(57)【要約】  カエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditiselegans）中の発現のためのプラスミドベクターであって、転写の５’から３’方向に互いに機能できる形で結合した、熱ショックプロモーターヌクレオチド配列、シー・エレガンス（C.elegans）と大腸菌（E.coli）との間の効率的シャフリングのためのシャイン‐ダルガルノ配列を随時含有する合成イントロンヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルまたは分泌シグナルをコードするヌクレオチド配列、認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列、真核生物（例えばヒト）タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列を含有する複クローニング部位、および翻訳停止をコードするヌクレオチド配列を含む、上記ベクターが記載される。線虫中の真核生物（例えばヒト）タンパク質および核酸分子の特に大規模産生法が記載される。この方法は、１つまたは数個の異なるプラスミドベクターを、シー・エレガンス（C.elegans）雌雄同体の生殖器中に注入し、線虫の餌としての標識細菌を随時含み、線虫を増殖培地中で２５℃未満の温度で培養し、次に神経および表皮細胞中で最も高い発現レベルで、数百の体細胞中でタンパク質または核酸分子発現を誘導するために増殖温度を３０〜３３℃の値に変更し、細胞から真核生物タンパク質または核酸分子を単離することを含む。【特許請求の範囲】
【請求項１】
カエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）中の発現のためのプラスミドベクターであって、転写の５’から３’方向に互いに機能できる形で結合した、熱ショックプロモーターヌクレオチド配列、シャイン‐ダルガルノ配列を随時含有する合成イントロンヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルまたは分泌シグナルをコードするヌクレオチド配列、認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列、真核生物（例えばヒト）タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列を含有する複クローニング部位、および翻訳停止をコードするヌクレオチド配列とを含む、上記ベクター。
【請求項２】
複クローニング部位の後に、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルまたは分泌シグナルをコードするヌクレオチド配列、および認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列がくるように、プラスミド中のヌクレオチド配列順序が修飾される、請求項１のプラスミドベクター。
【請求項３】
合成イントロンヌクレオチド配列は、シャイン‐ダルガルノ配列ＡＧＧＡＧを含有し、核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列は配列番号３であり、認識可能なタグをコードする配列は、６−Ｈｉｓタグ、１０−Ｈｉｓタグまたは１２−Ｈｉｓタグをコードする配列であり、蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列８を有する緑色蛍光タンパク質をコードするヌクレオチド配列であり、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列は、ＴＥＶプロテアーゼ切断部位をコードする配列である、請求項１または２のプラスミドベクター。
【請求項４】
真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列である配列番号１を有する、請求項１または３のプラスミドベクター。
【請求項５】
真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列である配列番号２を有する、請求項１または３のプラスミドベクター。
【請求項６】
真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列である配列番号９を有する、請求項２または３のプラスミドベクター。
【請求項７】
真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列である配列番号１０を有する、請求項２または３のプラスミドベクター。
【請求項８】
真核生物タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ヒト増殖因子タンパク質をコードする配列である、請求項１〜７のいずれか１項のプラスミドベクター。
【請求項９】
ヒト増殖因子タンパク質をコードする配列は、配列番号４、配列番号５、配列番号６および配列番号７よりなる群から選択される、請求項８のプラスミドベクター。
【請求項１０】
線虫で真核生物（例えばヒト）タンパク質または核酸分子を産生する方法であって、請求項１〜９のいずれか１項に従って１つまたは数個のプラスミドベクターを、シー・エレガンス（C. elegans）雌雄同体の生殖器中に注入し、線虫を増殖培地中で２５℃未満の温度で培養し、次に神経および表皮細胞中で最も高い発現レベルで、数百の体細胞中でタンパク質または核酸分子発現を誘導するために増殖温度を３０〜３３℃の値に変更し、該細胞から真核生物タンパク質または核酸分子を単離することを含んでなる、上記方法。
【請求項１１】
増殖培地は、線虫の餌としての随時標識された細菌を含む、請求項１０の方法。
【請求項１２】
細菌は、タンパク質の発現のために2Ｈ，13Ｃ、15Ｎ、Ｓｅ−Ｍｅｔ、Ｓｅ−Ｃｙｓ、および非天然のアミノ酸よりなる群から選択される識別可能なマーカー、および核酸分子の発現のために2Ｈ，13Ｃ、15Ｎから選択される識別可能なマーカーで標識される、請求項１１の方法。
【請求項１３】
請求項１０の方法であって、プラスミドが核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列を含む場合、線虫を注意深く開き、こうして、発現されたタンパク質を含有する細胞を開き、核を無傷のまま残して、次に、細胞核を分離し、核膜を溶解して、発現されたタンパク質または核酸分子を放出させ、混合物をクロマトグラフィー精製（タンパク質については、認識可能なタグ特異的に結合する固定相を含む）に付し、次に洗浄し、使用されるプラスミドにコードされるプロテアーゼ切断部位に対応し切断不可能な認識可能なタグを有する特異的プロテアーゼを提供することにより、真核生物タンパク質を認識可能なタグタンパク質から真核生物タンパク質を放出する条件下で溶出し、同時に、固定相からタグを放出する物質の低濃度に対して透析を行い、切断したタグを有するヒトタンパク質と切断不可能な認識可能なタグを有するプロテアーゼとを含有する切断混合物を、新鮮なタグ特異的カラムに移し、カラムを溶出して、切断した認識可能なタグと認識可能なタグ含有プロテアーゼを固定相に結合させて残すことにより単離が行われる、上記方法。
【請求項１４】
請求項１０の方法であって、プラスミドが核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列が欠如している場合、線虫をつぶして、発現されたタンパク質または核酸分子を放出させ、混合物を、タンパク質について、認識可能なタグに特異的に結合する固定相を含むクロマトグラフィー精製に付して、次に洗浄し、真核生物タンパク質を固定相から放出する条件下で溶出することにより、単離が行われる、上記方法。
【請求項１５】
請求項１０〜１４のいずれか１項の方法であって、熱ショックプロモーターヌクレオチド配列、シャイン‐ダルガルノ配列を随時含有する合成イントロンヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列、認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、一般的プロテアーゼインヒビターをコードするヌクレオチド配列、および一般的プロテアーゼインヒビターの同時発現のための翻訳停止をコードするヌクレオチド配列とを、互いに機能できる形で結合して含むプラスミドベクターをさらに注入することを含む、上記方法。
【請求項１６】
一般的プロテアーゼインヒビターをコードするヌクレオチド配列は、α２−マクログロブリンをコードする配列番号１１である、請求項１５の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、線虫カエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）中の、一般に翻訳後修飾された真核生物タンパク質の、詳しくはヒトタンパク質の産生に関する。本発明はまた、翻訳後修飾された核酸分子、例えばｔＲＮＡの産生を含む。本発明はまた、発現されたタンパク質を、識別可能な標識物、例えば2Ｈ，13Ｃ、15Ｎ、Ｓｅ−メチオニン、Ｓｅ−システイン、または非天然のアミノ酸で同時翻訳標識することを含む。同様に核酸分子の2Ｈ，13Ｃ、および15Ｎによる標識。
【背景技術】
【０００２】
異なる発現系での真核生物タンパク質の産生にはいくつかの代替法がある。現在、以下の発現系が使用されている。
【０００３】
細菌
多くの大腸菌（E. coli）発現系が市販されている。いくつかの例は、ｐＥＴ（プロメガ（Promega））、ｐＱＥ（キアゲン（Qiagen））、ｐＧＥＸ（アマシャム・ファルマシア（Amersham Pharmacia））、ｐｔｒｃＨＩＳ（インビトロゲン（Invitrogen））、ｐＤＵＡＬ（ストラタジーン（Stratagene））である。大腸菌（E. coli）系の利点は、これらが安価であり、使用が容易であることである。主な欠点は、多くの真核生物タンパク質は大腸菌（E. coli）中で発現させると正しい折り畳みがされなく、不溶性凝集物を形成することである。コドン使用は、高等真核生物におけるコドン使用とは大きく異なっている。真核生物タンパク質は、正しい構造に折り畳まれて活性になるために、翻訳後に修飾されなければならない。大腸菌（E. coli）は、真核細胞でのみ行われるアセチル化、Ｎ−およびＯ−グリコシル化、およびアシル化とリン酸化のような複雑な翻訳後修飾をすることができない。
【０００４】
発現レベルは、タンパク質毎に大きく変化する。１リットルの大腸菌（E. coli）培養物からの組換えタンパク質の収率は、典型的には約１０mgである。まれに、１リットルの大腸菌（E. coli）培養物当たり数百ミリグラムの組換えタンパク質が得られることがある。
【０００５】
酵母
酵母ピキア・パストリス（Pichia pastoris）は、組換えタンパク質を発現するための充分確立された系である。いくつかの会社が、関連するプラスミドベクターを販売している。例えばインビトロゲン社（Invitrogen Corp.）は、ｐＰＩＣセットのプラスミドを販売している。ピキア（Pichia）の利点は、真核生物であるため、翻訳後修飾が、ヒトまたは高等真核生物のものとよく似ていることである。ピキア（Pichia）は、形質転換が容易かつ迅速である。これはまた、大規模に増殖させることが容易である。発現レベルは大きく変動する。１２グラム/リットルというレベルが報告されている。
【０００６】
昆虫細胞
組換えタンパク質を発現するのに、昆虫細胞を使用することもできる。いくつかの会社が、関連するプラスミドベクターおよび細胞株を販売している。例えばインビトロゲン（Invitrogen）の系は、ＤＥＳ、ＩｎｓｅｃｔＳｅｌｅｃｔおよびＭａｘＢａｃである。昆虫細胞の利点は、多細胞真核生物であるため、昆虫は酵母よりヒトにはるかに似ていることである。欠点は、（ｉ）昆虫細胞は、細菌や酵母細胞より増殖させ維持することがはるかに困難である、（ii）これらは、培養が高価である、（iii）これらは無菌インキュベーターを必要とする、（iv）発現レベルが、酵母や細菌系で見られるものよりはるかに低い。
【０００７】
ヒト細胞株
ヒト細胞株もまた使用可能であるが、これらは生存を維持するために増殖因子が必要である。今日、ヒト増殖因子は非常に高価であり、これがヒト細胞株を、例えば増殖因子産生のための好ましくない候補としている。
【０００８】
線虫
小さい線形動物である線虫は、大規模なタンパク質または核酸産生にまだ利用されていない真核生物の１つである。線虫は非常に簡単な動物であり、１９４９年以来、成長のモデル系として使用されてきた（ドハーティ（Dougherty EC）とニゴン（Nigon V.）、J. Parasitol. (1949) 35, 11：ブレナー（Brenner S）のマックス・ペルツ（Max Perutz）への手紙、１９６３年６月５日）。特に線虫シー・エレガンス（C. elegans）中の９５９細胞のそれぞれの成長は充分確立されており、その全ゲノムが最近配列決定され、現在公に利用できる（「シー・エレガンス（C. elegans）配列決定事業」、線虫シー・エレガンス（C. elegans）のゲノム配列：生物学を研究するためのプラットフォーム、Science (1998) 292, 2012-2018）。線虫は、遺伝的に細菌よりはるかにヒトに近い真核生物であり、そのタンパク質の６０％はヒトのタンパク質と相同的である。
【０００９】
真核生物特にヒトタンパク質の産生のためのタンパク質発現系として線虫を興味深いものにしているのは、これらが、タンパク質への翻訳後修飾を行うのに必要な機構を備えていることである。すなわち、線虫で産生されるタンパク質（ペプチド薬剤）は、天然のヒトタンパク質と実質的に同じであり、その結果、好ましくない副作用が少なく、比活性が高いため用量が少なくてすむことである。線虫発現系の他の利点は、発現されるタンパク質の高収率、その低い維持コスト、使用の簡便さ、および生産のスケールアップが容易にできることがある。
【００１０】
抗ベータアミロイドポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体と免疫反応する筋肉特異的沈着物を産生するためのトランスジェニックシー・エレガンス（C. elegans）中のヒトベータアミロイドの発現が、リンク（C.D. Link）により記載され（リンク（Link C.D.）、トランスジェニックカエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）中のヒトベータアミロイドペプチドの発現、Proc. Natl. Acad. Sci. (1995) 92, 9368-9372）、彼は、アミロイド形成を調節する因子のインビボ研究に、彼の無脊椎動物モデルが有用であることを示唆している。
【００１１】
国際特許出願ＷＯ００／５４８１５号は、遺伝子発現をシー・エレガンス（C. elegans）の排出細胞に向けるプロモーターを含む発現ベクターを使用して、シー・エレガンス（C. elegans）中のＤＮＡまたはタンパク質の発現を開示する。タンパク質発現の理由は、タンパク質の産生や単離ではなく、細胞運動性、細胞の形および細胞の増殖過程に関与する新規分子（すなわち、薬物）の発見、およびその機能を確立するためである。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
本発明は、取り扱いが容易で、安価で、遺伝的に安定しており、かつスケールアップが容易な、真核生物（例えばヒト）のタンパク質や核酸分子の産生のためのインビボ発現系を提供する。本発明の線虫発現系は、超純粋な組換えヒトタンパク質の大規模産生に適している。産生されるタンパク質と核酸分子は、高等生物（真核生物）に典型的なすべて修飾（例えばアセチル化、Ｎ−およびＯ−グリコシル化、アシル化、リン酸化、およびシグナル配列の切断など）を含有するであろう。これらの修飾は、シグナル伝達経路の医学的に興味深いタンパク質の特異性に必須である。
【００１３】
新規の線虫タンパク質発現系は、翻訳後修飾のような真核細胞の利点と、大腸菌（E. coli）発酵で公知である取り扱いの簡便さを組合せている。
この発現系は、線虫カエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）を含む。シー・エレガンス（C. elegans）に同時に注入することができる異なるプラスミドの数は２０を超え、これは、例えばタンパク質および／または核酸を含有する大きな複合体の異なるサブユニットを有する多数のプラスミドの同時発現を可能にする。
【００１４】
本発明により工業的スケールで産生される真核生物タンパク質の例には以下がある：幹細胞の基礎的研究のための、および心臓疾患、糖尿病、癌、および神経系の疾患（パーキンソン病およびアルツハイマー病を含む）の幹細胞ベースの治療のような医学的応用のための、ヒト増殖因子、増殖因子受容体（膜結合または可溶性部分）。さらにモノクローナル抗体、Ｇ−タンパク質、Ｇ−タンパク質結合受容体、および大きい複数サブユニットのタンパク質−ＲＮＡ複合体、例えばポリメラーゼ、テロメラーゼ、およびスプライシング因子複合体。医学的応用の可能性以外に、産生されるタンパク質および核酸は、翻訳後修飾タンパク質や核酸を研究するＸ線結晶解析、電子結晶解析またはＮＭＲによる構造解析のために使用することができる。シー・エレガンス（C. elegans）発現系はまた、結晶学的応用のための2Ｈ，13Ｃ、15Ｎ、Ｓｅ−Ｍｅｔ、Ｓｅ−Ｃｙｓ、または非天然のアミノ酸による真核生物タンパク質の標識、またはＮＭＲ実験のための2Ｈ，13Ｃ、もしくは15Ｎによる標識に使用することができる。
【課題を解決するための手段】
【００１５】
本発明の１つの態様は、カエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）中の発現のためのプラスミドベクターであって、転写の５’から３’方向に互いに機能できる形で結合した、熱ショックプロモーターヌクレオチド配列、シー・エレガンス（C. elegans）と大腸菌（E. coli）との間の効率的シャフリングのためのシャイン‐ダルガルノ配列を随時含有する合成イントロンヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルまたは分泌シグナルをコードするヌクレオチド配列、例えば、シー・エレガンス（C. elegans）からの天然に存在するシグナル配列、または発現すべきタンパク質または核酸分子のシグナル配列、認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列、真核生物（例えばヒト）タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列を含有する複クローニング部位、および翻訳停止をコードするヌクレオチド配列とを含む、上記ベクターに関する。
【００１６】
複クローニング部位の後に、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルまたは分泌シグナルをコードするヌクレオチド配列、および認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列がくるように、プラスミド中のヌクレオチド配列順序を修飾してもよい。
【００１７】
プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列の例には、プロテアーゼＴＥＶ、トロンビンおよびＸａ因子の切断部位がある。
【００１８】
プラスミドベクターのある実施態様において、合成イントロンヌクレオチド配列は、シャイン‐ダルガルノ配列ＡＧＧＡＧを含有し、核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列は配列番号３であり、認識可能なタグをコードする配列は、６−Ｈｉｓタグ、１０−Ｈｉｓタグまたは１２−Ｈｉｓタグ（すなわち、Ｎｉキレート化カラムでの容易な精製を可能にする６、１０または１２個のヒスチジン残基）をコードする配列であり、蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列８を有する緑色蛍光タンパク質をコードするヌクレオチド配列であり、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列は、後に６、１０または１２個のヒスチジン残基での切断を可能にする、プロテアーゼ切断部位をコードする配列である。
【００１９】
好適な実施態様において、真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列である配列番号１を有する。このプラスミドは、核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列を持たない。人工的イントロンは、４８０で開始し５２１で終わり、（gtatgtttcga atgatactaa cataacatag aacattttca g）、次に６−Ｈｉｓタグ配列、５４７〜５６４、（cat cac cat cac cat cac）、およびリンカー配列、５６５〜５９４、は、Ｈｉｓ−タグを、ＴＥＶプロテアーゼ認識部位（５９５〜６１８）をコードする配列に連結する。次に、複クローニング部位（ＭＣＳ）（６１９で開始する）が来る。
【００２０】
別の好適な実施態様において、真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列である配列番号２を有する。人工的イントロンは、４８０で開始し５２１で終わり、（gtatgtttcga atgatactaa cataacatag aacattttca g）、次に核局在化シグナル（ＮＬＳ）をコードするヌクレオチド配列が来る：ｐｏｓ５３３で開始し５８０で終わる（ctagtgctca gaaaaaatga ctgctccaaa gaagaagcgt aaggtgcc）。ＮＬＳの後に、６−Ｈｉｓタグ配列、５８８〜６０５（catcaccatcaccatcac）が来る。リンカー配列（６０６〜６３５）は、これを、ＴＥＶプロテアーゼ認識部位（６３６〜６５６）をコードする配列に連結させ、この後に、複クローニング部位（６５８で開始する）が来る。
【００２１】
クローニング目的のために、プラスミドで使用されるＮＬＳは基本的なＮＬＳ  ＤＮＡ配列よりすこし長い（制限酵素ＮｈｅＩとＮｃｏＩであらかじめ切断したプラスミド中にＮＬＳをクローン化した）。基本的なＮＬＳ配列（５５８〜５６８：ccaaagaagaagcgtaaggtgcc c ［最後のｃはＮｃｏＩ切断ベクターから来る］）は、タンパク質配列ＰＫＫＫＲＫＶに翻訳され、これは、核取り込み機構により認識される。
【００２２】
核局在化シグナル（ＮＬＳ）は以下の理由で有用である。線虫を熱ショックさせ、所望のヒトタンパク質を過剰産生させる時は、産生されたタンパク質を細胞核に向けるのが安全であろう。これは、まさにＮＬＳがしていることである。タンパク質を核に移送する利点は、プロテアーゼが存在しないことである。これらのプロテアーゼは細胞質中にあり、プロテアーゼは特にリソソームと呼ぶ細胞小器官に濃縮されている。ＮＬＳを使用して発現されたタンパク質を核に送ることにより、これらは安全に危険なプロテアーゼから離れて移送される。
【００２３】
緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）のＤＮＡ配列は主に、配列番号８のバージョン中にさらに３つのイントロンを含有する。これは主に、シー・エレガンス（C. elegans）が所望のタンパク質を発現することを「視覚化」するための発光マーカーとして使用される。これが存在するプラスミドでは、プラスミド配列番号１に取り込まれた時は、６Ｈｉｓ−タグ（例えば、６Ｈｉｓ−ＧＦＰ−ＴＥＶ−ＭＣＳ）に続き、またはプラスミド配列番号２に取り込まれた時は、ＮＬＳ−６Ｈｉｓ−ＧＦＰ−ＴＥＶ−ＭＣＳである。
【００２４】
さらに別の好適な実施態様において、真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列である配列番号９を有する。プラスミド中の存在の順序は、プラスミド配列番号１中の配列に関連して修飾され、配列８を有する緑色蛍光タンパク質が誘導される。配列は、ＭＣＳ−ＴＥＶ−ＧＦＰ−６Ｈｉｓの順序である。
【００２５】
本発明のさらに別の好適な実施態様において、真核生物タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列が欠如したプラスミドは、ヌクレオチド配列番号１０を有する。プラスミド中の配列の順序は、プラスミド配列番号２中の配列に関連して修飾され、配列番号８を有する緑色蛍光タンパク質が誘導される。配列は、ＭＣＳ−ＴＥＶ−ＧＦＰ−ＮＬＳ−６Ｈｉｓの順序である。
【００２６】
複クローニング部位（ＭＣＳ）の後に緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）を挿入することは、正しいタンパク質折り畳みの迅速なチェックを有することを可能にする。目的の発現されたタンパク質（例えば、ヒト増殖因子）が正しく折り畳まれない場合、これは、次の緑色蛍光タンパク質が正しく折り畳まれることを可能にせず、その結果、緑色の蛍光は見られない。これは、タンパク質折り畳みの迅速な検査である。さらにＧＦＰは、確立されたＧＦＰプロトコールに従ってイオン交換クロマトグラフィーを使用する精製タグとして、または固定化抗ＧＦＰ抗体を使用する親和性タグとして、使用することができる。
【００２７】
本発明の好適なプラスミドは、大腸菌（E. coli）中でも使用される。従ってこれらは「シャトルベクター」と呼ばれる。上記で開示したプラスミド配列への唯一の修飾は、転写の開始コドンＡＴＧの前の約１０ヌクレオチドに、いわゆる「シャイン‐ダルガルノ」配列が集中している。シャイン‐ダルガルノ配列（ＡＧＧＡＧ）は、大腸菌（E. coli）の転写開始シグナルであり、シー・エレガンス（C. elegans）には影響を与えない。
【００２８】
すなわち、プラスミド配列番号１において、シャイン‐ダルガルノ配列は、ＡＴＧ−６Ｈｉｓの前の１０ヌクレオチドに集中している；プラスミド配列番号２において、シャイン‐ダルガルノ配列は、ＡＴＧ−ＮＬＳの前の１０ヌクレオチドに集中している；プラスミド配列番号９と１０において、シャイン‐ダルガルノ配列は、ＭＣＳ（ＭＣＳはＡＴＧを含有する）の前の１０ヌクレオチドに集中している。
【００２９】
配列番号１、２、９および１０は、大腸菌（E. coli）細菌を抗生物質（例えばアンピシリンまたはカルビシリンまたはカナマイシン）に対して耐性にするタンパク質を含有する。しかしこれらのタンパク質は、シー・エレガンス（C. elegans）に対する影響は無い（例えば、これらは、シー・エレガンス（C. elegans）に抗生物質耐性を与えない）。
【００３０】
本発明の最も好適な実施態様において、ヒトタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ヒト増殖因子タンパク質をコードする配列である。いくつかのヒト増殖因子の具体例には以下がある：
配列番号４、Ｗｎｔ２ｂと呼ぶ増殖因子の配列（ホモサピエンスウィングレス型ＭＭＴＶ組み込み部位ファミリー、メンバー２Ｂ）、
配列番号５、ＦＧＦ１０と呼ぶ増殖因子の配列（ホモサピエンスケラチノサイト増殖因子２（ＦＧＦ１０））、
配列番号６、ＫＬＳと呼ぶ増殖因子の配列（ホモサピエンスＫＩＴリガンド可溶性画分）、および
配列番号７、ＢＭＰ１０と呼ぶ増殖因子の配列（ホモサピエンス骨形成蛋白質１０）。
【００３１】
本発明の別の態様は、線虫で真核生物（例えばヒト）タンパク質または核酸分子を産生する方法であって、本発明に従って１つまたは数個のプラスミドベクターを、好ましくは同時にシー・エレガンス（C. elegans）雌雄同体の生殖器中に注入し、線虫を増殖培地中で２５℃未満の温度で培養し、次に神経および表皮細胞中で最も高い発現レベルで、数百の体細胞中でタンパク質または核酸分子発現を誘導するために増殖温度を３０〜３３℃の値に変更し、該細胞から真核生物タンパク質または核酸分子を単離することを含んでなる、上記方法に関する。    
【００３２】
本発明の方法の実施態様において、増殖培地は、線虫の餌として例えば大腸菌（E. coli）のような細菌を含む。シー・エレガンス（C. elegans）は、最小培地に分散された細菌のみを摂取することができるため、この事実は、シー・エレガンス（C. elegans）中で産生されるタンパク質を標識するのに利用することができる。既存のプロトコールに従ってあらかじめ標識（例えば、タンパク質の発現のために2Ｈ，13Ｃ、15Ｎ、Ｓｅ−Ｍｅｔ、Ｓｅ−Ｃｙｓ、または非天然のアミノ酸で、および核酸分子の発現のために2Ｈ，13Ｃ、15Ｎを用いて）した細菌を虫に与えることにより、新たに産生されたタンパク質およびヌクレオチド中に各標識物が取り込まれるであろう。
【００３３】
好適な実施態様において、プラスミドが核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列を含む場合、例えば「ビーズビーター」（小さいジルコニウムビーズを充填したブレンダー）を使用して線虫の細胞を注意深く開き、こうして、発現されたタンパク質または核酸分子を含有する細胞核を無傷のまま残して、単離が行われる。この後に、細胞核を分離し、核膜を溶解して、発現されたタンパク質を放出させ、混合物をクロマトグラフィー分離に付す。タンパク質については、これは、認識可能なタグ（例えば１０−Ｈｉｓ−タグタンパク質）をＮｉ−キレート化ビーズに特異的に結合させて精製カラムに充填した固定相を含み、次に非特異的に結合したタンパク質を洗浄して除去し、真核生物（例えばヒト）タンパク質をカラムから放出する（例えば、１０−Ｈｉｓ−タグタンパク質を放出するイミダゾール勾配）条件下で溶出することを含む。次に、使用されるプラスミドにコードされるプロテアーゼ切断部位に対応し切断不可能な認識可能なタグ（例えば６−Ｈｉｓ−タグ）を有する特異的プロテアーゼを提供することにより除去され、同時に、固定相からタグを放出する物質の低濃度に対して透析し（４００〜７００mMのイミダゾールで溶出するなら、好ましくは約１０〜５０mM）、切断したタグと切断不可能な認識可能なタグ（例えば６−Ｈｉｓ−タグ）を有するプロテアーゼ自体を有する真核生物タンパク質を含有する切断混合物を、新鮮なタグ特異的カラムに移し、カラムを溶出して、切断した認識可能なタグ（例えば１０−Ｈｉｓタグ）と認識可能にタグを付けた（６−Ｈｉｓ−タグプロテアーゼ）を固定相に結合させて残す。
【００３４】
別の好適な実施態様において本発明は、プラスミドが核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列が欠如している場合、線虫をつぶして、発現された真核生物タンパク質を放出させ、混合物を、認識可能なタグに特異的に結合する固定相を用いるクロマトグラフィー精製に付して、次に前段落で例示したように、洗浄し、真核生物タンパク質を固定相から放出する条件下で溶出することにより、単離が行われる。
【００３５】
使用したプラスミドが核局在化シグナルを欠如している場合、または、真核生物タンパク質が、細胞中に存在することがある非特異的プロテアーゼにより攻撃されることを防ぐための余分の注意が必要な場合、例えば、タンパク質が分解に感受性である場合、プロテアーゼ分解に対して発現されたタンパク質を防御するための代替法もしくは補助的方法は、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列が欠如し、かつ一般のプロテアーゼインヒビター（例えばアルファ２−マクログロブリン（α２−Ｍ））をコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号１１）を含有する別のプラスミド（例えば配列番号１または２）を注入することである。
【００３６】
すなわち、本発明の方法のさらに好適な実施態様において、方法は、熱ショックプロモーターヌクレオチド配列、シャイン‐ダルガルノ配列を随時含有する合成イントロンヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルをコードするヌクレオチド配列、認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、一般的プロテアーゼインヒビターをコードするヌクレオチド配列（例えば、α２−マクログロブリンをコードする一般的プロテアーゼインヒビター配列番号１１）、および、一般的プロテアーゼインヒビターの同時発現のための翻訳停止をコードするヌクレオチド配列とを、互いに機能できる形で結合したプラスミドベクターをさらに注入することを含む。この場合、認識可能なタグは、発現された一般的プロテアーゼインヒビター上に存在し、これはタグ特異的カラム（第２のおよび最後の特異的カラム工程の真核生物タンパク質からの（例えば６−Ｈｉｓ−）タグ結合プロテアーゼおよび切断された（例えば１０−Ｈｉｓ−）タグとともに）に結合するであろう。
【００３７】
シー・エレガンス（C. elegans）発現系（プラスミドと、本発明の線虫中で真核生物（例えばヒト）タンパク質または核酸分子を産生する方法とを含む）は、超純粋な組換え真核生物タンパク質（特にヒト増殖因子）の大規模産生に特に適している。産生されるタンパク質は、高等動物（真核生物）に典型的な修飾（例えば、シグナル配列のアセチル化、Ｎ−およびＯ−グリコシル化、およびアシル化、リン酸化および切断など）を含むであろう。これらの修飾は、シグナル伝達経路中の医学的に関心のあるタンパク質の特異性に必須である。本発明の工業的スケールで産生されるヒト（真核生物）タンパク質の例には以下がある：幹細胞の基礎的研究と医学的応用のためのヒト増殖因子、増殖因子受容体（膜結合または可溶性部分）。さらに、モノクローナル抗体、Ｇ−タンパク質、Ｇ−タンパク質結合受容体。特に翻訳後修飾の影響を研究するために、シー・エレガンス（C. elegans）と大腸菌（E. coli）の間のシャトリングを可能にするように系が設計される。これはまた、線虫にあらかじめ標識した細菌を餌として与えることにより、シー・エレガンス（C. elegans）により産生されるタンパク質と核酸分子を、ＮＭＲとＸ線結晶学研究のために、識別可能なマーカー（例えば2Ｈ，13Ｃ、15Ｎ、Ｓｅ−Ｍｅｔ、Ｓｅ−Ｃｙｓなど）で標識することを可能にする。さらに、シー・エレガンス（C. elegans）中の真核生物タンパク質（例えばヒトタンパク質）または核酸分子の発現は、選択されたシグナルペプチドに依存して、細胞核の防御性プロテアーゼ低下環境に、または細胞のあるコンパートメントに向けることができる。この系はまた、大きい複数サブユニットのタンパク質−ＲＮＡ複合体、例えばポリメラーゼ、テロメラーゼ、およびスプライシング因子複合体が必要な場合、２０を超えるプラスミドからタンパク質を同時発現することを可能にする。
【００３８】
本発明を実験の説明によりさらに詳述するが、請求の範囲は決して詳細な具体例に限定されるものではないことを理解されたい。
【００３９】
実験
シー・エレガンス（C. elegans）のすべて操作は、Methods in Cell Biology, vol 84; カエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）：生物の現代の生物学的分析、エプスタイン（Epstein）とシェークス（Shakes）編、アカデミックプレス（Academic Press）、１９９５、またはそこに記載の方法の小さな変更を使用して行った。
【００４０】
トランスジェニックシー・エレガンス（C. elegans）株は、プラスミドＤＮＡを、遺伝子型unc-36(e251）；hmp-1(zu278)/daf-11(m8ts)sma-1(e30)の虫に、unc-36(+)とhmp-1(+)をコードするプラスミドとともに注入して構築した（コスタ（Costa）ら、Journal of Cell Biology 141: 297-308 1998）。hmp-1(zu278)は、胚致死表現型を引き起こす（コスタ（Costa）ら、1998）。遺伝子型unc-36(e251)；hmp-1(zu278)；svEx[unc-36(+)hmp-1(+)hs-gen-1(+)]の株を樹立した（ここで「gen-1」は、ヒト増殖因子をコードする遺伝子を意味する）。
【００４１】
確立された方法を使用して、虫を３３℃で２時間熱ショックを行った（ストリンガム（Sgringham EG）とカンジド（Candido）、EPM Environmental Toxicology and Chemistry 13:1211-1220, 1994）。
【００４２】
発現ベクター構築体
シー・エレガンス（C. elegans）中でタンパク質を発現するために、我々は、プラスミドpPD49,78-umuに基づき４つのプラスミドベクター（配列番号１、２、９および１０）（これは、多くの異なる細胞中で遺伝子の熱誘導性発現を可能にする）を作成した。このベクターは、外来タンパク質の異所性発現のためのシー・エレガンス（C. elegans）熱ショックプロモーターを含有する。このプロモーターは、２５℃未満では不活性である。しかし増殖温度を３０〜３３℃の温度に移すと、神経および表皮細胞中で最も高い発現レベルで、数百の体細胞中で高レベルのタンパク質発現を誘導する。
【００４３】
ベクターは、翻訳融合体を作成するように設計される。ＡＴＧの下流は、６−Ｈｉｓ−タグをコードする配列であり、プラスミド配列番号１と２のＴＥＶプロテアーゼ切断部位と複クローニング部位が続く。
【００４４】
微量注入法と選択
単一のタンパク質の発現レベルを測定するために、我々は、別々のプラスミド上に適切な遺伝子選択マーカーとともに、それぞれ異なる試験遺伝子を含有するいくつかのプラスミドを作成した。
【００４５】
我々は、プラスミドを、遺伝子型unc-36(e251）；hmp-1(zu278)/daf-11(m8ts)sma-1(e30)の雌雄同体にunc-36(+)とhmp-1(+)をコードするプラスミドとともに注入した。hmp-1(zu278)は、胚致死表現型を引き起こす（コスタ（Costa）ら、1998）。遺伝子型unc-36(e251)；hmp-1(zu278)；svEx[unc-36(+)hmp-1(+)hs-gen-1(+)]の株を樹立した（ここで「gen-1」は、試験すべき遺伝子を意味する）。
【００４６】
６００bpより大きい異なるプラスミドの間の組換えはインビボで起き、異なる注入されたプラスミドが一緒にエピソーム（染色体外アレイを呼ぶ）を形成する形質転換された第１世代Ｆ１子孫が得られる。１０個のうちの約１個のＦ１形質転換体が安定な株を与え、ここで染色体外アレイは変化することなく世代から世代に伝搬される。染色体外アレイは有糸分裂的に比較的安定であり、任意の１つの形質転換動物でほとんどの細胞はアレイを含有する。基本的な遺伝子をコードする適切な同時注入マーカーを使用して、集団中のすべての成体および幼虫がアレイを含有する株を得ることができる。
【００４７】
タンパク質発現
シー・エレガンス（C. elegans）は、温度調節したシェーカー上で２０℃で三角フラスコ中で液体培地から増殖される。液体増殖培地は、ゆっくり増殖する大腸菌（E. coli）株ＯＰ５０を含有し、線虫をこれを餌とする。虫を７日間増殖させ、次に増殖温度を２０℃から３３℃に移すと、熱ショックプロモーターの制御下でタンパク質産生が誘導される。
【００４８】
１リットルの初期培養物から培養される湿った虫の収率は約１０ｇである。緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）は約２５％の細胞で発現され、目に見える緑色の蛍光が得られ、これは蛍光光学顕微鏡で見られる。
【００４９】
１０〜２０ｇの培養し誘導した虫の出発物質からの純粋なタンパク質の収率は、約０．２〜１．０mgである。
【００５０】
Ｗｎｔ２ｂ（ホモサピエンスウィングレス型ＭＭＴＶ組み込み部位ファミリー、メンバー２Ｂ）と呼ぶヒト増殖因子を、複クローニング部位中にヌクレオチド配列である配列番号４を含むプラスミド配列番号１から、虫中でうまく発現された。
【００５１】
簡単に説明すると、単純な液体培地から線虫は増殖される。これらは、発酵槽または三角フラスコ中で増殖する。虫の世代時間は約２〜３日間であり、成体の虫は約１mmの長さまで成長する。各雌雄同体は、１世代当たり約３００〜５００個の卵を産む。これらは、−８０℃で繰り返し長期間保存することができる。雌雄同体の生殖器に最大２０個の異なるプラスミドを注入した後に、安定な株を選択することができる。
【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成16年7月30日(2004.7.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項１】
カエノルハブディティス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）およびエシェリヒア  コリ（Escherichia coli）中の発現のためのプラスミドベクターであって、転写の５’から３’方向に互いに機能できる形で結合した、熱ショックプロモーターヌクレオチド配列、シャイン−ダルガルノ配列を含有する合成イントロンヌクレオチド配列、随時核局在化シグナルまたは分泌シグナルをコードするヌクレオチド配列、認識可能なタグをコードするヌクレオチド配列、随時蛍光性タンパク質をコードするヌクレオチド配列、プロテアーゼ切断部位をコードするヌクレオチド配列、真核生物（例えばヒト）タンパク質または核酸分子をコードするヌクレオチド配列を含有する複クローニング部位、および翻訳停止をコードするヌクレオチド配列とを含む、上記ベクター。
【国際調査報告】
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