(57)【要約】本発明は、微生物の分類のための装置及び方法に関する。特に、本発明は、臨床的に及び／又は産業的に関連する情報の注釈で微生物の分類をするための装置及び情報に関する。本発明に従う装置は、独特の特性に従う微生物を分類するための測定装置、複数の微生物の臨床的に及び／又は産業的に関連する情報を含むデータベース、及び臨床的及び／又は産業的に関連する測定装置からの結果をデータベース中の情報と比較するための計算ユニットを含み、及び測定装置、データベース及びデータ分析装置が、入力及び出力手段を備えられる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
臨床的に及び／又は産業的に関連する情報の注釈で微生物の分類をするための装置であって、独特の特性に従い微生物を分類するための計算ユニット及びデータファイルを含む測定装置と、複数の微生物の臨床的に及び／又は産業的に関連する情報を含むデータベースとを含み、前記測定装置及び前記データベースは、入力及び出力手段を備えられ、且つ前記分類された微生物に臨床的に及び／又は産業的に関連する前記情報の自動的注釈のために互いに接続されている装置。
【請求項２】
前記微生物が臨床的に関連した微生物を含む、請求項１記載の装置。
【請求項３】
前記測定装置が生理学的及び／又は遺伝学的マーカーのアレイを含む、請求項１又は２記載の装置。
【請求項４】
前記遺伝学的マーカーがオリゴヌクレオチドを含む、請求項３記載の装置。
【請求項５】
前記測定装置の前記データファイルが、形態学的、生理学的、血清学的、病理学的、分類学的又は遺伝学的特性を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の装置。
【請求項６】
前記データベースが、臨床的に関連する情報及び／又は産業的に関連する情報を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の装置。
【請求項７】
前記臨床的に関連する情報が、微生物に関連する、感染症の性質に関連する、患者に関連する及び／又は治療方法に関連する情報を含む、請求項６記載の装置。
【請求項８】
前記産業的に関連する情報が、微生物に関連する、プロセスの性質に関連する、プロセスパラメータに関連する及び／又は工程処理に関連する情報を含む、請求項６記載の装置。
【請求項９】
前記計算ユニットが、自己組織マップ、階層的クラスタリング、多次元的尺度構成法、主成分分析、教師有り学習、k最近傍推定、サポート・ベクトル・マシン、判別式分析及び部分的最小２乗から成る群から選択されるアルゴリズム的コンピュータ分析を実行するために整えられる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の装置。
【請求項１０】
前記計算ユニットが本発明に従う測定装置を使用することによって得られた微生物の独特の特性をカテゴリー化し且つ分類化するため整えられる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の装置。
【請求項１１】
臨床的に及び／又は産業的に関連する情報の注釈で微生物を分類するための方法であって、本発明に従う装置を使用することを含む方法。
【請求項１２】
微生物の物質を含むサンプルが、微生物中の特別の独特の特性の存在又は不存在を測定するための目的のために意図された接触位置で本発明に従う測定装置と接触される、請求項１１記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、微生物の分類のための装置に関する。特に、本発明は、臨床的に及び／又は産業的に関連する情報の注釈で微生物を分類するための装置に関する。
【背景技術】
【０００２】
感染性微生物の抗生物質耐性は、微生物学、医学及びヘルスケアにおいて重要な問題である。抗生物質耐性は、微生物の進化並びに微生物中及び微生物間における遺伝的物質の変化及び広がりにその起源を有する。該耐性は、抗生物質の使用及びなかんずく病院における及び我々の食物を介する蔓延により強く影響される(Davies、1997年)。
【０００３】
多くの場合、プラスミド及びトランスポゾンが、微生物間で遺伝的情報例えば完全遺伝子の移転の媒体である。この様式では、例えば有機体の抗生物質耐性のための遺伝子が、他（分類学的に関連している必要はない）の有機体に移転されうる。
【０００４】
現在、多くの抗生物質抵抗遺伝子が知られている。例えば、β−ラクタムペニシリンへの耐性は、なかんずくpbp遺伝子（ペニシリン結合性タンパク質）によって及びblaオペロン（ベータ−ラクタマーゼ）によってコードされうることが知られている。抗生物質耐性を担う遺伝子は、染色体又は局所化されたプラスミドである。
【０００５】
微生物の多くの種では、ストレプトコッカス属（Streptococcus）、スタフィロコッカス属（Staphylococcus）、カンピロバクター属（Campylobacter）、ヘモフィルス属（Haemophilus）及びマイコバクテリウム属（Mycobacterium）からの菌株を含む耐性菌株が現在知られている。事実、全ての微生物は、抗生物質耐性菌株を生成することができる。
【０００６】
ヘルスケアのために、特に感染性の性質を有する微生物、すなわち伝染性の又は伝染性でない感染を人に生じる微生物に興味がある。それは特に、既存の抗菌剤への抵抗をますます示すこれら臨床的に関連した微生物である。このよい例は、MRSA（黄色ブドウ球菌バクテリアのメチシリン耐性形式）である。
【０００７】
微生物の検出及び識別研究では、並びに抗生物質感受性パターンを決定するために、ルーチン的方法が臨床で使用される。微生物の検出のために、一般に、問題の患者の血液、尿又は組織サンプルの培養が始められ、微生物の代謝活性がそれらの中で生じるかどうかが観察される。
【０００８】
該培養が「陽性」である場合、次に微生物の抗生物質感受性が、例えばいわゆるディスク拡散テストによって試験されうる。
【０００９】
多くの場合、微生物の同一性を決定するために、単離されたコロニーが得られる必要がある；この目的のために、陽性の血液培養が様々な栄養培地上でまかれることができ、その後微生物の同定は生化学的試験（NCCLS（National Committee for Clinical Laboratory Standards））、承認済標準M7-A、好気的に成長するバクテリアのために希釈抗菌物質感受性試験のための方法、臨床研究所規格委員会（National Committee for Clinical Laboratory Standards）、ビラノバ、ペンシルバニア州、1985年参照)を使用して決定される。
【００１０】
上記方法は、大量の時間を要するため、疑わしい感染の場合にほとんどの患者が最も知られている感染性疾病に対して有効である広域スペクトル抗生物質を投与される。しかしながら、そのような剤の使用は、実質的に全ての種の微生物（良い消化及び侵入する病原菌に対する良い障壁効果のために必要である患者の腸内フロラ中のそれらを含む）の成長を阻止する不利点を有し、その結果のすべてを伴う。広域スペクトル抗生物質の別の重要な不利点は、該剤への対応する耐性が微生物の集団においてより速く展開するということである。
【００１１】
この理由のために、感染性微生物の同一性及び抗生物質感受性が、付き添う医者にできるだけ早く知られ、その結果特に有効な抗生物質が投与され得ることが重要である。
【００１２】
核酸(DNA又はRNA)検出技術に基づいて、過去数十年間で、多くの方法が、微生物の検出及び識別のために（なかんずく血液サンプルの培養において）開発されている。そのような方法は、例えばそれによって微生物が認識されかつ同定されるところのリボゾームRNA遺伝子又は他の特定の遺伝的暗号を検出することを目的としている。これに関連して、例えば核酸増幅反応例えばPCR反応(Mullis、1987年；米国特許第4,683,202号)又はNASBA反応(Compton, J.、1991年；国際公開WO91/02818号)が、増幅された核酸を検出するために例えば蛍光発生性の核酸プローブとしばしば組み合わせて、使用されうる。
【００１３】
これらの遺伝学的方法の更なる改良では、複数の特定の遺伝子又は遺伝子暗号が1つの単一手続又は反応（例えばいわゆる多重PCR反応（multiplex PCR reaction））で決定されることが出来る方法が開発され、それは同一性に加えて、特定の抗生物質耐性遺伝子の存在を決定することを可能にする（なかんずくMaesら、2002年参照)。
【００１４】
また、オリゴヌクレオチドチップ又はマイクロアレイが微生物の同時識別及び抗生物質耐性遺伝子の検出のために使用される方法が、現在知られている(なかんずく国際公開WO98/20157号及び国際公開WO01/92573号を参照)。
【００１５】
オリゴヌクレオチドマイクロアレイの使用は、大量の遺伝的情報が非常に短時間で集められることを可能にする。DNAマイクロアレイは、なかんずくrpoB遺伝子（変異した場合、マイコバクテリアにおけるリファンピシンへの耐性を生じうる）の完全ヌクレオチド配列を決定するために使用されうることが知られている。
【００１６】
上記したように、臨床では、抗生物質感受性及び耐性は、表現型方法によってすなわちディスク拡散方法を使用しMIC（最小抑制濃度、minimal inhibiting concentration）値を決定することによって実質的に決定される。一方、抗生物質抵抗はまた、遺伝子的方法を使用し試験されうる。
【００１７】
しかしながら、臨床実務のために、感染を有効に治療することができるために、様々な抗生物質の影響下で成長阻害の決定に基づく慣用の抗生物質感受性決定を実行することは必然的である。事実は、そのような試験のみが、感染を減少するための特定の治療方法が成功するかどうか示す。
【００１８】
1つ又はそれ以上の耐性遺伝子の存在に関する知識は、付き添う医者に患者の感染を抑制し且つ治療するために最も適切な剤についての情報を提供しない。また、遺伝子的方法は、定量的情報例えば非感受性の程度を提供しない。
【００１９】
現在利用可能なDNA技術は、微生物の関連する表現型特徴の迅速な、再現可能な同定及び決定の必要性をまだ十分に満たさず、それは実験室診断で存在し且つ有効な治療を定式化するための基礎であるべきである。
【００２０】
微生物の分類に現在利用可能な遺伝子的方法は、医者が患者を有効に治療することができるようなあまりにもわずかな情報を医者に実際に与える。
【００２１】
特に、微生物及び患者の両方の関連する臨床データ、例えば共薬物治療、年齢及び／又は患者の状態、又は治療の定量的成果に関連付けられうる他の臨床的な経験的事実例えば問題になっている菌株の病理学並びに前の成功及び不成功の治療方法への洞察の欠如がある。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００２２】
本発明は、臨床的に関連する情報の注釈で微生物の分類をするための装置を提供する。
【課題を解決するための手段】
【００２３】
臨床的に及び／又は産業的に関連する情報の注釈で微生物の分類をするための装置は、上記に言及された必要性を満たすことができる。
【００２４】
本発明に従う装置は、独特の特性に従い微生物を分類するためのデータファイルを有する測定装置と、複数の微生物の臨床的に及び／又は産業的に関連する情報を有するデータベースを含み、該測定装置及び該データベースは、入力手段及び出力手段を備えられ、且つ前記分類された微生物に臨床的に及び／産業的に関連する情報の自動的注釈のために相互に接続されている。
【００２５】
本発明は、臨床的に及び／又は産業的に関連する情報の注釈で微生物を分類するための方法であって、本発明に従う装置の使用を含む方法をさらに提供する。
【００２６】
本発明に従う装置及び／又は方法は、医療実務例えば臨床的に関連する微生物の識別及び抗生物質感受性決定を目的とした診断実務、疾病又は疾患の進行を予言することを目的とした予知実務及び医者による有効な治療計画の立案を目的とした治療実施に非常に適切な用途を見出す。
【００２７】
さらに、本発明に従う装置及び／又は方法は、産業的微生物学的プロセス例えば食品調製プロセス及び（微生物学的）食品安全研究の工程検査及び工程制御の分野において、非常に適切な用途ユーティリィティを見出す。
【００２８】
本発明では微生物は、様々な分類学的レベル例えば異なる上界(superkingdoms)、界(kingdoms)、門(phyla)、綱(classes)、目(orders)、科(families)、属(genera)、種(species)又は亜種(subspecies)の寄生虫、菌類、酵母、バクテリア及びウィルスであると理解される。
【００２９】
臨床的に関連する微生物は、伝染性(contagious)又は伝承性(transmittable)であってよく又はなくてよい人体内で感染を生じうる有機体であると一般的に理解される。本発明に従う装置及び方法は、適切な免疫化の手順又は抗ウィルス治療を規定することができるためにウィルスの特徴化のためにまた適切である。
【００３０】
食品産業のための関連する微生物は、要求された成分及び／又は食品製品中で元来生じ、又は生産工程及び／又は保存工程で生き残ることができ、従ってヒト又は動物に障害(hazard)又は危険を生じうる微生物であると理解される。
【００３１】
臨床的に関連する微生物の広範囲なリスト（それは制限するとして決して解釈されるべきでない）が表１に示され、該有機体は分類学的所属に従い順序づけられている。
【００３２】
[表１]
臨床的に関連する微生物
ウィルス
バクテリア上界（Bacteria Superkingdom）
CFB グループ
バクテロイデス属（Bacteroides）(なかんずくバクテロイデス・フラギリス（B. fragilis）)
フラボバクテリウム属（Flavobacterium）(なかんずくフラボバクテリウム・メニンゴセプティカム（F. meningosepticum）)
プレボテラ属（Prevotella）(なかんずく歯周病菌（P. intermedia）) 
カプノシトファガ属（Capnocytophaga）(なかんずくカプノシトファガ・カニモルサス（C. canimorsus）)
クラミジア目（Chlamydiales order）
クラミジア属（Chlamydia）(なかんずくクラミジア・トラコマティス（C. trachomatis）, クラミジア・ニューモニア（C. pneumoniae）及びクラミジア・シッタキ（C. psittaci）)
フソバクテリア門（Fusobacteria）
フソバクテリウム・ネクロフォラム（Fusobacterium necrophorum）
ストレプトバシラス・モニリフォルミス（Streptobacillus moniliformis）
スピロヘータ目（Spirochaetales order）
ボレリア属（Borrelia）(なかんずくボレリア・ブルグドルフェリ（B. burgdorferi）及び回帰熱ボレリア（B. recurrentis）)
トレポネーマ属（Treponema）(なかんずく梅毒トレポネーマ（T. pallidum）)
レプトスピラ属（Leptospira）(なかんずくワイル病レプトスピラ（L. interrogans）)
ファーミキューテス門（Firmicutes phylum）(グラム陽性グループ)
ビフィドバクテリア目（Bifidobacteriales order）
ガルドネレラ属（Gardnerella）(なかんずくガルドネレラ・バギナリス（G. vaginalis）)
ラクトバチラ目（Lactobacillales order）
ストレプトコッカス属（Streptococcus）(なかんずく肺炎連鎖球菌（S. pneumoniae）, α-,β-及びγ-溶血性（hemolytic）及び緑色レンサ球菌（viridans）及び化膿レンサ球菌（S.pyogenes）)
エンテロコッカス属（Enterococcus）(なかんずく腸球菌（E. faecium）及び糞便連鎖球菌（E. faecalis）)
アエロコッカス属（Aerococcus）(なかんずくアエロコッカス・ヴィリダンス（A. viridans）)
ペジオコッカス属（Pediococcus）(なかんずくペジオコッカス・アシディラクチシ（P. acidilactici）)
乳酸菌（Leuconostoc）(なかんずくロイコノストック・シュードメセンテロイデス（L. pseudomesenteroides）)
放線菌目（Actinomycetales order）
マイコバクテリウム属（Mycobacterium）(なかんずく結核菌（M. tuberculosis）,らい菌（M. lepra）,アフリカ菌（M. africanum）,牛型菌（M. bovis）及びマイコバクテリウム・アビウム（M. avium）)
ノカルジア属（Nocardia）(なかんずくノカルジア・アステロイデス（N. asteroides）)
コリネバクテリウム属（Corynebacterium）(なかんずくジフテリア菌（C. diphtheriae）)
ミクロコッカス属（Micrococcus）(なかんずくミクロコッカス・ルテウス（M. luteus）)
アクチノミセス属（Actinomyces）(なかんずくアクチノミセス・イスラエィリィー（A. israelii）)
プロピオニバクテリウム・プロピオニカム（Propionibacterium propionicum）
ブレビバクテリウム属（Brevibacterium）(なかんずくブレビバクテリウム・リネンス（B. linens）)
マイコプラズマ目（Mycoplasmatales order）
マイコプラズマ属（Mycoplasma）(なかんずくマイコプラズマ・ニューモニア（M. pneumoniae）)
バチルス目（Bacillales order）
スタフィロコッカス属（Staphylococcus）(なかんずく黄色ブドウ球菌（S. aureus）及びスタフィロコッカス・ポジェンス（S. pyogenes）)
耐熱性好酸性菌属（Alicyclobacillus）(なかんずくアルシクロバチルス・アシドカルダリウス（Alicyclobacillus acidocaldarius))
リステリア属（Listeria）(なかんずくリステリア・モノサイトジェンス（L. monocytogenes）)
バチルス属（Bacillus）(なかんずく炭疽菌（B. anthracis）)
ガメラ属（Gemella）(なかんずくガメラ・モルビロラム（G. morbillorum）)
クロストリディア目（Clostridiales order）
クロストリジウム属（Clostridium）(なかんずくクロストリジウム・ボツリナム（C. botulinum）, クロストリジウム・ディフィリエ（C. diffilie）,ウェルシュ菌（C. perfringens）及び破傷風菌（C. tetani）)
Peptostreptococcus (なかんずくP. prevotii)
ベイロネラ属（Veillonella）(なかんずく V. parvula)
プロテオバクテリア門（Proteobacteria phylum）
アルファサブディビジョン綱（Alpha subdivision Class）
リケッチア目（Rickettsiales order）
リケッチア科（Rickettsiaceae family）
リケッチア属（Rickettsia）(なかんずく発疹チフスリケッチア（R. prowazekii）及び発疹熱リケッチア（R. Typhi）)
エールリッヒア属（Ehrlichia）(なかんずくエールリッヒア・カニス（E. canis）, エールリッヒア・チャフェーンシス（E. chaffeensis）及びエールリッヒア・ファゴサイトフィリア（E. phagocytophila）)
コウドリア属（Cowdria）(なかんずくコウドリア・ルミナンチウム（C. ruminantium）)
ネオリケッチア属（Neorickettsia）(なかんずくネオリケッチア・ヘルミントエカ（N. helminthoeca）)
アナプラズマ属（Anaplasma）(なかんずくアナプラズマ・マージナーレ（A. marginale）及びアナプラズマ・オービス（A. ovis)）
ウォルバキア属（Wolbachia）(なかんずくウォルバキア・ピピエンティス（W. pipientis）)
リゾバクテリアグループ（Rhizobacteriaceae group）
ブルセラ科（Brucellaceae family）
ブルセラ属（Brucella）(なかんずくブルセラ・ミリテンシス・バイオヴァール・アボルタス（B. melitensis biovar abortus）及びブルセラ・メリテンシス・バイオヴァール・カニス（B. m. biovar canis)
バルトネラ科（Bartonellaceae family）
バルトネラ属（Bartonella）(なかんずくバルトネラ・バチリフォルミス（B. bacilliformis）, バルトネラ・ヘンセラエ（B. henselae）及びバルトネラ・キンタナ（B. quintana）)
ベータサブディビジョン綱（Beta subdivision Class）
アルカリゲネス科（Alcaligenaceae family）
アルカリゲネス属（Alcaligenes）(なかんずくアルカリゲネス・フェカリス（A. faecalis）)
ボルデテラ属（Bordetella）(なかんずく百日咳菌（B. pertussis）)
ナイセリア科（Neisseriaceae family）
ナイセリア属（Neisseria） (なかんずく髄膜炎菌（N. meningitidis）及び淋菌（N. gonorrhoeae）)
キンゲラ属（Kingella）(なかんずくキンゲラ・デニトリフィカンス（K. denitrificans）)
アイケネラ属（Eikenella）(なかんずくアイケネラ・コロデンス（E. corrodens）)
クロモバクテリウム属（Chromobacterium）(o..a.クロモバクテリウム・ビオラセウム（o..a. C. violaceum）)
ブルクホリデリアグループ（Burkholderia group）
ブルクホリデリア属（Burkholderia）(なかんずくブルクホリデリア・セパシア（B. cepacia）)
ガンマサブディビジョン綱（Gamma subdivision Class）
アエロモナス科（Aeromonadaceae family）
アエロモナス属（Aeromonas）
モラクセラ科（Moraxellaceae family）
アシネトバクター属（Acinetobacter）(なかんずくアシネトバクター・ルボフィー（A. lwoffii）及びアシネトバクター・バーマニー（A. baumannii）)
モラクセラ属（Moraxella）(なかんずくモラクセラ・カタラーリス（M. catarrhalis）)
腸内細菌科（Enterobacteriaceae family）
エシェリヒア属（Escherichiae）(なかんずく大腸菌（E. coli）)
クレブシエラ属（Klebsiellae）(なかんずくクレブシエラ・ニューモニア（K. pneumoniae）)
サルモネラ属（Salmonellae）(なかんずくネズミチフス菌（S. typhimurium）及び腸炎菌（S. enteritidis）)
シゲラ属（Shigella）(なかんずくA 群赤痢菌（S. dysenteriae）)
エドワージエラ属（Edwardsiella）(なかんずくエドワージエラ・タルダ（E. tarda）)
エルシニア属（Yersinia）(なかんずくペスト菌（Y. pestis）)
シトロバクター属（Citrobacter）(なかんずくシトロバクター・フロインディ（C. freundii）)
プロテウス属（Proteus）(なかんずくプロテウス・ミラビリス（P. mirabilis）)
モルガネラ・モルガニィ（Morganella morganii）
プロビデンシア属（Providencia）(なかんずくプロビデンシア・アルカリファシエンス（P. alcalifaciens）)
セラチア属（Serratia）(なかんずくセラチア・マルセッセンス（S. marcescens）)
プレジオモナス属（Plesiomonas）(なかんずくプレジオモナス・シゲロイデス（P. shigelloides）)
レジオネラ科（Legionellaceae family）/コクシエラグループ（Coxiella group）
レジオネラ属（Legionella）(なかんずくレジオネラ・ニューモフィラ（L. pneumophila）及びレジオネラ・ミクダデイ（L. micdadei）)
コクシエラ属（Coxiella）(なかんずくコクシエラ・ブルネティー（C. burnetii）)
リケッチア属（Rickettsiella）(なかんずくリケッチア・ポピリエ（R. popilliae）)
タトロッキア属（Tatlockia）(なかんずくタトロッキア・ミクダデイ（T. micdadei）)
フルオリバクター属（Fluoribacter）(なかんずくフルオリバクター・ヅモッフィー（F. dumoffii）)
パステウレアセア科（Pasteurellaceae family）
ヘモフィルス属（Haemophilus）(なかんずくヘモフィルス・インフルエンゼ（H. influenzae）及びヘモフィルス・デュクレイ（H. ducreyi）)
パスツレラ属（Pasteurella）(なかんずく家禽コレラ菌（P. multocida）)
シュードモナス科（Pseudomonadaceae family）
シュードモナス属（Pseudomonas）(なかんずく緑膿菌（P. aeruginosa）及びシュードモナス・セパシア（P. cepacia)
フランシセラグループ（Francisella group）
フランシセラ属（Francisella）(なかんずく野兎病菌（F. tularensis）)
ビブリオ科（Vibrionaceae family）
ビブリオ属（Vibrio）(なかんずくコレラ菌（V. cholerae）,ビブリオ・バルニフィカス（V. vulnificus）及び腸炎ビブリオ（V. parahaemolyticus）)
キサントモナスグループ（Xanthomonas group）
ステノトロフォモナス属（Stenotrophomonas）(なかんずくステノトロフォモナス・マルトフィリア（S. maltophila）)
エプシロンサブディビジョン綱（Epsilon subdivision Class）
カンピロバクターグループ（Campylobacter group）
カンピロバクター属（Campylobacter）(なかんずくカンピロバクター・ジェジュニ（C. jejuni）)
ヘリコバクター属（Helicobacter）(なかんずくヘリコバクター・ピロリ（H. pylori）,ヘリコバクター・シナエジ（H. cinaedi）及びヘリコバクター・フェネリアエ（H. fennelliae）)
真核生物上界（Eukaryota Superkingdom）
原生生物界（Protista Kingdom）
トリコモナス目（Trichomonadida order）
トリコモナス属（Trichomonas）(なかんずく膣トリコモナス（T. vaginalis）)
微胞子虫目（Microsporida order）
エンテロサイトゾーン・ビエニューシ（Enterocytozoon bieneusi）
アメーバ目（Amoebida order）
アカントアメーバ属（Acanthamoeba）(なかんずくアカントアメーバ・カステラーニ（A. castellani）)
エントアメーバ属（Entamoeba）(なかんずく赤痢アメーバ（E. histolytica）)
真コクシジウム目（Eucoccidiida order）
クリプトスポリジウム属（Cryptosporidium）(なかんずくクリプトスポリジウム・パルバム（C. parvum）)
ディプロモナス目（Diplomonadidae order）
ジアルジア・ランブリア（Giardia lamblia）
アイメリア目（Eimeriida order）
クリプトスポリジウム属（Cryptosporidium）(なかんずくクリプトスポリジウム・パルバム（C. parvum）)
トキソプラスンタ・ゴンディー（Toxoplasnta gondii）
ネオスポラ・カニナム（Neospora caninum）
ハエモスポル目（Haemosporida order）
プラスモジウム属（Plasmodium）(なかんずく熱帯熱マラリア原虫（P. falciparum）)
キネトプラスト目（Kinetoplastida order）
トリパノソーマ属（Trypanosoma）(なかんずくトリパノソーマ・ブルシ（T. brucei）)
リーシュマニア・ドノヴァン（Leishmania donovani）
菌界（Fungi Kingdom）
アクレモニウム属（Acremonium）
アスペルギルス属（Aspergillus）(なかんずくアスペルギルス・フミガタス（A. fumigatus）)
ビオーベリア属（Beauveria）
フザリウム属（Fusarium）
ヒストプラスマ属（Histoplasma）(なかんずくヒストプラスマ・ズボアジ（H. duboisii）)
ペシロミセス属（Paecilomyces）
ペニシリウム属（Penicillium）
スコプラリオプシス属（Scopulariopsis）
トリコフィトン属（Trichophyton）(なかんずくトリコフィトン・ルブルム（T. rubrum）及びトリコフィトン・メンタグロフィテス（T. mentagrophytes）)
クリプトコッカス属（Cryptococcus）(なかんずくクリプトコッカス・ネオフォルマンス（C. neoformans）)
コクシジオイデス属（Coccidioides）(なかんずくコクシジオイデス・イミチス（C. immitis）)
カンジダ属（Candida）(なかんずくカンジダ・アルビカンス（C. albicans）)
ブラストミセス属（Blastomyces）
マラセジア属（Malassezia）
ニューモシストシス属（Pneumocystosis）(なかんずくニューモシスチス・カリニ（P. carinii）)
ウィルス
DNAウィルス
ヘルペスウィルス科（Herpesviridae）
単純ヘルペスウィルス1型（Herpes simplex virus type I）
水痘帯状疱疹ウィルス（Varicella zoster virus）
エプシュタイン・バーウイルス（Epstein Barr virus）
ヒトサイトメガロウィルス（Human cytomegalovirus）
ヒトヘルペスウィルス6（Human herpesvirus 6）
アデノウィルス科（Adenoviridae）
ヒトアデノウィルス（Human adenoviruses）
パポバウィルス科（Papovaviridae）
ヒト乳頭腫ウィルス（Human papillomaviruses）
ヘパドナウィルス科（Hepadnaviridae）
B型肝炎ウィルス（Hepatitis B virus）
ポックスウィルス科（Poxviridae）
ワクシニアウィルス（Vaccinia virus）
パルボウィルス科（Parvoviridae）
B19パルボウィルス（B19 parvovirus）
RNAウィルス
ピコルナウィルス科（Picornaviridae）
ポリオウィルス（Polioviruses）
エコーウィルス（Echoviruses）
コクサッキーウィルス（Coxsackieviruses）
A型肝炎ウィルス（Hepatitis A virus）
ヒトリノウィルス（Human rhinoviruses）
カリシウィルス科（Caliciviridae）
ノーウォークウィルス（Norwalk virus）
パラミクソウィルス科（Paramyxoviridae）
パラインフルエンザウィルス（Parainfluenza viruses）
麻疹ウィルス（Measles virus）
呼吸器合胞体ウィルス（Respiratory syncytial virus）
オルトミクソウィルス科（Orthomyxoviridae）
インフルエンザウィルス（Influenza virus）
ラブドウィルス科（Rhabdoviridae）
狂犬病ウィルス（Rabies virus）
フィロウィルス科（Filoviridae）
エボラウィルス及びマールブルグウィルス（Ebola 及び Marburg viruses）
レトロウィルス科（Retroviridae）
ヒト免疫不全ウィルス1型及び2型（Human immunodeficiency virus type-l 及び-2）
トガウィルス科（Togaviridae）
風疹ウィルス（Rubella virus）
フラビウィルス科（Flaviviridae）
黄熱病ウィルス（Yellow fever virus）
デングウィルス（Dengue virus）
レオウィルス科（Reoviridae）
ヒトロタウィルス（Human rotaviruses）
ブニヤウィルス科（Bunyaviridae）
肺症候群ハンタウィルス（Pulmonary Syndrome Hantavirus）
ハンターンウィルス（Hantaan virus）
アレナウィルス科（Arenaviridae）
ラッサウィルス（Lassa virus）
コロナウィルス科（Coronaviridae）
ヒトコロナウィルス（Human coronaviruses）
アストロウィルス科（Astroviridae）
ヒトアストロウィルス（Human astroviruses）
カロリンスカインスティチューティッドライブラリーバクテリア感染（Karolinska Instituted Library Bacterial Infections）及びマイコセス（Mycoses）(www.mic.ki.se);医寄生虫学のアトラス（Atlas of Medical Parasitology）,カルロデネグリ財団法人（Carlo Denegri Foundation）(www.cdfound.to.it);NCBI分類学データベース（NCBI taxonomy database）(www.ncbi.nlm.nih.gov);ロチェスター大学医療センター微生物学免疫学部（University of Rochester Medical Center Dept. of Microbiology and Immunology）(www.urmc.rochester.edu)
【００３３】
本発明に従う独特の特性に従い微生物を分類するための測定装置は、単一の又は複数の測定装置を含むことができる。
【００３４】
微生物を分類するために好ましくは、微生物間の形態学的に、生理学的に、血清学的に、病理学的に、分類学的に及び又は遺伝学的に独特の特性を測定するために使用され得る測定装置が、本発明で使用される。
【００３５】
本発明の文脈において、微生物の形態学的特性は、外部から観察可能な特性例えば有機体の形状；特定の生化学的物質例えば膜ペプチド、色素、（糖）タンパク質、脂質又は細胞膜成分例えばミコール酸の所有；特定の受容体の所有又は欠如；胞子又は嚢胞の生産；鞭毛の所有；鎖状で又は糸状での成長；又は他の外部的特性例えば細胞又はコロニー形態学；又は着色特徴を言うと理解される。
【００３６】
本発明の文脈において、微生物の生理学的特性は、特定の分解代謝的特徴例えば蛋白質分解、又は特定の基質例えば多糖、タンパク質、脂肪若しくは核酸上で成長するための能力；特定の栄養要求；特定の代謝経路の所有；酸素への感受性又は抗生物質への感受性；温度又は酸性依存性；特定の代謝最終産物の生産；バクテリオシン又は抗生物質の分泌；ガスの産生；有機体のエネルギー供給の様式；細胞中のタンパク質の集合物（プロテオーム）のサイズ、組成又は他の特性；又は細胞中の低分子量有機物質の集合物（メタボローム）の特性を言うと理解される。
【００３７】
本発明の文脈において、血清学的特性は、特定の抗体又はモノクロナールと反応する能力；特定の表面抗原又はエピトープ例えば糖脂質若しくは糖タンパク質の所有又は欠如を言うと意味される。
【００３８】
本発明の文脈において、微生物の病理学的特性は、細胞を感染させる能力；毒素分泌；感染が進行する様式；溶血特性又は他の病理学的特性例えば自然の生息場所若しくは有機体によって影響される組織或いは細胞型を言うと理解される。
【００３９】
本発明の文脈において、分類学的特性は、微生物がそれに基づいて普通分類学的に識別される上記された表現型特性例えば形態学的特性、生理学的特徴、血清学的又は病理学的特性として定義されるが、系統的発生系族がそれに基づいて決定されることができ且つ微生物がそれに基づいて分類学的にまた識別されることができる遺伝的特徴をも包含しうる。
【００４０】
本発明の文脈において、遺伝学的特性は、核酸例えばDNA及び／又はRNAの特定の染色体又は染色体外の独特のヌクレオチド配列；特定の遺伝的コード又は遺伝子；線形又は環状の染色体；ゲノムのサイズ又は他の特性；G+C含量；プラスミドの存在；特定のトランスポゾン、インテグロン（integrons）又は挿入配列の所有；発現プロファイル（トランスクリプトーム）の組成又はサイズを言うと理解される。
【００４１】
独特の特性に従い微生物を分類するための本発明に従う測定装置は、それが微生物間の独特の特性例えば形態学的、生理学的、血清学的、病理学的、分類学的及び／又は遺伝学的特性の異なる又は同じ型を測定することができるように整えられうる。
【００４２】
微生物間の独特の特性の異なる型が、本発明に従う装置を使用して測定されうる場合、これらの特性は継続して及び/又は同時に測定されうる。
【００４３】
本発明に従う測定装置はなかんずく、微生物の遺伝子的に独特の特性を決定するために使用されうる。そのような遺伝子的に独特の特性は例えば、特異的な抗生物質耐性表現型が関連づけられる耐性遺伝子を含みうる。これは、なかんずくスタフィロコッカス属（Staphylococcus）中のペニシリン結合性タンパク質２ａをコードするmecA遺伝子を言うと理解され、該遺伝子はこのバクテリアを実質的に全てのβ−ラクタム抗生物質（メチシリンを含む）に非感受性にする。
【００４４】
微生物の遺伝子的に独特の特性を測定することができる本発明に従う測定装置を使用して測定されうる他の耐性遺伝子は、なかんずくセラチア・マルセッセンス（Serratia marcescens）又はクレブシエラ・ニューモニア（Klebsiellap neumoniae）中のaac(6')遺伝子であり、それはアミノグリコシド例えばネチルミシン及びゲンタマイシンへの耐性又は耐性遺伝子例えばnptII（カナマイシン耐性）、vanA、B及びC（(バンコマイシン耐性)、ermA、B及びCmsrA(マクロライド耐性)、gyrA、grlA(キノロン耐性)、bla(β-ラクタム耐性)、vat、vga(ストレプトグラミン耐性)、又はsul及びint(スルホンアミド耐性)を引き起こす。
【００４５】
特定の耐性遺伝子を測定することに加えて、微生物の遺伝子的に独特の特性を測定することができる本発明に従う測定装置は、特定の遺伝子中の変異を測定するためにまた使用されうる。消化胞のPfCRT膜貫通型タンパク質中の又は熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）のP-糖タンパク質相同体１（Pgh1）のためのPfMRDl遺伝子中の変異は例えば、剤例えばクロロキンへのこの寄生動物の非感受性を引き起こし、そして本発明に従う測定装置を使用して測定されうる。
【００４６】
代替の実施態様では、分類学的若しくは系統発生的情報及び又は特性がそれに基づき決定されうるところの、例えばリボゾームRNA遺伝子中の変異が検出されることができる。
【００４７】
また、それの機能はまだ知られていない他の遺伝子又は遺伝子暗号は、それらが本発明に従う微生物の分類のための独特の特性を表す限り、本発明に従う実施態様で測定されうる微生物間の関連する独特の特性を提供することができる。
【００４８】
本発明に従う測定装置を使用して微生物中の独特の特性を測定するために、好ましくはマーカーが本発明に従う装置で使用される。
【００４９】
本発明では、マーカーは、好ましくは分子生物学的方法を使用することによって（例えば、相補的結合パートナー例えば相補核酸又は遺伝学的特性の場合相補的オリゴヌクレオチドプローブ又は生理学的特性例えば蛋白質の場合、抗体又はモノクロナール又は他の結合パートナーを使用することによって独特の特性を決定し又は測定することによって）測定されうる微生物の特徴的な独特の特性として定義される。適切なマーカー又は結合パートナーが、当業者に知られていると考えられる。相補的結合パートナーとマーカーとの間の結合の検出は、ラベルを使用することによって容易にされうる。
【００５０】
本発明において核酸マーカー又は遺伝学的マーカーが言われる場合、これは相補的結合パートナーをも同様に意味すると理解される。
【００５１】
マーカーは遺伝学的又は表現型マーカーを含みうる。好ましくは、本発明に従う測定装置では、遺伝学的及び／又は生理学的マーカー例えばタンパク質マーカーが使用される。非常に好ましくは、遺伝学的マーカーが使用される。
【００５２】
遺伝学的マーカーが微生物中の（知られた）遺伝学的に独特の特性の存在を決定するための本発明に従う測定装置で使用されうる事実に加えて、それらは、表現型特性例えば抗生物質感受性及び／又は抗生物質耐性を決定するために非常に適切にまた使用されうる。
【００５３】
関連する遺伝学的及び／又は表現型特性を検出するために、遺伝学的マーカーが、本発明に従う装置で非常に適切に使用されうる。本発明に従う装置で使用するために適切な多くの遺伝学的マーカーが、当業者に知られている。当業者はまた、単純な様式で適切な遺伝学的マーカーそれ自身を特定し且つ生産しうる。
【００５４】
微生物の特定の表現型の特徴に関連づけられた遺伝学的マーカーを識別するための方法は、当業者に知られている(なかんずく国際特許WO01/83813号を参照)。例えば、いわゆる多形は米国特許第6,300,063号に記載された方法を使用して検出されうる。この目的のために、既知の遺伝子フィンガープリント方法例えばAFLP(Vos等、1995年)、RAPD若しくはRFLP(Botstein等、1980年)又はそれらから得られる技術例えばリボタイピング（Ribotyping）がまた使用されうる（概要のためにMueller及びWolfenbargerを参照）。
【００５５】
そのようなフィンガープリント方法が遺伝学的マーカーを識別するために使用されうるという事実に加えて、それらはまた、微生物を区別するために使用されうるフィンガープリントをまたもたらす。従って、これらのフィンガープリント方法並びにこれらに利用可能な道具及び設備は、独特の特性に従い微生物を分類するための本発明に従う装置及び方法で適切な用途ユーティリティを見出す。
【００５６】
本発明において、遺伝学的マーカー例えばRFLPマーカー（例えば米国特許5,324,631号を参照)、RAPD(例えばAufauvre-Brown等、1992年を参照)、AFLPマーカー(例えば欧州公開特許EP0,534,858号を参照)、SSRマーカー(例えば米国特許5,075,217号を参照)及びSNPマーカー(McEwen等、2000年)が使用されうる。
【００５７】
遺伝学的マーカーが使用される実施態様での本発明に従う装置の使用を含む方法は、好ましくは、微生物の核酸例えばDNA若しくはRNA中の特定の独特の特性又はマーカーの存在若しくは不存在を、例えばフィンガープリントの手段によって又はマイクロアレイ例えばDNAアレイ、オリゴヌクレオチドアレイ又は一般用語で核酸アレイを使用して決定するためのステップを含む。
【００５８】
好ましい実施態様では、本発明は核酸アレイが使用される装置に関し、該装置は、担体表面上に固定化された遺伝的マーカーのオリゴヌクレオチド又は核酸配列若しくはそれらの相補体を含む。
【００５９】
遺伝学的マーカーは、特定の独特の特性例えば現在の場合プライマーに関連する核酸配列の増幅のためにまた使用されうる。そのような増幅生成物を特徴付けるための方法、例えば電気泳動、クロマトグラフィー、配列決定又は質量分析が、当業者に知られている。
【００６０】
オリゴヌクレオチド又は核酸配列のハイブリダイゼーション特徴を改善するために、天然のフォスホジエステル核酸例えばホスホロチオエート又はメチルホスホネートオリゴヌクレオチド又はペプチド核酸（PNA）オリゴヌクレオチドのそれと等しい配列特異的相互作用に入ることができる特定の核酸同族体が使用されうる。
【００６１】
本発明に従う方法では、DNAアレイの使用が好ましい。すると、オリゴヌクレオチドのそのようなアレイは、遺伝学的マーカーの相補的結合パートナーパートナーを含み、そして本発明の一部である。
【００６２】
本発明に従うオリゴヌクレオチドアレイの生産は、当業者に知られている方法を使用して実行されうる。特定の核酸配列の検出のための固体担体核酸アレイの生産及び使用は、頻繁に記載されている(米国特許5,571,639号；Sapolsky等、1999年、Genet.Anal.-Biomolecular Eng、第14巻、第187-192頁；Shena等、1995年、 Science、第270巻、第467-470頁；Sheldon等、1993年、Clinical Chem.、第39巻、第718-719頁；Fodor等、1991年、Science、第251巻、第767-773頁)。
【００６３】
当業者は、彼自身の設計によりアレイを及び専門の供給者から対応するアレイ読取装置を得ることが出来るだろう(例えばDNAアレイのためにAffymetrix Corp.、サンタクララ、カリフォルニア州、米国及びタンパク質アレイのためにCiphergen Biosystems、フレモント、カリフォルニア州、米国)。
【００６４】
本発明に従うDNAアレイはたとえば、遺伝学的マーカーの形の特定の配列に特異的である10〜200,000のオリゴヌクレオチドを含みうる。また、アレイは、遺伝学的マーカー例えばSNP及びマイクロサテライトマーカーを含むオリゴヌクレオチドを含みうる。核酸の同時分析のための一組のオリゴヌクレオチドプローブ例えば遺伝子の発現生成物を設計する方法が、なかんずく欧州公開特許EP0,799,897号に記載されている。
【００６５】
複数のオリゴヌクレオチドの融点が実質的に同じ範囲内である場合、均一の条件でハイブリダイゼーションを可能にすることが有利である。
【００６６】
特に、オリゴヌクレオチドの合成は、例えば米国特許5,424,186号に記載された光化学合成技術を使用して又はインクジェット技術を使用して、アレイの固体担体表面上で直接的に実行されうる。代替の実施態様では、オリゴヌクレオチドが、エクスシチュー（ex situ）で合成されることができ及び固体担体表面に結合されることができる。この場合において、担体表面が、オリゴヌクレオチドの施与の前に化学的に修飾されているならば、オリゴヌクレオチドとアレイの担体表面との間にヒドロゲル・マトリックス又は追加の有機的若しくは無機的リンカーを任意的に使用して、オリゴヌクレオチドと担体表面との間の結合を可能にすることは有利である。該表面上の様々なオリゴヌクレオチドを扱うことは、電子的に、機械的に又はインクジェットを使用して行われうる。
【００６７】
ハイブリダイゼーション条件は、サンプル物質として使用される核酸に依存するだろうが、当業者に知られた方法を使用して単純な様式で最適化されうる。この目的のために、なかんずく塩含量、pH及びハイブリダイゼーションの温度が調節されうる。任意的に、米国特許6,017,696号から知られているように、ハイブリダイゼーションのシトリジェンシーを電子的に制御する方法が、使用されうる。
【００６８】
ハイブリダイゼーションスポットの検出は、ラベル例えばラジオアイソトープラベル又は蛍光ラベルを使用して、電界効果測定を使用して、光電子化学方法、ピエゾ電気方法又は光ファイバー若しくは質量分析を使用する偏光解析法測定を使用して実行されうる。また、遠隔計測が、開始核酸中のマーカーの存在を調査するために使用されうる。
【００６９】
ハイブリダイゼーションの前に、核酸フラグメントが、アレイ上でオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたこれらのフラグメントの検出を容易にするために、例えば蛍光ラベル若しくはラジオアイソトープ又は他のラベルを使用して非常に適切にラベルされうる。検出の選択された方法に依存して、当業者は適切なラベルを使用することができるだろう。
【００７０】
本発明に従う装置の使用を含む方法は好ましくは、微生物中の特定の独特の特性の存在又は不存在を検出するステップを含み、微生物の物質を含むサンプルが、測定装置と接触に至らされる。そのような接触位置は、測定装置の入力手段として非常に適切に役立ちうる。
【００７１】
本発明に従う装置は、独特の特性に従い微生物を分類するためのデータファイルを有する測定装置を含む。そのようなデータファイルは好ましくは、上記されたようにマーカーに関連するデータ及び微生物の独特の特性を含む。該測定装置は、測定装置を使用することによって得られる測定結果を処理するための計算ユニットを更に含むだろう。
【００７２】
核酸アレイが測定装置の接触位置として使用される本発明に従う方法の実施態様では、微生物の核酸又はそのフラグメントが核酸マーカーのアレイと接触される。
【００７３】
核酸アレイを使用して、遺伝子的情報を得るための方法は、文献(なかんずくChee等、1996年を参照)で知られている。
【００７４】
本発明に従う微生物中の独特の特性を測定するための測定装置は、代替の実施態様では、例えば"Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry"(MALDI-TOF-MS)、"Surface-Enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry"(SELDI-TOF-MS)、"High Performance Liquid Chromatography tandem Mass Spectrometry"(HPLC-MS/MS)、"surface plasmon resonance"(SRP)のための装置によって、任意的にマーカーを使用して形成されうる。
【００７５】
本発明に従う測定装置は、単一の又は複数の測定のために整えられうるが、好ましくは複数の(同時の)測定のために整えられる。本発明に従う測定装置は更に好ましくは、本発明に従い微生物を分類するための独特の特性の測定の結果を受信し、扱い、処理し、分類し、カテゴリー化し、ファイリングし、出力し及び／又は保存するために整えられ、及びこの目的のために好ましくは計算ユニット及びデータファイルの様な手段を備えられ、該データフィルは、微生物の分類のための微生物の独特の特性を含む。
【００７６】
独特の特性のデータファイルを有する測定装置はまた、好ましくは本発明に従う測定装置を使用することによって得られた測定結果をファイリングするために整えられる。
【００７７】
計算ユニットは、測定装置の一部として使用されることができるが、また外部的にすなわち測定装置から離して使用されることができる。計算ユニットは、計算を実行するために整えられ、その中で本発明に従う測定装置を使用して得られた結果が、データファイル中の独特の特性と比較されうる。この目的のために、計算ユニットは好ましくは、測定装置の対応する出力手段及び独特の特性を有するデータファイルの対応する入力及び出力手段に接続されることができる入力及び出力手段を含む。
【００７８】
さらに、本発明に従う計算ユニットは好ましくは、微生物の分類学的位置に従う本発明に従う測定装置を使用して得られた微生物の独特の特性をカテゴリー化し且つ分類するために整えられる。この目的のために、好ましくは、結果が、本発明に従う測定装置から本発明に従う計算ユニットの入力にデータとして送信されて、引き続き本発明に従う計算ユニットによってカテゴリー化され又は分類される。
【００７９】
本発明に従う計算ユニットは好ましくは、微生物のカテゴリー化され且つ分類された独特の特性がなかんずくデータベースからの関連する情報と統計学的に比較され且つ計算結果が好ましくは表示装置に出力されるところの、アルゴリズム的比較を解決するための数学的計算ユニットである。好ましくは、本発明に従う計算ユニットは、マイクロプロセッサーユニットを含む。
【００８０】
非常に好ましくは、計算ユニットによる比較分析のために、自己組織マップ、階層的クラスタリング、多次元的尺度構成法、主成分分析、教師有り学習（supervised learning）、k最近傍推定、サポート・ベクトル・マシン、判別分析又は部分的最小２乗方法（partial least square methods）のようなアルゴリズム的コンピュータ分析方法が使用される。そのような方法は、当業者に知られている。
【００８１】
本発明に従う計算ユニットは、独特の特性に従い微生物を分類するために整えられる。好ましくは、この分類化は、分類学的分類を含む。非常に好ましくは、該分類化は、微生物の詳細な分類学的位置又は識別をもたらす。
【００８２】
本発明に従う臨床的に及び／又は産業的に関連する情報の注釈で微生物を分類するための装置は、複数の微生物の臨床的に及び／又は産業的に関連する情報を含み且つ好ましくは複数の臨床的及び／又は産業的状況であるデータベースを含む。
【００８３】
本発明に従う臨床的に及び／又は産業的に関連する情報を含むデータベースは、臨床的及び／又は産業的環境において役割を果たす微生物に何らかの様式で関連付けられる全てのありうる型の情報（好ましくはデジタル化されている）の記録のための少なくとも１つのメモリー位置を含む。本発明に従うデータベースは、臨床的に関連する情報と産業的に関連する情報の組み合わせを含むことができる。好ましくは、本発明に従うデータベースは、２つの環境のうちの一つのために関連する情報を含み、この情報は、本発明に従う装置の特定の使用に制限される。
【００８４】
臨床的環境で役割を果たす微生物に何らかの様式で関連付けられる情報は、好ましくは、異なる分類学的グループに従い及び微生物の異なる分類学的レベルに基づきカテゴリー化される。その上、情報は、異なる自然の又は人工的な、既知の又は特徴付けられていない、微生物の混合された集団に従いカテゴリー化されてよい。
【００８５】
そのような情報は例えば、微生物それ自身及びそれらが引き起こす感染の性質に関連する情報、例えば微生物の地理的起源、疾病兆候が暴露後に明らかになる潜伏期間、微生物への作用が知られている抗生物質、感染する又は感染してしまっている患者に関する情報（例えば平均年齢、共薬物治療、健康状態、人種起源、疫学的起源、家族関係など）及び／又は特定の感染に対して既に使用されている治療方法に関する情報（例えば薬物治療、食事、関連する食事／環境）からの情報を含みうる。
【００８６】
産業的環境で役割を果たす微生物に何らかの様式で関連付けられる情報は例えば、微生物及びそれらが実行するプロセスの性質に関連する情報（例えば物理的及び生物的プロセスパラメータ、例えばpH、Aw（水分活性）及び温度感受性に関する情報）及び／又は特定の産業的工程（例えば冷却、冷凍、殺菌、滅菌）のために既に使用されている工程処理ならびに代替技術（例えば高圧力、光、電場又は磁場及び照射）に関連する情報を含みうる。また、これは、クリーニング及び消毒剤の使用の作用から生じる影響に関係しうる。
【００８７】
本発明に従うデータベースは、データ入力のために意図された手段を備えられ、及び好ましくは出力の手段によってデータプレゼンテーションユニットに接続される。
【００８８】
新しい情報をデータベースに追加し又はそれらから情報を除去することが可能であり、それは動的特徴を有するデータベースを生じる。新しい関連する情報を追加することによって、データベースのサイズ及び詳細は増加し、従って、結果のために増加するよりよい基礎を提供する。
【００８９】
本発明に従う臨床的に又は産業的に関連する情報を含むデータベース及び本発明に従い微生物を分類するための測定装置の一部として独特の特性を含むデータファイルは、代替の実施態様において組み合わされうる。
【００９０】
本発明に従うデータベース中に存在する臨床的に又は産業的に関連する情報の注釈は、微生物の若しくは本発明に従う測定装置を使用して得られた微生物の分類の情報を、問題になっている微生物又はそのより高位の分類学的レベルのためのデータベースからの関連する情報と組み合わせることによって行われる。
【００９１】
本発明に従う装置の出力は例えば、特定の提案された治療若しくは工程処理方法が成功するであろうチャンスの形式で起こることができ又は例えば非常に適切な治療若しくは工程処理方法のための提案の形式で起こることができる。
【００９２】
文献
Aufauvre-Brown A, Cohen J, Holden DW. 1992年.  Use of randomly amplified polymorphic DNA markers to distinguish isolates of Aspergillus fumigatus. J Clin Microbiol.  第30 (11)巻: 2991-3頁。
Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW. 1980年.  Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms.  Am J Hum Genet. 第32 (3) 巻:314-31頁。
Chee M, Yang R, Hubbell E, Berno A, Huang XC, Stern D, Winkler J, Lockhart DJ, Morris MS, Fodor SP. 1996年. Accessing genetic information with high-density DNA arrays. Science  第274(5287)巻: 610-4頁。
Compton, J. (1991年). Nucleic acid sequence-based amplification. Nature  第350(6313)巻,91-2頁。
Davies, J. (1997年). Origins, acquisition and dissemination of antibiotic resistance determinants. In: Antibiotic Resistance: Origins, Evolution, Selection and Spread. Ciba Foundation Symposium  第207巻, S. 15-35頁,Wiley, Chichester。
Fodor, S. P. A. Read, J. L. Pirrung, M. C. Stryer, L. Lu A. T. 及びSolas D. 1991年.  Light-Directed, Spatially Addressable Parallel Chemical Synthesis. Science第251巻: 767-773頁。
Maes N. , Magdalena J. , Rottiers S. , De Gheldre Y. 及びStruelens M. J. (2002年).Evaluation of a Triplex PCR Assay To Discriminate Staphylococcus aureus from Coagulase-Negative Staphylococci and Determine Methicillin Resistance from Blood Cultures. J Clin Microbiol.   第40(4) 巻: 1514-1517頁。
McEwen JG, Taylor JW, Carter D, Xu J, Felipe MS, Vilgalys R, Mitchell TG, Kasuga T, White T, Bui T, Soares CM. Molecular typing of pathogenic fungi. Med Mycol. 2000年; 第38巻補足1: 189-197頁。
Mullis, K. B. , and Faloona, F. A. (1987年).  Specific synthesis of DNA in vitrovia a polymerase-catalyzed chain reaction. Methods Enzymol., 第155巻, 335-50頁。
Vos, P. , Hogers, M. , Bleeker, M. , Reijans, M. , van de Lee, T., Hornes, M.,Frijters, A. , Pot, J. , Peleman, J. , Kuiper, M. 及びZabeau, M. (1995年).AFLP: anew technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Res. , 第23巻,4407-4414頁。
Mueller, U. G. 及びWolfenbarger, L. L. (1999年). AFLP genotyping and fingerprinting-a review. Trends in Ecol.& Evol., 第14巻,389-394頁。
【国際調査報告】
2005523695.tif 000002
2005523695.tif 000003
2005523695.tif 000004