【手続補正書】
【提出日】令和3年11月19日(2021.11.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）および３つの軽鎖ＣＤＲを含む単離された抗体であって、前記ＣＤＲが、
（ｉ）配列番号１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、
（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、
（ｉｉｉ）配列番号３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３、
（ｉｖ）配列番号４のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、
（ｖ）配列番号５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、および
（ｖｉ）配列番号６のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３を含む、単離された抗体。
【請求項２】
配列番号１３〜１７のうちの１つのアミノ酸配列を有する重鎖可変領域、および配列番号１８〜２０のうちの１つのアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、請求項１に記載の単離された抗体。
【請求項３】
ヒトＣＥＡＣＡＭ６およびＣＥＡＣＡＭ５に結合する、請求項１に記載の単離された抗体。
【請求項４】
前記抗体が、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ＣＤＲグラフト抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、ダイアボディ、多重特異性抗体、二重特異性抗体（ｄｕａｌ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー、抗イディオタイプ抗体、または二重特異性抗体（ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）である、請求項１に記載の単離された抗体。
【請求項５】
請求項１に記載の単離された抗体と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
【請求項６】
請求項１に記載の単離された抗体またはそのフラグメントをコードする、単離されたポリヌクレオチド配列。
【請求項７】
請求項６に記載のポリヌクレオチド配列を含む、発現ベクター。
【請求項８】
請求項７に記載の発現ベクターを含む、単離された宿主細胞。
【請求項９】
癌または膵炎の処置において使用するための、請求項６に記載のポリヌクレオチド配列を含む組成物。
【請求項１０】
前記癌が、膵癌、肺癌、非小細胞肺癌、結腸癌、乳癌、卵巣癌、胃癌、慢性骨髄性白血病、急性Ｂリンパ球性白血病、肝癌、または前立腺癌である、請求項９に記載の使用のための組成物。
【請求項１１】
癌または膵炎の処置において使用するための、請求項５に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記癌が、膵癌、肺癌、非小細胞肺癌、結腸癌、乳癌、卵巣癌、胃癌、慢性骨髄性白血病、急性Ｂリンパ球性白血病、肝癌、または前立腺癌である、請求項１１に記載の使用のための医薬組成物。
【請求項１３】
（ｉ）ヒト免疫グロブリン定常領域と少なくとも８５％〜１００％同一である１つまたは複数の定常領域を有するヒトフレームワーク（ＦＲ）と、（ｉｉ）３つの重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）および３つの軽鎖ＣＤＲとを含む、ヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体であって、前記ＣＤＲが、
（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、
（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、および
（ｃ）配列番号３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３
（ｄ）配列番号４のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、
（ｅ）配列番号５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、
（ｆ）配列番号６のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３を含む、ヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体。
【請求項１４】
配列番号１３〜１７のうちの１つのアミノ酸配列を有する重鎖可変領域、および配列番号１８〜２０のうちの１つのアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、請求項１３に記載のヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体。
【請求項１５】
前記定常領域が、ヒト免疫グロブリン定常領域と少なくとも９５％同一である、請求項１３に記載のヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体。
【請求項１６】
前記ヒトＦＲが、ヒトＶＨ１−１８＊０１生殖系列によってコードされるＦＲ配列、およびヒトＶＫ１−３９＊０１生殖系列によってコードされるＦＲ配列を含む、請求項１３に記載のヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体。
【請求項１７】
ヒトまたはマウスＣＥＡＣＡＭ５およびＣＥＡＣＡＭ６に結合する、請求項１３に記載のヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体。
【請求項１８】
ＣＥＡＣＡＭ６上のグリコペプチドを含む少なくとも１つのエピトープに結合する、請求項１３に記載のヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体。
【請求項１９】
グリコペプチドエピトープが、ヒトＣＡＥＣＡＭ６のアミノ酸３００〜３１８を含む、請求項１８に記載のヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体。
【請求項２０】
癌または膵炎の処置において使用するための、請求項１３に記載のヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体を含む組成物。
【請求項２１】
前記癌が、膵癌、肺癌、非小細胞肺癌、結腸癌、乳癌、肝癌、または前立腺癌である、請求項２０に記載の使用のための組成物。
【請求項２２】
（ｉ）配列番号２９〜３１のうちの１つと少なくとも９５％同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされる重鎖可変領域と、（ｉｉ）配列番号３４〜３６のうちの１つと少なくとも９５％同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされる軽鎖可変領域とを含む、ヒト化抗ＣＥＡＣＡＭ抗体。
【請求項２３】
前記ポリヌクレオチド配列が、配列番号２９〜３１のうちの１つと少なくとも９５％同一である配列、および配列番号３４〜３６のうちの１つと少なくとも９５％同一である配列を含む、請求項２２に記載のヒト化抗ＣＥＡＣＡＭ抗体をコードするポリヌクレオチド配列を含む発現ベクター。
【請求項２４】
請求項２３に記載の発現ベクターを含む、単離された宿主細胞。
【請求項２５】
ヒト化抗ＣＡＥＥＣＡＭ６抗体の産生を可能にする条件下で、請求項２４に記載の宿主細胞を培養すること、および培養物から前記抗体を回収することを含む、ヒト化抗ＣＡＥＣＡＭ６抗体を産生するための方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９２】
捕捉ＥＬＩＳＡアッセイを使用して、試料のより大きなコホートにおいてＭａｂ１０９によって認識されるＣＥＡＣＡＭ６エピトープを検出した。図４１に示すように、膵癌患者由来の血清と非罹患血清においてＭａｂ１０９によって認識されるＣＥＡＣＡＭ６エピトープのレベル間には統計的に有意な差があった（ｐ＝０．０３６）。図４２および４３は、慢性膵炎、膵癌に苦しんでいる患者、および非罹患対照に由来する血清中のＭａｂ１０９によって認識されたＣＥＡＣＡＭ６エピトープのレベルを比較するＥＬＩＳＡの結果を示す。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
単離された抗体、その抗原結合部分、またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）であって、
ｇ．配列番号４または１０のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、
ｈ．配列番号５または１１のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、
ｉ．配列番号６または１２のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３、
ｊ．配列番号１または７のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、
ｋ．配列番号２または８のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、および
ｌ．配列番号３または９のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３からなる群から選択される１つ以上の重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、単離された抗体、その抗原結合部分、またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）。
（項目２）
以下の軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）：
ｄ．配列番号４のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、
ｅ．配列番号５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、および
ｆ．配列番号６のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３を含む、項目１に記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目３）
以下の軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）：
ｄ．配列番号１０のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、
ｅ．配列番号１１のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、および
ｆ．配列番号１２のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３を含む、項目１に記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目４）
以下の重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）：
ａ．配列番号１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、
ｂ．配列番号２のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、および
ｃ．配列番号３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３を含む、項目１〜３のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目５）
以下の重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）：
ａ．配列番号７のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、
ｂ．配列番号８のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、および
ｃ．配列番号９のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３を含む、項目１〜３のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目６）
以下の相補性決定領域（ＣＤＲ）：
ｇ．配列番号４のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、
ｈ．配列番号５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、
ｉ．配列番号６のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３、
ｊ．配列番号１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、
ｋ．配列番号２のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、および
ｌ．配列番号３のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３を含む、項目１〜５のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目７）
以下の相補性決定領域（ＣＤＲ）：
ｇ．配列番号１０のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、
ｈ．配列番号１１のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、
ｉ．配列番号１２のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３、
ｊ．配列番号７のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、
ｋ．配列番号８のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、および
ｌ．配列番号９のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３を含む、項目１〜５のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目８）
配列番号１３〜１７および２１２５から選択される配列を有する重鎖を含む、項目１〜７のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目９）
配列番号１８〜２０および配列番号２６〜２８から選択される配列を有する軽鎖を含む、項目１〜８のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目１０）
配列番号１３〜１７から選択される配列を有する重鎖と、配列番号１８〜２０から選択される配列を有する軽鎖とを含む、項目１〜９のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目１１）
配列番号２１〜２５から選択される配列を有する重鎖と、配列番号２６〜２８から選択される配列を有する軽鎖とを含む、項目１〜９のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目１２）
ＣＤＲに含まれない配列中に保存的置換をさらに含む、項目１〜１１のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目１３）
前記抗体またはポリペプチドが、
免疫グロブリン分子、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、ヒト化抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体、ダイアボディ、多重特異性抗体、二重特異性抗体（ｄｕａｌ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）、抗イディオタイプ抗体、二重特異性抗体（ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）、および二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）からなる群から選択される、項目１〜１２のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目１４）
前記単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲが、癌細胞の表面上にある抗原に特異的に結合する、項目１〜１３のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目１５）
前記単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲが、癌幹細胞の表面上にある抗原に特異的に結合し、正常な腸細胞に特異的に結合しない、項目１〜１３のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲ。
（項目１６）
２つの結合部位を含む二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）であって、第１の結合部位が項目１〜１５のいずれかに記載の抗原結合部分を含み、第２の結合部位が、Ｔ細胞に特異的に結合する抗体の抗原結合部分を含む、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）。
（項目１７）
Ｔ細胞に特異的に結合する抗体の前記抗原結合部分が、抗体の抗ＣＤ３抗原結合部分である、項目１６に記載の二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）。
（項目１８）
少なくとも１つの抗原結合部分がｓｃＦｖである、項目１６〜１７のいずれかに記載の二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）。
（項目１９）
項目１〜１８のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、ＣＡＲ、またはＢｉＴＥと、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
（項目２０）
項目１〜１８のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、ＣＡＲ、またはＢｉＴＥをコードする、核酸。
（項目２１）
前記核酸配列のうちの１つ以上が、配列番号２９〜４４から選択される配列を含む、項目２０に記載の核酸。
（項目２２）
前記核酸がｃＤＮＡである、項目２０〜２１のいずれかに記載の核酸。
（項目２３）
項目１〜１８のいずれかに記載の単離された抗体、その抗原結合部分、ＣＡＲ、またはＢｉＴＥを含む、細胞。
（項目２４）
前記細胞が免疫細胞である、項目２３に記載の細胞。
（項目２５）
前記細胞が、
Ｔ細胞、ＮＫ細胞、およびＮＫＴ細胞からなる群から選択される、項目２４に記載の細胞。
（項目２６）
前記単離された抗体、その抗原結合部分、またはＣＡＲが細胞表面上で発現する、項目２３〜２５のいずれかに記載の細胞。
（項目２７）
癌を処置することを必要とする対象において癌を処置する方法であって、項目２３〜２６のいずれかに記載の細胞を前記対象に投与することを含む、方法。
（項目２８）
癌を処置することを必要とする対象における癌を処置する方法であって、項目２０〜２２に記載の核酸を前記対象に投与することを含み、前記対象のＴ細胞は、前記核酸によってコードされた前記ポリペプチドを発現させる、方法。
（項目２９）
前記癌が
膵癌、肺癌、非小細胞肺癌、結腸癌、乳癌、肝癌、および前立腺癌からなる群から選択される、項目２７〜２８のいずれかに記載の方法。
（項目３０）
患者由来の生体試料中のＣＥＡＣＡＭ６を検出する方法であって、
ａ）前記患者由来の前記生体試料を、糖ペプチドを含む第１のエピトープに特異的に結合する第１の抗体と接触させて、前記第１の抗体と前記ＣＥＡＣＡＭ６との間に第１の複合体を形成すること、
ｂ）前記第１の複合体を、第２のエピトープに特異的に結合する第２の抗体であって、前記第１のエピトープおよび前記第２のエピトープが異なっている、第２の抗体と接触させて、第２の複合体を形成することであって、前記第２の複合体が、前記第１の抗体と、ＣＥＡＣＡＭ６と、第２の抗体とを含む、形成すること、
ｃ）前記第２の複合体を検出し、それによりＣＥＡＣＡＭ６を検出すること、を含む、方法。
（項目３１）
前記生体試料が、血清、血液、または血漿試料を含む、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記第１のエピトープが配列番号５１またはそのフラグメントを含む、項目３０に記載の方法。
（項目３３）
前記第１のエピトープが配列番号１０１またはそのフラグメントを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記第１のエピトープが配列番号７７またはそのフラグメントを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
前記第２の抗体が、検出可能な標識を含む、項目３０に記載の方法。
（項目３６）
前記検出可能な標識が、ビオチン基、酵素、色素、発光基、および蛍光基からなる群から選択される、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記第１の抗体が固体支持体上に固定されている、項目３０に記載の方法。
（項目３８）
前記第１の抗体がヒト化抗体である、項目３０に記載の方法。
（項目３９）
前記ヒト化抗体が項目１〜１３のいずれか１項に記載のヒト化抗体である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記患者が膵癌に罹患しているかまたは膵癌の危険性がある、項目３０に記載の方法。