(57)【要約】抗Ｋｖ１．３抗体（ｍＡｂ）、特に、高い親和性でＫｖ１．３に特異的に結合し、かつ／またはＫｖ１．３機能を阻害するｍＡｂが開示される。これらの抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂの軽鎖および重鎖のＣＤＲのアミノ酸配列ならびにこれらのＣＤＲのコンセンサス配列が提供される。さらに、抗Ｋｖ１．３抗体のＶＨ領域およびＶＬ領域内のＣＤＲの基準構造が提供される。本開示は、抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂをコードする核酸分子、発現ベクター、宿主細胞、抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂを作製するための方法、および抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂを発現させるための方法も提供する。最後に、例えば自己免疫障害の防止または処置のための治療薬として抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂを使用する方法が開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、
前記軽鎖の可変領域が、
（ｉ）配列番号４３〜６９、２４９〜２６７、３８１〜３８６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、
（ｉｉ）配列番号７０〜８８、２６８〜２８０、３８７〜３９１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または
（ｉｉｉ）配列番号８９〜１１２、２８１〜２９７、３９２〜３９８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域
を含む、抗体。
【請求項２】
免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、
前記重鎖の可変領域が、
（ｉ）配列番号１６５〜１７７、３１７〜３３４、４０９〜４１５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、
（ｉｉ）配列番号１７８〜２０２、３３５〜３５２、４１６〜４２２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または
（ｉｉｉ）配列番号２０３〜２２９、３５３〜３７０、４２３〜４２９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域
を含む、抗体。
【請求項３】
免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、
前記軽鎖の可変領域が、
（ｉ）ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、
（ｉｉ）ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または
（ｉｉｉ）ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域
を含む、抗体。
【請求項４】
免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、
前記重鎖の可変領域が、
（ｉ）ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、
（ｉｉ）ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または
（ｉｉｉ）ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域
を含む、抗体。
【請求項５】
請求項１から４のいずれか一項に記載の抗体を含む抗体調製物。
【請求項６】
モノクローナル抗体調製物である、請求項５に記載の抗体調製物。
【請求項７】
少なくとも２つのモノクローナル抗体調製物の混合物である、請求項５に記載の抗体調製物。
【請求項８】
請求項１から４のいずれか一項に記載の重鎖または軽鎖をコードする、単離された核酸分子。
【請求項９】
クローニングベクター、発現ベクター、異種組換えベクター、およびウイルス組込みベクターからなる群より選択される、請求項８に記載の単離された核酸分子。
【請求項１０】
請求項８から９のいずれか一項に記載の核酸で形質転換された細胞。
【請求項１１】
哺乳動物細胞である、請求項１０に記載の細胞。
【請求項１２】
齧歯類細胞である、請求項１１に記載の細胞。
【請求項１３】
チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である、請求項１１に記載の細胞。
【請求項１４】
ヒト細胞である、請求項１１に記載の細胞。
【請求項１５】
Ｋｖ１．３タンパク質を発現する細胞を単離する方法であって、
（ａ）細胞の集団を得るステップと、
（ｂ）細胞の前記集団を、請求項１から４のいずれか一項に記載の複数の抗体と接触させるステップと、
（ｃ）前記集団中の前記抗体に特異的に結合する細胞を、前記集団中の前記抗体に特異的に結合しない細胞から分離するステップと
を含む、方法。
【請求項１６】
前記細胞が、蛍光活性化細胞ソーティングによって分離される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞が、蛍光活性化細胞ソーティングによって、固定化された二次抗体を使用して分離される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
被験体の自己免疫障害を防止または処置するための方法であって、治療有効量の請求項５から７のいずれか一項に記載の抗体調製物を前記被験体に投与することを含む、方法。
【請求項１９】
前記抗体調製物がＫｖ１．３カリウムチャネルを阻害することにより、前記自己免疫障害を防止または処置する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記被験体の自己反応性エフェクターメモリーＴ細胞を枯渇させることにより、前記自己免疫障害を防止または処置する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記自己免疫障害が、多発性硬化症、重症筋無力症、自己免疫性神経障害、ギランバレー症候群、自己免疫性ぶどう膜炎、クローン病、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、自己免疫性肝炎、自己免疫性血小板減少症、１型真性糖尿病、アジソン病、グレーブス病、橋本甲状腺炎、自己免疫性精巣炎、ベーチェット病、関節リウマチ、歯周病に関連する骨吸収、全身性エリテマトーデス、強皮症多発性筋炎（Ｓｃｌｅｒｏｄｅｒｍａ  Ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ）、皮膚筋炎（ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓｉｓ）、尋常性天疱瘡、脊椎関節症、強直性脊椎炎、およびシェーグレン症候群からなる群より選択される、請求項１８から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
被験体の移植片対宿主病を防止または処置するための方法であって、治療有効量の請求項５から７のいずれか一項に記載の抗体調製物を前記被験体に投与することを含む、方法。
【請求項２３】
前記抗体調製物がＫｖ１．３カリウムチャネルを阻害することにより、移植片対宿主病を防止または処置する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記被験体の自己反応性エフェクターメモリーＴ細胞を枯渇させることにより、移植片対宿主病を防止または処置する、請求項２２に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
参考としての援用
この出願は、２０１６年５月２日に出願された米国出願第６２／３３０，４２０号および２０１６年１１月２日に出願された米国出願第６２／４１６，４４７号（これら各々の内容は、その全体が参考として本明細書に援用される）に対する優先権の利益を主張する。
【０００２】
本開示は概して、抗体、抗体の産生および使用に関する。特定すると、本開示は、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合し、ヒトＫｖ１．３タンパク質の活性を調整する抗体、かかる抗体を産生する方法、ならびにかかる抗体を使用した診断方法、治療方法、および臨床的方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
Ｋｖ１．３タンパク質とは、生体膜を通したカリウムイオンの移送を行い、興奮性および非興奮性の両方の細胞型の膜電位を調節する電位開口型イオンチャネルである。特に、Ｋｖ１．３は、活性化されたＴエフェクターメモリー（ＴＥＭ）および他のＴ細胞サブセットにおけるＣａ２＋シグナル伝達を調節するにあたって十分に特徴付けられた役割を果たす（Ｗｕｌｆｆら（２００３年）、Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．、１１１巻：１７０３〜１７１３頁；Ｂｅｅｔｏｎら（２００６年）、ＰＮＡＳ．、１０３巻：１７４１４〜１９頁）。ＴＥＭ細胞内のＫｖ１．３の上方調節は、自己免疫疾患における炎症部位に関連し（Ｒｕｓら（２００５年）、ＰＮＡＳ、１０２巻：１１０９４〜９９頁；Ｂｅｅｔｏｎ、２００６年）、特定のＫｖ１．３遮断薬は炎症のいくつかの動物モデルにおいて有効であることが調査により示されている（Ｂｅｅｔｏｎら（２００１年）、Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１６６巻：９３６〜４４頁）；Ｂｅｅｔｏｎら、２００６年；Ｋｏｏら（１９９７年）、Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１５８巻、５２１０〜２８頁；Ｍａｔｈｅｕら（２００８年）、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、２９巻、６０２〜１４頁；Ａｚａｍら（２００７年）、Ｊ．  Ｉｎｖｅｓｔ．  Ｄｅｒａｔｏｌ．、１２７巻、１４１９〜２９頁；Ｃｈｅｏｎｇら（２０１１年）、Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．  Ｒｅｓ．、８９巻、２８２〜８９頁；Ｈｙｏｄｏら（２０１０年）、Ａｍ．  Ｊ．  Ｐｈｙｓｉｏｌ．、２９９巻、１２５８〜６９頁；Ｇｉｌｈａｒら（２０１１年）、Ｊ．  Ｉｎｖｅｓｔ．  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．、１３１巻、１１８〜２４頁）。マウスにおいてＫｖ１．３活性の遮断は、抗原に応答してＴ細胞の表現型を変化させ、それらを抑制状態に変換する場合がある（Ｇｏｃｋｅら（２０１２年）、Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１８８巻、５８７７〜５８８６頁；Ｇｒｉｓｈｋａｎら（２０１５年）、Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１９５巻、１３９９〜１４０７頁；Ｈｕら（２０１１年）、Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．、２８７巻、１２６１〜１２６８頁）。
【０００４】
自己免疫疾患の処置のためにＫｖ１．３機能を阻害する治療剤として、ペプチド毒素およびそれらの誘導体が開発されている。例えば、イソギンチャクのＳｔｉｃｈｏｄａｃｔｙｌａ  ｈｅｌｉａｎｔｈｕｓに由来するペプチド毒素であるＳｈＫは、Ｋｖ１．３四量体の前腔（ｏｕｔｅｒ  ｖｅｓｔｉｂｕｌｅ）に高い親和性で結合し、細孔を通るイオン伝導を妨げる（Ｂｅｅｔｏｎら（２００３年）、Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．、２７８巻、９９２８〜３７頁）。
【０００５】
Ｋｖ１．３の機能を調整する治療用抗体は、多様なＴＥＭ媒介性自己免疫疾患を処置するために開発され得る生物製剤の代替的なクラスを表す。細胞内エピトープおよび細胞外エピトープの両方を認識するいくつかの抗Ｋｖ１．３抗体が市販されているが（例えばＡｌｏｍｏｎｅ  Ｌａｂｓ、Ｊｅｒｕｓａｌｅｍ、Ｉｓｒａｅｌ：抗Ｋｖ１．３（細胞外）、カタログ番号ＡＰＣ１０１；抗Ｋｖ１．３（細胞内）、カタログ番号ＡＰＣ００２）、これらは機能的に活性ではなく、Ｋｖ１．３活性を調整しない。しかしながら、ヒトＫｖ１．３細孔領域の外部末端に位置する１４個のアミノ酸からなるペプチドで免疫化したウサギは、Ｋｖ１．３活性を機能的に阻害する能力があるポリクローナル抗体を産生し（Ｙａｎｇら（２０１２年）、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ、７巻、ｅ３６３７９頁）、機能的な抗Ｋｖ１．３免疫グロブリンが実現可能であることを示した。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Ｇｏｃｋｅら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１２年）１８８巻、５８７７〜５８８６頁
【非特許文献２】Ｇｒｉｓｈｋａｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１５年）１９５巻、１３９９〜１４０７頁
【非特許文献３】Ｈｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（２０１１年）２８７巻、１２６１〜１２６８頁
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
とはいえ、Ｋｖ１．３、そして特にＫｖ１．３活性に対して調整効果を発揮するのに重要であると予想される細胞外ループ領域を認識する、高親和性モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の特定および開発が、依然として必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、ヒトＫｖ１．３タンパク質の改善された免疫原性調製物の開発に部分的に基づき、これにより、四量体Ｋｖ１．３イオンチャネルの細胞外ドメインを対象とし、かつＫｖ１．３に対する優れた親和性および特異性を有する、抗Ｋｖ１．３モノクローナル抗体の産生が可能になった。こうした抗体は、治療および診断の両方における有用性を有する。
【０００９】
したがって、一態様では、本発明は、抗Ｋｖ１．３モノクローナル抗体（ｍＡｂ）、特にＫｖ１．３の機能的活性を調整するｍＡｂを提供する。特に本発明は、軽鎖および重鎖のＣＤＲのアミノ酸配列、ならびにこれらのＣＤＲのコンセンサス配列を提供し、これらのＣＤＲを含む多様な抗体および他の免疫グロブリンベースの分子の産生を可能にする。さらに本発明は、軽鎖および重鎖の可変ドメイン内のＣＤＲに関して予測される基準構造を提供することにより、Ｋｖ１．３に特異的に結合するさらなる抗体および他の免疫グロブリンベースの分子の産生を可能にする。
【００１０】
別の態様では、本発明は、抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂおよび他の免疫グロブリンベースの分子をコードする核酸分子、かかる核酸を含む発現ベクター、かかる核酸またはベクターを含む宿主細胞、抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂおよび他の免疫グロブリンベースの分子を作製するための方法、ならびに抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂおよび他の免疫グロブリンベースの分子を発現させるための方法を提供する。最後に、抗Ｋｖ１．３  ｍＡｂおよび他の免疫グロブリンベースの分子を治療薬または診断試薬として使用する方法が提供される。
【００１１】
別の態様では、本発明は、免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、軽鎖の可変領域が、（ｉ）配列番号４３〜６９、２４９〜２６７、３８１〜３８６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、（ｉｉ）配列番号７０〜８８、２６８〜２８０、３８７〜３９１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または（ｉｉｉ）配列番号８９〜１１２、２８１〜２９７、３９２〜３９８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域を含む、抗体を提供する。
【００１２】
別の態様では、本発明は、免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、重鎖の可変領域が、（ｉ）配列番号１６５〜１７７、３１７〜３３４、４０９〜４１５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、（ｉｉ）配列番号１７８〜２０２、３３５〜３５２、４１６〜４２２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または（ｉｉｉ）配列番号２０３〜２２９、３５３〜３７０、４２３〜４２９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域を含む、抗体を提供する。
【００１３】
別の態様では、本発明は、免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、軽鎖の可変領域が、（ｉ）ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、（ｉｉ）ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または（ｉｉｉ）ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域を含む、抗体を提供する。
【００１４】
別の態様では、本発明は、免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖を含む、ヒトＫｖ１．３タンパク質に特異的に結合する抗体であって、重鎖の可変領域が、（ｉ）ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域、（ｉｉ）ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域、および／または（ｉｉｉ）ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ１〜６からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域を含む、抗体を提供する。
【００１５】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載の抗体を含む抗体調製物を提供する。一部の実施形態では、本発明は、モノクローナル抗体調製物である抗体調製物を提供する。一部の実施形態では、本発明は、少なくとも２つのモノクローナル抗体調製物の混合物である抗体調製物を提供する。
【００１６】
別の態様では、本発明は、本明細書に記載の抗体のいずれか１つの重鎖または軽鎖をコードする、単離された核酸分子を提供する。一部の実施形態では、本発明は、クローニングベクター、発現ベクター、異種組換えベクター、およびウイルス組込みベクターからなる群より選択される、単離された核酸分子を提供する。一部の実施形態では、本発明は、核酸で形質転換された細胞を提供する。一部の実施形態では、前記細胞は、哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、前記細胞は、齧歯類細胞である。一部の実施形態では、前記細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。一部の実施形態では、前記細胞は、ヒト細胞である。
【００１７】
別の態様では、本発明は、Ｋｖ１．３タンパク質を発現する細胞を単離する方法であって、（ａ）細胞の集団を得るステップと、（ｂ）細胞の前記集団を、本明細書に記載の複数の抗体と接触させるステップと、（ｃ）集団中の抗体に特異的に結合する細胞を、集団中の抗体に特異的に結合しない細胞から分離するステップとを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、蛍光活性化細胞ソーティングによって分離される。一部の実施形態では、細胞は、蛍光活性化細胞ソーティングによって、固定化された二次抗体を使用して分離される。
【００１８】
別の態様では、本発明は、ヒト被験体の自己免疫障害を防止または処置するための方法であって、治療有効量の本明細書に記載の抗体調製物を被験体に投与することを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、抗体調製物はＫｖ１．３カリウムチャネルを阻害することにより、自己免疫障害を防止または処置する。一部の実施形態では、被験体の自己反応性エフェクターメモリーＴ細胞を枯渇させることにより、自己免疫障害を防止または処置する。一部の実施形態では、自己免疫障害は、多発性硬化症、重症筋無力症、自己免疫性神経障害、ギランバレー症候群、自己免疫性ぶどう膜炎、クローン病、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、自己免疫性肝炎、自己免疫性血小板減少症、１型真性糖尿病、アジソン病、グレーブス病、橋本甲状腺炎、自己免疫性精巣炎、ベーチェット病、関節リウマチ、歯周病に関連する骨吸収、全身性エリテマトーデス、強皮症多発性筋炎（Ｓｃｌｅｒｏｄｅｒｍａ  Ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ）、皮膚筋炎（ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓｉｓ）、尋常性天疱瘡、脊椎関節症、強直性脊椎炎、およびシェーグレン症候群からなる群より選択される。
【００１９】
別の態様では、本発明は、被験体の移植片対宿主病を防止または処置するための方法であって、治療有効量の本明細書に記載の抗体調製物を被験体に投与することを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、抗体調製物はＫｖ１．３カリウムチャネルを阻害することにより、移植片対宿主病を防止または処置する。一部の実施形態では、被験体の自己反応性エフェクターメモリーＴ細胞を枯渇させることにより、移植片対宿主病を防止または処置する。
【００２０】
本発明のこれらおよび他の態様および実施形態を以下に例示および記載する。以下の図面および詳細な記載を考察すれば、当業者には他の組成物、方法、および特色が明らかとなるであろう。そのようなさらなる組成物および方法および特色は全て、本発明の範囲内に含まれることが意図される。
【００２１】
以下の図面は本発明の実施形態を例示するものであり、特許請求の範囲に包含される本発明の範囲を限定する意図はない。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１−１】図１Ａは、ヒトＫｖ１．３タンパク質のアミノ酸配列（受託番号Ｐ２２００１．３）（配列番号１）を提供する。図１Ｂは、Ｃ末端ＦＬＡＧタグ（太字イタリック体）および１０Ｘ  Ｈｉｓタグ（下線）で修飾されたＫｖ１．３アミノ酸配列（配列番号２）を示す。
【図１−２】図１Ａは、ヒトＫｖ１．３タンパク質のアミノ酸配列（受託番号Ｐ２２００１．３）（配列番号１）を提供する。図１Ｂは、Ｃ末端ＦＬＡＧタグ（太字イタリック体）および１０Ｘ  Ｈｉｓタグ（下線）で修飾されたＫｖ１．３アミノ酸配列（配列番号２）を示す。
【００２３】
【図２】図２は、ヒトＫｖ１．３コード遺伝子（ＫＣＮＡ３）をＴｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  ＭＴＴ５プロモーターの制御下におく発現構築物デザイン、およびＴｅｔｒａｈｙｍｅｎａリボソームＤＮＡベクターであるｐＴＲＡＳ１のＮｏｔＩ制限部位における発現構築物全体の配置を示す。
【００２４】
【図３】図３は、Ｋｖ１．３プロテオリポソーム免疫原調製物のＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタン分析を示す。左のパネルは、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで分解し、クーマシー染料によって検出したＫｖ１．３を示す。右のパネルは、抗Ｋｖ１．３細胞外ループ抗体を使用した抗Ｋｖ１．３のウェスタン分析を示す。Ｋｖ１．３は、予測された分子量（約６６ｋＤａ）に対応する単量体と、より高い分子量（＞２５０ｋＤａ）の種との、２つの別個の種として分解することに留意されたい。
【００２５】
【図４】図４は、免疫化したニワトリの血清中の抗Ｋｖ１．３抗体価のＦＡＣＳ分析を示す。ＦＡＣＳ分析は、Ｋｖ１．３磁性ビーズを用いて行った。左のパネルは、市販の抗Ｋｖ１．３抗体ありまたはなしでインキュベートしたビーズの分布を示す対照分析である。中央のパネルは、免疫前の血清またはＫｖ１．３で免疫化したニワトリの血清（３回目の抽出）のいずれかと共にインキュベートしたＫｖ１．３ビーズの分布を示す。右のパネルは、免疫前の血清または無関係のイオンチャネルで免疫化したニワトリの血清（３回目の抽出）のいずれかと共にインキュベートしたＫｖ１．３ビーズの分布を示す。
【００２６】
【図５】図５Ａ〜図５Ｂは、抗Ｋｖ１．３抗体を単離するためにグルカン酵素方法（ＧＥＭ：Ｇｌｕｃａｎ  Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ  Ｍｅｔｈｏｄ）アッセイにおいて使用したＫｖ１．３製剤を示す。図５Ａは、Ｋｖ１．３プロテオリポソームを例示する（ブロックはリン脂質二重層中のＫｖ１．３タンパク質を表す）。図５Ｂは、市販の抗Ｋｖ１．３抗体で標識されたＫｖ１．３磁性ビーズを示す。
【００２７】
【図６】図６は、ＨＥＫ２９３細胞内で発現する二価ｓｃＦｖ−Ｆｃ抗体のデザインを例示する。この構築物は、リーダー配列（Ｌｅ）、可変軽鎖（ＶＬ）、リンカー領域（Ｌｉ）、可変重鎖（ＶＨ）、およびヒトＩｇＧ１のＦｃドメイン（ｈＩｇＧ１−Ｆｃ）を含む。
【００２８】
【図７】図７Ａは、ニワトリ由来（ｃｈ＿）の抗体（ｐ１Ａ１、ｐ１Ａ１１、ｐ１Ｆ８、ｐ１Ｄ８、ｐ１Ｈ４、ｐ２Ａ３、ｐ２Ｇ９、ｐ１Ｈ７、およびｐ１Ｅ６）によるＫｖ１．３活性の機能的阻害を示す。図７Ｂは、ラマ由来（Ｌ）の抗体（１Ａ３）によるＫｖ１．３活性の機能的阻害を示す。図７Ｃは、Ｋｖ１．３活性を機能的に阻害しないニワトリ由来の特定の抗Ｋｖ１．３抗体の例（ｐ２Ｄ９）を示す。Ｋｖ１．３の活性は、ヒトＫｖ１．３を一過性に発現するＬ９２９ヒト線維芽細胞において、ホールセルパッチクランプ法による電気生理学によって決定した。上の線は、抗体の非存在下における細胞の対照の電気生理学記録を示す。下の線は、４００ｎＭの抗体と共にインキュベートした細胞の電気生理学記録を示す。
【００２９】
【図８】図８Ａは、Ｋｖ１．３活性を遮断するニワトリ由来（ｃｈ＿）の３個の抗体（ｐ１Ｅ６、Ｌ１Ａ３、およびｐ２Ｇ９）の用量応答分析を示す。１０倍希釈の抗体と共にインキュベートした細胞の電流記録が示されている。図８Ｂは、抗体ｐ１Ｅ６の抗体Ｌ１Ａ３との比較（上パネル）そしてｐ２Ｇ９との比較（下パネル）を行った用量−応答曲線を示す。各抗体のＩＣ５０値は、６ｎＭ（ｐ１Ｅ６）、４６ｎＭ（ｐ２Ｇ９）、および１０９ｎＭ（Ｌ１Ａ３）と算出された。
【００３０】
【図９】図９は、他のＫｖファミリーメンバーであるＫｖ１．５およびＫｖ１１．１（ｈＥＲＧ）と比較した、Ｋｖ１．３活性の遮断に関する抗体ｐ１Ａ１の選択性を示す。
【００３１】
【図１０】図１０は、ＣＤ３／ＣＤ２８活性化サルＴ細胞において天然Ｋｖ１．３の機能を抗体Ｌ１Ａ３が阻害したことを示す。
【００３２】
【図１１Ａ−１】図１１Ａ〜図１１Ｂは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の軽鎖可変領域（配列番号３〜４２）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１１Ａ−２】図１１Ａ〜図１１Ｂは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の軽鎖可変領域（配列番号３〜４２）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１１Ｂ−１】図１１Ａ〜図１１Ｂは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の軽鎖可変領域（配列番号３〜４２）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１１Ｂ−２】図１１Ａ〜図１１Ｂは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の軽鎖可変領域（配列番号３〜４２）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【００３３】
【図１２】図１２は、本発明に従ってニワトリで産生されたユニークな軽鎖ＣＤＲ配列（配列番号４３〜１１２）のアラインメントを示す。
【００３４】
【図１３Ａ−１】図１３Ａ〜図１３Ｃは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号１２５〜１６４）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１３Ａ−２】図１３Ａ〜図１３Ｃは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号１２５〜１６４）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１３Ｂ−１】図１３Ａ〜図１３Ｃは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号１２５〜１６４）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１３Ｂ−２】図１３Ａ〜図１３Ｃは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号１２５〜１６４）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１３Ｃ−１】図１３Ａ〜図１３Ｃは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号１２５〜１６４）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１３Ｃ−２】図１３Ａ〜図１３Ｃは、本発明に従ってニワトリで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号１２５〜１６４）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【００３５】
【図１４−１】図１４は、本発明に従ってニワトリで産生されたユニークな重鎖ＣＤＲ配列（配列番号１６５〜２２９）のアラインメントを示す。
【図１４−２】図１４は、本発明に従ってニワトリで産生されたユニークな重鎖ＣＤＲ配列（配列番号１６５〜２２９）のアラインメントを示す。
【００３６】
【図１５−１】図１５は、本発明に従ってラマで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の軽鎖可変領域（配列番号２３０〜２４８）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１５−２】図１５は、本発明に従ってラマで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の軽鎖可変領域（配列番号２３０〜２４８）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【００３７】
【図１６】図１６は、本発明に従ってラマで産生されたユニークなラマ軽鎖ＣＤＲ配列（配列番号２４９〜２９７）のアラインメントを示す。
【００３８】
【図１７−１】図１７は、本発明に従ってラマで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号２９８〜３１６）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１７−２】図１７は、本発明に従ってラマで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号２９８〜３１６）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図１７−３】図１７は、本発明に従ってラマで産生された抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域（配列番号２９８〜３１６）のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【００３９】
【図１８−１】図１８は、本発明に従ってラマで産生されたユニークなラマ重鎖ＣＤＲ配列（配列番号３１７〜３７０）のアラインメントを示す。
【図１８−２】図１８は、本発明に従ってラマで産生されたユニークなラマ重鎖ＣＤＲ配列（配列番号３１７〜３７０）のアラインメントを示す。
【００４０】
【図１９】図１９は、本発明に従ってニワトリで産生され（配列番号３７１〜３８０）、図１１Ａ〜１１Ｂに示されるものとは異なる抗Ｋｖ１．３抗体の軽鎖可変領域のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【００４１】
【図２０】図２０は、図１９に示される通りであり、本発明に従って産生されたユニークな軽鎖ＣＤＲ配列（配列番号３８１〜３９８）のアラインメントを示す。
【００４２】
【図２１−１】図２１は、本発明に従ってニワトリで産生され（配列番号３９９〜４０８）、図１３Ａ〜１３Ｃに示されるものとは異なる抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【図２１−２】図２１は、本発明に従ってニワトリで産生され（配列番号３９９〜４０８）、図１３Ａ〜１３Ｃに示されるものとは異なる抗Ｋｖ１．３抗体の重鎖可変領域のアラインメントを示す。ＣＤＲ１、２、および３のおよその位置は、太字で下線のある文字によって強調されている。
【００４３】
【図２２】図２２は、図２１に示される通りであり、本発明に従って産生されたユニークな重鎖ＣＤＲ配列（配列番号４０９〜４２９）のアラインメントを示す。
【発明を実施するための形態】
【００４４】
本開示は、単離された抗体（Ａｂ）、特にヒトＫｖ１．３に高い親和性で特異的に結合するＡｂ、およびＫｖ１．３の機能的活性を調整するＡｂに関する。ある特定の実施形態では、抗Ｋｖ１．３  Ａｂは、特定の重鎖配列および軽鎖配列に由来し、かつ／または、特定のアミノ酸配列を含むＣＤＲ領域などの特定の構造的特色を含む。本開示は、単離された抗Ｋｖ１．３  Ａｂ、かかる抗Ｋｖ１．３  Ａｂを作製する方法、かかる抗Ｋｖ１．３  Ａｂを含むイムノコンジュゲートおよび二重特異性分子、ならびにかかる抗Ｋｖ１．３  Ａｂを発現させる方法を提供する。本開示は、自己免疫疾患のための治療処置または診断試薬として抗Ｋｖ１．３  Ａｂを使用する方法にも関する。
【００４５】
定義
【００４６】
本明細書で使用される科学用語および技術用語は全て、以下に別途定義されない限り、当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有するよう意図される。本明細書において用いられる技術の参照は、当技術分野で一般的に理解されている技術を、当業者には明らかであろう当該技術のバリエーションまたは均等な技術もしくは後に開発される技術の代用を含めて指すよう意図される。加えて、本発明である主題をより明確かつ簡潔に記載するために、本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されているある特定の用語に関して以下の定義を提供する。
【００４７】
本明細書で使用される「抗体」という用語または「Ａｂ」という略語は、天然のグリコシル化の有無にかかわらず、全抗体およびその任意の抗原結合性断片（すなわち「抗原結合性部分」）または単鎖を含む。完全「抗体」とは、ジスルフィド結合によって相互接続した少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖またはそれらの抗原結合性部分を含む糖タンパク質を指す。各重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）および重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および１つのドメインＣＬを有する軽鎖定常領域を含む。ＶＨ領域およびＶＬ領域は、相補性決定領域（ＣＤＲ）およびフレームワーク領域（ＦＲ）にさらに細分され得る。ＶＨ領域およびＶＬ領域はそれぞれ、抗原（例えばＫｖ１．３）と相互作用する、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３と表記される３つのＣＤＲを含む。
【００４８】
本明細書で使用される、抗体の「抗原結合性部分」という用語は、抗原（例えばＫｖ１．３）に特異的に結合する能力を保持する、抗体の１つまたは複数の断片を指す。抗体の「抗原結合性部分」という用語に包含される結合性断片の例としては、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、ｓｃＦｖ断片、ｄＡｂ断片、および単離されたＣＤＲが挙げられる。
【００４９】
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体調製物」という用語は、単一の重鎖アミノ酸配列および単一の軽鎖アミノ酸配列を有する（しかし不均一にグリコシル化していてもよい）抗体から本質的になる抗体分子の調製物を指す。
【００５０】
本明細書で使用される「ヒト化抗体」という用語は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列由来の定常領域および可変領域フレームワーク領域（ＦＲ）を有するがＣＤＲは有しない抗体を含む。
【００５１】
本明細書で使用される「組換え抗体」という用語は、組換え手段によって調製、発現、作出、または単離された全ての抗体を含む。ある特定の実施形態では、組換え抗体は、抗体を発現するように形質転換された宿主細胞から（例えば、トランスフェクトーマ（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｏｍａ）から）単離される。他の実施形態では、組換え抗体は、ファージディスプレイライブラリなどの組換え型コンビナトリアル抗体ライブラリーから単離される。組換え抗体は、他のＤＮＡ配列に対するヒト免疫グロブリン遺伝子配列のスプライシングを伴う任意の他の手段によって調製、発現、作出、または単離される場合もある。
【００５２】
本明細書で使用される「アイソタイプ」という用語は、定常領域遺伝子によってコードされる重鎖クラス（例えば、ヒト抗体ではＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭ）または軽鎖クラス（例えば、ヒトのカッパまたはラムダ）を指す。「サブタイプ」という用語は、サブタイプ内のサブクラス（例えば、ヒトのＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）を指す。
【００５３】
本明細書において、特定した抗原「に対して特異的な抗体」という語句は、特定した抗原「に特異的に結合する抗体」という語句と互換的に使用される。本明細書で使用される場合、「Ｋａ」という用語は、特定の抗体−抗原複合体の会合速度を指し、「Ｋｄ」という用語は、その解離速度を指す。「ＫＤ」という用語は、Ｋｄ対Ｋａの比から得られ、モル濃度（Ｍ）として表される、解離定数を指す。一部の実施形態によると、「ヒトＫｖ１．３に特異的に結合する」抗体とは、５×１０−８Ｍまたはそれよりも小さい、より好ましくは１×１０−８Ｍまたはそれよりも小さいＫＤでヒトＫｖ１．３に結合する抗体を指すよう意図される。
【００５４】
別途定義されない限り、本明細書で使用される技術用語および科学用語は全て、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと同様または均等な方法および材料を本発明の実践または試験に使用することができるが、好適な方法および材料を以下に記載する。本明細書において言及される公開文献、特許出願、特許、および他の参考文献は全て、参照によりその全体が組み込まれる。矛盾する場合、定義を含め、本明細書が優先する。加えて、材料、方法、および実施例は単なる例示であり、限定を意図するものではない。
【００５５】
本明細書において参照される特許、科学文献および技術文献は、出願時の当業者に利用可能であった知識を立証する。本明細書において引用される交付済み米国特許、公開済みおよび係属中の特許出願、ならびに他の公開文献の全開示内容は、あたかもそれぞれが参照により組み込まれることが明確かつ個々に示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。何らかの矛盾がある場合は、本開示が優先する。
【００５６】
抗Ｋｖ１．３抗体
【００５７】
本発明は、ヒトＫｖ１．３タンパク質、特に細胞外ループ上のエピトープに対する親和性が高く、かつＫｖ１．３機能の活性を調整する、多様な新しい抗体を提供する。本抗体は、本明細書において開示される完全なＶＨ領域およびＶＬ領域を含んでもよいし、あるいは、本明細書において開示されるＣＤＲ配列のみを公知のヒトもしくは他の哺乳動物（例えばヒト）またはトリ（例えばニワトリ）のフレームワーク領域と組み合わせて含んでもよい。加えて、本明細書において開示される特定のＣＤＲ配列に基づき、コンセンサスＣＤＲ配列の配列モチーフが提供され、また、これらのモチーフによって定義されるＣＤＲ配列を公知のヒトもしくは他の哺乳動物またはトリのフレームワーク領域と組み合わせて含む抗体も提供される。さらに、ＶＬ領域およびＶＨ領域の各ＣＤＲに関して可能性のある基準構造が割り当てられ、開示される構造的モチーフに属するＣＤＲを公知のヒトもしくは他の哺乳動物またはトリのフレームワーク領域と組み合わせて含む抗体も提供される。
【００５８】
本発明のＣＤＲ配列（図１１〜図２２に開示されるＣＤＲおよび本明細書において開示される配列モチーフによって定義されるＣＤＲの両方を含む）を、当技術分野で周知の方法により他の免疫グロブリン配列と組み合わせると、本発明のＣＤＲによって決定される抗原結合特異性を有する免疫グロブリン分子を産生することができる。
【００５９】
一部の実施形態では、本発明のＣＤＲは、他の抗体のフレームワーク領域（ＦＲ）および定常ドメイン（ＣＨまたはＣＬ）配列と組み合わされる。例えば、本明細書において開示されるＣＤＲの一部はニワトリＢ細胞に由来し、ニワトリのＦＲおよび定常ドメイン配列を有するが、それらをヒトもしくは他の哺乳動物またはトリのＦＲおよび定常ドメイン配列と組換えて、ヒト化抗体または他の組換え抗体を産生することができる。同様に、本明細書において開示されるラマ由来のＣＤＲをヒトまたは他の哺乳動物の定常ドメイン配列と組換えて、ヒト化抗体または他の組換え抗体を産生することができる。そのような組換え抗体の産生は当業者に周知であり、慣例的な実験しか必要としない。
【００６０】
そのような組換え抗体に含まれる定常領域の種類は、それらの意図される使用によって選択することができる。例えば、抗体が、Ｋｖ１．３発現細胞を標的として破壊するための治療上の使用のために意図される場合、ＩｇＧサブタイプの重鎖定常ドメイン（すなわち、Ｆｃ領域）が使用され得る。抗体が細胞を標識するため（例えば、蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）のため）の試薬としてのみ意図される場合、完全抗体、抗原結合性断片（Ｆａｂ）、単鎖可変断片（ｓｃＦＶ）、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、またはさらには非抗体免疫グロブリン分子（例えば、ＭＨＣ受容体細胞外ドメイン）を本発明のＣＤＲと共に使用してもよい。
【００６１】
本発明のＣＤＲは、所与の可変軽（ＶＬ）鎖または可変重（ＶＨ）鎖のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列が、異なる元のＶＬおよびＶＨ鎖から、異なるＶＬおよびＶＨ  ＣＤＲモチーフから、または開示されるＣＤＲおよびモチーフの組み合わせから選択され得るように、独立して選択することができる。しかしながら、軽鎖ＣＤＲの配列は、開示されるＶＬ  ＣＤＲまたはＶＬ  ＣＤＲモチーフから選択されるべきであり、重鎖ＣＤＲの配列は、開示されるＶＨ  ＣＤＲまたはＶＨ  ＣＤＲモチーフから選択されるべきである。同様に、必要に応じてＶＬ鎖またはＶＨ鎖につき、ＣＤＲ１領域の配列は、開示されるＣＤＲ１またはＣＤＲ１モチーフ配列から選択されるべきであり、ＣＤＲ２領域の配列は、開示されるＣＤＲ２またはＣＤＲ２モチーフ配列から選択されるべきであり、ＣＤＲ３領域の配列は、開示されるＣＤＲ３またはＣＤＲ３モチーフ配列から選択されるべきである。
【００６２】
ある特定の態様では、本発明は、図１１〜図２２に記載の抗体のうちのいずれか１つの結合特異性を有するＫｖ１．３結合抗体またはその抗原結合性部分を提供する。
【００６３】
ある特定の態様では、本発明は、Ｋｖ１．３結合抗体またはその抗原結合性部分であって、図１３、図１７、または図２１の抗体のＶＨ鎖と９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であるＶＨ鎖と、図１１、図１５、または図１９の抗体のＶＬ鎖と９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であるＶＬ鎖とを含む、抗体またはその抗原結合性部分を提供する。
【００６４】
ある特定の態様では、本発明は、Ｋｖ１．３結合抗体またはその抗原結合性部分であって、図１３、図１７、または図２１の抗体のＶＨ鎖と、図１１、図１５、または図１９の抗体のＶＬ鎖とを含む、抗体またはその抗原結合性部分を提供する。
【００６５】
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、完全にヒト化されかつ組換え産生されたものである。ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、天然に存在しない。ある特定の実施形態では、抗体は、Ｋｖ１．３で免疫化された動物から単離されたＶＨ鎖およびＶＬ鎖の対形成（ｐａｉｒｉｎｇ）を含む。ある特定の実施形態では、抗体は、Ｋｖ１．３で免疫化された動物から単離されたＶＨ鎖およびＶＬ鎖の対形成を含み、抗体のＦｃ部分は、免疫化された動物から単離されたＶＨ鎖およびＶＬ鎖の対のアイソタイプまたは一部分ではない。ある特定の実施形態では、抗体は、ＶＨ鎖およびＶＬ鎖の対形成を含み、ＶＨまたはＶＬは、免疫化された動物から個々に単離され得る。一部の実施形態では、抗体は、１つのクローン細胞株のＶＨ鎖またはＶＨ鎖のＣＤＲと、別のクローン細胞株のＶＬまたはＣＤＲとを含む。ある特定の実施形態では、抗体は、１個または複数のアミノ酸を置換することによって修飾されたＫｖ１．３で免疫化された動物から単離されたＶＨ鎖およびＶＬ鎖の対形成を含む。
【００６６】
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、図１３、図１７、または図２１の抗体のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むＶＨを含む。ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、図１１、図１５、または図１９の抗体のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むＶＬを含む。
【００６７】
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、図１３、図１７、または図２１の抗体のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むＶＨを含み、図１１、図１５、または図１９の抗体のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３を含む相補的ＶＬをさらに含む。
【００６８】
ある特定の態様では、本発明は、本発明の抗体のうちのいずれか１つもしくはその抗原結合性部分またはそれらの任意の組み合わせを含む医薬組成物を提供する。ある特定の態様では、本発明は、本発明の抗体のうちのいずれか１つまたはその抗原結合性部分と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物を提供する。
【００６９】
当業者であれば、抗体の配列ならびにそれらのＫｖ１．３の親和性および阻害を比較することで、配列同一性の決定、配列長の比較、そしてＣＤＲにおける配列同一性パーセントおよび／または変化を含む、ＶＨ配列およびＶＬ配列における配列同一性パーセントおよび／または変化を含む、配列同一性パーセントおよび／または変化、ならびにＫｖ１．３の親和性および阻害を維持しながら許容され得る置換の特定の位置および種類の決定を容易に行うことができる。
【００７０】
ある特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載の抗体のＶＨおよびＶＬのアミノ酸配列と９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、８６％、８５％、８４％、８３％、８２％、８１％、８０％同一である抗体であって、Ｋｖ１．３に結合しこれを阻害する抗体を提供する。ある特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載の抗体のＶＨのＣＤＲ１、２、および／または３ならびにＶＬのＣＤＲ１、２、および／または３のアミノ酸配列と９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、８６％、８５％、８４％、８３％、８２％、８１％、８０％同一である抗体であって、Ｋｖ１．３に結合しこれを阻害する抗体を提供する。
【００７１】
抗Ｋｖ１．３抗体を使用する方法
【００７２】
本発明の抗Ｋｖ１．３抗体は、免疫親和性精製、免疫組織化学、および免疫療法の標準的な方法において使用することができるが、Ｋｖ１．３タンパク質を発現する細胞および組織に対する特異的な適用で使用される。
【００７３】
例えば、本発明の抗Ｋｖ１．３抗体を使用すると、Ｋｖ１．３を発現する細胞をごく一部しか含まない細胞の混合集団から、Ｋｖ１．３を発現する細胞を単離することができる。例えば、個々の細胞は、蛍光標識された抗Ｋｖ１．３抗体を使用するＦＡＣｓまたは固定化された抗Ｋｖ１．３抗体を使用する免疫親和性精製などの技術に供され得る。
【００７４】
同様に、固定化された抗Ｋｖ１．３抗体は、Ｋｖ１．３発現細胞に由来する溶解物からのＫｖ１．３タンパク質の精製のために使用され得る。Ｋｖ１．３タンパク質は、細胞膜断片と会合した状態のまま精製されてもよいし、または、例えば多様な界面活性剤で処理した後の、生体膜からの解離後に精製されてもよい。さらに、Ｋｖ１．３は、Ｋｖ１．３に特異的に結合する小分子または生物製剤（例えばペプチド、ｍＡｂなど）と会合しながら、そのような様式で精製されてもよい。そのような精製されたＫｖ１．３調製物は、結合した分子の有無を問わずＫｖ１．３に関する構造的情報を決定するために使用される技術（例えば結晶学、ｃｒｙｏＥＭ）における有用性を有する。さらに、そのような調製物は、Ｋｖ１．３と特異的に相互作用する分子のための多様なライブラリ（例えば小分子、ｍＡｂ）のスクリーニングにおいて有用性を有する。
【００７５】
代替的に、Ｋｖ１．３を発現する細胞もしくは組織を特定するため、および／またはそのような細胞におけるＫｖ１．３の発現を定量化するために、本発明の抗Ｋｖ１．３抗体を使用して免疫組織化学を行ってもよい。
【００７６】
加えて、本発明の抗Ｋｖ１．３抗体は、Ｋｖ１．３発現細胞、特にＴＥＭ細胞を標的とし、かつ／またはそのような細胞におけるＫｖ１．３の機能を阻害するために、治療上使用することができる。さらに、Ｋｖ１．３に結合し、かつＫｖ１．３活性を阻害する場合も、しない場合もある本発明の抗Ｋｖ１．３抗体は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）などの細胞傷害性Ｆｃ媒介性エフェクター機能を介して、標的Ｋｖ１．３発現細胞、特にＴＥＭ細胞を枯渇させ得る。さらに、Ｋｖ１．３機能を阻害する部分とコンジュゲートされた本発明の抗Ｋｖ１．３抗体も治療上使用され得る。本発明の抗Ｋｖ１．３抗体の抗体−薬物コンジュゲートを使用して、治療薬をＫｖ１．３発現細胞に送達することもできる。
【００７７】
自己免疫疾患では、特定の自己反応性Ｔ細胞は、炎症組織に遊走しサイトカインを分泌することにより病原に寄与する、慢性的に活性化されたメモリーＴ細胞に分化し得る。いずれの作用機序にも拘束されないが、一部の実施形態では、Ｋｖ１．３活性の遮断は、抗原に応答してＴ細胞の表現型を変化させ、自己免疫疾患を処置するにあたって有益な抑制状態へとＴ細胞を変換し得る。慢性自己免疫疾患では、Ｔエフェクターメモリー（ＴＥＭ）細胞のクローン増殖がある。Ｋｖ１．３機能喪失変異を有する細胞においては、Ｔセントラルメモリー（ＴＣＭ）細胞はＴエフェクターメモリー（ＴＥＭ）細胞に分化できず、ＴＥＭ細胞はＴＣＭ細胞に復帰しさえすることが示されている。（Ｈｕら（２０１２年）、Ｊ．  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、２８７巻（２号）、１２６１〜６８頁）。このように一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、Ｋｖ１．３機能を阻害して自己免疫性免疫障害を処置する。したがって、本発明のＫｖ１．３結合抗体またはその抗原結合性部分は、被験体の自己免疫障害を防止または処置するための方法において使用することができる。本方法は、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合性部分の治療有効量を被験体に投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、Ｋｖ１．３カリウムチャネルを阻害する。一部の実施形態では、被験体の自己反応性エフェクターメモリーＴ細胞が枯渇または低減する。一部の実施形態では、被験体は、自己免疫疾患を有することが疑われるか、または自己免疫疾患を有することについて評価される。一部の実施形態では、被験体はヒトである。
【００７８】
一部の実施形態では、自己免疫障害は、多発性硬化症、重症筋無力症、自己免疫性神経障害、ギランバレー症候群、自己免疫性ぶどう膜炎、クローン病、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、自己免疫性肝炎、自己免疫性血小板減少症、１型真性糖尿病、アジソン病、グレーブス病、橋本甲状腺炎、自己免疫性精巣炎、ベーチェット病、関節リウマチ、歯周病に関連する骨吸収、全身性エリテマトーデス、強皮症多発性筋炎（Ｓｃｌｅｒｏｄｅｒｍａ  Ｐｏｌｙｍｙｏｓｉｔｉｓ）、皮膚筋炎（ｄｅｒｍａｔｏｍｙｏｓｉｔｉｓｉｓ）、尋常性天疱瘡、脊椎関節症、強直性脊椎炎、またはシェーグレン症候群である。
【００７９】
移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）は、ドナーからレシピエントへの組織の移植後に起こり得る。ＧｖＨＤは、ＭＨＣ不適合の宿主組織を認識し破壊する、ドナー臓器由来のレシピエント反応性Ｔ細胞によって引き起こされる。したがって、本発明のＫｖ１．３結合抗体またはその抗原結合性部分は、被験体のＧｖＨＤを防止または処置するための方法において使用することができる。本方法は、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合性部分の治療有効量を被験体に投与することを含む。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合性部分は、Ｋｖ１．３カリウムチャネルを阻害する。一部の実施形態では、被験体の自己反応性エフェクターメモリーＴ細胞が枯渇または低減する。一部の実施形態では、被験体は、遺伝学的に同一でないドナーから臓器移植を受けたことがある。一部の実施形態では、被験体はヒトである。
【００８０】
一部の実施形態では、本発明のＫｖ１．３結合抗体またはその抗原結合性部分は、被験体のＫｖ１．３カリウムチャネルを阻害するための方法において使用することができる。本方法は、Ｋｖ１．３カリウムチャネルを阻害するのに有効な量で本明細書に記載の抗体を被験体に投与することを含む。一部の実施形態では、被験体はヒトである。
【００８１】
抗Ｋｖ１．３抗体をコードする核酸分子
【００８２】
本発明は、本発明の抗Ｋｖ１．３抗体をコードする核酸分子も提供する。そのような核酸は、所望のアミノ酸配列をコードするコドンを選択するために普遍的な遺伝コードの標準的な表を使用してデザインしてもよいし、または異なる生物に特徴的なコドンバイアスを反映する特化したコドン表を使用してもよい。したがって、例えば、ＣＨＯ細胞における本発明の抗Ｋｖ１．３抗体の発現を最適化するためには、ＣＨＯ細胞のために最適化されたコドン表を使用して、所望の抗体をコードする核酸をデザインすることができる。
【００８３】
本発明の抗Ｋｖ１．３抗体をコードする核酸は、クローニングベクター（例えば、細菌または哺乳動物のクローニングベクター）、形質転換ベクター（例えば、相同組換えベクター、ウイルス組込みベクター、または自己複製ベクター）、および発現ベクター（例えば、高コピー数、誘導性、または構成的な哺乳動物発現ベクター）をはじめとする、当技術分野で公知の多種多様なベクターに含めることができる。
【００８４】
抗Ｋｖ１．３抗体を発現する細胞
【００８５】
本発明の抗Ｋｖ１．３抗体をコードする異種配列を発現する宿主細胞も提供される。そのような宿主細胞は、本発明の抗Ｋｖ１．３抗体の商業的産生のために有用であり得、上述の発現ベクターで適切な宿主細胞を形質転換することによって産生することができる。
【００８６】
一部の実施形態では、本発明は、ＣＨＯ細胞を含め、本発明の抗Ｋｖ１．３抗体を発現する哺乳動物細胞を提供する。しかしながら、当業者であれば、細菌系、酵母系、昆虫系、および哺乳動物系をはじめとする多様な宿主細胞において抗体を発現させることができる。例えば、参照により本明細書に全体が組み込まれる、Ｖｅｒｍａら（１９９８年）、Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ、２１６巻（１〜２号）：１６５〜８１頁を参照されたい。
【００８７】
医薬組成物
【００８８】
ある特定の態様では、本発明は、本明細書に記載の抗体を含む医薬組成物を提供し、組成物は、限定されないが、自己免疫疾患またはＧｖＨＤの処置および／または防止などの治療目的に使用される。ある特定の態様では、本発明は、自己免疫疾患またはＧｖＨＤを処置および／または防止するための、任意の他の好適な抗体または組成物と組み合わせた、本明細書に記載の抗体を含む医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載の抗体をコードする１つまたは複数の核酸を含む。ある特定の実施形態では、これらの核酸は、抗体の発現のための任意の好適なベクターによって発現させることができる。
【００８９】
医薬組成物を作製する種々の方法が当技術分野で公知であり、本発明により想定される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の抗体などの生体分子に好適な賦形剤を含む。一部の実施形態では、抗体は、抗体のグリコシル化を制御するために、特定の細胞株および条件において産生される場合がある。
【００９０】
ある特定の態様では、本発明は、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合性部分が組成物（例えば医薬組成物）として製剤化され得ることを提供する。好適な組成物は、薬学的に許容される担体（例えば水性媒体）中に溶解または分散した抗体またはその抗原結合性部分を含み得る。組成物は無菌であってもよく、また静脈内によって、例えばボーラスとして、または持続注入によって投与される場合がある。投与は、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、関節滑液嚢内、髄腔内、経口局所、または吸入によるものであり得る。抗体またはその抗原結合性部分は、皮膚または粘膜への局所投与に適切な組成物として製剤化することもできる。そのような組成物は、液体、軟膏、クリーム、ゲル、およびペーストの形態をとることができる。好適な組成物の調製には、標準的な製剤化技術を使用することができる。
【００９１】
本明細書に記載の抗体またはその抗原結合性部分は、自己免疫疾患および／または移植片対宿主病を有する被験体に投与すること、ならびに、Ｋｖ１．３細胞を発現するＴ細胞の表面に抗体またはその抗原結合性部分が結合することによってＴ細胞を殺傷するために使用することができる。
【００９２】
好適な用量範囲は、抗体またはその抗原結合性部分ならびに製剤の性質および投与経路に依存し得る。当業者であれば、過度の実験を行うことなく最適な用量を決定することができる。
【実施例】
【００９３】
Ｋｖ１．３免疫原およびＢ細胞およびファージスクリーニング試薬の調製
【００９４】
ヒトＫｖ１．３タンパク質をコードする遺伝子（図１Ａ；配列番号１）を、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａにおける発現のために最適化した。最適化したＫｖ１．３遺伝子を、Ｋｖ１．３のＣ末端における二重親和性のＦＬＡＧ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）および１０ＸＨｉｓタグをコードするヌクレオチドの組み込みによってさらに修飾した（図１Ｂ：配列番号２）。最適化したＫｖ１．３遺伝子を合成し、Ｋｖ１．３遺伝子発現を誘導性Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａメタロチオネインプロモーターの制御下におく発現カセットにクローニングした（図２）。その後、Ｋｖ１．３遺伝子を含有する発現カセット全体を、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ高コピー数リボソームＤＮＡ発現ベクター、ｐＴＲＡＳ１（図２；米国特許第８，６６４，３７４号）にクローニングした。交配するＴｅｔｒａｈｙｍｅｎａ細胞をＫｖ１．３含有ｐＴＲＡＳ１で形質転換し、形質転換体の選択剤を含有する培地中で生存可能な形質転換体を選択した。遺伝子発現の誘導後にＫｖ１．３を発現する細胞を、Ｋｖ１．３免疫原の調製のために選択した。形質転換体Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ細胞の培養物（＞１Ｌ）を増殖させ、Ｋｖ１．３の発現を誘導し、採取し、微小流動化（ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｚａｔｉｏｎ）によって溶解した。膜画分を遠心分離によって収集してから、後の精製のために冷凍した。
【００９５】
Ｆｏｓ−Ｃｈｏｌｉｎｅ界面活性剤を含有する緩衝液中でＴｅｔｒａｈｙｍｅｎａの膜からＫｖ１．３を抽出し、その後、ＮｉＮＴＡクロマトグラフィーによって精製した。精製したＫｖ１．３を１０ｍｇ／ｍｌのホスファチジルコリンからなるリポソームに再構成して、Ｋｖ１．３プロテオリポソームを産生した。図３は、Ｋｖ１．３プロテオリポソーム免疫原試料のＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタン分析を示す。
【００９６】
抗体の生成
【００９７】
ニワトリ由来抗体：Ｋｖ１．３プロテオリポソームを使用してニワトリを免疫化し、追加刺激（ｂｏｏｓｔｉｎｇ）によって免疫応答を増大させた。血清中の特異的抗Ｋｖ１．３抗体価が増大した期間の後、動物を屠殺し、脾細胞を採取した。表１は、抗Ｋｖ１．３抗体価の結果を示す。特異性は、Ｋｖ１．３または無関係のイオンチャネルＮａｖ１．８のいずれかで被覆されたウェルにおけるＥＬＩＳＡシグナルを比較することによって決定した。さらに、図４は、Ｋｖ１．３被覆磁性ビーズを使用したＦＡＣＳ分析による血清中の特異的抗Ｋｖ１．３抗体価を示す。無関係のイオンチャネル、すなわちＮａｖ１．８で免疫化した動物に由来する血清からは、Ｋｖ１．３磁性ビーズを使用したＦＡＣＳによって特異的なシグナルは観察されなかった。Ｋｖ１．３プロテオリポソームまたは磁性ビーズに結合したＫｖ１．３のいずれか（図５Ａおよび図５Ｂ）を組み込んだＧＥＭアッセイ（米国特許第８，０３０，０９５号および米国特許第８，４１５，１７３号）を使用した蛍光により、抗Ｋｖ１．３抗体を産生する脾臓Ｂ細胞が特定された。
【００９８】
【表１】
2019521651.tif 000002
【００９９】
ＧＥＭアッセイにより特定された個々のＢ細胞に由来する可変軽鎖および重鎖遺伝子をＰＣＲにより増幅し、ヒトＩｇＧ１  Ｆｃとの融合物として哺乳動物発現ベクターにクローニングして、二価ｓｃＦｖ−Ｆｃ抗体をコードする遺伝子を生成した（図６）。抗体をＨＥＫ２９３細胞において発現させ、ＥＬＩＳＡにより上清をアッセイして、無関係のイオンチャネル（Ｎａｖ１．８）と比較したＫｖ１．３への特異的結合を確かめた。以下の表２は、Ｋｖ１．３プロテオリポソームを使用したＧＥＭアッセイにおいて特定された、クローニングされたｓｃＦｖ−Ｆｃ抗体のＥＬＩＳＡ結果を示す。以下の表３は、Ｋｖ１．３磁性ビーズを使用したＧＥＭアッセイにおいて特定された、クローニングされたｓｃＦｖ−Ｆｃ抗体のＥＬＩＳＡ結果を示す。
【０１００】
【表２】
2019521651.tif 000003
【０１０１】
【表３】
2019521651.tif 000004
【０１０２】
ラマ由来抗体：ヒトＫｖ１．３をコードするＤＮＡでラマを免疫化し、Ｋｖ１．３プロテオリポソームで追加刺激した。特異的な抗Ｋｖ１．３抗体価が検出されたら、ファージライブラリを構築し、Ｋｖ１．３磁性ビーズを使用してファージのパニングを行った。陽性クローンの配列決定を行い、精製されたｓｃＦｖ−Ｆｃ抗体がＫｖ１．３に特異的に結合することをＥＬＩＳＡによって確かめた。
【０１０３】
抗Ｋｖ１．３抗体の分析
【０１０４】
抗Ｋｖ１．３抗体クローンを、（ｉ）ヒトＴ細胞株の天然Ｋｖ１．３に結合するそれらの能力、および／または（ｉｉ）Ｋｖ１．３活性の機能性を調整するそれらの能力について試験した（表４および表７）。
【０１０５】
ヒト白血病Ｔ細胞株Ｊｕｒｋａｔは、細胞表面でＫｖ１．３を発現する（Ｇａｓｉｏｒｏｗｓｋａら（２０１２年）、Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  Ｌｅｔｔ．、１７巻：５５９〜５７０頁）。ＧＥＭによって発見された各抗体のＪｕｒｋａｔ細胞に結合する能力をＦＡＣＳによって分析した。表４は、６個のクローン（１９７２４ｐ１．Ａ１１、１９７２４ｐ１．Ｄ８、１９７２４ｐ１．Ｈ７、１９７２４ｐ１．Ｅ６、１９７２４ｐ２．Ａ３、１９７２４ｐ２．Ｇ９）が、他の抗体に関連するバックグラウンドレベル（平均シグナルおよそ１９３）よりも著しく高いシグナル（平均シグナルおよそ３，３７０）でＪｕｒｋａｔ細胞に結合したことを示す。さらに３個のクローン（１９７２４ｐ２．Ｄ２、１９７２４ｐ２．Ｄ９、および１９７２４ｐ２．Ｅ６）は、バックグラウンドレベルよりもわずかに高いシグナル（平均シグナルおよそ３１４）を示す。Ｊｕｒｋａｔ結合に関してＦＡＣＳ陽性である抗体のうち１個のクローン（１９７２４ｐ１．Ｅ６）は、ＥＬＩＳＡによってＫｖ１．３への結合を示さない。この結果は、この抗体が、最初のＧＥＭ選択に使用したＫｖ１．３プロテオリポソームにおいて、そしてＪｕｒｋａｔ細胞表面に存在する天然のＫｖ１．３チャネルにおいては維持されるが、ＥＬＩＳＡ手順の間、おそらくＫｖ１．３がＥＬＩＳＡプレートのウェルに結合するときに失われる、コンフォメーション依存性Ｋｖ１．３エピトープを認識することを示し得る。
【０１０６】
【表４】
2019521651.tif 000005
【０１０７】
Ｌ９２９ヒト線維芽細胞において一過性に発現するヒトＫｖ１．３チャネルの阻害について、抗Ｋｖ１．３抗体を試験した。ＥＰＣ−１０  ＨＥＫＡ増幅器を使用したホールセルパッチクランプのため、トランスフェクションの２４時間後、ポリ−Ｌ−リシンで被覆されたカバースリップに細胞を播種した。１６０ｍＭ  ＮａＣｌ、４．５ｍＭ  ＫＣｌ、２ｍＭ  ＣａＣｌ２、１ｍＭ  ＭｇＣｌ２、１０ｍＭ  ＨＥＰＥＳを含有する通常のリンゲル液（ｐＨ７．４および２９０〜３１０ｍＯｓｍに調整した）中で対照電流を記録した。ソーダ石灰ガラス（ミクロヘマトクリット管、Ｋｉｍｂｌｅ  Ｃｈａｓｅ、Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ、ＮＹ）から２〜３ＭΩの抵抗までパッチピペットを引き、４５ｍＭ  ＫＦ、２ｍＭ  ＭｇＣｌ２、１０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、１０ｍＭ  ＥＧＴＡを含有するピペット内溶液（ｐＨ７．２、２９０〜３１０ｍＯｓｍ）で満たした。３０秒毎に２００ミリ秒間にわたって印加した４０ｍＶまでの脱分極パルスを使用して電流を記録した。抗体は、浴での灌流の直前に通常のリンゲル液に新たに希釈した。細胞表面積の直接的尺度である細胞キャパシタンス、およびアクセス抵抗を記録中継続的にモニタリングし、電流のランダウンが最小限であることを確実にした。図７は、１０個の抗体クローン（ニワトリ抗体ｐ１Ａ１１、ｐ１Ｄ８、ｐ１Ｈ７、Ｐ１Ｅ６、ｐ２Ａ３、ｐ２Ｇ９、ｐ１Ａ１、ｐ１Ｆ８、ｐ１Ｈ４、およびラマ抗体Ｌ１Ａ３）がＫｖ１．３活性を機能的に阻害することを示す。用量−応答分析は、最も強力な抗体が、６ｎＭ（ｐ１Ｅ６）、４６ｎＭ（ｐ２Ｇ９）、および１０９ｎＭ（Ｌ１Ａ３）のＩＣ５０値を有することを示す（図８）。さらに、抗体は、他のＫｖファミリーメンバーと比べたＫｖ１．３の選択的阻害（図９）および活性化されたアカゲザルＴ細胞におけるＫｖ１．３の阻害（図１０）を示し、これらがヒトＴ細胞におけるＫｖ１．３に対して同様の活性を実証することが示された。
【０１０８】
抗体配列分析
【０１０９】
ニワトリ由来の抗体：有用な可能性がある抗Ｋｖ１．３抗体を産生するＢ細胞クローンをＤＮＡ配列決定に供し、対応する軽鎖および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を推定した。上述のＧＥＭスクリーニングから得られた４０個の抗体に関する配列を開示する。
【０１１０】
可変軽鎖配列
【０１１１】
ＶＬ配列アラインメント。上述のＶＬ配列の全てのアラインメントを図１１Ａ〜図１１Ｂに示す。この図は、３つのＣＤＲ領域のおよその位置（太字、下線）および各配列に対応する配列番号を示す。
【０１１２】
ユニークなＶＬ  ＣＤＲ配列。図１１Ａ〜図１１ＢのＶＬのユニークなＣＤＲ配列のアラインメントを図１２に示す。図１２に示されるように、４０個のＶＬ配列には、２７個のユニークなＣＤＲ１配列、１９個のユニークなＣＤＲ２配列、および２４個のユニークなＣＤＲ３配列がある。
【０１１３】
ＶＬ  ＣＤＲコンセンサス配列。図１２に開示される配列、ならびに天然に存在するアミノ酸の構造／機能の特徴に基づいて、ＶＬ  ＣＤＲのコンセンサス配列を決定することができる。
【０１１４】
１つのコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ１：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０Ｘ１１Ｘ１２Ｘ１３（配列番号１１３）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｘ３Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣ；Ｘ４はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ａ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｘ５はＮ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｘ６はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｘ７はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｘ８はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍまたは非存在であり；Ｘ９はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｗ、Ｆ、Ｙまたは非存在であり；Ｘ１０はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｋ、Ｈまたは非存在であり；Ｘ１１はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、Ｎ、Ｑまたは非存在であり；Ｘ１２はＹ、ＦまたはＷであり、Ｘ１３はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、ＴまたはＣである。一部の実施形態では、Ｘ１はＳに限定され；かつ／またはＸ２はＧまたはＲに限定され；かつ／またはＸ３はＧ、ＤまたはＳに限定され；かつ／またはＸ４はＹ、Ｒ、Ｄ、Ｇ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ５はＮ、Ｓ、Ｙまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ６はＹ、Ｖ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ７はＡ、Ｓ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ８はＳ、Ｇまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ９はＧ、Ｓ、Ｄ、Ｒ、Ｗまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１０はＳ、Ｙ、Ｎ、Ｇ、Ｒまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１１はＹ、Ｇ、Ｔ、Ｓ、Ｆ、Ｎまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１２はＹまたはＦに限定され；かつ／またはＸ１３は、ＧまたはＳに限定される。一部の実施形態では、部分配列Ｘ１Ｘ２Ｘ３はＳＧＧに限定され；一部の実施形態では、部分配列Ｘ１Ｘ２Ｘ３はＳＧＳに限定され；一部の実施形態では、部分配列Ｘ１Ｘ２Ｘ３はＳＲＤに限定され；一部の実施形態では、部分配列Ｘ１Ｘ２Ｘ３は、ＳＧＤに限定される。
【０１１５】
配列番号３、２１、２２、２３、２４、３７、３８、３９および４２のＶＬ  ＣＤＲ１配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ２：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０Ｘ１１Ｘ１２Ｘ１３（配列番号１１４）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｘ３はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ４はＹ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｘ５はＳ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｘ６はＤ、Ｅまたは非存在であり；Ｘ７はＤ、Ｅ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｘ８はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ９はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ１０はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｘ１１はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｘ１２はＹ、ＦまたはＷであり、Ｘ１３はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡである。一部の実施形態では、Ｘ１はＳに限定され；かつ／またはＸ２はＧに限定され；かつ／またはＸ３はＧまたはＳに限定され；かつ／またはＸ４はＹまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ５はＳまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ６はＤまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ７はＤ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ８はＧ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ９はＳ、ＧまたはＶに限定され；かつ／またはＸ１０はＹ、ＳまたはＲに限定され；かつ／またはＸ１１はＹ、ＦまたはＧに限定され；かつ／またはＸ１２はＹまたはＦに限定され；かつ／またはＸ１３はＧに限定される。一部の実施形態では、部分配列Ｘ１Ｘ２Ｘ３はＳＧＧに限定され；一部の実施形態では、部分配列Ｘ１Ｘ２Ｘ３は、ＳＧＳに限定される。
【０１１６】
配列番号２１、２２、２３、２４、３９および４２のＶＬ  ＣＤＲ１配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、Ｊｕｒｋａｔ細胞結合に関してＦＡＣＳ陽性である抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ３：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０Ｘ１１Ｘ１２Ｘ１３（配列番号１１５）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｘ３はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｘ４はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、ＦまたはＷであり；Ｘ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｘ６はＶ、Ａ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｇ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｘ７はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｘ８はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ｍまたは非存在であり；Ｘ９はＳ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｘ１０はＹ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｘ１１はＦ、Ｙ、Ｗまたは非存在であり；Ｘ１２はＦ、ＹまたはＷであり、Ｘ１３はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡである。一部の実施形態では、Ｘ１はＳに限定され；かつ／またはＸ２はＧに限定され；かつ／またはＸ３はＧに限定され；かつ／またはＸ４はＳまたはＹに限定され；かつ／またはＸ５はＳまたはＧに限定され；かつ／またはＸ６はＤ、Ｖまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ７はＳ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ８はＧまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ９はＳまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１０はＹまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１１はＦ、Ｙまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１２はＦまたはＹに限定され；かつ／またはＸ１３は、Ｇに限定される。一部の実施形態では、部分配列Ｘ１Ｘ２Ｘ３は、ＳＧＧに限定される。
【０１１７】
配列番号４２のＶＬ  ＣＤＲ１配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、コンフォメーショナルＫｖ１．３エピトープを認識し得る抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ４：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０Ｘ１１Ｘ１２Ｘ１３（配列番号１１６）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｘ３はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｘ４はＹ、ＦまたはＷであり；Ｘ５はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ６はＤまたはＥであり；Ｘ７はＤまたはＥであり；Ｘ８はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｘ９はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ１０はＹ、ＦまたはＷであり；Ｘ１１はＹ、ＦまたはＷであり；Ｘ１２はＹ、ＦまたはＷであり；Ｘ１３はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭである。一部の実施形態では、Ｘ１はＳに限定され；かつ／またはＸ２はＧに限定され；かつ／またはＸ３はＧに限定され；かつ／またはＸ４はＹに限定され；かつ／またはＸ５はＳに限定され；かつ／またはＸ６はＤに限定され；かつ／またはＸ７はＤに限定され；かつ／またはＸ８はＧに限定され；かつ／またはＸ９はＳに限定され；かつ／またはＸ１０はＹに限定され；かつ／またはＸ１１はＹに限定され；かつ／またはＸ１２はＹに限定され；かつ／またはＸ１３は、Ｇに限定される。
【０１１８】
ＶＬ  ＣＤＲ２について、１つのコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ１：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７（配列番号１１７）
であり、ここで、Ｙ１はＤ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｙ２はＮ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ３はＴ、Ｓ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｙ４はＮ、Ｑ、Ｋ、Ｒ、Ｈ、ＥまたはＤであり；Ｙ５はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ６はＰであり、Ｙ７はＳ、ＴまたはＣである。一部の実施形態では、Ｙ１はＤ、Ｎ、Ｅ、Ｙ、Ｓ、Ｗ、ＲまたはＨに限定され；かつ／またはＹ２はＮ、ＤまたはＳに限定され；かつ／またはＹ３はＴ、Ｎ、Ｄ、ＫまたはＳに限定され；かつ／またはＹ４はＮ、Ｋ、ＱまたはＥに限定され；かつ／またはＹ５はＲまたはＫに限定され；かつ／またはＹ６はＰに限定され；かつ／またはＹ７は、Ｓに限定される。
【０１１９】
配列番号３、２１、２２、２３、２４、３７、３８、３９および４２のＶＬ  ＣＤＲ２配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ２：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７（配列番号１１８）
であり、ここで、Ｙ１はＤ、Ｅ、Ｙ、ＦまたはＷであり；Ｙ２はＮ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ３はＴ、Ｓ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＱであり；Ｙ４はＫ、Ｒ、Ｈ、ＮまたはＱであり；Ｙ５はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ６はＰであり、Ｙ７はＳ、ＴまたはＣである。一部の実施形態では、Ｙ１はＤ、ＥまたはＹに限定され；かつ／またはＹ２はＮまたはＳに限定され；かつ／またはＹ３はＴ、ＤまたはＮに限定され；かつ／またはＹ４は、ＫまたはＮに限定される。かつ／またはＹ５はＲまたはＫに限定され；かつ／またはＹ６はＰに限定され；かつ／またはＹ７は、Ｓに限定される。
【０１２０】
配列番号２１、２２、２３、２４、３９および４２のＶＬ  ＣＤＲ２配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、Ｊｕｒｋａｔ細胞結合に関してＦＡＣＳ陽性である抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ３：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７（配列番号１１９）
であり、ここで、Ｙ１はＹ、Ｆ、Ｗ、ＤまたはＥであり；Ｙ２はＮ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ３はＤ、Ｅ、ＮまたはＱであり；Ｙ４はＫ、ＲまたはＨであり；Ｙ５はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ６はＰであり；Ｙ７はＳ、ＴまたはＣである。一部の実施形態では、Ｙ１はＹまたはＥに限定され；かつ／またはＹ２はＮまたはＳに限定され；かつ／またはＹ３はＤまたはＮに限定され；かつ／またはＹ４はＫに限定され；かつ／またはＹ５はＲまたはＫに限定され；かつ／またはＹ６はＰに限定され；かつ／またはＹ７は、Ｓに限定される。
【０１２１】
配列番号４２のＶＬ  ＣＤＲ２配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、コンフォメーショナルＫｖ１．３エピトープを認識し得る抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ４：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７（配列番号１２０）
であり、ここで、Ｙ１はＥまたはＤであり；Ｙ２はＮまたはＱであり；Ｙ３はＮまたはＱであり；Ｙ４はＫ、ＲまたはＨであり；Ｙ５はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ６はＰであり；Ｙ７はＳ、ＴまたはＣである。一部の実施形態では、Ｙ１はＥに限定され；かつ／またはＹ２はＮに限定され；かつ／またはＹ３はＮに限定され；かつ／またはＹ４はＫに限定され；かつ／またはＹ５はＲに限定され；かつ／またはＹ６はＰに限定され；かつ／またはＹ７は、Ｓに限定される。
【０１２２】
ＶＬ  ＣＤＲ３について、１つのコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ１：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９Ｚ１０（配列番号１２１）
であり、ここで、Ｚ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｃ、ＳまたはＴであり；Ｚ２はＧ、Ａ、Ｎ、Ｑ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ３はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｅ、Ｄ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｚ４はＤ、Ｅ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、ＧまたはＡであり；Ｚ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｚ６はＮ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、ＧまたはＡであり；Ｚ７はＴ、Ｓ、Ｃ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＱであり；Ｚ８はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｎ、Ｑ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇまたは非存在であり；Ｚ９はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｚ１０はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在である。一部の実施形態では、Ｚ１はＧまたはＣに限定され；かつ／またはＺ２はＧ、Ｎ、Ａ、ＳまたはＴに限定され；かつ／またはＺ３はＹ、Ｅ、Ｗ、Ｔ、Ｆ、Ｉ、Ｓ、ＡまたはＲに限定され；かつ／またはＺ４はＤ、ＥまたはＩに限定され；かつ／またはＺ５はＳ、Ｇ、Ｄ、Ｎ、ＩまたはＫに限定され；かつ／またはＺ６はＮ、Ｓ、ＴまたはＩに限定され；かつ／またはＺ７はＴ、Ｉ、Ｇ、Ｒ、Ｙ、Ｅ、Ｓ、ＡまたはＮに限定され；かつ／またはＺ８はＹ、Ｎ、Ｔ、Ｖ、Ｄ、Ｇまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ９はＶ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１０は、Ａ、Ｔ、Ｄ、Ｓ、Ｙまたは非存在に限定される。
【０１２３】
配列番号３、２１、２２、２３、２４、３７、３８、３９および４２のＶＬ  ＣＤＲ３配列は、図８Ａ〜８Ｂ中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ２：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９（配列番号１２２）
であり、ここで、Ｚ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｚ２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ３はＹ、ＦまたはＷであり；Ｚ４はＤまたはＥであり；Ｚ５はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ６はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ７はＮ、Ｑ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ８はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｙ、ＦまたはＷであり；Ｚ９はＦ、Ｙ、Ｗ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｇまたは非存在である。一部の実施形態では、Ｚ１はＧに限定され；かつ／またはＺ２はＧ、ＴまたはＳに限定され；かつ／またはＺ３はＹまたはＷに限定され；かつ／またはＺ４はＤに限定され；かつ／またはＺ５はＳに限定され；かつ／またはＺ６はＳ、ＮまたはＩに限定され；かつ／またはＺ７はＮ、Ｔ、ＥまたはＡに限定され；かつ／またはＺ８はＧ、ＹまたはＡであり；かつ／またはＺ９は、Ｙ、Ａまたは非存在に限定される。
【０１２４】
配列番号２１、２２、２３、２４、３９および４２のＶＬ  ＣＤＲ３配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、Ｊｕｒｋａｔ細胞結合に関してＦＡＣＳ陽性である抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ３：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９（配列番号１２３）
であり、ここで、Ｚ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｚ２はＴ、ＳまたはＣであり；Ｚ３はＹ、ＦまたはＷであり；Ｚ４はＤまたはＥであり；Ｚ５はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ６はＩ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ７はＥ、Ｄ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｚ８はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｚ９はＹ、Ｆ、Ｗまたは非存在である。一部の実施形態では、Ｚ１はＧに限定され；かつ／またはＺ２は、ＴまたはＳに限定される。かつ／またはＺ３はＹまたはＷに限定され；かつ／またはＺ４はＤに限定され；かつ／またはＺ５はＳに限定され；かつ／またはＺ６はＩまたはＳに限定され；かつ／またはＺ７は、ＥまたはＡに限定される。かつ／またはＺ８はＡまたはＧに限定され；かつ／またはＺ９はＹまたは非存在．
【０１２５】
配列番号４２のＶＬ  ＣＤＲ３配列は、図１１Ａ〜１１Ｂ中の他のものとは明確に異なり、コンフォメーショナルＫｖ１．３エピトープを認識し得る抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ４：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８（配列番号１２４）
であり、ここで、Ｚ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭに限定され；Ｚ２はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ３はＷ、ＦまたはＹであり；Ｚ４はＤまたはＥであり；Ｚ５はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ６はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ７はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｚ８はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭである。一部の実施形態では、Ｚ１はＧに限定され；かつ／またはＺ２は、Ｓに限定される。かつ／またはＺ３は、Ｗに限定される。かつ／またはＺ４はＤに限定され；かつ／またはＺ５はＳに限定され；かつ／またはＺ６はＳに限定され；かつ／またはＺ７はＡに限定され；かつ／またはＺ８は、Ｇに限定される。
【０１２６】
可変重鎖配列
【０１２７】
ＶＨ配列アラインメント。上述のＶＨ配列の全てのアラインメントを図１３Ａ〜図１３Ｃに示す。この図は、３つのＣＤＲ領域のおよその位置（太字、下線）および各配列に対応する配列番号を示す。
【０１２８】
ユニークなＶＨ  ＣＤＲ配列。図１３Ａ〜図１３ＣのＶＨのユニークなＣＤＲ配列のアラインメントを図１４に示す。図１４に示されるように、４０個のＶＨ配列には、１３個のユニークなＣＤＲ１配列、２５個のユニークなＣＤＲ２配列、および２７個のユニークなＣＤＲ３配列がある。
【０１２９】
ＶＬ  ＣＤＲコンセンサス配列。図１４に開示される配列、ならびに天然に存在するアミノ酸の構造／機能の特徴に基づいて、ＶＨ  ＣＤＲのコンセンサス配列を決定することができる。
【０１３０】
ＶＨ  ＣＤＲ１について、１つのコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ１：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号４４２）
であり、ここで、Ｘ１はＮ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＤ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ３はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｈ、ＫまたはＲであり；Ｘ４はＧ、Ａ、Ｎ、Ｑ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、Ｉ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ５はＭ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＧまたはＡである。一部の実施形態では、Ｘ１はＮまたはＳに限定され；かつ／またはＸ２はＤ、ＳまたはＴに限定され；かつ／またはＸ３はＹ、Ｈ、ＲまたはＦに限定され；かつ／またはＸ４はＧ、Ｎ、Ａ、Ｑ、ＳまたはＴに限定され；かつ／またはＸ５は、ＭまたはＶに限定される。
【０１３１】
配列番号１２５、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１４１、１５９および１６０のＶＨ  ＣＤＲ１配列は、図１３Ａ〜１３Ｃ中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ２：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号４４３）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｃ、ＮまたはＱであり；Ｘ２はＳ、Ｔ、Ｃ、ＤまたはＥであり；Ｘ３はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｘ４はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｘ５はＭ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＧまたはＩである。一部の実施形態では、Ｘ１はＳまたはＮに限定され；かつ／またはＸ２はＳまたはＤに限定され；かつ／またはＸ３はＹ、ＲまたはＨに限定され；かつ／またはＸ４はＡまたはＧに限定され；かつ／またはＸ５は、Ｍに限定される。
【０１３２】
配列番号１２９、１３０、１３１、１３２、１３３および１４１のＶＨ  ＣＤＲ１配列は、図１３Ａ〜１３Ｃ中の他のものとは明確に異なり、Ｊｕｒｋａｔ細胞結合に関してＦＡＣＳ陽性である抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ３：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号４４４）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＤ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ３はＲ、Ｋ、Ｈ、Ｙ、ＦまたはＷであり；Ｘ４はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＮまたはＱであり；Ｘ５はＭ、Ａ、Ｇ、Ｖ、ＬまたはＩである。一部の実施形態では、Ｘ１はＳに限定され；かつ／またはＸ２はＤまたはＳに限定され；かつ／またはＸ３はＲ、ＹまたはＨに限定され；かつ／またはＸ４はＧまたはＱに限定され；かつ／またはＸ５は、Ｍに限定される。
【０１３３】
配列番号１２９のＶＨ  ＣＤＲ１配列は、図１０〜１０Ｃ中の他のものとは明確に異なり、コンフォメーショナルＫｖ１．３エピトープを認識し得る抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ４：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号４４５）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ３はＨ、ＲまたはＫであり；Ｘ４はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｘ５はＭ、Ａ、Ｇ、Ｉ、ＬまたはＶである。一部の実施形態では、Ｘ１はＳに限定され；かつ／またはＸ２はＳに限定され；かつ／またはＸ３はＨに限定され；かつ／またはＸ４はＧに限定され；かつ／またはＸ５は、Ｍに限定される。
【０１３４】
ＶＨ  ＣＤＲ２について、コンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ１：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７Ｙ８Ｙ９Ｙ１０Ｙ１１Ｙ１２Ｙ１３Ｙ１４Ｙ１５Ｙ１６Ｙ１７（配列番号４４６）
であり、ここで、Ｙ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｅ、Ｄ、Ｋ、Ｒ、Ｈ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ２はＩ、Ｖ、Ｌ、ＭまたはＡであり；Ｙ３はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＱであり；Ｙ４はＳ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｙ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＤまたはＥであり；Ｙ６はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｆ、ＹまたはＷであり；Ｙ７はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＤまたはＥであり；Ｙ８はＲ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ９はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｅ、Ｄ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍまたは非存在であり；Ｙ１０はＴ、Ｓ、Ｃ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ１１はＹ、Ｆ、Ｗ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＱであり；Ｙ１２はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｈ、Ｋ、ＲまたはＰであり；Ｙ１３Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、ＳまたはＣ；Ｙ１４はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、ＣまたはＰであり；Ｙ１５はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ１６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ１７はＱ、Ｎ、Ｋ、Ｒ、Ｈ、ＤまたはＥである。一部の実施形態では、Ｙ１はＧ、Ａ、Ｅ、Ｋ、ＶまたはＳに限定され；かつ／またはＹ２はＩまたはＶに限定され；かつ／またはＹ３はＹ、Ｓ、Ｄ、Ｎ、ＥまたはＴに限定され；かつ／またはＹ４はＳまたは非存在に限定され；かつ／またはＹ５は非存在、Ｎ、Ｒ、Ａ、Ｄ、ＫまたはＶに限定され；かつ／またはＹ６はＳ、Ｄ、Ａ、Ｖ、Ｔ、ＦまたはＧに限定され；かつ／またはＹ７はＧ、ＡまたはＤに限定され；かつ／またはＹ８はＲ、Ｎ、Ｓ、ＧまたはＴに限定され；かつ／またはＹ９はＹ、Ｆ、Ｓ、Ｒ、Ｔ、Ｅ、Ｇ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＹ１０はＴまたはＡに限定され；かつ／またはＹ１１はＹ、Ａ  Ｒ、Ｇ、Ｓ、Ｌ、Ｄ、ＮまたはＨに限定され；かつ／またはＹ１２はＹ、ＨまたはＰに限定され；かつ／またはＹ１３はＧ、ＴまたはＡに限定され；かつ／またはＹ１４はＡ、ＳまたはＰに限定され；かつ／またはＹ１５はＡに限定され；かつ／またはＹ１６はＶに限定され；かつ／またはＹ１７は、Ｑ、Ｋ、Ｒ、ＤまたはＥに限定される。
【０１３５】
配列番号１２５、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１４１，１５９および１６０のＶＨ  ＣＤＲ２配列は、図１３Ａ〜１３Ｃ中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ２：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７Ｙ８Ｙ９Ｙ１０Ｙ１１Ｙ１２Ｙ１３Ｙ１４Ｙ１５Ｙ１６Ｙ１７（配列番号４４７）
であり、ここで、Ｙ１はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍまたは非存在であり；Ｙ２はＩ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ３はＩ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、ＦまたはＷであり；Ｙ４はＮ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｙ５はＡ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｙ６はＤ、Ｅ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ７はＤ、Ｅ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＡまたはＭであり；Ｙ８はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｙ９はＴ、Ｓ、Ｃ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｙ１０はＳ、Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＧであり；Ｙ１１はＹ、Ｆ、Ｗ  Ｋ、Ｒ、Ｈ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｙ１２はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｙ１３はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ１４はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ１５はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ１６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり、Ｙ１７はＫ、Ｒ、Ｈ、ＱまたはＮである。一部の実施形態では、Ｙ１はＳ、Ｇまたは非存在に限定され；かつ／またはＹ２はＩ、ＡまたはＧに限定され；かつ／またはＹ３はＳ、ＹまたはＩに限定され；かつ／またはＹ４はＮ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＹ５はＶ、ＳまたはＲに限定され；かつ／またはＹ６はＤ、Ａ、ＦまたはＳに限定され；かつ／またはＹ７はＤまたはＧに限定され；かつ／またはＹ８はＳ、ＮまたはＲに限定され；かつ／またはＹ９はＳ、ＹまたはＲに限定され；かつ／またはＹ１０はＴまたはＡに限定され；かつ／またはＹ１１はＹ、Ｈ、Ｇ、ＲまたはＡに限定され；かつ／またはＹ１２はＹまたはＨに限定され；かつ／またはＹ１３はＧに限定され；かつ／またはＹ１４はＡに限定され；かつ／またはＹ１５はＡに限定され；かつ／またはＹ１６はＶに限定され；かつ／またはＹ１７はＫまたはＱである。
【０１３６】
配列番号１２９、１３０、１３１、１３２、１３３および１４１のＶＨ  ＣＤＲ２配列は、図１３Ａ〜１３Ｃ中の他のものとは明確に異なり、Ｊｕｒｋａｔ細胞結合に関してＦＡＣＳ陽性である抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ３：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７Ｙ８Ｙ９Ｙ１０Ｙ１１Ｙ１２Ｙ１３Ｙ１４Ｙ１５Ｙ１６（配列番号４４８）
であり、ここで、Ｙ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ２はＩ、Ｖ、Ｌ、Ａ、ＧまたはＭであり；Ｙ３はＳ、Ｔ、Ｃ、ＮまたはＱであり；Ｙ４はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｙ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、ＤまたはＥであり；Ｙ６はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ７はＲ、Ｋ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ８はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｙ９はＳ、Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｙ１０はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、ＫまたはＨであり；Ｙ１１はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｈ、ＲまたはＫであり；Ｙ１２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１３はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１４はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１５はＶ、Ａ、Ｇ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１６はＫ、ＲまたはＨである。一部の実施形態では、Ｙ１はＧまたはＡに限定され；かつ／またはＹ２はＩに限定され；かつ／またはＹ３はＳまたはＮに限定され；かつ／またはＹ４はＳまたはＲに限定され；かつ／またはＹ５はＳ、ＦまたはＤに限定され；かつ／またはＹ６はＧに限定され；かつ／またはＹ７はＲ、ＮまたはＳに限定され；かつ／またはＹ８はＳまたはＲに限定され；かつ／またはＹ９はＡまたはＴに限定され；かつ／またはＹ１０はＡ、ＧまたはＲに限定され；かつ／またはＹ１１はＹまたはＨに限定され；かつ／またはＹ１２はＧに限定され；かつ／またはＹ１３はＡに限定され；かつ／またはＹ１４はＡに限定され；かつ／またはＹ１５はＶに限定され；かつ／またはＹ１６は、Ｋに限定される。
【０１３７】
配列番号１２９のＶＨ  ＣＤＲ２配列は、図１３Ａ〜１３Ｃ中の他のものとは明確に異なり、コンフォメーショナルＫｖ１．３エピトープを認識し得る抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ４：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７Ｙ８Ｙ９Ｙ１０Ｙ１１Ｙ１２Ｙ１３Ｙ１４Ｙ１５Ｙ１６（配列番号４４９）
であり、ここで、Ｙ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ２はＩ、Ｖ、Ｌ、Ｍ、ＧまたはＡであり；Ｙ３はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ４はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ５はＤまたはＥであり；Ｙ６はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ７はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ８はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ９はＴ、ＳまたはＣであり；Ｙ１０はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ１１はＹ、ＦまたはＷであり；Ｙ１２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１３はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１４はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１５はＶ、Ｇ、Ａ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｙ１６はＫ、ＲまたはＨである。一部の実施形態では、Ｙ１はＧに限定され；かつ／またはＹ２はＩに限定され；かつ／またはＹ３はＳに限定され；かつ／またはＹ４はＲに限定され；かつ／またはＹ５はＤに限定され；かつ／またはＹ６はＧに限定され；かつ／またはＹ７はＳに限定され；かつ／またはＹ８はＲに限定され；かつ／またはＹ９はＴに限定され；かつ／またはＹ１０はＲに限定され；かつ／またはＹ１１はＹに限定され；かつ／またはＹ１２はＧに限定され；かつ／またはＹ１３はＡに限定され；かつ／またはＹ１４はＡに限定され；かつ／またはＹ１５はＶに限定され；かつ／またはＹ１６は、Ｋに限定される。
【０１３８】
ＶＨ  ＣＤＲ３について、１つのコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ１：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９Ｚ１０Ｚ１１Ｚ１２Ｚ１３Ｚ１４Ｚ１５Ｚ１６Ｚ１７Ｚ１８Ｚ１９Ｚ２０Ｚ２１Ｚ２２Ｚ２３Ｚ２４Ｚ２５Ｚ２６Ｚ２７（配列番号４５０）
であり、ここで、Ｚ１はＮ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＤまたはＥであり；Ｚ２はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、ＮまたはＱであり；Ｚ３はＤ、Ｅ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｈ、Ｒ、Ｋまたは非存在であり；Ｚ４はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｅ、Ｄ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｒ、Ｋ、Ｈまたは非存在であり；Ｚ５はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｃ、Ｓ、Ｔまたは非存在であり；Ｚ６はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｃ、Ｓ、Ｔ、Ｒ、Ｋ、Ｈまたは非存在であり；Ｚ７はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｎ、Ｑ、Ｃ、Ｓ、Ｔまたは非存在であり；Ｚ８はＷ、Ｆ、Ｙまたは非存在であり；Ｚ９はＮ、Ｑまたは非存在であり；Ｚ１０はＴ、Ｓ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ１１はＣ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍまたは非存在であり；Ｚ１２はＴ、Ｓ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｄ、Ｅ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ１３はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｃ、Ｓ、Ｔ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｈまたは非存在であり；Ｚ１４はＹ、Ｆ、Ｗ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｐ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｚ１５はＮ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｒ、Ｋ、Ｈまたは非存在であり；Ｚ１６はＣ、Ｓ、Ｔ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍまたは非存在であり；Ｚ１７はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ  Ｍ、Ｗ、Ｆ、Ｙ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｚ１８はＤ、Ｅ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、Ｗ、Ｆ、Ｙまたは非存在であり；Ｚ１９はＹ、Ｆ、Ｗ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ２０はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、Ｓ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ２１はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｐ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ２２はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｈ、Ｋ、Ｒ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ２３はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｅ、Ｄ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｌ、Ａ、Ｇ、Ｖ、ＩまたはＭであり；Ｚ２４はＩ、Ｖ、Ｌ、Ａ、ＧまたはＭであり；Ｚ２５はＤまたはＥであり、Ｚ２６はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ２７はＷ、ＦまたはＹである。一部の実施形態では、Ｚ１はＮ、Ｓ、Ｃ、Ａ、Ｇ、ＤまたはＴに限定され；かつ／またはＺ２はＡ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、Ｎ、Ｇ、ＶまたはＦに限定され；かつ／またはＺ３はＤ、Ｇ、Ｙ、Ｓ、Ｈ、Ｌまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ４はＳ、Ｔ、Ｅ、Ｎ、Ｄ、Ｇ、Ｒ、Ｃ、Ｑまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ５はＧ、Ｃまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ６はＹ、Ｃ、Ｒまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ７はＹ、Ｎ、Ｃまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ８はＷまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ９はＮまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１０はＴまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１１はＣ、Ｙ、Ａまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１２はＴ、Ｎ、Ｇ、Ｄ、Ｙ、Ａ、Ｃ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１３はＧ、Ｃ、Ｄ、Ｋ、Ａまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１４はＹ、Ａ、Ｓ、Ｐ、Ｔ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１５はＮ、Ｓ、Ｇ、Ｉ、Ｒ、Ｔまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１６はＣ、Ｇ、Ｓまたは非���在に限定され；かつ／またはＺ１７はＡ、Ｗ、Ｙ、Ｇ、Ｔ、Ｉ、Ｄ、Ｖまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１８はＤ、Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ、Ｐ、Ｗまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１９はＹ、Ｆ、Ａ、Ｎ、Ｓ、Ｇまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ２０はＧ、Ｔ、Ａ、Ｉまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ２１はＡ、Ｐ、Ｙ、Ｖ、Ｔ、Ｉ、Ｌまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ２２はＧ、Ａ、Ｈ、Ｄ、Ｓ、Ｙまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ２３はＹ、Ｅ、Ｓ、Ｎ、Ｌ、Ｔ、Ｄ、Ｃ、Ｉ、ＧまたはＡに限定され；かつ／またはＺ２４はＩまたはＭに限定され；かつ／またはＺ２６はＡ、ＳまたはＴに限定され；かつ／またはＺ２７は、Ｗに限定される。
【０１３９】
配列番号１２５、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１４１、１５９および１６０のＶＨ  ＣＤＲ３配列は、図１３Ａ〜１３Ｃ中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ２：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９Ｚ１０Ｚ１１Ｚ１２Ｚ１３Ｚ１４Ｚ１５Ｚ１６Ｚ１７Ｚ１８Ｚ１９Ｚ２０Ｚ２１（配列番号４５１）
であり、ここで、Ｚ１はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧまたは非存在であり；Ｚ２はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧまたは非存在であり；Ｚ３はＹ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ４はＱ、Ｎ、Ｄ、Ｅ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇまたは非存在であり；Ｚ５はＣ、Ｓ、Ｔ、Ｎ、Ｑ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ６はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、ＤまたはＥであり；Ｚ７はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ８はＤ、Ｅ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ９はＣ、Ｓ、Ｔ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｚ１０はＣ、Ｓ、Ｔ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｚ１１はＦ、ＹまたはＷであり；Ｚ１２はＴ、Ｓ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ１３はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ１４はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｚ１５はＰ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ１６はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｚ１７はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、ＹまたはＷであり；Ｚ１８はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ１９はＤまたはＥであり；Ｚ２０はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ２１はＷ、ＦまたはＹである。一部の実施形態では、Ｚ１はＳ、Ｇまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ２はＳ、Ａまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ３はＹまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ４はＱ、Ｅ、Ｇまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ５はＣ、Ｙ、Ｎまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ６はＡ、Ｄ、Ｓ、ＣまたはＡに限定され；かつ／またはＺ７はＧ、Ｔ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ８はＤ、Ｙ、ＧまたはＳに限定され；かつ／またはＺ９はＮ、Ｓ、ＴまたはＧに限定され；かつ／またはＺ１０はＣ、Ｇ、ＳまたはＹに限定され；かつ／またはＺ１１はＷまたはＹに限定され；かつ／またはＺ１２は、Ｔまたは非存在に限定される。かつ／またはＺ１３はＧ、Ｆ、ＣまたはＴに限定され；かつ／またはＺ１４はＹ、Ｉ  ＧまたはＡに限定され；かつ／またはＺ１５はＰ、ＡまたはＶに限定され；かつ／またはＺ１６はＹまたはＧに限定され；かつ／またはＺ１７はＧ、Ｓ、Ｅ、ＬまたはＹに限定され；かつ／またはＺ１８はＩに限定され；かつ／またはＺ１９はＤに限定され；かつ／またはＺ２０はＴまたはＡに限定され；かつ／またはＺ２１は、Ｗに限定される。
【０１４０】
配列番号１２９、１３０、１３１、１３２、１３３および１４１のＶＨ  ＣＤＲ３配列は、図１３Ａ〜１３Ｃ中の他のものとは明確に異なり、Ｊｕｒｋａｔ細胞結合に関してＦＡＣＳ陽性である抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ３：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９Ｚ１０Ｚ１１Ｚ１２Ｚ１３Ｚ１４Ｚ１５Ｚ１６Ｚ１７Ｚ１８Ｚ１９Ｚ２０Ｚ２１（配列番号４５２）
であり、ここで、Ｚ１はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ２はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ｍまたは非存在であり；Ｚ３はＹ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ４はＤ、Ｅ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ｍまたは非存在であり；Ｚ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ６はＤ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ７はＴ、Ｓ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ８はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ９はＴ、Ｓ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ１０はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ１１はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｙ、ＦまたはＷであり；Ｚ１２はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｙ、ＦまたはＷであり；Ｚ１３はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、Ｌ、Ｍまたは非存在であり；Ｚ１４はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ１５はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ１６はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｚ１７はＥ、Ｄ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ１８はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ１９はＤまたはＥであり；Ｚ２０はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ２１はＷ、ＦまたはＹである。一部の実施形態では、Ｚ１はＧ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ２はＡまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ３はＹまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ４はＧ、Ｅまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ５はＹ、Ｃまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ６はＤ、Ｃまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ７はＳまたはＧに限定され；かつ／またはＺ８はＴ、ＳまたはＹに限定され；かつ／またはＺ９はＳまたはＧに限定され；かつ／またはＺ１０はＴ、ＣまたはＳに限定され；かつ／またはＺ１１はＧまたはＷに限定され；かつ／またはＺ１２はＹ、ＣまたはＴに限定され；かつ／またはＺ１３はＧ、Ｆまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１４はＧ、ＡまたはＩに限定され；かつ／またはＺ１５はＶまたはＡに限定され；かつ／またはＺ１６はＧであり；かつ／またはＺ１７はＥ、ＬまたはＳに限定され；かつ／またはＺ１８はＩに限定され；かつ／またはＺ１９はＤに限定され；かつ／またはＺ２０はＡに限定され；かつ／またはＺ２１は、Ｗに限定される。
【０１４１】
配列番号１２９のＶＨ  ＣＤＲ３配列は、図１０Ａ〜１０Ｃ中の他のものとは明確に異なり、コンフォメーショナルＫｖ１．３エピトープを認識し得る抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ４：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９Ｚ１０Ｚ１１Ｚ１２Ｚ１３Ｚ１４Ｚ１５Ｚ１６Ｚ１７Ｚ１８Ｚ１９Ｚ２０Ｚ２１（配列番号４５３）
であり、ここで、Ｚ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ２はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ３はＹ、ＦまたはＷであり；Ｚ４はＥまたはＤであり；Ｚ５はＣ、ＳまたはＴであり；Ｚ６はＤまたはＥであり；Ｚ７はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ８はＹ、ＦまたはＷであり；Ｚ９はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ１０はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ１１はＷ、ＦまたはＹであり；Ｚ１２はＴ、ＳまたはＣであり；Ｚ１３はＥまたはＤであり；Ｚ１４はＩ、Ａ、Ｇ、Ｖ、ＬまたはＭであり；Ｚ１５はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ１６はＧ、Ａ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ１７はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ１８はＩ、Ｇ、Ａ、Ｖ、ＬまたはＭであり；Ｚ１９はＤまたはＥであり；Ｚ２０はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｉ、ＬまたはＭであり；Ｚ２１はＷ、ＦまたはＹである。別の実施形態では、Ｚ１はＳに限定され；かつ／またはＺ２はＡに限定され；かつ／またはＺ３はＹに限定され；かつ／またはＺ４はＥに限定され；かつ／またはＺ５はＣに限定され；かつ／またはＺ６はＤに限定され；かつ／またはＺ７はＧに限定され；かつ／またはＺ８はＹに限定され；かつ／またはＺ９はＳに限定され；かつ／またはＺ１０はＣに限定され；かつ／またはＺ１１はＷに限定され；かつ／またはＺ１２はＴに限定され；かつ／またはＺ１３はＥに限定され；かつ／またはＺ１４はＩに限定され；かつ／またはＺ１５はＡに限定され；かつ／またはＺ１６はＧに限定され；かつ／またはＺ１７はＳに限定され；かつ／またはＺ１８はＩに限定され；かつ／またはＺ１９はＤに限定され；かつ／またはＺ２０はＡに限定され；かつ／またはＺ２１は、Ｗに限定される。
【０１４２】
ＣＤＲの基準構造
【０１４３】
軽鎖および重鎖可変領域内のＣＤＲ構造の予測は、Ｃｈｏｔｈｉａおよび共同研究者らの研究（例えば、Ｃｈｏｔｈｉａら（１９８７年）、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．、１９６巻：９０１〜１７頁；Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉら（１９９７年）、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．、２７３巻：９２７〜４８頁）に基づき、免疫グロブリン超可変領域により提示される保存された基準ＣＤＲ構造に注目する（Ｎｏｒｔｈら（２０１１年）、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．、４０６巻（２号）：２２８〜５６頁）。開示されるニワトリ由来の抗Ｋｖ１．３抗体（表４）に関連する可能性のある基準構造を決定するために、各抗Ｋｖ１．３クローンの軽鎖および重鎖可変領域を、「ＳＡｂＤＡｂ」構造抗体データベース（Ｄｕｎｂａｒら（２０１４年）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、４２巻：Ｄ１１４０〜Ｄ１１４６頁）における配列分析に提出した。ＲＳＣＢ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）で最も高い同一性パーセンテージを有する構造をＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙデータベースにおいてさらに分析して、関連するＣＤＲループのコンフォメーションを特定した。一部の事例において、同一性パーセントが同じである１つを超えるＰＤＢ構造がＳＡｂＤＡｂ分析によって特定された。こうした場合は、ＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙデータベースを用いて、各ＰＤＢヒットに関する基準構造を決定した（表５）。
【０１４４】
【表５】
2019521651.tif 000006
【０１４５】
この分析に基づくと、抗Ｋｖ１．３抗体は、次のＰＤＢ構造：５ｄ７２、５ｄ７０、４ｑｃｉ、５ｄ７ｓ、５ｃ７ｘ、５ｄ７１、および４ｑｈｕを含み得る。
【０１４６】
ＰＤＢ構造に基づくと、抗Ｋｖ１．３抗体は、以下の基準ＣＤＲ構造を有し得る：Ｈ１  ＣＤＲはＨ１−１３−１であり；Ｈ２  ＣＤＲはＨ２−１２−１、Ｈ２−１０−２またはＨ２−１０−＊であり；Ｈ３  ＣＤＲはＨ３−８−２またはＨ３−１３−＊であり；Ｌ１  ＣＤＲはＬ１−１１−３であり；Ｌ２  ＣＤＲはＬ２−６−＊またはＬ２−８−１であり；Ｌ３  ＣＤＲはＬ３−９−＊またはＬ３−１１−１である。
【０１４７】
抗Ｋｖ１．３抗体クローン１９７２４ｐ１＿Ｆ８、１９７２４ｐ１＿Ａ１、１９７２４ｐ２＿Ａ３、１９７２４ｐ２＿Ｇ９、１９７２４ｐ１＿Ａ１１、１９７２４ｐ１＿Ｄ８、１９７２４ｐ１＿Ｅ６、１９７２４ｐ１＿Ｈ４、および１９７２４ｐ１＿Ｈ７が、発見された他の抗体と明確に異なり、Ｋｖ１．３活性を阻害することに特に注目すると、抗Ｋｖ１．３抗体の関連するＰＤＢ構造は、５ｄ７２、５ｄ７０、および４ｑｈｕを含み得る（表６）。これらのＰＤＢ構造の割り当てに基づくと、機能的に阻害するＫｖ１．３抗体は、次の基準ＣＤＲ配列を含み得る：Ｈ１  ＣＤＲはＨ１−１３−１であり；Ｈ２  ＣＤＲはＨ２−１２−１、Ｈ２−１０−２またはＨ２−１０−＊であり；Ｈ３  ＣＤＲはＨ３−８−２であり；Ｌ１  ＣＤＲはＬ１−１１−３であり；Ｌ２  ＣＤＲはＬ２−６−＊またはＬ２−８−１であり、Ｌ３  ＣＤＲはＬ３−９−＊またはＬ３−１１−１である。
【０１４８】
抗Ｋｖ１．３抗体クローン１９７２４ｐ１＿Ａ１１、１９７２４ｐ１＿Ｈ７、１９７２４ｐ２．Ｇ９、１９７２４ｐ２．Ａ３、１９７２４ｐ１．Ｅ６および１９７２４＿Ｄ８が、発見された他の抗体と明確に異なり、Ｊｕｒｋａｔ結合に関してＦＡＣＳ陽性であることに特に注目すると、抗Ｋｖ１．３抗体の関連するＰＤＢ構造は、５ｄ７０、および５ｄ７２を含み得る（表６）。これらのＰＤＢ構造の割り当てに基づくと、ＦＡＣＳ陽性Ｊｕｒｋａｔ結合Ｋｖ１．３抗体は、次の基準ＣＤＲ配列を含み得る：Ｈ１  ＣＤＲはＨ１−１３−１であり；Ｈ２  ＣＤＲはＨ２−１０−２またはＨ２−１２−１であり；Ｈ３  ＣＤＲはＨ３−８−２であり；Ｌ１  ＣＤＲはＬ１−１１−３であり；Ｌ２  ＣＤＲはＬ２−６−＊であり、Ｌ３  ＣＤＲはＬ３−９−＊である。
【０１４９】
抗Ｋｖ１．３抗体クローン１９７２４ｐ１＿Ｅ６が、発見された他の抗体と明確に異なり、コンフォメーショナルＫｖ１．３エピトープを認識し得ることに特に注目すると、抗Ｋｖ１．３抗体の関連するＰＤＢ構造は、５ｄ７０から構成され得る（表６）。このＰＤＢ構造の割り当てに基づくと、コンフォメーショナルＫｖ１．３抗体は、次の基準ＣＤＲ配列を含み得る：Ｈ１  ＣＤＲはＨ１−１３−１であり；Ｈ２  ＣＤＲはＨ２−１０−２であり；Ｈ３  ＣＤＲはＨ３−８−２であり；Ｌ１  ＣＤＲはＬ１−１１−３であり；Ｌ３  ＣＤＲはＬ３−９−＊である。
【０１５０】
【表６】
2019521651.tif 000007
【０１５１】
有用な可能性がある抗Ｋｖ１．３抗体を産生するさらなるクローンのＤＮＡ配列決定を行い、対応する軽鎖および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を推定した。上述のＧＥＭスクリーニングから得られた１０個の抗体に関する配列を開示する。
【０１５２】
可変軽鎖配列
【０１５３】
ＶＬ配列アラインメント。上述のＶＬ配列の全てのアラインメントを図１９に示す。この図は、３つのＣＤＲ領域のおよその位置（太字、下線）および各配列に対応する配列番号を示す。
【０１５４】
ユニークなＶＬ  ＣＤＲ配列。図１９のＶＬのユニークなＣＤＲ配列のアラインメントを図２０に示す。図２０に示されるように、１０個のＶＬ配列には、６個のユニークなＣＤＲ１配列、５個のユニークなＣＤＲ２配列、および７個のユニークなＣＤＲ３配列がある。
【０１５５】
可変重鎖配列
【０１５６】
ＶＨ配列アラインメント。上述のＶＨ配列の全てのアラインメントを図２１に示す。この図は、３つのＣＤＲ領域のおよその位置（太字、下線）および各配列に対応する配列番号を示す。
【０１５７】
ユニークなＶＨ  ＣＤＲ配列。図２１のＶＨのユニークなＣＤＲ配列のアラインメントを図２２に示す。図２２に示されるように、１０個のＶＨ配列には、７個のユニークなＣＤＲ１配列、７個のユニークなＣＤＲ２配列、および７個のユニークなＣＤＲ３配列がある。
【０１５８】
ラマ由来の抗体：有用な可能性がある抗Ｋｖ１．３抗体を産生するクローンのＤＮＡ配列決定を行い、対応する軽鎖および重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を推定した。上述のようにＫｖ１．３免疫化ラマに由来する１９個の抗体に関する配列を開示する。
【０１５９】
可変軽鎖配列
【０１６０】
ＶＬ配列アラインメント。上述のＶＬ配列の全てのアラインメントを図１５に示す。この図は、３つのＣＤＲ領域のおよその位置（太字、下線）および各配列に対応する配列番号を示す。
【０１６１】
ユニークなＶＬ  ＣＤＲ配列。図１５のＶＬのユニークなＣＤＲ配列のアラインメントを図１６に示す。図１６に示されるように、１９個のＶＬ配列には、１９個のユニークなＣＤＲ１配列、１３個のユニークなＣＤＲ２配列、および１７個のユニークなＣＤＲ３配列がある。
【０１６２】
ＶＬ  ＣＤＲコンセンサス配列。図１６に開示される配列、ならびに天然に存在するアミノ酸の構造／機能の特徴に基づいて、ＶＬ  ＣＤＲのコンセンサス配列を決定することができる。
【０１６３】
１つのコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ５：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０Ｘ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７（配列番号４３０）
であり、ここで、Ｘ１はＫ、Ｒ、Ｈ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ２はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｘ３はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｘ４はＱ、Ｎ、Ｅ、Ｄ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｘ６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ７はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、ＩまたはＭであり；Ｘ８はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｈ、Ｋ、Ｒ、Ｆ、Ｗ、Ｙ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、ＭまたはＡであり；Ｘ９はＧ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍまたは非存在であり；Ｘ１０はＳ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｘ１１はＮ、Ｑ、Ｄ、Ｅまたは非存在であり；Ｘ１２はＱ、Ｎ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｅ、Ｄ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ１３はＫ、Ｒ、Ｈ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ１４はＴ、Ｓ、Ｃ、ＮまたはＱであり；Ｘ１５はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ１６はＧ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｆ、Ｙ、ＷまたはＰであり、Ｘ１７はＮ、Ｑ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｔ、Ｓ、Ｃ、ＤまたはＥである。一部の実施形態では、Ｘ１はＫ、Ａ、ＴまたはＧに限定され；かつ／またはＸ２はＳ、Ａ、Ｔ、ＧまたはＬに限定され；かつ／またはＸ３はＳ、ＴまたはＲに限定され；かつ／またはＸ４はＱ、ＥまたはＳに限定され；かつ／またはＸ５はＳ、ＴまたはＧに限定され；かつ／またはＸ６はＶ、Ｌ、ＤまたはＳに限定され；かつ／またはＸ７はＬ、Ｖ、ＭまたはＩに限定され；かつ／またはＸ８はＳ、Ｈ、Ｒ、Ｆ、ＧまたはＴに限定され；かつ／またはＸ９はＧ、Ａまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１０はＳ、Ｔまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１１はＮ、Ｄまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ１２はＱ、Ｇ、Ｅ、ＹまたはＳに限定され；かつ／またはＸ１３はＫ、Ｎ、Ｇ、ＹまたはＳに限定され；かつ／またはＸ１４はＴ、ＳまたはＮに限定され；かつ／またはＸ１５はＹまたはＳに限定され；かつ／またはＸ１６はＬ、Ａ、Ｆ、ＶまたはＰに限定され；かつ／またはＸ１７は、Ｎ、Ｙ、Ｔ、ＳまたはＤに限定される。
【０１６４】
配列番号２３１のＶＬ  ＣＤＲ１配列は、図１５中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ１モチーフ６：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０Ｘ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４Ｘ１５Ｘ１６Ｘ１７（配列番号４３１）
であり、ここで、Ｘ１はＫ、ＲまたはＨであり；Ｘ２はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ３はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ４はＱまたはＮであり；Ｘ５はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ７はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ８はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ９はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ１０はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ１１はＮまたはＱであり；Ｘ１２はＮまたはＱであり；Ｘ１３はＫ、ＲまたはＨであり；Ｘ１４はＳ、ＴまたはＣであり；Ｘ１５はＹ、ＦまたはＷであり；Ｘ１６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ１７はＮまたはＱである。一部の実施形態では、Ｘ１はＫに限定され；かつ／またはＸ２はＳに限定され；かつ／またはＸ３はＳに限定され；かつ／またはＸ４はＱに限定され；かつ／またはＸ５はＳに限定され；かつ／またはＸ６はＶに限定され；かつ／またはＸ７はＶに限定され；かつ／またはＸ８はＳに限定され；かつ／またはＸ９はＡに限定され；かつ／またはＸ１０はＳに限定され；かつ／またはＸ１１はＮに限定され；かつ／またはＸ１２はＱに限定され；かつ／またはＸ１３はＫに限定され；かつ／またはＸ１４はＳに限定され；かつ／またはＸ１５はＹに限定され；かつ／またはＸ１６はＬに限定され；かつ／またはＸ１７は、Ｎに限定される。
【０１６５】
ＶＬ  ＣＤＲ２について、１つのコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ５：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７（配列番号４３２）
であり、ここで、Ｙ１はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｑ、Ｎ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、ＥまたはＤであり；Ｙ２はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ３はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、ＮまたはＱであり；Ｙ４はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｋ、Ｒ、Ｈ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ５はＲ、Ｋ、Ｈ、ＱまたはＮであり；Ｙ６はＥ、Ｄ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｋ、ＲまたはＨであり、Ｙ７はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、ＴまたはＣである。一部の実施形態では、Ｙ１はＹ、Ｑ、Ｒ、Ｅ、ＫまたはＮに限定され；かつ／またはＹ２はＡ、Ｖ、ＤまたはＴに限定され；かつ／またはＹ３はＳ、Ａ、ＴまたはＮに限定され；かつ／またはＹ４はＴ、Ｎ、Ｋ、ＳまたはＩに限定され；かつ／またはＹ５はＲ、ＱまたはＨに限定され；かつ／またはＹ６はＥ、Ｓ、Ｄ、Ｇ、ＡまたはＨに限定され；かつ／またはＹ７は、ＬまたはＳに限定される。
【０１６６】
配列番号２３１のＶＬ  ＣＤＲ２配列は、図１５中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ２モチーフ６：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７（配列番号４３３）
であり、ここで、Ｙ１はＹ、ＦまたはＷであり；Ｙ２はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ３はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ４はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ５はＱまたはＮであり；Ｙ６はＥまたはＤであり；Ｙ７はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧである。一部の実施形態では、Ｙ１はＹに限定され；かつ／またはＹ２はＡに限定され；かつ／またはＹ３はＳに限定され；かつ／またはＹ４は、Ｔに限定される。かつ／またはＹ５はＱに限定され；かつ／またはＹ６はＥに限定され；かつ／またはＹ７は、Ｌに限定される。
【０１６７】
ＶＬ  ＣＤＲ３について、１つのコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ５：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９Ｚ１０Ｚ１１Ｚ１２（配列番号４３４）
であり、ここで、Ｚ１はＱ、Ｎ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ２はＱ、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ３はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｙ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ４はＫ、Ｒ、Ｈ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇまたは非存在であり；Ｚ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｒ、Ｋ、Ｈまたは非存在であり；Ｚ６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ７はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、ＮまたはＱであり；Ｚ８はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ９はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｙ、Ｆ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ１０はＰ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、ＮまたはＱであり；Ｚ１１はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｚ１２はＮ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧである。一部の実施形態では、Ｚ１はＱまたはＡに限定され；かつ／またはＺ２はＱ、ＳまたはＬに限定され；かつ／またはＺ３はＡ、Ｇ、Ｖ、Ｙまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ４はＲ、Ｉまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ５はＴ、Ｓ、Ｈまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ６はＧ、Ｒ、Ｉ、Ｋ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ７はＹ、Ｔ、Ｇ、ＳまたはＮに限定され；かつ／またはＺ８はＳ、Ｈ、Ｙまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ９はＡ、Ｙ、Ｆまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１０はＰ、ＴまたはＮに限定され；かつ／またはＺ１１はＹ、Ｗ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｖ、ＴまたはＡに限定され；かつ／またはＺ１２は、Ｎ、Ｓ、Ｔ、Ａ、ＩまたはＶに限定される。
【０１６８】
配列番号２３１のＶＬ  ＣＤＲ３配列は、図１５中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＬ  ＣＤＲ３モチーフ６：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９（配列番号４３５）
であり、ここで、Ｚ１はＱまたはＮであり；Ｚ２はＱまたはＮであり；Ｚ３はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ４はＹ、ＦまたはＷであり；Ｚ５はＳ、ＴまたはＣであり；Ｚ６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ７はＰであり；Ｚ８はＹ、ＦまたはＷであり；Ｚ９はＮまたはＱである。一部の実施形態では、Ｚ１はＱに限定され；かつ／またはＺ２はＱに限定され；かつ／またはＺ３はＡに限定され；かつ／またはＺ４はＹに限定され；かつ／またはＺ５はＳに限定され；かつ／またはＺ６はＡに限定され；かつ／またはＺ７はＰに限定され；かつ／またはＺ８はＹであり；かつ／またはＺ９は、Ｎに限定される。
【０１６９】
可変重鎖配列
【０１７０】
ＶＨ配列アラインメント。上述のＶＨ配列の全てのアラインメントを図１７に示す。この図は、３つのＣＤＲ領域のおよその位置（太字、下線）および各配列に対応する配列番号を示す。
【０１７１】
ユニークなＶＨ  ＣＤＲ配列。図１７のＶＨのユニークなＣＤＲ配列のアラインメントを図１８に示す。図１８に示されるように、１９個のＶＨ配列には、１８個のユニークなＣＤＲ１配列、１８個のユニークなＣＤＲ２配列、および１８個のユニークなＣＤＲ３配列がある。
【０１７２】
ＶＬ  ＣＤＲコンセンサス配列。図１８に開示される配列、ならびに天然に存在するアミノ酸の構造／機能の特徴に基づいて、ＶＨ  ＣＤＲのコンセンサス配列を決定することができる。
【０１７３】
ＶＨ  ＣＤＲ１について、１つのコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ５：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７（配列番号４３６）
であり、ここで、Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｘ２はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑまたは非存在であり；Ｘ３はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｇ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｋ、Ｒ、Ｈ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、ＮまたはＱであり；Ｘ４はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、ＮまたはＱであり；Ｘ５はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｘ６はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ７はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、Ｋ、ＲまたはＨである。一部の実施形態では、Ｘ１はＴまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ２はＴ、Ｓ、Ｎまたは非存在に限定され；かつ／またはＸ３はＹ、Ｇ、Ｋ、Ｄ、Ｉ、Ａ、ＳまたはＮに限定され；かつ／またはＸ４はＹ、Ｓ、Ｆ、ＮまたはＳに限定され；かつ／またはＸ５はＹ、Ａ、Ｇ、Ｔ、ＷまたはＳに限定され；かつ／またはＸ６はＷ、ＩまたはＭに限定され；かつ／またはＸ７は、Ｔ、Ｓ、Ｇ、Ｎ、Ｅ、Ａ、ＹまたはＨに限定される。
【０１７４】
配列番号３０６のＶＨ  ＣＤＲ１配列は、図１７中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ１モチーフ６：
Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号４３７）
であり、ここで、Ｘ１はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ２はＮまたはＱであり；Ｘ３はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ４はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｘ５はＳ、ＴまたはＣである。一部の実施形態では、Ｘ１はＩに限定され；かつ／またはＸ２はＮに限定され；かつ／またはＸ３はＧに限定され；かつ／またはＸ４はＭに限定され；かつ／またはＸ５は、Ｓに限定される。
【０１７５】
ＶＨ  ＣＤＲ２について、１つのコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ５：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７Ｙ８Ｙ９Ｙ１０Ｙ１１Ｙ１２Ｙ１３Ｙ１４Ｙ１５Ｙ１６Ｙ１７（配列番号４３８）
であり、ここで、Ｙ１はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ２はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、ＷまたはＹであり；Ｙ３はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、ＮまたはＱであり；Ｙ４はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｑ、Ｐ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ５はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｙ、Ｆ、Ｗ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｙ６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ７はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｙ８はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｑまたは非存在であり；Ｙ９はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ１０はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＣであり；Ｙ１１はＹ、ＦまたはＷであり；Ｙ１２はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｎ、Ｑ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、ＤまたはＥであり；Ｙ１３はＰ、Ｎ、Ｑ、ＥまたはＤであり；Ｙ１４はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｋ、ＲまたはＨであり；Ｙ１５はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、ＹまたはＷであり；Ｙ１６はＫ、Ｒ、Ｈ、ＮまたはＱであり；Ｙ１７はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧである。一部の実施形態では、Ｙ１はＡ、Ｖ、Ｎ、Ｔ、Ｓ、ＧまたはＱに限定され；かつ／またはＹ２はＩ、ＶまたはＦに限定され；かつ／またはＹ３はＡ、Ｐ、Ｓ、Ｇ、ＬまたはＮに限定され；かつ／またはＹ４はＹ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｗ、ＳまたはＴに限定され；かつ／またはＹ５はＳ、Ａ、Ｙ、Ｄ、Ｅ、ＫまたはＧに限定され；かつ／またはＹ６はＧ、ＤまたはＳに限定され；かつ／またはＹ７はＧ、Ｄ、Ｅ、Ｖ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＹ８はＳ、Ｎ、Ｄ、Ｒ、Ｔ、Ａ、Ｇ、Ｉ、Ｎまたは非存在に限定され；かつ／またはＹ９はＦ、Ｔ、ＮまたはＡに限定され；かつ／またはＹ１０はＹ、Ｄ、Ｎ、Ｓ、ＷまたはＴに限定され；かつ／またはＹ１１はＹまたはＦに限定され；かつ／またはＹ１２はＳ、Ｔ、Ｎ、Ａ、ＲまたはＥに限定され；かつ／またはＹ１３はＰ、Ｑ、ＥまたはＤに限定され；かつ／またはＹ１４はＳ、ＡまたはＫに限定され；かつ／またはＹ１５はＬ、Ｆ、ＭまたはＶに限定され；かつ／またはＹ１６はＫまたはＱに限定され；かつ／またはＹ１７は、ＳまたはＧに限定される。
【０１７６】
配列番号３０６のＶＨ  ＣＤＲ２配列は、図１７中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ２モチーフ６：
Ｙ１Ｙ２Ｙ３Ｙ４Ｙ５Ｙ６Ｙ７Ｙ８Ｙ９Ｙ１０Ｙ１１Ｙ１２Ｙ１３Ｙ１４Ｙ１５Ｙ１６Ｙ１７（配列番号４３９）
であり、ここで、Ｙ１はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ２はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ３はＮまたはＱであり；Ｙ４はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ５はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ６はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ７はＥまたはＤであり；Ｙ８はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｙ９はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ１０はＮまたはＱであり；Ｙ１１はＹ、ＦまたはＷであり；Ｙ１２はＲ、ＫまたはＨであり；Ｙ１３はＤまたはＥであり；Ｙ１４はＳ、ＴまたはＣであり；Ｙ１５はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ  ＡまたはＧであり；Ｙ１６はＫ、ＲまたはＨであり；Ｙ１７はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧである。一部の実施形態では、Ｙ１はＳに限定され；かつ／またはＹ２はＩに限定され；かつ／またはＹ３はＮに限定され；かつ／またはＹ４はＳに限定され；かつ／またはＹ５はＧに限定され；かつ／またはＹ６はＧに限定され；かつ／またはＹ７はＥに限定され；かつ／またはＹ８はＩに限定され；かつ／またはＹ９はＴに限定され；かつ／またはＹ１０はＮに限定され；かつ／またはＹ１１はＹに限定され；かつ／またはＹ１２はＲに限定され；かつ／またはＹ１３はＤに限定され；かつ／またはＹ１４はＳに限定され；かつ／またはＹ１５はＶに限定され；かつ／またはＹ１６はＫに限定され；かつ／またはＹ１７は、Ｇに限定される。
【０１７７】
ＶＨ  ＣＤＲ３について、１つのコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ５：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７Ｚ８Ｚ９Ｚ１０Ｚ１１Ｚ１２Ｚ１３Ｚ１４Ｚ１５Ｚ１６（配列番号４４０）
であり、ここで、Ｚ１はＮ、Ｑ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｈ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ２はＲ、Ｋ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｐ、Ｆ、Ｙ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ３はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｐ、Ｒ、Ｋ、Ｈまたは非存在であり；Ｚ４はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、Ｄ、Ｅ、Ｎ、Ｑまたは非存在であり；Ｚ５はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ６はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇまたは非存在であり；Ｚ７はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｋ、Ｒ、Ｈまたは非存在であり；Ｚ８はＳ、Ｔ、Ｃ、Ｆ、Ｙ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ９はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｐ、Ｆ、Ｙ、Ｗ、Ｑ、Ｎまたは非存在であり；Ｚ１０はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ１１はＰ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ１２はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｐ、Ｆ、Ｙ、Ｗまたは非存在であり；Ｚ１３はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｑ、Ｅ、Ｄ、Ｓ、Ｔ、Ｃまたは非存在であり；Ｚ１４はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇまたは非存在であり；Ｚ１５はＥ、Ｄ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｑ、Ｎまたは非存在であり；Ｚ１６はＦ、Ｙ、Ｗ、Ｓ、Ｔ、Ｃ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、Ａ、Ｇ、ＤまたはＥである。一部の実施形態では、Ｚ１はＮ、Ａ、Ｒ、Ｄ、Ｇ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ２はＲ、Ｓ、Ｖ、Ｔ、Ｐ、Ｗまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ３はＧ、Ｔ、Ｌ、Ｐ、Ｒまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ４はＡ、Ｗ、Ｙ、Ｄ、Ｎまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ５はＹ、Ｌ、Ｇ、Ｔまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ６はＹ、Ｓ、Ｇ、Ｌまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ７はＳ、Ｔ、Ｋ、Ｒまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ８はＴ、Ｙ、Ｗまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ９はＧ、Ｐ、Ｙ、Ｑまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１０はＹ、Ｌ、Ｉ、Ｔ、Ｓ、Ｇまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１１はＰ、Ａ、Ｇ、Ｖ、Ｔ、Ｉ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１２はＧ、Ｓ、Ｐ、Ｖ、Ｆ、Ａ、Ｔまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１３はＧ、Ｎ、Ｅ、Ｄ、Ｔ、Ａ、Ｓまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１４はＹ、Ｆ、Ｗ、Ｌまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１５はＥ、Ｄ、Ｇ、Ｓ、Ｑ、Ｉまたは非存在に限定され；かつ／またはＺ１６は、Ｙ、Ｓ、ＭまたはＤに限定される。
【０１７８】
配列番号３０６のＶＨ  ＣＤＲ３配列は、図１７中の他のものとは明確に異なり、Ｋｖ１．３機能を阻害する抗体に由来することに特に注目すると、代替的なコンセンサス配列は、ＶＨ  ＣＤＲ３モチーフ６：
Ｚ１Ｚ２Ｚ３Ｚ４Ｚ５Ｚ６Ｚ７（配列番号４４１）
であり、ここで、Ｚ１はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ２はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ３はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ４はＶ、Ｌ、Ｉ、Ｍ、ＡまたはＧであり；Ｚ５はＹ、ＦまたはＷであり；Ｚ６はＤまたはＥであり；Ｚ７はＹ、ＦまたはＷである。一部の実施形態では、Ｚ１はＧに限定され；かつ／またはＺ２はＩに限定され；かつ／またはＺ３はＶに限定され；かつ／またはＺ４はＡに限定され；かつ／またはＺ５はＹに限定され；かつ／またはＺ６はＤに限定され；かつ／またはＺ７は、Ｙに限定される。
【０１７９】
ＣＤＲの基準構造
【０１８０】
開示されるラマ由来の抗Ｋｖ１．３抗体（表７）に関連する可能性のある基準構造を決定するために、各抗Ｋｖ１．３クローンの軽鎖および重鎖可変領域を、「ＳＡｂＤＡｂ」構造抗体データベース（Ｄｕｎｂａｒら（２０１４年）、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、４２巻：Ｄ１１４０〜Ｄ１１４６頁）における配列分析に提出した。ＲＳＣＢ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）で最も高い同一性パーセンテージを有する構造をＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙデータベースにおいてさらに分析して、関連するＣＤＲループのコンフォメーションを特定した。一部の事例において、同一性パーセントが同じである１つを超えるＰＤＢ構造がＳＡｂＤＡｂ分析によって特定された。こうした場合は、ＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙデータベースを用いて、各ＰＤＢヒットに関する基準構造を決定した（表８）。
【０１８１】
【表７】
2019521651.tif 000008
【０１８２】
【表８】
2019521651.tif 000009
【０１８３】
この分析に基づくと、抗Ｋｖ１．３抗体は、以下のＰＤＢ構造で構成され得る：５ｉ１ｄ、３ｑｏｓ、５ｋｎａ、５ｋｍｖ、５ｔｚｔ、４ｌｋｘ、４ｏｊｆ、４ｈｉｘ、４ｚｓ７、５ｆ６ｉ、４ｒａｖおよび４ｏ９ｈ．
【０１８４】
ＰＤＢ構造に基づくと、抗Ｋｖ１．３抗体は、以下の基準ＣＤＲ構造を有し得る：Ｈ１  ＣＤＲはＨ１−１３−１、Ｈ１−１４−１またはＨ１−１５−ｃｉｓ１１−＊であり；Ｈ２  ＣＤＲはＨ２−１０−１２、Ｈ２−９−１、Ｈ２−１０−２またはＨ２−１０−６であり；Ｈ３  ＣＤＲはＨ３−１２−＊、Ｈ３−１０−＊、Ｈ３−１１−＊、Ｈ３−１４−＊またはＨ３−８−２であり；Ｌ１  ＣＤＲはＬ１−１７−１、Ｌ１−１６−１、Ｌ１−１４−２またはＬ１−１４−１であり；Ｌ２  ＣＤＲはＬ２−８−１またはＬ２−８−２であり；Ｌ３  ＣＤＲはＬ３−９−ｃｉｓ７−１、Ｌ３−１０−ｃｉｓ６−＊、Ｌ３−９−＊またはＬ３−１０−＊である。
【０１８５】
抗Ｋｖ１．３抗体クローン１Ａ３が、発見された他の抗体とは明確に異なり、Ｋｖ１．３活性を阻害することに特に注目すると、抗Ｋｖ１．３抗体の関連するＰＤＢ構造は、５ｉ１ｄまたは３ｑｏｓを含み得る（表８）。これらのＰＤＢ構造の割り当てに基づくと、機能的に阻害するＫｖ１．３抗体は、以下の基準ＣＤＲ配列を含み得る：Ｈ１  ＣＤＲはＨ１−１３−１であり；Ｈ２  ＣＤＲはＨ２−１０−１２であり；Ｈ３  ＣＤＲはＨ３−１２−＊であり；Ｌ１  ＣＤＲはＬ１−１７−１であり；Ｌ２  ＣＤＲはＬ２−８−１であり、Ｌ３  ＣＤＲはＬ３−９−ｃｉｓ７−１である。
【０１８６】
本開示の主題を前述の例証的な実施形態において記載および例示したが、本開示はほんの一例としてなされたこと、そして本開示の主題の実施に関する詳細には、以下の特許請求の範囲によってのみ限定される本開示の主題の趣旨および範囲から逸脱することなく多数の変更が行われ得ることが理解される。
【図１−１】
2019521651.tif 000010
【図１−２】
2019521651.tif 000011
【図２】
2019521651.tif 000012
【図３】
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【図４】
2019521651.tif 000014
【図５Ａ−Ｂ】
2019521651.tif 000015
【図６】
2019521651.tif 000016
【図７Ａ−Ｃ】
2019521651.tif 000017
【図８】
2019521651.tif 000018
【図９】
2019521651.tif 000019
【図１０】
2019521651.tif 000020
【図１１Ａ−１】
2019521651.tif 000021
【図１１Ａ−２】
2019521651.tif 000022
【図１１Ｂ−１】
2019521651.tif 000023
【図１１Ｂ−２】
2019521651.tif 000024
【図１２】
2019521651.tif 000025
【図１３Ａ−１】
2019521651.tif 000026
【図１３Ａ−２】
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【図１３Ｂ−１】
2019521651.tif 000028
【図１３Ｂ−２】
2019521651.tif 000029
【図１３Ｃ−１】
2019521651.tif 000030
【図１３Ｃ−２】
2019521651.tif 000031
【図１４−１】
2019521651.tif 000032
【図１４−２】
2019521651.tif 000033
【図１５−１】
2019521651.tif 000034
【図１５−２】
2019521651.tif 000035
【図１６】
2019521651.tif 000036
【図１７−１】
2019521651.tif 000037
【図１７−２】
2019521651.tif 000038
【図１７−３】
2019521651.tif 000039
【図１８−１】
2019521651.tif 000040
【図１８−２】
2019521651.tif 000041
【図１９】
2019521651.tif 000042
【図２０】
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【図２１−１】
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【図２１−２】
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【図２２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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