(57)【要約】腫瘍血管形成のより良い理解を得るため、内皮細胞(Ec)を単離し遺伝子発現パターンを評価した。正常および悪性結腸直腸組織に由来するEcの転写産物を非内皮細胞の転写産物と比較したところ、内皮において優先的に発現する170個を超える遺伝子が同定された。正常由来内皮と腫瘍由来内皮を比較することにより、腫瘍関連内皮において特異的に発現が上昇している多くの遺伝子を含む、差次的に発現する遺伝子が明らかになった。この群の代表的な遺伝子で実験したところ、そのほとんどが原発性肺癌、乳癌、脳腫瘍、および膵臓癌、ならびに肝臓の転移性病巣の内皮で同様に発現していることが実証された。これらの結果から、ヒトの腫瘍内皮と正常内皮が分子レベルで異なることが実証される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連（surface-associated）、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連(translocating chain-association)膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン(scotin)；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン(calsyntenin)1；溶質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン(hephaestin)；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ(Notch)相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン（kexin）7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む、単離された分子。
【請求項２】
無傷の抗体分子である、請求項1記載の分子。
【請求項３】
単鎖可変領域(ScFv)である、請求項1記載の分子。
【請求項４】
ヒト化抗体である、請求項1記載の分子。
【請求項５】
ヒト抗体である、請求項1記載の分子。
【請求項６】
細胞毒性成分に結合している、請求項1記載の分子。
【請求項７】
治療成分に結合している、請求項1記載の分子。
【請求項８】
検出可能な成分に結合している、請求項1記載の分子。
【請求項９】
抗腫瘍薬に結合している、請求項1記載の分子。
【請求項１０】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む単離された分子の効果的な量を、新血管形成阻害を必要とする対象に投与し、これにより新血管形成（neoangiogenesis）を阻害する段階を含む、新血管形成を阻害する方法。
【請求項１１】
対象が血管形成化腫瘍を有する、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
対象が多発性嚢胞性腎疾患を有する、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
対象が糖尿病性網膜症を有する、請求項10記載の方法。
【請求項１４】
対象が関節リウマチを有する、請求項10記載の方法。
【請求項１５】
対象が乾癬を有する、請求項10記載の方法。
【請求項１６】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む単離された分子の効果的な量を対象に投与し、これにより結果として腫瘍の増殖を阻害する段階を含む、腫瘍を有する対象の腫瘍増殖を阻害する方法。
【請求項１７】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される単離および精製されたヒト膜貫通タンパク質を、試験化合物および該TEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む分子と接触させる段階；
抗体可変領域を含む分子がヒト膜貫通タンパク質に結合する量を測定し、これにより抗体可変領域を含む分子のヒト膜貫通タンパク質への結合を減少させる試験化合物を内皮細胞制御に関与するリガンドとして同定する段階
を含む、内皮細胞制御に関与するリガンドを同定する方法。
【請求項１８】
試験化合物を内皮細胞と接触させる段階、および試験化合物が該細胞の増殖を阻害するかどうかを判定する段階をさらに含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
内皮細胞が培養物中に存在する、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
内皮細胞が哺乳動物中に存在する、請求項18記載の方法。
【請求項２１】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるヒト膜貫通タンパク質を、試験化合物および該ヒト膜貫通タンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む分子と接触させる段階；
抗体可変領域を含む分子が細胞に結合する量を測定する段階；
抗体可変領域を含む分子が細胞に結合する量を減少させる試験化合物を、内皮細胞制御に関与するリガンドとして同定する段階
を含む、内皮細胞制御に関与するリガンドを同定する方法。
【請求項２２】
試験化合物が内皮細胞の増殖を阻害するかどうかを判定する段階をさらに含む、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
内皮細胞が培養物中に存在する、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
内皮細胞が哺乳動物中に存在する、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるヒト膜貫通タンパク質と試験化合物とを接触させる段階；
試験化合物のヒト膜貫通タンパク質への結合を測定する段階；
タンパク質に結合する試験化合物を、内皮細胞制御に関与するリガンドとして同定する段階
を含む、内皮細胞制御に関与するリガンドを同定する方法。
【請求項２６】
培養において化合物を試験し、内皮細胞の増殖を阻害するかどうかを判定する段階をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
哺乳動物において化合物を試験し、内皮細胞の増殖を阻害するかどうかを判定する段階をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項２８】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される、膜貫通ドメインを欠く可溶型ヒト膜貫通タンパク質。
【請求項２９】
ヒト膜貫通タンパク質の細胞外ドメインからなる、請求項28記載の可溶型。
【請求項３０】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるヒト膜貫通タンパク質の膜貫通ドメインを欠く可溶型を患者に投与し、これにより患者の新血管形成を阻害する段階を含む、新血管形成の阻害を必要とする患者の新血管形成を阻害する方法。
【請求項３１】
患者が血管形成化腫瘍を有する、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
患者が多発性嚢胞性腎疾患を有する、請求項30記載の方法。
【請求項３３】
患者が糖尿病性網膜症を有する、請求項30記載の方法。
【請求項３４】
患者が関節リウマチを有する、請求項30記載の方法。
【請求項３５】
患者が乾癬を有する、請求項30記載の方法。
【請求項３６】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む、検出可能な成分に結合している分子を、患者に投与する段階；
患者において検出可能な成分に結合している分子を検出し、これにより患者の新血管形成の部位を同定する段階
を含む、患者の新血管形成の部位を同定する方法。
【請求項３７】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む分子と患者から採取した体液とを接触させる段階；
この分子と交差反応する体液中の物質を検出する段階であって、ここで交差反応する物質の検出により患者の新血管形成が示唆される段階
を含む、患者の新血管形成をスクリーニングする方法。
【請求項３８】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数の遺伝子を発現する細胞と試験化合物とを接触させる段階；
該細胞のmRNAまたは該mRNAからコピーしたcDNAもしくはcRNAを、該1つまたは複数の遺伝子のmRNAに相補的な核酸プローブとハイブリダイズすることにより、該1つまたは複数の遺伝子の発現量を測定する段階；
試験化合物により該1つまたは複数の遺伝子の発現が減少した場合、この化合物を腫瘍を治療するための候補薬剤として同定する段階、または試験化合物により該1つまたは複数の遺伝子の発現が増加した場合、この化合物を創傷治癒を促進するための候補薬剤として同定する段階
を含む、腫瘍または創傷を治療するための候補薬剤を同定する方法。
【請求項３９】
細胞が内皮細胞である、請求項38記載の方法。
【請求項４０】
細胞が、1つまたは複数の遺伝子を発現するための発現構築物をトランスフェクトした組換え宿主細胞である、請求項38記載の方法。
【請求項４１】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数のタンパク質を発現する細胞と試験化合物とを接触させる段階；
該細胞内の該1つまたは複数の該タンパク質の量を測定する段階；
試験化合物により該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の量が減少した場合、この化合物を腫瘍を治療するための候補薬剤として同定する段階、または試験化合物により該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の量が増加した場合、この化合物を創傷治癒を処置するための候補薬剤として同定する段階
を含む、腫瘍または創傷を治療するための候補薬剤を同定する方法。
【請求項４２】
細胞が内皮細胞である、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
細胞が、1つまたは複数のタンパク質をコードする発現構築物をトランスフェクトした組換え宿主細胞である、請求項41記載の方法。
【請求項４４】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数のタンパク質を発現する細胞と試験化合物とを接触させる段階；
該細胞内の該1つまたは複数のタンパク質の活性を測定する段階；
試験化合物により該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の活性が減少した場合、この化合物を腫瘍を治療するための候補薬剤として同定する段階、または試験化合物により該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の活性が増加した場合、この化合物を創傷治癒を処置するための候補薬剤として同定する段階
を含む、腫瘍または創傷を治療するための候補薬剤を同定する方法。
【請求項４５】
細胞が内皮細胞である、請求項44記載の方法。
【請求項４６】
細胞が、1つまたは複数のタンパク質をコードする発現構築物をトランスフェクトした組換え宿主細胞である、請求項44記載の方法。
【請求項４７】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数のタンパク質をコードする発現構築物をトランスフェクトした組換え宿主細胞と試験化合物とを接触させる段階；
該細胞の増殖量を測定する段階；
試験化合物が該細胞の増殖を阻害する場合、この化合物を腫瘍を有する患者を治療するための候補薬剤として同定する段階、または該細胞の増殖を促進する試験化合物を、創傷治癒を促進するための候補薬剤として同定する段階
を含む、腫瘍を有する患者を治療するための、または創傷を治療するための候補薬剤を同定する方法。
【請求項４８】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質に特異的に結合する可変領域を含む1つまたは複数の分子と細胞集団とを接触させる段階；
該分子に結合した集団内の細胞を検出する段階；
該1つまたは複数の分子に結合している細胞を内皮細胞として同定する段階
を含む、内皮細胞を同定する方法。
【請求項４９】
1つまたは複数の分子に結合した細胞を、結合しなかった細胞から単離する段階をさらに含む、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
1つまたは複数の分子が無傷の抗体である、請求項48記載の方法。
【請求項５１】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される遺伝子のcDNAまたはmRNAに相補的な1つまたは複数の核酸ハイブリダイゼーションプローブと細胞集団のcDNAまたはmRNAとを接触させる段階；
該核酸ハイブリダイゼーションプローブに特異的にハイブリダイズしたcDNAまたはmRNAを検出する段階；
その核酸が該核酸ハイブリダイゼーションプローブに特異的にハイブリダイズした細胞を、内皮細胞として同定する段階
を含む、内皮細胞を同定する方法。
【請求項５２】
腫瘍を有するまたは腫瘍を発症する危険性を有するヒト対象に、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質、またはTEMタンパク質をコードする核酸を投与し、これによりヒト対象においてTEMタンパク質に対する体液性免疫応答または細胞性免疫応答を上昇させる段階を含む、哺乳動物においてTEMタンパク質に対する免疫応答を誘導する方法。
【請求項５３】
免疫応答を増強するために、ヒト対象に免疫アジュバントを投与する段階をさらに含む、請求項52記載の方法。
【請求項５４】
内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質、またはTEMタンパク質をコードする核酸を創傷を有する対象に投与し、これにより創傷治癒を促進する段階を含む、血管増殖を刺激する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、2002年6月21日に提出した仮出願第60/390,187号の利益を主張する。米国政府は、本研究を支援した米国立衛生研究所助成金第CA57345号およびCA43460号の規定に基づき、本発明の一定の権利を有する。
【０００２】
発明の技術分野
本発明は、血管形成および抗血管形成の分野に関する。詳細には、腫瘍内皮細胞および正常内皮細胞で特徴的に発現される遺伝子に関する。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
腫瘍が膨張性の増殖をするために血液供給を必要とすることは、現在広く認められている。この認識から、腫瘍の脈管構造が治療標的となる可能性を示すという考えに基づき、腫瘍の血管形成に関する多くの研究が促進された。しかし、腫瘍内皮についてのいくつかの根本的問題は答えがないままである。例えば、腫瘍の血管は同じ組織の正常血管と質的に異なるのか？腫瘍内皮と、回復期の創傷または血管形成の他の生理学的もしくは病理学的形態の内皮との関連性はどのようなものであるのか？これらの問題に対する答えは、特異的様式で血管形成を阻害する新しい治療アプローチの可能性に重大な影響を与える。
【０００４】
当技術分野では、任意の相違が治療および診断の利益に利用できるように、正常な脈管構造に対する腫瘍の脈管構造を特徴づける必要性が引き続き存在している。
【０００５】
遺伝子発現、より正確には遺伝子転写を特徴づけるために用いられ得る1つの技法は、遺伝子発現の連続解析法(Serial Analysis of Gene Expression)(SAGE法)と称される。簡潔に説明すると、SAGEアプローチは、発現される遺伝子に対応する短い所定の配列タグ（SAGEタグ）の単離および解析に基づいた、mRNA転写産物の迅速な量的および質的解析法である。各タグは、転写産物の所定の位置による短いヌクレオチド配列（9〜17塩基対長）である。SAGE法では、クローニング反応または増幅反応に固有の偏りを低減するため、タグを二量体化する。（米国特許第5,695,937号を参照されたい）。SAGE法では稀な配列を検出すること、一度に多量の配列を評価すること、およびこれまでに未知の遺伝子を同定するための基礎を提供することが可能であるため、この方法は脈管構造の促進または阻害に関連する遺伝子の特徴づけに特に適している。
【発明の開示】
【０００６】
発明の概要
本発明の1つの態様では、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連（surface-associated）、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連(translocating chain-association)膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン(scotin)；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン(calsyntenin)1；溶質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン(hephaestin)；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ(Notch)相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む単離された分子を提供する。分子は、例えば無傷の抗体分子、単鎖可変領域(ScFv)、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体であってよい。任意で、分子を細胞毒性成分、治療成分、検出可能な成分、または抗腫瘍薬に結合することができる。
【０００７】
本発明の別の態様に従い、新血管形成を阻害する方法を提供する。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む単離された分子の効果的な量を、それを必要とする対象に投与する。その結果として、新血管形成が阻害される。対象は、例えば血管形成化腫瘍、多発性嚢胞性腎疾患、糖尿病性網膜症、関節リウマチ、または乾癬を有してよい。
【０００８】
本発明の別の局面は、腫瘍の増殖を阻害する方法である。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む単離された分子の効果的な量を、腫瘍を有するヒト対象に投与する。その結果として、腫瘍の増殖が阻害される。
【０００９】
本発明の別の局面は、内皮細胞制御に関与するリガンドを同定する方法である。試験化合物を、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される単離および精製されたヒト膜貫通タンパク質と接触させる。またこの単離および精製されたヒト膜貫通タンパク質を、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む分子と接触させる。抗体可変領域を含む分子のヒト膜貫通タンパク質への結合を測定する。抗体可変領域を含む分子のヒト膜貫通タンパク質への結合を減少させる試験化合物を、内皮細胞制御に関与するリガンドとして同定する。培養または哺乳動物において試験化合物をさらに試験して、その化合物の内皮細胞増殖に及ぼす効果を判定することができる。
【００１０】
本発明のさらに別の局面は、内皮細胞制御に関与するリガンドを同定する方法である。試験化合物を、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるヒト膜貫通タンパク質を含む細胞と接触させる。またこの細胞を、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む分子と接触させる。抗体可変領域を含む分子の細胞への結合を測定する。抗体可変領域を含む分子の細胞への結合を減少させる試験化合物を、内皮細胞制御に関与するリガンドとして同定する。培養または哺乳動物において試験化合物をさらに試験して、その化合物の内皮細胞増殖に及ぼす効果を判定することができる。
【００１１】
本発明のさらに別の局面は、内皮細胞制御に関与するリガンドを同定する方法である。試験化合物を、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるヒト膜貫通タンパク質と接触させる。試験化合物のヒト膜貫通タンパク質への結合を測定する。タンパク質に結合する試験化合物を、内皮細胞制御に関与するリガンドとして同定する。培養または哺乳動物において試験化合物をさらに試験して、その化合物の内皮細胞増殖に及ぼす効果を判定することができる。
【００１２】
本発明の別の態様は、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるヒト膜貫通タンパク質の可溶型である。可溶型は膜貫通ドメインを欠いている。可溶型は、ヒト膜貫通タンパク質の細胞外ドメインから構成され得る。
【００１３】
本発明により、患者の新血管形成を阻害する方法も提供される。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるヒト膜貫通タンパク質の可溶型を患者に投与する。その結果として、患者の新血管形成が阻害される。患者は、例えば血管形成化腫瘍、多発性嚢胞性腎疾患、糖尿病性網膜症、関節リウマチ、または乾癬を有してよい。
【００１４】
本発明のさらに別の局面に従い、患者の新血管形成の部位を同定する方法を提供する。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるTEMタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む分子を患者に投与する。この分子は検出可能な成分に結合させてある。患者において検出可能な成分を検出し、これにより新血管形成を同定する。
【００１５】
本発明のさらに別の態様は、患者の新血管形成をスクリーニングする方法である。患者から採取した体液を、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質の細胞外ドメインに特異的に結合する抗体可変領域を含む分子と接触させる。この分子と交差反応する体液中の物質の検出により、患者の新血管形成が示される。
【００１６】
本発明のさらなる態様は、腫瘍を治療するための候補薬剤を同定する方法である。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数の遺伝子を発現する細胞をそれぞれ、試験化合物と接触させる。該細胞のmRNAと、該1つまたは複数の遺伝子のmRNAに相補的な核酸プローブとをハイブリダイズす��ことにより、1つまたは複数の遺伝子の発現を測定する。試験化合物により該1つまたは複数の遺伝子の発現が減少した場合に、この化合物を腫瘍を治療するための候補薬剤として同定する。任意で細胞は内皮細胞である。別の方法としてまたは追加として、細胞は、該1つまたは複数の遺伝子の発現構築物をトランスフェクトした組換え宿主細胞である。発現を増加させる試験化合物を、創傷治癒を促進するための候補として同定することができる。
【００１７】
本発明のさらに別の態様は、腫瘍を治療するための候補薬剤を同定する方法である。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数のタンパク質を発現する細胞と試験化合物とを接触させる。該細胞内の該1つまたは複数のタンパク質の量を測定する。試験化合物により該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の量が減少した場合に、その化合物を腫瘍を治療するための候補薬剤として同定する。任意で細胞は内皮細胞である。別の方法としてまたは追加として、細胞は、該1つまたは複数のタンパク質をコードする発現構築物をトランスフェクションした組換え宿主細胞である。あるいは、該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の量を増加させる試験化合物を、創傷治癒を処置するための候補薬剤として同定する。
【００１８】
本発明の別の局面に従い、腫瘍を治療するための候補薬剤を同定する方法を提供する。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数のタンパク質を発現する細胞と試験化合物とを接触させる。該細胞内の該1つまたは複数のタンパク質の活性を測定する。試験化合物により該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の活性が減少した場合に、この化合物を腫瘍を治療するための候補薬剤として同定する。任意で細胞は内皮細胞である。別の方法としてまたは追加として、細胞は、該1つまたは複数のタンパク質をコードする発現構築物をトランスフェクトした組換え宿主細胞である。任意で細胞は内皮細胞である。試験化合物が該細胞内の1つまたは複数の該タンパク質の活性を増加させる場合、この化合物を創傷治癒を処置する候補薬剤として同定することができる。
【００１９】
本発明のさらなる局面は、腫瘍を有する患者を治療するための候補薬剤を同定する方法である。試験化合物を、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される1つまたは複数のタンパク質をコードする発現構築物とトランスフェクトした組換え宿主細胞とを接触させる。該細胞の増殖を測定する。該細胞��増殖を阻害する試験化合物を、腫瘍を有する患者を治療するための候補薬剤として同定する。該細胞の増加を刺激する試験化合物を、創傷治癒に使用する等の、新血管形成を促進するための候補薬剤として同定する。
【００２０】
本発明の別の局面は、内皮細胞を同定する方法である。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質に特異的に結合する可変領域を含む1つまたは複数の分子と、細胞集団とを接触させる。該分子に結合した集団内の細胞を検出する。該分子に結合している細胞を内皮細胞として同定する。��意で該分子に結合した細胞を、結合しなかった細胞から単離する。該分子は、例えば無傷の抗体であってもよい。
【００２１】
本発明のさらに別の局面は、内皮細胞を同定する方法である。内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択される核酸配列によって同定されるDNA、cDNA、またはmRNAに相補的な1つまたは複数の核酸ハイブリダイゼーションプローブと、細胞集団のcDNAまたはmRNAとを接触させる。該核酸ハイブリダイゼーションプ���ーブに特異的にハイブリダイズしたcDNAまたはmRNAを検出する。そのcDNAまたはmRNAが特異的にハイブリダイズした細胞を、内皮細胞として同定する。
【００２２】
本発明の別の態様では、哺乳動物においてTEMタンパク質に対する免疫応答を誘導する方法を提供する。そのような免疫を用いて、体内における腫瘍細胞の伝播を防止、抑止、または阻害することができる。TEMタンパク質またはTEMタンパク質をコードする核酸を、腫瘍を有するまたは腫瘍を発症する危険性を有するヒト対象に投与する。TEMタンパク質は、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメ���ノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質である。これにより、ヒト対象においてTEMタンパク質に対する体液性免疫応答または細胞性免疫応答が上昇する。免疫応答を増強するために、免疫アジュバントを用いることができる。
【００２３】
本発明の別の態様に従い、TEMタンパク質またはTEMタンパク質をコードする核酸をそれを必要とする対象に提供することにより、血管増殖が刺激される。TEMタンパク質は、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；EGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1からなる群より選択されるタンパク質である。血管増殖を必要とする対象は、例えば創傷を有する対象である。
【００２４】
新血管形成および新血管形成を含むまたは必要とする病理学的過程に関する検出、診断、治療、および薬物スクリーニングのための試薬および方法を伴う技術を提供する本明細書を読むことにより、これらおよび他の態様は当業者に明らかになるであろう。
【００２５】
発明の詳細な説明
本発明者らは、正常内皮と比較して腫瘍内皮おいて有意に高レベルで発現し（≧2倍）、かつ膜タンパク質をコードする76個のヒト遺伝子を同定した。表1を参照されたい。これらの遺伝子のほとんどは、培養で維持した内皮細胞(EC)において発現しないかまたは比較的低レベルで発現していた。興味深いことに、腫瘍内皮遺伝子は、その組織または器官起源にかかわらず、試験したすべての腫瘍で発現していた。ほとんどの腫瘍内皮遺伝子は、黄体および創傷においても発現していた。
【００２６】
正常内皮と腫瘍内皮が多くの内皮細胞特異的マーカーを共有し、高度に関連していることは明白である。腫瘍由来の内皮が同じ種類の正常組織に由来する内皮と質的に異なり、また初代内皮培養物と異なることも、同様に明白である。これらの遺伝子はいくつかの異なる組織種に由来する腫瘍で特徴的に発現し、このことから一般に腫瘍内皮が正常内皮と異なることが実証される。腫瘍内皮において差次的に発現する遺伝子は、黄体形成および創傷治癒等の他の血管形成過程においても発現する。したがって、腫瘍における新たな血管の形成は、本質的に「腫瘍血管形成」というよりもむしろ「新血管形成」とみなす方がより妥当である。この差異は様々な観点から重要であり、他の生理学的または病理学的過程において産生されるシグナルの多くまたは基本的に同じシグナルを用いて、腫瘍が脈管構造を補充するという考えと一致する。腫瘍が「治癒していない創傷」を表すということは、癌生物学において最も古い考えの1つである。
【００２７】
配列および文献研究により、TEMタンパク質のファミリー間で行う以下の同定が可能となった。膜貫通領域を含む膜関連TEMタンパク質を同定した。これらには、内向き整流性カリウムチャネル、サブファミリーJ、メンバー8；血管細胞接着分子1；NADH：ユビキノン酸化還元酵素MLRQサブユニット相同体；仮想タンパク質MGC5508；シンデカン2（ヘパラン硫酸プロテオグリカン1、細胞表面関連、フィブログリカン）；仮想タンパク質BC002942；性質不明造血；幹/前駆細胞タンパク質MDS032；FAT腫瘍抑制因子相同体1（ショウジョウバエ）；Gタンパク質共役受容体4；アミロイドβ(A4)前駆タンパク質（プロテアーゼネキシンII、アルツハイマー病）；腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー25（鎖移動関連膜タンパク質）；主要組織適合性複合体、クラスI、A；変性精母細胞相同体、脂質不飽和化酵素（ショウジョウバエ）；マトリックスメタロプロテイナーゼ25；前立腺幹細胞抗原；メラノーマ細胞；接着分子；Gタンパク質共役受容体；プロトカドヘリンβ9；マトリックス；メタロプロテイナーゼ14（膜挿入型）；スコチン；ケモカイン（C-X-Cモチーフ）リガンド14；マウスレトロウイルス組み込み部位1相同体；インテグリン、α11；インターフェロン、α；誘導性タンパク質（クローンIFI-6-16）；CLST 11240タンパク質；H因子（補体）様；tweety相同体2（ショウジョウバエ）；一過性の受容器電位；陽イオンチャネル、サブファミリーV、メンバー2；仮想タンパク質PRO1855；sprouty相同体4（ショウジョウバエ）；アクセサリータンパク質BAP31；インテグリン、αV（ビトロネクチン受容体、αポリペプチド、抗原CD51）；ギャップ結合タンパク質、α4、37kDa（コネキシン37）；カルシンテニン1；溶質運搬体ファミリー26、メンバー6；配列類似性を有するファミリー3、メンバーC；免疫グロブリン重鎖定常γ3（G3mマーカー）；ヘファエスチン；仮想タンパク質DKFZp761D0211；シスプラチン耐性関連タンパク質CRR9p；仮想タンパク質IMAGE3455200；ホモサピエンスmRNA全長挿入cDNAクローンEUROIMAGE881791；仮想タンパク質MGC15523；プロスタグランジンI2（プロスタサイクリン）受容体(IP)；CD164抗原、シアロムチン；推定Gタンパク質共役受容体GPCR41；DKFZP566H073タンパク質；血小板由来増殖因子受容体、αポリペプチド；NADH脱水素酵素（ユビキノン）1αサブ複合体、1、7.5kDa；CD151抗原；血小板由来増殖因子受容体、βポリペプチド；KIAA0102遺伝子産物；B7相同体3；溶質運搬体ファミリー4、陰イオン交換体、メンバー2（赤血球膜タンパク質バンド3様1）；エンドセリン受容体B型、細胞死に対するディフェンダー1；膜貫通、前立腺アンドロゲン誘導RNA；ノッチ相同体3（ショウジョウバエ）；リンホトキシンβ（TNFスーパーファミリー、メンバー3）コンドロイチン硫酸プロテオグリカン4（メラノーマ関連）；脂肪腫HMGIC融合パートナー；アンキリン反復含有タンパク質AKR1に類似した仮想タンパク質；SDR1短鎖脱水素酵素/還元酵素1；PCSK7プロタンパク質転換酵素サブチリシン/ケキシン7型；ホモサピエンスmRNA、cDNA DKFZp686D0720（クローンDKFZp686D0720由来）；FAP線維芽細胞活性化タンパク質、α；MCAMメラノーマ細胞接着分子；およびEGF様ドメイン1を有するシステインリッチCRELD1が含まれる。
【００２８】
ECは正常または腫瘍組織内の全細胞の微量な画分のみを表しており、最も高いレベルで発現するそのようなEC転写産物のみが、未分画組織から作製したライブラリーで示されると考えられる。したがって、本研究で説明する遺伝子によって、今後ヒト血管形成の基本的および臨床的研究のための価値ある資源が供給されるはずである。これらの遺伝子のそれぞれに対応する核酸および/またはタンパク質を、表1に示すように、ユニジーン(Unigene)、OMIM、および/またはタンパク質データベースで同定する。
【００２９】
本発明による単離および精製された核酸とは、ヒトゲノムにおいて連結している遺伝子に連結していない遺伝子である。さらにこれら核酸は、異なる遺伝子による多数の異なる配列を含む混合物中ライブラリー等には存在しない。しかしこれら核酸は、ベクター配列または天然では隣接していない他の遺伝子の配列等他の遺伝子に連結させてもよい。本明細書で開示するタグは、これらが作製された方法により、SAGEタグを作製するために用いたタギング酵素の最も3'側の制限酵素認識部位の3'側の配列を表す。この場合、タグは、mRNAに対応するcDNA分子内の最も3'側のNlaIII部位の3'側である。タグに相当する核酸は、例えばRNA、cDNA、またはゲノムDNAであってよい。配列データベースと比較することによりそのような相当する核酸を決定して、配列の同一性を決定することができる。配列の比較は、米国国立医学図書館、米国国立生命工学情報センターから利用できるBLAST等の任意の利用可能な技法を用いて行うことができる。タグをゲノムライブラリーまたはcDNAライブラリーに対してハイブリダイゼーションプローブとして使用し、その遺伝子の由来元を同定することもできる。したがって、配列比較もしくはクローニング、またはこれらの方法の組み合わせを用いて、当業者は全長核酸配列を得ることができる。タグに対応する遺伝子は、コード配列または3'非翻訳領域(UTR)の3'末端、タグを作製するために用いた、cDNA内の制限エンドヌクレアーゼの最も3'側の認識部位の3'側に、タグの配列を含むことになる。核酸は、センス鎖を表してもアンチセンス鎖を表してもよい。本明細書で配列特殊性を有する核酸およびタンパク質を開示するが、これらは個々人に由来してよい。ヒト集団内で生じる対立遺伝子変種は、そのような核酸およびタンパク質の範囲内に含まれる。当業者は、対立遺伝子変種を同じ遺伝子またはタンパク質と同定することが十分可能である。核酸が特定されれば、当業者は存在するオープンリーディングフレームおよびひいてはオープンリーディングフレームによってコードされるポリペプチドの配列を容易に決定することができ、また当技術分野で周知の技法を用いて、適切な宿主でそのようなタンパク質を発現させることができる。そのようなポリペプチドを含むタンパク質は、天然タンパク質、ヒトまたは他の種に由来する他の遺伝子による外因性配列を含む融合タンパク質、エピトープタグ化ポリペプチド等であってよい。単離および精製されたタンパク質は細胞内に存在せず、核酸、脂質等の通常の細胞構成成分から分離されている。典型的にタンパク質は、組成物中に主な種類のタンパク質を、例えば存在するタンパク質の50％、60％、70％、80％、90％、さらには95%を超えて含む程度まで精製される。
【００３０】
本発明によるタンパク質を用いて、当業者はそのタンパク質に特異的に結合する抗体を容易に作製することができる。そのような抗体は、モノクローナル抗体であってもポリクローナル抗体であってもよい。また、キメラ抗体、ヒト化抗体、または完全なヒト抗体であってもよい。Fab、Fab'、Fab2、Fab'2、および単鎖の可変領域を含む、任意の機能的断片または抗体の誘導体を用いることができる。断片または誘導体が内皮マーカータンパク質への結合特異性を保持する限りは、これを用いることができる。所定の一連の条件下で抗体と適切な抗原との結合、抗体と無関係な抗原との結合、または抗体と抗原混合物との結合を比較することにより、抗体の結合特異性について試験することができる。抗体が、無関係の抗原または抗原混合物と比較して、適切な抗原に少なくとも2倍、5倍、7倍、好ましくは10倍多く結合する場合、この抗体を特異的であると見なす。
【００３１】
そのような部分的ないしは完全なヒト抗体を作製するための技法は当技術分野で周知であり、任意のそのような技法を用いることができる。1つの特に好ましい態様により、ヒト重鎖および軽鎖抗体遺伝子を発現するように操作した遺伝子組換えマウスで、完全なヒト抗体配列を作製することができる。様々なクラスの抗体を産生し得る遺伝子組換えマウスの多くの株が作製されている。所望の抗体を産生する遺伝子導入マウスのB細胞を融合して、所望の抗体を連続して産生するハイブリドーマ細胞株を作製することができる。例えば、Nina D. Russel、Jose R. F. Corvalan、Michael L. Gallo、C. Geoffrey Davis、Liise-Anne Pirofski、Production of Protective Human Antipneumococcal Antibodies by Transgenic Mice with Human Immunoglobulin Loci、Infection and Immunity、2000年4月、1820〜1826ページ；Michael L. Gallo、Vladimir E. Ivanov、Aya Jakobovits、およびC. Geoffrey Davis、The human immunoglobulin loci introduced into mice: V (D) and J gene segment usage similar to that of adult humans、European Journal of Immunology 30: 534-540、2000；Larry L. Green、Antibody engineering via genetic engineering of the mouse: XenoMouse strains are a vehicle for the facile generation of therapeutic human monoclonal antibodies、Journal of Immunological Methods 231 11-23、1999；Yang X-D、Corvalan JRF、Wang P、Roy CM-N、およびDavis CG、Fully Human Anti-interleukin-8 Monoclonal Antibodies: Potential Therapeutics for the Treatment of Inflammatory Disease States、Journal of Leukocyte Biology 第66巻、401〜410ページ(1999)；Yang X-D、Jia X-C、Corvalan JRF、Wang P、CG Davis、およびJakobovits A、Eradication of Established Tumors by a Fully Human Monoclonal Antibody to the Epidermal Growth Factor Receptor without Concomitant Chemotherapy、Cancer Research 第59巻第6号、1236〜1243ページ(1999)；Jakobovits A、Production and selection of antigen-specific fully human monoclonal antibodies from mice engineered with human Ig loci、Advanced Drug Delivery Reviews 第31巻、33〜42ページ(1998)；Green LおよびJakobovits A、 Regulation of B cell devlopment by variable gene complexity in mice reconstituted with human immunoglobulin yeast artificial chromosomes、J. Exp. Med. 第188巻第3号、483〜495ページ(1998)；Jakobovits A、The long-awaited magic bullets: therapeutic human monoclonal antibodies from transgenic mice、Exp. Opin. Invest. Drugs 第7(4)巻、607〜614ページ(1998)；Tsuda H、Maynard-Currie K、Reid L、Yoshida T、Edamura K、Maeda N、Smithies O、Jakobovits A、Inactivation of Mouse HPRT locus by a 203-bp retrotransposon insertion and a 55-kb gene-targeted deletion: establishment of new HPRT-Deficient mouse embryonic stem cell lines、Genomics 第42巻、413〜421ページ(1997)；Sherman-Gold, R、Monoclonal Antibodies: The Evolution from '80s Magic Bullets To Mature, Mainstream Applications as Clinical Therapeutics、Genetic Engineering News 第17巻第14号 (1997年8月)；Mendez M、Green L、Corvalan J、Jia X-C、Maynard-Currie C、Yang X-d、Gallo M、Louie D、Lee D、Eickson K、Luna J、Roy C、Abderrahim H、Kirschenbaum F、Noguchi M、Smith D、Fukushima A、Hales J、Finer M、Davis C、Zsebo K、Jakobovits A、Functional transplant of megabase human immunoglobulin loci recapitulates human antibody response in mice、Nature Genetics 第15巻、146〜156ページ(1997)；Jakobovits A、Mice engineered with human immunoglobulin YACs: A new technology for production of fully human antibodies for autoimmunity therapy、Weir's Handbook of Experimental Immunology, The Integrated Immune System 第IV巻、194.1〜194.7ページ(1996)；Jakobovits A、Production of fully human antibodies by transgenic mice、Current Opnion in Biotechnology 第6巻第5号、561〜566ページ(1995)；Mendez M、Abderrahim H、Noguchi M、David N、Hardy M、Green L、Tsuda H、Yoast S、Maynard-Currie C���Garza D、Gemmill R、Jakobovits A、Klapholz S、Analysis of the structural integrity of YACs comprising human immunoglobulin genes in yeast and in embryonic stem cells、Genomics 第26巻、294〜307ページ(1995)；Jakobovits A、YAC Vectors: Humanizing the mouse genome、Current Biology 第4巻第8号、761〜763ページ(1994)；Arbones M、Ord D、 Ley K、Ratech H、Maynard-Curry K、Otten G、Capon D、Tedder T、Lymphocyte homing and leukocyte rolling and migration are impaired in L-selectin-deficient mice、Immunity 第1巻第4号、247〜260ページ(1994)；Green L、Hardy M、Maynard-Curry K、Tsuda H、Louie D、Mendez M、Abderrahim H、Noguchi M、Smith D、Zeng Yら、Antigen-Specific human monoclonal antibodies from mice engineered with human Ig heavy and light chain YACs、Nature Genetics 第7巻第1号、13〜21ページ(1994)；Jakobovits A、Moore A、Green L、Vergara G、Maynard-Curry K、Austin H、Klapholz S、Germ-line transmission and expression of a human-derived yeast artificial chromosome、Nature 第362巻第6417号、255〜258ページ(1993)；Jakobvits A、Vergara G、Kennedy J、Hales J、McGuinness R、Casentini-Borocz D、Brenner D、Otten G、Analysis of homozygous mutant chimeric mice: deletion of the immunoglobulin heavy-chain joining region blocks B-cell development and antibody production、Proceedings of the National Academy of Sciences USA 第90巻第6号、2551〜2555ページ(1993)；Kucherlapatiら、米国特許第6,1075,181号を参照されたい。
【００３２】
抗体はファージディスプレイ法を用いて作製することもできる。そのような技法を用いて、最初の抗体を単離することもできるし、または特異性もしくは結合特性を改変した変種を作製することもできる。単鎖Fvもまた、そのまま便利に用いることができる。これらは、必要に応じてワクチン接種した遺伝子組換えマウスから作製することができる。抗体は、細胞培養、ファージ、またはウシ、ウサギ、ヤギ、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ヒツジ、イヌ、ネコ、サル、チンパンジー、類人猿を含むがこれらに限定されない様々な動物で産生させることができる。
【００３３】
放射性元素、発色団、フルオロフォア等の検出可能な成分を用いて、抗体を標識することができる。そのような標識化抗体を、インビボまたは単離した試験試料での診断技法に用いることができる。抗体を、例えば化学療法薬または毒素等の薬剤に結合することも可能である。サイトカイン、リガンド、別の抗体と結合することもできる。抗腫瘍効果を達成するために抗体に結合するのに適した薬剤には、インターロイキン2(IL-2)および腫瘍壊死因子(TNF)等のサイトカイン；アルミニウム(III)テトラスルホン酸フタロシアニン、ヘマトポルフィリン、およびフタロシアニンを含む、光線力学的療法に用いるための光増感剤；ヨウ素-131(131I)、イットリウム-90(90Y)、ビスマス-212(212Bi)、ビスマス-213(213Bi)、テクネチウム-99m(99mTc)、レニウム-186(186Re)、およびレニウム-188(188Re)等の放射性核種；ドキソルビシン、アドリアマイシン、ダウノルビシン、メトトレキセート、ダウノマイシン、ネオカルチノスタチン、およびカルボプラチン等の抗生物質；ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素A、ブドウ球菌エンテロトキシンA、アブリンA毒素、リシンA（脱グリコシルリシンAおよび天然リシンA）、TGFα毒素、チャイニーズコブラ(naja naja atra)の細胞毒素、およびゲロニン（gelonin)植物毒素）等の、細菌、植物、および他の毒素；レストリクトシン(restorictocin)（アスペルギルス・レストリクタス(Aspergillus restrictus)の産生するリボソーム不活性化タンパク質）、サポリン（サポナリア・オフィシナリス(Saponaria officinalis)由来のリボソーム不活性化タンパク質）、およびRNase等の、植物、細菌、および菌類由来のリボソーム不活性化タンパク質；チロシンキナーゼ阻害剤；ly207702（ニフッ化プリンヌクレオシド）；抗腫瘍薬（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、毒素をコードするプラスミド、メトトレキセート等）を含むリポソーム；ならびにF(ab)等の他の抗体または抗体断片が含まれる。
【００３４】
そのような抗体誘導体は当技術分野で周知であるため、当業者はこれを容易に理解し、作製することができると考えられる。抗体はそれ自体に細胞毒性があってもよいし、または抗体を用いて体内の特定の部位に細胞毒性薬を送達してもよい。抗体を必要とする個人に、受動免疫として抗体を投与することができる。
【００３５】
タンパク質配列による、細胞表面タンパク質および分泌タンパク質の細胞外領域の特徴付けは、シグナル配列、膜貫通ドメイン、および機能ドメインの予測に基づく。抗体は、膜結合性タンパク質、特にそのようなタンパク質の細胞外ドメイン、または分泌タンパク質に特異的に免疫反応性であることが好ましい。そのような標的は、典型的に細胞の内部または核に到達できない抗体に容易に近づくことができる。しかしいくつかの応用では、細胞内タンパク質またはエピトープを対象とした抗体が同様に有用な場合もある。さらに診断目的では、全細胞アッセイよりもむしろ細胞溶解液を用いる場合があるため、細胞内タンパク質またはエピトープも同様に優れた標的となり得る。
【００３６】
コンピュータープログラムを用いて、配列が既知であるタンパク質の細胞外ドメインを同定することができる。そのようなプログラムには、SMARTソフトウェア（Schultzら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 5857-5864、1998）およびPfamソフトウェア（Batemanら、Nucleic acids Res. 28: 263-266、2000）、ならびにPSORTIIが含まれる。典型的に、そのようなプログラムにより膜貫通ドメインが同定される。細胞外ドメインは、膜貫通ドメインのすぐ近傍に同定される。細胞外領域およびシグナル切断部位の予測は概算にすぎない。+または-5残基の誤差がある可能性がある。シグナル配列は、3つの異なる方法（Nielsenら、Protein Engineering 10: 1-6、1997、Jaglaら、Bioinformatics 16: 245-250、2000、Nakai, KおよびHorton, P.、Trends in Biochem. Sci. 24:34-35、1999）を用いて、より正確を期して予測することができる。同様に、膜貫通(TM)ドメインも複数の予測法により同定することができる。（Pasquierら、Protein Eng. 12:381-385、1999、Sonnhammerら、In Proc. of Sixth Int. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology、175〜182ページ、Ed J. Glasgow、T. Littlejohn、F. Major、R. Lathrop、D. Sankoff、およびC. Sensen Menlo Park、CA: AAAI Press、1998、Kleinら、Biochim. Biophys. Acta、 815:468、1985、NakaiおよびKanehisa、Genomics、 14: 897-911、1992）。あいまいな場合には、十分に特徴づけされたタンパク質における機能ドメインの位置をガイドとして使用し、細胞内局在性を指定する。
【００３７】
新規タンパク質の推定機能または推定機能ドメインは、BLAST検索により同定したデータベースの相同領域から（Altschulら、Nucleic Acid Res. 25: 3389-3402、1997）、および/またはPfam（Batemanら、Nucleic Acids Res. 27:260-262、1999）、BLOCKS（Henikoffら、Nucl. Acids Res. 28:228-230、2000）、およびSMART（Pontingら、Nucleic Acid Res. 27, 229-232、1999）等の保存ドメインデータベースから推測することができる。単一膜貫通ドメインタンパク質では、細胞外ドメインは膜貫通ドメインに隣接した領域を含む（外から内またはI型クラス）。複数膜貫通ドメインタンパク質では、細胞外ドメインは2つの隣接したドメインの間の領域も含む（内から外および外から内）。N末端領域が細胞質側であるII型膜貫通ドメインタンパク質では、膜貫通ドメインに続く領域が一般に細胞外である。一方、分泌タンパク質は膜貫通タンパク質をもたず、そのため全タンパク質を細胞外と見なす。
【００３８】
標準的な技法を用いて、膜結合性タンパク質を操作して膜貫通ドメインを除去し、リガンドに結合し得る細胞外部分を残すことができる。膜貫通受容体タンパク質のそのような可溶型を用いて、リガンドに対する結合において天然型と競合させることができる。したがってそのような可溶型は阻害剤として働き、臨床的に抗血管形成薬として、天然リガンドを定量するための診断手段として、およびTEM:リガンド複合体の活性を調節または模倣する小分子を同定するアッセイにおいて用いることができる。
【００３９】
あるいは、内皮マーカー自体をワクチンとして使用し、ワクチン接種した動物またはヒトの免疫応答を亢進することができる。そのような用途には、タンパク質、または関心対象の細胞内、細胞外、または分泌TEMに相当するそのようなタンパク質の免疫原性断片を、対象に投与する。免疫原は、精製標品としてまたは適切に発現する細胞により提供することができる。投与は、免疫原の送達により直接的であっても、または対象において関心対象の免疫原の発現をもたらす条件下で免疫原をコードする核酸を送達することにより間接的であってもよい。関心対象のTEMは、腫瘍内皮細胞の精製集団または腫瘍内皮細胞と樹上細胞の融合細胞の集団等の発現細胞により送達してもよい。関心対象のTEMをコードする核酸は、ウイルスもしくは非ウイルス送達ベクター、または媒体で送達することができる。関心対象のヒトTEMをコードする非ヒト配列または他の哺乳動物相同体を用いて、ヒト対象において所望の免疫応答を誘導することができる。本発明のTEMのいくつかについては、文献から、または十分に当技術分野の技術の範囲内にある技法を用いて、マウス、ラット、または他のオーソログ配列を得ることができる。
【００４０】
内皮細胞特異的として本明細書に開示するマーカーを用いて、内皮細胞を同定することができる。これらには、本明細書で同定した76個のヒトマーカー、すなわち腫瘍内皮マーカーが含まれる。そのようなマーカーに特異的な抗体を用いて、抗体をいくつかの内皮細胞を含む細胞集団と接触させることにより、そのような細胞を同定することができる。抗体と交差反応する物質の存在により、特定の細胞が内皮として同定される。同様に、交差反応性物質の存在について細胞の溶解液を試験することもできる。免疫ブロット法、放射性免疫測定法、ELISA法、免疫沈降法、および免疫組織化学法を含む、交差反応性物質を検出する任意の公知の型式または技法を用いることができる。さらに、これらのマーカーに対する核酸プローブを用いて、内皮細胞を同定することも可能である。ノーザンブロット法、RT-PCR法、マイクロアレイハイブリダイゼーション法、およびインサイチューハイブリダイゼーション法を含む、任意のハイブリダイゼーション技法を用いることができる。
【００４１】
1つまたは複数のTEMを含むと考えられる細胞を試験し、診断目的で腫瘍内皮細胞を同定することができる。対象の組織および体液の両方を試験することができる。例えば、患者の血液を細胞内TEM、膜結合性TEMの証拠について、および分泌TEMについて試験することができる。細胞内および/または膜結合性TEMは、これらの因子の高レベルでの発現および/またはTEMを発現する細胞の溶解による結果として体液中に存在する可能性がある。
【００４２】
本発明の内皮マーカーに対する抗体を用いて、様々な種類の内皮細胞の集団を作製することもできる。蛍光活性化セルソーティングを含むがこれに限定されない当技術分野で公知の任意の技法に従い、抗体を用いて細胞集団を精製することができる。そのような技法により、正常、腫瘍、または全内皮細胞であろうとなかろうと、少なくとも50％、60％、70％、80％、90％、92％、94％、95％、96％、97％、98％、さらには99％が所望の内皮細胞の種類である集団を単離することが可能となる。抗体を用いて、そのような集団をポジティブ選択することもネガティブ選択することもできる。内皮細胞集団により、少なくとも1個、5個、10個、15個、20個、または25個の適切なマーカーが発現されていることが好ましい。
【００４３】
本明細書に記載するように作製した内皮細胞集団を薬剤をスクリーニングするために使用し、腫瘍脈管構造の増殖の阻害により腫瘍の増殖を阻害するのに適した薬剤を同定することができる。
【００４４】
本明細書に記載するように作製した内皮細胞集団を候補薬剤をスクリーニングするために使用し、腫瘍もしくは他の望ましくない脈管構造の増殖を阻害するような内皮細胞の増殖の阻害により腫瘍の増殖を阻害する等の、血管形成の調節に適した候補薬を同定することができ、あるいは内皮細胞の増殖を促進し、ひいては新たなもしくはさらなる大血管もしくは微小血管系の増殖を促進するために使用することができる。
【００４５】
内皮細胞の増殖の阻害は、すでに存在する脈管構造の退行、または対照系と比較して処理した系での新たな血管形成の発達の遅延もしくは欠如を意味する。内皮細胞の増殖を促進することにより、新たな脈管構造の発達（新血管形成）またはさらなる脈管構造の発達（血管再生）に影響を及ぼすことができる。所与の候補薬剤の血管形成および/または抗血管形成特性を試験するための様々なモデルスクリーニング系が利用できる。典型的な試験は、増殖、遊走、分化等の内皮細胞応答、および/または所与の候補薬剤の細胞内相互作用を測定するアッセイを含む。そのような試験により、試験刺激のシグナルおよび効果を研究することができる。いくつかの一般的スクリーニング法には、へパラナーゼ（heparanase）の阻害、マトリゲルにおける内皮管の形成、内皮細胞の掻爬に誘導された運動性、血小板由来増殖因子によって駆動される血管平滑筋細胞の増殖の測定、およびラット大動脈輪アッセイ（1つの細胞種のみよりもむしろ毛細管形成の利点が提供される）が含まれる。
【００４６】
腫瘍内皮細胞および/または正常内皮細胞の増殖を模倣または調節、阻害または促進する能力について、薬剤をスクリーニングすることができる。腫瘍内皮増殖を阻害するが正常内皮増殖または生存を阻害しない能力について、薬剤をスクリーニングすることができる。同様に、正常内皮集団または腫瘍内皮集団等のヒト細胞集団を試験物質と接触させ、腫瘍内皮マーカーの発現を測定することができる。腫瘍内皮マーカー(TEM)の発現を減少させる試験物質が、血管形成および腫瘍の増殖を阻害するための候補である。TEMの活性が公知である場合、その活性を増減させる能力について薬剤をスクリーニングすることができる。
【００４７】
細胞表面に見出されるTEM受容体に結合し得る薬剤候補を同定することができる。いくつかの用途には、TEM受容体を天然リガンドから遮断し得る薬剤候補を同定することが望ましい。いくつかの用途には、TEM受容体に結合し得る薬剤候補の同定を、治療薬または診断薬を送達する手段として用いることができる。他の用途には、天然リガンドの活性を模倣し得る薬剤候補を同定することが望ましい。このように、膜貫通TEM受容体:リガンド複合体の結合を操作することにより、内皮細胞のさらなる発達、故に血管形成を促進または阻害することが可能である。
【００４８】
任意の簡便な方法に従い、発現をモニターすることができる。タンパク質またはmRNAをモニターすることができる。ELISA法、SAGE法、マイクロアレイハイブリダイゼーション法、ウェスタンブロット法を含むがこれらに限定されない、特定の遺伝子の発現をモニターするための当技術分野で公知の任意の技法を用いることができる。単一マーカーの発現の変化を、潜在的な血管形成促進薬、抗血管形成薬、または抗腫瘍薬としての有意な効果の判定基準として用いることができる。しかし、少なくとも5個、10個、15個、または20個の関連マーカー（腫瘍または正常内皮マーカー）の発現を調節し得る試験物質をスクリーニングすることが望ましいと考えられる。薬剤スクリーニングとして、TEMタンパク質活性の阻害を用いることもできる。この目的に、ヒトおよびマウスのTEMを用いることができる。
【００４９】
スクリーニングする試験物質は、任意の供給源に由来してよい。試験物質は、天然物ライブラリー、コンビナトリアル化学ライブラリー、組換えライブラリーによって作製される生物産物等であってよい。試験物質の供給源は、本発明に重要ではない。本発明により、以前に他のスクリーニング図式で見落とされた可能性のある化合物および組成物をスクリーニングする手段が提供される。本発明のマーカーの核酸およびこれに相当するコードされるタンパク質を、様々な様式で治療に用いることができる。例えば創傷治癒のためにまたは遮断した血管を回避するために、TEMを用いて脈管構造の増殖を促進することができる。当技術分野で公知の任意の手段により、核酸およびコードされるタンパク質を投与することができる。そのような方法には、リポソーム、ナノ粒子（nanosphere）、ウイルスベクター、ポリカチオンを含む非ウイルスベクター等が含まれる。適切なウイルスベクターには、アデノウイルス、レトロウイルス、およびシンドビスウイルスが含まれる。投与様式は、非経口、静脈内、筋肉内、腹腔内、局所的、鼻腔内、直腸内、および気管支内等を含む、当技術分野で公知の任意の方法であってよい。
【００５０】
治療上の利点のため、TEMの特異的生物学的アンタゴニストを用いることができる。例えば、抗体、TEMに特異的なT細胞、TEMのアンチセンス、およびTEMに特異的なリボザイムを用いて、腫瘍または他の異常なもしくは望ましくない脈管構造の増殖を制限、阻害、縮小、および/または減少させることができる。これらの種類のアンタゴニストに関して当技術分野で一般的に公知のように、そのようなアンタゴニスを投与することができる。抗血管形成薬および薬剤を用いて、腫瘍増殖を阻害すること、ならびに糖尿病性網膜症、関節リウマチ、乾癬、多発性嚢胞性腎疾患(PKD)、およびその病態に血管形成を必要とする他の疾患を治療することができる。
【００５１】
同時係属出願第09/918,715号の開示は、明確に本明細書に組み入れられる。
【００５２】
上記の開示は、本発明を一般に説明したものである。本明細書に開示する参考文献はすべて、明確に参照として組み入れられる。以下の具体的な実施例を参照することによってより完全な理解が得られるが、実施例は説明のためのみに本明細書に提供するものであり、本発明の範囲を限定することを意図していない。
【００５３】
実施例1
結腸直腸癌の脈管構造の視覚化
腫瘍血管形成の問題に取り組むため、この癌の高発生率、比較的遅い増殖、および抗腫瘍薬への抵抗性に基づき、ヒト結腸直腸癌の内皮を選択した。グリア芽腫等のある種のあまり一般的でない腫瘍種は高度に血管化されており、抗血管形成療法の優れた標的と見なされるが、ヒト結腸直腸癌および他の一般的な固形腫瘍種の増殖に関する血管形成の重要性はあまり実証されていない。
【００５４】
まず、マーカーとしてフォンーウィルブランド因子(vWF)を用いて、結腸直腸癌の血管を染色することから始めた。この試験により、6つの結腸直腸腫瘍のそれぞれにおいて、腫瘍実質の至るところに高密度の血管が示された。興味深いことにこれらの解析により、内皮は周囲に明らかな壊死細胞の輪を伴う生細胞の血管周囲カフに囲まれている場合が多いことから、腫瘍の増殖へのこれら血管の重要性も実証された。これらの予備研究によって結腸腫瘍が血管形成依存性であることが示唆されたが、結腸癌の血管と正常結腸の血管を識別する信頼できるマーカーは現在のところ不足している。そのようなマーカーが存在するかどうかを決定する1つの方法は、正常組織および腫瘍組織に由来する内皮の遺伝子発現プロファイルを解析することによる。
【００５５】
実施例2
内皮細胞の精製
腫瘍内皮および正常内皮における遺伝子発現の全体的系統的解析は、少なくとも3つの実験的障害により妨げられていた。第一に、内皮は、血管壁成分、間質細胞、および腫瘍細胞からなる複雑な組織にからんでおり、解析するにはECを精製する高度に選択的な手段が必要である。第二に、全体的な遺伝子発現プロファイルを規定する技法が最近まで利用できなかった。第三に、腫瘍内のわずかな画分のみが内皮であり、比較的少ない細胞から全体的な発現プロファイルを解析するのに適した方法の開発が要求される。
【００５６】
第一の障害を克服するため、この目的に一般に用いられる内皮マーカーであるCD31を用いて、まず分散したヒト結腸直腸組織からECを精製することを試みた。その結果実質的にECは濃縮されたが、おそらくマクロファージによるCD31の発現が原因で造血細胞が標品に混入していた。したがって、最近記載されたECのマーカーであるP1H12を用いて、ヒト組織からECを精製する新しい方法を開発した。CD31とは異なり、P1H12は腫瘍および正常結腸直腸粘膜のECに特異的に発現していた。さらに、公知の細胞表面内皮マーカー（例えば、VE-カドヘリン、CD31、およびCD34）のパネルと共に正常および癌結腸を免疫蛍光染色したところ、P1H12は微小血管を含むすべての血管を染色する点で独特であることが示された。P1H12を用いた選択に加えて、細胞表面タンパク質を破壊することなく隣接物からのECの分離を最適化する、および抗体の混合物を用いてポジティブおよびネガティブアフィニティー精製する必要があった。正常結腸直腸粘膜および結腸直腸癌から精製したECは、RT-PCR法および次の遺伝子発現解析（以下を参照のこと）から判断して、本質的に上皮細胞および造血細胞を含んでいなかった。
【００５７】
実施例3
腫瘍および正常内皮細胞発現パターンの比較
残りの障害を克服するため、改良した遺伝子発現の連続解析(SAGE)技法を使用した。SAGE法では、個々のmRNA転写産物をその3'末端近傍の特定の位置に由来する14塩基対のタグと関連づける。それぞれのタグの存在量により、研究するmRNA集団内に存在する転写産物レベルの定量的測定が提供される。SAGE法は発現した遺伝子の既存のデータベースに依存せず、したがって遺伝子発現プロファイルの公平な見解が得られる。これらの細胞による転写産物は現存しているESTデータベースで十分に示される可能性は低いため、組織のわずかな画分のみを構成する細胞を解析する上でこの特徴は特に重要である。本発明者らは、少数の精製したECに用いることができるようにSAGE手順を適合化した。結腸直腸癌の精製したECによる約100,000タグのライブラリー、および同じ患者による正常直腸粘膜のECによる同様のライブラリーを作製した。これらの約193,000個のタグは、32,500個を超える独特な転写産物に相当する。造血マーカー、上皮マーカー、および内皮マーカーの発現パターンを試験することにより、標品の精度を確認した。
【００５８】
実施例4
腫瘍内皮 対 正常内皮
次に、正常または腫瘍組織に由来する内皮で差次的に発現する転写産物を同定することを試みた。腫瘍血管において2倍またはそれ以上高いレベルで発現する、膜貫通タンパク質をコードする47個のタグを同定した。腫瘍内皮において高レベルで発現するこれらの転写産物は、診断および治療目的で今後有用となる可能性が高い。
【００５９】
参考文献および注記
引用した各参考文献の開示は、明確に本明細書に組み入れられる。
2005530856.tif 000002
8. 元のEC単離手順は、抗P1H12の代わりに抗CD31抗体を用いて分散した細胞を染色する点、ならびにCD64およびCD14に対する磁気ビーズをネガティブ選択に含めない点以外は、図2Bに示す手順と同様である。これらの2つのEC標品から120,000個のSAGEタグを作製した後、SAGEデータを慎重に解析した結果、内皮特異的マーカーに加えていくつかのマクロファージ特異的マーカーもまた存在することが示された。
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11. 必要な出発材料の最低限の量を細胞約5千万個から細胞約5万個（すなわち約1,000分の1）に減らすため、本発明者らおよび他の研究者ら(38)は元のSAGE手順にいくつかの改良点を導入した。本発明者らの「マイクロSAGE」手順の詳細版は、依頼に応じて本発明者らから入手できる。
12. 正常および腫瘍に由来するECそれぞれから96,694個および96,588個のSAGEタグを解析し、50,298個の独特なタグが示された。32,703個の独特な転写産物という保守的な見積もりは、現在のデータセットまたはヒトトランスクリプトームで以前に同定された134,000個の転写産物で2回以上観察されたタグを考慮することにより導き出した(39)。
13. 内皮特異的転写産物を同定するため、各群で解析したタグの数を100,000に標準化した。本発明者らの解析を、培養での非内皮細胞株よりもECで少なくとも20倍高いレベルで発現し、非内皮細胞株および造血画分（約57,000タグ）(41)において100,000個の転写産物当たり5コピー未満存在する転写産物に限定した。非内皮細胞株は、結腸癌、乳癌、肺癌、および膵臓癌を含む全部で14の異なる癌細胞株、ならびに1つの非形質転換ケラチノサイト細胞株、2つの腎臓上皮細胞株、および正常単球に由来する、1.8x106タグからなる。PEMの完全なリストは、www.sagenet.org/angio/table1.htmで入手できる。
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26. 非放射性インサイチューハイブリダイゼーションを行うため、PCRによって500〜600 bp産物を増幅することによりおよびT7プロモーターをアンチセンスプライマーに取り込むことにより、ジゴキシゲニン(DIG)標識センスおよびアンチセンスリボプローブを作製した。インビトロ転写は、DIG RNA標識試薬およびT7 RNAポリメラーゼ（Roche, Indianapolis, IN）を用いて行った。凍結組織切片を4%パラホルムアルデヒドで固定し、ペプシンで透過処理し、200 ng/mlリボプローブと共に55℃で一晩インキュベートした。シグナルを増殖させるため、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)ウサギ抗DIG抗体（DAKO, Carpinteria, CA）を用いてビオチン-チラミド（GenPointキット、DAKOによる）の沈着を触媒した。HRPウサギ抗ビオチン（DAKO）、ビオチン-チラミド、次にアルカリホスファターゼ(AP)ウサギ抗ビオチン（DAKO）を添加することにより、さらなる増幅を達成した。AP基質ファストレッドTR/ナフソールAS-MX(Fast Red TR/Napthol AS-MX)（Sigma, St. Louis, MO）を用いてシグナルを検出し、特記しない限りはヘマトキシリンを用いて細胞を対比染色した。プローブを作製するために用いたプライマーのリストを含む詳細な手順は、依頼に応じて本発明者らから入手できる。
27. 細胞当たりの転写産物コピーは、平均的な細胞が300,000個の転写産物を含むと想定して算出した。
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31. 内皮特異的転写産物を、培養での非内皮細胞株(13)よりもインビボでのECで少なくとも5倍高いレベルで発現し、非内皮細胞株および造血細胞画分(41)において100,000個の転写産物あたり5コピー以下存在する転写産物と定義した。発現レベルの統計的相違を示す（P<0.05）転写産物を、次にモンテカルロ解析を用いて以前に記載されるように同定した(40)。次に、正常内皮で優先的に発現する転写産物を、腫瘍内皮よりも正常内皮において少なくとも10倍高いレベルで発現する転写産物と定義した。逆に、腫瘍内皮転写産物は、正常内皮と比較して腫瘍において少なくとも10倍高いとした。差次的に発現する遺伝子の完全なリストに関しては、www.sagenet.org/angio/table2.htmおよびwww.sagenet.org/angio/table3.htmを参照されたい。
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41. ヒト結腸組織は、患者から外科的に切除してから1/2時間以内のものを得た。5 mM DDT、次に10 mM EDTAで処理した後、スライドグラスを用いて、固有層をそのままの状態にして正常組織から上皮細胞のシートをはがした。コラゲナーゼ中37℃で2時間インキュベートした後、細胞を400um、100um、50um、および25umメッシュに順次通してろ過し、予め形成した30%パーコール勾配で遠心してRBCを沈殿させた。磁気ビーズに非特異的に結合することが認められた上皮細胞（上皮画分）を、BerEP4（Dynal, Lake Success, NY）と結合しているDynabeadsを用いて除去した。次に、抗CD-45、抗CD-14、および抗CD64（Dynal）に結合しているビーズの混合物を用いて、マクロファージおよび他の白血球（造血画分）を除去した。残った細胞をP1H12抗体で染色し、抗マウスIgG結合磁気ビーズを用いて精製し、mRNA溶解緩衝液中で溶解した。詳細な手順は、依頼により本発明者らから入手できる。
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【００６０】
(表１)膜関連腫瘍内皮マーカー
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【配列表】
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【国際調査報告】
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