(57)【要約】本発明は、あらゆるＰＴＬＶ株又はＰＴＬＶ関連ウイルスを検出する方法を実施するための、たとえば、新規のＰＴＬＶ変異体又はＰＴＬＶのＳＵに関連する配列を含むウイルスを検出するための、ＰＴＬＶウイルスのエンベロープタンパク質の表面成分（ＳＵ）のアミノ末端領域をコードするヌクレオチド配列に由来するオリゴヌクレオチドの使用に関する。本発明はまた、前記検出方法を実施するために使用されるプライマー対及びこうして検出される新規ＰＴＬＶ変異体に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトではＨＴＬＶ、サルではＳＴＬＶとも呼ばれ、呼称、ＰＴＬＶのもとにまとめられる霊長類におけるＴリンパ腫／白血病のウイルスのエンベロープタンパク質の表面成分（ＳＵ）のアミノ末端領域、すなわち、ＰＴＬＶの異なった株又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を持つウイルスのエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によりＮ末端側で、そして２３０〜２４５位に位置するアミノ酸によりＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片に相当する領域をコードするヌクレオチド配列を起源とする５’方向及び３’方向における縮重オリゴヌクレオチド対の、
ＰＴＬＶの任意の株、すなわち、ＰＴＬＶに属する任意の株と同様にＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、ＳＴＬＶ−１、ＳＴＬＶ−２及びＳＴＬＶ−３に属する任意の株、すなわち、ＳＵのアミノ末端領域をコードするヌクレオチド配列から推論するそのアミノ酸配列がＰＴＬＶにおいて相当するヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列と少なくともおよそ３０％程度の相同性を有する任意の株を検出するための、特に、ＰＴＬＶの新規変異体又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスを検出するための方法の実施のための縮重ヌクレオチド対の使用であって、前記方法が、ＰＴＬＶを含有することが可能な生体試料から出発し、前述の縮重５’及び３’オリゴヌクレオチドをプライマーとして使用し、５’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより５’位で、かつ３’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより３’位で範囲決定されるヌクレオチド断片の多数のコピーを増幅する段階、及び前述の増幅されたヌクレオチド断片から生体試料において含有されるＰＴＬＶの株を同定する段階を含む、縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項２】
縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質のような、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片をコードするヌクレオチド配列を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含むものから、前記オリゴヌクレオチドが選択されることを特徴とし、前記縮重オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のおよそ５〜１０アミノ酸の決定された領域をコードする配列を起源とするオリゴヌクレオチドと、各オリゴヌクレオチドが、上述のＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又はＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又はＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質のような、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質断片を起源として上述の決定された領域をコードすることが可能であるように、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるオリゴヌクレオチドとの混合物を含む、請求項１に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項３】
配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８０〜２４５位、さらに特に８３〜２４１位に位置するアミノ酸により範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０アミノ酸のポリペプチド断片をコードするヌクレオチド配列を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む、請求項１又は２に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項４】
ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片８３〜８８、１４０〜１４５、２２２〜２２８及び２３７〜２４１、すなわち、以下の断片
【表１】
2005538696.tif 000087
をコードするヌクレオチド配列を起源とする、請求項１〜３の１項に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項５】
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、８３〜８８をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、たとえば、以下の式（Ｉ）
【表２】
2005538696.tif 000088
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＢはＣ、Ｇ、又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表３】
2005538696.tif 000089
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、以下の式（ＩＩ）
【表４】
2005538696.tif 000090
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表５】
2005538696.tif 000091
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択される請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６】
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、以下の式（ＩＩＩ）
【表６】
2005538696.tif 000092
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表７】
2005538696.tif 000093
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、２２２〜２２８をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、たとえば、以下の式（ＩＶ）
【表８】
2005538696.tif 000094
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＭはＡ又はＣを表し、ＳはＣ又はＧを表し、ＷはＡ又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表９】
2005538696.tif 000095
（式中、Ｒ、Ｍ、Ｓ、Ｗ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片２３７〜２４１をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、たとえば、以下の式（Ｖ）
【表１０】
2005538696.tif 000096
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１１】
2005538696.tif 000097
（式中、Ｒ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択される請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項７】
縮重５’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（＋）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする５’オリゴヌクレオチドと、ＰＴＬＶ−１の異なった株のエンベロープタンパク質７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５〜１５０位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１４５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする５’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記５’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
縮重３’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（−）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする３’オリゴヌクレオチドと、ＨＴＬＶ−１の異なった株のエンベロープタンパク質１２５〜１４５位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の１４０位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、２４１位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする３’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記３’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
前記前述の５’プライマー及び３’プライマーが互いに相補的ではありえないことが理解されるような方法で選択される縮重オリゴヌクレオチド対の、請求項１〜６のいずれか１項に記載の使用。
【請求項８】
縮重５’オリゴヌクレオチドが、請求項５に記載の式（Ｉ）及び（ＩＩ）の５’オリゴヌクレオチドから選択され、縮重３’オリゴヌクレオチドが請求項６に記載の式（ＩＩＩ）〜（Ｖ）の３’オリゴヌクレオチドから選択されることを特徴とする請求項１〜７のいずれか１項に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項９】
ＰＴＬＶのＤＮＡを含有することが可能な生体試料から出発し、配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３９位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列を含む、あるいは、たとえば、配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の８５位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３のエンベロープタンパク質の８８位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１４４位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列のようなＨＴＬＶ−１以外のＰＴＬＶの株のエンベロープタンパク質に含まれる類似配列を含むタンパク質断片をコードするヌクレオチド配列の増幅をオリゴヌクレオチドが可能とするように前記オリゴヌクレオチドが選択される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項１０】
縮重５’オリゴヌクレオチドが、請求項５に記載の式（Ｉ）の５’オリゴヌクレオチドから選択され、縮重３’オリゴヌクレオチドが請求項６に記載の式（ＩＩＩ）〜（Ｖ）の３’オリゴヌクレオチドから選択されることを特徴とする請求項９に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項１１】
縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【表１２】
2005538696.tif 000098
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは請求項５に記載の通りである）
のものであり、縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（ＩＩＩ）
【表１３】
2005538696.tif 000099
（式中、Ｙ及びＮは請求項６に記載の通りである）
のものであることを特徴とする請求項９又は１０に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の使用。
【請求項１２】
請求項１〜６のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片８３〜８８をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｉ）
【表１４】
2005538696.tif 000100
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＢはＣ、Ｇ、又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１５】
2005538696.tif 000101
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩ）
【表１６】
2005538696.tif 000102
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１７】
2005538696.tif 000103
（式中、Ｙ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩＩ）
【表１８】
2005538696.tif 000104
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表１９】
2005538696.tif 000105
（式中、Ｙ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片２２２〜２２８をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＶ）
【表２０】
2005538696.tif 000106
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＭはＡ又はＣを表し、ＳはＣ又はＧを表し、ＷはＡ又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表２１】
2005538696.tif 000107
（式中、Ｒ、Ｍ、Ｓ及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
＊ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片２３７〜２４１をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向における縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｖ）
【表２２】
2005538696.tif 000108
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）のものから選択され、
たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【表２３】
2005538696.tif 000109
（式中、Ｒ及びＮは上記に記載の通りである）から選択される
請求項１２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１４】
ＰＴＬＶの任意の株、すなわち、ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、ＳＴＬＶ−１、ＳＴＬＶ−２及びＳＴＬＶ−３に属する任意の株、ならびに請求項１に記載のＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスの任意の株を検出する方法であって、
−請求項１〜１３のいずれか１項に記載の縮重５’及び３’のオリゴヌクレオチド対を、上記に記載のＰＴＬＶを含有することが可能である生体試料（たとえば、血液細胞、骨髄、生検、特に、皮膚又はその他の臓器の生検、又は塗抹標本）の内容物のゲノムＤＮＡ又はＲＮＡ抽出物に由来する相補的ＤＮＡに接触させること；
−請求項１又は９に記載のＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の断片をコードするＤＮＡ断片の増幅；
−前の段階で増幅されたＤＮＡ断片の検出を含み、この検出が前記生体試料において上記に記載のＰＴＬＶの検出と相関し、適宜、その同定と相関することができることを特徴とする方法。
【請求項１５】
増幅段階が２つの増幅反応の実施を含み、第２の反応が、第１の反応の範囲内にて得られた産物の試料上で、第１の反応の場合と同じ５’オリゴヌクレオチドと第１の反応で用いたものと異なる３’オリゴヌクレオチド、すなわち、ＳＵをコードする配列の、第１の反応で用いた３’プライマーよりさらに上流に位置する領域とハイブリッド形成する、いわゆる「ネスト化」３’プライマーとを用いて行われることを特徴とする、請求項１４に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法。
【請求項１６】
−式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチド又は
式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（Ｖ）のオリゴヌクレオチド
又は式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチド／式（Ｖ）のオリゴヌクレオチドの対から選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第１の遺伝子増幅反応；
−及び、それぞれ、式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド又は
式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＩＩ又はＩＶ）のオリゴヌクレオチド
又は式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチドの対から選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いた前の段階で得られるＤＮＡ断片の多数コピーの第２の増幅段階；
−前の段階で増幅されたＤＮＡ断片の検出を含み、この検出が生体試料におけるＰＹＬＶの検出に相関することができ、適宜、その同定に相関することができることを特徴とする請求項１４又は１５に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法。
【請求項１７】
＊縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【表２４】
2005538696.tif 000110
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは請求項５に記載の通りである）のものであり、
＊縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｖ）
【表２５】
2005538696.tif 000111
（式中、Ｒ及びＮは請求項５に記載の通りである）のものであるように選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第１の遺伝子増幅反応；
＊縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【表２６】
2005538696.tif 000112
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは請求項５に記載の通りである）のものであり、
＊縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（ＩＩＩ）
【表２７】
2005538696.tif 000113
（式中、Ｙ及びＮは請求項５に記載の通りである）のものであるように選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第２の遺伝子増幅反応を含むことを特徴とする請求項１４〜１６にいずれか１項に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法。
【請求項１８】
請求項１〜１３のいずれか１項に記載のプライマー対を含み、ＰＣＲによる増幅反応の実施及び増幅された断片の検出に必要な試薬を適宜含むことを特徴とする請求項１４〜１７のいずれか１項に記載の検出方法の実施のためのキット。
【請求項１９】
たとえば、血液疾患、自己免疫疾患、炎症性疾患、変性疾患のような、ヒト又は動物におけるＰＴＬＶ又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスによる感染に連関する病態の診断への；
ヒト又は動物における新規の感染性物質、さらに詳しくは、ＰＴＬＶに分類されうるウイルス又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスの新規の株又は変異体のスクリーニング及び同定への；
たとえば、血液疾患、自己免疫疾患、変性疾患のような、ＰＴＬＶ又はその関連配列の存在もしくはＰＴＬＶによる感染に連関するヒト又は動物における病態の素因又は耐性を持つ遺伝子のスクリーニングへの；
こうして検出されたＰＴＬＶの新規変異体のエンベロープタンパク質の全配列又は部分配列を含む新規の治療剤のスクリーニング又は設計への；
こうして検出されたＰＴＬＶの新規変異体のエンベロープタンパク質の全配列又は部分配列の親和性特性を用いた新規の細胞治療用ベクターのスクリーニング又は設計への
請求項１４〜１７の１項に記載の検出方法の応用。
【請求項２０】
−以下の配列番号３１のペプチド配列、
【表２８】
2005538696.tif 000114
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、９４位のアルギニン（Ｒ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３０の配列
【表２９】
2005538696.tif 000115
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２８１位のＧ、３０２位のＣ及び３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＣ、Ｔ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３３のペプチド配列、
【表３０】
2005538696.tif 000116
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８９位のイソロイシン（Ｉ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるバリン（Ｖ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３２の配列
【表３１】
2005538696.tif 000117
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２６６位のＡ、３０２位のＣ及び３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＧ、Ｔ及びＡに置換される配列を含むようにされるエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３５のペプチド配列、
【表３２】
2005538696.tif 000118
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１０１位のセリン（Ｓ）残基が太字及び下線で示されるロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３４の配列
【表３３】
2005538696.tif 000119
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、３０２位のＣ、３３３位のＧ及び４０８位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＴ、Ａ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３７のペプチド配列、
【表３４】
2005538696.tif 000120
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１２７位のアラニン（Ａ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３６の配列
【表３５】
2005538696.tif 000121
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、３７９位のＧが太字及び下線で示されるＣに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３９のペプチド配列、
【表３６】
2005538696.tif 000122
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１４５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１００位のチロシン（Ｙ）残基及び１２５位のスレオニン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるヒスチジン（Ｈ）残基及びアラニン（Ａ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３８の配列
【表３７】
2005538696.tif 000123
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４３５位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２９８位のＴ、３７３位のＡ、４２６位のＴ、４２９位のＡ及び４３５位のＴがそれぞれ、太字及び下線で示されるＣ、Ｇ、Ｃ、Ｇ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当する
請求項１４〜１７のいずれか１項に記載の検出方法の実施によって得られるようなＨＴＬＶ−１型の変異体。
【請求項２１】
エンベロープタンパク質が、配列番号４１の以下のペプチド配列、
【表３８】
2005538696.tif 000124
すなわち、ＨＴＬＶ−２の原型ＮＲＡ株（Lee et al., Virology 196:57-69, 1993に記載、ジェンバンク受入番号Ｎｏ．２０７３４．１）のエンベロープタンパク質の８５〜１３５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、以下の残基８６位におけるリジン（Ｋ）、１１３位のシステイン（Ｃ）、１２２位のグリシン（Ｇ）、１２６位のセリン（Ｓ）及び１３０位のリジン（Ｋ）がそれぞれ、太字及び下線で示す以下の残基：アルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、アラニン（Ａ）、スレオニン（Ｔ）及びアスパラギン（Ｎ）で置換される配列を含むようにし、
エンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列が、以下の配列番号４０の配列、
【表３９】
2005538696.tif 000125
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２５３〜４０５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２５７位のＡ、２５８位のＧ、２６７位のＴ、２８２位のＡ、２９４位のＣ、３００位のＴ、３３３位のＡ、３３８位のＧ、３６５位のＧ、３７７位のＧ、３９０位のＧ及び３９６位のＣがそれぞれ、太字及び下線で示す、Ｇ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、Ｃ、Ｃ、Ｔ及びＴで置換される配列を含むようにすることを特徴とする請求項１４に記載の検出方法の実施によって得られるようなＨＴＬＶ−２型の変異体。
【請求項２２】
配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３、又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を持つウイルスのエンベロープタンパク質のようなＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間のアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド、あるいはＰＴＬＶの異なった株の前記エンベロープタンパク質の７５〜９０位の間のアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５〜１５０位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド。
【請求項２３】
−配列番号４３によって表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３又は８９位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３９又は１４５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
−配列番号４５によって表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の７９又は８５位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５又は１４１位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
−配列番号４７によって表されるＳＴＬＶ−３株のエンベロープタンパク質の８２又は８８位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３８又は１４４位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
から選択される請求項２２に記載のポリペプチド。
【請求項２４】
変異体が、以下の配列：
−ポリペプチド１（配列番号３１）
【表４０】
2005538696.tif 000126
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、９４位のアルギニン（Ｒ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド２（配列番号３３）
【表４１】
2005538696.tif 000127
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８９位のイソロイシン（Ｉ）残基及び１０１位のセリン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるバリン（Ｖ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド３（配列番号３５）
【表４２】
2005538696.tif 000128
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１０１位のセリン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド４（配列番号３７）
【表４３】
2005538696.tif 000129
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１２７位のアラニン（Ａ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド５（配列番号３９）
【表４４】
2005538696.tif 000130
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１４５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１００位のチロシン（Ｙ）残基及び１２５位のスレオニン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるヒスチジン（Ｈ）残基及びアラニン（Ａ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド６（配列番号４１）
【表４５】
2005538696.tif 000131
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の８５〜１３５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８６位のリジン（Ｋ）、１１３位のシステイン（Ｃ）、１２２位のグリシン（Ｇ）、１２６位のセリン（Ｓ）及び１３０位のリジン（Ｋ）がそれぞれ、太字及び下線で示されるアルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、アラニン（Ａ）、スレオニン（Ｔ）及びアスパラギン（Ｎ）残基に置換される配列；
を含むことを特徴とする、請求項１７〜２１に記載の、ＨＴＬＶ−１型〜ＨＴＬＶ−２型の変異体の、請求項１４に記載の検出方法の背景の範囲内で増幅されるＤＮＡ断片によってコードされるポリペプチド。
【請求項２５】
請求項２２〜２４のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードすることを特徴とする核酸。
【請求項２６】
以下のヌクレオチド配列：
−核酸１ａ（配列番号３０）
【表４６】
2005538696.tif 000132
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２８１位のＧ、３０２位のＣ、３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＣ、Ｔ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド１をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸２ａ（配列番号３２）
【表４７】
2005538696.tif 000133
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２６６位のＡ、３０２位のＣ、３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＧ、Ｔ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド２をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸３ａ（配列番号３４）
【表４８】
2005538696.tif 000134
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、３０２位のＣ、３３３位のＧ及び４０８位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＴ、Ａ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド３をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸４ａ（配列番号３６）
【表４９】
2005538696.tif 000135
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、３７９位のＧが太字及び下線で示すＣに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド４をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸５ａ（配列番号３８）
【表５０】
2005538696.tif 000136
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４３５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２９８位のＴ、３７３位のＡ、４２６位のＴ、４２９位のＡ及び４３５位のＴがそれぞれ、太字及び下線で示すＣ、Ｇ、Ｃ、Ｇ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド５をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸６ａ（配列番号４０）
【表５１】
2005538696.tif 000137
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２５３〜４０５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２５７位のＡ、２５８位のＧ、２６７位のＴ、２８２位のＡ、２９４位のＣ、３００位のＴ、３３３位のＡ、３３８位のＧ、３６５位のＧ、３７７位のＧ、３９０位のＧ及び３９６位のＣがそれぞれ、太字及び下線で示す、Ｇ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、Ｃ、Ｃ、Ｔ及びＴで置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４に記載のポリペプチド６をコードする任意のヌクレオチド配列；
を含む請求項２５に記載の核酸。
【請求項２７】
当該ポリペプチドで適当な動物を免疫することによって得られるような、請求項２０又は２１に記載の変異体に対する、又は請求項２２〜２４のいずれか１項に記載のポリペプチドに対するポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体。
【請求項２８】
適宜、薬学上許容可能なビヒクルと組み合わせて、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載のポリペプチド、請求項２５又は２６に記載の核酸、又は請求項２７に記載の抗体を含んでなる、医薬組成物、特に、治療用のワクチン又はベクター。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の主題は、呼称、ＰＴＬＶのもとにまとめられる霊長類におけるＴリンパ腫／白血病のウイルスのエンベロープタンパク質の表面成分のアミノ末端領域をコードするヌクレオチド配列を起源とするオリゴヌクレオチド、及びＰＴＬＶの任意の株又は関連するウイルス株の検出内でのそれらの使用である。
【背景技術】
【０００２】
本発明は、ペプチド単位を含む汎ＰＴＬＶ（ｐａｎ−ＰＴＬＶ）配列の検出及び増幅に使用することができるオリゴヌクレオチドの合成に好適なＳＵのペプチド単位が本発明者らにより同定された結果生じている。本発明者らは、そのような配列の増幅、それらのクローニング及び配列決定を行える方法を開発した。本発明者らは、特に、異なった種類の配列の混合物に存在する個々の配列の検出をできるようにする。こうして同定された特定のペプチド単位の最適化によって未だ記載されていなかったＰＴＬＶ変異体の性状分析が既に可能になっており、同様に、調べた試料でその存在が疑われなかったＰＴＬＶ配列を検出することが可能になっている。本発明の一般的な応用によって、ＰＴＬＶのＳＵに属する新規の配列あるいは新しい病理学的背景又は非病理学的背景におけるすでに知られている配列のいずれかの検出及び性状分析が可能になるであろう。
【０００３】
ヒト又は霊長類のレトロウイルスの配列を研究することは、膨大な背景において最優先する重要事項である。非消耗的な方法で、この研究は、生体材料（たとえば、血液に由来する生成物）のスクリーニング、診断（白血病、変性疾患、自己免疫疾患などを網羅する多数の症候群の病因の研究）、異なった人間集団の疫学的及び人類学的な検討、ゲノム（組成及びゲノムの多型的レトロウイルスマーカー）の配列決定、新規の薬物（新しい標的の定義）などに関係している。
【０００４】
ＰＴＬＶの場合、我々は、その配列の検出に関連する問題の２つの例を立証する。第１の例では、用語「血清上不確定」のもとに一般に分類される個体は、ＰＴＬＶの特定の抗原にのみ向けられる「不完全」と呼ばれる抗ＨＴＬＶ免疫反応を呈するが、これらの患者の血液試料からはＰＴＬＶに相当する配列を増幅することができない。最もよく文書化された場合、そのような配列に関する研究は、ｇａｌ、ｐｏｌ、ｅｎｖ及びｔａｘの遺伝子の保存された領域で行われる。エンベロープ遺伝子の場合、ＳＵのアミノ末端部分は、その変異性のゆえにこのアプローチから除外されている。ＨＴＬＶ型及びＳＴＬＶ型のヒト及び非ヒト霊長類のレトロウイルス（ここでは、用語ＰＴＬＶのもとにまとめられる）のエンベロープの表面成分（ＳＵ）のアミノ末端領域は、特に、エンベロープの細胞受容体（単数又は複数）の認識に関与する（Kim et al, 2000）。今日まで、３種のＰＴＬＶに直接応用できる（汎ＰＴＬＶと呼ばれる応用）この領域を増幅する方法は記載されてこなかった。したがって、一般的には、エンベロープの膜貫通成分（ＴＭ）の最も保存された部分に存在する単位の増幅のみが考慮される。しかしながら、ＳＵの変異性がレトロウイルスの適応生物学の必須要素である限りにおいて、その検出に基づくアプローチを開発することは、特に有用な目標を意味する。
【０００５】
本発明の主題は、呼称ＰＴＬＶのもとでまとめられ、これらのウイルスはヒトではＨＴＬＶ、サルではＳＴＬＶとも呼ばれる、Ｔリンパ腫／白血病のウイルスのエンベロープタンパク質の表面成分（ＳＵ）のアミノ末端領域、すなわち、ＰＴＬＶの異なった株又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を持つウイルスのエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によりＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片に相当する領域をコードするヌクレオチド配列を起源とする５’方向及び３’方向における縮重オリゴヌクレオチド対の、
ＰＴＬＶの任意の株、すなわち、ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、ＳＴＬＶ−１、ＳＴＬＶ−２及びＳＴＬＶ−３に属する任意の株、ならびにＰＬＬＶに属するウイルスの任意の株、すなわち、ＳＵのアミノ末端領域をコードするヌクレオチド配列から推論されるアミノ酸配列がＰＴＬＶにおける相当するヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と少なくともおよそ３０％程度の相同性を有する任意の株を検出するための、特に、ＰＴＬＶの新規の変異体、適宜新しい病理学的背景において、ＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含む新規又は非新規のウイルスを検出するための方法の実施のための縮重ヌクレオチド対の使用であって、前記方法は、ＰＴＬＶを含有することが可能な生体試料から出発し、前述の縮重５’及び３’オリゴヌクレオチドをプライマーとして使用し、５’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより５’位で、かつ３’方向における縮重オリゴヌクレオチドにより３’位で範囲決定されるヌクレオチド断片の多数のコピーを増幅する段階、及び前述の増幅されたヌクレオチド断片から生体試料において含有されるＰＴＬＶの株を同定する段階を含む。
【０００６】
本発明のさらに詳しい主題は、たとえば、配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質のような、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片をコードするヌクレオチド配列を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含むものから、前記オリゴヌクレオチドが選択されることを特徴とし、前記縮重オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のおよそ５〜１０アミノ酸の決定された領域をコードする配列を起源とするオリゴヌクレオチドと、各オリゴヌクレオチドが、たとえば、上述のＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又はＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又はＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質のような、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質断片を起源として上述で決定された領域をコードすることが可能であるように、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるオリゴヌクレオチドとの混合物を含む、上記に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用である。
【０００７】
本発明のさらに詳しい主題は、配列番号４３によって表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質（Gray et al., 1990, Virology, 177:391-395；Genbank受入番号Ｎｏ．３７７４７）の８０〜２４５位、さらに特には８３〜２４１位に位置するアミノ酸によって範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のペプチド断片をコードするヌクレオチド配列を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含んでなる、上記に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用でもある。
【０００８】
また、本発明はさらに詳しくは、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３〜８８、１４０〜１４５、２２２〜２２８及び２３７〜２４１のポリペプチド断片、すなわち、以下の断片
【０００９】
【表５２】
2005538696.tif 000002
【００１０】
をコードするヌクレオチド配列を起源とする上記に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用にも関する。
【００１１】
また、本発明はさらに詳しくは、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片８３〜８８をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｉ）
【００１２】
【表５３】
2005538696.tif 000003
【００１３】
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＢはＣ、Ｇ、又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００１４】
【表５４】
2005538696.tif 000004
【００１５】
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
又は、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩ）
【００１６】
【表５５】
2005538696.tif 000005
【００１７】
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００１８】
【表５６】
2005538696.tif 000006
【００１９】
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択されるの、前述の使用にも関する。
【００２０】
また、本発明はさらに詳しくは、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩＩ）
【００２１】
【表５７】
2005538696.tif 000007
【００２２】
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００２３】
【表５８】
2005538696.tif 000008
【００２４】
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
又は、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、２２２〜２２８をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＶ）
【００２５】
【表５９】
2005538696.tif 000009
【００２６】
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＭはＡ又はＣを表し、ＳはＣ又はＧを表し、ＷはＡ又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され；たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが、以下
【００２７】
【表６０】
2005538696.tif 000010
【００２８】
（式中、Ｒ、Ｍ、Ｓ、Ｗ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
又は、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、２３７〜２４１をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドの使用であって、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｖ）
【００２９】
【表６１】
2005538696.tif 000011
【００３０】
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが、以下
【００３１】
【表６２】
2005538696.tif 000012
【００３２】
（式中、Ｒ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択される、前述の使用にも関する。
【００３３】
本発明は、また、配列ＧＡＡＴＴＣのＥｃｏＲＩ部位又は配列ＧＧＡＴＣＣのＢａｍＨＩ部位のような制限部位を含む配列を５’末端に含む上記に記載のオリゴヌクレオチドの前述の使用にも関する。
【００３４】
したがって、本発明はさらに詳しくは、ポリペプチド断片８３〜８８又は１４０〜１４５に相当するＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’オリゴヌクレオチドが５’にて配列ＧＧＡＡＧＡＡＴＴＣを含み、ポリペプチド断片１４０〜１４５、２２２〜２２８又は２３７〜２４１に相当するＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’オリゴヌクレオチドが５’にて配列ＧＧＡＡＧＧＡＴＣＣを含むことを特徴とする上記に記載のオリゴヌクレオチドの前述の使用にも関する。
【００３５】
本発明の主題はまた、前述のＰＴＬＶ及び関連する株を検出する方法の実施について、プローブとしての、適宜標識される、上記に記載のオリゴヌクレオチドの前述の使用でもある。
【００３６】
本発明はまた、ＰＴＬＶの任意の株ならびにＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスの任意の株を検出するためのポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）の実施のためのヌクレオチドプライマー対としての上記に記載のオリゴヌクレオチドの前述の使用にも関する。
【００３７】
本発明のさらに詳しい主題は、
縮重５’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（＋）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする５’オリゴヌクレオチドと、ＰＴＬＶ−１の異なった株のエンベロープタンパク質７５〜９０位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５〜１５０位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１４５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする５’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記５’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質、たとえば、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は上述のＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
縮重３’オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡ（−）鎖を起源とするおよそ１５〜およそ３０のヌクレオチドを含む決定された同一の領域を起源とする３’オリゴヌクレオチドと、ＰＴＬＶ−１の異なった株のエンベロープタンパク質１２５〜１４５位の間に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片、特に、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の１４０位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、２４１位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるタンパク質断片を起源とするおよそ５〜およそ１０のアミノ酸のポリペプチド断片をコードする３’オリゴヌクレオチドとの混合物に相当し、前記３’オリゴヌクレオチドは、各オリゴヌクレオチドが、ＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質のタンパク質、たとえば、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は上述のＳＴＬＶ−３の株のエンベロープタンパク質断片を起源とする前述の決定された領域をコードすることが可能であるように、それらが、別のヌクレオチドによる少なくとも１つのヌクレオチドの置換によって互いに異なるようになっており；
前記前述の５’プライマー及び３’プライマーが互いに相補的ではありえないことが理解されるような方法で選択されるプライマー対の前述の使用である。
【００３８】
本発明はさらに詳しくは、縮重５’オリゴヌクレオチドが式（Ｉ）及び（ＩＩ）の前述のオリゴヌクレオチドから選択され、縮重３’オリゴヌクレオチドが式（ＩＩＩ）〜（Ｖ）の前述のオリゴヌクレオチドから選択されることを特徴とする、上記に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用に関する。
【００３９】
本発明はさらに詳しくは、５’プライマーが、たとえば、上述のＰＴＬＶＥ５’８３ａ及びｂならびにＰＴＬＶＥ５’１４０ａ〜ｄのような上記に記載の８３〜８８又は１４０〜１４５のポリペプチド断片に相当するＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’オリゴヌクレオチドから選択され、３’プライマーが、たとえば、上述のプライマー、ＰＴＬＶＥ３’１４５ａ〜ｄ、ＰＴＬＶＥ３’２２８ａ〜ｈ、及びＰＴＬＶＥ３’１４５ａ〜ｄ、ＰＴＬＶＥ３’２２８ａ〜ｈ、及びＰＴＬＶＥ３’２４１ａ及びｂのような上記に記載の１４０〜１４５、２２２〜２２８及び２３７〜２４１のポリペプチド断片に相当するＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’オリゴヌクレオチドから選択されることを特徴とする、上記に記載のようなプライマー対の前述の使用に関する。
【００４０】
本発明のさらに詳しい主題は、上記に記載のような縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用であって、前記オリゴヌクレオチドは、ＰＴＬＶのＤＮＡを含有することが可能な生体試料から出発し、配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３９位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列を含む、又は、たとえば、配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の８５位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、１３５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３のエンベロープタンパク質の８８位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、１４４位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定される配列のようなＨＴＬＶ−１以外のＰＴＬＶの株のエンベロープタンパク質に含まれる類似配列を含む、タンパク質断片をコードするヌクレオチド配列の増幅をオリゴヌクレオチドが可能とするように選択される。
【００４１】
本発明のさらに詳しい主題は、縮重５’オリゴヌクレオチドが式（Ｉ）の上述の５’オリゴヌクレオチドから選択され、縮重３’オリゴヌクレオチドが式（ＩＩＩ）〜（Ｖ）の上述の３’オリゴヌクレオチドから選択されることを特徴とする、上記に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用である。
【００４２】
本発明はさらに詳しくは、縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【００４３】
【表６３】
2005538696.tif 000013
【００４４】
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）のものであり、
縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（ＩＩＩ）
【００４５】
【表６４】
2005538696.tif 000014
【００４６】
（式中、Ｙ及びＮは上記に記載の通りである）のものであることを特徴とする上記に記載の縮重オリゴヌクレオチド対の前述の使用に関する。
【００４７】
本発明はまた、それ自体、上記に記載のオリゴヌクレオチドに関する。
【００４８】
したがって、本発明のさらに詳しい主題は、
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、８３〜８８をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｉ）
【００４９】
【表６５】
2005538696.tif 000015
【００５０】
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＢはＣ、Ｇ、又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００５１】
【表６６】
2005538696.tif 000016
【００５２】
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（＋）鎖を起源とする５’方向の縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩ）
【００５３】
【表６７】
2005538696.tif 000017
【００５４】
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、５’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００５５】
【表６８】
2005538696.tif 000018
【００５６】
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片１４０〜１４５をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＩＩ）
【００５７】
【表６９】
2005538696.tif 000019
【００５８】
（式中、ＹはＣ又はＴを表し、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００５９】
【表７０】
2005538696.tif 000020
【００６０】
（式中、Ｙ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、２２２〜２２８をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記オリゴヌクレオチドが、以下の式（ＩＶ）
【００６１】
【表７１】
2005538696.tif 000021
【００６２】
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＭはＡ又はＣを表し、ＳはＣ又はＧを表し、ＷはＡ又はＴを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００６３】
【表７２】
2005538696.tif 000022
【００６４】
（式中、Ｒ、Ｍ、Ｓ、及びＮは上記に記載の通りである）から選択され；
−ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質のポリペプチド断片、２３７〜２４１をコードするＤＮＡ（−）鎖を起源とする３’方向の縮重オリゴヌクレオチドに相当し、前記縮重オリゴヌクレオチドが、以下の式（Ｖ）
【００６５】
【表７３】
2005538696.tif 000023
【００６６】
（式中、ＲはＡ又はＧを表し、ＮはＡ、Ｃ、Ｇ又はＴを表す）
のものから選択され、たとえば、３’オリゴヌクレオチドプライマーが以下
【００６７】
【表７４】
2005538696.tif 000024
【００６８】
（Ｒ、及びＮは上記に記載の通りである）
から選択される、上記に記載のオリゴヌクレオチドである。
【００６９】
本発明の主題はまた、ＰＴＬＶの任意の株、すなわち、ＨＴＬＶ−１、ＨＴＬＶ−２、ＳＴＬＶ−１、ＳＴＬＶ−２及びＳＴＬＶ−３に属する任意の株、ならびに上記に記載のＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスの任意の株を検出する方法であって、
−上記に記載の縮重５’及び３’のオリゴヌクレオチド対を、上記に記載のＰＴＬＶを含有することが可能である生体試料（たとえば、血液細胞、骨髄、生検、特に、皮膚又はその他の臓器の生検、又は塗抹標本）の内容物のゲノムＤＮＡ又はＲＮＡ抽出物に由来する相補的ＤＮＡに接触させること；
−上記に記載のＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の断片をコードするＤＮＡ断片の増幅；
−前の段階で増幅されたＤＮＡ断片の検出を含み、この検出が前記生体試料において上記に記載のＰＴＬＶの検出と相関し、適宜、その同定と相関することができることを含むことを特徴とする方法である。
【００７０】
本発明はまた、増幅段階が２つの増幅反応の実施を含み、第２の反応が、第１の反応の背景の範囲内にて得られた産物の試料上で、第１の反応の場合と同じ５’オリゴヌクレオチドと第１の反応で用いたものと異なる３’オリゴヌクレオチド、すなわち、ＳＵをコードする配列の、第１の反応で用いた３’プライマーよりさらに上流に位置する領域とハイブリッド形成する、いわゆる「ネスト化（nested）」３’プライマーとを用いて行われることを特徴とする、上記に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法にも関する。
【００７１】
本発明の主題はまた、
−＊式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチド又は
＊式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（Ｖ）のオリゴヌクレオチド又は
＊式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチド／式（Ｖ）のオリゴヌクレオチドの対から選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第１の遺伝子増幅反応；
−及び、それぞれ、
＊式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＩＩ）のオリゴヌクレオチド又は
＊式（Ｉ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＩＩ又はＩＶ）のオリゴヌクレオチド又は
＊式（ＩＩ）のオリゴヌクレオチド／式（ＩＶ）のオリゴヌクレオチドの対から選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いた前の段階で得られたＤＮＡ断片の多数コピーの第２の遺伝子増幅段階；
−前の段階で増幅されたＤＮＡ断片の検出を含み、この検出が生体試料におけるＰＴＬＶの検出に相関することができ、適宜、その同定に相関することができることを特徴とする、上記に記載のＰＴＬＶの任意の株の検出方法である。
【００７２】
本発明はまた、
縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【００７３】
【表７５】
2005538696.tif 000025
【００７４】
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）のものであり、
＊縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｖ）
【００７５】
【表７６】
2005538696.tif 000026
【００７６】
（式中、Ｒ及びＮは上記に記載の通りである）のものであるように選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第１の遺伝子増幅反応；
＊縮重５’オリゴヌクレオチドが以下の式（Ｉ）
【００７７】
【表７７】
2005538696.tif 000027
【００７８】
（式中、Ｙ、Ｂ及びＮは上記に記載の通りである）のものであり、
＊縮重３’オリゴヌクレオチドが以下の式（ＩＩＩ）
【００７９】
【表７８】
2005538696.tif 000028
【００８０】
（式中、Ｙ及びＮは上記に記載の通りである）のものであるように選択される縮重オリゴヌクレオチド対を用いて行われる第２の遺伝子増幅反応を含むことを特徴とする、上記に記載ＰＴＬＶの任意の株の検出方法に関する。
【００８１】
本発明はさらに詳しくは、増幅段階が以下の条件：
−９４℃にて５分間の変性；
−Ｔａｑポリメラーゼ又は高温で機能するそのほかのＤＮＡポリメラーゼを含有する媒体で行われるいわゆる＜タッチダウン＞条件下での第１のＰＣＲ反応、この第１のＰＣＲ反応が
＊９４℃にて１５秒間の変性
＊６５℃と５０℃の間の種々の温度における２０秒間のアニーリングと伸長を組み合わせた段階を含む各サイクルで１℃下げる伸長温度により一緒に変化する１５＜タッチダウン＞サイクル
＊９４℃にて１５秒間の変性段階
＊５０℃にて３０秒間のアニーリング段階
＊７２℃にて３０秒間の伸長段階を含む３０の標準サイクルを含み
−前のＰＣＲ反応の場合と同じ５’プライマー及び前のＰＣＲ反応で用いたものとは異なる３’プライマー、すなわち、ＳＵをコードする配列の、前の段階で使用した３’プライマーよりさらに上流に位置する領域とハイブリッド形成する、いわゆる「ネスト化」３’プライマーを用いて、前述の第１のＰＣＲの背景において得られた産物試料で行われる第２のＰＣＲ反応
のもとで行われることを特徴とする、上記に記載の検出方法に関する。
【００８２】
本発明のさらに詳しい主題は、検出段階、及び適切であれば同定段階が、以下の条件：
−ｐＣＲ４−ＴＯＰＯ（インビトロゲン）のようなプラスミドにおける増幅段階の間に増幅された断片の直接連結、
−抗生物質、特にカナマイシンに耐性の遺伝子のようなマーカー遺伝子を含む前述のプラスミドによる細菌の形質転換、
−細菌コロニー（特に１０〜１００の間）の二次培養、培養、ＤＮＡの抽出及び配列決定（特に、ベクターｐＣＲ４−ＴＯＰＯの使用の場合、普遍的なプライマーＴ３又はＴ７を用いて）
のもとで行われることを特徴とする、上記に記載の検出方法である。
【００８３】
本発明はまた、前述の縮重オリゴヌクレオチド対を含み、ＰＣＲによる増幅反応の実施及び増幅された断片の検出に必要な試薬を適宜含むことを特徴とする、上記に記載の検出方法の実施のためのキットに関する。
【００８４】
本発明の主題は、たとえば、血液疾患、自己免疫疾患、炎症性疾患、変性疾患のような、ヒト又は動物におけるＰＴＬＶ又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスによる感染に連関する病態の診断への、上記に記載の検出方法の応用である。
【００８５】
したがって、本発明は、上記に記載の検出方法の実施、前記の病態の診断に相関することができる増幅されたＤＮＡ断片の検出の実施によって前記病態を生体外で診断する任意の方法に関する。
【００８６】
適宜、増幅されたＤＮＡ断片の配列を決定することによる、生体試料に存在するＰＴＬＶ又はＰＴＬＶに属するウイルスを同定する追加の段階を含む本発明の生体外診断方法。
【００８７】
本発明の主題はまた、ヒト又は動物における新規の感染性物質、さらに詳しくは、ＰＴＬＶに分類されうるウイルス又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を含むウイルスの新規の株（又は変異体）のスクリーニング又は同定による、上記に記載の検出方法の応用でもある。
【００８８】
新規の感染性物質のスクリーニング及び同定の前述の方法は、上記に記載のような検出方法の実施によって行われ、増幅されたＤＮＡ断片の配列を決定することによるＰＴＬＶ又は関連するウイルスの新規の変異体の同定の追加の段階を含む。
【００８９】
本発明はまた、たとえば、血液疾患、自己免疫疾患、変性疾患のような、ＰＴＬＶ又はその関連配列の存在もしくはＰＴＬＶによる感染に連関するヒト又は動物における病態の素因又は耐性を持つ遺伝子のスクリーニングによる、上記に記載の検出方法の応用にも関する。
【００９０】
本発明の主題はまた、こうして検出されたＰＴＬＶの新規変異体のエンベロープタンパク質の全体又は一部の配列を含む新規の治療剤のスクリーニング又は設計への、上記に記載のような検出方法の適用である。
【００９１】
本発明はまた、こうして検出されたＰＴＬＶの新規変異体のエンベロープタンパク質の全体又は一部の配列の親和（tropism）性特性を用いた新規の細胞治療用ベクターのスクリーニング又は設計への、上記に記載の検出方法の適用に関する。
【００９２】
本発明の主題はまた、
−以下の配列番号３１のペプチド配列、
【００９３】
【表７９】
2005538696.tif 000029
【００９４】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、９４位のアルギニン（Ｒ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３０の配列
【００９５】
【表８０】
2005538696.tif 000030
【００９６】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２８１位のＧ、３０２位のＣ及び３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＣ、Ｔ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３３のペプチド配列、
【００９７】
【表８１】
2005538696.tif 000031
【００９８】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８９位のイソロイシン（Ｉ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるバリン（Ｖ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３２の配列
【００９９】
【表８２】
2005538696.tif 000032
【０１００】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２６６位のＡ、３０２位のＣ及び３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＧ、Ｔ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３５のペプチド配列、
【０１０１】
【表８３】
2005538696.tif 000033
【０１０２】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１０１位のセリン（Ｓ）残基が太字及び下線で示されるロイシン（Ｌ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３４の配列
【０１０３】
【表８４】
2005538696.tif 000034
【０１０４】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、３０２位のＣ、３３３位のＧ及び４０８位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示されるＴ、Ａ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３７のペプチド配列、
【０１０５】
【表８５】
2005538696.tif 000035
【０１０６】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１２７位のアラニン（Ａ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３６の配列
【０１０７】
【表８６】
2005538696.tif 000036
【０１０８】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、３７９位のＧが太字及び下線で示されるＣに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当し、
−以下の配列番号３９のペプチド配列、
【０１０９】
【表８７】
2005538696.tif 000037
【０１１０】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質の８９〜１４５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１００位のチロシン（Ｙ）残基及び１２５位のスレオニン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるヒスチジン（Ｈ）残基及びアラニン（Ａ）残基に置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質であり、
かつ、以下の配列番号３８の配列
【０１１１】
【表８８】
2005538696.tif 000038
【０１１２】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４３５位に位置するヌクレオチドによって範囲決定される配列に相当する配列の中で、２９８位のＴ、３７３位のＡ、４２６位のＴ、４２９位のＡ及び４３５位のＴがそれぞれ、太字及び下線で示されるＣ、Ｇ、Ｃ、Ｇ及びＡに置換される配列を含むようにするエンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列である、変異体に相当する、上記に記載の検出方法の実施によって得られるようなＨＴＬＶ−１型の変異体である。
【０１１３】
本発明の主題はまた、エンベロープタンパク質が、配列番号４１の以下のペプチド配列、
【０１１４】
【表８９】
2005538696.tif 000039
【０１１５】
すなわち、ＨＴＬＶ−２の原型ＮＲＡ株（Lee et al., Virology 196:57-69, 1993に記載、Genbank受入番号Ｎｏ．Ｌ２０７３４．１）のエンベロープタンパク質の８５〜１３５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、以下の残基８６位におけるリジン（Ｋ）、１１３位のシステイン（Ｃ）、１２２位のグリシン（Ｇ）、１２６位のセリン（Ｓ）及び１３０位のリジン（Ｋ）がそれぞれ、太字及び下線で示す以下の残基：アルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、アラニン（Ａ）、スレオニン（Ｔ）及びアスパラギン（Ｎ）で置換される配列を含むようにし、
エンベロープタンパク質をコードするヌクレオチド配列が、以下の配列番号４０の配列、
【０１１６】
【表９０】
2005538696.tif 000040
【０１１７】
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２５３〜４０５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２５７位のＡ、２５８位のＧ、２６７位のＴ、２８２位のＡ、２９４位のＣ、３００位のＴ、３３３位のＡ、３３８位のＧ、３６５位のＧ、３７７位のＧ、３９０位のＧ及び３９６位のＣがそれぞれ、太字及び下線で示す、Ｇ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、Ｃ、Ｃ、Ｔ及びＴで置換される配列を含むようにすることを特徴とする、上記に記載の検出方法の実施によって得られるようなＨＴＬＶ−２型の変異体である。
【０１１８】
本発明はまた、配列番号４３で表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株、又は配列番号４５で表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株、又は配列番号４７で表されるＳＴＬＶ−３、又はＰＴＬＶのＳＵに属する配列を持つウイルスのエンベロープタンパク質のようなＰＴＬＶの異なった株のエンベロープタンパク質の７５〜９０位の間のアミノ酸によってＮ末端側で、そして２３０〜２４５位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド、又はＰＴＬＶの異なった株の前記エンベロープタンパク質の７５〜９０位の間のアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５〜１５０位の間に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチドに関する。
【０１１９】
本発明の主題はまた、
−配列番号４３によって表されるＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８３又は８９位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３９又は１４５位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
−配列番号４５によって表されるＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の７９又は８５位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３５又は１４１位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
−配列番号４７によって表されるＳＴＬＶ−３株のエンベロープタンパク質の８２又は８８位に位置するアミノ酸によってＮ末端側で、そして１３８又は１４４位に位置するアミノ酸によってＣ末端側で範囲決定されるポリペプチド；
から選択される、上記に記載のポリペプチドである。
【０１２０】
本発明はまた、以下のペプチド配列
−ポリペプチド１（配列番号３１）
【０１２１】
【表９１】
2005538696.tif 000041
【０１２２】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、９４位のアルギニン（Ｒ）残基及び１０１位のセリン（Ｓ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド２（配列番号３３）
【０１２３】
【表９２】
2005538696.tif 000042
【０１２４】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８９位のイソロイシン（Ｉ）残基及び１０１位のセリン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるバリン（Ｖ）残基及びロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド３（配列番号３５）
【０１２５】
【表９３】
2005538696.tif 000043
【０１２６】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１０１位のセリン（Ｓ）残基が太字及び下線で示されるロイシン（Ｌ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド４（配列番号３７）
【０１２７】
【表９４】
2005538696.tif 000044
【０１２８】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１３９位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１２７位のアラニン（Ａ）残基が太字及び下線で示されるプロリン（Ｐ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド５（配列番号３９）
【０１２９】
【表９５】
2005538696.tif 000045
【０１３０】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質の８９〜１４５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、１００位のチロシン（Ｙ）残基及び１２５位のスレオニン（Ｔ）残基がそれぞれ、太字及び下線で示されるヒスチジン（Ｈ）残基及びアラニン（Ａ）残基に置換される配列；
−ポリペプチド６（配列番号４１）
【０１３１】
【表９６】
2005538696.tif 000046
【０１３２】
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質の８５〜１３５位に位置するアミノ酸によって範囲決定される配列に相当する配列の中で、８６位のリジン（Ｋ）、１１３位のシステイン（Ｃ）、１２２位のグリシン（Ｇ）、１２６位のセリン（Ｓ）及び１３０位のリジン（Ｋ）がそれぞれ、太字及び下線で示されるアルギニン（Ｒ）、セリン（Ｓ）、アラニン（Ａ）、スレオニン（Ｔ）及びアスパラギン（Ｎ）残基に置換される配列；
を含むことを特徴とする、上述のＨＴＬＶ−１〜ＨＴＬＶ−２型の変異体の、上記に記載の検出方法の範囲内で増幅されるＤＮＡ断片によりコードされるポリペプチドに関する。
【０１３３】
本発明の主題はまた、それらが上記に記載のポリペプチドをコードすることを特徴とする核酸である。
【０１３４】
本発明はさらに精密には、以下のヌクレオチド配列：
−核酸１ａ（配列番号３０）
【０１３５】
【表９７】
2005538696.tif 000047
【０１３６】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２８１位のＧ、３０２位のＣ、３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＣ、Ｔ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、前述のポリペプチド１をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸２ａ（配列番号３２）
【０１３７】
【表９８】
2005538696.tif 000048
【０１３８】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２６６位のＡ、３０２位のＣ、３３３位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＧ、Ｔ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、前述のポリペプチド２をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸３ａ（配列番号３４）
【０１３９】
【表９９】
2005538696.tif 000049
【０１４０】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、３０２位のＣ、３３３位のＧ及び４０８位のＧがそれぞれ、太字及び下線で示すＴ、Ａ及びＡに置換される配列、又は遺伝暗号の縮重により誘導され、請求項２４のポリペプチド３をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸４ａ（配列番号３６）
【０１４１】
【表１００】
2005538696.tif 000050
【０１４２】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４１７位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、３７９位のＧが太字及び下線で示すＣに置換される配列、又は、遺伝暗号の縮重により誘導され、前述のポリペプチド４をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸５ａ（配列番号３８）
【０１４３】
【表１０１】
2005538696.tif 000051
【０１４４】
すなわち、ＨＴＬＶ−１のＭＴ−２株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２６５〜４３５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２９８位のＴ、３７３位のＡ、４２６位のＴ、４２９位のＡ及び４３５位のＴがそれぞれ、太字及び下線で示すＣ、Ｇ、Ｃ、Ｇ及びＡに置換される配列、又は、遺伝暗号の縮重により誘導され、前述のポリペプチド５をコードする任意のヌクレオチド配列；
−核酸６ａ（配列番号４０）
【０１４５】
【表１０２】
2005538696.tif 000052
【０１４６】
すなわち、ＨＴＬＶ−２のＮＲＡ株のエンベロープタンパク質をコードする配列の２５３〜４０５位に位置するヌクレオチドにより範囲決定される配列に相当する配列の中で、２５７位のＡ、２５８位のＧ、２６７位のＴ、２８２位のＡ、２９４位のＣ、３００位のＴ、３３３位のＡ、３３８位のＧ、３６５位のＧ、３７７位のＧ、３９０位のＧ及び３９６位のＣがそれぞれ、太字及び下線で示す、Ｇ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、Ｃ、Ｃ、Ｔ及びＴで置換される配列、又は、遺伝暗号の縮重により誘導され、前述のポリペプチド６をコードする任意のヌクレオチド配列；
を含む前述の核酸に関する。
【０１４７】
本発明はまた、上記に記載のようなＨＴＬＶ−１型又はＨＴＬＶ−２型の新規の変異体もしくは上記に記載のポリペプチドに対するポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体に関するものであり、前記抗体は、前述のポリペプチドで適当な動物を免疫して得られるものである。
【０１４８】
本発明の主題はまた、上記に記載のようなＨＴＬＶ−１型又はＨＴＬＶ−２型の新規の変異体から形成される、それらの任意の医薬組成物、特に、治療用のワクチン又はベクターであり、さらに詳しくは、適宜、薬学上許容可能なビヒクルと組み合わせて、上記に記載の本発明に基づいたポリペプチド、特に、上記に記載のポリペプチド１〜６又は上記に記載の核酸１ａ〜６ａを含む任意の医薬組成物である。
【０１４９】
本発明はまた、前述のＰＴＬＶによる個体の感染の予防又は治療と共にこれらＰＴＬＶによる感染に連関する上記に記載の病理学を対象とした薬剤の調製のための、上記に記載のＨＴＬＶ−１型又はＨＴＬＶ−２型の新規の変異体、又は上記に記載の本発明に基づいたポリペプチド、特に、上記に記載のポリペプチド１〜６又は核酸１ａ〜６ａ、又は前述の抗体の使用に関する。
【実施例】
【０１５０】
本発明に係る得るために以下に続く、ＨＴＬＶの新規の変異体の検出のためのそれらの使用の詳細な記載によって本発明をさらに説明する。
【０１５１】
Ｉ．ＰＴＬＶエンベロープのＳＵに関するヌクレオチド配列の増幅、クローニング及び配列決定による汎ＰＴＬＶ配列の検出のための分子ツール及び戦略の開発
１．ＰＴＬＶのＳＵのＮ末端で保存されているペプチド単位のスクリーニング
本発明者らによって解決された主な問題は、その細胞受容体（Kim et al., 2000）の認識に関与するＰＴＬＶのＳＵに関連する任意のヌクレオチド配列の増幅、クローニング及び同定ができるツール及び方法の開発である。この目的で、本発明者らは、それから、それをすべて表示できるヌクレオチド配列を推論するために、ＰＴＬＶのＳＵにおいて保存されているペプチド単位を探した。これらのペプチド単位は、理想的には、重要度の順に以下の５つの基準を満たすべきである：
【０１５２】
−すでに記載されているＰＴＬＶエンベロープの配列のすべてでなくてもほとんどで保存されていること。そのような保存は、ＰＴＬＶ型の新しい配列の検出にその潜在的な有効性を保証するであろう。
【０１５３】
−１５ヌクレオチドの最少配列をそれから誘導するためにＰＴＬＶのＳＵから少なくとも５つの保存されたアミノ酸を表示すること。真核細胞ゲノムの複雑さを考えると、所定のヌクレオチド配列を特異的に検出できるには、この最少１５ヌクレオチドが必要である。
【０１５４】
−ＰＴＬＶのＳＵで保存されており、ＭｕＬＶのＳＵで記載されたＣＷＬＣ単位に類似すると思われる（Sitbon, et al., 1991）ＣＩ／ＭＶＣの上流に位置する配列の増幅ができること。この単位は、実際、その上流である、受容体の認識に関与するＳＵの部分と、その下流である、ＴＭ及び受容体の認識に続くウイルスの侵入段階に関連するＳＵのカルボキシル末端との間のヒンジ領域を特徴づけると思われる（Battini, et al., 1992; Battini, et al., 1995; Lavillette et al., 1998; Kim et al., 2000; Lavillette et al., 2001）。互いに十分に離して、断片の長さが、異なった配列間の可能な多型現象の検出の機会を高める断片の増幅ができるようにすること。
【０１５５】
２つの連続するＤＮＡ増幅反応ができ、第２の生成物は、第１の増幅の生成物から生じ、ネスト化され、増幅された第１の断片の内部で断片の増幅ができるようにすること。このネスト化増幅によって、ＰＴＬＶのＳＵに関連する配列に良好に相当する断片の増幅の確率を高めることができる。
【０１５６】
この基準に従って、本発明者らは、ＰＴＬＶの既知のＳＵのすべて又はほとんどすべてに存在し、この戦略の開発に役立つことができる以下のアミノ酸単位を同定した。
【０１５７】
【表１０３】
2005538696.tif 000053
【０１５８】
２．ＰＴＬＶのＳＵのアミノ末端部分において保存された単位に相当する、縮重合成オリゴヌクレオチド
真核細胞の遺伝子コードの適用において、上記で同定された保存されたペプチド単位のアミノ酸配列及び以下のヌクレオチド相当物を用いて、本発明者らは、合成オリゴヌクレオチド（ＳＯ）の設計に基礎として役立つ縮重ヌクレオチド配列（ＤＮＳ）を決定した。これらのＤＮＳに相当するＳＯの設計は、幾つかの基準に左右された：
【０１５９】
−ＤＮＳにおける縮重位置の掛け算によって、相当するＳＯの複雑さが合成混合物において５１２ヌクレオチドを超える場合、そのときは、このＤＮＳに対する補充のＳＯの合成を行い、この複雑さの一部を取り除く。
【０１６０】
−これら補充のＳＯが当初の縮重ＯＳの複雑さを十分に取り除く場合、ＤＮＳ当たり４ＳＯに限定される、１又は２の補充のＯＳの合成は５１２未満の複雑さに対しても行われる。
【０１６１】
−ＤＮＡポリメラーゼによる５’ＳＯの配列の伸長は、考慮されるペプチド単位（単位１及び２）の上流に位置するアミノ酸に相当しなければならず、ＤＮＡ（＋）鎖のものであるが、３’ＳＯの配列の伸長は、考慮されるペプチド単位（単位２、３及び４）の上流に位置するアミノ酸に相当しなければならず、ＤＮＡ（−）鎖のものである。ペプチド単位２に相当するＳＯは、両方向での伸長ができるように、２本鎖上で合成された。
【０１６２】
−各ＳＯは、制限部位、５’でのＥｃｏＲＩ、３’でのＢａｍＨＩに相当する配列を５’に導入できる補充ヌクレオチド、及びすべての場合で、制限部位の上流にポリメラーゼとヌクレアーゼを上手く結合するＧＧＡＡ５’末端配列を含む。
【０１６３】
−これらの基準に従って、目標とする単位の５’又は３’を伸長するために、上記で定義したＳＯＰＴＬＶＥ５’（８３ａ及びｂ、１４０ａ〜ｄ）及びＰＴＬＶＥ３’（１４５ａ〜ｄ、２２８ａ〜ｈ、２４１ａ及びｂ）（霊長類Ｔ白血病ウイルス様Ｅｎｖ）をそれぞれ合成した。
【０１６４】
３．対照配列におけるオリゴヌクレオチドの増幅条件の開発
上述のＳＯによって認識される配列の増幅の開発については、本発明者らは、ＨＴＬＶ−１配列のエンベロープを含有する対照プラスミドＤＮＡ調製物及びこの配列を有さない対照調製物を用いた。選択されたＤＮＡ増幅戦略は、「タッチダウン」と呼ばれる条件下、熱サイクラーにおいてＴａｑポリメラーゼ及びＰｗｏポリメラーゼの混合物により２つの増幅反応を連結すること及び２つの異なったＳＯ対を組み合わせることから成る。
【０１６５】
第１の、証明でき、かつ再現性のある増幅結果（対照調製物での増幅のない、ＨＴＬＶ配列の特異的な増幅）は、第１の増幅反応についてのＳＯＰＴＬＶＥ５’８３ｂとＰＴＬＶＥ３’２４０ｂとの組み合わせにより得られたものであり、第１反応の試料におけるＳＯＰＴＬＶＥ５’８３ｂとＰＴＬＶＥ３’１４６ａを組み合わせた第２の反応が続く。双方の場合において、「タッチダウン」条件には、それぞれ９４℃での変性、それに続く同じ温度で行われるアニーリングと伸長を組み合わせた１５サイクルが含まれ、温度は、第１のサイクル〜第１５のサイクルの間で各サイクルについて１℃の段階的低下を伴う６５〜５０℃である。これら１５サイクルに、５０℃のアニーリング温度及び７２℃の伸長温度を持つ標準の増幅が３０サイクル続く。
【０１６６】
４．増幅反応から増幅された一揃いの断片の構築及び配列決定
上述の第２の増幅反応の試料を用いて、一揃いの増幅された配列を生成する。これを行うために、５０μｌの第２の反応の４μｌを用いて、ｐＣＲ４−ＴＯＰＯ型ベクター（インビトロゲン）で連結を行い、細菌を形質転換する。各連結について１０〜１００の間のカナマイシン耐性コロニーを継代培養し、培養液に入れる。ベクターの普遍的プライマー配列Ｔ３及びＴ７を用いて配列決定を行うことにより各コロニーのプラスミドＤＮＡを解析する。
【０１６７】
ＩＩ．ヒト及び霊長類の試料から得られた初めての結果
上述の条件を３種類のＤＮＡ試料に適用した：
−血清学的にＨＴＬＶによる以前の感染が示唆されるが、決定的な診断は確定することができなかったことを特徴とする「血清的に不確定な患者」のゲノムＤＮＡ試料。これらの患者では、特に、ｇａｇ、ｐｏｌ、又はｔａｘのＨＴＬＶ配列のＤＮＡ増幅による検討は陰性である。
−特徴的なＨＴＬＶ−１感染が同定された「ＨＴＬＶ−１患者」のゲノムＤＮＡの試料。
−血清でＰＴＬＶ陽性であり、ＴａｘＨＴＬＶ−１又はＳＴＬＶ−１の配列を増幅することができたアジルマンガベイサル（Ｃｅｒｏｃｅｂｕｓ  Ａｇｉｌｉｓ）のゲノムＤＮＡ試料。
【０１６８】
上述の方法を適用することによって、「血清的に不確定な患者」を含む３種類の試料でＰＴＬＶ配列のＳＵ型の存在を検出することができた。
【０１６９】
関連するＳＵ領域のレベルで配列及びそのコーディング能力の解析により、以下のような観察が可能であった。
【０１７０】
１．「血清的に不確定な患者」で得られた結果
ＨＴＬＶ型の配列を有さないとされる「血清的に不確定な患者」のＤＮＡ（試料番号４２４）に上記の方法を適用することにより、しかしながら、本発明者は、ＳＵ型のＰＴＬＶ配列を増幅し、性状分析することができた。
【０１７１】
ヌクレオチドレベルで、試料番号４２４から同定された配列は、すでに文献に記載されているものと同一の及び新規の変異体の、数種のＨＴＬＶ配列である。コーディングレベルでは、ヌクレオチド配列は３種の配列に翻訳された：
−すでに知られているＨＴＬＶ−１株と同一のアミノ酸配列；
−以前記載されていない１又は２の残基を持ったＨＴＬＶ−１株の変異体；
−ＨＴＬＶ−２又はＳＴＬＶ−１の株に共通する１又は２の残基を持ったＨＴＬＶ−１株の変異体。
【０１７２】
２．「典型的なＨＴＬＶ−１患者」で得られた結果
ヌクレオチドレベルでは、「ＨＴＬＶ−１患者」を起源とする試料から増幅された配列は、すでに文献に記載されてるような典型的なＨＴＬＶ−１又はコーディング能力に影響を持つ変異体のいずれがである。コーディングレベルでは、ヌクレオチド配列は３種の配列に翻訳された：
−既知のＨＴＬＶ−１株と同一のアミノ酸配列；
−以前全く記載されなかった残基と組み合わせた、又は組み合わせていないＨＴＬＶ−２に典型的な１又は２の残基を持ったＨＴＬＶ−１株の変異体；
−ＨＴＬＶ−２又はＳＴＬＶ−１の株にのみ共通するとされる２，３の残基を組み合わせたＨＴＬＶ−２の変異体で、これが以前全く記載されなかった残基と組み合わせられているか、又は組み合わせられていない。
【０１７３】
３．アジルマンガベイサルで得られた結果
本発明の方法により、ＰＴＬＶについて血清的に陽性であると同定された、調べたすべてのアジルマンガベイサル（Ｃｅｒｏｃｅｂｕｓ  Ａｇｉｌｉｓ）においてＳＵ型のＰＴＬＶを増幅することができた。ヌクレオチドレベルでは、これらのサルから増幅された配列は、すでに以前記載されてる単離物のもの又はコーディング能力に影響を持つヌクレオチド変異体のいずれがである。コーディングレベルでは、ヌクレオチド配列は３種の配列に翻訳された：
−既知のＨＴＬＶ−１株と同一のアミノ酸配列；
−シロエリマンガベイ（Ｃｅｒｏｃｅｂｕｓ  Ｔｏｒｑｕａｔｕｓ）で最近記載された単離物ＳＴＬＶ−３／ＣＴＯ−６０４（Meertens et al., 2002）と同一のアミノ酸配列。
−ＨＴＬＶ−２に典型的な１又は２の残基を持つＳＴＬＶ−３／ＣＴＯ−６０４型のアミノ酸配列。
【０１７４】
【表１０４】
2005538696.tif 000054
【配列表】
2005538696.tif 000055
2005538696.tif 000056
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2005538696.tif 000086
【手続補正書】
【提出日】平成17年3月24日(2005.3.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2005538696000001.app
【国際調査報告】
2005538696.tif 000138
2005538696.tif 000139
2005538696.tif 000140
2005538696.tif 000141
2005538696.tif 000142
2005538696.tif 000143
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