(57)【要約】  マルチウイルス特異的T細胞免疫療法に関する組成物及び方法が本明細書に提供される。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
表1に列挙されたT細胞エピトープの2つ以上をコードする核酸ベクターであって、2つ以上のT細胞エピトープが少なくとも2つの異なるウイルス由来のT細胞エピトープを含む核酸ベクター。
【請求項２】
アデノウイルス発現ベクターである、請求項1に記載のベクター。
【請求項３】
2つ以上のT細胞エピトープがHLAクラスI拘束性T細胞エピトープである、請求項1又は2に記載のベクター。
【請求項４】
表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも3個をコードする、請求項1〜3のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項５】
表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも5個をコードする、請求項1〜3のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項６】
表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも10個をコードする、請求項1〜3のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項７】
表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも15個をコードする、請求項1〜3のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項８】
表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも20個をコードする、請求項1〜3のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項９】
表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも25個をコードする、請求項1〜3のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１０】
表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも30個をコードする、請求項1〜3のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１１】
T細胞エピトープが、少なくとも3つの異なるウイルス由来のT細胞エピトープを含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１２】
T細胞エピトープが、少なくとも4つの異なるウイルス由来のT細胞エピトープを含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１３】
エプスタイン-バーウイルス（EBV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜12のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項１４】
EBV由来のT細胞エピトープがLMP2aエピトープである、請求項13に記載のベクター。
【請求項１５】
EBV由来のT細胞エピトープがEBNA3Aエピトープである、請求項13に記載のベクター。
【請求項１６】
EBV由来のT細胞エピトープがEBNA3Bエピトープである、請求項13に記載のベクター。
【請求項１７】
EBV由来のT細胞エピトープがBMLF1エピトープである、請求項13に記載のベクター。
【請求項１８】
EBV由来のT細胞エピトープがEBNA1エピトープである、請求項13に記載のベクター。
【請求項１９】
EBV由来のT細胞エピトープがBZLF1エピトープである、請求項13に記載のベクター。
【請求項２０】
ベクターが、サイトメガロウイルス（CMV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜19のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２１】
CMV由来のT細胞エピトープがpp50エピトープである、請求項20に記載のベクター。
【請求項２２】
CMV由来のT細胞エピトープがpp65エピトープである、請求項20に記載のベクター。
【請求項２３】
CMV由来のT細胞エピトープがIE-1エピトープである、請求項20に記載のベクター。
【請求項２４】
CMV由来のT細胞エピトープがpp150エピトープである、請求項20に記載のベクター。
【請求項２５】
ポリオーマBKウイルス（BKV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜24のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２６】
BKV由来のT細胞エピトープがラージT抗原エピトープである、請求項25に記載のベクター。
【請求項２７】
BKV由来のT細胞エピトープがVP1エピトープである、請求項25に記載のベクター。
【請求項２８】
アデノウイルス（ADV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜27のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項２９】
ADV由来のT細胞エピトープがヘキソンタンパク質エピトープである、請求項28に記載のベクター。
【請求項３０】
ADV由来のT細胞エピトープがDNAポリメラーゼエピトープである、請求項28に記載のベクター。
【請求項３１】
ADV由来のT細胞エピトープがDNA結合タンパク質エピトープである、請求項28に記載のベクター。
【請求項３２】
EBV及びCMV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３３】
EBV及びBKV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３４】
EBV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３５】
CMV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３６】
CMV及びBKV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３７】
BKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３８】
EBV、CMV及びBKV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３９】
EBV、CMV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４０】
CMV、BKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４１】
ADV、BKV及びEBV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４２】
EBV、CMV、BKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項1〜31のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４３】
表1に列挙された38個のT細胞エピトープをコードする、請求項42に記載のベクター。
【請求項４４】
ベクターによってコードされるT細胞エピトープが、ポリエピトープタンパク質としてコードされる、請求項1〜43のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４５】
ポリエピトープタンパク質が、配列番号1に対して少なくとも80％の同一性を有する配列を含む、請求項44に記載のベクター。
【請求項４６】
ポリエピトープタンパク質が、配列番号1に対して少なくとも90％の同一性を有する配列を含む、請求項44に記載のベクター。
【請求項４７】
ポリエピトープタンパク質が配列番号1の配列を含む、請求項44に記載のベクター。
【請求項４８】
T細胞エピトープをコードする配列がコドン最適化されている、請求項1〜47のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項４９】
組換えアデノウイルスを生成する方法であって、
（a）請求項1〜48のいずれか一項に記載の核酸ベクターを細胞株にトランスフェクトするステップ、
（b）細胞株が組換えアデノウイルスを産生するような条件下で、トランスフェクト細胞株を培養するステップ、及び
（c）組換えアデノウイルスを単離するステップ
を含む方法。
【請求項５０】
細胞株がHEK293細胞株である、請求項49に記載の方法。
【請求項５１】
請求項49又は50に記載の方法に従って生成された組換えアデノウイルス。
【請求項５２】
請求項1〜48のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞。
【請求項５３】
HEK293細胞である、請求項52に記載の細胞。
【請求項５４】
請求項1〜48のいずれか一項に記載のベクターを含むワクチン組成物。
【請求項５５】
対象に、請求項54に記載のワクチン組成物を投与するステップを含む、対象におけるウイルス感染を処置又は予防する方法。
【請求項５６】
ウイルス感染が、EBV、CMV、BKV又はADV感染である、請求項55に記載の方法。
【請求項５７】
対象に、請求項54に記載のワクチン組成物を投与するステップを含む、対象におけるがんを処置又は予防する方法。
【請求項５８】
配列番号1に対して少なくとも80％の同一性を有する配列を含むポリエピトープタンパク質。
【請求項５９】
配列番号1に対して少なくとも90％の同一性を有する配列を含むポリエピトープタンパク質。
【請求項６０】
配列番号1と同一である配列を含むポリエピトープタンパク質。
【請求項６１】
請求項58〜60のいずれか一項に記載のポリエピトープタンパク質を含む組成物。
【請求項６２】
表1に列挙されたT細胞エピトープの2つ以上をコードする核酸を含む組換えアデノウイルスであって、2つ以上のT細胞エピトープが少なくとも2つの異なるウイルス由来のT細胞エピトープを含む組換えアデノウイルス。
【請求項６３】
2つ以上のT細胞エピトープがHLAクラスI拘束性T細胞エピトープである、請求項62に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項６４】
核酸が、表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも3個をコードする、請求項62又は63に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項６５】
核酸が、表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも5個をコードする、請求項62又は63に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項６６】
核酸が、表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも10個をコードする、請求項62又は63に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項６７】
核酸が、表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも15個をコードする、請求項62又は63に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項６８】
核酸が、表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも20個をコードする、請求項62又は63に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項６９】
核酸が、表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも25個をコードする、請求項62又は63に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７０】
核酸が、表1に列挙されたT細胞エピトープの少なくとも30個をコードする、請求項62又は63に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７１】
T細胞エピトープが、少なくとも3つの異なるウイルス由来のT細胞エピトープを含む、請求項62〜70のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７２】
T細胞エピトープが、少なくとも4つの異なるウイルス由来のT細胞エピトープを含む、請求項62〜70のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７３】
核酸が、エプスタイン-バーウイルス（EBV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜72のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７４】
EBV由来のT細胞エピトープがLMP2aエピトープである、請求項73に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７５】
EBV由来のT細胞エピトープがEBNA3Aエピトープである、請求項73に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７６】
EBV由来のT細胞エピトープがEBNA3Bエピトープである、請求項73に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７７】
EBV由来のT細胞エピトープがBMLF1エピトープである、請求項73に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７８】
EBV由来のT細胞エピトープがEBNA1エピトープである、請求項73に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項７９】
EBV由来のT細胞エピトープがBZLF1エピトープである、請求項73に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８０】
核酸が、サイトメガロウイルス（CMV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜79のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８１】
CMV由来のT細胞エピトープがpp50エピトープである、請求項80に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８２】
CMV由来のT細胞エピトープがpp65エピトープである、請求項80に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８３】
CMV由来のT細胞エピトープがIE-1エピトープである、請求項80に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８４】
CMV由来のT細胞エピトープがpp150エピトープである、請求項80に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８５】
核酸が、ポリオーマBKウイルス（BKV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜84のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８６】
BKV由来のT細胞エピトープがラージT抗原エピトープである、請求項25に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８７】
BKV由来のT細胞エピトープがVP1エピトープである、請求項85に記載のアデノウイルス組換えアデノウイルス。
【請求項８８】
核酸が、アデノウイルス（ADV）由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜87のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項８９】
ADV由来のT細胞エピトープがヘキソンタンパク質エピトープである、請求項88に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９０】
ADV由来のT細胞エピトープがDNAポリメラーゼエピトープである、請求項88に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９１】
ADV由来のT細胞エピトープがDNA結合タンパク質エピトープである、請求項88に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９２】
核酸が、EBV及びCMV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９３】
核酸が、EBV及びBKV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９４】
核酸が、EBV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９５】
核酸が、CMV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９６】
核酸が、CMV及びBKV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９７】
核酸が、BKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９８】
核酸が、EBV、CMV及びBKV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項９９】
核酸が、EBV、CMV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１００】
核酸が、CMV、BKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０１】
核酸が、ADV、BKV及びEBV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０２】
核酸が、EBV、CMV、BKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする、請求項62〜91のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０３】
核酸が、表1に列挙された38個のT細胞エピトープをコードする、請求項102に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０４】
核酸によってコードされるT細胞エピトープが、ポリエピトープタンパク質としてコードされる、請求項62〜104のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０５】
ポリエピトープタンパク質が、配列番号1に対して少なくとも80％の同一性を有する配列を含む、請求項104に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０６】
ポリエピトープタンパク質が、配列番号1に対して少なくとも90％の同一性を有する配列を含む、請求項104に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０７】
ポリエピトープタンパク質が配列番号1の配列を含む、請求項104に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０８】
T細胞エピトープをコードする核酸がコドン最適化されている、請求項62〜107のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルス。
【請求項１０９】
抗原提示細胞（APC）を含む試料に、請求項1〜48のいずれか一項に記載のベクターをトランスフェクトするステップを含む、複数のウイルス由来のエピトープを提示する抗原提示細胞（APC）を生成する方法。
【請求項１１０】
抗原提示細胞（APC）を含む試料を請求項62〜108のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルスと接触させるステップを含む、複数のウイルス由来のエピトープを提示する抗原提示細胞（APC）を生成する方法。
【請求項１１１】
抗原提示細胞（APC）を含む試料に、請求項58〜60のいずれか一項に記載のポリエピトープをパルス添加するステップを含む、複数のウイルス由来のエピトープを提示する抗原提示細胞（APC）を生成する方法。
【請求項１１２】
試料がPBMC試料である、請求項109〜111のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１３】
APCがB細胞を含む、請求項109〜112のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１４】
APCが抗原提示T細胞を含む、請求項109〜113のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１５】
APCが樹状細胞を含む、請求項109〜114のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１６】
APCが人工抗原提示細胞を含む、請求項109〜115のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１７】
人工抗原提示細胞がaK562細胞である、請求項116に記載の方法。
【請求項１１８】
請求項109〜117のいずれか一項に記載の方法に従って生成されたAPCを含む試料。
【請求項１１９】
マルチウイルス特異的細胞傷害性T細胞（CTL）を生成する方法であって、
（a）請求項109〜117のいずれか一項に記載の方法に従って、複数のウイルス由来のエピトープを提示するAPCを生成するステップ、及び
（b）ステップ（a）の複数のウイルスを提示するAPCをCTLとともにインキュベートし、それによってマルチウイルス特異的CTLを生成するステップ
を含む方法。
【請求項１２０】
請求項119に従って生成されたマルチウイルス特異的CTLを含む試料。
【請求項１２１】
請求項1〜48のいずれか一項に記載の核酸ベクター、及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項１２２】
請求項62〜108に記載の組換えアデノウイルス、及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項１２３】
請求項120に記載のCTL、及び薬学的に許容される担体を含む組成物。
【請求項１２４】
対象に、請求項123に記載の組成物を投与するステップを含む、対象におけるウイルス感染を処置又は予防する方法。
【請求項１２５】
ウイルス感染が、EBV、CMV、BKV又はADV感染である、請求項124に記載の方法。
【請求項１２６】
対象が免疫不全である、請求項124又は125に記載の方法。
【請求項１２７】
組成物中のCTLが対象に対して同種異系である、請求項124〜126のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２８】
組成物中のCTLが、対象への投与の前に細胞バンクに保存されている、請求項127に記載の方法。
【請求項１２９】
組成物中のCTLが対象に対して自家である、請求項124又は125に記載の方法。
【請求項１３０】
対象に、請求項123に記載の組成物を投与するステップを含む、対象におけるがんを処置又は予防する方法。
【請求項１３１】
組成物中のCTLが対象に対して同種異系である、請求項130に記載の方法。
【請求項１３２】
組成物中のCTLが、対象への投与の前に細胞バンクに保存されている、請求項131に記載の方法。
【請求項１３３】
組成物中のCTLが対象に対して自家である、請求項130に記載の方法。
【請求項１３４】
タンパク質が表1に列挙された2つ以上のT細胞エピトープを含む、請求項1〜47のいずれか一項に記載のベクターによってコードされるポリエピトープタンパク質。
【請求項１３５】
表1に列挙されたT細胞エピトープの2つ以上を含むポリエピトープタンパク質。
【請求項１３６】
対象に、請求項58〜60、134、又は135のいずれか一項に記載のタンパク質を投与するステップを含む、対象におけるウイルス感染を処置又は予防する方法。
【請求項１３７】
対象に、請求項58〜60、134、又は135に記載のタンパク質を投与するステップを含む、対象におけるがんを処置する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、2016年7月18日に出願された米国仮特許出願第62/363,669号に対する優先権の利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
養子免疫療法は、疾患関連細胞を認識し、標的化し、及び破壊することを目的として、疾患特異的細胞傷害性T細胞（CTL）を個体に移植又は注入することを伴う。養子免疫療法は、がん、感染症及び自己免疫疾患を含む多数の疾患及び障害の処置のための有望な経路となっている。
【発明の概要】
【０００３】
特定の態様では、養子免疫療法のためのマルチウイルス特異的細胞傷害性T細胞（CTL）の生成及び使用に関する組成物及び方法が本明細書において提供される。特定の実施形態では、CTLによって認識され、ウイルス感染及び/又はがんの予防及び/又は処置において有用である、異なるウイルス由来の2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、ポリエピトープタンパク質として）をコードする核酸配列を含有する核酸、ベクター及び組換えアデノウイルスに関する組成物及び方法が本明細書において提供される。特定の実施形態では、異なるウイルス由来の2つ以上のT細胞エピトープを提示する抗原提示細胞（APC）が本明細書において提供される。一部の実施形態では、異なるウイルス由来の2つ以上のT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）を集合的に含むCTLの集団が本明細書において提供される。
【０００４】
特定の態様では、2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたT細胞エピトープの2つ以上）をコードする核酸配列を含む核酸ベクター（例えば、アデノウイルス発現ベクター）及び/又は組換えアデノウイルスが本明細書において提供され、ここで、2つ以上のT細胞エピトープは、少なくとも2つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）及び/又はアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、エピトープはHLAクラスI拘束性T細胞エピトープである。一部の実施形態では、ベクター又は組換えアデノウイルスは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたエピトープの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個）をコードする。
【０００５】
一部の実施形態では、ベクター又は組換えアデノウイルスは、EBV由来のT細胞エピトープ（例えば、LMP2aエピトープ、EBNA3Aエピトープ、EBNA3Bエピトープ、EBNA1エピトープ、BZLF1エピトープ、及び/又はBMLF1エピトープ）をコードする。一部の実施形態では、ベクター又は組換えアデノウイルスは、CMV由来のT細胞エピトープ（例えば、pp50エピトープ、pp65エピトープ、IE-1エピトープ、及び/又はpp150エピトープ）をコードする。一部の実施形態では、ベクター又は組換えアデノウイルスは、BKV由来のT細胞エピトープ（例えば、ラージT抗原エピトープ及び/又はVP1エピトープ）をコードする。一部の実施形態では、ベクター又は組換えアデノウイルスは、ADV由来のT細胞エピトープ（例えば、ヘキソンタンパク質エピトープ、DNAポリメラーゼエピトープ、及び/又はDNA結合タンパク質エピトープ）をコードする。一部の実施形態では、T細胞エピトープは、少なくとも3つ又は4つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）、及びアデノウイルス（ADV））由来のエピトープを含む。一部の実施形態では、ベクター又は組換えアデノウイルスは、上述のウイルスの任意の組合せ由来及び/又は他のウイルス由来のT細胞エピトープをコードし得る。一部の実施形態では、ベクター又は組換えアデノウイルスは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたエピトープの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個）をコードする。一部の実施形態では、本明細書に記載されているベクター又は組換えアデノウイルスによってコードされるT細胞エピトープは、ポリエピトープタンパク質（すなわち、天然では直接連結されていない複数のT細胞エピトープを含む単一鎖のアミノ酸残基）としてコードされる。一部の態様では、ポリエピトープタンパク質は、配列番号1に対して少なくとも80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％又は100％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、T細胞エピトープをコードする配列（例えば、ポリエピトープタンパク質中のT細胞エピトープ）はコドン最適化されている。
【０００６】
一部の態様では、本明細書に開示されている組換えアデノウイルスを生成する方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、本方法は、本明細書に記載されている核酸ベクターを細胞株（例えば、HEK293細胞）にトランスフェクトし、次に、細胞株が組換えアデノウイルスを産生するような条件下で、トランスフェクト細胞株を培養するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、組換えアデノウイルスを単離するステップをさらに含む。
【０００７】
一部の態様では、本明細書に開示されているベクター、組換えアデノウイルス、又はポリエピトープを含む治療用組成物（ワクチン組成物又は他の医薬組成物）、及び治療用組成物を使用してウイルス感染又はがんを処置又は予防する方法が本明細書において提供される。
【０００８】
一部の態様では、2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたT細胞エピトープの2つ以上）を提示するAPCが本明細書において提供され、ここで、2つ以上のT細胞エピトープは、少なくとも2つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）及び/又はアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、エピトープはHLAクラスI拘束性T細胞エピトープである。一部の実施形態では、APCは、EBV由来のT細胞エピトープ（例えば、LMP2aエピトープ、EBNA3Aエピトープ、EBNA3Bエピトープ、EBNA1エピトープ、BZLF1エピトープ、及び/又はBMLF1エピトープ）を提示する。一部の実施形態では、APCは、CMV由来のT細胞エピトープ（例えば、pp50エピトープ、pp65エピトープ、IE-1エピトープ、及び/又はpp150エピトープ）を提示する。一部の実施形態では、APCは、BKV由来のT細胞エピトープ（例えば、ラージT抗原エピトープ及び/又はVP1エピトープ）を提示する。一部の実施形態では、APCは、ADV由来のT細胞エピトープ（例えば、ヘキソンタンパク質エピトープ、DNAポリメラーゼエピトープ、及び/又はDNA結合タンパク質エピトープ）を提示する。一部の実施形態では、T細胞エピトープは、少なくとも3つ又は4つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）、及びアデノウイルス（ADV））由来のエピトープを含む。一部の実施形態では、APCは、上述のウイルスの任意の組合せ由来及び/又は他のウイルス由来のT細胞エピトープを提示する。一部の実施形態では、APCは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたエピトープの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個）を提示する。
【０００９】
一部の態様では、2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたT細胞エピトープの2つ以上）を認識するT細胞受容体を集合的に含むCTLの集団が本明細書において提供され、ここで、2つ以上のT細胞エピトープは、少なくとも2つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）及び/又はアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、エピトープはHLAクラスI拘束性T細胞エピトープである。一部の実施形態では、CTLの集団は、EBV由来のT細胞エピトープ（例えば、LMP2aエピトープ、EBNA3Aエピトープ、EBNA3Bエピトープ、EBNA1エピトープ、BZLF1エピトープ、及び/又はBMLF1エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、CMV由来のT細胞エピトープ（例えば、pp50エピトープ、pp65エピトープ、IE-1エピトープ、及び/又はpp150エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、BKV由来のT細胞エピトープ（例えば、ラージT抗原エピトープ及び/又はVP1エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、ADV由来のT細胞エピトープ（例えば、ヘキソンタンパク質エピトープ、DNAポリメラーゼエピトープ、及び/又はDNA結合タンパク質エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、少なくとも3つ又は4つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）、及びアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、上述のウイルスの任意の組合せ由来及び/又は他のウイルス由来のT細胞エピトープを認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたエピトープの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。
【００１０】
一部の態様では、マルチウイルスT細胞エピトープを提示する抗原APCを生成する方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、本方法は、本明細書において提供されるベクターをAPCにトランスフェクトするステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、APCを本明細書において提供される組換えアデノウイルスと接触させるステップを含む。一部の実施形態では、APCは、B細胞、抗原提示T細胞、樹状細胞、及び/又は人工抗原提示細胞（例えば、aK562細胞）である。一部の態様では、例えば、CTLを含む試料（例えば、PBMC試料）を本明細書に記載されているAPCとともにインキュベートすることによって、本明細書に記載されているT細胞エピトープの2つ以上を認識するマルチウイルス特異的CTLを生成し、活性化し及び/又は拡散を誘導する方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載されている方法に従って生成されたAPC及び/又はT細胞が本明細書において提供される。
【００１１】
一部の態様では、対象に本明細書に記載されているCTLを含む組成物を投与することによって、ウイルス感染（例えば、EBV、CMV、BKV、若しくはADV）及び/又はがんを処置及び/又は予防する方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、対象は免疫不全である。一部の実施形態では、CTLは対象に対して自家である。一部の実施形態では、CTLは対象に対して同種異系である。一部の実施形態では、CTLは、対象への投与の前に細胞バンクに保存されている。一部の実施形態では、CTLは、対象への投与の前に対象との適合性について選択される（例えば、細胞バンクから選択される）。一部の実施形態では、CTLは、それらが対象と共有されるHLA対立遺伝子を介して拘束される場合に選択される（すなわち、CLTのTCRは、対象に存在するHLA対立遺伝子によってコードされるMHCクラスIタンパク質に拘束される）。一部の実施形態では、CTLは、CTL及び対象が少なくとも2つ（例えば、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つ、少なくとも6つ）のHLA対立遺伝子を共有し、CTLが共有されたHLA対立遺伝子を介して拘束される場合に選択される。一部の実施形態では、対象に投与されるCTLは、細胞バンク（例えば、CTLバンク）から選択される。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】図1は、例示的なアデノウイルス核酸ベクターを構築し、続いて例示的な組換えアデノウイルス（Ad-MvP）を生成するためにこのようなベクターを使用するための例示的な方法を示す概略図を示す。この例示的な方法に従って、BKV、ADV、CMV及びEBV由来の連続するHLAクラスI拘束性CTLエピトープを含有するポリエピトープタンパク質をコードする合成DNA配列をpShuttleベクターにクローニングし、次にAd5F35発現ベクターにサブクローニングした。組換えAd5F35ベクターは、HEK293細胞にトランスフェクトすることにより感染性アデノウイルスへとパッケージングされ、組換えアデノウイルス（Ad-MvPと呼ばれる）は、反復凍結融解サイクルによって、トランスフェクト細胞から回収された。
【図２】図2は、例示的な核酸ベクターを用いた固形臓器移植レシピエント由来のマルチウイルス特異的T細胞の拡大を示す図である。14人のSOT患者由来のPBMCをAd-MvPで刺激し、IL-2の存在下で14日間培養した。エピトープ特異的CTLの頻度は、A-MvPにコードされたエピトープを含有するウイルス特異的ペプチドプールでの刺激に応答したIFNγ産生を測定することによって決定された。A:CMV、EBV、BKV又はADVペプチドエピトープを用いた回収後の代表的なドットプロットを示す。B:データは、全てのSOT患者由来のウイルス特異的IFNγ産生CD8+T細胞の数の要約を表す。黒色の記号はCMV関連合併症を伴う募集された患者を表し、赤色の記号はEBV関連PTLDを有する患者を表し、青色の記号はBKVウイルス血症を有する患者を表す。C:Ad-MvP拡大されたCTLは、ウイルス特異的ペプチドプールによるインビトロ刺激後のIFNγ、TNF、IL-2の細胞内産生、及びCD107aの外在化（externalization）について評価された。FlowJoソフトウェアを使用してブール分析を行った。円グラフは、1、2、3又は4個のエフェクター機能を生成することができる各ウイルスに特異的なT細胞の割合を表す。
【図３】図3は、免疫後のマルチウイルス特異的T細胞のプライミングを示す図である。A:Ad-MvPで免疫されたHHD IIトランスジェニックマウス由来のエクスビボ及びインビトロで拡大させたウイルス特異的T細胞を示す代表的なデータ。B:Ad-MvPで免疫されたHLA*A02トランスジェニックマウスにおいて、IFNγを発現するマルチウイルス特異的CD8+T細胞のパーセンテージを示す積み重ねた棒グラフ。免疫されたマウス由来の脾細胞をワクチン接種後の50日目に単離し、BKV、ADV、CMV又はEBV由来のHLA-A*02拘束性CD8+T細胞ペプチドエピトープを用いてインビトロで刺激した。T細胞特異性は、細胞内サイトカインアッセイを使用して評価された。
【図４】図4は、健康なボランティアにおける例示的な組換えアデノウイルスを使用するマルチウイルス特異的T細胞の拡大を示す。健康なボランティア由来のPBMCをAd-MvPで刺激し、IL-2の存在下で14日間拡大させた。エピトープ特異的CTLの頻度は、Ad-MvPに含有されるHLA適合エピトープによる刺激に応答したIFNγ産生を測定することによって決定された。A:健康なドナーのコホートにおけるマルチウイルス特異的T細胞の頻度の要約。B:Ad-MvP拡大されたCTLは、各ウイルスのポリエピトープに含有されるエピトープに対応するペプチドプールで刺激された。IFNγ、TNF、IL-2の産生及びCD107aの外在化を多機能性のマーカーとして測定した。C:異なるサイトカインの組合せの存在下でAd-MvPを使用する健康なドナー由来のマルチウイルス特異的CD8+T細胞のインビトロ拡大。D:異なるサイトカインの存在下でのインビトロ培養後の抗原特異的T細胞の頻度を細胞内サイトカインアッセイを使用して評価した。
【図５】図5は、自己又は同種異系のマルチウイルス特異的T細胞を使用するEBV関連B細胞リンパ腫の養子免疫療法を示す図である。A及びD:細胞内サイトカインアッセイを使用する、ドナーD01（HLA A1、A11、B8、B35）及びD055（HLA A1、A2、B8、B40）由来のAd-MvP拡大されたT細胞のエピトープ特異性分析。B:NOD/SCIDマウス（n=10）にドナーH002由来のEBV形質転換されたLCLを生着させて、B細胞リンパ腫を誘導した。生着後の6日目に、マウスを偽処置（n=5）するか、又は自己の2×107個のAd-MvP拡大されたCTLを養子注入した（n=5、パネルAに示す）。ノギスを使用して腫瘍体積を測定した。C:偽処置又は自己T細胞療法後のEBV担腫瘍マウスのカプラン-マイヤー生存グラフ。E:NOD/SCIDマウス（n=10）にドナーH002由来のEBV形質転換されたLCLを生着させて、B細胞リンパ腫を誘導した。生着後の6日目に、マウスを偽処置（n=5）するか、又はドナーH005由来のHLA適合した同種異系のAd-MvP拡大されたT細胞を養子注入した（n=5、パネルBに示す）。ノギスを使用して腫瘍体積を測定した。パネルB及びEの各データ点は、ノギスを使用して複数のマウスにおいて測定された腫瘍サイズの平均±SEMを示す。F:偽処置又は同種異系T細胞療法後のEBV担腫瘍マウスのカプラン-マイヤー生存グラフ。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
一般
特定の態様では、養子免疫療法のためのマルチウイルス特異的細胞傷害性T細胞（CTL）の生成及び使用に関する組成物及び方法が本明細書において提供される。特定の実施形態では、CTLによって認識され、ウイルス感染及び/又はがんの予防及び/又は処置において有用である、異なるウイルス由来の2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、ポリエピトープタンパク質として）をコードする核酸配列を含有する核酸、ベクター及び組換えアデノウイルスに関する組成物及び方法が本明細書において提供される。特定の実施形態では、異なるウイルス由来の2つ以上のT細胞エピトープを提示する抗原提示細胞（APC）が本明細書において提供される。一部の実施形態では、異なるウイルス由来の2つ以上のT細胞エピトープを認識するT細胞受容体（TCR）を集合的に含むCTLの集団が本明細書において提供される。
【００１４】
定義
便宜上、本明細書、実施例及び添付の特許請求の範囲で使用される特定の用語をここに集める。
【００１５】
冠詞「1つの（a）」及び「1つの（an）」は、本明細書において、その冠詞の文法的目的語の1つ又は1つ超（すなわち、少なくとも1つ）を指すために使用される。例として、「1つの要素」とは、1つの要素又は1を超える要素を意味する。
【００１６】
本明細書で使用するとき、用語「投与する」とは、医薬品又は組成物を対象に提供することを意味し、限定されないが、医療従事者による投与及び自己投与が含まれる。このような薬剤には、例えば、本明細書に記載のペプチド、本明細書において提供される抗原提示細胞及び/又は本明細書において提供されるCTLが含有され得る。
【００１７】
用語「アミノ酸」とは、アミノ官能基と酸官能基の両方を含み、天然アミノ酸のポリマーに含まれることができる天然又は合成のすべての分子を包含するものとする。例示的なアミノ酸としては、天然アミノ酸、その類似体、誘導体及び同族体、変異体側鎖を有するアミノ酸類似体、並びに上記のいずれかのすべての立体異性体が挙げられる。
【００１８】
「結合する」又は「相互作用する」という用語は、例えば生理学的条件下での静電相互作用、疎水性相互作用、イオン性相互作用及び/又は水素結合相互作用による、2つの分子間、例えば、TCRとペプチド/MHCとの間の、安定な会合（association）であり得る、会合を指す。TCRは、T細胞エピトープが適当なMHC上に提示されたときに結合することができるT細胞エピトープを「認識する」。
【００１９】
「生物学的試料」、「組織試料」、又は単に「試料」という用語は、それぞれ、対象の組織から得られた細胞の集合物を指す。組織試料の供給源は、新鮮な、凍結された及び/又は保存された臓器、組織試料、生検又は吸引物からのような固体組織、血液又は任意の血液成分、血清、血液、体液、例えば、脊髄液、羊水、腹水又は間質液、尿、唾液、糞便、涙液、又は対象の妊娠若しくは発生の任意の時点からの細胞であり得る。
【００２０】
用語「エピトープ」とは、抗体又はTCRに特異的に結合することができるタンパク質決定基を意味する。エピトープは、通常、分子の化学的に活性な表面基、例えば、アミノ酸又は糖側鎖からなる。特定のエピトープは、抗体が結合することができるアミノ酸の特定の配列によって規定することができる。
【００２１】
本明細書で使用するとき、「薬学的に許容される」という語句は、健全な医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応、又は他の問題若しくは合併症を伴わないで、合理的な利益/リスク比に見合った、ヒト及び動物の組織と接触して使用するのに適した薬剤、化合物、材料、組成物、及び/又は剤形を指す。
【００２２】
本明細書で使用するとき、「薬学的に許容される担体」という語句は、1つの臓器若しくは生体の部分から別の臓器若しくは生体の部分に運ぶか又は輸送することに関与する、薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクル、例えば、液体若しくは固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、又は溶媒をカプセル化している材料などを意味する。それぞれの担体は、製剤の他の成分と相溶性を有し、患者に有害でないという意味で「許容される」ものでなければならない。薬学的に許容される担体として役立ち得る材料の一部の例としては、以下が挙げられる:(1)糖、例えば、ラクトース、グルコース及びスクロース、(2)デンプン、例えば、トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン、(3)セルロース及びその誘導体、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース及び酢酸セルロース、(4)粉末状トラガカント、(5)麦芽、(6)ゼラチン、(7)タルク、(8)賦形剤、例えば、カカオバター及び坐薬ワックス、(9)油、例えば、ピーナッツ油、綿実油、サフラワー油、ゴマ油、オリーブ油、コーン油及び大豆油、(10)グリコール、例えば、プロピレングリコール、(11)ポリオール、例えば、グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコール、(12)エステル、例えば、オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル、(13)寒天、(14)緩衝化剤、例えば、水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム、(15)アルギン酸、(16)発熱物質不含水、(17)等張性生理食塩水、(18)リンゲル液、(19)エチルアルコール、(20)pH緩衝化溶液、(21)ポリエステル、ポリカーボネート及び/又はポリ無水物、及び(22)医薬製剤に使用される他の非毒性適合物質。
【００２３】
「ポリヌクレオチド」及び「核酸」なる語は互換的に用いられる。それらは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド又はそれらの類似体のいずれであれ、任意の長さのヌクレオチドの重合形態を指す。ポリヌクレオチドは任意の三次元構造を有してもよく、任意の機能を果たしうる。以下のものはポリヌクレオチドの非限定的な例である:遺伝子又は遺伝子断片のコード又は非コード領域、連鎖解析から定められる遺伝子座、エクソン、イントロン、メッセンジャーRNA（mRNA）、トランスファーRNA、リボソームRNA、リボザイム、cDNA、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離DNA、任意の配列の単離RNA、核酸プローブ及びプライマー。ポリヌクレオチドは修飾ヌクレオチド、例えばメチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体を含みうる。ヌクレオチド構造に対する修飾は、存在する場合には、重合体の構築の前又は後で施されうる。ポリヌクレオチドは、例えば標識成分との結合（コンジュゲート化）によって、さらに修飾されうる。本明細書で提供されている全ての核酸配列において、UヌクレオチドはTヌクレオチドと交換可能である。
【００２４】
本明細書で使用するとき、状態を「予防する」治療薬は、障害又は状態の発症前に統計試料（statistical sample）に投与された場合、処置されていない対照試料と比較して、処置された試料における障害若しくは状態の発生を低下させ、又は処置されていない対照試料と比較して、障害若しくは状態の1つ以上の症状の発症を遅延させるか若しくはその重症度を低下させる化合物を指す。
【００２５】
本明細書で使用するとき、用語「対象」は、処置又は治療のために選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。
【００２６】
本明細書で使用される「治療有効量」及び「有効量」という語句は、任意の医学的処置に適用可能な合理的な利益/リスク比で、対象の少なくとも、細胞の部分集団において所望の治療効果を生じさせるのに有効な薬剤の量を意味する。
【００２７】
対象における疾患を「処置（治療）する」又は疾患を有する対象を「処置（治療）する」とは、疾患の少なくとも1つの症状が減少する又は悪化するのを妨げるように、対象に医薬的処置、例えば薬物の投与を施すことを指す。
【００２８】
用語「ベクター」とは、それによって生物、細胞又は細胞成分間で核酸を増殖及び/又は移動させることができる手段を指す。ベクターとしては、プラスミド、ウイルス、バクテリオファージ、プロウイルス、ファージミド、トランスポゾン、及び人工染色体などが挙げられ、これらは自律的に複製することができてもできなくてもよく、又は宿主細胞の染色体に組み込まれてもよい。
【００２９】
組換えアデノウイルス及びベクター
特定の態様において、2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されるT細胞エピトープの2以上）をコードする核酸配列を含む核酸分子（例えば、ベクター、例えばアデノウイルス発現ベクターなど）及び/又は組換えアデノウイルスが本明細書において提供され、ここで、該2つ以上のT細胞エピトープは、少なくとも2つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）及び/又はアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、T細胞エピトープはHLAクラスI拘束性T細胞エピトープである。例えば、核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、EBV及びCMV由来、EBV及びBKV由来、EBV及びADV由来、CMV及びADV由来、CMV及びBKV由来、又はBKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする核酸配列を含み得る。一部の実施形態において、核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、3つ以上の異なるウイルス由来のT細胞エピトープをコードする核酸配列を含む。例えば、核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、EBV、CMV及びBKV由来、EBV、CMV及びADV由来、CMV、BKV及びADV由来、又はADV、BKV及びEBV由来のT細胞エピトープをコードする核酸配列を含み得る。一部の実施形態において、核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、3つ以上の異なるウイルス由来のT細胞エピトープをコードする核酸配列を含む。例えば、核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、EBV、CMV、BKV及びADV由来のT細胞エピトープをコードする核酸配列を含み得る。一部の実施形態において、核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、5、6、7、8、9、10又はそれ以上の異なるウイルス由来のT細胞エピトープをコードする核酸配列を含み得る。一部の実施形態において、T細胞エピトープ（例えばポリエピトープタンパク質中のT細胞エピトープ）をコードする配列はコドン最適化されている。
【００３０】
一部の実施形態において、本明細書に記載のベクター又は組換えアデノウイルスによりコードされるT細胞エピトープは、ポリエピトープタンパク質（すなわち、天然には連結されていない複数のT細胞エピトープを含むアミノ酸残基の単一鎖）としてコードされる。一部の実施形態において、ポリエピトープタンパク質中のT細胞エピトープは、アミノ酸リンカーを介して接続される。一部の実施形態において、ポリエピトープタンパク質中のT細胞エピトープは、介在アミノ酸なく直接連結される。例示的なポリエピトープタンパク質のアミノ酸配列を以下に配列番号1として提供する：
【００３１】
MLTERFNHILLLLIWFRPVSITEVECFLLPLMRKAYLRLDSEISMYSVKVNLEKKAYLRKCKEFTDLGQNLLYTYFSLNNKFMPNRPNYIAFGLRYRSMLLLPGSYTYEWIPYLDGTFYVLAWTRAFVFLGRQLPKLVTEHDTLLYYSEHPTFTSQYNLVPMVATVFPTKDVALQYDPVAALFAYAQKIFKILRPHERNGFTVLELRRKMMYMIPSINVHHYTRATKMQVITTVYPPSSTAKGPISHGHVLKHERNGFTVLCLGGLLTMVGLCTLVAMLSSCSSCPLSKITYGPVFMCLRPPIFIRRLFLRGRAYGLRAKFKQLLHPVGEADYFEYYPLHEQHGMVEITPYKPTW
【００３２】
一部の態様において、ポリエピトープタンパク質は、配列番号1に対して少なくとも80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％又は100％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。2つのアミノ酸配列又は2つの核酸配列の同一性パーセントを決定するために、配列は、最適な比較目的のためにアライメントされる（例えば、最適なアライメントのために第1及び第2のアミノ酸又は核酸配列の一方又は両方にギャップを導入することができ、非同一配列は、比較目的のために無視することができる）。次に、対応するアミノ酸位置又はヌクレオチド位置のアミノ酸残基又はヌクレオチドを比較する。第1の配列における位置が第2の配列における対応する位置と同じアミノ酸残基又はヌクレオチドによって占有される場合、それらの分子はその位置で同一である。2つの配列間の同一性パーセントは、2つの配列の最適なアライメントのために導入される必要があるギャップの数、及び各ギャップの長さを考慮に入れた上での、配列によって共有される同一位置の数の関数である。
【００３３】
一部の実施形態において、本明細書において提供される核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、2若しくはそれ以上、3若しくはそれ以上、4若しくはそれ以上、5若しくはそれ以上、6若しくはそれ以上、7若しくはそれ以上、8若しくはそれ以上、9若しくはそれ以上、10若しくはそれ以上、11若しくはそれ以上、12若しくはそれ以上、13若しくはそれ以上、14若しくはそれ以上、15以上、16若しくはそれ以上、17若しくはそれ以上、18若しくはそれ以上、19若しくはそれ以上、20若しくはそれ以上、21若しくはそれ以上、22若しくはそれ以上、23以上、24若しくはそれ以上、25若しくはそれ以上、26若しくはそれ以上、27若しくはそれ以上、28若しくはそれ以上、29若しくはそれ以上、30若しくはそれ以上、31若しくはそれ以上、32若しくはそれ以上、33若しくはそれ以上、34若しくはそれ以上、35若しくはそれ以上、36若しくはそれ以上、38若しくはそれ以上、39若しくはそれ以上、又は40若しくはそれ以上のT細胞エピトープをコードする核酸配列を含む。一部の実施形態において、T細胞エピトープは、EBV由来のT細胞エピトープ（例えば、LMP2aエピトープ、EBNA3Aエピトープ、EBNA3Bエピトープ、EBNA1エピトープ、BZLF1エピトープ、及び/又はBMLF1エピトープ）を含む。一部の実施形態において、T細胞エピトープは、CMV由来のT細胞エピトープ（例えば、pp50エピトープ、p65エピトープ、IE-1エピトープ、及び/又はpp150エピトープ）を含む。一部の実施形態において、T細胞エピトープは、BKV由来のT細胞エピトープ（例えば、ラージT抗原エピトープエピトープ及び/又はVP1エピトープ）を含む。一部の実施形態において、T細胞エピトープは、ADV由来のT細胞エピトープ（例えば、ヘキソンタンパク質エピトープ、DNAポリメラーゼエピトープ、及び/又はDNA結合タンパク質エピトープ）を含む。
【００３４】
一部の実施形態において、本明細書において提供される核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、表1に提供されるT細胞エピトープをコードする核酸配列を含む。一部の実施形態において、核酸ベクター又は組換えアデノウイルス発現ベクターは、表1に列挙されるエピトープの全てを含む。一部の実施形態において、本明細書において提供される核酸分子及び/又は組換えアデノウイルスは、表1に列挙されるT細胞エピトープの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個を含む。
【００３５】
【表１】
2019520840.tif 000002
【００３６】
一部の実施形態では、本明細書に記載されている核酸分子を含むベクター（例えば、アデノウイルスベースの発現ベクター等）が本明細書において提供される。本明細書で使用するとき、用語「ベクター」とは、それに連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。ベクターの1つのタイプは「プラスミド」であり、追加のDNAセグメントがライゲートされ得る環状二本鎖DNAループを指す。別のタイプのベクターはウイルスベクターであり、追加のDNAセグメントはウイルスゲノムにライゲートされ得る。特定のベクターは、それらが導入される宿主細胞（例えば、細菌の複製起点を有する細菌ベクター、エピソーム哺乳動物ベクター）において自律的複製することができる。他のベクター（例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入時に宿主細胞のゲノムに組み込まれ、それにより宿主ゲノムとともに複製することができる。さらに、特定のベクターは、遺伝子の発現を指示することができる。このようなベクターは、本明細書において「組換え発現ベクター」（又は単に「発現ベクター」）と呼ばれる。一部の実施形態では、発現ベクター中で1つ以上の調節配列（例えば、プロモーター）に機能的に連結された核酸が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、細胞は、本明細書において提供される核酸を転写し、それにより本明細書に記載されている抗体、その抗原結合フラグメント又はペプチドを発現する。核酸分子は、細胞のゲノムに組み込まれ得、又はそれは染色体外にあり得る。
【００３７】
一部の実施形態では、本明細書において提供される核酸ベクター又は組換えアデノウイルスは、表1に列挙される少なくとも2つの異なるウイルス由来の2以上のエピトープからなる。一部の実施形態では、本明細書において提供される核酸ベクター又は組換えアデノウイルスは、表1に列挙されるエピトープを本質的にコードする。一部の実施形態では、本明細書において提供される核酸ベクター又は組換えアデノウイルスは、表1に列挙されたエピトープに加えて、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1個以下のアミノ酸をコードする。
【００３８】
一部の実施形態では、T細胞エピトープの配列は、1つ以上（例えば、1、2、3、4又は5個）の保存的配列修飾を除いて本明細書に提供されるエピトープ配列を含む。本明細書で使用するとき、用語「保存的配列修飾」は、TCRとMHC上に提示されるアミノ酸配列を含有するペプチドの間の相互作用に有意に影響しないか又はそれを変更しないアミノ酸修飾を指すことが意図される。このような保存的修飾には、アミノ酸の置換、付加（例えば、ペプチドのN末端又はC末端へのアミノ酸の付加）及び欠失（例えば、ペプチドのN末端又はC末端からのアミノ酸の欠失）が含まれる。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるものである。類似した側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該技術分野において定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、ベータ分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）及び芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。したがって、本明細書に記載されているペプチドの1つ以上のアミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーからの他のアミノ酸残基で置換することができ、変更されたペプチドは、当該技術分野において公知である方法を使用してTCR結合の保持について試験することができる。修飾は、当該技術分野において公知である標準的な技術、例えば、部位特異的突然変異誘発及びPCR媒介性突然変異誘発によって抗体に導入することができる。
【００３９】
キメラタンパク質又は融合タンパク質（例えばポリエピトープタンパク質）もまた本明細書で提供される。本明細書で使用するとき、「キメラタンパク質」又は「融合タンパク質」は、本質的に連結されていない別個のペプチドに連結された、本明細書において提供されるペプチド（例えば表1に列挙されるエピトープを含むペプチド）を含む。例えば、別個のペプチドは、ペプチドのN末端又はC末端に、ペプチド結合を介して直接的に、又は化学リンカーを介して間接的に融合することができる。一部の実施形態では、本明細書において提供されるペプチドは、他のT細胞エピトープを含むポリペプチドに連結される。一部の実施形態では、本明細書において提供されるペプチドは、他のウイルス性疾患及び/又は感染性疾患由来のエピトープを含むペプチドに連結される。一部の実施形態では、本明細書において提供されるポリエピトープは、がん関連エピトープをコードするペプチドに連結される。
【００４０】
本明細書において提供されるキメラペプチド又は融合ペプチドは、標準的な組換えDNA技術によって産生することができる。例えば、異なるペプチド配列をコードするDNA断片は、従来の技術に従って、例えば、ライゲーションのための平滑末端化又は突出末端化（stagger-ended）末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて付着端の補完、望ましくない接続を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、及び酵素ライゲーションを使用することによって、インフレームでライゲートされる。別の実施形態では、融合遺伝子は、自動DNA合成装置を含む従来の技術によって合成することができる。あるいは、遺伝子断片のPCR増幅は、2つの連続した遺伝子断片の間に相補的な突出部を生じさせるアンカープライマーを使用して行うことができ、その後、アニーリングし、再増幅してキメラ遺伝子配列を生成することができる（例えば、Current Protocols in Molecular Biology、Ausubelら編、John Wiley & Sons: 1992を参照されたい）。さらに、すでに融合部分をコードする多数の発現ベクターが市販されている。
【００４１】
一部の実施形態において、核酸ベクター又は組換えアデノウイルスは、コドン最適化を受けた核酸配列を含む。かかる実施形態において、コード配列は、そのコード配列をアセンブルするために使用される各核酸におけるコドンを変更することによって構築される。一般的には、ペプチドの製造のためのコドン用法を最適化するヌクレオチド配列を同定するための方法は、少なくとも以下のステップ（a）から（e）を含む。ステップ（a）において、その一部にコードされるアミノ酸について縮重形態のコドンを含む、ポリペプチドの一部をコードするオリゴマーを、重複配列を有する隣接コード配列をもたらすように伸長されたオリゴマーと共に提供する。ステップ（b）において、ペプチドのコード配列のアセンブルが起こるようにオリゴマーを処理する。再アセンブルされたペプチドを、制御配列と機能的に連結された発現系に含めてその発現を実行する。ステップ（c）において、発現系を適合性の宿主細胞の培養物にトランスフェクトする。ステップ（d）において、形質転換された宿主細胞から得られたコロニーを、ポリペプチドの製造レベルについて試験する。ステップ（e）において、最大の又は満足できるポリペプチドの生産を示す少なくとも1つのコロニーを発現系から得る。そのタンパク質をコードする発現系の部分の配列を決定する。コドン最適化のさらなる説明は、米国特許出願公開US2010/035768に提供されており、この全体を参照により本明細書に組み入れる。
【００４２】
一部の実施形態では、本明細書で提供される核酸ベクター、組換えアデノウイルス又はポリエピトープはワクチンの一部である。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ベクターで、例えば限定されるものではないが、細菌ベクター及び/又はウイルスベクターなどで対象に送達される。細菌ベクターの例としては、限定されるものではないが、ウシ型結核菌（Mycobacterium bovis）（BCG）、サルモネラ・ティフィムリウム・エスピー（Salmonella Typhimurium ssp.）、チフス菌（Salmonella Typhi ssp.）、クロストリジウム・エスピー（Clostridium sp.）胞子、大腸菌（Escherichia coli）Nissle 1917、大腸菌K-12/LLO、リステリア・モノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）、及びシゲラ・フレックスネリ（Shigella flexneri）が挙げられる。ウイルスベクターの例としては、限定されるものではないが、ワクシニア、アデノウイルス、RNAウイルス（レプリコン）、ならびに複製欠損様アビポックス（avipox）、鶏痘（fowlpox）、カナリア痘（canarypox）、MVA及びアデノウイルスが挙げられる。
【００４３】
一部の実施形態では、本明細書に記載されている核酸ベクター又は組換えアデノウイルスを含有する細胞が本明細書において提供される。細胞は、例えば、原核生物、真核生物、哺乳動物、鳥類、マウス及び/又はヒトであり得る。一部の実施形態では、細胞は哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、細胞はHEK 293細胞である。一部の実施形態では、細胞はAPC（例えば、抗原提示T細胞、樹状細胞、B細胞、又はaK562細胞）である。本方法において、本明細書に記載されている核酸ベクター又は組換えアデノウイルスは、送達ビヒクルを伴わない核酸として、送達試薬と組み合わせて、細胞に投与することができる。一部の実施形態では、当該技術分野において公知である任意の核酸送達方法を、本明細書に記載されている方法において使用することができる。適した送達試薬としては、限定されないが、例えば、Mirus Transit TKO親油性試薬、リポフェクチン、リポフェクタミン、セルフェクチン、ポリカチオン（例えば、ポリリジン）、アテロコラーゲン、ナノプレックス及びリポソームが挙げられる。本明細書に記載されている方法の一部の実施形態では、リポソームが、細胞又は対象に核酸を送達するために使用される。本明細書に記載されている方法における使用に適したリポソームは、標準的な小胞形成脂質から形成することができ、これは、一般的に、中性又は負に荷電したリン脂質及びステロール、例えば、コレステロールを含む。脂質の選択は、一般的に、因子、例えば、所望のリポソームサイズ及び血流中のリポソームの半減期を考慮することによって導かれる。リポソームを調製するための種々の方法が公知であり、例えば、それらの開示全体が参照により本明細書に組み込まれるSzokaら、(1980)、Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 9:467、並びに米国特許第4,235,871号、同第4,501,728号、同第4,837,028号及び同第5,019,369号に記載されている。
【００４４】
細胞
一部の態様では、2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙された2つ以上のT細胞エピトープ）をMHC上に提示するAPCが本明細書において提供され、その2つ以上のT細胞エピトープは、少なくとも2つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）及び/又はアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、MHCはクラスI MHCである。一部の実施形態では、MHCはクラスII MHCである。一部の実施形態では、クラスI MHCは、HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F、HLA-g、HLA-K又はHLA-Lであるα鎖ポリペプチドを有する。一部の実施形態では、クラスII MHCは、HLA-DMA、HLA-DOA、HLA-DPA、HLA-DQA又はHLA-DRAであるα鎖ポリペプチドを有する。一部の実施形態では、クラスII MHCは、HLA-DMB、HLA-DOB、HLA-DPB、HLA-DQB又はHLA-DRBであるβ鎖ポリペプチドを有する。一部の実施形態では、APCは、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたエピトープの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個）を提示する。
【００４５】
一部の実施形態では、APCは、B細胞、抗原提示T細胞、樹状細胞、又は人工抗原提示細胞（例えば、aK562細胞）である。本プロセスで使用するための樹状細胞は、患者試料からPBMCを採取し、それらをプラスチックに付着させることによって調製することができる。一般的に、単球集団は留まり、他の全ての細胞を洗い流すことができる。次に、付着細胞集団をIL-4及びGM-CSFで分化させ、単球由来の樹状細胞を産生させる。これらの細胞は、IL-1β、IL-6、PGE-1及びTNF-α（樹状細胞の表面上の重要な共刺激分子をアップレギュレートする）の添加によって成熟され得、その後、本明細書に記載の組換えアデノウイルスと接触される。
【００４６】
いくつかの実施形態では、APCは、人工抗原提示細胞、例えばaK562細胞などである。いくつかの実施形態では、人工抗原提示細胞は、CD80、CD83、41BB-L及び/又はCD86を発現するように操作されている。aK562細胞などの人工抗原提示細胞の例は、米国特許出願公開第2003/0147869号（参照により本明細書に組み入れられる）に記載されている。
【００４７】
特定の態様において、本明細書に記載のT細胞エピトープをコードする核酸ベクター及び/若しくは組換えアデノウイルス並びに/又は本明細書に記載の核酸ベクター若しくは組換えアデノウイルスにより生成されるポリエピトープとAPCとを接触させることを含む、本明細書に記載の2つ以上のT細胞エピトープを提示するAPCの生成方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、APCは照射される。
【００４８】
一部の態様では、少なくとも2つの異なるウイルス由来のT細胞エピトープの2つ以上を認識するT細胞（例えば、CTL）を生成する、活性化する及び/又は増殖を誘導する方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、CTLは、本明細書において提供されるAPC（例えば、T細胞エピトープを含むペプチドを提示するAPC）とともに培養物中でインキュベートされる。一部の実施形態では、T細胞を含有する試料は、本明細書において提供されるAPCとともに2回以上インキュベートされる。一部の実施形態では、T細胞は、少なくとも1つのサイトカインの存在下でAPCとともにインキュベートされる。一部の実施形態では、サイトカインは、IL-4、IL-7及び/又はIL-15である。APCを使用してT細胞の増殖を誘導するための例示的な方法は、例えば、米国特許出願公開第2015/0017723号に提供され、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
【００４９】
一部の態様では、2つ以上のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたT細胞エピトープの2つ以上）を認識するT細胞受容体を集合的に含むCTLの集団が本明細書において提供され、ここで、該2つ以上のT細胞エピトープは、少なくとも2つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）及び/又はアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、エピトープはHLAクラスI拘束性T細胞エピトープである。一部の実施形態では、CTLの集団は、EBV由来のT細胞エピトープ（例えば、LMP2aエピトープ、EBNA3Aエピトープ、EBNA3Bエピトープ、EBNA1エピトープ、BZLF1エピトープ、及び/又はBMLF1エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、CMV由来のT細胞エピトープ（例えば、pp50エピトープ、pp65エピトープ、IE-1エピトープ、及び/又はpp150エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、BKV由来のT細胞エピトープ（例えば、ラージT抗原エピトープ及び/又はVP1エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、ADV由来のT細胞エピトープ（例えば、ヘキソンタンパク質エピトープ、DNAポリメラーゼエピトープ、及び/又はDNA結合タンパク質エピトープ）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、少なくとも3つ又は4つの異なるウイルス（例えば、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、ポリオーマBKウイルス（BKV）、及びアデノウイルス（ADV））由来のT細胞エピトープを認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、上述のウイルスの任意の組合せ由来及び/又は他のウイルス由来のT細胞エピトープを認識するT細胞受容体を集合的に含む。一部の実施形態では、CTLの集団は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個のT細胞エピトープ（例えば、表1に列挙されたエピトープの少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37又は38個）を認識するT細胞受容体を集合的に含む。
【００５０】
一部の態様では、本明細書に記載の核酸ベクター、本明細書に記載の核酸ベクターにより生成されるペプチド、マルチウイルス特異的CTL及び/又は本明細書において提供されるAPC（例えば、本明細書に記載の核酸ベクターを含む）と、薬学的に許容される担体とを含む組成物（例えば治療用組成物）が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、かかる組成物は、有効量の組成物を対象に投与することにより対象においてマルチウイルス特異的免疫をブーストするために養子免疫療法において使用される。一部の実施形態では、マルチウイルス特異的CTL及び/又はAPCは対象に対して自家ではない。一部の実施形態では、T細胞及び/又はAPCは対象に対して自家である。一部の実施形態では、T細胞及び/又はAPCは、対象に投与される前に細胞バンクに保存される。
【００５１】
医薬組成物
いくつかの態様では、本明細書に記載の核酸ベクター、組換えアデノウイルス、ポリエピトープタンパク質、CTL及び／又はAPCを含有する組成物（例えば、医薬組成物）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、組成物は、本明細書に提供されている複数の（例えば、2つ以上の）薬剤の組み合わせを含む。
【００５２】
一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物は、ワクチン組成物である。一部の実施形態では、医薬組成物は、アジュバントをさらに含む。本明細書で使用するとき、用語「アジュバント」は、患者又は対象における免疫学的又は生理学的応答に影響を及ぼす物質を広く指す。例えば、アジュバントは、経時的に又は腫瘍のような関心がある領域に対する抗原の存在を増加させ、抗原提示細胞抗原を吸収するのを助け、マクロファージ及びリンパ球を活性化し、並びにサイトカインの産生を支持し得る。免疫反応を変化させることによって、アジュバントは、より少ない用量の免疫相互作用剤が、特定の用量の免疫相互作用剤の有効性又は安全性を増加させることを可能にし得る。例えば、アジュバントは、T細胞の枯渇を防止し、したがって、特定の免疫相互作用剤の有効性又は安全性を増加させ得る。アジュバントの例には、限定されないが、免疫調節タンパク質、アジュバント65、α-GalCer、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β-グルカンペプチド、CpG DNA、GPI-0100、リピドA、リポ多糖類、リポバント（Lipovant）、モンタニド（Montanide）、N-アセチル-ムラミル-L-アラニル-D-イソグルタミン、Pam3CSK4、キイルA（quil A）及びジミコール酸トレハロースが含まれる。
【００５３】
治療方法
特定の態様において、本明細書に提供されている医薬組成物を対象に投与することを含む、対象におけるウイルス感染（例えば、EBV、CMV、BKV若しくはADV感染）及び/又はがんを処置又は予防する方法が、本明細書において提供される。
【００５４】
いくつかの実施形態において、対象においてウイルス感染（例えば、EBV、CMV、BKV若しくはADV感染）を処置又は予防する方法が本明細書において提供される。いくつかの実施形態では、処置される対象は免疫不全である。例えば、いくつかの実施形態では、対象はT細胞欠損症を有する。いくつかの実施形態では、対象は、白血病、リンパ腫又は多発性骨髄腫を有する。いくつかの実施形態では、対象は、HIVに感染している、及び/又はAIDSを有する。いくつかの実施形態では、対象は、組織、臓器及び/又は骨髄移植を受けている。いくつかの実施形態において、対象は免疫抑制剤を投与されている。いくつかの実施形態において、対象は化学療法を受けた及び/又は受けている。いくつかの実施形態では、対象は放射線療法を受けた及び/又は受けている。
【００５５】
一部の実施形態では、対象はがんを有する。一部の実施形態では、本明細書に記載されている方法は、任意の癌性又は前癌性腫瘍を処置するために使用され得る。一部の実施形態では、がんは、本明細書において提供されるT細胞エピトープ（例えば表1に列挙されたT細胞エピトープ）の1つ以上を発現する。一部の実施形態では、がんは固形腫瘍を含む。本明細書において提供される方法及び組成物によって処置され得るがんには、限定されないが、膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、結腸、食道、胃腸管、歯肉、頭部、腎臓、肝臓、肺、鼻咽頭、頚部、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌又は子宮由来のがん細胞が含まれる。加えて、がんは、特に、以下の組織学的タイプであり得るが、これらに限定されない:新生物、悪性;癌腫;癌腫、未分化;巨細胞癌及び紡錘細胞癌、小細胞癌、乳頭癌、扁平上皮癌、リンパ上皮癌、基底細胞癌、毛母癌、移行上皮癌、乳頭状移行上皮癌、腺癌、ガストリン産生腫瘍、悪性;胆管癌、肝細胞癌、肝細胞癌及び胆管癌の合併、索状腺癌、腺様嚢胞癌、腺腫性ポリープにおける腺癌、腺癌、家族性結腸ポリポーシス、固形癌、カルチノイド腫瘍、悪性;細気管支肺胞腺癌、乳頭状腺癌、色素嫌性癌、好酸性癌、好酸性腺癌、好塩基性癌、明細胞腺癌、顆粒細胞癌、濾胞腺癌、乳頭腺癌及び濾胞腺癌、非被包性硬化性癌、副腎皮質癌、類内膜癌、皮膚付属器癌、アポクリン腺癌、皮脂腺癌、耳垢腺癌、粘膜表皮癌、嚢胞腺癌、乳頭嚢胞腺癌、乳頭漿液性嚢胞腺癌、粘液性嚢胞腺癌、粘液性腺癌、印環細胞癌、浸潤性導管癌、髄様癌、小葉癌、炎症性癌、乳房のパジェット病、腺房細胞癌、腺扁平上皮癌、扁平上皮化生を伴う腺癌、悪性胸腺腫、悪性の卵巣間質腫、悪性莢膜細胞腫、悪性顆粒膜細胞腫、悪性男性ホルモン産生細胞腫、セルトリ細胞腫、悪性ライディッヒ細胞腫、悪性脂質細胞腫瘍、悪性傍神経節腫、悪性乳房外傍神経節腫、褐色細胞腫、血管球血管肉腫、悪性黒色腫、無色素性黒色腫、表在拡大型黒色腫、巨大色素性母斑における悪性黒色腫、類上皮細胞黒色腫、悪性青色母斑、肉腫、線維肉腫、悪性線維性組織球腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、胎児性横紋筋肉腫、胞巣状横紋筋肉腫、間質肉腫、悪性混合腫瘍、ミュラー管混合腫瘍、腎芽腫、肝芽腫、癌肉腫、悪性間葉腫、悪性ブレンナー腫瘍、悪性葉状腫瘍、滑膜肉腫、悪性中皮腫、未分化胚細胞腫、胎児性癌、悪性奇形腫、悪性卵巣甲状腺腫、絨毛癌、悪性中腎腫、血管肉腫、悪性血管内皮腫、カポジ肉腫、悪性血管外皮腫、リンパ管肉腫、骨肉腫、傍骨性骨肉腫、軟骨肉腫、悪性軟骨芽細胞腫、間葉性軟骨肉腫、骨巨細胞腫、ユーイング肉腫、悪性歯原性腫瘍、エナメル芽細胞歯牙肉腫、悪性エナメル上皮腫、エナメル芽細胞線維肉腫、悪性松果体腫、脊索腫、悪性神経膠腫、上衣腫、星状細胞腫、原形質性星状細胞腫、線維性星細胞腫、星状芽細胞腫、神経膠芽腫、乏突起細胞腫、乏突起膠芽細胞腫、原始神経外胚葉性、小脳肉腫、神経節芽細胞腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、嗅神経原性腫瘍、悪性髄膜腫、神経線維肉腫、悪性神経鞘腫、悪性顆粒細胞腫、悪性リンパ腫、ホジキン病、ホジキンリンパ腫、側肉芽腫、小リンパ球性悪性リンパ腫、びまん性大細胞悪性リンパ腫、濾胞性悪性リンパ腫、菌状��肉腫、他の指定される非ホジキンリンパ腫、悪性組織球増殖症、多発性骨髄腫、肥満細胞肉腫、免疫増殖性小腸疾患、白血病、リンパ性白血病、形質細胞白血病、赤白血病、リンパ肉腫細胞性白血病、骨髄性白血病、好塩基球性白血病、好酸球性白血病、単球性白血病、肥満細胞性白血病、巨核芽球性白血病、骨髄肉腫、並びにヘアリー細胞白血病。
【００５６】
いくつかの実施形態において、対象には免疫チェックポイント阻害剤も投与される。免疫チェックポイント阻害は、がん細胞が免疫反応を防止する又は下方調節するために生成することができるチェックポイントを阻害することを広く指す。免疫チェックポイントタンパク質の例としては、限定されるものではないが、CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、KIR、LAG3、TIM-3又はVISTAが挙げられる。免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質に結合し、これを阻害する抗体又はその抗原結合フラグメントであってもよい。免疫チェックポイント阻害剤の例としては、限定されるものではないが、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、AMP-224、AMP-514、STI-A1110、TSR-042、RG-7446、BMS-936559、MEDI-4736、MSB-0020718C、AUR-012及びSTI-A1010が挙げられる。
【００５７】
いくつかの実施形態において、本明細書に提供される組成物（例えば、本明細書に提供されるワクチン組成物）は、がん及び/又はウイルス感染を予防するために予防的に投与される。いくつかの実施形態では、ワクチンは腫瘍細胞増殖を阻害するために投与される。ワクチンは、患者におけるがん細胞又はウイルス感染細胞の検出の前又は後に投与することができる。腫瘍細胞増殖の阻害は、腫瘍細胞の増殖の阻止、停止、遅延、又は細胞の殺傷を指すと理解される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の核酸ベクター、組換えアデノウイルス、ポリエピトープ、CTL又はAPCを含むワクチンの投与後に、炎症誘発性応答が誘導される。炎症誘発性免疫反応は、炎症誘発性サイトカイン及び/又はケモカイン、例えばインターフェロンガンマ（IFN-γ）及び/又はインターロイキン2（IL-2）の産生を含む。炎症誘発性サイトカイン及びケモカインは当技術分野において周知である。
【００５８】
[実施例]
材料及び方法
マルチウイルスアデノウイルスベクター（Ad-MvP）の構築。CMV、EBV、ADV及びBKV由来のポリエピトープとしての32個の連続するHLAクラス-I拘束CD8+T細胞エピトープのアミノ酸配列（表1）を、ヒトユニバーサルコドン用法を使用してヌクレオチド配列に翻訳した。5'及び3'にそれぞれNhe I及びKpn I制限部位を有するポリエピトープをコードするヌクレオチド酸配列をpShuttle発現ベクターにクローニングした。増幅後、pShuttle由来の発現カセットをAd5F35発現ベクターにサブクローニングした。組換えAd5F35ベクターをヒト胎児腎HEK293細胞にトランスフェクトし、組換えアデノウイルス（Ad-MvPと呼ばれる）ストックをHEK293細胞中で産生させた（図1）。
【００５９】
マルチウイルス特異的T細胞のインビトロ拡大。末梢血単核細胞（PBMC）をフィコール勾配により末梢血から単離し、洗浄し、10％FBSを補充したRPMI-1640（増殖培地）に再懸濁するか、又は凍結ストックから再生し、少なくとも1時間、37℃で静置し、その後、T細胞アッセイに使用した。細胞は、2:1の応答細胞対刺激細胞の比率で、応答細胞と刺激細胞に分けた。刺激細胞にAd-MvPを10:1の感染多重度で1時間、37℃で感染させた。結合していないウイルス粒子を洗い流し、刺激細胞は、指示されたように異なるサイトカインの存在下で応答細胞と共培養された（インターロイキン-2、IL-2-  120IU/ml、IL-21-  30ng/ml、IL-7-  10ng/ml及び/又はIL-15-  10ng/ml）。3〜4日ごとに、培養物に、それぞれのサイトカインを含有する増殖培地を補充した。ウイルス特異的T細胞拡大は、細胞内サイトカインアッセイを使用して14日目に試験された。
【００６０】
細胞内サイトカインアッセイ及びフローサイトメトリーによるマルチウイルス特異的CTLの特徴付け。PBMC又は培養T細胞は、CMV、EBV、BKV又はADVタンパク質に由来する規定のHLAクラスI拘束性CD8+T細胞エピトープに対応する1μg/mlのペプチドで刺激され、CD107a抗体であるブレフェルジンA及びモネンシンの存在下で5時間インキュベートされた。CD8及びCD4について表面染色した後、細胞を固定し、cytofix/cytopermで透過処理し、IFNγ、IL-2及びTNFについて染色した。染色された細胞は、2％パラホルムアルデヒドを含有するPBSに再懸濁され、FACSDivaソフトウェアを装備するFACSCanto II又はLSR Fortessa（BD Biosciences）を使用して獲得された。獲得後の分析は、FlowJoソフトウェア（TreeStar）を使用して行われた。
【００６１】
HLAトランスジェニックマウスにおけるAd-MvP免疫。全ての動物免疫プロトコルは、QIMR Berghofer Medical Research Instituteの動物倫理委員会に従って実施された。HLA-A*02トランスジェニックマウス（HHD II）は、QIMR Berghoferの病原体のない動物施設で維持された。6〜8週齢の雌性マウスの3つの群（プラセボ、プライム、プライム・ブースト）に50μlのPBS又は50μlのAd-MvP（1×109pfu/mL）を筋肉内注射した。ブースト用量は、21日目にプライム・ブースト群に与えられた。マウスを50日目に屠殺し、全群からの脾細胞をインビトロでBKV、ADV、CMV又はEBV特異的HLA-A*02拘束性ペプチドプールで刺激した。脾細胞を37℃、10％CO2で10日間、24ウェルプレートで培養した。3日目及び6日目に、培養物に、組換えIL-2を含有する増殖培地を補充した。T細胞特異性は、細胞内サイトカイン染色アッセイを使用して評価された。
【００６２】
EBVリンパ腫モデルにおけるマルチウイルス特異的T細胞の養子移入。230cGyの単回用量を照射された2群の成体（6〜10週齢）のNOD/SCIDマウスは、マウスあたり107個のEBV形質転換されたリンパ芽球細胞（LCL）を皮下生着させた。腫瘍増殖は、ノギスを使用して、2〜3日ごとにモニターした。LCL生着の6日後、マウスを偽処置するか、又は2×107個のAd-MvP拡大させたT細胞を注入した。これらのインビトロで拡大させたT細胞には、EBV、CMV、ADV、及びBKV特異的T細胞が含まれた。腫瘍量は、養子T細胞療法後にモニターし、腫瘍体積が1000m3に達したときにマウスを屠殺した。
【００６３】
統計分析。Ad-MvP拡大された自己又は同種異系の抗原特異的T細胞で処置されたマウスと偽処置マウスの間の群の差は、予測因子としての時間、群並びに時間と群の相互作用を用いた線形混合効果モデルによって評価された。
【００６４】
[実施例1]
例示的な核酸ベクター（Ad-MvP）による単回刺激は移植レシピエント由来の多機能性マルチウイルス特異的T細胞を拡大させるのに十分である
移植レシピエントに対するAd-MvP抗原提示系（図1）の潜在的な応用を探求するために、進行中の再発性ウイルス再活性化/疾患（CMV、EBV又はBKV）又はその過去の病歴を有するSOTレシピエントのコホートを募集した。SOT患者の臨床的特徴を表2に見出すことができる。
【００６５】
【表２】
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【００６６】
これらのSOTレシピエント由来の末梢血単核細胞（PMBC）をAd-MvPで刺激した。Ad-MvPの構築のための概略図は図1に見出すことができる。BKV、ADV、CMV及びEBV由来の連続する32個のHLAクラスI拘束性CTLエピトープを含有するポリエピトープタンパク質をコードする合成DNA配列をpShuttleベクターにクローニングし、次にAd5F35発現ベクターにサブクローニングした。組換えAd5F35ベクターは、HEK293細胞にトランスフェクトすることにより感染性アデノウイルスへとパッケージングされ、組換えアデノウイルス（Ad-MvPと呼ばれる）は、反復凍結融解サイクルによって、トランスフェクト細胞から回収された。
【００６７】
これらのSOTレシピエント由来の末梢血単核細胞（PMBC）を感染多重度（MOI）10:1でAd-MvPで刺激し、次に14日間培養した。図2Aに提示された2人の異なる移植レシピエント由来の代表的なデータは、Ad-MvPによる単一刺激がADV、BKV、CMV及びEBVエピトープに特異的なT細胞の急速な拡大を誘導するのに十分であったことを示す。SOT33から拡大したT細胞は、CMV及びEBVに対して強い反応性を示したが、一方、SOT15から拡大したT細胞は、CMVに対してだけでなく、EBV、BKV及びADVに対しても強い反応性を示した。14人のSOTレシピエント由来のAd-MvP刺激後のT細胞拡大の包括的な要約を図2Bに提示する。これらの分析は、CMV、BKV、EBV及びADV特異的T細胞拡大がそれぞれSOT患者の86％、71％、86％及び29％で観察されたことを示した（図2B）。より重要なことに、これらのインビトロで拡大させたT細胞の大多数は、多機能プロファイルを示した（図2C）。まとめると、これらの研究は、Ad-MvPが移植レシピエント由来のマルチウイルス特異的T細胞を拡大させるのに非常に効率的であり、この拡大が根本的な免疫抑制又は進行中のウイルス再活性化/疾患によって影響されないことを示した。
【００６８】
[実施例2]
Ad-MvPを用いたマルチウイルス特異的T細胞のインビボプライミング
既存の記憶/エフェクターT細胞のインビトロでの拡大のためのツールとしてのAd-MvPの潜在的な用途に加えて、ヒト化マウスモデルはまた、血清陰性移植レシピエント/ドナーにおけるマルチウイルス特異的T細胞のインビボプライミングのためのこのベクターの有用性を調べるためにも使用された。HLA A*0201対立遺伝子を発現するヒト化トランスジェニックマウス（HHD IIマウスと呼ばれる）をAd-MvP（0.5×108pfu/マウス）で免疫し、次に1群を21日目に同用量でブーストした。免疫後の50日目に、これらのマウスを抗原特異的T細胞応答について評価した。エクスビボ分析は、EBVエピトープに対する強いT細胞応答、並びにCMV、BKV及びADV由来のエピトープに対する低い又は検出不可能な応答を明らかにしたが、抗原特異的T細胞の6〜240倍の増加がBKV、ADV、CMV又はEBV特異的HLA-A*0201拘束性ペプチドプールによるインビトロ刺激後に観察された（図3A）。Ad-MvPプライム単独及びプライム・ブースト免疫化後のHHD IIマウスにおける複数のHLA-A2拘束性T細胞応答の包括的な要約を図3Bに示す。この分析はまた、プライム単独とプライム・ブースト設定の両方において、EBV特異的T細胞応答がエクスビボ分析の主要な要素である一方で、抗原特異的T細胞の組成における有意な変化がインビトロ刺激後に観察されたことを示した。まとめると、これらの実験は、Ad-MvPベクターがインビボでマルチウイルス特異的T細胞を誘導するのに非常に効率的であることを明確に実証した。
【００６９】
[実施例3]
第三者のT細胞バンクのためのAd-MvPを用いた健康なドナー由来のマルチウイルス特異的T細胞の拡大
自己T細胞療法は、多数のSOTレシピエントを処置するのに首尾よく使用されてきたが、多くの患者は、重度のリンパ球減少症又は移植に関連した臨床的合併症のためにこの療法に適していない。ごく最近では、第三者の、HLAが適合したウイルス特異的T細胞療法は、自己細胞療法の優れた代替法として現れてきている。T細胞バンクを製造するための可能性のあるツールとしてAD-MvPを評価するために、健康なボランティアのパネル由来のPBMCは、10:1のMOIでAd-MvPに感染させた自己PBMCで刺激され、次に14日間培養された。20人の健康なドナー由来のAd-MvP刺激後のT細胞拡大の包括的な要約を図4Aに提示する。これらの分析は、全ての健康なドナー試料において、少なくとも3つの異なるウイルスに特異的なT細胞が検出されたことを示した。CMV、EBV、BKV及びADVに特異的なCD8+IFNγ+T細胞の平均拡大は、それぞれ33.83％、15.91％、1.70％及び1.12％であった。これらのインビトロ拡大されたエフェクター細胞の多機能プロファイリングは、CD107a動員によって評価されるように、60〜80％のEBV、CMV、BKV及びADV特異的T細胞が、IFNγ、TNF及び/又はIL-2の同時発現を強い細胞傷害能とともに示すことを示した（図4B）。
【００７０】
マルチウイルス特異的T細胞の最適収量に必要とされる培養条件をさらに洗練するために、T細胞拡大能は、IL-2単独による標準的な補充と比較して、異なるサイトカインの組合せの存在下で評価された。健康なドナー由来のPBMCはA-MvPで刺激され、IL-2、IL-21、IL-7及び/又はIL-15/IL-7の組合せの存在下で拡大された。細胞をIL-21及びIL-15と組み合わせたIL-2の存在下で培養した場合、全体的なT細胞拡大及び多機能プロファイルはわずかに改善されたが、IL-2単独におけるT細胞拡大と比較した場合、統計的有意差はなかった（図4C及びD）。
【００７１】
[実施例4]
Ad-MvP拡大させたT細胞を用いた自己及び同種異系の養子免疫療法
Ad-MvPベクターのインビトロ及びインビボ免疫原性を確立したので、次の一連の実験は、EBV関連リンパ腫のヒト化マウスモデルにおけるAd-MvPベクターの潜在的な治療的適用を評価するために設計された。1群の免疫不全NOD/SCIDマウスは、EBV形質転換LCLを生着させた（ドナーコード:D01;HLA A1、A11、B8及びB35）。D01由来の自己T細胞は、Ad-MvPを使用して拡大され、これは、3つのEBVエピトープ（HLA B8及びB35拘束性）並びにCMV及びADVに特異的なCD8+T細胞を含んだ（図5A）。EBVリンパ腫誘導後の6日目に、マウスは、自己Ad-MvP拡大されたT細胞の単回注射で養子処置された。図5B及びCに提示されたデータは、養子免疫療法後、偽処置マウスと比較した場合、Ad-MvP拡大された自己T細胞で処置されたマウスにおいて、リンパ腫増殖の有意な遅延が観察されたことを示している（p=0.033）。同種異系抗原特異的T細胞療法のより広い適用性を考慮して、HLA適合ドナー（ドナーコード:D055;HLA A1、A2、B8及びB40）由来のAd-MvP拡大されたT細胞の治療効能を評価した。D055由来の拡大されたT細胞は、HLA B8及びHLA A2を介して拘束されたCMV、ADV、及び4つのEBVエピトープに特異的なT細胞を含んだ。HLA B8拘束性エピトープ（FLR及びRAK）に特異的なT細胞は、NOD/SCIDマウスにおいてEBVリンパ腫に適合した（図5D、p=0.0065）。同種異系マルチウイルス特異的T細胞で処置された担腫瘍マウスはまた、有意に遅延した腫瘍増殖を示した（図5E及び5F）。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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