(57)【要約】標的ゲノム領域（複数可）の編集方法、ＤＮＡ切断のＨＤＲ経路を介した修復方法、ＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復の阻害または抑制方法、及び遺伝子（複数可）またはタンパク質（複数可）の発現の改変方法は、１つ以上の標的ゲノム領域を含む１つ以上の細胞に、本明細書に開示するゲノム編集系及びＤＮＡプロテインキナーゼ（ＤＮＡＰＫ）阻害剤を投与することを含む。標的遺伝子を編集するためのキット及び組成物には、本明細書に開示するゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤が含まれる。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ以上の標的ゲノム領域の編集方法であって：
１つ以上の標的ゲノム領域を含む１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化２８】
2019521139.tif 000032
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって；式中、
Ｘが、Ｎ、ＣＲＡ５であり；
ＲＡ１が、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；
各ＲＡ４が、独立して、Ｈまたは２Ｈであり；
ＲＡ５が、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換され；
ＲＢ３がＣ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；各ＲＢ４が、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み；そして
前記１つ以上の標的ゲノム領域を編集する、前記編集方法。
【請求項２】
１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断の相同組換え修復（ＨＤＲ）経路を介した修復方法であって：
１つ以上の標的ゲノム領域を含む１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化２９】
2019521139.tif 000033
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって；式中、
Ｘが、Ｎ、ＣＲＡ５であり；
ＲＡ１が、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；
各ＲＡ４が、独立して、Ｈまたは２Ｈであり；
ＲＡ５が、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換され；
ＲＢ３がＣ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；各ＲＢ４が、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み；そして
前記ゲノム編集系が、前記標的ゲノム領域の核酸（複数可）と相互作用してＤＮＡ切断をもたらし、前記ＤＮＡ切断を少なくとも部分的にＨＤＲ経路を介して修復する、前記修復方法。
【請求項３】
１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断の非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路を介した修復の阻害または抑制方法であって：
１つ以上の標的ゲノム領域を含む１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化３０】
2019521139.tif 000034
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって；式中、
Ｘが、Ｎ、ＣＲＡ５であり；
ＲＡ１が、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；
各ＲＡ４が、独立して、Ｈまたは２Ｈであり；
ＲＡ５が、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換され；
ＲＢ３がＣ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；各ＲＢ４が、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み；そして
前記ゲノム編集系が、前記１つ以上の標的ゲノム領域の核酸（複数可）と相互作用してＤＮＡ切断を生じ、前記ＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復を阻害または抑制する、前記阻害または抑制方法。
【請求項４】
１つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現の改変方法であって：
１つ以上の標的ゲノム領域を含む１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化３１】
2019521139.tif 000035
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって；式中、
Ｘが、Ｎ、ＣＲＡ５であり；
ＲＡ１が、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；
各ＲＡ４が、独立して、Ｈまたは２Ｈであり；
ＲＡ５が、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換され；
ＲＢ３がＣ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；各ＲＢ４が、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含み；
前記ゲノム編集系が、標的遺伝子（複数可）の前記１つ以上の標的ゲノム領域の核酸（複数可）と相互作用し、前記１つ以上の標的ゲノム領域の編集をもたらし、前記編集が、前記標的遺伝子（複数可）に関連する下流遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を改変する、前記改変方法。
【請求項５】
前記ＤＮＡ切断が、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）を含む、請求項２〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記化合物が、式（Ｉ）または式（Ｉ’）の構造を有する化合物と、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む共結晶である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記化合物が、構造式（ＩＩ）、構造式（ＩＩ’）、構造式（ＩＩ’’）、または構造式（ＩＩ’’’）、
【化３２】
2019521139.tif 000036
によって表されるか、
またはその薬学的に許容される塩もしくはそれらの共結晶であり、
式中、Ｒ１及びＲ２のそれぞれが、水素または重水素である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記化合物が、式（ＩＩ）または式（ＩＩ’）の構造を有する化合物；及びアジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸または安息香酸から選択される共結晶形成剤を含む共結晶である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記１つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域の編集効率が、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞における効率に比べて高い、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記１つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域での前記ＤＮＡ切断のＨＤＲ経路を介した前記修復の効率を、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞における効率に比べて増加させる、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記１つ以上の細胞における前記標的ゲノム領域での前記ＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した前記修復の阻害または抑制の効率を、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞に比べて増加させる、請求項３に記載の方法。
【請求項１２】
前記効率を、他の点では同一であるが前記化合物の非存在下での細胞における効率に比べて、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍増加させる、請求項９〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記効率を、標的ポリヌクレオチド組込みの頻度によって測定する、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記効率を、標的突然変異誘発の頻度によって測定する、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記標的突然変異誘発が、点突然変異、欠失、及び／または挿入を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記標的遺伝子（複数可）に関連する下流遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を、前記投与前の前記１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて増加させる、請求項４に記載の方法。
【請求項１７】
前記発現を、前記投与前の前記１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、または１０倍増加させる、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記標的遺伝子（複数可）に関連する下流遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を、前記投与前の前記１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて減少させる、請求項４に記載の方法。
【請求項１９】
前記遺伝子発現を、前記投与前の前記１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％減少させる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記標的遺伝子（複数可）に関連する下流遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を、前記１つ以上の細胞において実質的に排除する、請求項４に記載の方法。
【請求項２１】
前記細胞を、Ｓ細胞周期またはＧ２細胞周期の段階で同期させる、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記化合物を投与または接触させる前記１つ以上の細胞の生存期間を、前記化合物を投与または接触させなかった１つ以上の細胞に比べて延長させる、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、前記１つ以上の細胞に同時に投与する、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、前記１つ以上の細胞に順次投与する、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記ゲノム編集系を、前記化合物に先行して前記１つ以上の細胞に投与する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記化合物を、前記ゲノム編集系に先行して前記１つ以上の細胞に投与する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記１つ以上の細胞が培養細胞である、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記１つ以上の細胞が、生物内のｉｎ  ｖｉｖｏ細胞である、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記１つ以上の細胞が、生物由来のｅｘ  ｖｉｖｏ細胞である、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記生物が哺乳類である、請求項２７または２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記生物がヒトである、請求項２７または２８に記載の方法。
【請求項３２】
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、同じ経路を介して投与する、請求項１〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記ゲノム編集系及び前記化合物を、異なる経路を介して投与する、請求項１〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記ゲノム編集系を静脈内投与し、前記化合物を経口投与する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記ゲノム編集系が、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系から選択される、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ゲノム編集系が、ＣＲＩＳＰＲベースの系である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＣＲＩＳＰＲベースの系が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系またはＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記ＣＲＩＳＰＲベースの系が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系であり、前記ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系が：（ａ）以下を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメントを含み：（ｉ）前記１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲッターＲＮＡ、または前記ターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；（ｉｉ）及び前記ターゲッターＲＮＡとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を含むアクチベーターＲＮＡ、または前記アクチベーターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；ならびに（ｂ）Ｃａｓタンパク質を含むＣａｓタンパク質エレメント、または前記Ｃａｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ターゲッターＲＮＡ及びアクチベーターＲＮＡを、単一分子として融合させる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記Ｃａｓタンパク質がＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記Ｃａｓ９タンパク質が、ＳａＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９ｎ、Ｃａｓ９−ＨＦ、Ｃａｓ９−Ｈ８４０Ａ、ＦｏｋＩ−ｄＣａｓ９、もしくはＤ１０Ａニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記ＣＲＩＳＰＲベースの系が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系であり、前記ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系が：（ａ）少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメント、または前記ガイドＲＮＡエレメントをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含み、前記ガイドＲＮＡが、前記１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターＲＮＡを含み；及び（ｂ）Ｃｐｆタンパク質を含むＣｐｆタンパク質エレメント、または前記Ｃｐｆタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する核酸を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記ゲノム編集系を、１つ以上のベクターによって送達する、請求項１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記１つ以上のベクターが、ウイルスベクター、プラスミド、またはｓｓＤＮＡから選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及び単純ヘルペスウイルスベクターからなる群から選択される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記ゲノム編集系を、合成ＲＮＡによって送達する、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記ゲノム編集系を、ナノ製剤によって送達する、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記化合物が：
【化３３】
2019521139.tif 000037
、またはその薬学的に許容される塩である、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記化合物が：（ａ）化合物１または化合物２；及び（ｂ）アジピン酸を含む共結晶である、先行請求項のいずれか一項に記載の方法：
【化３４】
2019521139.tif 000038
。
【請求項５０】
前記化合物が、（ａ）化合物（１）；及び（ｂ）アジピン酸を含む共結晶であり：
【化３５】
2019521139.tif 000039
、アジピン酸と化合物（１）とのモル比が約２：１である、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記化合物が、（ａ）化合物（２）；及び（ｂ）アジピン酸を含む共結晶であり：
【化３６】
2019521139.tif 000040
、アジピン酸と化合物（２）とのモル比が約２：１である、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
１つ以上の標的ゲノム領域を編集するためのキットまたは組成物であって：
ゲノム編集系；及び
構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化３７】
2019521139.tif 000041
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であって；式中、
Ｘが、Ｎ、ＣＲＡ５であり；
ＲＡ１が、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造が、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；
各ＲＡ４が、独立して、Ｈまたは２Ｈであり；
ＲＡ５が、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれが、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換され；
ＲＢ３がＣ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルが、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；各ＲＢ４が、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである、前記化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含む、前記キットまたは組成物。
【請求項５３】
前記化合物が、構造式（ＩＩ）、構造式（ＩＩ’）、構造式（ＩＩ’’）、または構造式（ＩＩ’’’）：
【化３８】
2019521139.tif 000042
で表されるか、
またはその薬学的に許容される塩またはその共結晶であり、
式中、Ｒ１及びＲ２のそれぞれが、水素または重水素である、請求項５２に記載のキットまたは組成物。
【請求項５４】
前記ゲノム編集系が、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系である、請求項５２または５３に記載のキットまたは組成物。
【請求項５５】
前記ゲノム編集系が、ＣＲＩＳＰＲベースの系である、請求項５４に記載のキットまたは組成物。
【請求項５６】
前記ＣＲＩＳＰＲベースの系が、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系またはＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系である、請求項５５に記載のキットまたは組成物。
【請求項５７】
前記ＣＲＩＳＰＲベースの系がＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系であり、前記ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系が：（ａ）以下を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメントを含み：（ｉ）前記１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターＲＮＡ、または前記ターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸；（ｉｉ）及び前記ターゲッターＲＮＡとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を有するアクチベーターＲＮＡ、または前記アクチベーターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；ならびに（ｂ）Ｃａｓタンパク質を含むＣａｓタンパク質エレメント、または前記Ｃａｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含む、請求項５６に記載のキットまたは組成物。
【請求項５８】
前記Ｃａｓタンパク質がＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質である、請求項５７に記載のキットまたは組成物。
【請求項５９】
前記Ｃａｓ９タンパク質が、ＳａＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９ｎ、Ｃａｓ９−ＨＦ、Ｃａｓ９−Ｈ８４０Ａ、ＦｏｋＩ−ｄＣａｓ９、もしくはＤ１０Ａニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項５７に記載のキットまたは組成物。
【請求項６０】
前記ＣＲＩＳＰＲベースの系がＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系であり、前記ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系が：（ａ）前記１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターＲＮＡ、または前記ターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸；及び（ｂ）Ｃｐｆタンパク質を含むＣｐｆタンパク質エレメント、または前記Ｃｐｆタンパク質をコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含む、請求項５７に記載のキットまたは組成物。
【請求項６１】
前記ゲノム編集系を、１つ以上のベクターに含めるか、またはパッケージングする、請求項５６〜６０のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
【請求項６２】
前記１つ以上のベクターが、ウイルスベクター、プラスミド、またはｓｓＤＮＡから選択される、請求項６１に記載のキットまたは組成物。
【請求項６３】
前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター及び単純ヘルペスウイルスベクターからなる群から選択される、請求項６２に記載のキットまたは組成物。
【請求項６４】
前記化合物が：
【化３９】
2019521139.tif 000043
、またはその薬学的に許容される塩である、請求項５３〜６３のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
【請求項６５】
前記化合物が、式（Ｉ）または式（ＩＩ）の構造を有する化合物とアジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む共結晶である、請求項５３〜６４のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
【請求項６６】
前記化合物が：（ａ）化合物１または化合物２；及び（ｂ）アジピン酸を含む共結晶である、請求項５３〜６４のいずれか一項に記載のキットまたは組成物：
【化４０】
2019521139.tif 000044
。
【請求項６７】
前記化合物が、（ａ）化合物（１）；及び（ｂ）アジピン酸を含む共結晶であり：
【化４１】
2019521139.tif 000045
、アジピン酸と化合物（１）とのモル比が約２：１である、請求項５３〜６４のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
【請求項６８】
前記化合物が、（ａ）化合物（２）；及び（ｂ）アジピン酸を含む共結晶であり：
【化４２】
2019521139.tif 000046
、アジピン酸と化合物（２）とのモル比が約２：１である、請求項５３〜６４のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
【請求項６９】
前記化合物が、化合物３、
【化４３】
2019521139.tif 000047
、またはその薬学的に許容される塩である、請求項５３〜６４のいずれか一項に記載のキットまたは組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年７月１３日に出願された米国特許出願第６２／３６１，７８１号、及び２０１６年７月１３日に出願された米国特許出願第６２／３６１，９６１号の利益及び優先権を主張し、その各々の内容を本明細書に援用する。
【０００２】
配列表の参照による援用
２０１７年６月２９日に作成されたサイズ７ＫＢの「ＶＰＩ＿１６−１１４ＷＯ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」という名称のファイルの内容を、その全体を参照により本明細書に援用する。
【０００３】
本発明は、一般に、ＤＮＡプロテインキナーゼ（ＤＮＡＰＫ）阻害剤及びゲノム編集系を細胞（複数可）に投与することによってゲノム編集効率を高めるための方法、組成物及びキットに関する。
【背景技術】
【０００４】
遺伝子変異のシステマティックな改変を可能にするためには、正確なゲノムターゲティング技術が必要である。ゲノム編集系、特にＣＲＩＳＰＲエンドヌクレアーゼに基づくゲノム編集技術の使用は、過去数年間で指数関数的に成長を遂げた。ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９細菌性自然免疫系が、ヒトゲノムの標的修飾のための効果的なゲノム編集ツールとして台頭している（Ｗｉｅｄｅｎｈｅｆｔ，Ｂ．２０１２；Ｈｓｕ，Ｐ．Ｄ．ｅｔａ．２０１４）。近年においては、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆゲノム編集系が示されている。ＣＲＩＳＰＲエンドヌクレアーゼに基づくゲノム編集は、部分的には、ＤＮＡ二本鎖切断を修復するための非相同末端結合（ＮＨＥＪ）及び相同性指向性修復（ＨＤＲ）経路に依存している。細胞修復機構はＨＤＲよりもＮＨＥＪを選好する。
【０００５】
いくつかの報告においては、ＮＨＥＪからの挿入または欠失（インデル）の達成は最大７０％有効であるが、ＨＤＲの効率には依然として課題があり、その効率は１％未満である。
【０００６】
したがって、ゲノム編集効率、特にＨＤＲ効率を高める必要がある。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
発明の概要
本発明は、ＤＮＡＰＫ阻害剤を使用してＤＮＡＰＫなどのＮＨＥＪ酵素を抑制することによって、ＨＤＲ効率を向上させることができる。
【０００８】
いくつかの実施形態において、本開示は、１つ以上の標的ゲノム領域の編集方法を提供し、その方法は、１つ以上の標的ゲノム領域を有する１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）によって表される化合物：
【化１】
2019521139.tif 000002
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含む。
【０００９】
ＸはＮ、ＣＲＡ５である。
【００１０】
ＲＡ１は、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造は、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００１１】
各ＲＡ４は、独立して、Ｈまたは２Ｈである。
【００１２】
ＲＡ５は、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換される。
【００１３】
ＲＢ３は、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００１４】
各ＲＢ４は、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである。
【００１５】
いくつかの実施形態では、本開示はまた、１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断の相同性指向性修復（ＨＤＲ）経路を介した修復方法を提供し、その方法は、１つ以上の標的ゲノム領域を有する１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化２】
2019521139.tif 000003
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含む。
【００１６】
ＸはＮ、ＣＲＡ５である。
【００１７】
ＲＡ１は、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造は、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００１８】
各ＲＡ４は、独立して、Ｈまたは２Ｈである。
【００１９】
ＲＡ５は、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換される。
【００２０】
ＲＢ３は、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００２１】
各ＲＢ４は、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである。
【００２２】
ゲノム編集系は、標的ゲノム領域の核酸（複数可）と相互作用してＤＮＡ切断をもたらし、その場合、ＤＮＡ切断は少なくとも部分的にＨＤＲ経路を介して修復される。
【００２３】
いくつかの実施形態では、本開示はまた、１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復の阻害または抑制方法を提供し、その方法は、１つ以上の標的ゲノム領域を有する１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化３】
2019521139.tif 000004
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含む。
【００２４】
ＸはＮ、ＣＲＡ５であり；
ＲＡ１は、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造は、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００２５】
各ＲＡ４は、独立して、Ｈまたは２Ｈであり；
ＲＡ５は、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換される。
【００２６】
ＲＢ３は、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００２７】
各ＲＢ４は、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである。
【００２８】
ゲノム編集系は、１つ以上の標的ゲノム領域の核酸（複数可）と相互作用してＤＮＡ切断をもたらし、その場合、ＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復が阻害または抑制される。
【００２９】
いくつかの実施形態では、本開示はまた、１つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現の改変方法を提供し、その方法は、１つ以上の標的ゲノム領域を有する１つ以上の細胞に、ゲノム編集系及び構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化４】
2019521139.tif 000005
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を投与することを含む。
【００３０】
ＸはＮ、ＣＲＡ５である。
【００３１】
ＲＡ１は、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造は、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００３２】
各ＲＡ４は、独立して、Ｈまたは２Ｈである。
【００３３】
ＲＡ５は、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換される。
【００３４】
ＲＢ３は、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；各ＲＢ４は、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである。
【００３５】
ゲノム編集系は、標的遺伝子（複数可）の１つ以上の標的ゲノム領域の核酸（複数可）と相互作用して、１つ以上の標的ゲノム領域の編集をもたらし、編集は、標的遺伝子（複数可）に関連する下流の遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を改変する。
【００３６】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ切断はＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）を含む。
【００３７】
いくつかの実施形態では、化合物は、式（Ｉ）または式（Ｉ’）の構造を有する化合物と、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む共結晶である。
【００３８】
いくつかの実施形態では、化合物は、構造式（ＩＩ）、構造式（ＩＩ’）、構造式（ＩＩ’’）、または構造式（ＩＩ’’’）で表される：
【化５】
2019521139.tif 000006
またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であり、式中、各Ｒ１及びＲ２は、独立して、水素または重水素である。
【００３９】
いくつかの実施形態では、化合物は、式（ＩＩ）、式（ＩＩ’）、式（ＩＩ’’）または式（ＩＩ’’’）の構造を有する化合物；及びアジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤を含む共結晶である。
【００４０】
いくつかの実施形態では、１つ以上の細胞内の標的ゲノム領域の編集効率は、化合物を含まないことを除いては同一である１つ以上の細胞内の効率に比べて、向上する。
【００４１】
いくつかの実施形態では、１つ以上の細胞内の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＨＤＲ経路を介した修復効率は、化合物を含まないことを除いては同一である細胞内の効率に比べて、向上する。
【００４２】
いくつかの実施形態では、１つ以上の細胞内の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復の阻害または抑制効率は、化合物を含まないことを除いては同一である細胞内の効率に比べて、向上する。
【００４３】
いくつかの実施形態では、効率は、化合物を含まないことを除いては同一である細胞内の効率に比べて、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍、向上する。
【００４４】
いくつかの実施形態では、効率を、標的ポリヌクレオチド組込みの頻度によって測定する。いくつかの実施形態では、効率を、標的突然変異誘発の頻度によって測定する。いくつかの実施形態では、標的突然変異誘発には、点突然変異、欠失、及び／または挿入が含まれる。
【００４５】
いくつかの実施形態では、標的遺伝子（複数可）に関連する下流遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を、投与前の１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて増加させる。例えば、前記発現を、投与前の１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、または１０倍増加させる。
【００４６】
いくつかの実施形態では、標的遺伝子（複数可）に関連する下流遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を、投与前の１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて減少させる。例えば、遺伝子発現を、投与前の１つ以上の細胞におけるベースライン発現レベルに比べて、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％減少させる。
【００４７】
いくつかの実施形態では、標的遺伝子（複数可）に関連する下流遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を、１つ以上の細胞において実質的に排除する。
【００４８】
いくつかの実施形態では、細胞を、ＳまたはＧ２細胞周期の段階で同期させる。
【００４９】
いくつかの実施形態では、前記化合物を投与または接触させた１つ以上の細胞は、前記化合物を投与または接触させなかった１つ以上の細胞に比べて生存率が高い。
【００５０】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系及び化合物を、１つ以上の細胞に同時投与する。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系及び化合物を、１つ以上の細胞に順次投与する。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系を化合物より先行して１つ以上の細胞に投与する。いくつかの実施形態では、化合物をゲノム編集系より先行して１つ以上の細胞に投与する。
【００５１】
いくつかの実施形態では、１つ以上の細胞は培養細胞である。いくつかの実施形態では、１つ以上の細胞は、生物内のｉｎ  ｖｉｖｏ細胞である。いくつかの実施形態では、１つ以上の細胞は、生物由来のｅｘ  ｖｉｖｏ細胞である。
【００５２】
いくつかの実施形態では、生物は哺乳類である。いくつかの実施形態では、生物はヒトである。
【００５３】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系及び化合物を、同じ経路を介して投与する。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系及び化合物を、異なる経路を介して投与する。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系を静脈内投与し、化合物を経口投与する。
【００５４】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系から選択される。
【００５５】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、ＣＲＩＳＰＲベースの系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系またはＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系である。
【００５６】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系はＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系であり、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系は：（ａ）以下を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメントを含み：（ｉ）１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲッターＲＮＡ、またはそのターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；（ｉｉ）及びターゲッターＲＮＡとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を含むアクチベーターＲＮＡ、またはそのアクチベーターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；ならびに（ｂ）Ｃａｓタンパク質を含むＣａｓタンパク質エレメント、またはそのＣａｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸を含む。
【００５７】
いくつかの実施形態では、ターゲッターＲＮＡ及びアクチベーターＲＮＡを単一分子として融合させる。
【００５８】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質はＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質である。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ＳａＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９ｎ、Ｃａｓ９−ＨＦ、Ｃａｓ９−Ｈ８４０Ａ、ＦｏｋＩ−ｄＣａｓ９、もしくはＤ１０Ａニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである。
【００５９】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系はＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系であり、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系は：（ａ）少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメント、またはそのガイドＲＮＡエレメントをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸を含み、ガイドＲＮＡは、１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲッターＲＮＡを含み；及び（ｂ）Ｃｐｆタンパク質を含むＣｐｆタンパク質エレメント、またはそのＣｐｆタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する核酸を含む。
【００６０】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系を、１つ以上のベクターによって送達する。
【００６１】
いくつかの実施形態では、１つ以上のベクターは、ウイルスベクター、プラスミド、またはｓｓＤＮＡから選択される。
【００６２】
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴及び単純ヘルペスウイルスベクターから選択される。
【００６３】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系を、合成ＲＮＡによって送達する。
【００６４】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系を、ナノ製剤によって送達する。
【００６５】
いくつかの実施形態では、化合物は：
【化６】
2019521139.tif 000007
、またはその薬学的に許容される塩である。
【００６６】
いくつかの実施形態では、化合物は、以下を含む共結晶である：（ａ）化合物１または化合物２；及び（ｂ）アジピン酸：
【化７】
2019521139.tif 000008
。
【００６７】
いくつかの実施形態では、化合物は、以下を含む共結晶である：（ａ）化合物（１）；及び（ｂ）アジピン酸：
【化８】
2019521139.tif 000009
、ここで、アジピン酸と化合物（１）のモル比は約２：１である。
【００６８】
いくつかの実施形態では、化合物は、以下を含む共結晶である；（ａ）化合物（２）；及び（ｂ）アジピン酸：
【化９】
2019521139.tif 000010
、ここで、アジピン酸と化合物（２）のモル比は約２：１である。
【００６９】
いくつかの実施形態では、１つ以上の標的ゲノム領域を編集するためのキットまたは組成物を提供する。いくつかの実施形態では、キットまたは組成物は、ゲノム編集系；及び
構造式（Ｉ）または構造式（Ｉ’）で表される化合物：
【化１０】
2019521139.tif 000011
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を含む。
【００７０】
ＸはＮ、ＣＲＡ５である。
【００７１】
ＲＡ１は、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルであり、前記複素環式環構造は、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択され、前記アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【００７２】
各ＲＡ４は、独立して、Ｈまたは２Ｈである。
【００７３】
ＲＡ５は、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルであり、前記アルキルのそれぞれは、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換される。
【００７４】
ＲＢ３は、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換され；各ＲＢ４は、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである。
【００７５】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物の化合物は、構造式（ＩＩ）、構造式（ＩＩ’）、構造式（ＩＩ’’）、または構造式（ＩＩ’’’）で表される：
【化１１】
2019521139.tif 000012
またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶であり、式中、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、水素または重水素である。
【００７６】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のゲノム編集系は、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系である。いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のゲノム編集系は、ＣＲＩＳＰＲベースの系である。いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のＣＲＩＳＰＲベースの系は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系またはＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系である。
【００７７】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のＣＲＩＳＰＲベースの系は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系であり、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系は：（ａ）以下を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメントを含み：（ｉ）１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲッターＲＮＡ、またはそのターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；（ｉｉ）及びターゲッターＲＮＡとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を含むアクチベーターＲＮＡ、またはそのアクチベーターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；ならびに（ｂ）Ｃａｓタンパク質を含むＣａｓタンパク質エレメント、またはそのＣａｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含む。
【００７８】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のＣａｓタンパク質はＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質である。いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のＣａｓ９タンパク質は、ＳａＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９ｎ、Ｃａｓ９−ＨＦ、Ｃａｓ９−Ｈ８４０Ａ、ＦｏｋＩ−ｄＣａｓ９、もしくはＤ１０Ａニッカーゼ、またはそれらの任意の組み合わせである。
【００７９】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のＣＲＩＳＰＲベースの系はＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系であり、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系は：（ａ）１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲッターＲＮＡ、またはそのターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む核酸；及び（ｂ）Ｃｐｆタンパク質を含むＣｐｆタンパク質エレメント、またはＣｐｆタンパク質をコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含む。
【００８０】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物のゲノム編集系を、１つ以上のベクターに含ませるかパッケージ化する。いくつかの実施形態では、１つ以上のベクターは、ウイルスベクター、プラスミド、またはｓｓＤＮＡから選択される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴及び単純ヘルペスウイルスベクターからなる群から選択される。
【００８１】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物の化合物は：
【化１２】
2019521139.tif 000013
、またはその薬学的に許容される塩である。
【００８２】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物の化合物は、式（Ｉ）または式（ＩＩ）の構造を有する化合物と、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸から選択される共結晶形成剤とを含む共結晶である。
【００８３】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物の化合物は、以下を含む共結晶である：（ａ）化合物１または化合物２；及び（ｂ）アジピン酸：
【化１３】
2019521139.tif 000014
。
【００８４】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物の化合物は、以下を含む共結晶である：（ａ）化合物（１）；及び（ｂ）アジピン酸：
【化１４】
2019521139.tif 000015
、ここで、アジピン酸と化合物（１）のモル比は約２：１である。
【００８５】
いくつかの実施形態では、キットまたは組成物の化合物は、以下を含む共結晶である：（ａ）化合物（２）；及び（ｂ）アジピン酸：
【化１５】
2019521139.tif 000016
、ここでアジピン酸と化合物（２）のモル比は約２：１である。
【００８６】
本発明の他の特徴、目的、及び利点は、以下の詳細な説明において明らかである。しかしながら、詳細な説明は、本発明の実施形態及び態様を示してはいるが、単に例示としてのみ与えられており、限定するものではではないことを理解されたい。この詳細な説明から、本発明の範囲内の様々な変更及び修正が当業者には明らかなものとなるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００８７】
【図１Ａ】ＨＤＲ効率をモニタリングするために用いるトラフィックライトレポーターアッセイの使用に関する一連の概略図である。ヒトＡＡＶＳ１遺伝子座（ＳＢＩ）を標的とするバイシストロン性構築物の設計を示す。
【図１Ｂ】ＨＤＲ効率をモニタリングするために用いるトラフィックライトレポーターアッセイの使用に関する一連の概略図及び配列である。ＨＤＲ効率をモニタリングするためのトラフィックライトレポーターアッセイに用いる細胞株、及び標的ポリヌクレオチド領域を示す。
【図１Ｃ】ＨＤＲ効率をモニタリングするために用いるトラフィックライトレポーターアッセイの使用に関する一連の概略図である。ＨＤＲ効率をモニタリングするためのトラフィックライトレポーターアッセイに用いる実験的ワークフローの概略図である。
【図２Ａ】蛍光標識細胞分取フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）によって定量した場合に、ＤＮＡＰＫ阻害剤化合物１がＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞株におけるＨＤＲ修復経路の効率を増強したことを示す一連のグラフである。ヌクレオフェクション後のＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰの一連の代表的なＦＡＣＳドットプロットグラフである。ＦＡＣＳドットプロットグラフは、以下の条件を示す：二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のみのヌクレオフェクション、ドナー修復テンプレート存在下での二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のヌクレオフェクション、ドナーテンプレート存在下での二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のヌクレオフェクション及び小分子ＤＮＡＰＫ阻害剤化合物１存在下での培養、ならびにドナー修復テンプレート存在下でのｇＲＮＡ−Ｃａｓ９によるヌクレオフェクション及び推定リガーゼＩＶ阻害剤Ｓｃｒ７存在下での細胞の培養。データは、ＮＨＥＪ阻害剤化合物１及びＳｃｒ７存在下でのドナー修復テンプレートベクター及びｇＲＮＡ−Ｃａｓ９発現プラスミドの形質移入によるＧＦＰ陽性細胞の増加を示した。
【図２Ｂ】蛍光標識細胞分取フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）によって定量した場合に、ＤＮＡＰＫ阻害剤化合物１がＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞株におけるＨＤＲ修復経路の効率を増強したことを示す一連のグラフである。ＮＨＥＪ阻害剤化合物１及びＳｃｒ７存在下でのドナー修復テンプレートベクター及びｇＲＮＡ−Ｃａｓ９発現プラスミドの形質移入後のＨＤＲの増強の定量化を示す棒グラフである。
【図２Ｃ】蛍光標識細胞分取フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）によって定量した場合に、ＤＮＡＰＫ阻害剤化合物１がＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞株におけるＨＤＲ修復経路の効率を増強したことを示す一連のグラフである。化合物非存在下でのｇＲＮＡ−Ｃａｓ９＋ドナーテンプレートを用いた形質移入について得られた値に比べて、ＨＤＲ増強において数倍の増加が示されたＨＤＲ値を示す棒グラフである。
【図３】ドナーテンプレート及びＣａｓ９−ｓｇＲＮＡでヌクレオフェクトし、Ｓｃｒ７または化合物１のいずれかと接触させたＨＥＫ−２９３  ＥＧＩＰ細胞におけるＨＤＲ効率のＰＣＲベースの定量化を示すグラフである。
【図４】選択試薬のヌクレオフェクション及び特定の細胞培養条件の後でのＧＦＰ＋  ＨＥＫ−ＥＧＩＰ細胞によって示す、ＨＤＲ効率を示す一連のフローサイトメトリードットプロットである。ＦＡＣＳドットプロットグラフは、以下の条件を示す：二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のみのヌクレオフェクション、ドナー修復テンプレート存在下での二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のヌクレオフェクション、ドナーテンプレート存在下での二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のヌクレオフェクション及び小分子ＤＮＡＰＫ阻害剤化合物３存在下での培養、ならびにドナー修復テンプレート存在下でのｇＲＮＡ−Ｃａｓ９によるヌクレオフェクション及び１０μＭのＳｃｒ７存在下での細胞の培養、ならびにドナー修復テンプレート存在下でのｇＲＮＡ−Ｃａｓ９によるヌクレオフェクション及び１０μＭのＮｕ７０２６存在下での細胞の培養。データは、ＮＨＥＪ阻害剤化合物３の存在下でのドナー修復テンプレートベクター及びｇＲＮＡ−Ｃａｓ９発現プラスミドのトランスフェクションにおいて、ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のみの条件に比べて、ＧＦＰ陽性細胞がおよそ４倍増加したことを示した。
【図５】ドナー修復テンプレート及びＣａｓ９タンパク質の存在下または非存在下でｇＲＮＡを用いてヌクレオフェクトしたＨｕｈ７細胞から単離した増幅ＳｅｒｐｉｎＡ１遺伝子由来のゲルであり、ここではドナー修復テンプレートを用いてＫｐｎエンドヌクレアーゼ部位を導入した。ヌクレオフェクトした細胞を、ＤＮＡＰＫ阻害剤、化合物１、またはＤＭＳＯのいずれかの存在下で３日間培養した後、ゲノムＤＮＡのＰＣＲを行い、続いてＫｐｎ１で消化した。データは、化合物１が、ＤＭＳＯ条件、または対照のドナー修復テンプレートなしの条件との比較において、遺伝子編集を可能にしたことを示す。
【発明を実施するための形態】
【００８８】
詳細な説明
他に定義されない限り、本開示に関連して使用する科学技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。一般的に、本明細書に記載する細胞及び組織培養、分子生物学、ならびにタンパク質及びオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの化学的性質ならびにハイブリダイゼーションに関連して利用する命名法、ならびに技法は、当技術分野で一般的に使用されるものである。組換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、ならびに組織培養及び形質転換（例えば、電気穿孔法、リポフェクション）に対して、標準的な技術を使用する。酵素反応及び精製技術は、製造元の仕様書に従って、または当技術分野において一般的に達成されているように、または本明細書に記載のように実施する。前述の技術及び手順は、一般的に、当技術分野において周知であり、本開示を通して引用及び検討する様々な一般的及びより具体的な参考文献に記載されているような従来の方法に従って実施する。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｄ  ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８９））参照。本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医薬及び製薬化学に関連して利用する命名法、ならびにそれらの実験室手順及び技法は、当技術分野において周知であり、一般的に使用されているものである。化学合成、化学分析、医薬調製、製剤化、及び送達、ならびに患者の治療に対して、標準的な技術を用いる。一般的に、化学元素は、元素周期律表、ＣＡＳ版、及びＨａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｐｈｙｓｉｃｓ，７５ｔｈ  Ｅｄ．１９９４に準拠して同定する。さらに、有機化学の一般原理は、“Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，”Ｔｈｏｍａｓ  Ｓｏｒｒｅｌｌ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｂｏｏｋｓ，Ｓａｕｓａｌｉｔｏ：１９９９、及び“Ｍａｒｃｈ’ｓ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，”５ｔｈ  Ｅｄ．，Ｓｍｉｔｈ，Ｍ．Ｂ．ａｎｄ  Ｍａｒｃｈ，Ｊ．，ｅｄｓ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：２００１に記載されており、その全内容を参照により本明細書に援用する。本開示に従って利用する場合、本開示において定義する用語は、他に示されない限り、本明細書において定義するような意味を有するものと理解すべきである。
【００８９】
いくつかの実施形態では、本開示は、例えば突然変異を修正することによって標的ゲノムを編集するための方法、組成物及びキットを提供する。そのような方法、組成物及びキットは、ＤＮＡＰＫ阻害剤の使用によってゲノム編集効率を高めることができる。
【００９０】
ゲノム編集系は、ゲノム内の所望の遺伝子座（すなわち標的ゲノム領域）でＤＳＢ（複数可）などのＤＮＡ切断（複数可）を刺激または誘導することができる。ＤＮＡ切断の生成により、エラーを起こしやすいＮＨＥＪ経路またはエラーを伴わないＨＤＲ経路のいずれかを介した、細胞内酵素による切断部位の修復が促進される。ＮＨＥＪでは、ＤＮＡ損傷は、Ｋｕ７０／８０ヘテロ二量体及びＤＮＡ依存性プロテインキナーゼ（ＤＮＡＰＫ）酵素が関与する一連の酵素プロセスにおいてＤＮＡ切断の両端を融合することによって修復される。修復機構は、２つのＤＮＡ末端の接合及びアラインメント、切除、伸長及び連結を含み（Ｒｏｕｅｔ  ｅｔ  ａｌ．；Ｄｅｘｈｅｉｍｅｒ  Ｔ．ＤＮＡ  ｒｅｐａｉｒ  ｐａｔｈｗａｙｓ  ａｎｄ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ．Ｉｎ：Ｍａｔｈｅｗｓ  Ｌ，Ｃａｂａｒｃａｓ  Ｓ，Ｈｕｒｔ  Ｅ，ｅｄｉｔｏｒｓ．ＤＮＡ  ｒｅｐａｉｒ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ．Ｄｏｒｄｒｅｃｈｔ：Ｓｐｒｉｎｇｅｒ；２０１３．ｐ．１９−３２．）、これらは切断部位に小さな挿入または欠失変異（インデル）を形成する。遺伝子のコード配列に導入されたインデルは、未成熟終止コドンまたはフレームシフト突然変異のいずれかを引き起こす可能性があり、これは機能しないトランケート型タンパク質の産生をもたらす。ＨＤＲ経路のメカニズムはあまり理解されておらず、これには、塩基挿入または遺伝子置換のためのドナー修復テンプレートによる鎖侵入を刺激するＲａｄ５１のような異なるセットの修復タンパク質が関与している。したがって、ＨＤＲは、外来性ＤＮＡテンプレートを導入してゲノム内において所望のＤＮＡ編集結果を得ることを可能にするとともに、翻訳疾患モデリング、及び遺伝子機能を回復するための治療的ゲノム編集のための強力な戦略であり得る。
【００９１】
２つのＤＮＡ修復経路のうち、ＮＨＥＪははるかに高い頻度で起こり、ニューロンにおいてさえ、７０％を超える効率の報告が達成され得る（Ｓｗｉｅｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｉｎ  ｖｉｖｏ  ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ｂｒａｉｎ  ｕｓｉｎｇ  ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９，”［Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ］．２０１５  Ｊａｎ；３３（１）：１０２−６２０１４）。しかしながら、ＨＤＲによる遺伝子修正は、ＤＮＡ複製が完了し、姉妹染色分体が修復鋳型として機能するために利用可能である場合に、非常に低い頻度でＳ期及びＧ２期の間に起こる（Ｈｅｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｅｕｋａｒｙｏｔｅｓ．Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４４：１１３−１３９，２０１０）。ＮＨＥＪは細胞周期を通して競合し、Ｓ期及びＧ２期においてはＨＤＲよりも選好されるため、ＨＤＲ経路を介した標的挿入には依然として課題が残されており、継続的な研究の焦点である。
【００９２】
ＤＮＡプロテインキナーゼ（ＤＮＡＰＫ）は、様々なＤＮＡ修復プロセスにおいて役割を果たす。ＤＮＡＰＫは、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路の活性化を介してＤＮＡ二本鎖切断修復に関与する。ＮＨＥＪは３つのステップを経て進行すると考えられている：ＤＳＢの認識、非連結末端または末端における他の形態の損傷を除去するためのＤＮＡプロセシング、及び最終的なＤＮＡ末端の連結。ＤＳＢの認識は、不規則なＤＮＡ末端へのＫｕヘテロ二量体の結合と、それに続くＤＳＢの隣接する側への２分子のＤＮＡ依存性プロテインキナーゼ触媒サブユニット（ＤＮＡＰＫｃｓ）の動員によって行われ；これは、さらなるプロセシング酵素が補充されるまで、壊れた末端を保護するのに役立つ。最近のデータは、ＤＮＡＰＫｃｓがプロセシング酵素Ａｒｔｅｍｉｓ及び自身をリン酸化し、さらなるプロセシングのためにＤＮＡ末端を調製するという仮説を支持する。いくつかの場合では、連結ステップの前に新規末端を合成するためにＤＮＡポリメラーゼが必要となる場合がある。ＤＮＡＰＫｃｓの自己リン酸化は、立体構造変化を誘導し、中央のＤＮＡ結合キャビティを開き、ＤＮＡＰＫｃｓをＤＮＡから遊離させ、ＤＮＡ末端の最終的な再連結を促進すると考えられている。
【００９３】
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞内のＣＲＩＳＰＲベースのＨＤＲによる修復を含む、ゲノム編集系における、遺伝子編集を強化するための、特に、ＨＤＲ経路を介したＤＮＡ切断（複数可）の修復効率、またはＮＨＥＪ経路を介したＤＮＡ切断（複数可）の修復の阻害もしくは抑制効率を高めるための方法、組成物、及びキットを提供する。特定の理論に縛られるわけではないが、細胞（複数可）に投与するゲノム編集系は、標的遺伝子の核酸（複数可）と相互作用し、結果的にＤＮＡ切断が生じるかまたはＤＮＡ切断を引き起こし；そのようなＤＮＡ切断は、いくつかの修復経路、例えばＨＤＲによって修復され、また、細胞（複数可）に投与するＤＮＡＰＫ阻害剤は、ＮＨＥＪ修復経路を阻害、遮断、または抑制し、そしてＨＤＲ  ＤＮＡ修復経路の頻度または効率を高めるか、または促進することができる。
【００９４】
ゲノム編集系と標的遺伝子の核酸（複数可）との相互作用は、ゲノム編集系の少なくとも一部と標的遺伝子の核酸（複数可）とのハイブリダイゼーション、またはゲノム編集系による標的遺伝子の核酸（複数可）の他の任意の認識であり得る。いくつかの実施形態では、そのような相互作用は、タンパク質−ＤＮＡ相互作用または塩基対間のハイブリダイゼーションである。
【００９５】
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することによる、細胞（複数可）内の１つ以上の標的ゲノム領域の編集方法を提供する。編集は同時にまたは順次行うことができる。１つ以上の標的ゲノム領域の編集には、任意の種類の遺伝子操作または細胞ゲノムの改変が含まれる。いくつかの実施形態では、１つ以上の標的ゲノム領域の編集には、細胞（複数可）内のゲノム領域の挿入、欠失、または置換が含まれ得る。ゲノム領域は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリヌクレオチド、及びオリゴヌクレオチドなどの細胞（複数可）内の遺伝物質を含む。細胞（複数可）内のゲノム領域はまた、細胞（複数可）内に含まれるミトコンドリアまたは葉緑体のゲノムも含む。
【００９６】
いくつかの実施形態では、挿入、欠失または置換は、コーディングもしくは非コーディングゲノム領域、イントロンもしくはエキソン領域、またはそれらの重複もしくは非重複セグメントを含むそれらの任意の組み合わせのいずれかに存在し得る。本明細書中で使用する場合、「非コード領域」とは、アミノ酸配列をコードしないゲノム領域を指す。例えば、非コード領域にはイントロンが含まれる。コード領域は、アミノ酸配列をコードするゲノム領域を指す。例えば、コード領域にはエキソンが含まれる。
【００９７】
いくつかの実施形態では、１つ以上の標的ゲノム領域の編集は、細胞（複数可）のゲノム内の任意の１つ以上の標的領域で起こり得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の標的ゲノム領域の編集は、例えば、エキソン、イントロン、転写開始部位、プロモーター領域、エンハンサー領域、サイレンサー領域、インスレーター領域、抗リプレッサー、翻訳後調節エレメント、ポリアデニル化シグナル（例えば、最小ポリＡ）、保存領域、転写因子結合部位、またはそれらの任意の組み合わせにおいて起こり得る。
【００９８】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を細胞（複数可）に投与すると、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を細胞（複数可）に投与しない条件に比べて、標的ゲノム編集効率が向上する。いくつかの実施形態では、編集効率の向上は、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を細胞（複数可）に投与しない条件に比べて、または細胞（複数可）にゲノム編集系のみを投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍である。ゲノム編集の効率は、当技術分野において公知の任意の方法によって、例えば、標的ポリヌクレオチド組込みの頻度を確認する任意の方法によって、または標的突然変異誘発の頻度を測定することによって測定することができる。標的ポリヌクレオチド組込みはまた、ゲノム、染色体、または細胞クロマチン中の目的の領域における配列の改変または置換をもたらし得る。標的化ポリヌクレオチド組込みは、点突然変異（すなわち単一の塩基対の異なる塩基対への変換）、置換（すなわち複数の塩基対の同一の長さの異なる配列への変換）、１つ以上の塩基対の挿入、１つ以上の塩基対の欠失、及び前述の配列改変の任意の組み合わせを含むがこれらに限定されない標的化突然変異をもたらし得る。
【００９９】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）内の１つ以上の標的ゲノム領域の編集方法には、細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することが含まれる。いくつかの実施形態では、細胞（複数可）は、Ｓ細胞周期またはＧ２細胞周期の段階で同期している。Ｓ細胞周期またはＧ２細胞周期段階での細胞の同期は、当技術分野において公知の任意の方法によって達成することができる。非限定的な例として、Ｓ細胞周期またはＧ２細胞周期に細胞（複数可）を同期させるために使用することができる作用物質には、アフィジコリン、ジヒドロキシ尿素、ロバスタチン、ミモシン、ノコダゾール、チミジン、またはそれらの任意の組み合わせが含まれる（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．“Ｅｎｈａｎｃｅｄ  ｈｏｍｏｌｏｇｙ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｂｙ  ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｔｉｍｉｎｇ  ｏｆ  ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９  ｄｅｌｉｖｅｒｙ，”［Ｅｌｉｆｅ］．２０１４  Ｄｅｃ  １５；３参照）。いくつかの実施形態では、細胞同期用の作用物質は、遺伝子編集プロセス中の任意の時点で投与することができる。いくつかの実施形態では、細胞（複数可）にゲノム編集系及び／またはＤＮＡＰＫ阻害剤を投与する前、最中、または後に、細胞（複数可）を細胞周期のＳ期またはＧ２期に同期させることができる。
【０１００】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することによる、細胞（複数可）内の１つ以上の標的ゲノム領域の編集方法は、ゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与しなかった条件に比べて、または遺伝子編集系のみを細胞（複数可）に接触させるか、もしくは投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、細胞生存を高める。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、本明細書において、１つ以上の標的ゲノム領域内のＤＮＡ切断のＨＤＲ経路を介した修復方法を提供する。細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与すると、ゲノムの標的領域のＤＮＡ切断が起こり、その後ＤＮＡ切断は少なくとも部分的にＨＤＲ経路によって修復される。これらの方法は、１つ以上の標的ゲノム領域におけるＨＤＲを介した修復（例えばＨＤＲ経路）の量の増加をもたらし、その結果、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与しない条件に比べて、より高い効率でのＨＤＲを介した修復をもたらす。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ切断のＨＤＲ経路を介した修復の効率は、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与しない条件に比べて、または細胞（複数可）にゲノム編集系のみを投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍である。ＨＤＲ経路を介した修復の効率は、当技術分野で公知の任意の方法によって、例えば、標的ポリヌクレオチド組込みの頻度を確認することによって、または標的突然変異誘発の頻度を測定することによって、測定することができる。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、本明細書の方法は、ＨＤＲ経路の効率を高めることによるＤＮＡ切断の修復を提供する。
【０１０３】
ＨＤＲ経路は、「標準的」または「代替的」であり得る。「ＨＤＲ」（相同性指向性修復）とは、例えば、細胞（複数可）内の二本鎖切断またはＤＮＡニックの修復中に起こる、ＤＮＡ修復の特殊な形態を指す。二本鎖切断のＨＤＲは一般的にヌクレオチド配列相同性に基づいており、「標的」分子（例えば二本鎖切断を受けたもの）の鋳型修復に「ドナー」分子を使用し、ドナーから標的への遺伝子情報の転移をもたらし得る。二本鎖切断の標準的ＨＤＲは、通常、ＢＲＣＡ２及びＲＡＤ５１に基づいており、一般的にはｄｓＤＮＡドナー分子を使用する。非標準的な、すなわち「代替の」ＨＤＲは、ＢＲＣＡ２、ＲＡＤ５１、及び／または機能的に関連する遺伝子によって抑制されるＨＤＲメカニズムである。代替のＨＤＲは、ｓｓＤＮＡまたはニックの入ったｄｓＤＮＡドナー分子を使用する場合がある。例えば、ＷＯ２０１４１７２４５８参照。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）へのゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤の投与による、１つ以上の標的ゲノム領域のＤＮＡ切断のＨＤＲ経路を介した修復方法は、ゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与しない条件に比べて、または遺伝子編集系のみを細胞に投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、細胞生存を高める。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、本明細書において、細胞（複数可）内の１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＮＨＥＪを介した修復の阻害または抑制方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ切断のＮＨＥＪを介した修復の阻害または抑制を、ＮＨＥＪ経路を阻害または抑制することによって行う。ＮＨＥＪ経路は、古典的（「標準的」）または代替のＮＨＥＪ経路（ａｌｔ−ＮＨＥＪ、すなわちマイクロホモロジー媒介末端結合（ＭＭＥＪ））のいずれかであり得る。細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することにより、細胞（複数可）内のＮＨＥＪ経路またはａｌｔ−ＮＨＥＪ経路を抑制する。
【０１０６】
古典的なＮＨＥＪ修復経路は、二本鎖切断の末端が広範な相同性なしに連結されているＤＮＡ二本鎖切断修復経路である。古典的なＮＨＥＪ修復は、ＫＵ７０／８０ヘテロダイマー（ＫＵ）、ＸＲＣＣ４、リガーゼＩＶ、及びＤＮＡプロテインキナーゼ触媒サブユニット（ＤＮＡＰＫｃｓ）を含むいくつかの因子を使用する。Ａｌｔ−ＮＨＥＪは、二本鎖切断を修復するための別の経路である。Ａｌｔ−ＮＨＥＪは、切断末端を連結する前の切断末端の整列中に５〜２５塩基対のマイクロ相同配列を使用する。Ａｌｔ−ＮＨＥＪは、ＫＵ７０／８０ヘテロダイマー（ＫＵ）、ＸＲＣＣ４、リガーゼＩＶ、ＤＮＡプロテインキナーゼ触媒サブユニット（ＤＮＡＰＫｃｓ）、ＲＡＤ５２、及びＥＲＣＣ１にはほとんど依存しない。Ｂｅｎｎａｒｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，“Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ−ＮＨＥＪ  ｉｓ  ａ  Ｍｅｃｈａｎｉｓｔｉｃａｌｌｙ  Ｄｉｓｔｉｎｃｔ  Ｐａｔｈｗａｙ  ｏｆ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  Ｂｒｅａｋ  Ｒｅｐａｉｒ，”［ＰＬＯＳ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ］，Ｊｕｎｅ  ２７，２００８参照。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）へのゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤の投与を介したＮＨＥＪ経路の阻害または抑制による、細胞（複数可）内の１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＮＨＥＪを介した修復の阻害または抑制方法は、ゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を受けていない細胞（複数可）に比べて、または細胞（複数可）がゲノム編集系を受け、ＤＮＡＰＫ阻害剤を受けていない条件に比べて、ＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復の阻害もしくは抑制の効率を高める。いくつかの実施形態では、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を接触させることによる、ＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復の阻害または抑制の効率の向上は、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与しない条件に比べて、または細胞（複数可）にゲノム編集系のみを投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍である。ＤＮＡ切断のＮＨＥＪ経路を介した修復の阻害または抑制効率は、当技術分野で公知の任意の方法によって、例えば、標的ポリヌクレオチド組込みの頻度を確認することによって、または標的突然変異誘発の頻度を測定することによって、測定することができる。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）へのゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤の投与を介したＮＨＥＪ経路の阻害または抑制による、細胞（複数可）内の１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＮＨＥＪを介した修復の阻害または抑制方法は、細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を接触させなかったか、もしくは投与しなかった条件に比べて、または細胞（複数可）に遺伝子編集系のみを接触させるか、もしくは投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、細胞生存を高める。
【０１０９】
ＤＮＡ切断は、二本鎖切断（ＤＳＢ）または２つの一本鎖切断（例えば、２箇所のＤＮＡニック）であり得る。ＤＳＢは、平滑末端であるか、または５’または３’オーバーハングのいずれかを有する場合があり、鎖がそれぞれ大きく離れて切断される場合、オーバーハングは互いにアニールしたまま、１つのＤＳＢではなく２つのニックとして存在し続ける。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、本明細書において、細胞（複数可）へのゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤の投与による、１つ以上の遺伝子（標的遺伝子（複数可））及び／または対応するもしくは下流のタンパク質の発現の改変方法を提供する。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、例えば、細胞（複数可）の標的遺伝子（複数可）の標的ゲノム領域（複数可）において、挿入、欠失、置換、修飾または破壊を生じさせ、その結果、標的遺伝子（複数可）の発現を改変することができる。いくつかの実施形態では、挿入、欠失、置換、修飾または破壊は、特定のタンパク質、またはタンパク質の群、または下流のタンパク質の標的化された発現をもたらし得る。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、非コード領域またはコード領域に、挿入、欠失または置換を生成することができる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、プロモーター領域、エンハンサー領域、及び／またはエキソン、イントロン、転写開始部位、サイレンサー領域、インスレーター領域、抗リプレッサー、翻訳後調節エレメント、ポリアデニル化シグナル（例えば最小ポリＡ）、保存領域、転写因子結合部位、またはそれらの任意の組み合わせを含む任意の他の遺伝子調節エレメントにおいて、挿入、欠失、置換、修飾または破壊を生じさせることができる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、１つより多くの標的領域において、挿入、欠失、置換、修飾または破壊を同時にまたは順次生成することができる。いくつかの実施形態では、細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することにより、細胞（複数可）において、標的化された遺伝子発現の改変が可能になる。そのような標的化された遺伝子発現の改変により、特定のタンパク質及びその下流のタンパク質の発現を誘導することができる。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、下流の遺伝子及び／またはタンパク質の発現は、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与しない条件に比べて、または細胞（複数可）にゲノム編集系のみを投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、または１０倍増加する。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、下流の遺伝子及び／またはタンパク質の遺伝子発現は、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与しない条件に比べて、または細胞（複数可）にゲノム編集系のみを投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低下する。
【０１１３】
本明細書における方法の細胞は、任意の細胞であり得る。いくつかの実施形態では、細胞は脊椎動物細胞である。いくつかの実施形態では、脊椎動物細胞は哺乳類細胞である。いくつかの実施形態では、脊椎動物細胞はヒト細胞である。
【０１１４】
細胞は、任意の発生段階にある任意の種類の細胞であり得る。いくつかの実施形態では、細胞は、分化細胞、全能性幹細胞、多能性幹細胞、胚性幹細胞、胚性生殖細胞、成体幹細胞、前駆細胞、人工多能性幹細胞、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。分化細胞は、組織内で特定の機能を果たす特殊化した細胞である。全能性幹細胞は、胚、胎児または成体由来の未分化細胞であり、長期間にわたって分裂することができ、生物の３つの胚葉のいずれかの任意の細胞型に分化する能力を有する。多能性幹細胞は、胚、胎児または成体由来の未分化細胞であり、長期間にわたって分裂することができ、胚体外組織または胎盤以外の生物の任意の細胞型に分化する能力を有する。胚性幹細胞は、胚の内部細胞塊に認められる未分化幹細胞であり、３つの胚葉のいずれかの任意の細胞型に分化できる能力を有する。胚性生殖細胞は、精子細胞または卵細胞などの生殖細胞を生じさせることができる胚性細胞である。成体幹細胞は、分化した組織に認められる未分化細胞であり、自己再生することができ、それが存在する組織の細胞のいずれかに分化することができる。前駆細胞または始原細胞は部分的に分化した細胞であり、一般的には１種類の細胞（例えば単能性細胞）にしか分化することができない。人工多能性幹細胞は、多能性幹細胞の一種であり、成体の分化細胞または部分的に分化した細胞から生成される。例えば、ＷＯ／２０１０／０１７５６２参照。
【０１１５】
本明細書で使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈上、明らかにそうでないと示されない限り、複数への言及を含む。例えば、用語「細胞」は、それらの混合物を含む複数の細胞を包含する。例えば、「１つ以上の細胞」と「細胞（複数可）」は、本明細書中では同じ意味で使用する。同様に、「１つ以上の標的ゲノム領域」と「標的ゲノム領域（複数可）」は、本明細書中では同じ意味で使用する。
【０１１６】
用語「およそ」及び「約」は、本明細書中では同じ意味で使用する。１つ以上の目的の値に適用する用語「およそ」または「約」は、言及する参照値と同様の値を指す。特定の実施形態では、用語「およそ」または「約」は、特に明記しない限り、または文脈から明らかな場合を除き、記載の参考値のいずれかの方向に（超えるまたは未満）、２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ未満に収まる値の範囲を指す（そのような数が、可能な値の１００％を超える場合を除く）。
【０１１７】
用語「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」、「ヌクレオチド配列」、「核酸」及び「オリゴヌクレオチド」は、同じ意味で使用する。それらは、デオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）もしくはリボヌクレオチド（ＲＮＡ）のいずれか、またはそれらの類似体の任意の長さのポリマー形態のヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有してもよく、既知または未知の任意の機能を果たし得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子または遺伝子断片のコード領域または非コード領域、連鎖分析から定義される遺伝子座（ｌｏｃｉ（ｌｏｃｕｓ））、エキソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分枝状ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離ＤＮＡ、任意の配列の単離ＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマー。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体などの１つ以上の修飾ヌクレオチドを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーの組み立ての前または後に加えてもよい。ヌクレオチドの配列に、非ヌクレオチド成分を割り込ませてもよい。ポリヌクレオチドを、標識成分と複合体化することなどにより、重合後にさらに修飾してもよい。用語「ｓｓＤＮＡ」は、一本鎖ＤＮＡ分子を意味する。用語「ｓｓＯＤＮ」は、一本鎖オリゴデオキシヌクレオチドを意味する。
【０１１８】
本明細書中で言及する用語「天然ヌクレオチド」には、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドが含まれる。本明細書中で言及する用語「修飾ヌクレオチド」には、修飾または置換糖基などを有するヌクレオチドが含まれる。本明細書中で言及する用語「オリゴヌクレオチド結合」には、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレロエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニラデート、ホスホロンミデートなどのオリゴヌクレオチド結合が含まれる。所望ならば、オリゴヌクレオチドは検出用の標識を含むことができる。
【０１１９】
用語「合成ＲＮＡ」とは、操作された、または非天然のＲＮＡを指す。
【０１２０】
本明細書中で使用する場合、用語「野生型」は、当業者に理解されている技術用語であり、変異体またはバリアント形態とは区別される、天然に存在する生物、株、遺伝子または特徴の一般的な形態を意味する。
【０１２１】
用語「非天然」または「操作された」は同じ意味で使用し、人の手による関与を示す。核酸分子またはポリペプチドに言及する場合のこの用語は、核酸分子またはポリペプチドが、自然界において天然に関連し、天然に見出される少なくとも１つの他の成分を少なくとも実質的に含まないことを意味する。
【０１２２】
「相補性」とは、伝統的なワトソン−クリックまたは他の非伝統的なタイプのいずれかによって、核酸が別の核酸と水素結合（複数可）を形成する能力を指す。相補率は、第２の核酸配列と水素結合（例えば、ワトソン−クリック塩基対合）を形成することができる核酸分子中の残基の割合を示す（例えば、１０個中、５、６、７、８、９、１０個であれば、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、及び１００％の相補性）。「完全に相補的」とは、核酸配列のすべての隣接残基が第２の核酸配列中の同じ数の隣接残基と水素結合することを意味する。本明細書中で使用する「実質的に相補的」とは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０残基、またはそれ以上のヌクレオチドの領域にわたる、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％の相補性の程度を指すか、またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする２つの核酸を指す。
【０１２３】
本明細書中で使用する場合、「発現」とは、ＤＮＡテンプレートからポリヌクレオチドが（ｍＲＮＡまたは他のＲＮＡ転写産物などに）転写されるプロセス及び／または転写されたｍＲＮＡがその後ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質に翻訳されるプロセスを指す。転写産物及びコードされたポリペプチドを、まとめて「遺伝子産物」と称する場合がある。ポリヌクレオチドがゲノムＤＮＡに由来する場合、発現には真核細胞におけるｍＲＮＡのスプライシングが含まれる場合がある。
【０１２４】
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書中では同じ意味で使用し、任意の長さのアミノ酸のポリマーを指す。ポリマーは、直鎖状または分枝状であってもよく、修飾アミノ酸を含んでもよく、非アミノ酸を割り込ませてもよい。この用語はまた、修飾アミノ酸ポリマー；例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または標識成分との複合体化などの任意の他の操作も包含する。本明細書中で使用する場合、用語「アミノ酸」は、グリシン及びＤまたはＬ両方の光学異性体、ならびにアミノ酸類似体及びペプチド模倣物を含む天然及び／または非天然または合成アミノ酸を含む。
【０１２５】
用語「薬剤」は、本明細書中では、化合物、小分子、化合物の混合物、生物学的高分子、または生物学的材料から作られた抽出物を表すために使用する。
【０１２６】
用語「対象」、「個体」、及び「患者」は、本明細書中では同じ意味で使用し、哺乳類、またはヒトなどの脊椎動物を指す。哺乳類には、マウス、サル、ヒト、家畜、競技用動物、及びペットが含まれるがこれらに限定されない。
【０１２７】
本明細書中では、「治療」または「治療すること」または「緩和」または「改善」は、同じ意味で使用する。これらの用語は、治療的利益及び／または予防的利益を含むがこれらに限定されない、有益なまたは望ましい結果を得るためのアプローチを指す。治療上の利益とは、治療中の１つ以上の疾患、病態、または症状における任意の治療上適切な改善またはそれらに対する効果を意味する。予防的利益のために、特定の疾患、病態、もしくは症状を発症するリスクを有する対象に対して、または疾患、病態、もしくは症状をまだ明らかにし得ない場合であっても、疾患の生理学的症状の１つ以上を報告する対象に対して、組成物を投与してもよい。これらの用語はまた、哺乳類、例えばヒトにおける疾患の治療を意味し、これには：（ａ）疾患を阻害する、すなわちその発症を停止または予防するか；（ｂ）疾患を軽減する、すなわち疾患状態の後退を引き起こすか、または（ｃ）疾患を治癒することが含まれる。
【０１２８】
用語「有効量」または「治療有効量」とは、有益なまたは所望の結果をもたらすのに十分な薬剤の量を指す。治療有効量は：治療される対象及び疾患状態、対象の体重及び年齢、疾患状態の重症度、投与方法などの１つ以上に応じて変化させてもよく、当業者であればこれを容易に決定することができる。この用語はまた、本明細書中に記載する撮像方法のうちの任意の１つによる検出のための画像を提供するであろう用量に対しても適用される。特定の用量は：選択した特定の薬剤、従うべき投与計画、他の化合物と併用して投与するかどうか、投与のタイミング、撮像する組織、及びそれを運ぶ物理的送達系のうちの１つ以上に応じて変化させてもよい。
【０１２９】
本明細書中で使用する場合、「投与する」とは、ゲノム編集系及び／またはＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞または対象に、接触させ、注射し、分配し、送達し、または塗布することを指す。いくつかの実施形態では、投与は、ゲノム編集系及び／またはＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）と接触させることである。いくつかの実施形態では、投与とは、ゲノム編集系及び／またはＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に送達することである。いくつかの実施形態では、投与とは、ゲノム編集系及び／またはＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に塗布することである。いくつかの実施形態では、投与とは、ゲノム編集系及び／またはＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に注射することである。投与は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏ、またはｉｎ  ｖｉｔｒｏで行うことができる。細胞（複数可）へのゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤の投与は、同時にまたは順次行うことができる。
【０１３０】
本明細書中で使用する病態または疾患に関して、用語「後天性」とは、胎児期以降に発症する障害または病状を意味し；出生時に存在する先天性疾患とは対照的である。先天性疾患は後天性疾患に先行し得る。
【０１３１】
用語「先天性」または「遺伝性」の病態または疾患は、出生時に対象に存在する、対象のゲノムに認められる遺伝的障害である。本明細書中で使用する「ゲノム」は、核内及び細胞質内のすべての遺伝物質を含み、さらにミトコンドリアゲノム及びリボソームゲノムをも含む。先天性または遺伝性は、対象の生涯のいつでも、例えば出生時や成体期に発現し得る。
【０１３２】
用語「遺伝的障害」または「遺伝的疾患」には、疾患を引き起こすかまたは引き起こし得る、対象のゲノムにおける遺伝性または後天性の突然変異が含まれる。
【０１３３】
用語「多型」または「遺伝的変異」とは、遺伝子座における遺伝子の異なる形態を意味する。
【０１３４】
「ウイルスベクター」は、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏのいずれかで、宿主細胞に送達するポリヌクレオチドを含む、組換えにより産生したウイルスまたはウイルス粒子として定義される。ウイルスベクターの例として、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アデノウイルスベクター、レンチウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、及びキメラウイルスベクターなどが挙げられる。遺伝子導入がレトロウイルスベクターを介するいくつかの実施形態では、ベクター構築物は、レトロウイルスゲノムまたはその一部を含むポリヌクレオチドを指す。
【０１３５】
本開示のいくつかの実施形態は、１つ以上のベクターを含むベクター系、またはベクターそれ自体に関する。ベクターは原核細胞または真核細胞におけるＣＲＩＳＰＲ転写産物（例えば核酸転写産物、タンパク質、または酵素）の発現用に設計することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ転写産物は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉなどの細菌細胞、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを使用）、酵母細胞、または哺乳類細胞で発現させることができる。
【０１３６】
細胞は、初代細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、胚性幹細胞（ｈＥＳＣ）、成体幹細胞、始原細胞または細胞株であり得る。「初代細胞」は、生組織から直接採取し、増殖のためにｉｎ  ｖｉｔｒｏに置かれた細胞である。初代細胞は、ほとんど集団倍加せず、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの集団倍加に対して有限の寿命を有する。「幹細胞」、「胚性幹細胞」、及び「人工多能性幹細胞」は、自己複製することができ、特殊な機能を有する異なるタイプの細胞に分化する可能性を有する未分化（ｕｎｓｐｅｃｉａｌｉｚｅｄ）及び未分化（ｕｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ）細胞である。「細胞株」には、無期限に増殖可能な１つの細胞型または同じ型の細胞のセットに由来する細胞培養物が含まれる。哺乳類細胞株の非限定的な例として、ＣＤ３４細胞、２９３細胞、ＨＥＫ細胞、ＣＨＯ細胞、ＢＨＫ細胞、ＣＶ−１細胞、Ｊｕｒｋａｔ細胞、ＨｅＬａ細胞、またはそれらの任意のバリアントを挙げることができる。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、ベクターは、哺乳類発現ベクターを用いて哺乳類細胞内の１つ以上の配列の発現を駆動することができる。哺乳類発現ベクターの例として、ｐＣＤＭ８及びｐＭＴ２ＰＣが挙げられる。哺乳類細胞において使用する場合、発現ベクターの制御機能は、一般的には１つ以上の調節エレメントによって提供される。例えば、一般的に使用するプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、サルウイルス４０、及び本明細書に開示し、当該分野で公知の他のものに由来する。他のプロモーターとして、例えば、ＥＦ１プロモーター、またはＥＦ１αプロモーターを挙げることができる。原核細胞及び真核細胞の両方に対する他の適切な発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．，ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．２ｎｄ  ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６及び１７章を参照されたい。
【０１３８】
本明細書中で使用する場合、用語「標識」または「標識した」とは、例えば、放射性標識アミノ酸の組み込みまたは標識アビジンによって検出され得るビオチニル部分のポリペプチドへの結合による、検出可能マーカーの組み込みを指す（例えば、蛍光マーカーを含むストレプトアビジン、または光学的または比色法によって検出することができる酵素活性）。特定の状況において、標識またはマーカーはまた治療的であり得る。ポリペプチド及び糖タンパク質を標識する様々な方法が当該分野で公知であり、それらを使用してもよい。ポリペプチドの標識の例として、以下が挙げられるがこれらに限定されない：放射性同位体すなわち放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニド蛍光体）、酵素標識（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、化学発光、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパーペア配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）。いくつかの実施形態では、標識を様々な長さのスペーサーアームによって結合し、潜在的な立体障害を低減する。本明細書中で使用する用語「医薬品または薬物」とは、患者に適切に投与する場合に所望の治療効果を誘導することができる化合物または組成物を指す。
【０１３９】
本明細書中で使用する場合、「実質的に純粋な」とは、対象種が、存在する優勢な種である（すなわち、モルベースでは、組成物中の他の個々の種よりも豊富である）ことを意味する。いくつかの実施形態では、実質的な精製画分は、対象種が、存在するすべての高分子種の少なくとも約５０％（モル基準で）を構成する組成物である。
【０１４０】
一般的に、実質的に純粋な組成物は、組成物中に存在する全高分子種のうちの約８０％を超える割合で含まれる。いくつかの実施形態では、実質的に純粋な組成物は、組成物中に存在する全高分子種の約８５％、９０％、９５％、及び９９％を超える割合で含まれる。いくつかの実施形態では、対象種を、本質的に均質になるまで精製し（汚染種は従来の検出方法によって組成物中に検出されない）、組成物は本質的に単一の高分子種からなる。
【０１４１】
遺伝子編集系
様々な種類のゲノム操作系を使用することができる。用語「ゲノム編集系」、「遺伝子編集系」などは、本明細書中では同じ意味で使用し、標的遺伝子またはその機能もしくは発現を編集する系または技術を指す。ゲノム編集系は、以下を含む：標的ゲノム領域（複数可）（または標的配列（複数可））の切断を可能にする少なくとも１つのエンドヌクレアーゼ成分；及びエンドヌクレアーゼ成分を標的ゲノム領域（複数可）にもたらすかまたは標的化する少なくとも１つのゲノム標的化エレメント。ゲノム標的化エレメントの例として、ＤＮＡ結合ドメイン（例えば、ジンクフィンガーＤＮＡ結合タンパク質またはＴＡＬＥ  ＤＮＡ結合ドメイン）、ガイドＲＮＡエレメント（例えば、ＣＲＩＳＰＲガイドＲＮＡ）、及びガイドＤＮＡエレメント（例えば、ＮｇＡｇｏガイドＤＮＡ）が挙げられる。プログラム可能なゲノム標的化及びエンドヌクレアーゼエレメントは、特定のゲノム遺伝子座に二本鎖切断（ＤＳＢ）などのＤＮＡ切断を導入することによって正確なゲノム編集を可能にする。ＤＳＢは、続いて、ＤＳＢ部位への非相同末端結合（ＮＨＥＪ）または相同性指向性修復（ＨＤＲ）のいずれかのための内在性修復機構を動員し、ゲノム編集を媒介する。「エンドヌクレアーゼ成分」は、エンドヌクレアーゼ、またはそのようなエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含む。
【０１４２】
用語「エンドヌクレアーゼ」とは、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子内の核酸間の結合の加水分解（切断）を触媒することができる任意の野生型、変異体、バリアント、または操作した酵素を指す。エンドヌクレアーゼは、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子をその標的ゲノム領域で認識及び切断することができる。エンドヌクレアーゼの例として、ホーミングエンドヌクレアーゼ；ＦｏｋＩなどの制限酵素；操作されたジンクフィンガードメインとＦｏｋＩなどの制限酵素の触媒ドメインとの融合から生じるキメラジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、Ｃａｓ酵素、及びＣｐｆ酵素が挙げられる。化学的またはペプチド切断剤を、核酸のポリマーまたは特定の標的配列を認識する別のＤＮＡのいずれかに複合体化し、それによって切断活性を特定の配列に標的化する化学エンドヌクレアーゼは、用語「エンドヌクレアーゼ」に含まれる。化学的エンドヌクレアーゼの例として、オルトフェナントロリンの複合体などの合成ヌクレアーゼ、ＤＮＡ切断分子、及び三重鎖形成オリゴヌクレオチド（ＴＦＯ）が挙げられる。
【０１４３】
「バリアント」とは、親タンパク質のアミノ酸配列中の少なくとも１つの残基を異なるアミノ酸で置換することによって得られる組換えタンパク質を意図する。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮ及び／またはメガヌクレアーゼなどのエンドヌクレアーゼは、切断ドメイン及び／または切断ハーフドメインを含む。切断ドメインは、ＤＮＡ結合ドメインに対して同種または異種であり得る。例えば、ジンクフィンガーＤＮＡ結合ドメイン及びヌクレアーゼ由来の切断ドメイン、またはメガヌクレアーゼＤＮＡ結合ドメイン及び異なるヌクレアーゼ由来の切断ドメインを使用することができる。異種切断ドメインは、任意のエンドヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼから得ることができる。切断ドメインが由来し得る例示的なエンドヌクレアーゼとして、制限エンドヌクレアーゼ及びホーミングエンドヌクレアーゼが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、ＷＯ２０１３／１３０８２４参照。ＤＮＡを切断するさらなる酵素が知られている（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ；マングビーンヌクレアーゼ；膵臓ＤＮａｓｅＩ；小球菌ヌクレアーゼ；酵母ＨＯエンドヌクレアーゼ；Ｌｉｎｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｎｕｃｌｅａｓｅｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３も参照されたい）。これらの酵素（またはその機能的断片）のうちの１つ以上は、切断ドメイン及び切断ハーフドメインの供給源として使用することができる。
【０１４５】
切断ハーフドメインは、上記のように任意のヌクレアーゼまたはその一部に由来する可能性があり、切断活性のために二量体化を必要とする。いくつかの実施形態では、融合タンパク質が切断ハーフドメインを含む場合、２つの融合タンパク質が切断に必要である。いくつかの実施形態では、２つの切断ハーフドメインを含む単一のタンパク質を使用することができる。いくつかの実施形態では、２つの切断ハーフドメインは、同じエンドヌクレアーゼ（またはその機能的断片）に由来し得る。いくつかの実施形態では、各切断ハーフドメインは、異なるエンドヌクレアーゼ（またはその機能的断片）に由来し得る。さらに、好ましくは、２つの融合タンパク質の、それらのそれぞれの標的部位への結合が、切断ハーフドメインを互いに対して空間定位に配置させ、それがハーフドメインの切断を可能にし、例えば二量体化によって機能的切断ドメインを形成するように、２つの融合タンパク質の標的部位を互いに対して配置する。したがって、特定の実施形態では、標的部位の近端は、５〜５０ヌクレオチド、５〜８ヌクレオチドまたは１５〜１８ヌクレオチド離れている。２つの標的部位の間に、任意の整数のヌクレオチドまたはヌクレオチド対が介在し得る（例えば、２〜５０ヌクレオチド対以上）。いくつかの実施形態では、切断部位は標的部位間にある。
【０１４６】
制限エンドヌクレアーゼ（制限酵素）は多くの種に存在し、ＤＮＡに（認識部位で）配列特異的に結合し、その結合部位またはその近傍でＤＮＡを切断することができる。特定の制限酵素（例えばＩＩＳ型）は、認識部位から外れた部位でＤＮＡを切断し、分離可能な結合ドメインと切断ドメインを有する。例えば、ＩＩＳ型酵素ＦｏｋＩは、ＤＮＡの二本鎖切断を触媒する。例えば、米国特許第５，３５６，８０２号；第５，４３６，１５０号及び第５，４８７，９９４号；ならびにＬｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：４２７５−４２７９；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：２７６４−２７６８；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４ａ）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：８８３−８８７；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４ｂ）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：３１，９７８−３１，９８２参照。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼ成分は、少なくとも１つのＩＩＳ型制限酵素由来の切断ドメイン（または切断ハーフドメイン）及び操作されたまたは操作されていない１つ以上のジンクフィンガー結合ドメインを有する融合タンパク質（複数可）を含む。切断ドメインが結合ドメインから分離可能である例示的なＩＩＳ型制限酵素は、Ｆｏｋ  Ｉである。この特定の酵素は、二量体として活性である。Ｂｉｔｉｎａｉｔｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９５：１０，５７０−１０，５７５。そのような融合タンパク質に使用されるＦｏｋＩ酵素の部分は、切断ハーフドメインと考えられる。したがって、ジンクフィンガー−ＦｏｋＩ融合体またはＴＡＬＥ−ＦｏｋＩ融合体を使用する細胞配列の標的化二本鎖切断及び／または標的化置換のために、それぞれＦｏｋＩ切断ハーフドメインを含む２つの融合タンパク質を使用して、触媒活性切断ドメインを再構成することができる。あるいは、ジンクフィンガー結合ドメイン及び２つのＦｏｋ  Ｉ切断ハーフドメインを含む単一のポリペプチド分子もまた使用することができる。
【０１４８】
例示的なＩＩＳ型制限酵素は、国際出願公開ＷＯ０７／０１４２７５に記載されており、その全体を本明細書に援用する。さらなる制限酵素もまた、分離可能な結合ドメイン及び切断ドメインを含み、これらは本開示で企図される。例えば、Ｒｏｂｅｒｔｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．３１：４１８−４２０参照。
【０１４９】
特定の実施形態では、切断ドメインは、例えば、米国特許出願公開第２００５００６４４７４号及び第２００６０１８８９８７号及びＷＯ２０１３／１３０８２４に記載されているように、ホモ二量体化を最小化または防止する１つ以上の操作された切断ハーフドメイン（二量体化ドメイン変異体とも呼ばれる）を含む。偏性ヘテロ二量体を形成するＦｏｋＩの例示的な操作された切断ハーフドメインは、第１の切断ハーフドメインがＦｏｋＩの４９０位及び５３８位のアミノ酸残基における突然変異を有し、第２の切断ハーフドメインが４８６位及び４９９位のアミノ酸残基に突然変異を有するペアを含む。例えば、米国特許公開第２００８／０１３１９６２号及び第２０１１／０２０１０５５号参照。本明細書に記載の操作された切断ハーフドメインは、任意の適切な方法を用いて、例えば、米国特許公開第２００５００６４４７４号及び第２００８０１３１９６２号に記載されるような野生型切断ハーフドメインの部位特異的突然変異誘発（ＦｏｋＩ）によって調製することができる。
【０１５０】
用語「編集（ｅｄｉｔ）」、「編集（ｅｄｉｔｓ）」、「編集すること」などは、任意の種類の操作、変更、修飾または調節（各々の場合において、遺伝子ノックアウト、遺伝子標識、遺伝子破壊、遺伝子突然変異、遺伝子挿入、遺伝子欠失、遺伝子活性化、遺伝子サイレンシングまたは遺伝子ノックインによるものを含むがこれらに限定されない）を指す。
【０１５１】
本明細書中で使用する場合、「遺伝子改変」、「ゲノム編集」、「ゲノム改変」、「遺伝子改変」、及び「遺伝子編集」とは、細胞のヌクレオチドに対する、任意の遺伝子の付加、欠失、ノックアウト、ノックイン、標識、突然変異、活性化、サイレンシング、修飾、及び／または破壊を指す。本明細書中での細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏ、またはｅｘ  ｖｉｖｏであり得る。
【０１５２】
「標的ゲノム領域」、「標的遺伝子」、「ＤＮＡ標的」、「ＤＮＡ標的配列」、「標的配列」、「標的ヌクレオチド配列」、「標的部位」、「標的」、「目的の部位」、「認識部位」、「ポリヌクレオチド認識部位」、「認識配列」、「切断部位」は、ゲノム編集系が認識し、切断するポリヌクレオチド配列を意図する。これらの用語は、特徴的なＤＮＡ位置、好ましくはゲノム位置を指し、その位置においてＤＮＡ切断（切断）がゲノム編集系によって誘導される。
【０１５３】
操作、変更、修飾及び調節を含む前述の編集は、同時にまたは順次行うことができる。当技術分野において公知の任意のゲノム編集系を使用することができる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系である。
【０１５４】
メガヌクレアーゼベース、ＺＦＮベース及びＴＡＬＥＮベースのそれぞれは、少なくとも１つのＤＮＡ結合ドメイン、またはＤＮＡ結合ドメインをコードする核酸配列（複数可）を有する核酸を含み、タンパク質−ＤＮＡ相互作用を介して標的ゲノム領域（複数可）の特異的標的化または認識を達成する。ＣＲＩＳＰＲベースの系は、少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメントまたはガイドＲＮＡエレメントをコードする核酸配列（複数可）を有する核酸を含み、標的ゲノム領域（複数可）のＤＮＡとの直接的な塩基対を介して標的ゲノム領域（複数可）の特異的標的化または認識を達成する。ＮｇＡｇｏベースの系は、少なくとも１つのガイドＤＮＡエレメント、またはガイドＤＮＡエレメントをコードする核酸配列（複数可）を有する核酸を含み、標的ゲノム領域（複数可）のＤＮＡとの直接的な塩基対を介して標的ゲノム領域（複数可）の特異的標的化または認識を達成する。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系はメガヌクレアーゼベースの系である。メガヌクレアーゼベースの系は、大きな（＞１４ｂｐ）認識部位を有するエンドヌクレアーゼであるメガヌクレアーゼを使用し、そのＤＮＡ結合ドメインも標的配列の切断に関与する。メガヌクレアーゼのＤＮＡ結合ドメインは、１２〜４５ｂｐの二本鎖ＤＮＡ標的配列を有し得る。いくつかの実施形態では、メガヌクレアーゼは、各メガヌクレアーゼドメインが単量体上にある二量体酵素、または単一のポリペプチド上の２つのドメインを含む単量体酵素のいずれかである。野生型メガヌクレアーゼだけでなく、様々なメガヌクレアーゼバリアントもタンパク質操作によって作製され、無数のユニークな配列の組み合わせが網羅された。いくつかの実施形態では、メガヌクレアーゼＡの半分の部位及びプロテインＢの半分の部位からなる認識部位を有するキメラメガヌクレアーゼもまた使用することができる。そのようなキメラメガヌクレアーゼの特定の例は、Ｉ−ＤｍｏＩ及びＩ−ＣｒｅＩのタンパク質ドメインを含む。メガヌクレアーゼの例として、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリー由来のホーミングエンドヌクレアーゼが挙げられる。
【０１５６】
ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼは、Ｉ−ＳｃｅＩ、Ｉ−ＣｈｕＩ、Ｉ−ＣｒｅＩ、Ｉ−ＣｓｍＩ、ＰＩ−ＳｃｅＩ、ＰＩ−ＴｌｉＩ、ＰＩ−ＭｔｕＩ、Ｉ−ＣｅｕＩ、Ｉ−ＳｃｅＩＩ、Ｉ−ＳｃｅＩＩＩ、ＨＯ、ＰＩ−ＣｉｖＩ、ＰＩ−ＣｔｒＩ、ＰＩ−ＡａｅＩ、ＰＩ−ＢｓｕＩ、ＰＩ−ＤｈａＩ、ＰＩ−ＤｒａＩ、ＰＩ−ＭａｖＩ、ＰＩ−ＭｃｈＩ、ＰＩ−ＭｆｕＩ、ＰＩ−ＭｆｌＩ、ＰＩ−ＭｇａＩ、ＰＩ−ＭｇｏＩ、ＰＩ−ＭｉｎＩ、ＰＩ−ＭｋａＩ、ＰＩ−ＭｌｅＩ、ＰＩ−ＭｍａＩ、ＰＩ−ＭｓｈＩ、ＰＩ−ＭｓｍＩ、ＰＩ−ＭｔｈＩ、ＰＩ−ＭｔｕＩ、ＰＩ−ＭｘｅＩ、ＰＩ−ＮｐｕＩ、ＰＩ−ＰｆｕＩ、ＰＩ−ＲｍａＩ、ＰＩ−ＳｐｂＩ、ＰＩ−ＳｓｐＩ、ＰＩ−ＦａｃＩ、ＰＩ−ＭｊａＩ、ＰＩ−ＰｈｏＩ、ＰＩ−ＴａｇＩ、ＰＩ−ＴｈｙＩ、ＰＩ−ＴｋｏＩ、ＰＩ−ＴｓｐＩ、もしくはＩ−ＭｓｏＩ；または、ホモ二量体、ヘテロ二量体もしくは単量体であるかどうかにかかわらず、それらの機能的変異体もしくはバリアントであり得る。いくつかの実施形態では、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼはＩ−ＣｒｅＩ誘導体である。いくつかの実施形態では、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼは、天然のＩ−ＣｒｅＩ  ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼと少なくとも８０％の類似性を共有する。いくつかの実施形態では、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼは天然のＩ−ＣｒｅＩ  ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼの残基１〜１５２と少なくとも８０％の類似性を共有する。いくつかの実施形態では、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼは、天然のＩ−ＣｒｅＩ  ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼの残基１〜１５２と少なくとも８０％の類似性を共有し、リンカーペプチドを含んでまたは含まずに一緒に連結された２つのモノマーからなり得る。
【０１５７】
「ＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼ」とは、Ｓｔｏｄｄａｒｄ  ｅｔ  ａｌ（Ｓｔｏｄｄａｒｄ、２００５）に定義されるようなＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリー由来のホーミングエンドヌクレアーゼ、または前記天然ホーミングエンドヌクレアーゼと、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７．５％、９９％以上の同一性または類似性を共有するポリペプチドを含む操作されたバリアントを指す。そのような操作されたＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼは、単量体または二量体メガヌクレアーゼに由来し得る。二量体メガヌクレアーゼに由来する場合、そのような操作されたＬＡＧＬＩＤＡＤＧメガヌクレアーゼは一本鎖または二量体エンドヌクレアーゼであり得る。
【０１５８】
「Ｉ−ＣｒｅＩ」とは、ｐｄｂアクセッションコード１ｇ９ｙの配列を有する天然の野生型Ｉ−ＣｒｅＩメガヌクレアーゼを意図する。
【０１５９】
メガヌクレアーゼのＤＮＡ認識及び切断機能は、一般的に単一ドメインに縒り合わされている。メガヌクレアーゼとは異なり、ＺＦＮベース及びＴＡＬＥＮベースの系のＤＮＡ結合ドメインは、切断機能に関してエンドヌクレアーゼとは異なる。ＺＦＮベースの系は：少なくとも１つのジンクフィンガータンパク質もしくはそのバリアント、またはそのＤＮＡ結合ドメインとしてジンクフィナータンパク質もしくはそのバリアントをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸；及びジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）またはＦｏｋ１切断ドメインなどのエンドヌクレアーゼエレメントを含む。ジンクファインダータンパク質（ＺＦＰ）は、選択した標的部位に結合するようにそれが操作されているという点で非天然である。例えば、Ｂｅｅｒｌｉ  ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０：１３５−１４１；Ｐａｂｏ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．７０：３１３−３４０；Ｉｓａｌａｎ  ｅｉ  ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９：６５６−６６０；Ｓｅｇａｌ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１２：６３２−６３７；Ｃｈｏｏ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ  Ｂｉｏｌ．１０：４１１−４１６；米国特許第６，４５３，２４２号；第６，５３４，２６１号；第６，５９９，６９２号；第６，５０３，７１７号；第６，６８９，５５８号；第７，０３０，２１５号；第６，７９４，１３６号；第７，０６７，３１７号；第７，２６２，０５４号；第７，０７０，９３４号；第７，３６１，６３５号；第７，２５３，２７３号；及び米国特許公開第２００５／００６４４７４号；第２００７／０２１８５２８号；第２００５／０２６７０６１号参照。
【０１６０】
操作されたジンクフィンガー結合ドメインは、天然型ジンクフィンガータンパク質と比較して、新規の結合特異性を有し得る。改変方法として、合理的設計及び様々な種類の選択が挙げられるが、これらに限定されない。合理的設計には、例えば、三重鎖（または四重鎖）ヌクレオチド配列及び個々のジンクフィンガーアミノ酸配列を含むデータベースの使用が含まれ、各三重鎖または四重鎖ヌクレオチド配列は、特定の三重鎖または四重鎖配列に結合するジンクフィンガーの１つ以上のアミノ酸配列と関連する。例えば、参照によりその全体を本明細書に援用する、共有米国特許第６，４５３，２４２号及び第６，５３４，２６１号参照。
【０１６１】
様々な種類の選択方法を本明細書の方法と共に使用することができる。ファージディスプレイ及びツーハイブリッド系を含む例示的な選択方法は、米国特許第５，７８９，５３８号；第５，９２５，５２３号；第６，００７，９８８号；第６，０１３，４５３号；第６，４１０，２４８号；第６，１４０，４６６号；第６，２００，７５９号；及び第６，２４２，５６８号；ならびにＷＯ９８／３７１８６；ＷＯ９８／５３０５７；ＷＯ００／２７８７８；ＷＯ０１／８８１９７号及びＧＢ２，３３８，２３７に開示されている。さらに、ジンクフィンガー結合ドメインに対する結合特異性の増強は、例えば、ＷＯ０２／０７７２２７に記載されている。さらに、これら及び他の参考文献に開示されるように、ジンクフィンガードメイン及び／または多フィンガージンクフィンガータンパク質を、例えば、長さ５以上のアミノ酸のリンカーを含む、任意の適切なリンカー配列を使用して一緒に連結してもよい。長さが６以上のアミノ酸である例示的なリンカー配列については、米国特許第６，４７９，６２６号；第６，９０３，１８５号；及び第７，１５３，９４９号も参照されたい。本明細書に記載のタンパク質は、タンパク質の個々のジンクフィンガー間の適切なリンカーの任意の組み合わせを含み得る。標的サイトの選択；ＺＦＰ及び融合タンパク質（及びそれをコードするポリヌクレオチド）の設計及び構築方法は当業者に公知であり、米国特許第６，１４０，０８１５号；第７８９，５３８号；第６，４５３，２４２号；第６，５３４，２６１号；第５，９２５，５２３号；第６，００７，９８８号；第６，０１３，４５３号；第６，２００，７５９号；ＷＯ９５／１９４３１；ＷＯ９６／０６１６６；ＷＯ９８／５３０５７；ＷＯ９８／５４３１１；ＷＯ００／２７８７８；ＷＯ０１／６０９７０；ＷＯ０１／８８１９７；ＷＯ０２／０９９０８４；ＷＯ９８／５３０５８；ＷＯ９８／５３０５９；ＷＯ９８／５３０６０；ＷＯ０２／０１６５３６及びＷＯ０３／０１６４９６に詳細に記載されている。
【０１６２】
さらに、これら及び他の参考文献に開示されているように、ジンクフィンガードメイン及び／またはマルチフィンガー型ジンクフィンガータンパク質を、例えば５以上の長さのアミノ酸のリンカーを含む任意の適切なリンカー配列を用いて一緒に連結してもよい。長さが６以上のアミノ酸である例示的なリンカー配列については、米国特許第６，４７９，６２６号；第６，９０３，１８５号；及び第７，１５３，９４９号も参照されたい。本明細書に記載のタンパク質は、タンパク質の個々のジンクフィンガー間の適切なリンカーの任意の組み合わせを含み得る。
【０１６３】
転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系とは、１つ以上の転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）−ＤＮＡ結合ドメイン及びエンドヌクレアーゼエレメント、例えばＦｏｋ１切断ドメインを使用するゲノム編集系を指す。ＴＡＬＥ−ＤＮＡ結合ドメインは、それぞれ長さ３０〜３８（例えば、３１、３２、３３、３４、３５、または３６）のアミノ酸を有する１つ以上のＴＡＬＥ反復単位を含む。ＴＡＬＥ−ＤＮＡ結合ドメインは、全長ＴＡＬＥタンパク質もしくはその断片、またはそれらのバリアントを使用してもよい。ＴＡＬＥ−ＤＮＡ結合ドメインは、リンカーによってエンドヌクレアーゼドメインに融合または連結することができる。
【０１６４】
用語「ＣＲＩＳＰＲベースの系」、「ＣＲＩＳＰＲベースの遺伝子編集系」、「ＣＲＩＳＰＲゲノム編集」、「ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集」、「ＣＲＩＳＰＲエンドヌクレアーゼベースのゲノム編集」などは、本明細書中では同じ意味で使用し、集合的に、１つ以上のガイドＲＮＡエレメント；及び１つ以上のＲＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼエレメントを含むゲノム編集系を指す。ガイドＲＮＡエレメントは、１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターＲＮＡ、またはそのターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含む。ＲＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼエレメントには、ガイドＲＮＡエレメントによって標的ゲノム領域（複数可）に誘導またはもたらされるエンドヌクレアーゼ；またはそのようなエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸が含まれる。ＣＲＩＳＰＲベースの系を含む、そのようなＣＲＩＳＰＲベースの遺伝子編集系の例は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系またはＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系である。
【０１６５】
本明細書中で使用する場合、用語「ガイドＲＮＡエレメント」、「ガイドＲＮＡ」、「ｇＲＮＡ」、「ｇＲＮＡ分子」、及び「合成ガイドＲＮＡ」は、同じ意味で使用し、標的核酸配列にハイブリダイズするターゲッターＲＮＡ、またはそのターゲッターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含むポリヌクレオチド配列を指す。ｇＲＮＡのターゲッターＲＮＡは、標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有する標的化ドメインを含む。語句「実質的に相補的」とは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、またはそれ以上のヌクレオチドの領域にわたって、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％である相補性の程度を意味するか、またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズする２つの核酸を指す。
【０１６６】
ガイドＲＮＡエレメントには、ターゲッターＲＮＡとハイブリダイズすることができるアクチベーターＲＮＡ、またはアクチベーターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸がさらに含まれ得る。アクチベーターＲＮＡとターゲッターＲＮＡは、別個であるか、またはリンカーループ配列を介して単一の核酸として融合し、単一のｇＲＮＡ分子を形成することができる。ｇＲＮＡ分子は、いくつかのドメインを有してもよい。例えば、そのようなｇＲＮＡは、例えば５’から３’方向に：標的化ドメイン（これは標的核酸に相補的である）；第１の相補性ドメイン；連結ドメイン；第２の相補性ドメイン（これは第１の相補性ドメインと相補的である）；近位ドメイン；及び場合により、テールドメインを含む。ＷＯ２０１５０４８５５７参照。
【０１６７】
「第１の相補性ドメイン」は、第２の相補性ドメインと実質的な相補性を有し、少なくともいくつかの生理学的条件下で二重鎖領域を形成し得る。
【０１６８】
「連結ドメイン」は、単分子ｇＲＮＡの第１の相補性ドメインと第２の相補性ドメインとを連結するのに役立つ。連結ドメインは、第１及び第２の相補性ドメインを共有結合または非共有結合で連結することができる。
【０１６９】
「近位ドメイン」は、３〜２５ヌクレオチド長、または５〜２０ヌクレオチド長であり得る。近位ドメインは、天然の近位ドメインと相同性を共有し得るか、またはそれに由来し得る。
【０１７０】
「テールドメイン」は、存在しないか、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０ヌクレオチド長であり得る。テールドメインは、互いに相補的であるとともに少なくともいくつかの生理学的条件下で二重鎖領域を形成する配列を有し得る。
【０１７１】
ガイドＲＮＡエレメントを、ＣａｓエンドヌクレアーゼなどのＲＮＡガイドエンドヌクレアーゼエレメントのエンドヌクレアーゼと複合体を形成させてもよい（「ｇＲＮＡ／ヌクレアーゼ複合体」）。ｇＲＮＡ／ヌクレアーゼ複合体の例は、ＣＲＩＳＲベースの系に関して以下に記載するようなＣＲＩＳＰＲ複合体である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ複合体には、ターゲッターＲＮＡと複合体を形成するＲＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼ系のエンドヌクレアーゼが含まれる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ複合体には、ターゲッターＲＮＡ及びアクチベーターＲＮＡと複合体を形成するＲＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼ系のエンドヌクレアーゼが含まれる。
【０１７２】
ターゲッターＲＮＡの標的化ドメインは、標的ヌクレオチド配列へのｇＲＮＡ／ヌクレアーゼ複合体の特異的標的化またはホーミングを促進する。いくつかの実施形態では、標的化ドメインは１０〜３０ｂｐ、例えば１５〜２５ｂｐ、１８〜２２ｂｐ、または２０ｂｐであり得る。
【０１７３】
標的ドメインの選択、設計、及び検証方法を含む、ｇＲＮＡの設計方法は、当技術分野において公知である。例えば、ＷＯ２０１５０４８５７７、Ｍａｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３  ＳＣＩＥＮＣＥ  ３３９（６１２１）：８２３−８２６；Ｈｓｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３  ＮＡＴＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬ，３１（９）：８２７−３２；Ｆｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４  ＮＡＴＢＴＯＴＥＣＨＮＯＬ，  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．２８０８．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：２４４６３５７４；Ｈｅｉｇｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４  ＮＡＴ  ＭＥＴＨＯＤＳ  １１  （２）：１２２−３．ｄｏｉ：ｌ  ０．１０３８／ｎｍｅｔｈ．２８１２．ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：２４４８１２１６；Ｂａｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４  ＢＩＯＴＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ  ＰｕｂＭｅｄ  ＰＭＩＤ：２４４６３１８１；Ｘｉａｏ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４  ＢＩＯＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ  Ｐｕｂ  Ｍｅｄ  ＰＭＩＤ：２４３８９６６２参照。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓ酵素もしくはタンパク質（例えば、Ｔｙｐｅ−ＩＩ  Ｃａｓ  ９タンパク質）またはＣｐｆ酵素もしくはタンパク質（例えば、Ｃｐｆ１タンパク質）などのＲＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼを使用することができる。いくつかの実施形態では、そのようなＣａｓまたはＣｐｆ酵素またはタンパク質の改変型もまた、使用することができる。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系である。ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系は：（ａ）少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメント、またはそのガイドＲＮＡエレメントをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含み、ガイドＲＮＡエレメントは、１つ以上の標的ゲノム領域のヌクレオチド配列に実質的に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターＲＮＡ、及びターゲッターＲＮＡとハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を有するアクチベーターＲＮＡを含み；ならびに（ｂ）Ｃａｓタンパク質を含むＣａｓタンパク質エレメント、またはＣａｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する核酸を含む。ターゲッターＲＮＡ及びアクチベーターＲＮＡは、別個であるか、または一緒に融合した単一のＲＮＡであり得る。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系には、クラス１  ＣＲＩＳＰＲ系及び／またはクラス２  ＣＲＩＳＰＲ系が含まれる。クラス１系は、ターゲッターＲＮＡとしてＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）と共にいくつかのＣａｓタンパク質を使用して機能的エンドヌクレアーゼを構築する。クラス２  ＣＲＩＳＰＲ系は、単一のＣａｓタンパク質、及びターゲッターＲＮＡとしてｃｒＲＮＡを使用する。ＩＩ型Ｃａｓ９ベースの系を含むクラス２  ＣＲＩＳＰＲ系は、クラス１系によって使用されるマルチサブユニット複合体ではなく、切断を媒介するための単一のＣａｓタンパク質を含む。ＣＲＩＳＰＲベースの系には、Ｃｐｆ１タンパク質、及びターゲッターＲＮＡとしてｃｒＲＮＡを使用するクラスＩＩ、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ系が含まれる。
【０１７７】
Ｃａｓタンパク質は、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）二本鎖ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系には、Ｃａｓ９タンパク質が含まれる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ＳａＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９ｎ、Ｃａｓ９−ＨＦ、Ｃａｓ９−Ｈ８４０Ａ、ＦｏｋＩ−ｄＣａｓ９、またはＤ１０Ａニッカーゼである。用語「Ｃａｓタンパク質」、例えばＣａｓ９タンパク質などには、野生型Ｃａｓタンパク質またはその機能的誘導体（ヌクレアーゼ活性を有する野生型Ｃａｓタンパク質の短縮型またはバリアントなど）が含まれる。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ及びＳ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ以外の種由来のＣａｓ９タンパク質を使用することができる。本明細書において、以下を含むさらなるＣａｓ９タンパク質種を取得及び使用してもよい：Ａｃｉｄｏｖｏｒａｘ  ａｖｅｎａｅ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｉｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ種、ｃｙｃｌｉｐｈｉｌｕｓ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ、Ａｍｉｎｏｍｏｎａｓ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ；Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｍｉｔｈｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種、Ｂｌａｓｔｏｐｉｒｅｌｌｕｌａ  ｍａｒｉｎａ、Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ種、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｐｕｎｉｃｅｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｉｎｇｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｔｒｕｃｈｏｔｉｉ、Ｄｉｎｏｒｏｓｅｏｂａｃｔｅｒ  ｓｈｉｂａｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ、ｇａｍｍａ  ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｄｉａｚｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｌｚｉｌｕｓ  ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐｕｔｏｒｕｍ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｎａｄｅｎｓｉｓ、Ｈｅｌｉｃｏｈａｃｔｅｒ  ｃｉｎａｅｄｉ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｍｕｓｔｅｌａｅ、ｌｌｙｏｂａｃｔｅｒ  ｐｏｌｙｔｒｏｐｕｓ、Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｋｉｎｇａｅ、ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｉｖａｎｏｖｉｉ、ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、ｌｉｓｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔｉｓ種、Ｍｅｔｈｙｌｏｓｉｎｕｓ  ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｂａｃｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ種、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉｉ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ種、Ｐａｒｖｉｂａｃｕｌｕｍ  ｌａｖａｍｅｎｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｌｌｓ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｙｚｙｇｉｉ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ、Ｒｈｏｄｏｖｕｌｕｍ種、Ｓｉｍｏｎｓｉｅｌｌａ  ｍｕｅｌｌｅｒｉ、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ種、Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｅａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉ��、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ種、Ｔｉｓｔｒｅｌｌａ  ｍｏｂｉｌｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ種、またはＶｅｒｍｉｎｅｐｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｅｉｓｅｎｉａｅ。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系の１つ以上のエレメントは、Ｉ型、ＩＩ型、またはＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ系に由来する。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系の１つ以上のエレメントは、内在性ＣＲＩＳＰＲ系を有する特定の生物、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種、及びＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ種などに由来する。一般的に、ＣＲＩＳＰＲベースの系は、標的ゲノム領域または標的配列の部位でのＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進するエレメント（内在性ＣＲＩＳＰＲ系に関してはプロトスペーサーとも呼ばれる）を特徴とする。ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成に関して、「標的配列」とは、それに対して実質的な相補性を有するようにガイド配列を設計する対象配列を指し、その場合、標的配列とガイド配列との間のハイブリダイゼーションがＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進する。ハイブリダイゼーションを生じさせ、ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進するのに十分な相補性がある限り、完全な相補性は必ずしも必要ではない。標的配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡポリヌクレオチドなどの任意のポリヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、標的配列は細胞（複数可）の核または細胞質に位置する。いくつかの実施形態では、標的配列は、真核細胞（複数可）のオルガネラ、例えばミトコンドリアまたは葉緑体内にあってもよい。
【０１８１】
標的配列を含む標的遺伝子座への組換えのために用い得る配列またはテンプレートは、「編集テンプレート」または「編集ポリヌクレオチド」または「編集配列」と呼ばれる。外来性テンプレートポリヌクレオチドは、編集用テンプレートまたはドナーテンプレートと呼ばれることがある。いくつかの実施形態では、組換えは相同組換えである。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系はＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９系である。ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９系のターゲッターＲＮＡには、ＣＲＩＳＰＲ標的化ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）が含まれ、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９系のアクチベーターＲＮＡには、トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｔｒａｃＲＮＡ）が含まれる。ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９系のＣａｓタンパク質エレメントは、Ｃａｓ９タンパク質を使用する。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡは、別々にすることも、リンカーループ配列を介して単一のＲＮＡ構築物に組み合わせることもできる。この組み合わせたＲＮＡ構築物は、一本鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ；またはガイドＲＮＡ）と呼ばれる。
【０１８３】
ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系、その成分、及びそのような成分の送達に関する一般的な情報（方法、材料、送達ビヒクル、ベクター、粒子、ＡＡＶ、ならびに量及び製剤化に関するものを含めたそれらの製造及び使用）に関しては、以下に見出される：米国特許第８，９９９，６４１号、第８，９９３，２３３号、第８，９４５，８３９号、第８，９３２，８１４号、第８，９０６，６１６号、第８，８９５，３０８号、第８，８８９，４１８号、第８，８８９，３５６号、第８，８７１，４４５号、第８，８６５，４０６号、第８，７９５，９６５号、第８，７７１，９４５号及び８，６９７，３５９号；米国特許公開ＵＳ２０１４−０３１０８３０、ＵＳ２０１４−０２８７９３８Ａ１、ＵＳ２０１４−０２７３２３４Ａ１、ＵＳ２０１４−０２７３２３２Ａ１、ＵＳ２０１４−０２７３２３１、ＵＳ２０１４−０２５６０４６Ａ１、ＵＳ２０１４−０２４８７０２Ａ１、ＵＳ２０１４−０２４２７００Ａ１、ＵＳ２０１４−０２４２６９９Ａ１、ＵＳ２０１４−０２４２６６４Ａ１、ＵＳ２０１４−０２３４９７２Ａ１、ＵＳ２０１４−０２２７７８７Ａ１、ＵＳ２０１４−０１８９８９６Ａ１、ＵＳ２０１４−０１８６９５８、ＵＳ２０１４−０１８６９１９Ａ１、ＵＳ２０１４−０１８６８４３Ａ１、ＵＳ２０１４−０１７９７７０Ａ１、及びＵＳ２０１４−０１７９００６Ａ１、ＵＳ２０１４−０１７０７５３；欧州特許ＥＰ２７８４１６２Ｂ１及びＥＰ２７７１４６８Ｂ１；欧州特許出願ＥＰ２７７１４６８（ＥＰ１３８１８５７０．７）、ＥＰ２７６４１０３（ＥＰ１３８２４２３２．６）、及びＥＰ２７８４１６２（ＥＰ１４１７０３８３．５）；ならびにＰＣＴ特許出願公開ＰＣＴ特許出願公開ＷＯ２０１４／０９３６６１、ＷＯ２０１４／０９３６９４、ＷＯ２０１４／０９３５９５、ＷＯ２０１４／０９３７１８、ＷＯ２０１４／０９３７０９、ＷＯ２０１４／０９３６２２、ＷＯ２０１４／０９３６３５、ＷＯ２０１４／０９３６５５、ＷＯ２０１４／０９３７１２、ＷＯ２０１４／０９３７０１、ＷＯ２０１４／０１８４２３、ＷＯ２０１４／２０４７２３、ＷＯ２０１４／２０４７２４、ＷＯ２０１４／２０４７２５、ＷＯ２０１４／２０４７２６、ＷＯ２０１４／２０４７２７、ＷＯ２０１４／２０４７２８、ＷＯ２０１４／２０４７２９、及びＷＯ２０１６／０２８６８２。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースの系はＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系である。「ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系」は：（ａ）少なくとも１つのガイドＲＮＡエレメント、またはそのガイドＲＮＡエレメントをコードするヌクレオチド配列（複数可）を有する核酸を含み、ガイドＲＮＡは、標的核酸の遺伝子座のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を有するターゲッターＲＮＡを含み；及び（ｂ）Ｃｐｆタンパク質エレメントまたはそのＣｐｆタンパク質エレメントをコードするヌクレオチド配列を有する核酸を含む。
【０１８５】
Ｃｐｆタンパク質エレメントの例として、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼ、例えば、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  Ｃｐｆ１（ＦｎＣｐｆ１）及びその任意のバリアントが挙げられる。例えば、Ｚｅｔｓｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｃｐｆ１  ｉｓ  ａ  ｓｉｎｇｌｅ  ＲＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ  ｏｆ  ａ  ｃｌａｓｓ  ２  ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ  ｓｙｓｔｅｍ，”［Ｃｅｌｌ］，１６３（３）：ｐａｇｅｓ  ７５９−７１；及びＦｏｎｆａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｈｅ  ＣＲＩＳＰＲ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ＤＮＡ−ｃｌｅａｖｉｎｇ  ｅｎｚｙｍｅ  Ｃｐｆ１  ａｌｓｏ  ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ  ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ  ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ，”［Ｎａｔｕｒｅ］５３２（７６００）：ｐａｇｅｓ，５１７−２１参照。Ｃｐｆ１の優先ＰＡＭは５’−ＴＴＮであり、ゲノム位置とＧＣ含量のいずれにおいてもＣａｓ９（３’−ＮＧＧ）とは異なる。ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系は、アクチベーターＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）を使用しない場合がある。Ｃｐｆ１とそのガイドＲＮＡの両方は、通常、それらのＳｐＣａｓ９対応物よりも小さい。Ｃｐｆ１遺伝子座は、混合α／βドメイン、ＲｕｖＣ−Ｉ、それに続くらせん領域、ＲｕｖＣ−ＩＩ及びジンクフィンガー様ドメインを含む。Ｃｐｆ１タンパク質は、Ｃａｓ９のＲｕｖＣドメインと同様のＲｕｖＣ様エンドヌクレアーゼドメインを有する。さらに、Ｃｐｆ１はＨＮＨエンドヌクレアーゼドメインを有さず、Ｃｐｆ１のＮ末端はＣａｓ９のαヘリックス認識ローブを有さない。Ｃｐｆ１遺伝子座は、ＩＩ型の系よりもＩ型及びＩＩＩ型により類似したＣａｓ１、Ｃａｓ２及びＣａｓ４タンパク質をコードする。Ｃｐｆ１ファミリータンパク質は多くの細菌種に見出すことができる。
【０１８６】
特定の理論に拘泥するわけではないが、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系は、Ｃａｓ９が標的とするＧリッチのＰＡＭとは対照的に、プロトスペーサー隣接モチーフ５’−ＹＴＮ−３’（式中、「Ｙ」はピリミジンであり、「Ｎ」は任意の核酸塩基である）または５’−ＴＴＮ−３を識別することによって標的ＤＮＡまたはＲＮＡを切断するＣｐｆ１−ｃｒＲＮＡ複合体を使用する。ＰＡＭの識別後、Ｃｐｆ１は、４または５ヌクレオチドのオーバーハングを有する突出末端様のＤＮＡ二本鎖切断を導入する。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、ＮｇＡｇｏベースの系である。ＮｇＡｇｏベースの系は、少なくとも１つのガイドＤＮＡエレメント、またはそのガイドＤＮＡエレメントをコードする核酸配列（複数可）を有する核酸；及びＤＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼを含む。ＮｇＡｇｏベースの系は、ガイドエレメントとしてＤＮＡを用いる。その動作原理はＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９技術の動作原理に類似しているが、そのガイドエレメントは、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９技術のｇＲＮＡではなくガイドＤＮＡ（ｄＤＮＡ）のセグメントである。ＤＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼの例は、Ｎａｔｒｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒｅｇｏｒｙｉ由来のＡｒｇｏｎａｕｔｅエンドヌクレアーゼ（ＮｇＡｇｏ）である。例えば、Ｆｅｎｇ  Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．“ＤＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｎａｔｒｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒｅｇｏｒｙｉ  Ａｒｇｏｎａｕｔｅ，”Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，（２０１６）：ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．３５４７参照。
【０１８８】
「リンカー」、「ペプチドリンカー」、「ペプチド性リンカー」または「ペプチドスペーサー」とは、融合タンパク質中の異なるモノマーを連結し、前記融合タンパク質の活性のために正しい立体構造を取れるようにし、いずれのモノマーの活性も変化させないペプチド配列を意味することを意図している。ペプチドリンカーは、非限定的な指示範囲として１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０〜５０アミノ酸、またはその範囲内の任意の中間値の様々なサイズであり得る。
【０１８９】
ＤＮＡＰＫ阻害剤
いくつかの実施形態では、構造式（Ｉ）によって表される化合物：
【化１６】
2019521139.tif 000017
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を用いる。
【０１９０】
Ｘは、ＮまたはＣＲＡ５である。
【０１９１】
ＲＡ１は、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、Ｃ３−５シクロアルキル、ＯＣ１−４アルキル、ＯＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、ＮＨ２、ＮＨＣ１−４アルキル、ＮＨＣ１−４アルキル−Ｃ３−５シクロアルキル、またはＣ０−４アルキル−ヘテロシクリルである。ある実施形態では、ヘテロシクリルは、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルから選択される。アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルは、非置換であるかまたは置換されている（例えば、ある実施形態では、アルキル、シクロアルキル、またはヘテロシクリルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される）。
【０１９２】
各ＲＡ４は、独立して、Ｈまたは２Ｈ（Ｄまたは重水素）である。本明細書中で使用する場合、用語「重水素」、「２Ｈ」及び「Ｄ」は同じ意味で使用する。
【０１９３】
ＲＡ５は、水素、Ｆ、Ｃ１−４アルキル、またはＯＣ１−４アルキルである。アルキル基は、置換または非置換である（例えば、ある実施形態では、アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子または最大３個の２Ｈ原子で置換される）。
【０１９４】
ＲＢ３は、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルである。アルキルは、置換または非置換である（例えば、アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される）。
【０１９５】
各ＲＢ４は、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである。アルキルは置換または非置換である。
【０１９６】
ある実施形態では、ＸはＮである。ある実施形態では、ＸはＣＲＡ５（例えば、ＣＨ）である。
【０１９７】
ある実施形態では、ＲＡ１はＣ１−４アルキルである。ある実施形態では、ＲＡ１は、置換Ｃ１−４アルキルである。ある実施形態では、ＲＡ１は、非置換Ｃ１−４アルキル（例えば、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、またはｓｅｃ−ブチル）である。
【０１９８】
ある実施形態では、一方のＲＡ４はＨであり、他方のＲＡ４は２Ｈである。ある実施形態では、両方のＲＡ４はＨである。ある実施形態では、両方のＲＡ４は２Ｈである。
【０１９９】
ある実施形態では、各ＲＢ４は、独立して、水素、重水素、Ｆ、またはＣ１−４アルキルである。ある実施形態では、各ＲＢ４は水素である。
【０２００】
ある実施形態では、ＲＢ３はＣ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルは、場合により置換されている。ある実施形態では、アルキルは、場合により、最大３個のＦ原子、最大３個の２Ｈ原子、最大２個の非ジェミナルＯＨ基、または最大２個のＯＣ１−２アルキルで置換される。
【０２０１】
ある実施形態では、ＲＢ３はＣ（Ｏ）ＮＨＣ１−４アルキルであり、前記アルキルは非置換（例えば、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、またはｓｅｃ−ブチル）である。
【０２０２】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）の化合物の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２０３】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）の化合物を含む共結晶を使用する。
【０２０４】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）の化合物と共結晶形成剤（ＣＣＦ）とを含む共結晶を使用する。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２０５】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と構造式（Ｉ）の化合物との比は、約２：１である。ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と構造式（Ｉ）の化合物との比は、約１：２である。ある実施形態では、共結晶は、構造式（Ｉ）の化合物とＣＣＦとを、（構造式（Ｉ）の化合物）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．４〜約２．１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．９〜約３．１である。ある実施形態では、ｎは約２であり、ｍは約１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約２である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２０６】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ）によって表される化合物、
【化１７】
2019521139.tif 000018
、またはその薬学的に許容される塩、またはその共結晶を使用する。
【０２０７】
Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、独立して、水素または重水素である。
【０２０８】
ある実施形態では、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは水素である。ある実施形態では、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは重水素である。
【０２０９】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ）の化合物の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２１０】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ）の化合物を含む共結晶を使用する。
【０２１１】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ）の化合物と共結晶形成剤（ＣＣＦ）とを含む共結晶を使用する。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２１２】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と構造式（ＩＩ）の化合物との比は、約２：１である。ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と構造式（ＩＩ）の化合物との比は、約１：２である。ある実施形態では、共結晶は、構造式（ＩＩ）の化合物とＣＣＦとを、（構造式（ＩＩ）の化合物）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．４〜約２．１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．９〜約３．１である。ある実施形態では、ｎは約２であり、ｍは約１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約２である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２１３】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’）で表される化合物、
【化１８】
2019521139.tif 000019
、またはその薬学的に許容される塩、またはその共結晶を使用する。
【０２１４】
Ｒ１及びＲ２のそれぞれは、独立して、水素または重水素である。
【０２１５】
ある実施形態では、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは水素である。ある実施形態では、Ｒ１及びＲ２のそれぞれは重水素である。
【０２１６】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’）の化合物の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２１７】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’）の化合物を含む共結晶を使用する。
【０２１８】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’）の化合物と共結晶形成剤（ＣＣＦ）とを含む共結晶を使用する。
【０２１９】
ある実施形態では、以下の構造によって表される化合物、
【化１９】
2019521139.tif 000020
、またはその薬学的に許容される塩、またはその共結晶を使用する。
【０２２０】
ある実施形態では、化合物１の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２２１】
ある実施形態では、化合物１を含む共結晶を使用する。
【０２２２】
ある実施形態では、化合物１と共結晶形成剤（ＣＣＦ）とを含む共結晶を使用する。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２２３】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と化合物１との比は、約２：１である。ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と化合物１との比は、約１：２である。ある実施形態では、共結晶は、化合物１とＣＣＦとを、（化合物１）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．４〜約２．１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．９〜約３．１である。ある実施形態では、ｎは約２であり、ｍは約１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約２である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２２４】
ある実施形態では、以下の構造によって表される化合物、
【化２０】
2019521139.tif 000021
、またはその薬学的に許容される塩、またはその共結晶を使用する。
【０２２５】
ある実施形態では、化合物２の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２２６】
ある実施形態では、化合物２を含む共結晶を使用する。
【０２２７】
ある実施形態では、化合物２と共結晶形成剤（ＣＣＦ）とを含む共結晶を使用する。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２２８】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と化合物２との比は、約２：１である。ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）と化合物２との比は、約１：２である。ある実施形態では、共結晶は、化合物２とＣＣＦとを、（化合物２）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．４〜約２．１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．９〜約３．１である。ある実施形態では、ｎは約２であり、ｍは約１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約２である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、以下の構造によって表される化合物：
【化２１】
2019521139.tif 000022
、またはその薬学的に許容される塩、またはその共結晶を使用する。
【０２３０】
ある実施形態では、化合物３の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２３１】
ある実施形態では、化合物３を含む共結晶を使用する。
【０２３２】
ある実施形態では、化合物３と共結晶形成剤（ＣＣＦ）とを含む共結晶を使用する。
【０２３３】
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物を含む組成物または共結晶は、対応するエナンチオマーを、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、または少なくとも約９９％含まない、単一のエナンチオマーの形態で化合物を提供する。
【０２３４】
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物を含む組成物または共結晶は、（＋）エナンチオマーの形態の化合物を提供し、その場合、組成物または共結晶は、対応する（−）エナンチオマーを少なくとも約９５％含まない。
【０２３５】
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物を含む組成物または共結晶は、（＋）エナンチオマーの形態の化合物を提供し、その場合、組成物または共結晶は、対応する（−）エナンチオマーを少なくとも約９７％含まない。
【０２３６】
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物を含む組成物または共結晶は、（＋）エナンチオマーの形態の化合物を提供し、その場合、組成物または共結晶は、対応する（−）エナンチオマーを少なくとも約９９％含まない。
【０２３７】
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物を含む組成物または共結晶は、（−）エナンチオマーの形態の化合物を提供し、その場合、組成物または共結晶は、対応する（＋）エナンチオマーを少なくとも約９５％含まない。
【０２３８】
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物を含む組成物または共結晶は、（−）エナンチオマーの形態の化合物を提供し、その場合、組成物または共結晶は、対応する（＋）エナンチオマーを少なくとも約９７％含まない。
【０２３９】
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物を含む組成物または共結晶は、（−）エナンチオマーの形態の化合物を提供し、その場合、組成物または共結晶は、対応する（＋）エナンチオマーを少なくとも約９９％含まない。
【０２４０】
ある実施形態では、構造式（Ｉ’）で表される化合物、
【化２２】
2019521139.tif 000023
、またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を使用する。ある実施形態では、各ＲＡ１、ＲＡ４、ＲＢ４、ＲＢ３、Ｘ、及びＲＡ５は、独立して、本明細書に記載の任意の実施形態における構造式（Ｉ）についての記載と同じである。
【０２４１】
さらに、本明細書に記載の任意の実施形態において、構造式（Ｉ）の化合物または薬学的に許容される塩を、構造式（Ｉ’）の化合物または薬学的に許容される塩に置き換えてもよい。
【０２４２】
ある実施形態では、構造式（Ｉ’）の化合物の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２４３】
ある実施形態では、構造式（Ｉ’）の化合物を含む共結晶を使用する。ある実施形態では、共結晶は共結晶形成剤（ＣＣＦ）を含む。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２４４】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）の化合物と構造式（Ｉ’）の化合物との比は、約２：１である。ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）の化合物と構造式（Ｉ’）の化合物との比は、約１：２である。ある実施形態では、共結晶は、構造式（Ｉ’）の化合物とＣＣＦとを、（構造式（Ｉ’）の化合物）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．４〜約２．１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．９〜約３．１である。ある実施形態では、ｎは約２であり、ｍは約１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約２である。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２４５】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’）によって表される構造式（Ｉ’）の化合物、
【化２３】
2019521139.tif 000024
、またはその薬学的に許容される塩、またはその共結晶を使用する。
【０２４６】
ある実施形態では、Ｒ１及びＲ２は、それぞれ独立して、水素または重水素である。
【０２４７】
ある実施形態では、Ｒ１とＲ２の両方が水素である。ある実施形態では、Ｒ１とＲ２の両方が重水素である。
【０２４８】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’）の化合物または薬学的に許容される塩を使用する。
【０２４９】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’）の化合物の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２５０】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’）の化合物を含む共結晶を使用する。ある実施形態では、共結晶は共結晶形成剤（ＣＣＦ）を含む。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２５１】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）の化合物と構造式（ＩＩ’）の化合物との比は、約２：１である。ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）の化合物と構造式（ＩＩ’）の化合物との比は、約１：２である。ある実施形態では、共結晶は、構造式（ＩＩ’）の化合物とＣＣＦとを、（構造式（ＩＩ’）の化合物）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．４〜約２．１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．９〜約３．１である。ある実施形態では、ｎは約２であり、ｍは約１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約２である。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２５２】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’’）によって表される構造式（Ｉ’）の化合物、
【化２４】
2019521139.tif 000025
、またはその薬学的に許容される塩、またはその共結晶を使用する。
【０２５３】
ある実施形態では、各Ｒ１及びＲ２は、独立して水素または重水素である。
【０２５４】
ある実施形態では、Ｒ１とＲ２の両方が水素である。ある実施形態では、Ｒ１とＲ２の両方が重水素である。
【０２５５】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’’）の化合物または薬学的に許容される塩を使用する。
【０２５６】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’’）の化合物の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２５７】
ある実施形態では、構造式（ＩＩ’’’）の化合物を含む共結晶を使用する。ある実施形態では、共結晶は共結晶形成剤（ＣＣＦ）を含む。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２５８】
ある実施形態では、以下からなる群から選択される式によって表される化合物：
【化２５】
2019521139.tif 000026
またはその薬学的に許容される塩もしくは共結晶を使用する。
【０２５９】
ある実施形態では、各ＲＡ１、ＲＡ４、ＲＢ４、ＲＢ３、Ｘ、及びＲＡ５は、独立して、本明細書に記載の任意の実施形態における構造式（Ｉ）についての記載と同じである。
【０２６０】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）の化合物または薬学的に許容される塩は、構造式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）の化合物または薬学的に許容される塩に置き換えてもよい。
【０２６１】
ある実施形態では、構造式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）の化合物の薬学的に許容される塩を使用する。
【０２６２】
ある実施形態では、構造式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）の化合物を含む共結晶を使用する。ある実施形態では、共結晶は共結晶形成剤（ＣＣＦ）を含む。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２６３】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）の化合物と構造式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）の化合物との比は、約２：１である。ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）の化合物と構造式（ＩＩＩ）または（ＩＩＩ’）の化合物との比は、約１：２である。
【０２６４】
ある実施形態では、共結晶は、構造式（ＩＩＩ）の化合物とＣＣＦとを、（構造式（ＩＩＩ）の化合物）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、共結晶は、構造式（ＩＩＩ’）の化合物とＣＣＦとを（構造式（ＩＩＩ’）の化合物）ｎ：（ＣＣＦ）ｍの比で含む。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．４〜約２．１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約０．９〜約３．１である。ある実施形態では、ｎは約２であり、ｍは約１である。ある実施形態では、ｎは約１であり、ｍは約２である。ある実施形態では、ＣＣＦは、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。ある実施形態では、ＣＣＦはアジピン酸である。
【０２６５】
本明細書に記載するように、本明細書に開示する化合物を、場合により、上記で一般的に例示するような、または特定のクラス、サブクラス、及び種で例示するような、１つ以上の置換基で置換してもよい。語句「場合により置換される」とは、語句「置換または非置換の」と同じ意味で使用されることが理解されよう。一般的に、用語「置換される」とは、用語「場合により」が先行しているかどうかによらず、所与の構造中の１つ以上の水素ラジカルを特定の置換基のラジカルで置き換えることを指す。特に明記しない限り、場合により置換される基は、その基の各置換可能な位置に置換基を有していてもよい。所与の構造中の複数の位置を、特定の群から選択される複数の置換基で置換可能な場合、その置換基は、各位置において同じでも異なっていてもよい。
【０２６６】
化学的に実現可能または化学的に安定である場合、本明細書に記載の分子基は、非置換または置換である（すなわち、「場合により置換」される）。本明細書に記載するように、リストの手前に用語「場合により置換」がある場合、前記用語は、そのリスト中の後続のすべての置換可能な基を指す。例えば、基Ｘが「ハロゲン；場合により、置換アルキルまたはフェニル；」である場合、Ｘは、場合により置換されたアルキルまたは置換されたフェニルのいずれかであり得る。同様に、用語「場合により置換」がリストに続く場合、前記用語はまた、他に示さない限り、先のリスト中のすべての置換可能な基を指す。例えば：Ｘが、ハロゲン、Ｃ１−４アルキル、またはフェニルであり、Ｘが、場合によりＪｘで置換される場合、Ｃ１−４アルキル及びフェニルの両方を、場合によりＪｘで置換してもよい。当業者には明らかなように、Ｈ、ハロゲン、ＮＯ２、ＣＮ、ＮＨ２、ＯＨ、またはＯＣＦ３などの基は、それらが置換可能な基ではないため、含まれないであろう。また、当業者には明らかなように、ＮＨ基を含有するヘテロアリールまたは複素環式環を、場合により、水素原子を置換基で置き換えることによって置換してもよい。
【０２６７】
ある実施形態では、基（例えば、Ｃ１−４アルキル；Ｃ３−５シクロアルキル；ヘテロシクリル、例えば、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルなど；アリール、例えばフェニル；またはヘテロアリール）は非置換である。
【０２６８】
ある実施形態では、基（例えば、Ｃ１−４アルキル；Ｃ３−５シクロアルキル；ヘテロシクリル、例えば、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、またはモルホリニルなど；アリール、例えばフェニル；またはヘテロアリール）は置換されている。ある実施形態では、原子価及び化学的安定性が許す限り、基は１、２、３、４、５、または６個の置換基を含む。
【０２６９】
本開示において想定される置換基の組み合わせは、好ましくは、安定なまたは化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。本明細書中で使用する場合、用語「安定な」とは、それらの製造、検出、ならびに好ましくはそれらの回収、精製、及び本明細書中で開示する１つ以上の目的のための使用を可能にする条件に曝露した場合に実質的に変化しない化合物を指す。ある実施形態では、安定な化合物または化学的に実現可能な化合物とは、湿気または他の化学的に反応性の条件の非存在下で、４０℃以下の温度に保った場合に、少なくとも１週間、実質的に変化しない化合物である。
【０２７０】
数値ｘに関しての用語「約」は、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【０２７１】
本明細書中で使用する場合、用語「アルキル」または「アルキル基」とは、完全飽和型の直鎖（すなわち、非分枝）または分枝、置換または非置換炭化水素鎖を意味する。特に明記しない限り、アルキル基は、１〜８個の炭素原子を有する（「Ｃ１−８アルキル」として表される）。ある実施形態では、アルキル基は、１〜６個の炭素原子を有する（「Ｃ１−６アルキル」として表される）。ある実施形態では、アルキル基は、１〜４個の炭素原子を有する（「Ｃ１−４アルキル」として表される）。ある実施形態では、「Ｃ０−４アルキル」として記載される分子実体には、共有結合（例えば、「Ｃ０アルキル」）または本明細書に記載するＣ１−４アルキル鎖が含まれる。アルキル基の例として、メチル、エチル、プロピル、ブチル、イソプロピル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、及びｔｅｒｔ−ブチルが挙げられる。
【０２７２】
本明細書中で使用する用語「アルキレン」は、飽和二価直鎖または分枝鎖炭化水素基を表し、例として、メチレン、エチレン、イソプロピレンなどが挙げられる。
【０２７３】
本明細書中で使用する用語「アルキリデン」は、二価の直鎖アルキル連結基を表す。
【０２７４】
本明細書中で使用する用語「アルケニル」は、１つ以上の炭素−炭素二重結合を含有する一価の直鎖または分枝鎖炭化水素基を表す。
【０２７５】
本明細書中で使用する用語「アルキニル」は、１つ以上の炭素−炭素三重結合を含有する一価の直鎖または分枝鎖炭化水素基を表す。
【０２７６】
本明細書中で使用する場合、用語「シクロアルキル」（または「炭素環」）とは、完全飽和し、分子の残りの部分に単一の結合点を有する単環式Ｃ３−Ｃ８炭化水素または二環式Ｃ８−Ｃ１２炭化水素を指し、前記二環式環構造中の任意の個々の環は、３〜７員を有する。例示的なシクロアルキル基として、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、及びシクロヘプチルが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２７７】
本明細書中で使用する用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクロアルキル」、または「複素環式」とは、構造中の少なくとも１つの環が１つ以上のヘテロ原子を含む単環式、二環式または三環式環構造を指し、これは同じであっても異なっていてもよく、完全飽和であるか、または１つ以上の不飽和単位を含むが芳香族ではなく、分子の残りの部分への単一の結合点を有する。いくつかの実施形態では、「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクロアルキル」、または「複素環式」基は３〜１４個の環員を有し、１つ以上の環員は、酸素、硫黄、窒素、またはリンから独立して選択されるヘテロ原子であり、構造内の各環は、３〜８個の環員を含む。複素環式環の例として、以下の単環式化合物：２−テトラヒドロフラニル、３−テトラヒドロフラニル、２−テトラヒドロチオフェニル、３−テトラヒドロチオフェニル、２−モルホリノ、３−モルホリノ、４−モルホリノ、２−チオモルホリノ、３−チオモルホリノ、４−チオモルホリノ、１−ピロリジニル、２−ピロリジニル、３−ピロリジニル、１−テトラヒドロピペラジニル、２−テトラヒドロピペラジニル、３−テトラヒドロピペラジニル、１−ピペリジニル、２−ピペリジニル、３−ピペリジニル、１−ピラゾリニル、３−ピラゾリニル、４−ピラゾリニル、５−ピラゾリニル、１−ピペリジニル、２−ピペリジニル、３−ピペリジニル、４−ピペリジニル、２−チアゾリジニル、３−チアゾリジニル、４チアゾリジニル、１−イミダゾリジニル、２−イミダゾリジニル、４−イミダゾリジニル、５−イミダゾリジニル；ならびに以下の二環式化合物：３−１Ｈ−ベンズイミダゾール−２−オン、３−（１−アルキル）−ベンズイミダゾール−２−オン、インドリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、ベンゾチオラン、ベンゾジチアン、及び１，３−ジヒドロ−イミダゾール−２−オンが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２７８】
本明細書中で使用する用語「ヘテロ原子」とは、任意の酸化形態の窒素、硫黄、またはリンを含む、酸素、硫黄、窒素、またはリンのうちの１つ以上；任意の塩基性窒素の四級化形態；または複素環式環の置換可能な窒素、例えばＮ（３，４−ジヒドロ−２Ｈ−ピロリルの場合）、ＮＨ（ピロリジニルの場合）またはＮＲ＋（Ｎ−置換ピロリジニルの場合）を意味する。
【０２７９】
本明細書中で使用する用語「不飽和」とは、ある部分が１つ以上の不飽和単位を有することを意味する。
【０２８０】
本明細書中で使用する用語「アルコキシ」または「チオアルキル」とは、以前に定義されたように、酸素（「アルコキシ」）または硫黄（「チオアルキル」）原子を介して主炭素鎖に結合したアルキル基を指す。
【０２８１】
本明細書中で使用する用語「ハロアルキル」、「ハロアルケニル」、及び「ハロアルコキシ」とは、場合により、１個以上のハロゲン原子で置換されたアルキル、アルケニル、またはアルコキシを意味する。用語「ハロゲン」は、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、またはＩを意味する。
【０２８２】
単独で、または「アラルキル」、「アラルコキシ」もしくは「アリールオキシアルキル」のようなより大きな部分の一部として用いられる、本明細書中で使用する用語「アリール」とは、合計６〜１４個の環員を有する単環式、二環式または三環式炭素環構造を指し、前記環構造は残りの分子への単一の結合点を有し、構造中の少なくとも１つの環は芳香族であり、構造中の各環は４〜７個の環員を含む。用語「アリール」は、用語「アリール環」と同じ意味で使用され得る。アリール環の例として、フェニル、ナフチル、及びアントラセンが挙げられる。
【０２８３】
本明細書中で使用する場合、単独でまたは「ヘテロアラルキル」または「ヘテロアリールアルコキシ」のようなより大きな部分の一部として使用される用語「ヘテロアリール」とは、合計５〜１４個の環員を有する単環式、二環式及び三環式環構造を指し、前記環構造は残りの分子への単一の結合点を有し、構造中の少なくとも１つの環は芳香族であり、構造中の少なくとも１つの環は、窒素、酸素、硫黄、またはリンから独立して選択される１つ以上のヘテロ原子を含み、構造中の各環は４〜７個の環員を含む。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」または用語「複素芳香環」と同じ意味で使用され得る。ヘテロアリール環のさらなる例として、以下の単環式化合物：２フラニル、３−フラニル、Ｎ−イミダゾリル、２−イミダゾリル、４−イミダゾリル、５−イミダゾリル、３−イソオキサゾリル、４イソオキサゾリル、５−イソオキサゾリル、２−オキサゾリル、４−オキサゾリル、５−オキサゾリル、Ｎ−ピロリル、２−ピロリル、３−ピロリル、２−ピリジル、３−ピリジル、４−ピリジル、２−ピリミジニル、４−ピリミジニル、５−ピリミジニル、ピリダジニル（例えば、３−ピリダジニル）、２−チアゾリル、４−チアゾリル、５−チアゾリル、テトラゾリル（例えば、５−テトラゾリル）、トリアゾリル（例えば、２−トリアゾリル及び５−トリアゾリル）、２−チエニル、３−チエニル、ピラゾリル（例えば、２−ピラゾリル）、イソチアゾリル、１，２，３−オキサジアゾリル、１，２，５−オキサジアゾリル、１，２，４−オキサジアゾリル、１，２，３−トリアゾリル、１，２，３−チアジアゾリル、１，３，４−チアジアゾリル、１，２，５−チアジアゾリル、ピラジニル、１，３，５−トリアジニル、ならびに以下の二環式化合物：ベンズイミダゾリル、ベンゾフリル、ベンゾチオフェニル、インドリル（例えば、２−インドリル）、プリニル、キノリニル（例えば、２−キノリニル、３−キノリニル、４−キノリニル）、及びイソキノリニル（例えば、１−イソキノリニル、３−イソキノリニル、または４−イソキノリニル）が挙げられる。
【０２８４】
他に示されるかまたは述べられていない限り、本明細書中に列挙する構造は、その構造のすべての異性体（例えば、エナンチオマー、ジアステレオマー、及び幾何（または配座）異性体）形態；例えば、各不斉中心のＲ及びＳ配置、（Ｚ）及び（Ｅ）二重結合異性体、ならびに（Ｚ）及び（Ｅ）配座異性体を含み得る。したがって、本化合物の単一の立体化学異性体ならびにエナンチオマー、ジアステレオマー、及び幾何（または配座）異性体の混合物は、本開示の範囲内である。通常、斜線または太字の結合を使用することによって定義される立体化学中心で描かれる化合物は、立体化学的に純粋であるが、絶対立体化学は依然として未定義である。そのような化合物は、Ｒ配置またはＳ配置のいずれかを有し得る。絶対配置が決定されている場合には、キラル中心（複数可）は図中で（Ｒ）または（Ｓ）と表示されている。
【０２８５】
特記しない限り、本明細書中に開示する化合物のすべての互変異性型はそのような開示の範囲内である。さらに、特記しない限り、本明細書中に示す構造はまた、１つ以上の同位体濃縮原子が存在する点においてのみ異なる化合物を含むことを意味する。例えば、本構造を有するが、水素から重水素またはトリチウムへの置換、または炭素から１３Ｃもしくは１４Ｃリッチ炭素への置換を有する化合物は、本開示の範囲内である。そのような化合物は、例えば、分析ツール、生物学的アッセイにおけるプローブとして、または治療特性が向上したＤＮＡＰＫ阻害剤として有用である。
【０２８６】
薬学的に許容される塩
本明細書中に開示する化合物のいくつかは、遊離型で、または適切な場合にはその薬学的に許容される誘導体として存在することができることも理解されよう。薬学的に許容される誘導体として、薬学的に許容されるプロドラッグ、塩、エステル、そのようなエステルの塩、または必要とする患者に投与する際に、本明細書中に他に記載されている化合物、またはその代謝産物もしくは残渣を、直接もしくは間接的に提供できる任意の他の付加物もしくは誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２８７】
本明細書中で使用する場合、用語「薬学的に許容される塩」とは、妥当な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などを伴わずに、ヒト及び下等動物の組織と接触させて使用することに適した塩を指す。
【０２８８】
薬学的に許容される塩は当技術分野において周知である。例えば、Ｓ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅ  ｅｔ  ａｌ．は、薬学的に許容される塩をＪ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６６：１−１９，１９７７に詳細に記載しており、前記文献は薬学的に許容される塩に関して参照により本明細書に援用する。本明細書に開示する化合物の薬学的に許容される塩には、適切な無機及び有機の酸及び塩基から誘導されるものが含まれる。薬学的に許容される無毒の酸付加塩の例は、例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸などの無機酸を用いて、もしくは例えば、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸またはマロン酸などの有機酸を用いて、またはイオン交換などの当技術分野で使用される他の方法を使用することによって形成するアミノ基の塩である。他の薬学的に許容される塩は、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、ショウノウスルホン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバリン酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。なおさらなる例示的な塩として、アジピン酸塩、安息香酸塩、クエン酸塩、フマル酸塩、マレイン酸塩、またはコハク酸塩が挙げられる。適切な塩基から誘導される塩として、アルカリ金属塩、アルカリ土類金属塩、アンモニウム塩及びＮ＋（Ｃ１−４アルキル）４塩が挙げられる。
【０２８９】
本開示はまた、本明細書に開示する化合物の任意の塩基性窒素含有基の四級化も含む。そのような四級化によって、水溶性もしくは油溶性または分散性の生成物を得てもよい。代表的なアルカリ金属塩またはアルカリ土類金属塩として、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。適切な場合には、さらなる薬学的に許容される塩として、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、Ｃ１−８スルホン酸塩及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて形成される無毒性アンモニウム、四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられる。
【０２９０】
共結晶
ある実施形態では、本明細書に記載の化合物（例えば、構造式（Ｉ）、（ＩＩ）、または（ＩＩ’’）で表される化合物）及び共結晶形成剤（ＣＣＦ）を含む共結晶を使用する。
【０２９１】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）、（ＩＩ）、または（ＩＩ’’）で表される化合物とＣＣＦは、いずれも固体状態（例えば、結晶性）である。ある実施形態では、構造式（Ｉ）、（ＩＩ）、または（ＩＩ’’）で表される化合物とＣＣＦとは、非共有結合的に（例えば、水素結合によって）結合している。
【０２９２】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）によって表される化合物とＣＣＦ（例えば、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸）との共結晶は、室温で固体である。ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物とＣＣＦ（例えば、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸）との共結晶は、非共有結合によって相互作用する。ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物とＣＣＦ（例えば、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸）との間の非共有結合相互作用には、水素結合及び／またはファンデルワールス相互作用が含まれる。
【０２９３】
ある実施形態では、共結晶形成剤（ＣＣＦ）は、アジピン酸、クエン酸、フマル酸、マレイン酸、コハク酸、または安息香酸である。
【０２９４】
ある実施形態では、共結晶は、国際公開第ＷＯ２０１５／０５８０６７号に記載されている共結晶であり、前記文献は参照によりその全体を本明細書に援用する。
【０２９５】
ある実施形態では、共結晶は、（５）−Ｎ−メチル−８−（１−（（２’−メチル−［４，５’−ビピリミジン］−６−イル）アミノ）プロパン−２−イル）キノリン−４−カルボキサミドを含む。ある実施形態では、化合物は（＋）エナンチオマーである。ある実施形態では、化合物は（−）エナンチオマーである。
【０２９６】
ある実施形態では、共結晶は、（５）−Ｎ−メチル−８−（１−（（２’−メチル−４  ６’−ジジュウテリオ−［４，５’−ビピリミジン］−６−イル）アミノ）プロパン−２−イル）キノリン−４−カルボキサミドを含む。ある実施形態では、化合物は（＋）エナンチオマーである。ある実施形態では、化合物は（−）エナンチオマーである。
【０２９７】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）と、クエン酸をＣＣＦとして含む共結晶を使用する。
【０２９８】
ある実施形態では、本発明は、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）と、フマル酸をＣＣＦとして含む共結晶を特徴とする。
【０２９９】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）と、マレイン酸をＣＣＦとして含む共結晶を使用する。
【０３００】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）と、コハク酸をＣＣＦとして含む共結晶を使用する。
【０３０１】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）と、安息香酸をＣＣＦとして含む共結晶を使用する。
【０３０２】
ある実施形態では、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）と、アジピン酸をＣＣＦとして含む共結晶を使用する。
【０３０３】
ある実施形態では、化合物１とアジピン酸とを含む共結晶を使用する。ある実施形態では、化合物１とアジピン酸とのモル比は約２：１である。ある実施形態では、化合物１とアジピン酸とのモル比は約１：２である。
【０３０４】
ある実施形態では、化合物２とアジピン酸とを含む共結晶を使用する。ある実施形態では、化合物２とアジピン酸とのモル比は約２：１である。ある実施形態では、化合物２とアジピン酸とのモル比は約１：２である。
【０３０５】
ある実施形態では、化合物１とアジピン酸とを含む共結晶は、国際公開第ＷＯ２０１５／０５８０６７号に記載されているように多形体Ａである。ある実施形態では、化合物１とアジピン酸とを含む共結晶は、国際公開第ＷＯ２０１５／０５８０６７号に記載されているように多形体Ｂである。ある実施形態では、化合物１とアジピン酸とを含む共結晶は、国際公開第ＷＯ２０１５／０５８０６７号に記載されているように、多形体Ａ及びＢの混合物である。
【０３０６】
ある実施形態では、化合物２とアジピン酸とを含む共結晶は、国際公開第ＷＯ２０１５／０５８０６７号に記載されているように多形体Ａである。ある実施形態では、化合物２とアジピン酸とを含む共結晶は、国際公開第ＷＯ２０１５／０５８０６７号に記載されているように多形体Ｂである。ある実施形態では、化合物２とアジピン酸とを含む共結晶は、国際公開第ＷＯ２０１５／０５８０６７号に記載されているように、多形体Ａ及びＢの混合物である。
【０３０７】
いくつかの実施形態では、共結晶を使用し、そのような共結晶は、構造式（Ｉ）または（ＩＩ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）及び上記ＣＣＦを、単離された純粋な形態で、または他の物質と混合した場合は固体組成物としての混合物で、例えば、構造式（Ｉ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）の遊離型、または遊離のＣＣＦを含む。
【０３０８】
いくつかの実施形態では、構造式（Ｉ）によって表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）、第１のＣＣＦ（例えば、本明細書に記載するような）、及び第１のＣＣＦと同じであっても異なっていてもよい１つ以上のさらなる遊離ＣＣＦの共結晶を含む薬学的に許容される組成物を使用する。いくつかの実施形態では、組成物は、構造式（Ｉ）によって表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）、アジピン酸である第１のＣＣＦ、及びさらなるアジピン酸の共結晶を含む。いくつかの実施形態では、そのような組成物中の構造式（Ｉ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）とＣＣＦ（例えば、第１のＣＣＦ（例えば、本明細書に記載するようなＣＣＦ、及び１つ以上のさらなる遊離ＣＣＦの両方を含む全ＣＣＦ）との総モル比は、約１：０．５５〜約１：１００の範囲である。いくつかの実施形態では、そのような組成物中の構造式（Ｉ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）とＣＣＦとの総モル比は、約１：０．５５〜約１：５０の範囲である。いくつかの実施形態では、そのような組成物中の構造式（Ｉ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）とＣＣＦとの総モル比は、約１：０．５５〜約１：１０の範囲である。いくつかの実施形態では、そのような組成物中の式Ｉの化合物とＣＣＦとの全重量比は、約８５重量％：１５重量％〜約６０重量％：４０重量％の範囲である。いくつかの実施形態では、構造式（Ｉ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）とＣＣＦとの全重量比は、約７０重量％：３０重量％〜約６０重量％：４０重量％の範囲である。いくつかの実施形態では、構造式（Ｉ）で表される化合物（例えば、化合物１または化合物２）とＣＣＦとの総重量比は、約６５重量％：３５重量％である。
【０３０９】
ゲノム編集効率を高めるためのＤＮＡＰＫ阻害剤
標的ゲノム編集効率は、本明細書に記載の１つ以上の化合物（例えば、ＤＮＡＰＫ阻害剤）とゲノム編集系とを、共に細胞（複数可）に投与することによって高めることができる。使用に適したゲノム編集系として、例えば、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系が挙げられる。本開示の方法、組成物、及びキットは、ゲノム編集効率を高めるためのＤＮＡＰＫ阻害剤及び／またはゲノム編集系を提供する。いくつかの実施形態では、ＨＤＲゲノム編集効率は、ＤＮＡＰＫ阻害剤と共に細胞（複数可）に投与した後に高まる。
【０３１０】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系はＣＲＩＳＰＲベースのゲノム編集系である。ＣＲＩＳＰＲベースのゲノム編集系は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系またはそのバリアントであり得る。ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系は、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ及びそのバリアントなどの任意のＣａｓエンドヌクレアーゼを使用することができる。Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼの例として、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはそのバリアント、例えばＳａＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９ｎ、Ｃａｓ９−ＨＦ、Ｃａｓ９−Ｈ８４０Ａ、ＦｏｋＩ−ｄＣａｓ９、またはＣａｓＤ１０Ａニッカーゼが挙げられる。Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、野生型、操作型、もしくはニッカーゼ変異型、またはそれらの任意の改変体であり得る。
【０３１１】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースのゲノム編集系は、ＣＲＩＳＰＲ配列、トランス活性化ｃｒ（ｔｒａｃｒ）配列、ガイド配列及びＣａｓエンドヌクレアーゼまたはそれらの任意の組み合わせを含む。
【０３１２】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースのゲノム編集系は、ＣＲＩＳＰＲ配列を有するＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）、トランス活性化ｃｒ（ｔｒａｃｒ）配列を有するＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）及びＣａｓエンドヌクレアーゼまたはそれらの任意の組み合わせを含む。
【０３１３】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースのゲノム編集系は、ＣＲＩＳＰＲ配列配列、ガイド配列、及びＣａｓエンドヌクレアーゼもしくはＣｐｆエンドヌクレアーゼ、またはそれらの任意の組み合わせを含む。
【０３１４】
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲベースのゲノム編集系はＣＲＩＳＰＲ−Ｃｐｆ系である。Ｃｐｆヌクレアーゼはクラス２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系のエンドヌクレアーゼである。Ｃｐｆは単一のＲＮＡ誘導性エンドヌクレアーゼである。Ｃｐｆヌクレアーゼは、野生型、操作型もしくはニッカーゼ変異型、またはそれらの任意の改変体であり得る。例えば、Ｚｅｔｓｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，“ＣＰＦ１  ｉｓ  ａ  ｓｉｎｇｌｅ  ＲＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ  ｏｆ  ａ  Ｃｌａｓｓ  ２  ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ  Ｓｙｓｔｅｍ，”［Ｃｅｌｌ］，１６３（３）：７５９−７１参照。いくつかの実施形態では、ＣｐｆヌクレアーゼはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼである。
【０３１５】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系はメガヌクレアーゼベースの系である。メガヌクレアーゼベースのゲノム編集は、長いＤＮＡ標的部位（例えば、通常、約＞１２ｂｐ）を認識する配列特異的エンドヌクレアーゼを使用する。例えば、米国特許第９，３６５，９６４号参照。メガヌクレアーゼは、全体的なゲノムの完全性に影響を及ぼすことなく、ユニークな染色体配列を切断することができる。いくつかの実施形態では、メガヌクレアーゼはホーミングエンドヌクレアーゼであり得る。いくつかの実施形態では、メガヌクレアーゼはイントロンエンドヌクレアーゼまたはインテインエンドヌクレアーゼであり得る。ホーミングエンドヌクレアーゼはＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリーに属し得る。メガヌクレアーゼは、野生型、操作型、またはニッカーゼ変異型であり得る。
【０３１６】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集系はジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系である。ＺＦＮは、ジングフィンガーＤＮＡ結合ドメインとＤＮＡ切断ドメインとの融合に基づいて操作された人工制限酵素である。例えば、米国特許第９，１４５，５６５号参照。
【０３１７】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集系は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）である。ＴＡＬＥＮは、ＴＡＬエフェクターＤＮＡ結合ドメインとＤＮＡ切断ドメインとの融合によって作製された、操作された制限酵素である。例えば、米国特許第９，１８１，５３５号参照。
【０３１８】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集系はアルゴノートベースの系である。アルゴノートベースの遺伝子編集系は、アルゴノート由来エンドヌクレアーゼ及び５’リン酸化ｓｓＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、リン酸化ｓｓＤＮＡは、長さが１０〜４０ヌクレオチド、１５〜３０ヌクレオチドまたは１８〜３０ヌクレオチド（例えば、約２４ヌクレオチド）であり得る。いくつかの実施形態では、アルゴノートエンドヌクレアーゼは任意のエンドヌクレアーゼであり得る。いくつかの実施形態では、アルゴノートエンドヌクレアーゼは、Ｔｈｅｒｍｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅｓ（ＴｔＡｇｏ）、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｒｉｏｓｕｓ（ＰｆＡｇｏ）、またはＮａｔｒｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒｅｇｏｒｙｉ（ＮｇＡｇｏ）由来である。いくつかの実施形態では、Ｎａｔｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒｅｇｏｒｙｉ（ＮｇＡｇｏ）は株２（すなわちＮ．ｇｒｅｇｏｒｙｉ  ＳＰ２）である。いくつかの実施形態では、アルゴノートエンドヌクレアーゼはＮｇＡｇｏである。例えば、Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，“ＤＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｎａｔｒｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒｅｇｏｒｙｉ  Ａｒｇｏｎａｕｔｅ，”［Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ］，Ｍａｙ  ２０１６参照。
【０３１９】
ＤＮＡＰＫ阻害剤は、任意のＤＮＡＰＫ阻害剤であり得る。ＤＮＡＰＫ阻害剤は、ＤＮＡＰＫの阻害を引き起こす任意の化合物または物質であり得る。ＤＮＡＰＫ阻害剤は、化合物、小分子、抗体、またはヌクレオチド配列であり得る。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、構造式Ｉまたは構造式ＩＩによって表される化合物である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、構造式Ｉ’または構造式ＩＩ’で表される化合物である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、化合物１、化合物２または化合物３である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、化合物１、化合物２または化合物３、及びアジピン酸を含む共結晶である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約５〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約４〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約３〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約２〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約２〜１．０、またはその間の任意の比である。
【０３２０】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、化合物１、化合物２もしくは化合物３、またはそれらの組み合わせである。
【０３２１】
いくつかの実施形態では、任意のＮＨＥＪ阻害剤を使用してＨＤＲゲノム編集効率を高めることができる。いくつかの実施形態では、ＮＨＥＪ阻害剤は、化合物１、化合物２もしくは化合物３、またはそれらの組み合わせである。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、ＮＨＥＪ阻害剤は、ＮＨＥＪの阻害を引き起こす任意の化合物または物質であり得る。ＮＨＥＪ阻害剤の例として、ＤＮＡＰＫ阻害剤が挙げられる。ＮＨＥＪ阻害剤は、化合物、小分子、抗体、またはヌクレオチド配列であり得る。いくつかの実施形態では、ＮＨＥＪ阻害剤は、構造式Ｉ、Ｉ’、ＩＩ、ＩＩ’、ＩＩ’’、ＩＩ’’’、ＩＩＩまたはＩＩＩ’によって表される化合物である。いくつかの実施形態では、ＮＨＥＪ阻害剤は、化合物１、化合物２もしくは化合物３、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、ＮＨＥＪ阻害剤は、化合物１、化合物２、または化合物３、及びアジピン酸を含む共結晶である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約５〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約４〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約３〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約２〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約２〜１．０、またはその間の任意の比である。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集効率の向上は、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤とゲノム編集系を投与しない条件に比べて、または細胞（複数可）にゲノム編集系のみを投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しない条件に比べて、約１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍である。
【０３２４】
ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系、そのキット及び組成物の使用
特定のゲノム領域を正確に改変するゲノム編集は、大きな治療的可能性を有している。
【０３２５】
いくつかの実施形態では、１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＨＤＲ経路を介した修復のために、１つ以上の標的ゲノム領域におけるＤＮＡ切断のＮＨＥＪを介した修復を阻害または抑制するために、及び細胞（複数可）にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することを介して１つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現を改変するために、本明細書において１つ以上の標的ゲノム領域の編集方法を提供する。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、本明細書において、１つ以上の標的ゲノム領域を含む１つ以上の細胞に、本明細書に記載のゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することを含む、１つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現の改変方法を提供し、ゲノム編集系は、標的遺伝子（複数可）の１つ以上の標的ゲノム領域の核酸（複数可）と相互作用し、１つ以上の標的ゲノム領域の編集をもたらし、編集は、標的遺伝子（複数可）に関連する下流の遺伝子（複数可）及び／またはタンパク質（複数可）の発現を改変する。
【０３２７】
ゲノム編集系は、細胞（複数可）内の標的ゲノム領域を編集することができる任意のゲノム編集系であり得る。例示的なゲノム編集系は上記に詳細に記載されており、例えば、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系が挙げられ得る。
【０３２８】
１つ以上の標的ゲノム領域の編集には、任意の種類の遺伝子操作または細胞のゲノム操作が含まれる。１つ以上の標的ゲノム領域の編集には、１つ以上のエンドヌクレアーゼによって行われる細胞（複数可）内のゲノム領域の挿入、欠失、または置換が含まれ得る。ゲノム領域は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリヌクレオチド、及びオリゴヌクレオチドなどの細胞（複数可）内の遺伝物質を含む。細胞（複数可）内のゲノム領域はまた、細胞（複数可）内に含まれるミトコンドリアまたは葉緑体のゲノムも含む。
【０３２９】
ＤＮＡＰＫ阻害剤は、任意のＤＮＡＰＫ阻害剤であり得る。ＤＮＡＰＫ阻害剤は、ＤＮＡＰＫの阻害を引き起こす任意の化合物または物質であり得る。ＤＮＡＰＫ阻害剤は、化合物、小分子、抗体、またはヌクレオチド配列であり得る。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、構造式Ｉ、構造式ＩＩ、または構造式ＩＩ’’によって表される化合物である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、構造式Ｉ’、構造式ＩＩ’、または構造式ＩＩ’’’で表される化合物である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、化合物１、化合物２または化合物３である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、化合物１、化合物２または化合物３、及びアジピン酸を含む共結晶である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約５〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約４〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約３〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約２〜０．５、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、化合物１、化合物２または化合物３のいずれかに対するアジピン酸の比は、約２〜１．０、またはその間の任意の比である。いくつかの実施形態では、ＮＨＥＪ阻害剤は、構造式Ｉ、Ｉ’、ＩＩ、ＩＩ’、ＩＩ’’、ＩＩ’’’、ＩＩＩ、ＩＩＩ’、またはそれらの任意の組み合わせによって表される化合物である。
【０３３０】
いくつかの実施形態では、本明細書において、１つ以上の細胞にゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤を投与することを含む、対象の細胞（複数可）内の１つ以上の標的ゲノム領域の編集を必要とする疾患または病態を有する対象の治療方法を提供する。
【０３３１】
いくつかの実施形態では、本明細書において提供する方法を用いて、経路における遺伝子、ＲＮＡ分子、タンパク質、タンパク質の群、または下流のタンパク質の発現を改変する。そのような改変を用いて、後天性もしくは遺伝性のいずれかであるか、または老化プロセスによる、疾患、機能不全、異常な生体恒常性を治療することができる。本明細書中で使用する場合、用語「改変する」または「改変すること」には、調節、増強、減少、増加、挿入、削除、ノックアウト、ノックインなどが含まれる。
【０３３２】
当業者は、後天性もしくは遺伝性、または獲得した疾患が、遺伝子またはタンパク質機能の関与を含む恒常性メカニズムの調節異常を伴うことを理解している。この目的のために、当業者は、本明細書において提供する方法を使用して、対象における他の遺伝子機能を調節、改変、増強、減少、または提供することができる。
【０３３３】
細胞（複数可）内の遺伝子の発現及びその結果としてのタンパク質の発現を改変することは、本明細書において提供する方法によって、例えば、任意のエキソン、イントロン、転写開始部位、プロモーター領域、エンハンサー領域、サイレンサー領域、インスレーター領域、抗リプレッサー、翻訳後調節エレメント、ポリアデニル化シグナル（例、最小ポリＡ）、保存領域、転写因子結合部位、またはそれらの任意の組み合わせにおける核酸配列を特異的に編集（例えば置換、挿入または欠失、それらの任意の組み合わせ）することによって、達成することができる。
【０３３４】
いくつかの実施形態では、本明細書において提供する方法、キット及び組成物を使用して、がんを有する対象を治療する。がんまたはがんに関連する病態を有する対象の治療方法は、対象の細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与することを含む。ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系の投与は、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏであり得る。
【０３３５】
がんは任意の種類のがんであり得る。がんには、乳房、卵巣、前立腺、肺、腎臓、胃、結腸、精巣、頭頸部、膵臓、脳、黒色腫などの固形腫瘍、及び他の臓器組織腫瘍、ならびに急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、Ｔ細胞リンパ性白血病、及びＢ細胞リンパ腫を含むリンパ腫及び白血病などの血球の癌が含まれる。がんには、黒色腫、白血病、星細胞腫、膠芽腫、リンパ腫、神経膠腫、ホジキンリンパ腫、慢性リンパ球性白血病及び膵臓、乳房、甲状腺、卵巣、子宮、精巣、下垂体、腎臓、胃、食道及び直腸の癌が含まれ得る。
【０３３６】
いくつかの実施形態では、本明細書において提供する方法、キット、及び組成物を用いて、以下のがんのうちのいずれか１つ以上を有する対象を治療する：急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、エイズ関連癌、エイズ関連リンパ腫、肛門癌、虫垂癌、小児小脳または大脳星細胞腫、基底細胞癌、肝外胆管癌（胆管細胞癌参照）、膀胱癌、骨腫瘍、骨肉腫／悪性線維性組織球腫、脳幹神経膠腫、脳癌、脳腫瘍（小脳星細胞腫）、脳腫瘍（大脳星細胞腫／悪性神経膠腫）、脳腫瘍（上衣腫）、脳腫瘍（髄芽腫）、脳腫瘍（テント上原始神経外胚葉性腫瘍）、脳腫瘍（視覚経路及び視床下部神経膠腫）、乳癌、気管支腺腫／気管支カルチノイド、バーキットリンパ腫、小児カルチノイド腫瘍、消化管カルチノイド腫瘍、原発不明の癌腫、原発性中枢神経系リンパ腫、小児小脳星細胞腫、小児大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、子宮頸癌、小児癌、軟骨肉腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性疾患、結腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、子宮内膜癌、上衣腫、類上皮血管内皮腫（ＥＨＥ）、食道癌、ユーイング腫瘍のユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼癌（眼球内黒色腫）、眼癌（網膜芽細胞腫）、胆嚢癌、胃（ｇａｓｔｒｉｃ）（胃（ｓｔｏｍａｃｈ））癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭蓋外、性腺外、または卵巣の生殖細胞腫、妊娠性絨毛腫瘍、脳幹の神経膠腫、神経膠腫（小児大脳星細胞腫）、小児視覚経路及び視床下部神経膠腫、胃カルチノイド、有毛細胞白血病、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞（肝臓）癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、小児視床下部及び視覚経路神経膠腫、眼球内黒色腫、膵島細胞癌（膵内分泌部）、カポジ肉腫、腎臓癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病、急性リンパ芽球性白血病（急性リンパ性白血病とも呼ばれる）、急性骨髄性白血病（急性骨髄白血病とも呼ばれる）、慢性リンパ球性白血病（慢性リンパ性白血病とも呼ばれる）、慢性骨髄性白血病（慢性骨髄白血病とも呼ばれる）、有毛細胞白血病、口唇及び口腔癌、脂肪肉腫、肝癌（原発性）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、リンパ腫、エイズ関連リンパ腫、バーキットリンパ腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキン（ホジキン以外のすべてのリンパ腫の古い分類）リンパ腫、原発性中枢神経系ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、男性乳癌、骨の悪性線維性組織球腫／骨肉腫、髄芽腫、小児黒色腫、眼球内（眼球）黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、成人期悪性中皮腫、潜在性原発性小児転移性扁平上皮性頸部癌、口腔癌、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫／形質細胞新生物、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、成人急性骨髄性白血病、小児急性骨髄腫、多発性（骨髄癌）、骨髄増殖性疾患、慢性粘液腫、鼻腔及び副鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、乏突起神経膠腫、口腔癌、中咽頭癌、骨肉腫／骨の悪性線維性組織球腫、卵巣癌、卵巣上皮癌（卵巣上皮間質性腫瘍）、卵巣胚細胞腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍、膵臓癌、膵島細胞膵臓癌、副鼻腔癌及び鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体星細胞腫、松果体胚細胞腫、松果体芽細胞腫、及びテント上原始神経外胚葉性腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞新生物／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎臓癌）、腎盂及び尿管癌、移行上皮癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫、ユーイング腫瘍、カポジ肉腫、軟部組織肉腫、子宮肉腫、セザリー症候群、皮膚癌（非黒色腫）、皮膚癌（黒色腫）、皮膚癌（メルケル細胞癌）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌−皮膚癌（非黒色腫）参照、潜在性原発性転移性扁平上皮頸部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（菌状息肉腫及びセザリー症候群）、精巣癌、咽頭癌、胸腺腫、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺癌、甲状腺癌、腎盂及び尿管の移行上皮癌、妊娠性絨毛腫瘍、成人期原発性部位不明癌、小児原発性部位不明癌、尿管及び腎盂移行上皮癌、尿道癌、子宮癌（子宮内膜癌）、子宮肉腫、膣癌、視経路及び視床下部神経膠腫、外陰癌、ワルデンシュトロームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍（腎臓癌）。
【０３３７】
いくつかの実施形態では、がんに関連する例示的な標的遺伝子として、ＡＢＬ１、ＡＢＬ２、ＡＣＳＬ３、ＡＦ１５Ｑ１４、ＡＦ１Ｑ、ＡＦ３ｐ２１、ＡＦ５ｑ３１、ＡＫＡＰ９、Ａ  Ｔ１、ＡＫＴ２、ＡＬＤＨ２、ＡＬ、ＡＬ０１７、ＡＰＣ、ＡＲＨＧＥＦ１２、ＡＲＨＨ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ２、ＡＲＮＴ、ＡＳＰＳＣＲ１、ＡＳＸＬ１、ＡＴＦ１、ＡＴＩＣ、ＡＴＭ、ＡＴＲＸ、ＡＸＩＮ１、ＢＡＰ１、ＢＣＬ１０、ＢＣＬ１１Ａ、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＣＬ２、ＢＣＬ３、ＢＣＬ５、ＢＣＬ６、ＢＣＬ７Ａ、ＢＣＬ９、ＢＣＯＲ、ＢＣＲ、ＢＨＤ、ＢＩＲＣ３、ＢＬＭ、ＢＭＰＲＩＡ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、ＢＲＩＰＩ、ＢＴＧ１、ＢＵＢ１Ｂ、Ｃ１２ｏｒｆ９、Ｃ１５ｏｒｆ２１、Ｃ１５ｏｒｆ５５、Ｃ１６ｏｒｆ７５、Ｃ２ｏｒｆ４４、ＣＡＭＴＡ１、ＣＡＮＴ１、ＣＡＲＤ１１、ＣＡＲＳ、ＣＢＦＡ２Ｔ１、ＣＢＦＡ２Ｔ３、Ｃ．ＢＦＢ、ＣＢＬ、ＣＢＬＢ、ＣＢＬＣ、ＣＣＤＣ６、ＣＣＮＢ１ＩＰ１、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＣＮＥ１、ＣＤ２７３、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤＨ１、ＣＤＨ１１、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫ６、ＣＤ  Ｎ２Ａ、ＣＤ  Ｎ２ａ（ｐｌ４）、ＣＤ  Ｎ２Ｃ、ＣＤＸ２、ＣＥＢＰＡ、ＣＥＰ１、ＣＨＣＨＤ７、ＣＨＥＫ２、ＣＨＩＣ２、ＣＨＮ１、ＣＩＣ、Ｃｉｎ  Ａ、ＣＬＴＣ、ＣＬＴＣＬ１、ＣＭＫＯＲ１、ＣＮＯＴ３、ＣＯＬ１  Ａ１、ＣＯＰＥＢ、ＣＯＸ６Ｃ、ＣＲＥＢ１、ＣＲＥＢ３Ｌ１、ＣＲＥＢ３Ｌ２、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＲＬＦ２、ＣＲＴＣ３、ＣＴＮＮＢ１、ＣＹＬＤ、Ｄ１０Ｓ１７０、ＤＡＸＸ、ＤＤＢ２、ＤＤＩＴ３、ＤＤＸ１０、ＤＤＸ５、ＤＤＸ６、ＤＥＫ、Ｄ１ＣＥＲ１、ＤＮＭ２、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＵＸ４、ＥＢＦＩ、ＥＣＴ２Ｌ、ＥＧＦＲ、Ｅ１Ｆ４Ａ２、ＥＬＦ４、ＥＬＫ４、ＥＬＫＳ、ＥＬＬ、ＥＬＮ、ＥＭＬ４、ＥＰ３００、ＥＰＳ  １５、ＥＲＢＢ２、ＥＲＣＣ２、ＥＲＣＣ３、ＥＲＣＣ４、ＥＲＣＣ５、ＥＲＧ、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＶＩ１、ＥＷＳＲ１、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＺＨ２、ＥＺＲ、ＦＡＣＬ６、ＦＡＭ２２Ａ、ＦＡＭ２２Ｂ、ＦＡＭ４６Ｃ、１ＡＮＣＡ、ＥＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＸＯｌ  １、ＦＢＸＷ７、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＥＶ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲＩＯＰ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＴＩ、ＦＩＩＩＴ、ＦＩＰ１Ｌ１、ＦＬＵ、ＦＬＪ２７３５２、ＦＬＴ３、ＦＮＢＰ１、ＦＯＸＬ２、ＦＯＸＯＩＡ、ＦＯＸ０３Ａ、ＦＯＸＰ１、ＦＳＴＬ３、ＦＵＢＰ１、ＦＵＳ、ＦＶＴ１、ＧＡＳ７、ＧＡＴＡ１、ＧＡＴＡ２、ＧＡＴＡ３、ＧＭＰＳ、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＧＯＬＧＡ５、ＧＯＰＣ、ＧＰＣ３、ＧＰＨＮ、ＧＲＡＦ、Ｈ３Ｆ３Ａ、ＩＩＣＭＯＧＴ−１、ＩＩＥＡＢ、ＨＥＲＰＵＤ１、ＩＩＥＹ１、ＩＩＩＰ１、ＨＩＳＴ１ＩＴ３Ｂ、ＩＩＩＳＴ１ＩＩ４Ｉ、ＩＩＬＦ、ＨＬＸＢ９、ＨＭＧＡ１、ＨＭＧＡ２、ＨＮＲＮＰＡ２ＢＩ、ＨＯＯＫ３、ＨＯＸＡ１１、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＡ９、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＤ１１、ＨＯＸＤ１３、ＨＲＡＳ、ＩＩＲＰＴ２、ＨＳＰＣＡ、ＨＳＰＣＢ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＩＧＨ、ＩＧＫ、Ｉ��Ｌ、ＩＫＺＦ１、ＩＬ２、ＴＬ２１Ｒ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＲＦ４、ＩＲＴＡ１、ＩＴＫ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＪＡＺＦ１、ＪＵＮ、ＫＣＮＪ５、ＫＤＭ５Ａ、ＫＤＭ５Ｃ、ＫＤＭ６Ａ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ１５４９、ＫＩＦ５Ｂ、ＫＩＴ、ＫＬＦ４、ＫＬＫ２、ＫＲＡＳ、ＫＴＮ１、ＬＡＦ４、ＬＡＳＰ１、ＬＣＫ、ＬＣＰ１、ＬＣＸ、ＬＨＦＰ、ＬＩＦＲ、ＬＭＯ１、ＬＭ０２、ＬＰＰ、ＬＲＩＧ３、ＬＹＬ１、ＭＡＤＨ４、ＭＡＦ、ＭＡＦＢ、ＭＡＬＴ１、ＭＡＭＬ２、ＭＡＰ２ＫＬ  ＭＡＰ２Ｋ２、ΜλΡ２Κ４、ＭＡＸ、ＭＤＭ２、ＭＤＭ４、ＭＤＳ１、ＭＤＳ２、ＭＥＣＴ１、ＭＥＤ１２、ＭＥＮ１、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＫＬ１、ＭＬＦ１、ＭＬＩＩ１、ＭＬＬ、ＭＬＬ２、ＭＬＬ３、ＭＬＬＴ１、ＭＬＬＴ１０、ＭＬＬＴ２、ＭＬＬＴ３、ＭＬＬＴ４、ＭＬＬＴ６、ＭＬＬＴ７、ＭＮ１、ＭＰＬ、ＭＳＦ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＭＳＩ２、ＭＳＮ、ＭＴＣＰ１、ＭＵＣ１、ＭＵＴＹＨ、ＭＹＢ、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＭＹＣＮ、ＭＹＤ８８、ＭＹＨ１１、ＭＹＨ９、ＭＹＳＴ４、ＮＡＣＡ、ＮＢＳ１、ＮＣＯＡ１、ＮＣＯＡ２、ＮＣＯＡ４、ＮＤＲＧ１、ＮＦ１、ＮＦ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＦＩＢ、ＮＦＫＢ２、ＮＩＮ、ＮＫＸ２−１、ＮＯＮＯ、ＮＯＴＣＨ  Ｉ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＭ１、ＮＲ４Ａ３、ＮＲＡＳ、ＮＳＤ１、ＮＴ５Ｃ２、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ３、ＮＵＭＡ１、ＮＵＰ２１４、ＮＵＰ９８、ＯＬＩＧ２、ＯＭＤ、Ｐ２ＲＹ８、ＰＡＦＡＨ１Ｂ２、ＰＡＬＢ  ２、ＰＡＸ３、ＰＡＸ５、ＰＡＸ７、ＰＡＸ８、ＰＢＲＭ１、ＰＢＸ１、ＰＣＭ１、ＰＣＳＫ７、ＰＤＥ４ＤＩＰ、ＰＤＧＦＢ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＲＩ、ＰＩＩＦ６、ＰＨＯＸ２Ｂ、ＰＩＣＡＬＭ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＩＭ１、ＰＬＡＧ  １、ＰＭＬ、ＰＭＳ１、ＰＭＳ２、ＰＭＸ１、ＰＮＵＴＬ１、ＰＯＴ１、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＰＯＵ５Ｆ１、ＰＰＡＲＧ、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＲＣＣ、ＰＲＤＭ１、ＰＲＤＭ１６、ＰＲＦ１、ＰＲＫＡＲ１  Ａ、ＰＲＯ１０７３、ＰＳＩＰ２、ＰＴＣＨ、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＮ１１、ＲＡＢ５ＥＰ、ＲＡＣ１、ＲＡＤ５１Ｌ１、ＲＡＦ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＲＡＮＢＰ１７、ＲＡＰＩＧＤＳＩ、ＲＡＲＡ、ＲＢＩ、ＲＢＭ１５、ＲＥＣＱＬ４、ＲＥＬ、ＲＥＴ、ＲＮＦ４３、ＲＯＳ１、ＲＰＬ１０、ＲＰＬ２２、ＲＰＬ５、ＲＰＮ１、ＲＵＮＤＣ２Ａ、ＲＵＮＸ１、ＲＵＮＸＢＰ２、ＳＢＤＳ、ＳＤＣ４、ＳＤＨ５、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＣ、ＳＤＨＤ、ＳＥＰＴ６、ＳＥＴ、ＳＥＴＢＰ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ３Ｂ１、ＳＦＰＱ、ＳＦＲＳ３、ＳＨ２Ｂ３、ＳＨ３ＧＬ１、ＳＩＬ、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＡＲＣＥ１、ＳＭＯ、ＳＯＣＳ１、ＳＯＸ２、ＳＲＧＡＰ３、ＳＲＳＦ２、ＳＳＩ８、ＳＳ１８Ｌ１、ＳＳＨ３ＢＰ１、ＳＳＸ１、ＳＳＸ２、ＳＳＸ４、ＳＴＡＴ３、ＳＴＫ１１、ＳＴＬ、ＳＵＦＵ、ＳＩＪＺ１２、ＳＹＫ、ＴＡＦ１５、ＴＡＬＩ、ＴＡＬ２、ＴＣＥＡ１、ＴＣＦ１、ＴＣＦ１２、ＴＣＦ３、ＴＣＦ７Ｌ２、ＴＣＬ１Ａ、ＴＣＬ６、ＴＥＲＴ、ＴＥＴ２、ＴＦＥ３、ＴＦＥＢ、ＴＦＧ、ＴＦＰＴ、ＴＦＲＣ、ＴＨＲＡＰ３、ＴＩＦ１、ＴＬＸ１、ＴＬＸ  ３、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＴＮＦＲＳＦ６、ＴＯＰＩ、ＴＰ５３、ＴＰＭ３、ＴＰＭ４、ＴＰＲ、ＴＲＡ、ＴＲＡＦ７、ＴＲＢ、ＴＲＤ、ＴＲＩＭ２７、ＴＲＩＭ３３、ＴＲＩＰ１１、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＲ、ＴＴＬ、Ｕ２ＡＦ１、ＵＳＰ６、ＶＨＬ、ＶＴＵＡ、ＷＡＳ、ＷＨＳＣ１、ＷＨＳＣ１Ｌ１、ＷＩＦ１、ＷＲＮ、ＷＴ１、ＷＴＸ、ＷＷＴＲ１、ＸＰＡ、ＸＰＣ、ＸＰＯ１、ＹＷＨＡＥ、ＺＮＦ１４５、ＺＮＦ１９８、ＺＮＦ２７８、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ３８４、ＺＮＦ５２１、ＺＮＦ９、ＺＲＳＲ２またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０３３８】
いくつかの実施形態では、本明細書において提供する方法を用いて、遺伝性疾患を有する対象を治療する。遺伝性の疾患もしくは病態、すなわち遺伝性疾患を有する対象の治療方法は、対象の細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与することを含む。ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系の投与は、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏであり得る。
【０３３９】
遺伝性疾患は、染色体領域における突然変異または重複から（例えば、点突然変異、欠失、挿入、フレームシフト、染色体の重複または欠失から）生じ得る。遺伝性疾患は任意の遺伝性疾患であり得る。
【０３４０】
いくつかの実施形態では、遺伝性疾患は、２２ｑ１１．２欠失症候群、アンジェルマン症候群、カナバン病、シャルコー・マリー・トゥース病、色盲、ネコ鳴き症候群、ダウン症候群、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ヘマトクロマトーシス、血友病、クラインフェルター症候群、神経線維腫症、フェニルケトン尿症、多発性嚢胞腎疾患、プラダーウィリ症候群、鎌状赤血球症、脊髄性筋萎縮症、脊髄性筋萎縮症、テイ−サックス病、ターナー症候群、異常ヘモグロビン症、またはそれらの任意の組み合わせである。
【０３４１】
いくつかの実施形態では、遺伝性疾患は、１ｐ３６欠失症候群、１８ｐ欠失症候群、２１水酸化酵素欠損症、４７ＸＸＸ（トリプルＸ症候群）、４７ＸＸＹ（クラインフェルター症候群）、５−ＡＬＡ脱水酵素欠損性ポルフィリン症、ＡＬＡ脱水酵素欠損症、５−アミノレブリン酸脱水酵素欠損性ポルフィリン症、５ｐ欠失症候群、ネコ鳴き症候群（別名５ｐ−症候群）、毛細血管拡張性運動失調症（別名ＡＴ）、α１アンチトリプシン欠損症（ＡＡＴ）、無セルロプラスミン血症、軟骨無発生症ＩＩ型（ＡＣＧ２）、軟骨無形成症（ＡＣＨ）、酸性βグルコシダーゼ欠損症、ゴーシェ病（任意の型、例えば、１型、２型、３型）、尖頭合指症（アペール）、アペール症候群、尖頭合指症（任意の型、例えば、１型、２型、３型、５型）、パイフェル症候群、尖頭症、急性脳ゴーシェ病、急性間欠性ポルフィリン症、（ＡＩＰ）ＡＣＹ２欠損症、アルツハイマー病（ＡＤ）、アデレイド型頭蓋縫合早期癒合症、ミュエンク症候群、大腸腺腫症、家族性大腸腺腫症、大腸腺腫症、家族性大腸腺腫症（ＡＤＰ）、、アデニロコハク酸リアーゼ欠損症、副腎障害、副腎性器症候群、副腎白質ジストロフィー、アンドロゲン不応症（ＡＩＳ）、アルカプトン尿症（ＡＫＵ）、ＡＬＡ脱水酵素欠損性ポルフィリン症、ＡＬＡ−Ｄポルフィリン症、ＡＬＡ脱水酵素欠損症、アラジール症候群、白皮症、アルカプトン尿症、アルカプトン尿症、アレキサンダー病、アルカプトン尿症、アルカプトン尿性オクロノーシス、アルカプトン尿症、α−１プロテイナーゼインヒビター疾患、α−１関連肺気腫、α−ガラクトシダーゼＡ欠損症、ファブリー病、アルストレム症候群、アレキサンダー病（ＡＬＸ）、遺伝性エナメル質形成不全症、アミノレブリン酸脱水酵素欠損症、アミノアシラーゼ２欠損症、カナバン病、アンダーソン−ファブリー病、アンドロゲン不応症、遺伝性鉄芽球性貧血、Ｘ連鎖鉄芽球性脾性貧血及び／または家族性貧血、びまん性体部被角血管腫、びまん性角化血管腫、網膜血管腫症、フォン・ヒッペル−リンドウ病、ライデン型ＡＰＣ不応症、第Ｖ因子ライデン栓友病、アペール症候群、ＡＲ欠損症、アンドロゲン不応症、シャルコー・マリー・トゥース病（任意の型、例えば、ＣＭＴ１、ＣＭＴＸ、ＣＭＴ２、ＣＭＴ４、重度早期発症ＣＭＴ）、クモ指症、マルファン症候群、ＡＲＮＳＨＬ、非症候性難聴（常染色体劣性、常染色体優性、ｘ連鎖、またはミトコンドリア）、遺伝性進行性関節眼疾患、スティックラー症候群（例えば、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ９Ａ１）、先天性多発性関節弛緩症、エーラース−ダンロス症候群（例えば、関節可動亢進型、多発性関節弛緩型、古典型、血管型、後側彎型、皮膚弛緩型）、Ａｓｐ欠損症、Ａｓｐａ欠損症、アスパルトアシラーゼ欠損症、毛細血管拡張性運動失調症、自閉症−認知症−運動失調−目的のない手の動き症候群、レット症候群、常染色体優性若年型ＡＬＳ、常染色体優性ｏｐｉｔｚ  Ｇ／ＢＢＢ症候群、常染色体劣性若年型ＡＬＳ  ３型、筋萎縮性側索硬化症（任意の型；例えば、ＡＬＳ１、ＡＬＳ２、ＡＬＳ３、ＡＬＳ４、ＡＬＳ５、ＡＬＳ５、ＡＬＳ６、ＡＬＳ７、ＡＬＳ８、ＡＬＳ９、ＡＬＳ１０、ＡＬＳ１１、ＡＬＳ１２、ＡＬＳ１���、ＡＬＳ１４、ＡＬＳ１５、ＡＬＳ１６、ＡＬＳ１７、ＡＬＳ１８、ＡＬＳ１９、ＡＬＳ２０、ＡＬＳ２１、ＡＬＳ２２、ＦＴＤＡＬＳ１、ＦＴＤＡＬＳ２、ＦＴＤＡＬＳ３、ＦＴＤＡＬＳ４、ＦＴＤＡＬＳ４、ＩＢＭＰＦＤ２）、常染色体劣性非症候性難聴、常染色体劣性感音難聴、ペンドレッド症候群、アレキサンダー病（ＡｘＤ）、アイエルザ症候群、家族性肺動脈性肺高血圧症、ヘキソサミニダーゼＧＭ２ガングリオシドーシスのＢバリアント、サンドホフ病、ＢＡＮＦ関連障害、神経線維腫症（任意の型、例えば、ＮＦ１、ＮＦ２、神経鞘腫症）、ベーレ−スティーブンソン脳回状頭皮症候群、良性発作性腹膜炎、ベンジャミン症候群、βサラセミア、ＢＨ４欠損症、テトラヒドロビオプテリン欠損症、両側性聴神経腫瘍、ビオチニダーゼ欠損症、膀胱癌、出血性疾患、第Ｖ因子ライデン栓友病、ブロッホ・ズルツベルガー症候群、色素失調症、ブルーム症候群、骨疾患、ブルタヴィーユ病、結節性硬化症、脳疾患、プリオン病、乳癌、バート−ホッグ−デュベ症候群、骨粗鬆症、骨形成不全症、広幅指−母趾症候群、ルビンシュタイン−テイビ症候群、青銅糖尿病、ヘモクロマトーシス、青銅硬変、球脊髄性筋萎縮症、Ｘ連鎖球脊髄性筋萎縮症、ビュルガー−グリュッツ症候群、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性ＣＡＤＡＳＩＬ症候群、ＣＧＤ慢性肉芽腫性障害、屈曲肢異形成症、家族性がん症候群、遺伝性非ポリポーシス大腸癌、乳癌、膀胱癌、カルボキシラーゼ欠損症、多発性遅発性ビオチニダーゼ欠損症、ネコ鳴き症候群、ケーラー心臓面症候群、セラミドトリヘキソシダーゼ欠損症、家族性フォン・ヒッペル−リンドウ病、脳動脈障害、ＣＡＤＡＳＩＬ症候群、脳常染色体優性動脈障害、ＣＡＤＡＳＩＬ症候群、大脳萎縮性高アンモニア血症、レット症候群、セレブロシドリピドーシス症候群、シャルコー病、ＣＨＡＲＧＥ症候群、軟骨形成異常症、軟骨形成異常症症候群、軟骨異栄養症−感音性難聴、耳脊椎巨大骨端異形成、軟骨形成不全症、舞踏病アテトーゼ自傷行為高尿酸血症症候群、レッシュ−ナイハン症候群、古典的ガラクトース血症、ガラクトース血症、口唇口蓋裂、スティックラー症候群、クローバ形頭蓋−致死性小人症、致死性骨異形成症（例えば、１型または２型）、コフィン−ローリー症候群（ＣＬＳ）、コケイン症候群、コフィン−ローリー症候群、コラーゲン異常症ＩＩ型及びＸＩ型、家族性非ポリポーシス、遺伝性非ポリポーシス大腸癌、家族性大腸癌、家族性大腸腺腫症、大腸癌、完全ＨＰＲＴ欠損症、レッシュ−ナイハン症候群、完全ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠損症、圧迫性ニューロパチー、圧迫性麻痺傾向を伴う遺伝性ニューロパチー、結合組織病、円錐動脈幹異常顔貌症候群、クーリー貧血、βサラセミア、銅蓄積症、ウィルソン病、銅輸送病、メンケス病、コプロポルフィリン症、遺伝性コプロポルフィリン症、コプロポルフィリノーゲン酸化酵素欠損症、カウデン病、ＣＰＸ欠損症、頭蓋顔面関節異常、クルーゾン症候群、頭蓋顔面異骨症、クルーゾン症候群、クローン病、線維性狭窄、クルーゾン症候群、黒色表皮腫を伴うクルーゾン症候群、クルーゾン外骨格症候群、クルーゾン外骨格症候群、コケイン症候群（ＣＳ）、カウデン病、クルシュマン−バッテン−シュタイナート症候群、ベーレ−スティーブンソン脳回状頭皮症候群、ベーレ−スティーブンソン脳回状頭皮症候群、Ｄ−グリセリン酸脱水素酵素欠損症、高シュウ酸尿症、原発性まだらの骨幹端症候群、Ｓｔｒｕｄｗｉｃｋ型脊椎骨端骨幹端異形成、アルツハイマー型認知症（ＤＡＴ）、遺伝性高カルシウム尿症、デント病、筋ジストロフィー（例えば、デュシェンヌ型及びベッカー型）、甲状腺腫を伴う難聴、ペンドレッド症候群、難聴色素性網膜炎症候群、アッシャー症候群、フェニルアラニン水酸化酵素欠損症、神経変性疾患、ｄｅ  Ｇｒｏｕｃｈｙ症候群１、Ｄｅ  Ｇｒｏｕｃｈｙ症候群、デジェリン−ソッタス症候群、δアミノレブリン酸脱水酵素欠損性ポルフィリン症、認知症、ＣＡＤＡＳＩＬ症候群、脱髄型白質ジストロフィー、アレキサンダー病、皮膚弛緩型エーラース−ダンロス症候群、皮膚脆弱症、遺伝性発達障害、遠位遺伝性運動ニューロパチー（ｄＨＭＮ）、遠位遺伝性運動ニューロパチー（例えば、ＤＨＭＮ−Ｖ）、ＤＨＴＲ欠損症、アンドロゲン不応症、びまん性グロボイド体硬化症、クラッベ病、ディジョージ症候群、ジヒドロテストステロン受容体欠損症、アンドロゲン不応症、遠位遺伝性運動ニューロパチー、筋緊張性ジストロフィー（１型または２型）、遠位型脊髄性筋萎縮症（任意の型、例えば、１型、２型、３型、４型、５型、６型を含む）、デュシェンヌ型／ベッカー型筋ジストロフィー、小人症（任意の型、例えば、軟骨形成不全型、軟骨無形成型、致死性骨異形成型）、低身長−網膜萎縮−難聴症候群、コケイン症候群、髄鞘形成不全型白質ジストロフィー、アレキサンダー病、筋強直性ジストロフィー、異栄養網膜色素性骨形成不全症候群、アッシャー症候群、早期発症型家族性アルツハイマー病（ＥＯＦＡＤ）、アルツハイマー病（例えば、１型、２型、３型、または４型を含む）エクマン−ロブスタイン病、骨形成不全症、絞扼性ニューロパチー、圧迫性麻痺傾向を伴う遺伝性ニューロパチー、赤血球生成性プロトポルフィリン症（ＥＰＰ）、赤芽球性貧血、βサラセミア、骨髄性プロトポルフィリン症、赤血球５−アミノレブリン酸シンテターゼ欠損症、Ｘ連鎖鉄芽球性貧血、眼癌、網膜芽細胞腫ＦＡ−フリードライヒ運動失調症、フリードライヒ運動失調症、ＦＡ、ファンコニー貧血、顔面損傷及び障害、第Ｖ因子ライデン栓友病、ＦＡＬＳ、筋萎縮性側索硬化症、家族性聴神経腫瘍、家族性大腸腺腫症、家族性アルツハイマー病（ＦＡＤ）、家族性筋萎縮性側索硬化症、筋萎縮性側索硬化症、家族性自律神経失調症、家族性脂肪性高トリグリセリド血症、家族性リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス、家族性ＬＰＬ欠損症、家族性リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性非ポリポーシス大腸癌、遺伝性非ポリポーシス大腸癌、家族性発作性多漿膜炎、家族性ＰＣＴ、晩発性皮膚ポルフィリン症、家族性圧過敏性ニューロパチー、圧迫性麻痺傾向を伴う遺伝性ニューロパチー、家族性原発性肺高血圧症（ＦＰＰＨ）、家族性血管性白質脳症、ＣＡＤＡＳＩＬ  症候群、ＦＡＰ、家族性大腸腺腫症、ＦＤ、家族性自律神経失調症、フェロキラターゼ欠損症、フェロポーチン病、ヘモクロマト��シス（任意の型、例えば、１型、２Ａ型、２Ｂ型、３型、４型、新生児ヘモクロマトーシス、無セルロプラスミン血症、先天性無トランスフェリン血症、ｇｒａｃｉｌｅ症候群）、周期熱症候群、家族性地中海熱（ＦＭＦ）、ＦＧ症候群、ＦＧＦＲ３関連冠状縫合骨癒合症、星状細胞のフィブリノイド変性、アレキサンダー病、膵臓の線維嚢胞性疾患、フォリング病、ｆｒａ（Ｘ）症候群、脆弱Ｘ症候群、骨脆弱症、骨形成不全症、ＦＲＡＸＡ症候群、フリードライヒ運動失調症（ＦＲＤＡ）、Ｇ６ＰＤ欠損症、ガラクトキナーゼ欠損症、ガラクトース血症、ガラクトース−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼ欠損症、ガラクトース血症、ガラクトシルセラミダーゼ欠損症、クラッベ病、ガラクトシルセラミドリピドーシス、クラッベ病、ガラクトシルセレブロシダーゼ欠損症、ガラクトシルスフィンゴシンリピドーシス、ＧＡＬＣ欠損症、ＧＡＬＴ欠損症、ガラクトース血症、ゴーシェ病様蓄積症、擬似ゴーシェ病、ＧＢＡ欠損症、遺伝性脳障害、遺伝性肺気腫、遺伝性ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス、新生児巨細胞性肝炎、新生児ヘモクロマトーシス、ＧＬＡ欠損症、網膜神経膠芽腫、網膜芽細胞腫、網膜神経膠腫、網膜芽細胞腫、グロボイド細胞白質ジストロフィー（ＧＣＬ、ＧＬＤ）、クラッベ病、グロボイド細胞白質脳症、グルコセレブロシドシダーゼ欠損症、グルコセレブロシドーシス、グルコシルセレブロシドリピドーシス、グルコシルセラミダーゼ欠損症、グルコシルセラミドβグルコシダーゼ欠損症、グルコシルセラミドリピドーシス、グリセリン酸尿症、原発性高シュウ酸尿症、グリシン脳症、非ケトーシス型高グリシン血症、グリコール酸尿症、原発性高シュウ酸尿症、ＧＭ２ガングリオシドーシス、テイ−サックス病、甲状腺腫−難聴症候群、ペンドレッド症候群、グレーフ−アッシャー症候群、アッシャー症候群、グレンブラッド−ストランドベリー症候群、弾性線維性仮性黄色腫、ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス、ハルグレン症候群、アッシャー症候群、ハーレクイン型魚鱗癬、Ｈｂ  Ｓ病、軟骨低形成症（ＨＣＨ）、遺伝性コプロポルフィリン症（ＨＣＰ）、頭部及び脳の奇形、聴覚障害及び難聴、小児における聴覚障害、ＨＥＦ２Ａ、ＨＥＦ２Ｂ、、ヘマトポルフィリン症、ポルフィリン症、ヘム合成酵素欠損症、ヘモクロマトーシス、ヘモグロビンＭ病、βグロビン型メトヘモグロビン血症、ヘモグロビ
ンＳ病、血友病、骨髄肝性ポルフィリン症（ＨＥＰ）、肝性ＡＧＴ欠損症、原発性高シュウ酸血症、肝レンズ核変性症候群、ウィルソン病、遺伝性関節眼症、スティックラー症候群、遺伝性異所性リピドーシス、遺伝性ヘモクロマトーシス（ＨＨＣ）、ヘモクロマトーシス、遺伝性出血性末梢血管拡張症（ＨＨＴ）、遺伝性封入体ミオパチー、骨格筋再生、遺伝性鉄付加性貧血、Ｘ連鎖鉄芽球性貧血、遺伝性運動性感覚性ニューロパチー、遺伝性運動神経細胞障害Ｖ型、遠位性遺伝性運動ニューロパチー、遺伝性多発性外骨腫、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌、遺伝性周期性発熱症候群、遺伝性大腸腺腫症、家族性大腸腺腫症、遺伝性肺気腫、活性型プロテインＣに対する遺伝性抵抗性、第Ｖ因子ライデン栓友病、遺伝性感覚性自律神経性ニューロパチーＩＩＩ型、家族性自律神経失調症、遺伝性痙性対麻痺、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺、遺伝性脊椎性運動失調症、フリードライヒ運動失調症、遺伝性脊髄硬化症、フリードライヒ運動失調症、ヘリック貧血症、ヘテロ接合性ＯＳＭＥＤ、ヴァイセンバッヒャー−ツヴァイミュラー症候群、ヘテロ接合性耳脊椎巨大骨端異形成、ヴァイセンバッヒャー−ツヴァイミュラー症候群、ＨｅｘＡ欠損症、テイ−サックス病、ヘキソサミニダーゼＡ  欠損症、テイ−サックス病、ヘキソサミニダーゼαサブユニット欠損症（任意のバリアント、例えば、バリアントＡ、バリアントＢ）、テイ−サックス病、ＨＦＥ関連ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス、ＨＧＰＳ、早老症、ヒッペル−リンドウ病、フォン・ヒッペル−リンドウ病、ヘモクロマトーシス（ＨＬＡＨ）、、遠位遺伝性運動神経障害（ＨＭＮ  Ｖ）、、遺伝性非ポリポーシス大腸癌（ＨＮＰＣＣ）、、圧迫性麻痺傾向を伴う遺伝性ニューロパチー（ＨＮＰＰ）、ホモシスチン尿症、ホモゲンチジン酸酸化酵素欠損症、アルカプトン尿症、ホモゲンチジン酸尿症、アルカプトン尿症、ホモ接合性晩発性皮膚ポルフィリン症、骨髄肝性ポルフィリン症、、原発性高シュウ酸尿症（ＨＰ１）、、高シュウ酸尿症（ＨＰ２）、高フェニルアラニン血症（ＨＰＡ）、ＨＰＲＴ−ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠損症、レッシュ−ナイハン症候群、ＨＳＡＮ  ＩＩＩ型、家族性自律神経失調症、家族性自律神経失調症（ＨＳＡＮ３）、遺伝性感覚性ニューロパチー（任意の型、例えば、ＨＳＮ−Ｉ、ＨＳＮ−ＩＩ、ＨＳＮ−ＩＩＩ）、家族性自律神経失調症、ヒト皮膚脆弱症、ハンチントン病、ハッチンソン−ギルフォード早老症候群、早老症、２１水酸化酵素欠損症による非古典型アンドロゲン過剰症、高カイロミクロン血症、家族性リポタンパク質リパーゼ欠損症（家族性）、ケトアシドーシス及び白血球減少症を伴う高グリシン血症、プロピオン酸血症、Ｉ型高リポタンパク血症、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性高シュウ酸尿症、原発性高フェニルアラニン血症、高フェニルアラニン血症、高フェニルアラニン血症、軟骨低形成症、軟骨低形成症、軟骨低発生症、軟骨低形成症、低色素性貧血、Ｘ連鎖鉄芽球性貧血、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）欠損症、レッシュ−ナイハン症候群、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺（ＩＡＨＳＰ）、ＩＣＦ症候���、免疫不全、動原体不安定性及び顔面奇形症候群、特発性ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス３型、特発性新生児ヘモクロマトーシス、新生児ヘモクロマトーシス、特発性肺高血圧症、免疫系障害、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、色素失調症、乳児脳性ゴーシェ病、乳児ゴーシェ病、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺、不妊症、遺伝性肺気腫、遺伝性圧迫性麻痺傾向、Ｉｎｓｌｅｙ−Ａｓｔｌｅｙ症候群、耳脊椎巨大骨端異形成、間欠性急性ポルフィリン症症候群、急性間欠性ポルフィリン症、腸ポリポーシス−皮膚色素沈着症候群、ポイツ−ジェガース症候群、、色素失調症（ＩＰ）、鉄蓄積障害、ヘモクロマトーシス、イソジセントリック１５、イソジセントリック１５、非症候性難聴、非症候性難聴、ジャクソン−ワイス症候群、ジュベール症候群、、若年性原発性側索硬化症（ＪＰＬＳ）、若年性筋萎縮性側索硬化症、若年性痛風、舞踏病アテトーゼ、精神遅滞症候群、レッシュ−ナイハン症候群、若年性高尿酸血症症候群、レッシュ−ナイハン症候群、、ジャクソン−ワイス症候群（ＪＷＳ）、球脊髄性筋萎縮症、ケネディ病、球脊髄性筋萎縮症、ケネディ球脊髄性筋萎縮症、球脊髄性筋萎縮症、ケラシン組織球増殖症、ケラシンリポイドーシス、ケラシン蓄積症、ケトーシス型グリシン血症、プロピオン酸血症、ケトーシス型高グリシン血症、プロピオン酸血症、腎臓病、原発性高シュウ酸尿症、Ｋｎｉｅｓｔ骨異形成症、クラッベ病、クーゲルベルク−ヴェランダー病、脊髄性筋萎縮症、まだら認知症、ＣＡＤＡＳＩＬ症候群、Ｌａｎｇｅｒ−Ｓａｌｄｉｎｏ型軟骨無発生症、Ｌａｎｇｅｒ−Ｓａｌｄｉｎｏ型軟骨低形成症、遅発性アルツハイマー病、遅発性クラッベ病（ＬＯＫＤ）、クラッベ病、学習障害、学習障害、口周囲多発性黒子症候群、ポイツ−ジェガース症候群、レッシュ−ナイハン症候群、白質ジストロフィー、ローゼンタール線維を伴う白質ジストロフィー、アレキサンダー病、海綿状白質ジストロフィー、リー−フラウメニ症候群（ＬＦＳ）、リー−フラウメニ症候群、リパーゼＤ欠損症、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性ＬＩＰＤ欠損症、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性セレブロシド蓄積症、乳児ガングリオシド蓄積症、テイ−サックス病、リポイド組織球増殖症（ケラシン型）、リポタンパク質リパーゼ欠損症、家族性肝疾患、ガラクトース血症、ルーゲーリック病、ルイ−バー症候群、毛細血管拡張性運動失調症、リンチ症候群、遺伝性非ポリポーシス大腸癌、リジルヒドロキシラーゼ欠損症、マシャド−ジョセフ病、脊髄小脳失調症（任意の型、例えば、ＳＣＡ１、ＳＣＡ２、ＳＣＡ３、ＳＣＡ１８、ＳＣＡ２０、ＳＣＡ２１、ＳＣＡ２３、ＳＣＡ２６、ＳＣＡ２８、ＳＣＡ２９）、男性乳癌、乳癌、男性性器疾患、乳房の悪性新生物、乳癌、乳癌の悪性腫瘍、乳癌、膀胱の悪性腫瘍、膀胱癌、乳癌、乳癌、マルファン症候群、マーカーＸ症候群、脆弱Ｘ症候群、マーティン−ベル症候群、脆弱Ｘ症候群、マキューン−オルブライト症候群、マクラウド症候群、ＭＥＤＮＩＫ症候群、地中海性貧血症、βサラセミア、巨大骨端性小人症、耳脊椎巨大骨端異形成症、メンケア病、メンケス病、メンケス病、骨軟骨異常を伴う精神遅滞、コフィン−ローリー症候群、メタ��リック障害、変容性小人症ＩＩ型、Ｋｎｉｅｓｔ骨異形成症、変容性小人症ＩＩ型、Ｋｎｉｅｓｔ骨異形成症、メトヘモグロビン血症（任意の型、例えば、先天性、β−グロビン型、先天性メトヘモグロビン血症ＩＩ型）、メチルマロン酸血症、マルファン症候群（ＭＦＳ）、ＭＨＡＭ、カウデン病、マイクロ症候群、小頭症、ＭＭＡ、メチルマロン酸血症、メンケス病（別名ＭＫまたはＭＮＫ）、モノソミー１ｐ３６症候群、運動ニューロン疾患、筋萎縮性側索硬化症、筋萎縮性側索硬化症、運動障害、モワット−ウィルソン症候群、ムコ多糖症（ＭＰＳ  Ｉ）、嚢胞性線維症、多発脳梗塞性認知症、ＣＡＤＡＳＩＬ症候群、多発性カルボキシラーゼ欠損症、遅発性ビオチニダーゼ欠損症、多発性過誤腫症候群、カウデン病、多発性神経線維腫症、筋ジストロフィー（任意の型、例えば、デュシェンヌ型及びベッカー型を含む）、萎縮性筋緊張症、筋緊張性ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、Ｎａｎｃｅ−Ｉｎｓｌｅｙ症候群、耳脊椎巨大骨端異形成、Ｎａｎｃｅ−Ｓｗｅｅｎｅｙ軟骨異形成、耳脊椎巨大骨端異形成、ＮＢＩＡ１、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、ニール−ディングウォール症候群、コケイン症候群、網膜神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、脳内鉄蓄積型１型神経変性、パントテン酸キナーゼ関連神経変性、神経疾患、神経筋障害、、遠位性遺伝性運動神経障害、ニーマンピック病、ニーマンピック病、ノアク症候群、非ケトーシス型高グリシン血症、グリシン脳症、非神経障害性ゴーシェ病、非フェニルケトン尿症型高フェニルアラニン血症、テトラヒドロビオプテリン欠損症、非症候性難聴、ヌーナン症候群、Ｎｏｒｒｂｏｔｔｎｉａｎゴーシェ病、オクロノーシス、アルカプトン尿症、アルカプトン尿性関節炎、アルカプトン尿症、Ｏｇｄｅｎ症候群、骨形成不全症（ＯＩ）、オスラー−ウェーバー−ランデュ病、遺伝性出血性毛細血管拡張症、ＯＳＭＥＤ、耳脊椎巨大骨端異形成症、骨形成不全症、骨脆弱症、骨形成不全症、先天性骨硬化症、耳脊椎巨大骨端異形成症、耳脊椎巨大骨端異形成症、耳脊椎巨大骨端異形成症、シュウ酸症、原発性高シュウ酸尿症、原発性シュウ酸尿症、原発性高シュウ酸尿症、パントテン酸キナーゼ関連神経変性症、パトー症候群（１３トリソミー）、ＰＢＧＤ欠損症、急性間欠性ポルフィリン症、ＰＣＣ欠損症、プロピオン酸血症、、晩発性皮膚ポルフィリン症（ＰＣＴ）、ＰＤＭ病、ペンドレッド症候群、周期性疾患、地中海性発熱、家族性周期性腹膜炎、口周囲多発性黒子症症候群、ポイツ−ジェガース症候群、末梢神経障害、家族性自律神経障害、末梢性神経線維腫症、腓骨筋萎縮症、ペルオキシソームアラニン：グリオキシル酸アミノトランスフェラーゼ欠損症、高シュウ酸尿症、原発性ポイツ−ジェガース症候群、フェニルアラニン水酸化酵素欠損症、褐色細胞腫、フォン・ヒッペル−リンドウ病、胎児性軟骨異形成を伴うピエール−ロバン症候群、ヴァイセンバッハー−ツヴェイミューラー症候群、色素性硬変症、ヘモクロマトーシス、、ポイツ−ジェガース症候群（ＰＪＳ）、パントテン酸キナーゼ関連神経変性（ＰＫＡＮ）、ＰＫＵ、フェニルケトン尿症、鉛ポルフィリン症、ＡＬＡ欠損ポルフィリン症、ＰＭＡ、多発性嚢胞腎疾患、多骨性線維���骨異形成症、マキューン−オルブライト症候群、家族性大腸腺腫症、、過誤腫性大腸ポリポーシス、ポリープ及び色素斑症候群、ポイツ−ジェガース症候群、ポルフォビリノーゲン合成酵素欠損症、ＡＬＡ欠損ポルフィリン症、ポルフィリン障害、ＰＰＯＸ欠損症、異型ポルフィリン症、プラダー−ラープハルト−ウィリー症候群、プラダー−ウィリー症候群、初老及び老人性認知症、原発性線毛機能不全症（ＰＣＤ）、原発性ヘモクロマトーシス、ヘモクロマトーシス、原発性高尿酸血症症候群、レッシュ−ナイハン症候群、原発性老人性変性性認知症、プロコラーゲン型ＥＤＳ  ＶＩＩ、変異型、、早老症、ハッチンソンギルフォード早老症候群、早老様症候群、コケイン症候群、早老性小人症、コケイン症候群、慢性遺伝性進行性舞踏病（ハンチントン）、ハンチントン病、正常な強膜を伴う進行性変形性骨形成不全症、骨形成不全症（任意の型、例えば、Ｉ型、ＩＩ型、ＩＩＩ型、ＩＶ型、Ｖ型、ＶＩ型、ＶＩＩ型、ＶＩＩＩ型）、近位筋緊張性ジストロフィー（ＰＲＯＭＭ）、プロピオン酸血症、プロピオニル−ＣｏＡカルボキシラーゼ欠損症、プロテインＣ欠損症、プロテインＳ欠損症、プロトポルフィリン症、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ欠損症、異型ポルフィリン症、多発性筋緊張性ジストロフィー症、筋緊張性ジストロフィー症２型、近位筋緊張性ミオパチー、擬似ゴーシェ病、弾性線維性仮性黄色腫、サイコシンリピドーシス、クラッベ病、肺動脈性肺高血圧症、肺高血圧症、弾性線維性仮性黄色腫（ＰＸＥ）、弾性線維性仮性黄色腫、、網膜芽細胞腫（Ｒｂ）、レックリングハウゼン病、再発性多発性漿膜炎、網膜障害、色素性網膜炎−難聴症候群、アッシャー症候群、網膜芽細胞腫、レット症候群、３型ＲＦＡＬＳ、リッカー症候群、ライリー−デイ症候群、家族性自律神経障害、ルシー−レヴィ症候群、、ルビンシュタイン−テイビ症候群（ＲＳＴＳ）、、レット症候群（ＲＴＳ）、ルビンシュタイン−テイビ症候群、ルビンシュタイン−テイビ症候群、サック−バラバス症候群、、ＳＡＤＤＡＮ病、リー及びフラウメニの肉腫症候群、リー−フラウメニ症候群、ＳＢＬＡ症候群（肉腫、乳房、白血病、及び副腎症候群）、リー−フラウメニ症候群、、球脊髄性筋萎縮症（ＳＢＭＡ）、シュワン腫、両側性聴神経線維腫症ＩＩ型、シュワルツ−ヤンペル症候群、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤＸ１）、先天性ＳＥＤ、先天性脊椎
骨端異形成症、Ｓｔｒｕｄｗｉｃｋ型ＳＥＤ、Ｓｔｒｕｄｗｉｃｋ型脊椎骨端骨幹端異形成症、、先天性脊椎骨端異形成症（ＳＥＤｃ）、脊椎骨端骨幹端異形成症（ＳＥＭＤ）、Ｓｔｒｕｄｗｉｃｋ型ＳＥＭＤ、老人性認知症、発達遅滞及び黒色表皮腫を伴う重度の軟骨無形成症、ＳＡＤＤＡＮ病、シュプリンツェン症候群、ＰＨＦ８遺伝子の突然変異によって引き起こされるＳｉｄｅｒｉｕｓ  Ｘ連鎖精神遅滞症候群、軟骨無形成症（ｓｋｅｌｅｔｏｎ−ｓｋｉｎ−ｂｒａｉｎ症候群）、皮膚色素沈着症、脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）、脊椎骨幹端骨端異形成症（ＳＭＥＤ）（任意の型、例えば、Ｓｔｕｄｗｉｃｋ型、１型）、スミス−レムリ−オピッツ症候群、スミス−マゲニス症候群、南アフリカ遺伝性ポルフィリン症、乳児期発症上行性痙性対麻痺、乳児期発症上行性遺伝性痙性対麻痺、発話及び言語障害、スフィンゴリピドーシス、テイ−サックス病、テイ−サックス病、球脊髄性筋萎縮症、脊髄性筋萎縮症、遠位Ｖ型脊髄性筋萎縮症、遠位遺伝性運動性神経障害、上肢優位を伴う遠位脊髄性筋萎縮症、遠位遺伝性運動性神経障害、脊髄小脳失調症、先天性脊椎骨端異形成症、脊椎骨端異形成症、コラーゲン異常症（任意の型、例えば、ＩＩ型及びＸＩ型）、脊椎骨端骨幹端異形成症、脊椎骨幹端異形成症（ＳＭＤ）、脊椎骨端骨幹端異形成症、中枢神経系の海綿状変性、脳の海綿状変性、乳児期の白質の海綿状変性、散発性原発性肺高血圧症、ＳＳＢ症候群、剛毛症候群、メンケス病、スタイナート病、筋緊張性ジストロフィー、スタイナート筋緊張性ジストロフィー症候群、筋緊張性ジストロフィー、スティックラー症候群、脳卒中、ＣＡＤＡＳＩＬ症候群、Ｓｔｒｕｄｗｉｃｋ症候群、亜急性神経障害性ゴーシェ病、スウェーデン遺伝性ポルフィリン症、急性間欠性ポルフィリン症、急性間欠性ポルフィリン症、スイスチーズ軟骨異形成症、Ｋｎｉｅｓｔ骨異形成症、テイ−サックス病、ＴＤ−致死性小人症、致死性異形成症、真っ直ぐな大腿骨とクローバ葉頭蓋を伴うＴＤ、２型致死性小人症、小脳眼皮膚毛細血管拡張症、毛細血管拡張性運動失調症、精巣性女性化症候群、アンドロゲン不応症、テトラヒドロビオプテリン欠損症、精巣性女性化症候群（ＴＦＭ）、アンドロゲン不応症、中間型サラセミア、βサラセミア、重症型サラセミア、βサラセミア、致死性骨異形成症、活性化プロテインＣ補因子欠損によるライデン型栓友病、第Ｖ因子ライデン栓友病、甲状腺疾患、ソーセージ様ニューロパチー、圧迫性麻痺傾向を伴う遺伝性ニューロパチー、全ＨＰＲＴ欠損症、レッシュ−ナイハン症候群、全ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠損症、レッシュ−ナイハン症候群、トレハーコリンズ症候群、三徴候骨脆弱症、トリプルＸ症候群、トリプロＸ症候群、トリソミー２１トリソミーＸ、トロアジュ−ハノット−シャウファード症候群、ヘモクロマトーシス、テイ−サックス病（ＴＳＤ）、結節性硬化症（ＴＳＣ）、結節性硬化症、ターナー様症候群、ヌーナン症候群、ＵＤＰ−ガラクトース−４−エピメラーゼ欠損症、ガラクトース血症、ＵＤＰグルコース４−エピメラーゼ欠損症、ガラクトース血症、ＵＤＰグルコースヘキソース−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼ欠損症、ガラクトース血症、未分化型難聴、無症候性難聴、ＵＰＳ欠損症、急性間欠性ポルフィリン症、膀胱癌、膀胱癌、ＵＲＯＤ欠損症、ウロポルフィリノーゲンデカルボキシラーゼ欠損症、ウロポルフィリノーゲン合成酵素欠損症、急性間欠性ポルフィリン症、アッシャー症候群、ＵＴＰヘキソース−１−リン酸ウリジリルトランスフェラーゼ欠損症、ガラクトース血症、Ｖａｎ  Ｂｏｇａｅｒｔ−Ｂｅｒｔｒａｎｄ症候群、ファン・デル・ヘーヴェ症候群、口蓋心臓顔面症候群、ＶＨＬ症候群、フォン・ヒッペル−リンドウ病、視覚障害及び盲目、アルストレム症候群、Ｖｏｎ  Ｂｏｇａｅｒｔ−Ｂｅｒｔｒａｎｄ病、フォン・ヒッペル−リンドウ病、Ｖｏｎ  Ｒｅｃｋｌｅｎｈａｕｓｅｎ−Ａｐｐｌｅｂａｕｍ病、ヘモクロマトーシス、フォン・レックリングハウゼン病、神経線維腫症Ｉ型、フロリク病、骨形成不全症、ワールデンブルグ症候群、ウォーバーグＳｊｏ  Ｆｌｅｄｅｌｉｕｓ症候群、マイクロ症候群、、ウィルソン病（ＷＤ）、ヴァイセンバッハー−ツヴェイミューラー症候群、ウェルドニッヒ−ホフマン病、脊髄性筋萎縮症、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウィルソン病、ウィルソン病、ウォルフ−ヒルシュホーン症候群、ウォルフ周期病、ヴァイセンバッハー−ツヴェイミューラー症候群（ＷＺＳ）、色素性乾皮症、Ｘ連鎖性精神遅滞及び巨精巣症、脆弱Ｘ症候群、Ｘ連鎖原発性高尿酸血症、レッシュ−ナイハン症候群、Ｘ連鎖重症複合型免疫不全症、Ｘ連鎖鉄芽球性貧血、Ｘ連鎖球脊髄性筋萎縮症、球脊髄性筋萎縮症、Ｘ連鎖尿酸尿酵素欠損症、レッシュ−ナイハン症候群、Ｘ−ＳＣＩＤ、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、Ｘ連鎖鉄芽球性貧血（ＸＬＳＡ）、Ｘ−ＳＣＩＤ、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、Ｘ連鎖鉄芽球性貧血（ＸＬＳＡ）、ＸＳＣＩＤ、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、ＸＸＸ症候群、トリプルＸ症候群、ＸＸＸＸ症候群、ＸＸＸＸＸ症候群、ＸＸＸＸＸ、ＸＸＹ症候群、ＸＸＹトリソミー、クラインフェルター症候群、ＸＹＹ症候群、トリプレットリピート障害、またはそれらの任意の組み合わせである。
【０３４２】
ある実施形態では、特定の転写後制御モジュレーターは、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与することによって、活性の調節、修飾、増強または低下を標的とする。例えば、転写後制御モジュレーターとして、ＰＡＲＮ、ＰＡＮ、ＣＰＳＦ、ＣｓｔＦ、ＰＡＰ、ＰＡＢＰ、ＰＡＢ２、ＣＦＩ、ＣＦＩＩ、ＲＮＡトリホスファターゼ、ＲＮＡグルタニルトランスフェラーゼ、ＲＮＡメチルトランスフェラーゼ、ＳＡＭシンターゼ、ユビキチン複合体化酵素Ｅ２Ｒ、ＳＲタンパク質ＳＦＲＳ１〜ＳＦＲ１１、ｈｎＲＮＰタンパク質（例えばＨＮＲＮＰＡ０、ＨＮＲＮＰＡ１、ＨＮＲＮＰＡ１Ｌ１、ＨＮＲＮＰＡ１Ｌ２、ＨＮＲＮＰＡ２、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１、ＨＮＲＮＰＡＢ、ＨＮＲＮＰＢ１、ＨＮＲＮＰＣ、ＨＮＲＮＰＣＬ１、ＨＮＲＮＰＤ、ＨＮＲＰＤＬ、ＨＮＲＮＰＦ、ＨＮＲＮＨＰ１、ＨＮＲＮＰＨ２、ＨＮＲＮＰＨ３、ＨＮＲＮＰＫ、ＨＮＲＮＰＬ、ＨＮＲＮＰＬＬ、ＨＮＲＮＰＭ、ＨＮＲＮＰＲ、ＨＮＲＮＰＵ、ＨＮＲＮＰＵＬ１、ＨＮＲＮＰＵＬ２、ＨＮＲＮＰＵＬ３、ＡＤＡＲ、Ｍｅｘ  ６７、Ｍｔｒ２、Ｎａｂ２、Ｄｅａｄボックスヘリカーゼ、ｅｌＦ４Ａ、ｅｌＦ４Ｂ、ｅｌＦ４Ｅ、ｅｌＦ４Ｇ、ＧＥＦ、ＧＣＮ２、ＰＫＲ、ＨＲＩ、ＰＥＲＫ、ｅＥＦ１、ｅＥＦ２、ＧＣＮ、ｅＲＦ３、ＡＲＥ特異的結合タンパク質、ＥＸＲＮ１、ＤＣＰ１、ＤＣＰ２、ＲＣＫ／ｐ５４、ＣＰＥＢ、ｅＩＦ４Ｅ、マイクロＲＮＡＳ及びｓｉＲＮＡ、ＤＩＣＥＲ、Ａｇｏタンパク質、ナンセンス媒介ｍＲＮＡ分解タンパク質、ＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３ＢｅＩＦ４Ａ３、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨ、ＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、ＳＭＧ−７、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０３４３】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与することによって、細胞周期に関連する遺伝子経路の活性を、調節、増強または低下させる。細胞周期に関連する例示的な経路及び遺伝子として、ＡＴＭ、ＰＭＳ２、ＦＡＳ−Ｌ、ＭＲＥ１１、ＭＬＨ１、ＦａｓＲ、ＮＢＳ１、ＭＳＨ６、Ｔｒａｉｌ−Ｌ、ＲＡＤ５０、ＭＳＨ２、Ｔｒａｉｌ−Ｒ、５３ＢＰ１、ＲＦＣ、ＴＮＦ−Ｃｔ、Ｐ５３、ＰＣＮＡ、ＴＮＦ−Ｒ１、ＣＨＫＥ、ＭＳＨ３、ＦＡＤＤ、Ｅ２Ｆ１、ＭｕｔＳホモログ、ＴＲＡＤＤ、ＰＭＬ、ＭｕｔＬホモログ、Ｒ１Ｐ１、ＦＡＮＣＤ２、エキソヌクレアーゼ、ＭｙＤ８８、ＳＭＣ１、ＤＮＡポリメラーゼδ、ＩＲＡＫ、ＢＬＭ１、（ＰＯＬＤ１、ＰＯＬＤ２、ＰＯＬＤ３、ＮＩＬ、ＢＲＣＡ１、及び、ＰＯＬＤ４、−遺伝子、ＩＫＫ、Ｈ２ＡＸ、コード、サブユニット）、ＮＦΚβ、ＡＴＲ、トポイソメラーゼ１、ΙκΒα、ＲＰＡ、トポイソメラーゼ２、ＩＡＰ、ＡＴＲＩＰ、ＲＮＡｓｅＨ１、カスパーゼ３、ＲＡＤ９、リガーゼ１、カスパーゼ６、ＲＡＤ１、ＤＮＡ、ポリメラーゼ１、カスパーゼ７、ＨＵＳ、ＤＮＡポリメラーゼ３、カスパーゼ８、ＲＡＤ１７、プライマーゼ、カスパーゼ１０、ＲＦＣ、ヘリカーゼ、ＨＤＡＣ１、ＣＨＫ１、一本鎖結合、ＨＤＡＣ２、ＴＬＫ１タンパク質、チトクロームＣ、ＣＤＣ２５、Ｂｘｌ−ｘＬ、ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ５、ＤＦＦ４５、Ｖｃｌ−２、ＥＮＤＯ−Ｇ、ＰＩ３Ｋ、Ａｋｔ、カルパイン、Ｂａｄ、Ｂａｘ、ユビキチン媒介タンパク質分解、低酸素症、細胞増殖、ＨＩＦ−ｌｏｃ、ＭＡＰＫ、Ｅ１、ＨＥＲＣ１、ＴＲＡＦ６、ＨＩＦ−Ιβ、ＭＡＰＫＫ、Ｅ２、ＵＢＥ２Ｑ、ＭＥＫＫ１、Ｒｅｆ１、ＭＡＰＫＫＫ、Ｅ３、ＵＢＥ２Ｒ、ＣＯＰ！、ＨＳＰ９０、ｃ−Ｍｅｔ、ＵＢＬＥ１Ａ、ＵＢＥ２Ｓ、ＰＩＦＨ２、ＶＥＧＦ、ＨＧＦ、ＵＢＬＥ１Ｂ、ＵＢＥ２Ｕ、ｃＩＡＰ、ＰＡＳ、ＥＲ、Ｓ１／２、ＵＢＬＥＩＣ、ＵＢＥ２Ｗ、ＰＩＡＳ、ＡＲＮＴ、ＡＴＫ、ＵＢＥ２Ａ、ＵＢＥ２Ｚ、ＳＹＶＮ、ＶＨＬ、ＰＫＣ、ＵＢＥ２Ｂ、ＡＦＣ、ＬＬＣ、Ｎ、ＮＨＬＲＣ１、ＨＬＦ、パキシリン、ＵＢＥ２Ｃ、ＵＢＥ１、ＡＩＲＥ、ＥＰＦ、ＦＡＫ、ＵＢＥ２Ａ、Ｅ６ＡＰ、ＭＧＲＮ１、ＶＤＵ２、アデュシン、ＵＢＥ２Ｅ、ＵＢＥ３Ｂ、ＢＲＣＡ１、ＳＵＭＯＲＥＳＵＭＥ、ＰＹＫ１、ＵＢＥ２Ｆ、Ｓｍｕｒｆ、ＦＡＮＣＬ、ＳＥＮＰ１、ＲＢ、ＵＢＥ２Ｇ１、Ｉｔｃｈ、ＭＩＤＩ、カルシニューリンＡ、ＲＢＩ、ＵＢＥ２Ｇ２、ＨＥＲＣ２、Ｃｄｃ２０、ＲＡＣＫ１、Ｒａｆ−１、ＵＢＥ２Ｉ、ＨＥＲＣ３、Ｃｄｈｌ、ＰＴＢ、Ａ−Ｒａｆ、ＵＢＥ２Ｊ１、ＨＥＲＣ４、Ａｐｃ１、Ｈｕｒ、Ｂ−ｒａｆ、ＵＢＥ２Ｊ２、ＵＢＥ４Ａ、Ａｐｃ２、ＰＨＤ２、ＭＥＫ１／２、ＵＢＥ２Ｌ３、ＵＢＥ４Ｂ、Ａｐｃ３、ＳＳＡＴ２、ＥＲＫ１／２、ＵＢＥ２Ｌ６、ＣＨＩＰ、Ａｐｃ４、ＳＳＡＴ１、Ｅｔｓ、ＵＢＥ２Ｍ、ＣＹＣ４、Ａｐｃ５、ＧＳＫ３、Ｅｌｋ１、ＵＢＥ２Ｎ、ＰＰＲ１９、Ａｐｃ６、ＣＢＰ、ＳＡＰ１、ＵＢＥ２０、ＵＩＰ５、Ａｐｃ７、ＦＯＸ０４、ｃＰＬＡ２、ＷＷＰＩ、Ｍｄｍ２、Ａｐｃ８、ＦｌＨ−１、ＷＷＰ２、Ｐａｒｋｉｎ、Ａｐｃ９、ＴＲＩＰ１２、Ｔｒｉｍ３２、Ａｐｅ１０、ＮＥＥＤ４、Ｔｒｉｍ３７、Ａｐｅ１１、ＡＲＦ−ＢＰ１、ＳＩＡＨ−１、Ａｐｅ１２、ＥＤＤ１、ＰＭＬ、細胞生存、細胞周期停止、ＳＭＡＤＩ、Ｐ２１、ＳＭＡＤ５、ＢＡＸ、ＳＡＭＤ８、ＭＤＲ、ＬＥＦ１、ＤＲＡＩＬ、ＩＧＦＢＰ３、ＴＣＦ３、ＧＡＤＤ４５、ＴＣＦ４、Ｐ３００、ＨＡＴ１、ＰＩ３、Ａｋｔ、ＧＦ１、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０３４４】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与することによって、血管新生に関連する遺伝子の活性を、調節、増強または低下させる。血管新生に関連する例示的な遺伝子及び遺伝子経路、ならびに血管新生に関連する病態として、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ２、ＳＨＣ、Ｅ２Ｆ７、ＶＥＧＦＢ、ＶＥＧＦＲ３、ＰＩ３、ＶＥＧＦＣ、Ｎｒｐ１、ＰＩＰ３、ＥＧＦＤＩＰ３、ＤＡＧ、ＧＲＢ２、ＳＯＳ、Ａｋｔ、ＰＢ、ＰＫＣ、Ｒａｓ、ＲＡＦ１、ＤＡＧ、ｅＮＯＳ、ＮＯ、ＥＲＫ１、ＥＲ２、ｃＰＬＡ２、ＭＥ１、ＭＥＫ２、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０３４５】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）にＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系を投与することによって、ミトコンドリア機能に関連する遺伝子経路及び／または遺伝子の活性を、調節、増強または低下させる。ミトコンドリア機能に関連する例示的な遺伝子及び遺伝子経路として、リンゴ酸デヒドロゲナーゼアミノトランスフェラーゼ、ヒドラターゼ、デアシラーゼ、デヒドロゲナーゼ、カルボキシラーゼ、ムターゼ、脂肪酸酸化ロイシン酸化イソロイシン障害（酵素経路酸化経路不全）アミノトランスフェラーゼアミノトランスフェラーゼ、ＯＣＴＮ２分枝鎖分枝鎖、ＦＡＴＰ１−６アミノトランスフェラーゼ２、アミノトランスフェラーゼ２、ＣＰＴ−１ミトコンドリアミトコンドリア、ＣＡＣＴイソブチル−ＣｏＡ２−メチルブチル−ＣｏＡ、ＣＰＴ−ＩＩデヒドロゲナーゼデヒドロゲナーゼ、ＳＣＡＤ（分枝鎖（分枝鎖、ＭＣＡＤケト酸ケト酸、ＶＬＣＡＤデヒドロガーゼデヒドロゲナーゼ、ＥＴＦ−ＤＨ複合体）複合体）、α−ＥＴＦヒドラターゼヒドラターゼ、β−ＥＴＦ  ＨＭＧ−ＣｏＡリアーゼ２−メチル−３−ＯＨ−ＳＣＨＡＤブチリル−ＣｏＡ、ＬＣＨＡＤデヒドロゲナーゼ、ＭＴＰ３−オキソチオラーゼ、ＬＫＡＴ、ＤＥＣＲ１、ＨＭＧＣＳ２、ＨＭＧＣＬ、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０３４６】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ損傷またはゲノム不安定性に関連する遺伝子経路及び／または遺伝子の活性を、調節、増強または低下させる。ＤＮＡ損傷及びゲノム不安定性に関連する経路及び／または遺伝子に関連する例示的な遺伝子及び遺伝子経路として、５３ＢＰ１、ＢＬＭ、ＭＢＤ２、ＤＮＡリガーゼ４、ＭＤＣ１、Ｈ２ＡＸ、ＸＬＦ、ＳＭＣ１、５３ＢＰ１、Ｒａｄ５０、Ｐ５３、Ｐ５３、Ａｒｔｅｍｉｓ、Ｒａｄ２７、ＴｄＴ、ＡＰＥ１、ＰＭＳ２、ＡＰＥ２、ＵｖｒＡ、ＲｅｃＡ、ＭＬＨ１、ＮＥＩＬ１、ＵｖｒＢ、ＳＳＢ、ＭＳＨ６、ＮＥＩＬ２、ＵｖｒＣ、Ｍｒｅｌ１、ＭＳＨ２、ＮＥＩＬ３、ＸＰＣ、Ｒａｄ５０、ＲＦＣ、ＸＲＣＣ１、Ｒａｄ２３Ｂ、Ｎｂｓ１、ＰＣＮＡ、ＰＮＫＰ、ＰＮＫＰ、ＣＥＮ２、ＣｔＩＰ、ＭＳＨ３、Ｔｄｐ１、ＤＤＢ１、ＲＰＡ、ＭｕｔＳ、ＡＰＴＸ、ＸＰＥ、Ｒａｄ５１、ＭｕｔＬ、ＤＮＡポリメラーゼβＣＳＡ、Ｒａｄ５２、ＤＮＡポリメラーゼδ、ＣＳＢ、Ｒａｄ５４、トポイソメラーゼ１、ＤＮＡ、ＴＦＴ１Ｈ、ＢＲＣＡ１、トポイソメラーゼ２、ＰＣＮＡ、ＸＰＢ、ＢＲＣＡ２、ＲＮＡｓｅＨ１、ＦＥＮ１、ＸＰＤ、Ｅｘｏ１、リガーゼ１、ＲＦＣ、ＸＰＡ、ＢＬＭ、ＤＮＡ、ポリメラーゼ１、ＰＡＲ１、ＲＰＡ、Ｔｏｐｌｌｌａ、ＤＮＡ、Ｌｉｇ１、ＸＰＧ、ＧＥＮ１、プライマーゼ、Ｌｉｇ３、ＥＲＣＣ１  Ｙｅｎ１ヘリカーゼ、ＵＮＧ、ＸＰＦ、Ｓｌｘ１、ＳＳＢ、ＭＵＴＹ  ＤＮＡポリメラーゼδ、Ｓｌｘ４、ＳＭＵＧ  ＤＮＡポリメラーゼε、Ｍｕｓ８、ＭＢＤ４、Ｅｍｅ１、Ｄｓｓ１、ＡＳＨ１Ｌ、ＳＥＴＤ４、ＤＱＴ１Ｌ、ＳＥＴＤ５、ＥＨＭＴ１、ＳＥＴＤ６、ＥＨＭＴ２、ＳＥＴＤ７、ＥＺＨ１、ＳＥＴＤ８、ＥＺＨ２、ＳＥＴＤ９、ＭＬＬ、ＳＥＴＤＢ１、ＭＬＬ２、ＳＥＴＤＢ２、ＭＬＬ３、ＳＥＴＭＡＲ、ＭＬＬ４、ＳＭＹＤ、１、ＭＬＬ５、ＳＭＹＤ２、ＮＳＤ、１、ＳＭＹＤ３、ＰＲＤＭ２、ＳＭＹＤ４、ＳＥＴ、ＳＭＹＤ５、ＳＥＴＢＰ１、ＳＵＶ３９Ｈ１、ＳＥＴＤ１Ａ、ＳＵＶ３９Ｈ２、ＳＥＴＤ１Ｂ、ＳＵＶ４２０Ｈ１、ＳＥＴＤ２、ＳＵＶ４２０Ｈ２、ＳＥＴＤ３、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０３４７】
いくつかの実施形態では、哺乳類転写因子をコードする遺伝子を、調節、増強、低下させるか、または細胞に提供する。例示的なヒト転写因子として、ＡＦＦ４、ＡＦＦ３、ＡＦＦ２、ＡＦＦ１、ＡＲ、ＴＦＡＰ２Ｂ、ＴＦＡＰ２Ｄ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＴＦＡＰ２Ａ、ＪＡＲＩＤ２、ＫＤＭ５Ｄ、ＡＲＩＤ４Ａ、ＡＲＩＤ４Ｂ、ＫＤＭ５Ａ、ＡＲＩＤ３Ａ、ＫＤＭ５Ｂ、ＫＤＭ５Ｃ、ＡＲＩＤ５Ｂ、ＡＲＩＤ３Ｂ、ＡＲＩＤ２、ＡＲＩＤ５Ａ、ＡＲＩＤ３Ｃ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ１Ｂ、ＨＩＦ１Ａ、ＮＰＡＳ１、ＮＰＡＳ３、ＮＰＡＳ４、ＭＬＸＩＰＬ、ＡＲＮＴＬ２、ＭＸＤ１、ＡＨＲＲ、ＴＦＥ３、ＨＥＳ２、ＭＮＴ、ＴＣＦ３、ＳＲＥＢＦ１、ＴＦＡＰ４、ＴＣＦＬ５、ＬＹＬ１、ＵＳＦ２、ＴＦＥＣ、ＡＨＲ、ＭＬＸ、ＭＹＦ６、ＭＹＦ５、ＳＩＭ１、ＴＦＥＢ、ＨＡＮＤ１、ＨＥＳ１、ＩＤ２、ＭＹＣＬ１、ＩＤ３、ＴＣＦ２１、ＭＸＩ１、ＳＯＨＬＨ２、ＭＹＯＧ、ＴＷＩＳＴ１、ＮＥＵＲＯＧ３、ＢＨＬＨＥ４１、ＮＥＵＲＯＤ４、ＭＸＤ４、ＢＨＬＨＥ２３、ＴＣＦ１５、ＭＡＸ、ＩＤ１、ＭＹＯＤ１、ＡＲＮＴＬ、ＢＨＬＨＥ４０、ＭＹＣＮ、ＣＬＯＣＫ、ＨＥＹ２、ＭＹＣ、ＡＳＣＬ１、ＴＣＦ１２、ＡＲＮＴ、ＨＥＳ６、ＦＥＲＤ３Ｌ、ＭＳＧＮ１、ＵＳＦ１、ＴＡＬ１、ＮＥＵＲＯＤ１、ＴＣＦ２３、ＨＥＹＬ、ＨＡＮＤ２、ＮＥＵＲＯＤ６、ＨＥＹ１、ＳＯＨＬＨ１、ＭＥＳＰ１、ＰＴＦ１Ａ、ＡＴＯＨ８、ＮＰＡＳ２、ＮＥＵＲＯＤ２、ＮＨＬＨ１、ＩＤ４、ＡＴＯＨ１、ＡＲＮＴ２、ＨＥＳ３、ＭＬＸＩＰ、ＡＳＣＬ３、ＫＩＡＡ２０１８、ＯＬＩＧ３、ＮＨＬＨ２、ＮＥＵＲＯＧ２、ＭＳＣ、ＨＥＳ７、ＡＴＯＨ７、ＢＨＬＨＡ１５、ＢＨＬＨＥ２２、ＮＥＵＲＯＧ１、ＦＩＧＬＡ、ＡＳＣＬ２、ＯＬＩＧ１、ＴＡＬ２、ＭＩＴＦ、ＳＣＸＢ、ＨＥＬＴ、ＡＳＣＬ４、ＭＥＳＰ２、ＨＥＳ４、ＳＣＸＡ、ＴＣＦ４、ＨＥＳ５、ＳＲＥＢＦ２、ＢＨＬＨＡ９、ＯＬＩＧ２、ＭＸＤ３、ＴＷＩＳＴ２、ＬＯＣ３８８５５３、Ｃ１３ｏｒｆ３８−ＳＯＨＬＨ２、ＣＥＢＰＥ、ＸＢＰ１、ＢＡＴＦ３、ＣＲＥＢ５、ＣＥＢＰＧ、ＡＴＦ３、ＡＴＦ７、ＣＥＢＰＢ、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＢＰＡ、ＣＢＦＢ、ＣＡＭＴＡ２、ＣＡＭＴＡ１、ＥＢＦ４、ＥＢＦ３、ＥＢＦ１、ＥＢＦ２、ＮＲ２Ｆ６、ＮＲ２Ｆ１、ＮＲ２Ｆ２、ＧＲＨＬ２、ＴＦＣＰ２Ｌ１、ＧＲＨＬ１、ＴＦＣＰ２、ＵＢＰ１、ＧＲＨＬ３、ＹＢＸ２、ＣＳＤＥ１、ＣＳＤＡ、ＹＢＸ１、ＬＩＮ２８Ａ、ＣＡＲＨＳＰ１、ＣＳＤＣ２、ＬＩＮ２８Ｂ、ＮＦＩＸ、ＮＦＩＣ、ＮＦＩＢ、ＮＦＩＡ、ＣＵＸ２、ＯＮＥＣＵＴ２、ＣＵＸ１、ＯＮＥＣＵＴ１、ＳＡＴＢ１、ＯＮＥＣＵＴ３、ＳＡＴＢ２、ＤＭＲＴ３、ＤＭＲＴ１、ＤＭＲＴＣ２、ＤＭＲＴＡ２、ＤＭＲＴＢ１、ＤＭＲＴ２、ＤＭＲＴＡ１、Ｅ２Ｆ２、Ｅ２Ｆ１、Ｅ２Ｆ３、ＴＦＤＰ２、Ｅ２Ｆ８、Ｅ２Ｆ５、Ｅ２Ｆ７、Ｅ２Ｆ６、ＴＦＤＰ３、ＴＦＤＰ１、Ｅ２Ｆ４、ＮＲ１Ｈ３、ＮＲ１Ｈ２、ＥＴＶ１、ＥＴＶ７、ＳＰＩ１、ＥＬＦ４、ＥＴＶ２、ＥＲＦ、ＥＬＦ２、ＥＬＫ３、ＥＴＶ３、ＥＬＦ１、ＳＰＤＥＦ、ＥＬＫ１、ＥＴＳ１、ＥＨＦ、ＥＬＦ５、ＥＴＶ６、ＳＰＩＢ、ＦＬＩ１、ＧＡＢＰＡ、ＥＲＧ、ＥＴＳ２、ＥＬＫ４、ＥＬＦ３、ＦＥＶ、ＳＰＩＣ、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＦＯＸＮ３、ＦＯＸＣ１、ＦＯＸＪ２、ＦＯＸＦ１、ＦＯＸＮ１、ＦＯＸＭ１、ＦＯＸＰ１、ＦＯＸＯ３、ＦＯＸＡ２、ＦＯＸＰ２、ＦＯＸＪ１、ＦＯＸＰ４、ＦＯＸＦ２、ＦＯＸＮ４、ＦＯＸＫ２、ＦＯＸＯ１、ＦＯＸＨ１、ＦＯＸＱ１、ＦＯＸＫ１、ＦＯＸＩ１、ＦＯＸＤ４、ＦＯＸＡ３、ＦＯＸＮ２、ＦＯＸＢ１、ＦＯＸＧ１、ＦＯＸＲ１、ＦＯＸＬ１、ＦＯＸＣ２、ＦＯＸＥ１、ＦＯＸＳ１、ＦＯＸＬ２、ＦＯＸＯ４、ＦＯＸＤ４Ｌ１、ＦＯＸＤ４Ｌ４、ＦＯＸＤ２、ＦＯＸＩ２、ＦＯＸＥ３、ＦＯＸＤ３、ＦＯＸＤ４Ｌ３、ＦＯＸＲ２、ＦＯＸＪ３、ＦＯＸＯ６、ＦＯＸＢ２、ＦＯＸＤ４Ｌ５、ＦＯＸＤ４Ｌ６、ＦＯＸＤ４Ｌ２、ＫＩＡＡ０４１５、ＦＯＸＡ１、ＦＯＸＰ３、ＧＣＭ２、ＧＣＭ１、ＮＲ３Ｃ１、ＧＴＦ２ＩＲＤ１、ＧＴＦ２Ｉ、ＧＴＦ２ＩＲＤ２Ｂ、ＧＴＦ２ＩＲＤ２、ＳＯＸ８、ＳＯＸ３０、ＰＭＳ１、ＣＩＣ、ＴＣＦ７、ＴＯＸ４、ＳＯＸ１０、ＨＭＧＸＢ４、ＨＢＰ１、ＴＦＡＭ、ＵＢＴＦ、ＷＨＳＣ１、ＳＯＸ６、ＨＭＧＸＢ３、ＢＢＸ、ＴＯＸ２、ＳＯＸ４、ＳＯＸ２１、ＳＯＸ９、ＳＯＸ１５、ＳＯＸ５、ＳＯＸ３、ＬＥＦ１、ＨＭＧ２０Ａ、ＳＯＸ１３、ＴＣＦ７Ｌ２、ＳＳＲＰ１、ＴＣＦ７Ｌ１、ＳＯＸ１７、ＳＯＸ１４、ＰＩＮＸ１、ＳＯＸ７、ＳＯＸ１１、ＳＯＸ１２、ＳＯＸ２、ＳＯＸ１、ＳＲＹ、ＳＯＸ１８、ＵＢＴＦＬ１、ＵＢＴＦＬ２、ＴＯＸ、ＨＭＧＢ１、ＨＭＧＢ２、ＰＢＲＭ１、ＴＯＸ３、ＳＭＡＲＣＥ１、ＨＭＧ２０Ｂ、ＨＭＧＢ３、ＨＭＧＡ２、ＨＭＧＡ１、ＡＲＸ、ＨＯＸＡ１１、ＭＥＯＸ１、ＤＬＸ６、ＩＳＬ１、ＨＯＸＣ８、ＢＡＲＸ２、ＡＬＸ４、ＧＳＣ２、ＤＬＸ３、ＰＩＴＸ１、ＨＯＸＡ９、ＨＯＸＡ１０、ＬＨＸ５、ＬＡＳＳ４、ＺＦＨＸ４、ＳＩＸ４、ＶＳＸ１、ＡＤＮＰ、ＲＨＯＸＦ１、ＭＥＩＳ３、ＰＢＸ４、ＤＬＸ５、ＨＯＸＡ１、ＨＯＸＡ２、ＨＯＸＡ３、ＨＯＸＡ５、ＨＯＸＡ６、ＨＯＸＡ１３、ＥＶＸ１、ＮＯＢＯＸ、ＭＥＯＸ２、ＬＨＸ２、ＬＨＸ６、ＬＨＸ３、ＴＬＸ１、ＰＩＴＸ３、ＨＯＸＢ６、ＨＮＦ１Ｂ、ＤＬＸ４、ＳＥＢＯＸ、ＶＴＮ、ＰＨＯＸ２Ｂ、ＮＫＸ３−２、ＤＢＸ１、ＮＡＮＯＧ、ＩＲＸ４、ＣＤＸ１、ＴＬＸ２、ＤＬＸ２、ＶＡＸ２、ＰＲＲＸ１、ＴＧＩＦ２、ＶＳＸ２、ＮＫＸ２−３、ＨＯＸＢ８、ＨＯＸＢ５、ＨＯＸＢ７、ＨＯＸＢ３、ＨＯＸＢ１、ＭＳＸ２、ＬＨＸ４、ＨＯＸＡ７、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１２、ＥＳＸ１、ＢＡＲＨＬ１、ＮＫＸ２−４、ＮＫＸ２−２、ＳＩＸ１、ＨＯＸＤ１、ＨＯＸＤ３、ＨＯＸＤ９、ＨＯＸＤ１０、ＨＯＸＤ１１、ＨＯＸＤ１３、ＭＮＸ１、ＣＤＸ４、ＢＡＲＸ１、ＲＨＯＸＦ２、ＬＨＸ１、ＧＳＣ、ＭＥＩＳ２、ＲＡＸ、ＥＭＸ１、ＮＫＸ２−８、ＮＫＸ２−１、ＨＬＸ、ＬＭＸ１Ｂ、ＳＩＸ３、ＬＢＸ１、ＰＤＸ１、ＬＡＳＳ５、ＺＦＨＸ３、ＢＡＲＨＬ２、ＬＨＸ９、ＬＡＳＳ２、ＭＥＩＳ１、ＤＬＸ１、ＨＭＢＯＸ１、ＺＥＢ１、ＶＡＸ１、ＮＫＸ６−２、ＶＥＮＴＸ、ＨＨＥＸ、ＴＧＩＦ２ＬＸ、ＬＡＳＳ３、ＡＬＸ３、ＨＯＸＢ１３、ＩＲＸ６、ＩＳＬ２、ＰＫＮＯＸ１、ＬＨＸ８、ＬＭＸ１Ａ、ＥＮ１、ＭＳＸ１、ＮＫＸ６−１、ＨＥＳＸ１、ＰＩＴＸ２、ＴＬＸ３、ＥＮ２、ＵＮＣＸ、ＧＢＸ１、ＮＫＸ６−３、ＺＨＸ１、ＨＤＸ、ＰＨＯＸ２Ａ、ＰＫＮＯＸ２、ＣＤＸ２、ＤＲＧＸ、ＮＫＸ３−１、ＰＢＸ３、ＰＲＲＸ２、ＧＢＸ２、ＳＨＯＸ２、ＧＳＸ１、ＨＯＸＤ４、ＨＯＸＤ１２、ＥＭＸ２、ＩＲＸ１、ＩＲＸ２、ＳＩＸ２、ＨＯＸＢ９、ＨＯＰＸ、ＯＴＰ、ＬＡＳＳ６、ＨＯＸＣ５、ＨＯＸＢ２、ＲＡＸ２、ＥＶＸ２、ＺＨＸ３、ＰＲＯＰ１、ＩＳＸ、ＨＯＸＤ８、ＴＧＩＦ２ＬＹ、ＩＲＸ５、ＳＩＸ５、ＴＧＩＦ１、ＩＲＸ３、ＺＨＸ２、ＬＢＸ２、ＮＫＸ２−６、ＡＬＸ１、ＧＳＸ２、ＨＯＸＣ９、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＢ４、ＮＫＸ２−５、ＳＩＸ６、ＭＩＸＬ１、ＤＢＸ２、ＰＢＸ１、ＳＨＯＸ、ＡＲＧＦＸ、ＨＭＸ３、ＨＭＸ２、ＢＳＸ、ＨＯＸＡ４、ＤＭＢＸ１、ＨＯＸＣ６、ＨＯＸＣ４、ＲＨＯＸＦ２Ｂ、ＰＢＸ２、ＤＵＸＡ、ＤＰＲＸ、ＬＥＵＴＸ、、ＮＯＴＯ、ＨＯＭＥＺ、ＨＭＸ１、ＤＵＸ４Ｌ５、ＤＵＸ４Ｌ２、ＤＵＸ４Ｌ３、ＤＵＸ４Ｌ６、ＮＫＸ１−１、ＨＮＦ１Ａ、ＨＳＦ４、ＨＳＦＹ２、ＨＳＦＸ１、ＨＳＦＸ２、ＨＳＦＹ１、ＨＳＦ１、ＬＣＯＲＬ、ＬＣＯＲ、ＩＲＦ６、ＩＲＦ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ５、ＩＲＦ４、ＩＲＦ８、ＩＲＦ２、ＩＲＦ７、ＩＲＦ９、ＭＢＤ３、ＢＡＺ２Ｂ、ＭＢＤ４、ＳＥＴＤＢ２、ＭＢＤ１、ＭＥＣＰ２、ＳＥＴＤＢ１、ＭＢＤ２、ＢＡＺ２Ａ、ＳＭＡＤ７、ＳＭＡＤ５、ＳＭＡＤ９、ＳＭＡＤ６、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＤ３、ＳＭＡＤ１、ＳＭＡＤ２、ＺＺＺ３、ＲＣＯＲ１、ＣＤＣ５Ｌ、ＭＹＢＬ２、ＤＮＡＪＣ２、ＴＡＤＡ２Ａ、ＲＣＯＲ３、ＭＹＢ、ＴＥＲＦ２、ＤＭＴＦ１、ＤＮＡＪＣ１、ＮＣＯＲ１、ＴＥＲＦ１、ＭＩＥＲ３、ＭＹＳＭ１、ＳＮＡＰＣ４、ＲＣＯＲ２、ＴＡＤＡ２Ｂ、ＭＹＢＬ１、ＴＥＲＦ１Ｐ２、ＮＣＯＲ２、ＣＣＤＣ７９、ＳＭＡＲＣＣ１、ＳＭＡＲＣＣ２、ＴＴＦ１、Ｃ１１ｏｒｆ９、ＮＦＹＡ、ＮＦＹＣ、ＮＦＹＢ、ＮＲＦ１、ＮＲ４Ａ３、ＮＲ４Ａ１、ＮＲ４Ａ２、ＥＳＲ１、ＮＲ０Ｂ２、ＮＲ０Ｂ１、ＰＲＥＢ、ＥＡＦ２、ＳＰＺ１、ＴＰ６３、ＴＰ７３、ＴＰ５３、ＰＡＸ６、ＰＡＸ７、ＰＡＸ２、ＰＡＸ４、ＰＡＸ８、ＰＡＸ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ５、ＰＡＸ９、ＳＵＢ１、ＰＯＵ２Ｆ２、ＰＯＵ１Ｆ１、ＰＯＵ４Ｆ３、ＰＯＵ６Ｆ２、ＰＯＵ２Ｆ３、ＰＯＵ２Ｆ１、ＰＯＵ４Ｆ２、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＯＵ６Ｆ１、ＰＯＵ３Ｆ２、ＰＯＵ３Ｆ１、ＰＯＵ３Ｆ４、ＰＯＵ３Ｆ３、ＰＯＵ５Ｆ１、ＰＯＵ５Ｆ１Ｂ、ＰＰＡＲＤ、ＰＰＡＲＧ、ＰＰＡＲＡ、ＰＧＲ、ＰＲＯＸ１、ＰＲＯＸ２、ＮＲ２Ｅ１、ＮＲ５Ａ２、ＮＲ２Ｃ１、ＮＲ５Ａ１、ＮＲ６Ａ１、ＥＳＲＲＡ、ＮＲ２Ｃ２、ＲＦＸ３、ＲＦＸ２、ＲＦＸ４、ＲＦＸ１、ＲＦＸ５、ＲＦＸ７、ＲＦＸ６、ＲＦＸ８、ＮＦＡＴＣ３、ＮＦＫＢ２、ＮＦＡＴＣ４、ＮＦＡＴＣ２、ＮＦＡＴ５、ＲＥＬＢ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＡＴＣ１、ＲＥＬ、ＲＥＬＡ、ＲＯＲＡ、ＲＯＲＣ、ＮＲ１Ｄ２、ＲＯＲＢ、ＲＵＮＸ３、ＲＵＮＸ１、ＳＰ１００、ＳＰ１４０、ＧＭＥＢ２、ＳＰ１１０、ＡＩＲＥ、ＧＭＥＢ１、ＤＥＡＦ１、ＳＰ１４０Ｌ、ＬＯＣ７２９９９１−ＭＥＦ２Ｂ、ＭＥＦ２Ａ、ＳＲＦ、ＭＥＦ２Ｄ、ＭＥＦ２Ｂ、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ５Ａ、ＳＴＡＴ４、ＳＴＡＴ６、ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ２、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＴＢＸ２１、ＴＢＸ５、ＴＢＸ１５、ＴＢＸ１８、ＴＢＸ２、ＴＢＸ４、ＴＢＸ２２、ＴＢＸ３、ＴＢＲ１、ＴＢＸ１９、ＴＢＸ６、ＥＯＭＥＳ、Ｔ、ＴＢＸ２０、ＴＢＸ１０、ＭＧＡ、ＴＢＸ１、ＴＥＡＤ３、ＴＥＡＤ２、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ４、ＣＲＥＢＬ２、ＮＦＥ２Ｌ３、ＣＲＥＢ３Ｌ３、ＦＯＳＬ２、ＮＦＥ２Ｌ１、ＣＲＥＭ、ＤＢＰ、ＣＲＥＢ３、ＨＬＦ、ＢＡＣＨ２、ＡＴＦ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＡＴＦ６、ＣＲＥＢ１、ＡＴＦ１、ＮＦＥ２、ＦＯＳＢ、ＡＴＦ４、ＮＲＬ、ＪＵＮＤ、ＪＤＰ２、ＣＲＥＢ３Ｌ４、ＢＡＴＦ、ＢＡＣＨ１、ＣＲＥＢ３Ｌ１、ＮＦＩＬ３、ＴＥＦ、ＢＡＴＦ２、ＡＴＦ５、ＦＯＳ、ＪＵＮＢ、ＤＤＩＴ３、ＦＯＳＬ１、ＪＵＮ、ＭＡＦ、ＣＲＥＢ３Ｌ２、ＭＡＦＡ、ＭＡＦＦ、ＭＡＦＧ、ＭＡＦＫ、ＭＡＦＢ、ＡＴＦ６Ｂ、ＣＲＸ、ＯＴＸ１、ＯＴＸ２、ＴＨＡＰ３、ＴＨＡＰ１０、ＴＨＡＰ１、ＰＲＫＲＩＲ、ＴＨＡＰ８、ＴＨＡＰ９、ＴＨＡＰ１１、ＴＨＡＰ２、ＴＨＡＰ６、ＴＨＡＰ４、ＴＨＡＰ５、ＴＨＡＰ７、ＮＲ１Ｈ４、ＮＲ２Ｅ３、ＲＡＲＢ、ＨＮＦ４Ａ、ＶＤＲ、ＥＳＲＲＢ、ＴＨＲＡ、ＮＲ１Ｄ１、ＲＡＲＡ、ＥＳＲ２、ＮＲ１Ｉ３、ＮＲ１Ｉ２、ＴＨＲＢ、ＮＲ３Ｃ２、ＨＮＦ４Ｇ、ＲＡＲＧ、ＲＸＲＡ、ＥＳＲＲＧ、ＲＸＲＢ、ＴＳＣ２２Ｄ１、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＴＳＣ２２Ｄ４、ＴＳＣ２２Ｄ２、ＴＵＬＰ３、ＴＵＬＰ２、ＴＵＬＰ１、ＴＵＬＰ４、ＴＵＢ、ＺＢＴＢ３３、ＺＢＴＢ３２、ＺＢＴＢ１１、ＭＹＮＮ、ＺＢＴＢ２５、ＰＡＴＺ１、ＺＢＴＢ１６、ＺＢＴＢ２４、ＢＣＬ６、ＺＢＴＢ４７、ＺＢＴＢ１７、ＺＢＴＢ４５、ＧＺＦ１、ＺＢＴＢ１、ＺＢＴＢ４６、ＺＢＴＢ８Ａ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＢＣＬ６Ｂ、ＺＢＴＢ４９、ＺＢＴＢ４３、ＨＩＣ２、ＺＢＴＢ２６、ＺＮＦ１３１、ＺＮＦ２９５、ＺＢＴＢ４、ＺＢＴＢ３４、ＺＢＴＢ３８、ＨＩＣ１、ＺＢＴＢ４１、ＺＢＴＢ７Ａ、ＺＮＦ２３８、ＺＢＴＢ４２、ＺＢＴＢ２、ＺＢＴＢ２０、ＺＢＴＢ４０、ＺＢＴＢ７Ｃ、ＺＢＴＢ３７、ＺＢＴＢ３、ＺＢＴＢ６、ＺＢＴＢ４４、ＺＦＰ１６１、ＺＢＴＢ１２、ＺＢＴＢ４８、ＺＢＴＢ１０、ＺＢＥＤ４、ＺＢＥＤ３、ＺＢＥＤ２、Ｃ１１ｏｒｆ９５、ＺＢＥＤ１、ＩＫＺＦ５、ＺＮＦ８２１、ＺＮＦ４５１、ＺＮＦ１９５、ＺＦＸ、ＺＮＦ２６３、ＺＮＦ２００、ＨＩＶＥＰ２、ＷＩＺ、ＺＮＦ５８２、ＳＮＡＩ２、ＺＦＰ６４、ＩＫＺＦ２、ＺＩＣ２、ＺＮＦ８００、ＰＲＤＭ１、ＰＲＤＭ６、ＺＦＰ１１２、ＺＮＦ２７５、ＺＮＦ７６、Ｚ
ＦＡＴ、ＫＬＦ６、ＺＦＹ、ＺＸＤＣ、ＧＬＩ２、ＺＮＦ５３２、ＺＮＦ３７Ａ、ＺＮＦ５１０、ＺＮＦ５０６、ＺＮＦ３２４、ＺＮＦ６７１、ＺＮＦ４１６、ＺＮＦ５８６、ＺＮＦ４４６、ＺＮＦ８、ＺＮＦ２６４、ＲＥＳＴ、ＭＥＣＯＭ、ＺＮＦ２１３、ＺＮＦ３４３、ＺＮＦ３０２、ＺＮＦ２６８、ＺＮＦ１０、ＨＩＶＥＰ１、ＺＮＦ１８４、ＭＺＦ１、ＳＡＬＬ４、ＺＮＦ５１６、ＫＬＦ８、ＫＬＦ５、ＺＮＦ６２９、ＺＮＦ４２３、ＣＴＣＦ、ＺＮＦ５００、ＺＮＦ１７４、ＳＡＬＬ１、ＭＡＺ、ＺＮＦ４１９、ＯＶＯＬ３、ＺＮＦ１７５、ＺＮＦ１４、ＺＮＦ５７４、ＺＮＦ８５、ＳＰ４、ＺＫＳＣＡＮ１、ＧＬＩ３、ＧＬＩＳ３、ＫＬＦ３、ＰＲＤＭ４、ＧＬＩ１、ＰＲＤＭ１３、ＺＮＦ１４２、ＰＲＤＭ２、ＺＮＦ６８４、ＺＮＦ５４１、ＫＬＦ７、ＰＬＡＧＬ１、ＺＮＦ４３０、ＫＬＦ１２、ＫＬＦ９、ＺＮＦ４１０、ＢＣＬ１１Ａ、ＥＧＲ１、ＺＦＰ３０、ＴＳＨＺ３、ＺＮＦ５４９、ＺＳＣＡＮ１８、ＺＮＦ２１１、ＺＮＦ６３９、ＺＳＣＡＮ２０、ＧＴＦ３Ａ、ＺＮＦ２０５、ＺＮＦ６４４、ＥＧＲ２、ＩＫＺＦ４、ＣＴＣＦＬ、ＺＮＦ８３１、ＳＮＡＩ１、ＺＮＦ５７６、ＺＮＦ４５、ＴＲＥＲＦ１、ＺＮＦ３９１、ＲＲＥＢ１、ＺＮＦ１３３、ＯＶＯＬ２、ＺＮＦ４３６、ＰＬＡＧＬ２、ＧＬＩＳ２、ＺＮＦ３８４、ＺＮＦ４８４、ＨＩＶＥＰ３、ＢＣＬ１１Ｂ、ＫＬＦ２、ＺＮＦ７８０Ｂ、ＦＥＺＦ１、ＫＬＦ１６、ＺＳＣＡＮ１０、ＺＮＦ５５７、ＺＮＦ３３７、ＰＲＤＭ１２、ＺＮＦ３１７、ＺＮＦ４２６、ＺＮＦ３３１、ＺＮＦ２３６、ＺＮＦ３４１、ＺＮＦ２２７、ＺＮＦ１４１、ＺＮＦ３０４、ＺＳＣＡＮ５Ａ、ＺＮＦ１３２、ＺＮＦ２０、ＥＧＲ４、ＺＮＦ６７０、ＶＥＺＦ１、ＫＬＦ４、ＺＦＰ３７、ＺＮＦ１８９、ＺＮＦ１９３、ＺＮＦ２８０Ｄ、ＰＲＤＭ５、ＺＮＦ７４０、ＺＩＣ５、ＺＳＣＡＮ２９、ＺＮＦ７１０、ＺＮＦ４３４、ＺＮＦ２８７、ＺＩＭ３、ＰＲＤＭ１５、ＺＦＰ１４、ＺＮＦ７８７、ＺＮＦ４７３、ＺＮＦ６１４、ＰＲＤＭ１６、ＺＮＦ６９７、ＺＮＦ６８７、ＯＳＲ１、ＺＮＦ５１４、ＺＮＦ６６０、ＺＮＦ３００、ＲＢＡＫ、ＺＮＦ９２、ＺＮＦ１５７、ＺＮＦ１８２、ＺＮＦ４１、ＺＮＦ７１１、ＰＲＤＭ１４、ＺＮＦ７、ＺＮＦ２１４、ＺＮＦ２１５、ＳＡＬＬ３、ＺＮＦ８２７、ＺＮＦ５４７、ＺＮＦ７７３、ＺＮＦ７７６、ＺＮＦ２５６、ＺＳＣＡＮ１、ＺＮＦ８３７、ＰＲＤＭ８、ＺＮＦ１１７、ＺＩＣ１、ＦＥＺＦ２、ＺＮＦ５９９、ＺＮＦ１８、ＫＬＦ１０、ＺＫＳＣＡＮ２、ＺＮＦ６８９、ＺＩＣ３、ＺＮＦ１９、ＺＳＣＡＮ１２、ＺＮＦ２７６、ＺＮＦ２８３、ＺＮＦ２２１、ＺＮＦ２２５、ＺＮＦ２３０、ＺＮＦ２２２、ＺＮＦ２３４、ＺＮＦ２３３、ＺＮＦ２３５、ＺＮＦ３６２、ＺＮＦ２０８、ＺＮＦ７１４、ＺＮＦ３９４、ＺＮＦ３３３、ＺＮＦ３８２、ＩＫＺＦ３、ＺＮＦ５７７、ＺＮＦ６５３、ＺＮＦ７５Ａ、ＧＦＩ１、ＺＮＦ２８１、ＺＮＦ４９６、ＺＮＦ２、ＺＮＦ５１３、ＺＮＦ１４８、ＫＬＦ１５、ＺＮＦ６９１、ＺＮＦ５８９、ＰＲＤＭ９、ＺＮＦ１２、ＳＰ８、ＯＳＲ２、ＺＮＦ３６７、ＺＮＦ２２、ＧＦＩ１Ｂ、ＺＮＦ２１９、ＳＡＬＬ２、ＺＮＦ３１９、ＺＮＦ２０２、ＺＮＦ１４３、ＺＮＦ３、ＺＳＣＡＮ２１、ＺＮＦ６０６、ＳＰ２、ＺＮＦ９１、ＺＮＦ２３、ＺＮＦ２２６、ＺＮＦ２２９、ＺＮＦ１８０、ＺＮＦ６６８、ＺＮＦ６４６、ＺＮＦ６４１、ＺＮＦ６１０、ＺＮＦ５２８、ＺＮＦ７０１、ＺＮＦ５２６、ＺＮＦ１４６、ＺＮＦ４４４、ＺＮＦ８３、ＺＮＦ５５８、ＺＮＦ２３２、Ｅ４Ｆ１、ＺＮＦ５９７、ＩＮＳＭ２、ＺＮＦ３０、ＺＮＦ５０７、ＺＮＦ３５４Ａ、ＺＥＢ２、ＺＮＦ３２、ＫＬＦ１３、ＺＦＰＭ２、ＺＮＦ７６４、ＺＮＦ７６８、ＺＮＦ３５、ＺＮＦ７７８、ＺＮＦ２１２、ＺＮＦ２８２、ＰＲＤＭ１０、ＳＰ７、ＳＣＲＴ１、ＺＮＦ１６、ＺＮＦ２９６、ＺＮＦ１６０、ＺＮＦ４１５、ＺＮＦ６７２、ＺＮＦ６９２、ＺＮＦ４３９、ＺＮＦ４４０、ＺＮＦ５８１、ＺＮＦ５２４、ＺＮＦ５６２、ＺＮＦ５６１、ＺＮＦ５８４、ＺＮＦ２７４、ＺＩＫ１、ＺＮＦ５４０、ＺＮＦ５７０、ＫＬＦ１７、ＺＮＦ２１７、ＺＮＦ５７、ＺＮＦ５５６、ＺＮＦ５５４、ＫＬＦ１１、ＨＩＮＦＰ、ＺＮＦ２４、ＺＮＦ５９６、ＯＶＯＬ１、ＳＰ３、ＺＮＦ６２１、ＺＮＦ６８０、ＢＮＣ２、ＺＮＦ４８３、ＺＮＦ４４９、ＩＮＳＭ１、ＺＮＦ４１７、ＺＮＦ７９１、ＺＮＦ８０、ＧＬＩＳ１、ＺＮＦ４９７、ＫＬＦ１４、ＺＮＦ２６６、ＺＩＣ４、ＺＮＦ４０８、ＺＮＦ５１９、ＺＮＦ２５、ＺＮＦ７７、ＺＮＦ１６９、ＺＮＦ６１３、ＺＮＦ６８３、ＺＮＦ１３５、ＺＳＣＡＮ２、ＺＮＦ５７５、ＺＮＦ４９１、ＺＮＦ６２０、ＺＮＦ６１９、ＺＮＦ３５４Ｃ、ＺＮＦ１１４、ＺＮＦ３６６、ＺＮＦ４５４、ＺＮＦ５４３、ＺＮＦ３５４Ｂ、ＺＮＦ２２３、ＺＮＦ７１３、ＺＮＦ８５２、ＺＮＦ５５２、ＺＦＰ４２、ＺＮＦ６６４、ＥＧＲ３、ＺＦＰＭ１、ＺＮＦ７８４、ＺＮＦ６４８、ＦＩＺ１、ＺＮＦ７７１、ＴＳＨＺ１、ＺＮＦ４８、ＺＮＦ８１６、ＺＮＦ５７１、ＺＳＣＡＮ４、ＺＮＦ５９４、ＺＦＰ３、ＺＮＦ４４３、ＺＮＦ７９２、ＺＮＦ５７２、ＺＮＦ７０７、ＺＮＦ７４６、ＺＮＦ３２２Ａ、ＺＮＦ４６７、ＺＮＦ６７８、ＺＦＰ４１、ＨＫＲ１、ＰＬＡＧ１、ＺＮＦ３２９、ＺＮＦ１０１、ＺＮＦ７１６、ＺＮＦ７０８、ＺＳＣＡＮ２２、ＺＮＦ６６２、ＺＮＦ３２０、ＺＮＦ６２３、ＺＮＦ５３０、ＺＮＦ２８５、ＺＦＰ１、ＷＴ１、ＺＦＰ９０、ＺＮＦ４７９、ＺＮＦ４４５、ＺＮＦ７４、ＳＰ１、ＳＮＡＩ３、ＺＮＦ６９６、ＩＫＺＦ１、ＺＮＦ２６７、ＺＮＦ５６６、ＺＮＦ２２４、ＺＮＦ５２９、ＺＮＦ２８４、ＺＮＦ７４９、ＺＮＦ１７、ＺＮＦ５５５、ＺＮＦ７５Ｄ、ＺＮＦ５０１、ＺＮＦ１９７、ＺＮＦ３９６、ＺＦＰ９１、ＺＮＦ７３２、ＺＮＦ３９７、ＺＳＣＡＮ３０、ＺＮＦ５４６、ＺＮＦ２８６Ａ、ＺＫＳＣＡＮ４、ＺＮＦ７０、ＺＮＦ６４３、ＺＮＦ６４２、ＺＳＣＡＮ２３、ＺＮＦ４９０、ＺＮＦ６２６、ＺＮＦ７９３、ＺＮＦ３８３、ＺＮＦ６６９、ＺＮＦ５５９、ＺＮＦ１７７、ＺＮＦ５４８、ＭＴＦ１、ＺＮＦ３２２Ｂ、ＺＮＦ５６３、ＺＮＦ２９２、ＺＮＦ５６７、ＳＰ６、ＺＮＦ５７３、ＺＮＦ５２７、ＺＮＦ３３Ａ、ＺＮＦ６００、ＺＫＳＣＡＮ３、ＺＮＦ６７６、ＺＮＦ６９９、ＺＮＦ２５０、ＺＮＦ７９、ＺＮＦ６８１、ＺＮＦ７６６、ＺＮＦ１０７、ＺＮＦ４７１、ＺＮＦ８３６、ＺＮＦ４９３、ＺＮＦ１６７、ＺＮＦ５６５、ＺＮＦ３４、ＺＮＦ７８１、ＺＮＦ１４０、ＺＮＦ７７４、ＺＮＦ６５８、ＺＮＦ７６５、ＺＮＦ１２４、ＺＮＦ５６９、ＺＮＦ７７７、ＺＮＦ７７５、ＺＮＦ７９９、ＺＮＦ７８２、ＺＮＦ８４６、ＺＮＦ１３６、ＺＫＳＣＡＮ５、ＺＮＦ５０２、ＺＦＰ６２、ＺＮＦ３３Ｂ、ＺＮＦ５１２Ｂ、ＺＮＦ４３１、ＺＮＦ４１８、ＺＮＦ７００、ＺＮＦ２３９、ＺＳＣＡＮ１６、ＺＦＰ２８、ＺＮＦ７０５Ａ、ＺＮＦ５８５Ａ、ＺＮＦ１３８、ＺＮＦ４２９、ＺＮＦ４７０、ＺＮＦ１００、ＺＮＦ３９８、ＺＮＦ４９８、ＺＮＦ４４１、ＺＮＦ４２０、ＺＮＦ７６３、ＺＮＦ６７９、ＺＮＦ６８２、ＺＮＦ７７２、ＺＮＦ２５７、ＺＮＦ７８５、ＺＳＣＡＮ５Ｂ、ＺＮＦ１６５、ＺＮＦ６５５、ＺＮＦ９８、ＺＮＦ７８６、ＺＮＦ５１７、ＺＮＦ６７５、ＺＮＦ８６０、ＺＮＦ６２８、ＺＮＦ６６５、ＺＮＦ６２４、ＺＮＦ８４１、ＺＮＦ６１５、ＺＮＦ３５０、ＺＮＦ４３２、ＺＮＦ４３３、ＺＮＦ４６０、ＺＮＦ８１、ＺＮＦ７８０Ａ、ＺＮＦ４６１、ＺＮＦ１８１、ＬＯＣ１００２８７８４１、ＺＮＦ４４、ＺＮＦ７９０、ＺＮＦ６７７、ＺＮＦ８２３、ＺＮＦ３１１、ＺＮＦ３４７、ＺＮＦ７１、ＺＮＦ１２１、ＺＮＦ３３５、ＺＮＦ５６０、ＺＮＦ２７３、ＺＮＦ８４、ＺＮＦ６６７、ＺＮＦ６４９、ＺＮＦ２４８、ＺＮＦ５４４、ＺＮＦ７７０、ＺＮＦ７３７、ＺＮＦ２５１、ＺＮＦ６０７、ＺＮＦ３３４、ＺＸＤＡ、ＺＮＦ４８５、ＺＩＭ２、ＰＥＧ３、ＺＮＦ１９２、ＺＮＦ４４２、ＺＮＦ８１３、ＺＮＦ２６、ＺＮＦ６９、ＺＮＦ５８３、ＺＮＦ５６８、ＺＸＤＢ、ＺＮＦ４８０、ＺＮＦ５８７、ＺＮＦ８０８、ＺＮＦ４３、ＺＮＦ２８、ＺＮＦ６２７、ＺＮＦ７８９、ＺＮＦ５３６、ＺＮＦ５３４、ＺＮＦ６５２、ＺＮＦ５２１、ＺＮＦ３５８、ＺＦＰ２、ＳＰ５、ＺＮＦ８１４、ＺＮＦ５５１、ＺＮＦ８０５、ＺＳＣＡＮ５Ｃ、ＺＮＦ４６８、ＺＮＦ６１６、ＺＦＰ５７、ＺＮＦ１５５、ＺＮＦ７８３、ＺＮＦ４２５、ＺＮＦ５８０、ＺＮＦ６１１、ＺＮＦ２５４、ＺＮＦ６２５、ＺＮＦ１３４、ＺＮＦ８４５、ＺＮＦ９９、ＺＮＦ２５３、ＺＮＦ９０、ＺＮＦ９３、ＺＮＦ４８６、ＲＥＰＩＮ１、ＬＯＣ１００１３１５３９、ＺＮＦ７０５Ｄ、ＬＯＣ１００１３２３９６、ＺＮＦ７０５Ｇ、ＳＣＲＴ２、ＺＮＦ４０７、ＳＰ９、ＺＮＦ５７９、ＺＮＦ８８０、ＺＮＦ６３０、ＺＮＦ８４４、ＺＮＦ４６９、ＺＮＦ７１７、ＺＮＦ８６５、ＺＮＦ４９２、ＺＮＦ６８８、ＹＹ２、ＺＮＦ８７８、ＺＮＦ８７９、ＺＮＦ７３６、ＺＮＦ３２３、ＺＮＦ７０９、ＺＮＦ５１２、ＺＮＦ５８５Ｂ、ＺＮＦ１５４、ＺＮＦ３２４Ｂ、ＺＮＦ５６４、ＺＦＰ８２、ＧＬＩ４、ＺＮＦ６７４、ＺＮＦ３４５、ＺＮＦ５５０、ＫＬＦ１、ＹＹ１、ＭＹＳＴ２、ＳＴ１８、Ｌ３ＭＢＴＬ４、ＭＹＴ１Ｌ、ＭＹＴ１、Ｌ３ＭＢＴＬ１、ＭＴＡ３、ＧＡＴＡ１、ＴＲＰＳ１、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ５、ＧＡＴＡ４、ＧＡＴＡ６、ＧＡＴＡＤ２Ｂ、ＧＡＴＡＤ１、ＧＡＴＡ２、ＭＴＡ１、ＺＧＬＰ１、ＭＴＡ２、ＲＥＲＥ、Ｃ１６ｏｒｆ５、ＬＩＴＡＦ、ＰＩＡＳ１、ＰＩＡＳ２、ＰＩＡＳ４、ＺＭＩＺ１、ＺＭＩＺ２、ＰＩＡＳ３、ＲＮＦ１３８、ＮＦＸ１、ＮＦＸＬ１、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【０３４８】
いくつかの実施形態では、細胞を、ある細胞型から別の細胞型へ操作する（例えば、変換するか、または分化させる）。いくつかの実施形態では、膵臓細胞をβ脾島細胞へ操作する。いくつかの実施形態では、線維芽細胞をｉＰＳ細胞へ操作する。いくつかの実施形態では、前脂肪細胞を褐色脂肪細胞へ操作する。他の例示的な細胞として、例えば、筋肉細胞、神経細胞、白血球、及びリンパ球が挙げられる。
【０３４９】
いくつかの実施形態では、細胞は、疾患細胞または変異体保有細胞である。そのような細胞を操作して疾患を治療し、例えば、突然変異を修正するか、または細胞の表現型を変化させ、例えばがん細胞の増殖を阻害することができる。例えば、細胞は、本明細書に記載の１つ以上の疾患または病態に関連している。
【０３５０】
いくつかの実施形態では、操作対象の細胞は正常細胞である。
【０３５１】
いくつかの実施形態では、操作対象の細胞は、幹細胞または前駆細胞（例えば、ｉＰＳ、胚、造血、脂肪、生殖、肺、または神経の幹細胞または前駆細胞）である。いくつかの実施形態では、操作する細胞は、３つの胚葉のいずれか由来の細胞であり得る（すなわち、中胚葉、内胚葉または外胚葉。いくつかの実施形態では、操作する細胞は、胚外組織由来、例えば胎盤由来であり得る。
【０３５２】
いくつかの実施形態では、操作対象の細胞は、線維芽細胞、単球前駆細胞、Ｂ細胞、外分泌細胞、膵臓前駆細胞、内分泌前駆細胞、肝芽細胞、筋芽細胞、または前脂肪細胞から選択される。いくつかの実施形態では、細胞を、筋肉細胞、赤血球−巨核球細胞、好酸球、ｉＰＳ細胞、マクロファージ、Ｔ細胞、膵島β細胞、ニューロン、心筋細胞、血球、内分泌前駆細胞、外分泌前駆細胞、乳管細胞、腺房細胞、α細胞、β細胞、δ細胞、ＰＰ細胞、肝細胞、胆管細胞、血管芽細胞、中胚葉性血管芽細胞または褐色脂肪細胞へ操作する（例えば変換するか、または分化させる）。
【０３５３】
いくつかの実施形態では、細胞は、筋肉細胞、赤血球−巨核球細胞、好酸球、ｉＰＳ細胞、マクロファージ、Ｔ細胞、膵島β細胞、ニューロン、心筋細胞、血球、内分泌前駆細胞、外分泌前駆細胞、乳管細胞、腺房細胞、α細胞、β細胞、δ細胞、ＰＰ細胞、肝細胞、胆管細胞、または白色もしくは褐色脂肪細胞である。
【０３５４】
いくつかの実施形態では、細胞は、前駆細胞、多能性細胞、全能性細胞、成体幹細胞、内部細胞塊細胞、胚性幹細胞、またはｉＰＳ細胞である。
【０３５５】
いくつかの実施形態では、操作対象の細胞はがん細胞である。いくつかの実施形態では、がん細胞は、肺癌細胞、乳癌細胞、皮膚癌細胞、脳癌細胞、膵臓癌細胞、造血系癌細胞、肝癌細胞、腎癌細胞、卵巣癌細胞、前立腺癌細胞、皮膚癌細胞であり得る。いくつかの実施形態では、細胞は、筋肉細胞、赤血球−巨核球細胞、好酸球、ｉＰＳ細胞、マクロファージ、Ｔ細胞、膵島β細胞、ニューロン、心筋細胞、血球、内分泌前駆細胞、外分泌前駆細胞、乳管細胞、腺房細胞、α細胞、β細胞、δ細胞、ＰＰ細胞、肝細胞、胆管細胞、または白色もしくは褐色脂肪細胞である。
【０３５６】
細胞（複数可）へのＤＮＡＰＫ阻害剤及び遺伝子編集系の投与
細胞（複数可）へのゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤の投与は、当技術分野で公知の任意の方法によって行うことができる。投与は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏであり得る。細胞（複数可）へのゲノム編集系及びＤＮＡＰＫ阻害剤の投与は、同時にまたは順次行うことができる。いくつかの実施形態では、投与により、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系の成分を細胞膜に進入させる。いくつかの実施形態では、投与により、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系の成分を細胞核に進入させる。いくつかの実施形態では、投与は、ＤＮＡＰＫ阻害剤及びゲノム編集系の存在下で細胞をインキュベートすることを含む。
【０３５７】
遺伝子編集系は、当技術分野で公知の任意の方法によって細胞（複数可）に投与することができる。例えば、当技術分野で公知の任意の核酸またはタンパク質送達方法を使用することができる。遺伝子編集系は、遺伝子編集系の成分をコードする核酸として細胞に投与（例えば送達）される。遺伝子編集系は、ウイルスベクターまたは非ウイルスベクターのいずれによっても細胞に投与することができる。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターを使用する。ウイルスベクターは、レトロウイルス（例えば、マウス白血病、ＨＩＶ、またはレンチウイルス）またはＤＮＡウイルス（例えば、アデノウイルス、単純ヘルペス、及びアデノ随伴）であり得る。いくつかの実施形態では、形質移入法（例えば、非ウイルス型送達方法）を使用してゲノム編集系を細胞に導入する。形質移入法は、細胞をＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム、リポソームと接触させるか、またはプラスミドを細胞に電気穿孔することを含む。非ウイルス送達のさらなる方法として、電気穿孔、リポフェクション、マイクロインジェクション、微粒子銃、ビロソーム、リポソーム、イムノリポソーム、ポリカチオンまたは脂質：核酸複合体、裸のＤＮＡ、裸のＲＮＡ、人工ビリオン、及び薬剤によるＤＮＡ取込みの増強が挙げられる。例えばＳｏｎｉｔｒｏｎ２０００系（Ｒｉｃｈ−Ｍａｒ）を用いたソノポレーション法も核酸の送達に使用することができる。いくつかの実施形態では、１つ以上の核酸をｍＲＮＡとして送達する。いくつかの実施形態では、キャップ形成ｍＲＮＡを使用して、翻訳効率及び／またはｍＲＮＡ安定性を高める。いくつかの実施形態では、ＡＲＣＡ（アンチリバースキャップアナログ）キャップまたはそのバリアントを使用する。米国特許ＵＳ７０７４５９６及びＵＳ８１５３７７３参照。
【０３５８】
ある実施形態では、エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ、Ｃｐｆ１など）及びｇＲＮＡを、ＤＮＡから転写する。
【０３５９】
ある実施形態では、エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ、Ｃｐｆ１など）をＤＮＡから転写し、ｇＲＮＡをＲＮＡとして提供する。
【０３６０】
ある実施形態では、エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ、Ｃｐｆ１など）及びｇＲＮＡを、ＲＮＡとして提供する。
【０３６１】
ある実施形態では、エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ、Ｃｐｆ１など）をタンパク質として提供し、ｇＲＮＡをＤＮＡとして提供する。
【０３６２】
ある実施形態では、エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ、Ｃｐｆ１など）をタンパク質として提供し、ｇＲＮＡをＲＮＡとして提供する。
【０３６３】
さらなる核酸送達系として、Ａｍａｘａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｃｏｌｏｇｎｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、Ｍａｘｃｙｔｅ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ）、ＢＴＸ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｈｏｌｌｉｓｔｏｎ，ＭＡ）及びＣｏｐｅｒｎｉｃｕｓ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  Ｉｎｃによって提供されるものが挙げられる（例えばＵＳ６００８３３６参照）。リポフェクションは、例えば、米国特許第５，０４９，３８６号；第４，９４６，７８７号；及び第４，８９７，３５５号）に記載されており、リポフェクション試薬は市販されている（例えば、Ｔｒａｎｓｆｅｃｔａｍ（商標）及びＬｉｐｏｆｅｃｔｉｎ（商標）及びＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）ＲＮＡｉＭＡＸ）。ポリヌクレオチドの効率的な受容体認識リポフェクションに適したカチオン性及び中性脂質として、Ｆｅｉｇｎｅｒ、ＷＯ９１／１７４２４、ＷＯ９１／１６０２４のものが挙げられる。送達は、細胞（ｅｘ  ｖｉｖｏ投与）または標的組織（ｉｎ  ｖｉｖｏ投与）に対して行うことができる。
【０３６４】
免疫脂質複合体などの標的化リポソームを含む脂質：核酸複合体の調製は、当業者に周知である（例えば、Ｃｒｙｓｔａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７０：４０４−４１０（１９９５）；Ｂｌａｅｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２：２９１−２９７（１９９５）；Ｂｅｈｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．５：３８２−３８９（１９９４）；Ｒｅｍｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．５：６４７−６５４（１９９４）；Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ２：７１０−７２２（１９９５）；参照。
【０３６５】
さらなる送達方法として、送達する核酸のＥｎＧｅｎｅＩＣ送達ビヒクル（ＥＤＶ）へのパッケージングの使用が挙げられる。これらのＥＤＶを、二重特異性抗体を用いて標的組織に特異的に送達し、その場合、その抗体の一方のアームは標的組織に対して特異性を有し、他方はＥＤＶに対して特異性を有する。抗体はＥＤＶを標的細胞表面に輸送し、次にＥＤＶをエンドサイトーシスによって細胞内に輸送する。細胞内に入ると、内容物が放出される（ＭａｃＤｉａｒｍｉｄ  ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２７（７）：６４３）Ａｈｍａｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５２：４８１７−４８２０（１９９２）；米国特許第４，１８６，１８３号、第４，２１７，３４４号、第４，２３５，８７１号、第４，２６１，９７５号、第４，４８５，０５４号、第４，５０１，７２８号、第４，７７４，０８５号、第４，８３７，０２８号、及び第４，９４６，７８７号参照）。
【０３６６】
いくつかの実施形態では、形質移入は一過性にすることができ、その場合、プラスミドを含有する形質移入したゲノム編集系は核に入るが、複製中に細胞のゲノムに組み込まれることはない。形質移入は安定的にすることができ、その場合、形質移入したプラスミドは細胞のゲノム領域に組み込まれるようになる。
【０３６７】
一過性発現を使用するいくつかの実施形態では、アデノウイルスベースの系を使用することができる。アデノウイルスベースのベクターは、多くの細胞型において非常に高い形質導入効率を可能とし、細胞分裂を必要としない。そのようなベクターを用いて、高力価及び高レベルの発現が得られてきた。このベクターは比較的シンプルな系で大量に生産することができる。アデノ随伴ウイルス（「ＡＡＶ」）ベクターもまた、例えば核酸及びペプチドのｉｎ  ｖｉｔｒｏ生産において標的核酸で細胞を形質導入するために、ならびにｉｎ  ｖｉｖｏ及びｅｘ  ｖｉｖｏでの遺伝子治療手順のために、使用される（例えば、Ｗｅｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １６０：３８−４７（１９８７）；米国特許第４，７９７，３６８号；ＷＯ９３／２４６４１；Ｋｏｔｉｎ，Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ５：７９３−８０１（１９９４）；Ｍｕｚｙｃｚｋａ，Ｊ．．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９４：１３５１（１９９４）参照。組換えＡＡＶベクターの構築は、米国特許第５，１７３，４１４号；Ｔｒａｔｓｃｈｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：３２５１−３２６０（１９８５）；Ｔｒａｔｓｃｈｉｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．４：２０７２−２０８１（１９８４）；Ｈｅｒｍｏｎａｔ  ＆  Ｍｕｚｙｃｚｋａ，ＰＮＡＳ  ８１：６４６６−６４７０（１９８４）；及びＳａｍｕｌｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ  ６３：０３８２２−３８２８（１９８９）を含む多くの刊行物に記載されている。
【０３６８】
いくつかの実施形態では、細胞（複数可）へのＤＮＡＰＫ阻害剤の投与は、ＤＮＡＰＫ阻害剤、ならびに細胞膜及び／または細胞核へのＤＮＡＰＫ阻害剤の進入を可能にする任意の適切な培地の存在下で単離細胞（複数可）を培養することによって行う。
【０３６９】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏで細胞（複数可）に投与する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に、約５時間、１０時間、１５時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、２５時間、３０時間、３５時間、４０時間、４５時間、５０時間、５５時間、６０時間、６５時間、７０時間、８５時間、９０時間、１００時間、１２５時間、１５０時間、２００時間、またはその間の任意の期間にわたって接触させる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に、約１．５週間、２．０週間、２．５週間、３．０週間、３．５週間、４週間、またはその間の任意の期間にわたって接触させる。ＤＮＡＰＫ阻害剤は、細胞培養培地の交換に伴って再投与してもよい。ＤＮＡＰＫ阻害剤は、ゲノム編集系成分の導入前、導入中または導入後に、細胞と接触させることができる。
【０３７０】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に、約０．１μＭ、０．２５μＭ、０．５μＭ、０．７５μＭ、１．０μＭ、１．２５μＭ、１．５０μＭ、１．７５μＭ、２．０μＭ、２．５μＭ、３．０μＭ、３．５μＭ、４．０μＭ、４．５μＭ、５．０μＭ、５．５μＭ、６．０μＭ、６．５μＭ、７．０μＭ、７．５μＭ、８．０μＭ、８．５μＭ、９．０μＭ、９．５μＭ、１０μＭ、１０．５μＭ、１１．０μＭ、１１．５μＭ、１２μＭの濃度で、またはその間の任意の濃度で投与する。ＤＮＡＰＫ阻害剤濃度は、投与の過程で変更することができる。
【０３７１】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集成分を細胞（複数可）に、１つ以上のベクターによって、もしくはＲＮＡ、ｍＲＮＡの形態で、またはエンドヌクレアーゼ成分の場合には精製タンパク質もしくはｍＲＮＡ（例えばＣａｓ９タンパク質）として送達する。１つ以上のベクターには、ウイルスベクター、プラスミドまたはｓｓＤＮＡが含まれ得る。ウイルスベクターには、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、及び単純ヘルペスウイルスベクター、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得る。いくつかの実施形態では、遺伝子編集成分を、ＲＮＡまたは合成ＲＮＡを介して送達する。
【０３７２】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞に投与すると、細胞にＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しないベースライン条件に比べて、相同指向性修復による遺伝子編集の結果が増加する。いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、標的上または標的外のいずれかにおけるインデル（ＮＨＥＪ由来）の抑制がもたらされる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、目的の遺伝子の発現が増加または減少する。遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、細胞にとって内在性ではない遺伝子を発現させることができる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、細胞（複数可）からの遺伝子の完全もしくは部分的除去、または改変がもたらされる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、細胞（複数可）内のイントロン及び／またはエキソンの完全もしくは部分的除去、または改変がもたらされる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、細胞内の非コード領域の完全もしくは部分的除去、または改変がもたらされる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、細胞（複数可）内の同時もしくは順次、完全もしくは部分的除去、またはコード及び／または非コード遺伝子領域の改変がもたらされる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞（複数可）に投与すると、細胞（複数可）内の同時及び／または順次、完全もしくは部分的除去、または染色体外ＤＮＡもしくはＲＮＡを含むコード及び／または非コード遺伝子領域の改変がもたらされる。染色体外ＤＮＡは、ミトコンドリアＤＮＡ、葉緑体ＤＮＡ、染色体外環状ＤＮＡ、またはウイルス染色体外ＤＮＡであり得る。
【０３７３】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞に投与すると、目的の遺伝子の発現が増加または減少する。いくつかの実施形態では、目的の遺伝子の発現の増加または減少は、細胞にＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しないベースライン条件に比べて、約２．５％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％であるか、またはそれらの間であり得る。いくつかの実施形態では、目的の遺伝子の増加または減少は、細胞にＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しないベースライン発現レベルに比べて、約０．５倍、１．０倍、１．５倍、２．０倍、２．５倍、３．０倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍もしくは１０倍であるか、またはそれらの間であり得る。
【０３７４】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集系と共にＤＮＡＰＫ阻害剤を細胞に投与すると、ゲノム編集が増加する。いくつかの実施形態では、ゲノム編集の増加は、細胞にＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しないベースライン条件に比べて、約２．５％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％であるか、またはそれらの間であり得る。いくつかの実施形態では、ゲノム編集の増加は、目的の遺伝子の増加または減少は、細胞にＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しないベースライン発現レベルに比べて、約０．５倍、１．０倍、１．５倍、２．０倍、２．５倍、３．０倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍もしくは１０倍であるか、またはそれらの間であり得る。
【０３７５】
いくつかの実施形態では、細胞集団にＤＮＡＰＫ阻害剤及び遺伝子編集系を投与すると、細胞集団に遺伝子編集系のみを投与し、ＤＮＡＰＫ阻害剤を投与しないベースライン条件に比べて、より大きな細胞生存がもたらされる。いくつかの実施形態では、より大きな細胞生存をもたらすＤＮＡＰＫ阻害剤は、構造式Ｉ、構造式ＩＩ、または構造式ＩＩ’’の化合物である。
【０３７６】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤の投与前、投与後または投与中のいずれかにおいて、細胞をＳ細胞周期またはＧ２細胞周期に同期させる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集成分の導入前、導入後または導入中のいずれかにおいて、細胞をＳ細胞周期またはＧ２細胞周期に同期させる。Ｓ細胞周期またはＧ２細胞周期での細胞の同期は、当該分野で公知の任意の方法によって達成することができる。非限定的な例として、Ｓ細胞周期またはＧ２細胞周期に細胞を同期させるために使用することができる薬剤として、アフィジコリン、ジロキシ尿素、ロバスタチン、ミモシン、ノコダゾール、チミジン、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｌｉｆｅ．２０１４  Ｄｅｃ  １５；３２０１４参照）。いくつかの実施形態では、細胞同期化剤は、遺伝子編集プロセスの間の任意の時点で投与することができる。
【０３７７】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤及び／またはゲノム編集系は、使用説明書と共に、容器、パック、またはディスペンサーに含めることができる。いくつかの実施形態では、使用説明書と共に、容器、パックまたはディスペンサーに含めるＤＮＡＰＫ阻害剤及び／またはゲノム編集系は、キットである。
【０３７８】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤及び／またはゲノム編集系を、使用説明書とともにキットに含める。キットには、任意のゲノム編集系、及び／またはＤＮＡＰＫ阻害剤及び使用説明書が含まれ得る。いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤は、構造式Ｉ、Ｉ’、ＩＩ、ＩＩ’、ＩＩ’’、ＩＩ’’’、ＩＩＩ、ＩＩＩ’、またはそれらの任意の組み合わせによって表される化合物のうちのいずれかである。いくつかの実施形態では、ゲノム編集系は、メガヌクレアーゼベースの系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの系、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）系、ＣＲＩＳＰＲベースの系、またはＮｇＡｇｏベースの系から選択される。ゲノム編集系は、キット内に、任意の形態、例えばプラスミド、ベクター、ＤＮＡ、またはＲＮＡ構築物として提供することができる。
【０３７９】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤及び／またはゲノム編集系をｉｎ  ｖｉｖｏで投与する。ＤＮＡＰＫ阻害剤及び遺伝子編集系は、その意図する投与経路に適合するように製剤化する。投与経路の例として、非経口、例えば、静脈内、皮内、皮下など、経口（例えば吸入）、経皮（すなわち局所）、経粘膜、及び直腸投与が挙げられる。非経口、皮内、または皮下への塗布に使用する溶液または懸濁液は、以下の成分を含むことができる：滅菌希釈剤、例えば注射用水、食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒；抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン；抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム；キレート剤、例えば、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）；緩衝剤、例えば、酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩；及び等張化剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース。ｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムなどの酸または塩基で調整することができる。非経口製剤は、ガラス製またはプラスチック製のアンプル、使い捨て注射器または複数回投与用バイアルに封入することができる。
【０３８０】
注射用途の場合、適切な担体として、滅菌水溶液（水溶性の場合）または分散液、及び滅菌注射用溶液または分散液の即時調製用の滅菌粉末が挙げられる。静脈内（ＩＶ）投与の場合、適切な担体として、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬ（商標）（ＢＡＳＦ，Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ，Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。そのような注射可能及びＩＶ投与において、組成物は滅菌されており、容易に注射可能な程度に流動性である。それらは製造及び貯蔵の条件下で安定であり、細菌及び真菌などの微生物の汚染作用に対して保護される。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、及び液体ポリエチレングリコールなど）、及びそれらの適切な混合物を含む溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性は、例えばレシチンなどのコーティングの使用により、分散液の場合には必要な粒径の維持により、及び界面活性剤の使用により、維持することができる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤及び抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどによって達成することができる。いくつかの実施形態では、等張化剤、例えば、糖、ポリアルコール、例えば、マンニトール、ソルビトールなど、塩化ナトリウムを、組成物に含ませる。注射用組成物の長期吸収は、吸収を遅らせる物質、例えばモノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンを組成物中に含めることによってもたらすことができる。
【０３８１】
滅菌注射用溶液は、必要に応じて上記に列挙した成分の１つまたは組み合わせと共に適切な溶媒中に必要量の活性薬剤を組み入れ、続いて濾過滅菌することによって調製することができる。一般的に、分散液は、活性薬剤を、塩基性分散媒及び上に列挙したものに由来する必要な他の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌注射用溶液を調製するための滅菌粉末の場合、調製方法は真空乾燥及び凍結乾燥であり、事前に滅菌濾過した溶液から活性成分及び任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０３８２】
経口組成物は一般的に、不活性希釈剤または可食担体を含む。それらはゼラチンカプセルに封入するかまたは錠剤に圧縮することができる。経口治療投与の目的の場合、活性化合物を賦形剤と混合し、錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用することができる。経口組成物はまた、うがい薬として使用するための流体担体を使用して調製することができ、その場合、流体担体中の化合物を経口的に投与し、クチュクチュして吐き出させるか、または飲み込ませる。薬学的に適合性のある結合剤、及び／またはアジュバント物質を組成物の一部として含めることができる。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、以下の成分のいずれか、または類似の性質の化合物を含有することができる：微結晶セルロース、トラガカントゴムまたはゼラチンなどの結合剤；デンプンまたはラクトースなどの賦形剤；アルギン酸、プリモゲル、またはコーンスターチなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはステロートなどの潤滑剤；コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤；スクロース、サッカリンなどの甘味料；ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香味料などの香味料。
【０３８３】
吸入による投与の場合、薬剤を、適切な高圧ガス、例えば二酸化炭素などのガスを含有する加圧容器もしくはディスペンサー、またはネブライザーからのエアロゾルスプレーの形態で送達する。
【０３８４】
全身投与はまた、経粘膜的または経皮的手段によるものであり得る。経粘膜または経皮投与の場合、浸透させる障壁に適した浸透剤を製剤に使用する。そのような浸透剤は、当技術分野において一般的に知られており、例えば、経粘膜投与用として、洗剤、胆汁酸塩、及びフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻腔用スプレーまたは坐剤の使用によって達成することができる。経皮投与の場合、活性化合物は、当技術分野において一般に公知であるように、軟膏、膏薬、ゲルまたはクリームに製剤化する。
【０３８５】
薬剤はまた、坐剤（例えば、ココアバター及び他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を含む）または直腸送達用の停留浣腸剤の形態で調製することもできる。
【０３８６】
いくつかの実施形態では、薬剤を、インプラント及びマイクロカプセル化送達系を含む持続放出／制御放出製剤など、身体からの急速な排泄から化合物を保護する担体と共に調製する。エチレン酢酸ビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、及びポリ乳酸などの生分解性、生体適合性ポリマーを使用することができる。そのような製剤の調製方法は、当業者には明らかであろう。
【０３８７】
コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、及びナノカプセル）において、またはマクロエマルジョンにおいて、例えば、活性剤を、例えば、コアセルベーション技術により、または界面重合により調製するマイクロカプセル、例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセル及びポリ−（メタクリル酸メチル）マイクロカプセル中に閉じ込めることができる。
【０３８８】
徐放性製剤を調製することができる。徐放性製剤の適切な例として、薬剤を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、このマトリックスは造形品、例えばフィルムまたはマイクロカプセルの形態である。徐放性マトリックスの例として、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とγ−エチル−Ｌ−グルタミン酸との共重合体、非分解性エチレン−酢酸ビニル、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸共重合体及び酢酸ロイプロリドからなる注射用ミクロスフェア）などの分解性乳酸−グリコール酸共重合体、及びポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレン−酢酸ビニル及び乳酸−グリコール酸などのポリマーは、１００日を超える期間にわたって分子を放出することができるが、特定のヒドロゲルは、より短期間にタンパク質を放出する。
【０３８９】
いくつかの実施形態では、治療する特定の適応症に対して必要に応じて、１種類より多くの活性化合物、例えば、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有する化合物を製剤に含ませることができる。あるいは、またはさらに、組成物に、その機能を高める薬剤、例えば、細胞傷害剤、サイトカイン、化学療法剤、または増殖阻害剤を含ませることができる。そのような分子を、意図する目的に対して有効な量で組み合わせて適切に存在させる。
【０３９０】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡＰＫ阻害剤及び／またはゲノム編集系を、併用療法で投与する、すなわち、病態または障害、例えば、様々な形態のがん及び炎症性疾患を治療するのに有用な他の薬剤、例えば治療薬と併用して投与する。この文脈での用語「併用して」とは、薬剤を、実質的に同時期に、同時にまたは順次与えることを意味する。順次与える場合、第２の化合物の投与の開始時に、２つの化合物のうちの第１の化合物は、治療部位において依然として有効濃度で検出可能であることが好ましい。
【０３９１】
ゲノム編集スクリーニング法
当技術分野で公知の任意の方法を使用して、ＮＨＥＪ及び／またはＨＤＲの効率を含むゲノム編集効率に関して、細胞をスクリーニングすることができる。例えば、スクリーニング方法には、ゲノム編集を確認するためのＰＣＲに基づく標的領域の増幅、それに続く増幅領域の配列決定またはディープシークエンシングが含まれ得る。ＰＣＲによる遺伝子型判定により、ＨＤＲ刺激における化合物の定量化及びランク判定が可能になる。他のスクリーニング方法として、次世代シークエンシングが挙げられ得る。例えば、Ｂｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，“Ａ  ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ｓｔｒａｔｅｇｙ  ｆｏｒ  ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ  ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，”［ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ］，１５：１００２（２０１４）参照。
【０３９２】
未改変及び改変遺伝子領域の両方を選択的に増幅し、その結果、遺伝子改変状態に応じて異なる長さのアンプリコンが得られるように、ＰＣＲプライマーを改変することができる。次にアンプリコンをゲル上で分離し、Ｂｉｏ−Ｉｍａｇｅｒを使用してデンシトメトリーによってＨＤＲ効率を推定することができる。あるいは、新規ＰＣＲ技術である高速デジタルドロップレット（ｒａｐｉｄ  ｄｉｇｉｔａｌ  ｄｒｏｐｌｅｔ  ＰＣＲ（ＤＤＰＣＲ））を用いて、ゲノム編集試料中のＨＤＲ及びＮＨＥＪ事象を同時に測定することができる。例えば、Ｍｉｙａｏｋａ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ  ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＨＤＲ  ａｎｄ  ＮＨＥＪ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｅｆｆｅｃｔｒｓ  ｏｆ  ｌｏｃｕｓ，  ｎｕｃｌｅａｓｅ，ａｎｄ  ｃｅｌｌ  ｔｙｐｅ  ｏｎ  ｇｅｎｏｍｅ−ｅｄｉｔｉｎ，”［Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒｅｐｏｒｔｓ］，６，２０１６参照。ゲノム改変のための細胞のスクリーニングに対し、サンガー配列決定法、ディープシークエンシング法、及びＲＴ−ＰＣＲを含む他の方法を使用することができる。
【０３９３】
いくつかの実施形態では、細胞をスクリーニングするためにトラフィックライトレポーター（ＴＬＲ）構築物を使用する。ＴＬＲスクリーニングには、標的ゲノム編集時に蛍光マーカーを発現するように改変したレポーター細胞が含まれる。適切な標的化の後、細胞が蛍光マーカーを発現する。適切に標的化された細胞の定量化は、当技術分野において公知の任意の方法、例えばフローサイトメトリー分析によって実施することができる。例えば、Ｃｅｒｔｏ  ｅｔ  ａｌ．２０１１，“Ｔｒａｃｋｉｎｇ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ａｔ  ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ  ＤＮＡ  ｂｒｅａｋｐｏｉｎｔｓ，”［Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓ］，８，ｐａｇｅｓ  ６７１−６７６（２０１１）参照。
【０３９４】
本明細書に引用するすべての刊行物及び特許文書の関連部分は、あたかもそのような各刊行物または文書を具体的かつ個別に参照により本明細書に援用することを示すかのように、参照により本明細書に援用される。刊行物及び特許文書の引用は、それらが関連のある先行技術であることを承認することを意図するものではなく、またその内容または日付に関していかなる承認も構成するものではない。本開示を書面による説明として記載してきたが、当業者であれば、様々な実施形態を実施できること、前述の説明及び以下の実施例が単に例示を目的としたものに過ぎず、特許請求の範囲を限定するものではないことを認識するであろう。
【実施例】
【０３９５】
実施する実験及び達成される結果を含む以下の実施例は、単に例示を目的として提供するものに過ぎず、本開示を限定するものとして解釈すべきではない。
【０３９６】
実施例１：材料及び方法
トラフィックライトレポーター（ＴＬＲ）アッセイ：ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ（Ｅｎｈａｎｃｅｄ  Ｇｒｅｅｎ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｉｎｈｉｂｉｔｅｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎ）安定細胞株をＳｙｓｔｅｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（ＳＢＩ）から購入した。ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞株は、終止コドン及びＡＡＶＳ１遺伝子座由来の５３ｂｐのゲノム断片を有する破壊されたＧＦＰコード配列を有する。細胞を、１０％熱不活化ＦＢＳ（ウシ胎仔血清、Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．）、Ｇｌｕｔａｍａｘ及びペニシリン＋ストレプトマイシンを補充した高グルコース（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１０３１３−０３９）を含むＤＭＥＭ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１０３１３−０３９）中で維持し、３７℃及び５％ＣＯ２下で培養した。
【０３９７】
細胞形質移入及びＮＨＥＪ阻害剤処理：ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ安定細胞に、一体型ｇＲＮＡ／ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９二重プラスミドベクター、プラスミド修復ドナー（いずれのプラスミドもＳｙｓｔｅｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓより）を形質移入した。製造元のプロトコールに従って、Ａｍａｘａヌクレオフェクター系（Ｌｏｎｚａ）を用いて形質移入を行った。１６時間後、細胞を、１μＭ、２．５μＭ、５μＭ及び１０μＭの化合物を含む、様々な濃度の化合物１及びＳｃｒ７（Ｅｘｃｅｓｓ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ；番号Ｍ６００８２−２ｓ）で処理した。Ｓｃｒ７の構造は以下の通りである：
【化２６】
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。さらに２４時間インキュベートした後、培地を交換した。形質移入の５日後にＦＡＣＳ分析を行い；次いで、ゲノムＤＮＡ単離及びＰＣＲ遺伝子型判定のために細胞を集めた。
【０３９８】
セルソーティング及びフローサイトメトリー：フローサイトメトリー分析のために、ＨＥＫ２９３細胞をトリプシン処理し、ＰＢＳ／１％ＢＳＡ  ＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁し、Ｆｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いて分析した。細胞の一部を遠心分離し、ゲノムＤＮＡの単離のために使用した。
【０３９９】
化合物処理時の細胞生死判別アッセイ：Ｓｃｒ７の潜在的な毒性を評価するために、異なる濃度の化合物にさらした後に、細胞生存率を評価した。ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰの細胞生存率を、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ  Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）キットにより測定した。プラスミドドナーで形質移入した細胞を、化合物（１μＭ、２．５μＭ、５μＭ及び１０μＭ）の存在下で、２４、４８または７２時間増殖させ、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ  Ｇｌｏアッセイに供した。各実験を三連で、３回の独立のタイミングで繰り返した。ＨＤＲに必要なＳ／Ｇ２期に入ることができる健康な細胞を維持するために、細胞を２．５μＭの濃度の化合物で処理した。
【０４００】
ゲノムＤＮＡ単離、ＰＣＲ遺伝子型判定、及びゲル定量化：特別に設計したＰＣＲプライマー対は、機能的ｅＧＦＰ陽性細胞を得るための、ＨＤＲを介したゲノム編集を評価するための別の手段を提供した。遺伝子型判定用ＰＣＲプライマー対を以下に示し、これは配列番号６及び７に対応する。２１９ｂｐのＰＣＲ産物は未改変細胞に対応し、１６３ｂｐのヌクレオチドはＨＤＲによる改変に対応する。＞２．５％ゲル上のこれらのバンドの強度をもとに、Ｂｉｏ−Ｉｍａｇｅｒを用いたデンシトメトリーによってＨＤＲを推定することができる。この技術により、阻害剤によるＨＤＲの向上について、相対的なランク判定が可能になる。各レーンについて測定した強度を、「挿入あり」を「全体」（挿入あり及び未改変）で割ったものに対応する、ＰＣＲバンドの比率を計算することによって正規化した。化合物存在下及び化合物非存在下での挿入ありの比率を比較することによって倍率変化を計算した。
【０４０１】
実施例２：ＨＤＲ効率モニタリング用アッセイ
ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞におけるＨＤＲ効率を確かめるためにアッセイを行った。この目的のために、ヒトＡＡＶＳ１遺伝子座を標的とするバイシストロン性構築物を使用した（図１Ａ）。バイシストロン性ベクター系は、ＥＦ１プロモーターによって駆動されるヒトコドン最適化Ｃａｓ９、ならびにＨ１プロモーターによって駆動されるキメラｃｒＲＮＡ−ｔｒａｃｒＲＮＡ転写産物からなるカスタムガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を同時発現する。ｈｓｐＣａｓ９は、Ｎ末端及びＣ末端に２つの核局在化シグナル（ＮＬＳ）を有し、これにより、ｈｓｐＣａｓ９タンパク質を核へ効率的に移入することができる。ｈｓｐＣａｓ９オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の後に、ＷＰＲＥ（ウッドチャックウイルス転写後調節エレメント）と呼ばれる調節エレメントが続き、遺伝子発現を増強し、ｍＲＮＡ転写産物を安定化させる。
【０４０２】
操作されたヒト細胞株ＥＧＩＰ  ＨＥＫ２９３を使用し、上記及び図１Ａに記載のバイシストロン性構築物を用いてＨＤＲ効率をモニタリングした。ＥＧＩＰ  ＨＥＫ２９３レポーター細胞株はＳＢＩから購入した。ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞株は、終止コドン及びＡＡＶＳ１遺伝子座由来の５３ｂｐのゲノム断片を有する破壊されたＧＦＰコード配列を有する。安定株は、ｅＧＦＰの発現を駆動するためのＥＦ１αプロモーターを有する２９３Ｔ細胞にレンチウイルスを感染させ、その後、ピューロマイシンで選択することにより生成した。ｅＧＦＰ配列を、ヒトＡＡＶＳ１セーフハーバー部位由来の５６ヌクレオチドのインサート（大文字）が挿入されるように改変した。この配列は、ｅＧＦＰ翻訳配列中のアミノ酸Ｔ１０９の後に終止コドン（赤色のＴＡＡ）を含む。標的とするガイド配列は太字である。ガイド及びドナーによる形質移入の際に、破壊されたｅＧＦＰ内のＡＡＶＳ１部位が切断され、ドナー構築物が相同配列を提供して終止コドン及びＡＡＶＳ１インサートを除去することによってｅＧＦＰが修復された。ＨＤＲドナーによる修復を受けた編集後の細胞は、ＧＦＰ陽性細胞を生成する。したがって、Ｃａｓ９、ＡＡＶＳ１を標的とするｇＲＮＡ、及びＡＡＶＳ１／ＥＧＦＰレスキュードナーを同時形質移入すると、ＨＤＲによって配列が復元し、ＧＦＰ＋細胞が得られた。
【０４０３】
ＧＦＰ陽性細胞の細胞数は、相同性指向性修復の効率と正比例していた（図１Ｂ）。
【０４０４】
これらのアッセイのために、Ａｍａｘａヌクレオフェクター（Ｌｏｎｚａ）を用いる電気穿孔法により、一体型Ｃａｓ９−ｓｇＲＮＡ及びｅＧＦＰドナーテンプレートベクターをＨＥＫ２９３  ＥＧＩＰ細胞に導入して、Ｃａｓ９−ｓｇＲＮＡ及びｅＧＦＰドナーテンプレートの合成を誘導した。形質移入の１６時間後に化合物を添加し、続いて４８時間後に培地を交換した。次いで、細胞をさらに７２時間増殖させた後、ＦＡＣＳ分析を行った。
【０４０５】
ＨＤＲドナーテンプレート配列は、２６６ヌクレオチドの５’相同性アーム（太字、黒色及び下線付き）及び３７８ヌクレオチドの３’相同性アーム（斜体及び下線付き）を有していた（下記の配列番号１参照）。ガイドＲＮＡ及びドナーテンプレートを用いた形質移入の際に、破壊されたｅＧＦＰ内のＡＡＶＳ１部位が切断され、ドナー構築物が終止コドン及びＡＡＶＳ１インサートを除去する相同配列を提供してｅＧＦＰが修復された。
【０４０６】
トラフィックライトレポーターアッセイで使用するＨＤＲテンプレート配列を以下に示す（配列番号１）：
【化２７−１】
2019521139.tif 000028
【化２７−２】
2019521139.tif 000029
【０４０７】
本明細書に記載のアッセイに使用するプライマー部位を以下に示す。これらのプライマー部位はドナー配列内に位置している。ゲノムテンプレート上でのＰＣＲ反応は、７００ヌクレオチドの産物を生成し、これはＮＨＥＪにおいて長さが約３００ヌクレオチド及び４００ヌクレオチドの断片を生成すると予想される。供給されたドナーテンプレートを使用する場合、ＨＤＲ事象の後に予想されるＰＣＲ産物は６４４ヌクレオチドである。アッセイに使用するプライマー部位は以下の配列を有する。
【０４０８】
ガイドＲＮＡ＿１：ＧＴＣＣＣＣＴＣＣＡＣＣＣＣＡＣＡＧＴＧ（配列番号２）
【０４０９】
ガイドＲＮＡ＿２：ＧＧＧＧＣＣＡＣＴＡＧＧＧＡＣＡＧＧＡＴ（配列番号３）
【０４１０】
判定用フォワードプライマー：ＧＣＧＡＣＧＴＡＡＡＣＧＧＣＣＡＣＡＡＧ（配列番号４）
【０４１１】
判定用リバースプライマー：ＧＴＣＣＡＴＧＣＣＧＡＧＡＧＴＧＡＴＣＣ（配列番号５）
【０４１２】
ＨＤＲプライマー＿１：ＡＣＴＴＣＴＴＣＡＡＧＴＣＣＧＣＣＡＴＧＣＣＣ（配列番号６）
【０４１３】
ＨＤＲプライマー＿２：ＡＴＧＴＴＧＣＣＧＴＣＣＴＣＣＴＴＧＡＡＧＴＣＧ（配列番号７）
【０４１４】
実施例３：ＤＮＡＰＫ阻害剤はＣＲＩＳＰＲゲノム編集ＨＤＲの有効性を高める
ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞を以下の構築物でヌクレオフェクトし、記載されているように培養した：二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９のみ、二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９及びドナー修復テンプレート、二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９及びドナーテンプレートならびに２．５μＭの化合物１存在下での細胞の培養、ならびに二重発現ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９及びドナー修復テンプレートならびに２．５μＭの推定リガーゼＩＶ阻害剤Ｓｃｒ７存在下での細胞の培養。細胞は、化合物１またはＳｃｒ７と２４時間接触させた。
【０４１５】
これらのアッセイから得られたデータを図２Ａ〜２Ｃ及び下記の表１に示す。図２Ａは、培地へのＳｃｒ７の添加により、ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９及びドナーテンプレートのみの条件に比べて、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集されたＨＥＫ−ＥＧＩＰ細胞の量がおよそ３０％増加したことを示す。図２Ａはさらに、ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９及びドナーテンプレートでヌクレオフェクトしたＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞の培地に対して化合物１を添加した結果、ｇＲＮＡ−Ｃａｓ９及びドナーテンプレートのみの条件に比べて、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集されたＨＥＫ−ＥＧＩＰ細胞の量がおよそ８３％増加したことを示す。
【０４１６】
表１は、ＨＤＲ増強において同様の倍率増加を示した３つの独立した実験のうちの１つからの、３つの技術的反復についてのＨＤＲ定量化を示す。表１及び図２Ｃに示すデータは、ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞にＳｃｒ７を接触させた条件においてＣＲＩＳＰＲゲノム編集された細胞の量がおよそ２．３倍増加したのに対し、細胞培地に化合物１を添加した結果、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集された細胞の量がおよそ４．５倍増加したことを示す。
【表１】
2019521139.tif 000030
【０４１７】
まとめると、これらのデータは、細胞を化合物１と接触させることが、細胞をＳｃｒ７と接触させることに比べて、またはｇＲＮＡ、Ｃａｓ９、及びドナーテンプレートのみをヌクレオフェクトした細胞に比べて、ＣＲＩＳＰＲベースのゲノム編集の量を増加させたことを示す。
【０４１８】
化合物３の性能もまた、ＴＬＲ系を用いて評価し、ＨＥＫ  ＥＧＩＰ細胞株を用いてＨＤＲ効率をモニタリングした。さらに、推定上のＤＮＡリガーゼＩＶ阻害剤及びＤＮＡＰＫ阻害剤であるＳｃｒ７及びＮｕ７０２６に対する化合物３の性能をそれぞれ、ロバストな「トラフィックライトレポーター」（ＴＬＲ）アッセイを用いた並行実験で比較した。ＴＬＲ系において、ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞株を操作し、非機能的ｅＧＦＰを安定的に発現させた。機能的ｅＧＦＰの発現は、Ｃａｓ９、ｇＲＮＡ及びＤＮＡ修復テンプレートを形質移入することによって相同指向性修復（ＨＤＲ）プロセスを介して回復させることができる。図１Ａ〜１Ｃ参照。ドナー修復テンプレート存在下でのＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９系を用いたＤＮＡ修復プロセスの増強における倍率増加を、蛍光励起セルソーター（ＦＡＣＳ）によって定量した。
【０４１９】
電気穿孔法による形質移入の４８時間後、ｅＧＦＰ陽性細胞が出現し始めた。形質移入の１０日後のフローサイトメトリー分析では、１０μＭの化合物３の存在下で４％のＧＦＰ陽性細胞が生じていた。対照的に、化合物非存在下の細胞では約０．２％のｅＧＦＰ陽性細胞が生じ、市販のＤＮＡＰＫ阻害剤ＳＣＲ７で処理した細胞では約０．５％の増強が示された（図４）。三連で行った実験からのデータは、市販の化合物ＳＣＲ７存在下での形質移入に比べて、ＨＤＲの増強が約８倍の増加で一致していた。
【０４２０】
まとめ
【０４２１】
ＤＮＡＰＫ阻害剤化合物１の性能を、エラーを起こしやすいＮＨＥＪ  ＤＮＡ修復経路を抑制することによってＣＲＩＳＰＲベースのＨＤＲ修復プロセスを刺激するその能力に関して評価した。さらに、並行実験において、化合物１の性能を、推定ＤＮＡリガーゼＩＶ阻害剤であるＳｃｒ７（図２Ａ、２Ｂ及び３）と比較した。ロバストな「トラフィックライトレポーター」（ＴＬＲ）アッセイを使用して（図１Ｂ）、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９系におけるＨＤＲを介したＤＮＡ修復プロセスの増強における倍率増加を定量した。ＴＬＲ系において、「壊れた」緑色蛍光タンパク質ｅＧＦＰを発現するＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ安定細胞株は、ＤＮＡドナーテンプレートの存在下でＨＤＲを介した修復に依存して機能的ｅＧＦＰを生成する（図１Ｂ及び１Ｃ参照）。図１Ｃの実験的ワークフローに示すように、ＨＤＲ経路を介して機能的ＧＦＰ陽性細胞が出現し、そこでは５６塩基の挿入が正しいＤＮＡ配列に置換された。電気穿孔法による形質移入の４８時間後に、ＧＦＰ陽性細胞が出現した。フローサイトメトリー分析では、ＧＦＰ陽性細胞によって示されるように、この実験条件下では１％未満の細胞（図２Ａ及び２Ｂ）においてＨＤＲ事象が起こることが示された。三連で行った２つの別々の実験に基づいて、データから、化合物１の添加が、化合物の非存在下での形質移入に比べて４．５倍のＨＤＲの増強を、及びＳｃｒ７存在下での形質移入に比べて２倍優れたＨＤＲ増強をもたらすことが示された（図２Ｂ及び２Ｃ）。
【０４２２】
化合物３の性能を評価したアッセイでは、化合物３がＨＤＲ遺伝子の編集効率を増強することが示された。これらの実験からのデータは、ＦＡＣＳ分析によって示されるように、Ｃａｓ９＋ｇＲＮＡのみの条件に比べて、化合物３の存在下では、ＨＤＲ効率がおよそ４倍増強されることを示している。図４参照。
【０４２３】
実施例４：ＨＤＲによるゲノム編集を増加させるための小分子ＮＨＥＪ阻害剤の比較
ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞株を利用してさらなる実験を行い、ＤＮＡＰＫ阻害剤またはＮＨＥＪ阻害剤との接触後のＨＤＲ効率を確認した。
【０４２４】
別の一連の実験は、ＤＮＡＰＫ阻害剤であるＳｃｒ７または化合物１のいずれかとの接触後のＨＤＲ効率の増加を比較した。これらの実験のために、ＨＥＫ２９３−ＥＧＩＰ細胞を、ドナーテンプレートのみ、またはドナーテンプレートとＣａｓ９−ｓｇＲＮＡでヌクレオフェクトした。Ｓｃｒ７及び化合物１がＨＤＲ編集を増強する能力を試験するために、ドナーテンプレートのみ、またはドナーテンプレートとＣａｓ９−ｓｇＲＮＡ、のいずれかを用いてヌクレオフェクトした細胞にＳｃｒ７または化合物１を投与した。これらの実験のデータを、図３及び表２に示す。
【０４２５】
ＨＤＲによる組換え状態は、伝統的な「エンドポイント」ＰＣＲプライマー遺伝子型判定及びアガロースバンド強度に基づく定量化によって確認した。プライマーは異なるアンプリコンを生成した：未改変細胞に対応する２１９ｂｐのヌクレオチドバンド、及びＨＤＲ事象に対応する１６３ｂｐのヌクレオチド産物。＞２．５％ゲル上のこれらのバンドの強度から、Ｂｉｏ−Ｉｍａｇｅｒを用いたデンシトメトリーによってＨＤＲを推定することができる。この技術により、ＮＨＥＪ阻害剤によってＨＤＲを向上させるための条件の相対的ランク判定を行うことができる。これらのアッセイのための遺伝子型判定用ＰＣＲプライマー対を以下に示す。
【０４２６】
ＨＤＲプライマー１  ＡＣＴＴＣＴＴＣＡＡＧＴＣＣＧＣＣＡＴＧＣＣＣ（配列番号６）
【０４２７】
ＨＤＲプライマー２  ＡＴＧＴＴＧＣＣＧＴＣＣＴＣＣＴＴＧＡＡＧＴＣＧ（配列番号７）
【０４２８】
これらのアッセイからのデータは、Ｓｃｒ７を投与した細胞に比べて、化合物１を投与したヌクレオフェクト細胞において、ＨＤＲ編集効率がより高いことを示す（図３及び表２）。
【表２】
2019521139.tif 000031
【０４２９】
Ｃａｓ９タンパク質及びｓｇＲＮＡは、ＳＢＩから購入したベクター系の代わりに合成ＲＮＡの形態で送達することができる。ＨＤＲ効率を高めることに加えて、内部でのゲノム編集実験では、リボ核タンパク質タンパク質（ＲＮＰ）形質移入後において、ＤＮＡ形質移入に比べてより高い細胞生存率が示された。さらに、Ｓ／Ｇ２期の細胞同期もＨＤＲを刺激することができる（Ｌｉｎ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｌｉｆｅ．２０１４  Ｄｅｃ  １５；３，２０１４）。これらの新規戦略と、デジタルドロップレットＰＣＲや次世代シークエンシングなどのゲノム編集の強力な検出法は、治療目的と研究目的の両方においてゲノム編集を能率化するであろう。
【０４３０】
実施例５：ＤＮＡＰＫ阻害化合物１の投与は遺伝子編集を増加させた
標的遺伝子の編集を可能にするＤＮＡＰＫ阻害剤の能力を確かめるためにアッセイを行った。これらのアッセイのために、ＳｅｒｐｉｎＡ１遺伝子のＭ型からＺ型への編集を評価した。この目的のために、Ｈｕｈ７肝細胞癌細胞を、ＫｐｎＩ部位を導入したドナー修復テンプレートの存在下または非存在下で、ｇＲＮＡ及びＣａｓ９タンパク質を用いてヌクレオフェクトした。次いで、ヌクレオフェクトした細胞をＤＭＳＯまたは２．５μＭの化合物１の存在下で３日間培養し、その後、ゲノムＤＮＡを増幅し、Ｋｐｎ部位の導入について評価した。
【０４３１】
アッセイは以下のように機能する：ＳｅｒｐｉｎＡ１遺伝子が編集される場合、Ｋｐｎエンドヌクレアーゼは遺伝子断片を消化することができ、その結果、ＳｅｒｐｉｎＡ１遺伝子が編集される場合にのみゲル上に消化されたバンドが出現する。逆に、ＳｅｒｐｉｎＡ１が編集されない場合、Ｋｐｎエンドヌクレアーゼは遺伝子断片を切断することができず、したがってゲル上に消化された新規バンドの出現はないであろう。
【０４３２】
これらのアッセイからのデータからは、化合物１の存在下でヌクレオフェクトした細胞をインキュベーションした結果、ＳｅｒｐｉｎＡ１遺伝子の遺伝子編集が生じ、目的のＤＮＡ断片、本実施例ではＫｐｎＩ部位が導入されることが示された（図５）。これらのデータから、化合物１のようなＤＮＡＰＫ阻害剤を使用して、遺伝子編集が可能になるか、または増強することができることが示された。
【０４３３】
均等物
本開示をその好ましい実施形態を参照して具体的に示し、説明してきたが、当業者であれば、添付の特許請求の範囲により定義される本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく、形態及び詳細について様々な変更を行い得ることは理解されよう。当業者であれば、日常的な実験のみを用いて、本明細書に具体的に記載する本開示の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するかまたは確認することができるであろう。そのような均等物は、特許請求の範囲に包含されることを意図している。
【図１Ａ】
2019521139.tif 000048
【図１Ｂ】
2019521139.tif 000049
【図１Ｃ】
2019521139.tif 000050
【図２Ａ】
2019521139.tif 000051
【図２Ｂ】
2019521139.tif 000052
【図２Ｃ】
2019521139.tif 000053
【図３】
2019521139.tif 000054
【図４】
2019521139.tif 000055
【図５】
2019521139.tif 000056
【配列表】
2019521139000001.app
【国際調査報告】
2019521139.tif 000057
2019521139.tif 000058
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