(57)【要約】本発明は、単離された核酸分子を提供し、この核酸分子は、９１３６核酸分子と示され、これは、新規のアルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーのメンバーをコードする。本発明は、また、アンチセンス核酸分子、９１３６核酸分子を含む組換え発現ベクター、これらの発現ベクターが導入される宿主細胞、およびこの９１３６遺伝子が導入されたかまたは破壊された非ヒトトランスジェニック動物を提供する。本発明は、なおさらに、単離された９１３６タンパク質、融合タンパク質、抗原性ペプチドおよび抗９１３６抗体を提供する。本発明の組成物を利用する診断方法および治療法もまた、提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞内のポリペプチドのレベルまたは活性を調節する因子を同定するための方法であって、該ポリペプチドは、以下：
（ａ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列；
（ｃ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列であって、ここで、該配列改変体は、それぞれ、ストリンジェントな条件下で配列番号１または３で示される核酸分子にハイブリダイズする核酸分子によってコードされる、アミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントであって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸配列を含む、フラグメント；
（ｅ）およそアミノ酸３９からおよそアミノ酸５０７で、配列番号２に示されるポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｆ）（ａ）〜（ｅ）のポリペプチドのうちのいずれか１個の領域を保持するエピトープのアミノ酸配列；
からなる群より選択され、
該方法は、以下：該ポリペプチドを発現し得る細胞と該因子とを接触させて、その結果、該ポリペプチドレベルまたは該ポリペプチドの活性が、該因子によって該細胞内で調節され得る工程、および該ポリペプチドレベルまたは該ポリペプチドの活性を測定する工程を包含し、ここで、該細胞は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群に由来する、方法。
【請求項２】
細胞をスクリーニングして、該細胞内でポリペプチドのレベルまたは活性を調節する因子を同定する方法であって、該ポリペプチドは、以下：
（ａ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列；
（ｃ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列であって、ここで、該配列改変体は、それぞれ、ストリンジェントな条件下で配列番号１または３で示される核酸分子にハイブリダイズする核酸分子によってコードされる、アミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２に示されるアミノ酸のフラグメントであって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸配列を含む、フラグメント；
（ｅ）およそアミノ酸３９からおよそアミノ酸５０７で、配列番号２に示されるポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｆ）（ａ）〜（ｅ）のポリペプチドのうちのいずれか１個の領域を保持するエピトープのアミノ酸配列；
からなる群より選択され、
該方法は、以下：該ポリペプチドを発現し得る細胞と該因子とを接触させて、その結果、該ポリペプチドレベルまたは該ポリペプチドの活性が、該因子によって該細胞内で調節され得る工程、および該ポリペプチドのレベルまたは該ポリペプチドの活性を測定する工程を包含し、ここで、該細胞は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群に由来する、方法。
【請求項３】
細胞内でポリペプチドと相互作用する因子を同定するための方法であって、該ポリペプチドは、以下：
（ａ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列；
（ｃ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列であって、ここで、該配列改変体は、それぞれ、ストリンジェントな条件下で配列番号１または３で示される核酸分子にハイブリダイズする核酸分子によってコードされる、アミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントであって、ここで、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、フラグメント；
（ｅ）およそアミノ酸３９からおよそアミノ酸５０７で、配列番号２に示されるポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｆ）（ａ）〜（ｅ）の該ポリペプチドのうちのいずれか１個の領域を保持するエピトープのアミノ酸配列；
からなる群より選択され、
該方法は、該ポリペプチドと該因子との間の相互作用を可能にし得る細胞と、該因子とを接触させて、その結果、該ポリペプチドが該因子と相互作用し得る工程、および該相互作用を測定する工程を包含し、ここで、該細胞は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群に由来する、方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、ここで、該因子が、ペプチド；リン酸ペプチド；抗体；有機分子および無機分子からなる群より選択される、方法。
【請求項５】
サンプル中のポリペプチドの存在を検出するための方法であって、該方法は、該サンプル中の該ポリペプチドの存在を特異的に検出することを可能にする因子と該サンプルを接触させて、次いで、該ポリペプチドの存在を検出する工程を包含し、ここで、
該ポリペプチドは、以下：
（ａ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列；
（ｃ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列であって、ここで、該配列改変体は、それぞれ、ストリンジェントな条件下で配列番号１または３で示される核酸分子にハイブリダイズする核酸分子によってコードされる、アミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントであって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、フラグメント；
（ｅ）およそアミノ酸３９からおよそアミノ酸５０７で、配列番号２に示されるポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｆ）（ａ）〜（ｅ）の該ポリペプチドのうちのいずれか１個の領域を保持するエピトープのアミノ酸配列；
からなる群より選択され、
ここで、該サンプルは、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群より選択される細胞に由来する、方法。
【請求項６】
ポリペプチドのレベルまたは活性を調製するための方法であって、該方法は、因子と該ポリペプチドとを接触させる工程であって、該工程は、該因子が該ポリペプチドのレベルまたは活性を調節することを可能にする条件下で接触させる工程を包含し、該ポリペプチドは、以下：
（ａ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の対立遺伝子改変体のアミノ酸配列；
（ｃ）配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列であって、ここで、該配列改変体は、それぞれ、ストリンジェントな条件下で配列番号１または３で示される核酸分子にハイブリダイズする核酸分子によってコードされる、アミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントであって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、フラグメント；
（ｅ）およそアミノ酸３９からおよそアミノ酸５０７で、配列番号２に示されるポリペプチドのアミノ酸配列；
（ｆ）（ａ）〜（ｅ）の該ポリペプチドのうちのいずれか１個の領域を保持するエピトープのアミノ酸配列；
からなる群より選択され、ここで、該調節は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群より選択される組織に由来する細胞内で生じる、方法。
【請求項７】
細胞中の核酸分子のレベルまたは活性を調節する因子を同定するための方法であって、該核酸分子は、以下；
（ａ）配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）におけるヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌクレオチド配列；
（ｄ）ストリンジェントな条件下で、それぞれ、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）（ｄ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
（ｆ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントをコードするヌクレオチド配列であって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸配列を含む、ヌクレオチド配列；および
（ｇ）（ｆ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
からなる群より選択される核酸配列を有し、
該方法は、該核酸分子が発現し得る細胞と該因子を接触させて、その結果、該核酸分子レベルまたは活性を、該因子によって該細胞中において調節し得る工程、および該核酸分子のレベルまたは活性を測定する工程を包含し、ここで、該細胞は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群に由来する、方法。
【請求項８】
細胞をスクリーニングして、該細胞内の核酸分子のレベルまたは活性を調節する因子を同定するための方法であって、ここで、該核酸分子は、以下：
（ａ）配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）におけるヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌクレオチド配列；
（ｄ）ストリンジェント条件下で、それぞれ、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）（ｄ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
（ｆ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントをコードするヌクレオチド配列であって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、ヌクレオチド配列；および
（ｇ）（ｆ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有し、
該方法は、以下；該核酸分子を発現し得る細胞と該因子とを接触させ、その結果、該核酸分子のレベルまたは活性が、該因子によって該細胞中において調節され得る工程、および核酸分子のレベルまたは活性を測定する工程を包含し、ここで、該細胞は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群に由来する、方法。
【請求項９】
細胞内の核酸分子と相互作用する因子を同定するための方法であって、ここで、該核酸分子は、以下：
（ａ）配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）におけるヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌクレオチド配列．
（ｄ）ストリンジェントな条件下で、それぞれ、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）（ｄ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
（ｆ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントをコードするヌクレオチド配列であって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、ヌクレオチド配列；および
（ｇ）（ｆ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有し、
該方法は、該核酸分子と該因子との間の相互作用を可能にし得る細胞と該因子とを接触させて、その結果、該核酸分子が該因子と相互作用し得る工程、および該相互作用を測定する工程を包含し、ここで、該細胞は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群に由来する、方法。
【請求項１０】
細胞をスクリーニングして、細胞内の核酸分子と相互作用する因子を同定する方法であって、該核酸分子は、以下：
（ａ）配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）におけるヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌクレオチド配列；
（ｄ）ストリンジェントな条件下で、それぞれ、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）（ｄ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
（ｆ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントをコードするヌクレオチド配列であって、ここで、該フラグメントは少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、フラグメント；および
（ｇ）（ｆ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有し、
該方法は、該核酸分子と該因子と間の相互作用を可能にし得る細胞と該因子とを接触させて、その結果、核酸分子が該因子と相互作用し得る工程、および該相互作用を測定する工程を包含し、ここで、該細胞は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群に由来する、方法。
【請求項１１】
サンプル中の核酸分子の存在を検出するための方法であって、該方法は、該サンプルと、該サンプル中の核酸分子の存在を検出することを特異的に可能にする因子とを接触させて、次いで、該核酸分子の存在を検出する工程を包含し、該核酸分子は、以下：
（ａ）配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）におけるヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌクレオチド配列；
（ｄ）ストリンジェントな条件下で、それぞれ、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）（ｄ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
（ｆ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントをコードするヌクレオチド配列であって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、ヌクレオチド配列；および
（ｇ）（ｆ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、該サンプルは、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群より選択される組織に由来する、方法。
【請求項１２】
核酸分子のレベルまたは活性を調節するための方法であって、該方法は、因子と該核酸分子を接触させる工程であって、該因子が該核酸分子のレベルまたは活性を調節することを可能にする条件下で行われる、工程を包含し、該核酸分子は、以下：
（ａ）配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号２に示されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）におけるヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌクレオチド配列；
（ｄ）ストリンジェントな条件下で、それぞれ、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズする、配列番号２に示されるアミノ酸配列の配列改変体のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）（ｄ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
（ｆ）配列番号２に示されるアミノ酸配列のフラグメントをコードするヌクレオチド配列であって、該フラグメントは、少なくとも１０個の連続したアミノ酸を含む、ヌクレオチド配列；および
（ｇ）（ｆ）におけるヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、該調節は、前立腺、前立腺腫瘍、肺腫瘍、胸部腫瘍、卵巣腫瘍、冠状動脈平滑筋細胞組織、ヒト臍静脈内皮細胞、腎臓、胸部、小腸、滑膜、および結腸腫瘍細胞からなる群より選択される組織内で行われる、
方法。
【請求項１３】
請求項５または請求項１１に記載の方法であって、前記検出が、前記細胞に関与する増殖障害および／または分化障害を有する被験体に由来する細胞にて行われる、方法。
【請求項１４】
請求項６または請求項１２に記載の方法であって、前記調節が、前記細胞に関与する増殖障害および／または分化障害を有する被験体に由来する細胞にて行われる、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本願は、２００１年１０月１６日に出願された米国仮出願第６０／３２９，８９９号に対して優先権を主張し、その内容は、本明細書で参考として援用される。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
アルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＡＬＤＨ）は、実質的に不可逆的なＮＡＤ（Ｐ）＋−依存性反応によって、アルデヒドから対応する酸への変換を触媒する複数のサブユニットのスーパーファミリーである。ほとんどのＡＬＤＨに対して、ＮＡＤは、ＮＡＤＰより良い補酵素である。多くのＡＬＤＨもまたは、エステラーゼ活性を有する。ＡＬＤＨは、植物および動物における実質的に全ての組織に広く分布している。哺乳動物において、ＡＬＤＨは、異なる組織特異性を有する区別可能な酵素として存在し、体内の多数の異なる位置（肝臓、胃、腎臓、眼および脳を含む）に見出される。
【０００３】
ＡＬＤＨは、むしろ広い基質特異性を示し、それらの多くは、内因性アルデヒドおよび外因性アルデヒドの過剰分の酸化に関与していると知られている。内因性アルデヒドは、アミノ酸、炭水化物、脂質、生体アミン、ビタミン、およびステロイドの代謝の間に形成される。また、多数の薬物および環境因子の生体内変化は、アルデヒドを生成する。アルデヒドは、高い反応性の求電子性化合物であり、アルデヒドは、チオール基およびアミノ基と相互作用する。アルデヒド媒介作用は、生理学的および治療的なものから、細胞傷害性、遺伝子毒性、および後生または発癌性のものまで様々である。ＡＬＤＨは、毒性生体アルデヒドおよび生体異物アルデヒドを排除する一般的な解毒作用を持つ酵素であると考えられている。例えば、ＡＬＤＨアイソザイムは、アルコール代謝および脂質過酸化によって生成されるアルデヒドの解毒において重要な役割を果たすことが示唆されている。この局面において、ＡＬＤＨは、非常に多数の化学的に異なるアルデヒドを効率的に酸化し、そして、最たる例において、解毒する。ＡＬＤＨ酵素は、類似の一般的な機能（アルデヒドの解毒）を有するが、個々の酵素は、それらの特異的な生物学的役割を反映する、異なった特異性を有する。ヒト肝臓ＡＬＤＨは、例えば、アルコール代謝の原因となる２つの重要な酵素のうちの１つである：アルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ）は、アルコールをアルデヒドに変換し、そして、ＡＬＤＨは、アルデヒドをカルボン酸に変換する。次いで、このアルデヒドおよびカルボン酸は、他の代謝経路において排除され得るか、または使用され得る。ヒト脂肪アルデヒドデヒドロゲナーゼの変異体は、先天性神経学的障害であるシェーグレン−ラルソン症候群に関連している（Ｄｅ  Ｌａｕｒｅｎｚｉ  Ｖら、「Ｓｊｏｇｒｅｎ−Ｌａｒｓｓｏｎ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  ｉｓ  ｃａｕｓｅｄ  ｂｙ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｆａｔｔｙ  ａｌｄｅｈｙｄｅ  ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ  ｇｅｎｅ」Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１２、５２〜５７（１９９６））。ＡＬＤＨはまた、フェロモン代謝および発達プロセスにおいて重要な役割を果たすことが見出されている（Ｔａｓａｙｃｏ  Ｍ．Ｌ．およびＰｒｅｓｔｗｉｔｃｈ、「Ａ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｆｆｉｎｉｔｙ  ｒｅａｇｅｎｔ  ｔｏ  ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈ  ａｌｄｅｈｙｄｅ  ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ  ａｎｄ  ｏｘｉｄａｓｅｓ」Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２６５、３０９４〜３１０１（１９９０）；ＭｃＣａｆｆｅｒｙ  Ｐ．およびＤｒａｇｅｒ  Ｕ．Ｃ．、「Ｈｏｔ  ｓｐｏｔｓ  ｏｆ  ｒｅｔｉｎｏｉｃ  ａｃｉｄ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｉｎ  ｓｐｉｎａｌ  ｃｏｒｄ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ」Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９１、７１〜９４〜７１９７（１９９４））。ＡＬＤＨ活性における変化はまた、多数の腫瘍（肝臓癌、大腸癌および乳癌を含む）において観測されており、そして、誘導性ＡＬＤＨ遺伝子調節のモデルが、提案されている（Ｌｉｎｄａｈｌ  Ｒ．、「Ａｌｄｅｈｙｄｅ  ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｒｏｌｅ  ｉｎ  ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ」Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、（１９９２）２７、２８３〜３３５）。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
（発明の要旨）
本発明は、本明細書で「９１３６」と呼ばれる、新規なアルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーメンバーの発見に、部分的に基づいている。９１３６をコードするｃＤＮＡのヌクレオチド配列が、配列番号１に示され、そして、９１３６ポリペプチドのアミノ酸配列が、配列番号２に示される。さらに、このコード領域のヌクレオチド配列が、配列番号３に示される。
【０００５】
従って、１つの局面において、本発明は、９１３６タンパク質または９１３６ポリペプチド（例えば、９１３６タンパク質の生物学的に活性な部分）をコードする核酸分子を特徴とする。好ましい実施形態において、単離された核酸分子は、配列番号２のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする。他の実施形態において、本発明は、配列番号１、配列番号３に示されるヌクレオチド配列を有する単離された９１３６核酸分子を提供する。なお他の実施形態において、本発明は、配列番号１、配列番号３に示されるヌクレオチド配列に対して、実質的に同一（例えば、天然に存在する対立遺伝子変異体）である核酸分子を提供する。他の実施形態において、本発明は、配列番号１、配列番号３に示されるヌクレオチド配列を含む核酸分子と、本明細書に記載されるようなストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする核酸分子を提供し、ここで、この核酸は、全長９１３６タンパク質またはその活性なフラグメントをコードする。
【０００６】
関連する局面において、本発明はさらに、本明細書に記載される９１３６核酸分子を含む核酸構築物を提供する。特定の実施形態において、本発明の核酸分子は、ネイティブの調節配列または異種の調節配列に作動可能に連結している。また、本発明の９１３６核酸分子を含むベクターおよび宿主細胞（ポリペプチドを産生するのに適したベクターおよび宿主細胞）も含まれる。別の関連する局面において、本発明は、９１３６をコードする核酸の検出のためのプライマーまたはハイブリダイゼーションプローブとして適切な核酸フラグメントを提供する。なお別の関連する局面において、９１３６をコードする核酸分子に対してアンチセンスである単離された核酸分子が、提供される。
【０００７】
別の局面において、本発明は、例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または他の９１３６関連障害の処置および診断に適用可能なアッセイにおける試薬または標的として有用な、９１３６ポリペプチド、およびその生物学的に活性なフラグメントまたは抗原性フラグメントを特徴とする。他の実施形態において、本発明は、９１３６活性を有する９１３６ポリペプチドを提供する。好ましいポリペプチドは、少なくとも１つのアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインを含む９１３６タンパク質、ならびに、好ましくは、９１３６活性（例えば、本明細書に記載されるような９１３６活性）を有するタンパク質である。
【０００８】
他の実施形態において、本発明は、９１３６ポリペプチド（例えば、配列番号２に示されるアミノ酸配列を有する９１３６ポリペプチド）；配列番号２に示されるアミノ酸配列と実質的に同一なアミノ酸配列；または、配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列を含む核酸分子と、本明細書に記載されるようなストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする核酸分子を有する核酸分子によってコードされるアミノ酸配列を提供し、ここで、この核酸は、全長９１３６タンパク質またはその活性なフラグメントをコードする。
【０００９】
関連する局面において、本発明はさらに、本明細書に記載される９１３６核酸分子を含む核酸構築物を提供する。
【００１０】
関連する局面において、本発明は、融合タンパク質を形成するように、非９１３６ポリペプチドを作動可能に連結された９１３６ポリペプチドまたは９１３６フラグメントを提供する。
【００１１】
別の局面において、本発明は、９１３６ポリペプチドと反応するか、もしくは、より好ましくは、９１３６ポリペプチドに特異的にまたは選択的に結合する抗体およびその抗原結合フラグメントを特徴とする。
【００１２】
別の局面において、本発明は、９１３６ポリペプチドまたは９１３６核酸の発現または活性を調節する化合物についてのスクリーニングの方法を提供する。
【００１３】
なお別の局面において、本発明は、例えば、本明細書に記載されるスクリーニングにおいて同定される化合物を用いて、９１３６ポリペプチドまたは９１３６核酸の発現または活性を調節するプロセスを提供する。特定の実施形態において、この方法は、９１３６ポリペプチドまたは９１３６核酸の異常な活性または発現に関連する状態（例えば、異常なまたは不完全なアルデヒドデヒドロゲナーゼ機能または発現を含む状態または障害）の処置を包含する。このような障害の例としては、細胞増殖および／または分化障害、内皮細胞傷害、心臓血管障害および代謝障害が挙げられるが、これらに限定されない。
【００１４】
本発明はまた、生物学的サンプルにおいて、９１３６ポリペプチドまたは９１３６核酸分子の活性または有無を決定する（疾患診断を含む）ためのアッセイを提供する。
【００１５】
さらなる局面において、本発明は、９１３６ポリペプチドまたは９１３６核酸分子における遺伝的変化の有無を決定する（疾患診断を含む）ためのアッセイを提供する。
【００１６】
別の局面において、本発明は、複数のアドレスを有する二次元アレイを特徴とし、複数の各アドレスは、互いに位置的に区別可能であり、そして、複数の各アドレスは、特有の捕捉プローブ（例えば、核酸配列またはペプチド配列）を有する。複数のアドレスの少なくとも１つは、９１３６分子を認識する捕捉プローブを有する。１つの実施形態において、この捕捉プローブは、核酸（例えば、９１３６核酸配列に相補的なプローブ）である。別の実施形態において、捕捉プローブは、ポリペプチド（例えば、９１３６ポリペプチドに特異的な抗体）である。また、サンプルと上記のアレイとを接触させ、そして、サンプルのアレイへの結合を検出することによって、サンプルを分析する方法も、特徴とする。
【００１７】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明、および特許請求の範囲から明らかである。
【００１８】
（発明の詳細な説明）
非翻訳領域を含むおよそ３４４２ヌクレオチド長であるヒト９１３６配列（図１；配列番号１）は、約１５３９ヌクレオチドの予測されるメチオニン開始コード配列を含み、終結コドン（図１の配列番号１のコードとして示されるヌクレオチド；配列番号３）を含む。このコード配列は、５１２アミノ酸タンパク質（配列番号２）をコードする。
【００１９】
ヒト９１３６は、以下の領域または他の構造的特徴を含む（ＰＦＡＭドメイン識別子数、ＰＳ接頭ドメイン識別子数およびＰＦ接頭ドメイン識別子数に関する一般的な情報については、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、（１９９７）Ｐｒｏｔｅｉｎ  ２８：４０５〜４２０およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｓｃ．ｅｄｕ／ｇｅｎｅｒａｌ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｐｆａｍ／ｐｆａｍ．ｈｔｍｌを参照のこと）：
配列番号２のアミノ酸残基およそ３９〜５０７に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン（ＰＦＡＭ登録番号ＰＦ００１７１）；
配列番号２のアミノ酸およそ１４８〜１５５に位置する１つのＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐループ）（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ０００１７、ＰＳＯＲＴ、ｈｔｔｐ：／／ｐｓｏｒｔ．ｎｉｂｂ．ａｃ．ｊｐ）；
配列番号２のアミノ酸およそ３０７〜３１８に位置する１つのアルデヒドデヒドロゲナーゼシステイン活性部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ０００７０）；
配列番号２のアミノ酸およそ２７９〜２８６に位置する１つのアルデヒドデヒドロゲナーゼグルタミン酸活性部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００６８７）；
配列番号２のアミノ酸およそ４５〜４７、５５〜５７、１２２〜１２４、１４０〜１４２、３７１〜３７３および５０４〜５０６に位置する６つのプロテインキナーゼＣリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００５）；
配列番号２のアミノ酸およそ５５〜５８、１６６〜１６９、３８４〜３８７、４２４〜４２７および４５６〜４５９に位置する５つのカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００６）；
配列番号２のアミノ酸およそ２７５〜２７８に位置する１つのｃＡＭＰ／ｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００４）；
配列番号２のアミノ酸およそ４３３〜４３６に位置する１つのＮ−グリコシル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００１）；
配列番号２のアミノ酸およそ６〜１１、１３６〜１４１、１７２〜１７７、２４１〜２４６、３０５〜３１０、３１１〜３１６、および４３８〜４４３に位置する７つのＮ−ミリストイル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００８）；
配列番号２のアミノ酸およそ４８３〜４８６に位置する１つのグリコサミノグリカン結合部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００２）；
配列番号２のアミノ酸およそ３１９〜３２７に位置する１つのチロシンキナーゼリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００７）；
配列番号２のアミノ酸およそ４５〜４８、および３７１〜３７４に位置する２つのアミド化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅ  ＰＳ００００９）。
【００２０】
さらに、ヒト９１３６は、以下の領域または構造的特徴を含み得る：
配列番号２のアミノ酸およそ１７１〜１８９および２２８〜２４４における２つの膜貫通ドメイン（ＭＥＭＳＡＴにより予測される、Ｊｏｎｅｓら（１９９４）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３：３０３８〜３０４９）；
配列番号２のアミノ酸およそ１〜１７０の間の１つのＮ末端細胞質ドメイン（ＭＥＭＳＡＴにより予測される）；
配列番号２のアミノ酸およそ１９０〜２２７の間の１つの非細胞質ループ（ＭＥＭＳＡＴにより予測される）；
配列番号２のアミノ酸およそ２４５〜５１２における１つの細胞質テール（ＭＥＭＳＡＴにより予測される）。
【００２１】
９１３６タンパク質は、アルデヒドデヒドロゲナーゼファミリー（アルデヒドデヒドロゲナーゼドメインを含む）と共通する非常に多くの構造的特徴、および、以下に詳細に記載されるような、ＡＬＤＨファミリーのメンバーによって共有されていると考えられる他の構造的特徴を含む。
【００２２】
１６個のアルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＡＬＤＨ）の遺伝子および３個の偽遺伝子が、別個の染色体位置で、ヒトのゲノムにおいてこれまでに同定されている。これらの遺伝子は、種々の脂肪族アルデヒドおよび芳香族アルデヒドを酸化する、一群の酵素をコードする。これらの遺伝子によってコードされるタンパク質（酵素サブユニット）は、約５００アミノ酸残基からなる。触媒活性形態の酵素は、ホモダイマー（ＡＬＤＨ３、ＡＬＤＨ４）、ホモテトラマー（ＡＬＤＨ１、ＡＬＤＨ２、ＡＬＤＨ９、ＭＭＳＤＤ）または未知である。脊椎動物では、系統発生分析は、２つの主なクラスに分類される１３ファミリーのアルデヒドデヒドロゲナーゼを示す。ほとんどが基質特異的デヒドロゲナーゼからなる「クラス３」グループ、およびより広い基質特異性を有する「クラス１／２」デヒドロゲナーゼ。「クラス１／２」グループは、１マイクロモル未満の濃度のレチナールアルデヒドを利用し得るメンバーを含む。
【００２３】
第１のＡＬＤＨは、１９４９年に精製された。第１のＡＬＤＨのアミノ酸配列は１９８４年に決定され、そして３０を超えるＡＬＤＨの一次構造が今や公知である。ＡＬＤＨは、鉄−硫黄クラスターを含まず、ＮＡＤまたはＮＡＤＰを補酵素として使用し、そしてモリブドプテリン（ｍｏｌｙｂｄｏｔｅｒｉｎ）ベースの補因子を必要としない、古典的βαβタンパク質である。従って、ＡＬＤＨの生化学的特性および構造的折り畳みは、レドックスプロセスにおいて、またはエネルギー源として、アルデヒドのカルボン酸への転換を利用する他の酵素（例えば、特定のオキシドレダクターゼ）とは異なり、ＡＬＤＨを、生物学的系における潜在的に全ての組織においてアルデヒド蓄積を制御するために設計された独特なスーパーファミリーの分子とする。クラス３のＡＬＤＨ−ＮＡＤ＋二元複合体の最初の結晶構造は、近年報告された（Ｌｉｕ  Ｚ−Ｊ．ら，「Ｔｈｅ  ｆｉｒｓｔ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ａｎ  ａｌｄｅｈｙｄｅ  ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｎｏｖｅｌ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ＮＡＤ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｒｏｓｓｍａｎ  ｆｏｌｄ．」，Ｎａｔｕｒｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９７）４（４），３１７−３２６）。そのすぐ後、ＡＬＤＨ２−ＮＡＤ＋複合体の構造が記載された（Ｓｔｅｉｎｍｅｔｚ  Ｃ．Ｇ．ら，「Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ  ａｌｄｅｈｙｄｅ  ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ：ｔｈｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  ｏｆ  ｅｔｈａｎｏｌ  ａｖｅｒｓｉｏｎ．」，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（１９９７），５（５），７０１−７１１）。ＡＬＤＨ２は、テトラマー酵素であることが見出された。一方、クラス３のＡＬＤＨは、ダイマーである。両方の研究は、このマルチマー内の各サブユニットが、以下の３つの異なるドメインから構成されることを報告する：ＮＡＤ結合ドメイン、触媒ドメインおよび架橋ドメイン。ＮＡＤ結合ドメインはまた、Ｒｏｓｓｍａｎ型折畳みを示すことが見出された。多数の酵素は、ジヌクレオチド（例えば、ＮＡＤおよびＦＡＤ（フラビンアデニンジヌクレオチド））を補因子として使用する。これらの酵素は異なる基質と相互作用し、いくつかは異なる全体的構造を有するとはいえ、これらのジヌクレオチド結合ドメインの大部分は、Ｒｏｓｓｍａｎ折畳みまたは（α／β）８バレル構造のいずれかを有する。上記の２つの結晶構造決定研究によって確認されたように、ＡＬＤＨは、前者のグループに属する。さらに、ＮＡＤ＋結合の詳細は、ＮＡＤ＋が、他のジヌクレオチド結合酵素において見られるようなαＡヘリックスよりもむしろαＤヘリックスにまたがって結合するという点で、他のジヌクレオチド結合酵素とは顕著に異なることが見出された。これらの相違は、ＡＬＤＨスーパーファミリーの一般的特徴であり得るようである。
【００２４】
この反応機構は一般に、酵素−ＮＡＤ＋二元複合体を通して進行し、それにより、アルデヒド基質のカルボニル炭素が、この酵素求核試薬（これは、触媒性システイン残基であると考えられる）によって攻撃されて、チオヘミアセタール中間体を形成する。チオヘミアセタール中間体からＮＡＤ＋ニコチンアミド環のＣ４原子への水素化物転移に続いて、アシル−酵素中間体が形成され、次いでこれは加水分解されて、対応するカルボン酸生成物を生じる。
【００２５】
これらのアミノ酸配列の詳細な比較およびイントロン−エキソン構成は、全てのＡＬＤＨファミリーメンバー間での顕著な類似性の存在を示す（Ｐｅｒｏｚｉｃｈ  Ｊ．ら，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９９），８：１３７−１４６；Ｙｏｓｈｉｄａ  Ａ．ら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９８），２５１，５４９−５５７）。しかし、ヒトＡＬＤＨの比較は、これらの間での広範囲の多様性（タンパク質配列レベルで、＞８０〜＜１５％の同一性）を示す。それにもかかわらず、いくつかのタンパク質領域（これらのうちのいくつかは、機能活性に関与する）は、これらのファミリーメンバー間で保存されている。ＡＬＤＨ関連配列の整列研究は、以下の５つの厳密に保存された残基を示した：ＮＡＤ結合に関与する、２つのグリシンおよびフェニルアラニン；ニコチンアミドリボースを特定の酵素−ＮＡＤ二元複合体結晶構造に配位させるが、触媒性反応についての一般的塩基としてもまた役立ち得る（例えば、触媒性システイン残基からのプロトンの抽出およびアシル−酵素中間体の加水分解を容易にする）、グルタミン酸；ならびに触媒性チオールを提供するシステイン残基。
【００２６】
保存された残基は、ＡＬＤＨ構造内の重要な位置に見出されるので、多くの特徴（例えば、全体的な構造の折畳み、新規なＮＡＤ結合モチーフおよびその触媒性部位の環境）は、ＡＬＤＨファミリーの全てのメンバーに適用されるようである。
【００２７】
用語「ファミリー」は、本発明のタンパク質分子および核酸分子に言及する場合、共通の構造ドメインまたは共通の構造モチーフを有し、そして本明細書中に定義される通りの充分なアミノ酸配列相同性または充分なヌクレオチド配列相同性を有する、２以上のタンパク質または核酸分子を意味する。このようなファミリーのメンバーは、天然に存在しても天然に存在しなくてもよく、そして同じ種に由来しても異なる種に由来してもよい。例えば、ファミリーは、ヒト起源の第１タンパク質ならびにヒト起源の他の別個のタンパク質を含んでもよく、あるいは、非ヒト起源のホモログ（例えば、ラットタンパク質またはマウスタンパク質）を含んでもよい。ファミリーのメンバーはまた、共通の機能的特徴を有し得る。
【００２８】
本明細書中で用いられる場合、用語「アルデヒドデヒドロゲナーゼ」は、単独でまたは別の酵素もしくはサブユニットとの組み合わせで、有機アルデヒド基質の、対応するカルボン酸への酸化を触媒し得る、タンパク質またはポリペプチドを包含する。
【００２９】
アルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーのメンバーのタンパク質は、一般に、種々の内因性アルデヒド（例えば、とりわけ、アセトアルデヒド、レチナール、グルタル酸γセミアルデヒド、コハク酸セミアルデヒド、γ−アミノブチルアルデヒドおよびメチルマロン酸セミアルデヒド）の酸化に関与する、細胞質ゾル、ミトコンドリアまたはミクロソームの、代表的にはヘテロマルチマーまたはホモマルチマーの酵素である。アルデヒドデヒドロゲナーゼは一般に、ＮＡＤ結合部位および触媒性部位を含む。９１３６タンパク質とヒトＤＨＡ６（ＡＬＤＨ６）タンパク質（登録番号ＰＤ０００２１８、ＰＤ２８４６６８、ＰＤ０００３７８、ＰＤ２１８５０１、およびＰＤ４０７７８６）の種々の配列領域との整列を図４〜図８に示し、そして２つのタンパク質の間での約１００％の配列同一性（ｂｌｏｓｕｍ６２．ｉｉｊ行列からのｍａｔｂｌａｓにおいて算出した場合）を実証する。
【００３０】
９１３６タンパク質とニワトリＱ９ＤＤ４６との整列を図９に示し、そしてこれらの２つの配列間での約９２％の配列同一性を実証する。
【００３１】
（アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン）
９１３６ポリペプチドは、「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」または「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」と相同な領域を含み得る。
【００３２】
本明細書中で用いられる場合、用語「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」は、９１３６の、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤの完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス移行領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域、およびデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域を包含し得、そして約３５０〜６００アミノ酸残基長でかつ「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」（ＨＭＭ）に対するその配列の整列について少なくとも６５０のビットスコアを有するアミノ酸配列を包含する。好ましくは、「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」は、内因性アルデヒドおよび生体異物アルデヒドの、対応するカルボン酸への触媒性酸化を媒介する。
【００３３】
このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス移行領域には、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ登録番号ＰＤ０００３７８が割り当てられており；このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域には、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ登録番号ＰＤ２１８５０１が割り当てられており；このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域には、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ登録番号ＰＤ０００２１８が割り当てられており；このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域には、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ登録番号ＰＤ４０７７８６が割り当てられており；そしてこのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域には、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ登録番号ＰＤ２８４６６８が割り当てられている。９１３６のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン（配列番号２のアミノ酸３９〜５０７）と、マルコフ（Ｍａｒｋｏｖ）モデル由来のＰＦ００１７１コンセンサスアミノ酸配列（配列番号４）との整列を、図３に示す。９１３６のこのアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス移行領域（配列番号２のアミノ酸３５〜１０４）と、マルコフモデル由来のＰＤ０００３７８コンセンサスアミノ酸配列（配列番号５）との整列を図４に示す。９１３６のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域（配列番号２のアミノ酸１０６〜１７２）と、マルコフモデル由来のＰＤ２１８５０１コンセンサスアミノ酸配列（配列番号６）との整列を、図５に示す。９１３６のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域（配列番号２のアミノ酸２３５〜３４８）と、マルコフモデル由来のＰＤ０００２１８コンセンサスアミノ酸配列（配列番号７）との整列を、図６に示す。９１３６のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域（配列番号２のアミノ酸３５３〜４１４）と、マルコフモデル由来のＰＤ４０７７８６コンセンサスアミノ酸配列（配列番号８）との整列を、図７に示す。９１３６のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域（配列番号２のアミノ酸４２３〜５０３）と、マルコフモデル由来のＰＤ２８４６６８コンセンサスアミノ酸配列（配列番号９）との整列を、図８に示す。
【００３４】
このアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス移行領域は、このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス移行領域（ＰＤ０００３７８）に対する９１３６配列の整列について、少なくとも２５０、より好ましくは３００、最も好ましくは３５０以上のビットスコアを有する、約４０〜１００アミノ酸残基長、より好ましくは約５０〜９０アミノ酸、または約６０〜８０アミノ酸残基のアミノ酸配列を含む。このアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域は、このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域（ＰＤ２１８５０１）に対する９１３６配列の整列について、少なくとも２５０、より好ましくは２９０、最も好ましくは３４０以上のビットスコアを有する、約４０〜１００アミノ酸残基長、より好ましくは約５０〜９０アミノ酸、または約６０〜８０アミノ酸残基のアミノ酸配列を含む。このアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域は、このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域（ＰＤ０００２１８）に対する９１３６配列の整列について、少なくとも４５０、より好ましくは５００、最も好ましくは５５０以上のビットスコアを有する、約８５〜１４５アミノ酸残基長、より好ましくは約９５〜１３５アミノ酸、または約１０５〜１２５アミノ酸残基のアミノ酸配列を含む。このアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域は、このデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域（ＰＤ４０７７８６）に対する９１３６配列の整列について、少なくとも２２５、より好ましくは２５０、最も好ましくは２７５以上のビットスコアを有する、約３０〜９０アミノ酸残基長、より好ましくは約４０〜８０アミノ酸、または約５０〜７０アミノ酸残基のアミノ酸配列を含む。このアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域は、（ＰＤ２８４６６８）に対する９１３６配列の整列について、少なくとも２７５、より好ましくは３２５、最も好ましくは３７５以上のビットスコアを有する、約５０〜１１０アミノ酸残基長、より好ましくは約６０〜１００アミノ酸、または約７０〜９０アミノ酸残基のアミノ酸配列を含む。
【００３５】
好ましくは、「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」は、少なくとも約３５０〜６００アミノ酸、より好ましくは約４００〜５４０アミノ酸残基、または最も好ましくは約４５０〜４９０アミノ酸を含み、そして「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」（ＨＭＭ）に対するこの配列の整列について、少なくとも６５０、より好ましくは７５０、最も好ましくは８５０以上のビットスコアを有する。
【００３６】
「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」は、以下を含み得る：ＰｒｏＳｉｔｅ  Ｎ−グリコシル化部位（コンセンサス配列：Ｎ−｛Ｐ｝−［ＳＴ］−｛Ｐ｝を有する、ＰＳ００００１）；ＰｒｏＳｉｔｅグリコサミノグリカン結合部位（コンセンサス配列：Ｓ−Ｇ−ｘ−Ｇを有するＰＳ００００２）；ＰｒｏＳｉｔｅグリコサミノグリカン結合部位（コンセンサス配列：Ｓ−Ｇ−ｘ−Ｇを有するＰＳ００００２）；ＰｒｏＳｉｔｅ  ｃＡＭＰおよびｃＧＭＰに依存性のプロテインキナーゼリン酸化部位（コンセンサス配列：［ＲＫ］（２）−ｘ−［ＳＴ］を有するＰＳ００００４）；ＰｒｏＳｉｔｅプロテインキナーゼＣリン酸化部位（コンセンサス配列：［ＳＴ］−ｘ−［ＲＫ］を有するＰＳ００００５）；ＰｒｏＳｉｔｅカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位（コンセンサス配列：［ＳＴ］−ｘ（２）−［ＤＥ］を有するＰＳ００００６）；ＰｒｏＳｉｔｅチロシンキナーゼリン酸化部位（コンセンサス配列：［ＲＫ］−ｘ（２，３）−［ＤＥ］−ｘ（２，３）−Ｙを有するＰＳ００００７）；ＰｒｏＳｉｔｅアミド化部位（コンセンサス配列：ｘ−Ｇ−［ＲＫ］−［ＲＫ］を有するＰＳ０００９）；ＰｒｏＳｉｔｅ  ＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐループ）（コンセンサス配列：［ＡＧ］−ｘ（４）−Ｇ−Ｋ−［ＳＴ］を有するＰＳ０００１７）；ＰｒｏＳｉｔｅアルデヒドデヒドロゲナーゼシステイン活性部位（コンセンサス配列：［ＦＹＬＶＡ］−ｘ（３）−Ｇ−［ＱＥ］−ｘ−Ｃ−［ＬＩＶＭＧＳＴＡＮＣ］−［ＡＧＣＮ］−ｘ−［ＧＳＴＡＤＮＥＫＲ］を有するＰＳ０００７０）；およびＰｒｏＳｉｔｅアルデヒドデヒドロゲナーゼグルタミン酸活性部位（コンセンサス配列：［ＬＩＶＭＦＧＡ］−Ｅ−［ＬＩＭＳＴＡＣ］−［ＧＳ］−Ｇ−［ＫＮＬＭ］−［ＳＡＤＮ］−［ＴＡＰＦＶ］を有するＰＳ００６８７）；またはこれらに相同な配列。上記の保存されたシグネチャー配列、ならびに本明細書中に記載される他のモチーフもしくはシグネチャー配列では、標準的なＩＵＰＡＣのアミノ酸１文字暗号が用いられる。このパターンにおける各構成要素は、ダッシュ（−）によって隔てられ；角括弧（［  ］）は、その位置で受け入れられる特定の残基を示し；中括弧（｛  ｝）は、その位置で受け入れられない特定の残基を示し；ｘは、任意の残基がその位置で受け入れられることを示し；そして丸括弧（（  ））内の数字は、付随するアミノ酸によって示される残基の数を示す。
【００３７】
このアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインは、アルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーのメンバーの間で高度に保存され、かつ触媒および／またはＮＡＤ結合において重要な役割を果たすと考えられる、以下のアミノ酸のうちの１以上をさらに含み得る：ＮＡＤ結合に関与する、２個のグリシン、およびフェニルアラニン；ニコチンアミドリボースを特定のＥ−ＮＡＤ二元複合体結晶構造に配位すると考えられるが、触媒性反応のための一般的塩基としても役立ち得る、グルタミン酸；ならびに触媒性反応のための触媒性チオールを提供するシステイン残基。特に、このアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインは、配列番号２のＧｌｕ−２６８およびＣｙｓ−３０２を含み得る。
【００３８】
この「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」（ＨＭＭ）には、ＰＦＡＭ登録番号ＰＦ００１７１（ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／Ｐｆａｍ／．ｈｔｍｌ）が割り当てられている。ヒト９１３６の「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」（配列番号２のアミノ酸３９〜５０７）と、隠れマルコフモデル由来のＰｆａｍ  ＰＦ００１７１コンセンサスアミノ酸配列（配列番号４）との整列を、図３に示す。
【００３９】
好ましい実施形態では、９１３６ポリペプチドまたは９１３６タンパク質は、「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」、または少なくとも約３５０〜６００アミノ酸残基、より好ましくは約４００〜５４０アミノ酸残基、もしくは最も好ましくは４５０〜４９０アミノ酸残基を含みかつ「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」（例えば、ヒト９１３６の「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」（例えば、配列番号２の残基３９〜５０７））との少なくとも、約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、もしくは１００％の相同性を有する領域を有する。
【００４０】
９１３６タンパク質配列における「アルデヒドデヒドロゲナーゼ」ドメインの存在を同定するため、そして目的のポリペプチドまたはタンパク質が特定のプロファイルを有することを決定するために、このタンパク質のアミノ酸配列は、デフォルトパラメーターを使用してＨＭＭのＰｆａｍデータベース（例えば、Ｐｆａｍ  ｄａｔａｂａｓｅ，ｒｅｌｅａｓｅ  ２．１）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／Ｓｏｆｔｗａｒｅ／Ｐｆａｍ／ＨＭＭ＿ｓｅａｒｃｈ）に対して検索され得る。例えば、ｈｍｍｓｆプログラム（検索プログラムのＨＭＭＥＲパッケージの一部として入手可能）は、ＭＩＬＰＡＴ００６３についてのファミリー特異的デフォルトプログラムであり、そしてスコア１５は、ヒットを決定するためのデフォルトの閾値スコアである。あるいは、ヒットを決定するための閾値スコアは、（例えば、８ビットまで）下げられ得る。Ｐｆａｍデータベースの記載は、Ｓｏｎｈａｍｍｅｒら（１９９７）Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ２８：４０５−４２０に見出され得、そしてＨＭＭの詳細な説明は、例えば、Ｇｒｉｂｓｋｏｖら（１９９０）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８３：１４６−１５９；Ｇｒｉｂｓｋｏｖら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：４３５５−４３５８；Ｋｒｏｇｈら（１９９４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２３５：１５０１−１５３１；およびＳｔｕｌｔｚら（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ．２：３０５−３１４（これらの内容は、本明細書中に参考として援用される）に見出され得る。検索をＨＭＭデータベースに対して行い、配列番号２の残基約３９〜５０７においてヒト９１３６のアミノ酸配列における「アルデヒドデヒドロゲナーゼ」ドメインの同定をもたらした（図３を参照のこと）。
【００４１】
９１３６タンパク質配列における、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス転移領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域、またはデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域の存在を同定し、そして目的のポリペプチドまたはタンパク質が特定のプロフィールを有することを決定するために、このタンパク質のアミノ酸配列を、ドメインのデータベース（例えば、ＰｒｏＤｏｍデータベース（Ｃｏｒｐｅｔら（１９９９），Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２７：２６３−２６７））に対して検索し得る。このＰｒｏＤｏｍ  タンパク質ドメインデータベースは、相同ドメインの自動的なコンパイルから構成される。ＰｒｏＤｏｍの現在のバージョンは、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ  ３８タンパク質データベースおよびＴＲＥＭＢＬタンパク質データベースのリカーシブＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ検索（Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２；Ｇｏｕｚｙら（１９９９）Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２３：３３３−３４０）を使用して構築される。このデータベースは、各ドメインについてコンセンサス配列を自動的に作成する。ＢＬＡＳＴサーチを、ＨＭＭデータベースに対して実行し、ヒト９１３６のアミノ酸配列において、（１）デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス転移領域（ヒト９１３６の配列番号２のアミノ酸残基およそ３５〜１０４）、（２）デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域（ヒト９１３６の配列番号２のアミノ酸残基およそ１０６〜１７２）、（３）デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域（ヒト９１３６の配列番号２のアミノ酸残基およそ２３５〜３４８）、（４）デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域（ヒト９１３６の配列番号２のアミノ酸残基およそ３５３〜４１４）、および（５）デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域（ヒト９１３６の配列番号２のアミノ酸残基およそ４２３〜５０３）（それぞれ、図４、５、６、７および８を参照のこと）の同定をもたらす。
【００４２】
９１３６ポリペプチドは、少なくとも１つ、好ましくは２つの「膜貫通ドメイン」または「膜貫通ドメイン」と相同な領域を含み得る。本明細書中で使用される場合、用語「膜貫通ドメイン」は、約１０〜４０アミノ酸残基長のアミノ酸配列を含み、そして形質膜に及ぶ。膜貫通ドメインは、疎水性残基が豊富であり、例えば、膜貫通ドメインの少なくとも５０％、６０％、７０％，８０％、９０％、９５％以上のアミノ酸が、疎水性である（例えば、ロイシン、イソロイシン、チロシン、またはトリプトファン）。膜貫通ドメインは、代表的に、α−らせん構造を有し、そして例えば、Ｚａｇｏｔｔａら（１９９６）Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１９：２３５−２６３に記載される（その内容は、本明細書中に参考として援用される）。ヒト９１３６の１つの膜貫通ドメインは、配列番号２の残基およそ１７１〜１８９に位置し得る。ヒト９１３６の別の膜貫通ドメインは、配列番号２の残基およそ２２８〜２４４に位置し得る。
【００４３】
好ましい実施形態において、９１３６ポリペプチドまたはタンパク質は、少なくとも１つ、好ましくは２つの「膜貫通ドメイン」、または少なくとも約１２〜３５アミノ酸残基、より好ましくは約１４〜３０アミノ酸残基もしくは１５〜２５アミノ酸残基を含み、かつ「膜貫通ドメイン」（例えば、ヒト９１３６の膜貫通ドメイン（（例えば、配列番号２の残基１７１〜１８９および２２８〜２４４））と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％の相同性を有する領域を有し得る。ヒト９１３６の膜貫通ドメインは、ハイドロパシープロット（図２）において、ハイドロパシートレースが、ほぼ水平線の上にある約１５〜２５アミノ酸の領域として可視化される。
【００４４】
９１３６タンパク質配列中の「膜貫通」ドメインの存在を同定し、かつ目的のポリペプチドまたはタンパク質が特定のプロファイルを有することを決定するために、このタンパク質のアミノ酸配列は、膜貫通推定方法により解析され得、この方法は、トポロジーモデルの認識に基づいて、内在性膜タンパク質の二次構造およびトポロジーを推定する（ＭＥＭＳＡＴ、Ｊｏｎｅｓら、（１９９４）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３：３０３８−３０４９）。
【００４５】
９１３６ポリペプチドは、少なくとも１つ、好ましくは２つの、より好ましくは３つの、「非膜貫通領域」を含み得る。本明細書中で使用される場合、用語「非膜貫通領域」は、膜貫通ドメインとして同定されないアミノ酸配列を含む。９１３６中の非細胞質非膜貫通領域は、配列番号２のアミノ酸１９０〜２２７に位置し得る。９１３６中の細胞質非膜貫通領域は、配列番号２のアミノ酸およそ１〜１７０および２４５〜５１２に位置し得る。
【００４６】
９１３６の非膜貫通領域は、少なくとも１つ、好ましくは２つの細胞質領域を含み得る。Ｎ末端に位置する場合、この細胞質領域は、本明細書中において「Ｎ末端細胞質ドメイン」と呼ばれる。本明細書中で使用される場合、「Ｎ末端細胞質ドメイン」は、約１〜３００アミノ酸残基長、好ましくは約１〜２５０アミノ酸残基長、より好ましくは約１〜２００アミノ酸残基長、またさらにより好ましくは約１〜１７０アミノ酸残基長を有するアミノ酸配列を含み、細胞の内側または細胞の細胞質内に位置する。「Ｎ末端細胞質ドメイン」のＣ末端アミノ酸残基は、９１３６タンパク質中の膜貫通ドメインのＣ末端アミノ酸残基に隣接する。例えば、Ｎ末端細胞質ドメインは、配列番号２のアミノ酸残基約１〜１７０に位置し得る。
【００４７】
好ましい実施形態において、９１３６ポリペプチドまたはタンパク質は、Ｎ末端細胞質ドメイン、または約１〜２５０アミノ酸残基、好ましくは約１〜２００アミノ酸残基、そしてより好ましくは約１〜１７０アミノ酸残基を含み、そして「Ｎ末端細胞質ドメイン」（例えば、ヒト９１３６のＮ末端細胞質ドメイン（例えば、配列番号２の残基１〜１７０）と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％の相同性を有する領域を有し得る。
【００４８】
別の実施形態において、９１３６非膜貫通領域は、少なくとも１つの非細胞質ループを含み得る。本明細書中で使用される場合、「非細胞質ループ」は、細胞の外側または細胞内小器官に位置するループを含む。非細胞質ループは、細胞外ドメイン（すなわち、細胞の外側）および細胞内ドメイン（すなわち、細胞内）を含む。細胞内小器官に見出される膜結合型タンパク質（例えば、ミトコンドリア、小胞体、ペルオキシソーム、ミクロソーム、小胞、エンドソームおよびリソソーム）に言及する場合、非細胞質ループは、小器官またはマトリックスまたは膜間空間の管腔に存在するタンパク質ドメインを包含する。例えば、「非細胞質ループ」は、配列番号２のアミノ酸残基およそ１９０〜２２７に見出され得る。
【００４９】
好ましい実施形態において、９１３６ポリペプチドまたは９１３６タンパク質は、少なくとも１つの非細胞質ループまたは少なくとも約３８アミノ酸残基、好ましくは約３０〜５０アミノ酸残基、より好ましくは約３５〜４５アミノ酸残基を含みかつ「非細胞質ループ」（ヒト９１３６の少なくとも１つの非細胞質ループ（例えば、配列番号２の残基１９０〜２２７））と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％の相同性を有し得る、領域を有し得る。別の実施形態において、９１３６タンパク質の細胞質領域は、Ｃ末端を含み得、そして「Ｃ末端細胞質ドメイン」（「Ｃ末端細胞質テール」とも本明細書中で呼ばれる）であり得る。本明細書中で使用される場合、「Ｃ末端細胞質ドメイン」は、少なくとも約２６０アミノ酸残基、好ましくは約２００〜３２０アミノ酸残基、より好ましくは約２５０〜２８０アミノ酸残基の長さを有するアミノ酸配列を含み、細胞の内側または細胞の細胞質内に位置する。「Ｃ末端細胞質ドメイン」のＮ末端アミノ酸残基は、９１３６タンパク質における膜貫通ドメインのＣ末端アミノ酸残基に隣接する。例えば、Ｃ末端細胞質ドメインは、配列番号２のアミノ酸残基およそ２４５〜５１２に位置し得る。
【００５０】
好ましい実施形態において、９１３６ポリペプチドまたは９１３６タンパク質は、Ｃ末端細胞質ドメインを有し得るか、または少なくとも約２６０アミノ酸残基、好ましくは約２００〜３２０アミノ酸残基、より好ましくは約２５０〜２８０アミノ酸残基を含みかつＣ末端細胞質ドメイン（例えば、ヒト９１３６のＣ末端細胞質ドメイン（例えば、配列番号２の残基２４５〜５１２））と少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％の相同性を有する領域を有し得る。
【００５１】
９１３６ファミリーメンバーは、少なくとも１つの「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」を含み得る。９１３６ファミリーメンバーは、少なくとも１つのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス転移領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰ  γ−グルタミルホスフェート領域、デヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域、およびデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域を含み得る。さらに、９１３６ファミリーメンバーは、少なくとも１つのＮ−グリコシル化部位（ＰＳ００００１）、グリコサミノグリカン付着部位（ＰＳ００００２）、ｃＡＭＰおよびｃＧＭＰ依存性プロテインキナーゼリン酸化部位（ＰＳ００００４）、チロシンキナーゼリン酸化部位（ＰＳ００００７）、ＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐ−ループ）（ＰＳ０００１７）、アルデヒドデヒドロゲナーゼシステイン活性部位（ＰＳ０００７０）およびアルデヒドデヒドロゲナーゼグルタミン酸活性部位（ＰＳ００６８７）を含み得る。さらに、ヒト９１３６ファミリーメンバーは、少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、好ましくは６個のプロテインキナーゼＣリン酸化部位（ＰＳ００００５）；少なくとも１個、２個、３個、４個、好ましくは５個のカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位（ＰＳ００００６）；少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、好ましくは７個のＮ−ミリストイル化部位（ＰＳ００００８）；および少なくとも１個、好ましくは２個のアミド化部位（ＰＳ００００９）を含み得る。
【００５２】
９１３６ファミリーメンバーは、少なくとも１個の「アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン」を含み得、そして少なくとも１個、好ましくは２個の膜貫通ドメインを含み得、そして少なくとも１個、２個または好ましくは３個の非膜貫通ドメインを含み得る。
【００５３】
本発明の９１３６ポリペプチドは、９１３６媒介活性を調節し得るので、これらは、以下に記載されるような、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または他の９１３６関連障害のための新規な診断剤および治療剤を開発するのに有用であり得る。
【００５４】
本明細書中で使用される場合、「アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連活性」は、内因性アルデヒドおよび外因性アルデヒドが対応するカルボン酸へと触媒的酸化することに関与する活性を包含する。例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーのメンバーは、発癌において役割を果たし得（Ｌｉｎｄａｈｌ  Ｒ．，Ｃｒｉｔｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，２７，Ｎｏ．４／５，ｐｐ．２８３−３３５，１９９２）、アルコール代謝において役割を果し得（Ｅｈｒｉｇ  Ｔ．，Ｂｏｓｒｏｎ  Ｗ．Ｆ．，Ｌｉ  Ｔ−Ｋ．，Ａｌｃｏｈｏｌ  ＆  Ａｌｃｏｈｏｌｉｓｍ，２５，Ｎｏ．２／３，ｐｐ．１０５−１１６，１９９０；  Ｘｉａｏ  Ｑ．，Ｗｅｉｎｅｒ  Ｈ．，Ｃｒａｂｂ  Ｄ．Ｗ．，Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ，９８，Ｎｏ．９，ｐｐ．２０２７−２０３２，１９９６）、網膜代謝において役割を果し得（Ｚｈａｏ  Ｄ．，ＭｃＣａｆｆｅｒｙ  Ｐ．，Ｉｖｉｎｓ  Ｋ．Ｊ．，Ｎｅｖｅ  Ｒ．Ｌ．，Ｈｏｇａｎ  Ｐ．，Ｃｈｉｎ  Ｗ．Ｗ．，Ｄｒａｅｇｅｒ  Ｕ．Ｃ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｐｐ．１５−２２，１９９６；  Ｇｒｕｎ  Ｆ．，Ｈｉｒｏｓｅ  Ｙ．，Ｋａｗａｕｃｈｉ  Ｓ．，Ｏｇｕｒａ  Ｔ．，Ｕｍｅｓｏｎｏ  Ｋ．，Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２７５，Ｎｏ．５２，ｐｐ．４１２１０−４１２１８，２０００）、そして他の生理学的に重要なアルデヒドの代謝において役割を果し得る（Ｖａｓｉｌｉｏｕ  Ｖ．，Ｐａｐｐａ  Ａ．，Ｐｅｔｅｒｓｅｎ  Ｄ．Ｒ．，Ｃｈｅｍｉｃｏ−Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ，１２９，ｐｐ．１−１９，２０００）。
【００５５】
本明細書中で使用される場合、「９１３６活性」、「９１３６の生物学的活性」または「９１３６の機能的活性」とは、９１３６タンパク質、９１３６ポリペプチド、または９１３６核酸分子により、例えば、インビボまたはインビトロで決定された場合の９１３６応答性細胞または９１３６基質（例えば、タンパク質基質）に対して及ぼされる活性をいう。一実施形態において、９１３６活性は、直接的な活性（例えば、９１３６標的分子との結合）である。「標的分子」または「結合パートナー」は、天然において９１３６タンパク質が結合するかまたは相互作用する分子である。
【００５６】
例示的実施形態において、９１３６は、有機アルデヒド基質（例えば、アセトアルデヒド、レチンアルデヒド（網膜）、グルタミン酸γ−セミアルデヒド、プロピオンアルデヒド、コハク酸セミアルデヒド、メチルマロン酸セミアルデヒド、γ−アミノブチルアルデヒド、脂肪酸アルデヒド基質、芳香族アルデヒド基質、およびアミンアルデヒド基失）に対する酵素である。
【００５７】
９１３６活性はまた、間接的な活性（例えば、９１３６タンパク質と９１３６レセプターとの相互作用により媒介される細胞シグナル伝達活性）であり得る。上記の配列構造および既知の機能の分子に対する類似性に基づいて、本発明の９１３６分子は、アルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーメンバーと同様の生物学的活性を有し得る。例えば、本発明の９１３６タンパク質は、以下の活性の１つ以上を有し得る：（１）代謝を調節する能力；（２）アルデヒド基質に結合する能力；（３）ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）に結合する能力；（４）アルデヒドからジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）へとヒドリドを転移する能力；および（５）アルデヒド基質の酸化産物を放出する能力。
【００５８】
本発明の９１３６分子は、９１３６分子が発現される組織における細胞の活性を調節し得る。例えば、９１３６ｍＲＮＡは、肺腫瘍、乳房腫瘍、結腸腫瘍、前立腺腫瘍および卵巣腫瘍において発現され；冠状平滑筋細胞（ＳＭＣ）および前立腺正常組織において高度に発現され；そしてヒト臍静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）において中程度に発現される。従って、本発明の９１３６分子は、細胞増殖障害および／または細胞分化障害、内皮細胞障害、心血管障害、および代謝障害についての治療剤または診断剤として作用し得る。
【００５９】
この９１３６分子は、細胞増殖障害および／または細胞分化障害ならびに内皮障害を処置するために使用され得る。これは、一部には、９１３６の発現が、対応する正常組織と比較して特定の腫瘍組織においてアップレギュレートされるからであり、９１３６が、ｐ５３腫瘍サプレッサー遺伝子によりダウンレギュレートされるからであり、そして９１３６が、特定の内皮細胞（例えば、ＨＵＶＥＣ）において発現されるからである。細胞増殖障害および／または細胞分化障害の例としては、癌（例えば、癌腫、肉腫、転移障害または造血新形成障害（白血病）が挙げられる。転移性腫瘍は、多数の原発性腫瘍型（前立腺起源、結腸起源、肺起源、乳房起源および肝臓起源が挙げられるが、これらに限定されない）から生じ得る。
【００６０】
本明細書中で使用される場合、用語「癌」（用語「過剰増殖」および「新形成」と互換可能にも使用される）とは、自律増殖能力を有する（すなわち、迅速に増殖する細胞増殖により特徴付けられる異常な状態または状況）細胞を指す。癌性疾患状態は、病的と分類され得る（すなわち、疾患状態（例えば、悪性腫瘍増殖）を特徴付けるかまたは構成する）か、あるいは、非病的と分類され得る（すなわち、正常ではないが疾患状態と関連はない（例えば、創傷修復と関連する細胞増殖）。この用語は、すべての型の癌性増殖または癌原性プロセス、転移性組織または悪性形質転換細胞、悪性形質転換組織、もしくは悪性形質転換器官（組織病理型にも侵襲性の段階にも関わらない）を包含することになっている。この用語「癌」は、種々の器官系の悪性疾患（例えば、肺を冒す悪性疾患、乳房を冒す悪性疾患、甲状腺を冒す悪性疾患）、リンパ腺を冒す悪性疾患、胃腸管を冒す悪性疾患および尿生殖器管を冒す悪性疾患、ならびに腺癌（ほとんどの結腸癌、腎細胞癌腫、前立腺癌および／または精巣腫瘍、肺の非小細胞癌腫、小腸の癌および食道の癌のような悪性疾患を包含する）を包含する。用語「癌腫」は、当該分野で認識されており、そしてこの用語は、上皮組織もしくは内分泌組織の悪性疾患（呼吸器系癌腫、胃腸系癌腫、尿生殖器系癌腫、精巣癌腫、乳房癌腫、前立腺癌腫、内分泌系癌腫、および黒色腫を包含する）を指す。例示的癌腫としては、子宮頸部組織から形成する癌腫、肺組織から形成する癌腫、前立腺組織から形成する癌腫、乳房組織から形成する癌腫、頭部および頸部の組織から形成する癌腫、結腸組織から形成する癌腫、ならびに卵巣組織から形成する癌腫が挙げられる。用語「癌腫」はまた、例えば、癌性組織および肉腫性組織から構成される悪性腫瘍を含む、癌肉腫を包含する。「腺癌」とは、腺組織に由来する癌腫、または認識可能な腺構造をその腫瘍細胞が形成する癌腫をさす。用語「肉腫」は当該分野で認識されており、この用語は、間葉由来物の悪性腫瘍を指す。
【００６１】
本発明の９１３６分子は、種々の増殖障害をモニター、処置および／または診断するために使用され得る。そのような障害としては、造血性新形成障害が挙げられる。本明細書中で使用される場合、用語「造血性新形成障害」は、造血起源の（例えば、骨髄系列、リンパ系列、もしくは赤血球系列、またはそれらの前駆細胞から生じる）過形成細胞／新形成細胞を含む疾患を包含する。好ましくは、この疾患は、ほとんど分化していない急性白血病（例えば、赤芽球性白血病および急性巨核芽球性白血病）から生じる。さらなる例示的骨髄性障害としては、急性前骨髄球性白血病（ＡＰＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）（Ｖａｉｃｋｕｓ（１９９１）Ｃｒｉｔ  Ｒｅｖ．ｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．／Ｈｅｍｏｔｏｌ．１１．２６７〜９７に概説される）が挙げられるが、これらに限定されない；リンパ球性悪性疾患としては、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）（Ｂ系列ＡＬＬおよびＴ系列ＡＬＬを包含する）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、前リンパ球性白血病（ＰＬＬ）、毛様細胞白血病（ＨＬＬ）、およびヴァルデンストレームマクログロブリン血症（ＷＭ）が挙げられるが、これらに限定されない。さらなる悪性リンパ腫形態としては、非ホジキンリンパ腫およびその改変体、末梢Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、大型顆粒リンパ球白血病（ＬＧＦ）、ホジキン病、およびリード−スターンバーグ病が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６２】
本明細書中で使用される場合、「内皮細胞障害」とは、異常な内皮細胞活性、調節されていない内皮細胞活性、または望ましくない内皮細胞活性（例えば、増殖、移動、新脈管形成、または血管新生）により特徴付けられる障害；あるいは細胞表面接着分子の異常な発現または新脈管形成に関連する遺伝子（例えば、ＴＩＥ−２、ＦＬＴおよびＦＬＫ）の異常な発現により特徴付けられる障害を包含する。内皮細胞障害としては、腫瘍形成、腫瘍転移、乾癬、糖尿病性網膜症、子宮内膜症、グレーヴズ病、虚血性疾患（例えば、アテローム性動脈硬化症）、および慢性炎症疾患（例えば、慢性関節リウマチ）が挙げられる。
【００６３】
従って、９１３６分子は、腫瘍増殖、または他のアルデヒドデヒドロゲナーゼ障害を制御するための、新規の診断標的および治療剤として作用し得る。本明細書中で使用される場合、「アルデヒドデヒドロゲナーゼ障害」は、その病因が、アルデヒドデヒドロゲナーゼタンパク質の機能または発現の異常またはその欠損に関係するか、あるいはそれに関連することによって引き起こされる、疾患または障害である。このような障害（例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または他の９１３６関連障害）の例としては、心血管障害および代謝障害が挙げられるが、これらに限定されず、代謝障害としては、アセトアルデヒド、レチナール、グルタミン酸γセミアルデヒド、プロピオンアルデヒド、コハク酸セミアルデヒド、メチルマロネートセミアルデヒド、γ−アミノブチルアルデヒドのような生理学的に関連したアルデヒドの代謝に関連する障害が挙げられるが、これらに限定されない。９１３６分子は、心血管障害を処置するために使用され得、これは一部、９１３６が、冠状平滑筋において発現しているからである。本明細書中で用いられる場合、心臓に関する障害、すなわち、「心血管疾患」または「心血管障害」は、心血管系（例えば、心臓、血管、および／または血液）に影響を与える、疾患または障害を包含する。心血管障害は、動脈圧力における不均等、心臓の機能不全、または（例えば、血栓による）血管の閉塞によって引き起こされ得る。心血管障害としては、例えば、以下のような障害が挙げられるがこれらに限定されない：動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、心肥大、虚血再灌流障害、再狭窄、動脈炎症、血管壁再形成、心室再形成、迅速心室ペーシング、冠状微小塞栓症、頻脈、徐脈、圧力過剰負荷、大動脈屈曲、冠状動脈結紮、脈管心臓病、弁の疾患（カルシウム沈着によって引き起こされる弁の変性、リウマチ性心疾患、心内膜炎、または人工弁の合併症が挙げられるがこれらに限定されない）；心房性細動、長ＱＴ症候群（ｌｏｎｇ−ＱＴ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、うっ血性心不全、洞房結節機能不全（ｓｉｎｕｓ  ｎｏｄｅ  ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ）、アンギナ、心不全、高血圧、心房性細動、心房粗動、心膜疾患（心内膜液浸出および心膜炎が挙げられるがこれらに限定されない）；心筋症（例えば、拡張型心筋症または特発性心筋症）、心筋梗塞、冠状動脈疾患、冠状動脈痙攣、虚血性疾患、不整脈、突然の心臓死、および心血管発達障害（例えば、動静脈先天異常、動静脈瘻、レーノー症候群、神経性胸郭出口症候群、カウザルギー／反射性交感神経性ジストロフィー、血管腫、動脈瘤、海綿状様血管腫、大動脈弁狭窄、心房中隔欠損症、房室管、大動脈の縮窄、エブスタイン奇形、左心室発育不全症候群、大動脈弓の中断、僧帽弁逸脱、動脈管、開存性卵円孔、部分肺静脈還流異常（ｐａｒｔｉａｌ  ａｎｏｍａｌｏｕｓ  ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｖｅｎｏｕｓ  ｒｅｔｕｒｎ）、心室中隔欠損を伴う肺動脈弁閉鎖、心室中隔欠損を伴わない肺動脈弁閉鎖、胎児循環の存続、肺動脈弁狭窄、単心室、総肺静脈還流異常、大血管転位、三尖弁閉鎖、総動脈幹、心室中隔欠損）。心血管疾患または心血管障害はまた、内皮細胞障害を包含し得る。
【００６４】
９１３６分子は、代謝障害を部分的に処置するために使用され得る。なぜなら、一部にはアルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーメンバーは、肝臓、腎臓および脳のような代謝組織において見出されるからであり、そしてアルデヒドデヒドロゲナーゼファミリーメンバーの機能または発現の異常またはその欠損が代謝障害を生じ得るからである。代謝不均衡の疾患としては、肥満、神経性食欲不振、悪液質、脂質障害、および糖尿病が挙げられるが、これらに限定されない。ＡＬＤＨによって触媒された生理学的に重要なアルデヒド（例えば、レチナール、アセトアルデヒド、グルタミン酸セミアルデヒド、コハク酸セミアルデヒド、またはγ−アミノブチルアルデヒド）の代謝に関連する障害もまた含まれる。
【００６５】
レチノイン酸およびその誘導体は、多くの異なる生物学的プロセス（神経発生および遺伝子発現の微調整から器官全体の形成、ならびに胚の分化に範囲にわたる）に関与する。レチノイン酸合成は、まず、レチノール（ビタミンＡ）からレチナールへの可逆的酸化（細胞質アルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ）および／またはミクロソームレチノールデヒドロゲナーゼによって触媒される）を含む。次いでＡＬＤＨスーパーファミリーのメンバーはレチナールをレチノイン酸に触媒する。しかし、レチナールの光吸収特性は視覚に必要なエレメントであり、カルボン酸異性体の全てのトランスレチノイン酸および／または９−シス−レチノイン酸は、レチノイド核レセプターの２つのファミリーに対するリガンド（増殖および発達のための遺伝子発現を媒介する、レチノイン酸レセプター（ＲＡＲ）およびレチノイン酸Ｘレセプター（ＲＸＲ））として働く。レセプターリガンドレチノイン酸（ＲＡ）の催奇過剰を介するビタミンＡ欠損、またはレチノイン酸レセプターノックアウト研究のいずれかによるビタミンＡシグナル伝達における障害を報告した研究は、レチノイン酸シグナルが特異的な一時的なウインドウ（ｗｉｎｄｏｗ）および標的組織内の脊椎形態形成に関与することを示した。影響を受ける組織としては、眼、頭蓋顔面（ｃｒａｎｏｆａｃｉａｌ）、心臓、循環器系、泌尿器、呼吸器系、肢、および中枢神経系の前−後軸が挙げられる。まとめると、レチナール代謝は重大な生理学的プロセスに関与し、従って後に、レチナール代謝障害は、深刻な疾患／状態（異常な発達プロセスを含む）を生じ得る。
【００６６】
アルコール除去の主な経路は、アセトアルデヒドへの酸化および続くアセトアルデヒドの酢酸塩への転換である。第一工程は、ＮＡＤ＋依存性アルコールデヒドロゲナーゼアイソザイム（ＡＤＨ）によって主に触媒され、ミクロソームエタノール酸化系（ＭＥＯＳ）の程度はずっと少ない。アルコール除去における第二工程（すなわち、アセトアルデヒドの酢酸塩への酸化）は、ＡＬＤＨアイソザイムによって触媒される。変更されたアセトアルデヒド代謝に関連するこのような疾患は、エタノールを飲む行為または飲酒に関連した疾患に影響を与え得る。このことを支持する証拠は、インビボでのアセトアルデヒド酸化において重要な役割を果たすと考えられている、ミトコンドリア酵素をコードすることが公知のＡＬＤＨ２遺伝子によって例示される。改変体対立遺伝子（ＡＬＤＨ２＊２と命名されている）は、細胞で生じるＮＡＤ＋の濃度においてほとんど不活性である。ＡＬＤＨ２＊２欠損およびドミナント対立遺伝子を有する個体は、上昇した血中アルデヒドに起因する「アルコール顔面紅潮」症候群を示す。この対立遺伝子欠損は、アジア出身の個体に限るが頻繁である。アルコール依存者の間でこの対立遺伝子が非常に低頻度なことから示されるように、対立遺伝子欠損はアルコール中毒症に対して非常に保護的である。ＡＬＤＨ２＊２はドミナント対立遺伝子なので、この改変体を有するヒトはエタノール誘導毒性の危険性があるはずである。実際、ＡＬＤＨ２＊２遺伝子型を有する、飲酒する個体において、食道癌およびガス消化管（ａｅｒｏｄｉｇｅｓｔｉｖｅ  ｔｒａｃｔ）の上部の癌を発症する危険性が実質的により高いことが研究によって結論付けられた。したがって、ＡＬＤＨ２における多型は、アルデヒド代謝の変更、アルコール中毒の危険性の減少、エタノール誘導性癌の危険性の増加に関連する。
【００６７】
特定のミトコンドリアマトリックス酵素は、グルタミン酸セミアルデヒドのグルタミン酸への不可逆的な酸化を触媒する（これは、プロリン誘導Δ１−ピロリン（ｐｙｒｏｌｉｎｅ）−５−カルボキシレートおよびオルニチン誘導Δ１−ピロリン−５−カルボキシレートと非酵素的平衡にある）。この型の酵素の欠損は、ＩＩ型高プロリン血症、プロリンおよびΔ１−ピロリン−５−カルボキシレートの血漿蓄積によって特徴付けられる常染色体劣性障害、ならびに神経学的症状（例えば、発作および精神遅延）に関連する。
【００６８】
特定の生理学的アルデヒドの代謝の重要性を示す別の例は、コハク酸セミアルデヒドの代謝である：ＡＬＤＨ５Ａ１は、ＧＡＢＡトランスアミナーゼによってＧＡＢＡから形成されるコハク酸セミアルデヒドの酸化を触媒することによるγ−アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）の分解に関連する。ＡＬＤＨ５Ａ１アイソザイムは、脳において強く発現するが、肝臓、下垂体、心臓および卵巣においても相当な量が生じる。ＡＬＤＨ５Ａ１の酵素欠損は、ＧＡＢＡ分解の稀な常染色劣性代謝障害（４−ヒドロキシ酪酸性尿としても公知である）を引き起こす。この欠損は、ＧＡＢＡと４−ヒドロキシ酪酸の両方の顕著な蓄積によって特徴付けられ、これは、出生後の発達期のＣＮＳに深刻に影響する。ＡＤＬＨはまた、ＧＡＢＡ生合成に直接的に関係し、脳および脊髄において高濃度、そして末梢組織において微量に見出される主要な阻害性神経伝達物質である。ＧＡＢＡは、ＧＡＢＡ作動性系、ドーパミン作動性系およびオピオイド系の制御に関係する。ＧＡＢＡ合成に関する主要な経路は、Ｌ−グルタミン酸カルボキシラーゼによるＬ−グルタミン酸の脱炭酸である。しかし、ＧＡＢＡはまた、ジアミンオキシダーゼによって触媒される直接的な酸化的脱アミノ化によってプトレッシンから形成され得、γ−アミノブチルアルデヒドを得る。γ−アミノブチルアルデヒドは、次いでＡＬＤＨによってＧＡＢＡに転換される。さらに、第二経路は、プトレッシンのＮ−アセチルプトレッシンへのアセチル化に関連し、次いでモノアミンオキシダーゼによってＮ−アセチル−γ−アミノブチルアルデヒドに転換される。Ｎ−アセチル−γ−アミノブチルアルデヒドは、ＡＬＤＨによってＮ−アセチル−ＧＡＢＡに転換され、その後脱アセチル化され、ＧＡＢＡを形成する。従って、アルデヒドデヒドロゲナーゼタンパク質の機能または発現の異常またはその欠損は、深刻な神経学的障害を生じ得る。
【００６９】
９１３６タンパク質、そのフラグメント、および誘導体、ならびに配列番号２の配列の他の改変体は、集合的に、「本発明のポリペプチドまたはタンパク質」あるいは「９１３６ポリペプチドまたはタンパク質」という。このようなポリペプチドまたはタンパク質をコードする核酸分子は、集合的に、「本発明の核酸」または「９１３６核酸」という。
【００７０】
本明細書中で使用する場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、およびＤＮＡまたはＲＮＡのアナログを含む。ＤＮＡまたはＲＮＡのアナログは、ヌクレオチドアナログの使用によって生成される。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であり得るが、好ましくは、二本鎖ＤＮＡである。
【００７１】
用語「単離された核酸分子」または「精製された核酸分子」は、核酸の天然の供給源に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子を含む。例えば、ゲノムＤＮＡに関して、用語「単離された」は、そのゲノムＤＮＡが天然で結合している染色体から分離された核酸分子を含む。好ましくは、「単離された」核酸は、その核酸の由来となった生物のゲノムＤＮＡにおいて、その核酸に天然で隣接する配列（すなわち、この核酸の５’末端および／または３’末端に位置する配列）を含まない。例えば、種々の実施形態において、単離された核酸分子は、その核酸の由来となった細胞のゲノムＤＮＡにおいて、天然でその核酸分子に隣接する、約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ、または０．１ｋｂ未満の５’側および／または３’側のヌクレオチド配列を含み得る。さらに、「単離された」核酸分子（例えば、ｃＤＮＡ分子）は、実質的に、他の細胞物質、または、組換え技術により生成される場合、培養培地を含まないか、あるいは、化学合成される場合、化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。
【００７２】
本明細書中で使用される場合、用語「低ストリンジェンシー、中程度のストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、または非常に高いストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズする」とは、ハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を説明する。ハイブリダイゼーション反応を実施するための手引きは、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６（参考として援用される）において見出され得る。水性および非水性の方法は、その参考文献に記載され、そしてそのいずれかが使用され得る。本明細書中で言及される特定のハイブリダイゼーション条件は、以下の通りである：１）約４５℃で６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での低ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件、その後の少なくとも５０℃で０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での２回の洗浄（洗浄温度は、低ストリンジェンシーの条件について５５℃まで上昇され得る）；２）約４５℃で６×ＳＳＣ中での中程度にストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件、その後の６０℃で０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄；３）約４５℃で６×ＳＳＣ中での高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件、その後の６５℃で０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄；そして好ましくは、４）非常に高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件は、６５℃で０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳ、その後の６５℃で０．２×ＳＳＣ、１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄である。非常に高ストリンジェンシー条件（４）が、好ましい条件であり、そして他にそうでないことが示されない限り、使用されるべき条件である。
【００７３】
本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子は、天然で生じる（例えば、天然のタンパク質をコードする）ヌクレオチド配列を有するＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子をいう。
【００７４】
本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」は、９１３６タンパク質、好ましくは、哺乳動物９１３６タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを含む核酸分子をいい、そして非コード調節配列およびイントロンをさらに含み得る。
【００７５】
「単離された」または「精製された」ポリペプチドまたはタンパク質は、そのタンパク質が由来する細胞または組織供給源由来の細胞物質または他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、あるいは化学合成された場合に化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。１つの実施形態において、語「実質的に含まない」は、９１３６タンパク質の調製物が、約３０％、２０％、１０％、およびより好ましくは、５％未満（乾燥重量）の、非９１３６タンパク質（本明細書中で「夾雑タンパク質」とも呼ばれる）または化学前駆体もしくは非９１３６化学物質を有することを意味する。９１３６タンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換え生成される場合、それはまた、好ましくは、培養培地を実質的に含まない（すなわち、培養培地は、タンパク質調節物の容量の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは約５％未満を示す）。本発明は、乾燥重量で、少なくとも０．０１、０．１、１．０、および１０ｍｇの単離または精製された調製物を含む。
【００７６】
「非必須」アミノ酸残基は、生物学的活性を喪失することなく、またはより好ましくは、生物学的活性を実質的に変更することなく、９１３６の野生型配列（例えば、配列番号１または配列番号３の配列）から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、このような変化を生じる。例えば、本発明のポリヌクレオチド間で保存されたアミノ酸残基（例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼドメインに存在するアミノ酸残基）は、変更に特に影響を受けやすいことが予想される。
【００７７】
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。従って、９１３６タンパク質中の予測される非必須アミノ酸残基は、好ましくは、同一側鎖ファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態において、変異は、例えば、飽和変異誘発によって、９１３６コード配列の全てまたは一部に沿って無作為に導入され得、そして得られる変異体は、活性を保持する変異体を同定するために、９１３６生物学的活性についてスクリーニングされ得る。配列番号１または配列番号３の変異誘発の後、コードされるタンパク質は、組換え発現され得、そしてタンパク質の活性が、決定され得る。
【００７８】
本明細書中で使用される場合、９１３６タンパク質の「生物学的に活性な部分」は、９１３６分子と非９１３６分子との間の相互作用に関与する９１３６タンパク質のフラグメントを含む。９１３６タンパク質の生物学的に活性な部分としては、全長９１３６タンパク質より少ないアミノ酸を含み、かつ９１３６タンパク質の少なくとも１つの活性を示す、９１３６タンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２に示されるアミノ酸配列）に十分に相同であるかまたはそれに由来するアミノ酸配列を含むペプチドが挙げられる。代表的に、生物学的に活性な部分は、９１３６タンパク質の少なくとも１つの活性（例えば、代謝を調節すること；アルデヒド基質に結合すること；ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）に結合すること；アルデヒドからジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）にヒドリドを移動させて、アシル−酵素中間体を形成すること；およびアシル−酵素中間体を加水分解し、そしてアルデヒド基質の酸化生成物を放出すること）を有するドメインまたはモチーフを含む。９１３６タンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、１０、２５、５０、１００、２００またはそれ以上のアミノ酸長であるポリペプチドであり得る。９１３６タンパク質の生物学的に活性な部分は、９１３６媒介活性（例えば、代謝を調節すること；アルデヒド基質に結合すること；ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）に結合すること；アルデヒドからジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）にヒドリドを移動させて、アシル−酵素中間体を形成すること；およびアシル−酵素中間体を加水分解し、そしてアルデヒド基質の酸化生成物を放出すること）を調節する薬剤を開発するための標的として使用され得る。
【００７９】
配列間の相同性または配列同一性（用語「相同性」および「同一性」は、本明細書中で交換可能に使用される）の計算は、以下のように実施される：
２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列のパーセント同一性を決定するために、これらの配列は、最適な比較目的で整列される（例えば、ギャップは、最適な整列のために、第１および第２のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方に導入され得、そして非相同配列は、比較目的で無視され得る）。好ましい実施形態において、比較目的で整列される参照配列の長さは、参照配列の少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらにより好ましくは少なくとも６０％、およびさらにより好ましくは、少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％の長さである（例えば、５１２アミノ酸残基を有する配列番号２の９１３６アミノ酸配列に対して第２の配列を整列させる場合、少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらにより好ましくは少なくとも６０％、およびさらにより好ましくは少なくとも７０％、８０％、または９０％のアミノ酸残基が、整列される）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドが、比較される。第１の配列における位置が、第２の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、これらの分子は、その位置で同一である（本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と等しい）。２つの配列間のパーセント同一性は、それらの配列により共有される同一の位置の数の関数である（２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要のあるギャップの数、および各ギャップの長さが考慮される）。
【００８０】
２つの配列間の配列の比較およびパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。好ましい実施形態において、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍから入手可能）においてＧＰＡプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４−４５３）のアルゴリズムを用い、Ｂｌｏｓｓｕｍ  ６２マトリクスまたはＰＡＭ２５０マトリクスのいずれか、ならびにギャップウェイト１６、１４、１２、１０、８、６、または４およびレングスウェイト（ｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔ）１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。さらに別の好ましい実施形態において、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍから入手可能）のＧＡＰプログラムを用い、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリクスならびにギャップウェイト４０、５０、６０、７０、または８０およびレングスウェイト１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。特に好ましいセットのパラメーター（および、分子が本発明の配列同一性または配列相同性の制限の範囲内にあるか否かを決定するために、実行者がどのパラメーターを適用すべきであるか定めていない場合に使用されるべきパラメーター）は、Ｂｌｏｓｓｕｍ  ６２スコアリングマトリクス（ギャップペナルティー１２、ギャップエクステンドペナルティー４、およびフレームシフトギャップペナルティー５）である。
【００８１】
２つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれたＭｅｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒ（（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ、４：１１−１７）のアルゴリズムを用い、ＰＡＭ１２０ウェイトレジデューテーブル（ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ）、ギャップレングスペナルティー１２、およびギャップペナルティー４を用いて決定され得る。
【００８２】
本明細書中に記載される核酸配列およびタンパク質配列は、「問い合わせ配列」として使用され、例えば、他のファミリーメンバーまたは関連配列を同定するために、公のデータベースに対してサーチが実施され得る。このようなサーチは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて実施され得る。ＢＬＡＳＴヌクレオチドサーチは、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワードレングス＝１２を用いて実施されて、本発明の９１３６核酸分子に相同なヌクレオチド配列が獲得され得る。ＢＬＡＳＴタンパク質サーチは、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワードレングス＝３を用いて実施されて、本発明の９１３６タンパク質分子に相同なアミノ酸配列が獲得され得る。比較目的でギャップアラインメント（ｇａｐｐｅｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ）を獲得するために、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴが、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２に記載のように使用され得る。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを使用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータが使用され得る。ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照のこと。
【００８３】
本発明の特定の９１３６ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸と実質的に同一のアミノ酸配列を有する。アミノ酸配列の文脈で、用語「実質的に同一」は、第２のアミノ酸配列における整列されたアミノ酸残基と、ｉ）同一であるか、またはｉｉ）その保存的置換である十分な数または最小限の数のアミノ酸残基を含む第１のアミノ酸をいうように本明細書中で使用され、その結果、第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、共通の構造的ドメインおよび／または共通の機能的活性を有し得る。例えば、配列番号２に対して少なくとも約６０％、または６５％の同一性、おそらく、７５％の同一性、よりおそらくは８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する共通の構造的ドメインを含むアミノ酸配列は、実質的に同一であると言及される。
【００８４】
ヌクレオチド配列の文脈において、用語「実質的に同一」は、第２の核酸配列における整列されたヌクレオチドと同一のヌクレオチドの十分な数または最小限の数を含む第１の核酸配列をいうように本明細書中で使用され、その結果、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列は、共通の機能的活性を有するポリペプチドをコードするか、または共通の構造的ポリペプチドドメインもしくは共通の機能的ポリペプチド活性をコードする。例えば、配列番号１または３に対して少なくとも約６０％、または６５％の同一性、おそらく、７５％の同一性、よりおそらくは８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するヌクレオチド配列は、実質的に同一であると言及される。
【００８５】
「誤発現または異常な発現」は、本明細書中で使用される場合、ＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルでの遺伝子発現の非野生型パターンをいう。これらとしては、以下が挙げられる：非野生型レベルでの発現（すなわち、過剰発現または過少発現）；遺伝子が発現される時点または段階の点で野生型と異なる発現パターン（例えば、予め決定された発達期または段階での増加または減少した発現（野生型と比較した場合））；予め決定された細胞型または組織型において減少した発現（野生型と比較した場合）の点で野生型と異なる発現パターン；スプライシングサイズ、アミノ酸配列、翻訳後修飾、または発現されたポリペプチドの生物学的活性の点で野生型と異なる発現パターン；遺伝子の発現に対する環境的刺激または細胞外刺激の効果の点で野生型と異なる発現パターン（例えば、刺激の強度における増加または減少の存在下で増加または減少した発現パターン（野生型と比較した場合））。
【００８６】
「被験体」は、本明細書中で使用される場合、哺乳動物（例えば、ヒト）、または実験モデル、動物モデルもしくは疾患モデルをいい得る。被験体はまた、非ヒト動物（例えば、ウマ、ウシ、ヤギ、または他の家畜動物）であり得る。
【００８７】
「細胞の精製調製物」は、本明細書中で使用される場合、植物細胞または動物細胞の場合には、細胞のインビトロ調製物をいい、完全にインタクトな植物でも動物でもない。培養細胞または微生物細胞の場合、それは、被験体細胞の少なくとも１０％およびより好ましくは５０％の調製物からなる。
【００８８】
本発明の種々の局面は、以下でさらに詳細に記載される。
【００８９】
（単離された核酸分子）
１つの局面において、本発明は、本明細書中に記載される９１３６ポリペプチド（例えば、全長９１３６タンパク質またはそのフラグメント（例えば、９１３６タンパク質の生物学的に活性な部分））をコードする単離または精製された核酸分子を提供する。ハイブリダイゼーションプローブとしての使用に適した核酸フラグメント（これは、例えば、本発明のポリペプチドをコードする核酸分子を同定するために使用され得る）、９１３６  ｍＲＮＡ、およびプライマー（例えば、核酸分子の増幅または変異のためのＰＣＲプライマー）としての使用に適したフラグメントもまた含まれる。
【００９０】
１つの実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１に示されるヌクレオチド配列、またはこのヌクレオチド配列の任意の一部を含む。１つの実施形態において、この核酸分子は、ヒト９１３６タンパク質をコードする配列（すなわち、配列番号３に示されるような、配列番号１の「コード領域」）、ならびに５’非翻訳配列（配列番号１のヌクレオチド１〜５２）および３’非翻訳配列（配列番号１のヌクレオチド１５９２〜３４４２）を含む。あるいは、この核酸分子は、配列番号１のコード領域（例えば、配列番号３）をのみを含み得、そして例えば、通常対象配列に付随する隣接配列を含まない。別の実施形態において、その核酸分子は、配列番号２のアミノ酸約３５〜１０４、約１０６〜１７２、約２３５〜３４８、約３５３〜４１４、約４２３〜５０３、約３９〜５０７、約３５〜１７２、約３５〜３４８、約３５〜４１４、約３５〜５０３、約３５〜５０７、約１０６〜３４８、約１０６〜４１４、約１０６〜５０３、約１０６〜５０７、約２３５〜４１４、約２３５〜５０３、約２３５〜５０７、約３５３〜５０３、約３５３〜５０７、または約４２３〜５０７のタンパク質のフラグメントに対応する配列をコードする。
【００９１】
別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１もしくは配列番号３に示されるヌクレオチド配列、またはこれらのヌクレオチド配列のいずれかの一部の相補鎖である核酸分子を含む。他の実施形態において、本発明の核酸分子は、配列番号１または配列番号３に示されるヌクレオチド配列に十分相補的であり、その結果、本発明の核酸分子は、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズし得、それによって、安定な二重鎖を形成する。
【００９２】
１つの実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１または３に示されるヌクレオチド配列の全長に対して、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれ以上相同なヌクレオチド配列、またはその一部（好ましくは、これらのヌクレオチド配列のいずれかのうち、同一の長さのもの）を含む。
【００９３】
（９１３６核酸フラグメント）
本発明の核酸分子は、配列番号１または３の核酸配列の一部のみを含み得る。例えば、このような核酸分子は、プローブもしくはプライマーとして使用され得るフラグメントまたは９１３６タンパク質の一部をコードするフラグメント（例えば、９１３６タンパク質の免疫原性部分または生物学的に活性な部分）を含み得る。フラグメントは、ヒト９１３６のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインをコードする配列番号１のヌクレオチドを含み得る。９１３６遺伝子のクローニングから決定されるヌクレオチド配列により、他の９１３６ファミリーメンバーまたはそのフラグメント、ならびに他の種由来の９１３６ホモログまたはそのフラグメントを同定および／またはクローニングするのに使用するために設計されたプローブおよびプライマーが作製され得る。
【００９４】
別の実施形態において、核酸は、コード領域の一部または全てを含み、そして５’側または３’側のいずれか（または両方）の非コード領域に延びるヌクレオチド配列を含む。他の実施形態は、本明細書中に記載されるアミノ酸フラグメントをコードするヌクレオチド配列を含むフラグメントを含む。核酸フラグメントは、本明細書中に記載される特定のドメインもしくは部位またはそのフラグメント（特に、少なくとも６０アミノ酸長であるそのフラグメント）をコードし得る。フラグメントはまた、上記の特定のアミノ酸配列に対応する核酸配列またはそのフラグメントを含む。核酸フラグメントは、本発明以前に開示された可能性のあるフラグメントを包含するとみなされるべきでない。
【００９５】
核酸フラグメントは、本明細書中に記載されるドメイン、領域、または機能的部位に対応する配列を含み得る。核酸フラグメントはまた、本明細書中に記載される１つ以上のドメイン、領域、または機能的部位を含み得る。従って、例えば、９１３６核酸フラグメントは、本明細書中で記載されるようなアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインに対応する配列を含み得る。
【００９６】
９１３６プローブおよびプライマーが提供される。代表的に、プローブ／プライマーは、単離または精製されたオリゴヌクレオチドである。このオリゴヌクレオチドは、代表的に、ストリンジェントな条件下で、配列番号１もしくは配列番号３のセンス配列もしくはアンチセンス配列、または配列番号１もしくは配列番号３の天然に存在する対立遺伝子改変体もしくは変異体の、少なくとも約７、約１２、または約１５、好ましくは約２０または約２５、より好ましくは約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５、約６０、約６５、または約７５連続するヌクレオチドとハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。
【００９７】
好ましい実施形態において、この核酸は、少なくとも５または１０、そして２００未満、より好ましくは、１００未満、または５０未満の塩基対長である、プローブである。本明細書中に開示された配列と、同一であるか、あるいは１ヌクレオチド、または５もしくは１０ヌクレオチド未満で異なるべきである。アライメントが、比較のために必要とされる場合、これらの配列は、最大の相同性で整列されるべきである。欠失もしくは挿入、またはミスマッチ由来の「ループ（ｌｏｏｐｅｄ）」アウト配列は、異なるとみなされる。
【００９８】
プローブまたはプライマーは、以下をコードする核酸のセンス鎖またはアンチセンス鎖から誘導され得る：配列番号３のヌクレオチド約１０３〜３１２に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラストランジット（ｔｒａｎｓｉｔ）領域；配列番号３のヌクレオチド約３１６〜５１６に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域；配列番号３のヌクレオチド約７０３〜１０４４に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰγ−グルタミルホスフェート領域；配列番号３のヌクレオチド約１０５７〜１２４２に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域；配列番号３のヌクレオチド約１２６７〜１５０９に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域；配列番号３のヌクレオチド約４４２〜４６５に位置するＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐ−ループ）；配列番号３のヌクレオチド約９１９〜９５４に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼシステイン活性部位；および配列番号３のヌクレオチド約８３５〜８５８に位置するアルデヒドデヒドロゲナーゼグルタミン酸活性部位。
【００９９】
別の実施形態において、プライマーのセット（例えば、９１３６配列の選択された領域（例えば、本明細書中に記載される、ドメイン、領域、部位または他の配列）を増幅するために使用され得る、ＰＣＲにおいて使用するために適切なプライマー）が、提供される。これらのプライマーは、少なくとも、５、１０、または５０の塩基対長、かつ１００未満、または２００未満の塩基対長であるべきである。これらのプライマーは、同一であるか、または本明細書中に開示される配列もしくは天然に存在する改変体と一塩基が異なるべきである。例えば、以下の領域のいずれかの全てまたは一部を増幅するのに適切なプライマーが、提供される：配列番号２のアミノ酸約３５〜１０４のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラストランジット（ｔｒａｎｓｉｔ）領域；配列番号２のアミノ酸約１０６〜１７２のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域；配列番号２のアミノ酸約２３５〜３４８のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰγ−グルタミルホスフェート領域；配列番号２のアミノ酸約３５３〜４１４のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域；配列番号２のアミノ酸約４２３〜５０３のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域；配列番号２のアミノ酸約１４８〜１５５のＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐ−ループ）；配列番号２のアミノ酸約３０７〜３１８のアルデヒドデヒドロゲナーゼシステイン活性部位；および配列番号２のアミノ酸約２７９〜２８６のアルデヒドデヒドロゲナーゼグルタミン酸活性部位。
【０１００】
核酸フラグメントは、本明細書中に記載されるポリペプチドの領域を保有するエピトープをコードし得る。
【０１０１】
「９１３６ポリペプチドの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列の一部を単離すること（このヌクレオチド配列は、９１３６の生物学的活性（例えば、９１３６タンパク質の生物学的活性が、本明細書中に記載されている）を有するポリペプチドをコードする）、９１３６タンパク質のコード部分を（例えば、インビトロにおける組換え発現によって）発現させること、および９１３６タンパク質のコード部分の活性を評価することによって、調製され得る。例えば、９１３６の生物学的に活性な部分をコードする核酸フラグメントは、アルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン（例えば、配列番号２のアミノ酸残基の約３９〜５０７）を含む。９１３６ポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードする核酸フラグメントは、１８０以上のヌクレオチド長を超えるヌクレオチド配列を含み得る。
【０１０２】
好ましい実施形態において、核酸は、約３００、約４００、約５００、約６００、約７００、約８００、約９００、約１０００、約１１００、約１２００、約１３００、約１４００、約１５００、約１６００、約１７００、約１８００、約１９００、約２０００、約２１００、約２２００、約２３００、約２４００、約２５００、約２６００、約２７００、約２８００、約２９００、約３０００、約３１００、約３２００、約３３００、約３４００、約３５００以上のヌクレオチド長である、ヌクレオチド配列を含み、そして配列番号１または配列番号３の核酸分子に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする。
【０１０３】
（９１３６核酸改変体）
本発明は、さらに、配列番号１または配列番号３に示されるヌクレオチド配列と異なる核酸分子を含む。このような差異は、遺伝的コードの縮重に起因し得、そして本明細書中に記載されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同一の９１３６タンパク質をコードする核酸を生じる。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２に示される、少なくとも１個だが、５個未満、１０個未満、２０個未満、５０個未満、または１００個未満のアミノ酸残基で異なるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。アライメントが、この比較に必要とされる場合、この配列は、最大の相同性でアライメントされるべきである。欠失もしくは挿入、またはミスマッチ由来の「ループ」アウト配列は、異なるとみなされる。
【０１０４】
本発明者らの核酸は、特定の発現系に対して、好ましい、または好ましくない、コドンを有するように選択され得る。例えば、核酸は、少なくとも一つのコドン、好ましくは、コドンの少なくとも１０％、または２０％が、その配列が、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母、ヒト、昆虫、またはＣＨＯ細胞中での発現に対して最適化されるように変更された、核酸であり得る。
【０１０５】
核酸改変体は、天然に存在し得、例えば、対立遺伝子改変体（同一の遺伝子座）、ホモログ（異なる遺伝子座）、およびオルソログ（異なる生物）であり得るか、または天然に存在し得ない。天然に存在し得ない改変体は、ポリヌクレオチド、細胞、または生物に適用される技術を含む、変異誘発技術により作製され得る。この改変体は、ヌクレオチドの置換、欠失、逆位および挿入を含み得る。改変体は、コード領域および非コード領域のいずれかまたは両方を生成し得る。この改変体は、保存的アミノ酸置換基および非保存的アミノ酸置換基（コードされた産物と比較した場合）の両方を生成し得る。
【０１０６】
好ましい実施形態において、核酸は、例えば、以下のような配列番号１または配列番号３の核酸と異なる：少なくとも１個のヌクレオチドだが、１０個、２０個、３０個、または４０個未満のヌクレオチド；少なくとも１個のヌクレオチドだが、目的の核酸の１％、５％、１０％または２０％未満のヌクレオチド。この分析に対して必要な場合、この配列は、最大相同性についてアライメントされるべきである。欠失、もしくは挿入、またはミスマッチ由来の「ループ」アウト配列は、異なるとみなされる。
【０１０７】
オルソログ、ホモログ、および対立遺伝子改変体は、当該分野で公知の方法を使用して同定され得る。これらの改変体は、配列番号２に示されるヌクレオチド配列またはその配列のフラグメントに対して、５０％、少なくとも約５５％、代表的に、少なくとも約７０〜７５％、より代表的に、少なくとも約８０〜８５％、そして最も代表的に、少なくとも約９０〜９５％以上、同一である、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。このような核酸分子は、配列番号２に示されるヌクレオチド配列またはその配列のフラグメントに対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るとして、容易に同定され得る。本発明の９１３６  ｃＤＮＡのオルソログ、ホモログ、および対立遺伝子改変体に対応する核酸分子は、９１３６遺伝子と同一の染色体または遺伝子座にマッピングすることによって、さらに単離され得る。
【０１０８】
好ましい改変体は、以下に関連する改変体を含む：（１）代謝を調節する能力；（２）アルデヒド基質を結合する能力；（３）ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）を結合する能力；（４）水素化物をアルデヒドからジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）に転位させて、アシル−酵素中間体を形成する能力；および（５）アシル−酵素中間体を加水分解し、アルデヒド基質の酸化産物を放出する能力。
【０１０９】
９１３６の対立遺伝子改変体（例えば、ヒト９１３６）は、機能的タンパク質および非機能的タンパク質の両方を含む。機能的対立遺伝子改変体は、以下を維持する集団内の９１３６タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体である：（１）代謝を調節する能力；（２）アルデヒド基質を結合する能力；（３）ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）を結合する能力；（４）水素化物をアルデヒドからジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）に転位させて、アシル−酵素中間体を形成する能力；および（５）アシル−酵素中間体を加水分解し、アルデヒド基質の酸化産物を放出する能力。
【０１１０】
機能的対立遺伝子改変体は、代表的に、配列番号２の１個以上のアミノ酸の保存的置換のみ、またはタンパク質の重要でない領域にある、重要でない残基の置換、欠失もしくは挿入を含む。非機能的な対立遺伝子改変体は、以下の能力を有さない集団内の９１３６（例えば、ヒト９１３６）タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体である：（１）代謝を調節する能力；（２）アルデヒド基質を結合する能力；（３）ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）を結合する能力；（４）水素化物をアルデヒドからジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）に転位させて、アシル−酵素中間体を形成する能力；および（５）アシル−酵素中間体を加水分解し、アルデヒド基質の酸化産物を放出する能力。
【０１１１】
非機能的な対立遺伝子改変体は、代表的に、配列番号２のアミノ酸配列の非保存的置換、非保存的欠失、もしくは非保存的挿入、または非保存的早熟切断、あるいは臨界領域の置換、挿入、または欠失、あるいはタンパク質の臨界領域を含む。
【０１１２】
さらに、他の９１３６ファミリーメンバーをコードする核酸分子（従って、配列番号１または配列番号３の９１３６配列と異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子）は、本発明の範囲内であることが意図される。
【０１１３】
（アンチセンス核酸分子、リボザイムおよび改変された９１３６核酸分子）
別の局面において、本発明は、９１３６に対してアンチセンスである単離された核酸分子を特徴とする。「アンチセンス」核酸は、例えば、二重鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に対して相補的であるか、またはｍＲＮＡ配列に対して相補的である、タンパク質をコードする「センス」核酸に対して相補的である、ヌクレオチド配列を含み得る。このアンチセンス核酸は、全９１３６コード鎖、またはその一部のみ（例えば、配列番号３に対して相補的である、ヒト９１３６のコード領域）に対して相補的であり得る。別の実施形態において、アンチセンス核酸分子は、９１３６をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」（例えば、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域）に対してアンチセンスである。
【０１１４】
９１３６ｍＲＮＡの全コード領域に対して相補的であるように、アンチセンス核酸が、設計され得るが、より好ましくは、９１３６  ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、９１３６  ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域（例えば、目的の標的遺伝子ヌクレオチド配列の−１０領域と＋１０領域との間）に対して相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約７、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０以上のヌクレオチド長であり得る。
【０１１５】
本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を使用する化学合成および酵素学的ライゲーション反応を使用して、構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、または分子の生物学的安定性を増加もしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成された二重鎖の物理学的安定性を増加させるように設計された多様に改変されたヌクレオチドを使用して、化学的に合成され得る（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが、使用され得る）。アンチセンス核酸がまた、核酸がアンチセンス配向でサブクローニングされた発現ベクターを生物学的に使用して産生され得る（すなわち、挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、以下の節でさらに記載されている、目的の標的核酸に対するアンチセンス配向である）。
【０１１６】
本発明のアンチセンス核酸分子は、代表的に、（例えば、組織部位の直接的な注入によって）被験体に投与されるか、またはこれらのアンチセンス核酸分子が、９１３６タンパク質をコードする細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするか、または結合することによって、例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって、タンパク質の発現を阻害するように、インサイチュで産生される。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的するように改変され、次いで、全身に投与され得る。全身投与に関して、例えば、細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に、アンチセンス核酸分子を連結することによって、このアンチセンス分子が、選択された細胞表面上で発現されたレセプターまたは抗原に特異的にまたは選択的に結合するように改変され得る。このアンチセンス核酸分子はまた、本明細書中で記載されるベクターを使用して、細胞に送達され得る。アンチセンス分子の十分な細胞内濃度を達成するために、アンチセンス核酸分子が、強力なｐｏｌ  ＩＩプロモーターまたはｐｏｌ  ＩＩＩプロモーターの制御下で置換されるベクター構築物が、好ましい。
【０１１７】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成する。ここでは、通常のβ−ユニットとは対照的に、鎖は互いに対して平行に走る（Ｇａｕｌｔｉｅｒら（１９８７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１）。アンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅら（１９８７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（Ｉｎｏｕｅら（１９８７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０）を含み得る。
【０１１８】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸は、リボザイムである。９１３６コード核酸に対して特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示される９１３６  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１または配列番号３）に対して相補的な１以上の配列、ならびにｍＲＮＡの切断を担う公知の触媒配列を有する配列（米国特許第５，０９３，２４６号またはＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１を参照のこと）を含み得る。例えば、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体は、活性部位のヌクレオチド配列が９１３６コードｍＲＮＡにおいて切断されるべきヌクレオチド配列に対して相補的であるように構築され得る。例えば、Ｃｅｃｈら、米国特許第４，９８７，０７１号；およびＣｅｃｈら、米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。あるいは、９１３６  ｍＲＮＡを使用して、ＲＮＡ分子のプールから特異的なリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡを選択し得る。例えば、ＢａｒｔｅｌおよびＳｚｏｓｔａｋ（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１−１４１８を参照のこと。
【０１１９】
９１３６遺伝子の発現は、標的細胞中で９１３６遺伝子の転写を阻害する三重ヘリックス構造を形成するために、９１３６の調節領域に相補的なヌクレオチド配列（例えば、９１３６プロモーターおよび／またはエンハンサー）を標的することによって阻害され得る。一般に、Ｈｅｌｅｎｅ（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９−８４；Ｈｅｌｅｎｅ，Ｃ．（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；およびＭａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照のこと。三重ヘリックスの形成のために標的され得る潜在的な配列は、いわゆる「スイッチバック」核酸分子を作製することによって増加され得る。スイッチバック分子は、５’−３’交代様式、３’−５’交代様式で合成され、これらは、二重鎖の第一の一方の鎖と、次いで他方の鎖とを対形成し、プリンまたはピリミジンのいずれかのかなり大きな伸張が、二重鎖の一方の鎖上に存在することの必要性を排除する。
【０１２０】
本発明はまた、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブ分子を提供する。代表的に、このような標識は、化学発光、蛍光、放射活性、または比色分析である。
【０１２１】
９１３６核酸分子を、塩基部分、糖部分またはホスフェート骨格において改変し、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーション、または溶解度を改善し得る。例えば、核酸分子のデオキシリボースホスフェート骨格は、ペプチド核酸を生成するために改変され得る（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  ＆  Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４：５−２３を参照のこと）。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」は、デオキシリボースホスフェート骨格が偽ペプチド骨格により置換され、そして４つの天然の核酸塩基（ｎｕｃｌｅｏｂａｓｅ）のみが保持されている核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低イオン強度の条件下で、ＤＮＡおよびＲＮＡに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にし得る。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら（１９９６）前出、およびＰｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら、（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：１４６７０−６７５に記載のような、標準的固相ペプチド合成プロトコルを使用して実施され得る。
【０１２２】
９１３６核酸分子のＰＮＡは、治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、遺伝子発現の配列特異的調節（例えば、転写または翻訳の停止を誘導すること、あるいは複製を阻害することによる）のためのアンチセンス剤またはアンチジーン（ａｎｔｉｇｅｎｅ）剤として使用され得る。９１３６核酸分子のＰＮＡはまた、（例えば、ＰＮＡ指向ＰＣＲクランピング（ＰＮＡ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ＰＣＲ  ｃｌａｍｐｉｎｇ）による）遺伝子内の単一塩基対変異の分析において、他の酵素（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ（Ｈｙｒｕｐ．Ｂ（１９９６））と組み合わせて使用される場合の「人工制限酵素」として、前出）；またはＤＮＡ配列決定またはハイブリダイゼーションのプローブまたはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐ．Ｂ．（１９９６）、前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ（１９９６）、前出）使用され得る。
【０１２３】
他の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ペプチドのような他の付加基（例えば、インビボにおける宿主細胞レセプターを標的するため）、または細胞膜（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６５５３−６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：６４８−６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）もしくは血液脳関門（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）を通過する輸送を容易にする薬剤を含み得る。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（例えば、Ｋｒｏｌら（１９８８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８−９７６を参照のこと）、または挿入剤（例えば、Ｚｏｎ（１９８８）Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９−５４９を参照のこと）を用いて改変され得る。この目的のために、このオリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、またはハイブリダイゼーション誘発切断剤）に結合体化され得る。
【０１２４】
本発明はまた、本発明の９１３６核酸に対して相補的である少なくとも一つの領域を有する、分子ビーコンオリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブ分子を含み、２つの相補的な領域は、一つの発蛍光団および一つのクエンチャーを有し、その結果、この分子ビーコンは、サンプル中で本発明の９１３６核酸の存在をクエンチするために有用である。分子ビーコン核酸は、例えば、Ｌｉｚａｒｄｉら、米国特許第５，８５４，０３３号；Ｎａｚａｒｅｎｋｏら、米国特許第５，８６６，３３６号、およびＬｉｖａｋら，米国特許第５，８７６，９３０号に記載されている。
【０１２５】
（単離された９１３６ポリペプチド）
別の局面において、本発明は、抗−９１３６抗体を惹起するか、または試験する（またはより一般的には、この抗体に結合する）免疫原または抗原として使用するための、単離された９１３６タンパク質、またはフラグメント（例えば、生物学的に活性な部分）を特徴とする。９１３６タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用して、細胞供給源または組織供給源から単離され得る。９１３６タンパク質またはそのフラグメントを、組換えＤＮＡ技術によって産生し得るかまたは化学的に合成し得る。
【０１２６】
本発明のポリペプチドは、複数の遺伝子の存在、代替の翻訳事象、代替のＲＮＡスプライシング事象、ならびに代替の翻訳事象および翻訳後事象の結果として生じるポリペプチドを含む。ポリペプチドは、ポリペプチドがネイティブ細胞中で発現される場合に示すのと実質的に同一の翻訳後改変を生じる系（例えば、培養細胞）中で発現され得るか、またはネイティブ細胞中で示す翻訳後改変（例えば、グリコシル化または切断）の代替または欠損を生じる系において発現され得る。
【０１２７】
好ましい実施形態において、９１３６ポリペプチドは、以下の特徴の一つ以上を有する：
代謝を調節する能力を有すること；
アルデヒド基質を結合する能力を有すること；
ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）を結合する能力を有すること；
水素化物をアルデヒドからジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）に転位させて、アシル−酵素中間体を形成する能力を有すること；
アシル−酵素中間体を加水分解し、アルデヒド基質の酸化産物を放出する能力を有すること；
好ましくは、９１３６ポリペプチド（例えば、配列番号２のポリペプチド）の、翻訳後の改変、アミノ酸組成物または他の物理学的特性の任意の寄与を無視した分子重量（例えば、推定分子量）を有すること；
配列番号２のポリペプチドと、少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、９０％、または９５％のオーバーラップ配列相同性を有すること；
少なくとも以下のヒト組織および細胞株で（正常前立腺組織、前立腺腫瘍組織、肺腫瘍組織、胸部腫瘍組織、および冠動脈ＳＭＣ組織において高レベルで、そしてＨＵＶＥＣ、腎臓組織、正常胸部組織、正常小腸組織、滑膜組織、卵巣腫瘍組織および結腸腫瘍組織において中程度のレベルで）発現されること；
配列番号２のアミノ酸残基約３９〜５０７に対して、好ましくは約７０％、８０％、９０％または９５％同一であるアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインを有すること；
配列番号２のアミノ酸残基約３５〜１０４に対して、好ましくは約７０％、８０％、９０％または９５％同一であるデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス移行領域を有すること；
配列番号２のアミノ酸残基約１０６〜１７２に対して、好ましくは約７０％、８０％、９０％または９５％同一であるデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域を有すること；
配列番号２のアミノ酸残基約２３５〜３４８に対して、好ましくは約７０％、８０％、９０％または９５％同一であるデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰγグルタミルリン酸領域を有すること；
配列番号２のアミノ酸残基約３５３〜４１４に対して、好ましくは約７０％、８０％、９０％または９５％同一であるデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域を有すること；
配列番号２のアミノ酸残基約４２３〜５０３に対して、好ましくは約７０％、８０％、９０％または９５％同一であるデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域を有すること；
ネイティブなタンパク質のアミノ酸配列に見出される少なくとも１つのシステイン、好ましくは６つのシステイン、そして最も好ましくは全てのシステインを有すること。
【０１２８】
他の実施形態は、アミノ酸配列の１つ以上の変化（例えば、活性に対して必須ではないアミノ酸残基の変化）を含むタンパク質を含む。このような９１３６タンパク質は、アミノ酸配列が、配列番号２と異なるが、生物学的活性を保持する。
【０１２９】
好ましい実施形態において、９１３６タンパク質、またはそのフラグメントは、配列番号２の対応する配列と異なる。一つの実施形態において、少なくとも１個のアミノ酸残基であるが、１５個、１０個または５個未満のアミノ酸残基だけ異なる。別の実施形態において、少なくとも１個の残基であるが、２０％、１５％、１０％、または５％未満の残基だけ、配列番号２の対応する配列と異なり、これは、配列番号２の対応する配列と異なる。（この比較が、アライメントを必要とする場合、この配列は、最大相同性についてアライメントされるべきである。欠失もしくは挿入、またはミスマッチ由来の「ループ」アウト配列が、差異とみなされる）。この差異は、好ましくは、非必須残基または保存的置換基における差異または変化である。好ましい実施形態において、この差異は、以下のいずれにおける差異でもない：配列番号２のアミノ酸残基約３９〜５０７のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン；または、配列番号２のアミノ酸残基約３５〜１０４のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス移行領域；または、配列番号２のアミノ酸残基約１０６〜１７２のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域；または、配列番号２のアミノ酸残基約２３５〜３４８のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰγグルタミルリン酸領域；または、配列番号２のアミノ酸残基約３５３〜４１４のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域；または、配列番号２のアミノ酸残基約４２３〜５０３のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域。
【０１３０】
別の実施形態において、１つ以上の差異は、配列番号２のほぼアミノ酸残基３９〜５０７のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン；または配列番号２のほぼアミノ酸残基３５〜１０４のそのデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス輸送領域；または配列番号２のほぼアミノ酸残基約１０６〜１７２のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域；または配列番号２のほぼアミノ酸残基２３５〜３４８のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰγ−グルタミルホスフェート領域；または配列番号２のほぼアミノ酸残基３５３〜４１４のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域；または配列番号２のほぼアミノ酸残基４２３〜５０３のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域、にある。
【０１３１】
１つの実施形態において、タンパク質は、配列番号２に対して少なくとも約６０％、６５％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上の相同なアミノ酸配列を含む。
【０１３２】
９１３６タンパク質またはフラグメントにおいて、少なくとも１個であるが、１５個未満、１０個未満または５個未満のアミノ酸残基だけ、アミノ酸約１７３〜２３４によって規定される領域において、配列番号２の配列と異なるが、アミノ酸約３５〜１０４、または１０６〜１７２、または２３５〜３４８、または３５３〜４１４、または４２３〜５０３によって規定される領域において、配列番号２と異ならない、９１３６タンパク質またはフラグメントが、提供される。（この比較が、アライメントを必要とする場合、この配列は、最大相同性についてアライメントされるべきである。欠失もしくは挿入、またはミスマッチ由来の「ループ」アウト配列が、差異とみなされる）。いくつかの実施形態において、この差異は、非必須残基にあるか、または保存的置換である一方で、他の実施形態においては、この差異は、必須残基にあるか、または非保存的置換である。
【０１３３】
一つの実施形態において、９１３６タンパク質の生物学的に活性な部分は、アルデヒドデヒドロゲナーゼドメインを含む。さらに、他の生物学的に活性な部分（ここで、タンパク質の他の領域は、欠失される）は、組換え技術によって調製され得、そしてネイティブ９１３６タンパク質の機能的な活性の１以上について評価され得る。
【０１３４】
好ましい実施形態において、９１３６タンパク質は、配列番号２に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、９１３６タンパク質は、配列番号２と十分にまたは実質的に同一である。なお別の実施形態において、９１３６タンパク質は、上記の節で詳細に記載したように、配列番号２と十分にまたは実質的に同一であり、そして配列番号２のタンパク質の機能的な活性を保持する。
【０１３５】
（９１３６キメラタンパク質または融合タンパク質）
別の局面において、本発明は、９１３６キメラタンパク質または融合タンパク質を提供する。本明細書中で使用される場合、９１３６「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非９１３６ポリペプチドに連結した９１３６ポリペプチドを含む。「非９１３６ポリペプチド」は、９１３６タンパク質と実質的に相同性でないタンパク質（例えば、９１３６タンパク質と異なるタンパク質）および同一の生物または異なる生物由来のタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。融合タンパク質の９１３６ポリペプチドは、全てまたは一部（例えば、本明細書中に記載の９１３６アミノ酸配列のフラグメント）に対応し得る。好ましい実施形態において、９１３６融合タンパク質は、９１３６タンパク質の少なくとも１個（または２個）の生物学的に活性な部分を含む。非９１３６ポリペプチドは、９１３６ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０１３６】
この融合タンパク質は、リガンドに対して高度の親和性を有する部分を含み得る。例えば、この融合タンパク質は、９１３６配列がＧＳＴ配列のＣ末端に対して融合される、ＧＳＴ−９１３６融合タンパク質であり得る。このような融合タンパク質は、組換え９１３６の精製を容易にし得る。あるいは、この融合タンパク質は、そのＮ末端において、異種シグナル配列を含む９１３６タンパク質であり得る。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物の宿主細胞）において、９１３６の発現および／または分泌は、異種シグナル配列の使用を介して増強され得る。
【０１３７】
融合タンパク質は、血清タンパク質（例えば、免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡまたはＩｇＥ）の一部、例えば、免疫グロブリンまたはヒト血清アルブミンのＦｃ領域ならびに／もしくはヒンジＣ１配列およびヒンジＣ２配列）の全てまたは一部を含み得る。
【０１３８】
本発明の９１３６融合タンパク質は、薬学的組成物に組み込まれ得、そしてインビボで被験体に投与され得る。９１３６融合タンパク質は、９１３６基質のバイオアベイラビリティーに影響を与えるために使用され得る。９１３６融合タンパク質は、例えば、以下の（ｉ）、（ｉｉ）および（ｉｉｉ）によって生じる障害の処置のために治療学的に有用であり得る：（ｉ）９１３６タンパク質をコードする遺伝子の異常な改変または変異；（ｉｉ）９１３６遺伝子の誤調節；および（ｉｉｉ）９１３６タンパク質の異常な翻訳後修飾。
【０１３９】
さらに、本発明の９１３６融合タンパク質は、被験体において抗９１３６抗体を産生するための免疫原として、９１３６リガンドを精製するため、および９１３６と９１３６基質との相互作用を阻害する分子を同定するためのスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。
【０１４０】
融合部分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードする発現ベクターが、市販されている。９１３６をコードする核酸は、このような発現ベクター中にクローニングされ得、その結果、融合部分が９１３６タンパク質にインフレームで連結される。
【０１４１】
（９１３６タンパク質の改変体）
別の局面において、本発明はまた、９１３６ポリペプチドの改変体（例えば、アゴニスト（模倣物）またはアンタゴニストとして機能する）を特徴とする。９１３６タンパク質の改変体は、変異誘発（例えば、不連続な点変異）、配列の挿入もしくは欠失、または９１３６タンパク質の短縮（ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ）によって作製され得る。９１３６タンパク質のアゴニストは、９１３６タンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性と実質的に同一の活性またはサブセットを残存し得る。９１３６タンパク質のアンタゴニストは、例えば、９１３６タンパク質の９１３６媒介活性を競合的に調節することによって、９１３６タンパク質の天然に存在する形態の活性の１つ以上を阻害し得る。よって、特定の生物学的効果は、限定された機能の改変体を用いる処置によって誘導され得る。好ましくは、このタンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性のサブセットを有する改変体を用いる被験体の処置は、９１３６タンパク質の天然に存在する形態での処置と比較して被験体においてわずかな副作用を有する。
【０１４２】
９１３６タンパク質の改変体は、９１３６タンパク質の変異体（例えば、短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをアゴニスト活性またはアンタゴニスト活性についてスクリーニングすることによって同定され得る。
【０１４３】
９１３６タンパク質をコードする配列のフラグメント（例えば、Ｎ末端フラグメント、Ｃ末端フラグメントまたは内部フラグメント）のライブラリーを使用して、９１３６タンパク質の改変体のスクリーニング、続く選択のための多彩なフラグメント集団を作製し得る。
【０１４４】
システイン残基が付加または欠失されている改変体、あるいはグリコシル化されている残基が付加または欠失されている改変体が、特に好ましい。
【０１４５】
点変異または短縮によって作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする方法、および選択された特性を有する遺伝子産物についてｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための方法が、当該分野において公知である。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を高める新たな技術である機能的集合変異誘発（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）をスクリーニングアッセイと組合わせて使用して、９１３６改変体を同定し得る（ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１）。
【０１４６】
多彩な９１３６ライブラリーを分析するために、細胞ベースのアッセイが利用され得る。例えば、発現ベクターのライブラリーが、細胞株（例えば、通常、基質依存的様式で９１３６に応答する細胞株）にトランスフェクトされ得る。次いで、トランスフェクトされた細胞は、９１３６と接触させられ、そして９１３６基質によるシグナル伝達に対する変異体発現の効果が、例えば、アルデヒド基質の結合；ジヌクレオチドの補因子（例えば、ＮＡＤ）の結合；ジヌクレオチドの補因子（例えば、ＮＡＤ）の減少；アシル酵素中間体の形成；アシル酵素中間体の加水分解；および／またはアルデヒド基質の酸化生成物の形成を測定することによって、検出され得る。次いで、プラスミドＤＮＡは、９１３６基質によるシグナル伝達の阻害、または代わりに増強を記録する細胞から回収され得、そして個々のクローンがさらに特徴付けられ得る。
【０１４７】
別の局面において、本発明は、９１３６ポリペプチド（例えば、非野生型活性を有するペプチド、例えば、天然に存在する９１３６ポリペプチドのアンタゴニスト、アゴニストもしくはスーパーアゴニスト、例えば、天然に存在する９１３６ポリペプチド）を作製する方法を特徴とする。本方法は、以下の工程を包含する：９１３６ポリペプチドの配列を変更する工程（例えば、本明細書中に開示される非保存領域、ドメインまたは残基の１つ以上の残基の置換または欠失によって配列を変更する工程）；および所望の活性について変更されたポリペプチドを試験する工程。
【０１４８】
別の局面において、本発明は、天然に存在する９１３６ポリペプチドの生物学的活性を有する９１３６ポリペプチドのフラグメントまたはアナログを作製する方法を特徴とする。本方法は、以下の工程を包含する：例えば、１つ以上の残基の置換または欠失によって９１３６ポリペプチドの配列を変更する工程（例えば、本明細書中に記載される非保存領域の配列またはドメインもしくは残基を変更する工程）；および、所望の活性について変更されたポリペプチドを試験する工程。
【０１４９】
（抗９１３６抗体）
別の局面において、本発明は、抗９１３６抗体を提供する。本明細書中で使用される場合、用語「抗体」は、本明細書中で使用される場合、免疫グロブリン分子またはその免疫学的に活性な部分（すなわち、抗原結合部分）をいう。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分の例としては、ｓｃＦＶフラグメントおよびｄｃＦＶフラグメント、ＦａｂフラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントが挙げられ、これらは、抗体を酵素（それぞれ、例えば、パパインまたはペプシン）で処理することにより生成され得る。
【０１５０】
抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、組換え抗体（例えば、キメラ抗体またはヒト化抗体）、完全ヒト抗体、非ヒト抗体（例えば、マウス抗体）または、単鎖抗体であり得る。好ましい実施形態において、抗体はエフェクター機能を有し、そして補体を固定し得る。抗体は、毒素または画像化剤と結合され得る。
【０１５１】
全長９１３６タンパク質、または９１３６の抗原性ペプチドフラグメントは、免疫原として使用され得るか、または他の免疫原（例えば、細胞、膜調製物など）を用いて作製された抗９１３６抗体を同定するために使用され得る。９１３６の抗原性ペプチドは、配列番号２に示されるアミノ酸配列のうち少なくとも８個のアミノ酸残基を含むべきであり、そして９１３６のエピトープを含む。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも１０個のアミノ酸残基、より好ましくは少なくとも１５個のアミノ酸残基、なおより好ましくは少なくとも２０個のアミノ酸残基、そして最も好ましくは少なくとも３０個のアミノ酸残基を含む。
【０１５２】
配列番号２の残基約３６〜７５、約３２５〜３６５、または約３７１〜３９４を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質の親水性領域（図２を参照のこと）に対する抗体を作製するために使用され得る（例えば、免疫原として使用されるかまたは抗体の特異性を特徴付けるために使用される）。同様に、配列番号２の残基約１７１〜２０２、約２１１〜２２３、または約２２８〜２４４を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質の疎水性領域に対する抗体を作製するために使用され得る；配列番号２の残基約１９０〜２２７またはそのサブセット（例えば、約残基１９０〜２１１、約残基２００〜２２０、または残基約２１５〜２２７）を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質の細胞外領域に対する抗体を作製するために使用され得る；配列番号２の残基約１〜１７０および２４５〜５１２、またはそのサブセット（例えば、約１〜４０、約４０〜８０、約８０〜１２０、約１２０〜１６０、約１４０〜１７０、約２４５〜３００、約３０１〜３５０、約３５１〜４００、約４５１〜４５０、約４５１〜５００、または約４９０〜５１２）を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質の細胞内領域に対する抗体を作製するために使用され得る；配列番号２の残基約３９〜１００、約１００〜２００、約２００〜３００、約３００〜４００、または約４００〜５０７を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメイン領域に対する抗体を作製するために使用され得る；配列番号２の残基約３４から１０２、または約４０〜９０を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームセミアルデヒドＮＡＤＰクラス輸送領域に対する抗体を作製するために使用され得る；配列番号２の残基約１０６〜１７２、または約１２０〜１５０を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤクラスＡＬＤＨベタインプロテオーム完全ペプチド領域に対する抗体を作製するために使用され得る；配列番号２の残基約２３５〜３４８、約２４０〜２９０、または約２９０〜３４５を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼプロテオーム完全ＮＡＤセミアルデヒドＮＡＤＰγ−グルタミルホスフェート領域に対する抗体を作製するために使用され得る；配列番号２の残基約３５３〜４１４、または約３６０〜４００を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤ完全プロテオームクラスＡＬＤＨ前駆体ペプチド領域に対する抗体を作製するために使用され得る；そして配列番号２の残基約４２３〜５０３、約４３０〜４６０、または約４６０〜５００を含む９１３６のフラグメントは、９１３６タンパク質のデヒドロゲナーゼアルデヒドオキシドレダクターゼＮＡＤプロテオーム完全セミアルデヒドＮＡＤＰクラスＡＬＤＨ領域に対する抗体を作製するために使用され得る。
【０１５３】
これらの領域のいずれかまたは本明細書中に記載される他の領域もしくはドメインと反応性、または特異的もしくは選択的な抗体が提供される。
【０１５４】
抗原性ペプチドに含まれる好ましいエピトープは、タンパク質の表面上に位置する９１３６の領域（例えば、親水性領域）、および高い抗原性を有する領域である。例えば、ヒト９１３６タンパク質配列のＥｍｉｎｉ表面確率解析を使用して、９１３６タンパク質の表面に局在化される確率の特に高い領域、従って、抗体産生を標的化するのに有用な表面残基を構築する可能性のある領域を示し得る。
【０１５５】
好ましい実施形態において、抗体は、９１３６タンパク質の細胞外部分に結合し得る。例えば、これは、９１３６タンパク質を発現する完全細胞に結合し得る。別の実施形態において、抗体は、９１３６タンパク質の細胞内部分に結合し得る。
【０１５６】
好ましい実施形態において、抗体は、本明細書中に記載される９１３６タンパク質上の任意のドメインまたは領域上のエピトープに結合する。
【０１５７】
さらに、キメラ抗体、ヒト化抗体および完全ヒトの抗体もまた、本発明の範囲内である。キメラ抗体、ヒト抗体、しかし最も好ましくは完全ヒト抗体は、繰り返し投与を含む適用（例えば、ヒト患者の治療的処置、およびいくつかの診断的適用）に好ましい。
【０１５８】
キメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体（ヒト部分および非ヒト部分の両方を含む）は、標準的な組換えＤＮＡ技術を使用して作製され得る。このようなキメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体は、例えば、以下に記載される方法を使用して、当該分野で公知の組換えＤＮＡ技術により産生され得る（Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９；Ａｋｉｒａら、欧州特許出願１８４，１８７；Ｔａｎｉｇｕｃｈｉ，欧州特許出願１７１，４９６；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、欧州特許出願１７３，４９４；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら、ＰＣＴ国際公開ＷＯ８６／０１５３３；Ｃａｂｉｌｌｙら、米国特許第４，８１６，５６７号；Ｃａｂｉｌｌｙら、欧州特許出願１２５，０２３；Ｂｅｔｔｅｒら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１−１０４３）；Ｌｉｕら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：３４３９−３４４３；Ｌｉｕら、（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１−３５２６；Ｓｕｎら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：２１４−２１８；Ｎｉｓｈｉｍｕｒａら  （１９８７），Ｃａｎｃ．Ｒｅｓ．４７：９９９−１００５；Ｗｏｏｄら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１４：４４６−４４９；ならびにＳｈａｗら（１９８８），Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．８０：１５５３−１５５９を参照のこと）。
【０１５９】
ヒト化抗体または相補性決定領域（ＣＤＲ）グラフト化抗体は、ドナーＣＤＲと置換された少なくとも１つまたは２つ（しかし、一般に３つ全て）のレシピエント（重鎖免疫グロブリン鎖および／または軽鎖免疫グロブリン鎖の）ＣＤＲを有する。抗体は、非ヒトＣＤＲの少なくとも一部と置換され得るか、またはＣＤＲの一部のみが、非ヒトＣＤＲで置換され得る。９１３６またはそのフラグメントに対するヒト化抗体の結合に必要とされるＣＤＲの数を置換することだけが必要である。好ましくは、ドナーは、げっ歯類抗体（例えば、ラット抗体またはマウス抗体）であり、そしてレシピエントは、ヒトフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークである。代表的に、ＣＤＲを提供する免疫グロブリンは、「ドナー」と呼ばれ、そしてフレームワークを提供する免疫グロブリンは、「アクセプター」と呼ばれる。１つの実施形態において、ドナー免疫グロブリンは、非ヒト（例えば、げっ歯類）である。アクセプターフレームワークは、天然に存在する（例えば、ヒト）フレームワークまたはコンセンサスフレームワーク、あるいはこれらに約８５％以上、好ましくは、９０％、９５％、９９％以上同一である配列である。
【０１６０】
本明細書中で使用される場合、用語「コンセンサス配列」とは、あるファミリーの関連する配列において最も頻繁に生じるアミノ酸（またはヌクレオチド）から形成される配列をいう（例えば、Ｗｉｎｎａｋｅｒ，（１９８７）Ｆｒｏｍ  Ｇｅｎｅｓ  ｔｏ  Ｃｌｏｎｅｓ（Ｖｅｒｌａｇｓｇｅｓｅｌｌｓｃｈａｆｔ，Ｗｅｉｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙを参照のこと）。あるファミリーのタンパク質において、コンセンサス配列中の各位置が、そのファミリー中のその位置で最も頻繁に存在するアミノ酸によって占められる。２つのアミノ酸が同等に頻繁に生じる場合、いずれもコンセンサス配列中に含まれ得る。「コンセンサスフレームワーク」とは、コンセンサス免疫グロブリン配列中のフレームワーク領域をいう。
【０１６１】
抗体は、当該分野において公知の方法によってヒト化され得る。ヒト化抗体は、抗原結合に直接関与しないＦｖ可変領域の配列をヒトＦｖ可変領域からの等価な配列で置換することによって生成され得る。ヒト化抗体を生成するための一般的な方法は、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２−１２０７、Ｏｉら、（１９８６）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ４：２１４、ならびにＱｕｅｅｎら米国特許第５，５８５，０８９号，同第５，６９３，７６１号および同第５，６９３，７６２号（これらの全ての内容が、本明細書中に参考として援用される）によって提供される。これらの方法は、重鎖または軽鎖のうちの少なくとも１つからの免疫グロブリンＦｖ可変領域の全てまたは一部をコードする核酸配列を単離する工程、操作する工程、および発現する工程を包含する。このような核酸の供給源は、当業者に周知であり、例えば、９１３６ポリペプチドまたはそのフラグメントに対する抗体を産生するハイブリドーマより取得され得る。次いで、ヒト化抗体をコードする組換えＤＮＡまたはそのフラグメントは、適切な発現ベクター中にクローニングされ得る。
【０１６２】
ヒト化抗体またはＣＤＲ移植された抗体は、ＣＤＲ移植またはＣＤＲ置換によって産生され得、ここで、免疫グロブリン鎖のＣＤＲのうち１つ、２つまたは全てが置換され得る。例えば、米国特許第５，２２５，５３９号；Ｊｏｎｅｓら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５５２−５２５；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４；Ｂｅｉｄｌｅｒら（１９８８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３−４０６０；Ｗｉｎｔｅｒ  米国特許第５，２２５，５３９号（これら全ての内容が本明細書中に参考として明らかに援用される）を参照のこと。Ｗｉｎｔｅｒは、本発明のヒト化抗体を調製するために使用され得るＣＤＲ移植方法を記載する（１９８７年３月２６日に出願されたＵＫ特許出願ＧＢ２１８８６３８Ａ；Ｗｉｎｔｅｒ  米国特許第５，２２５，５３９号（この内容は参考として明らかに援用される））。
【０１６３】
特定のアミノ酸が置換、欠失または付加されているヒト化抗体はまた、本発明の範囲内である。好ましいヒト化抗体は、例えば、抗原に対する結合を改善するようにフレームワーク領域にアミノ酸置換を有する。例えば、ヒト化抗体は、ドナーフレームワーク残基と同一のフレームワーク残基を有するか、またはレシピエントフレームワーク残基以外の別のアミノ酸と同一のフレームワーク残基を有する。このような抗体を生成するために、ヒト化免疫グロブリン鎖の選択された少数のアクセプターフレームワーク残基は、対応するドナーアミノ酸で置換され得る。好ましい置換の位置は、ＣＤＲに隣接するアミノ酸残基またはＣＤＲと相互作用し得るアミノ酸残基を含む（例えば、米国特許第５，５８５，０８９号を参照のこと）。ドナーからアミノ酸を選択するための基準は、米国特許第５，５８５，０８９号（例えば、米国特許第５，５８５，０８９号の１２〜１６欄、例えば、米国特許第５，５８５，０８９号の１２〜１６欄（これらの内容は、本明細書中に参考として援用される））に記載される。ヒト化抗体のための他の技術は、Ｐａｄｌａｎら、ＥＰ５１９５９６  Ａ１（１９９２年１２月２３日公開）に記載される。
【０１６４】
完全なヒト抗体が、ヒト患者の治療的処置のために特に所望される。そのような抗体は、内因性免疫グロブリンの重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子を発現することができないが、ヒト重鎖遺伝子およびヒト軽鎖遺伝子を発現し得るトランスジェニックマウスを用いて産生され得る。例えば、ＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ（１９９５）Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３；６５〜９３）；ならびに米国特許第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６６１，０１６号；および同第５，５４５，８０６号を参照のこと。さらに、Ａｂｇｅｎｉｘ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｍｏｎｔ、ＣＡ）およびＭｅｄａｒｅｘ，Ｉｎｃ．（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，ＮＪ）のような会社が、上記の技術に類似する技術を用いて、選択された抗原に対するヒト抗体を産生するために携わり得る。
【０１６５】
選択されたエピトープを認識する完全ヒト抗体は、「誘導された選択（ｇｕｉｄｅｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）」として言及される技術を用いて作製され得る。このアプローチにおいて、選択された非ヒトモノクローナル抗体（例えば、マウス抗体）が、同じエピトープを認識する完全ヒト抗体の選択を誘導するために用いられる。この技術は、Ｊｅｓｐｅｒｓら、（１９９４）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １２：８９９〜９０３に記載されている。
【０１６６】
抗９１３６抗体は、単鎖抗体であり得る。単鎖抗体（ｓｃＦＶ）は、例えば、Ｃｏｌｃｈｅｒら（１９９９）Ａｎｎ．ＮＹ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８８０：２６３〜８０；およびＲｅｉｔｅｒ（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２：２４５〜５２に記載されるように操作され得る。単鎖抗体は、二量体化または多量体化されて、同じ標的９１３６タンパク質の異なるエピトープに対する特異性を有する多価抗体を作製し得る。
【０１６７】
好ましい実施形態において、抗体は、Ｆｃレセプターを結合する減少した能力を有するか、または、Ｆｃレセプターを結合する能力を有さない。例えば、この抗体は、Ｆｃレセプターへの結合を補助しない、アイソタイプまたはサブタイプ、フラグメントまたは他の変異体である（例えば、それは、変異または欠失したＦｃレセプター結合領域を有する）。
【０１６８】
抗体（またはそのフラグメント）は、治療的部分（例えば、細胞毒素、治療薬または放射性イオン）に結合体化され得る。細胞毒素または細胞傷害性因子としては、細胞に対して有害な任意の因子が挙げられる。例としては、以下が挙げられる：タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルチシン、ドクソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトザントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロパノロール、プロマイシン、メイタンシノイド（例えば、メイタンシノール（米国特許第５，２０８，０２０号を参照のこと）、ＣＣ−１０６５（米国特許第５，４７５，０９２号、同第５，５８５，４９９号、同第５，８４６，５４５号を参照のこと））、およびそれらのアナログまたはホモログ。治療薬としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：代謝拮抗物質（例えば、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシルデカルバジン）、アルキル化剤（例えば、メクロレタミン、チオエパクロランブシル、ＣＣ−１０６５、メルファラン、カルマスチン（ＢＳＮＵ）およびロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド（ｃｙｃｌｏｔｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、およびシス−ジクロロジアミンプラチナ（ＩＩ）（ＤＤＰ）シスプラチン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（以前のダウノマイシン）およびドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（以前のアクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン（ＡＭＣ））、および抗有糸分裂薬（例えば、ビンクリスチン、ビンブブラスチン、タキソールおよびメイタンシノイド）。放射性イオンとしては、ヨウ素、イットリウム、およびプラセオジミウムが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６９】
本発明の結合体は、所定の生物学的応答を調節するために用いられ得、治療的部分は、古典的な化学療法剤に限定されるとは解釈されない。例えば、治療的部分とは、所望の生物学的活性を保有するタンパク質またはポリペプチドであり得る。そのようなタンパク質としては、毒素（例えば、アブリン、リシンＡ、シュードモナス外毒素、またはジフテリア毒素）；タンパク質（腫瘍壊死因子、α−インターフェロン、β−インターフェロン、神経発育因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲン賦活剤）；または（例えば、リンホカイン、インターロイキン−１（「ＩＬ−１」）、インターロイキン−２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン−６（「ＩＬ−６」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）、または他の増殖因子のような）生物学的応答調節因子が挙げられ得るが、これらに限定されない。
【０１７０】
あるいは、抗体は、二次抗体に結合体化されて、米国特許第４，６７６，９８０号においてＳｅｇａｌにより記される抗体異種結合体を形成し得る。
【０１７１】
抗９１３６抗体（例えば、モノクローナル抗体）を使用して、標準的技術（例えば、アフィニティクロマトグラフィーまたは免疫沈降）によって９１３６を単離し得る。さらに、抗９１３６抗体を使用して、このタンパク質発現の量およびパターンを評価するために、（例えば、細胞溶解物または細胞上清において）９１３６タンパク質を検出し得る。抗９１３６抗体を診断的に使用して、臨床試験手順の一部として（例えば、所定の処置レジメンの効力を決定するために）組織中のタンパク質レベルをモニタリングし得る。検出は、抗体を検出可能な物質に結合すること（すなわち、物理的に連結すること）（すなわち、抗体標識）によって容易にされ得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、補欠分子団、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、および放射活性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ；適切な補欠分子団複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられ；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオロセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられ；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられ；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられ；そして適切な放射活性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０１７２】
好ましい実施形態において、抗体は、精製された９１３６抗原、またはそのフラグメント（例えば、本明細書中に記載されるフラグメント）、組織（例えば、粗組織調製物、全細胞、好ましくは、生きた細胞、溶解された細胞、または細胞画分（例えば、ミトコントリア画分））で免疫することによって作製され得る。
【０１７３】
ネイティブの９１３６タンパク質のみを結合するか、変性した非ネイティブの９１３６タンパク質もしくはそれ以外の非ネイティブの９１３６タンパク質のみを結合するか、またはそれらの両方を結合する抗体は、本発明の範囲内である。線状または立体配座エピトープを有する抗体は、本発明の範囲内である。立体配座エピトープは、しばしば、ネイティブ９１３６タンパク質に結合するが、変性９１３６タンパク質に結合しない抗体を同定することによって同定され得る。
【０１７４】
（組換え発現ベクター、宿主細胞および遺伝子操作された細胞）
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるポリペプチドをコードする核酸を含むベクター、好ましくは、発現ベクターを含む。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」は、連結されている別の核酸を輸送し得る核酸分子をいい、プラスミド、コスミドまたはウイルスベクターを含み得る。ベクターは、自律的な複製を行い得るか、または宿主ＤＮＡ内に組み込み得る。ウイルスベクターとしては、例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルスが挙げられる。
【０１７５】
ベクターは、宿主細胞内での核酸の発現に適切な形態で９１３６核酸を含み得る。好ましくは、組換え発現ベクターは、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結された１つ以上の調節配列を含む。用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサー、および他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含む。調節配列は、ヌクレオチド配列の構成的発現を指向する配列、ならびに組織特異的調節配列および／または誘導性配列を指向する配列を含む。発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望されるタンパク質発現レベルなどのような因子に依存し得る。本発明の発現ベクターは、宿主細胞内に導入され得、これにより本明細書中に記載されるような核酸によってコードされるタンパク質またはポリペプチド（融合タンパク質またはポリペプチドを含む）（例えば、９１３６タンパク質、９１３６タンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を産生し得る。
【０１７６】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における９１３６タンパク質の発現のために設計され得る。例えば、本発明のポリペプチドは、Ｅ．ｃｏｌｉ、昆虫細胞（例えば、バキュロウイルス発現ベクターを使用して）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、さらに、Ｇｏｅｄｄｅｌ，（１９９０）Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡに議論される。あるいは、組換え発現ベクターは、（例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを使用して）インビトロで転写および翻訳され得る。
【０１７７】
原核生物におけるタンパク質発現は、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを用いて、ほとんどＥ．ｃｏｌｉにて行われる。融合ベクターは、多くのアミノ酸をこのベクター中にコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に付加する。このような融合ベクターは、典型的に以下の３つの目的で働く：１）組換えタンパク質の発現を増加させるため；２）組換えタンパク質の安定性を増加させるため；および３）アフィニティ精製におけるリガンドとして作用することによる、組換えタンパク質の精製における補助のため。しばしば、タンパク質分解性切断部位が、融合部分と組換えタンパク質との連結部に導入され、融合部分からの組換えタンパク質の分離、続く融合タンパク質の精製を可能にする。このような酵素およびこれらの同族認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ；ＳｍｉｔｈおよびＪｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０），ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）（これらはそれぞれ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを標的組換えタンパク質に融合する）が挙げられる。
【０１７８】
精製された融合タンパク質は、９１３６活性アッセイ（例えば、以下に詳細に記載される直接アッセイまたは競合アッセイ）において、または９１３６タンパク質に特異的もしくは選択的な抗体を生成するために使用され得る。好ましい実施形態において、本発明のレトロウイルス発現ベクターにおいて発現される融合タンパク質を使用して、骨髄細胞を感染し、続いてこの細胞を、照射したレシピエントに移植し得る。次いで、被験体レシピエントの病理学は、十分な時間（例えば、６週間）が経過した後に試験される。
【０１７９】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化することは、その組換えタンパク質をタンパク質分解性切断する減弱した能力を有する宿主細菌中でタンパク質を発現することである（Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ、（１９９０）Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  １１９−１２８）。別のストラテジーは、各アミノ酸に対する個々のコドンがＥ．ｃｏｌｉ中で優先的に利用されるものであるように、発現ベクター中に挿入されるべき核酸の核酸配列を変更することである（Ｗａｄａら（１９９２）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的ＤＮＡ合成技術によって行われ得る。
【０１８０】
９１３６発現ベクターは、酵母発現ベクター、昆虫細胞内での発現のためのベクター（例えば、バキュロウイルス発現ベクター）または哺乳動物細胞内での発現に適切なベクターであり得る。
【０１８１】
哺乳動物細胞において使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルス調節エレメントによって提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルスおよびシミアンウイルス４０由来である。
【０１８２】
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型において優先的に核酸の発現を指向し得る（例えば、組織特異的調節エレメントが核酸の発現に使用される）。適切な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５−２７５）、Ｔ細胞レセプターの特定のプロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ  Ｊ．８：７２９−７３３）、および免疫グロブリン（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７４１−７４８）、ニューロン特異的プロモーター（例えば、ニューロフィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、および乳腺特異的プロモーター（例えば、乳清プロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州特許出願公開番号２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されるプロモーター（例えば、マウスｈｏｘプロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３７４−３７９）およびα−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．３：５３７−５４６））もまた、含まれる。
【０１８３】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。種々の細胞型におけるアンチセンスＲＮＡの、構成的発現、組織特異的発現、または細胞型特異的発現を指示する、アンチセンスの向きでクローニングされた核酸に対して作動可能に連結された調節配列（例えば、ウイルスプロモーターおよび／またはエンハンサー）が選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得る。アンチセンス遺伝子を用いる遺伝子発現の調節の議論については、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら、（１９８６）Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １：１を参照のこと。
【０１８４】
本発明の別の局面は、本明細書中に記載された核酸分子（例えば、組換え発現ベクター内の９１３６核酸分子、または９１３６核酸分子が宿主細胞ゲノムの特定の部位中に相同的に組換えることを可能とする配列を含む９１３６核酸分子）を含有する宿主細胞を提供する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の対象細胞をいうのみでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をいう。変異または環境的影響のいずれかに起因して、特定の改変が次の世代において発生し得るので、このような子孫は、実際、親の細胞と同一でなくてもよいが、なお、本明細書中で使用されるようなこの用語の範囲内に含まれる。
【０１８５】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、９１３６タンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはＣＶ−１起源、ＳＶ−４０  （ＣＯＳ）細胞）で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０１８６】
ベクターＤＮＡは、従来的な形質転換またはトランスフェクション技術を介して宿主細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞中に導入するための当該分野で認識される種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが挙げられる。
【０１８７】
本発明の宿主細胞を使用して、９１３６タンパク質を生成（すなわち、発現）し得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して９１３６タンパク質を生成するための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、９１３６タンパク質が生成されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞（この中に、９１３６タンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を、包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、培地または宿主細胞から９１３６タンパク質を単離する工程を包含する。
【０１８８】
別の局面において、本発明は、細胞、または９１３６導入遺伝子を含有する細胞もしくはそれ以外に９１３６を誤って発現する（ｍｉｓｅｘｐｒｅｓｓ）細胞からの精製調製物を特徴とする。この細胞調製物は、ヒト細胞または非ヒト細胞（例えば、げっ歯類細胞（例えば、マウス細胞もしくはラット細胞）、ウサギ細胞、またはブタ細胞）からなり得る。好ましい実施形態において、細胞は、９１３６導入遺伝子（例えば、９１３６の異種形態、例えば、（非ヒト細胞の場合には）ヒト由来の遺伝子）を、含有する。この９１３６導入遺伝子は、誤って発現（例えば、過剰発現または寡少発現（ｕｎｄｅｒｅｘｐｒｅｓｓ））され得る。他の好ましい実施形態において、細胞は、内在性９１３６を誤って発現する遺伝子（例えば、遺伝子発現が損なわれる遺伝子（例えば、ノックアウト））を含有する。このような細胞は、変異した９１３６対立遺伝子、または誤って発現された９１３６対立遺伝子に関係する障害を研究するためのモデル、または薬物スクリーニングにおける使用のためのモデルとして作用し得る。
【０１８９】
別の局面において、本発明は、本発明の９１３６ポリペプチドをコードする核酸で形質転換されたヒト細胞（例えば、造血幹細胞）を、特徴とする。
【０１９０】
また、細胞、好ましくはヒト細胞（例えば、ヒト造血細胞または線維芽細胞）が提供され、この細胞中では、内因性９１３６が、正常では内因性９１３６遺伝子の発現を制御しない調節配列の制御下にある。細胞（例えば、細胞株または微生物）中の内因性遺伝子の発現特徴は、挿入された調節エレメントが内因性９１３６遺伝子に作動可能に連結されるように、細胞のゲノム中に異種性のＤＮＡ調節エレメントを挿入することによって改変され得る。例えば、「転写的にサイレント」（例えば、正常では発現されないか、または極低レベルでのみ発現される）内因性９１３６遺伝子を、その細胞中で正常に発現される遺伝子産物の発現を促進し得る調節性エレメントを挿入することによって、活性化し得る。標的化相同組換えのような技術を使用して、例えば、Ｃｈａｐｐｅｌ、米国特許第５，２７２，０７１号；１９９１年５月１６日に公開されたＷＯ  ９１／０６６６７に記載されるように、異種性ＤＮＡを挿入し得る。
【０１９１】
（トランスジェニック動物）
本発明は、非ヒトトランスジェニック動物を提供する。このような動物は、９１３６タンパク質の機能および／または活性を研究するため、ならびに９１３６の活性の調節因子を同定および／または評価するために、有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」は、その動物の細胞の１つ以上がトランスジーンを含有する、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくは、ラットもしくはマウスのようなげっ歯類である。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。トランスジーンとは、好ましくは、トランスジェニック動物の細胞のゲノム中に組み込まれるか、またはゲノム中に生じる、外因性ＤＮＡまたは内因性染色体ＤＮＡの再配置（例えば、欠失）である。トランスジーンは、トランスジェニック動物の１つ以上の細胞型もしくは組織においてコードされる遺伝子産物の発現を指令し得、他のトランスジーン（例えば、ノックアウト）は、発現を減少させる。従って、トランスジェニック動物は、内因性９１３６遺伝子が、例えば、内因性遺伝子と、その動物の発生前にその動物の細胞（例えば、その動物の胚細胞）中に導入された外因性ＤＮＡ分子との間の相同組換えによって、変更された動物であり得る。
【０１９２】
イントロン配列およびポリアデニル化シグナルはまた、トランスジーンの発現の効率を増加させるためにトランスジーン中に含まれ得る。組織特異的調節配列は、特定の細胞に９１３６タンパク質の発現を指向するために、本発明のトランスジーンに作動可能に連結され得る。トランスジェニック創始動物は、そのゲノムにおける９１３６トランスジーンの存在および／またはこの動物の組織もしくは細胞における９１３６  ｍＲＮＡの発現に基づいて、同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物を使用して、トランスジーンを保有するさらなる動物を育種する。さらに９１３６タンパク質をコードするトランスジーンを保有するトランスジェニック動物は、さらに、他のトランスジーンを有する他のトランスジェニック動物と交配され得る。
【０１９３】
９１３６タンパク質または９１３６ポリペプチドは、トランスジェニック動物またはトランスジェニック植物において発現され得る（例えば、このタンパク質またはポリペプチドをコードする核酸が、動物のゲノム中に導入され得る）。好ましい実施形態において、この核酸を、組織特異的なプロモーター（例えば、乳汁特異的プロモーターまたは卵特異的プロモーター）の制御下に配置し、そして動物により産生される乳汁または卵から回収され得る。適切な動物は、マウス、ブタ、ウシ、ヤギおよびヒツジである。
【０１９４】
本発明はまた、例えば、以下に考察されるような、トランスジェニック動物由来の細胞集団を包含する。
【０１９５】
（使用）
本明細書中に記載される核酸分子、タンパク質、タンパク質ホモログ、および抗体は、以下の方法の１以上に使用され得る：ａ）スクリーニングアッセイ；ｂ）予測医学（例えば、診断アッセイ、予後アッセイ、臨床試験のモニタリング、および薬理遺伝学）；ならびにｃ）処置方法（例えば、治療および予防）。
【０１９６】
本発明の単離された核酸分子を使用して、例えば、９１３６タンパク質を（例えば、遺伝子治療の適用における、宿主細胞中の組換え発現ベクターを介して）発現し得、（例えば、生物学的サンプル中の）９１３６  ｍＲＮＡを検出し得、または９１３６遺伝子中の遺伝子の変更を検出し得、そして以下にさらに記載されるように、９１３６の活性を調節し得る。９１３６タンパク質を使用して、９１３６基質または９１３６インヒビターの不十分な生成または過剰な生成によって特徴付けられる障害を処置し得る。さらに、９１３６タンパク質を使用して、天然に存在する９１３６の基質についてスクリーニングし得、９１３６活性を調節する薬物または化合物をスクリーニングし得、ならびに９１３６タンパク質または９１３６野生型タンパク質と比較して、減少した活性、異常な活性もしくは所望されない活性を有する、９１３６タンパク質形態の生成物の不十分な生成または過剰な生成によって特徴付けられる障害（例えば、細胞増殖および／または細胞分化；内皮細胞障害；心血管障害および代謝障害）を、処置し得る。さらに、本発明の抗９１３６抗体を使用して、９１３６タンパク質を検出および単離し得、９１３６タンパク質の生物利用能を調節し得、そして９１３６活性を調節し得る。
【０１９７】
例えば、本発明の９１３６ポリペプチドと相互作用する（例えば、結合する）能力について化合物を評価する方法を提供する。この方法は、以下を包含する：本発明の９１３６ポリペプチドと化合物とを接触させる工程；および化合物が本発明の９１３６ポリペプチドと相互作用する（例えば、結合する）か、または複合体を形成する能力を評価する工程。この方法は、インビトロ（例えば、無細胞系）でか、またはインビボ（例えば、ツーハイブリッド相互作用トラップアッセイ）で実施され得る。この方法を使用して、本発明の９１３６ポリペプチドと相互作用する、天然に存在する分子を同定し得る。またこの方法を使用して、本発明の９１３６ポリペプチドの天然インヒビターまたは合成インヒビターを見出し得る。スクリーニング方法を、以下により詳細に考察する。
【０１９８】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、９１３６タンパク質に結合するか、例えば９１３６発現もしくは９１３６活性に対する刺激作用もしくは阻害作用を有するか、または例えば９１３６基質の発現または活性に対する刺激作用または阻害作用を有する、調節因子、すなわち候補または試験の化合物または因子（例えば、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、ペプトイド、低分子または他の薬物）を同定するための方法（本明細書中で「スクリーニングアッセイ」ともいわれる）を提供する。このように同定された化合物を使用して、治療プロトコル中で標的遺伝子産物（例えば、９１３６遺伝子）の活性を調節し得るか、標的遺伝子産物の生物学的機能を調節し得るか、または正常な標的遺伝子の相互作用を無効化（ｄｅｓｔｒｕｐｔ）する化合物を、同定し得る。
【０１９９】
１つの実施形態において、本発明は、９１３６タンパク質もしくは９１３６ポリペプチド、またはその生物学的に活性な部分の基質である、候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。別の実施形態において、本発明は、９１３６タンパク質もしくは９１３６ポリペプチド、またはその生物学的に活性な部分の活性に結合するかまたはその活性を調節する、候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。
【０２００】
本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー方法（生物学的ライブラリー；ペプトイドライブラリー（ペプチドの機能を有するが、酵素的分解に対して耐性であるがそれでもなお生物学的に活性なままである、新規の非ペプチド骨格を有する分子のライブラリー；例えば、Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５を参照のこと）；空間的にアドレス可能な並行の固相または溶液相ライブラリー；デコンボルーション（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｉｏｎ）を必要とする合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー方法を含む）における任意の多くのアプローチを使用して獲得され得る。生物学的ライブラリーアプローチおよび、ペプチドライブラリーアプローチは、ペプチドライブラリーに限定されず、一方、他の４つのアプローチは、化合物のペプチド、非ペプチドオリゴマーまたは低分子ライブラリーに適用可能である（Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．１２：１４５）。
【０２０１】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、例えば、以下において、当該分野で見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６９０９−１３；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：１１４２２−４２６；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３−５１。
【０２０２】
化合物のライブラリーは、溶液中に存在し得るか（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、またはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌上（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２２３，４０９号）、芽胞上（Ｌａｄｎｅｒ、特許第’４０９号）、プラスミド上（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８７：６３８７〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ  前出）であり得る。
【０２０３】
１つの実施形態では、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、ここで９１３６タンパク質またはその生物学的に活性な部分を発現する細胞を、試験化合物と接触させ、そして試験化合物が９１３６活性を調節する能力を決定する。試験化合物が９１３６活性を調節する能力の決定を、例えば、（１）代謝に対するその影響；（２）ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）結合に対するその影響；（３）アルデヒド基質結合に対するその影響；（４）ジヌクレオチド補因子（例えば、ＮＡＤ）への、酵素結合アルデヒド基質からの水素化物転移に対するその影響；ならびに（５）酵素結合基質の加水分解およびアルデヒド基質の酸化生成物の放出に対するその影響、をモニターすることによって成し得る。例えばこの細胞は、哺乳動物起源（例えば、ヒト）であり得る。
【０２０４】
試験化合物が化合物（例えば、９１３６基質）への９１３６結合を調節する能力、または９１３６に結合する能力をまた、評価し得る。このことは、例えば、化合物（例えば、基質）を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせることによって達成され得、その結果、複合体中の標識された化合物（例えば、基質）を検出することによって、化合物（例えば、基質）の９１３６への結合を決定し得る。あるいは、９１３６を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせて、複合体中の試験化合物が９１３６基質への９１３６結合を調節する能力をモニタリングし得る。例えば、化合物（例えば、９１３６基質）を、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで、直接的または間接的のいずれかで標識し得、そしてこの放射性同位体が、放射線放射の直接的な計数によってか、またはシンチレーション計数によってかで検出され得る。あるいは、化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そして適切な基質の産物への変換を定量することによって、この酵素標識を検出し得る。
【０２０５】
化合物（例えば、９１３６基質）が、任意の相互作用体（ｉｎｔｅｒａｃｔａｎｔ）の標識化を有する９１３６またはこれを有さない９１３６と相互作用する能力を、評価し得る。例えば、微小生理機能測定器（ｍｉｃｒｏｐｈｙｓｉｏｍｅｔｅｒ）を使用して、化合物または９１３６のいずれかの標識化を有さない、９１３６との化合物の相互作用を検出し得る。ＭｃＣｏｎｎｅｌｌら（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５７：１９０６−１９１２。本明細書中で使用される場合、「微小生理機能測定器」（例えば、Ｃｙｔｏｓｅｎｓｏｒ）は、光でアドレス可能な電位差測定センサー（ＬＡＰＳ）を使用して、細胞がその環境を酸性化する速度を測定する、分析装置である。この酸性化速度の変化は、化合物と９１３６との間の相互作用の指標として使用され得る。
【０２０６】
なお別の実施形態において、９１３６タンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させ、そしてその試験化合物が９１３６タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する能力を評価する、無細胞アッセイを提供する。本発明のアッセイに使用するための９１３６タンパク質の好ましい生物学的に活性な部分としては、非９１３６分子との相互作用に関与するフラグメント（例えば、高い表面存在可能性スコアを有するフラグメント）が挙げられる。
【０２０７】
本発明の無細胞アッセイにおいて、単離したタンパク質（例えば、９１３６タンパク質またはその生物学的に活性な部分）の可溶性形態および／または膜結合形態を、使用し得る。膜結合形態のタンパク質を使用する場合、可溶化剤を利用することが望ましい。このような可溶化剤の例としては、以下のような非イオン性界面活性剤が挙げられる：ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ  ｅｔｈｅｒ）ｎ）、３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］−１−プロパンスルホネート（３−［（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏ］−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳ）、３−［（３−コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（３−［（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏ］−２−ｈｙｄｒｏｘｙ−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳＯ）、またはＮ−ドデシル＝Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート。
【０２０８】
無細胞アッセイは、２つの成分が相互作用しそして結合し、従って除去および／または検出され得る複合体を形成し得る条件下かつそのために十分な時間をかけて、標的遺伝子タンパク質および試験化合物の反応混合物を調製する工程を、包含する。
【０２０９】
２つの分子間の相互作用をまた、例えば、蛍光エネルギー転移（ＦＥＴ）を使用して検出し得る（例えば、Ｌａｋｏｗｉｃｚら、米国特許第５，６３１，１６９号；Ｓｔａｖｒｉａｎｏｐｏｕｌｏｓら、米国特許第４，８６８，１０３号を参照のこと）。第１「ドナー」分子上のフルオロフォア標識は、その放射した蛍光エネルギーが、第２「アクセプター」分子上の蛍光標識によって吸収され、次いで吸収エネルギーに起因して蛍光発光し得るように、選択される。あるいは、この「ドナー」タンパク質分子は、単に、トリプトファン残基の天然の蛍光エネルギーを利用してもよい。異なる波長の光を放射する標識を選択して、その結果、「アクセプター」分子標識は、「ドナー」分子標識から識別され得る。これら標識間のエネルギー転移の効率は、分子を隔てる距離に関係するので、これら分子間の空間関係を評価し得る。２つの分子間で結合が生じる状態では、このアッセイにおいて「アクセプター」分子標識の蛍光放射は最大となるはずである。ＦＥＴ結合事象を、当該分野で周知の標準的な蛍光検出手段を介して（例えば、蛍光測定器を用いて）、簡便に測定し得る。
【０２１０】
別の実施形態において、９１３６タンパク質が標的分子に結合する能力の決定を、リアルタイムの生体分子相互作用分析（Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）（ＢＩＡ）を使用して達成し得る（例えば、ＳｊｏｌａｎｄｅｒおよびＵｒｂａｎｉｃｚｋｙ（１９９１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８〜２３４５、ならびにＳｚａｂｏら（１９９５）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９〜７０５を参照のこと）。「表面プラズモン共鳴（ｓｕｒｆａｃｅ  ｐｌａｓｍｏｎ  ｒｅｓｏｎａｎｃｅ）」または「ＢＩＡ」は、いずれの相互作用物も標識することなく、リアルタイムで生体特異的相互作用を検出する（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）。結合表面の質量の変化（結合事象を表す）は、表面付近の光の屈折率の変化（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の光学的現象（ｏｐｔｉｃａｌ  ｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎ））を生じ、生物学的分子間のリアルタイム反応の指標として使用され得る、検出可能なシグナルを生じる。
【０２１１】
１つの実施形態において、標的遺伝子産物または試験基質を、固相上に係留する（ａｎｃｈｏｒ）。固相上に係留した標的遺伝子産物／試験化合物の複合体を、反応終了時に検出し得る。好ましくは、標的遺伝子産物を固相表面上に係留し得、そして（係留されていない）試験化合物を、本明細書中で考察される検出可能な標識で、直接的または間接的のいずれかで標識し得る。
【０２１２】
９１３６、抗９１３６抗体またはその標的分子のいずれかを固定して、そのタンパク質の一方または両方の非複合体化形態からの複合体化形態の分離を容易にし、そしてこのアッセイの自動化に適用させることが、望ましくあり得る。試験化合物の９１３６タンパク質への結合、または候補化合物の存在下および非存在下での９１３６タンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するのに適切な任意の容器内で成され得る。このような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、および微小遠心管が挙げられる。１つの実施形態において、そのタンパク質の一方または両方をマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／９１３６融合タンパク質またはグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／標的融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いで、これらを、試験化合物と混ぜ合わせるか、あるいは試験化合物および非吸着の標的タンパク質または９１３６タンパク質のいずれかと混ぜ合わせ、そしてこの混合物を、複合体形成に貢献する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートする。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルを洗浄して、結合していないあらゆる成分を除去し、ビーズの場合にはマトリックスに固定し、例えば、上記のように、複合体を直接的または間接的のいずれかで決定する。あるいは、複合体をマトリックスから解離させ得、そして９１３６結合レベルまたは９１３６活性レベルを標準的な技術を使用して決定し得る。
【０２１３】
９１３６タンパク質または標的分子のいずれかをマトリックス上に固定するための他の技術としては、ビオチンとストレプトアビジンとの結合体化を使用することが挙げられる。ビオチン化された９１３６タンパク質または標的分子を、当該分野において公知の技術（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド）から調製し得、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェル中に固定し得る。
【０２１４】
このアッセイを行うために、非固定化成分を、係留された成分を含むコーティングされた表面に添加する。反応の完了後、形成された任意の複合体が固相表面上で依然として固定化されているような条件下で、未反応成分を取り除く（例えば、洗浄によって）。固相表面上に係留された複合体の検出を、多くの方法で達成し得る。それまで固定化されない成分を予め標識する場合、表面上に固定化された標識の検出は、複合体が形成されたことを示す。それまで固定化されない成分が予め標識されない場合、間接標識を使用して、表面上に係留された複合体を検出し得る：例えば、固定化成分に特異的または選択的な標識抗体の使用（次いで、この抗体は、直接的にか、または例えば標識された抗Ｉｇ抗体で間接的に標識され得る）。
【０２１５】
１つの実施形態において、９１３６タンパク質または標的分子と反応性であるが、９１３６タンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体を利用して、アッセイを実施する。このような抗体は、プレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的または９１３６タンパク質が、抗体の結合体化によってウェル内にトラップされ得る。このような複合体を検出するための方法には、ＧＳＴ固定化複合体に関しての上記のものに加えて、９１３６タンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する複合体の免疫検出、ならびに９１３６タンパク質または標的分子に関する酵素活性の検出に依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
【０２１６】
あるいは、無細胞アッセイを液相中で行い得る。このようなアッセイにおいて、以下に挙げられる任意の多くの標準的な技術によって、反応生成物を未反応成分から分離するが、これらに限定されない：差次的遠心分離（例えば、ＲｉｖａｓおよびＭｉｎｔｏｎ（１９９３）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ  １８：２８４−７を参照のこと）；クロマトグラフィー（ゲル濾過クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー）；電気泳動（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、編、（１９９９）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊ．Ｗｉｅｌｙ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照のこと）；および免疫沈降（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、編（１９９９）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊ．Ｗｉｅｌｙ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照のこと）。このような樹脂およびクロマトグラフィー技術は当業者に公知である（例えば、Ｈｅｅｇａａｒｄ（１９９８）Ｊ  Ｍｏｌ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔ  １１：１４１−８；ＨａｇｅおよびＴｗｅｅｄ（１９９７）Ｊ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  Ｂ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｓｃｉ  Ａｐｐｌ．６９９：４９９−５２５を参照のこと）。さらに、蛍光エネルギー転移をまた、本明細書中に記載されるように、うまく使用して、溶液からの複合体のさらなる精製なしに結合を検出し得る。
【０２１７】
好ましい実施形態において、このアッセイは、９１３６タンパク質またはその生物学的に活性な部分を、９１３６を結合する公知化合物と接触させてアッセイ混合物を形成する工程、アッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、および試験化合物が９１３６タンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、試験化合物が９１３６タンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、公知化合物と比較した場合、試験化合物が、９１３６タンパク質またはその生物学的に活性な部分に優先的に結合する能力、または標的分子の活性を調節する能力を決定する工程を包含する。
【０２１８】
本発明の標的遺伝子産物は、インビボで、１つ以上の細胞性高分子または細胞外高分子（例えば、タンパク質）と相互作用し得る。この考察の目的のために、このような細胞性高分子および細胞外高分子は、本明細書中で、「結合パートナー」といわれる。このような相互作用を無効化する化合物は、標的遺伝子産物の活性を調節するのに有用であり得る。このような化合物としては、抗体、ペプチドおよび低分子のような分子が挙げられ得るが、これらに限定されない。この実施形態における使用のための好ましい標的遺伝子／生成物は、本明細書中で同定された９１３６遺伝子である。代替の実施形態において、本発明は、試験化合物が、９１３６標的分子の下流のエフェクターの活性の調節を介して、９１３６タンパク質の活性を調節する能力を決定するための方法を、提供する。例えば、これまでに記載されたように、適切な標的に対するエフェクター分子の活性を決定し得るか、またはエフェクターの適切な標的に対する結合を決定し得る。
【０２１９】
標的遺伝子産物と、その細胞性結合パートナーまたは細胞外結合パートナーとの間の相互作用を妨害する化合物を同定するために、標的遺伝子産物および結合パートナーを含有する反応混合物を、２つの産物が複合体を形成し得るような条件下かつそのために十分な時間をかけて、調製する。阻害性因子を試験するために、反応混合物を試験化合物の存在下および非存在下で提供する。試験化合物は、最初に、反応混合物中に含まれ得るか、または標的遺伝子およびその細胞性結合パートナーまたは細胞外結合パートナーの添加の後のある時点で添加され得る。コントロールの反応混合物を、試験化合物なしでかまたはプラセボと一緒にインキュベートする。次いで、標的遺伝子産物と、細胞性結合パートナーまたは細胞外結合パートナーとの間の任意の複合体の形成を検出する。コントロール反応中で複合体を形成するが、試験化合物を含有する反応混合物中では複合体を形成しないことは、この化合物が標的遺伝子産物と相互作用性結合パートナーとの相互作用を妨害することを示す。さらに、試験化合物および正常な標的遺伝子産物を含有する反応混合物中の複合体形成をまた、試験化合物および変異体標的遺伝子産物を含有する反応混合物中の複合体形成と比較し得る。この比較は、変異体標的遺伝子産物の相互作用を無効化するが、正常な標的遺伝子産物の相互作用は無効化しない化合物を同定することが望ましい場合に、重要であり得る。
【０２２０】
これらのアッセイは、不均一形式または均一形式で行われ得る。不均一系アッセイは、標的遺伝子産物またはその結合パートナーのいずれかを固相上に係留する工程、および反応終了時に固相上に係留された複合体を検出する工程を、包含する。均一系アッセイにおいて、全反応を液相中で実行する。両方のアプローチにおいて、試験される化合物についての差次的な情報を獲得するために、反応物の添加の順序を変化し得る。例えば、標的遺伝子産物とその結合パートナーとの間の相互作用を、例えば、競合によって妨害する試験化合物を、試験基質の存在下で反応を行うことによって同定し得る。あるいは、形成された複合体を無効化する試験化合物（例えば、複合体から成分のうちの１つを置き換える、より高い結合定数を有する化合物）を、複合体が形成した後に反応混合物中に試験化合物を添加することによって試験し得る。種々の形式を、以下に簡潔に記載する。
【０２２１】
不均質のアッセイ系において、標的遺伝子産物または反応性（ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ）細胞結合パートナーもしくは細胞外結合パートナーのいずれかは、固体表面（例えば、マイクロタイタープレート）上に固着され、一方で非固着種が直接または間接的に標識される。固着種は、非共有結合または共有結合によって固定され得る。あるいは、固着される種に特異的または選択的な固定化抗体は、固体表面への種の固着のために使用され得る。
【０２２２】
アッセイを行うために、固定化種のパートナーは、試験化合物でコーティングされた表面か、試験化合物でコーティングされていない表面に曝露される。反応が完結した後、未反応の成分が除去され（例えば、洗浄によって）、そして任意の形成された複合体は、固体表面上に固定化されたままである。非固定化種が前標識される場合、表面上に固定化された標識の検出は、複合体が形成されたことを示す。非固定化種が前標識されていない場合、間接標識は、表面に固着された複合体を検出するために使用され得る；例えば、始めに非固定化種に特異的なまたは選択的標識抗体を用いて（次いで、抗体は、例えば、標識化抗Ｉｇ抗体で直接標識され得るかまたは間接的に標識され得る）。反応成分の添加の順番に依存して、複合体形成を阻害するか、または予め形成された複合体を破壊する試験化合物が、検出され得る。
【０２２３】
あるいは、この反応は、試験化合物の存在下または非存在下で液体層で実行され得、反応産物は、未反応成分から分離され、そして複合体が検出される；例えば、溶液中で形成される任意の複合体を固着させる結合成分の１つに特異的なまたは選択的固定化抗体、および固着された複合体を検出する他のパートナーに特異的なまたは選択的標識化抗体を用いて。再度、液相への反応物の添加の順番に依存して、複合体を阻害するか、または予め形成された複合体を破壊する試験化合物が、同定され得る。
【０２２４】
本発明の代替の実施形態において、均質のアッセイが使用され得る。例えば、標的遺伝子産物のおよび反応性細胞結合パートナー産物または細胞外結合パートナー産物の予め形成された複合体は、標的遺伝子産物が標識されるか、またはその結合パートナーが標識されるかのいずれかで調製されるが、標識によって生成されるシグナルは、複合体形成に起因してクエンチされる（このアプローチを免疫アッセイのために利用する米国特許第４，１０９，４９６号を参照のこと）。予め形成された複合体由来の種の１つと競合し、そして置換する試験物質の添加は、バックグラウンドを上回るシグナルの生成を生じる。この方法において、標的遺伝子産物結合パートナー相互作用を破壊する試験物質が、同定され得る。
【０２２５】
なお別の局面において、９１３６タンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら、（１９９３）Ｃｅｌｌ  ７２：２２３〜２３２；Ｍａｄｕｒａら（１９９３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６〜１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０〜９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら（１９９３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）において「ベイト（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて、９１３６（「９１３６−結合タンパク質」または「９１３６−ｂｐ」）と結合または相互作用し、そして９１３６活性に関する他のタンパク質を同定し得る。このような９１３６−ｂｐは、例えば、９１３６媒介性シグナル伝達経路の下流エレメントのような、９１３６タンパク質または９１３６標的によるシグナルのアクティベーターまたはインヒビターであり得る。
【０２２６】
ツーハイブリッドシステムは、大半の転写因子のモジュラー性質に基づき、これは別個のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる。手短には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。１つの構築において、９１３６タンパク質をコードする遺伝子は、公知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他の構築において、同定されていないタンパク質（「プレイ（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列のライブラリー由来のＤＮＡ配列は、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。（あるいは：９１３６タンパク質は、活性化ドメインに融合され得る）。「ベイト」タンパク質および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用して９１３６依存性複合体を形成し得る場合、転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、密接に近くにされる。このように近くにすることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結したレポーター遺伝子（例えば、ｌａｃＺ）の転写が可能になる。レポーター遺伝子の発現は検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーは、単離され得、そして９１３６タンパク質と相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得るために使用され得る。
【０２２７】
別の実施形態において、９１３６発現のモジュレーターが、同定される。例えば、細胞または細胞を含有しない混合物は、候補化合物と接触させられ、そして９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現は、候補化合物の非存在下で９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルに相関して上昇した。９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下で大きい場合、候補化合物は、９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質発現の刺激因子として同定される。
【０２２８】
あるいは、９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下でより少ない（統計学的に有意に少ない）場合、候補化合物は、９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質発現のインヒビターとして同定される。９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質発現のレベルが、９１３６ｍＲＮＡまたはタンパク質の検出について本明細書中に記載される方法によって決定され得る。
【０２２９】
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるアッセイの２つ以上の組み合わせに関する。例えば、調節剤は、細胞ベースのアッセイまたは無細胞アッセイを用いて同定され得、そして９１３６タンパク質の活性を調節する因子の能力は、例えば、動物（例えば、細胞増殖および／または細胞分化；内皮細胞障害；心臓血管障害および代謝障害のための動物モデル）においてインビボで確認され得る。
【０２３０】
本発明は、さらに上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規薬剤に関する。従って、このような薬剤での処置の効果、毒性、副作用、または作用機構を決定するための適切な動物モデルにおいて、本明細書中で記載されるように同定された薬剤（例えば、９１３６調節剤、アンチセンス９１３６核酸分子、９１３６特異的抗体、または９１３６結合パートナー）をさらに使用することは本発明の範囲内である。さらに、上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規薬剤は、本明細書中で使用される処置のために使用され得る。
【０２３１】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定された核酸配列の一部またはフラグメントは、ポリヌクレオチド試薬として使用され得る。例えば、これらの配列は、以下のために使用され得る：（ｉ）染色体上のその各々の遺伝子をマップするため（例えば、遺伝性疾患に関連する遺伝子領域を位置決めするため、または９１３６と疾患を関係付けるため）；（ｉｉ）わずかな生物学的サンプルからの個体を同定するため（組織タイピング）；および（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的同定における補助。これらの適用は、以下の小節に記載される。
【０２３２】
（染色体マッピング）
９１３６ヌクレオチド配列またはその一部は、９１３６遺伝子の位置を染色体上にマッピングするために使用され得る。このプロセスは、染色体マッピングといわれる。染色体マッピングは、疾患と関連する遺伝子と９１３６配列との相関において有用である。
【０２３３】
手短には、９１３６遺伝子は、９１３６ヌクレオチド配列からＰＣＲプライマー（好ましくは１５−２５  ｂｐ長）を調製することによって染色体にマッピングされ得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングについて有用であり得る。９１３６配列に対応するヒト遺伝子を含むこれらのハイブリッドのみが、増幅したフラグメントを産生する。
【０２３４】
各細胞株が、単一のヒト染色体、または少数のヒト染色体、および完全なセットのマウス染色体のいずれかを含む、体細胞ハイブリッドのパネルは、特定のヒト染色体に対する個々の遺伝子の容易なマッピングを可能にし得る（Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２０：９１９−９２４）。
【０２３５】
他のマッピングストラテジー（例えば、インサイチュハイブリダイゼーション（Ｆａｎ，ら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：６２２３−２７に記載される）、標識化フローソート染色体でのプレスクリーニング、および染色体特異的ｃＤＮＡライブラリーに対するハイブリダイゼーションによる事前選択）は、染色体の位置に対する９１３６のマッピングのために使用され得る。
【０２３６】
中期染色体拡散（ｓｐｒｅａｄ）に対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、１工程にて正確な染色体位置を提供するためにさらに使用され得る。このＦＩＳＨ技術は、５００塩基または６００塩基程度の短さのＤＮＡ配列を用いて使用され得る。しかし、１，０００塩基よりも大きいクローンは、特有の染色体位置に結合する傾向が高く、簡単な検出のために十分なシグナル強度を有する。好ましくは、１，０００塩基、より好ましくは２，０００塩基が、適切な時間で良好な結果をえるために十分である。この技術の概説について、Ｖｅｒｍａら、Ｈｕｍａｎ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ：Ａ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｂａｓｉｃ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（（１９８８）Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）を参照のこと。
【０２３７】
染色体マッピングのための試薬は、単一の染色体またはその染色体の単一部位をマークするために個々に使用され得るか、または試薬のパネルが複数の部位および／または複数の染色体をマークするために使用され得る。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、実際にマッピングの目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内でより保存されがちであり、従って、染色体マッピング中のクロスハイブリダイゼーションの機会を増加させる。
【０２３８】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、染色体上の配列の物理学的位置は、遺伝子マップデータと相関し得る（このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ，Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｗｅｌｃｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙを介してオンラインで利用可能）。次いで、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される、連鎖分析（物理学的に隣接した遺伝子の共同遺伝（ｃｏ−ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ））によって同定され得る。
【０２３９】
さらに、９１３６遺伝子に関する疾患に罹患した個体と罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における相違が、決定され得る。変異が、いくつかまたは全ての罹患した個体において見出されるが、罹患していない個体では見出されない場合、変異は、特定の疾患の原因因子であるようである。罹患した個体および罹患していない個体の比較は、最初に一般に、染色体における構造的改変（例えば、そのＤＮＡ配列に基づくＰＣＲを用いて染色体拡散から観察可能であるか、または検出可能である欠失または転座）を探すことを含む。最終的に、いくらかの個体由来の遺伝子の完全な配列決定は、変異の存在を確認するため、および多型から変異を区別するために実行され得る。
【０２４０】
（組織タイピング）
９１３６配列は、例えば、制限フラグメント長多型（ＲＦＬＰ）を用いて生物学的サンプルから個体を同定するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、フラグメントは分離され（例えば、サザンブロットにて）、そしてプローブされて同定のためのバンドを産生する。本発明の配列は、ＲＦＬＰのためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である（米国特許第５，２７２，０５７号に記載される）。
【０２４１】
さらに、本発明の配列はまた、個体のゲノムの選択された部分の実際の１塩基ずつのＤＮＡ配列を決定するために使用され得る。従って、本明細書中に記載される９１３６ヌクレオチド配列は、その配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製するために使用され得る。次いで、これらのプライマーは、個体のＤＮＡを増幅し、次いでその配列を決定するために使用され得る。この様式で調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、特有の個体識別子を提供し得る。なぜならば、それぞれの個体は、対立遺伝子の差異に起因してこのようなＤＮＡ配列の特有のセットを有するからである。
【０２４２】
対立遺伝子改変体は、これらの配列のコード領域においてある程度まで生じ、そして非コード領域でかなりの程度生じる。いくつかの程度に対して、本明細書中に記載される配列の各々は、ある程度まで標準として使用され得、この基準に対して個体由来のＤＮＡが同定の目的のために比較され得る。より多くの数の多型が、非コード領域で生じるために、より少ない配列しか、個体を区別するために必要でない。配列番号１の非コード配列は、それぞれ１００塩基の非コード増幅配列を産生する約１０〜１，０００個のプライマーのパネルを用いて、ポジティブな個体の同定を提供し得る。予測されるコード配列（例えば、配列番号３の配列）が使用される場合、ポジティブな個体の同定のためにより適した数のプライマーは、５００〜２，０００である。
【０２４３】
本明細書中に記載される９１３６ヌクレオチド配列由来の試薬のパネルが、個体について特有の識別データベースを作成するために使用される場合、これらの同様の試薬が、個体から組織を同定するために後に使用され得る。特有の同定データベースを用いると、生きていても、死んでいても、個体のポジティブな同定は、非常に小さい組織サンプルからなされ得る。
【０２４４】
（法医学的生物学における部分的９１３６配列の使用）
ＤＮＡベースの同定技術はまた、法医学的生物学において使用され得る。このような同定をするために、ＰＣＲ技術は、組織（例えば、毛髪および皮膚）、または体液（例えば、犯罪現場で見出された血液、唾液、もしくは精液）のような非常に小さい生物学的サンプルから得られたＤＮＡ配列を増幅するために使用され得る。次いで、増幅された配列は、標準と比較され得、これによって生物学的サンプルの起源の同定を可能にする。
【０２４５】
本発明の配列は、ポリヌクレオチド試薬（例えば、ヒトゲノム中の特定の遺伝子座に標的化されるＰＣＲプライマー）を提供するために使用され得、これは、例えば、別の「同定マーカー」（すなわち、特定の個体に特有の別のＤＮＡ配列）を提供することによってＤＮＡベースの法医学的識別子の信頼性を増強し得る。上述のように、実際の塩基配列情報は、制限酵素生成フラグメントによって形成されたパターンに対する正確な代替として、同定のために使用され得る。配列番号１の非コード領域に標的化された配列（例えば、少なくとも２０塩基、好ましくは少なくとも３０塩基の長さを有する配列番号１の非コード領域由来のフラグメント）は、特にこの使用に適切である。
【０２４６】
本明細書中に記載される９１３６ヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチド試薬（例えば、特定の組織を同定するために例えば、インサイチュハイブリダイゼーション技術で使用され得る標識化プローブまたは標識可能プローブ）を提供するためにさらに使用され得る。これは、法医学者が、未知の起源の組織が示される場合において非常に有用であり得る。このような９１３６プローブのパネルは、種および／または器官型によって組織を同定するために使用され得る。
【０２４７】
類似の様式において、これらの試薬（例えば、９１３６プライマーまたはプローブは、汚染について組織培養をスクリーニングするために使用され得る（すなわち、培養物中の異なる型の細胞の混合物の存在についてのスクリーニング）。
【０２４８】
（予測医学）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイおよび治験のモニタリングが、それによって個体を処置するために予後（予測）目的で使用される、予測医学の分野に関する。
【０２４９】
一般に、本発明は、被験体が、病巣に関連する障害についての危険性があるか、または９１３６をコードする遺伝子のミス発現についての危険性があるかか否かを決定する方法を提供する。
【０２５０】
このような障害としては、例えば、９１３６遺伝子のミス発現に関する障害；細胞増殖および／または分化障害；内皮細胞障害；心臓血管おおび代謝障害が挙げられる。
【０２５１】
この方法は、以下の１つ以上を包含する：
被験体の組織において、９１３６遺伝子の発現に影響する変異の存在または非存在を検出する工程、または遺伝子の発現を制御する領域における変異（例えば、５’制御領域における変異）の存在または非存在を検出する工程；
被験体の組織において、９１３６遺伝子の構造を改変する変異の存在または非存在を検出する工程；
被験体の組織において、ｍＲＮＡレベルで９１３６遺伝子のミス発現を検出する工程（例えば、非野生型のｍＲＮＡレベルを検出する工程）；
被験体の組織において、タンパク質レベルで遺伝子のミス発現を検出する工程（例えば、非野生型の９１３６ポリペプチドレベルを検出する工程）。
【０２５２】
好ましい実施形態において、この方法は、以下の少なくとも１つの存在を確証する工程を包含する：９１３６遺伝子由来の１つ以上のヌクレオチドの欠失；遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの挿入、点変異（例えば、遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、遺伝子の全体の染色体再配列（例えば、転座、逆位、または欠失）。
【０２５３】
例えば、遺伝的病巣を検出するための工程としては、以下が挙げられる：（ｉ）配列番号１由来のセンス配列もしくはアンチセンス配列または天然に存在するその変異体、または９１３６遺伝子と天然に会合する５’もしくは３’の隣接配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含むオリゴヌクレオチドを含むプローブ／プライマー、を提供する工程；（ｉｉ）プローブ／プライマーを、組織の核酸に曝露する工程；ならびに核酸に対するプローブ／プライマーのハイブリダイゼーション（例えば、インサイチュハイブリダイゼーション）によって、遺伝的病巣の存在または非存在を検出する工程。
【０２５４】
好ましい実施形態において、ミス発現を検出する工程は、以下の少なくとも１つの存在を確認する工程を包含する：９１３６遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写のレベルにおける改変；遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写の非野生型スプライシングパターンの存在；または非野生型の９１３６レベル。
【０２５５】
本発明の方法は、出生前か、または被験体の子孫が障害の危険性を有するか否かを決定するために使用され得る。
【０２５６】
好ましい実施形態において、本方法は、９１３６遺伝子の構造、障害の危険性について指標である異常な構造を決定する工程を包含する。
【０２５７】
好ましい実施形態において、本方法は、被験体由来のサンプルを、９１３６タンパク質に対する抗体またはその遺伝子と特異的にハイブリダイズする核酸と接触させる工程を包含する。これらおよび多の実施形態は以下に考察される。
【０２５８】
（診断および予後アッセイ）
生物学的サンプル中の９１３６タンパク質または核酸の存在、レベル、または非存在は、試験被験体から生物学的サンプルを得ることおよび生物学的サンプル中で９１３６タンパク質または核酸の存在が検出されるように、その生物学的サンプルを９１３６タンパク質または９１３６タンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＲＮＡ）を検出し得る化合物または薬剤と接触させることによって評価され得る。用語「生物学的サンプル」は、被験体から単離された組織、細胞および生物学的流体、ならびに被験体中に存在する組織、細胞、および流体を含む。好ましい生物学的サンプルは、血清である。９１３６遺伝子の発現のレベルは、多くの方法で測定され得、この方法として以下が挙げられるがこれらに限定されない：９１３６遺伝子にコードされるｍＲＮＡを測定する方法；９１３６遺伝子にコードされるタンパク質の量を測定する方法；または９１３６遺伝子にコードされるタンパク質の活性を測定する方法。
【０２５９】
９１３６遺伝子に対応する細胞内のｍＲＮＡのレベルは、インサイチュ形式およびインビトロ形式の両方によって決定され得る。
【０２６０】
単離されたｍＲＮＡは、ハイブリダイゼーションアッセイあるいは増幅アッセイ（サザン解析またはノザン解析、ポリメラーゼ連鎖反応解析およびプローブアレイを含むがこれらに限定されない）において使用され得る。ｍＲＮＡレベルの検出のための一つの好ましい診断方法は、単離されたｍＲＮＡを、検出される遺伝子によってコードされるｍＲＮＡにハイブリダイズし得る核酸分子（プローブ）と接触させる工程を包含する。核酸プローブは、例えば、全長の９１３６核酸（例えば、配列番号１の核酸）、またはその部分（例えば、少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０、または５００ヌクレオチドの長さであり、そしてストリンジェント条件下で９１３６ｍＲＮＡまたは９１３６ゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするために十分なオリゴヌクレオチド）であり得る。診断アッセイにおける用途のための他の適切なプローブが、本明細書中に記載される。
【０２６１】
一つの形式において、ｍＲＮＡ（またはｃＤＮＡ）は、例えば、単離されたｍＲＮＡをアガロースゲルで電気泳動し、ゲルからニトロセルロースのような膜にｍＲＮＡを移すことによって表面に固定され、そしてプローブに接触させられる。代替の形式において、例えば、下に記載の２次元遺伝子チップアレイにおいて、このプローブは、表面に固定され、そしてｍＲＮＡ（またはｃＤＮＡ）が、プローブに接触させられる。当業者は、９１３６遺伝子にコードされるｍＲＮＡのレベルを検出する用途のために、公知のｍＲＮＡ検出方法を採用し得る。
【０２６２】
９１３６の１つにコードされるｍＲＮＡのサンプル中のレベルは、例えば、ｒｔＰＣＲ（Ｍｕｌｌｉｓ（１９８７）米国特許第４，６８３，２０２号）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９〜１９３）、自己持続性（ｓｅｌｆ  ｓｕｓｔａｉｎｅｄ）配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４〜１８７８）、転写性増幅システム（Ｋｗｏｈら、（１９８９）、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３〜１１７７）、Ｑ−Ｂｅｔａ  Ｒｅｐｌｉｃａｓｅ（Ｌｉｚａｒｄｉら、（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、ローリングサークル複製（Ｌｉｚａｒｄｉら、米国特許第５，８５４，０３３号）または任意の他の核酸増幅方法による核酸増幅（当該分野で公知の技術を使用する増幅化分子の検出が続く）で評価され得る。本明細書中で使用される場合、増幅プライマーは、遺伝子の５’または３’領域（それぞれプラス鎖およびマイナス鎖、またはその逆も同様）にアニールし得、そして間に短い領域を有する核酸分子の対として規定される。一般に、増幅プライマーは、約１０〜３０ヌクレオチド長であり、約５０〜２００ヌクレオチド長の領域に隣接する。このようなプライマーは、適切な条件下そして適切な試薬を用いて、プライマーに隣接されるヌクレオチド配列を含む核酸分子の増幅を可能にする。
【０２６３】
インサイチュ方法に関して、細胞サンプルまたは組織サンプルは、調製／処理され、そして支持体（代表的にはガラススライド）に固定され、そして次いで、解析される９１３６遺伝子をコードするｍＲＮＡにハイブリダイズし得るプローブと接触させられ得る。
【０２６４】
別の実施形態において、この方法は、コントロールサンプルを、９１３６ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物または薬剤と接触させ、そしてコントロールサンプル中の９１３６ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を試験サンプル中の９１３６ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在と比較する工程をさらに含む。
【０２６５】
９１３６にコードされるタンパク質のレベルを決定するために、種々の方法が使用される。一般に、これらの方法として、サンプル中のタンパク質レベルを評価するために、このタンパク質に選択的に結合する薬剤（例えば、抗体）をサンプルと接触させる工程を含む。好ましい実施形態において、この抗体は、検出可能な標識を有する。抗体は、ポリクローナル、またはより好ましくは、モノクローナルであり得る。インタクトな抗体、またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。プローブまたは抗体に関して、用語「標識された」は、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリングする（すなわち、物理的に連結する）ことによるプローブあるいは抗体の直接標識、および検出可能な物質との反応性によるプローブあるいは抗体の関節標識を含むことが意図される。検出可能な物質の例は、本明細書中に提供される。
【０２６６】
この検出方法は、インビトロおよびインビボで生物学的サンプル中の９１３６タンパク質を検出するために使用され得る。９１３６タンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降、免疫蛍光、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、放射性免疫アッセイ（ＲＩＡ）、およびウエスタンブロット解析が挙げられる。９１３６タンパク質の検出のためのインビボ技術としては、被験体中に標識化抗９１３６抗体を導入する技術が挙げられる。例えば、この抗体は、被験体中の存在および位置が標準的な画像化技術によって検出され得る放射活性マーカーで標識され得る。
【０２６７】
別の実施形態において、この方法は、コントロールサンプルを９１３６タンパク質を検出し得る化合物あるいは薬剤と接触させ、そしてコントロールサンプル中の９１３６タンパク質の存在を、試験サンプル中の９１３６タンパク質の存在と比較する工程をさらに含む。
【０２６８】
本発明はまた、生物学的サンプルにおける９１３６の存在を検出するためのキットを含む。例えば、このキットは、生物学的サンプル中の９１３６タンパク質または９１３６ｍＲＮＡを検出し得る化合物または薬剤；および標準物質を備え得る。この化合物または薬剤は、適切な容器に充填され得る。このキットは９１３６タンパク質または核酸を検出するためにキットを使用するための指示書をさらに備え得る。
【０２６９】
抗体ベースのキットに関して、このキットは、以下を備え得る：（１）本発明のマーカーに相当するポリペプチドに結合する（例えば、固体支持体に接着された）１次抗体、および、必要に応じて（２）ポリペプチドまたは１次抗体のいずれかに結合し、検出可能な薬剤に結合体化される異なる２次抗体。
【０２７０】
オリゴヌクレオチドベースのキットに関して、このキットは、以下を備え得る：（１）本発明のマーカーに相当するポリペプチドをコードする核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（例えば、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド）、または（２）本発明のマーカーに相当する核酸分子を増幅するために有用なプライマーの対。このキットはまた、緩衝剤、防腐剤、またはタンパク質安定化剤を備え得る。このキットはまた、検出可能な薬剤（例えば、酵素または基質）を検出するために必要な構成要素を備え得る。このキットはまた、アッセイされ得、そして備えられた試験サンプルと比較され得る、コントロールサンプルまたは一連のコントロールサンプルを備え得る。このキットの各構成要素は、個々の容器内に封入され得、そして種々の容器は全て、このキットを使用して実施されるアッセイの結果を説明するための指示書とともに、単一の包装内であり得る。
【０２７１】
本明細書中に記載される診断方法は、誤って発現された（ｍｉｓｅｘｐｒｅｓｓｅｄ）か、または異常であるか、もしくは望まれない９１３６発現もしくは９１３６活性に関連する、疾患または障害を有するか、あるいはこれらの疾患または障害を発症する危険性のある被験体を同定し得る。本明細書中で使用される場合、用語「望まれない」は、生物学的応答（例えば、疼痛）または制御されていない（ｄｅｒｅｇｕｌａｔｅｄ）細胞増殖に関与する望まれない現象を含む。
【０２７２】
一つの実施形態において、異常であるか、または望まれない９１３６発現または９１３６活性に関連する疾患あるいは障害が同定される。試験サンプルが、被験体から得られ、そして９１３６タンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡ）が評価される。ここで、９１３６タンパク質または９１３６核酸のレベル（例えば、存在または非存在）は、異常であるか、または望まれない９１３６発現もしくは９１３６活性に関連する疾患あるいは障害を有するか、あるいはこれらの疾患または障害を発生する危険性が高い被験体について診断的である。本明細書中で使用される場合、用語「試験サンプル」は、目的の被験体から得られる生物学的サンプル（生物学的流体（例えば、血清）、細胞サンプル、または組織を含む）をいう。
【０２７３】
本明細書中に記載される予後アッセイは、被験体が、異常であるか、または望まれない９１３６発現もしくは９１３６活性に関連する疾患あるいは障害を処置するための薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬剤候補）を投与し得るかどうか決定するために使用され得る。例えば、このような方法は、被験体が細胞増殖性障害および／または細胞分化性障害、内皮細胞障害；心血管障害または代謝障害のための薬剤で効果的に処置され得るかどうか決定するために使用され得る。
【０２７４】
本発明の方法はまた、９１３６遺伝子における遺伝性変化を検出するために使用され得、それによって、変更された遺伝子を有する被験体が、９１３６タンパク質活性または核酸発現における誤調節によって特徴付けられる障害（例えば、細胞増殖障害および／もしくは細胞分化障害、内皮細胞障害；心血管障害または代謝障害）についての危険性があるか否かを決定する。好ましい実施形態において、この方法は、被験体由来のサンプルにおいて、９１３６タンパク質をコードする遺伝子の強度に影響を及ぼす少なくとも１つの変化、または９１３６遺伝子の誤発現によって特徴付けられる、遺伝的変化の存在または非存在を検出する工程を包含する。例えば、このような遺伝的変化は、以下のうちの少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：１）９１３６遺伝子由来の１つ以上のヌクレオチドの欠失；２）９１３６遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加；３）９１３６遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換；４）９１３６遺伝子の染色体再配置；５）９１３６遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写のレベルにおける変化；６）ゲノムＤＮＡのメチル化パターンのような、９１３６遺伝子の異常な改変；７）９１３６遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写の非野生型スプライシングパターンの存在；８）９１３６タンパク質の非野生型レベル；９）９１３６遺伝子の対立遺伝子欠失；および１０）９１３６タンパク質の不適切な翻訳後改変。
【０２７５】
変化（ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ）は、ポリメラーゼ連鎖反応（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、または連結鎖反応（ＬＣＲ）において、プローブ／プライマーなしに検出され得、これらの後者は、９１３６遺伝子における点変異を検出するのに特に有用であり得る。この方法は、以下の工程を包含し得る：被験体から細胞のサンプルを回収する工程；サンプルから核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）を単離する工程；ハイブリダイゼーションおよび９１３６遺伝子の増幅（存在する場合）が生じるような条件下で、核酸サンプルを、９１３６遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーと接触させる工程；および増幅産物の存在または非存在を検出する工程；または増幅産物のサイズを検出する工程およびコントロールサンプルと長さを比較する工程。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲが本明細書中に記載される変異を検出するために使用される任意の技術と組み合わせて、予備増幅工程として使用することが所望され得ることが予測される。あるいは、本明細書中に記載され得るかまたは当該分野で公知の他の増幅法が、使用され得る。
【０２７６】
別の実施形態において、サンプル細胞由来の９１３６遺伝子中の変異が、制限酵素の切断パターンにおける変化を検出することによって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールＤＮＡが単離され、（必要に応じて）増幅され、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼで消化され、フラグメント長サイズが、例えば、ゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長サイズの差異が、サンプルＤＮＡ中の変異を示す。さらに、配列特異的リボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９８，５３１号を参照のこと）は、リボザイム切断部位の発生または欠失による、特異的変異の存在についてのスコア付けのために使用され得る。
【０２７７】
他の実施形態において、９１３６中の遺伝的変異がサンプルおよびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ、二次元アレイ（例えば、チップベースアレイ（ｃｈｉｐ  ｂａｓｅｄ  ａｒｒａｙ）））のハイブリダイゼーションによって同定され得る。このようなアレイは、複数のアドレスを含み、これらの各々は、互いに位置的に区別可能である。異なるプローブは、複数のアドレスの各々に配置される。このアレイは、高密度のアドレスを有し得る（例えば、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含み得る）（Ｃｒｏｎｉｎ，Ｍ．Ｔ．ら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌ，Ｍ．Ｊ．ら（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２：７５３−７５９）。例えば，９１３６における遺伝的変異は、Ｃｒｏｎｉｎ，Ｍ．Ｔ．ら（前出）に記載されるような光生成ＤＮＡプローブを含む２次元アレイ中で同定され得る。簡単にいうと、プローブの第１ハイブリダイゼーションアレイは、連続的な重複プローブの線形アレイを作成することによって配列間の塩基変化を同定するために、サンプルおよびコントロール中のＤＮＡの長いストレッチを介して走査するために使用され得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程の後、検出される全ての改変体または変異体に相補的な、より小さく、特定化されたプローブアレイを使用することによって、特定の変異の特徴付けを可能にする第２ハイブリダイゼーションアレイが続く。
【０２７８】
各変異アレイは、平行プローブセットからなり、一方は、野生型遺伝子に相補的であり、そして他方は、変異遺伝子に相補的である。
【０２７９】
なお別の実施形態において、当該分野で公知である任意の種々の配列決定反応は、サンプル９１３６の配列と、対応する野生型（コントロール）配列との比較によって、９１３６遺伝子の直接的な配列決定および変異の検出に使用され得る。自動化配列決定手段は、診断アッセイ（Ｎａｅｖｅら、（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８）を実施する場合に利用され得、質量分析による配列決定を含む。
【０２８０】
９１３６遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、ＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖中のミスマッチ塩基を検出するために使用される切断剤からの保護する方法が挙げられる（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２；Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５）。
【０２８１】
なお別の実施形態において、このミスマッチ切断反応は、細胞のサンプルから得た９１３６ｃＤＮＡ中の点変異を検出およびマッピングするために規定された系において二重鎖ＤＮＡ中のミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素とよばれる）を使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチにおいてＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチにおいてＴを切断する（Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７−１６６２；米国特許第５，４５９，０３９号）。
【０２８２】
他の実施形態において、電気泳動度における変化は、９１３６遺伝子中の変異を同定するために使用される。例えば、単鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）は、変異体核酸と野生型核酸との間の電気泳動度の差異を検出するために使用され得る（Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ：８６：２７６６，Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５−１４４もまた参照のこと；およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３−７９）。サンプルおよびコントロールの９１３６核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは、変性されそして再編成され得る。単鎖核酸の２次構造は、配列に従って変化し、電気泳動度において生じる変化は、単一の塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識化プローブを用いて標識または検出され得る。このアッセイの感受性は、（ＤＮＡよりもむしろ）ＲＮＡを使用することによって増強され得、２次構造は、配列における変化に対してより感受性である。好ましい実施形態において、本発明の方法は、電気泳動度における変化に基づいて二重鎖のヘテロ二重鎖分子を分離するためにへテロ二重鎖分析を利用する（Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ  ７：５）。
【０２８３】
なお別の実施形態において、変異または変性の勾配を含むポリアクリルアミドゲルにおける野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５）。分析法としてＤＧＧＥが使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲによって約４０ｂｐの高融解性のＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを加えることによって完全に変性しないことを保証するために改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールおよびサンプルのＤＮＡの移動度における差異を同定するために変性勾配の場所において使用される（ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｃｈｅｍ  ２６５：１２７５３）。
【０２８４】
点変異を検出するための他の技術の例としては、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長が挙げられるが、これらに限定されない（Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３）；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：６２３０）。
【０２８５】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子増幅技術は、本発明と組み合わせて使用され得る。特異的増幅のためのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心（そのために、増幅は差次的ハイブリダイゼーションに依存する）（Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７−２４４８）またはプライマーの最後の３’末端において目的の変異を保有し得、ここで、適切な条件下において、ミスマッチは、ポリメラーゼ伸長を防止し得るかまたは減少させ得る（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ  １１：２３８）。さらに、切断ベースの検出を作成するために変異の領域に新規の制限部位を導入することが所望され得る（Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１）。特定の実施形態において、増幅がまた、増幅のためのＴａｑリガーゼを使用して実施され得ることが予測される（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８８：１８９）。このような場合において、結合は、増幅の存在または非存在を探索することによって特異的部位における既知の変異の存在を検出することを可能にさせる５’配列の３’末端において完璧なマッチが存在する場合にのみ、生じる。
【０２８６】
本明細書中で記載される方法は、例えば、本明細書中に記載される少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実行され得、これは、例えば、９１３６遺伝子を含む疾患または疾病の症状または家族の病歴を示す患者を診断するための臨床設定において、便利に使用され得る。
【０２８７】
（代理マーカーとしての９１３６分子の使用）
本発明の９１３６分子はまた、障害もしくは疾患状態のマーカーとして、疾患状態の前駆体についてのマーカーとして、疾患状態の素因のためのマーカーとして、薬物活性のマーカーとして、または被験体の薬理ゲノム学的プロフィールのマーカーとして有用である。本明細書中に記載される方法を使用して、本発明の９１３６分子の存在、非存在および／または量が検出され得、そしてインビボでの１つ以上の生物学的状態と相関され得る。例えば、本発明の９１３６分子は、１つ以上の障害または疾患状態についての代理マーカーまたは疾患状態に至る状態についての代理マーカーとして作用し得る。本明細書中で使用される場合、「代理マーカー」は、疾患もしくは障害の非存在もしくは存在、または疾患もしくは障害の進行（例えば、腫瘍の存在または非存在）と相関する目的の生物学的マーカーである。このようなマーカーの存在または量は、疾患に依存しない。従って、これらのマーカーは、特定の処置経過が、疾患状態または障害の減少において有効であるか否かを示すために作用し得る。代理マーカーは、疾患状態もしくは障害の存在もしくは程度が、標準的な方法論（例えば、初期段階腫瘍）により評価することが困難な場合、または疾患進行の評価が、潜在的に危険な臨床的終点が達成される前に所望される場合に特に有用である（例えば、心臓血管疾患の評価が、代理マーカーとしてコレステロールレベルを使用してなされ得、そしてＨＩＶ感染の分析が、代理マーカーとしてＨＩＶ  ＲＮＡレベルを使用してなされ得、心筋梗塞または十分に進行したＡＩＤＳの望ましくない臨床的結果の進行においても同様に）。当該分野における代理マーカーの使用の例としては、以下が挙げられる：Ｋｏｏｍｅｎら（２０００）Ｊ．Ｍａｓｓ．Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．  ３５：２５８−２６４；およびＪａｍｅｓ（１９９４）ＡＩＤＳ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  Ｎｅｗｓ  Ａｒｃｈｉｖｅ  ２０９。
【０２８８】
本発明の９１３６分子はまた、薬力学的マーカーとして有用である。本明細書中で使用される場合、「薬力学的マーカー」は、薬物の効果に特異的に関連する客観的な生化学的マーカーである。薬力学的マーカーの存在または量は、薬物が投与される疾患の状態または障害には関連せず、それ故、このマーカーの存在または量は、被験体における薬物の存在または活性を示す。例えば、薬力学的マーカーは、そのマーカーが、薬物のレベルに対する関係において、この組織の中で、発現するかもしくは転写されるか、または発現も転写もされないかのいずれかであるという点において、生物学的組織における薬物の濃度を示し得る。この様態において、薬物の分布または摂取は、薬力学的マーカーによってモニターされ得る。同様に、薬力学的マーカーの存在または量は、薬物の代謝産物の存在または量に関連し得、その結果、マーカーの存在または量は、インビボでの薬物の相対的分解速度の指標である。薬力学的マーカーは、薬物効果の検出の感度の増加において、特に薬物が低用量で投与される場合に、特に有用である。少量の薬物でさえ、マーカー（例えば９１３６マーカー）の転写または発現を、複数回活性化するために十分であり得るので、増幅されたマーカーは、薬物そのものよりも容易に検出される量で存在し得る。また、マーカーは、マーカーそのものの性質に起因してより容易に検出され得；例えば、本明細書中に記載される方法を使用して、抗９１３６抗体は、９１３６タンパク質マーカーのための免疫ベースの検出系に使用され得るか、または９１３６特異的放射標識プローブは、９１３６  ｍＲＮＡマーカーを検出するために使用され得る。さらに、薬力学的マーカーの使用は、直接観測が可能な範囲を超える薬物処置に起因する危険性の機構ベースの予測を提供し得る。当該分野における薬力学的マーカーの使用の例としては、Ｍａｔｓｕｄａら、米国特許第６，０３３，８６２号；Ｈａｔｔｉｓら、（１９９１）Ｅｎｖ．Ｈｅａｌｔｈ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．９０：２２９−２３８；Ｓｃｈｅｎｔａｇ（１９９９）Ａｍ．Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６  補遺３：Ｓ２１−Ｓ２４；およびＮｉｃｏｌａｕ（１９９９）Ａｍ，Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６  補遺３：Ｓ１６−Ｓ２０が挙げられる。
【０２８９】
本発明の９１３６分子はまた、薬理ゲノム（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃ）マーカーとして有用である。本明細書中で使用される場合、「薬理ゲノムマーカー」は、被験体における特定の臨床的薬物応答または薬物感受性と関連する客観的な生化学的マーカーである（例えば、ＭｃＬｅｏｄら、（１９９９）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ３５：１６５０−１６５２を参照のこと）。薬理ゲノムマーカーの存在または量は、薬物の投与前に、特定の薬物または薬物のクラスに対して予測される被験体の応答に関連する。被験体における１つ以上の薬理ゲノムマーカーの存在または量を評価することによって、被験体に対して最も適切であり、またはより大きな成功の程度を有すると予測される薬物療法が、選択され得る。例えば、被験体における特定の腫瘍マーカーに対する、ＲＮＡまたはタンパク質（例えば、９１３６タンパク質またはＲＮＡ）の存在または量に基づいて、被験体中に存在する可能性のある特定の腫瘍の処置に対して最適化された、薬物または処置の過程が選択され得る。同様に、９１３６  ＤＮＡにおける特定の配列の変異の存在または非存在は、９１３６薬物応答に関連し得る。従って、薬理ゲノムマーカーの使用によって、治療を施与する必要なしに、各被験体に対して最も適切な治療の適用が可能になる。
【０２９０】
（薬学的組成物）
本発明の核酸およびポリペプチド、これらのフラグメント、ならびに抗９１３６抗体（本明細書中では、「活性化合物」ともいわれる）は、薬学的組成物に組込まれ得る。このような組成物は、代表的には、核酸分子、タンパク質、または抗体および薬学的に受容可能なキャリアを包含する。本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的投与と適合する、溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含む。補充活性化合物はまた、組成物に組込まれ得る。
【０２９１】
薬学的組成物は、その意図される投与の経路に適合するように処方される。投与経路の例としては、非経口投与（例えば、静脈投与）、皮内投与、皮下投与、経口（例えば、吸入）投与、経皮（局所的）投与、経粘膜投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用、または皮下適用に使用される溶液または懸濁物は、以下の成分を含み得る：滅菌希釈液（例えば、注射用の水、生理食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒）；抗菌剤（例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン）；抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム）；キレート剤（例えば、エチレンジアミン四酢酸）；緩衝剤（例えば、酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩）および張度の調整のための薬剤（例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース）。ｐＨは、酸または塩基（例えば、塩酸または水酸化ナトリウム）で調整され得る。非経口調製物は、アンプル、使い捨てシリンジまたはガラスもしくはプラスチック製の複数用量バイアル中に封入され得る。
【０２９２】
注射用途に適する薬学的組成物は、滅菌水溶液（水溶性の場合）または滅菌分散物および滅菌注射可能な溶液または分散物の即席調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与について、適切なキャリアは、生理学的食塩水、静菌性水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ，Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ，ＮＪ）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）を含む。全ての場合において、組成物は、滅菌状態でなければならず、容易に注射可能である程度まで流動性であるべきである。この組成物は、製造および貯蔵の状態下で安定であるべきであり、細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保存されなければならない。キャリアは、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、およびこれらの適切な混合物を含む溶媒または分散剤であり得る。適切な流動性は、例えば、コーティング（例えば、レシチン）の使用、分散物の場合、必要な粒子径の維持および界面活性剤の使用によって維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロザールなど）によって達成され得る。多くの場合、等張剤（例えば、糖、ポリアルコール（例えば、マンニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）、ソルビトール）、塩化ナトリウム）を組成物中に含むことが好ましい。注射可能な組成物の長期の吸収は、吸収を遅らせる薬剤（例えば、ステアリン酸モノアルミニウムおよびゼラチン）を組成物中に含有することによって、引き起こされる。
【０２９３】
滅菌注射可能な溶液は、上に列挙される成分の１つまたは組み合わせを含む適切な溶媒中に、必要な量で活性な化合物を組込むことによって（必要な場合、その後、濾過滅菌することによって）調製され得る。一般的に、分散物は、基本分散媒および上に列挙される成分からの他に必要とされる成分を含有する滅菌ビヒクルに、活性な化合物を組込むことによって調製される。滅菌注入可能な溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これらは、前に濾過滅菌されたその溶液から、活性な成分および任意のさらに所望される成分の粉末を生じる。
【０２９４】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈物または食用キャリアを含む。経口治療投与の目的について、活性な化合物は、賦形剤に組込まれ得、錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤（例えば、ゼラチンカプセル剤）の形態で使用され得る。経口組成物はまた、うがい薬としての用途のための流体キャリアを使用して、調製され得る。薬学的に適合可能な結合剤および／またはアジュバント物質は、組成物の一部として含有され得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分または類似した性質の化合物のいずれかを含み得る：結合剤（例えば、微結晶性セルロース、トラガカントゴムまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、スターチまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸）、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、またはコーンスターチ；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅ）；流動促進剤（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味料（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは香料（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、または、オレンジ香料。
【０２９５】
吸入による投与について、化合物は、加圧された容器またはディスペンサー（適切な噴射体（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む）または噴霧器からエアロゾルスプレーの形態で送達される。
【０２９６】
全身投与はまた、経粘膜的手段または経皮的手段によってであり得る。経粘膜的投与または経皮的投与について、浸透されるべきバリアに適切な浸透剤は、処方物において使用される。このような浸透剤は、一般的に当該分野で公知であり、例えば、経粘膜的投与のための界面活性剤、胆汁塩、およびフシジン酸誘導体を含む。経粘膜的投与は、鼻スプレーまたは坐剤の使用を介して達成され得る。経皮的投与について、活性な化合物は、当該分野で一般的に知られるように、軟膏（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏剤（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム中に処方される。
【０２９７】
化合物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、従来の坐剤基剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリド）を有する）または停留浣腸の形態で調製され得る。
【０２９８】
１つの実施形態において、活性な化合物は、キャリアと共に調製され、このキャリアは、身体からの急速な除去に対して化合物を保護し、例えば、徐放性処方物（移植片および微小カプセル化送達系を含む）である。生体分解性、生体適合性ポリマー（例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリアンヒドリド、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸）が、使用され得る。このような処方物の調製方法は、当業者に明らかである。これらの材料はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から市販入手され得る。リポソーム懸濁物（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を有する感染細胞に対して標的化されたリポソームを含む）はまた、薬学的受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０２９９】
投与の容易さおよび投与用量の一様性のために、投与単位形態での経口的組成物または非経口的組成物を処方することは有利である。本明細書中で使用される場合、投与単位形態は、処置される被験体に対する単一投与量として適切な、物理的に別個の単位をいい；各単位は、必要な薬学的なキャリアに関連する所望の治療効果を生成するように計算された所定の量の活性な化合物を含む。このような化合物の毒性および治療効率は、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％において致死である用量）およびＥＤ５０（集団の５０％における治療有効用量）を決定することについて、細胞培養物または実験動物における標準的な薬学的手順によって決定され得る。毒性と治療効果との間の用量比は、治療指数であり、そしてこの比は、比ＬＤ５０／ＥＤ５０として示され得る。高い治療指数を示す化合物が好ましい。毒性副作用を示す化合物が使用される一方で、非感染細胞に対する潜在的な傷害を最小化するための罹患組織の部位にこのような化合物を標的化する送達システムを設計するために配慮し、それによって副作用を減少するべきである。
【０３００】
細胞培養物アッセイおよび動物研究から得られたデータは、ヒトにおける用途のための投与量範囲を処方することにおいて使用され得る。このような化合物の投与量は、好ましくは、毒性がほとんどないかまたは全く有さずに、ＥＤ５０を含む循環濃度の範囲内に入る。投与量は、使用される用量形態または使用される投与経路に依存して、この範囲内で変化し得る。本発明の方法において使用される任意の化合物について、治療有効用量は、最初に細胞培養アッセイから見積もられ得る。用量は、動物モデルにおいて処方され得、細胞培養物において決定されるＩＣ５０（すなわち、症状の最高阻害の半分を達成する試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を達成する。このような情報は、ヒトにおいて有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定され得る。
【０３０１】
本明細書中に定義される場合、治療有効量のタンパク質またはポリペプチド（すなわち、有効投与量）は、約０．００１〜３０ｍｇ／体重１ｋｇ、好ましくは約０．０１〜２５ｍｇ／体重１ｋｇ、より好ましくは約０．１〜２０ｍｇ／体重１ｋｇ、およびさらにより好ましくは約１〜１０ｍｇ／体重１ｋｇ、２〜９ｍｇ／体重１ｋｇ、３〜８ｍｇ／体重１ｋｇ、４〜７ｍｇ／体重１ｋｇ、または５〜６ｍｇ／体重１ｋｇの範囲にある。このタンパク質またはポリペプチドは、約１〜１０週間の間、好ましくは２〜８週間の間、より好ましくは３〜７週間の間、およびさらにより好ましくは約４、５または６週間、１週間に１回投与され得る。当業者は、特定の因子が、効率的に被験体を処置するために必要な投与量およびタイミングに影響し得、これらの因子としては、疾患または障害の重篤度、以前の処置、一般的な健康状態および／または被験体の年齢、および他に存在する疾患が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、本明細書中に記載されるように結合体化されていないかまたは結合体化されている治療有効量のタンパク質、ポリペプチド、または抗体での被験体の処置は、単一処置を含み得るか、または好ましくは、一連の処置を含み得る。抗体について、好ましい投与量は、０．１ｍｇ／体重１ｋｇ（一般的に、１０ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇ）である。抗体が脳において作用する場合、５０ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇの投与量が、通常適切である。一般的に、部分的ヒト抗体および完全ヒト抗体は、人体内で他の抗体より長い半減期を有する。従って、より低い投与量およびより少ない投与頻度は、しばしば可能である。改変（例えば、脂質化）は、抗体を安定化させ、そして取り込みおよび組織貫通（例えば、脳への）を強化するために使用され得る。抗体の脂質化のための方法は、Ｃｒｕｉｋｓｈａｎｋら、（（１９９７）Ｊ．Ａｃｑｕｉｒｅｄ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  Ｓｙｎｄｒｏｍｅｓ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒｏｌｏｇｙ  １４：１９３）によって記載される。
【０３０２】
本発明は、発現または活性を調節する薬剤を包含する。薬剤は、例えば低分子であり得る。例えば、このような低分子としては、ペプチド、ペプチド模倣物（ペプトイド）、アミノ酸、アミノ酸アナログ、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドアナログ、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、１モル当たり約１０，０００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物（すなわち、ヘテロ有機化合物および有機金属化合物を含む）、１モル当たり約５，０００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物、１モル当たり約１，０００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物、１モル当たり約５００ｇより低い分子量を有する有機化合物または無機化合物、ならびにこのような化合物の塩、エステル、および他の薬学的に受容可能な形態が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３０３】
例示的な用量は、被験体１ｋｇ当たりの低分子のミリグラムもしくはマイクログラム量またはサンプル重量を含む（例えば、約１μｇ／ｋｇ〜約５００ｍｇ／ｋｇ、約１００μｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、または約１μｇ／ｋｇ〜約５０μｇ／ｋｇ）。さらに、低分子の適切な用量は、調節されるべき発現または活性に関する低分子の有効性に依存する。１つ以上のこれらの低分子が本発明のポリペプチドまたは核酸の発現または活性を調節するために動物（例えば、ヒト）に投与される場合、医師、獣医師、または研究者は、例えば、まず比較的低い用量を、続いて適切な応答が得られるまで漸増量の用量を処方し得る。さらに、任意の特定の動物被験体に対する特定の用量レベルが、使用される特定の化合物の活性、被験体の年齢、体重、一般的健康状態、性別、および食事、投与時間、投与経路、排泄速度、任意の薬物の組み合わせ、ならびに調節されるべき発現または活性の程度を含む種々の因子に依存することが理解される。
【０３０４】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され、遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら、（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって、被験体に送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中に遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれる遅延放出性マトリクスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞（例えば、レトロウイルスベクター）からインタクトで産生され得る場合、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１つ以上の細胞を含み得る。薬学的組成物は、投与のための指示書と共に容器、パック、またはディスペンサー中に含まれ得る。
【０３０５】
（治療方法）
本発明は、障害の危険性（またはそれに対して感受性である）被験体あるいは異常型または望まれない９１３６の発現または活性に関連する障害を有する被験体を処置する予防法または治療法の両方を提供する。本明細書中に使用される場合、用語「治療」は、患者に対する治療剤の適用または投与、患者から単離された組織または細胞株に対する治療剤の適用または投与として定義され、この患者は、疾患、疾患の症状または疾患に対する素因を有し、この目的は、疾患、疾患の症状または疾患に対する素因を、治療、回復、緩和、軽減、改変、矯正、好転または作用することである。治療剤としては、低分子、ペプチド、抗体、リボザイムおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
【０３０６】
処置の予防法および治療法の両方に関して、このような処置は、薬理ゲノム学の分野から得られる知識に基づいて、特異的に合わせられるかまたは改変され得る。本明細書中で使用される場合、「薬理ゲノム学」は、ゲノム技術（例えば、遺伝子配列決定）、統計遺伝学、および臨床的開発および市場においての薬物に対する遺伝子発現分析の適用をいう。より具体的には、この用語は、患者の遺伝子が薬物に対する彼または彼女の応答（例えば、患者の「薬物応答表現型」または「薬物応答遺伝子型」）をどのように決定するかの研究をいう。従って、本発明の別の局面は、個体の薬物応答遺伝子型に従う、本発明の９１３６分子または９１３６調節因子のいずれかでの個々の予防処置または治療処置を調整するための方法を提供する。薬理ゲノム学は、臨床医または医師が、最も治療の恩恵を受ける患者に対する予防処置または治療処置を導き得、そして毒性薬物関連副作用を受ける患者の処置を避け得るようにする。
【０３０７】
１つの局面において、本発明は、９１３６または９１３６発現または少なくとも１つの９１３６活性を調節する薬剤を被験体に投与することによって、患者における異常なまたは望まれない９１３６の発現または活性に関連する疾患または状態を予防する方法を提供する。異常なまたは望まれない９１３６の発現または活性によって引き起こされるまたはそれに起因する疾患に対する危険性にある被験体は、例えば、本明細書中に記載されるような診断アッセイまたは予後アッセイのいずれかまたは組み合わせによって同定され得る。予防剤の投与は、９１３６異常型の症状特性の発症の前に生じ、その結果、疾患または障害は、予防されるか、あるいは、その進行が遅延される。９１３６の異常型（例えば、９１３６、９１３６アゴニストまたは９１３６アンタゴニスト）の型に依存することは、被験体を処置するために使用され得る。適切な薬剤は、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。
【０３０８】
いくつかの９１３６障害は、異常なレベルの遺伝子産物または異常な活性を示す遺伝子産物の存在によって、少なくとも部分的に引き起こされ得る可能性がある。そういうものとして、このような遺伝子産物のレベルおよび／または活性の減少は、障害の症状の改善を引き起こす。
【０３０９】
９１３６分子は、細胞増殖障害および／または分化障害、内皮細胞障害、心血管障害または代謝障害の１つ以上を制御するための新規の診断標的および治療因子として作用し得る。これらの障害は全て、前に記載している。本発明の分子はまた、骨代謝に関連する障害、または、免疫に関連する障害（例えば、炎症障害、肝臓障害、ウイルス疾患、および疼痛障害）の１つ以上を制御するための新規の診断標的および治療因子として作用し得る。
【０３１０】
９１３６分子の異常な発現および／または活性は、骨代謝に関連する障害を媒介し得る。「骨代謝」は、最終的にカルシウムおよびリン酸の血清濃度に影響を及ぼし得る、骨構造の形成または分解（例えば、骨形成、骨吸収など）における直接的または間接的な影響をいう。この用語はまた、骨を形成および分解し得る骨細胞（例えば、破骨細胞および骨芽細胞）における、９１３６分子により媒介される活性を含む。例えば、９１３６分子は、骨吸収破骨細胞の種々の活性（例えば、単球および単核食細胞の破骨細胞への分化の刺激）を補助し得る。従って、骨細胞の産生を調節する９１３６分子は、骨の形成および分解に影響し得、従って、骨障害を処置するのに使用され得る。このような障害の例としては、骨粗鬆症、骨形成異常、骨軟化症、くる病、嚢胞性線維性骨炎、腎性骨形成異常、骨硬化、鎮痙処置、骨減少症、不完全骨線維形成（ｆｉｂｒｏｇｅｎｅｓｉｓ−ｉｍｐｅｒｆｅｃｔａ  ｏｓｓｉｕｍ）、続発性上皮小体機能亢進、上皮小体機能低下、上皮小体機能亢進、肝硬変、閉塞性黄疸、薬物誘発性代謝、髄様癌、慢性腎疾患、くる病、サルコイドーシス、グルココルチコイド拮抗、吸収不良症候群、脂肪便、熱帯性スプルー、特発性高カルシウム血症、および授乳熱が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３１１】
本発明の９１３６核酸および９１３６タンパク質は、種々の免疫（例えば、炎症（例えば、呼吸器炎症））障害を処置および／または診断するために使用され得る。免疫および炎症性の障害または疾患の例としては、自己免疫疾患（例えば、真性糖尿病、関節炎（慢性関節リウマチ、若年性関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎を含む）、多発性硬化症、脳脊髄炎、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、自己免疫甲状腺炎、皮膚炎（アトピー性皮膚炎および湿疹性皮膚炎を含む）、乾癬、シェーグレン症候群、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）、アフタ性潰瘍、虹彩炎、結膜炎、角結膜炎、喘息、アレルギー性喘息、慢性閉塞性肺疾患、皮膚エリテマトーデス、強皮症、膣炎、直腸炎、薬疹、らい逆転反応、らい性結節性紅斑、自己免疫ブドウ膜炎、アレルギー性脳脊髄炎、急性壊死性出血性脳障害、特発性両側性進行性感音聴覚障害、再生不良性貧血、赤芽球ろう、特発性血小板減少、多発性軟骨炎、ヴェーゲナー肉芽腫症、慢性活動性肝炎、スティーヴンズ−ジョンソン症候群、特発性スプルー、扁平苔癬、グレーブス病、サルコイドーシス、原発性胆汁性肝硬変、後部ブドウ膜炎、および間質性肺線維症が挙げられる）、宿主対移植片病、移植症例、およびアレルギー（例えば、アトピー性アレルギー）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３１２】
本明細書中に記載される方法により処置または診断され得る障害としては、肝臓における線維組織の蓄積に関係する障害（例えば、既存の線維の崩壊および縮合を伴う細胞外マトリックスの生成と分解との間の不均衡から生じる障害）が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書中に記載される方法は、広範な種々の因子により誘導される肝細胞壊死または肝細胞傷害（ホメオスタシスを破壊するプロセス（例えば、炎症性プロセス、毒性傷害から生じる組織損傷または肝血流の変化から生じる組織損傷）、ならびに感染（例えば、細菌感染、ウイルス感染、および寄生生物感染））を診断または処置するために使用され得る。例えば、この方法は、肝傷害（例えば、門脈圧亢進または肝線維症）の早期検出のために使用され得る。さらに、この方法は、先天性代謝異常に起因する肝線維症（例えば、貯蔵障害（例えば、ゴシェ病（脂質異常）、またはグリコーゲン貯蔵病、Ａ１−抗トリプシン欠損）から生じる線維症）；外因性物質の蓄積（例えば、貯蔵）を媒介する障害（例えば、ヘモクロマトーシス（鉄過剰負荷症候群）および銅貯蔵病（ウィルソン病））、毒性代謝産物の蓄積を生じる障害（例えば、チロシン血症、果糖血症、およびガラクトース血症）、ならびにペルオキシソーム障害（例えば、ツェルヴェーガー症候群）を検出するために使用され得る。さらに、本明細書中に記載される方法は、種々の化学物質または薬物（例えば、メトトレキサート、イソニアジド（ｉｓｏｎｉｚａｉｄｅ）、オキシフェニサチン、メチルドパ、クロロプロマジン、トルブタミドまたはアルコール）の投与と関連する肝傷害、または脈管障害の肝徴候（例えば、肝臓内胆汁流もしくは肝臓外胆汁流のいずれかの閉塞、または例えば、慢性心不全、静脈閉塞疾患、門脈血栓症もしくはバッド−キアーリ症候群から生じる肝臓循環の変化）を示す肝傷害の早期検出および処置のために使用され得る。
【０３１３】
さらに、９１３６分子は、特定のウイルス疾患（Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、および単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）が挙げられるが、これらに限定されない）の病因において重要な役割を果たし得る。９１３６活性の調節因子は、ウイルス疾患を制御するために使用され得る。この調節因子は、ウイルス感染組織またはウイルス関連組織線維症（特に、肝臓および肝臓線維症）の処置および／または診断において使用され得る。また、９１３６調節因子は、ウイルス関連癌腫（特に、肝細胞癌）の処置および／または診断において使用され得る。
【０３１４】
さらに、９１３６は、疼痛障害の調節において重要な役割を果たし得る。疼痛障害の例としては、種々の形態の組織損傷の間に惹起される疼痛応答（例えば、炎症、感染、および虚血）（通常は、痛覚過敏と呼ばれる）（例えば、Ｆｉｅｌｄｓ，Ｈ．Ｌ．（１９８７）Ｐａｉｎ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌに記載される）；筋骨格障害に関係する疼痛（例えば、関節痛）；歯痛；頭痛；手術に関連する疼痛；過敏性腸症候群に関連する疼痛；または胸部の疼痛が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３１５】
議論されるように、９１３６障害の首尾よい処置は、標的遺伝子産物の発現または活性を阻害する役目を果たす技術によって、もたらされ得る。例えば、ネガティブな調節性活性を示すことが証明されている化合物（例えば、上記のアッセイを使用して同定される因子）が、本発明に従って使用され、９１３６障害の症状を予防および／または回復し得る。このような分子としては、以下が挙げられ得るがこれらに限定されない：ペプチド、ホスホペプチド、有機低分子または無機低分子、あるいは抗体（例えば、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗イディオタイプ抗体、キメラ抗体、または単鎖抗体、ならびにＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２およびＦａｂ発現ライブラリーフラグメント、ｓｃＦＶ分子、ならびにそれらのエピトープ結合フラグメントを含む）。
【０３１６】
さらに、標的遺伝子の発現を阻害するアンチセンス分子およびリボザイム分子もまた、本発明に従って使用され、標的遺伝子発現レベルを低下させ得、それによって、標的遺伝子活性レベルは、効果的に減少される。なおさらに、三重らせん分子が、標的遺伝子活性レベルを低下させる際に利用され得る。アンチセンス分子、リボザイム分子および三重らせん分子は、上で議論されている。
【０３１７】
変異体遺伝子発現を低下または阻害するための、アンチセンス分子、リボザイム分子および／または三重らせん分子の使用もまた、正常な標的遺伝子の対立遺伝子によって産生されるｍＲＮＡの転写（三重らせん）および／または翻訳（アンチセンス、リボザイム）を低下または阻害し得、その結果、存在する正常な標的遺伝子産物の濃度が、正常な表現型で必要とされる濃度よりも低くあり得る可能性がある。このような場合、正常な標的遺伝子活性を示す標的遺伝子ポリペプチドをコードおよび発現する核酸分子は、遺伝子治療法によって、細胞に導入され得る。あるいは、この標的遺伝子が細胞外タンパク質をコードする例において、正常な標的遺伝子タンパク質を、細胞または組織に同時に投与して、必要な細胞活性レベルまたは組織標的遺伝子活性レベルを維持することが、好ましくあり得る。
【０３１８】
核酸分子が、９１３６発現によって特徴付けられる疾患を処置または予防する際に利用され得る別の方法は、９１３６タンパク質に特異的なアプトマー分子の使用を介する。アプトマーは、三次構造を有する核酸分子であり、これは、タンパク質リガンドに特異的に結合し得る（例えば、Ｏｓｂｏｒｎｅら、（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．１：５−９；およびＰａｔｅｌ，Ｄ．Ｊ．（１９９７）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ  １：３２−４６を参照のこと）。核酸分子は、多くの場合において、治療タンパク質分子が標的細胞に導入されるよりも、より簡便に標的細胞に導入されるので、アプトマーは、多能性効果を有し得る薬物または他の分子を導入することなく、９１３６タンパク質活性が特異的に低下し得る方法を提供する。
【０３１９】
標的遺伝子産物に特異的であり、かつ標的遺伝子産物活性を低下させる抗体が、作製され得る。従って、このような抗体は、ネガティブな調節技術が、９１３６障害の処置に適している場合に投与され得る。抗体の記載については、上記の抗体の節を参照のこと。
【０３２０】
抗体産生を刺激するために、９１３６タンパク質またはエピトープで、動物またはヒト被験体を注射することが、被験体に対して有害である環境下において、抗イディオタイプ抗体の使用によって、９１３６に対する免疫応答を生じさせることが可能である（例えば、Ｈｅｒｌｙｎ（１９９９）Ａｎｎ  Ｍｅｄ  ３１：６６−７８；ならびにＢｈａｔｔａｃｈａｒｙａ−ＣｈａｔｔｅｒｊｅｅおよびＦｏｏｎ（１９９８）Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｒｅａｔ  Ｒｅｓ．９４：５１−６８を参照のこと）。抗イディオタイプ抗体が哺乳動物またはヒト被験体に導入される場合、９１３６タンパク質に特異的であるべき、抗−抗イディオタイプ抗体の産生が刺激されるはずである。９１３６発現によって特徴付けられる疾患に対するワクチンもまた、この様式で作製され得る。
【０３２１】
標的抗原が細胞内であり、かつ全抗体が使用される例において、内部移行抗体が好ましくあり得る。リポフェクチンまたはリポソームを使用して、標的抗原を細胞内に結合するＦａｂ領域の抗体またはフラグメントを送達し得る。抗体のフラグメントが使用される場合、標的抗原に結合する最小の阻害性フラグメントが、好ましい。例えば、抗体のＦｖ領域に対応するアミノ酸配列を有するペプチドが、使用され得る。あるいは、細胞内標的抗原に結合する一本鎖中和抗体もまた、投与され得る。このような一本鎖抗体は、例えば、標的細胞集団内の一本鎖抗体をコードするヌクレオチド配列を発現させることによって、投与され得る（例えば、Ｍａｒａｓｃｏら、（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：７８８９−７８９３を参照のこと）。
【０３２２】
標的遺伝子発現、合成および／または活性を阻害する、同定された化合物は、９１３６障害を予防、処置または回復するのに治療学的に有効な用量で、患者に投与され得る。治療学的に有効な用量とは、その障害の症状を回復させるのに十分な、化合物の量をいう。このような化合物の毒性および治療効果は、上記のような標準的な薬理学的手順によって、決定され得る。
【０３２３】
細胞培養アッセイおよび動物研究から得られたデータは、ヒトにおける使用のための投薬量範囲を処方する際に、使用され得る。このような化合物の投薬量は、好ましくは、毒性をほとんど有さないかまたは全く有さないＥＤ５０を含む循環濃度範囲内にある。投薬量は、用いられる投薬形態および用いられる投与経路に依存して、この範囲内で変化し得る。本発明の方法において使用される任意の化合物について、治療学的に有効な用量は、細胞培養アッセイから、最初に確立され得る。用量は、動物モデルにおいて処方され得、細胞培養物中で決定されるようなＩＣ５０（すなわち、症状の最大半減阻害を達成する試験化合物の濃度）を含む循環プラスマ濃度範囲に達する。このような情報を使用して、ヒトにおける有用な用量をより正確に決定し得る。プラズマレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって、測定され得る。
【０３２４】
個体に対する有効な用量を決定する別の例は、試験被験体の血清中の「遊離」化合物および「結合」化合物のレベルを直接的にアッセイする能力である。このようなアッセイは、分子のインプリンティング技術によって作製される抗体模倣物および／または「バイオセンサ」を使用し得る。９１３６活性を調節し得る化合物は、テンプレート、または「インプリンティング分子」として使用され、この化合物の触媒試薬との重合化の前に、重合可能なモノマーを空間的に組織化する。インプリントされた分子のその後の除去は、化合物の繰り返し「ネガ（ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｉｍａｇｅ）」を含むポリマーマトリクスを残し、そして生物学的アッセイ条件下で、分子に選択的に再結合することができる。この技術の詳細な総説は、Ａｎｓｅｌｌら（１９９６）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ７：８９−９４およびＳｈｅａ（１９９４）Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２：１６６−１７３において参照され得る。このような「インプリントされた」アフィニティーマトリクスは、リガンド結合アッセイに適合し、これによって、固定化モノクローナル抗体の構成要素は、適切にインプリントされたマトリクスによって置き換えられる。この方法における、このようなマトリクスの使用の例は、Ｖｌａｔａｋｉｓら（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６１：６４５−６４７において参照され得る。同位体標識の使用によって、９１３６の発現または活性を調節する化合物の「遊離」濃度は、容易にモニタリングされ得、そしてＩＣ５０の算出に使用され得る。
【０３２５】
このような「インプリントされた」アフィニティーマトリクスはまた、光子放射特性が標的化合物の局在性および選択的結合によって測定可能に変化する蛍光群を含むように設計され得る。これらの変化は、適切な光ファイバーデバイスを使用し、次いで、試験被験体における用量を、その個々のＩＣ５０に基づいて迅速に最適化することによって、実時間で容易にアッセイされ得る。このような「バイオセンサ」の基本的な例は、Ｋｒｉｚら（１９９５）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ６７：２１４２−２１４４において議論されている。
【０３２６】
本発明の別の局面は、治療目的のための、９１３６発現または活性を調節する方法に関する。従って、例示的な実施形態において、本発明の調節方法は、細胞を、９１３６またはこの細胞に関連する９１３６タンパク質活性の１つ以上の活性を調節する因子と接触させる工程を包含する。９１３６タンパク質活性を調節する因子は、本明細書中に記載されるような因子（例えば、核酸またはタンパク質、９１３６タンパク質の天然に存在する標的分子（例えば、９１３６基質またはレセプター）、９１３６抗体、９１３６アゴニスまたはアンタゴニスト、９１３６アゴニストもしくはアンタゴニストのペプチド模倣物、または他の低分子）であり得る。
【０３２７】
１つの実施形態において、この因子は、１つ以上の９１３６活性を刺激する。このような刺激性因子の例としては、活性な９１３６タンパク質および９１３６をコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この因子は、１つ以上の９１３６活性を阻害する。このような阻害因子の例としては、アンチセンス９１３６核酸分子、抗９１３６抗体、および９１３６インヒビターが挙げられる。これらの調節方法は、インビトロにおいてか（例えば、この因子とともに細胞を培養することによって）、またはインビボにおいて（例えば、この因子を被験体に投与することによって）行われ得る。このように、本発明は、９１３６タンパク質または核酸分子の、異常なまたは望ましくない発現または活性によって特徴付けられる疾患または障害に罹患している個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、因子（例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される因子）、または９１３６発現もしくは活性を調節する（例えば、アップレギュレートするかまたはダウンレギュレートする）因子の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、９１３６タンパク質または核酸分子を、低下した、異常なまたは望ましくない９１３６発現または活性を補償する治療として、投与する工程を包含する。
【０３２８】
９１３６活性の刺激は、９１３６が異常にダウンレギュレートする状況、および／または９１３６活性の増加が有利な効果を有するようである状況において、望ましい。例えば、９１３６活性の刺激は、９１３６がダウンレギュレートする状況、および／または９１３６活性の増加が有利な効果を有するようである状況において、望ましい。同様に、９１３６活性の阻害は、９１３６が異常にアップレギュレートする状況、および／または９１３６活性の低下が有利な効果を有するようである状況において、望ましい。
【０３２９】
（薬理ゲノム学（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
本発明の９１３６分子、および因子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるような、９１３６活性（例えば、９１３６遺伝子発現）に対する刺激効果もしくは阻害効果を有するモジュレーターは、異常な９１３６活性または望ましくない９１３６活性に関連する、９１３６関連障害（例えば、異常なまたは欠損した、細胞増殖障害および／または細胞分化障害、内皮細胞障害；心臓血管障害または代謝障害）を（予防的にかまたは治療的に）処置するために、個体に投与され得る。このような処置とともに、薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と、外来性化合物もしくは薬物に対するその個体の応答との間の関係の研究）が、考慮され得る。治療の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血液濃度との間の関係を変更することによって、毒性または治療不全を与えるように導き得る。従って、医師または臨床医は、９１３６分子または９１３６モジュレーターを投与するか否かを決定し、そして９１３６分子または９１３６モジュレーターでの処置における、投薬量および／または治療レジメンを変更する際に、等価な薬理ゲノム学研究において得られた知識の適用を考慮し得る。
【０３３０】
薬理ゲノム学は、変更された薬物配置および罹患した個人の異常な行動に起因する薬物に対する応答における、臨床学的に有意な遺伝的変異を処置する。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍら、（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３：９８３−９８５およびＬｉｎｄｅｒら、（１９９７）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３：２５４−２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理ゲノム学条件は、異なり得る。遺伝的条件は、薬物が身体に作用する様式を変更する（変更された薬物作用）単一因子として普及したか、または遺伝的条件は、身体が薬物に作用する様式を変更する（変更された薬物代謝）単一因子として普及した。これらの薬理ゲノム学条件は、稀なゲノム欠損としてかまたは天然に存在する多型としてかの、いずれかとして生じ得る。例えば、グルコース−６−ホスフェートデヒドロゲナーゼ欠損（Ｇ６ＰＤ）は、一般的な遺伝性酵素病であり、ここで、主な臨床学的合併症は、酸化薬剤（抗マラリア薬、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの消費後の溶血である。
【０３３１】
「ゲノムワイドアソシエーション（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）」として知られている、薬物応答を予測する遺伝子を同定するための、１つの薬理ゲノム学アプローチは、すでに知られているゲノム関連マーカー（例えば、「二座対立遺伝子」ゲノムマーカーマップ（これは、６０，０００〜１００，０００の多型またはヒトゲノム上の可変性部位からなり、これらの各々が、２つの改変体を有する））からなるヒトゲノムの高解像度マップに、主に依存する。このような高解像度ゲノムマップは、特定の観察された薬物応答または副作用に関連したマーカーを同定するために、第ＩＩ期／第ＩＩＩ期の薬物試行に参加した統計学的に有意な数の患者の各々のゲノムのマップと比較され得る。あるいは、このような高解像度マップは、ヒトゲノムにおいて、数憶の公知の一塩基多型（ＳＮＰ）の組み合わせから生じ得る。本明細書中で使用される場合、「ＳＮＰ」は、ＤＮＡの伸張において、単一ヌクレオチド塩基において生じる一般的な変更である。例えば、ＳＮＰは、ＤＮＡの１０００塩基毎に１回起こり得る。ＳＮＰは、疾患プロセスに関与し得るが、大部分は、疾患に関連し得ない。このようなＳＮＰの発生に基づくゲノムマップが与えられると、個体は、個々のゲノムにおいて、ＳＮＰの特定のパターンに依存して、ゲノムのカテゴリーに分類され得る。このような様式において、処置レジメンは、ゲノム学的に類似の個体の間で共通であり得る特性を考慮して、このようなゲノム学的に類似の個体の群に対して変更され得る。
【０３３２】
あるいは、「候補遺伝子アプローチ」と呼ばれる方法は、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。この方法に従って、薬物の標的をコードする遺伝子が既知である場合（例えば、本発明の９１３６タンパク質）、その遺伝子の全ての共通の改変体は、その集団においてかなり容易に同定され得、そして別の遺伝子バージョンに対する１つの遺伝子バージョンが特定の薬物応答に関連するか否かが決定され得る。
【０３３３】
あるいは、「遺伝子発現プロファイリング」と呼ばれる方法が、薬物応答を予測する遺伝子を同定するために用いられ得る。例えば、薬物（例えば、本発明の９１３６分子または９１３６モジュレーター）を投薬された動物の遺伝子発現は、毒性に関連する遺伝子経路が変化するか否かの指標を与え得る。
【０３３４】
１より多い上記薬理ゲノム学アプローチから得られる情報を使用して、個体の予防的処置または治療的処置のための、適切な投薬量および処置レジメンを決定し得る。この知識は、投薬または薬物選択に適用される場合、有害反応または治療不全を回避し得、それによって、９１３６分子または９１３６モジュレーター（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイのうちの１つによって同定されるモジュレーター）で被験体を処置する場合、治療効果または予防効果を増強させる。
【０３３５】
本発明はさらに、本発明の９１３６遺伝子の１つ以上によってコードされる遺伝子産物の１つ以上の活性を調節する因子の同定に基づく、新たな因子、または組み合わせを同定するための方法を提供し、ここで、これらの産物は、治療因子に対する細胞の耐性に関連し得る。詳細には、本発明の９１３６遺伝子によってコードされるタンパク質の活性は、因子の耐性を克服するために、因子を同定するための基礎として使用され得る。耐性タンパク質の１つ以上の活性をブロックすることによって、標的細胞（例えば、ヒト細胞）は、未改変標的細胞に耐性である因子を用いた処置に対して感受性になる。
【０３３６】
９１３６タンパク質の発現または活性に対する、因子（例えば、薬物）の影響のモニタリングが、臨床試験において適用され得る。例えば、９１３６遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートした９１３６活性を増加させるために、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって決定される因子の効果は、９１３６遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートした９１３６活性の低下を示す被験体の臨床試験において、モニタリングされ得る。あるいは、９１３６遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートした９１３６活性を低下させるために、スクリーニングアッセイによって決定される因子の効果は、９１３６遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートした９１３６活性の増加を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。このような臨床試験において、９１３６遺伝子の発現または活性、好ましくは、例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連障害に関与している他の遺伝子の発現または活性は、「読み出し（ｒｅａｄ  ｏｕｔ）」または特定の細胞の表現型のマーカーとして、使用され得る。
【０３３７】
（他の実施形態）
別の局面において、本発明は、複数の捕捉プローブの分析方法を特徴とする。この方法は、例えば、遺伝子発現を分析するのに有用である。この方法は、複数のアドレスを有する二次元アレイを提供する工程（複数のアドレスの各アドレスは、複数のアドレスの互いのアドレスと位置的に識別可能であり、複数のアドレスの各アドレスは、固有の捕捉プローブ（例えば、核酸またはペプチド配列）を有し、捕捉プローブは、９１３６を発現する細胞または被験体由来であるかまたは９１３６媒介応答が誘発される細胞または被験体由来である）；このアレイを９１３６核酸（好ましくは精製されたもの）、９１３６ポリペプチド（好ましくは精製されたもの）、または抗９１３６抗体と接触させる工程、およびそれによって複数の捕捉プローブを評価する工程、を包含する。結合（例えば、核酸の場合、複数のアドレスのうちの１つのアドレスにおける捕捉プローブとのハイブリダイゼーション）は、例えば、９１３６核酸、９１３６ポリペプチド、または９１３６抗体に結合された標識から生成されるシグナルによって検出される。
【０３３８】
捕捉プローブは、選択されたサンプル由来の核酸のセット（例えば、コントロールまたは未刺激組織もしくは細胞由来の核酸のサンプル）であり得る。
【０３３９】
この方法は、複数の捕捉プローブを有する第１のアレイおよび異なる複数の捕捉プローブを有する第２のアレイと、９１３６核酸、９１３６ポリペプチド、または９１３６抗体とを接触させる工程を包含し得る。各々のハイブリダイゼーションの結果は、例えば、第１のサンプルと第２のサンプルとの間の発現における差を分析するために比較され得る。第１の複数の捕捉プローブは、コントロールサンプル（例えば、野生型サンプル、正常サンプル、または非疾患サンプル、非刺激サンプル（例えば、生物学的流体サンプル、組織サンプル、または細胞サンプル））由来であり得る。第２の複数の捕捉プローブは、実験サンプル（例えば、変異型サンプル、危険サンプル、疾患状態サンプルもしくは障害状態サンプル、または刺激サンプル（例えば、生物学的流体サンプル、組織サンプル、または細胞サンプル））由来であり得る。
【０３４０】
複数の捕捉プローブは、複数の核酸プローブであり得、それらの各々は、９１３６の対立遺伝子と特異的にハイブリダイズする。このような方法は、例えば、疾患または障害に対する危険を評価するために、被験体に対する選択された処置の感度を評価するために、被験体が疾患または障害を有するか否かを評価するために、被験体を診断するのに使用され得る。
【０３４１】
この方法は、上記のようにＳＮＰを検出するのに使用され得る。
【０３４２】
別の局面において、本発明は、９１３６を分析する（例えば、構造、機能または他の核酸配列もしくはアミノ酸配列との関連を分析する）方法を特徴とする。この方法は、９１３６核酸配列または９１３６アミノ酸配列を提供する工程；９１３６配列と、配列の集合（例えば、核酸またはタンパク質の配列データベース）からの１つ以上の（好ましくは複数の）配列とを比較する工程、を包含し、それによって９１３６を分析する。
【０３４３】
この方法は、９１３６配列とデータベース配列との間の配列同一性を評価する方法を包含し得る。この方法は、第２の位置の（例えば、インターネットを通じて）データベースにアクセスすることによって実施され得る。好ましいデータベースとしては、ＧｅｎＢａｎｋＴＭおよびＳｗｉｓｓＰｒｏｔが挙げられる。
【０３４４】
別の局面において、本発明は、例えば、ＳＮＰを同定するのにまたは９１３６の特定の対立遺伝子を同定するのに有用なオリゴヌクレオチドのセットを特徴とする。このセットは、複数のオリゴヌクレオチドを含み、それらの各々は、尋問位置（ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｉｏｎ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ）（例えば、ＳＮＰまたは変異部位）に異なるヌクレオチドを有する。好ましい実施形態において、複数のオリゴヌクレオチドは、互いに配列において同一である（長さの差を除く）。オリゴヌクレオチドには、異なる標識が提供され得、その結果、１つの対立遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、第２の対立遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと識別可能なシグナルを提供する。
【０３４５】
９１３６分子の配列は、その使用を容易にするため、種々の媒体において提供される。配列は、単離された核酸分子またはアミノ酸分子ではなく、９１３６分子を含む製品として提供され得る。このような製品は、天然で存在するようにまたは精製された形態で、ヌクレオチド配列もしくはアミノ酸配列、またはそのサブセットを試験するのに直接的に適用可能でない手段を用いる製品の試験を可能にする形式で、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列（例えば、オープンリーディングフレーム）を提供し得る。
【０３４６】
９１３６ヌクレオチド配列または９１３６アミノ酸配列は、コンピュータ読み取り可能媒体に記録され得る。本明細書中で使用する場合、「コンピュータ読み取り可能媒体」は、コンピュータによって直接読み取りおよびアクセス可能な任意の媒体をいう。このような媒体としては、磁気記録媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク記録媒体、および磁気テープ）；光学記録媒体（例えば、コンパクトディスクおよびＣＤ−ＲＯＭ）；電子記録媒体（例えば、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭなど）；ならびに一般的なハードディスクおよびこれらのカテゴリーのハイブリッド（例えば、磁気／光学記録媒体）が挙げられるがこれらに限定されない。媒体は、その中に、本発明の９１３６配列情報を有するよう適合または構成される。
【０３４７】
本明細書中で使用される場合、用語「電子装置」は、データもしくは情報を記録するために構成もしくは適合された他のデバイスの任意の適切な計算装置もしくは処理装置を包含するように意図される。本発明における使用に適切な電子装置の例としては、独立型計算装置；ネットワーク（ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）インターネット、イントラネット、およびエクストラネット（Ｅｘｔｒａｎｅｔ）を含む）；電子アプライアンス（例えば、パーソナルディジタルアシスタント（ＰＤＡ）、携帯電話、ポケットベルなど）；ならびにローカル処理システムおよび分散処理システムが挙げられる。
【０３４８】
本明細書中で使用される場合、「記録される」とは、電子装置読取り可能媒体へと情報を記憶またはコードするためのプロセスをいう。当業者は、公知の媒体に情報を記録して９１３６配列情報を含む製造品を作製するために現在公知の方法のいずれかを容易に採用し得る。
【０３４９】
本発明の９１３６ヌクレオチド配列または９１３６アミノ酸配列が記録されたコンピュータ読取り可能な媒体を作製するために、種々のデータ保存構造体が、当業者に利用可能である。データ保存構造体の選択は、一般に、記憶された情報にアクセスするために選択される手段に基づく。さらに、種々のデータ処理プログラムおよび形式を用いて、本発明のヌクレオチド配列情報をコンピュータ読取り可能媒体に記憶し得る。この配列情報は、ワード処理テキストファイルで表されてもよく、市販のソフトウェア（例えば、ＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｗｏｒｄ）の形式にされてもよく、またはデータベースアプリケーション（例えば、ＤＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅなど）に記憶されたＡＳＣＩＩファイル形式で表されてもよい。当業者は、多数のデータ処理装置構造形式（例えば、テキストファイルまたはデータベース）を容易に採用して、本発明のヌクレオチド配列情報が記録されたコンピュータ読取り可能な媒体を作製し得る。
【０３５０】
本発明の９１３６ヌクレオチド配列または９１３６アミノ酸の配列をコンピュータ読取り可能な形式で提供することによって、当業者は、種々の目的でその配列情報に慣用的にアクセスし得る。例えば、当業者は、本発明のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列をコンピュータ読取り可能な形式で用いて、標的配列または標的構造モチーフと、データ記憶手段内に記憶された配列情報とを比較し得る。検索を用いて、特定の標的配列または標的モチーフと一致する、本発明の配列のフラグメントまたは領域を同定する。
【０３５１】
それゆえ、本発明は、被験体がアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害を有するか否か、あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に対する素因を有するか否かを決定するための方法を実施するための指示書を保持するための媒体を提供し、ここで、この方法は、その被験体に関連した９１３６配列情報を決定し、そしてこの９１３６配列情報に基づいて、この被験体が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害を有するか否かを決定する工程、ならびに／あるいはその疾患、障害または疾患前状態について特定の処置を推奨する工程を包含する。
【０３５２】
本発明はさらに、電子システムおよび／またはネットワークにおいて、被験体が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害あるいは９１３６に関連した疾患に対する素因を有するか否かを決定するための方法を提供し、ここで、この方法は、その被験体に関連した９１３６配列情報を決定し、そしてこの９１３６配列情報に基づいて、この被験体が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害を有するか否か、あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に対する素因を有するか否かを決定する工程、ならびに／あるいはその疾患、障害または疾患前状態について特定の処置を推奨する工程を包含する。この方法はさらに、その被験体に関連した表現型情報を受け取る工程、および／またはネットワークから、その被験体に関連した表現型情報を獲得する工程を含み得る。
【０３５３】
本発明はまた、ネットワークにおいて、被験体が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害を有するか否か、あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害に対する素因または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に対する素因を有するか否かを決定するための方法を提供し、この方法は、９１３６配列情報をこの被験体および／またはそれに関連した情報から受け取る工程、この被験体に関連した表現型情報を受け取る工程、このネットワークから、９１３６に対応する情報および／あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に対応する情報を獲得する工程、ならびにこの表現型情報、９１３６情報（例えば、配列情報および／またはそれに関連した情報）、および獲得された情報のうちの１以上に基づいて、この被験体が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害を有するか否か、あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害に対する素因または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に対する素因を有するか否かを決定する工程を包含する。この方法は、この疾患、障害または疾患前状態について特定の処置を推奨する工程をさらに包含し得る。
【０３５４】
本発明はまた、被験体が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害、あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害に対する素因または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に対する素因を有するか否かを決定するためのビジネス方法を提供し、この方法は、９１３６に関連する情報（例えば、配列情報および／またはそれに関連した情報）を受け取る工程、この被験体に関連した表現型情報を受け取る工程、このネットワークから、９１３６に関連した情報および／あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に関連した情報を獲得する工程、ならびに、表現型情報、９１３６情報、および獲得した情報のうちの１以上に基づいて、この被験体が、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害、あるいはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害に対する素因または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に対する素因を有するか否かを決定する工程を包含する。この方法は、この疾患、障害または疾患前状態について特定の処置を推奨する工程をさらに包含し得る。
【０３５５】
本発明はまた、本発明の９１３６配列を含むアレイを包含する。このアレイを用いて、このアレイにおける１以上の遺伝子の発現をアッセイし得る。１つの実施形態では、このアレイを用いて、組織における遺伝子発現をアッセイして、このアレイにおける遺伝子の組織特異性を確認し得る。このようにして、約７６００個までの遺伝子が、発現について同時にアッセイされ得、これらのうちの１つが９１３６であり得る。これは、１以上の組織において特異的に発現される一連の遺伝子を示すプロファイルが開発されることを可能にする。このような定性的情報に加えて、本発明は、遺伝子発現の定量を可能にする。従って、組織特異性だけでなく、組織中での一連の遺伝子の発現レベルも確認され得る。従って、遺伝子は、それらの組織発現自体およびその組織における発現レベルに基づいてグループ分けされ得る。これは、例えば、その組織内での遺伝子発現の関連を確認する際に有用である。従って、１つの組織は、混乱され得、そして第２の組織における遺伝子発現に対する影響が決定され得る。これに関連して、生物学的刺激に応答した、１つの細胞型の別の細胞型への影響が決定され得る。これに関連して、生物学的刺激に応答した、１つの細胞型の別の細胞型への影響が決定され得る。このような決定は、遺伝子発現のレベルで、例えば、細胞−細胞相互作用の影響を知るために有用である。薬剤が１つの細胞型を処置するために治療的に投与されるが、別の細胞型に対して望ましくない影響を有する場合、本発明は、望ましくない影響の分子的基礎を決定するためのアッセイを提供し、従って、中和剤を同時投与するかまたは他のようにして望ましくない影響を処理する機会を提供する。同様に、単一の細胞型内でさえ、望ましくない生物学的影響が、分子レベルで決定され得る。従って、標的遺伝子以外の発現に対する薬剤の影響が確認および中和され得る。
【０３５６】
別の実施形態では、このアレイを用いて、このアレイ中の１以上の遺伝子の発現の時間経過をモニタリングし得る。これは、例えば、本明細書中に開示されるような、種々の生物学的状況（例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害の発症、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患もしくはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害の進行、およびプロセス（例えば、アルデヒドデヒドロゲナーゼ関連疾患またはアルデヒドデヒドロゲナーゼ関連障害または別の９１３６関連疾患もしくは別の９１３６関連障害に関連した細胞形質転換））において生じ得る。
【０３５７】
このアレイはまた、同じ細胞または異なる細胞における他の遺伝子発現に対するその遺伝子発現の影響を確認するため（例えば、他の遺伝子発現に対する９１３６発現の影響を確認するため）に有用である。これは、例えば、最終的または下流の標的が調節できない場合、治療介入のための代替の分子標的の選択を提供する。
【０３５８】
このアレイはまた、正常細胞および異常細胞における１以上の遺伝子の差示的発現パターンを確認するために有用である。これは、診断または治療介入のための分子標的として役立ち得る一連の遺伝子（例えば、９１３６を含む）を提供する。
【０３５９】
本明細書中で使用される場合、「標的配列」は、６以上のヌクレオチドまたは２以上のアミノ酸の、任意のＤＮＡ配列またはアミノ酸配列であり得る。当業者は、標的配列が長いほど、標的配列がそのデータベース中のランダムな出現として存在する可能性が低いことを容易に認識する。標的配列の代表的な配列長は、約１０〜１００アミノ酸または約３０〜３００ヌクレオチド残基である。しかし、商業的に重要なフラグメント（遺伝子発現およびタンパク質プロセシングに関連する配列フラグメントなど）は、より短い長さのものであり得ることが十分理解される。
【０３６０】
他の配列の分析および他の配列との比較のために、コンピューター読み取り可能媒体に提供された配列情報に当業者がアクセスすることを可能にするコンピューターソフトウェアが、公に利用可能である。種々の公知のアルゴリズムが、公に開示されており、そして検索手段を実行するための種々の市販されているソフトウェアが、本発明のコンピューターベースのシステムで使用され得る。このようなソフトウェアの例としては、ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（ＥＭＢＬ）、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３６１】
従って、本発明は、９１３６配列の配列のコンピューター読み取り可能な記録を行う方法を特徴とし、この方法は、コンピューター読み取り可能なマトリクスに配列を記録させる工程を包含する。好ましい実施形態において、この記録は、以下の１つ以上を含む：ＯＲＦの同定；ドメイン、領域、または部位の同定；転写の開始の同定；転写ターミネーターの同定；タンパク質の全長アミノ酸配列、またはそれらの成熟形態の同定；翻訳領域の５’末端。
【０３６２】
別の局面において、本発明は、配列を分析する方法を特徴とする。この方法は、９１３６配列、または記録を、コンピュータ読み取り可能な形態で提供する工程；第二の配列を９１３６配列と比較する工程；それによって、配列を分析する工程、を包含する、比較は、配列同一性について配列を比較する工程、または１つの配列が他の配列内に含まれるか否かを決定する工程（例えば、比較される配列を９１３６配列が含むか否かを決定する工程）を包含し得る。好ましい実施形態において、９１３６配列または第二の配列は、例えば、第一のサイトにて、第一のコンピューターに記憶され、そして比較が行なわれ、読み取られるか、または例えば、第二のサイトにて、第二のコンピューターに記憶される。例えば、９１３６配列または第二の配列は、１つのコンピューターにおいて、公的なデータベースまたは特許データベースに記録され得、そして比較の結果が行われ、読み取られるか、または第二のコンピューターに記憶される。好ましい実施形態において、この記録は、以下の１つ以上を含む：ＯＲＦの同定；ドメイン、領域、または部位の同定；転写の開始の同定；転写ターミネーターの同定；タンパク質の全長アミノ酸配列、またはその成熟形態；翻訳領域の５’末端。本発明は、以下の例示によってさらに説明される。この例示は、限定するものとして解釈されるべきではない。
【０３６３】
（例示）
（遺伝子発現分析）
総ＲＮＡを、製造業者（ＴｅｌＴｅｓｔ，Ｉｎｃ．）の指示に従ってＲＮＡ  ＳＴＡＴ−６０を使用して、単一工程の抽出法によって、種々のヒト組織から調製した。各ＲＮＡ調製物を、３７℃で１時間にわたって、ＤＮａｓｅ  Ｉ（Ａｍｂｉｏｎ）で処理した。内部アンプリコン参照物としてβ−２ミクログロブリンを使用して、蛍光の閾値レベルに到達するために、サンプルが少なくとも３８サイクルのＰＣＲ増幅を必要とした場合に、ＤＮａｓｅ  Ｉ処理が完了したと決定した。ＤＮａｓｅ  Ｉ処理後のＲＮＡサンプルの完全性を、アガロースゲル電気泳動およびエチジウムブロマイド染色によって確認した。フェノール抽出後、ｃＤＮＡを、製造業者（ＧｉｂｃｏＢＲＬ）の指示に従ってＳＵＰＥＲＳＣＲＩＰＴＴＭ  Ｃｈｏｉｃｅ  Ｓｙｓｔｅｍを使用して、サンプルから調製した。逆転写酵素を含まないネガティブコントロールのＲＮＡが、各ＲＮＡサンプルについての逆転写されたモックであった。
【０３６４】
ヒト９１３６発現を、種々の正常ヒト組織または正常細胞株および疾患（例えば、癌性の）ヒト組織または疾患細胞株から調製されたｃＤＮＡにおいて、ＴａｑＭａｎ（登録商標）定量的ＰＣＲ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）によって測定した。プローブを、ヒト９１３６遺伝子の配列に基づいて、ＰｒｉｍｅｒＥｘｐｒｅｓｓソフトウェア（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）によって設計した。各ヒト９１３６遺伝子プローブを、ＦＡＭ（６−カルボキシフルオレセイン）を使用して標識し、そしてβ２−ミクログロブリン参照プローブを、異なる蛍光色素ＶＩＣで標識した。従って、標的遺伝子および内部参照遺伝子の差示的標識化は、同じウェル中での測定を可能にした。β２−ミクログロブリンおよび標的遺伝子の両方についての順方向および逆方向のプライマーおよびプローブを、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に添加した。プライマーおよびプローブの最終濃度は異なり得るが、各々が、所定の実験内では内的に一貫していた。代表的な実験は、２００ｎＭの順方向および逆方向のプライマー＋β−２ミクログロブリンについてのプローブ１００ｎＭ、ならびに６００ｎＭの順方向および逆方向のプライマー＋標的遺伝子についてのプローブ２００ｎＭを含んだ。ＴａｑＭａｎマトリックス実験を、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７７００  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で実施した。サーマルサイクラーの条件は、以下の通りであった：５０℃で２分間、そして９５℃で１０分間維持、次いで（９５℃で１５秒間次いで６０℃で１分間）×４０サイクルの、２工程ＰＣＲ。
【０３６５】
以下の方法を使用して、同じ組織中のβ−２ミクログロブリン発現と比較して、種々の組織においてヒト９１３６遺伝子の発現を定量的に計算した。閾値サイクル（Ｃｔ）値を、蛍光における統計的に有意な増加が検出されるサイクルとして定義する。より低いＣｔ値は、より高いｍＲＮＡ濃度を示す。ヒト９１３６遺伝子のＣｔ値を、β−２ミクログロブリン遺伝子のＣｔ値を差し引くことによって正規化し、以下の式を使用してΔＣｔ値を得る：  ΔＣｔ＝Ｃｔヒト５９９１４および５９９２１−Ｃｔβ−２ミクログロブリン。次いで、発現を、比較的低いレベルのヒト９１３６遺伝子の発現を示すｃＤＮＡサンプルに対して較正する。次いで、較正サンプルについてのΔＣｔ値を、以下の式に従って、各組織サンプルについてのΔＣｔから差し引く：ΔΔＣｔ＝ΔＣｔ−サンプル−ΔＣｔ−較正。次いで、相対的な発現を、２−ΔΔＣｔによって与えられる演算式を使用して計算する。次いで、試験した各組織中の標的ヒト９１３６遺伝子の発現を、以下により詳細に考察されるように、グラフにより示す。
【０３６６】
この結果は、正常組織における広い範囲の発現を示し、前立腺において、最も高い発現レベルを示す（表１）。ＴａｑＭａｎ分析フェーズＩＩはまた、正常コントロールと比較した場合に、６つの肺腫瘍サンプルのうちの５つにおける、増加した発現を明らかにする（表２）。さらに、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）分析は、発現が、正常肺上皮と悪性肺上皮との両方において見られることを示す（表３）。強力な染色のしみ（ｐａｔｃｈ）は、腫瘍上皮において存在し、これは、正常肺には存在しない。ＩＳＨ研究はまた、９１３６との腫瘍特異的間質ハイブリダイゼーションの存在を明らかにする。
【０３６７】
（表１．正常組織における９１３６の発現−フェーズＩ  ＴａｑＭａｎ分析）
【０３６８】
【表１−１】
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【０３６９】
【表１−２】
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【０３７０】
（表２．臨床的腫瘍サンプルにおける９１３６の発現−フェーズＩＩ  ＴａｑＭａｎ分析）
【０３７１】
【表２−１】
2005508167.tif 000004
【０３７２】
【表２−２】
2005508167.tif 000005
【０３７３】
（表３．９１３６に対するＩＳＲＨ結果の要約）
【０３７４】
【表３−１】
2005508167.tif 000006
【０３７５】
【表３−２】
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【０３７６】
さらに、ｐ５３発現の導入を伴うか伴わない、９１３６発現レベルの研究を、種々の癌細胞株で行った。ｐ５３腫瘍サプレッサー遺伝子は、何年もの間熱心な研究の目的であった。転写活性において十分に定義されたその役割に加えて、ｐ５３はまた、細胞増殖に関する多数の遺伝子の転写を抑制するように作用し得る（Ｂａｄｉｅ  Ｃ．ら（２０００）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．，２０（７），２３５８；Ｚｈａｏ  Ｒ．ら（２０００）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．，１４：９８１）。ｐ５３発現を、ｐ５３タンパク質（ＮＣＩ−Ｈ１２５細胞）に対してヌル（ｎｕｌｌ）である肺腫瘍細胞株に導入し、そして同定された遺伝子が細胞形質転換のプロセスに寄与し得る仮定において、ｐ５３によって下方制御された遺伝子が同定された。これらの同定された遺伝子の１つが９１３６（これは以前にヒトＡＬＤＨ６遺伝子であると言及された）である。この研究は、ｐ５３発現が細胞に再導入された複数の試験において、９１３６がｐ５３ヌル肺腺扁平上皮癌細胞株（ＮＣＩ−Ｈ１２５）において下方制御されたことを示した（表４および５）。９１３６はまた、広域スペクトルの神経ペプチド−レセプターインヒビターで処理した際、複数の小細胞癌細胞株において下方制御された。ＮＣＩ−Ｈ３４５細胞およびＮＣＩ−Ｈ６９細胞についての対応する実験データを、それぞれ、表６および７に示す。ＡＬＤＨ６は、マウスオルソログを用いて行なわれた生化学的研究に基づいて、レチナールデヒドロゲナーゼであると予測される（Ｇｒｕｎ  Ｆ．ら（２０００）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７５（５２），４１２１０）。この酵素のクラスは、レチナールからレチン酸の変換を触媒する。多数のインビトロ実験に基づいて、レチン酸は、肺癌において化学予防（ｃｈｅｍｏｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）薬剤として機能し得ると示唆され、腫瘍形成について９１３６に対する役割との関係が悪化するようである。しかし、化学予防剤としてのレチン酸の２つの最も大きな臨床研究が、レチノイドを受ける患者対プラシーボコントロール研究に対して癌の発生率のマークされた増加に起因して、初期に停止された（Ｏｍｅｎｎ  Ｇ．Ｓ．，（２０００）Ｊ．Ｎａｔ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，９２（１２）：９５９）。臨床データの観点から、レチン酸は、それを阻害するよりむしろ腫瘍形成を実際に促進し得ることが非常に可能である。９１３６の調節が細胞増殖および細胞生存に関する実例の両方に起因して、９１３６の阻害は腫瘍細胞におけるこれらの臨床的活性の１つまたは両方を妥協すし得る。
【０３７７】
（表４．ＮＣＩ−Ｈ１２５細胞における９１３６の一過性ｐ５３発現）
【０３７８】
【表４】
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【０３７９】
（表５．ＮＣＩ−Ｈ１２５細胞におけるｐ５３ＥＲの誘導発現）
【０３８０】
【表５−１】
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【０３８１】
【表５−２】
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【０３８２】
（表６．神経ペプチドレセプターアンタゴニスト（ＳＰＡ）処理でのＮＣＩ−Ｈ３４５細胞にける９１３６の下方制御）
【０３８３】
【表６】
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【０３８４】
（表７．神経ペプチドレセプターアンタゴニスト（ＳＰＡ）処理でのＮＣＩ−Ｈ６９細胞における９１３６の下方制御）
【０３８５】
【表７】
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【０３８６】
本出願の全体にわたって引用された全ての参考文献、特許および公開された特許出願は、本明細書中に参考として援用される。
【０３８７】
（等価物）
当業者は、本明細書に記載される本発明の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するか、または日常的な実験を使用して確認し得る。
【図面の簡単な説明】
【０３８８】
【図１Ａ】図１は、ヒト９１３６のｃＤＮＡ配列（配列番号１）および予測アミノ酸配列（配列番号２）を示す。ヒト９１３６のメチオニン開始オープンリーディングフレーム（配列番号１の５’側および３’側の非翻訳領域を含まない）もまた、配列番号３のコード配列として示される。
【図１Ｂ】図１は、ヒト９１３６のｃＤＮＡ配列（配列番号１）および予測アミノ酸配列（配列番号２）を示す。ヒト９１３６のメチオニン開始オープンリーディングフレーム（配列番号１の５’側および３’側の非翻訳領域を含まない）もまた、配列番号３のコード配列として示される。
【図１Ｃ】図１は、ヒト９１３６のｃＤＮＡ配列（配列番号１）および予測アミノ酸配列（配列番号２）を示す。ヒト９１３６のメチオニン開始オープンリーディングフレーム（配列番号１の５’側および３’側の非翻訳領域を含まない）もまた、配列番号３のコード配列として示される。
【図２】図２は、ヒト９１３６のヒドロパシープロットを示す。比較的疎水的な残基は、破線の水平線より上に示され、そして、比較的親水的な残基は、破線の水平線より下に示される。システイン残基（Ｃｙｓ）およびＮ−グリコシル化部位（Ｎｇｌｙ）は、ヒドロパシー線よりすぐ下の、短い垂線によって示される。非細胞質（ｏｕｔ）ドメイン、膜貫通（ＴＭ）ドメイン、および細胞質（ｉｎｓ）ドメインは、システイン残基およびＮ−グリコシル化部位の垂線より下の灰色の実線により示される。ヒト９１３６のアミノ酸配列に対応する数が、示される。本発明のポリペプチドは、以下を含むフラグメントを含む：疎水性配列の全部または一部（例えば、破線より上の配列）；親水性配列の全部または一部（例えば、破線より下の配列）；Ｃｙｓ、またはＮ−グリコシル化部位を含む配列。
【図３】図３は、ＰＦＡＭ（登録番号ＰＦ００１７１）からの、隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）由来のコンセンサスアミノ酸配列を有する、ヒト９１３６のアルデヒドデヒドロゲナーゼドメインのアライメントを示す。上方の配列は、コンセンサスアミノ酸配列（配列番号４）であり、一方、下方のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸３９〜５０７に対応する。
【図４】図４は、ＰｒｏＤｏｍａｉｎデータベース由来のドメインのコンセンサスアミノ酸配列を有するヒトＤＨＡ６ドメインを有するヒト９１３６タンパク質配列のＢＬＡＳＴアライメントを示す（「ＤＥＨＹＤＲＯＧＥＮＡＳＥ  ＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＯＸＩＤＯＲＥＤＵＣＴＡＳＥ  ＮＡＤ  ＣＯＭＰＬＥＴＥ  ＰＲＯＴＥＯＭＥ  ＳＥＭＩＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＮＡＤＰ  ＣＬＡＳＳ  ＴＲＡＮＳＩＴ」；登録番号ＰＤ０００３７８；２００１年２月のＰｒｏＤｏｍａｉｎリリース；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ．ｈｔｍｌ）。下方配列は、アミノ酸ＰＤ０００３７８コンセンサス配列（配列番号５）のアミノ酸残基３５〜１０４であり、一方、上方のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸残基３５〜１０４に対応する。
【図５】図５は、ＰｒｏＤｏｍａｉｎデータベース由来のドメインのコンセンサスアミノ酸配列を有するヒトＤＨＡ６ドメインを有するヒト９１３６タンパク質配列のＢＬＡＳＴアライメントを示す（「ＤＥＨＹＤＲＯＧＥＮＡＳＥ  ＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＯＸＩＤＯＲＥＤＵＣＴＡＳＥ  ＮＡＤ  ＣＬＡＳＳ  ＡＬＤＨ  ＢＥＴＡＩＮＥ  ＰＲＯＴＥＯＭＥ  ＣＯＭＰＬＥＴＥ  ＰＥＰＴＩＤＥ」；登録番号ＰＤ２１８５０１）。下方配列は、６７のアミノ酸ＰＤ２１８５０１コンセンサス配列（配列番号６）のアミノ酸残基１０６〜１７２であり、一方、上方のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸残基１０６〜１７２に対応する。
【図６】図６は、ＰｒｏＤｏｍａｉｎデータベース由来のドメインのコンセンサスアミノ酸配列を有するヒトＤＨＡ６ドメインを有するヒト９１３６タンパク質配列のＢＬＡＳＴアライメントを示す（「ＤＥＨＹＤＲＯＧＥＮＡＳＥ  ＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＯＸＩＤＯＲＥＤＵＣＴＡＳＥ  ＰＲＯＴＥＯＭＥ  ＣＯＭＰＬＥＴＥ  ＮＡＤ  ＳＥＭＩＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＮＡＤＰ  ＧＡＭＭＡ−ＧＬＵＴＡＭＹＬ  ＰＨＯＳＰＨＡＴＥ」；登録番号ＰＤ０００２１８）。下方配列は、１１４のアミノ酸ＰＤ０００２１８コンセンサス配列（配列番号７）のアミノ酸残基２３５〜３４８であり、一方、上方のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸残基２３５〜３４８に対応する。
【図７】図７は、ＰｒｏＤｏｍａｉｎデータベース由来のドメインのコンセンサスアミノ酸配列を有するヒトＤＨＡ６ドメインを有するヒト９１３６タンパク質配列のＢＬＡＳＴアライメントを示す（「ＤＥＨＹＤＲＯＧＥＮＡＳＥ  ＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＯＸＩＤＯＲＥＤＵＣＴＡＳＥ  ＮＡＤ  ＣＯＭＰＬＥＴＥ  ＰＲＯＴＥＯＭＥ  ＣＬＡＳＳ  ＡＬＤＨ  ＰＲＥＣＵＲＳＯＲ  ＰＥＰＴＩＤＥ」；登録番号ＰＤ４０７７８６）。下方配列は、６２のアミノ酸ＰＤ４０７７８６コンセンサス配列（配列番号８）のアミノ酸残基３５３〜４１４であり、一方、上方のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸残基３５３〜４１４に対応する。
【図８】図８は、ＰｒｏＤｏｍａｉｎデータベース由来のドメインのコンセンサスアミノ酸配列を有するヒトＤＨＡ６ドメインを有するヒト９１３６タンパク質配列のＢＬＡＳＴアライメントを示す（「ＤＥＨＹＤＲＯＧＥＮＡＳＥ  ＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＯＸＩＤＯＲＥＤＵＣＴＡＳＥ  ＮＡＤ  ＰＲＯＴＥＯＭＥ  ＣＯＭＰＬＥＴＥ  ＳＥＭＩＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＮＡＤＰ  ＣＬＡＳＳ  ＡＬＤＨ」；登録番号ＰＤ２８４６６８）。下方配列は、８１のアミノ酸ＰＤ２８４６６８コンセンサス配列（配列番号９）のアミノ酸残基４２３〜５０３であり、一方、上方のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸残基４２３〜５０３に対応する。
【図９】図９は、ＰｒｏＤｏｍａｉｎデータベース由来のドメインのコンセンサスアミノ酸配列を有するヒナＱ９ＤＤ４６ドメインを有するヒト９１３６タンパク質配列のＢＬＡＳＴアライメントを示す（「ＤＥＨＹＤＲＯＧＥＮＡＳＥ  ＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＯＸＩＤＯＲＥＤＵＣＴＡＳＥ  ＮＡＤ  ＰＲＯＴＥＯＭＥ  ＣＯＭＰＬＥＴＥ  ＳＥＭＩＡＬＤＥＨＹＤＥ  ＮＡＤＰ  ＣＬＡＳＳ  ＡＬＤＨ」；登録番号ＰＤ３３４８９９）。下方配列は、３９のアミノ酸ＰＤ３３４８９９コンセンサス配列（配列番号１０）のアミノ酸残基１７３〜２１１であり、一方、上方のアミノ酸配列は、配列番号２のアミノ酸残基１７３〜２１１に対応する。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図４】
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【図５】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図３】
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【図６】
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【国際公開パンフレット】
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2005508167.tif 000159
【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
2005508167.tif 000160
【国際調査報告】
2005508167.tif 000161
2005508167.tif 000162