【手続補正書】
【提出日】令和2年1月6日(2020.1.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
顕微鏡装置を用いて取得された画像を処理するコンピュータで実行可能な方法であって、
所定の領域を共有する第１スライド及び第２スライドの前記共有する領域のスペクトルの異なる部分を取得するように、複数の光学的配置の下で複数の部分スペクトル画像を取得するステップと、
前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第１スライドに対応する複数の第１の部分スペクトル画像から、第１光学的配置に関連する第１部分スペクトル画像を選択するステップと、
前記複数の第１の部分スペクトル画像に基づいて、前記第１スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するステップと、
前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第２スライドに対応する複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第１光学的配置に対応する光学的配置の下で取得された第２部分スペクトル画像を決定することにより、前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像を決定するステップと、
前記複数の第２の部分スペクトル画像に基づいて、前記第２スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するステップと、
前記一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせすることによってディストーションマップを生成するステップと、を有することを特徴とする方法。
【請求項２】
前記複数の第１の部分スペクトル画像から、第２光学的配置に関連する第３部分スペクトル画像を選択するステップと、
前記複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第２光学的配置に対応する光学的配置の下で取得された第４部分スペクトル画像を決定することにより、前記第３部分スペクトル画像と前記第４部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像を決定するステップと、
前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせすることによって第１ディストーションマップを生成するステップと、
前記第３部分スペクトル画像と前記第４部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせすることによって第２ディストーションマップを生成するステップと、
前記第１ディストーションマップと前記第２ディストーションマップとを結合することによって、前記結合スペクトル画像を位置合わせするための前記ディストーションマップを生成するステップと、を更に有することを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１スライドの前記結合スペクトル画像は、前記第１スライドの一部をカバーする注目領域に対応し、前記第２スライドの前記結合スペクトル画像は、前記注目領域に対応する領域をカバーする、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第１スライド内の注目領域を選択するステップと、
前記選択された注目領域の位置及び前記生成されたディストーションマップに基づいて、前記第２スライド内の前記注目領域に対応する領域を決定するステップと、
前記決定された前記注目領域に対応する領域に基づいて、前記複数の第２の部分スペクトル画像の各画像における少なくとも１つの部分を選択するステップと、
前記選択した前記部分に基づいて、前記第２スライド内の前記注目領域に対応する領域を再構成するステップと、を更に有することを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ディストーションマップを前記第１スライドの前記結合スペクトル画像に適用することによって、ゆがみ画像を生成するステップを更に有し、
前記第２スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するステップでは、推定として、前記ゆがみ画像を用いる、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記再構成するステップでは、前記第２スライド内の選択されていない部分を除いて行われる、ことを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記第１光学的配置及び前記第２光学的配置は、ＤＣに近いフーリエ空間における低横波数ベクトルに対応する、ことを特徴とする請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記第１光学的配置は、ＤＣ横波数ベクトルの光学的配置に対応する、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記第１光学的配置及び前記第２光学的配置は、それぞれ、ＤＣ横波数ベクトル及び前記ＤＣ横波数ベクトルに隣接する波数ベクトルのセットに対応する、ことを特徴とする請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記顕微鏡装置は、フーリエタイコグラフィ顕微鏡装置である、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記再構成するステップでは、前記第１スライド及び前記第２スライドの位相情報をリカバーする、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記第１スライド及び前記第２スライドの少なくとも１つの位相情報をリカバーする処理は、前記ディストーションマップを生成するステップと並行して行われる、ことを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記光学的配置は、照明設定を含む、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記光学的配置は、波数ベクトルとしてエンコードされる、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記決定されたディストーションマップを前記第２スライドの前記結合スペクトル画像に適用することによって、前記第２スライドの前記結合スペクトル画像と前記第１スライドの前記結合スペクトル画像とを位置合わせするステップを更に有することを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記結合スペクトル画像を表示するとともに前記ディストーションマップを表示するステップを更に有することを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記ディストーションマップに基づいて、前記結合スペクトル画像の少なくとも１つにおける高ディストーションの領域を強調するステップを更に有することを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記ディストーションマップは、前記第１スライド及び前記第２スライドの少なくとも１つを再構成するステップと同時に、前記一対の部分スペクトル画像に基づいて生成される、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記ディストーションマップを生成するステップは、
前記複数の部分スペクトル画像を取得した光学的配置に基づいて、前記複数の第１の部分スペクトル画像のサブセット及び前記複数の第２の部分スペクトル画像のサブセットを選択するステップと、
前記選択されたサブセットのそれぞれを用いて前記第１スライド及び前記第２スライドを部分的に再構成することによって、前記第１スライド及び前記第２スライドの位相情報をリカバーするステップと、
前記リカバーされた位相情報に基づいて、前記部分的に再構成された前記第１スライド及び前記第２スライドに対応する前記ディストーションマップを生成するステップと、を更に有することを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数の部分スペクトル画像は、前記第１スライド及び前記第２スライドの前記共有する領域の異なる周波数バンドを表し、
前記選択するステップでは、前記複数の第１の部分スペクトル画像から、前記第１スライドの第１周波数バンドに対応する第１部分スペクトル画像を選択し、
前記一対の部分スペクトル画像を決定するステップでは、前記複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第２スライドの前記第１周波数バンドに対応する第２部分スペクトル画像を識別し、
前記ディストーションマップを生成するステップでは、前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とを位置合わせすることによってディストーションマップを生成する、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記第２部分スペクトル画像の識別は、
前記第２部分スペクトル画像を取得した照明条件を分析するステップと、
前記複数の第２の部分スペクトル画像に関連する照明条件と前記分析した前記照明条件とを比較するステップと、
前記複数の第２の部分スペクトル画像から、前記分析した照明条件に対応する照明条件で取得した第２部分スペクトル画像を選択するステップと、を有することを特徴とする請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記決定されたディストーションマップは、前記結合スペクトル画像の少なくとも１つと組み合わせて用いられる、ことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記決定されたディストーションマップは、医学的診断を更に容易にするために、前記結合スペクトル画像の少なくとも１つと組み合わせて用いられる、ことを特徴とする請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記複数の部分スペクトル画像は、空間画像であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記ディストーションマップは、前記結合スペクトル画像の１つに適用されるレジストレーションに関する情報を含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記共有する領域のスペクトルの異なる部分は、前記第１スライド及び前記第２スライドの同一の部分であり、前記光学的配置に依存してスペクトルが異なる部分であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
それに格納されたプログラムを有する非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、
前記プログラムは、
顕微鏡装置を用いて取得された画像を処理するためのプロセッサによって実行され、
所定の領域を共有する第１スライド及び第２スライドの前記共有する領域のスペクトルの異なる部分を取得するように、複数の光学的配置の下で複数の部分スペクトル画像を取得するコードと、
前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第１スライドに対応する複数の第１の部分スペクトル画像から、第１光学的配置に関連する第１部分スペクトル画像を選択するコードと、
前記複数の第１の部分スペクトル画像に基づいて、前記第１スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するコードと、
前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第２スライドに対応する複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第１光学的配置に対応する光学的配置の下で取得された第２部分スペクトル画像を決定することにより、前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像を決定するコードと、
前記複数の第２の部分スペクトル画像に基づいて、前記第２スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するコードと、
前記一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせすることによってディストーションマップを生成するコードと、を有することを特徴とする記憶媒体。
【請求項２８】
顕微鏡システムであって、
画像を取得する顕微鏡装置と、
それに格納されたプログラムを有する非一時的コンピュータ可読メモリと、
前記画像を格納し、前記画像を処理するための前記プログラムを実行する、前記顕微鏡装置及び前記メモリに接続するコンピュータ装置と、を有し、
前記プログラムは、
所定の領域を共有する第１スライド及び第２スライドの前記共有する領域のスペクトルの異なる部分を取得するように、複数の光学的配置の下で複数の部分スペクトル画像を取得するコードと、
前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第１スライドに対応する複数の第１の部分スペクトル画像から、第１光学的配置に関連する第１部分スペクトル画像を選択するコードと、
前記複数の第１の部分スペクトル画像に基づいて、前記第１スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するコードと、
前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第２スライドに対応する複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第１光学的配置に対応する光学的配置の下で取得された第２部分スペクトル画像を決定することにより、前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像を決定するコードと、
前記複数の第２の部分スペクトル画像に基づいて、前記第２スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するコードと、
前記一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせすることによってディストーションマップを生成するコードと、を有することを特徴とする顕微鏡システム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００３】
バーチャル顕微鏡のための画像のキャプチャ（取得）は、一般的に、高速（ｈｉｇｈ  ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ）スライドスキャナを使用して実行される。試料は、ステージの上に機械的にロードされ、試料の種々の部分の画像がセンサでキャプチャされるように、顕微鏡対物の下に移動させられる。２つの隣接するキャプチャ画像は、２次元（２Ｄ）レイヤ又は３次元（３Ｄ）ボリュームを形成するために、同じ試料の複数の画像が結合される、又は、つなぎ合わされるように、オーバーラップの領域を有している。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
本開示の１つの側面によれば、顕微鏡装置を用いて取得された画像を処理するコンピュータで実行可能な方法であって、所定の領域を共有する第１スライド及び第２スライドの前記共有する領域のスペクトルの異なる部分を取得するように、複数の光学的配置の下で複数の部分スペクトル画像を取得するステップと、前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第１スライドに対応する複数の第１の部分スペクトル画像から、第１光学的配置に関連する第１部分スペクトル画像を選択するステップと、前記複数の第１の部分スペクトル画像に基づいて、第１スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するステップと、前記複数の部分スペクトル画像のうち、前記第２スライドに対応する複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第１光学的配置に対応する光学的配置の下で取得された第２部分スペクトル画像を決定することにより、前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像を決定するステップと、前記複数の第２の部分スペクトル画像に基づいて、前記第２スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するステップと、前記一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせることによってディストーションマップを生成するステップと、を有する方法が提供される。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
望ましくは、かかる方法は、前記複数の第１の部分スペクトル画像から、第２光学的配置に関連する第３部分スペクトル画像を選択するステップと、前記複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第２光学的配置に対応する光学的配置の下で取得された第４部分スペクトル画像を決定することにより、前記第３部分スペクトル画像と前記第４部分スペクトル画像とを含む一対の部分画像スペクトルを決定するステップと、前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とからなる一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせすることによって第１ディストーションマップを生成するステップと、前記第３部分スペクトル画像と前記第４部分スペクトル画像とを含む一対の部分スペクトル画像から導出される画像を位置合わせすることによって第２ディストーションマップを生成するステップと、前記第１ディストーションマップと前記第２ディストーションマップとを結合することによって、前記結合スペクトル画像を位置合わせするための前記ディストーションマップを生成するステップと、を更に有する。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１５】
更に好ましくは、前記第１スライドの結合スペクトル画像は、第１スライドの一部をカバーする注目領域に対応し、前記第２スライドの前記結合スペクトル画像は、前記注目領域に対応する領域をカバーする。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
具体的な形態において、かかる方法は、前記第１スライド内の注目領域を選択するステップと、前記選択された注目領域の位置及び前記生成されたディストーションマップに基づいて、前記第２スライド内の前記注目領域に対応する領域を決定するステップと、前記決定された前記注目領域に対応する領域に基づいて、前記複数の第２の部分スペクトル画像の各画像における少なくとも１つの部分を選択するステップと、前記選択した前記部分に基づいて、前記第２スライド内の前記注目領域に対応する領域を再構成するステップと、を更に有する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
かかる方法は、前記ディストーションマップを前記第１スライドの前記結合スペクトル画像に適用することによって、ゆがみ画像を生成するステップを更に有し、前記第２スライドの少なくとも一部に対応する結合スペクトル画像を再構成するステップでは、推定として、前記ゆがみ画像を用いる。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
具体的な例において、前記再構成するステップでは、前記第２スライド内の選択されていない部分を除いて行われる。代替的提案において、前記第１光学的配置及び前記第２光学的配置は、ＤＣに近いフーリエ空間における低横波数ベクトル（ｌｏｗ  ｔｒａｎｓｖｅｒｓｅ  ｗａｖｅｖｅｃｔｏｒｓ）に対応する。望ましくは、前記第１光学的配置は、ＤＣ横波数ベクトルの光学的配置に対応する。前記第１光学的配置及び前記第２光学的配置は、それぞれ、ＤＣ横波数ベクトル及び前記ＤＣ横波数ベクトルに隣接する波数ベクトルのセットに対応する。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
典型的に、前記顕微鏡装置は、フーリエタイコグラフィ顕微鏡装置であり、前記再構成するステップでは、前記第１スライド及び前記第２スライドの位相情報をリカバーする。具体的な形態において、前記第１スライド及び前記第２スライドの少なくとも１つの位相情報をリカバーする処理は、ディストーションマップを生成するステップと並行して実行される。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
典型的には、前記光学的配置は、照明設定を含み、前記光学的配置は、波数ベクトルとしてエンコードされる。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
別の例において、かかる方法は、前記決定されたディストーションマップを前記第２スライドの前記結合スペクトル画像に適用することによって、前記第２スライドの前記結合スペクトル画像と前記第１スライドの前記結合スペクトル画像とを位置合わせするステップを更に有してもよい。別の形態において、かかる方法は、前記結合スペクトル画像を表示するとともに前記ディストーションマップを表示するステップを更に有する。また、かかる方法は、前記ディストーションマップに基づいて、前記結合スペクトル画像の少なくとも１つにおける高ディストーションの領域を強調するステップを更に有する。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
具体的な形態において、前記ディストーションマップは、前記第１スライド及び前記第２スライドの少なくとも１つを再構成するステップと同時に、前記一対の部分スペクトル画像に基づいて決定される。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
好ましい形態において、前記ディストーションマップを生成するステップは、前記複数の部分スペクトル画像を取得した光学的配置に基づいて、前記複数の第１の部分スペクトル画像のサブセット及び前記複数の第２の部分スペクトル画像のサブセットを選択するステップと、前記選択されたサブセットのそれぞれを用いて前記第１スライド及び前記第２スライドを部分的に再構成することによって、前記第１スライド及び前記第２スライドの位相情報をリカバーするステップと、前記リカバーされた位相情報に基づいて、前記部分的に再構成された前記第１スライド及び前記第２スライドに対応するディストーションマップを生成するステップと、を更に有する。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
その他の形態において、前記複数の部分スペクトル画像は、前記第１スライド及び前記第２スライドの前記共有する領域の異なる周波数バンドを表し、前記選択するステップでは、前記複数の第１の部分スペクトル画像から、前記第１スライドの第１周波数バンドに対応する第１部分スペクトル画像を選択し、前記一対の部分スペクトル画像を決定するステップでは、前記複数の第２の部分スペクトル画像から、前記第２スライドの前記第１周波数バンドに対応する第２部分スペクトル画像を識別し、前記ディストーションマップを生成するステップでは、前記第１部分スペクトル画像と前記第２部分スペクトル画像とを位置合わせすることによってディストーションマップを生成する。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
具体的な形態において、前記第２部分スペクトル画像の識別は、前記第２部分スペクトル画像を取得した照明条件を分析するステップと、前記複数の第２の部分スペクトル画像に関連する照明条件と前記分析した前記照明条件とを比較するステップと、前記複数の第２の部分スペクトル画像から、前記分析した照明条件に対応する照明条件で取得した第２部分スペクトル画像を選択するステップと、を有する。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
コンテクスト
図１は、ここで開示される形態を備え、フーリエタイコグラフィ顕微鏡（ＦＰＭ）に好適な従来技術の顕微鏡キャプチャシステム１００のハイレベルシステム図を示す。試料１０２は、レンズ１０９などの光学素子の下のステージ１１４の上に、且つ、この構成では、顕微鏡装置として機能する顕微鏡１０１の視野内に物理的に位置決めされる。実施形態において、顕微鏡１０１は、試料を適切な深度で顕微鏡の視野に正確に置くために、移動することが可能なステージ１１４を有する。ステージ１１４は、顕微鏡１０１に実装されたカメラ１０３によって試料の複数の画像がキャプチャ（取得）されるように、移動することも可能である。標準構成において、ステージ１４は、試料の画像キャプチャの間、固定されてもよい。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４５】
フーリエタイコグラフィイメージングの選択的なモードにおいて、ＦＰＭキャプチャ画像は、照明角よりも（開口走査とも称される）光学素子としてのシフト開口を用いて得られる。この形態において、サンプルは、光軸に沿って概略入射する単一の平面波を用いて照明される。開口は、結像系１００のフーリエ面に設定され、開口は、光軸に垂直な、この平面内で移動する。この種類の走査開口は、光学系を通過する光を制限する追加の小走査開口を備える高ＮＡレンズを用いて実現される。そのような走査開口システムの開口は、外側でスペクトル成分がブロックされる図７Ｂの破線円によって示されるフーリエ空間の領域を選択するものとして考慮される。図７Ｂの破線円のサイズは、低ＮＡレンズの小開口に対応する。横波数ベクトル（ｋｘｉ，ｋｙｉ）は、傾斜照明の横波数ベクトルよりも開口のシフト位置を示すものとして考慮される。なお、同一の効果を実現するために、走査開口よりもフーリエ面の空間光変調器が用いられる。空間光変調器の例は、個々のピクセル又はピクセルのグループが透明から不透明に切り替えられる液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）であり、その結果、ディスプレイを介して、光の通路を空間的に変調する。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５０】
図１８Ａに示すように、コンピュータシステム１８００は、コンピュータ１０５を代表するコンピュータモジュール１８０１と、キーボード１０８２、マウスポインタ装置１８０３、スキャナー１８２６、カメラ１８２７、マイクロフォン１８８０を含む入力装置と、プリンター１８１５と、ディスプレイ１０７を代表するディスプレイ装置１８１４、ラウドスピーカー１８１７を含む出力装置とを含む。外部変調復調器（モデム）トランシーバー装置１８１６は、コネクション１８２１を介して、通信ネットワーク１８２０と通信するコンピュータモジュール１８０１によって用いられる。通信ネットワーク１８２０は、インターネット、携帯電話の電気通信網、プライベートＷＡＮなどの広域ネットワーク（ＷＡＮ）である。コネクション１８２１が電話回線である場合、モデム１８１６は、ＡＤＳＬモデムである。また、コネクション１８２１が高容量（例えば、ケーブル）コネクションである場合、モデム１８１６は、ブロードバンドモデムである。ワイヤレスモデムは、通信ネットワーク１８２０とのワイヤレス接続のために用いられる。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５１】
コンピュータモジュール１８０１は、一般的に、少なくとも１つのプロセッサユニット１８０５と、メモリユニット１８０６とを含む。例えば、メモリユニット１８０６は、半導体ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）及び半導体リードオンリーメモリ（ＲＯＭ）を有する。コンピュータモジュール１８０１は、ビデオディスプレイ１８１４、ラウドスピーカー１８１７及びマイクロフォン１８８０に接続するオーディオ−ビデオインターフェース１８０７を含む多数の入力／出力（Ｉ／Ｏ）インターフェースと、キーボード１８０２、マウス１８０３、スキャナー１８２６、カメラ１８２７及び任意のジョイスティック又はその他のヒューマンインターフェース装置（不図示）に接続するＩ／Ｏインターフェース１８１３と、外部モデム１８１６及びプリンター１８１５のためのインターフェース１８０８とを含む。いくつかの実施形態において、モデム１６１６は、コンピュータモジュール１８０１、例えば、インターフェース１８０８に内蔵される。コンピュータモジュール１８０１は、コネクション１８２３を介して、コンピュータシステム１８００と、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）として知られるローカルエリア通信ネットワーク１８２２との接続を可能にするローカルネットワークインターフェース１８１１を有する。図１８Ａに示すように、ローカル通信ネットワーク１８２２は、一般的には、所謂、「ファイアウォール」装置又は同様な機能の装置を含むコネクション１８２４を介して、広域ネットワーク１８２０に接続する。ローカルネットワークインターフェース１８１１は、イーサネット（登録商標）回路カード、ブルートゥース（登録商標）ワイヤレスアレンジメント又はＩＥＥＥ  ８０２．１１ワイヤレスアレンジメントを備え、但し、多数の他の種類のインターフェースがインターフェース１８１１として実行される。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５７】
いつくかの例において、アプリケーションプログラム１８３３は、ユーザーに提供され、１つ以上のＣＤ−ＲＯＭ１８２５においてエンコードされ、対応するドライブ１８１２を介して読み出されるか、又は、代替的に、ネットワーク１８２０又は１８２２からユーザーによって読み出される。更に、ソフトウェアは、そのほかのコンピュータ読み取り可能な媒体からコンピュータシステム１８００にロードすることもできる。コンピュータ読み取り可能な記憶媒体は、実行及び／又は処理のために、格納された命令及び／又はデータをコンピュータシステム１８００に提供する任意の非一時的有形記憶媒体を参照する。そのような装置がコンピュータモジュール１８０１の内部又は外部であるかにかかわらず、そのような記憶媒体の例は、フロッピーディスク、磁気テープ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、ブルーレイディスク（登録商標）、ハードディスクドライブ、ＲＯＭ又は集積回路、ＵＳＢメモリ、光磁気ディスク、又は、ＰＣＭＣＩＡカードなどのコンピュータ読み取り可能なカードを含む。コンピュータモジュール１８０１に対するソフトウェア、アプリケーションプログラム、命令及び／又はデータの供給に関与する一時的又は非有形コンピュータ読み取り可能な伝送媒体の例は、別のコンピュータ又はネットワーク装置とのネットワークコネクションに加えて、無線又は赤外線伝送路と、電子メール送信及びウェブサイトなどに格納された情報を含むインターネット及びイントラネットとを含む。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８７】
ステップ６１０において、プロセッサ１８０５は、現在選択された区分画像に対応する再構成区分画像のスペクトル領域を選択する。これは、試料のフーリエ空間表現、単一のキャプチャ画像に関連するスペクトル領域７０５を示す破線円、及び、照明の配置に対応する実線矢印によって示される横波数ベクトル７１０を示す図７Ｂに示されるように実現される。スペクトル領域７０５は、円領域の内側又は外側で再構成区分画像のスペクトル表現において各ピクセルを割り当て、領域の外側で０を、領域の内側で１を、全てのピクセルに乗算することによって、選択される。また、補間は、ピクセル配列上のスペクトル領域配列の近似化に関連するアーチファクトを避けるために、境界近傍のピクセルに対して用いることができる。この場合、境界の周囲のピクセルは、０から１の範囲の値で乗算される。
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１５】
図１４は、サンプルＡの結合スペクトル画像に対するサンプルＢの結合スペクトル画像のレジストレーションに好適なディストーションマップを生成するために用いられるプロセス９３０、１１７０、１２８０及び１３８０を例示する処理１４００の概略フロー図である。処理１４００は、処理１４００に渡され、プロセッサ１８０５によって行われる２つのサンプル（Ａ及びＢ）のキャプチャＦＰＭ画像のセットを順々に処理するループ構造を用いる。処理１４００は、キャプチャＦＰＭ画像がステップ１４１０で受け取られると、開始する。画像に加えて、キャプチャに用いられたサンプル及び光学的配置を識別する情報が受け取られる。ステップ１４２０では、プロセッサ１８０５は、同一の光学的配置を備えるその他のサンプルからの対応する画像が既に格納されているかどうかを決定するために動作する。格納されていなければ、その後のステップ１４１０での取り出しのために、画像、サンプルＩＤ及び光学的配置情報は、ステップ１４３０で、例えば、メモリ１８０６に一時的に格納され、実行は、ステップ１４１０で再開する。その他のサンプルからの対応する画像が存在するとステップ１４２０で決定されると、ステップ１４４０は、（ステップ１４３０で）以前に格納された画像を取り出す。ステップ１４５０では、２つのキャプチャＦＰＭ画像は、ディストーションマップを推定するために用いられる。場合によっては、強度が用いられるが、キャプチャ画像の振幅がディストーションの推定に用いられることが好ましい。上述したように、振幅は、ＲＡＷピクセル強度値の平方根をとることによって得られる。
【手続補正２３】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２５】
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