【手続補正書】
【提出日】令和2年6月15日(2020.6.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）キメラＣａｓ９タンパク質に活性を与える異種ポリペプチドと融合したＣａｓ９ポリペプチドを含む、キメラＣａｓ９タンパク質、または該キメラＣａｓ９タンパク質をコードするポリヌクレオチド、並びに
（ｂ）以下（ｉ）および（ｉｉ）を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする、１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド
（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的な標的化配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および
（ｉｉ）前記キメラＣａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する二つの相補的な連続ヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡがｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的なヌクレオチドを含む、タンパク質結合セグメント；
を含む組成物。
【請求項２】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして８塩基対（ｂｐ）〜１５ｂｐを形成する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして１５塩基対（ｂｐ）〜１８ｂｐを形成する、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記相補的な連続ヌクレオチド間の相補性％が７０％超である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、２つの別々のＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、前記ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの連続ヌクレオチドの一方を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが１分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、１つのＲＮＡ分子を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドが、１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、１つまたはそれ以上のウイルスベクターである、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記１つまたはそれ以上のウイルスベクターが、ワクシニアウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターから選択される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、プラスミド、コスミド、ミニサークル、ファージおよびウイルスベクターから選択される、請求項７に記載の組成物。
【請求項１１】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾された核酸塩基、修飾された骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む；
（２）以下、（ａ）〜（ｃ）の１つまたはそれ以上を含む、
（ａ）ホスホロチオエート、逆極性連結および脱塩基性ヌクレオシド間連結から選択される非天然ヌクレオシド間連結、
（ｂ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、および
（ｃ）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される修飾された糖部分；
（３）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される１つまたはそれ以上の修飾された糖部分を含む；または
（４）５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニンおよび８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６またはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンの１つまたはそれ以上を含む核酸塩基を含む；
請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに取り込み、分布、代謝、または排出を向上させる部分から選択される部分に結合されている、
請求項１〜６または１１〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４】
前記標的配列が１８〜２５ヌクレオチド長である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）６７ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧＵＵＡＵＣＡＡＣＵＵＧＡＡＡＡＡＧＵＧＧＣＡＣＣＧＡＧＵＣＧＧＵＧＣＵＵＵＵＵＵＵ（配列番号４３２）；または
（２）２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、前記標的化配列の下流（３´）に、５´から３´方向の順番で、
１２ヌクレオチドのｃｒＲＮＡ配列：ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＡ（配列番号６７９）；
４ヌクレオチドのリンカー配列：ＧＡＡＡ；および
２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む１分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７】
前記標的ＤＮＡが、細菌細胞、古細菌細胞、単細胞真核生物、植物細胞、無脊椎動物からの細胞または脊椎動物からの細胞内に存在する、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８】
前記標的ＤＮＡが、単細胞真核生物、植物細胞、無脊椎動物からの細胞または脊椎動物からの細胞内に存在する、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１９】
前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２０】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のＣａｓ９である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２１】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２２】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、実質的にヌクレアーゼ活性を有しない修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２４】
前記異種ポリペプチドが、
（１）ＤＮＡ修飾活性を有し；または
（２）前記標的ＤＮＡからの転写を増加または減少させる能力を示す；または
（３）前記標的ＤＮＡに結合するポリペプチドを修飾する酵素活性を有する；
請求項１〜２３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２５】
前記異種ポリペプチドが前記ＤＮＡ修飾活性を有し、前記活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性およびグリコシラーゼ活性から選択される、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
前記異種ポリペプチドが脱アミノ化活性を有する、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
前記異種ポリペプチドがポリメラーゼ活性を有する、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２８】
前記異種ポリペプチドが転写活性化因子ポリペプチドまたは転写抑制化因子ポリペプチドである、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２９】
前記異種ポリペプチドが前記酵素活性を有し、前記酵素活性がヒストン修飾活性である、請求項２４に記載の組成物。
【請求項３０】
前記異種ポリペプチドが前記酵素活性を有し、前記酵素活性が、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性または脱ミリストイル化活性、グリコシル化活性および脱グリコシル化活性から選択される、請求項２４に記載の組成物。
【請求項３１】
前記キメラＣａｓ９タンパク質のアミノ末端に、キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進するタンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されている、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３２】
前記キメラＣａｓ９タンパク質のカルボキシル末端に、キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進するタンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されている、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３３】
キメラＣａｓ９タンパク質を標的ＤＮＡの標的配列に導く方法であって、
前記標的ＤＮＡを下記（ａ）および（ｂ）を含む複合体と接触させることを含み、
（ａ）キメラＣａｓ９タンパク質に活性を与える異種ポリペプチドと融合したＣａｓ９ポリペプチドを含む、キメラＣａｓ９タンパク質；
（ｂ）以下（ｉ）および（ｉｉ）を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ
（ｉ）前記標的ＤＮＡ内の前記標的配列に対して相補的な標的化配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および
（ｉｉ）前記キメラＣａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する二つの相補的な連続ヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡがｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的なヌクレオチドを含む、タンパク質結合セグメント；
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは前記キメラＣａｓ９タンパク質と複合体を形成し、これにより前記キメラＣａｓ９タンパク質を前記標的配列に導き、
前記接触は、インビボのヒト細胞、ヒト生殖細胞およびヒト胚幹細胞で行われるものではない、前記方法。
【請求項３４】
前記異種ペプチドがＤＮＡ修飾活性を有し、前記接触が前記標的ＤＮＡの修飾をもたらす、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記ＤＮＡ修飾活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性およびグリコシラーゼ活性から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記異種ポリペプチドが脱アミノ化活性を有する、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記異種ポリペプチドがポリメラーゼ活性を有する、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記異種ポリペプチドが転写活性化因子ポリペプチドまたは転写抑制化因子ポリペプチドであり、したがって前記接触が前記標的ＤＮＡからの部位特異的転写の調節をもたらす、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
前記異種ポリペプチドが前記標的ＤＮＡに結合するポリペプチドを修飾する酵素活性を有し、したがって前記接触が前記ポリペプチドの修飾をもたらす、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記酵素活性がヒストン修飾活性である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記酵素活性が、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性または脱ミリストイル化活性、グリコシル化活性および脱グリコシル化活性から選択される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして８塩基対（ｂｐ）〜１５ｂｐを形成する、請求項３３〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして１５塩基対（ｂｐ）〜１８ｂｐを形成する、請求項３３〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記相補的な連続ヌクレオチド間の相補性％が７０％超である、請求項３３〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、２つの別々のＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、前記ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの連続ヌクレオチドの一方を含む、請求項３３〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが１分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、１つのＲＮＡ分子を含む、請求項３３〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）修飾された核酸塩基、修飾された骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む；
（２）ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む；
（３）以下、（ａ）〜（ｃ）の１つまたはそれ以上を含む；
（ａ）ホスホロチオエート、逆極性連結および脱塩基性ヌクレオシド間連結から選択される非天然ヌクレオシド間連結、
（ｂ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、および
（ｃ）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される修飾された糖部分；
（４）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される１つまたはそれ以上の修飾された糖部分を含む；または
（５）５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニンおよび８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６またはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンの１つまたはそれ以上を含む核酸塩基を含む；
請求項３３〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに取り込み、分布、代謝、または排出を向上させる部分から選択される部分に結合されている、
請求項３３〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記標的配列が１８〜２５ヌクレオチド長である、請求項３３〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）６７ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧＵＵＡＵＣＡＡＣＵＵＧＡＡＡＡＡＧＵＧＧＣＡＣＣＧＡＧＵＣＧＧＵＧＣＵＵＵＵＵＵＵ（配列番号４３２）；または
（２）２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む、請求項３３〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、前記標的化配列の下流（３´）に、５´から３´方向の順番で、
１２ヌクレオチドのｃｒＲＮＡ配列：ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＡ（配列番号６７９）；
４ヌクレオチドのリンカー配列：ＧＡＡＡ；および
２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む１分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡである、請求項３３〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記標的ＤＮＡが、細菌細胞、古細菌細胞、単細胞真核生物、植物細胞、無脊椎動物からの細胞または脊椎動物からの細胞内に存在する、請求項３３〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記標的ＤＮＡが、単細胞真核生物、植物細胞、無脊椎動物からの細胞または脊椎動物からの細胞内に存在する、請求項３３〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項３３〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記接触が、
（ａ）前記キメラＣａｓ９タンパク質または前記キメラＣａｓ９タンパク質をコードするポリヌクレオチド；および
（ｂ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡまたは前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド；
の少なくとも一つを、細胞内に形質導入することを含む、請求項３３〜５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
前記キメラＣａｓ９タンパク質をコードするポリヌクレオチドおよび／または前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つもしくはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドは、１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターは、１つまたはそれ以上のウイルスベクターである、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記１つまたはそれ以上のウイルスベクターが、ワクシニアウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターから選択される、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、プラスミド、コスミド、ミニサークル、ファージおよびウイルスベクターから選択される、請求項５６に記載の方法。
【請求項６０】
ドナーポリヌクレオチドを細胞に形質導入することを含む、請求項３３〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記標的ＤＮＡ分子の切断された鎖への、ドナーポリヌクレオチドの１つの配列の挿入により前記標的ＤＮＡ分子が編集される、請求項３３〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のＣａｓ９である、請求項３３〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項３３〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、実質的にヌクレアーゼ活性を有しない修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項３３〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項３３〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進するタンパク質形質導入ドメインが、キメラＣａｓ９タンパク質のアミノ末端に共有結合的に連結されている、請求項３３〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進するタンパク質形質導入ドメインが、キメラＣａｓ９タンパク質のカルボキシル末端に共有結合的に連結されている、請求項３３〜６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記接触がインビボのヒト細胞内で行われるものではない、請求項３３〜６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
前記接触が体細胞内で行われる、請求項３３〜６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
（ａ）キメラＣａｓ９タンパク質に活性を与える異種ポリペプチドと融合したＣａｓ９ポリペプチドを含む、キメラＣａｓ９タンパク質または前記キメラＣａｓ９タンパク質をコードするポリヌクレオチド；および
（ｂ）以下（ｉ）および（ｉｉ）を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡまたは前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；
（ｉ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対して相補的な標的化配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および
（ｉｉ）前記キメラＣａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する二つの相補的な連続ヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡがｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的なヌクレオチドを含む、タンパク質結合セグメント；
を含み、（ａ）および（ｂ）が同一のまたは別々の容器中に存在するキット。
【請求項７１】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のＣａｓ９である、請求項７０に記載のキット。
【請求項７２】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項７０または７１に記載のキット。
【請求項７３】
前記修飾されたＣａｓ９タンパク質が、実質的にヌクレアーゼ活性を有しない、請求項７０または７１に記載のキット。
【請求項７４】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項７０または７１に記載のキット。
【請求項７５】
前記異種ポリペプチドが、
（１）ＤＮＡ修飾活性を有し；または
（２）前記標的ＤＮＡからの転写を増加または減少させる能力を示す；または
（３）前記標的ＤＮＡに結合するポリペプチドを修飾する酵素活性を有する；
請求項７０〜７４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項７６】
前記異種ポリペプチドが前記ＤＮＡ修飾活性を有し、前記活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性およびグリコシラーゼ活性から選択される、請求項７５に記載のキット。
【請求項７７】
前記異種ポリペプチドが脱アミノ化活性を有する、請求項７６に記載のキット。
【請求項７８】
前記異種ポリペプチドがポリメラーゼ活性を有する、請求項７６に記載のキット。
【請求項７９】
前記異種ポリペプチドが転写を増加または抑制する能力を示し、前記異種ポリペプチドが転写活性化因子ポリペプチドまたは転写抑制化因子ポリペプチドである、請求項７５に記載のキット。
【請求項８０】
前記異種ポリペプチドが前記酵素活性を有し、前記酵素活性がヒストン修飾活性である、請求項７５に記載のキット。
【請求項８１】
前記異種ポリペプチドが前記酵素活性を有し、前記酵素活性が、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性または脱ミリストイル化活性、グリコシル化活性および脱グリコシル化活性から選択される、請求項７５に記載のキット。
【請求項８２】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして８塩基対（ｂｐ）〜１５ｂｐを形成する、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８３】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして１５塩基対（ｂｐ）〜１８ｂｐを形成する、請求項７０〜８１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８４】
前記相補的な連続ヌクレオチド間の相補性％が７０％超である、請求項７０〜８３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８５】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、２つの別々のＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、前記ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの連続ヌクレオチドの一方を含む、請求項７０〜８４
のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８６】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが１分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、１つのＲＮＡ分子を含む、請求項７０〜８４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８７】
前記キメラＣａｓ９タンパク質をコードするポリヌクレオチドおよび／または前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つもしくはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドは、１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターである、請求項７０〜８６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８８】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターは、１つまたはそれ以上のウイルスベクターである、請求項８７に記載のキット。
【請求項８９】
前記１つまたはそれ以上のウイルスベクターが、ワクシニアウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターから選択される、請求項８８に記載のキット。
【請求項９０】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、プラスミド、コスミド、ミニサークル、ファージおよびウイルスベクターから選択される、請求項８７に記載のキット。
【請求項９１】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）修飾された核酸塩基、修飾された骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む；
（２）ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む；
（３）以下、（ａ）〜（ｃ）の１つまたはそれ以上を含む；
（ａ）ホスホロチオエート、逆極性連結および脱塩基性ヌクレオシド間連結から選択される非天然ヌクレオシド間連結、
（ｂ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、および
（ｃ）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される修飾された糖部分；
（４）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される１つまたはそれ以上の修飾された糖部分を含む；または
（５）５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニンおよび８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６またはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンの１つまたはそれ以上を含む核酸塩基を含む；
請求項７０〜９０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９２】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに取り込み、分布、代謝、または排出を向上させる部分から選択される部分に結合されている、
請求項７０〜９１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９３】
前記標的配列が１８〜２５ヌクレオチド長である、請求項７０〜９２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９４】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）６７ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧＵＵＡＵＣＡＡＣＵＵＧＡＡＡＡＡＧＵＧＧＣＡＣＣＧＡＧＵＣＧＧＵＧＣＵＵＵＵＵＵＵ（配列番号４３２）；または
（２）２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む、請求項７０〜９３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９５】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、前記標的化配列の下流（３´）に、５´から３´方向の順番で、
１２ヌクレオチドのｃｒＲＮＡ配列：ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＡ（配列番号６７９）；
４ヌクレオチドのリンカー配列：ＧＡＡＡ；および
２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む１分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡである、請求項７０〜９３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９６】
前記標的ＤＮＡが、細菌細胞、古細菌細胞、単細胞真核生物、植物細胞、無脊椎動物からの細胞または脊椎動物からの細胞内に存在する、請求項７０〜９５のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９７】
前記標的ＤＮＡが、単細胞真核生物、植物細胞、無脊椎動物からの細胞または脊椎動物からの細胞内に存在する、請求項７０〜９６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９８】
前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項７０〜９７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９９】
キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進するタンパク質形質導入ドメインが、キメラＣａｓ９タンパク質のアミノ末端に共有結合的に連結されている、請求項７０〜９８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１００】
キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進するタンパク質形質導入ドメインが、前記キメラＣａｓ９タンパク質のカルボキシル末端に共有結合的に連結されている、請求項７０〜９８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０１】
（ａ）キメラＣａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列であって、前記キメラＣａｓ９タンパク質は、該キメラＣａｓ９タンパク質に活性を与える異種ポリペプチドと融合したＣａｓ９ポリペプチドを含む、前記ヌクレオチド配列；並びに
（ｂ）以下（ｉ）および（ｉｉ）を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列：
（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的な標的化配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および
（ｉｉ）前記キメラＣａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する二つの相補的な連続ヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡがｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的なヌクレオチドを含む、タンパク質結合セグメント；
を含む１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項１０２】
前記核酸が、１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターである、請求項１０１に記載の核酸。
【請求項１０３】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、１つまたはそれ以上のウイルスベクターである、請求項１０２に記載の核酸。
【請求項１０４】
前記１つまたはそれ以上のウイルスベクターが、ワクシニアウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターから選択される、請求項１０３に記載の核酸。
【請求項１０５】
前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、プラスミド、コスミド、ミニサークル、ファージおよびウイルスベクターから選択される、請求項１０２に記載の核酸。
【請求項１０６】
前記キメラＣａｓ９タンパク質が、そのカルボキシル末端またはアミノ末端に共有結合されたタンパク質形質導入ドメイン（ＰＴＤ）を含み、前記ＰＴＤは、前記キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進させる、請求項１０１〜１０５のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１０７】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして８塩基対（ｂｐ）〜１５ｂｐを形成する、請求項１０１〜１０６のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１０８】
前記相補的な連続ヌクレオチドが、ハイブリダイズして１５塩基対（ｂｐ）〜１８ｂｐを形成する、請求項１０１〜１０６のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１０９】
前記相補的な連続ヌクレオチド間の相補性％が７０％超である、請求項１０１〜１０８のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１０】
前記標的ＤＮＡが、細菌細胞、古細菌細胞、単細胞真核生物、植物細胞、無脊椎動物からの細胞または脊椎動物からの細胞内に存在する、請求項１０１〜１０９のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１１】
前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項１０１〜１１０のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１２】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドがＳ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のＣａｓ９である、請求項１０１〜１１１のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１３】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項１０１〜１１２のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１４】
前記修飾されたＣａｓ９タンパク質が、実質的にヌクレアーゼ活性を有しない、請求項１０１〜１１２のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１５】
前記Ｃａｓ９タンパク質が、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項１０１〜１１２のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１６】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、２つの別々のＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、前記ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの連続ヌクレオチドの一方を含む、請求項１０１〜１１５のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１７】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが１分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、１つのＲＮＡ分子を含む、請求項１０１〜１１５のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１８】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）６７ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧＵＵＡＵＣＡＡＣＵＵＧＡＡＡＡＡＧＵＧＧＣＡＣＣＧＡＧＵＣＧＧＵＧＣＵＵＵＵＵＵＵ（配列番号４３２）；または
（２）２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む、請求項１０１〜１１７のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１１９】
前記異種ポリペプチドが、
（１）ＤＮＡ修飾活性を有し；または
（２）前記標的ＤＮＡからの転写を増加または減少させる能力を示す；または
（３）前記標的ＤＮＡに結合するポリペプチドを修飾する酵素活性を有する；
請求項１０１〜１１８のいずれか一項に記載の核酸。
【請求項１２０】
前記異種ポリペプチドが前記ＤＮＡ修飾活性を有し、前記活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性およびグリコシラーゼ活性から選択される、請求項１１９に記載の核酸。
【請求項１２１】
前記異種ポリペプチドが脱アミノ化活性を有する、請求項１２０に記載の核酸。
【請求項１２２】
前記異種ポリペプチドがポリメラーゼ活性を有する、請求項１２０に記載の核酸。
【請求項１２３】
異種ポリペプチドと融合したＣａｓ９ポリペプチドを含むキメラＣａｓ９タンパク質、または該キメラＣａｓ９タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む遺伝子改変細胞であって、ヒト生殖細胞又はヒト胚幹細胞ではない、前記遺伝子改変細胞。
【請求項１２４】
真核生物細胞である、請求項１２３に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１２５】
細菌細胞である、請求項１２３に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１２６】
タンパク質形質導入ドメインが前記キメラＣａｓ９タンパク質のカルボキシル末端に共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインが、キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進する、請求項１２４に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１２７】
タンパク質形質導入ドメインがキメラＣａｓ９タンパク質のアミノ末端に共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインが、キメラＣａｓ９タンパク質の細胞基質から細胞小器官内への移行を促進する、請求項１２４に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１２８】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のＣａｓ９である、請求項１２３〜１２７のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１２９】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する修飾されたＣａｓ９タンパク質である、請求項１２３〜１２８のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３０】
前記修飾されたＣａｓ９タンパク質が、実質的にヌクレアーゼ活性を有しない、請求項１２３〜１２８のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３１】
前記修飾されたＣａｓ９タンパク質が、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項１２３〜１２８のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３２】
前記異種ポリペプチドがタンパク質タグである、請求項１２３〜１３１のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３３】
前記タンパク質タグが６ｘＨｉｓタグ、赤血球凝集素タグおよび緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）から選択される、請求項１３２に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３４】
前記異種ポリペプチドが前記ＤＮＡ修飾活性を有し、前記活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性およびグリコシラーゼ活性から選択される、請求項１２３〜１３１のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３５】
前記異種ポリペプチドが脱アミノ化活性を有する、請求項１３４に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３６】
前記異種ポリペプチドがポリメラーゼ活性を有する、請求項１３４に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３７】
前記異種ポリペプチドが転写を増加または抑制する能力を示し、前記異種ポリペプチドが転写活性化因子ポリペプチドまたは転写抑制化因子ポリペプチドである、請求項１２３〜１３１のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３８】
前記異種ポリペプチドが、ＤＮＡに結合するポリペプチドを修飾する酵素活性を有し、前記酵素活性がヒストン修飾活性である、請求項１２３〜１３１のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１３９】
前記異種ポリペプチドが前記酵素活性を有し、前記酵素活性が、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性または脱ミリストイル化活性、グリコシル化活性および脱グリコシル化活性から選択される、請求項１２３〜１３１のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４０】
以下（ｉ）および（ｉｉ）を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：
（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的な標的化配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および
（ｉｉ）前記キメラＣａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する二つの相補的な連続ヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡがｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的なヌクレオチドを含む、タンパク質結合セグメント；
をさらに含む、請求項１２３〜１３９のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４１】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）修飾された核酸塩基、修飾された骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む；
（２）ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む；
（３）以下、（ａ）〜（ｃ）の１つまたはそれ以上を含む；
（ａ）ホスホロチオエート、逆極性連結および脱塩基性ヌクレオシド間連結から選択される非天然ヌクレオシド間連結、
（ｂ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、および
（ｃ）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される修飾された糖部分；
（４）２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−Ｏ−メチルおよび２’−フルオロから選択される１つまたはそれ以上の修飾された糖部分を含む；または
（５）５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニンおよび８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６またはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンの１つまたはそれ以上を含む核酸塩基を含む；
請求項１４０に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４２】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに取り込み、分布、代謝、または排出を向上させる部分から選択される部分に結合されている、
請求項１４０または１４１に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４３】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、２つの別々のＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、前記ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの連続ヌクレオチドの一方を含む、請求項１４０〜１４２のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４４】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが１分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、１つのＲＮＡ分子を含む、請求項１４０〜１４２のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４５】
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（１）６７ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧＵＵＡＵＣＡＡＣＵＵＧＡＡＡＡＡＧＵＧＧＣＡＣＣＧＡＧＵＣＧＧＵＧＣＵＵＵＵＵＵＵ（配列番号４３２）；または
（２）２６ヌクレオチドのｔｒａｃｒＲＮＡ配列：ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧ（配列番号３９７）
を含む、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４６】
前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項１４０〜１４５のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【請求項１４７】
患者の疾患を治療する方法において使用するための、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の組成物、請求項７０〜１００のいずれか一項に記載のキット、請求項１０１〜１２２のいずれか一項に記載の核酸、または請求項１２３〜１４６のいずれか一項に記載の遺伝子改変細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６０３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６０３】
本発明は、その具体的な実施形態への参照と共に説明されてきたが、一方で、本発明の真の趣旨および範囲から逸脱することなく様々な変更がなされ得、同等物が置き換えられ得ることを当業者は理解するべきである。さらに、特定の状況、材料、物質の組成、プロセス、プロセス工程（単数）または工程（複数）を本発明の目的、主旨および範囲に適応させるために、多くの修正がなされ得る。そのような修正は全てここに付属される特許請求の範囲内に含まれることが意図される。
本発明は一態様において、以下を提供する。
[項目１]
（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｉｉ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含む、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
[項目２]
前記第一セグメントが標的ＤＮＡ内の配列に対し１００％の相補性を有する８個のヌクレオチドを含む、項目１に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
[項目３]
前記第二セグメントが、配列番号５６３〜６８２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列、またはその相補体を含む、項目１に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
[項目４]
前記第二セグメントが、配列番号４３１〜５６２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列、またはその相補体を含む、項目１に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
[項目５]
前記部位特異的修飾ポリペプチドが、図３に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６または７３１〜１００３に対して、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目１に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
[項目６]
項目１に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡポリヌクレオチド。
[項目７]
項目６に記載のＤＮＡポリヌクレオチドを含む、組み換え発現ベクター。
[項目８]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする前記ヌクレオチド配列がプロモーターに作動可能に連結している、項目７に記載の組み換え発現ベクター。
[項目９]
前記プロモーターが誘導性プロモーターである、項目８に記載の組み換え発現ベクター。
[項目１０]
項目１に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列が複数のクローニング部位をさらに含む、項目７に記載の組み換え発現ベクター。
[項目１１]
項目６に記載のＤＮＡポリヌクレオチドを含む、インビトロ遺伝子改変宿主細胞。
[項目１２]
（ｉ）
（ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む前記部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
を含む、組み換え発現ベクター。
[項目１３]
（ｉ）
（ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）前記標的ＤＮＡ内の転写を調節する活性部位であって、前記標的ＤＮＡ内の転写が調節される部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む、前記部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
を含む、組み換え発現ベクター。
[項目１４]
（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｉｉ）低減された部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む、変異型部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目１５]
Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）配列（配列番号８）のＨ８４０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のいずれかにおける対応する変異を含む、項目１４に記載の変異型部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目１６]
Ｓ．ピオゲネス配列（配列番号８）のＤ１０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のいずれかにおける対応する変異を含む、項目１４に記載の変異型部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目１７]
（ｉ）Ｓ．ピオゲネス配列（配列番号８）のＤ１０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のいずれかにおける対応する変異；並びに（ｉｉ）Ｓ．ピオゲネス配列（配列番号８）のＨ８４０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のいずれかにおける対応する変異を両方含む、項目１４に記載の変異型部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目１８]
（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｉｉ）部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む、キメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目１９]
図３に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６もしくは７３１〜１００３に対して、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目１８に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド
[項目２０]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、配列番号５６３〜６８２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列をさらに含む、項目１８に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２１]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、配列番号４３１〜５６２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列をさらに含む、項目１８に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２２]
前記酵素活性が前記標的ＤＮＡを修飾する、項目１８に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２３]
前記酵素活性が、ヌクレアーゼ活性、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性またはグリコシラーゼ活性である、項目２２に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２４]
前記酵素活性がヌクレアーゼ活性である、項目２３に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２５]
前記ヌクレアーゼ活性が前記標的ＤＮＡ内で二重鎖切断を引き起こす、項目２４に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２６]
前記酵素活性が前記標的ＤＮＡと結合した標的ポリペプチドを修飾する、項目１８に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２７]
前記酵素活性が、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性または脱ミリストイル化活性である、項目２６に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２８]
前記標的ポリペプチドがヒストンであり、前記酵素活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性または脱ユビキチン化活性である、項目２６に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目２９]
項目１８に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、ＲＮＡポリヌクレオチド。
[項目３０]
項目１８に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡポリヌクレオチド。
[項目３１]
項目３０に記載のポリヌクレオチドを含む、組み換え発現ベクター。
[項目３２]
前記ポリヌクレオチドがプロモーターに作動可能に連結している、項目３１に記載の組み換え発現ベクター。
[項目３３]
前記プロモーターが誘導性プロモーターである、項目３２に記載の組み換え発現ベクター。
[項目３４]
項目３０に記載のポリヌクレオチドを含む、インビトロ遺伝子改変宿主細胞。
[項目３５]
（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｉｉ）前記標的ＤＮＡ内の転写を調節する活性部位であって、前記標的ＤＮＡ内の転写が調節される部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む、キメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目３６]
前記活性部位が前記標的ＤＮＡ内の転写を増加させる、項目３５に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目３７]
前記活性部位が前記標的ＤＮＡ内の転写を減少させる、項目３５に記載のキメラ部位特異的修飾ポリペプチド。
[項目３８]
ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位を含む組換え部位特異的修飾ポリペプチドを含む、遺伝子改変細胞。
[項目３９]
前記部位特異的修飾ポリペプチドが、図３に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６もしくは７３１〜１００３に対して、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目３８に記載の遺伝子改変細胞。
[項目４０]
前記細胞が、古細菌細胞、細菌細胞、真核細胞、真核単細胞生物、体細胞、生殖細胞、幹細胞、植物細胞、藻細胞、動物細胞、無脊椎動物細胞、脊椎動物細胞、魚類細胞、カエル細胞、鳥類細胞、哺乳類細胞、ブタ細胞、雌ウシ細胞、ヤギ細胞、ヒツジ細胞、げっ歯類細胞、ラット細胞、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞、およびヒト細胞からなる群から選択される、項目３８に記載の遺伝子改変細胞。
[項目４１]
ゲノムが、（ｉ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および（ｉｉ）部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位を含む組換え部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む導入遺伝子を含んでいる、遺伝子導入非ヒト生物
[項目４２]
前記部位特異的修飾ポリペプチドが、図３に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６もしくは７３１〜１００３に対して、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目４１に記載の遺伝子導入生物。
[項目４３]
前記生物が、古細菌、細菌、真核単細胞生物、藻、植物、動物、無脊椎動物、ハエ、虫、刺胞動物、脊椎動物、魚、カエル、鳥、哺乳動物、有蹄動物、げっ歯類動物、ラット、マウス、および非ヒト霊長類動物からなる群から選択される、項目４１に記載の遺伝子導入生物。
[項目４４]
（ｉ）
（ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む前記部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド
を含む、組成物。
[項目４５]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡの前記第一セグメントが、前記標的ＤＮＡ内の配列に対して少なくとも１００％の相補性を有する８個のヌクレオチドを含む、項目４４に記載の組成物。
[項目４６]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡの前記第二セグメントが、配列番号５６３〜６８２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目４４に記載の組成物。
[項目４７]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡの前記第二セグメントが、配列番号４３１〜５６２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目４４に記載の組成物。
[項目４８]
前記部位特異的修飾ポリペプチドが、図３に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６もしくは７３１〜１００３に対して、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目４４に記載の組成物。
[項目４９]
前記酵素活性が前記標的ＤＮＡを修飾する、項目４４に記載の組成物。
[項目５０]
前記酵素活性が、ヌクレアーゼ活性、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性またはグリコシラーゼ活性である、項目４９に記載の組成物。
[項目５１]
前記酵素活性がヌクレアーゼ活性である、項目５０に記載の組成物。
[項目５２]
前記ヌクレアーゼ活性が前記標的ＤＮＡ内で二重鎖切断を引き起こす、項目５１に記載の組成物。
[項目５３]
前記酵素活性が前記標的ＤＮＡと結合した標的ポリペプチドを修飾する、項目４４に記載の組成物。
[項目５４]
前記酵素活性が、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性または脱ミリストイル化活性である、項目５３に記載の組成物。
[項目５５]
前記標的ポリペプチドがヒストンであり、前記酵素活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性または脱ユビキチン化活性である、項目５３に記載の組成物。
[項目５６]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、前記組成物が標的化ＲＮＡおよび活性化ＲＮＡの両方を含み、その二本鎖形成セグメントは相補的であり、ハイブリダイズして前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡの前記第二セグメントを形成する、項目４４に記載の組成物。
[項目５７]
前記活性化ＲＮＡの前記二本鎖形成セグメントが、配列番号４３１〜６８２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目５６に記載の組成物。
[項目５８]
（ｉ）項目４４に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；および
（ｉｉ）核酸を安定化させるための緩衝液
を含む、組成物。
[項目５９]
（ｉ）項目４４に記載の部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）核酸および／またはタンパク質を安定化させるための緩衝液
を含む、組成物。
[項目６０]
（ｉ）
（ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）前記標的ＤＮＡ内の転写を調節する活性部位であって、前記標的ＤＮＡ内の転写が調節される部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む前記部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド
を含む、組成物。
[項目６１]
前記活性部位が前記標的ＤＮＡ内の転写を増加させる、項目６０に記載の組成物。
[項目６２]
前記活性部位が前記標的ＤＮＡ内の転写を減少させる、項目６０に記載の組成物。
[項目６３]
（ｉ）項目６０に記載の部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）核酸および／またはタンパク質を安定化させるための緩衝液
を含む、組成物。
[項目６４]
標的ＤＮＡの部位特異的修飾の方法であって、
前記標的ＤＮＡを、
（ｉ）
（ａ）前記標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）部位特異的酵素活性を示す活性部位
を含む部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド
と接触させることを含む、上記方法。
[項目６５]
前記標的ＤＮＡが染色体外に存在する、項目６４に記載の方法。
[項目６６]
前記標的ＤＮＡが５’−ＣＣＹ−３’である相補鎖のＰＡＭ配列を含み、ここでＹはあ
らゆるＤＮＡヌクレオチドであり、Ｙは前記標的ＤＮＡの相補鎖の標的配列のすぐ５’側
である、項目６４に記載の方法。
[項目６７]
前記標的ＤＮＡがインビトロにおける染色体の一部である、項目６４に記載の方法。[項目６８]
前記標的ＤＮＡがインビボにおける染色体の一部である、項目６４に記載の方法。
[項目６９]
前記標的ＤＮＡが細胞内の染色体の一部である、項目６４に記載の方法。
[項目７０]
前記細胞が、古細菌細胞、細菌細胞、真核細胞、真核単細胞生物、体細胞、生殖細胞、幹細胞、植物細胞、藻細胞、動物細胞、無脊椎動物細胞、脊椎動物細胞、魚類細胞、カエル細胞、鳥類細胞、哺乳類細胞、ブタ細胞、雌ウシ細胞、ヤギ細胞、ヒツジ細胞、げっ歯類細胞、ラット細胞、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞、およびヒト細胞からなる群から選択される、項目６９に記載の方法。
[項目７１]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、配列番号５６３〜６８２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目６４に記載の方法。
[項目７２]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、配列番号４３１〜５６２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目６４に記載の方法。
[項目７３]
前記ＤＮＡ修飾ポリペプチドが、図３に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６もしくは７３１〜１００３に対して、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目６４に記載の方法。
[項目７４]
前記酵素活性が前記標的ＤＮＡを修飾する、項目６４に記載の方法。
[項目７５]
前記酵素活性がヌクレアーゼ活性、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、ＤＮＡ修復活性、ＤＮＡ損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンダイマー形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポサーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、光回復酵素活性またはグリコシラーゼ活性である、項目７４に記載の方法。
[項目７６]
前記ＤＮＡ修飾酵素活性がヌクレアーゼ活性である、項目７５に記載の方法。
[項目７７]
前記ヌクレアーゼ活性が前記標的ＤＮＡ内で二重鎖切断を引き起こす、項目７６に記載の方法。
[項目７８]
前記接触が非相同末端結合または相同組換え修復に許容的な条件下で起こる、項目７７に記載の方法。
[項目７９]
前記標的ＤＮＡをドナーポリヌクレオチドと接触させることをさらに含み、前記ドナーポリヌクレオチド、前記ドナーポリヌクレオチドの一部、前記ドナーポリヌクレオチドのコピー、または前記ドナーポリヌクレオチドのコピーの一部が前記標的ＤＮＡに組み込まれる、項目７８に記載の方法。
[項目８０]
細胞をドナーポリヌクレオチドと接触させることを含まず、前記標的ＤＮＡ内のヌクレオチドが欠失されるように前記標的ＤＮＡが修飾される、項目７８に記載の方法。
[項目８１]
前記酵素活性が前記標的ＤＮＡと結合した標的ポリペプチドを修飾する、項目６４に記載の方法。
[項目８２]
前記酵素活性が、メチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性、脱ユビキチン化活性、アデニル化活性、脱アデニル化活性、ＳＵＭＯ化活性、脱ＳＵＭＯ化活性、リボシル化活性、脱リボシル化活性、ミリストイル化活性または脱ミリストイル化活性である、項目８１に記載の方法。
[項目８３]
前記標的ポリペプチドがヒストンであり、前記酵素活性がメチルトランスフェラーゼ活性、脱メチル化酵素活性、アセチルトランスフェラーゼ活性、脱アセチル化酵素活性、キナーゼ活性、ホスファターゼ活性、ユビキチンリガーゼ活性または脱ユビキチン化活性である、項目８１に記載の方法。
[項目８４]
複合体が活性化ＲＮＡをさらに含む、項目６４に記載の方法。
[項目８５]
前記活性化ＲＮＡが、配列番号４３１〜６８２に記載のヌクレオチド配列のうちのいずれか１つに対して、一連の少なくとも８個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも６０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目８４に記載の方法。
[項目８６]
標的ＤＮＡ内の部位特異的転写を調節する方法であって、前記標的ＤＮＡを、
（ｉ）
（ａ）前記標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）転写を調節する活性部位
を含む部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド
と接触させることを含み、前記接触により前記標的ＤＮＡ内の転写の調節がもたらされる、上記方法。
[項目８７]
前記標的ＤＮＡ内の転写が増加する、項目８６に記載の方法。
[項目８８]
前記標的ＤＮＡ内の転写が減少する、項目８６に記載の方法。
[項目８９]
標的ＤＮＡにおける部位特異的修飾の方法であって、
前記標的ＤＮＡを、
（ｉ）
（ａ）前記標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）前記標的ＤＮＡ内の転写を調節する活性部位
を含む部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド
と接触させることを含む、上記方法。
[項目９０]
前記部位特異的修飾ポリペプチドが前記標的ＤＮＡ内の転写を増加させる、項目８６に記載の方法。
[項目９１]
前記部位特異的修飾ポリペプチドが前記標的ＤＮＡ内の転写を減少させる、項目８６に記載の方法。
[項目９２]
細胞内の標的ＤＮＡの部位特異的切断および修飾を促進する方法であって、
前記細胞に、
（ｉ）
（ａ）前記標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）前記標的ＤＮＡ内に二重鎖切断を生成するヌクレアーゼ活性を示す活性部位
を含む部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド；
を導入することを含み、
前記二重鎖切断の部位は前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定され、前記接触は非相同末端結合または相同組換え修復に許容的な条件下で起こり、前記標的ＤＮＡが切断および再結合されることで修飾されたＤＮＡ配列が生成される、
上記方法。
[項目９３]
前記標的ＤＮＡをドナーポリヌクレオチドと接触させることをさらに含み、前記ドナーポリヌクレオチド、前記ドナーポリヌクレオチドの一部、前記ドナーポリヌクレオチドのコピー、または前記ドナーポリヌクレオチドのコピーの一部が標的ＤＮＡに組み込まれる、項目９２に記載の方法。
[項目９４]
前記細胞をドナーポリヌクレオチドと接触させることを含まず、前記標的ＤＮＡ内のヌクレオチドが欠失されるように前記標的ＤＮＡが修飾される、項目９２に記載の方法。[項目９５]
前記細胞が、古細菌細胞、細菌細胞、真核細胞、真核単細胞生物、体細胞、生殖細胞、幹細胞、植物細胞、藻細胞、動物細胞、無脊椎動物細胞、脊椎動物細胞、魚類細胞、カエル細胞、鳥類細胞、哺乳類細胞、ブタ細胞、雌ウシ細胞、ヤギ細胞、ヒツジ細胞、げっ歯類細胞、ラット細胞、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞、およびヒト細胞からなる群から選択される、項目９２に記載の方法。
[項目９６]
前記細胞がインビトロに存在する、項目９２に記載の方法。
[項目９７]
前記細胞がインビボに存在する、項目９２に記載の方法。 
[項目９８]
対象において遺伝子改変細胞を生産する方法であって、
（Ｉ）細胞に、
（ｉ）
（ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）前記標的ＤＮＡ内に二重鎖切断を生成するヌクレアーゼ活性を示す活性部位
を含む部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチドを導入し；
ここで、前記二重鎖切断の部位は前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定され、前記接触は非相同末端結合または相同組換え修復に許容的な条件下で起こり、前記標的ＤＮＡが切断および再結合されることで修飾されたＤＮＡ配列が生成され；
これにより前記遺伝子改変細胞を生産すること；並びに
（ＩＩ）前記遺伝子改変細胞を前記対象に移植すること
を含む、上記方法。
[項目９９]
前記細胞をドナーポリヌクレオチドと接触させることをさらに含み、前記ドナーポリヌクレオチド、前記ドナーポリヌクレオチドの一部、前記ドナーポリヌクレオチドのコピー、または前記ドナーポリヌクレオチドのコピーの一部が前記標的ＤＮＡに組み込まれる、項目９８に記載の方法。
[項目１００]
前記細胞をドナーポリヌクレオチドと接触させることを含まず、前記標的ＤＮＡ内のヌクレオチドが欠失されるように前記標的ＤＮＡが修飾される、項目９８に記載の方法。[項目１０１]
前記細胞が、古細菌細胞、細菌細胞、真核細胞、真核単細胞生物、体細胞、生殖細胞、幹細胞、植物細胞、藻細胞、動物細胞、無脊椎動物細胞、脊椎動物細胞、魚類細胞、両生類細胞、鳥類細胞、哺乳類細胞、有蹄動物細胞、げっ歯類細胞、非ヒト霊長類細胞、およびヒト細胞からなる群から選択される、項目９８に記載の方法。
[項目１０２]
外来性部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む遺伝子改変細胞内の標的ＤＮＡを修飾する方法であって、
前記遺伝子改変細胞に、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを導入することを含み、
（ｉ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（ａ）前記標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメントを含み；
（ｉｉ）前記部位特異的修飾ポリペプチドが、
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）ヌクレアーゼ活性を示す活性部位を含む、
上記方法。
[項目１０３]
前記部位特異的修飾ポリペプチドが、図３に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６もしくは７３１〜１００３に対して、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６として記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１０４]
前記細胞が、古細菌細胞、細菌細胞、真核細胞、真核単細胞生物、体細胞、生殖細胞、幹細胞、植物細胞、藻細胞、動物細胞、無脊椎動物細胞、脊椎動物細胞、魚類細胞、両生類細胞、鳥類細胞、哺乳類細胞、有蹄動物細胞、げっ歯類細胞、非ヒト霊長類細胞、およびヒト細胞からなる群から選択される、項目１０２に記載の方法。
[項目１０５]
前記細胞がインビボに存在する、項目１０２に記載の方法。
[項目１０６]
前記細胞がインビトロに存在する、項目１０２に記載の方法。
[項目１０７]
前記部位特異的修飾ポリペプチドの発現が誘導性プロモーターの制御下にある、項目１０２に記載の方法。
[項目１０８]
前記部位特異的修飾ポリペプチドの発現が細胞型特異的プロモーターの制御下にある、項目１０２に記載の方法。
[項目１０９]
（ｉ）項目１に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）再構成および／または希釈のための試薬
を含む、キット。
[項目１１０]
細胞に前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡを導入するための緩衝液、洗浄緩衝液、対照試薬、対照発現ベクターまたはＲＮＡポリヌクレオチド、ＤＮＡからＤＮＡ標的化ＲＮＡを転写するための試薬、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される試薬をさらに含む、項目１０９に記載のキット。
[項目１１１]
（ｉ）項目４４に記載の部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）再構成および／または希釈のための試薬
を含む、キット。
[項目１１２]
細胞に前記部位特異的修飾ポリペプチドを導入するための緩衝液、洗浄緩衝液、対照試薬、対照発現ベクターまたはＲＮＡポリヌクレオチド、ＤＮＡから前記部位特異的修飾ポリペプチドをインビトロ生成するための試薬、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される試薬をさらに含む、項目１１１に記載のキット。
[項目１１３]
（ｉ）項目６０に記載の部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）再構成および／または希釈のための試薬
を含む、キット。
[項目１１４]
（ｉ）
（ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む前記部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド
を含む、キット。
[項目１１５]
（ｉ）
（ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および
（ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）
（ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）前記標的ＤＮＡ内の転写を調節する活性部位であって、前記標的ＤＮＡ内の転写が調節される部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む前記部位特異的修飾ポリペプチド、またはそれをコードするポリヌクレオチド
を含む、キット。
[項目１１６]
（ｉ）項目１２に記載の組み換え発現ベクター；および
（ｉｉ）再構成および／または希釈のための試薬
を含む、キット。
[項目１１７]
（ｉ）項目１３に記載の組み換え発現ベクター；および
（ｉｉ）再構成および／または希釈のための試薬
を含む、キット。
[項目１１８]
（ｉ）項目７に記載の組み換え発現ベクター；および
（ｉｉ）再構成および／または希釈のための試薬
を含む、キット。
[項目１１９]
（ｉ）項目７に記載の組み換え発現ベクター；並びに
（ｉｉ）
（ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組み換え発現ベクター
を含む、キット。
[項目１２０]
（ｉ）項目７に記載の組み換え発現ベクター；並びに
（ｉｉ）
（ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
（ｂ）標的ＤＮＡ内の転写を調節する活性部位であって、前記標的ＤＮＡ内の転写が調節される部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位
を含む部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む組み換え発現ベクター
を含む、キット。
[項目１２１]
項目１に記載の２つ以上のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、またはそれらをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを含む標的ＤＮＡを標的とするためのキットであって、前記２つ以上のＤＮＡ標的化ＲＮＡのうちの少なくとも１つの第一セグメントが、前記２つ以上のＤＮＡ標的化ＲＮＡのうちの少なくとも別の１つの第一セグメントと、少なくとも１つのヌクレオチドだけ異なる、上記キット。
[項目１２２]
宿主細胞において標的ＤＮＡの転写を選択的に調節する方法であって、前記宿主細胞に、
ａ）
ｉ）前記標的ＤＮＡ内の標的配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；
ｉｉ）部位特異的ポリペプチドと相互作用する第二セグメント；および
ｉｉｉ）安定性制御配列
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む核酸；並びに
ｂ）
ｉ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および
ｉｉ）低減されたエンドデオキシリボヌクレアーゼ活性を示す活性部位
を含む変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチド、または前記変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸
を導入することを含み、
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡおよび前記変異型Ｃａｓ９ポリペプチドが前記細胞内で複合体を形成し、前記複合体が前記細胞内の標的ＤＮＡの転写を選択的に調節する、上記方法。
[項目１２３]
前記変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドが、前記標的ＤＮＡの非相補鎖を切断することはできるが、前記標的ＤＮＡの相補鎖を切断する低減された能力を有する、項目１２２に記載の方法。
[項目１２４]
前記変異型部位特異的ポリペプチドが、図３９Ａに示されるアミノ酸配列のＨ８４０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６に記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する変異を含む、項目１２３に記載の方法。
[項目１２５]
前記変異型部位特異的ポリペプチドが、前記標的ＤＮＡの相補鎖を切断することはできるが、前記標的ＤＮＡの非相補鎖を切断する低減された能力を有する、項目１２２に記載の方法。
[項目１２６]
前記変異型部位特異的ポリペプチドが、図３９Ａに示されるアミノ酸配列のＤ１０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６に記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する変異を含む、項目１２５に記載の方法。
[項目１２７]
前記変異型部位特異的ポリペプチドが、前記標的ＤＮＡの相補鎖を切断する低減された能力、および前記標的ＤＮＡの非相補鎖を切断する低減された能力を有する、項目１２２に記載の方法。
[項目１２８]
前記変異型部位特異的ポリペプチドが、（ｉ）図４１に示されるアミノ酸配列のＤ１０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６に記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する変異；並びに（ｉｉ）配列番号８のＨ８４０Ａ変異、または配列番号１〜２５６および７９５〜１３４６に記載されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応する変異、の両方を含む、項目１２７に記載の方法
[項目１２９]
前記宿主細胞が原核細胞である、項目１２２に記載の方法。
[項目１３０]
前記宿主細胞が真核細胞である、項目１２２に記載の方法。
[項目１３１]
前記真核細胞が哺乳類細胞である、項目１３０に記載の方法。
[項目１３２]
前記標的ＤＮＡの転写が前記複合体非存在下における前記標的ＤＮＡの転写と比較して少なくとも約１０％だけ阻害される、項目１２２に記載の方法。
[項目１３３]
前記変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドが異種ポリペプチドを含む、項目１２２に記載の方法。
[項目１３４]
前記異種ポリペプチドが、細胞内局在配列、検出可能な標識、安定性制御ペプチド、転写調節配列、タンパク質結合配列、またはそれらの組み合わせを含む、項目１３３に記載の方法。
[項目１３５]
前記異種ポリペプチドが安定性制御ペプチドを含む、項目１３４に記載の方法。
[項目１３６]
前記安定性制御ペプチドがデグロン配列を含む、項目１３５に記載の方法。
[項目１３７]
前記異種ポリペプチドが、転写活性化因子、転写抑制因子、ヒストンリジンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンリジン脱メチル化酵素、ヒストンリジンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンリジン脱アセチル化酵素、ＤＮＡメチラーゼ、ＤＮＡ脱メチル化酵素、境界エレメント、周辺リクルートメントエレメント、タンパク質ドッキングエレメント、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目１３３に記載の方法。
[項目１３８]
前記標的ＤＮＡの転写が、前記複合体非存在下における前記標的ＤＮＡの転写と比較して少なくとも約１．２倍だけ増加される、項目１３３に記載の方法。
[項目１３９]
前記異種ポリペプチドが、転写活性化因子、ヒストンリジンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンリジン脱メチル化酵素、ヒストンリジンアセチルトランスフェラーゼ、ＤＮＡ脱メチル化酵素、タンパク質ドッキングエレメント、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目１３８に記載の方法。
[項目１４０]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡである、項目１２２に記載の方法。
[項目１４１]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが二分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡである、項目１２２に記載の方法。
[項目１４２]
項目１２２に記載の方法であって、前記宿主細胞に、第二のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または前記第二のＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を導入することをさらに含み、前記第二のＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
前記標的ＤＮＡ内の第二の標的配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；
部位特異的ポリペプチドと相互作用する第二セグメント；および
安定性制御配列
を含む、上記方法。
[項目１４３]
前記第二セグメントが、約３０ヌクレオチド〜約６０ヌクレオチドの長さを有し、
１）５’−ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＡ−（リンカー）−ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡ−３
’；
２）５’−ＧＵＵＵＡＧＡＧＣＵＧ−（リンカー）−ＣＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡ−３’；
３）５’−ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＧ−（リンカー）−ＣＡＧＣＧＡＧＵＵＡＡＡ−３’
；
４）５’−ＧＵＵＵＵＵＧＵＡＣＵＣＵ−（リンカー）−ＡＧＡＡＧＣＵＡＣＡＡＡＧＡ
Ｕ−３’；
５）５’−ＧＵＵＧＵＡＧＣＵＣＣ−（リンカー）−ＧＵＵＧＣＵＡＣＡＡＵ−３’；お
よび
６）５’−ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＡＧＡＡＡＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣ
ＵＡＧＵＣＣＧ−３’
から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも約９５％のヌクレオチド配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目１２２に記載の方法。
[項目１４４]
ａ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；
ｂ）部位特異的ポリペプチドと相互作用する第二セグメント；および
ｃ）安定性制御配列
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸。
[項目１４５]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする前記ヌクレオチド配列がプロモーターに作動可能に連結している、項目１４４に記載の単離核酸。
[項目１４６]
前記核酸が、野生型Ｃａｓ９と比較して低減されたエンドデオキシリボヌクレアーゼ活性を示す変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列をさらに含む、項目１４４に記載の単離核酸。
[項目１４７]
前記変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドをコードする前記ヌクレオチド配列がプロモーターに作動可能に連結している、項目１４６に記載の単離核酸。
[項目１４８]
項目２４に記載の核酸を含む、組み換え発現ベクター。
[項目１４９]
項目２４に記載の単離核酸、または項目２８に記載の組み換え発現ベクターを含む、遺伝子改変宿主細胞。
[項目１５０]
複数のメンバーを含む核酸のライブラリーであって、各核酸メンバーが、
ａ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；
ｂ）部位特異的ポリペプチドと相互作用する第二セグメント；および
ｃ）安定性制御配列
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含み、
各メンバーが前記第一セグメントの前記ヌクレオチド配列においてライブラリーの他のメンバーと異なる、上記ライブラリー。
[項目１５１]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする前記ヌクレオチド配列がプロモーターに作動可能に連結している、項目１５０に記載のライブラリー。
[項目１５２]
ａ）
ｉ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；  ｉｉ）部位特異的ポリペプチドと相互作用する第二セグメント；および
ｉｉｉ）安定性制御配列
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む核酸；並びに
ｂ）緩衝液
を含む、キット。
[項目１５３]
野生型Ｃａｓ９と比較して低減されたエンドデオキシリボヌクレアーゼ活性を示す変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドをさらに含む、項目１５２に記載のキット。
[項目１５４]
前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む前記核酸が、野生型Ｃａｓ９と比較して低減されたエンドデオキシリボヌクレアーゼ活性を示す変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列をさらに含む、項目１５２に記載のキット。
[項目１５５]
野生型Ｃａｓ９と比較して低減されたエンドデオキシリボヌクレアーゼ活性を示す変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸をさらに含む、項目１５２に記載のキット。