【手続補正書】
【提出日】令和2年8月4日(2020.8.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）第１ポリヌクレオチド、および
（ｉｉ）第２ポリヌクレオチド
を含む修飾ＲＮＡリンカーを含むキットであって、
ここで、該第１および該第２ポリヌクレオチドは、ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端および第１ポリヌクレオチドの３’末端における３’オーバーハングにより隣接される二本鎖領域を形成し、ここで、３’オーバーハングはランダム配列プライマーを含み、ランダム配列プライマーは４個、５個、６個、７個、８個、またはより多くのヌクレオチドを含んでもよく、ここで、二本鎖領域は第１制限酵素に関する第１認識部位および第２制限酵素に関する第２認識部位を含む、前記キット。
【請求項２】
ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端が、
（１）平滑末端であり、該平滑末端は自己ライゲーションを防ぐ脱リン酸化平滑末端であってもよい、または
（２）制限酵素により切断されて平滑末端を生成することができる制限酵素部位を含み、該ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端は制限酵素による切断の前の自己ライゲーションを防ぐ非適合性オーバーハングを有してもよい、
請求項１に記載のキット。
【請求項３】
修飾ＲＮＡリンカーが、
（１）３’オーバーハングまたはゲノムＤＮＡライゲーション適合末端によって自己ライゲーションしない、または
（２）該修飾ＲＮＡリンカーを他の修飾ＲＮＡリンカーから区別する独特の配列を含み、該独特の配列はバーコードであってもよい、
請求項１に記載のキット。
【請求項４】
第１および第２ポリヌクレオチドが、
（１）別々の容器中で提供される、
（２）合成されたポリヌクレオチドである、
（３）凍結乾燥された形態である、
（４）水または適切な緩衝溶液中にある、または
（５）同じ容器中で組み合わせられており、凍結乾燥状態または溶液中であってもよく、１：１のモル比であってもよい、
請求項１に記載のキット。
【請求項５】
第２ポリヌクレオチドが、実質的に均質または純粋であり、
（１）３’オーバーハング領域中の第１ポリヌクレオチドの３’末端が、ランダム配列プライマーを含む、または
（２）第１ポリヌクレオチドが、ランダム配列プライマー領域において同一の配列を含有している、
請求項１に記載のキット。
【請求項６】
第１制限酵素が、ＩＩ型制限酵素であり、
第１制限酵素は第１認識部位の外側でありランダム配列プライマーに対して３’側を切断してもよい、
第１制限酵素はＭｍｅＩであってもよく、第１認識部位はランダム配列プライマーを含む３’オーバーハングの近位にあってもよく、第１認識部位は、ＭｍｅＩが切断する際に、ランダム配列プライマーを越えて２ｂｐのオーバーハングを有する１８ｂｐの断片が生成するような位置および方向性であってもよく、該断片は連結されたｎｃＲＮＡ由来のｃＤＮＡにおいて生成してもよい、または
第１認識部位の最後のヌクレオチドはランダム配列プライマーに対して５’側の最後の塩基対合したヌクレオチドであってもよい、
請求項１に記載のキット。
【請求項７】
第２制限酵素が、ＩＩ型制限酵素であり、二本鎖領域が、ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端において、またはその付近に、第２認識部位を含み、
第２制限酵素は、第２認識部位に対して３’側であり第１ポリヌクレオチドに対して５’側を切断してもよく、
第２（ＩＩ型）制限酵素に関する第２認識部位の最後のヌクレオチドは、ライゲーション適合／平滑末端における塩基対合したヌクレオチドであってもよい、
請求項１に記載のキット。
【請求項８】
第１および／または第２ポリヌクレオチドが、脱リン酸化されているか、あるいは前記第１および第２ポリヌクレオチドの１つ以上が、ＤＮＡであるか、またはビオチン化Ｔ（チミジン）などの修飾ヌクレオチドを含む、請求項１に記載のキット。
【請求項９】
（１）第１および第２制限酵素が同じである、
（２）第１および第２制限酵素が、独立して以下：ＡａｒＩ、ＡｃｅＩＩＩ、ＡｌｏＩ、ＢａｅＩ、Ｂｂｒ７Ｉ、ＢｂｖＩ、ＢｂｖＩＩ、ＢｃｃＩ、Ｂｃｅ８３Ｉ、ＢｃｅＡＩ、ＢｃｅｆＩ、ＢｃｇＩ、ＢｃｉＶＩ、ＢｆｉＩ、ＢｉｎＩ、ＢｐｌＩ、ＢｓａＸＩ、ＢｓｃＡＩ、ＢｓｅＭＩＩ、ＢｓｅＲＩ、ＢｓｇＩ、ＢｓｍＩ、ＢｓｍＡＩ、ＢｓｍＦＩ、Ｂｓｐ２４Ｉ、ＢｓｐＣＮＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢｓｒＩ、ＢｓｒＤＩ、ＢｓｔＦ５Ｉ、ＢｔｇＺＩ、ＢｔｓＩ、ＣｊｅＩ、ＣｊｅＰＩ、ＥｃｉＩ、Ｅｃｏ３１Ｉ、Ｅｃｏ５７Ｉ、Ｅｃｏ５７ＭＩ、ＥｃｏＰ１５Ｉ、Ｅｓｐ３Ｉ、ＦａｌＩ、ＦａｕＩ、ＦｏｋＩ、ＧｓｕＩ、ＨａｅＩＶ、ＨｇａＩ、Ｈｉｎ４Ｉ、ＨｐｈＩ、ＨｐｙＡＶ、Ｋｓｐ６３２Ｉ、ＭｂｏＩＩ、ＭｌｙＩ、ＭｍｅＩ、ＭｎｌＩ、ＰｌｅＩ、ＰｐｉＩ、ＰｓｒＩ、ＲｌｅＡＩ、ＳａｐＩ、ＳｆａＮＩ、ＳｓｐＤ５Ｉ、Ｓｔｈ１３２Ｉ、ＳｔｓＩ、ＴａｑＩＩ、ＴｓｐＤＴＩ、ＴｓｐＧＷＩ、ＴｓｐＲＩまたはＴｔｈ１１１ＩＩから選択される、または
（３）第１または第２制限酵素の切断部位が、認識部位の最後のヌクレオチドに対して少なくとも約１０、１２、１４、１６、１８、２０、またはより多くのヌクレオチド３’側である、
請求項１に記載のキット。
【請求項１０】
タンパク質およびポリヌクレオチドを架橋する試薬またはクロマチンの構成要素に特異的または選択的に結合する親和性試薬をさらに含み、タンパク質およびポリヌクレオチドを架橋する試薬はホルムアルデヒドであってもよく、親和性試薬は抗体またはモノクローナル抗体であってもよく、またはクロマチンの構成要素はヒストンであってもよい、あるいは
損傷した、または不適合な５’および／または３’突出末端を含有するＤＮＡを、５’リン酸化された平滑末端ＤＮＡに変換する末端修復混合物をさらに含む、あるいは
Ｔ４リガーゼであってもよい、ＤＮＡリガーゼをさらに含む、あるいは
プロテイナーゼＫであってもよい、タンパク質およびポリヌクレオチドの架橋を逆行させる試薬をさらに含む、あるいは
第１および／または第２制限酵素をさらに含む、あるいは
平滑末端二本鎖ＤＮＡのＰＣＲ増幅のためのコンカテマー化アダプターの対をさらに含む、あるいは
Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、あるいは
逆転写酵素をさらに含む、
請求項１に記載のキット。
【請求項１１】
請求項１に記載の修飾ＲＮＡリンカーの二本鎖領域を含む中央領域を含むペアエンドタグ（ＰＥＴ）ポリヌクレオチドであって、該中央領域は、
（１）ランダム配列プライマーに対して近位の部位において、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の配列タグ；および
（２）ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端に対して近位の部位において、ゲノムＤＮＡの配列タグ
により隣接されている、前記ＰＥＴポリヌクレオチド。
【請求項１２】
非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の配列タグが、二本鎖領域における第１認識部位を認識する第１制限酵素による消化の結果もたらされる遊離末端を有する、または
非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の配列タグが、ｎｃＲＮＡが転写されるゲノム領域を独特に同定する、または
非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の前記配列タグが、約８〜３０塩基対の長さである、または
ゲノムＤＮＡの配列タグが、二本鎖領域における第２認識部位を認識する第２制限酵素による消化の結果もたらされる遊離末端を有する、または
ゲノムＤＮＡの配列タグが、ゲノムＤＮＡが位置しているゲノム領域を独特に同定する、または
ゲノムＤＮＡの前記配列タグが、約８〜３０塩基対の長さである、
請求項１１に記載のＰＥＴポリヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項１１に記載のＰＥＴポリヌクレオチドのライブラリーであって、２つ以上のＰＥＴポリヌクレオチドを含み、該２つ以上のＰＥＴポリヌクレオチドのそれぞれは、同じ中央領域と、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の異なるＲＮＡ配列タグ、ゲノムＤＮＡの異なるＤＮＡ配列タグ、または両方とを含む、前記ライブラリー。
【請求項１４】
請求項１１に記載のＰＥＴポリヌクレオチドを含むベクターまたは組み換えベクター。
【請求項１５】
ゲノムの非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に関するゲノム内の機能的相互作用座位を同定する方法であって、該方法が以下の工程：
（１）架橋されたゲノムＤＮＡ断片および架橋されたｎｃＲＮＡを含むクロマチン断片を提供し；
（２）請求項１に記載の修飾ＲＮＡリンカーを用いて、架橋されたゲノムＤＮＡ断片の末端を架橋されたｎｃＲＮＡのｃＤＮＡの末端に近接ライゲーションに関する条件下でライゲーションし、ここで該架橋されたゲノムＤＮＡ断片の末端は修飾ＲＮＡリンカーのゲノムＤＮＡライゲーション適合末端にライゲーションされ、該架橋されたｎｃＲＮＡのｃＤＮＡの末端は修飾ＲＮＡリンカーを含み；
（３）請求項１１に記載のＰＥＴポリヌクレオチドを配列決定分析のために単離し；そして、
（４）それぞれのＰＥＴポリヌクレオチド内の該ゲノムＤＮＡの配列タグおよび該ｎｃＲＮＡの配列タグを、参照ゲノムに対してマッピングし、それにより該参照ゲノムの非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に関する該参照ゲノム内の機能的相互作用座位を同定する；
を含み、
架橋されたｎｃＲＮＡのｃＤＮＡは、修飾ＲＮＡリンカーのランダム配列プライマーおよびｎｃＲＮＡ鋳型から逆転写された第１鎖ｃＤＮＡを含んでもよい、
修飾ＲＮＡリンカー上の二本鎖領域の長さは、約６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０塩基対またはより多くの塩基対であってもよい、あるいは
（ａ）ｎｃＲＮＡおよびゲノムＤＮＡは、生きた細胞中でホルムアルデヒドに媒介される架橋により架橋されてもよい、
（ｂ）クロマチン断片は超音波処理により生成されてもよい、
（ｃ）架橋されたｎｃＲＮＡのｃＤＮＡは、修飾ＲＮＡリンカーのランダム配列プライマーおよびｎｃＲＮＡ鋳型から逆転写された第１鎖ｃＤＮＡを含んでもよい、
（ｄ）第２鎖ｃＤＮＡ合成は、近接ライゲーションの後であるが工程（３）の前に実施されてもよい、
（ｅ）工程（２）の前に、架橋されたゲノムＤＮＡ断片の末端を修復して５’リン酸化された平滑末端ＤＮＡにすることをさらに含んでもよい、
（ｆ）ゲノムＤＮＡの重複している配列タグおよびｎｃＲＮＡの重複している配列タグを有する２以上のＰＥＴポリヌクレオチドのクラスターを同定することをさらに含んでもよく、ｒＲＮＡの配列タグを含むＰＥＴポリヌクレオチドを除外することをさらに含んでもよい、または
（ｇ）工程（２）の前にクロマチン断片の部分集合を単離または富化することをさらに含んでもよく、クロマチン断片の部分集合は、クロマチン断片の部分集合のタンパク質構成要素に特異的な抗体を用いた免疫沈降により単離または富化されてもよく、さらに、タンパク質構成要素は、ヒストン、転写因子、ポリコーム群（ＰｃＧ）ファミリータンパク質；組み換えに関わる因子；クロマチンインスレーターもしくはクロマチンウェーバー；メチルＣｐＧ結合タンパク質；またはＲＮＡ結合タンパク質であってもよい、前記方法。
【請求項１６】
（ｉ）第１ポリヌクレオチド、および
（ｉｉ）第２ポリヌクレオチド
を含む直接的ＲＮＡリンカーを含むキットであって、
ここで、該第１および該第２ポリヌクレオチドは、ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端および第１ポリヌクレオチドの５’末端における５’オーバーハングにより隣接される二本鎖領域を形成し、５’オーバーハングは５’アデニル化されていてもよく、
ここで、二本鎖領域は第１制限酵素に関する第１認識部位および第２制限酵素に関する第２認識部位を含む、前記キット。
【請求項１７】
ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端が、
（１）平滑末端であり、該平滑末端は自己ライゲーションを防ぐ脱リン酸化平滑末端であってもよい、または
（２）制限酵素により切断されて平滑末端を生成することができる制限酵素部位を含み、該ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端は制限酵素による切断の前の自己ライゲーションを防ぐ非適合性オーバーハングを有してもよい、
請求項１６に記載のキット。
【請求項１８】
直接的ＲＮＡリンカーが、
（１）自己ライゲーションしない、または
（２）該直接的ＲＮＡリンカーを他の直接的ＲＮＡリンカーから区別する独特の配列を含み、該独特の配列はバーコードであってもよい、
請求項１６に記載のキット。
【請求項１９】
第１制限酵素が、ＩＩ型制限酵素であり、
第１制限酵素は第１認識部位の外側であり第１ポリヌクレオチドの５’アデニル化された末端に対して５’側を切断してもよい、
第１制限酵素はＭｍｅＩであってもよく、第１認識部位は第１ポリヌクレオチドの５’オーバーハングの５’末端の近位にあってもよく、第１認識部位は、ＭｍｅＩが切断する際に、第１ポリヌクレオチドの５’オーバーハングを越えて２ｂｐのオーバーハングを有する１８ｂｐの断片が生成するような位置および方向性であってもよい、または
第１ＩＩ型制限酵素に関する第１認識部位の最後のヌクレオチドは第１ポリヌクレオチドの５’末端であってもよい、
請求項１６に記載のキット。
【請求項２０】
第２制限酵素が、ＩＩ型制限酵素であり、二本鎖領域が、ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端において、またはその付近に、第２認識部位を含み、
第２制限酵素は、第２認識部位に対して３’側であり第１ポリヌクレオチドに対して３’側を切断してもよく、
第２ＩＩ型制限酵素に関する第２認識部位の最後のヌクレオチドは、ライゲーション適合／平滑末端における塩基対合したヌクレオチドであってもよい、
請求項１６に記載のキット。
【請求項２１】
第２ポリヌクレオチドが、脱リン酸化されているか、あるいは前記第１および第２ポリヌクレオチドの１つ以上が、ＤＮＡであるか、または修飾ヌクレオチドを含み、ここで修飾ヌクレオチドはビオチン化Ｔ（チミジン）であってもよい、請求項１６に記載のキット。
【請求項２２】
（１）第１および第２制限酵素が同じである、
（２）第１および第２制限酵素が、独立して以下：ＡａｒＩ、ＡｃｅＩＩＩ、ＡｌｏＩ、ＢａｅＩ、Ｂｂｒ７Ｉ、ＢｂｖＩ、ＢｂｖＩＩ、ＢｃｃＩ、Ｂｃｅ８３Ｉ、ＢｃｅＡＩ、ＢｃｅｆＩ、ＢｃｇＩ、ＢｃｉＶＩ、ＢｆｉＩ、ＢｉｎＩ、ＢｐｌＩ、ＢｓａＸＩ、ＢｓｃＡＩ、ＢｓｅＭＩＩ、ＢｓｅＲＩ、ＢｓｇＩ、ＢｓｍＩ、ＢｓｍＡＩ、ＢｓｍＦＩ、Ｂｓｐ２４Ｉ、ＢｓｐＣＮＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢｓｒＩ、ＢｓｒＤＩ、ＢｓｔＦ５Ｉ、ＢｔｇＺＩ、ＢｔｓＩ、ＣｊｅＩ、ＣｊｅＰＩ、ＥｃｉＩ、Ｅｃｏ３１Ｉ、Ｅｃｏ５７Ｉ、Ｅｃｏ５７ＭＩ、ＥｃｏＰ１５Ｉ、Ｅｓｐ３Ｉ、ＦａｌＩ、ＦａｕＩ、ＦｏｋＩ、ＧｓｕＩ、ＨａｅＩＶ、ＨｇａＩ、Ｈｉｎ４Ｉ、ＨｐｈＩ、ＨｐｙＡＶ、Ｋｓｐ６３２Ｉ、ＭｂｏＩＩ、ＭｌｙＩ、ＭｍｅＩ、ＭｎｌＩ、ＰｌｅＩ、ＰｐｉＩ、ＰｓｒＩ、ＲｌｅＡＩ、ＳａｐＩ、ＳｆａＮＩ、ＳｓｐＤ５Ｉ、Ｓｔｈ１３２Ｉ、ＳｔｓＩ、ＴａｑＩＩ、ＴｓｐＤＴＩ、ＴｓｐＧＷＩ、ＴｓｐＲＩまたはＴｔｈ１１１ＩＩから選択される、または
（３）第１または第２制限酵素の切断部位が、認識部位の最後のヌクレオチドに対して少なくとも約１０、１２、１４、１６、１８、２０、またはより多くのヌクレオチド３’側である、
請求項１６に記載のキット。
【請求項２３】
タンパク質およびポリヌクレオチドを架橋する試薬またはクロマチンの構成要素に特異的または選択的に結合する親和性試薬をさらに含み、タンパク質およびポリヌクレオチドを架橋する試薬はホルムアルデヒドであってもよく、親和性試薬は抗体またはモノクローナル抗体であってもよく、またはクロマチンの構成要素はヒストンであってもよい、あるいは
損傷した、または不適合な５’および／または３’突出末端を含有するＤＮＡを、５’リン酸化された平滑末端ＤＮＡに変換する末端修復混合物をさらに含む、あるいは
Ｔ４リガーゼであってもよい、ＤＮＡリガーゼをさらに含む、あるいは
プロテイナーゼＫであってもよい、タンパク質およびポリヌクレオチドの架橋を逆行させる試薬をさらに含む、あるいは
第１および／または第２制限酵素をさらに含む、あるいは
平滑末端二本鎖ＤＮＡのＰＣＲ増幅のためのコンカテマー化アダプターの対をさらに含む、あるいは
Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、あるいは
逆転写酵素をさらに含む、
請求項１６に記載のキット。
【請求項２４】
請求項１６に記載の直接的ＲＮＡリンカーの二本鎖領域を含む中央領域を含むペアエンドタグ（ＰＥＴ）ポリヌクレオチドであって、該中央領域は、
（１）第１ポリヌクレオチドの５’末端に対して近位の部位において、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の配列タグ；および
（２）ゲノムＤＮＡライゲーション適合末端に対して近位の部位において、ゲノムＤＮＡの配列タグ
により隣接されている、前記ＰＥＴポリヌクレオチド。
【請求項２５】
非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の配列タグが、二本鎖領域における第１認識部位を認識する第１制限酵素による消化の結果もたらされる遊離末端を有する、または
非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の配列タグが、ｎｃＲＮＡが転写されるゲノム領域を独特に同定する、または
非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の前記配列タグが、約８〜３０塩基対の長さである、または
ゲノムＤＮＡの配列タグが、二本鎖領域における第２認識部位を認識する第２制限酵素による消化の結果もたらされる遊離末端を有する、または
ゲノムＤＮＡの配列タグが、ゲノムＤＮＡが位置しているゲノム領域を独特に同定する、または
ゲノムＤＮＡの前記配列タグが、約８〜３０塩基対の長さである、
請求項２４に記載のＰＥＴポリヌクレオチド。
【請求項２６】
請求項２４に記載のＰＥＴポリヌクレオチドのライブラリーであって、２つ以上のＰＥＴポリヌクレオチドを含み、該２つ以上のＰＥＴポリヌクレオチドのそれぞれは、同じ中央領域と、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の異なるＲＮＡ配列タグ、ゲノムＤＮＡの異なるＤＮＡ配列タグ、または両方とを含む、前記ライブラリー。
【請求項２７】
請求項２４に記載のＰＥＴポリヌクレオチドを含むベクターまたは組み換えベクター。
【請求項２８】
ゲノムの非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に関するゲノム内の機能的相互作用座位を同定する方法であって、該方法が以下の工程：
（１）架橋されたゲノムＤＮＡ断片および架橋されたｎｃＲＮＡを含むクロマチン断片を提供し；
（２）ｎｃＲＮＡの３’−ＯＨを５’を予めアデニル化されたｓｓＤＮＡにライゲーションし；
（３）ｓｓＤＮＡの相補物を提供してｓｓＤＮＡおよび相補物の間で二本鎖領域を形成し；
（４）必要であれば、二本鎖領域の末端において平滑末端を生成し；
（５）該平滑末端を、架橋されたゲノムＤＮＡ断片の末端に、近接ライゲーションに関する条件下でライゲーションし；
（６）ＰＥＴポリヌクレオチドを配列決定分析のために単離し、ここで、該ＰＥＴヌクレオチドは架橋されたゲノムＤＮＡ断片のＤＮＡタグおよびｎｃＲＮＡのＲＮＡタグにより隣接された二本鎖領域を含み；そして、
（７）ＤＮＡタグおよびＲＮＡタグを参照ゲノムに対してマッピングし、それにより該参照ゲノムの非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に関する該参照ゲノム内の機能的相互作用座位を同定する；
を含む、前記方法。
【請求項２９】
ｓｓＤＮＡの相補物が、
（ａ）ｓｓＤＮＡと同じ長さを有する；
（ｂ）ｓｓＤＮＡより長く、ｓｓＤＮＡと共に二本鎖領域および突出している３’末端を形成する；または
（ｃ）ｓｓＤＮＡより短く、ｓｓＤＮＡと共に二本鎖領域および、酵素により埋められてライゲーションに適した平滑末端を生成することができるか、または平滑末端を生成する制限酵素により切り離されることができる突出している５’末端を形成し、制限酵素認識部位はｓｓＤＮＡの配列中に入るように設計されてもよい、
請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
ゲノムの非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に関するゲノム内の機能的相互作用座位を同定する方法であって、該方法が以下の工程：
（１）架橋されたゲノムＤＮＡ断片および架橋されたｎｃＲＮＡを含むクロマチン断片を提供し；
（２）ｎｃＲＮＡの３’−ＯＨを、二本鎖領域を有するｄｓＤＮＡの５’を予めアデニル化されたオーバーハングにライゲーションし；
（３）必要であれば、二本鎖領域の末端において、５’を予めアデニル化されたオーバーハングに対して遠位に平滑末端を生成し；
（４）該平滑末端を、架橋されたゲノムＤＮＡ断片の末端に、近接ライゲーションに関する条件下でライゲーションし；
（５）ＰＥＴポリヌクレオチドを配列決定分析のために単離し、ここで、該ＰＥＴヌクレオチドは架橋されたゲノムＤＮＡ断片のＤＮＡタグおよびｎｃＲＮＡのＲＮＡタグにより隣接された二本鎖領域を含み；そして、
（６）ＤＮＡタグおよびＲＮＡタグを参照ゲノムに対してマッピングし、それにより該参照ゲノムの非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）に関する該参照ゲノム内の機能的相互作用座位を同定する；
を含む、前記方法。
【請求項３１】
（１）直接的ＲＮＡリンカー上の第１ポリヌクレオチドの長さが、約６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０塩基またはより多くの塩基である、または
（２）ｎｃＲＮＡおよびゲノムＤＮＡが、生きた細胞中でホルムアルデヒドに媒介される架橋により架橋される、または
（３）クロマチン断片が、超音波処理により生成される、または
（４）ゲノムＤＮＡの重複している配列タグおよびｎｃＲＮＡの重複している配列タグを有する２以上のＰＥＴポリヌクレオチドのクラスターを同定することをさらに含み、ｒＲＮＡの配列タグを含むＰＥＴポリヌクレオチドを除外することをさらに含んでもよい、または
（５）工程（２）の前にクロマチン断片の部分集合を単離または富化することをさらに含み、クロマチン断片の部分集合は、クロマチン断片の部分集合のタンパク質構成要素に特異的な抗体を用いた免疫沈降により単離または富化されてもよく、さらに、タンパク質構成要素は、ヒストン、転写因子、ポリコーム群（ＰｃＧ）ファミリータンパク質；組み換えに関わる因子；クロマチンインスレーターもしくはクロマチンウェーバー；メチルＣｐＧ結合タンパク質；またはＲＮＡ結合タンパク質であってもよい、
請求項２８〜３０のいずれか一項に記載の方法。