(57)【要約】本発明は、疼痛または有痛性障害の診断および処置のための方法に関する。具体的には、本発明は、正常状態もしくは非有痛性疾患状態における発現と比較して、および／または疼痛に関する操作に応答して、疼痛感知に関する組織における９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９および１３４２４遺伝子の差次的発現を同定する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
疼痛障害を処置し得る化合物を同定するための方法であって、該方法は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸発現あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、  ６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のペプチド活性を調節する化合物の能力をアッセイし、それによって、疼痛障害を処置し得る化合物を同定する工程を包含する、方法。
【請求項２】
疼痛シグナル伝達機構を調節し得る化合物を同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４を発現する細胞と、試験化合物とを接触させる工程；および
ｂ）９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸発現あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のポリペプチドの活性を調節する該試験化合物の能力を評価し、それによって、疼痛シグナル伝達を調節し得る化合物を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３】
細胞における疼痛シグナル伝達機構を調節するための方法であって、細胞と、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子とを接触させ、それによって、細胞における疼痛シグナル伝達を調節する工程を包含する、方法。
【請求項４】
前記細胞が、脳細胞、ニューロンあるいは脊髄または後索に由来する細胞である、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子が、有機低分子、ペプチド、抗体またアンチセンス核酸分子である、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子が、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のポリペプチド活性を調節し得る、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子が、有機低分子、ペプチド、抗体またアンチセンス核酸分子である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子が、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸発現を調節し得る、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
異常な９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のポリペプチド活性、あるいは異常な９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸発現によって特徴付けられる疼痛障害を有する被験体を処置するための方法であって、該方法は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子を該被験体に投与し、それによって、疼痛障害を有する該被験体を処置する工程を包含する、方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、前記疼痛障害は、炎症性疼痛、慢性疼痛、神経障害性疼痛、カウサルギー、線維筋痛、癌疼痛、偏頭痛／頭痛および組織疼痛を含む、方法。
【請求項１１】
前記９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子が薬学的に受容可能な処方物において投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子が、有機低分子、ペプチド、抗体またアンチセンス核酸分子である、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子が、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のポリペプチド活性を調節し得る、請求項９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本願は、米国仮出願第６０／３６０，４９５号（２００２年２月２８日出願）の利益、米国仮出願第６０／３７０，１２１号（２００２年４月４日出願）の利益、米国仮出願第６０／３７３，０１０号（２００２年４月１６日出願）の利益、米国仮出願第６０／３７３，９０８号（２００２年４月１９日出願）の利益、米国仮出願第６０／３７７，７１７号（２００２年５月３日出願）の利益、米国仮出願第６０／３７９，９４９号（２００２年５月１３日出願）の利益、米国仮出願第６０／３８２，４０９号（２００２年５月１３日出願）の利益、米国仮出願第６０／３８２，４０９号（２００２年５月２１日出願）の利益、米国仮出願第６０／３８５，２８０号（２００２年６月３日出願）の利益、米国仮出願第６０／３８６，８７９号（２００２年６月６日出願）の利益、米国仮出願第６０／３８７，５３６号（２００２年６月１０日出願）の利益、米国仮出願第６０／３９４，３７６号（２００２年７月８日出願）の利益、米国仮出願第６０／４０４，９９６号（２００２年８月２１日出願）の利益、米国仮出願第６０／４１２，００６号（２００２年９月１９日出願）の利益、米国仮出願第６０／４１７，３２７号（２００２年１０月９日出願）の利益、米国仮出願第６０／４１７，４９９号（２００２年１０月１０日出願）の利益、米国仮出願第６０／４２６，９６４号（２００２年１１月１５日出願）の利益、および米国仮出願第６０／４３２，３２０号（２００２年１２月１０日出願）の利益を請求する。これらの仮特許出願の内容全体は、本明細書中に参考として援用される。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
疼痛の感覚は、２つの型（末梢疼痛および中枢疼痛）へと分類され得る。末梢疼痛は、３つの広い領域（侵害受容疼痛、炎症疼痛および神経障害疼痛）へと分類され得る。侵害受容疼痛はまた、生理的疼痛とも呼ばれ、動物界全体を通して防御機構として作用する。炎症疼痛は、重篤な創傷から生じ、そして／または炎症浸潤に関連し、非ステロイド抗炎症薬物（ＮＳＡＩＤ）様薬物、ステロイドおよびアヘン剤により十分に制御され得る。しかし、神経障害疼痛の病因および管理は、十分には理解されていない。神経障害疼痛は、感覚ニューロンにおける固有の欠損から、結果として交感ニューロンにおいて生じると考えられ、外傷に続き得る。
【０００３】
末梢疼痛は、２つの型の主要感覚ニューロンの種類であるＡｄ線維およびＣ線維により媒介され、その細胞体は、脊髄神経節内に存在する。神経障害疼痛の生成機構はほとんど理解されていないが、いくつかの要因（すなわち、化学的環境の変化、感覚ニューロンの発射の異所生成および交感神経発射）が、疼痛刺激の知覚および伝達に影響することが、明らかである。神経障害疼痛に関連する最も一般的な症候群のうちのいくつかは、小感覚線維の破壊（またはおそらく、小線維対大線維の比の変化）から生じる。なぜなら、これは、外傷後状況において一般的であるからである。疼痛の他の病因は、糖尿病性神経障害に起因する小線維損傷、薬物誘導損傷（化学療法薬物）、アルコール中毒、癌に起因する損傷、および種々の遺伝的小細胞神経障害および大細胞神経障害から生じる。本発明者らは、末梢神経系に由来する標的は、候補化合物が血液脳関門を通る必要がなく、中心的副作用を誘導することなく疼痛の開始に対して作用し得るという点で、戦略上有益であり得ると理論付ける。
【０００４】
中心的機構が、疼痛の受容および調節に関与していることが、長らく確立されている。中脳中心灰白質（ｐｅｒｉａｑｕｅｄｕｃｔａｌ  ｇｒａｙ）（ＰＡＧ）領域の電気刺激が、他の感覚を失うことなく、痛覚脱失を生じる。ＰＡＧおよび縫線核から発する下行疼痛経路は、脊髄後部（ｄｏｒｓａｌ  ｓｐｉｎａｌ  ｃｏｒｄ）領域に突き当たり、ここで、一次侵害受容求心性線維が終わる。また、傍延髄巨大細胞核（ｐａｒａｇｉｇａｎｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｉｓ  ｎｕｃｌｅｕｓ  ｉｎ  ｈｔｅ  ｍｅｄｕｌｌａ  ｏｂｌｏｎｇａｔａ）のような領域の刺激は、痛覚脱失を生じる。最後に、アヘン剤レセプターは、オピオイドアルカロイドおよびオピオイドペプチドにより刺激された場合に、痛覚脱失を生じ、これらの部位は、ＰＡＧ、視床核および皮質領域を含む、脳中の重要な「疼痛中心」に位置する。これらのＣＮＳ領域における遺伝子および動物疼痛モデル由来の脊髄視床路における遺伝子の同定は、疼痛調節のための重要な標的を解明し得る。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
（発明の詳細な説明）
本発明は、疼痛を経験している被験体または有痛性障害に罹患している被験体の診断および処置のための方法および組成物を提供する。好ましくは、その被験体は、ヒト（例えば、疼痛を有する患者または本明細書中に開示される疼痛関連障害を有する患者）である。例えば、その被験体は、組織損傷（例えば、炎症、感染、虚血）から誘発される疼痛を有する患者；筋骨格障害に関連する疼痛（例えば、関節痛、歯痛、頭痛（例えば、片頭痛））を有する患者；手術に関連する疼痛を有する患者；炎症（例えば、過敏性腸症候群）に関連する疼痛を有する患者；または胸痛を有する患者であり得る。その被験体は、複合限局性疼痛症候群（ＣＲＰＳ）、反射性交感神経性ジストロフィー（ＲＳＤ）、カウザルギー、神経痛、中枢性疼痛（ｃｅｎｔｒａｌ  ｐａｉｎ）および知覚不全症候群、頸動脈圧痛、神経性疼痛、反射性頸腕痛症候群、筋筋膜痛症候群、頭蓋下顎疼痛機能不全症候群、慢性特発性疼痛症候群、コステン痛機能不全、急性胸部痛症候群、婦人科学的疼痛症候群、膝蓋大腿痛症候群、膝前部痛症候群、小児における再発性腹痛、仙痛、背部下部疼痛症候群、神経障害性疼痛、切断からの想像（ｐｈａｎｔｏｍ）疼痛、想像（ｐｈａｎｔｏｍ）歯痛、または疼痛象徴不能を有する患者であり得る。その被験体は、癌患者（例えば、脳癌、骨癌、または前立腺癌を有する患者）であり得る。他の実施形態において、その被験体は、非ヒト動物（例えば、実験動物（例えば、慢性疼痛関節炎ラットモデル、神経障害性疼痛の慢性狭窄損傷（ＣＣＩ）ラットモデル、またはフロイント完全アジュバント（ＦＣＡ）の足底内（ｉｎｔｒａｐｌａｎｔａｒ）注射による片側性炎症疼痛のラットモデル）であり得る。
【０００６】
「処置」とは、本明細書中で使用される場合、疾患もしくは障害、疾患もしくは障害の症状、または疾患もしくは障害への素因を、治療（ｃｕｒｅ）、治癒（ｈｅａｌ）、緩和（ａｌｌｅｖｉａｔｅ）、軽減（ｒｅｌｉｅｖｅ）、変化（ａｌｔｅｒ）、矯正（ｒｅｍｅｄｙ）、改善（ａｍｅｌｉｏｒａｔｅ）、改善（ｉｍｐｒｏｖｅ）もしくは影響（ａｆｆｅｃｔ）するための、その疾患もしくは障害を有する患者への治療剤の適用もしくは投与、またはその疾患もしくは障害を有する患者から単離した組織もしくは細胞株への治療剤の適用もしくは投与として、規定される。治療剤としては、本明細書中に記載される、低分子、ペプチド、抗体、リボザイム、およびアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
【０００７】
本発明は、核酸分子およびタンパク質分子（下記）が、疼痛動物モデルならびに疼痛に関連することが公知である末梢神経系組織および中枢神経系組織（例えば、脊髄神経節（ＤＲＧ））において差次的に発現されるという発見に、少なくとも部分的には基づく。本発明の方法によって同定される、本発明の分子の調節因子（ｍｏｄｕｌａｔｏｒ）は、疼痛および有痛状態を調節（例えば、阻害、処置、または予防）するために使用され得る。
【０００８】
「差次的発現」とは、本明細書中で使用される場合、遺伝子の時間的発現パターンおよび／または組織発現パターンにおける、量的差異および質的差異の両方を包含する。従って、差次的に発現される遺伝子は、有痛性疾患状態（例えば、実験的疼痛モデル系（例えば、疼痛についての動物モデル））に対して正常状態において活性化または不活化している発現を有し得る。正常状態対処置状態またはコントロール状態対実験状態において発現が異なる程度は、標準的特徴付け技術（例えば、定量的ＰＣＲ、ノーザン分析、差引きハイブリダイゼーション）を介して可視化されるに十分に大きいことだけしか必要としない。差次的に発現される遺伝子の発現パターンは、予後判定評価もしくは診断評価の一部として使用され得るか、または疼痛および有痛性障害の処置のために有用な化合物を同定するための方法において、使用され得る。さらに、疼痛または有痛性障害に関与する差次的に発現される遺伝子は、標的遺伝子を示し得、その結果、標的遺伝子発現のレベルの調節もしくは標的遺伝子産物活性レベルの調節が、疼痛もしくは有痛性状態の処置において使用され得る。標的遺伝子発現または標的遺伝子産物の活性を調節する化合物は、疼痛または有痛性状態の処置において使用され得る。本明細書中に記載される遺伝子が、疼痛に関して差次的に発現され得、そして／またはその産物は、疼痛にとって重要な遺伝子産物と相互作用しうるが、それらの遺伝子はまた、さらなる細胞プロセスにとって重要な機構に関与し得る。
【０００９】
（本発明の分子）
本発明の分子としては、イオンチャネル（例えば、カリウムチャネル）、トランスポーター（例えば、アミノ酸トランスポーター）、レセプター（例えば、Ｇタンパク質共役レセプター）および酵素（例えば、キナーゼ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００１０】
ナトリウムイオン、カリウムイオン、カルシウムイオンおよび塩素イオンの伝導を選択的に媒介する膜貫通イオンチャネルタンパク質は、感覚ニューロンの電気的活性を媒介し、従って、侵害受容において重要である。詳細には、カリウムチャネルは、ニューロン発射の頻度およびパターンを調節する際に重要な役割を果す。カリウムチャネルの発現およびピーク電流は、異なる炎症モデルおよび慢性疼痛モデル後に調節されることが示されている。さらに、カルシウムイオンは、重要な細胞内シグナル伝達の役割（他のイオンチャネルの調節ならびにプロテインキナーゼおよび他の酵素活性の調節を含む）を果す。確立された三次元構造および作用機構を有する細胞表面タンパク質として、イオンチャネルの孔形成αサブユニットは、理想的な薬物標的を生成する。αサブユニットに加えて、これらのチャネルは、βサブユニットと、チャネル活性を調節しかつそのチャネルの薬理学的操作のための良好な標的である他の相互作用タンパク質とからなり得る。従って、イオンチャネルは、疼痛および有痛性状態を処置する際に有用である。
【００１１】
内因性可溶性因子が、侵害受容ニューロンの末梢端においてか、またはこれらの侵害受容器からの入力を受容する中心ニューロンにおいてのいずれかで、特定の膜貫通レセプターへの結合によって、疼痛感覚を媒介する。これらの可溶性因子としては、セロトニン、ヒスタミン、ブラジキニン、タキキニン（サブスタンスＰおよびニューロキニンＡ）、オピオイド、エイコサノイド（ロイコトリエン、プロスタグランジン、トロンボキサン）プリン、興奮性アミノ酸および異なるタンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、ヒトにおける臨床試験を含む増加中の証拠は、ＩＬ−１、ＴＮＦ−α、およびニューロトロフィンファミリーメンバーが、有痛性刺激の伝達におけるいくつかの段階に関与することを示す。水素イオン（プロトン）は、バニロイドレセプターカルシウムチャネルまたはアミロリド感受性ナトリウムチャネルを活性化することによって、炎症に（および酸味とも）関連する疼痛を調節し得る。さらに、多数の外因性因子が、内因性可溶性因子を模倣することによって、疼痛を媒介する。例えば、濫用されるアヘン剤は、内因性オピオイドのレセプターに結合することによって痛覚脱失効果を発揮し、カプサイシンは、バニロイドレセプターに結合することによって、疼痛感覚を刺激する。これらの可溶性因子のレセプターは、いくつかのシグナル伝達機構（チロシンキナーゼ活性（例えば、ニューロトロフィンレセプター）、細胞質チロシンキナーゼ動員（例えば、ＴＮＦαおよびＩＬ−１のサイトカインレセプター）、イオンチャネル開口、およびＧタンパク質共役レセプターを含む）に関連する。これらの細胞表面レセプターは、その膜貫通位置に起因して、理想的な薬物標的であり、そしてその目標は、疼痛機構を調節する際に重要な役割を果し得る、既知のリガンドまたは代理リガンドを有するＧタンパク質共役レセプターを発見することである。
【００１２】
細胞内キナーゼ（例えば、プロテインキナーゼＡおよびプロテインキナーゼＣ）は、感覚ニューロンにおける疼痛に対する応答に関与する。同様に、酵素（例えば、シクロオキシゲナーゼおよびトロンボキサンシンセターゼ）は、プロスタグランジン、ロイコトリエン、およびトロンボキサンの生成において重要であることが公知である。これらの特定の標的は、炎症疼痛においてより重要であり得るが、長期疼痛または神経障害性疼痛におけるこの遺伝子ファミリーの役割は、重要である。
【００１３】
（遺伝子ＩＤ９９４９）
ヒト９９４９配列（配列番号１）（ジアシルグリセロールキナーゼε（ＤＧＫ−ε（ＤＧＫ−Ｅ））としても公知）は、非翻訳領域を含む約２５６２ヌクレオチド長である。配列番号１のおよそ核酸８８〜１７９１に位置するコード配列は、５６７アミノ酸のタンパク質（配列番号２）をコードする。
【００１４】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、９９４９  ｍＲＮＡは、２つの疼痛動物モデル（慢性狭窄損傷（ＣＣＩ）および軸索切断モデル）の脊髄においてアップレギュレートされた。９９４９  ｍＲＮＡはまた、軸索切断後の脊髄神経節（ＤＲＧ）においてアップレギュレートされた。
【００１５】
ジアシルグリセロールキナーゼ（９９４９）のεアイソフォームは、アラキドン酸の活性化のために必要である（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２００１、Ｇｅｎｅ，１９９９，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  １９９６）。９９４９は、Ｎ−メチル−Ｄ−アスパラギン酸レセプター（ＮＭＤＡＲ）の活性化を介してニューロン可塑性に関連するニューロンシグナル伝達経路を調節する（Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ２００１）。その発現パターンおよび神経シグナル伝達経路におけるその機能的役割に起因して、９９４９活性の調節因子は、疼痛および有痛性障害を処置する際に有用である。本発明の９９４９ポリペプチドは、９９４９活性の調節因子をスクリーニングする際に有用である。
【００１６】
（遺伝子ＩＤ１４２３０）
ヒト１４２３０配列（配列番号３）（ヒトニ重コルチン様キナーゼとしても公知）は、非翻訳領域を含む約４７２６ヌクレオチド長である。配列番号３のおよそ核酸２〜１８２８に位置するコード配列は、６０８アミノ酸のタンパク質（配列番号４）をコードする。
【００１７】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、１４２３０  ｍＲＮＡは、疼痛動物モデルにおいて、カプサイシン処理後に脊髄の後角においてアップレギュレートされた。
【００１８】
１４２３０は、二重コルチン様キナーゼであり、二重コルチンドメインと、ＣＧＰ−１６キナーゼと類似するキナーゼドメインとを有する。ＣＰＧ−１６キナーゼは、カイニン酸処理した海馬ニューロンから単離された。このＣＰＧ−１６キナーゼは、ｃＡＭＰ依存性プロテインキナーゼ経路の下流にある。フォルスコリンまたは８−Ｂｒ−ｃＡＭＰは、このキナーゼの自己リン酸化を、ＰＫＡ誘導性機構を介して６〜８倍増加した（Ｂｕｒｇｅｓｓら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｒｅｓ．１９９９）（Ｓｉｌｖｅｒｍａｎら、ＪＢＣ、１９９９）。ＰＫＡおよびカイニン酸は、侵害受容において周知の規定された役割を有する。その発現パターンおよびその機能的役割に起因して、１４２３０活性の調節因子は、疼痛および有痛性障害を処置する際に有用である。本発明の１４２３０ポリペプチドは、１４２３０活性の調節因子をスクリーニングする際に有用である。
【００１９】
（遺伝子ＩＤ７６０）
ヒト７６０配列（配列番号５）（新規Ｇタンパク質共役レセプターとしても公知）は、非翻訳領域を含む約４０５２ヌクレオチド長である。配列番号５のおよそ核酸４５〜１１９９に位置するコード配列は、３８４アミノ酸のタンパク質（配列番号６）をコードする。
【００２０】
インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）実験は、マウス脳における７６０  ｍＲＮＡの発現が、疼痛処理に関与する脳領域（例えば、帯状束皮質、視床、扁桃、および海馬のいくつかのニューロン）に制限されたことを示した。末梢神経系において、７６０は、ＤＲＧニューロンの小部分集団（主に、非常に小さい直径を有するニューロン（侵害受容ニューロン））において発現された。異なる疼痛モデルからの齧歯類群におけるＴａｑＭａｎ実験は、７６０が、２つの慢性疼痛モデル（慢性狭窄および坐骨神経の軸索切断）のＤＲＧにおいてアップレギュレートされたことを示した。７６０  ｍＲＮＡはまた、カプサイシン処理後の脊髄の後角においてアップレギュレートされる。さらに、このレセプターを欠くマウス（７６０ノックアウトマウス）の挙動試験は、この７６０ノックアウトマウスが、その疼痛閾値を変化させたことを示した。
【００２１】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、７６０は、中枢侵害受容経路および末梢侵害受容経路（ＤＲＧにおける感覚侵害受容ニューロンを含む）において発現された。７６０のリガンドもまた、内分泌腺由来の脈管内皮増殖因子（ＥＧ−ＶＥＧＦ）として同定された（Ｌｉｎら、２００２）。神経障害性疼痛のモデルにおけるさらなる７６０の分析は、７６０が、ノックアウトマウスにおいてアップレギュレートされ、かつ疼痛閾値を変化させたことを、示した。従って、７６０は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有し、そして疼痛および有痛性障害の処置に関する調節因子を発見するために有用である。７６０活性の調節因子は、疼痛および有痛性障害を処置する際に有用である。
【００２２】
（遺伝子ＩＤ６２５５３）
ヒト６２５５３配列（配列番号７）（新規Ｇタンパク質共役レセプターとしても公知）は、非翻訳領域を含む約１１８２ヌクレオチド長である。配列番号７のおよそ核酸１〜１１８２に位置するコード配列は、３９３アミノ酸のタンパク質（配列番号８）をコードする。
【００２３】
ヒトプローブを使用するＩＳＨ実験は、サル末梢神経系における６２５５３  ｍＲＮＡの発現が、ＤＲＧニューロンの小部分集団（主に、非常に小さい直径〜中程度の直径（侵害受容ニューロン））に制限されたことを示した。脊髄において、６２５５３  ｍＲＮＡは、板Ｉ、ＩＩ、およびＶ（これもまた、侵害受容処理に関与する領域である）においてニューロンの部分集団において発現された。最後に、脳において、６２５５３  ｍＲＮＡは、皮質層Ｖ、視床下部、ＣＡ層錐体ニューロンおよび視床におけるいくつかのニューロンにおいて発現された。６２５５３  ｍＲＮＡは、ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合に、冷異痛により特徴付けられる疼痛モデルにおけるカプサイシン処理後に、ＤＲＧにおいてアップレギュレートされた。
【００２４】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、６２５５３は、中枢侵害受容経路および末梢侵害受容経路（ＤＲＧにおける感覚侵害受容ニューロン、脊髄の板Ｉ、ＩＩおよびＶを含む）において発現された。従って、６２５５３は、疼痛応答において重要な役割を果たし、そして疼痛および有痛性障害の処置に関する６２５５３活性の調節因子をスクリーニングする際の有用な標的である。
【００２５】
（遺伝子ＩＤ１２２１６）
ヒト１２２１６配列（配列番号９）（ＳＲＥＢ３のｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｍＲＮＡとしても公知）は、非翻訳領域を含む約１１２１ヌクレオチド長である。配列番号９のおよそ核酸２〜１１２１に位置するコード配列は、３７３アミノ酸のタンパク質（配列番号１０）をコードする。
【００２６】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、最高レベルの１２２１６  ｍＲＮＡ発現は、脳において観察され、その後、脊髄、卵巣および脊髄神経節（ＤＲＧ）において観察された。ヒトプローブおよびマウスプローブを用いるＩＳＨは、サルおよびラットの脳、脊髄よびＤＲＧにおいて、１２２１６  ｍＲＮＡの発現を示した。脊髄において、１２２１６  ｍＲＮＡは、後角の板ＩＩおよびＤＲＧに制限された。この遺伝子は、小さいサイズおよび中程度のサイズのニューロン部分集団において発現された。ラットプローブを用いてＴａｑＭａｎ実験は、ヒトプローブと比較して同様の発現パターンを示した。さらに、この遺伝子は、ラットにおいて交感神経において発現された。
【００２７】
ＤＲＧおよび脊髄の両方における侵害受容処理に関与する領域における１２２１６の精巧かつ排他的な発現パターンは、このレセプターが、侵害受容経路の調節において重要であることを示す。従って、１２２１６は、疼痛応答において重要な役割を果し、そして疼痛および有痛性障害の処置に関する１２２１６活性の調節因子をスクリーニングする際の有用な標的である。
【００２８】
（遺伝子ＩＤ１７７１９）
ヒト１７７１９配列（配列番号１１）（ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓオーファン（ｏｒｐｈａｎ）Ｇタンパク質共役レセプターであるＧＰＲ７２としても公知）は、非翻訳領域を含む約１７２７ヌクレオチド長である。配列番号１１のおよそ核酸１〜１２７２に位置するコード配列は、４２３アミノ酸のタンパク質（配列番号１２）をコードする。
【００２９】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、１７７１９  ｍＲＮＡは、非常に制限された発現を示した。最高レベルの発現は、脳、脊髄神経説（ＤＲＧ）、脊髄および精巣において検出された。ヒト１７７１９プローブを用いて行われたＩＳＨ実験は、サルおよびラットの脳、脊髄およびＤＲＧにおける発現を示した。脳において、１７７１９  ｍＲＮＡは、主に、皮質板ＩおよびＩＩにおいて発現された。脊髄において、１７７１９  ｍＲＮＡは、最も表面に近い板（侵害受容に関与する領域）においてのみ発現された。サルおよびラットのＤＲＧにおいて、小さい直径のニューロンの非常に制限された部分集団において、発現が観察された。
【００３０】
末梢侵害受容経路（ＤＲＧにおける感覚侵害受容ニューロンおよび脊髄におけるその標的を含む）におけるこのＧＰＣＲの精巧かつ制限された発現に基づくと、このレセプターの活性を調節することは、鎮痛効果を有する。従って、１７７１９は、疼痛応答において重要な役割を果たし、そして疼痛および有痛性障害の処置に関する１７７１９活性の調節因子のスクリーニングにおいて有用である。
【００３１】
（遺伝子ＩＤ４１８９７）
ヒト４１８９７配列（配列番号１３）（硫酸ヘパランＤ−グルコサミニル３−Ｏ−スルホトランスフェラーゼ２としても公知）は、非翻訳領域を含む約１９６８ヌクレオチド長である。配列番号１３のおよそ核酸７３〜１１７６に位置するコード配列は、３６７アミノ酸のタンパク質（配列番号１４）をコードする。
【００３２】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、４１８９７  ｍＲＮＡは、脳において発現された。４１８９７は、グルコサミニルＮ−デアセチラーゼ／Ｎ−スルフォトランスフェラーゼである。ＴＮＦ−αは、グリコシルトランスフェラーゼおよびスルフォトランスフェラーゼの発現を増加し、慢性疼痛の処理および生成における周知の関与物質である（ＪＢＣ  ２００２  Ｊａｎ  ４：２７７（１）：４２４〜４３１）。ＴＮＦ−αは、多くの持続性疼痛モデルにおいてアップレギュレートされることが公知である（Ｅｘｐ  Ｎｅｕｒｏｌ．１９９８  Ｍａｙ；１５１（１）：１３８〜４２）（Ｐａｉｎ．２０００  Ｄｅｃ  １；８８（３）：２６７〜７５）（Ｅｘｐ  Ｎｅｕｒｏｌ．２００１  Ｊｕｎ；１６９（２）：３８６〜９１）。さらに、ＴＮＦ−α適用は、疼痛挙動を誘導する（Ｐａｉｎ．２００２  Ｆｅｂ；９５（３）：２３９〜２４６）（Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．２００１  Ｓｅｐ  １４；９１３１（１）：８６〜９）（Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００１  Ｍａｙ  ２２；５６（１０）：１３７１〜７）。ＴＮＦ−αによるトランスフェラーゼのアップレギュレーションは、この遺伝子ファミリーが、疼痛プロセスに関与することを示唆する。従って、４１８９７は、侵害受容に関与し、そして疼痛および有痛性障害の処置に関する４１８９７の調節因子を発見するための潜在的標的である。本発明の４１８９７ポリペプチドは、４１８９７活性の調節因子をスクリーニングする際に有用である。
【００３３】
（遺伝子ＩＤ４７１７４）
ヒト４７１７４配列（配列番号１５）（ＵＤＰ−ＧａｌＮＡｃ：ポリペプチドＮ−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼとしても公知）は、非翻訳領域を含む約２５７２ヌクレオチド長である。配列番号１５のおよそ核酸３２５〜２１３６に位置するコード配列は、６０３アミノ酸のタンパク質（配列番号１６）をコードする。
【００３４】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、４７１７４  ｍＲＮＡは、脊髄および脊髄神経節（ＤＲＧ）において発現された。４７１７４は、ＧａｌＮＡｃ−Ｔ９であり、グリコシルトランスフェラーゼ２群ファミリーのメンバーである。オピオイドペプチドは、慢性疼痛をダウンレギュレートまたは阻害し得る。オピオイドによるこの阻害は、これらの物質が、疼痛プロセスに関与することを示す。あるこのような場合において、オピオイドペプチドであるエンケファリンは、ガングリオシドＧａｌＮＡｃトランスフェラーゼ活性をインビトロで阻害した（Ｊ  Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ  １９８４  Ａｐｒ；４２（４）：１１７５〜８２）。エンケファリンがＧａｌＮＡｃトランスフェラーゼを阻害する無痛能力は、ＧａｌＮａｃが、侵害受容処理の伝達において役割を果すことを示唆する。従って、脊髄およびＤＲＧにおけるその発現、およびその機能的役割に起因して、４７１７４は、侵害受容に関与し、そして疼痛および有痛性障害の処置に関する調節因子をスクリーニングするための標的として有用である。本発明の４７１７４ポリペプチドは、４７１７４活性の調節因子をスクリーニングする際に有用である。
【００３５】
（遺伝子ＩＤ３３４０８）
ヒト３３４０８配列（配列番号１７）（カリウム電圧ゲートチャネルサブファミリーＨメンバー５（Ｅｔｈｅｒ−ａ−ｇｏ−ｇｏカリウムチャネル２）（ｈＥＡＧ２）としても公知）は、非翻訳領域を含む約３５５３ヌクレオチド長である。配列番号１７のおよそ核酸２７８〜３２４４に位置するコード配列は、９８８アミノ酸のタンパク質（配列番号１８）をコードする。
【００３６】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価した場合、３３４０８  ｍＲＮＡは、脳、脊髄神経節（ＤＲＧ）および脊髄（ＳＣ）において、正常コントロール組織の発現レベルと比較してアップレギュレートされることが見出された。インサイチュハイブリダイゼーション実験により、３３４０８  ｍＲＮＡは、脳、脊髄神経節および脊髄において発現されることが確認された。３３４０８は、カリウムイオンチャネル（Ｋ＋チャネル）である。公開された文献は、Ｋ＋チャネルの活性化は、ニューロン発射の頻度およびパターンに影響を与えることを示す。従って、Ｋ＋チャネルの調節は、侵害受容ニューロンの発射パターンにとって重要である。脳、脊髄神経節および脊髄における３３４０８  ｍＲＮＡの発現、およびその機能的役割に起因して、３３４０８の調節因子は、疼痛および有痛性障害の処置に関する治療剤を開発する際に有用である。本発明の３３４０８ポリペプチドはまた、３３４０８活性の調節因子をスクリーニングする際に有用である。
【００３７】
（遺伝子ＩＤ１０００２）
ヒト１０００２配列（配列番号１９）（マイトジェン活性化タンパク質キナーゼｐ３８β（ＭＡＰキナーゼｐ３８βとしても公知）は、非翻訳領域を含めて約２１８０ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号１９の核酸約２０〜１１３８に位置する）は、３７２アミノ酸のタンパク質（配列番号２０）をコードする。
【００３８】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、１０００２  ｍＲＮＡ発現は、脳および脊髄神経節（ＤＲＧ）において上方調節される。
【００３９】
１０００２は、マイトジェン活性化タンパク質（ｐ３８）として同定される。マイトジェン活性化タンパク質（ＭＡＰ）キナーゼカスケードは、細胞外シグナルを細胞応答に伝達するために真核生物細胞により使用される主要なシグナル系の１つを代表する。１０００２は、グルタミン酸およびＮＭＤＡにより活性化される（ＪＢＣ．Ｊｕｌｙ  ２５，２７２（３０）：１８５１８−１８５２１，１９９７）；（ＪＢＣ．Ｍａｒｃｈ  ５，２７４（１０）；６４９３−６４９８，１９９９）。公開された文献は、海馬ニューロンにおけるＭＡＰ  ｐ３８の活性化は、ＭＫ８０１がＭＡＰ  ｐ３８のＮＭＤＡ誘導活性化をブロックする場合に誘導される（Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  Ｌｅｔｔ  Ｄｅｃ  ２２；２９６  （２−３）：１０１−４．）；（ＪＢＣ．Ｍａｒｃｈ  ５，２７４（１０）；６４９３−６４９８，１９９９）。脳および脊髄神経節における１０００２  ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、１０００２活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。１０００２活性の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の１０００２ポリペプチドはまた、１０００２活性の調節因子をスクリーニングする際に有用である。
【００４０】
（遺伝子ＩＤ１６２０９）
ヒト１６２０９配列（配列番号２１）（キナーゼｐ５６  ＫＫＩＡＭＲＥとしても公知）は、非翻訳領域を含めて約２０９５ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号２１の核酸約４７８〜１９５９に位置する）は、４９３アミノ酸のタンパク質（配列番号２２）をコードする。
【００４１】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、１６２０９  ｍＲＮＡ発現は、ニューロパシー性疼痛のサルモデルにおける脳および脊髄において上方調節される。
【００４２】
１６２０９またはＫＫＩＡＭＲＥは、海馬錐体細胞層において発現される（Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９）。１６２０９は、保存されたＭＡＰキナーゼ二重リン酸化ドメインを含み、そしてＭＡＰＫおよびＣａ２＋−カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼＩＩと同様に機能することが示唆される。これらの特徴は、１６２０９が、長期のシナプス変化（ＬＴＰ）において役割を演じることを可能にする（Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９）；（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，１９９６）。１６２０９はまた、ＥＧＦ二より活性化される（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，１９９６）。公開された文献はまた、ＥＧＦが、キニンレセプター１を上方調節して、ＮＭＤＡレセプターの活性化を介して長期シナプス変化をもたらすことを示す（Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９９８）。このデータは、１６２０９とＮＭＤＡレセプター活性化との間の強い関連を示す。脳および脊髄における１６２０９発現に起因して、その機能的役割と共に、１６２０９活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。１６２０９活性の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の１６２０９ポリペプチドはまた、１６２０９活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００４３】
（遺伝子ＩＤ３１４）
ヒト３１４配列（配列番号２３）（メラトニンレセプター１Ｂ型（Ｍｅｌ−１Ｂ−Ｒ）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約１１０５ヌクレオチド長である。コード配列（配列番２３の核酸約１３〜１１０１に位置する）は、３６２アミノ酸のタンパク質をコードする（配列番号２４）。
【００４４】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、３１４  ｍＲＮＡ発現は、脳および脊髄において上方調節された。ラットモデルにおけるさらなるＴａｑＭａｎ分析は、３１４  ｍＲＮＡが、カプサイシンで処置された疼痛の動物モデルの脊髄神経節および脊髄において上方調節された。
【００４５】
３１４は、メラトニンレセプター（ＧＰＣＲ）であり、齧歯類において抗侵害受容活性を有する。３１４リガンドの直接注射（ｉ．ｐ．）は、脊髄ワインドアップ（ｗｉｎｄ−ｕｐ）活性を阻害する（Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ  ２００２  Ｊａｎ  ２１；１３（１）：８９−９１）。さらに、メラトニンの中枢投与または末梢投与は用量依存性の誘導抗侵害受容を生じる（Ｅｕｒ  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ２０００  Ｓｅｐ  １；４０３（１−２）；４９−５３）。従って、３１４活性は、潜在的に、痛覚脱失を生じる。脳および脊髄における３１４発現に起因して、その機能的役割と共に、３１４活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。３１４活性の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の３１４ポリペプチドはまた、３１４活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００４６】
（遺伝子ＩＤ６３６）
ヒト６３６配列（配列番号２５）（電位型カリウムチャンネルタンパク質Ｋｖ１．６（ＨＢＫ２）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約４２３４ヌクレオチド長である。コード配列（配列番２５の核酸約８６３〜２４５２に位置する）は、５２９アミノ酸のタンパク質（配列番号２６）をコードする。
【００４７】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、６３６  ｍＲＮＡ発現は、脳および脊髄において上方調節された。インサイチュハイブリダイゼーション実験は、６３６が、脊髄、脳および脊髄神経節において発現されることを示した。
【００４８】
カリウムチャンネルの活性化は、神経ファイヤリング（ｆｉｒｉｎｇ）の頻度およびパターンに影響を及ぼす。カリウムチャンネルの調節は、侵害受容ニューロンのファイヤリングパターンにおいて役割を果たす。従って、チャンネル開口薬（ｏｐｅｎｅｒ）は、潜在的に、抗侵害受容効果を有する。脳および脊髄における６３６発現に起因して、その機能的役割と共に、６３６活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。６３６活性の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の６３６ポリペプチドはまた、６３６活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００４９】
（遺伝子ＩＤ２７４１０）
ヒト２７４１０配列（配列番号２７）（カリウムチャンネルサブファミリーＫのメンバー１７（ＴＡＳＫ−４）（ＴＷＩＫ関連アルカリｐＨ活性化Ｋ＋チャンネル２）（２ＰドメインカリウムチャンネルＴａｌｋ−２）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約１７６４ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号２７の核酸約２６８〜１２６６に位置する）は、３３２アミノ酸のタンパク質（配列番号２８）をコードする。
【００５０】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、２７４１０ｍＲＮＡ発現は、脊髄神経節および脊髄において上方調節された。インサイチュハイブリダイゼーション実験は、２７４１０  ｍＲＮＡが、脊髄、脳および脊髄神経節において発現されることを示した。
【００５１】
カリウムチャンネルの活性化は、神経ファイヤリングの頻度およびパターンに影響を及ぼす。カリウムチャンネルの調節は、侵害受容ニューロンのファイヤリングパターンにおいて重要である。従って、チャンネル開口薬は、潜在的に、抗侵害受容効果を有する。脳および脊髄における２７４１０発現に起因して、その機能的役割と共に、２７４１０活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。２７４１０活性の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の２７４１０ポリペプチドはまた、２７４１０活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００５２】
（遺伝子ＩＤ３３２６０）
ヒト３３２６０配列（配列番号２９）（カリウム電位型チャンネルサブファミリーＨのメンバー１（Ｅｔｈｅｒ−ａ−ｇｏ−ｇｏカリウムチャンネル１）（ｈＥＡＧ１）（ｈ−ｅａｇ）（ｅａｇＢ）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約３０８３ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号２９の核酸約３７〜３００６に位置する）は、９８９アミノ酸のタンパク質（配列番号３０）をコードする。
【００５３】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、３３２６０ｍＲＮＡ発現は、正常コントロール組織の発現レベルと比較して、脳、脊髄および脊髄神経節（ＤＲＧ）において上方調節された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、３３２６０が、カプサイシンおよびモルヒネで処置された疼痛ラットモデルの脊髄において上方調節されることを示した。インサイチュハイブリダイゼーション実験は、３３２６０ｍＲＮＡが、脊髄、脳および脊髄神経節（ＤＲＧ）において発現されることを示した。
【００５４】
３３２６０は、カリウムイオンチャンネル（Ｋ＋チャンネル）である。公開された文献は、Ｋ＋チャンネルの活性化が、神経ファイヤリングの頻度およびパターンに影響を及ぼすことを示している。従って、Ｋ＋チャンネルの調節は、侵害受容ニューロンのファイヤリングパターンに関して重要である。脳、脊髄神経節および脊髄における３３２６０  ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、３３２６０の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の３３２６０ポリペプチドは、３３２６０活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００５５】
（遺伝子ＩＤ６１９）
ヒト６１９配列（配列番号３１）（Ｇタンパク質活性化内向き整流カリウムチャンネル２（ＧＩＲＫ２）（内向きに整流するカリウムチャネル、サブファミリーＪ、メンバー６）（内向きＫ＋チャンネルＫｉｒ３．２）（ＫＡＴＰ−２）（ＢＩＲ１）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約２５９８ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号３１の核酸約６５２〜１９２３に位置する）は、４２３アミノ酸のタンパク質（配列番号３２）をコードする。
【００５６】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、６１９ｍＲＮＡ発現は、正常コントロール組織の発現レベルと比較して、脳および脊髄において上方調節された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、６１９が、モルヒネで処置された疼痛動物モデルの脊髄において上方調節されることを示した。
【００５７】
公開された文献は、カリウム（Ｋ＋チャンネル）の活性化が、神経ファイヤリングの頻度およびパターンに影響を及ぼすことを示している。従って、Ｋ＋チャンネルの調節は、侵害受容ニューロンのファイヤリングパターンに関して重要である。さらに、チャンネル開口薬は、抗侵害受容効果を有する。脳および脊髄における６１９ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、６１９の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の６１９ポリペプチドは、６１９活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００５８】
（遺伝子ＩＤ１５９８５）
ヒト１５９８５配列（配列番号３３）（ダブルコルチン（ｄｏｕｂｌｅｃｏｒｔｉｎ）様キナーゼとしても公知）は、非翻訳領域を含めて約３５５２ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号３３の核酸約２０８〜２５０８に位置する）は、７６６アミノ酸のタンパク質（配列番号３４）をコードする。
【００５９】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、１５９８５ｍＲＮＡ発現は、脳および脊髄において上方調節された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、１５９８５が、モルヒネで処置された疼痛動物モデルの脊髄（ＳＣ）、ならびにＣＣＩ、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および軸索切断（ＡＸＴ）で処置された疼痛の動物モデルにおいて上方調節されることを示した。さらに、１５９８５  ｍＲＮＡは、疼痛のＣＣＩ動物モデルおよび軸索切断（ＡＸＴ）動物モデルの脊髄において上方調節された。ＩＳＨ実験は、ニューロンおよび稀突起神経膠細胞の両方においてＳＣおよび脳における１５９８５  ｍＲＮＡ発現を示した。
【００６０】
１５９８５は、ダブルコルチン様キナーゼであり、ダブルコルチンドメイン、およびＣＰＧ−１６キナーゼと同様のキナーゼドメインを有する。ＣＰＧ−１６キナーゼは、カイニン酸で処置した海馬ニューロン（神経形成の周知のモデル）から単離された。ＣＰＧ−１６は、ＡＭＰ依存性タンパク質キナーゼ経路の下流に位置する。ＣＰＧ１６の自己リン酸化は、ＰＫＡ誘導機構を介してフォルスコリンにより６〜８倍増加される。フォルスコリン刺激は、Ｈ８９として公知の特異的ＰＫＡインヒビターによりブロックされる。従って、１５９８５は、ＰＫＡ経路において潜在的な役割を果たす。ＰＫＡおよびカイニン酸は、侵害受容において周知の規定された役割を有する。脳および脊髄における１５９８５ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、１５９８５の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の１５９８５ポリペプチドは、１５９８５活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００６１】
（遺伝子ＩＤ６９１１２）
ヒト６９１１２配列（配列番号３５）（ダブルコルチン様キナーゼとしても公知）は、非翻訳領域を含めて約２４２１ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号３５の核酸約９１〜２０５８に位置する）は、６５５アミノ酸のタンパク質（配列番号３６）をコードする。
【００６２】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、６９１１２ｍＲＮＡは、脊髄神経節（ＤＲＧ）、脊髄（ＳＣ）において最も高いレベルで発現され、脳および精巣においてより低いレベルで発現された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、６９１１２が、疼痛のカプサイシンラットモデルの脊髄の後方角において上方調節されることを示した。インサイチュハイブリダイゼーション実験は、６９１１２ｍＲＮＡが、ヒト組織、サル組織およびラット組織の脊髄（ＳＣ）、脳および脊髄神経節（ＤＲＧ）において発現されることを示した。さらなるインサイチュハイブリダイゼーション実験は、６９１１２ｍＲＮＡが、皮質ニューロンの亜集団および板（侵害受容に関与する領域）において低レベルで発現されることを示した。サルおよびラットの脊髄神経節において、６９１１２ｍＲＮＡの発現は、ニューロンの非常に制限された亜集団（主に小さい直径）（侵害受容ニューロン）において観察された。
【００６３】
６９１１２は、ダブルコルチンドメインおよびＣＰＧ−１６キナーゼと同様のキナーゼドメインを有する、新規な希少（ｏｒｐｈａｎ）セリン／スレオニンキナーゼである。ＣＰＧ−１６は、カイナイト（ｋａｉｎｉｔｅ）で処置された海馬ニューロンから単離された形成性関連遺伝子である。炎症媒介物質（例えば、ＰＧＥ２、セロトニンおよびアデノシン）は、ｃＡＭＰ／ＰＫＡ経路を活性化し、痛覚過敏を引き起こす。ＣＰＧ−１６は、ｃＡＭＰのシグナル伝達経路においてＰＫＡの下流で作用する。なぜなら、フォルスコリンまたは８−Ｂｒ−ｃＡＭＰは、ＰＫＡ誘導機構を介してこのキナーゼの自己リン酸化を６〜８倍増加したからである（Ｂｕｒｇｅｓｓら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ｒｅｓ．１９９９；Ｓｉｌｖｅｒｍａｎら、ＪＢＣ，１９９９）。ＣＰＧ−１６の阻害は、潜在的にこのシグナル伝達を阻害する。６９１１２は、侵害受容挙動に関与するいくつかの分枝の下流に位置する。従って、６９１１２を拮抗することは、異なる刺激により誘導された侵害受容ニューロンの活性化の遮断をもたらし得る。ＤＲＧ、ＳＣ、脳および精巣における６９１１２ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、６９１１２の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の６９１１２ポリペプチドは、６９１１２活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００６４】
（遺伝子ＩＤ２１５８）
ヒト２１５８配列（配列番号３７）（シナプトトロフィン（ｓｙｎａｐｔｏｔｒｏｐｈｉｎ）関連セリン／スレオニンキナーゼとしても公知）は、非翻訳領域を含めて約４８３３ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号３７の核酸約４０〜４７５２に位置する）は、１５７０アミノ酸のタンパク質（配列番号３８）をコードする。
【００６５】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、２１５８ｍＲＮＡは、脳、脊髄神経節（ＤＲＧ）、脊髄（ＳＣ）において発現された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、２１５８が、慢性狭窄損傷（ＣＣＩ）ラットモデルの脊髄神経節、および疼痛のモルヒネラットモデルの脊髄において上方調節されることを示した。
【００６６】
シナプトトロフィン関連セリン／スレオニンキナーゼ（ＳＡＳＴ）または２１５８は、α１シナプトトロフィンおよびβ２シナプトトロフィンの両方と相互作用し、そしてシントロフィンを介する微少管フィラメントとのジストロフィン／ウトロフィン（ｕｔｒｏｐｈｉｎ）ネットワークの結合に関与する。２１５８は、伝達に必要なシナプス後機構を組織化する際に重要である。２１５８は、シナプス後神経プロセスおよび脳血管系に局在化され、そして神経酸化窒素シンターゼ（ｎＮＯＳ）と直接相互作用する。ｎＮＯＳとの２１５８の直接的相互作用は、２１５８を拮抗することは、Ｎ−メチル−Ｄ−アスパラギン酸−酸化窒素（ＮＭＤＡ−ＮＯ）を減少するかまたは停止させるということを示す。脳および脊髄における２１５８ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、２１５８の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の２１５８ポリペプチドは、２１５８活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００６７】
（遺伝子ＩＤ２２４）
ヒト２２４配列（配列番号３９）（メラノコルチン５レセプター（ＭＣ５−Ｒ）（ＭＣ−２）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約１６５０ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号３９の核酸約６１６〜１５９３に位置する）は、３２５アミノ酸のタンパク質（配列番号４０）をコードする。
【００６８】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、２２４ｍＲＮＡ発現は、脳および脊髄（ＳＣ）において上方調節された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、２２４ｍＲＮＡが、慢性狭窄損傷（ＣＣＩ）の脊髄神経節（ＤＲＧ）、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および軸索切断（ＡＸＴ）の疼痛のラットモデルにおいて上方調節されることを示した。２２４ｍＲＮＡはまた、疼痛のモルヒネラットモデルの脊髄、ならびにＣＣＩおよびＣＦＡの疼痛ラットモデルの脊髄において上方調節された。
【００６９】
２２４は、メラノコルチン５レセプターである。メラノコルチンレセプターファミリーは、侵害受容プロセシングに関連する。公開されたデータは、メラノコルチン５レセプターまたは２２４が、ラットにおける慢性狭窄損傷後の脊髄の後方角において上方調節されることを示す（Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２０００  Ｎｏｖ  １；２０（２１）８１３１−７）。メラノコルチンレセプターリガンドはまた、機械的異痛および低温異痛の生成に関連する（Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  ２０００  Ｎｏｖ  １；２０（２１）８１３１−７）。さらに、メラノコルチンレセプターアンタゴニストは、抗異痛応答を生じる（Ａｎｅｓｔｈ  Ａｎａｌｏｇ  ２００１  Ｄｅｃ；９３（６）：１５７２−７）。脳および脊髄における２２４ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、２２４の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の２２４ポリペプチドは、２２４活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００７０】
（遺伝子ＩＤ６１５）
ヒト６１５配列（配列番号４１）（内向き整流カリウムチャンネル４（ＩＲＫ４）（内向きに整流するカリウムチャネル、サブファミリーＪ、メンバー４）（内向き整流Ｋ＋チャンネルＫｉｒ２．３）（海馬内向き整流ＨＩＲ）（ＨＲＫ１）（ＨＩＲＫ２）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約１９１３ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号４１の核酸約９８〜１４３５に位置する）は、４４５アミノ酸のタンパク質（配列番号４２）をコードする。
【００７１】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、６１５ｍＲＮＡは、ヒト脳および心臓において発現された。ヒト脳における６１５ｍＲＮＡ発現に起因して、中枢神経系および末梢神経系の媒介物質として内向きに整流するカリウムチャンネルの一般的な機能的役割と共に、６１５の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の６１５ポリペプチドは、６１５活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００７２】
（遺伝子ＩＤ４４３７３）
ヒト４４３７３配列（配列番号４３）（亜鉛輸送体３（ＺＮＴ−３）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約２０００ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号４３の核酸約８４〜１２５０に位置する）は、３８８アミノ酸のタンパク質（配列番号４４）をコードする。
【００７３】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、４４３７３  ｍＲＮは、脳、次いで脊髄において最も高いレベルで発現された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、４４３７３  ｍＲＮＡがニューロパシー性疼痛の全４つのモデル（ＣＣＩ、軸索切断、ＳＮＩおよびＴＮＩ）における脊髄神経節（ＤＲＧ）において上方調節されることを示した。ＩＳＨ実験は、４４３７３  ｍＲＮＡが、サルおよびラットの両方において脊髄および皮質において発現されたことを示した。ラット疼痛モデルにおけるＳＮＩおよびＴＮＩ後のニューロンの亜集団において同側のＤＲＧでも発現されたが、対側のＤＲＧでは発現されなかった。
【００７４】
４４３７３は、亜鉛輸送体ＺＮＴ−３である。４４３７３またはＺＮＴ−３は、シナプス小胞に局在化されて、亜鉛を小胞に輸送する際に役割を果たす。一般的に、シナプスで放出される亜鉛は、神経興奮性の阻害または増強のいずれかを生じ得る神経調節能力を有する（Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ  Ｄｉｓ（１９９７）４：１３７）。さらに、亜鉛イオンは、グルタミンレセプターを調節し、γ−アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）合成酵素の活性を増大し、そして酸化窒素シンターゼを阻害する。これらの酵素は、侵害受容経路の重要な調節因子である。従って、４４３７３は、慢性疼痛の間に亜鉛レベルを調節する際に潜在的な役割を果たす。脳、脊髄神経節および脊髄における４４３７３ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、４４３７３の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に対する治療剤として有用である。本発明の４４３７３ポリペプチドは、４４３７３活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００７５】
（遺伝子ＩＤ９５４３１）
ヒト９５４３１配列（配列番号４５）（カチオン性アミノ酸輸送体（ＣＡＴ３）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約２２７９ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号４５の核酸約１５１〜２０１０に位置する）は、６１９アミノ酸のタンパク質（配列番号４６）をコードする。
【００７６】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、９５４３１ｍＲＮＡは、ヒトおよびラットパネルの両方における主に神経系組織において発現された。９５４３１ｍＲＮＡは、脳、次いで脊髄、胸部、卵巣および前立腺の組織において最も高いレベルで発現された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、９５４３１ｍＲＮＡが、疼痛の動物モデルにおいて慢性狭窄損傷（ＣＣＩ）および移植（ｓｐａｒｅｄ）神経損傷（ＳＮＩ）後の脊髄神経節（ＤＲＧ）において上方調節されることを示した。さらに、９５４３１ｍＲＮＡは、カプサイシン処置後の脊髄、ならびに疼痛の脛骨神経損傷（ＴＮＩ）動物モデルおよびＳＮＩ動物モデルにおいて上方調節された。
【００７７】
９５４３１は、カチオン性アミノ酸輸送体（ＣＡＴ３）であり、これは、アルギニン、リジンおよびオルニチンを輸送する（Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  １９９７，２７２：２６７８０−６）。アルギニンは、酸化窒素（ＮＯ）の前駆体であり、そしてオルニチンは、アルギニンの前駆体である。さらに、神経酸化窒素シンターゼ（ｎＮＯＳ）は、ニューロンにおいて９５４３１と共局在化する（Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ  Ｍｏｌ  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ１９９９，７０：２３１−４１）。９５４３１ｍＲＮＡは、もっぱらニューロンにおいて見出されるので、９５４３１は潜在的に、ニューロンにおけるＮＯ産生に必要なアルギニンの主要な供給源である。過剰のＮＯ産生はまた、侵害受容に関する十分に確立された機構であり、従って、９５４３１のインヒビターは、疼痛を阻害するための新規な方法である、脳、脊髄、胸部、卵巣および前立腺における９５４３１ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、９５４３１の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に指向された治療剤を発見する際に有用である。本発明の９５４３１ポリペプチドは、９５４３１活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００７８】
（遺伝子ＩＤ２２２４５）
ヒト２２２４５配列（配列番号４７）（長期一過性（ｌｏｎｇ  ｔｒａｎｓｉｅｎｔ）レセプター電位型チャネル２（ＬＴＲＰＣ２）（一過性レセプター電位型チャネル７（ＴＲＰＣ７）としても公知）は、非翻訳領域を含めて約６２２０ヌクレオチド長である。コード配列（配列番号４７の核酸約４４６〜４９５７に位置する）は、１５０３アミノ酸のタンパク質（配列番号４８）をコードする。
【００７９】
ＴａｑＭａｎ分析により評価した場合、２２２４５  ｍＲＮＡは、ヒトパネルおよびマウスパネルの両方における神経系組織において主に発現された。２２２４５  ｍＲＮＡは、脳、次いで脊髄神経節（ＤＲＧ）、結腸および卵巣において最も高いレベルで発現された。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、２２２４５  ｍＲＮＡが、軸索切断の一ヶ月後にＤＲＧにおいて上方調節され、そしてカプサイシン処置の１年後に下方調節された。２２２４５  ｍＲＮＡはまた、慢性狭窄損傷（ＣＣＩ）後の脊髄、脛骨神経損傷（ＴＮＩ）およびカプサイシン処置の１年後に上方調節された。インサイチュハイブリダイゼーション実験は、２２２４５  ｍＲＮＡが、脳皮質、海馬、およびＤＲＧにおけるニューロンの亜集団（いくつかの小直径ニューロンを含む）において発現されることを示した。
【００８０】
２２２４５は、Ｎａ＋およびＣａ２＋の両方に対して透過性の非選択的カチオンコンダクタンスの原因である。Ｃａ２＋流入は、侵害受容の活性化において重要である。さらに、２２２４５は、酸化剤および反応性窒素種により活性化され得、これらは、ＣＣＩおよび糖尿病の疼痛モデルにおいて侵害受容性であることが示されている。他の侵害受容媒介物質様アラキドン酸は、２２２４５活性を増強する。さらに、ＴＮＦα活性のいくつかは、２２２４５により媒介されるようである。従って、２２２４５ブロッカーは、疼痛伝達を阻害する。脳、脊髄神経節、結腸および卵巣における２２２４５ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割と共に、２２２４５の調節因子は、疼痛および疼痛障害の処置に指向された治療剤として有用である。本発明の２２２４５ポリペプチドは、２２２４５活性の調節因子についてスクリーニングする際に有用である。
【００８１】
（遺伝子ＩＤ２３８７）
ヒト２３８７配列（配列番号４９）は、グリシンレセプターα３サブユニットとしても公知であり、非翻訳領域を含めて約３０６９ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号４９の核酸約４２１〜約１７７０に位置し、４４９アミノ酸タンパク質（配列番号５０）をコードする。
【００８２】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、２３８７  ｍＲＮＡは、ヒトパネルおよびラットパネルの両方における神経系組織において発現した。２３８７  ｍＲＮＡは、脳において最も高レベルで発現し、続いて脊髄および後根神経節（ＤＲＧ）において発現した。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、２３８７  ｍＲＮＡが、神経障害性疼痛（慢性制限傷害（ＣＣＩ）および軸索切断）のモデルにおけるＤＲＧにおいてアップレギュレートされ、２３８７  ｍＲＮＡは、脛骨神経傷害（ＴＮＩ）および重度の神経傷害（ＳＮＩ）後にダウンレギュレートされたことを示した。２３８７  ｍＲＮＡはまた、疼痛モデルにおけるＳＮＩおよびＴＮＩ後のある時点において脊髄においてダウンレギュレートされた。カプサイシン処置の１年後のＤＲＧおよび脊髄において、ダウンレギュレートが観察された。
【００８３】
２３８７は、グリシンレセプターα３サブユニットである。α３サブユニットの活性化または相乗作用は、疼痛伝達を阻害する。脳、後根神経節および脊髄における２３８７  ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割とともに、２３８７の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の２３８７ポリペプチドは、２３８７活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【００８４】
（遺伝子ＩＤ１６６５８）
ヒト１６６５８配列（配列番号５１）は、エフリンＡ６レセプターとしても公知であり、非翻訳領域を含めて約３６３３ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号５１の核酸約２３〜約３４１５に位置し、１１３０アミノ酸タンパク質（配列番号５２）をコードする。
【００８５】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、１６６５８  ｍＲＮＡは、ヒトパネルおよびラットパネルの両方における神経系組織において広範に発現した。１６６５８  ｍＲＮＡは、カプサイシン処置の後根神経節（ＤＲＧ）および脊髄においてアップレギュレートされ、続いて、カプサイシン処置の１年後にダウンレギュレートされた。１６６５８  ｍＲＮＡはまた、慢性制限傷害（ＣＣＩ）、重度の神経傷害（ＳＮＩ）、脛骨神経傷害（ＴＮＩ）および軸索切断の疼痛モデル後のＤＲＧにおいてダウンレギュレートされた。さらに、１６６５８  ｍＲＮＡは、神経根切断後の脊髄においてダウンレギュレートされた。ＩＳＨ実験は、１６６５８  ｍＲＮＡが、皮質、脊髄（後角を含む）および中程度および小さい直径のＤＲＧニューロンの亜集団において発現された。
【００８６】
１６６５８は、神経組織において広範に発現されるエフリンＡ６レセプターである。エフリンＡレセプターについてのシグナル伝達経路は、最近明らかにされた。ＧＴＰａｓｅのＲｈｏ−ファミリーであるエフェキシンに対するグアニンヌクレオチド交換因子は、エフリンＡレセプターと相互作用し、ＲｈｏＡを活性化する（Ｃｅｌｌ  ２００１，１０５：２３３）ことが示されている。１６６５８は、成体神経系において高度に発現し、幾つかの疼痛モデルにおいて調節される。エフリンＡレセプターとエフェキシンとの相互作用は、ＲｈｏＡを活性化し（いくつかの侵害受容性媒介因子に類似して）、このレセプターを阻害することは、疼痛伝達を潜在的に阻害する。神経組織における１６６５８  ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割とともに、１６６５８の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の１６６５８ポリペプチドは、１６６５８活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【００８７】
（遺伝子ＩＤ５５０５４）
ヒト５５０５４配列（配列番号５３）は、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ様タンパク質２としても公知であり、非翻訳領域を含めて約１６４０ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号５３の核酸約４２〜約１５６８に位置し、５０８アミノ酸タンパク質（配列番号５４）をコードする。
【００８８】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、５５０５４  ｍＲＮＡは、脳および脊髄において高いレベルで発現し、肝臓では低いレベルで発現した。ヒト５５０５４プローブを用いるインサイチュハイブリダイゼーション実験は、サルおよびヒトの脳、ならびにサルの脊髄における高い発現を示した。５５０５４  ｍＲＮＡはまた、神経膠細胞において広範に発現した。５５０５４は、グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ様タンパク質２としても公知である。グルタミン酸合成の阻害は、疼痛症候群を改善する。なぜなら、グルタミン酸合成は、グルタミン酸レセプターの活性化を制御するからである。脳および脊髄における５５０５４  ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割とともに、５５０５４の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の５５０５４ポリペプチドは、５５０５４活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【００８９】
（遺伝子ＩＤ１６３１４）
ヒト１６３１４配列（配列番号５５）は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼキナーゼ１０（混合連結キナーゼ２（ＭＬＫ２））としても公知であり、非翻訳領域を含めて約３１３８ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号５５の核酸約１６１〜約３０２２に位置し、９５３アミノ酸タンパク質（配列番号５６）をコードする。
【００９０】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、１６３１４  ｍＲＮＡは、神経系組織において主に発現した。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、１６３１４  ｍＲＮＡが、フロイントの完全アジュバント（ＣＦＡ）処理後の後根神経節（ＤＲＧ）においてアップレギュレートされ、そして軸索切断後にダウンレギュレートされることを示した。１６３１４  ｍＲＮＡはまた、慢性制限傷害（ＣＣＩ）、軸索切断、カプサイシン、脛骨神経傷害（ＴＮＩ）および重度の神経傷害（ＳＮＩ）後の脊髄においてアップレギュレートされ、神経根切断後のＤＲＧおよび脊髄においてダウンレギュレートされた。
【００９１】
１６３１４すなわちＭＬＫ２は、疼痛において同定された幾つかの重要な経路（ＥＲＫ，ｐ３８，ＪＮＫおよびダイナミンを含む）を活性化し、これらは単独で、多くの疼痛モデル（ＡｄｅｌｔａおよびＣ−線維電気的刺激、強力な点状機械的刺激、極度の加熱または冷却、カプサイシン注入、ホルマリン注入、足底内カラゲナン注入および部分的坐骨神経連結が挙げられる）において活性化される。１６３１４すなわちＭＬＫＬ２下流の複数の遺伝子の阻害は、感覚過敏を逆転させる。このことは、下流遺伝子のＭＬＫ２活性化が、感覚過敏であることを示す。従って、１６３１４すなわちＭＬＫＬ２のインヒビターはまた、潜在的に鎮痛薬である。脊髄および後根神経節における１６３１４  ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割とともに、１６３１４活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。１６３１４活性の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の１６３１４ポリペプチドは、１６３１４活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【００９２】
（遺伝子ＩＤ１６１３）
ヒト１６１３配列（配列番号５７）は、ＬＩＭドメインキナーゼ１（ＬＩＭＫ−１））としても公知であり、非翻訳領域を含めて約３２６２ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号５７の核酸約９６〜約２０３９に位置し、６４７アミノ酸タンパク質（配列番号５８）をコードする。
【００９３】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、１６１３  ｍＲＮＡは、ヒトパネルおよびラットパネルの両方における神経系組織において主に発現した。さらなるＴａｑＭａｎ分析は、１６１３  ｍＲＮＡが、神経根切断後の後根神経節（ＤＲＧ）および脊髄においてダウンレギュレートされたことを示した。インサイチュハイブリダイゼーション実験は、１６１３  ｍＲＮＡが、脳および脊髄において発現されたことを示した。ＤＲＧにおいて、１６１３  ｍＲＮＡは、ニューロンの亜集団において発現され、中程度の大きさのニューロンにおいて高レベルで発現された。
【００９４】
１６１３すなわちＬＩＭＫ−１は、成体神経系において高度に発現され、神経根切断（神経障害性疼痛のモデル）後に調節される。神経障害性疼痛が、脊髄における求心性線維再構成および形成性の結果であることは周知である。１６１３すなわちＬＩＭＫ−１は、アクチン再構成において重要な役割を有し、１６１３すなわちＬＩＭＫ−１の阻害は、疼痛感覚の維持に関与する中心性求心性再構成を阻害する。さらに、１６１３すなわちＬＩＭＫ−１を阻害することは、他の疼痛媒介因子（例えば、ＰＫＣおよびグルタミン酸）の急性の作用に影響する。脳、脊髄および後根神経節における１６１３発現に起因して、その機能的役割とともに、１６１３活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。１６１３活性の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の１６１３ポリペプチドは、１６１３活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【００９５】
（遺伝子ＩＤ１６７５）
ヒト１６７５配列（配列番号５９）は、チロシンプロテインキナーゼＴＥＣとしても公知であり、非翻訳領域を含めて約３６５０ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号５９の核酸約１１８〜約２０１３に位置し、６３１アミノ酸タンパク質（配列番号６０）をコードする。
【００９６】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、１６７５  ｍＲＮＡは、ヒトパネルにおける造血細胞において主に発現され、続いて、神経系組織において非常に低いレベルで発現された。さらに、ＴａｑＭａｎ分析は、１６７５  ｍＲＮＡ発現が、フロイント完全アジュバント（ＣＦＡ）処理後に、後根神経節（ＤＲＧ）および脊髄においてダウンレギュレートされたことを示した。１６７５  ｍＲＮＡ発現はまた、カプサイシン処理後のＤＲＧおよび脊髄、ならびに脛骨神経傷害（ＴＮＩ）モデルおよび重度の神経傷害（ＳＮＩ）モデルにおいてダウンレギュレートされ、そして神経根切断後にＤＲＧおよび脊髄においてアップレギュレートされた。
【００９７】
１６７５は、サイトカインレセプターをＰＩ−３キナーゼ経路へとＪＡＫ経路を介して繋げる細胞質キナーゼである。これらの２つの経路は、疼痛シグナル伝達に関与することが示されている。それゆえに、この１６７５を阻害することは、疼痛感覚の開始および維持のいくらかの成分を阻害する。後根神経節（ＤＲＧ）および脊髄における１６７５  ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割とともに、１６７５活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。１６７５活性の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の１６７５ポリペプチドは、１６７５活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【００９８】
（遺伝子ＩＤ９５６９）
ヒト９５６９配列（配列番号６１）は、ホスフェート調節中性エンドペプチダーゼまたはメタロエンドペプチダーゼホモログであるＰＥＸとしても公知であり、非翻訳領域を含めて約２４８１ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号６１の核酸約２０２〜約２４５１に位置し、７４９アミノ酸タンパク質（配列番号６２）をコードする。
【００９９】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、９５６９  ｍＲＮＡは、ヒトパネルにおける造血細胞において主に発現され、続いて、神経系組織において非常に低いレベルで発現された。さらに、ＴａｑＭａｎ分析は、９５６９が、軸索切断脛骨神経傷害（ＴＮＩ）、重度の神経傷害（ＳＮＩ）およびカプサイシン処理後の脊髄、においてアップレギュレートされたことを示した。９５６９  ｍＲＮＡはまた、後根神経節（ＤＲＧ）においてアップレギュレートされた。
【０１００】
９５６９は、リューエンケファリンを加水分解する膜結合エンドペプチダーゼであり、十分に特徴付けられた鎮痛性媒介因子である。それゆえに、この９５６９を阻害することは、１つの重要な内因性オピオイドの分解をブロックし、内因性鎮痛性経路を増強する。後根神経節および脊髄における９５６９発現に起因して、その機能的役割とともに、９５６９活性の調節因子は、慢性疼痛の間の疼痛応答において重要な役割を有する。９５６９活性の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の９５６９ポリペプチドは、９５６９活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【０１０１】
（遺伝子ＩＤ１３４２４）
ヒト１３４２４配列（配列番号６３）は、二本鎖コルチン様１およびＣＡＭキナーゼ様１としても公知であり、非翻訳領域を含めて約５７０３ヌクレオチド長である。このコード配列は、配列番号６３の核酸約２１３〜約２４０２に位置し、７２９アミノ酸タンパク質（配列番号６４）をコードする。
【０１０２】
ＴａｑＭａｎ分析によって評価されるように、１３４２４  ｍＲＮＡは、ヒトパネルおよびラットパネルの両方における神経系組織において主に発現された。１３４２４  ｍＲＮＡ発現は、慢性制限傷害（ＣＣＩ）後の後根神経節（ＤＲＧ）においてアップレギュレートされた。１３４２４  ｍＲＮＡ発現はまた、重度の神経傷害（ＳＮＩ）後のＤＲＧおよび脊髄においてダウンレギュレートされた。
【０１０３】
１３４２４は、二本鎖コルチン様１およびＣＡＭキナーゼ様１、すなわち細胞質プロテインキナーゼであり、カルシウムシグナル伝達経路に関与する。１３４２４は、ＣＰＧ−１６（カイニン酸処理された海馬ニューロンから単離されるキナーゼ）に類似する２つの二本鎖コルチンドメインおよび１つのキナーゼドメインを有する（神経形成性の周知のモデル）（Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  Ｒｅｓ  １９９９，  ５８：３６３９７）。１３４２４は、成体神経系において高度に発現され、そしてＣＣＩ（末梢神経傷害を起源とする神経障害性モデル）後のＤＲＧにおいて調節される。この傷害は、侵害受容性経路の活性化の間の細胞内カルシウムの増加によって特徴付けられる。このプロセスは、神経ペプチド放出および膜興奮性の調節を生じるだけでなく、プロテアーゼおよびキナーゼのような細胞内媒介因子の活性化をも生じる。カルシウムによるカルパインの活性化は、二本鎖コルチン様キナーゼを切断し、もはや微小管には係留されない活性なキナーゼドメインを生じる。このキナーゼドメイン（ＣＰＧ１６に構造的に類似する）は、公知の侵害受容性媒介因子であるＰＫＡによって潜在的に活性化され得る。後根神経節における１３４２４ｍＲＮＡ発現に起因して、その機能的役割とともに、１３４２４の調節因子は、疼痛および疼痛性障害の処置に特異的な治療薬として有用である。本発明の１３４２４ポリペプチドは、１３４２４活性の調節因子についてのスクリーニングの際に有用である。
【０１０４】
本発明の種々の局面は、以下の小節においてさらに詳細にされる。
【０１０５】
（スクリーニングアッセイ：）
本発明は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質に結合するか、例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の発現または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の活性に対して刺激効果または阻害効果を有するか、あるいは例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の基質の発現または活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、調節因子（すなわち、候補化合物もしくは試験化合物または候補薬剤もしくは試験薬剤（例えば、ペプチド、ペプチドミメティック、低分子（有機または無機）または他の薬物））を同定するための方法（これは、本明細書中で「スクリーニングアッセイ」とも呼ばれる）を提供する。本明細書中に記載のアッセイを使用して同定される化合物は、疼痛および疼痛性状態を処置するのに有用であり得る。
【０１０６】
これらのアッセイは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質に結合する化合物、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質と相互作用する他の細胞内タンパク質または細胞外タンパク質に結合する化合物、および他の細胞内タンパク質または細胞外タンパク質と９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質との相互作用を妨害する化合物を同定するように設計されている。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質（これは、膜貫通レセプター型タンパク質である）の場合、このような技術は、このようなレセプターのためのリガンドを同定し得る。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質のリガンドまたは基質は、例えば、疼痛および疼痛性状態を改善するために使用され得る。このような化合物としては、ペプチド、抗体、または有機低分子もしくは無機低分子が挙げられ得るがこれらに限定されない。このような化合物はまた、他の細胞性タンパク質を含み得る。
【０１０７】
アッセイ（例えば、本明細書に記載のアッセイ）によって同定される化合物は、例えば、疼痛および疼痛性状態を処置するのに有用であり得る。疼痛状態が、細胞または組織における、全体的に低いレベルの９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の遺伝子発現および／または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質により生じる場合、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質と相互作用する化合物は、結合した９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質の活性を強調するかまたは増幅する化合物を含み得る。このような化合物は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質活性のレベルの効果的な増大を引き起し、したがって、症状を改善する。
【０１０８】
他の例において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の遺伝子における変異により、異常型または過剰量の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質が、疼痛にいたる有害な効果を有するようになる。同様に、生理学的状態は、疼痛にいたる、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子発現の過剰な増大を引き起こし得る。このような場合、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質に結合する化合物は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の活性を阻害するタンパク質として同定され得る。本節で記載されるような技術によって同定される化合物の有効性を試験するためのアッセイは、本明細書中に議論されている。
【０１０９】
１つの実施形態において、本発明は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質またはポリペプチドあるいはそれらの生物学的に活性な部分の基質である候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。別の実施形態において、本発明は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質またはポリペプチドあるいはその生物学的活性な部分に結合するかまたはその活性を調節する候補化合物または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、以下に挙げられる当該分野で公知のコンビナトリアルライブラリー法における多くのアプローチのうちの任意のものを使用して得られ得る：生物学的ライブラリー；空間的に処理可能な並列固相ライブラリーまたは溶液相ライブラリー；デコンボルーション処理を必要とする合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティクロマトグラフィー選択法を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチは、ペプチドライブラリーに限定されるが、他の４つのアプローチは、化合物の、ペプチドライブラリー、非ペプチドオリゴマーライブラリー、または低分子ライブラリーに利用可能である（Ｌａｍ、Ｋ．Ｓ．（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．１２：１４５）。
【０１１０】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、例えば、以下において、当該分野で見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６９０９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３。
【０１１１】
化合物のライブラリーは、溶液中（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、ビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌上（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２２３，４０９号）、芽胞上（Ｌａｄｎｅｒ、ＵＳＰ’４０９号）、プラスミド上（Ｃｕｌｌら（１９９２）ＰｒｏｃＮａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０）；（Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６）；（Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８７：６３７８〜６３８２）；（Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０）；（Ｌａｄｎｅｒ  前出）に存在し得る。
【０１１２】
１つの実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、ここで９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質またはその生物学的に活性な部分を発現する細胞を、試験化合物と接触させ、そして試験化合物が９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の活性を調節する能力を決定する。試験化合物が９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の活性を調節する能力の決定を、例えば、細胞内カルシウム、ＩＰ３、ｃＡＭＰ、またはジアシルグリセロール濃度、細胞内タンパク質のリン酸化プロフィール、細胞増殖および／または移動、例えば、細胞表面接着分子もしくは鎮痛に関連する遺伝子の遺伝子発現、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の調節転写因子の活性をモニタリングすることによって達成し得る。この細胞は、哺乳動物由来（例えば、神経細胞由来）であり得る。１つの実施形態において、レセプタードメインと相互作用する化合物が、リガンドとして（すなわち、レセプターに結合し、シグナル伝達経路を調節するよう）機能するそれらの能力についてスクリーニングされ得る。リガンドの同定、およびリガンド−レセプター複合体の活性の測定は、この相互作用の調節因子（例えば、アンタゴニスト）の同定に導く。このような調節因子は、疼痛および疼痛性状態の処置に有用であり得る。
【０１１３】
試験化合物が、基質への９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の結合を調節する能力、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４に結合する能力もまた、決定し得る。基質への９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の結合を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の基質を、放射性同位体または酵素標識とカップリングさせることによって達成され得、その結果、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４への９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の基質の結合は、複合体中の標識された９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の基質を検出することによって、決定され得る。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４はまた、放射性同位体または酵素標識とカップリングされて、複合体中の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の基質への９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の結合を調節する試験化合物の能力をモニタリングし得る。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４と結合する試験化合物の能力の決定は、例えば、その化合物と、放射性同位体または酵素標識とをカップリングさせることによって達成され得、その結果、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４へのこの化合物の結合は、複合体中の標識された９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の化合物を検出することによって決定され得る。例えば、化合物（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のリガンドまたは基質）を、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで、直接的または間接的のいずれかで標識し得、そしてこの放射性同位体が、放射線照射の直接的な計数によってか、またはシンチレーション計数によってかで検出され得る。化合物はさらに、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素標識され得、そして適切な基質の産物への変換を測定することによって、この酵素標識を検出し得る。
【０１１４】
化合物（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のリガンドまたは基質）が、いかなる相互作用物質（ｉｎｔｅｒａｃｔａｎｔ）も標識化せずに９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４と相互作用する能力を、決定することもまた、本発明の範囲内である。例えば、マイクロフィジオメーター（ｍｉｃｒｏｐｈｙｓｉｏｍｅｔｅｒ）を使用して、化合物または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のいずれかの標識化を伴わずに９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４との化合物の相互作用を検出し得る（ＭｃＣｏｎｎｅｌｌ，Ｈ．Ｍ．ら（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５７：１９０６−１９１２）。本明細書中で使用される場合、「マイクロフィジオメーター」（例えば、Ｃｙｔｏｓｅｎｓｏｒ）は、光アドレス可能な電位差測定センサー（ＬＡＰＳ）を使用して、細胞がその環境を酸性化する速度を測定する、分析装置である。この酸性化速度の変化は、化合物と９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４との間の相互作用の指標として使用され得る。
【０１１５】
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の基質）を発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、および９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子の活性を調節する（例えば、刺激または阻害する）試験化合物の能力を決定する工程を包含する。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子に結合するかまたは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４と相互作用する、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の能力を決定することによって達成され得る。
【０１１６】
９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子に結合するかまたはそれらと相互作用する９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質もしくは１３４２４タンパク質またはそれらの生物学的に活性なフラグメントの能力の決定は、直接結合の決定についての上記方法の１つにより達成され得る。好ましい実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子に結合するかまたはそれらと相互作用する９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の能力の決定は、その標的分子の活性を決定することによって達成され得る。例えば、標的分子の活性は、標的の細胞性セカンドメッセンジャー（すなわち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３、ｃＡＭＰ）の誘導を検出するか、適切な基質に対するその標的の触媒／酵素活性を検出するか、レポーター遺伝子（検出マーカー（例えば、ルシフェラーゼ）をコードする核酸に作動可能に連結された標的応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出するか、または標的により調節される細胞応答（例えば、遺伝子発現）を検出することによって、決定され得る。
【０１１７】
さらに別の実施形態において、本発明のアッセイは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質もしくは１３４２４タンパク質またはその生物学的に活性な部分が、試験化合物と接触させられ、そして９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質もしくは１３４２４タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する試験化合物の能力が決定される、無細胞アッセイである。本発明のアッセイにおいて使用される９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の好ましい生物学的に活性な部分としては、非９９４９分子、非１４２３０分子、非７６０分子、非６２５５３分子、非１２２１６分子、非１７７１９分子、非４１８９７分子、非４７１７４分子、非３３４０８分子、非１０００２分子、非１６２０９分子、非３１４分子、非６３６分子、非２７４１０分子、非３３２６０分子、非６１９分子、非１５９８５分子、非６９１１２分子、非２１５８分子、非２２４分子、非６１５分子、非４４３７３分子、非９５４３１分子、非２２２４５分子、非２３８７分子、非１６６５８分子、非５５０５４分子、非１６３１４分子、非１６１３分子、非１６７５分子、非９５６９分子または非１３４２４分子との相互作用に関与するフラグメント（例えば、高い表面確率スコアを有するフラグメント）が挙げられる。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質への試験化合物の結合は、上記のように直接的かまたは間接的かのいずれかで決定され得る。好ましい実施形態において、このアッセイは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質もしくは１３４２４タンパク質またはその生物学的に活性な部分と、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４に結合する既知の化合物とを接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物と、試験化合物を接触させる工程、および９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程（ここで、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程は、既知の化合物と比較して９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する試験化合物の能力を決定する工程を包含する）を包含する。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４と、既知の標的タンパク質との相互作用を調節する化合物は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質（特に、変異体９９４９タンパク質、変異体１４２３０タンパク質、変異体７６０タンパク質、変異体６２５５３タンパク質、変異体１２２１６タンパク質、変異体１７７１９タンパク質、変異体４１８９７タンパク質、変異体４７１７４タンパク質、変異体３３４０８タンパク質、変異体１０００２タンパク質、変異体１６２０９タンパク質、変異体３１４タンパク質、変異体６３６タンパク質、変異体２７４１０タンパク質、変異体３３２６０タンパク質、変異体６１９タンパク質、変異体１５９８５タンパク質、変異体６９１１２タンパク質、変異体２１５８タンパク質、変異体２２４タンパク質、変異体６１５タンパク質、変異体４４３７３タンパク質、変異体９５４３１タンパク質、変異体２２２４５タンパク質、変異体２３８７タンパク質、変異体１６６５８タンパク質、変異体５５０５４タンパク質、変異体１６３１４タンパク質、変異体１６１３タンパク質、変異体１６７５タンパク質、変異体９５６９タンパク質または変異体１３４２４タンパク質）の活性を調節するのに有用であり得る。
【０１１８】
別の実施形態において、アッセイは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質またはその生物学的に活性な部分が試験化合物と接触され、そして９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する試験化合物の能力が決定される、無細胞アッセイである。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、例えば、直接結合の決定についての上記の方法の１つにより、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子に結合する９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の能力を決定することによって達成され得る。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子に結合する９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の能力の決定はまた、リアルタイムＢｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＩＡ）（Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ，Ｓ．およびＵｒｂａｎｉｃｚｋｙ，Ｃ．（１９９１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８−２３４５ならびにＳｚａｂｏら（１９９５）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９−７０５）のような技術を用いて達成され得る。本明細書中で使用する場合、「ＢＩＡ」は、いかなる相互作用物質も標識することなく、生物特異的相互作用をリアルタイムで研究するための技術である（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）。表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の光学的現象の変化は、生物学的分子間のリアルタイムの反応の指標として使用され得る。
【０１１９】
別の実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の活性を調節する試験化合物の能力の決定は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子の下流エフェクターの活性をさらに調節する９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の能力を決定することにより達成され得る。例えば、適切な標的に対するエフェクター分子の活性が決定され得るか、または適切な標的へのエフェクターの結合が、以前に記載されたように決定され得る。
【０１２０】
なお別の実施形態において、無細胞アッセイは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質またはその生物学的に活性な部分と、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質に結合する既知の化合物とを接触させてアッセイ混合物を形成する工程、そのアッセイ混合物と試験化合物を接触させる工程、および９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程（ここで、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質と相互作用する試験化合物の能力を決定する工程は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的分子に優先的に結合するかまたはその活性を調節する９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の能力を決定する工程を包含する）を包含する。
【０１２１】
本発明の上記アッセイ方法の１つより多くの実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４またはその標的分子のいずれかを固定化して、そのタンパク質の１つまたは両方の複合体化形態と非複合体化形態との分離を容易にすること、ならびにこのアッセイの自動化に適応させることが望ましくあり得る。候補化合物の存在下および非存在下での、試験化合物と、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質との結合、あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質と、標的分子との相互作用は、反応物を収容するのに適した任意の容器で達成され得る。このような容器の例としては、マイクロタイタープレート、試験管、およびマイクロ遠心分離管が挙げられる。１つの実施形態において、１つまたは両方のタンパク質がマトリクスに結合することを可能にするドメインを付加した融合タンパク質が、提供され得る。例えば、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の融合タンパク質またはグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／標的融合タンパク質が、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、これらは、次いで、試験化合物、あるいは試験化合物および非吸着標的タンパク質または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、���６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質のいずれかと合わされ、そしてこの混合物は、複合体形成が生じる条件下（例えば、塩およびｐＨについての生理学的条件）でインキュベートされる。インキュベーション後、このビーズまたはマイクロタイタープレートウェルは、全ての非結合成分を除去するために洗浄され、ビーズの場合、マトリクスが固定化され、複合体が、例えば、上記のように、直接的にかまたは間接的にかのいずれかで決定される。あるいは、複合体は、マトリクスから解離され得、そして標準的な技術を用いて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の結合または活性のレベルが決定される。
【０１２２】
タンパク質をマトリクス上に固定化するための他の技術がまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の標的分子のいずれかは、ビオチンとストレプトアビジンとの結合体を使用して固定化され得る。ビオチン化された９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質または標的分子を、当該分野において公知の技術を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド）から調製し得（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェル中に固定し得る。あるいは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質または標的分子と反応性であるが、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質のその標的への結合と干渉しない抗体を、プレートのウェルに誘導体化し得、そして非結合標的または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５��３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質が、抗体結合体化によってウェルに捕捉される。このような複合体を検出する方法としては、ＧＳＴ固定化複合体についての上記方法に加えて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質または標的分子と反応性の抗体を用いる複合体の免疫検出、ならびに９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質または標的分子と関連する酵素活性の検出に基づく酵素連結アッセイが挙げられる。
【０１２３】
別の実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現の調節因子は、細胞が候補化合物と接触され、そして細胞中での９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が決定される方法が同定される。候補化合物の存在下での９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルは、候補化合物の非存在下での９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づき、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現の調節因子として同定され得る。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりも存在下で多い（統計的に有意に多い）場合、候補化合物は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質発現の刺激物質として同定される。あるいは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりも存在下でより低い（統計学的に有意に低い）場合、候補化合物は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質発現のインヒビターとして同定される。細胞中での９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質のレベルは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡまたはタンパク質の検出について本明細書中に記載される方法により決定され得る。
【０１２４】
本発明のなお別の局面において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイ（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら、（１９９３）Ｃｅｌｌ  ７２：２２３〜２３２；Ｍａｄｕｒａら（１９９３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６〜１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０〜９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら（１９９３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）において「ベイト（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４（「９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の結合タンパク質」あるいは「９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４−ｂｐ」）と結合または相互作用し、そして９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性に関与する他のタンパク質を同定し得る。このような９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１���、１６７５、９５６９または１３４２４の結合タンパク質はまた、例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の媒介性シグナル伝達経路の下流エレメントのような、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の標的によるシグナル伝播に関与する可能性がある。あるいは、このような９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の結合タンパク質は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のインヒビターである可能性がある。
【０１２５】
ツーハイブリッドシステムは、分離可能なＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる大半の転写因子のモジュラー性質に基づく。手短には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。１つの構築物において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質をコードする遺伝子は、公知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。もう一方の構築物において、同定されていないタンパク質（「プレイ（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列のライブラリー由来のＤＮＡ配列は、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「ベイト」タンパク質および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用して９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４に依存性の複合体を形成し得る場合、転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、近接する。このように近接することにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写が可能になる。レポーター遺伝子の発現が、検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーは、単離され得、そして９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質と相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得るために使用され得る。
【０１２６】
別の局面において、本発明は、本明細書中に記載されるアッセイの２つ以上の組み合わせに関する。例えば、調節剤は、細胞ベースのアッセイまたは無細胞アッセイを用いて同定され得、そして９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の活性を調節する因子の能力は、例えば、動物（例えば、本明細書中に記載される、疼痛の動物モデル）においてインビボで確認され得る。
【０１２７】
本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規薬剤に関する。従って、適切な動物モデルにおいて、本明細書中で記載されるように同定された薬剤をさらに使用することは本発明の範囲内である。例えば、本明細書中に記載されるように同定された薬剤（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節剤、アンチセンスの９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸分子、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４に特異的な抗体、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の結合パートナー）は、このような薬剤を用いる処置の効果、毒性、または副作用を決定するために、動物モデルにおいて使用され得る。あるいは、本明細書中に記載されるように同定される薬剤は、このような薬剤の作用の機構を決定するために、動物モデルにおいて使用され得る。さらに、本発明は、本明細書中に記載されるような処置についての上記スクリーニングアッセイによって同定された新規薬剤の使用に関する。
【０１２８】
任意の化合物（上記アッセイ系において同定されるような化合物が挙げられるがこれらに限定されない）が、疼痛を改善する能力について試験され得る。このような疼痛を改善する能力を示す化合物の同定のための細胞ベースのアッセイおよび動物モデルベースのアッセイは、本明細書中に記載される。
【０１２９】
さらに、疼痛の動物ベースのモデル（例えば、本明細書中に記載されるようなモデル）は、疼痛および疼痛状態を処置し得る化合物を同定するために使用され得る。このような動物モデルは、疼痛を処置する上で有効であり得る薬物、医薬品、治療、および介入の同定のための試験基質として使用され得る。例えば、動物モデルは、疼痛を処置する能力を示すことが予測される化合物に対して、曝露された動物における疼痛のこのような改善を導くのに十分な濃度および十分な時間、曝露され得る。この曝露に対する動物の応答は、処置の前および後の疼痛の徴候の逆転を評価することによりモニタリングされ得る。
【０１３０】
本発明に関して、疼痛の任意の局面を逆転する（すなわち鎮痛効果を有する）任意の処置が、ヒト疼痛治療介入の候補として考慮されるべきである。試験薬剤の投薬量は、用量応答曲線を得ることによって決定され得る。
【０１３１】
さらに、遺伝子発現パターンは、疼痛を改善する化合物の能力を評価するために使用され得る。例えば、１つ以上の遺伝子の発現パターンは、「遺伝子発現プロフィール」または「転写プロフィール」の一部を形成し得、次いで、このような評価において使用され得る。本明細書中で使用される場合、「遺伝子発現プロフィール」または「転写プロフィール」は、所定のセットの条件下で、所定の組織または細胞型について獲得されるｍＲＮＡ発現のパターンを含む。遺伝子発現プロフィールは、例えば、差次的表示手順、ノーザン分析、および／またはＲＴ−ＰＣＲを使用することによって、生成され得る。１つの実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子配列は、このような遺伝子発現プロフィールの生成および確証のためのプローブおよび／またはＰＣＲプライマーとして使用され得る。
【０１３２】
遺伝子発現プロフィールは、細胞および／または動物ベースのモデル系における、既知の状態（疼痛障害または正常のいずれか）について特徴付けられ得る。その後、これらの既知の遺伝子発現プロフィールは、試験化合物が有する効果を確認するために比較されて、このような遺伝子発現プロフィールを改変し、そしてそのプロフィールをより望ましいプロフィールの化合物とより緊密に類似させ得る。
【０１３３】
例えば、化合物の投与は、疼痛疾患モデル系の遺伝子発現プロフィールを、コントロール系とより緊密に類似させ得る。あるいは、化合物の投与は、コントロール系の遺伝子発現プロフィールに、疼痛または疼痛疾患状態を模倣させ始め得る。このような化合物は、例えば、目的の化合物のさらなる特徴付けにおいて使用され得るか、または、さらなる動物モデルの作製において使用され得る。
【０１３４】
（細胞ベースおよび動物ベースのモデル系）
疼痛のためのモデルとしての役割を果たす、細胞ベースおよび動物ベースの系が、本明細書中に記載される。これらの系は、種々の適用において使用され得る。例えば、細胞ベースおよび動物ベースのモデル系を使用して、疼痛または疼痛障害に関連する、差次的に発現される遺伝子（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４）をさらに特徴付けし得る。さらに動物ベースおよび細胞ベースのアッセイは、以下に記載されるような疼痛を改善し得る化合物を同定するように設計された、スクリーニングストラテジーの一部として使用され得る。従って、動物ベースおよび細胞ベースのモデルを使用して、疼痛または疼痛障害を処置する際に有効であり得る薬物、医薬品、治療および介入を同定し得る。さらに、このような動物モデルを使用して、動物被験体におけるＬＤ５０およびＥＤ５０を決定し得、そしてこのようなデータを使用して、潜在的な疼痛処置のインビボでの効力を決定し得る。
【０１３５】
（動物ベースの系）
疼痛の動物ベースのモデル系としては、非組換え動物および操作されたトランスジェニック動物が挙げられ得るがこれらに限定されない。
【０１３６】
疼痛についての非組換え動物モデルとしては、例えば、遺伝的モデルが挙げられ得る。
【０１３７】
さらに、疼痛を示す動物モデルは、例えば、当業者に周知であるトランスジェニック動物を作製するための技術とともに、上記の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子配列を使用することによって、操作され得る。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子配列が、目的の動物のゲノムに導入され得、そしてこの目的の動物のゲノムにおいて過剰発現され得るか、あるいは内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子配列が存在する場合、これらは、過剰発現され得るか、またはあるいは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子発現を過少発現させるかまたはこれらの遺伝子発現を不活化させるために破壊され得るかのいずれかであり得る。
【０１３８】
本発明の宿主細胞をまた使用して、非ヒトトランスジェニック動物を作製し得る。例えば、１つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、受精卵または胚性幹細胞であり、この細胞に、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のコード配列が導入されている。次いで、このような宿主細胞を使用して、非ヒトトランスジェニック動物を作製し得、ここにおいて、外因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の配列が、それらのゲノムまたは相同組換え動物に導入され、ここで、内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の配列が、変更されている。このような動物は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の機能および／または活性を研究するため、ならびに９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の活性の調節因子を同定および／または評価するのに有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」は、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのようなげっ歯類であり、ここで、これらの動物の１つ以上の細胞が、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。導入遺伝子は、外因性ＤＮＡであり、この外因性ＤＮＡは、トランスジェニック動物が成長する細胞のゲノムに取り込まれ、かつ成熟動物のゲノムにおいて維持され、それによってこのトランスジェニック動物の１つ以上の細胞型または組織における、コードされた遺伝子産物の発現を指向する。本明細書中で使用される場合、「相同組換え動物」は、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、マウスであり、ここで、内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子は、この内因性遺伝子と、その動物の成長前にこの動物の細胞（例えば、動物の胚細胞）に導入された外因性ＤＮＡ分子との間の相同組換えによって変更されている。
【０１３９】
本発明の方法において使用されるトランスジェニック動物は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のコード核酸を、受精卵の雄前核に、例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって導入し、そして卵母細胞を偽妊娠雌養母動物において成長させることによって作製され得る。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｃＤＮＡ配列は、導入遺伝子として、非ヒト動物のゲノムに導入され得る。あるいは、ヒトの９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子の非ヒトホモログ（例えば、マウスまたはラットの９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子）が、導入遺伝子として使用され得る。あるいは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子ホモログ（例えば、別の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のファミリーメンバー）は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｃＤＮＡ配列へのハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた、導入遺伝子の発現の効力を増加させるように、この導入遺伝子に含まれ得る。組織特異的調節配列は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の導入遺伝子に作動可能に連結されて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の発現を特定の細胞に指向し得る。胚操作およびマイクロインジェクションを介して、トランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を作製するための方法は、当該分野において慣習的であり、例えば、以下に記載されている：米国特許第４，７３６，８６６号および同第４，８７０，００９号（両方が、Ｌｅｄｅｒらによる）、米国特許第４，８７３，１９１号（Ｗａｇｎｅｒらによる）、ならびにＨｏｇａｎ，Ｂ．，Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｍｏｕｓｅ  Ｅｍｂｒｙｏ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８６）。類似の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニック始原（ｆｏｕｎｄｅｒ）動物は、そのゲノムにおける９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の導入遺伝子の存在、および／あるいは動物の組織または細胞における９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡの発現に基づいて、同定され得る。次いで、トランスジェニック始原動物を使用して、導入遺伝子を保有するさらなる動物を育種し得る。さらに、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物はさらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物を産出し得る。
【０１４０】
相同組換え動物を作製するために、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子の少なくとも一部を含むベクターが調製され、このベクターに、欠失、付加または置換が導入されて、それによって、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子が変更される（例えば、機能的に破壊される）。この９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子は、ヒト遺伝子であり得るが、より好ましくは、ヒトの９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、ラットの９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子を使用して、マウスゲノムにおいて内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子を変更するのに適切な、相同組換え核酸分子（例えば、ベクター）を構築し得る。好ましい実施形態において、相同組換え核酸分子は、相同組換えの際に、内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子が機能的に破壊される（すなわち、もはや機能的タンパク質をコードしない；「ノックアウト」ベクターとも呼ばれる）ように、設計される。あるいは、相同組換え核酸分子は、相同組換えの際に、内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子が変異されるか、さもなければ変更されるが依然として機能的タンパク質をコードする（例えば、上流の調節領域が変更され、それによって内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の発現を変更し得る）ように、設計され得る。相同組換え核酸分子において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子の変更された部分は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子のさらなる核酸配列によって、その５’末端および３’末端に隣接され、相同組換え核酸分子によって保有される外因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子と、細胞（例えば、胚性幹細胞）における内因性９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子との間に、相同組換えが生じることを可能にする。隣接するさらなる９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸配列は、内因性遺伝子との首尾よい相同組換えに十分な長さの核酸配列である。代表的には、隣接したＤＮＡ（５’末端と３’末端との両方）の数キロベースが、この相同組換え核酸分子に含まれる（例えば、相同組換えベクターの記載については、Ｔｈｏｍａｓ，Ｋ．Ｒ．およびＣａｐｅｃｃｈｉ，Ｍ．Ｒ．（１９８７）Ｃｅｌｌ  ５１：５０３を参照のこと）。相同組換え核酸分子は、細胞（例えば、胚性幹細胞株）に（例えば、エレクトロポーションによって）導入され、そして導入された９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子が内因性の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子と相同に組み換わる細胞が、選択される（例えば、Ｌｉ，Ｅ．ら（１９９２）Ｃｅｌｌ  ６９：９１５を参照のこと）。次いで、これらの選択された細胞は、動物（例えば、マウス）の胚盤胞に注射され、凝集キメラを形成し得る。（例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ，Ａ．Ｔｅｒａｔｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ａｎｄ  Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｅ．Ｊ．Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ編（ＩＲＬ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８７）１１３−１５２頁）を参照のこと）。次いで、キメラ胚は、適切な偽妊娠雌養母動物に移植され得、そしてこの胚は、生殖（ｔｅｒｍ）され得る。生殖細胞において相同組換えされたＤＮＡを含む子孫を使用して、動物を繁殖させ得、ここで、この動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖系列伝達によって相同組換えされたＤＮＡを含む。相同組換え核酸分子（例えば、ベクター）または相同組換え動物を構築するための方法は、以下にさらに記載される：Ｂｒａｄｌｅｙ，Ａ．（１９９１）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈ��ｏｌｏｇｙ  ２：８２３−８２９、およびＬｅ  Ｍｏｕｅｌｌｅｃらによる、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ  ９０／１１３５４；Ｓｍｉｔｈｉｅｓらによる、ＷＯ  ９１／０１１４０；Ｚｉｊｌｓｔｒａらによる、ＷＯ  ９２／０９６８；およびＢｅｒｎｓらによる、ＷＯ  ９３／０４１６９。
【０１４１】
別の実施形態において、本発明の方法において使用するためのトランスジェニック非ヒト動物が作製され得、この動物は、導入遺伝子の調節された発現を可能にする、選択された系を含む。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系の記載については、例えば、Ｌａｋｓｏら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：６２３２−６２３６を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である（Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５１：１３５１−１３５５）。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系を使用して導入遺伝子の発現を調節する場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が、必要とされる。このような動物は、「二重」トランスジェニック動物の構築によって（例えば、２種のトランスジェニック動物（一方は、選択されたタンパク質をコードする導入遺伝子を含み、他方は、リコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含む）を交配させることによって）提供され得る。
【０１４２】
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンはまた、以下に記載される方法に従って作製され得る：Ｗｉｌｍｕｔ，Ｉ．ら（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ  ３８５：８１０−８１３およびＰＣＴ国際公開番号ＷＯ  ９７／０７６６８およびＷＯ  ９７／０７６６９。簡潔には、トランスジェニック動物由来の細胞（例えば、体細胞）が単離され得、そして増殖周期を出てＧ０期に入るように誘導され得る。次いで、休止細胞は、例えば、電気パルスの使用を介して、この休止細胞が単離される同じ種の動物由来の除核された卵母細胞に融合され得る。次いで、この再構築された卵母細胞は、桑実胚または未分化胚芽細胞が成長するように培養され、次いで、偽妊娠雌養母動物に移される。この雌養母動物の子孫は、細胞（例えば、体細胞）が単離される動物のクローンである。
【０１４３】
次いで、容易に検出可能なレベルの９９４９ｍＲＮＡ、１４２３０ｍＲＮＡ、７６０ｍＲＮＡ、６２５５３ｍＲＮＡ、１２２１６ｍＲＮＡ、１７７１９ｍＲＮＡ、４１８９７ｍＲＮＡ、４７１７４ｍＲＮＡ、３３４０８ｍＲＮＡ、１０００２ｍＲＮＡ、１６２０９ｍＲＮＡ、３１４ｍＲＮＡ、６３６ｍＲＮＡ、２７４１０ｍＲＮＡ、３３２６０ｍＲＮＡ、６１９ｍＲＮＡ、１５９８５ｍＲＮＡ、６９１１２ｍＲＮＡ、２１５８ｍＲＮＡ、２２４ｍＲＮＡ、６１５ｍＲＮＡ、４４３７３ｍＲＮＡ、９５４３１ｍＲＮＡ、２２２４５ｍＲＮＡ、２３８７ｍＲＮＡ、１６６５８ｍＲＮＡ、５５０５４ｍＲＮＡ、１６３１４ｍＲＮＡ、１６１３ｍＲＮＡ、１６７５ｍＲＮＡ、９５６９ｍＲＮＡ、または１３４２４ｍＲＮＡあるいは９９４９ペプチド、１４２３０ペプチド、７６０ペプチド、６２５５３ペプチド、１２２１６ペプチド、１７７１９ペプチド、４１８９７ペプチド、４７１７４ペプチド、３３４０８ペプチド、１０００２ペプチド、１６２０９ペプチド、３１４ペプチド、６３６ペプチド、２７４１０ペプチド、３３２６０ペプチド、６１９ペプチド、１５９８５ペプチド、６９１１２ペプチド、２１５８ペプチド、２２４ペプチド、６１５ペプチド、４４３７３ペプチド、９５４３１ペプチド、２２２４５ペプチド、２３８７ペプチド、１６６５８ペプチド、５５０５４ペプチド、１６３１４ペプチド、１６１３ペプチド、１６７５ペプチド、９５６９ペプチド、または１３４２４ペプチド（９９４９エピトープ、１４２３０エピトープ、７６０エピトープ、６２５５３エピトープ、１２２１６エピトープ、１７７１９エピトープ、４１８９７エピトープ、４７１７４エピトープ、３３４０８エピトープ、１０００２エピトープ、１６２０９エピトープ、３１４エピトープ、６３６エピトープ、２７４１０エピトープ、３３２６０エピトープ、６１９エピトープ、１５９８５エピトープ、６９１１２エピトープ、２１５８エピトープ、２２４エピトープ、６１５エピトープ、４４３７３エピトープ、９５４３１エピトープ、２２２４５エピトープ、２３８７エピトープ、１６６５８エピトープ、５５０５４エピトープ、１６３１４エピトープ、１６１３エピトープ、１６７５エピトープ、９５６９エピトープ、または１３４２４エピトープに対する抗体を使用して、免疫細胞化学的に検出される）を発現する、９９４９トランスジェニック動物、１４２３０トランスジェニック動物、７６０トランスジェニック動物、６２５５３トランスジェニック動物、１２２１６トランスジェニック動物、１７７１９トランスジェニック動物、４１８９７トランスジェニック動物、４７１７４トランスジェニック動物、３３４０８トランスジェニック動物、１０００２トランスジェニック動物、１６２０９トランスジェニック動物、３１４トランスジェニック動物、６３６トランスジェニック動物、２７４１０トランスジェニック動物、３３２６０トランスジェニック動物、６１９トランスジェニック動物、１５９８５トランスジェニック動物、６９１１２トランスジェニック動物、２１５８トランスジェニック動物、２２４トランスジェニック動物、６１５トランスジェニック動物、４４３７３トランスジェニック動物、９５４３１トランスジェニック動物、２２２４５トランスジェニック動物、２３８７トランスジェニック動物、１６６５８トランスジェニック動物、５５０５４トランスジェニック動物、１６３１４トランスジェニック動物、１６１３トランスジェニック動物、１６７５トランスジェニック動物、９５６９トランスジェニック動物、または１３４２４トランスジェニック動物は、特徴的な疼痛を表示する動物を同定するために、さらに評価されるべきである。
【０１４４】
（細胞ベースの系）
９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質をコードする、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子配列を含み、かつこれらを発現し、そしてさらに疼痛に関連する細胞表現型を示す細胞を使用して、鎮痛効果を示す化合物を同定し得る。このような細胞としては、以下が挙げられ得る：非組換え単球細胞株（例えば、Ｕ９３７（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ−１５９３）、ＴＨＰ−１（ＡＴＣＣ番号ＴＩＢ−２０２）、およびＰ３８８Ｄ１（ＡＴＣＣ番号ＴＩＢ−６３））；内皮細胞（例えば、ヒト臍静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）、ヒト微小血管内皮細胞（ＨＭＶＥＣ）、およびウシ大動脈内皮細胞（ＢＡＥＣ））；ならびに、一般的な哺乳動物細胞株（例えば、ＨｅＬａ細胞およびＣＯＳ細胞（例えば、ＣＯＳ−７（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ−１６５１）、および神経細胞株））。さらに、このような細胞としては、組換え細胞株、トランスジェニック細胞株が挙げられ得る。例えば、上で議論される、本発明の疼痛動物モデルを使用して、この障害に対する細胞培養モデルとして使用され得る細胞株（これは、痛覚に関与する１種以上の細胞型を含有する）を作製し得る。本発明の疼痛モデルのトランスジェニック動物由来の一次培養物が利用され得るが、連続した細胞株の作製が、好ましい。トランスジェニック動物から連続した細胞株を誘導するために使用され得る技術の例については、Ｓｍａｌｌら（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．５：６４２−６４８を参照のこと。
【０１４５】
あるいは、痛覚に関与することが知られている細胞型の細胞は、細胞内での９９４９遺伝子発現、１４２３０遺伝子発現、７６０遺伝子発現、６２５５３遺伝子発現、１２２１６遺伝子発現、１７７１９遺伝子発現、４１８９７遺伝子発現、４７１７４遺伝子発現、３３４０８遺伝子発現、１０００２遺伝子発現、１６２０９遺伝子発現、３１４遺伝子発現、６３６遺伝子発現、２７４１０遺伝子発現、３３２６０遺伝子発現、６１９遺伝子発現、１５９８５遺伝子発現、６９１１２遺伝子発現、２１５８遺伝子発現、２２４遺伝子発現、６１５遺伝子発現、４４３７３遺伝子発現、９５４３１遺伝子発現、２２２４５遺伝子発現、２３８７遺伝子発現、１６６５８遺伝子発現、５５０５４遺伝子発現、１６３１４遺伝子発現、１６１３遺伝子発現、１６７５遺伝子発現、９５６９遺伝子発現、または１３４２４遺伝子発現の量を増加または低下させ得る配列でトランスフェクトされ得る。例えば、９９４９遺伝子配列、１４２３０遺伝子配列、７６０遺伝子配列、６２５５３遺伝子配列、１２２１６遺伝子配列、１７７１９遺伝子配列、４１８９７遺伝子配列、４７１７４遺伝子配列、３３４０８遺伝子配列、１０００２遺伝子配列、１６２０９遺伝子配列、３１４遺伝子配列、６３６遺伝子配列、２７４１０遺伝子配列、３３２６０遺伝子配列、６１９遺伝子配列、１５９８５遺伝子配列、６９１１２遺伝子配列、２１５８遺伝子配列、２２４遺伝子配列、６１５遺伝子配列、４４３７３遺伝子配列、９５４３１遺伝子配列、２２２４５遺伝子配列、２３８７遺伝子配列、１６６５８遺伝子配列、５５０５４遺伝子配列、１６３１４遺伝子配列、１６１３遺伝子配列、１６７５遺伝子配列、９５６９遺伝子配列、または１３４２４遺伝子配列は、目的の細胞のゲノムに導入され得、そしてこの目的の動物のゲノムにおいて過剰発現され得るか、あるいは内因性の９９４９遺伝子配列、１４２３０遺伝子配列、７６０遺伝子配列、６２５５３遺伝子配列、１２２１６遺伝子配列、１７７１９遺伝子配列、４１８９７遺伝子配列、４７１７４遺伝子配列、３３４０８遺伝子配列、１０００２遺伝子配列、１６２０９遺伝子配列、３１４遺伝子配列、６３６遺伝子配列、２７４１０遺伝子配列、３３２６０遺伝子配列、６１９遺伝子配列、１５９８５遺伝子配列、６９１１２遺伝子配列、２１５８遺伝子配列、２２４遺伝子配列、６１５遺伝子配列、４４３７３遺伝子配列、９５４３１遺伝子配列、２２２４５遺伝子配列、２３８７遺伝子配列、１６６５８遺伝子配列、５５０５４遺伝子配列、１６３１４遺伝子配列、１６１３遺伝子配列、１６７５遺伝子配列、９５６９遺伝子配列、または１３４２４遺伝子配列が存在する場合、これらは、過剰発現され得るか、またはあるいは、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子を過少発現させるかまたはこれらの遺伝子発現を不活化させるために破壊され得るかのいずれかであり得る。
【０１４６】
９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子を過剰発現させるために、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子のコード部分は、目的の細胞型（例えば、内皮細胞）において遺伝子発現を駆動し得る調節配列に連結され得る。このような調節領域は、当業者に周知であり、そして過度な実験を行うことなく利用され得る。標的遺伝子を発現させるための組換え方法は、上に記載されている。
【０１４７】
内因性の９９４９遺伝子配列、１４２３０遺伝子配列、７６０遺伝子配列、６２５５３遺伝子配列、１２２１６遺伝子配列、１７７１９遺伝子配列、４１８９７遺伝子配列、４７１７４遺伝子配列、３３４０８遺伝子配列、１０００２遺伝子配列、１６２０９遺伝子配列、３１４遺伝子配列、６３６遺伝子配列、２７４１０遺伝子配列、３３２６０遺伝子配列、６１９遺伝子配列、１５９８５遺伝子配列、６９１１２遺伝子配列、２１５８遺伝子配列、２２４遺伝子配列、６１５遺伝子配列、４４３７３遺伝子配列、９５４３１遺伝子配列、２２２４５遺伝子配列、２３８７遺伝子配列、１６６５８遺伝子配列、５５０５４遺伝子配列、１６３１４遺伝子配列、１６１３遺伝子配列、１６７５遺伝子配列、９５６９遺伝子配列、または１３４２４遺伝子配列の過少発現のために、このような配列は、単離され得、そして目的の細胞型のゲノムに再導入された場合、内因性の９９４９対立遺伝子、１４２３０対立遺伝子、７６０対立遺伝子、６２５５３対立遺伝子、１２２１６対立遺伝子、１７７１９対立遺伝子、４１８９７対立遺伝子、４７１７４対立遺伝子、３３４０８対立遺伝子、１０００２対立遺伝子、１６２０９対立遺伝子、３１４対立遺伝子、６３６対立遺伝子、２７４１０対立遺伝子、３３２６０対立遺伝子、６１９対立遺伝子、１５９８５対立遺伝子、６９１１２対立遺伝子、２１５８対立遺伝子、２２４対立遺伝子、６１５対立遺伝子、４４３７３対立遺伝子、９５４３１対立遺伝子、２２２４５対立遺伝子、２３８７対立遺伝子、１６６５８対立遺伝子、５５０５４対立遺伝子、１６３１４対立遺伝子、１６１３対立遺伝子、１６７５対立遺伝子、９５６９対立遺伝子、または１３４２４対立遺伝子が不活化されるように、操作され得る。好ましくは、この操作された９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列、または１３４２４配列は、遺伝子ターゲティングを介して導入され、その結果、内因性の９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列、または１３４２４配列は、操作された９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列、または１３４２４配列を、細胞のゲノムに組み込む際に破壊される。９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子を用いた、宿主細胞のトランスフェクションは、上で考察されている。
【０１４８】
化合物で処置されたかあるいは９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子を用いてトランスフェクトされた細胞は、痛覚に関連する表現型について試験され得る。
【０１４９】
９９４９核酸、１４２３０核酸、７６０核酸、６２５５３核酸、１２２１６核酸、１７７１９核酸、４１８９７核酸、４７１７４核酸、３３４０８核酸、１０００２核酸、１６２０９核酸、３１４核酸、６３６核酸、２７４１０核酸、３３２６０核酸、６１９核酸、１５９８５核酸、６９１１２核酸、２１５８核酸、２２４核酸、６１５核酸、４４３７３核酸、９５４３１核酸、２２２４５核酸、２３８７核酸、１６６５８核酸、５５０５４核酸、１６３１４核酸、１６１３核酸、１６７５核酸、９５６９核酸、または１３４２４核酸のトランスフェクションは、標準的な技術（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ（１９８９）前出、に記載される）を使用することによって、達成され得る。トランスフェクトされた細胞は、９９４９組換え遺伝子配列、１４２３０組換え遺伝子配列、７６０組換え遺伝子配列、６２５５３組換え遺伝子配列、１２２１６組換え遺伝子配列、１７７１９組換え遺伝子配列、４１８９７組換え遺伝子配列、４７１７４組換え遺伝子配列、３３４０８組換え遺伝子配列、１０００２組換え遺伝子配列、１６２０９組換え遺伝子配列、３１４組換え遺伝子配列、６３６組換え遺伝子配列、２７４１０組換え遺伝子配列、３３２６０組換え遺伝子配列、６１９組換え遺伝子配列、１５９８５組換え遺伝子配列、６９１１２組換え遺伝子配列、２１５８組換え遺伝子配列、２２４組換え遺伝子配列、６１５組換え遺伝子配列、４４３７３組換え遺伝子配列、９５４３１組換え遺伝子配列、２２２４５組換え遺伝子配列、２３８７組換え遺伝子配列、１６６５８組換え遺伝子配列、５５０５４組換え遺伝子配列、１６３１４組換え遺伝子配列、１６１３組換え遺伝子配列、１６７５組換え遺伝子配列、９５６９組換え遺伝子配列、または１３４２４組換え遺伝子配列の存在について、９９４９ｍＲＮＡ、１４２３０ｍＲＮＡ、７６０ｍＲＮＡ、６２５５３ｍＲＮＡ、１２２１６ｍＲＮＡ、１７７１９ｍＲＮＡ、４１８９７ｍＲＮＡ、４７１７４ｍＲＮＡ、３３４０８ｍＲＮＡ、１０００２ｍＲＮＡ、１６２０９ｍＲＮＡ、３１４ｍＲＮＡ、６３６ｍＲＮＡ、２７４１０ｍＲＮＡ、３３２６０ｍＲＮＡ、６１９ｍＲＮＡ、１５９８５ｍＲＮＡ、６９１１２ｍＲＮＡ、２１５８ｍＲＮＡ、２２４ｍＲＮＡ、６１５ｍＲＮＡ、４４３７３ｍＲＮＡ、９５４３１ｍＲＮＡ、２２２４５ｍＲＮＡ、２３８７ｍＲＮＡ、１６６５８ｍＲＮＡ、５５０５４ｍＲＮＡ、１６３１４ｍＲＮＡ、１６１３ｍＲＮＡ、１６７５ｍＲＮＡ、９５６９ｍＲＮＡ、または１３４２４ｍＲＮＡの発現および蓄積について、ならびに９９４９組換えタンパク質、１４２３０組換えタンパク質、７６０組換えタンパク質、６２５５３組換えタンパク質、１２２１６組換えタンパク質、１７７１９組換えタンパク質、４１８９７組換えタンパク質、４７１７４組換えタンパク質、３３４０８組換えタンパク質、１０００２組換えタンパク質、１６２０９組換えタンパク質、３１４組換えタンパク質、６３６組換えタンパク質、２７４１０組換えタンパク質、３３２６０組換えタンパク質、６１９組換えタンパク質、１５９８５組換えタンパク質、６９１１２組換えタンパク質、２１５８組換えタンパク質、２２４組換えタンパク質、６１５組換えタンパク質、４４３７３組換えタンパク質、９５４３１組換えタンパク質、２２２４５組換えタンパク質、２３８７組換えタンパク質、１６６５８組換えタンパク質、５５０５４組換えタンパク質、１６３１４組換えタンパク質、１６１３組換えタンパク質、１６７５組換えタンパク質、９５６９組換えタンパク質、または１３４２４組換えタンパク質の産生の存在について、評価されるべきである。９９４９遺伝子発現、１４２３０遺伝子発現、７６０遺伝子発現、６２５５３遺伝子発現、１２２１６遺伝子発現、１７７１９遺伝子発現、４１８９７遺伝子発現、４７１７４遺伝子発現、３３４０８遺伝子発現、１０００２遺伝子発現、１６２０９遺伝子発現、３１４遺伝子発現、６３６遺伝子発現、２７４１０遺伝子発現、３３２６０遺伝子発現、６１９遺伝子発現、１５９８５遺伝子発現、６９１１２遺伝子発現、２１５８遺伝子発現、２２４遺伝子発現、６１５遺伝子発現、４４３７３遺伝子発現、９５４３１遺伝子発現、２２２４５遺伝子発現、２３８７遺伝子発現、１６６５８遺伝子発現、５５０５４遺伝子発現、１６３１４遺伝子発現、１６１３遺伝子発現、１６７５遺伝子発現、９５６９遺伝子発現、または１３４２４遺伝子発現の減少が望ましい場合において、標準的な技術を使用して、内因性の９９４９遺伝子発現、１４２３０遺伝子発現、７６０遺伝子発現、６２５５３遺伝子発現、１２２１６遺伝子発現、１７７１９遺伝子発現、４１８９７遺伝子発現、４７１７４遺伝子発現、３３４０８遺伝子発現、１０００２遺伝子発現、１６２０９遺伝子発現、３１４遺伝子発現、６３６遺伝子発現、２７４１０遺伝子発現、３３２６０遺伝子発現、６１９遺伝子発現、１５９８５遺伝子発現、６９１１２遺伝子発現、２１５８遺伝子発現、２２４遺伝子発現、６１５遺伝子発現、４４３７３遺伝子発現、９５４３１遺伝子発現、２２２４５遺伝子発現、２３８７遺伝子発現、１６６５８遺伝子発現、５５０５４遺伝子発現、１６３１４遺伝子発現、１６１３遺伝子発現、１６７５遺伝子発現、９５６９遺伝子発現、または１３４２４遺伝子発現および／あるいは９９４９タンパク質産生、１４２３０タンパク質産生、７６０タンパク質産生、６２５５３タンパク質産生、１２２１６タンパク質産生、１７７１９タンパク質産生、４１８９７タンパク質産生、４７１７４タンパク質産生、３３４０８タンパク質産生、１０００２タンパク質産生、１６２０９タンパク質産生、３１４タンパク質産生、６３６タンパク質産生、２７４１０タンパク質産生、３３２６０タンパク質産生、６１９タンパク質産生、１５９８５タンパク質産生、６９１１２タンパク質産生、２１５８タンパク質産生、２２４タンパク質産生、６１５タンパク質産生、４４３７３タンパク質産生、９５４３１タンパク質産生、２２２４５タンパク質産生、２３８７タンパク質産生、１６６５８タンパク質産生、５５０５４タンパク質産生、１６３１４タンパク質産生、１６１３タンパク質産生、１６７５タンパク質産生、９５６９タンパク質産生、または１３４２４タンパク質産生の低下が達成されるか否かを、実証し得る。
【０１５０】
（予測医学）
本発明はまた、予測医学の分野に関し、ここにおいて、診断アッセイ、予後アッセイ、臨床試験のモニタリングが、予後（予測）目的のために使用され、それによって個体を予防的に処置する。従って、本発明の１つの局面は、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞（例えば、内皮細胞）、または組織（例えば、血管組織））の状況において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のタンパク質および／または核酸の発現、ならびに９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性、または１３４２４活性を決定し、それによって、個体が、素因に罹患しているかまたは疼痛を被っているか否かを決定するための診断アッセイに関する。本発明はまた、個体が疼痛性疾患を発病する危険性があるか否かを決定するための、予後（または予測）アッセイを提供する。例えば、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後目的または予測目的のために使用され得、それによって個体を、疼痛性疾患の発症前に、予防的に（ｐｈｏｐｈｙｌａｃｔｉｃａｌｌｙ）処置する。
【０１５１】
本発明の別の局面は、臨床試験における、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４の発現または活性に対する、９９４９調節因子、１４２３０調節因子、７６０調節因子、６２５５３調節因子、１２２１６調節因子、１７７１９調節因子、４１８９７調節因子、４７１７４調節因子、３３４０８調節因子、１０００２調節因子、１６２０９調節因子、３１４調節因子、６３６調節因子、２７４１０調節因子、３３２６０調節因子、６１９調節因子、１５９８５調節因子、６９１１２調節因子、２１５８調節因子、２２４調節因子、６１５調節因子、４４３７３調節因子、９５４３１調節因子、２２２４５調節因子、２３８７調節因子、１６６５８調節因子、５５０５４調節因子、１６３１４調節因子、１６１３調節因子、１６７５調節因子、９５６９調節因子、または１３４２４調節因子（例えば、抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体、または抗１３４２４抗体、あるいは９９４９リボザイム、１４２３０リボザイム、７６０リボザイム、６２５５３リボザイム、１２２１６リボザイム、１７７１９リボザイム、４１８９７リボザイム、４７１７４リボザイム、３３４０８リボザイム、１０００２リボザイム、１６２０９リボザイム、３１４リボザイム、６３６リボザイム、２７４１０リボザイム、３３２６０リボザイム、６１９リボザイム、１５９８５リボザイム、６９１１２リボザイム、２１５８リボザイム、２２４リボザイム、６１５リボザイム、４４３７３リボザイム、９５４３１リボザイム、２２２４５リボザイム、２３８７リボザイム、１６６５８リボザイム、５５０５４リボザイム、１６３１４リボザイム、１６１３リボザイム、１６７５リボザイム、９５６９リボザイム、または１３４２４リボザイム）の影響のモニタリングに関する。
【０１５２】
これらの因子および他の因子は、以下の節で、さらに詳細に記載される。
【０１５３】
（診断アッセイ）
被験体が疾患に罹患しているか否かを決定するために、生物学的サンプルが被験体から得られ得、そしてこの生物学的サンプルは、この生物学的サンプル中で、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質、あるいは９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡ）を検出することができる、化合物または因子と接触され得る。９９４９ｍＲＮＡ、１４２３０ｍＲＮＡ、７６０ｍＲＮＡ、６２５５３ｍＲＮＡ、１２２１６ｍＲＮＡ、１７７１９ｍＲＮＡ、４１８９７ｍＲＮＡ、４７１７４ｍＲＮＡ、３３４０８ｍＲＮＡ、１０００２ｍＲＮＡ、１６２０９ｍＲＮＡ、３１４ｍＲＮＡ、６３６ｍＲＮＡ、２７４１０ｍＲＮＡ、３３２６０ｍＲＮＡ、６１９ｍＲＮＡ、１５９８５ｍＲＮＡ、６９１１２ｍＲＮＡ、２１５８ｍＲＮＡ、２２４ｍＲＮＡ、６１５ｍＲＮＡ、４４３７３ｍＲＮＡ、９５４３１ｍＲＮＡ、２２２４５ｍＲＮＡ、２３８７ｍＲＮＡ、１６６５８ｍＲＮＡ、５５０５４ｍＲＮＡ、１６３１４ｍＲＮＡ、１６１３ｍＲＮＡ、１６７５ｍＲＮＡ、９５６９ｍＲＮＡ、または１３４２４ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出するために好ましい因子は、標識核酸プローブであり、このプローブは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし得る。この核酸プローブは、例えば、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１もしくは配列番号６３に示される９９４９核酸、１４２３０核酸、７６０核酸、６２５５３核酸、１２２１６核酸、１７７１９核酸、４１８９７核酸、４７１７４核酸、３３４０８核酸、１０００２核酸、１６２０９核酸、３１４核酸、６３６核酸、２７４１０核酸、３３２６０核酸、６１９核酸、１５９８５核酸、６９１１２核酸、２１５８核酸、２２４核酸、６１５核酸、４４３７３核酸、９５４３１核酸、２２２４５核酸、２３８７核酸、１６６５８核酸、５５０５４核酸、１６３１４核酸、１６１３核酸、１６７５核酸、９５６９核酸、または１３４２４核酸またはそれらの一部（例えば、少なくとも１５ヌクレオチド長、２０ヌクレオチド長、２５ヌクレオチド長、３０ヌクレオチド長、２５ヌクレオチド長、４０ヌクレオチド長、４５ヌクレオチド長、５０ヌクレオチド長、１００ヌクレオチド長、２５０ヌクレオチド長または５００ヌクレオチド長であり、かつストリンジェントな条件下で、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするに十分であるオリゴヌクレオチド）であり得る。本発明の診断アッセイにおいて使用するのに適切な他のプローブが、本明細書中に記載されている。
【０１５４】
サンプル中の、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質を検出するのに好ましい因子は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナル抗体であり得、より好ましくは、モノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体、またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が、使用され得る。プローブまたは抗体に関して、用語「標識（された）」は、検出可能な物質をそのプローブまたは抗体にカップリング（すなわち、物理的に連結する）し、そして直接的に標識される別の試薬との反応性によってこのプローブまたは抗体を間接的に標識することによる、プローブまたは抗体の直接的な標識を含むことが意図される。間接的な標識の例は、蛍光標識された二次抗体を使用し、そして蛍光標識されたストレプトアビジンで検出され得るように、ビオチンでＤＮＡプローブを末端標識する、一次抗体の検出を含む。
【０１５５】
用語「生物学的サンプル」は、被験体から単離された組織、細胞、および生物学的流体、ならびに被験体内に存在する組織、細胞、および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を使用して、インビトロおよびインビボで、生物学的サンプル中の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のｍＲＮＡ、タンパク質、またはゲノムＤＮＡを検出し得る。例えば、９９４９ｍＲＮＡ、１４２３０ｍＲＮＡ、７６０ｍＲＮＡ、６２５５３ｍＲＮＡ、１２２１６ｍＲＮＡ、１７７１９ｍＲＮＡ、４１８９７ｍＲＮＡ、４７１７４ｍＲＮＡ、３３４０８ｍＲＮＡ、１０００２ｍＲＮＡ、１６２０９ｍＲＮＡ、３１４ｍＲＮＡ、６３６ｍＲＮＡ、２７４１０ｍＲＮＡ、３３２６０ｍＲＮＡ、６１９ｍＲＮＡ、１５９８５ｍＲＮＡ、６９１１２ｍＲＮＡ、２１５８ｍＲＮＡ、２２４ｍＲＮＡ、６１５ｍＲＮＡ、４４３７３ｍＲＮＡ、９５４３１ｍＲＮＡ、２２２４５ｍＲＮＡ、２３８７ｍＲＮＡ、１６６５８ｍＲＮＡ、５５０５４ｍＲＮＡ、１６３１４ｍＲＮＡ、１６１３ｍＲＮＡ、１６７５ｍＲＮＡ、９５６９ｍＲＮＡ、または１３４２４ｍＲＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質を検出するためのインビトロ技術としては、酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウエスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光検査法が挙げられる。９９４９ゲノムＤＮＡ、１４２３０ゲノムＤＮＡ、７６０ゲノムＤＮＡ、６２５５３ゲノムＤＮＡ、１２２１６ゲノムＤＮＡ、１７７１９ゲノムＤＮＡ、４１８９７ゲノムＤＮＡ、４７１７４ゲノムＤＮＡ、３３４０８ゲノムＤＮＡ、１０００２ゲノムＤＮＡ、１６２０９ゲノムＤＮＡ、３１４ゲノムＤＮＡ、６３６ゲノムＤＮＡ、２７４１０ゲノムＤＮＡ、３３２６０ゲノムＤＮＡ、６１９ゲノムＤＮＡ、１５９８５ゲノムＤＮＡ、６９１１２ゲノムＤＮＡ、２１５８ゲノムＤＮＡ、２２４ゲノムＤＮＡ、６１５ゲノムＤＮＡ、４４３７３ゲノムＤＮＡ、９５４３１ゲノムＤＮＡ、２２２４５ゲノムＤＮＡ、２３８７ゲノムＤＮＡ、１６６５８ゲノムＤＮＡ、５５０５４ゲノムＤＮＡ、１６３１４ゲノムＤＮＡ、１６１３ゲノムＤＮＡ、１６７５ゲノムＤＮＡ、９５６９ゲノムＤＮＡ、または１３４２４ゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質を検出するためのインビボ技術は、被験体に、標識された抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体、または抗１３４２４抗体を導入することを含む。例えば、抗体は、被験体における存在および位置が、標準的な画像化技術によって検出され得る放射標識マーカーで、標識され得る。
【０１５６】
別の実施形態において、本発明はさらに、以下の工程を包含する：コントロール被験体から、コントロールの生物学的サンプルを得る工程；このコントロールサンプルを、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出することができる化合物または因子と接触させる工程であって、その結果、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在が、生物学的サンプル中で検出される、工程；ならびに、コントロールサンプルにおける９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を、試験サンプルにおける９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在と比較する工程。
【０１５７】
（予後アッセイ）
本発明はさらに、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４の異常な発現または活性に関連する疾患を有するかまたはそのような疾患を発症する危険性のある被験体を同定するための方法に関する。
【０１５８】
本明細書中で使用される場合、用語「異常な」は、野生型の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４の発現または活性から逸脱した、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４の発現または活性を含む。異常な発現または活性は、増大または減少した、発現または活性ならびに野生型の発生的な発現パターンまたは細胞内発現パターンに従わない、発現または活性を含む。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４の異常な発現または活性は、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子における変異により、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子が、過少発現または過剰発現される場合、ならびにこのような変異によって、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４の非機能的なタンパク質または野生型様式では機能しないタンパク質（例えば、９９４９基質、１４２３０基質、７６０基質、６２５５３基質、１２２１６基質、１７７１９基質、４１８９７基質、４７１７４基質、３３４０８基質、１０００２基質、１６２０９基質、３１４基質、６３６基質、２７４１０基質、３３２６０基質、６１９基質、１５９８５基質、６９１１２基質、２１５８基質、２２４基質、６１５基質、４４３７３基質、９５４３１基質、２２２４５基質、２３８７基質、１６６５８基質、５５０５４基質、１６３１４基質、１６１３基質、１６７５基質、９５６９基質、または１３４２４基質と相互作用しないタンパク質、または非９９４９基質、非１４２３０基質、非７６０基質、非６２５５３基質、非１２２１６基質、非１７７１９基質、非４１８９７基質、非４７１７４基質、非３３４０８基質、非１０００２基質、非１６２０９基質、非３１４基質、非６３６基質、非２７４１０基質、非３３２６０基質、非６１９基質、非１５９８５基質、非６９１１２基質、非２１５８基質、非２２４基質、非６１５基質、非４４３７３基質、非９５４３１基質、非２２２４５基質、非２３８７基質、非１６６５８基質、非５５０５４基質、非１６３１４基質、非１６１３基質、非１６７５基質、非９５６９基質、または非１３４２４基質と相互作用するタンパク質）が生じる状況、を含むことが意図される。
【０１５９】
本明細書中に記載されるアッセイ（例えば、前述の診断アッセイまたは以下のアッセイ）を使用して、疾患を有する被験体または疾患を発症する危険性のある被験体を同定し得る。生物学的サンプルを、被験体より取得し得、そして遺伝的変更の存在または非存在について試験し得る。例えば、このような遺伝的変更は、以下の少なくとも１つの存在を確認することにより検出され得る：１）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失、２）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加、３）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、４）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子の染色体再構築、５）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける変更、６）ゲノムＤＮＡのメチル化パターンのような、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子の異常な改変、７）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、８）９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質の非野生型レベル、９）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子の対立遺伝子喪失、ならびに１０）９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質、または１３４２４タンパク質の不適切な翻訳後修飾。
【０１６０】
本明細書中で記載されるように、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子における遺伝的変更を検出するために使用され得る、当該分野において公知の多くのアッセイが、存在する。例えば、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子における遺伝的変更は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）あるいは、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０；およびＮａｋａｚａｗａら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３６０−３６４を参照のこと）においてプローブ／プライマーを使用して検出され得、これらのうちの後者は、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る（Ａｂｒａｖａｙａら（１９９５）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２３：６７５−６８２を参照のこと）。この方法は、以下の工程を包含する：被験体から生物学的サンプルを収集する工程、このサンプルから核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはこれらの両方）を単離する工程、（存在するならば）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４��伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で、この核酸サンプルを、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子、または１３４２４遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーと接触させる工程、ならびに増幅産物の存在または非存在を検出するかまたは増幅産物のサイズを検出しそしてコントロールサンプルと長さを比較する工程。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲが、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される任意の技術と組合わせて予備的増幅工程として使用されることが所望され得ることは、明白である。
【０１６１】
代替の増幅法としては以下が挙げられる：自己維持的配列複製（ｓｅｌｆ  ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ，Ｊ．Ｃ．ら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８）、転写増幅系（Ｋｗｏｈ，Ｄ．Ｙ．ら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７）、Ｑ−βレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ，Ｐ．Ｍ．ら（１９８８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７）、または他の核酸増幅法のいずれか、その後の当業者に周知の技術を使用する増幅分子の検出。これらの検出スキームは、このような分子が非常に少数で存在する場合に、核酸分子の検出に特に有用である。
【０１６２】
代替の実施形態において、生物学的サンプル由来の９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールＤＮＡが、単離され、（必要に応じて）増幅され、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼで消化され、そしてフラグメント長サイズが、ゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長サイズの差異は、サンプルＤＮＡ中の変異を示す。さらに、配列特異的リボザイム（例えば、米国特許第５，４９８，５３１号を参照のこと）の使用は、リボザイム切断部位の発生または喪失によって、特異的変異の存在についてスコア付けするために使用され得る。
【０１６３】
他の実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４における遺伝的変異は、生物学的サンプル由来の核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を、何百個または何千個のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイにハイブリダイズさせることによって同定され得る（Ｃｒｏｎｉｎ，Ｍ．Ｔ．ら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌ，Ｍ．Ｊ．ら（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２：７５３−７５９）。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４における遺伝的変異は、Ｃｒｏｎｉｎ，Ｍ．Ｔ．ら（１９９６）（上述）に記載されるような光生成ＤＮＡプローブを含む２次元アレイにおいて同定され得る。簡単には、プローブの第１のハイブリダイゼーションアレイを使用して、連続的で重複するプローブの線状アレイを作製することによって、サンプルおよびコントロールにおけるＤＮＡの長鎖を通して走査して配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程の後、検出される全ての改変体または変異体に相補的なより小さな特定化されたプローブアレイを使用することによって、特異的変異の特徴付けを可能にする第２のハイブリダイゼーションアレイが続く。各変異アレイは、パラレルプローブセット、野生型遺伝子に対するある相補体および変異遺伝子に対する他の相補体から構成される。
【０１６４】
なお別の実施形態において、当該分野において公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、生物学的サンプル中の９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子を直接的に配列決定し得、そして生物学的サンプル中の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の配列を、対応する野生型（コントロール）配列と比較することによって変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、ＭａｘａｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７４：５４６３によって開発された技術に基づく反応が挙げられる。種々の自動化配列決定手順のいずれかが、質量分析法による配列決定（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９を参照のこと）を含む診断アッセイ（Ｎａｅｖｅ，Ｃ．Ｗ．（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８−５３）を行う場合に利用され得ることもまた、企図される。
【０１６５】
９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護がＲＮＡ／ＲＮＡヘテロ二重鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖中でミスマッチした塩基を検出するために使用される方法が挙げられる（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２）。一般に、「ミスマッチ切断」の分野の技術は、野生型の９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列または１３４２４配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織サンプルより得られた潜在的変異ＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることによって形成されるヘテロ二重鎖を提供することによって開始する。二本鎖二重鎖は、コントロール鎖とサンプル鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するような二重鎖の一本鎖領域を切断する因子で処理される。例えば、ミスマッチ領域を酵素的に消化するために、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖はＲＮａｓｅで処理され得、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドはＳ１ヌクレアーゼで処理され得る。他の実施形態において、ＤＮＡ／ＤＮＡ二重鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡ二本鎖のいずれかが、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムで処理され得、そして、ミスマッチ領域を消化するためにピペリジンで処理され得る。ミスマッチ領域の消化後、次いで生じた物質が、変異部位を決定するために変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズで分けられる。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８５：４３９７およびＳａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。好ましい実施形態において、コントロールＤＮＡまたはＲＮＡが、検出のために標識され得る。
【０１６６】
さらに別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、細胞のサンプルより得られた９９４９ｃＤＮＡ、１４２３０ｃＤＮＡ、７６０ｃＤＮＡ、６２５５３ｃＤＮＡ、１２２１６ｃＤＮＡ、１７７１９ｃＤＮＡ、４１８９７ｃＤＮＡ、４７１７４ｃＤＮＡ、３３４０８ｃＤＮＡ、１０００２ｃＤＮＡ、１６２０９ｃＤＮＡ、３１４ｃＤＮＡ、６３６ｃＤＮＡ、２７４１０ｃＤＮＡ、３３２６０ｃＤＮＡ、６１９ｃＤＮＡ、１５９８５ｃＤＮＡ、６９１１２ｃＤＮＡ、２１５８ｃＤＮＡ、２２４ｃＤＮＡ、６１５ｃＤＮＡ、４４３７３ｃＤＮＡ、９５４３１ｃＤＮＡ、２２２４５ｃＤＮＡ、２３８７ｃＤＮＡ、１６６５８ｃＤＮＡ、５５０５４ｃＤＮＡ、１６３１４ｃＤＮＡ、１６１３ｃＤＮＡ、１６７５ｃＤＮＡ、９５６９ｃＤＮＡまたは１３４２４ｃＤＮＡ中の点変異を検出およびマッピングするために規定された系において二本鎖ＤＮＡ中のミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素と呼ばれる）を使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチでＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチでＴを切断する（Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７−１６６２）。例示的実施形態に従って、９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列または１３４２４配列（例えば、野生型の９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列または１３４２４配列）に基づくプローブは、試験細胞からのｃＤＮＡ産物または他のＤＮＡ産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、ＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理され、そして存在する場合、切断産物は、電気泳動的プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０１６７】
他の実施形態において、電気泳動移動度における変化を使用して、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子における変異を同定する。例えば、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）を使用して、変異体核酸と野生型核酸との間の電気泳動移動度における差異を検出し得る（Ｏｒｉｔａら、（１９８９）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：２７６６；Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５−１４４およびＨａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３−７９のもまた、参照のこと）。サンプルおよびコントロールの９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは変性され、そして再生が可能である。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変動し、そして電気泳動移動度において得られた変化は、単一の塩基変化さえ検出することを可能とする。ＤＮＡフラグメントは、標識され得るか、または標識したプローブを用いて検出され得る。アッセイの感度は、（ＤＮＡよりはむしろ）ＲＮＡを用いることによって増強され得、ここで二次構造は、配列における変化に対してより感受性である。好ましい実施形態において、本発明の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動移動度における変化に基づいて二本鎖ヘテロ二重鎖分子を分離する（Ｋｅｅｎら、（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ  ７：５）。
【０１６８】
なお別の実施形態において、変性剤の勾配を含むポリアクリルアミドにおける変異体または野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる（Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５）。ＤＧＧＥが分析の方法として使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲによって約４０ｂｐの高融解ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、完全には変性しないことを保証するように改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールＤＮＡおよびサンプルＤＮＡの移動度における差異を同定するために、変性勾配の代わりに使用される（ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｃｈｅｍ  ２６５：１２７５３）。
【０１６９】
点変異を検出するための他の技術の例としては、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸張が挙げられるがこれらに限定されない。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーが調製され得、ここで、公知の変異が主としてなされ、次いで完全な一致が見出される場合のみハイブリダイゼーションが可能となる条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされる（Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８６：６２３０）。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズする膜に結合され、標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされる場合に、ＰＣＲ増幅した標的ＤＮＡまたは多数の異なる変異にハイブリダイズされる。
【０１７０】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子（ａｌｌｅｌｅ）特異的増幅技術は、本発明と組み合わせて使用され得る。特異的増幅のためのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心において（Ｇｉｂｂｓら、（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７−２４４８）、または適切な条件下でミスマッチがポリメラーゼ伸張を防ぐかまたは減少し得る１つのプライマーの最も３’末端にて（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ  １１：２３８）目的の変異をもたらし得る（その結果、増幅は差次的ハイブリダイゼーションに依存する）。さらに、変異の領域に新規な制限部位を導入して、切断に基づく検出をおこすことが望ましくあり得る（Ｇａｓｐａｒｉｎｉら、（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１）。特定の実施形態において、増幅はまた、増幅のためのＴａｑリガーゼを使用して行われ得ることが予期される（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８８：１８９）。このような場合において、連結は、増幅の存在または非存在について探索することによって特定の部位での公知の変異の存在を検出し得る５’配列の３’末端にて、完全な一致が存在する場合にのみ生じる。
【０１７１】
さらに、本明細書中に記載される予後アッセイは、被験体が疾患を有効に処置するために９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、または低分子）を投与され得るか否かを決定するために使用され得る。
【０１７２】
（臨床試験の間の効果のモニタリング）
本発明はさらに、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子（例えば、本明細書中において同定された９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子）の、疾患の処置に対する有効性を決定するための方法を提供する。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の遺伝子の発現増加、タンパク質レベル増加、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の活性のアップレギュレートにおける、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子の有効性は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子の発現減少、タンパク質レベル減少、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の活性のダウンレギュレートを示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。あるいは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子の発現減少、タンパク質レベル減少、あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性のダウンレギュレートにおける９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節因子の有効性は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現増加、タンパク質レベル増加、あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性の増加を示す被験体の臨床試験においてモニタリングされ得る。このような臨床試験において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子、および好ましくは、痛覚に関与する他の遺伝子の発現または活性が、「読み出し」すなわち特定の細胞の表現型のマーカーとして使用され得る。
【０１７３】
例えば（限定のためではなく）、（例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される）９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を調節する因子での処置によって細胞において調節される、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４を含む遺伝子が、同定され得る。従って、疼痛障害を罹患する被験体に対する９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を調節する因子の効果を（例えば、臨床試験において）研究するために、細胞が単離され得、そしてＲＮＡが調製され得、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４、および疼痛障害に関連する他の遺伝子の発現レベルについて分析され得る。遺伝子発現レベル（例えば、遺伝子発現パターン）は、本明細書中に記載されるようなノザンブロット分析またはＲＴ−ＰＣＲによって、あるいは生成されるタンパク質の量を測定することによって、本明細書中に記載される方法の１つによって、あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４、または他の遺伝子の活性レベルを測定することによって、定量され得る。この方法において、遺伝子発現パターンは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を調節する因子に対する細胞の生理学的応答を示すマーカーとして作用し得る。この応答状態は、個体を９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を調節する因子で処置する前、およびその間の種々の時点で決定され得る。
【０１７４】
好ましい実施形態において、本発明は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を調節する因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される低分子）での被験体の処置の有効性をモニタリングするための方法を提供し、以下の工程を包含する：（ｉ）この因子の投与前に予め投与するサンプルを被験体から得る工程；（ｉｉ）この投与前サンプル中の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現レベルを検出する工程；（ｉｉｉ）投与後の１つ以上のサンプルを被験体から得る工程；（ｉｖ）これらの投与後のサンプル中の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現レベルまたは活性レベルを検出する工程；（ｖ）投与前サンプル中の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現レベルまたは活性レベルを、投与後サンプル中の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現レベルまたは活性レベルと比較する工程；ならびに（ｖｉ）被験体に対する因子の投与を適宜変更する工程。例えば、因子の投与増加は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の発現または活性を、検出された（すなわち、因子の有効性を増加させる）レベルよりも高いレベルに増加することが、好ましくあり得る。あるいは、因子の投与減少は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の発現または活性を、検出された（すなわち、因子の有効性を減少させる）レベルよりも低いレベルに減少することが、望ましくあり得る。このような実施形態に従って、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の発現または活性は、観察可能な表現型応答の非存在下ですら、因子の有効性の指標として使用され得る。
【０１７５】
（処置方法）
本発明は、被験体（例えば、疾患の危険性のある（または疾患に罹患している疑いのある）ヒト）を処置する予防法および治療法の両方を提供する。処置の予防法および治療法の両方の観点で、このような処置は、薬理ゲノム学（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）の分野から得られる知識に基づいて、特異的に仕立てられ（ｔａｉｌｏｒｅ）得るかまたは改変され得る。「薬理ゲノム学」は、本明細書中で使用される場合、遺伝子配列決定、統計的遺伝学および遺伝子発現分析のようなゲノム技術の、臨床開発および市場での薬物に対する適用をいう。より詳細には、この用語は、患者の遺伝子がどのように薬物に対する患者の応答（例えば、患者の「薬物応答表現型」または「薬物応答遺伝子型」）を決定するのかについての研究をいう。
【０１７６】
従って、本発明の別の局面は、個々の薬物応答遺伝子型に従って、本発明の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の分子、または、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の調節因子のいずれかを用いる被験体の予防処置または治療処置を仕立てるための方法を提供する。薬理ゲノム学によって、臨床医（ｃｌｉｎｉｃｉａｎ）または内科医（ｐｈｙｓｉｃｉａｎ）は、この処置から最も利益を得る患者に対して予防処置または治療処置を標的化することが可能になり、そして毒性薬物関連副作用を被る患者の処置を避けることが可能になる。
【０１７７】
（予防方法）
一局面において、本発明は、９９４９発現、１４２３０発現、７６０発現、６２５５３発現、１２２１６発現、１７７１９発現、４１８９７発現、４７１７４発現、３３４０８発現、１０００２発現、１６２０９発現、３１４発現、６３６発現、２７４１０発現、３３２６０発現、６１９発現、１５９８５発現、６９１１２発現、２１５８発現、２２４発現、６１５発現、４４３７３発現、９５４３１発現、２２２４５発現、２３８７発現、１６６５８発現、５５０５４発現、１６３１４発現、１６１３発現、１６７５発現、９５６９発現または１３４２４発現、あるいは９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性を調節する因子を被験体に投与することによって、被験体における疾患を防ぐ方法を提供する。疼痛障害（例えば、神経痛または片頭痛）に対する危険性のある被験体は、例えば、本明細書中に記載の任意の診断的もしくは予後的なアッセイまたはそれらの組み合わせによって同定され得る。予防薬の投与は、異常な９９４９発現、１４２３０発現、７６０発現、６２５５３発現、１２２１６発現、１７７１９発現、４１８９７発現、４７１７４発現、３３４０８発現、１０００２発現、１６２０９発現、３１４発現、６３６発現、２７４１０発現、３３２６０発現、６１９発現、１５９８５発現、６９１１２発現、２１５８発現、２２４発現、６１５発現、４４３７３発現、９５４３１発現、２２２４５発現、２３８７発現、１６６５８発現、５５０５４発現、１６３１４発現、１６１３発現、１６７５発現、９５６９発現または１３４２４発現あるいは異常な９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性の特徴的症状の発生に先立って生じ得、これによって疾患が予防されるか、あるいは、その進行が遅延される。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の異常の型に依存して、例えば、９９４９アゴニスト薬剤、１４２３０アゴニスト薬剤、７６０アゴニスト薬剤、６２５５３アゴニスト薬剤、１２２１６アゴニスト薬剤、１７７１９アゴニスト薬剤、４１８９７アゴニスト薬剤、４７１７４アゴニスト薬剤、３３４０８アゴニスト薬剤、１０００２アゴニスト薬剤、１６２０９アゴニスト薬剤、３１４アゴニスト薬剤、６３６アゴニスト薬剤、２７４１０アゴニスト薬剤、３３２６０アゴニスト薬剤、６１９アゴニスト薬剤、１５９８５アゴニスト薬剤、６９１１２アゴニスト薬剤、２１５８アゴニスト薬剤、２２４アゴニスト薬剤、６１５アゴニスト薬剤、４４３７３アゴニスト薬剤、９５４３１アゴニスト薬剤、２２２４５アゴニスト薬剤、２３８７アゴニスト薬剤、１６６５８アゴニスト薬剤、５５０５４アゴニスト薬剤、１６３１４アゴニスト薬剤、１６１３アゴニスト薬剤、１６７５アゴニスト薬剤、９５６９アゴニスト薬剤または１３４２４アゴニスト薬剤、あるいは９９４９アンタゴニスト薬剤、１４２３０アンタゴニスト薬剤、７６０アンタゴニスト薬剤、６２５５３アンタゴニスト薬剤、１２２１６アンタゴニスト薬剤、１７７１９アンタゴニスト薬剤、４１８９７アンタゴニスト薬剤、４７１７４アンタゴニスト薬剤、３３４０８アンタゴニスト薬剤、１０００２アンタゴニスト薬剤、１６２０９アンタゴニスト薬剤、３１４アンタゴニスト薬剤、６３６アンタゴニスト薬剤、２７４１０アンタゴニスト薬剤、３３２６０アンタゴニスト薬剤、６１９アンタゴニスト薬剤、１５９８５アンタゴニスト薬剤、６９１１２アンタゴニスト薬剤、２１５８アンタゴニスト薬剤、２２４アンタゴニスト薬剤、６１５アンタゴニスト薬剤、４４３７３アンタゴニスト薬剤、９５４３１アンタゴニスト薬剤、２２２４５アンタゴニスト薬剤、２３８７アンタゴニスト薬剤、１６６５８アンタゴニスト薬剤、５５０５４アンタゴニスト薬剤、１６３１４アンタゴニスト薬剤、１６１３アンタゴニスト薬剤、１６７５アンタゴニスト薬剤、９５６９アンタゴニスト薬剤または１３４２４アンタゴニスト薬剤が、被験体の処置のために使用され得る。適切な薬剤は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。
【０１７８】
（治療的方法）
疼痛を改善し得る方法および組成物が、本明細書中に記載されている。特定の疼痛障害は、少なくとも部分的に遺伝子産物の過度のレベルによって、あるいは異常または過剰な活性を示す遺伝子産物の存在によってもたらされる。このように、このような遺伝子産物のレベルおよび／または活性の減少は、疼痛の改善をもたらす。遺伝子発現のレベルまたはタンパク質の活性の減少に関する技術は、以下に議論される。
【０１７９】
あるいは、特定の他の疼痛障害は、少なくとも一部、遺伝子発現のレベルの欠損もしくは減少、またはタンパク質の活性のレベルの減少によってもたらされる。このように、遺伝子の発現および／またはこのようなタンパク質の活性のレベルの増加は、疼痛の改善をもたらす。
【０１８０】
いくつかの場合において、疾患状態における遺伝子の上方調節は、疾患状態に対する応答において、その遺伝子産物に対する保護的な役割を反映する。このような遺伝子発現または遺伝子産物の活性の促進は、それが影響する保護的な効果を強固にする。いくつかの疼痛の状態は、このような保護的遺伝子の活性のレベルの異常に低い値に起因し得る。これらの場合において、また、遺伝発現のレベルおよび／またはこのような遺伝子産物の活性のレベルの増加は、疼痛の改善をもたらす。標的遺伝子発現レベルまたは標的遺伝子産物活性レベルを増加させるための技術は本明細書中に議論される。
【０１８１】
従って、本発明の別の局面は、治療的目的での９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性の調節方法に関する。従って、例示的な実施形態において、本発明の調節的な方法は、細胞に、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４あるいは細胞（例えば、内皮細胞または卵巣細胞）に関連し得る９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質活性の１つ以上の活性を調節する薬剤を接触させる工程を包含する。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質活性を調節する薬剤は、本明細書中に記載されるような薬剤であり得、例えば、核酸またはタンパク質、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の天然に存在する標的分子（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のリガンドまたは基質）、９９４９抗体、１４２３０抗体、７６０抗体、６２５５３抗体、１２２１６抗体、１７７１９抗体、４１８９７抗体、４７１７４抗体、３３４０８抗体、１０００２抗体、１６２０９抗体、３１４抗体、６３６抗体、２７４１０抗体、３３２６０抗体、６１９抗体、１５９８５抗体、６９１１２抗体、２１５８抗体、２２４抗体、６１５抗体、４４３７３抗体、９５４３１抗体、２２２４５抗体、２３８７抗体、１６６５８抗体、５５０５４抗体、１６３１４抗体、１６１３抗体、１６７５抗体、９５６９抗体もしくは１３４２４抗体、９９４９アゴニスト、１４２３０アゴニスト、７６０アゴニスト、６２５５３アゴニスト、１２２１６アゴニスト、１７７１９アゴニスト、４１８９７アゴニスト、４７１７４アゴニスト、３３４０８アゴニスト、１０００２アゴニスト、１６２０９アゴニスト、３１４アゴニスト、６３６アゴニスト、２７４１０アゴニスト、３３２６０アゴニスト、６１９アゴニスト、１５９８５アゴニスト、６９１１２アゴニスト、２１５８アゴニスト、２２４アゴニスト、６１５アゴニスト、４４３７３アゴニスト、９５４３１アゴニスト、２２２４５アゴニスト、２３８７アゴニスト、１６６５８アゴニスト、５５０５４アゴニスト、１６３１４アゴニスト、１６１３アゴニスト、１６７５アゴニスト、９５６９アゴニストもしくは１３４２４アゴニストまたは９９４９アンタゴニスト、１４２３０アンタゴニスト、７６０アンタゴニスト、６２５５３アンタゴニスト、１２２１６アンタゴニスト、１７７１９アンタゴニスト、４１８９７アンタゴニスト、４７１７４アンタゴニスト、３３４０８アンタゴニスト、１０００２アンタゴニスト、１６２０９アンタゴニスト、３１４アンタゴニスト、６３６アンタゴニスト、２７４１０アンタゴニスト、３３２６０アンタゴニスト、６１９アンタゴニスト、１５９８５アンタゴニスト、６９１１２アンタゴニスト、２１５８アンタゴニスト、２２４アンタゴニスト、６１５アンタゴニスト、４４３７３アンタゴニスト、９５４３１アンタゴニスト、２２２４５アンタゴニスト、２３８７アンタゴニスト、１６６５８アンタゴニスト、５５０５４アンタゴニスト、１６３１４アンタゴニスト、１６１３アンタゴニスト、１６７５アンタゴニスト、９５６９アンタゴニストもしくは１３４２４アンタゴニスト、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のアゴニストもしくはアンタゴニストのペプチド模倣物、または他の低分子である。一実施形態において、薬剤は１つ以上の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を刺激する。このような刺激薬剤の例として、活性な、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質および細胞内に導入されている９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４をコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、薬剤は、１つ以上の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を阻害する。このような阻害薬剤の例としては、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のアンチセンス核酸分子、抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体または抗１３４２４抗体、および９９４９インヒビター、１４２３０インヒビター、７６０インヒビター、６２５５３インヒビター、１２２１６インヒビター、１７７１９インヒビター、４１８９７インヒビター、４７１７４インヒビター、３３４０８インヒビター、１０００２インヒビター、１６２０９インヒビター、３１４インヒビター、６３６インヒビター、２７４１０インヒビター、３３２６０インヒビター、６１９インヒビター、１５９８５インヒビター、６９１１２インヒビター、２１５８インヒビター、２２４インヒビター、６１５インヒビター、４４３７３インヒビター、９５４３１インヒビター、２２２４５インヒビター、２３８７インヒビター、１６６５８インヒビター、５５０５４インヒビター、１６３１４インヒビター、１６１３インヒビター、１６７５インヒビター、９５６９インヒビターまたは１３４２４インヒビターが挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで（例えば、細胞を薬剤と共に培養することによって）、あるいは、インビボで（例えば、被験体に薬剤を投与することによって）実行され得る。このように、本発明は、異常なまたは望まない９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質あるいは９９４９核酸分子、１４２３０核酸分子、７６０核酸分子、６２５５３核酸分子、１２２１６核酸分子、１７７１９核酸分子、４１８９７核酸分子、４７１７４核酸分子、３３４０８核酸分子、１０００２核酸分子、１６２０９核酸分子、３１４核酸分子、６３６核酸分子、２７４１０核酸分子、３３２６０核酸分子、６１９核酸分子、１５９８５核酸分子、６９１１２核酸分子、
２１５８核酸分子、２２４核酸分子、６１５核酸分子、４４３７３核酸分子、９５４３１核酸分子、２２２４５核酸分子、２３８７核酸分子、１６６５８核酸分子、５５０５４核酸分子、１６３１４核酸分子、１６１３核酸分子、１６７５核酸分子、９５６９核酸分子または１３４２４核酸分子の発現または活性によって特徴付けられる、疾患または障害を罹患する個体を処置する方法を提供する。一実施形態において、この方法は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現または活性を調節（例えば、上方調節または下方調節）する薬剤（例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される薬剤）または薬剤の組み合わせの投与工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４が減少したか、異常であるかまたは望まない発現または活性の補償のための治療として、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸分子の投与工程を包含する。
【０１８２】
９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性の刺激は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４が異常に下方調節される状況、および／または増加した９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性が利益的な効果を有するようである状況において所望される。同様に、９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性の阻害は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４が異常に上方調節される状況および／あるいは減少した９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性が、利益的な効果を有するようである状況において所望される。
【０１８３】
（標的遺伝子の発現、合成、または活性を阻害する方法）
上記のように、疼痛または痛みのある障害に関与する遺伝子は、遺伝子活性のレベルの上昇を介して、このような障害を引き起こし得る。いくつかの場合において、このような上方調節は、疾患の状態に対する原因となる効果または悪化効果を有し得る。種々の技術が、このような遺伝子および／またはタンパク質の発現、合成、または活性を阻害するために使用され得る。
【０１８４】
例えば、上記のアッセイによって同定したもののような化合物は、阻害的活性を示し、本発明に従って使用され、疼痛を回復し得る。このような分子として、有機低分子、ペプチド、抗体など挙げられ得るが、これらに限定されない。
【０１８５】
例えば、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質に対する内因性のリガンドと競合する化合物が、投与され得る。リガンド結合した、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の量の得られた減少は、内皮細胞の生理学を調節する。この目的に対して特に有用であり得る化合物としては、例えば、可溶性タンパク質またはペプチド（例えば、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の１つ以上の細胞外ドメインを含むペプチド、あるいはそれらの部分および／またはアナログ（例えば、Ｉｇテイル融合タンパク質のような可溶性融合タンパク質が挙げられる））が挙げられる。（Ｉｇ−テイル融合タンパク質の産生についての考察について、例えば、米国特許第５，１１６，９６４号を参照のこと）。あるいは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のレセプター部位に結合するが、タンパク質を活性化しない、リガンドアナログまたは抗体のような化合物（例えば、レセプター−リガンドアンタゴニスト）は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質活性を阻害するのに有効であり得る。
【０１８６】
さらに、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子の発現を阻害するアンチセンス分子およびリボザイム分子もまた、本発明に従って、異常な、９９４９遺伝子活性、１４２３０遺伝子活性、７６０遺伝子活性、６２５５３遺伝子活性、１２２１６遺伝子活性、１７７１９遺伝子活性、４１８９７遺伝子活性、４７１７４遺伝子活性、３３４０８遺伝子活性、１０００２遺伝子活性、１６２０９遺伝子活性、３１４遺伝子活性、６３６遺伝子活性、２７４１０遺伝子活性、３３２６０遺伝子活性、６１９遺伝子活性、１５９８５遺伝子活性、６９１１２遺伝子活性、２１５８遺伝子活性、２２４遺伝子活性、６１５遺伝子活性、４４３７３遺伝子活性、９５４３１遺伝子活性、２２２４５遺伝子活性、２３８７遺伝子活性、１６６５８遺伝子活性、５５０５４遺伝子活性、１６３１４遺伝子活性、１６１３遺伝子活性、１６７５遺伝子活性、９５６９遺伝子活性または１３４２４遺伝子活性を阻害するために使用され得る。なおさらに、３重らせん分子は、異常な、９９４９遺伝子活性、１４２３０遺伝子活性、７６０遺伝子活性、６２５５３遺伝子活性、１２２１６遺伝子活性、１７７１９遺伝子活性、４１８９７遺伝子活性、４７１７４遺伝子活性、３３４０８遺伝子活性、１０００２遺伝子活性、１６２０９遺伝子活性、３１４遺伝子活性、６３６遺伝子活性、２７４１０遺伝子活性、３３２６０遺伝子活性、６１９遺伝子活性、１５９８５遺伝子活性、６９１１２遺伝子活性、２１５８遺伝子活性、２２４遺伝子活性、６１５遺伝子活性、４４３７３遺伝子活性、９５４３１遺伝子活性、２２２４５遺伝子活性、２３８７遺伝子活性、１６６５８遺伝子活性、５５０５４遺伝子活性、１６３１４遺伝子活性、１６１３遺伝子活性、１６７５遺伝子活性、９５６９遺伝子活性または１３４２４遺伝子活性を阻害する際に利用され得る。
【０１８７】
本発明の方法において使用されるアンチセンス核酸分子は、典型的に被験体に投与されるか、またはインサイチュで生成され、その結果、それらは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質をコードする細胞ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡにハイブリダイズまたは結合し、それによってこれらのタンパク質の発現を阻害する（例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって）。このハイブリダイゼーションは、安定な二重鎖を形成する従来のヌクレオチド相補性により得るか、あるいは、例えばＤＮＡ二重鎖と結合するアンチセンス核酸分子の場合、二重らせんの主溝における特異的相互作用を介し得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例は、組織部位での直接的な注射を含む。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的とするように改変され得、次いで、全身に投与され得る。例えば、全身の投与に関して、アンチセンス分子は、調節され得、その結果、アンチセンス分子は、選択された細胞表面上に発現するレセプターまたは抗原に特異的に結合するように（例えば、アンチセンス核酸分子を細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に結合することによって）改変され得る。アンチセンス核酸分子は、また、本明細書中に記載のベクターを使用して細胞に送達され得る。アンチセンス分子の十分な細胞内濃度を達成するために、アンチセンス核酸分子が、強力なｐｏｌＩＩまたはｐｏｌＩＩＩプロモーターのコントロールの制御下に配置される、ベクター構築物が好ましい。
【０１８８】
さらに別の実施形態において、本発明の方法において使用されるアンチセンス核酸分子は、α−アノマー型核酸分子である。α−アノマー型核酸分子は、相補的なＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、ここで、通常のβユニットに反して、鎖は互いに平行になる（Ｇａｕｌｔｉｅｒら、（１９８７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１）。アンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅら、（１９８７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（Ｉｎｏｕｅら（１９８７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０）を含み得る。
【０１８９】
なお別の実施形態において、本発明の方法に使用されるアンチセンス核酸は、リボザイムである。リボザイムは、これらのリボザイムが相補的領域を有する、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を切断し得るリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡ分子である。従って、リボザイム（例えば、ハンマーヘッドリボザイム（ＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１に記載される））は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断するために使用されて、それによって、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡの翻訳を阻害し得る。９９４９コード核酸、１４２３０コード核酸、７６０コード核酸、６２５５３コード核酸、１２２１６コード核酸、１７７１９コード核酸、４１８９７コード核酸、４７１７４コード核酸、３３４０８コード核酸、１０００２コード核酸、１６２０９コード核酸、３１４コード核酸、６３６コード核酸、２７４１０コード核酸、３３２６０コード核酸、６１９コード核酸、１５９８５コード核酸、６９１１２コード核酸、２１５８コード核酸、２２４コード核酸、６１５コード核酸、４４３７３コード核酸、９５４３１コード核酸、２２２４５コード核酸、２３８７コード核酸、１６６５８コード核酸、５５０５４コード核酸、１６３１４コード核酸、１６１３コード核酸、１６７５コード核酸、９５６９コード核酸または１３４２４コード核酸に対して特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示される９９４９ｃＤＮＡ、１４２３０ｃＤＮＡ、７６０ｃＤＮＡ、６２５５３ｃＤＮＡ、１２２１６ｃＤＮＡ、１７７１９ｃＤＮＡ、４１８９７ｃＤＮＡ、４７１７４ｃＤＮＡ、３３４０８ｃＤＮＡ、１０００２ｃＤＮＡ、１６２０９ｃＤＮＡ、３１４ｃＤＮＡ、６３６ｃＤＮＡ、２７４１０ｃＤＮＡ、３３２６０ｃＤＮＡ、６１９ｃＤＮＡ、１５９８５ｃＤＮＡ、６９１１２ｃＤＮＡ、２１５８ｃＤＮＡ、２２４ｃＤＮＡ、６１５ｃＤＮＡ、４４３７３ｃＤＮＡ、９５４３１ｃＤＮＡ、２２２４５ｃＤＮＡ、２３８７ｃＤＮＡ、１６６５８ｃＤＮＡ、５５０５４ｃＤＮＡ、１６３１４ｃＤＮＡ、１６１３ｃＤＮＡ、１６７５ｃＤＮＡ、９５６９ｃＤＮＡまたは１３４２４ｃＤＮＡ（すなわち、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番���２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１または配列番号６３）のヌクレオチド配列に基づいて設計され得る。例えば、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体は、活性部位のヌクレオチド配列が、９９４９コードｍＲＮＡ、１４２３０コードｍＲＮＡ、７６０コードｍＲＮＡ、６２５５３コードｍＲＮＡ、１２２１６コードｍＲＮＡ、１７７１９コードｍＲＮＡ、４１８９７コードｍＲＮＡ、４７１７４コードｍＲＮＡ、３３４０８コードｍＲＮＡ、１０００２コードｍＲＮＡ、１６２０９コードｍＲＮＡ、３１４コードｍＲＮＡ、６３６コードｍＲＮＡ、２７４１０コードｍＲＮＡ、３３２６０コードｍＲＮＡ、６１９コードｍＲＮＡ、１５９８５コードｍＲＮＡ、６９１１２コードｍＲＮＡ、２１５８コードｍＲＮＡ、２２４コードｍＲＮＡ、６１５コードｍＲＮＡ、４４３７３コードｍＲＮＡ、９５４３１コードｍＲＮＡ、２２２４５コードｍＲＮＡ、２３８７コードｍＲＮＡ、１６６５８コードｍＲＮＡ、５５０５４コードｍＲＮＡ、１６３１４コードｍＲＮＡ、１６１３コードｍＲＮＡ、１６７５コードｍＲＮＡ、９５６９コードｍＲＮＡまたは１３４２４コードｍＲＮＡ中の切断されるべきヌクレオチド配列に対して相補的であるように構築され得る（例えば、Ｃｅｃｈら、米国特許第４，９８７，０７１号；およびＣｅｃｈら、米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと）。あるいは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡを使用して、ＲＮＡ分子のプールから特異的なリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡを選択し得る（例えば、Ｂａｒｔｅｌ，Ｄ．およびＳｚｏｓｔａｋ，Ｊ．Ｗ．（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１−１４１８を参照のこと）。
【０１９０】
９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子の発現はまた、標的細胞中で９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子の転写を阻害する三重ヘリックス構造を形成するように、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の調節領域（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のプロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的化することによって阻害され得る（例えば、Ｈｅｌｅｎｅ，Ｃ．（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６（６）：５６９−８４；Ｈｅｌｅｎｅ，Ｃ．ら（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；およびＭａｈｅｒ，Ｌ．Ｊ．（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４（１２）：８０７−１５を参照のこと）。
【０１９１】
９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質に特異的であり、かつその活性を妨害する抗体もまた、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質機能を調節または阻害するために使用され得る。このような抗体は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質自体、あるいはこのタンパク質の部分に対応するペプチドに対して、本明細書中に記載される標準的技術を使用して作製され得る。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、Ｆａｂフラグメント、単鎖抗体、またはキメラ抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１９２】
標的遺伝子タンパク質が細胞内に存在し、かつ全抗体が使用される例において、内部移行（ｉｎｔｅｒｎａｌｉｚｉｎｇ）抗体が好ましくあり得る。リポフェクチンリポソームは、標的エピトープに結合する抗体またはＦａｂ領域のフラグメントを細胞内に送達するために使用され得る。抗体のフラグメントが使用される場合、標的タンパク質の結合ドメインに結合する最小の阻害性フラグメントが、好ましい。例えば、標的遺伝子タンパク質に結合する抗体の可変領域のドメインに対応するアミノ酸配列を有するペプチドが使用され得る。このようなペプチドは、当該分野で周知の方法を使用して、化学的に合成され得るかまたは組換えＤＮＡ技術を介して産生され得る（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ（１９８３）、前出；およびＳａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）前出に記載される）。細胞内標的遺伝子エピトープに結合する単鎖中和抗体もまた、投与され得る。このような単鎖抗体は、例えば、Ｍａｒａｓｃｏら、（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：７８８９−７８９３に記載されるような技術を利用することにより、例えば、標的細胞集団内で単鎖抗体をコードするヌクレオチド配列を発現させることによって、投与され得る。
【０１９３】
いくつかの例において、標的遺伝子タンパク質は、細胞外タンパク質であるか、または膜貫通タンパク質（例えば、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質）である。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の１つ以上の細胞外ドメインに特異的であり、かつその活性を妨害する抗体は、障害の処置に特に有用である。このような抗体は、特に効率的である。なぜなら、これらは、血流から直接的に標的ドメインにアクセスし得るからである。ペプチド投与に適切な、以下に記載される任意の投与技術が、阻害性標的遺伝子抗体をそれらの作用部位に効率的に投与するために利用され得る。
【０１９４】
（標的遺伝子活性を回復または増強させる方法）
疼痛を生じる遺伝子は、疼痛または痛みのある障害の状況内で過小発現され得る。あるいは、このような遺伝子のタンパク質産物の活性は、低下され得、疼痛の発症を導く。このような遺伝子発現のダウンレギュレーションまたはタンパク質活性の低下は、疾患状態に対する原因となる効果または悪化効果を有し得る。
【０１９５】
いくつかの場合、疾患状態においてアップレギュレートされる遺伝子は、保護効果を発揮し得る。種々の技術が、疼痛状態に応じて保護効果を発揮する、遺伝子および／またはタンパク質の発現、合成、または活性を増大させるために用いられ得る。
【０１９６】
この節に記載されるものは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性のレベルを、疼痛が改善されるレベルまで、増大させ得る方法である。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性のレベルは、例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子発現のレベルを増加させるか、または存在する活性な９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のレベルを増加させることのいずれかによって、増加され得る。
【０１９７】
例えば、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質は、疼痛を改善するのに十分なレベルで、このような症状を示す患者に投与され得る。以下で議論される技術のいずれかが、このような投与のために用いられ得る。当業者は、以下に記載されるような技術を利用して、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の有効な、非毒性用量の濃度を決定する方法を容易に知る。
【０１９８】
さらに、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質をコードするＲＮＡ配列は、疼痛を示す患者に、疼痛が改善されるような９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のレベルを生じるのに十分な濃度で、直接投与され得る。化合物の細胞内投与を達成する以下に記載される技術（例えば、リポソーム投与）のいずれかは、このようなＲＮＡ分子の投与のために用いられ得る。ＲＮＡ分子は、例えば、本明細書中に記載されるような組換え技術により作製され得る。
【０１９９】
さらに、被験体は、遺伝子置換治療により処置され得る。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の機能を有する、正常な９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の産生を指向する、９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子、あるいはその一部の１以上のコピーは、ＤＮＡを細胞へと導入する他の粒子（例えば、リポソーム）に加えて、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、およびレトロウイルスベクターを含むが、これらに限定されないベクターを用いて、細胞へと挿入され得る。さらに、上記のような技術は、ヒト細胞への、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の遺伝子配列の導入のために用いられ得る。
【０２００】
次いで、細胞、好ましくは、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現遺伝子配列を含む自系の細胞は、疼痛の改善を可能にする位置で被験体へと導入または再導入され得る。このような細胞置換技術は、例えば、遺伝子産物が分泌された細胞外遺伝子産物である場合、好ましくあり得る。
【０２０１】
（薬学的組成物）
本発明の別の局面は、疾患に罹患した被験体を処置するための方法に関する。これらの方法は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現または活性を調節する因子（例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイにより同定される因子）、またはこのような因子の組み合わせを、被験体に投与する工程を包含する。別の実施形態では、この方法は、低下した、異常な、または望ましくない、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の発現または活性を補償するための治療として、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質または核酸分子を、被験体に投与する工程を包含する。
【０２０２】
９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性の刺激は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４が異常にダウンレギュレートされる状況、および／または増加した９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性が有益な効果を有する可能性のある状況において所望される。同様に、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性の阻害は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４が異常にアップレギュレートされる状況、および／または減少した９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性が有益な効果を有する可能性のある状況において、所望される。
【０２０３】
９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性を調節する因子は、被験体への投与に適切な薬学的組成物を用いて被験体に投与され得る。このような組成物は、典型的には因子（例えば、核酸分子、タンパク質または抗体）および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬剤投与に適合可能な溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などのいずれかおよび全てを含むことが意図される。このような媒体及び因子の、薬学的に活性な物質のための使用は、当該分野において周知である。任意の慣用的な媒体または因子が活性化合物に適合し得ない場合を除いて、組成物におけるこれらの使用が企図される。補充される活性化合物はまた、組成物中に組み込まれ得る。
【０２０４】
本発明の治療法において使用される薬学的組成物は、その意図される投与経路に適合性であるように処方される。投与経路の例としては、非経口投与（例えば、静脈内投与、皮内投与、皮下投与）、経口投与（例えば、吸入投与）、経皮投与（局所投与）、経粘膜投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用または皮下適用に使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：滅菌希釈剤（例えば、注入水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒）；抗菌剤（例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン）；抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウム）；キレート剤（例えば、エチレンジアミン四酢酸）；緩衝液（例えば、酢酸、クエン酸またはリン酸）および張性の調整のための因子（例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース）。ｐＨは、酸または塩基（例えば、塩酸または水酸化ナトリウム）で調整され得る。非経口調製物は、ガラス製またはプラスチック製のアンプル、ディスポーサブルシリンジまたは複数用量のバイアル中に封入され得る。
【０２０５】
注入可能な用途に適切な薬学的組成物としては、滅菌水溶液（水溶性の場合）または滅菌水性分散物、および滅菌注入可能な溶液もしくは分散物の即時調製のための滅菌粉末が挙げられる。静脈内投与について、適切なキャリアとしては、生理学的生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ，Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ，ＮＪ）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、組成物は滅菌されていなければならず、そして容易な注射可能性が存在する程度に流体であるべきである。組成物は、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして、細菌および真菌のような微生物の夾雑作用に対して保護されなければならない。キャリアは、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、およびこれらの適切な混合物を含む、溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性が、例えば、コーティング（例えば、レシチン）の使用によって、分散物の場合に必要とされる粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって、維持され得る。微生物の作用からの保護は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合において、等張剤（例えば、糖）、ポリアルコール（例えば、マンニトール、ソルビトール）および塩化ナトリウムを組成物中に含むことが、好ましい。注入可能な組成物の延長された吸収は、吸収を遅延させる因子（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を組成物中に含ませることによってもたらされ得る。
【０２０６】
滅菌注入可能な溶液は、上記で列挙した成分の１つまたは組合わせとともに、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性を調節する因子（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４タンパク質のフラグメントまたは抗９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４抗体）を適切な溶媒中に必要とされる量で組み込み、必要ならば、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般に、分散物は、基本分散媒体および上記で列挙された成分から必要とされる他の成分を含む滅菌ビヒクル中に活性化合物を組み込むことによって調製される。滅菌注入可能な溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、予め滅菌濾過したその溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０２０７】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤へ圧縮され得る。経口治療投与の目的のために、この活性化合物は、賦形剤とともに組み込まれ得、そして錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、マウスウォッシュ（ｍｏｕｔｈｗａｓｈ）としての使用のために流体キャリアを使用して調製され得、ここで、この流体キャリア中のこの化合物は、経口的に適用され、そして素早く動かされ（ｓｗｉｓｈ）、そして吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および／またはアジュバント材料が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などが、以下のいずれかの成分または同様の性質を有する化合物を含み得る：結合剤（例えば、微結晶セルロース、トラガカントガムまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、またはコーンスターチ）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｓ）；潤滑剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味剤（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは香味剤（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジフレーバー）。
【０２０８】
吸入による投与について、この化合物は、適切な噴霧剤（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む加圧容器またはディスペンサー、あるいは噴霧器から、エアロゾルスプレーの形態で送達される。
【０２０９】
全身的投与はまた、経粘膜手段または経皮手段により得る。経粘膜投与または経皮投与について、浸透されるバリアに対して適切な浸透剤が、処方において使用される。このような浸透剤は、一般的に、当該分野で公知であり、そして、例えば、経粘膜投与としては、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻スプレーまたは坐剤の使用を通じて達成され得る。経皮投与については、この活性化合物は、当該分野で一般的に公知である軟膏（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム剤へ処方される。
【０２１０】
９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性を調節する因子はまた、直腸送達のための坐剤の形態（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤基剤と共に）または保持浣腸の形態で調製され得る。
【０２１１】
１つの実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性を調節する因子は、身体からの迅速な排出に対してこの化合物を保護するキャリアを用いて調製され（例えば、制御放出処方物）、これには、移植片およびマイクロカプセル化された送達系が挙げられる。エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性、生体適合性ポリマーが使用され得る。このような処方物の調製のための方法は、当業者には明らかである。これらの材料はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．からの販売によって入手され得る。リポソーム懸濁液（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を有する、感染細胞へ標的化されるリポソームを含む）がまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０２１２】
投与の容易さおよび投薬の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態は、処置される被験体のための単位投薬量として適切な、物理的に別の単位をいい；各単位は、必要とされる薬学的キャリアと共に、所望の治療的効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性を調節する因子の固有の特性、および達成される特定の治療効果、ならびに被験体の処置のためのこのような因子を調合する当該分野に固有の制限によって、そしてこれらに直接依存して、決定される。
【０２１３】
このような因子の毒性および治療効力は、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％に致死的な量）およびＥＤ５０（集団の５０％において治療的に有効な量）を決定するための、細胞培養または実験動物における標準的な薬学的手順によって決定され得る。毒性と治療効果との間での用量比は、治療指数であり、そしてこれは、ＬＤ５０／ＥＤ５０比として表され得る。大きな治療指数を示す因子が好ましい。毒性の副作用を示す因子が使用され得るが、治療は、感染していない細胞に対する可能性のある損傷を最少にし、それによって副作用が減少するように、患部組織の部位に対してそのような因子を標的化する送達システムを設計するように、行われるべきである。
【０２１４】
細胞培養アッセイおよび動物実験から得られたデータは、ヒトでの使用のための投与量の範囲を処方する際に使用され得る。このような９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４調節因子の投与量は、好ましくは、わずかな毒性を有するかまたは毒性を全く有さないでＥＤ５０を含む、循環している濃度の範囲内である。投与量は、使用される投与量形態および利用される投与の経路に依存して、この範囲内で変化し得る。本発明の治療方法において使用される任意の因子については、治療有効用量は、細胞培養アッセイから最初に概算され得る。用量は、細胞培養物中で決定されるような、ＩＣ５０（すなわち、症状の最大の半分の抑制を達成する試験化合物の濃度）を含む、循環している血漿濃度の範囲を達成するように、動物モデルにおいて処方し得る。このような情報は、ヒトにおける有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。血漿中でのレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって測定され得る。
【０２１５】
本明細書中に規定されるように、タンパク質またはポリペプチドの治療有効量（すなわち、有効投薬量）は、約０．００１〜３０ｍｇ／ｋｇ体重まで、好ましくは約０．０１〜２５ｍｇ／ｋｇ体重まで、より好ましくは約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ体重まで、およびさらにより好ましくは約１〜１０ｍｇ／ｋｇまで、２〜９ｍｇ／ｋｇまで、３〜８ｍｇ／ｋｇまで、４〜７ｍｇ／ｋｇまで、または５〜６ｍｇ／ｋｇ体重の範囲である。疾患または障害の重篤度、事前の処置、被験体の一般的な健康状態および／もしくは年齢、ならびに他の疾患の存在を含むがこれらに限定されない特定の要因が、被験体を効果的に処置するために必要とされる投与量に影響を与え得ることが、当業者に明らかである。さらに、治療有効量のタンパク質、ポリペプチドまたは抗体での被験体の処置は、単回の処置を含み得るか、または好ましくは、一連の処置を含み得る。
【０２１６】
好ましい例においては、被験体は、約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の抗体、タンパク質またはポリペプチドを用いて、約１〜１０週間の間、好ましくは２〜８週間の間、より好ましくは約３〜７週間の間、およびさらにより好ましくは約４、５、または６週間の間、１週間に１回、処置される。処置のために使用される抗体、タンパク質またはポリペプチドの有効投与量が、特定の処置の経過にわたって増大し得るかまたは減少し得ることもまた、明らかである。投与量の変化が生じ得、そして本明細書中に記載されているような診断アッセイの結果から明白となる。
【０２１７】
本発明は、発現または活性を調節する因子を含む。因子は、例えば、低分子であり得る。例えば、このような低分子としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：ペプチド、ペプチド模倣物、アミノ酸、アミノ酸アナログ、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドアナログ、ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、約１０，０００ｇ／モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物（すなわち、へテロ有機化合物および有機金属化合物を含む）、約５，０００ｇ／モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物、約１，０００ｇ／モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物、約５００ｇ／モル未満の分子量を有する有機化合物または無機化合物、ならびにこのような化合物の塩、エステル、および薬学的に受容可能な他の形態。低分子因子の適切な用量が当該分野の医師、獣医師または研究者の知識内の多くの要因に依存することが、理解される。低分子の用量は、例えば、処置される被験体またはサンプルの正体、サイズおよび状態に依存して、適用可能な場合、この組成物が投与される経路、およびこの低分子が有していることを実施者が所望する、本発明の核酸またはポリペプチドに対する効果にさらに依存して、変化する。
【０２１８】
代表的な用量は、被験体またはサンプル重量１ｋｇあたりｍｇまたはμｇの量の低分子を含む（例えば、約１μｇ／ｋｇ〜約５００ｍｇ／ｋｇ、約１００μｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、または約１μｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ）。低分子の適切な用量は、調節されるべき発現または活性に対するこの低分子の効力に依存することがさらに理解される。このような適切な用量は、本明細書中で記載されるアッセイを使用して、決定され得る。これらの低分子の１つ以上が、本発明のポリペプチドまたは核酸の発現または活性を調節するために、動物（例えば、ヒト）に投与される場合、医師、獣医または研究者は、例えば、初めに比較的低い用量を処方し、続いて、適切な応答が得られるまで、この用量を増加し得る。さらに、任意の特定の動物被験体についての特定の用量レベルは、用いられる特定の化合物の活性、被験体の年齢、体重、身体全体の健康状態、性別および食餌、投与時間、投与経路、排泄速度、任意の薬物の組合せ、ならびに調節されるべき発現または活性の程度を含む種々の因子に依存することが、理解される。
【０２１９】
さらに、抗体（またはそのフラグメント）が、治療的部分（例えば、細胞毒、治療剤または放射性金属イオン）に結合体化され得る。細胞毒または細胞毒性剤としては、細胞に対して有害な任意の因子が挙げられる。例としては、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロールおよびプロマイシン、ならびにそれらのアナログまたはホモログが挙げられる。治療剤としては、代謝拮抗剤（例えば、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシルデカルバジン）、アルキル化剤（例えば、メクロレタミン、チオエパクロランブシル、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）およびロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロソスファミド（ｃｙｃｌｏｔｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、ならびにｃｉｓ−ジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ）シスプラチン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（以前は、ダウノマイシン）およびドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（以前は、アクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシンおよびアントラマイシン（ＡＭＣ））、ならびに抗有糸分裂剤（例えば、ビンクリスチンおよびビンブラスチン）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２２０】
本発明の結合体は、所定の生物学的応答を調節するために使用され得、薬物部分は、古典的な化学療法剤に限定されると解釈されるべきではない。例えば、薬物部分は、所望の生物学的活性を有するタンパク質またはポリペプチドであり得る。このようなタンパク質としては、例えば、毒素（例えば、アブリン、リシンＡ、シュードモナス体外毒素またはジフテリア毒素）；タンパク質（例えば、腫瘍壊死因子、αインターフェロン、βインターフェロン、神経成長因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲンアクチベータ；または生物学的応答調節因子（例えば、リンホカイン、インターロイキン−１（「ＩＬ−１」）、インターロイキン−２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン−６（「ＩＬ−６」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）、または他の増殖因子））が挙げられ得る。
【０２２１】
このような治療的部分を抗体に結合体化するための技術は、周知である。例えば、Ａｒｎｏｎら．，「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｏｆ  Ｄｒｕｇｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ」，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｒｅｉｓｆｅｌｄら（編），ｐｐ．２４３−５６（Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．１９８５）；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍら，「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」，Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ（第２版），Ｒｏｂｉｎｓｏｎら（編），ｐｐ．６２３−５３（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．１９８７）；Ｔｈｏｒｐｅ，「Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  Ｏｆ  Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ａｇｅｎｔｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ：Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ」，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ’８４：Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｐｉｎｃｈｅｒａら（編），ｐｐ．４７５−５０６（１９８５）；「Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｒｅｓｕｌｔｓ，Ａｎｄ  Ｆｕｔｕｒｅ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｏｆ  Ｔｈｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｕｓｅ  Ｏｆ  Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ」，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｂａｌｄｗｉｎら（編），ｐｐ．３０３−１６（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ  １９８５），およびＴｈｏｒｐｅら、「Ｔｈｅ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  Ｏｆ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ−Ｔｏｘｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ」，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．，６２：１１９−５８（１９８２）を参照のこと。あるいは、抗体は、米国特許第４，６７６，９８０号（Ｓｅｇａｌ）により記載されるように、第２の抗体と結合体化して、抗体ヘテロ結合体を形成し得る。
【０２２２】
本発明の方法において使用される核酸分子は、ベクターに挿入され、遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら、（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって、被験体に送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中に遺伝子治療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが埋め込まれる徐放マトリクスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクター（例えば、レトロウイルスベクター）が組換え細胞からインタクトで産生され得る場合、薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１つ以上の細胞を含み得る。
【０２２３】
（薬理ゲノム学（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
本発明の治療方法と共に、薬理ゲノム学（すなわち、被験体の遺伝子型とこの被験体の外来化合物または薬物に対する応答との間の関係の研究）が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血液濃度との間の関係を変更することにより、重篤な毒性または治療の失敗をもたらし得る。従って、医師または臨床医は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性を調節する薬剤を投与するか否かを決定する際、ならびに９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４活性を調節する薬剤を用いる処置の投薬量および／または治療レジメンを変更する際に、関連の薬理ゲノム学研究において得られた知識を適用することを考慮し得る。
【０２２４】
薬理ゲノム学は、変更された薬物の性質および罹患した個人における異常な作用に起因する、薬物に対する応答における臨床学的に有意な遺伝的変異を扱う。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ，Ｍ．ら、（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３（１０−１１）：９８３−９８５およびＬｉｎｄｅｒ，Ｍ．Ｗ．ら、（１９９７）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３（２）：２５４−２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理遺伝子学状態が、区別され得る。薬物が身体に作用する様式を変更する単一因子（変更された薬物作用）として伝達される遺伝的状態、または身体が薬物に作用する様式を変更する単一因子（変更された薬物代謝）として伝達される遺伝的状態。これらの薬理遺伝子学状態は、稀な遺伝子欠損としてかまたは天然に存在する多型としてかの、いずれかとして生じ得る。例えば、グルコース−６−ホスフェートアミノペプチダーゼ欠損（Ｇ６ＰＤ）は、一般的な遺伝性酵素病であり、ここで、主な臨床学的合併症は、酸化薬剤（抗マラリア薬、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの消費後の溶血である。
【０２２５】
「ゲノムワイドアソシエーション（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）」として知られている、薬物応答を予測する遺伝子を同定するための、１つの薬理ゲノム学アプローチは、すでに知られている遺伝子関連マーカー（例えば、「二座対立」遺伝子マーカーマップ（これは、ヒトゲノム上の６０，０００〜１００，０００の多型または可変性部位からなり、これらの各々が、２つの改変体を有する））からなるヒトゲノムの高解像度マップに、主に依存する。このような高解像度遺伝子マップは、特定の観察された薬物応答または副作用に関連したマーカーを同定するために、第ＩＩ期／第ＩＩＩ期の薬物試験に参加した統計学的に有意な数の患者の各々のゲノムのマップと比較され得る。あるいは、このような高解像度マップは、ヒトゲノムにおいて、数千万の公知の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組み合わせから生じ得る。本明細書中で使用される場合、「ＳＮＰ」は、ＤＮＡのストレッチにおいて、単一ヌクレオチド塩基において生じる一般的な変更である。例えば、ＳＮＰは、ＤＮＡの１０００塩基毎に１回起き得る。ＳＮＰは、疾患プロセスに関与し得るが、大部分は、疾患に関連しないかもしれない。このようなＳＮＰの存在に基づく遺伝子マップが与えられると、個体は、個々のゲノム中の、ＳＮＰの特定のパターンに依存して、遺伝子のカテゴリーに分類され得る。このような様式において、処置レジメンは、このような遺伝学的に類似の個体の間で共通であり得る形質を考慮して、遺伝学的に類似の個体の群に対して調整され得る。
【０２２６】
あるいは、「候補遺伝子アプローチ」と称される方法は、薬物応答を予見する遺伝子を同定するために利用され得る。この方法によれば、薬物標的をコードする遺伝子が既知である場合（例えば、本発明の方法において使用される９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９、または１３４２４タンパク質）、その遺伝子のすべての共通の改変体は、集団中で完全に容易に同定され得、そして別のバージョンに対して遺伝子の１つのバージョンを有することが、特定の薬物応答に関連するか否かが決定され得る。
【０２２７】
例示の実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続時間の両方の主要な決定要因である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびシトクロームＰ４５０酵素（ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９））の遺伝子多型の発見は、薬物の標準的および安全用量を摂取した後、なぜ特定の患者が期待された薬物効果を得ないか、または過大な薬物応答および重篤な毒性を示すかに関する説明を提供した。これらの多型は、集団において、２つの表現型（拡張代謝型（ＥＭ）および低減代謝型（ＰＭ））で発現される。ＰＭの罹患率は、異なる集団の間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型であり、そしてＰＭ中にいくつかの変異が同定され、これらはすべて機能的ＣＹＰ２Ｄ６の不在に至る。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低減代謝型は、極めて頻繁に、それらが標準的用量を受けるとき、過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が活性な治療部分である場合、ＰＭは、そのＣＹＰ２Ｄ６形成代謝産物モルヒネによって媒介されるコデインの鎮痛効果について示されるように、治療応答を示さない。他の極端なもの（ｅｘｔｒｅｍｅ）は、標準的な用量に応答しない、いわゆる超迅速代謝者（ｕｌｔｒａ−ｒａｐｉｄ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）である。近年、超迅速代謝の分子的な基礎がＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に起因することが同定されている。
【０２２８】
あるいは、「遺伝子発現プロファイリング」と呼ばれる方法を利用して、薬物応答を予測する遺伝子を同定し得る。例えば、薬物（例えば、本発明の方法において使用される、９９４９，１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の分子、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の調節因子）が投与された動物の遺伝子発現は、毒性に関連する遺伝子経路がオンになっているか否かの指標を与え得る。
【０２２９】
上記の薬理ゲノミクスアプローチの１より多くから作成された情報を用いて、被験体の予防処置または治療処置に適切な投薬量および処置レジメンを決定し得る。この知識は、投与または薬物の選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、従って、疼痛または有通性障害（例えば、片頭痛）に罹患した被験体を、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を調節する薬剤を用いて処置する場合に、治療効率または予防効率を高め得る。
【０２３０】
（本発明の方法において用いられる、組換え発現ベクターおよび宿主細胞）
本発明の方法（例えば、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイ）は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質（またはその一部分）をコードする核酸を含むベクター（好ましくは、発現ベクター）の使用を含む。本明細書中で使用される場合、用語「ベクター」とは、連結された別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。１つの型のベクターは、「プラスミド」であり、プラスミドとは、さらなるＤＮＡセグメントが連結され得る、環状２本鎖ＤＮＡループをいう。別の型のベクターは、ウイルスベクターであり、ここで、さらなるＤＮＡセグメントは、ウイルスゲノムに連結され得る。特定のベクターは、導入される宿主細胞中で自律複製し得る（例えば、細菌ベクターは、細菌の複製起点およびエピソーム性哺乳動物ベクターを有する）。他のベクター（例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入の際に宿主細胞のゲノム中に組み込まれ、それにより、宿主ゲノムと共に複製される。さらに、特定のベクターは、作動可能に連結された遺伝子の発現を指向し得る。このようなベクターは、本明細書中で、「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしば、プラスミドの形態である。本明細書中では、「プラスミド」および「ベクター」は、交換可能に使用され得る。なぜなら、プラスミドは、最も一般に用いられる形態のベクターであるからである。しかし、本発明は、同等の機能を果たす、このような他の形態の発現ベクター（例えば、ウイルスベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス））を包含することを意図する。
【０２３１】
本発明の方法において使用されるべき組換え発現ベクターは、宿主細胞中での核酸の発現に適切な形態の本発明の核酸を含む。このことは、この組換え発現ベクターが、発現に使用されるべき宿主細胞に基づいて選択され、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結される、１以上の調節配列を含むことを意味する。組換え発現ベクターにおいては、「作動可能に連結される」は、目的のヌクレオチド配列が、このヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で（例えば、インビトロ転写／翻訳系において、またはこのベクターが宿主細胞に導入される場合は宿主細胞において）、調節配列に連結されることを意味することを意図する。用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を包含することを意図する。このような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ（１９９０）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８５：３−７に記載される。調節配列としては、多くの種類の宿主細胞におけるヌクレオチド配列の構成的発現を指向する調節配列、および特定の宿主細胞のみにおけるヌクレオチド配列の発現を指向する調節配列（例えば、組織特異的調節配列）が挙げられる。発現ベクターの設計が、形質転換されるべき宿主細胞、所望のタンパク質発現レベルなどのような因子に依存し得ることは、当業者によって認識される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞へと導入されて、それにより、本明細書中に記載されるような核酸によってコードされる、タンパク質またはペプチド（融合タンパク質または融合ペプチドが挙げられる）（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を生成し得る。
【０２３２】
本発明の方法において使用されるべき組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の発現のために設計され得る。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを用いて）、酵母細胞、または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ（１９９０）前出にさらに考察される。あるいは、組換え発現ベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写および翻訳され得る。
【０２３３】
原核生物におけるタンパク質の発現は、最も頻繁には、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを用いて実施される。融合ベクターは、多数のアミノ酸を、そこでコードされるタンパク質に、通常は組換えタンパク質のアミノ末端側にて付加する。このような融合ベクターは代表的に、以下の３つの目的を果たす：１）組換えタンパク質の発現を増加させること；２）組換えタンパク質の溶解度を増加させること；および３）アフィニティー精製におけるリガンドとして作用することにより、組換えタンパク質の精製を補助すること。しばしば、融合発現ベクターでは、タンパク質分解切断部位は、融合部分の連結部に導入され、そしてこの組換えタンパク質は、融合タンパク質の精製後の融合部分からの組換えタンパク質の分離を可能にする。このような酵素およびそれらの同族の認識配列としては、第Ｘａ因子、トロンビンおよびエンテロキナーゼが挙げられる。代表的融合体発現ベクターとしては、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ；Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｂ．およびＪｏｈｎｓｏｎ，Ｋ．Ｓ．（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）ならびにｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）（これらは、それぞれ、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合部位、またはプロテインＡを、標的組換えタンパク質に融合する）が挙げられる。
【０２３４】
精製された融合タンパク質は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の活性のアッセイ（例えば、以下に詳細に記載される、直接的アッセイもしくは競合アッセイ）において、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質に特異的な抗体を生成するために、利用され得る。好ましい実施形態では、本発明のレトロウイルス発現ベクターにおいて発現される、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の融合タンパク質は、骨髄細胞を感染させるために利用され得、その後、この骨髄細胞は、照射されたレシピエントに移植される。次いで、被験体レシピエントの病理が、充分な時間（例えば、６週間）の経過後に調べられる。
【０２３５】
別の実施形態では、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを用いて、哺乳動物細胞において発現される。哺乳動物発現ベクターの例としては、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ，Ｂ．（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ  ３２９：８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳動物細胞において用いられる場合、発現ベクターの制御機能にはしばしば、ウイルス調節エレメントが提供される。例えば、通常用いられるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルスおよびシミアンウイルス４０から誘導される。原核生物細胞および真核生物細胞の両方に関して、他の適切な発現系については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．ら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．第２版，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９の第１６章および第１７章を参照のこと。
【０２３６】
別の実施形態では、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型において優先的に、核酸の発現を指向し得る（例えば、組織特異的調節エレメントを用いて、この核酸は発現される）。
【０２３７】
本発明の方法は、発現ベクター中にアンチセンス方向でクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターをさらに使用し得る。すなわち、このＤＮＡ分子は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現を（ＤＮＡ分子の転写によって）可能にする様式で、調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型におけるアンチセンスＲＮＡ分子の連続発現を指向する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結された調節配列（例えば、ウイルスプロモーターおよび／またはエンハンサー）が選択され得るか、またはアンチセンスＲＮＡの構成的発現、組織特異的発現、もしくは細胞型特異的発現を指向する調節配列が選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、アンチセンス核酸が、高効率の調節領域の制御下で産生される、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒ウイルスの形態であり得、その活性は、そのベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節の考察に関しては、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ，Ｈ．ら，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｖｏｌ．１（１）１９８６を参照のこと。
【０２３８】
本発明の別の局面は、本発明の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸分子（例えば、組換え発現ベクター内の９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の核酸分子、または宿主細胞のゲノムの特定の部位に相同組換えするのを可能にする配列を含む、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の核酸分子）が導入された宿主細胞の使用に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で交換可能に用いられる。このような用語が、特定の被験体細胞だけでなく、このような細胞の子孫または潜在的子孫をもいうことが理解される。変異または環境の影響のいずれかに起因して、その後の世代において特定の改変が生じ得るので、このような子孫は、実際は、親細胞と同一でなくてもよいが、これらは依然として、本明細書中で使用される場合、この用語の範囲に含まれる。
【０２３９】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母細胞または哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）もしくはＣＯＳ細胞）中で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０２４０】
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換技術またはトランスフェクション技術を介して、原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で用いられる場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」は、外来核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞へと導入するための、当該分野で認識される種々の技術（リン酸カルシウム共沈または塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが挙げられるがこれらに限定されない）をいうことが意図される。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするために適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．第２版，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９）および他の実験マニュアルに見出され得る。
【０２４１】
本発明の方法において用いられる宿主細胞（例えば、培養中の原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞）は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質を生成する（すなわち、発現する）ために用いられ得る。従って、本発明は、本発明の宿主細胞を用いて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質を生成するための方法をさらに提供する。１つの実施形態では、この方法は、本発明の宿主細胞（９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を、適切な培地中で培養し、その結果、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質が生成される工程を包含する。別の実施形態では、この方法は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質を、この培地または宿主細胞から単離する工程をさらに包含する。
【０２４２】
（本発明の方法において用いられる、単離された核酸分子）
本発明の方法は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４のタンパク質またはそれらの生物学的に活性な部分をコードする単離された核酸分子、ならびに９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４をコードする核酸分子（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のｍＲＮＡ）を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとしての使用に充分な核酸フラグメント、および９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の核酸分子の増幅もしくへ変異のためのＰＣＲプライマーとして使用するためのフラグメントの使用を含む。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）およびＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ならびにヌクレオチドアナログを用いて生成される、ＤＮＡまたはＲＮＡのアナログを包含することが意図される。この核酸分子は、１本鎖または２本鎖であり得るが、好ましくは２本鎖ＤＮＡである。
【０２４３】
本発明の方法において用いられる核酸分子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１もしくは６３のヌクレオチド配列またはその一部分を有する核酸分子）は、標準的分子生物学的技術および本明細書中に提供される配列情報を用いて単離され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３の核酸配列の全てまたは一部をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の核酸分子は、標準的ハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ、Ｊ．、Ｆｒｉｔｓｈ、Ｅ．Ｆ．、およびＭａｎｉａｔｉｓ、Ｔ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９８９に記載される通り）を用いて単離され得る。
【０２４４】
さらに、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３の全てまたは一部を含む核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３の配列に基づいて設計される合成オリゴヌクレオチドプライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって単離され得る。
【０２４５】
本発明の方法において用いられる核酸は、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、あるいは、ゲノムＤＮＡをテンプレートとして用いて、そして適切なオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、標準的なＰＣＲ増幅技術に従って増幅され得る。さらに、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的合成技術によって、例えば、自動ＤＮＡ合成機を用いて調製され得る。
【０２４６】
好ましい実施形態では、本発明の方法において用いられる単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１もしくは６３に示されるヌクレオチド配列、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１もしくは６３に示されるヌクレオチド配列の相補体、またはこれらのヌクレオチド配列のいずれかの一部分を含む。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３に示されるヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、２５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３に示されるヌクレオチド配列に充分に相補的であり、その結果、これが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３に示されるヌクレオチド配列にハイブリダイズし、それによって安定な二重鎖を形成し得る、核酸分子である。
【０２４７】
なお別の好ましい実施形態では、本発明の方法において用いられる、単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１もしくは６３、またはこのヌクレオチド配列のいずれかの一部分に示されるヌクレオチド配列の全長に対して少なくとも約５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれより高く同一であるヌクレオチド配列を含む。
【０２４８】
さらに、本発明の方法において用いられる核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３の核酸配列のほんの一部分（例えば、プローブもしくはプライマーとして用いられ得るフラグメント）、または９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の一部をコードするフラグメント（例えば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質の生物学的に活性な部分）を含み得る。プローブ／プライマーは代表的に、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは代表的に、ストリンジェントな条件下で、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１もしくは６３のうちの、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１もしくは６３のアンチセンス配列のうちの、または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１もしくは６３の天然に存在する対立遺伝子改変体もしくは変異体のうちの、少なくとも約１２もしくは１５、好ましくは約２０もしくは２５、より好ましくは約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、もしくは７５ヌクレオチド連続したセンス配列にハイブリダイズする、ヌクレオチド配列の１領域を含む。１つの実施形態では、本発明の方法において用いられる核酸分子は、１００、１００〜２００、２００〜３００、３００〜４００、４００〜５００、５００〜６００、６００〜７００、７００〜８００、８００〜９００、９００〜１０００、１０００〜１１００、１１００〜１２００、１２００〜１３００、またはより多くのヌクレオチド長であって、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１または６３の核酸分子にハイブリダイズする、ヌクレオチド配列を含む。
【０２４９】
本明細書中で使用される場合、用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、互いに有意に同一であるかまたは相同であるヌクレオチド配列が、互いにハイブリダイズしたままである、ハイブリダイゼーションおよび洗浄についての条件を記載することを意図する。好ましくは、この条件は、互いに少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、さらにより好ましくは少なくとも約８５％または９０％同一な配列が、互いにハイブリダイズしたままである条件である。このようなストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、そしてＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌら編，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．（１９９５），第２節、第４節および第６節に見出され得る。さらなるストリンジェントな条件は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（１９８９）、第７章、第９章および第１１章に見出され得る。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の好ましい非限定的な例としては、４×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での、約６５〜７０℃におけるハイブリダイゼーション（または４×ＳＳＣ＋５０％ホルムアミド中での、約４２〜５０℃におけるハイブリダイゼーション）、続いて１×ＳＳＣ中での、約６５〜７０℃における１回以上の洗浄が挙げられる。高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の、好ましい、非限定的な例としては、１×ＳＳＣ中での、約６５〜７０℃におけるハイブリダイゼーション（または１×ＳＳＣ＋５０％ホルムアミド中での、約４２〜５０℃におけるハイブリダイゼーション）、続いて０．３×ＳＳＣ中での、約６５〜７０℃における１回以上の洗浄が挙げられる。好ましい、低下したストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の非限定的な例としては、４×ＳＳＣ中での、約５０〜６０℃におけるハイブリダイゼーション（あるいは、６×ＳＳＣ＋５０％ホルムアミド中での、約４０〜４５℃におけるハイブリダイゼーション）、続いて２×ＳＳＣ中での、約５０〜６０℃における１回以上の洗浄が挙げられる。上記に記載した値に対して中間の範囲（例えば、６５〜７０℃または４２〜５０℃）もまた、本発明によって包含されることが意図される。ＳＳＰＥ（１×ＳＳＰＥは、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、１０ｍＭ  ＮａＨ２ＰＯ４、および１．２５ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４である）は、ハイブリダイゼーション緩衝液および洗浄緩衝液中でＳＳＣ（１×ＳＳＣは、０．１５Ｍ  ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸ナトリウムである）の代用をし得る；洗浄は、ハイブリダイゼーションが完了した後、各々１５分間行われる。５０塩基対長未満であることが予想されるハイブリッドについてのハイブリダイゼーション温度は、このハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）よりも５〜１０℃低いべきであり、ここで、Ｔｍは、以下の式に従って決定される。１８塩基対長未満のハイブリッドについては、Ｔｍ（℃）＝２（Ａ塩基＋Ｔ塩基の数）＋４（Ｇ塩基＋Ｃ塩基の数）。１８塩基対長と４９塩基対長との間のハイブリッドについては、Ｔｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）、ここで、Ｎは、ハイブリッド中の塩基の数であり、そして［Ｎａ＋］は、ハイブリダイゼーション緩衝液中のナトリウムイオンの濃度（１×ＳＳＣについての［Ｎａ＋］＝０．１６５Ｍ）である。ハイブリダイゼーション緩衝液および／または洗浄緩衝液にさらなる試薬（ブロッキング剤（例えば、ＢＳＡまたはサケ精子キャリアＤＮＡもしくはニシン精子キャリアＤＮＡ）、界面活性剤（例えば、ＳＤＳ）、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）、Ｆｉｃｏｌｌ、ＰＶＰなどが挙げられるがこれらに限定されない）を添加して、メンブレン（例えば、ニトロセルロースメンブレンまたはナイロンメンブレン）に対する核酸分子の非特異的ハイブリダイゼーションを減少させ得ることもまた、当業者によって認識される。ナイロンメンブレンを用いる場合、特に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件のさらに好ましい非限定的な例は、０．２５〜０．５Ｍ  ＮａＨ２ＰＯ４、７％  ＳＤＳ中での、約６５℃におけるハイブリダイゼーション、続いて０．０２Ｍ  ＮａＨ２ＰＯ４、１％  ＳＤＳにて６５℃における１回以上の洗浄である。例えば、ＣｈｕｒｃｈおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：１９９１−１９９５（あるいは、０．２×ＳＳＣ、１％  ＳＤＳ）を参照のこと。
【０２５０】
好ましい実施形態において、プローブは、プローブに結合した標識基をさらに含む（例えば、標識基は、放射性同位元素、蛍光化合物、酵素または酵素補因子であり得る）。このようなプローブは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質を誤発現する（ｍｉｓｅｘｐｒｅｓｓ）細胞または組織を同定するための診断的試験キットの一部として使用され得る（例えば、被験体由来の細胞サンプル中の９９４９コード核酸、１４２３０コード核酸、７６０コード核酸、６２５５３コード核酸、１２２１６コード核酸、１７７１９コード核酸、４１８９７コード核酸、４７１７４コード核酸、３３４０８コード核酸、１０００２コード核酸、１６２０９コード核酸、３１４コード核酸、６３６コード核酸、２７４１０コード核酸、３３２６０コード核酸、６１９コード核酸、１５９８５コード核酸、６９１１２コード核酸、２１５８コード核酸、２２４コード核酸、６１５コード核酸、４４３７３コード核酸、９５４３１コード核酸、２２２４５コード核酸、２３８７コード核酸、１６６５８コード核酸、５５０５４コード核酸、１６３１４コード核酸、１６１３コード核酸、１６７５コード核酸、９５６９コード核酸または１３４２４コード核酸のレベルを測定すること、例えば、９９４９ｍＲＮＡレベル、１４２３０ｍＲＮＡレベル、７６０ｍＲＮＡレベル、６２５５３ｍＲＮＡレベル、１２２１６ｍＲＮＡレベル、１７７１９ｍＲＮＡレベル、４１８９７ｍＲＮＡレベル、４７１７４ｍＲＮＡレベル、３３４０８ｍＲＮＡレベル、１０００２ｍＲＮＡレベル、１６２０９ｍＲＮＡレベル、３１４ｍＲＮＡレベル、６３６ｍＲＮＡレベル、２７４１０ｍＲＮＡレベル、３３２６０ｍＲＮＡレベル、６１９ｍＲＮＡレベル、１５９８５ｍＲＮＡレベル、６９１１２ｍＲＮＡレベル、２１５８ｍＲＮＡレベル、２２４ｍＲＮＡレベル、６１５ｍＲＮＡレベル、４４３７３ｍＲＮＡレベル、９５４３１ｍＲＮＡレベル、２２２４５ｍＲＮＡレベル、２３８７ｍＲＮＡレベル、１６６５８ｍＲＮＡレベル、５５０５４ｍＲＮＡレベル、１６３１４ｍＲＮＡレベル、１６１３ｍＲＮＡレベル、１６７５ｍＲＮＡレベル、９５６９ｍＲＮＡレベルまたは１３４２４ｍＲＮＡレベルを検出するか、またはゲノムの９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子が変異されているか除去されているかを決定することによって）。
【０２５１】
本発明の方法は、遺伝暗号の縮重に起因して、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、または配列番号６３に示されるヌクレオチド配列とは異なり、従って、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、または配列番号６３に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同じ９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質をコードする核酸分子の使用をさらに含む。別の実施形態において、本発明の方法に含まれる単離された核酸分子は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４に示されたアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
【０２５２】
本発明の方法は、ヒト９９４９、ヒト１４２３０、ヒト７６０、ヒト６２５５３、ヒト１２２１６、ヒト１７７１９、ヒト４１８９７、ヒト４７１７４、ヒト３３４０８、ヒト１０００２、ヒト１６２０９、ヒト３１４、ヒト６３６、ヒト２７４１０、ヒト３３２６０、ヒト６１９、ヒト１５９８５、ヒト６９１１２、ヒト２１５８、ヒト２２４、ヒト６１５、ヒト４４３７３、ヒト９５４３１、ヒト２２２４５、ヒト２３８７、ヒト１６６５８、ヒト５５０５４、ヒト１６３１４、ヒト１６１３、ヒト１６７５、ヒト９５６９またはヒト１３４２４の対立遺伝子改変体（例えば、機能的対立遺伝子改変体および非機能的対立遺伝子改変体）の使用をさらに含む。機能的対立遺伝子改変体は、ヒト９９４９タンパク質、ヒト１４２３０タンパク質、ヒト７６０タンパク質、ヒト６２５５３タンパク質、ヒト１２２１６タンパク質、ヒト１７７１９タンパク質、ヒト４１８９７タンパク質、ヒト４７１７４タンパク質、ヒト３３４０８タンパク質、ヒト１０００２タンパク質、ヒト１６２０９タンパク質、ヒト３１４タンパク質、ヒト６３６タンパク質、ヒト２７４１０タンパク質、ヒト３３２６０タンパク質、ヒト６１９タンパク質、ヒト１５９８５タンパク質、ヒト６９１１２タンパク質、ヒト２１５８タンパク質、ヒト２２４タンパク質、ヒト６１５タンパク質、ヒト４４３７３タンパク質、ヒト９５４３１タンパク質、ヒト２２２４５タンパク質、ヒト２３８７タンパク質、ヒト１６６５８タンパク質、ヒト５５０５４タンパク質、ヒト１６３１４タンパク質、ヒト１６１３タンパク質、ヒト１６７５タンパク質、ヒト９５６９タンパク質またはヒト１３４２４タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体であって、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を維持するアミノ酸配列改変体である。機能的対立遺伝子改変体は、代表的に、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４の１つ以上のアミノ酸の保存的置換、またはそのタンパク質の非必須領域における非必須残基の置換、欠失、もしくは挿入のみを含む。
【０２５３】
非機能的対立遺伝子改変体は、ヒト９９４９タンパク質、ヒト１４２３０タンパク質、ヒト７６０タンパク質、ヒト６２５５３タンパク質、ヒト１２２１６タンパク質、ヒト１７７１９タンパク質、ヒト４１８９７タンパク質、ヒト４７１７４タンパク質、ヒト３３４０８タンパク質、ヒト１０００２タンパク質、ヒト１６２０９タンパク質、ヒト３１４タンパク質、ヒト６３６タンパク質、ヒト２７４１０タンパク質、ヒト３３２６０タンパク質、ヒト６１９タンパク質、ヒト１５９８５タンパク質、ヒト６９１１２タンパク質、ヒト２１５８タンパク質、ヒト２２４タンパク質、ヒト６１５タンパク質、ヒト４４３７３タンパク質、ヒト９５４３１タンパク質、ヒト２２２４５タンパク質、ヒト２３８７タンパク質、ヒト１６６５８タンパク質、ヒト５５０５４タンパク質、ヒト１６３１４タンパク質、ヒト１６１３タンパク質、ヒト１６７５タンパク質、ヒト９５６９タンパク質またはヒト１３４２４タンパク質の天然に存在するアミノ酸配列改変体であって、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を有さないアミノ酸配列改変体である。非機能的対立遺伝子改変体は、代表的には、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４のアミノ酸配列の非保存的な置換、欠失、もしくは挿入または未成熟短縮化（ｐｒｅｍａｔｕｒｅ  ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ）、あるいはこのタンパク質の必須残基または必須領域の置換、挿入、または欠失を含む。
【０２５４】
本発明の方法は、ヒト９９４９タンパク質、ヒト１４２３０タンパク質、ヒト７６０タンパク質、ヒト６２５５３タンパク質、ヒト１２２１６タンパク質、ヒト１７７１９タンパク質、ヒト４１８９７タンパク質、ヒト４７１７４タンパク質、ヒト３３４０８タンパク質、ヒト１０００２タンパク質、ヒト１６２０９タンパク質、ヒト３１４タンパク質、ヒト６３６タンパク質、ヒト２７４１０タンパク質、ヒト３３２６０タンパク質、ヒト６１９タンパク質、ヒト１５９８５タンパク質、ヒト６９１１２タンパク質、ヒト２１５８タンパク質、ヒト２２４タンパク質、ヒト６１５タンパク質、ヒト４４３７３タンパク質、ヒト９５４３１タンパク質、ヒト２２２４５タンパク質、ヒト２３８７タンパク質、ヒト１６６５８タンパク質、ヒト５５０５４タンパク質、ヒト１６３１４タンパク質、ヒト１６１３タンパク質、ヒト１６７５タンパク質、ヒト９５６９タンパク質またはヒト１３４２４タンパク質の非ヒトオルソログをさらに使用し得る。ヒト９９４９タンパク質、ヒト１４２３０タンパク質、ヒト７６０タンパク質、ヒト６２５５３タンパク質、ヒト１２２１６タンパク質、ヒト１７７１９タンパク質、ヒト４１８９７タンパク質、ヒト４７１７４タンパク質、ヒト３３４０８タンパク質、ヒト１０００２タンパク質、ヒト１６２０９タンパク質、ヒト３１４タンパク質、ヒト６３６タンパク質、ヒト２７４１０タンパク質、ヒト３３２６０タンパク質、ヒト６１９タンパク質、ヒト１５９８５タンパク質、ヒト６９１１２タンパク質、ヒト２１５８タンパク質、ヒト２２４タンパク質、ヒト６１５タンパク質、ヒト４４３７３タンパク質、ヒト９５４３１タンパク質、ヒト２２２４５タンパク質、ヒト２３８７タンパク質、ヒト１６６５８タンパク質、ヒト５５０５４タンパク質、ヒト１６３１４タンパク質、ヒト１６１３タンパク質、ヒト１６７５タンパク質、ヒト９５６９タンパク質またはヒト１３４２４タンパク質のオルソログは、非ヒト生物から単離され、そして同じ９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の活性を有するタンパク質である。
【０２５５】
本発明の方法は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、または配列番号６３のヌクレオチド配列あるいはそれらの一部を含む核酸分子であって、変異が導入されている核酸分子の使用をさらに包含する。変異は、「非必須」アミノ酸残基または「必須」アミノ酸残基でのアミノ酸置換を導き得る。「非必須」アミノ酸残基とは、その生物学的活性を変化することなく９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の野生型配列（例えば、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４の配列）から変化され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、生物学的活性のために必要とされる。例えば、本発明の９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の間で保存されたアミノ酸残基は、変化を受容する可能性は低い。
【０２５６】
変異は、標準技術（例えば、部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発）により配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、または配列番号６３に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、１つ以上の予想される非必須アミノ酸残基でなされる。「保存的アミノ酸置換」とは、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが、当該分野において規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、無荷電の極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β−分枝鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が挙げられる。従って、好ましくは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質において予想される非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリーからの別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態において、変異は、例えば、飽和変異誘発（ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）によって、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のコード配列の全てまたは一部に沿って、ランダムに導入され得、そして得られ��変異体は、活性を保持する変異体を同定するために、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の生物学的活性についてスクリーニングされ得る。配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、または配列番号６３の変異誘発の後、コードされたタンパク質が、組換え発現され得、そしてそのタンパク質の活性が、本明細書中に規定されたアッセイを用いて決定され得る。
【０２５７】
本発明の別の局面は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、または配列番号６３のヌクレオチド配列に対するアンチセンスである単離された核酸分子の使用に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的である（例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的であるかまたはｍＲＮＡ配列に相補的である）ヌクレオチド配列を含む。従って、アンチセンス核酸は、センス核酸に水素結合し得る。アンチセンス核酸は、全長９９４９コード鎖、全長１４２３０コード鎖、全長７６０コード鎖、全長６２５５３コード鎖、全長１２２１６コード鎖、全長１７７１９コード鎖、全長４１８９７コード鎖、全長４７１７４コード鎖、全長３３４０８コード鎖、全長１０００２コード鎖、全長１６２０９コード鎖、全長３１４コード鎖、全長６３６コード鎖、全長２７４１０コード鎖、全長３３２６０コード鎖、全長６１９コード鎖、全長１５９８５コード鎖、全長６９１１２コード鎖、全長２１５８コード鎖、全長２２４コード鎖、全長６１５コード鎖、全長４４３７３コード鎖、全長９５４３１コード鎖、全長２２２４５コード鎖、全長２３８７コード鎖、全長１６６５８コード鎖、全長５５０５４コード鎖、全長１６３１４コード鎖、全長１６１３コード鎖、全長１６７５コード鎖、全長９５６９コード鎖、または全長１３４２４コード鎖または、それらの一部のみに相補的であり得る。１実施形態において、アンチセンス核酸分子は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対するアンチセンスである。用語「コード領域」とは、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態において、このアンチセンス核酸分子は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対するアンチセンスである。用語「非コード領域」とは、コード領域に隣接する５’配列および３’配列であって、アミノ酸に翻訳されない配列をいう（５’および３’の非翻訳領域ともいう）。
【０２５８】
本明細書中に開示される９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４をコードするコード鎖配列を考慮して、本発明のアンチセンス核酸は、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋの塩基対形成の法則に従って、設計され得る。アンチセンス核酸分子は、９９４９ｍＲＮＡ、１４２３０ｍＲＮＡ、７６０ｍＲＮＡ、６２５５３ｍＲＮＡ、１２２１６ｍＲＮＡ、１７７１９ｍＲＮＡ、４１８９７ｍＲＮＡ、４７１７４ｍＲＮＡ、３３４０８ｍＲＮＡ、１０００２ｍＲＮＡ、１６２０９ｍＲＮＡ、３１４ｍＲＮＡ、６３６ｍＲＮＡ、２７４１０ｍＲＮＡ、３３２６０ｍＲＮＡ、６１９ｍＲＮＡ、１５９８５ｍＲＮＡ、６９１１２ｍＲＮＡ、２１５８ｍＲＮＡ、２２４ｍＲＮＡ、６１５ｍＲＮＡ、４４３７３ｍＲＮＡ、９５４３１ｍＲＮＡ、２２２４５ｍＲＮＡ、２３８７ｍＲＮＡ、１６６５８ｍＲＮＡ、５５０５４ｍＲＮＡ、１６３１４ｍＲＮＡ、１６１３ｍＲＮＡ、１６７５ｍＲＮＡ、９５６９ｍＲＮＡまたは１３４２４ｍＲＮＡの全コード領域に相補的であり得るが、より好ましくは、９９４９ｍＲＮＡ、１４２３０ｍＲＮＡ、７６０ｍＲＮＡ、６２５５３ｍＲＮＡ、１２２１６ｍＲＮＡ、１７７１９ｍＲＮＡ、４１８９７ｍＲＮＡ、４７１７４ｍＲＮＡ、３３４０８ｍＲＮＡ、１０００２ｍＲＮＡ、１６２０９ｍＲＮＡ、３１４ｍＲＮＡ、６３６ｍＲＮＡ、２７４１０ｍＲＮＡ、３３２６０ｍＲＮＡ、６１９ｍＲＮＡ、１５９８５ｍＲＮＡ、６９１１２ｍＲＮＡ、２１５８ｍＲＮＡ、２２４ｍＲＮＡ、６１５ｍＲＮＡ、４４３７３ｍＲＮＡ、９５４３１ｍＲＮＡ、２２２４５ｍＲＮＡ、２３８７ｍＲＮＡ、１６６５８ｍＲＮＡ、５５０５４ｍＲＮＡ、１６３１４ｍＲＮＡ、１６１３ｍＲＮＡ、１６７５ｍＲＮＡ、９５６９ｍＲＮＡまたは１３４２４ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、９９４９ｍＲＮＡ、１４２３０ｍＲＮＡ、７６０ｍＲＮＡ、６２５５３ｍＲＮＡ、１２２１６ｍＲＮＡ、１７７１９ｍＲＮＡ、４１８９７ｍＲＮＡ、４７１７４ｍＲＮＡ、３３４０８ｍＲＮＡ、１０００２ｍＲＮＡ、１６２０９ｍＲＮＡ、３１４ｍＲＮＡ、６３６ｍＲＮＡ、２７４１０ｍＲＮＡ、３３２６０ｍＲＮＡ、６１９ｍＲＮＡ、１５９８５ｍＲＮＡ、６９１１２ｍＲＮＡ、２１５８ｍＲＮＡ、２２４ｍＲＮＡ、６１５ｍＲＮＡ、４４３７３ｍＲＮＡ、９５４３１ｍＲＮＡ、２２２４５ｍＲＮＡ、２３８７ｍＲＮＡ、１６６５８ｍＲＮＡ、５５０５４ｍＲＮＡ、１６３１４ｍＲＮＡ、１６１３ｍＲＮＡ、１６７５ｍＲＮＡ、９５６９ｍＲＮＡまたは１３４２４ｍＲＮＡの翻訳開始部位の周辺領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、約５ヌクレオチド長、１０ヌクレオチド長、１５ヌクレオチド長、２０ヌクレオチド長、２５ヌクレオチド長、３０ヌクレオチド長、３５ヌクレオチド長、４０ヌクレオチド長、４５ヌクレオチド長または５０ヌクレオチド長であり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を使用して、化学的合成および酵素的連結反応を使用して構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、あるいは分子の生物学的安定性を増大するように、またはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成される二重鎖の物理的安定性を増大するように設計された、種々に改変されたヌクレオチドを使用して、化学的に合成され得る。例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが使用され得る。アンチセンス核酸を生成するために使用され得る改変ヌクレオチドの例としては、以下が挙げられる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルキューオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、プソイドウラシル、キューオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗおよび２，６−ジアミノプリン。あるいは、アンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス方向でサブクローニングされた発現ベクターを使用して、生物学的に生成され得る（すなわち、挿入された核酸から転写されるＲＮＡは、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向のＲＮＡである）。本発明の方法において使用されるアンチセンス核酸分子は、さらに、上記の第ＩＶ節において記載される。
【０２５９】
なお別の実施形態において、本発明の方法において使用される９９４９核酸分子、１４２３０核酸分子、７６０核酸分子、６２５５３核酸分子、１２２１６核酸分子、１７７１９核酸分子、４１８９７核酸分子、４７１７４核酸分子、３３４０８核酸分子、１０００２核酸分子、１６２０９核酸分子、３１４核酸分子、６３６核酸分子、２７４１０核酸分子、３３２６０核酸分子、６１９核酸分子、１５９８５核酸分子、６９１１２核酸分子、２１５８核酸分子、２２４核酸分子、６１５核酸分子、４４３７３核酸分子、９５４３１核酸分子、２２２４５核酸分子、２３８７核酸分子、１６６５８核酸分子、５５０５４核酸分子、１６３１４核酸分子、１６１３核酸分子、１６７５核酸分子、９５６９核酸分子または１３４２４核酸分子は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格において改変されて、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは可溶性を改善し得る。例えば、核酸分子のデオキシリボースリン酸骨格は、ペプチド核酸を生成するために改変され得る（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら、（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４（１）：５−２３を参照のこと）。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」すなわち「ＰＮＡ」は、核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいい、ここで、デオキシリボースリン酸骨格は、偽ペプチド骨格によって置換され、そして４種の天然の核酸塩基だけが維持される。ＰＮＡの中性の骨格は、低イオン強度の条件下で、ＤＮＡおよびＲＮＡへの特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、標準的な固相ペプチド合成プロトコルを使用して、Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら、（１９９６）前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら、（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：１４６７０−６７５に記載されるように実施され得る。
【０２６０】
９９４９核酸分子、１４２３０核酸分子、７６０核酸分子、６２５５３核酸分子、１２２１６核酸分子、１７７１９核酸分子、４１８９７核酸分子、４７１７４核酸分子、３３４０８核酸分子、１０００２核酸分子、１６２０９核酸分子、３１４核酸分子、６３６核酸分子、２７４１０核酸分子、３３２６０核酸分子、６１９核酸分子、１５９８５核酸分子、６９１１２核酸分子、２１５８核酸分子、２２４核酸分子、６１５核酸分子、４４３７３核酸分子、９５４３１核酸分子、２２２４５核酸分子、２３８７核酸分子、１６６５８核酸分子、５５０５４核酸分子、１６３１４核酸分子、１６１３核酸分子、１６７５核酸分子、９５６９核酸分子または１３４２４核酸分子のＰＮＡは、本明細書中に記載される治療適用および診断適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、例えば、転写もしくは翻訳の停止を誘導するか、または複製を阻害することによって、遺伝子発現の配列特異的調節のためのアンチセンス因子またはアンチ遺伝子（ａｎｔｉｇｅｎｅ）因子として使用され得る。９９４９核酸分子、１４２３０核酸分子、７６０核酸分子、６２５５３核酸分子、１２２１６核酸分子、１７７１９核酸分子、４１８９７核酸分子、４７１７４核酸分子、３３４０８核酸分子、１０００２核酸分子、１６２０９核酸分子、３１４核酸分子、６３６核酸分子、２７４１０核酸分子、３３２６０核酸分子、６１９核酸分子、１５９８５核酸分子、６９１１２核酸分子、２１５８核酸分子、２２４核酸分子、６１５核酸分子、４４３７３核酸分子、９５４３１核酸分子、２２２４５核酸分子、２３８７核酸分子、１６６５８核酸分子、５５０５４核酸分子、１６３１４核酸分子、１６１３核酸分子、１６７５核酸分子、９５６９核酸分子または１３４２４核酸分子のＰＮＡはまた、遺伝子中の単一塩基対の変異の分析において（例えば、ＰＮＡ指向性のＰＣＲクランピングによって）；他の酵素と組み合わせて使用する場合には、「人工制限酵素」として（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら、（１９９６）前出））；またはＤＮＡ配列決定もしくはハイブリダイゼーションのためのプローブもしくはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら、（１９９６）前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら、（１９９６）前出）、使用され得る。
【０２６１】
別の実施形態において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のＰＮＡは、（例えば、ＰＮＡの安定性または細胞取り込みを増強するために）、ＰＮＡに親油性もしくは他のヘルパー基を結合させることによってか、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によってか、またはリポソームもしくは当該分野で公知の他の薬物送達技術の使用によって、改変され得る。例えば、ＰＮＡおよびＤＮＡの有利な特性を組み合わせ得る９９４９核酸分子、１４２３０核酸分子、７６０核酸分子、６２５５３核酸分子、１２２１６核酸分子、１７７１９核酸分子、４１８９７核酸分子、４７１７４核酸分子、３３４０８核酸分子、１０００２核酸分子、１６２０９核酸分子、３１４核酸分子、６３６核酸分子、２７４１０核酸分子、３３２６０核酸分子、６１９核酸分子、１５９８５核酸分子、６９１１２核酸分子、２１５８核酸分子、２２４核酸分子、６１５核酸分子、４４３７３核酸分子、９５４３１核酸分子、２２２４５核酸分子、２３８７核酸分子、１６６５８核酸分子、５５０５４核酸分子、１６３１４核酸分子、１６１３核酸分子、１６７５核酸分子、９５６９核酸分子または１３４２４核酸分子のＰＮＡ−ＤＮＡキメラが、生成され得る。このようなキメラは、ＤＮＡ認識酵素（例えば、ＲＮＡｓｅ  ＨおよびＤＮＡポリメラーゼ）に、ＤＮＡ部分と相互作用させ、一方、ＰＮＡ部分は、高い結合親和性および結合特異性を提供する。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基スタッキング、核酸塩基間の結合の数および方向に関して選択される、適切な長さのリンカーを使用して、連結され得る（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら、（１９９６）前出）。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら、（１９９６）前出およびＦｉｎｎ  Ｐ．Ｊ．ら、（１９９６）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２４（１７）：３３５７−６３に記載されるように実施され得る。例えば、ＤＮＡ鎖は、標準的なホスホロアミダイトカップリング化学および改変ヌクレオシドアナログを使用して、固体支持体上で合成され得る。例えば、５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホラミダイトが、ＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間として使用され得る（Ｍａｇ、Ｍ．ら、（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．１７：５９７３−８８）。次いで、ＰＮＡモノマーは、段階的な様式でカップリングされて、５’ＰＮＡセグメントおよび３’ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子を生成する（Ｆｉｎｎ  Ｐ．Ｊ．ら、（１９９６）前出）。あるいは、キメラ分子は、５’ＤＮＡセグメントおよび３’ＰＮＡセグメントを用いて合成され得る（Ｐｅｔｅｒｓｅｒ、Ｋ．Ｈ．ら、（１９７５）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９−１１１２４）。
【０２６２】
他の実施形態において、本発明の方法において使用されるオリゴヌクレオチドは、他の付随的な基（例えば、（例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的化するための）ペプチド）、または細胞膜（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６５５３−６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：６４８−６５２；ＰＣＴ公開番号Ｗ０８８／０９８１０を参照のこと）もしくは血液脳関門（例えば、ＰＣＴ公開番号Ｗ０８９／１０１３４を参照のこと）を横切る輸送を促進するための因子を含み得る。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発性切断因子（例えば、Ｋｒｏｌら、（１９８８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８−９７６を参照のこと）またはインターカレート剤を用いて改変され得る（例えば、Ｚｏｎ（１９８８）Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９−５４９を参照のこと）。このために、オリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発性架橋剤、輸送因子またはハイブリダイゼーション誘発性切断因子）に結合体化され得る。
【０２６３】
（本発明の方法において使用される単離された９９４９タンパク質、単離された１４２３０タンパク質、単離された７６０タンパク質、単離された６２５５３タンパク質、単離された１２２１６タンパク質、単離された１７７１９タンパク質、単離された４１８９７タンパク質、単離された４７１７４タンパク質、単離された３３４０８タンパク質、単離された１０００２タンパク質、単離された１６２０９タンパク質、単離された３１４タンパク質、単離された６３６タンパク質、単離された２７４１０タンパク質、単離された３３２６０タンパク質、単離された６１９タンパク質、単離された１５９８５タンパク質、単離された６９１１２タンパク質、単離された２１５８タンパク質、単離された２２４タンパク質、単離された６１５タンパク質、単離された４４３７３タンパク質、単離された９５４３１タンパク質、単離された２２２４５タンパク質、単離された２３８７タンパク質、単離された１６６５８タンパク質、単離された５５０５４タンパク質、単離された１６３１４タンパク質、単離された１６１３タンパク質、単離された１６７５タンパク質、単離された９５６９タンパク質または単離された１３４２４タンパク質、ならびに抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体、または抗１３４２４抗体）
本発明の方法は、単離された９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質およびこれらの生物学的に活性な部分、ならびに抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体、または抗１３４２４抗体を惹起するための免疫原として使用されるのに適切なポリペプチドフラグメントの使用を包含する。１つの実施形態において、ネイティブの９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用する、適切な精製スキームによって、細胞供給源または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質は、組換えＤＮＡ技術によって生成される。組換え発現に代えて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質またはポリペプチドは、標準的なペプチド合成技術を使用して、化学的に合成され得る。
【０２６４】
本明細書中で使用する場合、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の「生物学的に活性な部分」は、９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性を有する、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のフラグメントを含む。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の生物学的に活性な部分は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のアミノ酸配列に十分に同一であるか、あるいはこれらに由来するアミノ酸配列（例えば、全長の９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質より少ないアミノ酸を含み、かつ９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の少なくとも１つの活性を示す、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４に示されるアミノ酸配列）を含むペプチドを含む。代表的には、生物学的に活性な部分は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフ（例えば、アポトーシス活性の調節に関与すると考えられている、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のＮ末端領域）を含む。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、２５、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００以上のアミノ酸長である、ポリペプチドであり得る。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の生物学的に活性な部分は、９９４９活性、１４２３０活性、７６０活性、６２５５３活性、１２２１６活性、１７７１９活性、４１８９７活性、４７１７４活性、３３４０８活性、１０００２活性、１６２０９活性、３１４活性、６３６活性、２７４１０活性、３３２６０活性、６１９活性、１５９８５活性、６９１１２活性、２１５８活性、２２４活性、６１５活性、４４３７３活性、９５４３１活性、２２２４５活性、２３８７活性、１６６５８活性、５５０５４活性、１６３１４活性、１６１３活性、１６７５活性、９５６９活性または１３４２４活性を調節する薬剤を開発するための標的として使用され得る。
【０２６５】
好ましい実施形態において、本発明の方法において使用される９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４に対して実質的に同一であり、そして配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４のタンパク質の機能的活性を保持するが、上記第Ｖ節において詳細に記載されるように、天然の対立遺伝子改変体または変異誘発に起因して、アミノ酸配列が異なる。従って、別の実施形態において、本発明の方法において使用される９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、または配列番号６４に対して少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上同一なアミノ酸配列を含むタンパク質である。
【０２６６】
２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列のパーセント同一性を決定するために、これらの配列は、最適な比較目的で整列される（例えば、ギャップは、最適な整列のために、第１および第２のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方に導入され得、そして非同一配列は、比較目的で無視され得る）。好ましい実施形態において、比較目的で整列される参照配列の長さは、参照配列の少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、なおより好ましくは少なくとも６０％、およびさらにより好ましくは、少なくとも７０％、８０％または９０％の長さである（例えば、５００アミノ酸残基を有する、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２または６４の、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のアミノ酸配列に対しての第二の配列を整列させる場合、少なくとも７５、好ましくは少なくとも１５０、より好ましくは少なくとも２２５、なおより好ましくは少なくとも３００およびなおより好ましくは少なくとも４００またはそれ以上のアミノ酸残基が整列される）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドが、比較される。第１の配列における位置が、第２の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、これらの分子は、その位置で同一である（本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と等しい）。２つの配列間のパーセント同一性は、それらの配列により共有される同一の位置の数の関数である（ギャップの数、および、２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要のある各ギャップの長さが考慮される）。
【０２６７】
配列の比較および２つの配列間のパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。好ましい実施形態において、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４−４５３（１９７０））のアルゴリズムを用い、Ｂｌｏｓｕｍ  ６２マトリクスまたはＰＡＭ２５０マトリクスのいずれか、ならびにギャップウェイト１６、１４、１２、１０、８、６、または４およびレングスウェイト（ｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔ）１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。さらに別の好ましい実施形態において、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムを用い、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリクスならびにギャップウェイト４０、５０、６０、７０、または８０およびレングスウェイト１、２、３、４、５、または６を用いて決定される。別の実施形態において、２つのアミノ酸配列間または２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０または２．０Ｕ）に組みこまれたＥ．ＭｅｙｅｒｓおよびＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．４：１１−１７（１９８８））のアルゴリズムを使用し、ＰＡＭ１２０ウェイトレジデューテーブル（ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｄｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ）、ギャップレングスペナルティー１２、およびギャップペナルティー４を用いて決定され得る。
【０２６８】
本発明の方法はまた、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のキメラタンパク質または融合タンパク質を使用し得る。本明細書中で使用される場合、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非９９４９ポリペプチド、非１４２３０ポリペプチド、非７６０ポリペプチド、非６２５５３ポリペプチド、非１２２１６ポリペプチド、非１７７１９ポリペプチド、非４１８９７ポリペプチド、非４７１７４ポリペプチド、非３３４０８ポリペプチド、非１０００２ポリペプチド、非１６２０９ポリペプチド、非３１４ポリペプチド、非６３６ポリペプチド、非２７４１０ポリペプチド、非３３２６０ポリペプチド、非６１９ポリペプチド、非１５９８５ポリペプチド、非６９１１２ポリペプチド、非２１５８ポリペプチド、非２２４ポリペプチド、非６１５ポリペプチド、非４４３７３ポリペプチド、非９５４３１ポリペプチド、非２２２４５ポリペプチド、非２３８７ポリペプチド、非１６６５８ポリペプチド、非５５０５４ポリペプチド、非１６３１４ポリペプチド、非１６１３ポリペプチド、非１６７５ポリペプチド、非９５６９ポリペプチドまたは非１３４２４ポリペプチドに作動可能に連結された、９９４９ポリペプチド、１４２３０ポリペプチド、７６０ポリペプチド、６２５５３ポリペプチド、１２２１６ポリペプチド、１７７１９ポリペプチド、４１８９７ポリペプチド、４７１７４ポリペプチド、３３４０８ポリペプチド、１０００２ポリペプチド、１６２０９ポリペプチド、３１４ポリペプチド、６３６ポリペプチド、２７４１０ポリペプチド、３３２６０ポリペプチド、６１９ポリペプチド、１５９８５ポリペプチド、６９１１２ポリペプチド、２１５８ポリペプチド、２２４ポリペプチド、６１５ポリペプチド、４４３７３ポリペプチド、９５４３１ポリペプチド、２２２４５ポリペプチド、２３８７ポリペプチド、１６６５８ポリペプチド、５５０５４ポリペプチド、１６３１４ポリペプチド、１６１３ポリペプチド、１６７５ポリペプチド、９５６９ポリペプチドまたは１３４２４ポリペプチドを含む。「９９４９ポリペプチド、１４２３０ポリペプチド、７６０ポリペプチド、６２５５３ポリペプチド、１２２１６ポリペプチド、１７７１９ポリペプチド、４１８９７ポリペプチド、４７１７４ポリペプチド、３３４０８ポリペプチド、１０００２ポリペプチド、１６２０９ポリペプチド、３１４ポリペプチド、６３６ポリペプチド、２７４１０ポリペプチド、３３２６０ポリペプチド、６１９ポリペプチド、１５９８５ポリペプチド、６９１１２ポリペプチド、２１５８ポリペプチド、２２４ポリペプチド、６１５ポリペプチド、４４３７３ポリペプチド、９５４３１ポリペプチド、２２２４５ポリペプチド、２３８７ポリペプチド、１６６５８ポリペプチド、５５０５４ポリペプチド、１６３１４ポリペプチド、１６１３ポリペプチド、１６７５ポリペプチド、９５６９ポリペプチドまたは１３４２４ポリペプチド」は、９９４９分子、１４２３０分子、７６０分子、６２５５３分子、１２２１６分子、１７７１９分子、４１８９７分子、４７１７４分子、３３４０８分子、１０００２分子、１６２０９分子、３１４分子、６３６分子、２７４１０分子、３３２６０分子、６１９分子、１５９８５分子、６９１１２分子、２１５８分子、２２４分子、６１５分子、４４３７３分子、９５４３１分子、２２２４５分子、２３８７分子、１６６５８分子、５５０５４分子、１６３１４分子、１６１３分子、１６７５分子、９５６９分子または１３４２４分子に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、一方、「非９９４９ポリペプチド、非１４２３０ポリペプチド、非７６０ポリペプチド、非６２５５３ポリペプチド、非１２２１６ポリペプチド、非１７７１９ポリペプチド、非４１８９７ポリペプチド、非４７１７４ポリペプチド、非３３４０８ポリペプチド、非１０００２ポリペプチド、非１６２０９ポリペプチド、非３１４ポリペプチド、非６３６ポリペプチド、非２７４１０ポリペプチド、非３３２６０ポリペプチド、非６１９ポリペプチド、非１５９８５ポリペプチド、非６９１１２ポリペプチド、非２１５８ポリペプチド、非２２４ポリペプチド、非６１５ポリペプチド、非４４３７３ポリペプチド、非９５４３１ポリペプチド、非２２２４５ポリペプチド、非２３８７ポリペプチド、非１６６５８ポリペプチド、非５５０５４ポリペプチド、非１６３１４ポリペプチド、非１６１３ポリペプチド、非１６７５ポリペプチド、非９５６９ポリペプチドまたは非１３４２４ポリペプチド」は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質に実質的に相同でないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチド（例えば、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質とは異なり、かつ同じ生物または異なる生物由来のタンパク質）をいう。９９４９融合タンパク質、１４２３０融合タンパク質、７６０融合タンパク質、６２５５３融合タンパク質、１２２１６融合タンパク質、１７７１９融合タンパク質、４１８９７融合タンパク質、４７１７４融合タンパク質、３３４０８融合タンパク質、１０００２融合タンパク質、１６２０９融合タンパク質、３１４融合タンパク質、６３６融合タンパク質、２７４１０融合タンパク質、３３２６０融合タンパク質、６１９融合タンパク質、１５９８５融合タンパク質、６９１１２融合タンパク質、２１５８融合タンパク質、２２４融合タンパク質、６１５融合タンパク質、４４３７３融合タンパク質、９５４３１融合タンパク質、２２２４５融合タンパク質、２３８７融合タンパク質、１６６５８融合タンパク質、５５０５４融合タンパク質、１６３１４融合タンパク質、１６１３融合タンパク質、１６７５融合タンパク質、９５６９融合タンパク質または１３４２４融合タンパク質において、９９４９ポリペプチド、１４２３０ポリペプチド、７６０ポリペプチド、６２５５３ポリペプチド、１２２１６ポリペプチド、１７７１９ポリペプチド、４１８９７ポリペプチド、４７１７４ポリペプチド、３３４０８ポリペプチド、１０００２ポリペプチド、１６２０９ポリペプチド、３１４ポリペプチド、６３６ポリペプチド、２７４１０ポリペプチド、３３２６０ポリペプチド、６１９ポリペプチド、１５９８５ポリペプチド、６９１１２ポリペプチド、２１５８ポリペプチド、２２４ポリペプチド、６１５ポリペプチド、４４３７３ポリペプチド、９５４３１ポリペプチド、２２２４５ポリペプチド、２３８７ポリペプチド、１６６５８ポリペプチド、５５０５４ポリペプチド、１６３１４ポリペプチド、１６１３ポリペプチド、１６７５ポリペプチド、９５６９ポリペプチドまたは１３４２４ポリペプチドは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の全てまたは一部に対応し得る。好ましい実施形態において、９９４９融合タンパク質、１４２３０融合タンパク質、７６０融合タンパク質、６２５５３融合タンパク質、１２２１６融合タンパク質、１７７１９融合タンパク質、４１８９７融合タンパク質、４７１７４融合タンパク質、３３４０８融合タンパク質、１０００２融合タンパク質、１６２０９融合タンパク質、３１４融合タンパク質、６３６融合タンパク質、２７４１０融合タンパク質、３３２６０融合タンパク質、６１９融合タンパク質、１５９８５融合タンパク質、６９１１２融合タンパク質、２１５８融合タンパク質、２２４融合タンパク質、６１５融合タンパク質、４４３７３融合タンパク質、９５４３１融合タンパク質、２２２４５融合タンパク質、２３８７融合タンパク質、１６６５８融合タンパク質、５５０５４融合タンパク質、１６３１４融合タンパク質、１６１３融合タンパク質、１６７５融合タンパク質、９５６９融合タンパク質または１３４２４融合タンパク質は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、
２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の生物学的に活性な部分のうち少なくとも１つを含む。別の好ましい実施形態において、９９４９融合タンパク質、１４２３０融合タンパク質、７６０融合タンパク質、６２５５３融合タンパク質、１２２１６融合タンパク質、１７７１９融合タンパク質、４１８９７融合タンパク質、４７１７４融合タンパク質、３３４０８融合タンパク質、１０００２融合タンパク質、１６２０９融合タンパク質、３１４融合タンパク質、６３６融合タンパク質、２７４１０融合タンパク質、３３２６０融合タンパク質、６１９融合タンパク質、１５９８５融合タンパク質、６９１１２融合タンパク質、２１５８融合タンパク質、２２４融合タンパク質、６１５融合タンパク質、４４３７３融合タンパク質、９５４３１融合タンパク質、２２２４５融合タンパク質、２３８７融合タンパク質、１６６５８融合タンパク質、５５０５４融合タンパク質、１６３１４融合タンパク質、１６１３融合タンパク質、１６７５融合タンパク質、９５６９融合タンパク質または１３４２４融合タンパク質は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の生物学的に活性な部分のうち少なくとも２つを含む。融合タンパク質において、用語「作動可能に連結した」は、９９４９ポリペプチド、１４２３０ポリペプチド、７６０ポリペプチド、６２５５３ポリペプチド、１２２１６ポリペプチド、１７７１９ポリペプチド、４１８９７ポリペプチド、４７１７４ポリペプチド、３３４０８ポリペプチド、１０００２ポリペプチド、１６２０９ポリペプチド、３１４ポリペプチド、６３６ポリペプチド、２７４１０ポリペプチド、３３２６０ポリペプチド、６１９ポリペプチド、１５９８５ポリペプチド、６９１１２ポリペプチド、２１５８ポリペプチド、２２４ポリペプチド、６１５ポリペプチド、４４３７３ポリペプチド、９５４３１ポリペプチド、２２２４５ポリペプチド、２３８７ポリペプチド、１６６５８ポリペプチド、５５０５４ポリペプチド、１６３１４ポリペプチド、１６１３ポリペプチド、１６７５ポリペプチド、９５６９ポリペプチドまたは１３４２４ポリペプチドおよび非９９４９ポリペプチド、非１４２３０ポリペプチド、非７６０ポリペプチド、非６２５５３ポリペプチド、非１２２１６ポリペプチド、非１７７１９ポリペプチド、非４１８９７ポリペプチド、非４７１７４ポリペプチド、非３３４０８ポリペプチド、非１０００２ポリペプチド、非１６２０９ポリペプチド、非３１４ポリペプチド、非６３６ポリペプチド、非２７４１０ポリペプチド、非３３２６０ポリペプチド、非６１９ポリペプチド、非１５９８５ポリペプチド、非６９１１２ポリペプチド、非２１５８ポリペプチド、非２２４ポリペプチド、非６１５ポリペプチド、非４４３７３ポリペプチド、非９５４３１ポリペプチド、非２２２４５ポリペプチド、非２３８７ポリペプチド、非１６６５８ポリペプチド、非５５０５４ポリペプチド、非１６３１４ポリペプチド、非１６１３ポリペプチド、非１６７５ポリペプチド、非９５６９ポリペプチドまたは非１３４２４ポリペプチドは、互いにインフレームで融合される。非９９４９ポリペプチド、非１４２３０ポリペプチド、非７６０ポリペプチド、非６２５５３ポリペプチド、非１２２１６ポリペプチド、非１７７１９ポリペプチド、非４１８９７ポリペプチド、非４７１７４ポリペプチド、非３３４０８ポリペプチド、非１０００２ポリペプチド、非１６２０９ポリペプチド、非３１４ポリペプチド、非６３６ポリペプチド、非２７４１０ポリペプチド、非３３２６０ポリペプチド、非６１９ポリペプチド、非１５９８５ポリペプチド、非６９１１２ポリペプチド、非２１５８ポリペプチド、非２２４ポリペプチド、非６１５ポリペプチド、非４４３７３ポリペプチド、非９５４３１ポリペプチド、非２２２４５ポリペプチド、非２３８７ポリペプチド、非１６６５８ポリペプチド、非５５０５４ポリペプチド、非１６３１４ポリペプチド、非１６１３ポリペプチド、非１６７５ポリペプチド、非９５６９ポリペプチドまたは非１３４２４ポリペプチドは、９９４９ポリペプチド、１４２３０ポリペプチド、７６０ポリペプチド、６２５５３ポリペプチド、１２２１６ポリペプチド、１７７１９ポリペプチド、４１８９７ポリペプチド、４７１７４ポリペプチド、３３４０８ポリペプチド、１０００２ポリペプチド、１６２０９ポリペプチド、３１４ポリペプチド、６３６ポリペプチド、２７４１０ポリペプチド、３３２６０ポリペプチド、６１９ポリペプチド、１５９８５ポリペプチド、６９１１２ポリペプチド、２１５８ポリペプチド、２２４ポリペプチド、６１５ポリペプチド、４４３７３ポリペプチド、９５４３１ポリペプチド、２２２４５ポリペプチド、２３８７ポリペプチド、１６６５８ポリペプチド、５５０５４ポリペプチド、１６３１４ポリペプチド、１６１３ポリペプチド、１６７５ポリペプチド、９５６９ポリペプチドまたは１３４２４ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０２６９】
例えば、１つの実施形態において、融合タンパク質は、ＧＳＴ−９９４９融合タンパク質、ＧＳＴ−１４２３０融合タンパク質、ＧＳＴ−７６０融合タンパク質、ＧＳＴ−６２５５３融合タンパク質、ＧＳＴ−１２２１６融合タンパク質、ＧＳＴ−１７７１９融合タンパク質、ＧＳＴ−４１８９７融合タンパク質、ＧＳＴ−４７１７４融合タンパク質、ＧＳＴ−３３４０８融合タンパク質、ＧＳＴ−１０００２融合タンパク質、ＧＳＴ−１６２０９融合タンパク質、ＧＳＴ−３１４融合タンパク質、ＧＳＴ−６３６融合タンパク質、ＧＳＴ−２７４１０融合タンパク質、ＧＳＴ−３３２６０融合タンパク質、ＧＳＴ−６１９融合タンパク質、ＧＳＴ−１５９８５融合タンパク質、ＧＳＴ−６９１１２融合タンパク質、ＧＳＴ−２１５８融合タンパク質、ＧＳＴ−２２４融合タンパク質、ＧＳＴ−６１５融合タンパク質、ＧＳＴ−４４３７３融合タンパク質、ＧＳＴ−９５４３１融合タンパク質、ＧＳＴ−２２２４５融合タンパク質、ＧＳＴ−２３８７融合タンパク質、ＧＳＴ−１６６５８融合タンパク質、ＧＳＴ−５５０５４融合タンパク質、ＧＳＴ−１６３１４融合タンパク質、ＧＳＴ−１６１３融合タンパク質、ＧＳＴ−１６７５融合タンパク質、ＧＳＴ−９５６９融合タンパク質またはＧＳＴ−１３４２４融合タンパク質であり、ここで、９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列または１３４２４配列は、ＧＳＴ配列のＣ末端に融合されている。このような融合タンパク質は、組換え９９４９、組換え１４２３０、組換え７６０、組換え６２５５３、組換え１２２１６、組換え１７７１９、組換え４１８９７、組換え４７１７４、組換え３３４０８、組換え１０００２、１６２０９、組換え３１４、組換え６３６、組換え２７４１０、組換え３３２６０、組換え６１９、組換え１５９８５、組換え６９１１２、組換え２１５８、組換え２２４、組換え６１５、組換え４４３７３、組換え９５４３１、組換え２２２４５、組換え２３８７、組換え１６６５８、組換え５５０５４、組換え１６３１４、組換え１６１３、組換え１６７５、組換え９５６９または組換え１３４２４の精製を容易にし得る。
【０２７０】
別の実施形態において、この融合タンパク質は、そのＮ末端において異種シグナル配列を含む９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質である。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）において、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９もしくは１３４２４の発現および／または分泌は、異種シグナル配列の使用によって増大され得る。
【０２７１】
本発明の方法において使用される９９４９融合タンパク質、１４２３０融合タンパク質、７６０融合タンパク質、６２５５３融合タンパク質、１２２１６融合タンパク質、１７７１９融合タンパク質、４１８９７融合タンパク質、４７１７４融合タンパク質、３３４０８融合タンパク質、１０００２融合タンパク質、１６２０９融合タンパク質、３１４融合タンパク質、６３６融合タンパク質、２７４１０融合タンパク質、３３２６０融合タンパク質、６１９融合タンパク質、１５９８５融合タンパク質、６９１１２融合タンパク質、２１５８融合タンパク質、２２４融合タンパク質、６１５融合タンパク質、４４３７３融合タンパク質、９５４３１融合タンパク質、２２２４５融合タンパク質、２３８７融合タンパク質、１６６５８融合タンパク質、５５０５４融合タンパク質、１６３１４融合タンパク質、１６１３融合タンパク質、１６７５融合タンパク質、９５６９融合タンパク質または１３４２４融合タンパク質は、薬学的組成物中に組み込まれ得、そして被験体にインビボで投与され得る。９９４９融合タンパク質、１４２３０融合タンパク質、７６０融合タンパク質、６２５５３融合タンパク質、１２２１６融合タンパク質、１７７１９融合タンパク質、４１８９７融合タンパク質、４７１７４融合タンパク質、３３４０８融合タンパク質、１０００２融合タンパク質、１６２０９融合タンパク質、３１４融合タンパク質、６３６融合タンパク質、２７４１０融合タンパク質、３３２６０融合タンパク質、６１９融合タンパク質、１５９８５融合タンパク質、６９１１２融合タンパク質、２１５８融合タンパク質、２２４融合タンパク質、６１５融合タンパク質、４４３７３融合タンパク質、９５４３１融合タンパク質、２２２４５融合タンパク質、２３８７融合タンパク質、１６６５８融合タンパク質、５５０５４融合タンパク質、１６３１４融合タンパク質、１６１３融合タンパク質、１６７５融合タンパク質、９５６９融合タンパク質または１３４２４融合タンパク質は、９９４９基質、１４２３０基質、７６０基質、６２５５３基質、１２２１６基質、１７７１９基質、４１８９７基質、４７１７４基質、３３４０８基質、１０００２基質、１６２０９基質、３１４基質、６３６基質、２７４１０基質、３３２６０基質、６１９基質、１５９８５基質、６９１１２基質、２１５８基質、２２４基質、６１５基質、４４３７３基質、９５４３１基質、２２２４５基質、２３８７基質、１６６５８基質、５５０５４基質、１６３１４基質、１６１３基質、１６７５基質、９５６９基質または１３４２４基質のバイオアベイラビリティーに影響を与えるために使用され得る。９９４９融合タンパク質、１４２３０融合タンパク質、７６０融合タンパク質、６２５５３融合タンパク質、１２２１６融合タンパク質、１７７１９融合タンパク質、４１８９７融合タンパク質、４７１７４融合タンパク質、３３４０８融合タンパク質、１０００２融合タンパク質、１６２０９融合タンパク質、３１４融合タンパク質、６３６融合タンパク質、２７４１０融合タンパク質、３３２６０融合タンパク質、６１９融合タンパク質、１５９８５融合タンパク質、６９１１２融合タンパク質、２１５８融合タンパク質、２２４融合タンパク質、６１５融合タンパク質、４４３７３融合タンパク質、９５４３１融合タンパク質、２２２４５融合タンパク質、２３８７融合タンパク質、１６６５８融合タンパク質、５５０５４融合タンパク質、１６３１４融合タンパク質、１６１３融合タンパク質、１６７５融合タンパク質、９５６９融合タンパク質または１３４２４融合タンパク質の使用は、例えば、以下によって引き起こされる障害の処置のために治療的に有用であり得る：（ｉ）９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質をコードする遺伝子の異常な改変または変異；（ｉｉ）９９４９遺伝子、１４２３０遺伝子、７６０遺伝子、６２５５３遺伝子、１２２１６遺伝子、１７７１９遺伝子、４１８９７遺伝子、４７１７４遺伝子、３３４０８遺伝子、１０００２遺伝子、１６２０９遺伝子、３１４遺伝子、６３６遺伝子、２７４１０遺伝子、３３２６０遺伝子、６１９遺伝子、１５９８５遺伝子、６９１１２遺伝子、２１５８遺伝子、２２４遺伝子、６１５遺伝子、４４３７３遺伝子、９５４３１遺伝子、２２２４５遺伝子、２３８７遺伝子、１６６５８遺伝子、５５０５４遺伝子、１６３１４遺伝子、１６１３遺伝子、１６７５遺伝子、９５６９遺伝子または１３４２４遺伝子の誤調節；ならびに（ｉｉｉ）９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の異常な翻訳後修飾。
【０２７２】
さらに、本発明の方法において使用される９９４９融合タンパク質、１４２３０融合タンパク質、７６０融合タンパク質、６２５５３融合タンパク質、１２２１６融合タンパク質、１７７１９融合タンパク質、４１８９７融合タンパク質、４７１７４融合タンパク質、３３４０８融合タンパク質、１０００２融合タンパク質、１６２０９融合タンパク質、３１４融合タンパク質、６３６融合タンパク質、２７４１０融合タンパク質、３３２６０融合タンパク質、６１９融合タンパク質、１５９８５融合タンパク質、６９１１２融合タンパク質、２１５８融合タンパク質、２２４融合タンパク質、６１５融合タンパク質、４４３７３融合タンパク質、９５４３１融合タンパク質、２２２４５融合タンパク質、２３８７融合タンパク質、１６６５８融合タンパク質、５５０５４融合タンパク質、１６３１４融合タンパク質、１６１３融合タンパク質、１６７５融合タンパク質、９５６９融合タンパク質または１３４２４融合タンパク質は、被験体において抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体または抗１３４２４抗体を産生するための免疫原として、９９４９リガンド、１４２３０リガンド、７６０リガンド、６２５５３リガンド、１２２１６リガンド、１７７１９リガンド、４１８９７リガンド、４７１７４リガンド、３３４０８リガンド、１０００２リガンド、１６２０９リガンド、３１４リガンド、６３６リガンド、２７４１０リガンド、３３２６０リガンド、６１９リガンド、１５９８５リガンド、６９１１２リガンド、２１５８リガンド、２２４リガンド、６１５リガンド、４４３７３リガンド、９５４３１リガンド、２２２４５リガンド、２３８７リガンド、１６６５８リガンド、５５０５４リガンド、１６３１４リガンド、１６１３リガンド、１６７５リガンド、９５６９リガンドまたは１３４２４リガンドを精製するために、そして９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の、９９４９基質、１４２３０基質、７６０基質、６２５５３基質、１２２１６基質、１７７１９基質、４１８９７基質、４７１７４基質、３３４０８基質、１０００２基質、１６２０９基質、３１４基質、６３６基質、２７４１０基質、３３２６０基質、６１９基質、１５９８５基質、６９１１２基質、２１５８基質、２２４基質、６１５基質、４４３７３基質、９５４３１基質、２２２４５基質、２３８７基質、１６６５８基質、５５０５４基質、１６３１４基質、１６１３基質、１６７５基質、９５６９基質または１３４２４基質との相互作用を阻害する分子を同定するためのスクリーニングアッセイにおいて、使用され得る。
【０２７３】
好ましくは、本発明の方法において使用される９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のキメラタンパク質または融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技術によって産生される。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントは、従来技術に従って、例えば、連結のために平滑末端または付着末端を使用し、適切な末端を提供するための制限酵素消化を使用し、適切な場合粘着末端をフィルインし、所望でない連結を回避するためのアルカリホスファターゼ処理を使用し、そして酵素的連結を使用することによって一緒にインフレームで連結される。別の実施形態において、融合遺伝子は、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来技術によって合成され得る。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅は、引き続いてアニーリングおよび再増幅されてキメラ遺伝子配列を生成し得る２つの連続遺伝子フラグメント間の相補的オーバーハングを生じるアンカープライマーを使用して実施され得る（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ａｕｓｕｂｅｌら、編、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ：１９９２を参照のこと）。さらに、すでに融合部分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をコードしている多くの発現ベクターが市販されている。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４をコードする核酸は、この融合部分が、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質にインフレームで連結されるように、このような発現ベクター中にクローニングされ得る。
【０２７４】
本発明はまた、９９４９アゴニスト、１４２３０アゴニスト、７６０アゴニスト、６２５５３アゴニスト、１２２１６アゴニスト、１７７１９アゴニスト、４１８９７アゴニスト、４７１７４アゴニスト、３３４０８アゴニスト、１０００２アゴニスト、１６２０９アゴニスト、３１４アゴニスト、６３６アゴニスト、２７４１０アゴニスト、３３２６０アゴニスト、６１９アゴニスト、１５９８５アゴニスト、６９１１２アゴニスト、２１５８アゴニスト、２２４アゴニスト、６１５アゴニスト、４４３７３アゴニスト、９５４３１アゴニスト、２２２４５アゴニスト、２３８７アゴニスト、１６６５８アゴニスト、５５０５４アゴニスト、１６３１４アゴニスト、１６１３アゴニスト、１６７５アゴニスト、９５６９アゴニストまたは１３４２４アゴニスト（模倣物）、あるいは９９４９アンタゴニスト、１４２３０アンタゴニスト、７６０アンタゴニスト、６２５５３アンタゴニスト、１２２１６アンタゴニスト、１７７１９アンタゴニスト、４１８９７アンタゴニスト、４７１７４アンタゴニスト、３３４０８アンタゴニスト、１０００２アンタゴニスト、１６２０９アンタゴニスト、３１４アンタゴニスト、６３６アンタゴニスト、２７４１０アンタゴニスト、３３２６０アンタゴニスト、６１９アンタゴニスト、１５９８５アンタゴニスト、６９１１２アンタゴニスト、２１５８アンタゴニスト、２２４アンタゴニスト、６１５アンタゴニスト、４４３７３アンタゴニスト、９５４３１アンタゴニスト、２２２４５アンタゴニスト、２３８７アンタゴニスト、１６６５８アンタゴニスト、５５０５４アンタゴニスト、１６３１４アンタゴニスト、１６１３アンタゴニスト、１６７５アンタゴニスト、９５６９アンタゴニストまたは１３４２４アンタゴニストのいずれかとして機能する、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の改変体の使用に関する。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の改変体は、変異誘発（例えば、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の別個の点変異または短縮）によって生成され得る。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のアゴニストは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性と実質的に同じ生物学的活性またはそのサブセットを保持し得る。９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のアンタゴニストは、例えば、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４媒介性の活性を拮抗的に調節することによって、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の天然に存在する形態の活性の１以上を阻害し得る。従って、特定の生物学的効果は、機能が限定された改変体を用いる処置によって誘発され得る。１つの実施形態において、タンパク質の天然に存在する形態の生物学的活性のサブセットを有する改変体を用いる被験体の処置は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の天然に存在する形態を用いた処置と比較して、被験体における副作用がより小さい。
【０２７５】
１つの実施形態において、９９４９アゴニスト、１４２３０アゴニスト、７６０アゴニスト、６２５５３アゴニスト、１２２１６アゴニスト、１７７１９アゴニスト、４１８９７アゴニスト、４７１７４アゴニスト、３３４０８アゴニスト、１０００２アゴニスト、１６２０９アゴニスト、３１４アゴニスト、６３６アゴニスト、２７４１０アゴニスト、３３２６０アゴニスト、６１９アゴニスト、１５９８５アゴニスト、６９１１２アゴニスト、２１５８アゴニスト、２２４アゴニスト、６１５アゴニスト、４４３７３アゴニスト、９５４３１アゴニスト、２２２４５アゴニスト、２３８７アゴニスト、１６６５８アゴニスト、５５０５４アゴニスト、１６３１４アゴニスト、１６１３アゴニスト、１６７５アゴニスト、９５６９アゴニストまたは１３４２４アゴニスト（模倣物）、あるいは９９４９アンタゴニスト、１４２３０アンタゴニスト、７６０アンタゴニスト、６２５５３アンタゴニスト、１２２１６アンタゴニスト、１７７１９アンタゴニスト、４１８９７アンタゴニスト、４７１７４アンタゴニスト、３３４０８アンタゴニスト、１０００２アンタゴニスト、１６２０９アンタゴニスト、３１４アンタゴニスト、６３６アンタゴニスト、２７４１０アンタゴニスト、３３２６０アンタゴニスト、６１９アンタゴニスト、１５９８５アンタゴニスト、６９１１２アンタゴニスト、２１５８アンタゴニスト、２２４アンタゴニスト、６１５アンタゴニスト、４４３７３アンタゴニスト、９５４３１アンタゴニスト、２２２４５アンタゴニスト、２３８７アンタゴニスト、１６６５８アンタゴニスト、５５０５４アンタゴニスト、１６３１４アンタゴニスト、１６１３アンタゴニスト、１６７５アンタゴニスト、９５６９アンタゴニストまたは１３４２４アンタゴニストのいずれかとして機能する、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の改変体は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のアゴニスト活性またはアンタゴニスト活性について、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の変異体（例えば、短縮変異体）のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって、同定され得る。１つの実施形態において、９９４９改変体、１４２３０改変体、７６０改変体、６２５５３改変体、１２２１６改変体、１７７１９改変体、４１８９７改変体、４７１７４改変体、３３４０８改変体、１０００２改変体、１６２０９改変体、３１４改変体、６３６改変体、２７４１０改変体、３３２６０改変体、６１９改変体、１５９８５改変体、６９１１２改変体、２１５８改変体、２２４改変体、６１５改変体、４４３７３改変体、９５４３１改変体、２２２４５改変体、２３８７改変体、１６６５８改変体、５５０５４改変体、１６３１４改変体、１６１３改変体、１６７５改変体、９５６９改変体または１３４２４改変体の多様なライブラリーは、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発によって生成され、そして多様な遺伝子ライブラリーによってコードされる。９９４９改変体、１４２３０改変体、７６０改変体、６２５５３改変体、１２２１６改変体、１７７１９改変体、４１８９７改変体、４７１７４改変体、３３４０８改変体、１０００２改変体、１６２０９改変体、３１４改変体、６３６改変体、２７４１０改変体、３３２６０改変体、６１９改変体、１５９８５改変体、６９１１２改変体、２１５８改変体、２２４改変体、６１５改変体、４４３７３改変体、９５４３１改変体、２２２４５改変体、２３８７改変体、１６６５８改変体、５５０５４改変体、１６３１４改変体、１６１３改変体、１６７５改変体、９５６９改変体または１３４２４改変体の多様なライブラリーは、例えば、合成オリゴヌクレオチドの混合物を遺伝子配列に酵素的に連結することによって生成され得、その結果、潜在的な９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列または１３４２４配列の縮重セットは、個々のポリペプチドとしてか、あるいはその中に９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列または１３４２４配列のセットを含むより大きい融合タンパク質のセットとして（例えば、ファージディスプレイについて）発現可能である。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的な９９４９改変体、１４２３０改変体、７６０改変体、６２５５３改変体、１２２１６改変体、１７７１９改変体、４１８９７改変体、４７１７４改変体、３３４０８改変体、１０００２改変体、１６２０９改変体、３１４改変体、６３６改変体、２７４１０改変体、３３２６０改変体、６１９改変体、１５９８５改変体、６９１１２改変体、２１５８改変体、２２４改変体、６１５改変体、４４３７３改変体、９５４３１改変体、２２２４５改変体、２３８７改変体、１６６５８改変体、５５０５４改変体、１６３１４改変体、１６１３改変体、１６７５改変体、９５６９改変体または１３４２４改変体のライブラリーを生成するために、種々の方法が使用され得る。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動化ＤＮＡ合成機において実施され得、次いで、この合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結され得る。遺伝子の縮重セットの使用は、潜在的な９９４９配列、１４２３０配列、７６０配列、６２５５３配列、１２２１６配列、１７７１９配列、４１８９７配列、４７１７４配列、３３４０８配列、１０００２配列、１６２０９配列、３１４配列、６３６配列、２７４１０配列、３３２６０配列、６１９配列、１５９８５配列、６９１１２配列、２１５８配列、２２４配列、６１５配列、４４３７３配列、９５４３１配列、２２２４５配列、２３８７配列、１６６５８配列、５５０５４配列、１６３１４配列、１６１３配列、１６７５配列、９５６９配列または１３４２４配列の所望のセットをコードする全ての配列を１つの混合物中で準備することを可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成するための方法は、当該分野で公知である（例えば、Ｎａｒａｎｇ、Ｓ．Ａ．（１９８３）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９：３；Ｉｔａｋｕｒａら、（１９８４）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３；Ｉｔａｋｕｒａら、（１９８４）Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８：１０５６；Ｉｋｅら、（１９８３）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．１１：４７７を参照のこと）。
【０２７６】
さらに、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーは、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のために、９９４９フラグメント、１４２３０フラグメント、７６０フラグメント、６２５５３フラグメント、１２２１６フラグメント、１７７１９フラグメント、４１８９７フラグメント、４７１７４フラグメント、３３４０８フラグメント、１０００２フラグメント、１６２０９フラグメント、３１４フラグメント、６３６フラグメント、２７４１０フラグメント、３３２６０フラグメント、６１９フラグメント、１５９８５フラグメント、６９１１２フラグメント、２１５８フラグメント、２２４フラグメント、６１５フラグメント、４４３７３フラグメント、９５４３１フラグメント、２２２４５フラグメント、２３８７フラグメント、１６６５８フラグメント、５５０５４フラグメント、１６３１４フラグメント、１６１３フラグメント、１６７５フラグメント、９５６９フラグメントまたは１３４２４フラグメントの多様な集団を生成するために使用され得る。１つの実施形態において、コード配列フラグメントのライブラリーは、９９４９コード配列、１４２３０コード配列、７６０コード配列、６２５５３コード配列、１２２１６コード配列、１７７１９コード配列、４１８９７コード配列、４７１７４コード配列、３３４０８コード配列、１０００２コード配列、１６２０９コード配列、３１４コード配列、６３６コード配列、２７４１０コード配列、３３２６０コード配列、６１９コード配列、１５９８５コード配列、６９１１２コード配列、２１５８コード配列、２２４コード配列、６１５コード配列、４４３７３コード配列、９５４３１コード配列、２２２４５コード配列、２３８７コード配列、１６６５８コード配列、５５０５４コード配列、１６３１４コード配列、１６１３コード配列、１６７５コード配列、９５６９コード配列または１３４２４コード配列の二本鎖ＰＣＲフラグメントを、ニック形成が１分子当たりほぼ１回だけ生じるような条件下でヌクレアーゼで処理し、二本鎖ＤＮＡを変性し、異なるニック形成産物由来のセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡを形成するためにＤＮＡを再生し、Ｓ１ヌクレアーゼでの処理によって、再形成された二重鎖から一本鎖部分を除去し、そして得られたフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結することによって、生成され得る。この方法によって、種々のサイズの９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のＮ末端フラグメント、Ｃ末端フラグメントおよび内部フラグメントをコードする、発現ライブラリーが誘導され得る。
【０２７７】
点変異または短縮によって作成されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするためのいくつかの技術、および選択された特性を有する遺伝子産物についてのｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするためのいくつかの技術が、当該分野で公知である。このような技術は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質のコンビナトリアル変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングのために適合可能である。大きい遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための高スループットの分析に使用されやすい、最も広く使用される技術は、代表的に、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングする工程、ベクターの得られたライブラリーで適切な細胞を形質転換する工程、および所望の活性の検出が、産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離を容易にするような条件下でコンビナトリアル遺伝子を発現する工程を包含する。再帰的アンサンブル変異誘発（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ  （ＲＥＭ））（これは、ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増強する新たな技術である）は、９９４９改変体、１４２３０改変体、７６０改変体、６２５５３改変体、１２２１６改変体、１７７１９改変体、４１８９７改変体、４７１７４改変体、３３４０８改変体、１０００２改変体、１６２０９改変体、３１４改変体、６３６改変体、２７４１０改変体、３３２６０改変体、６１９改変体、１５９８５改変体、６９１１２改変体、２１５８改変体、２２４改変体、６１５改変体、４４３７３改変体、９５４３１改変体、２２２４５改変体、２３８７改変体、１６６５８改変体、５５０５４改変体、１６３１４改変体、１６１３改変体、１６７５改変体、９５６９改変体または１３４２４改変体を同定するためのスクリーニングアッセイと組み合わせて使用され得る（ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら、（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６（３）：３２７−３３１）。
【０２７８】
本発明の方法はさらに、抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体または抗１３４２４抗体の使用を包含する。単離された９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質もしくは１３４２４タンパク質、またはそれらの一部分もしくはフラグメントは、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための標準的な技術を用いて、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４に結合する抗体を生成するための抗原として使用され得る。全長の９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質が使用され得るか、あるいは９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の抗原性ペプチドフラグメントが免疫原として使用され得る。９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の抗原性ペプチドは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２または６４に示されるアミノ酸配列の少なくとも８アミノ酸残基を含み、そしてこのペプチドに対して惹起された抗体が、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質と特異的に免疫複合体を形成するように、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のエピトープを含む。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも１０アミノ酸残基、より好ましくは、少なくとも１５アミノ酸残基、さらにより好ましくは、少なくとも２０アミノ酸残基、そして最も好ましくは、少なくとも３０アミノ酸残基を含む。
【０２７９】
抗原性ペプチドにより含まれる、好ましいエピトープは、タンパク質の表面に局在される９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の領域（例えば、親水性領域）、および高抗原性を有する領域である。
【０２８０】
９９４９免疫原、１４２３０免疫原、７６０免疫原、６２５５３免疫原、１２２１６免疫原、１７７１９免疫原、４１８９７免疫原、４７１７４免疫原、３３４０８免疫原、１０００２免疫原、１６２０９免疫原、３１４免疫原、６３６免疫原、２７４１０免疫原、３３２６０免疫原、６１９免疫原、１５９８５免疫原、６９１１２免疫原、２１５８免疫原、２２４免疫原、６１５免疫原、４４３７３免疫原、９５４３１免疫原、２２２４５免疫原、２３８７免疫原、１６６５８免疫原、５５０５４免疫原、１６３１４免疫原、１６１３免疫原、１６７５免疫原、９５６９免疫原または１３４２４免疫原は、代表的には、適切な被験体（例えば、ウサギ、ヤギ、マウス、または他の哺乳動物）をその免疫原で免疫することによって抗体を調製するために使用される。適切な免疫原性製調製物は、例えば、組み換え法で発現される９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質あるいは化学合成９９４９ポリペプチド、１４２３０ポリペプチド、７６０ポリペプチド、６２５５３ポリペプチド、１２２１６ポリペプチド、１７７１９ポリペプチド、４１８９７ポリペプチド、４７１７４ポリペプチド、３３４０８ポリペプチド、１０００２ポリペプチド、１６２０９ポリペプチド、３１４ポリペプチド、６３６ポリペプチド、２７４１０ポリペプチド、３３２６０ポリペプチド、６１９ポリペプチド、１５９８５ポリペプチド、６９１１２ポリペプチド、２１５８ポリペプチド、２２４ポリペプチド、６１５ポリペプチド、４４３７３ポリペプチド、９５４３１ポリペプチド、２２２４５ポリペプチド、２３８７ポリペプチド、１６６５８ポリペプチド、５５０５４ポリペプチド、１６３１４ポリペプチド、１６１３ポリペプチド、１６７５ポリペプチド、９５６９ポリペプチドまたは１３４２４ポリペプチドを包含し得る。調製物はさらに、フロインドの完全アジュバントまたは不完全アジュバント、または同様な免疫刺激性薬剤のようなアジュバントを含み得る。適切な被験体を、免疫原性９９４９調製物、１４２３０調製物、７６０調製物、６２５５３調製物、１２２１６調製物、１７７１９調製物、４１８９７調製物、４７１７４調製物、３３４０８調製物、１０００２調製物、１６２０９調製物、３１４調製物、６３６調製物、２７４１０調製物、３３２６０調製物、６１９調製物、１５９８５調製物、６９１１２調製物、２１５８調製物、２２４調製物、６１５調製物、４４３７３調製物、９５４３１調製物、２２２４５調製物、２３８７調製物、１６６５８調製物、５５０５４調製物、１６３１４調製物、１６１３調製物、１６７５調製物、９５６９調製物または１３４２４調製物で免疫することによって、ポリクローナル抗９９４９抗体反応、ポリクローナル抗１４２３０抗体反応、ポリクローナル抗７６０抗体反応、ポリクローナル抗６２５５３抗体反応、ポリクローナル抗１２２１６抗体反応、ポリクローナル抗１７７１９抗体反応、ポリクローナル抗４１８９７抗体反応、ポリクローナル抗４７１７４抗体反応、ポリクローナル抗３３４０８抗体反応、ポリクローナル抗１０００２抗体反応、ポリクローナル抗１６２０９抗体反応、ポリクローナル抗３１４抗体反応、ポリクローナル抗６３６抗体反応、ポリクローナル抗２７４１０抗体反応、ポリクローナル抗３３２６０抗体反応、ポリクローナル抗６１９抗体反応、ポリクローナル抗１５９８５抗体反応、ポリクローナル抗６９１１２抗体反応、ポリクローナル抗２１５８抗体反応、ポリクローナル抗２２４抗体反応、ポリクローナル抗６１５抗体反応、ポリクローナル抗４４３７３抗体反応、ポリクローナル抗９５４３１抗体反応、ポリクローナル抗２２２４５抗体反応、ポリクローナル抗２３８７抗体反応、ポリクローナル抗１６６５８抗体反応、ポリクローナル抗５５０５４抗体反応、ポリクローナル抗１６３１４抗体反応、ポリクローナル抗１６１３抗体反応、ポリクローナル抗１６７５抗体反応、ポリクローナル抗９５６９抗体反応またはポリクローナル抗１３４２４抗体反応が誘導される。
【０２８１】
本明細書中で使用される用語「抗体」は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫的に活性な部位（すなわち、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４のような抗原と特異的に結合する（免疫反応する）抗原結合部位を含む分子）をいう。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部位の例は、酵素（例えば、ペプシン）で、抗体を処理することによって生成され得るＦ（ａｂ）フラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントを含む。本発明は、９９４９分子、１４２３０分子、７６０分子、６２５５３分子、１２２１６分子、１７７１９分子、４１８９７分子、４７１７４分子、３３４０８分子、１０００２分子、１６２０９分子、３１４分子、６３６分子、２７４１０分子、３３２６０分子、６１９分子、１５９８５分子、６９１１２分子、２１５８分子、２２４分子、６１５分子、４４３７３分子、９５４３１分子、２２２４５分子、２３８７分子、１６６５８分子、５５０５４分子、１６３１４分子、１６１３分子、１６７５分子、９５６９分子または１３４２４分子と結合するポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を提供する。本明細書中で使用される場合、用語「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４の特定のエピトープと免疫反応することができる抗原結合部位の１つの種のみを含む抗体分子の集団をいう。従って、モノクローナル抗体組成物は、代表的には、それが免疫反応する特定の９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質に対して単一結合親和性を示す。
【０２８２】
ポリクローナル抗９９４９抗体、ポリクローナル抗１４２３０抗体、ポリクローナル抗７６０抗体、ポリクローナル抗６２５５３抗体、ポリクローナル抗１２２１６抗体、ポリクローナル抗１７７１９抗体、ポリクローナル抗４１８９７抗体、ポリクローナル抗４７１７４抗体、ポリクローナル抗３３４０８抗体、ポリクローナル抗１０００２抗体、ポリクローナル抗１６２０９抗体、ポリクローナル抗３１４抗体、ポリクローナル抗６３６抗体、ポリクローナル抗２７４１０抗体、ポリクローナル抗３３２６０抗体、ポリクローナル抗６１９抗体、ポリクローナル抗１５９８５抗体、ポリクローナル抗６９１１２抗体、ポリクローナル抗２１５８抗体、ポリクローナル抗２２４抗体、ポリクローナル抗６１５抗体、ポリクローナル抗４４３７３抗体、ポリクローナル抗９５４３１抗体、ポリクローナル抗２２２４５抗体、ポリクローナル抗２３８７抗体、ポリクローナル抗１６６５８抗体、ポリクローナル抗５５０５４抗体、ポリクローナル抗１６３１４抗体、ポリクローナル抗１６１３抗体、ポリクローナル抗１６７５抗体、ポリクローナル抗９５６９抗体またはポリクローナル抗１３４２４抗体は、上記のように、適切な被験体を、９９４９免疫原、１４２３０免疫原、７６０免疫原、６２５５３免疫原、１２２１６免疫原、１７７１９免疫原、４１８９７免疫原、４７１７４免疫原、３３４０８免疫原、１０００２免疫原、１６２０９免疫原、３１４免疫原、６３６免疫原、２７４１０免疫原、３３２６０免疫原、６１９免疫原、１５９８５免疫原、６９１１２免疫原、２１５８免疫原、２２４免疫原、６１５免疫原、４４３７３免疫原、９５４３１免疫原、２２２４５免疫原、２３８７免疫原、１６６５８免疫原、５５０５４免疫原、１６３１４免疫原、１６１３免疫原、１６７５免疫原、９５６９免疫原または１３４２４免疫原で免疫することによって、調製され得る。免疫される被験体中における抗９９４９抗体力価、抗１４２３０抗体力価、抗７６０抗体力価、抗６２５５３抗体力価、抗１２２１６抗体力価、抗１７７１９抗体力価、抗４１８９７抗体力価、抗４７１７４抗体力価、抗３３４０８抗体力価、抗１０００２抗体力価、抗１６２０９抗体力価、抗３１４抗体力価、抗６３６抗体力価、抗２７４１０抗体力価、抗３３２６０抗体力価、抗６１９抗体力価、抗１５９８５抗体力価、抗６９１１２抗体力価、抗２１５８抗体力価、抗２２４抗体力価、抗６１５抗体力価、抗４４３７３抗体力価、抗９５４３１抗体力価、抗２２２４５抗体力価、抗２３８７抗体力価、抗１６６５８抗体力価、抗５５０５４抗体力価、抗１６３１４抗体力価、抗１６１３抗体力価、抗１６７５抗体力価、抗９５６９抗体力価または抗１３４２４抗体力価は、標準的技術（例えば、免疫化９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４を用いる、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）のような）によって経時的にモニターされ得る。所望であれば、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４に対して指向された抗体分子は、哺乳動物から（例えば、血液から）単離され得、さらに、ＩｇＧ画分を得るための、タンパク質Ａ  クロマトグラフィーのような、周知の技術によって精製され得る。免疫後の適切な時間で、例えば、抗９９４９抗体力価、抗１４２３０抗体力価、抗７６０抗体力価、抗６２５５３抗体力価、抗１２２１６抗体力価、抗１７７１９抗体力価、抗４１８９７抗体力価、抗４７１７４抗体力価、抗３３４０８抗体力価、抗１０００２抗体力価、抗１６２０９抗体力価、抗３１４抗体力価、抗６３６抗体力価、抗２７４１０抗体力価、抗３３２６０抗体力価、抗６１９抗体力価、抗１５９８５抗体力価、抗６９１１２抗体力価、抗２１５８抗体力価、抗２２４抗体力価、抗６１５抗体力価、抗４４３７３抗体力価、抗９５４３１抗体力価、抗２２２４５抗体力価、抗２３８７抗体力価、抗１６６５８抗体力価、抗５５０５４抗体力価、抗１６３１４抗体力価、抗１６１３抗体力価、抗１６７５抗体力価、抗９５６９抗体力価または抗１３４２４抗体力価が最高のときに、抗体産生細胞は、被験体から得られ得、そして例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ２５６；４９５−４９７に初めに記載されるハイブリドーマ技術（Ｂｒｏｗｎら（１９８１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２７；５３９−４６；Ｂｒｏｗｎら（１９８０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５５：４９８０−８３；Ｙｅｈら（１９７６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７６：２９２７−３１；およびＹｅｈら（１９８２）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ２９：２６９−７５もまた参照のこと）、より最近のヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｚｂｏｒら（１９８３）Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２）、ＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅら（１９８５）Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ、Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，７７−９６頁）またはトリオーマ技術のような標準的技術によって、モノクローナル抗体を調製するために使用され得る。モノクローナル抗体ハイブリドーマを産生するための技術は、周知である（一般的に、Ｋｅｎｎｅｔｈ，Ｒ．Ｈ．Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｎｅｗ  Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ  Ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎａｌｙｓｅｓ，Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｒｐ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８０）；Ｌｅｒｎｅｒ，Ｅ．Ａ．（１９８１）Ｙａｌｅ  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｍｅｄ．５４：３８７−４０２；Ｇｅｆｔｅｒ，Ｍ．Ｌ．ら（１９７７）Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔ．３：２３１−３６を参照のこと）。簡単に言えば、不死化細胞株（代表的には骨髄腫）が、上記のように、��９４９免疫原、１４２３０免疫原、７６０免疫原、６２５５３免疫原、１２２１６免疫原、１７７１９免疫原、４１８９７免疫原、４７１７４免疫原、３３４０８免疫原、１０００２免疫原、１６２０９免疫原、３１４免疫原、６３６免疫原、２７４１０免疫原、３３２６０免疫原、６１９免疫原、１５９８５免疫原、６９１１２免疫原、２１５８免疫原、２２４免疫原、６１５免疫原、４４３７３免疫原、９５４３１免疫原、２２２４５免疫原、２３８７免疫原、１６６５８免疫原、５５０５４免疫原、１６３１４免疫原、１６１３免疫原、１６７５免疫原、９５６９免疫原または１３４２４免疫原で免疫される哺乳動物からのリンパ球（代表的には脾臓細胞）と融合され、そして得られるハイブリドーマ細胞の培養上清は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４と結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを同定するために、スクリーニングされる。
【０２８３】
リンパ球と不死化細胞株とを融合するために使用される任意の多くの周知のプロトコルが、抗９９４９モノクローナル抗体、抗１４２３０モノクローナル抗体、抗７６０モノクローナル抗体、抗６２５５３モノクローナル抗体、抗１２２１６モノクローナル抗体、抗１７７１９モノクローナル抗体、抗４１８９７モノクローナル抗体、抗４７１７４モノクローナル抗体、抗３３４０８モノクローナル抗体、抗１０００２モノクローナル抗体、抗１６２０９モノクローナル抗体、抗３１４モノクローナル抗体、抗６３６モノクローナル抗体、抗２７４１０モノクローナル抗体、抗３３２６０モノクローナル抗体、抗６１９モノクローナル抗体、抗１５９８５モノクローナル抗体、抗６９１１２モノクローナル抗体、抗２１５８モノクローナル抗体、抗２２４モノクローナル抗体、抗６１５モノクローナル抗体、抗４４３７３モノクローナル抗体、抗９５４３１モノクローナル抗体、抗２２２４５モノクローナル抗体、抗２３８７モノクローナル抗体、抗１６６５８モノクローナル抗体、抗５５０５４モノクローナル抗体、抗１６３１４モノクローナル抗体、抗１６１３モノクローナル抗体、抗１６７５モノクローナル抗体、抗９５６９モノクローナル抗体または抗１３４２４モノクローナル抗体を生成する目的で使用され得る（例えば、Ｇ．Ｇａｌｆｒｅら（１９７７）Ｎａｔｕｒｅ  ２６６：５５０５２；Ｇｅｆｔｅｒら（１９７７）前述；Ｌｅｒｎｅｒ（１９８１）前述；およびＫｅｎｎｅｔｈ（１９８０）前述を参照のこと）。さらに、当業者は、これもまた有用であるような方法の多くのバリエーションがあることを認識する。代表的には、不死化細胞株（例えば、骨髄腫細胞株）は、リンパ球と同じ哺乳動物種に由来する。例えば、マウスハイブリドーマは、本発明の免疫原性調製物で免疫されたマウスからのリンパ球と、不死化マウス細胞株とを融合することによって作製され得る。好ましい不死化細胞株は、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含む培養培地（「ＨＡＴ培地］）に感受性であるマウス骨髄細胞株である。任意の多くの骨髄細胞株（例えば、Ｐ３−ＮＳ１／１−Ａｇ４−１，Ｐ３−ｘ６３−Ａｇ８．６５３またはＳｐ２／Ｏ−Ａｇ１４骨髄細胞株）は、標準的技術に従って、融合パートナーとして使用され得る。このような骨髄細部株は、ＡＴＣＣから入手可能である。代表的に、ＨＡＴ感受性マウス骨髄細胞は、ポリエチレングリコール（「ＰＥＧ」）を用いて、マウス脾臓細胞と融合される。その融合から生じるハイブリドーマ細胞は、次にＨＡＴ培地を用いて選択され、その培地は、融合されない骨髄腫細胞および非増殖的に融合した骨髄腫細胞を殺す（融合しなかった脾臓細胞は、形質転換されていないので、数日後に死ぬ）。本発明のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞は、（例えば、標準的なＥＬＩＳＡアッセイを用いて）９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、���６１３、１６７５、９５６９または１３４２４と結合する抗体についてハイブリドーマ培養上清をスクリーニングすることによって、検出される。
【０２８４】
モノクローナル抗体分泌ハイブリドーマを調製する代わりに、抗９９４９モノクローナル抗体、抗１４２３０モノクローナル抗体、抗７６０モノクローナル抗体、抗６２５５３モノクローナル抗体、抗１２２１６モノクローナル抗体、抗１７７１９モノクローナル抗体、抗４１８９７モノクローナル抗体、抗４７１７４モノクローナル抗体、抗３３４０８モノクローナル抗体、抗１０００２モノクローナル抗体、抗１６２０９モノクローナル抗体、抗３１４モノクローナル抗体、抗６３６モノクローナル抗体、抗２７４１０モノクローナル抗体、抗３３２６０モノクローナル抗体、抗６１９モノクローナル抗体、抗１５９８５モノクローナル抗体、抗６９１１２モノクローナル抗体、抗２１５８モノクローナル抗体、抗２２４モノクローナル抗体、抗６１５モノクローナル抗体、抗４４３７３モノクローナル抗体、抗９５４３１モノクローナル抗体、抗２２２４５モノクローナル抗体、抗２３８７モノクローナル抗体、抗１６６５８モノクローナル抗体、抗５５０５４モノクローナル抗体、抗１６３１４モノクローナル抗体、抗１６１３モノクローナル抗体、抗１６７５モノクローナル抗体、抗９５６９モノクローナル抗体または抗１３４２４モノクローナル抗体は、９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４を用いて組み換えコンビナトリアル免疫グロブリンライブラリー（例えば、抗体ファージディスプレイライブラリー）をスクリーニングすることによって、同定および単離され得、それによって９９４９、１４２３０、７６０、６２５５３、１２２１６、１７７１９、４１８９７、４７１７４、３３４０８、１０００２、１６２０９、３１４、６３６、２７４１０、３３２６０、６１９、１５９８５、６９１１２、２１５８、２２４、６１５、４４３７３、９５４３１、２２２４５、２３８７、１６６５８、５５０５４、１６３１４、１６１３、１６７５、９５６９または１３４２４と結合する免疫グロブリンライブラリーメンバーを単離する。ファージディスプレイライブラリーを生成およびスクリーニングするためのキットは、市販されている（例えば、Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｐｈａｇｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｓｙｓｔｅｍ，カタログ番号２７−９４００−０１；およびＳｔｒａｔａｇｅｎｅ  ＳｕｒｆＺＡＰＴＭ  Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ  Ｋｉｔ，カタログ番号２４０６１２）。さらに、抗体ディスプレイライブラリーを生成およびスクリーニングする使用のために特に受け入れやすい方法および試薬の例は、例えば、Ｌａｄｎｅｒら、米国特許第５，２２３，４０９号；Ｋａｎｇら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９２／１８６１９；Ｄｏｗｅｒら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９１／１７２７１；Ｗｉｎｔｅｒら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９２／２０７９１；Ｍａｒｋｌａｎｄら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９２／１５６７９；Ｂｒｅｉｔｌｉｎｇら、��ＣＴ国際公開番号ＷＯ９３／０１２８８；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９２／０１０４７；Ｇａｒｒａｒｄら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９２／０９６９０；Ｌａｄｎｅｒら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９０／０２８０９；Ｆｕｃｈｓら、（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１３７０−１３７２；Ｈａｙら、（１９９２）Ｈｕｍ．Ａｎｔｉｂｏｄ．Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ  ３：８１−８５；Ｈｕｓｅら、（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１；Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら、（１９９３）ＥＭＢＯ  Ｊ  １２：７２５−７３４；Ｈａｗｋｉｎｓら、（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６；Ｃｌａｒｋｓｏｎら、（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８；Ｇｒａｍら、（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：３５７６−３５８０；Ｇａｒｒａｄら、（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１３７３−１３７７；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら、（１９９１）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．１９：４１３３−４１３７；Ｂａｒｂａｓら、（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：７９７８−７９８２；およびＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４）において見出され得る。
【０２８５】
さらに、キメラ抗体およびヒト化モノクローナル抗体のような、ヒト部分および非ヒト部分の両方を含み、標準的な組み換えＤＮＡ技術を用いて作製され得る、組み換え抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体または抗１３４２４抗体は、本発明の方法の範囲内である。そのようなキメラ抗体およびヒト化モノクローナル抗体は、当該分野で公知の組み換えＤＮＡ技術、例えば、Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９；Ａｋｉｒａら、欧州特許出願第１８４，１８７号；Ｔａｎｉｇｕｃｈｉ，Ｍ．，欧州特許出願第１７１，４９６号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、欧州特許出願第１７３，４９４号；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒら、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ８６／０１５３３；Ｃａｂｉｌｌｙら、米国特許第４，８１６，５６７号；Ｃａｂｉｌｌｙら、欧州特許出願第１２５，０２３号；Ｂｅｔｔｅｒら、（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１−１０４３；Ｌｉｕら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：３４３９−３４４３；Ｌｉｕら、（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１−３５２６；Ｓｕｎら、（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：２１４−２１８；Ｎｉｓｈｉｍｕｒａら（１９８７）Ｃａｎｃ．Ｒｅｓ．４７：９９９−１００５；Ｗｏｏｄら、（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１４：４４６−４４９；Ｓｈａｗら、（１９８８）Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．８０：１５５３−１５５９；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｓ．Ｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２−１２０７；Ｏｉら、（１９８６）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ４：２１４；Ｗｉｎｔｅｒ米国特許第５，２２５，５３９号；Ｊｏｎｅｓら、（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５５２−５２５；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎら、（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４；およびＢｅｉｄｌｅｒら、（１９８８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３−４０６０に記載される方法を用いて産生され得る。
【０２８６】
抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体または抗１３４２４抗体は、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質の存在量および発現パターンを評価するために、９９４９タンパク質、１４２３０タンパク質、７６０タンパク質、６２５５３タンパク質、１２２１６タンパク質、１７７１９タンパク質、４１８９７タンパク質、４７１７４タンパク質、３３４０８タンパク質、１０００２タンパク質、１６２０９タンパク質、３１４タンパク質、６３６タンパク質、２７４１０タンパク質、３３２６０タンパク質、６１９タンパク質、１５９８５タンパク質、６９１１２タンパク質、２１５８タンパク質、２２４タンパク質、６１５タンパク質、４４３７３タンパク質、９５４３１タンパク質、２２２４５タンパク質、２３８７タンパク質、１６６５８タンパク質、５５０５４タンパク質、１６３１４タンパク質、１６１３タンパク質、１６７５タンパク質、９５６９タンパク質または１３４２４タンパク質（例えば、細胞溶解物または細胞上清中の）を検出するために使用され得る。抗９９４９抗体、抗１４２３０抗体、抗７６０抗体、抗６２５５３抗体、抗１２２１６抗体、抗１７７１９抗体、抗４１８９７抗体、抗４７１７４抗体、抗３３４０８抗体、抗１０００２抗体、抗１６２０９抗体、抗３１４抗体、抗６３６抗体、抗２７４１０抗体、抗３３２６０抗体、抗６１９抗体、抗１５９８５抗体、抗６９１１２抗体、抗２１５８抗体、抗２２４抗体、抗６１５抗体、抗４４３７３抗体、抗９５４３１抗体、抗２２２４５抗体、抗２３８７抗体、抗１６６５８抗体、抗５５０５４抗体、抗１６３１４抗体、抗１６１３抗体、抗１６７５抗体、抗９５６９抗体または抗１３４２４抗体は、診断的に使用されて、臨床試験手順（例えば、所定の処置レジメンの効力を決定するために）の一部として、組織におけるタンパク質のレベルをモニタリングし得る。検出は、検出可能な物質に抗体を結合させる（すなわち、物理的連結）ことによって促進され得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、および放射性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ；適切な補欠分子族複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられ；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられ；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられ；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられ；そして適切な放射活性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０２８７】
本発明はさらに、限定と解釈されるべきではない以下の実施例によって例示される。本願、ならびに図面および配列表を通して引用される全ての参考文献、特許および公開された特許出願の内容は、本明細書中に参考として援用される。
【実施例】
【０２８８】
（実施例１  ＴａｑＭａｎＴＭ分析を用いる組織の分布）
本実施例は、ＴａｑＭａｎＴＭ手順を記載する。ＴａｑＭａｎＴＭ手順は、ｍＲＮＡを検出するための、定量的な逆転写ＰＣＲベースのアプローチである。このＲＴ−ＰＣＲ反応は、ＰＣＲの間に、ＴａｑＭａｎＴＭプローブを切断するために、ＡｍｐｌｉＴａｑ  ＧｏｌｄＴＭ  ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性を活用する。簡単に言えば、ｃＤＮＡを目的のサンプル（例えば、心臓、腎臓、肝臓、骨格筋、および種々の脈管）から生成し、そしてＰＣＲ増幅のための出発物質として使用した。５’遺伝子特異的プライマーおよび３’遺伝子特異的プライマーに加えて、遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ（増幅されている領域に相補的である）を、この反応（すなわち、ＴａｑＭａｎＴＭプローブ）に含めた。ＴａｑＭａｎＴＭプローブは、プローブの５’末端に共有結合した蛍光レポーター色素（例えば、ＦＡＭ（６−カルボキシフルオレセイン）、ＴＥＴ（６−カルボキシ−４，７，２’，７’−テトラクロロフルオレセイン）、ＪＯＥ（６−カルボキシ−４，５−ジクロロ−２，７−ジメトキシフルオレセイン）、もしくはＶＩＣ）、およびこのプローブの３’末端にクエンチャー色素（ＴＡＭＲＡ（６−カルボキシ−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルローダミン）を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【０２８９】
ＰＣＲ反応の間、プローブの切断は、レポーター色素とクエンチャー色素とを分離し、結果としてレポーターの蛍光を増強する。ＰＣＲ産物の蓄積を、レポーター色素の蛍光増強をモニタリングすることによって直接検出する。プローブがインタクトな場合、クエンチャー色素に対してレポーター色素の近位にレポーター蛍光の抑制が生じる。ＰＣＲの間、目的の標的が存在する場合、このプローブは順方向プライマー部位と逆方向プライマー部位との間に特異的にアニーリングする。ＡｍｐｌｉＴａｑＴＭＧｏｌｄ  ＤＮＡポリメラーゼの５’−３’ヌクレオチド分解性（ｎｕｃｌｅｏｌｙｔｉｃ）活性は、プローブが標的にハイブリダイズする場合のみ、レポーターとクエンチャーとの間でプローブを切断する。次いで、プローブフラグメントを、標的と置換し、そして鎖の重合を続ける。ＰＣＲの間、プローブの伸長を防ぐように、このプローブの３’末端をブロックする。このプロセスは全てのサイクルで生じ、そして産物の指数関数的な蓄積を妨害しない。ＲＮＡを、トリゾール方法を使用して調製し、そして汚染したゲノムＤＮＡを除去するためにＤＮａｓｅで処理した。標準的な技術を使用してｃＤＮＡを合成した。逆転写酵素の非存在下において、コントロール遺伝子の検出可能なＰＣＲ増幅を有さないサンプルに生じるＭｏｃｋ  ｃＤＮＡ合成により、ゲノムＤＮＡ汚染の効率的な除去が確証される。
【０２９０】
（等価物）
当業者は、本明細書中に記載される本発明の特定の実施形態の多くの等価物を、慣用的にすぎない実験法を使用して認識するか、または確認し得る。このような等価物は、添付の特許請求の範囲に含まれるべきであることが意図される。
【配列表】
2005525112.tif 000002
2005525112.tif 000003
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【国際調査報告】
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