【手続補正書】
【提出日】令和3年12月3日(2021.12.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターであって、
隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含み、少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードする、ｃｅＤＮＡベクター。
【請求項２】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼ、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ガイドＤＮＡ（ｇＤＮＡ）、およびアクチベーターＲＮＡから選択される、請求項１に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項３】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、請求項２に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項４】
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、請求項３に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項５】
前記配列特異的ヌクレアーゼが、核酸誘導型ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、メガヌクレアーゼ、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはｍｅｇａＴＡＬから選択される、請求項４に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項６】
前記配列特異的ヌクレアーゼが、一塩基エディター、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼ、およびＤＮＡ誘導型ヌクレアーゼから選択される核酸誘導型ヌクレアーゼである、請求項５に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項７】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ｇＲＮＡまたはｇＤＮＡである、請求項２または請求項６に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項８】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、アクチベーターＲＮＡである、請求項２、６、または７のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項９】
前記核酸誘導型ヌクレアーゼが、ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼである、請求項６〜８のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡ。
【請求項１０】
前記ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼが、Ｃａｓヌクレアーゼである、請求項９に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１１】
前記少なくとも１つの遺伝子編集分子が、第１のガイドＲＮＡおよび第２のガイドＲＮＡを含む、請求項６〜１０のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１２】
前記ｇＲＮＡが、スプライスアクセプターまたはスプライスドナー部位を標的とする、請求項７〜１０のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１３】
前記隣接するＩＴＲが、対称または非対称である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１４】
前記隣接するＩＴＲが、非対称であり、前記ＩＴＲのうちの少なくとも１つが、野生型ＡＡＶ  ＩＴＲ配列から、前記ＩＴＲの全体的な３次元コンフォメーションに影響を与える欠失、付加、または置換によって変更されている、請求項１３に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１５】
前記隣接するＩＴＲのうちの１つ以上が、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、およびＡＡＶ１２から選択されるＡＡＶ血清型に由来する、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１６】
前記ＩＴＲのうちの１つ以上が、合成のものである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１７】
前記ＩＴＲのうちの１つ以上が、野生型ＩＴＲではない、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１８】
前記ＩＴＲのうちの１つ以上両方が、Ａ、Ａ’、Ｂ、Ｂ’、Ｃ、Ｃ’、Ｄ、およびＤ’から選択されるＩＴＲ領域のうちの少なくとも１つにおける欠失、挿入、および／または置換によって修飾されている、請求項１〜１７のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
【請求項１９】
ゲノム編集のためのインビトロの方法であって、
細胞を遺伝子編集系と接触させることを含み、前記遺伝子編集系の１つ以上の構成成分が、前記細胞を、隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）の間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含む非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターと接触させることによって前記細胞に送達され、少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードする、方法。
【請求項２０】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼ、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ガイドＤＮＡ（ｇＤＮＡ）、およびアクチベーターＲＮＡから選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記配列特異的ヌクレアーゼが、核酸誘導型ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、メガヌクレアーゼ、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはｍｅｇａＴＡＬから選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記配列特異的ヌクレアーゼが、一塩基エディター、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼ、およびＤＮＡ誘導型ヌクレアーゼから選択される核酸誘導型ヌクレアーゼである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ｇＲＮＡまたはｇＤＮＡである、請求項１９または２４に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、アクチベーターＲＮＡである、請求項１９、２４、または２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記核酸誘導型ヌクレアーゼが、ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼである、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼが、Ｃａｓヌクレアーゼである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
対象中の標的遺伝子の編集における使用のための、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の有効量の非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡベクター）を含む、医薬組成物。
【請求項３０】
前記標的遺伝子が、１つ以上のガイドＲＮＡ配列を使用して標的化され、相同性指向修復（ＨＤＲ）ドナーテンプレートの存在下でＨＤＲにより編集される遺伝子である、請求項２９に記載の医薬組成物。
【請求項３１】
前記標的遺伝子が、１つのガイドＲＮＡ配列を使用して標的化され、前記標的遺伝子が、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）によって編集される、請求項２９〜３０のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項３２】
前記組成物が、疾患に関連する一塩基多型（ＳＮＰ）を訂正するため使用される、請求項２９〜３１のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項３３】
前記疾患が、鎌状赤血球貧血、遺伝性ヘモクロマトーシス、または癌遺伝性失明を含む、請求項３２に記載の医薬組成物。
【請求項３４】
少なくとも２つの異なるＣａｓタンパク質が、前記ｃｅＤＮＡベクターに存在し、前記Ｃａｓタンパク質のうちの１つが、触媒的に不活性（Ｃａｓ−ｉ）であり、前記Ｃａｓ−Ｉに関連する前記ガイドＲＮＡが、前記標的細胞の前記プロモーターを標的とし、前記Ｃａｓ−Ｉをコードする前記ＤＮＡが、誘導性プロモーターの制御下にあるため、所望の時点で前記標的遺伝子の前記発現を止めることができる、請求項１９〜２８のいずれかに記載の方法、または請求項２９〜３３のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項３５】
細胞をＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集系と接触させることを含む、細胞の標的遺伝子における単一ヌクレオチド塩基対を編集するためのインビトロの方法であって、前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集系の１つ以上の構成成分が、前記細胞を非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクター組成物と接触させることによって前記細胞に送達され、
前記ｃｅＤＮＡベクターから発現された前記Ｃａｓタンパク質が、触媒的に不活性であり、塩基編集部分に融合されており、
前記方法が、前記標的遺伝子の発現を調整するのに十分な条件下、かつそのために十分な時間にわたって実施される、方法。
【請求項３６】
前記ｃｅＤＮＡベクターが、請求項１〜１８のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記触媒的に不活性なＣａｓタンパク質が、ｄＣａｓ９である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記細胞が、Ｔ細胞またはＣＤ３４＋である、請求項１９〜２８もしくは３４〜３７のいずれかに記載の方法、または請求項２９〜３４のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項３９】
産生された細胞を、それを必要とする対象に投与することをさらに含む、請求項１９〜２８、または３５〜３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
細胞における２つ以上の標的遺伝子の発現を調整するインビトロの方法であって、
（ｉｖ）隣接する末端反復（ＴＲ）配列、および２つ以上の標的遺伝子に相補的な少なくとも２つのガイドＲＮＡをコードする核酸配列を含むベクターを含む第１の組成物であって、前記ベクターが、非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターである、第１の組成物と、
（ｖ）隣接する末端反復（ＴＲ）配列、および各々がガイドＲＮＡと関連し、２つ以上の標的遺伝子に結合する少なくとも２つの触媒的に不活性なＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする核酸配列を含むベクターを含む第２の組成物であって、前記ベクターが、非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターである、第２の組成物と、
（ｖｉ）隣接する末端反復（ＴＲ）配列、および少なくとも２つの転写調節因子タンパク質またはドメインをコードする核酸配列を含むベクターを含む第３の組成物であって、前記ベクターが、非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターである、第３の組成物と、を前記細胞に導入することを含み、
前記少なくとも２つのガイドＲＮＡ、前記少なくとも２つの触媒的に不活性なＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ、および少なくとも２つの転写調節因子タンパク質またはドメインが、前記細胞で発現され、
ガイドＲＮＡ、触媒的に不活性なＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ、転写調節因子タンパク質またはドメイン、および標的遺伝子の間で２つ以上の共局在複合体が形成され、
前記転写調節因子タンパク質またはドメインが、少なくとも２つの標的遺伝子の発現を調節する、方法。
【請求項４１】
核酸配列をゲノムセーフハーバー遺伝子に挿入するためのインビトロの方法であって、細胞を（ｉ）遺伝子編集系、および（ｉｉ）ゲノムセーフハーバー遺伝子に対する相同性を有し、関心対象のタンパク質をコードする核酸配列を含む相同性指向修復テンプレートと接触させることを含み、
前記遺伝子編集系の１つ以上の構成成分が、前記細胞を非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクター組成物と接触させることによって前記細胞に送達され、前記ｃｅＤＮＡ核酸ベクター組成物が、隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含み、少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードし、
前記方法が、関心対象のタンパク質をコードする前記核酸配列を前記ゲノムセーフハーバー遺伝子に挿入するのに十分な条件下、かつそのために十分な時間にわたって実施される、方法。
【請求項４２】
前記ゲノムセーフハーバー遺伝子が、高発現レベルでタンパク質を発現することが知られている少なくとも１つのコード配列に近い活性イントロンを含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記ゲノムセーフハーバー遺伝子が、アルブミン遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、ＡＡＶＳ１遺伝子座のうちのいずれか１つの中または近くの部位を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
細胞内の染色体上の挿入部位にドナー配列を挿入するためのキットであって、
ａ）
２つのＡＡＶ逆位末端反復（ＩＴＲ）、ならびに
５’相同性アーム、ドナー配列、および３’相同性アームを含む第１のヌクレオチド配列であって、前記ドナー配列が、遺伝子編集機能を有する、第１のヌクレオチド配列、
を含む、第１の非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターと、
（ｂ）
少なくとも１つのＡＡＶ  ＩＴＲ、および
少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードするヌクレオチド配列、
を含む、第２のｃｅＤＮＡベクターと、を含み、
前記第１のｃｅＤＮＡベクターでは、前記５’相同性アームが、前記染色体上の遺伝子編集分子の切断部位の上流の配列と相同であり、前記３’相同性アームが、前記染色体上の前記遺伝子編集分子切断部位の下流の配列と相同であり、前記５’相同性アームまたは前記３’相同性アームが、前記ＩＴＲの近位にある、キット。
【請求項４５】
前記遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、請求項４４に記載のキット。
【請求項４６】
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、請求項４５に記載のキット。
【請求項４７】
遺伝子疾患の治療において使用するための、第１のｃｅＤＮＡベクターおよび第２のｃｅＤＮＡベクターを含む医薬組成物であって、
ａ）前記第１の非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターが、少なくとも１つの逆位末端反復（ＩＴＲ）を有し、前記ｃｅＤＮＡベクターが、５’相同性アーム、ドナー配列、および３’相同性アームを含む第１の直鎖状核酸を含み、かつ、
ｂ）前記第２のｃｅＤＮＡベクターが、隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）の間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含み、前記少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、宿主生物の染色体上で、所定の挿入部位において、または隣接して前記染色体を切断する少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードし、ドナー配列が、相同組み換えによって前記挿入部位において、または隣接して前記染色体に挿入されるものである、医薬組成物。
【請求項４８】
前記遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、請求項４７に記載の医薬組成物。
【請求項４９】
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、請求項４８に記載の医薬組成物。
【請求項５０】
請求項１〜１８のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターを含む、細胞。
【請求項５１】
請求項１〜１８のいずれかに記載のベクターおよび脂質を含む、組成物。
【請求項５２】
前記脂質が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、請求項５１に記載の組成物。
【請求項５３】
請求項５１もしくは５２に記載の組成物、または請求項５０に記載の細胞を含む、キット。
【請求項５４】
核酸配列のゲノムセーフハーバー遺伝子への挿入において使用するための、
（ｉ）非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクター組成物を含む遺伝子編集系であって、前記ｃｅＤＮＡ核酸ベクター組成物が、隣接する逆位末端配列（ＩＴＲ）の間に少なくとも１つの異種核酸配列を含み、前記少なくとも１つの異種核酸配列が、少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードする、遺伝子編集系、および
（ｉｉ）ゲノムセーフハーバー遺伝子に対する相同性を有し、関心対象のタンパク質をコードする核酸配列を含む、相同性指向修復テンプレート
を含む、医薬組成物であって、
前記遺伝子編集系の１つ以上の構成成分が、前記非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクター組成物を細胞に接触させることで、前記細胞に送達されるものであり、
前記方法が、前記関心対象のタンパク質をコードする核酸配列を前記ゲノムセーフハーバー遺伝子に挿入するのに適した条件下、かつそのために十分な時間にわたって実施される、医薬組成物。
【請求項５５】
前記ゲノムセーフハーバー遺伝子が、高発現レベルでタンパク質を発現することが知られている少なくとも１つのコード配列に近い活性イントロンを含む、請求項５４に記載の医薬組成物。
【請求項５６】
前記ゲノムセーフハーバー遺伝子が、アルブミン遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、ＡＡＶＳ１遺伝子座のうちのいずれか１つの中のまたは近くの部位を含む、請求項５４に記載の医薬組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０７３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０７３４】
参考文献
特許および特許出願を含むがこれらに限定されない、本明細書および本明細書の実施例で引用されるすべての刊行物および参考文献は、あたかも個々の刊行物または参考文献が、完全に記載されるように参照により本明細書に組み込まれることが具体的かつ個別に示されるかのように、それら全体が参照により組み込まれる。この出願が優先権を主張する任意の特許出願もまた、刊行物および参考文献について上述した方法で、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターであって、
隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含み、少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードする、ｃｅＤＮＡベクター。
（項目２）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼ、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ガイドＤＮＡ（ｇＤＮＡ）、およびアクチベーターＲＮＡから選択される、項目１に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、項目２に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４）
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、項目３に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５）
前記配列特異的ヌクレアーゼが、核酸誘導型ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、メガヌクレアーゼ、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはｍｅｇａＴＡＬから選択される、項目４に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６）
前記配列特異的ヌクレアーゼが、一塩基エディター、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼ、およびＤＮＡ誘導型ヌクレアーゼから選択される核酸誘導型ヌクレアーゼである、項目５に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目７）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ｇＲＮＡまたはｇＤＮＡである、項目２または項目６に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目８）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、アクチベーターＲＮＡである、項目２、６、または７に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目９）
前記核酸誘導型ヌクレアーゼが、ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼである、項目６〜８のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡ。
（項目１０）
前記ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼが、Ｃａｓヌクレアーゼである、項目９に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１１）
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、Ｃａｓ９、ニッキングＣａｓ９（ｎＣａｓ９）、および不活性化Ｃａｓ（ｄＣａｓ）から選択される、項目１０に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１２）
前記ｎＣａｓ９が、ＣａｓのＨＮＨまたはＲｕＶｃドメインに突然変異を含む、項目１１に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１３）
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、標的遺伝子のプロモーター領域を標的とするｇＲＮＡと複合体を形成する不活性化Ｃａｓヌクレアーゼ（ｄＣａｓ）である、項目１１に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１４）
ＫＲＡＢエフェクタードメインをさらに含む、項目１３に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１５）
前記ｄＣａｓが、プロモーター領域に向けられ得る異種転写活性化ドメインに融合される、項目１３または項目１４に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１６）
前記ｄＣａｓ融合が、標的遺伝子の発現を上方調節するために追加のトランス活性化ドメインを動員するガイドＲＮＡによって前記標的遺伝子のプロモーター領域に向けられる、項目１５に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１７）
前記ｄＣａｓが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ｄＣａｓ９である、請
求項１３〜１６のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１８）
前記ガイドＲＮＡ配列が、標的遺伝子のプロモーターを標的とし、ＣＲＩＳＰＲが、前記標的遺伝子をサイレンシングする（ＣＲＩＳＰＲｉ系）、項目７〜１７のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目１９）
前記ガイドＲＮＡ配列が、標的遺伝子の転写開始部位を標的とし、前記標的遺伝子を活性化する（ＣＲＩＳＰＲａ系）、項目７〜１７のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２０）
前記少なくとも１つの遺伝子編集分子が、第１のガイドＲＮＡおよび第２のガイドＲＮＡを含む、項目６〜１９のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２１）
前記ｇＲＮＡが、スプライスアクセプターまたはスプライスドナー部位を標的とする、項目７〜２０のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２２）
前記スプライスアクセプターまたはスプライスドナー部位を標的とすることが、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）および欠陥遺伝子の訂正をもたらす、項目２１に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２３）
前記ベクターが、１つのガイドＲＮＡ配列の複数のコピーをコードする、項目７〜２２のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２４）
第１の異種ヌクレオチド配列が、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列に操作可能に連結された第１の調節配列を含む、項目１〜２３のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２５）
前記第１の調節配列が、プロモーターを含む、項目２４に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２６）
前記プロモーターが、ＣＡＧ、Ｐｏｌ  ＩＩＩ、Ｕ６、またはＨ１である、項目２５に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２７）
前記第１の調節配列が、モジュレーターを含む、項目２４〜２６のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２８）
前記モジュレーターが、エンハンサーおよびリプレッサーから選択される、項目２７に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目２９）
前記第１の異種ヌクレオチド配列が、前記ヌクレアーゼをコードする前記ヌクレオチド配列の上流にイントロン配列を含み、前記イントロン配列が、ヌクレアーゼ切断部位を含む、項目２４〜２８のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３０）
第２の異種ヌクレオチド配列が、ガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列に操作可能に連結された第２の調節配列を含む、項目１〜２９のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３１）
前記第２の調節配列が、プロモーターを含む、項目３０に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３２）
前記プロモーターが、ＣＡＧ、Ｐｏｌ  ＩＩＩ、Ｕ６、またはＨ１である、項目３１に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３３）
前記第２の調節配列が、モジュレーターを含む、項目３０〜３２のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３４）
前記モジュレーターが、エンハンサーおよびリプレッサーから選択される、項目３３に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３５）
第３の異種ヌクレオチド配列が、アクチベーターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列に操作可能に連結された第３の調節配列を含む、項目１〜３４のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３６）
前記第３の調節配列が、プロモーターを含む、項目３５に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３７）
前記プロモーターが、ＣＡＧ、Ｐｏｌ  ＩＩＩ、Ｕ６、またはＨ１である、項目３６に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３８）
前記第３の調節配列が、モジュレーターを含む、項目３５〜３７のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目３９）
前記モジュレーターが、エンハンサーおよびリプレッサーから選択される、項目３８に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４０）
前記ｃｅＤＮＡベクターが、標的核酸配列に対する５’相同性アームおよび３’相同性アームを含む、項目１〜３９のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４１）
前記５’相同性アームおよび前記３’相同性アームが各々、約２５０〜２０００ｂｐである、項目４０に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４２）
前記５’相同性アームおよび／または前記３’相同性アームが、ＩＴＲの近位にある、項目４０または項目４１に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４３）
少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にある、項目４０〜４２のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４４）
前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にある前記少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、標的遺伝子を含む、項目４３に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４５）
遺伝子編集分子をコードする前記ｃｅＤＮＡベクター少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にはない、項目４０〜４４のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４６）
遺伝子編集分子をコードする前記異種ヌクレオチド配列のいずれも、前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にはない、項目４５に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４７）
前記５’相同性アームの上流に第１のエンドヌクレアーゼ制限部位を含み、かつ／または前記３’相同性アームの下流に第２のエンドヌクレアーゼ制限部位を含む、項目４０〜４６のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４８）
前記第１のエンドヌクレアーゼ制限部位および前記第２のエンドヌクレアーゼ制限部位が、同じ制限エンドヌクレアーゼ部位である、項目４７に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目４９）
少なくとも１つのエンドヌクレアーゼ制限部位が、同じく前記ｃｅＤＮＡベクター上にコードされるエンドヌクレアーゼによって切断される、項目４７または項目４８に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５０）
１つ以上のポリＡ部位をさらに含む、項目４０〜４９のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５１）
導入遺伝子調節エレメント、ならびに下流にありかつ前記３’相同性アームに近接する、および／または上流にありかつ前記５’相同性アームに近接するポリＡ部位のうちの少なくとも１つを含む、項目４０〜５０のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５２）
上流にありかつ前記３’相同性アームに近接する２Ａおよび選択マーカー部位を含む、項目４０〜５１のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５３）
前記５’相同性アームが、染色体上のヌクレアーゼ切断部位の上流のヌクレオチド配列と相同である、項目４０〜５２のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５４）
前記３’相同性アームが、染色体上のヌクレアーゼ切断部位の下流のヌクレオチド配列と相同である、項目４０〜５３のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５５）
相同組み換えのエンハンサーをコードする異種ヌクレオチド配列を含む、項目１〜５４のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５６）
相同組み換えの前記エンハンサーが、ＳＶ４０後期ポリＡシグナル上流エンハンサー配列、サイトメガロウイルス初期エンハンサーエレメント、ＲＳＶエンハンサー、およびＣＭＶエンハンサーから選択される、項目５５に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５７）
少なくとも１つのＩＴＲが、機能性末端分解部位およびＲｅｐ結合部位を含む、項目１〜５６のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５８）
前記隣接するＩＴＲが、対称または非対称である、項目１〜５７のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目５９）
前記隣接するＩＴＲが、非対称であり、前記ＩＴＲのうちの少なくとも１つが、野生型ＡＡＶ  ＩＴＲ配列から、前記ＩＴＲの全体的な３次元コンフォメーションに影響を与える欠失、付加、または置換によって変更されている、項目５８に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６０）
少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、ｃＤＮＡである、項目１〜５９のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６１）
前記隣接するＩＴＲのうちの１つ以上が、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、およびＡＡＶ１２から選択されるＡＡＶ血清型に由来する、項目１〜６０に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６２）
前記ＩＴＲのうちの１つ以上が、合成のものである、項目１〜６１のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６３）
前記ＩＴＲのうちの１つ以上が、野生型ＩＴＲではない、項目１〜６２のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６４）
前記ＩＴＲのうちの１つ以上両方が、Ａ、Ａ’、Ｂ、Ｂ’、Ｃ、Ｃ’、Ｄ、およびＤ’から選択されるＩＴＲ領域のうちの少なくとも１つにおける欠失、挿入、および／または置換によって修飾されている、項目１〜６３のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６５）
前記欠失、挿入、および／または置換が、通常はＡ、Ａ’、Ｂ、Ｂ’、Ｃ、またはＣ’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、項目６４に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６６）
前記ＩＴＲが、対称である、項目１〜５８または５６〜６５のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６７）
前記ＩＴＲが、野生型である、項目１〜５８、６０、６１、および６６のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６８）
両方のＩＴＲが、前記ＩＴＲが互いに対して反転されたときに全体的な３次元対称性をもたらすように変更されている、項目１〜６６のいずれか一項に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目６９）
前記変更が、Ａ、Ａ’、Ｂ、Ｂ’、Ｃ、Ｃ’、Ｄ、およびＤ’から選択される前記ＩＴＲ領域における欠失、挿入、および／または置換である、項目６８に記載のｃｅＤＮＡベクター。
（項目７０）
ゲノム編集のための方法であって、
細胞を遺伝子編集系と接触させることを含み、前記遺伝子編集系の１つ以上の構成成分が、前記細胞を、隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）の間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含む非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターと接触させることによって前記細胞に送達され、少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードする、方法。
（項目７１）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼ、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ガイドＤＮＡ（ｇＤＮＡ）、およびアクチベーターＲＮＡから選択される、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記配列特異的ヌクレアーゼが、核酸誘導型ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、メガヌクレアーゼ、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはｍｅｇａＴＡＬから選択される、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記配列特異的ヌクレアーゼが、一塩基エディター、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼ、およびＤＮＡ誘導型ヌクレアーゼから選択される核酸誘導型ヌクレアーゼである、項目７３に記載の方法。
（項目７６）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、ｇＲＮＡまたはｇＤＮＡである、項目７０または７５に記載の方法。
（項目７７）
少なくとも１つの遺伝子編集分子が、アクチベーターＲＮＡである、項目７０、７５、または７６に記載の方法。
（項目７８）
前記核酸誘導型ヌクレアーゼが、ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼである、方法７４〜７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼが、Ｃａｓヌクレアーゼである、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、Ｃａｓ９、ニッキングＣａｓ９（ｎＣａｓ９）、および不活性化Ｃａｓ（ｄＣａｓ）から選択される、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記ｎＣａｓ９が、ＣａｓのＨＮＨまたはＲｕＶｃドメインに突然変異を含む、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記Ｃａｓヌクレアーゼが、標的遺伝子のプロモーター領域を標的とするｇＲＮＡと複合体を形成する不活性化Ｃａｓヌクレアーゼ（ｄＣａｓ）である、項目８０に記載の方法。
（項目８３）
ＫＲＡＢエフェクタードメインをさらに含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記ｄＣａｓが、プロモーター領域に向けられ得る異種転写活性化ドメインに融合される、項目８２または８３に記載の方法。
（項目８５）
前記ｄＣａｓ融合が、標的遺伝子の発現を上方調節するために追加のトランス活性化ドメインを動員するガイドＲＮＡによって前記標的遺伝子のプロモーター領域に向けられる、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記ｄＣａｓが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ｄＣａｓ９である、項目８２〜８５のいずれかに記載の方法。
（項目８７）
前記ガイドＲＮＡ配列が、標的遺伝子のプロモーターを標的とし、ＣＲＩＳＰＲが、前記標的遺伝子をサイレンシングする（ＣＲＩＳＰＲｉ系）、項目７８〜８６のいずれかに記載の方法。
（項目８８）
前記ガイドＲＮＡ配列が、標的遺伝子の転写開始部位を標的とし、前記標的遺伝子を活性化する（ＣＲＩＳＰＲａ系）、項目７８〜８６のいずれかに記載の方法。
（項目８９）
前記少なくとも１つの遺伝子編集分子が、第１のガイドＲＮＡおよび第２のガイドＲＮＡを含む、項目７６〜８８のいずれかに記載の方法。
（項目９０）
前記ｇＲＮＡが、スプライスアクセプターまたはスプライスドナー部位を標的とする、項目７６〜８９のいずれかに記載の方法。
（項目９１）
前記スプライスアクセプターまたはスプライスドナー部位を標的とすることが、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）および欠陥遺伝子の訂正をもたらす、項目２２に記載の方法。
（項目９２）
前記ベクターが、１つのガイドＲＮＡ配列の複数のコピーをコードする、項目７６〜９１に記載の方法。
（項目９３）
第１の異種ヌクレオチド配列が、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列に操作可能に連結された第１の調節配列を含む、項目７０〜９２のいずれかに記載の方法。
（項目９４）
前記第１の調節配列が、プロモーターを含む、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記プロモーターが、ＣＡＧ、Ｐｏｌ  ＩＩＩ、Ｕ６、またはＨ１である、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記第１の調節配列が、モジュレーターを含む、項目９３〜９５のいずれかに記載の方法。
（項目９７）
前記モジュレーターが、エンハンサーおよびリプレッサーから選択される、項目９６に記載の方法。
（項目９８）
前記第１の異種ヌクレオチド配列が、前記ヌクレアーゼをコードする前記ヌクレオチド配列の上流にイントロン配列を含み、前記イントロン配列が、ヌクレアーゼ切断部位を含む、項目９３〜９７のいずれかに記載の方法。
（項目９９）
第２の異種ヌクレオチド配列が、ガイドＲＮＡをコードするヌクレオチド配列に操作可能に連結された第２の調節配列を含む、項目７０〜９８のいずれかに記載の方法。
（項目１００）
前記第２の調節配列が、プロモーターを含む、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
前記プロモーターが、ＣＡＧ、Ｐｏｌ  ＩＩＩ、Ｕ６、またはＨ１である、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記第２の調節配列が、モジュレーターを含む、項目９９〜１０１のいずれかに記載の方法。
（項目１０３）
前記モジュレーターが、エンハンサーおよびリプレッサーから選択される、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
第３の異種ヌクレオチド配列が、アクチベーターＲＮＡをコードするヌクレオチド配列に操作可能に連結された第３の調節配列を含む、項目７０〜１０３のいずれかに記載の方法。
（項目１０５）
前記第３の調節配列が、プロモーターを含む、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記プロモーターが、ＣＡＧ、Ｐｏｌ  ＩＩＩ、Ｕ６、またはＨ１である、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
前記第３の調節配列が、モジュレーターを含む、項目１０４〜１０６のいずれかに記載の方法。
（項目１０８）
前記モジュレーターが、エンハンサーおよびリプレッサーから選択される、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
前記ｃｅＤＮＡベクターが、標的核酸配列に対する５’相同性アームおよび３’相同性アームを含む、項目７０〜１０８のいずれかに記載の方法。
（項目１１０）
前記５’相同性アームおよび前記３’相同性アームが各々、約２５０〜２０００ｂｐである、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記５’相同性アームおよび／または前記３’相同性アームが、ＩＴＲの近位にある、項目１０９または１１０に記載の方法。
（項目１１２）
少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にある、項目１０９〜１１１のいずれかに記載の方法。
（項目１１３）
前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にある前記少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、標的遺伝子を含む、項目１１２に記載の方法。
（項目１１４）
遺伝子編集分子をコードする前記ｃｅＤＮＡベクター少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にはない、項目１０９〜１１３に記載の方法。
（項目１１５）
遺伝子編集分子をコードする前記異種ヌクレオチド配列のいずれも、前記５’相同性アームと前記３’相同性アームとの間にはない、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
前記５’相同性アームの上流の第１のエンドヌクレアーゼ制限部位および／または前記３’相同性アームの下流の第２のエンドヌクレアーゼ制限部位を含む、項目１０９〜１１５に記載の方法。
（項目１１７）
前記第１のエンドヌクレアーゼ制限部位および前記第２のエンドヌクレアーゼ制限部位が、同じ制限エンドヌクレアーゼ部位である、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
少なくとも１つのエンドヌクレアーゼ制限部位が、同じく前記ｃｅＤＮＡベクター上にコードされるエンドヌクレアーゼによって切断される、項目１１６または１１７に記載の方法。
（項目１１９）
１つ以上のポリＡ部位をさらに含む、項目１０９〜１１８のいずれかに記載の方法。
（項目１２０）
導入遺伝子調節エレメント、および下流にありかつ前記３’相同性アームに近接する、および／または上流にありかつ前記５’相同性アームに近接するポリＡ部位のうちの少なくとも１つを含む、項目１０９〜１１９のいずれかに記載の方法。
（項目１２１）
上流にありかつ前記３’相同性アームに近接する２Ａおよび選択マーカー部位を含む、項目１０９〜１２０のいずれかに記載の方法。
（項目１２２）
前記５’相同性アームが、染色体上のヌクレアーゼ切断部位の上流のヌクレオチド配列と相同である、項目１０９〜１２１のいずれかに記載の方法。
（項目１２３）
前記３’相同性アームが、染色体上のヌクレアーゼ切断部位の下流のヌクレオチド配列と相同である、項目１０９〜１２２のいずれかに記載の方法。
（項目１２４）
相同組み換えのエンハンサーをコードする異種ヌクレオチド配列を含む、項目１０９〜１２３のいずれかに記載の方法。
（項目１２５）
相同組み換えの前記エンハンサーが、ＳＶ４０後期ポリＡシグナル上流エンハンサー配列、サイトメガロウイルス初期エンハンサーエレメント、ＲＳＶエンハンサー、およびＣＭＶエンハンサーから選択される、項目１２４に記載の方法。
（項目１２６）
少なくとも１つのＩＴＲが、機能性末端分解部位およびＲｅｐ結合部位を含む、項目７０〜１２５のいずれかに記載の方法。
（項目１２７）
前記隣接するＩＴＲが、対称または非対称である、項目７０〜１２６のいずれかに記載の方法。
（項目１２８）
前記隣接するＩＴＲが、非対称であり、前記ＩＴＲのうちの少なくとも１つが、野生型ＡＡＶ  ＩＴＲ配列から、前記ＩＴＲの全体的な３次元コンフォメーションに影響を与える欠失、付加、または置換によって変更されている、項目１２７に記載の方法。
（項目１２９）
少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、ｃＤＮＡである、項目７０〜１２８のいずれかに記載の方法。
（項目１３０）
前記隣接するＩＴＲのうちの１つ以上が、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、およびＡＡＶ１２から選択されるＡＡＶ血清型に由来する、項目７０〜１２９のいずれかに記載の方法。
（項目１３１）
前記ＩＴＲのうちの１つ以上が、合成のものである、項目７０〜１３０のいずれかに記載の方法。
（項目１３２）
前記ＩＴＲのうちの１つ以上が、野生型ＩＴＲではない、項目７０〜１３１のいずれかに記載の方法。
（項目１３３）
前記ＩＴＲのうちの１つ以上両方が、Ａ、Ａ’、Ｂ、Ｂ’、Ｃ、Ｃ’、Ｄ、およびＤ’から選択されるＩＴＲ領域のうちの少なくとも１つにおける欠失、挿入、および／または置換によって修飾されている、項目７０〜１３２のいずれかに記載の方法。
（項目１３４）
前記欠失、挿入、および／または置換が、通常はＡ、Ａ’、Ｂ、Ｂ’、Ｃ、またはＣ’領域によって形成されるステムループ構造の全部または一部の欠失をもたらす、項目１３３に記載の方法。
（項目１３５）
前記ＩＴＲが、対称である、項目７０〜１２７または１２９〜１３４のいずれかに記載の方法。
（項目１３６）
前記ＩＴＲが、野生型である、項目７０〜１２７または１２９〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３７）
両方のＩＴＲが、前記ＩＴＲが互いに対して反転されたときに全体的な３次元対称性をもたらすように変更されている、項目７０〜１３６のいずれかに記載の方法。
（項目１３８）
前記変更が、Ａ、Ａ’、Ｂ、Ｂ’、Ｃ、Ｃ’、Ｄ、およびＤ’から選択される前記ＩＴＲ領域における欠失、挿入、および／または置換である、項目１３７に記載の方法。
（項目１３９）
接触される前記細胞が、真核細胞である、項目７０〜１３８のいずれかに記載の方法。
（項目１４０）
前記ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼが、前記真核細胞における発現のためにコドン最適化される、項目８４〜１３９のいずれかに記載の方法。
（項目１４１）
前記Ｃａｓタンパク質が、前記真核細胞での発現のためにコドン最適化される、項目８４〜１４０のいずれかに記載の方法。
（項目１４２）
標的遺伝子を編集するのに適した条件下、かつそのために十分な時間にわたって、項目１〜６９のいずれか一項に記載の有効量の非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡベクター）を細胞に投与することを含む、ゲノム編集の方法。
（項目１４３）
前記標的遺伝子が、１つ以上のガイドＲＮＡ配列を使用して標的化され、相同性指向修復（ＨＤＲ）ドナーテンプレートの存在下でＨＤＲにより編集される遺伝子である、項目１１３〜１４２のいずれかに記載の方法。
（項目１４４）
前記標的遺伝子が、１つのガイドＲＮＡ配列を使用して標的化され、前記標的遺伝子が、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）によって編集される、項目１４２または１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記方法が、疾患に関連する一塩基多型（ＳＮＰ）を訂正するためにインビボで実施される、項目７０〜１４４のいずれかに記載の方法。
（項目１４６）
前記疾患が、鎌状赤血球貧血、遺伝性ヘモクロマトーシス、または癌遺伝性失明を含む、項目１４５に記載の方法。
（項目１４７）
少なくとも２つの異なるＣａｓタンパク質が、前記ｃｅＤＮＡベクターに存在し、前記Ｃａｓタンパク質のうちの１つが、触媒的に不活性（Ｃａｓ−ｉ）であり、前記Ｃａｓ−Ｉに関連する前記ガイドＲＮＡが、前記標的細胞の前記プロモーターを標的とし、前記Ｃａｓ−Ｉをコードする前記ＤＮＡが、誘導性プロモーターの制御下にあるため、所望の時点で前記標的遺伝子の前記発現を止めることができる、項目７０〜１４６のいずれかに記載の方法。
（項目１４８）
細胞をＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集系と接触させることを含む、細胞の標的遺伝子における単一ヌクレオチド塩基対を編集するための方法であって、前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集系の１つ以上の構成成分が、前記細胞を非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクター組成物と接触させることによって前記細胞に送達され、
前記ｃｅＤＮＡベクターから発現された前記Ｃａｓタンパク質が、触媒的に不活性であり、塩基編集部分に融合されており、
前記方法が、前記標的遺伝子の発現を調整するのに十分な条件下、かつそのために十分な時間にわたって実施される、方法。
（項目１４９）
前記ｃｅＤＮＡベクターが、項目１〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、項目１４８に記載の方法。
（項目１５０）
前記塩基編集部分が、一本鎖特異的シチジンデアミナーゼ、ウラシルグリコシラーゼ阻害剤、またはｔＲＮＡアデノシンデアミナーゼを含む、項目１４８に記載の方法。
（項目１５１）
前記触媒的に不活性なＣａｓタンパク質が、ｄＣａｓ９である、項目１４８に記載の方法。
（項目１５２）
前記細胞が、Ｔ細胞またはＣＤ３４＋である、項目７０〜１５１のいずれかに記載の方法。
（項目１５３）
前記標的遺伝子が、プログラム死タンパク質（ＰＤ１）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４（ＣＴＬＡ４）、または腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）をコードする、項目７０〜１５２のいずれかに記載の方法。
（項目１５４）
産生された細胞を、それを必要とする対象に投与することをさらに含む、項目７０〜１５３のいずれかに記載の方法。
（項目１５５）
治療を必要とする前記対象が、遺伝性疾患、ウイルス感染、細菌感染、癌、または自己免疫疾患を有する、項目１５４に記載の方法。
（項目１５６）
細胞における２つ以上の標的遺伝子の発現を調整する方法であって、
（ｉｖ）隣接する末端反復（ＴＲ）配列、および２つ以上の標的遺伝子に相補的な少なくとも２つのガイドＲＮＡをコードする核酸配列を含むベクターを含む第１の組成物であって、前記ベクターが、非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターである、第１の組成物と、
（ｖ）隣接する末端反復（ＴＲ）配列、および各々がガイドＲＮＡと関連し、２つ以上の標的遺伝子に結合する少なくとも２つの触媒的に不活性なＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする核酸配列を含むベクターを含む第２の組成物であって、前記ベクターが、非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターである、第２の組成物と、
（ｖｉ）隣接する末端反復（ＴＲ）配列、および少なくとも２つの転写調節因子タンパク質またはドメインをコードする核酸配列を含むベクターを含む第３の組成物であって、前記ベクターが、非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターである、第３の組成物と、を前記細胞に導入することを含み、
前記少なくとも２つのガイドＲＮＡ、前記少なくとも２つの触媒的に不活性なＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ、および少なくとも２つの転写調節因子タンパク質またはドメインが、前記細胞で発現され、
ガイドＲＮＡ、触媒的に不活性なＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ、転写調節因子タンパク質またはドメイン、および標的遺伝子の間で２つ以上の共局在複合体が形成され、
前記転写調節因子タンパク質またはドメインが、少なくとも２つの標的遺伝子の発現を調節する、方法。
（項目１５７）
前記第１の組成物の前記ｃｅＤＮＡベクターが、項目１〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターであり、前記第２の組成物の前記ｃｅＤＮＡベクターが、項目１〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターであり、前記第３の組成物が、項目１〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、項目１５６に記載の方法。
（項目１５８）
核酸配列をゲノムセーフハーバー遺伝子に挿入するための方法であって、細胞を（ｉ）遺伝子編集系、および（ｉｉ）ゲノムセーフハーバー遺伝子に対する相同性を有し、関心対象のタンパク質をコードする核酸配列を含む相同性指向修復テンプレートと接触させることを含み、
前記遺伝子編集系の１つ以上の構成成分が、前記細胞を非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクター組成物と接触させることによって前記細胞に送達され、前記ｃｅＤＮＡ核酸ベクター組成物が、隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含み、少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードし、
前記方法が、関心対象のタンパク質をコードする前記核酸配列を前記ゲノムセーフハーバー遺伝子に挿入するのに十分な条件下、かつそのために十分な時間にわたって実施される、方法。
（項目１５９）
前記ｃｅＤＮＡベクターが、項目１〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、項目１５８に記載の方法。
（項目１６０）
前記ゲノムセーフハーバー遺伝子が、高発現レベルでタンパク質を発現することが知られている少なくとも１つのコード配列に近い活性イントロンを含む、項目１５８に記載の方法。
（項目１６１）
前記ゲノムセーフハーバー遺伝子が、アルブミン遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、ＡＡＶＳ１遺伝子座のうちのいずれか１つの中または近くの部位を含む、項目１５８に記載の方法。
（項目１６２）
前記関心対象のタンパク質が、受容体、毒素、ホルモン、酵素、または細胞表面タンパク質である、項目１５８〜１６１のいずれかに記載の方法。
（項目１６３）
前記関心対象のタンパク質が、分泌タンパク質である、項目１６２に記載の方法。
（項目１６４）
前記関心対象のタンパク質が、第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）または第ＩＸ因子（ＦＩＸ）を含む、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
前記方法が、血友病Ａまたは血友病Ｂの治療のためにインビボで実施される、項目１６４に記載の方法。
（項目１６６）
宿主細胞内の染色体上の所定の挿入部位にドナー配列を挿入する方法であって、前記宿主細胞に項目１〜６９に記載のｃｅＤＮＡベクターを導入することを含み、前記ドナー配列が、相同組み換えによって前記挿入部位において、または隣接して前記染色体に挿入される、方法。
（項目１６７）
動物の染色体上の所定の挿入部位に挿入されたドナー配列を含む遺伝子操作された動物を生成する方法であって、ａ）項目１６７に記載の染色体上の前記所定の挿入部位に挿入された前記ドナー配列を有する細胞を生成することと、ｂ）ａ）によって生成された前記細胞を担体動物に導入して、前記遺伝子操作された動物を産生する、方法。
（項目１６８）
前記細胞が、接合体または多能性幹細胞である、項目１６７に記載の方法。
（項目１６９）
項目１６８に記載の方法によって生成された遺伝子操作された動物。
（項目１７０）
前記動物が、非ヒト動物である、項目１６９に記載の遺伝子操作された動物。
（項目１７１）
細胞内の染色体上の挿入部位にドナー配列を挿入するためのキットであって、
ａ）
２つのＡＡＶ逆位末端反復（ＩＴＲ）、ならびに
５’相同性アーム、ドナー配列、および３’相同性アームを含む第１のヌクレオチド配列であって、前記ドナー配列が、遺伝子編集機能を有する、第１のヌクレオチド配列、
を含む、第１の非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターと、
（ｂ）
少なくとも１つのＡＡＶ  ＩＴＲ、および
少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードするヌクレオチド配列、
を含む、第２のｃｅＤＮＡベクターと、を含み、
前記第１のｃｅＤＮＡベクターでは、前記５’相同性アームが、前記染色体上の遺伝子編集分子の切断部位の上流の配列と相同であり、前記３’相同性アームが、前記染色体上の前記遺伝子編集分子切断部位の下流の配列と相同であり、前記５’相同性アームまたは前記３’相同性アームが、前記ＩＴＲの近位にある、キット。
（項目１７２）
前記遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、項目１７１に記載の方法。
（項目１７３）
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、項目１７２に記載の方法。
（項目１７４）
前記第１のｃｅＤＮＡベクターが、項目１、４０〜５６、５７〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、項目１７１〜１７３のいずれかに記載の方法。
（項目１７５）
前記第２のｃｅＤＮＡベクターが、項目１〜３９または項目５７〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、項目１７１〜１７３のいずれかに記載の方法。
（項目１７６）
宿主細胞の染色体上の所定の挿入部位にドナー配列を挿入する方法であって、
ａ）少なくとも１つの逆位末端反復（ＩＴＲ）を有する第１の非ウイルス性カプシド不含閉端ＤＮＡ（ｃｅＤＮＡ）ベクターを前記宿主細胞に導入することであって、前記ｃｅＤＮＡベクターが、５’相同性アーム、ドナー配列、および３’相同性アームを含む第１の直鎖状核酸を含む、導入することと、
ｂ）隣接する逆位末端反復（ＩＴＲ）の間に少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列を含む第２のｃｅＤＮＡベクターを前記宿主細胞に導入することであって、少なくとも１つの異種ヌクレオチド配列が、前記挿入部位において、または隣接して前記染色体を切断する少なくとも１つの遺伝子編集分子をコードし、前記ドナー配列が、相同組み換えによって前記挿入部位において、または隣接して前記染色体に挿入される、導入することと、を含む、方法。
（項目１７７）
前記遺伝子編集分子が、ヌクレアーゼである、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
前記ヌクレアーゼが、配列特異的ヌクレアーゼである、項目１７７に記載の方法。
（項目１７９）
前記第１のｃｅＤＮＡベクターが、項目１、４０〜５６、５７〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、項目１７６〜１７８のいずれかに記載の方法。
（項目１８０）
前記第２のｃｅＤＮＡベクターが、項目１〜３９または項目５７〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターである、項目１７６〜１７９のいずれかに記載の方法。
（項目１８１）
前記第２のｃｅＤＮＡベクターが、前記挿入部位を認識するガイド配列をコードする第３のヌクレオチド配列をさらに含む、項目１７９または１８０に記載の方法。
（項目１８２）
項目１〜６９のいずれかに記載のｃｅＤＮＡベクターを含む、細胞。
（項目１８３）
項目１〜６９のいずれかに記載のベクターおよび脂質を含む、組成物。
（項目１８４）
前記脂質が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）である、項目１８４に記載の組成物。
（項目１８５）
項目１８３もしくは１８４に記載の組成物、または項目１８２に記載の細胞を含む、キット。