【手続補正書】
【提出日】令和3年12月3日(2021.12.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする遺伝子の発現が減弱されている変異微生物であって、
前記変異微生物および対照微生物が同一条件下で培養されると、
ａ）対照微生物よりも少なくとも約２５％多く脂質を生成し、かつ／または
ｂ）前記対照微生物と比較して脂質への炭素分配の増加を呈する、前記変異微生物。
【請求項２】
（ｉ）前記ＧＡＦドメインが、ＧＡＦ２ドメインであり、任意で、
（ａ）前記ＧＡＦ２ドメインが、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の同一性を有する、もしくは、
（ｂ）前記ＧＡＦ２ドメインが、配列番号１で示されるアミノ酸配列またはその保存的バリアントを含む、
（ｉｉ）前記ポリペプチドが、配列番号２で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、
（ｉｉｉ）前記ポリペプチドが、配列番号２で示されるアミノ酸配列またはその保存的バリアントを含む、もしくは、
（ｉｖ）前記変異微生物が、不等毛類または藻類種におけるＮａｇａ＿１０００２０ｇ７９遺伝子座またはシンテニー遺伝子座の遺伝子に対する、またはその遺伝子の発現に影響を与える、１つ以上の変異を含み、任意で、
（ａ）前記変異微生物が、配列番号３に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の同一性を有するオープンリーディングフレームを含む遺伝子に対する変異、またはその発現に影響を与える変異を含む、
（ｂ）前記１つ以上の変異が、配列番号１もしくは配列番号２に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ／または配列番号３もしくは配列番号４に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームを含む、ポリペプチドをコードする核酸に存在するかまたはその発現に影響を与える、もしくは、
（ｃ）前記１つ以上の変異が、前記Ｎａｇａ＿１０００２０ｇ７９遺伝子座の前記遺伝子の前記ＧＡＦドメインにある、
請求項１に記載の変異微生物。
【請求項３】
前記対照微生物が野生型微生物である、および／もしくは、
前記変異微生物が、対照微生物よりも少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約１１０％、少なくとも約１２０％、少なくとも約１３０％、少なくとも約１４０％、少なくとも約１５０％、少なくとも約１６０％、少なくとも約１７０％、少なくとも約１８０％、少なくとも約１９０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２１０％、少なくとも約２２０％、少なくとも約２３０％、少なくとも約２４０％、または少なくとも約２５０％多く、脂肪酸メチルエステル誘導体化脂質（ＦＡＭＥ脂質）を生成し、任意で、
（ａ）前記変異微生物が、唯一の窒素源として硝酸塩を含む培養培地で培養すると、対照微生物よりも少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約１１０％、少なくとも約１２０％、少なくとも約１３０％、少なくとも約１４０％、少なくとも約１５０％、少なくとも約１６０％、少なくとも約１７０％、少なくとも約１８０％、少なくとも約１９０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２１０％、少なくとも約２２０％、少なくとも約２３０％、少なくとも約２４０％、または少なくとも約２５０％多く、脂肪酸メチルエステル誘導体化脂質（ＦＡＭＥ脂質）を生成する、および／もしくは、
（ｂ）前記変異微生物が藻類であり、光独立栄養条件下で培養すると、対照藻類よりも少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約１１０％、少なくとも約１２０％、少なくとも約１３０％、少なくとも約１４０％、少なくとも約１５０％、少なくとも約１６０％、少なくとも約１７０％、少なくとも約１８０％、少なくとも約１９０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２１０％、少なくとも約２２０％、少なくとも約２３０％、少なくとも約２４０％、または少なくとも約２５０％多く、ＦＡＭＥ脂質を生成する、および／もしくは、
（ｃ）前記微生物が、前記対照微生物よりも少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約１００％、少なくとも約１１０％、または少なくとも約１２０％多く、貯蔵脂質を生成し、任意で、前記貯蔵脂質が、トリアシルグリセロール（ＴＡＧ）である、
請求項１または２に記載の変異微生物。
【請求項４】
（ｉ）前記変異微生物が、前記対照微生物のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率よりも少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約１００％、少なくとも約１２０％、少なくとも約１４０％、少なくとも約１６０％、少なくとも約１８０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２２０％、少なくとも約２４０％、少なくとも約２６０％、少なくとも約２８０％、少なくとも約３００％、少なくとも約３２０％、少なくとも約３４０％、少なくとも約３６０％、少なくとも約３８０％、または少なくとも約４００％高い、ＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈し、任意で、前記変異微生物が、少なくとも約０．３５のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、および／もしくは、
（ｉｉ）脂質生産性が、バッチ、半連続、または連続生産性アッセイで決定される、もしくは、前記同一条件が、２ｍＭ未満のアンモニウムを含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含み、任意で、前記同一条件が、実質的に唯一の窒素源として硝酸塩を含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含む、および／もしくは、
（ｉｉｉ）前記同一条件が、前記対照微生物に対して栄養素が豊富な培地で、前記変異および対照微生物を培養することを含む、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の変異微生物。
【請求項５】
古典的に誘導された変異体または遺伝子操作された変異体である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の変異微生物。
【請求項６】
ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子に変異を有し、前記変異が、対照微生物における前記遺伝子の発現と比較して、ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子の発現の減少をもたらす、請求項５に記載の変異微生物。
【請求項７】
（ｉ）前記変異が、ノックダウン変異であり、任意で、前記ノックダウン変異が、Ｃａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムを使用して生成され、任意で、前記変異微生物が、前記遺伝子へのＣａｓ／ＣＲＩＳＰＲが媒介する挿入を含む、もしくは、
（ｉｉ）前記変異微生物が、ＧＡＦドメインを有する前記ポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子を標的とするＲＮＡｉ構築物、リボザイム構築物、またはアンチセンス構築物を含む、
請求項５に記載の変異微生物。
【請求項８】
前記変異微生物が、ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子にノックアウト変異を有し、
（ｉ）前記ノックアウト変異が、部位特異的相同組換えによって生成される、または、前記変異微生物が、前記遺伝子へのＣａｓ／ＣＲＩＳＰＲが媒介する挿入を含む、
（ｉｉ）前記ノックアウト変異が、部分的または完全な欠失、短縮、フレームシフト、または挿入変異によって前記遺伝子を破壊する、および／もしくは、
（ｉｉｉ）前記ノックアウト変異が、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）システム、および／またはＣａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムを使用して生成される、
請求項６に記載の変異微生物。
【請求項９】
前記変異微生物が、除草剤耐性、毒素耐性、向上した増殖特性、向上した光合成効率、向上した脂質生成もしくは蓄積、および／または特定の脂質の生成を与える、少なくとも１つの追加の遺伝子改変を含む、および／もしくは、前記変異微生物が、藻類または不等毛類種であり、任意で
（ｉ）前記変異微生物が、アクナンテス（Ａｃｈｎａｎｔｈｅｓ）、アンフィプロラ（Ａｍｐｈｉｐｒｏｒａ）、アンフォラ（Ａｍｐｈｏｒａ）、アンキストロデスムス（Ａｎｋｉｓｔｒｏｄｅｓｍｕｓ）、アステロモナス（Ａｓｔｅｒｏｍｏｎａｓ）、ベケロビア（Ｂｏｅｋｅｌｏｖｉａ）、ボリドモナス（Ｂｏｌｉｄｏｍｏｎａｓ）、ボロディネラ（Ｂｏｒｏｄｉｎｅｌｌａ）、ボトリディウム（Ｂｏｔｒｙｄｉｕｍ）、ボトリオコッカス（Ｂｏｔｒｙｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラクテオコッカス（Ｂｒａｃｔｅｏｃｏｃｃｕｓ）、キートケロス（Ｃｈａｅｔｏｃｅｒｏｓ）、カルテリア（Ｃａｒｔｅｒｉａ）、クラミドモナス（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ）、クロロコックム（Ｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｍ）、クロロゴニウム（Ｃｈｌｏｒｏｇｏｎｉｕｍ）、クロレラ（Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、クロオモナス（Ｃｈｒｏｏｍｏｎａｓ）、クリソスファエラ（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｈａｅｒａ）、クリコスファエラ（Ｃｒｉｃｏｓｐｈａｅｒａ）、クリプテコディニウム（Ｃｒｙｐｔｈｅｃｏｄｉｎｉｕｍ）、クリプトモナス（Ｃｒｙｐｔｏｍｏｎａｓ）、シクロテラ（Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ）、デスモデスムス（Ｄｅｓｍｏｄｅｓｍｕｓ）、ドナリエラ（Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ）、エリプソイドン（Ｅｌｉｐｓｏｉｄｏｎ）、エミリアニア（Ｅｍｉｌｉａｎｉａ）、エレモスファエラ（Ｅｒｅｍｏｓｐｈａｅｒａ）、エルノデスミウス（Ｅｒｎｏｄｅｓｍｉｕｓ）、ユーグレナ（Ｅｕｇｌｅｎａ）、ユースティグマトス（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｓ）、フランケイア（Ｆｒａｎｃｅｉａ）、フラギラリア（Ｆｒａｇｉｌａｒｉａ）、フラギラロプシス（Ｆｒａｇｉｌａｒｏｐｓｉｓ）、グロエオサムニオン（Ｇｌｏｅｏｔｈａｍｎｉｏｎ）、ヘマトコッカス（Ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ハンチア（Ｈａｎｔｚｓｃｈｉａ）、ヘテロシグマ（Ｈｅｔｅｒｏｓｉｇｍａ）、ハイメノモナス（Ｈｙｍｅｎｏｍｏｎａｓ）、イソクリシス（Ｉｓｏｃｈｒｙｓｉｓ）、レポシンクリス（Ｌｅｐｏｃｉｎｃｌｉｓ）、ミクラクチニウム（Ｍｉｃｒａｃｔｉｎｉｕｍ）、モノダス（Ｍｏｎｏｄｕｓ）、モノラフィディウム（Ｍｏｎｏｒａｐｈｉｄｉｕｍ）、ナノクロリス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ナンノクロロプシス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｏｐｓｉｓ）、ナビキュラ（Ｎａｖｉｃｕｌａ）、ネオクロリス（Ｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロクロリス（Ｎｅｐｈｒｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロセルミス（Ｎｅｐｈｒｏｓｅｌｍｉｓ）、ニッチア（Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ）、オクロモナス（Ｏｃｈｒｏｍｏｎａｓ）、オエドゴニウム（Ｏｅｄｏｇｏｎｉｕｍ）、オオキスティス（Ｏｏｃｙｓｔｉｓ）、オストレオコッカス（Ｏｓｔｒｅｏｃｏｃｃｕｓ）、パラクロレラ（Ｐａｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、パリエトクロリス（Ｐａｒｉｅｔｏｃｈｌｏｒｉｓ）、パスケリア（Ｐａｓｃｈｅｒｉａ）、パブロバ（Ｐａｖｌｏｖａ）、ペラゴモナス（Ｐｅｌａｇｏｍｏｎａｓ）、フェオダクチラム（Ｐｈａｅｏｄａｃｔｙｌｕｍ）、ファグス（Ｐｈａｇｕｓ）、ピコクロラム（Ｐｉｃｏｃｈｌｏｒｕｍ）、プラチモナス（Ｐｌａｔｙｍｏｎａｓ）、プレウロクリシス（Ｐｌｅｕｒｏｃｈｒｙｓｉｓ）、プレウロコッカス（Ｐｌｅｕｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プロトテカ（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードクロレラ（Ｐｓｅｕｄｏｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、シュードネオクロリス（Ｐｓｅｕｄｏｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、シュードスタウラストラム（Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｕｒａｓｔｒｕｍ）、ピラミモナス（Ｐｙｒａｍｉｍｏｎａｓ）、ピロボトリス（Ｐｙｒｏｂｏｔｒｙｓ）、セネデスムス（Ｓｃｅｎｅｄｅｓｍｕｓ）、シゾクラミデラ（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｌａｍｙｄｅｌｌａ）、スケレトネマ（Ｓｋｅｌｅｔｏｎｅｍａ）、アオミドロ（Ｓｐｙｒｏｇｙｒａ）、スチココッカス（Ｓｔｉｃｈｏｃｏｃｃｕｓ）、テトラクロレラ（Ｔｅｔｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、テトラセルミス（Ｔｅｔｒａｓｅｌｍｉｓ）、タラシオシーラ（Ｔｈａｌａｓｓｉｏｓｉｒａ）、トリボネマ（Ｔｒｉｂｏｎｅｍａ）、フシナシミドロ（Ｖａｕｃｈｅｒｉａ）、ビリジエラ（Ｖｉｒｉｄｉｅｌｌａ）、ビスケリア（Ｖｉｓｃｈｅｒｉａ）、およびボルボックス（Ｖｏｌｖｏｘ）からなる群から選択される藻類種である、
（ｉｉ）前記変異微生物が、珪藻類（ｂａｃｉｌｌａｒｉｏｐｈｙｔｅｓ）、真正眼点藻（ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｐｈｙｔｅｓ）、黄緑色藻類（ｘａｎｔｈｏｐｈｙｔｅｓ）、褐藻類（ｐｈａｅｏｐｈｙｔｅｓ）、黄金色藻（ｃｈｒｙｓｏｐｈｙｔｅｓ）、またはラフィド藻（ｒａｐｈｉｄｏｐｈｙｔｅｓ）からなる群から選択される不等毛類である、
（ｉｉｉ）前記変異微生物が、ラビリンチュラ（Ｌａｂｒｙｉｎｔｈｕｌａ）、ラビリンチュロイド（Ｌａｂｒｙｉｎｔｈｕｌｏｉｄｅｓ）、スラウストキトリウム（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、シゾキトリウム（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、アプラノキトリウム（Ａｐｌａｎｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、オーランチオキトリウム（Ａｕｒａｎｔｉｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、オブロンギキトリウム（Ｏｂｌｏｎｇｉｃｈｙｔｒｉｕｍ）、ジャポノキトリウム（Ｊａｐｏｎｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、ディプロフリス（Ｄｉｐｌｏｐｈｒｙｓ）、またはウルケニア（Ｕｌｋｅｎｉａ）のラビリンチュラ類（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｉｔｅ）種からなる群から選択される不等毛類である、もしくは、
（ｉｖ）前記変異微生物が、不等毛類藻類であり、任意で
（ａ）前記変異微生物が、真正眼点藻（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｐｈｙｔｅ）であり、任意で、前記変異微生物が、クロリデラ（Ｃｈｌｏｒｉｄｅｌｌａ）、クロロブプトリス（Ｃｈｌｏｒｏｂｐｔｒｙｓ）、エリプソイディオン（Ｅｌｌｉｐｓｏｉｄｉｏｎ）、ユースティグマトス（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｓ）、ゴニオクロリス（Ｇｏｎｉｏｃｈｌｏｒｉｓ）、モノドプシス（Ｍｏｎｏｄｏｐｓｉｓ）、モノダス（Ｍｏｎｏｄｕｓ）、ナンノクロロプシス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｏｐｓｉｓ）、シュードカラシオプシス（Ｐｓｅｕｄｏｃｈａｒａｃｉｏｐｓｉｓ）、シュードスタルアストルム（Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｒｕａｓｔｒｕｍ）、シュードテトラエドリエラ（Ｐｓｅｕｄｏｔｅｔｒａｅｄｒｉｅｌｌａ）、およびビスケリア（Ｖｉｓｃｈｅｒｉａ）からなる群から選択される属の種である、もしくは、
（ｂ）前記変異微生物が、珪藻類（Ｂａｃｉｌｌｉａｒｏｐｈｙｔｅ）であり、任意で前記変異微生物が、アンフォラ（Ａｍｐｈｏｒａ）、キートケロス（Ｃｈａｅｔｏｃｅｒｏｓ）、シクロテラ（Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ）、フラギラリア（Ｆｒａｇｉｌａｒｉａ）、フラギラロプシス（Ｆｒａｇｉｌａｒｏｐｓｉｓ）、ハンチア（Ｈａｎｔｚｓｃｈｉａ）、ナビキュラ（Ｎａｖｉｃｕｌａ）、ニッチア（Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ）、フェオダクチラム（Ｐｈａｅｏｄａｃｔｙｌｕｍ）、およびタラシオシーラ（Ｔｈａｌａｓｓｉｏｓｉｒａ）からなる群から選択される属の種である、
請求項１〜８のいずれか一項に記載の変異微生物。
【請求項１０】
脂質を生成するために、請求項１〜９のいずれか一項に記載の変異微生物を培養培地で培養する工程を含む、脂質の生成方法であって、任意で、
（ｉ）前記微生物、前記培養培地、またはそれらの両方から脂質を単離する工程をさらに含む、および／もしくは、
（ｉｉ）前記微生物が、バッチ、連続、または半連続培養条件を使用して培養される、および／もしくは、
（ｉｉｉ）前記微生物が藻類であり、前記培養工程が光独立栄養条件下である、もしくは、前記微生物がラビリンチュラ類（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｉｔｅ）であり、前記培養工程が従属栄養条件下である、および／もしくは、
（ｉｖ）前記微生物がフォトバイオリアクターまたは発酵槽で培養される、もしくは、前記微生物が、池、運河、海上の増殖容器、壕、水路、または水管で増殖される、
方法。
【請求項１１】
ＣＲＩＳＰＲシステムのガイドＲＮＡであって、配列番号４に対応する配列を含み、任意で、
キメラガイドである、もしくは、
ｔｒａｃｒ配列を含まない、前記ガイドＲＮＡ。
【請求項１２】
配列番号１もしくは配列番号２に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する藻類遺伝子、前記Ｎａｇａ＿１０００２０ｇ７９遺伝子座に局在する遺伝子、ならびに／または配列番号３および／もしくは配列番号４に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有する配列を含むＯＲＦを含む遺伝子、からの、またはそれに隣接するヌクレオチド配列を含む、相同組換えのための核酸構築物。
【請求項１３】
配列番号１もしくは配列番号２に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する遺伝子、前記Ｎａｇａ＿１０００２０ｇ７９遺伝子座に局在する遺伝子、ならびに／または配列番号３および／もしくは配列番号４に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有する配列を含むＯＲＦを含む遺伝子、の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、またはリボザイムの発現のための、核酸構築物。
【請求項１４】
ガイドＲＮＡが、配列番号１もしくは配列番号２に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する藻類遺伝子、前記Ｎａｇａ＿１０００２０ｇ７９遺伝子座に局在する遺伝子、および／または配列番号３に対して少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％の同一性を有する配列を含むＯＲＦを含む遺伝子、の少なくとも一部分を含む、ＣＲＩＳＰＲシステムのガイドＲＮＡをコードする核酸分子。
【請求項１５】
ＧＡＦドメインを含むポリペプチドの発現を減弱させる、１つ以上の変異および／または１つ以上の作用物質を前記微生物に導入する工程を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の変異微生物を生成するための方法であって、任意で、
前記１つ以上の変異が、配列番号１および／もしくは配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチド、前記Ｎａｇａ＿１０００２０ｇ７９遺伝子座に局在する遺伝子、または配列番号３の前記ヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームを含む遺伝子、の発現に影響を与え、任意で、
前記１つ以上の作用物質が、アンチセンスＲＮＡ、ＲＮＡｉ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、リボザイム、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、Ｃａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムの構成要素、および／または転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）システムの構成要素からなる群から選択される、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
[本発明1001]
ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする遺伝子の発現が減弱されている変異微生物であって、
前記変異微生物および対照微生物が同一条件下で培養されると、
ａ）対照微生物よりも少なくとも約25％多く脂質を生成し、かつ／または
ｂ）前記対照微生物と比較して脂質への炭素分配の増加を呈する、前記変異微生物。
[本発明1002]
前記ＧＡＦドメインが、ＧＡＦ2ドメインである、本発明1001の変異微生物。
[本発明1003]
前記ＧＡＦ2ドメインが、配列番号1で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、または少なくとも約99％の同一性を有する、本発明1002の変異微生物。
[本発明1004]
前記ＧＡＦ2ドメインが、配列番号1で示されるアミノ酸配列またはその保存的バリアントを含む、本発明1002の変異微生物。
[本発明1005]
前記ポリペプチドが、配列番号2で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、または少なくとも約99％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1006]
前記ポリペプチドが、配列番号2で示されるアミノ酸配列またはその保存的バリアントを含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1007]
不等毛類または藻類種におけるＮａｇａ＿100020ｇ79遺伝子座またはシンテニー遺伝子座の遺伝子に対する、またはその遺伝子の発現に影響を与える、1つ以上の変異を含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1008]
配列番号3に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、または少なくとも約99％の同一性を有するオープンリーディングフレームを含む遺伝子に対する変異、またはその発現に影響を与える変異を含む、本発明1007の変異微生物。
[本発明1009]
前記1つ以上の変異が、配列番号1もしくは配列番号2に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ／または配列番号3もしくは配列番号4に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームを含む、ポリペプチドをコードする核酸に存在するかまたはその発現に影響を与える、本発明1007の変異微生物。
[本発明1010]
前記1つ以上の変異が、前記Ｎａｇａ＿100020ｇ79遺伝子座の前記遺伝子の前記ＧＡＦドメインにある、本発明1007の変異微生物。
[本発明1011]
前記対照微生物が野生型微生物である、本発明1001〜1010のいずれかの変異微生物。
[本発明1012]
対照微生物よりも少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約100％、少なくとも約110％、少なくとも約120％、少なくとも約130％、少なくとも約140％、少なくとも約150％、少なくとも約160％、少なくとも約170％、少なくとも約180％、少なくとも約190％、少なくとも約200％、少なくとも約210％、少なくとも約220％、少なくとも約230％、少なくとも約240％、または少なくとも約250％多く、脂肪酸メチルエステル誘導体化脂質（ＦＡＭＥ脂質）を生成する、本発明1001〜1011のいずれかの変異微生物。
[本発明1013]
唯一の窒素源として硝酸塩を含む培養培地で培養すると、対照微生物よりも少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約100％、少なくとも約110％、少なくとも約120％、少なくとも約130％、少なくとも約140％、少なくとも約150％、少なくとも約160％、少なくとも約170％、少なくとも約180％、少なくとも約190％、少なくとも約200％、少なくとも約210％、少なくとも約220％、少なくとも約230％、少なくとも約240％、または少なくとも約250％多く、脂肪酸メチルエステル誘導体化脂質（ＦＡＭＥ脂質）を生成する、本発明1012の変異微生物。
[本発明1014]
藻類であり、光独立栄養条件下で培養すると、対照藻類よりも少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約100％、少なくとも約110％、少なくとも約120％、少なくとも約130％、少なくとも約140％、少なくとも約150％、少なくとも約160％、少なくとも約170％、少なくとも約180％、少なくとも約190％、少なくとも約200％、少なくとも約210％、少なくとも約220％、少なくとも約230％、少なくとも約240％、または少なくとも約250％多く、ＦＡＭＥ脂質を生成する、本発明1012または1013の変異微生物。
[本発明1015]
前記微生物が、前記対照微生物よりも少なくとも約15％、少なくとも約20％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約100％、少なくとも約110％、または少なくとも約120％多く、貯蔵脂質を生成する、本発明1012〜1014のいずれかの変異微生物。
[本発明1016]
前記貯蔵脂質が、トリアシルグリセロール（ＴＡＧ）である、本発明1015の変異微生物。
[本発明1017]
前記対照微生物のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率よりも少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、少なくとも約90％、少なくとも約100％、少なくとも約120％、少なくとも約140％、少なくとも約160％、少なくとも約180％、少なくとも約200％、少なくとも約220％、少なくとも約240％、少なくとも約260％、少なくとも約280％、少なくとも約300％、少なくとも約320％、少なくとも約340％、少なくとも約360％、少なくとも約380％、または少なくとも約400％高い、ＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、本発明1001〜1016のいずれかの変異微生物。
[本発明1018]
少なくとも約0．35のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、本発明1017の変異微生物。
[本発明1019]
脂質生産性が、バッチ、半連続、または連続生産性アッセイで決定される、本発明1001〜1018のいずれかの変異微生物。
[本発明1020]
前記同一条件が、2ｍＭ未満のアンモニウムを含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含む、本発明1001〜1018のいずれかの変異微生物。
[本発明1021]
前記同一条件が、実質的に唯一の窒素源として硝酸塩を含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含む、本発明1020の変異微生物。
[本発明1022]
前記同一条件が、前記対照微生物に対して栄養素が豊富な培地で、前記変異および対照微生物を培養することを含む、本発明1001〜1021のいずれかの変異微生物。
[本発明1023]
古典的に誘導された変異体または遺伝子操作された変異体である、本発明1001〜1022のいずれかの変異微生物。
[本発明1024]
ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子に変異を有し、前記変異が、対照微生物における前記遺伝子の発現と比較して、ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子の発現の減少をもたらす、本発明1023の変異微生物。
[本発明1025]
前記変異が、ノックダウン変異である、本発明1023の変異微生物。
[本発明1026]
前記ノックダウン変異が、Ｃａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムを使用して生成される、本発明1025の変異微生物。
[本発明1027]
ＧＡＦドメインを有する前記ポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子を標的とするＲＮＡｉ構築物、リボザイム構築物、またはアンチセンス構築物を含む、本発明1023の変異微生物。
[本発明1028]
ＧＡＦドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子にノックアウト変異を有する、本発明1024の変異微生物。
[本発明1029]
前記ノックアウト変異が、部位特異的相同組換えによって生成される、本発明1028の変異微生物。
[本発明1030]
前記ノックアウト変異が、部分的または完全な欠失、短縮、フレームシフト、または挿入変異によって前記遺伝子を破壊する、本発明1028または1029の変異微生物。
[本発明1031]
前記ノックアウト変異が、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）システム、および／またはＣａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムを使用して生成される、本発明1028〜1030のいずれかの変異微生物。
[本発明1032]
前記遺伝子へのＣａｓ／ＣＲＩＳＰＲが媒介する挿入を含む、本発明1026、1028、1030、または1031のいずれかの変異微生物。
[本発明1033]
除草剤耐性、毒素耐性、向上した増殖特性、向上した光合成効率、向上した脂質生成もしくは蓄積、および／または特定の脂質の生成を与える、少なくとも1つの追加の遺伝子改変を含む、本発明1001〜1032のいずれかの変異微生物。
[本発明1034]
藻類または不等毛類種である、本発明1001〜1033のいずれかの変異微生物。
[本発明1035]
アクナンテス（Ａｃｈｎａｎｔｈｅｓ）、アンフィプロラ（Ａｍｐｈｉｐｒｏｒａ）、アンフォラ（Ａｍｐｈｏｒａ）、アンキストロデスムス（Ａｎｋｉｓｔｒｏｄｅｓｍｕｓ）、アステロモナス（Ａｓｔｅｒｏｍｏｎａｓ）、ベケロビア（Ｂｏｅｋｅｌｏｖｉａ）、ボリドモナス（Ｂｏｌｉｄｏｍｏｎａｓ）、ボロディネラ（Ｂｏｒｏｄｉｎｅｌｌａ）、ボトリディウム（Ｂｏｔｒｙｄｉｕｍ）、ボトリオコッカス（Ｂｏｔｒｙｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラクテオコッカス（Ｂｒａｃｔｅｏｃｏｃｃｕｓ）、キートケロス（Ｃｈａｅｔｏｃｅｒｏｓ）、カルテリア（Ｃａｒｔｅｒｉａ）、クラミドモナス（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ）、クロロコックム（Ｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｍ）、クロロゴニウム（Ｃｈｌｏｒｏｇｏｎｉｕｍ）、クロレラ（Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、クロオモナス（Ｃｈｒｏｏｍｏｎａｓ）、クリソスファエラ（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｈａｅｒａ）、クリコスファエラ（Ｃｒｉｃｏｓｐｈａｅｒａ）、クリプテコディニウム（Ｃｒｙｐｔｈｅｃｏｄｉｎｉｕｍ）、クリプトモナス（Ｃｒｙｐｔｏｍｏｎａｓ）、シクロテラ（Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ）、デスモデスムス（Ｄｅｓｍｏｄｅｓｍｕｓ）、ドナリエラ（Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ）、エリプソイドン（Ｅｌｉｐｓｏｉｄｏｎ）、エミリアニア（Ｅｍｉｌｉａｎｉａ）、エレモスファエラ（Ｅｒｅｍｏｓｐｈａｅｒａ）、エルノデスミウス（Ｅｒｎｏｄｅｓｍｉｕｓ）、ユーグレナ（Ｅｕｇｌｅｎａ）、ユースティグマトス（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｓ）、フランケイア（Ｆｒａｎｃｅｉａ）、フラギラリア（Ｆｒａｇｉｌａｒｉａ）、フラギラロプシス（Ｆｒａｇｉｌａｒｏｐｓｉｓ）、グロエオサムニオン（Ｇｌｏｅｏｔｈａｍｎｉｏｎ）、ヘマトコッカス（Ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ハンチア（Ｈａｎｔｚｓｃｈｉａ）、ヘテロシグマ（Ｈｅｔｅｒｏｓｉｇｍａ）、ハイメノモナス（Ｈｙｍｅｎｏｍｏｎａｓ）、イソクリシス（Ｉｓｏｃｈｒｙｓｉｓ）、レポシンクリス（Ｌｅｐｏｃｉｎｃｌｉｓ）、ミクラクチニウム（Ｍｉｃｒａｃｔｉｎｉｕｍ）、モノダス（Ｍｏｎｏｄｕｓ）、モノラフィディウム（Ｍｏｎｏｒａｐｈｉｄｉｕｍ）、ナノクロリス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ナンノクロロプシス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｏｐｓｉｓ）、ナビキュラ（Ｎａｖｉｃｕｌａ）、ネオクロリス（Ｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロクロリス（Ｎｅｐｈｒｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロセルミス（Ｎｅｐｈｒｏｓｅｌｍｉｓ）、ニッチア（Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ）、オクロモナス（Ｏｃｈｒｏｍｏｎａｓ）、オエドゴニウム（Ｏｅｄｏｇｏｎｉｕｍ）、オオキスティス（Ｏｏｃｙｓｔｉｓ）、オストレオコッカス（Ｏｓｔｒｅｏｃｏｃｃｕｓ）、パラクロレラ（Ｐａｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、パリエトクロリス（Ｐａｒｉｅｔｏｃｈｌｏｒｉｓ）、パスケリア（Ｐａｓｃｈｅｒｉａ）、パブロバ（Ｐａｖｌｏｖａ）、ペラゴモナス（Ｐｅｌａｇｏｍｏｎａｓ）、フェオダクチラム（Ｐｈａｅｏｄａｃｔｙｌｕｍ）、ファグス（Ｐｈａｇｕｓ）、ピコクロラム（Ｐｉｃｏｃｈｌｏｒｕｍ）、プラチモナス（Ｐｌａｔｙｍｏｎａｓ）、プレウロクリシス（Ｐｌｅｕｒｏｃｈｒｙｓｉｓ）、プレウロコッカス（Ｐｌｅｕｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プロトテカ（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードクロレラ（Ｐｓｅｕｄｏｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、シュードネオクロリス（Ｐｓｅｕｄｏｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、シュードスタウラストラム（Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｕｒａｓｔｒｕｍ）、ピラミモナス（Ｐｙｒａｍｉｍｏｎａｓ）、ピロボトリス（Ｐｙｒｏｂｏｔｒｙｓ）、セネデスムス（Ｓｃｅｎｅｄｅｓｍｕｓ）、シゾクラミデラ（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｌａｍｙｄｅｌｌａ）、スケレトネマ（Ｓｋｅｌｅｔｏｎｅｍａ）、アオミドロ（Ｓｐｙｒｏｇｙｒａ）、スチココッカス（Ｓｔｉｃｈｏｃｏｃｃｕｓ）、テトラクロレラ（Ｔｅｔｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、テトラセルミス（Ｔｅｔｒａｓｅｌｍｉｓ）、タラシオシーラ（Ｔｈａｌａｓｓｉｏｓｉｒａ）、トリボネマ（Ｔｒｉｂｏｎｅｍａ）、フシナシミドロ（Ｖａｕｃｈｅｒｉａ）、ビリジエラ（Ｖｉｒｉｄｉｅｌｌａ）、ビスケリア（Ｖｉｓｃｈｅｒｉａ）、およびボルボックス（Ｖｏｌｖｏｘ）からなる群から選択される藻類種である、本発明1034の変異微生物。
[本発明1036]
珪藻類（ｂａｃｉｌｌａｒｉｏｐｈｙｔｅｓ）、真正眼点藻（ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｐｈｙｔｅｓ）、黄緑色藻類（ｘａｎｔｈｏｐｈｙｔｅｓ）、褐藻類（ｐｈａｅｏｐｈｙｔｅｓ）、黄金色藻（ｃｈｒｙｓｏｐｈｙｔｅｓ）、またはラフィド藻（ｒａｐｈｉｄｏｐｈｙｔｅｓ）からなる群から選択される不等毛類である、本発明1034の変異微生物。
[本発明1037]
ラビリンチュラ（Ｌａｂｒｙｉｎｔｈｕｌａ）、ラビリンチュロイド（Ｌａｂｒｙｉｎｔｈｕｌｏｉｄｅｓ）、スラウストキトリウム（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、シゾキトリウム（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、アプラノキトリウム（Ａｐｌａｎｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、オーランチオキトリウム（Ａｕｒａｎｔｉｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、オブロンギキトリウム（Ｏｂｌｏｎｇｉｃｈｙｔｒｉｕｍ）、ジャポノキトリウム（Ｊａｐｏｎｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、ディプロフリス（Ｄｉｐｌｏｐｈｒｙｓ）、またはウルケニア（Ｕｌｋｅｎｉａ）のラビリンチュラ類（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｉｔｅ）種からなる群から選択される不等毛類である、本発明1034の変異微生物。
[本発明1038]
不等毛類藻類である、本発明1034の変異微生物。
[本発明1039]
真正眼点藻（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｐｈｙｔｅ）である、本発明1038の変異微生物。
[本発明1040]
クロリデラ（Ｃｈｌｏｒｉｄｅｌｌａ）、クロロブプトリス（Ｃｈｌｏｒｏｂｐｔｒｙｓ）、エリプソイディオン（Ｅｌｌｉｐｓｏｉｄｉｏｎ）、ユースティグマトス（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｓ）、ゴニオクロリス（Ｇｏｎｉｏｃｈｌｏｒｉｓ）、モノドプシス（Ｍｏｎｏｄｏｐｓｉｓ）、モノダス（Ｍｏｎｏｄｕｓ）、ナンノクロロプシス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｏｐｓｉｓ）、シュードカラシオプシス（Ｐｓｅｕｄｏｃｈａｒａｃｉｏｐｓｉｓ）、シュードスタルアストルム（Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｒｕａｓｔｒｕｍ）、シュードテトラエドリエラ（Ｐｓｅｕｄｏｔｅｔｒａｅｄｒｉｅｌｌａ）、およびビスケリア（Ｖｉｓｃｈｅｒｉａ）からなる群から選択される属の種である、本発明1039の変異微生物。
[本発明1041]
珪藻類（Ｂａｃｉｌｌｉａｒｏｐｈｙｔｅ）である、本発明1038の変異微生物。
[本発明1042]
アンフォラ（Ａｍｐｈｏｒａ）、キートケロス（Ｃｈａｅｔｏｃｅｒｏｓ）、シクロテラ（Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ）、フラギラリア（Ｆｒａｇｉｌａｒｉａ）、フラギラロプシス（Ｆｒａｇｉｌａｒｏｐｓｉｓ）、ハンチア（Ｈａｎｔｚｓｃｈｉａ）、ナビキュラ（Ｎａｖｉｃｕｌａ）、ニッチア（Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ）、フェオダクチラム（Ｐｈａｅｏｄａｃｔｙｌｕｍ）、およびタラシオシーラ（Ｔｈａｌａｓｓｉｏｓｉｒａ）からなる群から選択される属の種である、本発明1041の変異微生物。
[本発明1043]
脂質を生成するために、本発明1001〜1042のいずれかの変異微生物を培養培地で培養する工程
を含む、脂質の生成方法。
[本発明1044]
前記微生物、前記培養培地、またはそれらの両方から脂質を単離する工程をさらに含む、本発明1043の方法。
[本発明1045]
前記微生物が、バッチ、連続、または半連続培養条件を使用して培養される、本発明1043または1044の方法。
[本発明1046]
前記微生物が藻類であり、前記培養工程が光独立栄養条件下である、本発明1043〜1045のいずれかの方法。
[本発明1047]
前記微生物がラビリンチュラ類（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｉｔｅ）であり、前記培養工程が従属栄養条件下である、本発明1043〜1045のいずれかの方法。
[本発明1048]
前記微生物がフォトバイオリアクターまたは発酵槽で培養される、本発明1043〜1047のいずれかの方法。
[本発明1049]
前記微生物が、池、運河、海上の増殖容器、壕、水路、または水管で増殖される、本発明1043〜1047のいずれかの方法。
[本発明1050]
ＣＲＩＳＰＲシステムのガイドＲＮＡであって、配列番号4に対応する配列を含む、前記ガイドＲＮＡ。
[本発明1051]
キメラガイドである、本発明1050のガイドＲＮＡ。
[本発明1052]
ｔｒａｃｒ配列を含まない、本発明1050のガイドＲＮＡ。
[本発明1053]
配列番号1もしくは配列番号2に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する藻類遺伝子、前記Ｎａｇａ＿100020ｇ79遺伝子座に局在する遺伝子、ならびに／または配列番号3および／もしくは配列番号4に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有する配列を含むＯＲＦを含む遺伝子、からの、またはそれに隣接するヌクレオチド配列を含む、相同組換えのための核酸構築物。
[本発明1054]
配列番号1もしくは配列番号2に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する遺伝子、前記Ｎａｇａ＿100020ｇ79遺伝子座に局在する遺伝子、ならびに／または配列番号3および／もしくは配列番号4に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有する配列を含むＯＲＦを含む遺伝子、の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、またはリボザイムの発現のための、核酸構築物。
[本発明1055]
ガイドＲＮＡが、配列番号1もしくは配列番号2に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する藻類遺伝子、前記Ｎａｇａ＿100020ｇ79遺伝子座に局在する遺伝子、および／または配列番号3に対して少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、もしくは少なくとも約99％の同一性を有する配列を含むＯＲＦを含む遺伝子、の少なくとも一部分を含む、ＣＲＩＳＰＲシステムのガイドＲＮＡをコードする核酸分子。
[本発明1056]
ＧＡＦドメインを含むポリペプチドの発現を減弱させる、1つ以上の変異および／または1つ以上の作用物質を前記微生物に導入する工程を含む、本発明1001〜1042のいずれかの変異微生物を生成するための方法。
[本発明1057]
前記1つ以上の変異が、配列番号1および／もしくは配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチド、前記Ｎａｇａ＿100020ｇ79遺伝子座に局在する遺伝子、または配列番号3の前記ヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームを含む遺伝子、の発現に影響を与える、本発明1056の方法。
[本発明1058]
前記1つ以上の作用物質が、アンチセンスＲＮＡ、ＲＮＡｉ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、リボザイム、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、Ｃａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムの構成要素、および／または転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）システムの構成要素からなる群から選択される、本発明1057の方法。
本発明のこれらおよび他の目的および特色は、添付の図面と併せて本発明の次の詳細な説明を閲読すると、より完全に明らかになるであろう。