(57)【要約】本発明は、血糖コントロール疾患、特に糖尿病およびグルコース代謝障害を有する患者における、TCF1遺伝子の483A＞G一塩基多型と血糖コントロール剤、例えばDPPIVインヒビターに対する臨床的応答との間の新規の関連の使用に関する。本発明は治療および／または臨床的研究の最適化のために患者を分類する方法ならびに前記関連に基づいて患者を治療する方法を提供している。【特許請求の範囲】
【請求項１】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体の、血糖コントロール剤または療法による治療に対する応答性を測定する方法において、
（a）個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、483A＞Gでの多型部位における塩基対の同一性を決定し、かつ
（b）両方のペアがGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCである場合には個体を良好なレスポンダー群に割り当て、そして両方のペアがATである場合には低いレスポンダー群に割り当てる
ことを特徴とする方法。
【請求項２】
血糖コントロール剤または療法がジペプチジルペプチダーゼ4（DPP4）インヒビターの投与を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
血糖コントロール剤または療法が2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）の投与を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
血糖コントロール剤または療法が1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）−カルボニトリルの投与を含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
血糖コントロール剤または療法が式Iまたは式IIの化合物から選択される、請求項1記載の方法。
【請求項６】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が2型糖尿病である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項７】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が1型糖尿病である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項８】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が耐糖能異常である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項９】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が空腹時血糖障害である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項１０】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がX症候群である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項１１】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が妊娠性糖尿病である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項１２】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がグルコース代謝障害（IGM）である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項１３】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がDPP4インヒビターに応答性の疾患である、請求項1から5までのいずれか1項記載の方法。
【請求項１４】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体を治療するための方法において、
（a）個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gでの塩基対の同一性を決定し、その際、
（b）両方の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCである場合には、個体を血糖コントロール剤または療法で治療し、そして両方の塩基対がATである場合には個体を代替の療法で治療する
ことを特徴とする方法。
【請求項１５】
血糖コントロール剤または療法がジペプチジルペプチダーゼ4（DPP4）インヒビターの投与を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
血糖コントロール剤または療法が2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）の投与を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
血糖コントロール剤または療法が1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）−カルボニトリルの投与を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１８】
血糖コントロール剤が式Iまたは式IIの化合物から選択される、請求項14記載の方法。
【請求項１９】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が2型糖尿病である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２０】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が1型糖尿病である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２１】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が耐糖能異常である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２２】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が空腹時血糖障害である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２３】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がX症候群である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２４】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が妊娠性糖尿病である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２５】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がグルコース代謝障害（IGM）である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２６】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がDPP4インヒビターに応答性の疾患である、請求項14から18までのいずれか1項記載の方法。
【請求項２７】
形質とTCF1遺伝子の少なくとも1つの遺伝子型またはハプロタイプとの間の関連を同定する方法において、該形質を示す個体群における遺伝子型またはハプロタイプの頻度と参照個体群における遺伝子型またはハプロタイプの頻度とを比較し、その際、該遺伝子型またはハプロタイプは多型部位483A＞Gに位置する塩基対またはヌクレオチドを有し、そして形質個体群における遺伝子型またはハプロタイプの頻度が参照個体群における遺伝子型またはハプロタイプの頻度よりも高いことは形質が遺伝子型またはハプロタイプと関連していることを示すことを特徴とする方法。
【請求項２８】
形質がTCF1またはDPP4を標的とする薬剤に対する臨床的応答である、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体を治療するための方法において、
（a）該個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gでの塩基対の同一性を決定し、
（b）両方の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCである場合には、個体を低用量の血糖コントロール剤で治療し、そして両方の塩基対がATである場合には個体を高用量の血糖コントロール剤で治療する
ことを特徴とする方法。
【請求項３０】
血糖コントロール剤がジペプチジルペプチダーゼ4（DPP4）インヒビターである、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
血糖コントロール剤または療法が2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）の投与を含む、請求項29記載の方法。
【請求項３２】
血糖コントロール剤または療法が1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）−カルボニトリルの投与を含む、請求項29記載の方法。
【請求項３３】
血糖コントロール剤または療法が式Iまたは式IIの化合物から選択される、請求項29記載の方法。
【請求項３４】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が2型糖尿病である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項３５】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が1型糖尿病である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項３６】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が耐糖能異常である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項３７】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が空腹時血糖障害である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項３８】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がX症候群である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項３９】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患が妊娠性糖尿病である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項４０】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がグルコース代謝障害（IGM）である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項４１】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患がDPP4インヒビターに応答性の疾患である、請求項29から33までのいずれか1項記載の方法。
【請求項４２】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する患者を治療するための方法において、
（a）該患者および患者の家族に遺伝的カウンセリングを行い、
（b）多型部位483A＞GでのTCF1についての患者の遺伝子型を決定し、
（c）その遺伝子型決定の結果に基づいて該患者に適切な療法を決定する
ことを特徴とする方法。
【請求項４３】
血糖コントロール剤に関する臨床試験デザインを最適化するための方法において、
（a）臨床試験への参加について検討される患者に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gでの塩基対の同一性を決定し、その際、
（b）両方の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCである場合には、個体を臨床試験に参加させ、そして両方の塩基対がATである場合には個体を臨床試験に参加させない
ことを特徴とする方法。
【請求項４４】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有し、薬剤A対Bから恩恵を受けるであろう個体を同定するための方法において、
（a）個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gでの塩基対の同一性を決定し、その際、
（b）両方の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCである場合には、個体は血糖コントロール剤により恩恵を受けると推測され、そして両方の塩基対がATである場合には個体は別の血糖コントロール療法による恩恵を受けると推測される
ことを特徴とする方法。
【請求項４５】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有するどの個体が血糖コントロール剤によって少ない副作用で治療できるかを決定する方法において、個体のTCF1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gでの塩基対の同一性を決定し、その際、両方の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCである場合には、その個体は低用量の血糖コントロール剤によって少ない副作用で治療でき、そして両方の塩基対がATである場合にはその個体は高用量の血糖コントロール剤で治療せねばならず、したがって高い副作用を伴う
ことを特徴とする方法。
【請求項４６】
血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体の、血糖コントロール剤または療法による治療に対する応答性を測定するための方法において、
（a）個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、TCF1の483A＞Gでの多型部位と連鎖不均衡にあるTCF1遺伝子の領域中の多型部位における塩基対の同一性を決定し、かつ
（b）483A＞Gでの多型部位と連鎖不均衡にあるTCF1遺伝子の領域中の多型部位における塩基対が、483A＞GでのTCF1の多型部位において、両者の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCであることを示す場合には、個体を良好なレスポンダー群に割り当て、そして該塩基対が、両者のペアがTCF1の483A＞G部位においてATであることを示す場合には低いレスポンダー群に割り当てる
ことを特徴とする方法。
【請求項４７】
患者の483A＞GでのTCF1の多型部位における多型パターンを同定するためのキットであって、該キットが483A＞GでのTCF1多型部位において遺伝子多型パターンを決定するための手段を有するキット。
【請求項４８】
DNA試料を採取する手段をさらに有する、請求項47記載のキット。
【請求項４９】
483A＞GでのTCF1多型部位における遺伝子多型パターンを決定するための手段が少なくとも1種のTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを含む、請求項47または48記載のキット。
【請求項５０】
483A＞GでのTCF1多型部位における遺伝子多型パターンを決定するための手段が2種のTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを含む、請求項47から49までのいずれか1項記載のキット。
【請求項５１】
483A＞GでのTCF1多型部位における遺伝子多型パターンを決定するための手段が、少なくとも1種のTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを有している少なくとも1種のTCF1遺伝子型タイピングプライマー組成物を含む、請求項47から50までのいずれか1項記載のキット。
【請求項５２】
TCF1遺伝子タイピングプライマー組成物が少なくとも2組の対立遺伝子特異的プライマーペアを含む、請求項51記載のキット。
【請求項５３】
2種のTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドが別個の容器に収められている、請求項50から52までのいずれか1項記載のキット。
【請求項５４】
測定工程（a）がさらに請求項47から53までのいずれか1項記載のキットを使用することを含む、請求項1、14、29、43、44または46のいずれか1項記載の方法。
【請求項５５】
エキスビボで実施される、請求項1から46までのいずれか1項記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
背景技術
発明の属する分野
本発明は血糖コントロール障害を特徴とする疾患、特に糖尿病および関連状態の治療方法に関する。特に本発明は、血糖コントロール剤、例えばジペプチジルペプチダーゼIV（DPP4）インヒビターに対する対象の応答性を測定するためのゲノム分析の使用ならびに治療開始時期および最適な薬剤、治療計画および適用量の選択を含む他の血糖コントロール方法およびストラテジーに関する。
【０００２】
関連技術の記載
糖尿病は血糖コントロール障害または血糖値のコントロール障害を特徴とするヒトにおける疾患の広範な群の1形態である。糖尿病自体はグルコースおよび他のエネルギー生成燃料の代謝障害ならびに重度の血管障害合併症および神経障害合併症の後発を特徴とする慢性ホルモン障害である。糖尿病は米国の健康管理費の約15％の割合を占め、生産年齢人口の失明ならびに末期腎疾患（ESRD）および非外傷性断脚の主な原因である。糖尿病は心血管疾病、脳血管疾病および末梢血管疾病の危険性を2〜7倍増大させ、かつ新生児の罹患および死亡の主要原因である。
【０００３】
糖尿病は疾患の複雑かつ多様な群であるが、全ての形態は総ホルモン欠如、すなわちインスリン欠乏に関連している。この欠乏はインスリン抵抗性が同時に存在することを背景にして見れば全体的、部分的または相対的なものであることがある。相対的または絶対的なインスリン欠乏は糖尿病につながる代謝障害の主因であり、そして生じる高血糖も該疾病の多くの合併症の主要の原因となる。
【０００４】
分類
糖尿病の新たに改正された分類を表1にまとめる。臨床糖尿病は、（1）1型（β細胞破壊によって引き起こされ、かつ全面的なインスリン欠乏を特徴とする）、（2）2型（インスリン抵抗性および相対的インスリン欠乏を特徴とする）、（3）糖尿病の他の特異型（同定可能な種々の臨床状態または症候群に関連する）および（4）妊娠性糖尿病を含む4種の一般的なサブクラスに分けることができる。これらの臨床的カテゴリーの他に、2種の状態（耐糖能異常および空腹時血糖障害）は正常のグルコース恒常性と顕性糖尿病との間の代謝状態の中間型に属する。これらの状態は糖尿病の後のリスクを著しく高め、場合によりその自然史の一部である場合がある。いかなる形態の糖尿病を有する患者もある時点でインスリン治療が必要となる可能性があることに留意せねばならない。この理由から、今まで使用されていたインスリン依存性糖尿病（1型糖尿病に関する）および非インスリン依存性糖尿病（2型に関する）という用語は撤廃されている。
表1：糖尿病の分類
【表１】
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【０００５】
I型糖尿病
前記の疾患を有する患者はほとんどインスリン分泌能を有さないかまたは全くインスリン分泌能を有さず、そして外生のインスリンに依存して代謝代償（例えばケトアシドーシス）および死を免れている。
【０００６】
常にではないが通常、糖尿病は今まで健康で非肥満型の児童または青少年に突如現れ、老年群においてはより漸次的な発症が見られることがある。事前評価の時点で、典型的な患者はしばしば病気に見え、顕著な症候（例えば多尿症、多渇症、多食症および体重減少）を示し、かつケトアシドーシスを示すことがある。1型糖尿病はしばしば長年にわたり長期の無症候の発症前段階を示し、その間に膵臓β細胞はHLAおよび他の遺伝的要因ならびに環境によって影響される自己免疫攻撃により徐々に破壊されると考えられている。最初にインスリン治療は代謝を正常に回復させるために必須である。しかしながら、いわゆるハネムーン期（honeymoon period）が引き続き到来し、数週間または数ヶ月間継続し、その期間にはβ細胞機能の部分的回復および急性疾患により引き起こされるインスリン抵抗性の逆転のため必要とされるインスリン用量がより少なくなる。その後、インスリン分泌能が徐々に失われる（数年にわたって）。1型糖尿病と特異的免疫応答（HLA）遺伝子および膵島細胞およびそれらの構成成分に対する抗体の存在との関連は、1型糖尿病が自己免疫疾病であるという理論の強力な裏付けをもたらす。この症候群は米国における糖尿病の10％未満の割合を占めている。
【０００７】
2型糖尿病
糖尿病の極めて一般的な形態である2型は糖尿病患者人口の90％を上回って見いだされる。これらの患者は高いレベルの内因性インスリン分泌能を保持する。しかしながら、インスリンレベルはインスリン抵抗性の程度および周囲グルコースレベルと比較して低い。2型の患者は差し迫った生存のためにインスリンに依存せず、そしてケトーシスは、大きな物理的ストレスの条件下を除いては滅多に発生しない。それにもかかわらず、これらの患者は高血糖のコントロールのためにインスリン治療を必要とすることがある。2型糖尿病は一般に40歳以降に見られ、HLA遺伝子とは無関係に高い率の遺伝浸透度を有し、かつ肥満症に関連している。2型糖尿病の臨床的特徴はマイルド（疲労、衰弱、めまい感、視朦または他の非特異的な病訴が病像を占めることがある）であるかまたは長年の間許容してから患者は治療を求めることがある。さらに高血糖症の水準が症状を引き起こすのに不十分であれば、該疾病は合併症の発症後にのみ顕性になることがある。
【０００８】
他の特定の糖尿病型
このカテゴリーは特定の疾病、薬剤または容態を招く種々の糖尿病症候群を含む。遺伝的調査によって、2型糖尿病の形態として形式的に含まれるMODYの病因に新たな病識を提供した。MODYはβ細胞機能の幾つかの遺伝的欠陥を含み、そのうち異なる染色体上の幾つかの遺伝子座における突然変異が同定されている。最も一般的な形態（MODY3型）は12番染色体上にコードされる肝細胞核因子1αと呼ばれる転写因子（HNF1、またTCF1とも知られている）についての突然変異に関連し、そしてMODY2型はグルコキナーゼ遺伝子（7番染色体）の突然変異に関連している。HNF−4α遺伝子（20番染色体上）の突然変異はMODY1型の原因となる。これらの状態のそれぞれは常染色体優性型で遺伝する。MODYの2種の新規のまれな形態はNHF−1β（17番染色体上）およびPDX−1または1DX−1（13番染色体）と呼ばれるインスリン遺伝子転写因子の突然変異に関連している。
【０００９】
糖尿病の種々のサブクラス間の区別は通常、臨床的立場でなされている。しかしながら患者の小さなサブグループを分類することは困難である、すなわちこれらの患者は1型と2型の糖尿病の両者に共通する特徴を示す。かかる患者は通常、非肥満型であり、ケトーシス顕性には不十分な程度に低減されたインスリン分泌能を保持している。多くが最初は経口剤に反応を示すが、経時的にインスリンが必要となる。あるものは緩慢に進展する1型糖尿病の形態を有するように思われるが、他は容易に類別がつかない。
【００１０】
妊娠性糖尿病
妊娠性糖尿病という用語は妊娠の間に見られるかまたは初めて認められる耐糖能異常を有する女性を説明する。妊娠性糖尿病は通常、妊娠に関連するインスリン拮抗ホルモンがピークに達する第2期または第3期に見られる。分娩後に、耐糖能は一般に（常にではないが）正常に回復する。
【００１１】
診断
糖尿病の診断は通常、多尿症、多渇症および体重減少の典型的な症候が見られる場合は明瞭である。全てに必要とされることは200mg/dLまたはそれ以上の静脈血からの無作為な血漿グルコース測定である。糖尿病の疑いがあるが、無作為なグルコース測定によって確認されない場合には、選択されるスクリーニング試験は一晩の空腹時血漿グルコース濃度である。その診断は空腹時グルコースが少なくとも2つの別個の場合に126mg/dLに等しいかまたはそれ以上である場合に立証される。
【００１２】
関連状態
耐糖能異常および空腹時血糖障害
耐糖能異常（IGT）と空腹時血糖障害（IFG）は正常値より高い（満腹または空腹条件下それぞれ）が糖尿病のための診断として許容される濃度より低いグルコース濃度を有する個体に当てはまる用語である。両者の状態は心血管疾病のリスク増大に関連するが、典型的な症候または糖尿病に関連する細小血管障害合併症および神経障害合併症を発症しない。しかしながら、ある患者のサブグループ（約25〜30％）において最終的には2型糖尿病が発症する。
【００１３】
グルコース代謝障害
グルコース代謝障害（IGM）は、正常の範囲を上回るが、2型糖尿病の診断基準を満たすほど高くはない血糖値によって規定される。IGMの発症率は国ごとに異なるが、通常は顕性糖尿病より2〜3倍も頻繁に発生する。最近まで、IGMを有する個体は糖尿病前症であると理解されたが、幾つかの疫学的研究からのデータは、IGMを有する個体は糖尿病のリスクおよび心血管罹病と死亡のリスクに関して異質であることを説明している。そのデータは、IGMを有する個体、特に耐糖能異常（IGT）を有する個体は必ずしも糖尿病を発症しないが、糖尿病であるか否かにかかわらず、該個体はそれでもなお心血管罹病および死亡について危険性が高い。IGMを有する対象のうち、約58％は耐糖能異常（IGT）を有し、他の29％は空腹時血糖障害（IFG）を有し、かつ13％は両方の異常（IFG／IGT）を有する。前記で議論したように、IGTは高められた食後（食後）高血糖を特徴とするが、IFGは空腹時血糖値を基礎してADAによって規定されている。
【００１４】
（a）正常耐糖能（NGT）、（b）グルコース代謝障害（IGM）および（c）顕性2型糖尿病のカテゴリーは1997年にADAによって以下のように定義された：
（a）正常耐糖能（NGT）＝空腹時血漿グルコース濃度＜6.1ミリモル/Lまたは110mg/dl未満および食後2時間グルコース濃度＜7.8ミリモル/Lまたは＜140mg/dl。
（b）グルコース代謝障害（IGM）は空腹時血糖障害（IFG）であり、IFG＝空腹時グルコース濃度6.1〜7ミリモル/Lまたは140〜220mg/dlとして定義され、かつ/または耐糖能異常（IGT）＝食後2時間グルコース濃度（75gOGTT）7.8〜11.1ミリモル/Lまたは140〜220mg/dlとして定義される。
（c）2型糖尿病＝7ミリモル/Lまたは126mg/dlより高い空腹時グルコースまたは11.1ミリモル/Lまたは200mg/dlより高い食後2時間グルコース濃度（75gOGTT）。
【００１５】
これらの基準はWHO推奨の経口耐糖能試験（75gOGTT）の適用のための条件、すなわち水中に溶解された75gに相当する無水グルコースを含有するグルコース負荷の経口投与を使用して食後グルコースを分析する2時間後に採取された血液試料で規定された。他のOGTT試験条件はIGTおよびIFGカテゴリーの関連リスクを裏付け、これは
1）50gのグルコースを75gの代わりに使用する、2）随時（非空腹時）グルコース試料を分析物として使用する、および3）2時間後ではなく1時間後グルコース負荷で食後グルコースを分析する。
これら全ての条件下に、前記に定義した血糖カテゴリーは以下に記載されるリスク増大につながるが、標準化されたOGTTは試験結果の変動を最小限にするために好ましい。
【００１６】
IGMを有する個体、特にサブカテゴリーIFGを有する個体は正常血糖個体よりも糖尿病に進展する率がかなり高く、特に糖尿病を発症すれば心血管リスクが高いことが知られている。興味のあることに、IGMを有する個体、殊にサブカテゴリーIFGを有する個体は、たとえ糖尿病を発症しないとしても癌の高い発症率、心血管疾病の発症率および高い死亡率を有する。したがってIGM、殊にサブグループIFGは、特に患者が顕性糖尿病になった後に心血管リスクが高いと思われる。他方で食後高血糖症（PPHG）とも呼ばれるIGTは非糖尿病患者および糖尿病患者で高い癌の危険性、高い心血管疾病の危険性および高い死亡率に関連している。Hanefeld M and Temelkova-Kurktschiev T, Diabet. Med 1997; 14 Suppl. 3: 6-11頁を参照のこと。
【００１７】
IGTに関連するリスク増大は年齢、性別、高血圧、低HDLおよび高LDLコレステロールレベルを含む他の公知の全ての心血管リスク因子に無関係である。Lancet 1999; 354: 617-621を参照のこと。さらに疫学的研究によって、食後高血糖症（PPHG）または高インスリン血症が糖尿病の大血管合併症の発症に無関係のリスク因子であることが示唆されている。Mooradian AD and Thurman JE, Drugs 1999; 57（1）:19-29を参照のこと。HbA1cに類似のPPHGは、糖尿病合併症、特に網膜障害および腎障害の存在と相関している。Pettitt DJ et al. Lancet 1980; 2:1050-2、Jarrett RJ Lancet 1976; 2:1009-2およびTeuscher A et al.Diabetes Care 1988; 11:246-51を参照のこと。
【００１８】
IGM、殊にIGTが糖尿病の異常なFPG特性を伴わず細小血管および大血管合併症につながる1つのメカニズムは食後高血糖症である。純型食後高血糖症は非糖尿病患者であっても血清中に存在する天然のフリーラジカル捕捉剤（TRAP）を低減することが明らかにされている。TRAP濃度の低下は、実験条件下にフリーラジカル形成の増加および高められた酸化ストレスに関連していることが明らかにされている。これらのフリーラジカルはアテローム性動脈硬化症、心血管罹病および死亡ならびに癌に関連する病理学的な細小血管および大血管の変化に関係している。Ceriello, A, Diabetic Medicine 15 :188-193, 1998を参照のこと。食後高血糖を通じてのTRAPのような天然の抗酸化剤の減少は、糖尿病を発症しないIGMを有する対象、殊にIGTを有する対象における心血管リスク増大を説明できる。
【００１９】
IGTが非糖尿病患者および糖尿病患者における独立リスク因子であるという事実は、IGTが糖尿病とは別に心血管罹病、死亡および癌の抑制および治療のための新たな指標として正当であることを示している。このようにIGMは以下の潜在的疾病または状態と関連している：1）2型顕性糖尿病への進行（国際疾病分類第9版のコード250.2＝ICD−9コード250.2）［Diabetes Research and Clinical Practice 1998; 40:1頁−2頁］；2）糖尿病の細小血管合併症増進、特に網膜障害および糖尿病の他の眼性合併症（ICD−9コード250．5）、腎障害（ICD−9コード250.4）、神経障害（ICD−9コード250.6）［Diabetes Care 2000,,23 :1113-1118］および末梢血管障害または壊疽（ICD−9コード250.7）；3）心血管罹病（ICD−9コード410−414）増進、特に心筋梗塞（ICD−9コード410）、虚血性心疾患またはアテローム性動脈硬化症（ICD−9コード414）および他の急性および亜急性の心虚血の形態（ICD−9コード411）；4）卒中発作のような過剰な脳血管障害（ICD−9）コード430〜438）［Circulation 1998,98 :2513-2519］；心血管死亡（ICD−9コード390−459）増加［Lancet 1999; 354:617- 621］および突然死（ICD−9コード798.1）；6）悪性腫瘍のより高い発症率および死亡率（ICD−9コード140−208）［Am J Epidemiol.1990,,131 :254-262, Diabetologia 1999; 42:1050-1054］IGIVIに関連する他の代謝障害は脂質代謝異常（ICD−9コード272）、高尿酸血症（ICD−9コード790.6）ならびに高血圧（ICD−9コード401−404）および狭心症（ICD−9コード413.9）［Ann Int Med 1998,128 :524-533］を含む。明らかに、IGM、特にIGTにつながる広範な疾病および状態は大きな医学的必要性の一領域である。
【００２０】
同様の疾病および状態の多くはIGMおよび糖尿病の両者に関連しているが、最近になってIGM、特にIGTを有する非糖尿病人口が抑制および治療のための指標になることが証明できた。したがってIGM、特にIGTおよび／またはIFGを有する対象において、早期インスリン分泌の回復および／または食後高血糖の低下は顕性糖尿病への進行を抑制または遅延させ、かつ顕性糖尿病の発症を抑制することによって糖尿病に関連する細小血管合併症を抑制または低減するのに役立つはずである。付加的にIGMを有する個体および、特にIGTおよび／またはIFGを有する個体において、早期インスリン分泌の回復および／または食後高血糖の低減は過剰な心血管罹病および死亡を抑制または低減し、かつ癌を抑制するか、または個体のその死亡率を低減するはずである。
【００２１】
インスリン分泌および作用
インスリンは、最初は、大きな単鎖ポリペプチド（プロインスリン）として膵臓β細胞において合成され、かつ引き続きプロインスリンの分解によって、コネクティング鎖（Cペプチド）が除去され、より小さな二本鎖インスリン分子（51アミノ酸残基）が生じる。グルコース濃度はインスリン分泌の主要なレギュレーターである。グルコースによる分泌の活性化については、グルコースは、まずタンパク質（GLUT2）によってβ細胞に輸送され、酵素グルコキナーゼによってリン酸化され、かつ代謝されねばならない。直接的な引き金となるプロセスはあまり理解されていないが、おそらくシグナル伝達経路の活性化、アデノシン三リン酸（ATP）感受性カリウムチャネルの閉鎖ならびにβ細胞中へのカルシウムの流入に関連する。通常は、血中グルコースが空腹時濃度75〜100mg/dLをわずかに上回っても、β細胞は、まず事前に形成された貯蔵インスリンから、その後に新規のインスリンの合成からインスリンを分泌する。グルコース流入経路ならびにその濃度は応答の大きさを規定する。グルコースが経口で投与される場合には、腸管ペプチド（例えばグルカゴン様ペプチドI、胃抑制ポリペプチド）が同時に放出されるため静脈内投与される場合よりも高いインスリン濃度が生じる。他のインスリン分泌促進物質はアミノ酸および迷走神経刺激である。インスリンは門脈の血液中に分泌されると約50％のインスリンを除去し、それを分解する。この取り込みは門脈インスリンが末梢循環系のインスリンよりも常に少なくとも2〜4倍高いことが原因である。反対に血糖値がわずかだけ減少する（例えば70mg/dLまで）場合にも、インスリン分泌は即座に減衰する。
【００２２】
インスリンは、まず血管コンパートメントを通過し、そのターゲットに達し、その特異的受容体に結合することによって応答組織に作用する。インスリン受容体は2つのα−鎖およびβ−鎖を有するジスルフィド架橋によって形成されるヘテロダイマーである。α−サブユニットは細胞外表面に局在し、これはインスリン結合部位である。β−サブユニットは膜を貫通し、かつ細胞質面上でセリン、トレオニンおよびチロシン残基に関してリン酸化されていてよい。β−サブユニットの固有のタンパク質チロシンキナーゼ活性はインスリン受容体機能のために必須である。受容体の迅速な自己リン酸化および細胞性基質（例えばインスリン受容体基質1および2）のチロシンリン酸化はインスリン作用における重要な初期段階である。その後に、一連のリン酸化および脱リン酸化反応が誘発され、最終的にインスリン感受性組織（肝臓、筋肉および脂肪）におけるインスリン作用が引き起こされる。この経路は、細胞表面へのグルコース輸送体（GLUT4）の移行のために重要であると思われる酵素であるPI3（ホスファチジルイノシトール3’）キナーゼを含む種々の受容体後のシグナル伝達経路はインスリンによって活性化され、次いでグルコースを取り込む。
【００２３】
逆調節ホルモンと呼ばれる他の多くのホルモン（グルカゴン、成長ホルモン、カテコールアミンおよびコルチゾール）はインスリンの代謝作用に対立する。これらのうち、グルカゴンおよびより少量の成長ホルモンは糖尿病症候群の発症に重要な役割を担う。グルカゴンは低血糖、アミノ酸への応答および自律神経系の活性化において膵臓α細胞によって分泌される。その主要な効果は肝臓に対するものであり、アデノシン一リン酸依存性機構を介してグリコゲン分解、糖質新生およびケトン体生成を刺激する。通常、グルカゴンは高血糖によって阻害されるが、1型および2型糖尿病の両者においては高血糖の存在にはかかわらず絶対的にまたは相対的に増大する。
【００２４】
糖尿病は炭水化物摂取後の顕著な食後高血糖を特徴とする。2型糖尿病において、遅延インスリン分泌と肝臓インスリン抵抗性とを組合せた効果は肝臓グルコール生成の抑制およびグリコゲンとしてグルコースを貯蔵する肝臓の能力を減ずる。インスリン濃度が最終的には非糖尿病個体に見られるより高い濃度にまで増大（インスリン分泌は一般のグルコース濃度に比して不足したままである）するにもかかわらず、インスリン抵抗性は肝臓から放出された過剰のグルコースを除去する筋肉の能力を低減し、かつグリコゲンとして筋細胞にそれを貯蔵するので、高血糖症が発症する。
【００２５】
糖尿病の薬理学的治療は一般に、インスリンまたは経口グルコース降下剤の介入を含む。1型糖尿病において、第一の焦点はインスリン分泌に取って代えることである。2型糖尿病においては、最もよく確立された治療ストラテジーはインスリンの分泌または生理学的作用を増大させることを意図している。これは、直接的にインスリン分泌促進物質、例えばスルホニルウレアまたは安息香酸誘導体によりインスリン分泌を刺激するか、またはPPARyアゴニストを代表とする薬剤であるチアゾリジンジオンの薬剤クラスで末梢インスリン抵抗性を低下させることによって達成できる。幾つかの2型糖尿病においては、インスリン自体は安定化プロセスにおいてまたは他の薬剤クラス1種以上の組合せにおいて初期に必要である。糖尿病の一般的なレビューについては、Cecil Textbook of Medicine 21st edition;Goldman, L. and Bennett J. C. Eds. Saunders Co. Phili（2000）, esp. 1263-1285頁を参照のこと。
【００２６】
糖尿病の治療のための幾つかの新規の試みはグルカゴン様ペプチド1（GLP−1）の作用を利用している。GLP−1はペプチドホルモンであり、これは食事に反応して腸管から血流に放出される。GLP−1はグルコース濃度を低減する幾つかの作用を有し、該作用はインスリン放出を増大させる膵臓β細胞への直接的な作用およびインスリン合成の促進を含む。GLP−1は腸管L細胞におけるグルカゴン前駆体の組織特異的な翻訳後プロセシングから生じる、Orskov C. Diabetologia 35:701-711（1992）を参照のこと。
【００２７】
健康な対象において、GLP−1はインスリンおよびグルカゴン濃度の調節を含む多くの生理学的機構によって血糖値に強力に作用する、Orskov C． Diabetologia 35:701-711（1992）;Holst JJ, et al.In Glugagon III. Handbook of Experimental Pharmacology ; Lefevbre PJ, Ed. Berlin, Springer Verlag, 311-326(1996)およびDeacon CF, et al.Diabetes, Vol. 47:764-769（1998）を参照のこと。GLP−1の膵臓効果はグルコース依存性である、Kregmann B, et al. Laneifii 1300-1304（1987）; Weir GC, Diabetes 38:338-342（1989）を参照のこと。
【００２８】
これらの同様の効果はまた糖尿病を有する患者においても生じ、かつ2型糖尿病対象において血糖値を正常化する傾向にあり、かつ1型患者における血糖コントロールを改善する、Gutniak M, et al.N Engl J Med 236:1316-1322（1992）; NathanDM, et al．Diabetes Care 15:270-276（1992）;およびNauck MA, et al. Diabetologia 36:741-744（1993）を参照のこと。
【００２９】
内因性GLP−1および外因的に投与されたGLP−1の両方は迅速に代謝され、インビボでわずか1〜2分間の血漿半減期（t1/2）を有する。アミノペプチダーゼであるジペプチジルペプチダーゼIV（DPP4）はこの迅速な代謝の第一の原因である。GLP−1におけるDPP4作用はNH2末端欠損代謝物であるGLP−1（9〜36）アミドを生じる、 Kieffer TJ, et al. Endocrinology 136:3585-3596（1995）;Mentlien R, et al.Eur J Biochem 214:829-835（1993）; Deacon CF, et al.J Clin Endocrinol Metab 80:952-957（1995）; Deacon CF, et al.Diabetes 44:1126-1131（1995）を参照のこと。
【００３０】
ジペプチジルペプチダーゼIV（DPP4；EC3.4.14.5）はADA結合タンパク質−2およびT細胞活性化抗原CD26と同一である。DPP4はセリンエキソペプチダーゼであり、これはX−プロリンジペプチドをポリペプチドのN−末端から開裂する。これは、N末端によって細胞膜につなぎ止められた固有の膜糖タンパク質である。高い濃度の酵素が腎臓の近位尿細管および小腸の刷子縁膜に見られるが、幾つかの他の組織も該酵素を発現する。該酵素は胎児結腸中に存在するが、出生時に消失する。幾つかのヒト結腸腺腫およびヒトの結腸癌細胞系において異所発現される。かかる結腸癌細胞系からDarmoul, et al. Ann. Hum. Genet. 54:191-197,（1990）は腸管DPP4のためのcDNAプローブを単離し、かつ体細胞ハイブリッドのサザン分析によって2番染色体にこの遺伝子を位置決定した。この位置決定はMathew, et al.Genomics 22:211-212（1994）によって確認され、彼らは蛍光インサイチューハイブリダイゼーションによってDPP4遺伝子を2q23にサブローカライズした。Misumi, et al.Biochim. Biophys. Acta 1131:333-336,（1992）はDPP4をコードするcDNAを単離し、配列決定した。該cDNAのヌクレオチド配列（3465bp）は、ラットのタンパク質より1残基少ない766アミノ酸を有するポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを有していた。推定されるアミノ酸配列はラット酵素の配列に84.9％の同一性を示した。
【００３１】
Abbott, et al.Immunogenetics 40:331-338（1994）は、CD26が約70kbにわたり、45bpから1.4kbのサイズにおよぶ26個のエキソンを含み、セリン認識部位（G−W−S−Y−G）をコードするヌクレオチドは2個のエキソンに分けられることを裏付けている。これは明らかにプロピルオリゴペプチダーゼファミリーのゲノム構成と典型的なセリンプロテアーゼファミリーのゲノム構成とを区別する。CD26は約4.2kbと2.8kbのサイズを有する2つの情報をコードしている。これらは胎盤および腎臓で高レベルに発現し、肺および肝臓で中程度のレベルで発現する。4.2kbだけのmRNAは骨格筋、心臓、脳および膵臓で低レベルに発現した。蛍光インサイチューハイブリダイゼーションによって、前記のAbbott，et al.（1994）は該遺伝子を2q24.3にマッピングした。
【００３２】
製剤学的に利用可能なDPP4（DPP IV）インヒビターは、インビボでのGLP−1の半減期を延長させ、かつ作用を増大させるために使用できる。幾つかの研究は、DPP4の阻害がラットにおけるグルコース恒常性を改善し、かつブタにおいて静脈内グルコース負荷に対するインサイチュー応答を増大させることを見いだしている。Deacon F., et al.Diabetes 47:764-769（1998）; Pauly RP, et al.Regal Pept 643:148（1996）; Balkan B, et al. Diabetologia 40（Suppl 1）A131（1997）and Li X, et al. Diabetes 46（Suppl 1）:237A（1997）を参照のこと。
【００３３】
ブタの研究において、DPP4のインビボでの阻害はGLP−1のNH2末端の分解を抑制し、こうして生物学的に活性なペプチドのt1/2が延びる。DPP4インヒビターの存在はGLP−1注入で投与された静脈内グルコースに対するインサイチュー（in situ）応答を強化し、また経口グルコースの後に見られる耐糖能を内因性GLP−1の作用を増強することによって外因性GLP−1を用いずに改善する。Deacon CF. Diabetes 47:764-769（1998）を参照のこと。
【００３４】
他の研究では、DPP4（またはCD26）遺伝子の的を絞った不活性化により、空腹状態に正常な血糖値を有するが、グルコース投与後に低減された血糖偏移を有する健康なマウスが得られた。Marguet D, et al. Proc Natl Acad Sci USA 97:6874-6879（2000）を参照のこと。このグループはまたグルコース刺激された循環インスリンの高められたレベルならびにGLP−1の高められた完全な状態のインスリン依存性の形態をホモ接合型の不活性化されたDPP4遺伝子を有するマウス中に見いだした。
【００３５】
DPP4酵素活性の薬理学的インヒビターの投与は野生型において耐糖能を改善するが、DPP4遺伝子不活性化マウスにおいてはそれを改善しないことを見いだした。このDPP4インヒビターはまたGLP−1受容体を産生する遺伝子を欠損したマウスにおいて耐糖能を改善することを見いだした。このことは、DPP4阻害がGLP−1ならびに関連のインクレチンホルモン、胃阻害ポリペプチド（GIP）を含む付加的な基質の活性調節により血糖値調節を改善する妥当な薬理学的アプローチであることを示唆している。上記Marguet D, et al.を参照のこと。他の研究はまた、DPP4酵素活性の薬理学的阻害が2型糖尿病動物におけるグルコースクリアランスを改善することを示している。Deacon CF, et al. Diabetes 47:764-769（1998）; Pederson RA, et al. Diabetes 47:1253- 1258（1998）; Paalg RP, et al. Metab-Clin Exp 48:385-389（1999）およびBalkan B. Diabetologia 42:1324-1331（1999）を参照のこと。これらのデータは、生理学的グルコース恒常性におけるDPP4インヒビターの値、および変更されたグルコース恒常性に関連する糖尿病を含む疾病ならびに酵素DPP4の存在、濃度または活性によって調節可能な状態を効果的に治療する、DPP4活性のインヒビターまたは他のモジュレーターについての能力を明らかにしている。
【００３６】
DPP4の活性を阻害または調節する薬剤はヒトにおける糖尿病および他の疾病を治療するのに類を見ない有用な薬剤であると期待される。少なくとも1つのDPP4インヒビター、すなわち2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）は多施設の、二重盲検の、無作為な、平行の臨床的研究において、規定食だけで予め処置された2型糖尿病（NIDDM）を有する患者における種々の用量での該インヒビターの効果とプラセボでの効果とを比較して試験した。Ahren B, et al. Diabetes 50（Suppl 2）:A104（2001）を参照のこと。
【００３７】
X症候群
X症候群（X-syndrome）は糖尿病に関連していると考えられる代謝性症候群である。X症候群という用語はReavenらによって与えられ、これは中心性肥満および、インスリン刺激されたグルコース吸収に対する抵抗性、高インスリン血症、グルコース不耐症（必ずしも顕性糖尿病でない）、超低密度リポタンパク質トリグリセリド（VLDL）の増大されたレベル、高密度リポタンパク質コレステロール（HDL）濃度の低下されたレベルおよび高血圧を含む代謝性症状発現を特徴とする疾患を記載している。これらの特徴のそれぞれは、アテローム性動脈硬化症および他の“老年性”疾病の発症のためのリスク因子であると考えられる。X症候群はインスリン抵抗性によって引き起こされると考えられているが、治療は現在では不可能である。Reaven, G. Diabetes. 37:1595-1607, 1988およびFerrannini, E. et al. Diabetologia. 34:416-422, 1991を参照のこと。
【００３８】
分子生物学および遺伝学における進展
過去20年間に、分子生物学および遺伝学における顕著な進展はヒトの疾病における遺伝子の影響の理解において革命的な成長をもたらした。遺伝子はある疾病状態の直接的な原因であると示されている。例えば鎌状赤血球貧血はヒトのβグロビン遺伝子における単一の突然変異によって引き起こされていることが知られている。多くの他の場合においても遺伝子は、環境因子および／または他の遺伝子と一緒に、疾病をもたらすかまたは疾病へのかかりやすさを高める役割を担っている。かかる疾患の顕著な例は
・アルツハイマー病におけるApoE中のDNA配列変異の役割、
・HIVによる感染に対するかかりやすさにおけるCKR5、
・深在静脈血栓症のリスクにおけるV因子、
・心血管疾病および神経管欠損におけるMTHFR
・HPV感染におけるp53、
・薬剤代謝における種々のシトクロムp450、
・および自己免疫疾病におけるHLA
を含む。
【００３９】
意外にも、ヒトの疾病における遺伝子関与に導く遺伝的変異は比較的小さい。ヒトゲノムを含むDNA塩基の約1％は多型である、すなわちそれらは個体間で変動する。ヒトを含む全ての生物のゲノムはその持続的進化の過程で自発的に突然変異する。かかる突然変異の大多数は多型を形成し、こうして突然変異された配列および初期配列は生物種において同時に存在する。しかしながらコードされるタンパク質のアミノ酸配列にもコードされるタンパク質の発現レベルのいずれにも影響しない大多数のDNA塩基の差異は機能的に取るに足らないものである。遺伝子またはそのプロモーター内に存在する幾つかの多型は表現型に影響し、そしてこの小さな割合のゲノム変異が個体間の全ての差異、例えば物理的外観、疾病へのかかりやすさ、疾病抵抗性ならびに薬剤治療に対する応答性の遺伝的成分を説明する。ヒト遺伝子の変異性とヒトの表現型の間の関連は最近のヒト遺伝子研究における中心的テーマである。ヒトゲノムは約30億塩基のDNAを含む。
【００４０】
一塩基多型
ヒトゲノムにおける配列変異は主に一塩基多型（“SNP”）からなり、その際、他の配列変異はショートタンデムリピート（ミクロサテライトを含む）、ロングタンデムリピート（ミニサテライト）および他の挿入および欠失である。SNPはヒト個体群において相当の頻度（すなわち＞1％）で2つの択一的塩基が生じる位置である。SNPは多型の存在の故に“対立遺伝子”であると言われ、幾つかの生物種のメンバーは突然変異されていない配列（すなわちオリジナル“対立遺伝子”）を有し、一方で他のメンバーは突然変異された配列（すなわち変異対立遺伝子またはミュータント対立遺伝子）を有してよい。最も簡単な場合には、1つだけの突然変異された配列が存在し、そして多型がダイアレリックであると言われる。択一的な突然変異の発生はトリアレリック多型などをもたらし得る。SNPはゲノムにわたって散在し、遺伝子の機能を変化させるSNPは表現型変異に直接寄与し得る。その罹患率および伝播性質のゆえに、SNPはヒトの疾患状態に関連する遺伝子の位置を突き止めるための重要な道具になる可能性を有する（例えばWang et al., Science 280:1077-1082（1998）を参照のこと）。この文献は2227個のSNPをDNAの230万塩基の領域にわたってマッピングした予備実験を開示している。
【００４１】
一塩基多型と特定の表現型との間の関連はSNPがその表現型の原因であることを示さないかまたは必要としない。代わりにかかる関連は、SNPが表現型についての決定因子が存在し、したがってこれらの決定因子と当該表現型との関連において見いだされるであろうゲノム上の部位の近隣に位置していることのみを示すことができるにすぎない。したがってSNPは“真の”機能的変異体との連鎖不均衡（LD）にあってよい。対立遺伝子関連としても公知のLDは、ゲノムの2つの異なる位置の対立遺伝子が期待するより高度に関連する場合に現れる。
【００４２】
したがってSNPは、特定の表現型を引き起こす突然変異へのその近接により、有用なマーカーとして用いることができる。
【００４３】
疾病に関連するSNPは局在する遺伝子の機能における直接的な効果を有することもある。配列変異はアミノ酸変化をもたらすか、またはエキソン−イントロンスプライシングを変更し、それにより関連タンパク質を直接改変するか、または調節領域中に存在し、発現サイクルまたはmRNAの安定性を変更することがある。Nowotny P Current Opinions in Neuobiology, 2001, 11 :637-641を参照のこと。
【００４４】
通常のゲノム変異体が疾病へのかかりやすさに担う役割はアポリポタンパク質E（APOE）ε4対立遺伝子がアルツハイマー病（AD）に担う役割によって最良に例示される。ε4対立遺伝子はADの発症に高度に関連し、かつ疾病の若年期発症に関連している。それは多くの研究された個体群において見られる強い関連である。St George-Hyslop et al. Biol Psychiatry 2000, 47:183-199を参照のこと。多型変異は卒中発作と心血管疾病にも関連がある、Wu et al. Am J Cardiol 2001, 87 ; 1361-1366を参照のこと、および多発性硬化症にも関連がある、Oksenberg et al. J Neuroimmuol 2001, 113:171- 184を参照のこと。
【００４５】
多くの通常の疾患発症のリスクおよびこれらの状態を治療するために使用される薬品の代謝は基礎的なゲノム変異によって事実上影響されるが、任意の1変異の効果は小さいであろうということが徐々に明らかにされている。
【００４６】
したがってSNPと臨床的表現型との間の関連は、1）SNPが表現型に機能的に寄与しているか、または2）表現型をもたらすゲノム上のSNPの位置の近隣に他の突然変異が存在することを示唆している。第二の可能性は遺伝の生物学を基礎としている。DNAの大きな断片が遺伝し、かつそれぞれ近隣のマーカーは多くの世代間に関連のない個体において組換えられないことがある、すなわちマーカーは連鎖不均衡（LD）にある。
【００４７】
有効な裏付けは、DPP4活性を調節または阻害する、あるいは別の方法で血糖コントロール障害の疾患を有する患者における代謝コントロールまたは血糖コントロールを改善する作用を有する化合物または療法は、血糖コントロール障害を特徴とする疾患、例えば糖尿病および他の関連疾病の治療に有用であることを強く示唆している。これらの化合物または薬剤は、制限されず、DPP4インヒビター、2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）および（1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリル）を含む。
【００４８】
しかしながら過去において、どの個体がDPP4調節因子または他の血糖コントロール剤に応答し、かつしないかを決定する方法はなかった。したがって血糖コントロール障害に罹患し、制限されないがDPP4調節因子またはインヒビターまたは他の抗糖尿病剤または血糖コントロールの改善を目的とする任意の薬剤または療法を含む血糖コントロール剤または療法に応答する個体および応答しない個体を決定する方法が必要とされている。さらに、血糖コントロール障害を有し、低用量治療に応答する個体および最適な結果を得るためにより高用量を必要とする個体を決定する方法、したがって個体への治療をぴったり合うように調整し、副作用および薬剤相互作用の危険性の最も低い効果的な治療を提供する方法が必要とされている。さらに個体が有すると知られている応答における重要な変異を考慮して、血糖コントロール剤または療法の臨床試験を最適化する方法が必要とされている。
【００４９】
発明の概要
本発明は以下に記載されるように、糖尿病を血糖コントロール剤または療法、例えばDPP4調節因子またはインヒビターで治療するための最近達成された方法における欠点を、血糖コントロール剤または療法、例えば制限されないが2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）および1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）−カルボニトリルを含むDPP4調節因子またはインヒビターに対する臨床的応答に関連するTCF1座における多型を同定することによって克服している。前記の多型の同定は、どの患者がDPP4調節因子またはインヒビター療法、2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）、または1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）−カルボニトリルでの療法または他のGLP−1に基づく療法および、血糖コントロールを正常化する傾向にある作用の他のメカニズムを通して作用する療法を含む療法に応答するかを決定し、かつ必要な用量レベルを予測する簡単な試験を開発することを可能にする。これは医師に、糖尿病を有する患者を血糖コントロール剤または療法、例えばDPP4調節因子またはインヒビターで治療すべきか否か、そして治療すべきであればどの位使用するかについてのより十分な判断を可能にする。
【００５０】
この薬剤および療法は、制限されないが、GLP−1または合成類似体または天然擬似物質を含む、エキセンジン−4を含む類似体および、GLP−1受容体を活性化する薬剤、GIP、PACAPまたはグルカゴンについての受容体を活性化する薬剤、膵臓β細胞によるインスリン分泌またはグルコース感知に作用する、スルホニルウレア剤を含む薬剤、メグリチニド剤、グルコキナーゼ活性に作用する薬剤、ホスホジエステラーゼ活性に作用する薬剤、グルコース生産またはグルカゴン分泌または作用を含む中間的代謝に作用する薬剤、糖質コルチコイド受容体活性化の調節因子、ビグアニド、アセチルCoAカルボキシラーゼのインヒビターおよび脂肪酸酸化の他のアクチベーター、核ホルモン受容体のPPARファミリーを活性化または調節する化合物、プロテインホスファターゼのインヒビター、グリコゲンシンターゼキナーゼのインヒビター、NFkB経路のインヒビター、SHP2モジュレーター、インスリン擬似物質剤およびビグアニドを含み、エネルギー収支に作用し、食事脂肪の消化または吸収のインヒビター（膵臓リパーゼ、脂肪酸輸送タンパク質、ミクロソームトリグリセリド輸送タンパク質、胆汁酸輸送体、ジアシルグリセリド、アシルトランスフェラーゼまたは膵臓プロテイナーゼインヒビターを含む、インスリン作用に影響する療法、およびさらに炭水化物の消化、グルコース吸収または腸管グルコース利用に作用し、α−グルコシダーゼのインヒビター、アミラーゼのインヒビターおよび胃内容排出を遅延する薬剤、例えばアミリンまたはビグアニドを含む療法を含む。
【００５１】
したがって本発明は、個体のTCF−1遺伝子型を、2型糖尿病、1型糖尿病、耐糖能異常、空腹時血糖障害、X症候群、食後脂肪血症、高コレステロール血症、グルコース代謝障害、妊娠性糖尿病および食間血清グルコースの過剰または異常な上昇（食間高血糖症または食後高血糖症）に関連する異常な食間血糖応答（PGR）を含む血糖コントロール障害を特徴とする疾病の管理におけるDPP4インヒビターを含む血糖コントロール剤または療法を利用する評価にあたって使用可能にする方法を提供している。
【００５２】
したがって本発明は血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体の、血糖コントロール剤または療法による治療に対する応答を測定するにあたり、個体に存在するTCF−1遺伝子の2コピーについて483A＞Gの多型部位で塩基対の同一性を決定し、そして両方の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCである場合には著効を示すグループと評価し、かつ両方のペアがATである場合には有効性の低いグループと評価する方法を提供している。
【００５３】
該方法は、制限されないがジペプチジルペプチダーゼ4（DPP4）インヒビター、例えば2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）または1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリルまたは式Iまたは式IIの任意の化合物を含む任意の血糖コントロール剤または療法を使用可能にし得る。
【００５４】
該方法は、制限されないが、2型糖尿病、1型糖尿病、耐糖能異常、食後グルコース障害、X症候群、妊娠性糖尿病またはDPP4インヒビターに応答する任意の疾患を含む血糖コントロール障害を特徴とする任意の疾患を治療するために使用できる。
【００５５】
他の態様において本発明は、血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体を治療するにあたり、個体に存在するTCF−1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gでの塩基対の同一性を決定し、その際、塩基対が両方ともCGであるか、または1つがATであり1つがCGである場合に個体は血糖コントロール剤または療法で治療され、かつ塩基対が両者ともATである場合には個体を代替の療法により治療する方法を提供している。
【００５６】
該方法は、制限されないがジペプチジルペプチダーゼ4（DPP4）インヒビター、例えば2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）または1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリルまたは式Iまたは式IIの任意の化合物を含む任意の血糖コントロール剤または療法を使用可能にし得る。
【００５７】
前記の方法は血糖コントロール障害を特徴とし、制限されないが、2型糖尿病、1型糖尿病、耐糖能異常、食後グルコース障害、X症候群、妊娠性糖尿病またはDPP4インヒビターに応答する任意の疾患を含む任意の疾患を治療するために使用できる。
【００５８】
さらなる態様において、本発明はTCF1遺伝子の形質と少なくとも1つの表現型またはハプロタイプとの間の関連を同定するにあたり、形質を示す個体群における遺伝子型またはハプロタイプの頻度と参照個体群における遺伝子型またはハプロタイプの頻度とを比較する方法を提供し、その際、該遺伝子型またはハプロタイプは多型部位483A＞Gに位置する塩基対またはヌクレオチドを有し、その際、参照個体群におけるより高い頻度の形質個体群における遺伝子型またはハプロタイプは該形質が遺伝子型またはハプロタイプと関連していることを示している。この形質は、制限されないがTCF1またはDPP4を標的とする薬剤に対する臨床的応答であることがある。
【００５９】
さらなる実施態様において本発明は血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体を治療するにあたり、個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gにおける塩基対の同一性を決定する方法を提供し、その際、両者の塩基対がCGであるか、または1つがATであり1つがCGである場合には個体は低用量の血糖コントロール剤で治療され、かつ塩基対が両者ともATである場合には個体は高用量の血糖コントロール剤で治療される。
【００６０】
該方法は、制限されないがジペプチジルペプチダーゼ4（DPP4）インヒビター、例えば2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）または1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリルまたは式Iまたは式IIの任意の化合物を含む任意の血糖コントロール剤または療法を使用可能にし得る。
【００６１】
前記の方法は血糖コントロール障害を特徴とし、制限されないが、2型糖尿病、1型糖尿病、耐糖能異常、食後グルコース障害、X症候群、妊娠性糖尿病またはDPP4インヒビターに応答する任意の疾患を含む任意の疾患を治療するために使用できる。
【００６２】
さらなる態様において、本発明は血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する患者を治療するにあたり、患者および患者の家族に遺伝的カウンセリングを行い、多型部位483A＞GにおけるTCF1遺伝子についての患者の遺伝子型を決定し、次いで該遺伝子型決定の結果に基づいて該患者に相応しい療法を決定する方法を提供している。
【００６３】
さらなる態様において本発明は血糖コントロール剤のための臨床試験設計を最適化するにあたり、臨床試験への参加について考慮されている個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーに関して多型部位483A＞Gにおける塩基対の同一性を決定する方法を提供し、その際、両者の塩基対がCGであるか、または1つがATであり1つがCGである場合には個体を臨床試験に参加させ、そして塩基対が両者ともATである場合には個体は参加させない。
【００６４】
さらなる態様において、本発明は血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有し、薬剤A対Bから恩恵を受ける患者を同定するにあたり、個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーに関して、多型部位483A＞Gにおける塩基対の同一性を決定する方法を提供し、その際、両者の塩基対がCGであるか、または1つがATであり1つがCGである場合には個体は血糖コントロール剤または治療から恩恵を受け、かつ塩基対が両者ともATである場合には個体は代替の血糖コントロール剤または療法から恩恵を受ける。
【００６５】
さらなる態様において、本発明は血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有するどの個体を血糖コントロール剤を用いて副作用を低下させて治療できるかを決定するにあたり、個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーについて、多型部位483A＞Gにおける塩基対の同一性を決定する方法を提供し、その際、両者の塩基対がCGであるか、または1つがATであり1つがCGである場合には個体は低用量の血糖コントロール剤で少ない副作用で治療され、そして塩基対が両者ともATである場合には個体は高用量の血糖コントロール剤で治療され、したがって高い副作用が伴う。
【００６６】
さらなる態様において、本発明は血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する個体の、血糖コントロール剤または療法による治療に対する応答性を測定するにあたり、個体に存在するTCF1遺伝子の2つのコピーに関して、TCF1の483A＞G多型部位と連鎖不均衡にあるTCF1遺伝子の領域における多型部位での塩基対の同一性を決定し、かつ多型部位483A＞Gと連鎖不均衡にあるTCF1遺伝子の領域中の多型部位における塩基対とが、483A＞GにおけるTCF1多型で両方の塩基対がGCであるか、または1つのペアがATであり1つのペアがGCであることを示すならばその個体は著効を示すグループであると評価し、かつ該塩基対が両者のペアがTCF1483A＞G部位でATであることを示すならば効果の低いグループであると評価する方法を提供する。
【００６７】
好適な実施態様の記載
DPP4インヒビター研究
糖尿病患者におけるDPP4の特異的インヒビターの研究で登録された76個体の遺伝子型を91座の多型について、遺伝的決定要因（例えばSNP）または研究されているDPP4インヒビター、すなわち2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−（2S）に対する応答の相関を同定するにあたって試験した。調査される遺伝子座は、化合物の抗糖尿病作用の経路に関連すると考えられる遺伝子ならびに糖尿病の遺伝的病因に関連すると考えられる遺伝子を含む。極めて高い関連（p＝0.00051）は、TCF1座での483A＞G多型と4時間の標準化された朝食の間に測定されたグルコースへの累積曝露における治療応答との間に見いだされた。この応答は食後血糖応答（PGR）と呼ばれる。図1を参照のこと。
【００６８】
TCF1遺伝子の産物は肝臓のTCF1転写因子1である。この転写因子はLF−B1、肝細胞核因子−1α（HNF−1α）およびアルブミン近位因子としても知られており、そしてインスリン応答の原因となる遺伝子の活性化を調節することが知られている。TCF1遺伝子における突然変異は以前からMODY3型への感受性に関連することは示されている。Urhammer SA, Diabetologia 1997, 40（4）:473-5を参照のこと。
【００６９】
TCF1遺伝子は染色体位置：12q24.2に位置する。本発明の多型に関するヌクレオチド置換のための標準的な命名は483A＞Gであり、かつ発現されたポリペプチド産物における結果的なアミノ酸置換はAsn487Serである。この多型は1997年に報告されている。Urhammer SA, Diabetologia1997, 40（4）:473- 5（PMID :9112026）を参照のこと。該多型は図3に示される部分配列に位置し、かつGenBankアクセッション番号U72616から得られる。
【００７０】
DPP4で治療された個体の中で、GG遺伝子型の個体とAGまたはAA遺伝子型を有する個体の間の食後血糖応答（PGR）において大きな差異が存在し、その際、GGホモ接合型の患者は、治療によりグルコース恒常性の改善の意味で2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル−、（2S）に対して良好な応答を有する。
【００７１】
食間血糖コントロールは食間グルコース曝露におけるならびに空腹時血漿グルコース濃度からの組み合わされた増大により発動されると考えられる糖尿病の合併症を低下させる統合されたストラテジーの1つの要素であると認識されている。全ての血糖コントロールにおいて投与される薬剤の効果を改善する任意のストラテジーはこの累積曝露を改善する必要性を考慮せねばならない。
【００７２】
本明細書で使用される場合に、用語「食間（prandial）」とは食事の間を意味する。
【００７３】
本明細書で使用される場合に、用語「食後」は摂食後の吸収段階の間を意味する（食事量および組成に依存して約0〜8時間）。
【００７４】
本明細書で使用される場合に、用語「吸収後」とは栄養吸収が完了した後または食後約4〜8時間を意味する。
【００７５】
本明細書で使用される場合に、「空腹時」は摂食のない長期間、すなわち12〜16時間後を意味する。
【００７６】
本明細書で使用される場合に、用語「食間血糖応答」（PGR）は食間または食後の血清グルコースの変化をいう。
【００７７】
循環赤血球中のグリコシル化ヘモグロビン（HbA1c）のレベルはグルコース濃度に対する長期曝露を反映する血糖コントロールの累積マーカーとして十分に確立されている。本発明において、食間血糖応答とGGのTCF1遺伝子型との間の関係の他にTCF1のAG遺伝子型およびTCF1のGG遺伝子型の両者が血糖コントロールにおける全体の改善に関連している（このことはAGおよびGGのTCF1遺伝子型とピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）による治療の4週間後のグリコシル化ヘモグロビン（HbA1c）レベルにおける改善された変化との関係によって裏付けられた（図2参照））ことが明らかにされている。
【００７８】
本明細書で使用される場合に、用語“血糖コントロール障害（IGC）を特徴とする疾患”は、第一の徴候の1つが、空腹状態または食事または経口グルコース負荷への応答における、血糖値の過剰または異常な上昇であり、かつ2型糖尿病、1型糖尿病、グルコース代謝異常、すなわち耐糖能異常（食後高血糖症）および／または空腹時血糖障害、X症候群、妊娠性糖尿病および食後期間の間の血清グルコースの過剰または異常な上昇に関連する異常な食後血糖応答（PGR）を含む代謝疾患を意味するべきである。
【００７９】
本明細書で使用される場合に、用語“血糖コントロール剤または療法”は、2型糖尿病または1型糖尿病、耐糖能異常、食後グルコース障害、X症候群、食後高血糖症または妊娠性糖尿病を有する患者において、空腹時、食間または食後の血清グルコース濃度を正常化するか、あるいはグリコシル化ヘモグロビン（HbA1c）応答を時間をかけて正常化するに資する任意の化合物、薬剤または治療の形を意味する。
【００８０】
本明細書で使用される場合に、用語“DPP4インヒビター”は、ADA結合タンパク質−2およびT細胞活性化抗原CD26と同一のセリンエキソペプチダーゼである酵素DPP4（DPP−IV、ジペプチジルペプチダーゼIV、EC3.4.14.5）の触媒作用を阻害することができる化合物を意味する。
【００８１】
DPP4酵素活性のインヒビターとして作用する多くの化合物、例えば2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）および（1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリル）および、制限されないが米国特許第6,011,155号、同第6,124,305号、同第6,166,063号、同第5,602,102号、同第6,110,949号、同第6,274,608号B1、同第5,462,928号、同第6,172,081号、同第6,107,317号、同第6,110,949号、同第6,172,081号、同第5,939,560号、同第5,543,396号および同第6,107,317号および国際出願WO01/34594号A1、WO01/47514号A1、WO00/34241号、WO01/55085号A1、WO01/52825号A2、WO01/04156号A1、WO00/10549号、WO01/55105号A1、WO99/67278号、WO95/15309号、WO98/19998号、WO01/34594号、WO01/62266号、WO97/40832号、WO01/72290号、WO01/68603号、WO00/34241号、WO99/61431号、WO99/67279号、WO93/08259号、WO95/11689号、WO91/16339号、WO93/08259号、WO95/11689号、WO95/29691号、WO95/34538号、WO99/46272号、WO95/29691号、WO00/53171号およびWO99/38501号およびEP1052994号、EP1019494号、EP0528858号、EP0610317号、EP1050540号、EP1062222号およびドイツ国特許第158109号および同第296075号に開示される化合物を含む化合物が知られており、その際、これらの特許および出願の全ての内容は全ての目的に関して参照により開示に含まれるものとする。前記の特許および出願に開示される任意のDPP4インヒビターは本発明の方法で使用してよい。特に好ましいDPP4インヒビターは化合物2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）および（1−（3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリル）である。
【００８２】
したがって本発明は部分的に、血糖コントロール障害を特徴とする疾患を有する患者において、TCF1遺伝子の遺伝的変異または一塩基多型（SNP）と、制限されないがDPP4インヒビターの投与を含む血糖コントロール剤または療法に対する臨床的応答との新規の関連の発見に基づいている。
【００８３】
以下に詳細に記載されるように、これらの変異体は、糖尿病およびDPP4酵素の活性のインヒビターまたは調節因子に対して応答性の他の疾患の治療、2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）での療法および他のGLP−1に基づく治療ならびに血糖コントロールを安定化するに資する作用の他の類似のメカニズムを通して行う治療を含む治療における、酵素DPP4の調節因子またはインヒビターに対する臨床的応答における重要な変異に関連している。これらの変異はDPP4インヒビター、2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）の、2型糖尿病（NIDDM）の治療における効果の研究に参加させた76個体から単離されるゲノムDNA中に見いだされた。
【００８４】
式Iの化合物
本発明で使用できる他のDPP4インヒビターは、制限されないが、遊離形または酸付加形の以下のN−（N’−置換グリシル）−2−シアノピロリジンを含み、これらは群として以下に記載の式1を構成する：
式I：
【化１】
2005507261.tif 000003
［式中、Rは
a）R1R1aN（CH2）m−（式中、
R1は、これらは所望によりC1〜C4−アルキル、C1〜C4−アルコキシ、ハロゲン、トリフルオロメチル、シアノまたはニトロで一置換または独立に二置換されていてもよいピリジニルまたはピリミジニル部であるか、あるいは所望によりC1〜C4−アルキル、C1〜C4−アルコキシまたはハロゲンで一置換または互いに独立して二置換されていてもよいフェニルであり、かつ
mは2または3である）、
b）1位が所望によりC1〜C3−ヒドロキシアルキルで一置換されていてもよいC3〜C12−シクロアルキル、
c）R2（CH2）n−
（式中、R2は所望によりC1〜C4−アルキル、C1〜C4−アルコキシ、ハロゲンもしくはフェニル環においてヒドロキシメチルで所望により一置換されていてもよいフェニルチオで一置換もしくは互いに独立して二置換もしくは互いに独立して三置換されていてもよいフェニルであるか、またはC1〜C8−アルキルであるか、または所望によりC1〜C8−アルキルで一置換または多置換されていてもよい［3．1．1］二環式炭素環部、C1〜C4−アルキル、C1〜C4−アルコキシもしくはハロゲンで所望により一置換もしくは互いに独立して二置換されていてもよいピリジニルもしくはナフチル部、シクロヘキセン、もしくはアダマンチルであり、かつ
nは1〜3であるか、あるいは、
R2は所望によりC1〜C4−アルキル、C1〜C4−アルコキシまたはハロゲンによって一置換または互いに独立して二置換されていてもよいフェノキシであり、
かつnは2または3である
かのいずれかであり）、
d）（R3）2CH（CH2）2−（式中、各R3は互いに独立して、所望によりC1〜C4−アルキル、C1〜C4−アルコキシまたはハロゲンによって一置換または互いに独立して二置換されていていてもよいフェニルである）、
e）R4（CH2）p−（式中、R4は2−オキソピロリジニルまたはC2〜C4−アルコキシであり、かつpは2〜4である）、
f）1位でC1〜C3−ヒドロキシアルキルによって所望により一置換されていてもよいイソプロピル、
g）R5（その際、R5はインダニル、所望によりベンジルで置換されていてもよいピロリジニルまたはピペリジニル部、所望によりC1〜C8−アルキルで一置換または多置換されていていてもよい［2．2．1］または［3．1．1］二環式炭素環部、アダマンチル、またはヒドロキシ、ヒドロキシメチルまたは所望によりC1〜C4−アルキル、C1〜C4−アルコキシまたはハロゲンで一置換または互いに独立して二置換されていてもよいフェニルで所望により一置換または互いに独立して多置換されていてもよいC1〜C8−アルキルである）である］。
【００８５】
式Iの化合物は遊離形または酸付加塩で存在してよい。塩形は公知のように遊離形から回収でき、逆も可能である。酸付加塩は、例えば製剤学的に許容される有機酸または無機酸の塩であってよい。好ましい酸付加塩は塩化水素酸塩であり、メタンスルホン酸、硫酸、リン酸、クエン酸、乳酸および酢酸の塩を使用できる。
【００８６】
式Iの化合物は光学活性異性体またはジアステレオ異性体の形で存在してよく、かつ従来の技術、例えばクロマトグラフィーによって分離および回収できる。
【００８７】
“アルキル”および“アルコキシ”は直鎖状または分枝鎖状であり、そのうち後者の例はイソプロピルおよびt−ブチルである。
【００８８】
Rは好ましくは前記のa）、b）またはe）である。R1は好ましくは所望により前記のように置換されていてもよいピリジニルまたはピリミジニルである。R1aは好ましくは水素である。R1aは好ましくは所望により前記のように置換されていてもよいフェニルである。R3は好ましくは非置換のフェニルである。R4は好ましくは前記のようなアルコキシである。R5は好ましくは所望により前記のように置換されていてもよいアルキルである。mは好ましくは2である。nは好ましくは1または2、特に2である。pは好ましくは2または3、特に3である。
【００８９】
ピリジニルは好ましくはピリジン−2−イルであり、好ましくは非置換または、好ましくは5位で一置換されている。ピリミジニルは好ましくはピリミジン−2−イルである。好ましくは非置換または好ましくは4位で一置換されているものである。ピリジニルおよびピリミジニルのための置換基として好ましいものはハロゲン、シアノおよびニトロ、特に塩素である。
【００９０】
置換されている場合には、フェニルは好ましくは一置換であり、好ましくはハロゲン、好ましくは塩素またはメトキシで置換されていてよい。好ましくは2位、4位および／または5位、特に4位で置換されている。C3〜C12−シクロアルキルは好ましくはシクロペンチルまたはシクロヘキシルである。置換されている場合には、好ましくはヒドロキシメチルで置換されている。C1〜C4−アルコキシは好ましくは1または2個の炭素原子のものであり、特にメトキシである。C2〜C4−アルコキシは好ましくは3つの炭素原子のものであり、殊にイソプロポキシである。ハロゲンは、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素、好ましくはフッ素、塩素または臭素、殊に塩素である。C1〜C8−アルキルは好ましくは1〜6個の炭素原子、好ましくは1〜4または3〜5個の炭素原子、殊に2または3個の炭素原子のものまたはメチルである。C1〜C4−アルキルは好ましくはメチルまたはエチル、特にメチルである。C1〜C3−ヒドロキシアルキルは好ましくはヒドロキシメチルである。
【００９１】
所望により前記のように置換されていてもよい［3．1．1］二環式炭素環部は、好ましくは、所望により6位でメチルによって二置換されていてもよいビシクロ［3．1．1］ヘプチ−2−イルであるか、または所望により1つのメチルによって2位で、かつ2つのメチルによって6位で三置換されていてもよいビシクロ［3．1．1］ヘプチ−3−イルである。所望により前記のように置換されていてもよい［2．2．1］二環式炭素環部は、好ましくはビシクロ［2．2．1］ヘプチ−2−イルである。
【００９２】
ナフチルは好ましくは1−ナフチルである。シクロヘキセンは好ましくはシクロヘキセ−1−エン−1−イルである。アダマンチルは好ましくは1−または2−アダマンチルである。
【００９３】
ピロリジニルまたはピペリジニル部は所望により前記のように置換されていてもよく、好ましくはピロリジン−3−イルまたはピペリジン−4−イルである。置換されている場合には、好ましくはN−置換されている。
【００９４】
式1の化合物の好ましい群は、式中のRがR’（化合物1a）であり、その際、R’がR1’NH（CH2）2−［式中、R1’は、ハロゲン、トリフルオロメチル、シアノまたはニトロによって所望により一置換または互いに独立して二置換されていてもよいピリジニル、または非置換のピリミジニル、所望により1位でC1〜C3−ヒドロキシアルキルで一置換されていてもよいC3〜C7−シクロアルキル、R4’（CH2）3−（式中、R4’はC2〜C4−アルコキシである）またはR5（その際、R5は前記のものである）である］である、遊離形または酸付加塩形の化合物である。
【００９５】
式Iのより好ましい化合物は、RがR’’（化合物Ib）であり、その際、R’’はR1’’NH（CH2）2−［式中、R1’’はハロゲン、トリフルオロメチル、シアノまたはニトロで一置換または互いに独立して二置換されているピリジニル、1位でC1〜C3−ヒドロキシアルキルで一置換されたC4〜C6−シクロアルキル；R4’（CH2）3−（式中、R4’は前記のものである）、またはR5’（その際、R5’は所望によりC1〜C8−アルキルで一置換または多置換されていてもよい［2．2．1］または［3．1．1］二環式炭素環部である）、またはアダマンチルである］である、遊離形または酸付加塩形の化合物である。
【００９６】
さらにより好ましい式Iの化合物は式中のRがR’’’（化合物Ic）であり、式中、R’’’がR1’’NH（CH2）2−［式中、R1’’は前記のものである］、1位でヒドロキシメチルにより一置換されたC4〜C6−シクロアルキル、R4’（CH2）3−［式中、R4’は前記のものである］、またはR5’’［その際、R5’’はアダマンチルである］である、遊離形または酸付加塩形の化合物である。
【００９７】
さらなる化合物の群は、遊離形または製剤学的に許容される酸付加塩形におけるIpであり、その際、RはRpであり、これは：
a）R1pNH（CH2）2−［式中、R1pはハロゲン、トリフルオロメチル、シアノまたはニトロで所望により一置換または互いに独立して二置換されていてもよいピリジニルまたはピリミジニル部である］；
b）1位でC1〜C3−ヒドロキシアルキルにより所望により一置換されていてもよいC3〜C7−シクロアルキル；
c）R2p（CH2）2−［式中、R2pはハロゲンまたはC1〜C3−アルコキシで所望により一置換または互いに独立して二置換または互いに独立して三置換されていてもよいフェニルである］；
d）（R3p）2CH（CH2）2−［式中、各R3pは互いに独立してハロゲンまたはC1〜C3アルコキシで所望により一置換されていてもよいフェニルである］；
e）R4（CH2）3−［式中、R4は前記のものである］；または
f）1位で所望によりC1〜C3−ヒドロキシアルキルにより一置換されていてもよいイソプロピルである。
【００９８】
化合物のさらなる群は式中のRがRsである遊離形または酸付加形の化合物である。その際
a）R1sR1as（CH2）ms−［式中、R1sは塩素、トリフルオロメチル、シアノまたはニトロで所望により一置換または互いに独立して二置換されていてもよいピリジニル、塩素またはトリフルオロメチルで所望により一置換されていてもよいピリミジニルであり、R1asは水素またはメチルであり、かつmsは2または3である］；
b）1位でヒドロキシメチルにより所望により一置換されていてもよいC3〜C12−シクロアルキル；
c）R2s（CH2）ms−［式中、R2sはハロゲン、1または2個の炭素原子のアルコキシまたはヒドロキシメチルでフェニル環中で一置換されたフェニルチオによって所望により一置換または互いに独立して二置換または互いに独立して三置換されていてもよいフェニル、C1〜C6−アルキル、6，6−ジメチルビシクロ［3．1．1］ヘプチ−2−イル、ピリジニル、ナフチル、シクロヘキセン、またはアダマンチルであり、かつnsは1〜3であるか、またはR2sはフェノキシであり、かつnsは2である］、
d）（3，3−ジフェニル）プロピル、
e）R4s（CH2）ps［式中、R4sは2−オキソピロリジン−1−イルまたはイソプロポキシであり、かつpsは2または3である］、
f）1位で所望によりヒドロキシメチルにより一置換されていてもよいイソプロピル、
g）R5s［その際、R5sはインダニル、ベンジルにより所望によりN−置換されていてもよいピロリジニルまたはピペリジニル部、ビシクロ［2．2．1］ヘプチ−2−イル、2，6，6−トリメチルビシクロ［3．1．1］ヘプチ−3−イル、アダマンチル、またはヒドロキシ、ヒドロキシメチルまたはフェニルで所望により一置換または互いに独立して二置換されていてもよいC1〜C8−アルキルである］である。
【００９９】
式IIの化合物
さらに他のDPP4インヒビターを本発明で使用してよく、これらは制限されないが、遊離形または酸付加塩形の以下のN−（置換グリシル）−2−シアノピロリジンを含み、これらの化合物は群として以下の式IIを構成する；
式II：
【化２】
2005507261.tif 000004
［式中、Rは置換されたアダマンチルであり、かつnは0〜3である］。式IIの化合物は遊離形または酸付加塩で存在してよい。製剤学的に許容される（すなわち非毒性、生理学的に許容される）の塩が好ましいが、他の塩は、例えば本発明の化合物の単離または精製において有用である。好ましい酸付加塩は塩化水素酸塩であり、メタンスルホン酸、硫酸、リン酸、クエン酸、乳酸および酢酸の塩を使用できる。
【０１００】
本発明の化合物は光学活性異性体またはジアステレオ異性体の形で存在してよく、かつ従来の技術、例えばクロマトグラフィーによって分離および回収できる。
【０１０１】
本発明を記載するために使用される種々の用語の定義を以下に列記する。これらの定義は、特に記載がない限り、個々にまたはより大きな群の一部として、この明細書を通して使用される用語に適用する。用語“アルキル”は直鎖状または分枝鎖状の、1〜10個の炭素原子、好ましくは1〜7個の炭素原子、より好ましくは1〜5個の炭素原子を有する炭化水素基をいう。例としてアルキル基はメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、n−ブチル、t−ブチル、イソブチル、ペンチル、ヘキシル等を含む。用語“アルカノイル”はアルキル−C（O）−をいう。用語“置換されたアダマンチル”はアダマンチル、すなわち1つ以上、例えば2つの、アルキル、−OR1または−NR2R3［式中、R1、R2およびR3は互いに独立して水素、アルキル、C1〜C8−アルカノイル、カルバミルまたは−CO−NR4R5（式中、R4およびR5は互いに独立して、アルキル、非置換または置換されたアリールであり、R4およびR5の1つは付加的に水素であるか、またはR4およびR5は一緒になってC2〜C7−アルキレンを表す）である］から選択される1つ以上の、例えば、2つの置換基によって置換された1−または2−アダマンチルをいう。用語“アリール”は好ましくはフェニルを表す。置換されたフェニルは好ましくは1つ以上、例えば2つの、例えばアルキル、アルコキシ、ハロゲンおよびトリフルオロメチルから選択された置換基によって置換されたフェニルである。用語“アルコキシ”はアルキル−O−をいう。用語“ハロゲン”または“ハロ”はフッ素、塩素、臭素およびヨウ素をいう。用語“アルキレン”は2〜7個の炭素原子、好ましくは3〜6個の炭素原子、最も好ましくは5個の炭素原子の直鎖状の架橋をいう。
【０１０２】
本発明の化合物の好ましい群は式Iの化合物［式中、アダマンチル上の置換基は内部炭素上または内部炭素に隣接したメチレン上で結合される］である。式IIの化合物［式中、グリシル−2−シアノピロリジン部は内部炭素に結合され、アダマンチル上のR’置換基は好ましくは3−ヒドロキシである］。式IIの化合物［式中、グリシル−2−シアノピロリジン部は内部炭素に隣接したメチレンで結合され、アダマンチル上のR’置換基は好ましくは5−ヒドロキシである］。
【０１０３】
特に好ましいDPP4インヒビターは化合物2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）および1−［3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリルである。
【０１０４】
したがって第一の態様において、本発明は、2型糖尿病、耐糖能異常、空腹時血糖障害、X症候群、食間脂肪血症、高コレステロール血症、高血圧、妊娠性糖尿病または1型糖尿病または任意のDPP4インヒビター応答性疾患を有する個体の、DPP4インヒビター化合物による治療または血糖コントロール剤または療法に対する応答性の測定方法を提供している。これらの方法は、TCF1遺伝子の遺伝子型またはハプロタイプを決定し、かつTCF1遺伝子における1つ以上の多型の存在または不存在に基づく応答性の決定を含む。本発明の態様は、糖尿病または関連代謝疾患を有する個体の、代謝コントロールを改善することを目的とする他の薬剤または療法による治療に対する応答性の測定方法を提供している。これらの多型の検出は、特定の薬剤または他の療法に対する個体の応答性を決定または予測するために使用できる。当業者は、本願に開示された特定の多型の他に、前記の多型と連鎖不均衡にある任意の多型を、連鎖不均衡にあるSNPと同じ薬剤または治療に対する応答性を示す代理のマーカーとして用いることもできることを容易に認識する。したがって本願に開示されるSNPと連鎖不均衡にある任意のSNPを使用でき、かつこれは本発明の方法に含まれると意図される。
【０１０５】
SNPの同定およびキャラクタリゼーション
多くの種々の技術を使用してSNPを同定および特徴付けることができ、該技術は一本鎖コンフォメーション多型分析、変性高速液体クロマトグラフィー（DHPLC）によるヘテロ二本鎖分析、直接的DNA配列決定およびコンピュータ法を含む。Shi MM, Clin Chem 2001, 47 :164-172を参照のこと。豊富な公共データベースにおける配列情報を利用して、コンピュータツールを使用してコンピュータ内で、SNPを、特定の遺伝子に関する無関係に提出された配列（cDNAもゲノム配列も）とアラインさせることによって同定できる。実験的にかつコンピュータ法で得られるSNPの比較はSNPFinder（http://lpgws. nci. nih. gov:82/perl/snp/snp_cgi. pl）で見いだされた候補SNPの55％が実験的に発見されたことを示す、Cox et al. Hum Mutal 2001, 17:141-150を参照のこと。しかしながらこれらのコンピュータ法は真のSNPの27％を見いだすことができるにすぎない。
【０１０６】
最も一般的なSNPタイピング法は最近では、ハイブリダイゼーション、プライマー伸長および開裂法を含む。これらの方法の各々は適当な検出システムに接続しなければならない。検出技術は蛍光偏光（Chan X et al. Genome Res 1999, 9 :492-499を参照のこと）、ピロリン酸放出の発光検出（ピロシーケンシング）（Ahmadiian A et al. Anal Biochem 2000, 280 :103-10を参照のこと）、蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）ベースの開裂アッセイ、DHPLCおよび質量分光分析（Shi MM, Clin Chem 2001, 47 :164-172および米国特許第6,300,076号B1を参照のこと）を含む。SNPの検出およびキャラクタリゼーションの他の方法は米国特許第6,297,018号B1および同第6,300,063号B1に開示される方法である。前記の参考文献は参照によりその全内容において開示されたものとする。
【０１０７】
特に好ましい態様において、多型の検出はいわゆるINVADER（登録商標）技術（Third Wave Technologies Inc. Madison, Wisから得られる）によって達成できる。このアッセイにおいて、特異的な上流“インベーダー”オリゴヌクレオチドおよび部分的に重複した下流プローブは、相補DNA鋳型に結合される場合に一緒に特異的構造を形成する。この構造は分解酵素によって認識され、特異的部位で切断され、かつこれによりプローブオリゴヌクレオチドの5’フラップが放出される。この断片を次いで“インベーダー”オリゴヌクレオチドとして、反応混合物に含まれる合成二次ターゲットおよび二次蛍光標識シグナルプローブに関して用いる。これにより、Cleavase酵素によって二次シグナルプローブの特異的開裂がもたらされる。蛍光シグナルは蛍光共鳴エネルギー移動が可能な色素分子で標識された二次プローブが開裂された場合に発生する。Cleavaseは重複DNA配列またはフラップによって形成される構造に対して厳密な必要条件を有し、したがってこれを使用して、下流DNA鎖における開裂部位のすぐ上流の単一塩基対ミスマッチを特異的に検出できる。Ryan D et al. Molecular Diagnosis Vol. 4 No 2 1999:135-144およびLyamichev V et al. Nature Biotechnology Vol 17 1999:292-296を参照のこと。また米国特許5,846,717号および同第6,001,567号も参照のこと（参照により全内容において開示されたものとする）。
【０１０８】
幾つかの態様において、1組成物は2つ以上の多型部位でのヌクレオチドの実体を同時にプロービングするために、2つ以上の種々に標識された遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを有する。またプライマー組成物は、多型部位を含む2つ以上の領域の同時のターゲティングおよび増幅を可能にする2つ以上対立遺伝子特異的プライマーペアのセットを有することができるとも考慮される。
【０１０９】
本発明のTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドはまた固体表面、例えばマイクロチップ、ビーズまたはスライドガラス上に固定またはその上で合成されてもよい（例えばWO98/20020号およびWO98/20019号を参照のこと）。かかる固定化された遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドは種々の多型検出アッセイで使用され、制限されないがプローブハイブリダイゼーションおよびポリメラーゼ伸長アッセイを含む。本発明の固定化されたTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドは複数の遺伝子における多型について同時にDNA試料を迅速にスクリーニングするように設計されたオリゴヌクレオチドの整列アレイを有してよい。
【０１１０】
本発明の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマーは3’末端ヌクレオチドまたは、好ましくは3’の2番目のヌクレオチドを有し、特定のSNPの1つのヌクレオチドだけに相補的であり、それにより該ヌクレオチドを有する対立遺伝子が存在する場合にだけポリメラーゼ媒介性伸長のためのプライマーとして作用する。コーディング鎖または非コーディング鎖のいずれかにハイブリダイズする対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマーは本発明により考慮される。TCF1遺伝子多型を検出するためのASOプライマーは当業者に公知の技術を使用して開発できる。
【０１１１】
本発明の他の遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドは本明細書で同定された新規の多型部位の1つから1ヌクレオチドから数ヌクレオチド下流に位置するターゲット領域にハイブリダイズする。かかるオリゴヌクレオチドは、本願に記載される新規の多型の1つを検出するためのポリメラーゼ媒介プライマー伸長法において有用であり、したがってかかる遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドは本明細書では“プライマー伸長オリゴヌクレオチド”という。好ましい態様において、プライマー伸長オリゴヌクレオチドの3’末端は多型部位に隣接位のヌクレオチドに相補的なデオキシヌクレオチドである。
【０１１２】
もう一つの態様において、本発明は、別個の容器中に収められた少なくとも2つの遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを有するキットを提供する。該キットは他の成分、例えばハイブリダイゼーションバッファー（その際、オリゴヌクレオチドはプローブとして使用される）を別個の容器に収められて有してもよい。選択的に、オリゴヌクレオチドを使用してターゲット領域を増幅する場合は、該キットは別個の容器に収められて、ポリメラーゼによって媒介されるプライマー伸長、例えばPCRのために最適なポリメラーゼバッファーおよび反応バッファーを含有してよい。
【０１１３】
前記のオリゴヌクレオチド組成物およびキットは個体におけるTCF1遺伝子の遺伝子型タイピングおよび／またはハプロタイプ決定のための方法に有用である。本明細書で使用される場合に、用語“TCF1遺伝子型”および“TCF1ハプロタイプ”は、本願に記載される新規の多型部位の1つ以上に存在し、かつ場合によりTCF1遺伝子中の1つ以上の付加的な多型部位に存在する塩基対またはヌクレオチドをも含む塩基対またはヌクレオチドを有する遺伝子型またはハプロタイプを意味する。付加的な多型部位は現在知られている多型部位であるか、または将来発見される多型部位である。
【０１１４】
遺伝子型タイピング法の1つの態様は、個体に存在するTCF1遺伝子またはその断片の2つのコピーを含有する核酸混合物を個体から単離し、かつ前記の2つのコピーにおける1つ以上の多型部位における塩基対の同一性を決定して、個体にTCF1遺伝子型を割り当てることを含む。当業者に容易に理解されるように、個体における遺伝子の2つの“コピー”は同じ対立遺伝子であるか、または異なる対立遺伝子であってよい。特に好ましい態様において、遺伝子型タイピング法は各多型部位で塩基対の同一性を決定することを含む。
【０１１５】
典型的に、核酸混合物は個体から採取される生物学的試料、例えば血液または組織試料から単離される。適当な組織試料は全血、精液、唾液、涙、尿、糞便材料、汗、頬側スミア、皮膚および毛髪を含む。核酸混合物には、ゲノムDNA、mRNAまたはcDNAが含まれ、後者の2つのケースにおいては、生物学的試料はTCF1遺伝子が発現される器官から得ねばならない。さらに当業者によって、mRNAまたはcDNA調製物をイントロンまたは5’および3’非転写領域に位置する多型を検出するために使用しないことは理解されている。TCF1遺伝子断片を単離するのであれば、遺伝子型タイピングすべき多型部位を含まねばならない。
【０１１６】
ハプロタイプ決定法の1つの態様は、個体に存在するTCF1遺伝子またはその断片の2つのコピーの1つだけを含有する核酸分子を個々の核酸混合物から単離し、かつ前記のコピーにおける1つ以上の多型部位でのヌクレオチドの同一性を決定して、個体にTCF1ハプロタイプを割り当てることを含む。核酸はTCF1遺伝子またはその断片の2つのコピーを分離できる、制限されないがTCF1同質遺伝子を調製するための前記の方法の1つを含む任意の方法を使用して単離でき、その際、的を絞ったインビボクローニングが好ましい試みである。当業者によって容易に認識できるように、任意の個々のクローンは個体に存在する2つのTCF1遺伝子コピーの1つにおけるハプロタイプ情報を提供するに過ぎない。ハプロタイプ情報が個体の他のコピーのために必要であれば、別のTCF1クローンを調査することが必要である。典型的に少なくとも5個のクローンを調査して、個体におけるTCF1遺伝子の両方のコピーをハプロタイプ決定する90％より高い確率を有するべきである。特に好ましい態様において、各多型部位のヌクレオチドが同定される。
【０１１７】
好ましい態様において、TCF1ハプロタイプペアを、個体に存在するTCF1遺伝子の各コピーにおける多型部位の1つ以上でのヌクレオチドのフェイズド配列を同定することによって個体について決定する。特に好ましい態様において、ハプロタイプ決定法はTCF1遺伝子の各コピーにおける各多型部位でのヌクレオチドのフェイズド配列を同定することを含む。遺伝子の両方のコピーをハプロタイプ決定する場合には、同定段階は好ましくは別個の容器にある遺伝子の各コピーで実施する。しかしながらまた、2つのコピーを種々のタグで標識するかまたは別の方法で別個に区別可能または同定可能にする場合には、幾つかの場合には同じ容器中で該方法を実施することも可能であると考えられる。例えば遺伝子の第一および第二のコピーを種々の第一および第二の蛍光色素それぞれで標識し、そして既に第三の異なる蛍光色素で既に標識された対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを多型部位のアッセイのために使用する場合に、第一および第三の色素の組合せの検出は第一の遺伝子コピーにおける多型を同定するが、第二および第三の色素の組合せの検出は第二の遺伝子コピーにおける多型を同定する。
【０１１８】
遺伝子型タイピングおよびハプロタイプ決定法の両方において、多型部位でのヌクレオチド（または塩基対）の同一性は多型部位を含有するターゲット領域を、TCF1遺伝子またはその断片の1つまたは両方のコピーならびに慣用法によって決定された増幅領域の配列から直接増幅することによって決定できる。その部位についてホモ接合型である個体では、1つだけのヌクレオチドが多型部位で検出されるが、その部位についてヘテロ接合型である個体では、2つの異なるヌクレオチドが検出されることは、当業者によって容易に認識される。多型は直接同定でき、ポジティブ型同定としても知られ、または推測によって同定でき、ネガティブ型同定としても呼ばれる。例えばSNPが参照個体群においてグアニンとシトシンであると知られている場合に、1つの部位はポジティブに、その部位でホモ接合型である全ての個体に関してグアニンまたはシトシンであると決定され、または個体がその部位でヘテロ接合型である場合には両者がグアニンおよびシトシンであると決定できる。選択的に該部位はネガティブにグアニン（およびしたがってシトシン／シトシン）ではないかまたはシトシン（およびしたがってグアニン／グアニン）ではないと決定できる。
【０１１９】
さらに、本明細書に記載の任意の新規多型部位に存在する対立遺伝子の同一性は、当該多型と連鎖不均衡にある開示のない多型部位を遺伝子型タイピングすることによって間接的に決定できる。2つの部位は、特定の変異が1つの部位に存在することが第二の部位におけるもう一つの変異の予測可能性を高める場合に連鎖不均衡であると言われる（Stevens, JC 1999, Mol Diag 4:309-317を参照のこと）。現在開示されている多型部位と連鎖不均衡にある多型部位は本明細書の試験で測定されない遺伝子の領域または他のゲノム領域に位置することがある。本願に記載される新規の多型部位と連鎖不均衡にある多型部位の遺伝子型タイピングは、制限されないが多型部位の対立遺伝子の同一性を検出するための前記の任意の方法によって実施できる。
【０１２０】
ターゲット領域は任意のオリゴヌクレオチド特異的増幅を使用して増幅でき、これは制限されないがポリメラーゼ連鎖反応（PCR）（米国特許第4,965,188号）、リガーゼ連鎖反応（LCR）（Barany et al., Proc Natl Acad Sci USA 88:189-193, 1991 ; WO90/01069号）およびオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（OLA）（Landegren et al., Science 241:1077-1080, 1988）を含む。かかる方法においてプライマーまたはプローブとして有用なオリゴヌクレオチドは、多型部位を含むかまたは隣接する核酸の領域に特異的にハイブリダイズすべきである。典型的にオリゴヌクレオチドは10〜35ヌクレオチド長であり、好ましくは15〜30ヌクレオチド長である。最も好ましくはオリゴヌクレオチドは20〜25ヌクレオチド長である。オリゴヌクレオチドの正確な長さは当業者によって通常考慮および実施される多くの要因に依存する。
【０１２１】
他の公知の核酸増幅法を使用してターゲット領域を増幅でき、これは転写に基づく増幅系（米国特許第5,130,238号、EP329,822号、米国特許第5,169,766号、WO89/06700号）および等温法（Walker etal., Proc Natl Acad Sci USA 89:392-396, 1992）を含む。
【０１２２】
ターゲット領域における多型は、当業者に公知の幾つかのハイブリダイゼーションを基礎とする方法の1つを用いる増幅の前または後にアッセイしてもよい。一般に対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドはかかる方法を実施するにあたり有用である。対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは様々に標識されたプローブペアとして使用でき、その際、1つのペアのメンバーはターゲット配列の1つの変異体に完全マッチを示し、他のメンバーは異なる変異体に完全マッチを示す。幾つかの態様において、1つより多い多型部位を、一組の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドペアを使用して一度に検出できる。好ましくはその組のメンバーは、多型部位のそれぞれへのハイブリダイズが検出される場合に、5℃以内、より好ましくは2℃以内の溶融温度を互いに有する。
【０１２３】
対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドのターゲットポリヌクレオチドへのハイブリダイゼーションは溶液中の両方の実体で実施するか、またはかかるハイブリダイゼーションは、オリゴヌクレオチドまたはターゲットポリヌクレオチドを固体担体に共有的にまたは非共有的に固定させて実施できる。結合は、例えば抗体−抗原相互作用、ポリ−L−Lys、ストレプトアビジンまたはアビジン−ビオチン、塩橋、疎水性相互作用、化学的結合、UV架橋ベーキングなどによって媒介される。対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは固体担体上で直接合成されるか、または固体担体に結合してから、合成される。本発明の検出法で使用するのに適当な固体担体はシリコン、ガラス、プラスチック、紙などから製造される基体を含み、該基体は、例えばウェル（96ウェルプレートとして）、スライド、シート、メンブレン、ファイバー、チップ、ディッシュおよびビーズに形成されてよい。固体担体を処理、被覆または誘導体化して、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドまたはターゲット核酸の固定化を容易にすることができる。
【０１２４】
個体のTCF1遺伝子の遺伝子型またはハプロタイプは、該遺伝子の1つまたは両者のコピーを含有する核酸試料を、例えばWO95/11995号に記載される核酸アレイおよびサブアレイにハイブリダイゼーションさせることによって決定できる。該アレイは該遺伝子型またはハプロタイプに含まれるべき各多型を表す一群の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを含む。
【０１２５】
多型の同一性はミスマッチ検出技術を使用して決定でき、これは制限されないが、リボプローブを使用するRNアーゼ保護法（Winter etal., Proc Natl Acad Sci USA 82:7575, 1985; Meyers et al., Science 230:1242, 1985）およびヌクレオチドミスマッチを認識するタンパク質、例えばE．coliのmutSタンパク質（Modrich P. Ann Rev Genet 25:229-253,1991）を含む。選択的に変異対立遺伝子は一本鎖コンフォメーション多型（SSCP）分析（Orita et al., Genomics 5:874- 879, 1989; Humphries et al., in Molecular Diagnosis of Genetic Diseases, R. Elles,ed., pp.321-340，1996）または変性勾配ゲル電気泳動（DGGE）（Wartell et al., Nucl Acids Res 18:2699-2706, 1990;Sheffield et al., Proc Natl Acad Sci USA 86:232-236, 1989）によって同定できる。
【０１２６】
ポリメラーゼ媒介プライマー伸長法を使用して多型を同定してもよい。幾つかのかかる方法は特許文献および科学文献に記載され、かつ“遺伝的ビット分析”法（WO92/15712号）およびリガーゼ／ポリメラーゼ媒介性の遺伝的ビット分析（米国特許第5,679,524号）を含む。関連の方法はWO91／02087号、WO90/09455号、WO95/17676号、米国特許第5,302,509号および同第5,945,283号に開示されている。多型を有する伸長されたプライマーは米国特許第5,605,798号に記載されるような質量分光分析によって検出できる。別のプライマー伸長法は対立遺伝子特異的PCRである（Ruafio et al., Nucl Acids Res 17:8392,1989 ; Ruafio et al.,Nucl Acids Res 19,6877-6882, 1991; WO93/22456号; Turki et al., I Clin Invest 95:1635-1641, 1995）。付加的に複数の多型部位は、核酸の複数の領域をWallace et al.（WO89/10414号）に記載されるような一組の対立遺伝子特異的プライマーを使用して同時に増幅させることによって調査してよい。
【０１２７】
好ましい態様において、各民族グループについてのハプロタイプ頻度データを測定して、一貫したハーディ−ワインバーグ平衡にあるかどうかを決定する。ハーディ−ワインバーグ平衡（D. L. Hartl et al., Principles of Population Genomics, Sinauer Associates（Sunderland, MA）, 3rd Ed. ， 1997）は、ハプロタイプペアH1／H2を見いだす頻度がPH−W（H1／H2）＝2p（H1）p（H2）［H1≠H2の場合］およびPH−W（H1／H2）＝p（H1）p（H2）［H1＝H2の場合］に等しいことを仮定している。観測ハプロタイプ頻度と予測ハプロタイプ頻度との間の統計的に大きな差異は個体群における有意な交配、遺伝子における強い選択圧、標本抽出のバイアスおよび／または遺伝子型プロセスにおけるエラーを含む1つ以上の要因のためである。ハーディ−ワインバーグ平衡からの大きな偏差が民族グループで観察された場合は、そのグループの個体数を増やし、その偏りが標本抽出のバイアスによるかどうかを見る。より大きな試料数によっても観測ハプロタイプおよび予測ハプロタイプのペア頻度の間の差異が減少しなければ、直接的ハプロタイプ決定法、例えばCLASPER SYSTEM（登録商標）技術（米国特許第5,866,404号）、SMDまたは対立遺伝子特異的ロングレンジPCR（Michalotos-Beloin et al., Nucl Acids Res 24:4841-4843, 1996）を使用して個体をハプロタイプとみなす。
【０１２８】
TCF1ハプロタイプペアを予測するための前記の方法の1つの態様において、割り当て工程は後続の分析の実施を含む。まずそれぞれの可能なハプロタイプペアを参照個体群におけるハプロタイプペアと比較する。一般に参照個体群におけるハプロタイプペアの1つだけが可能なハプロタイプペアにマッチし、かつそのペアが個体に割り当てられる。場合により、参照ハプロタイプペア中に表される1つだけのハプロタイプは個体のための可能なハプロタイプと矛盾せず、そしてかかる場合において個体を前記の公知のハプロタイプおよび可能なハプロタイプペアから公知のハプロタイプを減算することによって得た新規のハプロタイプを有するハプロタイプに割り当てる。まれなケースにおいては、参照個体群におけるハプロタイプは可能なハプロタイプペアと一貫しないか、または選択的に複数の参照ハプロタイプペアは可能なハプロタイプペアと一貫する。かかる場合において、個体を好ましくは、直接的分子ハプロタイプ決定法、例えばCLASPER SYSTEM（登録商標）技術（米国特許第5,866,404号）、SMDまたは対立遺伝子特異的ロングレンジPCR（Michalotos-Beloin et al., Nucl Acids Res 24:4841-4843, 1996）を使用してハプロタイプ決定する。
【０１２９】
また本発明は個体群におけるTCF1遺伝子型またはTCF1ハプロタイプの頻度を決定するための方法を提供する。該方法は、個体群の各メンバー中に存在するTCF1遺伝子に関する遺伝子型またはハプロタイプペアを決定し（該遺伝子型またはハプロタイプは制限されないが483A＞Gを含むTCF1遺伝子における多型部位の1つ以上で検出される塩基対またはヌクレオチドを有する）、任意の特定の遺伝子型またはハプロタイプがその個体群に見いだされる頻度を計算することを含む。該個体群は参照個体群、家族個体群、同性個体群、個体群、形質個体群（例えば当該形質、例えば医学的疾患または療法的治療への応答を示す個体の群）であってよい。
【０１３０】
本発明のもう一つの態様において、参照個体群において見いだされたTCF1遺伝子型および／またはハプロタイプに関する頻度データは、形質およびTCF1遺伝子型またはTCF1ハプロタイプの間の関連を同定するための方法で使用される。該形質は、任意の検出可能な表現型であってよく、これは制限されないが疾病へのかかりやすさまたは治療への応答を含む。該方法は、参照個体群ならびに該形質を示す個体群における当該遺伝子型またはハプロタイプの頻度におけるデータを得ることを含む。参照個体群および形質個体群の1つまたは両方に関する頻度データは、個体群における各個体を前記の1つ以上の方法を使用して遺伝子型タイピングまたはハプロタイプ決定することによって得られる。形質個体群に関するハプロタイプは直接的にまたは選択的に、前記の予測遺伝子型からハプロタイプへの予測アプローチによって決定できる。
【０１３１】
別の態様において、参照個体群および／または形質個体群に関する頻度データは今までに決定された、手書きまたは電子データであってよい頻度データを評価することによって得られる。例えば頻度データはコンピュータによってアクセス可能なデータベース中に存在することがある。頻度データを得てから、参照個体群および形質個体群中の当該遺伝子型またはハプロタイプの頻度を比較する。好ましい態様において、該個体群において観察される全ての遺伝子型および／またはハプロタイプ頻度を比較する。TCF1遺伝子に関する特定の遺伝子型またはハプロタイプが形質個体群において参照個体群よりも統計的に大きな量でより頻繁であれば、該形質はTCF1遺伝子型またはハプロタイプと関連すると予測される。
【０１３２】
好ましい態様において、統計分析は標準的ANOVA検定を使用することによって、ボンフェロニ補正および／または遺伝子型−表現型の相関を何度もシミュレートし、かつ危険値を計算するブートストラッピング法により実施する。多くの多型を分析する場合に、ファクターに補正を行い、偶然に見いだされた大きな関連について補正してよい。本発明の方法で使用するための統計的方法に関しては、Statistical Methods in Biology, 3rd edition, Bailey NTJ, Cambridge Univ. Press（1997）; Introduction to Computational Biology, Waterman MS, CRC Press（2000）およびBioinformatics, Baxevanis AD and Ouellette BFF editors（2001）John Wiley & Sons, Incを参照のこと。
【０１３３】
本方法の好ましい態様において、当該形質は患者によって示される幾つかの療法的治療への臨床的応答、例えばTCF1に標的を定めた薬剤への応答または医学的状態のための療法的治療に対する応答である。
【０１３４】
本発明のもう一つの態様において、当該TCF1遺伝子型またはハプロタイプとの連鎖不均衡にある検出可能な遺伝子型またはハプロタイプは代理マーカー（surrogate marker）として使用できる。TCF1遺伝子型と連鎖不均衡にある遺伝子型は、TCF1遺伝子についての特定な遺伝子型またはハプロタイプが潜在的な代理マーカー遺伝子型を説明する個体群において、参照個体群におけるよりも統計的に大きな量でより頻繁であるかを決定することによって明らかにされ、そうであれば該マーカー遺伝子型はTCF1遺伝子型またはハプロタイプと関連すると予測され、そしてTCF1遺伝子型の代わりに代理マーカーとして使用できる。
【０１３５】
本明細書で使用される場合に、“医学的状態”は、制限されないが、1つ以上の物理的および／または精神的症状として現れ、そのために治療が必要であるあらゆる症状または疾病を含み、かつ今までに同定されたおよび新規に同定された疾病および他の疾患を含む。
【０１３６】
本明細書で使用される場合に、用語“臨床的応答”は以下のいずれかまたは全てを意味する：応答、無応答および逆応答（すなわち副作用）の量的な尺度。
【０１３７】
治療への臨床的応答とTCF1遺伝子型またはハプロタイプの間の相関を推測するために、治療を受けた個体の個体群、以下に“臨床的個体群”によって示される臨床的応答におけるデータを得る必要がある。臨床的データは、既に開始された臨床試験の結果を分析することによって得られ、かつ／または該臨床データは1つ以上の臨床試験を設計および実施することによって得ることができる。
【０１３８】
本明細書で使用される場合に、用語“臨床試験”は、特定の治療に対する応答についての臨床データを集めるように設計された任意の調査研究を意味し、かつ制限されないがフェーズI、フェーズIIおよびフェーズIIIの臨床試験を含む。標準的方法を使用して患者個体群を定義し、かつ対象を登録する。
【０１３９】
臨床個体群に含まれる個体が当該医学的状態の存在について格付けされている場合に好ましい。これは、患者が表す症状が1つより多くの顕著な状態によって引き起こされ、顕著な状態の治療が同一でない場合に重要である。この例は、患者が喘息または呼吸器感染症を原因とする呼吸困難を経験する場合である。両者の組が喘息薬物治療によって治療されるのであれば、事実上喘息を有さない明らかなレスポンダーの偽の群が存在する。これらの人々はハプロタイプおよび治療成果の間の任意の相関を検出できると装う。潜在的患者の格付けは標準的な物理試験または1つ以上の研究室試験を使用してよい。選択的に患者の格付けは、ハプロタイプペアと疾病へのかかりやすさまたは重度の間の強い相関が存在する状況についてはハプロタイプ決定を使用できる。
【０１４０】
当該療法的治療は試験個体群中の各個体に施され、かつ治療に対する個体の応答を1つ以上の予め決定された条件を使用して測定する。多くの場合において、試験個体群は応答幅を示し、かつ調査者は種々の応答でまとめられたレスポンダーグループ（例えば低い、中程度、高い）を選択することが考慮される。さらに、試験個体群における各個体についてのTCF1遺伝子を遺伝子型タイピングおよび／またはハプロタイプ決定し、これは治療の施与の前または後に行ってよい。
【０１４１】
臨床データおよび多型データの両方を得た後に、個々の応答とTCF1遺伝子型またはハプロタイプの含有値との間の相関を作成する。相関は幾つかの方法で作成できる。1つの方法において、個体はTCF1遺伝子型またはハプロタイプ（またはハプロタイプペア）によってグループ分けされ（多型グループとも呼ばれる）、かつ各多型群のメンバーによって示される臨床応答の平均および標準偏差を計算する。
【０１４２】
これらの結果を分析して、多型グループの間の臨床応答における任意の観察されたばらつきが統計的に大きいかを決定した。使用できる統計分析法はL. D. Fisher and G.vanBelle, "Biostatistics :A Methodology for the Health Sciences", Wiley-Interscience（New York）1993に記載されている。この分析はそのうち回帰計算を含んでよく、TCF1遺伝子中の多型部位が表現型における差異に対して最も大きく貢献する。本発明に有用な1つの回帰モデルは2000年6月26日に出願されたPCT出願の表題"Methods for Obtaining and Using Haplotype Data"に記載されている。
【０１４３】
TCF1ハプロタイプの含有値と臨床応答の間の相関を見いだすための第二の方法はエラーを最小化する最適アルゴリズムを基礎とする予測モデルを使用する。多くの可能な最適化アルゴリズムの1つは遺伝アルゴリズム（R. Judson,"Genetic Algorithms and Their Uses in Chemistry" Reviews in Computational Chemistry, Vol. 10, pp.1-73, K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd, eds.（VCH Publishers, New York, 1997）である。シミュレーテッドアニーリング（Press et al., "Numerical Recipes in C:The Art of Scientific Computing", Cambridge University Press（Cambridge）1992, Ch.10）、ニューラルネットワーク（E. Rich and K. Knight,"Artificial Intelligence", 2nd Edition（McGraw-Hill, New York, 1991, Ch. 18）、標準勾配降下法（前記のPress et al、10章）または他のグローバルまたはローカルな最適化アプローチ（上記Judsonにおける議論を参照のこと）を使用してもよい。好ましくは該相関は、2000年6月26日に出願されたPCT出願の表題"Methods for Obtaining and Using Haplotype Data"に記載されるような遺伝アルゴリズムアプローチを使用して見いだされる。
【０１４４】
相関は、臨床データにおけるばらつきのどれだけがTCF1遺伝子における多型部位の種々のサブセットによって説明されるかを決定するばらつき分析（ANOVA）技術を使用して分析してもよい。2000年6月26日に出願されたPCT出願の表題"Methods for Obtaining and Using Haplotype Data"に記載されるように、ANOVAは、応答変数が、測定できる1つ以上の形質または変数に起因するかまたはそれと相関するかについての仮定を試験するために使用される（上記のFisher and vanBelle、10章）。
【０１４５】
前記の分析から、TCF1遺伝子型またはハプロタイプの含有値の関数として臨床応答を予測する数学的モデルは当業者によって容易に構築できる。好ましくは該モデルは該モデルを試験するように設計された1つ以上の追加の臨床試験において検査される。
【０１４６】
臨床応答およびTCF1遺伝子に関する遺伝子型またはハプロタイプ（またはハプロタイプペア）の間の関連の同定は治療に応答するかまたは応答しないか、または選択的により低いレベルで応答し、したがってより多い治療、すなわちより多量の薬剤の投与が必要となりうる個体を決定する診断方法を設計するための基礎になりうる。診断方法は幾つかの形態の1つを取ってよい：例えば直接DNA試験（すなわちTCF1遺伝子における多型部位の1つ以上の遺伝子型タイピングまたはハプロタイプ決定）、血清学的試験または物理的試験測定。診断試験結果および、臨床応答とも関連している根底にあるTCF1遺伝子型またはハプロタイプの間に良好な相関が存在することだけが必要である。好ましい態様において、この診断法は前記の予測的ハプロタイプ決定法を使用する。
【０１４７】
コンピュータは、本発明の方法を実施するのに関連する任意のまたは全ての分析および数学的処理を実行できる。さらにコンピュータは、表示装置上に表示されるビュー（またはスクリーン）を生成し、ユーザは画面を見て、TCF1遺伝子およびそのゲノム変化に関連する、染色体位置、遺伝子構造および遺伝子ファミリー、遺伝子発現データ、多型データ、遺伝子配列データおよび臨床データ個体群データ（例えば1つ以上の個体群に関する民族由来、臨床応答、遺伝子型およびハプロタイプに関するデータ）を含む大量の情報を分析するプログラムを実行できる。本願に記載されるTCF1多型データはリレーショナルデータベース（例えばOracleデータベースまたは一連のASCIIフラットファイルを例とする）の一部として保存できる。これらの多型データはコンピュータのハードディスクに保存されるか、または例えばCD−ROM上またはコンピュータによってアクセス可能な1つ以上の他の記憶装置上に保存してよい。例えば該データはコンピュータとの通信において1つ以上のデータベース上にネットワーク経由で記憶されてよい。
【０１４８】
他の態様において、本発明は個体におけるTCF1遺伝子のハプロタイプ決定および／または遺伝子型タイピングのための方法、組成物およびキットを提供している。該方法はGenBankアクセッション番号U72616の形でヌクレオチド483A＞Gに存在するヌクレオチドまたは塩基対を同定することを含む。このヌクレオチド置換は個体からのTCF1遺伝子の1つまたは両者のコピーにおいてアミノ酸Asn487をSerに変える。該組成物は多型部位を有するか、またはそれに隣接する1つ以上のターゲット領域に特異的にハイブリダイズするように設計されたオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーを含有する。本願に記載される新規の多型における個体の遺伝子型またはハプロタイプを確立するための方法および組成物はTCF1タンパク質の発現および機能によって影響される疾病の原因における多型の効果を研究するため、TCF1に的を絞った薬剤の効能を研究するため、TCF1タンパク質の発現および機能によって影響される疾病に対する個体のかかりやすさを予測するため、かつTCF1に的を絞った薬剤に対する個体の応答性を予測するために有用である。
【０１４９】
さらに他の態様において、本発明は遺伝子型またはハプロタイプと形質との間の関連を同定するための方法を提供する。好ましい態様において、該形質は疾病に対するかかりやすさ、疾患の重度、疾病の進度または薬剤に対する応答である。かかる方法は全ての遺伝薬理学的適用のための診断試験および療法治療を開発するにあたっての適応性を有し、その際、効果測定、PK測定および副作用測定を含む遺伝型と治療成果との間の関連について可能性がある。
【０１５０】
本発明はまたTCF1遺伝子について測定された多型データを記憶および表示するためのコンピュータシステムを提供している。該コンピュータシステムはコンピュータプロセシングユニット、ディスプレイおよび多型データを含むデータベースを有する。多型データは参照個体群においてTCF1遺伝子について同定された多型、遺伝子型およびハプロタイプを含む。好ましい態様において、コンピュータシステムはその進化的関連性にしたがって組織されたTCF1ハプロタイプを示すディスプレイを生成可能である。
【０１５１】
別の態様において、本発明はSNPプローブを提供し、これらは遺伝的変量の種類にしたがって人々を分類するにあたって有用である。本発明によるSNPプローブはオリゴヌクレオチドであり、これらは従来の対立遺伝子識別アッセイにおいてSNP核酸の対立遺伝子の間で識別可能である。
【０１５２】
本明細書で使用される場合に、“SNP核酸”は、個体間または個体群の間の同一のヌクレオチド配列内で可変の、したがって対立遺伝子として存在するヌクレオチドを含む核酸配列である。かかるSNP核酸は、好ましくは約15〜約500ヌクレオチド長である。SNP核酸は染色体の一部であってよく、また、例えばPCRまたはクローニングによる染色体のかかる一部の増幅による染色体の一部の正確なコピーであってよい。SNP核酸は以下では簡単に“SNP”という。本発明によるSNPプローブはSNP核酸に相補的なオリゴヌクレオチドである。
【０１５３】
本明細書で使用される場合に、用語“相補的に”は、その用語のワトソンとクリックの意味においてオリゴヌクレオチドの長さ全体にわたって正確に相補的であることを意味する。
【０１５４】
好ましい態様において、本発明の態様によるオリゴヌクレオチドはSNP核酸の1つの対立遺伝子に相補的であるが、SNP核酸の任意の他の対立遺伝子には相補的でない。本発明の態様によるオリゴヌクレオチドは種々の方法でSNP核酸の対立遺伝子の間で識別が可能である。例えばストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下に、適当な長さのオリゴヌクレオチドはSNP核酸の1対立遺伝子にハイブリダイズするが、SNP核酸の任意の他の対立遺伝子にはハイブリダイズしない。該オリゴヌクレオチドは放射線標識または蛍光標識によって標識できる。選択的に適当な長さのオリゴヌクレオチドはPCRのためのプライマーとして使用でき、その際、3’末端ヌクレオチドはSNP核酸の1対立遺伝子に相補的であるが、任意の他の対立遺伝子には相補的でない。この態様において、PCRによる増幅の存在または不存在はSNP核酸のハプロタイプを決定する。
【０１５５】
かくして、1つの態様において本発明はTCF1遺伝子またはその断片についての参照配列の多型変異体であるヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチドを提供している。参照配列はUniGene Cluster Hs．73888を含み、かつ多型変異体は、制限されないがヌクレオチド483A＞Gを含む少なくとも1つの多型を含む。特に好ましい多型変異体は天然に存在するTCF1遺伝子のイソ型（本明細書では“同質遺伝子”とも呼ばれる）である。
【０１５６】
本発明のゲノム断片およびcDNA断片は本明細書で同定された少なくとも1つの新規の多型部位を有し、かつ少なくとも10ヌクレオチドの長さを有し、かつ該遺伝子の全長まで及んでよい。好ましくは本発明による断片は100〜3000ヌクレオチド長であり、かつより好ましくは200〜2000ヌクレオチド長であり、かつ最も好ましくは500〜1000ヌクレオチド長である。
【０１５７】
本明細書で同定された多型部位を記載するにあたり、便宜上、該遺伝子のセンス鎖について言及される。しかしながら当業者によって明らかであるように、TCF1遺伝子を有する核酸分子が相補的二本鎖分子であってよく、かつセンス鎖における特定の部位への参照は同様に相補的アンチセンス鎖上の相応の部位に言及する。こうして各々の鎖上の同一の多型部位に言及がなされ、かつオリゴヌクレオチドは多型部位を有するターゲット領域で各々の鎖に特異的にハイブリダイズするように設計してよい。このように、本発明はまた本願に記載されるTCF1ゲノム変異体のセンス鎖に相補的な一本鎖ポリヌクレオチドを含む。
【０１５８】
本発明のさらなる態様において、483A＞GでのTCF1多型部位における患者の多型パターンの同定のためのキットを提供し、該キットは483A＞GでのTCF1多型部位における遺伝的多型パターンを決定するための手段を有する。
【０１５９】
好ましい態様において、かかるキットはさらにDNA試料回収手段を有してよい。
【０１６０】
好ましい態様において、483A＞GでのTCF1多型部位における遺伝的多型パターンを決定するための手段は少なくとも1つのTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを含む。特に483A＞GでのTCF1多型部位における遺伝子多型パターンを決定するための手段は2つのTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを含んでよい。また483A＞GでのTCF1多型部位における遺伝子多型パターンを決定するための手段は少なくとも1つのTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドを含む少なくとも1つのTCF1遺伝子型タイピングプライマー組成物を含んでよい。特にTCF1遺伝子型タイピングプライマー組成物は少なくとも2組の対立遺伝子特異的プライマーペアを含んでよい。好ましくは2つのTCF1遺伝子型タイピングオリゴヌクレオチドは別個の容器中に収められている。
【０１６１】
本明細書に記載された本発明の方法は、一般に本発明によるキットの使用をさらに含み得ると理解されるべきである。一般に本発明の方法はエキスビボ（ex-vivo）で実施され、かつかかるエキスビボ法は特に本発明によって考慮される。また本発明による方法はヒトまたは動物の生体で実施できる工程を含んでよいが、ヒトまたは動物の生体で実施できない工程だけを含む方法が、特に本発明によって考慮される。
【０１６２】
TCF1の発現についての本明細書で同定された多型の効果は、TCF1遺伝子の多型変異体を有する組換え細胞および／または生物、好ましくは組換え動物を製造することによって調査してよい。本明細書で使用される場合に、“発現”は制限されないが以下の1つ以上を含む、：前駆mRNAへの遺伝子の転写、前駆体mRNAのスプライシングおよび他のプロセシングによる成熟mRNAの生成、mRNA安定化、成熟mRNAのTCF1タンパク質への翻訳（コドン利用およびtRNA利用性を含む）および適切な発現および機能が必要であれば翻訳生成物のグリコシル化および／または他の修飾。
【０１６３】
本発明の組換え細胞を製造するために、所望のTCF1同質遺伝子を、同質遺伝子が染色体外に保持するようなベクター中で細胞に導入してよい。かかる場合に、該遺伝子は染色体外の位置から細胞によって発現される。好ましい態様において、TCF1同質遺伝子は、細胞中に存在する内因性TCF1と組換えるように細胞中に導入される。かかる組換えは二回の組換え事象の発生を必要とし、それにより所望のTCF1遺伝子多型がもたらされる。組換えおよび染色体外保持のための遺伝子導入ベクターは当業者に公知であり、かつ任意の適当なベクターまたはベクター構築物を本発明で使用できる。細胞中にDNAを導入するための方法、例えばエレクトロポレーション、粒子衝撃、リン酸カルシウム共沈殿およびウイルス導入は当業者に公知であり、したがって、方法は当業者の能力および好みで選択され得る。
【０１６４】
TCF1同質遺伝子を導入できる細胞の例は、制限されないが連続培養細胞、例えばCOS、NIH／3T3および関連組織型、すなわちTCF1同質遺伝子を発現する型の一次細胞または培養細胞を含む。かかる組換え細胞を使用して種々のタンパク質変異体の生物学的活性を比較してよい。
【０１６５】
組換え生物、すなわち変異TCF1遺伝子を発現するトランスジェニック動物は、当業者に公知の標準的手順を使用して製造される。好ましくは変異遺伝子を有する構築物を非ヒト動物または動物の祖先に胚段階、すなわち単細胞段階または一般にほぼ8細胞段階以内で導入する。本発明の構築物を保有するトランスジェニック動物は当業者に公知の幾つかの方法によって製造できる。1つの方法は1つ以上のインスレーターエレメント、1種以上の当該遺伝子、および仕切られた遺伝子を導入遺伝子として有する完全なシャトルベクターを提供するための当業者に公知の他の成分を含有するように構築されたレトロウイルスを胚にトランスフェクションさせることを含む、例えば米国特許第5,610,053号を参照のこと。別の方法は胚に直接、導入遺伝子を注入することを含む。第三の方法は胚性幹細胞の使用を含む。
【０１６６】
TCF1同質遺伝子を導入できる動物の例は、制限されないが、マウス、ラット、他の齧歯類動物および非ヒトの霊長類（"The Introduction of Foreign Genes into Mice "およびそこに引用される文献；Recombinant DNA, Eds. J. D.Watson, M.Gilman, J. Witkowski, and M. Zoller ; W. H. Freeman and Company, New York, 254-272頁を参照のこと）。ヒトのTCF1同質遺伝子を安定に発現し、かつヒトTCF1タンパク質を生産するトランスジェニック動物は異常なTCF1発現および／または活性に関連する疾病を研究するため、かつ前記疾病の症状または作用を低減するための種々の候補薬剤、化合物および治療様式をスクリーニングおよびアッセイするための生物学的モデルとして使用できる。
【０１６７】
付加的に血糖コントロール剤による治療または療法は、血糖コントロール障害を有する対象で、2型および1型糖尿病、グルコース代謝障害（耐糖能異常および／または空腹時血糖障害）、X症候群、食後脂肪血症、妊娠性糖尿病を含み、2型顕性糖尿病型の進行の抑制または遅延のため、高められた細小血管合併症、高められた心血管障害、過剰な脳血管疾病、高められた心血管死亡および突然死、高い発生率および死亡率の悪性新生物およびIGMに関連する他の代謝妨害からなる群から選択される疾患の発症の抑制、低減または遅延のために使用できる。
【０１６８】
さらに血糖コントロール剤または療法は、網膜症、糖尿病の他の目の合併症、腎障害、末梢血管障害、末梢血管障害、壊疽、心筋梗塞、冠状心臓病、アテローム性動脈硬化症、虚血性心疾患の他の急性および亜急性形、卒中発作、高脂血症、高尿酸血症、高血圧、狭心症、切断を引き起こす細小血管変化、癌、癌死、肥満、尿酸血症、インスリン抵抗性、動脈閉塞病およびアテローム性動脈硬化症の発症の抑制、低減または遅延のために、血糖コントロール障害（IGC）を有する対象で使用できる。
【０１６９】
本発明によれば血糖コントロール剤または療法剤は、IGCを有する個体において、顕性糖尿病を抑制および遅延させるため、糖尿病の細小血管合併症の低減、血管、特に心血管罹病および死亡、特に心血管罹病および死亡の低減のために、および癌に関連する高められた死亡率を低減するために、IGCを有する対象に使用できる。
【０１７０】
したがって、本発明はIGCを有する対象において、2型顕性糖尿病への進行の抑制または遅延のため、高められた細小血管合併症、高められた心血管罹病、過剰な心血管疾病、高められた心血管死亡および突然死、悪性新生生物のより高い発生率および死亡率および、IGCに関連する他の代謝障害からなる群から選択される疾患の発症における抑制、低減または遅延のための方法に関する。特に本発明はIGCを有する対象において、網膜症、糖尿病の他の目の合併症、腎臓病、末梢血管障害、末梢血管障害、壊疽、心筋梗塞、虚血性心疾患、アテローム性動脈硬化症、虚血性心疾患の他の急性および亜急性形、卒中発作、高脂血症、高尿酸血症、高血圧、狭心症、切断を引き起こす細小血管変化、癌、癌死、肥満、尿酸血症、インスリン抵抗性、動脈閉塞病およびアテローム性動脈硬化症からなる群から選択される疾患の発症の抑制、低減または遅延のための方法に関する。
【０１７１】
したがって本発明は、GCを有する対象において、それぞれの場合に、顕性糖尿病、特に2型（ICD−9コード250.2）への進行の抑制または遅延、網膜症（ICD−9コード250.5）、神経障害（ICD−9コード250.6）、腎臓病（ICD−9コード250.4）および末梢血管障害または壊疽（ICD−9コード250.7）のような細小血管合併症の抑制または低減の方法に関し、後者はIGM、特にIFGおよびIGTを有する対象における“細小血管合併症”と呼ばれる。さらに本発明は、それぞれの場合にIGCを有する対象における、過剰な心血管障害（ICD−9コード410−414）、例えば心筋梗塞（ICD−9コード410）、動脈閉塞性疾病、アテローム性動脈硬化症および虚血性心疾患の他の急性および亜急性形（ICD−9コード411−414）（“心血管障害”と呼ばれる）の疾患の抑制または低減、卒中発作（ICD−9コード430−438）のような過剰な脳血管疾病の発症の抑制、低減または遅延、高められた心血管死亡（ICD−9コード390−459）および突然死（ICD−9コード798.1）の低減、癌（ICD−9コード140−208）の発生の抑制ならびに癌死の低減のための方法に関する。
【０１７２】
さらに本発明は、それぞれの場合にIGCを有する対象における、IGCに関連する、高血糖症（純型食後高血糖症を含む）、高脂血症（ICD−9コード272）、高尿酸血症（ICD−9コード790.6）ならびに高血圧（ICD−9コード401−404）および狭心症（ICD−9コード413.9）を含む他の代謝障害の抑制または低減の方法に関する。国際疾病分類9版にしたがって上記および以下に定義されたコードおよびそれらに割り当てられた対応する定義は、参照により本明細書に包含させ、かつ同様に本発明の一部を形成する。
【０１７３】
本方法はそれを必要とする対象に有効量の血糖コントロール剤または療法またはかかる薬剤または化合物の製剤学的に許容される塩を添加することからなる。かかる方法を必要とする対象はヒトを含む温血動物である。また本発明は、IGCおよび関連疾病および状態、例えば純型食間高血糖症を有する対象に使用すべき、顕性糖尿病、特に2型糖尿病への進行の抑制または遅延、細小血管合併症の発生の抑制、低減または遅延、切断をもたらす壊死または細小血管変化の抑制または低減、過剰な心血管障害および心血管死亡の抑制または低減、癌の抑制および癌死の低減のための方法に関する。
【０１７４】
同様に本発明はIGCに関連する（純型食間高血糖症を含む）、肥満、高齢、妊娠中の糖尿病、異脂肪症、高血圧、高尿酸血症、インスリン抵抗性、動脈閉塞疾病、アテローム性動脈硬化症、網膜症、腎臓病、狭心症、心筋梗塞および卒中発作を含む疾患および疾病の治療の方法に関する。好ましくは前記の抑制は大規模な疫学的研究において高められた心血管、細小血管および癌リスクをもたらすと証明された範囲のグルコースレベルを有する個体において実施すべきである。これらのレベルはOGTTまたは臨時のグルコース評価後の7.8ミリモル／Lの血漿グルコース濃度および／またはIFG範囲における空腹時血漿グルコース濃度（6.1〜7ミリモル／lの空腹時血漿グルコース）を含む。新規の疫学的データが明らかに前記のリスクにつながる血糖濃度を低下させるために利用可能になるか、またはリスクグループの定義のための国際標準が変更された場合には、本発明の使用もまたリスク状態のグループの治療のために許可される。
【０１７５】
また本発明はIFGを有する対象において使用すべき、それを必要とする対象に治療有効量の血糖コントロール剤（制限されないがDPP−IVインヒビターを含む）を投与することを含む方法に関する。
【０１７６】
本発明はIGCを有する対象における、2型顕性糖尿病への進展の抑制または遅延のため、高められた細小血管合併症、高められた心血管障害、過剰な心血管疾病、高められた心血管死亡および突然死、悪性新生生物のより高い発生率および死亡率および、IGCに関連する他の代謝障害からなる群から選択される疾患の発症における抑制、低減または遅延のための薬剤の製造のための、血糖コントロール剤またはその製剤学的に許容される塩の使用に関する。
【０１７７】
本発明は、DPP4インヒビターまたはその製剤学的に許容される塩を含む血糖コントロール剤の、IGCおよび関連疾病および疾患、例えば純型食間高血糖症を有する患者における薬剤の製造のための、顕性糖尿病、特に2型への進行の抑制または遅延、細小血管合併症の抑制または低減、過剰な心血管障害および心血管死亡の抑制または低減、癌の抑制および癌死の低減のための使用に関する。
【０１７８】
対応する有効成分またはその製剤学的に許容される塩を水和物の形で使用するか、または結晶化のために使用される他の溶剤を含んでよい。さらに本発明はIGC、特にIFGおよび／またはIGTを有する対象において使用されるべき1種以上の血糖コントロール剤を有する、2型顕性糖尿病への進行の抑制または遅延のため、高められた細小血管合併症、高められた心血管障害、過剰な心血管疾病、高められた心血管死亡および突然死、悪性新生生物のより高い発生率および死亡率および、IGCに関連する他の代謝障害からなる群から選択される疾患の発症における抑制、低減または遅延のための組合せ、例えば組合せ調製物（combined preparation）または医薬組成物に関する。
【０１７９】
さらに本発明の組合せを適用する場合の利点は、本発明により組み合わされるべき個々の薬剤のより少用量を使用して投与を減らすことができる、例えば、ごく少量の投与を必要とするだけではなく、きわめて少ない頻度で適用されることができるか、または副作用の発生率を低減するために使用することもできるということである。これは治療されるべき患者の要求および必要性に一致する。好ましくは本発明の組合せによる活性剤の付加的な治療有効量を同時にまたは任意の順序で連続に、別個にまたは固定された組合せで投与してよい。
【０１８０】
本明細書で使用される場合に、用語“治療有効量”は本発明により規定されるようなヒトを含む温血動物における治療効果を達成するのに必要とされる生物学的または医学的な応答を引き起こす薬剤または組合せの量を意味する。“治療有効量”は、単一薬剤を投与する場合および2種以上の化合物の固定されたまたは自由な組合せの両者で投与される。
【０１８１】
本明細書で使用される場合に“共同的有効量”は、それ自体では効果的でないが、本発明による組合せで使用する場合に、全ての治療効果が（固定または自由）の複数の薬剤の組合せ投与によって達成できるのであれば、1種以上の他の薬剤と組み合わせて治療的に効果的であってよい組合せの1つ以上の成分の量を意味する。上記および以下に記載されるような本発明による医薬組成物は同時の使用または任意の順番での連続的な使用、別個の使用または固定された組合せとして使用できる。
【０１８２】
好ましい血糖コントロール剤は、DPP4インヒビター、例えば2−ピロリジンカルボニトリル、1−［［［2−［（5−シアノ−2−ピリジニル）アミノ］エチル］アミノ］アセチル］−、（2S）および（1−（3−ヒドロキシ−アダマンチ−1−イルアミノ）アセチル］ピロリジン−2（S）カルボニトリル）、または適当な場合には、それぞれの場合における製剤学的に許容されるそれらの塩を含むが、これらに限定されるわけではない。
【０１８３】
その変形において、本発明は同様に、例えば本発明により組み合わされるべき成分の意味で、独立的にまたは特徴付けられた成分量を有する種々の固定された組合せの使用によって、すなわち同時にまたは種々の時点で投与できるという意味における“キットオブパーツ”に関する。キットオブパーツのパーツはその際、例えばキットオブパーツの任意の部分に関して同時にまたは時間的に違えて、すなわち異なる時点でおよび同じまたは種々の時間間隔で投与してよい。好ましくは時間間隔は、該パーツの組合せ使用において治療される疾病または状態に対する効果が、任意の1種だけの成分によって得られる効果よりも大きいように選択される。さらに本発明は本発明による組合せと一緒に同時、別個または連続的使用のための説明書を有する市販パッケージに関する。組み合わされるべき化合物は製剤学的に許容される塩として存在してよい。これらの化合物が、例えば少なくとも1つの塩基性中心を有する場合に、該化合物は酸付加塩を形成してよい。対応する酸付加塩を形成してよく、所望であれば付加的に存在する塩基性中心を有してもよい。酸基（例えばCOOH）を有する化合物はまた塩基と塩を形成してもよい。製剤学的に許容される塩は、例えば塩基と形成された塩、すなわちカチオン性塩、例えばアルカリ金属およびアルカリ土類金属塩ならびにアンモニウム塩である。
【０１８４】
本発明による医薬組成物は自体公知の方法で製造でき、かつヒトを含む哺乳動物（温血動物）への腸内、例えば経口または直腸、および非経口適用のために適当な、治療有効量の薬理学的に活性な化合物を単独にまたは1種以上の製剤学的に許容される担体、特に腸内または非経口適用のために適当な担体と組み合わせて含有する組成物である。
【０１８５】
新規の医薬調製物は、例えば約10％〜約100％、好ましくは80％、最も好ましくは約90〜約99％の有効成分を含有する。本発明による腸内または非経口適用のための医薬調製物は、例えば単位用量形の調製物、例えば糖衣錠、錠剤、カプセル剤または坐剤またはアンプルである。これらは当業者に公知の方法によって、例えば従来の混合、造粒、糖衣、溶解または凍結乾燥によって製造される。このように経口使用のための医薬調製物を、有効成分と固体担体とを混合し、所望であれば得られた混合物を造粒し、かつ混合物または造粒物を所望であるかまたは必要であれば、適当な担体の添加の後に加工して、錠剤または糖衣錠剤コアを得ることができる。
【０１８６】
血糖コントロール障害を特徴とする状態または疾患を治療するために使用されるべき本発明の化合物およびその対応する製剤学的に許容される酸付加塩の正確な用量は、宿主、治療される疾病の性質および重度、投与方式および使用される特定の化合物を含む幾つかの要因に依存する。しかしながら、一般に血糖コントロール障害を特徴とする状態または疾患は、本発明の化合物または対応する製剤学的に許容されるその酸付加塩を経腸的に（例えば経口で）または非経口で（例えば静脈内で）、好ましくは経口で日用量0.002〜10mg/kg（体重）、好ましくは0.02〜2.5mg/kg（体重）または最も大きな霊長類については、日用量0.1〜250 mg、好ましくは1〜100mgで投与する場合に効果的に治療される。典型的な経口投与単位は一日に1〜3回で0.01〜0.75mg/kgである。
【０１８７】
通常は少用量をまず投与し、かつ該用量を徐々に増大させて、治療下の受容者についての最適な用量を決定する。用量の上限は副作用によって課され、かつ治療される宿主についての試験によって決定できる。
【０１８８】
本発明の化合物および対応する製剤学的に許容されるその酸付加塩は、1種以上の製剤学的に許容される担体および、場合により1種以上の他の従来の医薬品アジュバントと組み合わせてよく、かつ経腸で、例えば経口で、錠剤、カプセル剤、カプレット剤などの形で、または非経口で、例えば静脈内に滅菌注入液または懸濁液の形で投与してよい。経腸および非経口の組成物は従来の手段によって製造できる。
【０１８９】
本発明の化合物および対応する製剤学的に許容されるその酸付加塩は、血糖コントロール障害を特徴とする状態または疾病を治療するために効果的な活性物質および製剤学的に許容される担体の量を含有する経腸および非経口医薬組成物に配合され、かかる組成物は単位用量形で配合されてよい。
【０１９０】
本発明の化合物（その下位範囲（subscope）のそれぞれの化合物および実施例のそれぞれを含む）をエナンチオマー純粋形（例えば98％より高い純度および99％より高い1種のエナンチオマー）でまたは例えばラセミ形で一緒に存在する両者のエナンチオマーで投与してよい。前記の用量範囲は本発明の化合物の単一のエナンチオマーに基づく。（必要であればほとんど活性でないエナンチオマーの量を省く。）
【０１９１】
当業者は、その知識をもとにDPP4インヒビターを含む特定の血糖コントロール剤のための特定の用量を、単独または組合せであろうと十分に決定可能である。
【実施例】
【０１９２】
本発明の好ましい態様を以下の実施例に記載する。本願の特許請求の範囲の範囲内の他の態様は明細書の考慮または本願に開示される本発明の実施から当業者に明らかである。明細書は実施例と一緒に例示にすぎないと考慮すべきであり、その際、本発明の範囲および精神は実施例を指示する特許請求の範囲によって指摘されている。
【０１９３】
実施例1
ある40歳の女性は、通常のスクリーニングにおいて、高い血糖値を有することが判明している。彼女の医師は経口耐糖能試験を行い、そして患者が耐糖能異常を有すると決定する。次に、医師は患者と耐糖能異常の短期間および長期間の予後ならびに顕性糖尿病への進行の可能性を討議する。医師は、食事、体重減少、エクササイズおよび種々の血糖コントロール剤、例えば有効なDPP4インヒビターを含む投薬を含む有効な治療医学療法を討議する。さらに医師はTCF1遺伝子における多型の存在について彼女を試験することが可能であるかどうかについて患者にカウンセリングし、かつこの結果がDPP4インヒビターを含む投薬の使用に意味があることを説明する。
【０１９４】
患者は試験に同意し、そして該遺伝子型はGG遺伝子型の存在を表している。これらの結果を基に、医師は、異常な耐糖能および食後高血糖症を癒す助けになるDPP4インヒビターのような投薬の試みを推奨し、患者はそれに同意する。
【０１９５】
実施例2
2型糖尿病を有する52歳のある老男性が、彼の医師によって診察される。この患者は血糖コントロール剤を摂取し、グルコース濃度は良好にコントロールされているが、患者はその投薬から多くの副作用を経験している。医師は遺伝子型タイピングを推奨し、かつ遺伝子型タイピングの結果が許容する治療オプションに関して患者に説明する。その患者を試験し、かつ最も好ましいDPP4インヒビターへの応答と関連する遺伝子型を有することを確認する。この結果ならびにDDP4インヒビターに対する期待される高い感受性に基づいて、医師は副作用の低下が見込まれるDPP4インヒビターの低い用量での治療方式を推奨できる。この治療は、患者が事前にそれで治療されており、寛容化できなかった低減された用量の血糖コントロール剤での補充継続治療であり、またはDPP4インヒビター単独の低用量様式に置き換えることができる。
【０１９６】
定義
本明細書で使用される場合に、この開示の内容において、以下の用語は特に記載がない限り以下のように定義される。
【０１９７】
対立遺伝子  −  その特定のヌクレオチド配列によって他の形態から区別される遺伝子座の特定の形態。
【０１９８】
候補遺伝子  −  疾病、状態または治療に対する応答に応答可能であるかまたはこれらの1つと相関すると仮定される遺伝子。
【０１９９】
遺伝子  −  RNA産物の調節された生合成のための全ての情報を含み、プロモーター、エキソン、イントロンおよび発現を調節する他の非翻訳領域を含むDNAのセグメント。
【０２００】
遺伝子型  −  個体における相同染色体の対における1つの座中の1つ以上の多型部位で見いだされる塩基対の5’から3’のアンフェイズド配列。本明細書で使用される場合に、遺伝子型は以下に記載のように全遺伝子型および／または下位遺伝子型を含む。
【０２０１】
全遺伝子型  −  単一個体における相同染色体の対における1つの座中での全ての公知の多型部位に見いだされる塩基対の5’から3’のアンフェイズド配列。
【０２０２】
下位遺伝子型  −  単一個体における相同染色体の対における1つの座中の公知の多型部位のサブセットに見いだされる塩基対の5’から3’のアンフェイズド配列。
【０２０３】
遺伝子型タイピング  −  個体の遺伝子型を決定するための方法。
【０２０４】
ハプロタイプ  −  単一個体からの単一染色体の1つの座における1つ以上の多型部位において見いだされる5’から3’のヌクレオチド配列。本明細書で使用される場合に、ハプロタイプは以下に記載のように全ハプロタイプおよび／または下位ハプロタイプを含む。
【０２０５】
全ハプロタイプ  −  単一個体からの単一染色体の1つの座における全ての公知の多型部位において見いだされる5’から3’のヌクレオチド配列。
【０２０６】
下位ハプロタイプ  −  単一個体からの単一染色体の1つの座における公知の多型部位のサブセットにおいて見いだされる5’から3’のヌクレオチド配列。
【０２０７】
ハプロタイプペア  −  単一の個体の1つの座について見いだされる2つのハプロタイプ。
【０２０８】
ハプロタイプ決定  −  個体における1つ以上のハプロタイプを決定する方法、かつ家系、分子技術および／または統計的推測を使用することを含む。
【０２０９】
ハプロタイプデータ  −  特異的遺伝子についての以下の1つ以上に関連するデータ情報：1個体群中の各個体におけるハプロタイプペアのリスト、1個体群中の異なるハプロタイプのリスト、その個体群または他の個体群における各ハプロタイプの頻度および1つ以上のハプロタイプおよび形質の間の任意の公知の関連。
【０２１０】
イソ型  −  遺伝子、mRNA、cDNAまたはそれによってコードされるタンパク質の、その特定の配列および／または構造によって他の形態から区別される特定の形態。
【０２１１】
同質遺伝子  −  1個体群に見られる遺伝子のイソ型の1つ。同質遺伝子は遺伝子の特定のイソ型において存在する全ての多型を含む。
【０２１２】
単離された  −  生物学的分子、例えばRNA、DNA、オリゴヌクレオチドまたはタンパク質に適用される場合に、単離された、とは、該分子が他の生物学的分子、例えば核酸、タンパク質、脂質、炭化水素または他の材料、例えば細胞残滓および増殖媒体を実質的に含まないことを意味する。一般に用語“単離された”とは、本発明の方法に実質的に妨害する量で存在しない限りは、かかる材料の完全な不存在または水、バッファーまたは塩の不存在を示すつもりはない。
【０２１３】
連鎖  −  この用語は同じ染色体上での位置の結果として一緒に遺伝される遺伝子の傾向を説明している、座の間での組換えの割合で測定される。
【０２１４】
連鎖不均衡  −  この用語は幾つかの遺伝子マーカーの組合せが個体群において、その離れた距離から予測されるより多かれ少なかれ頻繁に生じる状況を記載している。これはマーカーの一群が調和的に遺伝されていることを含意する。連鎖はその領域における低減された組換え、またはマーカーの1つが個体群中に導入されるので平衡に到達するのに時間が不十分である創始者効果に原因がある場合があった。
【０２１５】
座  −  遺伝子または物理的または表現型的特徴に相当する染色体またはDNA分子上の位置。
【０２１６】
天然に存在する  −  例えば天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドに適用され、対象物が天然における供給源から単離でき、これはヒトによって意図的に改変されていないことを示すために使用される用語。
【０２１７】
塩基対  −  個体からの染色体の2つのコピーにおける多型部位で見いだされるヌクレオチド。
【０２１８】
フェイズド  −  1つの座における2つ以上の多型部位に関する塩基対の配列に適用される場合に、フェイズドは、その座の単一コピーにおけるこれらの多型部位に存在するヌクレオチドの組合せが公知であることを意味する。
【０２１９】
多型部位（PS）−  少なくとも2つの択一的な配列が1個体群中に見いだされる座内の位置であり、最も頻繁には99％以下の頻度を有する。
【０２２０】
多型変異体  −  ヌクレオチドまたはアミノ酸配列が該遺伝子中の多型の存在の故に参照配列とは異なる遺伝子、mRNA、cDNA、ポリペプチドまたはペプチド。
【０２２１】
多型  −  多型部位で個体において観察される配列変異。多型はヌクレオチドの挿入、欠失およびミクロサテライトを含み、かつ必要ないが遺伝子発現またはタンパク質機能において検出可能な差異をもたらしてよい。
【０２２２】
多型データ  −  特異的遺伝子に関する以下の1つ以上に関連する情報：多型部位の位置、これらの部位での配列変異、1つ以上の個体群における多型の頻度、該遺伝子について測定された種々の遺伝子型および／またはハプロタイプ、1つ以上の個体群におけるこれらの1つ以上の遺伝子型および／またはハプロタイプの頻度、形質と該遺伝子についての遺伝子型またはハプロタイプとの間の任意の公知の関連。
【０２２３】
多型データベース  −  組織的または系統的な様式で配列され、かつ電子的手段または他の手段によって個々に評価可能な多型データのコレクション。
【０２２４】
ポリヌクレオチド  −  一本鎖RNAまたはDNAからなるか、または相補的な二本鎖DNAからなる核酸分子。
【０２２５】
個体群  −  共通の特性、例えば民族起源、医学的状態、治療に対する応答などを共有する個体の群。
【０２２６】
参照個体群  −  個体群の1つ以上の特性を表すと予測される対象または個体の群。典型的に参照個体群は個体群において、少なくとも85％、好ましくは少なくとも90％、より好ましくは少なくとも95％、殊に好ましくは少なくとも99％の信頼度の遺伝的変異を表す。
【０２２７】
一塩基多型（SNP）−  一般的に単一多型部位で観察される特定のヌクレオチドのペア。希なケースでは3または4つのヌクレオチドが見いだされることがある。
【０２２８】
対象  −  遺伝子型またはハプロタイプまたは治療に対する応答または疾患状態が決定されるべきヒトの個体。
【０２２９】
治療  −  対象に内的または外的に適用される刺激。
【０２３０】
アンフェイズド  −  1つの座における2つ以上の多型部位に関する塩基対の配列に適用される場合に、アンフェイズドは、その座の単一コピーにおけるこれらの多型部位に存在するヌクレオチドの組合せが公知でないことを意味する。
【０２３１】
DPP4インヒビター  −  本明細書で使用される場合に、用語“DPP4インヒビター”は、ADA結合タンパク質−2およびT細胞活性化抗原CD26と同一のセリンエキソペプチダーゼである酵素DPP4（DPP−IV、ジペプチジルペプチダーゼIV、EC3．4．14．5）の触媒作用を阻害することができる化合物を意味する。
【０２３２】
引用文献
本明細書で引用される文献は参照によりその全ての内容において、かつ全ての目的に関して、それぞれの個々の文献または特許または特許文献が明確にかつ個々に全ての目的に関してその全内容において開示されていると示されるのと同じ範囲にまで開示されたものとする。本願の参考文献の開示はその著者によってなされる主張を要約することを意図するものではなく、どの参考文献も従来技術を構成することは認められない。出願人は引用文献の正確さおよび適切さに異議を唱える権利がある。
【０２３３】
さらに本明細書で引用される全てのGenBankアクセッション番号、Unigen Cluster番号およびタンパク質アクセッション番号は参照によりその全ての内容において、かつ全ての目的に関して、それぞれの個々の文献または特許または特許文献が明確にかつ個々に全ての目的に関してその全内容において開示されていると示されるのと同じ範囲にまで開示されたものとする。
【０２３４】
本発明は本願に記載される特定の実施態様の用語に制限されるものではなく、本発明の個々の態様の単なる説明を意図しているにすぎない。本発明の多くの改変および変更は、当業者に明らかであれば、その精神および範囲から逸脱することなくなされてよい。
【０２３５】
本発明の範囲内の機能的等価な方法および装置は、本明細書で挙げられるものの他に、前記の記載および関連の図面から当業者に明らかである。かかる改変および変更は従属請求項の範囲内になされると意図される。本発明は、かかる特許請求の範囲が権利化される相当の全範囲に沿って従属請求項の範囲によってのみ制限されるべきである。
【図面の簡単な説明】
【０２３６】
【図１】483A＞Gにおける多型に関するTCF1の各対立遺伝子、すなわちAG、AAおよびGGについての、プラセボまたは本文に記載したようなDPP−IVインヒビターで治療された対象に関する平均（±SEM）食後血糖応答を示す図である。プラセボおよびインヒビターで処理された同じ遺伝子型の対象の間の重大な差異のレベルを図に示す。
【図２】483A＞Gにおける多型に関するTCF1の各対立遺伝子、すなわちAG、AAおよびGGについての、プラセボまたは本文に記載したようなDPP−IVインヒビターで治療された対象に関する平均（±SEM）グリコシル化ヘモグロビン（HbA1c）応答を示す図である。プラセボおよびインヒビターで処理された同じ遺伝子型の対象の間の重大な差異のレベルを図に示す。
【図３】483A＞G多型が局在するTCF1遺伝子領域の配列（配列番号1）を示している。前記配列はGenBankアクセッション番号U72616から得られる。多型ヌクレオチドは配列番号1のヌクレオチド番号183に位置し、かつAまたはGであってよい。また図3における配列中にPCR増幅のために使用されるフォワードプライマーおよびリバースプライマーに使用される配列を示している。配列番号2はインベーダープローブであり、かつプローブ1およびプローブ2はそれぞれ配列番号3および4である。図3において＊で印されたヌクレオチドは多型のヌクレオチドであり、太字のヌクレオチドはPCR増幅のために使用されるフォワードプライマーおよびリバースプライマーであり、かつ下線を引いたヌクレオチドは伸長プライマーを示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
2005507261.tif 000079
【国際調査報告】
2005507261.tif 000080
2005507261.tif 000081
2005507261.tif 000082
2005507261.tif 000083
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