(57)【要約】  本発明は、ゲノム中に、第２染色体上の収量ＱＴＬおよび／または第６染色体上の収量ＱＴＬを含む栽培キュウリ植物、ならびにそのような植物を生育する方法およびそれらの使用に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
キュウリの野生近縁種の遺伝子移入断片を、第２染色体上にホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus）植物であって、前記遺伝子移入断片がキュウリの果実収量を増加させ、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子から得ることができる、前記植物。
【請求項２】
前記キュウリの果実収量の増加が、同一環境下で生育した場合に、遺伝子移入断片を含む植物系統の植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）が、遺伝子移入断片を含まない遺伝的対照系統と比較して有意に高いこと、および／または、同一環境下で生育した場合に、遺伝子移入断片を含む植物系統の植物当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）が、遺伝子移入断片を含まない遺伝的対照系統と比較して有意に高いことにより、表現型的に表現される、請求項１に記載の植物。
【請求項３】
前記第２染色体上の遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＣＣまたはＣＴ遺伝子型、
ｂ）配列番号２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｃ）配列番号３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｄ）配列番号４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｅ）配列番号５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｆ）配列番号６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＣまたはＣＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＣＣまたはＣＴ遺伝子型、
ｈ）配列番号８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型、
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＴＴまたはＴＧ遺伝子型、
ｊ）配列番号１０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型、
ｋ）配列番号１１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＧＧまたはＡＧ遺伝子型、
ｌ）配列番号１２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型、
ｍ）配列番号１３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＣＣまたはＣＡ遺伝子型、
ｎ）配列番号１４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＡまたはＡＧ遺伝子型、
ｏ）配列番号１５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＣまたはＣＴ遺伝子型、
ｐ）配列番号１６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型、
ｑ）配列番号１７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｒ）配列番号１８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｓ）配列番号１９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＡまたはＡＧ遺伝子型、
ｔ）配列番号２０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｕ）配列番号２１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｖ）配列番号２２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型、
ｗ）配列番号２３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＴＴまたはＴＧ遺伝子型、
ｘ）配列番号２４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＧまたはＧＴ遺伝子型、
ｙ）配列番号２５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｚ）配列番号２６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＣまたはＣＡ遺伝子型、
ａａ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２６との間の任意のキュウリ野生近縁種ゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つのマーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である、請求項１または２に記載の植物。
【請求項４】
第６染色体上に遺伝子移入断片をさらに含み、前記第６染色体上の遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号２７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｂ）配列番号２８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｃ）配列番号２９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＣまたはＣＡ遺伝子型、
ｄ）配列番号３０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｅ）配列番号３１の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｆ）配列番号３２の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３２のＣＣまたはＣＴ遺伝子型、
ｇ）配列番号３３の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｈ）配列番号３４の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｉ）配列番号３５の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型、
ｊ）配列番号３６の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型、
ｋ）配列番号３７の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３７のＡＡまたはＡＧ遺伝子型、
ｌ）配列番号３８の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型、
ｍ）配列番号３９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３９のＡＡまたはＡＣ遺伝子型、
ｎ）配列番号４０の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿４０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型、
ｏ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意のキュウリ野生近縁種ゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つのマーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の植物。
【請求項５】
前記第６染色体上の遺伝子移入断片が、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子から得ることができる、請求項４に記載の植物。
【請求項６】
両方の遺伝子移入断片がヘテロ接合型である、請求項５に記載の植物。
【請求項７】
前記第２染色体上の遺伝子移入断片が、第２染色体の５．０Ｍｂから始まり１１．０Ｍｂで終わる領域に物理的に位置する、キュウリの果実収量を増加させる量的形質遺伝子座（ＱＴＬ２．１）を含み、前記第６染色体上の遺伝子移入断片が、第６染色体の２５．０Ｍｂから始まりから２９．０Ｍｂで終わる領域に物理的に配置する、キュウリの果実収量を増加させる量的形質遺伝子座（ＱＴＬ６．１）を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の植物。
【請求項８】
一方または両方の遺伝子移入断片がホモ接合型である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の植物。
【請求項９】
前記植物が、以下のキュウリ型：スライスキュウリ（slicing cucumber）、長キュウリ（long cucumber）、ヨーロッパの温室キュウリ（European greenhouse cucumber）のうちの１つである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１０】
前記植物が、単交雑Ｆ１交配種または近交系である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１１】
植物が、受粉しない無核果を産生する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１２】
前記第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片が、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子の第２および／または第６染色体上に見出される断片であるか、または、そのより小さい断片であって、キュウリの果実収量を増加させる断片である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の植物。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の植物を生育させる、種子。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、キュウリ育種の分野に関する。ピックルキュウリ（pickling cucumbers）（例えば、アメリカピックル型、ヨーロッパピックル型）、スライスキュウリ（slicing cucumbers）（例えば、アメリカスライス型）、長キュウリ（long cucumbers）、短キュウリ（short cucumbers）、ヨーロッパ温室キュウリ（European greenhouse cucumbers）、ベイト−アルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ（oriental trellis type cucumbers）（「バープレス（burpless）」としても市販されている）、アジアキュウリ（インドマダラキュウリ（Indian Mottled cucumber）型、中国長キュウリ型、韓国キュウリ型および日本キュウリ型等の異なる型にさらに細分化することができ、１つ目はインドキュウリグループに属し、後の３つは東アジアキュウリグループに属する）等の栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus）の収量を向上させるために使用することができる、栽培キュウリゲノムの第２染色体上に位置する量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）の遺伝子移入および／または栽培キュウリゲノムの第６染色体上に位置するＱＴＬの遺伝子移入が提供される。
【０００２】
第２染色体上の収量増加ＱＴＬは、本明細書においてＱＴＬ２．１と呼ばれ、第６染色体上の収量増加ＱＴＬは、ＱＴＬ６．１と呼ばれる。一つの態様では、両方が同一のキュウリ野生近縁種、すなわち同じ寄託番号から遺伝子移入され、一つの態様では、同一の植物から遺伝子移入される。寄託された一つの植物を用いて倍加単数体が作出され、それを用いてＱＴＬをヨーロッパ長キュウリ型にマッピングおよび遺伝子移入した。この型から、一方または両方のＱＴＬを、短キュウリ型等の他のキュウリ型、または任意の他のキュウリ育種系統もしくは品種に容易に移入することができる。ホモ接合型の両方の遺伝子移入断片を含む種子は、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託されている。
【０００３】
マッピングプロジェクトのように、第２染色体上の収量増加ＱＴＬは当初発見されなかったが、果実重量を減少させる負の収量ＱＴＬが同じ領域で見出された（図１参照、上は第２染色体上の正の収量ＱＴＬであるＱＴＬ２．１のＬＯＤダイアグラムであり、下は第２染色体上の負の収量ＱＴＬであるＱＴＬ２．２のＬＯＤダイアグラムである）。
【０００４】
さらなる戻し交雑、および試験交雑による収量試験を行うことによってはじめて、第２染色体上の正の収量ＱＴＬおよび負の収量ＱＴＬを分離することができ、すなわち異なる領域にあることが明らかとなった。
【０００５】
負の収量ＱＴＬの効果は、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ２．２の両方を有する遺伝子移入断片を含む系統と、ＱＴＬ２．１のみを含む（ＱＴＬ２．２を欠く）系統とを比較することにより明らかになった。平均果実長は、最初の系統（ＱＴＬ２．２を含む）では２ｃｍ超減少した。
【０００６】
一つの態様では、第２染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物が提供され、ＱＴＬ２．１を含み、それにより、遺伝子移入断片は、遺伝子移入を欠く同じ栽培キュウリと比較して遺伝子移入を含む栽培キュウリの果実収量を有意に増加させる。また、遺伝子移入断片上に存在し、遺伝子移入断片の存在を示す１つ以上の分子マーカー（特に単一ヌクレオチド多型またはＳＮＰ）、およびそのようなマーカーの使用方法も本明細書において提供される。同様に、第２染色体上のＱＴＬ２．１を含む種子、植物部分、細胞および／または組織も提供される。一つの態様では、植物、種子、植物部分、細胞および／または組織は、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含み、それにより、第２染色体の５．０Ｍｂから始まり１１．０Ｍｂで終わる領域に物理的に位置するＱＴＬであるＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片を含む。一つの態様では、第２染色体の他の領域、すなわち０Ｍｂ〜５．０Ｍｂおよび／または１１．０Ｍｂ〜第２染色体末端は、栽培キュウリの染色体領域を含むか、またはそれからなる。
【０００７】
一つの態様では、遺伝子移入断片は、植物あたりの平均果実重量を低下させる第２染色体上の負の収量ＱＴＬを含まない。この負の収量ＱＴＬは、本明細書ではＱＴＬ２．２と呼ばれる。従って、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片は、一つの態様ではＱＴＬ２．１を含み、ＱＴＬ２．１に連結された１つ以上のＳＮＰを含むが、ＱＴＬ２．２を含まない。寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として出願人により寄託された栽培Cucumis sativusの種子では、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１はホモ接合型で存在するのに対し、ＱＴＬ２．２は存在しない（そして、その代わりにその領域にキュウリゲノムが存在する）。
【０００８】
一つの態様では、ＱＴＬ２．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞または組織、特に長キュウリにおいてヘテロ接合型で存在する。別の態様では、ＱＴＬ２．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞または組織、特に長キュウリにおいてホモ接合型で存在する。特定の態様では、栽培キュウリ植物は、Ｆ１ハイブリッド、特に２つの近交系親系統を交雑することによって作出されるＦ１ハイブリッドであり、従って、親系統の少なくとも１つはホモ接合型のＱＴＬ２．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）を含む。特定の態様では、栽培キュウリ植物は、収量に影響を及ぼすキュウリゲノムの第２染色体上の他の遺伝子移入断片を含まず、好ましくは、第２染色体は少なくともＱＴＬ２．２を欠いている。
【０００９】
第６染色体上の収量増加ＱＴＬは低温で見出され、秋または冬の期間および寒冷地での収量を増加させる低温耐性ＱＴＬと思われる。従って、例えば、南ヨーロッパやユーラシアの国々における秋や冬、または北ヨーロッパやカナダ（または北アメリカ）等の冷涼な地域のように、寒冷な気候や寒い時期に温室キュウリを栽培する場合、ＱＴＬ６．１は、そのような気候に適応した育種系統および品種の収量をさらに増加させる。従って、このＱＴＬは、より低温に適応した品種の収量を増加させるのに特に適している。しかしながら、霜は防止されるべきであると理解される。
【００１０】
一つの態様では、第６染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物が提供され、ＱＴＬ６．１を含み、それにより、遺伝子移入断片は、遺伝子移入を欠く同じ栽培キュウリと比較して遺伝子移入を含む栽培キュウリの果実収量を有意に増加させる。また、遺伝子移入断片上に存在し、遺伝子移入断片の存在を示す１つ以上の分子マーカー（特に単一ヌクレオチド多型またはＳＮＰ）、およびそのようなマーカーの使用方法が本明細書において提供される。同様に、ゲノム中に栽培キュウリの第６染色体上のＱＴＬ６．１を含むか、栽培キュウリの第６染色体を含む種子、植物部分、細胞および／または組織が提供される。一つの態様において、植物、種子、植物部分、細胞および／または組織はキュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含み、それにより、第６染色体の２５．０Ｍｂから始まり２９．０Ｍｂで終わる領域に物理的に位置するＱＴＬであるＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を含む。一つの態様では、第６染色体の他の領域、すなわち０Ｍｂ〜２５．０Ｍｂおよび／または２９．０Ｍｂ〜第６染色体末端は、栽培キュウリの染色体領域を含むか、またはそれからなる。
【００１１】
一つの態様では、ＱＴＬ６．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞または組織、好ましくは長キュウリにおいてヘテロ接合型で存在する。別の態様では、ＱＴＬ６．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）は、栽培キュウリ植物、細胞または組織、好ましくは長キュウリにおいてホモ接合型で存在する。特定の態様では、栽培キュウリ植物は、Ｆ１ハイブリッド、特に２つの近交系親系統を交雑することによって作出されるＦ１ハイブリッドであり、従って、親系統の少なくとも１つはホモ接合型のＱＴＬ６．１（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片）を含む。特定の態様では、栽培キュウリ植物は、収量に影響を及ぼすキュウリゲノムの第６染色体上の他の遺伝子移入断片を含まない。
【００１２】
本発明の一つの態様では、本発明のＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方を含み、いずれもがホモ接合型、例えば、近交系親系統であるか、またはいずれもがヘテロ接合型、例えば、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方をホモ接合型で含む近交系親系統とＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方を含まない近交系親系統とを交雑することにより作出されたＦ１ハイブリッドである栽培キュウリ植物が提供される。上述したように、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として出願人により寄託されたCucumis sativusの種子では、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１はホモ接合型で存在する。しかしながら、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１は、収量が増加したキュウリ植物、育種系統および品種を作出するために、独立して使用することもできる。
【００１３】
本発明のさらに別の態様では、本発明のＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方を含み、これらのＱＴＬの一方がホモ接合型であり、他方のＱＴＬがヘテロ接合型である栽培キュウリ植物が提供される。
【００１４】
さらに別の態様では、栽培キュウリ植物は、キュウリの野生近縁種由来のＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含み、遺伝子移入断片とは別に、残りの第２染色体および／または第６染色体のゲノムは、キュウリのゲノムであり、一つの態様ではヨーロッパ温室キュウリのゲノムである。
【００１５】
一つの実施形態では、他の染色体も全て、栽培キュウリゲノムであり、例えば、ヨーロッパ温室キュウリのゲノムである。すなわち、本発明の一つの態様では、栽培キュウリは、ゲノム中にキュウリの野生近縁種由来の１つの遺伝子移入断片のみを含むか（ホモ接合型またはヘテロ接合型のＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１のいずれかを含む）、またはゲノム中にキュウリの野生近縁種由来の２つの遺伝子移入断片のみを含み、１つがＱＴＬ２．１を含み、もう１つがＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を含むのに対し、残りのゲノムは栽培キュウリのゲノムである。一つの態様では、２つの遺伝子移入断片は、同一のキュウリの野生近縁種、例えば、同一種、好ましくは同一の寄託番号、場合によってはその寄託番号の同一の植物に由来するものである。
【００１６】
異なる実施形態では、本発明の栽培キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に加えて、ゲノム中にキュウリの野生近縁種由来の１つ以上の他の遺伝子移入断片を含み得る。一つの態様では、これらの他の遺伝子移入断片は、第２染色体および／または第６染色体には存在しない。
【００１７】
背景
栽培キュウリ（Cucumis sativus var. sativus L.）は、世界的に重要な野菜作物である。栽培キュウリはウリ科に属する。栽培キュウリは東南アジアが原産であり、Cucumis sativus var. hardwickiiのような小さくて苦い果実を持つ野生原種に由来すると考えられている。
【００１８】
栽培キュウリのゲノムは、７対の染色体（ｎ＝７）を有し、約３６７Ｍｂ（メガ塩基）の１倍体ゲノムサイズを有し、推定で合計約２６，６８２個の遺伝子を含む。キュウリゲノムは、配列が決定された最初の植物ゲノムである（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283およびhttp://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/）。
【００１９】
栽培キュウリの収量は、過去数十年間はあまり増加しない。Shetty and Wehner 2002 (CropSci. 42: 2174-2183)は、果実品質および果実収量について、ノースカロライナ（米国）の野外条件下でＵＳＤＡキュウリの遺伝子源コレクションをスクリーニングし、その研究において同定された高収量の栽培起源種を用いて高収量栽培品種を育種することができることを示唆した。
【００２０】
ＷＯ２００９／０８２２２２では、ＰＩ６９３８３の連鎖群３および／または４において、収穫段階のキュウリの果実重量についてＱＴＬを同定するために、２００２年にShetty and Wehner（上記）によって同定された寄託番号、トルコベイト−アルファ在来種ＰＩ６９３８３が使用されている。
【００２１】
Yuan et al. 2008 (Euphytica 164: 473-491)は、北中国キュウリＳ９４と北西ヨーロッパキュウリＳ０６との交雑における特定の果実形質を、遺伝的にマッピングした。それらの連鎖群３は、物理的第２染色体に対応すると見られ、それらの連鎖群２は、物理的第６染色体に対応すると見られている。彼らは、ｆｗ２．１（果実重量）と呼ばれる遺伝子座を、第６染色体（ＬＧ２）の端部にマッピングし、ｆｗ３．１（果実重量）と呼ばれる遺伝子座を、第２染色体（ＬＧ３）の最下部にマッピングした。彼らは、Ｓ９４（長さ３０ｃｍの果実）とＳ０６（長さ１５ｃｍの果実）との果実長の違いに基づいて、ｆｌ３．１（果実長）と呼ばれる遺伝子座を、遺伝子座ｆｗ３．１と同じ位置にマッピングした。しかしながら、彼らは、全体（累積）の果実収量をマッピングしなかった。
【００２２】
Fazio et al. 2003 (Theor Appl Genet 107: 864-874)は、３回の収穫にわたる植物当たりの累積果実および小葉（‘ｌｌ’）のような形態学的形質を含む多くの形質を遺伝的にマッピングした。それらの連鎖群１は、物理的第６染色体に対応するとみられる。ｆｐｌ１．２と呼ばれる遺伝子座は、両方の環境において一貫しており、小葉の遺伝子座にマッピングされていた。小葉は、物理的第６染色体の７Ｍｂおよび８．５Ｍｂにわたる領域、すなわち第６染色体の端部に物理的に位置している。
【００２３】
Wei et al. 2014 (BMC Genomics 15: 1158, p1-10)は、中国キュウリ近交系（ＣＣ３）とＮＣ７６との交雑に由来する集団における未成熟および成熟の果実の長さ、ならびに未成熟果実の重量のマッピングを開示する。ＮＣ７６は、アフガニスタンが原産であるCucumis sativus var. sativus（ＰＩ２４６９３０）の在来種から作出された。彼らは、連鎖群６条に未成熟果実長のＱＴＬを見出した。
【００２４】
ＷＯ２０１６／０５９０９０およびＷＯ２０１６／０５９０９２はいずれも、２つの収量増加ＱＴＬであって、一つが第２染色体上の０．４〜２．９Ｍｂの領域、一つが第６染色体の２６Ｍｂ〜染色体末端の領域であり、単一の野生型キュウリからピックル型の栽培キュウリに移入される。ヘテロ接合型の両方のＱＴＬを含む栽培ピックル型キュウリの種子は、ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託されている。ＷＯ２０１６／０５９０９０およびＷＯ２０１６／０５９０９２において使用されている供与体は、本発明で使用された供与体とは異なる供与体であった。
【００２５】
それでもなお、キュウリの全体（累積）の果実収量を増加して、現在のキュウリ品種、特にガラスハウス栽培、特に、ハイワイヤー栽培または伝統的な天蓋システム（umbrella system）に適した長キュウリ種の果実収量を増加させることができるＱＴＬを同定する必要性が残っている。特に、平均果実長を減少させる遺伝子移入領域を含まない収量増加ＱＴＬを含む遺伝子移入断片が必要とされる。また、低温生育条件下で平均果実収量を増加させるのに適した遺伝子移入断片が望ましい。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１】図１は、ＱＴＬマッピング結果のＬＯＤダイアグラムを示し、第２染色体では、正の収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１、上図）と負の収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．２、下図）がお互いに非常に近くに見出され、Ｘ軸上（第２染色体）のほぼ同じ位置にピーク（垂直破線）を有している。ＱＴＬ２．２は、平均果実長を有意に減少させた。
【００２７】
一般的定義
不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、１つであり唯一の要素しか存在しないことがその文脈において明確に要求されない限り、複数の要素が存在する可能性を排除しない。従って、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、通常、「少なくとも１つ」を意味する。
【００２８】
本明細書中で使用される場合、用語「植物」は、植物全体またはその部分もしくは派生物、例えば、植物器官（例えば、収穫されたまたは収穫されていない貯蔵器官、塊茎、果実、葉、種子など）、植物細胞、植物原形質体、植物全体を再生することができる植物細胞もしくは植物培養物、植物カルス、植物細胞塊、および植物中の完全な植物細胞、または植物部分、例えば、胚、花粉、胚珠、子房、果実（例えば、収穫されたキュウリ果実またはその部分のような収穫された組織または器官）、花、葉、種子、塊茎、球根、クローン的に繁殖した植物、根、根茎、茎、根の先端などを含む。また、芽生え、未成熟および成熟などの任意の発達段階も含まれる。「植物の種子」に言及する場合、自家受粉または他家受粉させた後に、植物を生育させる種子または植物上で産生される種子を意味する。
【００２９】
「植物品種」とは、公知の最下位の同一の植物学的な分類群に属する植物の群であり、これは、（植物育種者の権利を認識するための条件が満たされているかどうかにかかわらず）特定の遺伝子型または遺伝子型の組み合わせに起因する特徴の発現に基づいて定義することができ、これらの特徴の少なくとも１つの発現により他のいかなる植物群とも区別することができ、かつ、変質することなく増殖できるため、１つのまとまりとみなすことができる。従って、１つまたは２つの遺伝子座または遺伝子（またはこれらの特定の遺伝子に起因する表現型の特徴）の存在によって、植物品種のすべてが特徴付けられるが、他の遺伝子座または遺伝子については互いに大きく異なり得る場合には、例え同じ種類の植物であっても、植物群を示すために、「植物品種」の用語を用いることはできない。
【００３０】
「Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３など」とは、２つの親植物または親系統間の交配に続く連続した同族の世代を意味する。２つの植物または系統を交配して産生された種子から生育された植物は、Ｆ１世代と呼ばれる。Ｆ１植物を同系交配することによりＦ２世代などが得られる。
【００３１】
「Ｆ１交配種」植物（またはＦ１交配種種子）とは、２つの近交系親系統を交配して得られる世代である。従って、Ｆ１交配種種子は、Ｆ１交配植物が生育する種子である。Ｆ１交配種は、雑種強勢に起因して、より丈夫であり、より高収量である。近交系統は、基本的にゲノム中のほとんどの遺伝子座においてホモ接合性である。
【００３２】
「植物系統」または「育種系統」とは、植物およびその後代を意味する。本明細書中で使用される場合、用語「近交系」とは、繰り返し同系交配し、ほぼホモ接合性である植物系統を意味する。従って、「近交系」または「親系統」とは、複数の世代（例えば、少なくとも５、６、７またはそれ以上）にわたり同系交配し、その結果、高い均一性を有する植物系統を有する植物を意味する。
【００３３】
用語「対立遺伝子」は、特定の遺伝子座における遺伝子の１つ以上の代替形態のいずれかを意味し、その対立遺伝子のいずれも、特定の遺伝子座における１つの形質または特徴に関連する。生物の二倍体細胞において、特定の遺伝子の対立遺伝子は、染色体上の特定の位置、または遺伝子座に位置する。１つの対立遺伝子は、相同染色体対の各染色体上に存在する。二倍体植物種は、特定の遺伝子座に多数の異なる対立遺伝子を含み得る。これらは、遺伝子の同一の対立遺伝子（ホモ接合性）または２つの異なる対立遺伝子（ヘテロ接合性）であり得る。従って、例えば、本明細書においては、収量遺伝子座ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１の「収量対立遺伝子」または「正の収量対立遺伝子」に言及する。
【００３４】
用語「遺伝子」は、細胞内でメッセンジャーＲＮＡ分子（ｍＲＮＡ）に転写される領域（転写領域）と、作動可能に連鎖した調節領域（例えば、プロモーター）とを含む（ゲノム）ＤＮＡ配列を意味する。従って、遺伝子の異なる対立遺伝子は、遺伝子の異なる代替形態であり、これは、例えば、ゲノムＤＮＡ配列（例えば、プロモーター配列、エクソン配列、イントロン配列など）の１つ以上のヌクレオチドにおける相違、ｍＲＮＡおよび／またはコードされるタンパク質のアミノ酸配列における相違の形態であり得る。
【００３５】
用語「遺伝子座」は、例えばＱＴＬ、遺伝子または遺伝子マーカーが存在する、染色体上の特定の場所（place）もしくは複数の場所（places）または部位を意味する。従って、収量遺伝子座（または収量増加遺伝子座）は、ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１が存在する、キュウリのゲノム中の位置である。本発明の栽培キュウリでは、ＱＴＬは第２染色体上および／または第６染色体上に存在する（Huang et al. 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283およびワールドワイドウェブicugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/の染色体の配置を使用）、すなわち、ＱＴＬは野生または近縁のキュウリから栽培キュウリのゲノム（すなわち第２染色体および／または第６染色体）に移入される。
【００３６】
「量的形質遺伝子座」または「ＱＴＬ」とは、連続的に分布する（量的）表現型の表現度に影響を与える１つまたは複数の対立遺伝子をコードする染色体座である。量的形質遺伝子座（または「収量ＱＴＬ」）を与える収量は、本明細書中ではＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１と命名される。
【００３７】
「キュウリゲノム」および「キュウリゲノム上の物理的位置」および「第２染色体および／または第６染色体」とは、栽培キュウリの物理的ゲノム、ワールド・ワイド・ウェブicugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/、ならびに物理的染色体および染色体上の物理的な位置を意味する。従って、例えば、ＳＮＰ＿０１は、０〜２３．１７Ｍｂ（すなわち、２３，１７４，６２５塩基）の物理的サイズを有する第２染色体の第５，５０２，４６８番ヌクレオチドに物理的に位置するヌクレオチド（または「塩基」）に位置する。同様に、ＳＮＰ＿２７は、０〜２９．０７Ｍｂ（すなわち２９，０７６，２２７塩基）の物理的サイズを有する第６染色体の第２５，５１９，９６４番に位置するヌクレオチド（または「塩基」）に物理的に位置する。
【００３８】
同一の染色体上の遺伝子座間（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間）の「物理的距離」とは、塩基または塩基対（ｂｐ）、キロ塩基またはキロ塩基対（ｋｂ）またはメガ塩基またはメガ塩基対（Ｍｂ）で表される実際の物理的距離である。
【００３９】
同一の染色体上の遺伝子座間（例えば、分子マーカー間および／または表現型マーカー間）の「遺伝的距離」は、交差頻度または組換え頻度（ＲＦ）により測定され、センチモルガン（ｃＭ）で表される。１ｃＭは、１％の組換え頻度に相当する。組換え体が見つからない場合、ＲＦは０であり、遺伝子座は物理的に極めて接近しているか、または同一である。２つの遺伝子座が離れるほど、ＲＦは高くなる。
【００４０】
「遺伝子移入断片」または「遺伝子移入部分（introgression segment）」または「遺伝子移入領域」とは、交配または従来的な育種技術、例えば戻し交配によって同一または同族の種の別の植物に導入された染色体断片（または染色体部分または領域）を意味し、すなわち、遺伝子移入された断片は、動詞「移入する（to introgress）」（例えば戻し交配）によって言及される育種方法の結果である。キュウリにおいては、野生もしくは原種のキュウリ受託物、または栽培キュウリの野生近縁種は、栽培されたCucumis sativus var. sativus L.のゲノム中に野生型ゲノムの断片を遺伝子移入するために用いることができる。従って、このような栽培キュウリは、“栽培されたCucumis sativus var. sativusのゲノム”を有するが、野生もしくは原種のキュウリ（例えば在来種）またはキュウリの野生近縁種のゲノム断片、例えば、Cucumis sativus var. hardwickii、C. sativus var. sikkimensis、Cucumis sativus var. xishuangbannesisまたは他の野生キュウリもしくはキュウリの野生近縁種などの同族の野生Cucumis sativusゲノムをゲノム中に含む。従って、栽培キュウリのゲノムを含み、当該ゲノム中に、遺伝子移入フラグメントを含まない（および遺伝子移入断片を有さない栽培キュウリの第２染色体および第６染色体を有する）栽培キュウリと比較して収量を向上させる、第２染色体および／または第６染色体上に１つの遺伝子移入断片が含まれる栽培キュウリが本明細書において提供される。用語「遺伝子移入断片」は、染色体全体を含むことはなく、染色体の一部のみを含むことが理解される。遺伝子移入断片は大きくてもよく、例えば、染色体の４分の３または半分であるが、好ましくは、約１５Ｍｂ以下、約１０Ｍｂ以下、約９Ｍｂ以下、約８Ｍｂ以下、約７Ｍｂ以下、約６Ｍｂ以下、約５Ｍｂ以下、約４Ｍｂ以下、約３Ｍｂ以下、約２．５Ｍｂまたは２Ｍｂ以下、約１Ｍｂ（１，０００，０００塩基対に等しい）以下、または約０．５Ｍｂ（５００，０００塩基対に等しい）以下、約２００，０００ｂｐ（２００キロ塩基対に等しい）以下、約１００，０００ｂｐ（１００ｋｂ）以下、約５０，０００ｂｐ（５０ｋｂ）以下、約２５，０００ｂｐ（２５ｋｂ）以下のように、より小さいことが好ましい。
【００４１】
「栽培キュウリ」または「食用キュウリ（domesticated cucumber）」とは、人間により栽培され、良好な農業特性を有し、特に、大きさおよび品質および均一性が良好な食用で市場性の高い果実を産生するCucumis sativus var. sativus植物、すなわち品種、育種系統または栽培品種を意味し、これらの植物は、「野生キュウリ」または「原種キュウリ」植物、すなわち一般に栽培植物よりも収量が非常に低く、非常に低い農業特性を有し、遺伝的にも、生理学的および／または形態学的特性においても均一性が低い植物ではない。「野生キュウリ」の「野生植物」には、例えば、生態型（ecotype）、在来種または野生寄託物または野生近縁種が含まれる。Qi et al., Nature Genetics, December 2013, Vol 45, No. 12, pages 1510-1518の表１に記載されているように、栽培キュウリ植物（系統または品種）は、ゲノム中の有意に少ない量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ）によって、および有意に低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下）によって、野生または原種キュウリ受託物と区別することもできる。ＳＮＰの数、ＩＮＤＥＬの数およびヌクレオチド多様性は、本明細書、特に「オンライン方法」の項に記載されるように決定することができる。
【００４２】
「インドキュウリ群」とは、ゲノム中に多数のＳＮＰ（３，０００，０００より多いＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；２００，０００より多いＩＮＤＥＬ）を有し、高いヌクレオチド多様性（３．０×１０−３πより高く、さらには４．０×１０−３πよりも高い）を有する、インドの野生キュウリまたは野生近縁種を意味する。
【００４３】
「ユーラシアキュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ、または１，５００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下、好ましくは２．０×１０−３π未満）を有する、中央または西アジア、ヨーロッパおよび米国の栽培キュウリを意味する。
【００４４】
「東アジアキュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２，０００，０００未満のＳＮＰ、または１５０，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１００，０００未満）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下、好ましくは２．０×１０−３π未満、または１．５×１０−３π未満）を有する、中国、韓国および日本などの東アジアの栽培キュウリを意味する。
【００４５】
「シーサンパンナ（Xishuangbanna）キュウリ群」とは、ゲノム中に少量のＳＮＰ（２００，０００未満のＳＮＰ、または１５０，０００未満のＳＮＰ、または１００，０００未満のＳＮＰ）およびＩＮＤＥＬ（５ｂｐより短い挿入／欠失；１５０，０００未満のＩＮＤＥＬ、好ましくは１００，０００未満）を有し、低いヌクレオチド多様性（２．３×１０−３π以下、好ましくは２．０×１０−３π未満、または１．５×１０−３π未満）を有する、中国のシーサンパンナ地域のキュウリを意味する。
【００４６】
「野生キュウリ」または「原種キュウリ」とは、一般に栽培植物よりも収量が非常に低く、非常に低い農業特性を有し、遺伝的にも、生理学的および／または形態学的特性においても均一性が低いC. sativus var. sativusを意味する。野生植物には、例えば、生態型（ecotype）、在来種または野生寄託物または野生近縁種が含まれる。
【００４７】
「キュウリの野生近縁種」とは、Cucumis sativus var. hardwickii、C. sativus var. sikkimensis、Cucumis sativus var. xishuangbannesisを意味する。
【００４８】
「在来種」とは、局地的な地理的領域内で生育するCucumis sativus var. sativusの原始的栽培品種を意味し、しばしばゲノムにおいて高度の遺伝的変異を示し、在来種内での高度の形態学的および／または生理学的変異（例えば、果実の大きさの変化など）を示し、栽培キュウリと比較して極めて低い均一性を示す。従って、本明細書において、在来種は「野生キュウリ」群に含まれ、「栽培キュウリ」とは区別される。
【００４９】
「均一性（uniformity）」または「均一（uniform）」は、植物系統または品種における遺伝的特性および表現型特性に関する。近交系は、数世代にわたる同系交配によって産生されるため、遺伝的に高度に均一である。同様に、そのような近交系から産生されるＦ１交配種は、遺伝子型および表現型の特性および能力の点で高度に均一である。
【００５０】
用語「収量対立遺伝子（yield-allele）」または「正の収量対立遺伝子（positive yield allele）は、キュウリの野生近縁種から栽培されたキュウリ中（栽培C. sativus var. sativusの第２または第６染色体上のそれぞれ）に移入された収量遺伝子座ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１に存在する対立遺伝子を意味する。従って、用語「収量対立遺伝子」は、他のキュウリ属受託物から得られる収量対立遺伝子をも含む。１つまたは２つの収量対立遺伝子がゲノム中の遺伝子座に存在する場合（すなわち、ヘテロ接合型またはホモ接合型の場合）、その植物系統または品種は、ＱＴＬを含まない対照、好ましくは遺伝的対照と比較して有意に高い果実収量をもたらす。遺伝子移入断片を含まない栽培キュウリ植物において、第２染色体または第６染色体上の同一遺伝子座に存在するC. sativus var. sativusの対立遺伝子は、本明細書において「野生型」対立遺伝子（ｗｔ．）と呼ばれる。収量ＱＴＬは優性であるため、ｗｔ／ｗｔ植物は正常収量を示すを示すのに対して、ＱＴＬ２．１／ｗｔ植物またはＱＴＬ６．１／ｗｔ植物、ならびにＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１植物またはＱＴＬ６．１／ＱＴＬ６．１植物は、収量対立遺伝子により、第２染色体または第６染色体上の遺伝子座におけるｗｔ／ｗｔと比較して収量表現型が増強された植物である。本明細書で提供されるＳＮＰマーカーの遺伝子型はまた、野生型を示すか、またはホモ接合型もしくはヘテロ接合型のいずれかであるＱＴＬを示す。例えば、野生型を示す遺伝子型が「ＴＴ」（ｗｔ／ｗｔ）であるのに対し、ＱＴＬ２．１を示すＳＮＰ＿０１の遺伝子型は「ＣＴ」（ＱＴＬ２．１／ｗｔ）または「ＣＣ」（ＱＴＬ２．１／ＱＴＬ２．１）である。同様に、野生型を示す遺伝子型が「ＡＡ」（ｗｔ／ｗｔ）であるのに対し、ＱＴＬ６．１を示すＳＮＰ＿２７の遺伝子型は「ＧＡ」（ＱＴＬ６．１／ｗｔ）または「ＧＧ」（ＱＴＬ６．１／ＱＴＬ６．１）である。
【００５１】
形質（例えば収量）をもたらす遺伝要素、遺伝子移入断片、または遺伝子もしくは対立遺伝子は、植物または種子または組織または細胞「から得ることができる（obtainable from）」もしくは「から得る（obtained from）」ことができる、または「から導かれ得る（derivable from）」もしくは「から由来し（derived from）」得ると言われるか、または、遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子によりもたらされる形質の付加以外に受容植物（recipient plant）の表現型の変化をもたらすことなく、従来の育種技術を用いて、それが存在する植物または種子から、それが存在しない別の植物または種子（例えば、系統または品種）に移すことができる場合には、植物または種子または組織または細胞に「に存在する（as present in）」または「に見出される（as found in）」と言われる。これらの用語は互換的に使用され、従って遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子は、その形質を含まない他の任意の遺伝的背景に移入することができる。遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子を含む寄託された種子を使用することができるだけでなく、寄託された種子またはその子孫から開発された商業品種のような、遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子を保持するように選択された種子の後代／子孫も使用することができ、本明細書に包含される。植物（または植物のゲノムＤＮＡ、細胞または組織）が、寄託された種子から得ることができるものと同一の遺伝要素、遺伝子座、遺伝子移入断片、遺伝子または対立遺伝子を含むかどうかは、当業者であれば、表現型アッセイ、全ゲノム配列決定、分子マーカー分析、形質マッピング、染色体ペインティング、対立性検定などの、本技術分野で公知の１つもしくは複数の技術、またはこれらの技術の組み合わせを用いて決定することができる。
【００５２】
「変異」もしくは「オーソロガス」配列または「変異ＱＴＬ２．１」または「変異ＱＴＬ６．１」とは、ＮＣＩＭＢ４２５４５に存在するＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１よりもむしろ、異なるキュウリ植物の野生近縁種由来の収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１）または該ＱＴＬを含む遺伝子移入断片を意味し、それらの変異は、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１に連鎖した１つまたは複数のＳＮＰを含み、変異ゲノム配列が、ＳＮＰ（ＱＴＬ２．１に連鎖した配列番号１〜２６およびＱＴＬ６．１に連鎖した配列番号２７−４０のいずれか１つ）を含む配列番号と実質的な配列同一性、すなわち少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上の配列同一性を有する。従って、本明細書において、特定のゲノム配列（ＱＴＬ２．１については配列番号１〜２６から選択され、ＱＴＬ６．１については配列番号２７〜４０から選択される）における特定のＳＮＰ遺伝子型に言及する場合、ゲノム配列が変異したＳＮＰ遺伝子型、すなわち、言及された配列（ＱＴＬ２．１については配列番号１〜２６から選択され、ＱＴＬ６．１については配列番号２７〜４０から選択される）と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上の配列同一性を有するゲノム配列のＳＮＰ遺伝子型も包含する。従って、本明細書において、一つの態様における配列番号１〜４０のいずれか１つについて言及する場合、配列番号１〜４０のいずれか１つの変異体を包含し、前記変異体は、それらの配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上の配列同一性を有する。本明細書において、特定の位置、例えば、配列番号１の、「またはその配列番号と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する配列の」、ヌクレオチド７５位のＳＮＰ遺伝子型に言及する場合、ＳＮＰ遺伝子型が、変異配列中、すなわち、その配列番号と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する配列中の同じヌクレオチド（例えば、配列番号１のヌクレオチド７５に対応する）に対応するヌクレオチドにおいて、変異配列中に存在することを意味する。例えば、変異配列は１または数ヌクレオチド短くてもよいが、一つの対を上記配列番号の変異配列と並べた場合、変異配列のどのヌクレオチドが同じヌクレオチドに対応するかが理解される。変異配列において、例えば、上記配列のヌクレオチド７５に対応する変異配列のヌクレオチド番号７６または７４であり得る。
【００５３】
「収量」または「果実収量」または「平均収量」とは、植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）および／または植物当たりの平均果実重量（グラム）（ＧｒＰＰ）を意味する。これは、同一条件下（例えば、ＱＴＬを含む系統、交雑種または品種および対照、例えば、遺伝的対照、ＱＴＬを含まない）で生育された各植物系統、交雑種または品種について決定され、各系統、交雑種または品種の平均ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰが計算される。キュウリの型に応じて、果実収量は異なる方法により測定される。例えば、市販型（fresh market types）（例えば、ヨーロッパ温室キュウリ、ミニまたはミディ型等の長キュウリ型）のような、一定の期間連続的に果実を産生し、市販サイズに達した時に果実が収穫される型は、「収穫期」（例えば、収穫期は、最初の果実が市販サイズに達した時点から始まり、少なくとも１０、１１、１２週またはそれ以上）の特定の期間に収穫が行われる。従って、例えば、系統当たりの平均ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰが日ごとに測定され、各系統または品種の累積ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰを計算するために、収穫期の最後に全ての日について累積する（実施例も参照）。「市販サイズ」とは、市販に十分な程度の長さおよび重量である果実を意味する。従って、市販し得るサイズの果実は、果実を市販および販売するのに最適または最適に近い時点で収穫される。ヨーロッパ温室キュウリ長キュウリ型に関しては、果実の長さが少なくとも約２６または２７ｃｍであり、かつ最小重量が２５０ｇに達した時に市販し得るサイズとなる。ピックルキュウリのような１回の時点においてのみ収穫されるキュウリ型に関しては、「収量」または「果実収量」または「平均収量」は、１回の収穫時点における、植物当たりの直径１．５ｃｍまたは１．５ｃｍ超の平均果実数（ＦｒＰＰ）および／または植物当たりの直径１．５ｃｍまたは１．５ｃｍ超の平均果実重量（グラム）を意味する。１回の収穫時は栽培者の慣例に従い、１．５ｃｍ〜５．０ｃｍの直径を有する果実の数が最大となるように選択される。所望の果実の大きさに応じて、果実の約５％、約１０％、約１５％または約２０％が特大となる（すなわち、５．０ｃｍ以上の果実直径を有する）ときに、一般的に収穫時に達する。収穫は手作業または機械収穫のいずれかで行われる。従って、一つの態様において、植物当たりの果実はすべて収穫され、少なくとも１．５ｃｍの直径を有するもののみが計数および／または計量される（すなわち、特大の果実を含め、少なくとも１．５ｃｍの直径を有するすべての果実が計数および／または計量される）。
【００５４】
「増加した果実収量」または「有意に増加した果実収量」とは、第２染色体上の遺伝子移入断片および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を含み、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含み、第２および第６染色体上の遺伝子移入断片を含まない対照（例えば、遺伝的対照）植物と比較して、同じ環境条件下における収量試験で生育させた場合に、植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）および／または植物当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）が（ＱＴＬにより）統計的に有意に高い栽培キュウリ植物を意味する。好ましくは、第２染色体および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を含む十分な植物（例えば、系統当たり少なくとも８、９、１０、１５、２０、３０、４０またはそれ以上の植物）、および第２染色体および第６染色体上の遺伝子移入断片を含まない対照植物（好ましくは、遺伝的対照）を用いて、複数回（２、３回または３、４、５、６、７、８回もしくはそれ以上）試験が行われる。
【００５５】
「対照」は、遺伝子移入断片を含まない栽培キュウリ系統、交雑種または品種である。「遺伝的対照」とは、第２および第６染色体上に遺伝子移入を含まない、すなわち第２および第６染色体が「野生型」である、すなわち栽培キュウリのゲノムであることを除いては、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入を含むキュウリ植物と同じまたは非常に類似する栽培品種ゲノムを有する栽培キュウリ育種系統、品種または交雑種である。例えば、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子は、選抜された長キュウリ育種系統においてＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１をホモ接合型で含む（しかしＱＴＬ２．２は含まない）ＢＣ１Ｓ３である。好適な遺伝的対照は、ＮＣＩＭＢ４２３４５として寄託された、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１を含まない種子である。
【００５６】
用語「マーカーアッセイ」は、栽培されたC. sativus var. sativusの第２および／または第６染色体上に、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入であって、収量ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片が存在するかどうか（またはキュウリの野生近縁種がそのゲノム中にＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１、またはその変異体を含むかどうか）を、ＱＴＬ２．１またはＱＴＬ６．１に連鎖する任意の１つ以上のマーカーの遺伝子型、例えば、ＱＴＬ２．１に関してはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６から選択される１つ以上のＳＮＰマーカー、またはＱＴＬ６．１に関してはＳＮＰ＿２７からＳＮＰ＿４０から選択される１つ以上のＳＮＰマーカー、および／またはＳＮＰマーカーである第２染色体上のＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６の間（すなわち、第２染色体の５．０Ｍｂから始まり１１．０Ｍｂで終わる物理的領域）、または第６染色体上のＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０の間（すなわち、第２染色体の２５．０Ｍｂから始まり２９．０Ｍｂで終わる物理的領域）のキュウリの野生近縁種ゲノム特異的なマーカー、および／または７ｃＭもしくは５ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ，１ｃＭ以内のこれらのマーカーのいずれか一つ、および／または５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂまたはそれ未満の範囲内のこれらのマーカーのいずれか一つの遺伝子型を決定することにより試験するために用いられ得る分子マーカーアッセイを意味する。
【００５７】
本明細書において提供されるＳＮＰマーカー、すなわち、第２染色体についてのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６および第６染色体についてのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０は、遺伝子移入断片において所定の順序で位置している。「連続的」マーカーとは、同じ連続的順序のマーカーを意味し、従って、例えば、２つの連続的マーカーは、ＳＮＰ＿０１およびＳＮＰ＿０２；ＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３；ＳＮＰ＿０３およびＳＮＰ＿０４等であり得、３つの連続的マーカーは、ＳＮＰ＿０１およびＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３；ＳＮＰ＿０２およびＳＮＰ＿０３およびＳＮＰ＿０４等であり得る。
【００５８】
本明細書において、「平均値（average）」または「平均（mean）」とは、算術平均を意味し、いずれの用語も同じ意味で使用される。従って、用語「平均値」または「平均」は、いくつかの測定結果の算術平均を意味する。当業者であれば、植物系統または品種の表現型は、生育条件にある程度依存するため、少なくとも８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０個またはそれ以上の植物（または植物部分）の算術平均を、好ましくは、同じ試験において同じ条件下で生育させたいくつかの複製物および適切な対照植物を使用した無作為化された試験計画で測定する。「統計学的に有意な」または「統計的に有意に」異なるまたは「有意に」異なるとは、適切な対照（例えば、遺伝的対照）と比較した場合に、その特性（例えば、ｐ値は０．０５未満であり、ＡＮＯＶＡを用いる）において、対照の平均と統計的に有意な差異を示す植物系統または品種の特徴を意味する。
【００５９】
「組換え染色体」とは、相同染色体間の交差を介して生じる新しい遺伝子構成を有する染色体、例えば「組換え第２染色体」または「組換え第６染色体」を意味するものであり、すなわち、第２または第６染色体対の相同染色体間のまれな二重交差イベントによって生じる、いずれの親植物にも存在しない第２または第６染色体である。本明細書においては、例えば、果実収量を増加させるＱＴＬを含むキュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入を含むキュウリの組換え第２染色体が提供され、特に低温下で生育させたときに果実収量を増加させるＱＴＬを含むキュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入を含むキュウリの組み換え第６染色体が提供される。従って、ＱＴＬ６．１は、寒冷ストレス下で収量を増加させることから、寒冷耐性ＱＴＬまたは凍結耐性ＱＴＯとも呼ばれる。
【００６０】
本明細書において用語「従来の育種技術」は、育種家に公知なように、交配、戻し交配、同系交配、選抜、倍加半数体産生、胚救出、マーカー利用選抜、突然変異育種等（すなわち、遺伝子改変／形質転換／遺伝子組み換え法以外の方法）を含み、これによって例えば、組換え第２または第６染色体を取得、同定および／または導入することができる。
【００６１】
「戻し交配」とは、収量ＱＴＬのような（単一の）形質を、劣性の遺伝的背景（例えば、野生キュウリまたはキュウリの野生近縁種；「ドナー」とも呼ばれる）から、優性の遺伝的背景（「反復親」とも呼ばれる）、例えば栽培キュウリに導入することができる育種方法を意味する。交配の産物（例えば、野生キュウリもしくはキュウリの野生近縁種と、栽培キュウリとを交配させて得たＦ１植物、またはＦ１植物を同系交配して得たＦ２植物またはＦ３植物）は、優性の遺伝的背景を有する親、たとえば栽培親に「戻し交配」される。戻し交配を繰り返した後、劣性の遺伝的背景の形質が優勢な遺伝的背景に組み込まれる。
【００６２】
「マーカー利用選抜」または「ＭＡＳ」は、特定の遺伝子座または領域（遺伝子移入断片）の有無により植物を選択するために、特定の遺伝子座または特定の染色体領域（例えば、遺伝子移入断片）に遺伝的に連鎖する分子マーカーの存在を利用する方法である。例えば、収量ＱＴＬに遺伝的および物理的に連鎖する分子マーカーは、第２および／または第６染色体上に収量ＱＴＬを有するキュウリ植物を検出および／または選択することができる。分子マーカーと遺伝子座の遺伝子連鎖が近接しているほど（例えば、約７ｃＭ、６ｃＭ、５ｃＭ、４ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、１ｃＭ、０．５ｃＭまたはそれ未満）、減数分裂性組換えによりマーカーが遺伝子座から分離しにくくなる。同様に、２つのマーカーが互いに近接して連鎖しているほど（例えば、７ｃＭまたは５ｃＭ、４ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭ、１ｃＭまたはそれ未満の範囲内）、それら２つのマーカーが互いに分離しにくくなる（かつ、それらが一つの単位として共分離しやすくなる）。
【００６３】
別のマーカーの「７ｃＭ以内または５ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭもしくは１ｃＭ以内」のマーカーとは、マーカーに隣接する（すなわち、マーカーのいずれかの側の）７ｃＭまたは５ｃＭ、３ｃＭ、２ｃＭもしくは１ｃＭの領域内に遺伝的に位置するマーカーを意味する。同様に、他のマーカーの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂまたはそれ未満の範囲内のマーカーとは、そのマーカーに隣接する（すなわち、マーカーのいずれかの側の）５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂまたはそれ未満の範囲内に物理的に位置するマーカーを意味する。
【００６４】
「ＬＯＤスコア」（対数（底数１０）オッズ）とは、動物および植物集団における連鎖解析にしばしば用いられる統計的試験を意味する。ＬＯＤスコアは、２つの遺伝子座（分子マーカー遺伝子座および／または表現型形質遺伝子座）が実際に連鎖している場合、試験データを得る可能性と、純粋に偶然によって同じデータを観察する可能性とを比較する。陽性のＬＯＤスコアは連鎖の存在を支持し、３．０を超えるＬＯＤスコアは連鎖の証拠と考えられる。３以上のＬＯＤスコアは、観察された連鎖が偶然に起こったものではないことを１０００対１の確率で示す。
【００６５】
本明細書において、「植物繁殖」、「栄養生殖」または「クローン増殖」は同様の意味で使用され、植物の一部を採取し、その植物部分から少なくとも根を形成させる方法を意味し、植物部分は、例えば、葉、花粉、胚、子葉、胚軸、細胞、プロトプラスト、分裂組織細胞、根、根端、雌しべ、葯、花、茎頂、芽、茎、果実、葉柄等であるか、または（例えば、切断することにより）それらに由来する。植物全体を栄養繁殖によって再生する場合、栄養繁殖ともいう。一つの態様では、接ぎ木、例えば根茎に対する接ぎ穂による繁殖も本明細書に包含される。
【００６６】
「細胞培養物」または「組織培養物」とは、植物の細胞または組織のin vitro培養物を意味する。
【００６７】
「再生」とは、細胞培養物もしくは組織培養物または栄養繁殖からの植物の発生を意味する。
【００６８】
「非繁殖細胞」とは、植物全体で再生し得ない細胞を意味する。
【００６９】
「導入遺伝子」または「キメラ遺伝子」とは、アグロバクテリウムによる形質転換等の形質転換によって植物のゲノムに導入された組換え遺伝子のようなＤＮＡ配列を含む遺伝子座を意味する。ゲノム中に安定的に組み込まれた導入遺伝子を含む植物は、「遺伝子組み換え植物」と呼ばれる。
【００７０】
「単離された核酸配列」または「単離されたＤＮＡ」とは、それが単離された天然の環境にもはや存在しない核酸配列、例えば、細菌宿主細胞または植物の核もしくは色素体のゲノムにおける核酸配列を意味する。本明細書において「配列」という場合、そのような配列を有する分子は、例えば、核酸分子を意味する。
【００７１】
「宿主細胞」または「組換え宿主細胞」または「形質転換細胞」とは、細胞に導入された少なくとも１つの核酸分子の結果として生じる新たな個々の細胞（または生物）を意味する用語である。宿主細胞は、好ましくは植物細胞または細菌細胞である。宿主細胞は、染色体外（エピソーム）複製分子として核酸を含んでいてもよく、または宿主細胞の核もしくは色素体のゲノムに組み込まれた核酸を含んでいてもよく、または導入された染色体、例えばミニ染色体として含んでいてもよい。
【００７２】
「配列同一性」および「配列相同性」は、グローバルまたはローカルアラインメントアルゴリズムを用いて、２つのペプチドまたは２つのヌクレオチド配列のアラインメントによって決定することができる。配列は、例えば、ＧＡＰプログラムまたはＢＥＳＴＦＩＴプログラムまたはＥｍｂｏｓｓプログラム「ｎｅｅｄｌｅ」（初期パラメータを使用する、下記参照）によって最適にアラインメントした場合、「実質的に同一」または「本質的に相同」と称され得る。これらのプログラムは、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈのグローバルアラインメントアルゴリズムを使用して、２つの配列を全長にわたってアラインメントし、一致の数を最大にし、ギャップの数を最小限にする。一般的に、（ヌクレオチドおよびタンパク質のアラインメントの両方について）ギャップ生成ペナルティー＝１０およびギャップ伸長ペナルティー＝０．５の初期パラメータが使用される。ヌクレオチドについては、使用される初期スコアマトリックスはＤＮＡＦＵＬＬであり、タンパク質については、初期スコアマトリックスはＢｌｏｓｕｍ６２（Henikoff & Henikoff, 1992, PNAS 89, 10915-10919）である。配列アライメントおよびパーセンテージ配列同一性のスコアは、例えば、ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/WORM)においてワールド・ワイド・ウェブ上で入手可能なＥＭＢＯＳＳ等のコンピュータープログラムを用いて決定することができる。あるいは、配列相同性または同一性は、ＦＡＳＴＡやＢＬＡＳＴ等のデータベースを検索することによって決定され得るが、配列同一性を比較するために一致を検索し対に整列すべきである。２つのタンパク質もしくは２つのタンパク質ドメイン、または２つの核酸配列は、配列同一性のパーセンテージが少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上（例えば、少なくとも９９．１，９９．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９またはそれ以上（初期パラメータ、すなわちギャップ生成ペナルティー＝１０、ギャップ伸長ペナルティー＝０．５を使用して、核酸についてＤＮＡＦＵＬＬおよびタンパク質についてＢｌｏｓｕｍ６２のスコアマトリックスを使用して、Ｅｍｂｏｓｓ「ｎｅｅｄｌｅ」により決定され
る）である場合に、「実質的な配列同一性」を有する。
【００７３】
参照配列と「実質的な配列同一性」を有するか、または少なくとも８０％の配列同一性、例えば少なくとも、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の核酸配列同一性を有する核酸配列（例えば、ＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）について言及する場合、一つの実施形態では、前記ヌクレオチド配列は、所定のヌクレオチド配列と実質的に同一であるとみなされ、かつストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて同定することができる。別の実施形態では、核酸配列は、所定のヌクレオチド配列と比較して１つ以上の突然変異を含むが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて同定することができる。
【００７４】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、所定のヌクレオチド配列と実質的に同一であるヌクレオチド配列を同定するために使用することができる。ストリンジェントな条件は配列に依存し、異なる状況で異なる。一般的に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨでの特定の配列の熱融点（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が、完全に適合したプローブにハイブリダイズする温度（規定されたイオン強度およびｐＨの下で）である。典型的には、塩濃度がｐＨ７で約０．０２モルであり、温度が少なくとも６０℃であるストリンジェントな条件が選択される。塩濃度を下げることおよび／または温度を上昇させるこによりストリンジェンシーが増加する。ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば、１００ｎｔのプローブを用いるノーザンブロット）のストリンジェントな条件は、例えば、６３℃で２０分間、０．２×ＳＳＣ中で少なくとも１回の洗浄または同等の条件を含むものである。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば、１００ｎｔのプローブを用いるサザンブロット）のストリンジェントな条件は、例えば、少なくとも５０℃、通常は約５５℃の温度で２０分間、０．２×ＳＳＣ中で少なくとも１回の洗浄（通常は２回）または同等の条件で行う。また、Sambrook et al. (1989)およびSambrook and Russell (2001)も参照されたい。
【００７５】
「精細マッピング（fine-mapping）」とは、ＱＴＬの位置をより正確に決定する（絞り込む）ことができ、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片のサイズを減少させることができる方法を意味する。例えば、反復親の均一な遺伝的背景の範囲内で異なる重複する遺伝子移入断片の断片を含むＱＴＬの準同質遺伝子系統（Near Isogenic Lines）（ＱＴＬ−ＮＩＬ）を作製することができる。従って、このような系統は、ＱＴＬが位置するフラグメントをマッピングし、かつ、ＱＴＬを含むより短い遺伝子移入断片を有する系統を同定するために用いることができる。
【００７６】
詳細な説明
本発明は、キュウリの野生近縁種から移入された、第２染色体および／または第６染色体上の１または２つの収量ＱＴＬを含む、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物に関する。従って、収量の増加は、栽培キュウリの第２染色体（ＱＴＬ２．１またはその変異体を含む）および／または第６染色体（ＱＴＬ６．１またはその変異体を含む）上の遺伝子移入断片によって付与され、前記遺伝子移入断片は、キュウリの野生近縁種に由来する。ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１は果実収量を単独で向上させるが、単一の植物において組み合わせることもできることに留意されたい。両方のＱＴＬを累積することにより、異なる栽培条件下で収量の増加が達成されることを確実にするので、利点である。
【００７７】
本明細書において、正の収量ＱＴＬを含む第２染色体上の遺伝子移入断片に言及される場合、これは、様々な大きさの遺伝子移入断片を包含し、例えば、全てのＳＮＰマーカー（第２染色体上の断片に関しては、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６、またはそれらの間の任意のマーカー）について野生型キュウリのＳＮＰ遺伝子型を含むＮＣＩＭＢ４２５４５に見いだされる断片だけでなく、より小さな遺伝子移入断片（２６個よりも少ないＳＮＰマーカー、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５個のＳＮＰマーカーについて野生型キュウリの近縁種キュウリのＳＮＰ遺伝子型を含む）であって、ＱＴＬ２．１またはその変異体を保持し、すなわち、栽培キュウリのゲノムにおいてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合に依然として有意に収量を増強する（対照、例えば遺伝的対照と比較して）断片を包含する。
【００７８】
従って、一つの態様では、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物が提供され、前記遺伝子移入断片はＱＴＬ２．１またはその変異体を含み、前記遺伝子移入断片は、第２染色体のヌクレオチド（または塩基）５，５０２，４６８から始まり第２染色体のヌクレオチド（または塩基）１０，８８２，４４０で終わる領域の全部または一部を含む。換言すれば、第２染色体のヌクレオチド（または塩基）５，５０２，４６８から始まり第２染色体のヌクレオチド（または塩基）１０，８８２，４４０で終わる領域の全部または一部は、一つの態様では、キュウリの野生近縁種に由来し、ＱＴＬ２．１またはその変異体を含む。どのサブ領域がＱＴＬ２．１を含むかは、例えば、精細マッピングによって同定される。従って、例えば、ＱＴＬ２．１がＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間にあることが判明した場合、本発明の植物は、第２染色体のヌクレオチド５，５０２，４６８（ＳＮＰ＿０１）から始まりヌクレオチド７，５０９，３９９（ＳＮＰ＿１０）で終わる遺伝子移入領域を含んでいればよい。
【００７９】
一つの態様では、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）は、配列番号１のマーカーＳＮＰ＿０１（または配列番号１の変異体配列）および配列番号２６のマーカーＳＮＰ＿２６（または配列番号２６の変異体配列）の間に位置する。別の態様では、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）は、配列番号１のマーカーＳＮＰ＿０１（または配列番号１の変異体配列）および配列番号１０のマーカーＳＮＰ＿１０（または配列番号１０の変異体配列）の間に位置する。さらなる態様では、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）は、配列番号１０のマーカーＳＮＰ＿１０（または配列番号１０の変異体配列）および配列番号２０のマーカーＳＮＰ＿２０（または配列番号２０の変異体配列で）の間に位置する。さらなる態様において、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）は、配列番号２０のマーカーＳＮＰ＿２０（または配列番号２０の変異体配列）および配列番号２６のマーカーＳＮＰ＿２６（または配列番号２６の変異体配列）の間に位置する。なおさらなる態様において、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）は、配列番号０６のマーカーＳＮＰ＿０６（または配列番号０６の変異体配列）および配列番号２３のマーカーＳＮＰ＿２３（または配列番号２３の変異体配列）の間に位置する。
【００８０】
別の態様では、本発明の遺伝子移入断片（ＱＴＬ２．１またはその変異体を含む）は、第２染色体の５，５０２，４６８ｂｐから始まり１０，８８２，４４０ｂｐで終わる領域のより小さい断片（一部）を含む断片であり、例えば、５．０Ｍｂ、４．０Ｍｂ、３．０Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１００ｋｂ、５０ｋｂ、３５ｋｂ、３０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ未満の大きさであり、ＱＴＬまたはその変異体を含む。一つの態様では、その部分は、少なくとも５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ以上のサイズである。全ての遺伝子移入断片について記載されるように、より小さい断片はＱＴＬ２．１を保持し、すなわち、より小さい断片は、キュウリの果実収量を増加させる。
【００８１】
一つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１またはその変異体を含む野生型キュウリまたはキュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含み、遺伝子移入断片は、物理的第２染色体の５．５Ｍｂから始まり１０．９Ｍｂで終わる領域の部分の全てを含み；別の態様では、５．０Ｍｂから始まり１０．８９Ｍｂで終わる領域の部分の全てを含む。
【００８２】
一つの態様では、ＱＴＬ２．１を含む第２染色体上の遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５から生育させた植物と別のキュウリ植物、特に栽培キュウリ植物、一つの態様では長キュウリ型とを交雑することによって得ることができる。
【００８３】
第２染色体上のＱＴＬ２．１の近くの別のＱＴＬが、植物当たりの平均果実重量に負の効果を有し、両方のＱＴＬのピークが互いに極めて近く一方と他方とを区別することが不可能であるようであった（図１を参照）ことから、ＱＴＬマッピングプログラム中、ＱＴＬ２．１は当初認識されなかった。しかしながら、驚くべきことに、この染色体上の遺伝子移入断片の負の領域は、組換えによって、すなわちＳＮＰ＿２６のさらに下流の野生近縁種キュウリ領域の一部を除去することによって、除去することができる。従って、一つの態様では、ＳＮＰ＿２６（物理的位置１０，８８２，４４０塩基）と第２染色体の末端（すなわち、２３，１７４，６２５塩基まで）の間の染色体領域は、キュウリの野生近縁種由来、好ましくは栽培キュウリゲノム由来の果実長を減少させる負の収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．２）を含まない。従って、本発明は、平均果実長を減少させることなく、すなわち平均果実長を遺伝的対照の平均果実長から変化させることなく、遺伝的対照（ＱＴＬ２．１を含まない）と比較して累積果実収量が向上した、ＱＴＬ２．１を含む植物を提供する。
【００８４】
本明細書において、収量ＱＴＬを有する第６染色体上の遺伝子移入断片に言及される場合、これは、様々な大きさの遺伝子移入断片を包含し、例えば、全てのＳＮＰマーカー（第６染色体上の断片に関しては、ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０、またはそれらの間の任意のマーカー）についての野生型キュウリのＳＮＰ遺伝子型を含むＮＣＩＭＢ４２５４５に見出される断片だけでなく、より小さな遺伝子移入断片（これらの１４個のＳＮＰマーカーよりも少ないＳＮＰマーカー、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２または１３個のＳＮＰマーカーについて野生近縁種のキュウリのＳＮＰ遺伝子型を含む）であって、ＱＴＬ６．１またはその変異体を保持し、すなわち、栽培キュウリゲノムにおいてヘテロ接合型またはホモ接合型である場合に依然として有意に収量を増強する（対照、例えば遺伝的対照と比較して）断片を包含する。
【００８５】
従って、一つの態様では、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物が提供され、前記遺伝子移入断片はＱＴＬ６．１またはその変異体を含み、前記遺伝子移入断片は、第６染色体のヌクレオチド（または塩基）２５，５１９，９６４から始まり第６染色体のヌクレオチド（または塩基）２８，３００，９１３で終わる領域の全てまたは一部を含む。換言すれば、第６染色体のヌクレオチド（または塩基）２５，５１９，９６４から始まり第６染色体のヌクレオチド（または塩基）２８，３００，９１３で終わる領域の全部または一部は、一つの態様では、キュウリの野生近縁種に由来し、ＱＴＬ６．１またはその変異体を含む。どのサブ領域がＱＴＬ６．１を含むかは、例えば、精細マッピングによって同定される。従って、例えば、ＱＴＬ６．１がＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿３３との間にあることが判明した場合、本発明の植物は、第６染色体のヌクレオチド２５，５１９，９６４（ＳＮＰ＿２７）から始まりヌクレオチド２６，５０１，８８９（ＳＮＰ＿３３）で終わる遺伝子移入領域を含んでいればよい。
【００８６】
一つの態様では、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）は、配列番号２７のマーカーＳＮＰ＿２７（または配列番号２７の変異体配列）および配列番号４０のマーカーＳＮＰ＿４０の間（または配列番号４０の変異体配列）の間に位置する。別の態様では、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）は、配列番号２７のマーカーＳＮＰ＿２７（または配列番号２７の変異体配列）および配列番号３３のマーカーＳＮＰ＿３３（または配列番号３３の変異体配列）の間に位置する。さらに別の態様において、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）は、配列番号３３のマーカーＳＮＰ＿３３（または配列番号３３の変異体配列）および配列番号４０のマーカーＳＮＰ＿４０（または配列番号４０の変異体配列）の間に位置する。さらなる態様において、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）は、配列番号２９のマーカーＳＮＰ＿２９（または配列番号２９の変異体配列）および配列番号３８のマーカーＳＮＰ＿３８（または配列番号３８の変異体配列）の間に位置する。
【００８７】
別の態様では、本発明の遺伝子移入断片（ＱＴＬ６．１またはその変異体を含む）は、第６番染色体の２５，５１９，９６４ｂｐから始まり２８，３００，９１３ｂｐで終わる領域のより小さい断片（一部）を含む断片であり、例えば、２．８Ｍｂ、１．９Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１００ｋｂ、５０ｋｂ、３５ｋｂ、３０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ未満の大きさであり、ＱＴＬまたはその変異体を含む。一つの態様では、その部分は、少なくとも５ｋｂ、１０ｋｂ、２０ｋｂまたはそれ以上のサイズである。全ての遺伝子移入断片について記載されているように、より小さい断片はＱＴＬ６．１を保持し、すなわち、より小さい断片は、キュウリの果実収量を増加させる。
【００８８】
一つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、ＱＴＬ６．１またはその変異体を含む野生型キュウリまたはキュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含み、遺伝子移入断片は、物理的第６染色体の２６Ｍｂから始まり２８．５Ｍｂまたは物理的第６染色体の末端、すなわち２９．０７Ｍｂで終わる領域の部分の全てを含み；別の態様では、２５．６Ｍｂから始まり２８．５Ｍｂまたは物理的第６染色体の末端で終わる領域の部分の全てを含む。
【００８９】
一つの態様では、ＱＴＬ６．１を含む第６染色体上の遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５から生育させた植物と別のキュウリ植物、特に栽培キュウリ植物と、一つの態様では長キュウリ型とを交雑することによって得ることができる。
【００９０】
本明細書において、第２または第６染色体上の遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片上に存在する収量ＱＴＬの増加のいずれか）の存在を示すＳＮＰマーカーに言及する場合、遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカーの遺伝子型、すなわち、第２染色体に関して本明細書で後述する表７に示されるＳＮＰ遺伝子型および第６染色体に関して本明細書で後述する表８に示されるＳＮＰ遺伝子型はについて言及されているものと理解される。表に示されるように、ＳＮＰマーカーの遺伝子型は、ホモ接合型またはヘテロ接合型である遺伝子移入断片が区別され得ることに留意されたい。ホモ接合型では、ヌクレオチドは同一であるが、ヘテロ接合型ではヌクレオチドは同一ではない。遺伝子移入断片を含まない「野生型」染色体のＳＮＰ遺伝子型は、表７および８（反復親の遺伝子型の下）にも列挙されている他の遺伝子型である。従って、例えば、野生型／遺伝的対照／対照（遺伝子移入断片を含まない）が示すＳＮＰ遺伝子型が「ＴＴ」（ｗｔ／ｗｔ）であるのに対して、ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片が示すＳＮＰ＿０１の遺伝子型は「ＣＴ」（ＱＴＬ２．１／ｗｔ）である。従って、ホモ接合型またはヘテロ接合型の遺伝子移入断片を含む植物または植物部分（例えば細胞）に言及する場合、遺伝子移入断片に連鎖するＳＮＰマーカーは対応するＳＮＰ遺伝子型を有するものと理解される。
【００９１】
従って、一つの態様では、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativusが提供され、遺伝子移入断片は、第２および第６染色体上の遺伝子移入断片を含まないキュウリ植物、すなわち、遺伝的対照または対照品種と比較して、同一条件下で生育させた場合に、キュウリ果実収量を増加させる。
【００９２】
キュウリの果実収量の増加は、同じ環境下で生育させた場合に、第２および第６染色体上の遺伝子移入断片を欠いている対照系統または品種（例えば、遺伝的対照）と比較した場合の、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で有する栽培キュウリ植物系統または品種における（統計的に）有意に高い植物当たりの平均果実数（ＦｒＰＰ）として、および／または、同じ環境下で生育させた場合に、遺伝子移入断片を欠いている遺伝的対照系統または品種と比較した場合の、遺伝子移入断片を有する植物系統または品種における有意に高い植物当たりの平均果実重量（ＧｒＰＰ）として、表現型として発現する。
【００９３】
果実収量（全平均ＦｒＰＰおよび／またはＧｒＰＰ）は、好ましくは、ＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を、同一条件下で生育させた場合に、対照、より好ましくは遺伝的対照におけるよりも少なくとも３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％高く含むキュウリ植物におけるものである。
【００９４】
従って、本発明の植物は、少なくとも１つまたは２つの組換え第２染色体（すなわちヘテロ接合型またはホモ接合型）および／または少なくとも１つまたは２つの組換え第６染色体（すなわちヘテロ接合型またはホモ接合型）を有する栽培キュウリのゲノムを含む。組換え染色体は、分子マーカー分析、全ゲノム配列決定、染色体塗抹（chromosome painting）および類似の技術によって、栽培キュウリゲノムと容易に区別されるキュウリの野生型近縁種の断片を含む。
【００９５】
一つの態様では、第２染色体上の遺伝子移入断片は、キュウリの野生近縁種由来であり、正の収量ＱＴＬ２．１またはその変異体を含み、染色体のヌクレオチド５，５０２，４６８から始まりヌクレオチド１０，８８２，４４０で終わる領域の全部または一部を含む。従って、遺伝子移入断片は、表７に示されるように、収量ＱＴＬ２．１またはその変異体、ならびに１つもしくはそれ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６）のＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６から選択されるキュウリの野生近縁種のＳＮＰマーカーを含む。
【００９６】
一つの態様では、第６染色体上の遺伝子移入断片は、キュウリの野生近縁種由来であり、正の収量ＱＴＬ６．１またはその変異体を含み、染色体のヌクレオチド２５，５１９，９６４から始まりヌクレオチド２８，３００，９１３で終わる領域の全部または一部を含む。従って、遺伝子移入断片は、収量ＱＴＬ６．１またはその変異体、ならびに１つ以上のまたは全て（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４）のＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０から選択されるキュウリの野生近縁種のＳＮＰマーカーを含む。
【００９７】
一つの態様では、植物または植物細胞または植物組織のゲノム中（またはそれらから抽出されたＤＮＡ中）第２または第６染色体上の遺伝子移入断片の存在は、遺伝子移入断片の１つまたは複数の分子マーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。しかしながら、上述したように、他の技術を使用することも可能であり、例えば、マーカーのＳＮＰ遺伝子型は、配列決定によって、または本明細書において提供されるＳＮＰマーカーの間、または本明細書で提供されるマーカーの７ｃＭ以内もしくは５ｃＭ以内、または本明細書で提供されるマーカーの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂもしくはそれ未満の範囲内に位置する他のマーカーを用いることによって決定され得る。
【００９８】
本明細書において、分子マーカーアッセイによって「検出可能」な１つ以上の分子マーカーに言及する場合、植物または植物部分がそのゲノム中に１つ以上のマーカーを含むことを意味し、そうでなければ検出可能ではない。
【００９９】
第２染色体上の遺伝子移入断片（収量ＱＴＬ２．１）を含むキュウリ植物
ＱＴＬ２．１は、配列番号１（またはその変異体）のＳＮＰ＿０１と配列番号２６のＳＮＰ＿２６（またはその変異体）との間の領域に位置する。
【０１００】
従って、一つの態様では、第２染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｃ）配列番号３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｄ）配列番号４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｆ）配列番号６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｉ）配列番号９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｋ）配列番号１１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＧＧまたはＡＧ遺伝子型；
ｌ）配列番号１２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
ｍ）配列番号１３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｎ）配列番号１４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｏ）配列番号１５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｐ）配列番号１６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｑ）配列番号１７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｒ）配列番号１８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｓ）配列番号１９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｔ）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｕ）配列番号２１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｖ）配列番号２２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
ｗ）配列番号２３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｘ）配列番号２４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
ｙ）配列番号２５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｚ）配列番号２６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ａａ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２６との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５または２６個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である（すなわち、植物が１つ以上の分子マーカーを含む）。
【０１０１】
上述したように、変異体配列中のＳＮＰに言及する場合、その変異体配列は、言及される配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する。
【０１０２】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５または２６個のマーカーは、マーカーａ）〜ｚ）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５または２６個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１０３】
上述したように、当業者であれば、他の分子マーカー、例えば、マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２６との間、および／またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６のいずれか１つの７ｃＭまたは５ｃＭ以内、および／またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６のいずれか１つの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂまたはそれ未満のキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーを作出することができる。このようなマーカーは、連続したヌクレオチド、ＣＡＰＳマーカー、ＩＮＤＥＬ等であってもよい。当業者は、例えば、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に見いだされる遺伝子移入断片の配列を決定し、その配列情報を使用して新しいマーカーおよびマーカーアッセイを開発することができる。
【０１０４】
別の態様では、ＱＴＬ２．１は、配列番号１（またはその変異体）のＳＮＰ＿０１と配列番号１０（またはその変異体）のＳＮＰ＿１０との間の領域に位置する。
【０１０５】
従って、別の態様では、第２染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｃ）配列番号３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｄ）配列番号４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｆ）配列番号６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｉ）配列番号９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｋ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１０６】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９または１０個のマーカーは、マーカーａ）〜ｊ）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９または１０個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１０７】
さらに別の態様では、ＱＴＬ２．１は、配列番号１０（またはその変異体）のＳＮＰ＿１０と配列番号２０（またはその変異体）のＳＮＰ＿２０との間の領域に位置する。
【０１０８】
従って、別の態様では、第２染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
１）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
２）配列番号１１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＧＧまたはＡＧ遺伝子型；
３）配列番号１２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
４）配列番号１３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
５）配列番号１４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
６）配列番号１５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
７）配列番号１６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
８）配列番号１７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
９）配列番号１８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＧＧまたはＧＡ遺伝子型。
１０）配列番号１９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
１１）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
１２）マーカーＳＮＰ＿１０とＳＮＰ＿２０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０または１１個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１０９】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０または１１個のマーカーは、マーカー１）〜１１）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０または１１のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１１０】
別の態様では、ＱＴＬ２．１は、配列番号２０（またはその変異体）のＳＮＰ＿２０と配列番号２６（またはその変異体）のＳＮＰ＿２６との間の領域に位置する。
【０１１１】
従って、さらなる態様では、第２染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
１）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
２）配列番号２１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
３）配列番号２２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
４）配列番号２３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
５）配列番号２４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
６）配列番号２５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
７）配列番号２６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
８）マーカーＳＮＰ＿２０とＳＮＰ＿２６との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７または８個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１１２】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７または８の個のマーカーは、マーカー１）〜７）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７または８個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１１３】
さらに別の態様では、ＱＴＬ２．１は、配列番号０６（またはその変異体）のＳＮＰ＿０６と配列番号２３（またはその変異体）のＳＮＰ＿２３との間の領域に位置する。
【０１１４】
従って、別の実施形態では、第２染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
１）配列番号６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
２）配列番号７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
３）配列番号８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
４）配列番号９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
５）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
６）配列番号１１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＧＧまたはＡＧ遺伝子型；
７）配列番号１２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
８）配列番号１３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
９）配列番号１４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
１０）配列番号１５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
１１）配列番号１６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
１２）配列番号１７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
１３）配列番号１８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
１４）配列番号１９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
１５）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
１６）配列番号２１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
１７）配列番号２２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
１８）配列番号２３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
１９）マーカーＳＮＰ＿０６とＳＮＰ＿２３との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１１５】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のマーカーは、マーカー１）〜１８）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１１６】
従って、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片は、大きい（ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６を含む）か、またはより小さく、マーカーを含まなくてもよいが、栽培キュウリ植物の収量を増大させることができ、すなわち、依然として収量対立遺伝子（ＱＴＬ２．１または変異体）を含む。そのようなより小さい遺伝子移入断片は、本発明の一実施形態である。改善された収率を依然として与える（すなわち、収量対立遺伝子を含む）、より小さい遺伝子移入断片を有する植物は、精細マッピングまたは類似の技術等の既知の技術を用いて作出することができる。例えば、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に存在する遺伝子移入断片を含む植物から出発し、そのような植物を別の栽培キュウリ植物と交雑させ、該交雑の後代を同系交雑および／または後代を戻し交雑して、第２染色体上のより小さい遺伝子移入断片を有する組換え体含む植物集団を産生し、該断片は、遺伝子移入断片を含まない植物（遺伝的対照等、例えば、ＮＣＩＭＢ４２３４５として寄託されている種子から生育される植物）、例えば、マーカーＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿１０（またはより小さい、例えば、９、８、７、６、５、４、３、２または１個のＳＮＰマーカーを含む）、ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０（またはより小さい、例えば、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１個のＳＮＰマーカーを含む）またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３（またはより小さい、例えば、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１個のＳＮＰマーカーを含む）の野生近縁種の遺伝子型を含む断片を含まない植物と比較して収量を増大させる。マーカーアッセイは、組換え体を選択し、より小さい遺伝子移入断片の大きさを決定するために用いることができる。１つ以上のＳＮＰマーカーまたは野生近縁種の遺伝子型を含まなくてもよい。次いで、栽培キュウリの遺伝子型がＳＮＰマーカーについて検出される。このようなより小さい遺伝子移入断片を含む植物の収量は、本明細書に記載の収量試験、すなわち、遺伝子移入断片を含まない適切な対照植物とともに野外試験においてより小さい遺伝子移入断片を含む複数の植物を生育させることにより比較することができる。対照植物は、好ましくはＮＣＩＭＢ４２３４５等の遺伝的対照である。平均収量が対照より有意に高いままであれば、より小さい遺伝子移入断片はＱＴＬ２．１を保持している。
【０１１７】
あるいは、同じまたは変異体ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１または変異体ＱＴＬ２．１）は、異なる野生近縁種キュウリから移入されてもよく、それによって、本明細書に開示されるすべてのＳＮＰマーカーが任意に存在するわけではない。このような代替的な野生近縁種キュウリ資源は、マーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６、またはマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３、またはこれらのマーカーのより小さなサブグループ（例えば、２，３、４、５、６、７、８またはそれよりも多く）の遺伝子型を検出するためのマーカーアッセイを用いて、野生近縁種キュウリの遺伝子源（すなわち、その寄託物）をスクリーニングすることにより、本発明で提供されるＳＮＰマーカーを使用して同定することができる。他の供給源に由来する同じまたは変異体ＱＴＬ２．１を有する植物も、本発明の一実施形態である。ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３のＳＮＰの少なくとも１つ以上（または全て）が存在する限り、植物は収量増加遺伝子型を有し、すなわち植物はＱＴＬ２．１（またはその変異体）を含む。次いで、当業者は、本明細書に記載されているように果実収量を増強するために、また、栽培キュウリに存在する場合にＱＴＬが収量を増強することを確認するために、ＱＴＬ２．１（またはその変異体）を栽培キュウリに移入することができる。例えば、ＱＴＬ２．１は特定の育種系統または品種に移入され、遺伝子移入なしの系統または品種は、収量試験における遺伝的対照として使用することができる。
【０１１８】
上述したように、一つの実施形態では、本発明の栽培キュウリ植物は、少なくともキュウリの野生近縁種の遺伝子型を有するＳＮＰマーカーのサブセット、すなわちＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、またはＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、またはＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３の少なくとも１、２、３、４または５個のマーカーを含む遺伝子移入断片を含む。一つの態様では、栽培キュウリ植物は、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０、またはＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０、またはＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３の全て、または１つまたは２つを除く全てのマーカーを含む。
【０１１９】
従って、一つの態様では、量的形質遺伝子座（ＱＴＬ２．１）が野生近縁種キュウリの第２染色体上に存在することが見出され、これは、栽培キュウリ品種または育種系統に導入（移入）され、ヘテロ接合型またはホモ接合型で存在する場合、栽培キュウリ植物の果実収量を有意に増加させる。従って、ＱＴＬまたはＱＴＬ（収量対立遺伝子を含む）を含む遺伝子移入断片は優性遺伝子あり、すなわち、第２染色体の１つの上に遺伝子移入断片を有すること（１つの組換え第２染色体）で十分であるが、対の第２相同染色体は、遺伝子移入断片を欠いている、栽培C. sativus var. sativusの（組換えされていない）第２染色体であり得る。
【０１２０】
収量ＱＴＬの現在の供給源は単一の特定の野生株であるが、第２染色体上の同じ遺伝子座にＱＴＬ２．１を含む他の野生近縁種のCucumis群が存在する可能性が高い。このような遺伝子座は、わずかに異なるヌクレオチド配列を有する収量対立遺伝子、すなわち本明細書に記載されている対立遺伝子（ＱＴＬ）の変異型を含み得る。このような変異型ＱＴＬは、本明細書に記載されているように、同定され、栽培キュウリに遺伝子移入されて、栽培C. sativus var. sativusのゲノムおよび組換え第２染色体を含む栽培キュウリ植物を産生することもでき、それによって、組換え第２染色体は、ホモ接合型またはヘテロ接合型で存在する場合に、栽培キュウリ植物に増強された収量表現型を付与する野生近縁種のCucumis sativus種の遺伝子移入断片を含む。ＱＴＬ２．１を含むそのような野生近縁種を同定するために、マーカーアッセイにより、または配列比較もしくは他の方法によって、本明細書により提供される１つ以上のＳＮＰマーカーの存在に関して、野生群をスクリーニングすることができる。推定収量ＱＴＬ（または変異型ＱＴＬ）は、次いで、例えば、ＭＡＳを用いることにより、すなわち、本明細書により提供される１つ以上（またはすべて）のＳＮＰマーカーを使用して組換え第２染色体を含む後代植物（例えば、戻し交配植物）を検出および／または選択することにより、栽培されたキュウリに移入され得る。選択された植物、すなわち組換え第２染色体を有し、第２染色体上の遺伝子移入断片はＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６の１つ以上のＳＮＰマーカー、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０の１つ以上のＳＮＰマーカー、ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０の１つ以上のＳＮＰマーカー、ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６の１つ以上のＳＮＰマーカー、または、ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３の１つ以上のＳＮＰマーカー（本明細書の他の箇所に記載されている）によって検出可能であり、従って、遺伝子移入断片が有意な収量増加を実際にもたらすかどうかを決定するために、適切な対照植物、好ましくは少なくとも遺伝的対照と共に収量試験を行うことにより、表現型解析することができる。
【０１２１】
キュウリの野生近縁種の群は、USDA National Plant Germplasm Systemコレクションまたは他の種子コレクションから得ることができ、従って、例えば、本明細書に記載のマーカーアッセイを使用して、ＱＴＬ２．１の存在についてスクリーニングすることができ、１つ以上のＳＮＰマーカー（例えば、ＱＴＬ２．１を示す少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５または２６すべてのＳＮＰマーカー）を含む群は、通常の野生型非組換え第２染色体を有する栽培キュウリ植物と交配することができる。Ｆ１またはＦ２世代（またはＦ３または戻し交配世代などのさらなる世代）について、本明細書に記載される分子マーカーアッセイを用いて、遺伝子移入断片を含む組み換え植物、またはその収量増加部分をスクリーニングすることができる。
【０１２２】
一つの態様では、遺伝子移入断片は、インドキュウリグループに属し、ユーラシアキュウリグループの第２染色体に導入された野生近縁種キュウリ由来であり、それにより、収量ＱＴＬ２．１または変異体を含む栽培キュウリ植物が作出される。従って、一つの実施形態では、収量ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片は、インドキュウリグループに属するキュウリの野生近縁種に由来する（または誘導される）か、またはそれから得ることができる（またはそこから得られる、または存在する）。
【０１２３】
特定の実施形態では、収量ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片は、種子から誘導可能であり（または種子に由来し）、または種子から入手可能であり（または種子から得られるか、もしくは種子中に存在する）、その代表的な試料は、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託されており、またはその後代から得られる。後代は、記載されているように、ＱＴＬを示す（および連鎖している）１つ以上（またはすべて）のＳＮＰマーカーを保持する任意の後代であり得る。従って、後代は、寄託物のＦ１またはＦ２後代に限定されず、同系交配および／または他のキュウリ植物との交配によって得られたものであっても、いずれの後代であってもよい。
【０１２４】
一つの実施形態では、遺伝子移入断片は、本明細書の他の箇所に記載されている１つ以上のマーカー、特に第２染色体上の遺伝子移入断片についてはマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６、またはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０から選択されるか、またはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０から選択されるか、またはＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６から選択されるか、またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３から選択される１つ以上のマーカー等のマーカーのサブセットによって同定することができる。一つの態様では、本発明は、増加した果実収量を含む栽培（栽培化した）キュウリのゲノムを有する栽培キュウリ植物を提供し、増加した果実収量は、栽培キュウリの第２染色体上の遺伝子移入断片によって付与され、遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはこの植物の後代（ＱＴＬに連鎖した、本明細書に開示された１つ以上のマーカーを含む）から栽培された植物を栽培キュウリ植物と交配させることによって得られる。従って、一つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、ＮＣＩＭＢ４２５４５（ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６について野生近縁種の遺伝子型を有する）に存在するのと同じ遺伝子移入断片および組換え第２染色体を含むか、または、当該遺伝子移入断片り短い断片を含み、それにより該より短い断片が果実収量を増大させる遺伝的要素（ＱＴＬ２．１）を保持する。
【０１２５】
従って、一つの実施形態では、本発明は、第２染色体上にキュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む本発明の植物、すなわち、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物であって、遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子「のもの」であり、「と同一」であり、「のものと同一」であり、またはそのより短い断片であるが、ＱＴＬ２．１が存在することにより依然として果実収量の増大を付与する。
【０１２６】
さらに別の実施形態では、本発明は、第２染色体上にキュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む本発明の植物、すなわち、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物であって、番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に見出される遺伝子移入断片の変異体であり、すなわち、収量ＱＴＬ２．１を含むが、ゲノム配列は異なっていてもよい。野生群は遺伝子的に異なるので、他の野生近縁種に由来するＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片のゲノム配列は、ＮＣＩＭＢ４２２６２に移入されたゲノム配列と同一でない可能性が高く、収量付与遺伝子（プロモーター、イントロンおよびエキソンを含む）は、ヌクレオチド配列は相違し得るが、その機能は同じであり、すなわち、果物収量を増加させる。相違は、ＱＴＬ２．１に連鎖した特定のＳＮＰマーカーが種々の群で共通して見出され、他のＳＮＰマーカーは特定の群でのみ見出され得ることに見られる。従って、例えば、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６のすべてが、他の野生キュウリ植物またはキュウリの野生近縁種に見出されるわけではない。しかし、収量を増加させるＱＴＬ２．１（例えば、収量対立遺伝子の変異体またはオーソロガスを含む）は、そのような野生群に依然として存在し得る。当業者は、例えば、ＳＮＰマーカーまたはそのサブセットを含む野生近縁種を検出し、それらのＳＮＰマーカー（またはサブセット）を栽培キュウリ系統または品種に導入し、ＳＮＰマーカー（またはサブセット）を含まない、すなわち遺伝子移入断片を含まない系統または品種との比較における栽培系統または品種の果実収量を評価することによって、他のキュウリの野生近縁種に見出される領域を含むＱＴＬ２．１を同定し、栽培キュウリに移入することができる。
【０１２７】
一つの実施形態では、ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片、または第２染色体領域（または変異型もしくは第２相同染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｃ）配列番号３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｄ）配列番号４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｆ）配列番号６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｈ）配列番号８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｉ）配列番号９の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９（またはその変異体）のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｊ）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｋ）配列番号１１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＧＧまたはＡＧ遺伝子型；
ｌ）配列番号１２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
ｍ）配列番号１３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｎ）配列番号１４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｏ）配列番号１５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｐ）配列番号１６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｑ）配列番号１７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｒ）配列番号１８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｓ）配列番号１９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｔ）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｕ）配列番号２１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｖ）配列番号２２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
ｗ）配列番号２３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｘ）配列番号２４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＧまたはＧＴ遺伝子型；
ｙ）配列番号２５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｚ）配列番号２６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ａａ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２６との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５個またはそれよりも多く（または２６個すべて）の一塩基多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である。
【０１２８】
一つの態様では、検出される前記少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５または２６個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１２９】
従って、一つの実施形態では、本発明による植物は、配列番号１の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０１と称する）、または配列番号１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含み（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号２の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０２と称する）、または配列番号２と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）、（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号３の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０３と称する）、または配列番号３と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号４の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０４と称する）、または配列番号４と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号５の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０５と称する）、または配列番号５と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号６の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０６と称する）、または配列番号６と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含み（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号７の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０７と称する）、または配列番号７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含み（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号８の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０８と称する）、または配列番号８と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号９の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿０９と称する）、または配列番号９と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＧ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号１０の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１０と称する）、または配列番号１０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＧ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号１１の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１１と称する）、または配列番号１１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（ＴＧを含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（すなわち、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号１２の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１２と称する）、または配列番号１２と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＴ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号１３の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１３と称する）、または配列番号１３と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含み（すなわちＣＣまたはＣＡ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号１４の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１４と称する）、または配列番号１４と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号１５の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１５と称する）、または配列番号１５と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含み（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号１６の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１６と称する）、または配列番号１６と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＣ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号１７の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１７と称する）、または配列番号１７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（すなわち、表７に示される第２染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号１８の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１８と称する）、または配列番号１８と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表７に示す第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号１９の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿１９と称する）、または配列番号１９と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号２０の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２０と称する）、または配列番号２０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２１の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２１と称する）、または配列番号２１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２２の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２２と称する）、または配列番号２２と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＴ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２３の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２３と称する）、または配列番号２３と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＧ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号２４の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２４と称する）、または配列番号２４と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＴ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２５の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２５と称する）、または配列番号２５と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２６の第２５１ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２６と称する）、または配列番号２６と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含む（すなわちＣＣまたはＣＡ遺伝子型）（換言すれば、表７に示される第２染色体の物理的位置にシトシンが存在する）。
【０１３０】
さらなる一つの実施形態では、ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片、または第２染色体領域（または第２染色体領域の変異体もしくはオーソロガス）の存在は、ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０またはＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間に物理的に位置するキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーのいずれか；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０またはＳＮＰ＿１０とＳＮＰ＿２０との間に物理的に位置するキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーのいずれか；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６またはＳＮＰ＿２０とＳＮＰ＿２６との間に物理的に位置するキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーのいずれか；またはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３またはＳＮＰ＿０６とＳＮＰ＿２３との間に物理的に位置するキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーのいずれかからなる少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８個またはそれより多くの単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）マーカーのサブグループを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である。
【０１３１】
ＳＮＰ遺伝子型は２つのヌクレオチドを意味し、これら２つのヌクレオチドのうちの１つを各第２染色体に含むゲノム配列を意味する。従って、ＳＮＰ＿０１についてＣＣ遺伝子型を有する植物は、両方の染色体上に同一のヌクレオチド（Ｃ）を有し、それに対して、ＳＮＰ＿０１についてＣＴ遺伝子型を有する植物は、配列番号１の第７５ヌクレオチド（または配列番号１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＣを有する１つの染色体を有し、配列番号１の第７５ヌクレオチド（または配列番号１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＴを有する１つの染色体を有し、遺伝子移入断片についてヘテロ接合型である。本明細書で提供されるＳＮＰマーカーの周辺のゲノム配列は、他のキュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片（すなわち第２染色体の変異体またはオーソロガス）においてわずかに変化し得るので、ＳＮＰの前後のヌクレオチド配列は、本明細書で提供される配列と１００％同一でない場合があることは明らかである。従って、本明細書で提供される配列と実質的な配列同一性を有する配列（定義された全長にわたって整列した場合）であって、同じＳＮＰ遺伝子型を含む配列は本明細書に包含される。
【０１３２】
一つの態様において、１つ以上の上記マーカーにより検出可能な、ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１または変異体）を含む遺伝子移入断片、または第２染色体領域（または第２染色体領域の変異体もしくはオーソロガス）は、キュウリの野生近縁種由来であり、一つの態様では、野生近縁種はインドキュウリグループのメンバーである。一つの態様では、それは、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中の第２染色体上に見られるのと同じ遺伝子移入断片、またはＱＴＬを保持するより小さい断片である。ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６は、約５．４Ｍｂの領域に広がっている。一つの態様において、第２染色体の遺伝子移入断片は、大きさが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ以下、より好ましくは６Ｍｂ、５Ｍｂ、４Ｍｂ、５Ｍｂ、３Ｍｂまたは２．５Ｍｂ以下の大きさであり、例えば２Ｍｂ以下である。一つの態様では、遺伝子移入断片は、少なくとも０．２Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１．０Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１．９Ｍｂ、２．０Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２．７Ｍｂまたは３Ｍｂの大きさである。従って、１０Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂを超え、６Ｍｂまたは５．５Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂ、０．５ＭＢまたは１Ｍｂを超える等の断片であって、ＱＴＬ２．１およびＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６のＳＮＰマーカー、またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６もしくはＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ２３のサブグループのＳＮＰマーカーを保持する様々な範囲の大きさの遺伝子移入断片が本明細書に包含される。遺伝子移入断片の大きさは、例えば、全ゲノム配列決定、または、例えば、Qi et al. 2013（上記）もしくはHuang et al. 2009（上記）に記載されているような、次世代配列決定により容易に決定することができる。特に、遺伝子移入領域は、遺伝子移入領域におけるより大きな遺伝子変異（ＳＮＰ、ＩＮＤＥＬなど）により、培養されたゲノム領域と容易に区別することができる。
【０１３３】
寄託された種子（ＮＣＩＭＢ４２５４５）の第２染色体上に存在する遺伝子移入断片を得るため、すなわちＱＴＬを含む遺伝子移入断片を別の栽培キュウリ植物に移入するために、植物を種子から栽培し、該植物を栽培キュウリ植物と交配させＦ１交配種子を得る。ＮＣＩＭＢ４２５４５は２つの組み換え第２染色体（ＱＴＬ２．１をホモ接合型で含む遺伝子移入断片を含む）を含むことから、それらから栽培されたＦ１種子および植物は全てＮＣＩＭＢ４２５４５植物由来の１つの組み換え第２染色体と、他の栽培親由来の１つの非組み換え第２染色体とを含む。さらに自家交雑および／または交雑および／または戻し交雑をすることによって、ＱＴＬ２．１を任意のキュウリ育種系統または品種に導入することができる。従って、従来の育種によって、ＮＣＩＭＢ４２５４５由来の組換え第２染色体を他の栽培キュウリ系統または品種に導入することができる。ＱＴＬ２．１を含む後代植物は、上述した１つ以上のＳＮＰマーカーの存在によりスクリーニングおよび選択することができる。
【０１３４】
より短い遺伝子移入断片、例えばＮＣＩＭＢ４２５４５に存在する断片のサブ断片を作出するために、減数分裂が起こる必要があり、組換え第２染色体を含む植物、特に遺伝子移入断片内の新しい減数分裂組換え事象を同定する必要がある。例えば、ＮＣＩＭＢ４２５４５の種子は、Ｆ１、Ｆ２またはＦ３植物（またはさらなる同系世代）を産生するために１回以上同系交配され得、かつ／または組換え第２染色体を含むＦ１、Ｆ２またはＦ３植物等は、栽培された親に戻し交雑され得る。組換え第２染色体を含む植物は、より小さい遺伝子移入断片を含む植物を同定するために、上述した１つ以上のＳＮＰマーカーの存在によりスクリーニングおよび選択することができる。次いで、そのような新規組換え体を、より小さい遺伝子移入断片上のＱＴＬ２．１の存在について、遺伝子移入断片を含まない（遺伝的）対照と比較して平均果実収量を決定することによって試験することができる。
【０１３５】
同様に、ＱＴＬ２．１（またはその変異型）を含む栽培キュウリ植物は、異なる方法を用いて産生および／または同定することができる。例えば、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を得るために、まず、本明細書で開示するＱＴＬ２．１に連鎖する１つ以上のＳＮＰマーカー、例えば、本明細書で記載する任意の１つ以上、またはすべてのマーカーを含むキュウリの野生近縁種が同定される。同定された植物を栽培キュウリ植物と交配してＦ１種子を得る。Ｆ１は、Ｆ２、Ｆ３等の植物を産生するために同系交配することができ、かつ／またはＦ２植物またはＦ３植物等は、栽培されたキュウリの親に戻し交配することができる。ＱＴＬ２．１（またはその変異型）を含む植物は、上記のＳＮＰマーカーの１つ以上の存在によってスクリーニングされ、および／もしくは選択され、かつ／または最初の栽培された親（遺伝子移入を欠いている）と比較して収量表現型の増加によってスクリーニングされ、および／もしくは選択される。あるいはまたはさらに、ＱＴＬ２．１（またはその変異型）に連鎖したさらなる分子マーカーを同定し、かつ／または有意な収量増加をもたらす第２染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を産生するために、ＱＴＬマッピングまたはシークエンシングが行われる。
【０１３６】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片または第２染色体領域（または第２染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２６との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿２６の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿２６の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１３７】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿０２〜ＳＮＰ＿２５の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１３８】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片または第２染色体領域（または第２染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型ｐ；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿１０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１０の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０１またはＳＮＰ＿１０の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１３９】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿０２〜ＳＮＰ＿０９の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１４０】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片または第２染色体領域（または第２染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｂ）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿１０とＳＮＰ＿２０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿１０またはＳＮＰ＿２０の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿１０またはＳＮＰ＿２０の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１４１】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿１１〜ＳＮＰ＿１９の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１４２】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片または第２染色体領域（または第２染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号２６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿２０とＳＮＰ＿２６との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿２０またはＳＮＰ＿２６の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿２０またはＳＮＰ＿２６の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１４３】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿２１〜ＳＮＰ＿２５の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１４４】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片または第２染色体領域（または第２染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号０６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｂ）配列番号２３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＴＴまたはＴＧ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿０６とＳＮＰ＿２３との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿０６またはＳＮＰ＿２３の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿０６またはＳＮＰ＿２３の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任にの野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１４５】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿０７〜ＳＮＰ＿２２の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１４６】
２つのマーカーの間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカーは、２つのマーカーの間の第２染色体領域に遺伝的にマッピングし、および／または２つのマーカーの間に物理的に存在する任意の分子マーカーを意味し、野生近縁種キュウリの第２染色体領域を示すものである。これは、栽培キュウリのゲノムと野生近縁種キュウリのゲノムとの間でマーカーが多型であることを意味する。一つの態様では、マーカーは単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）であるが、ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＩＮＤＥＬ、ＤＮＡ配列決定等の他の分子マーカーも同様に使用することができる。
【０１４７】
本発明の植物における遺伝子移入断片は、一つの態様において、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に存在する第２染色体の断片、またはＱＴＬを保持するその断片のより小さいもの（例えば、遺伝子移入断片内での組換えによって生成される）である。
【０１４８】
遺伝子移入断片は、一つの態様では、大きさが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ、５．４Ｍｂ、５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１Ｍｂ以下である。さらなる態様において、遺伝子移入断片は、少なくとも０．５Ｍｂまたは少なくとも１Ｍｂのサイズである。
【０１４９】
また、本発明の植物が収穫することができる植物、本発明の植物から収穫され、ゲノム中に組換え第２染色体を含むキュウリ果実も同様に提供される。同様に、植物の細胞、組織、または植物もしくは種子の植物部分が提供され、前記組換え第２染色体は、野生近縁種キュウリの遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片は、果実収量の有意な増加を付与する対立遺伝子を含む。
【０１５０】
第６染色体上の遺伝子移入断片（収量ＱＴＬ６．１）を含むキュウリ植物
ＱＴＬ６．１は、配列番号２７（またはその変異体）のＳＮＰ＿２７と配列番号４０のＳＮＰ＿４０（またはその変異体）との間の領域に位置する。
【０１５１】
従って、一つの態様では、第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号２７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号２８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｃ）配列番号２９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｄ）配列番号３０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号３１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｆ）配列番号３２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３２のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｈ）配列番号３４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｉ）配列番号３５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｊ）配列番号３６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｋ）配列番号３７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３７のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｌ）配列番号３８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｍ）配列番号３９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３９のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｎ）配列番号４０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿４０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｏ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である（すなわち、植物が１つ以上の分子マーカーを含む）。
【０１５２】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個のマーカーは、マーカーａ）〜ｎ）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１５３】
別の態様では、ＱＴＬ６．１は、配列番号２７（またはその変異体）のＳＮＰ＿２７と配列番号３３（またはその変異体）のＳＮＰ＿３３との間の領域に位置している。
【０１５４】
従って、一つの態様では、第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子乳断片が、
ａ）配列番号２７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号２８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｃ）配列番号２９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｄ）配列番号３０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号３１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｆ）配列番号３２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３２のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｈ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿３３との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６または７個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である（すなわち、植物が１つ以上の分子マーカーを含む）。
【０１５５】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６または７個のマーカーは、マーカーａ）〜ｇ）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６または７個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１５６】
別の態様では、ＱＴＬ６．１は、配列番号３３（またはその変異体）のＳＮＰ＿３３と配列番号４０（またはその変異体）のＳＮＰ＿４０との間の領域に位置する。
【０１５７】
従って、一つの態様では、第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号３４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｃ）配列番号３５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｄ）配列番号３６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号３７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３７のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｆ）配列番号３８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｇ）配列番号３９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３９のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｈ）配列番号４０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿４０のＴＴ又はＴＣ遺伝子型；
ｉ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７または８個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である（すなわち、植物が１つ以上の分子マーカーを含む）。
【０１５８】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７または８個のマーカーは、マーカーａ）〜ｈ）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７または８個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１５９】
別の実施形態では、ＱＴＬ６．１は、配列番号２９（またはその変異体）のＳＮＰ＿２９と配列番号３８（またはその変異体）のＳＮＰ＿３８との間の領域に位置する。
【０１６０】
従って、一つの態様では、第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む栽培Cucumis sativus var. sativus植物が提供され、遺伝子移入断片はキュウリ果実収量を増加させ（遺伝子移入断片を含まない植物、例えば遺伝的対照と比較して）、遺伝子移入断片が、
ａ）配列番号２９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＣまたはＣＡ遺伝子型。
ｂ）配列番号３０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型。
ｃ）配列番号３１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型。
ｄ）配列番号３２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３２のＣＣまたはＣＴ遺伝子型。
ｅ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型。
ｆ）配列番号３４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型。
ｇ）配列番号３５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型。
ｈ）配列番号３６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型。
ｉ）配列番号３７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３７のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｊ）配列番号３８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型。
ｋ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２または３つ、または少なくとも４、５、６、７、８または９個のマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である（すなわち、植物が１つ以上の分子マーカーを含む）。
【０１６１】
一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８または９個のマーカーは、マーカーａ）〜ｊ）からなる群から選択される。一つの態様では、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８または９つのマーカーは連続的なマーカーである。
【０１６２】
ＱＴＬ６．１は、特に低温生育条件下で果実収量を増大させるので、最低温度が低い、例えば摂氏１０°以下（摂氏９、８、７、６、５または４℃以下等）の環境条件下で一定期間（しかしながら、凍結損傷が生じることから凍結は回避される）で生育され得るキュウリ植物系統および品種において特に有利である。従って、一つの態様では、ＱＴＬ６．１を含む本発明の栽培キュウリ植物の果実収量は、南ヨーロッパ諸国の秋／冬期間や北ヨーロッパ諸国の春期等の、最低温度（例えば夜間）が摂氏１０℃以下である環境条件下で植物を栽培する場合に、対照と比較して増加する。
【０１６３】
上述したように、当業者であれば、他の分子マーカー、例えば、マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間、および／またはＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０のいずれか１つの７ｃＭまたは５ｃＭ以内、および／またはＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０のいずれか１つの５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂ、０．４Ｍｂ、０．３Ｍｂ、０．２Ｍｂ、０．１Ｍｂ、５０ｋｂ、２０ｋｂ、１０ｋｂ、５ｋｂまたはそれ未満の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカーを作出することができる。このようなマーカーは、連続したヌクレオチド、ＣＡＰＳマーカー、ＩＮＤＥＬ等であってもよい。当業者は、例えば、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に見いだされる遺伝子移入断片の配列を決定し、その配列情報を使用して新しいマーカーおよびマーカーアッセイを開発することができる。
【０１６４】
ＱＴＬ６．１（または変異体）を含む遺伝子移入断片は、本明細書に開示される全てのＳＮＰマーカーを含み得るか、またはそれより小さくて、遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカー（栽培キュウリのＳＮＰ遺伝子型を有する）を含まないが、収量対立遺伝子（ＱＴＬ６．１または変異体）を依然として含み得る。そのようなより小さい遺伝子移入断片は、本発明の一実施形態である。改善された収率を依然として与える（すなわち、収量対立遺伝子を含む）、より小さい遺伝子移入断片を有する植物は、精細マッピングまたは類似の技術等の既知の技術を用いて作出することができる。例えば、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に存在する遺伝子移入断片を含む植物から出発し、このような植物を別の栽培キュウリ植物と交雑させ、該交雑の後代を同系交雑および／または後代を戻し交雑して、第６染色体上のより小さい遺伝子移入断片を有する組換え体を含む植物集団を産生し、該断片は、遺伝子移入断片を含まない植物（遺伝的対照等、例えば、ＮＣＩＭＢ４２３４５として寄託されている種子から生育される植物）、例えば、マーカーＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３（またはより小さい、例えば、６、５、４、３、２または１個のＳＮＰマーカーを含む）、ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０（またはより小さい、例えば、６、５、４、３、２または１個のＳＮＰマーカーを含む）、ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８（またはより小さい、例えば、９、８、７、６、５、４、３、２または１個のＳＮＰマーカーを含む）の野生近縁種の遺伝子型を含む断片を含まない植物と比較して収量を増大させる。マーカーアッセイは、組換え体を選択し、より小さい遺伝子移入断片の大きさを決定するために用いることができる。１つ以上のＳＮＰマーカーを含まなくてもよい。このようなより小さい遺伝子移入断片を含む植物の収量は、本明細書に記載の収量試験、すなわち、遺伝子移入断片を含まない適切な対照植物とともに野外試験においてより小さい遺伝子移入断片を含む植物を生育させることにより比較することができる。対照植物は、好ましくはＮＣＩＭＢ４２３４５等の遺伝的対照である。平均収量が対照より有意に高いままであれば、より小さい遺伝子移入断片はＱＴＬ６．１を保持している。
【０１６５】
あるいは、同じまたは変異体ＱＴＬ（ＱＴＬ６．１または変異体ＱＴＬ６．１）は、異なる野生近縁種キュウリから移入されてもよく、それによって、本明細書に開示されるすべてのＳＮＰマーカーが任意に存在するわけではない。そのような代替的な野生近縁種キュウリ資源は、マーカーＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０、またはマーカーＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３、ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０、ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８、またはこれらのマーカーのより小さなサブグループ（例えば、２、３、４、５、６またはそれよりも多く）の遺伝子型を検出するためのマーカーアッセイを用いて、野生近縁種キュウリの遺伝資源（すなわち、その寄託物）をスクリーニングすることにより、本発明で提供されるＳＮＰマーカーを使用して同定することができる。他の供給源に由来する同じまたは変異体ＱＴＬ６．１を有する植物も、本発明の一実施形態である。ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０のＳＮＰ、またはＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８のＳＮＰの少なくとも１つ以上（または全て）が存在する限り、植物は収量増加遺伝子型を有し、すなわち植物はＱＴＬ６．１（またはその変異体）を含む。次いで、当業者は、本明細書に記載されているように果実収量を増強するために、また、栽培キュウリに存在する場合にＱＴＬが収量を増強することを確認するために、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）を栽培キュウリに移入することができる。例えば、ＱＴＬ６．１は特定の育種系統または品種に移入され、遺伝子移入なしの系統または品種は、収量試験における遺伝的対照として使用することができる。
【０１６６】
上記のように、一つの実施形態では、本発明の栽培キュウリ植物は、少なくともキュウリの野生近縁種の遺伝子型を有するＳＮＰマーカーのサブセット、すなわちＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０、またはＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３、またはＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０、またはＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８の少なくとも１、２、３、４または５個のマーカーを含む遺伝子移入断片を含む。一つの態様では、栽培キュウリ植物は、ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０、またはＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３、またはＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０、またはＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８の全て、または１つまたは２つを除く全てのマーカーを含む。
【０１６７】
従って、遺伝子移入断片（および遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物または植物部分、例えば、細胞）は、マーカーアッセイにおいて、上述したマーカーの１つ以上または全ての遺伝子移入断片（すなわち、野生近縁種キュウリの遺伝資源）を検出することにより検出することができる。
【０１６８】
従って、一つの態様では、量的形質遺伝子座（ＱＴＬ６．１）が野生近縁種キュウリの第６染色体上に存在することが見出され、これは、栽培キュウリ品種または育種系統に導入（移入）され、ヘテロ接合型またはホモ接合型で存在する場合、栽培キュウリ植物の果実収量を有意に増加させる。従って、ＱＴＬまたはＱＴＬ（収量対立遺伝子を含む）を含む遺伝子移入断片は優性遺伝子であり、すなわち、第６染色体の１つの上に遺伝子移入断片を有すること（１つの組換え第６染色体）で十分であるが、対の第６相同染色体は、遺伝子移入を欠いている、栽培C. sativus var. sativusの（組換えされていない）第６染色体であり得る。
【０１６９】
収量ＱＴＬの現在の供給源は単一の特定の野生株であるが、第６染色体上の同じ遺伝子座にＱＴＬ６．１を含む他の野生近縁種のCucumis群が存在する可能性が高い。このような遺伝子座は、わずかに異なるヌクレオチド配列を有する収量対立遺伝子、すなわち本明細書に記載されている対立遺伝子（ＱＴＬ）の変異型を含み得る。このような変異体ＱＴＬは、本明細書に記載されているように、同定され、栽培キュウリに遺伝子移入されて、栽培C. sativus var. sativusのゲノムおよび組換え第６染色体を含む栽培キュウリ植物を産生することもでき、それによって、組換え第６染色体は、ホモ接合型またはヘテロ接合型で存在する場合に、栽培キュウリ植物に増強された収量表現型を付与する野生近縁種のCucumis sativus種の遺伝子移入断片を含む。ＱＴＬ６．１を含むそのような野生近縁種キュウリを同定するために、マーカーアッセイにより、または配列比較もしくは他の方法によって、本明細書により提供される１つ以上のＳＮＰマーカーの存在に関して、野生群をスクリーニングすることができる。推定収量ＱＴＬ（または変異型ＱＴＬ）は、次いで、例えば、ＭＡＳを用いることにより、すなわち、本明細書により提供される１つ以上（または全て）のＳＮＰマーカーを使用して組換え第６染色体を含む後代植物（例えば戻し交雑植物）を検出および／または選択することにより、栽培キュウリに移入され得る。選択された植物、すなわち第６染色体上の遺伝子移入断片を有し、第６染色体上の遺伝子移入断片はＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０の１つ以上のＳＮＰマーカー、またはＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３の１つ以上のＳＮＰマーカー、またはＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０の１つ以上のＳＮＰマーカー、またはＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８の１つ以上のＳＮＰマーカー（本明細書の他の箇所に記載されている）によって検出可能であり、従って、遺伝子移入断片が有意な収量増加を実際にもたらすかどうかを決定するために、適切なな対照植物、好ましくは少なくとも遺伝的対照と共に収量試験を行うことにより、表現型解析することができる。
【０１７０】
野生近縁種キュウリの群は、USDA National Plant Germplasm Systemコレクションまたは他の種子コレクションから得ることができ、従って、例えば、本明細書に記載のマーカーアッセイを使用して、ＱＴＬ６．１の存在についてスクリーニングすることができ、１つ以上のＳＮＰマーカー（例えば、ＱＴＬ６．１を示す少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個全てのＳＮＰマーカー）を含む群は、通常の野生型非組換え第６染色体を有する栽培キュウリ植物と交配することができる。Ｆ１またはＦ２世代（またはＦ３または戻し交雑世代などのさらなる世代）について、本明細書に記載される分子マーカーアッセイを用いて、遺伝子移入断片を有する組み換え植物、またはその収量増加部分をスクリーニングすることができる。
【０１７１】
一つの態様では、遺伝子移入断片は、インドキュウリグループに属し、ユーラシアキュウリグループの第６染色体に導入された野生近縁種キュウリ由来であり、それにより、収量ＱＴＬ６．１または変異体を含む栽培キュウリ植物が作出される。従って、一つの実施形態では、収量ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片は、インドキュウリグループに属するキュウリの野生近縁酢に由来する（または誘導される）か、またはそれから得ることができる（またはそこから得られる、または存在する）。
【０１７２】
特定の実施形態では、収量ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片は、種子から誘導可能であり（または種子に由来し）、または種子から入手可能であり（または種子から得られるか、もしくは種子中に存在する）、その代表的な試料は、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託されており、またはその後代から得られる。後代は、記載されているように、ＱＴＬを示す（および連鎖している）１つ以上（またはすべて）のＳＮＰマーカーを保持する任意の後代であり得る。従って、後代は、寄託物のＦ１またはＦ２後代に限定されず、同系交配および／または他のキュウリ植物との交配によって得られたものであっても、いずれの後代であってもよい。
【０１７３】
一つの実施形態では、遺伝子移入断片は、本明細書の他の箇所に記載されている１つ以上のマーカー、特に第６染色体上の遺伝子移入断片についてはマーカーＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０、またはＳＮＰマーカーＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３、またはＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０、またはＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８から選択されるマーカーの１つ以上のマーカー等のマーカーのサブセットによって同定することができる。一つの態様では、本発明は、増加した果実収量を含む栽培（栽培化した）キュウリのゲノムを有する栽培キュウリ植物を提供し、増加した果実収量は、栽培キュウリの第６染色体上の遺伝子移入断片によって付与され、遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはこの植物の後代（ＱＴＬに連鎖した、本明細書に開示された１つ以上のマーカーを含む）から栽培された植物を栽培キュウリ植物と交配させることによって得られる（または得ることができる）。従って、一つの態様では、本発明の栽培キュウリ植物は、ＮＣＩＭＢ４２５４５（ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０について野生近縁種キュウリの遺伝子型を含む）に存在するのと同じ遺伝子移入断片および同じ組換え第６染色体を含むか、または、当該遺伝子移入断片より短い断片を含み、それにより該より短い断片はが果物収量を増大させる遺伝的要素（ＱＴＬ６．１）を保持する。
【０１７４】
従って、一つの態様では、本発明は、第６染色体上にキュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む本発明の植物、すなわち、栽培Cucumis sativus var. sativus植物であって、遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子「のもの」であり、「と同一」であり、「のものと同一」であり、またはそのより短い断片であるが、ＱＴＬ６．１が存在することにより依然として果物収量の増大を付与する。
【０１７５】
さらに別の実施形態では、本発明は、第６染色体上にキュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む本発明の植物、すなわち、栽培されたCucumis sativus var. sativus植物であって、番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に見出される遺伝子移入断片の変異体であり、すなわち、収量ＱＴＬ６．１を含むが、ゲノム配列は異なっていてもよい。野生群は遺伝子的に異なるので、他の野生近縁種キュウリに由来するＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片のゲノム配列は、ＮＣＩＭＢ４２５４５に移入されたゲノム配列と同一ではない可能性が高く、収量付与遺伝子（プロモーター、イントロンおよびエキソンを含む）は、ヌクレオチド配列は相違し得るが、その機能は同じであり、すなわち、果物収量を増加される。相違は、ＱＴＬ６．１に連鎖した特定のＳＮＰマーカーが種々の群で共通して見出され、他のＳＮＰマーカーは特定の群でのみ見出され得ることに見られる。従って、例えば、ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０の全てが、他の野生近縁種キュウリに見出されるわけではない。しかしながら、収量を増加させるＱＴＬ６．１（例えば、収量対立遺伝子の変異体またはオルソロガスを含む）は、そのような野生群に依然として存在し得る。当業者は、例えば、ＳＮＰマーカーまたはそのサブセットを含む野生近縁種を検出し、それらのＳＮＰマーカー（またはサブセット）を栽培キュウリ系統または品種に導入し、ＳＮＰマーカー（またはサブセット）を含まない、すなわち遺伝子移入断片を含まない系統または品種との比較における栽培系統または品種の果実収量を評価することによって、他の野生近縁種キュウリに見出される領域を含むＱＴＬ６．１を同定し、栽培キュウリに移入することができる。
【０１７６】
一つの実施形態では、ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片、または第６染色体領域（または変異型もしくは第６相同染色体領域）の存在は、
ａ）配列番号２７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号２８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｃ）配列番号２９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｄ）配列番号３０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｅ）配列番号３１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｆ）配列番号３２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３２のＣＣまたはＣＴ遺伝子型；
ｇ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｈ）配列番号３４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｉ）配列番号３５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｊ）配列番号３６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｋ）配列番号３７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３７のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｌ）配列番号３８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｍ）配列番号３９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３９のＡＡまたはＡＣ遺伝子型；
ｎ）配列番号４０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿４０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｏ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３個またはそれよりも多く（または１４個全て）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である。
【０１７７】
一つの態様では、検出される前記少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つまたは３つ、または少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個のマーカーは連続的なマーカーである。
【０１７８】
従って、一つの実施形態では、本発明による植物は、配列番号２７の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２７と称する）、または配列番号２７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号２８の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２８と称する）、または配列番号２８と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号２９の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿２９と称する）、または配列番号２９と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含み（すなわちＣＣまたはＣＡ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号３０の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３０と称する）、または配列番号３０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号３１の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３１と称する）、または配列番号３１と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号３２の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３２と称する）、または配列番号３２と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのチミン（ＴＴ）の代わりに少なくとも１つのシトシン（Ｃ）を含み（すなわちＣＣまたはＣＴ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にシトシンが存在する）；
および／または配列番号３３の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３３と称する）、または配列番号３３と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわちＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号３４の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３４と称する）、または配列番号３４と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にチミンが存在する）；
および／または配列番号３５の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３５と称する）、または配列番号３５と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのアデニン（ＡＡ）の代わりに少なくとも１つのグアニン（Ｇ）を含み（すなわち、ＧＧまたはＧＡ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にグアニンが存在する）；
および／または配列番号３６の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３６と称する）、または配列番号３６と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＣ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号３７の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３７と称する）、または配列番号３７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号３８の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３８と称する）、または配列番号３８と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのグアニン（ＧＧ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＧ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号３９の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿３９と称する）、または配列番号３９と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのアデニン（Ａ）を含み（すなわちＡＡまたはＡＣ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にアデニンが存在する）；
および／または配列番号４０の第７５ヌクレオチド（ＳＮＰ＿４０と称する）、または配列番号４０と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチドに、２つのシトシン（ＣＣ）の代わりに少なくとも１つのチミン（Ｔ）を含み（すなわちＴＴまたはＴＣ遺伝子型）（換言すれば、表８に示される第６染色体の物理的位置にチミンが存在する）。
【０１７９】
さらなる一つの実施形態では、ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片、または第６染色体領域（または第６染色体の変異体もしくはオーソロガス）の存在は、ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３またはマーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿３３との間に物理的に位置するキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーのいずれか；ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０またはマーカーＳＮＰ＿３３とＳＮＰ＿４０との間に物理的に位置するキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーのいずれか；ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８またはマーカーＳＮＰ＿２９とＳＮＰ＿３８との間に物理的に位置するキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーのいずれかからなるサブグループの少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２、３、４、５、６個またはそれよりも多い単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）マーカーを検出する分子マーカーアッセイにより検出可能である。
【０１８０】
ＳＮＰ遺伝子型は２つのヌクレオチドを意味し、これら２つのヌクレオチドのうちの１つを各第６染色体に含むゲノム配列を意味する。従って、ＳＮＰ＿２７についてＧＧ遺伝子型を有する植物は、両方の染色体上に同一のヌクレオチド（Ｇ）を有し、それに対して、ＳＮＰ＿２７ついてＧＡ遺伝子型を有する植物は、配列番号２７の第７５ヌクレオチド（または配列番号２７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＧを有する１つの染色体を有し、配列番号２７の第７５ヌクレオチド（または配列番号２７と実質的な配列同一性を有するゲノム配列の相当するヌクレオチド）にＡを有する１つの染色体を有し、遺伝子移入断片はヘテロ接合型である。本明細書で提供されるＳＮＰマーカーの周辺のゲノム配列は、他の野生近縁種キュウリのに由来する遺伝子移入断片（すなわち第６染色体の変異体またはオーソロガス）においてわずかに変化し得るので、ＳＮＰの前後のヌクレオチド配列は、本明細書で提供される配列と１００％同一でない場合があることは明らかである。従って、本明細書で提供される配列と実質的な配列同一性を有する配列（定義された全長にわたって整列した場合）であって、同じＳＮＰ遺伝子型を含む配列は本明細書に包含される。
【０１８１】
一つの態様では、１つ以上の上記マーカーにより検出可能な、ＱＴＬ（ＱＴＬ６．１または変異体）を含む遺伝子移入断片、または第６染色体領域（または第２染色体領域の変異体もしくはオーソロガス）は、キュウリの野生近縁種由来であり、一つの態様では、野生近縁種はインドキュウリグループのメンバーである。一つの態様では、それは、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中の第６染色体上に見られるのと同じ遺伝子移入断片、またはＱＴＬを保持するより小さい断片である。ＳＮＰマーカーＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０は、約２．８Ｍｂの領域に広がっている。一つの態様では、第６染色体の遺伝子移入断片は、大きさが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ以下、より好ましくは６Ｍｂ、５．５Ｍｂ、５．４ＭＢ、５Ｍｂ、４Ｍｂ、３Ｍｂまたは２．８Ｍｂ以下の大きさ、例えば２Ｍｂ以下である。一つの態様では、遺伝子移入断片は、少なくとも０．２Ｍｂ、０．５Ｍｂ、１．０Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１．９Ｍｂ、２．０Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２．７Ｍｂ、２．８Ｍｂまたは３Ｍｂの大きさである。従って、１０Ｍｂ未満であるが０．２Ｍｂを超え、６Ｍｂまたは５．５Ｍｂ未満、または３Ｍｂ未満であるが、０．２Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは１Ｍｂを超える等の断片であって、ＱＴＬおよびＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０のＳＮＰＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３；ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０；またはＳＮＰ＿２８〜ＳＮＰ＿３８のサブグループのＳＮＰマーカーの１つ以上を保持する様々な範囲の大きさの遺伝子移入断片が本明細書に包含される。上述したように、ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ４０に広がる領域におけるＱＴＬ６．１の位置は、精細マッピングにより決定することができ、より小さい遺伝子移入断片上にＱＴＬ６．１を有する組換え体を作出することができる。遺伝子移入断片の大きさは、例えば、全ゲノム配列決定、または、例えば、Qi et al. 2013（上記）もしくはHuang et al. 2009（上記）に記載されているような、次世代配列決定により容易に決定することができる。特に、遺伝子移入領域は、遺伝子移入領域におけるより大きな遺伝子変異（ＳＮＰ、ＩＮＤＥＬ等）により、培養されたゲノム領域と容易に区別することができる。
【０１８２】
寄託された種子（ＮＣＩＭＢ４２５４５）の第６染色体上に存在する遺伝子移入断片を得るため、すなわちＱＴＬを含む遺伝子移入断片を別の栽培キュウリ植物に移入するために、種子から植物を栽培し、該植物を栽培したキュウリ植物と交配させてＦ１交配種子を得る。ＮＣＩＭＢ４２５４５は、２つの組換え第６染色体（ＱＴＬ６．１をホモ接合型で含む遺伝子移入断片を含む）を含ことから、Ｆ１種子およびそれから生育する植物は全てＮＣＩＭＢ４２５４５植物由来の１つの組換え第６染色体と、他の栽培親由来の１つの非組み換え第６染色体とを含む。さらに自家交雑および／または交雑および／または戻し交雑をすることによって、ＱＴＬ６．１を任意のキュウリ育種系統または品種に導入することができる。従って、従来の育種によって、ＮＣＩＭＢ４２５４５由来の組換え第６染色体を他の栽培キュウリ系統または品種に導入することができる。ＱＴＬ６．１を含む後代植物は、上述した１つ以上のＳＮＰマーカーの存在によってスクリーニングおよび選択することができる。
【０１８３】
より短い遺伝子移入断片、例えばＮＣＩＭＢ４２５４５に存在する断片のサブ断片を作出するために、減数分裂が起こる必要があり、組換え第６染色体を含む植物、特に遺伝子移入断片内の新しい減数分裂組換え事象を同定する必要がある。例えば、ＮＣＩＭＢ４２５４５の種子は、Ｆ１、Ｆ２またはＦ３植物（またはさらなる同系世代）を産生するために１回以上同系交配され得、かつ／または組換え第６染色体を含むＦ１、Ｆ２またはＦ３植物等は、栽培された親に戻し交雑され得る。組換え第６染色体を含む植物は、より小さい遺伝子移入断片を含む植物を同定するために、上述した１つ以上のＳＮＰマーカーの存在によりスクリーニングおよび選択することができる。次いで、そのような新規組換え体を、より小さい遺伝子移入断片上のＱＴＬ６．１の存在について、遺伝子移入断片を含まない（遺伝的）対照と比較して平均果実収量を決定することによって試験することができる。
【０１８４】
同様に、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）を含む栽培キュウリ植物は、異なる方法を用いて産生および／または同定することができる。例えば、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を得るために、まず、本明細書で開示するＱＴＬ６．１に連鎖する１つ以上のＳＮＰマーカー、例えば、本明細書で記載する任意の１つ以上、または全てのマーカーを含むキュウリの野生近縁種が同定される。同定された植物を栽培キュウリ植物と交配してＦ１種子を得る。Ｆ１は、Ｆ２、Ｆ３等の植物を産生するために同系交配することができ、かつ／またはＦ２植物またはＦ３植物等は、栽培キュウリの親に戻し交配することができる。ＱＴＬ６．１（またはその変異体）を含む植物は、上記のＳＮＰマーカーの１つ以上の存在によってスクリーニングされ、および／または選択され、かつ／または最初の栽培された親（遺伝子移入を欠いている）と比較して収量表現型の増加によってスクリーニングされ、および／もしくは選択される。あるいはまたはさらに、ＱＴＬ６．１（またはその変異体）に連鎖したさらなる分子マーカーを同定し、かつ／または有意な収量増加をもたらす第６染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を産生するために、ＱＴＬマッピングまたはシークエンシングが行われる。
【０１８５】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片、または第６染色体領域（または第６染色体領域のオーソロガス）の存在は
ａ）配列番号２７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号４０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿４０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿２７またはＳＮＰ＿４０の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；およｂ
ｅ）マーカーＳＮＰ＿２７またはＳＮＰ＿４０の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１８６】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿２８〜ＳＮＰ＿３９の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１８７】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片または第６染色体領域（または第６染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号２７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿３３との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿２７またはＳＮＰ＿３３の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿２７またはＳＮＰ＿３３の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１８８】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿２８〜ＳＮＰ＿３２の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１８９】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片または第６染色体６（または第６染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号４０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿４０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿３３とＳＮＰ＿４０との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿３３またはＳＮＰ＿４０の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ未満の範囲内で遺伝的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；および
ｅ）マーカーＳＮＰ＿３３またはＳＮＰ＿４０の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１９０】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿３４〜ＳＮＰ＿３９の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１９１】
一つの実施形態では、栽培キュウリ植物におけるＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片または第６染色体領域（または第６染色体領域のオーソロガス）の存在は、
ａ）配列番号２９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＣまたはＣＡ遺伝子型；
ｂ）配列番号３８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型；
ｃ）マーカーＳＮＰ＿２９とＳＮＰ＿３８との間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー；
ｄ）マーカーＳＮＰ＿２９またはＳＮＰ＿３８の７ｃＭ、５ｃＭ、３ｃＭまたはそれ以下の範囲内で遺伝的に連結されたキュウリゲノム特異的マーカーの野生型；そして
ｅ）マーカーＳＮＰ＿２９またはＳＮＰ＿３８の５Ｍｂ、３Ｍｂ、２Ｍｂ、１Ｍｂ、０．５Ｍｂまたは０．２Ｍｂ未満の範囲内で物理的に連鎖された任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカー
からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５個またはそれよりも多いマーカーを検出する分子マーカーアッセイによって検出可能である。
【０１９２】
一つの態様では、ｃ）のマーカーは、ＳＮＰ＿３０〜ＳＮＰ＿３７の１つ以上である。一つの態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）および／またはｃ）のマーカーから検出される。別の態様では、少なくとも１つ、２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはそれよりも多いマーカーが、上記ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）および／またはｅ）のマーカーから検出される。一つの実施形態では、少なくともａ）および／またはｂ）のマーカーが検出され、任意にｃ）、ｄ）および／またはｅ）の少なくとも１つ、２つ、３つまたはそれよりも多いマーカーが検出される。一つの態様では、検出されるマーカーは連続的なマーカーである。
【０１９３】
２つのマーカーの間の任意の野生近縁種キュウリのゲノム特異的マーカーは、２つのマーカーの間の第６染色体領域に遺伝的にマッピングし、および／または２つのマーカーの間に物理的に存在する任意の分子マーカーを意味し、野生近縁種キュウリの第６染色体領域を示すものである。これは、栽培キュウリのゲノムと野生近縁種キュウリのゲノムとの間でマーカーが多型であることを意味する。一つの態様では、マーカーは単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）であるが、ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＩＮＤＥＬ、ＤＮＡ配列決定等の他の分子マーカーも同様に使用することができる。
【０１９４】
本発明の植物における遺伝子移入断片は、一つの態様において、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に存在する第６染色体の断片、またはＱＴＬを保持するその断片のより小さいもの（例えば、遺伝子移入断片内での組換えによって生成される）である。
【０１９５】
遺伝子移入断片は、一つの態様では、大きさが１０Ｍｂ以下、好ましくは８Ｍｂ、５．４Ｍｂ、５Ｍｂ、３Ｍｂ、２．８Ｍｂ、２．５Ｍｂ、２Ｍｂ、１．５Ｍｂ、１Ｍｂ以下である。さらなる態様において、遺伝子移入断片は、少なくとも０．５Ｍｂまたは少なくとも１Ｍｂの大きさである。
【０１９６】
また、本発明の植物が収穫することができる植物、本発明の植物から収穫され、ゲノム中に組換え第６染色体を含むキュウリ果実も同様に提供される。同様に、植物の細胞、組織、または植物もしくは植物部分が提供され、前記組換え第６染色体は、野生近縁種キュウリの遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片は、果実収量の有意な増加を付与する対立遺伝子を含む。
【０１９７】
上述したように、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方を単一の栽培キュウリ植物において組み合わせることも一つの態様である。従って、本明細書の個々のＱＴＬに関連する全ての実施形態はまた、本発明の一つの態様において組み合わせられる。ＱＴＬ６．１は、特に低温生育条件下で収量を増大させるので、組み合わせは、最低温度が低い、例えば摂氏１０℃以下（摂氏９、８、７、６、５または４℃以下等）で一定期間（しかしながら、凍結損傷が生じることから凍結は回避される）生育され得る品種において特に有利である。
【０１９８】
本明細書に記載の分子マーカーは、標準的な方法に従って検出することができる。例えば、ＳＮＰマーカーは、ＫＡＳＰアッセイ（www.kpbioscience.co.uk参照）または他のＳＮＰ遺伝子型アッセイを用いて容易に検出することができる。ＫＡＳＰアッセイを行うために、例えばＳＮＰの７０塩基対上流および７０塩基対下流を選択し、２つの対立遺伝子特異的フォワードプライマーおよび１つの対立遺伝子特異的リバースプライマーを設計することができる。例えば、Allen et al. 2011, Plant Biotechnology J. 9, 1086-1099、特にＫＡＳＰアッセイ法に関するp097-1098を参照。
【０１９９】
従って、一つの態様において、ＳＮＰマーカーおよび収量ＱＴＬに関連するマーカーの存在／非存在は、ＫＡＳＰアッセイを用いて決定されるが、同様に他のＳＮＰ遺伝子型アッセイも使用され得る。例えば、ＴａｑＭａｎ  ＳＮＰ遺伝子型アッセイ、Ｈｉｇｈ  Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ  Ｍｅｌｔｉｎｇ（ＨＲＭ）アッセイ、ＳＮＰ遺伝子型アレイ（例えば、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ等）またはＤＮＡ配列決定が同じように使用され得る。
【０２００】
遺伝子移入断片の物理的大きさは、物理的マッピング、配列決定のような様々な方法によって、または蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）画像（Verlaan et al., 2011, Plant Journal 68: 1093-1103）を用いた遺伝子移入の視覚化などによって決定することができる。
【０２０１】
第２および／または第６染色体上のより小さい遺伝子移入断片を有する栽培キュウリ植物は、栽培キュウリ植物（遺伝子移入を欠いている）と本発明の植物との間の交配に由来する植物集団から新たな組換え植物を産生し、より小さい遺伝子移入サイズを有する組換え後代を選択することによって作出される。従って、一つの態様では、そのような植物は、種子がＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託されている植物に存在する組換え第２染色体および組換え第６染色体に由来する（その後代または子孫である）。ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を保持し、従って、本明細書に記載された遺伝子移入を欠く植物と比較して収率が高いそのような後代または子孫は、本明細書に包含される。
【０２０２】
トマトにおいては、例えば、Ｔｙ−３対立遺伝子を含む第６染色体（約２７ｃＭ）上の大きなS. chilense遺伝子移入断片が、Ｔｙ−３を含むはるかに小さい（約６ｃＭ）S. chilense遺伝子移入断片を含む組換え後代系統（ＬＡ１９３１−ＡＬ−Ｆ２）を選択することによって減少している（Ji et al. 2007, Mol. Breeding 20：271-284を参照）。
【０２０３】
本発明による栽培キュウリ植物は、近交系統ＯＰ（開放受粉品種）またはＦ１交配種であり得る。一つの態様では、Ｆ１交配種は、ただ１つの組換え第２染色体および／または組換え第６染色体（ＱＴＬを有する遺伝子移入断片を含む）を含み、すなわち、Ｆ１交配種は、本明細書に記載された遺伝子移入断片およびＳＮＰマーカーに関してヘテロ接合型である。そのようなＦ１交配種は、一方が遺伝子移入断片を有する（好ましくはホモ接合型であるが必ずしも必要ない）２つの近交系親系統を交配させ、交配種からＦ１交配種子を回収することにより産生することができる。一つの態様では、Ｆ１交配種は、ホモ接合型の遺伝子移入断片を含んでいてもよく、すなわち、ホモ接合型またはヘテロ接合型の遺伝子移入断片をそれぞれ含む２つの近交系親系統を交配させることによって産生される。
【０２０４】
栽培キュウリ植物は、いかなるタイプのものであってもよい。好ましくは、良好な農業的特性および良好な果物品質特性を有する。栽培キュウリ植物は、一つの態様において、遺伝的にも表現型的にも均一である。特に果実の特性、例えば、形状、果実の色、果皮の厚さ、果皮のリブ（skin ribs）、果皮の強度、とげ（とげの色、とげの密度等）、こぶの有無、食用および市販成熟時の長さおよび径、風味等に関して均一である。同様に、種子の特性（すなわち、植物を生育させて得た種子の特性）も、例えば、種子の大きさ、種子の色等に関して均一である。従って、ホモ接合型またはヘテロ接合型のＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を含む系統または品種の植物は、均一な果実を産生し、同じ環境条件下で生育し、果実が同じ生育段階にある場合には、植物の果実間で差異がほとんどない（例えば、質的な特性に関しては、すべての植物または植物部分、果実または種子の少なくとも９８％、９９％または好ましくは１００％が特性に関して同一であり、量的な特性に関しては、すべての植物または植物部分、果実または種子の少なくとも９０％、９５％、９８％が特性に関して同一である）。
【０２０５】
本発明によるＱＴＬ２．１（またはその変異体）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異型）を含む栽培キュウリ植物は、任意のタイプであってよく、例えば、以下のタイプのキュウリのうちのひとつであり得る：ピックルキュウリ、スライスキュウリ（例えば、アメリカスライス型）、長キュウリ、短キュウリ、ヨーロッパ温室キュウリ、ベイト−アルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ、アジアキュウリ（インドマダラキュウリ型、中国長キュウリ型、韓国キュウリ型および日本キュウリ型等）。一つの態様において、本発明による栽培キュウリは、ピックルキュウリ、スライスキュウリ、長キュウリ型、短キュウリ型、ヨーロッパ温室キュウリ、ベイト−アルファ型キュウリ、オリエンタルトレリス型キュウリ、中国長キュウリ型、韓国キュウリ型および日本キュウリ型である。特定の実施形態では、キュウリは近交系統であるか、または長キュウリ、特にヨーロッパ温室キュウリ、または短キュウリのＦ１交配種である。
【０２０６】
植物は、ホモ接合型またはヘテロ接合型のＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を含む単交雑Ｆ１交配種または近交系であってもよい。一つの態様では、ホモ接合型のＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）を含む（近交系の）親植物を、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１をを欠いている（すなわち、ＱＴＬを含む遺伝子移入断片を含む）（近交系の）親植物と交配させることによって産生されるＦ１交配種である。従って、一つの態様において、Ｆ１交配種は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に関してヘテロ接合性である。
【０２０７】
別の態様では、ＱＴＬ２．１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）をホモ接合型で含む（近交系の）親植物と、ＱＴＬ２.１（または変異体）および／またはＱＴＬ６．１（または変異体）をホモ接合型で含む（近交系の）親植物とを交配させることによって産生されるＦ１交配種である。従って、一つの態様では、Ｆ１交配種は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に関してホモ接合性である。
【０２０８】
一つの態様では、Ｆ１交配種は、従来の温室栽培またはハイワイヤー栽培に適した長キュウリ型、例えばヨーロッパ温室キュウリ型である。従来の温室栽培法では、植物の主茎を、地上約２メートルの高さで吊るされた水平の鉄線に導く。植物がこの高さに達し、ワイヤーに付着すると、さらなる成長を停止させ、側枝が発達するように成長点を取り除くことによって“先端切除”される。これらの側枝は、地上約１メートルの高さまで下方に成長し、その後成長点が除去される。これに続いて、開花と茎および側枝または巻きひげの両方の果実が肥大するが、巻きひげの果実は茎の果実よりも後に肥大する。果実は播種後約６週間で収穫される。
【０２０９】
ハイワイヤー栽培では、側方の巻きひげは成長することができず、すべての収穫は茎から生じる。ヌンヘムス（Ｎｕｎｈｅｍｓ）によって、ハイワイヤー栽培に非常に適している「コンパクト」と呼ばれる遺伝子を提供する特定の品種が開発されており、例えば、ＷＯ２００９／０５９７７７中の、例えばＨｉｇｈ−Ｊａｃｋ、Ｈｉ−Ｐｏｗｅｒ、Ｈｉ−Ｌｉｓａ等のを参照のこと。従って、本発明の一つの態様では、栽培キュウリ植物は、ＷＯ２００９／０５９７７７に記載のコンパクト遺伝子をさらに含む。
【０２１０】
別の態様では、本発明の遺伝子移入断片は、２７〜３８ｃｍの果実を産生する長キュウリ品種であるＫａｓｊａ品種（Ｎｕｎｈｅｍｓ）等の長キュウリ型中に存在する。「長キュウリ型」または「長キュウリ植物」は、長さが少なくとも約２６ｃｍまたは２７ｃｍ〜３７ｃｍまたは３８ｃｍよりも長い（例えば、４０ｃｍ、４２ｃｍ以上）の果実を特徴とし、好ましくは単為結実果実形成を特徴とする温室キュウリである。長キュウリ型の例は、ＳａｂｒｉｎａおよびＫｏｒｉｎｄａ品種、またはＣＰＶＯプロトコルにおいて果実の長さが７〜９のスコアであるキュウリ植物（本プロトコルの添付書類のポイント１９を参照）である。他の長キュウリの品種は、例えば、ボデガ（Bodega）、ボローニャ（Bologna）、カマロ（Kamaro）、フラミンゴ（Flamingo）、ディスカバー（Discover）、カランガ（Kalunga）、カシャ（Kasja）、ロジカ（Logica）、ミラゴン（Millagon）、ニコラ（Nicola）、ミリカ（Milika）、マヌエラ（Manuela）、フリダ（Frida）、アクティバ（Activa）、アラヤ（Alaya）、サバンナ（Savanna）、シエナ（Sienna）、ベラ（Bella）、シェイラ（Sheila）、ボルナンド（Bornand）である。
【０２１１】
一つの態様では、ヨーロッパ温室キュウリは、種子が寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された植物またはその後代であり、それにより、後代はＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を保持する（他の箇所において記載された１つ以上のマーカーの存在によって検出可能である）。
【０２１２】
別の態様において、本発明による植物は、野生キュウリ植物または野生近縁種キュウリ在来種ではない。
【０２１３】
さらに別の態様において、本発明による植物は、ユーラシアキュウリ群、東アジアキュウリ群またはシーサンパンナキュウリ群の栽培キュウリである。別の態様において、本発明の植物は、インドキュウリ群のキュウリではない。
【０２１４】
本発明の一つの実施形態において、ＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（または変異型）を含む栽培キュウリ植物は、受粉しない無核果を産生する、すなわち単為結実性である。そのような無核果も本明細書に包含される。
【０２１５】
本発明のさらなる実施形態において、ＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（または変異型）を含む栽培キュウリ植物は、主として雌性または完全に雌性である。
【０２１６】
本発明のさらなる実施形態において、ＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（または変異型）を含む栽培キュウリ植物は、前記植物によって産生される果実の形態学的特性、例えば、果実の形状、果実の色、果皮の厚さ、こぶ等に関して均一で遺伝的に安定である。
【０２１７】
果実の平均長さ、果実の平均径、果皮の厚さ、こぶの有無、とげ、果皮の強度、果皮の色、果実の首の形、果実の先細り、中央部の断面の形、種子の有無（単為結果）等の果実の特性は、キュウリの型、すなわち、ＱＴＬが遺伝子移入される栽培された遺伝的背景（遺伝子プール）に依存する。したがって、キュウリの型に応じて、様々な果実の形状、大きさおよび果実の種類が本明細書に含まれる。一つの態様において、果実は種なしである。
【０２１８】
今日、米国で商業的に栽培されている２つの主要な型のキュウリ果実は、生食用（スラス）型と加工（ピックル）型である。品種および生産方法は、通常、最終用途に適合させる。スライスキュウリは長く、大きくことが多く、果皮が濃くて厚く、それに対し、ピックル／加工キュウリは果実が短く、果皮が薄く、ピクルスにより適した内部果肉を有する。種なし品種は、生食用およびピクルスのような加工用の両方に一般的に好ましく、大きな種は好ましくない。
【０２１９】
一つの態様において、本発明の植物は、ピックル型（加工型）であり、食用成熟時および／または市販サイズの時に、少なくとも１０ｃｍ、または少なくとも１１ｃｍ、または少なくとも１２ｃｍ、または少なくとも１３ｃｍの果実の平均長さおよび／または少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、またはそれ以上の果実の長さ／径の比を有する果実を産生する。
【０２２０】
異なる態様において、本発明の植物は生食用であり、例えば、長キュウリ型またはスライス型であり、食用成熟時および／または市販サイズの時にピックル型よりも大きい果実の長さ、例えば、少なくとも１５ｃｍ、１６ｃｍ、１７ｃｍ、１８ｃｍ、１９ｃｍ、２０ｃｍ、２５ｃｍ、２６ｃｍ、２７ｃｍ、２８ｃｍ、２９ｃｍ、３０ｃｍ、３２ｃｍ、４０ｃｍまたはそれ以上を有する果実を産生する。一つの態様では、果実の長さ／径の比は、少なくも３．５であり、好ましくは少なくとも４、５、６またはそれ以上である。
【０２２１】
一つの態様では、キュウリ植物は長キュウリ型であり、ＱＴＬ２．１を含み（ＱＴＬ２．２を欠く）、食用成熟時および／または市販サイズの時に、少なくとも３０ｃｍ、好ましくは少なくとも３１ｃｍまたは少なくとも３２、３３、３４、３５、３６、３７または３８ｃｍの平均果実長を有する。任意に、ＱＴＬ６．１をさらに含んでいてもよい。ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１は、ＮＣＩＭＢ４２５４５から入手可能である。
【０２２２】
好ましい態様では、本発明の植物は、市販サイズの果実であって、特に種無し果実を産生する長キュウリ型である。市販サイズの果実、およびその部分、およびそれらを含む食物または飼料もまた本明細書に包含される。一つの実施形態では、ＳＮＰマーカーは、果実、果実部分またはそれらを含む食物もしくは飼料において検出可能である。
【０２２３】
一つの態様において、植物は無限成長（indeterminate）のキュウリである。別の態様において、キュウリは有限花序である。
【０２２４】
また、本発明による植物を生育させることができる種子も、本発明による植物から収穫されるキュウリ果実と同様に提供される。これらはそれらのゲノム中のＱＴＬを含み、したがって本明細書で提供される１つまたは複数のＳＮＰマーカーの存在によって他の果実と区別することができる。
【０２２５】
一つの態様において、果実は食用成熟時および／または市販の果実サイズの時に苦味がない（苦味があるおよび苦味がないの群から選択される）。
【０２２６】
さらなる態様において、果実は食用成熟時および／または市販の果実サイズの時に薄い果皮を有する（厚いおよび薄いグループから選択される）。
【０２２７】
異なる実施形態において、ＱＴＬは、ＵＳ８７１０３０３Ｂ２に記載されているような「コンパクト（Compact）」と呼ばれるキュウリ型に移入される。したがって、本発明によるキュウリ植物は、、例えば、Ｈｉ−Ｊａｃｋ、Ｈｉ−Ｐｏｗｅｒ、Ｈｉ−Ｌｉｓａおよび他のＮｕｎｈｅｍｓ品種に存在するように、ＵＳ８７１０３０３Ｂ２に記載されるコンパクト遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む。
【０２２８】
本発明のさらなる実施形態は、少なくとも１つの組換え第２染色体および／または少なくとも１つの組換え第６染色体を含み、前記組換え第２または第６染色体が、キュウリの野生近縁種由来の遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片が、果実収量の増加を付与するＱＴＬを含む、本発明の植物の細胞、組織または植物または種子の植物部分である。
【０２２９】
また、果実収量が増加したキュウリ品種を育種するための、キュウリの野生近縁種に由来する遺伝子乳断片を含む第２および／または第６組換え染色体（遺伝子移入断片は果実収量を増加させる対立遺伝子を含む）の使用も、本明細書に包含される。一つの態様において、前記組換え第２および／または組換え第６染色体は、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子に見出されるような組換え第２および／または第６染色体であるか、または組換え染色体に由来する（例えば、前記種子中に見いだされる遺伝子移入断片のより小さいフラグメント）。
【０２３０】
同様に、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を産生するための、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはその後代中に見出される第２および／または第６染色体の使用も、本明細書に包含され、前記遺伝子移入断片は、遺伝的対照または対照育種系統もしくは品種等の、前記遺伝子移入断片を欠く対照キュウリ植物と比較して果実収量の増加をもたらす。一つの態様では、ＮＣＩＭＢ４２３４５として寄託された種子から育成された植物を対照として使用してもよい。
【０２３１】
同様に、果実収量が増加した栽培キュウリ植物を産生するための、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはその後代から生育した植物の使用も、本明細書に包含され、前記果実収量の増加は、前記植物またはその後代の第２および／第６染色体から得られた遺伝子移入断片によりもたらされる。
【０２３２】
また、第２染色体上に遺伝子移入断片を含む、栽培されたC. sativus var. sativus植物または植物部分の同定（検出）方法も提供され、任意に、前記遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５中に見出されるか、またはそれに由来するより小さな断片であって、
ａ）栽培されたC. sativus var. sativus植物もしくは植物部分、または該植物もしくは植物部分のＤＮＡを準備し、
ｂ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記植物、植物部分またはＤＮＡをスクリーニングし、
ｃ）
ｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６のＳＮＰマーカーの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上；または
ｉｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上の連続するマーカー
ｉｉｉ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８個またはそれ以上マーカー
ｉｖ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８個またはそれ以上のマーカー
を含む植物を同定および／または選択する
ことを含む方法が提供される。
【０２３３】
さらに、果実収量の増加をもたらす遺伝子移入断片を含むC. sativusＦ１交配種植物を産生する方法であって、
ａ）収量の増加を付与する対立遺伝子を含む遺伝子移入断片を有する組換え第２染色体をホモ接合型で含む第１近交系キュウリ植物であって、任意に、前記遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２５４５中に存在するものであるかまたはそれより小さい断片である、植物を提供し、
ｂ）第２近交系キュウリ植物を提供し、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する
ことを含む方法が提供される。
【０２３４】
採取されたＦ１交配種種子も本発明の実施形態である。
【０２３５】
別の態様においては、ＮＣＩＭＢ４２５４５の後代を産生するための方法であって、
ａ）寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子から植物を生育し、
ｂ）前記植物を１回以上同系交配させ、かつ／または前記植物を他のキュウリ植物と１回以上交配させて後代の種子を産生し、
ｃ）前記種子または前記種子もしくは植物の一部から生育した前記後代の種子または植物を、第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングし、
ｄ）
ｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６のＳＮＰマーカーの少なくとも１つ；または
ｉｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿２６から選択される少なくとも２、３または４つの連続するマーカー；または
ｉｉｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ２０〜ＳＮＰ＿２６；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる群から選択される少なくとも１、２または３つのマーカー；または
ｉｖ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ２０〜ＳＮＰ＿２６；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３からなる群から選択される少なくとも１、２または３つの連続的なマーカー
を含む後代植物を同定および／または選択する
ことを含む方法が提供される。
【０２３６】
工程ｂのキュウリ植物は、好ましくは、ヨーロッパ温室キュウリまたは長キュウリ型等の栽培キュウリである。
【０２３７】
前記方法は、好ましくは、対照と比較して果実収量が増大した後代植物を同定する工程をさらに含んでいてもよい。
【０２３８】
上記の方法によって産生された後代植物も、本発明の一つの態様である。前記後代植物は、ＱＴＬ２．１を保持し、ＮＣＩＭＢ４２５４５において見出されるものよりも短い遺伝子移入断片を含んでいてもよい。
【０２３９】
第６染色体上の遺伝子移入断片を含む栽培C. sativus var. sativus植物または植物部分を同定（または検出）する方法も提供され、任意に、前記遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２４５において見出されるものであるか、それに由来するより小さな断片であって、
ａ）栽培C. sativus var. sativus植物もしくは植物部分、またはそのような植物もしくは植物部分のＤＮＡを準備し、
ｂ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて、前記植物、植物部分またはＤＮＡをスクリーニングし、かつ、
ｃ）
ｉ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上のＳＮＰマーカー；または
ｉｉ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれ以上の連続的なマーカー；または
ｉｉｉ）ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３；ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０：ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ３８からなる群から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６個またはそれ以上のマーカー；または
ｉｖ）ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３；ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０；ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８からなる群から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８個またはそれ以上の連続的なマーカー
からなる群から選択される。
【０２４０】
さらに、果実収量を増大させる遺伝子移入断片を含むC. sativusのＦ１交配種植物の製造方法が提供され、
ａ）収量を増大させる対立遺伝子を含む遺伝子移入断片を有する組換え第６染色体をホモ接合型で含み、任意に、前記遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２５４５におけるものであるかまたはより小さい断片である第１の近交系キュウリ植物を準備し、
ｂ）第２近交系キュウリ植物を準備し、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物とｂ）の前記キュウリ植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１ハイブリッド種子を採取する
ことを含む。
【０２４１】
採取されたＦ１交配種種子も本発明の実施形態である。
【０２４２】
別の態様では、ＮＣＩＭＢ４２５４５の後代を作出する方法が提供され、該方法は、
ａ）寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子から植物を生育し、
ｂ）前記植物を１回以上同系交配させ、かつ／または前記植物を他のキュウリ植物と１回以上交配させて後代の種子を産生し、
ｃ）前記種子または前記種子もしくは植物の一部から生育した前記後代の種子または植物を、第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いてスクリーニングし、
ｄ）
ｉ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０の少なくとも１つのＳＮＰマーカー；または
ｉｉ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０から選択される少なくとも２、３または４個の連続的なマーカー；または
ｉｉｉ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３；ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０；ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８からなる群から選択される少なくとも１、２または３個のマーカー；または
ｉｖ）第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３；ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０；ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８からなる群から選択される少なくとも２、３、４個の連続的なマーカー
を含む後代植物を同定および／または選択する。
【０２４３】
工程ｂのキュウリ植物は、好ましくは、ヨーロッパ温室キュウリまたは長キュウリ型等の栽培キュウリである。
【０２４４】
前記方法は、好ましくは、対照と比較して果実収量が増大した後代植物を同定する工程をさらに含んでいてもよい。
【０２４５】
上記の方法によって産生された後代植物も、本発明の一つの態様である。前記後代植物は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を保持し、ＮＣＩＭＢ４２５４５において見出されるものよりも短い遺伝子移入断片を含んでいてもよい。
【０２４６】
また、本発明の植物を生育させることができる種子を含有するまたは含む種子を含む容器およびパッケージも本明細書により提供される。これらは、増加したまたは高い果実収量をもたらす栽培キュウリ種子を含むものとして表示される。
【０２４７】
また、収量ＱＴＬを含む第２および／または第６染色体上の遺伝子移入を保持するか、または収量を増大させるより小さい遺伝子移入（例えば、ＮＣＩＭＢ４２５４５中に存在するような遺伝子移入断片由来の誘導体）を含む、本発明の植物の後代種子および後代植物も提供される。後代は、本発明のキュウリ植物を同系交配し、および／または本発明のキュウリ植物を別のキュウリ植物と１回以上交配させることによって得られる任意の世代であり得る。したがって、後代は、第１の交配種（Ｆ１）または同系交配種（Ｓ１）から得られる世代（種子）であるか、または交配ならびに／または同系交配（Ｆ２、Ｆ３等）、ならびに／またはＦ１および／もしくはＳ１および／もしくはＢＣ１世代（または任意のさらなる世代の植物、例えばＦ２）の選択された植物の一つ以上を、他のキュウリ植物（および／またはキュウリの近縁野生種）と戻し交配（ＢＣ１、ＢＣ２等）することにより作出された任意の更なる世代のいずれかである。後代は、好ましくは、キュウリの野生近縁種（収量ＱＴＬを含む）由来の遺伝子移入断片を含む組換え第２および／または第６染色体を保持するように選択される。したがって、後代も収量表現型の増加、好ましくは、初期交配または同系交配で使用される植物と少なくとも同じ収量をもたらす。ＱＴＬを含む遺伝子移入断片の存在（またはその保持）は、表現型的におよび／または本明細書に記載の分子マーカーアッセイを用いて決定することができる。表現型評価に関しては、もちろん、ＱＴＬの優性性を考慮する必要がある。
【０２４８】
さらなる態様において、本発明のキュウリ植物の部分が提供される。部分には、例えば、細胞および細胞培養物、組織培養物、増殖性植物組織（葉、根等）、花、花粉、胚、果実、果実の一部等が含まれる。植物部分は、記載されているように、また記載されている１つ以上のマーカーを用いて検出されるように、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を含む。また、このようなキュウリ部分、このような細胞、細胞培養物または組織培養物から全植物を再生する場合、再生された植物は、組換え第２および／または第６染色体、ならびに収量表現型を含む。
【０２４９】
したがって、少なくとも１つの組換え第２および／または第６染色体を含む本発明の植物細胞、組織、または植物もしくは種子の植物部分も提供され、該組換え第２および／または第６染色体は、キュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片を含み、前記遺伝子移入断片は、果実収量の増加を付与する対立遺伝子を含む。
【０２５０】
記載された組換え第２および／または第６染色体を含む細胞または組織のin vitro細胞培養物およびin vitro組織培養物も本明細書に包含される。好ましくは、細胞または組織はキュウリ植物全体に再生することができ、すなわち、細胞は再生可能な細胞であり、組織は再生可能な細胞を含む。したがって、本発明による植物の栄養増殖も本明細書の一つの実施形態である。したがって、本明細書に記載されている組換え第２および／または第６染色体を含む、栄養増殖した栽培キュウリ植物が提供される。異なる態様において、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む非増殖細胞が、そのような細胞を含む組織と同様に本明細書に包含される。
【０２５１】
特定の態様において、本発明による植物から収穫されたキュウリ果実が提供される。市販のキュウリ果実は、特に生食用（スライス）については、一般的に、収穫後に果実の大きさおよび品質特性に従って等級分けされる。例えば、United States Standards for Grades of Cucumbers、米国農務省、１９８５年３月１日施行、１９９７年１月改定を参照。ここでは、異なる等級のキュウリが区別される。したがって、一つの態様において、収穫果実には、U.S. Fancy grade、U.S. Extra No. 1 grade、U.S. No. 1 grade、U.S. No. 1 Small grade、U.S. No. 1 Large grade、U.S. No. 2 gradeが付与される。収穫されたキュウリ果実を含む、またはそれからなる容器またはパッケージも提供される。さらに、果実の細胞は、組換え第２および/または第６染色体の存在（１つ以上の分子マーカーアッセイにより決定可能）によって、他のキュウリ果実と区別される。
【０２５２】
別の態様では、キュウリは長キュウリ型であり、収穫および任意に加工された（例えば、スライスまたは角切りにする）果実が提供される。
【０２５３】
別の態様において、キュウリはピックル型であり、収穫され、任意にピクルスにされた果実が提供される。
【０２５４】
本発明はまた、本明細書に記載の植物部分、好ましくはキュウリ果実またはその一部および/または本明細書に記載の植物部分からの抽出物を含む、またはそれからなる食品または飼料製品も提供する。食品または飼料製品は、生食用でもよく、またはピクルスにされ、缶詰され、蒸し加熱され、ボイルされ、揚げられ、湯通しされ、かつ／または冷凍される等の加工をされてもよい。本明細書に記載されている果実または果実部分（生食用および／または加工用）のような植物部分を含む容器、例えば、缶、箱、木箱、カートン、調整気相包装、フィルム（例えば、生分解性フィルム）等も本明細書により提供される。
【０２５５】
本発明の方法および使用
さらなる実施形態において、本発明は、記載されているように、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む（収量の増加を付与する）新規の栽培キュウリ植物を生産する方法を提供する。この方法は、本発明の植物またはその後代植物を、オスまたはメスの親いずれかとして、第２のキュウリ植物（またはキュウリの近縁野生種）と１回以上交配すること、および／または本発明のキュウリ植物またはその後代植物を１回以上同系交配すること、および／または前記交配および／または同系交配から得られた後代を選択すること含む。
【０２５６】
したがって、１つの（栽培された）キュウリ植物から別の（栽培された）キュウリ植物、特に、果実収量を増加させるべきキュウリ品種または育種系統に収量ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１をそれぞれ含む組換え第２および／または第６染色体を移入するための方法が提供される。
【０２５７】
この方法は、
ａ）果実収量の増加を付与する対立遺伝子をホモ接合型で含む遺伝子移入断片を有する組換え第２および／または第６染色体を含む第１の栽培キュウリ植物を提供し、
ｂ）第２の栽培キュウリ植物、特に野生型（非組換え）第２および／または第６染色体を有する植物を提供する工程、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させる工程、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する工程、
ｅ）Ｆ１交配種種子から生育した植物と任意に同系交配してＦ２種子またはさらなる同系交配世代を産生し、組換え第２および／または第６染色体を有するＦ２種子または更なる同系交配世代種子を任意に選択する工程、および
ｆ）前記Ｆ１またはＦ２またはさらなる同系交配世代種子から生育した植物とさらに交配して、良好な農業特性を有し、遺伝子移入断片をホモ接合型またはヘテロ接合型で含むキュウリ植物を産生する工程
を含む。
【０２５８】
組換え第２および／または第６染色体、ならびに遺伝子移入断片の有無は、本明細書に記載の１つ以上の分子マーカーアッセイによって、および／または工程ｂ）の植物と比較して収量が有意に増加しているかを決定することによって決定される。工程ｆ）におけるさらなる交配は、同系交配、交配、二倍体生産、戻し交配、およびそれらの組み合わせ（例えば、戻し交配および同系交配）などを含み得る。上記の方法によって得ることができる植物、植物部分および種子は、本明細書に包含される。一つの態様において、工程ａ）の植物は、ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子もしくはその後代、またはＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子中に存在する第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片もしくはそのより短い断片を含む植物であり得る。
【０２５９】
第２および／または第６染色体上に収量ＱＴＬを含む栽培キュウリＦ１雑種植物を生産する方法であって、
ａ）ＱＴＬ２．１またはその変異型および／またはＱＴＬ６．１またはその変異型から選択される収量ＱＴＬを含む遺伝子移入断片を含む、少なくとも１つの組換え第２染色体および／または組換え第６染色体を含む第１の近交系キュウリ植物を提供し、
ｂ）ＱＴＬ２．１またはその変異型および／またはＱＴＬ６．１またはその変異型から選択される収量ＱＴＬを含む遺伝子移入断片を含む、ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１のいずれかを欠くか、または少なくとも１つの組換え第２染色体および／または少なくとも１つの組換え第６染色体を含む第２の近交系キュウリ植物を提供し、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する
ことを含む方法も提供される。
【０２６０】
ａ）およびｂ）の近交系キュウリ植物は、第２および／または第６染色体上の遺伝子移入断片についてホモ接合性および／またはヘテロ接合性であり得、かつ、異なる大きさおよび／または異なる由来、すなわち異なるキュウリの野生近縁種の遺伝子移入断片を含み得る。したがって、例えば、ａ）の遺伝子移入断片は、ｂ）と同じまたは異なる遺伝子移入断片であり得る。一つの態様において、ａ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１またはその変異型をホモ接合型で含み、かつ／またはＱＴＬ６．１またはその変異型をホモ接合型で含み、かつ／またはｂ）の近交系キュウリ植物は、ＱＴＬ２．１またはその変異型をホモ接合型で含み、かつ／またはＱＴＬ６．１またはその変異型をホモ接合型で含む。一つの態様において、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２５４５に見出される断片またはそのより小さな断片である。
【０２６１】
一つの実施形態では、ＮＣＩＭＢ４２５４５から生育される植物、または、例えば同系交配および／または交雑により得られ、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を好ましくはホモ接合型で保持する後代は、Ｆ１交配種種子の産生に親系統として用いられる。
【０２６２】
Ｆ１交配種種子は、好ましくは少なくとも１つの組換え第２および／または第６染色体を含み、その種子から生育したＦ１植物は、対照、例えば遺伝的対照と比較して果実収量が増強されている。
【０２６３】
上記の方法によって得られる植物および種子は、本明細書に包含される。
【０２６４】
別の態様において、第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を生産するための方法であって、前記遺伝子移入断片が収量ＱＴＬを含む方法が提供され、前記方法は、
ａ）第１の栽培キュウリ植物を提供する工程、
ｂ）ＱＴＬ２．１（またはその変異型）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異型）を、本明細書に記載されている１つ以上のＳＮＰマーカーの存在によって決定可能なものとして含む、第２のキュウリの野生近縁種を提供する工程、
ｃ）ａ）の前記キュウリ植物をｂ）の前記キュウリ植物と交配させる工程、
ｄ）前記交配種からＦ１種子を採取し、Ｆ１植物をａ）のキュウリ植物に戻し交配させて戻し交配（ＢＣ１）群を産生するか、またはＦ１植物を１回以上同系交配させてＦ２またはＦ３またはそれ以上の世代の同系交配群を産生する工程、
ｅ）任意にｄ）の植物を１回以上ａ）のキュウリ植物に戻し交配させて、より高い世代の戻し交配群を産生する工程、および
ｆ）ＱＴＬ２．１（またはその変異型）および／またはＱＴＬ６（またはその変異型）を含む第２および／または第６染色体上の遺伝子移入を含む、Ｆ２、Ｆ３もしくはそれ以上の世代の同系交配植物、またはＢＣ１もしくそれ以上の世代の戻し交配植物を同定する工程
を含む。
【０２６５】
この方法における戻し交配群に言及する場合、戻し交配群もまた同系交配することができ、すなわちＢＣ１Ｓ１、ＢＣ１Ｓ２、ＢＣ２Ｓ１、ＢＣ２Ｓ２などである。
【０２６６】
工程ｂ）〜ｆ）の１つ以上において、ＱＴＬ（またはＱＴＬを含む遺伝子移入断片）の存在を、本明細書の他の箇所に記載されるような分子マーカーアッセイを実施することによって試験することができる（および植物を選択することができる）。
【０２６７】
この方法を使用して、キュウリの野生近縁種等の野生株由来のＱＴＬ２．１（または変異型）および／またはＱＴＬ６．１（またはその変異型）を含む遺伝子移入を含む新規な栽培キュウリ植物を作出および／または選択することができる。一つの態様では、両方のＱＴＬは、キュウリの野生近縁種の同じ群に由来する。
【０２６８】
一つの態様において、遺伝子移入断片が収量ＱＴＬを含む、第２染色体および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を生産する方法は、
ａ）第１の栽培キュウリ植物を提供する工程、
ｂ）本明細書で提供される１つ以上のＳＮＰマーカーを含む、第２のキュウリの野生近縁種を提供する工程、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させる工程、
ｄ）前記交配種からＦ１種子を採取し、Ｆ１植物をａ）のキュウリ植物に戻し交配させて戻し交配（ＢＣ１）群を産生するか、またはＦ１植物を１回以上同系交配させてＦ２またはＦ３群を産生する工程、
ｅ）任意に戻し交配群を同系交配させて、例えば、ＢＣ１Ｓ１またはＢＣ１Ｓ２群を産生する工程、
ｆ）（１つ以上の）ＳＮＰマーカーおよび／またはＳＮＰマーカー間の任意のキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーを含むＦ２、Ｆ３、ＢＣ１、ＢＣ１Ｓ１またはＢＣ１Ｓ２植物を同定する工程
を含む。
【０２６９】
第２染色体上に収量ＱＴＬを含むキュウリの野生近縁種を同定するための方法も提供され、該方法は、
Ａ）１つ以上の受託されたキュウリの野生近縁種を提供し、
Ｂ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６（またはＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿１０；ＳＮＰ＿１０〜ＳＮＰ＿２０；ＳＮＰ＿２０〜ＳＮＰ＿２６；ＳＮＰ＿０６〜ＳＮＰ＿２３等のＳＮＰマーカーのサブグループ）からなる群から選択される少なくとも１つ（または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはより多く）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記受託物を同定スクリーニングし、
Ｃ）少なくとも１つ以上の下記マーカーを含むｂ）の受託物を同定および／または選択し、
ａ）配列番号１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０１のＣＣまたはＣＴ遺伝子型および／または
ｂ）配列番号２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０２のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｃ）配列番号３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｄ）配列番号４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｅ）配列番号５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０５のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｆ）配列番号６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０６のＣＣまたはＣＴ遺伝子型および／または
ｇ）配列番号７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０７のＣＣまたはＣＴ遺伝子型および／または
ｈ）配列番号８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型および／または
ｉ）配列番号９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿０９のＴＴまたはＴＧ遺伝子型および／または
ｊ）配列番号１０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１０のＴＴまたはＴＧ遺伝子型および／または
ｋ）配列番号１１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１１のＧＧまたはＡＧ遺伝子型および／または
ｌ）配列番号１２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型および／または
ｍ）配列番号１３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１３のＣＣまたはＣＡ遺伝子型および／または
ｎ）配列番号１４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１４のＡＡまたはＡＧ遺伝子型および／または
ｏ）配列番号１５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１５のＣＣまたはＣＴ遺伝子型および／または
ｐ）配列番号１６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型および／または
ｑ）配列番号１７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１７のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｒ）配列番号１８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１８のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｓ）配列番号１９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿１９のＡＡまたはＡＧ遺伝子型および／または
ｔ）配列番号２０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２０のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｕ）配列番号２１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２１のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｖ）配列番号２２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２２のＧＧまたはＧＴ遺伝子型および／または
ｗ）配列番号２３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２３のＴＴまたはＴＧ遺伝子型および／または
ｘ）配列番号２４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２４のＧＧまたはＧＴ遺伝子型および／または
ｙ）配列番号２５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｚ）配列番号２６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２６のＣＣまたはＣＡ遺伝子型および／または
ａａ）マーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２６との間の任意のキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカー
または任意に
Ｄ）前記野生受託物由来のＱＴＬを栽培キュウリに（例えば戻し交配によって）遺伝子移入する
ことを含む。
【０２７０】
工程Ｂ）、Ｃ）およびＤ）において、本明細書の他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験も使用することができる。したがって、この方法を用いて、キュウリの野生近縁種を、１つ以上のマーカーの存在について、したがってＱＴＬ２．１（またはその変異型）の存在についてスクリーニングすることができ、栽培キュウリ植物にＱＴＬを遺伝子移入することができる。この方法によって得られた植物および種子も本発明の一つの実施形態である。
【０２７１】
また、第６染色体上に収量ＱＴＬを含むキュウリの野生近縁種を同定するための方法も提供され、該方法は、
Ａ）１つ以上の受託されたキュウリの野生近縁種を提供し、
Ｂ）ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０（またはＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿３３；ＳＮＰ＿３３〜ＳＮＰ＿４０；ＳＮＰ＿２９〜ＳＮＰ＿３８等のＳＮＰマーカーのサブグループ）からなる群から選択される少なくとも１つ（または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはより多く）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記受託物を同定スクリーニングし、
Ｃ）少なくとも１つ以上の下記マーカーを含むｂ）の受託物を同定および／または選択し、
ａ）配列番号２７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２７のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｂ）配列番号２８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２８のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｃ）配列番号２９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿２９のＣＣまたはＣＡ遺伝子型および／または
ｄ）配列番号３０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｅ）配列番号３１（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３１のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｆ）配列番号３２（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３２のＣＣまたはＣＴ遺伝子型および／または
ｇ）配列番号３３（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３３のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｈ）配列番号３４（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３４のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｉ）配列番号３５（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３５のＧＧまたはＧＡ遺伝子型および／または
ｊ）配列番号３６（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３６のＡＡまたはＡＣ遺伝子型および／または
ｋ）配列番号３７（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３７のＡＡまたはＡＧ遺伝子型および／または
ｌ）配列番号３８（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３８のＡＡまたはＡＧ遺伝子型および／または
ｍ）配列番号３９（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿３９のＡＡまたはＡＣ遺伝子型および／または
ｎ）配列番号４０（またはその変異体）の一塩基多型マーカーＳＮＰ＿４０のＴＴまたはＴＣ遺伝子型および／または
ｏ）マーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意のキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカー
または任意に
Ｄ）前記野生受託物由来のＱＴＬを栽培キュウリに（例えば戻し交配によって）遺伝子移入する
ことを含む。
【０２７２】
工程Ｂ）、Ｃ）およびＤ）において、本明細書の他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験も使用することができる。したがって、この方法を用いて、キュウリの野生近縁種を、１つ以上のマーカーの存在について、したがってＱＴＬ６．１（またはその変異型）の存在についてスクリーニングすることができ、栽培キュウリ植物にＱＴＬを遺伝子移入することができる。この方法によって得られた植物および種子も本発明の一つの実施形態である。
【０２７３】
さらに別の態様において、第２および／または第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を同定するための方法であって、前記遺伝子移入断片が収量ＱＴＬを含む方法が提供され、前記方法は、本明細書の他の箇所に記載されているような、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を示す（連鎖された）少なくとも１つのＳＮＰマーカー（好ましくは２、３、４、５またはそれよりも多く；好ましくは連続的なＳＮＰマーカー）を検出する分子マーカーアッセイを用いて、栽培キュウリ植物または栽培キュウリ植物もしくはそのようなキュウリ植物の部分（例えば、果実、細胞、ＤＮＡ）の群をスクリーニングすることを含む。
【０２７４】
この方法では、本明細書の他の箇所に記載された分子マーカー試験のいずれかを使用することができる。したがって、この方法を使用して、栽培キュウリ植物または植物部分において、第２および／または第６染色体上にＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片の存在を検出することができる。
【０２７５】
さらに別の態様において、第２染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物であって、前記遺伝子移入断片がＱＴＬ２．１である栽培キュウリ植物が提供されるかどうかを検出する方法であって、
ａ）栽培キュウリ植物または植物部分を提供し、
ｂ）ＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６および／またはマーカーＳＮＰ＿０１とＳＮＰ＿２６との間の任意のキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーからなる群から選択される少なくとも１つ（好ましくは少なくとも２、３、４、５つまたはそれ以上）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記植物または前記植物部分（または前記植物または植物部分から得られたＤＮＡ）をスクリーニングする
ことを含む方法が提供される。
【０２７６】
さらに別の態様において、第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物であって、前記遺伝子移入断片がＱＴＬ６．１である栽培キュウリ植物が提供されるかどうかを検出する方法であって、
ａ）栽培キュウリ植物または植物部分を提供し、
ｂ）ＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０および／またはマーカーＳＮＰ＿２７とＳＮＰ＿４０との間の任意のキュウリの野生近縁種ゲノム特異的マーカーからなる群から選択される少なくとも１つ（好ましくは少なくとも２、３、４、５つまたはそれ以上）のＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記植物または前記植物部分（または前記植物または植物部分から得られたＤＮＡ）をスクリーニングする
ことを含む方法が提供される。
【０２７７】
分子マーカースクリーニングは、明らかに、植物材料を入手し、マーカー遺伝子型について材料のゲノムＤＮＡを分析することを含む。
【０２７８】
この方法では、本明細書の他の箇所に記載されている他の分子マーカー試験も使用することができる。
【０２７９】
第２染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を生産する方法であって、前記遺伝子移入断片がＱＴＬ２．１を含み、
ａ）ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片を欠く第１の栽培キュウリ植物を提供し、
ｂ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはその後代から生育された植物から選択される第２の栽培キュウリ植物を提供し、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１種子を採取し、Ｆ１植物を１回以上任意に同系交配させて、Ｆ２もしくはＦ３またはさらなる同系交配群を作出し、
ｅ）任意にＦ１植物またはＦ２もしくはＦ３もしくはさらなる同系交配植物をａ）の植物に戻し交配させて戻し交配群を産生し、
ｆ）戻し交配群を１回以上任意に同系交配させ、
ｇ）第２染色体上の遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカーおよび／または第６染色体上の遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカーの遺伝子型の１つ以上またはすべてを含む、Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３、さらなる同系交配植物または戻し交配植物を同定する
ことを含む方法もまた本明細書に包含される。
【０２８０】
第６染色体上に遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を生産する方法であって、前記遺伝子移入断片がＱＴＬ６．１を含み、
ａ）ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を欠く第１の栽培キュウリ植物を提供し、
ｂ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはその後代から生育された植物から選択される第２の栽培キュウリ植物を提供し、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１種子を採取し、Ｆ１植物を１回以上任意に同系交配させて、Ｆ２もしくはＦ３またはさらなる同系交配群を作出し、
ｅ）任意にＦ１植物またはＦ２もしくはＦ３もしくはさらなる同系交配植物をａ）の植物に戻し交配させて戻し交配群を産生し、
ｆ）戻し交配群を１回以上任意に同系交配させ、
ｇ）第２染色体上の遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカーおよび／または第６染色体上の遺伝子移入断片を示すＳＮＰマーカーの遺伝子型の１つ以上またはすべてを含む、Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３、さらなる同系交配植物または戻し交配植物を同定する
ことを含む方法もまた本明細書に包含される。
【０２８１】
さらなる態様において、Ｆ１交配種植物を産生する方法は、
ａ）ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片を有し、前記遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２５４５に見出される断片であるか、またはその遺伝子移入断片のより短い断片である、少なくとも１つの組換え第２染色体を含む第１の近交系キュウリ植物を提供し、
ｂ）組換え第２染色体を有するかまたは有さない第２の近交系キュウリ植物を提供し、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する
ことを含む。
【０２８２】
さらなる態様において、Ｆ１交配種植物を産生する方法は、
ａ）ＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を有し、前記遺伝子移入断片がＮＣＩＭＢ４２５４５に見出される断片であるか、またはその遺伝子移入断片のより短い断片である、少なくとも１つの組換え第６染色体を含む第１の近交系キュウリ植物を提供し、
ｂ）組換え第２染色体を有するかまたは有さない第２の近交系キュウリ植物を提供し、
ｃ）前記ａ）の植物を前記ｂ）の植物と交配させ、
ｄ）前記交配種からＦ１交配種種子を採取する
ことを含む。
【０２８３】
別の態様において、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を保持するＮＣＩＭＢ４２５４５の後代を産生するための方法であって、
ａ）受託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子から植物を生育させ、
ｂ）前記植物を１回以上同系交配させるか、または前記植物を他の栽培キュウリ植物と１回以上交配させて後代の種子を産生し、
ｃ）本明細書に開示される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて、前記種子または種子もしくは植物の部分から生育させた後代の種子または植物をスクリーニングし、
ｄ）（本明細書の他の箇所に記載されているように）ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片を示す少なくとも１、２、３またはそれ以上のＳＮＰマーカーを含む後代植物を同定および／または選択し、
ｅ）任意に前記後代植物の果実収量の増加を確認する
ことを含む方法が提供される
【０２８４】
ＮＣＩＭＢ４２５４５の後代を作出する方法が提供され、該方法は、
ａ）寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子から植物を生育させ、
ｂ）前記植物を１回以上同系交配焦るか、または前記植物を他の栽培キュウリ植物と１回以上交配させて後代の種子を産生し、
ｃ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ２６；および／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出する分子マーカーアッセイを用いて前記後代の種子もしくは該種子から生育させた植物、または前記種子または植物の部分をスクリーニングし、
ｄ）
ｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６の少なくとも１つのＳＮＰマーカーおよび／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０の少なくとも１つのＳＮＰマーカー；または
ｉｉ）第２染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿０１〜ＳＮＰ＿２６から選択される少なくとも２、３または４個の連続的なマーカーおよび／または第６染色体上の遺伝子移入断片を検出するためのＳＮＰ＿２７〜ＳＮＰ＿４０から選択される少なくとも２、３または４個の連続的なマーカー
を含む後代植物を同定および／または選択し、かつ、
ｅ）任意に、前記後代植物の果実収量の増大を確認すること
を含む。
【０２８５】
上述したいずれかの方法により作出された後代植物も本発明の一つの態様である。
【０２８６】
ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片の大きさを減少させるために、すなわち、第２および／または第６染色体上により小さい遺伝子移入断片であるが、遺伝子移入断片の収量増加部分を保持する遺伝子移入断片を含む組換え体を作出および選択するために、本明細書に記載の方法およびマーカーを用いることもできる。
【０２８７】
一つの態様において、本発明は、果実収量が増加したキュウリ品種を育種するための、キュウリの野生近縁種に由来する遺伝子移入断片を含む組換え第２および／または第６染色体の使用であって、前記ＱＴＬを含む遺伝子移入断片の使用を包含する。
【０２８８】
また、第２および／または第６染色体の遺伝子移入断片を含む栽培キュウリ植物を作出するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはその後代に見出される第２および／または第６染色体の使用も提供される。
【０２８９】
また、果実収量の増加が前記第２および／または第６染色体から得られた遺伝子移入断片により付与される、果実収量が増加した栽培キュウリ植物を作出するための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子またはその後代から生育した植物の使用も提供される。
【０２９０】
本発明によるＤＮＡおよび染色体
一つの態様において、本明細書の全体を通して記載されるように、キュウリの野生近縁種の遺伝子移入断片を含む、改変された（組換え）栽培キュウリの第２および／または第６染色体が本明細書において提供される。一つの態様において、組換え染色体は、その自然環境から単離される。別の態様において、組換え染色体は、植物細胞、特にキュウリ細胞、特に栽培キュウリ細胞中に存在する。また、ＱＴＬを含む組換え染色体の単離された部分も本明細書において提供される。
【０２９１】
さらなる態様において、本発明による収量対立遺伝子を含む組換え核酸分子、特に組換えＤＮＡ分子が提供される。一つの態様において、収量対立遺伝子は、本明細書に記載される１つ以上の分子マーカーアッセイによって検出可能である。また、組換えＤＮＡを含むＤＮＡベクターも提供される。組換えＤＮＡ分子またはＤＮＡベクターは、単離された核酸分子であってもよい。収量対立遺伝子を含むＤＮＡは、細菌（例えば、アグロバクテリウム）のような微生物に存在し得る。
【０２９２】
このような（単離または抽出された）核酸分子および／またはそのような組換え染色体またはその一部の、収量対立遺伝子を含む植物細胞および植物を作出するための使用は、本明細書に包含される。一つの態様において、遺伝子組み換え植物細胞および遺伝子組み換え植物、例えば、キュウリ細胞、収量対立遺伝子を含むキュウリ植物および部分（例えば果実）ならびに果実収量の表現型が強化された植物を作出するために使用され得る。
【０２９３】
従って、記載されているような組換え第２および／もしくは第６染色体、ならびに／または収量対立遺伝子を含む組換え核酸分子をゲノム中に含む遺伝子組み換え植物細胞、例えば、組換えキュウリ細胞も本発明の一つの実施形態である。一つの態様において、収量対立遺伝子を含むＤＮＡ分子は、キュウリゲノムに安定に組み込まれる。
【０２９４】
収量対立遺伝子もまたクローン化することができ、例えば、植物の発現可能なプロモーターを収量対立遺伝子に作動可能に連結して、キメラ遺伝子を作製することができる。そのようなキメラ遺伝子を植物細胞に導入し、植物細胞を植物全体に再生して遺伝子組み換え植物を産生することができる。一つの態様において、遺伝子組み換え植物は、キュウリ植物またはメロン植物である。
【０２９５】
したがって、収量対立遺伝子を含み、果物収量が増加した遺伝子組み換え植物、特に遺伝子組み換え栽培キュウリまたはメロン植物が本明細書において提供される。
【０２９６】
特に、本発明による組換え第２および／または第６染色体を含む細胞または細胞培養物は、一つの実施形態であり、組換え第２および／または第６染色体が、遺伝子組み換え方法または育種方法によって導入されるかどうかに依存しない実施形態である。細胞は、例えば、in vitroで、本発明の組換え第２および／または第６染色体を含む植物に再生可能である。
【０２９７】
また、本明細書中に開示される分子マーカー配列（および配列を含む単離された核酸分子）、ならびに収量ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１に連鎖する、本明細書に記載の任意の上記分子マーカーの間の分子マーカー、ならびに、前記ＱＴＬを含むキュウリ植物を検出および／または作出するためのこれらの使用が本明細書に包含される。
【０２９８】
一つの態様では、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片は、ＷＯ２０１６／０５９０９０およびＷＯ２０１６／０５９０９２に記載されている遺伝子移入断片とは異なる野生型供与体に由来し、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託されている種子中に存在する。従って、一つの態様では、本発明のＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１は、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２２６２として寄託された種子から得ることはできない。
【０２９９】
一つの実施形態では、本発明の植物は、アーカンソーリトルリーフ（Arkansas Little Leaf）およびＨ−１９系統のような劣性小葉（‘ｌｌ’）を含まない。
【０３００】
種子の寄託
ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入断片およびＱＴＬ６．１を含む遺伝子移入断片をホモ接合型で含み、ＣＵＸＹＬＤ２−６で指定される長キュウリ型のＢＣ１Ｓ３Cucumis sativus var. sativus系統の種子の代表的なサンプル、およびいずれの遺伝子移入断片も含まず、収量ＱＴＬも含まず、ＣＵＸＧＣ−ＧＣで指定される遺伝的対照（ＧＣ）は、それぞれ、２０１６年２月１８日および２０１４年１２月１７日にExpert Solution (ＥＰＣ２０００  規則３２（１）)に基づきブダペスト条約に従って、Nunhems B.V.によってNCIMB Ltd. （Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn Aberdeen, 英国スコットランドAB21 9YA）に寄託された。種子には、以下の寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５（ＣＵＸＹＬＤ２−６）およびＮＣＩＭＢ４２３４５（ＣＵＸＧＣ−ＧＣ）が付与された。寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として寄託された種子は、第２染色体上に、本発明の正の収量ＱＴＬの近くに連鎖することが初めて見出された負の収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．２）を含まない。
【０３０１】
申請者は、ＥＰＣ規則３２（１）または同様の規則および法令を有する国または条約の関連法令に従って、特許の付与が認められるまで、または出願が拒絶、取下げもしくは取り下げられたと見なされた場合には出願日から２０年間、生物学的材料のサンプルおよびそれに由来する任意の材料を指定された専門家にのみ放出（release）することを要求する。
【０３０２】
寄託物へのアクセスは、本出願の係属中に、米国特許庁長官が要求に応じて権利を有すると決定した者に利用可能となる。Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．８０８（ｂ）において、寄託材料の公衆への利用可能性に寄託者が課したすべての制限は、特許付与時に取り消し不能に除かれる。寄託は、３０年間もしくは最新の請求後５年間、または特許の有効期間のいずれか長い方の期間維持され、その期間中に生存不能になった場合には差し替えられる。申請者は、この出願に基づく特許または植物品種保護法（７  ＵＳＣ  ２３２１以下参照）に基づき付与されたいかなる権利も放棄するものではない。
【０３０３】
以下の非限定的な実施例は、ＱＴＬ２．１および／またはＱＴＬ６．１を含む、本発明による植物をどのように得ることができるかを記載する。実施例において他に述べられていない限り、すべての組換えＤＮＡ技術は、Sambrook et al. (1989） Molecular Cloning： A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, およびSambrook and Russell (2001) Molecular Cloning： A Laboratory Manual, Third Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NYおよびAusubel et al. (1994) Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols, USAの第１巻および第２巻に記載されているような標準的なプロトコルに従って行われる。植物分子作業の標準的な材料および方法は、BIOS Scientific Publications Ltd（英国）とBlackwell Scientific Publications, UKとが共同で発行したR.D.D. CroyによるPlant Molecular Biology Labfax (1993)に記載されている。標準的な育種方法は、Principles of Plant breeding, Second Edition, Robert W. Allard (ISBN 0-471-02309-4)に記載されている。
【実施例】
【０３０４】
実施例１−収量ＱＴＬの同定
集団の作製
米国から得られた野生近縁種キュウリ受託物（以下、供与体という）を、北ヨーロッパおよび北アメリカ温室キュウリマーケットのための交配プログラムにより、特許長キュウリ交配種系統ＨＭＲＫＣと交配した。ＨＭＲＫＣは、長温室キュウリプログラムの選抜系統である。
【０３０５】
ＱＴＬ発見集団（QTL-discovery population）を、ＨＭＲＫＣと野生種との間の交配から作製した。集団作製の間、収量測定を容易にするために雌の開花植物のみを維持した。
【０３０６】
ＳＮＰマーカーは、ゲノム範囲およびホモ接合性を長い果実を選択し、かつ最適化するために、数世代にわたって使用した。ＢＣ２Ｓ２集団を用いて遺伝地図を構築した。
【０３０７】
２２０個のＢＣ２Ｓ２植物を自家受粉させてＢＣ２Ｓ３を産生した。ＢＣ２Ｓ２植物を、育種プログラム、系統ＣＵＺＬ０１７６からの選抜系統と交配して、試験交配種を北ヨーロッパマーケットのために作出した。
【０３０８】
２２０個の試験雑種は、オランダにおける収量試験で用いられた。また、ＨＭＲＫＣとＣＵＺＬ０１７６とを交配させることにより遺伝的対照を作出した。２２０個の試験雑種および遺伝的対照は、オランダにおける収量試験で用いられた。
【０３０９】
２２０個の同じＢＣ２Ｓ２植物を別の選抜育種系統ＣＵＺＳ１３１３と交配させて、トルコマーケットのための試験雑種を作出した。これらの２２０個の試験雑種は、トルコにおける収量試験で用いられた。
【０３１０】
収量試験
収量に関連するＱＴＬを検出するために、オランダにおける試験（ＮＬＤ）およびトルコにおける試験（ＴＵＲ）の２つの異なる収量試験が実施された。
【０３１１】
オランダ（ＮＬＤ）での収量試験  ＱＴＬ２．１の検出
収量試験の目的は、夏−秋の期間中の長キュウリの収量を測定することであった。この試験は、２２０個の試験雑種と３０個の反復の遺伝的対照とからなる。２００９年６月に、ロックウール栓付きトレイの２５０個の区画に手作業で播種した。トレイを、少なくとも２４℃の温度で４日間保存した。播種の４日後に、発芽した種子を有する塊（plug）をロックウールブロックに移した。約３週間の間、ロックウールポットを、植物育成エリアである温室の特定の区画に保持した。この区画で、温室に植える準備が整うまで植物を生育させた。播種の約４週間後に、約３０ｃｍの高さの植物を栽培者に輸送した。栽培者では、区画当たり８つの植物が維持された。合計で、２５０区画×８の植物の試験が存在する。区画当たりの植物の正確な数を記録した。植物はオランダにおける通常の方法で栽培された。すなわち、植物を約２２０ｃｍの高さまでワイヤーで支えて、垂直に栽培した。この高さで、植物の頂部を除去し、植物を側面上で成長させ続けた。プランテーションの約３週間後、最初の果実を収穫することができた。収穫期は８月に始まり、１０月末まで続いた。植物は週に３〜７回収穫された。収量を、２つの異なる方法により測定した。区画当たりの果実の総数を数え、収穫日当たりの区画の植物の数で割った。全ての日の収穫を累積した。これにより、植物当たりの果実の平均数（ＦｒＰＰ）で表される累積収量を得た。第２の測定では、区画当たりの累積果実重量を得、それを植物数で割って、１グラム当たりの平均果実収量（ＧｒＰＰ）を得た。
【０３１２】
収量データを用いてＱＴＬを検出した。第２染色体では、第２染色体の約５Ｍｂ〜１１Ｍｂの間に位置する、収量に正の影響を与えるＱＴＬが同定された。
【０３１３】
表１は、キュウリの野生近縁種（供与体）由来の第２染色体上の遺伝子移入を含む試験雑種と、第２染色体上の遺伝子移入を欠く遺伝的対照との能力を示す。収量の増加は、ＧｒＰＰで表すと平均５％増大しており、ＦｒＰＰで表すと１８％増大していた。
【０３１４】
表１：キュウリ（供与体）の野生近縁種の第２染色体上の遺伝子移入を含む試験雑種と、第２染色体上の遺伝子移入を欠く遺伝的対照との収量。収量データは、オランダ（ＮＬＤ）における試験に基づくものである。収量は、植物当たりの平均グラムおよび植物当たりの平均果実（それぞれＧｒＰＰおよびＦｒＰＰ）で表される。
【０３１５】
【表１】
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【０３１６】
トルコ（ＴＵＲ）での収量試験  ＱＴＬ６．１の検出
収量試験の目的は、トルコの秋−冬の期間中の長キュウリの収量を測定することであった。１２月、１月、２月の平均最低気温は約６．５℃である。このような温度では、キュウリ植物にかなりの低温ストレスがかかる。寒冷ストレス下でキュウリ果実を産生し続けるのは、適応した遺伝子型だけである。温室には霜を防ぐために温室が設置される。温室内の最低温度を８℃とする。温室内の最高温度は外気温と太陽光とに依存し、この期間では３０℃まで上昇することがある。
【０３１７】
この試験は、２２０個の試験雑種と１１個の対照品種Ｋｙｂｅｌｅ  Ｆ１（Ｖｉｌｍｏｒｉｎ）とからなる。２００９年１０月に、泥炭栓を有するトレイの２３１個の区画に手作業で播種した。トレイを、最低温度２０℃の区域に保管した。播種の４週間後に、植物を温室に移した。温室では、区画当たり８つの植物が維持された。合計で、２３１区画×８の植物の試験からなった。区画当たりの植物の正確な数を記録した。植物は、トルコにおける短キュウリのために一般的な方法で栽培された。すなわち、植物を約２２０ｃｍの高さまでワイヤーで支えて、垂直に栽培した。この高さで、植物はワイヤー越しに地面に戻るように誘導した。植物の頂部が土壌の約１メートルに達した場合、植物の頂部を除去した。側部をワイヤーまで主茎上で除去した。果物の最初の収穫は１２月９日であった。果実は、２０１０年３月３０日まで週に１〜２回収穫された。収量を、２つの異なる方法により測定した。区画当たりの果実の総数を数え、収穫日当たりの区画の植物の数で割った。全ての日の収穫を累積した。これにより、植物当たりの果実の平均数（ＦｒＰＰ）で表される累積収量を得た。第２の測定では、区画当たりの累積重量を得、それを植物数で割って、１グラム当たりの平均収量（ＧｒＰＰ）を得た。
【０３１８】
収量データを用いてＱＴＬを検出した。１つの収量に関連するＱＴＬが、第６染色体上の約２５Ｍｂ〜２９Ｍｂの間で検出された。ＱＴＬは低温ストレス下で見出されたので、低温耐性ＱＴＬとみなすこともできる。
【０３１９】
表２は、キュウリの野生近縁種（供与体）由来の第６染色体上の遺伝子移入を含む試験雑種と、第６染色体上の遺伝子移入を欠く遺伝的対照との能力を示す。第６染色体上の収量関連ＱＴＬを有する試験雑種は、遺伝子移入を欠く材料と比較して、ＦｒＰＰで表すと３３％高い収量を有し、ＦｒＰＰで表すと３４％高い収量を有していた。対照として使用された冬品種であるＫｙｂｅｌｅと比較して、収量の増加は２６％（ＧｒＰＰ）またはＦｒＰＰで２５％であった。
【０３２０】
表２：供与体由来の第６染色体（ｃｈｒ６）上の遺伝子移入を含む試験雑種と、第６染色体上の遺伝子移入を欠く遺伝的対照との収量。収量データは、トルコにおける試験に基づくものである。収量は、植物当たりのグラムおよび植物当たりの果実（それぞれＧｒＰＰおよびＦｒＰＰ）で表される。冬品種であるＫｙｂｅｌｅ  Ｆ１（Ｖｉｌｍｏｒｉｎ）の産生が参考にされている。
【０３２１】
【表２】
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【０３２２】
ＱＴＬ２．１を含む遺伝子移入による収量増加の検証
ＱＴＬ検出試験の結果に基づいて、第２染色体上の遺伝子移入（ＱＴＬ２．１）を含む１つの特定のＢＣ２Ｓ２系統が選択された。この系統を繁殖系ＨＭＲＫＣと交雑して、ＢＣ３系統（戻し交配３）を作出した。ＢＣ３は２世代にわたって自家交雑され、供与体由来の第２染色体上の遺伝子移入のみを含むＢＣ３Ｓ２系統を作製した。この系統を繁殖系統ＣＵＺＬ０１７６と交雑して、新しい試験雑種（ＰＲＥ．Ｎ１．ＣＨ２．１００１）を作出した。比較育種系統については、ＨＭＲＫＣをＣＵＺＬ０１７６と交配させて遺伝的対照を作出し、その種子は、Ｎｕｎｈｅｍｓ  Ｂ．Ｖ．によって寄託番号ＮＣＩＭＢ４２３４５で寄託されている。
【０３２３】
２つの材料（ＰＲＥ．Ｎ１．ＣＨ２．１００１およびＮＣＩＭＢ４２３４５）を、２０１３年の夏／秋の収量試験において試験された。上述したのと同様の方法（収量試験−ＮＬＤ）で、８つの植物を４回反復して試験した。
【０３２４】
表３は、第２染色体上の収量ＱＴＬ（ＱＴＬ２．１）を含む系統の収量増加が、ＧｒＰＰで表すと４．３％であり、ＦｒＰＰで表すと５．０％であることを示し、前世代において第２染色体上の収量関連ＱＴＬがキュウリ収量を増加させることが確認された。
【０３２５】
表３：遺伝的対照ＮＣＩＭＢ４２３４５、ＨＭＲＫＣとＣＵＺＬ０１７６との間の雑種、および第２染色体上に供与体の遺伝子移入を含む戻し交配親ＨＭＲＫＣに基づくＣＵＺＬ０１７６とＢＣ３Ｓ２材料との間の雑種であるＰＲＥ．Ｎ１．ＣＨ２．１００１の複製当たり８植物の４つの複製物の１試行についての２０１３年の収量測定。収量は、上述したように、植物当たりの収穫された果実の累積（ＦｒＰＰ）および植物当たりの累積グラム（ＧｒＰＰ）により表される。
【０３２６】
【表３】
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【０３２７】
平均果実長は影響を受けず、遺伝的対照とＰＲＥ．Ｎ１．ＣＨ２．１００１との間に差はなかった。
【０３２８】
ＱＴＬ６．１の遺伝子移入による収量増加の検証
ＱＴＬ検出試験の結果に基づいて、第６染色体上の遺伝子移入（ＱＴＬ６．１）を含む１つの特定のＢＣ２Ｓ２系統が選択された。この系統を繁殖系ＨＭＲＫＣと交雑して、戻し交雑３系統（ＢＣ３）を作出した。ＢＣ３系統は２世代にわたって自家交雑され、供与体からの第６染色体上の遺伝子移入（ＱＴＬ６．１）のみを含むＢＣ３Ｓ２系統を作製した。この完成された系統（clean-up line）は、スペインの冬期市場で２種の親：繁殖系統ＣＵＺＬ０２２４およびＣＵＺＬ０８７６と交配され、また、トルコの冬期市場で２種の親：繁殖系統ＣＵＺＳ１３２９およびＣＵＺＳ０６８３と交配された。
【０３２９】
従って、以下の材料が開発された：
トルコ：ＣＵＺＳ０３２９との交雑に基づくＱＴＬ６．１を含むＰＲＥ．Ｎ１．ＣＨ６．９００１、およびＣＵＺＳ０６８３との交雑に基づくＱＴＬ６．１を含むＰＲＥ．Ｎ１．ＣＨ６．１１００１。ＱＴＬ６．１を欠く以下の２つの遺伝的対照：ＰＲＥ．Ｎ１．９ＧＣおよびＰＲＥ．Ｎ１．１１ＧＣをそれぞれ使用した。
【０３３０】
スペイン：ＣＵＺＬ０２２４との交雑に基づくＱＴＬ６．１を含むＰＲＥ．Ｎ１ＣＨ６．２００１；およびＣＵＺＬ０８７６との交雑に基づくＱＴＬ６．１を含むＰＲＥ．Ｎ１．ＣＨ６．７００１。遺伝的対照として、材料ＰＲＥ．Ｎ１．２ＧＣおよびＰＲＥ．Ｎ１．７ＧＣを使用した。
【０３３１】
トルコでは、材料は２０１３／２０１４の冬に試験された。２つの試験雑種の８つの複製物および２つの遺伝子対照を試験した。結果を以下の表４に示す。
【０３３２】
スペインでは、材料は２０１４年の冬に試験された。２つの試験雑種の８つの複製物および２つの遺伝的対照を試験した。結果を以下の表５に示す。
【０３３３】
【表４】
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【０３３４】
【表５】
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【０３３５】
長キュウリにおけるＱＴＬ２．１とＱＴＬ６．１の組み合わせ
ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方を含む試験雑種を作出し、それぞれ８植物の２つの複製物で２０１５年の春にカナダの温室で試験した。比較市販品種として、Ｖｅｒｄｏｎ  Ｆ１（ＲＺ２４−１５０、Ｒｉｊｋ  Ｚｗａａｎ）およびＳｅｐｉｒｅ  Ｆ１（ＮＵＮ４３００３、Ｎｕｎｈｅｍｓ）を使用した。ＦｒＰＰの平均数を決定した。
【０３３６】
【表６】
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【０３３７】
ＱＴＬ２．１およびＱＴＬ６．１の両方をホモ接合型で含む、２５００の長キュウリＢＣ１Ｓ３系統の種子の寄託が、Ｎｕｎｈｅｍｓ  Ｂ．Ｖ．により、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２５４５として２０１６年２月１８日になされた。
【０３３８】
実施例２
第２染色体上の遺伝子移入断片（ＱＴＬ２．１を含む）および第６染色体上の遺伝子移入断片（ＱＴＬ６．１を含む）にわたり単一ヌクレオチド多型マーカー（ＳＮＰ）を同定し、物理的なC. sativusのマップ上のそれらの位置を決定した。
【０３３９】
【表７】
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【０３４０】
【表８】
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【図１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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