(57)【要約】本明細書は、インサイチュでパターン化された化学を実行するための方法、化合物ライブラリーおよびシミュレーションシステムを提供する。また、合成された化合物ライブラリーの使用を含む方法、システムおよびアッセイ（これは知識ベースの様式で探索されるタンパク質空間を増加させる）が、抗体−標的相互作用を特徴付ける（抗体の標的タンパク質を同定すること、標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付けること、標的タンパク質における直鎖状エピトープおよび構造エピトープを同定すること、および標的タンパク質に結合する抗体の性質を決定することを含む）ために提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
化合物ライブラリーを基板上にインサイチュで合成する方法、ここで化合物ライブラリーは複数の分子を含み、該方法は以下を含む：
（ａ）生物学的配列および合成段階の数を受け取る工程；
（ｂ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
（ｃ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
（ｄ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；
ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。
【請求項２】
合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、請求項１記載の方法。
【請求項３】
入力生物学的配列が疾患関連エピトープを含む、請求項１記載の方法。
【請求項４】
入力生物学的配列がペプチド配列を含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】
入力生物学的配列がエピトープ配列を含む、請求項１記載の方法。
【請求項６】
入力生物学的配列がランダム配列を含む、請求項１記載の方法。
【請求項７】
入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項８】
順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、請求項７記載の方法。
【請求項９】
モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を含む、請求項７記載の方法。
【請求項１０】
モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を逆の順序で含む、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
分子がペプチドまたは核酸である、請求項７記載の方法。
【請求項１２】
モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列を含む、請求項７記載の方法。
【請求項１３】
モノマーの順序付けられたリストがヌクレオチドの配列を含む、請求項７記載の方法。
【請求項１４】
複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、請求項１記載の方法。
【請求項１５】
複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項１記載の方法。
【請求項１７】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項１記載の方法。
【請求項１８】
合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、請求項１記載の方法。
【請求項１９】
基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、請求項１記載の方法。
【請求項２０】
ライブラリー中の少なくとも４０％の分子が異なっている、請求項１記載の方法。
【請求項２１】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が異なっている、請求項１記載の方法。
【請求項２２】
ライブラリー中の少なくとも６０％の分子が異なっている、請求項１記載の方法。
【請求項２３】
ライブラリー中の少なくとも７０％の分子が異なっている、請求項１記載の方法。
【請求項２４】
ライブラリー中の少なくとも８０％の分子が異なっている、請求項１記載の方法。
【請求項２５】
ライブラリー中の少なくとも９０％の分子が異なっている、請求項１記載の方法。
【請求項２６】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項１記載の方法。
【請求項２７】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項１記載の方法。
【請求項２８】
ライブラリー中の分子が、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、請求項１記載の方法。
【請求項２９】
ライブラリーが生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３０】
ライブラリーが生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３１】
ライブラリーが生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３２】
基板がアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項３３】
合成された化合物ライブラリーがペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む、請求項１記載の方法。
【請求項３４】
ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、請求項３３記載の方法。
【請求項３５】
アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
化合物ライブラリーが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項１記載の方法。
【請求項３７】
表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、請求項３６記載の方法。
【請求項３８】
化合物ライブラリーがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項１記載の方法。
【請求項３９】
エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、請求項３８記載の方法。
【請求項４１】
基板が親水性単分子層でコートされている、請求項１記載の方法。
【請求項４２】
親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、請求項４１記載の方法。
【請求項４３】
親水性単分子層が均一である、請求項４１記載の方法。
【請求項４４】
インサイチュで合成された化合物ライブラリー、ここで該化合物ライブラリーは複数の分子を含み、合成はライブラリーを基板上に構築するためのパターン化された工程を使用し、該工程は以下を含む：
（ａ）生物学的配列および合成段階の数を受け取る工程；
（ｂ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
（ｃ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
（ｄ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；
ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。
【請求項４５】
合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項４６】
入力生物学的配列が疾患関連エピトープを含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項４７】
入力生物学的配列がペプチド配列を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項４８】
入力生物学的配列がエピトープ配列を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項４９】
入力生物学的配列がランダム配列を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項５０】
入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項５１】
順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、請求項５０記載のライブラリー。
【請求項５２】
モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を含む、請求項５０記載のライブラリー。
【請求項５３】
モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を逆の順序で含む、請求項５０記載のライブラリー。
【請求項５４】
分子がペプチドまたは核酸を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項５５】
モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列を含む、請求項５０記載のライブラリー。
【請求項５６】
モノマーの順序付けられたリストがヌクレオチドの配列を含む、請求項５０記載のライブラリー。
【請求項５７】
複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項５８】
複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項５９】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６０】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６１】
合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６２】
基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６３】
ライブラリー中の少なくとも４０％の分子が異なっている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６４】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が異なっている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６５】
ライブラリー中の少なくとも６０％の分子が異なっている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６６】
ライブラリー中の少なくとも７０％の分子が異なっている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６７】
ライブラリー中の少なくとも８０％の分子が異なっている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６８】
ライブラリー中の少なくとも９０％の分子が異なっている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項６９】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７０】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７１】
ライブラリー中の分子が、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７２】
ライブラリーが生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７３】
ライブラリーが生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７４】
ライブラリーが生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７５】
基板がアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７６】
合成された化合物ライブラリーがペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項７７】
ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、請求項７６記載のライブラリー。
【請求項７８】
アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、請求項７７記載のライブラリー。
【請求項７９】
化合物ライブラリーが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項８０】
表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、請求項７９記載のライブラリー。
【請求項８１】
化合物ライブラリーがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項８２】
エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、請求項８１記載のライブラリー。
【請求項８３】
表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、請求項８２記載のライブラリー。
【請求項８４】
基板が親水性単分子層でコートされている、請求項４４記載のライブラリー。
【請求項８５】
親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、請求項８４記載のライブラリー。
【請求項８６】
親水性単分子層が均一である、請求項８４記載のライブラリー。
【請求項８７】
基板上の化合物ライブラリーのインサイチュでの合成をシミュレートするコンピュータシステム、ここで該化合物ライブラリーは複数の分子を含み、該システムは以下を含む：
（ａ）プロセッサおよびメモリ；
（ｂ）プロセッサで実行可能な命令を含むコンピュータプログラム、ここで該コンピュータプログラムは以下を含む：
（１）生物学的配列および合成段階の数を受け取るために構成された受信モジュール；
（２）以下のために構成されたシミュレーションモジュール：（ｉ）複数のパターン化マスクを決定すること、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；（ｉｉ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てること；および（ｉｉｉ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成すること；
ここで（ｉ）、（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。
【請求項８８】
合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、請求項８７記載のシステム。
【請求項８９】
入力生物学的配列が疾患関連エピトープを含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項９０】
入力生物学的配列がペプチド配列を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項９１】
入力生物学的配列がエピトープ配列を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項９２】
入力生物学的配列がランダム配列を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項９３】
入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項９４】
順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、請求項９３記載のシステム。
【請求項９５】
モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を含む、請求項９３記載のシステム。
【請求項９６】
モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を逆の順序で含む、請求項９５記載のシステム。
【請求項９７】
分子がペプチドまたは核酸を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項９８】
モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項９９】
モノマーの順序付けられたリストがヌクレオチドの配列を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項１００】
複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０１】
複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０２】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０３】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０４】
合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０５】
基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０６】
ライブラリー中の少なくとも４０％の分子が異なっている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０７】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が異なっている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０８】
ライブラリー中の少なくとも６０％の分子が異なっている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１０９】
ライブラリー中の少なくとも７０％の分子が異なっている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１０】
ライブラリー中の少なくとも８０％の分子が異なっている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１１】
ライブラリー中の少なくとも９０％の分子が異なっている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１２】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１３】
ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１４】
ライブラリー中の分子が、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１５】
ライブラリーが生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１６】
ライブラリーが生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１７】
ライブラリーが生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１８】
基板がアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される、請求項８７記載のシステム。
【請求項１１９】
合成された化合物ライブラリーがペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む、請求項８７記載のシステム。
【請求項１２０】
ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、請求項１１９記載のシステム。
【請求項１２１】
アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、請求項１２０記載のシステム。
【請求項１２２】
化合物ライブラリーが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１２３】
表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、請求項１２２記載のシステム。
【請求項１２４】
化合物ライブラリーがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１２５】
エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、請求項１２４記載のシステム。
【請求項１２６】
表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、請求項１２５記載のシステム。
【請求項１２７】
基板が親水性単分子層でコートされている、請求項８７記載のシステム。
【請求項１２８】
親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、請求項１２７記載のシステム。
【請求項１２９】
親水性単分子層が均一である、請求項１２７記載のシステム。
【請求項１３０】
ペプチドアレイをインサイチュで合成する方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）入力アミノ酸配列を受け取る工程；
（ｂ）合成段階の数を決定する工程；
（ｃ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
（ｄ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
（ｅ）モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項１３１】
合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、請求項１３０記載の方法。
【請求項１３２】
入力生物学的配列が疾患関連エピトープを含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１３３】
入力生物学的配列がペプチド配列を含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１３４】
入力生物学的配列がエピトープ配列を含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１３５】
入力配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１３６】
順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３７】
モノマーの順序付けられたリストが入力配列を含む、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３８】
モノマーの順序付けられたリストが入力配列を逆の順序で含む、請求項１３７記載の方法。
【請求項１３９】
モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列を含む、請求項１３５記載の方法。
【請求項１４０】
複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４１】
複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４２】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４３】
連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４４】
合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４５】
基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４６】
アレイ上の少なくとも４０％のペプチドが異なっている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４７】
アレイ上の少なくとも５０％のペプチドが異なっている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４８】
アレイ上の少なくとも６０％のペプチドが異なっている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１４９】
アレイ上の少なくとも７０％のペプチドが異なっている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５０】
アレイ上の少なくとも８０％のペプチドが異なっている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５１】
アレイ上の少なくとも９０％のペプチドが異なっている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５２】
アレイ上の少なくとも５０％のペプチドが、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５３】
アレイ上の少なくとも５０％のペプチドが、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５４】
アレイ上のペプチドが、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５５】
アレイが入力配列の長さに等しいペプチド長の中央値を含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５６】
アレイが入力配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いペプチド長の中央値を含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５７】
アレイが入力配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いペプチド長の中央値を含む、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５８】
ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、請求項１３０記載の方法。
【請求項１５９】
アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、請求項１３０記載の方法。
【請求項１６０】
ペプチドアレイが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１６１】
表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６２】
ペプチドアレイがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１６３】
エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、請求項１６２記載の方法。
【請求項１６４】
表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６５】
ペプチドアレイが親水性単分子層でコートされている、請求項１３０記載の方法。
【請求項１６６】
親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、請求項１６５記載の方法。
【請求項１６７】
親水性単分子層が均一である、請求項１６５記載の方法。
【請求項１６８】
アレイ上においてインサイチュで合成された複数のペプチドを含むアレイ、ここでペプチドは複数のパターン化マスクによって作成され、各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している。
【請求項１６９】
少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体結合を特徴付ける方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｃ）工程（ｂ）のアライメントスコアを用いて、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体の結合を特徴付ける工程。
【請求項１７０】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７１】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７２】
競合ペプチドが生体試料を含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７３】
生体試料が血清である、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７４】
競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。請求項１６９記載の方法。
【請求項１７５】
競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、請求項１７４記載の方法。
【請求項１７６】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７７】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、請求項１７６記載の方法。
【請求項１７８】
競合ペプチドが請求項１７４〜１７７のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７９】
ペプチドアレイが少なくとも１０００個の固有のペプチドを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８０】
ペプチドアレイが少なくとも１０，０００個の固有のペプチドを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８１】
ペプチドアレイが少なくとも１００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８２】
ペプチドアレイが少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８３】
ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８４】
ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、請求項１８３記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項１８５】
結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８６】
見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８７】
少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８８】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１６９記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、請求項１６９記載の方法。
【請求項１８９】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１６９記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、請求項１６９記載の方法。
【請求項１９０】
標的タンパク質における抗体エピトープを同定する方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｃ）保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ａ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの標的タンパク質にアライメントする工程。
【請求項１９１】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項１９０記載の方法。
【請求項１９２】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項１９０記載の方法。
【請求項１９３】
競合ペプチドが生体試料を含む、請求項１９０記載の方法。
【請求項１９４】
生体試料が血清である、請求項１９０記載の方法。
【請求項１９５】
競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。請求項１９０記載の方法。
【請求項１９６】
競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、請求項１９５記載の方法。
【請求項１９７】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、請求項１９０記載の方法。
【請求項１９８】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、請求項１９７記載の方法。
【請求項１９９】
競合ペプチドが請求項１９３〜１９８のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、請求項１９０記載の方法。
【請求項２００】
ペプチドアレイが少なくとも１０００個の固有のペプチドを含む、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０１】
ペプチドアレイが少なくとも１０，０００個の固有のペプチドを含む、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０２】
ペプチドアレイが少なくとも１００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０３】
ペプチドアレイが少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０４】
ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０５】
ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、請求項２０４記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項２０６】
結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０７】
見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０８】
少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、請求項１９０記載の方法。
【請求項２０９】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１９０記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、請求項１９０記載の方法。
【請求項２１０】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１９０記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、請求項１９０記載の方法。
【請求項２１１】
少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、請求項１９０記載の方法。
【請求項２１２】
タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、請求項２１１記載の方法。
【請求項２１３】
標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付ける方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された入力ペプチド配列、工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、第２のペプチドアレイを作成する工程、ここで第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；
（ｃ）前記第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させ、ペプチドの第２のセットを同定する工程；および
（ｄ）複数の競合ペプチドの存在下において、前記第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させ、工程（ｃ）における結合シグナルの所定の第２の閾値内において結合シグナルを示す、工程（ｃ）由来の個々のペプチドの第２のセットを同定する工程；および
（ｅ）個々のペプチドの前記第２のセットを前記標的タンパク質にアライメントし、同定された個々のペプチドの第２のセットにアライメントする標的タンパク質内の領域を同定し、これにより標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付ける工程。
【請求項２１４】
競合ペプチドが生体試料を含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１５】
生体試料が血清である、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１６】
競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。請求項２１３記載の方法。
【請求項２１７】
競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、請求項２１６記載の方法。
【請求項２１８】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１９】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、請求項２１８記載の方法。
【請求項２２０】
競合ペプチドが請求項２１６〜２１９のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２１】
ペプチドアレイが少なくとも１０００個の固有のペプチドを含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２２】
ペプチドアレイが少なくとも１０，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２３】
ペプチドアレイが少なくとも１００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２４】
ペプチドアレイが少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２５】
ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２６】
第１のペプチドアレイが以下の工程によって合成される、請求項２１３記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項２２７】
結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２８】
見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、請求項２１３記載の方法。
【請求項２２９】
少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３０】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２１３記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３１】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２１３記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３２】
少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３３】
タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、請求項２３２記載の方法。
【請求項２３４】
所定の第１の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３５】
所定の第２の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３６】
所定の第１の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３７】
所定の第２の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３８】
抗体結合領域が標的タンパク質の直鎖状エピトープである、請求項２１３記載の方法。
【請求項２３９】
抗体結合領域が標的領域の構造エピトープである、請求項２１３記載の方法。
【請求項２４０】
請求項２１３記載の工程（ｂ）からｄが、請求項２１３記載の工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択される追加のペプチドと共に繰り返される、請求項２３９記載の方法。
【請求項２４１】
抗体の標的タンパク質を同定する方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の入力アミノ酸配列を取得する工程、ここで同定された入力アミノ酸配列は複数の競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下における結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された１以上の入力アミノ酸配列、工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、１以上の第２のペプチドアレイを取得する工程、ここで１以上の第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；
（ｃ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、前記第２の各ペプチドアレイを前記抗体に接触させ、ペプチド配列のセットを取得する工程、ここで同定されたペプチド配列のセットは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第２の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）ペプチド配列の前記セットを互いにアライメントし、少なくとも１つの予測結合モチーフを取得する工程；および
（ｅ）前記予測結合モチーフを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントし、これによりタンパク質データベースの検索結果スコアに基づいて抗体の標的タンパク質を同定する工程。
【請求項２４２】
競合ペプチドが生体試料を含む、請求項２４１記載の方法。
【請求項２４３】
生体試料が血清である、請求項２４１記載の方法。
【請求項２４４】
競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。請求項２４１記載の方法。
【請求項２４５】
競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、請求項２４４記載の方法。
【請求項２４６】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、請求項２４１記載の方法。
【請求項２４７】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、請求項２４６記載の方法。
【請求項２４８】
競合ペプチドが請求項２４４〜２４７のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、請求項２４１記載の方法。
【請求項２４９】
ペプチドアレイが少なくとも１０００個の固有のペプチドを含む、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５０】
ペプチドアレイが少なくとも１０，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５１】
ペプチドアレイが少なくとも１００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５２】
ペプチドアレイが少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５３】
ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５４】
第１のペプチドアレイが以下の工程によって合成される、請求項２４１記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項２５５】
結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５６】
見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５７】
少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５８】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２４１記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、請求項２４１記載の方法。
【請求項２５９】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２４１記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、請求項２４１記載の方法。
【請求項２６０】
少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、請求項２４１記載の方法。
【請求項２６１】
タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、請求項２６０記載の方法。
【請求項２６２】
所定の第１の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２４１記載の方法。
【請求項２６３】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２４１記載の方法。
【請求項２６４】
少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定する方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）の個々のペプチドを第１のタンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｃ）工程（ａ）の個々のペプチドの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返す工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｄ）工程（ｂ）および（ｃ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得する工程。
【請求項２６５】
競合ペプチドが生体試料を含む、請求項２６４記載の方法。
【請求項２６６】
生体試料が血清である、請求項２６５記載の方法。
【請求項２６７】
競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。請求項２６４記載の方法。
【請求項２６８】
競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、請求項２６４記載の方法。
【請求項２６９】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７０】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、請求項２６９記載の方法。
【請求項２７１】
競合ペプチドが請求項２６７〜２７０のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７２】
ペプチドアレイが少なくとも１０００個の固有のペプチドを含む、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７３】
ペプチドアレイが少なくとも１０，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７４】
ペプチドアレイが少なくとも１００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７５】
ペプチドアレイが少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７６】
ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７７】
ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、請求項２６４記載の方法：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｂ）および（ｃ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項２７８】
結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、請求項２６４記載の方法。
【請求項２７９】
見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、請求項２６４記載の方法。
【請求項２８０】
少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、請求項２６４記載の方法。
【請求項２８１】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２６４記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、請求項２６４記載の方法。
【請求項２８２】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２６４記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、請求項２６４記載の方法。
【請求項２８３】
少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、請求項２６４記載の方法。
【請求項２８４】
タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、請求項２８３記載の方法。
【請求項２８５】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２６４記載の方法。
【請求項２８６】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２６４記載の方法。
【請求項２８７】
少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定する方法、ここで該方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）の１以上の個々のペプチドをアライメントし、少なくとも１つの予測標的モチーフを取得する工程；
（ｃ）少なくとも１つの予測標的モチーフを第１のタンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｄ）工程（ｂ）の少なくとも１つの予測標的モチーフの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返す工程、ここで工程（ｂ）の少なくとも１つの予測標的モチーフと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｅ）工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得する工程。
【請求項２８８】
競合ペプチドが生体試料を含む、請求項２８７記載の方法。
【請求項２８９】
生体試料が血清である、請求項２８８記載の方法。
【請求項２９０】
競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。請求項２８７記載の方法。
【請求項２９１】
競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、請求項２９０記載の方法。
【請求項２９２】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、請求項２８７記載の方法。
【請求項２９３】
競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、請求項２９２記載の方法。
【請求項２９４】
競合ペプチドが請求項２９０〜２９３のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、請求項２８７記載の方法。
【請求項２９５】
ペプチドアレイが少なくとも１０００個の固有のペプチドを含む、請求項２８７記載の方法。
【請求項２９６】
ペプチドアレイが少なくとも１０，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２８７記載の方法。
【請求項２９７】
ペプチドアレイが少なくとも１００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２８７記載の方法。
【請求項２９８】
ペプチドアレイが少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、請求項２８７記載の方法。
【請求項２９９】
ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、請求項２８７記載の方法。
【請求項３００】
ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、請求項２８７記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【請求項３０１】
結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、請求項２８７記載の方法。
【請求項３０２】
見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、請求項２８７記載の方法。
【請求項３０３】
少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、請求項２８７記載の方法。
【請求項３０４】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２８７記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、請求項２８７記載の方法。
【請求項３０５】
各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２８７記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、請求項２８７記載の方法。
【請求項３０６】
少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、請求項２８７記載の方法。
【請求項３０７】
タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、請求項３０６記載の方法。
【請求項３０８】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２８７記載の方法。
【請求項３０９】
所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、請求項２８７記載の方法。
【請求項３１０】
少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体結合を特徴付けるキット、ここで該キットは以下を含む：
（ａ）ペプチドアレイを提供すること；
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；
（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｅ）使用者が、工程（ｄ）のアライメントスコアを用いて、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体の結合を特徴付けるための説明書を提供すること。
【請求項３１１】
標的タンパク質中の抗体エピトープを同定するキット、ここで該キットは以下を含む：
（ａ）ペプチドアレイを提供すること；
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；
（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｅ）使用者が、保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ｃ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定するための説明書を提供し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの前記標的タンパク質にアライメントすること。
【請求項３１２】
標的タンパク質中の抗体結合領域を特徴付けるキット、ここで該キットは以下を含む：
（ａ）第１のペプチドアレイを提供すること；
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；
（ｃ）使用者が、複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、工程（ｃ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択される入力ペプチド配列、工程（ｃ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ｃ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、第２のペプチドアレイを作成するための説明書を提供すること、ここで第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；
（ｅ）使用者が、第２のペプチドアレイを抗体に接触させ、ペプチドの第２のセットを同定するための説明書を提供すること；
（ｆ）使用者が、複数の競合ペプチドの存在下において、第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させるための説明書を提供し、工程（ｅ）における結合シグナルの所定の第２の閾値内において結合シグナルを示す、工程（ｅ）由来の個々のペプチドの第２のセットを同定すること；および
（ｇ）使用者が、個々のペプチドの前記第２のセットを前記標的タンパク質にアライメントするための説明書を提供し、同定された個々のペプチドの第２のセットにアライメントする標的タンパク質内の領域を同定し、これにより標的タンパク質中の抗体結合領域を特徴付けること。
【請求項３１３】
少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定するキット、ここで該キットは以下を含む：
（ａ）ペプチドアレイを提供すること；
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；
（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、工程（ｃ）の個々のペプチドを第１のタンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｅ）使用者が、工程（ｃ）の個々のペプチドの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返すための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｆ）使用者が、工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得するための説明書を提供すること。
【請求項３１４】
少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定するキット、ここで該キットは以下を含む：
（ａ）第１のペプチドアレイを提供すること；
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；
（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、工程（ｃ）の１以上の個々のペプチドをアライメントし、少なくとも１つの予測標的モチーフを取得するための説明書を提供すること；
（ｅ）使用者が、少なくとも１つの予測標的モチーフを第１のタンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｆ）使用者が、工程（ｅ）の少なくとも１つの予測標的モチーフの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返すための説明書を提供すること、ここで工程（ｅ）の少なくとも１つの予測標的モチーフと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｇ）使用者が、工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得するための説明書を提供すること。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１６年４月１日に出願された米国仮出願第６２／３１７，３５３号の利益、および２０１７年３月１６日に出願された米国仮出願第６２／４７２，５０４号の利益を主張し、これら両方は参照によってその全体が本明細書に取り込まれる。
【背景技術】
【０００２】
がんは米国において２番目に多い死因であり、米国においてがんに関連する死亡は１日に１，６００件を超える（毎年約６００，０００件）。２０１５年には約１６５万件の新たながんの症例が診断され、がんの発生率は人口統計学的要因および生活要因のために増加している。がんを検出および処置するための高感度で効果的な方法が必要とされている。
【発明の概要】
【０００３】
がんによる死は最近の診断学および治療学の向上に伴って減少しており、がんは継続的な監視および以降の処置を伴う慢性疾患に移行している。がん患者が死亡する割合は減少しているが、画期的な治療法の高い費用ならびにがんの再発およびさらなる治療的処置を含む長期の慢性的な治療によってがん処置の経済的負担は急速に増加している。このがん処置の費用の急速な増加は持続不可能な軌道であり、現在の速度では患者の自己負担額は２０２８年までに平均世帯収入の１００％となる。費用（特にがんの免疫療法および抗体治療の費用）の上昇の結果として、患者は処置と経済的安定性との間の困難な選択をすることが要求される。
【０００４】
がんの免疫療法および抗体に基づく処置は、患者の生存期間を延ばすという点で２つの主要な画期的治療法である。免疫療法は患者の免疫系を活性化および利用してがん細胞を死滅させるが、抗体に基づく治療法はがん細胞を阻害または死滅させる特定の経路を標的とする。これらの各手法は高度な標的特異性抗体または生物製剤（より最近では、多価結合を有する複数の標的に特異的な抗体または生物製剤）の発見および開発に、非常にまたは専ら依存している。免疫療法および抗体に基づく処置によって患者の生存期間は著しく進歩したが、主要な特定の課題が残存している。第１に、免疫療法および抗体に基づく処置は、主要なオフターゲット副作用の高い発生率のために有利に応答する患者群を制限している。例えば、最も処方されている抗体治療のうちの２つであるヒュミラおよびレミケードは患者集団のわずか２５％に有効である。第２に、発見および開発の高い費用は、市場における免疫療法および抗体に基づくＲ＆Ｄプログラムならびに競合者の数を制限する参入障壁となる。かなりの割合の患者におけるオフターゲット効果の高い発生率および高いＲ＆Ｄ費用は共に、非常に高価な免疫療法および抗体に基づく処置をもたらし、これは多くの場合に患者にとって極めて高価となる。
【０００５】
現在の薬学Ｒ＆Ｄにおける主要な脅威の一つは、Ｒ＆Ｄ費用の上昇による生産性の減少である。この生産性の減少を緩和するには、コストを減少させ、進行中の候補分子の数を増加させ、Ｒ＆Ｄサイクル時間を減少させる技術革新が必要である。免疫療法および抗体に基づく処置に関連するＲ＆Ｄの高い費用およびオフターゲットのリスクを減少させるために網羅的なスクリーニングを可能とする革新的なプラットフォームが必要であり、治療抗体の特徴付けは初期の発見の段階から後期の前臨床開発をもたらす。さらに、新規のより低い費用でのより高いスループットの抗体特徴付けのプラットフォームはより多くの候補が発見のパイプラインに入ることを可能にし、さらなる会社が免疫療法の発見プログラムに参入することを可能にし、これは技術革新、競合および市場の潜在力を増大させる。
【０００６】
免疫療法はがん処置におけるブレークスルーであり、最も成長が速い製薬市場領域の１つである。抗体ライブラリースクリーニングおよびオンターゲット／オフターゲット結合の特徴付けは、免疫療法の開発に必須な作業である。現在、治療標的に対する大型の抗体ライブラリーを日常的にスクリーニングする能力と、スクリーニングで選択された治療抗体候補のオンターゲット／オフターゲット結合を特徴付ける制限された能力との間に大きなずれが存在する。このずれは、候補の数が単一特異性抗体よりもはるかに多い多特異性治療抗体および多特異性生物製剤の出現を伴って拡大している。治療抗体のオンターゲット／オフターゲット結合の特徴付けにおける主要な制限は、可能性のあるエピトープ全体に対してプロファイルされ得るエピトープの相互作用の割合が極めて小さいことである（例えば、１０アミノ酸のペプチドエピトープは、１０兆種類の可能性のある配列を意味する）。現在の抗体の特徴付けのプラットフォーム（マイクロアレイ、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）およびインターフェロメトリーを含む）は、１０，０００〜５０，０００のエピトープ相互作用測定という実際的な制限を有する。このように制限された治療抗体の結合プロファイルは検出されないオフターゲット効果のリスクを増大させる。
【０００７】
本明細書は検出される治療抗体の相互作用の数を劇的に増加させる新規なプラットフォームを開示し、これは検出されないオフターゲット効果のリスクを減少させ得る。この技術はマスクに基づくフォトリソグラフィーを利用し、８インチのウエハー上の４０００万種を超えるペプチド（可能性のあるエピトープ）を含むライブラリーをインサイチュでパターン化することによる半導体製造方法を伴う混合ペプチド合成化学に基づいている。このウエハーは下流の分析のためにスライドガラスの寸法を有する１３枚のチップにダイスカットされる。本明細書に記載されるこのようなペプチドライブラリーチップを用いて、抗体結合プロファイルアッセイは現在の抗体の特徴付けのプラットフォームの費用のほんの一部で、１日に１０００万種を超える抗体−標的相互作用に拡大され得る。抗体エピトープの点変異体分析はペプチドチップの抗体の特徴付けへの適用性を実証する。
【０００８】
ある態様において、本明細書は化合物ライブラリーを基板上にインサイチュで合成する方法を開示し、ここで化合物ライブラリーは複数の分子を含み、本方法は以下を含む：（ａ）生物学的配列および合成段階の数を受け取る工程；（ｂ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；（ｃ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および（ｄ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。いくつかの実施態様において、合成段階の数は生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列は疾患関連エピトープを含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はペプチド配列を含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はエピトープ配列を含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はランダム配列を含む。いくつかの実施態様において、本方法は入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことを含む。さらなる実施態様において、順序付けられたリストのサイズは合成段階の数である。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストは入力生物学的配列を含む。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストは入力生物学的配列を逆の順序で含む。いくつかの実施態様において、分子はペプチドまたは核酸である。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストはアミノ酸の配列を含む。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストはヌクレオチドの配列を含む。いくつかの実施態様において、複数のパターン化マスクの数は１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である。いくつかの実施態様において、複数のパターン化マスクの数は合成段階の数である。いくつかの実施態様において、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％は直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している。連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％は直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している。いくつかの実施態様において、合成段階はフォトリソグラフィーに基づいている。いくつかの実施態様において、基板上の機構は約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも４０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも６０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも７０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも８０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも９０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の分子は、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、基板はアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される。いくつかの実施態様において、合成された化合物ライブラリーはペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む。いくつかの実施態様において、ペプチドは約５〜約２５アミノ酸長である。いくつかの実施態様において、アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥはペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない。いくつかの実施態様において、化合物ライブラリーは酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている。いくつかの実施態様において、表面スペーサーはＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである。いくつかの実施態様において、化合物ライブラリーはエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている。いくつかの実施態様において、エステル結合はホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である。いくつかの実施態様において、表面スペーサーはＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである。いくつかの実施態様において、基板は親水性単分子層でコートされている。いくつかの実施態様において、親水性単分子層はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む。いくつかの実施態様において、親水性単分子層は均一である。
【０００９】
別の態様において、本明細書はインサイチュで合成された化合物ライブラリーを開示し、ここで合成はライブラリーを基板上に構築するためのパターン化された工程を使用し、化合物ライブラリーは複数の分子を含み、これは以下を含む：（ａ）生物学的配列および合成段階の数を受け取る工程；（ｂ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；（ｃ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および（ｄ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。いくつかの実施態様において、合成段階の数は生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列は疾患関連エピトープを含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はペプチド配列を含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はエピトープ配列を含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はランダム配列を含む。いくつかの実施態様において、本方法は入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことを含む。さらなる実施態様において、順序付けられたリストのサイズは合成段階の数である。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストは入力生物学的配列を含む。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストは入力生物学的配列を逆の順序で含む。いくつかの実施態様において、分子はペプチドまたは核酸である。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストはアミノ酸の配列を含む。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストはヌクレオチドの配列を含む。いくつかの実施態様において、複数のパターン化マスクの数は１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である。いくつかの実施態様において、複数のパターン化マスクの数は合成段階の数である。いくつかの実施態様において、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％は直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している。いくつかの実施態様において、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％は直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している。いくつかの実施態様において、合成段階はフォトリソグラフィーに基づいている。いくつかの実施態様において、基板上の機構は約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも４０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも６０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも７０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも８０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも９０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の分子は、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、基板はアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される。いくつかの実施態様において、合成された化合物ライブラリーはペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む。いくつかの実施態様において、ペプチドは約５〜約２５アミノ酸長である。いくつかの実施態様において、アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥはペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない。いくつかの実施態様において、化合物ライブラリーは酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている。いくつかの実施態様において、表面スペーサーはＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである。いくつかの実施態様において、化合物ライブラリーはエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている。いくつかの実施態様において、エステル結合はホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である。いくつかの実施態様において、表面スペーサーはＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである。いくつかの実施態様において、基板は親水性単分子層でコートされている。いくつかの実施態様において、親水性単分子層はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む。いくつかの実施態様において、親水性単分子層は均一である。
【００１０】
別の態様において、本明細書は基板上の化合物ライブラリーのインサイチュでの合成をシミュレートするコンピュータシステムを開示し、ここで化合物ライブラリーは複数の分子を含み、このシステムは以下を含む：（ａ）プロセッサおよびメモリ；（ｂ）プロセッサで実行可能な命令を含むコンピュータプログラム、ここでコンピュータプログラムは以下を含む：（１）生物学的配列および合成段階の数を受け取るために構成された受信モジュール；（２）以下のために構成されたシミュレーションモジュール：（ｉ）複数のパターン化マスクを決定すること、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；（ｉｉ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てること；および（ｉｉｉ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。いくつかの実施態様において、合成段階の数は生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列は疾患関連エピトープを含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はペプチド配列を含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はエピトープ配列を含む。いくつかの実施態様において、入力生物学的配列はランダム配列を含む。いくつかの実施態様において、シミュレーションモジュールは入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことを含む。さらなる実施態様において、順序付けられたリストのサイズは合成段階の数である。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストは入力生物学的配列を含む。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストは入力生物学的配列を逆の順序で含む。いくつかの実施態様において、分子はペプチドまたは核酸である。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストはアミノ酸の配列を含む。いくつかの実施態様において、モノマーの順序付けられたリストはヌクレオチドの配列を含む。いくつかの実施態様において、複数のパターン化マスクの数は１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である。いくつかの実施態様において、複数のパターン化マスクの数は合成段階の数である。いくつかの実施態様において、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％は直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している。いくつかの実施態様において、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％は直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している。いくつかの実施態様において、合成段階はフォトリソグラフィーに基づいている。いくつかの実施態様において、基板上の機構は約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも４０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも６０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも７０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも８０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも９０％の分子は異なっている。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の少なくとも５０％の分子は、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である。いくつかの実施態様において、ライブラリー中の分子は、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、ライブラリーは生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む。いくつかの実施態様において、基板はアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される。いくつかの実施態様において、合成された化合物ライブラリーはペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む。いくつかの実施態様において、ペプチドは約５〜約２５アミノ酸長である。いくつかの実施態様において、アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥはペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない。いくつかの実施態様において、化合物ライブラリーは酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている。いくつかの実施態様において、表面スペーサーはＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである。いくつかの実施態様において、化合物ライブラリーはエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている。いくつかの実施態様において、エステル結合はホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である。いくつかの実施態様において、表面スペーサーはＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである。いくつかの実施態様において、基板は親水性単分子層でコートされている。いくつかの実施態様において、親水性単分子層はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む。いくつかの実施態様において、親水性単分子層は均一である。
【００１１】
また、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体結合を特徴付ける方法およびアッセイを含み、本方法は以下を含む：（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを同定する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｃ）工程（ｂ）のアライメントスコアを用いて、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体の結合を特徴付ける工程。
【００１２】
また、本明細書は標的タンパク質における抗体エピトープを同定する方法およびアッセイを開示し、本方法は以下を含む：（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｃ）保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ａ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの前記標的タンパク質にアライメントする工程。
【００１３】
本明細書は標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付ける方法およびアッセイを開示し、本方法は以下を含む：（ａ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｂ）工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された入力ペプチド配列、工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、第２のペプチドアレイを作成する工程、ここで第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：ｉ．合成段階の数を決定する工程；ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；およびｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程；ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；（ｃ）前記第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させ、ペプチドの第２のセットを同定する工程；（ｄ）複数の競合ペプチドの存在下において、前記第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させ、工程（ｃ）における結合シグナルの所定の第２の閾値内において結合シグナルを示す、工程（ｃ）由来の個々のペプチドの第２のセットを同定する工程、および（ｅ）個々のペプチドの前記第２のセットを前記標的タンパク質にアライメントし、同定された個々のペプチドの第２のセットにアライメントする標的タンパク質内の領域を同定し、これにより標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付ける工程。
【００１４】
本明細書はまた、抗体の標的タンパク質を同定する方法およびアッセイを含み、本方法は以下を含む：（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の入力アミノ酸配列を取得する工程、ここで同定された入力アミノ酸配列は複数の競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下における結合シグナルを示す；（ｂ）工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された１以上の入力アミノ酸配列、工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、１以上の第２のペプチドアレイを取得する工程、ここで１以上の第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：（ｉ）合成段階の数を決定する工程；（ｉｉ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；（ｉｉｉ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および（ｉｖ）モノマーを機構上に連結する工程；ここで（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；（ｃ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、前記各第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させ、ペプチド配列のセットを取得する工程；ここで同定されたペプチド配列のセットは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第２の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｄ）ペプチド配列の前記セットを互いにアライメントし、少なくとも１つの予測結合モチーフを取得する工程；および（ｅ）前記予測結合モチーフを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントし、これによりタンパク質データベースの検索結果スコアに基づいて抗体の標的タンパク質を同定する工程。
【００１５】
本明細書はまた、少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定する方法を含み、本方法は以下を含む：（ａ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｂ）工程（ａ）の個々のペプチドを第１のタンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；（ｃ）工程（ａ）の個々のペプチドの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返す工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｄ）工程（ｂ）および（ｃ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得する工程。
【００１６】
本明細書は、少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定する方法およびアッセイを開示し、本方法は以下を含む：（ａ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｂ）工程（ａ）の１以上の個々のペプチドをアライメントし、少なくとも１つの予測標的モチーフを取得する工程；（ｃ）少なくとも１つの予測標的モチーフを第１のタンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；（ｄ）工程（ｂ）の少なくとも１つの予測標的モチーフの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返す工程、ここで工程（ｂ）の少なくとも１つの予測標的モチーフと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｅ）工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得する工程。
【００１７】
本明細書はまた、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体結合を特徴付けるキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：（ａ）ペプチドアレイを提供すること、（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること、（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｄ）使用者が、個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｅ）使用者が、工程（ｄ）のアライメントスコアを用いて、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体の結合を特徴付けるための説明書を提供すること。
【００１８】
さらに本明細書は、標的タンパク質における抗体エピトープを同定するキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：（ａ）ペプチドアレイを提供すること、（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること、（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｄ）使用者が、個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｅ）使用者が、保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ｃ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定するための説明書を提供し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの標的タンパク質にアライメントすること。
【００１９】
また本明細書は、標的タンパク質における抗体エピトープを同定するキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：（ａ）ペプチドアレイを提供すること、（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること、（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｄ）使用者が、個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｅ）使用者が、保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ｃ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定するための説明書を提供し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの標的タンパク質にアライメントすること。
【００２０】
さらに本明細書は、標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付けるキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：（ａ）第１のペプチドアレイを提供すること、（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること、（ｃ）使用者が、複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｄ）使用者が、工程（ｃ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された入力ペプチド配列、工程（ｃ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ｃ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、第２のペプチドアレイを作成するための説明書を提供すること、ここで第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：（ｉ）合成段階の数を決定する工程；（ｉｉ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；（ｉｉｉ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および（ｉｖ）モノマーを機構上に連結する工程；ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；（ｅ）使用者が、第２のペプチドアレイを抗体に接触させ、ペプチドの第２のセットを同定するための説明書を提供すること；（ｆ）使用者が、複数の競合ペプチドの存在下において、第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させるための説明書を提供し、工程（ｅ）における結合シグナルの所定の第２の閾値内において結合シグナルを示す、工程（ｅ）由来の個々のペプチドの第２のセットを同定すること；および（ｇ）使用者が、個々のペプチドの前記第２のセットを前記標的タンパク質にアライメントするための説明書を提供し、同定された個々のペプチドの第２のセットにアライメントする標的タンパク質内の領域を同定し、これにより標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付けること。
【００２１】
また本明細書は、少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定するキットおよびシステムを開示し、該キットは以下を含む：（ａ）ペプチドアレイを提供すること、（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｄ）使用者が、工程（ｃ）の個々のペプチドを第１のタンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；（ｅ）使用者が、工程（ｃ）の個々のペプチドの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返すための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｆ）使用者が、工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得するための説明書を提供すること。
【００２２】
本明細書は、少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定するキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：（ａ）第１のペプチドアレイを提供すること、（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；（ｄ）使用者が、工程（ｃ）の１以上の個々のペプチドをアライメントし、少なくとも１つの予測標的モチーフを取得するための説明書を提供すること；（ｅ）使用者が、少なくとも１つの予測標的モチーフを第１のタンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；（ｆ）使用者が、工程（ｅ）の少なくとも１つの予測標的モチーフの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返すための説明書を提供すること、ここで工程（ｅ）の少なくとも１つの予測標的モチーフと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および（ｇ）使用者が、工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得するための説明書を提供すること。
【００２３】
本明細書で開示されるいくつかの方法、アッセイ、キットおよびシステムにおいて、所定の閾値は、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである。いくつかの開示において、所定の閾値は競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも１８倍以内、少なくとも１６倍以内、少なくとも１４倍以内、少なくとも１２倍以内、少なくとも１０倍以内、少なくとも９倍以内、少なくとも８倍以内、少なくとも７倍以内、少なくとも６倍以内、少なくとも５倍以内、少なくとも４倍以内、少なくとも３倍以内、少なくとも２倍以内、少なくとも１倍以内、少なくとも０．５倍以内、または少なくとも０．２倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである。本明細書で開示される他の方法、アッセイ、キットおよびシステムにおいて、所定の閾値は、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである。本明細書で開示される他の方法、アッセイ、キットおよびシステムにおいて、所定の閾値は、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも１００％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである。いくつかの実施態様において、競合ペプチドは生体試料を含む。他の実施態様において、生体試料は血清である。さらなる他の実施態様において、競合ペプチドは標的タンパク質に由来している。さらなる他の実施態様において、競合ペプチドは標的タンパク質と少なくとも５０％類似している。いくつかの実施態様において、競合ペプチドは標的タンパク質と少なくとも５５％類似、少なくとも６０％類似、少なくとも６５％類似、少なくとも７０％類似、少なくとも７５％類似、少なくとも８０％類似、少なくとも８５％類似、少なくとも９０％類似、少なくとも９５％類似、少なくとも９７％類似、または少なくとも１００％類似している。いくつかの実施態様において、競合ペプチドは抗体の公知のエピトープに由来している。いくつかの実施態様において、競合ペプチドは抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している。他の実施態様において、競合ペプチドは抗体の公知のエピトープと少なくとも５５％類似、少なくとも６０％類似、少なくとも６５％類似、少なくとも７０％類似、少なくとも７５％類似、少なくとも８０％類似、少なくとも８５％類似、少なくとも９０％類似、少なくとも９５％類似、少なくとも９７％類似、または少なくとも１００％類似している。さらなる他の実施態様において、競合ペプチドは本明細書で開示される標的タンパク質に由来する生体試料およびペプチドを含む。
【００２４】
いくつかの実施態様において、ペプチドアレイは少なくとも１０００個の固有のペプチドを含む。他の実施態様において、ペプチドアレイは少なくとも１０，０００個の固有のペプチドを含む。さらなる他の実施態様において、ペプチドアレイは少なくとも１００，０００個の固有のペプチドを含む。さらに他の実施態様において、ペプチドアレイは少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む。他の実施態様において、ペプチドアレイは少なくとも５０００個、少なくとも１０，０００個、少なくとも５０，０００個、少なくとも１００，０００個、少なくとも２５０，０００個、少なくとも５００，０００個、少なくとも７５０，０００個、少なくとも１，０００，０００個、少なくとも２，０００，０００個、少なくとも３，０００，０００個またはそれ以上の固有のペプチドを含む。さらなる他の実施態様において、ペプチドアレイはインサイチュにおいて合成される。さらなる他の実施態様において、ペプチドアレイは以下の工程によって合成される：ａ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；ｂ．合成段階の数を決定する工程；ｃ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；ｄ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；およびｅ．モノマーを機構上に連結する工程；ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【００２５】
さらなる他の実施態様において、結合シグナルは１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される。いくつかの実施態様において、見かけのＫｄは１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で決定される。いくつかの実施態様において、少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する。本明細書で開示される方法、アッセイ、キットおよびシステムは各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、ここで各抗体に、本明細書で開示される工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える。本明細書で開示される方法、アッセイ、キットおよびシステムはまた、各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、ここで各抗体に、本明細書で開示される工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える。
【００２６】
参照による取り込み
本明細書において言及される全ての文献、特許および特許出願は、個々の文献、特許または特許出願が参照によって取り込まれることを具体的かつ個別に示されたのと同じ程度で、参照によって本明細書に取り込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
特許または出願書類は、カラーで作成された少なくとも１つの図を含む。カラーの図を含むこの特許または特許出願の公報の写しが請求および必要な手数料の納付に際して官庁により提供される。
【００２８】
本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲において詳細に記述されている。説明のための実施態様（これは本発明の原理を利用している）を記述している以下の詳細な説明および以下に添付されている図を参照することによって、本発明の特徴および利点のよりよい理解が得られる。
【００２９】
【図１】図１は、ペプチドアレイを構築するためのフォトリソグラフィーの方法を示す。
【００３０】
【図２】図２は顕微鏡で撮影した例示の画像を示す。
【００３１】
【図３】図３は、ペプチドライブラリーアレイ上の単一のアレイの機構から直接得られたマススペクトルを示す。
【００３２】
【図４】図４は、ｐ５３Ａｂ１モノクローナル抗体エピトープ（ＲＨＳＶＶ）のアラニンスキャニングを示す。
【００３３】
【図５】図５はマスクアルゴリズムの図示である。
【００３４】
【図６】図６はマスクの配列を示す。
【００３５】
【図７】図７は順序付けられた合成段階の図示である。
【００３６】
【図８】図８は、インシリコでシミュレートされたペプチドライブラリー合成からのペプチド長の分布の例を示す。
【００３７】
【図９】図９は、本明細書で開示されるマスクおよび合成アルゴリズムを用いて作成された、シミュレートされたライブラリーにおける配列長の分布の例を示す。
【００３８】
【図１０】図１０は、多様性ライブラリーから取得されるエピトープモチーフ由来のアレイペプチドのフォーカストライブラリーから取得されるエピトープモチーフ由来のアレイペプチドのフォーカストライブラリーからエピトープ配列を取得する方法を示す。
【００３９】
【図１１】図１１は、多様性ライブラリーにおいて抗ＨＥＲ２ ｍＡｂに結合された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）からＨＥＲ２濃縮されたエピトープモチーフを取得し（Ａ）、そのモチーフを用いて抗ＨＥＲ２ ｍＡｂに結合された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）を含むアレイペプチドのフォーカストライブラリーを提供する（Ｂ）ことによって標的タンパク質における例示的な直鎖状エピトープを同定する方法を示し、これはＨＥＲ２の完全なエピトープ配列を同定する（Ｃ）。ClustalWアライメントによってＨＥＲ２にアライメントされた個々のペプチド（重要なペプチドを含む）において最も頻繁に同定されたアミノ酸をWebLogo(Crooks GE et al., (2004) Genome Res 14: 1188-1190)として示す。対応するＨＥＲ２配列（ＵｎｉＰｒｏｔ ＩＤ＝＃Ｐ０４６２６）をｘ軸に沿って示す。各位置におけるアミノ酸を垂直に示し、アライメントされた重要なライブラリーペプチドにおける出現率を１文字コードの高さで示す。
【００４０】
【図１２】図１２は、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂによって結合される多様性ライブラリーの個々のペプチド（重要なペプチドを含む）において存在する三量体のアライメントの例示的なスコア化を示す。
【００４１】
【図１３】図１３は、多様性ライブラリー由来のペプチドにおいて同定された減少したアミノ酸のセットの、フォーカストペプチドアレイライブラリーの完全なアミノ酸のセットへの例示的なマッピングを示す。
【００４２】
【図１４Ａ】図１４Ａは、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ Thermo MA5-13675（クローン３Ｂ５）の用量反応アッセイにおいて、多様性ライブラリーから同定された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のアライメントを示す。
【００４３】
【図１４Ｂ】図１４Ｂは、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Thermo MA5-13675（クローン３Ｂ５））の用量反応アッセイにおいて、フォーカストライブラリーから同定された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のアレイペプチド配列（左列）および対応するアライメント（右列）を示す。
【００４４】
【図１４Ｃ】図１４Ｃは、ＨＥＲ２にアライメントされたペプチドにおいて最も頻繁に同定されたアミノ酸をＷｅｂＬｏｇｏとして示す。
【００４５】
【図１４Ｄ】図１４Ｄは、公知の免疫原と予測エピトープ配列との対応する同一性を示す。
【００４６】
【図１５Ａ】図１５Ａは、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Santa Cruz SC-33684（クローン３Ｂ５））の用量反応アッセイにおいて、多様性ライブラリーから同定された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のアライメントを示す。
【００４７】
【図１５Ｂ】図１５Ｂは、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Santa Cruz SC-33684（クローン３Ｂ５））の用量反応アッセイにおいて、フォーカストライブラリーから同定された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のアレイペプチド配列（左列）および対応するアライメント（右列）を示す。
【００４８】
【図１５Ｃ】図１５Ｃは、ＨＥＲ２アライメントされたペプチドにおいて最も頻繁に同定されたアミノ酸をＷｅｂＬｏｇｏとして示す。
【００４９】
【図１５Ｄ】図１５Ｄは、公知の免疫原と予測エピトープ配列との対応する同一性を示す。
【００５０】
【図１６Ａ】図１６Ａは、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Cell Signaling 2165（クローン２９Ｄ８））の用量反応アッセイにおいて、多様性ライブラリーから同定された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のアライメントを示す。
【００５１】
【図１６Ｂ】図１６Ｂは、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Cell Signaling 2165（クローン２９Ｄ８））の用量反応アッセイにおいて、フォーカストライブラリーから同定された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のＨＥＲ２にアライメントされたペプチドにおいて最も頻繁に同定されたアミノ酸をＷｅｂＬｏｇｏとして示す。
【００５２】
【図１６Ｃ】図１６Ｃは、ＨＥＲ２にアライメントされたペプチドにおいて最も頻繁に同定されたアミノ酸をＷｅｂＬｏｇｏとして示す。
【００５３】
【図１６Ｄ】図１６Ｄは、公知の免疫原と予測エピトープ配列との対応する同一性を示す。
【００５４】
【図１７】図１７Ａは、個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のアライメントから同定されたＨＥＲ２の直鎖成分および構造エピトープを示す。図１７Ｂは、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂによって結合されるフォーカストライブラリーにおける個々のペプチド（重要なペプチドを含む）のアライメントを示す。
【００５５】
【図１８】図１８は、図１７に示されるように同定されたＨＥＲ２の構造エピトープの直鎖成分の配列、および抗ＨＥＲ２ ｍＡｂであるトラスツズマブＦａｂ（ハーセプチン）の結晶構造と直鎖成分との相互作用を示す。
【００５６】
【図１９】図１９は、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Cell Signaling 2165（クローン２９Ｄ８））の用量反応アッセイにおいてフォーカストライブラリーから同定された上位１０種の個々のペプチド（重要なペプチドを含む）（Ａ）および中位１０種のペプチド（Ｂ）のＢＬＡＳＴアライメントの結果を示す。
【００５７】
【図２０】図２０は、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Thermo MA5-13675（クローン３Ｂ５））の用量反応アッセイにおいてフォーカストライブラリーから同定された上位１０種の個々のペプチド（重要なペプチドを含む）（Ａ）および中位１０種のペプチド（Ｂ）のＢＬＡＳＴアライメントの結果を示す。
【００５８】
【図２１】図２１は、抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Santa Cruz SC-33684（クローン３Ｂ５））の用量反応アッセイにおいてフォーカストライブラリーから同定された、上位１０種の個々のペプチド（重要なペプチドを含む）（Ａ）および中位１０種のペプチド（Ｂ）のＢＬＡＳＴアライメントの結果を示す。
【００５９】
【図２２】図２２は、ＨＥＲ２およびＥＧＦＲに対する抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ（Cell Signaling（#2165））の性質を示す。
【発明を実施するための形態】
【００６０】
免疫療法は、身体の免疫系を利用してがんを探索および処置する、がん処置の一種である。免疫療法の発展において非常に活発な領域は細胞表面の受容体（がん細胞に乗っ取られたＴ細胞抑制性受容体など；例えば抗ＣＴＬＡ−４、抗ＰＤ−１）を標的とする抗体または生物製剤を設計する能力（すなわちチェックポイント療法）である。いくつかの手法は複数の受容体を標的とする多特異性抗体（Ｔ細胞およびがん細胞を単一の二重特異性分子に共に結合させるＢｉＴＥ抗体構造など）の設計に基づく。これらの多特異性構造はさらなる課題（特徴付けを必要とするより多くのリード候補およびオフターゲット結合が増加する可能性など）をもたらす。抗体は、医薬品の研究開発（Ｒ＆Ｄ）において柔軟で治療に関連のあるプラットフォームであることが証明されているが、初期の発見から後期の開発までに候補抗体のオンターゲット結合活性およびオフターゲット結合活性を網羅的に特徴付ける能力において重大な制限がある。
【００６１】
合成されたペプチドライブラリーは抗体結合の特徴付けのために通常使用されるが、これは高価であり、配列空間の小さな試料（すなわち、エピトープマッピング／ビニング）に制限される。合成されたペプチドライブラリーを用いた抗体の特徴付けは、相対的に低いスループットの方法（１０，０００種未満の抗体−ペプチド相互作用（例えば２０種の抗体ｖｓ．５００種のペプチド）の測定に制限される表面プラズモン共鳴およびインターフェロメトリーなど）を用いて現在実行されている。タンパク質およびペプチドのマイクロアレイが１０，０００種を超える抗体−ペプチド相互作用を特徴付けるために使用され得るが、タンパク質アレイおよびロボット制御でプリントされたペプチドアレイは桁違いな費用がかかり、インサイチュで合成されたペプチドアレイは拡張性、再現性および生成物の質の欠如に悩まされている。ファージまたは酵母ペプチドディスプレイライブラリーもまた抗体−ペプチド相互作用を同定するために使用されるが、これらの反復性の選択方法は最も親和性の高い相互作用に対するデータのみを提供し、中程度の親和性で臨床的に関連のある多くの抗体−標的相互作用は検出できないままである。抗体−標的相互作用の特徴付けにおけるこれらの制限は、一般的にオフターゲット結合効果が検出できない結果としてのリード候補の失敗によって、最終的に開発費用を増加させる。
【００６２】
本明細書で開示される技術は、治療抗体および生物学的なリード候補の信頼性のある、ハイスループット、安価および網羅的な結合の特徴付けを可能にする。例えばこの技術の利点は以下を含む：１）特徴付けされ得るリード候補の数の増加、２）リード候補の成功率の改善、および３）免疫療法の開発費用の低減。本明細書で開示される技術は、半導体製造のために開発された方法および設備を用いた、インサイチュのペプチド合成に基づく高度にスケーラブルなアレイに基づくペプチドライブラリープラットフォームを含む。本明細書で開示される方法およびアッセイはまた、抗体結合領域（エピトープおよび推定エピトープを含む）および抗体に対するタンパク質標的を同定する能力を提供し、これは例えば有害相互作用または非標的相互作用に関与し得る可能性のあるオフターゲットタンパク質の解明を可能にする。
【００６３】
アレイプラットフォーム
本明細書は、化合物ライブラリー合成の多様性および忠実性を増加させるアレイプラットフォームを提供する方法およびプロセスを開示する。アレイプラットフォームはアレイの表面上の複数の個々の機構を含む。各機構は通常、アレイの表面上においてインサイチュで合成された複数の個々の分子を含み、ここで該分子は機構内で同一であるが、該分子の配列および同一性は機構間で異なる。アレイ分子は、核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ、ヌクレオシド、ヌクレオチド、それらの構造類似体またはそれらの組合せを含む）、ペプチド、ペプチド模倣物およびそれらの組合せなどを含むがこれらに限定されず、ここでアレイ分子は分子内に天然または非天然の単量体を含み得る。このようなアレイ分子は大型の合成ペプチドアレイの合成を含む。いくつかの実施態様において、アレイ中の分子はミモトープ（エピトープの構造を模倣した分子）であり、エピトープ誘導性抗体に結合できる。いくつかの実施態様において、アレイ中の分子はパラトープまたはパラトープ模倣物であり、これらは抗原のエピトープに結合する抗体（またはＴ細胞受容体）の可変領域内の部位を含む。いくつかの実施態様において、本発明のアレイはランダムペプチド配列、準ランダムペプチド配列または多様なペプチド配列を含むペプチドアレイである。いくつかの実施態様において、多様なペプチド配列は、例えば特定の生物（例えば、結核菌（Ｍｔｂ）プロテオームライブラリー（Schubert et al., Cell Host Microbe (2013) 13(5):602-12）参照）またはオルガネラ（例えば、ミトコンドリア（Ｍｔｄ）プロテオームライブラリー（Calvo and Mootha, Annu. Rev. Genomics (2010) 11:25-44）参照）などに由来するプロテオームライブラリーに由来し得る。
【００６４】
さらなる他の実施態様において、多様なペプチド配列はアミノ酸のあらゆる公知の組合せのセット（例えば、可能性のある全ての四量体の少なくとも１００％、可能性のある全ての四量体の少なくとも９０％、可能性のある全ての四量体の少なくとも８５％、可能性のある全ての四量体の少なくとも８０％、可能性のある全ての四量体の少なくとも７５％、可能性のある全ての四量体の少なくとも７０％、可能性のある全ての四量体の少なくとも６５％、可能性のある全ての四量体の少なくとも６０％、可能性のある全ての四量体の少なくとも５５％、可能性のある全ての四量体の少なくとも５０％、可能性のある全ての四量体の少なくとも４５％、可能性のある全ての四量体の少なくとも４０％、可能性のある全ての四量体の少なくとも３５％、可能性のある全ての四量体の少なくとも３０％、または可能性のある全ての四量体の少なくとも２５％）に由来し得る。さらなる他の実施態様において、多様なペプチド配列は可能性のある全ての五量体のセット（例えば、可能性のある全ての五量体の少なくとも１００％、可能性のある全ての五量体の少なくとも９５％、可能性のある全ての五量体の少なくとも９０％、可能性のある全ての五量体の少なくとも８５％、可能性のある全ての五量体の少なくとも８０％、可能性のある全ての五量体の少なくとも７５％、可能性のある全ての五量体の少なくとも７０％、可能性のある全ての五量体の少なくとも６５％、可能性のある全ての五量体の少なくとも６０％、可能性のある全ての五量体の少なくとも５５％、可能性のある全ての五量体の少なくとも５０％、可能性のある全ての五量体の少なくとも４５％、可能性のある全ての五量体の少なくとも４０％、可能性のある全ての五量体の少なくとも３５％、可能性のある全ての五量体の少なくとも３０％、または可能性のある全ての五量体の少なくとも２５％）に由来し得る。さらなる他の実施態様において、アレイの多様なペプチド配列は、アミノ酸の組合せのセット（例えば、可能性のある全ての六量体の２５〜１００％、可能性のある全ての七量体の２５〜１００％、可能性のある全ての八量体の２５〜１００％、可能性のある全ての九量体の２５〜１００％、可能性のある全ての十量体の２５〜１００％、またはそれらの組合せ）に由来し得る。多様なペプチド配列の表示はアレイのサイズによってのみ制限される。したがって、大型のアレイ（例えば、少なくとも百万、少なくとも二百万、少なくとも三百万、少なくとも四百万、少なくとも五百万、少なくとも六百万、少なくとも七百万、少なくとも八百万、少なくとも九百万、少なくとも一千万、またはそれ以上のペプチド）が本明細書で開示される方法、システムおよびアッセイと共に使用され得る。あるいは、またはさらに、生体試料または抗体によって認識されるペプチド配列またはモチーフの解像度のために必要とされる配列空間を包含するために、複数の実質的に重複のないペプチドライブラリー／ペプチドアレイが合成され得る。
【００６５】
いくつかの実施態様において、アレイ上の個々のペプチドは様々であり、かつ／または種々の長さである。いくつかの実施態様において、ペプチドは６〜２０アミノ酸長、または７〜１８アミノ酸長、または８〜１５アミノ酸長、または９〜１４アミノ酸長である。他の実施態様において、ペプチドは、少なくとも６アミノ酸長、少なくとも７アミノ酸長、少なくとも８アミノ酸長、少なくとも９アミノ酸長、少なくとも１０アミノ酸長、少なくとも１１アミノ酸長、少なくとも１２アミノ酸長、少なくとも１３アミノ酸長、少なくとも１４アミノ酸長、または少なくとも１５アミノ酸長である。さらなる他の実施態様において、ペプチドは最大で１５アミノ酸長、最大で１４アミノ酸長、最大で１３アミノ酸長、最大で１２アミノ酸長、最大で１１アミノ酸長、最大で１０アミノ酸長、最大で９アミノ酸長、または最大で８アミノ酸長である。さらなる他の実施態様において、アレイ上のペプチドは、平均で約６アミノ酸長、約７アミノ酸長、約８アミノ酸長、約９アミノ酸長、約１０アミノ酸長、約１１アミノ酸長、約１２アミノ酸長、約１３アミノ酸長、約１４アミノ酸長、または約１５アミノ酸長である。
【００６６】
さらなる他の実施態様において、アレイ上のペプチドのためのアミノ酸構成要素は全ての天然アミノ酸を含む。他の実施態様において、アレイ上のペプチドのためのアミノ酸構成要素は非天然アミノ酸または合成アミノ酸を含む。さらなる他の実施態様において、１９種のアミノ酸のみがアレイ上のペプチドを合成するための構成要素として使用される。さらなる他の実施態様において、１８種のアミノ酸のみ、１７種のアミノ酸のみ、１６種のアミノ酸のみ、１５種のアミノ酸のみ、または１４種のアミノ酸のみがアレイ上のペプチドを合成するための構成要素として使用される。いくつかの実施態様において、システインはペプチド合成の間、除外される。他の実施態様において、メチオニンはペプチド合成の間、除外される。さらなる他の実施態様において、イソロイシンはペプチド合成の間、除外される。さらなる他の実施態様において、スレオニンはペプチド合成の間、除外される。さらなる他の実施態様において、システイン、メチオニン、イソロイシンおよび／またはスレオニン（それらのあらゆる組合せを含む）はペプチド合成の間、除外される。
【００６７】
いくつかの実施態様において、本発明のアレイはフォーカスまたは制限されたペプチド配列のセットを含むペプチドアレイであり、これらの全ては入力アミノ酸配列、入力ペプチド配列、入力アミノ酸モチーフまたは入力ペプチドモチーフに由来する。１以上のペプチドアレイは本明細書で開示される方法、システムおよびアッセイと共に使用され得、これは多様性ペプチドアレイもしくは準ランダムペプチドアレイおよび／またはフォーカスまたは制限されたペプチド配列のセットを含む。例えば、本明細書で開示される方法、システムおよびアッセイは、多様なペプチドのセットおよびフォーカスまたは制限されたペプチドのセットの両方を選択することを利用する。ペプチドアレイは、本明細書で開示される生体試料を平行または連続のいずれかで使用し得る。例えば、多様性ペプチドアレイが最初に使用され得、少なくとも１つのモチーフ（配列に基づくモチーフまたは構造に基づくモチーフのいずれか）または配列が（例えば未知の結合プロファイルを有する）モノクローナル抗体のために取得される。次に、同定されたモチーフまたは配列が、少なくとも１つのフォーカスまたは制限されたペプチド配列のセットの作成のために入力配列として使用され得、アッセイが本明細書に記述されるように実行される。本明細書に記述される方法、システムおよびアッセイを用いて、複数のフォーカスまたは制限されたペプチドアレイのセットが使用され得、未知のモノクローナル抗体の抗体結合を特徴付ける。
【００６８】
ほとんど全ての治療抗体のスクリーニングは、選択された数のリードに対するいくつかのレベルのエピトープマッピングおよびエピトープビニングを組み込み、これらのデータはリードを開発パイプラインに進める決定をもたらす。エピトープマッピング研究は通常、ペプチドの体系的な重複配列を利用し、抗体−標的相互作用の原因となるアミノ酸を決定する。エピトープビニング研究は数種のリード抗体のエピトープをマッピングし、同定されたエピトープに対するそれらの結合親和性／速度論によって抗体をビニング(bin)する。エピトープビニング研究は、種々のエピトープ反応性ならびに潜在的に種々の作用機序およびオフターゲット効果を有するリード抗体を同定する重要な決定のデータセットである。通常、エピトープビニングおよびエピトープマッピングの特徴付けは、公知のエピトープに関連する標的ペプチド配列の合成されたライブラリーを用いて行われ、これは制限された分析スループットおよび精製された合成ペプチドライブラリーの高い費用のために、分析を数千種の標的相互作用（例えば１０種のリード抗体ｖｓ．１００種のペプチド）に制限する。このような少数の抗体−標的相互作用の特徴付けは多くのオフターゲットおよび／または低親和性相互作用を未検出とし、開発パイプラインの後期において候補の失敗率を増大させる。
【００６９】
現在のあらゆるエピトープマッピング／エピトープビニングプラットフォームの共通の欠点は、可能性のある相互作用の全体数と比較して著しく制限された抗体−エピトープ相互作用分析のスループットである。この分析スループットの制限は、抗体を発見する科学者にさらなる開発のために選択されるリードの数を減少させることを強いる。結果として、リードの数の減少は後期の抗体治療候補の失敗のリスクを増大させる。最終的に、これはこれらの成功している候補の費用を増大させ、同様に失敗している候補のＲ＆Ｄ費用を助成している。制限された分析スループットに関連するリスクは、標的疾患に関連する特定の多特異性および最小限のオフターゲット効果を有する候補を同定するために、より多くのリード抗体の選択を必要とする多特異性抗体のスクリーニングの出現と共に増大している。
【００７０】
本明細書で開示される技術は半導体製造方法および組合せ化学合成を統合したフォトリソグラフィーアレイ合成プラットフォームを含み、シリコンウエハー上にアレイに基づくライブラリーを作成する。図１は、フォトリソグラフィー方法のプロファイルの概観を示す；プラットフォームはペプチド合成を伸長させるための基板１０１を含む。マスク１０２およびその後のＵＶ光の適用はペプチド合成を制御し得る。さらに、別のマスクをＵＶ光の曝露と共に連続的に適用することによって、様々なアレイの機構が確立され得る。フォトリソグラフィー機構のパターン化における非常に大きな進歩を利用することによって、アレイ合成プラットフォームは高度にスケーラブルであり、８インチのウエハー上に４千万個の機構を有する組合せ化学ライブラリーを作成することができる。フォトリソグラフィーアレイ合成は、高度な再現性を達成するためにクラス１０，０００のクリーンルームにおいて半導体ウエハー作製装置を用いて実行される。ウエハーが標準的なスライドガラスの寸法でさいの目に切られている場合、各スライドは３百万を超える別個の化学成分を含む。
【００７１】
いくつかの実施態様において、本明細書で開示された技術によって作成された化合物ライブラリーを含むアレイは、免疫に基づく診断アッセイ（例えば、イムノシグネチャー(immunosignature)アッセイと呼ばれる）のために使用される。アレイに結合した血液の液滴由来の患者の抗体レパートリーを用いて、結合したアレイの蛍光結合プロファイル画像は疾患ｖｓ．健常を分類するための十分な情報を提供する。図２は、顕微鏡で撮影した例示の画像を示す。画像はアレイに結合したＩｇＧ抗体レパートリーの蛍光画像を含む。正方形の各機構は１４μｍ２であり、スライドガラスに対して３百万を超える別個のペプチドの密度でパターン化されている。
【００７２】
いくつかの実施態様において、イムノシグネチャーアッセイは自己免疫疾患を診断／モニターし、自己免疫処置に対する応答を評価する臨床応用のために開発されている。イムノシグネチャーアッセイの例示的な実施態様は、"Compound Arrays for Sample Profiling"という題名の米国における付与前の公表第２０１２／０１９０５７４号、および"Immunosignaturing: A Path to Early Diagnosis and Health Monitoring"という題名の米国における付与前の公表第２０１４／００８７９６３号（これらの両方はこのような開示のために参照によって本明細書に取り込まれる）において詳細に記述されている。本明細書で開発されたアレイは、直交する分析方法（偏光解析法、質量分析および蛍光を含む）を用いて合成された各アレイ内の分析測定の能力を取り込む。これらの測定は、アレイ合成の性能の長期的な定性的評価および定量的評価を可能とする。
【００７３】
インサイチュで合成されたペプチドアレイの主要な欠損の１つは、合成されたペプチドの機構の純度を直接測定できないことである。いくつかの実施態様において、技術はシリコンウエハーから直接合成されたペプチドのインサイチュにおける定性的な質量分析を含む。質量分析は、ペプチドの切断がアレイ機構から拡散せずに行われるように、気相で切断可能なリンカーをシリコン表面と合成されたペプチドとの間に組み込むことによって実行される。ペプチド切断の後に、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析が、薄いエアロゾルマトリックス層を適用し、次いでＭＡＬＤＩレーザーの焦点を個々のペプチド機構に合わせることによってシリコン表面上で直接実行され、合成された各ペプチドのマススペクトルを取得する。
【００７４】
図３は、ペプチドライブラリーアレイ上の単一のアレイの機構から直接取得されたマススペクトルを示す。フォトリソグラフィー合成の手法を用いて作製されたペプチドアレイ機構からのインサイチュにおける定性的なＭＡＬＤＩマススペクトルもまた、本明細書で記述される方法およびデバイスに含まれる。当業者に公知の他の分析はまた、本明細書で開示されるインサイチュでの合成方法の忠実度を定量化および／または定性化するために使用され得る。
【００７５】
抗体のペプチドアレイへの結合
様々な実施態様において、本明細書で開示される方法、システムおよび技術は、結合イベント（これはペプチドアレイ上で生じる抗体とペプチドとの結合イベントを含む）を検出するペプチドアレイプラットフォームを提供する。いくつかの実施態様において、ペプチドアレイは高密度ペプチドアレイである。いくつかの実施態様において、アレイは０．５ｎｍ未満、１ｎｍ未満、２ｎｍ未満、３ｎｍ未満、４ｎｍ未満、５ｎｍ未満、６ｎｍ未満、７ｎｍ未満、８ｎｍ未満、９ｎｍ未満、１０ｎｍ未満離れて、１１ｎｍ未満離れて、１２ｎｍ未満離れて、１３ｎｍ未満離れて、１４ｎｍ未満離れて、または１５ｎｍ未満離れて間隔を空けたアレイ上の機構内の個々のペプチドを含む。
【００７６】
生体試料を添加し、ペプチドアレイと共にインキュベートすることができる。生体試料は、血液、乾燥血液、血清、血漿、唾液、涙、涙管液(tear duct fluid)、拭き取り検体(check swab)、生検、組織、皮膚、毛髪、脳脊髄液試料、便、または尿試料を含む。いくつかの実施態様において、対象は少量の血液を取り出し、それを表面（濾紙または他の吸収源）またはバイアルもしくは容器内に添加し、場合により乾燥させるために、「指先穿刺」または「指穿刺(fingerprick)」を使用し得る。対象によって提供される生体試料は濃縮または希釈され得る。さらなる他の実施態様において、生体試料は精製した抗体調製物（モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、抗体フラグメント、単鎖抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、または抗体薬物複合体などを含む）である。さらなる他の実施態様において、生体試料は細胞培養物、または細胞宿主中で組換え抗体を増殖させるのに使用される他の成長培地である。
【００７７】
いくつかの実施態様において、本明細書で開示される方法またはシステムによる分析のために、わずか約０．５ｎｌ〜約５０μｌの生体試料が必要とされる。さらなる他の実施態様において、約０．５ｎｌ〜２５μｌ、約５ｎｌ〜１０μｌ、約５ｎｌ〜５μｌ、約１０ｎｌ〜５μｌ、約１０ｎｌ〜２．５μｌ、約１００ｎｌ〜２．５μｌ、または約１００ｎｌ〜１μｌの生体試料が分析のために必要とされる。いくつかの実施態様において、対象は（例えば生検または組織由来の）固形の生体試料を提供し得る。いくつかの実施態様において、本明細書で開示される方法またはシステムによる分析のために、約１ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、または約１００ｍｇの生体試料が必要とされる。
【００７８】
いくつかの実施態様において、対象由来の生体試料は過度に濃縮されており、本発明のアレイに接触させる前に希釈を必要とする。試料を本発明のアレイに接触させる前に、複数の希釈が生体試料に適用され得る。希釈は段階希釈であり得、これは対数の様式における濃度の等比級数をもたらし得る。例えば、１０倍の段階希釈は、１Ｍ、０．０１Ｍ、０．００１Ｍ、およびその等比級数であり得る。希釈は、例えば１倍希釈、２倍希釈、３倍希釈、４倍希釈、５倍希釈、６倍希釈、７倍希釈、８倍希釈、９倍希釈、１０倍希釈、１６倍希釈、２５倍希釈、３２倍希釈、６４倍希釈、および／または１２５倍希釈であり得る。
【００７９】
結合イベントの検出
試料の成分とペプチドアレイとの間の結合相互作用は、多様な形式で検出され得る。いくつかの形式において、試料の成分は標識されている。標識は特に、放射性同位体または色素であり得る。標識は、試料を得る前に患者に標識を投与すること、または標識を試料またはその選択された成分と連結することのいずれかによって供給され得る。
【００８０】
結合相互作用はまた、二次検出試薬（抗体など）を用いて検出され得る。例えば、試料中の抗体のアレイへの結合は、抗体のアイソタイプ（例えば、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４などのあらゆるサブタイプを含む）、ＩｇＡ、ＩｇＭ）に特異的な二次抗体を用いて検出され得る。二次抗体は通常、標識されており、分析される試料中の特定のアイソタイプの全ての抗体に結合し得る。種々のアイソタイプ特異性を有する（例えば、種々の宿主由来の）種々の二次抗体が使用され得る。
【００８１】
結合相互作用はまた、無標識の方法（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）および質量分析など）を用いて検出され得る。ＳＰＲは解離定数および解離速度の測定を（例えば、この種の分析用のA-100 Biocore/GE装置を用いて）提供し得る。
【００８２】
結合イベントの検出はまた、競合ペプチドの存在下において生じ得る。いくつかの実施態様において、競合阻害剤は、本明細書で開示される特定のエピトープ、モチーフまたは入力配列に同一、類似、または由来するペプチドである。いくつかの実施態様において、競合阻害ペプチドは、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、または少なくとも５０種のペプチドの混合物を含む。いくつかの実施態様において、競合ペプチドは天然アミノ酸および／または非天然アミノ酸を含む。いくつかの実施態様において、競合阻害ペプチドは、特定のエピトープ、モチーフまたは入力配列と少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、および／または少なくとも９９％同一であることを含む。他の実施態様において、競合阻害ペプチドは、特定のエピトープ、モチーフまたは入力配列と少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、および／または少なくとも９９％類似であることを含む。いくつかの実施態様において、類似性は配列または構造によって決定され得る。他の実施態様において、競合阻害ペプチドはランダムペプチドまたは準ランダムペプチドの混合物を含み得る。さらなる他の実施態様において、競合ペプチド混合物は、本明細書で開示される競合阻害ペプチドに添加された、または本明細書で開示される競合阻害ペプチドの代替の生物学的供給源（例えば、血清、血漿または血液）を含み得る。競合阻害ペプチドを結合反応物に添加し、競合阻害ペプチドの非存在下および存在下における結合シグナルの変化を測定することによって、アレイ上のペプチドと生体試料との間の相互作用のストリンジェンシーを考慮した情報を伝える特異性の測定が所得され得る。特異性は、競合剤の存在下で測定された親和性（Ｋｄ）、および／または生体試料または抗体に結合し、推定結合部位として同定された特定のモチーフまたは配列を含む同定されたペプチドの数に関して測定され得る。
【００８３】
治療抗体の開発および特徴付け：抗体エピトープ結合プロファイル
いくつかの実施態様において、ペプチドアレイ上の抗体結合の検出は本明細書で開示される技術によって対処できるいくつかの課題をもたらす。この技術は、特定のコーティングおよび官能基密度を用いて表面の性質を調製でき、これはペプチドアレイを用いて抗体結合をプロファイルするための２つの潜在的な欠点を対処するのに利用されている。第１にペプチドアレイ上の非特異的抗体結合は、シリコン表面を中程度に親水性の単分子層であるポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストラン、およびそれらの組合せを用いてコーティングすることによって最小化される。いくつかの実施態様において、親水性単分子層は均一である。第２に合成ペプチドは、ペプチドが立体障害のない配向で抗体に提示されるように、ペプチドを表面から離すスペーサーを用いてシリコン表面に連結される。また表面スペーサーは、主に無秩序な構造である直鎖状ペプチドと比較して全てのペプチドが一貫した秩序構造を持って抗体に提示されるように、ペプチドを環化させるために使用され得る。いくつかの実施態様において、表面スペーサーは以下の配列を含む：環状スペーサー例１：システイン グリシン−プロリン−グリシン−（可変アミノ酸配列（Ｘａａ）ｎ）−グリシン−プロリン−グリシン−システイン、ここで２つのシステイン残基は酸化条件下で環化できる。他の実施態様において、表面スペーサーは以下の配列を含み得る：環状スペーサー例２：システイン−（ＰＥＧ３）−（可変アミノ酸配列（Ｘａａ）ｎ）−（ＰＥＧ３）−システイン、ここで２つのシステイン残基は酸化条件下で環化できる。さらなる他の実施態様において、表面スペーサーは以下の配列を含む：環状スペーサー例３：リジン−（ＰＥＧ３）−（可変アミノ酸配列（Ｘａａ）ｎ）−（ＰＥＧ３）−リジン、ここで２つのリジン残基はホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合を用いて環化できる。まとめると、これらの表面の開発は溶液相の抗体結合に近似または相関するアレイ上の抗体結合プロファイルを作成する。
【００８４】
図４は本明細書で開示される方法の例示的な実施態様を示し、これはｐ５３Ａｂ１モノクローナル抗体エピトープ（ＲＨＳＶＶ）のアラニンスキャニングを示す。アラニンスキャニングライブラリーアレイは、エピトープの最初の３つの位置（ＲＨＳ）に個別に置換されたアラニンと共に合成された。本明細書で開発されたアレイ上の天然エピトープ（４０１）に対して、アラニン置換の機構（４０２、４０３および４０４）に結合するｐ５３Ａｂ１抗体が減少したことは、公開されたｐ５３Ａｂ１エピトープバリアント結合と相関する。
【００８５】
いくつかの実施態様において、本明細書で開示される技術はアレイを用いた抗体結合プロファイルの検出における抗体標識の方法に対処する。抗体の直接の蛍光標識は公知のエピトープへの結合を抑制、改変または抑止することが多い。この問題に対処するため、本明細書で開示される技術は、まず非標識の一次抗体（プロファイルされる抗体）をアレイに結合させ、次に非標識の一次抗体上に固定されたエピトープ（例えばＩｇＧ抗体のＦｃ領域）に結合する、蛍光標識された二次抗体を結合させる「サンドウィッチアッセイ」法（これはサンドウィッチＥＬＩＳＡアッセイに類似している）を含む。標識された二次抗体の一次抗体への結合はアレイ上のインキュベーション前に確認され、標識された二次抗体が予想されるように一次抗体に結合することを保証する。
【００８６】
アレイ表面およびアッセイの進歩が頑強な抗体結合プロファイルを作成することの検証をｐ５３結合モノクローナル抗体（ｐ５３Ａｂ１）のための公知のペプチドエピトープ（ＲＨＳＶＶ）のアラニンスキャンを用いて行っている。アラニンスキャンペプチド配列セットをフォトリソグラフィーペプチドアレイ合成を用いて合成し、これは以下を含む：ＡＨＳＶＶ、ＲＡＳＶＶ、ＲＨＡＶＶ、ここでアラニン（Ａ）をエピトープの最初の３つの位置に置換している。ｐ５３ＡＢ１抗体およびアラニンスキャンアレイと共にサンドウィッチアッセイ法を用いて、図４に示すように、各アラニン置換配列への結合を公知のエピトープＲＨＳＶＶと比較している。アレイから得られたｐ５３Ａｂ１アラニンスキャン抗体結合プロファイルの結果は、ｐ５３Ａｂ１が高親和性結合のためにペプチドエピトープ中のＲ、ＨおよびＳを必要とすることを示す公開されている結果と一致する。
【００８７】
マスクアルゴリズム
本明細書で開示される新規なマスクアルゴリズムおよび合成アルゴリズムは、標的エピトープがアルゴリズムのための入力配列として使用され得、結果としてそのエピトープ周囲の化合物空間の領域がスクリーニングされ得る（これは付加、短縮化、置換および欠失を含む）ため、抗体の発見および特徴付けに特に関連する。これはがんにおいて存在する高いエピトープ変異率のために、がん標的抗体をスクリーニングするのに特に重要である。エピトープ周囲の配列空間の領域をスクリーニングすることによって、多数のがん関連変異が検出され得る。
【００８８】
連続的なマスク（すなわちマスクｎ ｖｓ．マスクｎ＋１）間の開いた機構における一定の割合の重複を含むことによって、入力配列（例えば標的エピトープ）周囲の配列空間の徹底的なマッピングおよび分析を可能にする、高度に多様な化合物ライブラリーアレイ（例えば、ペプチドアレイ）が合成され得る。
【００８９】
いくつかの実施態様において、フォトリソグラフィーマスクの固定されたセットを用いて、最大でｎの長さの任意の入力配列によって規定される化合物空間の領域をサンプリングし、ここでｎはセットにおけるマスクの数である。このアルゴリズムは、規定された配列を用いてライブラリーを作成することが通常、高価で時間のかかるマスクの新規なセットを必要とするという点において、光パターン化された(photo-patterned)合成における柔軟性の主要な制限を克服する。
【００９０】
主要で革新的な成果は、例えば最大で２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１４７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００アミノ酸長のアミノ酸配列の、任意の入力ペプチドエピトープ配列由来の少なくとも５００，０００種の配列バリアントの結合プロファイル（すなわち、エピトープマッピング＆ビニング）を測定する能力を有する、高度にスケーラブルで網羅的な抗体結合の特徴付けのプラットフォームである。本明細書で開示されるプラットフォームの方法およびデバイスは、治療抗体および免疫療法の発見の分野を著しく進歩させる。この新規なプラットフォームによって可能となる抗体結合情報の量および詳細は、新規な作用機序および／またはこれまで達成されなかった最小限のオフターゲット副作用を伴う新規な抗体に基づく治療法の発見を促進し得る。提案される開発は、単一特異性リードに対してより複雑な結合プロファイルを有する多数のリード候補の特徴付けを必要とする、多特異性抗体の開発を促進する。
【００９１】
いくつかの実施態様において、本明細書で開示される技術は、抗体−エピトーププロファイルのスループットを１日に数百万種の相互作用（従来のプラットフォームと比較して少なくとも１桁の増加）に増大させる抗体特徴付けのプラットフォームを作成する。最初の抗体−エピトープ相互作用プロファイル研究（例えばエピトープビニング）は、本明細書に記述されるプラットフォームを用いて多数の治療抗体候補（数百種の候補）と共に実行され得る。
【００９２】
いくつかの実施態様において、最大で（ｋ）の長さ（例えばｋ＝１０）の任意の入力配列の中心に配列空間を作製するために、規範的なフォトリソグラフィーマスクおよび合成アルゴリズムが考案される。言い換えると、マスクの単一のセットは最大で１０アミノ酸長の任意の入力配列に由来するペプチドバリアントライブラリーアレイを作製する。いくつかの実施態様において、免疫原性のエピトープペプチドは通常８〜１０アミノ酸長であるため、長さ１０の入力配列が選択される。いくつかの実施態様において、別の長さが選択される（例えば、最大で２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００アミノ酸）。
【００９３】
いくつかの実施態様において、このマスクおよび合成アルゴリズムによって作成されるペプチドアレイの配列空間は特定の入力配列に限定されず、以下によって規定される：１）ユーザー指定の入力配列、２）合成段階の順序、３）マスクｎと（ｎ−１）との間の共通の開いた機構の割合、ここで開いた機構は、光が特定のマスクｎ上を通過するために開いており、その位置に次に付加されるアミノ酸の添加をもたらすアレイの機構である。
【００９４】
いくつかの実施態様において、本明細書で開示されるマスクおよび合成アルゴリズムは、リード配列の中心の配列空間の領域がより高い活性の配列についてスクリーニングされ得るように、リード配列（例えばペプチド）を反復して最適化するために使用される。新規なリードが選択され得、この方法が反復して繰り返され、最終的に所望のレベルの活性を有するペプチド配列を同定する。いくつかの実施態様において、技術は、リードペプチドの親和性が所望の親和性を達成するまで反復して改善され得るように親和性試薬（例えばペプチド）のために、または酵素活性試薬（例えば酵素阻害剤または酵素活性化剤）のために利用される。
【００９５】
いくつかの実施態様において、開示されたフォトリソグラフィーマスクおよび化学合成アルゴリズムは単純で相対的に少ない化学工程を含む。このアルゴリズムは、サンプリングされた空間が１）入力配列、２）合成段階の順序および３）マスク間の連続的な機構の重複（すなわち、マスクｎとｎ−１との間の重複）によって規定されるように、マスクおよび化学合成を連結した組合せ問題として考え得る。
【００９６】
本明細書で開示される技術は、フォトリソグラフィーマスクおよび合成の順序を利用して入力配列（例えばペプチド配列）および化学工程によって規定される化合物空間の領域をサンプリングするアルゴリズムを含む。アルゴリズムは、合成に使用される隣接する連続的なマスクの間で重複する機構の一定の割合（ｐ）を決定する。本明細書で開示されるアルゴリズムは数学的に記述され得る。マスクｎとマスクｎ−１との間で重複している開いた機構の割合をｐと表す；ｘはライブラリー中の機構の全体数を表す；∩は共通部分、または重複している機構のセット（列、カラム）を表す；｜・｜は濃度または重複している機構の数を表す。マスクアルゴリズムは：ｐ×ｘ＝｜（マスクｎ）∩（マスクｎ−１）｜である。
【００９７】
図５はマスクアルゴリズムの図示である。各マスクｎについて、マスクｎ−１との一定の割合の重複部分が存在する（図５の網掛けされた領域）。重複部分の割合のスケールに依存して、（例えば両矢印で示される）共通している重複部分は、系列におけるいくつか（または全て）の連続的なマスク間において存在し得る。この共通している重複部分は、サンプリングされた空間における多様性および配列の長さの中央値を規定するために調整され得る。
【００９８】
図６はマスクアルゴリズムの別の表現を示す。マスクの連続的なセットを用いて、合成のためにアレイの機構を選択的に曝露および活性化させる。各マスク（ｎ）は機構の一部にマスク（ｎ−１）との重複部分を有する。このアルゴリズムを用いると、ライブラリー中の可能性のある最大のペプチド長は、ライブラリーアレイを構築するのに使用されるマスクおよび化学工程の数に等しく、ライブラリーのペプチド長の中央値はマスクｎと（ｎ−１）との間の開いた機構の重複部分の割合に依存する。
【００９９】
図７は、順序付けられた合成段階を有するいくつかの実施態様の図示である。図７において、アミノ酸連結の順序は入力配列に基づく。この例において、１２アミノ酸長の入力配列ＨＶＧＡＡＡＰＶＶＰＱＡが最初の１２工程において全機構の一部の上に構築され、ここで各工程はマスクの数に対応している。この入力配列周囲のサンプリングされた配列空間の領域は以下から作製される：（ａ）アミノ酸の順序、（ｂ）工程１〜１２における重複している機構と重複していない機構の比率、および（ｃ）重複している機構の割合および工程１３〜２５において使用されるアミノ酸。入力配列中に存在しないアミノ酸を入力アミノ酸配列に差し込む（以下の具体的な実施態様の節を参照）、合成の順序の他の例が存在する。開示されるアルゴリズムは柔軟性を有し、合理的に配列空間に焦点を合わせ、またはランダムな配列空間をサンプリングする（すなわち、マスクおよび合成段階の順序をランダム化する）。
【０１００】
例示的な実施態様において、全２５のフォトリソグラフィーマスクを設計および作製し、ペプチドライブラリーアレイ合成において全２０種の天然アミノ酸を含む化学工程に適応させる。フォトリソグラフィーマスクアレイ機構は１８μｍのピッチでパターン化され、スライド毎の４，０００，０００個の機構のために、７５ｍｍ×２５ｍｍのスライド毎に８個のアレイを伴って、２５回の合成段階後に全５００，０００のアレイ機構を作製する（１スライド＝アレイ毎に５００，０００個の機構を有する８個の繰り返しのアレイ＝４，０００，０００個の機構／スライド）。マスクの系列におけるマスクｎと（ｎ−１）との間の開いた機構の重複部分の割合は、長さ１０の入力配列に等しいペプチドライブラリーアレイの長さの中央値を達成するために４２％に設定される。各マスクは全５００，０００個のアレイ機構からランダムに選択された２１０，０００個の開いた機構を有し、マスクｎ上の開いた機構の４２％がマスク（ｎ−１）と重複している。この重複部分の割合を、治療抗体の１０アミノ酸長のエピトープ入力ペプチド配列（ＱＭＷＡＰＱＷＧＰＤ、ハーセプチン治療抗体エピトープ［５７］）を用いてインシリコでシミュレートされた合成から決定し、２５回のフォトリソグラフィー合成段階から４５８，３０５種の別個の配列バリアントおよび４１，６９５種の反復した配列バリアント（全５００，０００個の機構）のライブラリーを作製した。図８は、１０アミノ酸長の入力配列および２５回の合成段階を有する、図６に示される規範的なマスクアルゴリズムを用いたインシリコでシミュレートされたペプチドライブラリー合成からのペプチド長の分布を示し、ここで長さの中央値は１０である。
【０１０１】
質量分析検出
いくつかの実施態様において、本明細書で開示される技術は全ての合成段階を調べ、各段階の効率および純度を定量化する、各チップ上のペプチド配列のセットのインサイチュにおける質量分析検出を開発する。この技術は初期のＭＡＬＤＩ開発を基礎とし、収率および純度の定量化を可能とする。いくつかの実施態様において、インサイチュにおけるＭＡＬＤＩマススペクトルは、結合アッセイ条件に安定であり、アンモニアガスを用いてシリコン表面から拡散せずに切断され得る気相で切断可能なセーフティキャッチリンカー（ＳＣＬ）を組み込みことによって合成されたペプチドアレイから取得される。ＳＣＬは、アミン官能基を有するシリコン表面と共役し、ペプチドはＳＣＬ表面結合から構築される。８インチのウエハー上のペプチドアレイ合成後に、チップ毎に８個の繰り返しのペプチドアレイを含むスライドガラスの寸法を有する１３枚のチップがウエハーからさいの目に切られ、１つのチップはＭＡＬＤＩマススペクトルの取得のために保有される。ＭＡＬＤＩのために保有されたチップのアンモニアガス処理は、合成されたペプチドをシリコン表面から拡散させることなく切断する。気相での切断の後に、ペプチド脱離／イオン化を促進するＭＡＬＤＩマトリックスがアレイ表面上の切断されたペプチドを拡散させることなく、微小滴のエアロゾルの適用を用いてチップに適用される。最終的にＭＡＬＤＩマススペクトルは、レーザーがマススペクトルの取得のために意図されるアレイ機構の中心にあることを保証するためにＭＡＬＤＩレーザーをアライメント位置合わせマーカーのセットに対して特定の切断されたペプチドアレイ機構にアライメントすることによって、合成されたペプチドアレイからインサイチュで取得される。
【０１０２】
いくつかの実施態様において、ＭＡＬＤＩ質量分析を用いて全ての合成段階の効率を定量化するために、５００μｍ２のＭＡＬＤＩ合成−分析アレイ機構のセットが作製されたマスク（例えば上述の２５種のマスク）上に含まれる。各２５回の合成段階に対応する全２５個のＭＡＬＤＩ分析アレイ機構が８インチのウエハー内の全１３個のチップ上にパターン化され、これはコンビナトリアル合成における全工程の効率の計算を可能にする。共通のＣ末端（最初の合成位置）アミノ酸（例えばグリシン）が最初の合成段階として全てのＭＡＬＤＩ分析アレイ機構に共役する。共通のアミノ酸の後に、個々のＭＡＬＤＩ分析機構が各２５個のアレイ合成マスクを含む系列において光脱保護される。その合成段階に対応するアミノ酸が光脱保護されたＭＡＬＤＩ分析機構に共役し、共通のアミノ酸に共役したその合成段階のアミノ酸からなる二量体配列（例えばアルギニン−グリシン二量体）を作製する。全ペプチド配列にわたるＭＡＬＤＩイオン化を正規化するために、トリス（２，４，６‐トリメトキシフェニル）ホスホニウム（ＴＭＰＰ）シグナルエンハンサーを全てのＮ末端に共役させる。全２５個の機構からＭＡＬＤＩマススペクトルを取得した後、各合成段階の効率が共通の単量体に対する所望の二量体（例えばグリシンに対するアルギニン−グリシン）のマススペクトルのピークの比として計算される。
【０１０３】
結合プロファイルの再現性
様々な実施態様において、本明細書で開示される技術は、設計された５種の抗体のセットを用いてアレイ内およびアレイ間の結合プロファイルの再現性を定量化することを含み、ペプチド再合成および表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を用いた結合プロファイルを確かめる。
【０１０４】
いくつかの実施態様において、５種のモノクローナル抗体のセットおよび５個の別々のアレイを用いて抗体結合プロファイルの再現性（すなわち％ＣＶ）を定量化する。規定されたセットの抗体を使用することによって、抗体濃度および試料組成は厳密に制御され得、試料またはアッセイ中の変動に対するアレイ作成物の変動を測定し得る。
【０１０５】
取得した結合プロファイルの再現性をテストするための例示的な実施態様において、６〜１０アミノ酸の範囲の長さを有する５種の無関係のペプチドエピトープを文献から同定し、エピトープバリアントライブラリーの５個の別々のペプチドアレイ合成のための入力配列として使用する。選択したエピトープに結合するように設計された５種のＩｇＧモノクローナル抗体を用いる。各５種の抗体はそれぞれのバリアントライブラリーアレイに別々に結合する。一次抗体結合はサンドウィッチアッセイプロトコルに基づいて、ＩｇＧ一次抗体のＦｃ領域に結合する蛍光標識された抗ＩｇＧ Ｆｃ二次抗体を用いて標識される。アレイ内の％ＣＶは、１つのアレイ内の反復したペプチド機構の蛍光強度を用いて計算される。アレイ間の％ＣＶは反復したアレイ上の同一の機構の蛍光強度を用いて計算される。５種のエピトープバリアント配列は合成および精製ならびにその後の溶液相ＳＰＲ結合分析のために、各５個の抗体アレイ結合プロファイル（全２５種のペプチド）から選択される。
【０１０６】
デジタル処理デバイス
いくつかの実施態様において、本明細書に記載されるシステム、プラットフォーム、ソフトウェア、ネットワークおよび方法は、デジタル処理デバイスまたはその使用を含む。さらなる実施態様において、デジタル処理デバイスは１以上のハードウェアの中央処理装置（ＣＰＵ；すなわち、デバイスの機能を実行するプロセッサ）を含む。さらなる実施態様において、デジタル処理デバイスは実行可能な命令を実行するように構成されたオペレーティングシステムをさらに含む。いくつかの実施態様において、デジタル処理デバイスは、場合によりコンピュータネットワークに接続される。さらなる実施態様において、デジタル処理デバイスは、場合によりワールドワイドウェブにアクセスするように、インターネットに接続される。さらなる実施態様において、デジタル処理デバイスは、場合によりクラウドコンピューティングインフラストラクチャーに接続される。他の実施態様において、デジタル処理デバイスは、場合によりイントラネットに接続される。他の実施態様において、デジタル処理デバイスは、場合によりデータ記憶装置に接続される。
【０１０７】
本明細書の記載において、適切なデジタル処理デバイスは限定されない例として、サーバーコンピュータ、デスクトップコンピュータ、ラップトップコンピュータ、ノートブックコンピュータ、サブノートブックコンピュータ、ネットブックコンピュータ、ネットパッドコンピュータ、セットトップコンピュータ、ハンドヘルドコンピュータ、インターネット機器、モバイルスマートフォン、タブレットコンピュータ、携帯情報端末、テレビゲーム機、および通信媒体を含む。当業者は、多くのスマートフォンが本明細書に記載のシステムにおける使用に適していることを認識している。当業者はまた、場合によりコンピュータネットワーク接続を有する選択テレビ、ビデオプレーヤ、およびデジタル音楽プレイヤーが本明細書に記載のシステムにおける使用に適していることを認識している。適切なタブレットコンピュータは、当業者に公知のブックレット、スレートおよび変換可能な構成を有するものを含む。
【０１０８】
いくつかの実施態様において、デジタル処理デバイスは実行可能な命令を実行するように構成されたオペレーティングシステムを含む。オペレーティングシステムは例えば、デバイスのハードウェアを管理し、アプリケーションの実行のためのサービスを提供するソフトウェア（プログラムおよびデータを含む）である。当業者は、適切なサーバーオペレーティングシステムが限定されない例として、ＦｒｅｅＢＳＤ、ＯｐｅｎＢＳＤ、ＮｅｔＢＳＤ（登録商標）、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）、Ｍａｃ ＯＳ Ｘ Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、Ｏｒａｃｌｅ（登録商標）のＳｏｌａｒｉｓ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、およびＮｏｖｅｌｌ（登録商標）のＮｅｔＷａｒｅ（登録商標）を含むことを認識している。当業者は、適切なパーソナルコンピュータのオペレーティングシステムが限定されない例として、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）のＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）のＭａｃ ＯＳ Ｘ（登録商標）、ＵＮＩＸ（登録商標）、およびＧＮＵ／Ｌｉｎｕｘ（登録商標）などのＵＮＩＸ（登録商標）のようなオペレーティングシステムを含むことを認識している。いくつかの実施態様において、オペレーティングシステムはクラウドコンピューティングによって提供される。当業者はまた、適切な携帯スマートフォンのオペレーティングシステムが限定されない例として、Ｎｏｋｉａ（登録商標）のＳｙｍｂｉａｎ（登録商標）ＯＳ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）のｉＯＳ（登録商標）、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎ Ｍｏｔｉｏｎ（登録商標）のＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ ＯＳ（登録商標）、Ｇｏｏｇｌｅ（登録商標）のＡｎｄｒｏｉｄ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）のＷｉｎｄｏｗｓ Ｐｈｏｎｅ（登録商標）ＯＳ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）のＷｉｎｄｏｗｓ Ｍｏｂｉｌｅ（登録商標）ＯＳ、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、およびＰａｌｍ（登録商標）のＷｅｂＯＳ（登録商標）を含むことを認識している。
【０１０９】
いくつかの実施態様において、デジタル処理デバイスは記憶装置および／またはメモリデバイスを含む。記憶装置および／またはメモリデバイスは一時的または永続的にデータまたはプログラムを保存するために使用される１以上の物理装置である。いくつかの実施態様において、デバイスは揮発性メモリであり、保存された情報を維持するために電力を必要とする。いくつかの実施態様において、デバイスは不揮発性メモリであり、デジタル処理デバイスに電力が供給されない場合に保存された情報を保持する。さらなる実施態様において、不揮発性メモリはフラッシュメモリを含む。いくつかの実施態様において、不揮発性メモリはダイナミックランダムアクセスメモリ（ＤＲＡＭ）を含む。いくつかの実施態様において、不揮発性メモリは強誘電体ランダムアクセスメモリ（ＦＲＡＭ）を含む。いくつかの実施態様において、不揮発性メモリは相変化ランダムアクセスメモリ（ＰＲＡＭ）を含む。他の実施態様において、デバイスは限定されない例として、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリデバイス、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光学ディスクドライブ、およびクラウドコンピューティングベースのストレージを含む記憶装置である。さらなる実施態様において、記憶装置および／またはメモリデバイスはデバイス（本明細書に開示されるデバイスなど）の組合せである。
【０１１０】
いくつかの実施態様において、デジタル処理デバイスはユーザーに視覚情報を送信するためのディスプレイを含む。いくつかの実施態様において、ディスプレイは陰極線管（ＣＲＴ）である。いくつかの実施態様において、ディスプレイは液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）である。さらなる実施態様において、ディスプレイは薄膜トランジスタ液晶ディスプレイ（ＴＦＴ−ＬＣＤ）である。いくつかの実施態様において、ディスプレイは有機発光ダイオード（ＯＬＥＤ）ディスプレイである。様々なさらなる実施態様において、ＯＬＥＤディスプレイ上にパッシブマトリックスＯＬＥＤ（ＰＭＯＬＥＤ）またはアクティブマトリクスＯＬＥＤ（ＡＭＯＬＥＤ）ディスプレイがある。いくつかの実施態様において、ディスプレイはプラズマディスプレイである。他の実施態様において、ディスプレイはビデオプロジェクターである。さらに別の実施態様において、ディスプレイはデバイス（本明細書に開示されるデバイスなど）の組合せである。
【０１１１】
いくつかの実施態様において、デジタル処理デバイスはユーザーから情報を受信するための入力デバイスを含む。いくつかの実施態様において、入力デバイスはキーボードである。いくつかの実施態様において、入力デバイスは限定されない例として、マウス、トラックボール、トラックパッド、ジョイスティック、ゲームコントローラ、またはスタイラスを含むポインティングデバイスである。いくつかの実施態様において、入力デバイスはタッチスクリーンまたはマルチタッチスクリーンである。他の実施態様において、入力デバイスは音声または他の音入力をキャプチャーするマイクロホンである。他の実施態様において、入力デバイスは動きまたは視覚入力をキャプチャーするビデオカメラである。さらに別の実施態様において、入力デバイスはデバイス（本明細書に開示されるデバイスなど）の組合せである。
【０１１２】
いくつかの実施態様において、デジタル処理デバイスはデジタルカメラを含む。いくつかの実施態様において、デジタルカメラはデジタル画像をキャプチャーする。いくつかの実施態様において、デジタルカメラはオートフォーカスカメラである。いくつかの実施態様において、デジタルカメラは電荷結合素子（ＣＣＤ）カメラである。さらなる実施態様において、デジタルカメラはＣＣＤビデオカメラである。他の実施態様において、デジタルカメラは相補型金属酸化膜半導体（ＣＭＯＳ）カメラである。いくつかの実施態様において、デジタルカメラは静止画像をキャプチャーする。他の実施態様において、デジタルカメラはビデオ画像をキャプチャーする。様々な実施態様において、適切なデジタルカメラは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０およびそれ以上のメガピクセルのカメラを含む（その中の増加した量を含む）。いくつかの実施態様において、デジタルカメラは標準画質のカメラである。他の実施態様において、デジタルカメラはＨＤビデオカメラである。さらなる実施態様において、ＨＤビデオカメラは少なくとも１２８０×約７２０ピクセルまたは少なくとも約１９２０×約１０８０ピクセルを有する画像をキャプチャーする。いくつかの実施態様において、デジタルカメラはカラーのデジタル画像をキャプチャーする。他の実施態様において、デジタルカメラはグレースケールのデジタル画像をキャプチャーする。様々な実施態様において、デジタル画像はあらゆる適切なデジタル画像フォーマットで保存される。適切なデジタル画像フォーマットは限定されない例として、ジェイペグ（ＪＰＥＧ）、ＪＰＥＧ２０００、エグジフ（Ｅｘｉｆ）、ティフ（ＴＩＦＦ）、ＲＡＷ、ピング（ＰＮＧ）、画像交換フォーマット（ＧＩＦ）、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）ビットマップ（ＢＭＰ）、カラー画像形式画像ファイル（ＰＰＭ）、グレースケール形式画像ファイル（ＰＧＭ）、白黒ビットマップ形式画像ファイルのファイルフォーマット（ＰＢＭ）およびＷｅｂＰを含む。様々な実施態様において、デジタル画像はあらゆる適切なデジタルビデオフォーマットで保存される。適切なデジタルビデオフォーマットは限定されない例として、ＡＶＩ、ＭＰＥＧ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ＱｕｉｃｋＴｉｍｅ（登録商標）、ＭＰ４、ＡＶＣＨＤ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ Ｍｅｄｉａ（登録商標）、ＤｉｖＸ（商標）、Ｆｌａｓｈ Ｖｉｄｅｏ、Ｏｇｇ Ｔｈｅｏｒａ、ＷｅｂＭおよびＲｅａｌＭｅｄｉａを含む。
【０１１３】
非一時的なコンピュータ可読記憶媒体
いくつかの実施態様において、本明細書に開示されるシステム、プラットフォーム、ソフトウェア、ネットワークおよび方法は、場合によりネットワーク接続されたデジタル処理デバイスのオペレーティングシステムによって実行可能な命令を含むプログラムで符号化された１以上の非一時的なコンピュータ可読記憶媒体を含む。さらなる実施態様において、コンピュータ可読記憶媒体はデジタル処理デバイスの有形の構成要素である。さらに別の実施態様において、コンピュータ可読記憶媒体は、場合によりデジタル処理デバイスから取り外し可能である。いくつかの実施態様において、コンピュータ可読記憶媒体は限定されない例として、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリデバイス、固体メモリ、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光学ディスクドライブ、クラウドコンピューティングシステムおよびサービスなどを含む。場合により、プログラムおよび命令は、永久に、実質的に永久に、半永久的に、または非一時に媒体上に符号化される。
【０１１４】
コンピュータプログラム
いくつかの実施態様において、本明細書に開示される方法、システム、およびソフトウェアは少なくとも１つのコンピュータプログラムを含む。コンピュータプログラムはデジタル処理デバイスのＣＰＵで実行可能であり、指定されたタスクを実行するために書かれた命令のシーケンスを含む。本明細書で提供される開示を考慮して、当業者はコンピュータプログラムが様々な言語の様々なバージョンで書かれ得ることを認識している。いくつかの実施態様において、コンピュータプログラムは命令の１つのシーケンスを含む。いくつかの実施態様において、コンピュータプログラムは命令の複数のシーケンスを含む。いくつかの実施態様において、コンピュータプログラムは１つの記憶場所から提供される。他の実施態様において、コンピュータプログラムは複数の記憶場所から提供される。様々な実施態様において、コンピュータプログラムは１以上のソフトウェアモジュールを含む。様々な実施態様において、コンピュータプログラムは、１以上のウェブアプリケーション、１以上のモバイルアプリケーション、１以上のスタンドアロンアプリケーション、１以上のウェブブラウザのプラグイン、拡張、アドインもしくはアドオン、またはそれらの組み合わせの一部もしくは全部を含む。
【０１１５】
ウェブアプリケーション
いくつかの実施態様において、コンピュータプログラムはウェブアプリケーションを含む。本明細書で提供される開示を考慮して、当業者は、ウェブアプリケーションが様々な実施態様において、１以上のソフトウェアフレームワークおよび１以上のデータベースシステムを利用することを認識している。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションはソフトウェアフレームワーク（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）．ＮＥＴまたはＲｕｂｙ ｏｎ Ｒａｉｌｓ（ＲｏＲ）など）上に作成される。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションは限定されない例として、リレーショナル、非リレーショナル、オブジェクト指向、連想、およびＸＭＬデータベースシステムを含む１以上のデータベースシステムを利用する。さらなる実施態様において、適切なリレーショナルデータベースシステムは限定されない例として、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）ＳＱＬサーバー、ｍｙＳＱＬ（商標）、およびＯｒａｃｌｅ（登録商標）を含む。当業者はまた、ウェブアプリケーションが様々な実施態様において、１以上の言語の１以上のバージョンで書かれていることを認識している。ウェブアプリケーションは、１以上のマークアップ言語、プレゼンテーション定義言語、クライアント側のスクリプト言語、サーバー側のコーディング言語、データベースクエリ言語、またはそれらの組み合わせで書かれ得る。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションはマークアップ言語（Ｈｙｐｅｒｔｅｘｔ Ｍａｒｋｕｐ Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＨＴＭＬ）、Ｅｘｔｅｎｓｉｂｌｅ Ｈｙｐｅｒｔｅｘｔ Ｍａｒｋｕｐ Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＸＨＴＭＬ）、またはｅＸｔｅｎｓｉｂｌｅ Ｍａｒｋｕｐ Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＸＭＬ）など）である程度書き込まれる。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションはＣａｓｃａｄｉｎｇ Ｓｔｙｌｅ Ｓｈｅｅｔｓ（ＣＳＳ）などのプレゼンテーション定義言語である程度書き込まれる。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションはクライアント側のスクリプト言語（Ａｓｙｎｃｈｒｏｎｏｕｓ ＪａｖａｓｃｒｉｐｔおよびＸＭＬ（ＡＪＡＸ）、Ｆｌａｓｈ（登録商標）のＡｃｔｉｏｎｓｃｒｉｐｔ、Ｊａｖａｓｃｒｉｐｔ、またはＳｉｌｖｅｒｌｉｇｈｔ（登録商標）など）で、ある程度書き込まれる。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションはサーバー側のコーディング言語（Ａｃｔｉｖｅ Ｓｅｒｖｅｒ Ｐａｇｅｓ（ＡＳＰ）、ＣｏｌｄＦｕｓｉｏｎ（登録商標）、Ｐｅｒｌ、Ｊａｖａ（商標）、ＪａｖａＳｅｒｖｅｒ Ｐａｇｅｓ（ＪＳＰ）、Ｈｙｐｅｒｔｅｘｔ Ｐｒｅｐｒｏｃｅｓｓｏｒ（ＰＨＰ）、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｒｕｂｙ、Ｔｃｌ、Ｓｍａｌｌｔａｌｋ、ＷｅｂＤＮＡ（登録商標）、またはＧｒｏｏｖｙなど）で、ある程度書き込まれる。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションはデータベースクエリ言語（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄ Ｑｕｅｒｙ Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＳＱＬ）など）で、ある程度書き込まれる。いくつかの実施態様において、ウェブアプリケーションはエンタープライズサーバー製品（ＩＢＭ（登録商標）のＬｏｔｕｓ Ｄｏｍｉｎｏ（登録商標）など）を統合する。アーティストが情報およびメ��ィアファイルをアップロードすることを可能にするアーティストのためのキャリア開発ネットワークを提供するウェブアプリケーションは、いくつかの実施態様において、メディアプレーヤー要素を含む。様々なさらなる実施態様において、メディアプレーヤー要素は、限定されない例として、Ａｄｏｂｅ（登録商標）Ｆｌａｓｈ（登録商標）、ＨＴＭＬ５、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ＱｕｉｃｋＴｉｍｅ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｓｉｌｖｅｒｌｉｇｈｔ（登録商標）、Ｊａｖａ（商標）、およびＵｎｉｔｙ（登録商標）を含む多くの適切なマルチメディア技術のうち１つ以上を利用する。
【０１１６】
モバイルアプリケーション
いくつかの実施態様において、コンピュータプログラムはモバイルデジタル処理デバイスに提供されるモバイルアプリケーションを含む。いくつかの実施態様において、モバイルアプリケーションはモバイルデジタル処理デバイスに製造時に提供される。他の実施態様において、モバイルアプリケーションは本明細書に記載のコンピュータネットワークを介してモバイルデジタル処理デバイスに提供される。
【０１１７】
本明細書で提供される開示を考慮して、モバイルアプリケーションは、当該分野で公知のハードウェア、言語、および開発環境を用いて当業者に公知の技術によって作成される。当業者は、モバイルアプリケーションがいくつかの言語で書き込まれることを認識している。適切なプログラミング言語は限定されない例として、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ−Ｃ、Ｊａｖａ（商標）、Ｊａｖａｓｃｒｉｐｔ、Ｐａｓｃａｌ、Ｏｂｊｅｃｔ Ｐａｓｃａｌ、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｒｕｂｙ、ＶＢ．ＮＥＴ、ＷＭＬ、およびＣＳＳを有する、または有しないＸＨＴＭＬ／ＨＴＭＬ、またはこれらの組み合わせを含む。
【０１１８】
適切なモバイルアプリケーション開発環境は数種の供給源から利用可能である。市販の開発環境は限定されない例として、ＡｉｒｐｌａｙＳＤＫ、ａｌｃｈｅＭｏ、Ａｐｐｃｅｌｅｒａｔｏｒ（登録商標）、Ｃｅｌｓｉｕｓ、Ｂｅｄｒｏｄｋ、Ｆｌａｓｈ Ｌｉｔｅ、．ＮＥＴ Ｃｏｍｐａｃｔ Ｆｒａｍｅｗｏｒｋ、Ｒｈｏｍｏｂｉｌｅ、およびＷｏｒｋＬｉｇｈｔ Ｍｏｂｌｉｅ Ｐｌａｔｆｏｒｍを含む。他の開発環境（限定されない例として、Ｌａｚａｒｕｓ、ＭｏｂｉＦｌｅｘ、ＭｏＳｙｎｃ、およびＰｈｏｎｅＧａｐを含む）が費用をかけずに利用可能である。また、モバイルデバイス製造者は、限定されない例として、ｉＰｈｏｎｅ（登録商標）およびｉＰａｄ（登録商標）（ｉＯＳ）のＳＤＫ、Ａｎｄｒｏｉｄ（商標）のＳＤＫ、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ（登録商標）のＳＤＫ、ＢＲＥＷのＳＤＫ、Ｐａｌｍ（登録商標）ＯＳのＳＤＫ、ＳｙｍｂｉａｎのＳＤＫ、ｗｅｂＯＳのＳＤＫ、およびＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）ＭｏｂｉｌｅのＳＤＫを含むソフトウェア開発者キットを配布する。
【０１１９】
当業者は、いくつかの商用のフォーラム（限定されない例として、Ａｐｐｌｅ（登録商標）のＡｐｐ Ｓｔｏｒｅ、Ａｎｄｒｏｉｄ（登録商標）Ｍａｒｋｅｔ、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ（登録商標）のＡｐｐ Ｗｏｒｌｄ、Ｐａｌｍデバイス用のＡｐｐ Ｓｔｏｒｅ、ｗｅｂＯＳ用のＡｐｐ Ｃａｔａｌｏｇ、Ｍｏｂｉｌｅ用のＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標） Ｍａｒｋｅｔｐｌａｃｅ、Ｎｏｋｉａ（登録商標）のデバイス用のＯｖｉ Ｓｔｏｒｅ、Ｓａｍｓｕｎｇ（登録商標） Ａｐｐｓ、およびＮｉｎｔｅｎｄｏ（登録商標）のＤＳｉ Ｓｈｏｐを含む）がモバイルアプリケーションの配布のために利用可能であることを認識している。
【０１２０】
スタンドアロンアプリケーション
いくつかの実施態様において、コンピュータプログラムはスタンドアロンアプリケーションを含み、これは独立したコンピュータプロセスとして実行されるプログラムであり、既存のプロセスへのアドオンではない（例えばプラグインではない）。当業者は、スタンドアロンアプリケーションがしばしばコンパイルされていることを認識している。コンパイラはプログラミング言語で書かれたソースコードをバイナリオブジェクトコード（アセンブリ言語またはマシンコードなど）に変換するコンピュータプログラムである。適切なコンパイルされたプログラミング言語は、限定されない例として、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ−Ｃ、ＣＯＢＯＬ、Ｄｅｌｐｈｉ、Ｅｉｆｆｅｌ、Ｊａｖａ（商標）、Ｌｉｓｐ、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｖｉｓｕａｌ ＢａｓｉｃおよびＶＢ．ＮＥＴ、またはそれらの組み合わせを含む。コンパイルは実行可能なプログラムを作成するために、少なくとも部分的にしばしば実行される。いくつかの実施態様において、コンピュータプログラムは１以上の実行可能なコンパイルされたアプリケーションを含む。
【０１２１】
ソフトウェアモジュール
本明細書に開示されるシステム、プラットフォーム、ソフトウェアおよび方法は様々な実施態様において、ソフトウェア、サーバー、およびデータベースモジュールを含む。本明細書で提供される開示を考慮して、ソフトウェアモジュールは当技術分野に公知のマシン、ソフトウェア、および言語を使用して、当業者に公知の技術によって作成される。本明細書で開示されるソフトウェアモジュールは複数の方法で実装される。様々な実施態様において、ソフトウェアモジュールは、ファイル、コードのセクション、プログラミングオブジェクト、プログラミング構造、またはそれらの組み合わせを含む。さらなる様々な実施態様において、ソフトウェアモジュールは、複数のファイル、コードの複数のセクション、複数のプログラミングオブジェクト、複数のプログラミング構造またはそれらの組み合わせを含む。様々な実施態様において、１以上のソフトウェアモジュールは限定されない例として、ウェブアプリケーション、モバイルアプリケーションおよびスタンドアロンアプリケーションを含む。いくつかの実施態様において、ソフトウェアモジュールは１つのコンピュータプログラムまたはアプリケーション中に存在する。他の実施態様において、ソフトウェアモジュールは１以上のコンピュータプログラムまたはアプリケーション中に存在する。いくつかの実施態様において、ソフトウェアモジュールは１つのマシン上で提供(hosted)される。他の実施態様において、ソフトウェアモジュールは１以上のマシン上で提供される。さらなる実施態様において、ソフトウェアモジュールはクラウドコンピューティングプラットフォーム上で提供される。いくつかの実施態様において、ソフトウェアモジュールは１つの記憶場所において１以上のマシン上で提供される。他の実施態様において、ソフトウェアモジュールは１以上の記憶場所において１以上のマシン上で提供される。
【０１２２】
キット
本実施態様で開示されるデバイスおよび方法はキットとしてパッケージ化され得る。いくつかの実施態様において、キットはデバイスまたは方法の使用に対して記載された説明書を含む。資料は例えばラベルであり得る。資料は例えばアッセイまたはアッセイを実行するための工程について、条件を提案する。説明書は、ユーザーにデバイスを使用し、かつ／または本明細書で開示される方法およびアッセイを実行するための最も良いガイダンスを提供する。
【０１２３】
実施態様
以下の限定されない実施態様は本発明の説明のための例を提供するが、本発明の範囲を限定しない。
【０１２４】
実施態様１。いくつかの実施態様において、本明細書は化合物ライブラリーを基板上にインサイチュで合成する方法を提供し、ここで化合物ライブラリーは複数の分子を含み、本方法は以下を含む：
（ａ）生物学的配列および合成段階の数を受け取る工程；
（ｂ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
（ｃ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
（ｄ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；
（ｅ）ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。
【０１２５】
実施態様２。合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、実施態様１記載の方法。
【０１２６】
実施態様３。入力生物学的配列が疾患関連エピトープを含む、実施態様１記載の方法。
【０１２７】
実施態様４。入力生物学的配列が疾患関連エピトープを含む、実施態様１記載の方法。
【０１２８】
実施態様５。入力生物学的配列がペプチド配列を含む、実施態様１記載の方法。
【０１２９】
実施態様６。入力生物学的配列がエピトープ配列を含む、実施態様１記載の方法。
【０１３０】
実施態様７。入力生物学的配列がランダム配列を含む、実施態様１記載の方法。
【０１３１】
実施態様８。入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、実施態様１記載の方法。
【０１３２】
実施態様９。順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、実施態様８記載の方法。
【０１３３】
実施態様１０。モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を含む、実施態様８記載の方法。
【０１３４】
実施態様１１。モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を逆の順序で含む、実施態様１０記載の方法。
【０１３５】
実施態様１２。分子がペプチドまたは核酸である、実施態様８記載の方法。
【０１３６】
実施態様１３。モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列を含む、実施態様８記載の方法。
【０１３７】
実施態様１４。モノマーの順序付けられたリストがヌクレオチドの配列を含む、実施態様８記載の方法。
【０１３８】
実施態様１５。複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、実施態様１記載の方法。
【０１３９】
実施態様１６。複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、実施態様１記載の方法。
【０１４０】
実施態様１７。連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、実施態様１記載の方法。
【０１４１】
実施態様１８。連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、実施態様１記載の方法。
【０１４２】
実施態様１９。合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、実施態様１記載の方法。
【０１４３】
実施態様２０。基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、実施態様１記載の方法。
【０１４４】
実施態様２１。ライブラリー中の少なくとも４０％の分子、少なくとも５０％の分子、少なくとも６０％の分子、少なくとも７０％の分子、少なくとも８０％の分子、または少なくとも９０％の分子が異なっている、実施態様１記載の方法。
【０１４５】
実施態様２２。ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様１記載の方法。
【０１４６】
実施態様２３。ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様１記載の方法。
【０１４７】
実施態様２４。ライブラリー中の分子が、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、実施態様１記載の方法。
【０１４８】
実施態様２５。ライブラリーが生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む、実施態様１記載の方法。
【０１４９】
実施態様２６。ライブラリーが生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む、実施態様１記載の方法。
【０１５０】
実施態様２７。ライブラリーが生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む、実施態様１記載の方法。
【０１５１】
実施態様２８。基板がアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される、実施態様１記載の方法。
【０１５２】
実施態様２９。合成された化合物ライブラリーがペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む、実施態様１記載の方法。
【０１５３】
実施態様３０。ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、実施態様２９記載の方法。
【０１５４】
実施態様３１。アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、実施態様２９記載の方法。
【０１５５】
実施態様３２。化合物ライブラリーが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様１記載の方法。
【０１５６】
実施態様３３。表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、実施態様３２記載の方法。
【０１５７】
実施態様３４。化合物ライブラリーがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様１記載の方法。
【０１５８】
実施態様３５。エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、実施態様３４記載の方法。
【０１５９】
実施態様３６。表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、実施態様３４記載の方法。
【０１６０】
実施態様３７。基板が親水性単分子層でコートされている、実施態様１記載の方法。
【０１６１】
実施態様３８。親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、実施態様３７記載の方法。
【０１６２】
実施態様３９。親水性単分子層が均一である、実施態様３７記載の方法。
【０１６３】
実施態様４０。いくつかの実施態様において、本明細書はインサイチュで合成された化合物ライブラリーを提供し、ここで化合物ライブラリーは複数の分子を含み、合成はライブラリーを基板上に構築するためのパターン化された工程を使用し、これは以下を含む：
（ａ）生物学的配列および合成段階の数を受け取る工程；
（ｂ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
（ｃ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
（ｄ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成する工程；ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。
【０１６４】
実施態様４１。合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１６５】
実施態様４２。入力生物学的配列が疾患関連エピトープ、ペプチド配列、エピトープ配列、および／またはランダム配列を含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１６６】
実施態様４３。入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１６７】
実施態様４４。順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、実施態様４３記載の化合物ライブラリー。
【０１６８】
実施態様４５。モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を含む、実施態様４３記載の化合物ライブラリー。
【０１６９】
実施態様４６。モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を逆の順序で含む、実施態様４３記載の化合物ライブラリー。
【０１７０】
実施態様４７。分子がペプチドまたは核酸を含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７１】
実施態様４８。モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列および／またはヌクレオチドの配列を含む、実施態様４３記載の化合物ライブラリー。
【０１７２】
実施態様４９。複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７３】
実施態様５０。複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７４】
実施態様５１。連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％、または約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７５】
実施態様５２。合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７６】
実施態様５３。基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７７】
実施態様５４。ライブラリー中の少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％の分子が異なっている、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７８】
実施態様５５。ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１７９】
実施態様５６。ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８０】
実施態様５７。ライブラリー中の分子が、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８１】
実施態様５８。ライブラリーが生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８２】
実施態様５９。ライブラリーが生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８３】
実施態様６０。ライブラリーが生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８４】
実施態様６１。基板がアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８５】
実施態様６２。合成された化合物ライブラリーがペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８６】
実施態様６３。ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、実施態様６２記載の化合物ライブラリー。
【０１８７】
実施態様６４。アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、実施態様６３記載の化合物ライブラリー。
【０１８８】
実施態様６５。化合物ライブラリーが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１８９】
実施態様６６。表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、実施態様６５記載の化合物ライブラリー。
【０１９０】
実施態様６７。化合物ライブラリーがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１９１】
実施態様６８。エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、実施態様６７記載の化合物ライブラリー。
【０１９２】
実施態様６９。表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、実施態様６８記載の化合物ライブラリー。
【０１９３】
実施態様７０。基板が親水性単分子層でコートされている、実施態様４０記載の化合物ライブラリー。
【０１９４】
実施態様７１。親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、実施態様７０記載の化合物ライブラリー。
【０１９５】
実施態様７２。親水性単分子層が均一である、実施態様７０記載の化合物ライブラリー。
【０１９６】
実施態様７３。いくつかの実施態様において、本明細書は基板上の化合物ライブラリーのインサイチュでの合成をシミュレートするコンピュータシステムを提供し、ここで化合物ライブラリーは複数の分子を含み、これは以下を含む：
（ａ）プロセッサおよびメモリ；
（ｂ）プロセッサで実行可能な命令を含むコンピュータプログラム、ここで前記コンピュータプログラムは以下を含む：
（１）生物学的配列および合成段階の数を受け取るために構成された受信モジュール；
（２）以下のために構成されたシミュレーションモジュール：（ｉ）複数のパターン化マスクを決定すること、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；（ｉｉ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てること；および（ｉｉｉ）モノマーを機構上に連結し、分子を形成すること；ここで（ｉ）、（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返す。
【０１９７】
実施態様７４。合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、実施態様７３記載のシステム。
【０１９８】
実施態様７５。入力生物学的配列が疾患関連エピトープ、ペプチド配列、エピトープ配列、および／またはランダム配列を含む、実施態様７３記載のシステム。
【０１９９】
実施態様７６。入力生物学的配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２００】
実施態様７７。順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、実施態様７６記載のシステム。
【０２０１】
実施態様７８。モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を含む、実施態様７６記載のシステム。
【０２０２】
実施態様７９。モノマーの順序付けられたリストが入力生物学的配列を逆の順序で含む、実施態様７８記載のシステム。
【０２０３】
実施態様８０。分子がペプチドまたは核酸を含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２０４】
実施態様８１。モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列および／またはヌクレオチドの配列を含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２０５】
実施態様８２。複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、実施態様７３記載のシステム。
【０２０６】
実施態様８３。複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、実施態様７３記載のシステム。
【０２０７】
実施態様８４。連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％、または約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、実施態様７３記載のシステム。
【０２０８】
実施態様８５。合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、実施態様７３記載のシステム。
【０２０９】
実施態様８６。基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、実施態様７３記載のシステム。
【０２１０】
実施態様８７。ライブラリー中の少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％の分子が異なっている、実施態様７３記載のシステム。
【０２１１】
実施態様８８。ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様７３記載のシステム。
【０２１２】
実施態様８９。ライブラリー中の少なくとも５０％の分子が、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様７３記載のシステム。
【０２１３】
実施態様９０。ライブラリー中の分子が、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２１４】
実施態様９１。ライブラリーが生物学的配列の長さに等しいモノマー長の中央値を含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２１５】
実施態様９２。ライブラリーが生物学的配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いモノマー長の中央値を含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２１６】
実施態様９３。ライブラリーが生物学的配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いモノマー長の中央値を含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２１７】
実施態様９４。基板がアレイ、ウエハー、スライドおよびビーズからなる群から選択される、実施態様７３記載のシステム。
【０２１８】
実施態様９５。合成された化合物ライブラリーがペプチド、ヌクレオチドまたはそれらの組合せを含む、実施態様７３記載のシステム。
【０２１９】
実施態様９６。ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、実施態様９５記載のシステム。
【０２２０】
実施態様９７。アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、実施態様９６記載のシステム。
【０２２１】
実施態様９８。化合物ライブラリーが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様７３記載のシステム。
【０２２２】
実施態様９９。表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、実施態様９８記載のシステム。
【０２２３】
実施態様１００。化合物ライブラリーがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様７３記載のシステム。
【０２２４】
実施態様１０１。エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、実施態様１００記載のシステム。
【０２２５】
実施態様１０２。表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、実施態様１０１記載のシステム。
【０２２６】
実施態様１０３。基板が親水性単分子層でコートされている、実施態様７３記載のシステム。
【０２２７】
実施態様１０４。親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、実施態様１０３記載のシステム。
【０２２８】
実施態様１０５。親水性単分子層が均一である、実施態様１０３記載のシステム。
【０２２９】
実施態様１０６。いくつかの実施態様において、本明細書は、ペプチドアレイをインサイチュで合成する方法を提供し、本方法は以下を含む：
（ａ）入力アミノ酸配列を受け取る工程；
（ｂ）合成段階の数を決定する工程；
（ｃ）複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
（ｄ）少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
（ｅ）モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【０２３０】
実施態様１０７。合成段階の数が生物学的配列の長さの５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または２００％よりも大きい、実施態様１０６記載の方法。
【０２３１】
実施態様１０８。入力配列が疾患関連エピトープ、ペプチド配列、またはエピトープ配列を含む、実施態様１０６記載の方法。
【０２３２】
実施態様１０９。入力配列からモノマーの順序付けられたリストを導くことをさらに含む、実施態様１０６記載の方法。
【０２３３】
実施態様１１０。順序付けられたリストのサイズが合成段階の数である、実施態様１０９記載の方法。
【０２３４】
実施態様１１１。モノマーの順序付けられたリストが入力配列を含む、実施態様１０９記載の方法。
【０２３５】
実施態様１１２。モノマーの順序付けられたリストが入力配列を逆の順序で含む、実施態様１１１記載の方法。
【０２３６】
実施態様１１３。モノマーの順序付けられたリストがアミノ酸の配列を含む、実施態様１０９記載の方法。
【０２３７】
実施態様１１４。複数のパターン化マスクの数が１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００未満である、実施態様１０６記載の方法。
【０２３８】
実施態様１１５。複数のパターン化マスクの数が合成段階の数である、実施態様１０６記載の方法。
【０２３９】
実施態様１１６。連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約２０％〜約５０％、または約３０％〜約４５％が直前のパターン化マスクの活性化の指示の機構と重複している、実施態様１０６記載の方法。
【０２４０】
実施態様１１７。合成段階がフォトリソグラフィーに基づいている、実施態様１０６記載の方法。
【０２４１】
実施態様１１８。基板上の機構が約０．５ミクロン〜約２００ミクロンの直径であり、中心に対して約１ミクロン〜約３００ミクロンの中心間距離である、実施態様１０６記載の方法。
【０２４２】
実施態様１１９。アレイ上の少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％のペプチドが異なっている、実施態様１０６記載の方法。
【０２４３】
実施態様１２０。アレイ上の少なくとも５０％のペプチドが、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様１０６記載の方法。
【０２４４】
実施態様１２１。アレイ上の少なくとも５０％のペプチドが、最大で３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長である、実施態様１０６記載の方法。
【０２４５】
実施態様１２２。アレイ上のペプチドが、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００モノマー長の中央値を含む、実施態様１０６記載の方法。
【０２４６】
実施態様１２３。アレイが入力配列の長さに等しいペプチド長の中央値を含む、実施態様１０６記載の方法。
【０２４７】
実施態様１２４。アレイが入力配列の長さの４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％よりも長いペプチド長の中央値を含む、実施態様１０６記載の方法。
【０２４８】
実施態様１２５。アレイが入力配列の長さの６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％または２００％よりも短いペプチド長の中央値を含む、実施態様１０６記載の方法。
【０２４９】
実施態様１２６。ペプチドが約５〜約２５アミノ酸長である、実施態様１０６記載の方法。
【０２５０】
実施態様１２７。アミノ酸Ｃ、ＩおよびＭ、ならびに場合によりＱおよびＥがペプチド合成に利用できるアミノ酸に含まれない、実施態様１０６記載の方法。
【０２５１】
実施態様１２８。ペプチドアレイが酸化条件下で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様１０６記載の方法。
【０２５２】
実施態様１２９。表面スペーサーがＣｙｓ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−Ｘａａｎ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ−Ｇｌｙ−ＣｙｓまたはＣｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−Ｃｙｓである、実施態様１２８記載の方法。
【０２５３】
実施態様１３０。ペプチドアレイがエステル結合で環化できる表面スペーサーを伴って合成されている、実施態様１０６記載の方法。
【０２５４】
実施態様１３１。エステル結合がホモ二官能性ｄｉ−ＮＨＳエステル結合である、実施態様１３０記載の方法。
【０２５５】
実施態様１３２。表面スペーサーがＬｙｓ−（ＰＥＧ３）−Ｘａａｎ−（ＰＥＧ３）−リジンである、実施態様１３０記載の方法。
【０２５６】
実施態様１３３。ペプチドアレイが親水性単分子層でコートされている、実施態様１０６記載の方法。
【０２５７】
実施態様１３４。親水性単分子層がポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリビニルアルコール、カルボキシメチルデキストランおよびそれらの組合せを含む、実施態様１３２記載の方法。
【０２５８】
実施態様１３５。親水性単分子層が均一である、実施態様１３２記載の方法。
【０２５９】
実施態様１３６。いくつかの実施態様において、本明細書はアレイ上においてインサイチュで合成された複数のペプチドを含むアレイを含み、ここでペプチドは複数のパターン化マスクによって作成され、各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している。
【０２６０】
実施態様１３７。いくつかの実施態様において、本明細書は少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体結合を特徴付ける方法を含み、本方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｃ）工程（ｂ）のアライメントスコアを用いて、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体の結合を特徴付ける工程。
【０２６１】
実施態様１３８。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１３７記載の方法。
【０２６２】
実施態様１３９。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１３７記載の方法。
【０２６３】
実施態様１４０。競合ペプチドが生体試料を含む、実施態様１３７記載の方法。
【０２６４】
実施態様１４１。生体試料が血清である、実施態様１３７記載の方法。
【０２６５】
実施態様１４２。競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。実施態様１３７記載の方法。
【０２６６】
実施態様１４３。競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、実施態様１４２記載の方法。
【０２６７】
実施態様１４４。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、実施態様１３７記載の方法。
【０２６８】
実施態様１４５。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、実施態様１４４記載の方法。
【０２６９】
実施態様１４６。競合ペプチドが実施態様１４２〜１４５のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、実施態様１３７記載の方法。
【０２７０】
実施態様１４７。ペプチドアレイが少なくとも１０００個、少なくとも１０，０００個、少なくとも１００，０００個、または少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、実施態様１３７記載の方法。
【０２７１】
実施態様１４８。ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、実施態様１３７記載の方法。
【０２７２】
実施態様１４９。ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、実施態様１４８記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【０２７３】
実施態様１５０。結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、実施態様１３７記載の方法。
【０２７４】
実施態様１５１。見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、実施態様１３７記載の方法。
【０２７５】
実施態様１５２。少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、実施態様１３７記載の方法。
【０２７６】
実施態様１５３。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１６９記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、実施態様１３７記載の方法。
【０２７７】
実施態様１５４。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１６９記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、実施態様１３７記載の方法。
【０２７８】
実施態様１５５。いくつかの実施態様において、本明細書は標的タンパク質における抗体エピトープを同定する方法を開示し、本方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｃ）保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ａ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの標的タンパク質にアライメントする工程。
【０２７９】
実施態様１５６。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１５５記載の方法。
【０２８０】
実施態様１５７。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１５５記載の方法。
【０２８１】
実施態様１５８。競合ペプチドが生体試料を含む、実施態様１５５記載の方法。
【０２８２】
実施態様１５９。生体試料が血清である、実施態様１５５記載の方法。
【０２８３】
実施態様１６０。競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。実施態様１５５記載の方法。
【０２８４】
実施態様１６１。競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、実施態様１６０記載の方法。
【０２８５】
実施態様１６２。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、実施態様１５５記載の方法。
【０２８６】
実施態様１６３。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、実施態様１６２記載の方法。
【０２８７】
実施態様１６４。競合ペプチドが実施態様１６０〜１６３のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、実施態様１５５記載の方法。
【０２８８】
実施態様１６５。ペプチドアレイが少なくとも１０００個、少なくとも１０，０００個、少なくとも１００，０００個、または少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、実施態様１５５記載の方法。
【０２８９】
実施態様１６６。ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、実施態様１５５記載の方法。
【０２９０】
実施態様１６７。ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、実施態様１６６記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【０２９１】
実施態様１６８。結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、実施態様１５５記載の方法。
【０２９２】
実施態様１６９。見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、実施態様１５５記載の方法。
【０２９３】
実施態様１７０。少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、実施態様１５５記載の方法。
【０２９４】
実施態様１７１。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１９０記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、実施態様１５５記載の方法。
【０２９５】
実施態様１７２。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項１９０記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、実施態様１５５記載の方法。
【０２９６】
実施態様１７３。少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、実施態様１５５記載の方法。
【０２９７】
実施態様１７４。タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、実施態様１７３記載の方法。
【０２９８】
実施態様１７５。いくつかの実施態様において、本明細書は標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付ける方法を開示し、本方法は以下を含む：
（ａ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された入力ペプチド配列、工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、第２のペプチドアレイを作成する工程、ここで第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；
【０２９９】
実施態様１７６。競合ペプチドが生体試料を含む、実施態様１７５記載の方法。
【０３００】
実施態様１７７。生体試料が血清である、実施態様１７５記載の方法。
【０３０１】
実施態様１７８。競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。実施態様１７５記載の方法。
【０３０２】
実施態様１７９。競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、実施態様１７８記載の方法。
【０３０３】
実施態様１８０。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、実施態様１７５記載の方法。
【０３０４】
実施態様１８１。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、実施態様１８０記載の方法。
【０３０５】
実施態様１８２。競合ペプチドが実施態様１７８〜１８１のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、実施態様１７５記載の方法。
【０３０６】
実施態様１８３。ペプチドアレイが少なくとも１０００個、少なくとも１０，０００個、少なくとも１００，０００個、または少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、実施態様１７５記載の方法。
【０３０７】
実施態様１８４。ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、実施態様１７５記載の方法。
【０３０８】
実施態様１８５。第１のペプチドアレイが以下の工程によって合成される、実施態様１７５記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【０３０９】
実施態様１８６。結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、実施態様１７５記載の方法。
【０３１０】
実施態様１８７。見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、実施態様１７５記載の方法。
【０３１１】
実施態様１８８。少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、実施態様１７５記載の方法。
【０３１２】
実施態様１８９。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に実施態様１７５記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、実施態様１７５記載の方法。
【０３１３】
実施態様１９０。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２１３記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、実施態様１７５記載の方法。
【０３１４】
実施態様１９１。少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、実施態様１７５記載の方法。
【０３１５】
実施態様１９２。タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、実施態様１９１記載の方法。
【０３１６】
実施態様１９３。所定の第１の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１７５記載の方法。
【０３１７】
実施態様１９４。所定の第２の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１７５記載の方法。
【０３１８】
実施態様１９５。所定の第１の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１７５記載の方法。
【０３１９】
実施態様１９６。所定の第２の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様１７５記載の方法。
【０３２０】
実施態様１９７。抗体結合領域が標的タンパク質の直鎖状エピトープである、実施態様１７５記載の方法。
【０３２１】
実施態様１９８。抗体結合領域が標的領域の構造エピトープである、実施態様１７５記載の方法。
【０３２２】
実施態様１９９。請求項２１３記載の工程（ｂ）からｄが、実施態様１７５記載の工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択される追加のペプチドと共に繰り返される、実施態様１９８記載の方法。
【０３２３】
実施態様２００。いくつかの実施態様において、本明細書は抗体の標的タンパク質を同定する方法を開示し、本方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の入力アミノ酸配列を取得する工程、ここで同定された入力アミノ酸配列は複数の競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下における結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択された１以上の入力アミノ酸配列、工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ａ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、１以上の第２のペプチドアレイを取得する工程、ここで１以上の第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；
（ｃ）複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、前記第２の各ペプチドアレイを前記抗体に接触させ、ペプチド配列のセットを取得する工程、ここで同定されたペプチド配列のセットは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第２の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）ペプチド配列の前記セットを互いにアライメントし、少なくとも１つの予測結合モチーフを取得する工程；および
（ｅ）前記予測結合モチーフを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントし、これにより、タンパク質データベースの検索結果スコアに基づいて抗体の標的タンパク質を同定する工程。
【０３２４】
実施態様２０１。競合ペプチドが生体試料を含む、実施態様２００記載の方法。
【０３２５】
実施態様２０２。生体試料が血清である、実施態様２００記載の方法。
【０３２６】
実施態様２０３。競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。実施態様２００記載の方法。
【０３２７】
実施態様２０５。競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、実施態様２０３記載の方法。
【０３２８】
実施態様２０６。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、実施態様２００記載の方法。
【０３２９】
実施態様２０７。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、実施態様２０６記載の方法。
【０３３０】
実施態様２０８。競合ペプチドが実施態様２０３〜２０８のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、実施態様２００記載の方法。
【０３３１】
実施態様２０９。ペプチドアレイが少なくとも１０００個、少なくとも１０，０００個、少なくとも１００，０００個、または少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、実施態様２００記載の方法。
【０３３２】
実施態様２１０。ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、実施態様２００記載の方法。
【０３３３】
実施態様２１１。第１のペプチドアレイが以下の工程によって合成される、実施態様２００記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【０３３４】
実施態様２１２。結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、実施態様２００記載の方法。
【０３３５】
実施態様２１３。見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、実施態様２００記載の方法。
【０３３６】
実施態様２１４。少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、実施態様２００記載の方法。
【０３３７】
実施態様２１５。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２４１記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、実施態様２００記載の方法。
【０３３８】
実施態様２１６。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２４１記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、実施態様２００記載の方法。
【０３３９】
実施態様２１７。少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、実施態様２００記載の方法。
【０３４０】
実施態様２１８。タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、実施態様２１７記載の方法。
【０３４１】
実施態様２１９。所定の第１の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様２００記載の方法。
【０３４２】
実施態様２２０。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様２００記載の方法。
【０３４３】
実施態様２２１。いくつかの実施態様において、本明細書は少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定する方法を開示し、本方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）の個々のペプチドを第１のタンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｃ）工程（ａ）の個々のペプチドの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返す工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｄ）工程（ｂ）および（ｃ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得する工程。
【０３４４】
実施態様２２２。競合ペプチドが生体試料を含む、実施態様２２１記載の方法。
【０３４５】
実施態様２２３。生体試料が血清である、実施態様２２２記載の方法。
【０３４６】
実施態様２２４。競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。実施態様２２１記載の方法。
【０３４７】
実施態様２２５。競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、実施態様２２１記載の方法。
【０３４８】
実施態様２２６。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、実施態様２２５記載の方法。
【０３４９】
実施態様２２７。競合ペプチドが実施態様２２４〜２２６のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、実施態様２２１記載の方法。
【０３５０】
実施態様２２８。ペプチドアレイが少なくとも１０００個、少なくとも１０，０００個、少なくとも１００，０００個、または少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、実施態様２２１記載の方法。
【０３５１】
実施態様２２９。ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、実施態様２２１記載の方法。
【０３５２】
実施態様２３０。ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、実施態様２２１記載の方法：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｂ）および（ｃ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【０３５３】
実施態様２３１。結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、実施態様２２１記載の方法。
【０３５４】
実施態様２３２。見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、実施態様２２１記載の方法。
【０３５５】
実施態様２３３。少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、実施態様２２１記載の方法。
【０３５６】
実施態様２３４。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２６４記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、実施態様２２１記載の方法。
【０３５７】
実施態様２３５。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２６４記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、実施態様２２１記載の方法。
【０３５８】
実施態様２３６。少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、実施態様２２１記載の方法。
【０３５９】
実施態様２３７。タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、実施態様２３６記載の方法。
【０３６０】
実施態様２３８。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様２２１記載の方法。
【０３６１】
実施態様２３９。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様２２１記載の方法。
【０３６２】
実施態様２４０。いくつかの実施態様において、本明細書は少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定する方法を開示し、本方法は以下を含む：
（ａ）１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得する工程、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｂ）工程（ａ）の１以上の個々のペプチドをアライメントし、少なくとも１つの予測標的モチーフを取得する工程；
（ｃ）少なくとも１つの予測標的モチーフを第１のタンパク質標的にアライメントする工程、ここで工程（ａ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｄ）工程（ｂ）の少なくとも１つの予測標的モチーフの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返す工程、ここで工程（ｂ）の少なくとも１つの予測標的モチーフと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｅ）工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得する工程。
【０３６３】
実施態様２４１。競合ペプチドが生体試料を含む、実施態様２４０記載の方法。
【０３６４】
実施態様２４２。生体試料が血清である、実施態様２４０記載の方法。
【０３６５】
実施態様２４３。競合ペプチドが標的タンパク質に由来している。実施態様２４０記載の方法。
【０３６６】
実施態様２４４。競合ペプチドが標的タンパク質と少なくとも５０％類似している、実施態様２４３記載の方法。
【０３６７】
実施態様２４５。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープに由来している、実施態様２４０記載の方法。
【０３６８】
実施態様２４６。競合ペプチドが抗体の公知のエピトープと少なくとも５０％類似している、実施態様２４５記載の方法。
【０３６９】
実施態様２４７。競合ペプチドが実施態様２４３〜２４６のいずれかに記載の生体試料およびペプチドを含む、実施態様２４０記載の方法。
【０３７０】
実施態様２４８。ペプチドアレイが少なくとも１０００個、少なくとも１０，０００個、少なくとも１００，０００個、または少なくとも１，０００，０００個の固有のペプチドを含む、実施態様２４０記載の方法。
【０３７１】
実施態様２４９。ペプチドアレイがインサイチュにおいて合成される、実施態様２４０記載の方法。
【０３７２】
実施態様２５０。ペプチドアレイが以下の工程によって合成される、実施態様２４０記載の方法：
ｉ．入力アミノ酸配列を受け取る工程；
ｉｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｖ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｃ）および（ｄ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する。
【０３７３】
実施態様２５１。結合シグナルが１以上の濃度の競合ペプチドの非存在下および存在下でのシグナルの強度として測定される、実施態様２４０記載の方法。
【０３７４】
実施態様２５２。見かけのＫｄが１以上の濃度の競合ペプチドの存在下および非存在下で取得される、実施態様２４０記載の方法。
【０３７５】
実施態様２５３。少なくとも１つの追加の抗体をペプチドアレイに接触させ、各抗体を用いて取得されるアライメントスコアを順位付けし、各抗体がタンパク質標的に結合する性質を決定する、実施態様２４０記載の方法。
【０３７６】
実施態様２５４。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２８７記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコアと、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルとの組合せに由来する単一の結合プロファイルの測定を与える、実施態様２４０記載の方法。
【０３７７】
実施態様２５５。各抗体の測定スコアを決定することをさらに含み、各抗体に請求項２８７記載の工程（ｂ）由来のアライメントスコア、工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴うペプチドの数、および工程（ｂ）由来の２以上のアライメントされた位置を伴う工程（ａ）の個々のペプチドのシグナルの組合せに由来する単一の特異性プロファイルの測定を与える、実施態様２４０記載の方法。
【０３７８】
実施態様２５６。少なくとも１つの抗体エピトープを検索基準としてタンパク質データベースに対してアライメントすることをさらに含む、実施態様２５５記載の方法。
【０３７９】
実施態様２５７。タンパク質データベースがプロテオームデータベースであり、追加の抗体標的タンパク質および／または交差反応性タンパク質が同定される、実施態様２４０記載の方法。
【０３８０】
実施態様２５８。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下における結合シグナルの少なくとも２０倍以内の、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様２４０記載の方法。
【０３８１】
実施態様２５９。所定の閾値が、競合ペプチドの非存在下と比較して少なくとも５％の結合シグナルの、競合ペプチドの存在下における結合シグナルである、実施態様２４０記載の方法。
【０３８２】
実施態様２６０。いくつかの実施態様において、本明細書は少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体結合を特徴付けるキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：
（ａ）ペプチドアレイを提供すること、
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること、
（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｅ）使用者が、工程（ｄ）のアライメントスコアを用いて、少なくとも１つのタンパク質標的に対する抗体の結合を特徴付けるための説明書を提供すること。
【０３８３】
実施態様２６１。いくつかの実施態様において、本明細書は標的タンパク質における抗体エピトープを同定するキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：
（ａ）ペプチドアレイを提供すること、
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること、
（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の前記抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、個々のペプチドを少なくとも１つの前記タンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと少なくとも１つのタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｅ）使用者が、保存された結合ペプチドモチーフを同定するために工程（ｃ）の個々のペプチドにおいて保存されたアミノ酸を決定し、標的タンパク質の少なくとも１つの抗体エピトープを同定するために個々のモチーフを少なくとも１つの前記標的タンパク質にアライメントするための説明書を提供すること。
【０３８４】
実施態様２６２。いくつかの実施態様において、本明細書は標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付けるキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：
（ａ）第１のペプチドアレイを提供すること、
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること、
（ｃ）使用者が、複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の第１の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、工程（ｃ）における少なくとも１つの個々のペプチドから選択される入力ペプチド配列、工程（ｃ）における個々のペプチドのアライメントに由来する保存されたモチーフ、または工程（ｃ）における個々のペプチドのアライメントに由来するアライメントされたモチーフを用いて、第２のペプチドアレイを作成するための説明書を提供すること、ここで第２のペプチドアレイは以下の工程によって合成される：
ｉ．合成段階の数を決定する工程；
ｉｉ．複数のパターン化マスクを決定する工程、ここで各パターン化マスクには基板上の各機構を活性化または不活性化する指示が割り当てられ、連続的な各パターン化マスクにおける活性化の指示の機構の約１％〜約７５％が直前のパターン化マスクにおける活性化の指示の機構と重複している；
ｉｉｉ．少なくとも１つのモノマーを各パターン化マスクに割り当てる工程；および
ｉｖ．モノマーを機構上に連結する工程、ここで（ｉｉ）および（ｉｉｉ）は１つの前記合成段階を構築し、前記合成段階を繰り返し、ペプチドアレイを形成する；
（ｅ）使用者が、第２のペプチドアレイを抗体に接触させ、ペプチドの第２のセットを同定するための説明書を提供すること；および
（ｆ）使用者が、複数の競合ペプチドの存在下において、第２のペプチドアレイを前記抗体に接触させるための説明書を提供し、工程（ｅ）における結合シグナルの所定の第２の閾値内において結合シグナルを示す、工程（ｅ）由来の個々のペプチドの第２のセットを同定すること；および
（ｇ）使用者が、個々のペプチドの前記第２のセットを前記標的タンパク質にアライメントするための説明書を提供し、同定された個々のペプチドの第２のセットにアライメントする標的タンパク質内の領域を同定し、これにより標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付けること。
【０３８５】
実施態様２６３。いくつかの実施態様において、本明細書は少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定するキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：
（ａ）ペプチドアレイを提供すること；
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；
（ｃ）使用者が、複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、ペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、工程（ｃ）の個々のペプチドを第１のタンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｅ）使用者が、工程（ｃ）の個々のペプチドの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返すための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｆ）使用者が、工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得するための説明書を提供すること。
【０３８６】
実施態様２６４。いくつかの実施態様において、本明細書は少なくとも１つのタンパク質標的に結合する抗体の性質を決定するキットおよびシステムを開示し、該キットおよびシステムは以下を含む：
（ａ）第１のペプチドアレイを提供すること；
（ｂ）複数の競合ペプチドを提供すること；
（ｃ）使用者が、１以上の濃度の複数の競合ペプチドの存在下および非存在下において、第１のペプチドアレイを１以上の濃度の抗体と接触させ、１以上の個々のペプチドを取得するための説明書を提供すること、ここで同定された１以上の個々のペプチドは、複数の競合ペプチドの非存在下で測定された結合シグナルの所定の閾値内において、複数の競合ペプチドの存在下で測定された結合シグナルを示す；
（ｄ）使用者が、工程（ｃ）の１以上の個々のペプチドをアライメントし、少なくとも１つの予測標的モチーフを取得するための説明書を提供すること；
（ｅ）使用者が、少なくとも１つの予測標的モチーフを第１のタンパク質標的にアライメントするための説明書を提供すること、ここで工程（ｃ）の個々のペプチドと第１のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；
（ｆ）使用者が、工程（ｅ）の少なくとも１つの予測標的モチーフの、少なくとも１つの追加のタンパク質標的へのアライメントを繰り返すための説明書を提供すること、ここで工程（ｅ）の少なくとも１つの予測標的モチーフと追加のタンパク質標的との間のアライメントにアライメントスコアを与える；および
（ｇ）使用者が、工程（ｃ）および（ｄ）由来のアライメントスコアを比較し、前記タンパク質標的に結合する抗体の相対的な性質を取得するための説明書を提供すること。
【実施例】
【０３８７】
実施例１−インシリコでのシミュレーション
いくつかの実施態様において、マスキングアルゴリズムをインシリコでの方法によってシミュレートする。この実施例において、シミュレーションは以下のパラメータを含む：
・全機構数：５００，０００
・マスクｎとマスクｎ−１との間の重複部分の割合：５２％
・入力配列：ＨＶＧＡＡＡＰＶＶＰＱＡ（疾患相関エピトープ）
・合成段階の数：２１
・添加の合成の順序：Ａ、Ｒ、Ｑ、Ｓ、Ｐ、Ｗ、Ｖ、Ｖ、Ｐ、Ａ、Ｄ、Ａ、Ａ、Ｍ、Ｇ、Ｖ、Ｆ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｙ
添加の合成の順序は使用者によって選択され、入力配列（上記参照）におおよそ密接に関連する配列空間を作成するが、入力配列中の全てのアミノ酸が添加の合成順序に含まれなければならない。入力配列中のアミノ酸の順序に類似する連結の合成順序は入力配列により密接に関連する空間を作成する；逆に、入力配列中のアミノ酸の順序にあまり類似していない連結の合成順序は入力配列にあまり密接に関連していない配列空間を作成する。
【０３８８】
シミュレーションの疑似コードが以下に記述される：
【表１】
2019520421.tif 000003
【０３８９】
以下の入力およびパラメータ設定を検討する：入力配列はＨＶＧＡＡＡＰＶＶＰＱＡである；合成段階の数は２１である；ライブラリーサイズは５００，０００の機構を含む；サンプリングされる空間における入力配列の反復数は３である；サンプリングされる空間における全ての配列の平均反復数は１．４回／配列である；サンプリングされる空間における異なる配列の数は３６０，０６４配列である。図９は本明細書で開示されるマスクおよび合成アルゴリズムを用いて作製されたシミュレートされたライブラリーにおける配列長の分布を示し、ここで長さの中央値は１１である。
【０３９０】
さらに以下の表は、本明細書で開示されるマスクおよび合成アルゴリズムのシミュレーションを用いて作製された配列空間から選択される配列の例示的なセットを示す。
【表２】
2019520421.tif 000004
【０３９１】
実施例２：高密度ペプチド上の抗体結合プロファイルの特徴付け
アレイペプチドに結合する抗ＨＥＲ２ ｍＡｂの同定
【０３９２】
競合結合アッセイを設計し、ｍＡｂの生物学的結合を反映するアレイペプチドを同定した。この特徴を有するアレイペプチドを個々のペプチドとして同定した。個々のペプチドの順位付けが適用され得、ここでギャップを含む様々な程度の一致を有するペプチドが許容され得るが、重要なペプチドはギャップを含まない２以上の正確な一致として規定される。アッセイを実行し、ＨＥＲ２に対する１４種の市販の治療用または研究用モノクローナル抗体において重要なペプチドを同定した（表１）。パネルは、異なる免疫原に対して産生した異なるクローン、同一の免疫原に対して産生した異なるクローン、および異なる販売会社から得た同一のクローンに由来するｍＡｂを含んでいた。以下に記載されるように、競合剤の非存在下および存在下において、各ｍＡｂの見かけのＫｄ（飽和結合の最大半量における抗体の濃度）を測定した。
【０３９３】
表１−モノクローナル抗体の抗ＨＥＲ２パネル
【表３】
2019520421.tif 000005
【０３９４】
競合結合アッセイ。多様性ペプチドアレイまたは（実施例１に記載される）フォーカストペプチドライブラリーを含むマイクロアレイを取得し、蒸留水に１時間、ＰＢＳに３０分間および最初のインキュベーションバッファー（ＰＢＳＴ、１％マンニトール）に１時間、穏やかに撹拌しながら浸すことによって、使用前に再水和した。マイクロアレイを含むスライドをArrayItマイクロアレイカセット(ArrayIt, Sunnyvale, CA)に充填し、個々のマイクロアレイをマイクロタイタープレートフットプリントに適応させた。６種の異なる濃度（３ｎＭ、１ｎＭ、０．３３ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．０３６７ｎＭおよび０．０１２ｎＭ）の各ｍＡｂのｍＡｂ溶液を、インキュベーションバッファー（ＰＢＳＴ、１％マンニトール）の原液を段階希釈することによって調製した。
【０３９５】
ｍＡｂ結合を、２つの異なる濃度の血清競合剤（１／６９ ＮＤおよび１／７１ＮＤ）の非存在下または存在下において、または２つの異なる濃度の競合ペプチドの混合物（２５０μＭおよび７５０μＭ）の非存在下または存在下においてアッセイした。競合ペプチドの混合物は、以下の基準に従って選択された２４種のペプチドからなる：ａ）バランスが取れたアミノ酸組成を有する混合物を与えること（すなわち、いずれか１つのアミノ酸が豊富ではなかったペプチド）；ｂ）水溶性アッセイにおいて溶解性を保証するために、ＧＲＡＶＹスコア＜０を有すること；およびｃ）ｐＩ＝３からｐＩ＝１０までの範囲にある、バランスが取れた連続的な範囲の等電点（ｐＩ）を有すること。アレイを種々のｍＡｂ溶液と共に３７℃で３０分間、TeleShake95 (INHECO, Martinsried, Germany)上で混合しながらインキュベートし、抗体−ペプチド結合させた。インキュベーション後、カセットをチャンバーの１０倍の体積のＰＢＳＴ（ＰＢＳ−Ｔｗｅｅｎ）中で洗浄した。一次抗体の起源に依存して、結合したｍＡｂをＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ６４７(Thermo-Invitrogen, Carlsbad, CA)と共役した４．０ｎＭのヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）、ヤギ抗ウサギ、またはヤギ抗マウス二次抗体のいずれかを用いて検出した。二次抗体の結合を、TeleShake95プラットフォームミキサー上で混合しながらインキュベーションバッファー（ＰＢＳＴ中の３％ＢＳＡ）中において３７℃で１時間進行させた。二次抗体と共にインキュベートした後、スライドを再度チャンバーの１０倍の体積のＰＢＳＴおよび蒸留水で洗浄し、カセットから取り出し、イソプロパノールを噴霧し、遠心乾燥(centrifuged dry)させた。
【０３９６】
データ取得。アッセイされたライブラリーアレイを５３２ｎｍレーザーおよび５７２ｎｍ ＢＰ３４フィルターを備えたInnopsys 910ALマイクロアレイスキャナー(Innopsys, Carbonne, France)を用いて画像化した。Mapixソフトウェアアプリケーション（バージョン７．２．１）が自動グリッディングアルゴリズムを用いて、各ペプチドの機構に関連する画像の領域を同定した。各ペプチドの機構について、ピクセル強度の中央値をタブ区切りのテキストファイルとして記録し、分析のためのデータベースに保存した。アドレス可能な各ペプチドの機構について相対的な蛍光値を決定することによって、定量的なシグナル測定を１μｍの分解能および１％の機構の飽和度で得た。３０回の結合の測定をアッセイした各ｍＡｂについて得た。
【０３９７】
シグナル分析。ｍＡｂの各機構への結合を、蛍光シグナルを定量化することによって測定した。機構の強度の中央値は負の対照（二次抗体のみ）に対して最初にバックグラウンド減算され、次いでｌｏｇ１０変換され、次にｌｏｇ１０変換された中央値で割られることによって正規化された。
【０３９８】
アレイペプチド結合の特異性。本明細書において、特異性は抗体が２つの異なる抗原を区別する程度を指す（参照：Immunology and Infectious Disease, S.A. Frank, 2002, Princeton Univ. Press）。各アレイペプチドの結合特異性は競合剤の非存在下および存在下において得られる結合シグナルの差異によって特徴付けられ、同族でないペプチド競合剤または血清競合剤によって減弱される結合の程度はｍＡｂ特異性の尺度を与えた。ペプチド結合の特異性は、競合剤の非存在下ならびに各血清競合剤および同族でない各ペプチド競合剤の存在下における各アレイペプチドの見かけのＫｄ値の差異によって決定された。
【０３９９】
結果。データは、アレイペプチドが競合剤の非存在下において飽和性のｍＡｂ用量反応結合を示し、飽和性結合が血清競合剤またはペプチド競合剤の存在下において維持されたことを示した。次に、競合剤の非存在下で得られた見かけのＫｄに対する競合剤の存在下で決定された見かけのＫｄの減少を用いて、個々のペプチド（この場合、重要なペプチド）をペプチドライブラリーアレイスクリーンから選択した。
【０４００】
表２：ハーセプチンの見かけのＫｄの結果
【表４】
2019520421.tif 000006
【０４０１】
ペプチドを見かけのＫｄの倍率変化に従って順位付けした。個々のペプチド（重要なペプチドを含む）は、競合剤存在下で測定された見かけのＫｄにおける変化が各競合剤の非存在下で測定されたＫｄの１０倍未満の減少であったように選択された。
【０４０２】
次に個々のペプチド（重要なペプチドを含む）を用いて、直鎖状エピトープおよび構造エピトープを同定し、標的エピトープ内の重要なアミノ酸を同定し、ｍＡｂの結合特異性を決定し、未知のタンパク質標的を同定した。
【０４０３】
実施例３：多様性ペプチドアレイおよびフォーカストペプチドアレイ
多様性ライブラリー。多様性ペプチドライブラリーを調製し、コンビナトリアルペプチドライブラリーにおいて表現される高度に多様な配列空間をサンプリングし、個々のペプチド（重要なペプチドを含み、その予測結合エピトープをモチーフ中に濃縮したことを含む）を提供した。濃縮されたモチーフは、フォーカストライブラリーを設計するのに使用された入力配列を同定するための基礎として役立った。図１０参照。
【０４０４】
提供される本方法で使用された多様性ライブラリーは、５〜１３アミノ酸の範囲にある９残基長の中央値を有する１２６，００９種のペプチドの一次の高度に多様なコンビナトリアルライブラリーとして調製され、１６種のアミノ酸（メチオニン、Ｍ；システイン、Ｃ；イソロイシン、Ｉ；およびスレオニン、Ｔを除外した）の可能性のある全ての４アミノ酸長のペプチドの９９．９％、および可能性のある全ての５アミノ酸長のペプチドの４８．３％を含むように設計した。ペプチドを、ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニル（ＢＯＣ）保護基ペプチド化学(Legutki JB et al., Nature Communications. 2014;5:4785)に適応した標準的な半導体フォトリソグラフィーツールを用いて、２００ｍｍの酸化ケイ素ウエハー上に合成した。簡潔に述べると、アミノシラン官能基を有するウエハーをＢＯＣ−グリシンでコートした。次に、光酸化発生剤を含むフォトレジスト（これはＵＶ光で活性化される）をスピンコーティングによってウエハーに適用した。フォトマスクを介したウエハーのＵＶ光（３６５ｎｍ）への曝露は、ウエハー上の機構が所定のマスクを用いて曝露されるという固定された選択を可能とする。ＵＶ光への曝露後、ウエハーを加熱し、これは曝露された機構のＢＯＣ脱保護を可能とする。次に洗浄およびその後の活性化されたアミノ酸の適用がサイクルを完成させる。各サイクルと共に、特定のアミノ酸をアレイ上の特定の位置に位置するペプチドのＮ末端に付加した。これらのサイクルを繰り返し（マスクおよび結合させるアミノ酸は様々である）、コンビナトリアルペプチドライブラリーを達成した。標準的なスライドガラスの寸法を有する１３個の四角形の領域を各ウエハーからさいの目に切った。完成した各ウエハーを標準的なスライドガラスの寸法（２５ｍｍＸ７５ｍｍ）を有する１３個の四角形の領域に切った。これらの各スライドは８行３列の２４個のアレイを含んでいた。最後に、いくつかのアミノ酸の側鎖上の保護基を標準的なカクテルを用いて除去した。完成したスライドを必要となるまで乾燥窒素環境中に保存した。アレイが各工程についての３σの統計的限界の使用を含むプロセス工程において製造されていることを保証するために多数の品質テストが行われる。ウエハーのバッチをＭＡＬＤＩ−ＭＳによって断続的にサンプリングし、各アミノ酸が正しい工程で結合したことを同定し、これはコンビナトリアル合成を構成する個々の工程が正確であったことを保証した。ウエハー製造をVisual Basicで書かれ、ＳＱＬバックエンドを伴うフロントエンドにアクセスできる電子的にカスタムなリレーショナルデータベース(electronic custom Relational Database)を介して終始追跡した。フロントエンドユーザーインターフェースは、オペレーターが容易に生産情報をデータベースに入力することを可能にする。ＳＱＬバックエンドは、必要に応じたデータベースのバックアップおよびデータの共有のための他のコンピュータシステムとの統合のための単純な方法を提供する。通常追跡されるデータは、化学物質、レシピ、時間および技術者が実行するタスクを含む。ウエハーを作製した後、データが再検討され、記録はロックおよび保存される。最終的に、以下に記載されるように各ロットを結合アッセイにおいて評価し、性能を確認する。
【０４０５】
多様性ライブラリーのアレイペプチドへのモノクローナル結合は３〜５アミノ酸長のモチーフを含む個々のペプチド（重要なペプチドを含む）を同定し、これはフォーカストライブラリーを設計する入力配列を同定するために使用された（図１０）。
【０４０６】
フォーカストライブラリー。フォーカストライブラリーを調製し、多様性ライブラリーにおいて同定された個々のペプチド（重要なペプチドを含む）の濃縮されたモチーフを含む入力配列付近の多数の位置を変化させた。提供される本方法において使用されるフォーカストライブラリーを、一連の２４個の重複しているマスクを用いて１６，９２０種のペプチドのライブラリーとして調製し、これは０〜１７アミノ酸残基長の中央値を有する合成されたペプチドをもたらした。
【０４０７】
フォーカストライブラリーのペプチドをそれぞれ、多様性ライブラリーの個々のペプチド（この場合、重要なペプチド）の１つの入力配列のバリアント配列を与えるように設計した。各機構の寸法は４４μｍＸ４４μｍであり、５０μｍＸ５０μｍピッチにセットされ、これは機構間に６μｍの格子間空間を有する。多様性ペプチドライブラリーの合成について記述されたように、ペプチドをｔｅｒｔ−ブトキシカルボニル（ＢＯＣ）保護基ペプチド化学(Legutki JB et al., Nature Communications. 2014;5:4785)に適応した標準的な半導体フォトリソグラフィーツールを用いて、２００ｍｍの酸化ケイ素ウエハー上に合成した。ウエハーのバッチをＭＡＬＤＩ−ＭＳによって断続的にサンプリングし、各アミノ酸が正しい工程で結合したことを同定し、これはフォーカスト合成を構成する個々の工程が正確であったことを保証した。
【０４０８】
実施例４：エピトープの同定
ＨＥＲ２の予測エピトープの同定。実施例２において記述された競合結合アッセイを抗ＨＥＲ２ ｍＡｂ ＳＣＢＴ ｓｃ−３３６８４、Ｔｈｅｒｍｏ ＭＡ５−１３６７５、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ＃２１６５およびＣｒｅａｔｉｖｅ Ｂｉｏｌａｂｓ ＴＡＢ−００５を用いて、多様性ペプチドアレイ／ライブラリーまたはフォーカストペプチドアレイ／ライブラリーのいずれか（または両方）に対して行い、個々のペプチド（重要なペプチドを含む）および予測エピトープ配列を同定した。
【０４０９】
結合ペプチドをｍＡｂに対する相対的な特異性のレベルに従って順位付けし、個々のペプチドを実施例２で記述されるように、見かけのＫｄにおける１０倍未満の減少を有するように選択した。個々のペプチド（具体的には重要なペプチド）を、テストされた各ｍＡｂのためのＨＥＲ２エピトープ配列を予測するように選択した。
【０４１０】
重要な各ペプチドのアレイシグナルを中央値で正規化および対数変換し、中央値の少なくとも＞２倍であったシグナルを有する重要なペプチドを、ClustalWおよびMUSCLEアライメントを用いてＨＥＲ２タンパク質（ＵＮＩＰＲＯＴ ＃Ｐ０４６２６）の重複している６アミノ酸長の配列にアライメントした。重要なペプチドの３アミノ酸長の順方向配列および逆方向配列を６アミノ酸長の可能性のある全てのＨＥＲ２標的のいずれかにアライメントし、全ＨＥＲ２タンパク質における全アミノ酸位置のスコアを決定した。アライメントスコアを各位置における全スコアの合計として計算し、対応する重要なペプチドの結合シグナルと組み合わせ、モチーフスコアを与えた（図１２）。モチーフスコアは標的エピトープを予測するのに十分であった。サブモチーフの直鎖状配置を、CLUSTALW(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308517/)およびMUSCLE (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC390337/)ソフトウェアを用いて実行および比較した。モチーフを重要なペプチドにおけるそれらの濃縮(enrichment)に従って順位付けした。特定のモチーフの確率／ライブラリーまたはアレイ中においてランダムにそのモチーフを発見する確率を決定することによって、濃縮倍率を全アレイペプチド（すなわち重要な、および重要でないライブラリーアレイペプチド）におけるモチーフの頻度に対して計算した。表３は三量体モチーフおよび対応する濃縮倍率の例示的なリストを示す。
【０４１１】
最終的に、重要なペプチドをアライメント（CLUSTALW(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308517/)およびMUSCLE(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC390337/)）し、保存アミノ酸の同定および位置を決定した
【０４１２】
表３−重要なペプチドにおいて濃縮されたモチーフ
【表５】
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【０４１３】
実施例５：直鎖状エピトープの同定
実施例４に記述されるように、テストされた各ｍＡｂについて、個々のペプチド（重要なペプチドを含む）を多様性ライブラリーにおいて同定した。対応する濃縮モチーフを決定し、ＨＥＲ２エピトープ、保存アミノ酸および同定されたそれらの位置を予測した。３つの例示的な抗ＨＥＲ２抗体：ＭＡ５−１３６７５（クローン３Ｂ５）(Thermo Fisher; Waltham, MA)、ｓｃ−３３６８４（クローン３Ｂ５）(Santa Cruz BioTechnologies, Dallas, TX)および２１６５（クローン２９Ｄ８）(Cell Signalling Technologies, Danvers, MA)の多様性ライブラリーから同定された用量反応が最も高いペプチド配列をそれぞれ図１４、１５および１６に示す。
【０４１４】
濃縮モチーフをＨＥＲ２タンパク質に対してアライメントし、フォーカストライブラリーを設計するために変化され得るモチーフを含む領域を同定した。減少したアミノ酸のセットを用いてモチーフの各残基をタンパク質標的にマッピングし、エピトープがマッピングされてい得るプロテオミクス配列の完全な表示を有するアレイをサンプリングするのに必要とされるアミノ酸の数を減少させた（図１３）。多様性ライブラリーにおいて同定された個々のペプチド（具体的には重要なペプチド）にわたって高度に保存されていることが示された三量体モチーフおよび四量体モチーフを含む標的タンパク質上の領域を入力配列として使用し、それらの変異体配列を導き、これはフォーカストライブラリーを設計するための保存モチーフを含む。
【０４１５】
実施例２に記述されるようにフォーカストライブラリーアルゴリズムを開発する方法を介して、位置バリアントを作製した。これらのバリアントはフォーカストライブラリー設計中に規定される入力配列、マスクの順序およびアミノ酸の順序に由来する。
【０４１６】
各フォーカストライブラリーにおいて同定された個々のペプチド（この場合、重要なペプチド）をＨＥＲ２標的タンパク質にアライメントし、それらの相対的な特異性に従ってスコア化し、エピトープのコンセンサス配列を同定するようにアライメントした。
【０４１７】
３つのフォーカストライブラリーから同定された最上位の重要なペプチドのアライメントを図１４Ｂ、１５Ｂおよび１６Ｂに示す。ｍＡｂ ＭＡ５−１３６７５（クローン３Ｂ５）(Thermo Fisher)（図１１Ｂおよび１４Ｃ）についての保存アミノ酸の位置は、多様性ライブラリーとフォーカストライブラリーの組合せのスクリーニングの１回反復が直鎖状ＨＥＲ２エピトープの完全な配列を同定したことを示し、これは免疫原に包含されていた（図１４Ｄ）。
【０４１８】
同様に、抗ＨＥＲモノクローナル抗体ｓｃ−３３６８４（クローン３Ｂ５）(Santa Cruz BioTechnologies)および２１６５（クローン２９Ｄ８）(Cell Signalling Technologies)の完全な直鎖状エピトープを正確に同定した（図１５Ｃおよび１５Ｄ、ならびに図１６Ｃおよび１６Ｄ）。
【０４１９】
テストされた全ての抗ＨＥＲ２ ｍＡｂにおいて、多様性ライブラリーとフォーカストライブラリーの組合せのスクリーニングはＨＥＲ２の直鎖状エピトープを正確に同定し、これは抗ＨＥＲ２ ｍＡｂを産生させるのに使用される公開された免疫原配列に対応していた。
【０４２０】
実施例６：構造ＨＥＲ２エピトープの同定
提供される本システムおよび方法が抗ＨＥＲ２ ｍＡｂの構造エピトープを同定できることを示すため、トラスツズマブＦａｂモノクローナル抗体（ハーセプチン）の多様性ライブラリーおよびフォーカストライブラリーへの結合を実行し、ハーセプチンによって認識される構造エピトープを構成する３つの直鎖状成分を同定した。
【０４２１】
第１に、実施例１および２に記述されるようにハーセプチンの多様性ライブラリーとの結合を実行し、ハーセプチンに結合されたペプチド内の濃縮モチーフを同定し、構造エピトープの直鎖状成分を予測した。ＨＥＲ２構造エピトープの３つの個々の直鎖状成分がトラスツズマブＦａｂ（ハーセプチン）によって認識された：ＦＧＰＥＡＤＱ、ＫＤＰＰＦＣおよびＩＷＫＦＰＤＥＥＧＡＣＱＰＣ(Chen, H.-S. et al. Sci. Rep. 5, 12411; doi: 10.1038/ srep12411 [2015])（図１７Ａ）。次に、重要なペプチドにおいて濃縮されたモチーフを用いて、ＨＥＲ２標的タンパク質の３つの入力領域を同定した。フォーカストライブラリーを、互いに付加された３つの構造成分に対応する３つのモチーフを含んでいた入力配列に基づいて設計した。フォーカストライブラリーをハーセプチンを用いてスクリーニングし、同定された重要なペプチドをアライメントし、保存アミノ酸および公開されている構造エピトープの配列に対するそれらの位置を同定した。
【０４２２】
フォーカストライブラリーから同定された最上位の重要なペプチドの例示的なアライメントを図１７Ｂに示す。各直鎖状成分の位置を、構造エピトープの成分を含む配列にマッピングした（図１７Ａ）。図１８はトラスツズマブの結晶構造（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK62051/におけるＢＬＡＳＴＰ Ｉｄｅｎｔスコア）、およびＨＥＲ２の細胞外部分に対するその位置決めを示す。ＨＥＲ２の色付きの部分はフォーカストライブラリーにおけるペプチド配列から同定された個々の直鎖状成分を表す。
【０４２３】
データは構造エピトープの配列全体が同定されたことを示す。これらの発見はさらに提供される本方法の、ＨＥＲ２ ｍＡｂおよびそのＨＥＲ２標的との間の生物学的結合相互作用を再現する能力を実証する。
【０４２４】
実施例７：プロテオーム全体からの未知の抗体標的の同定
３つのｍＡｂであるＣｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇの２１６５（クローン２９Ｄ８）、ＴｈｅｒｍｏのＭＡ５−１３６７５（クローン３Ｂ５）およびＳａｎｔａ ＣｒｕｚのＳＣ−３３６８４（クローン３Ｂ５）を用いて、提供される本システムおよび方法の、プロテオーム全体から未知タンパク質標的を同定する能力を示した。
【０４２５】
まず、個々のペプチド（重要なペプチドを含む）および各ｍＡｂの濃縮モチーフを対応する多様性ライブラリーから同定した。これらの短いモチーフの存在についてのプロテオームのクエリは典型的に多くのアライメントをもたらし、それらのほとんどは探索されている真の標的とは無関係の配列である。３〜４アミノ酸長のモチーフを含む配列の次の設計および結果として得られるフォーカストライブラリーのスクリーニングは、ヒトプロテオームにおいて正確な一致が見出された９〜１２アミノ酸長の配列を同定した。図１９Ａ、２０Ａおよび２１Ａは、対応するフォーカストライブラリーのスクリーニングから同定された上位１０種の個々のペプチド（この場合、重要なペプチド）を用いて検索した場合に同定されたエピトープ配列のＢＬＡＳＴアライメントの結果を示す。これらの図は最も高いスコア化アライメントの全てがＨＥＲ２タンパク質であることを示し、これはｖ−ｅｒｂ−ｂ２としても知られている。対照的に、特異性スコアの中央値を有する重要なペプチドはヒトプロテオームにアライメントした場合に、関連性のあるＨＥＲ２配列を同定しなかった（図１９Ｂ、２０Ｂ、２１Ｃ）。
【０４２６】
これらのデータは、抗体に対する未知の標的タンパク質が、ＢＬＡＳＴスコアによって示されるように高い信頼性を持って同定され得ることを示す。
【０４２７】
実施例８：抗ＨＥＲ２ ｍＡｂの特異性の決定
モノクローナル抗体の特異性は、上述のように多様性ライブラリーおよびフォーカストライブラリーを用いて決定され得る。
【０４２８】
まず、多様性ライブラリーとフォーカストライブラリーの両方に対して、ペプチドの結合特異性が実施例２に記載されるように決定され得る。用量反応性の個々のペプチド（重要なペプチドを含む）をフォーカストライブラリーから同定し、アミノ酸の保存の程度を用いてｍＡｂの特異性が決定され得る。ある例において、エピトープの共通配列（例えば図１４Ｄ）を同定する全ての保存アミノ酸のビットの合計が、真のエピトープを同定するために使用されたｍＡｂと無関係であることが知られている参照抗体または参照抗体のパネルを用いた場合に推定される同一のエピトープ配列について得られるビットの合計と比較され得る。例えば、抗ＨＥＲ２抗体と無関係な１０種のｍＡｂのパネルは多様性ライブラリーおよびフォーカストライブラリーに結合する混合物として使用され得、アライメントされた場合に個々のペプチドにわたって保存され得るアミノ酸のためのビットスコアを与える個々のペプチド（重要なペプチドを含む）を提供する。
【０４２９】
したがって、抗体のエピトープに対する特異性は推定エピトープ配列におけるアミノ酸保存の程度によって規定され得る。
【０４３０】
実施例９．種々のタンパク質のセットについて抗体の性質を決定する方法
ｍＡｂ（Cell Signalling (#2165)）のＨＥＲ２およびＥＧＦＲへの結合を実行し、提供される多様性ペプチドアレイライブラリーおよびフォーカストペプチドアレイライブラリーが、抗体が種々のタンパク質標的に結合する性質を決定するのに使用され得ることを示した。アルゴリズムが開発された。
【０４３１】
個々のペプチド（重要なペプチドを含む）の第１のセットを抗ＨＥＲ２ ｍＡｂのペプチドアレイライブラリーへの結合から決定し、個々のペプチド（重要なペプチドを含む）の第２のセットを抗ＥＧＦＲ ｍＡｂの同一のペプチドアレイライブラリーへの結合から決定した。個々のペプチド（重要なペプチドを含む）を濃縮し、モチーフを２つの各セットについて同定し、濃縮モチーフを対応する標的タンパク質にアライメントした。各セットについてのモチーフのアライメントを３つのレベルのアライメントストリンジェンシーを用いて行った：
高いストリンジェンシー（正確なアライメント）
中程度のストリンジェンシー（小さなギャップおよびアミノ酸置換を許容する）、および
低いストリンジェンシー（より広いギャップおよびアミノ酸置換を許容する）。
【０４３２】
各アライメントは各標的における特定の残基を同定した。両方の場合において、アライメントの規則を厳しくする（すなわち、アライメントストリンジェンシーを増加させる）と、赤色で標識された残基によって示されるように得られるアライメントも厳密となった（図２２）。各アライメントは「赤色」の残基の数によってスコア化され得る。
【０４３３】
図２２は、同一のアライメントストリンジェンシー規則の下で、ｍＡｂがＨＥＲ２への結合と比較してより少ない程度でＥＧＦＲに結合する（すなわち、ｍＡｂはＥＧＦＲよりもＨＥＲ２への結合についてより優れた性質を有する）ことが予測されたことを示す。
【０４３４】
抗体が標的タンパク質に結合する性質は、多様性ライブラリーの個々のペプチド（この場合、重要なペプチド）、および／またはフォーカストライブラリーの個々のペプチド（この場合、重要なペプチド）から同定された濃縮モチーフを用いて決定され得る。
【０４３５】
本発明の好ましい実施態様が本明細書において示され、記述されたが、このような実施態様が例示のみの目的で提供されていることは当業者には明らかである。多数のバリエーション、変化および置換が本発明を逸脱することなく当業者に想定される。本明細書に記述される本発明の実施態様に対する様々な代替物が本発明の実施において利用され得ることが理解されるはずである。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を規定し、これらの特許請求の範囲の範囲内の方法および構造ならびにそれらの等価物がそれらに包含されることが意図される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１４Ｃ】
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【図１４Ｄ】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１５Ｃ】
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【図１５Ｄ】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１６Ｃ】
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【図１６Ｄ】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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