして等量の他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合して、二重特異性抗体を生成する。生成した二重特異性抗体を酵素の選択的固定化剤として使用し得る。
【０１３２】
これに加えて、Ｆａｂ’フラグメントを大腸菌から直接回収して、化学的にカップリングして、二重特異性抗体を生成し得る。Shalaby et al., J. Exp. Med. 175:217-225 (1992)は、完全にヒト化した二重特異性抗体のＦ(ａｂ’)２分子の生産を記載している。それぞれのＦａｂ’フラグメントを大腸菌から別々に分泌し、インビトロで指向性化学カップリングに供して、二重特異性抗体を形成した。従って形成した二重特異性抗体を、ＥｒｂＢ２受容体を過剰発現する細胞および正常ヒトＴ細胞に結合することができ、ならびにヒト乳腺腫瘍標的に対するヒト細胞障害性リンパ球の溶解活性を誘発することができた。
【０１３３】
組換え細胞培地から直接二重特異性抗体を作成し単離する種々の技術をまた記載する。例えば、二重特異性抗体をロイシンジッパーを用いて生産する。Kostelny et al., J. Immunol. 148(5):1547-1553 (1992)。Ｆｏｓタンパク質およびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーを遺伝子融合により二つの異なる抗体のＦａｂ’部分に結合した。抗体のホモダイマーをヒンジ領域において還元して、モノマーを形成し、次いで再酸化して、抗体のヘテロダイマーを形成した。この方法をまた、抗体のホモダイマーの生産に利用することができる。Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993)により記載されている「diabody」技術は、二重特異性抗体フラグメント作成のさらに別の機構を提供する。フラグメントは、リンカーによりＬ鎖可変領域(ＶＬ)に連結したＨ鎖可変領域(ＶＨ)を含むが、リンカーが短いため同じ鎖の上の２個のドメイン間での対形成を可能にしない。したがって、一つのフラグメントのＶＨおよびＶＬドメインは強制的にもう一つのフラグメントの相補的なＶＬおよびＶＨドメインと対を形成し、それにより二つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ(ｓＦｖ)のダイマーの使用による二重特異性抗体フラグメント作成のもう一つの戦略がまた報告されている。Gruber et al., J. Immunol. 152:5368 (1994)を参照されたい。
【０１３４】
３価以上の結合価をもつ抗体も考得る。例えば、３重特異性抗体を調製し得る。例えば、Tutt et al., J. Immunol. 147:60 (1991)。
典型的な二重特異性抗体は、少なくとも一つが本発明のタンパク質抗原に由来する二つの異なるエピトープに結合し得る。これに代えて、免疫グロブリン分子の抗−抗原アームを、白血球上でＴ細胞受容体分子(例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８またはＢ７)またはＦｃγＲＩ(ＣＤ６４)、ＦｃγＲＩＩ(ＣＤ３２)およびＦｃγＲＩＩＩ(ＣＤ１６)のような、ＩｇＧに対するＦｃ受容体(Ｆｃγ)のような誘発性分子に結合するアームと組み合わせて、特定の抗原を発現する細胞に対する細胞性防御機構に焦点を当て得る。二重特異性抗体をまた使用して、特定の抗原を発現している細胞に細胞障害性物質を指向し得る。これらの抗体は、抗原結合アームおよび細胞障害性薬剤またはＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡまたはＴＥＴＡのような放射性核種キレート化剤と結合するアームを所有する。興味のあるもう一つの二重特異性抗体は、本明細書に説明するタンパク質抗原と結合して、さらに組織因子(ＴＦ)と結合する。
【０１３５】
ヘテロ複合抗体
ヘテロ複合抗体はまた本発明の範囲内にある。ヘテロ複合抗体は、共有結合で結合した二つの抗体より成る。そのような抗体は、例えば、好ましくない細胞に免疫系の細胞を標的化するため(米国特許第４,６７６,９８０号)、およびＨＩＶ感染の処置のため(ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＥＰ０３０８９)に提案あされている。これらの抗体を、架橋剤を伴うものを含むタンパク質合成化学の既知の方法を用いてインビトロで調製し得ると考えられている。例えば、ジスルフィド交換反応を使用してまたはチオエーテル結合を形成することより、イムノトキシンを構築することができる。この目的のために適当な試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデートならびに、例えば、米国特許第４,６７６,９８０号に開示されているものを挙げ得る。
【０１３６】
エフェクター機能工学
例えば、がんの処置における抗体の有効性を増強するために、本発明の抗体をエフェクター機能に関して修飾することが望ましい。例えば、システイン残基(複数を含む)をＦｃ領域に導入し、それによりこの領域における鎖間ジスルフィド結合形成を可能にし得る。かくして生成したホモダイマーの抗体は、改善した内部移行能および／または増強した補体仲介性細胞殺害ならびに抗体依存性細胞障害作用(ＡＤＣＣ)を有し得る。Caron et al., J. Exp Med., 176: 1191-1195 (1992) and Shopes, J. Immunol., 148: 2918-2922 (1992)を参照されたい。増強した抗腫瘍活性を持つホモダイマー抗体はまた、Wolff et al. Cancer Research, 53: 2560-2565 (1993)に記載されているように、ヘテロ２機能性架橋剤を用いて調製し得る。これに代えて、２重のＦｃ領域を有して、それにより増強した補体依存性細胞溶解およびＡＤＣＣ能を有する抗体を工学操作することができる。Stevenson et al., Anti-Cancer Drug Design, 3: 219-230 (1989)を参照されたい。
【０１３７】
免疫複合体
本発明はまた、化学療法剤、毒素(例えば、細菌、黴、植物、または動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそれらのフラグメント)または放射性同位体(即ち、放射性複合体)のような細胞毒性物質と複合した抗体を含む免疫複合体に関する。
【０１３８】
そのような免疫複合体の生成に有用な化学療法剤を上述する。使用できる酵素的に活性な毒素およびそれらのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性フラグメント、内毒素Ａ鎖(Pseudomonas aeruginosa由来)、リシンＡ鎖、アビリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファサルシン、Aleurites fordii(シナアブラギリ)タンパク質、ディアンティンタンパク質、Phytolaca americanaタンパク質(ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩおよびＰＡＰ−Ｓ)、momoridica charantia(ツルレイシ)阻害剤、クルシン、クロチン、sapaonaria officinalisc阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、リストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシンおよびトリコテセンが挙げられる。種々の放射性核種を放射性複合抗体の生産に利用できる。例として、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙおよび１８６Ｒｅを挙げ得る。
【０１３９】
抗体と細胞障害性薬剤との複合体を、Ｎ−サクシンイミジル−３−(２−ピリジルジチオール)プロピオネート(ＳＰＤＰ)、イミノチオラン(ＩＴ)、イミドエステルの２機能性誘導体(ジメチルアジピイミデートＨＣＬのような)、活性エステル(ジサクシンイミジルスベレートのような)、アルデヒド(グルタルアルデヒドのような)、ビスアジド誘導体(ビス−(ｐ−アジドベンゾイル)−ヘキサンジアミンのような)、ビスジアゾニウム誘導体(ビス−(ｐ−ジアゾニウムベンゾイル)−エチレンジアミンのような)、ジイソシアネート(トリエン２、６−ジイソシアネートのような)、およびビス活性フッ素化合物(１,５−ジフルオロ２,４−ジニトロベンゼンのような)のような種々の２機能性タンパク質カップリング剤を用いて作る。例えば、リシン免疫毒素を、Vitetta et al., Science, 238: 1098 (1987)に記載のように調製することができる。炭素１４で標識した１−イソチオシアナートベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸(ＭＸ−ＤＴＰＡ)は、放射性ヌクレオチドを抗体に結合するための典型的なキレート化剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照されたい。
【０１４０】
もう一つの実施態様では、抗体を、腫瘍をプレターゲティンブのための「受容体」(ストレプトアビジンのような)に結合することができて、そこでは抗体−受容体複合体を患者に投与し、引き続いて未結合の複合体を除去剤を用いて血液循環から除去し、次いで今度は細胞障害性薬剤に複合した「リガンド」(例えばアビジン)を投与する。
【０１４１】
イムノリポゾーム
本明細書で開示される抗体をまた、イムノリポゾームとして処方することができる。抗体を含有するリポゾームは、Epstein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82: 3688 (1985); Hwang et al., Proc. Natl  Acad. Sci. USA, 77: 4030 (1980); ならびに米国特許第４,４８５,０４５号および第４,５４４,５４５号に記載されているような、当分野において公知の方法で調製する。増大した循環時間を持つリポゾームは、米国特許第５,０１３,５５６号に開示されている。
【０１４２】
特に有用なリポゾームを、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン(ＰＥＧ−ＰＥ)を含む脂質組成物を用いて逆相蒸発法により生成し得る。リポゾームを定められた孔径のフィルターを通して押し出して、所望の直径のリポゾームを得る。本発明の抗体のＦａｂ’フラグメントを、Martin et al ., J. Biol. Chem., 257: 286-288 (1982)に記載されるように、ジスルフィド交換反応を介してリポゾームに結合し得る。化学療法剤(ドキソルビシンのような)を任意にリポゾーム内に含有する。Gabizon et al., J. National Cancer Inst., 81(19): 1484 (1989)を参照されたい。
【０１４３】
本発明のタンパク質に対して指向した抗体の診断応用
本発明のタンパク質に対して指向した抗体を、タンパク質の局在および／または定量(例えば、適切な生理的試料中のタンパク質レベルの測定における使用、診断法における使用、タンパク質のイメージングにおける使用等)に関する当分野内において公知の方法で使用し得る。ある一定の実施態様では、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体、または同族体に対する抗原結合ドメインを含有する抗体を、薬理学的に活性な化合物として利用する(下記を参照)。
【０１４４】
本発明のタンパク質に対して特異的な抗体を、イムノアフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降のような標準的な技術により、タンパク質を単離するために使用し得る。そのような抗体を、細胞由来の天然タンパク質および宿主細胞で発現する組換え的に生産した抗原の精製を容易にし得る。さらに、そのような抗体を使用して、抗原タンパク質の存在量またはパターンを評価するために抗原タンパク質(例えば、細胞溶解物または細胞上清中の)を検出することができる。タンパク質に対して指向した抗体を診断的に使用して、例えば、与えられた処置法の有効性を測定するために臨床検査の手順の一環として組織中のタンパク質レベルをモニターすることができる。抗体を検出可能な物質にカップリング(即ち物理的に連結)することにより、検出を促進し得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、配合群、蛍光物質、発光物質、生物発光物質および放射性物質を挙げる。適当な酵素の例としては、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼおよびアセチルコリンエステラーゼを挙げ得る；適当な配合群の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンを挙げ得る；適当な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレッセイン、フルオレッセインイソチオシアナート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレッセイン、塩化ダンシルまたはフィコエリスリンを挙げ得る；発光物質の例としては、ルミノールを挙げ得る；生物発光物質の例としてはルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンを挙うるし、適当な放射性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈを挙げ得る。
【０１４５】
抗体治療法
ポリクローナル、モノクローナル、ヒト化および完全なヒト抗体を含む本発明の抗体を治療薬として使用し得る。そのような薬剤を一般的に、対象の疾患または病変の治療または予防に使用する。抗体製剤、好ましくはその標的抗原に対して高い特異性および高い親和性を有するものを対象に投与して、一般的に標的への結合に因る効果を有する。そのような効果は、与えた抗体分子と問題とする標的抗原との間の相互作用の特異的性質に依存する２種類のうちの一つである。第１の場合では、抗体の投与は、標的の本来結合する内在性リガンドとの結合を阻止または阻害し得る。この場合には、抗体は標的に結合して、リガンドがエフェクター分子として作用する、天然に存在するリガンドの結合部位をマスクする。かくして、受容体はリガンドが役割を担う情報伝達経路を仲介する。
【０１４６】
これに代えて、作用は、抗体が標的分子上のエフェクター結合部位への結合により生理的結果を誘発するものであり得る。この場合には、疾患または病変においては存在しないかまたは欠陥のあり得る内在性リガンドを有する受容体である標的を、代替のエフェクターリガンドとしての抗体と結合して、受容体に基づく情報伝達事象を受容体により開始する。
【０１４７】
本発明の抗体の治療的に有効な量は一般的に、治療目的を達成するのに必要とされる量に関する。上述のように、これは、特定の場合には標的の機能を阻害し、そして他の場合には生理的応答を促進する抗体およびその標的抗原との間の結合相互作用であり得る。投与に必要な量はさらに、特定の抗原に対する抗体の結合親和性に依存するし、そしてまた投与した抗体が投与した対象の自由体積から除去し得る速度に依存する。本発明の抗体または抗体フラグメントの治療的に有効な投与量の通常の範囲は、限定されない例として、約０．１ｍｇ／ｋｇ体重〜約５０ｍｇ／ｋｇ体重であり得る。通常の投与回数は、例えば、１日２回から１週１回の範囲であり得る。
【０１４８】
抗体の医薬組成物
本発明のタンパク質に特異的に結合する抗体、ならびに本明細書に開示するスクリーニングアッセイにより同定する他の分子を、医薬組成物の形で種々の障害の処置のために投与し得る。そのような組成物の調製に関与する原理および考慮事項、ならびに成分の選択の指針は、例えば、The Science And Practice Of Pharmacy 19th ed. (Alfonso R. Gennaro, et al., editors) Mack Pub. Co., Easton, Pa. : 1995、Drug Absorption Enhancement : Concepts, Possibilities, Limitations, And Trends,  Harwood Academic Publishers, Langhorne, Pa.,  1994、および Peptide And Protein Drug Delivery (Advances In Parenteral Sciences, Vol. 4), 1991, M. Dekker,  New Yorkに提供されている。
【０１４９】
抗原タンパク質が細胞内にあり、完全な抗体を阻害剤として使用するならば、内部移行性抗体が好ましい。しかしながら、リポゾームを使用して、抗体または抗体フラグメントを細胞内に送達し得る。抗体フラグメントを使用する場合には、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最も小さな阻害フラグメントが好ましい。例えば、抗体の可変領域の配列に基づいて、標的タンパク質の配列に結合する能力を保持するペプチド分子をデザインし得る。そのようなペプチドを、化学的および／または組換えＤＮＡ技術により合成し得る。例えば、Marasco et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90: 7889-7893 (1993)を参照されたい。本明細書における処方はまた、処置する特定の適応のために必要なニつ以上の活性化合物、好ましくはお互いに悪影響を及ぼし合わない相補的活性を持つものを含有し得る。これに代えて、またはこれに加えて、組成物は、その機能を増強する薬剤、例えば、細胞障害性薬剤、サイトカイン、化学療法剤、または増殖阻害剤を含有していてもよい。そのような分子は好都合には、意図する目的にとって効果的な量で組み合わされて存在する。
【０１５０】
活性成分を、例えば、コアセルベーション技術または界面重合により調製したマイクロカプセル中で、例えば、ハイドロキシメチルセルローズまたはゼラチン−マイクロカプセルおよびポリ−(メチルメタクリレート)マイクロカプセル中で、それぞれ、コロイド状薬送達システム(例えば、リポゾーム、アルブミン小球体、ミクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル)中に、またはマクロエマルジョン中に閉じ込め得る。
【０１５１】
インビボ投与に使用する製剤は無菌でなければならない。このことを、無菌ろ過膜によるろ過により容易に達成する。
徐放性製剤を調製することができる。徐放性製剤の適当な例としては、抗体を含有する固相の疎水性ポリマーの半透過性マトリックスが挙げられ、そのマトリックスは、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルのような造形品の形をしている。徐放性マトリックスの例としては、ポリエステル、ハイドロゲル(例えば、ポリ(２−ヒドロキシエチル−メタクリレート)、またはポリ(ビニルアルコール)、ポリラクチド(米国特許第３,７７３,９１９号)、Ｌ−グルタミン酸およびγエチル−Ｌグルタミン酸エステルの共重合体、非分解性エチレン−ビニルアセテート、LUPRON DEPOT[登録商標](乳酸−グリコール酸共重合体および酢酸リュープロリドより成る注射用マイクロスフェア)のような分解性乳酸−グリコール酸共重合体が挙げられる。酢酸エチレンビニルおよび乳酸−グリコール酸のようなポリマーは１００日間に亘って分子を放出することができるが一方、特定のヒドロゲルはより短期間でタンパク質を放出する。
【０１５２】
ＥＬＩＳＡアッセイ
アナライトのタンパク質を検出する薬剤は、アナライトのタンパク質に結合する能力のある抗体、好ましくは検出可能な標識を持つ抗体である。抗体は、ポリクローナルでもよく、またはさらに好ましくはモノクローナルであり得る。完全な抗体またはそのフラグメント(例えば、ＦａｂまたはＦ(ａｂ)２)を使うことができる。用語「標識」とは、プローブまたは抗体に関して、プローブまたは抗体に検出可能な物質をカップリングする(即ち、物理的に連結する)ことによるプローブまたは抗体の直接標識、ならびに直接に標識するもう一つの薬剤との反応性によるプローブまたは抗体の間接標識を包含するものとする。間接標識の例としては、蛍光標識した第２抗体を用いた第１抗体の検出および蛍光標識ストレプトアビジンで検出できるようにＤＮＡプローブをビオチンで末端標識することが挙げられる。用語「生物学的試料」とは、対象から単離した組織、細胞および生物学的液体、ならびに対象内に存在する組織、細胞および液体を含むものとする。それ故に、用語「生物学的試料」の範囲には血液および血清、血漿、またはリンパ液を含む血液のフラクションまたは成分を含み得る。即ち、本発明の検出法を使用して、生物学的試料中のアナライトのｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡをインビトロならびにインビボで検出することができる。例えば、アナライトのｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノザンハイブリダイゼーションおよびインサイツハイブリダイゼーションを挙げ得る。アナライトのタンパク質のインビトロ検出技術としては、酵素結合免疫吸着検査法(ＥＬＩＳＡ)、ウエスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光を挙げ得る。アナライトのＤＮＡのインビトロ検出技術としては、サザンハイブリダイゼーションを挙げ得る。イムノアッセイを実施する手順は、例えば、「ELISA: Theory and Practice: Methods in Molecular Biology」, Vol. 42, J. R. Crowther (Ed.) Human Press, Totowa, NJ, 1995、「Immunoassay」, E. Diamandis and T. Christopoulus, Academic Press, Inc., San Diego, CA, 1996、および「Practice and Thory of Enzyme Immunoassays」, P. Tijssen, Elsevier Science Publishers, Amsterdam, 1985に記載されている。さらに、アナライトのタンパク質のインビボ検出のための技術は、標識化した抗アナライトタンパク質抗体を対象に導入することを含む。例えば、対象中での存在または局在が標準的な造影技法で検出できる放射性マーカーで、抗体を標識し得る。
【０１５３】
ＮＯＶＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞
本発明のもう一つの態様は、ＮＯＶＸタンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体または同族体をコード化する核酸を含有するベクター、好ましくは発現ベクターに関する。本明細書において使用する用語「ベクター」とは、それに結合しているもう一つの核酸を運搬する能力のある核酸分子を指す。ベクターの一つのタイプは「プラスミド」であり、これは、さらに別なＤＮＡセグメントが結合した環状の二重鎖ＤＮＡループを指す。ベクターのもう一つのタイプはウイルスベクターであり、ここではさらに別なＤＮＡセグメントをウイルスゲノムの中に結合し得る。特定のベクターは、それらを導入した宿主細胞中で自律増幅することができる(例えば、細菌の複製起点を持つ細菌のベクターおよび哺乳動物のエピゾームベクター)。他のベクター(例えば、哺乳動物の非エピゾームベクター)は、宿主細胞中への導入に際し宿主細胞のゲノム中に組み込まれて、それにより宿主ゲノムと一緒に複製し得る。さらに、特定のベクターは、それらが機能し得るように連結した遺伝子の発現を指示する能力がある。そのようなベクターを、本明細書において「発現ベクター」と呼称する。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターはしばしばプラスミドの形をしている。プラスミドはベクターの最も通常に使用する形態であるので、本明細書においては、「プラスミド」および「ベクター」は互換的に使用し得る。しかしながら、本発明は、同等の機能を有するウイルスベクター(例えば、複製能を欠いたレトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス)のような他の形の発現ベクターを含むこととする。
【０１５４】
本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞中における核酸の発現に適した形での本発明の核酸を含み、これは組換え発現ウイルスを、発現に使用する宿主細胞に基づいて選択した発現すべき核酸配列に機能し得るように結合した一つまたはそれ以上の調節配列を含むことを意味する。組換え発現ベクター内において、「機能し得るように結合した」とは、興味のある核酸配列が核酸配列の発現を可能にする様式で(例えばインビトロ転写／翻訳システムでまたはベクターを宿主細胞に導入する場合には宿主細胞中で)調節配列に結合していることを意味するものとする。
【０１５５】
用語「調節配列」とは、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御要素(例えば、ポリアデニル化シグナル)を含むものとする。そのような調節配列は、例えば、Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990)に記載されている。調節配列としては、多くのタイプの宿主細胞中でヌクレオチド配列の構成的発現を指示するものおよび特定の宿主細胞中でのみヌクレオチド配列の発現を指示するもの(例えば、組織特異的調節配列)を挙げ得る。発現ベクターのデザインが、形質転換する宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現レベル等のような要因に依存し得ることを当業者は理解する。本発明の発現ベクターを宿主細胞に導入して、それにより本明細書に説明するように核酸によりコード化する融合タンパク質またはペプチドを含むタンパク質またはペプチド(例えば、ＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の突然変異型、融合タンパク質等)を生産し得る。
【０１５６】
本発明の組換え発現ベクターを、原核のまたは真核の細胞中におけるＮＯＶＸタンパク質発現用にデザインし得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質を、Escherichia coliのような細菌細胞、昆虫細胞(バキュロウイルス発現ベクターを使用して)、酵母細胞または哺乳動物細胞中で発現し得る。適当な宿主細胞は、Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990)においてさらに考察されている。これに代えて、組換え発現ベクターを、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いてインビトロで転写して、翻訳し得る。
【０１５７】
真核細胞中におけるタンパク質の発現は最もしばしば、Escherichia coli中で融合タンパク質または非融合タンパク質のどちらかの発現を指示する構成的または誘導性プロモーターを含有するベクターを用いて行われる。融合ベクターは、その中にコード化したタンパク質に多数のアミノ酸を、通常には組換えタンパク質のアミノ末端に付加する。そのような融合ベクターは典型的に三つの目的に役立つ：(i)組換えタンパク質の発現を増大するため；(ii)組換えタンパク質の溶解性を増加するため；および(iii)アフィニティークロマトグラフィーにおけるリガンドとして作用することにより組換えタンパク質の精製を助けるため。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解による切断部位を融合部分および組換えタンパク質の接合部に導入して、融合部分から組換えタンパク質の分離に引き続いて融合タンパク質の精製を可能にする。そのような酵素、およびそれらと同種の認識配列としては、Ｆａｃｔｏｒ Ｘａ、トロンビンおよびエンテロキナーゼを挙げ得る。典型的な融合発現ベクターとしては、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ(ＧＳＴ)、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡをそれぞれ標的組換えタンパク質に融合させるｐＧＥＸ(Pharmacia Biotech Inc; Smith and Johnson, 1988. Gene 67: 31-40)、ｐＭＡＬ (New England Biolabs, Beverly, Mass.)およびｐＲＩＴ５ (Pharmacia, Piscataway, N.J.) を挙げ得る。
【０１５８】
適当な誘導性非融合E. coli発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ(Amrann et al., (1988) Gene 69:301-315)およびｐＥＴ１１ｄ (Studier et al., GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990) 60-89)を挙げ得る。
【０１５９】
E. coliにおけるタンパク質発現を最大にする一つの戦略は、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力を障害した宿主細胞中でタンパク質を発現することである。Gottesman, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990) 119-128を参照されたい。もう一つの戦略は、それぞれのアミノ酸に対する個別のコドンをE. coliで優先的に使用するものとなるように、発現ベクターに挿入する核酸の核酸配列を変更することである(例えば、Wada, et al., 1992. Nucl. Acids Res. 20: 2111-2118を参照)。本発明の核酸配列のそのような変更は標準的ＤＮＡ合成技法により行い得る。
【０１６０】
もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸ発現ベクターは酵母の発現ベクターである。酵母のSaccharomyces cerivisae中の発現ベクターの例としては、ｐＹｅｐＳｅｃ１ (Baldari, et al., 1987. EMBO J. 6: 229-234)、ｐＭＦａ(Kurjan and Herskowitz, 1982. Cell 30: 933-943)、ｐＪＲＹ８８ (Schultz et al., 1987. Gene 54: 113-123)、ｐＹＥＳ２(Invitrogen Corporation, San Diego, Calif.)、およびｐｉｃＺ(InVitrogen Corp, San Diego, Calif.)を挙げ得る。
【０１６１】
これに代えて、ＮＯＶＸをバキュロウイルス発現ベクターを用いて昆虫細胞中で発現し得る。培養昆虫細胞(例えば、ＳＦ９細胞)中でのタンパク質発現に利用可能なバクロウイルスベクターとしては、ｐＡｃシリーズ(Smith, et al., 1983. Mol. Cell. Biol. 3: 2156-2165) およびｐＶＬシリーズ(Lucklow and Summers, 1989. Virology 170: 31-39)を挙げ得る。
【０１６２】
なおもう一つの実施態様では、本発明の核酸を、哺乳動物の発現ベクターを用いて哺乳動物細胞中で発現し得る。哺乳動物の発現ベクターの例としては、ｐＣＤＭ８(Seed, 1987. Nature 329: 840)およびｐＭＴ２ＰＣ(Kaufman, et al., 1987. EMBO J. 6: 187-195)を挙げ得る。哺乳動物細胞中で使用するときには、発現ベクターの制御機能はしばしば、ウイルスの調節要素により提供される。例えば、普通に使用するプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルスおよびシミアンウイルス４０に由来する。原核のおよび真核の細胞両方にとって適当な他の発現系については、例えば、Chapters 16 and 17 of Sambrook, et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL. 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989を参照されたい。
【０１６３】
もう一つの実施態様では、組換え哺乳動物表現ベクターは、特定の細胞タイプ中で優先的に核酸の発現を指示する能力がある(例えば、組織特異的調節要素を核酸を発現するために使用する)。組織特異的調節要素は当分野において公知である。適当な組織特異的プロモータの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター(肝臓特異的；Pinkert, et al., 1987. Genes Dev. 1: 268-277)、リンパ系特異的プロモーター(Calame and Eaton, 1988. Adv. Immunol. 43: 235-275)、特にT細胞受容体(Winoto and Baltimore, 1989. EMBO J. 8: 729-733)および免疫グロブリン (Banerji, et al., 1983. Cell 33: 729-740; Queen and Baltimore, 1983. Cell 33: 741-748)のプロモーター、ニューロン特異的プロモーター(例えば、ニューロフィラメントプロモーター; Byrne and Ruddle, 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 5473-5477)、膵臓特異的プロモーター(Edlund, et al., 1985. Science 230: 912-916)、ならびに乳腺特異的プロモーター(例えば、乳漿；米国特許第４,８７３,３１６号及びヨーロッパ出願公開第２６４,１６６号)を挙得る。例えば、マウスのｈｏｘプロモーター(Kessel and Gruss, 1990. Science 249: 374-379)およびα−フェトプロテインプロモーター(Campes and Tilghman, 1989. Genes Dev. 3: 537-546)の発生的に調節されるプロモーターも包含する。
【０１６４】
本発明はさらに、発現ベクターの中にアンチセンスの配向でクローン化した本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。即ち、ＤＮＡ分子は、ＮＯＶＸｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現(ＤＮＡ分子の転写による)を可能にするような様式で、調節配列に機能し得るように結合する。種々の細胞タイプ中のアンチセンスＲＮＡ分子の連続的発現を指示するアンチセンスの配向にクローン化した核酸に機能し得るように結合した調節配列、例えば、ウイルスのプロモーターおよび／またはエンハンサーを選択することができるか、またはアンチセンスＲＮＡの組織特異的または細胞タイプ特異的な構成的発現を指示する調節配列を選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、ベクターを導入した細胞タイプにより活性を決定する高効率調節領域の制御下で、アンチセンス核酸を生産する組換えプラスミド、ファージミドまたは弱毒化ウイルスの形であり得る。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節の考察については、例えば、Weintraub, et al., 「Antisense RNA as a molecular tool for genetic analysis」 Reviews-Trends in Genetics, Vol. 1(1) 1986を参照されたい。
【０１６５】
本発明のもう一つの態様は、本発明の組換え発現ベクターを導入する宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」を、本明細書においては互換的に使用する。そのような用語は、特定の対象の細胞のみならずそのような細胞の子孫または潜在的子孫をまた指すことを理解する。突然変異または環境の影響により後の世代に特定の修飾が生じるかもしれないため、そのような子孫は、実際には親細胞と同一ではないかもしれないが、本明細書において使用する用語の範囲内になお含まれる。
【０１６６】
宿主細胞は任意の原核細胞または真核細胞であり得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質を、E. coliのような細菌細胞、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞(チャイニーズハムスター卵巣細胞(ＣＨＯ)またはＣＯＳ細胞)のような細菌の細胞中で発現することができる。他の適当な宿主細胞は当業者に周知である。
【０１６７】
ベクターＤＮＡを、従来の形質転換または形質移入技術により原核細胞または真核の細胞の中に導入することができる。本明細書において使用する用語「形質転換」および「形質移入」とは、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ−デキストラン仲介性形質移入、リポフェクション、またはエレクトロポレーションを含む外来の核酸(例えばＤＮＡ)を宿主細胞に導入するために当分野で認める種々の技術を指すものとする。宿主細胞を形質転換しまたは形質移入するための適当な方法は、MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL. 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989)および他の実験室マニュアルに見出すことができる。
【０１６８】
哺乳動物細胞の安定的な形質移入については、使用される発現ベクターおよび形質移入の技法に依存して、細胞のごく小数のフラクションが外来性ＤＮＡをそのゲノムの中に組み込み得る。これらの組み込み体を同定し選択するために、選択可能なマーカー(例えば、抗生物質に対する抵抗性)が一般的に、興味のある遺伝子と一緒に宿主細胞に導入される。種々の選択可能なマーカーとしては、Ｇ４１８,ハイグロマイシンおよびメトトレキセートのような薬剤に抵抗性を与えるものが挙げられる。選択可能なマーカーをコード化する核酸を、ＮＯＶＸをコード化するものと同一のベクター上で宿主細胞に導入することができか、または別のベクター上で導入することもできる。導入された核酸で安定に形質移入された細胞は、薬剤選択により同定されることができる(例えば、選択可能なマーカーを組み込んでいる細胞は生き残る一方で、他の細胞は死ぬ)。
【０１６９】
培地中の原核細胞または真核細胞のような本発明の宿主細胞を用いて、ＮＯＶＸタンパク質を生産する(即ち、発現する)ことができる。したがって、本発明は、本発明の宿主細胞を用いるＮＯＶＸタンパク質の生産方法をさらに提供する。一つの実施態様では、その方法は、本発明の宿主細胞(その中にＮＯＶＸタンパク質をコード化する組換え発現ベクターを導入する)を、ＮＯＶＸタンパク質を生産するような適当な培地中で培養することを含む。もう一つの実施態様では、その方法は、培地または宿主細胞からＮＯＶＸタンパク質を単離することをさらに含む。
【０１７０】
トランスジェニックＮＯＶＸ動物
本発明の宿主細胞をまた使用して、非ヒトトランスジェニック動物を生産し得る。例えば、一つの実施態様では、本発明の宿主細胞は、その中にＮＯＶＸタンパク質コード化配列を導入する受精卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、そのような宿主細胞を使用して、その中で外来性のＮＯＶＸ配列をゲノムの中に導入する非ヒトトランスジェニック動物、またはその中で内在性のＮＯＶＸ配列を変更する相同な組換え動物を創成することができる。そのような動物は、ＮＯＶＸタンパク質の機能および／または活性の研究にならびにＮＯＶＸタンパク質活性のモジュレーターの同定および／または評価に有用である。本明細書において使用する「トランスジェニック動物」とは、その中で動物の一つまたはそれ以上の細胞が導入遺伝子を含む非ヒト動物、好ましくは哺乳動物、さらに好ましくはラットまたはマウスのようなげっ歯類である。トランスジェニック動物の他の例としては、ヒト以外の霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両棲類等を挙げ得る。導入遺伝子は、それからトランスジェニック動物が発生する細胞のゲノムの中に取り込まれ、そして成熟動物のゲノム内に残存して、それによりトランスジェニック動物の一つまたはそれ以上の細胞タイプまたは組織中におけるコード化遺伝子産物の発現を指令する外来性ＤＮＡである。本明細書において使用する「相同の組換え動物」とは、その中で内在性ＮＯＶＸ遺伝子が内在性遺伝子および、動物の細胞、例えば、動物の胚細胞の中に動物の発生前に導入された外来性ＤＮＡ分子との間で相同組換えにより変更した非ヒト動物、好ましくは哺乳類、さらに好ましくはマウスである。
【０１７１】
本発明のトランスジェニック動物は、ＮＯＶＸをコード化する核酸を受精卵母細胞の雄性前核の中に(例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染により)導入して、卵母細胞を偽妊娠雌性仮親動物の体内で発生することを可能にすることにより、創成することができる。配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)のいずれか一つのヒトＮＯＶＸｃＤＮＡ配列を、非ヒト動物のゲノム内に導入遺伝子として導入することができる。これに代えて、マウスＮＯＶＸ遺伝子のようなヒトＮＯＶＸ遺伝子の非ヒト同族体を、ヒトＮＯＶＸのｃＤＮＡとのハイブリダイゼーション(上にさらに詳述)に基づいて単離して、導入遺伝子として使用し得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた、導入遺伝子の発現効率を増加するために導入遺伝子中に含み得る。組織特異的調節配列をＮＯＶＸ導入遺伝子に機能し得るように結合して、特定の細胞にＮＯＶＸタンパク質の発現を指示し得る。胚の操作およびマイクロインジェクションによる、トランスジェニック動物、特にマウスのような動物の作成方法は当分野において従来的となってきており、例えば、米国特許第４,７３６,８６６号; ４,８７０,００９号; および４,８７３,１９１号;ならびにHogan, 1986. In: MANIPULATING THE MOUSE EMBRYO, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.に記載されている。類似の方法を他のトランスジェニック動物の生産に用い得る。初代トランスジェニック動物を、ゲノム内のＮＯＶＸ導入遺伝子の存在および／または動物の組織または細胞中におけるＮＯＶＸｍＲＮＡの発現に基づいて、同定し得る。次いで、初代トランスジェニック動物を、導入遺伝子を保持する追加的動物の繁殖に使用し得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質をコード化する導入遺伝子を保持するトランスジェニック動物を使用して、他の導入遺伝子を保持するさらに別なトランスジェニック動物を繁殖し得る。
【０１７２】
相同の組換え動物を創成するために、その中に欠失、付加または置換を導入していて、それによりＮＯＶＸ遺伝子を変化させる例えば機能的に破壊するＮＯＶＸ遺伝子の少なくとも一部を含有するベクターを調製する。ＮＯＶＸ遺伝子は、ヒト遺伝子(例えば配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)のｃＤＮＡ)であり得るが、さらに好ましくはヒトＮＯＶＸ遺伝子の非ヒト同族体である。例えば、配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)のヒトＮＯＶＸ遺伝子のマウス同族体を使用して、マウスゲノム中の内在性ＮＯＶＸ遺伝子を変更するのに適する相同組換えベクターを構築することができる。一つの実施態様では、ベクターを、相同組換えにより、内在性遺伝子を機能的に破壊する(即ち、もはや機能的なタンパク質をコード化しない；「ノックアウト」ベクターとも呼称する)ようにデザインする。
【０１７３】
これに代えて、ベクターは、相同組換えにより内在性ＮＯＶＸ遺伝子を変異するかまたは他のように変更するが、依然機能性タンパク質をコード化する(例えば、上流の調節領域を変更してそれにより内在性ＮＯＶＸタンパク質の発現を変更する)ようにデザインし得る。相同組換えベクターでは、ＮＯＶＸ遺伝子の変更したタンパク質は、ＮＯＶＸ遺伝子のさらに別な核酸により５’末端または３’末端に隣接して、ベクターにより保持する外来性ＮＯＶＸ遺伝子および胚性幹細胞中の内在性ＮＯＶＸ遺伝子の間で相同組換えが起こることを可能にする。さらに別な隣接ＮＯＶＸ核酸は、内在性遺伝子と成功裏に相同組換えが起きるように十分な長さを持つ。典型的には、数キロ塩基の隣接ＤＮＡ(５’末端および３’末端の両方とも)をベクターに含み得る。相同組換えベクターの記載については、例えば、Thomas, et al., 1987. Cell 51: 503を参照されたい。次いで、ベクターを胚性幹細胞株に(例えば、エレクトロポレーションにより)導入し、そしてその中で導入したＮＯＶＸ遺伝子を内在性ＮＯＶＸ遺伝子と相同的に組み換えた細胞を選択する。例えば、Li, et al., 1992. Cell 69: 915を参照されたい。
【０１７４】
次いで、選択した細胞を動物(例えば、マウス)の胚盤胞の中に注入して、凝集キメラを形成する。例えば、Bradley, 1987. In: TERATOCARCINOMAS AND EMBRYONIC STEM CELLS: A PRACTICAL APPROACH, Robertson, ed. IRL, Oxford, pp. 113-152を参照されたい。次いで、キメラ胚を適当な偽妊娠雌性仮親動物に植え込んで、胚を満期出産する。生殖細胞内に相同組換えしたＤＮＡを保持している子孫を用いて、その中で動物の全ての細胞が、導入遺伝子の生殖系列を介した伝達により相同組換えＤＮＡを含有する動物を繁殖させることができる。相同組換えベクターおよび相同組換え動物を構築する方法は、Bradley, 1991. Curr. Opin. Biotechnol. 2: 823-829; ＰＣＴ国際公開第: ＷＯ９０／１１３５４号；ＷＯ９１／０１１４０号；ＷＯ９２／０９６８号;およびＷＯ９３／０４１６９号にさらに記載される。
【０１７５】
もう一つの実施態様では、導入遺伝子の調節発現を可能にする選択したシステムを含有する非ヒトトランスジェニック動物を生産し得る。そのようなシステムの一つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムである。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムの記載については、例えば、Lakso, et al., 1992. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 6232-6236を参照されたい。リコンビナーゼシステムのもう一つの例は、Saccharomyces cerevisiaeのＦＬＰリコンビナーゼシステムである。O'Gorman, et al., 1991. Science 251:1351-1355を参照されたい。もしｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムを用いて導入遺伝子の発現を調節するならば、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択したタンパク質の両方をコード化する導入遺伝子を含有する動物が必要となる。そのような動物は、例えば、一つは選択したタンパク質をコード化する導入遺伝子を含有し、他はリコンビナーゼをコード化する導入遺伝子を含有する二つのトランスジェニック動物を交配させることによる「ダブル」トランスジェニック動物の構築により提供し得る。
【０１７６】
本明細書に説明した非ヒトトランスジェニック動物のクローンはまた、Wilmut, et al., 1997. Nature 385: 810-813に記載された方法にしたがって生産することができる。略述すれば、トランスジェニック動物から細胞(例えば体細胞)を単離し、誘導して、増殖サイクルから抜け出てＧ０期に入ることができる。次いで、静止細胞を、例えば、電気パルスの使用により静止細胞を単離したのと同じ種類の動物由来の脱核した卵母細胞と融合することができる。次いで、再構成した卵母細胞を、それを桑実胚または胚盤胞にまで発生させて、次いで擬妊娠雌性仮親動物に導入するように培養する。この雌性仮親動物から生まれた子孫は、細胞(例えば体細胞)を単離する動物のクローンである。
【０１７７】
医薬組成物
本発明のＮＯＶＩＸ核酸分子、ＮＯＶＩＸタンパク質、抗−ＮＯＶＩＸ抗体(本明細書では「活性化合物」ともいう)、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、類似体および同族体を投与に適する医薬組成物の中に組込み得る。典型的に、そのような組成物は核酸分子、タンパク質または抗体およびおよび薬学的に許容する担体を含む。本明細書において使用する「薬学的に許容する担体」とは、医薬品投与に適合する任意のおよび全ての溶媒、分散媒、コーティング剤、抗菌および抗かび剤、等張および吸収遅延剤等を含むことを意図する。適当な担体は、この分野で標準的な参照テキストであるRemingtonの薬剤学の最新版(出典明示により本明細書の一部とする)に記載されている。そのような担体または賦形剤の好ましい例としては、水、食塩水、フィンガー溶液、ブドウ糖溶液および５％ヒト血清アルブミンを挙げるが、それらに限定しない。リポソームおよび脂肪油のような非水溶性ビークルもまた使用する。薬学的に活性な物質のためのそのような媒体および薬剤は当分野において周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物に適合しない限りでなければ、組成物内のそれらの使用を意図する。補助的な活性化合物をまた、組成物の中に組込み得る。
【０１７８】
本発明の医薬組成物を、その意図する投与経路に適合するように処方する。投与経路の例としては、非経口の、例えば、静脈の、皮内の、皮下の、経口の(例えば、吸入)、経皮の(即ち局所の)、経粘膜のおよび直腸の投与を挙げ得る。非経口の、皮内のまたは皮下の応用に使用する溶液または懸濁液としては、以下の成分を挙げることができる：注射用水のような無菌賦形剤、食塩水溶液、脂肪油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような抗菌剤；アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムのような抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸(ＥＤＴＡ)のようなキレート化剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝剤、ならびに塩化ナトリウムまたはブドウ糖のような等張性を調整する薬剤。塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基を用いてｐＨを調整することができる。非経口性製剤を、ガラスまたはプラスチックで作るアンプル、使い捨て注射器、または多回使用バイアルの中に封入し得る。
【０１７９】
注射用に適する医薬組成物としては、無菌水溶液(水溶性である場合)または分散液および無菌注射用の溶液または分散液の必要に応じて調合する製剤用の無菌粉末を挙げ得る。静脈投与のためには、適当な担体としては、生理食塩水、静菌性水、Cremophor EL[登録商標] (BASF, Parsippany, N.J.)またはリン酸緩衝食塩水(ＰＢＳ)を挙げ得る。全ての場合において、組成物は無菌でなければならず、容易に注射できる程度に流動性であるべきである。それは製造および保管の条件下で安定でなければならず、そして細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保護されなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセリン、プロピレングリコールおよび液性ポリエチレングリコール等)ならびにそれらの適当な混合液を含有する溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性を、例えば、レシチンのようなコーティングの使用により、分散液の場合には必要な粒子径の維持により、および界面活性剤の使用により、保持し得る。微生物作用の保護は、種々の抗菌および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサール等、により達成される。多くの場合に、組成物中に、等張性薬剤、例えば、砂糖、マニトールのようなポリアルコール、ソルビトール、塩化ナトリウムを含むことが好ましい。注射用組成剤の吸収の延長は、組成物中に吸収を遅延する薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを含むことによりもたらせ得る。
【０１８０】
無菌注射用溶液を、適切な溶媒の中に一つまたは上で列挙した成分の組合せと共に必要な量で活性化合物(例えば、ＮＯＶＸタンパク質または抗ＮＯＶＸ抗体)を組み込み、ついでろ過滅菌を行なうことにより調製することができる。一般的に、分散液は、基本的な分散媒体および上で列挙したものから必要な他の成分を含有する無菌ビークルの中に活性化合物を組み込むことにより調製することができる。無菌注射用溶液の調製のための無菌粉末の場合には、調製方法は、活性成分の粉末プラス前もって無菌ろ過されたその溶液からの任意のさらに別の望ましい成分の粉末を生成する真空乾燥および凍結乾燥である。
【０１８１】
一般的に、経口の組成物は、不活性賦形剤または食用の担体を含む。それらをゼラチンカプセル中に封入するかまたは錠剤に打錠することができる。経口治療投与の目的には、活性化合物を添加物と共に組込んで錠剤、トローチまたはカプセルの形状で使用することができる。経口の組成物をまた、うがい薬としての使用のために液体担体を用いて調製し得るが、そこでは液体担体中の化合物を経口的に塗布し、さっと取り除いて、吐き出すか飲み込む。薬学的に適合する結合剤、おおび／またはアジュバント材料を組成物の一部として含み得る。錠剤、丸剤、カプセル、トローチ等は任意の以下の成分または同様な性質を持つ化合物を含有し得る：微結晶セルロース、トラガカントゴムまたはゼラチンのような結合剤；デンプンまたは乳糖のような添加剤、アルギン酸、プリモゲルまたはコーンスターチのような崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはステロートのような滑沢剤；コロイド状二酸化ケイ素のような滑り剤；ショ糖またはサッカリンのような甘味剤；またはハッカ、サルチル酸メチル、オレンジ香料のような着香剤。
【０１８２】
吸入による投与のためには、化合物を、適当な噴射剤、例えば二酸化炭素のようなガスを含有する加圧容器またはディスペンザー、またはネブライザーからエアゾールスプレイの形式で送達し得る。
【０１８３】
全身的投与はまた、経粘液または経皮手段により得る。経粘液または経皮投与のためには、透過すべきバリアーに適切な浸透剤を処方に使用する。そのような浸透剤は当分野において一般的に公知であり、そして、例えば、経粘液投与のためには、洗剤、胆汁酸塩、フシジン酸誘導体を挙げ得る。経粘液投与は鼻腔スプレーまたは坐剤の使用により達成され得る。経皮投与のためには、活性化合物は、当分野において一般的に公知であるように、軟膏、軟膏剤、ゲルまたはクリームの中に処方される。
【０１８４】
化合物をまた、直腸送達のために坐薬(例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤用基材と共に)または保持浣腸剤の形式で調製し得る。
【０１８５】
一つの実施態様において、活性化合物を、埋没およびマイクロカプセル化送達システムを含む制御放出製剤のように、化合物を身体からの迅速な排泄から防止する担体と共に調製する。酢酸エチレンビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステルおよびポリ酢酸のような、生物分解性で生体適合性のポリマーを使用し得る。そのような製剤を調製する方法は当業者に明らかである。材料はまた、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals, Inc.から市販で入手可能である。リポソームの懸濁液(モノクローナル抗体を持つ感染した細胞からウイルス抗体に至って標的化したリポソームを含む)をまた、薬学的に許容される担体として使用することができる。これらを、例えば米国特許第４,５２２,８１１号に記載のように、当業者に公知の方法にしたがい調製し得る。
【０１８６】
投与の容易さおよび投与量の均一性のために、経口性または非経口性の組成物を単位投与剤型で処方することが特に有益である。本明細書で使用する単位投与剤型とは、処置する対象に対して単一の投与量として適する物理学的に分離した単位を指し；それぞれの単位は、必要な薬学的な担体と一緒に望ましい治療効果を生じるように計算した予め決められた量の活性化合物を含有する。本発明の単位投与剤型の規格は、活性化合物の特異な特色および達成するべき特別な治療効果、ならびにそのような活性化合物を個人の処置のために配合する当分野に固有の制限により指示されかつ直接に依存する。
【０１８７】
本発明の核酸分子をベクターの中に挿入して遺伝子治療ベクターとして使用することができる。遺伝子治療ベクターを、例えば、静脈注射、局所投与により(例えば、米国特許第５,３２８,４７０号を参照)または走触性注射(例えば、Chen, et al., 1994. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 3054-3057を参照)により送達し得る。遺伝子治療ベクターの医薬製剤は、許容される賦形剤の中に遺伝子治療ベクターを含むか、またはその中に遺伝子治療ベクターを埋め込んだ持続性マトリックスを含み得る。これに代えて、完全な遺伝子治療ベクターを組換え細胞、例えばレテロウイルスベクターから無傷で生産し得る場合には、医薬製剤は遺伝子送達システムを生産する一つまたはそれ以上の細胞を含み得る。
医薬製剤を、投与指示書と共に、容器、パックまたはディスペンサーの中に含み得る。
【０１８８】
スクリーニングおよび検出の方法
以下に詳述するように、本発明の単離核酸分子を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を発現し(例えば、遺伝子治療応用において宿主細胞中で組換え発現ベクターを介して)、ＮＯＶＸｍＲＮＡ(例えば、生物学的試料中の)またはＮＯＶＸタンパク質中の遺伝的欠損を検出し、そしてＮＯＶＸ活性を調整することができる。加えて、ＮＯＶＸタンパク質を用いて、ＮＯＶＸタンパク質の活性または発現を調整する薬または化合物をスクリーニングし、ならびにＮＯＶＸタンパク質の不十分なまたは過剰な生産、またはＮＯＶＸの野生型タンパク質と比較して低下または異常な活性を有するＮＯＶＸタンパク質型の生産を特徴とする疾患(例えば；糖尿病(インスリン放出を調節する)；肥満(脂質に結合し輸送する)；肥満に関連した代謝障害、代謝的シンドロームＸならびに食欲不振および慢性疾患および癌に関連した消耗性疾患、ならびに感染性疾患(抗ウイルス活性を有する)および種々の異脂肪血症を処置し得る。加えて、本発明の抗ＮＯＶＸ抗体を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を検出しかつ単離し、そしてＮＯＶＸ活性を調整し得る。なおさらなる態様では、本発明を方法で使用して、食欲、栄養の吸収および代謝基質の処分を正および負の両方の様式で影響させることができる。
本発明はさらに、本明細書に説明するスクリーニングアッセイで同定する新規な薬剤および上述の処置のためのそれらの使用に関する。
【０１８９】
スクリーニングアッセイ
本発明は、モジュレーター、即ち、ＮＯＶＸタンパク質に結合するか、または、例えばＮＯＶＸタンパク質の発現またはＮＯＶＸタンパク質の活性に促進的または阻害的作用を有する候補または試験化合物または薬剤(例えば、ペプチド、ペプチドミメティクス、低分子または他の薬)を同定する方法(本明細書では「スクリーニングアッセイ」とも呼称する)を提供する。本発明はまた、本明細書に説明するスクリーニングアッセイにおいて同定した化合物を含む。
【０１９０】
一つの実施態様では、本発明は、膜結合型のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合するかまたは活性を調整する候補または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物を、生物学的ライブラリー；空間的にアドレス参照可能な並列の固相または液相ライブラリー；デコンボリューションを必要とする合成的ライブラリー方法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー方法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー方法：を含む、当分野において周知のコンビナトリアルライブラリーにおける数多くのアプローチのいずれを用いても得られる。生物学的ライブラリーのアプローチはペプチドライブラリーに限定される一方で、他の４種のアプローチはペプチド、非ペプチドオリゴマーまたは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である。例えば、Lam, 1997. Anticancer Drug Design 12: 145を参照されたい。
【０１９１】
本明細書において使用する「低分子」とは、約５ｋＤ未満の、最も好ましくは約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物を指す。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチドミメティクス、炭水化物、脂質または他の有機のまたは無機の分子であり得る。化学的および／または、真菌、細菌、または藻類の抽出物のような、生物学的混合物は当分野において公知であり、本発明の任意のアッセイを用いてスクリーニングすることができる。
【０１９２】
分子ライブラリー合成方法の例を、例えば、DeWitt, et al., 1993. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90: 6909、Erb, et al., 1994. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 11422、Zuckermann, et al., 1994. J. Med. Chem. 37: 2678、Cho, et al., 1993. Science 261: 1303; Carrell, et al., 1994. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33: 2059、Carell, et al., 1994. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33: 2061、およびGallop, et al., 1994. J. Med. Chem. 37: 1233における当分野に見出し得る。
【０１９３】
化合物のライブラリーを、溶液中で(例えば、Houghten, 1992. Biotechniques 13: 412-421)、またはビーズ上で(Lam, 1991. Nature 354: 82-84)、チップ上で(Fodor, 1993. Nature 364: 555-556)、バクテリア(Ladner, 米国特許第５,２２３,４０９号)、胞子 (Ladner, 米国特許第５,２３３,４０９号)、プラスミド (Cull, et al., 1992. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 1865-1869)上でまたはファージ上で(Scott and Smith, 1990. Science 249: 386-390; Devlin, 1990. Science 249: 404-406、Cwirla, et al., 1990. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87: 6378-6382、Felici, 1991. J. Mol. Biol. 222: 301-310、Ladner, 米国特許第５,２３３,４０９号)で提供し得る。
【０１９４】
一つの実施態様では、アッセイは細胞に基づくアッセイであり、そこでは膜結合型のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面に発現する細胞を試験化合物と接触させ、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力を測定する。細胞は、例えば、哺乳動物由来または酵母細胞であり得る。試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力を測定することは、例えば、試験化合物を放射性同位元素または酵素標識とカップリングして、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分への試験化合物の結合を、複合物中の標識化合物を検出することにより測定できるようにする。例えば、試験化合物を、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃまたは３Ｈで直接的にまたは間接的に標識し、そして放射性同位元素を放射線放射の直接計数またはシンチレーション計数により検出する。これに代えて、試験化合物を、例えば、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼにより酵素的に標識し、そして適切な基質の生産物への変換の測定により酵素標識を検出する。一つの実施態様では、アッセイは、膜結合型のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面に発現する細胞を、ＮＯＶＸに結合する既知の化合物と接触して、アッセイ混合物を形成して、アッセイ混合物を試験化合物と接触し、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することを含むが、そこでは試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することは、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に、既知化合物と比較して優先的に結合する能力を測定することを含む。
【０１９５】
もう一つの実施態様では、アッセイは細胞に基づくアッセイであり、膜結合型のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面に発現する細胞を試験化合物と接触し、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調整する(例えば促進または阻害する)能力を測定することを含む。試験化合物がＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調整する活性を測定することは、例えば、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸの標的分子と結合するかまたは相互作用をする能力を測定することにより達成し得る。本明細書において使用する「標的分子」とは、自然界でＮＯＶＸタンパク質が結合または相互作用する分子、例えば、ＮＯＶＸと相互作用するタンパク質を発現する細胞表面の分子、２番目の細胞表面の分子、細胞外の環境中の分子、細胞膜の内側表面と会合している分子または細胞質の分子である。ＮＯＶＸの標的分子は、非ＮＯＶＸ分子または本発明のＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドであり得る。一つの実施態様では、ＮＯＶＸの標的分子は、細胞外のシグナル(例えば、膜結合ＮＯＶＸ分子への化合物の結合により発生するシグナル)を細胞膜を通してかつ細胞内への伝達を促進する情報伝達経路の成分である。標的は、例えば、触媒活性を有する２番目の細胞内タンパク質または下流のシグナル分子とＮＯＶＸとの会合を促進するタンパク質であり得る。
【０１９６】
ＮＯＶＸタンパク質をＮＯＶＸの標的分子と結合するかまたは相互作用をする能力を測定することは、直接的な結合を測定する上述の方法の一つにより達成し得る。一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸの標的分子と結合または相互作用する能力を測定することは、標的分子の活性を測定することにより達成することができる。例えば、標的分子の活性を、標的の細胞性第二のメッセンジャー(即ち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３等)の誘導を検出すること、適切な基質に対する標的の触媒／酵素活性を検出すること、受容体遺伝子(検出可能なマーカー、例えば、ルシフェラーゼ、をコード化する核酸に機能し得るように結合したＮＯＶＸ応答性調節要素を含む)の誘導を検出すること、または細胞応答、例えば、細胞の生存、細胞の分化、または細胞の増殖、を検出することにより測定し得る。
【０１９７】
なおもう一つの実施態様では、本発明のアッセイは無細胞アッセイであって、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触し、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を測定することを含む。ＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合を、上述のように、直接的または間接的のどちらかで測定することができる。一つのそのような実施態様では、アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分をＮＯＶＸと結合する既知の化合物と接触して、アッセイ混合物を形成すること、アッセイ混合物を試験化合物と接触すること、および試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することを含むが、そこでは試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することは、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に既知化合物と比較して優先的に結合する能力を測定することを含む。
【０１９８】
なおもう一つの実施態様では、アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性なタンパク質を試験化合物と接触し、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性なタンパク質の活性を調整する(例えば促進または阻害する)能力を測定することを含む無細胞アッセイである。ＮＯＶＸの活性を調整する試験化合物の能力を測定することは、例えば、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸの標的分子に結合する活性を直接な結合を測定するために上述した方法の一つにより達成することができる。さらに別の実施態様では、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質の活性を調節する能力を測定することは、ＮＯＶＸタンパク質がさらにＮＯＶＸの標的分子を調整する能力を測定することにより達成することができる。例えば、適切な基質に対する標的分子の触媒／酵素活性を上述のように測定することができる。
【０１９９】
なおもう一つの実施態様では、無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分をＮＯＶＸタンパク質と結合する既知の化合物と接触して、アッセイ混合物を形成すること、アッセイ混合物を試験化合物と接触すること、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することを含むが、そこでは試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することは、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸの標的分子に優先的に結合するかまたはその活性を調整する能力を測定することを含む。
【０２００】
本発明の無細胞アッセイは、可溶性型または膜結合型のＮＯＶＸタンパク質の両方に使用することができる。膜結合型のＮＯＶＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、膜結合型のＮＯＶＸタンパク質を溶液中に維持するように、可溶化剤を利用するのが望ましい。そのような可溶化剤の例としては、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ[登録商標]Ｘ-１００、Ｔｒｉｔｏｎ[登録商標]Ｘ-１１４、Ｔｈｅｓｉｔ[登録商標]、イソトリデシポリ(エチレングリコールエーテル)ｎのような非イオン性界面活性剤、Ｎ−ドデシル−Ｎ,Ｎ−ジメチル−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−(３−クロルアミドプロピル)ジメチルアミニオール−１−プロパンスルホネート(ＣＨＡＰＳ)、または３−(３−クロルアミドプロピル)ジメチルアミニオール−２ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート(ＣＨＡＰＳＯ)を挙げ得る。
【０２０１】
本発明の上記のアッセイ法の二つ以上の実施態様において、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子を固相化して、一つまたは両方のタンパク質の非複合型から複合型の分離を容易にし、ならびにアッセイの自動化に適合することができる。試験化合物のＮＯＶＸタンパク質への結合、または候補化合物存在下および非存在下でのＮＯＶＸタンパク質と標的分子との相互作用は、反応物質を含有するのに適する任意の容器において達成することができる。そのような容器の例としては、マイクロタイタープレート、試験管、およびマイクロ遠心チューブを挙げ得る。一つの実施態様では、一つまたは両方のタンパク質をマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質を提供し得る。例えば、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質またはＧＳＴ−標的融合タンパク質をグルタチオンセファローズビーズ(Sigma Chemical, St. Louis, MO)またはグルタチオンで誘導体化したマイクロタイタープレート上に吸着し、これを次いで試験化合物、または試験化合物および非吸着標的タンパク質またはＮＯＶＸタンパク質のどちらかと結合し、そして混合物を複合体形成を促進する条件下で(例えば、塩およびｐＨに関して生理的な条件で)インキュベートする。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレート穴を洗滌して、非結合成分を全て除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定化し、複合体を例えば上述のように、直接的にまたは間接的に測定する。これに代えて、複合体をマトリックスから解離し、そしてＮＯＶＸタンパク質の結合または活性レベルを標準的技術を用いて測定することもできる。
【０２０２】
マトリックス上にタンパク質を固定化する他の技術をまた、本発明のスクリーニングアッセイに使用し得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子のいずれかをビオチンおよびストレプトアビジンの結合を利用して固定化することができる。ビオチニル化ＮＯＶＸタンパク質または標的分子をビオチン−ＮＨＳ(Ｎ−ヒドロキシ−サクシンイミド)から当分野内で周知の技術(例えば、ビオチニル化キット、Pierce Chemicals, Rockford, Ill.)を用いて調製して、ストレプトアビジンをコーティングした９６穴プレート(Pierce Chemical)の穴に固定化することができる。これに代えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性であるが、ＮＯＶＸタンパク質のその標的タンパク質への結合を妨害しない抗体をプレートの穴に誘導体化して、非結合標的またはＮＯＶＸタンパク質を抗体との結合により穴に捕捉することができる。そのような複合体を検出する方法としては、ＧＳＴ−固定化複合体について上述したものに加えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応する抗体を用いる複合体の免疫検出、ならびにＮＯＶＸタンパク質または標的分子に関連した酵素活性を検出することに依存する酵素結合アッセイを挙げ得る。
【０２０３】
もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレータを、細胞を候補化合物と接触し、細胞中のＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を測定する方法で同定する。候補化合物の存在下でのＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルを、候補化合物の非存在下でのＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルと比較する。次いで、候補化合物を、この比較に基づいてＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質のモジュレータとして同定し得る。例えば、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を候補化合物の存在下での方がその非存在下でよりも多い(即ち統計的に有意に多い)ときには、候補化合物を、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質発現の促進剤として同定する。これに代えて、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が候補化合物の存在下での方がその非存在下でよりも少ない(即ち統計的に有意に少ない)ときには、候補化合物を、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質発現の阻害剤として同定する。細胞中のＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルを、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質を検出するために本明細書で説明する方法により測定することができる。
【０２０４】
本発明のなおもう一つの態様では、ＮＯＶＸタンパク質は２ハイブリッドアッセイまたは３ハイブリッドアッセイ(例えば米国特許第5,283,317号、Zervos, et al., 1993. Cell 72: 223-232、Madura, et al., 1993. J. Biol. Chem. 268: 12046-12054、Bartel, et al., 1993. Biotechniques 14: 920-924、Iwabuchi, et al., 1993. Oncogene 8: 1693-1696、および Brent 第ＷＯ９４／１０３００号を参照)おける「ベイトタンパク質」として使用して、ＮＯＶＸと結合または相互作用をしてＮＯＶＸ活性を調整する他のタンパク質(「ＮＯＶＸ結合タンパク質」または「ＮＯＶＸ−ｂｐ」)を同定し得る。そのようなＮＯＶＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＮＯＶＸ経路の上流または下流の要素としてＮＯＶＸタンパク質によるシグナルの増幅に関与する可能性が高い。
【０２０５】
２ハイブリッドシステムは、分離可能なＤＮＡ結合および活性化ドメインより成る殆どの転写因子のモジュール構成的性質に基づく。略述すれば、アッセイには２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。１つの構築物においては、ＮＯＶＸをコード化する遺伝子を既知の転写因子(例えば、ＧＡＬ−４)のＤＮＡ結合ドメインをコード化する遺伝子に融合する。他の構築物においては、未同定のタンパク質(「プレイ」または「試料」)をコード化するＤＮＡ配列ライブラリー由来のＤＮＡを、既知の転写因子の活性化ドメインをコード化する遺伝子に融合する。もし「ベイト」および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用してＮＯＶＸ依存性複合体を形成することができれば、転写因子のＤＮＡ結合および活性化ドメインを近くに引き寄せ得る。この近接は、転写因子に応答性の転写調節部位に機能し得るように結合したレポーター遺伝子(例えば、ＬａｃＺ)の転写を可能にする。レポーター遺伝子の発現を検出し、機能的転写因子を含有する細胞コロニーを単離し、そしてこれを用いてＮＯＶＸと相互作用するタンパク質をコード化するクローン化遺伝子を得ることができる。
本発明はさらに前述のスクリーニングアッセイにより同定する新規薬剤および本明細書に説明する処置へのその使用に関する。
【０２０６】
検出アッセイ
本明細書で同定するｃＤＮＡの一部またはフラグメント(および対応する完全な遺伝子配列)をポリヌクレオチド試薬として種々の方式で使用することができる。例として、限定は無しに、これらの配列を：(i)染色体上のそれぞれの遺伝子をマップし；かくして遺伝的疾患に関連した遺伝子領域の位置を見つける；(ii)微量の生物学的試料から個人を同定する(組織タイピング)；および(iii)生物学的試料の法医学的同定を助けるために用い得る。これらの応用の幾つかを以下のサブセクションで説明する。
【０２０７】
染色体マッピング
一旦遺伝子の配列(または配列の一部)を単離すれば、この配列を用いて、染色体上の遺伝子の位置をマップすることができる。この方法を染色体マッピングと呼ぶ。したがって、配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)であるＮＯＶＸ配列の一部またはフラグメント、またはそれらのフラグメントまたは誘導体を用いて、染色体上のＮＯＶＸ遺伝子の位置をそれぞれマップし得る。染色体へのＮＯＶＸ配列のマッピングは、これらの配列を疾患に関連する遺伝子と相関づける重要な第一歩である。
【０２０８】
略述すれば、ＮＯＶＸ遺伝子を、ＮＯＶＸ配列からＰＣＲプライマー(好ましくは１２−２５ｂｐ長)を調製することにより染色体にマップし得る。ＮＯＶＸ配列のコンピューター分析を使用して、ゲノムＤＮＡ中の二つ以上のエキソンに亘らないで、そのため増幅プロセスを複雑にするプライマーを迅速に選択し得る。次いで、これらのプライマーを、個別のヒト染色体を含有する体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングに使用し得る。ＮＯＶＸ配列に対応するヒト遺伝子を含有するそれらのハイブリッドのが、増幅したフラグメントを生成する。
【０２０９】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞(例えば、ヒトおよびマウスの細胞)を融合することにより調製する。ヒトおよびマウスの細胞のハイブリッドが増殖し、分裂するうちに、それらはヒト染色体をランダムな順序で徐々に欠失するが、マウスの染色体を保持する。特定の酵素を欠くためマウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を用いることにより、必要とする酵素をコード化する遺伝子を含有する一つのヒト染色体を保持する。種々の培地を使用することにより、ハイブリッド細胞株のパネルを樹立し得る。パネル中のそれぞれの細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体、および完全なセットのマウス染色体を含有し、個別の遺伝子を特定のヒト染色体に容易にマップすることを可能にする。例えば、D'Eustachio, et al., 1983. Science 220: 919-924を参照されたい。ヒト染色体のフラグメントのみを含有する体細胞ハイブリッドをまた、転座および欠失を持つヒト染色体を用いることにより生産し得る。
【０２１０】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の配列を特定の染色体に対応付ける迅速な手順である。単一のサーマルサイクラーを用いて、１日に３個以上の配列を対応付けることが可能である。ＮＯＶＸ配列を用いてオリゴヌクレオチドプライマーをデザインすることにより、特定の染色体由来のフラグメントのパネルを用いて細かな局在部位の特定化を達成し得る。
【０２１１】
分裂中期の染色体スプレッドへのＤＮＡ配列の蛍光インサイツハイブリダイゼーション(ＦＩＳＨ)をさらに用いて、正確な染色体上の位置を１ステップで提供し得る。染色体スプレッドを、コルセミドのような紡錘体を破壊する化学物質により細胞分裂を分裂中期でブロックされている細胞を用いて作成し得る。染色体を短時間トリプシンで処理し、次いでギムザ染色し得る。明暗のバンドのパターンがそれぞれの染色体上に出現し、それにより染色体を個別に同定し得る。ＦＩＳＨ技術を５００または６００塩基と短いＤＮＡ配列で使用し得る。しかしながら、１,０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で特定の染色体上の位置に結合する可能性がより高い。好ましくは１,０００塩基、そしてさらに好ましくは２,０００塩基が合理的な時間に良好な結果を得るのに十分である。この技術の総説については、Verma, et al., HUMAN CHROMOSOMES: A MANUAL OF BASIC TECHNIQUES (Pergamon Press, New York 1988を参照されたい。
【０２１２】
染色体マッピング用の試薬を個別に使用して、単一の染色体またはその染色体上の単一の部位を標識すること、または試薬のパネルを複数の部位および／または複数の染色体を標識するために使用し得る。遺伝子の非コード化領域に対応する試薬が実際には、マッピングの目的には好ましい。コード化領域を遺伝子ファミリー内で保存する可能性がより高く、かくして染色体マッピングの間に交叉ハイブリダイゼーションのチャンスが増大する。
【０２１３】
一旦配列を正確な染色体上の位置にマッピングすると、染色体上の配列の物理的な位置を遺伝子マップのデータと関連づけ得る。そのようなデータを、例えば、in McKusick, Mendelian Inheritance in Man (Hopkins University Welch Medical Libraryを通してオンラインで入手可能)に見出す。同じ染色体部位にマッピングした遺伝子と疾患との間の関係を、次いで、例えば、Egeland, et al., 1987. Nature, 325: 783-787に記載する関連分析(物理的に隣接している遺伝子の同時遺伝)により同定し得る。
【０２１４】
さらに、ＮＯＶＸ遺伝子に関連した疾患に罹患している個人と罹患していない個人の間のＤＮＡ配列の差を測定し得る。もし変異を罹患している個人のいくらかまたは全部で観察するが、罹患していない個人のいずれでも観察しないならば、変異は特定の疾患の原因剤である可能性が高い。罹患した個人と罹患していない個人の比較は一般的に、まず染色体スプレッドから視認可能な欠失または転座のような染色体の目に見える構造変化、またはそのＤＮＡ配列に基づくＰＣＲの使用で検出可能な構造変化の探索を伴う。最後に、数人の個人由来の遺伝子の完全なシークエンシングを行って、変異の存在を確認し、そして変異を多型性と区別し得る。
【０２１５】
組織タイピング
本発明のＮＯＶＸ配列をまた使用して、微量な生物学的試料から個人を同定し得る。この技術では、個人のゲノムＤＮＡを一つまたはそれ以上の制限酵素で消化して、サザンブロット上でプローブ結合し、同定用のユニークなバンドを生成する。本発明の配列は、ＲＦＬＰ(制限断片長多型、米国特許第５,２７２,０５７号に記載)のさらに別なＤＮＡマーカーとして有用である。
【０２１６】
さらに、本発明の配列を使用して、個人のゲノムの選択した部分の実際の塩基ごとのＤＮＡ配列を測定するさらに別な技術を提供し得る。かくして、本明細書に説明したＮＯＶＸ配列を用いて、配列の５’末端および３’末端から二つののＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを用いて、個人のＤＮＡを増幅し、引き続いてこれをシークエンシングし得る。
【０２１７】
それぞれの個人は、対立遺伝子の違いによるそのようなＤＮＡの特徴的セットを有するため、この様式で調製した個人由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、特徴的個人の同定を提供し得る。本発明の配列を使用して、個人および組織由来のそのような同定配列を得ることができる。本発明のＮＯＶＸ配列は、ヒトゲノムの部分を特徴的に表現する。対立遺伝子の変異は、これらの配列のコード化領域中にある程度起こり、そして非コード化領域中にはより大きな程度で起こる。個別のヒト間の対立遺伝子の変異は、５００塩基に約１個の頻度で起こることを推定する。対立遺伝子変異の多くは、制限断片長多型(ＲＦＬＰ)を含む単一ヌクレオチド多型(ＳＮＰ)に因る。
【０２１８】
本明細書に説明する配列のそれぞれを、個人由来のＤＮＡを同定の目的で比較し得る標準として、ある程度、使用し得る。非コード化領域にはより多くの遺伝子多型が起こるため、個人を識別するにはより少ない配列が必要である。非コード化配列は、それぞれが１００塩基の非コード化増幅配列を生じる多分１０〜１,０００個のプライマーのパネルにより個人の明白な同定を無理なく提供し得る。もし配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)の配列のような予想するコード化配列を使用すれば、明白な個人の同定のためのさらに適切なプライマーの数は５００〜２,０００である。
【０２１９】
予防医学
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬理ゲノミクス、および臨床試験のモニタリングを予後的(予測的)目的で使用し、それにより個人を予防的に処置する、予測医学の分野に関する。したがって、本発明の１つの態様は、ＮＯＶＸタンパク質および／または核酸の発現ならびにＮＯＶＸ活性を生物学的試料(例えば、血液、血清、細胞、組織)との関連で測定して、それにより個人が異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害に罹患しているか、または障害を発症するリスクを有しているか否かを測定するための診断アッセイに関する。障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、がん関連悪液質、がん、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に伴う代謝障害、代謝性シンドロームＸならびに慢性疾患および種々のがんに関連した消耗性疾患を挙げ得る。本発明はまた、個人がＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または活性に関連した障害を発症するリスクを有しているか否かを測定するための予後的(予測的)アッセイを提供する。例えば、ＮＯＶＸ遺伝子の突然変異を生物学的試料中でアッセイし得る。そのようなアッセイを、予後的または予測的目的に使用し、それによりＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または生物学的活性を特徴とするかまたはこれと関連する障害の発生に先立って個人を予防的に処置し得る。
【０２２０】
本発明のもう一つの態様は、個人におけるＮＯＶＸタンパク質、核酸発現または活性を測定し、それによりその個人にとって適切な治療的または予防的な薬剤を選択する方法(本明細書では「薬理ゲノミクス」と呼称する)を提供する。薬理ゲノミクスは、個人の遺伝子型に基づいた個人の治療的または予防的処置のための薬剤(例えば薬)の選択を可能にする(例えば、個人の遺伝子型を検査して、個人が特定の薬剤に応答する能力を測定する)。
【０２２１】
本発明のなおもう一つの態様は、薬剤(例えば、薬、化合物)が臨床試験においてＮＯＶＸの発現または活性に与える影響をモニタリングすることに関する。
これらおよび他の薬剤については以下のセクションで詳細に説明する。
【０２２２】
診断的アッセイ
生物学的試料中におけるＮＯＶＸの存在または非存在を検出する例示的な方法は、被験対象から生物学的試料を得ること、および生物学的試料をＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸタンパク質をコード化する核酸(例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ)を検出する能力のある化合物または薬剤と接触し、ＮＯＶＸの存在が生物学的試料中で検出できるようにすることを伴う。ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの検出用の薬剤は、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡとハイブリダイズする能力のある標識核酸プローブである。核酸プローブは、例えば、配列番号２ｎ−１(ｎは１〜１０１の整数である)の核酸のような全長ＮＯＶＸ核酸、または少なくとも１５、３０、５０、１００、２５０または５００ヌクレオチド長でそして厳密な条件下でＮＯＶＸｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチドの一部である。本発明の診断的アッセイにおいて使用するための他の適当なプローブを本明細書で説明する。
【０２２３】
ＮＯＶＸタンパク質検出用の薬剤は、ＮＯＶＸタンパク質に結合する能力のある抗体、好ましくは検出可能な標識を持つ抗体である。抗体は、ポリクローナル、またはさらに好ましくはモノクローナルであり得る。完全な抗体、またはそのフラグメント(例えば、ＦａｂまたはＦ(ａｂ’)２)を使用し得る。プローブまたは抗体に関する用語「標識」とは、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリングする(即ち物理的に結合する)ことによりプローブまたは抗体を直接的に標識すること、ならびに直接標識したもう一つの試薬との反応性によりプローブまたは抗体を間接的に標識することを包含する。間接的な標識の例としては、蛍光標識した第２抗体を用いた第１抗体の検出、および蛍光標識したストレブトアビジンで検出し得るように、ビオチンでＤＮＡプローブを末端標識することを挙げ得る。用語「生物学的試料」とは、対象から単離した組織、細胞および生物学的液体、ならびに対象内に存在する組織、細胞および液体を含む。即ち、本発明の検出法を使用して、インビトロおよびインビボで生物学的試料中のＮＯＶＸｍＲＮＡ、タンパク質、またはゲノムＤＮＡを検出し得る。例えば、ＮＯＶＸｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノザンハイブリダイゼーションおよびインシツハイブリダイゼーションを挙げ得る。ＮＯＶＸタンパク質を検出するためのインビトロ技術としては、酵素結合免疫測定法(ＥＬＩＳＡ)、ウエスタンブロット、免疫沈降、および免疫蛍光を挙げ得る。ＮＯＶＸゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションを挙げ得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質を検出するためのインビボ技術は、対象中へ標識抗ＮＯＶＸ抗体を導入することを含む。例えば、抗体を、対象中のその存在および位置を標準造影技術で検出し得る放射活性マーカーで標識することができる。
【０２２４】
一つの実施態様では、生物学的試料は被験対象由来のタンパク質分子を含有する。これ代えて、生物学的試料は、被験対象由来のｍＲＮＡ分子または被験対象由来のゲノムＤＮＡ分子を含有し得る。好ましい生物学的試料は、対象より従来の手段で単離した末梢血白血球試料である。
【０２２５】
もう一つの実施態様では、方法は、対照対象から対照の生物学的試料を得ること、対照試料をＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出する能力のある化合物または薬剤と、ＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を生物学的試料中で検出するように接触すること、および対照試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を試験試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと比較することをさらに伴う。
【０２２６】
本発明はまた、生物学的試料中のＮＯＶＸの存在を検出するキットを包含する。例えば、キットは：生物学的試料中のＮＯＶＸタンパク質またはｍＲＮＡを検出する能力のある標識化合物または薬剤；試料中のＮＯＶＸの量を測定する手段；および試料中のＮＯＶＸの量を標準と比較する手段を含み得る。化合物および薬剤を適当な容器中に包装し得る。キットは、ＮＯＶＸタンパク質または核酸を検出するキットの使用のための使用説明書をさらに含み得る。
【０２２７】
予後アッセイ
さらに、本明細書に説明する診断方法を利用して、異常ＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を有するかまたは発症するリスクにある対象を同定し得る。例えば、先行の診断アッセイおよび以下のアッセイのような、本明細書で説明するアッセイを利用して、ＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または活性に関連した障害を有するかまたは発症するリスクにある対象を同定し得る。これに代えて、予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたは発症するリスクにある対象を同定し得る。かくして、本発明は、試験試料を対象から得て、そして異常なＮＯＶＸタンパク質または核酸(例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ)を検出する異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を同定する方法を提供し、そこではＮＯＶＸタンパク質または核酸の存在は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を有するかまたは発症するリスクにある対象に対する診断になる。本明細書において使用する「試験試料」とは、興味のある対象から得られる生物学的試料を指す。例えば、試験試料は生物学的液体(例えば血清)、細胞試料、または組織であり得る。
【０２２８】
さらに、本明細書に説明する予後アッセイを使用して、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を処置するために、対象に薬剤(例えばアゴニスト、アンタゴニスト、ペプチドミメティック、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の医薬候補物)を投与することができるか否かを決定し得る。例えば、そのような方法を使用して、対象の疾患を薬剤により有効に処置するか否かを決定し得る。かくして、本発明は、試験試料を得て、ＮＯＶＸタンパク質または核酸を検出する異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した障害を薬剤により対象を有効に処置し得るか否かを決定する方法を提供する(例えば、そこではＮＯＶＸタンパク質または核酸の存在は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した障害を処置するために薬剤を投与され得る対象に対する診断になる)。
【０２２９】
本発明の方法をまた使用してＮＯＶＸ遺伝子中の遺伝的損傷を検出し、それにより損傷のある遺伝子を有する対象が異常な細胞増殖および／または分化を特徴とする障害のリスクにあるか否かを決定し得る。種々の実施態様において、これらの方法は、対象由来の細胞試料中において、ＮＯＶＸタンパク質をコード化する遺伝子の完全性に影響を及ぼす少なくとも一つの変更、即ちＮＯＶＸ遺伝子の誤発現を特徴とする遺伝的損傷の存在または不在の検出を含む。例えば、そのような遺伝的損傷を、(i)ＮＯＶＸ遺伝子からの一つまたはそれ以上のヌクレオチドの欠失；(ii)ＮＯＶＸ遺伝子への一つまたはそれ以上のヌクレオチドの付加；(iii)ＮＯＶＸ遺伝子の一つまたはそれ以上のヌクレオチドの置換、(iv)ＮＯＶＸ遺伝子の染色体転座、(v)ＮＯＶＸ遺伝子のｍＲＮＡ転写物レベルの変化、(vi)ゲノムＤＮＡのメチル化パターンのようなＮＯＶＸ遺伝子の異常修飾、(vii)ＮＯＶＸ遺伝子のｍＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、(viii)ＮＯＶＸタンパク質の非野生型レベル、(ix)ＮＯＶＸ遺伝子の対立遺伝子欠失、および(ｘ)ＮＯＶＸタンパク質の不適切な翻訳後修飾の少なくとも一つの存在の確認により検出し得る。本明細書に説明するＮＯＶＸ遺伝子の損傷を検出するために使用し得る当分野において公知の多数のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的試料は、対象から従来の手段で単離した末梢血白血球試料である。しかしながら、例えば、頬粘膜細胞を含む有核細胞を含有する任意の生物学的試料を使用し得る。
【０２３０】
特定の実施態様では、損傷の検出は、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ ＰＣＲのようなポリメラーゼ連鎖反応(ＰＣＲ)(例えば米国特許第４,６８３,１９５号および第４,６８３,２０２号を参照)におけるかまたはこれに代えて、連結連鎖反応(ＬＣＲ)(例えば、Landegran, et al., 1988. Science 241: 1077-1080、およびNakazawa, et al., 1994. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 360-364を参照)におけるプローブ／プライマーの使用を伴うが、後者はＮＯＶＸ遺伝子中の点突然変異検出に特に有用であり得る(Abravaya, et al., 1995. Nucl. Acids Res. 23: 675-682を参照)。この方法は、患者から細胞試料を集め、試料の細胞から核酸(例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたは両方)を単離し、ＮＯＶＸ遺伝子(もし存在するならば)のハイブリダイゼーションおよび増幅が起きるような条件下で、ＮＯＶＸ遺伝子と特異的にハイブリダイズする一つまたはそれ以上のプライマーと核酸試料を接触し、そして増幅産物の存在または不在を検出し、または増幅産物のサイズを検出し、そして対照試料と長さを比較するステップを含み得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書に説明する変異の検出に使用する任意の技術と一緒に予備的増幅ステップとして使用するのが望ましい。
【０２３１】
さらに別な増幅法としては：自己保持配列複製(Guatelli, et al., 1990. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874-1878を参照)、転写増幅システム(Kwoh, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173-1177を参照); Ｑβレプリカーゼ(Lizardi, et al, 1988. BioTechnology 6: 1197を参照)、または任意の他の核酸増幅法に引き続いて当業者に周知の技術を用いる増幅分子の検出を挙げ得る。これらの検出スキームは、核酸分子がごく少数で存在するならば、そのような分子の検出に特に有用である。
【０２３２】
さらに別の実施態様では、試料細胞由来のＮＯＶＸ遺伝子中の変異を、制限酵素切断パターンの変化により同定し得る。例えば、試料および対照のＤＮＡを単離し、増幅し(任意に)、一つまたはそれ以上の制限エンドヌクレアーゼで処理し、そしてフラグメントのサイズをゲル電気泳動で測定して比較する。試料と対照のＤＮＡ間のフラグメントサイズの差は試料ＤＮＡ中の変異を示す。さらに、配列特異的リボゾーム(例えば、米国特許第５,４９３,５３１号を参照)を使用して、リボゾーム切断部位の発生または消失により特異的な変異の存在を評価し得る。
【０２３３】
他の実施態様では、ＮＯＶＸ中の遺伝的突然変異は、試料および対照の核酸、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡを数百または数千個のオリゴヌクレオチドプローブを含有する高密度アレイにハイブリダイズすることにより同定することができる。例えば、Cronin, et al., 1996. Human Mutation 7: 244-255、Kozal, et al., 1996. Nat. Med. 2: 753-759を参照されたい。例えば、ＮＯＶＸ中の遺伝的変異を、上述のCronin, et al.に記載するように光を発生するＤＮＡプローブを含有する２次元アレイ中で同定し得る。略述すれば、プローブの１番目のハイブリダイゼーションアレイを用いて、試料と対照中の長い一続きのＤＮＡをスキャンして、一連の重なり合うプローブの線形アレイを作成することにより配列間の塩基変化を同定し得る。このステップは点突然変異の同定を可能にする。これに、検出した全ての変種または変異に相補的なさらに小さな特別のプローブアレイを用いることにより特定の変異の特徴化を可能にする２番目のハイブリダイゼーションを行う。それぞれの変異アレイは、一つは野生型遺伝子に相補的で、他は突然変異遺伝子に相補的な並行なプローブのセットから成る。
【０２３４】
なおもう一つの実施態様において、当分野において公知の種々のシークエンシング反応のいずれかを使用してＮＯＶＸ遺伝子を直接にシークエンシングして、試料のＮＯＶＸの配列を対応する野生型(対照)配列と比較することにより変異を検出し得る。シークエンシング反応の例としては、Maxim and Gilbert, 1977. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 560またはSanger, 1977. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 5463により開発された技術に基づくものを挙げ得る。質量分析によるシークエンシング(例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９４／１６１０１号; Cohen, et al., 1996. Adv. Chromatography 36: 127-162およびGriffin, et al., 1993. Appl. Biochem. Biotechnol. 38: 147-159を参照)を含む種々の自動化シークエンシング方法のいずれも診断アッセイの実施に際して利用され得ることをまた考え得る(例えば、Naeve, et al., 1995. Biotechniques 19: 448を参照)。
【０２３５】
ＮＯＶＸ遺伝子中の変異を検出する他の方法としては、切断剤からの保護を用いてＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖中のミスマッチ塩基を検出する方法を挙げ得る。例えば、Myers, et al., 1985. Science 230: 1242を参照されたい。一般に、「ミスマッチ切断」の当分野の技術は、野生型ＮＯＶＸ配列を含有する(標識した)ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織試料より得た潜在的突然変異体のＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズすることにより形成したヘテロ二重鎖を提供することから始まる。二重鎖を、対照および試料の鎖の間の塩基のミスマッチのために存在する二重鎖の単鎖領域を切断する薬剤で処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖をＲＮａｓｅで処理し、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドはＳ１ヌクレアーゼで処置し、ミスマッチ領域を酵素的に処理し得る。他の実施態様では、ミスマッチ領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡの二重鎖のどちらかをヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムおよびピペリジンで処理し得る。ミスマッチ領域の処理の後、得られた材料を次いで変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズにより分離して変異の部位を決定する。例えば、Cotton, et al., 1988. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 4397、Saleeba, et al., 1992. Methods Enzymol. 217: 286-295を参照されたい。一つの実施態様では、対照のＤＮＡまたはＲＮＡを検出用に標識し得る。
【０２３６】
なおもう一つの実施態様では、ミスマッチ切断反応は、細胞の試料より得られたＮＯＶＸｃＤＮＡ中で点突然変異を検出しマッピングするために、規定したシステム中で二重鎖ＤＮＡ中のミスマッチ塩基対を認識する一つまたはそれ以上のタンパク質(いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素)を使用する。例えば、E. coliのｍｕｔＹ酵素はＧ／ＡミスマッチのＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞からのチミジンＤＮＡグリコシダーゼはＧ／ＴミスマッチのＴを切断する。例えば、Hsu, et al., 1994. Carcinogenesis 15: 1657-1662を参照されたい。例示的な実施態様によれば、ＮＯＶＸ配列、例えば、野生型ＮＯＶＸ配列に基づくプローブを、試験細胞(複数を含む)由来のｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物とハイブリダイズする。この二重鎖をＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理して、切断生産物をもしあれば電気泳動のプロトコール等から検出し得る。例えば、米国特許第５,４５９,０３９号を参照されたい。
【０２３７】
他の実施態様では、電気泳動上の移動度の変化を用いて、ＮＯＶＸ遺伝子の変異を同定する。例えば、単鎖コンフォーメーション多型(ＳＳＣＰ)を使用して、突然変異体および野生型核酸の間の電気泳動移動度の差を検出し得る。例えば、Orita, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA: 86: 2766、Cotton, 1993. Mutat. Res. 285: 125-144、Hayashi, 1992. Genet. Anal. Tech. Appl. 9: 73-79を参照されたい。試料および対照のＮＯＶＸ核酸の単鎖ＤＮＡフラグメントを変性し、復元することを可能にする。単鎖核酸の二次構造は配列により異なり、電気泳動上の移動度のそこで得た変化はたとえ１個の塩基変化の検出をも可能にする。ＤＮＡフラグメントを標識プローブで標識または検出し得る。アッセイの感度を、２次構造が配列変化により感受性であるＲＮＡ(ＤＮＡよりもむしろ)を使用することにより増大し得る。一つの実施態様では、主題の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度の変化に基づいて二重鎖へテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Keen, et al., 1991. Trends Genet. 7: 5を参照されたい。
【０２３８】
なおもう一つの実施態様では、変性剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲル中での突然変異体または野生型フラグメントの移動を、変性濃度勾配ゲル電気泳動(ＤＧＧＥ)を用いてアッセイする。例えば、Myers, et al., 1985. Nature 313: 495を参照されたい。ＤＧＧＥを分析法として使用する際、ＤＮＡを修飾し、例えば、凡そ４０ｂｐの高融点ＧＣ富化ＤＮＡのＧＣクランプをＰＣＲで付加することにより、それが完全に変性しないことを保証する。さらなる実施態様では、変性勾配に代えて温度勾配を使用して、対照および試料のＤＮＡの移動度の差を同定する。例えば、Rosenbaum and Reissner, 1987. Biophys. Chem. 265: 12753を参照されたい。
【０２３９】
点突然変異を検出するための他の技術の例として、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長を挙げ得るが、これらに限定しない。例えば、既知の変異を中央に置いたオリゴヌクレオチドプライマーを調製し、次いで完全なマッチが見られる場合にのみハイブリダイゼーションを認める条件下で、標的ＤＮＡとハイブリダイズする。例えば、Saiki, et al., 1986. Nature 324: 163、Saiki, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 6230を参照されたい。オリゴヌクレオチドをハイブリダイズ用膜に付着して、標識した標的ＤＮＡとハイブリダイズする際、そのような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ増幅した標的ＤＮＡまたは多数の異なる突然変異体とハイブリダイズする。
【０２４０】
これに代えて、選択的ＰＣＲ増幅に基づく対立遺伝子特異的増幅技術を本発明と一緒に使用し得る。特異的増幅のためのプライマーとして使用するオリゴヌクレオチドは、興味のある変異を分子の中央で(増幅がディファレンシャルハイブリダイゼーションに依存するように；例えば、Gibbs, et al., 1989. Nucl. Acids Res. 17: 2437-2448を参照)または適切な条件下で、ミスマッチがポリメラーゼ伸長を阻止または低減できる(例えば、Prossner, 1993. Tibtech. 11: 238を参照)一つのプライマーの３’最末端において保持していてもよい。加えて、切断に基づく検出を創成するために、変異の領域に新規制限部位を導入するのが望ましい。例えば、Gasparini, et al., 1992. Mol. Cell Probes 6: 1を参照されたい。特定の実施態様では、増幅はまた、増幅のためのＴａｑリガーゼを使用して実施され得ることを予想する。例えば、Barany, 1991. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 189を参照されたい。このような場合には、５’末端配列の３’末端に完全なマッチがある場合にのみ連結が起こり、増幅の存在または不在を調べることにより特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０２４１】
本明細書に説明する方法を、例えば、本明細書に説明する少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含むプレパック診断キットを利用することにより実施し得る。これを、例えば、臨床の場においてＮＯＶＸ遺伝子の関与する疾患または疾病の症状を示すかまたは家族歴のある患者を診断するのに簡便に使用し得る。
【０２４２】
さらに、ＮＯＶＸを発現する任意の細胞タイプまたは組織、好ましくは末梢血白血球を本明細書に説明した予後アッセイに利用し得る。しかしながら、例えば、頬粘膜細胞の有核細胞を含む任意の生物学的試料を使用し得る。
【０２４３】
薬理ゲノミクス
本明細書に説明したスクリーニングアッセイにより同定するようなＮＯＶＸ活性(例えば、ＮＯＶＸ遺伝子発現)に促進的または阻害的効果を有する薬剤またはモジュレータを個人に投与し、障害(障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、がん関連悪液質、がん、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に伴う代謝障害、代謝性シンドロームＸならびに慢性疾患および種々のがんに関連した消耗性疾患を挙げ得る)を(予防的にまたは治療的に)処置することができる。そのような処置と一緒に、個人の薬理ゲノミクス(即ち、個人の遺伝子型および外来性化合物または薬に対するその個人の応答との間の関係の研究)を考慮し得る。治療薬の代謝の差は、薬理学的に活性な薬の用量と血中濃度の関係を変えることにより、重症の毒性または治療の失敗をもたらし得る。かくして、個人の薬理ゲノミクスは、個人の遺伝子型の考慮に基く予防的または治療的処置ための有効な薬剤(例えば薬)の選択を許容する。そのような薬理ゲノミクスをさらに用いて、適切な投与量および治療方法を決定し得る。したがって、個人のＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、またはＮＯＶＸ遺伝子の変異の含量を測定し、それにより個人の治療的処置または予防的処置に適切な薬剤(複数を含む)を選択し得る。
【０２４４】
薬理ゲノミクスは、罹患した人における変化した薬剤分布および異常な作用に因る薬への応答における臨床的に有意な遺伝的変異を取り扱う。例えば、Eichelbaum, 1996. Clin. Exp. Pharmacol. Physiol., 23: 983-985; Linder, 1997. Clin. Chem., 43: 254-266を参照されたい。一般に、二つのタイプの薬理遺伝学的異常を区別し得る。薬が身体に作用する方式を変える単一の因子として伝達する遺伝的異常(変化した薬剤作用)または身体が薬に作用する方式を変える単一因子として伝達する遺伝的異常(変化した薬物代謝)がある。これらの薬理遺伝学的異常は、稀な欠陥または多型性のどちらかとして生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸脱水素酵素(Ｇ６ＰＤ)欠乏症は、よくみられる遺伝性酵素異常症であり、そこでは主な臨床的合併症は、酸化剤の薬(抗マラリア剤、スルホンアミド剤、鎮痛剤、ニトロフラン類)摂取後またはソラマメ摂食後の溶血である。
【０２４５】
例示的実施態様として、薬の代謝酵素の活性は、薬の作用の強度および持続の両者の主たる決定因子である。薬の代謝酵素の遺伝的多型性(例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)ならびにチトクローム妊娠帯前駆タンパク質酵素のＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９)の発見は、なぜ或る患者は標準かつ安全用量の薬物摂取後に期待した薬の効果を得られないかまたは過大な薬の応答および重篤な毒性を示すのかについての説明を提供する。これらの多型性を、人口集団で高代謝群(ＥＭ)および低代謝群(ＰＭ)の２つの表現型で表現する。ＰＭの存在比率は異なる集団間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコード化する遺伝子は高度に多型性で、そして幾つかの変異が、機能的なＣＹＰ２Ｄ６の不在をもたらすＰＭを同定する。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低代謝群は、標準的な用量の投与を受けた際、極めて頻繁に過剰な薬の応答および副作用を経験する。代謝物が活性な治療成分であるならば、ＣＹＰ２Ｄ６が生成する代謝物モルヒネにより仲介するコデインの鎮痛作用について実証するように、ＰＭは治療応答を示さない。それと全く正反対なのが、標準の用量に応答しないいわゆる超高速代謝群である。最近、超高速代謝群の分子的根拠をＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に因ると確認した。
【０２４６】
従って、個人のＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、またはＮＯＶＸ遺伝子の変異含量を測定し、それにより個人の治療的処置または予防的処置のために適切な薬剤(複数を含む)を選択し得る。加えて、薬理遺伝学的研究を用いて、薬の代謝酵素をコード化する遺伝子多型の対立遺伝子の遺伝子型決定を、個人の薬の応答性の表現型の同定に応用し得る。この知識を投与量および薬の選択に応用する際、本明細書で説明する例示的スクリーニングアッセイの一つにより同定したモジュレータのようなＮＯＶＸモジュレータで対象を処置する際に、有害作用または治療失敗を避け、かくして治療的または予防的効率を増強し得る。
【０２４７】
臨床試験の作用モニタリング
ＮＯＶＸの発現または活性(例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調整する活性)に対する薬剤(例えば、薬、化合物)の影響をモニタリングすることは、基礎的な薬のスクリーニングに応用できるだけでなく、また臨床試験にも応用できる。例えば、本明細書に説明したようにスクリーニングアッセイにより、ＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベルを増加し、またはＮＯＶＸ活性を上方調節すると決定した薬剤の有効性を、低下したＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベル、または下方制御されたＮＯＶＸ活性を示す対象の臨床試験でモニターし得る。これに代えて、ＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベルを減少し、またはＮＯＶＸ活性を下方調節すると決定した薬剤の有効性を、増加したＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベル、または上方制御したＮＯＶＸ活性を示す対象の臨床試験でモニターし得る。そのような臨床試験において、ＮＯＶＸ、および、好ましくは、例えば、細胞増殖または免疫障害に関係する他の遺伝子の発現または活性を、特定の細胞の免疫応答性の「読み出し」またはマーカーとして使用し得る。
【０２４８】
限定しない例として、ＮＯＶＸ活性(例えば、本明細書で説明するスクリーニングアッセイで同定する)を調整する薬剤(例えば、化合物、薬または低分子)を用いた処置により細胞中で調整するＮＯＶＸを含む遺伝子を同定し得る。従って、細胞増殖障害に対する薬剤の効果を、例えば、臨床試験において検討するために、細胞を単離してＲＮＡを調製し、そして障害に関連すると思うＮＯＶＸおよび他の遺伝子の発現レベルを分析し得る。遺伝子発現レベル(即ち、遺伝子発現パターン)を、本明細書に説明するようにノザンブロット分析またはＲＴ−ＰＣＲにより、またはこれに代えて本明細書で説明する方法の一つにより生産したタンパク質の量を測定することにより、またはＮＯＶＸまたは他の遺伝子の活性レベルを測定することにより、定量することができる。この様式においては、遺伝子発現パターンは、薬剤に対する細胞の生理学的応答を示すマーカーとしての役割を果たす。したがって、薬剤による個人の処置の前および処置中の種々の時点で、この応答状態を測定し得る。
【０２４９】
一つの実施態様において、本発明は、薬剤(例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、ペプチドミメティック、核酸、低分子、または本明細書で説明するスクリーニングアッセイで同定した他の薬候補物)で対象を処置することの有効性をモニターする方法を提供し、その方法は、(i)薬剤投与前に対象から投与前試料を得て、(ii)投与前試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現レベルを検出し、(iii)対象から一つまたはそれ以上の投与後の試料を得て、(iv)投与後の試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性レベルを検出し、(v)投与前の試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性レベルを投与後のひとつまたは複数の試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡと比較し、そして(vi)それにしたがって対象への薬剤の投与を変更するステップを含む。例えば、ＮＯＶＸの発現または活性を検出したより高レベルに増加するためには、即ち、薬剤の有効性を増加するためには、薬剤の増加した投与が望ましい。これに代えて、ＮＯＶＸの発現または活性を検出したより低レベルに減少する、即ち、薬剤の有効性を減少するためには、薬剤の減少した投与が望ましい。
【０２５０】
処置方法
本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患のリスクにある(罹りやすい)かまたは疾患を有する対象を処置する予防的方法および治療的方法の両方を提供する。疾患としては、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心疾患、大動脈弁狭窄、心房中隔欠損症(ＡＳＤ)、房室(Ａ−Ｖ)管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損症(ＶＳＤ)、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植、副腎白質萎縮症、先天性副腎過形成、前立腺がん、新生物、腺がん、リンパ腫、子宮がん、受胎能、血友病、凝固性亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫不全症、移植片対宿主病、ＡＩＤＳ、気管支喘息、クローン病；多発性硬化症、アルブライト遺伝性骨ジストロフィーの処置ならびに類似の他の疾患、障害および異常を挙げ得る。
これらの処置法を以下にさらに詳細に考察する。
【０２５１】
疾患および障害
増加したレベル(疾患または障害に罹患していない対象と比べて)または生物学的活性を特徴とする疾患および障害を、活性に拮抗する(即ち、低下するかまたは阻害する)治療薬で処置し得る。活性に拮抗する治療薬を、治療的様式または予防的様式で投与し得る。利用し得る治療薬としては、(i)前述のペプチド、またはその類似体、誘導体、フラグメントまたは同族体；(ii)前述のペプチドに対する抗体；(iii)前述のペプチドをコード化する核酸；(iv)アンチセンス核酸および前述のペプチドの内在的機能を相同組換えにより「ノックアウト」するのに使用する「機能障害性」である核酸(即ち、前述のペプチドに対するコード化配列のコード化配列内への非相同的挿入に因る)の投与(例えば、Capecchi, 1989. Science 244: 1288-1292を参照)；または(v)前述のペプチドおよびその結合相手との相互作用を変化するモジュレータ(即ち、本発明のさらに別なペプチドのミメティックまたは本発明のペプチドに特異的な抗体を含む阻害剤、アゴニスト、アンタゴニスト)を挙げ得るが、これらに限定しない。
【０２５２】
減少したレベル(疾患または障害に罹患していない対象と比べて)または生物学的活性を特徴とする疾患および障害を、活性を増加する(即ち、アゴニストである)治療薬で処置し得る。活性を上方制御する治療薬を、治療的様式または予防的様式で投与し得る。利用し得る治療薬としては、前述のペプチド、またはその類似体、誘導体、フラグメント、または同族体；またはバイオアベイラビリティーを増加するアゴニストを挙げ得るが、これらに限定しない。
【０２５３】
増加または減少したレベルを、患者の組織試料(例えば、生検組織から)を得て、インビトロでＲＮＡまたはペプチドのレベル、発現したペプチド(または前述のペプチドのｍＲＮＡ)の構造および／または活性をアッセイすることにより、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することにより容易に検出し得る。当分野内で周知の方法としては、イムノアッセイ(例えば、ウエスタンブロット分析、免疫沈降とそれに引き続くドデシル硫酸ナトリウム(ＳＤＳ)ポリアクリルアミドゲル電気泳動、免疫細胞化学、等)および／またはｍＲＮＡ発現を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ(例えば、ノザンアッセイ、ドットブロット、インシツハイブリダイゼーション、等)を挙げ得るが、これらに限定しない。
【０２５４】
予防的方法
一つの態様では、異常なＮＯＶＸ発現または少なくともＮＯＶＸ活性を調整する薬剤を対象に投与することにより、本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または異常を、対象において予防する方法を提供する。異常なＮＯＶＸの発現または活性が原因または一因となって生じる疾患のリスクを有する対象を、例えば、本明細書で説明するように診断的アッセイまたは予後的アッセイのいずれかまたはそれらの組合せによって同定し得る。疾患または障害を予防し、または、これに代えて、その進行を遅らせるようにＮＯＶＸ異常に特徴的な症状の出現に先立って予防的薬剤の投与を行い得る。ＮＯＶＸ異常のタイプに依存して、例えば、ＮＯＶＸアゴニストまたはＮＯＶＸアンタゴニストである薬剤を対象の処置に使用し得る。適切な薬剤を、本明細書で説明するスクリーニング法に基づいて決定することができる。本発明の予防的方法をさらに以下のサブセクションで考察する。
【０２５５】
治療的方法
本発明のもう一つの態様は、治療目的のためにＮＯＶＸの発現または活性を調整する方法に関する。本発明の調整方法は、細胞を細胞に関連するＮＯＶＸタンパク質活性の一つまたはそれ以上の活性を調整する薬剤と接触することを含む。ＮＯＶＸタンパク質活性を調整する薬剤は、核酸またはタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する同属のリガンド、ペプチド、ＮＯＶＸペプチドミメティック、または低分子のような本明細書に説明する薬剤であり得る。一つの実施態様では、薬剤は一つまたはそれ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を促進する。そのような促進的薬剤の例としては、活性なＮＯＶＸタンパク質および細胞中に導入したＮＯＶＸをコード化する核酸分子を挙げ得る。もう一つの実施態様では、薬剤は一つまたはそれ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を阻害する。そのような阻害的薬剤の例としては、アンチセンスＮＯＶＸ核酸分子および抗−ＮＯＶＸ抗体を挙げ得る。これらの調整方法は、インビトロで(例えば、細胞を薬剤と共に培養することにより)または、これに代えて、インビボで(例えば、薬剤を対象に投与することにより)実施し得る。このように、本発明はＮＯＶＸタンパク質または核酸分子の異常な発現または活性を特徴とする疾患または障害に罹患した個人を処置する方法を提供する。一つの実施態様では、その方法は、薬剤(例えば、本明細書で説明するスクリーニングアッセイで同定した薬剤)またはＮＯＶＸの発現または活性を調整する(例えば、上方制御または下方制御する)薬剤の組合せを投与することを伴う。もう一つの実施態様では、その方法は減少または異常なＮＯＶＸの発現または活性を補償するための治療としてＮＯＶＸタンパク質または核酸分子を投与することを伴う。
【０２５６】
ＮＯＶＸが異常に下方制御されているかおよび／または増加したＮＯＶＸ活性が有益な効果を有すると思われる状況では、ＮＯＶＸ活性を促進することが望ましい。そのような状況の一つの例は、対象が異常な細胞増殖および／または分化(例えば、がんまたは免疫関連疾患)を特徴とする障害を有する場合である。そのような状況のもう一つの例は、対象が妊娠性疾患(例えば、子癇前症)を有する場合である。
【０２５７】
治療薬の生物学的効果の測定
本発明の種々の実施態様において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを実施して、特定の治療薬の効果およびその投与を罹患している組織の処置に適応があるか否かを決定する。
【０２５８】
種々の特定の実施態様において、患者の障害に関与する代表的なタイプ(複数を含む)の細胞についてインビトロアッセイを実施して、投与した治療薬が細胞タイプに所望の効果を発揮するかどうかを測定し得る。治療に使用する化合物を、ヒト対象での試験に先立って、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギ等を限定することなく含む適切な動物モデルシステムで試験し得る。同様に、インビボ試験でも、ヒト対象への投与に先立って、当分野において公知の動物モデルシステムのいずれかを使用し得る。
【０２５９】
本発明の組成物の予防的使用および治療的使用
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は：代謝性障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、癌関連、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に伴う代謝障害、代謝性シンドロームＸならびに慢性疾患および種々のがんに関連した消耗性疾患を限定することなく、含み、種々の障害に関連する潜在的で予防的応用および治療的応用に有用である。
【０２６０】
例として、本発明のＮＯＶＸタンパク質をコード化するｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり得、そしてタンパク質は、それを必要とする対象に投与する際に有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、代謝性疾患、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、がん関連悪液質、がん、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪血症：に罹患した患者の処置に効果を有するであろう。
【０２６１】
ＮＯＶＸタンパク質をコード化する新規核酸、および本発明のＮＯＶＸタンパク質の両方、またはそれらのフラグメントはまた、核酸またはタンパク質の存在または量を評価する診断的応用にも有用であり得る。さらなる使用は、抗細菌分子(即ち、或るペプチドは抗細菌的性質を有することが見出されている)としてであるかもしれない。これらの物質は、治療的または診断的方法に使用するための本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作成にさらに有用である。
【０２６２】
実施例１
ＮＯＶ１クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１Ａに示す。
【表４】
2005508604.tif 000005
【０２６３】
【表５】
2005508604.tif 000006
表１Ａの続き
【０２６４】
【表６】
2005508604.tif 000007
表１Ａの続き
【０２６５】
【表７】
2005508604.tif 000008
表１Ａの続き
【０２６６】
【表８】
2005508604.tif 000009
表１Ａの続き
【０２６７】
【表９】
2005508604.tif 000010
表１Ａの続き
【０２６８】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１０】
2005508604.tif 000011
【０２６９】
ＮＯＶ１ａタンパク質のさらなる解析により、表１Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１１】
2005508604.tif 000012
【０２７０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１ａタンパク質の検索により、表１Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１２】
2005508604.tif 000013
【０２７１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１ａタンパク質は、表１ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１３】
2005508604.tif 000014
【０２７２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１ａタンパク質は表１Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表１４】
2005508604.tif 000015
【０２７３】
表１Ｆの続き
【表１５】
2005508604.tif 000016
【０２７４】
実施例２
ＮＯＶ２クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列をに示す。
【表１６】
2005508604.tif 000017
【０２７５】
表２Ａの続き
【表１７】
2005508604.tif 000018
【０２７６】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１８】
2005508604.tif 000019
【０２７７】
ＮＯＶ２ａタンパク質のさらなる解析により、表２Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１９】
2005508604.tif 000020
【０２７８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２ａタンパク質の検索により、表２Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２０】
2005508604.tif 000021
【０２７９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２ａタンパク質は、表２ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２１】
2005508604.tif 000022
【０２８０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２ａタンパク質は表２Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２２】
2005508604.tif 000023
【０２８１】
実施例３
ＮＯＶ３クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３Ａに示す。
【表２３】
2005508604.tif 000024
【０２８２】
ＮＯＶ３ａタンパク質のさらなる解析により、表３Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２４】
2005508604.tif 000025
【０２８３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３ａタンパク質の検索により、表３Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２５】
2005508604.tif 000026
【０２８４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３ａタンパク質は、表３ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２６】
2005508604.tif 000027
【０２８５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３ａタンパク質は表３Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２７】
2005508604.tif 000028
【０２８６】
実施例４
ＮＯＶ４クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４Ａに示す。
【表２８】
2005508604.tif 000029
【０２８７】
表４Ａの続き
【表２９】
2005508604.tif 000030
【０２８８】
上記タンパク質配列の配列比較により、表４Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表３０】
2005508604.tif 000031
【０２８９】
ＮＯＶ４ａタンパク質のさらなる解析により、表４Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表３１】
2005508604.tif 000032
【０２９０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４ａタンパク質の検索により、表４Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３２】
2005508604.tif 000033
【０２９１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４ａタンパク質は、表４ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３３】
2005508604.tif 000034
【０２９２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４ａタンパク質は表４Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表３４】
2005508604.tif 000035
【０２９３】
実施例５
ＮＯＶ５クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表５Ａに示す。
【表３５】
2005508604.tif 000036
【０２９４】
表５Ａの続き
【表３６】
2005508604.tif 000037
【０２９５】
表５Ａの続き
【表３７】
2005508604.tif 000038
【０２９６】
表５Ａの続き
【表３８】
2005508604.tif 000039
【０２９７】
上記タンパク質配列の配列比較により、表５Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表３９】
2005508604.tif 000040
【０２９８】
ＮＯＶ５ａタンパク質のさらなる解析により、表５Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表４０】
2005508604.tif 000041
【０２９９】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ５ａタンパク質の検索により、表５Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表４１】
2005508604.tif 000042
【０３００】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ５ａタンパク質は、表５ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表４２】
2005508604.tif 000043
【０３０１】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ５ａタンパク質は表５Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表４３】
2005508604.tif 000044
【０３０２】
実施例６
ＮＯＶ６クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表６Ａに示す。
【表４４】
2005508604.tif 000045
【０３０３】
表６Ａの続き
【表４５】
2005508604.tif 000046
【０３０４】
上記タンパク質配列の配列比較により、表６Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表４６】
2005508604.tif 000047
【０３０５】
ＮＯＶ６ａタンパク質のさらなる解析により、表６Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表４７】
2005508604.tif 000048
【０３０６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ６ａタンパク質の検索により、表６Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表４８】
2005508604.tif 000049
【０３０７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ６ａタンパク質は、表６ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表４９】
2005508604.tif 000050
【０３０８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ６ａタンパク質は表６Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表５０】
2005508604.tif 000051
【０３０９】
実施例７
ＮＯＶ７クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表７Ａに示す。
【表５１】
2005508604.tif 000052
【０３１０】
ＮＯＶ７ａタンパク質のさらなる解析により、表７Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表５２】
2005508604.tif 000053
【０３１１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ７ａタンパク質の検索により、表７Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表５３】
2005508604.tif 000054
【０３１２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ７ａタンパク質は、表７ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表５４】
2005508604.tif 000055
【０３１３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ７ａタンパク質は表７Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表５５】
2005508604.tif 000056
【０３１４】
実施例８
ＮＯＶ８クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表８Ａに示す。
【表５６】
2005508604.tif 000057
【０３１５】
ＮＯＶ８ａタンパク質のさらなる解析により、表８Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表５７】
2005508604.tif 000058
【０３１６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ８ａタンパク質の検索により、表８Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表５８】
2005508604.tif 000059
【０３１７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ８ａタンパク質は、表８ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表５９】
2005508604.tif 000060
【０３１８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ８ａタンパク質は表８Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表６０】
2005508604.tif 000061
【０３１９】
実施例９
ＮＯＶ９クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表９Ａに示す。
【表６１】
2005508604.tif 000062
【０３２０】
ＮＯＶ９ａタンパク質のさらなる解析により、表９Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表６２】
2005508604.tif 000063
【０３２１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ９ａタンパク質の検索により、表９Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表６３】
2005508604.tif 000064
【０３２２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ９ａタンパク質は、表９ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表６４】
2005508604.tif 000065
【０３２３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ９ａタンパク質は表９Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表６５】
2005508604.tif 000066
【０３２４】
実施例１０
ＮＯＶ１０クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１０Ａに示す。
【表６６】
2005508604.tif 000067
【０３２５】
ＮＯＶ１０ａタンパク質のさらなる解析により、表１０Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表６７】
2005508604.tif 000068
【０３２６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１０ａタンパク質の検索により、表１０Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表６８】
2005508604.tif 000069
【０３２７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１０ａタンパク質は、表１０ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表６９】
2005508604.tif 000070
【０３２８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１０ａタンパク質は表１０Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表７０】
2005508604.tif 000071
【０３２９】
実施例１１
ＮＯＶ１１クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１１Ａに示す。
【表７１】
2005508604.tif 000072
【０３３０】
表１１Ａの続き
【表７２】
2005508604.tif 000073
【０３３１】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１１Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表７３】
2005508604.tif 000074
【０３３２】
ＮＯＶ１１ａタンパク質のさらなる解析により、表１１Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表７４】
2005508604.tif 000075
【０３３３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１１ａタンパク質の検索により、表１１Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表７５】
2005508604.tif 000076
【０３３４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１１ａタンパク質は、表１１ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表７６】
2005508604.tif 000077
【０３３５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１１ａタンパク質は表１１Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表７７】
2005508604.tif 000078
【０３３６】
実施例１２
ＮＯＶ１２クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１２Ａに示す。
【表７８】
2005508604.tif 000079
【０３３７】
表１２Ａの続き
【表７９】
2005508604.tif 000080
【０３３８】
表１２Ａの続き
【表８０】
2005508604.tif 000081
【０３３９】
表１２Ａの続き
【表８１】
2005508604.tif 000082
【０３４０】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１２Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表８２】
2005508604.tif 000083
【０３４１】
ＮＯＶ１２ａタンパク質のさらなる解析により、表１２Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表８３】
2005508604.tif 000084
【０３４２】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１２ａタンパク質の検索により、表１２Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表８４】
2005508604.tif 000085
【０３４３】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１２ａタンパク質は、表１２ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表８５】
2005508604.tif 000086
【０３４４】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１２ａタンパク質は表１２Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表８６】
2005508604.tif 000087
【０３４５】
実施例１３
ＮＯＶ１３クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１３Ａに示す。
【表８７】
2005508604.tif 000088
【０３４６】
表１３Ａの続き
【表８８】
2005508604.tif 000089
【０３４７】
表１３Ａの続き
【表８９】
2005508604.tif 000090
【０３４８】
表１３Ａの続き
【表９０】
2005508604.tif 000091
【０３４９】
表１３Ａの続き
【表９１】
2005508604.tif 000092
【０３５０】
表１３Ａの続き
【表９２】
2005508604.tif 000093
【０３５１】
表１３Ａの続き
【表９３】
2005508604.tif 000094
【０３５２】
表１３Ａの続き
【表９４】
2005508604.tif 000095
【０３５３】
表１３Ａの続き
【表９５】
2005508604.tif 000096
【０３５４】
表１３Ａの続き
【表９６】
2005508604.tif 000097
【０３５５】
表１３Ａの続き
【表９７】
2005508604.tif 000098
【０３５６】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１３Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表９８】
2005508604.tif 000099
【０３５７】
ＮＯＶ１３ａタンパク質のさらなる解析により、表１３Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表９９】
2005508604.tif 000100
【０３５８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１３ａタンパク質の検索により、表１３Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１００】
2005508604.tif 000101
【０３５９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１３ａタンパク質は、表１３ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１０１】
2005508604.tif 000102
【０３６０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１３ａタンパク質は表１３Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表１０２】
2005508604.tif 000103
【０３６１】
表１３Ｆの続き
【表１０３】
2005508604.tif 000104
【０３６２】
表１３Ｆの続き
【表１０４】
2005508604.tif 000105
【０３６３】
実施例１４
ＮＯＶ１４クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１４Ａに示す。
【表１０５】
2005508604.tif 000106
【０３６４】
ＮＯＶ１４ａタンパク質のさらなる解析により、表１４Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１０６】
2005508604.tif 000107
【０３６５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１４ａタンパク質の検索により、表１４Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１０７】
2005508604.tif 000108
【０３６６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１４ａタンパク質は、表１４ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１０８】
2005508604.tif 000109
【０３６７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１４ａタンパク質は表１４Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１０９】
2005508604.tif 000110
【０３６８】
実施例１５
ＮＯＶ１５クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１５Ａに示す。
【表１１０】
2005508604.tif 000111
【０３６９】
ＮＯＶ１５ａタンパク質のさらなる解析により、表１５Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１１１】
2005508604.tif 000112
【０３７０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１５ａタンパク質の検索により、表１５Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１１２】
2005508604.tif 000113
【０３７１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１５ａタンパク質は、表１５ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１１３】
2005508604.tif 000114
【０３７２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１５ａタンパク質は表１５Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表１１４】
2005508604.tif 000115
【０３７３】
実施例１６
ＮＯＶ１６クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１６Ａに示す。
【表１１５】
2005508604.tif 000116
【０３７４】
ＮＯＶ１６ａタンパク質のさらなる解析により、表１６Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１１６】
2005508604.tif 000117
【０３７５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１６ａタンパク質の検索により、表１６Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１１７】
2005508604.tif 000118
【０３７６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１６ａタンパク質は、表１６ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１１８】
2005508604.tif 000119
【０３７７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１６ａタンパク質は表１６Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１１９】
2005508604.tif 000120
【０３７８】
実施例１７
ＮＯＶ１７クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１７Ａに示す。
【表１２０】
2005508604.tif 000121
【０３７９】
表１７Ａの続き
【表１２１】
2005508604.tif 000122
【０３８０】
表１７Ａの続き
【表１２２】
2005508604.tif 000123
【０３８１】
表１７Ａの続き
【表１２３】
2005508604.tif 000124
【０３８２】
ＮＯＶ１７ａタンパク質のさらなる解析により、表１７Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１２４】
2005508604.tif 000125
【０３８３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１７ａタンパク質の検索により、表１７Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１２５】
2005508604.tif 000126
【０３８４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１７ａタンパク質は、表１７ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１２６】
2005508604.tif 000127
【０３８５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１７ａタンパク質は表１７Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１２７】
2005508604.tif 000128
【０３８６】
実施例１８
ＮＯＶ１８クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１８Ａに示す。
【表１２８】
2005508604.tif 000129
【０３８７】
ＮＯＶ１８ａタンパク質のさらなる解析により、表１８Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１２９】
2005508604.tif 000130
【０３８８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１８ａタンパク質の検索により、表１８Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１３０】
2005508604.tif 000131
【０３８９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１８ａタンパク質は、表１８ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１３１】
2005508604.tif 000132
【０３９０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１８ａタンパク質は表１８Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１３２】
2005508604.tif 000133
【０３９１】
実施例１９
ＮＯＶ１９クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表１９Ａに示す。
【表１３３】
2005508604.tif 000134
【０３９２】
ＮＯＶ１９ａタンパク質のさらなる解析により、表１９Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１３４】
2005508604.tif 000135
【０３９３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１９ａタンパク質の検索により、表１９Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１３５】
2005508604.tif 000136
【０３９４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ１９ａタンパク質は、表１９ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１３６】
2005508604.tif 000137
【０３９５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１９ａタンパク質は表１９Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１３７】
2005508604.tif 000138
【０３９６】
実施例２０
ＮＯＶ２０クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２０Ａに示す。
【表１３８】
2005508604.tif 000139
【０３９７】
ＮＯＶ２０ａタンパク質のさらなる解析により、表２０Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１３９】
2005508604.tif 000140
【０３９８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２０ａタンパク質の検索により、表２０Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１４０】
2005508604.tif 000141
【０３９９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２０ａタンパク質は、表２０ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１４１】
2005508604.tif 000142
【０４００】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２０ａタンパク質は表２０Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１４２】
2005508604.tif 000143
【０４０１】
実施例２１
ＮＯＶ２１クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２１Ａに示す。
【表１４３】
2005508604.tif 000144
【０４０２】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２１Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１４４】
2005508604.tif 000145
【０４０３】
ＮＯＶ２１ａタンパク質のさらなる解析により、表２１Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１４５】
2005508604.tif 000146
【０４０４】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２１ａタンパク質の検索により、表２１Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１４６】
2005508604.tif 000147
【０４０５】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２１ａタンパク質は、表２１ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１４７】
2005508604.tif 000148
【０４０６】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２１ａタンパク質は表２１Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表１４８】
2005508604.tif 000149
【０４０７】
実施例２２
ＮＯＶ２２クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２２Ａに示す。
【表１４９】
2005508604.tif 000150
【０４０８】
ＮＯＶ２２ａタンパク質のさらなる解析により、表２２Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１５０】
2005508604.tif 000151
【０４０９】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２２ａタンパク質の検索により、表２２Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１５１】
2005508604.tif 000152
【０４１０】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２２ａタンパク質は、表２２ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１５２】
2005508604.tif 000153
【０４１１】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２２ａタンパク質は表２２Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１５３】
2005508604.tif 000154
【０４１２】
実施例２３
ＮＯＶ２３クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２３Ａに示す。
【表１５４】
2005508604.tif 000155
【０４１３】
表２３Ａの続き
【表１５５】
2005508604.tif 000156
【０４１４】
表２３Ａの続き
【表１５６】
2005508604.tif 000157
【０４１５】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２３Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１５７】
2005508604.tif 000158
【０４１６】
ＮＯＶ２３ａタンパク質のさらなる解析により、表２３Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１５８】
2005508604.tif 000159
【０４１７】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２３ａタンパク質の検索により、表２３Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１５９】
2005508604.tif 000160
【０４１８】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２３ａタンパク質は、表２３ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１６０】
2005508604.tif 000161
【０４１９】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２３ａタンパク質は表２３Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表１６１】
2005508604.tif 000162
【０４２０】
実施例２４
ＮＯＶ２４クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２４Ａに示す。
【表１６２】
2005508604.tif 000163
【０４２１】
表２４Ａの続き
【表１６３】
2005508604.tif 000164
【０４２２】
表２４Ａの続き
【表１６４】
2005508604.tif 000165
【０４２３】
表２４Ａの続き
【表１６５】
2005508604.tif 000166
【０４２４】
表２４Ａの続き
【表１６６】
2005508604.tif 000167
【０４２５】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２４Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１６７】
2005508604.tif 000168
【０４２６】
ＮＯＶ２４ａタンパク質のさらなる解析により、表２４Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１６８】
2005508604.tif 000169
【０４２７】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２４ａタンパク質の検索により、表２４Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１６９】
2005508604.tif 000170
【０４２８】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２４ａタンパク質は、表２４ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１７０】
2005508604.tif 000171
【０４２９】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２４ａタンパク質は表２４Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表１７１】
2005508604.tif 000172
【０４３０】
実施例２５
ＮＯＶ２５クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２５Ａに示す。
【表１７２】
2005508604.tif 000173
【０４３１】
表２５Ａの続き
【表１７３】
2005508604.tif 000174
【０４３２】
ＮＯＶ２５ａタンパク質のさらなる解析により、表２５Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１７４】
2005508604.tif 000175
【０４３３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２５ａタンパク質の検索により、表２５Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１７５】
2005508604.tif 000176
【０４３４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２５ａタンパク質は、表２５ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１７６】
2005508604.tif 000177
【０４３５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２５ａタンパク質は表２５Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１７７】
2005508604.tif 000178
【０４３６】
実施例２６
ＮＯＶ２６クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２６Ａに示す。
【表１７８】
2005508604.tif 000179
【０４３７】
ＮＯＶ２６ａタンパク質のさらなる解析により、表２６Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１７９】
2005508604.tif 000180
【０４３８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２６ａタンパク質の検索により、表２６Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１８０】
2005508604.tif 000181
【０４３９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２６ａタンパク質は、表２６ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１８１】
2005508604.tif 000182
【０４４０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２６ａタンパク質は表２６Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１８２】
2005508604.tif 000183
【０４４１】
実施例２７
ＮＯＶ２７クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２７Ａに示す。
【表１８３】
2005508604.tif 000184
【０４４２】
表２７Ａの続き
【表１８４】
2005508604.tif 000185
【０４４３】
ＮＯＶ２７ａタンパク質のさらなる解析により、表２７Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１８５】
2005508604.tif 000186
【０４４４】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２７ａタンパク質の検索により、表２７Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１８６】
2005508604.tif 000187
【０４４５】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２７ａタンパク質は、表２７ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１８７】
2005508604.tif 000188
【０４４６】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２７ａタンパク質は表２７Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表１８８】
2005508604.tif 000189
【０４４７】
実施例２８
ＮＯＶ２８クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２８Ａに示す。
【表１８９】
2005508604.tif 000190
【０４４８】
表２８Ａの続き
【表１９０】
2005508604.tif 000191
【０４４９】
表２８Ａの続き
【表１９１】
2005508604.tif 000192
【０４５０】
表２８Ａの続き
【表１９２】
2005508604.tif 000193
【０４５１】
表２８Ａの続き
【表１９３】
2005508604.tif 000194
【０４５２】
表２８Ａの続き
【表１９４】
2005508604.tif 000195
【０４５３】
表２８Ａの続き
【表１９５】
2005508604.tif 000196
【０４５４】
表２８Ａの続き
【表１９６】
2005508604.tif 000197
【０４５５】
表２８Ａの続き
【表１９７】
2005508604.tif 000198
【０４５６】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２８Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１９８】
2005508604.tif 000199
【０４５７】
ＮＯＶ２８ａタンパク質のさらなる解析により、表２８Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１９９】
2005508604.tif 000200
【０４５８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２８ａタンパク質の検索により、表２８Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２００】
2005508604.tif 000201
【０４５９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２８ａタンパク質は、表２８ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２０１】
2005508604.tif 000202
【０４６０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２８ａタンパク質は表２８Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２０２】
2005508604.tif 000203
【０４６１】
実施例２９
ＮＯＶ２９クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表２９Ａに示す。
【表２０３】
2005508604.tif 000204
【０４６２】
表２９Ａの続き
【表２０４】
2005508604.tif 000205
【０４６３】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２９Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表２０５】
2005508604.tif 000206
【０４６４】
ＮＯＶ２９ａタンパク質のさらなる解析により、表２９Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表２０６】
2005508604.tif 000207
【０４６５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２９ａタンパク質の検索により、表２９Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２０７】
2005508604.tif 000208
【０４６６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ２９ａタンパク質は、表２９ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２０８】
2005508604.tif 000209
【０４６７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２９ａタンパク質は表２９Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２０９】
2005508604.tif 000210
【０４６８】
実施例３０
ＮＯＶ３０クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３０Ａに示す。
【表２１０】
2005508604.tif 000211
【０４６９】
表３０Ａの続き
【表２１１】
2005508604.tif 000212
【０４７０】
ＮＯＶ３０ａタンパク質のさらなる解析により、表３０Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２１２】
2005508604.tif 000213
【０４７１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３０ａタンパク質の検索により、表３０Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２１３】
2005508604.tif 000214
【０４７２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３０ａタンパク質は、表３０ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２１４】
2005508604.tif 000215
【０４７３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３０ａタンパク質は表３０Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２１５】
2005508604.tif 000216
【０４７４】
表３０Ｅの続き
【表２１６】
2005508604.tif 000217
【０４７５】
実施例３１
ＮＯＶ３１クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３１Ａに示す。
【表２１７】
2005508604.tif 000218
【０４７６】
表３１Ａの続き
【表２１８】
2005508604.tif 000219
【０４７７】
表３１Ａの続き
【表２１９】
2005508604.tif 000220
【０４７８】
表３１Ａの続き
【表２２０】
2005508604.tif 000221
【０４７９】
上記タンパク質配列の配列比較により、表３１Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表２２１】
2005508604.tif 000222
【０４８０】
ＮＯＶ３１ａタンパク質のさらなる解析により、表３１Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表２２２】
2005508604.tif 000223
【０４８１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３１ａタンパク質の検索により、表３１Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２２３】
2005508604.tif 000224
【０４８２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３１ａタンパク質は、表３１ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２２４】
2005508604.tif 000225
【０４８３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３１ａタンパク質は表３１Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２２５】
2005508604.tif 000226
【０４８４】
表３１Ｅの続き
【表２２６】
2005508604.tif 000227
【０４８５】
実施例３２
ＮＯＶ３２クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３２Ａに示す。
【表２２７】
2005508604.tif 000228
【０４８６】
表３２Ａの続き
【表２２８】
2005508604.tif 000229
【０４８７】
ＮＯＶ３２ａタンパク質のさらなる解析により、表３２Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２２９】
2005508604.tif 000230
【０４８８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３２ａタンパク質の検索により、表３２Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２３０】
2005508604.tif 000231
【０４８９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３２ａタンパク質は、表３２ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２３１】
2005508604.tif 000232
【０４９０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３２ａタンパク質は表３２Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２３２】
2005508604.tif 000233
【０４９１】
実施例３３
ＮＯＶ３３クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３３Ａに示す。
【表２３３】
2005508604.tif 000234
【０４９２】
表３３Ａの続き
【表２３４】
2005508604.tif 000235
【０４９３】
上記タンパク質配列の配列比較により、表３３Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表２３５】
2005508604.tif 000236
【０４９４】
ＮＯＶ３３ａタンパク質のさらなる解析により、表３３Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表２３６】
2005508604.tif 000237
【０４９５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３３ａタンパク質の検索により、表３３Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２３７】
2005508604.tif 000238
【０４９６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３３ａタンパク質は、表３３ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２３８】
2005508604.tif 000239
【０４９７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３３ａタンパク質は表３３Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２３９】
2005508604.tif 000240
【０４９８】
実施例３４
ＮＯＶ３４クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３４Ａに示す。
【表２４０】
2005508604.tif 000241
【０４９９】
ＮＯＶ３４ａタンパク質のさらなる解析により、表３４Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２４１】
2005508604.tif 000242
【０５００】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３４ａタンパク質の検索により、表３４Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２４２】
2005508604.tif 000243
【０５０１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３４ａタンパク質は、表３４ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２４３】
2005508604.tif 000244
【０５０２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３４ａタンパク質は表３４Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２４４】
2005508604.tif 000245
【０５０３】
実施例３５
ＮＯＶ３５クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３５Ａに示す。
【表２４５】
2005508604.tif 000246
【０５０４】
ＮＯＶ３５ａタンパク質のさらなる解析により、表３５Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２４６】
2005508604.tif 000247
【０５０５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３５ａタンパク質の検索により、表３５Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２４７】
2005508604.tif 000248
【０５０６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３５ａタンパク質は、表３５ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２４８】
2005508604.tif 000249
【０５０７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３５ａタンパク質は表３５Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２４９】
2005508604.tif 000250
【０５０８】
実施例３６
ＮＯＶ３６クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３６Ａに示す。
【表２５０】
2005508604.tif 000251
【０５０９】
表３６Ａの続き
【表２５１】
2005508604.tif 000252
【０５１０】
ＮＯＶ３６ａタンパク質のさらなる解析により、表３６Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２５２】
2005508604.tif 000253
【０５１１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３６ａタンパク質の検索により、表３６Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２５３】
2005508604.tif 000254
【０５１２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３６ａタンパク質は、表３６ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２５４】
2005508604.tif 000255
【０５１３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３６ａタンパク質は表３６Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２５５】
2005508604.tif 000256
【０５１４】
実施例３７
ＮＯＶ３７クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３７Ａに示す。
【表２５６】
2005508604.tif 000257
【０５１５】
表３７Ａの続き
【表２５７】
2005508604.tif 000258
【０５１６】
上記タンパク質配列の配列比較により、表３７Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表２５８】
2005508604.tif 000259
【０５１７】
ＮＯＶ３７ａタンパク質のさらなる解析により、表３７Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表２５９】
2005508604.tif 000260
【０５１８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３７ａタンパク質の検索により、表３７Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２６０】
2005508604.tif 000261
【０５１９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３７ａタンパク質は、表３７ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２６１】
2005508604.tif 000262
【０５２０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３７ａタンパク質は表３７Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２６２】
2005508604.tif 000263
【０５２１】
実施例３８
ＮＯＶ３８クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３８Ａに示す。
【表２６３】
2005508604.tif 000264
【０５２２】
表３８Ａの続き
【表２６４】
2005508604.tif 000265
【０５２３】
上記タンパク質配列の配列比較により、表３８Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表２６５】
2005508604.tif 000266
【０５２４】
ＮＯＶ３８ａタンパク質のさらなる解析により、表３８Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表２６６】
2005508604.tif 000267
【０５２５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３８ａタンパク質の検索により、表３８Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２６７】
2005508604.tif 000268
【０５２６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３８ａタンパク質は、表３８ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２６８】
2005508604.tif 000269
【０５２７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３８ａタンパク質は表３８Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２６９】
2005508604.tif 000270
【０５２８】
実施例３９
ＮＯＶ３９クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表３９Ａに示す。
【表２７０】
2005508604.tif 000271
【０５２９】
表３９Ａの続き
【表２７１】
2005508604.tif 000272
【０５３０】
表３９Ａの続き
【表２７２】
2005508604.tif 000273
【０５３１】
表３９Ａの続き
【表２７３】
2005508604.tif 000274
【０５３２】
ＮＯＶ３９ａタンパク質のさらなる解析により、表３９Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２７４】
2005508604.tif 000275
【０５３３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３９ａタンパク質の検索により、表３９Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２７５】
2005508604.tif 000276
【０５３４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ３９ａタンパク質は、表３９ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２７６】
2005508604.tif 000277
【０５３５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３９ａタンパク質は表３９Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２７７】
2005508604.tif 000278
【０５３６】
実施例４０
ＮＯＶ４０クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４０Ａに示す。
【表２７８】
2005508604.tif 000279
【０５３７】
表４０Ａの続き
【表２７９】
2005508604.tif 000280
【０５３８】
上記タンパク質配列の配列比較により、表４０Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表２８０】
2005508604.tif 000281
【０５３９】
ＮＯＶ４０ａタンパク質のさらなる解析により、表４０Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表２８１】
2005508604.tif 000282
【０５４０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４０ａタンパク質の検索により、表４０Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２８２】
2005508604.tif 000283
【０５４１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４０ａタンパク質は、表４０ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２８３】
2005508604.tif 000284
【０５４２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４０ａタンパク質は表４０Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２８４】
2005508604.tif 000285
【０５４３】
実施例４１
ＮＯＶ４１クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４１Ａに示す。
【表２８５】
2005508604.tif 000286
【０５４４】
ＮＯＶ４１ａタンパク質のさらなる解析により、表４１Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２８６】
2005508604.tif 000287
【０５４５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４１ａタンパク質の検索により、表４１Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２８７】
2005508604.tif 000288
【０５４６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４１ａタンパク質は、表４１ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２８８】
2005508604.tif 000289
【０５４７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４１ａタンパク質は表４１Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表２８９】
2005508604.tif 000290
【０５４８】
実施例４２
ＮＯＶ４２クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４２Ａに示す。
【表２９０】
2005508604.tif 000291
【０５４９】
上記タンパク質配列の配列比較により、表４２Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表２９１】
2005508604.tif 000292
【０５５０】
ＮＯＶ４２ａタンパク質のさらなる解析により、表４２Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表２９２】
2005508604.tif 000293
【０５５１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４２ａタンパク質の検索により、表４２Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２９３】
2005508604.tif 000294
【０５５２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４２ａタンパク質は、表４２ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２９４】
2005508604.tif 000295
【０５５３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４２ａタンパク質は表４２Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表２９５】
2005508604.tif 000296
【０５５４】
実施例４３
ＮＯＶ４３クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４３Ａに示す。
【表２９６】
2005508604.tif 000297
【０５５５】
表４３Ａの続き
【表２９７】
2005508604.tif 000298
【０５５６】
表４３Ａの続き
【表２９８】
2005508604.tif 000299
【０５５７】
表４３Ａの続き
【表２９９】
2005508604.tif 000300
【０５５８】
上記タンパク質配列の配列比較により、表４３Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表３００】
2005508604.tif 000301
【０５５９】
ＮＯＶ４３ａタンパク質のさらなる解析により、表４３Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表３０１】
2005508604.tif 000302
【０５６０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４３ａタンパク質の検索により、表４３Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３０２】
2005508604.tif 000303
【０５６１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４２ａタンパク質は、表４３ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３０３】
2005508604.tif 000304
【０５６２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４３ａタンパク質は表４３Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表３０４】
2005508604.tif 000305
【０５６３】
実施例４４
ＮＯＶ４４クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４４Ａに示す。
【表３０５】
2005508604.tif 000306
【０５６４】
表４４Ａの続き
【表３０６】
2005508604.tif 000307
【０５６５】
表４４Ａの続き
【表３０７】
2005508604.tif 000308
【０５６６】
表４４Ａの続き
【表３０８】
2005508604.tif 000309
【０５６７】
上記タンパク質配列の配列比較により、表４４Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表３０９】
2005508604.tif 000310
【０５６８】
ＮＯＶ４４ａタンパク質のさらなる解析により、表４４Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表３１０】
2005508604.tif 000311
【０５６９】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４４ａタンパク質の検索により、表４４Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３１１】
2005508604.tif 000312
【０５７０】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４４ａタンパク質は、表４４ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３１２】
2005508604.tif 000313
【０５７１】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４４ａタンパク質は表４４Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表３１３】
2005508604.tif 000314
【０５７２】
実施例４５
ＮＯＶ４５クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４５Ａに示す。
【表３１４】
2005508604.tif 000315
【０５７３】
上記タンパク質配列の配列比較により、表４５Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表３１５】
2005508604.tif 000316
【０５７４】
ＮＯＶ４５ａタンパク質のさらなる解析により、表４５Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表３１６】
2005508604.tif 000317
【０５７５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４５ａタンパク質の検索により、表４５Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３１７】
2005508604.tif 000318
【０５７６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４５ａタンパク質は、表４５ＥのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３１８】
2005508604.tif 000319
【０５７７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４５ａタンパク質は表４５Ｆに示すドメインを含有すると予想された。
【表３１９】
2005508604.tif 000320
【０５７８】
実施例４６
ＮＯＶ４６クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４６Ａに示す。
【表３２０】
2005508604.tif 000321
【０５７９】
表４６Ａの続き
【表３２１】
2005508604.tif 000322
【０５８０】
ＮＯＶ４６ａタンパク質のさらなる解析により、表４６Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表３２２】
2005508604.tif 000323
【０５８１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４６ａタンパク質の検索により、表４６Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３２３】
2005508604.tif 000324
【０５８２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４６ａタンパク質は、表４６ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３２４】
2005508604.tif 000325
【０５８３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４６ａタンパク質は表４６Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表３２５】
2005508604.tif 000326
【０５８４】
実施例４７
ＮＯＶ４７クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４７Ａに示す。
【表３２６】
2005508604.tif 000327
【０５８５】
表４７Ａの続き
【表３２７】
2005508604.tif 000328
【０５８６】
ＮＯＶ４７ａタンパク質のさらなる解析により、表４７Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表３２８】
2005508604.tif 000329
【０５８７】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４７ａタンパク質の検索により、表４７Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３２９】
2005508604.tif 000330
【０５８８】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４７ａタンパク質は、表４７ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３３０】
2005508604.tif 000331
【０５８９】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４７ａタンパク質は表４７Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表３３１】
2005508604.tif 000332
【０５９０】
実施例４８
ＮＯＶ４８クローンを解析した。ヌクレオチドと予測されるポリペプチド配列を表４８Ａに示す。
【表３３２】
2005508604.tif 000333
【０５９１】
ＮＯＶ４８ａタンパク質のさらなる解析により、表４８Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表３３３】
2005508604.tif 000334
【０５９２】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４８ａタンパク質の検索により、表４８Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３３４】
2005508604.tif 000335
【０５９３】
公開配列データベースのＢＬＡＳＲＴ検索において、ＮＯＶ４８ａタンパク質は、表４８ＤのＢＬＡＳＲＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３３５】
2005508604.tif 000336
【０５９４】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４８ａタンパク質は表４８Ｅに示すドメインを含有すると予想された。
【表３３６】
2005508604.tif 000337
【０５９５】
実施例Ｂ：ＮＯＶＸクローンの同定
本発明で同定したＮＯＶＸ標的配列をエクソン結合方法に供し、配列を確認した。ＰＣＲプライマーは、順方向プライマーについては利用可能な最上流の配列から、そして逆方向プライマーについては利用可能な最下流の配列から出発することでデザインした。それぞれの場合において、特有なまたは高選択的などちらかである適当な配列に出会うまで、または逆方向プライマーの場合には停止コドンに到達するまで、それぞれの末端からコーディング配列に向かって内側に踏み込んで配列を検討した。そのようなプライマーを、全長ｃＤＮＡ、標的配列のＤＮＡまたはタンパク質配列の部分(一つまたはそれ以上のエクソン)に対するインシリコの予測に基づいて、または他の種からの緊密に類似したヒト配列に対する予測エクソンの翻訳した相同性によりデザインした。次いで、これらのプライマーを以下のヒトｃＤＮＡプールに基づいたＰＣＲ増幅において使用した：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全縁、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺臓、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、脳下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。
【０５９６】
通常は、得られた単位複製配列をゲル精製し、クローン化し、そして高度重複性に至るまでシークエンスした。エクソン結合から誘導したＰＣＲ産物を、InvitrogenのｐＣＲ２.１ベクターの中にクローン化した。得た細菌性クローンは、ｐＣＲ２.１ベクター中へクローン化した全オープンリーディングフレームをカバーする挿入断片を有する。すべてのクローンから得た配列を、それ自体と、CuraGen Corporationデータベース中の他のフラグメントと、および公的ＥＳＴと共に集合した。フラグメントおよびＥＳＴを、集合体の他の成分とのそれらの同一性の程度が少なくとも９５％で５０ｂｐ以上であったとき、集合体の成分として含んだ。加えて、配列トレースを手動で評価し、妥当であれば訂正のため編集した。これらの手順が本明細書において報告する配列を提供する。
【０５９７】
実施例Ｃ：種々の細胞および組織におけるクローンの定量的発現分析
種々の正常および病変由来の細胞、細胞株、および組織からのＲＮＡ試料を含むマイクロタイタープレートを用い、リアルタイム定量的ＰＣＲ(ＲＴＱ  ＰＣＲ)を用いて、種々のクローンの定量的な発現を評価した。ＲＴＱ  ＰＣＲは、Applied Biosystems ABI PRISM [登録商標] 7700 またはABI PRISM [登録商標] 7900 HT Sequence Detection System上で実施された。種々の収集試料をプレート上で集め、パネル１(正常組織およびがん細胞株を含有する)、パネル２(正常およびがん起源の組織由来の試料を含有する)、パネル３(がん細胞株を含有する)、パネル４(正常組織からの細胞および細胞株ならびに炎症異常に関連する細胞を含有する)、パネル５Ｄ／５Ｉ(代謝性疾患を強調するヒト組織および細胞株を含有する)、ＡＩ_包括的_パネル(正常組織および自己免疫疾患からの試料を含有する)、パネルＣＮＳＤ.０１(正常および疾患脳からの中枢神経系試料を含有する)、ならびにＣＮＳ_神経変性_パネル(正常およびアルツハイマー病の脳からの試料を含有する)と示す。
【０５９８】
２８Ｓおよび１８ＳリボソームＲＮＡ染色強度比を指針(２：１〜２.５：１  ２８ｓ：１８ｓ)として用いるアガロースゲル電気泳動図および分解生成物を示唆するであろう低分子量ＲＮＡの不在の目視査定によって、すべての試料からのＲＮＡの完全性を品質制御する。単一エクソンの区間に渡って増幅するようにデザインされたプローブおよびプライマーのセットを用い、逆転写酵素の不在下で行われるＲＴＱ  ＰＣＲ反応によりゲノムＤＮＡ汚染に対して、試料を制御する。
【０５９９】
最初に、ＲＮＡ試料を、構成的に発現される遺伝子(例えば、β−アクチンおよびＧＡＰＤＨ)のような参照核酸へ規格化した。規格化されたＲＮＡ(５μｌ)をｃＤＮＡに変換して、製造元の指示にしたがって、One Step RT-PCR Master Mix Reagents (Applied Biosystems; Catalog No. 4309169)および遺伝子−特異的プライマーを用いるＲＴＱ  ＰＣＲにより分析した。
【０６００】
他の場合では、規格化されていないＲＮＡ試料を、製造元の指示にしたがって、Superscript II (Invitrogen Corporation; Catalog No. 18064-147)および無秩序な６量体を用いて、単鎖ｃＤＮＡ(ｓｓｃＤＮＡ)に変換した。１０μｇまでの全ＲＮＡを含む反応を２０μｌの容積で実施し、４２℃で６０分間インキュベートした。この反応は、１００μｌの最終容積で５０μｇの全ＲＮＡにまでスケールを拡大し得る。次いで、ｓｓｃＤＮＡ試料を、製造元の指示にしたがって、1X TaqMan [登録商標] Universal Master mix (Applied Biosystems; catalog No. 4324020)を用いて、先に記載したように参照核酸へ規格化する。
【０６０１】
プローブおよびプライマーを、Applied Biosystems Primer Express Software package (Apple Computer's Macintosh Power PC用１版)または標的配列を入力として用いる類似のアルゴリズムにしたがって、それぞれのアッセイに対してデザインした。反応条件に対してデフォルト設定を使用し、以下のパラメーターを設定し、プライマーを選択した：プライマー濃度＝２５０ｎＭ、プライマー融解温度(Ｔｍ)範囲＝５８°〜６０℃、プライマー最適Ｔｍ＝５９℃、最大プライマー差＝２℃、プローブは５´Ｇを持たない、プローブＴｍはプライマーＴｍよりも１０℃大きくなければならない、アンプリコン(増幅産物)のサイズは７５ｂｐ〜１００ｂｐ。選択されたプローブおよびプライマー(下を参照)は、Synthegen (Houston, TX, USA)により合成された。プローブをＨＰＬＣで二回精製して未カップリングの染料を除去し、質量分析法により評価して、レポーターおよび消光剤の染料がプローブのそれぞれ５'および３'末端にカップリングしていることを立証した。それらの最終濃度は、順方向および逆方向プライマーでそれぞれ９００ｎＭ、ならびにプローブで２００ｎＭであった。
【０６０２】
ＰＣＲ条件：ＲＮＡ試料で作業するとき、それぞれの組織およびそれぞれの細胞株からの規格化されたＲＮＡを、９６穴または３８４穴のＰＣＲプレート(Applied Biosystems)のいずれか一方のそれぞれの穴の中にスポットした。ＰＣＲカクテルには、単一の遺伝子特異的プローブとプライマーのセットまたは二つの多重プローブとプライマーのセット(標的クローンに特異的なセットおよび標的プローブによって多重化されているもう一つの遺伝子特異的なセット)のどちらかが含まれる。製造元の指示にしたがい、TaqMan [登録商標] One-Step RT-PCR Master Mix (Applied Biosystems; Catalog No. 4313803)を用いて、ＰＣＲ反応をセットアップした。逆転写を、４８℃で３０分間実施し、引き続いて以下のように増幅／ＰＣＲサイクルを実施した：９５℃で１０分、次いで９５℃で１５秒間、６０℃で１分間の４０サイクル。結果をｌｏｇ尺度を用いてＣＴ値(与えられた試料が蛍光の閾値をクロスするサイクル)として記録し、与えられた試料と２のデルタＣＴ乗として表わされる最低ＣＴ値を有する試料との間のＲＮＡ濃度の差とした。次いで、百分率相対発現は、このＲＮＡ差の逆数を取り１００倍することによって得られる。
【０６０３】
ｓｓｃＤＮＡ試料で作業するときは、先にＲＮＡ試料について記載したように、規格化したｓｓｃＤＮＡを用いた。製造元の指示にしたがって、1X TaqMan [登録商標] Universal Master mix (Applied Biosystems; catalog No. 4324020)を用いて、一つまたは二つのセットのプローブとプライマーを含むＰＣＲ反応をセットアップした。ＰＣＲ増幅を以下のように実施した：９５℃で１０分、次いで９５℃で１５秒間、６０℃で１分間の４０サイクル。結果を分析し、先に説明したように処理した。
【０６０４】
パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄ
パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄのためのプレートは、２個の対照穴(ゲノムＤＮＡ対照および化学対照)ならびに種々の試料からのｃＤＮＡを含有する９４穴を含む。これらのパネルにおける試料は、二つのクラス：培養細胞株由来の試料および一次正常組織由来の試料、に区分される。細胞株は、以下のタイプのがんに由来する：肺がん、乳がん、悪性黒色腫、結腸がん、前立腺がん、ＣＮＳがん、扁平上皮細胞がん腫、卵巣がん、肝臓がん、腎臓がん、胃がんおよび膵臓がん。これらのパネルで用いられる細胞株は、培養細胞株のための保管所の、the American Type Culture Collection (ＡＴＣＣ)を通じて広く入手でき、そしてＡＴＣＣにより推奨された条件を用いて培養された。これらのパネルで見られる正常組織は、単一の成人個体または胎児のすべての主要器官系に由来する試料から成っている。これらの試料は以下の器官に由来する：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺臓、胎児肺臓、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、脳下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。
【０６０５】
パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄについての結果では、以下の略語を用いる。
ｃａ．：がん腫
＊：転移から確立される
ｍｅｔ：転移
ｓ  ｃｅｌｌ  ｖａｒ：小細胞変異体
ｎｏｎ−ｓ＝ｎｏｎ−ｓｍ：小さくない
ｓｑｕａｍ：扁平
pl.eff＝pl  effusion：胸膜浸出液
ｇｌｉｏ：神経膠腫
ａｓｔｒｏ：星状神経膠腫
ｎｅｕｒｏ：神経芽細胞腫
【０６０６】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１.４
パネル１.４のためのプレートは、２個の対照穴(ゲノムＤＮＡ対照および化学対照)ならびに種々の試料からのｃＤＮＡを含有する９４穴を含む。パネル１.４における試料は、二つのクラス：培養細胞株由来の試料および一次正常組織由来の試料、に分けられる。細胞株は、以下の型のがんに由来する：肺がん、乳がん、悪性黒色腫、結腸がん、前立腺がん、ＣＮＳがん、扁平上皮細胞がん腫、卵巣がん、肝臓がん、腎臓がん、胃がんおよび膵臓がん。パネル１.４で用いられる細胞株は、培養細胞株のための保管所の、the American Type Culture Collection (ＡＴＣＣ)を通じて広く入手でき、ＡＴＣＣにより推奨された条件を用いて培養した。パネル１.４で見られる正常組織は、２〜５人の種々の成人個体または胎児のすべての主要器官系に由来する試料プールから成っている。これらの試料は以下の器官に由来する：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺臓、胎児肺臓、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、脳下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。略語は、パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄについて記載された通りである。
【０６０７】
パネル２Ｄおよび２.２
パネル２Ｄおよび２.２のためのプレートは、一般的に２個の対照穴およびthe National Cancer Institute's Cooperative Human Tissue Network (ＣＨＴＮ)またはthe National Disease Research Initiative (ＮＤＲＩ)と密接に協力して働く外科医によって調達されたヒト組織から単離されたＲＮＡまたはｃＤＮＡから成る９４個の試験試料を含む。組織はヒト悪性腫瘍に由来し、指示された場合には、多くの悪性腫瘍組織は、腫瘍の直ぐ横に隣接した非がん性組織から得られる「対応辺縁」を有する。これらを正常隣接組織と呼称し、以下の結果では「ＮＡＴ」と表す。腫瘍組織および「対応辺縁」は、二人の独立した病理学者(外科病理学者さらにＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者)により評価される。この分析は、腫瘍分化のグレードの組織病理学的評価を提供する。さらに、大部分の試料は、患者の臨床段階に関する情報を提供するところの外科病理学的報告原本を含む。これらのマッチド周縁は、手術領域を取り囲む組織(即ち、直接隣接部)から取られる(表ＲＲでは、正常隣接組織の場合「ＮＡＴ」と表記される)。加えて、ＲＮＡおよびｃＤＮＡ試料は、高齢者または突然死犠牲者(事故、など)で実施された剖検由来の種々のヒト組織から得られた。これらの組織は無疾患であることが確認されており、Clontech (Palo Alto, CA)、Research GeneticsおよびInvitrogenのような種々の商業的供給者から購入された。
【０６０８】
パネル３Ｄ
パネル３Ｄのプレートは、９４個のｃＤＮＡ試料および２個の対照試料から成る。特に、これらの試料のうち９２個は培養ヒトがん細胞株由来であり、２個のヒト一次小脳組織の試料、および２個の対照である。ヒト細胞株は、一般的にＡＴＣＣ(American Type Culture Collection)、ＮＣＩまたはドイツがん細胞バンクから得られ、以下の組織群に入る：舌の扁平上皮細胞がん腫、乳がん、前立腺がん、悪性黒色腫、類表皮がん腫、肉腫、膀胱がん腫、膵臓がん、腎臓がん、白血病／リンパ腫、卵巣／子宮／子宮頚部、胃、結腸、肺およびＣＮＳがん細胞株。加えて、２個の独立した小脳の試料がある。これらの細胞をすべて標準的な推奨された条件下で培養し、ＲＮＡを標準的な手法を用いて抽出する。パネル３Ｄおよび１.３Ｄにおける細胞株は、科学的な文献で用いられる最も普通の細胞株である。
【０６０９】
パネル４Ｄ、４Ｒ、および４.１Ｄ
パネル４は、炎症疾患に関連する種々のヒト細胞株または組織から単離されたＲＮＡ(パネル４Ｒ)またはｃＤＮＡ(パネル４Ｄ／４.１Ｄ)から成る、９６穴プレート(２個の対照穴、９４個の試験試料)上の試料を含む。結腸および肺(Stratagene, La Jolla, CA)ならびに胸腺および腎臓(Clonetech)のような対照正常組織からの全体のＲＮＡを使用した。肝硬変患者の肝臓組織およびエリトマトーデス患者の腎臓からの全体のＲＮＡは、BioChain (Biochain Institute, Inc., Hayward, CA)から入手された。クローン病および潰瘍性大腸炎を持つと診断された患者からのＲＮＡ標本用の腸組織は、the National Disease Research Interchange (ＮＤＲＩ) (Philadelphia, PA)から入手された。
【０６１０】
星状膠細胞、肺線維芽細胞、皮膚線維芽細胞、冠動脈平滑筋細胞、小気道上皮、気管支上皮、微小血管皮膚内皮細胞、微小血管肺内皮細胞、ヒト肺動脈内皮細胞、ヒト臍帯静脈内皮細胞は、すべてClonetics (Walkersville, MD)から購入され、これらの細胞タイプのためにCloneticsから供給された培地中で発育させた。これらの一次細胞タイプを、指示されたとおり、６時間および／または１２〜１４時間、種々のサイトカインまたはサイトカインの組合せで活性化した。以下のサイトカインが用いられた：凡そ１〜５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１ベータ、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦアルファ、凡そ２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮガンマ、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３。時には内皮細胞を、０.１％血清を有するCloneticsからの基本培地中での培養により種々の時間絶食させた。
【０６１１】
単核細胞を、CuraGen Corporationの従業員の血液からFicollを用いて調製した。これらの細胞から、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco/Life Technologies, Rockville, MD)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびインターロイキン２中で４〜６日間での培養によってＬＡＫ細胞を調製した。次いで、細胞を、１０〜２０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１〜２μｇ／ｍｌのイオノマイシン、５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２、２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮガンマならびに５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１８のいずれかで６時間活性化した。或る場合には、単核細胞を４〜５日間、凡そ５μｇ／ｍｌのＰＨＡ(フィトヘマグルチニン)またはＰＷＭ(アメリカヤマゴボウマイトジェン)と共に、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中で培養した。試料をＲＮＡ調製のために２４、４８および７２時間で採取した。ＭＬＲ(混合リンパ球反応)試料は、二人のドナーから血液を採取し、Ficollを用いて単核細胞を単離し、そして単離された単核細胞を１：１で、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール(５.５×１０−５Ｍ)(Gibco)、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中で凡そ２×１０６細胞／ｍｌの最終濃度で混合することによって、得られた。ＭＬＲを培養し、そしてＲＮＡ調製のために試料を１〜７日の範囲にわたる種々の時点で採取した。
【０６１２】
単核細胞から、製造元の指示にしたがってＣＤ１４Miltenyi Beads、正ｖｅＶＳ選択カラムおよびVario Magnetを用いて、単球を単離した。単球を、ＤＭＥＭ５％ウシ胎仔血清(ＦＣＳ)(Hyclone, Logen, UT)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)、５０ｎｇ／ｍｌ ＧＭＣＳＦおよび５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−４中で５〜７日間での培養によって樹状細胞に分化させた。単球をＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)および１０％ＡＢヒト血清または凡そ５０ｎｇ／ｍｌのＭＣＳＦ中で５〜７日間での培養によって、マクロファージを調製した。単球、マクロファージおよび樹状細胞を、１００ｎｇ／ｍｌのリポ多糖(ＬＰＳ)で６時間および１２〜１４時間刺激した。樹状細胞をまた、１０μｇ／ｍｌの抗−ＣＤ４０モノクローナル抗体で６時間および１２〜１４時間刺激した。
【０６１３】
単核細胞から、製造元の指示にしたがってＣＤ４、ＣＤ８およびＣＤ５６  Miltenyi Beads、正ＶＳ選択カラムならびにVario Magnetを用いて、ＣＤ４リンパ球、ＣＤ８リンパ球およびＮＫ細胞をまた単離した。ＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４およびＣＤ１９Miltenyi Beadsならびに正の選択を用いて、単核細胞からＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４およびＣＤ１９細胞を除去することによって、ＣＤ４５ＲＡおよびＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を単離した。次いで、ＣＤ４５ＲＯビーズを用いてＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を単離すると、残存する細胞はＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４リンパ球であった。ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４およびＣＤ８リンパ球を、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)の中に入れて、１０６細胞／ｍｌで、ＰＢＳ中の０.５μｇ／ｍｌ抗−ＣＤ２８ (Pharmingen)および３μｇ／ｍｌ抗−ＣＤ３(ＯＫＴ３、ＡＴＣＣ)で終夜コーティングされたFalcon ６穴組織培養プレート上へ平板培養した。６および２４時間後に、ＲＮＡ調製のため細胞を集めた。慢性的に活性化されたＣＤ８リンパ球を調製するために、我々は単離されたＣＤ８リンパ球を抗−ＣＤ２８および抗−ＣＤ３でコーティングされたプレート上で４日間活性化し、次いで細胞を集め、それらをＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２中で増殖させた。次いで、増殖したＣＤ８細胞を、プレートに結合された抗−ＣＤ３および抗−ＣＤ２８で４日間再び活性化し、前記のように増殖した。第二の活性化後６および２４時間ならびに第二の拡大培養４日後にＲＮＡを単離した。単離されたＮＫ細胞を、ＲＮＡの調製前の４〜６日間に、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２中で培養した。
【０６１４】
Ｂ細胞を得るために、扁桃腺をＮＤＲＩから取得した。扁桃腺を無菌解剖ハサミで切り裂き、次いで篩いに通過させた。次いで、扁桃腺細胞を遠心沈殿し、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中に、１０６細胞／ｍｌで再懸濁した。細胞を活性化させるために、我々は５μｇ／ｍｌのＰＷＭまたは凡そ１０μｇ／ｍｌの抗−ＣＤ４０(Pharmingen)および５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４を用いた。ＲＮＡ調製のために、細胞を２４、４８および７２時間にて収穫した。
【０６１５】
一次および二次のＴｈ１／Ｔｈ２およびＴｒ１細胞を調製するために、６−穴Falconプレートを１０μｇ／ｍｌ抗−ＣＤ２８(Pharmingen)および２μｇ／ｍｌ  ＯＫＴ３(ＡＴＣＣ)で終夜コーティングして、次いでＰＢＳで二回洗浄した。臍帯血ＣＤ４リンパ球(Poietic Systems, German Town, MD)を、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２(４ｎｇ／ｍｌ)中に、１０５〜１０６細胞／ｍｌで培養した。Ｔｈ１に対してはＩＬ−１２(５ｎｇ／ｍｌ)および抗−ＩＬ４(１μｇ／ｍｌ)を用いた一方で、Ｔｈ２に対してはＩＬ−４(５ｎｇ／ｍｌ)および抗−ＩＦＮガンマ(１μｇ／ｍｌ)を用い、そしてＴｒ１に対しては５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１０を用いた。４〜５日後、活性化したＴｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１のリンパ球をＤＭＥＭ中で一回洗浄し、そしてＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２(１ｎｇ／ｍｌ)中で４〜７日間培養した。これに続いて、活性化したＴｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１のリンパ球を、抗−ＣＤ２８／ＯＫＴ３および上記のようなサイトカインで、ただしアポトーシスを阻止するために抗−ＣＤ９５Ｌ(１μｇ／ｍｌ)を加えて、５日間再刺激した。４〜５日後、Ｔｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１のリンパ球を洗浄し、次いでＩＬ−２で４〜７日間再び培養した。活性化Ｔｈ１およびＴｈ２のリンパ球を、最大３サイクルの間このように維持した。一次および二次のＴｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１から、プレートに結合された抗−ＣＤ３および抗−ＣＤ２８ｍＡｂによる第二および第三活性化の後６および２４時間後、ならびにインターロイキン２中での第二および第三の拡大培養開始から４日後に、ＲＮＡを調製した。
【０６１６】
ＡＴＣＣから以下の白血球細胞株を入手した：Ｒａｍｏｓ、ＥＯＬ−１、ＫＵ−８１２。ＥＯＬ細胞を、０.１ｍＭ  ｄｂｃＡＭＰ中に５×１０５細胞／ｍｌで三日毎に培地を交換し、かつ細胞濃度を５×１０５細胞／ｍｌに調整しながら、８日間での培養によって、さらに分化させた。これらの細胞を培養するために、我々は、５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)を添加して、ＤＭＥＭまたはＲＰＭＩ(ＡＴＣＣによって推奨されたように)を用いた。ＲＮＡを、休眠細胞または１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１μｇ／ｍｌのイオノマイシンで６および１４時間活性化した細胞のいずれかから、調製した。角化細胞株ＣＣＤ１０６および気道上皮腫瘍株ＮＣＩ−Ｈ２９２をまた、ＡＴＣＣから取得した。両方を、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、および１０ｍＭ  Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中で培養した。ＣＣＤ１１０６細胞を凡そ５ｎｇ／ｍｌ  ＴＮＦアルファおよび１ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−１ベータで６および１４時間活性化する一方で、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を以下のサイトカインで６および１４時間活性化した：５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−４、５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−９、５ｎｇ／ｍｌ  ＩＬ−１３および２７ｎｇ／ｍｌ  ＩＦＮガンマ。
【０６１７】
これらの細胞株および血液細胞については、Trizol (Gibco BRL)を用い凡そ１０７細胞／ｍｌを溶解してＲＮＡを調製した。手短に言えば、１／１０容量のブロモクロロプロパン(Molecular Research Corporation)をＲＮＡ試料に加え、ボルテックスし、室温にて１０分後に管をSorvall SS34回転器中で１４,０００ｒｐｍで遠心した。水相を除去し、１５ｍｌのFalcon Tubeの中に入れた。等容積のイソプロパノールを加えて、−２０℃で終夜放置した。沈殿したＲＮＡをSorvall SS34回転器中、９,０００ｒｐｍで、１５分間、遠心沈殿し、７０％エタノール中で洗浄した。ペレットをＲＮアーゼの無い水３００μｌに再溶解させ、緩衝液(Promega) ３５μｌ、ＤＴＴ５μｌ、ＲＮＡｓｉｎ７μｌおよびＤＮアーゼ８μｌを加えた。管を３７℃で３０分間インキュベートし、汚染しているゲノムＤＮＡを除去し、フェノール／クロロホルムで一回抽出し、１／１０容積の３Ｍ酢酸ナトリウムおよび２容積の１００％エタノールで再沈殿した。ＲＮＡを遠心沈殿し、ＲＮアーゼの無い水中に入れた。ＲＮＡを−８０℃で保存した。
【０６１８】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１.０
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１.０のためのプレートは、Backus HospitalおよびClinomics (Frederick, MD)から取得した手術および検死ヒト組織から単離されたｃＤＮＡから成る２個の対照穴および８９個の試験試料を含む。Backus Hospitalからの組織試料から、全ＲＮＡをCuraGenの施設で抽出した。他の組織からの全ＲＮＡは、Clinomicsから取得した。
【０６１９】
滑液、滑膜、骨および軟骨を含む関節組織を、Backus Hospitalで全膝または臀部置換手術を行った患者から取得した。直ぐ後で、組織試料を液体窒素中で素早く凍結し、単離されたＲＮＡが最適な品質であり分解していないことを保証した。変形性関節炎および慢性関節リウマチの関節組織のさらに別の試料を、Clinomicsから取得した。正常な対照組織はClinomicsから供給され、そして外傷犠牲者の剖検の間に取得された。
【０６２０】
乾癬組織および隣接のマッチド組織の手術標本は、全ＲＮＡとしてClinomicsから取得した。二人の男性および二人の女性患者を年齢２５歳から４７歳から選択した。いずれの患者も、試料が単離されたときには、処方薬剤を服用していなかった。
【０６２１】
潰瘍性大腸炎およびクローン病を持つ患者からの疾患結腸ならびに隣接のマッチド組織の手術標本は、Clinomicsから取得した。年齢４１〜６９歳の間の三人の女性および三人の男性のクローン病患者からの腸組織を用いた。二人の患者は処方医薬品を受けていなかった一方で、他はデキサメタゾン、フェノバルビタールまたはタイレノールを服用していた。潰瘍性大腸炎組織は、三人の男性および四人の女性患者からのものであった。患者のうち四人はレブビドを服用し、二人はフェノバルビタールを受けてい
た。
【０６２２】
無疾患または肺気腫、喘息またはＣＯＰＤを持つ外傷被害者の検死肺組織からの全ＲＮＡを、Clinomicsから購入した。年齢４０〜７０歳の範囲にわたる肺気腫患者は、すべて喫煙者であって、この年齢範囲は、タバコ関連の肺気腫を持つ患者に焦点を当てかつアルファ−１抗−トリプシン欠乏症を持つそれらの患者を除外するために、選択された。喘息患者は、年齢３６〜７５歳の範囲にわたり、そしてＣＯＰＤを持つ可能性のあるそれらの患者を阻止するために喫煙者を除外した。ＣＯＰＤ患者は、年齢３５〜８０歳の範囲にわたり、喫煙者および非喫煙者の両方を含んでいた。大部分の患者は、コルチコステロイドおよび気管支拡張剤を服用していた。
【０６２３】
ＡＩ_包括的_パネル_V１.０パネルの中の組織を同定するために使用するラベルの中で、以下の略語を用いる。
ＡＩ：  自己免疫
Ｓｙｎ：  滑液
Normal：  明白な疾患なし
Ｒｅｐ２２／Ｒｅｐ２０：個別の患者
ＲＡ：  慢性関節リウマチ
Backus：  Backus Hospitalから
ＯＡ：  変形性関節炎
(ＳＳ)(ＢＡ)(ＭＦ)：個別のの患者
Ａｄｊ：隣接組織
Match control：隣接組織
−Ｍ：  男性
−Ｆ：  女性
ＣＯＰＤ：  慢性閉塞性肺疾患
【０６２４】
パネル５Ｄおよび５Ｉ
パネル５Ｄおよび５Ｉのためのプレートは、２個の対照穴および代謝性疾患を強調するヒト組織および細胞株から単離された種々のｃＤＮＡを含む。代謝組織を、Gestational Diabetes(妊娠性糖尿病)研究に登録された患者から取得した。ヒト間葉幹細胞からの脂肪細胞の分化の種々の段階中で、細胞を取得した。また、ヒト膵臓島細胞も取得した。
【０６２５】
Gestational Diabetes(妊娠性糖尿病)研究では対象は、若くて(１８〜４０歳)、日常的な(選択的)帝王切開術を行う妊娠性糖尿病の有無以外は健康な婦人である。幼児出産後、外科的切開が修復／縫合されているとき、産科医がそれぞれの外科的レベルの縫合中に露出された代謝組織の小量の試料(＜１ｃｃ)を摘出した。生検物質は、無菌生理食塩液ですすぎ洗いされ、水分を吸取り、摘出時から５分以内に迅速凍結された。次いで、組織は液体窒素中で急速冷凍され、個別に無菌のねじ蓋管に入れられて保存され、CuraGenへの輸送のためにまたは採取されるまでドライアイス上に置かれた。興味のある代謝組織としては、子宮壁(平滑筋)、内臓脂肪、骨格筋(直筋)および皮下脂肪が挙げられる。患者の説明は以下の通りである。
患者２        糖尿病ラテンアメリカ系、過体重、インスリン非服用
患者７〜９    非糖尿病白人系で肥満(ＢＭＩ＞３０)
患者１０      糖尿病ラテンアメリカ系、過体重、インスリン服用
患者１１      非糖尿病アフリカ系米国人で過体重
患者１２      インスリン服用の糖尿病ラテンアメリカ系
【０６２６】
脂肪細胞の分化を、二つの複製のみを有するところのドナー３Ｕを除き、Osirus(Clonetics/Bio Whittakerの一部門)から３部で得られたドナー前駆細胞中で誘導した。Cloneticsの科学者は、CuraGenのためにヒト間葉幹細胞(ＨｕＭＳＣ)を、Mark F. Pittenger, et al., Multilineage Potential of Adult Human Mesenchymal Stem Cells Science Apr 2 1999: 143-147に見られる公開されたプロトコルに基づいて単離し、成長させ、分化させた。Cloneticsから、ｍＲＮＡの単離およびｄｓ  ｃＤＮＡの生産に適するTrizol溶解物または凍結ペレットを得た。それぞれのドナーの一般的説明は、以下の通りである。
ドナー２および３Ｕ：  間葉幹細胞、未分化脂肪
ドナー２および３ＡＭ：  脂肪、中途分化脂肪
ドナー２および３ＡＤ：  脂肪、分化脂肪
【０６２７】
ヒト細胞株は、一般的にＡＴＣＣ(American Type Culture Collection)、ＮＣＩまたはドイツがん細胞バンクから得られ、以下の組織群に入る：近位曲尿細管、子宮平滑筋細胞、小腸、肝臓ＨｅｐＧ２がん細胞、心臓一次間質細胞および副腎皮質腺腫細胞。これらの細胞をすべて標準的な推奨された条件下で培養し、ＲＮＡを標準的な手順を用いて抽出した。すべての試料をCuraGenで加工して、単鎖ｃＤＮＡを生産した。
【０６２８】
パネル５Ｉは、先に記載したすべての試料にDiabetic Research Institute at the University of Miami School of Medicineから取得した、５８歳女性患者からの膵島の追加を含む。膵島組織は外部業者で全ＲＮＡに加工されて、パネル５Ｉに加えるためにCuraGenに運ばれた。
【０６２９】
５Ｄおよび５Ｉパネル中の組織を確認するために使用されるラベルでは、以下の略語を用いる：
ＧＯ Adipose：  大網膜脂肪
ＳＫ：  骨格筋
ＵＴ：  子宮
ＰＬ：  胎盤
ＡＤ：  分化脂肪
ＡＭ：  中途分化脂肪
Ｕ：  未分化幹細胞
【０６３０】
パネルＣＮＳＤ.０１
パネルＣＮＳＤ.０１のためのプレートは、２個の対照穴とthe Harvard Brain Tissue Resource Centerから取得した検死ヒト脳組織から単離されたｃＤＮＡから成る９４個の試験試料を含む。脳を、死後４〜２４時間の間のドナーの頭蓋冠から取り出し、神経解剖学者が切片にし、液体窒素蒸気中−８０℃で凍結した。神経病理学者がすべての脳を切片にし、検査して、明確な関連する神経病理学で診断を確認する。
【０６３１】
疾患診断は患者記録からを取られる。パネルは以下の診断のそれぞれからの二つの脳を含む：アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティントン病、進行性核上性麻痺、抑鬱、および「正常対照」。これらのそれぞれの脳内で、以下の領域が提示される：帯状回、側頭極、淡蒼球、黒質、Brodman４野(一次運動野)、Brodman７野(頭頂皮質)、Brodman９野(前前頭皮質)およびBrodman１７野(後頭皮質)。すべての場合において、脳領域のすべては提示されていない；例えば、ハンティントン病は、部分的に淡蒼球における神経変性を特徴とし、かくしてこの領域は確認されたハンティントン病の症例から取得することは不可能である。同じくパーキンソン病は、黒質の変性を特徴とし、この領域を取得するのをさらに困難にしている。正常対照脳の神経病理学検査を行い、神経変性と一致するいかなる病理もないことを見い出した。
【０６３２】
ＣＮＳパネル中の組織を確認するために使用するラベルでは、以下の略語を用いる。
ＰＳＰ：  進行性核上麻痺
Sub Nigra：  黒質
Glob Palladus：  淡蒼球
Temp Pole：  側頭極
Cing Gyr：  帯状回
ＢＡ４：  Brodman４野
【０６３３】
パネルＣＮＳ_神経変性_Ｖ１.０
パネルＣＮＳ_神経変性_Ｖ１.０のためのプレートは、２個の対照穴とthe Harvard Brain Tissue Resource Center (McLean Hospital)およびthe Human Brain and Spinal Fluid Resource Center (VA Greater Los Angeles Healthcare System)から取得した検死ヒト脳組織から単離したｃＤＮＡから成る４７個の試験試料を含む。脳を、死後４〜２４時間の間のドナーの頭蓋冠から取り出し、神経解剖学者が切片にし、液体窒素蒸気中−８０℃で凍結した。神経病理学者がすべての脳を切片にし、検査して明確な関連する神経病理学で診断を確認する。
【０６３４】
疾患診断は患者記録からを取られる。パネルは、アルツハイマー病(ＡＤ)疾患からの６個の脳および死亡前に痴呆の形跡を示さなかったところの「正常対照」からの８個の脳を含む。８個の正常対照脳は、二種の範疇に区分される：痴呆およびアルツハイマー様病理(対照)を持たない対照ならびに痴呆を持たないが重症アルツハイマー様病理、(特に０〜３の尺度でレベル３として評価される老人斑負荷；０＝斑形跡なし、３＝重症ＡＤ老人斑負荷)、の証拠を持つ対照。これらのそれぞれの脳内で、以下の領域が提示される：海馬、側頭皮質(Brodman２１野)、頭頂皮質(Brodman７野)および後頭皮質(Brodman１７野)。これらの領域は、ＡＤにおける全てのレベルを包含するために選択された。海馬はＡＤにおける初期および重症神経損失の領域であり；側頭皮質は海馬の後でＡＤにおいて神経変性を呈すと知られており；頭頂皮質は病気の後期段階で中程度の神経死を呈し；後頭皮質はＡＤにおいて生き長らえ、それ故にＡＤ患者内で「対照」領域として働く。すべての場合において、脳領域のすべては提示されていない。
【０６３５】
ＣＮＳ_神経変性_Ｖ１.０パネル中の組織を確認するために使用するラベルでは、以下の略語を用いる。
ＡＤ：  アルツハイマー病脳；患者は痴呆になり、剖検でＡＤ様病理を呈した。
Control：  対照脳；痴呆でない患者、神経病理を呈さない
Control(Path)：  対照脳；痴呆ではないが重症ＡＤ様病理を呈する患者
Sup  Temporal  Ctx：上側頭皮質
Inf  Temporal  Ctx：下側頭皮質
【０６３６】
Ａ．ＮＯＶ１ａ（ＣＧ５８５４６−０１：アドリカン）
表ＡＡ、ＡＢおよびＡＣに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ２９３３、Ａｇ３３７０およびＡｇ３８３７を用いて、遺伝子ＣＧ５８５４６−０１の発現を評価した。
【０６３７】
【表３３７】
2005508604.tif 000338
【０６３８】
【表３３８】
2005508604.tif 000339
【０６３９】
【表３３９】
2005508604.tif 000340
【０６４０】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ２９３３／Ａｇ３３７０  このパネルの全試料において、ＣＧ５８５４６−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０６４１】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３３７０／Ａｇ３８３７  アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【０６４２】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２９３３  このパネルの全試料において、ＣＧ５８５４６−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０６４３】
Ｂ．ＮＯＶ２ａおよびＮＯＶ２ｂ（ＣＧ５８５９８−０１およびＣＧ５８５９８−０２：脳特異的膜貫通タンパク質）
表ＢＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３８３を用いて、遺伝子ＣＧ５８５９８−０１およびＣＧ５８５９８−０２の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＢＢ、ＢＣおよびＢＤに示す。遺伝子配列の予測を確認しつつ、ＣＧ５８５９８−０２がＣＧ５８５９８−０１の物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【０６４４】
【表３４０】
2005508604.tif 000341
【０６４５】
【表３４１】
2005508604.tif 000342
【０６４６】
【表３４２】
2005508604.tif 000343
【０６４７】
表ＢＣの続き
【表３４３】
2005508604.tif 000344
【０６４８】
【表３４４】
2005508604.tif 000345
【０６４９】
表ＢＤの続き
【表３４５】
2005508604.tif 000346
【０６５０】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３３８３  このパネルでは、ＣＧ５８５９８−０１遺伝子が個々の独立グループの脳において低レベルで発現することを確認する。しかしながら、この遺伝子の特異な発現を、この実験のアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳間で検出しない。このパネルおよびパネル１．４両方におけるこの新規タンパク質の脳優先的な発現は、このタンパク質産物が神経性疾患の治療を目的とする薬であり得ることを示す。
【０６５１】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３３８３  ＣＧ５８５９８−０１遺伝子は、小脳での最高発現（ＣＴ＝３０．２）を伴って脳において優先的に発現する。パネルＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０を、中枢神経系での有用性の考察のために参照されたい。中枢神経系癌細胞株Ｕ８７−ＭＧにおいても発現（ＣＴ＝３１．１）するが、他のどの中枢神経系癌細胞株においては発現しない。それによって、この遺伝子の発現を、このパネルでＵ８７−ＭＧ細胞株と中枢神経系癌細胞株とを区別するのに用いる。
【０６５２】
加えて、この遺伝子は、腎臓癌細胞株および肺癌細胞株において低レベルから中程度のレベルで発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の試料間とを区別および癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子発現の治療的調節または機能が、これらの癌処置において効果的であり得る。
【０６５３】
パネル２．２概要：Ａｇ３３８３−  このパネルの全試料において、ＣＧ５８５９８−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０６５４】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３３８３−  このパネルの全試料において、ＣＧ５８５９８−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０６５５】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ３３８３  このパネルでは、ＣＧ５８５９８−０１遺伝子が脳において発現することを確認する。パネルＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０を中枢神経系における有用性の考察のために参照されたい。
【０６５６】
Ｃ．ＮＯＶ３ａ（ＣＧ５７８３３−０１： アミノ酸輸送体）
表ＣＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３４１を用いて、遺伝子ＣＧ５７８３３−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＣＢおよびＣＣに示す。
【０６５７】
【表３４６】
2005508604.tif 000347
【０６５８】
【表３４７】
2005508604.tif 000348
【０６５９】
表ＣＢの続き
【表３４８】
2005508604.tif 000349
【０６６０】
【表３４９】
2005508604.tif 000350
【０６６１】
表ＣＣの続き
【表３５０】
2005508604.tif 000351
【０６６２】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ３３４１  ＣＧ５７８３３−０１遺伝子は、アミノ酸輸送体ＨＮＡＴ３をコード化する。この遺伝子の組織分布は、肝臓試料におけるこの遺伝子の高発現（ＣＴ＝ ２８．２）という点で既に報告した結果（参考文献１）と類似する。この遺伝子の高発現を、胎児肝臓（ＣＴ＝２９）においても検出する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルの肝臓試料と他の試料とを区別するのに用いうる。加えて、この遺伝子活性またはタンパク質産物の、小分子薬、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療的調節は、肝硬変のような肝臓関係疾患の処置において有益であり得る。
【０６６３】
この遺伝子は、卵巣癌ＯＶＣＡＲ−５、大腸癌ＣａＣｏ−２、星細胞腫ＳＷ１７８３、神経膠腫／星細胞腫Ｕ−１１８−ＭＧおよび膵臓癌ＣＡＰＡＮ２細胞株においても低発現（ＣＴ＝３３−３４）する。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の、小分子薬、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療的調節は、肺癌または卵巣癌の処置において有益であり得る。
【０６６４】
この遺伝子は、骨格筋においても（ＣＴ＝２９．９）有意に発現する。興味深いことに、この遺伝子は、胎児骨格筋（ＣＴ＝３６．６）を対照として成人骨格筋で非常に高レベル（ＣＴ＝２９．９）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を胎児骨格筋と区別するのに用い得ることを示す。さらに、この遺伝子によりコード化するアミノ酸輸送体の治療的調節は、筋肉関係疾患の処置において有用であり得る。さらに特殊に、この遺伝子によりコード化するタンパク質での虚弱筋肉または傷害を受けた筋肉の処置は、筋肉塊または筋肉の機能を回復し得る。
【０６６５】
加えて、この遺伝子は、胎児の腎臓および膀胱（ＣＴ＝３１−３２）においても中程度のレベルで発現する。興味深いことに、この遺伝子は、成人腎臓（ＣＴ＝３５．５）を対照として胎児腎臓において非常に高レベル（ＣＴ＝３２）で発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、成人腎臓と胎児腎臓とを区別するのに用い得る。さらに、この遺伝子によりコード化するアミノ酸輸送体の治療的調節は、腎臓病の処置において有効であり得る。
【０６６６】
参考文献
1. Gu S, Adan-Rice D, Leach RJ, Jiang JX. (2001) A novel human amino acid transporter, hNAT3: cDNA cloning, chromosomal mapping, genomic structure, expression, and functional characterization. Genomics 74(3):262-72.
【０６６７】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３３４１  ＣＧ５７８３３−０１は、肝硬変試料において高発現（ＣＴ＝３１．３）する。この遺伝子によりコード化するアミノ酸輸送体は、肝臓内細胞を特異的な微小環境シグナルに潜在的に応答し得る。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質でデザインした治療法は、肝臓機能を潜在的に調節し得るし、肝硬変および線維症を含む肝臓に影響を及ぼす炎症性疾患または自己免疫疾患の同定および処置において潜在的に働き得る。
【０６６８】
この遺伝子を、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した胸腺、皮膚線維芽細胞、肺線維芽細胞、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞株および気管支内皮および細気管支内皮試料（ＣＴ＝３２−３４）において有意に発現する。興味深いことに、この遺伝子は、処置しない細胞（ＣＴ＝３７．９）を対照としてＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮において非常に高レベル（ＣＴ＝３３．４）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現をサイトカインで処置しない細気管支内皮とサイトカインで処置した細気管支内皮とを区別するのに用い得ることを示す。さらに、この遺伝子によりコード化するタンパク質の発現または活性の、小分子薬物療法の適応を通じた調節は、喘息、慢性閉塞性肺疾患、 乾癬および肺気腫の処置において有効であり得る。
【０６６９】
Ｄ．ＮＯＶ４ａ、ＮＯＶ４ｂおよびＮＯＶ４ｃ（ＣＧ５７８５３−０１、ＣＧ５７８５３−０２およびＣＧ５７８５３−０３：回腸ナトリウム／胆汁酸共輸送体）
表ＤＡおよびＤＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３５０およびＡｇ２８３８を用いて、遺伝子ＣＧ５７８５３−０１、ＣＧ５７８５３−０２およびＣＧ５７８５３−０３の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＤＣ、ＤＤおよびＤＥに示す。遺伝子配列の予測を確認しつつ、ＣＧ５７８５３−０３がＣＧ５７８５３−０１の物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【０６７０】
【表３５１】
2005508604.tif 000352
【０６７１】
【表３５２】
2005508604.tif 000353
【０６７２】
【表３５３】
2005508604.tif 000354
【０６７３】
【表３５４】
2005508604.tif 000355
【０６７４】
表ＤＤの続き
【表３５５】
2005508604.tif 000356
【０６７５】
【表３５６】
2005508604.tif 000357
【０６７６】
表ＤＥの続き
【表３５７】
2005508604.tif 000358
【０６７７】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３３５０  このパネルでは、ＣＧ５７８５３−０１遺伝子がアルツハイマー病において差がなく発現することを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳においてこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．４を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０６７８】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３３５０  ＣＧ５７８５３−０１遺伝子は、新規の回腸ナトリウム／胆汁酸共輸送体をコード化する。回腸のナトリウム依存胆汁酸輸送体は、大腸における胆汁酸レベルの調節および大腸における細胞障害性二次胆汁酸の蓄積を妨ぎつつ（参考文献１）、胆汁酸の吸収において働く。この遺伝子は、胃癌細胞株ＮＣＩ−Ｎ８７において高発現（ＣＴ＝２９．５）する。この遺伝子は、ＣＮＳ癌、大腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌および前立腺癌ならびに黒色腫においても有意に発現する。従って、この遺伝子の発現は、これらの癌の存在の診断マーカーとして用い得る。さらに、抗体または小分子薬を用いた治療的阻害は、これらの癌処置において有効であり得る。
【０６７９】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織間で、この遺伝子は、膵臓、脂肪、胎児骨格筋、心臓、胎児肝臓および消化管において中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療的調節は、腸管胆汁酸吸収不良（ＩＢＡＭ）、高トリグリセリド血症、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝に関係する疾患の処置における有効性を証明する。
【０６８０】
興味深いことに、この遺伝子は、成人肝臓（ＣＴ＝３６．５）を対照として胎児肝臓において非常に高レベル（ＣＴ＝３０．６）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を成人肝臓と胎児肝臓とを区別するのに用い得ることを示す。加えて、この遺伝子の発現の調節は、肝硬変および胆汁鬱帯のような肝臓関係疾患の処置において有効である。
【０６８１】
この遺伝子は、中枢神経系をはじめとする組織においても広範に発現する。これらの組織は、海馬、視床および小脳を含む。この輸送体遺伝子は、栄養分の取り込みにおいて、おそらく働く。この輸送体の遮断は、虚血性脳梗塞興奮毒性に帰すべき神経細胞の喪失を減少する。加えて、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働く。
【０６８２】
参考文献
1. Small DM. (1997) Point mutations in the ileal bile salt transporter cause leaks in the enterohepatic circulation leading to severe chronic diarrhea and malabsorption. J Clin Invest 99(8):1807-8 
2. Montagnani M, Love MW, Rossel P, Dawson PA, Qvist P. Absence of dysfunctional ileal sodium-bile acid cotransporter gene mutations in patients with adult-onset idiopathic bile acid malabsorption. Scand J Gastroenterol 2001 Oct;36(10):1077-80. 
3. Wang W, Xue S, Ingles SA, Chen Q, Diep AT, Frankl HD, Stolz A, Haile RW. An association between genetic polymorphisms in the ileal sodium-dependent bile acid transporter gene and the risk of colorectal adenomas. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2001 Sep;10(9):931-6. 
4. Duane WC, Hartich LA, Bartman AE, Ho SB. Diminished gene expression of ileal apical sodium bile acid transporter explains impaired absorption of bile acid in patients with hypertriglyceridemia. J Lipid Res 2000 Sep;41(9):1384-9.  
【０６８３】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２８３８  この一組のプライマーでの結果は、パネル１．４のＡｇ３３５０を用いて得た結果と非常に一致する。パネル１．４を考察のために参照されたい。
【０６８４】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３３５０  ＣＧ５７８５３−０１遺伝子は、胸腺組織における最高発現（ＣＴ＝２９．３）を伴い、このパネルの多くの試料において中程度のレベルから低レベルで発現する。この遺伝子は、健康および病気での免疫応答における重要な多くの細胞型において低レベルから中程度のレベルで発現する。これらの細胞は、肺および皮膚由来の上皮細胞型および線維芽細胞型、およびＴ細胞、Ｂ細胞、内皮細胞および末梢血単核球細胞、ならびに大腸、肺、胸腺および腎臓由来の正常組織ファミリーを含む。発現のこの偏在するパターンは、この遺伝子産物を、これらの細胞型および組織、および他の細胞型および組織に対するホメオスタシス過程において含むことを示す。このパターンは、一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４での発現特性と一致し、細胞生存および細胞増殖での遺伝子産物の働きも示す。それゆえ、遺伝子産物の機能的な治療での調節は、これらの細胞型と関係する機能を変化する可能性があり、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチ、および骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【０６８５】
興味深いことに、この遺伝子の高発現を、正常大腸（ＣＴ＝２９．５）において検出するが、この遺伝子の発現は、ＩＢＤ大腸炎 （ＣＴ＝３６．４）およびクローン病（ＣＴ＝３４．０）患者由来大腸試料では減少する。それゆえ、この遺伝子によりコード化する輸送体の活性の治療的調節は、炎症性腸疾患の処置において有効であり得る。
【０６８６】
加えて、この遺伝子の発現を、無処置のＰＢＭＣ細胞（ＣＴ＝３７．６）を対照として、ＰＷＭ／ＰＨＡ−Ｌで刺激したＰＢＭＣ（ＣＴ＝３２−３３．６）において上方制御する。従って、この遺伝子の発現を、活性型ＰＢＭＣ細胞に対するマーカーとして用い得る。
【０６８７】
Ｅ．ＮＯＶ５ａおよびＮＯＶ５ｂ（ＣＧ５７８２９−０１およびＣＧ５７８２９−０５：トロンボスポンジンモティーフ１を有するディスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼ）
表ＥＡおよびＥＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３４０およびＡｇ５５４を用いて、遺伝子ＣＧ５７８２９−０１およびＣＧ５７８２９−０５の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＥＣ、ＥＤ、ＥＥ、ＥＦ、ＥＧ、ＥＨ、ＥＩ、ＥＪ、ＥＫ、ＥＬおよびＥＭに示す。ＣＧ５７８２９−０５は、物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【０６８８】
【表３５８】
2005508604.tif 000359
【０６８９】
【表３５９】
2005508604.tif 000360
【０６９０】
【表３６０】
2005508604.tif 000361
【０６９１】
表ＥＣの続き
【表３６１】
2005508604.tif 000362
【０６９２】
【表３６２】
2005508604.tif 000363
【０６９３】
【表３６３】
2005508604.tif 000364
【０６９４】
表ＥＥの続き
【表３６４】
2005508604.tif 000365
【０６９５】
表ＥＥの続き
【表３６５】
2005508604.tif 000366
【０６９６】
【表３６６】
2005508604.tif 000367
【０６９７】
表ＥＦの続き
【表３６７】
2005508604.tif 000368
【０６９８】
【表３６８】
2005508604.tif 000369
【０６９９】
表ＥＧの続き
【表３６９】
2005508604.tif 000370
【０７００】
表ＥＧの続き
【表３７０】
2005508604.tif 000371
【０７０１】
【表３７１】
2005508604.tif 000372
【０７０２】
表ＥＨの続き
【表３７２】
2005508604.tif 000373
【０７０３】
【表３７３】
2005508604.tif 000374
【０７０４】
表ＥＩの続き
【表３７４】
2005508604.tif 000375
【０７０５】
【表３７５】
2005508604.tif 000376
【０７０６】
表ＥＪの続き
【表３７６】
2005508604.tif 000377
【０７０７】
表ＥＪの続き
【表３７７】
2005508604.tif 000378
【０７０８】
【表３７８】
2005508604.tif 000379
【０７０９】
表ＥＫの続き
【表３７９】
2005508604.tif 000380
【０７１０】
【表３８０】
2005508604.tif 000381
【０７１１】
表ＥＬの続き
【表３８１】
2005508604.tif 000382
【０７１２】
表ＥＬの続き
【表３８２】
2005508604.tif 000383
【０７１３】
【表３８３】
2005508604.tif 000384
【０７１４】
表ＥＭの続き
【表３８４】
2005508604.tif 000385
【０７１５】
表ＥＭの続き
【表３８５】
2005508604.tif 000386
【０７１６】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ３３４０転写物を、６の試料中３の潰瘍形成大腸炎試料で高発現するが、対応する対照試料においては発現しない。同様に、転写物をＯＡ組織では発現するが、対応する対象試料においては発現しない。喘息および肺気腫の肺試料は、正常肺においてより高レベルで転写物を発現する。
【０７１７】
ＣＧ５７８２９−０１によりコード化するタンパク質は、酵素として機能する可能性を示すＡＤＡＭＴＳファミリー分子に対して相同性を有する。この相同性に基づいて、それは、喘息、潰瘍形成大腸炎、肺気腫および骨関節炎と関係する組織破壊および組織修復過程の一因となり得る。それゆえ、ＣＧ５７８２９−０１によりコード化するタンパク質機能の拮抗的抗体療法または小分子薬物療法でのブロックは、肺、腸、または肺気腫、アレルギー、喘息、大腸炎、または骨関節炎に寄与する関節における組織破壊を減少し、阻害し得る。
【０７１８】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３３４０  このパネルでは、アルツハイマー病において、ＣＧ５７８２９−０１遺伝子の発現に差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．４を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０７１９】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３３４０  同一プローブおよびプライマーのセットでの２度の実験は、非常に一致した。ＣＧ５７８２９−０１遺伝子を、乳癌ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞株において高発現（ＣＴ＝２５）する。パネル１．１、１．２および１．３に示すように、この遺伝子を、卵巣癌細胞株および乳癌細胞株において高発現する。それを、パネル２．１および２Ｄにおいても確認する。それゆえ、この遺伝子の発現を、これらの癌の存在に対する診断マーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子活性またはそのタンパク質産物の、小分子薬、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療的調節は、乳癌または卵巣癌の処置において有益であり得る。
【０７２０】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織間で、この遺伝子は、膵臓、脂肪、胎児骨格筋、心臓、胎児肝臓および消化管において中程度のレベルで発現する。
【０７２１】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織間で、この遺伝子は、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、胎児肝臓および消化管において中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療的調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効性を示し得る。
【０７２２】
興味深いことに、この遺伝子は、成人肝臓（ＣＴ＝３６）を対照として、胎児肝臓において非常に高レベル（ＣＴ＝３２）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を、成人肝臓と胎児肝臓とを区別するのに用い得ることを示す。
【０７２３】
加えて、この遺伝子は、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系全ての領域で中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、 パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働く。
【０７２４】
この遺伝子は、相同ラットＡＤＡＭＴＳ−１をコード化する。ＡＤＡＭおよびＡＤＡＭＴＳファミリーに属するメンバーは、癌性悪質液および血栓性血小板減少性紫斑病の進展はもちろん関節炎のようなさまざまな炎症過程で働くと知られている（参考文献１、２、３）。それゆえ、この遺伝子活性またはそのタンパク質産物の小分子薬、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療的調節は、これらの病気の処置において有益であり得る。
【０７２５】
参考文献
1. Martel-Pelletier J, Welsch DJ, Pelletier JP. (2001) Metalloproteases and inhibitors in arthritic diseases. Best Pract Res Clin Rheumatol 15(5):805-29 
2. Kuno K, Kanada N, Nakashima E, Fujiki F, Ichimura F, Matsushima K. (1997) Molecular cloning of a gene encoding a new type of metalloproteinase-disintegrin family protein with thrombospondin motifs as an inflammation associated gene. J Biol Chem 272(1):556-62.  
3. Levy GG, Nichols WC, Lian EC, Foroud T, McClintick JN, McGee BM, Yang AY, Siemieniak DR, Stark KR, Gruppo R, Sarode R, Shurin SB, Chandrasekaran V, Stabler SP, Sabio H, Bouhassira EE, Upshaw JD Jr, Ginsburg D, Tsai HM. (2001) Mutations in a member of the ADAMTS gene family cause thrombotic thrombocytopenic purpura. Nature 413(6855):488-94   
【０７２６】
パネル１．１ 概要：Ａｇ５５４  ＣＧ５７８２９−０１遺伝子は、卵巣癌ＯＶＣＡＲ−３細胞株において高発現（ＣＴ＝２２）する。このパネルにおけるこの遺伝子の発現パターンは、パネル１．４における遺伝子の発現パターンに類似する。パネル１．４を、この遺伝子の考察および潜在的有用性のために参照されたい。
【０７２７】
パネル１．２ 概要：Ａｇ５５４  ＣＧ５７８２９−０１遺伝子は、胎児腎臓において高発現（ＣＴ＝２３．８）する。興味深いことに、この遺伝子は、成人腎臓（ＣＴ＝２７−３１）を対照として、胎児腎臓で非常に高レベル（ＣＴ＝２３．８）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を成人腎臓と胎児腎臓を区別するのに用い得ることを示す。
【０７２８】
この遺伝子は、卵巣癌、乳癌、腎臓癌、前立腺癌、中枢神経系癌細胞株ならびに胎盤、乳腺、肝臓、気管、胃、結腸直腸および心臓群においても高発現する。パネル１．４を、この遺伝子の考察および潜在的有用性のため参照されたい。
【０７２９】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ５５４  ＣＧ５７８２９−０１遺伝子は、乳癌ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞株で高発現（ＣＴ＝２７．８）する。このパネルにおけるこの遺伝子の発現パターンは、パネル１．４における発現パターンに類似する。パネル１．４を、この遺伝子の考察および潜在的有用性のため参照されたい。
【０７３０】
パネル２．１ 概要：Ａｇ３３４０  ＣＧ５７８２９−０１遺伝子は、乳癌転移試料において高発現（ＣＴ＝２８）する。パネル１．４に示すように、この遺伝子の発現はたいていの癌に関係する。興味深いことに、この遺伝子の発現を、辺縁の対応試料（ＣＴ＝３１−３３）を対照として腎臓癌（ＯＤ０４３４０、ＯＤ０４３４８、ＯＤ０４４５０−０１、８１２０６１４）および肺への大腸癌転移（ＯＤ０４４５１−０１）において下方制御（ＣＴ＝３５−４０）するように思う。それゆえ、この遺伝子の発現を、これらの癌と正常組織を区別する潜在的マーカーとして用い得る。
パネル１．４を、この遺伝子の考察および潜在的有用性のために参照されたい。
【０７３１】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ５５４  ＣＧ５７８２９−０１遺伝子を、乳癌転移（ＯＤ０４５９０−０３）試料において高発現（ＣＴ＝２７）する。パネル１．４に示すように、この遺伝子の発現は、たいていの癌に関係し、乳癌試料における高発現に関係する。パネル１．４を、この遺伝子の考察および潜在的有用性のために参照されたい。
【０７３２】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ５５４  ＣＧ５７８２９−０１遺伝子を、ＰＡＮＣ−１膵管腺癌腫試料において高発現（ＣＴ＝２８）する。パネル１．４に示すように、この遺伝子の発現は、たいていの癌に関係し、ＸＦ−ＣＮＳ、小細胞肺癌および膵臓癌における高発現に関係する。パネル１．４を、この遺伝子の考察および潜在的有用性のために参照されたい。
【０７３３】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３３４０  ＣＧ５７８２９−０１を、ＩＬ−４およびＩＬ−１３により粘膜表皮細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２（ＣＴ＝２９−３０）において高く誘導する。発現は、ＩＬ−４またはＩＬ−１３処置した肺線維芽細胞およびＩＬ−４で処置した皮膚線維芽細胞においても高レベル（ＣＴ＝２８−２９）であった。これらの結果は、２組のプライマーおよびプローブでの３回の別々の実験において一致した。
【０７３４】
炎症でのＣＧ５７８２９−０１の潜在的働き：ＣＧ５７８９２−０１によりコード化するタンパク質は、酵素としての機能の可能性を示す分子であるＡＤＡＭＴＳファミリーに対して相同性を有する（パネル１．４における参考文献を参照）。肺線維芽細胞、杯状細胞様細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２および皮膚線維芽細胞、特にＩＬ−４およびＩＬ−１３にさらした後のこの転写物の発現は、喘息、乾癬、肺気腫および関節炎のような疾患における関係と一致する（参考文献１、２）。その相同性に基づき、それは喘息、乾癬、肺気腫および関節炎に関係する組織破壊および組織修復過程に寄与し得る。
【０７３５】
ＣＧ５４８９２−０１によりコード化するタンパク質の機能の拮抗的抗体療法でのブロックは、肺気腫、アレルギー、喘息、乾癬または関節炎に起因する肺、皮膚、関節における組織破壊を減少または阻害し得る。
【０７３６】
参考文献
1. Laliberte R, Rouabhia M, Bosse M, Chakir J. Decreased capacity of asthmatic bronchial fibroblasts to degrade collagen. Matrix Biol 2001 Jan;19(8):743-53  
2. Vankemmelbeke MN, Holen I, Wilson AG, Ilic MZ, Handley CJ, Kelner GS, Clark M, Liu C, Maki RA, Burnett D, Buttle DJ. Expression and activity of ADAMTS-5 in synovium. Eur J Biochem 2001 Mar;268(5):1259-68  
【０７３７】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ５５４／Ａｇ３３４０  ＣＧ５７８２９−０１遺伝子の発現パターンは、ＩＬ−４で促進した肺線維芽細胞における最高発現（ＣＴ＝２６．７）とパネル４．１Ｄにおいて一致する。パネル１．４を、この遺伝子の考察および潜在的有用性のために参照されたい。
【０７３８】
Ｆ．ＮＯＶ６ａ（ＣＧ５９１９７−０１：ＴＵＬＩＰ２）
表ＦＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３９１を用いて、遺伝子ＣＧ５９４９７−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＦＢ、ＦＣおよびＦＤに示す。
【０７３９】
【表３８６】
2005508604.tif 000387
【０７４０】
【表３８７】
2005508604.tif 000388
【０７４１】
【表３８８】
2005508604.tif 000389
【０７４２】
表ＦＣの続き
【表３８９】
2005508604.tif 000390
【０７４３】
【表３９０】
2005508604.tif 000391
【０７４４】
表ＦＤの続き
【表３９１】
2005508604.tif 000392
【０７４５】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３３９１  このパネルでは、ＣＧ５９１９７−０１遺伝子が個々の独立グループの脳において有意なレベルで発現することを確認する。しかしながら、この遺伝子の発現差を、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照死後脳間では検出しない。パネル１．４を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。
【０７４６】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３３９１  ＣＧ５９１９７−０１遺伝子は、ラットツベリン様タンパク質Ｔｕｌｉｐ２の相同体をコードする。この遺伝子の発現は、乳癌Ｔ４７Ｄ細胞株における最高発現（ＣＴ＝２７）を伴いこのパネルにおいて偏在する。この遺伝子の発現は、正常組織より乳癌細胞株、卵巣癌細胞株、前立腺癌細胞株および黒色腫細胞株由来試料においてより高発現する。広範な発現は、この遺伝子産物を細胞成長および細胞増殖において含むことを示す。従って、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、癌処置において有効であり得る。
【０７４７】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において低レベルから中程度のレベル（ＣＴ＝２８．３４）で発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療的調節は、肥満症、および１型糖尿病および２型糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【０７４８】
興味深いことに、この遺伝子は、成人肝臓（ＣＴ＝３４．５）を対照として胎児で非常に高レベル（ＣＴ＝２９．７）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を成人肝臓と胎児肝臓とを区別するのに用い得ることを示す。
【０７４９】
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において高レベル（ＣＴ＝２７−２９）で発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系 疾患において働き得る。
【０７５０】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３３９１  ＣＧ５９１９７−０１遺伝子を、イオノマイシンで処置したRamos Ｂ細胞において高発現（ＣＴ＝２７．６）する。この遺伝子を、健康および病気での免疫応答における意義ある広範な細胞型において高レベルから中程度のレベルで発現する。これらの細胞は、肺および皮膚由来の上皮細胞型および線維芽細胞型、および大腸、肺、胸腺および腎臓を表す正常組織はもちろん、Ｔ細胞、Ｂ細胞、内皮細胞、マクロファージ／単球、および末梢血単核球細胞ファミリーの細胞を含む。発現のこの偏在するパターンは、この遺伝子産物をこれらの細胞型および他の細胞型および組織に対するホメオスタシス過程において含み得ることを示す。このパターンは、 一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４における発現の特性と一致し、細胞生存および細胞増殖における遺伝子産物の機能も示す。それゆえ、機能的な処置における遺伝子産物の調節は、これらの細胞型と関係する機能の変化を導き、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【０７５１】
加えて、この遺伝子の発現を、処置してない対照物（ＣＴ＝３１）と比較してＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮、およびＰＷＭで処置したＰＢＭＣにおいて上方制御（ＣＴ＝２８）する。従って、この遺伝子の発現を、サイトカインで処置した細気管支内皮およびＰＷＭで処置したＰＢＭＣ細胞と処置していない対照物とを区別するのに用い得る。
【０７５２】
Ｇ．ＮＯＶ９ａ（ＣＧ５８１８０−０１：プロヒビチン）
表ＧＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５１５を用いて、遺伝子ＣＧ５８１８０−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＧＢ、ＧＣおよびＧＤに示す。
【０７５３】
【表３９２】
2005508604.tif 000393
【０７５４】
【表３９３】
2005508604.tif 000394
【０７５５】
【表３９４】
2005508604.tif 000395
【０７５６】
表ＧＣの続き
【表３９５】
2005508604.tif 000396
【０７５７】
【表３９６】
2005508604.tif 000397
【０７５８】
表ＧＤの続き
【表３９７】
2005508604.tif 000398
【０７５９】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５１５  このパネルでは、アルツハイマー病においてＣＧ５８１８０−０１遺伝子の発現に差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。 パネル１．４を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０７６０】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５１５  ＣＧ５８１８０−０１遺伝子を、肺癌ＮＣＩ−Ｈ２３細胞株において最も高発現（ＣＴ＝２８．３）する。この遺伝子の発現は、胃癌、膵臓癌、脳癌、大腸癌、腎臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌はもちろん黒色腫と関係する。この遺伝子はヒトプロヒビチンの相同体（ＰＨＢ）であり、遺伝子性の乳癌において変異していると分かっている（参考文献１）。従って、この遺伝子の発現を、これらの癌の存在に対する診断マーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子活性の抗体または小分子薬を用いた治療的調節は、これらの癌処置において有用であり得る。
【０７６１】
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において有意なレベルで検出する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【０７６２】
この遺伝子産物を、脂肪、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、および肝臓においても発現する。代謝機能をつかさどる組織におけるこの広範な発現は、この遺伝子産物が、肥満症、および１型糖尿病および２型糖尿病を含む代謝性疾患および内分泌性疾患の病原性の診断および／または処置に対して重要であり得ることを示す。
【０７６３】
参考文献
1. Sato T, Saito H, Swensen J, Olifant A, Wood C, Danner D, Sakamoto T, Takita K, Kasumi F, Miki Y, et al. The human prohibitin gene located on chromosome 17q21 is mutated in sporadic breast cancer. : Cancer Res 1992 Mar 15;52(6):1643-6.   
【０７６４】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３５１５  ＣＧ５８１８０−０１遺伝子を、健康および病気での免疫応答における意義ある広範な細胞型において低レベルから中程度のレベルで発現する。これらの細胞は、肺および皮膚由来の上皮細胞型および線維芽細胞型、および大腸、肺、胸腺および腎臓を表す正常組織はもちろん、Ｔ細胞、Ｂ細胞、内皮細胞、マクロファージ／単球、および末梢血単核球細胞ファミリーの細胞を含む。発現のこの偏在するパターンは、この遺伝子産物をこれらの細胞型および他の細胞型および組織に対するホメオスタシス過程において含み得ることを示す。このパターンは、細胞生存および細胞増殖における遺伝子産物の機能を示す。それゆえ、機能的な治療での遺伝子産物の調節は、これらの細胞型と関係する機能の変化を導き、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。 
【０７６５】
Ｈ．ＮＯＶ１１ａおよびＮＯＶ１１ｂ（ＣＧ５９２４９−０１およびＣＧ５９２４９−０２：メタロプロテイナーゼ  ディスインテグリンベータ）
表ＨＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ１９３０を用いて、遺伝子ＣＧ５９２４９−０１およびＣＧ５９２４９−０２の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＨＢに示す。
【０７６６】
【表３９８】
2005508604.tif 000399
【０７６７】
【表３９９】
2005508604.tif 000400
【０７６８】
表ＨＢの続き
【表４００】
2005508604.tif 000401
【０７６９】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ１９３０  ＣＧ５９２４９−０１遺伝子をＴＮＦαおよびＩＬ−１βで処置した腎臓および細気管支内皮における最も高発現（ＣＴ＝３２）を伴い、このパネルの試料において広範に発現する。この遺伝子を、好塩基球細胞株ＫＵ−８１２、肺粘膜表皮細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２、ＬＡＫ細胞および好酸球由来の処置したおよび処置してない両試料においても低レベルだが有意なレベルで発現する。健康および病気での免疫応答における意義ある広範な細胞型における発現のこのパターンは、この遺伝子産物をこれらの細胞型および他の細胞型および組織対するホメオスタシス過程において含むと言えることを示す。それゆえ、機能的な治療での遺伝子産物の調節は、これらの細胞型と関係する機能の変化を導き、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【０７７０】
Ｉ．ＮＯＶ１２ａ（ＣＧ５８５７７−０１：ＣＡＳＰＲ４）
表ＩＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３７７を用いて、遺伝子ＣＧ５８５７７−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＩＢ、ＩＣ、ＩＤおよびＩＥに示す。
【０７７１】
【表４０１】
2005508604.tif 000402
【０７７２】
【表４０２】
2005508604.tif 000403
【０７７３】
【表４０３】
2005508604.tif 000404
【０７７４】
表ＩＣの続き
【表４０４】
2005508604.tif 000405
【０７７５】
【表４０５】
2005508604.tif 000406
【０７７６】
表ＩＤの続き
【表４０６】
2005508604.tif 000407
【０７７７】
【表４０７】
2005508604.tif 000408
【０７７８】
表ＩＥの続き
【表４０８】
2005508604.tif 000409
【０７７９】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３３７０  このパネルでは、ＣＧ５８５７７−０１遺伝子が個々の独立したグループの脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差を、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出しない。パネル１．３Ｄを、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のために参照されたい。
【０７８０】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ３３７７  ＣＧ５８５７７−０１遺伝子を、脳においてほぼ独占的に発現する。それは、扁桃体、黒質、小脳、海馬および大脳皮質における低レベルから中程度のレベルでの発現を伴い視床において最も高レベル（ＣＴ＝３１．０）で発現する。この遺伝子は、マウスCaspr4タンパク質に相同なタンパク質をコード化する。Casprタンパク質は、神経細胞内シグナル伝達経路の補充および活性化においてコンタクチン（Contactin）とともに機能し得るコンタクチン関連膜貫通型受容体でありる。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【０７８１】
肺癌細胞株ＨＰ−７７および神経芽細胞腫細胞株ＳＫ−Ｎ−ＡＳにいても低発現（ＣＴ＝３２）する。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の小分子薬、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療的調節は、肺癌または神経芽細胞腫の処置において有益であり得る。
【０７８２】
参考文献
1. Peles E, Nativ M, Lustig M, Grumet M, Schilling J, Martinez R, Plowman GD, Schlessinger J. (1997) Identification of a novel contactin-associated transmembrane receptor with multiple domains implicated in protein-protein interactions. EMBO J 16(5):978-88.  
【０７８３】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３３７７  ＣＧ５８５７７−０１遺伝子は、冠動脈、胸腺、および腎臓においてのみ有意（ＣＴ＝３３―３４．８）に発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。加えて、この遺伝子によりコード化するタンパク質ＣＡSＰＲ活性の治療的調節は、喘息、再狭窄、関節炎、全身性エリテマトーデスおよび腎臓疾患の処置において有効であり得る。
【０７８４】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ３３７７  このパネルでは、この遺伝子が個々の独立したグループの脳において有意なレベルで発現することを確認する。パネル１．４を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。 
【０７８５】
Ｊ．ＮＯＶ１４（ＣＧ５８５７５−０１：ホスファチジルセリンシンターゼ２）
表ＪＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３７６を用いて、遺伝子ＣＧ５８５７５−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＪＢ、ＪＣ、ＪＤおよびＪＥに示す。
【０７８６】
【表４０９】
2005508604.tif 000410
【０７８７】
【表４１０】
2005508604.tif 000411
【０７８８】
【表４１１】
2005508604.tif 000412
【０７８９】
表ＪＣの続き
【表４１２】
2005508604.tif 000413
【０７９０】
【表４１３】
2005508604.tif 000414
【０７９１】
表ＪＤの続き
【表４１４】
2005508604.tif 000415
【０７９２】
【表４１５】
2005508604.tif 000416
【０７９３】
表ＪＥの続き
【表４１６】
2005508604.tif 000417
【０７９４】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３３７６このパネルは、アルツハイマー病においてＣＧ５８５７５−０１遺伝子の発現に差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０７９５】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ３３７６  ＣＧ５８５７５−０１遺伝子は、推定ホスファチジルセリンシンターゼ２をコード化する。この遺伝子のマウス相同体が精巣において最も高発現（ＣＴ＝２９．５）する公開結果と一致する。
【０７９６】
この遺伝子の発現を、脳の全ての領域において確認する。ホスファチジルセリンシンターゼ活性を、ヒト変性疾患である神経セロイドリポフスチノーシスのモデルであるmnd/mndマウスにおいて減少するとわかっている。それゆえ、この遺伝子は、細胞内の貯蔵体における脂質およびタンパク質の異常蓄積における神経変異性疾患において働き得る。
【０７９７】
加えて、この遺伝子を、正常乳房組織における発現を対照として乳癌細胞株においてより高発現する。従って、この遺伝子の発現をこのパネルの乳癌細胞株と他の試料とを区別、および乳癌のマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、乳癌処置において効果的であり得る。
【０７９８】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において低レベルから中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。 
【０７９９】
参考文献
1. Vance JE, Stone SJ, Faust JR.Abnormalities in mitochondria-associated membranes and phospholipid biosynthetic enzymes in the mnd/mnd mouse model of neuronal ceroid lipofuscinosis.Biochim Biophys Acta 1997 Feb 18;1344(3):286-99.  
2. Sturbois-Balcerzak B, Stone SJ, Sreenivas A, Vance JE. Structure and expression of the murine phosphatidylserine synthase-1 gene. J Biol Chem 2001 Mar 16;276(11):8205-12.  
【０８００】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３３７６  ＣＧ５８５７５−０１遺伝子の最高発現を、イオノマイシンで処置したRamosＢ細胞株（ＣＴ＝２９．３）においてみる。発現の有意なレベルを、活性型および処置していないＮＣＩ−Ｈ２９２細胞、ＩＬ−４、ＩＬ−９、ＩＬ−１３およびＩＦＮγ活性型肺線維芽細胞、ヒト肺大動脈内皮細胞（処置したおよび処置していない）、細気管支内皮（処置したおよび処置していない）、処置した気管支内皮および肺微小血管内皮細胞（処置したおよび処置していない）においてみる。肺由来または肺内の細胞におけるこの遺伝子の発現は、この遺伝子を正常状態ならびに慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギーおよび肺気腫を含む病態肺疾患および炎症性肺疾患において含むことを示す。この遺伝子の中程度／低レベルの発現を、処置したおよび処置していないＨＵＶＥＣ（内皮細胞）、冠動脈平滑筋細胞（処置したおよび処置していない）、処置したおよび処置していない星状膠細胞、処置したＫＵ−８１２好塩基球、処置したおよび処置していないＣＣＤ１１０６ケラチノサイト、ＩＬ−４で処置した皮膚線維芽細胞、および肺、大腸、胸腺および腎臓を含む正常組織においても検出する。様々な免疫細胞型（ならびに患部組織試料）における発現は、この遺伝子の治療上の調節産物が、感染と関係する症状ならびに乾癬、アレルギー、喘息、炎症性腸疾患、関節リウマチおよび骨関節炎を含む炎症性疾患および自己免疫疾患を寛解し得ることを示す。
【０８０１】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ３３７６  このパネルでは、脳におけるＣＧ５８５７５−０１遺伝子の発現を確認する。パネル１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０８０２】
Ｋ．ＮＯＶ１６ａ（ＣＧ５９２３９−０１：ＭＨＣクラスＩ）
表ＫＡおよびＫＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５１６およびＡｇ３５１７を用いて、遺伝子ＣＧ５９２３９−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＫＣ、ＫＤおよびＫＥに示す。
【０８０３】
【表４１７】
2005508604.tif 000418
【０８０４】
【表４１８】
2005508604.tif 000419
【０８０５】
【表４１９】
2005508604.tif 000420
【０８０６】
表ＫＣの続き
【表４２０】
2005508604.tif 000421
【０８０７】
【表４２１】
2005508604.tif 000422
【０８０８】
表ＫＤの続き
【表４２２】
2005508604.tif 000423
【０８０９】
表ＫＤの続き
【表４２３】
2005508604.tif 000424
【０８１０】
【表４２４】
2005508604.tif 000425
【０８１１】
表ＫＥの続き
【表４２５】
2005508604.tif 000426
【０８１２】
表ＫＥの続き
【表４２６】
2005508604.tif 000427
【０８１３】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５１６／Ａｇ３５１７  このパネルは、アルツハイマー病においてＣＧ５９２３９−０１遺伝子の発現に差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．４を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０８１４】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５１６／Ａｇ３５１７  同一のプローブおよびプライマーのセットで行う２度の実験は、ＣＧ５９２３９−０１遺伝子の脳腫瘍細胞株における最も高発現（ＣＴ＝２４）と非常によく一致する結果となる。この遺伝子は、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ相同体をコード化する。ＭＨＣクラスＩ遺伝子は、細胞内抗原の細胞障害性Ｔ細胞により認識される部位を仲介し、典型的に、ＭＨＣクラスＩ遺伝子を偏在的に発現する。胃癌、大腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌および脳腫瘍由来の細胞株群において有意に発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の試料とを区別、およびこれらの癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、胃癌、大腸癌、肺癌、乳癌、卵巣癌および脳腫瘍の処置において効果的であり得る。
【０８１５】
代謝機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、脂肪、副腎、膵臓、下垂体、甲状腺、および成人骨格筋および胎児骨格筋、心臓および肝臓において中程度のレベルで発現する。これらの組織の広範な発現は、この遺伝子産物が正常代謝機能および正常神経内分泌機能において機能し得ることを示し、この遺伝子の非調節な発現が肥満症および糖尿病のような神経内分泌性疾患または代謝性疾患の原因となり得ることを示す。
【０８１６】
加えて、この遺伝子は、試験したＣＮＳの全ての領域において中程度の発現を示す。炎症は、アルツハイマー病を含む多くのＣＮＳ神経変異性疾患で関係する。それゆえ、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、アルツハイマー病、パーキンソン病、および多発性硬化症のような神経変異性疾患の処置において、有効であり得る。
【０８１７】
参考文献
1. Bauer J, Rauschka H, Lassmann H. Inflammation in the nervous system: the human perspective. Glia 2001 Nov;36(2):235-43
【０８１８】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３５１６／Ａｇ３５１７  同一のプローブおよびプライマーのセットで行う２度の実験は、ＣＧ５９２３９−０１遺伝子のＬＰＳで刺激した単球における最高発現（ＣＴ＝２４）と非常によく一致する結果となる。この遺伝子を、健康および病気における免疫応答において重要で広範な細胞型で高レベルから中程度のレベルで発現する。これらの細胞は、肺および皮膚由来の上皮細胞型および線維芽細胞型、および大腸、肺、胸腺および腎臓を表す正常組織はもちろん、Ｔ細胞、Ｂ細胞、内皮細胞、マクロファージ／単球、および末梢血単核球細胞ファミリーのメンバーを含む。発現のこの偏在するパターンは、この遺伝子産物を、これらの細胞型および他の細胞型および組織でのホメオスタシス過程に対して含み得ることを示す。このパターンは、一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４における発現の特性と一致し、細胞生存および細胞増殖における遺伝子産物の機能も示す。それゆえ、機能的な治療での遺伝子産物の調節は、これらの細胞型と関係する機能を変化し、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【０８１９】
この遺伝子は、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩ相同体をコード化する。ＭＨＣクラスＩ様分子は、容疑者の遺伝子型同定および親子鑑定のような法医学において有用であり得る。これらの抗原は、神経細胞および栄養芽細胞を除く全ての有核ヒト細胞でいたるところに発現し、適応免疫応答におけるウイルス抗原の抗原提示に関係する。
【０８２０】
Ｌ．ＮＯＶ１７ａ（ＣＧ５９２９５−０１：オトゲリン）
表ＬＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５３４を用いて、遺伝子ＣＧ５９２９５−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＬＢおよびＬＣに示す。
【０８２１】
【表４２７】
2005508604.tif 000428
【０８２２】
【表４２８】
2005508604.tif 000429
【０８２３】
表ＬＢの続き
【表４２９】
2005508604.tif 000430
【０８２４】
【表４３０】
2005508604.tif 000431
【０８２５】
表ＬＣの続き
【表４３１】
2005508604.tif 000432
【０８２６】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５３４  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２９５−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８２７】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５３４  ＣＧ５９２９５−０１遺伝子を、大腸癌細胞株において最も高発現（ＣＴ＝３１）する。肺癌細胞株および乳癌細胞株において低レベルだか有意に発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別、および大腸癌に対するマーカーとして用い得る。この遺伝子は、聴覚障害に関係する。従って、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、聴覚障害の処置において効果的であり得る。
【０８２８】
参考文献
Simmler MC, Cohen-Salmon M, El-Amraoui A, Guillaud L, Benichou JC, Petit C, Panthier JJ. 
【０８２９】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３５３４  ＣＧ５９２９５−０１遺伝子の発現を、肝硬変における最も高発現（ＣＴ＝３２．２）を伴ない、少しの試料に制限する。肺および大腸においても低レベルだが有意に発現する。加えて、発現を、パネル１．４のＩＢＤ大腸炎およびクローン病患者由来の大腸および肝臓において検出できない。従って、この遺伝子の発現を、正常肝臓組織および患部肝臓組織および正常大腸組織および患部大腸組織とを区別するのに用い得る。また、この遺伝子によりコード化するオトゲリンタンパク質活性の治療上の調節は、炎症性腸疾患および肝硬変および線維症を含む肝臓に影響を及ぼす炎症性疾患または自己免疫疾患の処置において有効であり得る。
【０８３０】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ３５３４  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２９５−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８３１】
Ｍ．ＮＯＶ１８ａ（ＣＧ５９２９３−０１：腎臓のアミノ酸輸送体タンパク質１）
表ＭＡ、ＭＢおよびＭＣに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３９４８、Ａｇ３５３２およびＡｇ２８７４を用いて、遺伝子ＣＧ５９２９３−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＭＤ、ＭＥ、ＭＦ，ＭＧ、ＭＨ、ＭＩ、ＭＪおよびＭＫに示す。
【０８３２】
【表４３２】
2005508604.tif 000433
【０８３３】
【表４３３】
2005508604.tif 000434
【０８３４】
【表４３４】
2005508604.tif 000435
【０８３５】
【表４３５】
2005508604.tif 000436
【０８３６】
表ＭＤの続き
【表４３６】
2005508604.tif 000437
【０８３７】
【表４３７】
2005508604.tif 000438
【０８３８】
【表４３８】
2005508604.tif 000439
【０８３９】
表ＭＦの続き
【表４３９】
2005508604.tif 000440
【０８４０】
【表４４０】
2005508604.tif 000441
【０８４１】
表ＭＧの続き
【表４４１】
2005508604.tif 000442
【０８４２】
表ＭＧの続き
【表４４２】
2005508604.tif 000443
【０８４３】
【表４４３】
2005508604.tif 000444
【０８４４】
表ＭＨの続き
【表４４４】
2005508604.tif 000445
【０８４５】
【表４４５】
2005508604.tif 000446
【０８４６】
表ＭＩの続き
【表４４６】
2005508604.tif 000447
【０８４７】
【表４４７】
2005508604.tif 000448
【０８４８】
表ＭＪの続き
【表４４８】
2005508604.tif 000449
【０８４９】
【表４４９】
2005508604.tif 000450
【０８５０】
表ＭＫの続き
【表４５０】
2005508604.tif 000451
【０８５１】
表ＭＫの続き
【表４５１】
2005508604.tif 000452
【０８５２】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ３９４８  このパネルでは、ＣＧ５９２９３−０１遺伝子が免疫応答および炎症応答に関係する組織試料において発現することを確認する。パネル４および４．１Ｄを、炎症におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０８５３】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３９４８  このパネルは、ＣＧ５９２９３−０１遺伝子の発現はアルツハイマー病において差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。Ａｇ３５３２  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２９３−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８５４】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３９４８  アミノ酸輸送体の相同体であるＣＧ５９２９３−０１遺伝子は、小細胞肺癌細胞株ＬＸ−１において最も高発現（ＣＴ＝２８．２）する。この遺伝子を、卵巣癌細胞株、乳癌細胞株、ＣＮＳ癌細胞株、胃癌細胞株、膵臓癌細胞株および大腸癌細胞株のいくつかにおいても発現する。それゆえ、この遺伝子の発現は、これらの種類の癌と関係し得るし、この遺伝子の治療上の調節は、これらの癌の処置または診断において有用であり得る。
【０８５５】
この遺伝子を、小脳および胎児脳において低レベルで発現する。アミノ酸輸送体を、血液脳関門をわたる輸送において含む。この遺伝子は、ＣＮＳにおいて非常に多くの有用性を有するが輸送システムを欠く神経増殖因子タンパク質療法のような化合物に特異的であり、ＣＮＳへの薬物輸送においてそれゆえ有用であり得る。
【０８５６】
参考文献
Sugiyama D, Kusuhara H, Shitara Y, Abe T, Meier PJ, Sekine T, Endou H, Suzuki H, Sugiyama Y. Characterization of the efflux transport of 17beta-estradiol-D-17beta-glucuronide from the brain across the blood-brain barrier.
【０８５７】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２８７４  ＣＧ５９２９３−０１遺伝子の発現を、妥当な一致を示すこのパネルの２度の独立した実施において、評価した。パネル１．３Ｄにおいて発現が一致する小細胞肺癌細胞株ＬＸ−１において最も高発現（ＣＴ＝３１−３２）する。この遺伝子を、卵巣癌細胞株、乳癌細胞株、ＣＮＳ細胞株、胃癌細胞株および大腸癌細胞株のいくつかにおいても発現する。それゆえ、この遺伝子の発現は、これらの種類の癌と関係すると言えるし、この遺伝子の治療上の調節は、これらの癌の処置または診断において有用であり得る。
【０８５８】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ２８７４  ＣＧ５９２９３−０１遺伝子を、パネル２Ｄで用いる組織において低レベルで発現する。乳癌試料において最も高発現（ＣＴ＝３４．２）する。正常隣接組織を対照として卵巣癌、膀胱癌、前立腺癌および大腸癌の単一試料においても有意に発現する。このことは、この遺伝子の発現はこれらの種類の癌と関係すると言えるし、この遺伝子の治療上の調節はこれらの癌の処置または診断において有用であり得ることを示す。
【０８５９】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ２８７４  ＣＧ５９２９３−０１遺伝子を、膵臓癌細胞株において最も高発現（ＣＴ＝３１．６）する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。加えて、この遺伝子の有意な発現（ＣＴ＝３２−３４）は、肺癌細胞株、卵巣癌、胃癌および舌の扁平上皮細胞癌腫由来の試料と関係する。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、これらの癌処置において有益であり得る。
【０８６０】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３４９８  ＣＧ５９２９３−０１遺伝子は、腎臓および肺の粘膜表皮細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２において高発現（ＣＴ＝３１）するとわかっている。この遺伝子の発現を、Ｈ２９２細胞株において構成するが、喘息および／または慢性閉塞性肺疾患の病原性と関係するサイトカインＩＬ−４、ＩＬ−９およびＩＬ−１３での処置で上方制御する。
【０８６１】
この遺伝子を、炎症性のサイトカインＴＮＦαおよびＩＬ−１βで処置した細気管支内皮およびケラチノサイトにおいても発現する。それゆえ、この転写物によりコード化したタンパク質の発現または活性の低分子による調節は、喘息、慢性閉塞性肺疾患、肺気腫、乾癬の処置および創傷治癒において有効であり得る。
【０８６２】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ２８７４／Ａｇ３５３２  ２組のプライマーで検出したＣＧ５９２９３−０１遺伝子転写物を、ＮＣＩ−Ｈ２９２において発現（ＣＴ＝３２−３３）する。Ｈ２９２におけるこの転写物を、ＩＬ−４（Ａｇ３５３２）またはＩＬ−９（Ａｇ２８７４）での処置において上方制御する。この両サイトカインを、喘息および／または慢性閉塞性肺疾患の病原性において含む。この転写物を、細気管支内皮およびケラチノサイトにおいても検出する。それゆえ、この転写物によりコード化したタンパク質の発現または活性の低分子による調節は、喘息、慢性閉塞性肺疾患および／または肺気腫の処置および乾癬または創傷治癒のような皮膚炎症性疾患の処置に対して有効であり得る。
【０８６３】
Ｎ．ＮＯＶ１９ａ（ＣＧ５９２８４−０１：遊離輸送体ファミリー２２）
表ＮＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５２８を用いて、遺伝子ＣＧ５９２８４−０１の発現を評価した。
【０８６４】
【表４５２】
2005508604.tif 000453
【０８６５】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５２８  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２８４−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８６６】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５２８  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２８４−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８６７】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３５２８  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２８４−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８６８】
Ｏ．ＮＯＶ２０ａ（ＣＧ５９２７８−０１：嗅覚受容体Ｐ２）
表ＯＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５２６を用いて、遺伝子ＣＧ５９２７８−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＯＢに示す。
【０８６９】
【表４５３】
2005508604.tif 000454
【０８７０】
【表４５４】
2005508604.tif 000455
【０８７１】
表ＯＢの続き
【表４５５】
2005508604.tif 000456
【０８７２】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５２６  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２７８−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８７３】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５２６  このパネルの全試料において、ＣＧ５９２７８−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。（データを示していない）この遺伝子は、シグナル伝達において含まれる細胞表面型受容体であるＧタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）をコード化する。この遺伝子産物は、ＧＰＣＲの嗅覚受容体サブファミリーのメンバーに最も類似する。他の嗅覚受容体遺伝子に対する類似性に基づき、この遺伝子の発現をこのパネルで示さない試料である鼻内皮において最も高発現し得ることを予測する。
【０８７４】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３５２６  ＣＧ５９２７８−０１遺伝子の発現を、休止型好中球由来の試料（ＣＴ＝２８．２）に限定する。従って、この遺伝子の発現を、これらの細胞のマーカーとして用い得る。この発現を、ＴＮＦα＋ＬＰＳにより活性化した好中球（ＣＴ＝３６．３）において、顕著に減少する。この発現特性は、この遺伝子によりコード化するタンパク質を休止型好中球が産生し、活性型好中球は産生しないことを示す。それゆえ、その遺伝子産物は、これらの炎症細胞の活性を減少し得るし、クローン病、潰瘍形成大腸炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、喘息、肺気腫、関節リウマチ、エリテマトーデス、または乾癬患者の症状を改善、または無くすタンパク質療法として有効であり得る。加えて、この遺伝子産物の低分子または抗体拮抗剤は、ＡＩＤＳまたは他の免疫不全症患者における免疫応答の増大において効果的であり得る。
【０８７５】
Ｐ．ＮＯＶ２１ａおよびＮＯＶ２１ｂ（ＣＧ５９２７４−０１およびＣＧ５９２７４−０２：脂肪酸ＨＭＧＩＣ融合パートナー）
表ＰＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３３２５を用いて、遺伝子ＣＧ５９２７４−０１およびＣＧ５９２７４−０２の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＰＢ、ＰＣおよびＰＤに示す。遺伝子配列の予測を確認しつつ、ＣＧ５９２７４−０２遺伝子が物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【０８７６】
【表４５６】
2005508604.tif 000457
【０８７７】
【表４５７】
2005508604.tif 000458
【０８７８】
【表４５８】
2005508604.tif 000459
【０８７９】
表ＰＣの続き
【表４５９】
2005508604.tif 000460
【０８８０】
【表４６０】
2005508604.tif 000461
【０８８１】
表ＰＤの続き
【表４６１】
2005508604.tif 000462
【０８８２】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５２５  このパネルは、ＣＧ５９２７４−０１遺伝子の発現はアルツハイマー病において差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．４を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０８８３】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５２５  ＣＧ５９２７４−０１遺伝子は、このパネルの試験した全ての脳の領域において中程度のレベルの発現を伴い、脳において優先的に高発現する。従って、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、脳梗塞および統合失調症を含む神経性疾患の処置において効果的であり得る。
【０８８４】
代謝組織の間で、この遺伝子の発現を、甲状腺に限定する。従って、この遺伝子産物は、甲状腺疾患の処置においても効果的であり得る。
【０８８５】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３５２５  ＣＧ５９２７４−０１遺伝子を、活性型ＬＡＫ細胞（ＣＴ＝３２−３３）においてはもちろん、正常腎臓、正常胸腺おあよび正常大腸において発現する。遺伝子を、ＭＬＲ反応由来の試料における最も高発現（ＣＴ＝３２）を伴い、一次休止型Ｔ細胞において低レベルだがさらに有意なレベルで発現する。従って、この転写物によりコード化したタンパク質は、ＬＡＫ細胞の機能において重要であり得る。ＬＡＫ細胞は、バクテリア感染細胞およびウイルス感染細胞ならびに形質転換細胞に対する免疫調査において重要である。この転写物またはそれによりコード化したタンパク質でデザインする治療法は、ウイルス疾患および癌およびバクテリア疾患および癌の処置において重要であり得る。
【０８８６】
Ｑ．ＮＯＶ２３ａおよびＮＯＶ２３ｂ（ＣＧ５７７３４−０１およびＣＧ５７７３４−０２：脂質関連タンパク質）
表ＱＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ５７２を用いて、遺伝子ＣＧ５７７３４−０１およびＣＧ５７７３４−０２の発現を評価した。遺伝子配列の予測を確認しつつ、ＣＧ５７７３４−０２遺伝子がＣＧ５７７３４−０１遺伝子の物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【０８８７】
【表４６２】
2005508604.tif 000463
【０８８８】
パネル１．１ 概要：Ａｇ５７３４  このパネルの全試料において、ＣＧ５７７３４−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０８８９】
Ｒ．ＮＯＶ２５ａ（ＣＧ５９８８５−０１：ＨＧＦＲ ）
表ＲＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ１６８４を用いて、遺伝子ＣＧ５９８８５−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＲＢ、ＲＣ、ＲＤ、ＲＥ、ＲＦおよびＲＧに示す。
【０８９０】
【表４６３】
2005508604.tif 000464
【０８９１】
【表４６４】
2005508604.tif 000465
【０８９２】
【表４６５】
2005508604.tif 000466
【０８９３】
表ＲＣの続き
【表４６６】
2005508604.tif 000467
【０８９４】
【表４６７】
2005508604.tif 000468
【０８９５】
表ＲＤの続き
【表４６８】
2005508604.tif 000469
【０８９６】
表ＲＤの続き
【表４６９】
2005508604.tif 000470
【０８９７】
【表４７０】
2005508604.tif 000471
【０８９８】
表ＲＥの続き
【表４７１】
2005508604.tif 000472
【０８９９】
表ＲＥの続き
【表４７２】
2005508604.tif 000473
【０９００】
【表４７３】
2005508604.tif 000474
【０９０１】
表ＲＦの続き
【表４７４】
2005508604.tif 000475
【０９０２】
【表４７５】
2005508604.tif 000476
【０９０３】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ１６８４  このパネルは、ＣＧ５９８８５−０１遺伝子の発現はアルツハイマー病において差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．４を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０９０４】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ１６８４  ＣＧ５９８８５−０１遺伝子は、腎臓癌細胞株において最も高発現（ＣＴ＝２０）する。総合的に、発現が、正常組織由来の試料においてより腫瘍細胞株において非常に高レベルであることは明らかである。膵臓癌、脳腫瘍、大腸癌、胃癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、および悪性黒色腫由来の細胞株において、有意なレベルで発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別し、癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、ヒトモノクローナル抗体でのこの遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、大抵の腫瘍における転移および増殖でのひろがりを予測して制限しまたは防ぐ。
【０９０５】
代謝機能をつかさどる組織の中で、下垂体、脂肪、副腎、膵臓、甲状腺、および成人骨格筋および胎児骨格筋、心臓、および肝臓において、この遺伝子を中程度のレベルから低レベルで発現する。これらの組織における広範な発現は、この遺伝子産物が正常神経内分泌および正常代謝において働き得るし、この遺伝子の非調節の発現は、肥満症および糖尿病のような神経内分泌性疾患または代謝性疾患の原因となり得る。
【０９０６】
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において、高発現する。それゆえ、この遺伝子は、中枢神経系において働き得るし、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような神経性疾患の標的であり得る。
【０９０７】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ１６８４  ＣＧ５９８８５−０１遺伝子の発現では、パネル１．４の結果を確認する。パネル１．４を、癌、代謝性疾患および中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【０９０８】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ１６８４  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、腎臓癌におけるＣＧ５９８８５−０１遺伝子の最も高発現（ＣＴ＝２４−２５）と非常によく一致する結果となる。加えて、この遺伝子の発現は、対応する正常隣接組織での発現を対照として、胃癌、膀胱癌、卵巣癌、甲状腺癌、腎臓癌および大腸癌においてより高発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別し、癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、これらの癌の処置において効果的であり得る。
【０９０９】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ１６８４  ＣＧ５９８８５−０１遺伝子で行う1度の実験結果を挙げていない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【０９１０】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ１６８４  ＣＧ５９８８５−０１遺伝子は、ＩＬ−４で処置したＮＣＩ−Ｈ２９２粘膜表皮細胞株において最も高発現（ＣＴ＝２５）する。処置したＮＣＩ−Ｈ２９２粘膜表皮細胞株および処置していないＮＣＩ−Ｈ２９２粘膜表皮細胞株群、ＩＬ−４、ＩＬ−９、ＩＬ−１３で活性化した肺線維芽細胞およびＩＦＮγでの（処置したおよび処置していない）ヒト肺大動脈の内皮細胞、細気管支内皮（処置したおよび処置していない）、処置した気管支内皮および肺微小血管内皮細胞（処置したおよび処置していない）群においても有意に発現する。肺由来の細胞または肺に含まれる細胞におけるこの遺伝子の発現は、この遺伝子を、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギーおよび肺気腫を含む病理学的肺疾患および炎症性肺疾患はもちろん正常状態において含み得ることを示す。
【０９１１】
中程度のレベルの発現を、処置したＨＵＶＥＣ（内皮細胞）および処置していないＨＵＶＥＣ、冠動脈平滑筋細胞（処置したおよび処置していない）、処置した星状膠細胞および処置していない星状膠細胞、ＫＵ−８１２好塩基球、ケラチノサイト、皮膚線維芽細胞、および肺、大腸、胸腺および腎臓由来の正常組織においても検出する。これらの免疫細胞型および組織における発現は、この遺伝子の治療上の調節産物が乾癬、アレルギー、喘息、炎症性腸疾患、関節リウマチおよび骨関節炎を含む炎症性疾患および自己免疫疾患はもちろん感染状態と関係する症状を寛解させ得ることを示す。
【０９１２】
興味深いことに、この遺伝子の発現を、処置していない対照物（ＣＴ＝２８−４０）と比較してＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮（ＣＴ＝２５）およびＬＰＳで処置した単球（ＣＴ＝２７）において促進する。従って、この遺伝子の発現は、処置していない対照物とこれらの処置した細胞とを区別するのに用い得る。この遺伝子は、増殖因子受容体、ＨＧＦＲ−ＭＥＴ変異体をコードする。ＨＧＦＲ−ＭＥＴは、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）の作用を要求する膜貫通型チロシンキナーゼ前癌遺伝子である（参考文献１）。最近では、ＨＧＦは、パラ分泌／自己分泌法において単球の機能を調節することが示された（参考文献２）。ＬＰＳで処置した単球におけるＨＧＦＲ−ＭＥＴ遺伝子の発現は、惹起の炎症反応におけるこの遺伝子産物の働きを示す。それゆえ、モノクローナル抗体の投与を通じたＨＧＦＲ−ＭＥＴの発現または活性の調節は、炎症の初期段階を軽減しまたは防ぎ、乾癬、喘息、炎症性腸疾患、関節リウマチ、骨関節炎および他の肺炎症性疾患のような炎症性疾患の重傷度を軽減し得る。
【０９１３】
参考文献
1. Stella MC, Comoglio PM. (1999) HGF: a multifunctional growth factor controlling cell scattering. Int J Biochem Cell Biol 1999 Dec;31(12):1357-62  
2. Galimi F, Cottone E, Vigna E, Arena N, Boccaccio C, Giordano S, Naldini L, Comoglio PM. (2001) Hepatocyte growth factor is a regulator of monocyte-macrophage function. J Immunol 166(2):1241-7.
【０９１４】
パネル５Islet概要：Ａｇ１６８４  ＣＧ５９８８５−０１遺伝子は、腎臓ＨＲＣＥ試料において高発現（ＣＴ＝２９．８）する。加えて、中程度のレベルから低レベルの発現を、多くのドナーおよび患者由来の膵島細胞（患者1）、脂肪、間葉系幹細胞、胎盤、骨格筋においても検出する。パネル１．４を、この遺伝子の潜在的な有用性のため参照されたい。
【０９１５】
Ｓ．ＮＯＶ２６ａ（ＣＧ９３４４３−０１：新規ＬＩＶ−１様遺伝子）
表ＳＡおよびＳＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ２５５２およびＡｇ３８５５を用いて、遺伝子ＣＧ９３４４３−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＳＣ、ＳＤ、ＳＥ，ＳＦ、ＳＧおよびＳＨに示す。
【０９１６】
【表４７６】
2005508604.tif 000477
【０９１７】
【表４７７】
2005508604.tif 000478
【０９１８】
【表４７８】
2005508604.tif 000479
【０９１９】
表ＳＣの続き
【表４７９】
2005508604.tif 000480
【０９２０】
表ＳＣの続き
【表４８０】
2005508604.tif 000481
【０９２１】
【表４８１】
2005508604.tif 000482
【０９２２】
表ＳＤの続き
【表４８２】
2005508604.tif 000483
【０９２３】
表ＳＤの続き
【表４８３】
2005508604.tif 000484
【０９２４】
【表４８４】
2005508604.tif 000485
【０９２５】
表ＳＥの続き
【表４８５】
2005508604.tif 000486
【０９２６】
表ＳＥの続き
【表４８６】
2005508604.tif 000487
【０９２７】
【表４８７】
2005508604.tif 000488
【０９２８】
表ＳＦの続き
【表４８８】
2005508604.tif 000489
【０９２９】
【表４８９】
2005508604.tif 000490
【０９３０】
表ＳＧの続き
【表４９０】
2005508604.tif 000491
【０９３１】
【表４９１】
2005508604.tif 000492
【０９３２】
表ＳＨの続き
【表４９２】
2005508604.tif 000493
【０９３３】
表ＳＨの続き
【表４９３】
2005508604.tif 000494
【０９３４】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ２５５２  ＣＧ９３４４３−０１遺伝子の発現を、１１２７５６骨関節炎骨９試料（ＣＴ＝２８）において検出する。この遺伝子は、このパネルにおいて用いた多くの試料において中程度のレベルで発現する。パネル４Ｄを、この遺伝子の潜在的な有用性のため参照されたい。この遺伝子での2度目の実験結果は、このパネルの全試料において、この遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）ことを示す。
【０９３５】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３８５５  このパネルの全試料において、ＣＧ９３４４３−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【０９３６】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３８５５  ＣＧ９３４４３−０１遺伝子での1度の実験の結果を含まない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【０９３７】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２５５２  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、ＣＧ９３４４３−０１遺伝子の胃癌ＮＣＩ−Ｎ８７細胞株における高発現（ＣＴ＝２７−２８）と非常によく一致する結果となる。加えて、この遺伝子は、腎臓癌細胞株、卵巣癌細胞株、乳癌細胞株、肺癌細胞株、肝臓癌細胞株、膵臓癌細胞株および大腸癌細胞株ならびに悪性黒色腫において有意に発現する。従って、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、これらの癌処置において効果的であり得る。
【０９３８】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子は、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において中程度のレベルから低レベルで発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【０９３９】
興味深いことに、この遺伝子は、成人心臓（ＣＴ＝３３．４−３４）を対照として、胎児心臓において非常に高レベル（ＣＴ＝３０）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を成人心臓と胎児心臓とを区別するのに用い得ることを示す。
【０９４０】
加えて、この遺伝子は、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【０９４１】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ２５５２  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、ＣＧ９３４４３−０１遺伝子の大腸癌グレード２上行結腸（ＯＤＯ３９２１）、部分的な肝切除由来の大腸癌（ＯＤＯ４３０９）転移、および卵巣癌における高発現（ＣＴ＝２７）と非常によく一致する結果となる。加えて、この遺伝子は、対照正常隣接組織における発現を対照として胃癌、膀胱癌、卵巣癌、および大腸癌においてより高発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別し、癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、これらの癌処置において効果的であり得る。
【０９４２】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ２５５２  ＣＧ９３４４３−０１遺伝子の高発現を、ＫＡＴＯIII−胃癌腫（ＣＴ＝２５．５）において検出する。加えて、この遺伝子の発現は、髄芽腫、小細胞肺癌、胃の類表皮癌腫、頚部の類表皮癌腫、Ｂ細胞白血病およびＴ細胞白血病、赤白血病、ＫＵ−８１２骨髄性白血病、膵臓癌、膀胱癌および大腸癌においてより高値となる。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこの試料と他の資料とを区別し、癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、これらの癌処置において効果的であり得る。
【０９４３】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３８５５  ＣＧ９３４４３−０１遺伝子の高発現を、イオノマイシンで処置したRamosＢ細胞（ＣＴ＝２６．８）において独占的に検出する。さらに、この遺伝子の発現を、休止型RamosＢ細胞（ＣＴ＝４０）において低値／検出しない。従って、この遺伝子の発現を、イオノマイシンで処置しないRamos細胞およびこのパネルで用いた他の試料とイオノマイシンで処置したRamos細胞とを区別するのに用い得る。また、刺激したRamosＢ細胞におけるこの遺伝子の発現は、この遺伝子を、関節リウマチ、ループス、骨関節炎、および過剰増殖性のＢ細胞疾患を含むリウマチ性疾患において含み得ることを示す。
【０９４４】
加えて、この遺伝子の低レベルだが有意な発現を、大腸および腎臓（ＣＴ＝３２）においても検出する。さらに、この遺伝子の発現を、正常大腸を対照としてＩＢＤ大腸炎およびクローン病患者由来の大腸試料においても減少する。それゆえ、この遺伝子産物活性の治療上の調節は、炎症性腸疾患およびループスおよび糸球体腎炎のような腎臓関係疾患の処置において有効であり得る。
【０９４５】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ２５５２  同一のプローブおよびプライマーで行う３度の実験は、ＫＵ−８１２（好塩基球）細胞におけるＣＧ９３４４３−０１遺伝子の最も高発現（ＣＴ＝２６−２７）と非常によく一致する結果となる。この遺伝子を、健康および病気における免疫応答において意義ある細胞型の広範囲において高レベルから中程度のレベルで発現する。これらの細胞は、肺および皮膚由来の上皮細胞型および線維芽細胞型、および大腸、肺、胸腺および腎臓を表す正常組織はもちろん、Ｔ細胞、Ｂ細胞、内皮細胞、マクロファージ／単球、および末梢血単核球細胞ファミリーの細胞を含む。発現のこの偏在パターンは、この遺伝子産物が、これらの細胞型および他の細胞型および組織に対するホメオスタシス過程において含み得ることを示す。このパターンは、一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４における発現の特性と一致し、細胞生存および細胞増殖における遺伝子産物の機能も示す。それゆえ、機能的な治療における遺伝子産物の調節は、これらの細胞型と関係する機能の変化を引き起こし得るし、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【０９４６】
Ｔ．ＮＯＶ２７ａ（ＣＧ５０８３８−０１：ロイシンリッチリピート膜貫通タンパク質ＦＬＲＴ３）
表ＴＡ、ＴＢおよびＴＣに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ９２、Ａｇ２７６３およびＡｇ９２ｂを用いて、遺伝子ＣＧ５０８３８−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＴＤ、ＴＥ、ＴＦ、ＴＧ、ＴＨ，ＴＩおよびＴＪに示す。
【０９４７】
【表４９４】
2005508604.tif 000495
【０９４８】
【表４９５】
2005508604.tif 000496
【０９４９】
【表４９６】
2005508604.tif 000497
【０９５０】
【表４９７】
2005508604.tif 000498
【０９５１】
表ＴＤの続き
【表４９８】
2005508604.tif 000499
【０９５２】
【表４９９】
2005508604.tif 000500
【０９５３】
表ＴＥの続き
【表５００】
2005508604.tif 000501
【０９５４】
【表５０１】
2005508604.tif 000502
【０９５５】
表ＴＦの続き
【表５０２】
2005508604.tif 000503
【０９５６】
表ＴＦの続き
【表５０３】
2005508604.tif 000504
【０９５７】
【表５０４】
2005508604.tif 000505
【０９５８】
表ＴＧの続き
【表５０５】
2005508604.tif 000506
【０９５９】
表ＴＧの続き
【表５０６】
2005508604.tif 000507
【０９６０】
【表５０７】
2005508604.tif 000508
【０９６１】
表ＴＨの続き
【表５０８】
2005508604.tif 000509
【０９６２】
表ＴＨの続き
【表５０９】
2005508604.tif 000510
【０９６３】
【表５１０】
2005508604.tif 000511
【０９６４】
表ＴＩの続き
【表５１１】
2005508604.tif 000512
【０９６５】
【表５１２】
2005508604.tif 000513
【０９６６】
表ＴＪの続き
【表５１３】
2005508604.tif 000514
【０９６７】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ９２  ＣＧ５０８３８−０１遺伝子は、慢性関節リウマチ（ＲＡ）滑膜分泌細胞において高発現（ＣＴ＝２８）する。この遺伝子は、変形性関節炎患者（ＣＴ＝３１−３５）を対照として骨試料慢性関節炎患者由来の滑膜、軟骨および骨試料においてより高発現（ＣＴ＝２８−２９）を示す。それゆえ、この遺伝子によりコード化するＧＰＣＲ活性の治療上の調節は、関節リウマチを病む患者の処置において有効であり得る。
【０９６８】
加えて、この遺伝子は、正常および患者由来のほぼ全試料において低発現する。パネル４Ｄを、この遺伝子の潜在的な有用性のために参照されたい。
【０９６９】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ９２ｂ  このパネルは、アルツハイマー病においてＣＧ５０８３８−０１遺伝子の発現に差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳でのこの遺伝子の存在を確認する。パネル１および１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。プローブおよびプライマーセットＡｇ９２およびＡｇ２７６３で行う２度の付加的な実験の結果を挙げていない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【０９７０】
パネル１ 概要：Ａｇ９２／Ａｇ９２ｂ  ３度の実験は、ＣＧ５０８３８−０１遺伝子の小脳における最も高発現（ＣＴ＝２４−２７）を示す。加えて、海馬、視床および視床下部において発現する。この遺伝子は、ロイシンリッチリピート膜貫通タンパク質ＦＬＲＴ３（ＦＬＲＴ３）、ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）タンパク質ファミリーのメンバーをコード化する。ＦＬＲＴタンパク質は、細胞接着および／または受容体シグナル伝達において働き得る。（参考文献１）。コネクチン、スリット、チャオプチン、およびトールのようないくつかのＬＲＲタンパク質が、キイロショウジョウバエの神経発生において中心的に働き、神経発生およびヒト成人神経系において有意だが明確に働き得る（参考文献２）。キイロショウジョウバエにおいて、軸索誘導タンパク質のＬＲＲ領域を、それらの機能（特に軸索相反）に対して決定的であると知られている。この遺伝子によりコード化するロイシンリッチリピートタンパク質は、小脳において高発現するので、それは、一般的に軸索、樹状および／または成長錐体に対する神経性誘導タンパク質の優れた指標である。それゆえ、このタンパク質のレベルの治療上の調節またはこのタンパク質を介した可能なシグナル伝達は、神経細胞死（脳梗塞、頭部外傷）、軸索損傷（脊髄損傷）、または神経変異性 （アルツハイマー病, パーキンソン病, ハンチントン舞踏病、, 血管性痴呆または任意の神経変性疾患）応答したＣＮＳにおける代償的なシナプス形成線維増殖を阻害し／直接作用する際に有用であり得る。
【０９７１】
代謝機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、下垂体、副腎、膵臓、甲状腺、骨格筋、心臓、および成人肝臓および胎児肝臓において中程度から低レベルで発現する。これらの組織に広く行きわたった発現は、この遺伝子産物は、この遺伝子の非調節の発現が肥満症および糖尿病のような神経内分泌性疾患または代謝性疾患の原因となり得る正常神経内分泌系および正常代謝系において働き得ることを示す。
【０９７２】
加えて、膵臓癌細胞株、胃癌細胞株、大腸癌細胞株、卵巣癌細胞株および肺癌細胞株由来の細胞株において発現する。従って、遺伝子の発現のこのパターンに基づき、この遺伝子産物活性の治療上の調節は、これらの癌処置において有用であり得る。
【０９７３】
参考文献
1. Lacy SE, Bonnemann CG, Buzney EA, Kunkel LM. Identification of FLRT1, FLRT2, and FLRT3: a novel family of transmembrane leucine-rich repeat proteins. Genomics 1999 Dec 15;62(3):417-26 
2. Battye R., Stevens A., Perry R.L., Jacobs J.R. (2001) Repellent signaling by Slit requires the leucine-rich repeats. J. Neurosci. 21: 4290-4298.
【０９７４】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２７６３／Ａｇ９２ｂ  異なるプローブおよびプライマーセットでの2度の実験は、ＣＧ５０８３８−０１遺伝子の発現in 胃癌ＮＣＩ−Ｎ８７、大腸癌ＣｏＣａ２、卵巣癌腫ＯＶＣＡＲ−５（ＣＴ＝２９−３１）における最も高発現と非常によく一致する結果となる。従って、この遺伝子の発現を、これらの癌を検出するマーカーとして用い得る。加えて、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、これらの癌処置において有益であり得る。
【０９７５】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において高レベルから中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。 
【０９７６】
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において高レベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【０９７７】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ２７６３／Ａｇ９２／Ａｇ９２ｂ  異なるプローブおよびプライマーセットで行う３度の実験は、ＣＧ５０８３８−０１遺伝子の腎臓癌（OD04450-01）試料での最も高発現（ＣＴ＝２７）と非常によく一致する結果となる。加えて、この遺伝子の発現は、対応する対照辺縁試料（ＣＴ＝２９）においてずっと低発現する。この遺伝子の有意な発現を、核グレード２の腎臓癌および乳癌においてもみる。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、腎臓または乳癌の処置において有益であり得る。
【０９７８】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ９２ｂ  ＣＧ５０８３８−０１遺伝子を、脳腫瘍細胞株（ＸＦ−４９８）およびＮＣＩ−Ｈ７２７肺類癌腫（ＣＴ＝２７）由来の試料において最も高発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。加えて、この遺伝子の有意な発現を、初期神経外胚葉、髄芽腫、粘膜表皮性肺癌腫、小細胞性肺癌、胃癌、卵巣癌、膵臓癌、骨肉腫、線維肉腫および大腸癌細胞株においてもみる。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、これらの癌処置において有益であり得る。
【０９７９】
加えて、このパネルでは、ＣＮＳ特に小脳におけるこの遺伝子の発現を確認する。パネル１を、この遺伝子の潜在的な有用性のために参照されたい。
【０９８０】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ２７６３、９２ａ、９２ｂ  異なるプローブおよびプライマーセットで行う３度の実験は、この遺伝子の処置していないＣＣＤ１１０６（ケラチノサイト）、胸腺、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮および肺（ＣＴ＝２７−２８）における最も高発現と非常によく一致する結果となる。それゆえ、この遺伝子の発現を、パネルのこの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。興味深いことに、この遺伝子の発現は、処置していない細気管支内皮およびＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置したケラチノサイトにおいて顕著に減少する。従って、この遺伝子の発現を、これら処置した細胞と処置していない細胞とを区別するのに用い得る。
【０９８１】
加えて、この遺伝子の有意な発現を、活性型ＣＤ４５ＲＡＣＤ４リンパ球ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した気管支内皮、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞、肺線維芽細胞および皮膚線維芽細胞、肝硬変、ループス腎臓、肺および腎臓においてもみる。この遺伝子は、フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質（ＦＬＲＴ）ファミリーのメンバーであるフィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通型タンパク質３（ＦＬＲＴ３）様分子をコードする。これらのタンパク質は、細胞接着および／または受容体シグナル伝達（パネル１の参考文献を参照）において働き得る。この遺伝子は、肺組織および腎臓組織の正常な完全性を維持するのに働き得る。それゆえ、この遺伝子によりコード化するＦＬＲＴ３の活性の治療上の調節は、慢性閉塞性肺疾患における肺内皮および喘息、アレルギー、肺気腫、ループスおよび糸球体腎炎のような腎臓関係疾患および肝硬変における炎症によりおこる症状の減少または排除のために有益であり得る。
【０９８２】
Ｕ．ＮＯＶ２８ａ（ＣＧ５８５６７−０１：プロトカドヘリン）
表ＵＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ２８９７を用いて、遺伝子ＣＧ５８５６７−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＵＢ、ＵＣ、ＵＤ、ＵＥ、ＵＦ、ＵＧおよびＵＨに示す。
【０９８３】
【表５１４】
2005508604.tif 000515
【０９８４】
【表５１５】
2005508604.tif 000516
【０９８５】
表ＵＢの続き
【表５１６】
2005508604.tif 000517
【０９８６】
【表５１７】
2005508604.tif 000518
【０９８７】
【表５１８】
2005508604.tif 000519
【０９８８】
表ＵＤの続き
【表５１９】
2005508604.tif 000520
【０９８９】
表ＵＤの続き
【表５２０】
2005508604.tif 000521
【０９９０】
【表５２１】
2005508604.tif 000522
【０９９１】
表ＵＥの続き
【表５２２】
2005508604.tif 000523
【０９９２】
表ＵＥの続き
【表５２３】
2005508604.tif 000524
【０９９３】
【表５２４】
2005508604.tif 000525
【０９９４】
表ＵＦの続き
【表５２５】
2005508604.tif 000526
【０９９５】
【表５２６】
2005508604.tif 000527
【０９９６】
表ＵＧの続き
【表５２７】
2005508604.tif 000528
【０９９７】
表ＵＧの続き
【表５２８】
2005508604.tif 000529
【０９９８】
【表５２９】
2005508604.tif 000530
【０９９９】
表ＵＨの続き
【表５３０】
2005508604.tif 000531
【１０００】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ２８９７  ＣＧ５８５６７−０１遺伝子の高発現を、対応する対照乾癬試料（ＣＴ＝３０）において検出する。さらに、この発現を、対照乾癬試料（ＣＴ＝３３）において下方制御する。それゆえ、この遺伝子の発現を、これらの試料を区別するのに用い得る。加えて、この遺伝子の発現を、肺気腫および慢性閉塞性肺疾患患者由来の肺において上方制御し、それは「ストレスを与えた」細気管支内皮、肺線維芽細胞および肺内皮（ＴＮＦαおよびＩＬ−で処置した）における発現と一致する。この推定タンパク質および／またはこのタンパク質を介したシグナル伝達の発現の抗体、小分子またはタンパク質療法による治療上の調節は、喘息、肺気腫および他の慢性閉塞性肺疾患型の疾患に起因する肺組織における炎症を阻害し得る。
【１００１】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ２８９７  このパネルは、アルツハイマー病においてＣＧ５８５６７−０１遺伝子の発現に差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【１００２】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２８９７  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、プロトカドヘリン相同体であるこの遺伝子の脊髄および大脳皮質における高発現（ＣＴ＝３１．５）を示す。低レベルの発現を、扁桃体および海馬を含む脳の他の領域においてもみる。カドヘリンは、ＣＮＳ発生に決定的であり、特に一般的な軸索誘導、樹状突起および／または成長錐体に特異的であるとわかっている。このタンパク質レベルの治療上の調節、またはこのタンパク質を介した可能なシグナル伝達は、神経細胞死（脳梗塞、頭部外傷）、軸索損傷（脊髄損傷）、または神経変異性（アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン舞踏病、血管性痴呆または任意の神経変性疾患）に応答したＣＮＳにおける代償的なシナプス形成および線維増殖を促進／指示する際に有用であり得る。プロトカドヘリンは、シナプス形成において重要な働きをし得るので、この遺伝子産物をうつ病、統合失調症において含み得る。ここでシナプス形成も含み得る。このカドヘリンは、小脳において最も高発現するため、脊髄小脳性運動失調に対しても優れた指標である。
【１００３】
発現の有意なレベルを、卵巣癌、腎臓癌および脳腫瘍由来の細胞株においてもみる。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別し、これらの癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、卵巣癌、腎臓癌および脳腫瘍の処置において効果的であり得る。  
【１００４】
参考文献
Hilschmann N, Barnikol HU, Barnikol-Watanabe S, Gotz H, Kratzin H, Thinnes FP. The immunoglobulin-like genetic predetermination of the brain: the protocadherins, blueprint of the neuronal network. Naturwissenschaften 2001 Jan;88(1):2-12
【１００５】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ２８９７  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、卵巣癌および腎臓癌におけるＣＧ５８５６７−０１遺伝子の最も高発現（ＣＴ＝３０．５）と妥当な一致する結果を生む。肺癌および子宮癌においても有意なレベルで発現する。加えて、対照正常隣接組織よりこれらの癌においてより高発現する。従って、この遺伝子産物のヒトモノクローナル抗体での治療の標的は、好ましくは腎臓癌、肺癌、子宮癌および卵巣癌における腫瘍細胞の転移および浸潤を制限または防御することを予測し得る。
【１００６】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ２８９７  ＣＧ５８５６７−０１遺伝子を、肺癌細胞株において最も高発現（ＣＴ＝３０．１）する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。パネル２Ｄを、この遺伝子の有用性のために参照されたい。
【１００７】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ２８９７  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、ＴＮＦαおよびＩＬ−１βで刺激した細気管支内皮および星状膠細胞（ＣＴ＝３３−３４）において高く上方制御したＣＧ５８５６７−０１遺伝子と妥当な一致する結果を生む。ＴＮＦαまたはサイトカインＩＬ−４を産生したＴｈ２に応答した肺微小血管内皮および肺線維芽細胞を含む肺における他の組織もまた、この遺伝子の発現を上方制御する。ＴＮＦαおよびＩＬ−４は、この疾患の病態において重要な働きをし得るため、このことは、この分子を炎症、特に喘息の結果として発現し得ることを示す。この転写物の発現の特性およびサイトカインのタイプに基づき、ＣＧ５８５６７−０１に対する抗体を産生し、喘息、肺気腫、および他の慢性閉塞性肺疾患型の疾患に起因する肺組織における炎症を阻害し得る。
【１００８】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ２８９７  このパネルの結果は、ＣＧ５８５６７−０１遺伝子の脳における発現を確認する。パネル１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【１００９】
Ｖ．ＮＯＶ２８ｂおよびＮＯＶ２８ｃ（ＣＧ５８５６７−０５、ＣＧ５８５６７−０６：プロトカドヘリン様）
表ＶＡおよびＶＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ２８９７およびＡｇ７０５を用いて、遺伝子ＣＧ５８５６７−０５およびＣＧ５８５６７−０６の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＶＣ、ＶＤ、ＶＥ、ＶＦ、ＶＧ、ＶＨ、ＶＩおよびＶＪに示す。
【１０１０】
【表５３１】
2005508604.tif 000532
【１０１１】
【表５３２】
2005508604.tif 000533
【１０１２】
【表５３３】
2005508604.tif 000534
【１０１３】
表ＶＣの続き
【表５３４】
2005508604.tif 000535
【１０１４】
【表５３５】
2005508604.tif 000536
【１０１５】
【表５３６】
2005508604.tif 000537
【１０１６】
表ＶＥの続き
【表５３７】
2005508604.tif 000538
【１０１７】
表ＶＥの続き
【表５３８】
2005508604.tif 000539
【１０１８】
【表５３９】
2005508604.tif 000540
【１０１９】
表ＶＦの続き
【表５４０】
2005508604.tif 000541
【１０２０】
表ＶＦの続き
【表５４１】
2005508604.tif 000542
【１０２１】
【表５４２】
2005508604.tif 000543
【１０２２】
表ＶＧの続き
【表５４３】
2005508604.tif 000544
【１０２３】
表ＶＧの続き
【表５４４】
2005508604.tif 000545
【１０２４】
【表５４５】
2005508604.tif 000546
【１０２５】
表ＶＨの続き
【表５４６】
2005508604.tif 000547
【１０２６】
【表５４７】
2005508604.tif 000548
【１０２７】
表ＶＩの続き
【表５４８】
2005508604.tif 000549
【１０２８】
表ＶＩの続き
【表５４９】
2005508604.tif 000550
【１０２９】
【表５５０】
2005508604.tif 000551
【１０３０】
表ＶＪの続き
【表５５１】
2005508604.tif 000552
【１０３１】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ２９８７  ＣＧ５８５６７−０１遺伝子の最も高発現を１１２４２７対応対照乾癬試料ー女性（ＣＴ＝３０）において検出する。さらに、この発現を相当する乾癬試料（ＣＴ＝３３）において下方制御する。それゆえ、この遺伝子の発現をこれらの試料を区別するのに用い得る。加えて、この遺伝子の発現を肺気腫患者およびＣＯＲＤ患者由来の肺において上方制御し、「ストレスを与えた」小気道上皮、肺線維芽細胞およ肺内皮（ＴＮＦαおよびＩＬ−１で処置した）における発現と一致する。この推定タンパク質の発現および／またはこのタンパク質を介したシグナル伝達の抗体、低分子タンパク質療法での治療的な調節は、喘息、肺気腫および他のＣＯＲＤ型患者に起因する肺組織における炎症を阻害し得る。
【１０３２】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ２８９７  このパネルでは、ＣＧ５８５６７−０１遺伝子のアルツハイマー病における発現に差がないことを示す。しかしながら、この発現の特性は、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【１０３３】
パネル１．２ 概要：Ａｇ７０５  同一のプローブとプライマーでの２度の実験は、卵巣癌細胞株および大脳皮質（ＣＴ＝２５−２６）における最も高発現を示す。この遺伝子を、脊髄、扁桃体、海馬を含む中枢神経系の他の部分においても発現する。パネル１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性のさらなる考察のために参照されたい。
【１０３４】
卵巣癌細胞株における発現に加えて、この遺伝子を卵巣癌および脳腫瘍由来の細胞群においても発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の試料を区別し、これらの癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的な調節は、卵巣癌および脳腫瘍の処置において効果的であり得る。
【１０３５】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ２８９７  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、プロトカドヘリン相同体であるこの遺伝子の脊髄および大脳皮質における最も高発現（ＣＴ＝３１．５）を示す。扁桃体および海馬を含む脳の他の部分において低レベルで発現する。カドヘリンは、ＣＮＳ発生、特に全身の軸索誘導、樹状突起および／または成長錐体において決定的であると分かっている。このタンパク質レベルまたはこのタンパク質を介した可能なシグナル伝達の治療的な調節は、神経死(脳梗塞、頭部損傷)、軸索損傷(脊髄損傷)、または神経変性(アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン舞踏病、血管性痴呆または任意の神経変性疾患)に応答したＣＮＳにおける代償的なシナプス形成および線維増殖を亢進／指示する際に有用であり得る。プロトカドヘリンは、シナプス形成において重要な働きをするので、この遺伝子産物を、うつ病、総合失調症において含み得るし、シナプス形成も含む。このカドヘリンは、小脳において最も高発現を示すので、これは脊髄小脳の失調症に対しても優れた指標となる。
【１０３６】
腎臓癌および脳腫瘍由来の細胞株においても有意に発現する。従って、この遺伝子の発現をこのパネルのこれらの試料と他の試料とを区別し、癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的な調節は、卵巣癌、腎臓癌および脳腫瘍の処置において効果的であり得る。
【１０３７】
参考文献
Hilschmann N, Barnikol HU, Barnikol-Watanabe S, Gotz H, Kratzin H, Thinnes FP. The immunoglobulin-like genetic predetermination of the brain: the protocadherins, blueprint of the neuronal network. Naturwissenschaften 2001 Jan;88(1):2-12 
【１０３８】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ２９８７  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、卵巣癌および腎臓癌におけるＣＧ５８５６７−０１遺伝子の最も高発現（ＣＴ＝３０．５）と妥当な一致をする。肺癌および子宮癌においても優位に発現する。加えて、一致正常隣接組織においてよりこれらの癌においてより高発現する。従って、この遺伝子産物のヒトモノクローナルでの治療的な標的は、好ましくは、腎臓癌、肺癌、子宮癌および卵巣癌において、腫瘍細胞転移および浸潤の広がりを制限または防ぎ得ることを予測する。
【１０３９】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ２８９７  ＣＧ５８５６７−０１遺伝子を、肺癌細胞株において最も高発現（ＣＴ＝３０．１）する。従って、この遺伝子の発現をこのパネルのこの試料および他の試料とを区別するのに用い得る。パネル２Ｄを、癌におけるこの遺伝子の有用性のさらなる考察のために参照されたい。
【１０４０】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ２８９７  同一のプローブおよびプライマーでの２度の実験は、ＴＮＦαおよびＩＬ−１βで刺激した小気道上皮および星状膠細胞において高く上方制御したＣＧ５８５６７−０１の発現（ＣＴ＝３３−３４）と妥当に一致する。肺における他の組織は、ＴＮＦαまたはＴｈ２が産生したサイトカインＩＬ−４をに応答した肺微小血管内皮および肺線維芽細胞を含み、この遺伝子の発現も上方制御する。この結果観察は、ＴＮＦαおよびＩＬ−４がこの疾患の病態において重要な働きをし得るため、この分子が炎症、特に喘息の結果として発現し得ることを示す。それを誘導するこの転写物およびサイトカインの型の発現特性に基づき、ＣＧ５８５６７−０１遺伝子に対する抗体は、喘息、肺気腫および他のＣＯＲＤ型疾患に起因する肺組織における炎症を阻害し得る。
【１０４１】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ２８９７  このパネルの結果は、脳におけるＣＧ５８５６７−０１遺伝子の発現を確認する。パネル１．３Ｄを、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【１０４２】
Ｗ．ＮＯＶ２９ａおよびＮＯＶ２９ｃ（ＣＧ５９２４３−０１およびＣＧ５９２４３−０２：ミトコンドリアのキャリア）
表ＷＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３４１５を用いて、遺伝子ＣＧ５９２４３−０１およびＣＧ５９２４３−０２の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＷＢ、ＷＣ、ＷＤおよびＷＥに示す。遺伝子配列の予測を確認しつつ、ＣＧ５９２４３−０２がＣＧ５９２４３−０１遺伝子の物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【１０４３】
【表５５２】
2005508604.tif 000553
【１０４４】
【表５５３】
2005508604.tif 000554
【１０４５】
【表５５４】
2005508604.tif 000555
【１０４６】
表ＷＣの続き
【表５５５】
2005508604.tif 000556
【１０４７】
【表５５６】
2005508604.tif 000557
【１０４８】
表ＷＤの続き
【表５５７】
2005508604.tif 000558
【１０４９】
【表５５８】
2005508604.tif 000559
【１０５０】
表ＷＥの続き
【表５５９】
2005508604.tif 000560
【１０５１】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ３４１５  ＣＧ５９２４３−０１遺伝子での1つの実験の結果を挙げていない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【１０５２】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３４１５  このパネルでは、ＣＧ５９２４３−０１遺伝子が個々の独立グループの脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差を、この実験のアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照死後脳間で検出しない。パネル１．３Ｄを、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のために参照されたい。
【１０５３】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ３４１５  ＣＧ５９２４３−０１遺伝子は、肺癌細胞株における有意な発現を伴ない大腸癌細胞株において高発現（ＣＴ＝３３．２）する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別し、大腸癌または肺癌の存在を検出するマーカーとして用いうる。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、大腸癌または肺癌の処置において効果的であり得る。
【１０５４】
加えて、この遺伝子は、胎児脳および大脳皮質において低レベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん発作、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系の発生およびＣＮＳ疾患において働き得る。
【１０５５】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ３４１５  ＣＧ５９２４３−０１遺伝子は、肺癌において高発現（ＣＴ＝３２．５）し、パネル１．３Ｄにおける発現と一致する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。パネル１．３Ｄを、癌の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のために参照されたい。
【１０５６】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３４１５  ＣＧ５９２４３−０１遺伝子を、イオノマイシンで処置したRamosＢ細胞株において高発現（ＣＴ＝２９．５）する。この転写物を、活性型Ｂ細胞（ＰＷＭまたはＣＤ４０Ｌ ＋ＩＬ−４で処置したＢ細胞）においても低値だが有意なレベルで発現する。この転写物を、Ｂ細胞マイトジェンで処置したＰＢＭＣにおいても発現し、活性化Ｂ細胞でのこの遺伝子の発現の重要性を示す。Ｂ細胞は、免疫の主要成分であり、抗体産生を含む多くの重要な機能的働きにおける免疫応答に対して寄与する。例えば、自己抗原に対する抗体産生は、全身性エリテマトーデスのような自己免疫疾患において重大な原因である。Ｂ細胞は、自己免疫、炎症過程および炎症カスケードにおいて重要な働きをするので、この遺伝子の治療上の調節産物は、喘息、アレルギー、慢性閉塞性肺疾患、肺気腫、クローン病、潰瘍形成大腸炎、関節リウマチ、乾癬、骨関節炎、および全身性エリテマトーデスを含む他の自己免疫疾患を病む患者の症状を軽減、または消滅し得る。
【１０５７】
Ｘ．ＮＯＶ３０ａ（ＣＧ５９５３４−０１：膜糖タンパク質）
表ＸＡおよびＸＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ５０４１およびＡｇ５０４３を用いて、遺伝子ＣＧ５９５３４−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＸＣおよびＸＤに示す。
【１０５８】
【表５６０】
2005508604.tif 000561
【１０５９】
【表５６１】
2005508604.tif 000562
【１０６０】
【表５６２】
2005508604.tif 000563
【１０６１】
表ＸＣの続き
【表５６３】
2005508604.tif 000564
【１０６２】
表ＸＣの続き
【表５６４】
2005508604.tif 000565
【１０６３】
【表５６５】
2005508604.tif 000566
【１０６４】
表ＸＤの続き
【表５６６】
2005508604.tif 000567
【１０６５】
表ＸＤの続き
【表５６７】
2005508604.tif 000568
【１０６６】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．５概要：Ａｇ５０４１／Ａｇ５０４３  ２つの異なるプローブおよびプライマーで行う２度の実験は、推定膜糖タンパク質であるＣＧ５９５３４−０１遺伝子の発現が、脳腫瘍および胃癌由来の細胞株において最も高発現（ＣＴ＝２４−２９）することを示す。この遺伝子は、脳腫瘍、卵巣癌、および胃癌由来の細胞株において有意に発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別し、これらの癌の存在を検出するマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、大腸癌、卵巣癌、および脳腫瘍の処置において効果的であり得る。
【１０６７】
代謝機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、下垂体、脂肪、副腎、膵臓、甲状腺、および成人骨格筋および胎児骨格筋、心臓、および肝臓において中程度のレベルから低レベルで発現する。これらの組織における広範な発現は、この遺伝子産物が、正常神経内分泌および正常代謝において働き、この遺伝子の非調節の発現は、肥満症および糖尿病のような神経内分泌性疾患または代謝性疾患の原因となり得ることを示す。
【１０６８】
加えて、この新規膜糖タンパク質分子を、ＣＮＳにおいて中程度のレベルから低レベルで発現し、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような神経性疾患の処置に対する小分子標的であり得る。
【１０６９】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ５０４１／Ａｇ５０４３  ２つの異なるプローブおよびプライマーで行う２度の実験は、推定膜糖タンパク質であるＣＧ５９５３４−０１遺伝子が、ＩＬ−９で処置した線維芽細胞およびイオノマイシンで処置したRamosＢ細胞株において最も高発現（ＣＴ＝２９−３０）することを示す。この遺伝子は、健康および病気での免疫応答における重要な細胞型の広範囲において中程度のレベルで発現する。これらの細胞は、肺および皮膚由来の上皮細胞型および線維芽細胞型、および大腸、肺、胸腺および腎臓を表す正常組織はもちろん、Ｔ細胞、Ｂ細胞、内皮細胞、マクロファージ／単球、および末梢血単核球細胞ファミリーの細胞を含む。発現のこの偏在パターンは、この遺伝子産物を、これらの細胞型および他の細胞型、およびこれらの組織および他の組織に対するホメオスタシス過程において含み得ることを示す。このパターンは、一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．５における発現の特性と一致し、細胞生存および細胞増殖における遺伝子産物の機能も示す。それゆえ、機能的治療での遺伝子産物の調節は、これらの細胞型と関係する機能の変化を導き得るし、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【１０７０】
Ｙ．ＮＯＶ３１ａおよびＮＯＶ３１ｂ（ＣＧ５９２８９−０１およびＣＧ５９２８９−０２：クラムス様）
表ＹＡおよびＹＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５３０およびＡｇ１９３２を用いて、遺伝子ＣＧ５９２８９−０１およびＣＧ５９２８９−０２の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＹＣおよびＹＤに示す。
【１０７１】
【表５６８】
2005508604.tif 000569
【１０７２】
【表５６９】
2005508604.tif 000570
【１０７３】
【表５７０】
2005508604.tif 000571
【１０７４】
【表５７１】
2005508604.tif 000572
【１０７５】
表ＹＤの続き
【表５７２】
2005508604.tif 000573
【１０７６】
表ＹＤの続き
【表５７３】
2005508604.tif 000574
【１０７７】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５３０  このパネルでは、ＣＧ５９２８９−０１遺伝子が、個々の独立グループの脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差を、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳間で検出しない。
【１０７８】
ＣＧ５９２８９−０１遺伝子は、上皮対立を起こし、維持する本質的なタンパク質であるキイロショウジョウバエクラムス１（ＣＲＢ１）相同体をコードする。マウスでは、ＣＲＢ１を、目および中枢神経系において独占的に発現する（参考文献１）。それゆえ、マウス相同分子種に類似するＣＧ５９２８９−０１遺伝子は、目および中枢神経系において発現すると言えるし、網膜ジストロフィー、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような網膜疾患および中枢神経系疾患において働き得る。
【１０７９】
参考文献
1. den Hollander AI, Ghiani M, de Kok YJ, Wijnholds J, Ballabio A, Cremers FP, Broccoli V. (2002) Isolation of Crb1, a mouse homologue of Drosophila crumbs, and analysis of its expression pattern in eye and brain. Mech Dev 110(1-2):203-7
【１０８０】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５３０  ＣＧ５９２８９−０１遺伝子での1つの実験結果を挙げていない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。 
【１０８１】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３５３０  ＣＧ５９２８９−０１遺伝子を、正常大腸において高発現（ＣＴ＝３１）する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルの他の組織と大腸とを区別するのに用い得る。さらに、この遺伝子の発現は、正常大腸を対照としてＩＢＤ大腸炎およびクローン病患者由来の大腸試料において減少する。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質活性の治療上の調節は、炎症性腸疾患の処置において有効であり得る。
【１０８２】
樹状細胞（ＤＣ）においても有意に発現し、ＣＤ４０に応答して発現を上方制御する。加えて、大腸での発現は、これらの組織における樹状細胞の存在から起こり得る。それゆえ、この転写物によりコード化したタンパク質の治療上の利用は、成熟樹状細胞の機能である抗原提示が喘息、関節リウマチ、ＩＢＤ、および乾癬のような重要な働きをする疾患の処置において重要であり得る。
【１０８３】
プローブおよびプライマーセットＡｇ１９３２での2度目の実験結果を挙げていない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【１０８４】
Ｚ．ＮＯＶ３２ａ（ＣＧ５７１１１−０１：プロトカドヘリン）
表ＺＡ、ＺＢ、ＺＣおよびＺＤに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３２４２、Ａｇ１０１２、Ａｇ１０９６およびＡｇ７０４を用いて、遺伝子ＣＧ５７１１１−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＺＥ、ＺＦ、ＺＧ、ＺＨ、ＺＩおよびＺＫに示す。
【１０８５】
【表５７４】
2005508604.tif 000575
【１０８６】
【表５７５】
2005508604.tif 000576
【１０８７】
【表５７６】
2005508604.tif 000577
【１０８８】
【表５７７】
2005508604.tif 000578
【１０８９】
【表５７８】
2005508604.tif 000579
【１０９０】
表ＺＥの続き
【表５７９】
2005508604.tif 000580
【１０９１】
【表５８０】
2005508604.tif 000581
【１０９２】
表ＺＦの続き
【表５８１】
2005508604.tif 000582
【１０９３】
【表５８２】
2005508604.tif 000583
【１０９４】
表ＺＧの続き
【表５８３】
2005508604.tif 000584
【１０９５】
表ＺＤの続き
【表５８４】
2005508604.tif 000585
【１０９６】
【表５８５】
2005508604.tif 000586
【１０９７】
表ＺＨの続き
【表５８６】
2005508604.tif 000587
【１０９８】
表ＺＨの続き
【表５８７】
2005508604.tif 000588
【１０９９】
【表５８８】
2005508604.tif 000589
【１１００】
表ＺＩの続き
【表５８９】
2005508604.tif 000590
【１１０１】
【表５９０】
2005508604.tif 000591
【１１０２】
表ＺＪの続き
【表５９１】
2005508604.tif 000592
【１１０３】
表ＺＪの続き
【表５９２】
2005508604.tif 000593
【１１０４】
【表５９３】
2005508604.tif 000594
【１１０５】
表ＺＫの続き
【表５９４】
2005508604.tif 000595
【１１０６】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１．０概要：Ａｇ３２４２  ＣＧ５９９８５−０１遺伝子を、潰瘍形成大腸炎、クローン病および乾癬を病む患者由来の試料における高発現（ＣＴ＝３３）を伴ない、このパネルにおいて偏在的に発現する。加えて、関節リウマチの滑膜、軟骨および骨由来の試料において有意に発現する。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質でデザインした抗体または低分子治療法は、炎症性腸疾患および関節リウマチの処置において有効であり得る。
【１１０７】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ１０１２／Ａｇ１０９６／Ａｇ３２４２  ３つの異なるプローブおよびプライマーのセットで行う３度の実験は、アルツハイマー病患者の海馬におけるＣＧ５７４４８−０１遺伝子の高発現と非常によく一致する結果となる。この遺伝子の発現における変化を、対照と比較してアルツハイマー病死後脳において検出しない。しかしながら、このパネルでは、独立した患者のグループのＣＮＳにおいてこの遺伝子の発現を確認する。パネル１．２を、有用性の考察のために参照されたい。プローブおよびプライマーセットＡｇ７０４で行う3度目のの実験は、低値で発現する（ＣＴ＞３５）。（データを示していない）データは、プローブが不出来である可能性を示す。
【１１０８】
パネル１．２ 概要：Ａｇ１０９６／Ａｇ３２４２  ２つの異なるプローブおよびプライマーで行う２度の実験は、肺癌および悪性黒色腫由来の腫瘍細胞株におけるＣＧ５７４４８−０１遺伝子の高発現（ＣＴ＝２４−２５）と非常によく一致する結果となる。腎臓癌細胞株, 卵巣癌細胞株および脳腫瘍細胞株においても有意なレベルで発現する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の資料とを区別し、これらの癌の存在に対する診断マーカーとして用い得る。この遺伝子は、カドヘリン、細胞接着分子に相同性のあるタンパク質をコード化する。それゆえ、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、肺癌、腎臓癌および悪性黒色腫の処置において効果的であり得る。
【１１０９】
この遺伝子の発現を、海馬における最も高発現を伴ない、扁桃体、視床、小脳、および大脳皮質を含む脳の多くの領域においても高発現する。発現を、脊髄においても検出する。カドヘリンは、発生の間および損傷に対する応答において特異的に軸索誘導および細胞接着タンパク質として働きうる（参考文献１）。それゆえ、このタンパク質レベルの調節は、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン舞踏病、脊髄小脳性運動失調、進行性核上麻痺、ＡＬＳ、頭部外傷、脳梗塞、または別の疾患／神経細胞減少に関係する状態での神経細胞死に対する代償的なシナプス応答を誘導する際に、有用であり得る。
【１１１０】
代謝機能をつかさどる組織の間で、この遺伝子を、細胞同士の接着におけるカドヘリンの広範囲の働きを反映し、下垂体、副腎、甲状腺、膵臓、骨格筋、および肝臓において中程度のレベルで発現する。この発現は、この遺伝子産物が、正常代謝機能および神経内分泌機能において働き、この遺伝子の調節不全が、（肥満症および糖尿病のような）代謝性疾患または神経内分泌性疾患の原因となり得ることを示す。
【１１１１】
参考文献
Ranscht B. (2000) Cadherins: molecular codes for axon guidance and synapse formation. Int. J. Dev. Neurosci. 18: 643-651.
【１１１２】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ３２４２  ＣＧ５７４４８−０１遺伝子を、腎臓癌細胞株において高発現（ＣＴ＝３１．１）する。卵巣癌、肺癌、脳腫瘍および悪性黒色腫由来の細胞株においても有意に発現する。これは、上記のパネルの結果と一致する。パネル１．２を、癌処置におけるこの遺伝子の有用性の考察のために参照されたい。
【１１１３】
上記のパネルによると、この遺伝子を、中枢神経系においても高発現する。パネル１．２を、中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性のより完全な考察のために参照されたい。
プローブおよびプライマーセットＡｇ７０４での２度目の実験結果を含まない。アンププロットは、高確率でプローブが不出来であることを示す。
【１１１４】
パネル２．２概要：Ａｇ３２４２  ＣＧ５７４４８−０１遺伝子を、眼球悪性黒色腫転移由来の試料において高発現（ＣＴ＝２９）する。従って、この遺伝子の発現をこのパネルのこの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。
【１１１５】
パネル２Ｄ概要：Ａｇ７０４  ＣＧ５７４４８−０１遺伝子での最初の実験結果を挙げていない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【１１１６】
パネル３Ｄ概要：Ａｇ１０１２  ＣＧ５７４４８−０１遺伝子での最初の実験結果を挙げる。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【１１１７】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ１０９６／Ａｇ３２４２  ２つの異なるプローブおよびプライマーで行う２度の実験は、ＰＭＡ／イオノマイシンで処置した好塩基球細胞株（ＫＵ−８１２）におけるＣＧ５７４４８−０１遺伝子の高発現（ＣＴ＝３０−３２）と非常によく一致する結果となる。粘膜表皮細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２由来の処置した試料および処置していない試料においても、有意に発現する。従って、この遺伝子は、カドヘリン相同体をコード化する。この遺伝子を、気道内皮（ＮＣＩ−Ｈ２９２）のモデルとしてしばしば用いる細胞株、およびさまざまな炎症性肺疾患に寄与する炎症性細胞に対する妥当なモデルである細胞株において発現する。これは、この遺伝子産物の治療上の調節が、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギーおよび肺気腫を含む病理性肺疾患および炎症性肺疾患を病む患者の症状を減少、または消滅し得ることを示す。
【１１１８】
正常大腸、腎臓、肺および胸腺由来の試料においても、低レベルだが有意なレベルで発現する。これは、この遺伝子産物が、これらの組織のホメオスタシスにおいて働き得ることを示す。それゆえ、この遺伝子産物の発現または機能の治療上の調節は、炎症におけるこの器官の正常機能を維持し、回復するために重要であり得る。
プローブおよびプライマーセットＡｇ７０４で行う３番目の実験結果を含まない。アンププロットは、高確率でプローブが不出来であることを示す。
【１１１９】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ１０１２  このパネルでは、ＣＧ５７４４８−０１遺伝子が、個々の独立グループの脳において低レベルで発現することを確認する。パネル１．２を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的な有用性の考察のために参照されたい。
【１１２０】
ＡＡ．ＮＯＶ３３ｃ（ＣＧ５９３６３−０３： ＢＡＢ２６１８４様）
表ＡＡＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ５２５４を用いて、遺伝子ＣＧ５８５９８−０１およびＣＧ５８５９８−０２の発現を評価した。
【１１２１】
【表５９５】
2005508604.tif 000596
【１１２２】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ５２５４  ＣＧ５５９６６−０３遺伝子の発現を、このパネルの全試料において低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【１１２３】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．５概要：Ａｇ５２５４  このパネルの全試料において、ＣＧ５５９６６−０３遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【１１２４】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ５２５４  このパネルの全試料において、ＣＧ５５９６６−０３遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【１１２５】
ＡＢ．ＮＯＶ３４ａ（ＣＧ５９３０１−０１：アンドロゲン受容体様）
表ＡＢＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５３６を用いて、遺伝子ＣＧ９３０１−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＢＢ、ＡＢＣ、ＡＢＤおよびＡＢＥに示す。
【１１２６】
【表５９６】
2005508604.tif 000597
【１１２７】
【表５９７】
2005508604.tif 000598
【１１２８】
【表５９８】
2005508604.tif 000599
【１１２９】
表ＡＢＣの続き
【表５９９】
2005508604.tif 000600
【１１３０】
【表６００】
2005508604.tif 000601
【１１３１】
表ＡＢＤの続き
【表６０１】
2005508604.tif 000602
【１１３２】
【表６０２】
2005508604.tif 000603
【１１３３】
表ＡＢＥの続き
【表６０３】
2005508604.tif 000604
【１１３４】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５３６  このパネルは、ＣＧ５９３０１−０１遺伝子が、個々の独立したグループにおける脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差は、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出されない。パネル１．４を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。
【１１３５】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５３６  ＣＧ５９３０１−０１遺伝子の高発現を、肺癌細胞株ＮＣＩ−Ｈ２３のひとつにおいて検出（ＣＴ＝３０．８）する。加えて、この遺伝子を、乳癌細胞株Ｔ４７Ｄおよび卵巣癌細胞株ＳＫ−ＯＶ−３において高発現（ＣＴ＝３１）する。それゆえ、この遺伝子の発現を、 このパネルで用いた他の試料とこれらの試料を区別し、これらの癌を検出するマーカーとして用いうる。また、この遺伝子は、中枢神経系癌細胞株、大腸癌細胞株、胃癌細胞株、肺癌細胞株、乳癌細胞株、腎臓癌細胞株および前立腺癌細胞株において有意に発現する。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、これらの癌の処置において有益であり得る。
【１１３６】
この遺伝子の低発現を、前立腺、腎臓および膀胱由来試料においても調べる。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、これらの組織と関係する疾患の処置において有益であり得る。
【１１３７】
この遺伝子は、小脳、海馬および胎児脳において中程度のレベル（ＣＴ＝３２−３５）で発現する。それゆえ、この遺伝子は、パーキンソン病、てんかん、てんかん発作、運動失調、自閉症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において、働き得る。
【１１３８】
パネル２．２概要：Ａｇ３５３６  ＣＧ５９３０１−０１遺伝子は、このパネルの２つの乳癌転移試料（ＣＴ＝３４−３４．５）において有意に発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルの乳癌を他の試料と区別するために用い得る。さらに、この遺伝子活性の治療上の調節産物は、乳癌の処置において有益であり得る。
【１１３９】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３５３６  ＣＧ５９３０１−０１遺伝子の高発現を大腸（ＣＴ＝３０．８３）において検出する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルの大腸を他の組織と区別するのに用い得る。さらに、この遺伝子の発現を、正常大腸を対照として、ＩＢＤ大腸炎およびクローン病患者由来の大腸試料（ＣＴ＞３５）において検出する。それゆえ、この遺伝子産物の治療上の調節は、炎症性腸疾患の処置において有効であり得る。
【１１４０】
この遺伝子は、肺、活性型Ｔｈ２および休止型一次Ｔｈ２、ＩＬ−２＋ＩＦＮγで処置したＬＡＫ細胞、ＨＵＶＥＣ、肺微小血管ＥＣ、ＴＮＦα+ＩＬ−１βで処置した気管支内皮ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した星状膠細胞ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置したＣＣＤ１１０６（ケラチノサイト）、肺線維芽細胞、ＴＮＦαで処置した皮膚線維芽細胞ＣＣＤ１０７０細胞由来の試料および肝硬変試料において低から中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子またはそのタンパク質産物の治療上の調節は、一般的自己免疫、アレルギー、喘息、乾癬および肺気腫の処置において有益であり得る。
【１１４１】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ３５３６  このパネルの全試料において、この遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【１１４２】
ＡＣ．ＮＯＶ３５ａ（ＣＧ５９５２５−０１：癌胚抗原ＣＧＭ１）
表ＡＣＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３４５７を用いて、遺伝子ＣＧ５９５２５−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＣＢおよびＡＣＣに示す。
【１１４３】
【表６０４】
2005508604.tif 000605
【１１４４】
【表６０５】
2005508604.tif 000606
【１１４５】
表ＡＣＢの続き
【表６０６】
2005508604.tif 000607
【１１４６】
【表６０７】
2005508604.tif 000608
【１１４７】
表ＡＣＣの続き
【表６０８】
2005508604.tif 000609
【１１４８】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３４５７  このパネルの全試料において、ＣＧ５９５２５−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３４．５）。
【１１４９】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３４５７  ＣＧ５９５２５−０１遺伝子は、大腸癌細胞株において独占的に有意（ＣＴ＝３４．０２）に発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルの大腸癌を他の試料と区別するのに用い得る。さらに、この遺伝子によりコード化するタンパク質活性の治療上の調節は、大腸癌の処置において有益であり得る。
【１１５０】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３４５７  ＣＧ５９５２５−０１遺伝子の低レベルからから中程度の発現を、休止型および活性型、一次および二次Ｔｈ１、Ｔｈ２、Ｔｒ１試料、活性型二次ＣＤ８リンパ球および二次Ｔｈ１/Ｔｈ２/Ｔｒ１_抗ＣＤ９５ＣＨ１１において検出する。加えて、この遺伝子を、休止型一次Ｔｈ１細胞（ＣＴ＝３２）を対照として、活性型一次Ｔｈ１細胞（ＣＴ＝３５）において下方制御する。それゆえ、この遺伝子は、Ｔ細胞活性の調節において重要であり得る。また、この遺伝子は、これらのＴ細胞の機能において関係する。この転写物によりコード化したタンパク質でデザインした治療法は、Ｔ細胞の機能を調節および喘息、関節炎、乾癬、ＩＢＤ、および全身性エリテマトーデスのようなＴ細胞仲介型疾患を処置する際重要であり得る。
【１１５１】
ＣＧ５９５２５−０１遺伝子は、癌胚抗原関係細胞接着分子（ＣＥＡＣＡＭ）をコードする。関係するタンパク質であるＣＥＡＣＡＭ１は、樹状細胞の初期の成熟、および樹状細胞の活性を調節し、その結果Ｔ細胞応答の引き金および偏りを促進する。（参考文献１）この遺伝子の低レベルからから中程度のレベルの発現を、処置していない樹状細胞（ＣＴ＝３４）および抗ＣＤ４０で処置した細胞（ＣＴ＝３３）においても検出する。従って、この転写物によりコード化したタンパク質は、樹状細胞の分化および活性において重要であり得るし、Ｔ細胞応答の引き金および偏りにおいても重要であり得る。それゆえ、この転写物によりコード化したタンパク質でデザインした治療法は、喘息、肺気腫、炎症性腸疾患、関節炎および乾癬の処置において重要でありうる。
【１１５２】
この遺伝子の発現を、ＩＬ−２、ＩＬ−２＋ＩＬ１２、ＩＬ−２＋ＩＦＮγで処置したＬＡＫ細胞、ＰＷＭ／ＣＤ４０ＬおよびＩＬ−４で処置したBリンパ球、抗ＣＤ４０で処置した樹状細胞、およびＣＣＤ１０７０ＴＮＦγで処置した皮膚線維芽細胞において誘発する。それゆえ、この遺伝子またはそのタンパク質産物の治療上の調節は、一般的自己免疫、乾癬および肺気腫の処置において有益であり得る。
【１１５３】
参考文献
1. Kammerer R, Stober D, Singer BB, Obrink B, Reimann J. (2001) Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 on murine dendritic cells is a potent regulator of T cell stimulation. J Immunol 2001 Jun 1;166(11):6537-44  
【１１５４】
ＡＤ．ＮＯＶ３６Ａａ（ＣＧ５９４８４−０１：ＴＧＦβ抵抗性関連タンパク質）
表ＡＤＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３４４８を用いて、遺伝子ＣＧ５９４８４−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＤＢ、ＡＤＣおよびＡＤＤに示す。
【１１５５】
【表６０９】
2005508604.tif 000610
【１１５６】
【表６１０】
2005508604.tif 000611
【１１５７】
【表６１１】
2005508604.tif 000612
【１１５８】
表ＡＤＣの続き
【表６１２】
2005508604.tif 000613
【１１５９】
【表６１３】
2005508604.tif 000614
【１１６０】
表ＡＤＤの続き
【表６１４】
2005508604.tif 000615
【１１６１】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３４４８  このパネルは、ＣＧ５９４８４−０１遺伝子が、個々の独立したグループの脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差は、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出されない。パネル１．４を中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。
【１１６２】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３４４８  ＣＧ５９４８４−０１遺伝子の高発現を、大腸（ＣＴ＝２４．９）において検出する。それゆえ、この遺伝子の発現を、パネルのこの試料を他の試料と区別するのに用い得る。さらに、この遺伝子の発現を、大腸癌組織および細胞株（ＣＴ＝３０−３２）において減少する。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質活性の治療上の調節は、大腸癌、クローン病、および潰瘍形成大腸炎のような大腸関係疾患の処置において有効であり得る。
【１１６３】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子は、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において中程度のレベル（ＣＴ＝２９−３０）で発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【１１６４】
この遺伝子は、扁桃体、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含むＣＮＳにおいて有意なレベル（ＣＴ＝２７−２９）で発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。しかしながら、この遺伝子の中程度の発現を、中枢神経系の外側部分において検出し、細胞内シグナル伝達において広く働く可能性を示す。
【１１６５】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３４４８  ＣＧ５９４８４−０１遺伝子の高発現を、休止型一次Ｔｈ１細胞において検出する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルで用いたこの試料を他の試料と区別するのに用い得る。しかしながら、この遺伝子の中程度の発現を、このパネルで用いれた多くの試料において検出し、細胞内シグナル伝達において広く働く可能性を示す。
【１１６６】
興味深いことに、この遺伝子の発現を、正常大腸（ＣＴ＝２７．４５）を対照として、ＩＢＤ大腸炎（ＣＴ＝３１．２２）およびクローン病（ＣＴ＝３１．９９）患者由来の大腸試料において検出する。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質活性の治療上の調節は、炎症性腸疾患の処置において有効であり得る。
【１１６７】
ＡＥ．ＮＯＶ３８ａ（ＣＧ５９４５４−０１：ブチロフィリン）
表ＡＥＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３４４４を用いて、遺伝子ＣＧ５９４５４−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＥＢおよびＡＥＣに示す。
【１１６８】
【表６１５】
2005508604.tif 000616
【１１６９】
【表６１６】
2005508604.tif 000617
【１１７０】
【表６１７】
2005508604.tif 000618
【１１７１】
表ＡＥＣの続き
【表６１８】
2005508604.tif 000619
【１１７２】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３４４４  このパネルは、ＣＧ５９４５４−０１遺伝子が、個々の独立したグループの脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差は、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出されない。
【１１７３】
ＣＧ５９４５４−０１遺伝子は、ミルクタンパク質であるButyrophilinタンパク質（ＢＴＮ）をコードする。最近、天然のＢＴＮでのダークAgoutiラットの活性免疫が、Ｔ細胞およびマクロファージの散らばった髄膜および血管周囲の浸潤の形成により特徴付けるＣＮＳにおける活性免疫のきっかけとなることを証明した（パネル４Dにおける参考文献１を参照）。
【１１７４】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３４４４  ＣＧ５９４５４−０１遺伝子での1つの実験の結果を含まない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【１１７５】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３４４４  ＣＧ５９４５４−０１の高発現を、ＭＬＲ３ｄａｙおよび休止一次的Ｔｈ１細胞（ＣＴ＝２５）由来の試料において検出する。従って、この遺伝子の発現を、パネルのこれら二つの試料を他の試料と区別するのに用いうる。加えて、この遺伝子の発現を、休止一次的Ｔｈ１細胞（ＣＴ＝２５）を対照として、活性化一次的Ｔｈ１細胞（ＣＴ＝２９）において下方制御する。従って、この転写物によりコード化されたタンパク質でデザインした治療法は、喘息、肺気腫、乾癬、ＩＢＤ、全身性エリテマトーデス、自己免疫疾患、脳脊髄炎、および寄生虫病のようなＴ細胞仲介型疾患の処置において、重要でありうる。
【１１７６】
ＣＧ５９４５４−０１遺伝子は、ミルクタンパク質であるブチロフィリンタンパク質をコード化する。最近、ブチロフィリンは、実験に基づく自己免疫脳脊髄炎においてミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質に応答して脳炎惹起性Ｔ細胞を調節することがわかった。（参考文献１）
【１１７７】
参考文献
1. Stefferl A, Schubart A, Storch2 M, Amini A, Mather I, Lassmann H, Linington C. (2000) Butyrophilin, a milk protein, modulates the encephalitogenic T cell response to myelin oligodendrocyte glycoprotein in experimental autoimmune encephalomyelitis. J Immunol 165(5):2859-65  
【１１７８】
ＡＦ．ＮＯＶ３９ａ（ＣＧ５９３０７−０１：ＫＩＡＡ1769）
表ＡＦＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５３９を用いて、遺伝子ＣＧ５９３０７−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＦＢ、ＡＦＣおよびＡＦＤに示す。
【１１７９】
【表６１９】
2005508604.tif 000620
【１１８０】
【表６２０】
2005508604.tif 000621
【１１８１】
【表６２１】
2005508604.tif 000622
【１１８２】
表ＡＦＣの続き
【表６２２】
2005508604.tif 000623
【１１８３】
【表６２３】
2005508604.tif 000624
【１１８４】
表ＡＦＤの続き
【表６２４】
2005508604.tif 000625
【１１８５】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５３９  このパネルは、ＣＧ５９３０７−０１遺伝子が、個々の独立したグループの脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差は、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出されない。パネル１．４を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。
【１１８６】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５３９  ＣＧ５９３０７−０１遺伝子の最も高発現を、胃癌細胞株ＮＣＩ−Ｎ８７（ＣＴ＝２３．９）由来の試料において検出する。従って、この遺伝子の発現を、パネルのこの試料を他の試料と区別するのに用い得る。加えて、この遺伝子の低発現は、大腸癌、卵巣癌、乳癌、および中枢神経系癌細胞株とも関係する。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、これらの癌処置において有益であり得る。
【１１８７】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子は、膵臓, 脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において、中程度のレベル（ＣＴ＝２７−３１）で発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【１１８８】
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において、低レベルから中程度のレベル（ＣＴ＝３１−３３）で発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において、働き得る。
【１１８９】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３５３９  ＣＧ５９３０７−０１遺伝子の高発現を、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置したＣＣＤ１１０６（ケラチノサイト）由来の試料（ＣＴ＝２６．４５）において検出する。さらに、この遺伝子の発現を、活性型二次Ｔｈ１細胞、ＩＬ−２／ＩＬ−２＋ＩＦＮγ／ＩＬ−２＋ＩＬ１２／ＩＬ−２＋ＩＬ−１８で処置したＬＡＫ細胞、ＬＰＳで処置した樹状細胞、単球、およびマクロファージ、ＴＮＦα＋ＩＦＮγで処置したＨＵＶＥＣ、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した星状膠細胞、ＣＣＤ１１０６（ケラチノサイト）、および肺線維芽細胞において誘発する。それゆえ、この転写物によりコード化したタンパク質でデザインした治療法は、Ｔ細胞機能の調節および喘息、関節炎、乾癬、ＩＢＤ、癌細胞死滅、微生物感染およびウイルス感染に対する宿主免疫の改善、および全身性エリテマトーデスのようなＴ細胞仲介型疾患を処置する際に重要でありうる。
【１１９０】
ＡＧ．ＮＯＶ４０ａ（ＣＧ５９７１３−０１：ヴァン  ゴッホ）
表ＡＧＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３５１３を用いて、遺伝子ＣＧ５９７１３−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＧＢ、ＡＧＣおよびＡＧＤに示す。
【１１９１】
【表６２５】
2005508604.tif 000626
【１１９２】
【表６２６】
2005508604.tif 000627
【１１９３】
【表６２７】
2005508604.tif 000628
【１１９４】
表ＡＧＣの続き
【表６２８】
2005508604.tif 000629
【１１９５】
【表６２９】
2005508604.tif 000630
【１１９６】
表ＡＧＤの通続き
【表６３０】
2005508604.tif 000631
【１１９７】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３５１３  このパネルは、ＣＧ５９７１３−０１遺伝子は、個々の独立したグループの脳において、低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差は、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出されない。パネル１．４を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。
【１１９８】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３５１３  ＣＧ５９７１３−０１遺伝子の高発現を、一つの卵巣癌腫ＳＫ−ＯＶ−３由来の試料（ＣＴ＝２８）において、検出する。さらに、この遺伝子の有意な発現は、このパネルにおいて用いられた多くの癌試料（膵臓癌、中枢神経系癌、大腸癌、胃癌、腎臓癌、肺癌、乳癌、前立腺癌、悪性黒色腫細胞株）と関係する。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、または抗体を用いた治療上の調節は、これら全ての癌の処置において有益であり得る。
【１１９９】
興味深いことに、この遺伝子は、成人肝臓（ＣＴ＝３４）を対照として、胎児肝臓（ＣＴ＝３０）において非常に高レベルで発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現は、胎児肝臓を成人肝臓と区別するのに用い得ることを示す。加えて、胎児肝臓におけるこの遺伝子の関係する異常発現は、タンパク質産物を、胎児での肝臓の成長および発生において要求し得るし、従って、成人での再生能力において働き得ることを示す。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質の治療上の調節は、肝臓関係疾患の処置において有効であり得る。
【１２００】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において高レベルから中程度のレベル（ＣＴ＝３０−３２）で発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【１２０１】
加えて、この遺伝子は、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において、低レベル（ＣＴ＝３２−３４）で発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において、働き得る。
【１２０２】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３５１３  ＣＧ５９７１３−０１遺伝子の高発現を、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置したケラチノサイト（ＣＴ＝２７．９）において検出する。それゆえ、この遺伝子の発現を、このパネルで用いたＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置したケラチノサイトを他の試料と区別するのに用いうる。
【１２０３】
加えて、この遺伝子の発現を、活性型二次Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１細胞、ＩＬ−２で処置したＬＡＫ細胞、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮、およびＩＬ−４で処置したＮＣＩ−Ｈ２９２において誘発する。それゆえ、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、または抗体を用いた治療上の調節は、乾癬、喘息、肺気腫、癌、微生物感染およびウイルス感染の処置において有益であり得る。
【１２０４】
ＡＨ．ＮＯＶ４１ａ（ＣＧ５９５７０−０１： アクアポリン）
表ＡＨＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３４７５を用いて、遺伝子ＣＧ５９５７０−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＨＢおよびＡＨＣに示す。
【１２０５】
【表６３１】
2005508604.tif 000632
【１２０６】
【表６３２】
2005508604.tif 000633
【１２０７】
表ＡＨＢの続き
【表６３３】
2005508604.tif 000634
【１２０８】
【表６３４】
2005508604.tif 000635
【１２０９】
表ＡＨＣの続き
【表６３５】
2005508604.tif 000636
【１２１０】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３４７５  このパネルの全試料において、ＣＧ５９５７０−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３４．５）。
【１２１１】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３４７５  ＣＧ５９５７０−０１遺伝子の高発現を、脂肪組織試料（ＣＴ＝２７．７３）において、独占的に検出する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルの脂肪試料を他の試料と区別するのに用いうる。脂肪組織に加えて、この遺伝子は、膵臓、副腎、甲状腺、骨格筋、心臓、および消化管のような代謝機能または内分泌機能をつかさどる他の組織においても、低発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【１２１２】
ＣＧ５９５７０−０１は、アクアポリン７に類似のタンパク質をコードする。アクアポリンは、水チャネルであり、水の移動が多いおよび／または生理学的に重要な組織において普通見られる。ヒト脂肪組織において発現する遺伝子の組織的な分析において、Kuriyama 等（参考文献１）は、３４２アミノ酸と予測されたＡＱＰ７Ｌを単離した。彼らは、このアクアポリンが、関係することを示す。従って、予測する。この転写物によりコード化されたタンパク質は、脂肪細胞のグリセロール輸送体においても働き得る。
【１２１３】
興味深いことに、この遺伝子は、胎児心臓（ＣＴ＝３４）を対照として成人心臓（ＣＴ＝３０）において、非常に高レベルで発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を、胎児心臓を成人心臓と区別するのに用い得ることを示す。さらに、この遺伝子によりコード化するタンパク質の治療上の調節は、心臓関係疾患の処置において有効であり得る。
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、および小脳を含む試験した中枢神経系のある領域（ＣＴ＝３０−３４）において有意なレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、てんかん発作、運動失調、自閉症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【１２１４】
参考文献
1. Kuriyama, H.; Kawamoto, S.; Ishida, N.; Ohno, I.; Mita, S.; Matsuzawa, Y.; Matsubara, K.; Okubo, K. (1997) Molecular cloning and expression of a novel human aquaporin from adipose tissue with glycerol permeability. Biochem. Biophys. Res. Commun. 241: 53-58.  
【１２１５】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ３４７５  ＣＧ５９５７０−０１遺伝子の高発現を、処置していないＨＰＡＥＣ細胞およびＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置したＨＰＡＥＣ細胞（ＣＴ＝３０）において検出する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれら２つの試料を他の試料と区別するのに用いうる。加えて、この遺伝子の低発現を、肺線維芽細胞、ＩＦＮγで処置した肺線維芽細胞、ＩＬ−９で処置したＮＣＩ−Ｈ２９２細胞、絶食状態およびＩＦＮ−γで処置したＨＵＶＥＣ細胞、抗ＣＤ９５ＣＨ１１で処置した二次Ｔｈ１／Ｔｈ２／Ｔｒ１細胞、およびＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮においても検出する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、喘息, アレルギー, 肺気腫, 慢性閉塞性肺疾患のような肺関係疾患の処置において有効であり得る。
【１２１６】
興味深いことに、この遺伝子はＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置していない細気管支内皮（ＣＴ＝３５）を対照として、処置した細気管支内皮（ＣＴ＝３２）において非常に高レベルで発現する。従って、この遺伝子の発現をＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置した細気管支内皮細胞を処置していない細気管支内皮細胞と区別するのに用い得る。
【１２１７】
この遺伝子の発現を、肝硬変において低レベル（ＣＴ＝３４．５）で検出するが、正常肝臓（パネル１．４における正常肝臓において発現を検出しない）においては検出しない。この遺伝子によりコード化するタンパク質は、潜在的に肝臓内細胞を特異的な微小環境シグナルに応答させ得る。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質でデザインした治療法は、潜在的に肝臓機能を調節し、肝硬変および線維症を含む肝臓に作用する炎症性疾患または自己免疫疾患の同定または処置において働き得る。
【１２１８】
加えて、この遺伝子の中程度の発現を、腎臓、胸腺および大腸においても検出する。それゆえ、この遺伝子によりコード化するタンパク質でデザインした抗体または小分子治療法は、これらの組織に影響を及ぼす炎症性疾患または自己免疫疾患の処置において重要であり得る。
【１２１９】
ＡＩ．ＮＯＶ４２ａ（ＣＧ５６１６２−０２：リゾホスホリパーゼ様）
表ＡＩＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ２０４２を用いて、遺伝子ＣＧ５６１６２−０２の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＩＢおよびＡＩＣに示す。ＣＧ５６１６２−０２が物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【１２２０】
【表６３６】
2005508604.tif 000637
【１２２１】
【表６３７】
2005508604.tif 000638
【１２２２】
表ＡＩＢの続き
【表６３８】
2005508604.tif 000639
【１２２３】
【表６３９】
2005508604.tif 000640
【１２２４】
表ＡＩＣの続き
【表６４０】
2005508604.tif 000641
【１２２５】
パネル１．３Ｄ概要：Ａｇ１９０６／Ａｇ２０４２  ＣＧ５６１２６２−０２遺伝子の発現を、二つの異なるプローブ／プライマーセットを用いた２度の別々の実験で評価し、二度の実験間で非常に一致した。このパネルにおいて、大脳皮質および脳腫瘍を含む脳由来の組織において高発現（ＣＴ＝２５−２７）する。従って、この遺伝子の発現を、パネルのこれらの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。
【１２２６】
この遺伝子は、脂肪、肝臓、膵臓、下垂体、骨格筋および小腸を含むこのパネルで示す内分泌組織／代謝組織の多くにおいて高発現するリゾホスホリパーゼ相同体をコード化する。リゾホスホリパーゼは、リン脂質代謝における界面活性剤様仲介剤である。リゾホスホリパーゼは、ホルモンの生合成および代謝の調節において重要な酵素であり、インスリン分泌の調節において重要であると分かっている（以下の参考文献を参照）。上昇したリゾホスホリパーゼレベルを、アテローム性動脈硬化症および高脂血症を含む様々な疾患において検出した。いくつかの場合において、リゾホスホリパーゼの上昇したレベルを、リゾホスホリパーゼを含むリゾホスホリパーゼ様調節酵素の機能障害の結果と仮定すし、それは、加水分解によりリゾホスホリパーゼのレベルを調節する生物学的な膜状で機能する。従って、この遺伝子産物は、上昇したリゾホスホリパーゼと関連する疾患の処置において有効であり得る。
【１２２７】
この遺伝子は、脳における高発現を示す。リゾホスホリパーゼは、脳膜リン脂質を調節する決定的な控訴である。それらの活性変化は、統合失調症、パーキンソン病、およびアルツハイマー病を含む神経性疾患の宿主と関連する。従って、この遺伝子または遺伝子産物の発現または機能の治療上の調節は、他の疾患の処置において有効であり得る。プローブ／プライマーセットＡｇ１９５２での3度目の実験結果を挙げないことに注意されたい。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【１２２８】
参考文献
1.  Capito K, Reinsmark R, Thams P. Mechanism of fat-induced attenuation of glucose-induced insulin secretion from mouse pancreatic islets. Acta Diabetol 1999 Dec;36(3):119-25  
2.  Ross BM, Turenne S, Moszczynska A, Warsh JJ, Kish SJ.Differential alteration of phospholipase A2 activities in brain of patients with schizophrenia. Brain Res 1999 Mar 13;821(2):407-13
3.  Ross BM, Moszczynska A, Erlich J, Kish SJ. Low activity of key phospholipid catabolic and anabolic enzymes in human substantia nigra: possible implications for Parkinson's disease. Neuroscience 1998 Apr;83(3):791-8
4.  Ross BM, Moszczynska A, Erlich J, Kish SJ.Phospholipid-metabolizing enzymes in Alzheimer's disease: increased lysophospholipid acyltransferase activity and decreased phospholipase A2 activity. J Neurochem 1998 Feb;70(2):786-93
【１２２９】
パネル４Ｄ概要：Ａｇ１９０６／Ａｇ１９５２／Ａｇ２０４２  ＣＧ５６１６２−０２遺伝子の発現を、３つの異なるプローブ／プライマーのセットを用いた３度の別々の実施で評価し、実施間で非常に一致した。この遺伝子を、休止型マクロファージ、ＴＮＦαで活性化した皮膚線維芽細胞、ＬＰＳで刺激した樹状細胞ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで活性化した肺動脈内皮細胞、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで活性化した肺微小血管細胞、およびＴＮＦα＋ＩＦＮγで活性化した臍静脈内皮細胞を含む広範な様々な細胞において中程度のレベル（ＣＴ＝２７−２８）で発現する。従って、ＣＧ１２０８０３−０１遺伝子産物の機能と拮抗する抗体および低分子は、エリテマトーデス、喘息、肺気腫、クローン病、潰瘍形成大腸炎、多発性硬化症、関節リウマチ、骨関節炎、および乾癬のような炎症性疾患および自己免疫疾患患者の症状を改善、または消滅するのに有効であり得る。
【１２３０】
ＡＪ．ＮＯＶ４５ａおよびＮＯＶ４５ｂ（ＣＧ５９８５９−０１およびＣＧ５９８５９−０２：精巣発現タンパク質２６１（ＴＥＧ−２６１） ）
表ＡＪＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３６２３を用いて、遺伝子ＣＧ５９８５９−０１およびＣＧ５９８５９−０２の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＪＢ、ＡＪＣおよびＡＪＤに示す。遺伝子配列の予測を確認しつつ、ＣＧ５９８５９−０２がＣＧ５９８５９−０１遺伝子のの物理学的クローン全長を表すことに注意されたい。
【１２３１】
【表６４１】
2005508604.tif 000642
【１２３２】
【表６４２】
2005508604.tif 000643
【１２３３】
【表６４３】
2005508604.tif 000644
【１２３４】
表ＡＪＣの続き
【表６４４】
2005508604.tif 000645
【１２３５】
【表６４５】
2005508604.tif 000646
【１２３６】
表ＡＪＤの続き
【表６４６】
2005508604.tif 000647
【１２３７】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３６２３  このパネルは、ＣＧ５９８５９−０１遺伝子が、個々の独立グループの脳において、低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差は、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出されない。パネル１．４を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。
【１２３８】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３６２３  ＣＧ５９８５９−０１遺伝子の高発現を、胃癌腫KATOIII細胞株（ＣＴ＝２５）由来の試料において検出する。さらに、この遺伝子は、中枢神経系癌、大腸癌、胃癌、肺癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌および悪性黒色腫細胞由来の試料において高発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、パネルのこれらの試料と他の試料とを区別し、これらの癌を検出するマーカーとして用い得る。加えて、この遺伝子活性またはタンパク質産物の低分子、タンパク質療法または抗体の使用を通じた治療上の調節は、これらの癌処置において有益であり得る。
【１２３９】
加えて、この遺伝子は、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域いおいて有意なレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【１２４０】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、膵臓, 脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および消化管において、低レベルから中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【１２４１】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３６２３  ＣＧ５９８５９−０１遺伝子の高発現を、活性型二次Ｔｈ２細胞（ＣＴ＝２８．８）において検出する。この遺伝子を、一致休止型細胞（ＣＴ＝３０−３１）を対照として、活性型一次および活性型二次Ｔｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１細胞（ＣＴ＝２９）において高発現する。それゆえ、この遺伝子の発現を、これらの活性型細胞と休止型細胞を区別するのに用い得る。
【１２４２】
また、この遺伝子を、健康および病気での免疫応答における意義ある広範囲の細胞型において高レベルから中程度のレベルで発現する。これらの細胞は、肺および皮膚由来の上皮細胞型および線維芽細胞型、および大腸、肺、胸腺および腎臓を表す正常組織はもちろん、Ｔ細胞、Ｂ細胞、内皮細胞、マクロファージ／単球、および末梢血単核球細胞ファミリーの細胞を含む。発現のこの偏在するパターンは、この遺伝子産物がこれらの細胞型および他の細胞型および組織に対するホメオスタシス過程において含み得ることを示す。このパターンは、 一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４における発現の特性と一致し、細胞生存および細胞増殖における遺伝子産物の機能も示す。それゆえ、機能的な治療での遺伝子産物の調節は、これらの細胞型の変化を導き得るし、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【１２４３】
興味深いことに、この遺伝子の発現を、一致処置していない／休止型細胞（ＣＴ＝３１）を対照としてＰＷＭ／ＰＨＡ−Ｌで処置したＰＢＭＣ細胞およびＰＭＡ／イオノマイシンで処置したＫＵ−８１２細胞（好塩基球）において刺激する（ＣＴ＝２９）。それゆえ、この遺伝子の発現を、これらの処置した細胞と処置していない細胞とを区別するのに用い得る。加えて、この遺伝子によりコード化するタンパク質でデザインした抗体または低分子治療法は、全身性エリテマトーデス、クローン病、潰瘍形成大腸炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、喘息、肺気腫、関節リウマチ、アレルギー、過敏性反応、乾癬、およびウイルス感染の応答における好塩基球活性またはＰＢＭＣ活性に起因する炎症または組織損傷を防御しまたは阻害し得る。
【１２４４】
ＡＫ．ＮＯＶ４６ａ（ＣＧ５９９１３−０１：ＡＴＰ結合カセット輸送体）
表ＡＫＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３６３１を用いて、遺伝子ＣＧ５９９１３−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＫＢ、ＡＫＣおよびＡＫＤに示す。
【１２４５】
【表６４７】
2005508604.tif 000648
【１２４６】
【表６４８】
2005508604.tif 000649
【１２４７】
【表６４９】
2005508604.tif 000650
【１２４８】
表ＡＫＣの続き
【表６５０】
2005508604.tif 000651
【１２４９】
【表６５１】
2005508604.tif 000652
【１２５０】
表ＡＫＤの続き
【表６５２】
2005508604.tif 000653
【１２５１】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３６３１  このパネルは、ＣＧ５９９１３−０１遺伝子が、個々の独立したグループの脳において低レベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現差は、この実験においてアルツハイマー病死後脳と痴呆でない対照の死後脳の間で検出しない。パネル１．４を、中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的有用性の考察のため参照されたい。
【１２５２】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３６３１  ＣＧ５９９１３−０１遺伝子の発現を、腎臓由来の試料において高発現（ＣＴ＝２８．２３）する。さらに、この遺伝子の発現は、胎児腎臓において非常に低い（ＣＴ＝３３）。従って、この遺伝子の発現を、このパネルの成人腎臓を胎児腎臓および他の試料と区別するのに用い得る。
【１２５３】
代謝機能または内分泌機能をつかさどる組織の中で、この遺伝子を、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、胎児肝臓および消化管において中程度のレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子活性の治療上の調節は、肥満症および糖尿病のような内分泌／代謝関係疾患の処置において有効であり得る。
【１２５４】
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において有意なレベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【１２５５】
ＣＧ５９９１３−０１遺伝子は、ＡＢＣＡサブファミリーに属するＡＴＰ結合カセットＡ９、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）輸送体の変異体をコードする。ＡＢＣスーパーファミリーは、ビタミン、ペプチド、ステロイドホルモン、イオン、糖、およびアミノ酸の輸送体において含まれる種々の膜貫通タンパク質を含む（参考文献１）。機能障害性のＡＢＣ輸送体の結果起こる既知の遺伝子疾患は、嚢胞性線維症、ゼルウェガー（Zellweger）症候群、副腎白質萎縮症、多剤耐性、スターガルデット（Stargardt）黄斑のジストロフィー、タンジャー（Tangier）疾患（ＴＤ）および家族性ＨＤＬ欠損症（ＦＨＡ）（参考文献２、３）である。最近、ＡＢＣＡサブファミリーに属する輸送体であるＡＢＣＡ１の機能的な欠損は、マウスにおいて胎盤奇形、異常脂質分配、および腎臓糸球体腎炎、ならびに高密度のリポタンパク質コレステロール欠損を引き起こすことが分かった（参考文献３）。ＣＧ５９９１３−０１遺伝子を、このパネルで用いる非常に多くの正常組織において発現する。ＡＢＣＡ１に対する類似性において、この遺伝子は、脂質代謝、腎臓炎症、および循環器疾患およびＣＮＳ疾患においても広範に働き得る。
【１２５６】
参考文献
1. Higgins CF. (1992) ABC transporters: from microorganisms to man. Annu Rev Cell Biol 8:67-113 
PMID: 1282354 
2. Decottignies A, Goffeau A. (1997) Complete inventory of the yeast ABC proteins. Nat Genet 15(2):137-45.
【１２５７】
酵母ゲノムの全長配列は、偏在性のＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）スーパーファミリーに属する２９タンパク質の存在を予測する。二進法比較、系統分類および保存アミノ酸残基の検出を用いて、酵母ＡＢＣタンパク質を明確な予測形態および明確な推定機能の１０の半群を含む全６群に分類した。酵母ＡＢＣタンパク質の研究は、嚢胞性線維症、副腎白質萎縮症、ゼルウェガー症候群、多剤耐性およびインターフェロンの抗ウイルス活性において含まれるようなそれらのヒト相同体の生理的機能および生化学的メカニズムへの洞察を生む。
PMID: 9020838 
【１２５８】
3. Christiansen-Weber TA, Voland JR, Wu Y, Ngo K, Roland BL, Nguyen S, Peterson PA, Fung-Leung WP.(2000) Functional loss of ABCA1 in mice causes severe placental malformation, aberrant lipid distribution, and kidney glomerulonephritis as well as high-density lipoprotein cholesterol deficiency. Am J Pathol 2000 Sep;157(3):1017-29
【１２５９】
タンジャー疾患（ＴＤ）および家族性ＨＤＬ欠損症（ＦＨＡ）を、ＡＢＣスーパーファミリーのメンバーであるヒトＡＴＰ結合カセット輸送体１（ｈＡＢＣＡ１）における変異と最近関係付けた。両疾患を、高密度リポタンパク質コレステロール（ＨＤＬ−Ｃ）および低血清コレステロールの低下または欠乏により特徴付けた。マウスＡＢＣＡ１−／−フェノタイプは、ＡＢＣＡ１関係するヒトＴＤを確認する。ヒトにおけるＴＤと類似して、ＨＤＬ−Ｃは、様々な組織における血清コレステロールおよび脂質蓄積の減少に付随したＡＢＣＡ１−／−マウスにおいて実質的に欠損する。加えて、ＡＢＣＡ１−／−マウスの胎盤を奇形形成し、いくつかの胎児成長の遅延、胎児死および新生児死を結果起こす。これらの欠損に対する基礎は、ステロイド産生を変化し、ＨＤＬ−Ｃの欠損結果を指導するようである。６ヶ月までに、ＡＢＣＡ１−／−動物は、うっ血性心室不全にくっする心室拡張および肥大での心肥大により起こる免疫複合体の蓄積に起因する膜性増殖性糸球体腎炎を発症する。ＴＤのこのマウスモデルは、脂質代謝、腎臓炎症、および循環器疾患の研究において非常に有効であり、それらの間の思いもよらない関係を表し得る。
PMID: 10980140
【１２６０】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３６３１  ＣＧ５９９１３−０１遺伝子を、ＨＰＡＥＣおよび冠動脈ＡＭＣ細胞株由来の試料において高発現（ＣＴ＝３０）する。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこれらの試料と他の試料とを区別するのに用い得る。
【１２６１】
興味深いことに、この遺伝子の発現を、皮膚線維芽細胞およびＨＵＶＥＣ細胞の処置において（ＣＴ＝３１−３２）ＩＦＮ−γで刺激した。それゆえ、この転写物によりコード化されたタンパク質でデザインした治療法は、喘息、関節炎、乾癬、ＩＢＤ、および全身性エリテマトーデスのような疾患の重要な処置であり得る。
【１２６２】
この遺伝子の有意な発現を、肝硬変試料（ＣＴ＝３２）においても検出する。さらに、この遺伝子の発現を、パネル１．４の正常肝臓（ＣＴ＝３５）において低値／検出しないし、肝硬変独特の発現は、それゆえ、抗体または低分子物療法は、肝硬変において起こる線維症を改善または阻害し得ることを示す。
【１２６３】
この遺伝子を、正常大腸、肺、胸腺および腎臓組織において中程度のレベルで（ＣＴ＝３２−３３）発現する。正常組織における発現のこの偏在するパターンは、この遺伝子産物をこれらの組織に対するホメオスタシス過程において含み得ることを示す。このパターンは、一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４における発現の特性と一致し、細胞生存および細胞増殖における遺伝子産物の機能も示す。それゆえ、機能的な治療での遺伝子産物の調節は、これらの細胞型と関係する機能の変化を導き得るし、喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、エリテマトーデス、乾癬、関節リウマチおよび骨関節炎のような自己免疫疾患および炎症性疾患を病む患者の症状を改善し得る。
【１２６４】
ＡＬ．ＮＯＶ４７ａ（ＣＧ５９９０９−０１：ＡＴＰ結合カセット輸送体）
表ＡＬＡに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３６３０を用いて、遺伝子ＣＧ５９９０９−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＬＢ、ＡＬＣおよびＡＬＤに示す。
【１２６５】
【表６５３】
2005508604.tif 000654
【１２６６】
【表６５４】
2005508604.tif 000655
【１２６７】
表ＡＬＢの続き
【表６５５】
2005508604.tif 000656
【１２６８】
【表６５６】
2005508604.tif 000657
【１２６９】
表ＡＬＣの続き
【表６５７】
2005508604.tif 000658
【１２７０】
【表６５８】
2005508604.tif 000659
【１２７１】
表ＡＬＤの続き
【表６５９】
2005508604.tif 000660
【１２７２】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３６３０  同一のプローブおよびプライマーのセットで行う２度の実験は、非常によく一致する結果となる。このパネルでは、個々の独立グループの脳においてこの遺伝子が中程度のレベルで発現することを確認する。この遺伝子の発現を、アルツハイマー病患者の側頭皮質において上方制御すると分かっている。それゆえ、このタンパク質産物の遮断は、アルツハイマー病および神経細胞死と関連する痴呆／記憶喪失を逆転する際に有用であり得る。
【１２７３】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３６３０  ＣＧ５９９０９−０１遺伝子を、胎児肺における最も高発現（ＣＴ＝２６．３）を伴ない正常組織試料において一次的に発現する。
【１２７４】
この遺伝子を、脂肪、肝臓、心臓、骨格筋、副腎、下垂体および膵臓において低レベルから中程度のレベルで発現する。相同性により、この遺伝子産物は脂質またはコレステロール輸送体であり、代謝過程において決定的に働き得ると予想し得る。Ａｇ３６３０の治療上の調節は、１型糖尿病および２型糖尿病および肥満症を含む内分泌性疾患または代謝性疾患に対する処置であり得る。
【１２７５】
興味深いことに、この遺伝子は、成人肝臓（ＣＴ＝３０．５）を対照として胎児において非常に高レベル（ＣＴ＝２６．３）で発現する。この結果観察は、この遺伝子の発現を胎児肝臓と成人肝臓とを区別するのに用い得ることを示す。
【１２７６】
加えて、この遺伝子を、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質および脊髄を含む試験した中枢神経系の全ての領域において高レベルで発現する。それゆえ、この遺伝子は、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病のような中枢神経系疾患において働き得る。
【１２７７】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３６３０  ＣＧ５９９０９−０１遺伝子の高発現を、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで処置したＨＰＡＥＣ（ＣＴ＝２８．５）において検出する。加えて、この遺伝子を、内皮、平滑筋細胞および線維芽細胞において発現する。正常腎臓、肺、大腸、および胸腺においても発現する。転写物を、ＨＵＶＥＣ細胞においてγインターフェロンにより特に誘導する。ＨＵＶＥＣ細胞を、白血球血管外遊走を調べるインビトロのモデルの多くにおいて用い得る。γインターフェロン処置は、白血球回転および白血球結合、血管から末梢への白血球の移動において必要なステップを誘導するＨＵＶＥＣ細胞において多くのタンパク質の発現を誘導する。この転写物によりコード化した推定輸送体は、内皮が仲介する白血球補充において重要であり得るし、従って、喘息、肺気腫、乾癬、および関節炎と関連する炎症の処置に対する重要な標的であり得る。 
【１２７８】
参考文献
1. Lidington EA, Moyes DL, McCormack AM, Rose ML. (1999) A comparison of primary endothelial cells and endothelial cell lines for studies of immune interactions. Transpl Immunol 1999 Dec;7(4):239-46
【１２７９】
ＡＭ．ＮＯＶ４８ａ（ＣＧ５９９４５−０１：ステロイドホルモン受容体）
表ＡＭＡおよびＡＭＢに記載するプライマー−プローブのセットＡｇ３６３２およびＡｇ３６６６を用いて、遺伝子ＣＧ５９９４５−０１の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施結果を表ＡＭＣおよびＡＭＤに示す。
【１２８０】
【表６６０】
2005508604.tif 000661
【１２８１】
【表６６１】
2005508604.tif 000662
【１２８２】
【表６６２】
2005508604.tif 000663
【１２８３】
【表６６３】
2005508604.tif 000664
【１２８４】
表ＡＭＤの続き
【表６６４】
2005508604.tif 000665
【１２８５】
ＣＮＳ_神経変異性_ｖ１．０概要：Ａｇ３６３２  このパネルは、ＣＧ５９９４５−０１遺伝子が個々の独立したグループの脳において有意なレベルで発現することを確認する。この遺伝子を、アルツハイマー病患者の側頭皮質において上方制御すると分かっている。この受容体の遮断は、この疾患の処置において有用であり得るし、神経細胞死を減らし得る。
【１２８６】
ＣＧ５９９４５−０１遺伝子は、ステロイドホルモン受容体の相同体である。 ステロイドホルモンは、脳の発生および情動調節、他の機能において働く。脳におけるこの遺伝子およびステロイドホルモン受容体に対する相同体の発現に基づき、この遺伝子産物は、正常な神経性発生および神経性機能において働き得る。
【１２８７】
Ａｇ３６６６  この遺伝子での1つの実験結果を、挙げていない。アンププロットは、この実施に伴なう実験的困難を示す。
【１２８８】
参考文献
1. Kawata M, Matsuda K, Nishi M, Ogawa H, Ochiai I. Intracellular dynamics of steroid hormone receptor. Neurosci Res 2001 Jul;40(3):197-203
【１２８９】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．４概要：Ａｇ３６３２  ＣＧ５９９４５−０１遺伝子の発現（ＣＴ＝３３．９）は、精巣に限る。従って、この遺伝子の発現を、このパネルのこの試料と他の試料とを区別し、精巣組織のマーカーとして用い得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療上の調節は、男性の不妊または生殖機能不全の処置において有効であり得る。
【１２９０】
一般的_スクリーニング_パネル_ｖ１．５概要：Ａｇ３６６６  このパネルの全試料において、ＣＧ５９９４５−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【１２９１】
パネル４．１Ｄ概要：Ａｇ３６３２／Ａｇ３６６６  このパネルの全試料において、ＣＧ５９９４５−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【１２９２】
パネルＣＮＳ_１ 概要：Ａｇ３６６６  このパネルの全試料において、ＣＧ５９９４５−０１遺伝子の発現を低値／検出しない（ＣＴ＞３５）。
【１２９３】
実施例Ｄ：ＮＯＶＸ核酸配列中の単一ヌクレオチド多型の同定
変異体配列も、本出願に含む。変異体配列は、単一ヌクレオチド多型(ＳＮＰ)を含み得る。ある場合には、ＳＮＰを「ｃＳＮＰ」と呼び、そのＳＮＰを含むヌクレオチド配列がｃＤＮＡとして起源を有することを表示した。ＳＮＰは、幾つかの方式で起こり得る。例えば、ＳＮＰは、多型部位における一つのヌクレオチドのもう一つによる置換に起因し得る。そのような置換は、転位または転換のどちらでもあり得る。ＳＮＰはまた、参照対立遺伝子と比べ、ヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入から起こり得る。この場合、多型部位は、一つの対立遺伝子がもう一つの対立遺伝子中の特定ヌクレオチドに関して間隙を有する部位である。遺伝子内で発生するＳＮＰは、ＳＮＰの位置で遺伝子によりコード化されたアミノ酸の変更を生じ得る。遺伝子内ＳＮＰはまた、ＳＮＰを含むコドンが遺伝子コードの重複性の結果として同じアミノ酸をコード化するときには、沈黙し得る。遺伝子の領域外でまたは遺伝子内のイントロン中で発生するＳＮＰは、タンパク質の任意のアミノ酸配列にも変化を生じないが、発現パターンの調節変更を生じ得る。例としては、時間的発現における変化、生理的応答調節、細胞型発現調節、発現強度、および転写されるメッセージの安定性が挙げられる。
【１２９４】
エクソン結合方法により生産するSeqCalling集合体を選択し、以下の判定基準を用いて伸長した。初期または伸長した配列のすべてまたは部分に対し９８％同一性を持つ領域を有するゲノムクローンを、クエリーヒトゲノムデータベースに関連する配列を用いてＢＬＡＳＴＮ検索により同定した。この同一性は、これらのクローンがこれらのSeqCalling集合体に対するゲノム遺伝子座を含むことを示すので、生じたゲノムクローンをさらなる分析用に選択した。これらの配列を、推定コーディング領域に対してならびに公知のＤＮＡおよびタンパク質配列に対する類似性に対して分析した。これらの分析のために用いたプログラムとしては、Ｇｒａｉｌ、Ｇｅｎｓｃａｎ、ＢＬＡＳＴ、ＨＭＭＥＲ、ＦＡＳＴ、Ｈｙｂｒｉｄおよび他の関連プログラムが挙げられる。
【１２９５】
選択したSeqCalling集合体はこれらの領域にマップするので、或るさらに別な遺伝子領域がまた、同定されていてもよい。そのようなSeqCalling配列は、相同性またはエクソン予測により定義する領域と重なっていてもよい。それらはまた、フラグメントの位置が、元の予測した配列に含む類似性またはエクソン予測により同定する遺伝子領域の近傍にあったため含まれていてもよい。そのように同定した配列を手動で集め、次いでCuragen CorporationのヒトSeqCallingデータベースから取得した一つまたはそれ以上のさらに別な配列を用いて伸長していてもよい。包含するのに適するSeqCallingフラグメントを、CuraTool[登録商標]プログラムseqExtendにより、または分析されるゲノムクローンの適切な領域にマッピングするSeqCallingフラグメントを同定することにより、同定した。
【１２９６】
上記の手順によって定義する領域を、次に手動で積算し、例えば、元のフラグメント中の誤称塩基からまたは予測エクソン接合部、ＥＳＴ位置および配列類似領域の間の不一致から起こり得た明白な矛盾を訂正し、本明細書に開示する最終配列を誘導した。必要なときには、SeqCalling集合体およびゲノムクローンを同定し、そして分析すべき方法を反復して、全長配列(Alderborn et al.， Determination of Single Nucleotide Polymorphisms by Real-time Pyrophosphate DNA Sequencing. Genome Research. 10 (8) 1249-1265, 2000)を誘導した。
変異体を個別に報告するが、変異体のすべてまたは選択したサブセットの任意の組合せもまた、本発明の意図するＮＯＶＸ実施態様として含む。
【１２９７】
結果
ＮＯＶ２ａＳＮＰデータ
１個のＮＯＶ２ａの多型変異体が同定された。表３Ａに示す。
【表６６５】
2005508604.tif 000666
【１２９８】
ＮＯＶ４ａＳＮＰデータ
４個のＮＯＶ４ａの多型変異体が同定された。表３Ｂに示す。
【表６６６】
2005508604.tif 000667
【１２９９】
ＮＯＶ５ａＳＮＰデータ
４個のＮＯＶ５ａの多型変異体が同定された。表３Ｃに示す。
【表６６７】
2005508604.tif 000668
【１３００】
ＮＯＶ７ａＳＮＰデータ
２個のＮＯＶ７ａの多型変異体が同定された。表３Ｄに示す。
【表６６８】
2005508604.tif 000669
【１３０１】
ＮＯＶ１０ａＳＮＰデータ
２個のＮＯＶ１０ａの多型変異体が同定された。表３Ｅに示す。
【表６６９】
2005508604.tif 000670
【１３０２】
ＮＯＶ１１ａＳＮＰデータ
７個のＮＯＶ１１ａの多型変異体が同定された。表３Ｆに示す。
【表６７０】
2005508604.tif 000671
【１３０３】
ＮＯＶ１５ａＳＮＰデータ
１個のＮＯＶ１５ａの多型変異体が同定された。表３Ｇに示す。
【表６７１】
2005508604.tif 000672
【１３０４】
ＮＯＶ１９ａＳＮＰデータ
２個のＮＯＶ１９ａの多型変異体が同定された。表３Ｈに示す。
【表６７２】
2005508604.tif 000673
【１３０５】
ＮＯＶ２１ａＳＮＰデータ
１個のＮＯＶ２１ａの多型変異体が同定された。表３Ｉに示す。
【表６７３】
2005508604.tif 000674
【１３０６】
ＮＯＶ２３ａＳＮＰデータ
８個のＮＯＶ２３ａの多型変異体が同定された。表３Ｊに示す。
【表６７４】
2005508604.tif 000675
【１３０７】
ＮＯＶ２４ａＳＮＰデータ
６個のＮＯＶ２４ａの多型変異体が同定された。表３Ｋに示す。
【表６７５】
2005508604.tif 000676
【１３０８】
ＮＯＶ２５ａＳＮＰデータ
８個のＮＯＶ２５ａの多型変異体が同定された。表３Ｌに示す。
【表６７６】
2005508604.tif 000677
【１３０９】
ＮＯＶ２７ａＳＮＰデータ
３個のＮＯＶ２７ａの多型変異体が同定された。表３Ｍに示す。
【表６７７】
2005508604.tif 000678
【１３１０】
ＮＯＶ２９ａＳＮＰデータ
３個のＮＯＶ２９ａの多型変異体が同定された。表３Ｎに示す。
【表６７８】
2005508604.tif 000679
【１３１１】
ＮＯＶ３０ａＳＮＰデータ
６個のＮＯＶ３０ａの多型変異体が同定された。表３Ｏに示す。
【表６７９】
2005508604.tif 000680
【１３１２】
ＮＯＶ３１ａＳＮＰデータ
１５個のＮＯＶ３１ａの多型変異体が同定された。表３Ｐに示す。
【表６８０】
2005508604.tif 000681
【１３１３】
ＮＯＶ３３ａＳＮＰデータ
２個のＮＯＶ３３ａの多型変異体が同定された。表３Ｑに示す。
【表６８１】
2005508604.tif 000682
【１３１４】
ＮＯＶ３６ａＳＮＰデータ
３個のＮＯＶ３６ａの多型変異体が同定された。表３Ｒに示す。
【表６８２】
2005508604.tif 000683
【１３１５】
ＮＯＶ３７ａＳＮＰデータ
２個のＮＯＶ３７ａの多型変異体が同定された。表３Ｓに示す。
【表６８３】
2005508604.tif 000684
【１３１６】
ＮＯＶ３９ａＳＮＰデータ
２個のＮＯＶ３９ａの多型変異体が同定された。表３Ｔに示す。
【表６８４】
2005508604.tif 000685
【１３１７】
ＮＯＶ４０ａＳＮＰデータ
１個のＮＯＶ４０ａの多型変異体が同定された。表３Ｕに示す。
【表６８５】
2005508604.tif 000686
【１３１８】
ＮＯＶ４２ａＳＮＰデータ
１個のＮＯＶ４２ａの多型変異体が同定された。表３Ｖに示す。
【表６８６】
2005508604.tif 000687
【１３１９】
ＮＯＶ４３ａＳＮＰデータ
１個のＮＯＶ４３ａの多型変異体が同定された。表３Ｗに示す。
【表６８７】
2005508604.tif 000688
【１３２０】
ＮＯＶ４４ａＳＮＰデータ
４個のＮＯＶ４４ａの多型変異体が同定された。表３Ｘに示す。
【表６８８】
2005508604.tif 000689
【１３２１】
ＮＯＶ４５ａＳＮＰデータ
１個のＮＯＶ４５ａの多型変異体が同定された。表３Ｙに示す。
【表６８９】
2005508604.tif 000690
【１３２２】
(他の実施態様)
特定の実施態様は本明細書で詳しく開示されているが、これは例示のみの目的で実施例としてなされたもので、前述の添付した請求項の範囲に関して限定することを意図するものでない。特に、請求項により規定される本発明の精神おおび範囲から逸脱することなく本発明に種々の置換、変更および修飾を行い得ることは、本発明者等の意図するところである。核酸の出発原料、興味のあるクローンもしくはライブラリータイプの選択は、本明細書で説明される実施態様の知識を持つ当業者にとって日常茶飯事であると信じられる。提示される請求項は、本明細書で開示される本発明の代表的なものである。他の請求項に無い発明もまた意図される。本出願者は、今後の請求項でそのような発明を追求する権利を保持する。
【手続補正書】
【提出日】平成15年11月17日(2003.11.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2005508604000001.app
【国際調査報告】
2005508604.tif 000691
2005508604.tif 000692
2005508604.tif 000693
2005508604.tif 000694