【誤訳訂正書】
【提出日】令和1年12月27日(2019.12.27)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００４】
本発明の技術は、核酸試験分析のような連続分析を実施する方法および装置に関する。幾つかの実施態様は、自動機器において実施する１種以上の試験標本に関する連続分析に関する。本明細書において提示する技術の幾つかの実施態様においては、自動機器において複数の試験標本の分析の信頼性の改良および使用の容易性を可能にする複数のサンプルに関する自動分析の実施方法を提供する。これらの方法は、a) １種以上の標的分析物に関連する上記複数の試験標本に由来する複数のサンプルを１以上のそれぞれの分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備する段階；b) 試験すべき複数のサンプルを準備する段階；c) 試験すべき上記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移す段階；d) 上記複数のサンプルの一部に関する上記第１の試験を第１の分析ワークフローに従って自動的に実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；e) 上記第１の標的分析物の存在を決定した上記複数のサンプルからサブセットサンプルを選択する段階；f) 第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)からの選択したサンプルサブセットの第２の部分を、第２の分析ワークフローに従って第２試験用の試薬を含む第２容器に自動的に移す段階；および、g) 選択したサンプルサブセットの前記第２の部分に関する前記第２の試験を自動的に実施する段階を含み得る。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１２】
また、本明細書においては、それぞれ複数の試験標本に由来する複数のサンプルに関する自動分析を実施する装置も提示し、該装置は、複数のサンプルを１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を含む；該機器は、複数の試験ストリップ、プロセッサ、記憶容量、および自動分析を実施するためのプログラムを含み、該プログラムは、以下各段階に関する命令を含む：a) 複数のサンプルを１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備する段階(該機器は、複数の試験ストリップを含む)；b) 各サンプルの第１の部分を、第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移す段階；c) 上記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；d) 上記各サンプルの第２の部分または上記各サンプルの選択されたサブセットを、第２試験用の試薬を含むそれぞれの第２容器に自動的に移す段階；および、e) 上記各サンプルの上記第２の部分をまたは上記各サンプルの選択したサブセットに関する第２試験を実施して第２標的分析物の存在を決定する段階。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１６】
また、本明細書においては、複数の試験標本に関する反射試験(reflex testing)の実施方法も提示する；該方法は、a) 試験すべき複数の試験標本を準備する段階；b) 上記複数試験標本を処理してそれぞれ複数のサンプルを取得する段階；c) 試験すべき上記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に移す段階；d) 上記複数のサンプルの一部に関する上記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；e) 上記第１の標的分析物の存在を決定した上記複数のサンプルからサブセットサンプルを反射試験において選択する段階；f) 第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)からの選択したサンプルサブセットの第２の部分を、第２試験用の試薬を含む第２容器に移す段階；および、g) 選択したサンプルサブセットの上記第２の部分に関する上記第２の試験を実施する段階を含む。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１８】
また、本明細書においては、１種の試験標本に関する反射試験を実施する方法も提示する；該方法は、a) 試験すべき試験標本を準備する段階；b) 上記試験標本を処理してそれぞれのサンプルを取得する段階；c) 試験すべき上記サンプルの第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含む第１容器に移す段階；d) 上記サンプルの上記第１の部分に関する上記第１試験を実施して上記第１の標的分析物の存在を決定する段階；f) 上記第１標的分析物を上記サンプルの上記第１の部分において検出した場合、第２の標的分析物の存在を決定するため、上記サンプルの第２の部分を、第２試験用の試薬を含む第２容器に移す段階；および、g) 上記サンプルの上記第２の部分に関する上記第２試験を実施する段階を含む。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
診断試験は、本来、仮説主導性(hypothesis-driven)である。特定の分析物に関するサンプルの試験のような仮説主導試験を実施する場合、その試験の結果は、もう１つのターゲットについての試験、即ち、反射試験の必要性に至り得る。しかしながら、多くの場合、原サンプルのサブセットを試験することのみが有用であり、サンプル全てを試験するにはコスト効率性ではない。例えば、臨床環境においては、１種以上の病原体に関する試験標本を試験することが望ましくあり得る。試験によって特定の病原体の存在が明らかになった場合、さらなる試験を実施すること、例えば、抗生物質耐性決定因子の存在を決定することが望ましくあり得る。例えばその試験標本を特定の病原体の存在を指示する分析物について陽性であると試験した患者からさらなる試験用の追加の試験標本を入手することは、困難であり得、望ましいさらなる試験を遅らせ得る。試験用の複数の試験標本を入手することの潜在的な困難性に加え、複数試験標本を試験する場合、患者試験標本または試験(例えば、核酸試験)用の試験標本から調製したサンプルを新たな反応容器へ移すための手作業による処方は、間違いの元或いは非効率且つ労働集約的であり得る。さらに、試験標本を、試験する前に処理する必要がある場合、処理に関連するコスト(例えば、試薬等)を最低限にすることが望ましい。従って、反射試験を自動化した形で実施する改良された方法に関する多大な要求が存在する。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２８】
幾つかの実施態様においては、上記の試験、例えば、本明細書において説明する第１試験および反射試験は、試験標本またはサンプル中の標的分析物の存在を決定する試験である。本明細書において使用するとき、用語“標的分析物”とは、例えば、標的核酸、標的タンパク質または興味ある他の標的分子のような興味ある各種タイプの分析物を称し得る。幾つかの実施態様においては、本明細書において説明する装置および方法は、標的核酸の存在を決定する反射試験を実施するのに使用する；但し、熟練技術者であれば、本明細書において開示する各実施態様は、他のタイプの標的分析物についての試験に容易に適応させ得ることは承知しているであろう。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２９】
上記によれば、本明細書において提示する各実施態様は、有利なことに、試験標本およびサンプルを標的分析物について自動的に試験する改良された方法を提供する。複数のサンプルに関する自動分析の実施方法。幾つかの実施態様においては、上記方法は、a) １種以上の標的分析物に関する上記複数の試験標本に由来する複数のサンプルを１以上のそれぞれの分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備すること；b) 試験すべき複数のサンプルを準備すること；c) 試験すべき上記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移す段階；d) 上記複数のサンプルの一部に関する上記第１の試験を第１の分析ワークフローに従って自動的に実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；e) 上記第１の標的分析物の存在を決定した上記複数のサンプルからサブセットサンプルを選択すること；f) 第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)からの選択したサンプルサブセットの第２の部分を、第２の分析ワークフローに従って第２試験用の試薬を含む第２容器に自動的に移すこと；および、g) 選択したサンプルサブセットの上記第２の部分に関する上記第２の試験を自動的に実施することを可能にする。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４４】
核酸試験(NAT)アッセイおよびNAT用の試薬
上述したように、本明細書において説明する試験は、例えば、核酸試験を含み得る。幾つかの実施態様においては、上記試験は、サンプル中の標的核酸配列に関する試験を含む。限定するものではないが、核酸増幅反応を含む試験のような幾つかの形態の核酸試験が、本明細書において開示する実施態様において有用である。数通りの核酸増幅反応が既知であって、本明細書において開示する各実施態様に従って標的核酸の存在を決定するのに使用し得る。核酸増幅方法としては、限定するものではないが、以下がある：ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)；鎖置換増幅(SDA)、例えば、多置換増幅(MDA)；ループ等温増幅(LAMP)；リガーゼ連鎖反応(LCR)；免疫増幅；および、転写介在増幅(TMA)、核酸配列増幅(NASBA)、自家持続配列複製(3SR)およびローリングサークル増幅のような種々の転写増幅手順。例えば、Mullis、"Process for Amplifying, Detecting, and/or Cloning Nucleic Acid Sequences"、米国特許第4,683,195号；Walker、"Strand Displacement Amplification"、米国特許第5,455,166号；Dean等、“Multiple displacement amplification”、米国特許第6,977,148号；Notomi等、"Process for Synthesizing Nucleic Acid"、米国特許第6,410,278号；Landegren等、米国特許第4,988,617号、"Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids"；Birkenmeyer、"Amplification of Target Nucleic Acids Using Gap Filling Ligase Chain Reaction"、米国特許第5,427,930号；Cashman、"Blocked-Polymerase Polynucleotide Immunoassay Method and Kit"、米国特許第5,849,478号；Kacian等、"Nucleic Acid Sequence Amplification Methods"、米国特許第5,399,491号；Malek等、"Enhanced Nucleic Acid Amplification Process"、米国特許第5,130,238号；Lizardi等、BioTechnology, 6:1197 (1988)；Lizardi等、米国特許第5,854,033号、“Rolling circle replication reporter systems”を参照されたい。幾つかの実施態様においては、上記の核酸増幅法の２以上を、例えば、連続して実施する。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
機器および装置
また、本明細書においては、自動分析を実施するシステムも提示する；該システムは、複数の試験標本またはサンプルを上記で説明した１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定した自動機器を含む。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４９】
また、上記システムは、プロセッサ、記憶容量、および自動分析を実施するためのプログラムを含む。例えば、上記プログラムは、複数のサンプルを本明細書において説明する１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器に対する命令を含む。上記プログラムは、複数のサンプルを１以上のワークフローに従って受入れ且つ処理し、これらのサンプルを複数の試験ストリップ上で準備すること；各サンプルの第１の部分を、第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移すこと；上記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定すること；上記各サンプルの第２の部分または上記各サンプルの選択されたサブセットを、第２試験用の試薬を含むそれぞれの第２容器に自動的に移すこと；および、上記各サンプルの上記第２の部分をまたは上記各サンプルの選択したサブセットについての第２試験を実施して第２標的分析物の存在を決定することに関する命令を含み得る。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７０】
もう１つの典型的な実施態様は、嚢胞性線維症を示すまたは示す疑いのある対象者からの試験標本の試験に関する。例えば、第１試験を対象者からのサンプルまたは試験標本に対して実施して、標的分析物、例えば、緑膿菌(Psuedomonas aeruginosa)および/またバークホルデリア・セパシア(Burkholderia cepacia)と関連する標的核酸配列の存在について試験する。本明細書において説明する各実施態様において有用な緑膿菌および/またはバークホルデリア・セパシアの検出のためのアッセイの非限定的な例としては、例えば、Spilker et al. (2004), J. Clin. Microbiol. 42(5):2074−2079およびVonberg et al., (2006), J. Med. Micriobiol. 55(Pt. 6):721−727に記載されているアッセイがある。いずれかの病原体について陽性として試験しているサンプルにおいては、抗生物質耐性決定基についての反射試験、例えば、テトラサイクリン、ナリジクス酸、ノルフロアシン(norfloacin)、クロラムフェニコール、シルプフロキサシン(cirpfloxacin)等を示す標的核酸を決定する試験を実施し得る。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８２】
本明細書において開示する実施態様に関連して説明した方法またはアルゴリズムの段階は、ハードウェア、プロセッサによって実行するソフトウェアモジュールまたはこれら２つの組合せにおいて直接具現化し得る。ソフトウェアモジュールは、RAMメモリ、フラッシュメモリ、ROMメモリ、EPROMメモリ、EEPROMメモリ、レジスタ、ハードディスク、リムーバブルディスク、CD−ROM、または当該技術において既知の任意の他の形状の記憶媒体内に存在し得る。典型的な記憶媒体はプロセッサと接続し得、そのようなプロセッサは、情報を記憶媒体から読み取るまたは情報を記憶媒体に書入れることが可能である。選択的には、上記記憶媒体は、上記プロセッサと一体化し得る。上記プロセッサおよび記憶媒体はASIC内に存在し得る。ASICは、ユーザー端末に存在し得る。選択的に、上記プロセッサおよび記憶媒体は、ユーザー端末内の別々のコンポーネントとして存在し得る。
なお、本発明としては、以下の態様も好ましい。
〔１〕
下記の段階を含むことを特徴とする、複数の試験標本の自動分析の実施方法：
a) １種以上の標的分析物のために前記複数の試験標本から複数のサンプルを１以上のそれぞれの分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備する段階；
b) 試験すべき複数のサンプルを準備する段階；
c) 試験すべき前記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１試験用の試薬を含む複数の第１容器の各々に自動的に移す段階；
d) 前記複数のサンプルの一部に関する前記第１試験を第１の分析ワークフローに従って自動的に実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；
e) 前記第１の標的分析物の存在を決定した前記複数のサンプルからサブセットサンプルを選択する段階；
f) 第２の分析ワークフローに従って第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)から選択したサブセットサンプルの第２の部分を、第２試験用の試薬を含む第２容器に自動的に移す段階；および、
g) 前記選択したサブセットサンプルの前記第２の部分に関する前記第２試験を自動的に実施する段階。
〔２〕
前記複数のサンプルの各々が、複数の試験標本の各々に由来する単離核酸の前処理溶液を含む、〔１〕記載の方法。
〔３〕
前記自動機器によって前記複数の試験標本を自動的に処理して、単離核酸を含む前記複数のサンプルの各々を取得する、〔２〕記載の方法。
〔４〕
各サンプルについて、前記サンプルと、第１試験用の試薬を含む前記第１容器とが第１試験ストリップ上に配置されており；そして、段階f)が、前記サンプルの第２の部分を、前記第２試験用の試薬を含み第２試験ストリップ上に配置した前記第２容器に自動的に移す段階をさらに含む、〔１〕記載の方法。
〔５〕
段階e)が、さらに、下記の段階を含む、〔４〕記載の方法：
e1) 前記複数の第１試験ストリップのサブセットを前記第２試験のために同定する段階；および、
e2) 前記サブセットにおける各第１試験ストリップについて、第２の分析物に関する第２試験用の試薬を含む容器を含む相応する第２試験ストリップを準備する段階。
〔６〕
前記第２試験ストリップが、少なくとも１本のピペットチップを含む、〔４〕または〔５〕記載の方法。
〔７〕
前記方法が、段階f)の前に、さらなる液体を前記サンプルに添加する段階を含む、〔４〕または〔５〕記載の方法。
〔８〕
各サンプルについて、前記サンプル、前記第１容器、および前記第２容器の置場を、１本の試験ストリップ上に配置する、〔１〕記載の方法。
〔９〕
前記方法が、段階e)の前に、下記の段階を含む、〔８〕記載の方法：
d1) 前記複数の第１試験ストリップのサブセットを前記第２分析物に関する試験のために同定する段階；および、
d2) 前記サブセットにおける各試験ストリップについて、前記第２試験用の試薬を含む前記第２容器を前記置場内に準備する段階。
〔１０〕
前記方法が、段階f)の前に、前記サンプルの前記第２の部分を、前記第２試験用の試薬を含む前記第２容器に移すように設定されたピペットチップを準備する段階を含む、〔８〕〜〔９〕のいずれか１項記載の方法。
〔１１〕
前記ピペットチップが、未使用ピペットチップである、〔１０〕記載の方法。
〔１２〕
前記ピペットチップが、洗浄ピペットチップである、〔１０〕記載の方法。
〔１３〕
前記方法が、段階f)の前に、さらなる液体を前記サンプルに添加する段階を含む、〔８〕〜〔１２〕のいずれか１項記載の方法。
〔１４〕
前記第１または前記試験が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、転写介在増幅(TMA)、オリゴヌクレオチド結紮アッセイ(OLA)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、ローリングサークル増幅(RCA)、鎖置換増幅(SDA)およびハイブリッド化反応から選ばれる群から選ばれる反応を含む、〔１〕〜〔１３〕のいずれか１項記載の方法。
〔１５〕
前記方法が、試験ストリップ上の識別標識を、前記機器に記憶された１群の分析特有の同定データと比較する段階をさらに含む、〔１〕〜〔１４〕のいずれか１項記載の方法。
〔１６〕
複数の試験標本の各々に由来する複数のサンプルに関する自動分析を実施するシステムであって、自動機器、プロセッサ、記憶容量、および自動分析を実施するためのプログラムを含み、
該自動機器が、複数のサンプルを１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定されており、該機器が複数の試験ストリップを含み、
該プログラムが、下記の各段階に関する命令を含むことを特徴とする前記システム：
a) 複数のサンプルを１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備する段階(該機器は、複数の試験ストリップを含む)；
b) 各サンプルの第１の部分を、第１試験用の試薬を含む複数の第１容器の各々に自動的に移す段階；
c) 前記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；
d) 前記各サンプルの第２の部分または前記各サンプルの選択されたサブセットを、第２試験用の試薬を含むそれぞれの第２容器に自動的に移す段階；および、
e) 前記各サンプルの前記第２の部分または前記各サンプルの選択したサブセットに関する第２試験を実施して第２の標的分析物の存在を決定する段階。
〔１７〕
前記プログラムが、核酸を前記複数の試験標本から自動的に単離して、単離した核酸を含む複数のサンプルの各々を取得するための命令をさらに含む、〔１６〕記載のシステム。
〔１８〕
各サンプルについて、前記サンプルと、前記第１試験用の試薬を含む前記第１容器とが第１試験ストリップ上に配置されており；そして、段階e)が、前記抽出核酸溶液の一部を、第２試験ストリップ上に配置した第２のマスターミックス管に自動的に移す段階をさらに含む、〔１６〕記載のシステム。
〔１９〕
各サンプルについて、前記サンプル、前記第１容器、および前記第２容器の置場を、１本の試験ストリップ上に配置し；前記プログラムが、下記の段階に関する命令を含む〔１６〕記載のシステム：
d1) 前記複数の第１試験ストリップのサブセットを前記第２の分析物に関する試験のために同定する段階；および、
d2) 前記サブセットにおける各第１試験ストリップについて、前記第２試験用の試薬を含む相応する第２容器を前記置場内に準備する段階。
〔２０〕
複数の試験標本に関する反射試験の実施方法であって、下記の段階を含むことを特徴とする前記方法：
a) 試験すべき複数の試験標本を準備する段階；
b) 前記複数の試験標本を処理してそれぞれ複数のサンプルを取得する段階；
c) 試験すべき前記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１試験用の試薬を含む複数の第１容器の各々に移す段階；
d) 前記複数のサンプルの一部に関する前記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；
e) 前記第１の標的分析物の存在を決定した前記複数のサンプルからサブセットサンプルを反射試験において選択する段階；
f) 第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)からの選択したサブセットサンプルの第２の部分を、第２試験用の試薬を含む第２容器に移す段階；および、
g) 選択したサブセットサンプルの前記第２の部分に関する前記第２試験を実施する段階。
〔２１〕
前記第１試験が、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌と黄色ブドウ球菌の同時検出に関する試験を含み；前記第２試験が、ムピロシン耐性に対する決定因子の検出のための試験を含む、〔１〕記載の方法。
〔２２〕
ムピロシン耐性に対する前記決定因子が、mupA遺伝子を含む、〔２１〕記載の方法。
〔２３〕
１種の試験標本に関する反射試験を実施する方法であって、下記の段階を含むことを特徴とする前記方法：
a) 試験すべき試験標本を準備する段階；
b) 前記試験標本を処理してそれぞれのサンプルを取得する段階；
c) 試験すべき前記サンプルの第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１試験用の試薬を含む第１容器に移す段階；
d) 前記サンプルの前記第１の部分に関する前記第１試験を実施して前記第１の標的分析物の存在を決定する段階；
f) 前記第１の標的分析物を前記サンプルの前記第１の部分において検出した場合、第２の標的分析物の存在を決定するため、前記サンプルの第２の部分を、第２試験用の試薬を含む第２容器に移送する段階；および、
g) 前記サンプルの前記第２の部分に関する前記第２試験を実施する段階。
〔２４〕
前記第１試験が、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌と黄色ブドウ球菌の同時検出に関する試験を含み；前記第２試験が、ムピロシン耐性に対する決定因子の検出のための試験を含む、〔２３〕記載の方法。
〔２５〕
ムピロシン耐性に対する前記決定因子が、mupA遺伝子を含む、〔２４〕記載の方法。