(57)【要約】本発明は、がん、例えば、腎臓癌の治療及び診断方法及び組成物を提供する。本発明は、特に、がんを治療する方法、ならびにＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）を含む抗がん療法での治療に対する、がんを有する患者の応答を監視する方法を提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法での治療に対する、腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、または
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより前記抗がん療法での治療に対する、前記患者における前記応答を監視することと、を含む、前記方法。
【請求項２】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、腫瘍微小環境におけるＣＤ８＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞の存在と相関する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、腫瘍微小環境におけるＴｈ１ケモカインの存在と相関する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７の存在が、腫瘍微小環境におけるナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の存在と相関する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが決定される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１の発現レベルが決定される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが決定される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３の少なくとも２つまたは少なくとも３つの発現レベルが決定される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３の発現レベルが決定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが決定される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの少なくとも２つの発現レベルが決定される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７の発現レベルが決定される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記基準レベルが、（ｉ）前記抗がん療法の投与前に得られる、前記患者からの生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）前記１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）前記抗がん療法の投与後である以前の時点で、前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記１つ以上の遺伝子の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、前記患者から得られる前記生物学的試料中で増加する、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約１５倍増加する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約５０倍増加する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約３倍増加する、請求項１５〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約８０倍増加する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約２５０倍増加する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する、請求項１５〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約８倍増加する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約１３倍増加する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記１つ以上の遺伝子の前記増加した発現レベルが、前記患者が前記ＶＥＧＦアンタゴニストに対して応答していることを示す、請求項１５〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法での治療に対する、腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより前記抗がん療法での治療に対する、前記患者における前記応答を監視することと、を含む、前記方法。
【請求項２７】
前記基準レベルが、（ｉ）前記抗がん療法の投与前に得られる、前記患者からの生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉ）基準集団におけるＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉｉ）ＭＨＣ−Ｉに事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）前記抗がん療法の投与後である以前の時点で、前記患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、または（ｖ）その後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルからなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ＭＨＣ−Ｉの発現レベルが、前記基準レベルと比較して、前記患者から得られる前記生物学的試料中で増加する、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項２９】
ＭＨＣ−Ｉの発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも２倍増加する、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
ＭＨＣ−Ｉの前記増加した発現レベルが、前記患者が前記抗がん療法に対して応答していることを示す、請求項２８または２９に記載の方法。
【請求項３１】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法での治療に対する、腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、
ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより前記抗がん療法での治療に対する、前記患者における前記応答を監視することと、を含む、前記方法。
【請求項３２】
ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０の発現レベルが決定される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記基準レベルが、（ｉ）前記抗がん療法の投与前に得られる、前記患者からの生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）前記１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）前記抗がん療法の投与後である以前の時点で、前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される、請求項３１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して増加する、請求項３１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記１つ以上の遺伝子の前記増加した発現レベルが、前記患者が前記抗がん療法に対して応答していることを示す、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記患者からの前記生物学的試料が、前記抗がん療法の投与の約４〜約６週間後に得られる、請求項１〜３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
ＭＨＣ−Ｉまたは前記１つ以上の遺伝子の発現レベルが、前記基準レベルと比較して増加する患者に、前記抗がん療法の１回分以上の追加の用量を投与するステップを更に含む、請求項１〜３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、または
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較することと、
（ｃ）前記患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、前記基準レベルと比較して増加する場合、前記患者への前記抗がん療法の投与を継続することと、を含む、前記方法。
【請求項４０】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、腫瘍微小環境におけるＣＤ８＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞の存在と相関する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、腫瘍微小環境におけるＴｈ１ケモカインの存在と相関する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＭＡＬＦ７の存在が、腫瘍微小環境におけるナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の存在と相関する、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが決定される、請求項３９〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１の発現レベルが決定される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが決定される、請求項３９〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３の少なくとも２つまたは少なくとも３つの発現レベルが決定される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３の発現レベルが決定される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが決定される、請求項３９〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの少なくとも２つの発現レベルが決定される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７の発現レベルが決定される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記基準レベルが、（ｉ）前記抗がん療法の投与前に得られる、前記患者からの生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）前記１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）前記抗がん療法の投与後である以前の時点で、前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される、請求項３９〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する、請求項３９〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約１５倍増加する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約５０倍増加する、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約３倍増加する、請求項３９〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約８０倍増加する、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約２５０倍増加する、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する、請求項３９〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約８倍増加する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも約１３倍増加する、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較することと、
（ｃ）前記患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、前記基準レベルと比較して増加する場合、前記患者への前記抗がん療法の投与を継続することと、を含む、前記方法。
【請求項６３】
前記基準レベルが、（ｉ）前記ＶＥＧＦアンタゴニストの投与前に得られる、前記患者からの生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉ）基準集団におけるＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉｉ）ＭＨＣ−Ｉに事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）前記ＶＥＧＦアンタゴニスの投与後である以前の時点で、前記患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、または（ｖ）その後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルからなる群から選択される、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
ＭＨＣ−Ｉの発現レベルが、前記基準レベルと比較して、少なくとも２倍増加する、請求項６２または６３に記載の方法。
【請求項６５】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、
ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、
（ｂ）前記生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較することと、
（ｃ）前記患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、前記基準レベルと比較して増加する場合、前記患者への前記抗がん療法の投与を継続することと、を含む、前記方法。
【請求項６６】
ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０の発現レベルが決定される、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記基準レベルが、（ｉ）前記抗がん療法の投与前に得られる、前記患者からの生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）前記１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）前記抗がん療法の投与後である以前の時点で、前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で前記患者から得られる生物学的試料中の前記１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される、請求項６５〜６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６９】
前記患者からの前記生物学的試料が、前記抗がん療法の投与の約４〜約６週間後に得られる、請求項１〜６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７０】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１〜６９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７１】
前記抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト、ＰＤ−１結合アンタゴニスト、及びＰＤ−Ｌ２結合アンタゴニストからなる群から選択される、請求項１〜７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７３】
前記ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストである、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１への結合を阻害する、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＢ７−１への結合を阻害する、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
前記ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１及びＢ７−１の両方への結合を阻害する、請求項７４〜７６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストが、抗体である、請求項７３〜７７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７９】
前記抗体が、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記抗体が、配列番号１９のＨＶＲ−Ｈ１配列、配列番号２０のＨＶＲ−Ｈ２配列、及び配列番号２１のＨＶＲ−Ｈ３配列を含む重鎖と、配列番号２２のＨＶＲ−Ｌ１配列、配列番号２３のＨＶＲ−Ｌ２配列、及び配列番号２４のＨＶＲ−Ｌ３配列を含む軽鎖と、を含む、請求項７８に記載の方法。
【請求項８１】
前記抗体が、配列番号２６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、を含む、請求項７８に記載の方法。
【請求項８２】
前記ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストが、ＰＤ−１結合アンタゴニストである、請求項７２に記載の方法。
【請求項８３】
前記ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１への結合を阻害する、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ２への結合を阻害する、請求項８３に記載の方法。
【請求項８６】
前記ＰＤ−１結合アンタゴニストが、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方への結合を阻害する、請求項８３〜８５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８７】
前記ＰＤ−１結合アンタゴニストが、抗体である、請求項８２〜８６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８８】
前記抗体が、ＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ−３４７５（ペンブロリズマブ）、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ）、ＭＥＤＩ−０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ−１０８からなる群から選択される、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記ＰＤ−１結合アンタゴニストが、Ｆｃ融合タンパク質である、請求項８２〜８６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９０】
前記Ｆｃ融合タンパク質が、ＡＭＰ−２２４である、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
追加の治療剤を前記患者に投与することを更に含む、請求項１〜９０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９２】
前記追加の治療剤が、免疫療法剤、細胞毒性剤、成長阻害剤、放射線療法剤、抗血管新生剤、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記腎臓癌が、腎細胞癌である、請求項１〜９２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９４】
前記腎細胞癌が、転移性腎細胞癌である、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記発現レベルが、ｍＲＮＡ発現レベルである、請求項１〜９４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９６】
前記ｍＲＮＡ発現レベルが、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）、逆転写ｑＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）、ＲＮＡ配列決定、マイクロアレイ分析、インサイチュハイブリダイゼーション、及び遺伝子発現の逐次分析（ＳＡＧＥ）からなる群から選択される方法を使用して決定される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記発現レベルが、タンパク質発現レベルである、請求項１〜９６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９８】
前記タンパク質発現レベルが、免疫組織化学（ＩＨＣ）、免疫蛍光法、質量分析法、フローサイトメトリー、及びウェスタンブロットからなる群から選択される方法を使用して決定される、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記患者から得られる前記生物学的試料が、腫瘍試料または細胞試料である、請求項１〜９８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１００】
前記腫瘍試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）、新鮮、アーカイブ、または凍結されている、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前記細胞試料が、末梢ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
前記患者が、ヒト患者である、請求項１〜１０１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０３】
腎臓癌を患う患者を治療する方法における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、以下の遺伝子、
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、または
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記抗がん療法。
【請求項１０４】
腎臓癌を患う患者の治療における使用のための薬物の製造における、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法の使用であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、以下の遺伝子、
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、または
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記使用。
【請求項１０５】
腎臓癌を患う患者の治療における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、以下の遺伝子、
ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、
ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、または
ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記組成物。
【請求項１０６】
腎臓癌を患う患者を治療する方法における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＭＨＣ−Ｉの増加した発現レベルを有することが決定されている、前記抗がん療法。
【請求項１０７】
腎臓癌を患う患者の治療における使用のための薬物の製造における、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法の使用であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＭＨＣ−Ｉの増加した発現レベルを有することが決定されている、前記使用。
【請求項１０８】
腎臓癌を患う患者の治療における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＭＨＣ−Ｉの増加した発現レベルを有することが決定されている、前記組成物。
【請求項１０９】
腎臓癌を患う患者を治療する方法における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、またはＣＣＲ７から選択される１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記抗がん療法。
【請求項１１０】
腎臓癌を患う患者の治療における使用のための薬物の製造における、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法の使用であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、またはＣＣＲ７から選択される１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記使用。
【請求項１１１】
腎臓癌を患う患者の治療における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、前記患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、またはＣＣＲ７から選択される１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記組成物。
【請求項１１２】
前記ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストが、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストである、請求項１０３〜１１１のいずれか１項に記載の抗がん療法、使用、または組成物。
【請求項１１３】
前記ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストが、抗体である、請求項１１２に記載の抗がん療法、使用、または組成物。
【請求項１１４】
前記抗体が、
ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される、請求項１１３に記載の抗がん療法、使用、または組成物。
【請求項１１５】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１０３〜１１４のいずれか１項に記載の抗がん療法、使用、または組成物。
【請求項１１６】
前記抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項１１５に記載の抗がん療法、使用、または組成物。
【請求項１１７】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で治療した、腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、
（ｂ）前記腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を、基準試料と比較し、それにより抗がん療法での治療を受ける前記患者における前記応答を監視することと、を含む、前記方法。
【請求項１１８】
ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）前記抗がん療法の投与後の時点で前記患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、
（ｂ）前記腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を、基準試料と比較することと、
（ｃ）前記患者の試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数が、前記基準レベルと比較して増加する場合、前記患者への前記抗がん療法の投与を継続することと、を含む、前記方法。
【請求項１１９】
前記患者から得られる前記腫瘍試料が、前記基準試料と比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の数の増加を有する、請求項１１７または１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記患者から得られる前記腫瘍試料が、前記基準試料と比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の数の少なくとも２倍の増加を有する、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記患者から得られる前記腫瘍試料が、前記基準試料と比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の数の５倍の増加を有する、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２２】
前記患者から得られる前記腫瘍試料が、前記基準試料と比較して、ＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数の増加を有する、請求項１１７〜１２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２３】
前記基準試料が、前記抗がん療法の投与前に得られる、前記患者の腫瘍試料である、請求項１１７〜１２２のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０１７年４月１３日に作製された該ＡＳＣＩＩコピーは、名称が５０４７４−１３２ＷＯ２＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿４＿１３＿１７＿ＳＴ２５であり、サイズが１１０，０４３バイトである。
【０００２】
本発明は一般に、がん、例えば、腎臓癌を診断、監視、及び治療するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
がんは、依然としてヒトの健康に対する最も致命的な脅威のうちの１つである。米国単独でも、毎年約１３０万人の新たな患者ががんを発症し、心血管疾患に続く第２の主要な死亡原因であり、死亡のおよそ４件に１件を占める。固形腫瘍は、そのような死亡の大部分に関与する。特定のがんの治療において著しい前進があったものの、全てのがんについての全５年生存率は、過去２０年間で約１０％しか改善されていない。特に、腎臓癌は、１９９０年代から発生率が上昇しており、男性及び女性の両方において現在最も一般的な１０のがんの１つとなっている。
【０００４】
抗血管新生剤を他の抗がん剤（抗腫瘍免疫を促進する薬物など）と対合させる併用療法は、腎臓癌などのがんの治療のための見込みある新たなアプローチを提供している。
【０００５】
したがって、当該技術分野において、腎臓癌を含むがんの改善された療法及び診断方法に対する満たされていない必要性が存在する。
【発明の概要】
【０００６】
本発明は、がん、例えば、腎臓癌（例えば、転移性腎細胞癌（ｍＲＣＣ））を監視、診断、及び治療するための組成物及び方法を提供する。
【０００７】
一態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法での治療に対する、腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、またはＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、（ｂ）生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療に対する、患者における応答を監視することとを含む、前記方法を特徴とする。
【０００８】
いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＣＤ８＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞の存在と相関する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＴｈ１ケモカインの存在と相関する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７の存在は、腫瘍微小環境におけるナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の存在と相関する。
【０００９】
いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１の発現レベルが決定される。
【００１０】
いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの少なくとも２つまたは少なくとも３つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３の発現レベルが決定される。
【００１１】
いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの少なくとも２つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７の発現レベルが決定される。
【００１２】
いくつかの実施形態において、基準レベルは、（ｉ）抗がん療法の投与前に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、１つ以上の遺伝子の発現レベルは、基準レベルと比較して、患者から得られる生物学的試料中で増加する。
【００１３】
いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約１５倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約５０倍増加する。
【００１４】
いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約３倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約８０倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２５０倍増加する。
【００１５】
いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約８倍増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約１３倍増加する。
【００１６】
いくつかの実施形態において、１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルは、患者がＶＥＧＦアンタゴニストに対して応答していることを示す。
【００１７】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法での治療に対する、腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、（ｂ）生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療に対する、患者における応答を監視することとを含む、前記方法を特徴とする。いくつかの実施形態において、基準レベルは、（ｉ）抗がん療法の投与前に得られる、患者からの生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉ）基準集団におけるＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉｉ）ＭＨＣ−Ｉに事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、または（ｖ）その後の時点で患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルからなる群から選択される。
【００１８】
いくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、基準レベルと比較して、患者から得られる生物学的試料中で増加する。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの増加した発現レベルは、患者が抗がん療法に対して応答していることを示す。
【００１９】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法での治療に対する、腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、（ｂ）生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療に対する、患者における応答を監視することとを含む、前記方法を特徴とする。
【００２０】
いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０の発現レベルが決定される。
【００２１】
いくつかの実施形態において、基準レベルは、（ｉ）抗がん療法の投与前に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される。
【００２２】
いくつかの実施形態において、１つ以上の遺伝子の発現レベルは、基準レベルと比較して増加する。いくつかの実施形態において、１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルは、患者が抗がん療法に対して応答していることを示す。
【００２３】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料は、抗がん療法の投与の約４〜約６週間後に得られる。いくつかの実施形態において、本方法は、ＭＨＣ−Ｉまたは１つ以上の遺伝子の発現レベルが、基準レベルと比較して増加する患者に、抗がん療法の１回分以上の追加の用量を投与するステップを更に含む。
【００２４】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、またはＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、（ｂ）生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較することと、（ｃ）患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、基準レベルと比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとを含む、前記方法を特徴とする。
【００２５】
いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＣＤ８＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞の存在と相関する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＴｈ１ケモカインの存在と相関する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＭＡＬＦ７の存在は、腫瘍微小環境におけるナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の存在と相関する。
【００２６】
いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１の発現レベルが決定される。
【００２７】
いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの少なくとも２つまたは少なくとも３つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３の発現レベルが決定される。
【００２８】
いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの少なくとも２つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７の発現レベルが決定される。
【００２９】
いくつかの実施形態において、基準レベルは、（ｉ）抗がん療法の投与前に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される。
【００３０】
いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約１５倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約５０倍増加する。
【００３１】
いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約３倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約８０倍増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２５０倍増加する。
【００３２】
いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約８倍増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約１３倍増加する。
【００３３】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、（ｂ）生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較することと、（ｃ）患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、基準レベルと比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとを含む、前記方法を特徴とする。いくつかの実施形態において、基準レベルは、（ｉ）ＶＥＧＦアンタゴニストの投与前に得られる、患者からの生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉ）基準集団におけるＭＨＣ−Ｉの発現レベル、（ｉｉｉ）ＭＨＣ−Ｉに事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）ＶＥＧＦアンタゴニスの投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベル、または（ｖ）その後の時点で患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する。
【００３４】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを決定することと、（ｂ）生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルを基準レベルと比較することと、（ｃ）患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、基準レベルと比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとを含む、前記方法を特徴とする。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、基準レベルは、（ｉ）抗がん療法の投与前に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉ）基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベル、（ｉｉｉ）１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベル、（ｉｖ）抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベル、または（ｖ）その後の時点で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルからなる群から選択される。
【００３５】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料は、抗がん療法の投与の約４〜約６週間後に得られる。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト、ＰＤ−１結合アンタゴニスト、及びＰＤ−Ｌ２結合アンタゴニストからなる群から選択される。
【００３６】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のＢ７−１への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１及びＢ７−１の両方への結合を阻害する。
【００３７】
いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１９のＨＶＲ−Ｈ１配列、配列番号２０のＨＶＲ−Ｈ２配列、及び配列番号２１のＨＶＲ−Ｈ３配列を含む重鎖と、配列番号２２のＨＶＲ−Ｌ１配列、配列番号２３のＨＶＲ−Ｌ２配列、及び配列番号２４のＨＶＲ−Ｌ３配列を含む軽鎖とを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号２６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。
【００３８】
いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ２への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方への結合を阻害する。
【００３９】
いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ−３４７５（ペンブロリズマブ）、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ）、ＭＥＤＩ−０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ−１０８からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、Ｆｃ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、Ｆｃ融合タンパク質は、ＡＭＰ−２２４である。
【００４０】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、本方法は、追加の治療剤を患者に投与することを更に含む。いくつかの実施形態において、追加の治療剤は、免疫療法剤、細胞毒性剤、成長阻害剤、放射線療法剤、抗血管新生剤、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００４１】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、腎臓癌は、腎細胞癌である。いくつかの実施形態において、腎細胞癌は、転移性腎細胞癌である。
【００４２】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、発現レベルは、ｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡ発現レベルは、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）、逆転写ｑＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）、ＲＮＡ配列決定、マイクロアレイ分析、インサイチュハイブリダイゼーション、及び遺伝子発現の逐次分析（ＳＡＧＥ）からなる群から選択される方法を使用して決定される。
【００４３】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、発現レベルは、タンパク質発現レベルである。いくつかの実施形態において、タンパク質発現レベルは、免疫組織化学（ＩＨＣ）、免疫蛍光法、質量分析法、フローサイトメトリー、及びウェスタンブロットからなる群から選択される方法を使用して決定される。
【００４４】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料は、腫瘍試料または細胞試料である。いくつかの実施形態において、腫瘍試料は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）、新鮮、アーカイブ、または凍結されている。いくつかの実施形態において、細胞試料は、末梢ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む。
【００４５】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、患者は、ヒト患者である。
【００４６】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者を治療する方法における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、以下の遺伝子、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、またはＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記抗がん療法を特徴とする。
【００４７】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者の治療における使用のための薬物の製造における、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法の使用であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、以下の遺伝子、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、またはＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記使用を特徴とする。
【００４８】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者の治療における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、以下の遺伝子、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、もしくはＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、もしくはＣＸＣＬ１３、またはＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、もしくはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記組成物を特徴とする。
【００４９】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者を治療する方法における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＭＨＣ−Ｉの増加した発現レベルを有することが決定されている、前記抗がん療法を特徴とする。
【００５０】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者の治療における使用のための薬物の製造における、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法の使用であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＭＨＣ−Ｉの増加した発現レベルを有することが決定されている、前記使用を特徴とする。
【００５１】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者の治療における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＭＨＣ−Ｉの増加した発現レベルを有することが決定されている、組成物を特徴とする。
【００５２】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者を治療する方法における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、またはＣＣＲ７から選択される１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記抗がん療法を特徴とする。
【００５３】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者の治療における使用のための薬物の製造における、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法の使用であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、またはＣＣＲ７から選択される１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記使用を特徴とする。
【００５４】
別の態様において、本発明は、腎臓癌を患う患者の治療における使用のための、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、患者から得られる生物学的試料が、基準レベルと比較して、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、またはＣＣＲ７から選択される１つ以上の遺伝子の増加した発現レベルを有することが決定されている、前記組成物を特徴とする。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＶＥＧＦ抗体は、ベバシズマブである。
【００５５】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で治療される腎臓癌を有する患者の応答を監視する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、（ｂ）腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較し、それにより抗がん療法での治療を受ける患者における応答を監視することとを含む、前記方法を特徴とする。
【００５６】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法で、腎臓癌を有する患者を治療する方法であって、（ａ）抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、（ｂ）腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較することと、（ｃ）患者の試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数が、基準レベルと比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとを含む、前記方法を特徴とする。いくつかの実施形態において、患者から得られる腫瘍試料は、基準試料と比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の数の増加を有する。いくつかの実施形態において、患者から得られる腫瘍試料は、基準試料と比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の数の少なくとも２倍の増加を有する。いくつかの実施形態において、患者から得られる腫瘍試料は、基準試料と比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の数の５倍の増加を有する。いくつかの実施形態において、患者から得られる腫瘍試料は、基準試料と比較して、ＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数の増加を有する。
【００５７】
前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態において、基準試料は、抗がん療法の投与前に得られる、患者の腫瘍試料である。
【図面の簡単な説明】
【００５８】
【図１】アテゾリズマブ及びベバシズマブ併用治療を受ける腎細胞癌（ＲＣＣ）患者間の経時的な腫瘍負荷を示すグラフである。グラフ上の点は、標的病変の最長径和（ＳＬＤ）におけるベースラインからの最大低下を示す。ＰＲは部分奏効、ＰＤは疾患進行、ＳＤは疾患安定。
【図２】各ＲＣＣ患者の研究治療の持続期間を示すグラフである。最初のＰＲまたはＣＲの時間を円で示し、最初のＰＤの時間を三角で示し、治療中断を黒色の棒で示し、分析時点で依然治療中の患者を矢印で特定する。
【図３】ベバシズマブ（「Ｂｅｖ」）治療後の腫瘍バイオマーカーの遺伝子発現レベルを示すグラフである。治療中の腫瘍試料の発現レベルを、ベースライン発現レベル（治療前）に対して示す。血管符号遺伝子（ＡＮＧＰＴ２、ＣＤ３４、ＤＬＬ４、ＥＧＦＬ７、及びＥＳＭ１）を黒色で示し、ＣＤ８Ｔ細胞エフェクター遺伝子（ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１）を模様付きの灰色で示し、Ｔｈ１ケモカイン（ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、及びＣＸＣＬ９）を白色で示し、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞遺伝子（ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７）を無地の灰色で示す。
【図４】アテゾリズマブ及びベバシズマブ併用治療（「Ｂｅｖ＋Ａｔｅｚｏ」）後の腫瘍バイオマーカーの遺伝子発現レベルを示すグラフである。治療中の腫瘍試料の発現レベルを、ベースライン発現レベル（治療前）に対して示す。血管符号遺伝子（ＡＮＧＰＴ２、ＣＤ３４、ＤＬＬ４、ＥＧＦＬ７、及びＥＳＭ１）を黒色で示し、ＣＤ８Ｔ細胞エフェクター遺伝子（ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１）を模様付きの灰色で示し、Ｔｈ１ケモカイン（ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、及びＣＸＣＬ９）を白色で示し、ＮＫ細胞遺伝子（ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７）を無地の灰色で示す。
【図５】免疫組織化学（ＩＨＣ）によって評価される、患者３の腫瘍試料中の免疫及び血管系マーカーのタンパク質発現を示す一連の代表的な画像である。ＣＤ３１は染色した濃灰色（第１行）であり、ＣＤ８は染色した濃灰色（第２行）であり、ＭＨＣ−Ｉは染色した濃灰色（第３行）であり、ＰＤ−Ｌ１は染色した濃灰色（第４行）である。治療前の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ後の試料を中間の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。
【図６】ＩＨＣによって評価される、示される時点での免疫及び血管系マーカーの定量化を示す一連のグラフである。ＣＤ３１発現を上部パネルに示し、ＣＤ８発現を中間パネルに示し、ＭＨＣ−Ｉ発現を下部パネルに示す。Ｐ値は、対応のあるｔ検定によって決定した。「ＶＰＯＳＶＥ」は、血管密度の尺度である。
【図７】ＩＨＣによって評価される、患者３の腫瘍試料の連続切片からの、免疫及び血管系マーカーのタンパク質発現を示す一連の代表的な画像である。第１行は、ＣＤ３４、アルファ平滑筋アクチン（αＳＭＡ）、及びポドプラニンの発現を示す。第２行は、ＣＤ８及びＫｉ６７の発現を示す。第３行は、ＣＤ６８及びＣＤ１６３の発現を示す。治療前の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ後の試料を中間の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。
【図８】ＩＨＣによって評価される、腫瘍試料中のＣＤ３４及びαＳＭＡのタンパク質発現を示す一連の代表的な画像である。治療前の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ後の試料を中間の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。個々の患者１〜６の切片を各行に配置する。各患者の応答もまた示す。
【図９】ＩＨＣによって評価される、腫瘍の連続切片からの、免疫及び血管系マーカーのタンパク質発現を示す一連の代表的な画像である。第１行は、ＣＤ３４、αＳＭＡ、及びポドプラニンの発現を示す。第２行は、ＣＤ８及びＫｉ６７の発現を示す。第３行は、ＣＤ６８及びＣＤ１６３の発現を示す。ベバシズマブ後の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。
【図１０】ＩＨＣによって評価される、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の腫瘍の連続切片からの、免疫及び血管系マーカーのタンパク質発現を示す一連の代表的な画像である。上部画像は、ＣＤ３４、αＳＭＡ、及びポドプラニンの発現を示す。中間画像は、ＣＤ８及びＫｉ６７の発現を示す。下部画像は、ＣＤ６８及びＣＤ１６３の発現を示す。
【図１１】ベバシズマブ及びベバシズマブ＋アテゾリズマブ治療に応答した、腫瘍におけるＶＥＧＦ転写物発現の上方制御を示すグラフである。発現は、ハウスキーピング（ＨＫ）遺伝子発現に対して正規化する。各線は、個々の患者を表す。
【図１２】ＩＨＣによって評価される、腫瘍切片からのＣＤ８（染色した濃灰色）のタンパク質発現を示す一連の代表的な画像である。治療前の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ後の試料を中間の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。個々の患者１〜６の切片を各行に配置する。各患者の応答もまた示す。
【図１３】ＩＨＣによって評価される、腫瘍切片からのＣＤ８及びＫｉ６７のタンパク質発現を示す一連の代表的な画像である。治療前の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ後の試料を中間の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。個々の患者１〜６の切片を各行に配置する。
【図１４Ａ】治療前の時点の各患者について、１平方ミリメートル（ｍｍ２）の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１４Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１４Ｂは、患者３及び４のデータを示す。図１４Ｃは、患者５のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１４Ｂ】治療前の時点の各患者について、１平方ミリメートル（ｍｍ２）の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１４Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１４Ｂは、患者３及び４のデータを示す。図１４Ｃは、患者５のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１４Ｃ】治療前の時点の各患者について、１平方ミリメートル（ｍｍ２）の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１４Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１４Ｂは、患者３及び４のデータを示す。図１４Ｃは、患者５のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１５Ａ】ベバシズマブ後の時点の各患者について、１ｍｍ２の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１５Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１５Ｂは、患者３及び５のデータを示す。図１５Ｃは、患者６のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１５Ｂ】ベバシズマブ後の時点の各患者について、１ｍｍ２の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１５Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１５Ｂは、患者３及び５のデータを示す。図１５Ｃは、患者６のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１５Ｃ】ベバシズマブ後の時点の各患者について、１ｍｍ２の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１５Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１５Ｂは、患者３及び５のデータを示す。図１５Ｃは、患者６のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１６Ａ】ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の時点の各患者について、１ｍｍ２の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１６Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１６Ｂは、患者３及び４のデータを示す。図１６Ｃは、患者５及び６のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１６Ｂ】ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の時点の各患者について、１ｍｍ２の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１６Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１６Ｂは、患者３及び４のデータを示す。図１６Ｃは、患者５及び６のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１６Ｃ】ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の時点の各患者について、１ｍｍ２の腫瘍面積当たりのＣＤ８またはＫｉ６７及びＣＤ８の両方を発現する細胞の数を示す一連のグラフである。図１６Ａは、患者１及び２のデータを示す。図１６Ｂは、患者３及び４のデータを示す。図１６Ｃは、患者５及び６のデータを示す。各患者の応答もまた示す。
【図１７Ａ】ＣＸ３ＣＲ１を発現する腫瘍試料中のＣＤ８＋細胞のパーセンテージを示す一連のフローサイトメトリープロットである。治療前の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ後の試料を中間の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。各行は、個々の患者の結果を示す。図１７Ａは、患者２及び３のデータを示す。図１７Ｂは、患者５及び６のデータを示す。
【図１７Ｂ】ＣＸ３ＣＲ１を発現する腫瘍試料中のＣＤ８＋細胞のパーセンテージを示す一連のフローサイトメトリープロットである。治療前の試料を左側の列に示し、ベバシズマブ後の試料を中間の列に示し、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の試料を右側の列に示す。各行は、個々の患者の結果を示す。図１７Ａは、患者２及び３のデータを示す。図１７Ｂは、患者５及び６のデータを示す。
【図１８】フローサイトメトリー分析に基づく、全ＣＤ８＋細胞（左）のパーセンテージとしての、及び腫瘍抗原特異的（Ｄｅｘ−ＡＰＣ＋）Ｔ細胞（右）のパーセンテージとしての、ＣＸ３ＣＲ１の発現を示すグラフである。
【図１９】血液中の抗原特異的Ｔ細胞の代表的な発生頻度を示す一連のフローサイトメトリープロットである。採血を腫瘍生検時点と一致させた、２人のＨＬＡ−Ａ２陽性患者からの代表的なデータを示す。
【図２０】示される治療時点での腫瘍におけるケモカイン発現（ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０）の変化を示す一連のグラフである。発現は、ハウスキーピング（ＨＫ）遺伝子発現に対して正規化した。
【図２１Ａ】患者６の腫瘍試料中の、治療前後の浸潤リンパ球（ＴＩＬ）のＴＣＲβ配列決定の結果を示す一連のグラフである。各群の最上位クローン（最大２５）を示す。図２１Ａ（下部パネル）、２２Ｂ、及び２２Ｃにおいて、趨勢となるＴＣＲβクローン集団の有病率をより濃い線で示す。
【図２１Ｂ】患者６の腫瘍試料中の、治療前後の浸潤リンパ球（ＴＩＬ）のＴＣＲβ配列決定の結果を示す一連のグラフである。各群の最上位クローン（最大２５）を示す。図２１Ａ（下部パネル）、２２Ｂ、及び２２Ｃにおいて、趨勢となるＴＣＲβクローン集団の有病率をより濃い線で示す。
【図２１Ｃ】患者６の腫瘍試料中の、治療前後の浸潤リンパ球（ＴＩＬ）のＴＣＲβ配列決定の結果を示す一連のグラフである。各群の最上位クローン（最大２５）を示す。図２１Ａ（下部パネル）、２２Ｂ、及び２２Ｃにおいて、趨勢となるＴＣＲβクローン集団の有病率をより濃い線で示す。
【図２２】ベバシズマブ＋アテゾリズマブ治療前後のＴＩＬの患者３のＴＣＲβ配列決定の結果を示すグラフである。
【図２３Ａ】患者２、３、及び６の、治療前のＰＢＭＣ、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の末梢血単核球細胞（ＰＢＭＣ）、及びベバシズマブ＋アテゾリズマブ後のＴＩＬのＴＣＲβ配列決定の結果を示す一連のグラフである。図２３Ａは、患者２及び３のデータを示し、図２３Ｂは、患者６のデータを示す。各群の最上位クローン（最大２５）を示す。
【図２３Ｂ】患者２、３、及び６の、治療前のＰＢＭＣ、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ後の末梢血単核球細胞（ＰＢＭＣ）、及びベバシズマブ＋アテゾリズマブ後のＴＩＬのＴＣＲβ配列決定の結果を示す一連のグラフである。図２３Ａは、患者２及び３のデータを示し、図２３Ｂは、患者６のデータを示す。各群の最上位クローン（最大２５）を示す。
【図２４】患者３及び６の、各治療時点での、ＰＢＭＣプール対ＴＩＬプール中のウイルス抗原特異的クローンの数を示すヒートマップである。
【発明を実施するための形態】
【００５９】
Ｉ．序文
本発明は、がん、例えば、腎臓癌（例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）、例えば、転移性ＲＣＣ）を診断、監視、及び治療するための方法を提供する。本発明は、少なくとも部分的には、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）を含む抗がん療法での治療が、バイオマーカー（例えば、免疫学的バイオマーカー、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞（例えば、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１）、Ｔｈ１ケモカイン（例えば、ＣＸＣＬ９、ＣＸＬＣ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３）、ＮＫ細胞（例えば、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７）、抗原提示（例えば、ＭＨＣ−Ｉ）、ならびに免疫輸送分子（例えば、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ１、及びＣＣＲ７）、ならびに／または免疫細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージ）の腫瘍浸潤に関連する遺伝子）の発現レベルの変化をもたらすという発見に基づく。本発明は、本発明のバイオマーカーの発現レベルを検出及び比較することによって、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）を含む併用抗がん療法での治療に対する、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者の応答を監視するための方法を提供する。本発明はまた、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）を投与することによって、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者を治療するための方法も提供する。
【００６０】
ＩＩ．定義
本明細書に記載される本発明の態様及び実施形態が、態様及び実施形態「を含む」、「からなる」、及び「から本質的になる」を含むことが理解される。本明細書で使用される場合、単数形「ａ（１つの）」、「ａｎ（１つの）」、及び「ｔｈｅ（その）」は、別段示されない限り、複数の参照対象を含む。
【００６１】
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、当業者にとって容易に既知であるそれぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（かつ説明する）。
【００６２】
本明細書で使用される場合、「個体」、「患者」、または「対象」という用語は、互換的に使用され、治療が所望される任意の単一の動物、より好ましくは哺乳動物（例えば、イヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園の動物、雌ウシ、ブタ、ヒツジ、及び非ヒト霊長類などの非ヒト動物を含む）を指す。特定の実施形態において、本明細書の患者は、ヒトである。患者は、「がん患者」、すなわち、がんを患うか、またはがんを患うリスクにあるか、または１つ以上のがんの症状を患う者であり得る。
【００６３】
「がん」及び「がん性」という用語は、典型的に未制御の細胞成長を特徴とする哺乳動物における生理学的病態を指すか、または説明する。この定義には、良性がん及び悪性がん、ならびに休止状態の腫瘍または微小転移が含まれる。がんの例としては、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽細胞腫及び網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマ、及び島細胞癌を含む）、中皮腫、神経鞘腫（聴神経腫を含む）、髄膜腫、腺癌、黒色腫、ならびに白血病またはリンパ系腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。そのようながんのより具体的な例としては、腎臓癌（例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）、例えば、転移性ＲＣＣ）、扁平上皮細胞癌（例えば、上皮性扁平上皮細胞癌）、肺癌（小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺癌、及び肺の扁平上皮癌を含む）、腹膜の癌、肝細胞癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）または胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）（消化管癌を含む）、膵臓癌、膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、肝細胞癌、乳癌（転移性乳癌を含む）、膀胱癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、メルケル細胞癌、菌状息肉症、精巣癌、食道癌、胆道の腫瘍、頭頸部癌、ならびにＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽細胞性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非開裂細胞性ＮＨＬ、巨大病変性ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、及びワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症を含む）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、有毛細胞性白血病、慢性骨髄芽球性白血病、及び移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、ならびに母斑症、浮腫（脳腫瘍に関連するものなど）、及びメグス症候群に関連する異常な血管増殖が挙げられる。いくつかの実施形態において、がんは、腎臓癌である。特定の実施形態において、腎臓癌は、ＲＣＣ（例えば、ｍＲＣＣ）である。
【００６４】
「初期がん」または「初期腫瘍」とは、侵襲性もしくは転移性でないか、または０期、Ｉ期、もしくはＩＩ期がんとして分類されるがんを意味する。
【００６５】
「進行性」がんは、局所侵襲または転移のいずれかによって発生部位または発生器官の外側に伝播しているものである。
【００６６】
「難治性」がんは、化学療法剤などの抗腫瘍剤ががん患者に投与されているにも関わらず進行するものである。難治性がんの一例は、プラチナ製剤不応性であるものである。
【００６７】
「再発」がんは、初期療法への応答後に、初期部位または遠位部位のいずれかにおいて再成長したものである。
【００６８】
「細胞増殖性障害」及び「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害を指す。一実施形態において、細胞増殖性障害は、がんである。
【００６９】
「腫瘍」という用語は、本明細書で使用される場合、悪性または良性に関わらず、全ての腫瘍性細胞の成長及び増殖、ならびに全ての前がん性及びがん性の細胞及び組織を指す。
【００７０】
「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、及び「腫瘍」は、本明細書において言及される場合、相互排他的ではない。
【００７１】
「障害」とは、哺乳動物を問題の障害に罹患させる病理学的病態を含む慢性及び急性障害または疾患を含むが、これらに限定されない、治療から利益を受ける任意の病態である。
【００７２】
「検出」という用語は、直接的及び間接的検出を含む、任意の検出方法を含む。
【００７３】
「試料」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／または生理学的特徴に基づいて特徴付け及び／または特定される、細胞及び／または他の分子実体を含有する、対象となる患者及び／または個体から得られるか、またはそれに由来する組成物を指す。例えば、「疾患試料」という語句及びその変化形は、特徴付けされる細胞及び／または分子実体を含有することが予期されるか、またはそれを含有することが既知である、対象となる患者から得られる任意の試料を指す。試料としては、組織試料、初代または培養細胞または細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、及び組織培養培地、組織抽出物（均質化組織など）、腫瘍組織、細胞抽出物、ならびにこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
【００７４】
本明細書で使用される場合、「細胞」、「細胞株」、及び「細胞培養物」という表現は互換的に使用され、全てのそのような表記は子孫を含む。したがって、「形質転換体」及び「形質転換細胞」という単語は、初代対象細胞及び導入数に関わらずそれに由来する培養物を含む。全ての子孫は、故意または不慮の変異のために、ＤＮＡ含有量が正確には同一でない可能性があることもまた理解される。最初に形質転換された細胞内でスクリーニングされたものと同じ機能または生物学的活性を有する変異子孫が含まれる。異なる表記が意図される場合、それは、文脈から明らかとなるだろう。
【００７５】
「バイオマーカー」及び「マーカー」という用語は、本明細書において、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、炭水化物、糖脂質、または細胞系分子マーカーを指すために互換的に使用され、患者の試料中のその発現または存在は、標準的な方法（または本明細書に開示される方法）によって検出することができる。そのようなバイオマーカーとしては、表２に明記される遺伝子及びタンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、マーカーは、細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージ）であり得る。そのようなバイオマーカーの発現は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストに対して感受性または応答性である患者から得られる試料中で、基準レベル（例えば、患者（例えば、がんを有し、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストに対する応答性について試験されている患者）群／集団の試料中のバイオマーカーの発現レベル中央値、患者（例えば、がんを有し、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストに対して応答していないと特定された患者）群／集団の試料中のバイオマーカーの発現レベル中央値、事前時間に個体から以前に得られた試料中のレベル、または原発腫瘍の設定においてＶＥＧＦアンタゴニスト及び／もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストでの事前治療を受け、かつ現在転移を経験している可能性がある患者の試料中のレベルを含む）よりも高いか、または低いことが決定され得る。
【００７６】
本明細書で使用される場合、「ＣＤ８Ａ」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＤ８Ａを指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＤ８Ａ及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＤ８Ａを包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＤ８Ａのバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＤ８Ａの核酸配列を、配列番号３４に明記する。ヒトＣＤ８Ａによってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号３５に示す。
【００７７】
本明細書で使用される場合、「ＣＤ８Ｂ」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＤ８Ｂを指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＤ８Ｂ及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＤ８Ｂを包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＤ８Ｂのバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＤ８Ｂの核酸配列を、配列番号３６に明記する。ヒトＣＤ８Ｂによってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号３７に示す。
【００７８】
本明細書で使用される場合、「ＥＯＭＥＳ」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＥＯＭＥＳ（エオメソデルミン）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＥＯＭＥＳ及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＥＯＭＥＳを包含する。この用語はまた、天然に存在するＥＯＭＥＳのバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＥＯＭＥＳの核酸配列を、配列番号３８に明記する。ヒトＥＯＭＥＳによってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号３９に示す。
【００７９】
本明細書で使用される場合、「ＧＺＭＡ」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＧＺＭＡ（グランザイムＡ）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＧＺＭＡ及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＧＺＭＡを包含する。この用語はまた、天然に存在するＧＺＭＡのバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＧＺＭＡの核酸配列を、配列番号４０に明記する。ヒトＧＺＭＡによってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４１に示す。
【００８０】
本明細書で使用される場合、「ＧＺＭＢ」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＧＺＭＢ（グランザイムＢ）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＧＺＭＢ及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＧＺＭＢを包含する。この用語はまた、天然に存在するＧＺＭＢのバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＧＺＭＢの核酸配列を、配列番号４２に明記する。ヒトＧＺＭＢによってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４３に示す。
【００８１】
本明細書で使用される場合、「ＩＦＮＧ」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＩＦＮＧ（インターフェロン、ガンマ）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＩＦＮＧ及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＩＦＮＧを包含する。この用語はまた、天然に存在するＩＦＮＧのバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＩＦＮＧの核酸配列を、配列番号４４に明記する。ヒトＩＦＮＧによってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４５に示す。
【００８２】
本明細書で使用される場合、「ＰＲＦ１」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＰＲＦ１（パーフォリン１、ポア形成タンパク質としても知られる）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＰＲＦ１及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＰＲＦ１を包含する。この用語はまた、天然に存在するＰＲＦ１のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＰＲＦ１の核酸配列を、配列番号４６に明記する。ヒトＰＲＦ１によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４７に示す。
【００８３】
本明細書で使用される場合、「ＣＸＣＬ９」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＸＣＬ９（ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド９）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＸＣＬ９及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＸＣＬ９を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＸＣＬ９のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＸＣＬ９の核酸配列を、配列番号４８に明記する。ヒトＣＸＣＬ９によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号４９に示す。
【００８４】
本明細書で使用される場合、「ＣＸＣＬ１０」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＸＣＬ１０（ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１０）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＸＣＬ１０及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＸＣＬ１０を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＸＣＬ１０のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＸＣＬ１０の核酸配列を、配列番号５０に明記する。ヒトＣＸＣＬ１０によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号５１に示す。
【００８５】
本明細書で使用される場合、「ＣＸＣＬ１１」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＸＣＬ１１（ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１１）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＸＣＬ１１及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＸＣＬ１１を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＸＣＬ１１のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＸＣＬ１１の核酸配列を、配列番号５２に明記する。ヒトＣＸＣＬ１１によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号５３に示す。
【００８６】
本明細書で使用される場合、「ＣＸＣＬ１３」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＸＣＬ１３（ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１１）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＸＣＬ１３及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＸＣＬ１３を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＸＣＬ１３のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＸＣＬ１３の核酸配列を、配列番号５４に明記する。ヒトＣＸＣＬ１３によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号５５に示す。
【００８７】
本明細書で使用される場合、「ＫＬＲＫ１」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＫＬＲＫ１（キラー細胞レクチン様受容体サブファミリーＫ（カッパ）、メンバー１）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＫＬＲＫ１及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＫＬＲＫ１を包含する。この用語はまた、天然に存在するＫＬＲＫ１のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＫＬＲＫ１の核酸配列を、配列番号５６に明記する。ヒトＫＬＲＫ１によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号５７に示す。
【００８８】
本明細書で使用される場合、「ＳＬＡＭＦ７」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＳＬＡＭＦ７（ＳＬＡＭファミリーメンバー７）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＳＬＡＭＦ７及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＳＬＡＭＦ７を包含する。この用語はまた、天然に存在するＳＬＡＭＦ７のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＳＬＡＭＦ７の核酸配列を、配列番号５８に明記する。ヒトＳＬＡＭＦ７によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号５９に示す。
【００８９】
本明細書で使用される場合、「ＣＸ３ＣＲ１」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＸ３ＣＲ１（ＣＸＣ３ケモカイン受容体１、当該技術分野においてフラクタルカイン受容体またはＧ−タンパク質共役型受容体１３（ＧＰＲ１３）としても知られる）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＸ３ＣＲ１及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＸ３ＣＲ１を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＸ３ＣＲ１のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＸ３ＣＲ１の核酸配列を、配列番号７０に明記する。ヒトＣＸ３ＣＲ１によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号７１に示す。
【００９０】
本明細書で使用される場合、「ＣＣＬ２」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＣＬ２（ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＣＬ２及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＣＬ２を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＣＬ２のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＣＬ２の核酸配列を、配列番号６０に明記する。ヒトＣＣＬ２によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号６１に示す。
【００９１】
本明細書で使用される場合、「ＣＣＬ５」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＣＬ５（ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＣＬ５及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＣＬ５を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＣＬ５のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＣＬ５の核酸配列を、配列番号６２に明記する。ヒトＣＣＬ５によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号６３に示す。
【００９２】
本明細書で使用される場合、「ＣＣＲ５」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＣＲ５（ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体５）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＣＲ５及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＣＲ５を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＣＲ５のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＣＲ５の核酸配列を、配列番号６４に明記する。ヒトＣＣＲ５によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号６５に示す。
【００９３】
本明細書で使用される場合、「ＣＸ３ＣＬ１」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＸ３ＣＬ１（ケモカイン（Ｃ−Ｘ３−Ｃモチーフ）リガンド１、当該技術分野においてフラクタルカインとして知られる）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＸ３ＣＬ１及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＸ３ＣＬ１を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＸ３ＣＬ１のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＸ３ＣＬ１の核酸配列を、配列番号６６に明記する。ヒトＣＸ３ＣＬ１によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号６７に示す。
【００９４】
本明細書で使用される場合、「ＣＣＲ７」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＣＣＲ７（ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体７）を指す。この用語は、「完全長」の非プロセス型ＣＣＲ７及び細胞内のプロセシングから生じる任意の形態のＣＣＲ７を包含する。この用語はまた、天然に存在するＣＣＲ７のバリアント、例えば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。一例示的なヒトＣＣＲ７の核酸配列を、配列番号６８に明記する。ヒトＣＣＲ７によってコードされる一例示的なタンパク質のアミノ酸配列を、配列番号６９に示す。
【００９５】
本明細書で使用される場合、「ＭＨＣ−Ｉ」という用語は、別段示されない限り、霊長類（例えば、ヒト）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＭＨＣ−Ｉ（主要組織適合複合体−Ｉ）を指す。ヒトＭＨＣ−Ｉはまた、ヒト白血球抗原Ｉ（ＨＬＡ−Ｉ）とも称される。ＭＨＣ−ＩまたはＨＬＡ−Ｉの発現レベルは、任意のＨＬＡ−Ｉ遺伝子または偽遺伝子（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｋ、もしくはＨＬＡ−Ｌ）、あるいはこれらのハプロタイプの発現レベルを決定することによって評価することができる。発現レベルは、遺伝子または偽遺伝子の全部または一部（例えば、ＭＨＣ−Ｉアルファ鎖もしくはＨＬＡ−Ｉ組織適合抗原アルファ鎖）の検出によって評価することができる。
【００９６】
「発現のレベル」または「発現レベル」という用語は一般に互換的に使用され、一般に生物学的試料中のバイオマーカーの量を指す。「発現」は一般に、情報（例えば、遺伝子コード情報及び／またはエピジェネティック情報）が、細胞内に存在し、そこで機能する構造に変換されるプロセスを指す。したがって、本明細書で使用される場合、「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、または更にはポリヌクレオチド及び／もしくはポリペプチド修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）を指し得る。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたポリペプチド、またはポリヌクレオチド及び／もしくはポリペプチド修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）の断片も、それらが選択的スプライシングによって生成された転写物もしくは分解された転写物に起源を持つか、または例えば、タンパク質分解によるポリペプチドの翻訳後プロセシングに起源を持つかどうかに関わらず、発現されたものと見なされるべきである。「発現遺伝子」は、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、その後、ポリペプチドに翻訳される遺伝子を含み、ＲＮＡに転写されるが、ポリペプチドに翻訳されない遺伝子（例えば、転移ＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ）も含む。
【００９７】
「増加した発現」、「増加した発現レベル」、「増加したレベル」、「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」、または「上昇したレベル」は、疾患もしくは障害（例えば、がん）を患っていない個体（複数可）、内部対照（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）、または療法（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／もしくはＰＤ−Ｌ１アンタゴニストを含む抗がん療法）の投与前に得られる試料中のバイオマーカーのレベルなどの対照との比較での、個体におけるバイオマーカーの発現の増加またはそのレベルの増加を指す。
【００９８】
「減少した発現」、「減少した発現レベル」、「減少したレベル」、「低下した発現」、「低下した発現レベル」、または「低下したレベル」は、疾患もしくは障害（例えば、がん）を患っていない個体（複数可）、内部対照（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）、または療法（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／もしくはＰＤ−Ｌ１アンタゴニストを含む抗がん療法）の投与前に得られる試料中のバイオマーカーのレベルなどの対照との比較での、個体におけるバイオマーカーの減少発現またはそのレベルの減少を指す。いくつかの実施形態において、低下した発現は、発現がほとんどまたは全くないことである）。
【００９９】
対象となるタンパク質を「発現する」試料または細胞は、タンパク質をコードするｍＲＮＡまたはタンパク質（その断片を含む）が、試料または細胞内に存在すると決定されるものである。
【０１００】
個体に対する臨床的利益の増加に関連するバイオマーカーの「量」または「レベル」は、生物学的試料中で検出可能なレベルである。これらは、当業者にとって既知であり、かつ本明細書にも開示される方法によって測定され得る。評価されるバイオマーカーの発現レベルまたは量を使用して、治療に対する応答を決定することができる。
【０１０１】
「に基づく」という語句は、本明細書で使用される場合、１つ以上のバイオマーカーについての情報が、例えば、治療決定、添付文書に提供される情報、またはマーケティング／宣伝指針などを伝えるために使用されることを意味する。
【０１０２】
「ハウスキーピングバイオマーカー」という用語は、全ての細胞型において典型的に同様に存在するバイオマーカーまたはバイオマーカーの群（例えば、ポリヌクレオチド及び／またはポリペプチド）を指す。いくつかの実施形態において、ハウスキーピングバイオマーカーは、「ハウスキーピング遺伝子」である。「ハウスキーピング遺伝子」は、本明細書において、その活性が細胞機能の維持に必須であるタンパク質をコードし、かつ全ての細胞型において典型的には同様に存在する遺伝子または遺伝子の群を指す。
【０１０３】
本明細書で使用される場合、「増幅」は一般に、所望される配列の複数のコピーを生成するプロセスを指す。「複数のコピー」は、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は、鋳型配列に対する完全な配列相補性または同一性を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、デオキシイノシンなどのヌクレオチド類似体、意図的な配列改変（鋳型にハイブリダイズ可能であるが相補的ではない配列を含むプライマーを通して導入される配列改変など）、及び／または増幅中に生じる配列誤差を含み得る。
【０１０４】
「多重ＰＣＲ」という用語は、単一反応で２つ以上のＤＮＡ配列を増幅する目的で、２つ以上のプライマーセットを使用して単一源（例えば、個体）から得られる核酸上で実行される単一ＰＣＲ反応を指す。
【０１０５】
本明細書で使用される場合、「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」技術は一般に、核酸、ＲＮＡ、及び／またはＤＮＡの微量の特定の小片が、例えば、米国特許第４，６８３，１９５号に記載されるように増幅される手順を指す。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーが設計され得るように、対象となる領域またはそれを越える領域の末端から得られる配列情報が入手可能である必要があり、これらのプライマーは、増幅される鋳型の逆鎖と配列が同一または同様となる。これら２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅される材料の末端と一致し得る。ＰＣＲを使用して、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡに由来する特定のＤＮＡ配列、及び全細胞ＲＮＡから転写されたｃＤＮＡ、バクテリオファージ配列、またはプラスミド配列などを増幅することができる。一般には、Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．５１：２６３（１９８７）ａｎｄ  Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９）を参照されたい。本明細書で使用される場合、ＰＣＲは、プライマーとしての既知の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）の使用を含む、核酸試験試料を増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の唯一の例ではなく一例であると見なされ、核酸の特定の小片を増幅もしくは生成するために、または特定の核酸に相補的である核酸の特定の小片を増幅もしくは生成するために、核酸ポリメラーゼを利用する。
【０１０６】
「定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」または「ｑＲＴ−ＰＣＲ」は、ＰＣＲ産物の量がＰＣＲ反応の各ステップで測定されるＰＣＲの一形態を指す。この技術は、例えば、Ｃｒｏｎｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６４（１）：３５−４２（２００４）及びＭａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ５：６０７−６１６（２００４）を含む、様々な刊行物に説明されている。
【０１０７】
「マイクロアレイ」という用語は、基質上のハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブの規則配置を指す。
【０１０８】
「診断」という用語は、本明細書において、分子的または病理学的状態、疾患、または病態（例えば、がん）の特定または分類を指すために使用される。例えば、「診断」は、特定の種類のがんの特定を指し得る。「診断」はまた、例えば、病理組織的基準によるか、または分子特徴によるがんの特定のサブタイプの分類も指し得る（例えば、バイオマーカーのうちの１つまたはそれらの組み合わせの発現を特徴とするサブタイプ（例えば、特定の遺伝子、または該遺伝子によってコードされるタンパク質））。
【０１０９】
「腫瘍浸潤免疫細胞」は、本明細書で使用される場合、腫瘍またはその試料中に存在する任意の免疫細胞を指す。腫瘍浸潤免疫細胞としては、腫瘍内免疫細胞、腫瘍周囲免疫細胞、他の腫瘍間質細胞（例えば、線維芽細胞）、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。そのような腫瘍浸潤免疫細胞は、例えば、Ｔリンパ球（ＣＤ８＋Ｔリンパ球及び／もしくはＣＤ４＋Ｔリンパ球など）、Ｂリンパ球、または顆粒球（例えば、好中球、好酸球、及び好塩基球）、単球、マクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージ）、樹状細胞（例えば、指状嵌入樹状細胞）、組織球、ならびにナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を含む他の骨髄系細胞であり得る。
【０１１０】
「腫瘍細胞」は、本明細書で使用される場合、腫瘍またはその試料中に存在する任意の腫瘍細胞を指す。腫瘍細胞は、当該技術分野において既知である、かつ／または本明細書に記載される方法を使用して、腫瘍試料中に存在し得る他の細胞、例えば、間質細胞及び腫瘍浸潤免疫細胞から区別され得る。
【０１１１】
「基準試料」、「基準細胞」、「基準組織」、「対照試料」、「対照細胞」、または「対照組織」は、本明細書で使用される場合、比較目的で使用される試料、細胞、組織、標準物、またはレベルを指す。一実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、同じ患者または個体の身体の健常かつ／または非疾患部分（例えば、組織もしくは細胞）から得られる。例えば、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、疾患細胞または組織に隣接する健常かつ／または非疾患細胞または組織（例えば、腫瘍に隣接する細胞または組織）であり得る。別の実施形態において、基準試料は、同じ患者または個体の身体の未治療の組織及び／または細胞から得られる。更に別の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、患者または個体ではない個体の身体の健常かつ／または非疾患部分（例えば、組織または細胞）から得られる。更に別の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、患者または個体ではない個体の身体の未治療の組織及び／または細胞から得られる。別の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、療法（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法）の投与前に患者から得られる。
【０１１２】
「相関する」または「相関すること」は、任意の方法で、第１の分析またはプロトコルの性能及び／または結果を第２の分析またはプロトコルの性能及び／または結果と比較することを意味する。例えば、第２のプロトコルを実行する上で第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用しても、かつ／または第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用して、第２の分析もしくはプロトコルが実行されるべきかを決定してもよい。ポリペプチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、ポリペプチド発現分析またはプロトコルの結果を使用して、特定の治療レジメンが実行されるべきかを決定してもよい。ポリヌクレオチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、ポリヌクレオチド発現分析またはプロトコルの結果を使用して、特定の治療レジメンが実行されるべきかを決定してもよい。
【０１１３】
本明細書で使用される場合、「治療」（及び「治療する」または「治療すること」などのその文法的変化形）は、治療されている個体の自然経過を改変する試みの中での臨床的介入を指し、予防のために、または臨床病理過程中のいずれかで実行され得る。治療の望ましい効果としては、疾患の発生または再発の予防、症状の緩和、疾患の任意の直接的または間接的病理学的帰結の縮小、転移の予防、疾患進行速度の減少、疾患状態の寛解または緩和、及び緩解または予後の改善が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＰＤ−１抗体、またはこれらの組み合わせ）を使用して、疾患の発達を遅延させるか、または疾患もしくは障害の進行を減速させる。
【０１１４】
本明細書で使用される場合、「投与すること」は、化合物（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体）及び／もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体））または組成物（例えば、薬学的組成物、例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト含む薬学的組成物）の投薬量を患者に与える方法を意味する。本明細書に記載される方法において利用される組成物は、例えば、筋肉内、静脈内、皮内、経皮的、動脈内、腹腔内、病巣内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、くも膜下腔内、鼻腔内、膣内、直腸内、局所的、腫瘍内、腹膜内、皮下、結膜下、小胞内、経粘膜、心膜内、臍帯内、眼球内、眼窩内、硝子体内（例えば、硝子体内注射によって）、点眼によって、経口的、局所的、経皮的、吸入によって、注射によって、埋め込みによって、注入によって、継続注入によって、標的細胞の直接的な局所灌流浴によって、カテーテルによって、洗浄によって、クリームで、または脂質組成物で投与されてもよい。本明細書に記載される方法で利用される組成物はまた、全身または局所投与されてもよい。投与方法は、様々な要因（例えば、投与されている化合物または組成物、及び治療されている病態、疾患、または障害の重症度）に応じて異なり得る。
【０１１５】
「治療有効量」は、哺乳動物において疾患または障害を治療または予防するための治療剤の量を指す。がんの場合、治療有効量の治療剤は、がん細胞の数を低下、原発腫瘍サイズを低下、末梢器官へのがん細胞浸潤を阻害（すなわち、ある程度の減速及び好ましくは停止）、腫瘍転移を阻害（すなわち、ある程度の減速及び好ましくは停止）、腫瘍成長をある程度阻害、かつ／または障害に関連する症状のうちの１つ以上をある程度軽減し得る。薬物が、既存のがん細胞の成長を予防し得る、かつ／またはそれらを殺滅し得る限り、この薬物は、細胞増殖抑制性かつ／または細胞毒性であり得る。がん治療に関して、インビボでの有効性は、例えば、生存期間、疾患進行までの期間（ＴＴＰ）、奏効率（例えば、完全奏効（ＣＲ）及び部分奏効（ＰＲ））、奏効期間、ならびに／または生活の質を評価することにより測定され得る。
【０１１６】
「同時に」という用語は、本明細書において、投与の時間が少なくとも部分的に重複している、２つ以上の治療剤の投与を指すために使用される。したがって、同時投与は、１つ以上の薬剤（複数可）の投与が、１つ以上の他の薬剤（複数可）の投与の中断後に継続するときの投薬レジメンを含む。例えば、いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、同時に投与され得る。
【０１１７】
「低下させる」または「阻害する」は、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。低下または阻害は、治療されている障害の症状、転移の存在またはサイズ、または原発腫瘍のサイズに言及し得る。
【０１１８】
本明細書における治療剤の「固定」または「一定」用量は、患者の体重（ＷＴ）または体表面積（ＢＳＡ）に関わらずヒト患者に投与される用量を指す。したがって、この固定用量または一定用量は、ｍｇ／ｋｇ用量またはｍｇ／ｍ２用量としてではなく、むしろ治療剤の絶対量として提供される。
【０１１９】
本明細書における「負荷」用量は一般に、患者に投与される治療剤の初期用量を含み、その後その１つ以上の維持用量（複数可）が続く。一般に、単回負荷用量が投与されるが、本明細書において複数回負荷用量が企図される。通常、維持用量（複数可）で達成され得るよりも早く治療剤の所望される安定状態濃度を達成するために、投与される負荷用量（複数可）の量は、投与される維持用量（複数可）の量を超える、かつ／または負荷用量（複数可）は、維持用量（複数可）よりも頻繁に投与される。
【０１２０】
本明細書における「維持」用量または「延長」用量は、治療期間にわたって患者に投与される治療剤の１つ以上の用量を指す。通常、維持用量は、およそ毎週、およそ２週間毎、およそ３週間毎、またはおよそ４週間毎などの治療間隔で投与される。
【０１２１】
本発明の文脈における「に対する応答性」という語句は、がん（例えば、腎臓癌、例えば、ＲＣＣ、例えば、転移性ＲＣＣ）を患うか、それを患うことが疑われるか、またはそれを患う傾向にある患者が、療法、例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）を含む抗がん療法に対する応答を示すことを示す。当業者であれば、容易に、本発明の方法に従うＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）で治療される人間が、応答を示すかを決定する立場にあるだろう。例えば、応答は、腫瘍成長の縮小及び／もしくは停止、腫瘍サイズの低下、ならびに／またはがんの１つ以上の症状の寛解などの、がんによる苦痛の減少によって反映され得る。好ましくは、応答は、がんの転移性変換の指標またはがんの指標の減少または縮小、例えば、転移の形成の予防または転移の数もしくはサイズの低下によって反映され得る。
【０１２２】
「抗がん療法」という用語は、がんを治療する上で有用な療法を指す。抗がん治療剤の例としては、細胞毒性剤、化学療法剤、成長阻害剤、放射線療法において使用される薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及びがんを治療するための他の薬剤、例えば、以下の標的、つまり、ＰＤＧＦＲ−β、ＢｌγＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ受容体（複数可）、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２、及び他の生理活性及び有機化学薬剤などのうちの１つ以上に結合する、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来成長因子阻害剤（例えば、ＧＬＥＥＶＥＣ（商標）（メシル酸イマチニブ））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、アンタゴニスト（例えば、中和抗体）が挙げられるが、これらに限定される。これらの組み合わせもまた、本発明に含まれる。
【０１２３】
「抗血管新生剤」または「血管新生阻害剤」は、血管新生、脈管形成、または望まれない血管透過性を、直接的または間接的のいずれかで阻害する、低分子物質、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、単離されたタンパク質、組み換えタンパク質、抗体、またはこれらのコンジュゲートもしくは融合タンパク質を指す。抗血管新生剤は、血管新生因子またはその受容体に結合し、その血管新生活性を遮断する薬剤を含むことを理解されたい。例えば、抗血管新生剤は、上記に定義される血管新生剤に対する抗体または他のアンタゴニスト、例えば、ＶＥＧＦ−Ａに対する抗体またはＶＥＧＦ−Ａ受容体（例えば、ＫＤＲ受容体またはＦｌｔ−１受容体）、抗ＰＤＧＦＲ阻害剤（ＧＬＥＥＶＥＣ（商標）（メシル酸イマチニブ）など）である。抗血管新生剤はまた、天然血管新生阻害剤、例えば、アンジオスタチン、エンドスタチンなども含む。例えば、Ｋｌａｇｓｂｒｕｎ  ａｎｄ  Ｄ’Ａｍｏｒｅ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．，５３：２１７−３９（１９９１）、Ｓｔｒｅｉｔ  ａｎｄ  Ｄｅｔｍａｒ，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２２：３１７２−３１７９（２００３）（例えば、悪性黒色腫における抗血管新生療法を列挙する表３）、Ｆｅｒｒａｒａ＆Ａｌｉｔａｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ５（１２）：１３５９−１３６４（１９９９）、Ｔｏｎｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２２：６５４９−６５５６（２００３）、及びＳａｔｏ  Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．，８：２００−２０６（２００３）を参照されたい。
【０１２４】
「細胞毒性剤」という用語は、本明細書で使用される場合、細胞の機能を阻害もしくは防止する物質、及び／または細胞の破壊を引き起こす物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えばＡｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、及びＬｕの放射性同位体）、化学療法剤、例えば、メトトレキサート、アドリアミシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、ミトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン、または他の挿入剤、酵素及びその断片（核酸分解酵素など）、抗生物質、及び細菌、真菌、植物、または動物起源の小分子毒素または酵素的に活性な毒素などの毒素（それらの断片及び／またはバリアントを含む）、ならびに以下に開示される様々な抗腫瘍剤または抗がん剤を含むことが意図される。殺腫瘍剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
【０１２５】
「化学療法剤」は、がんの治療に有用な化学化合物を含む。化学療法剤の例としては、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍ．）、ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍ．）、ジスルフィラム、没食子酸エピガロカテキン、サリノスポラミドＡ、カーフィルゾミブ、１７−ＡＡＧ（ゲルダナマイシン）、ラディシコール、乳酸デヒドロゲナーゼＡ（ＬＤＨ−Ａ）、フルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、スニチブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ／Ｓｕｇｅｎ）、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、フィナスネート（ＶＡＴＡＬＡＮＩＢ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）、Ｓａｎｏｆｉ）、５−ＦＵ（５−フルオロウラシル）、ロイコボリン、ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ  Ｓｍｉｔｈ  Ｋｌｉｎｅ）、ロナファミブ（ＳＣＨ６６３３６）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標）、Ｂａｙｅｒ  Ｌａｂｓ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＡＧ１４７８、アルキル化剤（チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミドなど）、アルキルスルホネート（ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファンなど）、アジリジン（ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパなど）、エチレンイミン及びメチラメラミン（アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロメラミンを含む）、アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）、カンプトテシン（トポテカン及びイリノテカンを含む）、ブリオスタチン、カリスタチン、ＣＣ−１０６５（そのアゾゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む）、クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）、副腎皮質ステロイド（プレドニゾン及びプレドニゾロンを含む）、酢酸シプロテロン、５α−還元酵素（フィナステリド及びデュタステリドを含む）、ボリノスタット、ロミデプシン、パノビノスタット、バルプロ酸、モセチノスタットドラスタチン、アルデスロイキン、タルクデュオカルマイシン（合成類似体ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）、エリュテロビン、パンクラチスタチン、サルコジクチイン、スポンギスタチン、ナイトロジェンマスタード（クロラムブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビシン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなど）、ニトロソ尿素（クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムヌスチンなど）、エンジイン抗生物質などの抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγ１Ｉ及びカリ���アマイシンω１Ｉ（Ａｎｇｅｗ  Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：１８３−１８６，１９９４）、ダイネミシン（ダイネミシンＡを含む）、ビスホスホネート（クロドロネートなど）、エスペラミシン、ならびにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシニス、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）（ドキソルビシン）、モルフォリノ−ドキソルビシン、シアノモルフォリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシン）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン（マイトマイシンＣなど）、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン、抗代謝剤（メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）など）、葉酸類似体（デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなど）、プリン類似体（フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなど）、ピリミジン類似体（アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンなど）、アンドロゲン（カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなど）、抗副腎剤（アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなど）、葉酸補充剤（フロリン酸など）、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビサントレン、エダトラキセート、デフォファミン、デメコルチン、ジアジクオン、エルフォミチン、酢酸エリプチニウム、エポチロン、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシ尿素、レンチナン、ロニダイニン、メイタンシノイド（メイタンシン及びアンサマイトシンなど）、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダムノール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、２−エチルヒドラジド、プロカルバジン、ＰＳＫ（登録商標）多糖類複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジクオン、２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン、トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、及びアングイジン）、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）、シクロホスファミド、チオテパ、タキソイド（例えば、ＴＡＸＯＬ（パクリタキセル、Ｂｒｉｓｔｏｌ−��ｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（クレモフォールを含まない）、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，Ｉｌｌ．）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）（ドセタキセル、ドキセタキセル、Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ））、クロランムブシル、ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）（ゲムシタビン）、６−チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキサート、白金類似体（シスプラチン及びカルボプラチンなど）、ビンブラスチン、エトポシド（ＶＰ−１６）、イホスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）（ビノレルビン）、ノバントロン、テニポシド、エダトレキサート、ダウノマイシン、アミノプテリン、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、イバンドロネート、ＣＰＴ−１１、トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００、ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）、レチノイド（レチノイン酸など）、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、及び誘導体が挙げられる。
【０１２６】
化学療法剤としてはまた、抗エストロゲン剤及び選択的エストロゲン受容体調節剤（ＳＥＲＭ）などの、腫瘍に対してホルモン作用を制御または阻害するように作用する抗ホルモン剤（例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）、クエン酸タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、ヨードキシフェン（ｉｏｄｏｘｙｆｅｎｅ）、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、及びＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）（クエン酸トレミファインを含む）、副腎におけるエストロゲン産生を制御するアロマターゼ酵素を阻害する、アロマターゼ阻害剤（例えば、４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）（酢酸メゲストロール）、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）（エキセメスタン、Ｐｆｉｚｅｒ）、フォルメスタニー、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）（ボロゾール）、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）（レトロゾール、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、及びＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾール、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）など）、抗アンドロゲン剤（フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、及びゴセレリンなど）、ブセレリン、トリプテレリン、酢酸メドロキシプロゲステロン、ジエチルスチルベストロール、プレマリン、フルオキシメステロン、全てのトランスレチオニン酸、フェンレチニド、及びトロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）、タンパク質キナーゼ阻害剤、脂質キナーゼ阻害剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、異常な細胞増殖に関係するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの（ＰＫＣ−アルファ、Ｒａｌｆ、及びＨ−Ｒａｓなど）、リボザイム（ＶＥＧＦ発現阻害剤（例えば、ＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標））及びＨＥＲ２発現阻害剤など）、遺伝子療法ワクチンなどのワクチン（例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、及びＶＡＸＩＤ（登録商標））、ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）、ｒＩＬ−２、トポイソメラーゼ１阻害剤（ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）など）、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ、ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、及び誘導体も挙げられる。
【０１２７】
化学療法剤としてはまた、抗体（アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）など）、セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）、Ｉｍｃｌｏｎｅ）、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標）、Ａｍｇｅｎ）、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ  Ｉｄｅｃ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ（登録商標）、２Ｃ４、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ、Ｃｏｒｉｘｉａ）、及び抗体薬物コンジュゲート、ゲムツズマブオゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）も挙げられる。本発明の化合物と組み合わせて薬剤としての治療潜在性を有する追加のヒト化モノクローナル抗体としては、アポリズマブ、アセリズマブ、アトリズマブ、バピネオズマブ、ビバツズマブメルタンシン、カンツズマブメルタンシン、セデリズマブ、セルトリズマブペゴール、シドフシツズマブ、シドツズマブ、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ、エルリズマブ、フェルビズマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ、ヌマビズマブ、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ、ペクフシツズマブ、ペクツズマブ、パキセリズマブ、ラリビズマブ、ラニビズマブ、レスリビズマブ、レスリズマブ、レシビズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、シブロツズマブ、シプリズマブ、ソンツズマブ、タカツズマブテトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ツクシツズマブ、ウマビズマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、ビジリズマブ、及びインターロイキン−１２ｐ４０タンパク質を認識するように遺伝子修飾された排他的にヒト配列の組み換え完全長ＩｇＧ１λ抗体である、抗インターロイキン−１２（ＡＢＴ−８７４／Ｊ６９５、Ｗｙｅｔｈ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）が挙げられる。
【０１２８】
化学療法剤としてはまた、ＥＧＦＲに結合するか、または別様にそれと直接相互作用し、そのシグナル伝達活性を防止または低下させる化合物を指す「ＥＧＦＲ阻害剤」も挙げられ、これは、代替的には「ＥＧＦＲアンタゴニスト」とも称される。そのような薬剤の例としては、ＥＧＦＲに結合する抗体及び小分子が挙げられる。ＥＧＦＲに結合する抗体の例としては、ＭＡｂ５７９（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ＨＢ８５０６）、ＭＡｂ４５５（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ２２５（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ８５０８）、ＭＡｂ５２８（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ８５０９）（Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎらの米国特許第４，９４３，５３３号を参照されたい）、ならびにこれらのバリアント（キメラ化２２５（Ｃ２２５またはセツキシマブ、ＥＲＢＵＴＩＸ（登録商標））及び再成形ヒト２２５（Ｈ２２５）（Ｉｍｃｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．のＷＯ９６／４０２１０を参照されたい））、ＩＭＣ−１１Ｆ８完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ＩＩ型変異体ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５，２１２，２９０号）、米国特許第５，８９１，９９６号に記載されるＥＧＦＲに結合するヒト化及びキメラ抗体、ならびにＥＧＦＲに結合するヒト抗体（ＡＢＸ−ＥＧＦまたはパニツムマブなど（Ａｂｇｅｎｉｘ／ＡｍｇｅｎのＷＯ９８／５０４３３を参照されたい））、ＥＭＤ５５９００（Ｓｔｒａｇｌｉｏｔｔｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ３２Ａ：６３６−６４０（１９９６））、ＥＧＦＲ結合についてＥＧＦ及びＴＧＦ−アルファの両方と競合するＥＧＦＲに対して指向されたヒト化ＥＧＦＲ抗体であるＥＭＤ７２００（マツズマブ）（ＥＭＤ／Ｍｅｒｃｋ）、ヒトＥＧＦＲ抗体ＨｕＭａｘ−ＥＧＦＲ（ＧｅｎＭａｂ）、Ｅ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３、及びＥ７．６．３として知られ、ＵＳ６，２３５，８８３に記載される完全ヒト抗体、ＭＤＸ−４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ  Ｉｎｃ）、ならびにｍＡｂ８０６またはヒト化ｍＡｂ８０６（Ｊｏｈｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５−３０３８４（２００４））が挙げられる。抗ＥＧＦＲ抗体は、細胞毒性剤にコンジュゲートされ、故に免疫コンジュゲートを生成することができる（例えば、ＥＰ６５９４３９Ａ２，Ｍｅｒｃｋ  Ｐａｔｅｎｔ  ＧｍｂＨを参照されたい）。ＥＧＦＲアンタゴニストとしては、米国特許第５，６１６，５８２号、同第５，４５７，１０５号、同第５，４７５，００１号、同第５，６５４，３０７号、同第５，６７９，６８３号、同第６，０８４，０９５号、同第６，２６５，４１０号、同第６，４５５，５３４号、同第６，５２１，６２０号、同第６，５９６，７２６号、同第６，７１３，４８４号、同第５，７７０，５９９号、同第６，１４０，３３２号、同第５，８６６，５７２号、同第６，３９９，６０２号、同第６，３４４，４５９号、同第６，６０２，８６３号、同第６，３９１，８７４号、同第６，３４４，４５５号、同第５，７６０，０４１号、同第６，００２，００８号、及び同第５，７４７，４９８号、ならびに以下のＰＣＴ公報、ＷＯ９８／１４４５１、ＷＯ９８／５００３８、ＷＯ９９／０９０１６、及びＷＯ９９／２４０３７に記載される化合物などの小分子が挙げられる。特定の小分子ＥＧＦＲアンタゴニストとしては、ＯＳＩ−７７４（ＣＰ−３５８７７４、エルロチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＰＤ１８３８０５（ＣＩ１０３３、２−プロペンアミド、Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−７−［３−（４−モルホリニル）プロポキシ］−６−キナゾリニル］−、ジヒドロクロリド、Ｐｆｉｚｅｒ  Ｉｎｃ．）、ＺＤ１８３９、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））４−（３’−クロロ−４’−フルオロアニリノ）−７−メトキシ−６−（３−モルホリノプロポキシ）キナゾリン、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＺＭ１０５１８０（（６−アミノ−４−（３−メチルフェニル−アミノ）−キナゾリン、Ｚｅｎｅｃａ）、ＢＩＢＸ−１３８２（Ｎ８−（３−クロロ−４−フルオロ−フェニル）−Ｎ２−（１−メチル−ピペリジン−４−イル）−ピリミド［５，４−ｄ］ピリミジン−２，８−ジアミン、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）、ＰＫＩ−１６６（（Ｒ）−４−［４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−ｙｌ］−フェノール）、（Ｒ）−６−（４−ヒドロキシフェニル）−４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン）、ＣＬ−３８７７８５（Ｎ−［４−［（３−ブロモフェニル）アミノ］−６−キナゾリニル］−２−ブチンアミド）、ＥＫＢ−５６９（Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−３−シアノ−７−エトキシ−６−キナゾリニル］−４−（ジメチルアミノ）−２−ブテンアミド）（Ｗｙｅｔｈ）、ＡＧ１４７８（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＡＧ１５７１（ＳＵ５２７１、Ｐｆｉｚｅｒ）、二重ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤（ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、またはＮ−［３−クロロ−４−［（３フルオロフェニル）メトキシ］フェニル］−６［５［［［２メチルスルホニル）エチル］アミノ］メチル］−２−フラニル］−４−キナゾリンアミン）など）が挙げられる。
【０１２９】
化学療法剤としては、「チロシンキナーゼ阻害剤」（前段落に記載されるＥＧＦＲ標的薬物を含む）、小分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤（Ｔａｋｅｄａから入手可能なＴＡＫ１６５など）、ＥｒｂＢ２受容体チロシンキナーゼの経口選択的阻害剤であるＣＰ−７２４，７１４（Ｐｆｉｚｅｒ及びＯＳＩ）、二重ＨＥＲ阻害剤（ＥＧＦＲに優先的に結合するが、ＨＥＲ２及びＥＧＦＲ過剰発現細胞の両方を阻害するＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈから入手可能）など）、ラパチニブ（ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ−ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）、経口ＨＥＲ２及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤、ＰＫＩ−１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓから入手可能）、ｐａｎ−ＨＥＲ阻害剤（カネルチニブ（ＣＩ−１０３３、Ｐｈａｒｍａｃｉａ）など）、Ｒａｆ−１阻害剤（Ｒａｆ−１シグナル伝達を阻害するＩＳＩＳ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手可能なアンチセンス薬剤ＩＳＩＳ−５１３２など）、非ＨＥＲ標的ＴＫ阻害剤（メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）など）、多標的チロシンキナーゼ阻害剤（スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒから入手可能）など）、ＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤（バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４、Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧから入手可能）など）、ＭＡＰＫ細胞外制御キナーゼＩ阻害剤ＣＩ−１０４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手可能）、キナゾリン（ＰＤ１５３０３５，４−（３−クロロアニリノ）キナゾリンなど）、ピリドピリミジン、ピリミドピリミジン、ピロロピリミジン（ＣＧＰ５９３２６、ＣＧＰ６０２６１、及びＣＧＰ６２７０６など）、ピラゾロピリミジン、４−（フェニルアミノ）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン、クルクミン（ジフェルロイルメタン、４，５−ビス（４−フルオロアニリノ）フタルイミド）、ニトロチオフェン部分を含有するチルホスチン、ＰＤ−０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒ）、アンチセンス分子（例えば、ＨＥＲコード核酸に結合するもの）、キノキサリン（米国特許第５，８０４，３９６号）、トリホスチン（米国特許第５，８０４，３９６号）、ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）、ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ）、ｐａｎ−ＨＥＲ阻害剤（ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）など）、Ａｆｆｉｎｉｔａｃ（ＩＳＩＳ３５２１、Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）、メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標））、ＰＫＩ１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）、ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）、セマキシニブ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ）、ＩＮＣ−１Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）、または以下の特許公報、米国特許第５，８０４，３９６号、ＷＯ１９９９／０９０１６、ＷＯ１９９８／４３９６０、ＷＯ１９９７／３８９８３、ＷＯ１９９９／０６３７８、ＷＯ１９９９／０６３９６、ＷＯ１９９６���３０３４７、ＷＯ１９９６／３３９７８、ＷＯ１９９６／３３９７、及びＷＯ１９９６／３３９８０のいずれかに記載されるものが挙げられる。
【０１３０】
化学療法剤としてはまた、デキサメタゾン、インターフェロン、コルヒチン、メトプリン、シクロスポリン、アンホテリシン、メトロニダゾール、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アミホスチン、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、ＢＣＧ生、ベバクジマブ、ベキサロテン、クラドリビン、クロファラビン、ダルベポエチンアルファ、デニロイキン、デクスラゾキサン、エポエチンアルファ、エロチニブ、フィルグラスチム、酢酸ヒストレリン、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ−２ａ、インターフェロンアルファ−２ｂ、レナリドミド、レバミゾール、メスナ、メトキサレン、ナンドロロン、ネララビン、ノフェツモマブ、オプレルベキン、パリフェルミン、パミドロネート、ペガデマーゼ、ペグアスパラガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキセド二ナトリウム、プリカマイシン、ポルフィマーナトリウム、キナクリン、ラスブリカーゼ、サルグラモスチム、テモゾロミド、ＶＭ−２６、６−ＴＧ、トレミフェン、トレチノイン、オールトランスレチノイン酸（ＡＴＲＡ）、バルルビシン、ゾレドロネート、及びゾレドロン酸、ならびにこれらの薬学的に許容される塩も挙げられる。
【０１３１】
「プロドラッグ」という用語は、本明細書で使用される場合、親薬物と比較して腫瘍細胞に対して細胞毒性が低く、より活性な親形態へと酵素的に活性化または変換され得る、薬学的に活性な物質の前駆体または誘導体形態を指す。例えば、Ｗｉｌｍａｎ，“Ｐｒｏｄｒｕｇｓ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ”Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ，１４，ｐｐ．３７５−３８２，６１５ｔｈ  Ｍｅｅｔｉｎｇ  Ｂｅｌｆａｓｔ（１９８６）及びＳｔｅｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｒｏｄｒｕｇｓ：Ａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏ  Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，”Ｄｉｒｅｃｔｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｂｏｒｃｈａｒｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄ．），ｐｐ．２４７−２６７，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ（１９８５）を参照されたい。本発明のプロドラッグとしては、リン酸含有プロドラッグ、チオリン酸含有プロドラッグ、硫酸含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β−ラクタム含有プロドラッグ、任意で置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグまたは任意で置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、５−フルオロシトシン及び他の５−フルオロウリジンプロドラッグが挙げられるが、これらに限定されず、これらは、より活性な非細胞毒性薬物へと変換され得る。本発明における使用のためのプロドラッグ形態に誘導体化され得る細胞毒性薬の例としては、上述の化学療法剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３２】
「成長阻害剤」は、本明細書で使用される場合、インビトロまたはインビボのいずれかで細胞（例えば、その成長がＰＤ−Ｌ１発現に依存する細胞）の成長及び／または増殖を阻害する化合物または組成物を指す。したがって、成長阻害剤は、Ｓ期にある細胞のパーセンテージを著しく低下させるものであってもよい。成長阻害剤の例としては、Ｇ１停止及びＭ期停止を誘導する薬剤などの細胞周期進行（Ｓ期以外の場所で）を遮断する薬剤が挙げられる。古典的なＭ期遮断剤としては、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、ならびにトポイソメラーゼＩＩ阻害剤（アントラサイクリン系抗生物質ドキソルビシン（（８Ｓ−シス）−１０−［（３−アミノ−２，３，６−トリデオキシ−α−Ｌ−リキソ−ヘキサピラノシル）オキシ］−７，８，９，１０−テトラヒドロ−６，８，１１−トリヒドロキシ−８−（ヒドロキシアセチル）−１−メトキシ−５，１２−ナフタセンジオン）、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンなど）が挙げられる。Ｇ１で停止させるそれらの薬剤はまた、Ｓ期での停止、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、及びａｒａ−ＣなどのＤＮＡアルキル化剤にも及ぶ。更なる情報は、“Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ，”Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ａｎｄ  Ｉｓｒａｅｌ，ｅｄｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ１，ｅｎｔｉｔｌｅｄ“Ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ，ａｎｄ  ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ  ｄｒｕｇｓ”ｂｙ  Ｍｕｒａｋａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．（ＷＢ  Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９５）（特に１３頁）に見出すことができる。タキサン（パクリタキセル及びドセタキセル）は、いずれもイチイの木に由来する抗がん薬である。ヨーロッパイチイに由来するドセタキセルドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）の半合成類似体である。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体に由来する微小管の組み立てを促進し、脱重合を防止することによって微小管を安定させ、細胞内の有糸分裂の阻害をもたらす。
【０１３３】
「放射線療法」とは、細胞に十分な損傷を誘導するための指向性ガンマ線またはベータ線の使用を意味し、正常に機能するその能力を制限するか、または細胞を完全に破壊する。線量及び治療期間を決定するための当該技術分野において既知である方法が多く存在することが理解されるだろう。典型的な治療は、１回投与として与えられ、典型的な線量は、１日当たり１０〜２００単位（グレイ）の範囲である。
【０１３４】
「薬学的製剤」という用語は、調製物の中に含有される活性成分の生物学的活性が有効になるような形態であり、かつ製剤が投与される患者にとって許容できないほど有毒である追加の構成成分を何ら含有しない調製物を指す。
【０１３５】
「薬学的に許容される担体」は、患者にとって無毒である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体としては、緩衝液、賦形剤、安定剤、または保存剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３６】
「添付文書」という用語は、そのような治療製品の適応症、使用法、投薬量、投与、併用療法、禁忌症、及び／またはその使用に関する警告についての情報を含有する、治療製品の商業用パッケージに通例含まれる指示書を指すために使用される。
【０１３７】
「滅菌」製剤は、無菌であるか、または全ての生存微生物及びそれらの胞子を含まない。
【０１３８】
「製造品」は、少なくとも１つの試薬、例えば、疾患もしくは障害（例えば、がん）の治療のための薬物、または本明細書に記載されるバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む、任意の製造物（例えば、パッケージもしくは容器）またはキットである。特定の実施形態において、製造物またはキットは、本明細書に記載される方法を実行するためのユニットとして、推奨、流通、または販売される。
【０１３９】
「小分子」という用語は、約２０００ダルトン以下、好ましくは約５００ダルトン以下の分子量を有する任意の分子を指す。
【０１４０】
「標識」という単語は、本明細書で使用される場合、ポリヌクレオチドプローブなどの試薬または抗体に直接的または間接的にコンジュゲートまたは融合され、それがコンジュゲートまたは融合される試薬の検出を容易にする化合物または組成物を指す。標識は、それ自体が検出可能（例えば、放射性同位体標識もしくは蛍光標識）であり得るか、または酵素標識の場合、検出可能である基質化合物もしくは組成物の化学改変を触媒し得る。この用語は、検出可能な物質をプローブまたは抗体に共役すること（すなわち、物理的に連結すること）によるプローブまたは抗体の直接的標識、及び直接的に標識される別の試薬との反応性によるプローブまたは抗体の間接的標識を包含することが意図される。間接的標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を使用する一次抗体の検出、及び蛍光標識されたストレプトアビジンで検出され得るようなビオチンを有するＤＮＡプローブの末端標識が挙げられる。
【０１４１】
「抗体」という用語は、最も広義に使用され、具体的には、それらが所望される生物学的活性を呈する限り、モノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片を網羅する。
【０１４２】
「天然抗体」は通常、２つの同一の軽（Ｌ）鎖及び２つの同一の重（Ｈ）鎖からなる約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖が１つの共有ジスルフィド結合により重鎖に連結している一方で、ジスルフィド結合の数は、異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で異なる。各重鎖及び軽鎖はまた、規則的に離間した鎖内ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、その後いくつかの定常ドメインが続く。各軽鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、その他方の端に定常ドメインを有し、軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインと整列し、軽鎖の可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列する。特定のアミノ酸残基が、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間に界面を形成すると考えられている。
【０１４３】
「単離された」抗体は、その自然環境の構成成分から特定及び分離され、かつ／または回収された抗体である。その自然環境の混入構成成分は、抗体の研究的、診断的、及び／または治療的使用と干渉する材料であり、それらには、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク質性溶質が含まれ得る。いくつかの実施形態において、抗体は、（１）例えば、ローリー法によって決定される、抗体の９５重量％超、及びいくつかの実施形態において、９９重量％超になるまで、（２）例えば、スピニングカップシークエネーターを使用することによって、Ｎ末端または内部アミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度まで、または（３）例えば、クマシーブルーまたはシルバー染色を使用して、還元もしくは非還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥによって均質性が得られるまで、精製される。単離された抗体は、組換え細胞内でインサイチュの抗体を含むが、これは、抗体の天然環境の少なくとも１つの構成成分が存在していないためである。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製ステップによって調製されるだろう。
【０１４４】
「遮断」抗体または抗体「アンタゴニスト」は、それが結合する抗原の生物学的活性を阻害または低下させる抗体である。例えば、ＶＥＧＦ特異的アンタゴニスト抗体は、ＶＥＧＦに結合し、ＶＥＧＦが血管内皮細胞増殖を誘導する能力を阻害する。好ましい遮断抗体またはアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を完全に阻害する。
【０１４５】
別段示されない限り、「多価抗体」という表現は、本明細書を通して、３つ以上の抗原結合部位を含む抗体を意味するために使用される。多価抗体は、好ましくは、３つ以上の抗原結合部位を有するように操作され、一般に、天然配列ＩｇＭまたはＩｇＡ抗体ではない。
【０１４６】
任意の哺乳動物種に由来する抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（「κ」）及びラムダ（「λ」）と呼ばれる２つの明らかに異なる種類のうちの１つに割り当てることができる。
【０１４７】
「定常ドメイン」という用語は、抗原結合部位を含有する可変ドメインである免疫グロブリンの他方の部分と比較して、より保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３ドメイン（集合的に、ＣＨ）、ならびに軽鎖のＣＨＬ（またはＣＬ）ドメインを含有する。
【０１４８】
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と称され得る。軽鎖の可変ドメインは、「ＶＬ」と称され得る。これらのドメインは一般に、抗体の最可変部分であり、抗原結合部位を含有する。
【０１４９】
「可変」という用語は、可変ドメインのある特定のセグメントが配列において抗体間で広範囲にわたって異なるという事実を指す。可変または「Ｖ」ドメインは、抗原結合を媒介し、特定の抗体の、その特定の抗原に対する特異性を定義する。しかしながら、可変性は、可変ドメインの長さにわたって均等に分布していない。代わりに、Ｖ領域は、各々９〜１２アミノ酸長の「超可変領域」と呼ばれる極度の可変性を有するより短い領域によって分離された、１５〜３０個のアミノ酸を有するフレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる比較的不変の伸長からなる。「超可変領域」または「ＨＶＲ」という用語は、本明細書で使用される場合、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は一般に、例えば、ＶＬでは残基約２４〜３４（Ｌ１）、５０〜５６（Ｌ２）、及び８９〜９７（Ｌ３）、ＶＨでは残基約２６〜３５（Ｈ１）、４９〜６５（Ｈ２）、及び９５〜１０２（Ｈ３）（一実施形態において、Ｈ１は、残基約３１〜３５）からのアミノ酸残基、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１））、ならびに／または「超可変ループ」からのアミノ酸残基（例えば、ＶＬでは残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、及び９１〜９６（Ｌ３）、ＶＨでは２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）、及び９６〜１０１（Ｈ３）、Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７）を含む。天然重鎖及び軽鎖の可変ドメインは各々、ベータシート構造の一部を接続し、場合によっては、その一部を形成するループを形成する、３つの超可変領域によって接続された主にベータシート配置をとる４つのＦＲを含む。各鎖内の超可変領域は、ＦＲによって近接近して一緒に保持され、他の鎖由来の超可変領域とともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１）を参照されたい）。したがって、ＨＶＲ及びＦＲ配列は一般に、ＶＨ（またはＶＬ）において以下の配列、ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４で出現する。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接は関与しないが、抗体の抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）への関与などの様々なエフェクター機能を呈する。
【０１５０】
本明細書の目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、以下に定義される、ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来する、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワークまたは重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワーク「に由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含み得るか、またはそれは、アミノ酸配列変化を含有し得る。いくつかの実施形態において、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、または２以下である。いくつかの実施形態において、ＶＬアクセプターヒトフレームワークの配列は、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列またはヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。
【０１５１】
「超可変領域」、「ＨＶＲ」、または「ＨＶ」という用語は、本明細書で使用される場合、配列が超可変性である、かつ／または構造的に定義されたループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。一般に、抗体は、６つのＨＶＲを含み、３つがＶＨにあり（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、３つがＶＬにある（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）。天然抗体において、Ｈ３及びＬ３は、これらの６つのＨＶＲのうちで最も高い多様性を提示し、特にＨ３が、抗体に優れた特異性を与える上で特有の役割を果たすと考えられている。例えば、Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ１３：３７−４５（２０００）、Ｊｏｈｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｗｕ，ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ２４８：１−２５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３）を参照されたい。実際には、重鎖のみからなる天然に存在するラクダ科抗体は、軽鎖の不在下で機能的であり、安定している。例えば、Ｈａｍｅｒｓ−Ｃａｓｔｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３６３：４４６−４４８（１９９３）、Ｓｈｅｒｉｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：７３３−７３６（１９９６）を参照されたい。
【０１５２】
いくつかのＨＶＲの描写が本明細書で使用されており、本明細書に包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列可変性に基づくものであり、最も一般的に使用されている（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。代わりに、Ｃｈｏｔｈｉａは、構造的ループの位置に言及している（Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））。ＡｂＭ  ＨＶＲは、Ｋａｂａｔ  ＨＶＲとＣｈｏｔｈｉａ構造的ループとの間の折衷案を表し、Ｏｘｆｏｒｄ  ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデル化ソフトウェアによって使用されている。「接触」ＨＶＲは、入手可能な複合体結晶構造の分析に基づく。これらのＨＶＲの各々に由来する残基を、以下に記載する。
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【０１５３】
ＨＶＲは、ＶＬ内の２４〜３６または２４〜３４（Ｌ１）、４６〜５６または５０〜５６（Ｌ２）、及び８９〜９７または８９〜９６（Ｌ３）、ならびにＶＨ内の２６〜３５（Ｈ１）、５０〜６５、または４９〜６５（Ｈ２）、及び９３〜１０２、９４〜１０２、または９５〜１０２（Ｈ３）のような「延長ＨＶＲ」を含み得る。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について、Ｋａｂａｔら（上記参照）に従って番号付けされる。
【０１５４】
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基は、本明細書に定義されるＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。
【０１５５】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般的に生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列の下位群からである。一般に、配列の下位群は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ９１−３２４２，Ｂｅｔｈｅｓｄａ  ＭＤ（１９９１），ｖｏｌｓ．１−３にあるような下位群である。一実施形態において、ＶＬでは、下位群は、Ｋａｂａｔら（上記参照）にあるような下位群カッパＩである。一実施形態において、ＶＨでは、下位群は、Ｋａｂａｔら（上記参照）にあるような下位群ＩＩＩである。
【０１５６】
「Ｋａｂａｔにあるような可変ドメイン残基番号付け」または「Ｋａｂａｔにあるようなアミノ酸位置番号付け」という用語、及びそれらの変化形は、Ｋａｂａｔら（上記参照）における抗体の編集物の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに使用される番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを使用して、実際の直鎖状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲもしくはＨＶＲの短縮、またはそれへの挿入に対応する、より少ないアミノ酸または追加のアミノ酸を含有し得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従う残基５２ａ）を含み得、重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔに従う残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃなど）を含み得る。残基のＫａｂａｔ番号付けは、「標準の」Ｋａｂａｔにより番号付けされた配列との、抗体の配列の相同性領域での整列によって所与の抗体について決定され得る。
【０１５７】
Ｋａｂａｔ番号付けシステムは一般に、可変ドメイン内の残基（およそ軽鎖の残基１〜１０７及び重鎖の残基１〜１１３）に言及する場合に使用される（例えば、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。「ＥＵ番号付けシステム」または「ＥＵ指標」は一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基に言及する場合に使用される（例えば、Ｋａｂａｔら（上記参照）に報告されるＥＵ指標）。「ＫａｂａｔにあるようなＥＵ指標」とは、ヒトＩｇＧ１  ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。本明細書において別段述べられない限り、抗体の可変ドメイン内の残基番号への言及は、Ｋａｂａｔ番号付けシステムによる残基番号付けを意味する。本明細書において別段述べられない限り、抗体の定常ドメイン内の残基番号への言及は、ＥＵ番号付けシステムによる残基番号付けを意味する（ＥＵ番号付けについては、例えば、米国仮出願第６０／６４０，３２３号の図を参照されたい）。
【０１５８】
別段示されない限り、可変ドメイン内のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、本明細書において、Ｋａｂａｔら（上記参照）に従って番号付けされる。
【０１５９】
「完全長抗体」、「無傷抗体」、及び「全抗体」という用語は、以下に定義される抗体断片ではなく、その実質的に無傷な形態にある抗体を指すために、本明細書において互換的に使用される。これらの用語は、具体的には、Ｆｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
【０１６０】
「抗体断片」は、好ましくはその抗原結合領域を含む、無傷抗体の一部を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗体断片は、抗原結合断片である。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片、ダイアボディ、直鎖状抗体、一本鎖抗体分子、ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられる。
【０１６１】
抗体のパパイン消化は、各々が単一の抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗原結合断片、及び容易に結晶化する能力を反映する名称を持つ残基「Ｆｃ」断片を産生する。ペプシン処理は、Ｆ（ａｂ’）２断片をもたらし、これは、２つの抗原結合部位を有し、依然として抗原を架橋することができる。
【０１６２】
本明細書における「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。この用語は、天然配列Ｆｃ領域及びバリアントＦｃ領域を含む。一実施形態において、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、またはＰｒｏ２３０から、重鎖のカルボキシル末端まで延長する。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在する場合もあれば、存在しない場合もある。本明細書において別段明記されない限り、Ｆｃ領域または定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１）に記載される、ＥＵ指標とも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
【０１６３】
「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性を指し、抗体のアイソタイプにより異なる。抗体エフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞毒性（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、抗体依存性細胞媒介細胞毒性（ＡＤＣＣ）、食作用、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方制御、ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。
【０１６４】
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を含有する最小抗体断片である。一実施形態において、二本鎖Ｆｖ種は、密接な非共有結合的会合にある１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種において、１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインは、軽鎖及び重鎖が二本鎖Ｆｖ種における構造に類似した「二量体」構造で会合し得るように、柔軟性ペプチドリンカーによって共有結合的に連結され得る。各可変ドメインの３つのＨＶＲが相互作用して、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面上の抗原結合部位を定義するのは、この立体配置においてである。集合的に、６つのＨＶＲが抗体に抗原結合特異性を与える。しかしながら、全結合部位よりも低い親和性ではあるが、単一可変ドメイン（または抗原に特異的な３つのＨＶＲのみを含むＦｖの半分）でさえも、抗原を認識し、それに結合する能力を有する。
【０１６５】
Ｆａｂ断片は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含有し、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）もまた含有する。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域に由来する１つ以上のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端への数個の残基の付加によって、Ｆａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離チオール基を持つＦａｂ’の本明細書における表記である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は元々、それらの間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として産生されたものであった。抗体断片の他の化学共役もまた、既知である。
【０１６６】
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖内に存在する。一般に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間にポリペプチドリンカーを更に含み、これにより、ｓｃＦｖが抗原結合に所望される構造を形成することが可能になる。ｓｃＦｖに関する概説については、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９４），ｐｐ．２６９−３１５を参照されたい。
【０１６７】
「多重特異性抗体」という用語は、最も広義に使用され、具体的には、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）及び軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む抗体を網羅し、ＶＨ−ＶＬ単位が多重エピトープ特異性を有する（すなわち、１つの生物学的分子上の２つの異なるエピトープまたは異なる生物学的分子上の各エピトープに結合することができる）。そのような多重特異性抗体としては、完全長抗体、２つ以上のＶＬ及びＶＨドメインを有する抗体、抗体断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、二重特異性ダイアボディ、及びトリアボディなど）、共有結合的または非共有結合的に連結されている抗体断片が挙げられるが、これらに限定されない。「ポリエピトープ特異性」は、同じまたは異なる標的（複数可）上の２つ以上の異なるエピトープに特異的に結合する能力を指す。「二特異性」または「二重特異性」は、同じまたは異なる標的（複数可）上の２つの異なるエピトープに特異的に結合する能力を指す。しかしながら、二重特異性抗体とは対照的に、二特異性抗体は、アミノ酸配列が同一の２つの抗原結合アームを有し、各Ｆａｂアームは、２つの抗原を認識することができる。二特異性により、抗体が単一のＦａｂまたはＩｇＧ分子として高い親和性で２つの異なる抗原と相互作用することが可能になる。一実施形態に従うと、ＩｇＧ１形態の多重特異性抗体は、５μＭ〜０．００１ｐＭ、３μＭ〜０．００１ｐＭ、１μＭ〜０．００１ｐＭ、０．５μＭ〜０．００１ｐＭ、または０．１μＭ〜０．００１ｐＭの親和性で各エピトープに結合する。「単一特異性」は、１つのエピトープにのみ結合する能力を指す。
【０１６８】
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する抗体断片を指し、これらの断片は、同じポリペプチド鎖内の軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）（ＶＨ−ＶＬ）を含む。同じ鎖上の２つのドメイン間での対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、ドメインを別の鎖の相補的ドメインと対合させ、２つの抗原結合部位を作製することができる。ダイアボディは、二価または二重特異性であり得る。ダイアボディは、例えば、ＥＰ４０４，０９７、ＷＯ１９９３／０１１６１、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．“Ｍｅｄ．”９：１２９−１３４（２００３）、及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：６４４４−６４４８（１９９３）により詳細に説明されている。トリアボディ及びテトラボディもまた、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．“Ｍｅｄ．”９：１２９−１３４（２００３）に説明されている。
【０１６９】
抗体の「クラス」は、その重鎖が所有する定常ドメインまたは定常領域の種類を指す。５つの主要なクラスの抗体、つまり、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭが存在し、これらのうちのいくつかは、「サブクラス」（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２に更に分けることができる。抗体の異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインはそれぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【０１７０】
「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、実質的に同種の抗体集団から得られる抗体を指し、例えば、その集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る可能な変異、例えば、天然に存在する変異を除いて同一である。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、別個の抗体の混合物ではないという抗体の特徴を示す。特定の実施形態において、そのようなモノクローナル抗体は典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、標的結合ポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列を選択することを含むプロセスによって得られたものである。例えば、選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、または組み換えＤＮＡクローンのプールなどの複数のクローンから特有のクローンを選択することであり得る。選択された標的結合配列が、例えば、標的への親和性の改善、標的結合配列のヒト化、細胞培養物中でのその産生の改善、インビボでのその免疫原性の低下、多重特異性抗体の作製などを行うように更に改変されてもよく、改変された標的結合配列を含む抗体もまた、本発明のモノクローナル抗体であることを理解されたい。異なる決定基（エピトープ）に対して指向された異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向される。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、それらには典型的に他の免疫グロブリンが混入していないという点で有利である。
【０１７１】
「モノクローナル」という修飾語は、実質的に同種の抗体集団から得られるという抗体の特徴を示し、いかなる特定の方法による抗体の産生も必要とするものと解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ２５６：４９５−９７（１９７５）、Ｈｏｎｇｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ１４（３）：２５３−２６０（１９９５）、Ｈａｒｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ  ｅｄ．１９８８）、Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，ｉｎ：Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｔ  ｃｅｌｌ  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ５６３−６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組み換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい）、ファージ提示技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８，１９９１、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７，１９９２、Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０，２００４、Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３，２００４、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１０１（３４）：１２４６７−１２４７２，２００４、及びＬｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ２８４（１−２）：１１９−１３２，２００４を参照されたい）、ならびにヒト免疫グロブリン配列をコードするヒト免疫グロブリン遺伝子座または遺伝子の一部または全部を有するヒトまたはヒト様抗体を動物において産生するための技術（例えば、ＷＯ１９９８／２４８９３、ＷＯ１９９６／３４０９６、ＷＯ１９９６／３３７３５、ＷＯ１９９１／１０７４１、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：２５５１，１９９３、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３６２：２５５−２５８，１９９３、Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｙｅａｒ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３，１９９３、米国特許第５，５４５，８０７号、同第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、及び同第５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ１０：７７９−７８３（１９９２）、Ｌｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３６８：８５６−８５９，１９９４、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ３６８：８１２−８１３，１９９４、Ｆｉｓｈｗｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５−８５１，１９９６、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６，１９９６、及びＬｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３，１９９５を参照されたい）を含む様々な方法によって作製することができる。
【０１７２】
本明細書におけるモノクローナル抗体には、具体的には、重鎖及び／または軽鎖の一部が、特定の種に由来するか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体内の対応する配列と同一または相同である一方で、鎖（複数可）の残りが、別の種に由来するか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体内の対応する配列と同一または相同である「キメラ」抗体、ならびにそれらが所望される生物学的活性を呈する限りそのような抗体の断片を含む（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号及びＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８１：６８５１−６８５５（１９８４）を参照されたい）。キメラ抗体としては、ＰＲＩＭＡＴＩＺＥＤ（登録商標）抗体が挙げられ、この抗体の抗原結合領域は、例えば、マカクザルを対象となる抗原で免疫化することによって産生された抗体に由来する。
【０１７３】
「ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞により産生された抗体、またはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体コード配列を利用する非ヒト源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を所有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を明確に除外する。
【０１７４】
非ヒト（例えば、齧歯類）抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト抗体に由来する最小配列を含有するキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）であり、レシピエントの超可変領域に由来する残基が、所望される抗体特異性、親和性、及び能力を有するマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）の超可変領域に由来する残基によって置き換えられている。いくつかの事例において、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基によって置き換えられる。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体には見出されない残基を含み得る。これらの修飾は、抗体性能を更に改良するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、及び典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、超可変ループの全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンの超可変ループに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン配列のＦＲである。ヒト化抗体はまた、任意で、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部も含む。更なる詳細については、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３２１：５２２−５２５，１９８６、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３３２：３２３−３２９，１９８８、及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６，１９９２を参照されたい。
【０１７５】
出発または基準ポリペプチドの「バリアント」または「変異体」（例えば、基準抗体またはその可変ドメイン（複数可）／ＨＶＲ（複数可））は、（１）出発または基準ポリペプチドのアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を有し、かつ（２）天然変異誘発または人工（人造）変異誘発のいずれかを通して出発または基準ポリペプチドから得られた、ポリペプチドである。そのようなバリアントとしては、例えば、本明細書において「アミノ酸残基改変」と称される、対象となるポリペプチドのアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／またはそれへの挿入、及び／またはその置換が挙げられる。したがって、バリアントＨＶＲは、出発または基準ポリペプチド配列（供給源抗体または抗原結合断片のものなど）に対してバリアント配列を含むＨＶＲを指す。この文脈において、アミノ酸残基改変は、出発または基準ポリペプチド配列（基準抗体またはその断片のものなど）内の対応する位置のアミノ酸とは異なるアミノ酸を指す。欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせによって、最終バリアントまたは変異体構築物に到達することができるが、但し、最終構築物が所望される機能的特性を所有することを条件とする。グリコシル化部位の数または位置の変化などのアミノ酸変化により、ポリペプチドの翻訳後プロセスも改変され得る。
【０１７６】
「野生型（ＷＴ）」もしくは「基準」配列または「野生型」もしくは「基準」タンパク質／ポリペプチド（基準抗体のＨＶＲまたは可変ドメインなど）の配列は、変異の導入を通してバリアントポリペプチドが得られる基準配列であり得る。一般に、所与のタンパク質の「野生型」配列は、自然界で最も一般的な配列である。同様に、「野生型」遺伝子配列は、自然界で最も一般的に見出されるその遺伝子の配列である。変異は、天然プロセスまたは人為的手段のいずれかを通して、「野生型」遺伝子（及び故にそれがコードするタンパク質）に導入され得る。そのようなプロセスの産物は、最初の「野生型」タンパク質または遺伝子の「バリアント」または「変異体」形態である。
【０１７７】
「基準抗体」は、本明細書で使用される場合、抗体またはその断片を指し、その抗原結合配列が鋳型配列の役割を果たし、そこで本明細書に記載される基準に従う多様化が実行される。抗原結合配列は一般に、好ましくはフレームワーク領域を含む、抗体可変領域、好ましくは少なくとも１つのＨＶＲを含む。
【０１７８】
本明細書で使用される場合、「ライブラリ」は、複数の抗体または抗体断片配列（例えば、本発明の抗ＶＥＧＦ抗体もしくは抗ＰＤ−Ｌ１抗体）、またはこれらの配列をコードする核酸を指し、これらの配列は、例えば、本明細書の方法に従ってこれらの配列に導入されるバリアントアミノ酸の組み合わせの点で異なる。
【０１７９】
「親和性」は、分子（例えば、抗体）とその結合パートナー（例えば、抗原）との単一結合部位の間の非共有結合的相互作用の合計の強度を指す。別段示されない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体及び抗原）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は一般に、解離定数（Ｋｄ）によって表され得る。親和性は、本明細書に記載される方法を含む、当該技術分野において既知である一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための具体的な例証的かつ例示的な実施形態が、本明細書に記載される。
【０１８０】
抗体の標的分子への結合に関して、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープに「特異的な結合」または「に特異的に結合する」または「に特異的である」という用語は、非特異的相互作用とは測定可能な程度異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、対照分子の結合との比較での分子の結合を決定することによって測定することができる。例えば、特異的結合は、標的、例えば、過剰な非標識標的に類似した対照分子との競合によって決定され得る。この場合、標識された標的の、プローブへの結合が、過剰な非標識標的によって競合的に阻害される場合に、特異的結合が示される。「特異的結合」、または特定のポリペプチドもしくは特定のポリペプチド標的上のエピトープ「に特異的に結合する」もしくは「に特異的である」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、１０−４Ｍ以下、あるいは１０−５Ｍ以下、あるいは１０−６Ｍ以下、あるいは１０−７Ｍ以下、あるいは１０−８Ｍ以下、あるいは１０−９Ｍ以下、あるいは１０−１０Ｍ以下、あるいは１０−１１Ｍ以下、あるいは１０−１２Ｍ以下の標的に対するＫｄ、または１０−４Ｍ〜１０−６Ｍまたは１０−６Ｍ〜１０−１０Ｍまたは１０−７Ｍ〜１０−９Ｍの範囲のＫｄを有する分子によって呈され得る。当業者によって理解されるように、親和性及びＫｄ値は、反比例する。抗原に対する高い親和性は、低いＫｄ値によって測定される。一実施形態において、「特異的結合」という用語は、ある分子が、いかなる他のポリペプチドまたはポリペプチドエピトープにも実質的に結合することなく、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに結合する結合を指す。
【０１８１】
「親和性成熟」抗体は、そのような改変を所有しない親抗体と比較して、１つ以上の超可変領域（ＨＶＲ）に１つ以上の改変を有し、そのような改変により抗体の抗原に対する親和性が改善される抗体を指す。
【０１８２】
基準抗体と「同じエピトープに結合する抗体」は、競合アッセイにおいて、基準抗体のその抗原への結合を５０％以上遮断する抗体、及び逆に、競合アッセイにおいて、抗体のその抗原への結合を５０％以上遮断する基準抗体を指す。
【０１８３】
「免疫コンジュゲート」は、細胞毒性剤を含むが、これに限定されない１つ以上の異種分子（複数可）にコンジュゲートされる抗体である。
【０１８４】
本明細書で使用される場合、「イムノアドヘシン」という用語は、異種タンパク質（「アドヘシン」）の結合特異性と、免疫グロブリン定常ドメインのエフェクター機能とを組み合わせる、抗体様分子を表す。構造的には、イムノアドヘシンは、抗体の抗原認識及び結合部位以外である所望される結合特異性を有する（すなわち、「異種の」）アミノ酸配列と、免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合物を含む。イムノアドヘシン分子のアドヘシン部分は典型的には、少なくとも受容体またはリガンドの結合部位を含む近接アミノ酸配列である。イムノアドヘシン中の免疫グロブリン定常ドメイン配列は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２（ＩｇＧ２Ａ及びＩｇＧ２Ｂを含む）、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４サブタイプ、ＩｇＡ（ＩｇＡ１及びＩｇＡ２を含む）、ＩｇＥ、ＩｇＤ、またはＩｇＭなどの任意の免疫グロブリンから得ることができる。Ｉｇ融合物は好ましくは、Ｉｇ分子内の少なくとも１つの可変領域の場所に、本明細書に記載されるポリペプチドまたは抗体のドメインの置換を含む。特に好ましい実施形態において、免疫グロブリン融合物は、ＩｇＧ１分子のヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３、またはヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３領域を含む。免疫グロブリン融合物の産生については、米国特許第５，４２８，１３０号もまた参照されたい。例えば、本明細書における療法に有用な薬物としての有用なイムノアドヘシンとしては、免疫グロブリン配列の定常ドメインに融合される、ＰＤ−Ｌ１もしくはＰＤ−Ｌ２の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）もしくはＰＤ−１結合部分、またはＰＤ−１の細胞外もしくはＰＤ−Ｌ１もしくはＰＤ−Ｌ２結合部分（それぞれ、ＰＤ−Ｌ１  ＥＣＤ−Ｆｃ、ＰＤ−Ｌ２  ＥＣＤ−Ｆｃ、及びＰＤ−１  ＥＣＤ−Ｆｃなど）を含むポリペプチドが挙げられる。細胞表面受容体のＩｇ  ＦｃとＥＣＤとのイムノアドヘシンの組み合わせは、可溶性受容体と称されることがある。
【０１８５】
「融合タンパク質」及び「融合ポリペプチド」は、ともに共有結合的に連結されている２つの部分を有するポリペプチドを指し、ここで、これらの部分の各々は、異なる特性を有するポリペプチドである。この特性は、インビトロまたはインビボでの活性などの生物学的特性であり得る。この特性はまた、標的分子への結合及び反応の触媒作用などの、単純な化学的または物理的特性でもあり得る。これらの２つの部分は、単一のペプチド結合によって直接的に、またはペプチドリンカーを通して連結され得るが、それらは、互いの読み枠内にある。
【０１８６】
本明細書に特定されるポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」は、最大の配列同一性パーセントを達成するように、配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後に、かついかなる保存的置換も配列同一性の一部とは見なさずに、候補配列内のアミノ酸残基が、比較されるポリペプチド内のアミノ酸残基と同一であるパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定するための整列は、当該技術分野の範囲内の様々な方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して達成され得る。当業者であれば、比較されている配列の完全長にわたって最大の整列を達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、整列を測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本明細書における目的のために、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって記述され、ソースコードは、ユーザ文書と共に米国著作権庁（Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．，２０５５９）に提出されており、米国著作権番号ＴＸＵ５１００８７の下に登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａを通して公的に入手可能である。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、ＵＮＩＸオペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ  Ｖ４．０Ｄで使用する場合はコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムにより設定されており、変動しない。
【０１８７】
ＡＬＩＧＮ−２がアミノ酸配列比較に用いられる状況において、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの、またはそれに対する、所与のアミノ酸配列Ａのアミノ酸配列同一性％（あるいは、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの、またはそれに対するある特定のアミノ酸配列同一性％を有するか、または含む所与のアミノ酸配列Ａと表現され得る）は、以下、
１００×分数Ｘ／Ｙ
のように計算され、式中、Ｘは、配列整列プログラムＡＬＩＧＮ−２によって、そのプログラムのＡとＢとの整列において完全な一致としてスコア化されたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂにおけるアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢへのアミノ酸配列同一性％は、ＢのＡへのアミノ酸配列同一性％とは等しくないことが理解されるだろう。別段具体的に述べられない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性％値は、直前の段落に記載されるようにＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して得られる。
【０１８８】
本明細書で互換的に使用される「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基、及び／またはそれらの類似体、あるいはＤＮＡまたはＲＮＡポリメラーゼによって、または合成反応によってポリマーに組み込むことができる任意の基質であり得る。したがって、例えば、本明細書に定義されるポリヌクレオチドとしては、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖であり得るか、または一本鎖及び二本鎖領域を含み得るＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書で使用される場合、ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。そのような領域内の鎖は、同じ分子に由来しても、異なる分子に由来してもよい。これらの領域は、これらの分子のうちの１つ以上の全てを含み得るが、より典型的には、これらの分子のうちのいくつかの領域のみを含む。三重螺旋領域の分子のうちの１つは、多くの場合、オリゴヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」という用語は、具体的には、ｃＤＮＡを含む。
【０１８９】
ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそれらの類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーの組み立て前または後に付与され得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド構成成分によって中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば、標識とのコンジュゲートなどによって合成後に更に修飾され得る。他の種類の修飾としては、例えば、天然に存在するヌクレオチドのうちの１つ以上を類似体と置換する「キャップ」、ヌクレオチド間修飾、例えば、非電荷性結合（例えば、メチルホスホン酸、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、及びカルバメートなど）によるもの、ならびに電荷性結合（例えば、ホスホロチオエート及びホスホロジチオエートなど）によるもの、懸垂部分、例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、及びポリ−Ｌ−リシンなど）などを含有するもの、挿入剤（例えば、アクリジン及びソラーレンなど）によるもの、キレート剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、及び酸化金属など）を含有するもの、アルキル化剤を含有するもの、修飾結合（例えば、アルファアノマー核酸など）によるもの、ならびにポリヌクレオチド（複数可）の未修飾形態が挙げられる。更に、糖内に通常存在するヒドロキシル基のうちのいずれかは、例えば、ホスホン酸基、リン酸基によって置き換えられるか、標準保護基により保護されるか、もしくは活性化されて、追加のヌクレオチドへの追加の結合を調製してもよく、または固体もしくは半固体支持体にコンジュゲートされてもよい。５’及び３’末端ＯＨをリン酸化するか、またはアミンもしくは１〜２０個の炭素原子の有機キャッピング基部分と置換することができる。他のヒドロキシルもまた、標準保護基に誘導体化されてもよい。ポリヌクレオチドはまた、例えば、２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−または２’−アジド−リボース、炭素環糖の類似体、α−アノマー糖、エピマー糖（アラビノース、キシロース、またはリキソースなど）、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、アクリル酸類似体、及び脱塩基ヌクレオシド類似体（メチルリボシドなど）を含む、当該技術分野において一般に既知であるリボース糖またはデオキシリボース糖の類似形態も含有することができる。１つ以上のホスホジエステル結合は、代替的な連結基に置き換えられてもよい。これらの代替的な連結基としては、リン酸がＰ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、“（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ、またはＣＨ２（「ホルムアセタール」）に置き換えられる実施形態が挙げられるが、これらに限定されず、各ＲまたはＲ’は独立して、Ｈであるか、または置換もしくは非置換アルキル（１−２０Ｃ）（任意でエーテル（−Ｏ−）結合を含有する）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、もしくはアラルジルである。ポリヌクレオチド内の全ての結合が同一である必要はない。前述の説明は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む、本明細書で言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
【０１９０】
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」は一般に、約２５０ヌクレオチド長未満であるが、必ずしもそうではない、短い一本鎖ポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチドは、合成であってもよい。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、相互排他的ではない。ポリヌクレオチドについての上記の説明は、オリゴヌクレオチドに等しく完全に適用可能である。
【０１９１】
「プライマー」という用語は、核酸にハイブリダイズすることができ、一般に遊離３’−ＯＨ基を提供することによって相補的核酸の重合を可能にする、一本鎖ポリヌクレオチドを指す。
【０１９２】
「宿主細胞」、「宿主細胞株」、及び「宿主細胞培養物」という用語は、互換的に使用され、外因性核酸が導入されている細胞を指し、そのような細胞の子孫を含む。宿主細胞としては、「形質転換体」及び「形質転換細胞」が挙げられ、これらには、初代形質転換細胞及び継代の数に関わらずそれに由来する子孫が含まれる。子孫は、核酸含有量が親細胞と完全に同一ではない場合があるが、変異を含み得る。最初に形質転換された細胞についてスクリーニングまたは選択されたものと同じ機能または生物学的活性を有する変異子孫が、本明細書に含まれる。
【０１９３】
「ベクター」という用語は、本明細書で使用される場合、それが結合している別の核酸を運搬することができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、及びそれが導入されている宿主細胞のゲノム内に組み込まれたベクターを含む。特定のベクターは、それらが動作可能に結合している核酸の発現を指向することができる。そのようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と称される。
【０１９４】
「単離された」核酸分子は、核酸の天然源中の、それが通常関連する少なくとも１つの混入核酸分子から特定及び分離される核酸分子である。単離された核酸分子は、それが自然界で見出される形態または設定以外である。したがって、単離された核酸分子は、天然細胞内に存在する核酸分子とは区別される。しかしながら、単離された核酸分子は、例えば、核酸分子が天然細胞の染色体位置とは異なる染色体位置にある抗体を通常発現する細胞内に含有される核酸分子を含む。
【０１９５】
「変異」と、野生型配列などの基準ヌクレオチド配列との比較での、ヌクレオチド（複数可）の欠失、挿入、または置換である。
【０１９６】
本明細書で使用される場合、「コドンセット」は、所望されるバリアントアミノ酸をコードするために使用される一組の異なるヌクレオチドトリプレット配列を指す。一組のオリゴヌクレオチドは、例えば、そのコドンセットによって提供されるヌクレオチドトリプレットの全ての可能な組み合わせを表し、かつ所望されるアミノ酸群をコードする配列を含む、固相合成によって合成され得る。コドン表記の標準形式は、ＩＵＢコードのものであり、これは、当該技術分野において既知であり、かつ本明細書に記載される。コドンセットは、典型的には、イタリック体の３つの大文字、例えば、
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などによって表される。特定の位置に選択されたヌクレオチド「縮重」を有するオリゴヌクレオチドの合成、例えば、ＴＲＩＭアプローチ（Ｋｎａｐｐｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９６：５７−８６，１９９９）、Ｇａｒｒａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ１２８：１０３，１９９３）は、当該技術分野において周知である。特定のコドンセットを有するそのような組のオリゴヌクレオチドは、商業的核酸合成機（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡから入手可能）を使用して合成さすることができるか、または商業的に得ることができる（例えば、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤから）。したがって、特定のコドンセットを有する合成された一組のオリゴヌクレオチドは、典型的には、異なる配列を有する複数のオリゴヌクレオチドを含み、差異は、全体配列内のコドンセットによって確立される。本発明に従って使用されるオリゴヌクレオチドは、可変ドメイン核酸鋳型へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有し、例えば、クローニング目的に有用な制限酵素部位も含み得るが、必ずしも含むわけではない。
【０１９７】
「制御配列」という表現は、特定の宿主生物における作動可能に連結されたコード配列の発現に必要なＤＮＡ配列を指す。原核生物に好適な制御配列としては、例えば、プロモーター、任意に、オペレーター配列、及びリボソーム結合部位が挙げられる。真核細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、及びエンハンサーを利用することが既知である。
【０１９８】
核酸は、それが別の核酸配列と機能的関係に置かれているときに「作動可能に連結される」。例えば、プレ配列または分泌リーダーのＤＮＡは、それがポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現される場合に、ポリペプチドのＤＮＡに作動可能に連結されるか、プロモーターまたはエンハンサーは、それがコード配列の転写に影響を及ぼす場合に、コード配列に作動可能に連結されるか、またはリボソーム結合部位は、それが翻訳を容易にするように位置付けられる場合に、コード配列に作動可能に連結される。一般に、「作動可能に連結される」は、連結されるＤＮＡ配列が近接していること、及び分泌リーダーの場合、近接しており、読み取り相にあることを意味する。しかしながら、エンハンサーは、近接していなくてもよい。連結は、好都合な制限部位でのライゲーションによって達成される。そのような部位が存在しない場合、合成オリゴヌクレオチドアダプターまたはリンカーが、従来の慣例に従って使用される。
【０１９９】
「血管内皮成長因子」または「ＶＥＧＦ」という用語は、Ｓｗｉｓｓ  Ｐｒｏｔ受託番号Ｐ１５６９２、遺伝子ＩＤ（ＮＣＢＩ）：７４２２によって例示される、血管内皮成長因子タンパク質Ａを指す。「ＶＥＧＦ」という用語は、Ｓｗｉｓｓ  Ｐｒｏｔ受託番号Ｐ１５６９２、遺伝子ＩＤ（ＮＣＢＩ）：７４２２のアミノ酸配列を有するタンパク質、及びその相同体及びアイソフォームを包含する。「ＶＥＧＦ」という用語はまた、既知のアイソフォーム、例えば、ＶＥＧＦのスプライスアイソフォーム、例えば、ＶＥＧＦ１１１、ＶＥＧＦ１２１、ＶＥＧＦ１４５、ＶＥＧＦ１６５、ＶＥＧＦ１８９、及びＶＥＧＦ２０６を、それらの天然に存在する対立遺伝子形態及びプロセス型形態とともに包含し、これには、Ｆｅｒｒａｒａ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｅｌｌ．２１：６８７，２０１０、Ｌｅｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４６：１３０６．１９８９、及びＨｏｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎ．，５：１８０６，１９９１に記載されるＶＥＧＦ１６５のプラスミン切断によって生成される１１０個のアミノ酸のヒト血管内皮細胞成長因子が含まれる。「ＶＥＧＦ」という用語はまた、マウス、ラット、または霊長類などの非ヒト種に由来するＶＥＧＦも指す。特定の種に由来するＶＥＧＦは、ヒトＶＥＧＦではｈＶＥＧＦ及びマウスＶＥＧＦではｍＶＥＧＦなどの用語によって示されることがある。「ＶＥＧＦ」という用語はまた、１６５個のアミノ酸のヒト血管内皮細胞成長因子のアミノ酸８〜１０９または１〜１０９を含む、ポリペプチドの切断型形態を指すためにも使用される。ＶＥＧＦの任意のそのような形態への言及は、本出願では、例えば、「ＶＥＧＦ１０９」、「ＶＥＧＦ（８〜１０９）」、「ＶＥＧＦ（１〜１０９）」、または「ＶＥＧＦ１６５」によって特定することができる。「切断型」天然ＶＥＧＦのアミノ酸位置は、天然ＶＥＧＦ配列に示されるように番号付けされる。例えば、切断型天然ＶＥＧＦにおけるアミノ酸１７位（メチオニン）はまた、天然ＶＥＧＦでも１７位（メチオニン）である。切断型天然ＶＥＧＦは、ＫＤＲ及びＦｌｔ−１受容体に対して、天然ＶＥＧＦに匹敵する結合親和性を有する。「ＶＥＧＦバリアント」という用語は、本明細書で使用される場合、天然ＶＥＧＦ配列に１つ以上のアミノ酸変異を含むＶＥＧＦポリペプチドを指す。任意で、この１つ以上のアミノ酸変異には、アミノ酸置換（複数可）が含まれる。本明細書に記載されるＶＥＧＦバリアントを簡潔に表記するために、数字は、推定上の天然ＶＥＧＦ（Ｌｅｕｎｇら（上記参照）及びＨｏｕｃｋら（上記参照）に提供される）のアミノ酸配列に沿ったアミノ酸残基の位置を指すことに留意されたい。別段明記されない限り、「ＶＥＧＦ」は、本明細書で使用される場合、ＶＥＧＦ−Ａを示す。
【０２００】
「ＶＥＧＦアンタゴニスト」または「ＶＥＧＦ特異的アンタゴニスト」という用語は、ＶＥＧＦに結合するか、ＶＥＧＦ発現レベルを低下させるか、またはＶＥＧＦ生物学的活性（１つ以上のＶＥＧＦ受容体へのＶＥＧＦ結合、ＶＥＧＦシグナル伝達、ならびにＶＥＧＦ媒介血管新生及び内皮細胞生存または増殖を含むが、これらに限定されない）を中和、遮断、阻害、抑止、低下、または妨害することができる分子を指す。例えば、ＶＥＧＦ生物学的活性を中和、遮断、阻害、抑止、低下、または妨害することができる分子は、１つ以上のＶＥＧＦ受容体（ＶＥＧＦＲ）（例えば、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、膜結合ＶＥＧＦ受容体（ｍｂＶＥＧＦＲ）、または可溶性ＶＥＧＦ受容体（ｓＶＥＧＦＲ））に結合することによってその効果を発揮することができる。ＶＥＧＦに特異的に結合するポリペプチド、抗ＶＥＧＦ抗体及びそれらの抗原結合断片、ＶＥＧＦに特異的に結合し、それにより１つ以上の受容体へのその結合を隔離する受容体分子及び誘導体、融合タンパク質（例えば、ＶＥＧＦ−Ｔｒａｐ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ））、ならびにＶＥＧＦ１２１−ゲロニン（Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ）が、本発明の方法において有用なＶＥＧＦ特異的アンタゴニストとして含まれる。ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストには、ＶＥＧＦポリペプチドのアンタゴニストバリアント、ＶＥＧＦポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも１つの断片に相補的なアンチセンス核酸塩基オリゴマー、ＶＥＧＦポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも１つの断片に相補的な小分子ＲＮＡ、ＶＥＧＦを標的とするリボザイム、ＶＥＧＦに対するペプチボディ、及びＶＥＧＦアプタマーも含まれる。ＶＥＧＦアンタゴニストには、ＶＥＧＦＲに結合するポリペプチド、抗ＶＥＧＦＲ抗体、及びそれらの抗原結合断片、ならびにＶＥＧＦＲに結合し、それによりＶＥＧＦ生物学的活性（例えば、ＶＥＧＦシグナル伝達）を遮断、阻害、抑止、低下、または妨害する誘導体、または融合タンパク質も含まれる。ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストには、ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦＲに結合し、かつＶＥＧＦ生物学的活性を遮断、阻害、抑止、低下、または妨害することができる非ペプチド小分子も含まれる。したがって、「ＶＥＧＦ活性」という用語は、ＶＥＧＦのＶＥＧＦ媒介生物学的活性を具体的に含む。特定の実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦの発現レベルまたは生物学的活性を少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上低下または阻害する。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストによって阻害されるＶＥＧＦは、ＶＥＧＦ（８−１０９）、ＶＥＧＦ（１−１０９）、またはＶＥＧＦ１６５である。
【０２０１】
本明細書で使用される場合、ＶＥＧＦアンタゴニストとしては、抗ＶＥＧＦＲ２抗体及び関連分子（例えば、ラムシルマブ、タニビルマブ、アフリベルセプト）、抗ＶＥＧＦＲ１抗体及び関連分子（例えば、イクルクマブ、アフリベルセプト（ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ−Ｅｙｅ、ＥＹＬＥＡ（登録商標））、及びジブ−アフリベルセプト（ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ、ＺＡＬＴＲＡＰ（登録商標）））、二重特異性ＶＥＧＦ抗体（例えば、ＭＰ−０２５０、バヌシズマブ（ＶＥＧＦ−ＡＮＧ２）、及びＵＳ２００１／０２３６３８８に開示される二重特異性抗体）、抗ＶＥＧＦ、抗ＶＥＧＦＲ１、及び抗ＶＥＧＦＲ２アームのうちの２つの組み合わせを含む二重特異性抗体、抗ＶＥＧＦＡ抗体（例えば、ベバシズマブ、セバシズマブ）、抗ＶＥＧＦＢ抗体、抗ＶＥＧＦＣ抗体（例えば、ＶＧＸ−１００）、抗ＶＥＧＦＤ抗体、ならびに非ペプチド小分子ＶＥＧＦアンタゴニスト（パゾパニブ、アキシチニブ、バンデタニブ、スチバーガ、カボザンチニブ、レンバチニブ、ニンテダニブ、オランチニブ、テラチニブ、ドビチニグ、セジラニブ、モテサニブ、スルファチニブ、アパチニブ、フォレチニブ、ファミチニブ、及びチボザニブ）を挙げることができるが、これらに限定されない。
【０２０２】
「抗ＶＥＧＦ抗体」は、十分な親和性及び特異性でＶＥＧＦに結合する抗体である。特定の実施形態において、抗体は、ＶＥＧＦへの十分に高い結合親和性を有し、例えば、抗体は、１００ｎＭ〜１ｐＭのＫｄ値でｈＶＥＧＦに結合し得る。抗体親和性は、例えば、表面プラズモン共鳴に基づくアッセイ（ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２００５／０１２３５９号に記載されるＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）アッセイなど）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、及び競合アッセイ（例えば、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ））によって決定することができる。
【０２０３】
特定の実施形態において、抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＥＧＦ活性が関与する疾患または病態を標的とし、それを妨害する上での治療剤として使用され得る。また、この抗体は、例えば、治療薬としてのその有効性を評価するために、他の生物学的活性アッセイに供され得る。そのようなアッセイは、当該技術分野において既知であり、抗体の標的抗原及び意図される用途に依存する。例としては、ＨＵＶＥＣ阻害アッセイ、腫瘍細胞成長阻害アッセイ（例えば、ＷＯ８９／０６６９２に記載されるもの）、抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）及び補体媒介細胞毒性（ＣＤＣ）アッセイ（米国特許第５，５００，３６２号）、ならびにアゴニスト活性または造血アッセイ（ＷＯ９５／２７０６２を参照されたい）が挙げられる。抗ＶＥＧＦ抗体は通常、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃなどの他のＶＥＧＦ相同体にも、ＰＩＧＦ、ＰＤＧＦ、またはｂＦＧＦなどの他の成長因子にも結合しない。一実施形態において、抗ＶＥＧＦ抗体は、ハイブリドーマＡＴＣＣ  ＨＢ１０７０９によって産生されるモノクローナル抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合するモノクローナル抗体である。別の実施形態において、抗ＶＥＧＦ抗体は、ベバシズマブ（ＢＶ、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））として既知の抗体を含むが、これらに限定されない、Ｐｒｅｓｔａら（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９，１９９７）に従って生成される組み換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体である。
【０２０４】
「ｒｈｕＭＡｂ  ＶＥＧＦ」または「ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）」としても知られる抗ＶＥＧＦ抗体「ベバシズマブ（ＢＶ）」は、Ｐｒｅｓｔａら（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９，１９９７）に従って生成される組み換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体である。これは、変異型ヒトＩｇＧ１フレームワーク領域と、ヒトＶＥＧＦがその受容体に結合するのを遮断するマウス抗ｈＶＥＧＦモノクローナル抗体Ａ．４．６．１に由来する抗原結合性の相補性決定領域とを含む。フレームワーク領域の大半を含む、ベバシズマブのアミノ酸配列のおよそ９３％がヒトＩｇＧ１に由来し、配列の約７％がマウス抗体Ａ４．６．１に由来する。ベバシズマブは、約１４９，０００ダルトンの分子質量を有し、グリコシル化されている。ベバシズマブ及び他のヒト化抗ＶＥＧＦ抗体は、２００５年２月２６日に発行された米国特許第６，８８４，８７９号に更に記載されており、参照によりその開示の全体が明示的に本明細書に組み込まれる。追加の好ましい抗体としては、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２００５／０１２３５９号に記載されるＧ６またはＢ２０系統の抗体（例えば、Ｇ６−３１、Ｂ２０−４．１）が挙げられる。追加の好ましい抗体については、米国特許第７，０６０，２６９号、同第６，５８２，９５９号、同第６，７０３，０２０号、同第６，０５４，２９７号、ＷＯ９８／４５３３２、ＷＯ９６／３００４６、ＷＯ９４／１０２０２、ＥＰ０６６６８６８Ｂ１、米国特許出願公開第２００６００９３６０号、同第２００５０１８６２０８号、同第２００３０２０６８９９号、同第２００３０１９０３１７号、同第２００３０２０３４０９号、及び同第２００５０１１２１２６号、ならびにＰｏｐｋｏｖら（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ２８８：１４９−１６４，２００４）を参照されたい。他の好ましい抗体としては、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、１９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含むか、またはあるいは、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、１８３、及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合するものが挙げられる。
【０２０５】
ＶＥＧＦアンタゴニストが「単一の抗腫瘍剤」として投与される場合、それは、がんを治療するために投与される唯一の抗腫瘍剤であり、すなわち、それは、化学療法などの別の抗腫瘍剤との組み合わせでは投与されない。
【０２０６】
「抗ＶＥＧＦ抗体をコードする核酸」は、抗体重鎖及び軽鎖（またはそれらの断片）をコードする１つ以上の核酸分子を指し、単一のベクターまたは別個のベクター内の核酸分子（複数可）を含み、そのような核酸分子（複数可）は、宿主細胞内の１つ以上の場所に存在する。
【０２０７】
免疫機能障害の文脈における「機能障害」という用語は、抗原刺激に対する免疫応答性が低下した状態を指す。この用語には、抗原認識は生じ得るが、後に続く免疫応答が感染または腫瘍成長の制御に無効である、「消耗」及び／または「アネルギー」の両方の共通要素が含まれる。
【０２０８】
本明細書で使用される場合、「機能障害性」という用語には、抗原認識に対する不応性または無応答性、具体的には、抗原認識を、増殖、サイトカイン産生（例えば、ＩＬ−２）、及び／または標的細胞殺滅などの下流Ｔ細胞エフェクター機能に翻訳する能力の障害も含まれる。
【０２０９】
「アネルギー」という用語は、Ｔ細胞受容体を通して送達される不完全または不十分なシグナル（例えば、Ｒａｓ活性化の不在下での細胞内Ｃａ２＋の増加）から生じる抗原刺激に対する無応答の状態を指す。Ｔ細胞アネルギーはまた、共刺激の不在下における抗原での刺激に際しても生じ得、結果的に細胞は、共刺激の文脈においても、抗原によるその後の活性化に不応性になる。無応答状態は、多くの場合、インターロイキン２の存在により覆され得る。アネルギーＴ細胞は、クローン増殖を受けない、かつ／またはエフェクター機能を獲得しない。
【０２１０】
「消耗」という用語は、多くの慢性感染及びがん発症中に生じる持続的ＴＣＲシグナル伝達から生じるＴ細胞機能障害の状態としてのＴ細胞消耗を指す。これは、それが不完全なまたは不十分なシグナル伝達を通してではなく、持続的シグナル伝達から生じるという点で、アネルギーとは区別される。これは、機能的エフェクターまたはメモリーＴ細胞とは異なるエフェクター機能不良、阻害性受容体の持続的発現、及び転写状態によって定義される。消耗は、感染及び腫瘍の最適な制御を妨げる。消耗は、外因性の負の制御性経路（例えば、免疫制御性サイトカイン）及び細胞内因性の負の制御性（共刺激性）経路（ＰＤ−１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４など）の両方から生じ得る。
【０２１１】
「Ｔ細胞機能を増強すること」は、持続したもしくは増幅された生物学的機能を有するようにＴ細胞を誘導するか、引き起こすか、もしくは刺激すること、または消耗されたもしくは不活性のＴ細胞を再生もしくは再活性化することを意味する。Ｔ細胞機能の増強の例としては、介入前のそのようなレベルとの比較での、ＣＤ８＋Ｔ細胞からのγ−インターフェロンの分泌の増加、増殖の増加、抗原応答性（例えば、ウイルス、病原体、または腫瘍のクリアランス）の増加が挙げられる。一実施形態において、増強のレベルは、少なくとも５０％、あるいは６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２０％、１５０％、または２００％の増強である。この増強を測定する様式は、当業者にとって既知である。
【０２１２】
「腫瘍免疫」は、腫瘍が免疫認識及びクリアランスを回避するプロセスを指す。したがって、治療的概念として、腫瘍免疫は、そのような回避が減弱し、腫瘍が免疫系によって認識及び攻撃されるときに「治療される」。腫瘍認識の例としては、腫瘍結合、腫瘍収縮、及び腫瘍クリアランスが挙げられる。
【０２１３】
「免疫原性」は、特定の物質が免疫応答を誘発する能力を指す。腫瘍は、免疫原性であり、腫瘍免疫原性の増強により、免疫応答による腫瘍細胞のクリアランスが支援される。腫瘍免疫原性の増強の例としては、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストでの治療が挙げられる。
【０２１４】
「プログラム死リガンド１」及び「ＰＤ−Ｌ１」という用語は、本明細書において、天然配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド、ポリペプチドバリアント、ならびに天然配列ポリペプチド及びポリペプチドバリアントの断片（これらは、本明細書において更に定義される）を指す。本明細書に記載されるＰＤ−Ｌ１ポリペプチドは、ヒト組織型から、もしくは別の供給源からなどの様々な供給源から単離されるか、または組み換え法もしくは合成法によって調製されたものであり得る。
【０２１５】
「天然配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド」には、対応する、自然界に由来するＰＤ−Ｌ１ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドが含まれる。
【０２１６】
「ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドバリアント」またはその変化形は、本明細書に定義されるＰＤ−Ｌ１ポリペプチド、一般には活性ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドが、本明細書に開示される天然配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列のいずれかと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有することを意味する。そのようなＰＤ−Ｌ１ポリペプチドバリアントには、例えば、天然アミノ酸配列のＮ末端またはＣ末端に１つ以上のアミノ酸残基が付加または欠失されたＰＤ−Ｌ１ポリペプチドが含まれる。通常、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドバリアントは、本明細書に開示される天然配列ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列と少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％のアミノ酸配列同一性を有するだろう。通常、ＰＤ−Ｌ１バリアントポリペプチドは、少なくとも約１０アミノ酸長であり、あるいは少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、もしくは２８９アミノ酸長、またはそれ以上である。任意で、ＰＤ−Ｌ１バリアントポリペプチドは、天然ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列と比較して１個以下の保存的アミノ酸置換、あるいは天然ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列と比較して２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個以下の保存的アミノ酸置換を有するだろう。
【０２１７】
「ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ−１シグナル伝達軸上のシグナル伝達から生じるＴ細胞機能障害を除去するように、ＰＤ−Ｌ１軸結合パートナーとその結合パートナーのうちの１つ以上との相互作用を阻害し、結果として、Ｔ細胞機能が復元または増強される分子を指す。本明細書で使用される場合、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト及びＰＤ−１結合アンタゴニスト、ならびにＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１との間の相互作用を妨害する分子（例えば、ＰＤ−Ｌ２−Ｆｃ融合物）を含む。
【０２１８】
「抗ＰＤ−Ｌ１抗体」及び「ＰＤ−Ｌ１に結合する抗体」という用語は、抗体がＰＤ−Ｌ１を標的とする上で診断剤及び／または治療剤として有用になるように、十分な親和性でＰＤ−Ｌ１に結合することができる抗体を指す。一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体の無関係の非ＰＤ−Ｌ１タンパク質への結合の程度は、例えば、ＲＩＡにより測定される、その抗体のＰＤ−Ｌ１への結合の約１０％未満である。特定の実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、異なる種に由来するＰＤ−Ｌ１の間で保存されているＰＤ−Ｌ１のエピトープに結合する。
【０２１９】
「抗ＰＤ−１抗体」及び「ＰＤ−１に結合する抗体」という用語は、抗体がＰＤ−１を標的とする上で診断剤及び／または治療剤として有用になるように、十分な親和性でＰＤ−１に結合することができる抗体を指す。一実施形態において、抗ＰＤ−１抗体の無関係の非ＰＤ−１タンパク質への結合の程度は、例えば、ＲＩＡにより測定される、その抗体のＰＤ−１への結合の約１０％未満である。特定の実施形態において、抗ＰＤ−１抗体は、異なる種に由来するＰＤ−１の間で保存されているＰＤ−１のエピトープに結合する。
【０２２０】
本明細書で使用される場合、「ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト」は、ＰＤ−Ｌ１と、ＰＤ−１及び／またはＢ７−１などのその結合パートナーのうちのいずれか１つ以上との相互作用から生じるシグナル伝達を減少、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子である。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の一態様において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１及び／またはＢ７−１への結合を阻害する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体及びそれらの抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、小分子アンタゴニスト、ポリヌクレオチドアンタゴニスト、ならびにＰＤ−Ｌ１と、ＰＤ−１及び／またはＢ７−１などのその結合パートナーのうちの１つ以上との相互作用から生じるシグナル伝達を減少、遮断、阻害、抑止、または妨害する他の分子を含む。一実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−１を通して媒介されたシグナル伝達である、Ｔリンパ球及び他の細胞上で発現される細胞表面タンパク質によりまたはそれを介して媒介される負のシグナルを低下させ、これにより、機能障害Ｔ細胞の機能障害状態を軽減する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。特定の一態様において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０である。別の特定の態様において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＭＤＸ−１１０５である。更に別の特定の態様において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＭＥＤＩ４７３６（ドルバルマブ）である。更に別の特定の態様において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）である。更に別の特定の態様において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、本明細書に記載されるアテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）である。
【０２２１】
本明細書で使用される場合、「ＰＤ−１結合アンタゴニスト」は、ＰＤ−１と、ＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２などのその結合パートナーのうちの１つ以上との相互作用から生じるシグナル伝達を減少、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子である。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１の、その結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の一態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２への結合を阻害する。例えば、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ−１抗体及びそれらの抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、小分子アンタゴニスト、ポリヌクレオチドアンタゴニスト、ならびにＰＤ−１と、ＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２との相互作用から生じるシグナル伝達を減少、遮断、阻害、抑止、または妨害する他の分子を含む。一実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１を通して媒介されたシグナル伝達である、Ｔリンパ球及び他の細胞上で発現される細胞表面タンパク質によりまたはそれを介して媒介される負のシグナルを低下させ、これにより、機能障害Ｔ細胞の機能障害状態を軽減する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ−１抗体である。特定の一態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ）である。別の特定の態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＭＫ−３４７５（ペンブロリズマブ）である。別の特定の態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ）である。別の特定の態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＭＥＤＩ−０６８０（ＡＭＰ−５１４）である。別の特定の態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤＲ００１である。別の特定の態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＲＥＧＮ２８１０である。別の特定の態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＢＧＢ−１０８である。別の特定の態様において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＡＭＰ−２２４である。
【０２２２】
ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストが「単一の抗腫瘍剤」として投与される場合、それは、がんを治療するために投与される唯一の抗腫瘍剤であり、すなわち、それは、化学療法などの別の抗腫瘍剤との組み合わせでは投与されない。
【０２２３】
「ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストをコードする核酸」は、抗体重鎖及び軽鎖（またはそれらの断片）をコードする１つ以上の核酸分子を指し、単一のベクターまたは別個のベクター内の核酸分子（複数可）を含み、そのような核酸分子（複数可）は、宿主細胞内の１つ以上の場所に存在する。
【０２２４】
「個体応答」または「応答」は、減速及び完全停止を含む疾患進行（例えば、がん進行）のある程度の阻害、腫瘍サイズの低下、隣接する末梢器官及び／もしくは組織へのがん細胞浸潤の阻害（すなわち、低下、減速、もしくは完全停止）、転移の阻害（すなわち、低下、減速、もしくは完全停止）、疾患もしくは障害（例えば、がん）に関連する１つ以上の症状のある程度の軽減、全生存期間及び無増悪生存期間を含む生存期間の長さの増加もしくは延長、ならびに／または治療後の所与の時点における死亡率の減少を非限定的に含む、個体への利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価され得る。
【０２２５】
ある薬物での治療に対する患者の「有効な応答」または患者の「応答性」及び類似の単語は、がんなどの疾患もしくは障害のリスクにあるか、またはそれを患う患者に付与される臨床的または治療的利益を指す。一実施形態において、そのような利益には、生存期間（全生存期間及び無増悪生存期間を含む）を延長すること、客観的奏効（完全奏効もしくは部分奏効を含む）をもたらすこと、またはがんの徴候もしくは症状を改善することのうちのいずれか１つ以上が含まれる。一実施形態において、バイオマーカー（例えば、腫瘍浸潤免疫細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現、例えば、ＩＨＣを使用して決定されるもの）は、そのバイオマーカーを発現しない患者と比較して、ある薬物での治療（例えば、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト、例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を含む治療）に応答性である可能性が増加していると予測される患者を特定するために使用される。一実施形態において、バイオマーカー（例えば、腫瘍浸潤免疫細胞におけるＣＤ８Ａ発現、例えば、ＩＨＣを使用して決定されるもの）は、同じレベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、ある薬物（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体及び／または抗ＰＤ−Ｌ１抗体）での治療に対して応答性である可能性が増加していると予測される患者を特定するために使用される。一実施形態において、バイオマーカーの存在は、そのバイオマーカーの存在を有しない患者と比較して、ある薬物での治療に応答する可能性がより高い患者を特定するために使用される。別の実施形態において、バイオマーカーの存在は、ある患者が、そのバイオマーカーの存在を有さない患者と比較して、ある薬物での治療から利益を被る可能性が増加していることを決定するために使用される。
【０２２６】
「客観的奏効」は、完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）を含む測定可能な応答を指す。いくつかの実施形態において、「奏効率（ＯＲＲ）」は、完全奏効（ＣＲ）率及び部分奏効（ＰＲ）率の合計を指す。
【０２２７】
「完全奏効」または「ＣＲ」により、治療に応答した、がんの全ての徴候の消失（例えば、全ての標的病変の消失）が意図される。これは、必ずしもがんが治癒されたことを意味するものではない。
【０２２８】
本明細書で使用される場合、「部分奏効」または「ＰＲ」は、治療に応答した、１つ以上の腫瘍もしくは病変のサイズ、または身体内のがんの程度の減少を指す。例えば、いくつかの実施形態において、ＰＲは、ベースラインＳＬＤを基準として、標的病変の最長径和（ＳＬＤ）における少なくとも３０％の減少を指す。
【０２２９】
「持続的応答」は、治療の休止後の腫瘍成長の低下への持続的効果を指す。例えば、腫瘍サイズは、投与期の開始時のサイズと比較して同じままであるか、またはより小さくなり得る。いくつかの実施形態において、持続的応答は、治療期間と少なくとも同じか、治療期間の長さの少なくとも１．５倍、２．０倍、２．５倍、もしくは３．０倍か、またはそれ以上の期間を有する。
【０２３０】
本明細書で使用される場合、「疾患安定」または「ＳＤ」は、治療開始以来の最小のＳＬＤを基準として、ＰＲと言えるほどの十分な標的病変の収縮も、ＰＤと言えるほどの十分な増加もないことを指す。
【０２３１】
本明細書で使用される場合、「疾患進行」または「ＰＤ」は、治療開始以来の記録された最小のＳＬＤを基準として、標的病変のＳＬＤの少なくとも２０％の増加または１つ以上の新たな病変の存在を指す。
【０２３２】
「生存期間」という用語は、患者が生存していることを指し、全生存期間及び無増悪生存期間を含む。
【０２３３】
本発明の文脈において、「無増悪生存期間」という語句は、治療中及び治療後の時間の長さを指し、その間に、治療している医師または調査者の評価に従って、患者の疾患は悪化しない（すなわち、進行しない）。当業者が理解するように、患者の無増悪生存期間は、患者がより長い時間の長さを経験する場合に改善または増強され、その間に、疾患は、類似の状況にある患者の対照群の平均（ａｖｅｒａｇｅ）または平均（ｍｅａｎ）無増悪生存期間と比較して進行しない。
【０２３４】
本明細書で使用される場合、「全生存期間」（ＯＳ）は、特定の期間後に生存している可能性が高い、群における個体のパーセンテージを指す。
【０２３５】
「生存延長」とは、未治療の患者と比較して（すなわち、その薬物で治療されていない患者と比較して）、または指定されたレベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、及び／または承認済み抗腫瘍剤（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体もしくはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト）で治療された患者と比較して、治療された患者における全生存期間または無増悪生存期間が増加することを意味する。
【０２３６】
「利益」という用語は、最も広義に使用され、任意の望ましい効果を指し、本明細書に定義される臨床的利益を具体的に含む。臨床的利益は、様々なエンドポイント、例えば、減速及び完全停止を含む、疾患進行のある程度の阻害、疾患の発症及び／もしくは症状の数の低下、病変サイズの低下、隣接する末梢器官及び／もしくは組織内への疾患細胞浸潤の阻害（すなわち、低下、減速、もしくは完全停止）、疾患伝播の阻害（すなわち、低下、減速、もしくは完全停止）、疾患病変の退縮もしくは消失をもたし得るが、もたらさなくてもよい、自己免疫応答の減少、障害に関連する１つ以上の症状のある程度の軽減、治療後の無増悪提示期間（例えば、無増悪生存期間）の増加、全生存期間の増加、より高い奏効率、ならびに／または治療後の所与の時点における死亡率の減少を評価することによって測定され得る。
【０２３７】
ＩＩＩ．方法
一態様において、本発明は、部分的には、１つ以上の免疫学的バイオマーカー（例えば、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、ＳＬＡＭＦ７、ＭＨＣ−Ｉ、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＣＲ７、ＣＸ３ＣＬ１）の発現レベルならびに／または免疫細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞及び／もしくはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージ）の腫瘍浸潤の変化が、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト、例えば、アテゾリズマブ）を含む抗がん療法に対する患者の応答に関連するという発見に基づく。特定の実施形態において、そのようなバイオマーカーの発現に従って、治療に対する患者の応答を監視する方法が提供される。他の実施形態において、そのようなバイオマーカーの発現レベルまたは数に従って、がん（例えば、腎臓癌）を治療する方法が提供される。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法から利益を受ける可能性が高いがん患者を特定する方法が提供される。いくつかの実施形態において、がん患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を選択する方法が提供される。本発明はまた、がん（例えば、ＲＣＣ、例えば、ｍＲＣＣなどの腎臓癌）を有する患者を治療するための方法も提供する。いくつかの事例において、本発明の方法は、本発明のバイオマーカーの発現レベルに基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を患者に投与することを含む。
【０２３８】
Ａ．治療に対する応答、診断、予後、及び患者選択を監視する方法
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）に対する応答と相関する、腎臓癌（例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）、例えば、転移性ＲＣＣ（ｍＲＣＣ））などのがんのバイオマーカー（例えば、免疫学的バイオマーカー）の特定、選択、及び使用に関する。この点に関して、本発明は、１つ以上のバイオマーカーの基準レベル（複数可）に対する、本発明のバイオマーカーのうちの１つ以上の発現プロファイル（複数可）を使用して、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）とＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）との組み合わせに対して感受性または応答性である患者を特定することに関する。いくつかの事例において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）の投与は、基準レベル（複数可）に対する、１つ以上のバイオマーカーの腫瘍特異的発現レベル（複数可）の決定及び／または比較に基づく。
【０２３９】
本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に対する、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者の応答を監視する方法を提供し、本方法は、患者から得られる試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルを決定することと、試料中の１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療に対する患者の応答を監視することとを伴う。いくつかの実施形態において、発現レベルは、基準レベルと比較して増加する。例示的な免疫学的バイオマーカーの一覧を、以下の表２に明記する。いくつかの実施形態において、本方法は、以下の表２に明記されるバイオマーカーの発現レベルに基づいて、患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法を選択することを伴う。
表２．免疫学的バイオマーカー
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【０２４０】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いがん（例えば、腎臓癌）を有する患者を特定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルを決定することと、試料中の１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、免疫学的バイオマーカーを、表２に明記する。他の実施形態において、免疫学的バイオマーカーは、ＭＨＣ−Ｉである。
【０２４１】
別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を診断または予後診断する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルを決定することと、試料中の１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを基準レベルと比較し、それによりそのがんを診断または予後診断することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、患者を診断または予後診断する。いくつかの実施形態において、免疫学的バイオマーカーを、表２に明記する。他の実施形態において、免疫学的バイオマーカーは、ＭＨＣ−Ｉである。
【０２４２】
更に別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者が、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に応答する可能性が高いかを決定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルを決定することと、試料中の１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法に応答する可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療に応答する可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、免疫学的バイオマーカーを、表２に明記する。他の実施形態において、免疫学的バイオマーカーは、ＭＨＣ−Ｉである。
【０２４３】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法の治療有効性を最適化する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルを決定することと、試料中の１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを基準レベルと比較することとを伴い、基準レベルとの比較での、生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法に応答する可能性が高い患者を特定する。いくつかの実施形態において、免疫学的バイオマーカーを、表２に明記する。他の実施形態において、免疫学的バイオマーカーは、ＭＨＣ−Ｉである。
【０２４４】
また更なる実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法を選択する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルを決定することと、試料中の１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを基準レベルと比較することと、１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルに基づいて、患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を選択することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中の１つ以上の免疫学的バイオマーカーの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）を使用して、抗がん療法を選択する。いくつかの実施形態において、免疫学的バイオマーカーを、表２に明記する。他の実施形態において、免疫学的バイオマーカーは、ＭＨＣ−Ｉである。
【０２４５】
いくつかの実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）含む抗がん療法での治療に対する、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者の応答を監視する方法を提供し、本方法は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の免疫学的バイオマーカーの発現レベルを決定することと、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療に対する患者における応答を監視することとを伴う。
【０２４６】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いがん（例えば、腎臓癌）を有する患者を特定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２４７】
別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を診断または予後診断する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較し、それによりそのがんを診断または予後診断することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、患者を診断または予後診断する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２４８】
更に別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者が、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に応答する可能性が高いかを決定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法に応答する可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療に応答する可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２４９】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法の治療有効性を最適化する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較することとを伴い、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法に応答する可能性が高い患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２５０】
また更なる実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法を選択する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較することと、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルに基づいて、患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を選択することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）を使用して、抗がん療法を選択する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２５１】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＣＤ８＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞の存在と相関する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１つ、２つ、または３つ）の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の存在と相関する。ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞及び／またはＮＫ細胞の存在を検出する方法は、本明細書に記載され、例えば、腫瘍試料細胞のフローサイトメトリー分析（例えば、腫瘍生検における腫瘍浸潤免疫細胞の分析）を含む。特定の実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、または４つ）の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＴｈ１ケモカインの存在と相関する。腫瘍微小環境におけるＴｈ１ケモカインの存在を検出する方法は、本明細書に記載され、例えば、腫瘍試料（例えば、腫瘍生検溶解物）のＥＬＩＳＡ分析を含む。
【０２５２】
前述の方法のいずれかの特定の実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ｂのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ｂのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＥＯＭＥＳのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＡのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＡのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＩＦＮＧのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＩＦＮＧのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＰＲＦ１のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＰＲＦ１のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。特定の実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、または４つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの少なくとも２つまたは少なくとも３つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１０のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１０のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１１のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１１のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１３のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１３のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。
【０２５３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１つ、２つ、または３つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの少なくとも２つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約２０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１２倍、約１３倍、約１５倍、約２０倍、約１倍〜約８倍、または約１倍〜約１３倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約８倍以上（例えば、約８倍、９倍、１０倍、１３倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＫＬＲＫ１のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約２０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１２倍、約１３倍、約１５倍、約２０倍、約１倍〜約８倍、または約１倍〜約１３倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＫＬＲＫ１のレベルは、基準レベルと比較して、約８倍以上（例えば、約８倍、９倍、１０倍、１３倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＳＬＡＭＦ７のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約２０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１２倍、約１３倍、約１５倍、約２０倍、約１倍〜約８倍、または約１倍〜約１３倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＳＬＡＭＦ７のレベルは、基準レベルと比較して、約８倍以上（例えば、約８倍、９倍、１０倍、１３倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。
【０２５４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルは、基準レベルと比較して、（例えば、約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上だけ）増加する。
【０２５５】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与前（例えば、数分、数時間、数日、数週間（例えば、１、２、３、４、５、６、もしくは７週間）、数ヶ月、または数年前）に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子（例えば、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７）の発現レベルである。特定の実施形態において、基準レベルは、基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベルである。特定の実施形態において、基準レベルは、１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベルである。いくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、その後の時点（例えば、抗がん療法の投与の数分後、数時間後、数日後、数週間後、数ヶ月後、もしくは数年後）で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。
【０２５６】
別の態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に対する、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者の応答を監視する方法を提供し、本方法は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療に対する患者における応答を監視することとを伴う。いくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中の発現レベルは、基準レベルと比較して増加する。
【０２５７】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いがん（例えば、腎臓癌）を有する患者を特定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２５８】
別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を診断または予後診断する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、患者の試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較し、それによりそのがんを診断または予後診断することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、患者を診断または予後診断する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２５９】
更に別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者が、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に応答する可能性が高いかを決定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、患者の試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法に応答する可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療に応答する可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２６０】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法の治療有効性を最適化する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、患者の試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較することとを伴い、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法に応答する可能性が高い患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２６１】
また更なる実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法を選択する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルと比較することと、基準レベルとの比較での、患者の試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルに基づいて、患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１アンタゴニストを含む抗がん療法を選択することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルの変化（例えば、増加または減少）を使用して、抗がん療法を選択する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２６２】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、本明細書に記載される検出方法のいずれかによって、任意のヒト白血球抗原クラスＩ（ＨＬＡ−Ｉ）遺伝子または偽遺伝子（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｋ、もしくはＨＬＡ−Ｌ）、あるいはこれらのハプロタイプの発現レベルを決定することによって評価される。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、ＭＨＣ−Ｉアルファ鎖またはＨＬＡ−Ｉ組織適合抗原アルファ鎖のタンパク質発現によって評価される。
【０２６３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与前（例えば、数分、数時間、数日、数週間（例えば、１、２、３、４、５、６、もしくは７週間）、数ヶ月、または数年前）に得られる、患者からの生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、基準集団におけるＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、ＭＨＣ−Ｉに事前に割り当てられた発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、その後の時点（例えば、抗がん療法の投与の数分後、数時間後、数日後、数週間後、数ヶ月後、もしくは数年後）で患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。
【０２６４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、基準レベルと比較して、（例えば、約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上だけ）増加する。いくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、少なくとも約２倍だけ増加する。
【０２６５】
更なる一態様において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に対する、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者の応答を監視する方法を提供し、本方法は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療に対する、患者における応答を監視することとを伴う。
【０２６６】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いがん（例えば、腎臓癌）を有する患者を特定する方法を提供し、本方法は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２６７】
別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を診断または予後診断する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較し、それによりそのがんを診断または予後診断することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、患者を診断または予後診断する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２６８】
更に別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者が、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に応答する可能性が高いかを決定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較し、それにより抗がん療法に応答する可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療に応答する可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２６９】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法の治療有効性を最適化する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較することとを伴い、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法に応答する可能性が高い患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２７０】
また更なる実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法を選択する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中の、以下の遺伝子、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較することと、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルに基づいて、患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を選択することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルとの比較での、生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上の発現レベルの変化（例えば、増加または減少）を使用して、抗がん療法を選択する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２７１】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中の発現レベルは、基準レベルと比較して増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０の発現レベルが決定される。
【０２７２】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与前（例えば、数分、数時間、数日、数週間、数ヶ月、または数年前）に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子（例えば、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及び／またはＣＸＣＬ１０）の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、その後の時点で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。
【０２７３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及び／またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルは、基準レベルと比較して、（例えば、約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上だけ）増加する。
【０２７４】
上述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料は、抗がん療法の投与の約２〜約１０週間（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間）後に得られる。いくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料は、抗がん療法の投与の約４〜約６週間後に得られる。
【０２７５】
前述の方法のいずれかの特定の実施形態において、本発明の方法は、ＭＨＣ−Ｉまたは１つ以上の遺伝子（例えば、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、ＳＬＡＭＦ７、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、及び／またはＣＣＲ７）の発現レベルが、基準レベルと比較して増加する患者に、抗がん療法の１回分以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回分、またはそれ以上）の追加の用量を投与するステップを更に伴う。
【０２７６】
上述のバイオマーカーのいずれかの存在及び／または発現レベルは、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ＣＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片、及び／または遺伝子コピー数を含むが、これらに限定されない、当該技術分野において既知である任意の好適な基準に基づいて、定性的かつ／または定量的に評価することができる。免疫組織化学（「ＩＨＣ」）、ウェスタンブロット分析、免疫沈降、分子結合アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＦＡ、蛍光活性化細胞選別（「ＦＡＣＳ」）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、定量的血液系アッセイ（例えば、血清ＥＬＩＳＡ）、生化学的酵素活性アッセイ、インサイチュハイブリダイゼーション、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、サザン分析、ノーザン分析、全ゲノム配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）及び他の増幅型検出方法（分岐状ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、及びＴＭＡなど）を含む）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、遺伝子発現プロファイリング、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、ならびに／または遺伝子発現の逐次分析（「ＳＡＧＥ」）、ならびにタンパク質、遺伝子、及び／もしくは組織アレイ分析によって実行され得る多種多様なアッセイのうちのいずれか１つを含むが、これらに限定されない、そのようなバイオマーカーを測定するための方法論は、当該技術分野において既知であり、当業者によって理解されている。遺伝子及び遺伝子産物の状態を評価するための典型的なプロトコルは、例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９５），Ｕｎｉｔｓ２（ノーザンブロット）、４（サザンブロット）、１５（免疫ブロット）、及び１８（ＰＣＲ分析）に見出される。Ｒｕｌｅｓ  Ｂａｓｅｄ  ＭｅｄｉｃｉｎｅまたはＭｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（「ＭＳＤ」）から入手可能なアッセイなどの多重免疫アッセイもまた、使用され得る。
【０２７７】
前述の方法のいずれにおいても、バイオマーカーの発現レベルは、タンパク質発現レベルである。特定の実施形態において、本方法は、バイオマーカーの結合を許容する条件下で、生物学的試料を、本明細書に記載されるバイオマーカーに特異的に結合する抗体と接触させることと、抗体とバイオマーカーとの間で複合体が形成されるかを検出することとを含む。そのような方法は、インビトロ方法またはインビボ方法であり得る。いくつかの事例において、抗体を使用して、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストでの療法に適格な患者、例えば、個体の選択のためのバイオマーカーを選択する。当該技術分野において既知であるか、または本明細書に提供される、タンパク質発現レベルを測定する任意の方法が使用され得る。例えば、いくつかの実施形態において、バイオマーカーのタンパク質発現レベルは、フローサイトメトリー（例えば、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ（商標）））、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降、免疫組織化学（ＩＨＣ）、免疫蛍光法、放射免疫アッセイ、ドットブロット、免疫検出法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光、質量分析法、及びＨＰＬＣからなる群から選択される方法を使用して決定される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのタンパク質発現レベルは、腫瘍浸潤免疫細胞内で決定される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのタンパク質発現レベルは、腫瘍細胞内で決定される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのタンパク質発現レベルは、腫瘍浸潤免疫細胞内及び／または腫瘍細胞内で決定される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのタンパク質発現レベルは、末梢血単核球細胞（ＰＢＭＣ）内で決定される。
【０２７８】
特定の実施形態において、試料中のバイオマーカータンパク質の存在及び／または発現レベル／量は、ＩＨＣ及び染色プロトコルを使用して試験される。組織切片のＩＨＣ染色は、試料中のタンパク質の存在を決定または検出する信頼できる方法であると示されている。これらの方法、アッセイ、及び／またはキットのいずれかのいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、以下の遺伝子、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、ＳＬＡＭＦ７、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＭＨＣ−Ｉのタンパク質発現産物のうちの１つ以上である。一実施形態において、バイオマーカーの発現レベルは、（ａ）抗体によって試料（患者から得られる腫瘍試料など）のＩＨＣ分析を実行することと、（ｂ）試料中のバイオマーカーの発現レベルを決定することとを含む方法を使用して決定される。いくつかの実施形態において、ＩＨＣ染色強度は、基準との比較で決定される。いくつかの実施形態において、基準は、基準値である。いくつかの実施形態において、基準は、基準試料（例えば、対照細胞株染色試料、非がん患者の組織試料、または対象となるバイオマーカーについて負であることが決定される腫瘍試料）である。
【０２７９】
ＩＨＣは、形態的染色及び／またはインサイチュハイブリダイゼーション（例えば、ＦＩＳＨ）などの追加の技術と組み合わせて実行され得る。２つの一般的なＩＨＣ法、つまり、直接アッセイ及び間接アッセイが利用可能である。第１のアッセイに従って、抗体の標的抗原への結合が直接決定される。この直接アッセイは、更なる抗体相互作用なしで可視化され得る蛍光タグまたは酵素標識一次抗体などの標識試薬を使用する。典型的な間接アッセイにおいて、非コンジュゲート一次抗体が抗原に結合し、その後、標識二次抗体がその一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識にコンジュゲートされる場合、発色基質または蛍光発生基質を添加して、抗原の可視化をもたらす。いくつかの二次抗体が一次抗体上の異なるエピトープと反応し得るため、シグナル増幅が生じる。
【０２８０】
ＩＨＣに使用される一次抗体及び／または二次抗体は典型的には、検出可能な部分で標識されるだろう。多数の標識が利用可能であり、これらは一般に、以下のカテゴリー、（ａ）３５Ｓ、１４Ｃ、１２５１、３Ｈ、及び１３１Ｉなどの放射性同位体、（ｂ）コロイド金粒子、（ｃ）希土類キレート（ユウロピウムキレート）、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコクリセリン、フィコシアニン、もしくは市販のフルオロフォア（ＳＰＥＣＴＲＵＭ  ＯＲＡＮＧＥ７及びＳＰＥＣＴＲＵＭ  ＧＲＥＥＮ７など）、ならびに／または上記のいずれか１つ以上の誘導体を含むが、これらに限定されない、蛍光標識に群分けされ得、（ｄ）様々な酵素−基質標識が利用可能であり、米国特許第４，２７５，１４９号がこれらのいくつかについての概説を提供する。酵素標識の例としては、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ、例えば、米国特許第４，７３７，４５６号を参照されたい）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、ペルオキシダーゼ（西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）など）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖類オキシダーゼ（例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環式オキシダーゼ（ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼなど）、ラクトペルオキシダーゼ、ならびにマイクロペルオキシダーゼなどが挙げられる。
【０２８１】
酵素−基質の組み合わせの例としては、例えば、基質として水素ペルオキシダーゼを有する西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）、発色基質としてパラ−ニトロフェニルリン酸を有するアルカリホスファターゼ（ＡＰ）、及び発色基質（例えば、ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）または蛍光発生基質（例えば、４−メチルアンベリフェリル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）を有するβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）が挙げられる。これらについての一般的な概説については、例えば、米国特許第４，２７５，１４９号及び同第４，３１８，９８０号を参照されたい。
【０２８２】
検体は、例えば、手動で、または自動化染色装置（例えば、Ｖｅｎｔａｎａ  ＢｅｎｃｈＭａｒｋ  ＸＴまたはＢｅｎｃｈｍａｒｋ  ＵＬＴＲＡ装置）を使用して調製され得る。このようにして調製された検体は、載置され、カバーガラスがかけられ得る。その後、例えば、顕微鏡を使用してスライド評価が決定され、当該技術分野において慣習的に使用される染色強度基準が用いられ得る。一実施形態において、腫瘍からの細胞及び／または組織を、ＩＨＣを使用して試験するとき、染色は一般に、（試料中に存在し得る間質性組織または周辺組織とは対照的に）腫瘍細胞（複数可）内及び／または組織内で決定または評価されることを理解されたい。いくつかの実施形態において、腫瘍からの細胞及び／または組織を、ＩＨＣを使用して試験するとき、染色は、腫瘍内免疫細胞または腫瘍周囲免疫細胞を含む腫瘍浸潤免疫細胞内で決定または評価することを含むことが理解される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーの存在は、ＩＨＣによって、０％超の試料中、少なくとも１％の試料中、少なくとも５％の試料中、少なくとも１０％の試料中、少なくとも１５％の試料中、少なくとも２０％の試料中、少なくとも２５％の試料中、少なくとも３０％の試料中、少なくとも３５％の試料中、少なくとも４０％の試料中、少なくとも４５％の試料中、少なくとも５０％の試料中、少なくとも５５％の試料中、少なくとも６０％の試料中、少なくとも６５％の試料中、少なくとも７０％の試料中、少なくとも７５％の試料中、少なくとも８０％の試料中、少なくとも８５％の試料中、少なくとも９０％の試料中、少なくとも９５％の試料中、またはそれ以上に検出される。試料は、当該技術分野において既知である任意の方法を使用して、例えば、病理学者または自動化画像分析によってスコア化され得る。
【０２８３】
これらの方法のいずれかのいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、診断抗体（すなわち、一次抗体）を使用する免疫組織化学によって検出される。いくつかの実施形態において、診断抗体は、ヒト抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態において、診断抗体は、非ヒト抗原である。いくつかの実施形態において、診断抗体は、ラット、マウス、またはウサギ抗体である。いくつかの実施形態において、診断抗体は、ウサギ抗体である。いくつかの実施形態において、診断抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、診断抗体は、直接的に標識される。他の実施形態において、診断抗体は、間接的に標識される。
【０２８４】
前述の方法のいずれかの他の実施形態において、バイオマーカーの発現レベルは、核酸発現レベル（例えば、ＤＮＡ発現レベルまたはＲＮＡ発現レベル（例えば、ｍＲＮＡ発現レベル）であり得る。核酸発現レベルを決定する任意の好適な方法が使用され得る。いくつかの実施形態において、核酸発現レベルは、ｑＰＣＲ、ｒｔＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、多重ｑＰＣＲもしくはＲＴ−ｑＰＣＲ、マイクロアレイ分析、遺伝子発現の逐次分析（ＳＡＧＥ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはインサイチュハイブリダイゼーション（例えば、ＦＩＳＨ）、あるいはこれらの組み合わせを使用して決定される。
【０２８５】
細胞内のｍＲＮＡの評価のための方法は周知であり、例えば、遺伝子発現の逐次分析（ＳＡＧＥ）、全ゲノム配列決定（ＷＧＳ）、相補的ＤＮＡプローブを使用するハイブリダイゼーションアッセイ（１つ以上の遺伝子に特異的な標識リボプローブを使用するインサイチュハイブリダイゼーション、ノーザンブロット、及び関連技術など）、ならびに様々な核酸増幅アッセイ（遺伝子のうちの１つ以上に特異的な相補的プライマーを使用するＲＴ−ＰＣＲ（例えば、ｑＲＴ−ＰＣＲ）ならびに他の増幅型検出法（分岐状ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、及びＴＭＡなど）など）が含まれる。加えて、そのような方法は、（例えば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時に試験することによって）生物学的試料中の標的ｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする１つ以上のステップを含み得る。任意で、増幅標的ｃＤＮＡの配列が決定され得る。任意の方法は、マイクロアレイ技術によって組織または細胞試料中の標的ｍＲＮＡなどのｍＲＮＡを試験または検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験及び対照組織試料からの試験及び対照ｍＲＮＡ試料を逆転写し、標識して、ｃＤＮＡプローブを生成する。その後、プローブを、固体支持体に固定した核酸のアレイにハイブリダイズする。アレイは、アレイの各メンバーの配列及び位置が分かるように構成される。例えば、その発現がＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療の臨床的利益の増加または低下と相関する様々な遺伝子の選択が、固体支持体上にアレイされ得る。特定のアレイメンバーとの標識プローブのハイブリダイゼーションは、プローブが由来する試料がその遺伝子を発現することを示す。
【０２８６】
いくつかの実施形態において、本発明は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較し、それにより抗がん療法での治療を受ける患者における応答を監視することとによって、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法で治療した、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者の応答を監視する方法を提供する。
【０２８７】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いがん（例えば、腎臓癌）を有する患者を特定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較し、それにより抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準試料との比較での、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数の変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療から利益を受ける可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２８８】
別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を診断または予後診断する方法を提供し、本方法は、患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較し、それによりそのがんを診断または予後診断することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準試料との比較での、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数の変化（例えば、増加または減少）により、患者を診断または予後診断する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２８９】
更に別の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者が、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法での治療に応答する可能性が高いかを決定する方法を提供し、本方法は、患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較し、それにより抗がん療法に応答する可能性が高いものとして患者を特定することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準試料との比較での、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数の変化（例えば、増加または減少）により、抗がん療法での治療に応答する可能性が高いものとして患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２９０】
他の実施形態において、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法の治療有効性を最適化する方法を提供し、本方法は、患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較することとを伴い、患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較することとにより、抗がん療法に応答する可能性が高い患者を特定する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２９１】
また更なる実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法を選択する方法を提供し、本方法は、患者から得られる腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を決定することと、腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数を基準試料と比較することと、基準試料を有する腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数に基づいて、患者のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を選択することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準試料を有する腫瘍試料中のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの数の変化（例えば、増加または減少）を使用して、抗がん療法を選択する。いくつかの実施形態において、変化は増加である。他の実施形態において、変化は減少である。
【０２９２】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる腫瘍試料は、基準試料と比較して、（例えば、少なくとも約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約２．６倍、約２．７倍、約２．８倍、約２．９倍、約３倍、約３．１倍、約３．２倍、約３．３倍、約３．４倍、約３．５倍、約３．６倍、約３．７倍、約３．８倍、約３．９倍、約４倍、約４．１倍、約４．２倍、約４．３倍、約４．４倍、約４．５倍、約４．６倍、約４．７倍、約４．８倍、約４．９倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上だけ）増加した数のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージ）を有する。
【０２９３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料は、抗がん療法の投与の約２〜約１０週間（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０週間）後に得られる。いくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料は、抗がん療法の投与の約４〜約６週間後に得られる。
【０２９４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、バイオマーカーの発現レベルまたは数は、組織試料、初代もしくは培養細胞もしくは細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、及び組織培養培地、組織抽出物（均質化組織など）、腫瘍組織、細胞抽出物、またはこれらの任意の組み合わせ中で検出される。
【０２９５】
例えば、前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、バイオマーカーの発現レベルは、腫瘍浸潤免疫細胞、腫瘍細胞、ＰＢＭＣ、またはこれらの組み合わせ中で、既知の技術（例えば、フローサイトメトリーまたはＩＨＣ）を使用して検出される。腫瘍浸潤免疫細胞としては、腫瘍内免疫細胞、腫瘍周囲免疫細胞、またはこれらの任意の組み合わせ、及び他の腫瘍間質細胞（例えば、線維芽細胞）が挙げられるが、これらに限定されない。そのような腫瘍浸潤免疫細胞は、Ｔリンパ球（ＣＤ８＋Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞）及び／もしくはＣＤ４＋Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ４＋Ｔｅｆｆ細胞）など）、Ｂリンパ球、または顆粒球（好中球、好酸球、好塩基球）、単球、マクロファージ、樹状細胞（例えば、指状嵌入樹状細胞）、組織球、及びナチュラルキラー細胞（ＮＫ）を含む他の骨髄系細胞であり得る。いくつかの実施形態において、バイオマーカーの染色は、膜染色、細胞質染色、またはこれらの組み合わせとして検出される。他の実施形態において、バイオマーカーの不在は、基準試料との比較での、試料中の染色の不在または無染色として検出される。
【０２９６】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる試料は、組織、全血、血漿、血清、及びこれらの組み合わせからなる群から選択され得る。いくつかの実施形態において、試料は組織試料である。いくつかの実施形態において、組織試料は腫瘍試料である。いくつかの実施形態において、腫瘍試料は、腫瘍浸潤免疫細胞、腫瘍細胞、間質細胞、またはこれらの任意の組み合わせを含む。前述の実施形態のいずれにおいても、腫瘍試料は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍試料、アーカイブ腫瘍試料、新鮮腫瘍試料、または凍結腫瘍試料であり得る。
【０２９７】
前述の方法のいずれかの特定の実施形態において、バイオマーカーの発現レベルは、がん細胞を含有するか、それを含有することが疑われる生物学的試料中で評価される。試料は、例えば、がん（例えば、腎臓癌、特に、腎細胞癌）を患うか、がんを患うことが疑われるか、またはがんと診断された患者から得られる組織生検または転移性病変であり得る。いくつかの実施形態において、試料は、循環がん細胞、例えば、腎臓癌細胞を含むことが既知であるか、またはそれが疑われる、腎臓組織の試料、腎臓腫瘍の生検、既知もしくは疑われる転移性腎臓癌病変もしくは切片、または血液試料、例えば、末梢血液試料である。試料は、がん細胞（すなわち、腫瘍細胞）及び非がん細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞などのリンパ球）の両方を含み得、特定の実施形態において、がん細胞及び非がん細胞の両方を含む。がん／腫瘍細胞を含む組織切除片、生検、及び体液（例えば、血液試料）を含む生物学的試料を得る方法は、当該技術分野において周知である。
【０２９８】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる試料は、抗がん療法（例えば、がんの治療またはその症状の管理もしくは寛解のための療法）の開始後に採取される。したがって、いくつかの実施形態において、試料は、化学療法剤の投与または化学療法レジメンの開始後に採取される。
【０２９９】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者は、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽細胞腫及び網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマ、及び島細胞癌を含む）、中皮腫、神経鞘腫（聴神経腫を含む）、髄膜腫、腺癌、黒色腫、ならびに白血病またはリンパ系腫瘍を有する。いくつかの実施形態において、がんは、腎臓癌（例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）、例えば、転移性ＲＣＣ）、扁平上皮細胞癌（例えば、上皮性扁平上皮細胞癌）、肺癌（小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺癌、及び肺の扁平上皮癌を含む）、腹膜の癌、肝細胞癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）もしくは胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）（消化管癌を含む）、膵臓癌、膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、肝細胞癌、乳癌（転移性乳癌を含む）、膀胱癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌もしくは子宮癌、唾液腺癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、メルケル細胞癌、菌状息肉症、精巣癌、食道癌、胆道の腫瘍、頭頸部癌、Ｂ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽細胞性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非開裂細胞性ＮＨＬ、巨大病変性ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、及びワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症を含む）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、有毛細胞性白血病、慢性骨髄芽球性白血病、ならびに移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、母斑症、浮腫（脳腫瘍に関連するものなど）、またはメグス症候群に関連する異常な血管増殖である。好ましい実施形態において、患者は、腎臓癌（例えば、ＲＣＣ、例えば、ｍＲＣＣ）を有する。患者は、任意で、進行性、難治性、再発性、化学療法耐性、及び／またはプラチナ製剤耐性形態のがんを有し得る。
【０３００】
特定の実施形態において、第１の試料中のバイオマーカーの存在及び／または発現レベル／量が、第２の試料中の存在／不在及び／または発現レベル／量と比較して増加または上昇する。特定の実施形態において、第１の試料中のバイオマーカーの存在／不在及び／または発現レベル／量が、第２の試料中の存在及び／または発現レベル／量と比較して減少または低減する。特定の実施形態において、第２の試料は、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織である。
【０３０１】
特定の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、試験試料が得られるとき以外の１つ以上の異なる時点で得られる同じ患者または個体に由来する、単一の試料または複数の試料の組み合わせである。例えば、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、試験試料が得られるよりも早い時点で同じ患者または個体から得られる。そのような基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、基準試料ががんの初期診断中に得られる場合、かつ後にがんが転移性になったときに試験試料が得られる場合に有用であり得る。
【０３０２】
特定の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、患者ではない１人以上の健常な個体に由来する複数の試料の組み合わせである。特定の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、患者または個体ではない、疾患または障害（例えば、がん）を有する１人以上の個体に由来する複数の試料の組み合わせである。特定の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、正常組織に由来するプールされたＲＮＡ試料、または患者ではない１人以上の個体に由来するプールされた血漿もしくは血清試料である。特定の実施形態において、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織は、腫瘍組織に由来するプールされたＲＮＡ試料、または患者ではない、疾患もしくは障害（例えば、がん）を有する１人以上の個体に由来するプールされた血漿もしくは血清試料である。
【０３０３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、上昇または増加した発現または数は、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織との比較での、本明細書に記載される方法及び／または当該技術分野において既知である方法などの方法によって検出されるバイオマーカー（例えば、タンパク質、核酸（例えば、遺伝子もしくはｍＲＮＡ）、または細胞）のレベルまたは数の約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上のうちのいずれかの全体的な増加を指す。特定の実施形態において、上昇した発現または数は、試料中のバイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、増加は、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織中での、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２倍、２．１倍、２．２倍、２．３倍、２．４倍、２．５倍、２．６倍、２．７倍、２．８倍、２．９倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、５００倍、または１０００倍のうちのいずれかである。いくつかの実施形態において、上昇した発現または数は、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、対照組織、または内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）との比較での、約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約２．６倍、約２．７倍、約２．８倍、約２．９倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上を超える全体的な増加を指す。
【０３０４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、低下した発現または数は、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織との比較での、本明細書に記載される方法などの当該技術分野において既知である標準的な方法によって検出されるバイオマーカー（例えば、タンパク質、核酸（例えば、遺伝子もしくはｍＲＮＡ）、または細胞）のレベルの約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上のうちのいずれかの全体的な低下を指す。特定の実施形態において、低下した発現または数は、試料中のバイオマーカーの発現レベル／量の減少を指し、減少は、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、または対照組織中のそれぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約０．９倍、０．８倍、０．７倍、０．６倍、０．５倍、０．４倍、０．３倍、０．２倍、０．１倍、０．０５倍、または０．０１倍のうちのいずれかである。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法の投与後の、上記に列挙されるバイオマーカーの減少した発現レベルは、患者が抗がん療法に適切に応答していないことを示す。
【０３０５】
Ｂ．治療方法
本発明は、がん（例えば、ＲＣＣ、例えば、ｍＲＣＣなどの腎臓癌）を有する患者を治療するための方法を提供する。いくつかの事例において、本発明の方法は、本発明のバイオマーカーの発現レベルに基づいて、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を患者に投与することを含む。本明細書に記載される（例えば、「組成物」もしくは「実施例」の節に記載されるもの）か、または当該技術分野において既知である、ＶＥＧＦアンタゴニスト、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト、または他の抗がん剤が、本方法において使用され得る。
【０３０６】
いくつかの事例において、本方法は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中のバイオマーカー（例えば、表２に列挙されるバイオマーカーなどの免疫学的バイオマーカー）の存在及び／または発現レベルを決定することと、生物学的試料中の遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較することと、発現レベルが発現レベルと比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとを伴う。遺伝子発現レベルは、本明細書に記載されるか、または当該技術分野において既知である方法のいずれかを使用して決定または比較され得る。本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法を投与することによって、腎臓癌（例えば、ＲＣＣ、例えば、ｍＲＣＣ）を患う患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）を改善するための方法に更に関する。本明細書に記載されるバイオマーカーのいずれかの発現レベルまたは数は、当該技術分野において既知である、かつ／または本明細書に（例えば、上記の節Ａ及び／もしくは実施例に）記載される任意の方法を使用して決定され得る。
【０３０７】
いくつかの実施形態において、本発明は、患者から得られる生物学的試料中の、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、ＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを決定することと、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、ＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上の発現レベルを基準レベルと比較することと、患者の試料中の患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、基準レベルと比較して変化（例えば、増加または減少）する場合、患者に抗がん療法を投与することとによって、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法で、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者を治療する方法を提供する。いくつかの実施形態において、抗がん療法は、患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、基準レベルと比較して増加する場合に患者に投与される。
【０３０８】
他の実施形態において、本発明は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中の、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、ＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを決定することと、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、ＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルを基準レベルと比較することと、患者の１つ以上の遺伝子の発現レベルが、基準レベルと比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとによって、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）を含む抗がん療法で、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者を治療する方法を提供する。
【０３０９】
特定の実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞の存在と相関する。特定の実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上（１、２、３、または４つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、または４つ）の発現レベルは、腫瘍微小環境におけるＴｈ１ケモカインの存在と相関する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１つ、２つ、または３つ）の存在が決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１つ、２つ、または３つ）の存在は、腫瘍微小環境におけるナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の存在と相関する。
【０３１０】
特定の実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、またはＰＲＦ１のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ａのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ｂのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＤ８Ｂのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＥＯＭＥＳのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＡのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＡのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＩＦＮＧのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＩＦＮＧのレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＰＲＦ１のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約６０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約１５倍、約１７倍、約２０倍、約２５倍、約３０倍、約３５倍、約４０倍、約４５倍、約５０倍、約５５倍、約６０倍、または約１倍〜約５０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＰＲＦ１のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、１００倍、２００倍、２５０倍、５００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。
【０３１１】
特定の実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、または４つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、またはＣＸＣＬ１３のうちの少なくとも２つまたは少なくとも３つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ９のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１０のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１０のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１１のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１１のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１３のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約３００倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約３０倍、約５０倍、約６０倍、約７０倍、約８０倍、約９０倍、約１００倍、約１５０倍、約２００倍、約２５０倍、約３倍〜約２５０倍、または約１倍〜約８０倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＣＸＣＬ１３のレベルは、基準レベルと比較して、約５０倍以上（例えば、約５０倍、８０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。
【０３１２】
いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１つ、２つ、または３つ）の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、またはＳＬＡＭＦ７のうちの少なくとも２つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７の発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約２０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１２倍、約１３倍、約１５倍、約２０倍、約１倍〜約８倍、または約１倍〜約１３倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＧＺＭＢのレベルは、基準レベルと比較して、約８倍以上（例えば、約８倍、９倍、１０倍、１３倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＫＬＲＫ１のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約２０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１２倍、約１３倍、約１５倍、約２０倍、約１倍〜約８倍、または約１倍〜約１３倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＫＬＲＫ１のレベルは、基準レベルと比較して、約８倍以上（例えば、約８倍、９倍、１０倍、１３倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＳＬＡＭＦ７のレベルは、基準レベルと比較して、約１倍〜約２０倍（例えば、約１倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約１２倍、約１３倍、約１５倍、約２０倍、約１倍〜約８倍、または約１倍〜約１３倍）増加する。いくつかの実施形態において、ＳＬＡＭＦ７のレベルは、基準レベルと比較して、約８倍以上（例えば、約８倍、９倍、１０倍、１３倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、またはそれ以上）増加する。
【０３１３】
いくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中のＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３個）の発現レベルは、基準レベルと比較して、（例えば、約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上だけ）増加する。
【０３１４】
いくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与前（例えば、数分、数時間、数日、数週間（例えば、１、２、３、４、５、６、もしくは７週間）、数ヶ月、または数年前）に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子（例えば、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、ＰＲＦ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１３、ＫＬＲＫ１、及び／またはＳＬＡＭＦ７）の発現レベルである。特定の実施形態において、基準レベルは、基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベルである。特定の実施形態において、基準レベルは、１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベルである。いくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、その後の時点（例えば、抗がん療法の投与の数分後、数時間後、数日後、数週間後、数ヶ月後、もしくは数年後）で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。
【０３１５】
いくつかの実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者を治療する方法を提供し、本方法は、ある時点で患者から得られる生物学的試料（例えば、腫瘍試料）中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルとを比較することと、患者の試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルが、基準レベルと比較して変化（例えば、増加または減少）する場合、患者に抗がん療法を投与することとを伴う。いくつかの実施形態において、抗がん療法は、基準レベルと比較して、患者の試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルが増加する場合に患者に投与される。
【０３１６】
いくつかの実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者を治療する方法を提供し、本方法は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料（例えば、腫瘍試料）中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルを決定することと、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルを基準レベルとを比較することと、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルが増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとを伴う。いくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与前（例えば、数分、数時間、数日、数週間（例えば、１、２、３、４、５、６、もしくは７週間）、数ヶ月、または数年前）に得られる、患者からの生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、基準集団におけるＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、ＭＨＣ−Ｉに事前に割り当てられた発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、その後の時点（例えば、抗がん療法の投与の数分後、数時間後、数日後、数週間後、数ヶ月後、もしくは数年後）で患者から得られる生物学的試料中のＭＨＣ−Ｉの発現レベルである。
【０３１７】
いくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、基準レベルと比較して、（例えば、約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約２．６倍、約２．７倍、約２．８倍、約２．９倍、約３倍、約３．１倍、約３．２倍、約３．３倍、約３．４倍、約３．５倍、約３．６倍、約３．７倍、約３．８倍、約３．９倍、約４倍、約４．１倍、約４．２倍、約４．３倍、約４．４倍、約４．５倍、約４．６倍、約４．７倍、約４．８倍、約４．９倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上）増加する。いくつかの実施形態において、ＭＨＣ−Ｉの発現レベルは、基準レベルと比較して、少なくとも約２倍増加する。
【０３１８】
いくつかの実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）患者を治療する方法を提供し、本方法は、患者から得られる生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ７、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、発現レベルを基準レベルとを比較することと、発現レベルが、基準レベルと比較して変化（例えば、増加または減少）する場合、患者に抗がん療法を投与することとを伴う。いくつかの実施形態において、抗がん療法は、基準レベルと比較して、患者の試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルが増加する場合に患者に投与される。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０の発現レベルが決定される。
【０３１９】
他の実施形態において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）患者を治療する方法を提供し、本方法は、抗がん療法の投与後の時点で患者から得られる生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ７、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルを決定することと、発現レベルを基準レベルとを比較することと、発現レベルが、基準レベルと比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとを伴う。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、またはＣＸＣＬ１０のうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの発現レベルが決定される。いくつかの実施形態において、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及びＣＸＣＬ１０の発現レベルが決定される。
【０３２０】
いくつかの実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与前（例えば、数分、数時間、数日、数週間、数ヶ月、または数年前）に得られる、患者からの生物学的試料中の１つ以上の遺伝子（例えば、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及び／またはＣＸＣＬ１０）の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、基準集団における１つ以上の遺伝子の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、１つ以上の遺伝子に事前に割り当てられた発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、抗がん療法の投与後である以前の時点で、患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。他の実施形態において、基準レベルは、その後の時点で患者から得られる生物学的試料中の１つ以上の遺伝子の発現レベルである。
【０３２１】
いくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中のＣＸ３ＣＲ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ５、ＣＣＲ５、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＣＲ７、及び／またはＣＸＣＬ１０のうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、または７つ）の発現レベルは、基準レベルと比較して、（例えば、約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約３倍、約３．５倍、約４倍、約４．５倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上だけ）増加する。
【０３２２】
別の態様において、本発明は、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者を治療する方法を提供し、本方法は、患者から得られる腫瘍試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数を決定することと、腫瘍試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数を、基準試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数と比較することと、患者の試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数が、基準試料と比較して変化（例えば、増加または減少）する場合、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法を患者に投与することとを伴う。いくつかの実施形態において、患者から得られる生物学的試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数が、基準レベルと比較して増加する場合、抗がん療法が患者に投与される。
【０３２３】
更に別の態様において、抗がん剤の投与後の時点で患者から得られる腫瘍試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数を決定することと、腫瘍試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数を、基準試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数と比較することと、患者の試料中のＴ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞、例えば、ＣＤ８＋Ｔｅｆｆ細胞）及び／またはマクロファージ（例えば、ＣＤ６８＋、ＣＤ１６８＋、もしくはＣＤ６８＋ＣＤ１６８＋マクロファージ）の数が、基準試料と比較して増加する場合、患者への抗がん療法の投与を継続することとによって、がん（例えば、腎臓癌）を有する患者を治療する方法を提供する。いくつかの実施形態において、抗がん剤は、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む。
【０３２４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる腫瘍試料は、基準試料と比較して、（例えば、少なくとも約１．１倍、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２倍、約２．１倍、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約２．６倍、約２．７倍、約２．８倍、約２．９倍、約３倍、約３．１倍、約３．２倍、約３．３倍、約３．４倍、約３．５倍、約３．６倍、約３．７倍、約３．８倍、約３．９倍、約４倍、約４．１倍、約４．２倍、約４．３倍、約４．４倍、約４．５倍、約４．６倍、約４．７倍、約４．８倍、約４．９倍、約５倍、約５．５倍、約６倍、約６．５倍、約７倍、約７．５倍、約８倍、約８．５倍、約９倍、約９．５倍、約１０倍、約１１倍、約１２倍、約１３倍、約１４倍、約１５倍、約１６倍、約１７倍、約１８倍、約１９倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１，０００倍以上だけ）増加した数のＣＤ８＋Ｔ細胞及び／またはマクロファージを有する。
【０３２５】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）での併用療法は、好ましくは、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）を含む生存期間を延長及び／または改善する。一実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）での併用療法は、治療されているがんの承認済み抗腫瘍剤の投与または標準治療によって達成される生存期間と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、またはそれ以上だけ生存期間を延長する。
【０３２６】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、バイオマーカーの発現レベルまたは数は、組織試料、初代もしくは培養細胞もしくは細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、及び組織培養培地、組織抽出物（均質化組織など）、腫瘍組織、細胞抽出物、またはこれらの任意の組み合わせ中で検出される。
【０３２７】
例えば、前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、バイオマーカーの発現レベルは、腫瘍浸潤免疫細胞、腫瘍細胞、ＰＢＭＣ、またはこれらの組み合わせ中で、既知の技術（例えば、フローサイトメトリーまたはＩＨＣ）を使用して検出される。腫瘍浸潤免疫細胞としては、腫瘍内免疫細胞、腫瘍周囲免疫細胞、またはこれらの任意の組み合わせ、及び他の腫瘍間質細胞（例えば、線維芽細胞）が挙げられるが、これらに限定されない。そのような腫瘍浸潤免疫細胞は、Ｔリンパ球（ＣＤ８＋Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞）及び／もしくはＣＤ４＋Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ４＋Ｔｅｆｆ細胞）など）、Ｂリンパ球、または顆粒球（好中球、好酸球、好塩基球）、単球、マクロファージ、樹状細胞（例えば、指状嵌入樹状細胞）、組織球、及びナチュラルキラー細胞（ＮＫ）を含む他の骨髄系細胞であり得る。いくつかの実施形態において、バイオマーカーの染色は、膜染色、細胞質染色、またはこれらの組み合わせとして検出される。他の実施形態において、バイオマーカーの不在は、基準試料との比較での、試料中の染色の不在または無染色として検出される。
【０３２８】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者から得られる試料は、組織、全血、血漿、血清、及びこれらの組み合わせからなる群から選択され得る。いくつかの実施形態において、試料は組織試料である。いくつかの実施形態において、組織試料は腫瘍試料である。いくつかの実施形態において、腫瘍試料は、腫瘍浸潤免疫細胞、腫瘍細胞、間質細胞、またはこれらの任意の組み合わせを含む。前述の実施形態のいずれにおいても、腫瘍試料は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍試料、アーカイブ腫瘍試料、新鮮腫瘍試料、または凍結腫瘍試料であり得る。
【０３２９】
前述の方法のいずれかの特定の実施形態において、バイオマーカーの発現レベルまたは数は、がん細胞を含有するか、それを含有することが疑われる生物学的試料中で評価される。試料は、例えば、がん（例えば、腎臓癌、特に、腎細胞癌）を患うか、がんを患うことが疑われるか、またはがんと診断された患者から得られる組織生検または転移性病変であり得る。いくつかの実施形態において、試料は、循環がん細胞、例えば、腎臓癌細胞を含むことが既知であるか、またはそれが疑われる、腎臓組織の試料、腎臓腫瘍の生検、既知もしくは疑われる転移性腎臓癌病変もしくは切片、または血液試料、例えば、末梢血液試料である。試料は、がん細胞（すなわち、腫瘍細胞）及び非がん細胞（例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞などのリンパ球）の両方を含み得、特定の実施形態において、がん細胞及び非がん細胞の両方を含む。がん／腫瘍細胞を含む組織切除片、生検、及び体液（例えば、血液試料）を含む生物学的試料を得る方法は、当該技術分野において周知である。
【０３３０】
いくつかの実施形態において、患者から得られる試料は、抗がん療法（例えば、がんの治療またはその症状の管理もしくは寛解のための療法）の開始後に採取される。したがって、いくつかの実施形態において、試料は、化学療法剤の投与または化学療法レジメンの開始後に採取される。
【０３３１】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者は、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽細胞腫及び網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマ、及び島細胞癌を含む）、中皮腫、神経鞘腫（聴神経腫を含む）、髄膜腫、腺癌、黒色腫、ならびに白血病またはリンパ系腫瘍を有する。いくつかの実施形態において、がんは、腎臓癌（例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）、例えば、転移性ＲＣＣ）、扁平上皮細胞癌（例えば、上皮性扁平上皮細胞癌）、肺癌（小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺癌、及び肺の扁平上皮癌を含む）、腹膜の癌、肝細胞癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ  ｃａｎｃｅｒ）もしくは胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ  ｃａｎｃｅｒ）（消化管癌を含む）、膵臓癌、膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、肝細胞癌、乳癌（転移性乳癌を含む）、膀胱癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌もしくは子宮癌、唾液腺癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、メルケル細胞癌、菌状息肉症、精巣癌、食道癌、胆道の腫瘍、頭頸部癌、Ｂ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽細胞性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非開裂細胞性ＮＨＬ、巨大病変性ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、及びワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症を含む）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、有毛細胞性白血病、慢性骨髄芽球性白血病、ならびに移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、母斑症、浮腫（脳腫瘍に関連するものなど）、またはメグス症候群に関連する異常な血管増殖である。好ましい実施形態において、患者は、腎臓癌（例えば、ＲＣＣ、例えば、ｍＲＣＣ）を有する。患者は、任意で、進行性、難治性、再発性、化学療法耐性、及び／またはプラチナ製剤耐性形態のがんを有し得る。
【０３３２】
がんの予防または治療のために、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）の用量は、上記に定義される治療されるがんの種類、がんの重症度及び過程、予防もしくは治療目的で抗体が投与されるかどうか、以前の療法、患者の臨床歴及び薬物に対する応答、ならびに主治医の裁量に依存するだろう。
【０３３３】
いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）は、一度に、または一連の治療にわたって患者に好適に投与され得る。１つの典型的な１日投薬量は、上述の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ以上の範囲であり得る。病態に応じて数日間以上にわたる反復投与の場合、治療は一般に、疾患症状の所望される抑制が生じるまで持続されるだろう。そのような用量は、例えば、毎週または３週間毎に（例えば、患者が、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストの用量を、例えば約２回〜約２０回、または例えば約６回受けるように）断続的に投与され得る。より高い初回負荷用量に続いて、１回以上のより低い用量が投与されてもよい。しかしながら、他の投薬量レジメンも有用であり得る。この療法の進行は、従来の技術及びアッセイによって容易に監視される。
【０３３４】
例えば、一般的な提案として、ヒトに投与される治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）は、１回以上の投与によるかに関わらず、患者の体重の約０．０１〜約５０ｍｇ／ｋｇの範囲内だろう。いくつかの実施形態において、使用される抗体は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、または約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１ｍｇ／ｋｇであり、これらは例えば、毎日、毎週、２週間毎、３週間毎、または毎月に投与される。いくつかの実施形態において、抗体は、１５ｍｇ／ｋｇで投与される。しかしながら、他の投薬量レジメンも有用であり得る。一実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）は、２１日周期（３週間毎、ｑ３ｗ）の１日目に約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約４２０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５２５ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約８４０ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１０５０ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、または約１８００ｍｇの用量でヒトに投与される。
【０３３５】
いくつかの実施形態において、アテゾリズマブは、３週間毎（ｑ３ｗ）に１２００ｍｇで静脈内投与される。いくつかの実施形態において、ベバシズマブは、一度に、または一連の治療にわたって固定用量で投与される。固定用量が投与される場合、好ましくは、それは、約５ｍｇ〜約２０００ｍｇの範囲内である。例えば、固定用量は、およそ４２０ｍｇ、およそ５２５ｍｇ、およそ８４０ｍｇ、またはおよそ１０５０ｍｇであり得る。いくつかの実施形態において、ベバシズマブは、２週間毎に１０ｍｇ／ｋｇで静脈内投与される。いくつかの実施形態において、ベバシズマブは、３週間毎に１５ｍｇ／ｋｇで静脈内投与される。ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストの用量は、単回用量または複数回用量（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回以上の用量）として投与され得る。一連の用量が投与される場合、これらは、例えば、およそ毎週、およそ２週間毎、およそ３週間毎、またはおよそ４週間毎に投与され得る。併用治療において投与される抗体の用量は、単一治療と比較して、低下され得る。この療法の進行は、従来の技術によって容易に監視される。
【０３３６】
本明細書に記載されるＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）ならびにＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗体、結合ポリペプチド、及び／または小分子）（任意の追加の治療剤）は、良好な医療慣例と一貫する様式で、製剤化、投薬、及び投与され得る。この文脈において考慮すべき要因としては、治療されている特定の障害、治療されている特定の哺乳動物、個々の患者の臨床病態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与スケジューリング、及び医師に既知である他の要因が挙げられる。ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト及び／またはＶＥＧＦアンタゴニストは、任意で、問題の障害を予防または治療するために現在使用されている１つ以上の薬剤とともに製剤化されるか、それらと同時に投与されるが、その必要はない。そのような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在するＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト及び／またはＶＥＧＦアンタゴニストの量、障害または治療の種類、ならびに上記に考察される他の要因に依存する。これらは一般に、本明細書に記載されるものと同じ投薬量及び投与経路で使用されるか、または本明細書に記載される投薬量の約１〜９９％、もしくは経験的／臨床的に適切であると決定される任意の投薬量及び任意の経路で使用される。
【０３３７】
いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）と同時に投与される。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、同じ製剤の一部として投与される。他の実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）は、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）とは別個に投与される。
【０３３８】
いくつかの実施形態において、前述の方法のいずれも、追加の治療剤の投与を含み得る。いくつかの実施形態において、追加の治療剤は、免疫療法剤、細胞毒性剤、成長阻害剤、放射線療法剤、抗血管新生剤、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される。
【０３３９】
いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、活性化共刺激分子に対して指向されるアゴニストと同時に投与される。いくつかの実施形態において、活性化共刺激分子としては、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、またはＣＤ１２７を挙げることができる。いくつかの実施形態において、活性化共刺激分子に対して指向されるアゴニストは、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、またはＣＤ１２７に結合するアゴニスト抗体である。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、阻害性共刺激性分子に対して指向されるアンタゴニストと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、阻害性共刺激分子としては、ＣＴＬＡ−４（ＣＤ１５２としても知られる）、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ−３、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、またはアルギナーゼを挙げることができる。いくつかの実施形態において、阻害性共刺激分子に対して指向されるアンタゴニストは、ＣＴＬＡ−４、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ−３、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、またはアルギナーゼに結合するアンタゴニスト抗体である。
【０３４０】
いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＴＬＡ−４（ＣＤ１５２としても知られる）に対して指向されるアンタゴニスト、例えば、遮断抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、イピリムマブ（ＭＤＸ−０１０、ＭＤＸ−１０１、またはＹＥＲＶＯＹ（登録商標）としても知られる）と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、トレメリムマブ（チシリムマブまたはＣＰ−６７５，２０６としても知られる）と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、Ｂ７−Ｈ３（ＣＤ２７６としても知られる）に対して指向されるアンタゴニスト、例えば、遮断抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＭＧＡ２７１と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＴＧＦ−ベータに対して指向されるアンタゴニスト、例えば、メテリムマブ（ＣＡＴ−１９２としても知られる）、フレソリムマブ（ＧＣ１００８としても知られる）、またはＬＹ２１５７２９９と組み合わせて投与され得る。
【０３４１】
いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＤ１３７（ＴＮＦＲＳＦ９、４−１ＢＢ、またはＩＬＡとしても知られる）に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ウレルマブ（ＢＭＳ−６６３５１３としても知られる）と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＤ４０に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＰ−８７０８９３と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＯＸ４０（ＣＤ１３４としても知られる）に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、抗ＯＸ４０抗体（例えば、ＡｇｏｎＯＸ）と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＤ２７に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＤＸ−１１２７と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＴＩＧＩＴに対して指向されるアンタゴニスト、例えば、抗ＴＩＧＩＴ抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、インドールアミン−２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）に対して指向されるアンタゴニストと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＩＤＯアンタゴニストは、１−メチル−Ｄ−トリプトファン（１−Ｄ−ＭＴとしても知られる）である。
【０３４２】
いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、がんワクチンと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、がんワクチンは、ペプチドがんワクチンであり、これは、いくつかの実施形態において、個別化されたペプチドワクチンである。いくつかの実施形態において、ペプチドがんワクチンは、多価長ペプチド、多ペプチド、ペプチドカクテル、ハイブリッドペプチド、またはペプチドパルス樹状細胞ワクチンである（例えば、Ｙａｍａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ，１０４：１４−２１，２０１３を参照されたい）。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、アジュバントと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＴＬＲアゴニスト、例えば、Ｐｏｌｙ−ＩＣＬＣ（ＨＩＬＴＯＮＯＬ（登録商標）としても知られる）、ＬＰＳ、ＭＰＬ、またはＣｐＧ  ＯＤＮを含む治療と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）アルファと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＩＬ−１と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＨＭＧＢ１と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＩＬ−１０アンタゴニストと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＩＬ−４アンタゴニストと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＩＬ−１３アンタゴニストと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマ���）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＨＶＥＭアンタゴニストと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、例えば、ＩＣＯＳ−Ｌの投与によるＩＣＯＳアゴニスト、またはＩＣＯＳに対して指向されるアゴニスト抗体と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＸ３ＣＬ１を標的とする治療と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＸＣＬ９を標的とする治療と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＸＣＬ１０を標的とする治療と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＣＣＬ５を標的とする治療と組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、ＬＦＡ−１またはＩＣＡＭ１アゴニストと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブ）及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）は、セレクチンアゴニストと組み合わせて投与され得る。
【０３４３】
したがって、投与される場合、化学療法剤は通常、既知の投薬量で投与されるか、または薬物の複合作用もしくは化学療法剤の投与に起因する負の副作用のために、任意で低減される。そのような化学療法剤の調製ならびに投薬スケジュールは、製造業者の指示書に従って、または熟練した医師によって経験的に決定されるように使用され得る。化学療法剤がパクリタキセルである場合、好ましくは、それは、約１３０ｍｇ／ｍ２〜２００ｍｇ／ｍ２（例えば、およそ１７５ｍｇ／ｍ２）の用量で、例えば、３時間にわたって、３週間毎に投与される。化学療法剤がカルボプラチンである場合、好ましくは、それは、患者の既存の腎機能に基づくカルバート式、または腎機能及び所望される血小板最下点を使用して、カルボプラチンの用量を計算することによって投与される。腎排泄は、カルボプラチンの排除の主要な経路である。体表面積に基づく経験的な用量計算と比較して、この投薬処方の使用は、さもなければ（平均を超える腎機能を有する患者における）過少量投薬または（障害された腎機能を有する患者）過量投薬をもたらし得る、治療前の腎機能の患者多様性の補償を可能にする。単一薬剤カルボプラチンを使用する４〜６ｍｇ／ｍＬ／分の標的ＡＵＣは、以前に治療された患者において最も適切な用量範囲をもたらすようである。
【０３４４】
上記の治療レジメンに加えて、患者は、腫瘍及び／またはがん細胞の外科的除去に供され得る。
【０３４５】
上記のそのような併用療法は、併用投与（２つ以上の治療剤が同じまたは別個の製剤中に含まれる場合）、ならびにＶＥＧＦアンタゴニスト及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストの投与が、追加の治療剤（複数可）の投与の前、それと同時、かつ／またはそれに続いて生じ得る、別個投与を包含する。一実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストの投与及び追加の治療剤の投与は、互いの約１カ月以内、または約１、２、もしくは３週間以内、または約１、２、３、４、５、もしくは６日以内に生じる。
【０３４６】
ＶＥＧＦアンタゴニストまたはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストのいずれかが抗体（例えば、ベバシズマブまたはアテゾリズマブ）である実施形態において、投与される抗体は、ネイキッド抗体であり得る。投与されるＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）及び／またはＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどのＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト）は、細胞毒性剤にコンジュゲートされ得る。好ましくは、コンジュゲートされたもの、かつ／またはそれが結合される抗原は、細胞によって内部移行され、それが結合するがん細胞を殺滅する上でのコンジュゲートの増加した治療有効性をもたらす。好ましい一実施形態において、細胞毒性剤は、がん細胞内の核酸を標的とするか、またはそれを妨害する。そのような細胞毒性剤の例としては、マイタンシノイド、カリケアマイシン、リボヌクレアーゼ、及びＤＮＡエンドヌクレアーゼが挙げられる。
【０３４７】
本明細書に記載される方法において利用される組成物は、例えば、静脈内、筋肉内、皮下、皮内、経皮的、動脈内、腹腔内、病巣内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、くも膜下腔内、鼻腔内、膣内、直腸内、局所的、腫瘍内、腹膜内、結膜下、小胞内、経粘膜、心膜内、臍帯内、眼球内、眼窩内、経口的、局所的、経皮的、硝子体内（例えば、硝子体内注射によって）、点眼によって、吸入によって、注射によって、埋め込みによって、注入によって、継続注入によって、標的細胞の直接的な局所灌流浴によって、カテーテルによって、洗浄によって、クリームで、または脂質組成物で、を含む、任意の好適な方法によって投与されてもよい。本明細書に記載される方法で利用される組成物はまた、全身または局所投与されてもよい。投与方法は、様々な要因（例えば、投与されている化合物または組成物、及び治療されている病態、疾患、または障害の重症度）に応じて異なり得る。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、静脈内、筋肉内、皮下、局所的、経口的、経皮的、腹腔内、眼窩内、埋め込みによって、吸入によって、髄腔内、脳室内、または鼻腔内に投与される。投薬は、部分的には、投与が短時間であるか、または長期的であるかに応じて、例えば、任意の好適な経路によるもの、例えば、静脈内注射または皮下注射などの注射によるものであり得る。単回投与または様々な時点にわたる複数回投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含むが、これらに限定されない、様々な投薬スケジュールが本明細書において企図される。
【０３４８】
ＩＶ．組成物
一態様において、本発明は、部分的には、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体）とＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブなどの抗ＰＤ−Ｌ１抗体）との組み合わせが、腎臓癌などのがんにおいて抗腫瘍効果を有するという発見に基づく。特定の実施形態において、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストが提供される。これらの薬剤及びこれらの組み合わせは、例えば、本明細書に記載される方法のいずれかの一部として、がんの治療にとって有用である。
【０３４９】
Ａ．例示的なＶＥＧＦアンタゴニスト
本発明のＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦに結合するか、ＶＥＧＦ発現レベルを低下させるか、またはＶＥＧＦ生物学的活性を中和、遮断、阻害、抑止、縮小、もしくは妨害することができる任意の分子を含む。一例示的なヒトＶＥＧＦは、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ受託番号Ｐ１５６９２、遺伝子ＩＤ（ＮＣＢＩ）：７４２２に示される。
【０３５０】
いくつかの事例において、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＶＥＧＦ抗体は、「ｒｈｕＭａｂ  ＶＥＧＦ」または「ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）」としても知られるベバシズマブである。ベバシズマブは、Ｐｒｅｓｔａら（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９，１９９７）に従って生成される組み換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体である。これは、変異型ヒトＩｇＧ１フレームワーク領域と、ヒトＶＥＧＦがその受容体に結合するのを遮断するマウス抗ｈＶＥＧＦモノクローナル抗体Ａ．４．６．１に由来する抗原結合性の相補性決定領域とを含む。フレームワーク領域の大半を含む、ベバシズマブのアミノ酸配列のおよそ９３％がヒトＩｇＧ１に由来し、配列の約７％がマウス抗体Ａ４．６．１に由来する。ベバシズマブは、約１４９，０００ダルトンの分子質量を有し、グリコシル化されている。ベバシズマブ及び他のヒト化抗ＶＥＧＦ抗体は、２００５年２月２６日に発行された米国特許第６，８８４，８７９号に更に記載されており、参照によりその開示の全体が明示的に本明細書に組み込まれる。追加の好ましい抗体としては、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２００５／０１２３５９号に記載されるＧ６またはＢ２０系統の抗体（例えば、Ｇ６−３１、Ｂ２０−４．１）が挙げられる。追加の好ましい抗体については、米国特許第７，０６０，２６９号、同第６，５８２，９５９号、同第６，７０３，０２０号、同第６，０５４，２９７号、ＷＯ９８／４５３３２、ＷＯ９６／３００４６、ＷＯ９４／１０２０２、ＥＰ０６６６８６８Ｂ１、米国特許出願公開第２００６００９３６０号、同第２００５０１８６２０８号、同第２００３０２０６８９９号、同第２００３０１９０３１７号、同第２００３０２０３４０９号、及び同第２００５０１１２１２６号、ならびにＰｏｐｋｏｖら（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ２８８：１４９−１６４，２００４）を参照されたい。他の好ましい抗体としては、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、１９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含むか、またはあるいは、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、１８３、及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦ上の機能的エピトープに結合するものが挙げられる。
【０３５１】
他の事例において、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦＲ２抗体または関連分子（例えば、ラムシルマブ、タニビルマブ、アフリベルセプト）、抗ＶＥＧＦＲ１抗体または関連分子（例えば、イクルクマブ、アフリベルセプト（ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ−Ｅｙｅ、ＥＹＬＥＡ（登録商標））、もしくはジブ−アフリベルセプト（ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ、ＺＡＬＴＲＡＰ（登録商標）））、二重特異性ＶＥＧＦ抗体（例えば、ＭＰ−０２５０、バヌシズマブ（ＶＥＧＦ−ＡＮＧ２）、もしくはＵＳ２００１／０２３６３８８に開示される二重特異性抗体）、抗ＶＥＧＦ、抗ＶＥＧＦＲ１、及び抗ＶＥＧＦＲ２アームのうちの２つの組み合わせを含む二重特異性抗体、抗ＶＥＧＦＡ抗体（例えば、ベバシズマブ、セバシズマブ）、抗ＶＥＧＦＢ抗体、抗ＶＥＧＦＣ抗体（例えば、ＶＧＸ−１００）、抗ＶＥＧＦＤ抗体、あるいは非ペプチド小分子ＶＥＧＦアンタゴニスト（パゾパニブ、アキシチニブ、バンデタニブ、スチバーガ、カボザンチニブ、レンバチニブ、ニンテダニブ、オランチニブ、テラチニブ、ドビチニグ、セジラニブ、モテサニブ、スルファチニブ、アパチニブ、フォレチニブ、ファミチニブ、またはチボザニブ）である。
【０３５２】
上記に列挙される実施形態のいずれかにおける使用のための、そのようなＶＥＧＦアンタゴニスト抗体または本明細書に記載される他の抗体（例えば、ＶＥＧＦ発現レベルの検出のための抗ＶＥＧＦ抗体）は、以下の節Ｃの節ｉ−ｖｉｉに記載される特徴のいずれかを、単独または組み合わせで有し得ることが明示的に企図される。
【０３５３】
Ｂ．例示的なＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト
本発明のＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−１結合アンタゴニスト、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニスト、及びＰＤ−Ｌ２結合アンタゴニストを含む。ＰＤ−１（プログラム死１）はまた、当該技術分野において、「プログラム細胞死１」、「ＰＤＣＤ１」、「ＣＤ２７９」、及び「ＳＬＥＢ２」とも称される。一例示的なヒトＰＤ−１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ１５１１６に示される。ＰＤ−Ｌ１（プログラム死リガンド１）はまた、当該技術分野において、「プログラム細胞死１リガンド１」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ１」、「ＣＤ２７４」、「Ｂ７−Ｈ」、及び「ＰＤＬ１」とも称される。一例示的なヒトＰＤ−Ｌ１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示される。ＰＤ−Ｌ２（プログラム死リガンド２）はまた、当該技術分野において、「プログラム細胞死１リガンド２」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ２」、「ＣＤ２７３」、「Ｂ７−ＤＣ」、「Ｂｔｄｃ」、及び「ＰＤＬ２」とも称される。一例示的なヒトＰＤ−Ｌ２は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＱ５１に示される。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２は、ヒトＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２である。
【０３５４】
いくつかの事例において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストである。いくつかの事例において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。他の事例において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１への結合を阻害する。更に他の事例において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のＢ７−１への結合を阻害する。いくつかの事例において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１及びＢ７−１の両方への結合を阻害する。いくつかの事例において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ（ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ））、ＭＤＸ−１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ（ｄｕｒｖａｌｕｍａｂ））、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ））からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１９のＨＶＲ−Ｈ１配列、配列番号２０のＨＶＲ−Ｈ２配列、及び配列番号２１のＨＶＲ−Ｈ３配列を含む重鎖と、配列番号２２のＨＶＲ−Ｌ１配列、配列番号２３のＨＶＲ−Ｌ２配列、及び配列番号２４のＨＶＲ−Ｌ３配列を含む軽鎖とを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号２６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と、配列番号４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。
【０３５５】
いくつかの事例において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−１結合アンタゴニストである。例えば、いくつかの事例において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。いくつかの事例において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１への結合を阻害する。他の事例において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ２への結合を阻害する。更に他の事例において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の両方への結合を阻害する。いくつかの事例において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、抗体である。いくつかの事例において、抗体は、ＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ−３４７５（ペンブロリズマブ）、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ）、ＭＥＤＩ−０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ−１０８からなる群から選択される。いくつかの事例において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、Ｆｃ融合タンパク質である。例えば、いくつかの事例において、Ｆｃ融合タンパク質は、ＡＭＰ−２２４である。更なる一態様において、本発明は、薬物の製造または調製におけるＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストの使用を提供する。一実施形態において、薬物は、がんの治療のためのものである。更なる一実施形態において、薬物は、腎臓癌（例えば、腎細胞癌（ＲＣＣ）、例えば、転移性ＲＣＣ（ｍＲＣＣ））を患う患者に有効量の薬物を投与することを含む、がんを治療する方法における使用のためのものである。そのような一実施形態において、本方法は、例えば以下に記載されるような有効量の少なくとも１つの追加の治療剤を個体に投与することを更に含む。
【０３５６】
いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＰＤ−１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の一態様において、ＰＤ−１リガンド結合パートナーは、ＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２である。別の実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１のその結合リガンドへの結合を阻害する分子である。特定の一態様において、ＰＤ−Ｌ１結合パートナーは、ＰＤ−１及び／またはＢ７−１である。別の実施形態において、ＰＤ−Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の一態様において、ＰＤ−Ｌ２結合リガンドパートナーは、ＰＤ−１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであり得る。
【０３５７】
いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、例えば以下に記載されるような、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−１抗体は、ＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ−３４７５（ペンブロリズマブ）、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ）、ＭＥＤＩ−０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ−１０８からなる群から選択される。ＭＤＸ−１１０６−０４、ＯＮＯ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８、またはニボルマブとしても知られるＭＤＸ−１１０６は、ＷＯ２００６／１２１１６８に記載される抗ＰＤ−１抗体である。ペンブロリズマブまたはランブロリズマブとしても知られるＭＫ−３４７５は、ＷＯ２００９／１１４３３５に記載される抗ＰＤ−１抗体である。ｈＢＡＴ、ｈＢＡＴ−１、またはピディリズマブとしても知られるＣＴ−０１１は、ＷＯ２００９／１０１６１１に記載される抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合したＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２の細胞外またはＰＤ−１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１結合アンタゴニストは、ＡＭＰ−２２４である。Ｂ７−ＤＣＩｇとしても知られるＡＭＰ−２２４は、ＷＯ２０１０／０２７８２７及びＷＯ２０１１／０６６３４２に記載されるＰＤ−Ｌ２−Ｆｃ融合可溶性受容体である。
【０３５８】
いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−１抗体は、ＭＤＸ−１１０６である。「ＭＤＸ−１１０６」に対する代替的な名称としては、ＭＤＸ−１１０６−０４、ＯＮＯ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８、及びニボルマブが挙げられる。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−１抗体は、ニボルマブ（ＣＡＳ登録番号：９４６４１４−９４−４）である。また更なる一実施形態において、配列番号１からの重鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び／または配列番号２からの軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、単離された抗ＰＤ−１抗体が提供される。また更なる一実施形態において、重鎖及び／または軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ−１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列、ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ（配列番号１）と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列、ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号２）と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
【０３５９】
いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ２結合アンタゴニストは、抗ＰＤ−Ｌ２抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ２結合アンタゴニストは、イムノアドヘシンである。
【０３６０】
いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１結合アンタゴニストは、例えば、以下に記載されるような、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１との間及び／またはＰＤ−Ｌ１とＢ７−１との間の結合を阻害することができる。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、及び（Ｆａｂ’）２断片からなる群から選択される抗体断片である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ヒト化抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ヒト抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＭＤＸ−１１０５、及びＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。抗体ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０は、ＷＯ２０１０／０７７６３４に記載される抗ＰＤ−Ｌ１である。ＢＭＳ−９３６５５９としても知られるＭＤＸ−１１０５は、ＷＯ２００７／００５８７４に記載される抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）は、ＷＯ２０１１／０６６３８９及びＵＳ２０１３／０３４５５９に記載される抗ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体である。本発明の方法に有用な抗ＰＤ−Ｌ１抗体の例、及びそれらの作製方法は、ＰＣＴ特許出願第ＷＯ２０１０／０７７６３４、ＷＯ２００７／００５８７４、ＷＯ２０１１／０６６３８９、米国特許第８，２１７，１４９号、及びＵＳ２０１３／０３４５５９に記載されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
【０３６１】
ＷＯ２０１０／０７７６３４Ａ１及びＵＳ８，２１７，１４９に記載される抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、本明細書に記載される方法において使用され得る。いくつかの実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、配列番号３の重鎖可変領域配列及び／または配列番号４の軽鎖可変領域配列を含む。また更なる一実施形態において、重鎖可変領域及び／または軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列、
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ（配列番号３）と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列、
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号４）と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
【０３６２】
一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３配列を含む重鎖可変領域を含み、
2019521641.tif 000005
更に式中、Ｘ１は、ＤまたはＧであり、Ｘ２は、ＳまたはＬであり、Ｘ３は、ＴまたはＳである。特定の一態様において、Ｘ１は、Ｄであり、Ｘ２は、Ｓであり、Ｘ３は、Ｔである。別の態様において、ポリペプチドは、以下の式、（ＦＲ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＲ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＲ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＲ−Ｈ４）に従うＨＶＲ間に並置された可変領域重鎖フレームワーク配列を更に含む。更に別の態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる一態様において、フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、フレームワーク配列のうちの少なくとも１つは、以下のものである。
2019521641.tif 000006
【０３６３】
また更なる一態様において、重鎖ポリペプチドは、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及びＨＶＲ−Ｌ３を含む可変領域軽鎖と更に組み合わされ、
2019521641.tif 000007
式中、Ｘ４は、ＤまたはＶであり、Ｘ５は、ＶまたはＩであり、Ｘ６は、ＳまたはＮであり、Ｘ７は、ＡまたはＦであり、Ｘ８は、ＶまたはＬであり、Ｘ９は、ＦまたはＴであり、Ｘ１０は、ＹまたはＡであり、Ｘ１１は、Ｙ、Ｇ、Ｆ、またはＳであり、Ｘ１２は、Ｌ、Ｙ、Ｆ、またはＷであり、Ｘ１３は、Ｙ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ、またはＩであり、Ｘ１４は、Ｈ、Ｖ、Ｐ、Ｔ、またはＩであり、Ｘ１５は、Ａ、Ｗ、Ｒ、Ｐ、またはＴである。また更なる一態様において、Ｘ４は、Ｄであり、Ｘ５は、Ｖであり、Ｘ６は、Ｓであり、Ｘ７は、Ａであり、Ｘ８は、Ｖであり、Ｘ９は、Ｆであり、Ｘ１０は、Ｙであり、Ｘ１１は、Ｙであり、Ｘ１２は、Ｌであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｈであり、Ｘ１５は、Ａである。
【０３６４】
また更なる一態様において、軽鎖は、以下の式、（ＦＲ−Ｌ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＦＲ−Ｌ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＦＲ−Ｌ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＦＲ−Ｌ４）に従うＨＶＲ間に並置された可変領域軽鎖フレームワーク配列を更に含む。また更なる一態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる一態様において、フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、フレームワーク配列のうちの少なくとも１つは、以下のものである。
2019521641.tif 000008
【０３６５】
別の実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗原結合断片が提供され、
（ａ）重鎖は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、更に、
2019521641.tif 000009
（ｂ）軽鎖は、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、更に、
2019521641.tif 000010
式中、Ｘ１は、ＤまたはＧであり、Ｘ２は、ＳまたはＬであり、Ｘ３は、ＴまたはＳであり、Ｘ４は、ＤまたはＶであり、Ｘ５は、ＶまたはＩであり、Ｘ６は、ＳまたはＮであり、Ｘ７は、ＡまたはＦであり、Ｘ８は、ＶまたはＬであり、Ｘ９は、ＦまたはＴであり、Ｘ１０は、ＹまたはＡであり、Ｘ１１は、Ｙ、Ｇ、Ｆ、またはＳであり、Ｘ１２は、Ｌ、Ｙ、Ｆ、またはＷであり、Ｘ１３は、Ｙ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ、またはＩであり、Ｘ１４は、Ｈ、Ｖ、Ｐ、Ｔ、またはＩであり、Ｘ１５は、Ａ、Ｗ、Ｒ、Ｐ、またはＴである。特定の一態様において、Ｘ１は、Ｄであり、Ｘ２は、Ｓであり、Ｘ３は、Ｔである。別の態様において、Ｘ４は、Ｄであり、Ｘ５は、Ｖであり、Ｘ６は、Ｓであり、Ｘ７は、Ａであり、Ｘ８は、Ｖであり、Ｘ９は、Ｆであり、Ｘ１０は、Ｙであり、Ｘ１１は、Ｙであり、Ｘ１２は、Ｌであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｈであり、Ｘ１５は、Ａである。更に別の態様において、Ｘ１は、Ｄであり、Ｘ２は、Ｓであり、Ｘ３は、Ｔであり、Ｘ４は、Ｄであり、Ｘ５は、Ｖであり、Ｘ６は、Ｓであり、Ｘ７は、Ａであり、Ｘ８は、Ｖであり、Ｘ９は、Ｆであり、Ｘ１０は、Ｙであり、Ｘ１１は、Ｙであり、Ｘ１２は、Ｌであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｈであり、Ｘ１５は、Ａである。
【０３６６】
更なる一態様において、重鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＲ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＲ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＲ−Ｈ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｌ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＦＲ−Ｌ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＦＲ−Ｌ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＦＲ−Ｌ４）に従うＨＶＲ間に並置された可変領域軽鎖フレームワーク配列を更に含む。また更なる一態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号８、９、１０、及び１１として記載される。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ、またはＩＶ下位群配列に由来する。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号１５、１６、１７、及び１８として明記される。
【０３６７】
また更なる特定の一態様において、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域を更に含む。また更なる一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の一態様において、抗体は、低下した、または最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の一態様において、最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または非グリコシル化から生じる。また更なる一実施形態において、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域内のＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０３６８】
更に別の実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖はそれぞれ、ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１９）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２０）、及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号２１）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３配列を更に含むか、または
（ｂ）軽鎖はそれぞれ、ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号２２）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号２３）、及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号２４）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及びＨＶＲ−Ｌ３配列を更に含む。
【０３６９】
特定の一態様において、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である。
【０３７０】
別の態様において、重鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＲ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＲ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＲ−Ｈ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｌ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＦＲ−Ｌ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＦＲ−Ｌ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＦＲ−Ｌ４）に従うＨＶＲ間に並置された可変領域軽鎖フレームワーク配列を更に含む。更に別の態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号８、９、１０、及び１１として記載される。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ、またはＩＶ下位群配列に由来する。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号１５、１６、１７、及び１８として明記される。
【０３７１】
また更なる特定の一態様において、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域を更に含む。また更なる一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の一態様において、抗体は、低下した、または最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の一態様において、最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または非グリコシル化から生じる。また更なる一実施形態において、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域内のＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０３７２】
別の更なる実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列、
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２５）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、かつ／または
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列、
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号４）と少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０３７３】
特定の一態様において、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である。別の態様において、重鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＲ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＲ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＲ−Ｈ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｌ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＦＲ−Ｌ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＦＲ−Ｌ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＦＲ−Ｌ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含む。更に別の態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号８、９、１０、及びＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号２７）として明記される。
【０３７４】
また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ、またはＩＶ下位群配列に由来する。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号１５、１６、１７、及び１８として明記される。
【０３７５】
また更なる特定の一態様において、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域を更に含む。また更なる一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の一態様において、抗体は、低下した、または最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の一態様において、最小のエフェクター機能は、原核細胞内での産生から生じる。また更なる特定の一態様において、最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または非グリコシル化から生じる。また更なる一実施形態において、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域内のＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０３７６】
更なる一態様において、重鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＲ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＲ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＲ−Ｈ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｌ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＦＲ−Ｌ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＦＲ−Ｌ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＦＲ−Ｌ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含む。また更なる一態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、以下のものである。
2019521641.tif 000011
【０３７７】
また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ、またはＩＶ下位群配列に由来する。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、以下のものである。
2019521641.tif 000012
【０３７８】
また更なる特定の一態様において、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域を更に含む。また更なる一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の一態様において、抗体は、低下した、または最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の一態様において、最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または非グリコシル化から生じる。また更なる一実施形態において、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域内のＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０３７９】
更に別の実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、
（ｃ）重鎖はそれぞれ、ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１９）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２０）、及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号２１）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３配列を更に含む、かつ／または、
（ｄ）軽鎖はそれぞれ、ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号２２）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号２３）、及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号２４）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及びＨＶＲ−Ｌ３配列を更に含む。
【０３８０】
特定の一態様において、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である。
【０３８１】
別の態様において、重鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＲ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＲ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＲ−Ｈ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ−Ｌ１）−（ＨＶＲ−Ｌ１）−（ＦＲ−Ｌ２）−（ＨＶＲ−Ｌ２）−（ＦＲ−Ｌ３）−（ＨＶＲ−Ｌ３）−（ＦＲ−Ｌ４）のようにＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含む。更に別の態様において、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号８、９、１０、及びＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫ（配列番号３１）として明記される。
【０３８２】
また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ、またはＩＶ下位群配列に由来する。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる一態様において、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号１５、１６、１７、及び１８として明記される。また更なる特定の一態様において、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域を更に含む。また更なる一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の一態様において、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる一態様において、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の一態様において、抗体は、低下した、または最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の一態様において、最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または非グリコシル化から生じる。また更なる一実施形態において、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域内のＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
【０３８３】
また更なる一実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列、
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫ（配列番号２６）と少なくとも８５％の配列同一性を有するか、または
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列、
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号４）と少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０３８４】
いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、軽鎖可変領域配列は、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、重鎖可変領域配列は、配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、軽鎖可変領域配列は、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有し、重鎖可変領域配列は、配列番号２６のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、重鎖及び／または軽鎖のＮ末端の１、２、３、４、または５個のアミノ酸残基が、欠失、置換、または修飾され得る。
【０３８５】
また更なる一実施形態において、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列、
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＡＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号３２）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、かつ／または
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列、
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号３３）と少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０３８６】
いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、軽鎖配列は、配列番号３３のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、重鎖配列は、配列番号３２のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体が提供され、軽鎖配列は、配列番号３３のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有し、重鎖配列は、配列番号３２のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有する。
【０３８７】
いくつかの実施形態において、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化される。抗体のグリコシル化は典型的には、Ｎ結合またはＯ結合のいずれかである。Ｎ結合は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を指す。トリペプチド配列であるアスパラギン−Ｘ−セリン及びアスパラギン−Ｘ−スレオニン（式中、Ｘは、プロリンを除く任意のアミノ酸である）は、アスパラギン側鎖への炭水化物部分の酵素結合の認識配列である。したがって、ポリペプチド内でのこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在により、潜在的なグリコシル化部位が作製される。Ｏ結合グリコシル化は、糖類であるＮ−アセイルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちの１つの、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリンまたはスレオニンへの結合を指すが、５−ヒドロキシプロリンまたは５−ヒドロキシリジンもまた使用され得る。抗体からのグリコシル化部位の除去は、上述のトリペプチド配列（Ｎ結合グリコシル化部位について）のうちの１つが除去されるようにアミノ酸配列を改変することによって好都合に達成される。この改変は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン、またはスレオニン残基の、別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニン、または保存的置換）による置換によって行われ得る。
【０３８８】
本明細書の実施形態のいずれにおいても、単離された抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ヒトＰＤ−Ｌ１、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されるヒトＰＤ−Ｌ１、またはそのバリアントに結合することができる。
【０３８９】
また更なる一実施形態において、本明細書に記載される抗体のうちのいずれかをコードする単離された核酸が提供される。いくつかの実施形態において、核酸は、前述の抗ＰＤ−Ｌ１抗体のいずれかをコードする核酸の発現に好適なベクターを更に含む。また更なる特定の一態様において、ベクターは、核酸の発現に好適な宿主細胞内にある。また更なる特定の一態様において、宿主細胞は、真核細胞または原核細胞である。また更なる特定の一態様において、真核細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などの哺乳動物細胞である。
【０３９０】
抗体またはその抗原結合断片は、当該技術分野において既知である方法を使用して、例えば、そのような抗体または断片を産生するのに好適な条件下で、発現に好適な形態の前述の抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗原結合断片のいずれかをコードする核酸を含有する宿主細胞を培養することと、抗体または断片を回収することとを含むプロセスによって作製され得る。
【０３９１】
上記に列挙される実施形態のいずれかにおける使用のためのそのようなＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニスト抗体（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＰＤ−１抗体、及び抗ＰＤ−Ｌ２抗体）または本明細書に記載される他の抗体（例えば、ＰＤ−Ｌ１発現レベルの検出のための抗ＰＤ−Ｌ１抗体）が、以下の節Ｃの節ｉ−ｖｉｉに記載される特徴のいずれかを、単独または組み合わせで有し得ることが明示的に企図される。
【０３９２】
Ｃ．抗体
ｉ．抗体親和性
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、または抗ＰＤ−１抗体）は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下、または０．００１ｎＭ以下（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
【０３９３】
一実施形態において、Ｋｄは、放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。一実施形態において、ＲＩＡは、対象となる抗体及びその抗原のＦａｂバージョンによって実行される。例えば、抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、未標識抗原の一連の滴定の存在下で、Ｆａｂを最小濃度の（１２５Ｉ）標識抗原と平衡化し、その後抗Ｆａｂ抗体コーティングプレートと結合した抗原を捕捉することによって測定される（例えば、Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５−８８１，１９９９を参照されたい）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中５μｇ／ｍｌの捕捉用抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ  Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後ＰＢＳ中２重量体積％のウシ血清アルブミンで２〜５時間室温（およそ２３℃）で遮断する。非吸着性プレート（Ｎｕｎｃ番号２６９６２０）中、１００ｐＭまたは２６ｐＭの［１２５Ｉ］−抗原を対象となるＦａｂの段階希釈液と混合する（例えば、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９，１９９７における抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一貫する）。その後、対象となるＦａｂを一晩インキュベートするが、インキュベーションをより長い期間（例えば、約６５時間）継続して、平衡に達することを確実にしてもよい。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために混合物を捕捉プレートに移動させる。その後、溶液を除去し、ＰＢＳ中０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（登録商標））を用いてプレートを８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μＬ／ウェルのシンチラント（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０（商標）、Ｐａｃｋａｒｄ）を添加し、ＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）でプレートを１０分間計数する。２０％以下の最大結合をもたらす各Ｆａｂの濃度を、競合結合アッセイにおける使用のために選択する。
【０３９４】
別の実施形態に従うと、Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴アッセイを使用して測定される。例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用するアッセイは、約１０の応答単位（ＲＵ）で固定化抗原ＣＭ５チップによって２５℃で実行される。一実施形態において、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）は、供給業者の指示書に従って、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）によって活性化される。抗原を１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍＬ（約０．２μＭ）になるまで希釈した後に、５μＬ／分の流量で注入して、およそ１０の応答単位（ＲＵ）の共役タンパク質を達成する。抗原の注入後、１Ｍのエタノールアミンを注入して、未反応基を遮断する。動態測定のために、Ｆａｂの２倍段階希釈液（０．７８ｎＭ〜５００ｎＭ）を、０．０５％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（商標））界面活性剤を含むＰＢＳ（ＰＢＳＴ）中、２５℃、およそ２５μＬ／分の流量で注入する。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を、単純な１対１ラングミュア結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン３．２版）を使用して、会合センサーグラムおよび解離センサーグラムを同時に適合することによって、計算する。平衡解離定数（Ｋｄ）を、ｋｏｆｆ／ｋｏｎの比として計算する。例えば、Ｃｈｅｎら（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５−８８１，１９９９）を参照されたい。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによる会合速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を超える場合、会合速度は、ストップフローを備えた分光光度計（Ａｖｉｖ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）または撹拌キュベットを有する８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）などの分光計で測定される場合に、増加する抗原濃度の存在下で、２５℃で、ＰＢＳ中２０ｎＭの抗−抗原抗体（Ｆａｂ形態）（ｐＨ７．２）の蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ、発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加または減少を測定する蛍光消光技術を使用して決定することができる。
【０３９５】
ｉｉ．抗体断片
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗ＰＤ−１抗体）は、抗体断片である。抗体断片としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、ならびに以下に記載される他の断片が挙げられるが、これらに限定されない。特定の抗体断片に関する概説については、Ｈｕｄｓｏｎら（Ｎａｔ．“Ｍｅｄ．”９：１２９−１３４，２００３を参照されたい）。ｓｃＦｖ断片に関する概説については、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ），ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）を参照されたい。ＷＯ９３／１６１８５、ならびに米国特許第５，５７１，８９４号及び同第５，５８７，４５８号もまた参照されたい。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、増加したインビボ半減期を有するＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の考察については、米国特許第５，８６９，０４６号を参照されたい。
【０３９６】
ダイアボディは、二価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、ＥＰ４０４，０９７、ＷＯ１９９３／０１１６１、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．“Ｍｅｄ．”９：１２９−１３４，２００３、及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：６４４４−６４４８，１９９３を参照されたい。トリアボディ及びテトラボディもまた、Ｈｕｄｓｏｎら（Ｎａｔ．“Ｍｅｄ．”９：１２９−１３４，２００３）に記載される。
【０３９７】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全部もしくは一部、または軽鎖可変ドメインの全部もしくは一部を含む、抗体断片である。特定の実施形態において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ、例えば、米国特許第６，２４８，５１６Ｂ１号を参照されたい）。
【０３９８】
抗体断片は、既知の方法に従う、無傷抗体のタンパク質消化、ならびに組み換え宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはファージ）による産生を含むが、これらに限定されない、様々な技術によって作製され得る。
【０３９９】
ｉｉｉ．キメラ抗体及びヒト化抗体
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、または抗ＰＤ−１抗体）は、キメラ抗体である。特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号及びＭｏｒｒｉｓｏｎら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１−６８５５，１９８４）に記載される。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、または非ヒト霊長類（サルなど）に由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる一例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のクラスまたはサブクラスから変化した「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体には、その抗原結合断片が含まれる。
【０４００】
特定の実施形態において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、非ヒト親抗体の特異性及び親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低下させるために、ヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、１つ以上の可変ドメインを含み、そのＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはそれらの部分）は、非ヒト抗体に由来し、そのＦＲ（またはそれらの部分）は、ヒト抗体配列に由来する。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部も含むだろう。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体内のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を復元または改善するように、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）に由来する対応する残基で置換される。
【０４０１】
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３，２００８）に概説され、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら（Ｎａｔｕｒｅ３３２：３２３−３２９，１９８８）、Ｑｕｅｅｎら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：１００２９−１００３３，１９８９）、米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号、Ｋａｓｈｍｉｒｉら（Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：２５−３４，２００５）（特異性決定領域（ＳＤＲ）移植を説明）、Ｐａｄｌａｎ（Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８，１９９１）（「リサーフェシング」を説明）、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａら（Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：４３−６０，２００５）（「ＦＲシャッフリング」を説明）、Ｏｓｂｏｕｒｎら（Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：６１−６８，２００５）、ならびにＫｌｉｍｋａら（Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２−２６０，２０００）（ＦＲシャッフリングに対する「誘導選択」アプローチを説明）に更に詳細に記載されている。
【０４０２】
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域としては、「最良適合」法を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Ｓｉｍｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６，１９９３を参照されたい）、軽鎖または重鎖可変領域の特定の下位群のヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５，１９９２及びＰｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３，１９９３を参照されたい）、ヒト成熟（体細胞変異型）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞株フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３，２００８）、ならびにＦＲライブラリのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８−１０６８４，１９９７及びＲｏｓｏｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１−２２６１８，１９９６を参照されたい）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０４０３】
ｉｖ．ヒト抗体
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、または抗ＰＤ−１抗体）は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野において既知である様々な技術を使用して産生することができる。ヒト抗体は一般に、ｖａｎ  Ｄｉｊｋ  ａｎｄ  ｖａｎ  ｄｅ  Ｗｉｎｋｅｌ，（Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４，２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ（Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９，２００８）に記載されている。
【０４０４】
ヒト抗体は、抗原投与に応答して、無傷ヒト抗体またはヒト可変領域を有する無傷抗体を産生するように修飾されたトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって調製され得る。そのような動物は典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置き換えるか、または染色体外に存在するか、もしくは動物の染色体内にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部または一部を含有する。そのようなトランスジェニックマウスにおいて、内因性免疫グロブリン遺伝子座は一般に、不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法に関する概説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５，２００５）を参照されたい。例えば、米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号（ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を説明）、米国特許第５，７７０，４２９号（ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術を説明）、米国特許第７，０４１，８７０号（Ｋ−Ｍ  ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を説明）、ならびに米国特許出願公開第ＵＳ２００７／００６１９００号（ＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を説明）もまた、参照されたい。そのような動物によって生成された無傷抗体からのヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって更に修飾され得る。
【０４０５】
ヒト抗体はまた、ハイブリドーマに基づく方法によっても作製され得る。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株が、記載されている。例えば、Ｋｏｚｂｏｒ（Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３３：３００１，１９８４）、Ｂｒｏｄｅｕｒら（Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７）、及びＢｏｅｒｎｅｒら（Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６，１９９１）を参照されたい。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されるヒト抗体もまた、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７−３５６２，２００６に記載されている。追加の方法としては、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を説明）及びＮｉ（Ｘｉａｎｄａｉ  Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５−２６８，２００６）（ヒト−ヒトハイブリドーマを説明）に記載される方法が挙げられる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）はまた、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ（Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７−９３７，２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｆｉｎｄｉｎｇｓ  ｉｎ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５−９１，２００５）にも記載されている。
【０４０６】
ヒト抗体はまた、ヒト由来ファージ提示ライブラリから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによっても生成され得る。その後、そのような可変ドメイン配列は、所望されるヒト定常ドメインと組み合わされ得る。抗体ライブラリからヒト抗体を選択するための技術を、以下に記載する。
【０４０７】
ｖ．ライブラリ由来抗体
本発明の抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、または抗ＰＤ−１抗体）は、所望される活性（複数可）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリをスクリーニングすることによって単離され得る。例えば、ファージ提示ライブラリを生成し、所望される結合特性を保有する抗体についてそのようなライブラリをスクリーニングするための様々な方法が、当該技術分野において既知である。そのような方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ１７８：１−３７，Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）に概説され、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら（Ｎａｔｕｒｅ３４８：５５２−５５４，１９９０）、Ｃｌａｃｋｓｏｎら（Ｎａｔｕｒｅ３５２：６２４−６２８，１９９１）、Ｍａｒｋｓら．（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７，１９９２）、Ｍａｒｋｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｄｂｕｒｙ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ２４８：１６１−１７５，Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）、Ｓｉｄｈｕら（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０，２００４）、Ｌｅｅら（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３，２００４）、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１０１（３４）：１２４６７−１２４７２，２００４）、及びＬｅｅら（Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ２８４（１−２）：１１９−１３２，２００４）に更に記載されている。
【０４０８】
特定のファージ提示法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により別個にクローニングされ、ファージライブラリ内で無作為に組み換えられ、これがその後、Ｗｉｎｔｅｒら（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３−４５５，１９９４）に記載されるように抗原結合ファージについてスクリーニングされ得る。ファージは、典型的には、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片またはＦａｂ断片のいずれかとして抗体断片を提示する。免疫化源に由来するライブラリは、ハイブリドーマの構築を必要とすることなく、高親和性抗体を免疫原に提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら（ＥＭＢＯ  Ｊ，１２：７２５−７３４，１９９３）によって記載されるように、ナイーブレパートリーは、（例えば、ヒトから）クローニングされて、いかなる免疫化も伴わずに、幅広い非自己抗原及び自己抗原に対する抗体の単一源を提供することができる。最後に、ナイーブライブラリはまた、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｗｉｎｔｅｒ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１−３８８，１９９２）に記載されるように、幹細胞からの再配置されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを使用して、高度可変ＣＤＲ３領域をコードし、かつインビトロで再配置を達成することによって、合成的にも作製され得る。ヒト抗体ファージライブラリについて記載する特許公報としては、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、ならびに米国特許公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号が挙げられる。
【０４０９】
ヒト抗体ライブラリから単離された抗体または抗体断片は、本明細書においてヒト抗体またはヒト抗体断片と見なされる。
【０４１０】
ｖｉ．多重特異性抗体
上記の態様のいずれか１つにおいて、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、または抗ＰＤ−１抗体）は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体であり得る。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体である。特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。特定の実施形態において、結合特異性の一方は、ＰＤ−Ｌ１へのものであり、他方は、任意の他の抗原へのものである。特定の実施形態において、結合特異性の一方は、ＶＥＧＦへのものであり、他方は、任意の他の抗原へのものである。特定の実施形態において、二重特異性抗体は、ＰＤ−Ｌ１の２つの異なるエピトープに結合し得る。特定の実施形態において、二重特異性抗体は、ＶＥＧＦの２つの異なるエピトープに結合し得る。二重特異性抗体を使用して、ＰＤ−Ｌ１またはＶＥＧＦを発現する細胞に細胞毒性剤を局所化することもできる。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体断片として調製され得る。
【０４１１】
多重特異性抗体を作製するための技術としては、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組み換え同時発現（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｃｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ３０５：５３７，１９８３）、ＷＯ９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ＥＭＢＯＪ．１０：３６５５，１９９１を参照されたい）ならびに「ノブインホール」操作（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照されたい）が挙げられるが、これらに限定されない。多重特異性抗体はまた、静電ステアリング効果を操作して抗体Ｆｃ−ヘテロ二量体分子を作製すること（例えば、ＷＯ２００９／０８９００４Ａ１を参照されたい）、２つ以上の抗体または断片を架橋すること（例えば、米国特許第４，６７６，９８０号及びＢｒｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ２２９：８１，１９８５を参照されたい）、ロイシンジッパーを使用して二重特異性抗体を産生すること（例えば、Ｋｏｓｔｅｌｎｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３，１９９２を参照されたい）、「ダイアボディ」技術を使用して二重特異性抗体断片を作製すること（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９０：６４４４−６４４８，１９９３を参照されたい）、及び一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用すること（例えば、Ｇｒｕｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８，１９９４を参照されたい）、ならびに例えば、Ｔｕｔｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０，１９９１）に記載される三重特異性抗体を調製することによっても作製され得る。
【０４１２】
「オクトパス抗体」を含む３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体もまた、本明細書に含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６Ａ１を参照されたい）。
【０４１３】
本明細書の抗体または断片は、ＰＤ−Ｌ１及び別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用ＦＡｂ」または「ＤＡＦ」も含む。本明細書の抗体または断片はまた、ＶＥＧＦ及び別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「ＤＡＦ」も含む。
【０４１４】
ｖｉｉ．抗体バリアント
特定の実施形態において、本発明の抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、及び抗ＰＤ−１抗体）のアミノ酸配列バリアントが企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／または他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列中に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製され得る。そのような修飾としては、例えば、抗体のアミノ酸配列内における、残基からの欠失、及び／またはそこへの挿入、及び／またはその置換が挙げられる。欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせによって、最終構築物に到達することができるが、但し、最終構築物が所望される特性、例えば、抗原結合を所有することを条件とする。
【０４１５】
ａ．置換、挿入、及び欠失バリアント
特定の実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換変異誘発の対象となる部位には、ＨＶＲ及びＦＲが含まれる。保存的置換は、表１の「好ましい置換」の見出しの下に示される。より実質的な変化は、表１の「例示的な置換」の見出しの下に示され、アミノ酸側鎖のクラスを参照して以下に更に記載する通りである。アミノ酸置換が対象となる抗体に導入され得、その産物が、所望される活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、またはＡＤＣＣもしくはＣＤＣの改善についてスクリーニングされ得る。
表１．例示的かつ好ましいアミノ酸置換
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アミノ酸は、以下の一般的な側鎖特性に従って群分けされ得る。
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【０４１６】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴うだろう。
【０４１７】
１種類の置換バリアントは、親抗体（例えば、ヒト化抗体またはヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基を置換することを伴う。一般に、更なる研究のために選択される、結果として得られるバリアント（複数可）は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の修飾（例えば、改善）（例えば、親和性の増加及び／もしくは免疫原性の低下）を有する、かつ／または実質的に保持された親抗体の特定の生物学的特性を有するだろう。一例示的な置換バリアントは、例えば、本明細書に記載されるものなどのファージ提示に基づく親和性成熟技術を使用して好都合に生成され得る、親和性成熟抗体である。簡潔には、１つ以上のＨＶＲ残基が変異され、バリアント抗体がファージ上に提示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
【０４１８】
改変（例えば、置換）がＨＶＲ内で行われて、例えば、抗体親和性が改善され得る。そのような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセス中に高頻度で変異を受けるコドンによってコードされる残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９−１９６（２００８）を参照されたい）、及び／または抗原と接触する残基内で行われ得、結果として得られるバリアントＶＨまたはＶＬが結合親和性について試験される。二次ライブラリを構築し、それから再選択することによる親和性成熟が、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ１７８：１−３７，Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）に記載されている。親和性成熟のいくつかの実施形態において、多様性が、様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異誘発）のうちのいずれかによって、成熟のために選択された可変遺伝子に導入される。その後、二次ライブラリが作製される。その後、ライブラリがスクリーニングされて、所望される親和性を有する任意の抗体バリアントが特定される。多様性を導入する別の方法は、数個のＨＶＲ残基（例えば、一度に４〜６個の残基）がランダム化されるＨＶＲ指向性アプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発またはモデル化を使用して、特異的に特定され得る。特に、ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３が、多くの場合、標的となる。
【０４１９】
特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、そのような改変が、抗体が抗原に結合する能力を実質的に低下させない限り、１つ以上のＨＶＲ内で生じ得る。例えば、結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書に提供される保存的置換）がＨＶＲ内で行われ得る。そのような改変は、例えば、ＨＶＲ内の抗原接触残基の外側であってもよい。上記に提供されるバリアントＶＨ配列及びＶＬ配列のある特定の実施形態において、各ＨＶＲは、改変されないか、または１つ、２つ、もしくは３つ以下のアミノ酸置換を含有するかのいずれかである。
【０４２０】
変異誘発のために標的とされ得る抗体の残基または領域の特定に有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ  ａｎｄ  Ｗｅｌｌｓ（Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１−１０８５，１９８９）によって記載されるように、「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法において、残基または標的残基の群（例えば、Ａｒｇ、Ａｓｐ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、及びＧｌｕなどの荷電残基）が特定され、中性または負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）により置き換えられて、抗体と抗原との相互作用に影響が及ぼされたかが決定される。更なる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸位置に導入され得る。あるいは、または加えて、抗体と抗原との間の接触点を特定するための抗原−抗体複合体の結晶構造。そのような接触残基及び隣接する残基は、置換の候補として標的とされ得るか、または排除され得る。バリアントは、スクリーニングされて、それらが所望される特性を含有するかが決定され得る。
【０４２１】
アミノ酸配列挿入には、長さが１残基から１００以上の残基を含有するポリペプチドの範囲であるアミノ末端及び／またはカルボキシル末端の融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入バリアントとしては、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴのための）またはポリペプチドへの抗体のＮ末端もしくはＣ末端の融合が挙げられ、これは抗体の血清半減期を増加させる。
【０４２２】
ｂ．グリコシル化バリアント
特定の実施形態において、本発明の抗体を改変して、抗体がグリコシル化する程度を増加または減少させることができる。本発明の抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、１つ以上のグリコシル化部位が作製または除去されるように、アミノ酸配列を改変することによって好都合に達成することができる。
【０４２３】
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合した炭水化物が改変され得る。哺乳動物細胞によって産生された天然抗体は、典型的には、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に結合される分岐状の二分岐オリゴ糖を含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ１５：２６−３２，１９９７を参照されたい。オリゴ糖としては、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、ならびに二分岐オリゴ糖構造の「幹」内のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースを挙げることができる。いくつかの実施形態において、本発明の抗体内のオリゴ糖の修飾は、改善された特定の特性を有する抗体バリアントを作製するために行われ得る。
【０４２４】
一実施形態において、Ｆｃ領域に（直接的または間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体バリアントが提供される。例えば、そのような抗体内のフコースの量は、１％〜８０％、１％〜６５％、５％〜６５％、または２０％〜４０％であり得る。フコースの量は、例えば、ＷＯ２００８／０７７５４６に記載されるＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定される、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造（例えば、複合体、ハイブリッド、及び高マンノース構造）の合計に対する、Ａｓｎ２９７の糖鎖内のフコースの平均量を計算することにより決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域内の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７はまた、抗体におけるわずかな配列多様性のため、２９７位から約±３アミノ酸上流または下流、すなわち、２９４〜３００位の間に位置してもよい。そのようなフコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。例えば、米国特許公開第２００３／０１５７１０８号、同第２００４／００９３６２１号を参照されたい。「脱フコシル化」または「フコース欠損」抗体バリアントに関する刊行物の例としては、ＵＳ２００３／０１５７１０８、ＷＯ２０００／６１７３９、ＷＯ２００１／２９２４６、ＵＳ２００３／０１１５６１４、ＵＳ２００２／０１６４３２８、ＵＳ２００４／００９３６２１、ＵＳ２００４／０１３２１４０、ＵＳ２００４／０１１０７０４、ＵＳ２００４／０１１０２８２、ＵＳ２００４／０１０９８６５、ＷＯ２００３／０８５１１９、ＷＯ２００３／０８４５７０、ＷＯ２００５／０３５５８６、ＷＯ２００５／０３５７７８、ＷＯ２００５／０５３７４２、ＷＯ２００２／０３１１４０、Ｏｋａｚａｋｉら（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９，２００４）、及びＹａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉら（Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４，２００４）が挙げられる。脱フコシル化抗体を産生することができる細胞株の例としては、タンパク質フコシル化が欠損したＬｅｃ１３  ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３−５４５，１９８６）、米国特許出願第ＵＳ２００３／０１５７１０８Ａ１号、及びＷＯ２００４／０５６３１２Ａ１号（特に実施例１１））、ならびにアルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞などのノックアウト細胞株（例えば、Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４，２００４、Ｋａｎｄａ，Ｙ．ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．９４（４）：６８０−６８８，２００６、及びＷＯ２００３／０８５１０７を参照されたい）が挙げられる。
【０４２５】
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている、二分されたオリゴ糖を有する抗体バリアントが更に提供される。そのような抗体バリアントは、低下したフコシル化及び／または改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。そのような抗体バリアントの例は、例えば、ＷＯ２００３／０１１８７８、米国特許第６，６０２，６８４号、及びＵＳ２００５／０１２３５４６に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体バリアントもまた、提供される。そのような抗体バリアントは、改善されたＣＤＣ機能を有し得る。そのような抗体バリアントは、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７、ＷＯ１９９８／５８９６４、及びＷＯ１９９９／２２７６４に記載されている。
【０４２６】
ｃ．Ｆｃ領域バリアント
特定の実施形態において、１つ以上のアミノ酸修飾が、本発明の抗体のＦｃ領域内に導入され得、それによりＦｃ領域バリアントが生成され得る。Ｆｃ領域バリアントは、１つ以上のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４  Ｆｃ領域）を含み得る。
【０４２７】
特定の実施形態において、本発明は、全てではないがいくつかのエフェクター機能を所有し、それにより、インビボでの抗体の半減期が重要であるが、更に特定のエフェクター機能（補体及びＡＤＣＣなど）が不要であるか、または有害である用途に対して望ましい候補となる、抗体バリアントを企図する。インビトロ及び／またはインビボ細胞毒性アッセイを実行して、ＣＤＣ及び／またはＡＤＣＣ活性の低下／欠乏を確認することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行して、抗体がＦｃγＲ結合を欠く（故にＡＤＣＣ活性を欠く可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確実にすることができる。ＡＤＣＣを媒介するための初代細胞であるＮＫ細胞が、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現する一方で、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ  ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ（Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２，１９９１）の４６４頁の表３に要約される。対象となる分子のＡＤＣＣ活性を評定するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ．ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８３：７０５９−７０６３，１９８６を参照されたい）及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８２：１４９９−１５０２，１９８５、米国特許第５，８２１，３３７号、Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｅｘｐ．“Ｍｅｄ．”１６６：１３５１−１３６１，１９８７）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ法が用いられもよい（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞毒性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ、及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を参照されたい）。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞としては、末梢血単核球細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。あるいは、または加えて、対象となる分子のＡＤＣＣ活性は、インビボで、例えば、Ｃｌｙｎｅｓら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９５：６５２−６５６，１９９８）に開示されるものなどの動物モデルにおいて評価されてもよい。Ｃ１ｑ結合アッセイを実行して、抗体がＣ１ｑに結合することができず、故にＣＤＣ活性を欠くことを確認することもできる。例えば、ＷＯ２００６／０２９８７９及びＷＯ２００５／１００４０２におけるＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照されたい。補体活性化を評定するために、ＣＤＣアッセイが実行されてもよい（例えば、Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ２０２：１６３，１９９６、Ｃｒａｇｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．１０１：１０４５−１０５２，２００３、及びＣｒａｇｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．１０３：２７３８−２７４３，２００４を参照されたい）。ＦｃＲｎ結合及びインビボクリアランス／半減期決定もまた、当該技術分野において既知である方法を使用して実行���ることができる（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９−１７６９，２００６を参照されたい）。
【０４２８】
低下したエフェクター機能を有する抗体としては、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、及び３２９のうちの１つ以上の置換を有するものが挙げられる（米国特許第６，７３７，０５６号及び同第８，２１９，１４９号）。そのようなＦｃ変異体は、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸２６５位、２６９位、２７０位、２９７位、及び３２７位のうちの２つ以上に置換を有するＦｃ変異体を含む（米国特許第７，３３２，５８１号及び同第８，２１９，１４９号）。
【０４２９】
ＦｃＲへの改善または縮小した結合を有する特定の抗体バリアントが、記載されている（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号、ＷＯ２００４／０５６３１２、及びＳｈｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１−６６０４，２００１を参照されたい）。
【０４３０】
特定の実施形態において、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８位、３３３位、及び／または３３４位（残基のＥＵ番号付け）での置換を有するＦｃ領域を含む。
【０４３１】
いくつかの実施形態において、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、ＷＯ９９／５１６４２、及Ｉｄｕｓｏｇｉｅら（Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４，２０００）に記載される、改変（すなわち、改善または縮小のいずれか）したＣ１ｑ結合および／または補体依存性細胞毒性（ＣＤＣ）をもたらす改変が、Ｆｃ領域内で行われる。
【０４３２】
増加した半減期と、母体ＩｇＧの胎児への導入に関与する新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への改善された結合とを有する抗体（Ｇｕｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７，１９７６、及びＫｉｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９，１９９４）が、米国公開第２００５／００１４９３４Ａ１号に記載されている。それらの抗体は、Ｆｃ領域のＦｃＲｎへの結合を改善する１つ以上の置換を有するＦｃ領域を含む。そのようなＦｃバリアントとしては、Ｆｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、または４３４のうちの１つ以上での置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を有するものが挙げられる（米国特許第７，３７１，８２６号）。
【０４３３】
Ｆｃ領域バリアントの他の例に関しては、Ｄｕｎｃａｎ  ａｎｄ  Ｗｉｎｔｅｒ（Ｎａｔｕｒｅ３２２：７３８−４０，１９８８）、米国特許第５，６４８，２６０号、米国特許第５，６２４，８２１号、及びＷＯ９４／２９３５１もまた参照されたい。
【０４３４】
ｄ．システイン操作された抗体バリアント
特定の実施形態において、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作された抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作製することが望ましい場合がある。特定の実施形態において、置換された残基は、抗体の到達可能な部位で生じる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基が抗体の到達可能な部位に位置付けられ、それを使用して、抗体を他の部分（薬物部分またはリンカー−薬物部分など）にコンジュゲートして、本明細書に更に記載される免疫コンジュゲートを作製することができる。特定の実施形態において、以下の残基、軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）、重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）、及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）のいずれか１つ以上が、システインで置換され得る。システイン操作された抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載されるように生成され得る。
【０４３５】
ｅ．抗体誘導体
特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、当該技術分野において既知であり、かつ容易に入手可能な追加の非タンパク質性部分を含有するように更に修飾され得る。抗体の誘導体化に好適な部分としては、水溶性ポリマーが挙げられるが、これに限定されない。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか）、及びデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、プロリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、ならびにこれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のため、製造する上で有利であり得る。ポリマーは、任意の分子量のものであり得、分岐状または非分岐状であり得る。抗体に結合するポリマーの数は異なり得、２つ以上のポリマーが結合する場合、それらは同じ分子であっても異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／または種類は、改善される抗体の特定の特性または機能、抗体誘導体が定義された条件下で療法に使用されるかどうかなどを含むが、これらに限定されない、考慮すべき要因に基づいて決定され得る。
【０４３６】
別の実施形態において、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る、抗体及び非タンパク質性部分のコンジュゲートが提供される。一実施形態において、非タンパク質性部分は、カーボンナノチューブである（Ｋａｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１０２：１１６００−１１６０５，２００５）。放射線は、任意の波長のものであり得、通常の細胞を傷つけないが、抗体−非タンパク質性部分に近位の細胞が殺滅される温度まで非タンパク質性部分を加熱する波長を含むが、これらに限定されない。
【０４３７】
ｆ．免疫コンジュゲート
本発明はまた、化学療法剤もしくは薬物、成長阻害剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素活性毒素、またはそれらの断片）、あるいは放射性同位体などの１つ以上の細胞毒性剤にコンジュゲートされた、本明細書の抗体（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、または抗ＰＤ−１抗体）を含む免疫コンジュゲートも提供する。
【０４３８】
一実施形態において、免疫コンジュゲートは、抗体が１つ以上の薬物にコンジュゲートされた抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であり、この薬物としては、マイタンシノイド（米国特許第５，２０８，０２０号、同第５，４１６，０６４号、及び欧州特許第ＥＰ０４２５２３５Ｂ１号を参照されたい）、モノメチルオーリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦなどのオーリスタチン（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５，６３５，４８３号、同第５，７８０，５８８号、及び同第７，４９８，２９８号を参照されたい）、ドラスタチン、カリケアマイシンまたはその誘導体（米国特許第５，７１２，３７４号、同第５，７１４，５８６号、同第５，７３９，１１６号、同第５，７６７，２８５号、同第５，７７０，７０１号、同第５，７７０，７１０号、同第５，７７３，００１号、及び同第５，８７７，２９６号、Ｈｉｎｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５３：３３３６−３３４２，１９９３、ならびにＬｏｄｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５８：２９２５−２９２８，１９９８を参照されたい）、アントラサイクリン（ダウノマイシンまたはドキソルビシンなど）（Ｋｒａｔｚ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１３：４７７−５２３，２００６、Ｊｅｆｆｒｅｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ１６：３５８−３６２，２００６、Ｔｏｒｇｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊ．Ｃｈｅｍ．１６：７１７−７２１（２００５）、Ｎａｇｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９７：８２９−８３４（２０００）、Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ１２：１５２９−１５３２，２００２、Ｋｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４５：４３３６−４３４３，２００２、及び米国特許第６，６３０，５７９号を参照されたい）、メトトレキサート、ビンデシン、タキサン（ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルなど）、トリコテセン、ならびにＣＣ１０６５が挙げられるが、これらに限定されない。
【０４３９】
別の実施形態において、免疫コンジュゲートは、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファ−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａ阻害剤、クルシン、クロチン、ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、ならびにトリコテセンを含むが、これらに限定されない、酵素活性毒素またはその断片にコンジュゲートされた本明細書に記載される抗体を含む。
【０４４０】
別の実施形態において、免疫コンジュゲートは、放射性原子にコンジュゲートされて放射性コンジュゲートを形成する、本明細書に記載される抗体を含む。放射性コンジュゲートの産生には、様々な放射性同位体が利用可能である。例としては、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２、及びＬｕの放射性同位体が挙げられる。放射性コンジュゲートが検出のために使用される場合、それは、シンチグラフィー研究のための放射性原子、例えば、ｔｃ９９ｍもしくはＩ１２３、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像法（磁気共鳴画像法、ＭＲＩとしても知られる）のためのスピン標識（再びヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン、もしくは鉄など）を含み得る。抗体及び細胞毒性剤のコンジュゲートは、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（アジプイミド酸ジメチルＨＣｌなど）、活性エステル（スベリン酸ジスクシンイミジルなど）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート（トルエン２，６−ジイソシアネートなど）、及びビス−活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）などの多様な二官能性タンパク質カップリング剤を使用して作製され得る。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．（Ｓｃｉｅｎｃｅ２３８：１０９８，１９８７）に記載されるように調製され得る。炭素−１４で標識された１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体へのコンジュゲートのための一例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照されたい。リンカーは、細胞内での細胞毒性薬の放出を容易にする「切断可能リンカー」であってもよい。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、感光性リンカー、ジメチルリンカー、またはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５２：１２７−１３１，１９９２、米国特許第５，２０８，０２０号）が使用され得る。
【０４４１】
本明細書の免疫コンジュゲートまたはＡＤＣは、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、ならびに（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ．，Ｕ．Ｓ．Ａから）市販されているＳＶＳＢ（サクシニミジル−（４−ビニルスルホン）安息香酸塩）を含むが、これらに限定されない架橋剤試薬で調製されるコンジュゲートを明示的に企図するが、これらに限定されない。
【０４４２】
Ｄ．薬学的製剤
本発明に従って使用される、ＶＥＧＦアンタゴニスト及びＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストの治療製剤（例えば、ベバシズマブなどの抗ＶＥＧＦ抗体及びアテゾリズマブなどの抗ＰＤ−Ｌ１抗体）の治療製剤は、所望される純度を有するアンタゴニストを、凍結乾燥された製剤または水溶液の形態にある任意の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定剤と混合することによって保管のために調製される。製剤に関する一般情報については、例えば、Ｇｉｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｅｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，８ｔｈ  Ｅｄ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，１９９０、Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ（ｅｄ．），Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ，１９９０、Ａｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９３、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９０、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９０、及びＷａｌｔｅｒｓ（ｅｄ．）Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ  Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ（Ｄｒｕｇｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ），Ｖｏｌ１１９，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，２００２を参照されたい。
【０４４３】
許容される担体、賦形剤、または安定剤は、レシピエントに対し、用いられる投薬量及び濃度で無毒であり、緩衝液（リン酸、クエン酸、及び他の有機酸など）、アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤、保存剤（オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチル、もしくはベンジルアルコール、アルキルパラベン（メチルもしくはプロピルパラベンなど）、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３−ペンタノール、及びｍ−クレゾールなど）、低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド、タンパク質（血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなど）、親水性ポリマー（ポリビニルピロリドンなど）、アミノ酸（グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジンなど）、単糖類、二糖類、及び他の炭水化物（グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む）、キレート剤（ＥＤＴＡなど）、糖類（スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなど）、塩形成対イオン（ナトリウムなど）、金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）、ならびに／または非イオン性界面活性剤（ＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）など）を含む。
【０４４４】
本明細書の製剤はまた、２つ以上の活性化合物、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものも含有し得る。そのような薬品の種類及び有効量は、例えば、製剤中に存在するアンタゴニストの量及び種類、ならびに患者の臨床的パラメータに依存する。
【０４４５】
活性成分はまた、例えば、コアセルベーション技術によって、もしくは界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースもしくはゼラチンマイクロカプセル及びポリ−（メチルメタシレート）マイクロカプセル内、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロ乳濁液、ナノ粒子、及びナノカプセル）内、またはマクロ乳濁液中にも取り込まれ得る。そのような技術は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ１６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．，１９８０に開示されている。
【０４４６】
徐放性調製物が調製され得る。徐放性調製物の好適な例としては、アンタゴニストを含有する固体疎水性ポリマーの半透過性マトリクスが挙げられ、このマトリクスは、成形品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態にある。徐放性マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸及びγエチル−Ｌ−グルタメートのコポリマー、非分解性エチレン−酢酸ビニル、分解性乳酸−グリコール酸コポリマー（ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドからなる注射可能なマイクロスフェア）など）、ならびにポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【０４４７】
インビボ投与に使用される製剤は、滅菌されなければならない。これは、滅菌濾過膜を通す濾過によって容易に達成される。
【０４４８】
上記の製造品のうちのいずれも、ＰＤ−Ｌ１軸結合アンタゴニストの代わりに、またはそれに加えて本明細書に記載される免疫コンジュゲートを含み得ることを理解されたい。
【実施例】
【０４４９】
実施例１：材料及び実験方法
Ａ．研究設計
実施例１〜４に記載されるＩｂ相研究の目標は、以前に未治療の進行転移性腎細胞癌（ｍＲＣＣ）を有する患者に対する、３週間毎（ｑ３ｗ）に静脈内注入によって同時に投与されるベバシズマブ（ヒト、モノクローナルの操作された抗ＶＥＧＦ抗体）との組み合わせでの、抗ＰＤ−Ｌ１抗体アテゾリズマブの安全性及び耐容性を評価することであった。調査者の見解において患者が臨床的利益を経験している（すなわち、疾患進行に起因する許容されない毒性または症候的悪化が不在である）限り、治療を継続した。偽進行が疑われる場合、または混合応答の証拠が存在する場合、患者には、調査者の裁量で研究治療を受け続けさせた。研究の目的には、ベバシズマブ及びアテゾリズマブの投与に関連する、腫瘍及び循環薬力学的マーカーについての評価、ならびに治療併用の抗腫瘍活性についての予備評価が含まれた。
【０４５０】
安全性評価（臨床的及び研究室的）を、スクリーニング時及び治験を通して実行した。最終評価は、最終用量の３０日後までに行った。有害事象（ＡＥ）の発生率、性質、及び重症度を、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｏｍｍｏｎ  Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  Ａｄｖｅｒｓｅ  Ｅｖｅｎｔｓ（ＣＴＣＡＥ）バージョン４．０に従って等級分けした。
【０４５１】
いかなる評価可能または測定可能な疾患もスクリーニング時に記述し、各腫瘍評価時に再評価した。周期２、４、６、８、１２、及び１６の終了時、または臨床的に示される場合に、腫瘍評価を実行した。薬物投与周期の最終週の間、及び次の周期の治療開始前に評価を実行した。疾患進行以外の理由で研究治療を中断した患者は、患者が疾患進行を経験するか、更なる全身がん療法を開始するか、または死亡するまで、１２週間毎に腫瘍評価を継続した。
【０４５２】
プロトコル定義された用量制限毒性（ＤＬＴ）基準には、標準等級３または４以上の血液学的及び非血液学的毒性が含まれた。標識されたｑ３ｗの用量のベバシズマブと組み合わせて投与される、推奨２相用量のアテゾリズマブで投薬を開始し、ＤＬＴは報告されなかった。
【０４５３】
Ｂ．患者
患者が事前に全身療法を受けていない進行性または転移性ＲＣＣを有する場合、彼らは、Ｉｂ相研究のこのコホートへの参加に適格であった。患者は、少なくとも１８歳であり、適切な血液学的及び終末器官機能を有し、かつ０または１のＥａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ活動指標を有することが必要とされた。疾患は、固形癌効果判定基準（ＲＥＣＩＳＴ）に従って測定可能でなければならない。既知の原発性中枢神経系（ＣＮＳ）悪性腫瘍もしくは症候性ＣＮＳ転移、自己免疫疾患の病歴もしくはリスク、またはヒト免疫不全ウイルス、Ｂ型肝炎、もしくはＣ型肝炎感染の病歴を有する患者は除外した。抗ＣＴＬＡ−４、抗ＰＤ−１、もしくは抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体、または経路標的剤での事前治療を受けた患者、及び研究開始前の特定の期間内に全身免疫賦活性剤または全身免疫抑制薬物で治療された患者もまた除外した。
【０４５４】
研究中の１０人の患者のうち６人から、治療後の両方の時点で十分な生腫瘍細胞を有する生検を得た。６つの対（すなわち、治療中の両方の時点での同じ患者からの生検）のうち、７つは腎病変に由来し、４つは腹部／胸壁に由来し、１つは肺病変に由来し、１つはリンパ節に由来し、５つは未公表の病変に由来した。
【０４５５】
Ｃ．ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ８、及びＭＨＣ−Ｉの免疫組織化学分析
厚さ４μｍのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織切片を、４．３ｍｇ／ｍｌの濃度を使用して、自動化染色プラットフォーム（ＢｅｎｃｈＭａｒｋ、Ｖｅｎｔａｎａ）で、抗ヒトＰＤ−Ｌ１ウサギモノクローナル抗体（クローンＳＰ１４２、Ｖｅｎｔａｎａ，Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によりＰＤ−Ｌ１について染色し、ジアミノベンジジンによりシグナルを可視化し、切片をヘマトキシリンで対比染色した。腫瘍細胞及び腫瘍浸潤免疫細胞上のＰＤ−Ｌ１発現を評価した。腫瘍細胞について、ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞の割合は、腫瘍細胞の総数のパーセンテージとして予想され、腫瘍細胞は、典型的には、細胞質染色の可変的に強度の構成成分を有する膜染色を示した。所与の腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞の分布は、典型的には、非常に限局的であり、個体凝集体として成長する腫瘍内では、ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞は、悪性細胞と間質含有腫瘍浸潤免疫細胞との界面でより一般的に観察された。腫瘍浸潤免疫細胞について、腫瘍を占有するＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍浸潤免疫細胞のパーセンテージを決定した。マクロファージ及び樹状細胞などの明らかに識別可能な細胞質を有する腫瘍浸潤免疫細胞は、ＰＤ−Ｌ１の膜染色パターンを示した。これは、細胞質をほとんど有さない小リンパ系形態の細胞について決定がより困難であった。ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍浸潤免疫細胞は、典型的には、腫瘍体積の周辺に向かって可変的なサイズの凝集体として、腫瘍体積を解剖する間質帯域内で、間質内に散在した単細胞として、または腫瘍浸潤免疫細胞凝集体内に見られた。面積当たり１％未満、１％以上だが５％未満、５％以上だが１０％未満、または１０％以上の細胞がＰＤ−Ｌ１陽性である場合に、検体をそれぞれＩＨＣ０、１、２、または３としてスコア化した。複数の検体を有する患者におけるＰＤ−Ｌ１のＩＨＣスコアは、最高スコアに基づいた。ＣＣ１抗原回収及びＯＭＮＩＭＡＰ（商標）検出技術を使用して、Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ＸＴ自動染色器（Ｖｅｎｔａｎａ）で、ＣＤ８（クローンＳＰ１６（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ））ＩＨＣを実行した。
【０４５６】
全てのＭＨＣ−ＩのＩＨＣステップを、Ｖｅｎｔａｎａ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ＸＴ自動化プラットフォーム（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）で実行した。切片をＣｅｌｌ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｅｒ１で標準時間処理し、その後、１：５０００の希釈度の一次抗体、ＭＨＣクラスＩ（ＥＰ１３９５Ｙ、Ｎｏｖｕｓカタログ番号ＮＢ１１０−５７２０１）内、３７℃で６０分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ＯＭＮＩＭＡＰ（商標）抗ウサギＨＲＰ検出キット、その後ＤＡＢ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。切片をＨｅｍａｔｏｘｙｌｉｎ  ＩＩ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）で４分間、青色発色溶液で４分間対比染色し、その後、脱水し、カバーガラスをかけた。低、中、及び高ＭＨＣ−Ｉを内因的に発現するヒト細胞ペレットを、陽性対照として並行して使用した。陰性対照は、ウサギモノクローナル（クローンＤＡ１Ｅ、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、カタログ番号３９００Ｓ）アイソタイプ抗体を使用して実行した。腫瘍細胞内のＭＨＣ−Ｉ染色を、Ｈスコアシステムを使用してスコア化した。簡潔には、腫瘍細胞膜の染色強度を、無、低、中、または高３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）シグナル強度に対応して、それぞれ０、１、２、または３の数値に割り当てた。全腫瘍面積との比較での、異なる染色強度の細胞のパーセンテージを、目視評価によって決定した。以下、１×（１＋細胞の％）＋２×（２＋細胞の％）＋３×（３＋細胞の％）＝Ｈスコアのように、膜強度スコアに所与の腫瘍試料中に存在する各集団の面積パーセンテージを乗じることによって、最終スコアを計算した。症例は、２人の独立した病理学者によってスコア化された。スコア化の括弧は、１００以下、１０１〜２００、及び２０１〜３００のスコアとして定義され、一致は、同じ括弧内に入る独立したスコアとして定義された。いかなる不一致も、症例の相互審査時に解決した。
【０４５７】
Ｄ．二重及び三重色免疫組織化学ならびに全スライドデジタル分析
ＦＦＰＥ腫瘍組織の連続した４μｍの厚さの切片を、Ｖｅｎｔａｎａ  Ｂｅｎｃｈｍａｒｋ  ＸＴまたはＢｅｎｃｈｍａｒｋ  Ｕｌｔｒａ自動化プラットフォーム（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）を使用して、以下の院内開発ＩＨＣアッセイ、Ｋｉ６７／ＣＤ８、ＰＤＰＮ／ＣＤ３４／ＡＳＭＡ、及びＣＤ１６３／ＣＤ６８で染色した。
【０４５８】
Ｋｉ６７／ＣＤ８アッセイについて、切片をＣｅｌｌ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｅｒ１で６４分間処理した。その後、切片を一次抗体Ｋｉ６７（３０−９、ＲＴＵ、Ｖｅｎｔａｎａ）内、３７℃で４分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ＯｐｔｉＶｉｅｗ  ＤＡＢ  ＩＨＣ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。その後、スライドを１：１００の希釈度の一次抗体抗ＣＤ８（ＳＰ２３９、Ｓｐｒｉｎｇ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）内、３７℃で６０分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ＵｌｔｒａＶｉｅｗ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＡＰ  Ｒｅｄ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。切片をＨｅｍａｔｏｘｙｌｉｎ  ＩＩ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）で４分間、青色発色溶液で４分間対比染色し、その後、脱水し、カバーガラスをかけた。
【０４５９】
ＰＤＰＮ／ＣＤ３４／ＡＳＭＡアッセイについて、切片をＣｅｌｌ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｅｒ１で３２分間処理した。その後、切片を一次抗体抗ポドプラニン（Ｄ２−４０、ＲＴＵ、Ｖｅｎｔａｎａ）内、３７℃で１６分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ＯｐｔｉＶｉｅｗ  ＤＡＢ  ＩＨＣ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。その後、スライドを一次抗体抗ＣＤ３４（ＱＢＥｎｄ／１０、ＲＴＵ、Ｖｅｎｔａｎａ）内、３７℃で１６分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ｉＶｉｅｗ  Ｂｌｕｅ  Ｐｌｕｓ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。最後に、スライドを一次抗体抗平滑筋アクチン（「ＳＭＡｃｔｉｎ」）（１Ａ４、ＲＴＵ、Ｖｅｎｔａｎａ）内、３７℃で１６分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ＵｌｔｒａＶｉｅｗ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＡＰ  Ｒｅｄ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。切片をＨｅｍａｔｏｘｙｌｉｎ  ＩＩ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）で４分間、青色発色溶液で４分間対比染色し、その後、脱水し、カバーガラスをかけた。
【０４６０】
ＣＤ１６３／ＣＤ６８アッセイについて、切片をＣｅｌｌ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｅｒ１で３２分間処理し、切片を一次抗体抗ＣＤ１６３（ＭＲＱ−２６、ＲＴＵ、Ｖｅｎｔａｎａ）内、３７℃で８分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ＯｐｔｉＶｉｅｗ  ＤＡＢ  ＩＨＣ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。その後、スライドを一次抗体抗ＣＤ６８（ＫＰ−１、ＲＴＵ、Ｖｅｎｔａｎａ）内、３７℃で８分間インキュベートした。結合した一次抗体を、ＵｌｔｒａＶｉｅｗ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＡＰ  Ｒｅｄ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）によって検出した。切片をＨｅｍａｔｏｘｙｌｉｎ  ＩＩ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ，ＡＺ）で４分間、青色発色溶液で４分間対比染色し、その後、脱水し、カバーガラスをかけた。既知の方法に従って、適切な陰性及び陽性対照を実行した。
【０４６１】
全スライドに基づく、ＩＨＣ染色した物体の検出及び分類のためのアルゴリズムは、Ｍａｔｌａｂにおいて執筆された。明視野染色分離の後、ＩＨＣ染色した物体を細胞候補として検出した。全ての細胞候補について、定量的特徴を抽出した。その後、教師あり機械学習を使用して、候補を様々な細胞クラス（例えば、ＣＤ８＋／Ｋｉ６７−細胞）に分類した。（病理学者によって提供される）真及び偽の染色した物体の正解データギャラリーを使用して、分類方法を訓練した。最後に、（デジタルスライドアノテーションを通して病理学者によって提供される）分類した細胞及び腫瘍面積を報告し、病理学審査のために品質管理（ＱＣ）画像を生成した。自動化デジタルスライド分析の結果を、以下のように腫瘍面積について報告した。Ｋｉ６７−／ＣＤ８＋及びＫｉ６７＋／ＣＤ８＋細胞密度（１ｍｍ２当たりの細胞数）、ＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋及びＣＤ６８＋／ＣＤ１６３−面積カバー度のパーセント（全腫瘍面積に対する面積カバー度）、ＣＤ３４＋／αＳＭＡ−及びＣＤ３４＋／αＳＭＡ＋血管密度（１ｍｍ２当たりの血管数）。
【０４６２】
Ｅ．ＦＦＰＥ腫瘍組織からのＲＮＡ単離
ＲＮＡ単離を、Ｓｃｈｌｅｉｆｍａｎら（ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ８：ｅ７４２３１，２０１４）に記載されるように実行した。簡潔には、腫瘍ＦＦＰＥ切片をマクロ解剖して腫瘍性組織を濃縮し、腫瘍溶解緩衝液及びプロテイナーゼＫを使用して組織を溶解させて、核酸の完全な消化及び放出を可能にした。Ｈｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＦＦＰＥ  ＲＮＡ  Ｍｉｃｒｏ  Ｋｉｔ（Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を製造業者のプロトコルに従って使用して、ＲＮＡを単離した。ＱＩＡＡＭＰ（登録商標）ＤＮＡ  ＦＦＰＥ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を製造業者のプロトコルに従って使用して、ＤＮＡを単離した。分析が実行されるまで、ＲＮＡ及びＤＮＡを２８０ｕＣで保管した。
【０４６３】
Ｆ．Ｆｌｕｉｄｉｇｍ及びＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ発現分析
ＢｉｏＭａｒｋ  ＨＤ（商標）リアルタイムＰＣＲ  Ｐｌａｔｆｏｒｍ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）をＳｃｈｌｅｉｆｍａｎら（ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ８：ｅ７４２３１，２０１４）に記載されるように使用して、遺伝子発現分析を実行した。発現パネル内の全てのＴＡＱＭＡＮ（登録商標）アッセイは、ＦＡＭ（商標）染料標識ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）小溝結合剤（ＭＧＢ）プローブを使用し、受注生産または特注設計のいずれかでＬｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓを通して発注したものであり、４つの基準遺伝子、ＳＰ２、ＧＵＳＢ、ＴＭＥＭ５５Ｂ、及びＶＰＳ３３Ｂを含んだ。これらの４つの基準遺伝子（ＳＰ２、ＧＵＳＢ、ＴＭＥＭ５５Ｂ、及びＶＰＳ３３Ｂ）のＣｔ値の幾何中央値を各試料について計算し、以下の通りデルタＣｔ（ΔＣｔ）法を使用して発現レベルを決定した。Ｃｔ（標的遺伝子）２幾何中央値Ｃｔ（基準遺伝子）。研究中の患者にわたる（免疫チップ（ｉＣｈｉｐ）によって測定される）ｍＲＮＡ発現レベル中央値をカットオフとして使用して、高発現対低発現カテゴリー化を導出した。Ｐは、ｔ検定によって決定した。
【０４６４】
Ｒ／Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージ「ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇＱＣＰｒｏ」を使用して、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ遺伝子発現データを処理した。陰性対照及びブランク測定の両方に基づいてプローブ及びレーン特異的背景を計算する前に、陽性対照計数によって生計数データを調節した。背景補正後、計数をｌｏｇ２変換し、ハウスキーピング遺伝子発現（ＴＭＥＭ５５Ｂ、ＶＰＳ３３Ｂ、ＴＢＰ、及びＴＵＢＢ）によって正規化した。
【０４６５】
Ｇ．ＴＣＲ配列決定
ＴＣＲβレパートリーの増幅及び配列決定を、Ｋｌｉｎｇｅｒら（ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ８：ｅ７４２３１，２０１３）によって記載されるようにＡｄａｐｔｉｖｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓで実行した。
【０４６６】
Ｈ．フローサイトメトリー
ＣＤ３、ＣＤ８、ＨＬＡ−ＤＲ、及びＫｉ−６７発現の全血フローサイトメトリーを、確立されたプロトコルに従ってＬａｂＣｏｒｐ中央研究室で実行した。末梢血単核球細胞（ＰＢＭＣ）をＰｒｅｃｉｓｉｏｎ  Ｂｉｏｓｅｒｖｉｃｅｓで単離し、フラクタルカイン受容体発現の分析及び腫瘍特異的Ｔ細胞の検出のために、凍結保存した試料をＧｅｎｅｎｔｅｃｈに輸送した。ＰＢＭＣを解凍し、一晩休ませ、細胞の小アリコートを抗ＨＬＡ−Ａ２−ＦＩＴＣ（ＢＢ７．２、ＢＤ）及び抗ＣＤ４５−ＡＰＣ−Ｈ７（２Ｄ１、ＢＤ）で染色して、ＨＬＡ−Ａ２状態を決定した。残りの細胞を、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１／ペプチドデキストラマーとペンタマーとの混合物（Ｉｍｍｕｄｅｘ  ａｎｄ  Ｐｒｏｉｍｍｕｎｅ、表１を参照されたい）で室温で１０分間染色し、その後、抗ＣＤ３−ＢＶ５１０（ＵＣＨＴＩ、Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、抗ＣＤ８−Ａ７００（ＲＰＡ−Ｔ８、ＢＤ）、抗ＣＤ４−ＰＥ−Ｃｙ７（ＲＰＡ−Ｔ４、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、抗ＣＤ４５ＲＡ−ｅＶｏｌｖｅ６０５（ＨＩ１００、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、抗ＣＣＲ７−ＢＶ４２１（Ｇ０４３Ｈ７、Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、抗ＣＸ３ＣＲ１−ＰｅｒＣＰ−ｅＦｌｕｏｒ７１０（２Ａ９−１、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、及びＦｉｘａｂｌｅ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ｄｙｅ  ｅＦｌｕｏｒ７８０（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）で氷上で３０分間染色した。データ取得及びＦＡＣＳＤＩＶＡ（商標）ｖ８ソフトウェアを実装するＢＤ  ＦＡＣＳＡＲＩＡ（商標）での選別前に、試料を２回洗浄した。５０，０００個のＣＤ８＋Ｔ細胞のうち、最低１０個のデキストラマー陽性事象が、腫瘍特異的応答と見なされた。表３は、フローサイトメトリーに使用したデキストラマーの一覧を示す。
表３．フローサイトメトリーのためのデキストラマー
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【０４６７】
Ｉ．統計分析
２回用量以上のアテゾリズマブ及びベバシズマブを２１日毎に静脈内に受けた、１０人全てのＲＣＣを有する患者からのデータを使用して、ベースライン特徴及び有害事象率を決定した。有効性をＲＥＣＩＳＴ  ｖ１．１に従って評価した。確認された最良の客観的全奏効率を、調査者が報告した評価から導出した。客観的奏効率（ＯＲＲ）は、完全奏効または部分奏効のうちの最良の客観的全奏効率を有する患者の数を、ベースライン腫瘍評価を有する患者の総数で除したものとして定義された。
【０４６８】
カットオフ日に生存しており、疾患進行を経験しない患者は、最終腫瘍評価の時点で打ち切った。奏効期間をカプラン・マイヤー法によって得た。全てのＡＥ、治療に関連するＡＥ、及び等級３〜４のＡＥは、１０人全ての患者から提供される。
【０４６９】
実施例２：遺伝子発現分析は、ベバシズマブ単独療法ならびにベバシズマブ及びアテゾリズマブ併用両方に関連するバイオマーカーを特定する
１ｂ相臨床研究を実行し、以前に未治療のｍＲＣＣを有する１０人の患者が、単回用量のベバシズマブをＣ１Ｄ１に受け、その後、アテゾリズマブ及びベバシズマブの併用投与をＣ２Ｄ１に開始して３週間毎に受けた。患者コホートのベースラインの人口統計を、表４に示す。ＲＥＣＩＳＴ  ｖ１．１を使用して、１０人の患者のうち４人において部分奏効（ＰＲ）が観察された一方で、追加の５人の患者は、延長した疾患安定（ＳＤ）（図１及び２）を有した。この小コホートにおいて観察された臨床活性は、いずれかの単独療法によって以前に得られたものよりも高かった。奏効期間には達しておらず、奏功までの時間の中央値は４．２ヶ月であった。
表４．ベースラインの人口統計
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【０４７０】
安全性、耐容性、及び臨床活性に加えて、上述のＩｂ相研究の１つの重要な目的は、併用活性の機構を評価することであった。治験設計は、局所腫瘍免疫微小環境に対するベバシズマブの効果を具体的に調べるためのベバシズマブでの予行期間を含み、その後、アテゾリズマブを使用する免疫チェックポイント遮断による併用療法が続いた。治療前、ベバシズマブの１５〜１８日後、及びアテゾリズマブ及びベバシズマブ併用治療開始の４〜６週間後に、腫瘍生検及び血液を採取した。
【０４７１】
ベバシズマブ単独療法または併用療法に関連する腫瘍マーカーを特定するために、９０個の遺伝子のＰＣＲに基づくＦｌｕｉｄｉｇｍパネル及び８００個の遺伝子のカスタムＮａｎｏＳｔｒｉｎｇパネルの両方を使用して、遺伝子発現分析を実行した。ＶＥＧＦ下流シグナル伝達活性を反映する血管系新生に関連する遺伝子は、全ての患者において治療中の両方の時点で有意に減少し（図３）、ベバシズマブの抗血管新生活性を確認した。驚くべきことに、治療前の時点とベバシズマブ単独治療の時点との比較は、Ｔｈ１ケモカイン（ＣＸＣＬ９、ＣＸＬＣ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３）（治療前のレベルと比較して約０．７倍〜６．９倍の範囲）、ＣＤ８Ｔエフェクターマーカー（ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１）（治療前のレベルと比較して約０．４倍〜６．２倍の範囲）、ならびにＮＫ細胞マーカー（ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７）（治療前のレベルと比較して約０．７倍〜８．２倍の範囲）の増加した遺伝子発現が存在したことを明らかにした（図３）。ベバシズマブ治療により、６人の患者のうち４人が、Ｔｈ１シグナル伝達に関連する遺伝子符号の有意な増加を示した。重要なことに、個々の患者レベルで、これらの符号は、ＶＥＧＦ依存性符号の低下の程度と無関係であった。ＩＨＣによるＦａｓＬ発現は、ＲＣＣを含むいくつかのがんにおいて免疫細胞に対する潜在的な障壁として記載されている（Ｍｏｔｚ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．“Ｍｅｄ．”２０：６０７−６１５，２０１４）。この研究において、ベバシズマブまたは併用治療によるＦａｓＬ遺伝子発現の一貫した変化は観察されなかった。全体として、これらの差異は、ベバシズマブ単独治療が、腫瘍微小環境における最も有意な治療誘導改変を反映するＴｈ１関連符号によって、腫瘍免疫微小環境の調節をもたらすことを示す。
【０４７２】
Ｔｈ１ケモカイン（ＣＸＣＬ９、ＣＸＬＣ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＣＸＣＬ１３）、ＣＤ８Ｔ−エフェクターマーカー（ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＥＯＭＥＳ、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＢ、ＩＦＮＧ、及びＰＲＦ１）、ならびにＮＫ細胞マーカー（ＧＺＭＢ、ＫＬＲＫ１、及びＳＬＡＭＦ７）の増加した発現は、アテゾリズマブをベバシズマブと組み合わせて投与した時に増強された（図４）。Ｔｈ１ケモカイン符号の発現レベルは、治療前と比較して、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ時点で２．９〜２５０．４倍増加し、ベバシズマブ単独時点と比較して、０．９〜８１．８倍増加した。ＣＤ８Ｔｅｆｆ符号の発現レベルは、治療前と比較して、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ時点で０．８〜５１．８倍増加し、ベバシズマブ単独時点と比較して、０．３〜１７．６倍増加した。ＮＫ細胞符号の発現レベルは、治療前と比較して、ベバシズマブ＋アテゾリズマブ時点で０．７〜７．８倍増加し、ベバシズマブ単独時点と比較して、０．４〜１３．１倍増加した。
【０４７３】
実施例３：治療中の両方の時点での、ベバシズマブ単独療法後または併用療法の血管応答及び免疫応答のバイオマーカーの特徴付け
腫瘍内で観察される免疫及び血管遺伝子発現の変化を確認するために、治療前及び治療中組織の免疫及び血管タンパク質発現の変化を免疫組織化学によって評価した。血管を覆う内皮細胞のマーカーであるＣＤ３１の減少が観察された（図５及び６）。内皮細胞の別のマーカーであるＣＤ３４のアルファ−平滑筋アクチン（αＳＭＡ）での二重染色は、未熟または不安定な血管（ＣＤ３４＋／αＳＭＡ−）は、発表された他の報告と一貫して、ベバシズマブ治療（図７及び８）によって主に影響が及ぼされることを示した（例えば、Ｇａｓｐａｒｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｃｌｉｎ．Ｐｒａｃｔ．Ｏｎｃｏｌ．２：５６２−５７７，２００５を参照されたい）。内皮細胞の形態学的変化はまた、イピルミマブ及びベバシズマブ治療後の転移性黒色腫における発見と一貫して、併用治療でも明らかであった（例えば、Ｈｏｄｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｓ．２：６３２−６４２，２０１４を参照されたい）。加えて、ＣＤ６８＋／ＣＤ１６３−マクロファージではなくＣＤ６８＋／ＣＤ１６３＋マクロファージの文脈的局所化は、治療中の４人の患者において、ベバシズマブ療法によってほとんど影響がなかった成熟した血管ではなく未熟な血管に隣接して観察された（図７、９、及び１０）。理論によって拘束されることを望むものではないが、１つの潜在的な説明は、不安定な血管に局所化されたマクロファージが、ベバシズマブによって引き起こされる炎症及び血管誘導変化に応答している可能性があることである。マクロファージは、ＶＥＧＦを分泌することによって血管新生を促進することが示されており（Ｌａｍａｇｎａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｌｅｕｋｏｃ．Ｂｉｏｌ．８０：７０５−７１３，２００６）、ＶＥＧＦ転写物発現は治療中の腫瘍内で上方制御された（図１１）。
【０４７４】
腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞の増加は、１人を除く全ての患者において併用治療後に明白であった（図５、６、及び１２）。しかしながら、ＩＦＮ−γ応答遺伝子であるＰＤ−Ｌ１の上方制御は、免疫組織化学によって１人の患者においてのみ検出され、この患者はＰＲを示した（図５）。逆に、かつ予想外に、ＭＨＣ−Ｉ染色における同時増加は、ベバシズマブ及び併用治療の両方の後に観察された（図５及び６）。抗ＶＥＧＦ抗体療法によるＭＨＣ−Ｉの調節は、前述されておらず、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増加と一貫して関連はしなかった。以前の研究は、低酸素症がＨＩＦ−１αを通した増加したＭＨＣ−Ｉ発現に関連することを見出している（Ｇｈｏｓｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３３：２７１８−２７３１，２０１３）。
【０４７５】
併用療法時のＣＤ８＋Ｔ細胞密度の増加が、増強された腫瘍内増殖または増加した輸送に起因するかに言及するために、増殖マーカーＫｉ６７でのＣＤ８の二重免疫組織化学染色を用いた。Ｋｉ６７＋／ＣＤ８＋細胞対Ｋｉ６７−／ＣＤ８＋細胞の比は、治療中変化しないままであり（図７、１３、１４Ａ〜１４Ｃ、１５Ａ〜１５Ｃ、及び１６Ａ〜１６Ｃ）、これは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増加が増強された腫瘍内増殖によるものではなく、増殖するＣＤ８＋Ｔ細胞の増加した輸送及び浸潤によるものであることを示唆する。
【０４７６】
実施例４：併用療法後の抗原特異的Ｔ細胞応答の特徴付け
腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞の上昇が増加した輸送によるものであるかを確認するために、周辺の細胞集団の表現型をフローサイトメトリーによって決定した。前述のＲＣＣ腫瘍抗原ペプチドを含有するＨＬＡ−Ａ２デキストラマー（表１）を使用して、抗原特異的Ｔ細胞が患者の血液中に存在するか、及びこれらの細胞集団が治療によって変化するかを決定した。１０人の患者のうち、２人においてのみ、ＨＬＡ−Ａ２陽性患者が治療前の時点でＤｅｘ−ＡＰＣチャネル内の細胞について陽性であった（図１９）。これら２人の患者のうち、患者６のみが、腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞の増加を示した。興味深いことに、Ｄｅｘ−ＡＰＣ陽性染色は、患者６については併用治療後の時点までに少なくとも３倍減少したが、患者２についてはそうではなく、患者２は、腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞の増加を示さなかった。これらの変化は、周辺から腫瘍へのＲＣＣ抗原特異的Ｔ細胞輸送を示唆する。
【０４７７】
遺伝子発現データはまた、いくつかの他のケモカイン及びケモカイン受容体が、治療中の患者腫瘍内で増加したことも示した（図２０）。最も有意な変化は、フラクタルカイン（ＣＸ３ＣＬ１）で生じ、これは、炎症環境または低酸素環境において活性化された内皮細胞膜上で発現されることが知られている（Ｓｚｕｋｉｅｗｉｃｚ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｄｉａｔｏｒｓ  Ｉｎｆｌａｍｍ．２０１３：４３７５７６，２０１３、Ｕｍｅｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ．Ｔｈｒｏｍｂ．Ｖａｓｃ．Ｂｉｏｌ．２４：３４−４０，２００４）。
【０４７８】
フラクタルカイン、ＣＸ３ＣＲ１の受容体は、武装ＣＤ８＋Ｔ細胞（パーフォリン＋／グランザイムＢ＋）上で発現されることが示されている（Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６８：６１７３−６１８０，２００２）。本研究において、ＣＸ３ＣＲ１は、併用治療後に末梢ＣＤ８＋Ｔ細胞上で上方制御された（図１３）。更に、デキストラマー陽性細胞（図１９）の大部分はまた、ＣＸ３ＣＲ１も発現した（患者２及び６についてそれぞれ８４％及び１００％、図１６Ａ及び１６Ｃ）。腫瘍におけるフラクタルカイン及び他のケモカイン、ならびに治療中のＣＤ８＋Ｔ細胞上のＣＸ３ＣＲ１の一致した上方制御は、ＣＤ８＋Ｔ細胞の増加した腫瘍浸潤の機構を示唆する。
【０４７９】
腫瘍に対してＴ細胞受容体（ＴＣＲ）配列決定を実行し、一致したＰＢＭＣからＣＤ８＋Ｔ細胞を選別して、Ｔ細胞レパートリーの治療誘導変化及びＴ細胞の腫瘍への輸送を調査した。患者３及び６の治療前及び治療中のＴＩＬからの最上位クローンの比較は、いくつかのクローンが治療中に保持されたことを示した（図２１Ａ〜２１Ｃ及び２２）。ベバシズマブ単独後に出現するクローンが存在した一方で、他のクローンは併用療法の後にのみ出現した。治療前の腫瘍内では検出されるが、治療中の腫瘍内では検出されないクローンもまた存在した。まとめると、腫瘍内Ｔ細胞組成物中のこれらの動的変化は、抗腫瘍Ｔ細胞応答が治療中に発展していることを示唆する。
【０４８０】
選別された末梢ＣＤ８＋Ｔ細胞からのＴＣＲ配列の評価は、治療前の試料と治療中の試料との間で最上位クローンの多くが維持されることを示したが、ＰＢＭＣ対治療中のＴＩＬ内に見出されるクローン間にいくらかの重複も存在した（図２３Ａ及び２３Ｂ）。特に、腫瘍内ＣＤ８＋Ｔ細胞が治療中に増加しなかった患者である患者２のＰＢＭＣとＴＩＬとの間には、共通のクローンは存在しなかった。患者３及び６について、ＰＢＭＣとＴＩＬとの間に類似の発生頻度で存在するいくつかのクローンが存在した。Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｐｕｂｌｉｃ  Ｃｌｏｎｅ  Ｄａｔａｂａｓｅのブラストは、最上位ＰＢＭＣクローンのいくつかがウイルス抗原を認識する可能性が高いが、これらのクローンのいくつかのみがＴＩＬ内で検出されたことを明らかにし、これは、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞が腫瘍へと移動している可能性があることを更に示唆した（図２４）。治療中のＴＩＬ内の最上位クローンの大部分は、血液中により一層低いレベルで存在した一方で、血液中で最もドミナントなクローンは、腫瘍内では検出されない。最上位クローンの相対的割合は、ＴＩＬと比較して、ＰＢＭＣ内では維持されないため、これは、併用治療によって誘導された腫瘍内のＣＤ８＋Ｔ細胞の増加が選択的輸送機構を通して生じることを示唆し得る。浸潤が偏っておらず、腫瘍内で抗原特異的Ｔ細胞の保持が存在することもまた可能である。
【０４８１】
他の実施形態
前述の発明は、明確な理解のために例証及び実施例によって多少詳細に記載されているが、これらの説明及び実施例は、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書に引用される全ての特許及び科学文献の開示は、参照によりそれらの全体が明示的に組み込まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１４Ｃ】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１５Ｃ】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１６Ｃ】
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【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１Ａ】
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【図２１Ｂ】
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【図２１Ｃ】
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【図２２】
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【図２３Ａ】
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【図２３Ｂ】
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【図２４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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