【手続補正書】
【提出日】令和3年11月17日(2021.11.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
新生抗原ワクチン用のカセット配列を同定する方法であって、
（Ａ）
患者について、対象の腫瘍細胞及び正常細胞に由来するエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、前記腫瘍細胞由来のヌクレオチドシークエンシングデータと、前記正常細胞由来のヌクレオチドシークエンシングデータとを比較することにより同定される新生抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために使用され、各新生抗原のペプチド配列が、前記ペプチド配列を前記対象の正常細胞から同定された対応する野生型親ペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を含み、かつ、前記ペプチド配列を構成する複数のアミノ酸と、前記ペプチド配列内のアミノ酸の位置のセットとに関する情報を含む、前記取得する工程；
新生抗原のセットについての数値的提示尤度のセットを生成するために、コンピュータプロセッサを使用して前記新生抗原のペプチド配列を機械学習提示モデルに入力する工程であって、前記セットの内の各提示尤度が、対応する新生抗原が前記対象の腫瘍細胞の表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される尤度を表し、前記機械学習提示モデルが、
試料のセット内の各試料について、前記試料中に存在するとして同定されたＭＨＣアレルのセット内の少なくとも１つのＭＨＣアレルに結合したペプチドの存在を測定する質量分析で得たラベル、
前記試料のそれぞれについて、訓練ペプチド配列を構成する複数のアミノ酸と、前記訓練ペプチド配列内のアミノ酸の位置のセットとに関する情報を含む訓練ペプチド配列、及び
入力として受け取った新生抗原のペプチド配列と、出力として生成した提示尤度との間の関係を表す関数
を含む訓練データセットに少なくとも基づいて同定される複数のパラメーターを含む、前記入力する工程；
前記対象について、新生抗原のセットから新生抗原の治療用サブセットを同定する工程であって、前記新生抗原の治療用サブセットが、所定の閾値を超える提示尤度を有する所定の個数の新生抗原に対応している、前記同定する工程；及び
前記対象について、新生抗原の治療用サブセットにおいて対応する新生抗原のペプチド配列をそれぞれが含んでいる連結された複数の治療用エピトープの配列を含むカセット配列を同定する工程であって、前記カセット配列が、治療用エピトープの１つ以上の隣接ペアの間の対応するジャンクションにわたる１つ以上のジャンクションエピトープの提示に基づいて同定される、前記同定する工程
を含むか；または
（Ｂ）
患者について、対象の腫瘍細胞及び正常細胞に由来するエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得する工程であって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、前記腫瘍細胞由来のヌクレオチドシークエンシングデータと、前記正常細胞由来のヌクレオチドシークエンシングデータとを比較することにより同定される新生抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために使用され、各新生抗原のペプチド配列が、前記ペプチド配列を前記対象の正常細胞から同定された対応する野生型親ペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を含み、かつ、前記ペプチド配列を構成する複数のアミノ酸と、前記ペプチド配列内のアミノ酸の位置のセットとに関する情報を含む、前記取得する工程；
前記対象について、新生抗原のセットから新生抗原の治療用サブセットを同定する工程；及び
前記対象について、新生抗原の治療用サブセットにおいて対応する新生抗原のペプチド配列をそれぞれが含んでいる連結された複数の治療用エピトープの配列を含むカセット配列を同定する工程であって、前記カセット配列が、治療用エピトープの１つ以上の隣接ペアの間の対応するジャンクションにわたる１つ以上のジャンクションエピトープの提示に基づいて同定される、前記同定する工程
を含むか；または
（Ｃ）
複数の対象を治療するための、共有抗原の治療用サブセットまたは共有新生抗原の治療用サブセットのためのペプチド配列を取得する工程であって、所定の個数のペプチド配列に対応する前記治療用サブセットが、所定の閾値を超える提示尤度を有する、前記取得する工程；及び
共有抗原の治療用サブセットまたは共有新生抗原の治療用サブセットにおける対応するペプチド配列をそれぞれが含む連結された複数の治療用エピトープの配列を含む前記カセット配列を同定する工程
を含み、
前記カセット配列を同定する工程が、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、治療用エピトープの順序づけられたペアの間のジャンクションにわたるジャンクションエピトープのセットを決定すること；及び、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、前記順序づけられたペアについてのジャンクションエピトープのセットの提示を示す距離メトリックを決定することであって、前記距離メトリックが、対応するＭＨＣアレルの有病率をそれぞれが示す重みのセットと、前記ＭＨＣアレル上でのジャンクションエピトープのセットの提示尤度を示す対応するサブ距離メトリックとの組み合わせとして決定される、前記決定すること
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記１つ以上のジャンクションエピトープの提示が、
（ａ）前記１つ以上のジャンクションエピトープの配列を前記機械学習提示モデルに入力することにより生成される提示尤度；
（ｂ）１つ以上のジャンクションエピトープと、対象の前記１つ以上のＭＨＣアレルとの間の結合親和性予測；または
（ｃ）前記１つ以上のジャンクションエピトープの結合安定性予測
に基づいて決定される、請求項１（Ａ）に記載の方法。
【請求項３】
（ａ）前記１つ以上のジャンクションエピトープが、第１の治療用エピトープの配列及び前記第１の治療用エピトープの後に連結された第２の治療用エピトープの配列と重複するジャンクションエピトープを含む；または
（ｂ）リンカー配列が、第１の治療用エピトープと、前記第１の治療用エピトープの後に連結された第２の治療用エピトープとの間に配置され、かつ、前記１つ以上のジャンクションエピトープが、前記リンカー配列と重複するジャンクションエピトープを含む、
請求項１（Ａ）に記載の方法。
【請求項４】
（ａ）前記カセット配列を同定する工程が、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、治療用エピトープの前記順序づけられたペアの間のジャンクションにわたるジャンクションエピトープのセットを決定すること；及び、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、対象の前記１つ以上のＭＨＣアレル上での順序づけられたペアについてのジャンクションエピトープのセットの提示を示す距離メトリックを決定すること、任意で、前記カセット配列を同定する工程が、以下の最適化問題：
2021503897.tif 000001
におけるｘｋｍの数値を求めることであって、
式中、ｖは、新生抗原の所定の数に対応しており、ｋは、治療用エピトープに対応しており、及び、ｍは、前記治療用エピトープの後に連結された隣接する治療用エピトープに対応しており、及び、Ｐは
2021503897.tif 000002
で与えられる経路行列であり、式中、Ｄは、ｖ×ｖ行列であり、要素Ｄ（ｋ、ｍ）は、治療用エピトープｋ、ｍの順序づけられたペアの距離メトリックを示す、前記数値を求めること；及び
ｘｋｍの解の数値に基づいて、前記カセット配列を選択すること
をさらに含む；または
（ｂ）前記カセット配列を同定する工程が、
前記治療用エピトープの異なる配列に対応する候補カセット配列のセットを生成すること；
各候補カセット配列について、前記候補カセット配列における治療用エピトープの各順序づけられたペアについての距離メトリックに基づいて、前記候補カセット配列の提示スコアを決定すること；及び
前記新生抗原ワクチン用のカセット配列として、所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を選択すること
を含み、任意で、前記候補カセット配列のセットがランダムに生成される、
請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記１つ以上のジャンクションエピトープの提示が、前記１つ以上のジャンクションエピトープの配列を機械学習提示モデルに入力することにより生成した提示尤度に基づいて決定され、前記提示尤度が、前記１つ以上のジャンクションエピトープが前記患者の腫瘍細胞の表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される尤度を示し、前記提示尤度のセットが、少なくとも受け取った質量分析データに基づいて同定されている、請求項１（Ｂ）に記載の方法。
【請求項６】
前記１つ以上のジャンクションエピトープの提示が、
（ａ）１つ以上のジャンクションエピトープと、対象の１つ以上のＭＨＣアレルとの間の結合親和性予測；または
（ｂ）前記１つ以上のジャンクションエピトープの結合安定性予測
に基づいて決定される、請求項１（Ｂ）に記載の方法。
【請求項７】
（ａ）前記１つ以上のジャンクションエピトープが、第１の治療用エピトープの配列及び前記第１の治療用エピトープの後に連結された第２の治療用エピトープの配列と重複するジャンクションエピトープを含む；または
（ｂ）リンカー配列が、第１の治療用エピトープと、前記第１の治療用エピトープの後に連結された第２の治療用エピトープとの間に配置され、かつ、前記１つ以上のジャンクションエピトープが、前記リンカー配列と重複するジャンクションエピトープを含む、
請求項１（Ｂ）に記載の方法。
【請求項８】
（ａ）前記カセット配列を同定する工程が、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、治療用エピトープの前記順序づけられたペアの間のジャンクションにわたるジャンクションエピトープのセットを決定すること；及び、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、対象の前記１つ以上のＭＨＣアレル上での前記順序づけられたペアについてのジャンクションエピトープのセットの提示を示す距離メトリックを決定すること
を含み、任意で、前記カセット配列を同定する工程が、
以下の最適化問題：
2021503897.tif 000003
におけるｘｋｍの数値を求めることであって、
式中、ｖは、新生抗原の所定の数に対応しており、ｋは、治療用エピトープに対応しており、及び、ｍは、前記治療用エピトープの後に連結された隣接する治療用エピトープに対応しており、及び、Ｐは
2021503897.tif 000004
で与えられる経路行列であり、式中、Ｄは、ｖ×ｖ行列であり、要素Ｄ（ｋ、ｍ）は、治療用エピトープｋ、ｍの順序づけられたペアの距離メトリックを示す、前記値を求めること；及び
ｘｋｍの解の数値に基づいて、前記カセット配列を選択すること
をさらに含む；または
（ｂ）前記カセット配列を同定する工程が、
前記治療用エピトープの異なる配列に対応する候補カセット配列のセットを生成すること；
各候補カセット配列について、前記候補カセット配列における治療用エピトープの各順序づけられたペアについての距離メトリックに基づいて、前記候補カセット配列の提示スコアを決定すること；及び
前記新生抗原ワクチン用のカセット配列として、所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を選択すること
を含み、任意で、前記候補カセット配列のセットがランダムに生成される、
請求項１（Ｂ）に記載の方法。
【請求項９】
連結された治療用エピトープの配列を含むカセット配列を含む腫瘍ワクチンであって、
（Ａ）
前記カセット配列が、
患者について、対象の腫瘍細胞及び正常細胞に由来するエクソーム、トランスクリプトーム、または全ゲノムの腫瘍ヌクレオチドシークエンシングデータのうちの少なくとも１つを取得するステップであって、前記ヌクレオチドシークエンシングデータが、前記腫瘍細胞由来のヌクレオチドシークエンシングデータと、前記正常細胞由来のヌクレオチドシークエンシングデータとを比較することにより同定される新生抗原のセットのそれぞれのペプチド配列を表すデータを取得するために使用され、各新生抗原のペプチド配列が、前記ペプチド配列を前記対象の正常細胞から同定された対応する野生型親ペプチド配列とは異なるものとする少なくとも１つの改変を含み、かつ、前記ペプチド配列を構成する複数のアミノ酸と、前記ペプチド配列内のアミノ酸の位置のセットとに関する情報を含む、前記取得するステップ；
前記対象について、前記新生抗原のセットから新生抗原の治療用サブセットを同定するステップ；及び
前記対象について、新生抗原の治療用サブセットにおける対応する前記新生抗原のペプチド配列をそれぞれが含む連結された複数の治療用エピトープの配列を含む前記カセット配列を同定するステップであって、前記カセット配列が、治療用エピトープの１つ以上の隣接ペアの間の対応するジャンクションにわたる１つ以上のジャンクションエピトープの提示に基づいて同定される、前記同定するステップ
を実行することにより同定される；または
（Ｂ）
前記カセット配列が、
それぞれが新生抗原の治療用サブセット内の対応する新生抗原のペプチド配列を含むように順序づけられており、治療用エピトープの配列が、治療用エピトープの１つ以上の隣接ペアの間の対応するジャンクションにわたる１つ以上のジャンクションエピトープの提示に基づいて同定され、
（ａ）前記カセット配列のジャンクションエピトープが、閾値結合親和性を下回るＨＬＡ結合親和性を有し、任意で、前記閾値結合親和性が１０００ｎＭ以上である、または
（ｂ）前記カセット配列のジャンクションエピトープの少なくとも閾値パーセンテージが、閾値提示尤度を下回る提示尤度を有し、任意で、前記閾値パーセンテージが５０％である、
前記腫瘍ワクチン。
【請求項１０】
前記１つ以上のジャンクションエピトープの提示が、前記１つ以上のジャンクションエピトープの配列を機械学習提示モデルに入力することにより生成した提示尤度に基づいて決定され、前記提示尤度が、前記１つ以上のジャンクションエピトープが前記患者の腫瘍細胞の表面上の１つ以上のＭＨＣアレルによって提示される尤度を示し、前記提示尤度のセットが、少なくとも受け取った質量分析データに基づいて同定されている、請求項９（Ａ）に記載の腫瘍ワクチン。
【請求項１１】
前記１つ以上のジャンクションエピトープの提示が、
（ａ）１つ以上のジャンクションエピトープと、対象の１つ以上のＭＨＣアレルとの間の結合親和性予測；または
（ｂ）前記１つ以上のジャンクションエピトープの結合安定性予測
に基づいて決定される、請求項９（Ａ）に記載の腫瘍ワクチン。
【請求項１２】
（ａ）前記１つ以上のジャンクションエピトープが、第１の治療用エピトープの配列及び前記第１の治療用エピトープの後に連結された第２の治療用エピトープの配列と重複するジャンクションエピトープを含む；または
（ｂ）リンカー配列が、第１の治療用エピトープと、前記第１の治療用エピトープの後に連結された第２の治療用エピトープとの間に配置され、かつ、前記１つ以上のジャンクションエピトープが、前記リンカー配列と重複するジャンクションエピトープを含む、
請求項９（Ａ）に記載の腫瘍ワクチン。
【請求項１３】
（ａ）前記カセット配列を同定するステップが、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、治療用エピトープの前記順序づけられたペアの間のジャンクションにわたるジャンクションエピトープのセットを決定すること；及び、
治療用エピトープの各順序づけられたペアについて、対象の１つ以上のＭＨＣアレル上での前記順序づけられたペアについてのジャンクションエピトープのセットの提示を示す距離メトリックを決定すること
を含み、任意で、前記カセット配列を同定するステップが、
以下の最適化問題：
2021503897.tif 000005
におけるｘｋｍの数値を求めることであって、
式中、ｖは、新生抗原の所定の数に対応しており、ｋは、治療用エピトープに対応しており、及び、ｍは、第１の治療用エピトープの後に連結された隣接する治療用エピトープに対応しており、及び、Ｐは
2021503897.tif 000006
で与えられる経路行列であり、式中、Ｄは、ｖ×ｖ行列であり、要素Ｄ（ｋ、ｍ）は、治療用エピトープｋ、ｍの順序づけられたペアの距離メトリックを示す、前記数値を求めること；及び
ｘｋｍの解の数値に基づいて、前記カセット配列を選択すること
をさらに含む；または
（ｂ）前記カセット配列を同定するステップが、
前記治療用エピトープの異なる配列に対応する候補カセット配列のセットを生成すること；
各候補カセット配列について、前記候補カセット配列における治療用エピトープの各順序づけられたペアについての距離メトリックに基づいて、前記候補カセット配列の提示スコアを決定すること；及び
前記新生抗原ワクチン用のカセット配列として、所定の閾値を下回る提示スコアに関連する候補カセット配列を選択すること
を含み、任意で、前記候補カセット配列のセットがランダムに生成される、
請求項９（Ａ）に記載の腫瘍ワクチン。
【請求項１４】
前記カセット配列を含む腫瘍ワクチンを製造すること、または製造したことをさらに含む、請求項１（Ａ）または１（Ｂ）に記載の方法。