【手続補正書】
【提出日】令和2年9月10日(2020.9.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）少なくとも１つの細胞外標的生体分子に特異的に結合することが可能な結合領域、
ｂ）志賀毒素ファミリーの少なくとも１種のメンバーのＡサブユニットのアミノ酸配列に由来するポリペプチドを含む志賀毒素エフェクター領域、及び
ｃ）ＫＤＥＬファミリーのメンバーのカルボキシ末端小胞体保留／回収シグナルモチーフ
を含むタンパク質。
【請求項２】
タンパク質が、細胞内への送達のための追加の外因性物質に連結され、前記細胞が、前記タンパク質の細胞外標的生体分子と物理的に結合している、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項３】
細胞が、細胞外標的生体分子、又はその一部を前記細胞の外部と結合させる、共有結合性及び／又は非共有結合性分子間相互作用によって前記細胞外標的生体分子と物理的に結合している；或いは、細胞外標的生体分子が、細胞によって発現される不可欠膜タンパク質、又は表在性膜タンパク質である、請求項２に記載のタンパク質。
【請求項４】
追加の外因性物質が、ペプチド、タンパク質、細胞毒性剤、検出促進剤、小分子の化学療法剤、及びポリヌクレオチドのいずれか一つから選択される、請求項２又は３に記載のタンパク質。
【請求項５】
追加の外因性物質が、抗原を含むペプチド又はタンパク質である、請求項４に記載のタンパク質。
【請求項６】
抗原が、細菌タンパク質、ウィルスタンパク質、がんにおいて変異した若しくは異常に発現されたタンパク質、又はＴ細胞相補性決定領域に由来する、請求項５に記載のタンパク質。
【請求項７】
検出促進剤が、放射性核種である、請求項４に記載のタンパク質。
【請求項８】
検出促進剤が、常磁性イオンである、請求項４に記載のタンパク質。
【請求項９】
結合領域が、シングルドメイン抗体断片、ＶＨＨ、ＶＮＡＲ、免疫グロブリン新規抗原受容体（ＩｇＮＡＲ）断片、一本鎖可変断片、抗体可変断片、多量体化ｓｃＦｖ（ダイアボディ、トリアボディ、又はテトラボディ）、二重特異性タンデムＶＨＨ、二重特異性タンデムｓｃＦｖ、相補性決定領域３断片、拘束ＦＲ３−ＣＤＲ３−ＦＲ４ポリペプチド、Ｆｄ断片、抗原結合断片、フィブロネクチン由来第１０フィブロネクチンIII型ドメイン、テネイシンIII型ドメイン、アンキリン反復モチーフドメイン、低密度リポタンパク質受容体由来Ａドメイン、リポカリン、Kunitzドメイン、プロテインＡ由来Ｚドメイン、ガンマ−Ｂ結晶由来ドメイン、ユビキチン由来ドメイン、Ｓａｃ７ｄ由来ポリペプチド、Ｆｙｎ由来ＳＨ２ドメイン、ミニタンパク質、Ｃ型レクチン様ドメイン足場、改変抗体模倣物、及び結合機能性を保持する前述のもののいずれかの遺伝子操作された任意の対応物からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項１〜８のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項１０】
請求項１〜９のいずれかに記載のタンパク質であって、前記タンパク質を、前記タンパク質の結合領域の細胞外標的生体分子と物理的に結合している細胞に投与すると、前記タンパク質が前記細胞を死滅させることができる、前記タンパク質。
【請求項１１】
細胞が、細胞外標的生体分子、又はその一部を前記細胞の外部と結合させる、共有結合性及び／又は非共有結合性分子間相互作用によって前記細胞外標的生体分子と物理的に結合している；或いは、前記細胞外標的生体分子が、前記細胞によって発現される不可欠膜タンパク質、又は表在性膜タンパク質である、請求項１０に記載のタンパク質。
【請求項１２】
請求項１０又は１１に記載のタンパク質であって、前記タンパク質を、細胞外標的生体分子と物理的に結合している第１の細胞集団と、前記細胞外標的生体分子と物理的に結合していない第２の細胞集団とに投与すると、前記第２の細胞集団の細胞と比較して前記第１の細胞集団の細胞に対する前記タンパク質の細胞障害作用が少なくとも３倍大きい、前記タンパク質。
【請求項１３】
第１の細胞集団が、細胞外標的生体分子、又はその一部を前記細胞の外部と結合させる、共有結合性及び／又は非共有結合性分子間相互作用によって前記細胞外標的生体分子と物理的に結合している；或いは、細胞外標的生体分子が、細胞によって発現される不可欠膜タンパク質、又は表在性膜タンパク質である、請求項１２に記載のタンパク質。
【請求項１４】
結合領域が、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ４０、ＣＤ７４、ＣＤ７９、ＣＤ２５、ＣＤ３０、ＨＥＲ２／ｎｅｕ／ＥｒｂＢ２、ＥＧＦＲ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＢ２、前立腺特異的膜抗原、Ｃｒｉｐｔｏ、ＣＤＣＰ１、エンドグリン／ＣＤ１０５、線維芽細胞活性タンパク質、Ｌｅｗｉｓ−Ｙ、ＣＤ１９、ＣＤ２１、ＣＳ１／ＳＬＡＭＦ７、ＣＤ３３、ＣＤ５２、ＣＤ１３３、ｇｐＡ３３、ムチン、ＴＡＧ−７２、チロシン−プロテインキナーゼ膜貫通型受容体、炭酸脱水酵素IX、葉酸結合タンパク質、ガングリオシドＧＤ２、ガングリオシドＧＤ３、ガングリオシドＧＭ２、ガングリオシドＬｅｗｉｓ−Ｙ２、ＶＥＧＦＲ、アルファＶベータ３、アルファ５ベータ１、ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、Ｅｒｂ３、ｃ−ＭＥＴ、ＩＧＦ１Ｒ、ＥｐｈＡ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＲＡＮＫ、テネイシン、ＣＤ６４、メソセリン、ＢＲＣＡ１、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−１／２、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＤＫ−４、ベータ−カテニン、ＭＵＭ−１、カスパーゼ−８、ＫＩＡＡ０２０５、ＨＰＶＥ６、ＳＡＲＴ−１、ＰＲＡＭＥ、癌胎児抗原、前立腺特異的抗原、前立腺幹細胞抗原、ヒトアスパルチル（アスパラギニル）ベータ−ヒドロキシラーゼ、ＥｐｈＡ２、ＨＥＲ３／ＥｒｂＢ−３、ＭＵＣ１、ＭＡＲＴ−１／メランＡ、ｇｐ１００、チロシナーゼ関連抗原、ＨＰＶ−Ｅ７、エプスタイン・バーウイルス抗原、Ｂｃｒ−Ａｂｌ、アルファ−フェトプロテイン抗原、１７−Ａ１、膀胱腫瘍抗原、ＣＤ３８、ＣＤ１５、ＣＤ２３、ＣＤ５３、ＣＤ８８、ＣＤ１２９、ＣＤ１８３、ＣＤ１９１、ＣＤ１９３、ＣＤ２４４、ＣＤ２９４、ＣＤ３０５、Ｃ３ＡＲ、ＦｃｅＲＩａ、ガレクチン−９、ＰＤ−Ｌ１、ｍｒｐ−１４、Ｓｉｇｌｅｃ−８、Ｓｉｇｌｅｃ−１０、ＣＤ４９ｄ、ＣＤ１３、ＣＤ４４、ＣＤ５４、ＣＤ６３、ＣＤ６９、ＣＤ１２３、ＣＤ１９３、ＴＬＲ４、ＩｇＥ、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ２０３ｃ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ３３、ＣＤ６４、ＣＤ６８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１１５、Ｆ４／８０、ＩＬＴ−３、ガレクチン−３、ＣＤ１１ａ−ｃ、ＧＩＴＲＬ、ＭＨＣクラスＩ分子、ＭＨＣクラスII分子、ＣＤ２８４／ＴＬＲ４、ＣＤ１０７／Ｍａｃ３、ＣＤ１９５／ＣＣＲ５、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１６／３２、ＣＤ２８２／ＴＬＲ２、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１２３、及び前述のもののいずれかの任意の免疫原性断片から選択される細胞外標的生体分子に結合することが可能である、請求項１〜１３のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項１５】
志賀毒素エフェクター領域が、配列番号１、配列番号２、又は配列番号３のアミノ酸７５〜２５１を含むか又はそれからなる、請求項１〜１４のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項１６】
志賀毒素エフェクター領域が、配列番号１、配列番号２、又は配列番号３のアミノ酸１〜２４１を含むか又はそれからなる、請求項１〜１４のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項１７】
志賀毒素エフェクター領域が、配列番号１、配列番号２、又は配列番号３のアミノ酸１〜２５１を含むか又はそれからなる、請求項１６に記載のタンパク質。
【請求項１８】
志賀毒素エフェクター領域が、配列番号１、配列番号２、又は配列番号３のアミノ酸１〜２６１を含むか又はそれからなる、請求項１７に記載のタンパク質。
【請求項１９】
カルボキシ末端小胞体保留／回収シグナルモチーフが、ＫＤＥＬ（配列番号３４）、ＨＤＥＦ（配列番号３５）、ＨＤＥＬ（配列番号３６）、ＲＤＥＦ（配列番号３７）、ＲＤＥＬ（配列番号３８）、ＷＤＥＬ（配列番号３９）、ＹＤＥＬ（配列番号４０）、ＨＥＥＦ（配列番号４１）、ＨＥＥＬ（配列番号４２）、ＫＥＥＬ（配列番号４３）、ＲＥＥＬ（配列番号４４）、ＫＡＥＬ（配列番号４５）、ＫＣＥＬ（配列番号４６）、ＫＦＥＬ（配列番号４７）、ＫＧＥＬ（配列番号４８）、ＫＨＥＬ（配列番号４９）、ＫＬＥＬ（配列番号５０）、ＫＮＥＬ（配列番号５１）、ＫＱＥＬ（配列番号５２）、ＫＲＥＬ（配列番号５３）、ＫＳＥＬ（配列番号５４）、ＫＶＥＬ（配列番号５５）、ＫＷＥＬ（配列番号５６）、ＫＹＥＬ（配列番号５７）、ＫＥＤＬ（配列番号５８）、ＫＩＥＬ（配列番号５９）、ＤＫＥＬ（配列番号６０）、ＦＤＥＬ（配列番号６１）、ＫＤＥＦ（配列番号６２）、ＫＫＥＬ（配列番号６３）、ＨＡＤＬ（配列番号６４）、ＨＡＥＬ（配列番号６５）、ＨＩＥＬ（配列番号６６）、ＨＮＥＬ（配列番号６７）、ＨＴＥＬ（配列番号６８）、ＫＴＥＬ（配列番号６９）、ＨＶＥＬ（配列番号７０）、ＮＤＥＬ（配列番号７１）、ＱＤＥＬ（配列番号７２）、ＲＥＤＬ（配列番号７３）、ＲＮＥＬ（配列番号７４）、ＲＴＤＬ（配列番号７５）、ＲＴＥＬ（配列番号７６）、ＳＤＥＬ（配列番号７７）、ＴＤＥＬ（配列番号７８）、ＳＫＥＬ（配列番号７９）、ＳＴＥＬ（配列番号８０）、及びＥＤＥＬ（配列番号８１）からなる群から選択される、請求項１〜１８のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項２０】
結合領域が、配列番号４〜１６のいずれかのアミノ酸２〜２４１を含むか又はそれからなる、請求項１〜１９のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項２１】
配列番号４〜３３のいずれかに示されるポリペプチドを含むか又はそれからなる、請求項１４に記載のタンパク質。
【請求項２２】
志賀毒素エフェクター領域が、志賀毒素ファミリーのメンバーの自然に存在するＡサブユニットに対して、前記志賀毒素エフェクター領域の酵素活性を変化させる変異を含み、前記変異が、少なくとも１つのアミノ酸残基の欠失、挿入、又は置換から選択される、請求項１〜２０のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項２３】
変異が、志賀毒素エフェクター領域の細胞毒性を低減又は除去する、請求項２２に記載のタンパク質。
【請求項２４】
ホモ多量体又はヘテロ多量体の形態の、請求項１〜２３のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項２５】
薬学的に許容される塩又は溶媒和物の形態の、請求項１〜２４のいずれかに記載のタンパク質。
【請求項２６】
請求項１〜２５のいずれかに記載のタンパク質と、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤又は担体とを含む医薬組成物。
【請求項２７】
少なくとも１つの薬学的に許容される担体が、溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤、等張剤又は吸収遅延剤を含み；及び／又は、医薬組成物が、水性若しくは非水性担体；界面活性剤；安定剤、保存剤、緩衝液、抗酸化剤、湿潤剤、乳化剤、分散剤；等張剤；及び／又は抗菌剤若しくは抗真菌剤；をさらに含む、請求項２６に記載の医薬組成物。
【請求項２８】
請求項１〜２５のいずれかに記載のタンパク質、及び検出促進剤を含む診断用組成物。
【請求項２９】
請求項１〜２４のいずれかに記載のタンパク質をコードするポリヌクレオチド、又はその相補体。
【請求項３０】
請求項２９に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
【請求項３１】
請求項２９に記載のポリヌクレオチド又は請求項３０に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項３２】
タンパク質に増強された細胞毒性を付与するためのインビトロでの方法であって、前記タンパク質又は前記タンパク質のポリペプチド成分のカルボキシ末端に、ＫＤＥＬファミリーのメンバーのカルボキシ末端小胞体保留／回収シグナルモチーフを付加するステップを含み、前記タンパク質が、
ａ）少なくとも１つの細胞外標的生体分子に特異的に結合することが可能な結合領域、及び
ｂ）志賀毒素ファミリーの少なくとも１種のメンバーのＡサブユニットのアミノ酸配列に由来するポリペプチドを含む志賀毒素エフェクター領域
を含む、前記方法。
【請求項３３】
細胞内に外因性物質を送達する、インビトロでの方法であって、細胞を、請求項１〜２５のいずれかに記載のタンパク質、請求項２６若しくは２７に記載の医薬組成物、又は請求項２８に記載の診断用組成物と接触させるステップを含み、前記細胞が、前記タンパク質によって結合されている細胞外標的生体分子と物理的に結合している、前記方法。
【請求項３４】
インビトロで細胞を殺滅する方法であって、前記細胞を、請求項１〜２５のいずれかに記載のタンパク質、又は請求項２６若しくは２７に記載の医薬組成物と接触させるステップを含み、前記細胞が、前記タンパク質によって結合されている細胞外標的生体分子と物理的に結合している、前記方法。
【請求項３５】
請求項１〜２５のいずれかに記載のタンパク質、又は請求項２６若しくは２７に記載の医薬組成物を含む、患者における疾患、障害又は状態の治療剤。
【請求項３６】
疾患、障害又は状態が、がん、腫瘍、免疫障害、及び微生物感染から選択される、請求項３５に記載の治療剤。
【請求項３７】
がんが、骨がん、乳がん、中枢／末梢神経系がん、胃腸がん、胚細胞がん、腺がん、頭頸部がん、血液がん、腎・尿路癌、肝がん、肺／胸膜がん、前立腺がん、肉腫、皮膚がん、及び子宮がんから選択される、請求項３６に記載の治療剤。
【請求項３８】
関連する免疫障害が、アミロイドーシス、強直性脊椎炎、喘息、クローン病、糖尿病、移植片拒絶、移植片対宿主病、橋本甲状腺炎、溶血性尿毒症症候群、ＨＩＶ関連疾患、エリテマトーデス、多発性硬化症、結節性多発性動脈炎、多発性関節炎、乾癬、乾癬性関節炎、リウマチ様関節炎、強皮症、敗血症性ショック、シェーグレン症候群、潰瘍性大腸炎、及び血管炎から選択される疾患と関連するものである、請求項３６に記載の治療剤。
【請求項３９】
がん、腫瘍、又は免疫障害の治療又は予防のための、請求項１〜３１のいずれかに記載の物の組成物。
【請求項４０】
がん、腫瘍、免疫障害又は微生物感染の治療又は予防のための医薬品の製造における、請求項１〜３１のいずれかに記載の物の組成物の使用。
【請求項４１】
疾患、障害若しくは状態の診断、予後予測、又は特性評価における、請求項１〜３１のいずれかに記載の物の組成物の使用。
【請求項４２】
請求項１〜２５のいずれかに記載のタンパク質の結合領域の細胞外標的と物理的に結合している細胞の存在に関する情報を収集するインビトロでの方法であって、
請求項２８に記載の診断用組成物と細胞を接触させるステップ、及び
検出促進剤の存在を検出するステップ
を含む、前記方法。
【請求項４３】
請求項１〜３１のいずれかに記載の物の組成物と、さらなる試薬及び／又は医薬送達デバイスとを備えるキット。