【手続補正書】
【提出日】令和2年6月5日(2020.6.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）であって、
（ａ）ヌクレアーゼ切断ドメイン；
（ｂ）ヌクレアーゼ切断ドメインにコンジュゲートしたＣ末端ドメイン；
（ｃ）Ｃ末端ドメインにコンジュゲートしたＴＡＬＥ反復アレイ；および
（ｄ）ＴＡＬＥ反復アレイにコンジュゲートしたＮ末端ドメイン、
ここで、
（ｉ）Ｎ末端ドメインの正味電荷が、生理的ｐＨでの標準Ｎ末端ドメイン（配列番号１）の正味電荷より少ない；および／または
（ｉｉ）Ｃ末端ドメインの正味電荷が、生理的ｐＨでの標準Ｃ末端ドメイン（配列番号２２）の正味電荷より少ない、
前記ＴＡＬＥＮ。
【請求項２】
以下を含む、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）であって、
（ａ）ヌクレアーゼ切断ドメイン；
（ｂ）ヌクレアーゼ切断ドメインにコンジュゲートしたＣ末端ドメイン；
（ｃ）Ｃ末端ドメインにコンジュゲートしたＴＡＬＥ反復アレイ；および
（ｄ）ＴＡＬＥ反復アレイにコンジュゲートしたＮ末端ドメイン、
ここで、
（ｉ）標的核酸分子に対するＮ末端ドメインの結合エネルギーが、標準Ｎ末端ドメイン（配列番号１）の結合エネルギーより少ない；および／または
（ｉｉ）標的核酸分子に対するＣ末端ドメインの結合エネルギーが、標準Ｃ末端ドメイン（配列番号２２）の結合エネルギーより少ない、
前記ＴＡＬＥＮ。
【請求項３】
Ｃ末端ドメインの正味電荷が、＋６以下、＋５以下、＋４以下、＋３以下、＋２以下、＋１以下、＋０以下、−１以下、−２以下、−３以下、−４以下、または−５以下である、請求項１または２に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項４】
Ｎ末端ドメインが、標準Ｎ末端ドメイン配列の少なくとも１つのカチオン性アミノ酸残基が生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基で置き換えられている点で標準Ｎ末端ドメイン配列と異なっているアミノ酸配列を含む、あるいは、
Ｃ末端ドメインが、標準Ｃ末端ドメイン配列の少なくとも１つのカチオン性アミノ酸残基が生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基で置き換えられている点で標準Ｃ末端ドメイン配列と異なっているアミノ酸配列を含む、
請求項１〜３のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項５】
Ｎ末端ドメインおよび／またはＣ末端ドメインにおいて、少なくとも１個の、少なくとも２個の、少なくとも３個の、少なくとも４個の、少なくとも５個の、少なくとも６個の、少なくとも７個の、少なくとも８個の、少なくとも９個の、少なくとも１０個の、少なくとも１１個の、少なくとも１２個の、少なくとも１３個の、少なくとも１４個の、または少なくとも１５個のカチオン性アミノ酸が、生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基で置き換えられている、請求項１〜４のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項６】
少なくとも１つのカチオン性アミノ酸残基が、アルギニン（Ｒ）またはリジン（Ｋ）であり、任意に、生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基が、グルタミン（Ｑ）またはグリシン（Ｇ）である、請求項４または５に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項７】
少なくとも１つのリジンまたはアルギニン残基が、グルタミン残基で置き換えられている、請求項４〜６のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項８】
Ｃ末端ドメインが、１または２以上の次のアミノ酸置換：Ｋ７７７Ｑ、Ｋ７７８Ｑ、Ｋ７８８Ｑ、Ｒ７８９Ｑ、Ｒ７９２Ｑ、Ｒ７９３Ｑ、Ｒ８０１Ｑを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項９】
Ｃ末端ドメインが、Ｑ３バリアント配列（Ｋ７８８Ｑ、Ｒ７９２Ｑ、Ｋ８０１Ｑ）またはＱ７バリアント配列（Ｋ７７７Ｑ、Ｋ７７８Ｑ、Ｋ７８８Ｑ、Ｒ７８９Ｑ、Ｒ７９２Ｑ、Ｒ７９３Ｑ、Ｒ８０１Ｑ）を含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１０】
Ｎ末端ドメインが、標準Ｎ末端ドメインのトランケート型である、または、Ｃ末端ドメインが、標準Ｃ末端ドメインのトランケート型である、
請求項１〜９のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１１】
トランケートされたドメインが、標準ドメインの残基の９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、または２５％未満を含む、請求項１０に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１２】
トランケートされたＣ末端ドメインが、６０個未満、５０個未満、４０個未満、３０個未満、２９個未満、２８個未満、２７個未満、２６個未満、２５個未満、２４個未満、２３個未満、２２個未満、２１個未満、または２０個未満のアミノ酸残基を含む、請求項１０に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１３】
ヌクレアーゼ切断ドメインが、ＦｏｋＩヌクレアーゼドメインであり、任意に、ＦｏｋＩヌクレアーゼドメインが配列番号２６〜３０で提供される配列を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１４】
ＴＡＬＥＮが単量体であり、任意に、ＴＡＬＥＮ単量体が、別のＴＡＬＥＮ単量体と二量体化してＴＡＬＥＮ二量体を形成することができ、任意に、ＴＡＬＥＮ二量体がヘテロ二量体である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１５】
ＴＡＬＥＮが、疾患または障害に関連することが知られている遺伝子内の標的配列に結合し、任意に、疾患がＨＩＶ／ＡＩＤＳまたは増殖性疾患である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１６】
ＴＡＬＥＮが、二量体化の際に標的配列を切断する、請求項１５に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１７】
ＴＡＬＥＮが、ＣＣＲ５標的配列、ＡＴＭ標的配列、またはＶＥＧＦＡ標的配列に結合する、請求項９〜１６のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１８】
請求項１〜１７のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮと、該ＴＡＬＥＮと共にヘテロ二量体を形成することができる異なるＴＡＬＥＮとを含む組成物であって、ここで該二量体がヌクレアーゼ活性を示す、前記組成物。
【請求項１９】
請求項１〜１７のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮまたは請求項１８に記載の組成物、および薬学的に許容し得る賦形剤を含む、医薬組成物であって、任意に、ＴＡＬＥＮが疾患または障害と関連することが知られている遺伝子内の標的配列に結合し、および前記組成物が疾患または障害に関連する症状を軽減するための有効量のＴＡＬＥＮを含む、前記医薬組成物。
【請求項２０】
医薬としての使用のための、請求項１〜１７のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ、請求項１８に記載の組成物、または請求項１９に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
核酸分子中の標的配列を切断するin vitroでの方法であって、標的配列を含む核酸分子を、ＴＡＬＥＮが標的配列に結合して標的配列を切断するのに好適な条件下で、標的配列に結合するＴＡＬＥＮと接触させることを含み、ここでＴＡＬＥＮが請求項１〜１７のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮであるか、またはここでＴＡＬＥＮが請求項１８に記載の組成物中もしくは請求項１９に記載の医薬組成物中に含まれており、任意に、標的配列が細胞に含まれている、前記方法。
【請求項２２】
操作されたＴＡＬＥＮを製造する方法であって、方法が、ａ）標準Ｎ末端ＴＡＬＥＮドメインおよび／または標準Ｃ末端ＴＡＬＥＮドメインをトランケートして、正に荷電した断片を除去すること；またはｂ）Ｎ末端ＴＡＬＥＮドメインおよび／またはＣ末端ＴＡＬＥＮドメインの少なくとも１つのアミノ酸を、生理的ｐＨで電荷を有さないかまたは負電荷を有するアミノ酸で置き換えること；したがって、減少した正味電荷のＮ末端ドメインおよび／またはＣ末端ドメインを有する、操作されたＴＡＬＥＮを生成すること、を含む、前記方法。
【請求項２３】
置き換えられる少なくとも１つのアミノ酸が、カチオン性アミノ酸または生理的ｐＨで正電荷を有するアミノ酸を含み、任意に、少なくとも１つのアミノ酸を置き換えるアミノ酸が、カチオン性アミノ酸または中性のアミノ酸である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
トランケートされたＮ末端ＴＡＬＥＮドメインおよび／またはトランケートされたＣ末端ＴＡＬＥＮドメインが、それぞれの標準ドメインの残基の９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、または２５％未満を含む、請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
トランケートされたＣ末端ドメインが、６０個未満、５０個未満、４０個未満、３０個未満、２９個未満、２８個未満、２７個未満、２６個未満、２５個未満、２４個未満、２３個未満、２２個未満、２１個未満、または２０個未満のアミノ酸残基を含む、請求項２２〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
標準Ｎ末端ＴＡＬＥＮドメインおよび／または標準Ｃ末端ＴＡＬＥＮドメインの少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、または少なくとも１５個のアミノ酸を、生理的ｐＨで電荷を有さないかまたは負電荷を有するアミノ酸で置き換えることを含む、請求項２２〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
置き換えられるアミノ酸が、アルギニン（Ｒ）またはリジン（Ｋ）であり、任意に、生理的ｐＨで電荷を有さないかまたは負電荷を有するアミノ酸が、グルタミン（Ｑ）またはグリシン（Ｇ）である、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも１つのリジンまたはアルギニン残基を、グルタミン残基で置き換えることを含む、請求項２２〜２７のいずれか一項に記載の方法。 
【請求項２９】
請求項１〜１７のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ、請求項１８に記載の組成物、または請求項１９に記載の医薬組成物を含む、キットであって、任意に、ＴＡＬＥＮを賦形剤と接触させて、核酸をＴＡＬＥＮと接触させるのに好適な組成物を生成するための、賦形剤および指示書を含む、前記キット。