(57)【要約】本発明は、担体と、各々が担体に付着される遺伝物質を含む担体上の第１の遺伝物質位置及び第２の遺伝物質位置とからなる遺伝物質を分析するための装置を提供する。本発明はまた、少なくとも１つの装置を分配することを含む遺伝物質を分配する方法も提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）担体と
ｂ）各々が該担体に付着される遺伝物質を含む、該担体上の第１の遺伝物質位置及び第２の遺伝物質位置と、
からなり、
前記第１の遺伝物質位置の前記遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、前記第２の遺伝物質位置の前記遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、前記第１の遺伝物質位置の前記遺伝物質が、前記第２の遺伝物質位置の前記遺伝物質から分離されている、
ことを特徴とする装置。
【請求項２】
前記第１の遺伝物質位置が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの１１以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、前記第２の遺伝物質位置が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの１１以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなることを特徴とする請求項１に記載の装置。
【請求項３】
前記第１の遺伝物質位置が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの８０％より多くを含む精製ゲノムＤＮＡからなり、かつ、前記第２の遺伝物質位置が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの８０％より多くを含む精製ゲノムＤＮＡからなることを特徴とする請求項１に記載の装置。
【請求項４】
各々が前記担体に付着される遺伝物質を含む、前記担体上の追加の遺伝物質位置をさらに含み、かつ、大部分の該追加の遺伝物質位置の各々にある前記遺伝物質が、相互に分離されていることを特徴とする請求項１に記載の装置。
【請求項５】
各々が前記担体に付着される遺伝物質を含む、前記担体上の９４個の追加の遺伝物質位置をさらに含み、かつ、大部分の該追加の遺伝物質位置の各々にある前記遺伝物質が、相互に分離されていることを特徴とする請求項１に記載の装置。
【請求項６】
前記大部分の遺伝物質位置の各々にある前記遺伝物質が、前記確定集団内の異なる個体に由来することを特徴とする請求項５に記載の装置。
【請求項７】
各々が前記担体に付着される遺伝物質を含む、前記担体上の３８２個の追加の遺伝物質位置をさらに含み、大部分の該追加の遺伝物質位置の各々にある前記遺伝物質が、相互に分離されていることを特徴とする請求項１に記載の装置。
【請求項８】
前記担体が紙からなることを特徴とする請求項１に記載の装置。
【請求項９】
前記担体がカバーを含むことを特徴とする請求項１に記載の装置。
【請求項１０】
前記カバーが多穴プレートのためのカバーからなり、前記カバーが少なくとも２つの突起を含み、前記カバーが前記多穴プレート上に配置された際に、少なくとも２つの前記突起の各々が、前記多穴プレートの離れているウェル内へ伸びることを特徴とする請求項９に記載の装置。
【請求項１１】
少なくとも２つの前記突起の各々が毛細管を含むことを特徴とする請求項１０に記載の装置。
【請求項１２】
前記担体が多穴プレートからなることを特徴とする請求項５に記載の装置。
【請求項１３】
前記多穴プレートが９６穴プレートであることを特徴とする請求項１２に記載の装置。
【請求項１４】
少なくとも１つの装置を少なくとも１人の受容者に分配することを含む遺伝物質を分配する方法であって、
前記装置が、担体と、各々が該担体上に付着される遺伝物質を含む、該担体上の第１の遺伝物質位置及び第２の遺伝物質位置とからなり、前記第１の遺伝物質位置の前記遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、前記第２の遺伝物質位置の前記遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、前記第１の遺伝物質位置の前記遺伝物質が、前記第２の遺伝物質位置の前記遺伝物質から分離されていることを特徴とする方法。
【請求項１５】
前記装置が、少なくとも１０人の受容者に分配されることを特徴とする請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記担体が多穴プレートからなることを特徴とする請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記多穴プレートが、９６穴プレート及び３８４穴プレートのうちの1つであることを特徴とする請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記担体上の前記遺伝物質位置の大部分の各々が、前記遺伝物質を含む溶液を含むことを特徴とする請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記多穴プレートの大部分の前記ウェルの各々が、離れている遺伝物質位置を含むことを特徴とする請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも１つの前記装置が、前記担体上に付着される前記遺伝物質に関する情報とともに分配されることを特徴とする請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
前記情報が、前記付着される遺伝物質の少なくとも１つの位置に関連付けられた遺伝子型特定情報からなることを特徴とする請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記遺伝子型特定情報が、前記付着される遺伝物質における対立遺伝子、突然変異、一塩基変異多型、およびヌクレオチド配列欠失のうちの少なくとも１つを識別する情報を含むことを特徴とする請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ａ）１）マトリクスと、
２）１つまたはそれ以上の離れている転写剤スペースと、
３）１つまたはそれ以上の離れている該転写剤スペースに収容される１つまたはそれ以上の転写剤層
とからなる担体、及び
ｂ）１つまたはそれ以上の該転写剤層の上かまたは内部に付着される遺伝物質
を含むことを特徴とする装置。
【請求項２４】
前記転写剤層の少なくとも１つが、ショ糖及びブドウ糖のうちの少なくとも１つから選択された糖類からなることを特徴とする請求項２３に記載の担体。
【請求項２５】
前記転写剤層が、少なくとも９６個の離れている転写剤スペースに収容されることを特徴とする請求項２３に記載の担体。
【請求項２６】
前記少なくとも９６個の転写剤スペースの大部分の各々が、９６穴プレートのウェルに整列化可能であることを特徴とする請求項２５に記載の担体。
【請求項２７】
前記転写剤層が、少なくとも３８４個の離れている転写剤スペースに収容されることを特徴とする請求項２３に記載の担体。
【請求項２８】
前記少なくとも３８４個の転写剤スペースの大部分の各々が、３８４穴プレートのウェルに整列化可能であることを特徴とする請求項２７に記載の担体。
【請求項２９】
前記大部分の転写剤層の各々の上にある前記遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなることを特徴とする請求項２６に記載の担体。
【請求項３０】
前記大部分の転写剤層の各々の上にある前記遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなることを特徴とする請求項２８に記載の担体。
【請求項３１】
前記大部分の転写剤層の各々が、確定集団の異なる個体からの遺伝物質を収容することを特徴とする請求項２９に記載の担体。
【請求項３２】
前記大部分の転写剤層の各々が、確定集団の異なる個体からの遺伝物質を収容することを特徴とする請求項３０に記載の担体。
【請求項３３】
前記担体の一方の側面上に位置付けられたバリア層をさらに含むことを特徴とする請求項２３に記載の装置。
【請求項３４】
前記担体の一方の側面上に位置付けられたシーリング層をさらに含むことを特徴とする請求項２３に記載の装置。
【請求項３５】
少なくとも１つの装置を少なくとも1人の受容者に分配することを含む遺伝物質を分配する方法であって、該装置が、マトリクスと、該マトリクスを貫通するかまたは一部貫通して伸びる１つまたはそれ以上の離れている転写剤スペースと、該転写剤スペースのうちの１つまたはそれ以上に収容される１つまたはそれ以上の転写剤層と、該転写剤層のうちの１つまたはそれ以上の上かまたは内部に付着される遺伝物質とからなる担体を含むことを特徴とする方法。
【請求項３６】
前記装置が、少なくとも１０人の受容者に分配されることを特徴とする請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記装置の少なくとも１つが、前記担体上に収容される前記遺伝物質に関する情報とともに分配されることを特徴とする請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記情報が、付着される遺伝物質の少なくとも１つの位置に関連付けられた遺伝子型特定情報からなることを特徴とする請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記遺伝子型特定情報が、前記付着される遺伝物質における対立遺伝子、突然変異、ＳＮＰ及びヌクレオチド配列欠失のうちの少なくとも１つを識別する情報を含むことを特徴とする請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
ａ）担体と、
ｂ）転写剤層と、
ｃ）各々が遺伝物質を含む該転写剤層の上かまたは内部に第１の遺伝物質位置及び第２の遺伝物質位置とからなる装置であって、
該第１の遺伝物質位置の遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、該第２の遺伝物質位置の遺伝物質が、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、かつ、前記第１の遺伝物質位置の遺伝物質が、前記第２の遺伝物質位置の遺伝物質から分離されていることを特徴とする装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２００１年１０月１１日に出願された米国特許仮出願第６０／３２９，２７７号に基づく優先権を主張するものであり、この出願は、あらゆる目的について、引用によりここに組み入れられる。
【０００２】
本発明は、担体上の遺伝物質を分析するための方法及び材料に関する。こうした材料の包装に関する幾つかの方法もまた、提供される。
【背景技術】
【０００３】
２つ以上の個体からの遺伝物質を分析することは、多くの場合に望ましい。ある用途において、集団の２以上の個体からの遺伝物質を分析することは、そうした集団内の特定遺伝形質の頻度を求めるために、有用である。ある用途において、特定遺伝形質が個体の特定表現型に関連付けるかどうかを判断することは、有用である。例えば、特定の変異、対立遺伝子、または多型性が、特定の生理学的状態、例えば疾患状態に関連付けるかどうかを判断することは、多くの場合に有用である。所与の集団における特定の変異、対立遺伝子、または多型性の頻度を求めることが、有用になることがある。
【発明の開示】
【０００４】
ある実施態様によると、担体と、各々がその担体に付着される遺伝物質を含む、その担体上の第１遺伝物質位置及び第２遺伝物質位置とからなる装置が、提供される。ある実施態様において、第１遺伝物質位置の遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、第２遺伝物質位置の遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなる。ある実施態様において、第１遺伝物質位置の遺伝物質は、第２遺伝物質位置の遺伝物質から分離されている。
【０００５】
ある実施態様において、装置はさらに、各々がその担体に付着される遺伝物質を含む、その担体上の追加の遺伝物質位置を含む。ある実施態様において、大部分の追加の遺伝物質位置の各々にある遺伝物質は、相互に分離されている。ある実施態様において、大部分の遺伝物質位置の各々にある遺伝物質は、確定集団の異なる個体に由来する。
【０００６】
ある実施態様によると、遺伝物質を分配するための方法が、提供される。ある実施態様において、その方法は、装置の少なくとも１つを受容者の少なくとも１人に分配することを含む。ある実施態様において、その装置は、担体と、各々がその担体上に付着される遺伝物質を含む、その担体上の第１遺伝物質位置及び第２遺伝物質位置とからなる。ある実施態様において、第１遺伝物質位置の遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、第２遺伝物質位置の遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなる。ある実施態様において、その担体は多穴プレートからなる。ある実施態様において、多穴プレートは、９６穴プレート及び３８４穴プレートの１つである。ある実施態様において、担体上にある大部分の遺伝物質位置の各々は、遺伝物質からなる溶液を含む。
【０００７】
ある実施態様において、装置の少なくとも１つは、担体上に収容される遺伝物質に関する情報とともに分配される。ある実施態様において、その情報は、付着される遺伝物質の少なくとも１つの位置に関連する遺伝子型特定情報を含む。
【０００８】
ある実施態様によると、マトリクスと、マトリクスを貫通するかまたは一部貫通して伸びる１つまたはそれ以上の離れている転写剤スペースと、転写剤スペースの１つまたはそれ以上に収容される１つまたはそれ以上の転写剤層と、１つまたはそれ以上の転写剤層上に付着される遺伝物質とからなる担体を含む装置が、提供される。
【０００９】
ある実施態様において、転写剤層の少なくとも１つは、ショ糖及びブドウ糖の少なくとも１つから選択された糖類からなる。ある実施態様において、転写剤層は、少なくとも離れている９６個の転写剤スペースに収容される。ある実施態様において、少なくとも９６個の転写剤スペースの大部分は、各々が９６穴プレートのウェルに整列化可能である。ある実施態様において、大部分の転写剤層の各々にある遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなる。
【００１０】
ある実施態様によると、遺伝物質を分配するための方法が、提供される。ある実施態様において、その方法は、マトリクスと、マトリクスを貫通するかまたは一部貫通して伸びる１つまたはそれ以上の離れている転写剤スペースと、１つまたはそれ以上の転写剤スペースに収容される１つまたはそれ以上の転写剤層とからなる担体を含む装置の少なくとも１つを分配することを、含む。ある実施態様において、これらの方法は、装置の少なくとも１つを受容者の少なくとも１人に分配することを含む。
【００１１】
ある実施態様において、装置の少なくとも1つは、担体上に収容される遺伝物質に関する情報とともに分配される。ある実施態様において、その情報は、付着される遺伝物質位置の少なくとも１つに関連する遺伝子型特定情報を含む。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１２】
これまでの一般的説明及び以下の詳細な説明のいずれもが、単に例示的かつ説明的なものに過ぎず、特許請求の範囲に記載される本発明を限定するものでないことは、理解されるべきである。本出願において、単数形の使用は、具体的に別段の記載がなされない限り、複数形を含む。本出願において、「または」の使用は、別段の記載がなされない限り、「および／または」を意味する。さらに、「含んでいる」という用語のほか「含む」及び「含まれる」などの他の形態の使用もまた、制限していない。同様に、「xの一部分」という用語の使用は、xの一部またはxの全てを含む。
【００１３】
ここに用いられるセクションの見出しは、単に構成上の目的のためであり、説明される発明主題を制限するものと解釈されるべきではない。ただ特許権、特許出願、記事、著作物、及び論文にとどまらず、それらを含め本出願において引用される文書の全て及び一部は、これによって、目的に応じ、引用によりそれらの全体に明確に組み入れられる。
【００１４】
定義
整列化可能とは、本願明細書で用いられるときは、１つの対象物を別の対象物に揃える能力をいう。
【００１５】
付着するとは、本願明細書で用いられるときは、その物質が、担体からそれを除去するための積極的な措置がとられるまで、少なくともその位置を実質的に保持するように、その担体上かまたは担体内に物質を配置することをいう。付着されるとは、本願明細書で用いられるときは、その物質が、その担体からそれを除去するための積極的な措置がとられるまで、少なくともその位置を実質的に保持するように、担体上かまたは担体内に付着される物質をいう。
【００１６】
「付着する」という語は、物質が担体に化学的に接着される「化学的に付着する」を含む。「付着される」という語は、担体に化学的に接着された物質を表現する「化学的に付着される」を含む。ある実施態様において、担体に化学的に付着される物質は、反応試薬に接触したときに、およそ、その配置された位置にとどまる。
【００１７】
「付着する」という語は、担体に物質を物理的に付着することを含む。「付着する」という語は、例えば物質をコンパートメントに密封することによって、コンパートメントに物質を物理的に収容することを含む。「付着される」という語は、担体に物理的に付着させる物質を表現してもよい。「付着される」という語は、例えば物質をコンパートメントに密封することによって、コンパートメントに物理的に収容させる物質を表現してもよい。
【００１８】
カバーとは、本願明細書で用いられるときは、別の対象物を覆うように機能する対象物のいずれをもいう。ある実施態様において、カバーは、多穴プレートの少なくとも一部を覆うように機能する対象物を含む。蓋とは、これに限定されるものではないが、ウェルまたはチューブなどのコンパートメントの１つを覆うカバーである。
【００１９】
確定集団とは、本願明細書で用いられるときは、個体集団のいずれをもいう。ある実施態様において、確定集団は、共通する特徴の少なくとも１つを共有する個体のみを含むことができる。ある実施態様において、確定集団は、共通する特徴の少なくとも１つを共有できるかまたは共有できないランダムな個体集団を含むことができる。
【００２０】
付着するとは、本願明細書で用いられるときは、物質を担体上かまたは担体内に配置することをいう。付着されるとは、本願明細書で用いられるように、担体上かまたは担体内に配置される物質をいう。「付着する」という語は、「付着する」という用語を含む。「付着される」という語は、「付着される」という用語を含む。「付着する」という語はまた、担体の毛細管などのキャビティ内に物質を配置することを含むこともできる。「付着される」という語はまた、担体の毛細管などのキャビティ内に配置される物質と定義することもできる。ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、ピン・コンタクト・プリンティングかまたはライブラリ・トランスファ・ツール転写などの接触技術を用いて、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、ピペッティング、注射器転写、あるいは、これに限定されるものではないが、ピエゾ・イジェクション、バブル・インクジェッティングまたは音波インクジェッティングなどのインクジェット技術などの技術を用いて、付着することができる。付着するまたは付着されるという用語は、例えば転写剤層を形成するのに用いられる転写剤スラリへの遺伝物質の添加によって、転写剤層に遺伝物質を混和させることを含む。
【００２１】
由来するとは、本願明細書で用いられるときは、直接的かまたは間接的かのいずれかにより供給源から得ることをいう。ある実施態様において、個体に由来する遺伝物質とは、個体から直接得られたＤＮＡである。ある実施態様において、個体に由来する遺伝物質とは、個体のＤＮＡの増幅から得られたＤＮＡである。
【００２２】
固定するとは、本願明細書で用いられるときは、核酸の酵素消化または分解を軽減するか或いは抑制するための化学的な保存プロセスをいう。
【００２３】
遺伝物質とは、本願明細書で用いられるときは、有機体のゲノムの少なくとも一部を代表するＤＮＡを含むいかなる物質をもいう。
【００２４】
ゲノムＤＮＡとは、本願明細書で用いられるときは、細胞の核またはミトコンドリアに由来するいかなるＤＮＡをもいう。
【００２５】
ハイブリダイゼーションとは、本願明細書で用いられるときは、第２ヌクレオチド配列との十分なヌクレオチド相同性を含む第１ヌクレオチド配列が、その第２ヌクレオチド配列に結合するプロセスをいう。ある実施態様において、ハイブリダイゼーションは、プライマまたはプローブが所定の標的遺伝配列に選択的に結合するプロセス段階として、生じる。
【００２６】
転写剤とは、本願明細書で用いられるときは、その上かまたはその内部に遺伝物質が付着することができ、それが動くときに、その遺伝物質を運ぶことができる物質をいう。ある実施態様において、転写剤は水溶性である。ある実施態様において、転写剤は実質的に不活性である。ある実施態様において、転写剤は、２つまたはそれ以上の異なる物質の混合物を含むことができる。
【００２７】
ある実施態様において、転写剤は粉末特性を有する。ある実施態様において、転写剤は、これに限定されるものではないが、例えば単糖類、二糖類、及び／または三糖類などの砂糖を含むことができる。ある実施態様において、転写剤は、単糖類、二糖類、または三糖類以外の砂糖を含むことができる。ある実施態様において、転写剤は、これに限定されるものではないが、ブドウ糖、ショ糖、フルクトース、ガラクトース、及び／またはマンノースを含むことができる。ある実施態様において、転写剤は、これに限定されるものではないが、ダルシトール、及び／またはソルビトールなどの糖アルコールである。ある実施態様において、転写剤は、トリオース、シクロデキストラン、デキストラン、及び／または四炭糖でもよい。ある実施態様において、転写剤は、ポリエチレングリコールでもよい。ある実施態様において、転写剤は、２つまたはそれ以上の異なる粉末の混合物を含むことができる。
【００２８】
転写剤層とは、本願明細書で用いられるときは、転写剤を含む層をいう。ある実施態様において、担体は、離れている複数の転写剤層を含むことができる。ある実施態様において、離れている複数の転写剤層は、単一平面内に位置付けることができる。ある実施態様において、担体は、その担体上に、単一の隣接する転写剤層を有する。ある実施態様において、転写に際して、転写剤層は、担体から実質的に一断片として、除去される。ある実施態様において、転写に際して、転写剤層は、担体から実質的に２つ以上の断片として、除去される。
【００２９】
ある実施態様において、転写剤層は、転写剤のスラリで形成する。ある実施態様において、転写剤層は、転写剤のスラリで形成されずに、これに限定されるものではないが、乾燥転写剤の転写剤層への圧搾などの技術によって、形成することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、転写剤のスラリへの遺伝物質の添加によって、転写剤層に混和することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、転写剤層が形成された後に、転写剤層上に付着することができる。
【００３０】
マトリクスとは、本願明細書で用いられるときは、転写剤スペースを含む材料をいう。ある実施態様において、マトリクスは、１つまたはそれ以上の転写剤スペースが、それを貫通し、または一部貫通して伸びることができる材料である。転写剤スペースとは、本願明細書で用いられるときは、転写剤の少なくとも１つを収容可能とする領域をいう。ある実施態様において、転写剤スペースは、転写剤を収容することができる。ある実施態様において、転写剤スペースは、完全充填かまたは部分充填とすることができる。ある実施態様において、転写剤スペースは、その転写剤スペースから外に伸びる材料を収容することができる。ある実施態様において、転写剤スペースは、空であってもよい。ある実施態様において、転写剤スペースは、転写剤以外の物質を収容することができる。転写剤穴とは、本願明細書で用いられるときは、マトリクス全体を貫通して伸びる転写剤スペースをいう。転写剤くぼみとは、本願明細書で用いられるときは、マトリクスに一部だけ貫通して伸びる転写剤スペースをいう。転写剤バルジ・スペースとは、本願明細書で用いられるときは、マトリクス形状における膨らみによって形成される転写剤スペースをいう（例えば図９Ｆを参照）。
【００３１】
プレッシャ・ソースとは、本願明細書で用いられるときは、これに限定されるものではないが、複数のピンまたはロッド、これに限定されるものではないが、空気または窒素などのガス陽圧または負圧、または、これに限定されるものではないが、水または他の水溶液かまたは懸濁液などの液圧など、転写剤層の一部分を取り除くのに用いることができるソースであれば、いずれのものをもいう。ある実施態様において、プレッシャ・ソースとして用いられるピンまたはロッドは、転写剤スペース幅に比べ小さい幅かまたは等しい幅を有する。
【００３２】
プリントするとは、本願明細書で用いられるときは、機械的機構を用いて担体上に遺伝物質を付着するプロセスをいう。ある実施態様において、装置との直接接触を用いるかまたはリザーバから噴出された滴の間接塗布を用いることができる。
【００３３】
突起とは、本願明細書で用いられるときは、担体から突出する担体の外延をいう。ある実施態様において、突起はまた、突起の全長の少なくとも一部に伸びる突起内の毛細管も含む。ある実施態様において、突起は、カバーから伸長しており、かつ、突起は、突起の側面上にカバーされることになる部材に面する開口部を備える（例えば図１参照）突起の全長の少なくとも一部に伸びる突起内の毛細管を、含む。
【００３４】
精製されるとは、本願明細書で用いられるときは、生体物質が混ざり合っていた少なくとも１つの他の物質から実質的に分離された生体物質の状態をいう。
【００３５】
シーリング・エレメントとは、本願明細書で用いられるときは、両物体の接触の際に、２つの物体間にシールを形成する物体をいう。
【００３６】
担体とは、本願明細書で用いられるときは、その上に遺伝物質が付着することができる物体をいう。ある実施態様において、担体は、これに限定されるものではないが、多穴プレート、スライド・グラス、フィルタ・メンブラン、または複数のチューブでもよい。ある実施態様において、担体は、転写剤層の少なくとも１つを含む。ある実施態様において、担体は、マトリクスと、１つまたはそれ以上の転写剤スペースに収められた１つまたはそれ以上転写剤層とを含む。ある実施態様において、マトリクスは、そのマトリクスを貫通するかまたは一部貫通して伸びることができる１つまたはそれ以上の転写剤スペースを有する。
【００３７】
標的コンパートメントとは、本願明細書で用いられるときは、転写される遺伝物質を収容可能とするコンパートメントをいう。ある実施態様において、転写される遺伝物質とは、転写剤層の上かまたは内部に付着される遺伝物質である。ある実施態様において、標的コンパートメントは、他のコンパートメントから物理的に離れている。ある実施態様において、標的コンパートメントは、これに限定されるものではないが、多穴プレートかまたはチューブのウェルを含む。
【００３８】
実施態様例
本発明は、遺伝物質を分析する装置及び方法に向けられる。ある実施態様において、遺伝物質は、担体上に付着される。ある実施態様において、担体は、マトリクスと、１つまたはそれ以上の転写剤スペースと、転写剤スペースの１つまたはそれ以上に収容される１つまたはそれ以上の転写剤層を含む。
【００３９】
ある実施態様において、少なくとも1つの装置は、担体と、各々が担体に付着される遺伝物質を含む、その担体上の第１遺伝物質位置及び第２遺伝物質位置とからなり、そこでは、第１遺伝物質位置の遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、第２遺伝物質位置の遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含む精製ゲノムＤＮＡからなり、かつ、第１遺伝物質位置の遺伝物質は、第２遺伝物質位置の遺伝物質から離れている。
【００４０】
ある実施態様において、遺伝物質を分配する方法は、装置の少なくとも1つを受容者の少なくとも１人に分配することを含む。ある実施態様において、少なくとも1つの装置は、マトリクスと、マトリクスを貫通するかまたは一部貫通して伸びる１つまたはそれ以上の離れている転写剤スペースと、１つまたはそれ以上の転写剤スペースに収められた１つまたはそれ以上の転写剤層とからなる担体を含む。ある実施態様において、これらの方法は、装置の少なくとも1つを受容者の少なくとも１人に分配することを含む。
【００４１】
本発明の使用例
異なる目的のために、様々な実施態様を用いることができる。例えば、ある実施態様において、本発明を用いて、集団における多型性、対立遺伝子、及び／または突然変異の頻度を求めることができる。ある実施態様において、本発明を用いて、多型性、対立遺伝子、または突然変異を特定の状態、例えば疾患表現型と関連付けることができる。ある実施態様において、本発明を用いて、確定集団内の個体から付着される遺伝物質のある配列または配列群を判断することができる。
【００４２】
ある実施態様において、検討されるべき確定集団は、これに限定されるものではないが、地理的所在地、年齢、性別、家族暦、疾患状態、疾病素因、及び民族的背景などのある特徴を考慮して確定される。ある実施態様において、確定集団は、例えば特定疾患を有する人間の一般的表現型を示す人間で構成される。こうした疾患は、これに限定されるものではないが、高血圧、癌、心疾患、神経疾患、精神疾患、及び感染症を含むことができる。ある実施態様において、集団は、一般的表現型を示すマウスで構成される。ある実施態様において、集団は、いずれかの年齢範囲の間、例えば、６５才と７５才の年齢の間、または４０才と８０才の年齢の間、あるいは２０才と３０才の年齢の間にある人間で、構成される。
【００４３】
ある実施態様において、本発明は、確定集団内の所定数の個体から離れている遺伝物質を分析することを可能にする。
【００４４】
遺伝物質の例
ある実施態様において、遺伝物質の供給源は、これに限定されるものではないが、脊椎動物、無脊椎動物、植物、及び原核生物の供給源を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質の供給源は、これに限定されるものではないが、霊長類、げっ歯類、及び家畜などの哺乳類を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質の供給源は、これに限定されるものではないが、ヒト及びマウスを含むことができる。
【００４５】
ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、血液、皮膚、粘膜組織、生検試料、腫瘍、いぼ、毛、及びその他の組織などの組織から、及び、確定集団における個体に由来する培養細胞株から、得ることができる。
【００４６】
ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、これにより、目的に応じその全体を引用によりここに組み入れられるＳａｍｂｒｏｏｋ及びＲｕｓｓｅｌｌ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ＣｌｏｎｉｎｇのＡ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第３版、６章に記載されたものなどの方法によって、精製することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、例えばＰＵＲＥＧＥＮＥ  ＤＮＡ単離キット（Ｇｅｎｔｒａ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、ミネアポリス、ミネソタ州）、ＧｅｎＥｌｕｔｅ哺乳類ゲノムＤＮＡ精製キット（Ｓｉｇｍａ―Ａｌｄｒｉｃｈ）、及びＷｉｚａｒｄゲノムＤＮＡ精製キット（Ｐｒｏｍｅｇａ、マディソン、ウイスコンシン州）などの市販キットを用いて、精製することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、ＭｕｌｔｉＰＲＯＢＥ  II  ＨＴ  ＥＸ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ、ボストン、マサチューセッツ州）などのロボット・システムを用いて、精製することができる。ある実施態様において、試料間の汚染を避けるために、注意が払われるべきである。
【００４７】
ある実施態様において、精製される遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの少なくとも２５％か、または少なくとも５０％か、または少なくとも７５％か、または少なくとも８０％か、または少なくとも９０％かまたは少なくとも９５％を含むことができる。ある実施態様において、精製される遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡ全体を含むことができる。
【００４８】
ある実施態様において、遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２つ以上の染色体を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの３つ以上の染色体を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの１１以上の染色体を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２１以上の染色体を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２１対以上の染色体を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質は、確定集団内の個体の少なくとも１つの細胞からのゲノムＤＮＡの２３対の全ての染色体を含むことができる。
【００４９】
ある実施態様において、組織または細胞の試料は、凍結または固定状態にすることができ、より長期の貯蔵回数を提供できる。ある実施態様において、担体に付着されまたは担体上に付着される遺伝物質は、凍結または固定状態にすることができ、より長期の貯蔵回数を提供できる。
【００５０】
ある実施態様において、遺伝物質は、担体上への付着に先立ち増幅される。ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ローリング・サイクル増幅技術（ＲＣＡＴ）（Ｌｉｚａｒｄｉ他、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１９(３)の２２５-２３２（１９９８））、リガーゼ連鎖反応（Ｗｉｅｄｍａｎｎ他、ＰＣＲ―ＭＥＴＨＯＤＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ、Ｖ３  Ｎ４のＳ５１―Ｓ６４（１９９４））、及び鎖置換増幅（Ｎａｄｅａｕ他、Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２７６(２)の１７７-１８７（１９９９））などの技術によって、増幅され、それらの全ては、これにより、目的に応じ引用により、それらの全体に明確に組み入れられる。
【００５１】
担体の例
ある実施態様のために用いることができる担体は、これに限定されるものではないが、フィルタ・メンブラン、ガラス担体、紙、ＳＵ８、ポリ（ジメチル・シロキサン）、ポリスチレン、ポリプロピレン、アクリルアミド、セルロース、ガラス、ポリエチレン酢酸ビニル、ポリメタクリル酸、ポリエチレン、ポリエチレン・オキシド、ポリ珪酸、ポリカーボネート、テフロン（登録商標）、フルオロカーボン、シリコン・ゴム、ポリアンヒドライド、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルト・エステル、ポリプロピル・フマル酸、コラーゲン、グリコサミノグリカン、ポリアミノ酸、金属、及びプラスチック担体を含む。ある実施態様によると、フィルタ・メンブランは、これに限定されるものではないが、ニトロセルロース及びナイロンを含む材料で、構成することができる。
【００５２】
ある実施態様において、担体は、多穴プレートでもよい。ある実施態様において、多穴プレートは、これに限定されるものではないが、そこで別の反応が生じことになる２つ以上の離れているウェルが含まれるプレートを含む。ある実施態様において、反応は、これに限定されるものではないが、ハイブリダイゼーション、生成物増幅反応、シグナル増幅反応、配列決定反応、及び制限酵素消化を含む。様々な実施態様において、多穴プレートにおいては、ウェルがどんな数のものでも提供することができる。ある実施態様において、多穴プレートは、これに限定されるものではないが、９６穴、３８４穴、１５３６穴、及び６１４４穴のプレートを含む。多穴プレート上のウェル数に関する上限は、全く想定されない。ある実施態様において、多穴プレートのウェルは、マイクロ・ウェルでもよい。様々な実施態様において、多穴プレートは、ガラス、プラスチック、金属、または他の材料で作ることができる。
【００５３】
ある実施態様において、高密度のマイクロ・ウェル・プレートを用いることができる。ある実施態様において、マイクロ・ウェル・プレートは、数千、数万、数十万のウェルを含むことができる。ある実施態様において、こうしたマイクロ・ウェル・プレートは、これに限定されるものではないが、ＳＵ―８、ポリスチレン、メチルアクリル酸、ポリプロピレン、ポリ（ジメチル・シロキサン）を含むポリマによって、作ることができる。ある実施態様において、マイクロ・ウェル・プレートは、これに限定されるものではないが、ステンレス鋼、アルミニウム、及びニッケルを含む金属によって、作ることができる。
【００５４】
ある実施態様において、これに限定されるものではないが、マイクロ・リソグラフィ、プラスチック造形法、スタンピング、ホットプレス法、レーザ加工、及び従来型機械加工を含む技術を採用して、ポリマから多穴プレートを作ることができる。ある実施態様において、これに限定されるものではないが、マイクロ・リソグラフィ、スタンピング、放電加工、レーザ加工、従来型金属加工を含む技術を採用して、金属から多穴プレートを作ることができる。ある実施態様において、ウェルは、１００から２００ミクロン単位に、分離することができる。
【００５５】
ある実施態様において、担体は、これに限定されるものではないが、ポリＬリシンまたはアミノシランなどの正電荷を与える薬で表面加工される。
【００５６】
ある実施態様において、担体は、多穴プレートのためのカバーを含むことができる。ある実施態様において、カバーは、多穴プレート全体を覆うのに十分な面積を含むことができる。ある実施態様において、カバーは、多穴プレートの少なくとも大部分を覆うのに十分な面積を構成することができる。ある実施態様において、カバーは、多穴プレートの少なくとも２つのウェルを覆うのに十分な面積を構成することができる。
【００５７】
ある実施態様において、遺伝物質は、少なくとも２つの位置があり、かつ、各々の位置賀が多穴プレートの異なるウェルに対応するようなカバー上の位置に、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、少なくとも１０個の位置があり、かつ、各々の位置が多穴プレートの異なるウェルに対応するようなカバー上の位置に、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、少なくとも９６個の位置があり、かつ、各々の位置が多穴プレートの異なるウェルに対応するようなカバー上の位置に、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、少なくとも３８４個の位置があり、かつ、各々の位置が多穴プレートの異なるウェルに対応するようなカバー上の位置に、付着することができる。
【００５８】
ある実施態様において、担体は、少なくとも２つのシーリング・エレメントを含むことができ、その各々が、カバー上の遺伝物質の異なる付着される位置の周囲に、配置することができる。ある実施態様において、こうしたカバーが多穴プレートの蓋として用いられるときは、カバーと、カバー上の遺伝物質の付着される位置と向い合わせに位置付けられる多穴プレートのウェルとの間に、密封を形成することができる（例えば図２Ｂを参照）。ある実施態様において、担体は、十分な数のシーリング・エレメントを含むことができ、それにより、多穴プレートのウェルの大部分が密封されることになる。ある実施態様において、担体は、十分な数のシーリング・エレメントを含み、それにより、多穴プレートのウェルの全てが実質的に密封されることになる。
【００５９】
ある実施態様において、テープを用いて、カバーと多穴プレートとを纏めて保持することができる。ある実施態様において、プレートのウェルがカバーによって密封されるように、テープを用いて、シーリング・エレメントのないカバーと多穴プレートとを纏めて保持することができる。
【００６０】
ある実施態様において、多穴プレート用のカバーは、十分な励起光の透過を可能とするのに十分なＵＶ光などの光を透過できる材料で構成され、検出可能な発光光を発生させることができる。この材料は、これに限定されるものではないが、石英及びポリ（ジメチル・シロキサン）を含む。ある実施態様においては、少なくとも２５０nｍまたはそれより高い波長の光が、材料を透過することができる。
【００６１】
ある実施態様において、担体材料は、放射能の検出をほとんど妨げない。
【００６２】
ある実施態様において、光学的に透過性のある領域は、カバー全体を構成することはないが、遺伝物質が分析されることになるウェルの少なくとも大部分の上に配置することができる。ある実施態様において、光学的に透過性のある領域は、多穴プレートの少なくとも２つのウェル上に配置することができる。ある実施態様において、光学的に透過性のある領域は、光信号の検出のための十分な光信号の透過及び収集を可能にするほどに、十分に大きい。
【００６３】
ある実施態様において、多穴プレートのウェル底部などのウェルの少なくとも一部分は、十分な励起光の透過を可能にするのに十分なＵＶ光などの光を透過できる材料で構成され、検出可能な発光光を発生させることができる。この材料は、これに限定されるものではないが、石英及びポリ（ジメチル・シロキサン）を含む。ある実施態様において、少なくとも２５０ｎｍの波長の光が、材料を透過することができる。ある実施態様において、光学的に透過性のある領域は、ウェル底部の全体を構成することはないが、遺伝物質が付着されることになる位置にのみ、配置されることになる。ある実施態様において、光学的に透過性のある領域は、光信号の検出のための十分な光の透過及び収集を可能にするほどに、十分に大きい。ある実施態様において、多穴プレートは、これに限定されるものではないが、ＵＶＳｔａｒまたはμＣｌｅａｒ  Ｐｌａｔｅｓ（Ｇｒｅｉｎｅｒ  Ｂｉｏ―Ｏｎｅ、ドイツ）などの市販製品でもよい。
【００６４】
ある実施態様において、担体は、その各々が多穴プレートのウェルに対応する（例えば図１を参照）少なくとも２つの突起をカバーが含むように構成された多穴プレートのためのカバーを、含むことができる。ある実施態様において、少なくとも２つの突起は、突起の少なくとも一部分をウェルにおける所定のかさに接して位置するのに十分な深さまで、伸びる。
【００６５】
ある実施態様において、突起は、その内に遺伝物質を付着することができる毛細管かまたはスリットを含むことができる。ある実施態様において、毛細管かまたはスリットは、円筒の形状を有する。ある実施態様において、毛細管かまたはスリットは、非円筒の形状を有する。ある実施態様において、毛細管かまたはスリットは、突起全長に伸びる。ある実施態様において、毛細管かまたはスリットは、突起全長の少なくとも大部分に伸びる。ある実施態様において、毛細管かまたはスリットは、突起全長の大部分に比べ少なく伸びる。
【００６６】
ある実施態様において、少なくとも２つの突起を備えるカバーは、これに限定されるものではないが、ＳＵ―８などのフォト画像化ポリマを用いることによって、製作される。ある実施態様において、少なくとも２つの突起を備えるカバーは、これに限定されるものではないが、プラスチック製光学レンズなどの精密なモールド・マスタを用いて、製作されてもよい。ある実施態様において、少なくとも２つの突起を備えるカバーは、インジェクション・モールド部品を用いて、製作されてもよい。
【００６７】
これらの実施態様の一部において、シーリング・エレメントは、構造における突起の周囲に配置することができ、それにより、カバーが多穴プレート上に配置される際に、カバーと多穴プレートのウェルとの間に、密封ができることになる。これらの実施態様の一部において、遺伝物質の少なくとも一部がカバーから分離され、その結果、それがウェルにおける反応容積内に含まれるように、カバー及び多穴プレートのウェルを操作することができる。こうした実施態様の一部において、操作は、振盪かまたは遠心分離でもよい。ある実施態様において、遺伝物質は、ＰＣＲサイクルの高温部分の間のＰＣＲ液の固有逆流によって、分離されてもよい。
【００６８】
ある実施態様において、担体は、多穴プレートの少なくとも２つのウェルに適合する少なくとも２つの蓋を含む。ある実施態様において、担体は、多穴プレートのウェルの１列すなわち１コラムに少なくとも対応するのに十分な蓋数を含む。ある実施態様において、担体は、多穴プレートの少なくとも実質的に全てのウェルに対応するのに十分な蓋数を含む。ある実施態様において、これらの蓋は、それらが少なくとも１列のウェルを覆うように、帯状で提供される。ある実施態様において、これらの蓋は、それらが３列以上のウェルを覆うように、２次元構成である。
【００６９】
ある実施態様において、担体は、付着される遺伝物質位置の各々に対応する１つまたはそれ以上の穴を含むカバーである。穴は、遺伝物質が付着されるカバーの頂部から底部にまで、付着される物質が穴を覆うようにカバーを貫通して伸びる。ある実施態様において、陽圧源がカバーの頂部の穴に適用され、カバーからの遺伝物質の転写を起こさせることができる。
【００７０】
ある実施態様において、陽圧源は、ガス圧力源及び／または液体圧力源を含む。
【００７１】
ガス圧力源として用いることができるガスは、これに限定されるものではないが、気体及び窒素を含む。ある実施態様において、ガス圧力源として用いられるガスは、２つまたはそれ以上の異なるガスの混合物を含むことができる。
【００７２】
液体圧力源として用いることができる液体は、これに限定されるものではないが、水かまたは他の水溶液または懸濁液を含む。ある実施態様において、液体圧力源として用いられる液体は、２つまたはそれ以上の異なる液体の混合物を含んでもよい。ある実施態様において、液体圧力源として用いられる液体は、これに限定されるものではないが、ＰＣＲ試薬などの反応試薬を含む。ある実施態様において、液体圧力源として用いられる液体は、反応試薬を含まない。
【００７３】
ある実施態様において、担体と付着される遺伝物質との間に、層を介在させることができる。ある実施態様において、その層は、反応を促進させたいときに、担体から付着される遺伝物質を放出する助成材料になり得る。ある実施態様において、ある種の試薬によって接触された際に、層は溶解し、付着される遺伝物質を担体から放出する。
【００７４】
ある実施態様において、担体は、１つまたはそれ以上の転写剤層を含むことができる。ある実施態様において、その１つまたはそれ以上の転写剤層は、各々が担体に付着される。図９Ｅは、転写剤層が担体に付着されるある実施態様を示す。
【００７５】
ある実施態様において、担体は、１つまたはそれ以上の転写剤スペースを含むマトリクスである。ある実施態様において、転写剤スペースは、転写剤スペースがマトリクス全体を貫通して伸びる（例えば図９Ａを参照）転写剤の穴として、形成される。ある実施態様において、転写剤スペースは、転写剤スペースがマトリクスに一部のみ貫通して伸びる（例えば図９Ｃを参照）くぼみとして、形成される。ある実施態様において、転写剤くぼみは、転写剤くぼみの上に配置されたマトリクスの一部分（例えば図９Ｃを参照）が十分に変形可能であり、それにより、圧力源が適用され、くぼみから転写剤層の一部分を取り除くことができるように、構成される。
【００７６】
ある実施態様において、転写剤スペースの縁部は、マトリクスの一方の面の転写剤スペース幅が、マトリクスの他方の面の転写剤スペース幅に比べ広くなる（例えば図９Ｂを参照）ように、先細りにすることができる。ある実施態様において、標的コンパートメントへの転写剤層の転写の間は、転写剤スペースの幅広側が、標的コンパートメントに面する側にすることができる（例えば図９Ｂを参照）。
【００７７】
ある実施態様において、転写剤スペースは、形状において円形でもよい。ある実施態様において、転写剤スペースは、形状において非円形でもよい。ある実施態様において、転写剤スペースは、形状において角形でもよい。ある実施態様において、転写剤スペースは、形状が変則的になされてもよい。
【００７８】
ある実施態様において、マトリクスは、転写剤層を収容しない１つまたはそれ以上の転写剤スペースを含む。ある実施態様において、転写剤スペースの少なくとも大部分は、遺伝物質を収容する。
【００７９】
ある実施態様において、１つまたはそれ以上の転写剤スペースを備えるマトリクスからなる担体は、１つまたはそれ以上の転写剤層を含む。ある実施態様において、転写剤層の少なくとも大部分は、各々が転写剤スペースでマトリクスに付着される。
【００８０】
ある実施態様において、転写剤層の少なくとも大部分は、転写剤層を収容する転写剤スペースから外に伸びる（例えば図９Ｄを参照）。ある実施態様において、転写剤層の全ては、転写剤層を収容する転写剤スペースから外に伸びる。
【００８１】
ある実施態様において、マトリクスは、平坦かまたはほぼ平坦層に構成することができる。ある実施態様において、マトリクスは、１つまたはそれ以上のバルジ領域を備える平坦かまたはほぼ平坦層に構成することができ、そこでは、マトリクスが、マトリクスの平坦かまたはほぼ平坦部分の平面から膨み出る（例えば図９Ｆを参照）。ある実施態様において、マトリクスは、１つまたはそれ以上のバルジ領域を備える非平坦層に構成することができ、そこでは、マトリクスが、層上の２つまたはそれ以上の位置において、膨み出る。これらの実施態様において、バルジ領域においてマトリクスが膨み出ることによって、転写剤バルジ・スペースが生成される。ある実施態様において、転写剤バルジ・スペースは、転写剤層を収容する。
【００８２】
ある実施態様において、マトリクスは、これに限定されるものではないが、フィルタ・メンブラン、ガラス担体、紙、ＳＵ８、ポリ（ジメチル・シロキサン）、ポリスチレン、ポリプロピレン、アクリルアミド、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、ポリエチレン酢酸ビニル、ポリメタクリル酸、ポリエチレン、ポリエチレン・オキシド、ポリ珪酸、ポリカーボネート、テフロン（登録商標）、フルオロカーボン、ナイロン、シリコン・ゴム、ポリアンヒドライド、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルト・エステル、ポリプロピル・フマル酸、コラーゲン、グリコサミノグリカン、ポリアミノ酸、及びプラスチック担体などの様々な材料から、作ることができる。ある実施態様において、マトリクスは、これに限定されるものではないが、アルミニウム、銅、及びステンレス鋼などの金属で、作ることができる。ある実施態様において、マトリクスは、これに限定されるものではないが、蝋または他の低温融解材料などの材料から、作ることができる。
【００８３】
ある実施態様において、マトリクスは、０．１ミリメートルと１００ミリメートルの間の厚みでよい。ある実施態様において、マトリクスは、金属にして、０．１ミリメートルと１０ミリメートルの間の厚みでよい。ある実施態様において、金属マトリクスは、０．１ミリメートルより小さいかまたは１０ミリメートルより大きい厚みでよい。
【００８４】
ある実施態様において、マトリクスは、プラスチックにして、１ミリメートルと１００ミリメートルの間の厚みでよい。ある実施態様において、プラスチック・マトリクスは、１ミリメートルより小さいかまたは１００ミリメートルより大きい厚みでよい。
【００８５】
ある実施態様において、マトリクスは、９６穴プレートまたは３８４穴プレートと約同じ幅と長さの寸法を持たせてもよい。ある実施態様において、マトリクスは、９６穴プレートまたは３８４穴プレートと異なる幅と長さの寸法を持たせてもよい。ある実施態様において、マトリクスは、幅寸法に比べ実質的に大きい長さを持たせ、したがって、帯状に形成されてもよい。ある実施態様において、マトリクスは、形状が実質的に円形でもよい。
【００８６】
ある実施態様において、マトリクス内の転写剤スペースの少なくとも２つの位置は、転写剤スペースの各々が離れている単一標的コンパートメントと整列化可能になるように、配列される。ある実施態様において、マトリクス内の転写剤スペースの大部分の位置は、転写剤スペースの各々が離れている単一の標的コンパートメントと整列化可能になるように、配列される。ある実施態様において、マトリクス内の転写剤スペースの全ての位置は、転写剤スペースの各々が離れている単一の標的コンパートメントと整列化可能になるように、配列される。
【００８７】
ある実施態様において、転写剤スペースの少なくとも２つの位置は、転写剤スペースの各々が９６穴プレート、３８４穴プレート、または１５３６穴プレートの離れている単一ウェルと整列化可能になるように、配列される。ある実施態様において、転写剤スペースの少なくとも２つの位置は、転写剤スペースの各々が９６穴プレート、３８４穴プレート、または１５３６穴プレート以外の多穴プレートの離れている単一ウェルと整列化可能になるように、配列される。
【００８８】
ある実施態様において、少なくとも２つの転写剤スペースの各々は、それが整列化可能にする標的コンパートメントの幅に比べ、小幅にする。ある実施態様において、そうした配置は、転写剤層がマトリクスからそれらの整列化させた標的コンパートメントに転写される際に、整列化されない標的コンパートメントの汚染を減らすことができる。
【００８９】
ある実施態様において、９６個または３８４個の転写剤スペースは、マトリクス内に伸びる。ある実施態様において、９６個または３８４個の転写剤スペースの各々は、９６穴プレートまたは３８４穴プレートの離れているウェルと、それぞれに整列化可能である。ある実施態様において、転写剤スペース幅は、それらの整列化されたプレートのウェル幅に比べ小さいかまたは等しい。あるこれらの実施態様において、転写剤スペースは、形状が円形である。
【００９０】
ある実施態様において、マトリクスは、転写剤を収容する転写剤スペースの少なくとも１つを含む。ある実施態様において、離れている転写剤スペースの複数は、転写剤を収容する。ある実施態様において、離れている転写剤スペースは、マトリクスにおける単一平面内に、位置付けることができる。
【００９１】
ある実施態様において、転写剤層は、マトリクスの転写剤スペースに収容することができる。ある実施態様において、転写剤層の複数は、離れている転写剤スペースの複数に収容することができる。ある実施態様において、離れている転写剤層は、マトリクスにおける単一平面内に、位置付けることができる。ある実施態様において、担体は、担体の表面上に隣接する単一転写剤層を含む。
【００９２】
ある実施態様において、転写剤層は、０．１ミリメートルから１００ミリメートルまでの間の厚みでよい。ある実施態様において、転写剤層は、マトリクスに比べ薄くてもよい。ある実施態様において、転写剤層は、マトリクスに比べ同じ厚みかまたはそれを超える厚みでもよい。
【００９３】
ある実施態様において、転写剤層は、これに限定されるものではないが、砂糖などの転写剤を含む。ある実施態様において、転写剤は可溶性である。ある実施態様において、転写剤は実質的に不活性である。ある実施態様において、転写剤は、砂糖以外の物質を含む。ある実施態様において、転写剤は、これに限定されるものではないが、単糖類、二糖類、及び／または三糖類などの低密度の多糖類を含むことができる。ある実施態様において、転写剤は、ショ糖、ブドウ糖、フルクトース、ガラクトース、及び／またはマンノースでもよい。ある実施態様において、転写剤は、これに限定されるものではないが、ダルシトール、及び／またはソルビトールなどの糖アルコールである。ある実施態様において、転写剤は、トリオース、シクロデキストラン、デキストラン、及び／または四炭糖でもよい。ある実施態様において、転写剤は、ポリエチレングリコールでもよい。
【００９４】
ある実施態様において、転写剤は、２つまたはそれ以上の異なる物質の混合物を含む。こうした複数の物質は、これに限定されるものではないが、ブドウ糖及びショ糖を含むことができる。
【００９５】
ある実施態様において、転写剤は、これに限定されるものではないが、水または緩衝化した水溶液などの液体に転写剤を混合し、スラリを得ることによって、転写剤スペースにおける転写剤層内に形成することができる。スラリは、次に、転写剤スペース内に拡散され、次いで、乾燥されるかまたは乾燥するようにし、それにより、転写剤は、層内に凝固させることができる。ある実施態様において、フラット・エッジ器具を用いて、転写剤スペースから余分な転写剤をかき取ることができる。
【００９６】
ある実施態様において、転写剤のスラリは、これに限定されるものではないが、ミリリットル当たり１グラムと１０グラムの間の濃度を持たせてもよい。ある実施態様において、スラリは、ミリリットル当たり６グラムと７グラムの間の濃度を持たせてもよい。
【００９７】
ある実施態様において、転写剤層は、次のように形成される。マトリクスを貫通して伸びる転写剤穴を備えるマトリクスは、テフロン（登録商標）・コーティングされた面上に平らに配置される。約６．６ミリグラム／ミリリットルのショ糖水のスラリが、次に、転写剤スペース全体に拡散される。スラリは、乾燥するようにされる。次に、ナイフなどのフラット・エッジ器具を用いて、マトリクスを横断して水平にかき取り、それにより、余分なスラリがマトリクスから除去される。乾燥後、スラリは、次に、いつでも遺伝物質を付着する状態になる転写剤層を形成する。
【００９８】
ある実施態様において、転写剤層は、次のような連続送りの大量生産方式で、形成される。ローラ・ニップが担体を送り込み、同時にマトリクス内に伸びる転写剤スペースに、転写剤スラリを圧入する。ローラの下流に位置付けられた一組のナイフエッジが、余分なスラリをかき取る。
【００９９】
ある実施態様において、転写剤層は、スラリを用いることなく、転写剤層に乾燥転写剤を圧入することによって、形成される。ある実施態様において、転写剤は、これに限定されるものではないが、一組のピンなどのツールで転写剤層に圧入される。これらの実施態様の一部において、余分な転写剤は、その後に、これに限定されるものではないが、吹き込み、振盪、拭き取り、及び重力を含む技術によって、担体から除去される。
【０１００】
ある実施態様において、転写剤層は、マトリクス内に伸びる転写剤スペース内に転写剤スラリを直接付着することによって、形成することができる。これらの実施態様の一部においては、注射器を用いて、転写剤スラリを施すことができる。
【０１０１】
担体上に遺伝物質を付着する方法の例
ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、ピン・コンタクト・プリンティングなどの技術を用いて、担体上に付着することができる（例えば、両方とも、これにより、目的に応じ引用により、それらの全体に明確に組み入れられるＳｃｈｅｎａ他（１９９５）、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７０（５２３５）の４６７−７０、Ｅｉｓｅｎ他（１９９９）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  ３０３の１７９−２０５、を参照）。ある実施態様において、遺伝物質は、ピン・コンタクト・プリンティングを用いるロボット・システムを用いて、付着することができる。ある実施態様において、ロボット・ピン・コンタクト・プリンティング・システムは、これに限定されるものではないが、ＳｐｏｔＢｏｔ  Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｅｒ（Ｔｅｌｅｃｈｅｍ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、Ｉｎｃ．、サニーベール、カリフォルニア州）またはＯｍｎｉＧｒｉｄ（ＧｅｎｅＭａｃｈｉｎｅｓ、サンカルロス、カリフォルニア州）を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質は、ピペッティングまたは注射器転写などの技術を用いて、付着することができる。
【０１０２】
ある実施態様において、遺伝物質は、ライブラリ・トランスファ・ツール技術を用いて、付着することができる。ある実施態様において、ライブラリ・トランスファ・ツール技術は、担体上の別個の異なる位置に、離れている大量の物質のいくつかを付着できる装置を採用してもよい。ある実施態様において、装置は、各々が担体上に離れている大量の物質を付着できる分離ピンを含む。市販のライブラリ・トランスファ・ツールは、これに限定されるものではないが、Ｓｌｏｔ  Ｐｉｎ  Ｒｅｐｌｉｃａｔｏｒｓ（Ｖ＆Ｐ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｉｎｃ．サンジエゴ、カリフォルニア州）を含む。ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、９６穴プレートまたは３６４穴プレートなどの多穴プレートに、ライブラリ・トランスファ・ツール技術を用いて、転写することができる。
【０１０３】
ある実施態様において、遺伝物質は、担体上に、インクジェット・プリンティング方法などの技術（例えば、両方とも、これにより、目的に応じ引用により、それらの全体に明確に組み入れられる米国特許第６，０７９，２８３号の「ＤＮＡ及び他の生理活性分子のインクジェット付着マイクロスポット・アレイ」、  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙの１７０巻のＤＮＡ  ＡｒｒａｙｓのＭｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、Ｊ．Ｂ．Ｒａｍｐａｌ編（Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ  Ｉｎｃ））、及び担体上への物質の噴出を含む他の転写技術を用いて、付着することができる。
【０１０４】
ある実施態様において、遺伝物質は、ＳｐｏｔＡｒｒａｙ  Ｅｎｔｅｒｐｒｉｓｅ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、ボストン、マサチューセッツ州）またはｓｙｎＱＵＡＤ（Ｃａｒｔｅｓｉａｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，アービン、カリフォルニア州）などの市販のシステムによって、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、マルチ・イジェクタ・システムを用いるバイオフルイド・ドロップ・イジェクションによって、付着することができる。この技術の例示的解説が、２０００年１１月２２日に出願された米国特許出願第０９／７２４，９８７号及び２０００年１１月２２日に出願された米国特許出願第０９／７２１，３８９号に記載されており、それらの全ては、これにより、目的に応じ引用により、それらの全体に明確に組み入れられる。ある実施態様において、バイオフルイド・ドロップ・イジェクション法は、小さい用量の液体に収容される遺伝物質の付着を提供する。
【０１０５】
ある実施態様において、遺伝物質は、転写剤のスラリへの遺伝物質の添加によって、転写剤層に組み込まれ、それが、次に、転写剤層になることができる。
【０１０６】
ある実施態様において、付着される遺伝物質（プリンティング液）の濃度は、ミリリットル当たり１００ナノグラムからミリリットル当たり１ミリグラムまでの間でもよい。ある実施態様において、プリンティング液の濃度は、ミリリットル当たり１マイクログラムとミリリットル当たり５００マイクログラムの間でもよい。ある実施態様において、プリンティング液の濃度は、ミリリットル当たり約５０マイクログラムでもよい。ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、水またはＴＥ（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ．Ｃｌ、ｐＨ７．４、１ｍＭ  ＥＤＴＡ）のような水または緩衝液などの水溶性溶媒に、溶解される。ある実施態様において、遺伝物質の水への溶解は、その後の反応を潜在的に妨げる可能性のある添加剤量を最小化することができる。
【０１０７】
ある実施態様において、遺伝物質は、位置ごとに複数滴をもって、担体上に付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質を収容する溶液の１１滴以上が、位置ごとに付着される。ある実施態様において、遺伝物質を収容する溶液の１０１滴以上が、位置ごとに付着される。ある実施態様において、遺伝物質を収容する溶液の１００１滴以上が、位置ごとに付着される。
【０１０８】
ある実施態様において、遺伝物質の濃度は、担体上に付着される遺伝物質の量が試料ごとに大体等しくなるように、異なる試料間で標準化可能である。
【０１０９】
ある実施態様において、遺伝物質は、担体上に付着する前に、その間に、または、その後で、変性される。ある実施態様において、沸騰水に５分間浸漬することによって、付着される遺伝物質を変性する。これらの実施態様の一部において、付着される遺伝物質は、沸騰後に、さらに乾燥される。
【０１１０】
ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのカバー上に付着される。ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのカバーとして機能できる平坦な担体から膨み出る突起上に付着することができ、そこでは、突起が、多穴プレートのウェルの各々に対応する（例えば図１を参照）。ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのカバーとして機能できる平坦な担体から膨み出る突起上に付着することができ、そこでは、突起が、多穴プレートのウェルのほぼ全てに対応する。ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのカバーとして機能できる平坦な担体から膨み出る突起上に付着することができ、そこでは、突起が、多穴プレートのウェルの少なくとも大部分に対応する。ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのカバーとして機能できる平坦な担体から出る突起上に付着することができ、そこでは、突起が、多穴プレートの少なくとも２つのウェルに対応する。これらの実施態様の一部について、付着プロセスは、突起の各々がただ一つの個別試料からの遺伝物質を含むように、正確になされるべきである。
【０１１１】
ある実施態様において、遺伝物質は、複数の突起を備えるカバーの少なくとも２つの突起の毛細管内に、付着される。ある実施態様において、遺伝物質の溶液は、これに限定されるものではないが、ライブラリ・トランスファ・ツール、ピン・コンタクト・プリンティング、またはインクジェット・プリンティング法などの方法によって、突起の少なくとも２つに、転写される。ある実施態様において、遺伝物質を収容する溶液は、溶液が毛細管の開口端に接触するようになるときは、毛細管現象によって、毛細管に吸引される。ある実施態様において、遺伝物質は、毛細管にある間は、溶液内にとどまる。ある実施態様において、遺伝物質は、毛細管において乾燥される。
【０１１２】
ある実施態様において、少なくとも２つの突起にある毛細管の開口端は、密封され、蒸発、漏れ、及び／または汚染を抑えるかまたは実質的に防ぐことができる。ある実施態様において、これに限定されるものではないが、ＣｙｃｌｅＳｅａｌ  Ｐｌａｔｅ  Ｓｅａｌｅｒ（Ｒｏｂｂｉｎｓ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃｓ）またはＣｙｃｌｅＦｏｉｌ  Ｐｌａｔｅ  Ｓｅａｌｅｒ  ａｎｄ  Ｒｏｌｌｅｒ（Ｒｏｂｂｉｎｓ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃｓ）などの標準的なウェル・プレート・シーラが用いられ、毛細管を密封する。ある実施態様において、密封は、プレート蓋をシーリング層でテーピングし、圧力をかけることによって、なされる。
【０１１３】
ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのウェル上に取付け可能にする蓋上に付着することができる。ある実施態様において、蓋は、帯状で結合することができる。
【０１１４】
ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートの少なくとも２つのウェル上に、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、大部分の多穴プレートのウェル上に、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのウェルの実質的に全ての上に、付着することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、多穴プレートのウェルの全ての上に、付着することができる。
【０１１５】
ある実施態様において、遺伝物質は、溶液として多穴プレートのウェル上に付着することができる。ある実施態様において、付着される遺伝物質溶液は、付着後に多穴プレートに付着させたシーリング層によって、ウェル内に密封することができる。ある実施態様において、各々がそれらの内に密封された遺伝物質溶液を備える２つまたはそれ以上のウェルを収容する２つまたはそれ以上の多穴プレートは、２人またはそれ以上の利用者に販売され、および／または分配することができる。ある実施態様において、各々がそれらの内に密封された遺伝物質溶液を備えるウェルの大部分を収容する２つまたはそれ以上の多穴プレートは、２人またはそれ以上の利用者に販売され、および／または分配することができる。ある実施態様において、各々がそれらの内に密封された遺伝物質溶液を備えるウェルのそれらのほぼ全てを収容する２つまたはそれ以上の多穴プレートは、２人またはそれ以上の利用者に販売され、および／または分配することができる。
【０１１６】
ある実施態様において、ＰＣＲ試薬は、付着される遺伝物質を備える多穴プレートのウェル上に、付着することができる。ある実施態様において、多穴プレートは、付着されるＰＣＲ試薬を含み、かつ、遺伝物質を全く含まずに、対照として用いられる。ある実施態様において、ウェルは、反応試薬及び遺伝物質が付着され乾燥された後に、密封することができる。ある実施態様において、ウェルは、反応試薬及び遺伝物質が付着され乾燥された後には、密封されない。
【０１１７】
ある実施態様において、付着される遺伝物質は、担体に付着される。ある実施態様において、担体への遺伝物質の付着は、その遺伝物質の保存および／または分配を容易にする。ある実施態様においては、付着される遺伝物質は、担体に付着されない。
【０１１８】
ある実施態様において、遺伝物質は、担体上に付着される後に乾燥することによって、付着することができる。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、一晩の風乾をしてもよい。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、スライド乾燥機（熱したプラットフォーム）上に配置されてもよい。ある実施態様において、担体は、５５℃〜６０℃で２時間から３時間にわたり、スライド・オーブン上で加熱される。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、囲い込みチャンバまたは真空オーブンにおいて真空乾燥されてもよい。ある実施態様においては、約５５℃〜６０℃で、乾燥状態が生じる。
【０１１９】
ある実施態様において、遺伝物質は、これに限定されるものではないが、ＵＶ架橋及び加熱などの技術によって、担体上へ化学的に付着することができる。ある実施態様において、化学的に付着することによって、反応試薬などの溶液に曝された際に物質の全てではないが、ほとんどが担体に付着されるまま残留する担体が、提供される。ある実施態様において、遺伝物質が担体上に化学的に付着され、それにより、遺伝物質は、検出反応におけるいかなる洗浄段階の間にも、担体上に保持されることになる。
【０１２０】
これらの実施態様の一部において、担体は、付着を促進する遺伝物質の付着に先立つ専用コーティングで、処理される。ある実施態様において、担体は、ポリＬリジンまたはアミノシランで塗布され、遺伝物質の付着を容易にする。これらの実施態様の一部において、多穴プレート上に付着される遺伝物質は、風乾され、ＵＶ架橋されて、プレートと遺伝物質との間に共有結合を生成する。ある実施態様において、プレート・コーティングからの蛍光バックグラウンドの遮断は、０．２％ＳＤＳ溶液中で２０分間振盪することによって、実行可能である。
【０１２１】
複数担体の例
ある実施態様においては、確定集団内の異なる個体に由来する付着される遺伝物質を含む一組の複数担体が、作成可能である。ある実施態様において、一組の複数担体の内にある個々の担体の各々は、その組内のもう一方の個々の担体と実質的に同じ遺伝物質を収容することができる。ある実施態様において、遺伝物質は、一組の複数担体にある個々の担体の各々の上の実質的に同じ位置に、配列することができる。
【０１２２】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備え、各々が実質的に同じ配列の遺伝物質を収容する複数担体は、1人またはそれ以上の受容者に、分配することができる。かくして、ある実施態様において、利用者または利用者達は、異なる個々の担体を用いて、複数の検査において、同じ組の個体からの遺伝物質を分析できる。ある実施態様において、複数の受容者は、同じ組の供給源に由来する遺伝物質を分析できる。ある実施態様において、利用者または利用者達は、複数の担体上に付着される遺伝物質内の同じヌクレオチド配列を分析できる。ある実施態様において、利用者または利用者達は、複数の担体上に付着される遺伝物質内の異なるヌクレオチド配列を分析できる。
【０１２３】
ある実施態様において、少なくとも大部分の多穴プレートの各々にある２つまたはそれ以上のウェルに遺伝物質を収容する多穴プレートの複数は、分配することができる。ある実施態様においては、元の多穴プレートから離れている１つまたはそれ以上のコンパートメントに遺伝物質を供給するために、多穴プレートの大部分のウェルの各々に十分な遺伝物質を存在させることができる。ある実施態様において、分配される複数の多穴プレートのウェルに収容された遺伝物質は、その後の反応のために、元の多穴プレートから離れている標的コンパートメントに、転写される。
【０１２４】
担体からの遺伝物質の転写の例
ある実施態様において、担体上に付着される遺伝物質は、これに限定されるものではないが、検出反応などのその後の反応のために、標的コンパートメントに、転写することができる。ある実施態様において、担体から遺伝物質を転写することができる様々方法がある。
【０１２５】
ある実施態様において、担体上の１つの位置にある遺伝物質の一部分は、その中でその後の反応が起こり得る標的コンパートメントに、転写することができる。ある実施態様において、担体上の１つの位置にある遺伝物質のほぼ全ては、その中でその後の反応が起こり得る標的コンパートメントに、転写することができる。ある実施態様において、担体上の１つの位置にある遺伝物質のうち大部分は、その中でその後の反応が起こり得る標的コンパートメントに、転写することができる。ある実施態様において、担体上の一つの位置にある遺伝物質の小数部分は、その中でその後の反応が起こり得る標的コンパートメントに、転写することができる。
【０１２６】
ある実施態様において、多穴プレートのウェル上に乾燥させた遺伝物質は、その後、液相内への浸漬によって、その後の液体の反応相内に転写される。ある実施態様において、ウェル上の乾燥させた遺伝物質は、液相内への浸漬及び撹拌によって、液相内に転写される。ある実施態様において、多穴プレートのウェルにおいて溶解状態または懸濁状態にある遺伝物質は、これに限定されるものではないが、ピペッティング及び注射器転写を含む方法によって、元の多穴プレートから離れている１つまたはそれ以上の標的コンパートメントに、転写される。
【０１２７】
ある実施態様において、遺伝物質は、標的コンパートメント内に遺伝物質を収容する担体の一部分に物理的に転写することによって、担体から転写することができる。ある実施態様において、遺伝物質を収容する担体の一部分は、圧力源によって、担体の残部から打ち抜くことができる。ある実施態様において、その上に付着される遺伝物質を有する紙製担体の一部分は、これに限定されるものではないが、チューブまたは多穴プレートのウェルなどの標的コンパートメント内へ、打ち抜くことができる。
【０１２８】
ある実施態様において、転写剤層は、その後の反応または処理が、その中で生じ得る標的コンパートメント内に、転写することができる。標的コンパートメントは、これに限定されるものではないが、多穴プレートまたはチューブが含むことができる。
【０１２９】
ある実施態様において、転写剤層は、圧力源の適用によって、マトリクスから転写することができる。ある実施態様において、圧力源は、整列化された標的コンパートメントの反対側の転写剤層の側面に適用され、それにより、圧力は、マトリクスから、転写剤層の少なくとも一部を取り除くことができる。
【０１３０】
転写剤スペースがマトリクスを完全に貫通して伸びる転写剤穴である、ある実施態様においては、例えば、図５に示されるように、バリア層は、マトリクスの一方の側面に配置することができる。ある実施態様において、バリア層は、転写剤層からの物質を実質的に妨げ、マトリクスから転写剤層の一部を取り除くのに用いられる圧力源を汚染しないようにする。ある実施態様において、バリア層は、これに限定されるものではないが、マイラー、カプトン、またはプラスチック製ラップを含むことができる。ある実施態様において、転写剤くぼみは、マトリクス内に一部伸びる。これらの実施態様の一部において、くぼみ上部に配置されたマトリクスの一部分は、バリア層と同じように機能することができる。
【０１３１】
ある実施態様において、バリア層は、厚みが０．１ミリメートルと１００ミリメートルの間でよい。ある実施態様においては、バリア層は、厚みが１ミリメートルと１０ミリメートルの間でよい。
【０１３２】
ある実施態様において、圧力源は、これに限定されるものではないが、ロッドまたはピンなどの装置でもよい。ある実施態様において、圧力源装置は、バリア層またはマトリクスに接する。ある実施態様において、圧力源装置は、転写剤層に接する。ある実施態様において、圧力源装置は、バリア層、マトリクス、または転写剤層に接する平滑端を持たせてもよい。ある実施態様において、平滑端は、わずかに丸みのある端部を有する。ある実施態様において、圧力源装置は、ピンの各々が９６穴プレートのウェルに整列化可能になるように構成された９６個の平滑ピンを含む。
【０１３３】
ある実施態様において、圧力源は、ガス圧力源及び／または液体圧力源でもよい。ガス圧力源用に用いることができるガスは、これに限定されるものではないが、空気及び窒素を含む。ある実施態様において、ガス圧力源用に用いられるガスは、２つまたはそれ以上の異なるガス混合物を含むことができる。
【０１３４】
液体圧力源用に用いることができる液体は、これに限定されるものではないが、水か或いは他の水溶液または懸濁液を含む。ある実施態様において、液体圧力源用に用いられる液体は、２つまたはそれ以上の異なる液体混合物を含むことができる。ある実施態様において、液体圧力源用に用いられる液体は、これに限定されるものではないが、ＰＣＲ試薬などの反応試薬を含む。ある実施態様において、液体圧力源用に用いられる液体は、反応試薬を含まない。ある実施態様において、ガスおよび／または液体圧力源が用いられ、転写層の少なくとも一部分を取り除く際には、バリア層は一切、用いられない。
【０１３５】
ある実施態様において、圧力源は、転写剤スペース幅に比べ小さい幅を持たせてもよい。ある実施態様においては、圧力源は、転写剤スペース幅に比べ同じかまたはそれより大きい幅を持たせてもよい。
【０１３６】
ある実施態様において、転写剤層上への圧力源の適用によって、転写剤層が、実質的に単一断片として、取り除かれる。ある実施態様において、転写剤層上への圧力源の適用によって、転写剤層の一部分が、取り除かれる。ある実施態様において、転写剤層上への圧力源の適用によって、取り除かれた転写剤層が、２つまたはそれ以上の部分に、断片化する。ある実施態様において、転写剤層上への圧力源の適用によって、取り除かれた転写剤層の一部分が、粉末状に断片化する。
【０１３７】
ある実施態様において、遺伝物質は、その遺伝物質を収容するマトリクスの一部分を外へ座屈させることによって、担体から転写することができる。これらの実施態様の一部において、遺伝物質は、転写剤のバルジ・スペースに収容され、その遺伝物質を収容するマトリクスのバルジ部分を外へ座屈させることによって、転写することができる（例えば図９Ｂを参照）。ある実施態様において、指またはローラなどの圧力源が用いられ、転写剤層を収容するマトリクスのバルジ部分を外へ座屈させることができる。これらの実施態様の一部において、遺伝物質は、１つまたはそれ以上の転写剤層に収容される。
【０１３８】
ある実施態様において、汚染遮蔽層は、担体と複数の標的コンパートメントとの間に、配置することができる。汚染遮蔽層は、転写剤層が、担体からそれらの整列化された標的コンパートメントに転写される際に、整列化されない状態の標的コンパートメントの汚染を減らすことができる。ある実施態様において、汚染遮蔽層は、担体に付着されてもよい。ある実施態様においては、汚染遮蔽層は、担体に付着されていなくもよい。
【０１３９】
ある実施態様において、汚染遮蔽層は、それが穴を含むように構成することができる。ある実施態様において、その穴の少なくとも２つは、汚染遮蔽層が担体に整列化される際に、それらの穴が転写剤層位置に整列化するように、位置付けられる。
【０１４０】
ある実施態様においては、汚染遮蔽層穴を成形することができ、それにより、汚染遮蔽層が担体及び標的コンパートメントに整列化される際の少なくとも１つの標的コンパートメントへの遺伝物質の転写の間に、それらは、遺伝物質が汚染遮蔽を通過できるようにする。これらの実施態様の一部において、汚染遮蔽層は、特定の遺伝物質位置または転写剤スペースに整列化されない標的コンパートメント内への遺伝物質の転写を最小限化するのに汚染遮蔽層が役立つように、配置し、成形することができる。
【０１４１】
ある実施態様において、汚染遮蔽層は、これに限定されるものではないが、アクリラート及びＰＭＭＡなどのプラスチック材料を含むことができる。ある実施態様において、汚染遮蔽層は、これに限定されるものではないが、アルミニウム及び／またはスチールなどの金属材料を含むことができる。ある実施態様において、汚染遮蔽層は、使い捨て可能かまたは耐水洗性にすることができる。
【０１４２】
ある実施態様において、シーリング層は、担体に付着することができる。ある実施態様において、シーリング層は、担体内または担体上に、物質を密封する。ある実施態様において、シーリング層は、担体内または担体上に遺伝物質を密封し、それにより、遺伝物質が担体内または担体上に物理的に収容される。
【０１４３】
ある実施態様において、シーリング層は隣接する層を含み、そこでは、シーリング層の少なくとも大部分は、穴を含まない。ある実施態様においては、シーリング層は、穴を一切含まない。これらの実施態様の一部において、シーリング層は、転写剤層が圧力源からの圧力によってシーリング層を貫通させることができるような材料で、作ることができる（例えば図１０及び１１を参照）。ある実施態様において、シーリング層は、転写剤層がシーリング層を貫通させられるようにする薄い材料である。ある実施態様において、シーリング層は、それが転写剤層の転写によるシーリング層の破断を容易にするように、スリットを事前に入れることができる。
【０１４４】
ある実施態様において、シーリング層は、担体に付着することができる。ある実施態様において、シーリング層は、担体に付着され、それにより、シーリング層は、保存及び分配の間に、しっかりとどまる。ある実施態様において、シーリング層は、複数の場所で担体に付着することができ、それにより、シーリング層の離れている領域は、他の領域におけるシーリング層と無関係に、個々に破断することができる。
【０１４５】
ある実施態様において、シーリング層は、多穴プレートに付着することができ、それにより、２つまたはそれ以上の多穴プレートのウェルは、シーリング層によって、密封される。ある実施態様において、シーリング層は、複数点で多穴プレートに付着することができ、それにより、２つまたはそれ以上の多穴プレートのウェルは、互いに無関係に、密封される。これらの実施態様の一部において、シーリング層は、他のウェルの位置にあるシーリング層とは無関係なウェル位置で、破断することができる。
【０１４６】
ある実施態様において、シーリング層は、これに限定されるものではないが、マイラー、カプトン、またはプラスチック製ラップなどの材料を含むことができる。ある実施態様において、シーリング層は、粘着剤によって担体に付着することができる。ある実施態様において、粘着剤は、両面ドライフィルム粘着剤である。ある実施態様において、粘着剤は、厚みが１０マイクロメートルまたはそれ未満である。ある実施態様において、粘着剤における穴は、マトリクスにおける転写剤スペースに比べ同じ寸法かまたはそれより大きい。ある実施態様において、粘着剤における穴は、マトリクスにおける転写剤スペースより小さい。
【０１４７】
ある実施態様において、保護アルミ箔は、粘着剤上に積層される。ある実施態様において、保護アルミ箔は、低温熱プラス圧力のラミネーションによって、積層される。ある実施態様において、保護アルミ箔は、そのアルミ箔が粘着剤上に積層される際に遺伝物質位置に整列化することになる1つまたはそれ以上の位置に、事前成形スリットを有する。これらの実施態様の一部において、事前成形スリットは、互いに重なる２枚のフラップを有する。
【０１４８】
ある実施態様において、標的コンパートメントは、転写剤層が標的コンパートメント内に転写される時点で、溶液を収容することができる。ある実施態様においては、標的コンパートメントは、転写剤層が標的コンパートメント内に転写される時点で、空にすることができる。ある実施態様において、標的コンパートメントは、転写剤層が標的コンパートメント内に転写される時点で、これに限定されるものではないが、ＰＣＲ試薬などの乾燥反応試薬を収容することができる。
【０１４９】
ある実施態様において、標的コンパートメント内に転写される転写剤層は、標的コンパートメント内に収容される溶液への接触または浸漬の後に、溶解する。ある実施態様において、標的コンパートメント内に転写される転写剤層は、標的コンパートメント内に攪拌または加熱の適用により収容される溶液への接触または浸漬の後に、溶解することができる。
【０１５０】
ある実施態様において、複数の転写剤層は、プレートの各々についての転写剤スペースの一部分のみから転写剤層を転写することによって、多穴プレート内へ放出することができる。例えば、ある実施態様において、３８４個の転写剤スペースを含むマトリクスにおける４つ毎の転写剤スペースの最初の転写剤層は、最初の９６穴プレート内へ放出される（例えば図７及び８を参照）。次の９６穴プレートについては、４つ毎の転写剤スペースの第２番目の転写剤層が転写され、以下同様である。このようにして、ある実施態様においては、３８４個の転写剤スペースを用いて、４つの離れている９６穴プレートへ遺伝物質を転写することができる（例えば図７及び８を参照）。
【０１５１】
ある実施態様において、担体は、内部に毛細管を備える突起を含む多穴プレートのカバーからなる。ある実施態様において、突起の少なくとも２つは、突起の毛細管内に、少なくとも２人の異なる個体からの遺伝物質の溶液を収容する。ある実施態様において、毛細管内の遺伝物質は、多穴プレートのウェルに転写することができる。ある実施態様において、転写は、プレート頂部にカバーが据えられたプレートの遠心分離によって、生じる。ある実施態様において、毛細管内の遺伝物質は、ＰＣＲ反応の液相を収容する多穴プレートのウェルへの、ＰＣＲサイクルの高温部の間に生ずる固有逆流によって、転写することができる。
【０１５２】
ある実施態様において、突起を備えるカバーは、多穴プレートの１つまたはそれ以上のウェルへの遺伝物質の転写後に取り外され、突起のないカバーに置き換えられる。ある実施態様において、多穴プレートについての置換カバーは、十分な励起光の透過を可能とするのに十分なＵＶ光などの光を透過できる材料で構成され、検出可能な発光光を発生させることができる。ある実施態様において、少なくとも２５０ｎｍの波長の光は、置換カバーを透過することができる。ある実施態様においては、光学的に透過性のある領域は、カバー全体を構成するのではなく、遺伝物質が分析されることになる少なくとも大部分のウェル上部に、位置することになる。ある実施態様において、光学的に透過性のある領域は、多穴プレートの少なくとも２つのウェル上部に、位置することができる。ある実施態様において、これらの光学的に透過性のある領域は、光信号の順調な検出についての十分な光信号の透過及び収集を可能とするのに、十分に大きい。
【０１５３】
検出反応の例
ある実施態様においては、付着される遺伝物質における確定された遺伝子配列の存在または不存在が、検出される。様々な実施態様において、確定された遺伝子配列の存在または不存在に関連する信号を生成するために、採用できる様々な方法がある。
【０１５４】
ある実施態様において、ある種の遺伝子配列の存在は、増幅反応の応用によって、検出できる。増幅反応は、これに限定されるものではないが、ＰＣＲ、ＲＣＡＴ、リガーゼ連鎖反応、及び鎖置換増幅を含む。
【０１５５】
ある実施態様によるＰＣＲ反応においては、特定の遺伝子配列の複数の複製物を産生するために、反応試薬及び異なる温度の反復連鎖に、付着される遺伝物質を曝露する。ある実施態様において、反応試薬は、これに限定されるものではないが、ポリメラーゼ、ヌクレオチド、及びプライマを含む。ある実施態様において、一組のプライマは、付着される遺伝物質における所定の標的核酸配列にハイブリダイズする特異的核酸配列からなる第１プライマを含む。ポリメラーゼが存在するおかげで、第１プライマの３’末端にヌクレオチドが付加され、ヌクレオチドは、通常、標的遺伝子配列の配列に応じて配列特異的な様式で付加され、標的に相補的な増幅配列を産生する。温度が変えられ、それにより、相補的増幅配列及び標的配列が、変性する。条件は、次に、増幅と変性の交互の循環として、繰り返される。
【０１５６】
ある実施態様において、プライマの組は、所定の標的核酸配列の相補鎖にハイブリダイズする特異的核酸配列からなる第２プライマを含む。ポリメラーゼが存在するおかげで、第２プライマの３’末端にヌクレオチドが付加され、ヌクレオチドは、通常、標的遺伝子配列の相補配列に応じて配列特異的な様式で付加され、標的の配列を有する増幅配列を産生する。温度が変えられ、それにより、増幅配列及び標的配列が、変性する。条件は、次に、増幅と変性の交互の循環として、繰り返される。
【０１５７】
ある実施態様においては、増幅される特定配列に適するように、温度、サイクル数、塩濃度、及びプライマ設計などのＰＣＲ反応条件を設計することができる。ＰＣＲは、確立した実験室技術であり（これにより、目的に応じ引用により、その全体に明確に組み入れられるＳａｍｂｒｏｏｋ及びＲｕｓｓｅｌｌ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ＣｌｏｎｉｎｇのＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第３版、８章）、いかなる所与の遺伝子配列の増幅のための適当なＰＣＲ反応条件を判断することも、当業者にとっては、過度の実験を伴わない日常業務である。
【０１５８】
ある実施態様においては、標識を用いて、増幅配列を検出することができる。様々な実施態様は、これに限定されるものではないが、蛍光光、光吸収、及び放射能を含む検出することが可能な多種類の標識のいずれかを採用することもできる。
【０１５９】
ある実施態様において、本発明は、確定した遺伝子配列の存在または不存在の蛍光検出を提供する。用いることができる蛍光色素は、これに限定されるものではないが、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ、ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ、ＴＯＴＯ−１を含む（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  第８．３節を参照）。
【０１６０】
ある実施態様において、本発明は、吸収色素の使用による確定した遺伝子配列の存在または不存在の検出を提供する。ある実施態様において、本発明は、エチジウムブロマイドの使用による確定した遺伝子配列の存在または不存在の検出を提供する。
【０１６１】
ある実施態様においては、酵素ベースの発色体検出及び／または信号増幅が、用いられてもよい。
【０１６２】
ある実施態様においては、ＰＣＲを用い、遺伝子配列におけるばらつき、例えば一塩基多型、異なる対立遺伝子、特定配列からの欠失、または突然変異を検出することができる。ある実施態様においては、ＰＣＲを用い、個体が、ホモ接合型である（それらは、両染色体において同じ標的配列を有する）かまたはヘテロ接合型である（それらは、染色体の各々において標的配列にばらつきを有する）かを区別することができる。
【０１６３】
ある実施態様においては、特定のヌクレオチドの位置で検出されるヌクレオチドに相補的な特異的ヌクレオチドを、その３’末端に有するプライマの少なくとも１つを用いることによって、標的核酸配列の特定のヌクレオチドの位置のばらつきを検出することができる。
【０１６４】
ある実施態様においては、２つのプライマを用いることによって、特定の位置での特定のヌクレオチドが異なる２つの異なる標的配列を検出することができる。ある実施態様において、プライマの１つは、２つの異なる標的配列の１つにあるヌクレオチドの１つに相補的である特異的ヌクレオチドを、その３’末端に有する。もう一方のプライマは、もう一方の標的配列の特定の位置でのヌクレオチドのもう一方に相補的である特異的ヌクレオチドを、その３’末端に有する。
【０１６５】
これらの実施態様の一部において、２つの異なるプライマは、これに限定されるものではないが、蛍光標識を含む異なる検出可能な標識によって、各々が標識化できる。ある実施態様において、蛍光標識は、赤及び青である。これらの実施態様の一部においては、標的配列の下流領域と同じ配列を有する第３のプライマを用いることができる。第３のプライマは、標的配列に相補的である配列にハイブリダイズすることによる伸長反応を開始して、双方向増幅を提供する。
【０１６６】
これらの実施態様の一部において、ホモ接合型遺伝子の存在は、混じりけのない青かまたは混じりけのない赤のいずれかを検出することによって判定され、ヘテロ接合型遺伝子の存在は、青と赤の両方を検出することによって判定されることになる。設計できるプライマ数は、限定されない。かくして、遺伝物質内のいかなる数の異なる配列位置のみならず所与の位置でのいかなる数のヌクレオチドをも、検出することができる。ある実施態様においては、配列の各々に対応する可視的には異なる標識が利用可能である限り、異なる配列を検出することができる。
【０１６７】
ある実施態様において、一方のプライマは、もう一方のプライマに比べ極めて少ない量を供給される。ある実施態様において、一方のプライマは、２０サイクル分に十分な量しか提供しない。これらの実施態様の一部においては、それ故に、ＰＣＲは、第２１番目のサイクルから先では、１ストランドのみを直線的に増幅する。これらの実施態様の一部においては、過剰なプライマのみが標識化される必要があり、その結果、検出目的のために必要とされる標識数は、減らされる。
【０１６８】
ある実施態様において、遺伝物質は、リアルタイムまたは動的ＰＣＲを用いることによって、検定することができる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ及びＲｕｓｓｅｌｌ、８．９４−８．９５、第３版（２００１）を参照）。ある実施態様において、リアルタイムＰＣＲは、光色素が新しく形成される増幅ＤＮＡに挿入される際の光色素からの光信号の変化における同時検出を含む。この技術は、とりわけ、標的ＤＮＡの定量化を可能にする。リアルタイムＰＣＲにおいて用いることができる色素は、これに限定されるものではないが、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ（これにより、目的に応じ、引用によりその全体に明確に組み入れられるＷｉｔｔｗｅｒ他、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２２の１３０−１３８）及びＦＡＭ、ＴＥＴ、ＪＯＥ、及びＶＩＣ（これにより、目的に応じ、引用によりその全体に明確に組み入れられるＴａｑＭａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、カリフォルニア州）を含む。
【０１６９】
ある実施態様において、リアルタイムＰＣＲは、Ｔａｑｍａｎ法（ここで、目的に応じ、引用によりその全体に組み入れられるＨｏｌｌａｎｄ他、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、  Ｕ．Ｓ．Ａ．、８８巻、７２７６−７２８０（１９９１））によって、実行することができる。Ｔａｑｍａｎ法において使用可能なプローブに用いることができる色素は、これに限定されるものではないが、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ並びにＦＡＭ、ＴＥＴ、ＪＯＥ、及びＶＩＣを含む。
【０１７０】
ある実施態様において、ＰＣＲは、多重化反応にすることができ、その１つの反応において、（「第３プライマ」と呼ぶ）２対以上のプライマおよび／または付加的な対立遺伝子特異的プライマを採用し、２つ以上の別個の標的配列を増幅する（これにより、目的に応じ、引用により双方の全体に明確に組み入れられる、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ及びＲｕｓｓｅｌｌ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ＣｌｏｎｉｎｇのＡ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第３版、８章、１０７頁及び米国特許第５，５８２，９８９号を参照）。ある実施態様において、多重化ＰＣＲ反応は、１０対またはそれ以上のプライマ対を利用することができる。ある実施態様において、多重化ＰＣＲ反応は、２０対またはそれ以上のプライマ対を利用することができる。
【０１７１】
これらの実施態様の一部において、多重化ＰＣＲ反応からの異なる増幅配列の各々は、異なる標識によって標識化されており、異なる標識は、相互に識別することができる。これらの実施態様の一部において、これらの標識は、これに限定されるものではないが、ＦＡＭ、ＴＥＴ、ＪＯＥ、及びＶＩＣでもよい。ある実施態様においては、第３プライマを標識化することができるので、対立遺伝子特異的産物を検出することができる。
【０１７２】
ある実施態様においては、予めクエンチした蛍光標識を持ち、鋳型へのプライマのアニーリングの際に蛍光を発する第３プライマを用いることができる。この技術を実行する様々な方法の一例が、Ｔａｑｍａｎ法（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、フォスタ・シティ、カリフォルニア州）である。
【０１７３】
ある実施態様において、多穴プレートのカバーは、共通の表現型を共有する確定集団内の多数の異なる個体からの遺伝物質の離れている付着物を含むことができる。カバーは、多穴プレートを覆うかまたは嵌るようにし、それにより、離れている付着物は、プレートの離れているウェルに整列化する。ある実施態様において、利用者はプライマを採用し、特定の表現型に関連付けることができる突然変異、ＳＮＰｓ、または異なる対立遺伝子を含むものと想定されたゲノムＤＮＡの一部分を増幅することができる。ある実施態様において、利用者は、他のＰＣＲ反応試薬とともにプレートのウェルの各々に同じプライマを配置し、かつ、付着される物質がプライマを含む反応試薬に接触するように、多穴プレートにカバーを配置する。利用者は、次に、ＰＣＲ反応を行う。反応後に、利用者は、次に、個体の各々についての結果を検出し、確定集団の個体群における特定の突然変異、ＳＮＰｓ、または異なる対立遺伝子の頻度を分析することができる。
【０１７４】
遺伝物質の配列決定の例
ある実施態様において、集団における異なる個体からの増幅された遺伝子配列は、配列決定することができる。ある実施態様において、配列決定は、これに限定されるものではないが、サンガー配列決定（Ｓａｎｇｅｒ他、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ７４の５４６３−５４６７（１９７７））などの方法を用いて、実行することができる。ある実施態様においては、離れているウェルから増幅された配列を取得し、それらを離れている配列決定反応に供し、異なる個体の特定配列を求めることができる。あるこうした実施態様においては、離れている配列決定反応ウェルから反応容積を取り除き、かつ、その物質を、これに限定されるものではないが、ＭｅｇａＢＡＣＥ  ４０００（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、ピスカッタウエイ、ニュージャージー州）などの配列決定機器上に添加する機器を、用いることができる。
【０１７５】
ある実施態様において、配列決定される所与の長さの核酸のために、確定数の配列決定プライマの組を用いることができる。多穴プレートは、集団における個体の各々についての確定組のウェルを含むことができ、その確定組のウェルの各々が異なる組の配列決定プライマを含むことができる。ある実施態様において、反応ウェルの各々において標識済みのターミネータを採用することができ、伸長された産物は、次に、離れている個体の各々の所与の長さの核酸を配列決定するのに、用いることができる。
【０１７６】
ある配列決定の実施態様において、特定の表現型に関連するものと想定された遺伝子を標的とすることができる。その表現型を備える多数の個体からのその遺伝子またはその遺伝子の一部分を配列決定することによって、特定の表現型に関連することもある新しい突然変異、対立遺伝子、または多型性を発見することができることもある。ある実施態様において、特定の表現型を備える個体の各々からの１つまたはそれ以上の標的配列または標的配列の一部分を配列決定し、特定の表現型に関連することもある突然変異、対立遺伝子、または多型性を発見することを試みることができる。
【０１７７】
ハイブリダイゼーションによる検出の例
ある実施態様において、付着される遺伝物質内に存在する標的遺伝子配列は、ハイブリダイゼーションによって、検出することができる。例えば、ある実施態様においては、付着される遺伝物質における特異的配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを用いる。ハイブリダイゼーションは、これに限定されるものではないが、放射性標識オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーション、酵素標識オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーション、及び、蛍光標識オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションを含む様々な方法によって、実行することができる。
【０１７８】
ある実施態様において、標的遺伝物質は、ハイブリダイゼーション段階に先立ち、ローリング・サイクル増幅技術（ＲＣＡＴ）を用いることによって、増幅することができる。
【０１７９】
ある実施態様において、完全なハイブリダイゼーションを達成すべく、十分な量の標識オリゴヌクレオチドが加えられる。ある実施態様において、標識オリゴヌクレオチドが、一晩のハイブリダイゼーション（例えば１２から１８時間）をハイブリダイズできるようにする。
【０１８０】
上記された遺伝子増幅反応のための標識はまた、ハイブリダイゼーション検出のためにも採用することができる。ある実施態様においては、酵素ベースの色素生産性検出および／または信号増幅を用いることができる。ある実施態様において、酵素ベースの色素生産性検出が、ハイブリダイゼーション手順と共に用いられ、確定された遺伝子配列の存在または不存在を検出する。
【０１８１】
ある実施態様において、ハイブリダイゼーション信号は、これに限定されるものではないが、アビジン−ビオチン化酵素複合体増幅及びＴｙｒａｍｉｄｅ信号増幅（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  第６．３節を参照）などの方法を用いることによって、増幅可能である。
【０１８２】
ある実施態様において、遺伝物質は、反応またはハイブリダイゼーション手順の間に、担体に付着されるまま残留する。
【０１８３】
検出に用いられる計測器の例
付着される遺伝物質からの信号は、様々な方法によって、検出することができる。これらの信号は、これに限定されるものではないが、蛍光光、光吸収、及び放射能を含むことができるため、ある実施態様においては、異なる種類の計測器を用いることができる。
【０１８４】
本発明の多穴プレートの実施態様からの信号の検出に使用可能な計測器は、これに限定されるものではないが、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＣｙｔｏＦｌｕｏｒ  ４０００  Ｍｕｌｔｉ−ｗｅｌｌ  Ｐｌａｔｅ  Ｒｅａｄｅｒ及びＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍを含む。検出機器は、市販機器に限定されることがなく、遺伝物質を含む担体からの光及び放射性排出物を検出できる自作の機器をも、含む。
【０１８５】
ある実施態様において、光信号は、カメラで検出され、記録される。使用可能なカメラの種類は、これに限定されるものではないが、ポラロイド・カメラかまたはＫｏｄａｋ  ＥＤＡＳ  ２９０システムなどのデジタル・カメラ、及び、フィルム並びにＣＣＤイメージャを含む。ある実施態様において、光電子増倍管検出器はまた、適当なフィルタリング及び光学部品と共に、用いることもできる。
【０１８６】
ある実施態様において、信号は、目分量で検出されてもよい。
【０１８７】
ビジネス方法の例
ある実施態様において、本発明は、ビジネス方法を提供する。
【０１８８】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える１つまたはそれ以上の担体は、分配するかまたは販売することができる。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、バルクで販売することができる。ある実施態様においては、１０個またはそれ以上、１００個またはそれ以上、或いは１０００個またはそれ以上の担体を販売することができる。
【０１８９】
ある実施態様において、確定集団内の異なる個体に由来する付着される遺伝物質を含む複数担体の一組は、分配するかまたは販売することができる。ある実施態様において、複数担体の組内にある個々の担体の各々は、その組内の他の個々の担体と実質的に同じ遺伝物質を含むことができる。ある実施態様において、遺伝物質は、複数担体の組内の個々の担体の各々の上にある実質的に同じ位置に、配列することができる。このように、ある実施態様において、複数の遺伝子配列は、確定集団内の複数の個体からの遺伝物質から分析することができる。ある実施態様において、複数の受容者は、同じ組の供給源からの遺伝物質を分析することができる。
【０１９０】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、梱包して販売することができる。梱包には、ある実施態様において、これに限定されるものではないが、ラップフィルム及び段ボール箱が含まれる。
【０１９１】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、少なくとも1つの挿入物にして販売することができる。ある実施態様において、挿入物は、これに限定されるものではないが、装置に関連する情報と、装置に関連する使用説明書と、これに限定されるものではないが、試薬、装置、または機材などの追加の製品に関する販売促進情報とからなる挿入物を含む。
【０１９２】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、少なくとも1つのコンピュータ可読な客体とともに販売することができる。ある実施態様において、コンピュータ可読な客体は、これに限定されるものではないが、フロッピー（登録商標）・ディスク、ＣＤディスク、ＣＤ−ＲＯＭディスク、ＤＶＤディスク、ＤＶＤ−ＲＯＭディスク、光ディスク、および／またはＺＩＰディスクを含むことができる。ある実施態様において、コンピュータ可読な客体は、コンピュータ可読な客体とともに販売される担体上に収容される遺伝物質に関する情報を含む。ある実施態様において、遺伝物質に関する情報は、これに限定されるものではないが、付着される遺伝物質の少なくとも１つの位置に関連付けられた遺伝子型情報の編集を含む。ある実施態様において、遺伝子型情報は、これに限定されるものではないが、位置ついての情報と、これに限定されるものではないが、ある種の対立遺伝子、突然変異、ＳＮＰｓ、および／またはＤＮＡ配列欠失の実際の識別とを含む特定の配列決定情報を含む。ある実施態様において、情報はまた、インターネット接続または他のオンライン・アクセス・ポイントから直接利用可能にすることもできる。
【０１９３】
ある実施態様において、コンピュータ可読な客体は、付着される遺伝物質を備える担体の使用に関する情報からなる。これらの実施態様の一部において、情報は、これに限定されるものではないが、特異的プライマ及びＰＣＲ条件などの担体上の遺伝物質についての特定の反応条件に関係する。ある実施態様において、コンピュータ可読な客体は、これに限定されるものではないが、試薬、装置、または機材などの追加製品に関する情報からなる。
【０１９４】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、装置のいかなる購入者であっても、本発明の装置に関する実験から派生する結果であるならいかなるものでも最初の販売者に提供することを求める契約的合意に基づいて、販売される。ある実施態様において、購入者は、得られた遺伝子型情報が付着される遺伝情報の特定の位置に関連するときは、最初の販売者にそれを提供しなければならない。ある実施態様において、契約的合意は、結果が購入者によって公に利用可能にされたかまたはされることになる場合に限り、最初の販売者に結果の提供を要求するものである。
【０１９５】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、最初の契約的合意に基づいて販売され、その合意とは、装置の最初の購入者による転売を、付着される遺伝物質を備える担体に関する実験から派生する結果であれば、いかなるものでも最初の購入者に提供するということを、次なるいかなる購入者にも求めるという契約的合意に基づく販売に、限定するものであり、かつ、そこでは、最初の契約的合意は、これらの結果のいかなるものをも最初の販売者に提供するということを、さらに最初の購買者に求めるものである。
【０１９６】
ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、工程ごとに少なくとも１０個の装置を生産する生産工程において製造される。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、工程ごとに少なくとも１００個の装置を生産する生産工程において製造される。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、工程ごとに少なくとも１、０００個の装置を生産する生産工程において製造される。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、工程ごとに少なくとも１０,０００個の装置を生産する生産工程において製造される。ある実施態様において、付着される遺伝物質を備える担体は、工程ごとに少なくとも１００,０００個の装置を生産する生産工程において製造される。
【０１９７】
生産工程を含むある実施態様において、担体に遺伝物質を付着する方法は、これに限定されるものではないが、ピン・コンタクト・プリンティング、バイオフルイド・ドロップ・イジェクション、インクジェット・プリンティング技術、及びライブラリ・トランスファ・ツール法を含む。
【０１９８】
実施例
実施例１
この実施例は、アミノ酸１７４番（メチオニン（Ｍ）かまたはスレオニン（Ｔ）のいずれか）及び２３５番（ＭかまたはＴのいずれか）をコード化するコドンにおけるアンジオテンシノゲン遺伝子の多型性を検出し、かつ、それらの関連を選択された集団における高血圧に関連付けるのに用いることができる方法について、説明する。
【０１９９】
アンジオテンシノゲン遺伝子のアミノ酸１７４番及び２３５番の多型性に関する従前の研究は、これらの突然変異と高血圧との間に、ある相関性を確認済みである（Ｃａｕｌｆｉｅｌｄ他、１９９４）。従って、望めば、確定集団におけるこれらの多型性の頻度を求めるべく、個体を確定集団から評価することができる。そうした研究を容易にする１つの方法は、マイクロタイタ・プレート、例えばこれに限定されるものではないが３８４穴プレートなどの担体に付着される個体からの遺伝物質をともなう評価を実行する者に供給することである。評価者は、次に、その後の増幅配列の検出をともなう様々な付着物についてのＰＣＲ反応を実行できる。
【０２００】
付着される遺伝物質を備えるマイクロタイタ・プレートは、以下のように作成することができる。マイクロタイタ・プレートは保管され、エンドユーザに分配されてもよい。
【０２０１】
ＮＩＨの倫理規定に従い、血液５０ミリリットルが、高血圧を有する４０００人の個体（２０００人の白人及び２０００人の黒人）の各々から集められる。製造者の取扱説明に従い、ゲノムＤＮＡが、Ｑｉａｇｅｎ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｔｉｐｓ（Ｑｉａｇｅｎ  Ｉｎｃ、バレンシア、カリフォルニア州）によるこれらの血液試料の各々から単離される。個体の各々に由来する精製ゲノムＤＮＡが、次に、１ミリリットルあたり１００マイクログラムで精製水に溶解される。４０００人の個体の各々に由来する精製ＤＮＡの５００ナノリットルが、次に、コンタクト・ピン・プリンティングによって、１１枚の３８４穴プレートの４０００個の分離している単一ウェルに、別々に付着され（Ｓｃｈｅｎａ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７０の４６７−７０（１９９５））、その結果、ウェルの各々は、個体のいずれかに由来する精製ＤＮＡを収容する（当然、２２４個のウェルは、個体のいずれかに由来するＤＮＡを収容しないことになる）。既知の配列を備えるゲノムＤＮＡまたは合成ＤＮＡは、これらの２２４個の空のウェルの１つまたはそれ以上に付着され、陽性対照として機能することができる。２２４個のウェルの一部は、ＤＮＡなしのＰＣＲ反応試薬を収容している陰性対照として、用いることができる。これらのプレートのウェルが、次に、乾燥され、そのプレートのウェルに精製ＤＮＡを付着する。
【０２０２】
次に、プレートが用いられ、Ｔａｑｍａｎ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）のリアルタイムＰＣＲによって、Ｍ２３５Ｔ及びＴ１７４Ｍの両多型性の存在または非存在を検出する。（アミノ酸２３５番及び１７４番をコード化するヌクレオチドにある）２つの多型性部位を含むヌクレオチド配列に隣接する、フォーワード・プライマ５’ＴＡＴＡＡＡＴＡＧＧＧＣＣＴＣＧＴＧ３’（配列番号：１）と、リバース・プライマ５’ＣＡＧＧＧＴＧＣＴＧＴＣＣＡＣＡＣＴＧＧＣＴＣＧＣ３’（配列番号：２）とが、用いられる。或いは、（アミノ酸２３５番及び１７４番をコード化するヌクレオチドにある）２つの多型性部位を含むヌクレオチド配列に隣接する、フォーワード・プライマ５’ＴＡＴＡＡＡＴＡＧＧＧＣＣＴＣＧＴＧ３’（配列番号：１）と、リバース・プライマ５’ＧＧＴＧＣＴＧＴＣＣＡＣＡＣ３’（配列番号：５）とが、用いられる。４つの参考文献（Ｃａｕｌｆｉｅｌｄ他、１９９４、Ｊｅｕｎｅｍａｉｔｒｅ他、１９９２、Ｇａｉｌｌａｒｄ他、１９８９、Ｈｉｌｂｅｒｔ他、１９９１）の少なくとも１つに開示される２つの多型性部位に隣接するヌクレオチド配列に基づくか、または、アンジオテンシン遺伝子の１７４番及び２３５番の多型性の配列について、ＮＣＢＩウェブサイト（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ）のＧｅｎＢａｎｋデータを検索することによって、４つのＴａｑｍａｎプライマを設計することができる。また、４つのＴａｑｍａｎプライマの各々は、２つの多型性部位における２つの変異の各々に特異的になることもある。すなわち、Ｔａｑｍａｎプライマの１つは、１７４番のＭをコードするヌクレオチドに特異的になり、１つは、１７４番のＴをコードするヌクレオチドに特異的になり、１つは、２３５番のＴをコードするヌクレオチドに特異的になり、１つは、２３５番のＭをコードするヌクレオチドに特異的になる。
【０２０３】
プライマが設計された後に、異なるプライマの各々が、４つの異なる標識（ＦＡＭ、ＴＥＴ、ＪＯＥ、及びＶＩＣ）の１つで標識化され、かつ、各々が、クエンチャとしてＴＡＭＲＡ（Ｔａｑｍａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ）（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；フォスタ・シティ、カリフォルニア州）を含むように、それらをＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓに特注することができる。
【０２０４】
プレミックスＰＣＲ試薬が、１１枚のプレートの各々のウェルの各々に分配され、ウェルの各々は、
２．５μｌ  ＴａｑＭａｎユニバーサルＰＣＲマスター・ミックス（２倍）、
０．５μｌ  フォーワード・プライマ、
０．５μｌ  リバース・プライマ、
０．５μｌ  Ｔａｑｍａｎプローブ、
０．５μｌ  滅菌水、
を収容する。
【０２０５】
ＰＣＲ試薬への曝露によって、付着される精製ＤＮＡの少なくともいくらかが、ウェルから試薬へ移される。
【０２０６】
リアルタイムＰＣＲ反応が、以下の２つのサイクル・プログラムの１つをともなうＡｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＨＴ配列検出システムによって、実行される。
（Ａ）  ５０℃２分間
９５℃１０分間
９５℃１０秒間、５８℃１０秒間、及び７２℃６０秒間を３５サイクル、
または、
（Ｂ）  ５０℃２分間
９５℃１０分間
９５℃３０秒間、５２℃１５秒間、及び７２℃６０秒間を３５サイクル。
【０２０７】
サイクルが完了した後に、読み取りがコンピュータに記録され、患者の各々についての多型性部位の遺伝子型を直接反映する。情報は、次に、臨床データと比較され、相関性パターンを求めることができる。
【０２０８】
実施例２
実験及び対照のヒトゲノムＤＮＡは、Ｑｉａｇｅｎ血液ＤＮＡ抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ、バレンシア、カリフォルニア州）によって、血液から精製された。
【０２０９】
実験及び対照の両精製ゲノムＤＮＡのプリンティング液が、蒸留水で、マイクロリットルあたり１００ナノグラムに調製された。両ゲノムＤＮＡプリンティング液が、真空チャンバに置かれたバイアルにおいて、３０ｍｍＨｇで脱泡された。チャンバの時々の攪拌が、溶液から気泡を取り除くのに役立った。気泡の噴出が液体の飛び散りをもたらす可能性があるため、激しい振動を避けるべく、注意が払われた。ある実施態様においては、液体の飛び散りを避ける努力がなされるべきである。
【０２１０】
単一イジェクタを用いて、試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液が、以下のように８つのバイアルの各々に付着された。イジェクタは、液体の小滴を高頻度で噴出できるピエゾ作動イジェクタであった。噴出された液体は、次に、これに限定されるものではないが、マイクロ遠心チューブなどの容器に収集することができる。それらの全てが、目的に応じ、引用によりその全体に明確に組み入れられる２０００年１１月２２日に出願された米国特許出願第０９／７２４,９８７号、及び２０００年１１月２２日に出願された米国特許出願第０９／７２１,３８９号に説明されるように、イジェクタが操作された。
【０２１１】
３ミリリットルの使い捨て注射器を用いて、およそ７５マイクロリットルの試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液（７．５マイクログラムのＤＮＡ）が、イジェクタの大型リザーバを満たすのに用いられ、２５ミリリットルの試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液（２．５マイクログラムのＤＮＡ）が、小型リザーバを満たすのに用いられた。気泡を取り込まないように、注意が払われた。
【０２１２】
表１に示すように、試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液の異なる数の滴が、８つのバイアルの各々に付着される。単一イジェクタが５００ヘルツの周波数で噴射され、噴射の最初の１分の間に集められた液体が廃棄された。滴の噴出が、２０Ｖｐｐ±３Ｖｐｐ（Ｖｐｐは、最大振幅の電圧を意味する）で、実行された。滴の噴出が、滴の噴出時間に比して僅かの遅れをもって、滴の噴出と同じ周波数で作動するストロボを備えるモニタ上で、検証された。
表１
ゲノムＤＮＡプリンティング液の収集
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【０２１３】
試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液の噴出された滴の体積が、モニタ上で測定されたように、滴の径から見積もられた。収集された噴出済みの試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液のＤＮＡ濃度が、イジェクタに装填していない試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液の異なる濃度を用いて作成された検量線によって、定められた。検量線が、Ｂｅｃｋｍａｎ  ＤＵ  ５３０分光光度計に基づく試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液の吸光度の測定を用いて、生成された。噴出済みの試験用ゲノムＤＮＡプリンティング液の濃度は、検量線を用いるとマイクロリットルあたり４８．８ナノグラムであり、それは、溶液の元の濃度（マイクロリットルあたり１００ナノグラム）に比べ少なかった。
【０２１４】
８つのバイアルに付着されるゲノムＤＮＡが、５０マイクロリットル反応あたりプライマの各々が１００ナノグラムで、ピルビン酸キナーゼ遺伝子に由来する1対のプライマ（５’ＣＴＣＧＴＴＣＡＣＣＡＣＴＴＴＣＴＴＧＣ３’（配列番号：３）及び５’ＧＧＧＡＡＧＣＴＧＧＧＴＴＧＧＧＧＧＧＣ３’（配列番号：４））を用いるピルビン酸キナーゼ遺伝子のＰＣＲ増幅によって、分析された。反応液は、ｄＮＴＰの各々を０．２５Ｍ含んだ３３．５ｍＭ  Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．８）、８．３ｍＭ（ＮＨ４）2ＳＯ4、３．３５ｍＭ  ＭｇＣｌ2、１％（ｗ／ｖ）ショ糖、及びミリリットル当たり８５マイクログラムのウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を含んでいた。ＡｍｐｌｉＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、フォスタ・シティ、カリフォルニア州）が、５０マイクロリットル反応あたり１単位の濃度で用いられた。さらに、８つのＰＣＲ増幅が、噴出されていなかった対照ゲノムＤＮＡプリンティング液について、同じプライマ及び条件を用いて実行された。
【０２１５】
ＰＣＲ反応は、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ  ９７００サーマルサイクラにより、次のサイクル・プログラムを用いて、実行された。
９８℃４分間
９４℃３０秒間、５８℃３０秒間、及び７２℃３０秒間を３０サイクル、及び
７２℃７分間
【０２１６】
８つの増幅された試料及び８つの増幅された対照が、１／２×ＴＢＥバッファにおける１０％ポリアクリルアミドゲルで、電気泳動された。図３に示すように、期待されるサイズである２５０塩基対に相当する増幅産物が、バイアル内へ噴出された８つの試料全てから増幅された。対照ＤＮＡ試料の２つの増幅が、期待されるサイズである２５０塩基対に相当する産物を産生しなかった。これらの２つの対照ＤＮＡ試料が、当初の濃度の３分の１に希釈された。これらの２つの対照ＤＮＡ試料溶液が希釈後に増幅された際には、増幅が、期待されるサイズである２５０塩基対に相当する産物を、順調に産生した。
【０２１７】
従って、この実験は、マイクロリットルあたりおよそ５０ナノグラムの濃度のヒトゲノムＤＮＡが、ピエゾ作動イジェクタから噴出させることができ、かつ、続いて増幅させることができるということを、実証した。この実験は、噴出されたゲノムＤＮＡの０．７２マイクログラム程度の量が、ＰＣＲの鋳型として機能し、噴出されたゲノムＤＮＡから特異的配列を増殖することができるということを示した。
【０２１８】
引用文献
Ｃａｕｌｆｉｅｌｄ  Ｍ、Ｌａｖｅｎｄｒｅ  Ｐ、Ｆａｒｒａｌｌ  Ｍ、Ｍｕｎｒｏｅ  Ｐ、Ｌａｗｓｏｎ  Ｍ、Ｔｕｒｎｅｒ  Ｐ、Ｃｌａｒｋ  ＡＪＬ．著、「アンギオテンシノゲン遺伝子の本態性高血圧との連鎖」、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｍｅｄ．  １９９４年、３３０、１６２９−１６３３ページ。
Ｊｅｕｎｅｍａｉｔｒｅ  Ｘ、Ｓｏｕｂｒｉｅｒ  Ｆ、Ｋｏｔｅｌｅｖｔｓｅｖ  ＹＶ他著、「ヒト高血圧の分子的基礎：アンギオテンシノゲンの役割」、Ｃｅｌｌ、１９９２年、７１、１６６−１８０ページ。
Ｇａｉｌｌａｒｄ  Ｉ、Ｃｌａｕｓｅｒ  Ｅ、Ｃｏｒｖｏｌ  Ｐ．著、「ヒト・アンギオテンシノゲン遺伝子の構造」、ＤＮＡ、１９８９年、８、８７−９９ページ。
Ｈｉｌｂｅｒｔ  Ｐ、Ｌｉｎｄｐａｉｎｔｎｅｒ  Ｋ、Ｂｅｃｋｍａｎｎ  ＪＳ他著、「遺伝性高血圧ラットにおける血圧制御と関連した2つの遺伝子座の染色体マッピング」、Ｎａｔｕｒｅ、１９９１年、３５３、５２１−５２９ページ。
【図面の簡単な説明】
【０２１９】
【図１】その内部に伸びる毛細管開口部を含む突起（４０）を備えたカバー（８０）を含む、ある実施態様の説明図である。ある実施態様において、毛細管開口部は、遺伝物質（５０）を収容する。示された実施態様において、カバーは、多穴プレート（２０）に適用される。これらの実施態様において、多穴プレートのウェルは、ＰＣＲプライマ及び試薬を含む反応容積（３０）を収容する。これらの実施態様において、プレート上へのカバー挿入によって、カバーの突起が、ウェルの反応容積内に浸漬されることになる。
【図２Ａ】多穴プレートのウェル（６０）に整列化する蓋（７０）を備えたカバーを含む、ある実施態様の説明図である。これらの実施態様において、遺伝物質（５０）は、カバーの蓋の各々の内でカバーに付着される。これらの実施態様において、多穴プレートのウェルは、ＰＣＲプライマ及び試薬を含む反応容積（３０）に収容する。
【図２Ｂ】多穴プレート（２０）のウェルに整列化する遺伝物質位置に付着される遺伝物質（５０）を備えたカバーを含む、ある実施態様を示す。示された実施態様において、遺伝物質位置の各々は、カバーに付着されるシーリング・エレメント（７２）によって、縁取られる。
【図３】実施例２において記述されたようなピエゾ作動イジェクタからバイアル内に噴出されたゲノムＤＮＡから増幅されたＰＣＲ産物の１０％ポリアクリルアミド・ゲルを示す。１列から８列は、左から右へバイアルごとに付着されるゲノムＤＮＡ溶液の滴数を増加しつつ、ピエゾ作動イジェクタによって、噴出された試料からの増幅されたＰＣＲ産物を示す。９列から１６列は、ピエゾ作動イジェクタによって、噴出されなかった８つの対照ゲノムＤＮＡ試料からの増幅されたＰＣＲ産物を示す。ＤＮＡサイズ・マーカをともなう列（１００）の左から２つの列（９０）は、ＤＮＡの全くない水で構成する陰性対照である。
【図４】マトリクスと、マトリクス全体を貫通して伸び、かつ、９６穴プレートのウェルに整列化可能になる９６個の転写剤スペース（例えば１１２）とからなる担体（１１０）の、ある実施態様の詳細な透視図である。
【図５】９６穴プレート（１３０）に整列化された担体（１１０）及びバリア層（１２０）の、ある実施態様を示しており、そこでは、担体が、マトリクス内に伸び、かつ、９６穴プレートのウェルに整列化する転写剤層（例えば１２２）を含む９６個の転写剤スペースからなる。図６に示される透視図は、番号６を付した破線矢印によって、描かれる。
【図６】図５に記載されたある実施態様の先端をこちら向きにした透視図である。
【図７】マトリクス（１１０）全体を貫通し、かつ、９６穴の多穴プレートに伸びる３８４個の転写剤穴からの転写剤層（１５０）の転写プロセスの、ある実施態様を示す。これらの実施態様において、転写剤層を含む４つの転写剤穴（例えば１４０Ａ、１４０Ｂ、１４０Ｃ、及び１４０Ｄ）の各四半分の転写剤穴の１つ（例えば１４０Ａ）からの転写剤層の１つが、９６穴プレート（１３０）のウェルに、転写される。図７は、各四半分から第１の９６穴プレート（１３０）への第１転写剤層の転写を表す。
【図８】マトリクス（１１０）全体を貫通し、かつ、９６穴の多穴プレートに伸びる３８４個の転写剤穴からの転写剤層（１５０）の転写プロセスの、ある実施態様を示す。これらの実施態様において、転写剤層を含む４つの転写剤穴（例えば１４０Ａ、１４０Ｂ、１４０Ｃ、及び１４０Ｄ）の各四半分の転写剤穴の１つ（例えば１４０Ａ）からの転写剤層の１つが、９６穴プレート（１３０）のウェルに、転写される。図８は、各四半分から第２の９６穴プレート（１３２）への第２転写剤層の転写を表す。
【図９】転写剤層の、ある実施態様を示す。
【図９Ａ】マトリクス（１１０）と、マトリクス全体を貫通して伸びる先細りでない転写剤穴（１５１）との、ある実施態様であり、そこでは、転写剤穴が転写剤層（１５０）を含む。
【図９Ｂ】マトリクス（１１０）と、マトリクス全体を貫通して伸びる先細りの転写剤穴（１５４）との、ある実施態様であり、そこでは、転写剤穴が転写剤層（１５０）を含む。
【図９Ｃ】マトリクス（１１０）と、マトリクス全体を一部貫通して伸びる先細りの転写剤くぼみ（１５２）の、ある実施態様であり、そこでは、転写剤くぼみが転写剤層（１５０）を含む。
【図９Ｄ】マトリクス（１１０）と、マトリクス全体を一部貫通して伸びる先細りの転写剤くぼみ（１５２）の、ある実施態様であり、そこでは、転写剤くぼみが、その転写剤くぼみから外に伸びる転写剤層（１５０）を含む。
【図９Ｅ】担体（１１１）の表面から外へ伸びる転写剤層（１５０）の、ある実施態様である。
【図９Ｆ】マトリクス（１１０）と、マトリクスのバルジ領域で、そのマトリクス内に伸びる転写剤バルジ・スペース（１５３）における転写剤層（１５０）の、ある実施態様である。
【図１０】マトリクス（１１０）内に伸びる先細りの転写剤くぼみ（１６２）から転写剤層（１５０）のシーリング層（１６０）を貫通する転写の、ある実施態様を示しており、そこでは、シーリング層が、圧力源（矢印）が転写間に適用される面と反対にあるマトリクス面に対して、平面状に位置付けられる。
【図１０Ａ】マトリクス（１１１）の一方の面上にシーリング層（１６０）を備え、他方の面上にバリア層（１５７）を備える先細りの転写剤くぼみ（１６２）における転写剤層（１５０）に、圧力源（矢印）が適用される、ある実施態様を示す。
【図１０Ｂ】シーリング層（１６０）を貫通する転写剤層（１５０）の転写の、ある実施態様を示す。ここで留意すべきことは、これらの実施態様における転写剤くぼみに整列化されたシーリング層の領域において、転写剤層の転写がシーリング層を破ることである。
【図１１】転写剤バルジ・スペースから転写剤層のシーリング層を貫通する転写の、ある実施態様を示しており、そこでは、シーリング層が、圧力源が転写間に適用される面と反対にあるマトリクス面に対して、平面状に位置付けられる。
【図１１Ａ】マトリクス（１１０）の一方の面上にシーリング層（１６０）を備える転写剤バルジ・スペース（１６２）における転写剤層（１５０）に、圧力源（矢印）が適用される、ある実施態様を示す。
【図１１Ｂ】図１１Ａに示されるような圧力源の適用の結果生じるシーリング層（１６０）を貫通する転写剤層（１５０）の転写のある実施態様を示す。ここで留意すべきことは、これらの実施態様における転写剤バルジ・スペースに整列化されたシーリング層の領域において、転写剤層の転写がシーリング層を破ることである。
【図１２】９６穴プレートに付着される遺伝物質の、ある実施態様を示す。
【図１２Ａ】９６穴プレート（１３０）に付着される遺伝物質の、ある実施態様を示す。
【図１２Ｂ】９６穴プレート（１３０）の３つのウェル（例えば１３４）の各底に乾燥した沈殿物として付着される遺伝物質（例えば、１８０）の、ある実施態様を示す。
【図１２Ｃ】９６穴プレート（１３０）の３つのウェル（例えば１３４）の各々の内に、シーリング層（１７０）によって密封された溶液（１９０）内の遺伝物質の、ある実施態様を示す。
【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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