(57)【要約】新規ポリペプチドをコードする核酸配列が、本明細書中で開示される。これらの核酸配列によってコードされるポリペプチド、および抗体もまた、開示されており、この抗体は、ポリペプチド、および前出のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体の誘導体、改変体、変異体またはフラグメントに免疫特異的に結合する。本発明はさらに、これらのヒト核酸およびタンパク質のいずれか１つを含む障害を診断、処置および予防するための、治療方法、診断方法および研究方法を開示する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
脈管形成関連障害の発症を処置または遅延する方法であって、該方法は、被験体における該脈管形成関連障害を処置または予防するのに十分な量でＳＥＣ１のポリペプチドに対する抗体を、このような処置または遅延を必要とする該被験体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項２】
前記被験体がヒトである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記脈管形成障害が、癌、心臓血管疾患、乾癬、創傷治癒、および発作からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記脈管形成関連障害が、細胞外マトリクスタンパク質への内皮細胞接着を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞外マトリクスタンパク質が、フィブロネクチンまたはビトロネクチンである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
第一の哺乳動物被験体において、ＳＥＣ１の変化レベルに関連した疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ．該第一の哺乳動物被験体由来のタンパク質サンプルを提供する工程；
ｂ．該疾患を有さないかまたは該疾患に罹患しにくいことが知られている第二の哺乳動物被験体由来のコントロールタンパク質サンプルを提供する工程；
ｃ．該被験体サンプル中のＳＥＣ１ポリペプチドの量を測定する工程；および、
ｄ．該被験体タンパク質サンプル中のＳＥＣ１ポリペプチドの量を、該コントロールタンパク質サンプル中のＳＥＣ１ポリペプチドの量と比較する工程、
を包含し、ここで、
該コントロールサンプルと比較した場合に、該第一の被験体サンプル中のＳＥＣ１ポリペプチドの発現レベルの変化が、該疾患の存在または素因を示す、
方法。
【請求項７】
第一の哺乳動物被験体において、ＳＥＣ１の核酸の変化レベルに関連した疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ．該第一の哺乳動物被験体由来の核酸サンプルを提供する工程；
ｂ．該疾患を有さないかまたは該疾患に罹患しにくいことが知られている第二の哺乳動物被験体由来のコントロール核酸サンプルを提供する工程；
ｃ．該被験体サンプル中のＳＥＣ１核酸の量を測定する工程；および、
ｄ．該被験体核酸サンプル中のＳＥＣ１核酸の量を、該コントロール核酸サンプル中のＳＥＣ１核酸の量と比較する工程、
を包含し、ここで、
該コントロールサンプルと比較した場合に、該第一の被験体サンプル中のＳＥＣ１核酸の発現レベルの変化が、該疾患の存在または素因を示す、
方法。
【請求項８】
哺乳動物における病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を軽減するのに十分な量で、哺乳動物にＳＥＣ１ポリペプチドを投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドは、該ＳＥＣ１ポリペプチドまたはその生物学的に活性なフラグメントと少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有する、方法。
【請求項９】
哺乳動物における病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を軽減するのに十分な量で、該哺乳動物にＳＥＣ１ポリペプチドに対する抗体を投与する工程を包含する、方法。
【請求項１０】
前記病理学的状態が、癌、心臓血管疾患、乾癬、創傷治癒、および発作からなる群より選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記病理学的状態が、細胞外マトリクスタンパク質への内皮細胞接着を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記細胞外マトリクスタンパク質が、フィブロネクチンまたはビトロネクチンである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
障害の発症を処置または遅延する方法であって、該方法は、被験体における該障害を処置または予防するのに十分な量で、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２のポリペプチドに対する抗体を、そのような処置または遅延が必要な該被験体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項１４】
哺乳動物における病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を軽減するのに十分な量で、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２のポリペプチドあるいはそれらの生物学的に活性フラグメントを該哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドは、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２のポリペプチドに、少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有する、方法。
【請求項１５】
第一の哺乳動物被験体において、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２の変化レベルに関連した疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ．該第一の哺乳動物被験体由来のサンプルを提供する工程；
ｂ．該疾患を有さないかまたは該疾患に罹患しにくいことが知られている第二の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプルを提供する工程；
ｃ．該被験体サンプル中のＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２の量を測定する工程；および、
ｄ．該被験体タンパク質サンプル中のＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２の量を、該コントロールサンプル中のＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２の量と比較する工程、
を包含し、ここで、
該コントロールサンプルと比較した場合に、該第一の被験体サンプル中のＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１、またはＳＥＣ１２の発現レベルの変化が、該疾患の存在または素因を示す、
方法。
【請求項１６】
単離されたポリペプチドであって、以下：
（ａ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体の１個以上のアミノ酸残基は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なっており、但し、該改変体は、該アミノ酸残基の１５％以下において、該成熟形態のアミノ酸配列と異なっている、改変体；
（ｃ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列；ならびに、
（ｄ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体の１個以上のアミノ酸残基は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なっており、但し、該改変体は、該アミノ酸残基の１５％以下が該アミノ酸配列と異なっている、改変体、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含有する、ポリペプチド。
【請求項１７】
前記ポリペプチドが、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列の、天然に存在する対立遺伝子改変体のアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記対立遺伝子改変体が、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７および配列番号３９からなる群より選択される核酸配列と単一のヌクレオチドだけ異なる核酸配列の翻訳物であるアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記改変体のアミノ酸配列が、保存的アミノ酸置換を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
単離された核酸分子であって、以下：
（ａ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体の１個以上のアミノ酸残基は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なっており、但し、該改変体は、該アミノ酸残基の１５％以下において、該成熟形態のアミノ酸配列と異なっている、改変体；
（ｃ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体の１個以上のアミノ酸残基は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なっており、但し、該改変体は、該アミノ酸残基の１５％以下において、該成熟形態のアミノ酸配列と異なっている、改変体；
（ｅ）配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含有するポリペプチドの少なくとも一部、または該ポリペプチドの改変体をコードする核酸フラグメントであって、ここで、該改変体の１個以上のアミノ酸残基は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なっており、但し、該改変体は、該アミノ酸残基の１５％以下において、該成熟形態のアミノ酸配列と異なっている、核酸フラグメント；ならびに、
（ｆ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）の相補体を含む、核酸分子、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含有するポリペプチドをコードする核酸配列を含有する、核酸分子。
【請求項２１】
前記核酸分子が、天然に存在する核酸改変体のヌクレオチド配列を含む、請求項２０に記載の核酸分子。
【請求項２２】
前記核酸分子が、天然に存在するポリペプチド改変体のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、請求項２０に記載の核酸分子。
【請求項２３】
前記核酸分子が、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７および配列番号３９からなる群より選択される核酸配列と、単一のヌクレオチドで異なっている、請求項２０に記載の核酸分子。
【請求項２４】
請求項２０に記載の核酸分子であって、以下：
（ａ）配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７および配列番号３９からなる群より選択されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７および配列番号３９からなる群より選択されるヌクレオチド配列と、１個以上のヌクレオチドが異なっている、ヌクレオチド配列であって、但し、ヌクレオチドの２０％以下が、該ヌクレオチド配列と異なっている、ヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）の核酸フラグメント；ならびに、
（ｄ）（ｂ）の核酸フラグメント、
からなる群より選択される核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項２５】
前記核酸配列が、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７および配列番号３９からなる群より選択されるヌクレオチド配列、または該ヌクレオチド配列の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、請求項２０に記載の核酸分子。
【請求項２６】
請求項２０に記載の核酸分子であって、以下：
（ａ）前記アミノ酸配列をコードするコード配列と、１個以上のヌクレオチド配列が異なっているコード配列を含む、第一のヌクレオチド配列であって、但し、該第一のヌクレオチド配列の該コード配列中の２０％以下のヌクレオチドが、該コード配列とは異なっている、第一のヌクレオチド配列；
（ｂ）該第一のヌクレオチドの相補体である、単離された第二のヌクレオチド；ならびに、
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の核酸フラグメント、
以下からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項２７】
請求項２６に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項２８】
前記核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項２７に記載のベクター。
【請求項２９】
請求項２７に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項３０】
請求項１６に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する、抗体。
【請求項３１】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項３０に記載の抗体。
【請求項３２】
前記抗体がヒト化抗体である、請求項３０に記載の抗体。
【請求項３３】
サンプル中の請求項１６に記載のポリペプチドの存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体と接触させる工程；および、
（ｃ）該ポリペプチドに結合した抗体の存在または量を決定し、それによって、該サンプル中のポリペプチドの存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３４】
サンプル中の請求項１６に記載の核酸分子の存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該核酸分子に結合するプローブと接触させる工程；および、
（ｃ）該核酸分子に結合したプローブの存在または量を決定し、それによって、該サンプル中の核酸分子の存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３５】
前記核酸分子の存在または量が、細胞型または組織型についてのマーカーとして使用される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記細胞型または組織型が癌性である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
請求項１６に記載のポリペプチドに結合する因子を同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該ポリペプチドを該因子と接触させる工程；および、
（ｂ）該因子が該ポリペプチドに結合するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３８】
前記因子が、細胞レセプターまたは下流エフェクターである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
請求項１６に記載のポリペプチドの発現または活性を調節する因子を同定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該ポリペプチドを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）該細胞を該因子と接触させる工程；および、
（ｃ）該因子が該ポリペプチドの発現または活性を調節するか否かを決定する工程、を包含し、
それによって、該ポリペプチドの発現または活性の変化は、該因子が該ポリペプチドの発現または活性を調節していることを示す、
方法。
【請求項４０】
請求項１６に記載のポリペプチドの活性を調節するための方法であって、該方法は、請求項１６に記載のポリペプチドを発現する細胞サンプルを、該ポリペプチドの活性を調節するのに十分な量で、該ポリペプチドに結合する化合物と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項４１】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するのに十分な量で、このような処置または予防が所望される該被験体に、請求項１６に記載のポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項４２】
前記障害が、心筋症およびアテローム性動脈硬化症からなる群より選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記障害が、細胞シグナルプロセシングおよび代謝経路調節に関連する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記被験体がヒトである、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するのに十分な量で、このような処置または予防が所望される該被験体に、請求項５に記載の核酸を投与する工程を包含する、方法。
【請求項４６】
前記障害が、心筋症およびアテローム性動脈硬化症からなる群より選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記障害が、細胞シグナルプロセシングおよび代謝経路調節に関連する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
前記被験体がヒトである、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するのに十分な量で、このような処置または予防が所望される該被験体に、請求項１５に記載の抗体を投与する工程を包含する、方法。
【請求項５０】
前記障害が糖尿病である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記障害が、細胞シグナルプロセシングおよび代謝経路調節に関連する、請求項４９に記載の方法。
【請求項５２】
前記被験体がヒトである、請求項４９に記載の方法。
【請求項５３】
請求項１６に記載のポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項５４】
請求項２０に記載の核酸分子および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項５５】
請求項３０に記載の抗体および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項５６】
１個以上の容器内に、請求項５５に記載の薬学的組成物を備える、キット。
【請求項５７】
１個以上の容器内に、請求項５６に記載の薬学的組成物を備える、キット。
【請求項５８】
１個以上の容器内に、請求項５５に記載の薬学的組成物を備える、キット。
【請求項５９】
第一の哺乳動物被験体において、請求項１６に記載のポリペプチドの変化レベルに関連した疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該第一の哺乳動物被験体由来のサンプル中のポリペプチドの発現レベルを測定する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該ポリペプチドの量を、該疾患を有さないかまたは該疾患に罹患しにくいことが知られている第二の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在するポリペプチドの量と比較する工程、
を包含し、ここで、
該コントロールサンプルと比較した場合に、該第一の被験体中のポリペプチドの発現レベルの変化が、該疾患の存在または素因を示す、
方法。
【請求項６０】
前記素因が癌である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
第一の哺乳動物被験体において、請求項２０に記載の核酸分子の変化レベルに関連した疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）該第一の哺乳動物被験体由来のサンプル中の核酸の量を測定する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該核酸の量を、該疾患を有さないかまたは該疾患に罹患しにくいことが知られている第二の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する核酸の量と比較する工程、
を包含し、ここで、
該コントロールサンプルと比較した場合に、該第一の被験体中の核酸のレベルの変化が、該疾患の存在または素因を示す、
方法。
【請求項６２】
前記素因が癌である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
哺乳動物における病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を軽減するのに十分な量で、該哺乳動物にポリペプチドを投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドは、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８および配列番号４０のうちの少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドと、少なくとも９５％同一なアミノ断配列を有するポリペプチド、またはそれらの生物学的に活性なフラグメントである、方法。
【請求項６４】
哺乳動物における病理学的状態を処置する方法であって、該病理学的状態を軽減するのに十分な量で、請求項３０に記載の抗体を該哺乳動物に投与する工程を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、概して核酸およびそれによってコードされるポリペプチドに関する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
本発明は、概して、核酸およびそれにコードされるポリペプチドに関する。さらに具体的には、本発明は、細胞質ポリペプチド、核ポリペプチド、膜結合ポリペプチドおよび分泌ポリペプチドをコードする核酸、ならびにこれらの核酸およびポリペプチドを産生するためのベクター、宿主細胞、抗体、および組換え方法に関する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
（発明の要旨）
本発明は、一部、ポリペプチドをコードする核酸配列の発見に基づく。この核酸およびポリペプチドを、本明細書において、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１およびＳＥＣ１２の核酸およびポリペプチドという。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにその誘導体、ホモログ、アナログ、およびフラグメントを、本明細書において以降は、総称して「ＳＥＣＸ」核酸配列または「ＳＥＣＸ」ポリペプチド配列と称する。
【０００４】
１つの局面において、本発明は、ＳＥＣＸポリペプチドをコードする単離されたＳＥＣＸ核酸分子を提供し、これは、配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１および２３に開示される核酸に対して同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、このＳＥＣＸ核酸分子は、ＳＥＣＸ核酸配列のタンパク質コード配列を含む核酸分子に相補的な核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。本発明はまた、ＳＥＣＸポリペプチド、あるいはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体をコードする、単離された核酸を含む。例えば、この核酸は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１および２３によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも８０％同一であるポリペプチドをコードし得る。この核酸は、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１および２３の核酸配列を含む、ゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡ分子であり得る。
【０００５】
オリゴヌクレオチド（例えば、ＳＥＣＸ核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１および２３）の少なくとも６個連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドまたはそのオリゴヌクレオチドの相補体）もまた、本発明に含まれる。
【０００６】
実質的に精製されたＳＥＣＸポリペプチド（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２および２４）もまた、本発明に含まれる。特定の実施形態において、このＳＥＣＸポリペプチドは、ヒトＳＥＣＸポリペプチドのアミノ酸配列に実質的に同一であるアミノ酸配列を含む。
【０００７】
本発明はまた、一部、新規のポリペプチドをコードする核酸配列の発見に基づく。この新規の核酸およびポリペプチドを、本明細書において、ＮＯＶＸ、すなわちＮＯＶ１、ＮＯＶ２、ＮＯＶ３、ＮＯＶ４、ＮＯＶ５、ＮＯＶ６、ＮＯＶ７およびＮＯＶ８の核酸およびポリペプチドという。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにその誘導体、ホモログ、アナログ、およびフラグメントを、本明細書において以降は、総称して「ＮＯＶＸ」核酸配列または「ＮＯＶＸ」ポリペプチド配列と称する。
【０００８】
１つの局面において、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドをコードする単離されたＮＯＶＸ核酸分子を提供し、これは、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９に開示される核酸に対して同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、このＮＯＶＸ核酸分子は、ＮＯＶＸ核酸配列のタンパク質コード配列を含む核酸分子に相補的な核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、あるいはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体をコードする、単離された核酸を含む。例えば、この核酸は、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３９および４０のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも８０％同一であるポリペプチドをコードし得る。この核酸は、例えば、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９の任意の核酸配列を含む、ゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡ分子であり得る。
【０００９】
オリゴヌクレオチド（例えば、ＮＯＶＸ核酸（例えば、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９）の少なくとも６個連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドまたはそのオリゴヌクレオチドの相補体）もまた、本発明に含まれる。
【００１０】
実質的に精製されたＮＯＶＸポリペプチド（配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３９および４０）もまた、本発明に含まれる。特定の実施形態において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ヒトＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列に実質的に同一であるアミノ酸配列を含む。
【００１１】
本発明はまた、ＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチド、あるいはそれらのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体に免疫選択的に結合する抗体を特徴とする。
【００１２】
別の局面において、本発明は、治療有効量または予防有効量の治療的および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物を包含する。この治療剤は、例えば、ＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸ核酸、ＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチド、またはＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドに特異的な抗体であり得る。さらなる局面において、本発明は、１以上の容器中に、この薬学的組成物の治療有効量または予防有効量を含む。
【００１３】
さらなる局面において、本発明は、ポリペプチドを産生する方法を包含し、この方法は、ＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸ核酸を含む細胞を、このＤＮＡによってコードされるＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養することによる。所望の場合、次いで、このＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドを回収し得る。
【００１４】
別の局面において、本発明は、サンプル中のＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドの存在を検出する方法を包含する。この方法において、サンプルを、このポリペプチドに選択的に結合する化合物と、このポリペプチドとこの化合物との間での複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。この複合体は、存在するならば、検出され、それによって、このサンプル中のＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドを同定する。
【００１５】
本発明はまた、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現に基づいて特定の細胞型または組織型を同定するための方法を包含する。
【００１６】
サンプル中のＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸ核酸分子の存在を検出する方法もまた本発明に包含され、この方法は、このサンプルに、ＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸ核酸プローブまたはプライマーを接触させ、そしてこの核酸プローブまたはプライマーが、このサンプル中のＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸ核酸分子に結合したか否かを検出することによる。
【００１７】
さらなる局面において、本発明は、ＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドの活性を調節するための方法を提供し、この方法は、このＳＥＣＸおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドを含む細胞サンプルに、このポリペプチドの活性を調節するに十分な量のこのＳＥＣＸポリペプチドに結合する化合物を接触させることによる。この化合物は、例えば、本明細書中にさらに記載されるような、低分子（例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質または他の有機（炭素含有）分子もしくは無機分子）であり得る。
このポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、本発明に特異的な抗体を産生するための免疫原として、およびワクチンとして使用され得る。これらはまた、潜在的なアゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物についてスクリーニングするために使用され得る。例えば、ＳＥＣＸをコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてＳＥＣＸは、それを必要とする被験体に投与された場合に有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、上に開示される疾患および障害ならびに／またはこのような他の病理状態および障害に罹患する患者の処置に対する効力を有する。
【００１８】
本発明はさらに、例えば、上で開示した疾患および障害および／または他の病理状態および障害を含む、障害ならびに細胞のシグナル処理および代謝経路調節に関する障害または症候群のモジュレーター（調節因子）についてスクリーニングするための方法を包含する。この方法は、試験化合物をＳＥＣＸポリペプチドと接触させる工程、およびこの試験化合物が上記ＳＥＣＸポリペプチドに結合したか否かを決定する工程を包含する。ＳＥＣＸポペプチドペプチドに対するこの試験化合物の結合によって、この試験化合物が、活性のモジュレーター、あるいは上述の障害または症候群の潜伏または素因のモジュレーターであることが示される。
【００１９】
また、本発明の範囲には、前述の障害または症候群についての危険性の増大した試験動物に対して、試験化合物を投与することによって、活性のモジュレーター、あるいは上で開示した疾患および障害ならびに／またはこのような他の病理状態および障害をまたは、細胞のシグナル処理および代謝経路調節に関する障害を含む、障害もしくは症候群の潜伏もしくは素因のモジュレーター活性についてスクリーニングする方法が含まれる。試験動物は、ＳＥＣＸ核酸によってコードされる組換えポリペプチドを発現する。次いで、ＳＥＣＸポリペプチドの発現または活性を、この試験動物において測定し、同様に、コントロール動物（これは、ＳＥＣＸポリペプチドを組換え的に発現し、かつ上記の障害についての危険性も上記の症候群についての危険性も増大していない）におけるこのタンパク質の発現または活性を測定する。次いで、試験動物およびコントロール動物の両方におけるＳＥＣＸポリペプチドの発現を比較する。コントロール動物と比較した、試験動物におけるＳＥＣＸポリペプチドの活性の変化は、この試験化合物が、上記の障害または症候群の潜伏のモジュレーターであることを示す。
【００２０】
なお別の局面では、本発明は、被験体（例えば、ヒト被験体）におけるＳＥＣＸポリペプチド、ＳＥＣＸ核酸またはその両方のレベルの変化に関連した疾患の存在または素因を決定する方法を含む。この方法は、この被験体由来の試験サンプル中のＳＥＣＸポリペプチドの量を測定する工程、およびコントロールサンプル中に存在するＳＥＣＸポリペプチドの量に対して、この試験サンプル中のこのポリペプチドの量を比較する工程、を包含する。コントロールサンプルと比較した場合の試験サンプルにおけるＳＥＣＸポリペプチドレベルの変化は、この被験体における疾患の存在または素因を示す。好ましくは、この素因としては、例えば、上で開示された疾患および障害ならびに／または他のこのような病理状態および障害の素因が挙げられる。また、本発明の新規なポリペプチドの発現レベルは、種々の癌についてスクリーニングするための方法および癌の病期を決定するための方法において使用され得る。
【００２１】
さらなる局面では、本発明は、病理的状態を緩和または予防するに十分な量で、被験体（例えば、ヒト被験体）にＳＥＣＸポリペプチド、ＳＥＣＸ核酸、またはＳＥＣＸ特異的抗体を投与することにより、哺乳動物における障害に関連した病理的状態を処置または予防する方法を包含する。好ましい実施形態では、この障害としては、例えば、上で開示された疾患および障害ならびに／または他の病理状態および障害が挙げられる。
【００２２】
なお別の局面において、本発明は、当該分野において一般的に使用される多数の技術のうちのいずれか１つによって、本発明の細胞性レセプターおよび下流のエフェクターを同定する方法において使用され得る。これらの技術としては、ツーハイブリッドシステム、アフィニティ精製、抗体または他の特異的な相互作用分子を用いる共沈が挙げられるが、これらに限定されない。
【００２３】
他に規定されない限り、本明細書中において使用される全ての専門用語および科学技術用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中に記載された方法および材料と類似または等価な方法および材料が、本発明の実施または試験において使用され得るが、適切な方法および材料を以下に記載する。本明細書中で言及された全ての刊行物、特許出願、特許および他の参考文献が、それらの全体において、参考として援用される。矛盾する場合には、定義を含む本明細書が支配する。さらに、材料、方法および実施例は、例示に過ぎず、限定されることは意図されない。
【００２４】
本発明の他の特徴および利点が、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかである。
【００２５】
（発明の詳細な説明）
本発明は、一部、ポリペプチドをコードする核酸配列の発見に基づく。これらの新規の核酸およびそれにコードされるポリペプチドを、個々に、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１およびＳＥＣ１２という。これらの核酸およびそれにコードされるポリペプチドを、本明細書において、総称して「ＳＥＣＸ」と称する。
【００２６】
本発明のＳＥＣＸ核酸は、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１およびＳＥＣ１２の核酸、またはそれらのフラグメント、誘導体、アナログ、もしくはホモログを含む。本発明のＳＥＣＸタンパク質は、ＳＥＣ１、ＳＥＣ２、ＳＥＣ３、ＳＥＣ４、ＳＥＣ５、ＳＥＣ６、ＳＥＣ７、ＳＥＣ８、ＳＥＣ９、ＳＥＣ１０、ＳＥＣ１１およびＳＥＣ１２のポリペプチド、そのエピトープもしくはそのドメイン、またはその誘導体、アナログもしくはホモログを含む。個々のＳＥＣＸ核酸およびＳＥＣＸタンパク質は、以下に記載される。細胞のシグナル伝達、接着、または代謝経路調節に関連する障害の処置または予防においてこれらの核酸およびタンパク質を使用する方法は、本発明の範囲内である。
【００２７】
本発明のＳＥＣＸ核酸は、本明細書中に提供された配列の核酸、またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、任意の塩基が、本明細書中に示される対応する塩基から変化され得るが、その活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはそのような核酸のフラグメントを含有する。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列の核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を含有する。本発明はさらに、その構造が化学修飾を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはその相補体を含有する。このような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、およびその糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、その修飾された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体中の治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。
【００２８】
本発明のＳＥＣＸタンパク質は、本明細書中に提供される配列のタンパク質を含む。本発明はまた、その残基のいずれかが、本明細書中にに示される対応する残基から変化され得るが、その活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを含有する。本発明はさらに、本発明のタンパク質のいずれかに免疫特異的に結合する抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２）を含有する。
【００２９】
本発明のＳＥＣＸ核酸およびＳＥＣＸタンパク質は、以下に記載される種々の病理学的障害に関連する、潜在的な治療適用において有益である。例として、本発明のＳＥＣＸのタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてレセプター様タンパク質は、それを必要とする被験体に投与する場合、有用であり得る。障害または症候群を処置または予防するための医薬の製造における治療剤の使用はまた、本発明の範囲内に含有され、このような障害または症候群として、例えば発育障害；ＭＨＣ  Ｉ、ＩＩおよびＩＩＩ疾患（免疫疾患）；味覚検出障害および嗅覚検出障害；バーキットリンパ腫；皮質神経原性（ｃｏｒｔｉｃｏｎｅｕｒｏｇｅｎｉｃ）疾患；シグナル伝達経路障害；代謝経路障害；光受容に関与する疾患を含む網膜疾患；細胞増殖速度障害；細胞形態障害；代謝障害；摂食障害；摂食の制御；代謝症候群Ｘ；慢性疾患に関連する消耗疾患；肥満；過食または代謝障害に起因する潜在的な肥満；飢餓（食欲の欠如）に起因する潜在的な障害；糖尿病；インスリン非依存性糖尿病（ＮＩＤＤＭ１）；感染疾患；細菌、真菌、原生動物およびウイルスの感染（特にＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２に引き起こされる感染）；疼痛；癌（新生物；腺癌；リンパ腫；前立腺癌；子宮癌を含むが、これらに限定されない）；癌関連悪液質；食欲不振；過食症；喘息；パーキンソン病；急性心不全；低血圧；高血圧；残尿；骨粗しょう症；クローン病；多発性硬化症；オールブライト遺伝性骨ジストロフィー；狭心症；心筋梗塞；潰瘍；アレルギー；良性前立腺肥大；ならびに精神疾患および神経障害；不安を含む；精神分裂病；躁鬱病；せん妄；痴呆；神経変性障害；アルツハイマー病；重篤な精神遅滞；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；低リン酸血クル病；ハンティングトン病またはジル・ド・ラ・ツレット症候群のような、常染色体優性（２）先端脳梁（ａｃｒｏｃａｌｌｏｓａｌ）症候群および運動異常；免疫疾患；副腎脳白質ジストロフィー；先天性副腎過形成；血友病；凝固能亢進；特発性血小板減少性紫斑病；自己免疫疾患；免疫欠損；移植；フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群；発作；結節硬化症；高カルシウム血症；脳性小児麻痺；てんかん；レッシュ−ナイハン症候群；毛細血管拡張性運動失調；白質ジストロフィー；行動障害；嗜癖；神経保護；肝硬変；移植；全身性エリテマトーデス；気腫；強皮症；ＡＲＤＳ；腎動脈狭窄；間質性腎炎；糸球体腎炎、多発性嚢胞腎；尿細管性アシドーシス；ＩｇＡネフロパシー；心筋症；アテローム性動脈硬化症；先天性心伝導欠陥；大動脈狭窄；心房中隔欠損症（ＡＳＤ）；房室（Ａ−Ｖ）管欠損症；動脈管；肺動脈弁狭窄症；大動脈弁下部狭窄症；心室中隔欠損症（ＶＳＤ）；弁疾患；強皮症；受胎能；膵臓炎；内分泌系機能不全；増殖および再生障害；炎症性腸疾患；憩室性疾患；対宿主性移植片病；甲状腺機能亢進症；子宮内膜症；造血障害ならびに／または他の病理および障害などが挙げられる。
【００３０】
ポリペプチドは、本発明に特異的な抗体を産生するための免疫源としておよびワクチンとして使用され得る。これらはまた、潜在的なアゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物を産生するために使用され得る。例えば、ＳＥＣＸタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてＳＥＣ様タンパク質は、それを必要とする患者に投与される場合に有用であり得る。非限定的な例示の目的で、本発明の抗ＳＥＣＸ抗体組成物は、上記に列挙された疾患および障害、ならびに他の関連する病理または関係する病理に罹患する患者の処置のために効力を有する。本発明のＳＥＣＸタンパク質をコードする核酸およびＳＥＣＸタンパク質、またはそのフラグメントは、さらに診断適用において有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質は、治療方法または診断方法における使用のため、本発明の物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。
【００３１】
（ＳＥＣ１）
開示されたＳＥＣ１（あるいはＣＧ５５６８８−０１ともいう）は、ＣＹＲ６１を含み、分泌型の、システインリッチな、増殖因子誘導性の隣接初期遺伝子によってコードされるヘパリン結合タンパク質であり、１８８７塩基のヌクレオチド（配列番号１）を含み、これを表１Ａに示す。この開示されたＳＥＣ１オープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）は、ヌクレオチド８１〜８３のＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド１２２２〜１２２４のＡＣＴコドンで終わる。開始コドンの上流の推定非翻訳領域および終止コドンの下流の推定非翻訳領域は、表１Ａにおいて下線を付しており、そしてスタートコドンおよびストップコドンを太字にしている。
【００３２】
【表１Ａ】
2005508133.tif 000002
ＳＥＣ１の開示された配列は、配列のインシリコ予測により、ｃＤＮＡフラグメントの実験室でのクローニングより得られた。ＤＮＡ配列の全長、または配列の一部のいずれかにわたるｃＤＮＡフラグメント、もしくはその両方をクローニングした。インシリコ予測は、ＧｕｒａＧｅｎの独自の配列データベースまたは公的なヒト配列データベースにおいて利用できる配列に基づき、そして、全長ＤＮＡ配列またはそのいくつかの部分のいずれかを提供した。
【００３３】
本発明の開示されたＳＥＣ１は、染色体１ｐ２２．３に位置付けられる。染色体局在情報は、ＯＭＩＭ、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎによって実施された電気的ノーザンバイオインフォマティックツール、公的ＥＳＴ、公的引用文献、および／またはゲノムクローン相同性を用いて割り当てられた。これを実行して、本発明に含まれた、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリの染色体マッピング、ゲノムクローン、引用文献、および／またはＥＳＴ配列を誘導した。
【００３４】
配列番号１によってコードされる開示されたＳＥＣ１ポリペプチド（配列番号２）は、３８１アミノ酸残基を有し、１文字アミノ酸コードを使用して表１Ｂに表される。ＳＥＣ１についてのＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列が、シグナルペプチドを有し、そして０．５４２２の確実性でおそらく細胞外に局在するであろうことを予測する。代替的な実施形態において、ＳＥＣ１ポリペプチドは、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に、または０．１０００の確実性でリソソームに局在する。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐにより、ＳＥＣ１ペプチドの最も可能性のある切断部位が、２４位と２５位との間（すなわち、配列ＡＬＳ−ＴＣの間のダッシュ）にあることを予測する。
【００３５】
【表１Ｂ】
2005508133.tif 000003
ＢＬＡＳＴＰソフトウェアを使用して、ＳＥＣ１と相同なタンパク質配列について、公的な配列データベースおよび独自のデータベースを、検索した。本明細書中の全てのＢＬＡＳＴアラインメントにおいて、「Ｅ値（Ｅ−ｖａｌｕｅ）」または「期待値（Ｅｘｐｅｃｔ）」とは、整列された配列が、検索したデータべース内で、単なる偶然によって、ＢＬＡＳＴ問い合わせ配列に対してその類似性を達成し得た確率の数的な指標である。期待値（Ｅｘｐｅｃｔ  ｖａｌｕｅ）（Ｅ）は、特定のサイズのデータベースを検索するとき、まったく偶然によってみられることを「期待」し得るヒット数を記述するパラメーターである。これは、比較可能な複雑性のデータベースの２つの配列の間のマッチに割り当てられるスコア（Ｓｃｏｒｅ）（Ｓ）で指数関数的に減少する。本質的に、Ｅ値は、配列の間のマッチに存在するランダムなバックグラウンドノイズを記述する。
【００３６】
Ｅ値を都合のよい手段として用いて、報告する結果に対する有意な閾値を得る。ブラスティングのために用いたデフォルト値を代表的には０．０００１に設定する。ＢＬＡＳＴ２．０において、このＥ値をまた、Ｐ値（確率）の代わりに用いて、マッチの有意性を報告する。例えば、１ヒットに割り当てられたＥ値が１であるということは、現在のサイズのデータベースにおいて、類似のスコアでマッチすることが偶然のみによってみられることを期待し得ることを意味すると解釈され得る。Ｅ値がゼロであるということは、類似のスコアのどのようなマッチも偶然のみによってはみられることが期待されないことを意味する。例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ／ＢＬＡＳＴｉｎｆｏ／を参照のこと。時には、ＸのストリングまたはＮのストリングがＢＬＡＳＴ検索から生じる。これは、人為的なヒットを妨げるように実施される低複雑性配列の問い合わせ（クエリー）の自動的フィルタリングの結果である。このフィルターは、ヌクレオチド配列において「Ｎ」の文字（例えば、「ＮＮＮＮＮＮＮＮＮ」）、で、またはタンパク質配列において「Ｘ」の文字（例えば、「ＸＸＸ」）で見出す、任意の低複雑性配列を置換する。低複雑性領域は、有意な位置ごと（ｐｏｓｉｔｉｏｎ−ｂｙ−ｐｏｓｉｔｉｏｎ）の整列（アラインメント）ではなく、合成上のバイアスを反映する高いスコアを生じ得る。ＷｏｏｔｔｏｎおよびＦｅｄｅｒｈｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  ２６６：５５４〜５７１、１９９６）。
【００３７】
ＳＥＣ１のＢＬＡＳＴ分析を、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して行った。ＳＥＣ１のアミノ酸配列は、表１Ｃに示されるように他のタンパク質に対して高い相同性を有する。
【００３８】
【表１Ｃ】
2005508133.tif 000004
公的配列データベースの検索において、例えば、本発明のタンパク質のアミノ酸配列が、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来３８１アミノ酸残基のＣＹＲ６１タンパク質に対して３８１アミノ酸残基中３８１アミノ酸残基（１００％）の同一性（ＮＭ＿００１５５４タンパク質、Ｅ＝１．３ｅ−９３）を有することが見出された。
【００３９】
ＳＥＣ１はまた、表１ＤのＢＬＡＳＴＰデータにおいて示される他のタンパク質に対し相同性を有する。
【００４０】
【表１Ｄ】
2005508133.tif 000005
2005508133.tif 000006
配列アラインメントを、表１Ｅに示す。ここで、ＣｌｕｓｔａｌＷ分析の１行目に示されるＳＥＣ１タンパク質を、本発明のタンパク質と関連するタンパク質配列について比較し表１Ｄに示す。
【００４１】
【表１Ｅ】
2005508133.tif 000007
2005508133.tif 000008
（ドメイン分析）
ＳＥＣ１ならびに全ての他のＳＥＣＸタンパク質中の同定可能なドメインの存在を、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索により決定し、続いて、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を用いてドメインマッチ（または数）をクロスすることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ数を決定することによって、決定した。表１Ｆに開示されるようにＳＥＣ１についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。表１Ｆおよびその後の全てのＤＯＭＡＩＮ配列アライメントについて、完全に保存された単一の残基を、印（｜）によって示し、そして「強い」半保存残基は、印（＋）によって示す。この保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸のグループのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【００４２】
表１Ｆは、ＳＥＣ１に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン表示を列挙する。これは、ＳＥＣ１配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【００４３】
【表１Ｆ】
2005508133.tif 000009
ＣＹＲ６１は、分泌型の、システインリッチな、誘導性増殖因子によって誘導される前初期遺伝子（ｉｍｍｅｄｉａｔｅ−ｅａｒｌｙ  ｇｅｎｅ）にコードされるヘパリン結合タンパク質である。細胞外基質結合型シグナル伝達分子として作用する、ＣＹＲ６１は、インテグリンとの相互作用を介して内皮細胞の接着を促進する脈管形成の誘導物質であり、同一の細胞型において増殖因子により誘導されるＤＮＡ合成を増強する（参考として援用される、Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｃｙｒ６１，ａ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｉｍｍｅｄｉａｔｅ−ｅａｒｌｙ  ｇｅｎｅ．Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ＴＰ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１９９０  Ｊｕｌ；１０（７）：３５６９−７７、を参照のこと）。ＣＹＲ６１は、α（Ｖ）β（３）依存性の経路を介し培養においてヒト微小血管内皮細胞の方向付けられた移動を直接的に刺激し、そして周囲組織の新生血管形成を誘導する。ＣＹＲ６１の調節は、脈管形成の障害を処置するための方法を提供する。例えば、特定の抗−ＣＹＲ６１抗体は、ＣＹＲ６１の走化性および脈管形成活性の両方を遮断するために有用であり、そして疾患状態におけるＣＹＲ６１ポリペプチドの検出のための方法（例えば、腫瘍形成の検出および処置について）を提供する。アップレギュレーションまたはＣＹＲ６１の発現は、新生血管形成を促進するために（例えば、創傷治癒を促進するかまたは移植片において）有用である。
【００４４】
全ての発現されている遺伝子の転写物を同定するために設計された独自の技術を介して、ＣＧ５５６８８−０１と指定されたｃＤＮＡを単離した。インビトロで、組換えタンパク質を、多数の内皮細胞アッセイにおいて体系的に試験し、そして脈管形成カスケードに関与する重要なプロセスを誘導することを見出した。第１に、ＣＧ５５６８８−０１は、ＶＥＧＦ／ｂＦＧＦ媒介型増殖を阻害も、それ自体で内皮細胞増殖を誘導もしなかった。しかし、ＣＧ５５６８８−０１は、基質接着を介し内皮細胞移動を有意に強化した。これらの知見は、脈管形成での重要なプロセスにおいて役割を果たすＣＧ５５６８８−０１についての機能を明らかにする。この分子は、癌治療または乾癬のような他の疾患（例えば、ここで、増加した血管新生によって、炎症は増強される）における低分子または抗体に対する標的である。あるいは、ＣＧ５５６８８は、創傷治癒、発作または心臓血管の疾患において治療上有用である。
【００４５】
（組換えＳＥＣ１の発現、精製および生化学的特徴付け）
配列番号１として開示されるＣＧ５５６８８−０１核酸配列を、ｐＣＥＰ４ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）中にクローン化し、そして製造業者の指示に従ってＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ  Ｐｌｕｓ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、ＭＤ）を使用してＨＥＫ２９３Ｔ細胞にトランスフェクトした。細胞ペレットおよび上清を、トランスフェクションの７２時間後に回収、そして抗Ｖ５モノクローナル抗体を用いるウェスタンブロット分析によりタンパク質の発現について検査した。はじめの発現の確認後、１５０ｃｍ２のペトリ皿中でＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ  Ｐｌｕｓ試薬を使用して、大規模トランスフェクションを、実行した。馴化培地を、７２時間後トランスフェクトされた細胞から回収し、貯蔵し、そして製造業者の指示に従ってＮｉ２＋親和性カラム（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖｅｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）に装填した。カラムを、１０カラム容量のＰＢＳ（ｐＨ７．４、５００ｍＭのＮａＣｌを含む）で洗浄した。非特異的に結合したタンパク質を、５ｍＭイミダゾールを含む上記の緩衝液で洗浄した。結合したタンパク質を、ＰＢＳ（ｐＨ７．４、５００ｍＭのイミダゾールを含む）で溶出した。５００ｍＭイミダゾールピークからのピーク画分を、貯蔵し、そして一晩ＰＢＳ（ｐＨ７．４）中で透析した。このタンパク質を、さらに、Ｎｉ２＋親和性カラムに通す精製により２回精製し、そしてＰＢＳ（ｐＨ７．４）で透析した。タンパク質の濃度を、Ｂｒａｄｆｏｒｄ試薬（Ｂｉｏ−Ｒａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）によって測定した。４〜１５％トリス／グリシン勾配ゲル上でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分析の後、タンパク質の純度を、Ｃｏｏｍａｓｓｉｅ  Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ  Ｂｌｕｅ染色によって評価した。精製されたＣＤ５５６８８−０１を、さらにＰＶＤＦ膜に移し、そして続けて１５サイクルのＮ末端配列分析によって処理した。さらに、精製したタンパク質を、Ｇｅｌ  ｃｌｏｔ法（Ｃａｐｅ  Ｃｏｄ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ、ＣａｐｅＣｏｄ、ＭＡ）を使用して内毒素に対して試験し、そして＜１０  ＥＵ／ｍｇのタンパク質を有することを見出した。続けて、精製したタンパク質を、全てのインビトロ脈管形成アッセイに使用した。
【００４６】
（内皮細胞ＢｒｄＵ取り込みアッセイ）
精製したＣＧ５５６８８−０１を、その内皮細胞の増殖を誘導または阻害する能力について、ＢｒｄＵ取り込みアッセイを使用して試験した。増殖活性を、所定の因子を用いる血清不足の培養細胞の処理およびＤＮＡ合成の間のＢｒｄＵの取り込みの測定によって測定した。ＣＧ５５６８８−０１の増殖および抗増殖性効果を、ＨＵＶＥＣおよびＨＭＶＥＣ−ｄを使用して評価した。細胞を、４×１０４細胞／ウェルでウェルに接種し、最小培地（０．５％ＦＢＳ）中、一晩の血清飢餓により同調させ、そして１％ＦＢＳの存在下、１０ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦおよびｂＦＧＦで、刺激した。異なる濃度の精製したタンパク質を、ＶＥＧＦと一緒に加え、そして１８時間インキュベートした。次いで、ＢｒｄＵを加え、４時間インキュベートし、そしてＥＬＩＳＡを行った。これらの細胞を、あらかじめＡｔｔａｃｈｍｅｎｔ  Ｆａｃｔｏｒ（Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｐｏｒｔｌａｎｄ、ＯＲ）で被覆された９６ウェル平底プレートに、０．５％のＦＢＳを含有する１００μｌのＭｅｄｉｕｍ２００（Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ、Ｐｏｒｔｌａｎｄ  ＯＲ）中に３×１０４細胞／ウェルとしてプレートした。３７℃での飢餓の２４時間後、細胞を無血清培地で２度洗浄し、次いで、ＣＧ５５６８８−０１タンパク質を含むかまたは含まないＶＥＧＦ１６５およびｂＦＧＦ（１０ｎｇ／ｍｌ）（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）を有する１％ＦＢＳを含む新鮮な培地を与えた。これらの細胞を、回収の４時間前にＢｒｄＵでパルスした。製造業者の指示に基づいて、ＢｒｄＵアッセイ（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）を、実施した。
（遊走アッセイ）
組換えＣＧ５５６８８−０１が、ＨＵＶＥＣおよびＨＭＶＥＣ−ｄのＶＥＧＦ１６５への遊走をブロックする能力を定量するために、８μｍの孔径を有する２４−ウェル  トランスウェル（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、ＭＡ）遊走チャンバーを使用した。このトランスウェルを１０μｇ／ｍｌのラットの尾由来のＩ型コラーゲン（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、ＭＡ）で、３７℃で１時間コートした。ＰＢＳでの洗浄後、このウェルに、１％  ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｓｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）を含むＭｅｄｉｕｍ２００に２×１０７細胞／ｍｌで懸濁したＨＵＶＥＣを播いた。下部（ｌｏｗｅｒ）チャンバー（６００μｌ）を、１０ｎｇ／ｍｌの組換えＶＥＧＦ１６５を加えた、１％  ＦＢＳを含むＭｅｄｉｕｍ２００で満たした。上部（ｕｐｐｅｒ）チャンバーには、異なる濃度のＣＧ５５６８８−０１を含む２００μｌ中に４×１０４細胞／ウェルを播いた。細胞を、４時間３７℃で遊走させた。インキュベーション後、膜の上表面上の細胞（非遊走（ｎｏｎ−ｍｉｇｒａｔｅｄ）細胞）を綿棒で擦り取った。膜の下側の細胞（遊走細胞）を７０％のエタノール中の０．２％のＣｒｙｓｔａｌ  Ｖｉｏｌｅｔ色素（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｓｐｒｉｎｇｆｉｅｌｄ、ＮＪ）で３０分間染色した。次いで、その細胞をＰＢＳ（ｐＨ  ７．４）で脱染し、そしてその膜を放置して、室温で風乾した。遊走した細胞の数を、３つの独立した領域でＺｅｉｓｓ  Ａｘｉｏｖｅｒｔ  １００倒立顕微鏡を用いて数え、そして遊走した細胞の平均数を計算した。ＲＧＤコントロールペプチド（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、ＭＤ）を、各実験のポジティブコントロールとして使用した。ＣＧ５５６８８−０１の存在下または非存在下で遊走した細胞の数を、３つの独立した視野で数えた。ＶＥＧＦ（１０ｎｇ／ｍｌ）を有する１％  ＦＢＳの存在下で遊走した細胞の数を、最大遊走と見なし、そしてその阻害パーセンテージを計算した。この結果は、ＣＧ５５６８８−０１が、大血管および小血管の内皮細胞の遊走に特異的に作用することを立証する。
（内皮細胞接着アッセイ）
未処理の９６−ウェル平底組織培養プレート（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｓｐｒｉｎｇｆｉｅｌｄ、ＮＪ）を、細胞接着アッセイにおいて使用した。このプレートを１０μｇ／ｍｌの異なる細胞外マトリクス（ＥＣＭ）タンパク質（Ｉ型コラーゲン、ＩＶ型コラーゲン、フィブロネクチン、ビトロネクチン、ラミニンおよびＭａｔｒｉｇｅｌ）で、４℃で一晩コートした。残りのタンパク質結合部位を、ＰＢＳ（ｐＨ  ７．４）中の１％  ＢＳＡで、３７℃で２時間ブロックした。ＨＵＶＥＣをＭｅｄｉｕｍ２００中でサブコンフルーエンス（７０〜８０％）まで増殖させた。この細胞をＣａｌｃｅｉｎ−ＡＭフルオロフォア（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）で製造業者に記載されるとおりに標識した。この細胞をトリプシン処理し、洗浄し、そして１％のＢＳＡを含む、血清を含まない培地に１．５×１０５細胞／ｍｌで再懸濁した。次いでこの細胞を、異なる濃度のＣＧ５５６８８−０１とか、またはＣＧ５５６８８−０１を含まない２×１０４細胞／処理を含む１００μｌ容量と室温で１５分間混合した。インキュベーション後、次いで、この細胞懸濁物を各ウェルに加え、そしてそのプレートを３７℃で４５分間、５％のＣＯ２存在下でインキュベートした。インキュベーション時間の最後に、非接着細胞を、血清を含まない培地での３回の洗浄により除去し、そして接着細胞を、Ｃｙｔｏｆｌｕｏｒ  ４０００フルロメーター（ｆｌｕｒｏｍｅｔｅｒ）（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いて数えた。接着した細胞の数を内皮細胞接着のパーセンテージとして表した。代表的に、９０％より多くの細胞をＣａｌｃｅｉｎ  ＡＭ蛍光色素で標識した。異なる濃度のＣＧ５５６８８−０１の存在下で、ＥＣＭでコートしたプレートへの用量を増大した細胞接着が存在し、これは、ＣＧ５５６８８−０１が、異なるＥＣＭタンパク質への内皮細胞接着を増大させることを示し、フィブロネクチンおよびビトロネクチンにおいて、最も強い効果が見られた。
【００４７】
開示されるＳＥＣ１は、いくつかのドメイン（例えば、以下のＩｎｔｅｒＰｒｏ  Ｄｏｍａｉｎ：シスチン−ノット  ドメイン、Ｃ末端シスチンノット様ドメイン（ＣＴＣＫ）、フォン・ビルブラント因子（ｖＷＦ）Ｃ型ドメイン、およびインスリン増殖因子−結合タンパク質ホモログ）を含む。この相同性を表に示し、そして以上の開示は、本発明のＳＥＣ１配列が、この／これらのドメインを含むと公知の他のタンパク質と類似の特性ならびにこれらのドメインの特性と類似の特性を有することを示す。
【００４８】
ＳＥＣ１として本明細書中に開示されるＣＹＲ６１は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の先端微絨毛、動脈（大動脈）、前脳基底核、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび末梢組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、目、新生児の目、前頭皮質、胎児の造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成人のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＩＩ、およびＩＩＩを発現するリンパ組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋（大動脈における冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味覚受容細胞、精巣、視床、および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ（文献）供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって誘導された。ＳＥＣ１についてのさらなる発現データは、実施例２において提供される。
【００４９】
ＳＥＣ１の核酸およびタンパク質は、上記の種々の病理学的障害に関連する強力な治療適用に有用である。このＳＥＣ１核酸は、本発明のＣＹＲ６１様タンパク質またはそのフラグメントをコードしており、診断適用において有用であり、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。これらの物質はさらに、本発明の物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において、治療方法または診断方法における使用のために有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の項に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。この開示されるＳＥＣ１タンパク質は、複数の親水性領域を有し、この各々が、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、例えば、企図されたＳＥＣ１エピトープは、アミノ酸約６０〜約８０を含む。別の実施形態において、例えば、ＳＥＣ１エピトープは、アミノ酸約８５〜約１３０を含む。さらなる実施形態において、例えば、ＳＥＣ１エピトープは、アミノ酸約１３１〜約２０５、および約２０７〜約３８１を含む。
（ＳＥＣ２）
開示されるＳＥＣ２（あるいは、本明細書中でＣＧ５４９３３−０１とも呼ばれる）は、２１１４ヌクレオチド配列（配列番号３）を含み、表２Ａに示される。ＳＥＣ２のＯＲＦは、ヌクレオチド１００〜１０２のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド１９８４〜１９８６でのＴＧＡコドンで終止する。開始コドンの上流の推定非翻訳領域および終止コドンの下流の推定非翻訳領域は、表２Ａにおいて下線を付しており、そして開始コドンおよび終止コドンを太字にしている。
【００５０】
【表２Ａ】
2005508133.tif 000010
配列番号３によってコードされる、ＳＥＣ２ポリペプチド（配列番号４）は、６２８のアミノ酸長であり、そして表２Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。ＳＥＣ２についてのＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列がシグナルペプチドを有しており、そして０．９１９０の確実度で形質膜に局在されるようであることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ２ポリペプチドは、０．３０００の確実度でリソソームに、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１８００の確実度で核に局在される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐによって、ＳＥＣ２ペプチドについての最もありそうな切断部位は、３４位と３５位との間（すなわち、配列ＡＲＴ−ＬＡのダッシュ線）であると予想される。
【００５１】
【表２Ｂ】
2005508133.tif 000011
ＳＥＣ２のＢＬＡＳＴ分析を、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して行った。例えば、ＳＥＣ２のアミノ酸配列が、表２Ｃに示されるような他のタンパク質に対して高い相同性を有することが見出された。
【００５２】
【表２Ｃ】
2005508133.tif 000012
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ２タンパク質のアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来の６２８アミノ酸のＮＭ−０１３４０４タンパク質に対して、６１４アミノ酸残基の内６１４アミノ酸残基の同一性（１００％）を有することが見出された。ＳＥＣ２はまた、表２ＤでのＢＬＡＳＴＰデータに示される他のタンパク質に対して相同性を有する。
【００５３】
【表２Ｄ】
2005508133.tif 000013
このＢＬＡＳＴＰデータは、表２ＥのＣｌｕｓｔａｌＷでグラフィカルに示される。本発明のタンパク質を表２Ｄに示す関連タンパク質配列と比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析における複数の配列アラインメントを表２Ｅに示し、ＳＥＣ２タンパク質を１列目に示す。
【００５４】
【表２Ｅ】
2005508133.tif 000014
2005508133.tif 000015
メソセリン（ｍｅｓｏｔｈｅｌｉｎ）（細胞表面に存在する分化抗原）は、４０−ｋＤのＧＰＩに連結した（グリコシルホスファチジルイノシトール）細胞表面糖タンパク質であり、正常な中皮の表面上に存在し、そして癌および悪性の中皮腫を有する多くの患者において過剰発現される。例えば、メソセリンは、膵臓腺癌、卵巣癌、膵臓癌、肺癌、扁平上皮癌、および遺伝子発現分析によって同定されるような多数の他の新生物細胞形質転換についてのマーカーである。癌におけるメソセリンの過剰発現は、潜在的な診断関連、画像化関連、および治療関連を有する。メソセリンは、極めて組織特異的様式で発現される抗原である。このタンパク質の高レベルな発現は、中皮、ならびに胸膜、心膜、および腹膜の膜を形成する組織で見られる。この遺伝子は、ヒト第１６番染色体の８ｋｂを占める１５個のエキソンによってコードされる、１８８４ｂｐのオープンリーディングフレームを含む。提唱される転写開始部位を含む遺伝子の５’末端のゲノムＤＮＡの１８５０ｂｐの領域もまたクローニングされた。この領域は、ＴＡＴＡボックスを欠いており、そして他の調節エレメント（例えばプロモーターに共通に見出されるＳＰ１部位）を欠いている。一過性トランスフェクション分析は、中皮特異的コントロールエレメントが、１．８５−ｋｂ領域内に存在することを立証した。最小の構成的プロモーターエレメントは、３１７−ｂｐ領域に局在された。最小のプロモーター上流の組織特異的エンハンサーエレメントは、部位−依存様式および配向−依存様式で、相同プロモーターおよび異種プロモーターからの転写を活性化することが見出された。
【００５５】
本発明において開示されるＳＥＣ２は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の先端微絨毛、動脈（大動脈）、前脳基底核、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび末梢組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、目、新生児の目、前頭皮質、胎児の造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成人のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＩＩ、およびＩＩＩを発現するリンパ組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋（大動脈における冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味覚受容細胞、精巣、視床、および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ（文献）供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって誘導された。ＳＥＣ２についてのさらなる発現データは、実施例２において提供される。
【００５６】
ＳＥＣ２の核酸およびタンパク質は、本明細書中でさらに記載される種々のＳＥＣ関連病理学的障害に関連する強力な治療適用に有用である。このＳＥＣ２核酸は、本発明のメソセリン様タンパク質またはそのフラグメントをコードしており、診断適用においてさらに有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【００５７】
これらの物質はさらに、本発明の物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において、治療方法または診断方法における使用のために有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の項に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。この開示されるＳＥＣ２タンパク質は、複数の親水性領域を有し、この各々が、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、例えば、企図されたＳＥＣ２エピトープは、アミノ酸約５〜約１０５を含む。別の実施形態において、例えば、ＳＥＣ２エピトープは、アミノ酸約１２０〜約１８０を含む。さらなる実施形態において、例えば、ＳＥＣ２エピトープは、アミノ酸約２１０〜約２３０、アミノ酸約２６０〜約３１０、アミノ酸約３２０〜約４２０、アミノ酸約４５０〜約５２０、そしてアミノ酸約５５０〜約６００を含む。
【００５８】
（ＳＥＣ３）
開示されるＳＥＣ３（あるいは、本明細書中でＣＧ５６０１５−０１とも呼ばれる）は、８５２ヌクレオチド配列（配列番号５）を含み、表３Ａに示される。ＳＥＣ３のＯＲＦは、ヌクレオチド１３１〜１３３のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド４７１〜４７３でのＴＧＴコドンで終止する。開始コドンの上流の推定非翻訳領域は、表３Ａにおいて下線を付しており、そして開始コドンおよび終止コドンを太字にしている。
【００５９】
【表３Ａ】
2005508133.tif 000016
配列番号５によってコードされる、ＳＥＣ３ポリペプチド（配列番号６）は、１１４のアミノ酸長であり、そして表３Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＳＥＣ３についてのＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列がシグナルペプチドを有しており、０．４６００の確実度で形質膜に局在されるようであることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ３ポリペプチドは、０．１０００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐによって、ＳＥＣ３ペプチドについての最も有望な切断部位は、４９位と５０位との間（すなわち、配列ＡＦＡ−ＶＮのダッシュ線）であると予想される。
【００６０】
【表３Ｂ】
2005508133.tif 000017
ＳＥＣ３のＢＬＡＳＴ分析を、所有のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して行った。例えば、ＳＥＣ３のアミノ酸配列が、表３Ｃに示されるような他のタンパク質に対して高い相同性を有することが見出された。
【００６１】
【表３Ｃ】
2005508133.tif 000018
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ３タンパク質のアミノ酸配列は、１０４アミノ酸のＮＭ＿００５７６４に対して、１１４アミノ酸残基の内１１４アミノ酸残基の同一性（１００％）を有することが見出された。ＳＥＣ３はまた、表３ＤでのＢＬＡＳＴＰデータに示される他のタンパク質に対して相同性を有する。
【００６２】
【表３Ｄ】
2005508133.tif 000019
このＢＬＡＳＴＰデータは、表３ＥのＣｌｕｓｔａｌＷでグラフィカルに示される。本発明のタンパク質を表３Ｄに示す関連タンパク質配列と比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析における複数の配列アラインメントを表３Ｅに示し、ＳＥＣ３タンパク質を１列目に示す。
【００６３】
【表３Ｅ】
2005508133.tif 000020
ＭＡＰ１７およびＰＤＺＫ１のｍＲＮＡは、ヒト癌において顕著に上方制御される。このＭＡＰ１７タンパク質産物は、免疫沈降によって決定されるように、１７−ｋｄの膜関連タンパク質である。ＭＡＰ１７は、腎臓の近位尿細管上皮細胞において有意なレベルで発現され、そして、正常な乳腺管上皮細胞と比較して不死化乳腺管（ｂｒｅａｓｔ  ｄｕｃｔａｌ）上皮細胞株において、および、インビボで、前悪性状態（例えば、結腸の腺腫および乳房のインサイチュでの腺管癌）において誘導される。ＭＡＰ１７は、腎臓、結腸、肺および乳房、時には膜関連性尖腺分布（ａｐｉｃａｌ  ｇｌａｎｄｕｌａｒ  ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ）から生じる癌において大量に発現される。組織培養において、ＭＡＰ１７は、細胞−細胞接触の領域（すなわち、細胞機能関連タンパク質の分布）における細胞膜に局在化された。全長野生型ＭＡＰ１７  ｃＤＮＡクローンの、結腸癌細胞株（ＨＴ−２９）へのトランスフェクションは、インビトロでの細胞増殖およびインビボでの腫瘍増殖を著しく減少させた。ＭＡＰ１７は、悪性の形質転換に関連する初期事象において役割を担っており、そして従って、ＭＡＰ１７の発現および活性化の調節は、上記疾患を処置する方法を提供する。
【００６４】
本発明においてＳＥＣ３として本明細書中に開示されるＭＡＰ１７は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の先端微絨毛、動脈（大動脈）、前脳基底核、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび末梢組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、目、新生児の目、前頭皮質、胎児の造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成人のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＩＩ、およびＩＩＩを発現するリンパ組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋、（大動脈における冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味覚受容細胞、精巣、視床、および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、ｐｕｂｌｉｃ（公的）ＥＳＴ供給源、Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ（文献）供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって誘導された。ＳＥＣ３についてのさらなる発現データは、実施例２において提供される。
【００６５】
ＳＥＣ３の核酸およびタンパク質は、本明細書中でさらに記載される種々のＳＥＣ関連病理学的障害に関連する潜在的な治療適用に有用である。このＳＥＣ３核酸は、本発明のＭＡＰ１７様タンパク質またはそのフラグメントをコードしており、診断適用においてさらに有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【００６６】
これらの物質はさらに、本発明の物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において、治療方法または診断方法における使用のために有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の項に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。この開示されるＳＥＣ３タンパク質は、複数の親水性領域を有し、この各々が、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、例えば、企図されたＳＥＣ３エピトープは、アミノ酸約２０〜約２８を含む。別の実施形態において、例えば、ＳＥＣ３エピトープは、アミノ酸約５５〜約６５を含む。さらなる実施形態において、例えば、ＳＥＣ３エピトープは、アミノ酸約７０〜約８０、およびアミノ酸約８２〜約１１４を含む。
（ＳＥＣ４）
開示されるＳＥＣ４（あるいは、本明細書中でＣＧ５５０２３−０１とも呼ばれる）は、５２７ヌクレオチド配列（配列番号７）を含み、表４Ａに示される。ＳＥＣ４のＯＲＦは、ヌクレオチド５９〜６１のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド５０９〜５１１でのＴＧＴコドンで終止する。開始コドンの上流の推定非翻訳領域は、表４Ａにおいて下線を付しており、そして開始コドンおよび終止コドンを太字にしている。開示されるＳＥＣ４は、第２０番染色体に位置する。
【００６７】
【表４Ａ】
2005508133.tif 000021
配列番号７によってコードされる、ＳＥＣ４ポリペプチド（配列番号８）は、１５４のアミノ酸長であり、そして表４Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＳＥＣ４についてのＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列がシグナルペプチドを有しており、０．４９６０の確実度で形質膜に局在されるようであることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ４ポリペプチドは、０．１９００の確実度でゴルジ体に、０．６４００の確実度で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実度で小胞体（管腔）に局在される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐによって、ＳＥＣ４ペプチドについてのあり得る切断部位は、２０位と２１位との間（すなわち、配列ＡＬＴ−ＥＥのダッシュ線）であると予想される。
【００６８】
【表４Ｂ】
2005508133.tif 000022
ＳＥＣ４のＢＬＡＳＴ分析を、所有のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して行った。例えば、ＳＥＣ４のアミノ酸配列が、表４Ｃに示されるような他のタンパク質に対して高い相同性を有することが見出された。
【００６９】
【表４Ｃ】
2005508133.tif 000023
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ４タンパク質のアミノ酸配列は、１５９アミノ酸のＸＭ＿０６８１８１に対して、１３９アミノ酸残基の内１２９アミノ酸残基の同一性（９２％）を有することが見出された。ＳＥＣ４はまた、表４ＤでのＢＬＡＳＴＰデータに示される他のタンパク質に対して相同性を有する。
【００７０】
【表４Ｄ】
2005508133.tif 000024
このＢＬＡＳＴＰデータは、表４ＥのＣｌｕｓｔａｌＷでグラフィカルに示される。本発明のタンパク質を表４Ｄに示す関連タンパク質配列と比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析における複数の配列アラインメントを表４Ｅに示し、ＳＥＣ４タンパク質を１列目に示す。
【００７１】
【表４Ｅ】
2005508133.tif 000025
2005508133.tif 000026
上皮増殖因子（ＥＧＦ）および形質転換増殖因子−α（ＴＧＦ−α）の生物学的効果は、細胞内ドメインおよび細胞外ドメインの両方を有する特定の細胞表面レセプターとの相互作用によって媒介される。この細胞内ドメインの構造は、レトロウイルスのタンパク質チロシンキナーゼと密接に整列され得る。リガンドが結合する際、細胞外ドメインのコンホメーションに変化が生じ、そのレセプターは、二量体に変換される。二量体のレセプターは、単量体よりも速い速度の触媒反応を有し、そして迅速にリン酸化を生じる。このレセプターの形態は、すぐに酵素（例えば、ホスホリパーゼＣ）と関連し、その酵素をリン酸化し、その触媒活性および細胞下での分布を変化させる。この系は、上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦｒ）活性化、顕著な増殖、形態学、パラクリン効果および分化の作用を刺激するようである。形質転換増殖因子α（ＴＧＦ−α）およびそのレセプターである上皮増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ）の共発現は、種々の腫瘍（例えば、膵臓腺癌）における攻撃的な生物学的反応および不都合な臨床結果と関連すると公知である。
【００７２】
本明細書中でＳＥＣ４として記載されるＴＧＦ−α前駆体は、少なくとも以下の組織でで発現される：網膜色素上皮の先端微小絨毛、動脈（大動脈）、基底の前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび根尖周囲組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児の眼、前頭皮質、胎児の血液生成細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成体のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＭＨＣ  ＩＩおよびＭＨＣ  ＩＩＩの発現する組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋、（大動脈中の冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味（ｔａｓｔｅ）レセプター細胞、精巣、視床および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。ＳＥＣ４のさらなる発現データを実施例２に提供する。
【００７３】
ＳＥＣ４核酸およびＳＥＣ４タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ−関連病理的障害に関する潜在的な治療的適用において有用である。本発明のＳＥＣ４ＴＧＦα様タンパク質、またはそのフラグメントをコードするＳＥＣ４核酸はさらに、診断的適用において有用であり得、ここではこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【００７４】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＳＥＣ４タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その各々が免疫原として使用され得る。例えば、１つの実施形態では、企図されるＳＥＣ４エピトープは、アミノ酸約２５〜約５０を含む。別の実施形態では、例えば、ＳＥＣ４エピトープは、アミノ酸約５５〜約７５を含む。さらなる実施形態では、例えば、ＳＥＣ４エピトープは、アミノ酸約８２〜約１０５、およびアミノ酸約１３５〜約１５４を含む。
【００７５】
（ＳＥＣ５）
開示されたＳＥＣ５（代わりに本明細書中でＣＧ５６１５３−０１とも呼ばれる）は、表５Ａに示された１２９３ヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９）を含む。ＳＥＣ５のＯＲＦは、ヌクレオチド１４４〜１４６のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１０８６〜１０８８のＴＡＧコドンで終結する。開始コドンの上流の推定非翻訳領域は表５Ａ中に下線で示され、そしてこの開始コドンおよび終止コドンは太字である。
【００７６】
【表５Ａ】
2005508133.tif 000027
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９によってコードされるＳＥＣ５ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０）は、８１アミノ酸長であり、表５Ｂに一文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ５のＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列が、シグナルペプチドを有し、そして０．６８５０の確実性で原形質膜に局在している可能性があることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ５ポリペプチドは、０．３７００の確実性でゴルジ体に、０．６４００の確実性で小胞体（膜）に、または０．３２００の確実性でペルオキシソームのマイクロボディに局在している。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐは、ＳＥＣ５ペプチドのありそうな切断部位は、３７位と３８位との間（すなわち配列ＧＦＡ−ＦＲ中のダッシュ）であると予測する。
【００７７】
【表５Ｂ】
2005508133.tif 000028
ＳＥＣ５のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ５のアミノ酸配列は、表５Ｃに示される他のタンパク質に対して高い相同性を有することを見出した。
【００７８】
【表５Ｃ】
2005508133.tif 000029
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ５タンパク質のアミノ酸配列は、８１アミノ酸のＮＭ＿００５３８６に対して８１アミノ酸残基中８１アミノ酸残基（１００％）の同一性を有することを見出されることを見出した。ＳＥＣ５はまた、表５Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータで示されるタンパク質と相同性を有する。
【００７９】
【表５Ｄ】
2005508133.tif 000030
このＢＬＡＳＴＰデータを、表５ＥのＣｌｕｓｔａｌＷに図式で示す。複数の配列アライメントを、表５Ｅにおいて提供し、ＳＥＣ５タンパク質は、表５Ｄに示された関連するタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、ライン１上に示される。
【００８０】
【表５Ｅ】
2005508133.tif 000031
2005508133.tif 000032
本明細書中でＳＥＣ５として開示されたニューロナチン（ｎｅｕｒｏｎａｔｉｎ）は、脳の発達の間に単離され、そして、選択的に発現されることが観察される脳特異的ヒト遺伝子である。このヒト遺伝子は、３９７３塩基の長さであり、そして３つのエキソンおよび２つのイントロンを含む。プライマー伸長分析に基づいて、１つのｃａｐ部位は、のメチオニン（ＡＴＧ）開始コドンから１２４塩基上流に位置する（よい状況で、ＧＡＡＣＣＡＴＧＧ）。プロモーターは、改変されたＴＡＴＡボックス（ＣＡＴＡＡＡ（−２７））および改変されたＣＡＡＴボックス（ＧＧＣＧＡＡＴ（−５９））を含む。５’側の隣接領域は、ＳＰ−１、ＡＰ−２（２部位）、デルタ−サブユニット、ＳＲＥ−２、ＮＦ−Ａ１およびＥＴＳの推測翻訳因子結合部位を含む。さらに、神経制限無症候性エレメント（これは、神経特異的遺伝子発現を支配する）に対して高い同一性の２１塩基配列は、−４２１で観察される。さらに、ＳＰ−１結合部位およびＡＰ−３結合部位は、イントロン１中に存在する。全てのスプライスドナーおよびアクセプター部位は、ＧＴ／ＡＧルールに一致した。エキソン１は２４のアミノ酸をコードし、エキソン２は２７のアミノ酸をコードし、そしてエキソン３は３０のアミノ酸をコードする。遺伝子の３’末端で、ポリ（Ａ）シグナル（ＡＡＴＡＡＡ）、ポリ（Ａ）部位、およびＧＴクラスターが観察される。ニューロナチン遺伝子は、選択的スプライシングによって産生された２つのｍＲＮＡ種（αおよびβ）として発現される。α形態は、全ての３つのエキソンを含むのに対し、β形態においては、中間のエキソンがスプライスされている。ニューロナチンのしばしば使用される全てのコドン（スレオニンを除く）の第３のヌクレオチドは、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓの予測されたコドン用法に対応してＧまたはＣのいずれかである。
【００８１】
染色体２０ｑ１１．２上のヒトニューロナチン遺伝子は、父性対立遺伝子から特異的にインプリントされ、そして転写される。ニューロナチンを含む領域は、複数のＣｐＧ島を有し、そしてメチル化分析は、そのプロモーター領域中の１．８ｋｂのＣｐＧ島が試験された全ての組織において異なるメチル化を示すことを示した。ニューロナチンは、膀胱癌関連タンパク質（ＢＬＣＡＰ）をコードする８．５ｋｂの１つの遺伝子の範囲内である。ノーザンブロット分析は、ヒトニューロナチンメッセージが、脳特異的様式において、胎児の脳中で主に発現されるが、成体の脳中ではわずかにのみ発現されることを明らかにする。強度のニューロナチン発現は、前部下垂体で、および様々なヒト下垂体腺腫（ＡＣＴＨ生産腺腫、ＧＨ生産腺腫および非機能性腺腫を含む）観察される。
【００８２】
本発明において開示されたＳＥＣ５は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の先端微小絨毛、動脈（大動脈）、基底の前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび根尖周囲組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児の眼、前頭皮質、胎児の血液生成細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成体のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＭＨＣ  ＩＩおよびＭＨＣ  ＩＩＩの発現する組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋、（大動脈中の冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味（ｔａｓｔｅ）レセプター細胞、精巣、視床および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。ＳＥＣ５のさらなる発現データを実施例２に提供する。
【００８３】
ＳＥＣ５核酸およびＳＥＣ５タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ−関連病理的障害に関する潜在的な治療的適用において有用である。本発明のニューロナチン様タンパク質、またはそのフラグメントをコードするＳＥＣ５核酸はさらに、診断的適用において有用であり得、ここではこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【００８４】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＳＥＣ５タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その各々が免疫原として使用され得る。１つの実施形態では、例えば、企図されるＳＥＣ５エピトープは、アミノ酸約３３〜約３８を含む。別の実施形態では、例えば、ＳＥＣ５エピトープは、アミノ酸約４０〜約８１を含む。
【００８５】
（ＳＥＣ６）
開示されたＳＥＣ６（代わりに本明細書中でＣＧ５６１５７−０１とも呼ばれる）は、表６Ａに示された６７９ヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１）を含む。ＳＥＣ６のＯＲＦは、ヌクレオチド７０〜７２のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド６６５〜６６７のＴＡＡコドンで終結する。
【００８６】
【表６Ａ】
2005508133.tif 000033
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１によってコードされるＳＥＣ６ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２）は、２０５アミノ酸長であり、表６Ｂに一文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ６のＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列が、０．６０００の確実性で核に局在している可能性があることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ６ポリペプチドは、０．１０００の確実性でリソソームに、または０．３６００の確実性でミトコンドリアのマトリックス空間に局在している。
【００８７】
【表６Ｂ】
2005508133.tif 000034
ＳＥＣ６のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ６のアミノ酸配列は、表６Ｃに示される他のタンパク質に対して高い相同性を有することを見出した。
【００８８】
【表６Ｃ】
2005508133.tif 000035
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ６タンパク質のアミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｓｐ（ラット）（ＯＲ１８臭気物レセプター、Ｅ＝４ｅ−９２）由来の３９４アミノ酸残基ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＱＷ３７タンパク質に対して２１０アミノ酸残基中１９３アミノ酸残基（９６％）の同一性を有することを見出されることを見出した。ＳＥＣ６はまた、表６Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータで示されるタンパク質と相同性を有する。
【００８９】
【表６Ｄ】
2005508133.tif 000036
このＢＬＡＳＴＰデータを、表６ＥのＣｌｕｓｔａｌＷに図式で示す。複数の配列アライメントを、表６Ｅにおいて提供し、ＳＥＣ６タンパク質は、表６Ｄに示された関連するタンパク質配列と本発明のタンパク質と比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、ライン１上に示される。
【００９０】
【表６Ｅ】
2005508133.tif 000037
2005508133.tif 000038
ＳＥＣ６ならびに他の全てのＳＥＣＸタンパク質における同定可能なドメインの存在は、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索によって、続いて、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を用いてドメインマッチ（または数）をクロスすることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ数を決定することによって、決定した。表６Ｆに開示されるようなＳＥＣ６についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。完全に保存された単一の残基を、印（｜）によって示し、そして「強い」半保存残基を、印（＋）によって示す。この保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸のグループのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【００９１】
表６Ｆは、ＳＥＣ６に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＳＥＣ６配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【００９２】
【表６Ｆ】
2005508133.tif 000039
薬物依存性の形成および離脱症候群の発現の機構は、現在の実験データおよび臨床データの莫大な集積にもかかわらず、完全には明らかにされていない。離脱症候群の様々な臨床的特色は、異なる薬物の乱用によって誘発される薬物依存性を有する患者の間で共通であるようである。これらの１つは、不安である。現在の研究は、ジアゼパム結合インヒビター（ＤＢＩ）（本明細書中でＳＥＣ６として開示される）、内因性ａｎｘｉｏｇｅｎｉｃ潜在性を有するベンゾジアゼピン（ＢＺＤ）レセプターの逆性アゴニストとして機能することを明らかにした。脳における大脳ＤＢＩ発現は、薬物依存性の形成および／または離脱症候群の出現に関与する。大脳ＤＢＩ発現は、薬物（例えば、モルヒネ、ニコチンおよびアルコール）によって誘発された薬物依存性を有する哺乳動物において顕著に増加する。ニコチン依存性マウスおよびモルヒネ依存性マウスの場合、それぞれニコチンアセチルコリンおよび臭気物レセプターのアンタゴニストの随伴性投与は、この増加を廃止した。薬物の投与の突然の停止は、ＤＢＩ発現のさらなる増加を促進した。従って、ＤＢＩ発現におけるこれらの改変は、薬物依存性の形成および／または離脱症候群の出現に密接に関連し、そして異なる薬物の乱用によって誘発された薬物依存性における通常の生化学プロセスであるようである。従って、ＤＢＩならびにＤＢＩの発現および活性化の調節は、薬物依存性に関与する通常の生化学経路に対する治療的標的を提供し、そして薬物依存性の形成および／または離脱症候群の出現を予防する方法を提供する。
【００９３】
本発明において開示されたＳＥＣ６は、少なくとも以下の組織で発現する：網膜色素上皮の先端微小絨毛、動脈（大動脈）、基底の前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび根尖周囲組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児の眼、前頭皮質、胎児の血液生成細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成体のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＭＨＣ  ＩＩおよびＭＨＣ  ＩＩＩの発現する組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋、（大動脈中の冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味（ｔａｓｔｅ）レセプター細胞、精巣、視床および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。ＳＥＣ６のさらなる発現データを実施例２に提供する。
【００９４】
ＳＥＣ６核酸およびＳＥＣ６タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ−関連病理的障害に関する潜在的な治療的適用において有用である。本発明のＤＢＩ様タンパク質、またはそのフラグメントをコードするＳＥＣ６核酸はさらに、診断的適用において有用であり得、ここではこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【００９５】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＳＥＣ６タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その各々が免疫原として使用され得る。例えば、１つの実施形態では、企図されるＳＥＣ６エピトープは、アミノ酸約１〜約９３を含む。別の実施形態では、例えば、ＳＥＣ６エピトープは、アミノ酸約９５〜約１１５を含む。さらなる実施形態では、例えば、ＳＥＣ６エピトープは、アミノ酸約１２０〜約１６０、およびアミノ酸約１６５〜約１９５を含む。
【００９６】
（ＳＥＣ７）
開示されたＳＥＣ７（代わりに本明細書中でＣＧ５６１５９−０１とも呼ばれる）は、表７Ａに示された３０４６ヌクレオチド配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３）を含む。ＳＥＣ７のＯＲＦは、ヌクレオチド６１〜６３のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド２９６０〜２９６２のＴＡＧコドンで終結する。
【００９７】
【表７Ａ】
2005508133.tif 000040
2005508133.tif 000041
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３によってコードされるＳＥＣ７ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４）は、９６７アミノ酸長であり、表７Ｂに一文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ７のＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列が、シグナルペプチドを有し、そして０．８２００の確実性で細胞から分泌されるようであることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ７ポリペプチドは、０．１９００の確実性でリソソームに、０．１０００の確実性で小胞体に局在している。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐは、ＳＥＣ７ペプチドのありそうな切断部位は、３４位と３５位との間（すなわち配列ＶＹＳ−ＱＥ中のダッシュ）であることを予測する。
【００９８】
【表７Ｂ】
2005508133.tif 000042
2005508133.tif 000043
ＳＥＣ７のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ７のアミノ酸配列は、表７Ｃに示される他のタンパク質に対して高い相同性を有することを見出した。
【００９９】
【表７Ｃ】
2005508133.tif 000044
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ７タンパク質のアミノ酸配列は、９９６アミノ酸のＮＭ＿００８４８６に対して９６７アミノ酸残基中７３４アミノ酸残基（７５％）の同一性を有することを見出されることを見出した。ＳＥＣ７はまた、表７Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータで示されるタンパク質と相同性を有する。
【０１００】
【表７Ｄ】
2005508133.tif 000045
2005508133.tif 000046
このＢＬＡＳＴＰデータを、表７ＥのＣｌｕｓｔａｌＷに図式で示す。複数の配列アライメントを、表７Ｅにおいて提供し、ＳＥＣ７タンパク質は、表７Ｄに示された関連するタンパク質配列と本発明のタンパク質と比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、ライン１上に示される。
【０１０１】
【表７Ｅ】
2005508133.tif 000047
2005508133.tif 000048
2005508133.tif 000049
2005508133.tif 000050
ＳＥＣ７ならびに他の全てのＳＥＣＸタンパク質における同定可能なドメインの存在を、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索によって決定し、続いて、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を用いてドメインマッチ（または数）をクロスすることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ数を決定した。表７Ｆに開示されるようにＳＥＣ７についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。完全に保存された単一の残基を、印（｜）によって示し、そして「強い」半保存残基を、印（＋）によって示す。この保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸のグループのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【０１０２】
表７Ｆは、ＳＥＣ７に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン表示を列挙する。これは、ＳＥＣ７配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０１０３】
【表７Ｆ】
2005508133.tif 000051
2005508133.tif 000052
本明細書中でＳＥＣ７として開示される、アミノペプチダーゼ−Ｎ（ａ／ｋ／ａ  ＡＰＮ，ＣＤ１３，ＥＣ  ３．４．１１．２）は、骨髄単球株の正常細胞および悪性細胞の十分に確立されたマーカーである。これはまた、急性リンパ性白血病または慢性リンパ性白血病に罹患した患者の少数群の白血球線維芽細胞によって発現される。ＣＤ１３／アミノペプチダーゼＮ（Ｅ．Ｃ．３．４．１１．２）は、外膜に位置する細胞外酵素である。細胞質に局在する可溶性の非細胞結合形態のＣＤ１３／ＧＰ１５０／アミノペプチダーゼＮもまた存在する。
【０１０４】
Ｔ細胞株におけるＡＰＮ遺伝子の発現ならびにマイトジェン活性化によるヒト末梢Ｔ細胞におけるＡＰＮ遺伝子および表面発現の誘導は、実証されている。例えば、アミノペプチダーゼ発現は、Ｔｈ１関連サイトカイン、ＩＦＮ−γによってアップレギュレートされることが示された。ＡＰＮ表面発現の誘導は、タンパク質生合成のインヒビター（プロマイシンおよびシクロヘキシミド）の作用に部分的に耐性であり、そしてグリコシル化のインヒビターであるツニカマイシン（ｔｕｎｉｃａｍｙｃｉｎ）によって妨げられない。刺激後２０時間検出可能なＡＰＮの迅速なマイトジェン誘導表面発現は、デノボタンパク質生合成またはグリコシル化に依存しない機構によって支配される。単球、顆粒球、およびリンパ球で富化された細胞画分は、ＣＤ１３抗体によって阻害可能なアミノペプチダーゼ−Ｎ活性を保有する。血漿アミノペプチダーゼ−Ｎの免疫親和性単離もまた実行されており；機能的研究およびドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）電気泳動を用いたさらなる特徴付けは、ＣＤ１３  ＭＡＢがアミノペプチダーゼ−Ｎ活性の血漿を完全に明確にし得、そして精製されたタンパク質が、細胞由来の物質と類似の電気泳動的特徴を有することを示す。
【０１０５】
例えば、気管支肺胞の洗浄流体（ＢＡＬＦ）におけるアミノペプチダーゼの活性は、正常なボランティア（ＮＶ）およびコントロール患者（ＣＰ）よりもサルコイドーシスを有する患者において有意に高かった。この活性は、リンパ球のパーセンテージおよびＢＡＬＦ中のＣＤ４＋〜ＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合に有意に関連し、そして併発を有さない人よりも実質に併発を有するサルコイドーシスを有する患者においてより高かった。約１５０ｋＤの分子量を有するＣＤ１３／アミノペプチダーゼＮタンパク質は、ＮＶ由来のタンパク質よりも高いレベルで、サルコイドーシスを有する患者由来の肺胞のマクロファージ（ＡＭ）において検出可能であった。ＣＤ１３アミノペプチダーゼＮは、１０（−）（５）〜１０（−）（１）Ｕ／ｍｌの濃度の範囲でヒトリンパ球のインビトロでの走化移動を誘導した。走化活性は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球についてよりもＣＤ４＋Ｔリンパ球について高かった。ＣＤ１３／アミノペプチダーゼＮの酵素活性は、走化活性を無効にする、ＣＤ１３／アミノペプチダーゼＮのインヒビターである、ベスタチン（ｂｅｓｔａｔｉｎ）に起因して、走化活性を担っていた。リンパ球についてのより高い走化活性は、ＮＶからのＢＡＬＦよりもサルコイドーシスを有する患者からのＢＡＬＦにおいて検出され、この活性は、ベスタチンでの処置より有意に減少した。従って、ＡＭにおいて発現されるＣＤ１３／アミノペプチダーゼＮは、この障害および迷走性の細胞増殖に関する他の障害において、サルコイド肺および肺胞炎の病原に関するＴリンパ球において役割を有する。
【０１０６】
本発明で開示されるＳＥＣ７は、少なくとも以下の組織において発現される：網膜色素上皮の先端微小絨毛、動脈（大動脈）、基底の前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび根尖周囲組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児の眼、前頭皮質、胎児の造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成体のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＭＨＣ  ＩＩおよびＭＨＣ  ＩＩＩを発現する組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋、（大動脈中の冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味覚レセプター細胞、精巣、視床および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（しかし、それらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。さらに、ＳＥＣ７の発現データを実施例２に提供する。
【０１０７】
ＳＥＣ７核酸およびＳＥＣ７タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ−関連病理的障害に関する潜在的な治療的適用において有用である。本発明のＳＥＣ７アミノペプチダーゼ様タンパク質をコードするＳＥＣ７核酸またはそのフラグメントはさらに、診断的適用において有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１０８】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法における使用のための本発明の物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＳＥＣ７タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その各々が免疫原として使用され得る。１つの実施形態では、例えば、企図されるＳＥＣ７エピトープは、アミノ酸約４０〜約１２０を含む。別の実施形態では、例えば、ＳＥＣ７エピトープは、アミノ酸約１２５〜約２７５を含む。さらなる実施形態では、例えば、ＳＥＣ７エピトープは、アミノ酸約２８０〜３１０、アミノ酸約３２０〜４２０、アミノ酸約４３０〜約４６０、アミノ酸約４７０〜約４８０、アミノ酸約５００〜約６５０、アミノ酸約６６０〜約８５０、およびアミノ酸約８６０〜約９６１を含む。
【０１０９】
（ＳＥＣ８）
開示されたＳＥＣ８（代わりに本明細書中でＣＧ５６０１０−０１とも呼ばれる）は、表８Ａに示された３９８ヌクレオチド配列（配列番号１５）を含む。ＳＥＣ８  ＯＲＦは、ヌクレオチド２〜４のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド２２４〜２２６のＴＡＧコドンで終結する。
【０１１０】
【表８Ａ】
2005508133.tif 000053
配列番号１５によってコードされるＳＥＣ８ポリペプチド（配列番号１６）は、７４アミノ酸長であり、表８Ｂに一文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ８のＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列が、シグナルペプチドを有し、そして０．３７００の確実性で細胞から分泌されている可能性があることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ８ポリペプチドは、０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性でリソソームに局在している。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐは、ＳＥＣ８ペプチドの最もありそうな切断部位が、１４位と１５位との間（すなわち配列ＳＳＡ−ＥＥ中のダッシュ）であることを予測する。
【０１１１】
【表８Ｂ】
2005508133.tif 000054
ＳＥＣ８のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ８のアミノ酸配列は、表８Ｃに示される他のタンパク質に対して高い相同性を有したことを見出した。
【０１１２】
【表８Ｃ】
2005508133.tif 000055
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ８タンパク質のアミノ酸配列は、７４アミノ酸のＮＭ＿００３２２６に対して７４アミノ酸残基中７４アミノ酸残基（１００％）の同一性を有することを見出すことを見出した。ＳＥＣ８はまた、表８Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータで示されるタンパク質と相同性を有する。
【０１１３】
【表８Ｄ】
2005508133.tif 000056
このＢＬＡＳＴＰデータを、表８ＥのＣｌｕｓｔａｌＷに図式で示す。複数の配列アライメントを、表８Ｅにおいて提供し、ＳＥＣ８タンパク質は、表８Ｄに示された関連のタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、ライン１上に示される。
【０１１４】
【表８Ｅ】
2005508133.tif 000057
ＳＥＣ８ならびに他の全てのＳＥＣＸタンパク質における同定可能なドメインの存在を、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索によって決定し、続いて、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を用いてドメインマッチ（または数）をクロスすることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ数を決定した。表８Ｆに開示されるようにＳＥＣ８についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。完全に保存された単一の残基を、印（｜）によって示し、そして「強い」半保存残基を、印（＋）によって示す。この保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸のグループのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【０１１５】
表８Ｆは、ＳＥＣ８に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＳＥＣ８配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０１１６】
【表８Ｆ】
2005508133.tif 000058
ＴＦＦペプチド（すなわち、ＴＦＦ１、ＴＦＦ２、ＴＦＦ３；元はＰドメインペプチド、トレフォイル（ｔｏｒｅｆｏｉｌ）因子）は、ムチン産生上皮細胞（例えば、気道、唾液腺、子宮および結膜）の代表的な分泌産物として確立されている。ＴＦＦペプチドは、粘液ゲルの構成物としてこれらの繊細な上皮の表面完全性を維持する中心的な役割を有し、そして抗アポトーシス特性および細胞の移動プロセスを調節する分節発生の活性によって維持することにおいて役割を有する。ムチン関連ＴＦＦペプチド（元はＰドメインペプチドまたはトレフォイル因子）は、代表的に細胞遊走促進因子であり、腸の回復を模倣する種々のインビトロのモデルにおける細胞の移動を増強する。
【０１１７】
これらのペプチドの１つである、ＴＦＦ３は、本明細書中でＳＥＣ８として開示され、ヒト視床下部下垂体軸の新しい神経ペプチドとして検出されており、ここでこれは、室傍核および視索上核のオキシトシナジック（ｏｘｙｔｏｘｉｎｅｒｇｉｃ）ニューロンにおいて合成される。ここから、これは、血流中に放出される下垂体後葉製剤に輸送される。プロモーターのメチル化分析は、これらの遺伝子が正常に発現する組織において、ＴＦＦ１およびＴＦＦ２の近位のプロモーターは、特異的にメチル化されず、そしてＴＦＦ３の近位のプロモーターは部分的に脱メチル化されることを示した。対照的に、ＴＦＦを発現しない器官において、３つの遺伝子のプロモーターが、メチル化される。これらの発見は、正常な状態および病理学的状態におけるＴＦＦの発現の調節における後成の機構の関与について強く主張する。さらに、ＴＦＦ３は、抗アノイキック（ａｎｏｉｋｉｃ）特性を実証する。ＴＦＦ３は、腸細胞中のＮＦ−κＢを活性化し、そして腸の上皮細胞におけるアノイキス（ａｎｏｉｋｉｓ）に対するＴＦＦ３誘導耐性は、ＮＦ−κＢに連結した別個のシグナル伝達カスケードによって媒介される。
【０１１８】
トレフォイルペプチドは、大量に発現される上皮細胞産物であって、これは、保護効果を発揮し、そして胃腸の上皮回復（粘膜の損傷の後に細胞が移動する重要な初期）の重要な調節因子である。ＴＦＦペプチドは、ヒト呼吸性上皮において細胞遊走促進因子として作用し、気道の疾患（例えば、喘息）の過程において損傷した粘膜の迅速な修復を誘発する。ＴＦＦペプチドの合成はまた、慢性炎症性疾患（例えば、胃腸管）に対する結果として病状を生じる。ＴＦＦペプチドの異常な合成は、多くの腫瘍において観察され、例えば、ＴＴＦは、ヒト腸化生において誘導され、そして全ての胃癌中に保存される。
【０１１９】
本明細書中で開示されるＳＥＣ８は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の先端微小絨毛、動脈（大動脈）、基底の前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび周囲組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児の眼、前頭皮質、胎児の造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成体のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＭＨＣ  ＩＩおよびＭＨＣ  ＩＩＩを発現する組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋、（大動脈中の冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味覚レセプター細胞、精巣、視床および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（しかし、それらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。さらに、ＳＥＣ８の発現データを実施例２に提供する。
【０１２０】
ＳＥＣ８核酸およびＳＥＣ８タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ−関連病理的障害に関する潜在的な治療的適用において有用である。本発明のＴＦＦ様タンパク質をコードするＳＥＣ８核酸またはそのフラグメントはさらに、診断的適用において有用であり得、ここではこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１２１】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＳＥＣ８タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その各々が免疫原として使用され得る。１つの実施形態では、例えば、企図されるＳＥＣ８エピトープは、アミノ酸約２０〜６５を含む。
【０１２２】
（ＳＥＣ９）
開示されたＳＥＣ９核酸（代わりに本明細書中でＣＧ５６１６２−０１とも呼ばれる）は、表９Ａに示された１１９２ヌクレオチド配列（配列番号１７）を含む。ＳＥＣ９のＯＲＦは、ヌクレオチド１５１〜１５３のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１０９１〜１０９３のＴＧＡコドンで終結する。
【０１２３】
【表９Ａ】
2005508133.tif 000059
配列番号１７によってコードされるＳＥＣ９ポリペプチド（配列番号１８）は、３１３アミノ酸長であり、表９Ｂに一文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ９のＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列が０．６５００の確実性で原形質膜に局在している可能性があることを予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ９ポリペプチドは、０．１９７１の確実性でリソソーム（管腔）に、または０．１０００の確実性でミトコンドリアのマトリクススペースに、局在している可能性がある。
【０１２４】
【表９Ｂ】
2005508133.tif 000060
ＳＥＣ９のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ９のアミノ酸配列は、表９Ｃに示される他のタンパク質に対して高い相同性を有したことを見出した。
【０１２５】
【表９Ｃ】
2005508133.tif 000061
2005508133.tif 000062
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ９タンパク質のアミノ酸配列は、３１３アミノ酸のＮＭ＿００７２８３に対して３１３アミノ酸残基中３１３アミノ酸残基（１００％）の同一性を有することを見出した。ＳＥＣ９はまた、表９Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータで示される他のタンパク質と相同性を有する。
【０１２６】
【表９Ｄ】
2005508133.tif 000063
このＢＬＡＳＴＰデータを、表９ＥのＣｌｕｓｔａｌＷに図式で示す。複数の配列アライメントを、表９Ｅにおいて提供し、ＳＥＣ９タンパク質は、表９Ｄに示された関連のタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、ライン１上に示される。
【０１２７】
【表９Ｅ】
2005508133.tif 000064
2005508133.tif 000065
ＳＥＣ９ならびに他の全てのＳＥＣＸタンパク質における同定可能なドメインの存在を、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索によって決定し、続いて、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を用いてドメインマッチ（または数）をクロスすることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ数を決定した。表９Ｆに開示されるようにＳＥＣ９についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。完全に保存された単一の残基を、印（｜）によって示し、そして「強い」半保存残基を、印（＋）によって示す。この保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸のグループのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【０１２８】
表９Ｆは、ＳＥＣ９に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの詳細を列挙する。これは、ＳＥＣ９配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０１２９】
【表９Ｆ】
2005508133.tif 000066
本明細書中にＳＥＣ９として開示されるリゾホスホリパーゼは、多機能のリゾホスホリピドを調節する生物学的膜に作用する重要な酵素である。リゾホスホリピドのレベルの増加は、宿主の疾患と関連する。低い活性の重要なリゾホスホリピド代謝およびヒト黒質における同化酵素は、酸化性膜損傷を修復する減少した能力を生じ、例えば、パーキンソン病およびアルツハイマー病を生じ得る。リゾホスホリパーゼは、ヒト好酸球および好塩基球の主用な自己結晶化構築物であり、これらの顆粒球中に約１０％の総細胞タンパク質を含む。体液および分泌物中の異なる六角形の二錐体状結晶のＣＬＣタンパク質の同定は、好酸球関連アレルギー性炎症の特徴であると考えられている。リゾホスホリパーゼを調節するための組成物および方法は、アレルギー性疾患および炎症の予防および処置における有用性を有する。
【０１３０】
本発明において開示されたＳＥＣ９は、少なくとも以下の組織で発現する：網膜色素上皮の先端微小絨毛、動脈（大動脈）、基底の前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび根尖周囲組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児の眼、前頭皮質、胎児の造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児の肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児のリンパ組織、成体のリンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＭＨＣ  ＩＩおよびＭＨＣ  ＩＩＩを発現する組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋、（大動脈中の冠状動脈）脊髄、脾臓、胃、舌の味覚レセプター細胞、精巣、視床および胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（しかし、それらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。さらに、ＳＥＣ９の発現データを実施例２に提供する。
【０１３１】
ＳＥＣ９核酸およびＳＥＣ９タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ−関連病理的障害に関する潜在的な治療的適用において有用である。本発明のリゾホスホリパーゼ様タンパク質をコードするＳＥＣ９核酸またはそのフラグメントはさらに、診断的適用において有用であり得、ここではこの核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１３２】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の物質に対して免疫特異的に結合する抗体の産生において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って産生され得る。開示されたＳＥＣ９タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その各々が免疫原として使用され得る。１つの実施形態では、例えば、企図されるＳＥＣ９エピトープは、アミノ酸約１０〜約５０を含む。別の実施形態では、例えば、ＳＥＣ９エピトープは、アミノ酸約５５〜約７５を含む。さらなる実施形態では、例えば、ＳＥＣ９エピトープは、アミノ酸約９０〜約１０５、アミノ酸約１１０〜約１３０、アミノ酸約１８０〜約２１０、およびアミノ酸約２５０〜約３１３を含む。
【０１３３】
（ＳＥＣ１０）
開示されたＳＥＣ１０核酸（代わりに本明細書中でＣＧ５６１６４−０１とも呼ばれる）は、表１０Ａに示された１１０４ヌクレオチド配列（配列番号１９）を含む。ＳＥＣ１０のＯＲＦは、ヌクレオチド４７〜４９のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド９８３〜９８５のＴＡＧコドンで終結する。開示されたＳＥＣ１０は、ヒト第１７染色体に位置する。
【０１３４】
【表１０Ａ】
2005508133.tif 000067
配列番号１９によってコードされるＳＥＣ１０ポリペプチド（配列番号２０）は、３１２アミノ酸長であり、表１０Ｂに一文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ１０のＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列が、シグナルペプチドを有し、そして０．９１９０の確実性で原形質膜に存在すると予測する。代替の実施形態において、ＳＥＣ１０ポリペプチドは、０．２０００の確実性でリソソーム膜に、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に局在している可能性がある。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐは、ＳＥＣ１０ペプチドの最もありそうな切断部位は、１９位と２０位との間（すなわち配列ＡＳＡ−ＥＳ中のダッシュ）であると予測する。
【０１３５】
【表１０Ｂ】
2005508133.tif 000068
ＳＥＣ１０のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐａｔｅｎｔデータベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ１０のアミノ酸配列は、表１０Ｃに示される他のタンパク質に対して高い相同性を有したことを見出した。
【０１３６】
【表１０Ｃ】
2005508133.tif 000069
公的な配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ１０タンパク質のアミノ酸配列は、３１２アミノ酸のＮＭ＿０００７１７に対して３１２アミノ酸残基中３１２アミノ酸残基（１００％）の同一性を有することを見出したことを見出した。ＳＥＣ１０はまた、表１０Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータで示されるタンパク質と相同性を有する。
【０１３７】
【表１０Ｄ】
2005508133.tif 000070
このＢＬＡＳＴＰデータを、表１０ＥのＣｌｕｓｔａｌＷに図式で示す。複数の配列アライメントを、表１０Ｅにおいて提供し、ＳＥＣ１０タンパク質は、表１０Ｄに示された関連のタンパク質配列と本発明のタンパク質とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、ライン１上に示される。
【０１３８】
【表１０Ｅ】
2005508133.tif 000071
2005508133.tif 000072
ＳＥＣ１０、ならびに他の全てのＳＥＣＸタンパク質中の同定可能なドメインの存在は、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ，およびＰｒｉｎｔｓ）を使用し、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を使用するドメインマッチ（または番号）を交差させることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ番号を決定する検索により、決定された。表１０Ｆ中に開示されたようなＳＥＣ１０についてのＤＯＭＡＩＮ結果は、逆位置特異的（Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ）ＢＬＡＳＴ分析を用いて、保存ドメインデータベース（Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ）（ＣＤＤ）から収集された。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアサンプルドメインは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍ収集で見出された。完全な保存シグナル残基は、符号（｜）によって示され、そして、「強い」半保存的な残基は、符号（＋）によって示される。保存アミノ酸残基の「強い」群は、以下のアミノ酸の群の任意の１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【０１３９】
表１０Ｆは、ＳＥＣ１０に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン説明を列挙する。これは、ＳＥＣ１０配列がこのドメインを含むことが既知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０１４０】
【表１０Ｆ】
2005508133.tif 000073
本明細書中でＳＥＣ１０として開示されたカルボニックアンヒドラ−ゼは、二酸化炭素の炭酸への触媒的水和に関するタンパク質である。低酸素調節遺伝子発現が腫瘍病原力に影響するという証拠は増えており、低酸素腫瘍を有する患者のより乏しい結果に寄与する。低酸素調節遺伝子の重要なメディエーターとしての転写複合体低酸素誘導因子−１の役割は、最も実証された経路の１つである。近年、特定の腫瘍関連カルボニックアンヒドラ−ゼ（ＣＡ）が、既知の低酸素誘導因子応答遺伝子のリストに付け加えられ得るということが明らかとなった。低血管新生を伴う腫瘍中のＣＡ発現は、高度な脈管形成腫瘍を有する患者の１人に類似の予後を定義した。多変量解析は、ＣＡ発現が、新脈管形成から独立した、有意な予後因子であることを示す。ＣＡの発現は、新脈管形成、アポトーシス阻害、および細胞−細胞接着破壊に関するタンパク質の群の発現に関連し、これは、ＣＡと乏しい結果との強い関連を説明する。
【０１４１】
本発明で開示されたＳＥＣ１０は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の尖微絨毛、動脈（大動脈）、基底前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心動脈および心静脈、尾状核、ＣＮＳ組織および末梢組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児眼、前頭皮質、胎児造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児リンパ組織、成体リンパ組織、ＭＨＣＩ、ＭＨＣＩＩおよびＭＨＣＩＩＩを発現するリンパ組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋（大動脈中の冠状動脈）、脊髄、脾臓、胃、舌の味覚レセプター細胞、精巣、視床、ならびに胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源、公のＥＳＴ情報源、文献情報源、および／またはＲＡＣＥ情報源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって導かれた。ＳＥＣ１０についてのさらなる発現データを、実施例２に提供する。
【０１４２】
ＳＥＣ１０核酸およびＳＥＣ１０タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ関連病理疾患に関する可能性のある治療適用に有用である。本発明のカルボニックアンヒドラ−ゼ様タンパク質をコードするＳＥＣ１０核酸、またはそれらのフラグメントは、診断適用にさらに有用であり、ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される。
【０１４３】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節中で記載されるような疎水性チャートからの予測を使用して、当業者に公知の方法に従って生成され得る。開示されたＳＥＣ１０タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、例えば、意図されたＳＥＣ１０エピトープは、アミノ酸約２０〜アミノ約酸１００である。別の実施形態において、例えば、ＳＥＣ１０エピトープは、アミノ酸約１０２〜アミノ酸約１６０を含む。さらなる実施形態において、例えば、ＳＥＣ１０エピトープは、約１７５〜約２９０を含む。
【０１４４】
（ＳＥＣ１１）
開示されたＳＥＣ１１（あるいは、本明細書中では、ＣＧ５０３７９−０１ともいう）は、表１１Ａ中に示される２８１４ヌクレオチド（配列番号２１）を含む。ＳＥＣ１１  ＯＲＦは、ヌクレオチド２１〜２３のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１７６４〜１７６６のＴＡＧコドンで終結する。ＳＥＣ１１遺伝子は、ヒト第１２染色体ｑ２４．３３に位置付けられた。
【０１４５】
【表１１Ａ】
2005508133.tif 000074
2005508133.tif 000075
配列番号２１にコードされる、ＳＥＣ１１ポリペプチド（配列番号２２）は、５８１アミノ酸残基長であり、そして、１１Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ１１についてのＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列がシグナルペプチドを有しており、そして、０．６４００の確実性で原形質膜に局在化されるようであることを予想する。代替の実施形態において、ＳＥＣ１１ポリペプチドは、０．４６００の確実性でゴルジ体に、０．３７００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（管腔）に局在化される。ＳｉｇｎａｌＰは、ＳＥＣ１１ペプチドについて可能性のある切断部位が、２０位と２１位との間（すなわち、配列ＣＡＡ−ＩＳにおけるダッシュ）であることを予測する。
【０１４６】
【表１１Ｂ】
2005508133.tif 000076
ＳＥＣ１１のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱタンパク質特許データベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ１１のアミノ酸配列が、表１１Ｃ中に示されるような他のタンパク質と高い相同性を有していたことが見出された。
【０１４７】
【表１１Ｃ】
2005508133.tif 000077
公の配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ１１タンパク質のアミノ酸配列が、５８１アミノ酸のＮＭ＿００７１９７に対して、５８１アミノ酸残基中５８１アミノ酸残基の同一性（１００％）を有することが見出されたことが見出された。ＳＥＣ１１はまた、表１１Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータにおいて示される他のタンパク質に対して相同性を有する。
【０１４８】
【表１１Ｄ】
2005508133.tif 000078
このＢＬＡＳＴＰデータは、表１１ＥのＣｌｕｓｔａｌＷにおいて図示される。多重配列アライメントは、本発明のタンパク質と表１１Ｄ中に示される関連タンパク質配列を比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、表１１Ｅ中に与えられ、１列目にＳＥＣ１１タンパク質が示される。
【０１４９】
【表１１Ｅ】
2005508133.tif 000079
2005508133.tif 000080
2005508133.tif 000081
ＳＥＣ１１、ならびに他の全てのＳＥＣＸタンパク質中の同定可能なドメインの存在は、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ，およびＰｒｉｎｔｓ）を使用する検索、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を使用するドメインマッチ（または番号）を交差させることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ番号を決定することにより、決定された。表１１Ｆ中に開示されたようなＳＥＣ１１についてのＤＯＭＡＩＮ結果は、保存ドメインデータベース（Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ）（ＣＤＤ）を用いる、逆位置特異的ＢＬＡＳＴ分析から収集された。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアサンプルドメインは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍ収集で見出された。完全な保存シグナル残基は、符号（｜）によって示され、そして、「強い」半保存的な残基は、符号（＋）によって示される。保存アミノ酸残基の「強い」群は、以下のアミノ酸の群の任意の１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【０１５０】
表１１Ｆは、ＳＥＣ１１に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン説明を列挙する。これは、ＳＥＣ１１配列がこのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０１５１】
【表１１Ｆ】
2005508133.tif 000082
フリズル（Ｆｒｉｚｚｌｅｄ）（ＦＺＤ）（本明細書中でＳＥＣ１１として開示される）は、ＷＮＴに対するレセプター（発癌および胚形成において重要な役割を果たす）をコードする。フリズルのＮ−末端領域のホモログは、膜貫通分子か、または分泌された分子のいずれかとして存在する。この分泌されたフリズル関連タンパク質２（ｓＦＲＰ２）は、インビトロ発達の２日以内にアップレギュレートされる。インビボｓＦＲＰ２発現は、間葉凝集物および続く上皮構造において、同様に見出された。詳細なインサイチュハイブリダイゼーション分析は、眼、脳、神経管、脳顔面頭蓋間葉、関節、精巣、膵臓の発達中に、ならびに、平滑筋が発達する食道、動脈および尿管の上皮の下で、ｓＦＲＰ２発現を示した。比較分析において、関連するｓＦＲＰ１遺伝子およびｓＦＲＰ４Ｆ遺伝子の転写産物は、ある場合は、ｓＦＲＰ２と同じ組織において発現ドメイン重複とともに頻繁に見出されたが、他の場合は相互排他的である。ｓＦＲＰ１は、胚後腎、眼、脳、歯、唾液腺および小腸で特異的に発現されるが、発達中の歯、眼および唾液腺を除いては、ｓＦＲＰ４の発現は微弱に過ぎない。にもかかわらず、ｓＦＲＰ遺伝子は、いくつかの器官系の形態発生において、非常に明確な役割を果たす。
【０１５２】
本発明中で開示されたＳＥＣ１１は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の尖微絨毛、動脈（大動脈）、基底前脳、脳、バーキットリンパ腫細胞株、脳梁、心動脈および心静脈、尾状核、ＣＮＳ組織および末梢組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児眼、前頭皮質、胎児造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児リンパ組織、成体リンパ組織、ＭＨＣＩ、ＭＨＣＩＩおよびＭＨＣＩＩＩを発現するリンパ組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋（大動脈中の冠状動脈）、脊髄、脾臓、胃、舌の味覚レセプター細胞、精巣、視床、ならびに胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ情報源、公のＥＳＴ情報源、文献情報源、および／またはＲＡＣＥ情報源を含むがこれに限定されない、本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって導かれた。ＳＥＣ１１についてのさらなる発現データを、実施例２に提供する。
【０１５３】
ＳＥＣ１１核酸およびＳＥＣ１１タンパク質は、本明細書中にさらに記載される種々のＳＥＣ関連病理疾患に関する可能性のある治療適用に有用である。本発明のＦＺＤ１０様タンパク質をコードするＳＥＣ１１核酸、またはそれらのフラグメントは、診断適用に有用であり得、ここで、この核酸またはこのタンパク質の存在または量が評価される。
【０１５４】
これらの物質はさらに、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規な物質に対して免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の「抗ＳＥＣＸ抗体」の節中で記載されるような疎水性チャートからの予測を使用して、当業者に公知の方法に従って生成され得る。開示されたＳＥＣ１１タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、例えば、意図されたＳＥＣ１１エピトープは、アミノ酸約２０〜アミノ約酸８５を含む。別の実施形態において、例えば、ＳＥＣ１１エピトープは、アミノ酸約１１０〜アミノ酸約２００を含む。さらなる実施形態において、例えば、ＳＥＣ１１エピトープは、約２４０〜約２６０、約２６１〜約２９０、約３３０〜約３５０、約４２０〜約４３０、約４６０〜約４９０および約５２０〜約５８１である。
【０１５５】
（ＳＥＣ１２）
開示されたＳＥＣ１２（あるいは本明細書中では、ＣＧ５６０３５−０１ともいう）は、表１２Ａ中に示される２８４０ヌクレオチド（配列番号２３）を含む。ＳＥＣ１２のＯＲＦは、ヌクレオチド２５８〜２６０のＫｏｚａｋコンセンサスＡＴＧ開始コドンで始まり、そしてヌクレオチド１２９６〜１２９８のＴＧＡコドンで終結する。
【０１５６】
【表１２Ａ】
2005508133.tif 000083
配列番号２３にコードされる、ＳＥＣ１２ポリペプチド（配列番号２４）は、３４６アミノ酸残基長であり、そして、１２Ｂ中に１文字アミノ酸コードを使用して表される。ＳＥＣ１２についてのＰｓｏｒｔプロフィールは、この配列がシグナルペプチドを有しており、そして、０．８２００の確実性で細胞から分泌されるようであることを予想する。代替の実施形態において、ＳＥＣ１２ポリペプチドは、０．１９００の確実性でリソソームに、または０．１０００の確実性で小胞体（膜）に局在化される。ＳｉｇｎａｌＰは、ＳＥＣ１２について可能性のある切断部位が、２１位と２２位との間（すなわち、配列ＶＲＧ−ＡＰにおけるダッシュ）でありそうであると予測する。
【０１５７】
【表１２Ｂ】
2005508133.tif 000084
ＳＥＣ１２のＢＬＡＳＴ分析は、独自のＰａｔＰ  ＧＥＮＥＳＥＱタンパク質特許データベースに対して実行された。例えば、ＳＥＣ１２のアミノ酸配列が、表１２Ｃ中に示されるような他のタンパク質と高い相同性を有していたことが見出された。
【０１５８】
【表１２Ｃ】
2005508133.tif 000085
公の配列データベースの検索において、例えば、本発明のＳＥＣ１２タンパク質のアミノ酸配列が、３４６アミノ酸のＮＭ＿００３０１４に対して、３４６アミノ酸残基中３４６アミノ酸残基の同一性（１００％）を有することが見出されたことが見出された。ＳＥＣ１２はまた、表１２Ｄ中のＢＬＡＳＴＰデータにおいて示される他のタンパク質に対して相同性を有する。
【０１５９】
【表１２Ｄ】
2005508133.tif 000086
2005508133.tif 000087
このＢＬＡＳＴＰデータは、表１２ＥのＣｌｕｓｔａｌＷにおいて図表的に表示される。多重配列アライメントは、本発明のタンパク質と表１２Ｄ中に示される関連タンパク質配列を比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、表１２Ｅ中に与えられ、１列目にＳＥＣ１２タンパク質が示される。
【０１６０】
【表１２Ｅ】
2005508133.tif 000088
2005508133.tif 000089
ＳＥＣ１２、ならびに他の全てのＳＥＣＸタンパク質中の同定可能なドメインの存在は、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ，およびＰｒｉｎｔｓ）を使用する検索、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を使用するドメインマッチ（または番号）を交差させることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ番号を決定することにより、決定される。表１２Ｆ中に開示されたようなＳＥＣ１２についてのＤＯＭＡＩＮ結果は、逆位置特異的ＢＬＡＳＴ分析を用いて、保存ドメインデータベース（Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ）（ＣＤＤ）から収集された。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアサンプルドメインは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍ収集で見出された。完全な保存シグナル残基は、符号（｜）によって示され、そして、「強く」半保存的な残基は、符号（＋）によって示される。保存アミノ酸残基の「強い」群は、以下のアミノ酸の群の任意の１つでありえる：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【０１６１】
表１２Ｆは、ＳＥＣ１２に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメイン説明を列挙する。これは、ＳＥＣ１２配列がこれらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを示す。
【０１６２】
【表１２Ｆ】
2005508133.tif 000090
本明細書中でＳＥＣ１１として開示される、フリズル（ＦＺＤ）遺伝子は、発癌および胚形成において重要な役割を果たす、ＷＮＴに対するレセプターをコードする。フリズルのＮ末端領域の相同体は、膜貫通分子または分泌分子いずれかとして存在する。分泌性フリズル関連タンパク質２（ｓＦＲＰ２）は、インビトロでの発生において２日以内に、アップレギュレートされる。インビボでのｓＦＲＰ２の発現も同様に、間葉性凝縮物およびそれに続く上皮構造において見られた。詳細なインサイチュハイブリダイゼーション分析によって、眼、脳、神経管、頭蓋顔面間葉、関節、精巣、膵臓ならびに平滑筋が発達する食道、大動脈および尿管の上皮の下部の発達の間のｓＦＲＰ２の発現が明らかになった。相対的な分析において、関連するｓＦＲＰ１遺伝子およびｓＦＲＰ４遺伝子の転写物は、しばしば、いくつかの例において重複するそれらの発現ドメインを有するが、互いに他と両立しないｓＦＲＰ２と同じ組織中に見出された。ｓＦＲＰ１は、胎性後腎、眼、脳、歯、唾液腺および小腸において、特異的に発現されるが、発達した歯、眼および唾液腺を除いて、ｓＦＲＰ４の発現はごく弱い。それにも関わらず、ｓＦＲＰ遺伝子は、いくつかの器官系の形態発生において、極めて異なる役割を果たす。
【０１６３】
本発明で開示されたＳＥＣ１２は、少なくとも以下の組織で発現される：網膜色素上皮の先端微小絨毛、動脈（大動脈）、前脳基底部、脳、Ｂｕｒｋｉｔｔリンパ腫細胞株、脳梁、心臓（心房および心室）、尾状核、ＣＮＳおよび末梢組織、小脳、大脳皮質、結腸、皮質神経性細胞、内皮（冠状動脈および臍静脈）細胞、口蓋上皮、眼、新生児眼、前頭皮質、胎児造血細胞、心臓、海馬、視床下部、白血球、肝臓、胎児肝臓、肺、肺リンパ腫細胞株、胎児リンパ組織、成人リンパ組織、ＭＨＣ  Ｉ、ＩＩおよびＩＩＩを発現するリンパ組織、神経組織、髄質、視床下核、卵巣、膵臓、下垂体、胎盤、脳橋、前立腺、被殻、血清、骨格筋、小腸、平滑筋（大動脈における冠状動脈）、脊髄、脾臓、胃、舌の味覚レセプター細胞、精巣、視床、ならびに胸腺組織。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的ＥＳＴ源、文献源および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれる配列の組織供給源を決定することによって導き出された。ＳＥＣ１２に対するさらなる発現データは、実施例２において提供される。
【０１６４】
ＳＥＣ１２の核酸およびタンパク質は、本明細書中でさらに記載される、種々のＳＥＣ関連性病理障害に関連する強力な治療適用において有用である。本発明のフリズル様タンパク質をコードするＳＥＣ１２核酸またはそのフラグメントは、診断適用においてさらに有用であり得、ここで、核酸またはタンパク質の存在および量が、評価される。
【０１６５】
これらの物質は、治療法または診断法における使用のための本発明の物質に、免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＳＥＣＸ抗体」で記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＳＥＣ１２タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々が、免疫原として使用され得る。１つの実施形態において、例えば、企図されるＳＥＣ１２エピトープは、アミノ酸約３５〜約６５を含む。別の実施形態において、例えば、ＳＥＣ１２エピトープは、アミノ酸約９５〜約１３５を含む。さらなる実施形態において、例えば、ＳＥＣ１２エピトープは、アミノ酸約１４５〜約２５８、および約２６０〜約３４６を含む。
【０１６６】
（ＮＯＶＸ）
本発明はまた、新規のヌクレオチドおよびそれによってコードされるポリペプチドを提供する。新規の核酸配列およびそれらのコードされるポリペプチドは、本発明に含まれる。これらの配列は、本明細書中でひとまとめにして、「ＮＯＶＸ核酸」または「ＮＯＶＸポリヌクレオチド」といわれ、対応するコードされる核酸は、「ＮＯＶＸポリペプチド」または「ＮＯＶＸタンパク質」といわれる。他に示されない限り、「ＮＯＶＸ」は、本明細書中で開示される新規の配列のいずれかをいうことを意味する。表Ａは、ＮＯＶＸ核酸およびそれらのコードされるポリペプチドの一覧を提供する。
【０１６７】
【表１２Ｇ】
2005508133.tif 000091
ＮＯＶＸ核酸およびそれらのコードされるポリペプチドは、種々の適用および背景において有用である。本発明に従う種々のＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、以前に記載されたタンパク質に関連するドメインおよび配列の存在に従うタンパク質ファミリーの新規のメンバーとして有用である。さらに、ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、ＮＯＶＸポリペプチドが属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定するためにもまた使用され得る。
【０１６８】
ＮＯＶ１は、ＮＲＤコンバターゼ様タンパク質ファミリーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ１核酸、ＮＯＶ１ポリペプチド、ＮＯＶ１抗体および関連化合物は、例えば、癌、特に乳癌、卵巣癌および膀胱癌、ならびに／または他の病理もしくは状態に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１６９】
ＮＯＶ２は、このＮＲＤコンバターゼ様タンパク質ファミリーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ２核酸、ＮＯＶ２ポリペプチド、ＮＯＶ２抗体および関連化合物は、糖尿病、代謝障害、ならびに／または他の病理および状態に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１７０】
ＮＯＶ３は、カリクレイン様タンパク質ファミリーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ３核酸、およびＮＯＶ３ポリペプチド、ＮＯＶ３抗体ならびに関連化合物は、例えば、癌、特に前立腺癌、代謝障害、心臓疾患、高血圧および／または他の病理に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１７１】
ＮＯＶ４は、多剤トランスポーター様タンパク質ファミリーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ４核酸、ＮＯＶ４ポリペプチド、ＮＯＶ４抗体および関連化合物は、例えば、癌、特に白血病、代謝障害、および／または他の病理に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１７２】
ＮＯＶ５は、グルコーストランスポーター２型様タンパク質ファミリーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ５核酸、ＮＯＶ５ポリペプチド、ＮＯＶ５抗体および関連化合物は、糖尿病、胎児成長遅延、癌、グリコーゲン蓄積疾患、高血圧ならびに／または他の障害および状態に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１７３】
ＮＯＶ６は、フリズル（Ｆｒｉｚｚｌｅｄ）  ９様タンパク質ファミリーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ６核酸、ＮＯＶ６ポリペプチド、ＮＯＶ６抗体および関連化合物は、例えば、潰瘍性大腸炎、クローン病、劣性ロビノー（Ｒｏｂｉｎｏｗ）症候群、癌および／または他の病理／障害に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１７４】
ＮＯＶ７は、プロミニン様ファミリータンパク質のメンバーに相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ７核酸、ＮＯＶ７ポリペプチド、ＮＯＶ７抗体および関連化合物は、例えば、神経学障害、コレステロール輸送障害、網膜退行および／または他の病理／障害に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１７５】
ＮＯＶ８は、ヘプシン様ファミリータンパク質に相同である。従って、本発明に従うＮＯＶ８核酸、およびＮＯＶ８ポリペプチド、ＮＯＶ８抗体ならびに関連化合物は、例えば；癌、特に前立腺癌および卵巣癌、ならびに／または他の病理／障害に関連する治療適用および診断適用において有用である。
【０１７６】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、ＮＯＶＸ活性および機能を阻害または強化する分子についてスクリーニングするためにもまた使用され得る。特に、本発明に従う核酸およびポリペプチドは、例えば、神経発生、細胞分化、細胞増殖、造血、創傷治癒および新脈管形成を調節または阻害する低分子を同定するための標的として使用され得る。
【０１７７】
本発明に従うＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドに対するさらなる有用性は、本明細書中に開示される。
【０１７８】
（ＮＯＶ１）
ヒトＬＩＶ−１様タンパク質をコードする、配列番号２５で示される３４４５ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１核酸（ＣＧ５６００８ともいわれる）を、表１３Ａに示す。
【０１７９】
【表１３Ａ】
2005508133.tif 000092
2005508133.tif 000093
配列番号２５によってコードされる、開示されたＮＯＶ１ポリペプチド（配列番号２６）は、７５５アミノ酸残基を有し、１文字アミノ酸コードを使用して表１３Ａに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１が、シグナルペプチドを含み、０．６４００の確実性でおそらく細胞膜に局在するであろうことを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ１はまた、０．４６００の確実性でゴルジ体に、０．３７００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在し得る。ＮＯＶ１に対する最も可能性が高い切断部位は、１８位と１９位との間（すなわち、ＳＶＴ−ＮＰ）である。
【０１８０】
【表１３Ｂ】
2005508133.tif 000094
ＮＯＶ１は、少なくとも以下の組織で発現される：副腎、大動脈、血液、骨、脳、胸部、結腸、耳、包皮、腎臓、肺、卵巣、上皮小体、胎盤、プールされた、前立腺、胃、精巣、甲状腺、扁桃、子宮、胚全体、正常羊膜、胸部、正常胸部、結腸、頭頚、腎臓、肺、骨髄、正常神経、神経腫瘍、卵巣、胎盤、正常胎盤、前立腺腫瘍、皮膚、正常精巣、子宮、子宮腫瘍。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、文献源、および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。
【０１８１】
開示されるＮＯＶ１ポリペプチドは、表１３Ｃに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。公的なアミノ酸データベースは、ＧｅｎＢａｎｋデータベース、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＰＤＢおよびＰＩＲを含む。
【０１８２】
【表１３Ｃ】
2005508133.tif 000095
これらの配列と他の配列との間の相同性は、表１３Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。ＮＯＶ１タンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷアライメント、および本明細書中の全ての他のＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、黒地に白抜きで示されるアミノ酸残基は、保存配列の領域（すなわち、構造的特性または機能的特性を保存するために必要とされ得る領域）を示し、強調していないアミノ酸残基は、それほど保存されておらず、そして潜在的に、タンパク質の構造または機能を変化することなく、非常に広範な程度に変更され得る。
【０１８３】
【表１３Ｄ】
2005508133.tif 000096
2005508133.tif 000097
2005508133.tif 000098
ＮＯＶ１ならびに他の全てのＮＯＶＸタンパク質における同定可能なドメインの存在は、ソフトウェアアルゴリズム（例えば、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ、Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓ）を用いる検索によって、続いて、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を用いてドメインマッチ（または数）をクロスすることによってＩｎｔｅｒｐｒｏ数を決定することによって、決定した。表１３Ｋ−１３Ｌに開示されるようにＮＯＶ１についてのＤＯＭＡＩＮ結果を、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ分析を用いて、Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から収集した。このＢＬＡＳＴ分析ソフトウェアは、ＳｍａｒｔおよびＰｆａｍコレクションに見出されるドメインをサンプリングする。表１Ｋおよびその後の全てのＤＯＭＡＩＮ配列アライメントについて、完全に保存された単一の残基を、黒色影付きまたは印（｜）によって示し、そして「強い」半保存残基を、灰色影付きまたは印（＋）によって示す。保存アミノ酸残基の「強い」グループは、以下のアミノ酸のグループのいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【０１８４】
表１Ｅ−Ｆは、ＮＯＶ１に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を列挙する。これは、ＮＯＶ１配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。以下は、代表的なドメイン結果である。これらのドメインに対しても相同性を有する、ＮＯＶ１ａ上のさらなる領域が存在する。
【０１８５】
【表１３Ｅ】
2005508133.tif 000099
【０１８６】
【表１３Ｆ】
2005508133.tif 000100
ヒト乳癌細胞株のエストロゲン応答は、インシュリンによって促進されることがしばしば示されてきた。インシュリンの作用、およびそのエストラジオールとの相互作用は、エストロゲン誘導遺伝子（ＬＩＶ−１およびｐＳ２）の発現を調節する。両ホルモンは、この２つの遺伝子のｍＲＮＡレベルの増加を引き起こすが、それは、異なる機構によって引き起こされる。この効果を引き起こすために必要なインシュリン濃度は、インシュリンが、そのＩＧＦ−１レセプターに結合する能力を介して作用することを示唆する。インシュリンおよびエストラジオールの両方は、転写のレベルでその効果を発揮する。インシュリンによる誘導は、引き続くタンパク質合成に依存するのに対し、エストラジオールによる誘導は、そうではない。インシュリンおよびエストラジオールの両方による誘導は、純粋な抗エストロゲン（ＩＣＩ１６４３８４）によって阻害され、このことは、活性化可能なエストロゲンレセプターの必要条件を示す。インシュリンは、アンドロゲンレセプターを介しては、ＬＩＶ−１発現を刺激しない。これらの結果によって、エストラジオールおよびインシュリンの両方は、その両方にエストロゲンレセプターが関与する、異なる機構によって、これらのエストロゲン誘導性遺伝子の転写を刺激し得る（Ｅ１−Ｔａｎａｎｉら、１９９７、Ｊ．Ｓｔｅｒｏｉｄ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．６０：２６９を参照のこと）。
【０１８７】
転移性乳癌に関与するエストロゲン調節性遺伝子ＬＩＶ−１のタンパク質産物の調査によって、細胞内のＺｎ２＋恒常性を制御する可能性を有する新規のファミリーに属する未知の機能の１０のタンパク質配列が明らかになった。配列アライメントは、膜貫通ドメインおよび膜外荷電残基における類似性を強調し、このことによって潜在的なイオン輸送能が示される。このファミリーは、６６残基の高度に保存された新規のモチーフを有し、このモチーフは、膜貫通ドメインおよび亜鉛金属プロテアーゼの触媒亜鉛結合配列を含み、保存された（太文字で示される）プロリン残基およびグルタミン残基を含む。これらのタンパク質は、亜鉛輸送体より多くのヒスチジンリッチリピートを含み、このことは、亜鉛を結合または膜を越えて輸送する能力を示唆する。これらの１１のタンパク質は、細胞内のＺｎ２＋恒常性を制御する可能性を有する新規のファミリーを形成し得る（Ｔａｙｌｏｒ、２０００、ＩＵＢＭＢ  Ｌｉｆｅ、４９：２４９を参照のこと）。
【０１８８】
ヒトＬＩＶ−１様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ１核酸は、表１３Ａに提供される配列の核酸またはそのフラグメントを包含する。本発明はまた、任意の塩基が、表１３Ａに示される対応する塩基から変更され得るが、そのヒトＬＩＶ−１様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはそのような核酸のフラグメントを包含する。本発明はさらに、ただ記載される配列に相補的な配列を有する核酸（ただ記載される核酸のいずれかに相補的な、核酸フラグメントを含む）を包含する。本発明はさらに、その構造が化学修飾を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはその相補体を包含する。このような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、およびその糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、その修飾された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体中の治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体核酸または改変体核酸、およびそれらの相補体において、これらの塩基の約０％までが、このように変更され得る。
【０１８９】
本発明の開示されたＮＯＶ１タンパク質は、表１３Ｂに提供される配列を有するヒトＬＩＶ−１様タンパク質を包含する。本発明はまた、いずれかの残基が、表１３Ｂに示される対応する残基から変更され得るが、そのヒトＬＩＶ−１様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを包含する。これらの変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約０％までが、そのように変更され得る。
【０１９０】
本発明はさらに、本発明のタンパク質のいずれかに免疫特異的に結合する抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２）を包含する。
【０１９１】
本発明についての上記に定義された情報は、このヒトＬＩＶ−１様タンパク質（ＮＯＶ１）が、「ヒトＬＩＶ−１ファミリー」のメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、本明細書中で同定されたＮＯＶ１核酸およびＮＯＶ１タンパク質は、以下に示されるような種々の病理および障害（しかし、これらに限定されない）に関連する、潜在的治療適用において有用であり得る。本発明に関する潜在的治療適用としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：タンパク質治療、低分子薬物標的、抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化／細胞傷害性抗体）、診断および／または予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去（ａｂｌａｔｉｏｎ））、研究ツール、全ての組織および細胞型（本明細書中に定義されるものを含む（しかし、限定されない））のインビボおよびインビトロでの組織再生。
【０１９２】
本発明のＮＯＶ１核酸およびＮＯＶ１タンパク質は、以下に示されるような種々の病理および障害（しかし、これらに限定されない）を含む癌に関連する、潜在的な治療適用において有用であり得る。例えば、ヒトＬＩＶ−１様タンパク質（ＮＯＶ１）をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてヒトＬＩＶ−１様タンパク質（ＮＯＶ１）は、それを必要とする被験体に投与される場合に、有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、癌、特に乳癌、卵巣癌および膀胱癌ならびに／または他の病理もしくは状態に罹患している患者の処置に対する効力を有する。本発明のヒトＬＩＶ−１様タンパク質をコードするＮＯＶ１核酸、またはそのフラグメントは、診断適用においてさらに有用であり得、ここで、その核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。
【０１９３】
ＮＯＶ１核酸およびＮＯＶ１ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法において使用するための新規ＮＯＶ１物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＮＯＶＸ抗体」に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＮＯＶ１タンパク質は、複数の疎水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。これらの新規タンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これらは、疾患の病理の理解および種々の障害に対する新規薬物標的の開発を補助する。
【０１９４】
（ＮＯＶ２）
新規ヒトＮＲＤコンバターゼ様タンパク質をコードする、配列番号２７として本明細書中で同定された３８５１ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ２核酸（ＣＧ５６１４９−０１ともいわれる）を、表１４Ａに示す。
【０１９５】
【表１４Ａ】
2005508133.tif 000101
配列番号２７によってコードされる、ＮＯＶ２ポリペプチド（配列番号２８）は、１２１９アミノ酸残基を有し、１文字コードを使用して表１４Ｂに表される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ２が、シグナルペプチドを含まず、０．５５００の確実性でおそらく小胞体（膜）に局在するであろうことを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ２はまた、０．１９００の確実性でリソソーム（内腔）に、０．１８６８の確実性でマイクロボディに、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在し得る。ＮＯＶ２に対する最も可能性が高い切断部位は、１８位と１９位との間（すなわち、ＫＬＣ−ＥＡ）である。
【０１９６】
【表１４Ｂ】
2005508133.tif 000102
2005508133.tif 000103
ＮＯＶ２は、染色体のｌｐ３２．２−３４．４領域に局在し、少なくとも以下の組織：多発性癌および骨格筋で発現される。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ源、公的なＥＳＴ源、および／またはＲＡＣＥ源を含む（がそれらに限定されない）本発明に含まれた配列の組織源を決定することによって導き出された。
【０１９７】
ＮＯＶ２は、表１４Ｃに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０１９８】
【表１４Ｃ】
2005508133.tif 000104
これらの配列の相同性は、表１４Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。
【０１９９】
【表１４Ｄ】
2005508133.tif 000105
2005508133.tif 000106
2005508133.tif 000107
2005508133.tif 000108
表１４Ｅは、ＮＯＶ２に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの記述を記載する。これは、ＮＯＶ２配列が、このドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを示す。
【０２００】
【表１４Ｅ】
2005508133.tif 000109
Ｎ−アルギニン二塩基転換酵素（ＮＲＤ転換酵素）（登録番号Ｌ２７１２４）は、塩基性二重項のアルギニン残基のＮ末端上でペプチド基質を切断する、ラットの脳皮質および精巣由来のメタロエンドペプチダーゼである。その予想されるアミノ酸配列は、Ｅ  ｃｏｌｉのプロテアーゼＩＩＩ（ピトリリジン（ｐｉｔｒｉｌｙｓｉｎ）Ｅ．Ｃ  ３．４．９９．４４）、およびラットまたはヒトのインスリナーゼ（Ｅ．Ｃ  ３．４．９９．４５）とそれぞれ、３５％および４８％の類似性を示す領域中に、推定の亜鉛結合モチーフを含む。この特徴から、明らかにこのエンドペプチダーゼは亜鉛メタロプロテアーゼのピトリリジンファミリーの１メンバーに分類される。しかし、このＮＲＤ転換酵素配列は、７１個の酸性アミノ酸ストレッチからなる、特殊なさらなる特徴を含む。この酵素の基質選択性およびそのアミノ酸配列の特徴的なモチーフから、この新規メタロエンドペプチダーゼを新規クラスのプロセシング酵素の最初のメンバーとして提唱し得る（Ｃｈｅｓｎｅａｕら、１９９４、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ  ７６：２３４を参照のこと）。
【０２０１】
マイトジェンであり且つ走化因子でもある、ヘパリン結合性上皮増殖因子様増殖因子（ＨＢ−ＥＧＦ）は、２つのレセプターチロシンキナーゼのｅｒｂＢ１およびｅｒｂＢ４と結合する。ここで、我々は、ＨＢ−ＥＧＦがまた、ＭＤＡ−ＭＢ４５３細胞上の新規の１４０ｋＤａのレセプターとも結合することを実証する。このレセプターの精製から、そのレセプターがＭ１６ファミリーのメタロエンドペプチダーゼのＮ−アルギニン二塩基転換酵素（ＮＲＤｃ）に一致することが示された。細胞表面のＮＲＤｃおよび溶液中のＮＲＤｃとの結合は、ＥＧＦファミリーのメンバーの中でＨＢ−ＥＧＦに高度に特異的であった。細胞内で過剰発現された場合、ＮＲＤｃはＨＢ−ＥＧＦに応答して細胞の遊走を増強したが、ＥＧＦに対しては増強しなかった。逆に、アンチセンスのモルフォリノオリゴヌクレオチドによる細胞内の内在性ＮＲＤｃの発現の阻害は、ＨＢ−ＥＧＦに誘導される細胞の遊走を阻害した。抗ｅｒｂＢ１中和抗体はＮＲＤｃのＨＢ−ＥＧＦ依存性遊走を増強する能力を完全に抑制し、このことからこのＮＲＤｃ活性がｅｒｂＢ１シグナル伝達に依存することを実証した。ＮＲＤｃはメタロプロテイナーゼであるが、酵素活性は、ＨＢ−ＥＧＦの結合にも細胞遊走の増強にも必要とされない；また、ＮＲＤｃはＨＢ−ＥＧＦを切断することもない。併せると、これらの結果は、ＮＲＤｃが、ｅｒｂＢ１を介したＨＢ−ＥＧＦに誘導される細胞遊走を調節する、新規のＨＢ−ＥＧＦ特異的レセプターであることを示唆する（Ｎｉｓｈｉら、２００１、ＥＭＢＯ  Ｊ  ２０：３３４２を参照のこと）。
【０２０２】
ヒトＮＲＤ転換酵素様のタンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ２核酸は、表１４Ａに提供される配列を有する核酸、またはそのフラグメントを包含する。本発明はまた、任意の塩基が、表１４Ａに示される対応する塩基から変更され得るが、そのヒトＮＲＤ転換酵素様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸もしくは改変体核酸、またはそのような核酸のフラグメントを包含する。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列を有する核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を包含する。本発明はさらに、構造が化学修飾を含む、核酸もしくは核酸フラグメント、またはその相補体を包含する。このような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、および糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、その修飾された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体における治療適用においてアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体核酸または改変体核酸、およびそれらの相補体において、それらの塩基の約０％までが、そのように変更され得る。
【０２０３】
本発明の開示されたＮＯＶ２タンパク質は、表１４Ｂに提供される配列を有するヒトＮＲＤ転換酵素様タンパク質を包含する。本発明はまた、任意の残基が、表１４Ｂに示される対応する残基から変更され得るが、そのヒトＮＲＤ転換酵素様活性ならびに生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを包含する。変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約０％までが、そのように変更され得る。
【０２０４】
本発明のＮＯＶ２核酸およびＮＯＶ２タンパク質は、糖尿病、代謝障害および／または他の病理ならびに障害に関係する、潜在的な治療的適用において有用である。
【０２０５】
ＮＯＶ２核酸およびＮＯＶ２ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＮＯＶＸ抗体」に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＮＯＶ２タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。これらの新規タンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これらは、疾患の病理の理解および種々の障害の新規薬物標的の開発に有用である。
【０２０６】
（ＮＯＶ３）
新規のカリクレイン様タンパク質をコードする、配列番号２９として本明細書中で同定される、２０３８ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ３核酸（ＣＧ５５１５５−０１とも呼ばれる）を、表１５Ａに示す。
【０２０７】
【表１５Ａ】
2005508133.tif 000110
配列番号２９によってコードされる、開示されたＮＯＶ３タンパク質（配列番号３０）は、６３８アミノ酸残基を有し、そして１文字コードを使用して、表１５Ｂに提示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果から、ＮＯＶ３が、シグナルペプチドを実際に有しており、そして０．３７００の確実性で細胞外に位置付けられるようであることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ３はまた、０．１９００の確実性でリソソーム（内腔）に、０．１０００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在するようである。ＮＯＶ３の最も可能性のある切断部位は、１９位と２０位との間（ＶＳＣ−ＧＣ）である。
【０２０８】
【表１５Ｂ】
2005508133.tif 000111
ＮＯＶ３は第４染色体に位置し、そして少なくとも以下の組織において発現する：肝臓。この情報は、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、公のＥＳＴ供給源、および／またはＲＡＣＥ供給源を含むが、それらに限定されない、本発明に含まれた配列の組織供給源を定めることにより導き出された。
【０２０９】
ＮＯＶ３は、表１５Ｃ中に記載されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列に、相同性を有する。
【０２１０】
【表１５Ｃ】
2005508133.tif 000112
これらの配列の相同性は、表１５Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０２１１】
【表１５Ｄ】
2005508133.tif 000113
2005508133.tif 000114
2005508133.tif 000115
表１５Ｅ−表１５Ｇは、ＮＯＶ３に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメインの記述を記載する。これは、ＮＯＶ３ａ配列がこのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性に類似した特性を有することを示す。
【０２１２】
【表１５Ｅ】
2005508133.tif 000116
【０２１３】
【表１５Ｆ】
2005508133.tif 000117
【０２１４】
【表１５Ｇ】
2005508133.tif 000118
ヒト組織カリクレイン遺伝子ファミリーは、最近まで、３つの遺伝子のみからなると考えられていた。これらヒトカリクレインの中の２つ、前立腺特異的抗原、およびヒト腺性カリクレイン２は、前立腺癌の有益な生物マーカーとして現在使用される。より最近では、新規のカリクレイン様遺伝子が発見されている。ヒト組織カリクレイン遺伝子ファミリーが少なくとも１５個の遺伝子を含むことが、現在明らかである。全ての遺伝子は、同一の染色体座（１９ｑ１３．４）に位置することを含む重要な類似性、ヌクレオチドレベルおよびタンパク質レベルの両方において有意な相同性、および類似のゲノム構成を共有する。全ての遺伝子は推定のセリンプロテアーゼをコードし、そしてそれらの大部分はステロイドホルモンにより制御される。最近のデータから、少なくとも２、３個のこれらカリクレイン遺伝子が、悪性腫瘍と関係することが示唆される（Ｙｏｕｓｅｆら、２００１、Ｅｎｄｏｃｒ  Ｒｅｖ  ２２：１８４を参照のこと）。
【０２１５】
カリクレイン様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ３核酸は、表１５Ａに提供される配列を有する核酸、またはそのフラグメントを包含する。本発明はまた、任意の塩基が、表１５Ａに示される対応する塩基から変更され得るが、そのカリクレイン様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸もしくは改変体核酸、またはそのような核酸のフラグメントを包含する。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列を有する核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を包含する。本発明はさらに、構造が化学修飾を含む、核酸もしくは核酸フラグメント、またはその相補体を包含する。このような修飾としては、非限定的な例として、修飾塩基、および糖リン酸骨格が修飾または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの修飾は、その修飾された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体における治療適用においてアンチセンス結合核酸として使用され得る。変異体核酸または改変体核酸、およびそれらの相補体において、それらの塩基の約０％までが、そのように変更され得る。
【０２１６】
本発明の開示されたＮＯＶ３タンパク質は、表１５Ｂに提供される配列を有するカリクレイン様タンパク質を包含する。本発明はまた、任意の残基が、表１５Ｂに示される対応する残基から変更され得るが、そのカリクレイン様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質もしくは改変体タンパク質、またはそれらの機能的フラグメントを包含する。変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約０％までが、そのように変更され得る。
【０２１７】
本明細書中に開示されるカリクレイン様タンパク質およびその核酸（ＮＯＶ３）についてのタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ３がカリクレイン様ファミリーに特徴的な、重要な構造的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ３核酸およびＮＯＶ３タンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。これらとしては、特異的核酸もしくは選択的核酸、または特異的タンパク質もしくは選択的タンパク質の、診断マーカーおよび／または予後マーカーとして機能すること（ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される）、ならびに以下のような潜在的な治療適用が、挙げられる：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療用抗体、診断用抗体、薬物標的化抗体／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去）において有用な核酸、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボで組織再生を促進する組成物。
【０２１８】
本発明のＮＯＶ３核酸およびＮＯＶ３タンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害に関連する、潜在的な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、癌（特に前立腺癌）、代謝障害、心臓病、高血圧および／または他の病理に罹患している患者の処置に有効性を有する。
【０２１９】
ＮＯＶ３核酸およびＮＯＶ３ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法において使用するための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＮＯＶＸ抗体」に記載されるような、疎水性チャートからの予測を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。例えば、開示されるＮＯＶ３タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。この新規タンパク質はまた、種々のヒト障害の機能的分析のための強力なアッセイ系開発において価値を有し、これらは、疾患の病理の理解および種々の障害の新規薬物標的の開発に役立つ。
【０２２０】
（ＮＯＶ４）
新規の多剤（ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ）トランスポーター様タンパク質をコードする、配列番号３１として同定される、１０９４ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ４核酸（ＣｕｒａＧｅｎ登録番号ＣＧ５６１６６−０１と称する）を、表１６Ａに示す。
【０２２１】
【表１６Ａ】
2005508133.tif 000119
配列番号３１によってコードされる、ＮＯＶ４ポリペプチド（配列番号３２）は、３１２アミノ酸残基であり、そして１文字コードを使用して、表１６Ｂに提示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果から、ＮＯＶ４がシグナルペプチドを有さず、そして０．９８９４の確実性で核に局在しそうであることが予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ４はまた、０．１０００の確実性でミトコンドリアのマトリクス空間に、または０．１０００の確実性でリソソーム（膜）に局在し得る。
【０２２２】
【表１６Ｂ】
2005508133.tif 000120
ＮＯＶ４は、少なくとも複数の正常組織および癌組織において発現する。
【０２２３】
ＮＯＶ４は、表１６Ｃに記載されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列に相同性を有する。
【０２２４】
【表１６Ｃ】
2005508133.tif 000121
これら配列の相同性は、表１６Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０２２５】
【表１６Ｄ】
2005508133.tif 000122
2005508133.tif 000123
2005508133.tif 000124
2005508133.tif 000125
急性骨髄性白血病または急性リンパ性白血病（ＡＭＬ、ＡＬＬ）および多発性骨髄腫（ＭＭ）における難病の発症は、しばしば１つまたはいくつかの多剤耐性（ＭＤＲ）遺伝子の発現に関連する。ＭＤＲ１、ＭＲＰ１およびＬＲＰは、ＡＭＬ、Ｔ−ＡＬＬおよびＭＭにおける重要な有害予後因子として同定された。最近、Ｐ−糖タンパク質媒介性薬物流出をブロックすることにより、臨床多剤耐性を逆転することが可能となってきた（Ｓｏｎｎｅｖｅｌｄ，２０００，Ｊ．Ｉｎｔｅｒｎ  Ｍｅｄ，２４７：５２１を参照のこと）。
【０２２６】
急性白血病の処置における主要な問題は、化学療法剤に対する耐性の発症である。いくつかの機序が、この現象を説明し得る。この機序としては、化学療法に応答してアポトーシスを実行する細胞の欠損、あるいはその細胞内標的に到達および／または影響する薬物の欠損が挙げられる。この概説は、後者の機序および特に細胞内薬物輸送耐性機序に焦点を当てる。ＡＴＰ−結合カセット（ＡＢＣ）トランスポーターＰ−糖タンパク質（Ｐｇｐ）の発現は、概して、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）における予後との関係を報告した。さらに、議論中ではあるが、ＡＢＣトランスポーター多剤耐性タンパク質（ＭＲＰ）およびボールトトランスポーター肺耐性タンパク質（ＬＲＰ）は、ＡＭＬにおける発症と関連している。これらの知見にもかかわらず、機能的な流出アッセイは、ＡＭＬにおいて非Ｐｇｐトランスポーター、非ＭＲＰトランスポーターの存在を示した。最近、新規のＡＢＣトランスポーターである乳癌耐性タンパク質（ＢＣＲＰ）は、本発明者らの研究室においてクローニングされ、そして配列決定された。ＢＣＲＰのトランスフェクションおよび過剰発現は、細胞に対して薬物耐性を与える。ＢＣＲＰはハーフトランスポーターであり、活性なトランスポート複合体を生成するために、ホモ２量体化し得るか、または（未知のハーフトランスポーターと共に）ヘテロ２量体を形成し得る。ＢＣＲＰ  ｍＲＮＡの比較的高い発現は、ＡＭＬ症例の約３０％で観察される。このことは、白血病の薬物耐性における新規のトランスポーターのための強力な役割を示唆する（Ｒｏｓｓ，２０００，Ｌｅｕｋｅｍｉａ  １４：４６７を参照のこと）。
【０２２７】
多剤トランスポーター様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ４核酸は、表１６Ａに提供される配列の核酸またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、任意の塩基が、表１６Ａに示される対応する塩基から変化され得るが、その多剤トランスポーター様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはこのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列の核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を含む。本発明はさらに、その構造が化学改変を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれらに対する相補体を含む。このような改変としては、非限定的な例として、改変塩基、およびその糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの改変は、その改変された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体中の治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得ように、改変核酸の化学安定性を増強するように少なくとも一部実行される。変異体核酸または改変体核酸、ならびにそれらの相補体において、これらの塩基の約４２％までが、このように変化され得る。
【０２２８】
本発明の開示されたＮＯＶ４タンパク質は、表１６Ｂに提供される配列の多剤トランスポーター様タンパク質を含む。本発明はまた、その残基のいずれかが、表１６Ｂに示される対応する残基から変化され得るが、その多剤トランスポーター様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを含む。これらの変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約４２％までが、そのように変化され得る。
【０２２９】
本明細書中に開示される多剤トランスポーター様タンパク質および核酸（ＮＯＶ４）についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、このＮＯＶ４タンパク質が多剤トランスポーターファミリーに特徴的な、重要な構造および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ４核酸およびタンパク質は、潜在的な診断適用および治療適用に有用である。これらは、特異的もしくは選択的な、核酸もしくはタンパク質の診断および／または予後判定マーカーとして作用する（ここで、この核酸もしくはタンパク質の存在もしくは量が見積もられる）こと、ならびに以下：（ｉ）タンパク質治療、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療用抗体、診断用抗体、薬物標的化／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療に有用な核酸（遺伝子送達／遺伝子切除）および、（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、のような潜在的治療適用を含む。
【０２３０】
本発明のＮＯＶ４核酸およびＮＯＶ４タンパク質は、以下の種々の疾患および障害に影響を与える潜在的な診断適用および治療適用において有用である。本発明の組成物は、糖尿病、胎児の成長遅延、癌、グリコーゲン貯蓄疾患、高血圧ならびに／あるいは他の障害および病態に罹患する患者の処置に対して効力を有する。ＮＯＶ４核酸またはそのフラグメントは、さらに診断適用において有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量がアッセイされるべきである。
【０２３１】
ＮＯＶ４核酸およびＮＯＶ４ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＮＯＶＸ抗体」に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。これらの新規タンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これらは、疾患の病理の理解および種々の障害の新規薬物標的の開発を補助する。
【０２３２】
（ＮＯＶ５）
新規の２型グルコーストランスポーター様タンパク質をコードする、配列番号３３として固定される、３１６８ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ５核酸（ＣＧ５６１５１−０１とも呼ばれる）を、表１７Ａに示す。
【０２３３】
【表１７Ａ】
2005508133.tif 000126
ＮＯＶ５核酸配列は、第３染色体上に同定された。
【０２３４】
配列番号３３によってコードされる開示されたＮＯＶ５ポリペプチド（配列番号３４）は、５２４アミノ酸残基を有し、１文字アミノ酸コードを使用して表１７Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ５が、シグナルペプチドを有し、そして０．６４００の確実性でおそらく細胞膜に局在するであろうことを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ５は、０．４６００の確実性でゴルジ体に、０．３７００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在されることが予測される。最も可能性のあるＮＯＶ５の切断部位は、２０位と２１位との間（ＶＧＬ−ＳＦ）である。
【０２３５】
【表１７Ｂ】
2005508133.tif 000127
ＮＯＶ５は、少なくとも肝臓で発現される。この情報は、本発明に含まれた配列の組織供給源（ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、公的なＥＳＴ供給源、文献（Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ）情報源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むが、これらに限定されない）を決定することによって導き出された。
【０２３６】
ＮＯＶ５は、表１７Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２３７】
【表１７Ｃ】
2005508133.tif 000128
これらの配列の相同性は、表１７Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０２３８】
【表１７Ｄ】
2005508133.tif 000129
2005508133.tif 000130
2005508133.tif 000131
表１７Ｅは、ＮＯＶ５に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメインの説明を列挙する。このことは、このドメインを含むことが公知である他のタンパク質と類似した特性を、このＮＯＶ５配列が有することを示す。
【０２３９】
【表１７Ｅ】
2005508133.tif 000132
グルコース輸送が細胞膜を通過するための機序は２つ存在する。腸および腎臓の近位細管において、グルコースは、グルコースがナトリウムイオンを同時輸送する２次的な活性輸送機序によって勾配される濃度に対して輸送される。全ての他の細胞において、グルコース輸送は、密接に関連するグルコース輸送のＧＬＵＴファミリーの１つ以上のメンバーによって媒介される。異なる組織におけるＧＬＵＴトランスポーターの発現パターンは、異なる組織におけるグルコース代謝の異なる機能に関連する。グルコーストランスポーターの全てに出現する主要な欠損（非常にまれにではあるが、全ての可能性のある欠損ではない）が同定された。第２の活性なナトリウム／グルコーストランスポーターの欠損は、グルコース／ガラクトースの吸収不良または先天的な腎糖尿を生じる。ＧＬＵＴ１欠損は、脳脊髄液の低いグルコース濃度を伴う発作障害を生じ、そしてＧＵＬＴ２の欠損は、ファンコーニ−ビッケル症候群（これは、１型グリコーゲン貯蔵疾患に似ている）のベースである（Ｂｒｗｏｎ，２０００，Ｊ  Ｉｎｈｅｒｉｔ  Ｍｅｔａｂ  Ｄｉｓ  ２３（３）：２３７を参照のこと）。
【０２４０】
２型グルコーストランスポーター様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ５核酸は、表１７Ａに提供される配列の核酸またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、任意の塩基が、表１７Ａに示される対応する塩基から変化され得るが、その２型グルコーストランスポーター様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはこのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列の核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を含む。本発明はさらに、その構造が化学改変を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれらに対する相補体を含む。このような改変としては、非限定的な例として、改変塩基、およびその糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの改変は、その改変された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体中の治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得ように、改変核酸の化学安定性を増強するように少なくとも一部実行される。変異体核酸または改変体核酸、ならびにそれらの相補体において、これらの塩基の約０％までが、このように変化され得る。
【０２４１】
本発明の開示されたＮＯＶ５タンパク質は、表１７Ｂに提供される配列の２型グルコーストランスポーター様タンパク質を含む。本発明はまた、その残基のいずれかが、表２に示される対応する残基から変化され得るが、その２型グルコーストランスポーター様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを含む。これらの変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約０％までが、そのように変化され得る。
【０２４２】
本発明のＮＯＶ５核酸およびＮＯＶ５タンパク質は、糖尿病、胎児の成長遅延、癌、グリコーゲン貯蓄疾患、高血圧ならびに／あるいは他の障害および病態に関与する、潜在的な治療適用において有用である。ＮＯＶ５核酸またはそのフラグメントは、さらに診断適用において有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量がアッセイされるべきである。
【０２４３】
ＮＯＶ５核酸およびＮＯＶ５ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＮＯＶＸ抗体」に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＮＯＶ５タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。これらの新規タンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これらは、疾患の病理の理解および種々の障害の新規薬物標的の開発を補助する。
【０２４４】
（ＮＯＶ６）
新規のフリズル−９様タンパク質をコードする配列番号３５として同定された２１８４ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ６核酸（ＣＧ５５６９０−０１とも呼ばれる）を、表１８Ａに示す。
【０２４５】
【表１８Ａ】
2005508133.tif 000133
開示されるＮＯＶ６核酸配列は、第７染色体のｑ１１．２３領域に局在する。
【０２４６】
配列番号３５によってコードされる開示されたＮＯＶ６ポリペプチド（配列番号３６）は、５９１アミノ酸残基を有し、１文字アミノ酸コードを使用して表１８Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ６が、シグナルペプチドを含み、そして０．６４００の確実性でおそらく細胞膜に局在するであろうことを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ６は、０．４６００の確実性でゴルジ体に、０．３７００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性で小胞体（内腔）に局在されることが予測される。おそらく切断部位は、２２位と２３位との間（ＧＡＡ−ＬＥ）である。
【０２４７】
【表１８Ｂ】
2005508133.tif 000134
ＮＯＶ６は、少なくとも以下の組織において発現される：脳、肺および癌腫組織。この情報は、本発明に含まれた配列の組織供給源（ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、公的なＥＳＴ供給源、文献（Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ）情報源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むが、これらに限定されない）を決定することによって導き出された。
【０２４８】
ＮＯＶ６は、表１８Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２４９】
【表１８Ｃ】
2005508133.tif 000135
これらの配列の相同性は、表１８Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０２５０】
【表１８Ｄ】
2005508133.tif 000136
2005508133.tif 000137
2005508133.tif 000138
表１８Ｅは、ＮＯＶ６に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメインの説明を列挙する。このことは、このドメインを含むことが公知である他のタンパク質と類似した特性を、このＮＯＶ６配列が有することを示す。
【０２５１】
【表１８Ｅ】
2005508133.tif 000139
上皮細胞の分化および形態形成は、後生動物の発生の多くの局面において重要である。最近のショウジョウバエにおける遺伝子研究は、保存されたＪｕｎアミノ末端キナーゼ（ＪＮＫ）シグナル伝達経路は、胚の背部の閉鎖過程の間の上皮形態形成を調節し、いくらかの組織において水平な極性の制御に関与していることが示された。重要なことに、これらの研究は、これらの過程におけるデカペンタ形成（ｄｅｃａｐｅｎｔａｐｌｅｇｉｃ）のためのＪＮＫ経路およびフリズル経路に関連し、このことは、上皮形成の間の統合的なシグナル伝達の高い程度を示唆する（Ｎｏｓｅｌｌｉら、１９９９，Ｃｕｕｒ  Ｏｐｉｎ  Ｇｅｎｅｔ  Ｄｅｖ  ９：４６６−７２を参照のこと）。
【０２５２】
ｗｎｔシグナル伝達経路は、神経系の発達において重要な機能を有する。この過程をよりよく理解するために、本発明者らは、ｗｎｔレセプター（フリズル９）の発現を、マウス、ニワトリおよびゼブラフィッシュの発達中の神経系においてクローニングし、そして分析した。マウスフリズル９  ｍＲＮＡ発現の最も初期の発現は、吻−尾脳脊髄幹全体にわたる発現を伴って、Ｅ８．５で始まった。神経管内のこの初期発現パターンは、ニワトリとゼブラフィッシュとの間に保存されたことが明らかとなった。発現は、Ｅ１１．５でマウス脳質領域における腹側ドメインに限定され、特定の領域は神経およびグリアを生じた。ＭＦＺ９に対するポリクローナル抗体の使用はさらに、神経に限定された前駆体細胞に対して限られた発現を示す（Ｖａｎ  Ｒａｙら、２００１、Ｄｅｖ  Ｇｅｎｅｓ  Ｅｖｏｌ，２１１（８−９）：４５３−７を参照のこと）。
【０２５３】
フリズル−９様タンパク質をコードする本発明の開示されたＮＯＶ６核酸は、表１８Ａに提供される配列の核酸またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、任意の塩基が、表１８Ａに示される対応する塩基から変化され得るが、そのフリズル−９様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体核酸または改変体核酸、あるいはこのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、その記載される配列に相補的である配列の核酸（その記載される核酸のいずれかに相補的である、核酸フラグメントを含む）を含む。本発明はさらに、その構造が化学改変を含む、核酸または核酸フラグメント、あるいはそれらに対する相補体を含む。このような改変としては、非限定的な例として、改変塩基、およびその糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの改変は、その改変された核酸の化学安定性を増強するために、少なくとも部分的に行われ、その結果、これらは、例えば、被験体中の治療適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得ように、改変核酸の化学安定性を増強するように少なくとも一部実行される。変異体核酸または改変体核酸、ならびにそれらの相補体において、これらの塩基の約５％までが、このように変化され得る。
【０２５４】
本発明の開示されたＮＯＶ６タンパク質は、表１８Ｂに提供される配列のフリズル−９様タンパク質を含む。本発明はまた、その残基のいずれかが、表１８Ｂに示される対応する残基から変化され得るが、そのフリズル−９様活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードする、変異体タンパク質または改変体タンパク質、あるいはそれらの機能的フラグメントを含む。これらの変異体タンパク質または改変体タンパク質において、それらの残基の約５％までが、そのように変化され得る。
【０２５５】
本発明についての上記に定義された情報は、このフリズル−９様タンパク質（ＮＯＶ６）が、「フリズル−９ファミリー」のメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、本明細書中で同定されたＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６タンパク質は、以下に示されるような種々の病理および障害（しかし、これらに限定されない）に関連する、潜在的治療適用において有用であり得る。本発明のこれらの潜在的治療適用としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：タンパク質治療、低分子薬物標的、抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化／細胞傷害性抗体）、診断および／または予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子治療／遺伝子除去）、研究手段、全ての組織型および細胞型（本明細書中に定義されるものを含む（しかし、限定されない））のインビボおよびインビトロでの組織再生。
【０２５６】
本発明のＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６タンパク質は、潰瘍性腸炎、クローン病、陥凹性胎児顔面症候群、癌ならびに／あるいは他の疾患または病態に関与する、潜在的な治療適用において有用である。
【０２５７】
ＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６ポリペプチドはさらに、治療方法または診断方法における使用のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。これらの抗体は、以下の節「抗ＮＯＶＸ抗体」に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。開示されるＮＯＶ６タンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は、免疫原として使用され得る。これらの新規タンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、これらは、疾患の病理の理解および種々の障害の新規薬物標的の開発を補助する。
【０２５８】
（ＮＯＶ７）
新規のプロミニン様タンパク質をコードする２５２３ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ７核酸（ＣＧ５５１１７−０１とも呼ばれる）を、表１９Ａに示す。
【０２５９】
【表１９Ａ】
2005508133.tif 000140
配列番号３７によってコードされる開示されたＮＯＶ７ポリペプチド（配列番号３８）は、８３７アミノ酸残基を有し、１文字アミノ酸コードを使用して表１９Ｂに表す。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ７が、シグナルペプチドを含まず、そして０．６４００の確実性でおそらく細胞膜に局在するであろうことを予測する。他の実施形態において、ＮＯＶ７は、０．４０００の確実性でゴルジ体に、０．３００の確実性で小胞体（膜）に、または０．１０００の確実性でミトコンドリア膜に局在されることが予測される。
【０２６０】
【表１９Ｂ】
2005508133.tif 000141
ＮＯＶ７は、少なくとも以下の組織で発現される：卵巣。この情報は、本発明に含まれた配列の組織供給源（ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ供給源、公的なＥＳＴ供給源、文献（Ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ）情報源および／またはＲＡＣＥ供給源を含むが、これらに限定されない）を決定することによって導き出された。
【０２６１】
ＮＯＶ７は、表１９Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２６２】
【表１９Ｃ】
2005508133.tif 000142
これらの配列の相同性が、表１９Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。
【０２６３】
【表１９Ｄ】
2005508133.tif 000143
2005508133.tif 000144
2005508133.tif 000145
プロミニンは、動物界全体にわたって保存されているポリトピック膜タンパク質の新規なファミリーのうちの最初に同定されたメンバーである。プロミニンは、珍しい膜トポロジーを有し、５つの膜貫通ドメインと２つの大きなグリコシル化細胞外ループとを含む。動物において、プロミニンは、種々の胚性細胞および成体上皮細胞、ならびに非上皮細胞（例えば、造血幹細胞）において、発現される。亜細胞レベルで、プロミニンは、細胞型に関わらず、微小絨毛および他の形質膜の突起中に選択的に局在化される。分子レベルで、プロミニンは、膜コレステロールと特異的に相互作用し、そしてプロミニンは、新規な型のコレステロールベース脂質「ラフト（ｒａｆｔ）」のマーカーである。このヒトプロミニン遺伝子中のフレームシフト変異（これは、細胞表面にもはや輸送されない、短縮型タンパク質をもたらす）は、網膜変性と関連がある。プロミニンが、杆体光受容細胞の外節の基部にある形質膜外反（これは、光受容円板の生物発生において必須の前駆体構造である）中に濃縮されることを考慮すると、プロミニンは、形質膜突出の生成、その脂質組成および組織化、ならびにその膜間相互作用において役割を有することが、提唱される（Ｃｏｒｂｅｉｌら、２００１、Ｔｒａｆｆｉｃ  ２（２）：８２−９１を参照のこと）。
【０２６４】
プロミニン様タンパク質をコードする本発明の開示されるＮＯＶ７核酸は、表１９Ａに配列が提供される核酸、またはそのフラグメントを包含する。本発明はまた、変異体核酸もしくは改変体核酸、またはそのような核酸のフラグメントを包含し、これらの核酸の塩基のいずれかは、プロミニン様の活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしつつ、表１９Ａに示される対応塩基から変化され得る。本発明は、ちょうど記載された配列と相補的な配列を有する核酸をさらに包含し、この核酸は、ちょうど記載された核酸のいずれかと相補的な核酸フラグメントを包含する。本発明は、化学的改変を含む構造を有する、核酸もしくは核酸フラグメント、またはそれらの相補体をさらに包含する。このような改変としては、非限定的例として、改変塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化されている核酸が挙げられる。これらの改変は、少なくとも一部は、その改変核酸の化学的安定性を増強するために実行され、その結果、その改変核酸は、例えば、被検体における治療適用におけるアンチセンス結合核酸として、使用され得る。この変異体核酸または改変体核酸、およびこれらの相補体において、その塩基のうちの約５％までが、このように変化され得る。
【０２６５】
本発明の開示されるＮＯＶ７タンパク質は、配列が表１９Ｂに提供されている、プロミニン様タンパク質を包含する。本発明はまた、変異体タンパク質もしくは改変体タンパク質、またはその機能的フラグメントを包含し、その残基のうちのいずれかが、プロミニン様の活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしつつ、表７Ｂに示される対応残基から変化され得る。この変異体タンパク質または改変体タンパク質において、その残基のうちの約５％までが、このように変化され得る。
【０２６６】
本明細書中に開示されるプロミニン様タンパク質および核酸（ＮＯＶ７）についての、タンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ７が、プロミニン様ファミリーの特徴である重要な構造的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７タンパク質は、可能な診断適用および治療適用において有用である。これらは、その核酸またはタンパク質の存在もしくは量が評価される、特異的または選択的な、核酸またはタンパク質の、診断マーカーおよび／または予後マーカーとして役立つこと、ならびに以下のような可能な治療適用を包含する：（ｉ）タンパク質治療剤、（ｉｉ）低分子薬物標的、（ｉｉｉ）抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化／細胞傷害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去）において有用な核酸、ならびに（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物。
【０２６７】
本発明のＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７タンパク質は、下記の種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関与する、可能な診断適用および治療適用において有用である。例えば、本発明の組成物は、神経学的障害、コレステロール輸送障害、網膜変性および／または他の病理／障害に罹患している患者の処置について、効力を有する。このＮＯＶ７核酸またはそのフラグメントはさらに、その核酸またはタンパク質の存在または量が評価される診断適用において、有用であり得る。
【０２６８】
ＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７ポリペプチドはさらに、治療法または診断法における使用のために、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体を生成する際に有用である。これらの抗体は、下記「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるように、疎水性チャートからの推定を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。例えば、この開示されるＮＯＶ７タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その領域の各々が、免疫原として使用され得る。この新規タンパク質はまた、種々のヒト障害の機能的分析のための強力なアッセイ系の開発において価値を有し、このことは、疾患の病理の理解、および種々の障害のための新規な薬物標的の開発を補助する。
【０２６９】
（ＮＯＶ８）
新規なヘプシン様タンパク質をコードする２３６３ヌクレオチドの、配列番号３９（ＣＧ５５６０６とも呼ばれる）として同定された開示されるＮＯＶ８核酸が、表２０Ａに示される。
【０２７０】
【表２０Ａ】
2005508133.tif 000146
ＮＯＶ８は、少なくとも以下の組織：脳、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、前立腺、胃、精巣、子宮、胚全体、腎臓、および膵臓において発現される。
【０２７１】
配列番号３９によりコードされる開示されるＮＯＶ８ポリペプチド（配列番号４０）は、４１７アミノ酸残基を有し、そしてこのポリペプチドは、表８Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを使用して示されている。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐの結果、Ｐｓｏｒｔの結果、および／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果により、ＮＯＶ８は、シグナルペプチドを有し、そして確実度０．７９００で形質膜に局在化する可能性があることが、予測される。他の実施形態において、ＮＯＶ８はまた、確実度０．４２９４でマイクロボディ（ペルオキシソーム）に局在化し得るか、確実度０．３０００でゴルジ体に局在化し得るか、または確実度０．２０００で小胞体（膜）に局在化し得る。最も可能性が高い切断部位が、１８位と１９位との間：ＳＷＡ−ＩＶにある。
【０２７２】
【表２０Ｂ】
2005508133.tif 000147
ＮＯＶ８は、表２０Ｃ中に列挙されたＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０２７３】
【表２０Ｃ】
2005508133.tif 000148
これらの配列の相同性が、表２０Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析に図示される。
【０２７４】
【表２０Ｄ】
2005508133.tif 000149
2005508133.tif 000150
2005508133.tif 000151
表２０Ｅは、ＮＯＶ８に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメインの説明を列挙する。これは、このドメインを含むことが公知のタンパク質と類似する特性をＮＯＶ８配列が有することを、示す。
【０２７５】
【表２０Ｅ】
2005508133.tif 000152
ヘプシンは、肝細胞の表面上に豊富に発現されるＩＩ型膜貫通セリンプロテアーゼである。ヘプシンは、トリプシン様基質特異性を有する５１ｋＤａの酵素であることが、生化学的研究によって示された。いくつかのインビトロ研究は、ヘプシンが、血液凝固、肝細胞増殖、および受精において役割を果たし得ることを示唆している。ヘプシンの機能的重要性を決定するために、ヘプシン欠損マウスが、相同組み換えによって作製された。ホモ接合性ヘプシン−／−マウスは、生存可能であり、妊娠可能であり、そして正常に成長した。止血アッセイ（例えば、尾の出血時間および血漿凝固時間）ならびにインビボモデル（例えば、汎発性血管内凝固症候群、敗血症性ショック、および急性肝臓再生）において分析した場合、ヘプシン−／−マウスは、野生型コントロールと同様の表現型を有した。肝臓重量、および肝臓由来タンパク質または肝臓由来酵素の血清濃度もまた、ヘプシン−／−マウスおよび野生型マウスにおいて類似した。組織学的試験において、ヘプシン−／−マウス中の主要器官において何の異常も同定されなかった。これらの結果は、ヘプシンが、正常な止血、胚形成、および正常な肝臓形成の維持のために必須の酵素ではないことを示す。予期せぬことに、ウシ由来アルカリホスファターゼの血清濃度は、雄性および雌性の両方のヘプシン−／−マウスにおいて、野生型コントロールよりも約２倍高かった。この表現型の基礎にある機構、およびヘプシン欠損の長期的効果が、決定されるべきままである（Ｗｕ，２００１，Ｆｒｏｎｔ  Ｂｉｏｓｃｉ  １；６：Ｄ１９２−２００を参照のこと）。
【０２７６】
ヘプシン様タンパク質をコードする本発明の開示されるＮＯＶ８核酸は、表２０Ａに配列が提供される核酸、またはそのフラグメントを包含する。本発明はまた、変異体核酸もしくは改変体核酸、またはそのような核酸のフラグメントを包含し、これらの核酸の塩基のいずれかは、ヘプシン様の活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしつつ、表２０Ａに示される対応塩基から変化され得る。本発明は、ちょうど記載された配列と相補的な配列を有する核酸をさらに包含し、この核酸は、ちょうど記載された核酸のいずれかと相補的な核酸フラグメントを包含する。本発明は、化学的改変を含む構造を有する、核酸もしくは核酸フラグメント、またはそれらの相補体をさらに包含する。このような改変としては、非限定的例として、改変塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化されている核酸が挙げられる。これらの改変は、少なくとも一部は、その改変核酸の化学的安定性を増強するために実行され、その結果、その改変核酸は、例えば、被検体における治療適用におけるアンチセンス結合核酸として、使用され得る。この変異体核酸または改変体核酸、およびこれらの相補体において、その塩基のうちの約０％までが、このように変化され得る。
【０２７７】
本発明の開示されるＮＯＶ８タンパク質は、配列が表２０Ｂに提供されている、ヘプシン様タンパク質を包含する。本発明はまた、変異体タンパク質もしくは改変体タンパク質、またはそれらの機能的フラグメントを包含し、その残基のうちのいずれかが、ヘプシン様の活性および生理学的機能を維持するタンパク質を依然としてコードしつつ、表２０Ｂに示される対応残基から変化され得る。この変異体タンパク質または改変体タンパク質において、その残基のうちの約０％までが、このように変化され得る。
【０２７８】
本発明は、本発明のタンパク質のいずれかに免疫特異的に結合する、抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２）をさらに包含する。
【０２７９】
本発明について上記に規定される情報は、このヘプシン様タンパク質（ＮＯＶ８）が、「ＲＮアーゼファミリー」のメンバーとして機能し得ることを、示唆する。従って、本明細書中に同定されるＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８タンパク質は、下記に示される種々の病理および障害に関与する（しかし、これらに限定されない）、可能な治療適用において有用であり得る。本発明についての可能な治療適用としては、タンパク質治療剤、低分子薬物標的、抗体標的（治療抗体、診断抗体、薬物標的化／細胞傷害性抗体）、診断マーカーおよび／もしくは予後マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去）、研究ツール、本明細書中に規定される組織および細胞型を含む（がこれらに限定されない）すべての組織及び細胞型のインビトロおよびインビボでの組織再生が、挙げられるが、これらに限定されない。
【０２８０】
本発明のＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８タンパク質は、癌（特に、前立腺癌および卵巣癌）および／または他の病理／障害に関与する、可能な治療適用において有用である。
【０２８１】
ＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８ポリペプチドはさらに、治療法または診断法における使用のために、この新規ＮＯＶ８物質に免疫特異的に結合する抗体を生成する際に有用である。これらの抗体は、下記「抗ＮＯＶＸ抗体」の節に記載されるような、疎水性チャートからの推定を使用して、当該分野で公知の方法に従って生成され得る。この開示されるＮＯＶ８タンパク質は、複数の親水性領域を有し、その領域の各々が、免疫原として使用され得る。この新規タンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイ系において使用され得、このことは、疾患の病理の理解、および種々の障害のための新規な薬物標的の開発を補助する。
【０２８２】
（ＳＥＣＸ核酸および／またはＮＯＶＸ核酸、ならびにＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチド）
本発明の１つの局面は、ＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドあるいはそれらの生物学的活性な部分をコードする、単離された核酸分子に関する。本発明にはまた、ＳＥＣＸコード核酸および／またはＮＯＶＸコード核酸（例えば、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ）を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとしての使用に十分な核酸フラグメント、ならびにＳＥＣＸ核酸分子および／またはＮＯＶＸ核酸分子の増幅および／または変異のためのＰＣＲプライマーとしての使用のためのフラグメントも、包含される。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ヌクレオチドアナログを使用して生成されたそのＤＮＡもしくはＲＮＡのアナログ、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、およびホモログを包含することが、意図される。この核酸分子は、一本鎖であっても二本鎖であってもよいが、好ましくは、二本鎖ＤＮＡから構成される。
【０２８３】
ＳＥＣＸ核酸および／またはＮＯＶＸ核酸は、成熟ＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドをコードし得る。本明細書中で使用される場合、本発明において開示されるポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、天然に存在するポリペプチド生成物または前駆体形態またはプロタンパク質である。天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質としては、非限定的な例として、対応する遺伝子によりコードされる全長遺伝子産物が挙げられる。あるいは、これらは、本明細書中に記載されるＯＲＦによりコードされるポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質として規定され得る。生成物「成熟」形態は、また非限定的な例として、１以上の天然に存在するプロセシング工程（これらがこの遺伝子産物が生じる細胞または宿主細胞内で起こり得る場合）の結果として生じる。ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態に至るこのようなプロセシング工程の例としては、ＯＲＦの開始コドンによりコードされるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドもしくはリーダー配列のタンパク質分解切断が挙げられる。従って、残基１〜Ｎを有する前駆体ポリペプチドまたは前駆体タンパク質から生じる成熟形態は、残基１がＮ末端メチオニンである場合、Ｎ末端メチオニンの除去後に残る残基２〜Ｎを有する。あるいは、残基１〜Ｎ（ここで、Ｎ末端シグナル配列（残基１〜残基Ｍ）が切断される）を有する前駆体ポリペプチドまたは前駆体タンパク質から生じる成熟形態は、残りの残基Ｍ＋１〜残基Ｎの残基を有する。さらに、本明細書中で使用される場合、ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、タンパク質分解事象以外の翻訳後修飾の工程から生じ得る。このようなさらなるプロセスとしては、非限定的な例として、グリコシル化、ミリストイル化またはリン酸化が挙げられる。一般に、成熟ポリペプチドまたは成熟タンパク質は、これらのプロセスの１つのみまたはこれらのいずれかの組み合わせの操作から生じ得る。
【０２８４】
用語「プローブ」とは、本明細書中で使用される場合、種々の長さの核酸配列をいい、この長さは、特定の用途に依存して、好ましくは、少なくとも約１０ヌクレオチド（ｎｔ）、１００ｎｔ、または例えば、約６，０００ｎｔほどの大きさの間である。プローブは、同一の核酸配列、類似の核酸配列または相補的な核酸配列の検出において使用される。より長い長さのプローブは、一般的に、天然供給源または組換え供給源から入手され、非常に特異的であり、そしてより長さの短いオリゴマープローブよりもはるかに遅くハイブリダイズする。プローブは、一本鎖または二本鎖であり得、そしてＰＣＲ、膜ベースのハイブリダイゼーション技術、またはＥＬＩＳＡ様の技術において特異性を有するように設計され得る。
【０２８５】
用語「単離された」核酸分子は、本明細書中で使用される場合、この核酸の天然の供給源中に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子である。好ましくは、「単離された」核酸は、この核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中でこの核酸に天然で隣接する配列（すなわち、この核酸の５’末端および３’末端に位置する配列）を含まない。例えば、種々の実施形態において、単離されたＳＥＣＸ核酸分子および／またはＮＯＶＸ核酸分子は、この核酸が由来する細胞／組織（例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓など）のゲノムＤＮＡ中でこの核酸分子に天然で隣接する、約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ、または０．１ｋｂ未満のヌクレオチド配列を含み得る。さらに、「単離された」核酸分子（例えば、ｃＤＮＡ分子）は、組換え技術により産生される場合、その他の細胞物質も培養培地も実質的に含まないものであり得るか、または化学的に合成される場合、化学物質前駆体もその他の化学物質も実質的に含まないものであり得る。
【０２８６】
本発明の核酸分子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のヌクレオチド配列を有する核酸分子、または上記のヌクレオチド配列の相補体）は、標準的な分子生物学的技術および本明細書で提供される配列情報を用いて単離され得る。ハイブリダイゼーションプローブとして、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９の核酸配列の全部または一部を使用して、ＳＥＣＸ分子および／またはＮＯＶＸ分子は、標準的なハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（編）、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ  第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９８９；およびＡｕｓｕｂｅｌら、（編）、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３に記載されるような）を用いて単離され得る。
【０２８７】
本発明の核酸は、標準的なＰＣＲ増幅技術に従って、テンプレートとしてのｃＤＮＡ、ｍＲＮＡあるいはゲノムＤＮＡ、および適切なオリゴヌクレオチドプライマーを用いて増幅され得る。このように増幅された核酸は、適切なベクター中にクローン化され、そしてＤＮＡ配列分析により特徴付けられ得る。さらに、ＳＥＣＸヌクレオチド配列および／またはＮＯＶＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドが、標準的な合成技術（例えば、自動化ＤＮＡ合成機）を用いることにより調製され得る。
【０２８８】
本明細書で用いられる場合、用語「オリゴヌクレオチド」は、一連の連結されたヌクレオチド残基をいい、このオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ反応で用いられるに十分な数のヌクレオチド塩基を有する。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列もしくはｃＤＮＡ配列に基づき得るか、またはそれから設計され得、そして特定の細胞もしくは組織において、同一、類似もしくは相補的な、ＤＮＡまたはＲＮＡを増幅し、確認し、もしくはその存在を示すために用いられる。オリゴヌクレオチドは、約１０ｎｔ、５０ｎｔ、または１００ｎｔ長（好ましくは約１５ｎｔ〜３０ｎｔ長）を有する核酸配列の部分を含む。本発明の１つの実施形態では、１００ｎｔ長未満の核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、さらに、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のうちの少なくとも６個連続するヌクレオチド、またはその相補体を含む。オリゴヌクレオチドは、化学的に合成され得、そしてまたプローブとして用いられ得る。
【０２８９】
別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９に示されるヌクレオチド配列またはこのヌクレオチド配列の一部分（例えば、プローブまたはプライマーとして使用され得るフラグメント、あるいはＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードするフラグメント）の相補体である、核酸分子を含む。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、または３９に示されるヌクレオチド配列と相補的である核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、または３９に示されるヌクレオチド配列と十分相補的であり、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９に示されるヌクレオチド配列に対しミスマッチがほとんどないかまたは全くなく水素結合し得、それによって安定な二重鎖を形成する、核酸分子である。
【０２９０】
本明細書で用いる場合、用語「相補的」は、核酸分子のヌクレオチド単位間のＷａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ塩基対形成またはＨｏｏｇｓｔｅｅｎ塩基対形成をいい、そして用語「結合」は、２つのポリペプチドもしくは２つの化合物または関連ポリペプチドもしくは関連化合物あるいはそれらの組合せ間の、物理的相互作用または化学的相互作用を意味する。結合は、イオン性相互作用、非イオン性相互作用、ファンデルワールス性相互作用、疎水性相互作用などを包含する。物理的相互作用は、直接的または間接的のいずれかであり得る。間接的相互作用は、別のポリペプチドまたは別の化合物を介し得るか、またはその効果に起因し得る。直接的結合は、別のポリペプチドもしくは別の化合物を介して生じないかまたはその効果に起因して生じない、その他の実質的な化学的中間体がない、相互作用をいう。
【０２９１】
本明細書中に提供されるフラグメントは、少なくとも６個の（連続する）核酸配列または少なくとも４個の（連続する）アミノ酸配列（核酸の場合には、特異的なハイブリダイゼーションを、またはアミノ酸の場合には、エピトープの特異的な認識を、それぞれ可能にするに十分な長さ）として規定され、そして全長配列未満のせいぜいいくらかの部分である。フラグメントは、選択された核酸配列またはアミノ酸配列の連続する任意の部分に由来し得る。誘導体は、直接的にかまたは改変もしくは部分的置換によってかのいずれかでネイティブな化合物から形成される、核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、ネイティブな化合物に類似する（しかし、同一ではない）構造を有するが、特定の成分または側鎖に関してネイティブな化合物とは異なる、核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、合成物であり得るか、または進化的に異なる起源に由来し得、そして野生型と比較して、類似の代謝活性または反対の代謝活性を有し得る。ホモログは、異なる種由来の特定の遺伝子の、核酸配列またはアミノ酸配列である。
【０２９２】
誘導体およびアナログは、以下に記載のように、その誘導体またはアナログが、改変核酸または改変アミノ酸を含む場合、全長であり得るか、または全長以外であり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体またはアナログは、種々の実施形態において、本発明の核酸もしくはタンパク質と、同一の大きさの核酸配列もしくはアミノ酸配列にわたって、または整列した配列と比較した場合（この整列は、当該分野で公知であるコンピューター相同性プログラムによって実施される）、少なくとも約７０％、８０％、または９５％の同一性（好ましい同一性は、８０〜９５％）だけ実質的に相同である領域を含む分子、あるいはそのコードする核酸が、ストリンジェントな条件、中程度にストリンジェントな条件、または低ストリンジェントな条件下で、上記のタンパク質をコードする配列の相補体にハイブリダイズし得る領域を含む分子を包含するが、これらに限定されない。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３、および以下を参照のこと。
【０２９３】
「相同な核酸配列」もしくは「相同なアミノ酸配列」、またはその改変体とは、上記で考察したように、ヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルでの相同性によって特徴付けられる配列をいう。相同なヌクレオチド配列は、ＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドのアイソフォームをコードする配列をコードする。アイソフォームは、例えば、ＲＮＡの選択的スプライシングの結果として、同一の生物の異なる組織において発現され得る。あるいは、アイソフォームは、異なる遺伝子によってコードされ得る。本発明において、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の種（脊椎動物が挙げられるが、これに限定されず、従って、例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマおよび他の生物が挙げられ得る）のＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を包含する。相同なヌクレオチド配列としてはまた、本明細書に記載されるヌクレオチド配列の天然に存在する対立遺伝子バリエーションおよび変異が挙げられるが、これらに限定されない。しかし、相同的ヌクレオチド配列は、ヒトＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする正確なヌクレオチド配列を含まない。相同核酸配列は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９の保存的アミノ酸置換（以下を参照のこと）、ならびにＳＥＣＸ生物学的活性および／またはＮＯＶＸ生物学的活性を保有するポリペプチドをコードする、核酸配列を包含する。ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の種々の生物学的活性は以下に記載されている。
【０２９４】
ＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドは、ＳＥＣＸ核酸および／またはＮＯＶＸ核酸のオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）によりコードされる。ＯＲＦは、ポリペプチドへと潜在的に翻訳され得るヌクレオチド配列に対応する。ＯＲＦを含む核酸のストレッチは、終止コドンによって途切れない。完全タンパク質についてのコード配列を表すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始」コドンで始まり、そして３つの「終止」コドン（すなわち、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡ）のうちの１つで終結する。本発明のために、ＯＲＦは、開始コドン、終止コドンまたはその両方を有するかまたは有さない、コード配列の任意の部分であり得る。ｂｏｎａ  ｆｉｄｅ細胞タンパク質をコードするための良好な候補とみなされるＯＲＦについて、最小サイズ要件（例えば、５０アミノ酸以上のタンパク質をコードするＤＮＡのストレッチ）が、しばしば設定される。
【０２９５】
ヒトＳＥＣＸ遺伝子および／またはヒトＮＯＶＸ遺伝子のクローニングから決定されたヌクレオチド配列は、他の細胞型（例えば、他の組織由来）におけるＳＥＣＸホモログおよび／またはＮＯＶＸホモログ、ならびに他の脊椎動物由来のＳＥＣＸホモログおよび／またはＮＯＶＸホモログを同定および／またはクローニングする際の使用のために設計される、プローブおよびプライマーの作製を可能にする。このプローブ／プライマーは、代表的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。このオリゴヌクレオチドは、代表的には、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、もしくは３９のうちの少なくとも約１２個、約２５個、約５０個、約１００個、約１５０個、約２００個、約２５０個、約３００個、約３５０個または約４００個連続するセンス鎖ヌクレオチド配列；または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、もしくは３９のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９の天然に存在する変異体のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。
【０２９６】
ヒトＳＥＣＸヌクレオチド配列および／またはヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に基づくプローブは、同じタンパク質または相同なタンパク質をコードする転写物またはゲノム配列を検出するために使用され得る。種々の実施形態において、このプローブはさらに、そのプローブに付着した標識基を含み、例えば、この標識基は、放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る。このようなプローブは、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質を誤って発現する細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として、例えば、被験体由来の細胞のサンプル中のＳＥＣＸコード核酸および／またはＮＯＶＸコード核酸のレベルを測定すること（例えば、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡレベルおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡレベルを検出すること、またはゲノムＳＥＣＸ遺伝子および／またはゲノムＮＯＶＸ遺伝子が変異もしくは欠失しているか否かを決定すること）によって使用され得る。
【０２９７】
「ＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」とは、本発明のポリペプチドの活性に類似するが必ずしも同一である必要はない活性を示すポリペプチドをいい、用量依存性の有無に関わらず、特定の生物学的アッセイにおいて測定されるような成熟形態を含む。「ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、ＳＥＣＸの生物学的活性および／またはＮＯＶＸの生物学的活性（ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の生物学的活性は、以下に記載される）を有するポリペプチドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、または３９の一部を単離し、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質のコードされた部分を（例えば、インビトロでの組換え発現によって）発現させ、そしてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのコードされた部分の活性を評価することによって、調製され得る。
【０２９８】
（ＳＥＣＸ核酸改変体および／またはＮＯＶＸ核酸改変体、ならびにＳＥＣＸポリペプチド改変体および／またはＮＯＶＸポリペプチド改変体）
本発明はさらに、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９に示されるヌクレオチド配列とは異なるが、遺伝コードの縮重に起因して、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同じＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする、核酸分子を包含する。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする、ヌクレオチド配列を有する。
【０２９９】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９に示されるヒトＳＥＣＸヌクレオチド配列および／またはヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に加えて、このＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列における変化を導くＤＮＡ配列多型が、集団（例えば、ヒト集団）内に存在し得ることが、当業者によって理解される。ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子中のこのような遺伝的多型は、天然の対立遺伝子のバリエーションに起因して、集団内の個体間に存在し得る。本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」は、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質（好ましくは脊椎動物のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質）をコードするオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む、核酸分子をいう。このような天然の対立遺伝子のバリエーションは、代表的には、ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子のヌクレオチド配列において１〜５％の変動を生じ得る。天然の対立遺伝子バリエーションの結果でありそしてこのＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドの機能的活性を変化させない、ＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチド内の任意および全てのこのようなヌクレオチドのバリエーションならびに得られるアミノ酸多型は、本発明の範囲内でにあることが、意図される。
【０３００】
さらに、他の種由来のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質をコードし、従って、ヒトの配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９とは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあることが意図される。本発明のＳＥＣＸ  ｃＤＮＡおよび／またはＮＯＶＸ  ｃＤＮＡの天然の対立遺伝子改変体およびホモログに対応する核酸分子は、本明細書中に開示されるヒトＳＥＣＸ核酸および／またはＮＯＶＸ核酸に対するその相同性に基づいて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標準的なハイブリダイゼーション技術に従うハイブリダイゼーションプローブとしてヒトｃＤＮＡまたはその一部を用いて、単離され得る。
【０３０１】
従って、別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも６ヌクレオチド長であり、そしてストリンジェント条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする。別の実施形態では、この核酸は、少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００以上のヌクレオチド長である。なお別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、コード領域にハイブリダイズする。本明細書中で用いられる場合、用語「ストリンジェント条件下でハイブリダイズする」は、互いに少なくとも６０％相同なヌクレオチド配列が代表的には互いにハイブリダイズしたままである、ハイブリダイゼーション条件および洗浄条件を記載することを意図する。
【０３０２】
ホモログ（すなわち、ヒト以外の種由来のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸）または他の関連配列（例えば、パラログ（ｐａｒａｌｏｇ））は、特定のヒト配列の全てまたは一部をプローブとし、核酸ハイブリダイゼーションおよび核酸クローニングに関して当該分野で周知の方法を使用して、低いストリンジェンシー、中程度のストリンジェンシー、または高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションによって入手され得る。
【０３０３】
本明細書で用いられる場合、語句「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、その条件下で、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが、その標的配列にハイブリダイズするが、その他の配列にはハイブリダイズしない、条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、そして異なる状況で異なる。より長い配列は、より短い配列よりも高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨで、特定の配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５℃低いように選択される。このＴｍは、標的配列と相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下の）、温度である。標的配列は一般に過剰で存在するので、Ｔｍでは、５０％のプローブが平衡状態で占有されている。代表的には、ストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０〜８．３で、塩濃度が約１．０Ｍナトリウムイオン（代表的には約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン）（またはその他の塩）より少なく、そしてその温度が、短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド（例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ）については少なくとも約３０℃であり、そしてより長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドについては少なくとも約６０℃である、条件である。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドのような、不安定化剤の添加で達成され得る。
【０３０４】
ストリンジェント条件は、当業者に公知であり、そしてＡｕｓｕｂｅｌら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６に見出され得る。好ましくは、この条件は、互いに少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８５％、約９０％、約９５％、約９８％または約９９％相同な配列が、代表的には互いにハイブリダイズしたままであるような条件である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．０２％  ＢＳＡ、および５００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中での６５℃でのハイブリダイゼーションであり、続いて、０．２×ＳＳＣ、０．０１％  ＢＳＡ中での５０℃での１回以上の洗浄を行う。ストリンジェント条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９の配列にハイブリダイズする、本発明の単離された核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子とは、天然に存在する（例えば、天然のタンパク質をコードする）ヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子をいう。
【０３０５】
第２の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のヌクレオチド配列、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体を含む核酸分子に、中程度のストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸配列が、提供される。中程度のストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、５５℃での６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％  ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡ中でのハイブリダイゼーション、続いて１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での３７℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る中程度のストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹおよびＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０；ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと。
【０３０６】
第３の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のヌクレオチド配列、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体を含む核酸分子に、低ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸が、提供される。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、３５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．２％  ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％（重量／容量）硫酸デキストラン中での４０℃でのハイブリダイゼーションであり、続いて２×ＳＳＣ、２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、５ｍＭ  ＥＤＴＡおよび０．１％  ＳＤＳ中での５０℃での１回以上の洗浄が行われる。用いられ得る低ストリンジェンシーの他の条件は、（例えば、種交差ハイブリダイゼーションのために用いられるように）当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹならびにＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ；ＳｈｉｌｏおよびＷｅｉｎｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：６７８９−６７９２を参照のこと。
【０３０７】
（保存的変異）
集団中に存在し得る、ＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列の天然に存在する対立遺伝子改変体に加えて、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のヌクレオチド配列への変異によって変化が導入され得、それによって、このＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の機能的能力を変更することなく、コードされるＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に変化がもたらされることを、当業者はさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基にてアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０の配列において行われ得る。「非必須」アミノ酸残基は、その生物学的活性を変更することなく、このＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の野生型配列から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、このような生物学的活性に必要とされる。例えば、本発明のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の間で保存されているアミノ酸残基は、特に変更を受け入れ難いと予測される。保存的置換がなされ得るアミノ酸は、当該分野で周知である。
【０３０８】
本発明の別の局面は、活性に必須ではないアミノ酸残基における変化を含む、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子に関する。このようなＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のアミノ酸配列とは異なるが、生物学的活性をなお保持する。１つの実施形態では、単離された核酸分子は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、このタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、および４０のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同であるアミノ酸配列を含む。好ましくは、この核酸分子によってコードされるタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、および４０に対して少なくとも約６０％相同であり；より好ましくは配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０に対して少なくとも約７０％相同であり；なおより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０に対してして少なくとも約８０％相同であり；なおより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０に対して少なくとも約９０％相同であり；そして最も好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０に対して少なくとも約９５％相同である。
【０３０９】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０のタンパク質と相同なＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、および３９のヌクレオチド配列に１以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を導入することにより作製され得、その結果、１以上のアミノ酸の置換，付加または欠失が、コードされるタンパク質に導入される。
【０３１０】
変異は、標準的な技法、例えば、部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発により、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９中に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換は、１つ以上の予測された非必須アミノ酸残基において作製される。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当該分野で規定されている。これらのファミリーは、塩基性側鎖をもつアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖をもつアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖をもつアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖をもつアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分岐側鎖をもつアミノ酸（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖をもつアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を含む。従って、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質中の予測された非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーからの別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態では、変異は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸコード配列のすべてまたは一部分に沿って、例えば、飽和変異誘発によりランダムに導入され得、そして得られる変異体をＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ生物学的活性についてスクリーニングして、活性を保持する変異体を同定し得る。変異誘発の後、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９のコードされたタンパク質は、当該分野で公知の任意の組換え技法により発現され得、そしてタンパク質の活性が測定され得る。
【０３１１】
アミノ酸ファミリーの関連性はまた、側鎖の相互作用に基づいて決定され得る。置換されたアミノ酸は、完全に保存された「強い」残基または完全に保存された「弱い」残基であり得る。この「強い」群の保存されたアミノ酸残基は、以下の群のいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。ここで、一文字アミノ酸コードは、互いに置換され得るアミノ酸によりグループ分けされる。同様に、「弱い」群の保存された残基は、以下のうちの任意の１つであり得る：ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＶＬＩＭ、ＨＦＹ。ここで、各群内の文字は、一文字アミノ酸コードを表す。
【０３１２】
１つの実施形態では、変異体ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、（ｉ）他のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質、またはその生物学的に活性な部分とタンパク質：タンパク質相互作用を形成する能力、（ｉｉ）変異体ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質とＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸリガンドとの間の複合体形成；あるいは（ｉｉｉ）細胞内標的タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する変異体ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の能力；（例えばアビジンタンパク質）についてアッセイされ得る。
【０３１３】
さらに別の局面において、変異体ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、特定の生物学的機能を調節する能力（例えば、インシュリン放出の調節）についてアッセイされ得る。
【０３１４】
（アンチセンス核酸）
本発明の別の局面は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそのフラグメント、アナログもしくは誘導体にハイブリダイズするかまたはこれに相補的である単離されたアンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的であるヌクレオチド配列、例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的であるか、またはｍＲＮＡ配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。特定の局面では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸコード鎖全体のうちの少なくとも約１０、２５、５０、１００、２５０または５００ヌクレオチドに相補的、またはその一部分にのみ相補的な配列を含むアンチセンス核酸分子が提供される。配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８もしくは４０のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質のフラグメント、ホモログ、誘導体およびアナログをコードする核酸分子、または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ核酸配列に相補的なアンチセンス核酸がさらに提供される。
【０３１５】
１つの実施形態では、アンチセンス核酸分子は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード」領域にアンチセンスである。用語「コード領域」は、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態では、このアンチセンス核酸分子は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対するアンチセンスである。用語「非コード領域」は、アミノ酸に翻訳されない、コード領域に隣接する５’および３’配列をいう（すなわち、５’および３’非翻訳領域ともいう）。
【０３１６】
本明細書に開示されるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質をコードするコード鎖配列が与えられれば、本発明のアンチセンス核酸は、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋまたはＨｏｏｇｓｔｅｅｎ塩基対合の規則に従って設計され得る。このアンチセンス核酸分子は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの全コード領域に相補的であり得るが、より好ましくは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部分に対してのみアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０ヌクレオチドであり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を用いる化学的合成反応または酵素的連結反応を用いて構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、または分子の生物学的安定性を増大するため、もしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成される二本鎖の物理的安定性を増大するために設計された種々に改変されたヌクレオチド（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換されたヌクレオチドが用いられ得る）を用いて化学的に合成され得る。
【０３１７】
アンチセンス核酸を生成するために用いられ得る改変されたヌクレオチドの例としては、以下が挙げられる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルキューオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎ）、プソイドウラシル、キューオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、および２，６−ジアミノプリン。あるいは、このアンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス配向にサブクローン化された発現ベクターを用いて生物学的に産生され得る（すなわち、挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、以下のサブセクションでさらに記載されるように、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向である）。
【０３１８】
代表的には、本発明のアンチセンス核酸分子は、それらがＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする細胞ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするか、またはそれに結合するように被検体に投与されるか、またはインサイチュで生成され、それによって、（例えば、転写および／または翻訳を阻害することにより）タンパク質の発現を阻害する。このハイブリダイゼーションは、従来のヌクレオチド相補性により、安定な二本鎖を形成するか、または、例えば、ＤＮＡ二本鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合、二重らせんの主溝における特異的相互作用を通じてであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与の経路の例は、組織部位における直接注入を含む。あるいは、アンチセンス核酸分子は、改変されて、選択された細胞を標的にし、次いで全身的に投与される。例えば、全身投与には、アンチセンス分子は、（例えば、このアンチセンス核酸分子を、細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に連結することによって）それらが選択された細胞表面上に発現されたレセプターまたは抗原に特異的に結合するように改変され得る。このアンチセンス核酸分子はまた、本明細書に記載のベクターを用いて細胞に送達され得る。十分なアンチセンス分子を達成するために、アンチセンス核酸分子が強力なｐｏｌＩＩまたはｐｏｌＩＩＩプロモーターの制御下に配置されるベクター構築物が好適である。
【０３１９】
なお別の実施形態では、本発明のアンチセンス核酸分子は、αアノマー核酸分子である。αアノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、そこでは、通常のβユニットとは反対に、鎖は互いに平行に走る。例えば、Ｇａｕｌｔｉｅｒら、（１９８７）Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １５：６６２５−６６４１を参照のこと。このアンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（例えば、Ｉｎｏｕｅら（１９８７）Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８を参照のこと）、またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（例えば、Ｉｎｏｕｅら、（１９８７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０を参照のこと）を含み得る。
【０３２０】
（リボザイムおよびＰＮＡ部分）
核酸改変は、非制限的な例として、改変された塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化されている核酸を含む。これらの改変は、少なくとも一部分、改変された核酸の化学的安定性を、それらが、例えば、被験体における治療的適用にアンチセンス結合性核酸として用いられ得るように増大するために実施される。
【０３２１】
１つの実施形態では、本発明のアンチセンス核酸はリボザイムである。リボザイムは、それらに対してリボザイムが相補的領域を有する一本鎖核酸、例えばｍＲＮＡを切断し得るリボヌクレアーゼ活性をもつ触媒的ＲＮＡ分子である。従って、リボザイム（例えば、ハンマーヘッドリボザイム（ＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１に記載されている））は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによってＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳を阻害するために用いられ得る。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸをコードする核酸に特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９）に基づいて設計され得る。例えば、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体を、活性部位のヌクレオチド配列が、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸをコードするｍＲＮＡにおいて切断されるべきヌクレオチド配列に相補的であるように構築し得る。例えば、Ｃｅｃｈら、米国特許第４，９８７，０７１号；およびＣｅｃｈら、米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。あるいは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡはまた、ＲＮＡ分子のプールから特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒的ＲＮＡを選択するために用いられ得る。例えば、Ｂａｒｔｅｌら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１−１４１８を参照のこと。
【０３２２】
あるいは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ遺伝子発現は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ核酸の調節領域（例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸプロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的であるヌクレオチド配列を標的にし、標的細胞中のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ遺伝子の転写を妨害する三重らせん構造を形成することによって阻害され得る。例えば、Ｈｅｌｅｎｅ（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９−８４；Ｈｅｌｅｎｅら（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；およびＭａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照のこと。
【０３２３】
種々の実施形態では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの核酸は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格で改変され、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーション、または溶解性を改善し得る。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を改変してペプチド核酸を生成し得る（Ｈｙｒｕｐら（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ４：５−２３を参照のこと）。本明細書で用いる場合、用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」は、デオキシリボースリン酸骨格がプソイドペプチド（ｐｓｅｕｄｏｐｅｐｔｉｄｅ）骨格で置換され、かつ４つの天然のヌクレオ塩基のみが保持されている、核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低イオン強度条件下で、ＤＮＡおよびＲＮＡへの特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐら（１９９６）上述；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９３：１４６７０−１４６７５に記載のような、標準的な固相ペプチド合成プロトコルを用いて実施され得る。
【０３２４】
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのＰＮＡは、治療適用および診断適用で用いられ得る。例えば、ＰＮＡは、例えば、転写または翻訳抑止（ａｒｒｅｓｔ）を誘導すること、または複製を阻害することにより、遺伝子発現の配列特異的調節のためのアンチセンスまたはアンチ遺伝子剤として用いられ得る。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのＰＮＡはまた、例えば、遺伝子中の１塩基対変異の分析に（例えば、ＰＮＡ特異的ＰＣＲクランピング、他の酵素、例えば、Ｓ１ヌクレアーゼと組み合わせて用いる場合、人工の制限酵素として（Ｈｙｒｕｐら（１９６６）上述を参照のこと）；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブまたはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐら（１９６６）上述；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ（１９９６）上述））用いられ得る。
【０３２５】
別の実施形態では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのＰＮＡは、例えば、それらの安定性または細胞の取り込みを増大するために、ＰＮＡに親油性基または他の補助基を結合することによるか、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によるか、またはリポソームの使用もしくは当該分野で公知の薬物送達の他の技法によって改変され得る。例えば、ＰＮＡとＤＮＡの有利な性質を組み合わせ得る、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラが生成され得る。このようなキメラは、ＰＮＡ部分の高い結合親和性および特異性を提供しながら、ＤＮＡ認識酵素（例えば、ＲＮａｓｅＨおよびＤＮＡポリメラーゼ）をＤＮＡ部分と相互作用させる。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基スタッキング、ヌクレオ塩基間の結合の数、および配向の点から選択された適切な長さのリンカーを用いて連結され得る（Ｈｙｒｕｐ（１９９６）上述）。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐら（１９９６）上述およびＦｉｎｎら（１９９６）Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２４：３３５７−３３６３に記載のように実施され得る。例えば、ＤＮＡ鎖を、標準的なホルホルアミダイトカップリング化学を用いて固体支持体上で合成し得、そして改変ヌクレオシドアナログ、例えば、５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホルアミダイトを、ＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間に用い得る（例えば、Ｍａｇら（１９８９）Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ  １７：５９７３−５９８８を参照のこと）。次いで、ＰＮＡモノマーを段階的様式でカップリングし、５’ＰＮＡセグメントと３’ＤＮＡセグメントをもつキメラ分子を生成する（例えば、Ｆｉｎｎら（１９９６）上述を参照のこと）。あるいは、キメラ分子は、５’ＤＮＡセグメントと３’ＰＮＡセグメントで合成され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｅｎら（１９７５）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９−１１１２４を参照のこと。
【０３２６】
他の実施形態では、このオリゴヌクレオチドは、ペプチド（例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的にするため）、または細胞膜を横切る輸送を容易にする薬剤（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８６：６５５３−６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、１９８７、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：６４８−６５２；ＰＣＴ公報番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）もしくは血液脳関門を横切る輸送を容易にする薬剤（例えば、ＰＣＴ公報番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）のような他の付属基を含み得る。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーショントリガー切断剤（例えば、Ｋｒｏｌら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８−９７６を参照のこと）または挿入剤（例えば、Ｚｏｎ、１９８８、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９−５４９を参照のこと）を用いて改変され得る。この目的のために、このオリゴヌクレオドは、例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーショントリガー架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーショントリガー切断剤などの他の分子に連結され得る。
【０３２７】
（ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチド）
本発明のポリペプチドは、その配列が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０で提供されるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。本発明はまた、なおそのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ活性および生理学的機能を維持するタンパク質、またはその機能的フラグメントをコードしながら、その任意の残基が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０に示される対応する残基から変化し得る、変異体または改変体タンパク質を含む。
【０３２８】
一般に、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ様機能を保持するＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ改変体は、配列中の特定位置の残基が他のアミノ酸により置換され、そしてさらに、親タンパク質の２つの残基間にさらなる残基を挿入する可能性、および親配列から１つ以上の残基を欠失する可能性を含む任意の改変体を含む。任意のアミノ酸置換、挿入または欠失は、本発明に包含される。好適な状況では、この置換は、上記で規定されるような保存的置換である。
【０３２９】
本発明の１つの局面は、単離されたＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質、およびその生物学的に活性な部分、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくは相同体に関する。抗ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ抗体を惹起するための免疫原としての使用に適するポリペプチドフラグメントもまた提供される。１つの実施形態では、ネイティブＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質が、標準的なタンパク質精製技法を用いる適切な精製スキームにより、細胞または組織供給源から単離され得る。別の実施形態では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、組換えＤＮＡ技法により生産される。組換え発現の代替として、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドは、標準的なペプチド合成技法を用いて化学的に合成され得る。
【０３３０】
「単離された」または「精製された」ポリペプチドまたはタンパク質あるいは生物学的に活性な部分は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質が由来する細胞または組織供給源からの細胞材料または他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、化学的に合成されたとき、化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。用語「細胞材料を実質的に含まない」は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質が、単離されるかまたは組換えにより産生された細胞の細胞成分から分離されているこのタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態では、用語「細胞材料を実質的に含まない」は、約３０％（乾燥重量による）より少ない非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質（本明細書ではまた「夾雑タンパク質」と呼ばれる）、より好ましくは約２０％より少ない非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質、なおより好ましくは約１０％より少ない非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質、そして最も好ましくは約５％より少ない非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質を有する、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。このＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換えにより産生されるとき培養培地を実質的に含まないこともまた好適である。すなわち、培養培地は、タンパク質調製物の容量の約２０％より少ないか、より好ましくは約１０％より少ないか、そして最も好ましくは約５％より少ない。
【０３３１】
用語「化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、タンパク質の合成に関する化学的前駆体または他の化学物質からこのタンパク質が分離されているＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態では、用語「化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、化学的前駆体または非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ化学物質を約３０％（乾燥重量による）より少なく、より好ましくは化学的前駆体または非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ化学物質を約２０％より少なく、なおより好ましくは化学的前駆体または非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ化学物質を約１０％より少なく、そして最も好ましくは化学的前駆体または非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ化学物質を約５％より少なく有するＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。
【０３３２】
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、完全長のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質より少ないアミノ酸配列を含み、そしてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を示す、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０に示されるアミノ酸配列）に十分に相同的であるか、またはそれに由来するアミノ酸配列を含むペプチドを含む。代表的には、生物学的に活性な部分は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性をともなうドメインまたはモチーフを含む。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、１０、２５、５０、１００またはそれ以上のアミノ酸長のポリペプチドであり得る。
【０３３３】
さらに、このタンパク質の他の領域が欠失した他の生物学的に活性な部分が、組換え技法により調製され得、ネイティブなＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の１つ以上の機能的活性について評価され得る。
【０３３４】
ある実施形態では、このＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０に示される任意の１つ以上のアミノ酸配列を有する。他の実施形態では、このＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０に実質的に相同であり、そして以下に詳細に記載されるように、天然の対立遺伝子変動または変異誘発に起因してアミノ酸配列がなお異なる配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０タンパク質の機能的活性を保持する。従って、別の実施形態では、このＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、そして配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の機能的活性を保持するタンパク質である。
【０３３５】
（２つ以上の配列間の相同性の決定）
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の相同性のパーセントを決定するために、これらの配列を最適な比較の目的のためにアラインする（例えば、第２のアミノ酸または核酸配列との最適アラインメントのために第１のアミノ酸または核酸配列の配列中にギャップを導入し得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列中の位置が第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、この分子はその位置で相同である（すなわち、本明細書で用いる場合、アミノ酸または核酸「相同性」は、アミノ酸または核酸「同一性」と等価である）。
【０３３６】
核酸配列相同性は、２つの配列間の同一性の程度で決定され得る。この相同性は、ＧＣＧプログラムパッケージで提供されるＧＡＰソフトウェアのような当該分野で公知のコンピュータープログラムを用いて決定され得る。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ  １９７０  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ４８：４４３−４５３を参照のこと。ＧＣＧ  ＧＡＰソフトウェアを核酸配列比較のために以下の設定で用い：５．０のＧＡＰ作成ペナルティーおよび０．３のＧＡＰ伸長ペナルティー、上記で言及した類似の核酸配列のコード領域は、好ましくは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９に示されたＤＮＡ配列のＣＤＳ（すなわちコードする）部分と、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の同一性の程度を示す。
【０３３７】
用語「配列同一性」は、２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列が、比較の特定の領域に亘って残基ごとを基礎に同一である程度をいう。用語「配列同一性の百分率」は、その比較の領域に亘り最適に整列された２つの配列を比較すること、両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、核酸の場合、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ）が存在する位置の数を決定し、一致した位置の数を生成すること、比較領域中の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で一致した位置の数を除すること、およびこの結果に１００を乗じ、配列同一性の百分率を得ることにより算出される。本明細書で用いる場合、用語「実質的に同一」は、ポリヌクレオチド配列の特徴を示し、ここで、このポリヌクレオチドは、比較領域に亘って参照配列と比較した場合、少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の配列同一性、そしてしばしば９０〜９５％の配列同一性、より通常は少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【０３３８】
（キメラおよび融合タンパク質）
本発明はまた、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸキメラまたは融合タンパク質を提供する。本明細書で用いられる場合、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドと作動可能に連結されたＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドを含む。「ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチド」は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、「非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチド」は、このＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質に実質的に相同ではないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう（例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質とは異なり、しかも同一かまたは異なる生物に由来するタンパク質）。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ融合タンパク質の中で、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質のすべてか、またはその一部分に対応し得る。１つの実施形態では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含む。別の実施形態では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の少なくとも２つの生物学的に活性な部分を含む。なお別の実施形態では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の少なくとも３つの生物学的に活性な部分を含む。融合タンパク質において、用語「作動可能に連結される」は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドおよび非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドが互いにインフレームで融合されることを示すことが意図される。非ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０３３９】
１つの実施形態では、この融合タンパク質は、ＧＳＴ−ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ融合タンパク質であり、ここではＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列が、ＧＳＴ（すなわち、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列のＣ末端に融合される。このような融合タンパク質は、組換えＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【０３４０】
別の実施形態では、この融合タンパク質は、そのＮ末端に異質シグナル配列を含むＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質である。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現および／または分泌は、異質シグナル配列の使用により増大され得る。
【０３４１】
なお別の実施形態では、この融合タンパク質は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質であり、ここでは主に細胞外ドメインを含むＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列が、免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合される。本発明のこのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、薬学的組成物中に取り込まれ、そして被験体に投与されて、細胞の表面上でＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸリガントとＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質との間の相互作用を阻害し、それによってインビボのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ媒介シグナル伝達を抑制し得る。このＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を用い、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ同族リガンドの生体利用性に影響を与え得る。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸリガンド／ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ相互作用の阻害は、増殖障害および分化障害の両方の処置、および細胞生存を調節（例えば、促進または阻害）することに、治療的に有用であり得る。さらに、本発明のこのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、被験体中で抗ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ抗体を産生するための免疫原として用いられ得、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸリガンドを精製し、そしてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸリガンドとのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイで用いられ得る。
【０３４２】
本発明のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸキメラまたは融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技術により産生され得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントを、従来の技術に従って、例えば、連結のための平滑末端または粘着（ｓｔａｇｇｅｒ）末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて粘着（ｃｏｈｅｓｉｖｅ）末端のフィルイン、所望しない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結を採用することにより、インフレームで一緒に連結する。別の実施形態では、融合遺伝子を、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来技術により合成し得る。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅を、キメラ遺伝子配列を生成するために次いでアニールおよび再増幅され得る、２つの連続遺伝子フラグメント間の相補的突出を生じるアンカープライマーを用いて実施し得る（例えば、Ａｕｓｂｅｌら（編）ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、１９９２を参照のこと）。さらに、融合部分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードした多くの発現ベクターが市販されている。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸをコードする核酸は、この融合部分がＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質にインフレーム連結されるように、このような発現ベクター中にクローン化され得る。
【０３４３】
（ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸアゴニストおよびアンタゴニスト）
本発明はまた、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）として、またはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸアンタゴニストとしてのいずれかで機能するＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の改変体に関する。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の改変体（例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の離散した点変異または短縮型）が、変異誘発により生成され得る。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形態のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質と実質的に同じ生物学的活性、またはその生物学的活性のサブセットを保持し得る。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質のアンタゴニストは、天然に存在する形態のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の１つ以上の活性を、例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質を含む細胞シグナル伝達カスケードの下流または上流メンバーに競合的に結合することにより阻害し得る。従って、特異的生物学的効果が、限られた機能の改変体を用いた処理により惹起され得る。１つの実施形態では、この天然に存在する形態のタンパク質の生物学活性のサブセットを有する改変体を用いた被験体の処置は、天然に存在する形態のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質を用いた処置に対して被験体におけるより少ない副作用を有する。
【０３４４】
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）として、またはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の改変体は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質アゴニストまたはアンタゴニスト活性について、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の変異体（例えば短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより同定され得る。１つの実施形態では、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、核酸レベルのコンビナトリアル変異誘発により生成され、そして多彩な遺伝子ライブラリーによりコードされる。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、例えば、合成オリゴヌクレオチドの混合物を、潜在的なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列の変性（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ）セットが、個々のポリペプチドとして、あるいは、その中にＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列のセットを含む（例えば、ファージディスプレイのための）より大きな融合タンパク質のセットとして発現可能であるような遺伝子配列中に、酵素的に連結することにより、産生され得る。変性オリゴヌクレオチド配列から潜在的なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ改変体のライブラリーを産生するために用いられ得る種々の方法がある。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動化ＤＮＡ合成機中で実施され得、次いでこの合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結される。遺伝子の縮重セットの使用は、１つの混合物において、潜在的なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列の所望のセットをコードする配列のすべての供給量を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当該分野で公知である（例えば、Ｎａｒａｎｇ（１９８３）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９：３；Ｉｔａｋｕｒａら（１９８４）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３；Ｉｔａｋｕｒａら（１９８４）Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８：１０５６；Ｉｋｅら（１９８３）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１１：４７７を参照のこと）。
【０３４５】
（ポリペプチドライブラリー）
さらに、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーを用いて、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のためのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸフラグメントの多彩な集団を生成し得る。１つの実施形態では、コード配列フラグメントのライブラリーは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸコード配列の二本鎖ＰＣＲフラグメントを、１分子あたり約１つのみのニックが生じる条件下で、ヌクレアーゼを用いて処理すること、二本鎖ＤＮＡを変性させること、異なるニック産物からのセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡを形成するためにこのＤＮＡを再生すること、Ｓ１ヌクレアーゼを用いた処理により再形成された二本鎖から一本鎖部分を除去すること、および得られるフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結することにより生成され得る。この方法により、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端および内部フラグメントをコードする発現ライブラリーが派生され得る。
【０３４６】
点変異または短縮により作成されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、選択された性質を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための種々の技術が当該分野で公知である。このような技術を、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質のコンビナトリアル変異誘発により生成された遺伝子ライブラリーの迅速スクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための、高スループット分析に適した最も広く用いられる技術は、代表的には、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングすること、得られるベクターのライブラリーで適切な細胞を形質転換すること、およびこのコンビナトリアル遺伝子を、所望の活性の検出が、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離を容易にする条件下で発現することを含む。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増大する新規技術であるリクルーシブアンサンブル（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ）変異誘発（ＲＥＭ）を、スクリーニングアッセイと組み合わせて用い、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ改変体を同定し得る（ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１）。
【０３４７】
（ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ抗体）
本明細書中で使用される場合、用語「抗体」は、免疫グロブリン分子、および免疫グロブリン（Ｉｇ）分子の免疫学的に活性な部分（すなわち、抗原に特異的に結合する（免疫反応する）抗原結合部位を含む分子）をいう。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’  フラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメント、ならびにＦａｂ発現ライブラリーが挙げられるが、これらに限定されない。一般的に、ヒト由来の抗体分子は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥおよびＩｇＤの任意のクラスに関連し、これらは分子内に存在する重鎖の性質によってお互いに異なる。特定のクラスは同様にサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２など）を有する。さらに、ヒトにおいては、軽鎖はκ鎖またはλ鎖であり得る。本明細書中で抗体に対する参照は、ヒト抗体種のすべてのこのようなクラス、サブクラスおよび型に対する参照を含む。
【０３４８】
本発明の単離されたタンパク質は、抗原、またはその一部もしくはフラグメントとして役立つことが意図され、そしてさらに、免疫原として使用され、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための標準的な技術を用いて、抗原に免疫特異的に結合する抗体を生成し得る。全長タンパク質が使用され得るか、あるいは本発明は、免疫原として使用するための抗原の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ペプチドフラグメントは、全長タンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８または４０において示されるアミノ酸配列）の少なくとも６アミノ酸残基を含み、そしてそれらのエピトープを含み、その結果このペプチドに対して惹起された抗体は、全長タンパク質またはこのエピトープを含む任意のフラグメントと特定の免疫複合体を形成する。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも１０アミノ酸残基、または少なくとも１５アミノ酸残基、または少なくとも２０アミノ酸残基、または少なくとも３０アミノ酸残基を含む。この抗原性ペプチドにより含まれる好ましいエピトープは、その表面上に位置するタンパク質の領域であり；通常、これらは親水性領域である。
【０３４９】
本発明の特定の実施形態では、抗原性ペプチドにより包含される少なくとも１つのエピトープは、このタンパク質の表面上に位置するＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の領域、例えば、親水性領域である。ヒトＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質配列の疎水性分析は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸポリペプチドのどの領域が特に親水性であるか、そしてそれ故、抗体産生を標的にするために有用な表面残基をコードするようであるかを示す。抗体産生を標的にする手段として、親水性および疎水性の領域を示すヒドロパシープロットを、例えば、フーリエ変換とともにまたはなしの、Ｋｙｔｅ  ＤｏｏｌｉｔｔｌｅまたはＨｏｐｐ  Ｗｏｏｄｓ法を含む、当該分野で周知の任意の方法により生成し得る。例えば、それら各々の全体が本明細書に参考として援用される、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、１９８１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：３８２４−３８２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ  １９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１４２を参照のこと。抗原性タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログ内の１つ以上のドメインに対して特異的な抗体はまた、本明細書中で提供される。
【０３５０】
本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログは、これらのタンパク質成分に免疫特異的に結合する抗体の産生における免疫原として利用され得る。
【０３５１】
当該分野において公知の種々の手順が、本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログに対して惹起されるポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体の産生のために使用され得る（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｈａｒｌｏｗ  Ｅ，およびＬａｎｅ  Ｄ，１９８８，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ（本明細書中に参考として援用される）を参照のこと）。これらの抗体のうちのいくつかは、以下で考察される。
【０３５２】
（ポリクローナル抗体）
ポリクローナル抗体の産生のために、種々の適切な宿主動物（例えば、ウサギ、ヤギ、マウスまたは他の哺乳動物）は、ネイティブなタンパク質、その合成改変体、または前記の誘導体を用いる１以上の注射によって免疫され得る。適切な免疫原性調製物は、例えば、天然に存在する免疫原性タンパク質、免疫原性タンパク質を提示する化学的に合成されたポリペプチド、または組換え的に発現される免疫原性タンパク質を含み得る。さらに、このタンパク質は、免役されている哺乳動物において免疫原性であることが知られている第２のタンパク質に結合体化され得る。このような免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、および大豆トリプシンインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。この調製物はさらに、アジュバントを含み得る。種々のアジュバントが免疫学的応答を増加させるために使用され、このようなアジュバントとしては、Ｆｒｅｕｎｄ’ｓ（完全および不完全）、ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム）、界面活性物質（例えば、リゾレシチン、プルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳濁液、ジニトロフェノールなど）、ヒトにおいて使用可能なアジュバント（例えば、Ｂａｃｉｌｌｅ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ−ＧｕｅｒｉｎおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ）または類似の免疫刺激剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバントのさらなる例としては、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート）が挙げられる。
【０３５３】
免疫原性タンパク質に対して指向されるポリクローナル抗体分子は、哺乳動物から（例えば、血液から）単離され得、そして周知の技術（例えば、プロテインＡまたはプロテインＧを用いるアフィニティークロマトグラフィー（これは、主に免疫血清のＩｇＧ画分を提供する））によってさらに精製され得る。続いて、または代替的に、求められている免疫グロブリンの標的である特定の抗原またはその抗原のエピトープがカラムに固定され、免疫アフィニティークロマトグラフィーによって免疫特異的抗体を精製し得る。免疫グロブリンの精製は、例えば、Ｄ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  ＰＡより発行）、第１４巻、第８号（２０００年４月１７日）、２５〜２８頁）によって考察される。
【０３５４】
（モノクローナル抗体）
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」（ＭＡｂ）または「モノクローナル抗体組成物」は、独特の軽鎖遺伝子産物および独特の重鎖遺伝子産物からなる唯一の分子種の抗体分子を含む抗体分子の集団をいう。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、すべての分子の集団に同一である。従って、ＭＡｂは、抗原への独特の結合親和性によって特徴付けられる抗原の特定のエピトープと免疫反応可能な抗原結合部位を含む。
【０３５５】
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ方法（例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）に記載されるような方法）を使用して調製され得る。ハイブリドーマ方法において、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主細胞は、免疫因子で代表的に免疫され、免疫因子に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生し得るリンパ球を誘発する。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫され得る。
【０３５６】
免疫因子としては、代表的に、タンパク質抗原、そのフラグメントまたはその融合タンパク質が挙げられる。一般的には、以下のいずれかである：ヒト起源の細胞が望まれる場合は、末梢血リンパ球が使用され、または非ヒト哺乳動物供給源が望まれる場合は、脾臓細胞またはリンパ節細胞が使用される。次いで、適切な融合因子（例えば、ポリエチレングリコール）を使用して、リンパ球を不死化細胞株に融合し、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８６）第５９−１０３頁）。不死化細胞株は、哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシおよびヒト起源の骨髄腫細胞に通常形質転換される。通常ラットまたはマウスの骨髄腫細胞株が使用される。ハイブリドーマ細胞は、１以上の物質（融合されていない不死化細胞の増殖も生存も阻害する）を好ましくは含む適切な培養培地中で培養され得る。例えば、親の細胞が酵素、ヒポキサンチングアニンンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、ハイブリドーマのための培養培地は、代表的にヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、それらの物質はＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を阻害する。
【０３５７】
好ましい不死化細胞株は、効率的に融合する細胞株であり、それらは選択された抗体産生細胞の安定な高レベルの抗体の発現を支持し、そしてＨＡＴ培地のような培地に感受性である。より好ましい不死化細胞株はマウス骨髄腫細胞株であり、それらは、例えば、Ｓａｌｋ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣａｌｉｆｏｒｎｉａおよびＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａから入手可能である。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒト骨髄腫細胞株はまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について記載される（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，（１９８７）第５１−６３頁）。
【０３５８】
次いで、ハイブリドーマ細胞が培養される培養培地は、抗原に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイされ得る。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降によって決定されるか、またはインビトロ結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ））によって決定される。このような技術およびアッセイは、当該分野で公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、ＭｕｎｓｏｎおよびＰｏｌｌａｒｄ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）のスキャッチャード分析によって決定され得る。標的抗原に対する高い程度の特異性および高結合親和性を有する抗体が、単離されることが目的であり、モノクローナル抗体の治療的適用において特に重要である。
【０３５９】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、制限希釈手順によって、クローンをサブクローニングし得、そして標準方法によって増殖し得る（Ｇｏｄｉｎｇ，１９８６）。例えば、この目的のために適切な培養培地としては、Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ  Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｅａｇｌｅ’ｓ  ＭｅｄｉｕｍおよびＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は、哺乳動物内の腹水としてインビボで増殖され得る。
【０３６０】
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、従来の免疫グロブリン精製手順（例えば、プロテインＡセファロース、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィー）によって、培養培地または腹水から、単離または精製され得る。
【０３６１】
モノクローナル抗体はまた、組換えＤＮＡ方法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される方法）によって作製され得る。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離され得、そして配列決定され得る。本発明のハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦単離されると、ＤＮＡは、発現ベクターに配置され得、次いでそれらは、宿主細胞（例えば、免疫グロブリンタンパク質を産生しないサルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞）にトランスフェクトされ、組換え宿主細胞内でのモノクローナル抗体の合成を得る。ＤＮＡはまた、例えば、相同なマウス配列の代わりにヒト重鎖および軽鎖定常ドメインをコードする配列の置換（米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８，８１２−１３（１９９４））によってか、または非免疫グロブリンポリペプチドについてのコード配列のすべてまたは一部の配列をコードする免疫グロブリンへの共有結合的な連結によって改変され得る。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常ドメインに置換され得るか、または本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインに置換され得、キメラ二価抗体を作製する。
【０３６２】
（ヒト化抗体）
本発明のタンパク質抗原に対する抗体は、さらにヒト化抗体またはヒト抗体を含み得る。これらの抗体は、投与された免疫グロブリンに対するヒトの免疫応答を引き起こさないヒトへの投与に適する。抗体のヒト化形態は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または他の抗体の抗原結合配列）であり、それらは主にヒト免疫グロブリンの配列から構成され、そして非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含む。ヒト化は、ヒト抗体の対応する配列で、げっ歯類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列を置換することによって、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者の方法（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６（１９８８））の後に達成され得る。（米国特許第５，２２５，５３９号もまた参照のこと。）いくつかの場合において、ヒト免疫グロブリンのＦｖ骨格（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ）残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、患者の抗体においても、移入されたＣＤＲまたは骨格配列においても見出されない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つの全体、および代表的には２つの可変領域を実質的に含む。これらの領域内で、すべてのまたは実質的にすべてのＣＤＲ領域は非ヒト免疫グロブリンの領域に対応し、そしてすべてまたは実質的にすべての骨格領域はヒト免疫グロブリンコンセンサス配列の領域に対応する。ヒト化抗体はまた、最適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、代表的には、ヒト免疫グロブリンの少なくとも一部を含む（Ｊｏｎｅｓら、１９８６；Ｒｉｅｃｈａｍａｎｎら、１９８８；およびＰｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２））。
【０３６３】
（ヒト抗体）
ＣＤＲを含む軽鎖および重鎖の両方の全体配列がヒト遺伝子から生じる抗体分子に、十分なヒト抗体は、本質的に関連する。このような抗体を、「ヒト抗体」、または「十分なヒト抗体」と本明細書中で呼ぶ。ヒトモノクローナル抗体は、トリオーマ（ｔｒｉｏｍａ）技術によって調製され得る；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｚｂｏｒら、１９８３  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２を参照のこと）およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）。ヒトモノクローナル抗体は、本発明の実行において使用され得、そしてヒトハイブリドーマの使用によってか（Ｃｏｔｅら、１９８３．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８０：２０２６−２０３０を参照のこと）、またはインビトロでのＥｐｓｔｅｉｎ  Ｂａｒｒ  Ｖｉｒｕｓを用いたヒトＢ細胞による形質転換によって（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）産生され得る。
【０３６４】
さらに、ヒト抗体はまた、さらなる技術（ファージディスプレイライブラリー（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１））を含む）を使用して産生され得る。同様に、ヒト免疫グロブリン位置をトランスジェニック動物（例えば、内因性免疫グロブリン遺伝子が、部分的または完全に不活化されているマウス）に導入することによって、ヒト抗体は作製され得る。チャレンジの際にヒト抗体産生が観察され、このことはすべての点（遺伝子再配列、アセンブリ、および抗体レパートリーを含む）でヒトにおいて観察されたものに密接に類似する。このアプローチは、例えば、以下に記載される：米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６１１，０１６号、およびＭａｒｋｓら（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０、７７９−７８３（１９９２））；Ｌｏｎｂｅｒｇら（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８  ８５６−８５９（１９９４））；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８、８１２−１３（１９９４））；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８４５−５１（１９９６））；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８２６（１９９６））；ならびにＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ（Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３  ６５−９３（１９９５））。
【０３６５】
ヒト抗体は、抗原によるチャレンジに応答して動物の内因性抗体よりも十分なヒト抗体を産生するように改変されたトランスジェニック非ヒト動物を使用して、さらに産生され得る。（ＰＣＴ刊行物ＷＯ９４／０２６０２を参照のこと。）非ヒト宿主における免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖をコードする内因性遺伝子は、耐えられなくなっており、そしてヒト重鎖および軽鎖免疫グロブリンをコードする活性な遺伝子座は、宿主のゲノムに挿入される。例えば、要求性ヒトＤＮＡセグメントを含む酵母人工染色体を使用して、ヒト遺伝子は組み込まれる。次いで、すべての所望の改変を提供する動物を、完全な改変の相補体よりもより少ない改変の相補体を含む中間トランスジェニック動物と雑種することによって子孫として得る。このような非ヒト動物の好ましい実施形態は、マウスであり、ＰＣＴ刊行物ＷＯ９６／３３７３５およびＷＯ９６／３４０９６に開示されるようにＸｅｎｏｍｏｕｓｅＴＭと呼ばれる。この動物は、ヒト免疫グロブリンを十分に分泌するＢ細胞を産生する。目的の免疫原を有する免疫後の動物から（例えば、ポリクローナル抗体の調製）、あるいは動物由来の不死化されたＢ細胞（例えば、モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ）から、抗体を直接得ることが可能である。さらに、ヒト可変領域を有する免疫グロブリンをコードする遺伝子は、抗体を直接得るために回復され、そして発現され得るか、または抗体のアナログ（例えば、１本鎖Ｆｖ分子）を得るために、さらに改変され得る。
【０３６６】
内因性免疫グロブリン重鎖の発現を欠く非ヒト宿主（マウスとして例証される）を作製するための方法の例は、米国特許第５，９３９，５９８号に記載される。それを、以下の工程を包含する方法によって得ることが可能である：遺伝子座の再配列を防ぎ、そして再配列された免疫グロブリン重鎖遺伝子座の転写物の形成、および選択マーカーをコードする遺伝子を含む標的ベクターによって影響される欠失を防ぐために、胚幹細胞における少なくとも１つの内因性重鎖遺伝子座由来のＪセグメント遺伝子を欠失する工程；およびトランスジェニックマウス（その体細胞および生殖細胞は、選択マーカーをコードする遺伝子を含む）を、胚幹細胞から作製する工程。
【０３６７】
目的の抗体（例えば、ヒト抗体）を産生する方法は、米国特許第５，９１６，７７１号に開示される。それは以下の工程を包含する：重鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、培養中の１つの哺乳動物宿主細胞に導入する工程、軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、別の哺乳動物宿主細胞に導入する工程、およびハイブリッド細胞を形成するために２つの細胞融合する工程。ハイブリッド細胞は、重鎖および軽鎖を含む抗体を発現する。
【０３６８】
この手順のさらなる改善において、免疫原上の臨床的に関連するエピトープを同定する方法、および関連するエピトープに高い親和性で免疫特異的に結合する抗体を選択する相関方法は、ＰＣＴ刊行物ＷＯ９９／５３０４９に開示される。
【０３６９】
（Ｆａｂフラグメントおよび１本鎖抗体）
本発明に従って、技術は、本発明の抗原性タンパク質に特異的な１本鎖抗体の産生に適用され得る（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照のこと）。さらに、方法は、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築に適用され得（例えば、Ｈｕｓｅら、１９８９  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１を参照のこと）、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログについての所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ効果的な同定を可能にする。タンパク質抗原に対するイディオタイプを含む抗体フラグメント（（ｉ）抗体分子のペプシン消化によって産生されるＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって産生されたＦａｂフラグメント；（ｉｉｉ）パパインおよび還元剤を用いた抗体分子の処理によって産生されたＦａｂフラグメント、および（ｉｖ）Ｆｖフラグメントを含むが、これらに限定ない）は、当該分野で公知の技術によって産生され得る。
【０３７０】
（二重特異的抗体）
二重特異的抗体は、モノクローナル抗体（好ましくはヒトモノクローナル抗体またはヒト化されたモノクローナル抗体）であって、これは少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有する。この場合において、結合特異性の１つは、本発明の抗原性タンパク質に対してである。第２の結合標的は、任意の他の抗原であり、そして有利には細胞表面タンパク質あるいはレセプターまたはレセプターサブユニットである。
【０３７１】
二重特異的抗体を作製する方法は、当該分野で公知である。伝統的に、二重特異的抗体の組換え生成は、２つの免疫グロブリンの重鎖／軽鎖の対の同時発現に基づき、ここでこの２つの重鎖は異なる特異性を有する（ＭｉｌｓｔｅｉｎおよびＣｕｅｌｌｏ、Ｎａｔｕｒｅ，３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリンの重鎖および軽鎖のランダムな組み合わせのために、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０の異なる抗体分子の潜在的混合物を作製し、このうち１つのみが正確な二重特異的構造を有する。この正確な分子の精製は、通常アフィニティークロマトグラフィー工程によって達成される。同様の手順は、１９９３年５月１３日開示のＷＯ９３／０８８２９、およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒら、ＥＭＢＯ  Ｊ．、１０：３６５５−３６５９（１９９１）において開示される。
【０３７２】
所望の結合特異性（抗体−抗原結合部位）を有する抗体可変ドメインは、免疫グロブリン定常領域配列に融合され得る。この融合は、好ましくは免疫グロブリン重鎖定常ドメインを有し、ヒンジ、ＣＨ２、およびＣＨ３領域の少なくとも部分を含む。この融合物中の少なくとも１つに存在する軽鎖結合のために必要な部位を含む第１の重鎖定常領域（ＣＨ１）を有することが好ましい。この免疫グロブリン重鎖融合体、および所望の場合、この免疫グロブリン軽鎖をコードするＤＮＡは、別々の発現ベクターに挿入され、そして適切な宿主生物体に同時トランスフェクトされる。二重特異的抗体の作製のさらなる詳細は、例えば、Ｓｕｒｅｓｈら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１２１：２１０（１９８６）を参照のこと。
【０３７３】
ＷＯ９６／２７０１１に記載される別のアプローチに従って、抗体分子の対の間の界面は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロダイマーのパーセンテージを最大化するために操作され得る。好ましい界面は、抗体定常領域のＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法において、第１の抗体分子の界面からの１つ以上の小さなアミノ酸側鎖は、より大きな側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）で置換される。大きな側鎖についての同一または同様のサイズの代償的な「空洞」は、大きなアミノ酸側鎖を小さなアミノ酸側鎖（例えば、アラニンまたはスレオニン）で置換することによって、第２の抗体分子の界面上に生成される。このことは、ホモダイマーのような他の不必要な最終生成物よりも、ヘテロダイマーの収量を増加するための機構を提供する。
【０３７４】
二重特異的抗体は、全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異的抗体）として調製され得る。抗体フラグメントから二重特異的抗体を作製するための技術は、文献において記載される。例えば、二重特異的抗体は、化学結合を使用して調製され得る。Ｂｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１（１９８５）は、インタクトな抗体がタンパク分解的に切断されてＦ（ａｂ’）２フラグメントを作製する手順を記載する。これらのフラグメントは、ビシナルジチオールを安定化し、そして分子間ジスルフィド形成を阻止するために、ジチオール錯化剤ナトリウム亜ヒ酸塩の存在下で還元される。次いで、この作製されたＦａｂ’フラグメントは、チオニトロベンゾエート（ＴＢＮ）誘導体に変換される。次いで、Ｆａｂ’−ＴＢＮ誘導体の１つは、メルカプトエチルアミンでの還元によってＦａｂ’−チオールに再変換され、そしてこれは等モル量の他のＦａｂ’−ＴＢＮ誘導体と混合されて二重特異的抗体を形成する。生成された二重特異的抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として使用され得る。
【０３７５】
さらに、Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから直接回収され得、そして化学的にカップリングされて二重特異的抗体を形成する。Ｓｈａｌａｂｙら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７５：２１７−２２５（１９９２）は、十分にヒト化された二重特異的抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の生成を記載する。各Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから別々に分泌され、そしてインビトロの化学的カップリングに供され、二重特異的抗体を形成する。従って、形成されたこの二重特異的抗体は、ＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞および正常なヒトＴ細胞に結合し得、そしてヒト胸部腫瘍標的に対するヒト細胞傷害性リンパ球の溶解性活性を誘因し得る。
【０３７６】
組換え細胞培養物から直接二重特異的抗体フラグメントを作製し、そして単離するための種々の技術が記載されてきた。例えば、二重特異的抗体は、ロイシンジッパーを使用して産生される。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）。ＦｏｓおよびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドは、遺伝子融合によって２つの異なる抗体のＦａｂ’部分に結合される。この抗体ホモダイマーは、ヒンジ領域で還元されてモノマーを形成し、次いで再酸化されて抗体ヘテロダイマーを形成する。この方法はまた、抗体ホモダイマーの産生のために使用され得る。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）に記載されるこの「ディアボディー（ｄｉａｂｏｄｙ）」技術は、二重特異的抗体フラグメントを作製するための代替的な機構を提供した。このフラグメントは、短すぎて同じ鎖上の２つのドメインの間を対にできないリンカーによって軽鎖可変領域（ＶＬ）に接続された重鎖可変領域（ＶＨ）を含む。従って、１つのフラグメントのＶＨおよびＶＬドメインは、別のフラグメントの相補的なＶＬおよびＶＨドメインと対になるように強制され、これによって２つの抗原結合部位が形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーの使用によって二重特異的抗体フラグメントを作製するための別のストラテジーもまた、報告されてきた。Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと。
【０３７７】
２つ以上の結合価を有する抗体が意図される。例えば、三重特異的抗体が調製され得る。Ｔｕｔｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
【０３７８】
例示的な二重特異的抗体は、２つの異なるエピトープに結合し得、このうち少なくとも１つは、本発明のタンパク質抗原に起源を有する。あるいは、免疫グロブリン分子の抗抗原性アームは、Ｔ細胞レセプター分子のような白血球（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８、またはＢ７）、あるいはＩｇＧに対するＦｃレセプター（ＦｃγＲ）（例えば、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）およびＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６））上の標的化分子に結合するアームに、特定の抗原を発現する細胞に対する細胞の防御機構に焦点を合わせるように結合され得る。二重特異的抗体はまた、特定の抗原を発現する細胞に対する細胞傷害性因子に指向するために使用され得る。これらの抗体は抗原結合アーム、および細胞傷害性因子または放射性核種キレーター（例えば、ＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、またはＴＥＴＡ）に結合するアームを保有する。目的の別の二重特異的抗体は、本明細書中に記載のタンパク質抗原に結合し、そしてさらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
【０３７９】
（ヘテロ接合体抗体）
ヘテロ接合体抗体はまた、本発明の範囲内である。ヘテロ接合体抗体は、２つの共有結合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不必要な細胞に標的化するために（米国特許第４，６７６，９８０号）、およびＨＩＶ感染の処置のために（ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＥＰ０３０８９）提案されてきた。この抗体（架橋剤を含む抗体を含む）は、インビトロで、合成タンパク質化学において公知の方法を使用して調製され得ることが意図される。例えば、免疫毒素は、ジスルフィド交換反応の使用またはチオエーテル結合の形成によって構築され得る。この目的のための適切な試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデート、ならびに例えば米国特許第４，６７６，９８０号において開示される試薬が挙げられる。
【０３８０】
（エフェクター機能操作）
本発明の抗体を、エフェクター機能について、例えば癌の処置における抗体の効力を増大するように改変することが望ましい。例えば、システイン残基は、Ｆｃ領域に導入され得、これによってこの領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にする。従って、作製されるこのホモダイマー抗体は、改良されたインターナリゼーションの可能性および／または増加した補体媒介細胞死滅、ならびに抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１７６：１１９１−１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照のこと。増大した抗腫瘍活性を有するホモダイマー抗体はまた、Ｗｏｌｆｆら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、５３：２５６０−２６５６（１９９３）に記載されるヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製され得る。あるいは、抗体は操作され得、これは二重のＦｃ領域を有し、そしてこれによって増大した補体溶解およびＡＤＣＣの可能性を有し得る。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎら、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，３：２１９−２３０（１９８９）を参照のこと。
【０３８１】
（免疫接合体）
本発明はまた、細胞傷害性の薬剤（例えば、化学療法剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素学的に活性な毒素、あるいはそれらのフラグメント）、または放射性同位体（すなわち、放射性接合体））に結合した抗体を含む免疫接合体に関する。
【０３８２】
このような免疫接合体の作製において有用な化学療法剤は、上記に記載される。使用され得る酵素学的に活性な毒素およびそれらのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、α−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ−Ｓ）、ツルレイシ（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａ）インヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、ｓｅｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）、およびトリコテセン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎ）が挙げられる。種々の放射性核種は、放射性結合した抗体の作製のために利用可能である。その例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、および１８６Ｒｅが挙げられる。
【０３８３】
抗体および細胞傷害性因子の接合体は、種々の二官能性タンパク質結合因子（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ｉｍｉｎｏｔｈｉｏｌａｎｅ）（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデート  ＨＣＬ）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジルスベレート）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド（ｇｌｕｔａｒｅｌｄｅｈｙｄｅ））、ビスアジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６−ジイソシアネート）、およびビス−活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製され得る。炭素−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への結合のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。
【０３８４】
別の実施形態において、腫瘍の前標的化における利用のために、この抗体は、「レセプター」（例えば、ストレプトアビジン）に結合され得、ここで抗体−レセプター接合体は患者に投与され、続いて除去剤を使用して結合していない接合体が循環から除去され、次いで細胞傷害性因子に次々に結合する「リガンド」（例えば、アビジン）が投与される。
【０３８５】
（免疫リポソーム）
本明細書中に開示される抗体はまた、免疫リポソームとして形成され得る。抗体を含むリポソームは、当該分野で公知の方法（例えば、Ｅｐｓｔｅｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８２：３６８８（１９８５）；Ｈｗａｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、７７：４０３０（１９８０）；および米国特許第４，４８５，０４５号および４，５４４，５４５号に記される）によって調製される。増強された循環時間を有するリポソームは、米国特許第５，０１３，５５６号に記載されている。
【０３８６】
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、およびＰＥＧ−誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を用いる逆層エバポレーション法によって生成され得る。リポソームは、所定の穿孔サイズのフィルターを通して押し出され、所望の直径を有するリポソームが得られる。本発明の抗体のＦａｂ’フラグメントは、Ｍａｒｔｉｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２５７：２８６−２８８（１９８２）に記載されるようにジスルフィド交換反応を介してリポソームに結合体化され得る。化学療法剤（例えば、ドキソルビシン）は、必要に応じてリポソーム内に含まれる。Ｇａｂｉｚｏｎら、Ｊ．Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，８１（１９）：１４８４（１９８９）を参照のこと。
【０３８７】
（本発明のタンパク質に対して特異的な抗体の診断適用）
本発明のタンパク質に特異的な抗体は、タンパク質の局在化および／または定量化に関連する当該分野で公知の方法（例えば、適切な生理学的試料内のタンパク質のレベルを測定するための使用、診断方法における使用、タンパク質の画像化での使用など）で使用され得る。所与の実施形態において、タンパク質、またはその誘導体、フラグメントもしくはホモログに対する抗体（抗原結合ドメインを含む）は、薬理学的に活性な化合物（以下を参照のこと）として利用される。
【０３８８】
本発明のタンパク質に対して特異的な抗体は、標準的な技術（例えば、免疫アフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降）によりタンパク質を単離するために使用される。このような抗体は、細胞から天然のタンパク質抗原を精製すること、および宿主細胞中で発現する組換え産生抗原を精製することを容易にし得る。さらに、このような抗体を使用して、抗原タンパク質の存在比および発現パターンを評価するために抗原タンパク質（例えば、細胞溶解物または細胞上清中）を検出する。タンパク質に対して特異的な抗体を診断的に使用して、例えば、所定の処置レジメンの有効性を決定するために、臨床試験手順の一部として組織中のタンパク質レベルを検出し得る。検出は、検出可能な物質に抗体をカップリングする（すなわち、物理学的に連結する）ことによって容易にされ得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光性物質、生体発光性物質、および放射活性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、ホースラディシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンステラーゼが挙げられ；適切な補欠分子族の複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられ；適切な蛍光物質の例としては、アンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられ；発光性物質の例としては、ルミノールが挙げられ；生体発光性物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが挙げられ、そして適切な放射性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０３８９】
（抗体治療）
本発明の抗体（ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体および十分なヒト抗体を含む）は、治療剤として使用され得る。このような薬剤は、一般に被験体の疾患または病理を処置または予防するために使用される。抗体調製（好ましくは、標的抗原に対して高度な特異性および高度な親和性を有する抗体）は、被験体に投与され、そして一般に標的との結合に起因して効果を有する。このような効果は、所定の抗体分子と問題の標的分子との間の特異的な相互作用の性質に依存して、２種類の効果があり得る。第１の場合、抗体の投与は、天然で結合する内因性リガンドと標的との結合を抑止または阻害し得る。この場合、この抗体は、標的に結合し、そして天然に存在するリガンドの結合部位をマスクし、ここで、このリガンドはエフェクター分子として役立つ。従って、レセプターは、リガンドが応答するシグナル伝達経路を媒介する。
【０３９０】
あるいは、この効果は、この抗体が標的分子上でエフェクター結合部位と結合することによって生理学的結果を惹起する効果であり得る。この場合、この標的（疾患または病理において不在または欠損し得る内因性リガンドを有するレセプター）は、代替エフェクターリガンドとして抗体と結合し、レセプターによってレセプターベースのシグナル伝達事象を開始する。
【０３９１】
本発明の抗体の治療有効量は、一般に、治療目的を達成するために必要とされる量に関連する。上記のように、これは、抗体とその標的抗原との間の結合相互作用であり得、特定の場合にこの標的の機能を妨害し、そして別の場合に生理学的応答を促進する。投与されるべき必要量は、さらに、特異的抗原に対する抗体の結合親和性に依存し、そして投与された抗体が投与される他の被験体の自由体積から除去される速度にも依存する。本発明の抗体または抗体フラグメントの治療有効用量の共通の範囲は、非制限例であるが、約０．１ｍｇ／ｋｇ体重〜約５０ｍｇ／ｋｇ体重であり得る。共通の用量頻度は、例えば、１日に２回〜１週間に１回までの範囲であり得る。
【０３９２】
（抗体の薬学的組成物）
本発明のタンパク質と特異的に結合する抗体および本明細書中に開示されるスクリーニングアッセイによって同定される他の分子は、薬学的組成物の形態で種々の障害の処置のために投与され得る。このような組成物を調製する工程に包含される原理および考察、ならびに成分選択のガイドラインは、以下に提供される：例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  １９版（Ａｌｆｏｎｓｏ  Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏら編）Ｍａｃｋ  Ｐｕｂ．Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．１９９５：Ｄｒｕｇ  Ａｂｓｏｒｐｔｉｏｎ  Ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ：Ｃｏｎｃｅｐｔｓ，Ｐｏｓｓｉｂｌｉｔｉｅｓ，Ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎｓ，Ａｎｄ  Ｔｒｅｎｄｓ，Ｈａｗｏｏｄ  Ａｃａｃｅｍｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｌａｎｇｈｏｒｎｅ，Ｐａ．，１９９４；およびＰｅｐｔｉｄｅ  Ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ（Ａｄｖａｎｃｅｓ  Ｉｎ  Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，第４巻）１９９１，Ｍ．Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ。
【０３９３】
抗原タンパク質が細胞内にあり、そして全抗体がインヒビターとして使用される場合、抗体を内在化することが好ましい。しかし、リポソームをまた使用して、抗体または抗体フラグメントを細胞に送達し得る。抗体フラグメントを使用する場合、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最も小さい阻害フラグメントが好ましい。例えば、抗体の可変領域配列に基づいて、標的タンパク質配列と結合する能力を保持するペプチド分子が設計され得る。このようなペプチドは、化学的に合成され得るかおよび／または組換えＤＮＡ技術によって産生され得る。例えば、Ｍａｒａｓｃｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：７８８９−７８９３（１９９３）を参照のこと。本明細書中の処方物はまた、必要な場合、処理される特定の標識に対して１以上の活性化合物、好ましくは、互いに不利に影響を及ぼさない相補的活性を有する１以上の活性化合物を含み得る。あるいは、またはさらに、この組成物は、例えば、細胞傷害剤、サイトカイン、化学療法剤または増殖阻害剤のような機能を強化する薬剤を含み得る。このような分子は、意図される目的のために有効である量の組合せで適切に存在する。
【０３９４】
この活性成分は、例えば、従来の技術によって、あるいは界面重合化（例えば、ヒドロキシメチルセルロース（コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、およびナノカプセル）中）またはゼラチン−マイクロカプセルおよびポリ−（メチルメタクリレート）マイクロカプセル（マクロエマルジョン中）によって調製されるマイクロカプセル中に包理され得る。
【０３９５】
インビボ投与に使用されるべき処方物は、滅菌されなければならない。これは、滅菌濾過膜を通す濾過によって容易に達成される。
【０３９６】
徐放処方物が調製され得る。徐放処方物は、抗体を含む固体疎水性ポリマーの半透性物質を含み、この処方物は、成形物質（例えば、フィルム、またはマイクロカプセル）の形態である。徐放物質の例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とγエチル−Ｌ−グルタメートのコポリマー、非分解性エチレン−ビニルアセテート、分解可能な乳酸−グリコール酸コポリマー（例えば、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴＴＭ（乳酸−グリコール酸コポリマーおよび酢酸リュープロレリンの注射可能なミクロスフェア））、およびポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。例えば、エチレン−ビニル酢酸および乳酸−グリコール酸のようなポリマーは、１００日以上かけて分子を放出し得るが、特定のヒドロゲルが、より短期間でタンパク質を放出する。
【０３９７】
（ＥＬＩＳＡアッセイ）
検体タンパク質を検出するための薬剤は、検体タンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナルであり得るか、またはより好ましくはモノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ）２）が使用され得る。用語「標識（された）」とは、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をそのプローブもしくは抗体にカップリングさせる（すなわち、物理的に連結する）ことによって、そのプローブまたは抗体を直接標識すること、ならびに、直接標識される別の試薬との反応性によって、そのプローブもしくは抗体を間接的に標識をすることを包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を用いた一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンを用いて検出され得るようにＤＮＡプローブのビオチンを用いた末端標識が挙げられる。用語「生物学的サンプル」とは、被験体から単離された、組織、細胞および生物学的流体ならびに被験体に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図される。従って、血液、および血清、血漿、リンパのフラクションまたは成分は、用語「生物学的サンプル」の使用の中に含まれる。すなわち、本発明の検出方法を用いて、ｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡを、生物学的サンプル中で、インビトロおよびインビボで検出し得る。例えば、検体ｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。検体タンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光が挙げられる。検体ゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。免疫アッセイを実施するための手順は、例えば、以下に記載されている：「ＥＬＩＳＡ；Ｔｈｅｏｒｙ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ」、第４２巻、Ｊ．Ｒ．Ｃｒｏｗｔｈｅｒ（編），Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，１９９５；「Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ」，Ｅ．Ｄｉａｍａｎｄｉｓ  ａｎｄ  Ｔ．Ｃｈｒｉｓｔｏｐｏｕｌｕｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，１９９６；および「Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ａｎｄ  Ｔｈｏｒｙ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ」，Ｐ．Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，１９８５。さらに、タンパク質の検出のためのインビボ技術としては、標識された抗検体タンパク質抗体を被験体に導入することが挙げられる。例えば、その抗体は、放射性マーカーを用いて標識され得る。この被験体における放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像化技術によって検出され得る。
【０３９８】
（ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞）
本発明の別の局面は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、もしくはホモログをコードする核酸を含むベクター、好ましくは発現ベクターに関する。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」は、これが接続された別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。ベクターの１つの型は「プラスミド」であり、これはさらなるＤＮＡセグメントが連結し得る環状の二本鎖ＤＮＡループをいう。ベクターの別の型はウイルス性ベクターであり、ここでさらなるＤＮＡセグメントはこのウイルス性ゲノムに連結され得る。特定のベクターは宿主細胞中で自発的に複製し得、この中に導入される（例えば、細菌の複製起源を有する細菌ベクターおよびエピソームの哺乳類ベクター）。他のベクター（例えば、非エピソーム哺乳類ベクター）は、宿主細胞に導入される際に宿主細胞のゲノムに組み込まれ、そしてこれによって宿主のゲノムと同調して複製される。さらに、特定のベクターは、これが作動可能に連結される遺伝子の発現を指向し得る。このようなベクターは、本明細書中で「発現ベクター」といわれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしばプラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、このプラスミドはベクターの最も一般的に使用される形態であるため、交換可能に使用され得る。しかし、本発明は、ウイルス性ベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス）のような発現ベクターのこのような他の形態を含むことを意図し、これは等価な機能を果たす。
【０３９９】
本発明の組換え発現ベクターは、本発明の核酸を、宿主細胞における核酸の発現に適切な形態で含み、これはこの組換え発現ベクターが、発現のために使用される宿主細胞に基づいて選択される１つ以上の調節配列を含むこと意味し、これは発現される核酸配列に作動可能に連結される。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結」は、目的のヌクレオチド配列が、ヌクレオチド配列の発現を可能にする（例えば、このベクターが宿主細胞に導入される場合、インビトロ転写／翻訳系または宿主細胞において）ような様式で調節配列に連結されることを意味することを意図する。
【０４００】
用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。このような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。調節配列は、多くの型の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指向する配列、および特定の宿主細胞のみにおいてヌクレオチド配列の発現を指向する配列（例えば、組織特異的調節配列）を含む。発現ベクターの設計が形質転換されるべき宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベルなどのような因子に依存し得ることは当業者に理解される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入され、それにより、本明細書に記載されるような核酸によりコードされるタンパク質またはペプチド（融合タンパク質または融合ペプチドを含む）（例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を生成し得る。
【０４０１】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の発現のために設計され得る。例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを用いる）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）においてさらに考察される。あるいは、組換え発現ベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写および翻訳され得る。
【０４０２】
原核生物におけるタンパク質の発現は、最も頻繁には、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを有するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにおいて実行される。融合ベクターは、そこにコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に、多数のアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、代表的には、以下の３つの目的のために役立つ：（ｉ）組換えタンパク質の発現を増加させること；（ｉｉ）組換えタンパク質の溶解度を増加させること；および（ｉｉｉ）親和性精製においてリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製の際に補助すること。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解の切断部位が、融合部分の結合部に導入され、そして融合タンパク質の精製の後に、組換えタンパク質が組換えタンパク質の融合部分から分離されることを可能にする。このような酵素、およびその同族の認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを、それぞれ、標的の組換えタンパク質に融合するｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ；Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｊｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）が挙げられる。
【０４０３】
適切な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ（Ａｍｒａｎｎら（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６９：３０１−３１５）およびｐＥＴ  １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒら、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）６０−８９）が挙げられる。
【０４０４】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化するための１つのストラテジーは、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力が損なわれた宿主細菌中でタンパク質を発現させることである。例えば、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）１１９−１２８を参照のこと。別のストラテジーは、各アミノ酸についての個々のコドンが、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて優先的に利用されるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変更することである（例えば、Ｗａｄａら（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８を参照のこと）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的なＤＮＡ合成技術によって実行され得る。
【０４０５】
別の実施形態において、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ．ｃｅｒｉｖｉｓａｅにおける発現のためのベクターの例には、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉら、（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ  ６：２２９−２３４）、ｐＭＦａ（ＫｕｒｊａｎおよびＨｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、（１９８２）Ｃｅｌｌ  ３０：９３３−９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚら、（１９８７）Ｇｅｎｅ  ５４：１１３−１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、およびｐｉｃＺ（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。
【０４０６】
あるいは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸは、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養された昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）中でタンパク質の発現のために利用可能なバキュロウイルスベクターには、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈら（１９８３）Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ３：２１５６−２１６５）およびｐＶＬシリーズ（ＬｕｃｋｌｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ（１９８９）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １７０：３１−３９）が挙げられる。
【０４０７】
なお別の実施形態において、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞中で発現される。哺乳動物発現ベクターの例には、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ  ３２９：８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳動物細胞中で使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルスの調節エレメントによって提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、およびシミアンウイルス４０に由来する。原核生物細胞および真核生物細胞の両方のための他の適切な発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６章および第１７章を参照のこと。
【０４０８】
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型（例えば、組織特異的調節エレメントを使用して核酸を発現する）中で優先的に核酸の発現を指向し得る。組織特異的調節エレメントは、当該分野で公知である。適切な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５−２７５）、特に、Ｔ細胞レセプタープロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ  Ｊ．８：７２９−７３３）および免疫グロブリン（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７４１−７４８）のプロモーター、ニューロン特異的プロモーター（例えば、ニューロフィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、および乳腺特異的プロモーター（例えば、ミルク乳清プロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されるプロモーターもまた含まれる（例えば、マウスホックス（ｍｕｒｉｎｅ  ｈｏｘ）プロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３７４−３７９）およびα−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．３：５３７−５４６）。
【０４０９】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。すなわち、そのＤＮＡ分子は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写によって）を可能にする様式で調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型におけるアンチセンスＲＮＡ分子の連続的な発現を指向する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結される調節配列が選択され得る。例えば、アンチセンスＲＮＡの構成的発現、組織特異的発現、または細胞型特異的発現を指向する、ウイルスプロモーターおよび／もしくはエンハンサー、または調節配列が選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得、ここではアンチセンス核酸は、高効率調節領域の制御下で産生され、その活性は、ベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の議論については、例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ」、Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１巻（１）１９８６を参照のこと。
【０４１０】
本発明の別の局面は、本発明の組換え発現ベクターが導入された宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の対象の細胞をいうのみでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をいうことが理解される。変異または環境的影響のいずれかに起因して、特定の改変は次の世代において存在し得るので、このような子孫は、実際、親の細胞と同一でないかもしれないが、なお、本明細書中で使用されるような用語の範囲内に含まれる。
【０４１１】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、ヒトチャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはＣＯＳ細胞）で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０４１２】
ベクターＤＮＡは、従来的な形質転換またはトランスフェクション技術を介して原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞中に導入するための当該分野で認識される種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが含まれる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするための適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）および他の実験室マニュアルに見出され得る。
【０４１３】
哺乳動物細胞の安定なトランスフェクションについては、使用される発現ベクターおよびトランスフェクション技術に依存して、細胞のほんの一部のみが外来ＤＮＡをそのゲノム中に組み込み得ることが知られている。これらの要素を同定および選択するために、選択マーカー（例えば、抗生物質に対する耐性）をコードする遺伝子が、一般的には目的の遺伝子とともに宿主細胞に導入される。種々の選択マーカーには、薬物に対する耐性を付与するマーカー（例えば、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、およびメトトレキセート）が含まれる。選択マーカーをコードする核酸は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸをコードするベクターと同じベクター上で宿主細胞に導入され得るか、あるいは別々のベクター上で導入され得る。導入された核酸とともに安定にトランスフェクトされる細胞は、薬物選択によって同定され得る（例えば、選択マーカー遺伝子を取り込んだ細胞は生存するが、他の細胞は死滅する）。
【０４１４】
本発明の宿主細胞（例えば、培養中の原核生物宿主細胞および真核生物宿主細胞）は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質を産生（すなわち、発現）するために使用され得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質を産生するための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質が産生されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞（ここに、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、培地または宿主細胞からＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質を単離する工程を包含する。
【０４１５】
（トランスジェニックＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ動物）
本発明の宿主細胞はまた、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得る。例えば、１つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質コード配列が導入される、受精した卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、このような宿主細胞は、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得、ここで外因性のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列は、それらのゲノムまたは相同組換え動物（ここで内因性のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列が変更されている）に導入される。このような動物は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の機能および／または活性を研究するため、およびＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質の活性のモジュレーターを同定および／または評価するために有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」とは、非ヒト動物、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのような齧歯動物であり、ここでこれらの動物の１つ以上の細胞は、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例には、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などを含む。導入遺伝子は、細胞のゲノムに組み込まれ（この細胞からトランスジェニック動物が発生する）、そして成熟動物のゲノムに残存する外因性のＤＮＡであり、それによって、このトランスジェニック動物の１つ以上の細胞型または組織においてコード遺伝子産物の発現を指向する。本明細書中で使用される場合、「相同組換え動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物、より好ましくはマウスであり、ここで、内因性ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ遺伝子は、この内因性の遺伝子と、動物の発生の前に動物の細胞（例えば、動物の胚細胞）に導入された外因性ＤＮＡ分子との間の相同組換えによって、変更されている。
【０４１６】
本発明のトランスジェニック動物は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸをコードする核酸を、（例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって）受精卵母細胞の雄性前核に導入すること、およびその卵母細胞を偽妊娠雌性養育動物（ｆｏｓｔｅｒ  ａｎｉｍａｌ）中で発達させることによって作製され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９のヒトのＳＥＣＸ  ｃＤＮＡ配列および／またはＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ配列は、非ヒト動物のゲノムに導入遺伝子として導入され得る。あるいは、ヒトのＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログ（例えば、マウスのＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子）は、ヒトのＳＥＣＸ  ｃＤＮＡおよび／またはＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ（上記にさらに記載された）に対するハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた導入遺伝子中に含まれ得、その導入遺伝子の発現の効率を増大させ得る。組織特異的調節配列（単数または複数）は、特定の細胞に対して、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の発現を指示するように、ＳＥＣＸ導入遺伝子および／またはＮＯＶＸ導入遺伝子に作動可能に連結され得る。胚の操作およびマイクロインジェクションを介してトランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を作製するための方法は、当該分野で慣習的になっており、そして例えば、米国特許第４，７３６，８６６号；同第４，８７０，００９号；および同第４，８７３，１９１号；ならびにＨｏｇａｎ  １９８６、ＭＡＮＩＰＵＬＡＴＩＮＧ  ＴＨＥ  ＭＯＵＳＥ  ＥＭＢＲＹＯ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。同様の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニック創始（ｆｏｕｎｄｅｒ）動物は、そのゲノムにおけるＳＥＣＸ導入遺伝子および／またはＮＯＶＸ導入遺伝子の存在および／またはその動物の組織もしくは細胞中のＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／またはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの発現に基づいて同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物は、その導入遺伝子を有するさらなる動物を育種するために使用され得る。さらに、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物と交雑され得る。
【０４１７】
相同組換え動物を作製するために、ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子の少なくとも一部を含むベクターを調製する。ここで、このＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子は、欠失、付加、または置換が導入され、それによってそのＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子が改変されている（例えば、機能的に破壊されている）。ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子は、ヒト遺伝子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９のｃＤＮＡ）であり得るが、より好ましくは、ヒトのＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９のヒトのＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子のマウスホモログは、マウスゲノムにおける内因性のＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子を改変するのに適切な相同組換えベクターを構築するために使用され得る。１つの実施形態において、そのベクターは、相同組換えに際して、その内因性のＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子が、機能的に破壊される（すなわち、機能的タンパク質をもはやコードしない）ように設計される（「ノックアウト」ベクターともいわれる）。
【０４１８】
あるいは、このベクターは、相同組換えに際して、内因性のＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子が変異されるか、あるいはさもなければ、改変されるが、なお機能性タンパク質をコードするように、設計され得る（例えば、上流の調節領域が改変され、それによって内因性のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の発現を改変し得る）。相同組換えベクターにおいて、ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子の改変された部分は、ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子のさらなる核酸によって、その５’末端および３’末端で隣接されることにより、相同組換えが、ベクターによって保有される外因性のＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子と胚性幹細胞中の内因性のＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子との間で起こることを可能にする。さらなる隣接するＳＥＣＸ核酸および／またはＮＯＶＸ核酸は、その内因性遺伝子との首尾よい相同組換えのために十分な長さである。典型的に、数キロベースの隣接ＤＮＡ（５’末端および３’末端の両方における）が、そのベクターに含まれる。例えば、相同組換えベクターの説明について、Ｔｈｏｍａｓら（１９８７）Ｃｅｌｌ  ５１：５０３を参照のこと。次いで、このベクターは、（例えば、エレクトロポレーションによって）胚性幹細胞株に導入され、そして導入されたＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子が内因性ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子と相同組換えした細胞が、選択される。例えば、Ｌｉら（１９９２）Ｃｅｌｌ  ６９：９１５を参照のこと。
【０４１９】
次いで、選択された細胞が、動物（例えば、マウス）の胚盤胞へ注入され、凝集キメラを形成する。例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ（１９８７）のＴＥＲＡＴＯＣＡＲＣＩＮＯＭＡＳ  ＡＮＤ  ＥＭＢＲＹＯＮＩＣ  ＳＴＥＭ  ＣＥＬＬＳ：Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ、Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ編、ＩＲＬ、Ｏｘｆｏｒｄ、１１３頁〜１５２頁を参照のこと。次いで、キメラ胚が、適切な偽妊娠雌性養育動物に移植され得、そしてその胚は分娩に到る。その生殖細胞中に相同組換えされたＤＮＡを保有する子孫が、動物を育種するために使用され得、ここでこの動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖系列伝達によって、相同組換えされたＤＮＡを含む。相同組換えベクターおよび相同組換え動物を構築するための方法が、さらに以下に記載される：Ｂｒａｄｌｅｙ（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２：８２３−８２９；ＰＣＴ国際公開番号：ＷＯ９０／１１３５４；ＷＯ９１／０１１４０；ＷＯ９２／０９６８；およびＷＯ９３／０４１６９。
【０４２０】
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含む非ヒトトランスジェニック動物が、産生され得る。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系の説明については、例えば、Ｌａｋｓｏら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：６２３２−６２３６を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である。Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５１：１３５１−１３５５を参照のこと。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系が、導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が必要となる。このような動物は、例えば、２つのトランスジェニック動物（一方は選択されたタンパク質をコードする導入遺伝子を含み、他方はリコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含む）を交配することによる「二重」トランスジェニック動物の構築によって提供され得る。
【０４２１】
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンがまた、Ｗｉｌｍｕｔら（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ  ３８５：８１０−８１３に記載される方法に従って、産生され得る。簡単には、トランスジェニック動物から細胞（例えば、体細胞）が単離され得、そして成長サイクルから出て、Ｇ０期に入るように誘導され得る。次いで、静止細胞が、例えば、電気パルスの使用により、その静止細胞が単離されたのと同種の動物由来の除核された卵母細胞へ融合され得る。次いで、この再構築された卵母細胞は培養され、これにより、これは桑実胚または胚盤胞に発達し、次いで、偽妊娠雌性養育動物に移される。この雌性養育動物から産まれた子孫は、その細胞（例えば、その体細胞）が単離された動物のクローンである。
【０４２２】
（薬学的組成物）
本発明のＳＥＣＸ核酸分子および／またはＮＯＶＸ核酸分子、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質、および抗ＳＥＣＸ抗体および／または抗ＮＯＶＸ抗体（これはまた、本明細書中で、「活性化合物」とも呼ばれる）、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、およびホモログが、投与に適した薬学的組成物に組み込まれ得る。このような組成物は、典型的に、この核酸分子、タンパク質または抗体、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的な投与に適合性の、任意および全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗細菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤（ｄｅｌａｙｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）などを包含することが意図される。適切なキャリアは、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（当該分野の標準的教科書であって、本明細書中に参考として援用される）の最新版に記載される。このようなキャリアまたは希釈剤の好ましい例としては、水、生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられるが、これらに限定されない。リポソームおよび非水性ビヒクル（例えば、不揮発性油）もまた、使用され得る。薬学的に活性な物質に対するこのような媒体および薬剤の使用は、当該分野で周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除いて、組成物におけるその使用が企図される。補助的な活性化合物もまた、組成物へ組み込まれ得る。
【０４２３】
本発明の薬学的組成物は、その意図される投与経路と適合性であるように処方される。投与経路の例としては、非経口（例えば、静脈内、皮内、皮下）投与、経口（例えば、吸入）投与、経皮（すなわち、局所的）投与、経粘膜投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：注射用水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒のような、滅菌希釈剤；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような、抗細菌剤；アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウムのような、抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）のような、キレート剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝液、および塩化ナトリウムまたはデキストロースのような、張度の調整のための薬剤。ｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基で調整され得る。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または複数の用量バイアル中に入れられ得る。
【０４２４】
注入用途に適した薬学的組成物は、滅菌水溶液（ここでは、水溶性）または分散物、および滅菌注入可能溶液または分散物の即座の調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与のために、適切なキャリアには、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、組成物は、無菌でなければならず、そして容易な注入性（ｓｙｒｉｎｇｅａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度に流動性であるべきである。これは、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして、細菌および真菌のような微生物の汚染行為に対して保護されなければならない。このキャリアは、例えば、以下を含む溶媒または分散媒体であり得る：水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）ならびにそれらの適切な混合物。適切な流動性が、例えば、レシチンのようなコーティングの使用によって、分散物の場合には、要求される粒子サイズを維持することによって、および界面活性剤を使用することによって、維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗細菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合、組成物中に等張剤（例えば、糖、ポリアルコール（例えば、マンニトール、ソルビトール）、塩化ナトリウム）を含むことが好ましい。注入可能組成物の長期吸収は、組成物に吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を含ませることによってもたらされ得る。
【０４２５】
滅菌注射可能溶液は、必要量のこの活性化合物（例えば、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質または抗ＳＥＣＸ抗体および／または抗ＮＯＶＸ抗体）を、適切な溶媒中に、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせと共に取り込み、必要な場合、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般的に、分散物は、活性化合物を、基本の分散媒体と上記で列挙される成分から必要とされる他の成分とを含む滅菌ビヒクル中へ取り込むことによって調製される。滅菌注射可能溶液の調製のための滅菌粉末の場合において、調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、予め滅菌濾過されたその溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０４２６】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤へと圧縮され得る。経口治療投与の目的のために、この活性化合物は、賦形剤とともに取り込まれ得、そして錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、マウスウォッシュとしての使用のために流体キャリアを使用して調製され得、ここで、この流体キャリア中のこの化合物は、経口的に適用され、そして音を立てられ（ｓｗｉｓｈ）、そして吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および／またはアジュバント物質が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分または同様の性質を有する化合物のいずれかを含み得る：結合剤（例えば、微結晶セルロース、ガムトラガントまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸、プリモゲル（Ｐｒｉｍｏｇｅｌ）、またはコーンスターチ）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはステロテス（Ｓｔｅｒｏｔｅｓ））；潤滑剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味剤（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは矯味矯臭剤（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香味料）。
【０４２７】
吸入による投与について、この化合物は、適切な噴霧剤（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む圧縮容器またはディスペンサー、あるいは噴霧器から、エアロゾル噴霧の形態で送達される。
【０４２８】
全身的投与はまた、経粘膜手段または経皮手段によってであり得る。経粘膜投与または経皮投与について、浸透されるべき障壁に適切な浸透剤が、処方物において使用される。このような浸透剤は、一般的に、当該分野で公知であり、そして、例えば、経粘膜投与については、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻噴霧または坐剤の使用によって達成され得る。経皮投与については、この活性化合物は、当該分野で一般的に公知である軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム剤へ処方される。
【０４２９】
この化合物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤基剤と共に）または貯留（ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ）浣腸の形態で調製され得る。
【０４３０】
１つの実施形態において、この活性化合物は、身体からの迅速な排出に対してこの化合物を保護するキャリアを用いて調製され（例えば、制御放出処方物）、これには、移植片およびマイクロカプセル化された送達系が挙げられる。酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性の生体適合性ポリマーが使用され得る。このような処方物の調製のための方法は、当業者には明らかである。これらの物質はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手され得る。リポソーム懸濁物（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を、感染細胞を標的とするリポソームを含む）もまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０４３１】
投与の容易さおよび投薬量の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態は、処置される被験体に対する単位投薬量として適切な物理的に個々の単位をいい；各単位は、必要とされる薬学的キャリアと関連して所望の治療的効果を生じるように計算された、所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、この活性化合物の固有の特徴、および達成される特定の治療効果、ならびに個体の処置のためにこのような活性化合物を調合する分野に固有の制限によって決定されるか、あるいはこれらに直接依存する。
【０４３２】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、被験体へ、例えば静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）によって、または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中の遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれている徐放性マトリックスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞からインタクトで産生され得る場合（例えば、レトロウイルスベクター）、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１以上の細胞を含み得る。
【０４３３】
薬学的組成物は、投与のための使用説明書と共に、容器、包装、またはディスペンサーに含まれ得る。
【０４３４】
（スクリーニング方法および検出方法）
本発明の単離された核酸分子は、以下にさらに説明されるように、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質を（例えば、遺伝子治療適用における宿主細胞中の組換え発現ベクターを介して）発現するため、（例えば、生物学的サンプルにおける）ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子における遺伝子損傷を検出するため、ならびにＳＥＣＸ活性および／またはＮＯＶＸ活性を調節するために使用され得る。さらに、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質は、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の活性または発現を調節する薬物または化合物をスクリーニングするために、ならびにＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の不十分もしくは過剰な産生によって、あるいはＳＥＣＸ野生型タンパク質および／またはＮＯＶＸ野生型タンパク質と比較して減少した活性もしくは異常な活性を有するＳＥＣＸタンパク質形態および／またはＮＯＶＸタンパク質形態の産生によって特徴付けられる障害（例えば；糖尿病（インスリン放出を調節する）；肥満（脂質を結合および輸送する）；肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、ならびに拒食症および慢性疾患および種々の癌に関連する消耗性障害、および感染性疾患（抗微生物活性を有する）、および種々の異脂肪血症）を処置するために、使用され得る。さらに、本発明の抗ＳＥＣＸ抗体および／または抗ＮＯＶＸ抗体は、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質を検出および単離するため、ならびにＳＥＣＸ活性および／またはＮＯＶＸ活性を調節するために、使用され得る。なおさらなる局面において、本発明は、正の様式および負の様式の両方で、食欲、栄養の吸収、および代謝基質の処理に影響するための方法において用いられ得る。
【０４３５】
本発明は、さらに、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される新規の薬剤、および上記に本明細書中で記載されるような処置のためのそれらの使用に関する。
【０４３６】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、モジュレーター、すなわち、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質に結合するか、あるいは、例えば、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の発現またはＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、候補化合物もしくは候補薬剤または試験化合物もしくは試験薬剤（例えば、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子または他の薬物）を同定するための方法（本明細書中において「スクリーニングアッセイ」とも称される）を提供する。本発明はまた、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定された化合物を含む。
【０４３７】
１実施形態において、本発明は、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質またはＳＥＣＸポリペプチドおよび／またはＮＯＶＸポリペプチド、あるいはその生物学的に活性な部分の膜結合形態に結合するか、またはその膜結合形態の活性を調節する、候補化合物もしくは試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー法における多数のアプローチのいずれかを使用して得られ得、これには、以下が挙げられる：生物学的ライブラリー；空間的に位置付け可能な並行固相ライブラリーもしくは溶液相ライブラリー；逆重畳（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｉｏｎ）を要する合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチはペプチドライブラリーに限定されるが、他の４つのアプローチは、ペプチド、非ペプチドオリゴマーもしくは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である。例えば、Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  １２：１４５を参照のこと。
【０４３８】
本明細書中で使用される場合、「低分子」とは、約５ｋＤ未満の分子量、そして最も好ましくは約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物をいうように意味される。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質または他の有機分子もしくは無機分子であり得る。化学的混合物および／または生物学的混合物（例えば、真菌抽出物、細菌抽出物または藻類抽出物）のライブラリーは、当該分野で公知であり、そして本発明のアッセイのいずれかを用いてスクリーニングされ得る。
【０４３９】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当該分野において、例えば以下に見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６９０９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３。
【０４４０】
化合物のライブラリーは、溶液中（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、あるいはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌上（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子上（Ｌａｄｎｅｒ  米国特許第５，２３３，４０９号）、プラスミド上（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６３７８〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号）において提示され得る。
【０４４１】
１つの実施形態において、アッセイは細胞ベースのアッセイであり、ここで、膜結合形態のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上に発現する細胞が、試験化合物と接触され、そしてこの試験化合物が、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質に結合する能力が、決定される。例えば、細胞は、哺乳動物起源または酵母細胞であり得る。この試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質に結合する能力の決定は、例えば、その試験化合物を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせて、その結果、この試験化合物のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に対する結合が、複合体におけるその標識化合物を検出することによって決定され得ることによって、達成され得る。例えば、試験化合物は、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで直接的または間接的のいずれかで標識され得、そしてその放射性同位体が、放射線放射の直接の計数により、またはシンチレーション計数により、検出され得る。あるいは、試験化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そしてこの酵素的標識が、適切な基質の生成物への転換を測定することにより、検出され得る。１つの実施形態において、このアッセイは、膜結合形態のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質、またはその生物学的に活性な部分をその細胞表面上に発現する細胞を、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸと結合する既知の化合物と接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物に試験化合物を接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０４４２】
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、これは、膜結合形態のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上で発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物が、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物が、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調節する能力の決定は、例えば、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質が、ＳＥＣＸ標的分子および／またはＮＯＶＸ標的分子に結合する能力またはこれら標的分子と相互作用する能力を決定することによって、達成され得る。本明細書中において使用する場合には、「標的分子」とは、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質が天然に結合または相互作用する分子であり、例えば、ＳＥＣＸ相互作用タンパク質および／またはＮＯＶＸ相互作用タンパク質を発現する細胞表面上の分子、第二の細胞表面上の分子、細胞外環境中の分子、細胞膜の内面と会合する分子、または細胞質分子である。ＳＥＣＸ標的分子および／またはＮＯＶＸ標的分子は、非ＳＥＣＸ分子および／または非ＮＯＶＸ分子あるいは本発明のＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質またはＳＥＣＸポリペプチドおよび／もしくはＮＯＶＸポリペプチドであり得る。１つの実施形態において、ＳＥＣＸ分子標的および／またはＮＯＶＸ標的分子は、シグナル伝達経路の構成要素であり、これは、細胞膜を通る細胞内への細胞外シグナル（例えば、化合物が膜結合ＳＥＣＸ分子および／または膜結合ＮＯＶＸ分子に結合することにより発生するシグナル）の伝達を促進する。その標的は、例えば、触媒活性を有する第二の細胞内タンパク質、または下流シグナル伝達分子とＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸとの会合を容易にするタンパク質であり得る。
【０４４３】
ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質がＳＥＣＸ標的分子および／またはＮＯＶＸ標的分子に結合するかあるいはその標的分子と相互作用する能力の決定は、直接的結合を決定するための上記方法の１つにより、達成され得る。１つの実施形態において、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質がＳＥＣＸ標的分子および／またはＮＯＶＸ標的分子に結合するかあるいはその標的分子と相互作用する能力の決定は、その標的分子の活性を決定することにより、達成され得る。例えば、この標的分子の活性は、その標的の細胞性セカンドメッセンジャー（すなわち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）の誘導を検出すること、適切な基質に対する標的の触媒活性／酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（検出可能なマーカー（例えば、ルシフェラーゼ）をコードする核酸に作動可能に連結されたＳＥＣＸ応答性調節エレメントおよび／またはＮＯＶＸ応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出すること、または細胞応答（例えば、細胞生存度、細胞分化、または細胞増殖）を検出することにより、決定され得る。
【０４４４】
なお別の実施形態において、本発明のアッセイは、無細胞（ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ）アッセイであり、ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物の、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質への結合は、上記のように、直接的または間接的のいずれかで決定され得る。１つのこのような実施形態において、このアッセイは、ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸを結合する既知の化合物に接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０４４５】
なお別の実施形態において、アッセイは、無細胞アッセイであり、ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させる工程、ならびにその試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物がＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性を調節する能力を決定する工程は、例えば、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質が、ＳＥＣＸ標的分子および／またはＮＯＶＸ標的分子に結合する能力を、直接的結合の決定のための上記方法の１つによって決定することにより、達成され得る。代替の実施形態において、この試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の活性を調節する能力を決定する工程は、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質が、ＳＥＣＸ標的分子および／またはＮＯＶＸ標的分子をさらに調節する能力を決定することにより、達成され得る。例えば、適切な基質に対するこの標的分子の触媒活性／酵素活性は、上記のように決定され得る。
【０４４６】
さらに別の実施形態において、無細胞アッセイは、ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質を結合する既知の化合物に接触させてアッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質が、ＳＥＣＸ標的分子および／もしくはＮＯＶＸ標的分子と優先的に結合するかまたはその標的分子の活性を優先的に調節する能力を決定することを包含する。
【０４４７】
本発明の無細胞アッセイは、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の、可溶性形態または膜結合形態の両方の使用に受け入れられる。膜結合形態のＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の膜結合形態が溶液中に維持されるように、可溶化剤を利用することが所望され得る。このような可溶化剤の例には、非イオン性界面活性剤が挙げられ、例えば、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ  ｅｔｈｅｒ）ｎ、Ｎ−ドデシル−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳ）、または３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳＯ）である。
【０４４８】
本発明の上記アッセイ方法の１つより多い実施形態において、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子のいずれかを固定して、それらのタンパク質の一方または両方の非複合体形態からの複合体形態の分離を促進し、そしてそのアッセイの自動化に適合させることが、所望され得る。候補化合物の存在下および非存在下での、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合、またはＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するために適切な任意の容器内で、達成され得る。このような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、および微小遠心管が挙げられる。１実施形態において、そのタンパク質の一方または両方がマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、ＧＳＴ−ＳＥＣＸ融合タンパク質および／もしくはＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質またはＧＳＴ標的融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いでこれらは、試験化合物と合わせられるか、あるいは試験化合物と未吸着標的タンパク質またはＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質のいずれかとが合わされ、そしてこの混合物が、複合体形成を誘導する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートされる。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルを洗浄して、結合していないあらゆる成分を除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定し、例えば上記のように、複合体を直接的または間接的のいずれかで決定する。あるいは、複合体がマトリックスから解離され得、そしてＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質の結合レベルまたは活性レベルを、標準的な技術を使用して決定し得る。
【０４４９】
タンパク質をマトリックスに固定するための他の技術もまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質、またはその標的分子のいずれかが、ビオチンとストレプトアビジンとの結合を利用して、固定され得る。ビオチン化ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはビオチン化ＮＯＶＸタンパク質、またはビオチン化標的分子は、当該分野において周知の技術（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から調製され得、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルに固定され得る。あるいは、ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性であるがＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体が、そのプレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的またはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質が、抗体の結合によってウェル内に捕捉され得る。このような複合体を検出するための方法には、ＧＳＴ固定複合体に関して上記で述べた方法に加えて、ＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する複合体の免疫検出、ならびにＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質または標的分子に関連する酵素活性の検出に依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
【０４５０】
別の実施形態において、ＳＥＣＸタンパク質発現および／またはＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレーターは、細胞を候補化合物と接触させ、そして細胞中のＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現を決定する方法において同定される。候補化合物の存在下でのＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルが、候補化合物の非存在下でのＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレーターとして同定され得る。例えば、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下における方が大きい（すなわち、統計的に有意に大きい）場合、この候補化合物は、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現の刺激物質として同定される。あるいは、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりその存在下の方が少ない（統計的に有意に少ない）場合、この候補化合物は、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現のインヒビターとして同定される。細胞中のＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質の発現レベルは、ＳＥＣＸ  ｍＲＮＡおよび／もしくはＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはＳＥＣＸタンパク質および／もしくはＮＯＶＸタンパク質を検出するために本明細書中に記載の方法によって決定され得る。
【０４５１】
本発明のなお別の局面において、ＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら（１９９３）Ｃｅｌｌ  ７２：２２３−２３２；Ｍａｄｕｒａら、１９９３  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６−１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら、１９９３  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０−９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら、１９９３  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）において「餌（ベイト）（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸに結合するかまたはこれと相互作用し、そしてＳＥＣＸ活性および／またはＮＯＶＸ活性を調節する他のタンパク質（「ＳＥＣＸ結合タンパク質および／またはＮＯＶＸ結合タンパク質」または「ＳＥＣＸ−ｂｐおよび／またはＮＯＶＸ−ｂｐ」）を同定し得る。このようなＳＥＣＸ結合タンパク質および／またはＮＯＶＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＳＥＣＸ経路および／またはＮＯＶＸ経路の上流エレメントまたは下流エレメントとしてＳＥＣＸタンパク質および／またはＮＯＶＸタンパク質によるシグナル増幅に関与する可能性がある。
【０４５２】
ツーハイブリッド系は、分離可能なＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる、大部分の転写因子のモジュール的性質に基づく。簡潔には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。一方の構築物においては、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸをコードする遺伝子が既知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他方の構築物においては、ＤＮＡ配列のライブラリー由来の、未同定タンパク質（「餌食（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列が、既知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「餌」および「餌食」タンパク質がインビボで相互作用して、ＳＥＣＸ依存性複合体および／またはＮＯＶＸ依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、非常に近接している。近接していることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写が可能となる。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが、単離され得、そしてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸと相互作用するタンパク質をコードするクローニングされた遺伝子を得るために使用され得る。
【０４５３】
本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイにより同定される新規な薬剤および本明細書中に記載されるような処置のためのこの薬剤の使用に関する。
【０４５４】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定されるｃＤＮＡ配列の一部またはフラグメント（および対応する完全な遺伝子配列）は、ポリヌクレオチド試薬として多くの方法で使用され得る。例えば、これらの配列を使用して、（ｉ）染色体上のそれらの個々の遺伝子をマッピングし得；従って遺伝病と関連する遺伝子領域を位置決定し得る；（ｉｉ）微量の生物学的サンプルから個体を同定し得る（組織型決定）；および（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的識別を助け得るが、これらに限定されない。これらの適用のいくつかは、以下の節において記載される。
【０４５５】
（染色体マッピング）
一旦、遺伝子の配列（または配列の一部分）が単離されると、この配列を用いて、染色体上の遺伝子の位置をマッピングし得る。このプロセスは、染色体マッピングとよばれる。従って、ＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列の配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９の一部またはフラグメント、またはそのフラグメントもしくは誘導体を用いて、ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子の位置を染色体上にそれぞれ、マッピングし得る。ＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列を染色体にマッピングすることは、これらの配列と、疾患と関連する遺伝子とを相関付ける際の重要な第一歩である。
【０４５６】
要するに、ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子は、ＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列からＰＣＲプライマー（好ましくは、１５〜２５ｂｐの長さ）を調製することにより染色体にマッピングし得る。ＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列のコンピューター分析を用いて、ゲノムＤＮＡにある１つを超えるエキソンにまたがらないプライマーを迅速に選択し得、従って、増幅プロセスを入り組ませ得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングのために使用され得る。ＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列に対応するヒト遺伝子を含むハイブリッドのみが増幅されたフラグメントを生じる。
【０４５７】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞（例えば、ヒトおよびマウス細胞）を融合することにより調製される。ヒト細胞とマウス細胞とのハイブリッドが増殖および分裂するにつれ、それらは、無作為な順序で徐々にヒト染色体を失うが、マウス染色体を維持する。特定の酵素を欠くのでマウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を使用することにより、必要な酵素をコードする遺伝子を含む１つのヒト染色体が維持される。種々の培地を使用することによって、ハイブリッド細胞株のパネルが確立され得る。パネルにおける各細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体いずれかおよびマウス染色体の完全なセットを含み、これにより、個々の遺伝子を特定のヒト染色体に容易にマッピングすることが可能になる（例えば、Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２０：９１９−９２４を参照のこと）。ヒト染色体のフラグメントのみを含む体細胞ハイブリッドはまた、転座および欠失を伴うヒト染色体を使用することにより生成され得る。
【０４５８】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の染色体に特定の配列を割り当てるための迅速な手順である。単一のサーマルサイクラーを用いて一日に３つ以上の配列が割り当てられ得る。ＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列を使用して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計すると、下位位置決定（ｓｕｂｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）は、特定の染色体由来のフラグメントのパネルを用いて達成され得る。
【０４５９】
中期染色体スプレッドに対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに使用して、一工程で正確な染色体位置を提供し得る。染色体スプレッドは、（紡錘体を破壊する）コルセミドのような化学物質により分裂が中期においてブロックされた細胞を使用して作製され得る。この染色体は、トリプシンで短時間処理され得、次いで、ギムザ染色され得る。薄いバンドおよび濃いバンドのパターンが各染色体で発生し、その結果、この染色体は、個々に同定され得る。ＦＩＳＨ技術は、５００または６００塩基ほどの短さのＤＮＡ配列と共に使用され得る。しかし、１，０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で、特有の染色体位置に結合する可能性がより高い。好ましくは、１，０００塩基、そしてより好ましくは、２，０００塩基が妥当な時間量で良好な結果を得るために十分である。この技術の総説については、Ｖｅｒｍａら、ＨＵＭＡＮ  ＣＨＲＯＭＯＳＯＭＥＳ：Ａ  ＭＡＮＵＡＬ  ＯＦ  ＢＡＳＩＣ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ（Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８８）を参照のこと。
【０４６０】
染色体マッピング用の試薬は、単一の染色体またはその染色体上の単一部位をマークするために個々に使用され得るか、または試薬のパネルが複数部位および／または複数染色体をマークするために使用され得る。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、実際に、マッピング目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内により保存されやすく、従って、染色体マッピングの間に交叉ハイブリダイゼーションの機会が増大する。
【０４６１】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、その配列の染色体上の物理的位置は、遺伝子マップデータと関連付けられ得る。このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，ＭＥＮＤＥＬＩＡＮ  ＩＮＨＥＲＩＴＡＮＣＥ  ＩＮ  ＭＡＮ（Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｗｅｌｃｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙを通じてオンラインで入手可能）において見いだされる。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）によって同定され得る。
【０４６２】
さらに、ＳＥＣＸ遺伝子および／またはＮＯＶＸ遺伝子と関連する疾患に罹患した個体と、この疾患に罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における差異が決定され得る。罹患した個体のいくらかまたは全てにおいて変異が認められるが、非罹患個体のいずれにおいても認められない場合、この変異は特定の疾患の候補因子である可能性が高い。罹患個体と非罹患個体の比較は、一般に、染色体における構造的変化（例えば、染色体スプレッドから可視であるか、またはそのＤＮＡ配列に基づいたＰＣＲを用いて検出可能な欠失または転座）を最初に探すことを包含する。最終的に、いくらかの個体に由来する遺伝子の完全な配列決定を行って、変異の存在を確認し、かつ多型と変異とを区別し得る。
【０４６３】
（組織型決定（ｔｉｓｓｕｅ  ｔｙｐｉｎｇ））
本発明のＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列はまた、わずかな生物学的サンプルから個体を識別するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、そして同定のために独特のバンドを生成するためにサザンブロット上でプローブされる。本発明の配列は、ＲＦＬＰ（米国特許第５，２７２，０５７号に記載の「制限酵素断片長多型」）のためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である。
【０４６４】
さらに、本発明の配列を用いて、個体のゲノムの選択された部分について実際の塩基ごとにＤＮＡ配列を決定する代替的技術を提供し得る。従って、本明細書中に記載のＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列を用いて、配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを使用して、個体のＤＮＡを増幅し得、引き続いて、配列決定し得る。
【０４６５】
この様式で調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、各個体が、対立遺伝子差異に起因するこのようなＤＮＡ配列の独特のセットを有するので、唯一の個体識別を提供し得る。本発明の配列は、個体からおよび組織からこのような識別配列を得るために使用され得る。本発明のＳＥＣＸ配列および／またはＮＯＶＸ配列は、ヒトゲノムの部分を独特に表す。対立遺伝子変動は、これらの配列のコード領域においてある程度生じ、そして非コード領域においてより大きな程度に生じる。個々のヒト間での対立遺伝子変動は、各５００塩基につき約１回の頻度で生じると見積もられる。対立遺伝子変動の多くは、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）を含む一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に起因する。
【０４６６】
本明細書中で記載の配列の各々は、ある程度、標準物質（これに対して個体からのＤＮＡが識別の目的で比較され得る）として使用され得る。より多くの多型が非コード領域で生じるので、個体を区別するために、それほど多くの配列が必要であるわけではない。非コード配列は、ポジティブな個体識別に、おそらく１０〜１，０００プライマーのパネルを不自由なく提供し得る。これらのプライマーは、各々が１００塩基の増幅された非コード配列を生じる。推定コード配列（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９における配列）が使用される場合、ポジティブな個体識別のためのプライマーのより適切な数は、５００〜２，０００である。
【０４６７】
（予測医療）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬理ゲノム学（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）およびモニタリング臨床試験が、予後（予測）の目的に使用され、これによって個体を予防的に処置する、予測医療の分野に関する。従って、本発明の１つの局面は、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、組織）の場合においては、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質および／または核酸の発現、ならびにＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性を決定するための診断アッセイに関し、これによって、個体が異常なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性に関連する疾患または障害に罹患しているかどうか、あるいは障害を発症するリスクがあるかどうかを決定する。この障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗疾患が挙げられる。本発明はまた、個体が、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性と関連した障害を発症するリスクがあるかどうかを決定するための予後的（または予測的）アッセイを提供する。例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後的または予測的な目的に使用され、これによってＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または生物学的活性によって特徴付けられるかまたは関連した障害の発病の前に個体を予防的に処置し得る。
【０４６８】
本発明の別の局面は、個体におけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性を決定するための方法を提供し、これによって、その個体についての適切な治療的または予防的試薬（本明細書において「薬理ゲノム学」とよばれる）を選択する。薬理ゲノム学は、個体の遺伝子型（例えば、特定の薬剤に対して応答する個体の能力を決定するために試験された個体の遺伝子型）に基づく個体の治療的または予防的処置のための薬剤（例えば、薬物）の選択を可能にする。
【０４６９】
本発明のなお別の局面は、臨床試験におけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性に対する薬剤（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることに関する。
【０４７０】
これらおよび他の薬剤は、以下の節でさらに詳細に記載される。
【０４７１】
（診断アッセイ）
生物学的サンプルにおけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの存在または非存在を検出するための例示的な方法は、試験被験体から生物学的サンプルを得る工程、およびその生物学的サンプルをＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質またはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）を検出し得る化合物もしくは因子と接触させ、その結果、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの存在が、その生物学的サンプルにおいて検出される工程を包含する。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出するための因子は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし得る、標識された核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、全長のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７および３９の核酸またはそれらの一部）（例えば、少なくとも、１５、３０、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、ストリンジェントな条件下でＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするに十分である核酸）であり得る。本発明の診断アッセイにおける使用のための他の適切なプローブは、本明細書において記載されている。
【０４７２】
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質を検出するための因子は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナルであり得るか、またはより好ましくはモノクローナルであり得る。インタクトな抗体またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。プローブまたは抗体に関して、用語「標識（された）」とは、検出可能な物質をそのプローブもしくは抗体にカップリングさせる（すなわち、物理的に連結する）ことによってそのプローブまたは抗体を直接標識すること、ならびに、直接標識された別の試薬との反応性によってそのプローブもしくは抗体を間接的に標識することを包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を用いた一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンを用いて検出され得るようにＤＮＡプローブのビオチンを用いた末端標識が挙げられる。用語「生物学的サンプル」とは、被験体から単離された、組織、細胞および生物学的流体ならびに被験体内に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を用いて、生物学的サンプル中の、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡを、インビトロおよびインビボで検出し得る。例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光が挙げられる。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の検出のためのインビボ技術としては、標識された抗ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ抗体を被験体に導入することが挙げられる。例えば、その抗体は、放射性マーカーを用いて標識され得る。被験体における放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像化技術によって検出され得る。
【０４７３】
１つの実施形態において、この生物学的サンプルは、その試験被験体由来のタンパク質分子を含む。あるいは、その生物学的サンプルは、その試験被験体由来のｍＲＮＡ分子またはその試験被験体由来のゲノムＤＮＡ分子を含み得る。好ましい生物学的サンプルは、被験体から従来の手段によって単離された末梢血白血球サンプルである。
【０４７４】
別の実施形態において、この方法はさらに、コントロール被験体からコントロール生物学的サンプルを得る工程、そのコントロールサンプルを、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物もしくは因子と接触させ、その結果、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在がその生物学的サンプルにおいて検出される工程、ならびにそのコントロールサンプルにおけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在と、その試験サンプルにおけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在とを比較する工程を包含する。
【０４７５】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの存在を検出するためのキットを包含する。例えば、このキットは、以下を備え得る：生物学的サンプルにおいてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質またはｍＲＮＡを検出し得る、標識された化合物もしくは因子；そのサンプルにおいてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの量を決定するための手段；ならびにそのサンプルにおけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの量と標準とを比較するための手段。この化合物または因子は、適切な容器内に包装され得る。このキットは、さらに、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質または核酸を検出するためにキットを用いるための指示書を備え得る。
【０４７６】
（予後アッセイ）
本明細書において記載された診断方法をさらに利用して、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連した疾患もしくは障害を有するか、またはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。例えば、本明細書に記載されるアッセイ（例えば、上述の診断アッセイまたは下記のアッセイ）を利用して、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性に関連する障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。あるいは、この予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。従って、本発明は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患もしくは障害を同定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルは、被験体から得られ、そしてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）が検出され、ここで、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体についての診断指標である。本明細書において使用される場合「試験サンプル」とは、目的の被験体から得られた生物学的サンプルをいう。例えば、試験サンプルは、生物学的流体（例えば、血清）、細胞サンプル、または組織であり得る。
【０４７７】
さらに、本明細書に記載される予後アッセイを使用して、被験体に因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補）を投与してＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を処置し得るか否かを、決定し得る。例えば、このような方法を使用して、被験体が障害のための因子で有効に処置され得るか否かを決定し得る。従って、本発明は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害のための因子を用いて、被験体が有効に処置され得るか否かを決定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルが得られ、そしてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質または核酸が検出される（例えば、ここで、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、この因子が投与されてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害が処置され得る被験体についての、診断指標である）。
【０４７８】
本発明の方法はまた、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子における遺伝的損傷を検出し、それによって、その損傷遺伝子を有する被験体が異常な細胞増殖および／または分化によって特徴付けられる障害についての危険性を有するか否かを決定するためにも使用され得る。種々の実施形態において、この方法は、その被験体由来の細胞のサンプルにおいて、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質をコードする遺伝子の統合性に影響を与える少なくとも１つの変更によって特徴付けられる遺伝的損傷の存在または非存在、あるいはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子の誤発現を検出する工程を包含する。例えば、そのような遺伝的損傷は、以下の少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：（ｉ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失；（ｉｉ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加；（ｉｉｉ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、（ｉｖ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子の染色体再配置；（ｖ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける変更、（ｖｉ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子の異常改変（例えば、ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの異常改変）、（ｖｉｉ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、（ｖｉｉｉ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の非野生型レベル、（ｉｘ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子の対立遺伝子の欠失、ならびに（ｘ）ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の不適切な翻訳後修飾。本明細書において記載されるように、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子における損傷を検出するために使用され得る、当該分野において公知の多数のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的サンプルは、従来手段によって被験体から単離された末梢血白血球サンプルである。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプルが使用され得、これには、例えば、頬粘膜細胞が挙げられる。
【０４７９】
特定の実施形態において、損傷の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、あるいは、連結連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０；およびＮａｋａｚａｗａら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３６０−３６４を参照のこと）におけるプローブ／プライマーの使用を包含する。後者は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る（Ａｂｒａｖａｙａら，１９９５  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２３：６７５−６８２を参照のこと）。この方法は、患者から細胞のサンプルを収集する工程、核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）をそのサンプルの細胞から単離する工程、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーとその核酸サンプルとを、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で接触させる工程、ならびに増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程、またはその増幅産物のサイズを検出する工程およびその長さをコントロールサンプルと比較する工程を包含し得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される技術のいずれかとともに予備的増幅工程として使用されることが望ましくあり得ることが予想される。
【０４８０】
代替的な増幅方法としては、以下が挙げられる：当業者に周知な技術を用いた、その増幅された分子の検出の前の、自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８を参照のこと）、転写増幅系（Ｋｗｏｈら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７を参照のこと）、Ｑβレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７を参照のこと）、または他の任意の核酸増幅方法。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に極少数で存在する場合に、そのような核酸分子の検出のために特に有用である。
【０４８１】
代替の実施形態において、サンプル細胞由来のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールのＤＮＡが単離され、増幅され（必要に応じて）、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼを用いて消化され、そしてフラグメント長の大きさがゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルＤＮＡとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長の大きさにおける差異は、そのサンプルＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的なリボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９３，５３１号を参照のこと）を使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失による特異的な変異の存在についてスコア付けし得る。
【０４８２】
他の実施形態において、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、サンプル核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイにハイブリダイズさせることによって同定され得る。例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌら（１９９６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２：７５３−７５９を参照のこと。例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎら（前出）に記載されるように光生成ＤＮＡプローブを含む二次元アレイにおいて同定され得る。手短には、プローブの第一ハイブリダイゼーションアレイを用いて、サンプルおよびコントロールにおける長いストレッチのＤＮＡにわたって走査し、連続的に重複するプローブの線形アレイを作成することによって、その配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程に第二のハイブリダイゼーションアレイが続き、これは、検出される全ての改変体または変異体に相補的な、より小さな特化されたプローブアレイを用いることによる特定の変異の特徴付けを可能にする。各変異アレイは、一方が野生型遺伝子に対して相補的であり、そして他方が変異遺伝子に対して相補的である並行プローブセットから構成される。
【０４８３】
なお別の実施形態において、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子を直接配列決定し得、そしてサンプルＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの配列と対応する野生型（コントロール）配列とを比較することによって、変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５４６３によって開発された技術に基づくものが挙げられる。診断アッセイを実施する場合、種々の自動化配列決定手順のいずれかを利用し得ることもまた意図される（例えば、Ｎａｅｖｅら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８を参照のこと）。これらには、質量分析法による配列決定法（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  ３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９を参照のこと）が挙げられる。
【０４８４】
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡもしくはＲＮＡ／ＤＮＡのヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出する方法が挙げられる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２を参照のこと。一般に、「ミスマッチ切断」の当該分野の技術は、野生型のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織サンプルから得られた潜在的な変異体ＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることによって形成されるヘテロ二重鎖を提供する工程によって始まる。この二本鎖の二重鎖を、二重鎖の一本鎖領域（例えば、そのコントロール鎖とサンプル鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するもの）を切断する因子を用いて処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖を、ＲＮａｓｅを用いて処理し得、そしてＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを、そのミスマッチ領域を酵素的に消化するために、Ｓ１ヌクレアーゼで処理し得る。他の実施形態において、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡのいずれかの二重鎖を、ミスマッチ領域を消化するために、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、およびピペリジンで処理し得る。そのミスマッチ領域の消化後、次いで、得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上で、大きさにより分離して、変異の部位を決定する。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。１つの実施形態において、コントロールのＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
【０４８５】
なお別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、二本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を、細胞のサンプルから得られたＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのｃＤＮＡにおける点変異を検出およびマッピングするために規定された系において使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチでＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチでＴを切断する。例えば、Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７〜１６６２を参照のこと。例示的な実施形態に従って、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの配列（例えば、野生型ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ配列）に基づくプローブは、試験細胞由来のｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、ＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理され、そしてその切断産物（もしあれば）は、電気泳動プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０４８６】
他の実施形態において、電気泳動の移動度における変化は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子における変異を同定するために使用される。例えば、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）は、変異体と野生型核酸との間の電気泳動の移動度における差異を検出するために使用され得る。例えば、Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ：８６：２７６６；Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４；Ｈａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９を参照のこと。サンプルおよびコントロールのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは、変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動の移動度において得られる変化は、１つの塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識され得るか、または標識されたプローブを用いて検出され得る。アッセイの感度は、（ＤＮＡよりもむしろ）二次構造が配列中の変化に対してより感受的であるＲＮＡを使用することによって増強され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度における変化に基づいて二本鎖のヘテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．７：５を参照のこと。
【０４８７】
なお別の実施形態において、一定勾配の変性剤を含有するポリアクリルアミドゲルにおける変異体または野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５を参照のこと。ＤＧＧＥが分析の方法として使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲにより約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、完全には変性されないことを確実するように改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールＤＮＡおよびサンプルＤＮＡの移動度における差異を同定するために、変性剤勾配の代わりに使用される。例えば、ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３を参照のこと。
【０４８８】
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、既知の変異が中心的に配置されるように調製され得、次いで、完全なマッチが見出される場合にのみハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされる。例えば、Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６２３０を参照のこと。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に付着され、そして標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされる場合に、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたは多くの異なる変異にハイブリダイズされる。
【０４８９】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術は、本発明と合わせて使用され得る。特異的増幅のためのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心において（その結果、増幅は、差次的ハイブリダイゼーションに依存する）（例えば、Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８を参照のこと）か、あるいは適切な条件下でミスマッチが妨げられ得るかまたはポリメラーゼ伸長を減少し得る、１つのプライマーの３’の最末端で、目的の変異を保有し得る（例えば、Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ．１１：２３８を参照のこと）。さらに、切断に基づく検出を行うために、変異領域に新規な制限部位を導入することが、望ましくあり得る。例えば、Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１を参照のこと。特定の実施形態において、増幅はまた、増幅用Ｔａｑリガーゼを使用して実施され得ることが予測される。例えば、Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９を参照のこと。このような場合において、連結は、５’配列の３’末端に完全なマッチが存在する場合にのみ生じ、増幅の存在または非存在を探索することによって、特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０４９０】
本明細書中に記載される方法は、例えば、本明細書中に記載れる少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実施され得、これは、例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子を含む疾患または疾病の症状または家族病歴を示す患者を診断するための臨床的設定において好都合に使用され得る。
【０４９１】
さらに、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸが発現される任意の細胞型または組織（好ましくは、末梢血白血球）は、本明細書中に記載される予後アッセイにおいて利用され得る。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプル（例えば、頬粘膜細胞を含む）が、使用され得る。
【０４９２】
（薬理ゲノム学（Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性（例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子発現）に対する刺激性または阻害性の影響を有する因子、すなわちモジュレーターは、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるように、障害（この障害は、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、および種々の異常脂肪性浮腫、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗疾患を含む）を（予防的または治療的に）処置するために個体に投与され得る。このような処置と合わせて、個体の薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と外来化合物または薬物に対するその個体の応答との間の関係についての研究）が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗を導き得る。従って、個体の薬理ゲノム学は、個体の遺伝子型の考慮に基づく予防的処置または治療的処置のために有効な因子（例えば、薬物）の選択を可能にする。このような薬理ゲノム学は、さらに、適切な投薬量および治療剤レジメンを決定するために使用され得る。従って、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の活性、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの核酸の発現、あるいは個体におけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子の変異含量が決定されて、それによって個体の治療的処置または予防的処置のために適切な因子を選択し得る。
【０４９３】
薬理ゲノム学は、罹患した人における変更された薬物の性質および異常な作用に起因して、薬物に応答する臨床的に有意な遺伝性変更を扱う。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ、１９９６、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３：９８３〜９８５；Ｌｉｎｄｅｒ、１９９７、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．，４３：２５４〜２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理ゲノム学状態が、区別され得る。薬物が身体に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物作用）、または身体が薬物に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物代謝）。これらの薬理ゲノム学状態は、稀な欠損としてか、または多型としてのいずれかで生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠損は、一般的な遺伝性酵素病であり、この主な臨床的合併症は、酸化剤薬物（抗マラリア剤、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの摂食後の溶血である。
【０４９４】
例示的な実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびシトクロムＰＲＥＧＮＡＮＣＹ  ＺＯＮＥ  ＰＲＯＴＥＩＮ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多型の発見は、幾人かの患者が予期される薬物効果を得ないか、または標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に過大な薬物応答および深刻な毒性を示すことに関しての説明を提供した。これらの多型は、集団において２つの表現型（高い代謝能を持つ人（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および低い代謝能を持つ人（ｐｏｏｒ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ））で表現される。ＰＭの有病率は、異なる集団の間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型であり、そしていくらかの変異がＰＭにおいて同定されており、この全ては機能的ＣＹＰ２Ｄ６の非存在に至る。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低い代謝能を持つ人は、彼らが標準的な用量を受ける場合に、かなり頻繁に過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が活性な治療的部分である場合、そのＣＹＰ２Ｄ６によって形成される代謝産物であるモルヒネによって媒介されるコデインの鎮痛効果について実証されるように、ＰＭは治療的応答を示さない。他の極端なものは、標準的な用量に応答しない、いわゆる超迅速な代謝能を持つ人である。最近、超迅速な代謝の基準となる分子は、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に起因していることが同定されている。
【０４９５】
従って、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の活性、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの核酸の発現、あるいは個体におけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子の変異内容を決定して、それによって、その個体の治療的処置または予防的処置のために適切な因子を選択し得る。さらに、薬理ゲノム学の研究を使用して、個体の薬物応答性の表現型の同定に対して薬物代謝酵素をコードする多型対立遺伝子の遺伝子型を適用し得る。この知見は、用量または薬物選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、従って、被験体をＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの調節因子（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイの１つによって同定される調節因子）を用いて処置する場合に治療的効率または予防的効率を増強し得る。
【０４９６】
（臨床試験中の効果のモニタリング）
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性（例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調節する能力）に対する因子（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることは、基本的な薬物スクリーニングだけでなく臨床試験にも適用され得る。例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを増加するため、あるいはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ活性をアップレギュレートするために決定される因子の効力は、減少したＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートしたＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。あるいは、スクリーニングアッセイによって、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを減少するため、またはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性をダウンレギュレートするために決定される因子の効力は、増加したＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、あるいはアップレギュレートしたＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。このような臨床試験において、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性、および好ましくは、例えば、細胞増殖または免疫障害に関与する他の遺伝子が、「リードアウト（読み出し）（ｒｅａｄ  ｏｕｔ）」、すなわち、特定の細胞の免疫応答性のマーカーとして使用され得る。
【０４９７】
例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸを含む遺伝子（これは、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性（例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される）を調節する因子（例えば、化合物、薬物または低分子）を用いる処置によって、細胞内で調節される）が同定され得るが、これらに限定されない。従って、細胞性増殖障害に対する因子の効果を研究するために、例えば、臨床試験において、細胞が単離され得、そしてＲＮＡが調製され得、そしてＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸおよびこの障害に関与する他の遺伝子の発現のレベルについて分析され得る。遺伝子発現のレベル（すなわち、遺伝子発現パターン）は、本明細書中に記載されるように、ノーザンブロット分析もしくはＲＴ−ＰＣＲによるか、あるいは産生されるタンパク質の量を測定することによるか、本明細書中に記載されるような方法の１つによるか、あるいはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸまたは他の遺伝子の活性のレベルを測定することによって、定量され得る。この様式で、この遺伝子発現パターンは、この因子に対する細胞の生理学的応答の指標であるマーカーとして作用し得る。従って、この応答状態は、この因子を用いる個体の処置の前、および処置の間の種々の時点で、決定され得る。
【０４９８】
１つの実施形態において、本発明は、因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、核酸、低分子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される他の薬物候補物）を用いる、被験体の処置の効力をモニタリングするための方法を提供し、これは、以下の工程を包含する：（ｉ）因子の投与の前に、被験体から投与前サンプルを得る工程；（ｉｉ）この投与前サンプルにおける、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現のレベルを検出する工程；（ｉｉｉ）この被験体から１つ以上の投与後サンプルを得る工程；（ｉｖ）この投与後サンプルにおける、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを検出する工程；（ｖ）この投与前サンプルにおけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを、この投与後サンプルにおけるＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルと比較する工程；ならびに（ｖｉ）然るべく、この被験体への因子の投与を変更する工程。例えば、この因子の増加した投与は、検出されるよりも高いレベルにＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性を増加するため（すなわち、この因子の効力を増加するため）に所望され得る。あるいは、この因子の減少した投与は、検出されるよりも低いレベルにＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性を減少するため（すなわち、この因子の効力を減少するため）に所望され得る。
【０４９９】
（処置方法）
本発明は、異常なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性に関連する障害の危険性がある（またはこの障害に感受性である）か、またはこの障害を有する被験体を処置する予防的方法および治療的方法の両方を提供する。この障害としては、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心欠損症、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、前立腺癌、新形成；腺癌、リンパ腫、子宮癌、受胎能、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損症、対宿主性移植片病、ＡＩＤＳ、気管支ぜんそく、クローン病；多発性硬化症、オールブライト遺伝性骨形成異常症の処置、ならびに他の疾患、障害および状態などが挙げられる。
【０５００】
これらの処置方法は、以下により詳細に考察される。
【０５０１】
（疾患および障害）
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）増加したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を拮抗する（すなわち、低減または阻害する）治療剤を用いて処置され得る。活性を拮抗する治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：（ｉ）上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；（ｉｉ）上記ペプチドに対する抗体；（ｉｉｉ）上記ペプチドをコードする核酸；（ｉｖ）相同組換えによって上記ペプチドの内因性機能を「ノックアウトする」ために利用される、アンチセンス核酸および「機能不全性」である（すなわち、上記ペプチドに対するコード配列のコード配列内の異種挿入に起因する）核酸の投与（例えば、Ｃａｐｅｃｃｈｉ、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１２８８〜１２９２を参照のこと）；または（ｖ）上記ペプチドとその結合パートナーとの間の相互作用を変化させる、調節因子（すなわち、インヒビター、アゴニストおよびアンタゴニスト（本発明のさらなるペプチド模倣物または本発明のペプチドに対して特異的な抗体を含む））。
【０５０２】
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）減少したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を増加させる（すなわち、活性に対するアゴニストである）治療剤を用いて処置され得る。活性をアップレギュレートする治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；あるいはバイオアベイラビリティーを増加させるアゴニスト。
【０５０３】
増加したレベルまたは減少したレベルは、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することによって、容易に検出され得る。この定量は、患者の組織サンプルを（例えば、生検組織から）入手し、そしてそのサンプルを、発現したペプチド（または上記ペプチドのｍＲＮＡ）のＲＮＡレベルまたはペプチドレベル、構造および／または活性をインビトロでアッセイすることによる。当該分野において周知の方法としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：イムノアッセイ（例えば、ウェスタンブロット分析、免疫沈降、次いで、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）ポリアクリルアミドゲル電気泳動、免疫細胞化学などによる）および／またはｍＲＮＡの発現を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インサイチュハイブリダイゼーションなど）。
【０５０４】
（予防方法）
１つの局面において、本発明は、被験体において異常なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性と関連する疾患または状態を、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現あるいは少なくとも１つのＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ活性を調節する因子をこの被験体に投与することによって予防するための方法を提供する。異常なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性によって引き起こされるかまたはこれらに起因する疾患についての危険性がある被験体は、例えば、本明細書中に記載の診断アッセイまたは予後アッセイのいずれか、またはそれらの組み合わせによって、同定され得る。予防因子の投与は、疾患または障害が予防されるか、あるいはその進行を遅延させるように、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常に特徴的な症状が現れる前に行い得る。このＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの異常の型に依存して、例えば、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのアゴニスト因子またはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのアンタゴニスト因子が、被験体を処置するために使用され得る。適切な因子は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。本発明の予防方法は、以下の小節において、さらに議論される。
【０５０５】
（治療方法）
本発明の別の局面は、治療目的のためにＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節方法は、細胞を、その細胞に関するＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質活性のうちの１つ以上の活性を調節する因子と接触させる工程を包含する。ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質活性を調節する因子は、核酸またはタンパク質、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのペプチド模倣物、または他の低分子のような、本明細書中に記載されるような因子であり得る。１つの実施形態において、この因子は、１つ以上のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質活性を刺激する。このような刺激因子の例としては、活性なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質、および細胞に導入されたＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸをコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この因子は、１つ以上のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質活性を阻害する。このような阻害因子の例としては、アンチセンスＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ核酸分子、および抗ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ抗体が挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで（例えば、その因子とともに細胞を培養することによって）、あるいはインビボで（例えば、被験体にその因子を投与することによって）実施され得る。このように、本発明は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子の異常な発現または異常な活性によって特徴付けられる、疾患または障害に罹患した個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性を調節する（例えば、アップレギュレートまたはダウンレギュレートする）因子（例えば、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される因子）あるいはそのような因子の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、低下したかまたは異常なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの発現または活性を補完するための治療として、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子を投与する工程を包含する。
【０５０６】
ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸの活性の刺激は、ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸが異常にダウンレギュレートされている状況、および／またはＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ活性の増加が有益な効果を有する可能性がある状況において、望ましい。このような状況の１つの例は、被験体が、異常な細胞増殖および／または細胞分化によって特徴付けられる障害（例えば、癌または免疫関連障害）を有する場合である。このような状況の別の例は、被験体が妊娠性疾患（例えば、子癇前症（ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ））を有する場合である。
【０５０７】
（治療剤の生物学的効果の決定）
本発明の種々の実施形態において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを行って、特定の治療剤の効果およびその投与が罹患組織の処置を示すか否かを決定する。
【０５０８】
種々の特定の実施形態において、インビトロアッセイが患者の障害に関与する代表的な細胞型で行われ、所定の治療剤がこの細胞型に対して所望の効果を発揮するか否かを決定し得る。治療において使用する化合物は、ヒト被験体において試験する前に、適切な動物モデル系において試験され得る。これらの動物モデル系としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなど。同様に、インビボ試験については、当該分野で公知の任意の動物モデル系が、ヒト被験体に対する投与の前に使用され得る。
【０５０９】
（本発明の組成物の予防的用途および治療的用途）
本発明のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は、以下を含むが、これらに限定されない種々の障害に関連する潜在的な予防的適用および治療的適用に有用である：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪性浮腫、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗疾患。
【０５１０】
例えば、本発明のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり得、そしてこのタンパク質は、遺伝子治療を必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非制限的例示として、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置についての効力を有する：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪性浮腫。
【０５１１】
本発明のＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質をコードする新規な核酸、およびＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのタンパク質の両方、またはそれらのフラグメントは、診断適用にも有用であり得、ここでは、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。さらなる用途は、抗菌分子としての用途であり得る（すなわち、いくつかのペプチドは、抗菌特性を有することが見出されている）。これらの材料は、治療的または診断的な方法における用途のための、本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の産生においてさらに有用である。
【０５１２】
本発明を以下の実施例においてさらに記載する。この実施例は、特許請求の範囲に記載した本発明の範囲を限定しない。
【０５１３】
（実施例）
（実施例１．ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸクローンの同定）
本発明で同定した新規なＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸ標的配列を、この配列を確認するためにエキソン連結プロセス（ｅｘｏｎ  ｌｉｎｋｉｎｇ  ｐｒｏｃｅｓｓ）に供した。ＰＣＲプライマーを、順方向プライマーについては利用可能な最も上流の配列で、そして逆方向プライマーについては利用可能な最も下流の配列で開始するように設計した。表１５Ａは、異なるクローンを得るために使用したＰＣＲプライマーの配列を示す。それぞれの場合について、適切な配列（すなわち、特有であるかまたは高度に選択的であるかのいずれかである）に遭遇するまで、または逆方向プライマーの場合には終止コドンに達するまで、コード配列に向ってそれぞれの末端から内向きにウォーキングさせることによって、配列を試験した。このようなプライマーを、標的配列の全長のｃＤＮＡ，ＤＮＡの一部（１つ以上のエキソン）、もしくはタンパク質配列についてのインシリコ（ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ）予測に基づいて、または他の種由来の密接に関連するヒト配列に対する推定エキソンの翻訳物の相同性によって、設計した。次いで、これらのプライマーを、以下のヒトｃＤＮＡのプールに基づくＰＣＲ増幅において使用した：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児の脳、胎児の腎臓、胎児の肝臓、胎児の肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、脳下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。通常は、得られたアンプリコンをゲル精製し、クローン化し、そして高い重複性について配列決定した。エキソン連結によって誘導されたＰＣＲ産物を、ＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎからのｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化した。得られた細菌クローンは、ｐＣＲ２．１ベクター中にクローン化した完全なオープンリーディングフレームを包含するインサートを有する。全てのクローンから得られた配列を、それ自体とともに、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのデータベース中の他のフラグメントとともに、そして公的なＥＳＴとともにまとめた。集合の別の成分との同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合に、そのフラグメントおよびＥＳＴを集合の成分として含ませた。さらに、少数の配列を手作業によって評価し、そして適切である場合には修正を施した。これらの手順によって本明細書中に報告する配列を提供する。
【０５１４】
物理的なクローン：エキソンを相同性によって推定し、そしてイントロン／エキソンの境界を標準的な遺伝子規則を使用して決定した。エキソンを複数のＢＬＡＳＴ（例えば、ｔＢｌａｓｔＮ、ＢｌａｓｔＸ、およびＢｌａｓｔＮ）検索、およびいくつかの場合には、ＧｅｎｅＳｃａｎおよびＧｒａｉｌを使用する類似性の決定手段によって、さらに選択し、そして精緻化した。利用可能な場合、公的なデータベースおよび独自データベースの両方からの発現配列をもまた加え、この遺伝子配列をさらに定義しそして完全なものとした。次いで、そのＤＮＡ配列を、明白な不一致について手作業で補正し、それによって全長タンパク質をコードする配列を得た。
【０５１５】
（実施例２．種々の細胞および組織中でのクローンの定量的発現分析）
種々のクローンの定量的な発現を、種々の正常細胞および病理から得られる細胞、細胞株、および組織由来のＲＮＡサンプルを含有するマイクロタイタープレートを使用し、実時間定量ＰＣＲ（ＲＴＱ  ＰＣＲ）を使用して評価した。ＲＴＱ  ＰＣＲを、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７７００またはＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍによって実施した。サンプルの種々のコレクションをプレート上に組立て、そしてこれらをパネル１（正常な組織および癌細胞株を含む）、パネル２（正常な供給源および癌の供給源に由来する、組織由来のサンプルを含む）、パネル３（癌細胞株を含む）、パネル４（正常な組織由来の細胞および細胞株ならびに炎症状態に関係している細胞を含む）、パネル５Ｄ／５Ｉ（代謝疾患に対する重要性を有するヒト組織および細胞株を含む）、ＡＩ＿包括＿パネル（ＡＩ＿ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ＿ｐａｎｅｌ）（正常な組織および自己炎症疾患由来のサンプルを含む）、パネルＣＮＳＤ．０１（正常な脳および疾患の脳由来の中枢神経系サンプルを含む）、およびＣＮＳ＿神経変性＿パネル（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｐａｎｅｌ）（正常な脳およびアルツハイマー病の脳由来のサンプルを含む）と呼ぶ。
【０５１６】
全てのサンプルに由来するＲＮＡの完全性を、指針として２８Ｓおよび１８ＳリボソームＲＮＡの染色強度比（２：１〜２．５：１の２８ｓ：１８ｓ）、および分解産物の指標である低分子量のＲＮＡが存在しないことを使用して、アガロースゲル電気泳動の視覚的な評価によって質を管理した。サンプルを、単一のエキソンの範囲全体を増幅するように設計したプローブおよびプライマーのセットを使用して、逆転写酵素の非存在下でＲＴＱ  ＰＣＲ反応を実行することにより、ゲノムＤＮＡの混入に対して、管理した。
【０５１７】
最初に、ＲＮＡサンプルを、構成的に発現される遺伝子（例えば、β−アクチンおよびＧＡＰＤＨ）のような、参照核酸に対して標準化した。標準化したＲＮＡ（５μｌ）をｃＤＮＡに転換させ、そしてＯｎｅ  Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３０９１６９）および遺伝子特異的プライマーを製造業者の指示書に従って使用し、ＲＴＱ−ＰＣＲによって分析した。
【０５１８】
他の場合において、規格化されていないＲＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従ってＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ  ＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ；カタログ番号１８０６４−１４７）およびランダムな六量体を使用して、一本鎖ｃＤＮＡ（ｓｓｃＤＮＡ）に転換した。１０μｇまでの全ＲＮＡを含有する反応を、２０μｌの容量で行い、そして６０分間４２℃にてインキュベートした。この反応を、１００μｌの最終容量において５０μｇまでの全ＲＮＡにまでスケールアップし得る。次いで、ｓｓｃＤＮＡサンプルを、製造業者の指示書に従って、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を使用して、以前に記載されたように、核酸を参照するために規格化する。
【０５１９】
プローブおよびプライマーを、Ａｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのＰｒｉｍｅｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅパッケージ（Ａｐｐｌｅ  ＣｏｍｐｕｔｅｒのＭａｃｉｎｔｏｓｈ  Ｐｏｗｅｒ  ＰＣ用バージョンＩ）または同様のアルゴリズムに従って、入力として標的配列を使用して、それぞれのアッセイについて設計した。デフォルト設定を反応条件について使用し、そして以下のパラメーターを、プライマーの選択の前に設定した：プライマー濃度＝２５０ｎＭ、プライマーの融解温度（Ｔｍ）範囲＝５８〜６０℃、プライマーの最適Ｔｍ＝５９℃、最大のプライマー差分＝２℃、プローブは５’にＧを有さない、プローブのＴｍはプライマーのＴｍよりも１０℃高くなければならない、アンプリコンの大きさは７５ｂｐから１００ｂｐである。選択したプローブおよびプライマー（下記を参照のこと）を、Ｓｙｎｔｈｅｇｅｎ（Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）によって合成した。プローブを、カップリングしていない色素を除去するためにＨＰＬＣによって二重精製し、そしてプローブのそれぞれ５’および３’末端へのレポーターおよび失活剤色素のカップリングを確認するために質量分析法によって評価した。それらの最終濃度は：順方向および逆方向プライマーについてはそれぞれ９００ｎＭ、そしてプローブは２００ｎＭであった。
【０５２０】
ＰＣＲ条件：ＲＮＡサンプルを用いて研究する場合、各組織および各細胞株由来の標準化したＲＮＡを、９６ウェルまたは３８４ウェルのＰＣＲプレート（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の各ウェルにスポットした。ＰＣＲカクテルは、単一の遺伝子特異的プローブおよびプライマーセット、または２つの多重合化（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ）プローブおよびプライマーセット（標的クローンに特異的なセット、および標的プローブと多重合化する別の遺伝子特異的セット）のいずれかを含有した。ＰＣＲ反応を、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号４３１３８０３）を使用して、製造業者の指示書に従って設定した。逆転写を、４８℃で３０分間行い、続いて以下のような増幅／ＰＣＲサイクルを行った。：９５℃で１０分間、次いで４０サイクルの、９５℃で１５秒間、６０℃で１分間。結果を、ＣＴ値（所定のサンプルが蛍光の限界値と交差するサイクル）として対数目盛を使用して記録し、ここで、所定のサンプルと最も低いＣＴ値を有するサンプルとの間でのＲＮＡ濃度の差分は、２のΔＣＴ乗として表される。次いで、相対的な発現の割合を、このＲＮＡ差分の逆数をとり、そして１００を乗算することによって得る。
【０５２１】
ｓｓｃＤＮＡサンプルを用いて研究する場合、規格化されたｓｓｃＤＮＡを、ＲＮＡサンプルについて以前に記載したように使用した。１セットまたは２セットのプローブおよびプライマーを含むＰＣＲ反応を、１×ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｍａｓｔｅｒ  ｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３２４０２０）を使用して、製造業者の指示書に従って、以前に記載したように設定した。ＰＣＲ増幅を、以下のように行った：９５℃で１０分間、次いで４０サイクルの、９５℃で１５秒間、６０℃で１分間。結果を分析し、そして以前に記載したように評価した。
【０５２２】
（パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄ）
パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄのプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学コントロール）および種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含有する９４個のウェルを含む。これらのパネルのサンプルは、２つのクラスに分類される：培養細胞株由来のサンプルおよび初代正常細胞由来のサンプル。この細胞株は、以下の型の癌に由来する：肺癌、乳癌、黒色種、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、腎臓癌、胃癌および膵臓癌。これらのパネルにおいて使用される細胞株は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の貯蔵所）によって広く利用可能であり、ＡＴＣＣによって推奨される条件を使用して培養される。これらのパネルにおいて見出された正常組織は、一人の成人個体または胎児の全ての主要な器官系由来のサンプルから構成される。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人の骨格筋、胎児の骨格筋、成人の心臓、胎児の心臓、成人の腎臓、胎児の腎臓、成人の肝臓、胎児の肝臓、成人の肺、胎児の肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、大腸、膀胱、気管、胸部、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。
【０５２３】
パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄの結果においては、以下の略号を使用する：
ｃａ．＝癌腫
＊＝転移によって確立された
ｍｅｔ＝転移
ｓ  ｃｅｌｌ  ｖａｒ＝小細胞変異株
ｎｏｎ−ｓ＝ｎｏｎ−ｓｍ＝非小
ｓｑｕａｍ＝扁平上皮細胞
ｐｌ．ｅｆｆ＝ｐｌ  ｅｆｆｕｓｉｏｎ＝胸水
ｇｌｉｏ＝神経膠腫
ａｓｔｒｏ＝星状細胞腫、および
ｎｅｕｒｏ＝神経芽細胞腫。
【０５２４】
（一般＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４（Ｇｅｎｅｒａｌ＿ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．４））
パネル１．４のプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学コントロール）および種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含有する９４個のウェルを含む。パネル１．４のサンプルは、２つのクラスに分類される：培養細胞株由来のサンプルおよび初代正常組織由来のサンプル。この細胞株は、以下の型の癌に由来する：肺癌、乳癌、黒色種、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、腎臓癌、胃癌および膵臓癌。パネル１．４において使用される細胞株は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（ＡＴＣＣ）（培養細胞株の貯蔵所）によって広く利用可能であり、ＡＴＣＣによって推奨される条件を使用して培養される。パネル１．４において見出された正常組織は、２〜５人の異なる成人個体または胎児の全ての主要な器官系由来のサンプルのプールから構成される。これらのサンプルは、以下の器官由来である：成人の骨格筋、胎児の骨格筋、成人の心臓、胎児の心臓、成人の腎臓、胎児の腎臓、成人の肝臓、胎児の肝臓、成人の肺、胎児の肺、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、大腸、膀胱、気管、胸部、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。略語は、パネル１、１．１、１．２および１．３Ｄについて記載される通りである。
【０５２５】
（パネル２Ｄおよび２．２）
パネル２Ｄおよび２．２のプレートは、一般的には、２つのコントロールのウェルと９４個の試験サンプルを含む。これは、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＣｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＣＨＴＮ）またはＮａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ（ＮＤＲＩ）との緊密な共同研究において、外科医の作業によって入手したヒト組織から単離したＲＮＡまたはｃＤＮＡを含む。これらの組織は、ヒトの悪性腫瘍に由来し、そして示される場合、多くの悪性組織は、腫瘍にすぐ隣接している非癌性組織から得られる「一致した縁（ｍａｔｃｈｅｄ  ｍａｒｇｉｎ）」を有する。これらを、正常な隣接組織と呼び、そして以下の結果には「ＮＡＴ」と記載する。腫瘍組織および「一致した縁」を、２人の別々の病理学者によって評価する（外科の病理学者、およびＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者によって再度）。この分析は、腫瘍の分化の段階の全体的な組織病理学的評価を提供する。さらに、ほとんどのサンプルは、もともとの外科の病理報告を含む。これは、患者の臨床段階に関する情報を提供する。これらの一致した縁を、外科手術領域の周辺（すなわち、すぐ隣接している）組織（表ＲＲにおいては正常な隣接組織を「ＮＡＴ」と明示する）から採取する。さらに、ＲＮＡおよびｃＤＮＡサンプルを、高齢者または突然死の被害者（事故など）について行った検死による種々のヒト組織から得た。これらの組織が疾患を有さないことを確認し、そしてこれを、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、およびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのような種々の商業的な供給源から購入した。
【０５２６】
（パネル３Ｄ）
パネル３Ｄのプレートは、９４個のｃＤＮＡサンプルおよび２個のコントロールサンプルで構成される。詳細には、これらのサンプルのうちの９２個は、培養されたヒトの癌細胞株に由来し、２個のサンプルはヒトの初代小脳組織であり、そして２つはコントロールである。ヒトの細胞株は、一般的には、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織群に分ける：舌の扁平上皮細胞癌、乳癌、前立腺癌、黒色腫、類表皮癌腫、肉腫、膀胱癌、膵臓癌、腎臓癌、白血病／リンパ腫、卵巣／子宮／子宮頚癌、胃癌、結腸癌、肺癌、およびＣＮＳ癌細胞株。さらに、小脳の２つの独立したサンプルが存在する。これらの細胞の全てを、標準的な推奨される条件下で培養し、そして標準的な手順を使用してＲＮＡを抽出する。パネル３Ｄおよび１．３Ｄの細胞株は、科学技術文献において使用される最も一般的な細胞株である。
【０５２７】
（パネル４Ｄ、４Ｒおよび４．１Ｄ）
パネル４は、９６ウェルプレート（２個のコントロールのウェル、９４個の試験サンプル）上にサンプルを含む。これは、炎症状態に関連している種々のヒトの細胞株または組織から単離したＲＮＡ（パネル４Ｒ）またはｃＤＮＡ（パネル４Ｄ／４．１Ｄ）で構成される。結腸および肺（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）ならびに胸腺および腎臓（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）のようなコントロールの正常組織に由来する総ＲＮＡを使用した。肝硬変患者由来の肝臓組織および狼瘡患者由来の腎臓に由来する総ＲＮＡを、ＢｉｏＣｈａｉｎ（Ｂｉｏｃｈａｉｎ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）から入手した。クローン病および潰瘍性大腸炎を有すると診断された患者からのＲＮＡの調製のための腸組織を、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅ（ＮＤＲＩ）（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）から入手した。
【０５２８】
星状細胞、肺繊維芽細胞、皮膚繊維芽細胞、冠状動脈平滑筋細胞、小気道上皮、気管支上皮、微小血管皮膚内皮細胞、微小血管肺内皮細胞、ヒトの肺大動脈の血管内皮細胞、ヒトの臍帯静脈の血管内皮細胞を、全て、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ（Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から購入し、そしてＣｌｏｎｅｔｉｃｓによってこれらの細胞型に供給される培地中で増殖させた。これらの初代細胞型を、示すように、種々のサイトカインまたはサイトカインの組合せを用いて６時間および／または１２〜１４時間の間、活性化した。以下のサイトカインを使用した：約１〜５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１β、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦα、約２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３。内皮細胞を、時折、０．１％の血清を有するＣｌｏｎｅｔｉｃｓによる基底培地中での培養によって種々の時間枯渇させた。
【０５２９】
単核細胞を、Ｆｉｃｏｌｌを使用して、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの従業員の血液から調製した。ＬＡＫ細胞を、ＤＭＥＭ、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびインターロイキン２（Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  ２）中での４〜６日間の培養によってこれらの細胞から調製した。次いで、細胞を、１０〜２０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡ、および１〜２μｇ／ｍｌのイオノマイシン、５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２、２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、および５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１８のいずれかで、６時間活性化した。いくつかの場合には、単核細胞を、約５μｇ／ｍｌのＰＨＡ（フィトヘマグルチニン）またはＰＷＭ（アメリカヤマゴボウ有糸分裂促進物質）を含有する、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で、４〜５日間培養した。ＲＮＡの調製のために、サンプルを２４、４８、および７２時間で採取した。ＭＬＲ（混合リンパ球反応）サンプルを、２人のドナーからの採血、Ｆｉｃｏｌｌを使用する単核細胞の単離、および単離した単核細胞を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール（５．５×１０−５Ｍ）（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中において約２×１０６個の細胞／ｍｌの最終濃度で１：１にて混合することによって得た。このＭＬＲを培養し、そしてＲＮＡの調製のために１〜７日までの範囲の種々の時点でサンプルを採取した。
【０５３０】
単球を、製造業者の説明書に従って、ＣＤ１４  Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｅａｄｓ、＋ｖｅＶＳ選択カラムおよびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。単球を、ＤＭＥＭ  ５％のウシ胎児血清（ＦＣＳ）（Ｈｙｃｌｏｎｅ、Ｌｏｇａｎ，ＵＴ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、５０ｎｇ／ｍｌのＧＭＣＳＦ、および５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４中での５〜７日間の培養によって樹状細胞に分化させた。マクロファージを、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０％のＡＢヒト血清、または約５０ｎｇ／ｍｌのＭＣＳＦ中で５〜７日間の単球の培養によって調製した。単球、マクロファージ、および樹状細胞を、１００ｎｇ／ｍｌのリポポリサッカライド（ＬＰＳ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。樹状細胞をまた、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ４０モノクローナル抗体（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。
【０５３１】
ＣＤ４リンパ球、ＣＤ８リンパ球、およびＮＫ細胞をまた、製造業者の説明書に従って、ＣＤ４、ＣＤ８、およびＣＤ５６のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズ、ポジティブＶＳ選択カラム、およびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。ＣＤ４５ＲＡリンパ球およびＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を、ＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４、およびＣＤ１９のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズおよびポジティブ選択を使用してＣＤ８細胞、ＣＤ５６細胞、ＣＤ１４細胞、およびＣＤ１９細胞の単核細胞を枯渇させることによって単離した。次いで、ＣＤ４５ＲＯビーズを使用してＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を単離し、残りの細胞はＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４リンパ球であった。ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４、およびＣＤ８のリンパ球を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に入れ、そしてＰＢＳ中の０．５μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および３μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、ＡＴＣＣ）で一晩コーティングしたＦａｌｃｏｎ  ６ウェル組織培養プレート上に１０６細胞／ｍｌでプレートした。６時間および２４時間後、細胞をＲＮＡの調製のために回収した。慢性的に活性化されたＣＤ８リンパ球を調製するために、本発明者らは、抗ＣＤ２８および抗ＣＤ３でコーティングしたプレート上で４日間、単離したＣＤ８リンパ球を活性化し、次いで細胞を回収して、それらをＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中で拡大させた。次いで再び、拡大させたＣＤ８細胞を、プレートに結合させた抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８で４日間活性化し、そして先のように拡大させた。ＲＮＡを２回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびに２回目の培養物の拡大の４日後に単離した。単離したＮＫ細胞を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中でＲＮＡを調製する前に４〜６日間培養した。
【０５３２】
Ｂ細胞を得るために、扁桃をＮＤＲＩによって獲得した。扁桃を、滅菌した解剖用の鋏で切断し、次いで篩を通過させた。次いで、扁桃体の細胞を遠心分離させ、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に１０６個の細胞／ｍｌで再懸濁した。細胞を活性化するために、本発明者らは、５μｇ／ｍｌでＰＷＭ、または約１０μｇ／ｍｌで抗ＣＤ４０（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および５〜１０ｎｇ／ｍｌでＩＬ−４を使用した。細胞をＲＮＡの調製のために、２４、４８、および７２時間で回収した。
【０５３３】
初代ならびに二次のＴｈ１／Ｔｈ２細胞およびＴｒ１細胞を調製するために、６ウェルのＦａｌｃｏｎプレートを、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および２μｇ／ｍｌのＯＫＴ３（ＡＴＣＣ）で一晩コーティングし、次いでＰＢＳで２回洗浄した。臍帯血ＣＤ４リンパ球（Ｐｏｉｅｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｇｅｒｍａｎ  Ｔｏｗｎ，ＭＤ）を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（４ｎｇ／ｍｌ）中で１０５〜１０６個の細胞／ｍｌで培養した。ＩＬ−１２（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＬ−４（１μｇ／ｍｌ）を、Ｔｈ１に指向させるために使用し、一方で、ＩＬ−４（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＦＮγ（１μｇ／ｍｌ）をＴｈ２に指向させるために使用し、そして５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１０をＴｒ１に指向させるために使用した。４〜５日後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球をＤＭＥＭ中で１回洗浄し、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（１ｎｇ／ｍｌ）中で４〜７日間拡大させた。この後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球を、抗ＣＤ２８／ＯＫＴ３および上記のようなサイトカインを用いて、しかしアポトーシスを防ぐために抗ＣＤ９５Ｌ（１μｇ／ｍｌ）の添加を用いて５日間再刺激した。４〜５日後、Ｔｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球を洗浄し、次いで再びＩＬ−２を用いて４〜７日間拡大させた。活性化させたＴｈ１リンパ球およびＴｈ２リンパ球を最大３回のサイクルまで、このようにして維持した。ＲＮＡを、プレートに結合させた抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８  ｍＡｂでの２回目および３回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびにインターロイキン２中での２回目および３回目の拡大培養の４日目に、初代および二次Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１から調製した。
【０５３４】
以下の白血球細胞株をＡＴＣＣから入手した：Ｒａｍｏｓ、ＥＯＬ−１、ＫＵ−８１２。ＥＯＬ細胞を、５×１０５個の細胞／ｍｌの０．１ｍＭのｄｂｃＡＭＰ中での８日間の培養、３日毎の培地の交換、および５×１０５個の細胞／ｍｌへの細胞濃度の調節によってさらに分化させた。これらの細胞の培養のために、本発明者らは、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）を添加した、（ＡＴＣＣによって推奨されるように）ＤＭＥＭまたはＲＰＭＩを使用した。ＲＮＡを、休止細胞または１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１μｇ／ｍｌのイオノマイシンで６時間および１４時間活性化した細胞のいずれかから調製した。ケラチノサイト株ＣＣＤ１０６および気道上皮腫瘍株ＮＣＩ−Ｈ２９２もまたＡＴＣＣから入手した。両方を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で培養した。ＣＣＤ１１０６細胞を、約５ｎｇ／ｍｌのＴＮＦαおよび１ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１βで６時間および１４時間活性化し、一方、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を、以下のサイトカインを用いて６時間および１４時間活性化した：５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３、および２５ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ。
【０５３５】
これらの細胞株および血球について、約１０７個の細胞／ｍｌをＴｒｉｚｏｌ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）を使用して溶解させることによってＲＮＡを調製した。簡潔には、１／１０容量のブロモクロロプロパン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）をＲＮＡサンプルに添加し、ボルテックスし、そして室温で１０分後、チューブをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４回転装置で１４，０００ｒｐｍで回転させた。水相を取り出し、そして１５ｍｌのＦａｌｃｏｎ  Ｔｕｂｅに入れた。等量のイソプロパノールを添加し、そして−２０℃で一晩静置した。沈殿させたＲＮＡをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４回転装置中で９，０００ｒｐｍで１５分間遠心分離させ、そして７０％のエタノール中で洗浄した。このペレットを３００μｌのＲＮＡｓｅを含まない水中に再度溶解させ、そして３５μｌの緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ）、５μｌのＤＴＴ、７μｌのＲＮＡｓｉｎ、および８μｌのＤＮＡｓｅを添加した。チューブを、混入しているゲノムＤＮＡを除去するために３７℃で３０分間インキュベートし、フェノールクロロホルムで１回抽出し、そして１／１０容量の３Ｍの酢酸ナトリウムおよび２倍容量の１００％エタノールで再度沈殿させた。ＲＮＡを遠心分離させ、そしてＲＮＡｓｅを含まない水中に入れた。ＲＮＡを−８０℃で保存した。
【０５３６】
（自己免疫＿包括的パネル＿ｖ１．０（ＡＩ＿ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｐａｎｅｌ＿ｖ１．０））
自己免疫＿包括的パネル＿ｖ１．０のプレートは、２個のコントロールのウェルおよび８９個の試験サンプルを含む。これは、Ｂａｃｋｕｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓ（Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ，ＭＤ）から入手した外科的な死後のヒト組織から単離されたｃＤＮＡで構成される。総ＲＮＡを、ＣｕｒａＧｅｎの施設にあるＢａｃｋｕｓ病院からの組織サンプルから抽出した。他の組織由来の総ＲＮＡを、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手した。
【０５３７】
滑液、滑膜、骨および軟骨を含む関節組織を、Ｂａｃｋｕｓ病院で全ての膝または股関節部の置換手術を経験した患者から入手した。組織サンプルは、単離されたＲＮＡが最適な質で、分解されないことを確実にするように液体窒素中で瞬時に冷凍した。変形性関節症および慢性関節リウマチ関節組織のさらなるサンプルが、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手された。正常なコントロール組織がＣｌｉｎｏｍｉｃｓによって供給され、そして外傷犠牲者の死体解剖の間に得られた。
【０５３８】
乾癬組織および隣接一致組織の外科検体がＣｌｉｎｏｍｉｃｓによって総ＲＮＡとして提供された。二人の男性患者および二人の女性患者が、２５歳と４７歳の間で選択された。その患者の誰もサンプルが単離された時に処方薬を投与されていない。
【０５３９】
潰瘍性大腸炎およびクローン病に罹患した患者由来の病気にかかった結腸および隣接一致組織の外科検体が、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから入手された。４１歳〜６９歳の三人の女性クローン病患者および３人の男性クローン病患者由来の腸組織が使用された。他の患者がデキサメタゾン、フェノバルビタール、またはタイレノールを摂取する一方、二人の患者が処方医薬投与を行っていなかった。潰瘍性大腸炎組織は、三人の男性患者および四人の女性患者由来であった。その患者のうちの四人は、Ｌｅｂｖｉｄ（ｌｅｂｖｉｄ）を摂取し、二人は、フェノバルビタールを服用中であった。
【０５４０】
疾病に冒されていない、または気腫、喘息もしくはＣＯＰＤを有する外傷犠牲者からの死後の肺組織由来の総ＲＮＡを、Ｃｌｉｎｏｍｉｃｓから購入した。４０歳〜７０歳の範囲の気腫患者は、全て喫煙者であり、この年齢範囲は、タバコ関連気腫の患者に焦点を当て、α−１抗トリプシン欠乏の患者を避けるために選択した。喘息患者は、３６歳〜７５歳の範囲であり、ＣＯＰＤも有し得る患者であることを避けるために喫煙者を除いた。ＣＯＰＤ患者は、３５歳〜８０歳の範囲であり、喫煙者と非喫煙者の両方を含んだ。ほとんどの患者が副腎皮質ステロイド、および気管支拡張薬を摂取していた。
【０５４１】
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０パネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号を使用した：
ＡＩ＝自己免疫
Ｓｙｎ＝滑液
Ｎｏｒｍａｌ＝見かけ上の疾患なし
Ｒｅｐ２２／Ｒｅｐ２０＝個々の患者
ＲＡ＝慢性関節リウマチ
Ｂａｃｋｕｓ＝Ｂａｃｋｕｓ病院由来
ＯＡ＝変形性関節症
（ＳＳ）（ＢＡ）（ＭＦ）＝個々の患者
Ａｄｊ＝隣接組織
Ｍａｔｃｈ  ｃｏｎｔｒｏｌ＝隣接組織
−Ｍ＝男性
−Ｆ＝女性
ＣＯＰＤ＝慢性閉塞性肺疾患
（パネル５Ｄおよび５Ｉ）
パネル５Ｄおよび５Ｉのプレートは、代謝病に重点をおいて、２個のコントロールウェルおよびヒト組織および細胞株から単離された種々のｃＤＮＡを含む。代謝組織は、妊娠糖尿病研究において登録した患者から得られた。細胞は、ヒト間葉幹細胞由来の脂肪細胞の分化における異なる段階の間に得られた。ヒト膵臓島もまた、得られた。
【０５４２】
妊娠糖尿病研究において、被験体は若く（１８歳〜４０歳）、慣用の（選択の）帝王切開を経験した、妊娠糖尿病に罹患しているか、または罹患していない、その他の点では健常な女性である。胎児の分娩後、外科的切開の修復／閉口の最中に、産科医は、各外科レベルの終りで、露出した代謝性組織の小さいサンプル（１ｃｃ未満）を取り出した。この生検物質を、滅菌食塩水でリンスし、ブロッティングし、そして、取出し時刻から５分以内で急速冷凍した。次いで、この組織を液体窒素で瞬間冷凍して、ネジ蓋試験管中に個々に貯蔵し、そして、Ｃｕｒａｇｅｎによってシップメントのためのドライアイスの上に維持する。この目的の代謝組織としては、子宮内壁、内蔵脂肪、骨格筋（腹直筋）および皮下脂肪が挙げられる。患者の記述は以下の通りである：
患者２：ラテンアメリカ系糖尿病患者、体重超過、インスリンなし
患者７〜９：非糖尿病の白人、肥満（ＢＭＩ＞３０）
患者１０：ラテンアメリカ系糖尿病患者、体重超過、インスリン投与
患者１１：非糖尿病のアフリカ系アメリカ人、体重超過
患者１２：ラテンアメリカ系糖尿病患者、インスリン投与。
【０５４３】
脂肪細胞分化は、Ｏｓｉｒｕｓ（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ／Ｂｉｏ  Ｗｈｉｔｔａｋｅｒの部門）から入手されたドナー前駆細胞において、２つの複製のみ有するドナー３Ｕを除いて三連で誘導された。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓの科学者は、ＣｕｒａＧｅｎに対してＭａｒｋ  Ｆ．Ｐｉｔｔｅｎｇｅｒら、Ｍｕｌｔｉｌｉｎｅａｇｅ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｏｆ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｕｍａｎ  Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９９年４月２日：１４３−１４７において見出される公開された手段に基づいてヒト間葉幹細胞（ＨｕＭＳＣｓ）を単離し、増殖および分化した。Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓは、ｍＲＮＡ単離およびｄｓ  ｃＤＮＡ生成に適切なトリゾール溶解物または凍結ペレットを提供した。各ドナーの一般的な記載は以下のようである：
ドナー２および３Ｕ：間葉幹細胞、未分化の脂肪
ドナー２および３ＡＭ：脂肪、分化中の脂肪
ドナー２および３ＡＤ：脂肪、分化された脂肪
ヒトの細胞株は、一般的には、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織グループに分けた：腎近位曲尿細管、子宮平滑筋細胞、小腸、肝臓ＨｅｐＧ２癌細胞、心臓一次基質細胞、および副腎皮質アデノーマ細胞。これらの細胞は全て標準の推奨条件下において培養され、そしてＲＮＡは、標準の手順を用いて抽出された。全てのサンプルは一本鎖ｃＤＮＡを生成するためにＣｕｒａＧｅｎで処理された。
【０５４４】
パネル５Ｉは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｍｉａｍｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  ＭｅｄｉｃｉｎｅにおけるＤｉａｂｅｔｅｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅから入手した５８歳の女性患者由来の膵臓島を追加された、前に記載した全てのサンプルを含む。島組織は、外部供給源で総ＲＮＡに処理され、そしてパネル５Ｉに加えるためにＣｕｒａＧｅｎに運ばれた。
【０５４５】
５Ｄパネルおよび５Ｉパネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号が使用される：
ＧＯ  Ａｄｉｐｏｓｅ＝より大きい網脂肪
ＳＫ＝骨格筋
ＵＴ＝子宮
ＰＬ＝胎盤
ＡＤ＝分化された脂肪
ＡＭ＝分化中の脂肪
Ｕ＝分化されない幹細胞
（パネルＣＮＳＤ．０１）
パネルＣＮＳＤ．０１のプレートは、２個のコントロールのウェルおよび９４個の試験サンプルを含む。これは、Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒから入手した死後のヒトの脳組織から単離されたｃＤＮＡで構成される。脳を、死後４時間から２４時間の間にドナーの頭蓋冠から切り出し、神経解剖学者によって断片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を断片化し、そして明確な関連する神経病理学の診断を確認するために神経病理学者によって試験した。
【０５４６】
疾患の診断を患者の記録から入手する。パネルは、以下の診断のそれぞれに由来する２つの脳を含む：アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン病、進行性核上性麻痺、欝病、および「正常なコントロール」。これらの脳のそれぞれの中で、以下の領域が示される：帯状回、大脳側頭極、淡蒼球（ｇｌｏｂｕｓ  ｐａｌｌａｄｕｓ）、黒質、ブロードマン第４野（主要な運動条片（ｐｒｉｍａｒｙ  ｍｏｔｏｒ  ｓｔｒｉｐ））、ブロードマン第７野（頭頂皮質）、ブロードマン第９野（前前頭皮質）、およびブロードマン第１７野（後頭皮質）。全ての脳の領域が全ての症例において示されるわけではない；例えば、ハンティングトン病は、淡蒼球の神経変性によって一部特徴付けられ、従って、この領域は、確証されたハンティングトン病の症例からは得ることができない。同様に、パーキンソン病は黒質の退化によって特徴付けられ、この領域を得ることをさらに困難にする。正常なコントロールの脳を神経病理学について試験し、そして神経変性に関係しているいかなる病理も含まないことを見出した。
【０５４７】
ＣＮＳパネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号が使用される：
ＰＳＰ＝進行性核上性麻痺
Ｓｕｂ  Ｎｉｇｒａ＝黒質
Ｇｌｏｂ  Ｐａｌｌａｄｕｓ＝淡蒼球
Ｔｅｍｐ  Ｐｏｌｅ＝大脳側頭極
Ｃｉｎｇ  Ｇｙｒ＝帯状回
ＢＡ  ４＝ブロードマン第４野。
【０５４８】
（パネルＣＮＳ＿神経変性（Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿Ｖ１．０）
パネルＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０のプレートは、２個のコントロールウェルおよび４７個の試験サンプルを含む。これは、Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＭｃＬｅａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）およびＨｕｍａｎ  Ｂｒａｉｎ  ａｎｄ  Ｓｐｉｎａｌ  Ｆｌｕｉｄ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＶＡ  Ｇｒｅａｔｅｒ  Ｌｏｓ  Ａｎｇｅｌｅｓ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｓｙｓｔｅｍ）から入手した死後のヒトの脳組織から単離されたｃＤＮＡで構成される。脳を、死後４時間から２４時間の間にドナーの頭蓋冠から摘出し、神経解剖学者によって断片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を断片化し、そして明確な関連する神経病理学の診断を確認するために神経病理学者によって試験した。
【０５４９】
疾患の診断を患者の記録から入手する。パネルは、アルツハイマー病（ＡＤ）患者に由来する６つの脳、および生前に痴呆の兆候を示さない「正常なコントロール」に由来する８つの脳を含む。８つの正常なコントロールの脳は、２つのカテゴリーに分けられる：痴呆もアルツハイマー様の病理症状もないコントロール（コントロール）および痴呆がないが重症のアルツハイマー様病理症状の形跡を示すコントロール、（特に、老人斑負荷を０〜３のスケールでレベル３として評価した；０＝斑を示さない、３＝重症のＡＤの老人斑負荷）。これらの脳のそれぞれの中で、以下の領域が示される：海馬、側頭皮質（ブロードマン第２１野）、頭頂皮質（ブロードマン第７野）、および後頭皮質（ブロードマン第１７野）。これらの領域は、ＡＤでの神経変性のすべてのレベルを含むように選ばれた。海馬は、ＡＤでの早期かつ重症の神経欠損の領域である；側頭皮質は、海馬の後に、ＡＤでの神経変性を示すことが知られている；頭頂皮質は、疾患の後期段階で中程度の神経の死を示す；後頭皮質は、ＡＤで残され、したがってＡＤ患者内の「コントロール」領域として働く。脳のすべての領域がすべての症例において示されるわけではない。
【０５５０】
ＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０パネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号を使用する：
ＡＤ＝アルツハイマー病の脳；患者は痴呆になっており、そして検死でＡＤ様の病理症状を示した
Ｃｏｎｔｒｏｌ＝コントロールの脳；痴呆がなく、神経病理症状を示さない患者
Ｃｏｎｔｒｏｌ（Ｐａｔｈ）＝コントロールの脳；痴呆ではないが重症のＡＤ様の病理症状を示す患者
Ｓｕｐ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝上位の側頭皮質
Ｉｎｆ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝下位の側頭皮質。
【０５５１】
（ＳＥＣ１１（ＣＧ５０３７９−０１））
遺伝子ＣＧ５０３７９−０１の発現は、表２１Ａに記載されたＡｇ２２５５のプライマー−プローブのセットを使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実験の結果を、表２１Ｂ、２１Ｃ、２１Ｄ、２１Ｅおよび２１Ｆに示す。
【０５５２】
【表２１Ａ】
2005508133.tif 000153
【０５５３】
【表２１Ｂ】
2005508133.tif 000154
2005508133.tif 000155
2005508133.tif 000156
【０５５４】
【表２１Ｃ】
2005508133.tif 000157
2005508133.tif 000158
2005508133.tif 000159
【０５５５】
【表２１Ｄ】
2005508133.tif 000160
2005508133.tif 000161
2005508133.tif 000162
【０５５６】
【表２１Ｅ】
2005508133.tif 000163
2005508133.tif 000164
【０５５７】
【表２１Ｆ】
2005508133.tif 000165
2005508133.tif 000166
2005508133.tif 000167
（ＡＩ＿ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｐａｎｅｌ＿ｖ１．０概要：）Ａｇ２２５５  同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験の両方ともが、気腫患者のサブセット由来のサンプルにおいて、ＣＧ５０３７９−０１遺伝子、フリズル−１０ホモログの最高の発現を示した（ＣＴ＝３１〜３２）。さらに、この遺伝子はまた、培養物中の、ＩＬ−４またはＩＬ−１３を用いて活性される、粘膜表皮肺上皮細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２由来のサンプルにおいて中程度のレベルで発現される。この発現プロファイルに基づいて、ＣＧ５０３７９−０１遺伝子にコードされる、推定７回膜貫通レセプターの作用を拮抗する低分子薬物または抗体は、アレルギー、喘息、または慢性閉塞性肺疾患を有する患者における症状を低減するか、または除去する、治療剤として有用であり得る。
【０５５８】
（パネル１．３Ｄ概要：）Ａｇ２２５５  同じプローブおよびプライマーのセットを使用する２つの実験の両方とも、胎児骨格筋に由来するサンプルにおいて、ＣＧ５０３７９−０１遺伝子、フリズル−１０ホモログの最高の発現を示す（ＣＴ＝２９〜３０）。さらに、胎児骨格筋における発現は、成人の骨格筋における発現よりも有意に高い（ＣＴ＝３８）。従って、この遺伝子の発現は、胎児骨格筋と成人骨格筋との間の区別をするのに使用され得る。さらに、胎児骨格筋における有意に高い発現によって、この遺伝子産物が、胎児における筋肉の増加または発達を増強し得し、そして、次いで、この成人における再生活性において作用し得ることが示唆され得る。従って、この遺伝子によりコードされるタンパク質の治療学的調節は、筋肉関連疾患の処置において有用であり得る。より具体的には、この遺伝子によってコードされるタンパク質を用いた、脆弱性またはジストロフィー性の筋肉の処置によって、筋肉の重量または機能が回復され得る。
【０５５９】
ＣＧ５０３７９−０１遺伝子また、小細胞肺癌および結腸癌腫において発現する。従って、この遺伝子の発現は、このパネルにおけるこれらのサンプルと他のサンプルを区別するのに使用され得る。さらに、モノクローナル抗体を用いてＦＺＤ１０の治療標的化が、腫瘍細胞（特に肺腫瘍および結腸腫瘍）の移動、浸潤、および増殖の範囲を限定するか、またはこれをブロックすると期待される。
【０５６０】
（参考文献）
Ｋｏｉｋｅ  Ｊ，Ｔａｋａｇｉ  Ａ，Ｍｉｗａ  Ｔ，Ｈｉｒａｉ  Ｍ，Ｔｅｒａｄａ  Ｍ，Ｋａｔｏｈ  Ｍ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ  Ｆｒｉｚｚｌｅｄ  −１０，ａ  ｎｏｖｅｌ  ｍｅｍｅｂｅｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｒｉｚｚｌｅｄ  ｇｅｎｅ  ｆａｍｉｌｙ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  １９９９  Ａｕｇ  １９：２６２（１）：３９−４３
上記の参考文献において、このフリズル遺伝子は、ＷＮＴレセプターをコードしていることが見出された。フリズル−１０（ＦＤＺ１０）をクローン化し、しそして、特徴づけた。ヌクレオチド配列分析によって、ヒトＦＺＤ１０遺伝子は、Ｎ末端システインリッチドメインおよびＣ末端Ｓｅｒ／Ｔｈｒ−Ｘｘｘ−Ｖａｌモチーフを有する、７回膜貫通レセプター（５８１アミノ酸）をコードする。より高分子量のＦＺＤ１０  ｍＲＮＡ（サイズが４．０ｋｂである）を、胎盤および胎児の腎臓、その後、胎児の肺および脳において検出した。成人の脳において、ＦＺＤ１０  ｍＲＮＡは小脳において豊富である。癌細胞株の中に、ＦＺＤ１０は、頚部癌細胞株、ＨｅＬａ  Ｓ３細胞株で高度に発現し、そして結腸癌細胞、ＳＷ４８０において中程度に発現していた。ＦＺＤ１０遺伝子を、ヒト染色体１２ｑ２４．３３にマッピングした。
【０５６１】
Ｋａｗａｋａｍｉ  Ｙ，Ｗａｄａ  Ｎ，Ｎｉｓｈｉｍａｔｓｕ  Ｓ，Ｎｏｈｎｏ  Ｔ  Ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｆｒｉｚｚｌｅｄ−１０  ｉｎ  Ｗｎｔ−７ａ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｄｕｒｉｎｇ  ｃｈｉｃｋ  ｌｉｍｂ  ｄｅｖｅｏｐｍｅｎｔ．Ｄｅｖ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｄｉｆｆｅｒ  ２０００  Ｄｅｃ；４２（６）５６１−９
要約：四肢の芽状突起の背側外胚葉は、脊椎動物の四肢形態形成の間の背側−腹側パタニングと同様に前後パタニングを調節することが知られている。Ｗｎｔ−７ａは、背側外胚葉において発現され、これらの事象に関連する重要な分子をコードする。本研究において、Ｗｎｔレセプターをコードするニワトリｆｉｚｚｌｅｄ−１０（Ｆｚ−１０）を、ニワトリ四肢パタニングの間のＷｎｔ−７ａシグナル伝達の機構を研究するのに使用した。なぜならば、この発現は、四肢芽状突起の後側遠位領域に限定されるからである。Ｆｚ−１０転写産物は、ステージ１８〜２３のヒヨコの四肢芽状突起の背側において、Ｓｏｎｉｃ  ｈｅｄｇｅｈｏｇ（Ｓｈｈ）と共存する。Ｘｅｎｏｐｕｓ動物キャップアッセイ（Ｘｅｎｏｐｕｓ  ａｎｉｍａｌ  ｃａｐ  ａｓｓａｙ）において、Ｆｚ−１０がＷｎｔ−７ａと相互作用して、共同的にＷｎｔ応答性遺伝子（例えば、ＳｉａｍｏｉｓおよびＸｎｒ３）の発現を誘導することをした。ヒヨコの四肢芽状突起において、Ｆｚ−１０発現は、Ｓｈｈおよび背側外胚葉からのシグナル、おそらくは、Ｗｎｔ−７ａによって調節されるが、外胚葉頂堤からのシグナルによっては調節されない。これらの結果によって、Ｆｚ−１０が、Ｗｎｔ−７ａについてのレセプターとして作用し、そしてヒヨコの四肢芽状突起においてＳｈｈ発現に対して陽性効果を有することが示唆された。
【０５６２】
（パネル２Ｄ概要：）ＡＡｇ２２５５  同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験の両方ともが、子宮癌および肺癌由来のサンプルにおいて、ＣＧ５０３７９−０１遺伝子、フリズル−１０ホモログの最高の発現を示した（ＣＴ＝３０〜３１）。有意な発現がまた、前立腺癌においても見られる。さらに、この遺伝子は，その正常な隣接する組織と比較した場合に、子宮癌，肺癌、および胃癌において過剰発現される。従って、モノクローナル抗体を用いたＦＺＤ１０の治療学的標的化は、好ましくは，肺癌、子宮癌、前立腺癌、胃癌、および卵巣癌における、腫瘍細胞の移動の範囲、浸潤および増殖を限定するかまたはブロックすると期待される。
【０５６３】
（パネル３Ｄ概要：）Ａｇ２２５５  ＣＧ５０３７９−０１遺伝子の発現は、肺癌細胞株（ＬＸ−１）由来のサンプルにおいて最も高いようである（ＣＴ＝３０．７）。また、他の肺癌細胞株ならびに結腸癌細胞株における実質的な発現がまた存在するようである。これらの発現は、パネル１．３Ｄに見られる発現と一致する。従って、この遺伝子の発現は、このパネルにおいて、他のサンプルとＬＸ−１サンプルとを区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用を介しての、この遺伝子の治療学的調節は、肺癌または結腸癌の処置において有益であり得る。
【０５６４】
（パネル４Ｄ概要：）Ａｇ２２５５  同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験の両方とも、ＩＬ−４で刺激された粘液性類表皮細胞株ＮＣＩ−Ｈ２９２由来のサンプルにおいて、ＣＧ５０３７９−０１遺伝子、フリズル−１０ホモログの最高の発現を示した（ＣＴ＝３０）。有意な発現がまた、ＩＬ−１３活性化ＮＣＩ−Ｈ２９２においても見出される。肺由来の組織におけるこの顕著な発現は、上述のパネルと一致し、そして、特にこの細胞における発現は、ＡＩ＿ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ＿ｐａｎｅｌ＿ｖ１．０におけるは発現と一致する。従って、この発現プロファイルによって、この遺伝子産物が、炎症、特に、後期のアレルギー反応のメディエーターとして、そしてサイトカインおよびケモカインによる炎症領域への局所的な細胞の移動または輸送のメディエーターとして、重要な役割を担い得る。従って、炎症誘発性サイトカイン（例えば、ＩＬ−４またはＩＬ−１３）がアレルギー、喘息、およびＣＯＰＤの患者において誘導されるときに、この７回膜貫通レセプターホモログの作用を拮抗するモノクローナル抗体または低分子薬剤を用いてＣＧ５０３７９−０１を治療学的に標的化することにより、炎症能力およびそれに次ぐ、それらのサイトカインによって引き起こされる炎症症状の程度が制限または除去されることが期待される。
【０５６５】
（参考文献）
Ｌｏｕａｈｅｄ  Ｊ，Ｔｏｄａ  Ｍ，Ｊｅｎ  Ｊ，Ｈａｍｉｄ  Ｑ，Ｒｅｎａｕｌｄ  ＪＣ，Ｌｅｖｉｔｔ  ＲＣ，Ｎｉｃｏｌａｉｄｅｓ  ＮＣ  Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−９  ｕｐｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ｍｕｃｕｓ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ａｉｒｗａｙｓ．Ａｍ  Ｊ  Ｒｅｓｐｉｒ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ２０００  Ｊｕｎ；２２（６）：６４９−５６。
【０５６６】
要約：インターロイキン（ＩＬ）−９は、その発現が気道応答性の程度および喘息様表現型と強く関連するので、近年、アレルギー性疾患において重要な役割を担うということが示された。ＩＬ−９は、アレルギー性免疫応答に関与する多くの細胞型において活性である多形質発現性サイトカインである。粘液過剰分泌は、慢性気道疾患の臨床的特性である；しかし、ムチンの誘導に潜在する機構は、ほとんど理解されていない。この報告において、ＩＬ−９はインビボおよびインビトロの両方における肺細胞でのムチン遺伝子のサブセットの発現を調節する。インビボで、トランスジェニックマウス中のＩＫ−９の構成性発現は、気道上皮細胞における上昇したＭＵＣ２遺伝子およびＭＵＣ５ＡＣ遺伝子の発現を生じ、そして過ヨウ素酸−Ｓｃｈｉｆｆ陽性染色した（粘液糖グリコジェネート（ｇｌｙｃｏｇｅｎｅｔｅ）を反映する）。類似の結果を、ＩＬ−９の気管内点滴注入の後のＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスにおいて観察した。対照的に、Ｔヘルパー１関連サイトカインインターフェロンγの点滴注入によって、粘液産生を誘導しなかった。インビトロにおいて、本発明者の研究によって、ＩＬ−９はまた、ヒト１次肺培養物およびヒト粘液類表皮（ｍｕｃｃｏｅｐｉｄｅｒｍｏｉｄ）ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞株の中でＭＵＣ２およびＭＵＣ５ＡＣの発現もまた誘導され、このことが、これらの細胞の中でムチン発現の誘導に対するＩＬ−９の直接的な効果を示すことが示された。全体として、これらの結果は、ＩＬ−９によるムチンのアップレギュレーションが、ヒトの炎症性気道障害（例えば、、喘息）の病因に寄与し得ること示唆する。これらのデータによって、喘息の多くの臨床的特性を調節することおいてＩＬ−９が有する生物プロセスの役割が拡張され、そして、喘息性応答の重要なメディエーターとしてＩＬ−９経路をさらに支持する。
【０５６７】
Ｚｈｅｎｇ  Ｔ、Ｚｈｕ  Ｚ，Ｗａｎｇ  Ｚ，Ｈｏｍｅｒ  ＲＪ，Ｍａ  Ｂ，Ｒｉｅｓｅ  ＲＪ  Ｊｒ，Ｃｈａｐｍａｎ  ＨＡ  Ｊｒ，Ｓｈａｐｉｒｏ  ＳＤ，Ｅｌｉａｓ  ＪＡ  Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｏｆ  ＩＬ−１３  ｔｏ  ｔｈｅ  ａｄｕｌｔ  ｌｕｎｇ  ｃａｕｓｅｓ  ｍａｔｒｉｘ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−  ａｎｄ  ｃａｔｈｅｐｓｉｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｅｍｐｈｙｓｅｍａ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ２０００  Ｎｏｖ；１０６（９）：１０８１−９３
要約：タバコの煙に曝露されることには、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の主要な原因である。しかし、少数の喫煙者のみが有意なＣＯＰＤを発症し、そして喘息または喘息類似の気道過剰応答または好酸球増加症を有する患者は、タバコの煙に曝露された後に、肺機能の急激な喪失を経験する。肺の炎症は、ＣＯＰＤを有する患者の肺に独特な特徴である。驚くべきことに、この炎症のメディエーターならびに病因およびＣＯＰＤの変化した性質履歴へのこれらの寄与は、それほどよく定義されていない。ここで、喘息において重要なサイトカインである、ＩＬ−１３は、成体マウスの肺において誘導的に過剰発現された場合に、肺容積の膨張およびコンプライアンス、粘液化生、ならびに炎症を伴う気腫を引き起こすことが示される。ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１２、ＭＭＰ−１３、およびＭＭＰ−１４ならびにカテプシンＢ、カテプシンＳ、カテプシンＬ、カテプシンＨおよびカテプシンＫは、この設定においては、ＩＬ−１３により誘導される。さらに、ＭＭＰまたはサイトカインプロテイナーゼアゴニストを用いる処置は、気腫および炎症を有意に減少させるが、これらの動物における粘液を減少させることはない。これらの研究によって、ＩＬ−１３が、ＭＭＰおよびカテプシンに基づいた肺におけるタンパク質分解経路の強力な刺激因子であることを実証した。これはまた、ＩＬ−１３はＭＭＰ依存性機構またはカテプシン依存性機構を介して気腫を引き起こし、そして、ＣＯＰＤおよび喘息に潜み得る一般的な機構を強調する。
【０５６８】
（ＳＥＣ４（ＣＧ５５０２３−０１／ＳＣ４６８７２０８９））
遺伝子ＣＧ５５０２３−０１の発現を、プライマー−プローブセットの、Ａｇ６９２、Ａｇ２６４、およびＡｇ２６４ｂを使用して評価して、表２２Ａ、表２２Ｂ、および表２２Ｃに記載した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果は、表２２Ｄ、２２Ｅ、２２Ｆ、２２Ｇ、および２２Ｈにおいて示される。
【０５６９】
【表２２Ａ】
2005508133.tif 000168
【０５７０】
【表２２Ｂ】
2005508133.tif 000169
【０５７１】
【表２２Ｃ】
2005508133.tif 000170
【０５７２】
【表２２Ｄ】
2005508133.tif 000171
2005508133.tif 000172
【０５７３】
【表２２Ｅ】
2005508133.tif 000173
2005508133.tif 000174
2005508133.tif 000175
【０５７４】
【表２２Ｆ】
2005508133.tif 000176
2005508133.tif 000177
【０５７５】
【表２２Ｇ】
2005508133.tif 000178
2005508133.tif 000179
【０５７６】
【表２２Ｈ】
2005508133.tif 000180
2005508133.tif 000181
2005508133.tif 000182
（ＣＮＳ＿神経変性（ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿ｖ１．０の概要：Ａｇ６９２）  このＣＧ５５０２３−０１遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて、低度／検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず。）
（パネル１の概要：Ａｇ２６４／Ａｇ２６４ｂ）  このＣＧ５５０２３−０１遺伝子を用いた３つの実験結果は、妥当な一致を示す。この遺伝子の発現は、前立腺癌細胞株由来のサンプルにおいて最も高い（ＣＴ＝２４〜２６）ことが見出される。さらに、肺癌細胞株において実質的に発現する。従って、この遺伝子の発現は、パネル中の他のサンプルからこの前立腺細胞株サンプルを区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、前立腺癌または肺癌の処置に有益であり得る。
【０５７７】
（パネル１．２の概要：Ａｇ６９２）  このＣＧ５５０２３−０１遺伝子の発現を、結果が良好に一致する、このパネル中の２つの独立した実施において、評価した。この遺伝子の発現は、前立腺癌細胞株由来のサンプルにおいて最も高い（ＣＴ＝２３〜２４）ことが見出される。さらに、肺癌細胞株において実質的に発現する。この発現特性は、パネル１で見られる発現と一致する。従って、この遺伝子の発現は、パネル中の他のサンプルからこの前立腺細胞株サンプルを区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、前立腺癌または肺癌の処置に有益であり得る。
【０５７８】
この遺伝子はまた、試験された全てのＣＮＳ領域において中程度の発現を示す。ＴＧＦαは、ＣＮＳにおいて、多数の役割（アストロサイトの反応性の調節、神経細胞の分化および生存、ならびに運動ニューロンの保護が挙げられる）を有する。この可能性ある神経保護効果に起因して、この分子は多発性硬化症、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、アルツハイマー病、パーキンソン病もしくはハンチントン病、発作、または脳損傷もしくは脊髄損傷の処置に有用であり得る。
【０５７９】
さらに、この遺伝子は膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、ならびに成体の肝臓および胎児肝臓において、中程度に発現される。従って、この遺伝子産物は、代謝疾患および内分泌疾患（肥満、ならびに１型糖尿病および２型糖尿病が挙げられる）の処置のための、モノクローナル抗体の標的であり得る。代謝組織の中でも、この遺伝子は心臓において最も高い発現を有し（ＣＴ値＝２７〜２９）、そしてマウスのエピジェン（ｅｐｉｇｅｎ）タンパク質と７９％の同一性がある。エピジェンは、上皮細胞の増殖を刺激し（パネル４参考文献参照のこと）、このことは、この遺伝子産物に対するモノクローナル抗体がまた、心肥大疾患における心筋細胞の増殖の防止に有用であり得ることを示唆する。
【０５８０】
（参考文献：）
Ｂｏｉｌｌｅｅ  Ｓ，Ｃａｄｕｓｓｅａｕ  Ｊ，Ｃｏｕｌｐｉｅｒ  Ｍ，Ｇｒａｎｎｅｃ  Ｇ，Ｊｕｎｉｅｒ  ＭＰ．Ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ａｌｐｈａ：ａ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ  ｏｆ  ｍｏｔｏｎｅｕｒｏｎ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｏｆ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｒｅｌｅｖａｎｃｅ．Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２００１年９月１５日；２１（１８）：７０７９−８８
上皮増殖因子（ＥＧＦ）ファミリーのメンバーであるトランスホーミング増殖因子α（ＴＧＦα）の発現は、遺伝子損傷および実験的損傷（に対する成体マウス運動ニューロンの一般的な応答であるＴＧＦαがこれらの状況でアストログリオーシスの誘発物質として発生する）。ここで著者らは、ＴＧＦαの発現が病理学的状況に特異的ではなく、運動ニューロンの胚発生と関与し得る可能性に取り組む。ＴＧＦαのｍＲＮＡおよびそのレセプター（ＥＧＦレセプター（ＥＧＦＲ））のｍＲＮＡを、胎生１２日齢（Ｅ１２）から成体齢まで、頸部脊髄の腹側部分において、リボヌクレアーゼプロテクションアッセイにより検出した。インサイチュ二重免疫組織学アッセイと関連する、免疫精製したＥ１５の運動ニューロン由来のこれら転写物の逆転写−ＰＣＲ増幅は、ＴＧＦα−ＥＧＦＲの結合の細胞供給源として、胚の運動ニューロンを同定した。インビトロで、ＴＧＦαは、等価な濃度でのＢＤＮＦの神経保護効果と類似な程度で、免疫精製されたＥ１５の運動ニューロン生存を、量依存的様式で増進する。メタロチオネイン１プロモーターの制御下でヒトＴＧＦαの導入遺伝子を発現するトランスジェニックマウスにおいて、顔面神経の軸索切断は、１週齢マウスの関連運動プールにおいて、野生型動物においてよりも、有意に少ない変性を誘発した。導入遺伝子が脳幹での微弱な発現レベルのみを呈する場合、新生児においては保護が観察されなかった。結論として、著者らの結果は、運動ニューロン発達における神経栄養の役割についての生理学的な関連候補として、ＴＧＦαを提示する。胚の運動ニューロン（これはＴＮＦαのレセプターもまた合成する）によるＴＮＦαの発現は、このケモカインがオートクライン−パラクラインの様式で運動ニューロンの生存を増進する能力を付与されることを示唆する。
【０５８１】
Ｘｉａｎ  ＣＪ，Ｚｈｏｕ  ＸＦ．Ｒｏｌｅｓ  ｏｆ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ−ａｌｐｈａ  ａｎｄ  ｒｅｌａｔｅｄ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｎｅｒｖｏｕｓ  ｓｙｓｔｅｍ．Ｍｏｌ  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ  １９９９年１０月−１２月；２０（２−３）：１５７−８３
ポリペプチドの上皮増殖因子（ＥＧＦ）ファミリーは、組織の発達および修復の調節因子であり、そしてそれらの成熟形態が、内在性膜前駆体からタンパク質分解的に導かれるという事実によって特徴付けられる。この論文は、ＥＧＦファミリーの著名なメンバー（ＥＧＦ、トランスホーミング増殖因子−α［ＴＧＦ−α］およびヘパリン結合性ＥＧＦ［ＨＢ−ＥＧＦ］）、および神経系中の関連ニューレグリンファミリーの役割を論評する。ニューロンおよびグリア細胞により産生されるこれらのポリペプチドは、神経系の発達、増殖刺激、遊走、ならびにニューロン前駆細胞、グリア前駆細胞およびシュワン前駆細胞の分化において重要な役割を果たす。これらのペプチドはまた神経栄養性であり、おそらくはニューロン上のレセプターを介して直接的か、またはグリアの増殖および神経栄養因子のような他の分子のグリアの合成を刺激することを介して関接的に作用して、分裂後のニューロンの生存増強、およびアポトーシス阻害を行う。ＴＧＦ−α、ＥＧＦおよびニューレグリンは、グリア−ニューロンの相互作用および軸索−グリアの相互作用の媒介、神経傷害応答の調節、ならびに傷害に関連するアストロサイトのグリオーシス、脳腫瘍および神経系の他の障害に関与することに、関与する。このＥＧＦファミリーの包括的役割（およびニューレグリンの包括的役割）は神経系に必須であることが示されるが、ＥＧＦファミリーのメンバーの中で重複性が存在し得る。
【０５８２】
Ｊｕｎｉｅｒ  ＭＰ．Ｗｈａｔ  ｒｏｌｅ（ｓ）  ｆｏｒ  ＴＧＦａｌｐｈａ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｅｎｔｒａｌ  ｎｅｒｖｏｕｓ  ｓｙｓｔｅｍ？  Ｐｒｏｇ  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ  ２０００  １２月；６２（５）：４４３−７３
トランスホーミング増殖因子α（ＴＧＦα）は、それが同一のレセプターであるＥＧＦレセプター（ＥＧＦＲまたはｅｒｂＢ１）を共有する、上皮増殖因子（ＥＧＦ）ファミリーのメンバーである。中枢神経系（ＣＮＳ）において１９８５年に同定されて以来、中枢神経系組織におけるＴＧＦαの機能は、過去１０年間に決定されるようになったが、多くの疑問が未解答のままである。ＴＧＦαは、神経系（その合成に寄与するグリア細胞および神経細胞の両細胞）において広く分布する。アストロサイトは、異なるニューロンの集団に対するＴＧＦαの効果を部分的に媒介する、ＴＧＦαの主要な標的と考えられるが、異なる研究からの結果は、ニューロンに対するこの増殖因子の直接作用の可能性を生じた。従って、大きなアレイの実験データは、ＣＮＳにおける多機能因子としてＴＧＦαを示した。この概説は、（ｉ）ニューロン前駆体増殖／細胞運命の選択、ニューロンの生存／分化、および女性の思春期の徴候のニューロン制御のような、発生現象の制御におけるＴＧＦαの介入、（ｉｉ）アストロサイトの反応性を含む、アストログリアの代謝の強力な調節因子としてのＴＧＦαの役割、（ｉｉｉ）ＴＧＦαの神経保護能力、および（ｉｖ）アストログリアの新生物により例示されるような、神経病理過程へのＴＧＦαの関与、についての証拠を提供した、インビトロおよびインビボで実施される非常に多様な研究を、総合的な様式で提供しようとするものである。さらに、分子レベルでのＴＧＦαの作用の複雑なモデルに関する情報が提供され、そして巨大なＥＧＦファミリー内でのＴＧＦαの立場が、ＴＧＦαとその近縁物との間に起こり得る潜在的な相互作用および置換に関して明確化される。
【０５８３】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２６４／６９２）  このＣＧ５５０２３−０１遺伝子の発現は、２つの異なるプローブ／プライマー対を使用して、パネル２Ｄにおける２つの独立した実行において評価された。この遺伝子の発現は肺癌組織由来のサンプルにおいて最も高いと考えられる（ＣＴ＝２８〜３０）。さらに、２つの乳癌、膀胱癌に由来するサンプル、および正常な卵巣組織のサンプルにおいて、実質的に発現している。従って、この遺伝子の発現は、パネル中の他のサンプルからこれらの肺癌サンプルを区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、肺癌、乳癌または膀胱癌の処置に有益であり得る。
【０５８４】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ６９２）  ＴＧＦ−α様のエピジェン（Ｅｐｉｇｅｎ）タンパク質ホモログである、このＣＧ５５０２３−０１は、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで活性化された小気道上皮において（ＣＴ＝２８．７１）、ならびにホルボールエステルおよびイオノマイシンで活性化されたＫＵ−８１２好塩基球細胞において（ＣＴ＝２９．７６）、非常に高度に発現される。エピジェン（Ｅｐｉｇｎｅ）は上皮細胞の増殖を刺激することが示された。従って、ＣＧ５５０２３−０１遺伝子産物の作用をブロックする抗体は、喘息、気腫およびアレルギーに罹患した患者の症状を軽減または排除するための治療法として有用であり得る。
【０５８５】
（参考文献：）
Ｓｔｒａｃｈａｎ  Ｌ，  Ｍｕｒｉｓｏｎ  ＪＧ，  Ｐｒｅｓｔｉｄｇｅ  ＲＬ，  Ｓｌｅｅｍａｎ  ＭＡ，  Ｗａｔｓｏｎ  ＪＤ，  Ｋｕｍｂｌｅ  ＫＤ．  Ｃｌｏｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ｅｐｉｇｅｎ，  ａ  ｎｏｖｅｌ  ｍｅｍｂｅｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２００１年５月２５日；２７６（２１）１８２６５−７１。
【０５８６】
マウスケラチノサイトライブラリーのハイスループット配列決定を、増殖因子の上皮増殖因子（ＥＧＦ）ファミリーに対する相同性を有する、発現された配列タグを同定するために使用した。著者らは、この発現された配列タグによりコードされるタンパク質を、上皮マイトジェンに対して、エピジェンと名付けた。エピジェンはＥＧＦスーパーファミリーに特有な特徴を含む１５２アミノ酸のタンパク質をコードする。推定のシグナル配列および膜貫通ドメインに対応する２つの疎水性領域は、６個のシステイン残基および２つの推定のＮ連結されたグリコシル化部位を含むアミノ酸の中心に隣接する。エピジェンは、ＥＧＦ、トランスホーミング増殖因子αおよびエピレグリンを含むＥＧＦスーパーファミリーのメンバーに対して、２４〜３７％の同一性を示す。いくつかの成体マウス組織のノーザンブロットは、エピジェンが、精巣、心臓および肝臓に存在することを示した。組み換えエピジェンを、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ中で合成して、リフォールディングして、そしてその生物学的活性を、いくつかのアッセイにおけるＥＧＦおよびトランスホーミング増殖因子αの生物学的活性と比較した。上皮細胞において、エピジェンはｃ−ｅｒｂＢ−１およびマイトジェン活性化プロテインキナーゼのリン酸化を刺激して、そしてまたｃ−ｆｏｓプロモーター中に存在するエンハンサー配列を含むレポーター遺伝子を活性化した。エピジェンはまた、ＨａＣａＴ細胞の増殖を刺激して、そしてこの増殖は、レセプターチロシンキナーゼｃ−ｅｒｂＢ−１の細胞外ドメインに対する抗体によりブロックされた。従って、エピジェンはＥＧＦスーパーファミリーの最も新しいメンバーであり、そして上皮細胞の増殖を促進させるその能力によって、創傷回復治療のための新規の分子標的を構成し得る。
【０５８７】
（ＰＭＩＤ：１１２７８３２３）
（ＳＥＣ１（ＣＧ５５６８８−０１）
遺伝子ＣＧ５５６８８−０１の発現を、表２３Ａ中に記載される、プライマー−プローブのセットＡｇ１１４８を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施の結果を、表２３Ｂ、表２３Ｃ、表２３Ｄ、表２３Ｅ、表２３Ｆ、表２３Ｇおよび表２３Ｈに示す。
【０５８８】
【表２３Ａ】
2005508133.tif 000183
【０５８９】
【表２３Ｂ】
2005508133.tif 000184
2005508133.tif 000185
【０５９０】
【表２３Ｃ】
2005508133.tif 000186
2005508133.tif 000187
2005508133.tif 000188
【０５９１】
【表２３Ｄ】
2005508133.tif 000189
2005508133.tif 000190
【０５９２】
【表２３Ｅ】
2005508133.tif 000191
2005508133.tif 000192
2005508133.tif 000193
【０５９３】
【表２３Ｆ】
2005508133.tif 000194
2005508133.tif 000195
2005508133.tif 000196
【０５９４】
【表２３Ｇ】
2005508133.tif 000197
2005508133.tif 000198
【０５９５】
【表２３Ｈ】
2005508133.tif 000199
2005508133.tif 000200
（一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．５の概要：Ａｇ１１４８）  このＣＧ５５６８８−０１遺伝子の発現は、黒色腫細胞株（Ｈｓ．６８８（Ａ）．Ｔ））由来のサンプルにおいて最も高く見られる（ＣＴ＝３２．２）。全体的に、有意な発現が、癌細胞株（関連する黒色腫細胞株（Ｈｓ．６８８（Ｂ）．Ｔ）を含む）、ならびに腎臓癌細胞株、卵巣癌細胞株および乳癌細胞株のクラスターにおいて優勢的に見られる。従って、この遺伝子の発現は、パネル中の他のサンプルからＨＳ．６８８（Ａ）．Ｔ細胞を区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、黒色腫、腎臓癌、乳癌または卵巣癌の処置において有益であり得る。
【０５９６】
また、胎児腎臓における発現（ＣＴ＝３８．２）と比較した場合、腎臓において有意な発現が存在する（ＣＴ＝３３．２）。従って、この遺伝子の発現は、成体の腎臓と胎児の腎臓との間を区別するために使用され得る。
【０５９７】
（パネル１．２の概要：Ａｇ１１４８）  同一のプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験は、胎児の心臓および成体の心臓において、このＣＧ５５６８８−０１遺伝子の最も高い発現が示す（ＣＴ＝２５）。この遺伝子は、他の代謝組織（膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、ならびに成体の肝臓および胎児の肝臓を含む）において中〜高い程度の発現を有する。この遺伝子の産物は、インスリン様増殖因子結合タンパク質ファミリーに属し、そして相同性により、代謝制御において種々の役割を果たし得る。従って、この遺伝子の産物は、代謝疾患および内分泌疾患（肥満ならびに１型糖尿病および２型糖尿病を含む）の処置のための、モノクローナル抗体標的であり得る。
【０５９８】
このパネルは、ＣＮＳ内におけるこの遺伝子の発現が、海馬において最も高いことを示す。海馬は、長期記憶の形成に重要な脳の領域である。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性の論説については、パネル１．３ｄを参照のこと。
【０５９９】
また、胎児の肺における発現（ＣＴ＝２９〜３０）と比較した場合、肺において有意な発現（ＣＴ＝２５〜２７）がある。従って、この遺伝子の発現は、成体の肺と胎児の肺との間を区別するために使用され得る。
【０６００】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ１１４８）  このＣＧ５５６８８−０１遺伝子の発現は、黒色腫細胞株（Ｈｓ．６８８（Ａ）．Ｔ）由来のサンプルにおいて最も高く見える（ＣＴ＝２７）。さらに、関連する黒色腫細胞株（Ｈｓ．６８８（Ｂ）．Ｔ）、ならびに脳癌細胞株および腎臓癌細胞株のクラスターにおいて、実質的な発現が見える。この発現は、先のパネルにおける発現と一致している。従って、この遺伝子の発現は、パネル中の他のサンプルからＨＳ．６８８（Ａ）．Ｔ細胞を区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、黒色腫、腎臓癌または脳癌の処置において有益であり得る。
【０６０１】
このパネルは、代謝組織におけるこの遺伝子の有意な発現を示し、このことはパネル１．２中に見られる発現を追認する。代謝疾患におけるこの遺伝子の有用性についての議論については、このパネルを参照のこと。
【０６０２】
さらに、この遺伝子はいつくかの脳の領域（海馬、皮質、黒質、視床、扁桃および胎児の脳を含む）において、低レベルで発現する。Ｃｒｙ６１は、記憶形成およびシナプス形成性に関与している前初期遺伝子である。これはまた、長期記憶の形成に重要な脳の領域である海馬の発生中に、上方制御されることが示されている。従って、Ｃｒｙ６１に対する相同性および海馬における優先的発現に基づいて、この遺伝子は、痴呆（アルツハイマー性、血管性、など）の処置または記憶増強のための優れた薬物標的である。
【０６０３】
（参考文献：）
Ａｌｂｒｅｃｈｔ  Ｃ，ｖｏｎ  Ｄｅｒ  Ｋａｍｍｅｒ  Ｈ，Ｍａｙｈａｕｓ  Ｍ，Ｋｌａｕｄｉｎｙ  Ｊ，Ｓｃｈｗｅｉｚｅｒ  Ｍ，Ｎｉｔｓｃｈ  ＲＭ．Ｍｕｓｃａｒｉｎｉｃ  ａｃｅｔｙｌｃｈｏｌｉｎｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ｉｎｄｕｃｅ  ｔｈｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｉｍｍｅｄｉａｔｅ  ｅａｒｌｙ  ｇｒｏｗｔｈ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｇｅｎｅ  ＣＹＲ６１．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２０００年９月１５日；２７５（３７）：２８９２９−３６。
【０６０４】
脳において、ムスカリンアセチルコリンレセプター（ｍＡＣｈＲ）は、学習および記憶形成に関係する神経回路において、長期記憶可塑およびシナプス形成を含む神経機能を調節する。ｍＡＣｈＲ誘導性遺伝子を同定するために、著者らは、ディファレンシャルディスプレイアプローチを使用して、そしてｍＡＣｈＲがＨＥＫ２９３細胞において、前初期遺伝子ＣＹＲ６１の転写を、レセプター刺激の１時間後に最大量の発現を伴って、速やかに誘導することを見出した。ＣＹＲ６１は、ＣＹＲ６１／ＣＥＦ１０、ＣＴＦＧ／ＦＩＳＰ−１２およびＮＯＶ（これらは、細胞増殖、細胞遊走、細胞接着および細胞生存において明確な機能を有する、分泌性増殖制御タンパク質をコードする）を含む、新生のＣＣＮ遺伝子ファミリーのメンバーである。著者らは、ＣＹＲ６１、ＣＴＧＦおよびＮＯＶが、ヒトの中枢神経系全体にわたり発現されることを見出した。ｍＡＣｈＲの刺激は、初期ニューロンにおいて、およびＣＹＲ６１  ｍＲＮＡが皮質層Ｖおよび皮質層ＶＩ、ならびに視床の核におけて検出されたラットの脳において、ＣＹＲ６１の発現を誘導した。対照的に、ＣＴＧＦおよびＮＯＶの発現は、神経細胞組織培養においてもラットの脳においても、ｍＡＣｈＲにより変化されなかった。レセプターサブタイプの分析は、ｍ１  ｍＡＣｈＲサブタイプおよびｍ３  ｍＡＣｈＲサブタイプが、ＣＹＲ６１の発現を強力に誘導し、一方でｍ２  ｍＡＣｈＲサブタイプおよびｍ４  ｍＡＣｈＲがわずかな効果のみを有することが、実証された。増加したＣＹＲ６１の発現は、プロテインキナーゼＣおよび細胞内Ｃａ（２＋）の上昇の両方によってｍＡＣｈＲと関連付けられる。著者らの結果は、哺乳動物の脳におけるＣＹＲ６１の発現が、コリン作動性神経伝達の制御下にあること；従って、それはシナプス形成のコリン作動性調節に関与し得ることを確立する。
【０６０５】
Ｃｈｕｎｇ  ＫＣ，Ａｈｎ  ＹＳ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｉｍｍｅｄｉａｔｅ  ｅａｒｌｙ  ｇｅｎｅ  ｃｙｒ６１  ｄｕｒｉｎｇ  ｔｈｅ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｉｍｍｏｒｔａｌｉｚｅｄ  ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ  ｈｉｐｐｏｃａｍｐａｌ  ｎｅｕｒｏｎａｌ  ｃｅｌｌｓ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  Ｌｅｔｔ  １９９８年１０月２３日；２５５（３）１５５−８。
【０６０６】
増殖因子媒介性シグナル伝達は、細胞増殖および細胞分化の理解において根本的に重要である過程である。神経細胞分化へと導くシグナル経路を解明するために、著者らは不死化神経海馬細胞株Ｈ１９−７の分化において選択的に誘導される媒介物を同定することに着手した。本研究において、著者らは前初期遺伝子ｃｙｒ６１がＨ１９−７細胞の分化中にｂＦＧＦにより迅速かつ一過性の様式で発現されることを見出した。ｂＦＧＦによるｃｙｒ６１の誘導に関するシグナル伝達経路を明確にするために、著者らは、Ｒａｆ−１およびマイトジェン活性化プロテインキナーゼ（ＭＡＰＫ）がｃｙｒ６１の誘導中に活性化されるか否かについて確認した。ｃｙｒ６１が、少なくとも２つのシグナル経路（ＭＡＰＫ依存性シグナル経路およびＭＡＰＫ非依存性シグナル伝達経路）を介して、ｂＦＧＦにより誘導されることが同定される。この研究は、ｃｙｒ６１が神経細胞の分化プロセスにおいて重要な役割を果たすようであることを示唆した。
【０６０７】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ１１４８）  このＣＧ５５６８８−０１遺伝子の発現を、実行間で優れた一致性を有する、パネル２Ｄ中の２つの独立した実行において評価した。この遺伝子の最も高い発現を、正常な膀胱組織および腎臓癌のサンプルにおいて見出した（ＣＴ＝２８）。さらに、卵巣由来の組織、前立腺由来の組織、および多くの腎臓サンプルに関連して、実質的な発現が見られた。従って、この遺伝子の発現は、パネル中の残りのサンプルより、膀胱サンプルおよび腎臓サンプルを区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療剤および抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、腎臓癌、卵巣癌または前立腺癌の処置において有益であり得る。
【０６０８】
（パネル３Ｄの概要：Ａｇ１１４８）  このＣＧ５５６８８−０１遺伝子の発現は、肺癌由来のサンプル（ＮＣＩ−Ｈ２９２）において最も高く見られる（ＣＴ＝２８）。さらに、多くの脳癌、腎臓癌細胞株、膵臓癌細胞株、膀胱癌細胞株および２つの肉腫細胞株に関連して、実質的に発現が存在する。従って、この遺伝子の発現は、パネル中の他のサンプルからＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を区別するために使用され得る。
【０６０９】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ１１４８）Ｃｙｒ６１のホモログであるこのＣＧ５５６８８−０１遺伝子は、休止のＨＵＶＥＣおよびサイトカインで刺激されたＨＵＶＥＣ、肺小胞の内皮細胞、冠状動脈平滑筋細胞、気管支上皮細胞、小気道上皮細胞、アストロサイト、肺動脈内皮細胞、肺繊維芽細胞および皮膚繊維芽細胞において、中程度のレベル（ＣＴ範囲２８〜３２）で発現される。上記の発現パターンおよび血管生物学（参考文献参照のこと）におけるＣｙｒ６１の機能についての著者らの理解に基づいて、このＣＧ５５６８８−０１遺伝子産物の機能をブロックする、抗体および低分子アンタゴニストは、任意のいくつかの炎症疾患または自己免疫疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、喘息、気腫、慢性関節リウマチ、または乾癬を含む）に罹患した患者の症状を、軽減または排除し得る。
【０６１０】
（参考文献：）
Ｂａｂｉｃ  ＡＭ，Ｋｉｒｅｅｖａ  ＭＬ，Ｋｏｌｅｓｎｉｋｏｖａ  ＴＶ，Ｌａｕ  ＬＦ  ＣＹＲ６１，ａ  ｐｒｏｄｕｃｔ  ｏｆ  ａ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｉｍｍｅｄｉａｔｅ  ｅａｒｌｙ  ｇｅｎｅ，ｐｒｏｍｏｔｅｓ  ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ  ａｎｄ  ｔｕｍｏｒ  ｇｒｏｗｔｈ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １９９８年５月２６日；９５（１１）：６３５５−６０。
【０６１１】
ＣＹＲ６１は、増殖因子誘導性の前初期遺伝子によりコードされる、分泌性の、システインリッチのヘパリン結合性タンパク質である。ＣＹＲ６１は、細胞外マトリクス関連シグナル伝達分子として機能し、インテグリンαＶβ３との相互作用を介して内皮細胞の接着を促進し、そして同じ細胞型における増殖因子誘導性ＤＮＡ合成を増大させる。この研究において、著者らは、精製されたＣＹＲ６１が、αＶβ３依存性経路を介して培養中のヒト微小血管内皮細胞の方向付けられた遊走を刺激して、そしてラット角膜において新血管新生を誘導することを、示す。ＣＹＲ６１の走化性活性および脈管形成活性の両方は、特異的な抗ＣＹＲ６１抗体によってブロックされ得る。試験された大部分のヒトの腫瘍由来細胞株がＣＹＲ６１を発現する一方で、胃の腺癌細胞株のＲＦ−１は発現しない。ＲＦ−１細胞において構成的プロモーターの制御下でのＣＹＲ６１  ｃＤＮＡの発現は、免疫不全のマウスにおける増殖により測定した場合、これらの細胞の腫瘍形成性を有意に増強し、その結果コントロールのＲＦ−１により生じる腫瘍よりも、より大きく且つより血管化した腫瘍を生じた。まとめると、これらの結果は、ＣＹＲ６１を、腫瘍の増殖および血管新生を促進し得る脈管新生誘導因子として同定する；この結果はまた、生理学的新生血管形成および病理学的新生血管形成におけるＣＹＲ６１の潜在的な役割を示唆する。
【０６１２】
（パネル５島の概要：Ａｇ１１４８）  このＣＧ５５６８８−０１遺伝子は、島組織において低度の発現を有する。この遺伝子はまた、インビトロで脂肪細胞、軟骨細胞および骨細胞へと分化し得る、間葉幹細胞において低レベルで発現される。従って、この遺伝子は、脂肪、軟骨または骨に関係する疾患の治療のための、モノクローナル抗体標的であり得る。
【０６１３】
（ＳＥＣ６（ＣＧ５６１５７−０１）
遺伝子ＣＧ５６１５７−０１の発現を、表２４Ａ中に記載されるプライマー−プローブのセットＡｇ１１０２を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施の結果を表２４Ｂ中に示す。
【０６１４】
【表２４Ａ】
2005508133.tif 000201
【０６１５】
【表２４Ｂ】
2005508133.tif 000202
2005508133.tif 000203
（パネル１．２の概要：Ａｇ１１０２）  このＣＧ５６１５７−０１遺伝子の最も高い発現は、骨格筋において見られ（ＣＴ＝２４）、また、膵臓、副腎、下垂体、心臓および肝臓においても高いレベルの発現が見られる。ジアゼパム結合インヒビター（ＤＢＩ）は、ミトコンドリアのステロイド産生、グルコース誘導性インスリン分泌、アセチルＣｏＡエステルの代謝、脂肪酸酸化およびＧＡＢＡＡレセプターに対するγ−アミノ酪酸の作用を制御する、１０−ｋＤａのポリペプチドである。従って、ＤＢＩ関連タンパク質であるこの遺伝子は、代謝疾患および内分泌疾患（肥満、ならびに１型糖尿病および２型糖尿病を含む）の処置のための低分子標的となり得る。
【０６１６】
この遺伝子はまた、試験された全てのＣＮＳの領域において高いレベルで発現した。このジアゼパム結合インヒビターは、発作障害、薬物依存性および記憶に関与している。さらに、このリガンドは、精神分裂病および双極性障害に関係しているＧＡＢＡ−Ａレセプターに作用する。従って、ジアゼパム結合インヒビターのホモログであるこの遺伝子の治療的調節は、これら疾患の任意の臨床状態において有用であり得る。
【０６１７】
（参考文献：）
Ｋｏｌｍｅｒ  Ｍ，Ａｌｈｏ  Ｈ，Ｃｏｓｔａ  Ｅ，Ｐａｎｉ  Ｌ，Ｃｌｏｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｔｉｓｓｕｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｒａｔ  ｄｉａｚｅｐａｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ，ａ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｗｉｔｈ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｃｔｉｏｎｓ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．１９９３年９月１５日；９０（１８）：８４３９−４３。
【０６１８】
ジアゼパム結合インヒビター（ＤＢＩ）は、ミトコンドリアのステロイド産生、グルコース誘導性インスリン分泌、アセチルＣｏＡエステルの代謝、およびＧＡＢＡＡレセプターに対するγ−アミノ酪酸の作用を制御する、１０−ｋＤａのポリペプチドである。ＤＢＩ遺伝子発現の調節を調査するために、３つのポジティブなクローンをラットゲノムライブラリーより単離した。これらのうちの１つは、ＤＢＩ遺伝子の５’非翻訳領域、最初の２つのエキソン、および２番目のイントロンの一部の４ｋｂを含む、ＤＢＩゲノムＤＮＡフラグメントを含んでいた。２つの他の重なったクローンは、プロセッシングされたＤＢＩの偽遺伝子を含んでいた。いくつかの転写開始部位を、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイおよびプライマー伸長アッセイにより検出した。異なる組織は、転写開始点の使用効率において明確な差異を示した。ＤＢＩ遺伝子の５’非翻訳領域からの異なる長さのＤＮＡフラグメントを使用した一過性発現の実験から、基底プロモーター活性がＤＢＩ配列に近位の１４６ｂｐを必要とし、一方で完全な活性が５’非翻訳領域の４２３ｂｐで達成されることを示した。肝臓核タンパク質を用いたＤＮａｓｅ  Ｉプロテクション実験から、ＡＴＧ開始コドンに対して、−３８７〜−３３３、−２９５〜−２７１および−１７６〜−１３９のヌクレオチド（ｎｔ）の３つのプロテクションされた領域を実証した；他の組織において、プロテクションのパターンは異なっていた。ゲルシフトアッセイにおいて、最も近位の領域（−１７６〜−１３９）は、いくつかの基本転写因子、および異なる組織における特異的な制御パターンと関連し得る細胞型限定的核タンパク質に結合することが、見出された。従って、このＤＢＩ遺伝子は、ハウスキーピング遺伝子のいくつかの特徴を有するが、この遺伝子が、異なる細胞型において補助する機能により変化すると考えられる種々の調節も、また誘導する。
【０６１９】
（ＰＭＩＤ：７６９０９６２）
Ｆｅｒｒａｒｅｓｅ  Ｃ，Ｃｏｇｌｉａｔｉ  Ｔ，Ｔｏｒｔｏｒｅｌｌａ  Ｒ，Ｚｕｃｃａ  Ｃ，Ｂｏｇｌｉｕｎ  Ｇ，Ｂｅｇｈｉ  Ｅ，Ｐａｓｓｏｎｉ  Ｄ，Ｚｏｉａ  Ｃ，Ｂｅｇｎｉ  Ｂ，Ａｉｒｏｌｄｉ  Ｌ，Ａｌｈｏ  Ｈ，Ｆｒａｔｔｏｌａ  Ｌ．Ｄｉａｚｅｐａｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ（ＤＢＩ）ｉｎ  ｔｈｅ  ｐｌａｓｍａ  ｏｆ  ｐｅｄｉａｔｒｉｃ  ａｎｄ  ａｄｕｌｔ  ｅｐｉｌｅｐｔｉｃ  ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｅｐｉｌｅｐｓｙ  Ｒｅｓ  １９９８年１月；２９（２）：１２９−３４。
【０６２０】
ポリペプチドのジアゼパム結合インヒビター（ＤＢＩ）は、ベンゾジアゼピンレセプターに結合することにより、てんかん発作性活性を示す。著者らは、てんかんにおける可能性ある末梢的マーカーとして、小児てんかん患者および成体てんかん患者の血漿中のＤＢＩ濃度を分析した。ＤＢＩ血漿濃度は、年齢に関連したコントロールと比較して、成人患者において有意により高く（＋６２％、Ｐ＜０．００１）、そして小児患者において僅かであるが有意により高い（＋１５％、ｐ＜０．０１）。衝撃的なことに、血漿ＤＢＩは、成人の全身性てんかんにおいて、そして薬物耐性の小児患者および成人患者の全身性てんかんにおいて、はるかにより高い（＋８１％、Ｐ＜０．００１）。これらの知見に基づいて、血漿ＤＢＩは、てんかんの末梢的生物学的マーカーとして、そしてリンパ球のベンゾジアゼピンレセプター濃度に関連して、抗痙攣薬物反応性の末梢的生物学的マーカーとして、考えられ得る。
【０６２１】
Ｈｅｒｚｏｇ  ＣＤ，Ｓｔａｃｋｍａｎ  ＲＷ，Ｗａｌｓｈ  ＴＪ．Ｉｎｔｒａｓｅｐｔａｌ  ｆｌｕｍａｚｅｎｉｌ  ｅｎｈａｎｃｅｓ，ｗｈｉｌｅ  ｄｉａｚｅｐａｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｉｍｐａｉｒｓ，ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  ｉｎ  ａ  ｗｏｒｋｉｎｇ  ｍｅｍｏｒｙ  ｔａｓｋ．Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ  Ｌｅａｒｎ  Ｍｅｍ  １９９６年１１月；６６（３）３４１−５２。
【０６２２】
内側中隔のＧＡＢＡＡ／ベンゾジアゼピンレセプターは、海馬を神経支配するコリン作動性ニューロンの活性を調節する。ベンゾジアゼピン（ＢＤＺ）アゴニストの内側中隔内への注入は、実働記憶の能力を減じて、そして海馬において高親和性コリン輸送（ＨＡＣｈＴ）を低下させる。対照的に、ＢＤＺアンタゴニストフルマゼニル（ｆｌｕｍａｚｅｎｉｌ）の中隔内への注入は、ＨＡＣｈＴを増加させ、そして全身性ＢＤＺにより誘導させる記憶欠損を阻止する。本研究より、ＧＡＢＡＡ／ＢＤＺレセプター複合体の内在性のネガティブモジュレーターであるジアゼパム結合インヒビター（ＤＢＩ）に対する、フルマゼニルの内側中隔注入の行動上の効果をさらに特徴付けることが企図された。中隔の実働記憶、高架式十字状迷路法における情動関連行動、および全体的な自発運動に対する、これらＢＤＺリガンドの中隔内注入の効果を研究するために、雄のＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットをカニューレ処置した。中隔内へのフルマゼニル（１０ｎｍｏｌ／０．５μｌ）は、８時間の遅延間隔の後にＤＮＭＴＳ能力の遅延依存性（ｄｅｌａｙ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ）増強を生じたが、４時間の遅延間隔の後では生じなかった。この前記憶的（ｐｒｏｍｎｅｓｔｉｃ）の用量のフルマゼニルは、自発運動に影響を全く有さず、そして十字状迷路における情動の測定において変化を生じなかった。ＤＢＩの中隔内への注入は、全く効果を有さない（８ｎｍｏｌ／０．５μｌ）か、または移動運動にも十字状迷路の行動においても何ら変化を生じずに、僅かに低下したＤＮＭＴＳ放射状迷路能力を８時間の遅延の後に有した（４ｎｍｏｌ／０．５μｌ）。これらのデータは、フルマゼニルが中隔内への注入後に実働記憶を増強する活性の独特な特性を有することを実証する。
【０６２３】
Ｏｈｋｕｍａ  Ｓ，Ｋａｔｓｕｒａ  Ｍ，Ｔｓｕｊｉｍｕｒａ  Ａ．Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｃｅｒｅｂｒａｌ  ｄｉａｚｅｐａｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｄｒｕｇ  ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ：ａ  ｐｏｓｓｉｂｌｅ  ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ  ｃｏｍｍｏｎ  ｔｏ  ｄｒｕｇ  ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ．Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ  ２００１年２月２日；６８（１１）：１２１５−２２。
【０６２４】
薬物依存性の形成および退薬症候群の発現の作用機構は、現在の実験的データおよび臨床的データの膨大な蓄積にもかかわらず、完全には判明していない。退薬症候群のいくつかの臨床的特徴は、異なる薬物の濫用により誘導された薬物依存性を有する患者間で共通するものと、考えられる。これらのうちの１つが情動である。最近の調査は、分子量約１０ｋＤａを有する８７アミノ酸からなるペプチドのジアゼパム結合インヒビター（ＤＢＩ）が、内因的に情動生成（ａｎｘｉｏｇｅｎｉｃ）能力を有するベンゾジアゼピン（ＢＺＤ）レセプターに対する逆性アゴニストとして作用することを示した。これらのデータの傾向は、脳における大脳のＤＢＩ発現が、薬物依存性の形成および／または退薬症候群の発生に関与し得ることを示唆する。この作用仮説に基づいて、著者らは、大脳のＤＢＩ発現と薬物依存性との間の機能的関連を調査するために、アルコール（エタノール）、ニコチンおよびモルヒネに依存性のマウス由来の脳におけるＤＢＩの発現を、試験した。大脳のＤＢＩ発現は、これらの薬物により誘導された薬物依存性を有する動物において、有意に増大し、そしてニコチン依存性およびモルヒネ依存性のマウスの場合、それぞれ、ニコチン性アセチルコリンレセプターに対するアンタゴニストおよびオピオイドレセプターに対するアンタゴニストの同時投与は、この増大を無効にした。薬物投与の急止は、ＤＢＩ発現のさらなる増大を促進した。従って、ＤＢＩ発現におけるこれらの変化は、薬物依存性の形成および／または退薬症候群の発生に密接に関係し、そして異なる薬物の濫用により誘導される薬物依存性についての、共通の生化学的過程であることが考えられる。薬物依存性の間の共通の生化学的変化に関する作用機構の発見および解明により、薬物依存性の形成および／または退薬症候群の発生に関する作用機構を明らかにする端緒が提供され得る。
【０６２５】
（ＳＥＣ２（ＣＧ５４９３３−０１））
遺伝子ＣＧ５４９３３−０１の発現を、表２５Ａ中に記載される、プライマー−プローブのセットＡｇ２０４４を使用して、評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行の結果を、表２５Ｂ、表２５Ｃ，表２５Ｄ、表２５Ｅおよび表２５Ｆに示す。
【０６２６】
【表２５Ａ】
2005508133.tif 000204
【０６２７】
【表２５Ｂ】
2005508133.tif 000205
2005508133.tif 000206
【０６２８】
【表２５Ｃ】
2005508133.tif 000207
2005508133.tif 000208
【０６２９】
【表２５Ｄ】
2005508133.tif 000209
2005508133.tif 000210
2005508133.tif 000211
【０６３０】
【表２５Ｅ】
2005508133.tif 000212
2005508133.tif 000213
2005508133.tif 000214
【０６３１】
【表２５Ｆ】
2005508133.tif 000215
2005508133.tif 000216
（一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４の概要：Ａｇ２０４４）  このＣＧ５４９３３−０１遺伝子の発現は、胃癌細胞株（ＮＣＩ−Ｎ８７）由来のサンプルにおいて最も高く見られる（ＣＴ＝２５．１）。さらに、卵巣癌細胞株、膵臓癌細胞株および結腸癌細胞株において実質的に発現する。従って、この遺伝子の発現は、ＮＣＩ−Ｎ８７細胞をパネル中の残りのサンプル中から区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、モノクローナル抗体またはタンパク質治療剤の使用を介して、この遺伝子の治療的調節は、結腸癌、胃癌、膵臓癌または卵巣癌の処置に有益であり得る。
【０６３２】
内分泌関連組織／代謝関連組織におけるこの遺伝子のアイソフォームの発現は、脂肪、膵臓および小腸に限定される。細胞接着についてのその予想される役割および脂肪における中程度レベルの発現に起因して、この遺伝子および／または遺伝子産物は、肥満の処置における標的であり得る。
【０６３３】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２０４４）  このＣＧ５４９３３−０１遺伝子の発現を、実行間で良好な一致を有する、パネル１．３Ｄについての２つの独立した実施において評価した。この遺伝子の発現は、胃癌細胞株（ＮＣＩ−Ｎ８７）由来のサンプルにおいて最も高く（ＣＴ＝２８）、このことは一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４における発現と一致している。さらに、結腸癌細胞株、卵巣癌細胞株、正常肺組織、肝臓癌サンプルおよび膵臓癌細胞由来のサンプルにおいて、実質的な発現が観察される。従って、この遺伝子の発現は、ＮＣＩ−Ｎ８７細胞をパネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、結腸癌、胃癌、膵臓癌、肝臓癌または卵巣癌の処置に有益であり得る。
【０６３４】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２０４４）  このＣＧ５４９３３−０１遺伝子の発現を、実行間で良好な一致を有する、パネル２Ｄについての２つの独立した実行において評価した。全体的に、この遺伝子の発現は卵巣癌組織由来のサンプルにおいて最も高い（ＣＴ＝２５）。この遺伝子は、卵巣癌において上方制御されることが示されているメソセリン（ｍｅｓｏｔｈｅｌｉｎ）と相同性があるタンパク質をコードする。さらに、転移性結腸癌由来の組織、肺由来の組織および胃癌由来の組織において実質的な発現が存在する。従って、この遺伝子の発現は、上述の組織をパネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、結腸癌、胃癌、肺癌または卵巣癌の処置に有益であり得る。
【０６３５】
（参考文献：）
Ｈａｓｓａｎ  Ｒ，Ｖｉｎｅｒ  ＪＬ，Ｗａｎｇ  ＱＣ，Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ  Ｉ，Ｋｒｅｉｔｍａｎ  ＲＪ，Ｐａｓｔａｎ  Ｉ．Ａｎｔｉ−ｔｕｍｏｒ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  Ｋ１−ＬｙｓＰＥ３８ＱＱＲ，ａｎ  ｉｍｍｕｎｏｔｏｘｉｎ  ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｍｅｓｏｔｈｅｌｉｎ，ａ  ｃｅｌｌ−ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｉｎ  ｏｖａｒｉａｎ  ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｍｅｓｏｔｈｅｌｉｏｍａ．
Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ  ２０００年７月−８月；２３（４）：４７３−９。
【０６３６】
分化抗原のメソセリンは、４０−ｋＤのグリコシルホスファチジルイノシトールに連結した細胞表面の糖タンパク質であり、正常な中皮の表面上に存在し、そして上皮卵巣癌および悪性中皮腫に罹患した多くの患者において過剰発現される。モノクローナル抗体Ｋ１は、メソセリンを認識するマウス免疫グロブリンＧ１である。ＬｙｓＰＥ３８ＱＱＲは、細胞結合性ドメインを欠失するが転移ドメインおよびアデノシン二リン酸リボシル化ドメインを保持する、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓの外毒素の短縮型形態である。この毒素は、抗体との結合体化に利用可能な、アミノ末端付近に単一のリジン残基を有する。Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素のＣ末端のリジン残基に対する、抗体の化学的結合体化を阻止するために、５９０位および６０６位の２つのリジン残基をグルタミンに変異させ、そして６１３位のリジン残基をアルギニンに変異させた。スルホスクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレートを用いてこの抗体を改変し、そしてこれをＳＰＤＰ  Ｎ−スクシンイミジル  ３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネートで改変したＬｙｓＰＥ３８ＱＱＲとカップリングすることにより、モノクローナル抗体Ｋ１をＬｙｓＰＥ３８ＱＱＲと化学的に結合体化させた。この生じた免疫毒素Ｋ１−ＬｙｓＰＥ３８ＱＱＲは、最大阻害濃度の半分の３〜６ｎｇ／ｍＬで、Ａ４３１−Ｋ５細胞（メソセリン発現プラスミドを用いてトランスフェクトされたヒト類表皮腫瘍細胞株）に対して高い毒性があった。この免疫毒素は、メソセリンを発現しないＡ４３１細胞に対しては、極僅かな活性を有した（中間阻害濃度＞１００ｎｇ／ｍＬ）。この免疫毒素はまた、メソセリンポジティブのヒト癌腫の異種移植片を受けたヌードマウスにおいて、完全な腫瘍退縮を生じた。これらの結果は、メソセリンに指向される免疫毒素が、卵巣癌および悪性皮腫の処置に対して、さらなる調査に値する治療的選択であることを示す。
【０６３７】
（ＰＭＩＤ：１０９１６７５７）
（パネル３Ｄの概要：Ａｇ２０４４）  このＣＧ５４９３３−０１遺伝子の発現は、肺癌細胞株（ＤＭＳ−７９）由来のサンプルにおいて最も高く見られる（ＣＴ＝２７．８）。さらに、結腸癌由来の細胞株、膵臓癌由来の細胞株、胃癌由来の細胞株、肺癌由来の細胞株および子宮頸癌由来の細胞株において、実質的な発現が見られる。従って、この遺伝子の発現は、ＤＭＳ−７９細胞をパネル中の他の細胞株から区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療剤の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、結腸癌、胃癌、肺癌、子宮頸癌または膵臓癌の処置に有益であり得る。
【０６３８】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ２０４４）  このＣＧ５４９３３−０１遺伝子の発現を、同一セットのプライマーを使用して、２つの独立した実行において評価した。両方の実行は、ＮＣＩ  Ｈ２９２細胞株（ムチンを産生するヒト気道上皮細胞株）において、この転写物の中程度の発現を示す。粘膜の過剰発現は、気管支喘息および慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）の重要な特徴である。この転写物は、細胞接着または巨核球増殖において役割を果たし得る、細胞表面タンパク質のメソセリンをコードする。従って、この遺伝子は、これら細胞型における過形成または粘膜産生を促進することに関与し得る。従って、抗体によるこの遺伝子または遺伝子産物の発現もしくは作用の調節は、これらの喘息またはＣＯＰＤの処置に有益であり得る。
【０６３９】
（ＳＥＣ８（ＣＧ５６０１０−０１）
遺伝子ＣＧ５６０１０−０１の発現を、表２６Ａ中に記載される、プライマー−プローブセットＡｇ１４３８を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行の結果を、表２６Ｂ、表２６Ｃ、表２６Ｄ、表２６Ｅおよび表２６Ｆに示す。
【０６４０】
【表２６Ａ】
2005508133.tif 000217
【０６４１】
【表２６Ｂ】
2005508133.tif 000218
2005508133.tif 000219
【０６４２】
【表２６Ｃ】
2005508133.tif 000220
2005508133.tif 000221
2005508133.tif 000222
【０６４３】
【表２６Ｄ】
2005508133.tif 000223
2005508133.tif 000224
2005508133.tif 000225
【０６４４】
【表２６Ｅ】
2005508133.tif 000226
2005508133.tif 000227
2005508133.tif 000228
【０６４５】
【表２６Ｆ】
2005508133.tif 000229
2005508133.tif 000230
（パネル１．２要約：Ａｇ  １４３８）ＣＧ５６０１０−０１遺伝子の最高の発現が、乳癌中で見られ（ＣＴ＝２０．１）、有意な発現はまた、肺癌細胞株のクラスターでも見られた。従って、この遺伝子の発現は、このパネル上のこれらのサンプルと他のサンプルとの間を区別するために使用され得る。さらに、低分子またはモノクローナル抗体の適用を介した、この遺伝子産物の発現または機能の治療的調節は、乳癌および肺癌の処置において有用であり得る。
【０６４６】
（パネル１．３Ｄ要約：Ａｇ１４３８）同一のプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、乳癌細胞株においてＣＧ５６０１０−０１遺伝子が最高に発現する（ＣＴ＝２７）という最良の一致した結果を生じる。有意な発現はまた、肺癌細胞株および結腸癌細胞株のクラスター中でも見られる。この発現は、パネル１．２中の発現と一致する。従って、この遺伝子の発現は、このパネル上のこれらのサンプルと他のサンプルの間を区別するために、使用され得る。さらに、低分子またはモノクローナル抗体の適用を介した、この遺伝子産物の発現または機能の治療的調節は、乳癌、結腸癌および肺癌の処置において有用であり得る。
【０６４７】
いくつかの内分泌／代謝関連組織（副腎、脂肪、ＧＩ路、膵臓および甲状腺を含む）中でもまた、この遺伝子の中程度な発現がある。従って、この遺伝子および／または遺伝子産物の治療的調節は、上記の組織に関する疾患の処置において有用であり得る。
【０６４８】
（パネル２Ｄ要約：Ａｇ１４３８）同一のプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、肺癌細胞株においてＣＧ５６０１０−０１遺伝子が最高に発現する（ＣＴ＝２２〜２４）という最良の一致した結果を生じる。有意な発現はまた、乳癌、胃癌、膀胱癌および子宮癌由来のサンプル中でも見られた。従って、この遺伝子の発現は、このパネル上のこれらのサンプルと他のサンプルの間を区別するために、使用され得たる。さらに、モノクローナル抗体を用いた遺伝子産物の治療的標的化は、乳癌、胃癌、子宮腫瘍、膀胱の移行性細胞癌および肺の腺癌／扁平上皮癌のサブセット中の腫瘍増殖の程度を制限するか、またはブロックすることが予測される。トレフォイル３に対するこの遺伝子の相同性に基づいて、前のパネル中で見られた増殖細胞株における正常組織分布および優先的な発現が制限されることで、この遺伝子産物は、薬物標的化のための最良の機会を提供する。
【０６４９】
（参考文献）
Ｔａｕｐｉｎ  Ｄ，Ｐｅｄｅｒｓｅｎ  Ｊ，Ｆａｍｉｌａｒｉ  Ｍ，Ｃｏｏｋ  Ｇ，Ｙｅｏｍａｎｓ  Ｎ，Ｇｉｒａｕｄ  ＡＳ．Ａｕｇｍｅｎｔｅｄ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  ｔｒｅｆｏｉｌ  ｆａｃｔｏｒ（ＴＦＦ３）ａｎｄ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｐＳ２（ＴＦＦ１）ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｅｃｅｄｅｓ  ｍｅｔａｐｌａｓｔｉｃ  ｄｅｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇａｓｔｒｉｃ  ｅｐｉｔｈｅｌｉｕｍ．Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ  ２００１  Ｍａｒ；８１（３）：３９７−４０８。
【０６５０】
トレフォイルペプチド鎮痙ポリペプチド（ＳＰ）、腸トレフォイル因子（ＩＴＦ）およびｐＳ２は、正常な腸中でリガーゼ特異的発現を示し、そして、粘膜損傷後に強く誘導される。著者らは、長期にわたって、ラット胃におけるこの誘導と、再生上皮直系の発達との間の関係を評価し、そして、化生性ヒト胃および形成異常ヒト胃におけるこれらの観察を検証した。腔潰瘍および結腸潰瘍を、漿膜酢酸の適用によって、Ｗｉｓｔｅｒラット中で誘導し、そして、組織を、２時間〜１２５日後まで回収した。ヒト内視鏡生検またはヒト胃切除標体もまた、評価した。組織を、ＩＴＦ、ＳＰ、およびトランスホーミング成長因子α（ラット）、またはＩＴＦおよびｐＳ２（ヒト）の発現について、ラジオイムノアッセイ、免疫ブロット法、または免疫組織化学によって試験した。腔潰瘍縁におけるＩＴＦおよびＳＰのｍＲＮＡを、インサイチュハイブリダイゼーションにより局在した。ＩＴＦペプチドおよびＳＰペプチドの発現は、４日後に腔潰瘍縁において徐々に上昇し、ＩＴＦの上昇がより顕著であった。４０日までには、ＩＴＦレベルの数百倍の増加が、関与しない粘膜中の電界効果を伴って、示された。大量のトレフォイルペプチドおよび酸性スルホムチンを発現する未分化細胞の過剰増殖、伸長化腺は、１２日後に示され、そして、潰瘍の治癒後も持続された。ＩＴＦ  ｍＲＮＡは、これらの再生腺の基底領域および中間領域において、異常に発現された。一方、トランスホーミング成長因子αペプチド発現は、損傷後直ちに上昇し、次いで、治癒とともにベースラインレベルまで落ちた。損傷の７ヶ月後、保存的なＩＴＦ発現をともなう胃萎縮症、腸上皮化生、および重度の歩行不全が見られた。ＩＴＦはまた、ヒト腸上皮化生中で誘導され、そして、全ての胃癌中で保存されたのに対して、胃性ペプチドｐＳ２の発現は、化生から形成異常への発達において進行的に減少した。ＩＴＦの持続的で選択性のある過剰発現（恐らく、オートクラインの様式で作用する）は、腔腫瘍後の再生の特性であり、そして、病識を、慢性胃傷害から生じる化生性の表現型の性質に提供する。化生および癌におけるｓＰ２発現の損失は、胃腫瘍抑制におけるこのタンパク質についての役割を支持する。
【０６５１】
（ＰＭＩＤ：１１３１０８３２）
Ｅｆｓｔａｔｈｉｏｕ  ＪＡ，Ｎｏｄａ  Ｍ，Ｒｏｗａｎ  Ａ，Ｄｉｘｏｎ  Ｃ，Ｃｈｉｎｅｒｙ  Ｒ，Ｊａｗｈａｒｉ  Ａ，Ｈａｔｔｏｒｉ  Ｔ，Ｗｒｉｇｈｔ  ＮＡ，Ｂｏｄｍｅｒ  ＷＦ，Ｐｉｇｎａｔｅｌｌｉ  Ｍ．Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  ｔｒｅｆｏｉｌ  ｆａｃｔｏｒ  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｔｈｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ａｄｅｎｏｍａｔｏｕｓ  ｐｏｌｙｐｏｓｉｓ  ｃｏｌｉ−ｃａｔｅｎｉｎ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｅ−ｃａｄｈｅｒｉｎ−ｃａｔｅｎｉｎ  ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃｏｌｏｎ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｃｅｌｌｓ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １９９８  Ｍａｒ  １７；９５（６）：３１２２−７。
【０６５２】
腸トレフォイル因子３（ＴＦＦ３）は、上皮組織（胃腸管を含む）中で構成的に発現するペプチド、低分子のトレフォイルファミリーのメンバーである。ＴＦＦ３は、インビトロで、腸上皮細胞の遊走を促進すること、ならびにインビボで、粘膜治癒および上皮外回旋を増強することが示されている。この研究において、著者らは、ＨＴ２９結腸直腸癌細胞株、ＨＣＴ１１６結腸直腸癌細胞株、およびＳＷ４８０結腸直腸癌細胞株における、上皮（Ｅ）−カドヘリン−カテニン複合体、Ｃａ２＋依存細胞−細胞接着のプライムメディエーター、および種腺ポリポシスコリ（ＡＰＣ）−カテニン複合体の発現および細胞局在に対する、組換えＴＦＦ３（ｒＴＦＦ３）刺激の効果を評価した。２０時間〜２４時間のｒＴＦＦ３（１０（−９）Ｍおよび１０（−８）Ｍ）による刺激は、細胞剥離ならびにＨＴ２９細胞およびＨＣＴ１１６細胞における細胞間接着の減少を導いた。両方の細胞株において、Ｅ−カドヘリン発現は、下方制御された。ＡＰＣ、α−カテニンおよびβ−カテニンの発現もまた、ＡＰＣの核への転座をともない、ＨＴ２９細胞中で減少した。細胞接着においても、Ｅ−カドヘリン、カテニンおよびＡＰＣの発現においても、ＳＷ４８０細胞中でいかなる変化も検出されなかった。さらに、ＴＦＦ３は、ＨＴ２９において、アポトーシスの特徴である、ＤＮＡフラグメント化、および形態学的変化を誘導した。トリプトファン（これは、タンパク質チロシンキナーゼの競合インヒビターである）は、ＴＦＦ３の効果を阻害した。著者らの結果は、Ｅ−カドヘリン、β−カテニンと、関連するタンパク質との間の複合体を摂動させることによって、ＴＦＦ３が上皮細胞接着、遊走および生存を調節し得ることを示す。
【０６５３】
（ＰＭＩＤ：９５０１２２６）
（パネル３Ｄ要旨：）
Ａｇ１４３８  ＣＧ５６０１０−０１遺伝子の最大発現を、肺癌細胞株中に見る（ＣＴ＝２６）。有意な発現もまた、胃癌細胞株および結腸癌細胞株のクラスター中に見る。よって、この遺伝子の発現を使用して、これらのサンプルとこのパネル上の他のサンプルとの間を差別化し得る。さらに、低分子またはモノクローナル抗体の適用を介するこの遺伝子産物の発現または機能の治療的改変は、胃癌、結腸癌および肺癌の治療に効果的であり得る。
【０６５４】
（パネル４Ｄ要旨：）
Ａｇ１４３８  ＣＧ５６０１０−０１転写物の最大発現を、結腸中に見る（ＣＴ＝２８．１）。この発現によって、この転写物（トレフォイル因子（ｔｒｅｆｏｉｌ  ｆａｃｔｏｒ）３）（ｒｅｆ．１）によってコードされるタンパク質の性質を考慮することを予期させる。この転写物の発現は、クローン病または大腸炎のいずれかを罹患する患者から結腸にてダウンレギュレートされる。このことは、この組織の正常なホメオスタシスにおけるこの遺伝子の役割を示唆する。よって、アゴニスト抗体またはタンパク質治療薬は、炎症性疾患（例えば、炎症性腸疾患）における結腸粘膜の正常機能の回復に有益であり得る。この転写物の低発現はまた、肺および真皮の微小脈管において観察される。このことは、微小脈管の保全性の維持におけるこの遺伝子の役割を示唆する。よって、この推定のタンパク質について設計された治療薬は、損傷した微小脈管に関連する疾患（心疾患を含む）または炎症性疾患（例えば、乾癬、喘息、および慢性閉塞性肺疾患）の処置に有益であり得る。
【０６５５】
（参考文献：）
ｄｏｓ  Ｓａｎｔｏｓ  Ｓｉｌｖａ  Ｅ，Ｕｌｒｉｃｈ  Ｍ．Ｄｏｒｉｎｇ  Ｇ，Ｂｏｔｚｅｎｈａｒｔ  Ｋ，Ｇｏｔｔ  Ｐ．  Ｔｒｅｆｏｉｌ  ｆａｃｔｏｒ  ｆａｍｉｌｙ  ｄｏｍａｉｎ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ  ｔｒａｃｔ．
トレフォイル因子ファミリードメインペプチド（ＴＦＦ）は、胃腸経路の粘膜上皮回復および創傷治癒に関連すると考えられ、潰瘍および種々の固体腫瘍においてアップレギュレートされる。ＴＦＦがまたヒト肺経路の粘膜表面上に発現されると仮定された。嚢胞性線維症（ＣＦ）を有する７人の患者、慢性気管支炎および急性気管支炎を有する２人の患者由来の肺組織サンプル、鼻ポリープサンプルおよび痰サンプル、ならびに２人の気管支腺癌のケース由来の形成異常のない材料を、免疫組織化学、免疫蛍光、ウェスタンブロットおよびＲＴ−ＰＣＲによってＴＦＦ発現について分析した。ＴＦＦ１およびＴＦＦ３の発現を、全ての患者由来の材料において観察した。ＴＦＦは、杯細胞および線毛細胞、ならびに正常個体およびＣＦ個体由来の気管気管支組織および鼻ポリープのいくつかの粘膜下細胞に局在した。ＣＦおよび慢性または急性の気管支炎を有する患者の唾液において、ＴＦＦ１およびＴＦＦ３は、ウエスタンブロッティングによって検出された。新鮮な培養鼻上皮細胞は、ＴＦＦおよびムチンを転写および分泌したが、６週間培養した鼻細胞はなお、ムチンを発現したが、ＴＦＦを発現しなかった。感染したＣＦ気道において、分泌されたＴＦＦおよびムチンはまた、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓの表面に結合した。結論として、ＴＦＦ１およびＴＦＦ３は、正常な気道および炎症性気道において発現および分泌される。ＴＦＦと細菌との会合は、抗細菌粘膜繊毛防御系に寄与し得る。
【０６５６】
ＳＥＣ３（ＣＧ５６０１５−０１）
遺伝子ＣＧ５６０１５−０１の発現を、表２７Ａに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ１３６０を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表２７Ｂ、２７Ｃ、２７Ｄ、２７Ｅおよび２７Ｆに示す。
【０６５７】
【表２７Ａ】
2005508133.tif 000231
【０６５８】
【表２７Ｂ】
2005508133.tif 000232
2005508133.tif 000233
【０６５９】
【表２７Ｃ】
2005508133.tif 000234
2005508133.tif 000235
2005508133.tif 000236
【０６６０】
【表２７Ｄ】
2005508133.tif 000237
2005508133.tif 000238
【０６６１】
【表２７Ｅ】
2005508133.tif 000239
2005508133.tif 000240
【０６６２】
【表２７Ｆ】
2005508133.tif 000241
2005508133.tif 000242
（パネル１．２要旨：）
Ａｇ１３６０  ＣＧ５６０１５−０１遺伝子の発現は、正常腎組織由来のサンプル中で最大であるようである（ＣＴ＝２０．７）。さらに、腎癌由来細胞株、卵巣癌由来細胞株、結腸癌由来細胞株および正常唾液腺において実質的に発現するようである。よって、この遺伝子の発現を使用して、正常な腎臓をこのパネル上の他のサンプルと差別化し得る。この遺伝子の産物は、細胞内連絡に関連すると仮定される。よって、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療薬の使用を介するこの遺伝子の治療的調節は、腎癌、卵巣癌または結腸癌の処置に有益であり得る。
【０６６３】
この遺伝子産物はまた、多くの内分泌性／代謝的に関連する組織（脳、ＧＩ経路、下垂体および肝臓を含む）における中程度〜高レベルの発現を有する。よって、この遺伝子産物の治療的調節は、代謝障害（例えば、肥満および糖尿病）の処置に有用であり得る。
【０６６４】
（参考文献：）
Ｋｏｃｈｅｒ  Ｏ，Ｃｈｅｒｅｓｈ  Ｐ，Ｌｅｅ  ＳＷ．  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｐａｒｔｉａｌ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｎｏｖｅｌ  ｍｅｍｂｒａｎｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＭＡＰ１７）ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃａｒｔｉｎｏｍａｓ  ａｎｄ  ｍｏｄｕｌａｔｉｎｇ  ｃｅｌｌ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｔｕｍｏｒ  ｇｒｏｗｔｈ．Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．１９９６  Ａｕｇ；１４９（２）：４９３−５００．
ディファレンシャルディスプレイ技術を使用して、本発明者らは、元々ＤＤ９６と名付けられた新規遺伝子の同定を最近報告した。ノーザンブロットおよびインサイチュハイブリダイゼーションによって決定したように、ＤＤ９６は、腎臓の単層上皮細胞集団、近位尿細管上皮細胞にのみ有意なレベルで発現された。しかし、ＤＤ９６は、腎臓、結腸、肺および胸部から派生した種々の癌において広汎に発現された。特異的ポリクローナル抗体を使用して、本発明者らは、ＤＤ９６タンパク質産物が、１７ｋｄの膜結合タンパク質である（ゆえに本発明者らはＭＡＰ１７と再命名した）ことを決定しなかった。正常組織において、ＭＡＰ１７は、腎臓でのみ有意な量で発現し、近位尿細管上皮細胞の刷子縁に局在した。しかし、ＭＡＰ１７は、腎臓、結腸、肺および胸部から生じた癌に豊富に発現し、いくつかの場合、膜結合の腺先端分布（ａｐｉｃａｌ  ｇｌａｎｄｕｌａｒ  ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ）を有する。組織培養物において、ＭＡＰ１７は、細胞−細胞間接着の領域における細胞膜（すなわち、細胞機能関連タンパク質の分布）に局在した。全長の野生型ＤＤ９６  ｃＤＮＡクローンを、結腸癌細胞株であるＨＴ−２９へトランスフェクションすると、インビトロでの細胞増殖およびインビボでの腫瘍増殖を顕著に低減させた。決定すべきＭＡＰ１７の正確な機能は残っているが、本発明者らの知見は、このタンパク質が、腫瘍生物学における重要な役割を担い得ることを示唆する。
【０６６５】
（パネル１．３要旨：）
Ａｇ１３６０  ＣＧ５６０１５−０１遺伝子の発現は、腎癌細胞株由来のサンプル中で最大であるようである（ＣＴ＝２６．５）。さらに、他の腎癌由来細胞株、卵巣癌由来細胞株、結腸癌組織、胃組織、星状細胞腫細胞株、膵癌細胞株、ならびに正常な腎臓および唾液腺において実質的に発現するようである。よって、この遺伝子の発現を使用して、正常な腎臓またはＡ４９８細胞をこのパネル上の他のサンプルと差別化し得る。さらに、低分子薬物、モノクローナル抗体またはタンパク質治療薬の使用を介するこの遺伝子の治療的調節は、腫瘍細胞増殖の程度を制限またはブロックし得、そして腎癌、卵巣癌または結腸癌の処置に有益であり得る。
【０６６６】
（パネル２Ｄ要旨：）
Ａｇ１３６０  ＣＧ５６０１５−０１遺伝子の発現は、パネル２Ｄにおける独立した２つの実行において評価され、実行間の優れた一致を有した。全体的に、この遺伝子の発現は、正常な腎臓組織にて最大であり、結果は、パネル１．２および１．３Ｄにおける発現と一致した。よって、この遺伝子の発現を使用して、正常な腎臓組織をこのパネル上の他のサンプルと差別化し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療薬の使用を介するこの遺伝子の治療的調節は、腎癌の処置に有益であり得る。
【０６６７】
（パネル３Ｄ要旨：）
Ａｇ１３６０  この遺伝子の発現は、腎癌細胞株（Ｃａｋｉ−２）由来のサンプル中で最大であるようである。さらに、他の腎癌細胞株、結腸癌（ｃｎａｃｅｒ）細胞株および乳癌細胞株に関連して実質的に発現する。よって、この遺伝子の発現を使用して、Ｃａｋｉ−２細胞をこのパネル上の他のサンプルと差別化し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療薬の使用を介するこの遺伝子の治療的調節は、腎癌、乳癌または結腸癌の処置に有益であり得る。
【０６６８】
（パネル４．１Ｄ要旨：）
Ａｇ１３６０  膜結合上皮性タンパク質をコードするこの転写物は、腎臓において高度に発現される（ＣＴ２４．４）。この転写物の高度な発現はまた、小気道および気管支の上皮で見出され（ＣＴ２７）、そして粘膜類上皮細胞株Ｈ２９２において低い程度であった（ＣＴ２９）。この転写物によってコードされるタンパク質は、細胞−細胞間連絡および／または増殖に関連するようである。よって、抗体による、この推定のタンパク質の発現または活性の調節は、粘液産生細胞の過形成および／または活性化に関連する肺疾患（例えば、喘息、慢性閉塞性肺疾患、気腫および／または肺癌）の処置に有用であり得る。
【０６６９】
（ＳＥＣ１２（ＣＧ５６０３５−０１））
遺伝子ＣＧ５６０３５−０１の発現を、プライマー−プローブセットＡｇ１３９０（表２８Ａに記載される）を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表２８Ｂ、２８Ｃおよび２８Ｄに示す。
【０６７０】
【表２８Ａ】
2005508133.tif 000243
【０６７１】
【表２８Ｂ】
2005508133.tif 000244
2005508133.tif 000245
【０６７２】
【表２８Ｃ】
2005508133.tif 000246
2005508133.tif 000247
2005508133.tif 000248
【０６７３】
【表２８Ｄ】
2005508133.tif 000249
2005508133.tif 000250
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０の概要：Ａｇ１３９０  ＣＧ５６０３５−０１遺伝子を用いる１つの実験からの結果は含まれない。ａｍｐプロットは、この実行に伴う実験的困難性が存在したことを示す。
【０６７４】
ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０の概要：Ａｇ１３９０  ＣＧ５６０３５−０１遺伝子の発現は、このパネル上のサンプルの全てにわたって、低い／検出不能（ＣＴｓ＞３５）である（データは示さず）。
【０６７５】
パネル１．２の概要：Ａｇ１３９０  ＣＧ５６０３５−０１遺伝子の発現は、パネル１．２の２つの独立した実行において実行の間で良好な一致があると評価された。この遺伝子の発現は、肺癌細胞株（ＮＣＩ−Ｈ５２２）（ＣＴｓ＝２４）由来のサンプルにおいて最も高いようである。従って、この遺伝子の発現は、このパネルにおいてＮＣＩ−Ｈ５２２細胞を他のサンプルと区別するために使用され得る。フリズル  ４遺伝子（この遺伝子は、相同である）は、Ｗｎｔシグナル伝達の可溶性モジュレーターとして作用する。ＷＮＴシグナル伝達カスケードは、細胞骨格再配列、アポトーシス、および増殖の調節に関連する。従って、この遺伝子の治療的調節（低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用による）は、肺癌の処置において有益であり得る。
【０６７６】
この遺伝子のこのアイソフォームの発現パターンは、この遺伝子が内分泌／代謝生理学において重要な機能もまた有し得ることを示す。中程度レベル〜高レベルの発現は、副腎、脳、胃腸管、膵臓、下垂体および甲状腺において見出され得る。従って、この遺伝子産物は、代謝障害（肥満および糖尿病を含む）の診断および／または処置に関与し得る。
【０６７７】
さらに、胎児肺および肝臓（ＣＴｓ＝３６）におけるよりも、肺（ＣＴｓ＝３２−３３）および肝臓（ＣＴｓ＝３１−３２）におけるこの遺伝子の高いレベルの発現は、この遺伝子の発現が肺および肝臓の成体形態および胎児形態の間を区別するためにもまた使用され得ることを示唆する。
【０６７８】
パネル２Ｄの概要：Ａｇ１３９０  ＣＧ５６０３５−０１遺伝子の発現は、パネル２Ｄの２つの独立した実行において実行の間で優れた一致があると評価された。この遺伝子の発現は、卵巣癌（ＣＴｓ＝３０）由来のサンプルにおいて最も高いようである。さらに、乳癌に関連するかなりの発現があるようである。従って、この遺伝子の発現は、このパネルにおいてこの卵巣癌サンプルを他のサンプルと区別するために使用され得る。さらに、この遺伝子の治療的調節（低分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用による）は、乳癌または卵巣癌の処置において有利であり得る。
【０６７９】
パネル３Ｄの概要：Ａｇ１３９０  ＣＧ５６０３５−０１遺伝子の発現は、このパネル上のサンプルの全てにわたって、低い／検出不能（ＣＴｓ＞３５）である（データは示さず）。
【０６８０】
パネル４Ｄの概要：Ａｇ１３９０  ＣＧ５６０３５−０１転写物の最も高い発現は、２次Ｔｈ２休止細胞（ＣＴ＝３１．７）において見出されるが、他のＴ細胞においては存在しない。この転写物の発現はまた、肺において見出される。この転写物は、分泌されるフリズル関連タンパク質をコードし、このタンパク質は、ＷＮＴ／フリズル経路に拮抗することが報告される。肺炎症疾患（例えば、喘息および慢性閉塞性肺疾患）は、Ｔｈ２細胞によって媒介されるので、このタンパク質は、これらのＴｈ２  Ｔ細胞と関連する肺の病理に関与し得る。従って、この遺伝子によってコードされるタンパク質に対して設計された治療剤は、肺炎症性疾患の処置に有用であり得る。この転写はまた、ＴＮＦ−ａおよびＩＬ−１を用いて処置される星状細胞において発現され、これは、この遺伝子によってコードされるタンパク質に対して設計された治療剤が、炎症性ＣＮＳ疾患（例えば、多発性硬化症）の処置に有用であり得ることを示す。
【０６８１】
（ＳＥＣ５（ＣＧ５６１５３−０１））
遺伝子ＣＧ５６１５３−０１の発現は、表２９Ａに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ１７４９を使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表２９Ｂ、２９Ｃ、２９Ｄ、２９Ｅ、２９Ｆおよび２９Ｇにおいて示す。
【０６８２】
【表２９Ａ】
2005508133.tif 000251
【０６８３】
【表２９Ｂ】
2005508133.tif 000252
2005508133.tif 000253
【０６８４】
【表２９Ｃ】
2005508133.tif 000254
2005508133.tif 000255
【０６８５】
【表２９Ｄ】
2005508133.tif 000256
2005508133.tif 000257
【０６８６】
【表２９Ｅ】
2005508133.tif 000258
2005508133.tif 000259
【０６８７】
【表２９Ｆ】
2005508133.tif 000260
2005508133.tif 000261
【０６８８】
【表２９Ｇ】
2005508133.tif 000262
ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０の概要：Ａｇ１７４９  このパネルは、アルツハイマー病においてＣＧ５６１５３−０１遺伝子の差示的発現を示さない。しかし、この発現プロフィールは、脳におけるこの遺伝子の存在を確認する。中枢神経系におけるこの遺伝子の考察について、パネル１．３Ｄを参照のこと・
パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ１７４９  ＣＧ５６１５３−０１遺伝子の発現は、下垂体（ＣＴ＝２８．２）由来のサンプルにおいて最も高い。これは、公開された報告（以下の参考文献を参照のこと）と一致する。さらに、種々の脳組織および胎盤組織において、低いがかなりの発現がある。ニューロナチン（ｎｅｕｒｏｎａｔｉｎ）遺伝子のこのアイソフォームの発現パターンは、その発達の重要性から逃れる（以下の参考文献を参照のこと）。この遺伝子の発現は、胎児肺（ＣＴ＝３３）および骨格筋（ＣＴ＝３０）において、対応する成体組織よりも高い。従って、この遺伝子の発現は、このパネルにおいて、下垂体組織を他の組織から区別するために使用され得る。さらに、この遺伝子および／または遺伝子産物は、骨格筋および肺の成体形態および胎児形態の間を区別するために使用され得る。さらに、胎児組織における発現は、この遺伝子産物が、これらの器官の発生に関与し得、従って、肺および骨格筋で発症する疾患を処置するのに有用であり得ることを示唆する。この遺伝子は、脳発生の間のイオンチャネルの独特の調節因子として機能し得、従って、また神経発生障害の処置に有用であり得る推定プロテオリピドをコードする。
【０６８９】
（参考文献：）
Ｕｓｕｉ  Ｈ，Ｍｏｒｉｉ  Ｋ，Ｔａｎａｋａ  Ｒ，Ｔａｍｕｒａ  Ｔ，Ｗａｓｈｉｙａｍａ  Ｋ，Ｉｃｈｉｋａｗａ  Ｔ，Ｋｕｍａｎｉｓｈｉ  Ｔ．ｃＤＮＡ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｍＲＮＡ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｎｅｕｒｏｎａｔｉｎ．Ｈｉｇｈ  ｌｅｖｅｌ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｐｉｔｕｉｔａｒｙ  ｇｌａｎｄ  ａｎｄ  ｐｉｔｕｉｔａｒｙ  ａｄｅｎｏｍａｓ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  １９９７  Ａｕｇ；９（１）：５５〜６０。
【０６９０】
著者は、発現された配列タグ（ＥＳＴ）データベースの補助を借りて、ヒトニューロナチン（ｎｅｕｒｏｎａｔｉｎ）のほとんど完全なｃＤＮＡをクローニングし、そしてノーザンブロット分析によって種々のヒト組織中でのその発現を分析した。このヒトニューロナチンのヌクレオチド配列および推定アミノ酸配列は、げっ歯類のヌクレオチド配列および推定アミノ酸配列と高い類似性を示した。ノーザンブロット分析は、ヒトニューロナチンメッセージが、脳に特異的な様式で胎児脳において優勢に発現されるが、成人脳においてはわずかにしか発現されないことを証明した。試験した種々の成人ヒト組織の間で、脳下垂体前葉は、ニューロナチンｍＲＮＡが強く発現される位置のみであることが示された。激しいニューロナチン発現もまた、いくらかのヒト下垂体腺腫（ＡＣＴＨ産物腺腫、ＧＨ産物腺腫、および非機能性腺腫を含む）において観察されたが、他の脳腫瘍においてはほとんど検出されなかった。
【０６９１】
ＰＭＩＤ：９３５６９２７
Ｄｏｕ  Ｄ，Ｊｏｓｅｐｈ  Ｒ．Ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｎｅｕｒｏｎａｔｉｎ  ｇｅｎｅ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｔｏ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ−２０ｑ  １１．２−１２：ｔｈｅ  ｄｅｄｕｃｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｓ  ａ  ｎｏｖｅｌ「ｐｒｏｔｅｏｌｉｐｉｄ」．Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ  １９９６  Ｊｕｎ  ３；７２３（１−２）：８−２２。
【０６９２】
ヒト脳の成長は、異なる遺伝子発現によって支配される連続体である。従って、本発明者らは、成長した脳において選択的に発現される遺伝子の同定を開始した。異なるディスプレイおよびライブラリースクリーニングを使用して、新規ラットｃＤＮＡ（ニューロナチン）を同定し、そしてそれを使用して、ヒト胎児脳ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングした。ヒトニューロナチンｃＤＮＡを、単離して配列決定した。このｃＤＮＡは、１１５９ｂｐ長であり、ノーザン分析によって検出された１．２５ｋｂのメッセージサイズに対応した。ニューロナチンｍＲＮＡは、胎児の成長の間のヒト脳において選択的に発現されたが、成体においては抑制された。ラットにおける研究の場合、ニューロナチンｍＲＮＡは、神経発生の発症に関連して妊娠中期に最初に現れ、神経上皮の増殖および神経芽細胞の関与が顕著である場合、成長の後期にほとんど判断され、そして神経発生の終了と同時に、出産後減退した。この推定タンパク質は、２つの異なるドメイン（アルギニン残基の疎水性Ｎ末端リッチおよび塩基性Ｃ末端リッチ）を有する。このアミノ酸配列とこの両親媒性ポリペプチドの二次構造の両方は、膜チャネルの調節性サブユニットとして機能し、タンパク質の「プロテオリピド」クラスのメンバーである、ＰＭＰ１およびホスホランバンと相同性を示した。３９７３塩基長のニューロナチン遺伝子は、その５’隣接領域に、ニューロン特異的発現を支配し得る神経拘束型サイレンサ要素を含む。体細胞ハイブリッドパネルのスクリーニングに基づいて、ニューロナチン遺伝子を、第２０染色体に割り当てた。そして、第２０染色体の欠失構造およびインサイチュハイブリダイゼーションにおける蛍光を使用して、ニューロナチンを、染色体２０ｑ１１．２−１２に局在した。結論として、ニューロナチンは、脳において発達的に調節されかつ発現される、新規ヒト遺伝子である。この推定タンパク質は、脳の成長の間のイオンチャネルの特有の調節因子として機能し得るプロテオリピドである。ニューロナチンの、ヒト染色体２０ｑ１１．２−１２への決定的な局在は、この領域にもマッピングし得る神経発達的疾患における候補物として、この遺伝子を研究するための基礎を提供する。
【０６９３】
ＰＭＩＤ：８８１３３７７
パネル２Ｄの要旨：Ａｇ１７４９  ＣＧ５６１５３−０１遺伝子の発現は、膀胱の悪性腫瘍に隣接する正常膀胱組織由来のサンプル中で最も高いようである（ＣＴ＝３３．６）。さらに、悪性結腸に隣接した正常胃組織サンプル、胸部組織サンプルおよび多くの正常結腸組織サンプルに関連した実質的な発現が存在している。正常組織サンプル中のこの優勢な発現は、パネル１．３Ｄにおける発現と一致している。従って、この遺伝子の発現を使用して、このパネル中の他のサンプルと、この正常膀胱組織サンプルを区別し得る。さらに、低分子薬物療法、抗体療法またはタンパク質療法の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、結腸癌、膀胱癌、乳癌または胃癌の処置において有益であり得る。
【０６９４】
パネル４Ｄの要旨：Ａｇ１７４９  ＣＧ５６１５３−０１遺伝子であるニューロナチンホモログは、休止し、血清不足でありかつＩＦＮγで活性化した、ＨＵＶＥＣ細胞において中程度レベル〜低レベルで発現され、そしてこれは、星状細胞および腎臓を休止させた（ＣＴ＝３２．８〜３３．４４）。この推定タンパク質産物は、これらの細胞および組織中のイオンチャネルの調節因子として機能し得るプロテオリピドであり、脳の成長におけるその推定機能と類似している。ＣＧ５６１５３−０１産物の機能を拮抗させる抗体および低分子は、自己免疫疾患および炎症性疾患を有する患者の症状を、軽減し得るかまたは取り除き得る。これらの疾患において、内皮細胞および星状細胞は、例えば、エリテマトーデス、ぜん息、気腫、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、結節性関節炎、変形性関節症、および乾癬に関与する。
【０６９５】
パネル５島（Ｉｓｌｅｔ）および５Ｄの要旨：Ａｇ１７４９  ニューロナチンアイソフォームをコードするＣＧ５６１５３−０１遺伝子の発現パターンは、胎盤の機能および調節において重要性を示す。この胎盤組織サンプルを、非糖尿病性肥満女性（患者７および９）、インスリンを受け、過体重として分類された糖尿病患者（患者１０）、および最後に、糖尿病と診断されインスリンを受けている女性（患者１２）から収集した。さらに、胎盤中でのこの遺伝子の発現は、胎児の成長における遺伝子産物の重要性を確証する。
【０６９６】
（ＳＥＣ７（ＣＧ５６１５９−０１））
遺伝子ＣＧ５６１５９−０１の発現を、表３０Ａおよび３０Ｂに記載されるように、プライマー−プローブセットＡｇ１９１０およびＡｇ２０４７を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表３０Ｃ、３０Ｄおよび３０Ｅに示す。
【０６９７】
【表３０Ａ】
2005508133.tif 000263
【０６９８】
【表３０Ｂ】
2005508133.tif 000264
【０６９９】
【表３０Ｃ】
2005508133.tif 000265
2005508133.tif 000266
2005508133.tif 000267
【０７００】
【表３０Ｄ】
2005508133.tif 000268
2005508133.tif 000269
【０７０１】
【表３０Ｅ】
2005508133.tif 000270
2005508133.tif 000271
2005508133.tif 000272
（パネル１．３Ｄ概要）：Ａｇ１９１０／Ａｇ２０４７  同一のプローブおよびプライマーセットを用いた３つの実験結果は、良好な一致を示し、乳癌細胞株（ＢＴ５４９）中でＣＧ５６１５９−０１遺伝子の最も高い発現（ＣＴ＝２４〜２５）を伴う。従って、この遺伝子の発現は、ＢＴ５４９細胞を、パネルにおける他のサンプルと区別するのに使用され得る。また、腎臓癌、脳癌および黒色腫に由来の細胞株の集団中で有意な発現が存在する。この遺伝子は、アミノペプチダーゼＮのホモログ（これは、細胞外マトリクスを分解し、そして細胞運動を助けることによって癌の転移において重大な意味を持つと考えられる）をコードする。従って、このタンパク質の発現または機能の治療的な調節は、これらの癌または任意の転移性癌の処置に有用であり得る。
【０７０２】
さらに、このアミノペプチダーゼＮのホモログの発現は、このパネルにおいて見出されるいくつかの内分泌／代謝性組織（例えば、脂肪、肝臓、膵臓、骨格筋および小腸が挙げられる）において中位から高位である。アミノペプチダーゼＮ（ＥＣ３．４．１１．２）は、小腸および腎臓微絨毛膜に配置され、そしてまた、他の原形質膜にも配置される。小腸において、アミノペプチダーゼＮは、胃プロテアーゼおよび膵臓プロテアーゼによってタンパク質の加水分解から産生されるペプチドの最終的な消化において役割を果たす。近位の尿細管上皮細胞および他の細胞型におけるその機能は、それほど明らかではない。
【０７０３】
（パネル２．２概要）：Ａｇ１９１０  このＣＧ５６１５９−０１遺伝子の発現は、腎臓癌由来のサンプルにおいて最も高い（ＣＴ＝２６．１）ようである。さらに、肝臓由来の組織、正常な結腸組織および多くの腎臓組織サンプルに関連する実質的な発現が存在するようである。これは、パネル１．３Ｄにおける発現およびこの推定タンパク質の機能と一致する（詳細な議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと）。従って、この遺伝子の発現は、この腎臓癌サンプルを、パネル中の他のサンプルと区別するのに使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬または抗体の使用によるこの遺伝子の治療的な調節は、肝臓癌、結腸癌または腎臓癌の処置において有益であり得る。
【０７０４】
（パネル４Ｄ概要）：Ａｇ１９１０／Ａｇ２０４７  同一のプローブおよびプライマーセットを用いる２つの実験結果は、良好な一致を示し、結腸におけるＣＧ５６１５９−０１遺伝子の最も高い発現（ＣＴ＝２１〜２３）を伴う。このことは、この遺伝子産物がアミノペプチダーゼＮホモログとして同定されることに従う。最近、アミノペプチダーゼＮは、白血球の走化性および活性化に関与しているとされている。炎症性疾患およびアレルギー疾患の免疫性事象におけるこの推定される役割と呼応して、この遺伝子産物はまた、健康および疾患の免疫応答おいて重要である広い範囲の他の細胞型において発現される。従って、発現の有意なレベルがまた、処置された肺および未処置の肺ならびに真皮線維芽細胞ならびに処置された内皮細胞および未処置の内皮細胞、マクロファージおよび単球において見られる。この転写物は、処置されたマクロファージおよび単球においてよりも、休止しているこれらの細胞型においてより高く発現される。従って、これらの転写物によってコードされるタンパク質は、単球の分化および活性化ならびに内皮細胞を含む条件において重要であり得る。従って、この転写物の発現またはそれがコードするタンパク質の機能を調節することによって、サイトカイン生成およびケモカイン生成ならびにＴ細胞の活性化によって調節された単球細胞の型およびレベルを変更することができた。さらに、このタンパク質の機能に拮抗する抗体および低分子は、自己免疫疾患および炎症性疾患（例えば、エリテマトーデス、喘息、気腫、クローン病、潰瘍性大腸炎、関節炎、および乾癬など）を有する患者の症状を軽減するかまたは排除することが可能である。
【０７０５】
（参考文献）：
Ｔａｎｉ  Ｋ、Ｏｇｕｓｈｉ  Ｆ、Ｓｈｉｍｉｚｕ  Ｔ、Ｓｏｎｅ  Ｓ．Ｐｒｏｔｅａｓｅ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  ｃｈｅｍｏｔａｘｉｓ  ａｎｄ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ：ｒｏｌｅｓ  ｉｎ  ｈｏｓｔ  ｄｅｆｅｎｓｅ  ａｎｄ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ．Ｊ  Ｍｅｄ  Ｉｎｖｅｓｔ  ２００１  Ａｕｇ；４８（３−４）：１３３−４１。
【０７０６】
好中球、単球およびリンパ球のような白血球の炎症性損傷への遊走は、炎症の臨床的な事象のひとつである。好中球に誘導された抗菌プロテアーゼの伝統的な機能は、細菌を取りこみ、殺傷することであるが、いくつかの好中球セリンプロテアーゼは、白血球の遊走および活性化を誘導することが示されている。肥満細胞に誘導されたキマーゼはまた、白血球に関する走化性の活性を有する。炎症性疾患およびアレルギー疾患の急性期の間、主要な遊走する細胞はそれぞれ、好中球および脂肪細胞であり、続く慢性期は、単球およびリンパ球が主に遊走する。好中球に誘導されたセリンプロテアーゼと脂肪細胞に誘導されたキマーゼの、単球およびリンパ球についての走化性活性は、急性炎症と慢性炎症の切り替えおよび遅延型過敏症において役割を有する。最近、アミノペプチダーゼＮおよびエンドセリンは、白血球の走化性遊走を誘導することが示された。従って、プロテアーゼに誘導された白血球の走化性および活性化は、炎症性疾患およびアレルギー疾患の免疫性事象において重要な役割を果たし得る。
【０７０７】
ＰＭＩＤ：１１６９４９５２
（ＳＥＣ９（ＣＧ５６１６２−０１））
遺伝子ＣＧ５６１６２−０１の発現を、表３１Ａ、３１Ｂおよび３１Ｃに記載したプライマー−プローブセットである、Ａｇ１９５２、Ａｇ１９０６およびＡｇ２０４２を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行の結果を、表３１Ｄ、３１Ｅ、３１Ｆ、３１Ｇおよび３１Ｈに示す。
【０７０８】
【表３１Ａ】
2005508133.tif 000273
【０７０９】
【表３１Ｂ】
2005508133.tif 000274
【０７１０】
【表３１Ｃ】
2005508133.tif 000275
【０７１１】
【表３１Ｄ】
2005508133.tif 000276
2005508133.tif 000277
【０７１２】
【表３１Ｅ】
2005508133.tif 000278
2005508133.tif 000279
【０７１３】
【表３１Ｆ】
2005508133.tif 000280
2005508133.tif 000281
2005508133.tif 000282
【０７１４】
【表３１Ｇ】
2005508133.tif 000283
2005508133.tif 000284
【０７１５】
【表３１Ｈ】
2005508133.tif 000285
2005508133.tif 000286
2005508133.tif 000287
（ＣＮＳ＿ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ＿ｖ１．０  概要）：Ａｇ１９５２  このパネルは、アルツハイマー病におけるＣＧ５６１６２−０１遺伝子の差次的な発現を示さない。しかし、この発現プロフィールによって、脳におけるこの遺伝子の存在が確認される。中枢神経系におけるこの遺伝子の議論については、パネル１．３Ｄを参照のこと。
【０７１６】
（パネル１．３Ｄ  概要）：Ａｇ１９０６／Ａｇ２０４２  ＣＧ５６１６２−０１遺伝子の発現は、２つの異なるプローブ／プライマー対を使用する２つの独立した実行において評価され、この実行間において良好な一致を示した。このパネルにおける最も高い発現は、脳由来の組織（例えば、大脳皮質および脳癌）に見られる（ＣＴ＝２５〜２７）。従って、この遺伝子の発現は、これらのサンプルをパネルにおける他のサンプルと区別するのに使用され得る。
【０７１７】
リゾホスファーゼ（ｌｙｓｏｐｈｏｓｐｈａｓｅ）ホモログをコードするこの遺伝子はまた、このパネル上に見られる多くの内分泌／代謝性組織（例えば、脂肪、肝臓、膵臓、下垂体、骨格筋および小腸）における高い発現レベルを有する。リゾリン脂質はリン脂質代謝における、界面活性剤のような中間体である。リゾホスホリパーゼは、ホルモンの生合成および代謝の調節における重要な酵素であり、インスリン分泌の調節において重要であると示されている（以下の参考文献を参照）。増加したリゾリン脂質レベルは、種々の疾患（例えば、アテローム硬化症および高脂質血症が挙げられる）において検出されている。いくつかの場合において、リゾリン脂質の増加したレベルは、リゾホスホリパーゼを含むリゾリン脂質調節酵素（これは、加水分解によってリゾリン脂質のレベルを調節するために生物学的な膜において作用する）の機能障害に起因すると仮定される。従って、この遺伝子産物は、リゾリン脂質の増加に関連する疾患の処置において有用であり得る。
【０７１８】
この遺伝子はまた、脳において高い発現を示す。リゾホスホリパーゼは、脳膜リン脂質を調節するのに重要な酵素である。これらの活性における変化は、神経学的疾患（例えば、精神分裂病、パーキンソン病、およびアルツハイマー病が挙げられる）の宿主と関連している。従って、この遺伝子または遺伝子産物の発現または機能の変調は、これらの疾患の処置において有用であり得る。プローブ／プライマーセットＡｇ１９５２を用いた第３の実験結果は含めないことを留意していただきたい。このａｍｐプロットは、この実行に伴う実験的な困難さが存在することを示す。
【０７１９】
（参考文献）：
Ｃａｐｉｔｏ  Ｋ、Ｒｅｉｎｓｍａｒｋ  Ｒ、Ｔｈａｍｓ  Ｐ．Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ｆａｔ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｔｔｅｎｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｌｕｃｏｓｅ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｉｎｓｕｌｉｎ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ  ｆｒｏｍ  ｍｏｕｓｅ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｉｓｌｅｔｓ．Ａｃｔａ  Ｄｉａｖｅｔｏｌ  １９９９  Ｄｅｃ；３６（３）：１１９−２５。
【０７２０】
グルコース誘導性インスリン分泌の、脂肪誘導性阻害に潜む機構を研究するために、膵島グルコース酸化の調節に関与し得る酵素の選択を、研究用の固形飼料（ｃｈｏｗ  ｄｉｅｔ）または高脂肪の餌を１０〜１２週間与えられたマウスから単離した膵島において研究した。［Ｕ−（１４）Ｃ］−グルコースからの（１４）ＣＯ（２）の２０ｍｍｏｌ／Ｌのグルコース生成が、脂肪を与えられたマウス由来の島において５０％減少した。３．３ｍｍｏｌ／Ｌのグルコースにおけるグルコ−ス酸化速度は、２つのグループにおいて同様であった。グルコース酸化速度の脂肪に誘導される減少は、最大のグルコキナーゼ活性中での３５％の減少と相関した。グルコースについてのＫ（ｍ）は、変化しなかった。これらの餌グループ間に、ヘキソキナーゼ、ホスホフルクト−１−キナーゼ、グルコース６−ホスファターゼまたはミトコンドリアグリセロホスフェートデヒドロゲナーゼの活性に差異はなかった。２０ｍｍｏｌ／Ｌのグルコースでのプレインキュベーション後、サイトゾルのＣａ（２＋）−非依存性ホスホリパーゼＡ（２）およびＣａ（２＋）−依存性ホスホリパーゼＡ（２）の活性を脂肪を与えることによって変化させた。しかし、ホスホリパーゼの活性は、脂肪を与えることによって有意に増加され、このことは、膵島状のリゾホスファチジルコリン（ｌｙｓｏＰＣ）の濃度を下げた。脂肪に誘導された糖尿病性の動物において、膵島のグルコキナーゼの減少が、膵島のグルコース酸化速度の減少にかなり寄与し得ることが結論付けられた。さらに、この研究によって、膵島のｌｙｓｏＰＣの変化が、グルコース誘導性インスリン分泌の脂肪誘導性弱毒化に寄与し得る可能性が生じた。
【０７２１】
ＰＭＩＤ：１０６６４３１５
Ｒｏｓｓ  ＢＭ，Ｔｕｒｅｎｎｅ  Ｓ，Ｍｏｓｚｃｚｙｎｓｋａ  Ａ，Ｗａｒｓｈ  ＪＪ，Ｋｉｓｈ  ＳＪ．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐａｓｅ  Ａ２  ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ  ｉｎ  ｂｒａｉｎ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｓｃｈｉｚｏｐｈｒｅｎｉａ．Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ  １９９９  Ｍａｒ  １３；８２１（２）：４０７−１３。
【０７２２】
本発明者らは近年、ホスホリパーゼＡ２のカルシウム非依存性サブタイプの活性が、精神分裂病を有する患者の血液中において増加することを報告した。本研究は、類似の変化が、この障害を有する患者の脳において起こるか否か、そして比較のために、双極性障害を有する患者において起こるか否かを試験した。２つのクラスのＰＬＡ２（カルシウム刺激性およびカルシウム非依存性）の活性を、精神分裂病を有する１０個体の患者、双極性障害を有する８個体の患者、および１２個体の適合性のコントロール被験体の検死を行った側頭皮質、前前頭皮および後頭皮質、被殻、海馬ならびに視床においてアッセイした。カルシウム非依存性ＰＬＡ２の活性は、コントロールと比較した場合に、精神分裂病を有する患者の側頭皮質において４５％増加したが、他の脳領域では有意には変化しなかった。対照的に、カルシウム刺激性ＰＬＡ２の活性は、側頭皮質および前頭皮質、ならびに被殻において２７〜４２％減少し、他の脳領域では有意な変化は見られなかった。脳のＰＬＡ２の活性は、双極性障害を有する患者においては正常であった。カルシウム刺激性ＰＬＡ２の活性は、ハロペリドールで急性的または慢性的に処理したラットの皮質、小脳および線条において正常であったが、カルシウム非依存性ＰＬＡ２の活性は、慢性的に処理した動物の線条において減少した。このことは、精神分裂病を有する患者におけるＰＬＡ２活性の変化が、薬物適用の直接的な効能となる可能性は低いことを示している。ＰＬＡ２によって果たされる細胞性の役割に関する研究によって、カルシウム刺激性ＰＬＡ２の活性の減少は、ヒトの常習的なコカイン使用者の線条においても生じるように、この障害におけるドパミン作用性活性の増加に一部起因し得、一方、カルシウム非依存性ＰＬＡ２の活性の増加は、精神分裂病における異常な脂肪酸代謝および酸化ストレスに関連し得ることが示唆されている。版権  １９９９  Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｂ．Ｖ．。
【０７２３】
Ｒｏｓｓ  ＢＭ，Ｍｏｓｚｃｚｙｎｓｋａ  Ａ，Ｅｒｌｉｃｈ  Ｊ，Ｋｉｓｈ  ＳＪ．Ｌｏｗ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ｋｅｙ  ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄ  ｃａｔａｂｏｌｉｃ  ａｎｄ  ａｎａｂｏｌｉｃ  ｅｎｚｙｍｅｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｓｕｂｓｔａｎｔｉａ  ｎｉｇｒａ：ｐｏｓｓｉｂｌｅ  ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｐａｒｋｉｎｓｏｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ  １９９８  Ａｐｒ；８３（３）：７９１−８。
【０７２４】
特発性パーキンソン病を有する患者の黒質における酸化ストレスの増加が、酸化した膜リン脂質を解毒する黒質細胞の能力の減少と相関し得るか否かを決定するために、我々は、検死された黒質における主要なリン脂質代謝酵素のレベルと、正常なヒト脳の非黒質脳領域（ｎ＝１１）におけるそのレベルとを比較した。大半の酵素は比較的均質の分布を有していたが、カルシウムイオンの存在下においてアッセイされた主要なリン脂質異化酵素であるホスホリパーゼＡ２の活性は、異なる領域の間で変動し、黒質は最も低い活性を有していた。同様に、カルシウム非依存性ホスホリパーゼＡ２の活性は、比較的均質な領域的分布を有していたが、これもまた、黒質では低かった。この脳領域における、リン脂質合成の主要な調節酵素であるホスホエタノールアミン−シチジリルトランスフェラーゼおよびホスホコリン−シチジリルトランスフェラーゼの低い活性と合わせて、このことは、リン脂質の代謝回転率が黒質において低いことを示唆する。ヒトの黒質において重要なリン脂質異化酵素およびリン脂質同化酵素の活性が低いことは、パーキンソン病において生じ得るような、酸化による膜損傷を修復する能力の低下を引き起こし得る。
【０７２５】
ＰＭＩＤ：９４８３５６２
Ｒｏｓｓ  ＢＭ，Ｍｏｓｚｃｚｙｎｓｋａ  Ａ，Ｅｒｌｉｃｈ  Ｊ，Ｋｉｓｈ  ＳＪ．Ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄ−ｍｅｔａｂｏｌｉｚｉｎｇ  ｅｎｚｙｍｅｓ  ｉｎ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ：ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  ｌｙｓｏｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄ  ａｃｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  ｄｅｃｒｅａｓｅｄ  ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐａｓｅ  Ａ２  ａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｊ  Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ  １９９８  Ｆｅｂ；７０（２）：７８６−９３。
【０７２６】
脳の膜リン脂質への損傷は、アルツハイマー病（ＡＤ）の病因において重要な役割を果たし得る；しかし、この疾患によって影響を及ぼされる膜リン脂質の生成および修復を担う重要な代謝プロセスは知られていない。我々は、検死したＡＤを有する患者の脳の形態学的に影響を受けた領域および影響を免れた領域、ならびに適合性のコントロール被験体において、重要なリン脂質異化酵素およびリン脂質同化酵素の活性を測定した。Ｃａ２＋の存在下および非存在下の両方で測定された主要な異化酵素ホスホリパーゼＡ２（ＰＬＡ２）の活性は、ＡＤを有する患者の頭頂葉皮質（ｐａｒｉｅｔａｌ  ｃｏｒｔｅｘ）および側頭皮質において有意に減少した（−３５％〜−５３％）。対照的に、リゾリン脂質アシルトランスフェラーゼ（これは、リゾリン脂質をインタクトなリン脂質へと再生させる）およびグリセロホスホコリンホスホジエステラーゼ（これは、リン脂質異化代謝産物を、リン脂質再合成に使用されるように戻す）の活性は、同じ脳領域において、約５０〜７０％増加した。デノボでのリン脂質合成（エタノールアミンキナーゼ、コリンキナーゼ、コリンホスホトランスフェラーゼ、ホスホエタノールアミンシチジリルトランスフェラーゼ、およびホスホコリンシチジリルトランスフェラーゼ）に関与する酵素の脳での活性は、正常であるかまたはわずかにのみ変更されるかのいずれかであった。ＰＬＡ２およびアシルトランスフェラーゼの活性は、１型脊髄小脳性萎縮症（ｓｐｉｎｏｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ  ａｔｒｏｐｈｙ  ｔｙｐｅ  １）を有する患者の変性している小脳において正常であったが、グリセロホスホコリンホスホジエステラーゼの活性は減少した。このことは、ＡＤの脳における変化が、神経変性の非特異的な結果ではないことを示唆した。我々のデータは、異化の減少（ＰＬＡ２）およびリン脂質再合成の増加（アシルトランスフェラーゼおよびグリセロホスホコリンホスホジエステラーゼ）の両方を介してリン脂質の損失率を低下させる代償的なリン脂質代謝変化が、ＡＤの脳において存在することを示唆している。
【０７２７】
ＰＭＩＤ：９４５３５７５
パネル２．２のまとめ：Ａｇ１９０６。ＣＧ５６１６２−０１遺伝子の発現は、正常な腎臓組織由来のサンプルにおいて最高のようである（ＣＴ＝２８．１）。さらに、腎臓癌組織、肝臓癌組織、乳癌組織および結腸癌組織と関連付けられるかなりの発現が存在する。従って、この遺伝子の発現を使用して、この正常な腎臓組織サンプルをパネル中の他のサンプルから識別し得る。さらに、抗体、低分子薬物またはタンパク質の治療剤の使用を通したこの遺伝子の治療的調節は、腎臓癌、肝臓癌、乳癌または結腸癌の処置において有益であり得る。
【０７２８】
パネル２Ｄのまとめ：Ａｇ１９５２。ＣＧ５６１６２−０１遺伝子の発現は、腎臓癌組織由来のサンプルにおいて最高のようである（ＣＴ＝２６．１）。さらに、腎臓癌組織、肝臓癌組織、乳癌組織、結腸癌組織、正常な前立腺および正常な肺の他のサンプルと関連付けられるかなりの発現が存在する。従って、この遺伝子の発現を使用して、この腎臓癌組織サンプルをパネル中の他のサンプルから識別し得る。さらに、抗体、低分子薬物またはタンパク質の治療剤の使用を通したこの遺伝子の治療的調節は、腎臓癌、肝臓癌、乳癌または結腸癌の処置において有益であり得る。
【０７２９】
パネル４Ｄのまとめ：Ａｇ１９０６／Ａｇ１９５２／Ａｇ２０４２。ＣＧ５６１６２−０１遺伝子の発現を、３つの異なるプローブ／プライマー対を使用する３つの独立した実行（ｒｕｎ）において評価した。これらの実行の間では良好な一致がみられる。この遺伝子は、休止しているマクロファージ、ＴＮＦαで活性化された皮膚線維芽細胞、ＬＰＳで刺激された樹状細胞、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで活性化された肺動脈内皮細胞、ＴＮＦα＋ＩＬ−１βで活性化された肺微小血管細胞、およびＴＮＦα＋ＩＦＮγで活性化された臍静脈内皮細胞を含む、広範な種々の細胞において中程度のレベルで発現される。従って、ＣＧ１２０８０３−０１遺伝子産物の機能をアンタゴナイズする抗体および低分子は、炎症性疾患および自己免疫疾患（例えば、エリテマトーデス、ぜん息、気腫、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、慢性関節リウマチ、変形性関節症および乾癬）を有する患者において症状を軽減または除去するために有用であり得る。
【０７３０】
（ＳＥＣ１０（ＣＧ５６１６４−０１））
遺伝子ＣＧ５６１６４−０１の発現を、表３２Ａに記載したプライマー−プローブのセットＡｇ１６７７を使用して評価した。このＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表３２Ｂ、３２Ｃ、２３Ｄ、３２Ｅおよび３２Ｆに示す。
【０７３１】
【表３２Ａ】
2005508133.tif 000288
【０７３２】
【表３２Ｂ】
2005508133.tif 000289
2005508133.tif 000290
【０７３３】
【表３２Ｃ】
2005508133.tif 000291
2005508133.tif 000292
【０７３４】
【表３２Ｄ】
2005508133.tif 000293
2005508133.tif 000294
2005508133.tif 000295
【０７３５】
【表３２Ｅ】
2005508133.tif 000296
2005508133.tif 000297
【０７３６】
【表３２Ｆ】
2005508133.tif 000298
2005508133.tif 000299
ＣＮＳ＿神経変性（ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿ｖ１．０のまとめ：Ａｇ１６７７。科学技術文献と一致して、アルツハイマー病において、ＣＧ５６１６４−０１遺伝子の発現に変化は認められない。しかし、このパネルは、脳におけるこの遺伝子の発現を確証付ける。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性に関する考察については、パネル１．３Ｄを参照されたい。
【０７３７】
参考文献：
Ｖｌｋｏｌｉｎｓｋｙ  Ｒ，Ｃａｉｒｎｓ  Ｎ，Ｆｏｕｎｔｏｕｌａｋｉｓ  Ｍ，Ｌｕｂｅｃ  Ｇ．Ｄｅｃｒｅａｓｅｄ  ｂｒａｉｎ  ｌｅｖｅｌｓ  ｏｆ  ２’，３’−ｃｙｃｌｉｃ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−３’−ｐｈｏｓｐｈｏｄｉｅｓｔｅｒａｓｅ  ｉｎ  Ｄｏｗｎ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  ａｎｄ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ  Ａｇｉｎｇ  ２００１  Ｊｕｌ−Ａｕｇ；２２（４）：５４７−５３。
【０７３８】
ダウン症候群（ＤＳ）およびアルツハイマー病（ＡＤ）において、乏突起神経膠細胞およびミエリンの変化が報告されている。２’，３’−サイクリックヌクレオチド−３’−ホスホジエステラーゼ（ＣＮＰａｓｅ）およびカルボニックアンヒドラーゼＩＩ（ＣＡ  ＩＩ）は、乏突起神経膠細胞およびミエリンについてのマーカーとして広く容認されている。しかし、ＣＮＰａｓｅ活性に関するデータのみが、これまでにＡＤおよびＤＳの脳において入手可能である。我々の研究において、我々は、ＤＳ、ＡＤおよびコントロールの死後脳サンプルにおけるＣＮＰａｓｅおよびＣＡ  ＩＩのタンパク質レベルを決定して、両方の疾患における乏突起神経膠細胞およびミエリンの変化を評価した。我々は、二次元電気泳動を使用して脳のタンパク質を分離し、この脳のタンパク質を、引き続いてマトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析法（ＭＡＬＤＩ−ＭＳ）によって同定した。７つの脳領域（前頭皮質、側頭皮質、後頭皮質および頭頂葉皮質、小脳、視床ならびに尾状核）を研究した。コントロールの脳との比較において、我々は、ＤＳ患者の前頭皮質および側頭皮質において、ＣＮＰａｓｅタンパク質レベルの有意な減少を検出した。ＤＳにおけるＣＡ  ＩＩタンパク質レベルは、コントロールと比較して変化はなかった。ＡＤの脳において、ＣＮＰａｓｅレベルは前頭皮質においてのみ減少した。ＡＤの群のすべての脳領域におけるＣＡ  ＩＩレベルは、コントロールに匹敵した。ＤＳおよびＡＤにおけるＣＮＰａｓｅタンパク質レベルの変化は、ＤＳおよびＡＤの脳におけるＣＮＰａｓｅ活性の減少に関する以前の知見と一致する。これらはおそらく、乏突起神経膠細胞密度の低下および／または髄鞘形成の減少を反映している。これらは、両方の疾患において存在するニューロンの損失に起因した、軸索／乏突起神経膠細胞の連絡における障害から派生し得る。あるいは、ＤＳの脳におけるＣＮＰａｓｅレベルの減少は、グルコースの代謝障害および／または甲状腺機能の変化によって引き起こされ得る。
【０７３９】
一般（Ｇｅｎｅｒａｌ）＿スクリーニング（ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）＿パネル（ｐａｎｅｌ）＿ｖ１．４のまとめ：Ａｇ１６７７。このパネルにおいてＣＧ５６１６４−０１遺伝子の最高の発現は、小脳において観察され（ＣＴ＝２６．２）、発現はまた、このパネルにおいて提示されたすべての脳領域にわたって観察される。この発現プロフィールは、ＣＮＳ＿神経変性（ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿ｖ１．０パネルにおいて観察された脳での発現と一致する。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性に関する考察については、パネル１．３Ｄを参照されたい。
【０７４０】
全体的に、この遺伝子は主に正常組織において発現され、大半の癌細胞株では、はるかにより低い発現である。このことは、この遺伝子の発現の損失が、これらの癌細胞株の増殖のために必要とされ得ることを示唆する。中程度のレベルの発現は、１つの肺癌細胞株および２つの乳癌細胞株において観察される。従って、この発現損失は、この肺癌細胞株および乳癌細胞株が由来した癌組織を除く、大半の癌についての診断マーカーとして使用され得る。さらに、この遺伝子のタンパク質産物は、これらの癌の処置において有用であり得る。
【０７４１】
この遺伝子はまた、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体および胎児の心臓、成体および胎児の骨格筋、成体および胎児の肝臓、ならびに脂肪を含む広範な種々の代謝組織において、中程度に発現される。カルボニックアンヒドラーゼＩＩＩは、遺伝的肥満症のいくつかの動物モデルにおいて脂肪組織で減少する。従って、この遺伝子産物の活性化因子は、潜在的に、ヒトにおける肥満症の予防および／または処置のための薬物処置となり得る。
【０７４２】
さらに、この遺伝子は、成体肺（ＣＴ＝３１．３）においてよりも胎児肺（ＣＴ＝２６．５）において、より高いレベルで発現される。従って、この遺伝子の発現を使用して、胎児肺組織と成体肺組織との間を識別し得る。肺における顕著なレベルでのこの遺伝子の発現は、公表された報告（下記の参考文献を参照のこと）と一致する。このことは、この遺伝子産物が、肺のホメオスタシスに関与することを示唆する。従って、この遺伝子によってコードされるタンパク質の発現または機能の治療的調節は、肺またはその機能を襲う疾患を処置するにおいて有効であり得る。
【０７４３】
参考文献：
Ｔａｋａｈａｓｈｉ  Ｈら、Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕｓ  ａｄｉｐｏｓｅ  ｔｉｓｓｕｅ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｒｅｌａｔｅｄ  ｔｏ  ｏｂｅｓｉｔｙ  ｉｎ  Ｎｅｗ  Ｚｅａｌａｎｄ  ｏｂｅｓｅ  ｍｏｕｓｅ．Ｅｎｄｏｃｒ  Ｊ  ４８：２０５−１１，２００１。
【０７４４】
ニュージーランド肥満（ＮＺＯ）マウス（肥満症の遺伝モデル）は、過食症、高インスリン血症、およびレプチン耐性を示す。我々は、二次元ゲル電気泳動技術と、それに次ぐタンパク質配列分析とで、ＮＺＯマウスにおける皮下脂肪組織タンパク質を分析した。ＮＺＯマウスは、高インスリン血症および高レプチン血症（ｈｙｐｅｒｌｅｐｔｉｎｅｍｉａ）を示した。腹部の皮下脂肪組織を、ＮＺＯおよびＣ５７ＢＬ／６Ｊ痩身（ｌｅａｎ）マウスにおいて調べた。二次元ゲル電気泳動によって、ＮＺＯマウスにおいて明らかに減少した４つのスポットが検出された。これらのスポットは、ｐ２６、ｐ１９、ｐ１８およびｐ１５であった。ｐ２６タンパク質およびｐ１５タンパク質の内部配列は、カルボニックアンヒドラーゼＩＩＩの配列と相同であり、ｐ１９はシトクロムｂ５であり、ｐ１８はスーパーオキシドジスムターゼであった。ＮＺＯマウスにおける血清アラキドン酸レベルは、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウスの８０％まで減少した。本研究によって、ＮＺＯマウスにおいて脂質代謝と関連したいくつかの酵素の減少が実証された。これらのデータは、膜脂質含量の変化によって引き起こされる仮定上の膜流動率の変化が、この肥満症モデルの中心的なレプチン耐性に関与し得るという仮説を提起する。
【０７４５】
ＰＭＩＤ：１１４５６２６９
Ｓｔａｎｔｏｎ  ＬＷら．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ＣＡ  ＩＩＩ  ｉｎ  ｒｏｄｅｎｔ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｏｂｅｓｉｔｙ．Ｍｏｌ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  ５：８６０−６，１９９１。
【０７４６】
肥満症の生化学的基礎に関する良好な理解を達成するために、我々は、痩身マウスおよび肥満マウスの脂肪組織の比較分析を行った。二次元ゲル電気泳動によって、カルボニックアンヒドラーゼＩＩＩ（ＣＡ  ＩＩＩ）を、マウス脂肪組織の主要成分として同定した。ＣＡ  ＩＩＩのタンパク質レベルおよびｍＲＮＡレベルの定量的比較によって、この酵素が、遺伝的に肥満症であったかまたは実験的に肥満を誘導したかのいずれかであった動物由来の脂肪組織において、対応する痩身コントロールでのレベルと比較してより低いレベルで発現されることが示されている。ＣＡ  ＩＩＩ発現におけるこの減少は、脂肪組織に固有であった。なぜなら、ＣＡ  ＩＩＩを含有する他の器官および組織は、痩身動物と肥満動物とを比較した場合に変化を示さなかったからである。さらに、肥満動物由来の脂肪組織におけるＣＡ  ＩＩＩのレベルは、この動物のエネルギー均衡における急性の変化に応答した。これらの結果を、ＣＡ  ＩＩＩについてあり得る代謝上の役割を考慮に入れて考察する。
【０７４７】
ＰＭＩＤ：１９２２１００
Ｍａｈｉｅｕ  Ｉ，Ｂｅｎｊａｍｉｎ  Ａ，Ｓｔｅｐｈｅｎｓ  Ｒ，Ｗａｌｔｅｒｓ  Ｄ，Ｃａｒｔｅｒ  Ｎ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｂｏｕｎｄ  ｃａｒｂｏｎｉｃ  ａｎｈｙｄｒａｓｅ  ＩＶ（ＣＡ  ＩＶ）ｌｏｃａｔｅｄ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｅｘｔｅｒｎａｌ  ｓｕｒｆａｃｅ  ｏｆ  ｌｕｎｇ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｏｃ  Ｔｒａｎｓ  １９９５  Ｍａｙ；２３（２）：３２０Ｓ。
【０７４８】
ＰＭＩＤ：７６７２３５１
パネル１．３Ｄのまとめ：Ａｇ１６７７。ＣＧ５６１６４−０１遺伝子の発現を、このパネルにおいて２つの独立した実行（ｒｕｎ）において評価した。これらの実行の間では良好な一致が存在するようである。この遺伝子は、主に正常組織において発現され、大半の癌細胞株では、はるかにより低い発現である。このパネルにおいてこの遺伝子の最高の発現は、肺において観察される（ＣＴｓ＝２８）。肺におけるこの顕著な発現は、一般（Ｇｅｎｅｒａｌ）＿スクリーニング（ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）＿パネル（ｐａｎｅｌ）＿ｖ１．４における結果と一致し、そしてこの遺伝子産物が、この器官のホメオスタシスに関与することを示唆する。正常組織とこの遺伝子の高い関連は、この遺伝子の発現の損失が、このパネルにおける癌細胞株の増殖のために必要とされ得ることを示唆する。従って、この発現損失は、癌についての診断マーカーとして使用され得る。
【０７４９】
以前のパネルにおけるように、この遺伝子は、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成体および胎児の心臓、成体および胎児の骨格筋、ならびに脂肪を含む種々の代謝組織において、広範に発現される。従って、この遺伝子産物は、代謝疾患（１型糖尿病および２型糖尿病を含む）の処置のための低分子標的となり得る。
【０７５０】
この遺伝子は、乏突起神経膠細胞についての公知のマーカーである、カルボニックアンヒドラーゼのホモログである。脳におけるカルボニックアンヒドラーゼの発現は、ニューロンと乏突起神経膠細胞との間を識別するために有用である。従って、この遺伝子産物は、乏突起神経膠細胞の有髄化機能に関連する疾患（例えば、多発性硬化症およびアルツハイマー病）の進行をモニタリングするにおいて有用性を有し得る。
【０７５１】
パネル２Ｄのまとめ：Ａｇ１６７７。以前のパネルにおけるように、ＣＧ５６１６４−０１遺伝子の発現は、正常組織とより高度に関連付けられる。このパネルにおいてこの遺伝子の最高の発現は、正常結腸サンプルにおいて観察される（ＣＴ＝２７．８）。さらに、この遺伝子の発現は、正常な結腸、胃、卵巣、甲状腺、腎臓および肺において、その対応する隣接腫瘍組織においてよりも高い。従って、この遺伝子の発現損失を使用して、悪性結腸組織、悪性肺組織、悪性胃組織、悪性卵巣組織、悪性甲状腺組織および悪性腎臓組織を、これらの器官由来の正常組織から識別し得る。さらに、この遺伝子のタンパク質産物は、これらの癌の処置において有用であり得る。
【０７５２】
パネル４Ｄのまとめ：Ａｇ１６７７。ＣＧ５５９３６−０１転写物は、胸腺、肺および腎臓において低レベルではあるが有意なレベルで発現され（ＣＴｓ＝３０〜３５）、また正常組織において優先的な発現を示す。従って、この遺伝子またはこの遺伝子がコードするタンパク質を使用して、これらの組織を検出し得る。治療的に、この転写物によってコードされるタンパク質は、胸腺におけるＴ細胞発達を調節することによって免疫を調節するために使用され得る。
【０７５３】
（ＮＯＶ７（ＣＧ５５１１７−０１））
遺伝子ＣＧ５５１１７−０１の発現を、表３３Ａに記載したプライマー−プローブのセットＡｇ８１９を使用して評価した。このＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表３３Ｂ、３３Ｃ、３３Ｄ、３３Ｅおよび３３Ｆに示す。
【０７５４】
【表３３Ａ】
2005508133.tif 000300
【０７５５】
【表３３Ｂ】
2005508133.tif 000301
2005508133.tif 000302
2005508133.tif 000303
【０７５６】
【表３３Ｃ】
2005508133.tif 000304
2005508133.tif 000305
2005508133.tif 000306
【０７５７】
【表３３Ｄ】
2005508133.tif 000307
2005508133.tif 000308
2005508133.tif 000309
【０７５８】
【表３３Ｅ】
2005508133.tif 000310
2005508133.tif 000311
2005508133.tif 000312
【０７５９】
【表３３Ｆ】
2005508133.tif 000313
2005508133.tif 000314
パネル１．２のまとめ：Ａｇ８１９。ＣＧ５５１１７−０１遺伝子の発現を、パネル１．２において２つの独立した実行（ｒｕｎ）において評価した。これらの実行の間では優れた一致がみられる。この遺伝子の発現は、結腸癌細胞株（ＣａＣｏ−２）において最高のようである（ＣＴｓ＝２５）。さらに、結腸癌細胞株および卵巣癌細胞株において、かなりの発現が存在するようである。従って、この遺伝子の発現を使用して、ＣａＣｏ−２由来のサンプルをこのパネル中の他のサンプルから識別し得る。
【０７６０】
代謝機能を有する組織の中で、この遺伝子は、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、ならびに成体および胎児の肝臓において、中程度のレベルの発現を有する。この遺伝子は、膵臓において高度に発現される（ＣＴ値＝２６）。この遺伝子は、代謝疾患における調節不全について報告されていないが、この遺伝子は、代謝性内分泌軸（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ−ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ  ａｘｉｓ）の疾患（肥満症、ならびに１型糖尿病および２型糖尿病を含む）の処置のためのモノクローナル抗体標的となり得る。さらに、この遺伝子は、成体の心臓（ＣＴ値＝２８）  対  胎児の心臓（ＣＴ値＝３２〜３３）において示差的に発現されるようであり、そしてこの組織における成体表現型の同定のために有用であり得る。
【０７６１】
この遺伝子はまた、試験されたすべてのＣＮＳ領域において、中程度での発現を示す。しかし、胎児の脳におけるこの発現はかなり高く（１０倍よりも高い）、このことは、神経発達における役割を示唆する。プロミニン（ｐｒｏｍｉｎｉｎ）は、脂質膜突起の形成、それらの脂質含量、および膜−膜相互作用（すべて、シナプス形成に重要である）において役割を果たすと考えられている。発達中の脳におけるこの遺伝子の発現は、この分子についての、シナプス形成における役割を支持する。代償的なシナプス形成が、成体の脳において、特に、脳の傷害またはニューロン損失に応答して、生じることが示された。従って、この遺伝子またはそのタンパク質産物の治療的調節は、代償的なシナプス形成の増加が所望される臨床的状態（発作、頭部外傷、脊髄外傷、アルツハイマー病、パーキンソン病もしくはハンティングトン病、多発性硬化症またはＡＬＳを含む）において、治療的に有益であり得る。
【０７６２】
参考文献：
Ｃｏｒｂｅｉｌ  Ｄ，Ｒｏｐｅｒ  Ｋ，Ｆａｒｇｅａｓ  ＣＡ，Ｊｏｅｓｔｅｒ  Ａ，Ｈｕｔｔｎｅｒ  ＷＢ．Ｐｒｏｍｉｎｉｎ：ａ  ｓｔｏｒｙ  ｏｆ  ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ，ｐｌａｓｍａ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｐｒｏｔｒｕｓｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｈｕｍａｎ  ｐａｔｈｏｌｏｇｙ．Ｔｒａｆｆｉｃ  ２００１  Ｆｅｂ；２（２）：８２−９１。
【０７６３】
プロミニンは、動物界全体を通して保存された、ポリトピック型（ｐｏｌｙｔｏｐｉｃ）膜タンパク質の新規ファミリーの中で最初に同定されたメンバーである。これは、５回膜貫通ドメインおよび２つの大きなグリコシル化された細胞外ループを含む、異常な膜トポロジーを有する。哺乳動物において、プロミニンは、種々の胚性および成体の上皮細胞、ならびに非上皮細胞（例えば、造血幹細胞）において発現される。細胞下レベルで、プロミニンは、細胞型とは無関係に、微絨毛および他の形質膜突起において選択的に局在化される。分子レベルで、プロミニンは、膜コレステロールと特異的に相互作用し、そして新規型のコレステロールベースの脂質「集積物（ｒａｆｔ）」のマーカーである。短縮型タンパク質（これはもはや、細胞表面に輸送されない）を生じさせる、ヒトプロミニン遺伝子のフレームシフト変異は、網膜変性と関連付けられる。プロミニンが、光受容円板の生物発生において必須の前駆体構造である、杆体の光受容細胞の外節基部にある形質膜膨出において濃縮することを考慮して、プロミニンは形質膜突起の生成、その脂質の組成および構成、ならびにそれらの膜−膜相互作用において役割を有することが提案された。
【０７６４】
パネル２Ｄのまとめ：Ａｇ８１９。ＣＧ５５１１７−０１遺伝子の発現を、パネル２Ｄにおいて２つの独立した実行（ｒｕｎ）において評価した。これらの実行は優れた一致を示す。この遺伝子の発現は、卵巣癌および肺癌由来のサンプルにおいて最高であることが見出されている（ＣＴｓ＝２６）。さらに、腎臓癌、２つの結腸癌、および２つの胃癌を含む他の癌サンプルにおいて、かなりの発現が存在する。従って、この遺伝子の発現を使用して、卵巣癌または肺癌をこのパネル中の他のサンプルから識別し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質の治療剤の使用を通した、この遺伝子の治療的調節は、卵巣癌、肺癌、腎臓癌、結腸癌または胃癌の処置において有益であり得る。
【０７６５】
パネル３Ｄのまとめ：Ａｇ８１９。ＣＧ５５１１７−０１遺伝子の発現は、脳の癌（髄芽腫）由来の細胞株（Ｄ２８３細胞）に由来するサンプルにおいて最高である（ＣＴ＝２８．３）。さらに、いくつかの肺癌細胞株、１つの胃癌細胞株、およびいくつかの膵臓癌細胞株において、かなりの発現が観察される。従って、この遺伝子の発現を使用して、Ｄ２８３細胞をこのパネル中の他のサンプルから識別し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質の治療剤の使用を通した、この遺伝子の治療的調節は、肺癌、脳の癌、膵臓癌または胃癌の処置において有益であり得る。
【０７６６】
パネル４Ｄのまとめ：Ａｇ８１９。ヒトの造血前駆細胞抗原ＡＣ１３３のホモログである５回膜貫通タンパク質をコードするＣＧ５５１１７−０１遺伝子は、胸腺、結腸およびループス性腎臓（ｌｕｐｕｓ  ｋｉｄｎｅｙ）において中程度のレベルで発現される。従って、ＣＧ５５１１７−０１遺伝子産物の機能をアンタゴナイズする抗体および低分子薬物は、ループス腎炎を有する患者において症状を軽減または除去し得る。
【０７６７】
パネル５島（Ｉｓｌｅｔ）のまとめ：Ａｇ８１９。ＣＧ５５１１７−０１遺伝子は、胎盤および島において低レベルの発現を有する（ＣＴｓ＝３２〜３４）。従って、この遺伝子の発現を使用して、これらの組織に由来するサンプルをこのパネルの他のサンプルから識別し得る。
【０７６８】
（ＮＯＶ６（ＣＧ５５６９０−０１））
遺伝子ＣＧ５５６９０−０１の発現を、表３４Ａおよび３４Ｂに記載したプライマー−プローブのセットＡｇ２２５６およびＡｇ４９３３を使用して評価した。このＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表３４Ｃ、３４Ｄ、３４Ｅ、３４Ｆ、３４Ｇ、３４Ｈ、および３４Ｉに示す。
【０７６９】
【表３４Ａ】
2005508133.tif 000315
【０７７０】
【表３４Ｂ】
2005508133.tif 000316
【０７７１】
【表３４Ｃ】
2005508133.tif 000317
2005508133.tif 000318
【０７７２】
【表３４Ｄ】
2005508133.tif 000319
2005508133.tif 000320
2005508133.tif 000321
【０７７３】
【表３４Ｅ】
2005508133.tif 000322
2005508133.tif 000323
2005508133.tif 000324
【０７７４】
【表３４Ｆ】
2005508133.tif 000325
2005508133.tif 000326
2005508133.tif 000327
【０７７５】
【表３４Ｇ】
2005508133.tif 000328
2005508133.tif 000329
2005508133.tif 000330
【０７７６】
【表３４Ｈ】
2005508133.tif 000331
2005508133.tif 000332
2005508133.tif 000333
【０７７７】
【表３４Ｉ】
2005508133.tif 000334
2005508133.tif 000335
2005508133.tif 000336
ＣＮＳ＿神経変性（ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿ｖ１．０のまとめ：Ａｇ２２５６。ＣＧ５５６９０−０１遺伝子の発現は、このパネルでの発現に基づくと、アルツハイマー病において示差的に発現されない。しかし、これらの結果により、脳におけるこの遺伝子の発現が確認された。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性に関する考察については、一般（Ｇｅｎｅｒａｌ）＿スクリーニング（ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）＿パネル（ｐａｎｅｌ）＿ｖ１．５を参照されたい。
【０７７８】
一般（Ｇｅｎｅｒａｌ）＿スクリーニング（ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）＿パネル（ｐａｎｅｌ）＿ｖ１．５のまとめ：Ａｇ２２５６／Ａｇ４９３３。同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験は、肺癌細胞株（ＮＣＩ−Ｈ１４６）由来のサンプルにおいて、ＣＧ５５６９０−０１遺伝子の最高の発現を示す（ＣＴｓ＝３０）。さらに、この遺伝子を発現する多数の肺癌細胞株、ならびに結腸癌細胞株および卵巣癌細胞株が存在する。従って、この遺伝子の発現を使用して、ＮＣＩ−Ｈ１４６細胞をこのパネル中の他のサンプルから識別し得る。さらに、低分子薬物、タンパク質の治療剤または抗体の使用を通した、この遺伝子の治療的調節は、肺癌、結腸癌または卵巣癌の処置において有益であり得る。
【０７７９】
この遺伝子は、脂肪、成体および胎児の骨格筋、ならびに下垂体において、中程度の発現を有する。この遺伝子産物は、代謝疾患／代謝との関連について報告されていないが、この発現プロフィールは、この遺伝子が、代謝疾患および内分泌疾患（肥満症、ならびに１型糖尿病および２型糖尿病を含む）の処置のためのモノクローナル抗体標的となり得ることを示唆する。
【０７８０】
さらに、この遺伝子は、試験されたすべてのＣＮＳ領域において、低レベルで発現される。この遺伝子は、フリズルのホモログである。フリズル遺伝子は、細胞の発生運命の決定において役割を果たす。従って、この遺伝子は、特に、有糸分裂後のニューロンへの幹細胞の分化を制御するために、幹細胞の研究および治療において有用であり得る。
【０７８１】
参考文献：
Ｍｏｒｉｗａｋｉ  Ｊ，Ｋａｊｉｔａ  Ｅ，Ｋｉｒｉｋｏｓｈｉ  Ｈ，Ｋｏｉｋｅ  Ｊ，Ｓａｇａｒａ  Ｎ，Ｙａｓｕｈｉｋｏ  Ｙ，Ｓａｉｔｏｈ  Ｔ，Ｈｉｒａｉ  Ｍ，Ｋａｔｏｈ  Ｍ，Ｓｈｉｏｋａｗａ  Ｋ．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｘｅｎｏｐｕｓ  ｆｒｉｚｚｌｅｄ−１０Ａ  ａｎｄ  ｆｒｉｚｚｌｅｄ−１０Ｂ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｃｌｏｎｅｓ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ａｄｕｌｔ  ｔｉｓｓｕｅｓ  ａｎｄ  ｅｍｂｒｙｏｓ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２０００  Ｎｏｖ  １９；２７８（２）：３７７−８４。
【０７８２】
ＷＮＴレセプターをコードするフリズル遺伝子は、細胞の発生運命の決定において重要な役割を果たす。本明細書において、我々は、Ｘｅｎｏｐｕｓの２つのフリズル遺伝子（Ｘｆｚ１０ＡおよびＸｆｚ１０Ｂ）を単離した。これらはおそらく、Ｘｅｎｏｐｕｓにおける偽性四倍体を反映する。両方とも単一のエキソンによってコードされるＸｆｚ１０Ａ（５８６アミノ酸）およびＸｆｚ１０Ｂ（５８０アミノ酸）は、Ｎ末端のシステインリッチドメイン、７回膜貫通ドメイン、およびＣ末端のＳｅｒ／Ｔｈｒ−Ｘ−Ｖａｌモチーフから構成された。Ｘｆｚ１０ＡおよびＸｆｚ１０Ｂは、アミノ酸レベルで９７．０％同一であり、そしてＸｆｚ１０Ｂは、以前に報告されたＸｆｚ９と１００％同一であるが、Ｘｆｚ１０Ａは、それぞれＦＺＤ１０およびＦＺＤ９に対して８５．３％および６２．４％同一であった。Ｘｆｚ１０のｍＲＮＡは、成体組織および胚において、３．４ｋｂとして現れた。ＲＴ−ＰＣＲ分析によって、胃、腎臓、眼、骨格筋および皮膚においてより多くのＸｆｚ１０Ａ  ｍＲＮＡの発現が明らかとなり、そして心臓および卵巣においてより多くのＸｆｚ１０Ｂ  ｍＲＮＡの発現が明らかとなった。しかし胚において、２つのｍＲＮＡは胞胚期から等しく発現され、後期原腸胚期にそのピークの発現を有する。Ｘｆｚ１０  ｍＲＮＡの発現の主な部位は、神経胚期の神経ひだ、ならびにオタマジャクシ期の中脳、菱脳および脊髄の背側領域であった。これらの結果は、Ｘｆｚ１０が神経組織の形成において重要な役割を有することを示唆する。
【０７８３】
パネル１．３Ｄのまとめ：Ａｇ２２５６。同じプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験は、胎児の骨格筋においてＣＧ５５６９０−０１遺伝子の最高の発現を示す（ＣＴｓ＝３１〜３３）。この遺伝子は、成体の骨格筋（ＣＴｓ＝３６〜３７）においてよりも胎児の骨格筋において、はるかに高いレベルで発現される。従って、この遺伝子の発現を使用して、成体の骨格筋と胎児の骨格筋との間を識別し得る。さらに、胎児の骨格筋において発現レベルがより高いことは、このタンパク質産物が胎児において筋肉の成長または発達を増強し得、従って、成体における再生能においても作用し得る。従って、この遺伝子によってコードされるタンパク質の治療的調節は、筋肉に関連した疾患の処置において有用であり得る。より詳細には、この遺伝子によってコードされるタンパク質で、弱いまたはジストロフィーの筋肉を処置することによって、筋肉の質量または機能を回復し得る。
【０７８４】
このパネルはまた、ＣＮＳにおけるこの遺伝子の発現を示す。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性に関する考察については、一般（Ｇｅｎｅｒａｌ）スクリーニング（ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）パネル（ｐａｎｅｌ）１．５を参照されたい。
【０７８５】
パネル２Ｄのまとめ：Ａｇ２２５６。ＣＧ５５６９０−０１遺伝子の発現を、パネル２Ｄにおいて２つの独立した実行（ｒｕｎ）において評価した。これらの実行の間には優れた一致が見られる。この遺伝子の発現は、肺癌由来のサンプルにおいて最高であることが見出されている（ＣＴｓ＝３０）。さらに、他の肺癌が、この遺伝子を発現することが見出されたが、その正常な隣接組織対応物は、この遺伝子の発現について検出不可能な程度まで低かった。この発現は、一般（Ｇｅｎｅｒａｌ）＿スクリーニング（ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ）＿パネル（ｐａｎｅｌ）＿ｖ１．５において観察された発現と一致する。従って、この遺伝子の発現を使用して、肺癌サンプルをこのパネル中の他のサンプル（そして特に、正常な隣接肺組織）から識別し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質の治療剤の使用を通した、この遺伝子の治療的調節は、肺癌の処置において有益であり得る。
【０７８６】
パネル３Ｄのまとめ：Ａｇ２２５６。ＣＧ５５６９０−０１遺伝子の発現は、肺癌細胞株（ＮＣＩ−Ｈ１４６）由来のサンプルにおいて最高であるようである（ＣＴ＝３０）。さらに、以前のパネルで観察された発現と一致して、この遺伝子を発現するようである肺癌細胞株のクラスターが存在する。従って、この遺伝子の発現を使用して、ＮＣＩ−Ｈ１４６細胞をこのパネル中の他のサンプルから識別し得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質の治療剤の使用を通した、この遺伝子の治療的調節は、肺癌の処置において有益であり得る。
【０７８７】
パネル４．１Ｄおよび４Ｄのまとめ：Ａｇ４９３３。フリズル９ホモログであるＣＧ５５６９０−０１遺伝子は、腎臓（ＣＴ＝３１．３１）および胸腺（ＣＴ＝３２．６９）において、中程度のレベルで発現される。発現は、パネル４Ｄとは独立して分析され、そして結腸（ＣＴ＝３３．５５）および肺（ＣＴ＝３４．７）において低レベルであることが見出された。従って、ＣＧ５５６９０−０１産物の機能をブロックする抗体または低分子アンタゴニストは、腎臓、胸腺、結腸および肺の疾患を有する患者において症状を軽減または除去するために有用であり得る。
【０７８８】
パネル５島（Ｉｓｌｅｔ）のまとめ：Ａｇ２２５６。ＣＧ５５６９０−０１遺伝子の発現は、このパネル上のすべてのサンプルにおいて低い／検出不可能である（ＣＴｓ＞３５）（データは示さず）。
【０７８９】
（ＮＯＶ１（ＣＧ５６００８−０１））
遺伝子ＣＧ５６００８−０１の発現を、表３５Ａに記載したプライマー−プローブのセットＡｇ２１６９を使用して評価した。このＲＴＱ−ＰＣＲ実行の結果を、表３５Ｂ、３５Ｃ、３５Ｄおよび３５Ｅに示す。
【０７９０】
【表３５Ａ】
2005508133.tif 000337
【０７９１】
【表３５Ｂ】
2005508133.tif 000338
2005508133.tif 000339
2005508133.tif 000340
2005508133.tif 000341
【０７９２】
【表３５Ｃ】
2005508133.tif 000342
2005508133.tif 000343
2005508133.tif 000344
【０７９３】
【表３５Ｄ】
2005508133.tif 000345
2005508133.tif 000346
2005508133.tif 000347
【０７９４】
【表３５Ｅ】
2005508133.tif 000348
2005508133.tif 000349
2005508133.tif 000350
2005508133.tif 000351
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ２１６９）  このＣＧ５６００８−０１遺伝子の発現を、良好に一致するパネル１．３Ｄ中の２つの独立した実施において評価した。この遺伝子の発現は、乳癌細胞株（ＭＣＦ−７）由来のサンプルにおいて、最も高い（ＣＴ＝２５〜２６）。従って、この遺伝子の発現は、ＭＣＦ−７細胞をパネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療薬の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、乳癌の処置において有益であり得る。
【０７９５】
この組織は、膵臓、副腎、甲状腺、下垂体、成人の心臓および胎児の心臓、胎児の肝臓ならびに脂肪が挙げられる、種々の代謝組織において中程度に発現される。
【０７９６】
従って、この遺伝子の産物は、代謝疾患および内分泌疾患（肥満ならびに１型糖尿病および２型糖尿病が挙げられる）の処置のための、モノクローナル抗体の標的となり得る。推定の亜鉛トランスポーターとして、この遺伝子はまた、あらゆる形態の２型糖尿病におけるインスリンの分泌および感受性の増強のための、潜在的な標的ともなり得る。さらに、この遺伝子は、胎児の骨格筋（ＣＴ＝３１〜３２）対成人の骨格筋（ＣＴ＝３４〜３５）で区別して発現され、そしてこの組織の胎児の供給源の同定に有用であり得る。さらに、胎児の骨格筋におけるこの遺伝子の相対的に過剰な発現は、このタンパク質産物が、胎児において筋肉の成長または発達を増強し得、従ってまた成体において再生機能にも作用し得ることを、示唆する。従って、この遺伝子によりコードされるタンパク質の治療的調節は、筋肉関連の疾患の処置に有用であり得る。より特定すると、この遺伝子にコードされるタンパク質を用いた、脆弱な筋肉またはジストロフィーの筋肉の処置は、筋肉量または筋肉機能を回復し得る。
【０７９７】
ＣＮＳ起点の組織の間では、この遺伝子は試験された全ての領域において、中程度のレベルで発現される。ＬＩＶ−１のホモログであるこの遺伝子は、亜鉛の恒常性に関係し得る。亜鉛は、シナプス性神経伝達において亜鉛が内因性の神経調節物質として役立ち得る脳機能に重要である。従って、この遺伝子は、亜鉛搬送インポーターと随伴される、学習欠損およびてんかん発作障害の処置のための薬物標的となる。
【０７９８】
（参考文献：）
Ｔａｎｇ  Ｘ，Ｓｈａｙ  ＮＦ．Ｚｉｎｃ  ｈａｓ  ａｎ  ｉｎｓｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ  ｅｆｆｅｃｔ  ｏｎ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｂｙ  ｐｈｏｓｐｈｏｉｎｏｓｉｔｏｌ−３−ｋｉｎａｓｅ  ａｎｄ  Ａｋｔ  ｉｎ  ３Ｔ３−Ｌ１  ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔｓ  ａｎｄ  ａｄｉｐｏｃｙｔｅｓ．Ｊ  Ｎｕｔｒ．２００１年５月；１３１（５）：１４１４−２０。
【０７９９】
亜鉛は、細胞にインスリン様の効果（脂質合成およびグルコース輸送両方の促進が挙げられる）を及ぼす。亜鉛とグルコース輸送の刺激との間の関連は不明である。著者らは、亜鉛がインスリンシグナル伝達経路に影響することを仮定する。この研究において、グルコース輸送およびインスリンシグナル伝達への亜鉛の影響を、３Ｔ３−Ｌ１−前脂肪細胞および３Ｔ３−Ｌ１−脂肪細胞において試験した。２００μｍｏｌ／Ｌまでの亜鉛を用いた細胞の処理により、グルコース輸送が有意に増強された（Ｐ＜０．０５）。脂肪細胞への亜鉛の効果は、前脂肪細胞への効果よりも大きく、そして亜鉛＋インスリン併用の効果は、インスリンまたは亜鉛のどちらか単独の効果よりもより大きかった。アクチンフィラメントを破壊するサイトカラシンＤは、亜鉛またはインスリンにより誘導されるグルコース輸送の増加を低下させた（Ｐ＜０．０５）。ホスホイノシチド（ＰＩ）３−キナーゼ阻害剤のワートマニンは、１００ｎｍｏｌ／Ｌで、両方の細胞型において、基底のグルコース輸送を低下させ、そして亜鉛で刺激されたグルコース輸送をブロックした（Ｐ＜０．０５）。プロテインキナーゼＣの阻害剤のＨ７は、基底のグルコース輸送を低減させずに、亜鉛で誘導されたグルコース輸送を低下させた（Ｐ＜０．０５）。亜鉛は、処理の５〜１０分後に、前脂肪細胞および脂肪細胞の両方のインスリンレセプターβサブユニットのチロシンリン酸化を増加させた（Ｐ＜０．０５）。亜鉛は、２００μｍｏｌ／Ｌでは、インスリンレセプター基質（ＩＲＳ）−１のチロシンのリン酸化にもインスリンレセプター基質（ＩＲＳ）−２のチロシンのリン酸化にも影響しなかった；さらに、ＰＩ−３キナーゼのｐ８５サブユニットおよびＩＲＳ−１の共役に亜鉛の効果がなかった。亜鉛は、前脂肪細胞および脂肪細胞の両方において、Ａｋｔのセリン−４７３のリン酸化を有意に増加させた（Ｐ］０．０５）。ＰＩ３−阻害剤のワートマニンは、Ａｋｔ活性化への亜鉛の効果を完全にブロックした。それ故、亜鉛が、インスリンシグナル伝達経路を通じて作用するように、細胞内へのグルコース輸送を増加し得、そしてインスリンで誘導されるグルコース輸送を増強し得ることが、明かにされる。
（ＰＭＩＤ：１１３４００９２）
Ｔａｙｌｏｒ  ＫＭ．ＬＩＶ−１  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｂｅｌｏｎｇｓ  ｔｏ  ｎｅｗ  ｆａｍｉｌｙ  ｏｆ  ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ−ｒｉｃｈ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｗｉｔｈ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｔｏ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｚｎ２＋  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ．ＩＵＢＭＢ  Ｌｉｆｅ  ２０００年４月；４９（４）：２４９−５３。
【０８００】
転移性乳癌に関係する、エストロゲンに制御される遺伝子ＬＩＶ−１のタンパク質産物の調査から、細胞内Ｚｎ２＋の恒常性を潜在的に制御する新規のファミリーに属する、機能未知の１０個のタンパク質配列が明らかになった。配列アラインメントは、膜貫通ドメインおよび膜外部の荷電残基において同一性を際立たせ、このことは潜在的なイオン輸送能力を示す。このファミリーは、膜貫通ドメインおよび亜鉛メタロプロテアーゼの触媒性亜鉛結合配列を含む、新規の高度に保存された６６残基のモチーフを有し、保存された（太字で示される）プロリン残基およびグルタミン残基のＨＥＸＰＨＥＸＧＤを含む。これらのタンパク質は、亜鉛トランスポーターよりも、より富んだヒスチジンリッチな反復を含み、このことは、膜を横切って亜鉛を結合または輸送する能力を示唆する。著者は、これら１１個のタンパク質が細胞内Ｚｎ２＋の恒常性を潜在的に制御する新規のファミリーを形成することを、提案する。
【０８０１】
Ｔａｋｅｄａ  Ａ．Ｍｏｖｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｚｉｎｃ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｂｒａｉｎ．Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ  Ｒｅｖ  ２０００年１２月；３４（３）：１３７−４８。
【０８０２】
必須な栄養分の亜鉛は、血液−脳関門および血液−脳脊髄液関門の両方を介して脳に供給される。亜鉛は辺縁系（すなわち、海馬および扁桃といった、亜鉛含有グルタミン作動性（ｇｌｕｔａｍｉｎｅｒｇｉｃ）ニューロンに富んだ領野）において、最も濃縮される。大部分の亜鉛は、ニューロンおよびグリア細胞において、亜鉛金属タンパク質の機能に役立つ。亜鉛含有グルタミン作動性ニューロンにおいて、小胞の亜鉛（おそらくはイオン性亜鉛）は、シナプスの神経伝達において内在性の神経調節物質として役立ち得る。小胞の亜鉛は、亜鉛含有グルタミン作動性ニューロンの電気生理化学的活性と動的に共役する。食物からの亜鉛の除去は、脳における亜鉛の恒常性に影響し得、その結果、記憶低下のような脳機能不全を生じる。亜鉛含有グルタミン作動性ニューロンの過度の興奮は、小胞の亜鉛の低下を生じ、そしてこの低下はてんかん発作の羅患率と関連し得る。シナプス間隙中に放出された亜鉛レベルの変化は、亜鉛含有グルタミン作動性シナプスの神経伝達に影響し得る。従って、シナプス前部の小胞中の亜鉛の恒常性は、亜鉛含有グルタミン作動性ニューロンの機能に重要である。
【０８０３】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ２１６９）  このＣＧ５６００８−０１遺伝子の発現を、良好に一致するパネル２Ｄ中の２つの独立した実施において評価した。この遺伝子の発現は、乳癌由来のサンプルにおいて、最も高い（ＣＴ＝２３〜２４）ことが見られ、このことはパネル１．３Ｄにおける発現と一致する。さらに、この遺伝子を発現する乳癌の優性な集団があるが、一方で、他の組織におけるこの遺伝子の発現は、前立腺由来のサンプルの集団を除いて、ほとんど存在しない。従って、この遺伝子の発現は、乳癌サンプルを、パネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療薬の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、乳癌の処置において有益であり得る。
【０８０４】
（パネル３Ｄの概要：Ａｇ２１６９）
このＣＧ５６００８−０１遺伝子の発現は、肺癌細胞株（ＤＭＳ  ７９）由来のサンプルにおいて、最も高い（ＣＴ＝２７．８）ことが見られる。さらに、他の肺癌細胞株の集団において有意なレベルの発現が見られる。従って、この遺伝子の発現は、ＤＭＳ  ７９細胞を、パネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、抗体またはタンパク質治療薬の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、肺癌の処置において有益であり得る。
【０８０５】
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ２１６９）  同一のプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験から、ＬＩＶ−ＩホモログであるこのＣＧ５６００８−０１遺伝子の最も高い発現が、ＴＮＦ−αおよびＩＬ−１βで刺激された小気道上皮細胞において、示された（ＣＴ＝２７）。中程度のレベルの発現はまた、ヤマゴボウマイトジェンで活性化された抹消血単球細胞（主としてＢ細胞）、イオノマイシンで活性化されたＲａｍｏｓ  Ｂ細胞、ヤマゴボウマイトジェンで活性化された精製末梢血Ｂリンパ球、ＣＤ４０ＬおよびＩＬ−４で活性化されたＢリンパ球、ならびに多くのサイトカインで活性化された細胞および休眠細胞（ＮＣＩ−Ｈ２９２肺動脈粘膜表皮の上皮細胞、肺繊維芽細胞、および皮膚繊維芽細胞が挙げられる）においても見られる。サイトカインで活性化された、Ｂ細胞ならびに肺および皮膚の細胞におけるこれらの発現レベルに基づいて、この遺伝子の産物の機能をブロックする低分子アンタゴニストは、活性化されたＢ細胞が異常な免疫応答の生成に関する抗原を提示する、自己免疫疾患および炎症疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、喘息、気腫、リューマチ性関節炎、または乾癬が挙げられる）に罹患した患者の症状を、軽減または除去する治療法として、有用であり得る。
【０８０６】
（ＮＯＶ１（ＣＧ５６００８−０３））
遺伝子ＣＧ５６００８−０３の発現を、表３６Ａに記載される、プライマー−プローブセットＡｇ４７０４を使用して評価した。
【０８０７】
【表３６Ａ】
2005508133.tif 000352
（ＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０の概要：Ａｇ４７０４）  このＣＧ５６００８−０３遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて、低度／検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず。）ａｍｐプロットから、プローブの不具合に高い可能性があることが示される。
【０８０８】
（一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４の概要：Ａｇ４７０４）  このＣＧ５６００８−０３遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて、低度／検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず。）ａｍｐプロットから、プローブの不具合に高い可能性があることが示される。
【０８０９】
（パネル４．１Ｄの概要：Ａｇ４７０４）  このＣＧ５６００８−０３遺伝子の発現は、このパネル上の全てのサンプルにおいて、低度／検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず。）ａｍｐプロットから、プローブの不具合に高い可能性があることが示される。
【０８１０】
（ＮＯＶ８（ＣＧ５６００６−０１））
遺伝子ＣＧ５６００６−０１の発現を、表３７Ａに記載される、プライマー−プローブセットＡｇ１４３７を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施の結果を、表３７Ｂ、表３７Ｃ、表３７Ｄおよび表３７Ｅに示す。
【０８１１】
【表３７Ａ】
2005508133.tif 000353
【０８１２】
【表３７Ｂ】
2005508133.tif 000354
2005508133.tif 000355
【０８１３】
【表３７Ｃ】
2005508133.tif 000356
2005508133.tif 000357
2005508133.tif 000358
2005508133.tif 000359
【０８１４】
【表３７Ｄ】
2005508133.tif 000360
2005508133.tif 000361
2005508133.tif 000362
【０８１５】
【表３７Ｅ】
2005508133.tif 000363
2005508133.tif 000364
2005508133.tif 000365
（パネル１．２の概要：Ａｇ１４３７）  このＣＧ５６００６−０１遺伝子の発現は、正常な成人の腎臓組織由来のサンプルにおいて、最も高いことが見られる（ＣＴ＝２３．３）。さらに、肝臓組織由来のサンプルにおいて実質的に発現する。成人の腎臓組織と胎児の腎臓組織（ＣＴ＝２９）との間の、この遺伝子の発現の差異は、着目するべきである。従って、この遺伝子の発現は、正常な腎臓組織を、パネル中の他のサンプルから、そして特に、胎児の腎臓組織から区別するために使用され得る。
【０８１６】
多くの内分泌／代謝に関連する組織（副腎、消化管、腎臓、肝臓、膵臓および骨格筋ならびに甲状腺が挙げられる）においてもまた、この推定のヘプシン（ｈｅｐｓｉｎ）が中程度に高く発現される。従って、この遺伝子および／またはこの遺伝子産物に対する治療的調整物質は、これら組織が関連する疾患の処置に、有用であると分かり得る。
【０８１７】
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ１４３７）  このＣＧ５６００６−０１遺伝子の発現を、実施間で良好に一致するパネル１．３Ｄ上の２つの独立した実施において評価した。この遺伝子の発現は、肝臓組織由来のサンプルにおいて、最も高く見られる。さらに、正常な腎臓組織、膀胱組織、胃組織および膵臓組織に関係して、実質的に発現する。また、肝臓癌、乳癌および結腸癌に由来する細胞株にも関係して、実質的に発現する。従って、この遺伝子の発現は、肝臓由来のサンプルを、パネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬または抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、結腸癌、乳癌または肝臓癌の処置において有用であり得る。
【０８１８】
さらに、この遺伝子は成人の骨格筋（ＣＴ＝３６〜４０）と比較する場合、胎児の骨格筋において一層より高いレベルで発現される（ＣＴ＝３３）。この観察から、この遺伝子の発現が成人の骨格筋から胎児の骨格筋を区別するために使用され得ることが、示唆される。さらに、胎児の骨格筋におけるこの遺伝子の相対的に過剰な発現から、このタンパク質産物が、胎児における筋肉の成長または発達を増強し得、従ってまた、成体において再生能力にも作用し得ることが、示唆される。従って、この遺伝子にコードされるタンパク質の治療的調節は、筋肉関連疾患の処置に有用であり得る。より特定すると、この遺伝子にコードされるタンパク質を用いた、脆弱な筋肉またはジストロフィーの筋肉の処置は、筋肉の量および機能を回復し得る。
【０８１９】
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ１４３７）  このＣＧ５６００６−０１遺伝子の発現を、実施間で良好に一致するパネル２Ｄ上の２つの独立した実施において評価した。この遺伝子の発現は、肝臓組織由来のサンプル、特に悪性の肝臓由来のサンプルにおいて、最も高く見られる。この発現は、パネル１．３Ｄ中に見られる発現と一致する。さらに、（悪性の対応物と比較される場合）正常な腎臓組織、ならびに乳癌組織および前立腺癌組織に関係して、実質的に発現する。従って、この遺伝子の発現は、肝臓由来の細胞を、パネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬または抗体の使用を介したこの遺伝子の治療的調節は、肝臓癌、腎臓癌、乳癌または前立腺癌の処置において有用であり得る。
【０８２０】
（参考文献：）
Ｍａｇｅｅ  ＪＡ，Ａｒａｋｉ  Ｔ，Ｐａｔｉｌ  Ｓ，Ｅｈｒｉｇ  Ｔ，Ｔｒｕｅ  Ｌ，Ｈｕｍｐｈｒｅｙ  ＰＡ，Ｃａｔａｌｏｎａ  ＷＪ，Ｗａｔｓｏｎ  ＭＡ，Ｍｉｌｂｒａｎｄｔ  Ｊ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｈｅｐｓｉｎ  ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２００１年８月１日；６１（１５）：５６９２−６。
【０８２１】
前立腺癌は、男性において最も共通して診断される非皮膚の癌である。この事実にもかかわらず、前立腺癌の進行と合致する多くの遺伝子的変化が、不可解のままである。著者らは、いくつかの良性および悪性のヒト前立腺サンプルの発現プロフィールを特徴付けることによりこの問題に取り組み、そして、良性腺と悪性腺との間で区別して発現されるいくつかの遺伝子を同定した。過剰発現される１つの遺伝子は、セリンプロテアーゼのヘプシンをコードする。著者らは、独立したサンプルのセットを使用して、ヘプシンが前立腺癌において過剰発現されること、そしてインサイチュハイブリダイゼーションが、ヘプシンが癌細胞自身において特異的に過剰発現されることを実証することを確認した。これらの事実より、ヘプシンの分子特性を併せると、ヘプシンは前立腺癌治療のための理想的な標的になる。
（ＰＭＩＤ：１１４７９１９９）
（パネル４Ｄの概要：Ａｇ１４３７）  このＣＧ５６００６−０１の転写物は、概ね独占的に、活性化された単球において、低度ではあるが有意なレベルで発現される。この転写物は、セリンプロテアーゼのヘプシン（細胞の増殖および維持に関係している膜貫通プロテアーゼ）をコードする。ＬＰＳ処理された単球（生来の免疫を、適応性免疫と結び付ける重大な役割を果たす細胞）におけるこの転写物の発現は、炎症反応の開始において、この遺伝子産物に関する役割を示唆する。従って、モノクローナル抗体の適用を介した、この遺伝子の発現または活性の調節は、炎症の初期段階を軽減または阻止し得、そして乾癬、喘息、炎症性腸疾患、リューマチ性関節炎、骨関節炎および他の肺の炎症疾患のような、炎症疾患の重篤度を軽減させ得る。
【０８２２】
（ＮＯＶ２（ＣＧ５６１４９−０１）
遺伝子ＣＧ５６１４９−０１の発現を、表３８Ａ、表３８Ｂおよび表３８Ｃに記載される、プライマー−プローブセットＡｇ１６７２、Ａｇ１６７３およびＡｇ３２６３を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施の結果を、表３８Ｄに示す。
【０８２３】
【表３８Ａ】
2005508133.tif 000366
【０８２４】
【表３８Ｂ】
2005508133.tif 000367
【０８２５】
【表３８Ｃ】
2005508133.tif 000368
【０８２６】
【表３８Ｄ】
2005508133.tif 000369
2005508133.tif 000370
2005508133.tif 000371
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ１６７２／Ａｇ１６７３）  同一のプローブおよびプライマーセットを用いた２つの実験は、胃癌細胞株（ＮＣＩ−Ｎ８７）または脳悪性腫瘍細胞株（Ｕ−１１８−ＭＧ）において、このＣＧ５６１４９−０１遺伝子の最も高い発現と良好に一致する結果を生じる（ＣＴ＝２６〜２７）。従って、この遺伝子の発現は、これらのサンプルを、パネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。
【０８２７】
この遺伝子は、インビトロで二塩基性モチーフ中のアルギニンのＮ−末端で、ペプチド基質を特異的に切断する、Ｍ１６ファミリーのＮ−アルギニン（Ｒ）二塩基性（ＮＲＤ）転換酵素メタロエンドペプチダーゼの、ナルジリシン（ｎａｒｄｉｌｙｓｉｎ）と相同性のあるタンパク質をコードする。このペプチダーゼＭ１６ファミリーはまた、インスリナーゼファミリーとしても公知であり、そしてナルジリシンは、インスリン分解酵素のインスリナーゼの最も近縁のホモログである。インスリンを分解するナルジリシンの能力は、証明されていない。しかし、このパネル中の代謝組織（脂肪、胎児および成人の骨格筋、膵臓、副腎、甲状腺ならびに脳下垂体が挙げられる）における高レベルの発現から、この遺伝子の産物が、ＩＩ型糖尿病と関連する組織（例えば、脂肪、骨格筋）において、インスリンの分解を制限することに著明な効果を有し得ることが、示唆される。
また、成人の肝臓組織における発現（ＣＴ＝３１〜４０）と胎児の肝臓組織における発現（ＣＴ＝２８）との間の有意なレベルの差異もあり、このことは、この遺伝子および／またはこの遺伝子産物を、両方の形態を区別するための良い候補とする。この遺伝子産物の推定の役割は、不活性な前駆体からの生物活性なペプチドの翻訳後プロセッシングにおいて、存在する。
【０８２８】
この遺伝子はまた、精巣においても高度に発現される。ナルジリシス（ｎａｒｄｉｌｙｓｉｓ）は、精子形成に関係している。従って、この遺伝子の発現は、精巣組織についてのマーカーとして使用され得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、男性の生殖障害の処置に有用であり得る。プローブおよびプライマーセットＡｇ３２６３を用いた第３の実験から、このパネル上の全てのサンプルにおいて、低度／検出不能のレベルの発現が示される（ＣＴ＞３５）。（データは示さず。）
（参考文献：）
Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｖ，Ｃｈｅｓｎｅａｕ  Ｖ，Ｂａｌｏｇｈ  Ａ，Ｊｏｕｌｉｅ  Ｃ，Ｓｅｉｄａｈ  ＮＧ，Ｃｏｈｅｎ  Ｐ，Ｐｒａｔ  Ａ．Ｎ−ａｒｇｉｎｉｎｅ  ｄｉｂａｓｉｃ  ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ（ｎａｒｄｉｌｙｓｉｎ）ｉｓｏｆｏｒｍｓ  ａｒｅ  ｓｏｌｕｂｌｅ  ｄｉｂａｓｉｃ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｍｅｔａｌｌｏｅｎｄｏｐｅｐｔｉｄａｓｅｓ  ｔｈａｔ  ｌｏｃａｌｉｚｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｙｔｏｐｌａｓｍ  ａｎｄ  ａｔ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ｓｕｒｆａｃｅ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  ２０００年７月１５日；３４９（２巻）：５８７−９７。
【０８２９】
Ｎ−アルギニン（Ｒ）二塩基（ＮＲＤ）転換酵素（ナルジリシン；ＥＣ  ３．４．２４．６１）は、Ｍ１６ファミリーのメタロエンドペプチダーゼであり、二塩基モチーフのアルギニンのＮ末端でペプチド基質を、インビトロで特異的に切断する。ラットの精巣において、この酵素は、精細胞の細胞質内に局在し、そして尾鞘および軸糸の微小管と共役する。ＮＲＤ１転換酵素およびＮＲＤ２転換酵素は、２つのＮＲＤ転換酵素のアイソフォームであり、活性部位付近に６８アミノ酸の挿入部分の非存在（アイソフォーム１）または存在（アイソフォーム２）により区別する。この研究において、著者らは、ＢＳＣ４０細胞へのワクチニアウイルス感染、またはＣＯＳ−７へのトランスフェクションによるかのいずれか一方により、両方のアイソフォームを過剰発現させた。部分的に精製された酵素は、非常に似通った生化学的特性および酵素特性を示す。ミクロシークエンシングから、ＮＲＤ転換酵素がＮ末端でプロセッシングされることが明らかにされた。免疫細胞蛍光顕微鏡、免疫電子顕微鏡および細胞成分分画の研究の結果から、両方のペプチダーゼの初期の細胞質内局在について一致することが示される。推定のシグナルペプチドは、インビトロの翻訳アッセイにおいては、ＮＲＤ転換酵素を小胞体中へとは方向付けないが、ビオチン化の実験から、細胞表面に両方のアイソフォームの存在が明確に示された。結論として、対の塩基性残基での大部分の公知のプロセッシング現象は、分泌経路中で前駆タンパク質転換酵素により達成されるが、ＮＲＤ転換酵素は、細胞質中および／または細胞表面で同様の機能を果たし得る。
（ＰＭＩＤ：１０８８０３５８）
Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｖ，Ｐｒａｔ  Ａ，Ｊｏｕｌｉｅ  Ｃ，Ｃｈｅｒｉｆ  Ｄ，Ｄａｙ  Ｒ，Ｃｏｈｅｎ  Ｐ．Ｈｕｍａｎ  ａｎｄ  ｒａｔ  ｔｅｓｔｉｓ  ｅｘｐｒｅｓｓ  ｔｗｏ  ｍＲＮＡ  ｓｐｅｃｉｅｓ  ｅｎｃｏｄｉｎｇ  ｖａｒｉａｎｔｓ  ｏｆ  ＮＲＤ  ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ，ａ  ｍｅｔａｌｌｏｅｎｄｏｐｅｐｔｉｄａｓｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｉｎｓｕｌｉｎａｓｅ  ｆａｍｉｌｙ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  １９９７年１１月１日；３２７（３巻）：７７３−９。
【０８３０】
ラット精巣ＮＲＤ転換酵素（ＥＣ  ３．４．２４．６１）は、二塩基性部位のＡｒｇ残基のＮ末端で、ペプチド基質をインビトロで切断する、Ｚｎ２＋依存性エンドペプチダーゼである。メタロエンドペプチダーゼのインスリナーゼファミリーの、この推定のプロセッシング酵素は、インスリナーゼおよび２つの酵母のプロセッシング酵素のＡｘ１１およびＳｔｅ２３と、有意な程度の類似性を示す。著者らは、ＮＲＤ転換酵素のアイソフォームをコードする２つのヒト精巣ｃＤＮＡ種、ｈＮＲＤ１およびｈＮＲＤ２のクローニングを報告する。このｈＮＲＤ１転写物（３．７ｋｂ）は、先に特定されたラットｃＤＮＡ（ｒＮＲＤ１）の相当物であるが、ｈＮＲＤ２およびｒＮＲＤ２は、６８残基のセグメントをコードするヌクレオチド挿入部を含む、３．９ｋｂの新規の形態である。Ｚｎ２＋結合部位ＨＸＸＥＨのＮ末端に挿入されたこのモチーフは、インスリナーゼファミリーのメンバーの間で最も保存された領域中に含まれる。推定の初期配列の分析から、ラットおよびヒトのオルソログの間に、９２％の同一性が明かにされた。ＮＲＤ転換酵素をコードするヒト遺伝子は、染色体１ｐ３２．１〜１ｐ３２．２に位置付けられた。ＮＲＤ転換酵素は、精巣および２４個の細胞株において大部分は発現されるが、低度のｍＲＮＡレベルは、試験された２７個の他の組織の大部分において検出された。
【０８３１】
ＰＭＩＤ：９５８１５５５
Ｃｈｅｓｎｅａｕ  Ｖ，Ｐｒａｔ  Ａ，Ｓｅｇｒｅｔａｉｎ  Ｄ，Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｖ，Ｄｕｐａｉｘ  Ａ，Ｆｏｕｌｏｎ  Ｔ，Ｊｅｇｏｕ  Ｂ，Ｃｏｈｅｎ  Ｐ．ＮＲＤ  ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ：ａ  ｐｕｔａｔｉｖｅ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  ｅｎｄｏｐｒｏｔｅａｓｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ａｘｏｎｅｍｅ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｍａｎｃｈｅｔｔｅ  ｉｎ  ｌａｔｅ  ｓｐｅｒｍａｔｉｄｓ．
Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ  １９９６  １１月；１０９（１１巻）：２７３７−４５。
【０８３２】
Ｎ−アルギニン二塩基転換酵素は、対の塩基性アミノ酸において、アルギニン残基のＮ末端で選択的切断する、新規のメタロエンドペプチダーゼである。ＮＲＤ転換酵素は、脳およびいくつかの他の組織において存在するが、特に精巣において豊富であり、このことから、ＮＲＤ転換酵素の発現が生殖細胞に限定されると見られた。低レベルのｍＲＮＡおよびそれに対応するタンパク質の両方が、精子形成の初期に検出された。しかし、このタンパク質の顕著な蓄積が、精子形成の後期段階の間（１４〜１９）に観察された。電子顕微鏡によると、ＮＲＤ転換酵素の免疫反応性は、２つの微小管構造（すなわち、尾鞘および軸糸）の段階に、明かな濃度で、伸長している精細胞および伸長された精細胞の細胞質に局在した。これらの観察は、ＮＲＤ転換酵素が、精子形成の間に生じる形態学的変容と潜在的に関連するプロセッシング現象に関係するという仮説を強く支持する。
【０８３３】
ＰＭＩＤ：８９３７９９１
（パネル５Ｄの概要：Ａｇ３２６３）  このＣＧ５６１４９−０１遺伝子の発現は、パネル上の全てのサンプルにおいて、低度／検出不能である（ＣＴ＞３５）。（データは示さず）。
【０８３４】
（ＮＯＶ５（ＣＧ５６１５１−０１））
遺伝子ＣＧ５６１５１−０１の発現を、表３９Ａに記載されるプライマー−プローブセットＡｇ１６８１を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施の結果を、表３９Ｂ、表３９Ｃ、表３９Ｄおよび表３９Ｅに示す。
【０８３５】
【表３９Ａ】
2005508133.tif 000372
【０８３６】
【表３９Ｂ】
2005508133.tif 000373
2005508133.tif 000374
【０８３７】
【表３９Ｃ】
2005508133.tif 000375
2005508133.tif 000376
【０８３８】
【表３９Ｄ】
2005508133.tif 000377
2005508133.tif 000378
2005508133.tif 000379
【０８３９】
【表３９Ｅ】
2005508133.tif 000380
2005508133.tif 000381
（一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４の概要：Ａｇ１６８１）  グルコーストランスポーター２型ホモログの、このＣＧ５６１５１−０１遺伝子は、肝臓で優勢的に発現される。ＧＬＵＴ２は、肝臓内へのグルコースの輸送を促進する。この遺伝子はまた、脳、膵臓および精巣においても発現される。このことは、Ｇｌｕｔ２遺伝子が、膵臓でインスリンを産生するβ細胞において発現され、そしてインスリン分泌の制御を支援することを示す、免疫細胞化学のデータと一致する。肝臓は糖新生に関係するので、ＧＬＵＴ２を介したグルコースの取り込みの増強は、肝臓のグルコース生成を低下させる、ネガティブフィードバックの繰り返し（ｌｏｏｐ）を生じ得る。このことは、結果として、ＩＩ型（インスリン非依存性）糖尿病の処置の主要な治療到達点である、血中グルコースの低下を生じ得る。従って、このＣＧ５６１５１−０１遺伝子によりコードされるタンパク質の機能を、アゴニスト抗体治療法を用いて増強させることは、ＩＩ型糖尿病に罹患した患者において、血中グルコースレベルの平衡を回復し得る。
【０８４０】
さらに、この遺伝子は胎児の肝臓および肺において、成人のこれら組織の供給源中よりも、高いレベルで発現される（ＣＴ＝２９）。従って、この遺伝子の発現は、これら組織の２つの供給源との間を区別するために使用され得る。
【０８４１】
（参考文献：）
Ｗａｅｂｅｒ  Ｇ，Ｐｅｄｒａｚｚｉｎｉ  Ｔ，Ｂｏｎｎｙ  Ｏ，Ｂｏｎｎｙ  Ｃ，Ｓｔｅｉｎｍａｎｎ  Ｍ，Ｎｉｃｏｄ  Ｐ，Ｈａｅｆｌｉｇｅｒ  ＪＡ．Ａ  ３３８−ｂｐ  ｐｒｏｘｉｍａｌ  ｆｒａｇｍｅｎｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ  ｔｙｐｅ  ２（ＧＬＵＴ２）ｐｒｏｍｏｔｅｒ  ｄｒｉｖｅｓ  ｒｅｐｏｒｔｅｒ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｉｓｌｅｔｓ  ｏｆ  ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ  ｍｉｃｅ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  １９９５年１０月３０日；１１４（１−２）：２０５−１５。
【０８４２】
高いＫｍ値のグルコーストランスポーターＧＬＵＴ２は、グルコースの恒常性を維持することに関係する組織において、そしてグルコースの感知が必要とされる細胞において、発現される、膜タンパク質である。多くの糖尿病の実験モデルにおいて、ＧＬＵＴ２遺伝子発現は、膵臓のβ細胞中で低下しており、このことはグルコース誘導性のインスリン分泌の消失に繋がり得る。ＧＬＵＴ２の膵臓β細胞特異的発現に関係する因子を同定するために、著者らは最近、マウスＧＬＵＴ２プロモーターをクローニングし、そして島特異的トランス作用因子に結合可能な、３３８ｂｐの近位プロモーター中に、シスエレメントを同定した。さらに、一過性トランスフェクションの研究において、この３３８ｂｐのフラグメントは、内分泌の膵臓由来の細胞株において、クロラムフェニコールアセチル転移酵素（ＣＡＴ）遺伝子の発現を効果的にドライブし得るが、非膵臓細胞においては、全くプロモーター活性を示さなかった。この報告において、著者らは、トランスジェニックマウスにおいて、ＧＬＵＴ２プロモーターの、短いフラグメント（３３８ｂｐ）およびより広いフラグメント（１３１１ｂｐ）によりドライブされる、ＣＡＴレポーター遺伝子の細胞特異的な発現を試験した。著者らは、構築物の１つが組み込まれた、１０匹のトランスジェニック系列を調製した。トランスジェニックの組織におけるＣＡＴ  ｍＲＮＡの発現を、ＲＮＡｓｅプロテクションアッセイおよび定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を使用して評価した。全体的に、両方の構築物についてのＣＡＴ  ｍＲＮＡの発現は内在性ＧＬＵＴ２  ｍＲＮＡレベルと比較して低かったが、そのレポーターの転写物は、全ての動物において膵臓島および肝臓で、そして小数のトランスジェニック系列においては、腎臓および小腸で、検出された。このＣＡＴタンパク質はまた、免疫細胞化学により、両方の構築物についてランゲルハンス島および肝臓においても存在した。これらの知見は、マウスＧＬＵＴ２プロモーターの近位３３８ｂｐが、ＧＬＵＴ２の島特異的な発現に必要とされるシスエレメントを含むことを示唆する。
【０８４３】
ＰＭＩＤ：８６７４８４６
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ１６８１）  このＣＧ５６１５１−０１遺伝子の発現は、このパネルにおいて、重要な代謝組織の肝臓由来の組織に限定されている（ＣＴ＝２７）。この肝臓特異的な発現は、他のパネルにおける発現、および公開されたデータと一致している（下記の参考文献を参照のこと）。従って、この遺伝子の発現は、肝臓組織についてのマーカーとして使用され得る。この遺伝子は、ｇｌｕｔ２ホモログをコードする。代謝組織におけるこの遺伝子の利用についての議論については、一般＿スクリーニング＿パネルｖ１．４を参照のこと。
【０８４４】
（参考文献：）
Ｒｅｎｃｕｒｅｌ  Ｆ，Ｗａｅｂｅｒ  Ｇ，Ａｎｔｏｉｎｅ  Ｂ，Ｒｏｃｃｈｉｃｃｉｏｌｉ  Ｆ，Ｍａｕｌａｒｄ  Ｐ，Ｇｉｒａｒｄ  Ｊ，Ｌｅｔｕｒｑｕｅ  Ａ．Ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ｆｏｒ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ  ｔｙｐｅ  ２（ＧＬＵＴ２）ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｌｉｖｅｒ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ  １９９６年３月１５日；３１４（３巻）：９０３−９。
【０８４５】
以前の研究から、グルコースが、インビボおよびインビトロの肝臓において、グルコーストランスポーター（ＧＬＵＴ２）ｍＲＮＡの発現を増大することが示された。本研究で、著者らはＧＬＵＴ２遺伝子発現へのグルコース代謝の効果の分析を報告する。グルコースによるＧＬＵＴ２  ｍＲＮＡの蓄積は、その転写物の安定性に起因するのではなく、むしろ遺伝子転写への直接的な効果であった。レポーター遺伝子と連結された、マウスＧＬＵＴ２遺伝子の５’制御領域の近位フラグメントを、肝臓のＧＬＵＴ２発現細胞中に一過性にトランスフェクトした。グルコースは、これら細胞中のレポーター遺伝子発現を刺激し、このことはグルコース応答エレメントがプロモーターの近位領域中に含まれることを示唆した。ＧＬＵＴ２発現へのグルコースの量依存的な効果を、使用された細胞型中に存在するヘキソキナーゼアイソザム（グルコキナーゼ  Ｋ（ｍ）１６ｍＭ；ヘキソキナーゼＩ  Ｋ（ｍ）０．０１ｍＭ）に無関係な、１０ｍＭ以上にわたるグルコースで観察された。このことは、細胞外グルコース濃度とＧＬＵＴ２  ｍＲＮＡ濃度との間の関係が、単純にグルコース代謝の活性化の反映であることを示唆する。この応答を担う媒介物質および作用機構は、解明されるべきままである。結論として、グルコース代謝は、肝臓においてＧＬＵＴ２遺伝子の正確な誘導に必要とされ、そしてこの効果は転写で制御される。
【０８４６】
ＰＭＩＤ：８６１５７８７
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ１６８１）  このＣＧ５６１５１−０１遺伝子の発現は、結腸癌転移に隣接した、正常な肝臓組織のサンプル中で最も高いことが見られる（ＣＴ＝２４．６）。さらに、正常な肝臓組織および悪性の肝臓組織の両方において、実質的に発現する。肝臓由来の組織における、この限定された発現様式は、先のパネル中の発現と一致する。従って、この遺伝子の発現は、肝臓由来の組織を、パネル中の他のサンプルから区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬または抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、肝臓癌の処置において有益であり得る。
【０８４７】
（パネル５Ｄの概要：Ａｇ１６８１）  Ｇｌｕｔ２ホモログの、このＣＧ５６１５１−０１遺伝子の発現様式は、肝臓細胞株（ＨｅｐＧ２）および小腸に限定される。小腸におけるこのアイソフォームの存在は、消化管からのグルコースの取り込みに重要な役割を示し得る。代謝疾患におけるこの遺伝子の利用についてのさらなる議論については、パネル１．４を参照のこと。
【０８４８】
（ＮＯＶ３（ＣＧ５６１５５−０１））
遺伝子ＣＧ５６１５５−０１の発現を、表４０Ａ中に記載される、プライマー−プローブセットＡｇ１６８８を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実施の結果を、表４０Ｂ、表４０Ｃおよび表４０Ｄに示す。
【０８４９】
【表４０Ａ】
2005508133.tif 000382
【０８５０】
【表４０Ｂ】
2005508133.tif 000383
2005508133.tif 000384
2005508133.tif 000385
【０８５１】
【表４０Ｃ】
2005508133.tif 000386
2005508133.tif 000387
2005508133.tif 000388
【０８５２】
【表４０Ｄ】
2005508133.tif 000389
2005508133.tif 000390
（パネル１．３Ｄの概要：Ａｇ１６８８）  血漿カリクレインのホモログの、このＣＧ５６１５５−０１遺伝子の発現は、このパネル上の任意の他のサンプルよりも、肝臓において有意により高い（ＣＴ＝２８）。従って、この遺伝子の発現は、肝臓組織のマーカーとして使用され得る。血漿カリクレインは、他の役割の中でも、血液凝集、フィブリン溶解および補体の活性化に役割を果たし、そして前脂肪細胞のフィブロネクチンに富んだＥＣＭの再構成により、脂肪細胞の分化と関係している、セリンプロテアーゼである。従って、この遺伝子産物のアンタゴニストは、肥満の処置において有益であり得る。
【０８５３】
（参考文献：）
Ｈｏｏｖｅｒ−Ｐｌｏｗ  Ｊ，Ｙｕｅｎ  Ｌ．Ｐｌａｓｍｉｎｏｇｅｎ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｉｓ  ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  ｗｉｔｈ  ａｄｉｐｏｃｙｔｅ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．（２００１）２８４，３８９−３９４。
【０８５４】
本研究の目的は、脂肪組織の発達におけるプラスミノーゲン系の役割を調べることであった。プラスミノーゲン結合能力を、プラスミノーゲン欠損マウスの脂肪組織からの分化細胞および未分化細胞、および詳しく特徴付けられた組織培養モデルの３Ｔ３細胞において、測定した。３Ｔ３細胞において、プラスミノーゲンの結合は、その未分化細胞と比較すると、分化細胞においては５倍高かった。カルボキシル末端のリジンのアナログによる結合の阻害は、分化細胞および未分化細胞に関して同様であり、トラネキサム酸＞ＥＡＣＡ＞リジンであった。プラスミノーゲンの結合は、濃度依存性であり、そして両方の細胞型において飽和に近づく。プラスミノーゲン結合部位の数もまた、未分化細胞と比較して、分化細胞において１０倍高かった。マウスの脂肪組織から単離された、成熟した脂肪細胞および間質細胞の培養において、プラスミノーゲンの結合もまた、未分化の間質細胞と比較して、分化した成熟脂肪細胞および分化した間質細胞において、より高かった。プラスミノーゲンの結合は、ＷＴマウス由来の細胞と比較して、Ｐｌｇ−／−マウス由来の分化細胞において、上昇していた。これらの結果から、プラスミノーゲン系は、脂肪組織の発達において重要な役割を果たすことが、示唆される。
【０８５５】
著作権  ２００１年  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ．
ＰＭＩＤ：１１３９４８９１
Ｓｅｌｖａｒａｊａｎ  Ｓ，Ｌｕｎｄ  ＬＲ，Ｔａｋｅｕｃｈｉ  Ｔ，Ｃｒａｉｋ  ＣＳ，Ｗｅｒｂ  Ｚ．Ａ  ｐｌａｓｍａ  ｋａｌｌｉｋｒｅｉｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｐｌａｓｍｉｎｏｇｅｎ  ｃａｓｃａｄｅ  ｒｅｑｕｉｒｅｄ  ｆｏｒ  ａｄｉｐｏｃｙｔｅ  ｄｅｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．（２００１）３，２６７−２７５。
【０８５６】
本研究で、著者らは、血漿のカリクレイン（ＰＫａｌ）が脂肪細胞の分化において、プラスミノーゲン（Ｐｌｇ）カスケードを媒介することを示す。エコチン（ｅｃｏｔｉｎ）は、セリンプロテアーゼのインヒビターであり、培養での脂肪細胞分化の間に、細胞形態の変化、脂肪細胞特異的な遺伝子発現および脂質の蓄積を阻害する。Ｐｌｇの欠失によって、３Ｔ３−Ｌ１細胞の分化中および乳腺の退縮中に脂肪細胞分化が抑制されるが、ウロキナーゼまたは組織型プラスミノーゲンアクチベーターの欠失によっては抑制されない。エクトシンによって阻害されるＰＫａｌは、脂肪細胞の転換、Ｐｌｇ活性化および３Ｔ３−Ｌ１の分化に必要とされる。ＰＫａｌを欠失したヒトの血漿は、３Ｔ３−Ｌ１細胞の分化を支援しない。従って、ＰＫａｌは脂肪細胞分化の間にＰｌｇカスケードにおいて作用する生理学的な制御物質である。著者らは、Ｐｌｇカスケードが、フィブロネクチンに富んだ前脂肪細胞間質マトリックスの分解により、脂肪細胞の分化を促進することを提案する。
【０８５７】
ＰＭＩＤ：１１２３１５７６
（パネル２Ｄの概要：Ａｇ１６８８）  このＣＧ５６１５５−０１遺伝子の発現は、転移性結腸癌に隣接した正常な肝臓組織のサンプル由来のサンプルにおいて、最も高いことが見られる（ＣＴ＝２６．２）。さらに、正常な肝臓の他のサンプルにおいて実質的に発現しており、そしてずっと低い程度で、悪性の肝臓組織において発現する。この肝臓特異的な発現は、パネル１．３Ｄ中に見られる発現と一致している。従って、この遺伝子の発現は、肝臓由来の組織を、パネル中の他の（ｔｏｈｅｒ）サンプルから区別するために使用され得、そしてより特定すると、この遺伝子の発現は、正常な肝臓を悪性の肝臓組織から区別するために使用され得る。さらに、低分子薬物、タンパク質治療薬および抗体の使用を介した、この遺伝子の治療的調節は、肝臓癌の処置において有益であり得る。
【０８５８】
（パネル５島の概要：Ａｇ１６８８）  このＣＧ５６１５５−０１遺伝子の発現は、膵臓島および小腸に限定される。代謝疾患においてのこの遺伝子の利用についての議論については、パネル１．３を参照のこと。
【０８５９】
（実施例３．ＳＥＣＸおよび／またはＮＯＶＸのクローンのＳＮＰ分析）
ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇＴＭ技術：ｃＤＮＡを、異なるドナーに由来する複数の組織型、正常および疾患状態、生理学的状態、ならびに発生状態を示す種々のヒトサンプルから導いた。サンプルを、組織全体、細胞株、初代細胞、または組織培養した初代細胞および細胞株として得た。細胞および細胞株を、遺伝子発現を調節する生物学的または化学的な薬剤（例えば、成長因子、ケモカイン、ステロイド）で処理していてもよい。次いで、このように誘導したｃＤＮＡを、ＣｕｒａＧｅｎに所有権のあるＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ技術を使用して配列決定した。配列トレースを手作業によって評価し、そして適切である場合には修正を施した。全てのサンプルに由来するｃＤＮＡ配列を、それ自体および公のＥＳＴを用いて、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリのＣｕｒａＧｅｎのヒトＳｅｑＣａｌｌｉｎｇデータベースを作成するためのバイオインフォーマティックプログラムを使用してまとめた。それぞれの集合は、１つ以上のヒトのサンプルに由来する１つ以上の重複しているｃＤＮＡ配列を含む。集合の別の成分との同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合には、集合の構成要素としてフラグメントおよびＥＳＴを含んだ。それぞれの集合は、遺伝子、ならびに／あるいはスプライシング形態および／または一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のような改変体、およびそれらの組合せを示し得る。
【０８６０】
改変体配列が、本出願に含まれる。改変体配列は、一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含み得る。ＳＮＰは、いくつかの例においては、ＳＮＰを含有しているヌクレオチド配列がｃＤＮＡに起源することを示すために、「ｃＳＮＰ」と呼ばれる。ＳＮＰは、いくつかの様式で生じ得る。例えば、ＳＮＰは、多型部位でのあるヌクレオチドの別のヌクレオチドへの置換に起因し得る。このような置換は、トランジションまたはトランスバージョンのいずれかであり得る。ＳＮＰはまた、参照対立遺伝子と比較して、ヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入によっても生じ得る。この場合には、多型の部位は、１つの対立遺伝子が、別の対立遺伝子中の特定のヌクレオチドに関してギャップを保有している部位である。遺伝子中に存在しているＳＮＰは、ＳＮＰの位置で遺伝子によってコードされるアミノ酸の変化を生じ得る。しかし、ＳＮＰを含むコドンが遺伝子コードの縮重の結果として同じアミノ酸をコードする場合には、遺伝子内ＳＮＰはまた、サイレントでもあり得る。遺伝子の領域の外側に存在しているＳＮＰ、または遺伝子内のイントロンに存在しているＳＮＰは、タンパク質のアミノ酸配列には全く変化を生じないが、発現パターンの調節の変更（例えば、一過性発現、生理学的応答の調節、細胞型による発現調節、発現の強度、転写されたメッセージの安定性における変更）を生じ得る。
【０８６１】
新規のＳＮＰの同定方法：ＳＮＰは、ＣｕｒａＧｅｎに所有権があるＳＮＰＴｏｏｌアルゴリズムを使用して配列の集合を分析することによって同定される。ＳＮＰＴｏｏｌは、以下の基準で集合の中の変化を同定する：ＳＮＰは、アラインメントの両方の末端上の１０塩基対は分析しない；ウィンドウの大きさ（視野（ビュー）（ｖｉｅｗ）の中の塩基数）は１０である；ウィンドウ内の許容されるミスマッチの数は２である；最少のＳＮＰ塩基品質（ＰＨＲＥＤスコア）は２３である；ＳＮＰをスコアするための変化の最少の数は２／（集合の位置）である。ＳＮＰＴｏｏｌは、集合を分析し、そしてＳＮＰの位置、集合中の関連する個々の改変体配列の部位、その所定の位置での集合の深さ、推定される集合の対立遺伝子の頻度、およびＳＮＰ配列のバリエーションを示す。次いで、配列トレースが選択され、そして手作業による確認のためにビュー内に入れられる。コンセンサス集合配列は、ＳＮＰの配列のバリエーションによって生じる可能性のあるアミノ酸変化を同定するために、改変体配列の変化とともにＣｕｒａＴｏｏｌにインポートされる。次いで、広範囲のＳＮＰデータ分析が、ＳＮＰＣａｌｌｉｎｇデータベースに送られる。
【０８６２】
新規のＳＮＰの確認方法：ＳＮＰを、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，Ｗｅｓｔｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）として公知の検証方法を使用して確認した。Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇのための詳細なプロトコルは、Ａｌｄｅｒｂｏｒｎら、Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ｂｙ  Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  Ｐｙｒｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（２０００）．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．１０、８月８日発行、１２４９−１２６５に見出され得る。簡潔には、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇは、遺伝子型分類の実時間プライマーエクステンションプロセスである。このプロトコルは、ゲノムＤＮＡサンプルに由来する二本鎖のビオチン化ＰＣＲ産物を使用し、そしてそれらをストレプトアビジンビーズに結合させる。次いで、これらのビーズは、一本鎖のＤＮＡを生じるように変性させられる。ＳＮＰは、ＤＮＡ鎖の伸長の際にそれぞれのｄＮＴＰから放出されるピロリン酸（ＰＰｉ）の間接的な生体照度アッセイ（ｂｉｏｌｕｍｉｎｏｍｅｔｒｉｃ  ａｓｓａｙ）に基づく技術を利用して特徴付けられる。Ｋｌｅｎｏｗポリメラーゼによって媒介される塩基の取り込み後、ＰＰｉは放出され、そしてＡＴＰスルフリラーゼ（これは、ＡＴＰの形成を生じる）についての基質として、アデノシン５’−ホスホスルフェート（ＡＰＳ）とともに使用される。続いて、ＡＴＰは、ルシフェラーゼの作用によって、ルシフェリンのそのオキシ誘導体への転換を達成する。その後の発光は、約４個の塩基までは付加された塩基の数に比例する。この方法のプロセッシビティーを可能にするために、過剰のｄＮＴＰはアピラーゼによって分解させられる。アピラーゼもまた、最初の反応混合物中に存在し、その結果、配列決定の間にのみｄＮＴＰが鋳型に付加される。このプロセスは、完全に自動化されており、そして９６ウェル形式に適応させられている。これによって、大きなＳＮＰパネルの迅速なスクリーニングが可能である。新規の一ヌクレオチド多型による改変体のＤＮＡ配列およびタンパク質配列を、報告する。改変体を個別に報告するが、全ての任意の組合せまたは改変体の選択したサブセットもまた含む。さらに、改変体の塩基の位置および改変体のアミノ酸残基には、下線を付ける。
【０８６３】
（結果）
改変体が個々に報告されるが、改変体全ての任意の組み合わせまたは改変体の選択されたサブセットの任意の組み合わせもまた、本発明の意図されるＳＥＣＸ実施形態および／またはＮＯＶＸ実施形態として含まれる。
【０８６４】
（ＳＥＣ１  ＳＮＰデータ）
ＳＥＣ１は、５個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号１および配列番号２に従って番号付けする。ＳＥＣ１改変体のヌクレオチド配列は、表４１に示されるように異なる。
【０８６５】
【表４１】
2005508133.tif 000391
（ＳＥＣ２  ＳＮＰデータ）
ＳＥＣ２は、２個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号３および配列番号４に従って番号付けする。ＳＥＣ２改変体のヌクレオチド配列は、表４２に示されるように異なる。
【０８６６】
【表４２】
2005508133.tif 000392
（ＳＥＣ４  ＳＮＰデータ）
ＳＥＣ４は、３個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号７および配列番号８に従って番号付けする。ＳＥＣ３改変体のヌクレオチド配列は、表４３に示されるように異なる。
【０８６７】
【表４３】
2005508133.tif 000393
（ＳＥＣ５  ＳＮＰデータ）
ＳＥＣ５は、１個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号９および配列番号１０に従って番号付けする。ＳＥＣ５改変体のヌクレオチド配列は、表４４に示されるように異なる。
【０８６８】
【表４４】
2005508133.tif 000394
（ＳＥＣ７  ＳＮＰデータ）
ＳＥＣ７は、１個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号１３および配列番号１４に従って番号付けする。ＳＥＣ７改変体のヌクレオチド配列は、表４５に示されるように異なる。
【０８６９】
【表４５】
2005508133.tif 000395
（ＳＥＣ１０  ＳＮＰデータ）
ＳＥＣ１０は、２個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号１９および配列番号２０に従って番号付けする。ＳＥＣ１０改変体のヌクレオチド配列は、表４６に示されるように異なる。
【０８７０】
【表４６】
2005508133.tif 000396
（ＳＥＣ１２  ＳＮＰデータ）
ＳＥＣ１２は、４個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号２３および配列番号２４に従って番号付けする。ＳＥＣ１２改変体のヌクレオチド配列は、表４７に示されるように異なる。
【０８７１】
【表４７】
2005508133.tif 000397
（ＮＯＶ１  ＳＮＰデータ）
ＮＯＶ１は、１９個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号２５および配列番号２６に従って番号付けする。ＮＯＶ１改変体のヌクレオチド配列は、表４８に示されるように異なる。
【０８７２】
【表４８】
2005508133.tif 000398
（ＮＯＶ２  ＳＮＰデータ）
ＮＯＶ２は、４個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号２７および配列番号２８に従って番号付けする。ＮＯＶ２改変体のヌクレオチド配列は、表４９に示されるように異なる。
【０８７３】
【表４９】
2005508133.tif 000399
（ＮＯＶ３  ＳＮＰデータ）
ＮＯＶ３は、６個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号２９および配列番号３０に従って番号付けする。ＮＯＶ３改変体のヌクレオチド配列は、表５０に示されるように異なる。
【０８７４】
【表５０】
2005508133.tif 000400
（ＮＯＶ４  ＳＮＰデータ）
ＮＯＶ４は、１個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号３１および配列番号３２に従って番号付けする。ＮＯＶ４改変体のヌクレオチド配列は、表５１に示されるように異なる。
【０８７５】
【表５１】
2005508133.tif 000401
（ＮＯＶ５  ＳＮＰデータ）
ＮＯＶ５は、１１個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号３３および配列番号３４に従って番号付けする。ＮＯＶ５改変体のヌクレオチド配列は、表５２に示されるように異なる。
【０８７６】
【表５２】
2005508133.tif 000402
（ＮＯＶ６  ＳＮＰデータ）
ＮＯＶ６は、２個のＳＮＰ改変体を有し、そのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列の改変体位置を、それぞれ、配列番号３５および配列番号３６に従って番号付けする。ＮＯＶ６改変体のヌクレオチド配列は、表５３に示されるように異なる。
【０８７７】
【表５３】
2005508133.tif 000403
（実施例４．インフレームクローニング）
（ＮＯＶ２（ＣＧ５６１４９−０１）
ＣＧ５６１４９−０１の残基２７９〜４０５のドメインをコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲによる「インフレーム」クローニングの標的とした。ＰＣＲのテンプレートは、ヒトｃＤＮＡに基づく。
【０８７８】
以下のオリゴヌクレオチドプライマー：
【０８７９】
【化１】
2005508133.tif 000404
を使用して、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングした。下流をクローニングする目的のために、順方向プライマーは、インフレームＢａｍＨ  Ｉ制限部位を含み、逆方向プライマーは、インフレームＸｈｏ  Ｉ制限部位を含む。
【０８８０】
２つの並行したＰＣＲ反応を、各反応に対するテンプレートとして総量０．５〜１．０ｎｇのプールしたヒトｃＤＮＡを用いて設定した。このプールは、以下のヒト組織ｃＤＮＡの各々５μｇから構成される：副腎、脳全体、扁桃、小脳、視床、骨髄、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、肝臓、リンパ腫、バーキットラージ細胞株、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脾臓、胃、甲状腺、気管、子宮。
【０８８１】
発現組織が既知であり、そして利用可能である場合、上記のプライマーおよび以下のヒト組織ｃＤＮＡのうちの１つの０．５ｎｇ〜１．０ｎｇを使用して、第２のＰＣＲを実行した：
骨格筋、精巣、乳腺、副腎、卵巣、結腸、正常小脳、正常脂肪、正常皮膚、骨髄、脳扁桃、脳海馬、脳黒質、脳視床、甲状腺、胎児肺、胎児肝臓、胎児脳、腎臓、心臓、脾臓、子宮、下垂体、リンパ節、唾液腺、小腸、前立腺、胎盤、脊髄、末梢血、気管、胃、膵臓、視床下部。
【０８８２】
反応混合物は、５０μｌの反応容量中に、２μｌの各プライマー（元々の濃度：５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）、および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒  変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分  伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復
ｅ）９６℃  １５秒  変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分  伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０８８３】
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒  変性
ｃ）７６℃  ３０秒、プライマーアニーリング、１サイクル毎に温度を１℃ずつ低下させる
ｄ）７２℃  ４分  伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０８８４】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動によって検出した。フラグメントをゲル精製し、製造業者の推奨に従ってｐＣＲ２．１ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に連結した。１ＰＣＲ反応あたり１２個のクローンをピックアップし、配列決定した。インサートを、ベクターに特異的なＭ１３順方向プライマーおよびＭ１３逆方向プライマーを用いて配列決定した。
【０８８５】
インサートのアセンブリ１６４１８７７４７は、標的配列ＣＧ５６１４９−０１の残基２７９と４０５との間のオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。このクローニングされたインサートは、元々のアミノ酸配列と１００％同一である。ＣＧ５６１４９−０１とのアライメントを、以下のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗ（１．７）多重配列アライメントに示す。異なるアミノ酸配列は白色または灰色の背景を有し、そしてその位置をコードしないその配列中で、欠失／挿入アミノ酸がその配列中で断続線によって検出され得ることに留意する。
【０８８６】
ＣＧ５６１４９−０４の残基ａ〜Ｂの全長をコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲによる「インフレーム」クローニングに対して標的化した。ＰＣＲテンプレートは、以前に同定されたプラスミドに基づく。
【０８８７】
以下：
【０８８８】
【化２】
2005508133.tif 000405
のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングした。下流をクローニングする目的のために、順方向プライマーは、インフレームのＮｏｔＩ制限部位を含み、そして逆方向プライマーは、インフレームのＸｈｏＩ制限部位を含む。
【０８８９】
ＣＧ５６１４９−０４についてのインサートを含む総量１〜５ｎｇのプラスミドを使用して、２つのＰＣＲ反応を設定した。
【０８９０】
反応混合物は、５０μｌの反応容量中に、２μｌの各プライマー（元々の濃度：５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）、および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒  変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分  伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復
ｅ）９６℃  １５秒  変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分  伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０８９１】
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒  変性
ｃ）７６℃  ３０秒、プライマーアニーリング、１サイクル毎に温度を１℃ずつ低下させる
ｄ）７２℃  ４分  伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０８９２】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動によって検出した。フラグメントをゲル精製し、製造業者の推奨に従ってｐＣＲ２．１ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に連結するか、またはＮｏｔ  ＩおよびＸｈｏ  Ｉを用いて消化し、ｐＦａｓｔＢａｃ１に連結した。１ＰＣＲ反応あたり１２個のクローンをピックアップし、配列決定した。インサートを、ベクターに特異的なＭ１３順方向プライマーおよびＭ１３逆方向プライマー、ならびに以下の遺伝子特異的プライマー：
【０８９３】
【表５４】
2005508133.tif 000406
2005508133.tif 000407
2005508133.tif 000408
を用いて配列決定した。
【０８９４】
インサートのアセンブリ１７１０９３６８１は、標的配列ＣＧ５６１４９−０４の残基１と１１５１との間のオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。このクローニングされたインサートは、元々の配列と１００％同一である。ＣＧ５６１４９−０４とのアライメントを、以下のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗ（１．７）多重配列アライメントに示す。異なるアミノ酸配列は白色または灰色の背景を有し、そしてその位置をコードしないその配列中で、欠失／挿入アミノ酸が断続線によって検出され得ることに留意すること。
【０８９５】
（ＮＯＶ３（ＣＧ５６１５５））
ＣＧ５６１５５−０２の残基２０〜６３８の成熟形態をコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲによる「インフレーム」クローニングに対して標的化した。ＰＣＲテンプレートは、利用可能である場合、以前に同定されたプラスミドに基づくか、またはヒトｃＤＮＡに基づく。
【０８９６】
以下：
【０８９７】
【化３】
2005508133.tif 000409
のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングした。下流をクローニングする目的のために、順方向プライマーは、インフレームのＢａｍＨ  Ｉ制限部位を含み、そして逆方向プライマーは、インフレームのＸｈｏ  Ｉ制限部位を含む。
【０８９８】
ＣＧ５６１５５−０２についてのインサートを含む総量１〜５ｎｇのプラスミドを使用して、２つのＰＣＲ反応を設定した。
【０８９９】
反応混合物は、５０μｌの反応容量中に、２μｌの各プライマー（元々の濃度：５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）、および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒  変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分  伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復
ｅ）９６℃  １５秒  変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分  伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９００】
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒  変性
ｃ）７６℃  ３０秒、プライマーアニーリング、１サイクル毎に温度を１℃ずつ低下させる
ｄ）７２℃  ４分  伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９０１】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動によって検出した。フラグメントをゲル精製し、製造業者の推奨に従ってｐＣＲ２．１ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に連結した。１ＰＣＲ反応あたり１２個のクローンをピックアップし、配列決定した。インサートを、ベクターに特異的なＭ１３順方向プライマーおよびＭ１３逆方向プライマー、ならびに以下の遺伝子特異的プライマー：
【０９０２】
【表５５】
2005508133.tif 000410
2005508133.tif 000411
を用いて配列決定した。
【０９０３】
インサートのアセンブリ１７２８８４５８５は、標的配列ＣＧ５６１５５−０２の残基２０と６３８との間のオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。このクローニングされたインサートは、元々のアミノ酸配列と１００％同一である。ＣＧ５６１５５−０２とのアライメントを、以下のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗ（１．７）多重配列アライメントに示す。異なるアミノ酸配列は白色または灰色の背景を有し、そしてその位置をコードしないその配列中で、欠失／挿入アミノ酸がその配列中で断続線によって検出され得ることに留意すること。
【０９０４】
（ＮＯＶ５（ＣＧ５６１５１））
ＣＧ５６１５１−０２の残基１３〜４９９のドメインをコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲによる「インフレーム」クローニングに対して標的化した。ＰＣＲテンプレートは、利用可能である場合、以前に同定されたプラスミドに基づくか、またはヒトｃＤＮＡに基づく。
【０９０５】
以下：
【０９０６】
【化４】
2005508133.tif 000412
のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングした。下流をクローニングする目的のために、順方向プライマーは、インフレームのＢａｍ  ＨＩ制限部位を含み、そして逆方向プライマーは、インフレームのＸｈｏ  Ｉ制限部位を含む。
テンプレートとしてのＦＣＡ：
ＣＧ５６１５１−０２についてのインサートを含む総量１〜５ｎｇのプラスミドを使用して、２つのＰＣＲ反応を設定した。
【０９０７】
発現組織が既知であり、そして利用可能である場合、上記のプライマーおよび以下のヒト組織ｃＤＮＡのうちの１つの０．５ｎｇ〜１．０ｎｇを使用して、第２のＰＣＲを実行した：
骨格筋、精巣、乳腺、副腎、卵巣、結腸、正常小脳、正常脂肪、正常皮膚、骨髄、脳扁桃、脳海馬、脳黒質、脳視床、甲状腺、胎児肺、胎児肝臓、胎児脳、腎臓、心臓、脾臓、子宮、下垂体、リンパ節、唾液腺、小腸、前立腺、胎盤、脊髄、末梢血、気管、胃、膵臓、視床下部。
【０９０８】
反応混合物は、５０μｌの反応容量中に、２μｌの各プライマー（元々の濃度：５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）、および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒  変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分  伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復
ｅ）９６℃  １５秒  変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分  伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９０９】
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒  変性
ｃ）７６℃  ３０秒、１サイクル毎に温度を１℃ずつ低下させる
ｄ）７２℃  ４分  伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９１０】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動によって検出した。フラグメントをゲル精製し、製造業者の推奨に従ってｐＣＲ２．１ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に連結した。１ＰＣＲ反応あたり１２個のクローンをピックアップし、配列決定した。インサートを、ベクターに特異的なＭ１３順方向プライマーおよびＭ１３逆方向プライマー、ならびに以下の遺伝子特異的プライマー：
【０９１１】
【化５】
2005508133.tif 000413
を用いて配列決定した。
【０９１２】
（結果）
インサートのアセンブリ２３５６５１３０５は、標的配列ＣＧ５６１５１−０２の残基１３と４９９との間のオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。このクローニングされたインサートは、元々のアミノ酸配列と１００％同一である。ＣＧ５６１５１−０２とのアライメントを、以下のＣｌｕｓｔａｌＷに示す。異なるアミノ酸配列は白色または灰色の背景を有し、そしてその位置をコードしないその配列中で、欠失／挿入アミノ酸がその配列中で断続線によって検出され得ることに留意すること。
【０９１３】
（ＮＯＶ７（ＣＧ５５１１７））
ＣＧ５５１１７−０４の残基２０〜８６５の成熟形態をコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲによる「インフレーム」クローニングに対して標的化した。ＰＣＲテンプレートは、ヒトｃＤＮＡに基づく。
【０９１４】
以下：
【０９１５】
【化６】
2005508133.tif 000414
のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングした。下流をクローニングする目的のために、順方向プライマーは、インフレームのＢａｍＨＩ制限部位を含み、そして逆方向プライマーは、インフレームのＸｈｏＩ制限部位を含む。
【０９１６】
各反応に対するテンプレートとして総量０．５ｎｇ〜１．０ｎｇのプールしたヒトｃＤＮＡを使用して、２つの並行したＰＣＲ反応を設定した。このプールは、以下のヒト組織ｃＤＮＡの各々５μｇから構成される：副腎、脳全体、扁桃、小脳、視床、骨髄、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、肝臓、リンパ腫、バーキットラージ細胞株、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脾臓、胃、甲状腺、気管、子宮。
【０９１７】
発現組織が既知であり、そして利用可能である場合、上記のプライマーおよび以下のヒト組織ｃＤＮＡのうちの１つの０．５ｎｇ〜１．０ｎｇを使用して、第２のＰＣＲを実行した：
骨格筋、精巣、乳腺、副腎、卵巣、結腸、正常小脳、正常脂肪、正常皮膚、骨髄、脳扁桃、脳海馬、脳黒質、脳視床、甲状腺、胎児肺、胎児肝臓、胎児脳、腎臓、心臓、脾臓、子宮、下垂体、リンパ節、唾液腺、小腸、前立腺、胎盤、脊髄、末梢血、気管、胃、膵臓、視床下部。
【０９１８】
反応混合物は、５０μｌの反応容量中に、２μｌの各プライマー（元々の濃度：５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）、および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒  変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分  伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復
ｅ）９６℃  １５秒  変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分  伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９１９】
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒  変性
ｃ）７６℃  ３０秒、プライマーアニーリング、１サイクル毎に温度を１℃ずつ低下させる
ｄ）７２℃  ４分  伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９２０】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動によって検出した。フラグメントをゲル精製し、製造業者の推奨に従ってｐＣＲ２．１ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に連結した。１ＰＣＲ反応あたり１２個のクローンをピックアップし、配列決定した。インサートを、ベクターに特異的なＭ１３順方向プライマーおよびＭ１３逆方向プライマー、ならびに以下の遺伝子特異的プライマー：
【０９２１】
【化７】
2005508133.tif 000415
を用いて配列決定した。
【０９２２】
インサートのアセンブリ１８８８２２８２９は、標的配列ＣＧ５５１１７−０４の残基２０と８６５との間のオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。１８８８２２８２９は、２つのヌクレオチド位置および２つのアミノ酸位置で元々のアミノ酸配列と異なる。１８８８２２８２９はまた、元々の配列と比較して、２７ヌクレオチド／９アミノ酸の欠失を有する。ＣＧ５５１１７−０４とのアライメントを、以下のＣｌｕｓｔａｌＷに示す。異なるアミノ酸配列は白色または灰色の背景を有し、そしてその位置をコードしないその配列中で、欠失／挿入アミノ酸がその配列中で断続線によって検出され得ることに留意すること。
【０９２３】
（ＮＯＶ８（ＣＧ５６００６−０１））
ＣＧ５６００６−０１の残基４４〜４１７のドメインをコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲによる「インフレーム」クローニングに対して標的化した。ＰＣＲテンプレートは、利用可能である場合、以前に同定されたプラスミドに基づくくか、またはヒトｃＤＮＡに基づく。
【０９２４】
以下：
【０９２５】
【化８】
2005508133.tif 000416
のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、標的ｃＤＮＡ配列をクローニングした。下流をクローニングする目的のために、順方向プライマーは、インフレームのＨｉｎｄ  ＩＩＩ制限部位を含み、そして逆方向プライマーは、インフレームのＳａｌ  Ｉ制限部位を含む。
【０９２６】
テンプレートとしてＦＩＳ：
各反応についてのテンプレートとして総量０．５ｎｇ〜１．０ｎｇのプールしたヒトｃＤＮＡを使用して、２つの並行したＰＣＲ反応を設定した。このプールは、以下のヒト組織ｃＤＮＡの各々の５μｇから構成される：副腎、脳全体、扁桃、小脳、視床、骨髄、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、肝臓、リンパ腫、バーキットラージ細胞株、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脾臓、胃、甲状腺、気管、子宮。
【０９２７】
発現組織が既知であり、そして利用可能である場合、上記のプライマーおよび以下のヒト組織ｃＤＮＡのうちの１つの０．５ｎｇ〜１．０ｎｇを使用して、第２のＰＣＲを実行した：
骨格筋、精巣、乳腺、副腎、卵巣、結腸、正常小脳、正常脂肪、正常皮膚、骨髄、脳扁桃、脳海馬、脳黒質、脳視床、甲状腺、胎児肺、胎児肝臓、胎児脳、腎臓、心臓、脾臓、子宮、下垂体、リンパ節、唾液腺、小腸、前立腺、胎盤、脊髄、末梢血、気管、胃、膵臓、視床下部。
【０９２８】
反応混合物は、５０μｌの反応容量中に、２μｌの各プライマー（元々の濃度：５ｐｍｏｌ／μｌ）、１μｌの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ  ＣＡ）、および１μｌの５０×Ａｄｖａｎｔａｇｅ−ＨＦ  ２ポリメラーゼ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含んだ。以下の反応条件を使用した：
ＰＣＲ条件１：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  ３０秒  変性
ｃ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｄ）７２℃  ６分  伸長
工程ｂ〜ｄを１５回反復
ｅ）９６℃  １５秒  変性
ｆ）６０℃  ３０秒、プライマーアニーリング
ｇ）７２℃  ６分  伸長
工程ｅ〜ｇを２９回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９２９】
ＰＣＲ条件２：
ａ）９６℃  ３分
ｂ）９６℃  １５秒  変性
ｃ）７６℃  ３０秒、１サイクル毎に温度を１℃ずつ低下させる
ｄ）７２℃  ４分  伸長
工程ｂ〜ｄを３４回反復
ｅ）７２℃  １０分  最後の伸長。
【０９３０】
増幅産物を、アガロースゲル電気泳動によって検出した。フラグメントをゲル精製し、Ｈｉｎｄ  ＩＩＩおよびＳａｌ  Ｉを用いて消化し、そしてＧＰＩＶ５Ｈｉｓベクター（ＣｕｒａＧｅｎ，Ｎｅｗ  Ｈａｖｅｎ，ＣＴ）のＨｉｎｄ  ＩＩＩ部位およびＸｈｏ  Ｉ部位に連結した。１ＰＣＲ反応あたり１２個のクローンをピックアップし、配列決定した。インサートを、ベクターに特異的なＭ１３順方向プライマーおよびＭ１３逆方向プライマー、ならびに以下の遺伝子特異的プライマー：
【０９３１】
【化９】
2005508133.tif 000417
を用いて配列決定した。
【０９３２】
（結果）
インサートのアセンブリ２３５６５３２３６、２３５６５３３１９、２３５６５３４７３、２３５６５３５４８、２３５６５３６５０、２３５６５３７０３、２３５６５３７０７、および２３５６５３７１１は、標的配列ＣＧ５６００６−０１の残基４４と４１７との間のオープンリーディングフレームをコードすることが見出された。これらのクローニングされたインサートは、元々のＤＮＡ配列に対して１００％同一である。ＣＧ５６００６−０１とのアミノ酸配列のアライメントを、以下のＣｌｕｓｔａｌＷに示す。アセンブリ２３５６５３２３６、２３５６５３３１９、２３５６５３４７３、２３５６５３５４８、２３５６５３６５０、２３５６５３７０３、２３５６５３７０７、および２３５６５３７１１からのＯＲＦの最初の３３アミノ酸は、ＧＰＩＶ５ベクターによってコードされる単一のペプチドである。このクローニングされたインサートは、ＣＧ５６００６−０１ペプチドの４４位および４５位におけるアミノ酸ＬＲで始まり、４１６位および４１７位におけるアミノ酸ＱＬで終わる。ＧＰＩＶ５ベクターは、このアセンブリ配列の４０８位から終りまでのアミノ酸をコードする。異なるアミノ酸配列は白色または灰色の背景を有し、一方、断続線は、その配列中の欠失アミノ酸または挿入アミノ酸を示すことに留意すること。
【０９３３】
（他の実施形態）
特定の実施形態が、本明細書中に詳細に開示されているが、この開示は、例示目的のためのみに例としてなされており、先の添付の特許請求の範囲の範囲に関して限定することを意図しない。特に、種々の置換、変更および改変が、特許請求の範囲によって規定されるような本発明の精神および範囲から逸脱することなく本発明に対してなされ得ることが、本発明者らによって意図される。核酸開始材料、目的のクローン、またはライブラリーの型の選択は、本明細書中に記載される実施形態の知識を有する当業者にとって慣用的な事項であると考えられる。他の局面、利点、および改変が、先の特許請求の範囲の範囲内にあると考えられる。
【国際公開パンフレット】
2005508133.tif 000418
2005508133.tif 000419
2005508133.tif 000420
2005508133.tif 000421
2005508133.tif 000422
2005508133.tif 000423
2005508133.tif 000424
2005508133.tif 000425
2005508133.tif 000426
2005508133.tif 000427
2005508133.tif 000428
2005508133.tif 000429
2005508133.tif 000430
2005508133.tif 000431
2005508133.tif 000432
2005508133.tif 000433
2005508133.tif 000434
2005508133.tif 000435
2005508133.tif 000436
2005508133.tif 000437
2005508133.tif 000438
2005508133.tif 000439
2005508133.tif 000440
2005508133.tif 000441
2005508133.tif 000442
2005508133.tif 000443
2005508133.tif 000444
2005508133.tif 000445
2005508133.tif 000446
2005508133.tif 000447
2005508133.tif 000448
2005508133.tif 000449
2005508133.tif 000450
2005508133.tif 000451
2005508133.tif 000452
2005508133.tif 000453
2005508133.tif 000454
2005508133.tif 000455
2005508133.tif 000456
2005508133.tif 000457
2005508133.tif 000458
2005508133.tif 000459
2005508133.tif 000460
2005508133.tif 000461
2005508133.tif 000462
2005508133.tif 000463
2005508133.tif 000464
2005508133.tif 000465
2005508133.tif 000466
2005508133.tif 000467
2005508133.tif 000468
2005508133.tif 000469
2005508133.tif 000470
2005508133.tif 000471
2005508133.tif 000472
2005508133.tif 000473
2005508133.tif 000474
2005508133.tif 000475
2005508133.tif 000476
2005508133.tif 000477
2005508133.tif 000478
2005508133.tif 000479
2005508133.tif 000480
2005508133.tif 000481
2005508133.tif 000482
2005508133.tif 000483
2005508133.tif 000484
2005508133.tif 000485
2005508133.tif 000486
2005508133.tif 000487
2005508133.tif 000488
2005508133.tif 000489
2005508133.tif 000490
2005508133.tif 000491
2005508133.tif 000492
2005508133.tif 000493
2005508133.tif 000494
2005508133.tif 000495
2005508133.tif 000496
2005508133.tif 000497
2005508133.tif 000498
2005508133.tif 000499
2005508133.tif 000500
2005508133.tif 000501
2005508133.tif 000502
2005508133.tif 000503
2005508133.tif 000504
2005508133.tif 000505
2005508133.tif 000506
2005508133.tif 000507
2005508133.tif 000508
2005508133.tif 000509
2005508133.tif 000510
2005508133.tif 000511
2005508133.tif 000512
2005508133.tif 000513
2005508133.tif 000514
2005508133.tif 000515
2005508133.tif 000516
2005508133.tif 000517
2005508133.tif 000518
2005508133.tif 000519
2005508133.tif 000520
2005508133.tif 000521
2005508133.tif 000522
2005508133.tif 000523
2005508133.tif 000524
2005508133.tif 000525
2005508133.tif 000526
2005508133.tif 000527
2005508133.tif 000528
2005508133.tif 000529
2005508133.tif 000530
2005508133.tif 000531
2005508133.tif 000532
2005508133.tif 000533
2005508133.tif 000534
2005508133.tif 000535
2005508133.tif 000536
2005508133.tif 000537
2005508133.tif 000538
2005508133.tif 000539
2005508133.tif 000540
2005508133.tif 000541
2005508133.tif 000542
2005508133.tif 000543
2005508133.tif 000544
2005508133.tif 000545
2005508133.tif 000546
2005508133.tif 000547
2005508133.tif 000548
2005508133.tif 000549
2005508133.tif 000550
2005508133.tif 000551
2005508133.tif 000552
2005508133.tif 000553
2005508133.tif 000554
2005508133.tif 000555
2005508133.tif 000556
2005508133.tif 000557
2005508133.tif 000558
2005508133.tif 000559
2005508133.tif 000560
2005508133.tif 000561
2005508133.tif 000562
2005508133.tif 000563
2005508133.tif 000564
2005508133.tif 000565
2005508133.tif 000566
2005508133.tif 000567
2005508133.tif 000568
2005508133.tif 000569
2005508133.tif 000570
2005508133.tif 000571
2005508133.tif 000572
2005508133.tif 000573
2005508133.tif 000574
2005508133.tif 000575
2005508133.tif 000576
2005508133.tif 000577
2005508133.tif 000578
2005508133.tif 000579
2005508133.tif 000580
2005508133.tif 000581
2005508133.tif 000582
2005508133.tif 000583
2005508133.tif 000584
2005508133.tif 000585
2005508133.tif 000586
2005508133.tif 000587
2005508133.tif 000588
2005508133.tif 000589
2005508133.tif 000590
2005508133.tif 000591
2005508133.tif 000592
2005508133.tif 000593
2005508133.tif 000594
2005508133.tif 000595
2005508133.tif 000596
2005508133.tif 000597
2005508133.tif 000598
2005508133.tif 000599
2005508133.tif 000600
2005508133.tif 000601
2005508133.tif 000602
2005508133.tif 000603
2005508133.tif 000604
2005508133.tif 000605
2005508133.tif 000606
2005508133.tif 000607
2005508133.tif 000608
2005508133.tif 000609
2005508133.tif 000610
2005508133.tif 000611
2005508133.tif 000612
2005508133.tif 000613
2005508133.tif 000614
2005508133.tif 000615
2005508133.tif 000616
2005508133.tif 000617
2005508133.tif 000618
2005508133.tif 000619
2005508133.tif 000620
2005508133.tif 000621
2005508133.tif 000622
2005508133.tif 000623
2005508133.tif 000624
2005508133.tif 000625
2005508133.tif 000626
2005508133.tif 000627
2005508133.tif 000628
2005508133.tif 000629
2005508133.tif 000630
2005508133.tif 000631
2005508133.tif 000632
2005508133.tif 000633
2005508133.tif 000634
2005508133.tif 000635
2005508133.tif 000636
2005508133.tif 000637
2005508133.tif 000638
2005508133.tif 000639
2005508133.tif 000640
2005508133.tif 000641
2005508133.tif 000642
2005508133.tif 000643
2005508133.tif 000644
2005508133.tif 000645
2005508133.tif 000646
2005508133.tif 000647
2005508133.tif 000648
2005508133.tif 000649
2005508133.tif 000650
2005508133.tif 000651
2005508133.tif 000652
2005508133.tif 000653
2005508133.tif 000654
2005508133.tif 000655
2005508133.tif 000656
2005508133.tif 000657
2005508133.tif 000658
2005508133.tif 000659
2005508133.tif 000660
2005508133.tif 000661
2005508133.tif 000662
2005508133.tif 000663
2005508133.tif 000664
2005508133.tif 000665
2005508133.tif 000666
2005508133.tif 000667
2005508133.tif 000668
2005508133.tif 000669
2005508133.tif 000670
2005508133.tif 000671
2005508133.tif 000672
2005508133.tif 000673
2005508133.tif 000674
2005508133.tif 000675
2005508133.tif 000676
2005508133.tif 000677
2005508133.tif 000678
2005508133.tif 000679
2005508133.tif 000680
2005508133.tif 000681
2005508133.tif 000682
2005508133.tif 000683
2005508133.tif 000684
2005508133.tif 000685
2005508133.tif 000686
2005508133.tif 000687
2005508133.tif 000688
2005508133.tif 000689
2005508133.tif 000690
2005508133.tif 000691
2005508133.tif 000692
2005508133.tif 000693
2005508133.tif 000694
2005508133.tif 000695
2005508133.tif 000696
2005508133.tif 000697
2005508133.tif 000698
2005508133.tif 000699
2005508133.tif 000700
2005508133.tif 000701
2005508133.tif 000702
2005508133.tif 000703
2005508133.tif 000704
2005508133.tif 000705
2005508133.tif 000706
2005508133.tif 000707
2005508133.tif 000708
2005508133.tif 000709
2005508133.tif 000710
2005508133.tif 000711
2005508133.tif 000712
2005508133.tif 000713
2005508133.tif 000714
2005508133.tif 000715
2005508133.tif 000716
2005508133.tif 000717
2005508133.tif 000718
2005508133.tif 000719
2005508133.tif 000720
2005508133.tif 000721
2005508133.tif 000722
2005508133.tif 000723
2005508133.tif 000724
2005508133.tif 000725
2005508133.tif 000726
2005508133.tif 000727
2005508133.tif 000728
2005508133.tif 000729
2005508133.tif 000730
2005508133.tif 000731
2005508133.tif 000732
2005508133.tif 000733
2005508133.tif 000734
2005508133.tif 000735
2005508133.tif 000736
2005508133.tif 000737
2005508133.tif 000738
2005508133.tif 000739
2005508133.tif 000740
2005508133.tif 000741
2005508133.tif 000742
2005508133.tif 000743
2005508133.tif 000744
2005508133.tif 000745
2005508133.tif 000746
2005508133.tif 000747
2005508133.tif 000748
2005508133.tif 000749
2005508133.tif 000750
2005508133.tif 000751
2005508133.tif 000752
2005508133.tif 000753
2005508133.tif 000754
2005508133.tif 000755
2005508133.tif 000756
2005508133.tif 000757
2005508133.tif 000758
2005508133.tif 000759
2005508133.tif 000760
2005508133.tif 000761
2005508133.tif 000762
2005508133.tif 000763
2005508133.tif 000764
2005508133.tif 000765
2005508133.tif 000766
2005508133.tif 000767
2005508133.tif 000768
2005508133.tif 000769
2005508133.tif 000770
2005508133.tif 000771
2005508133.tif 000772
2005508133.tif 000773
2005508133.tif 000774
2005508133.tif 000775
2005508133.tif 000776
2005508133.tif 000777
2005508133.tif 000778
2005508133.tif 000779
2005508133.tif 000780
2005508133.tif 000781
2005508133.tif 000782
2005508133.tif 000783
2005508133.tif 000784
2005508133.tif 000785
2005508133.tif 000786
2005508133.tif 000787
2005508133.tif 000788
2005508133.tif 000789
2005508133.tif 000790
2005508133.tif 000791
2005508133.tif 000792
2005508133.tif 000793
2005508133.tif 000794
2005508133.tif 000795
2005508133.tif 000796
2005508133.tif 000797
2005508133.tif 000798
2005508133.tif 000799
2005508133.tif 000800
2005508133.tif 000801
2005508133.tif 000802
2005508133.tif 000803
2005508133.tif 000804
2005508133.tif 000805
2005508133.tif 000806
2005508133.tif 000807
2005508133.tif 000808
2005508133.tif 000809
2005508133.tif 000810
2005508133.tif 000811
2005508133.tif 000812
2005508133.tif 000813
2005508133.tif 000814
2005508133.tif 000815
2005508133.tif 000816
2005508133.tif 000817
2005508133.tif 000818
2005508133.tif 000819
2005508133.tif 000820
2005508133.tif 000821
2005508133.tif 000822
2005508133.tif 000823
2005508133.tif 000824
2005508133.tif 000825
2005508133.tif 000826
2005508133.tif 000827
2005508133.tif 000828
2005508133.tif 000829
2005508133.tif 000830
2005508133.tif 000831
2005508133.tif 000832
2005508133.tif 000833
2005508133.tif 000834
2005508133.tif 000835
2005508133.tif 000836
2005508133.tif 000837
2005508133.tif 000838
2005508133.tif 000839
2005508133.tif 000840
2005508133.tif 000841
2005508133.tif 000842
2005508133.tif 000843
2005508133.tif 000844
2005508133.tif 000845
2005508133.tif 000846
2005508133.tif 000847
2005508133.tif 000848
2005508133.tif 000849
2005508133.tif 000850
2005508133.tif 000851
2005508133.tif 000852
2005508133.tif 000853
2005508133.tif 000854
2005508133.tif 000855
2005508133.tif 000856
2005508133.tif 000857
2005508133.tif 000858
2005508133.tif 000859
2005508133.tif 000860
【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
2005508133.tif 000861
2005508133.tif 000862
【国際調査報告】
2005508133.tif 000863
2005508133.tif 000864
2005508133.tif 000865
2005508133.tif 000866
2005508133.tif 000867
2005508133.tif 000868
2005508133.tif 000869