【手続補正書】
【提出日】令和2年3月27日(2020.3.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項３】
請求項２に記載のビッグデータ解析方法であって、
前記クラスタ決定ステップでは、各サンプルにおいて、異なる変数値に対する定量値の類似性を判定することによりサンプル内で類似性の高い変数値を抽出し、サンプル間でその抽出された変数値の類似性に基づいて前記サンプルペアを探索することを特徴とするビッグデータ解析方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００３】
癌であるか否かの判定は、被検者から採取した生体組織の一部を専門の病理医が顕微鏡観察することによって行われる病理診断が一般的である。また、乳癌の場合、マイクロアレイを用いた遺伝子発現プロファイルを基に発見されたサブタイプを簡易的且つ近似的に臨床現場で判定するために、ＨＥＲ２（遺伝子タンパクの一種）、ＥＲ（エストロゲン受容体）、ＰｇＲ（プロゲステロン受容体）などに対する免疫染色法による陽性、陰性の判定結果の組み合わせに基づいて行われているのが現状である。しかしながら、例えば乳癌のようにサブタイプの種類が比較的少ない場合であっても、マイクロアレイの遺伝子発現プロファイルデータに基づく研究成果として発見されたサブタイプと臨床現場で用いられる免疫染色に基づいて判定されるサブタイプとは必ずしも一致しない。こうしたことから、バイオマーカーを用いた、より正確で客観的なサブタイプの判定手法が要望されている。  
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
【非特許文献１】「2011年第12回国際乳がん学会での乳癌サブタイプの定義と推奨される全身治療」、［online］、一般財団法人日本バプテスト連盟医療団日本バプテスト病院、［平成２８年１月１８日検索］、インターネット＜URL : http://www.jbh.or.jp/departments/geka/policy/nyugan_chiryo.html＞
【非特許文献２】「腎臓がん  種類と症状」、［online］、東京女子医科大学病院泌尿器科腎臓病総合医療センター、［平成２８年１月１８日検索］、インターネット＜URL : http://www.twmu.ac.jp/KC/Urology/disease/cancer/kidney/＞
【非特許文献３】ソーリエ（T. Sorlie）、ほか１６名、「ジーン・エクスプレッション・パターンズ・オブ・ブレスト・カーシノマス・ディスティングィッシュ・テューモ・サブクラシズ・ウィズ・クリニカル・インプリケイションズ（Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications）」、プロシーディングス・オブ・ザ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンス・オブ・ザ・ユナイテッド・ステーツ・オブ・アメリカ（Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America）、2001年9月11日、Vol.98、No.19、pp.10869-10874
【非特許文献４】ガーリンジャー（M. Gerlinger）、ほか、「イントラトゥーモ・ヘテロジーニティ・アンド・ブランチド・エボリューション・リビールド・バイ・マルチリージョン・シーケンシング（Intratumor Heterogeneity and Branched Evolution Revealed by Multiregion Sequencing）」、ザ・ニュー・イングランド・ジャーナル・オブ・メディシン(The New England Journal of Medicine）、2012年3月8日、Vol.366、No.10、pp.883-892
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
マーカー決定ステップでは、上述のように決定された複数のクラスタのそれぞれにおいて、そのクラスタを特徴付ける一又は複数の変数値がマーカーとして定められる。このマーカー決定ステップでは例えば、一つのクラスタに含まれるサンプルと該クラスタに含まれないサンプルとの間で同じ変数値に対する定量値についてｔ検定などの有意差検定を行い、その結果、例えばｔ検定で求まるｐ値、に基づいてマーカーを決定するとよい。有意差検定には、例えばウェルチ（Welch）のｔ検定、スチューデント（Student）のｔ検定、ウィルコクソン（Wilcoxon）の順位和検定などが利用可能である。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５９】
なお、上述したようにピーク間の相関係数を閾値に基づいて判断する場合、例えば次のようにして閾値を決めることができる。即ち、閾値を相関係数の最大値１から或る程度のステップ幅（例えば０．０５幅）で段階的に下げていきつつ、それぞれの閾値を用いた解析を実行する。より適切な閾値付近では、「少しだけ未検出のマーカーがある」、「マーカーがほぼ全て抽出できている」、「マーカーでないピークも少しだけ余計に抽出してしまっている」などの状態にある。いずれの場合でも、解析結果である「抽出クラスタ数」は等しく、「各クラスタのマーカー」も殆ど等しくなる。このように解析結果が安定するところを閾値とすればよい。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７３】
図６はコアクラスタの統合可能性を調べる処理の説明図である。この図６の例では、＃１、＃２、＃３という三つのコアクラスタではｐ１、ｐ２、ｐ３という三つのピークが共通している。したがって、これら三つのコアクラスタ＃１、＃２、＃３にはフラグが付加される。また、＃４、＃５という二つのコアクラスタではｐ４、ｐ５、ｐ６という三つのピークが共通しているから、これら二つのコアクラスタ＃４、＃５にも上記フラグとは別のフラグが付加される。一方、コアクラスタ＃６とコアクラスタ＃４、＃５とでは二つのピークｐ４、ｐ５が共通しているだけであるので上記条件に適合せず、フラグは付加されない。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８５】
具体的には、複数のクラスタに対する帰属確率のうちの一つが所定の閾値以上である場合には、その帰属確率を与えるクラスタに帰属していると結論付ければよい。また、帰属確率が所定の閾値以上であるクラスタが複数ある場合には、該当する複数のクラスタに帰属していると結論付ければよい。一方、複数のクラスタに対する帰属確率のうち所定の閾値以上となるものが一つもない場合には、該サンプルが本来この解析の対象でない誤って混じったサンプルである、或いはサンプルに対する測定の手法や条件等に誤りがある、等の理由が考えられるから、判定不能として結論付ければよい。また、帰属確率を判定する閾値を定めずに帰属確率が最大となるクラスタに帰属させるようにしてもよく、その場合には帰属している一つのクラスタを決定することができる。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０５】
また、ここでは、或るサブタイプの特異的ピークが別のサブタイプの特異的ピークを３個以上含み、且つそのような別のサブタイプが二種以上存在したときに、そのサブタイプを混合サブタイプであると判断している。図１１及び図１２では、サブタイプ[6]、[7]における特異的ピークのm/z値のあとの括弧（）内に、その特異的ピークを有する別のサブタイプの番号を記載してある。この結果を見ると、サブタイプ[6]はサブタイプ[1]とサブタイプ[3]の特異的ピークをそれぞれ３個以上有しているから、サブタイプ[6]はサブタイプ[1]とサブタイプ[3]との混合サブタイプであることが分かる。また同様に、サブタイプ[7]はサブタイプ[2]とサブタイプ[4]との混合サブタイプであることが分かる。これらはいずれも正答であり、単一サブタイプ、混合サブタイプのいずれとも正しく分類できていることが確認できる。さらにまた、ＣＣＤ法の結果、８個のサブタイプにそれぞれ振り分けられたサンプルが真に対応するサブタイプに属するサンプルであるのか否かを確認したが、その正答率は１００％、つまり、８００サンプル全てが適切に割り振られていることが確認できた。
【手続補正９】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１０】
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