(57)【要約】  ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子に特異的に結合する単離抗原結合分子が提供される。この抗原結合分子は、本明細書で提供される方法に使用することができる。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子に特異的に結合する単離抗原結合分子。
【請求項２】
抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ’）２、ｄＡｂ、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え抗体、ＩｇＥ抗体、ＩｇＤ抗体、ＩｇＭ抗体、ＩｇＧ１抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ２抗体、ＩｇＧ３抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ４抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ４抗体、少なくとも１つの非自然発生アミノ酸を含む抗体及びこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の抗原結合分子。
【請求項３】
抗体を含む、請求項２に記載の抗原結合分子。
【請求項４】
重鎖（ＨＣ）を含む、請求項２に記載の抗原結合分子。
【請求項５】
前記ＨＣが配列番号５及び配列番号１７からなる群から選択される重鎖可変領域（ＶＨ）配列を含む、請求項４に記載の抗原結合分子。
【請求項６】
前記可変領域（ＶＨ）が（ａ）ＣＤＲ１、（ｂ）ＣＤＲ２及び（ｃ）ＣＤＲ３の１つ以上を含む、請求項５に記載の抗原結合分子。
【請求項７】
配列番号７及び配列番号１９からなる群から選択される重鎖ＣＤＲ１を含む、請求項６に記載の抗原結合分子。
【請求項８】
配列番号８及び配列番号２０からなる群から選択される重鎖ＣＤＲ２を含む、請求項６に記載の抗原結合分子。
【請求項９】
配列番号９及び配列番号２１からなる群から選択される重鎖ＣＤＲ３を含む、請求項６に記載の抗原結合分子。
【請求項１０】
前記重鎖が重鎖ＣＤＲ１、重鎖ＣＤＲ２及び重鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲが図６、図８及び図９に示されるアミノ酸配列を含む、請求項６に記載の抗原結合分子。
【請求項１１】
請求項５に記載の抗原結合分子のＶＨに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＨアミノ酸配列を含む抗原結合分子。
【請求項１２】
軽鎖（ＬＣ）を含む、請求項２に記載の抗原結合分子。
【請求項１３】
前記ＬＣが配列番号１１及び配列番号２３からなる群から選択される軽鎖可変領域（ＶＬ）配列を含む、請求項１２に記載の抗原結合分子。
【請求項１４】
前記可変領域（ＶＬ）が（ａ）ＣＤＲ１、（ｂ）ＣＤＲ２及び（ｃ）ＣＤＲ３の１つ以上を含む、請求項１３に記載の抗原結合分子。
【請求項１５】
配列番号１３及び配列番号２５からなる群から選択される軽鎖ＣＤＲ１を含む、請求項１４に記載の抗原結合分子。
【請求項１６】
配列番号１４及び配列番号２６からなる群から選択される軽鎖ＣＤＲ２を含む、請求項１４に記載の抗原結合分子。
【請求項１７】
配列番号１５及び配列番号２７からなる群から選択される軽鎖ＣＤＲ３を含む、請求項１４に記載の抗原結合分子。
【請求項１８】
前記軽鎖が軽鎖ＣＤＲ１、軽鎖ＣＤＲ２及び軽鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲが図６、図８及び図９の１つに示されるアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載の抗原結合分子。
【請求項１９】
請求項１３に記載の抗原結合分子のＶＬに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＬアミノ酸配列を含む抗原結合分子。
【請求項２０】
（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＬと、
を含む、請求項２に記載の抗原結合分子。
【請求項２１】
（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１領域、
（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ２領域、
（ｃ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ３領域、
（ｄ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１領域、
（ｅ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ２領域、及び
（ｆ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ３領域、
を含む、請求項２０に記載の抗原結合分子。
【請求項２２】
（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＶＬと、
を含む、請求項２に記載の抗原結合分子。
【請求項２３】
（ａ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１領域と、
（ｂ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ２領域と、
（ｃ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ３領域と、
（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１領域と、
（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ２領域と、
（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ３領域と、
を含む、請求項２２に記載の抗原結合分子。
【請求項２４】
検出可能な標識を更に含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子。
【請求項２５】
前記検出可能な標識が蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される、請求項２４に記載の抗原結合分子。
【請求項２６】
前記蛍光標識がＡｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択される、請求項２５に記載の抗原結合分子。
【請求項２７】
請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子を含む組成物。
【請求項２８】
請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子の重鎖をコードするポリヌクレオチド。
【請求項２９】
請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子の軽鎖をコードするポリヌクレオチド。
【請求項３０】
請求項２８及び２９の一つに記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項３１】
請求項３０に記載のベクターの一方又は両方を含む細胞。
【請求項３２】
該細胞が、ＣＨＯ細胞、Ｓｐ２／０細胞、ウサギ細胞及び大腸菌細胞からなる群から選択される細胞を含む、請求項３１に記載の細胞。
【請求項３３】
請求項３２に記載の細胞を好適な条件下でインキュベートすることを含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子を製造する方法。
【請求項３４】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む治療用分子を提示する予め選択される数の細胞を含む用量の薬剤を被験体に投与する方法であって、
（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む治療用分子を発現することが知られている又は疑われる、既知の数の細胞を含む集団を含む既知の容量のサンプルを準備すること、
（ｂ）前記選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の集団を含む前記サンプルのアリコートを準備すること、
（ｃ）前記選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備すること、
（ｄ）前記（ｂ）のアリコートと前記（ｃ）の抗原結合分子とを、前記サンプル中に存在する細胞及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させること、
（ｅ）前記アリコート中の（ｄ）の結合複合体に存在する細胞の割合を決定すること、
（ｆ）（ｅ）において決定された細胞の割合に基づいて、前記サンプル中の前記選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の濃度を決定すること、
（ｇ）前記選択される数の細胞を含む前記サンプルの容量を決定すること、及び
（ｈ）（ｇ）において決定された容量の前記サンプルを前記被験体に投与すること、
を含む、方法。
【請求項３５】
（ａ）前記治療用分子がＣＡＲであり、（ｂ）前記細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される免疫細胞である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＣＡＲがＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｔｒｏに配置される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｖｏに配置される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記Ｔ細胞が血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にある、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記Ｔ細胞が自己Ｔ細胞である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４２】
前記Ｔ細胞が同種異系Ｔ細胞である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４３】
前記用量が１ｋｇ当たり１．０×１０６個の細胞を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項４４】
前記検出可能な標識が蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項４５】
前記蛍光標識がＡｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記抗原結合分子が請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子及びそのヒト化形態を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項４７】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を発現する免疫細胞を活性化する方法であって、
（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示することが知られている又は疑われる免疫細胞を含むサンプルを準備すること、及び
（ｂ）抗原結合分子と前記サンプルとを、該抗原結合分子及び前記選択されるアミノ酸配列を含む２つの分子を含み、該選択されるアミノ酸配列を含む分子が２つの異なる免疫細胞上に配置される結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させること、
を含む、方法。
【請求項４８】
（ａ）前記選択されるアミノ酸配列を含む分子がＣＡＲであり、（ｂ）前記免疫細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記ＣＡＲがＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｔｒｏに配置される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｖｏに配置される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
前記Ｔ細胞が血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にある、請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】
前記Ｔ細胞が自己Ｔ細胞である、請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
前記Ｔ細胞が同種異系Ｔ細胞である、請求項５０に記載の方法。
【請求項５６】
前記抗原結合分子が請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子及びそのヒト化形態を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５７】
サンプル中のＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の数を決定する方法であって、
（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示することが知られている又は疑われる細胞を含むサンプルを準備すること、
（ｂ）前記（ａ）のサンプルと、前記選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、検出可能な標識を含む抗原結合分子とを、前記サンプル中に存在する細胞及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させること、及び
（ｃ）前記サンプル中の（ｂ）の結合複合体に存在する細胞の数を決定すること、
を含む、方法。
【請求項５８】
（ａ）前記アミノ酸配列を含む分子がＣＡＲであり、（ｂ）前記選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される免疫細胞である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記ＣＡＲがＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６１】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｔｒｏに配置される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｖｏに配置される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６３】
前記Ｔ細胞が血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にある、請求項６０に記載の方法。
【請求項６４】
前記Ｔ細胞が自己Ｔ細胞である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６５】
前記Ｔ細胞が同種異系Ｔ細胞である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６６】
前記検出可能な標識が蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される、請求項５７に記載の方法。
【請求項６７】
前記蛍光標識がＡｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択される、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記抗原結合分子が請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子及びそのヒト化形態を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６９】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を単離する方法であって、
（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われるサンプルを準備すること、
（ｂ）前記選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、任意に検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備すること、
（ｃ）前記サンプルと前記抗原結合分子とを、前記選択されるアミノ酸配列を含む分子及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることと、
（ｄ）結合複合体の一部ではないあらゆる分子を形成される結合複合体から分離すること、及び
（ｅ）形成される結合複合体を（１）前記選択されるアミノ酸配列を含む分子及び（２）抗原結合分子に分離すること、
を含む、方法。
【請求項７０】
前記選択されるアミノ酸配列を含む分子がＣＡＲである、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記ＣＡＲがＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記抗原結合分子がアガロースビーズ、磁性ビーズ、プラスチックウェルプレート、ガラスウェルプレート、セラミックウェルプレート及び細胞培養バッグからなる群から選択される表面上に配置される、請求項６９に記載の方法。
【請求項７３】
前記検出可能な標識が蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される、請求項６９に記載の方法。
【請求項７４】
前記蛍光標識がＡｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択される、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記抗原結合分子が請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子及びそのヒト化形態を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７６】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子の有無を決定する方法であって、
（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われるサンプルを準備すること、
（ｂ）前記選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、検出可能な標識を更に含む、抗原結合分子を準備すること、
（ｃ）前記サンプルと前記抗原結合分子とを、結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させること、
（ｄ）結合複合体の一部ではないあらゆる分子を形成される結合複合体から分離すること、及び
（ｅ）結合複合体の有無を検出することと、
を含む、方法。
【請求項７７】
前記選択されるアミノ酸配列を含む分子がＣＡＲである、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記ＣＡＲがＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記抗原結合分子がアガロースビーズ、磁性ビーズ、プラスチックウェルプレート、ガラスウェルプレート、セラミックウェルプレート及び細胞培養バッグからなる群から選択される表面上に配置される、請求項７６に記載の方法。
【請求項８０】
前記検出可能な標識が蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される、請求項７６に記載の方法。
【請求項８１】
前記蛍光標識がＡｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択される、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記抗原結合分子が請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子及びそのヒト化形態を含む、請求項７６に記載の方法。
【請求項８３】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の濃度を増大する方法であって、
（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われる細胞を含むサンプルを準備すること、
（ｂ）前記選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、任意に検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備すること、
（ｃ）前記サンプルと前記抗原結合分子とを、前記選択されるアミノ酸配列を含む分子及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることと、
（ｄ）結合複合体の一部ではない任意の構成成分を除去すること、及び
（ｅ）工程（ａ）〜（ｄ）を所望の回数繰り返すこと、
を含む、方法。
【請求項８４】
（ａ）前記選択されるアミノ酸配列を含む分子がＣＡＲであり、（ｂ）前記細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される免疫細胞である、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記ＣＡＲがＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項８４に記載の方法。
【請求項８７】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｔｒｏに配置される、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｖｏに配置される、請求項８６に記載の方法。
【請求項８９】
前記Ｔ細胞が血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にある、請求項８６に記載の方法。
【請求項９０】
前記Ｔ細胞が自己Ｔ細胞である、請求項８６に記載の方法。
【請求項９１】
前記Ｔ細胞が同種異系Ｔ細胞である、請求項８６に記載の方法。
【請求項９２】
前記抗原結合分子が請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子及びそのヒト化形態を含む、請求項８３に記載の方法。
【請求項９３】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する免疫細胞の集団を枯渇させる方法であって、
（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を発現することが知られている又は疑われる、枯渇させるべき免疫細胞の集団を準備すること、及び
（ｂ）前記免疫細胞と、（１）前記選択されるアミノ酸配列を含む分子及び（２）該選択されるアミノ酸配列を含まない該免疫細胞の表面上に提示される活性化分子に特異的に結合する抗原結合分子とを、該選択されるアミノ酸配列を含む分子、該活性化分子及び該抗原結合分子を含む三元結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させること、
を含む、方法。
【請求項９４】
（ａ）前記アミノ酸配列を含む分子がＣＡＲであり、（ｂ）前記免疫細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記ＣＡＲがＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記免疫細胞がＴ細胞である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｔｒｏに配置される、請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
前記Ｔ細胞がｉｎ  ｖｉｖｏに配置される、請求項９６に記載の方法。
【請求項９９】
前記Ｔ細胞が血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にある、請求項９６に記載の方法。
【請求項１００】
前記Ｔ細胞が自己Ｔ細胞である、請求項９６に記載の方法。
【請求項１０１】
前記Ｔ細胞が同種異系Ｔ細胞である、請求項９６に記載の方法。
【請求項１０２】
前記抗原結合分子が請求項１〜２３のいずれか一項に記載の抗原結合分子及びそのヒト化形態を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０３】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の集団のｉｎ  ｖｉｖｏ分布をモニタリングする方法。
【請求項１０４】
前記細胞の集団がＣＡＲ細胞である、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
抗原結合分子を準備する工程、及び
陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）スキャンを行う工程、
を含む、請求項１０３又は１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
前記抗原結合分子が前記ＣＡＲ細胞をｉｎ  ｖｉｖｏで刺激する又は枯渇させる、請求項１０５に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［関連出願の相互参照］
本願は、２０１６年７月１２日付で出願された米国仮特許出願第６２／３６１，４２０号及び２０１６年１１月１日付で出願された米国仮特許出願第６２／４１５，７８６号の優先権を主張し、各々の全体が引用することにより本明細書の一部をなす。
【０００２】
［配列表］
本願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表を含み、その全体が引用することにより本明細書の一部をなす。２０１７年７月１０日付けで作製された上記ＡＳＣＩＩコピーの名前はＫ１０３３＿０３＿ＳＬ．ｔｘｔであり、５７１５３９バイトのサイズである。
【０００３】
本開示は、配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体等の抗原結合分子、かかる抗原結合分子をコードするポリヌクレオチド、並びに抗原結合分子のヒト化形態に関する。抗原結合分子を使用する方法も開示する。
【背景技術】
【０００４】
抗体を含む抗原結合分子は免疫療法、並びにバイオセンサー、アフィニティークロマトグラフィー及びイムノアッセイ等の固相ベースの用途に使用される。これらの抗体及び抗原結合分子は、それらの標的を特異的に結合する能力のために有用性を得る。
【０００５】
バイオテクノロジー及び生物療法用途に用いられる場合にペプチドベースであることが多いリンカー配列は、様々な科学的に関連した用途に役立つ可能性がある。例えば、リンカーは単に、より大きな分子に対して所望の構造特性及び／又は機能特性を与えるためにスペーサー部分として使用することができる。別の例では、リンカーは、より大きな分子に対して構造特性又は機能特性を殆ど又は全く与えることができないが、単により大きな分子を独自に特定する特徴的な特徴部（例えば、「マーカー」又は「バイオマーカー」又は「タグ」）として使用することができる。更に別の例では、リンカーは、リンカー配列を含むより大きな分子に対する抗体の結合部位として働くことができる認識可能な特徴部を与えるために使用することができる。
【０００６】
リンカー配列がより大きな分子の特徴的な、検出可能な又は識別可能な特徴部として使用される場合、より大きな分子中に存在する他の配列を除くリンカー配列を特異的に結合する抗体である抗体が検出剤として働くことができる。かかる抗体は、或る特定の条件下で検出可能な部分で標識することができる。かかる抗体の付加的な用途としては、リンカーを含む分子の精製及び単離、特定の状況における分子の特性化、リンカーを含む及び／又は提示する分子の集団の濃度の富化、並びに治療用途も挙げられる。
【０００７】
１９９３年に、Whitlow et al.がアミノ酸配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）を含む合成リンカーペプチドを開示している（非特許文献１）。開示のペプチドはｓｃＦｖの構成成分として研究され、これまでのリンカーペプチドにおいて同定されたタンパク質分解部位を除去するように設計された。Whitlow et al.は、この新たに設計された合成リンカーペプチドが、その配列がベースとする以前のリンカーペプチドと比較した場合にｉｎ  ｖｉｔｒｏでタンパク質分解に対してより安定しており、更には同じ以前のリンカーと比較して少ない凝集を示すと結論付けた。Whitlow et al.は、それらの第二世代リンカーペプチドに対する任意の抗原結合分子は開示していいない。
【０００８】
配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を特異的に結合する抗体を含む抗原結合分子が本明細書に開示される。抗原結合分子のヒト化形態も提供される。その適用及び使用も開示される。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Whitlow et al., (1993) Prot. Eng. 6(8):989-95
【発明の概要】
【００１０】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子に特異的に結合する単離抗原結合分子が提供される。様々な実施の形態では、抗原結合分子は、抗体、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ’）２、ｄＡｂ、非ヒト抗体（例えば、ウサギ）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え抗体、ＩｇＥ抗体、ＩｇＤ抗体、ＩｇＭ抗体、ＩｇＧ１抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ２抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ２抗体、ＩｇＧ３抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ１抗体、ＩｇＧ４抗体、ヒンジ領域中に少なくとも１つの変異を有するＩｇＧ４抗体、少なくとも１つの非自然発生アミノ酸を含む抗体及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される。特定の実施の形態では、抗原結合分子は、抗体を含む。
【００１１】
様々な実施の形態では、抗原結合分子は、重鎖（ＨＣ）を含み、幾つかの実施の形態では、ＨＣは、配列番号５及び配列番号１７からなる群から選択される重鎖可変領域（ＶＨ）配列を含む。他の実施の形態では、可変領域（ＶＨ）は、（ａ）ＣＤＲ１、（ｂ）ＣＤＲ２及び（ｃ）ＣＤＲ３の１つ以上を含む。幾つかの実施の形態では、抗原結合分子は、配列番号７及び配列番号１９からなる群から選択される重鎖ＣＤＲ１を含み、他の実施の形態では、抗原結合分子は、配列番号８及び配列番号２０からなる群から選択される重鎖ＣＤＲ２を含み、更なる他の実施の形態では、抗原結合分子は、配列番号９及び配列番号２１からなる群から選択される重鎖ＣＤＲ３を含む。様々な実施の形態では、抗原結合分子は、重鎖ＣＤＲ１、重鎖ＣＤＲ２及び重鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲが図６及び図８に示されるアミノ酸配列を含み、更なる実施の形態では、抗原結合分子は、本明細書、例えば添付の配列表並びに図６及び図８で提供される抗原結合分子のＶＨに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＨアミノ酸配列を含む。
【００１２】
様々な実施の形態では、抗原結合分子は、軽鎖（ＬＣ）を含み、幾つかの実施の形態では、抗原結合分子は、ＬＣは、配列番号１１及び配列番号２３からなる群から選択される軽鎖可変領域（ＶＬ）配列を含む。他の実施の形態では、可変領域（ＶＬ）は、（ａ）ＣＤＲ１、（ｂ）ＣＤＲ２及び（ｃ）ＣＤＲ３の１つ以上を含む。幾つかの実施の形態では、抗原結合分子は、配列番号１３及び配列番号２５からなる群から選択される軽鎖ＣＤＲ１を含み、他の実施の形態では、抗原結合分子は、配列番号１４及び配列番号２６からなる群から選択される軽鎖ＣＤＲ２を含み、更なる他の実施の形態では、抗原結合分子は、配列番号１５及び配列番号２７からなる群から選択される軽鎖ＣＤＲ３を含む。様々な実施の形態では、抗原結合分子は、軽鎖ＣＤＲ１、軽鎖ＣＤＲ２及び軽鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲが図６及び図８に示されるアミノ酸配列を含み、更なる実施の形態では、抗原結合分子は、本明細書、例えば添付の配列表並びに図６及び図８で提供される抗原結合分子のＶＬに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＬアミノ酸配列を含む。
【００１３】
特定の実施の形態では、抗原結合分子は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨ；及び（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＬを含む。更に特定の実施の形態では、抗原結合分子は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１領域；（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ２領域；（ｃ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ３領域；（ｄ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１領域；（ｅ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ２領域；及び（ｆ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ３領域を含む。
【００１４】
特定の実施の形態では、抗原結合分子は、（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＶＨ；及び（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＶＬを含む。更に特定の実施の形態では、抗原結合分子は、（ａ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１領域；（ｂ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ２領域；（ｃ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ３領域；（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１領域；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ２領域；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ３領域を含む。
【００１５】
幾つかの実施の形態では、本明細書で提供される抗原結合分子は、蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択することができる検出可能な標識を更に含む。特定の実施の形態では、検出可能な標識は、蛍光標識であり、Ａｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択される。
【００１６】
抗原結合分子を含む組成物、抗原結合分子の重鎖をコードするポリヌクレオチド及び抗原結合分子の軽鎖をコードするポリヌクレオチドも提供される。ポリヌクレオチドを含むベクター及びかかるベクターを含む細胞が本開示の付加的な態様を形成する。様々な実施の形態において、細胞はＣＨＯ細胞、Ｓｐ２／０細胞、ウサギ細胞、他の哺乳動物細胞、酵母細胞、又は大腸菌（E. coli）細胞等の細菌細胞からなる群から選択することができる。細胞を好適な条件下でインキュベートすることを含み得る、本明細書に開示される抗原結合分子を作製する方法も提供される。
【００１７】
別の態様では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む治療用分子を提示する予め選択される数の細胞を含む用量の薬剤を被験体に投与する方法が提供される。１つの実施の形態では、上記方法は、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む治療用分子を発現することが知られている又は疑われる、既知の数の細胞を含む集団を含む既知の容量のサンプルを準備することと、（ｂ）選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の集団を含むサンプルのアリコートを準備することと、（ｃ）選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備することと、（ｄ）（ｂ）のアリコートと（ｃ）の抗原結合分子とを、サンプル中に存在する細胞及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることと、（ｅ）アリコート中の（ｄ）の結合複合体に存在する細胞の割合（fraction）を決定することと、（ｆ）（ｅ）において決定された細胞の割合に基づいて、サンプル中の選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の濃度を決定することと、（ｇ）選択される数の細胞を含むサンプルの容量を決定することと、（ｈ）（ｇ）において決定された容量のサンプルを被験体に投与することとを含む。
【００１８】
幾つかの実施の形態では、（ａ）治療用分子がＣＡＲであり、（ｂ）細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される免疫細胞である。特定の実施の形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む。幾つかの実施の形態では、免疫細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｉｎ  ｖｉｖｏに配置されていてもよく、血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の��つの中にあってもよいＴ細胞である。Ｔ細胞は自己Ｔ細胞又は同種異系Ｔ細胞であり得る。幾つかの実施の形態では、上記用量は被験体の１キログラム当たり０．５×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり１．０×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり２．０×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり３．０×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり４．０×１０６個の細胞又は被験体の１キログラム当たり５．０×１０６個の細胞を含む。特定の実施の形態では、上記用量は、１ｋｇ当たり１．０×１０６個の細胞を含む。他の実施の形態では、検出可能な標識は、蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される。検出可能な標識が蛍光標識である場合、蛍光標識は、Ａｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択することができる。また更なる実施の形態では、抗原結合分子はヒト化抗原結合分子である。
【００１９】
別の態様では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を発現する免疫細胞を活性化する方法が提供される。１つの実施の形態では、上記方法は、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を発現することが知られている又は疑われる免疫細胞を含むサンプルを準備することと、（ｂ）抗原結合分子とサンプルとを、該抗原結合分子及び選択されるアミノ酸配列を含む２つの分子を含み、該選択されるアミノ酸配列を含む分子が２つの異なる免疫細胞上に配置される結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることとを含む。
【００２０】
幾つかの実施の形態では、免疫細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される。特定の実施の形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子は、ＣＡＲである。更なる実施の形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及び��れらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む。幾つかの実施の形態では、免疫細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｉｎ  ｖｉｖｏに配置されていてもよく、血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にあってもよいＴ細胞である。Ｔ細胞は自己Ｔ細胞又は同種異系Ｔ細胞であり得る。また更なる実施の形態では、抗原結合分子はヒト化抗原結合分子である。
【００２１】
別の態様では、サンプル中のＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の数を決定する方法が提供される。１つの実施の形態では、上記方法は、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示することが知られている又は疑われる細胞を含むサンプルを準備することと、（ｂ）（ａ）のサンプルと、選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、検出可能な標識を含む抗原結合分子とを、サンプル中に存在する細胞及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることと、（ｃ）サンプル中の（ｂ）の結合複合体に存在する細胞の数を決定することとを含む。
【００２２】
幾つかの実施の形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）及びＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子は、ＣＡＲである。特定の実施の形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む。他の実施の形態では、細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、Ｔ��Ｒ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される免疫細胞である。幾つかの実施の形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｉｎ  ｖｉｖｏに配置されていてもよく、血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にあってもよいＴ細胞である。Ｔ細胞は自己Ｔ細胞又は同種異系Ｔ細胞であり得る。また更なる実施の形態では、抗原結合分子はヒト化抗原結合分子である。
【００２３】
別の態様では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を単離する方法が提供される。分子は、選択されるアミノ酸をＮ末端、Ｃ末端、ドメイン間、ループ中、又は構造を分断しても若しくは分断しなくてもよい分子中の任意の場所に含むことができる。１つの実施の形態では、上記方法は、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われるサンプルを準備することと、（ｂ）選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、任意に検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備することと、（ｃ）サンプルと抗原結合分子とを、選択されるアミノ酸配列を含む分子及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることと、（ｄ）結合複合体の一部ではないあらゆる分子を形成される結合複合体から分離することと、（ｅ）形成される結合複合体を（１）選択されるアミノ酸配列を含む分子及び（２）抗原結合分子に分離することとを含む。
【００２４】
幾つかの実施の形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子はＣＡＲである。特定の実施の形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む。他の実施の形態では、抗原結合分子は、アガロースビーズ、磁性ビーズ、プラスチックウェルプレート、ガラスウ��ルプレート、セラミックウェルプレート及び細胞培養バッグからなる群から選択される表面上に配置される。他の実施の形態では、検出可能な標識は、蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される。検出可能な標識が蛍光標識である場合、蛍光標識は、Ａｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択することができる。また更なる実施の形態では、抗原結合分子はヒト化抗原結合分子である。
【００２５】
更なる態様では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子の有無を決定する方法が提供される。実施の形態では、上記方法は、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われるサンプルを準備することと、（ｂ）検出可能な標識を更に含む、選択されるアミノ酸配列を特異的に結合する抗原結合分子を準備することと、（ｃ）サンプルと抗原結合分子とを、結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることと、（ｄ）結合複合体の一部ではないあらゆる分子を形成される結合複合体から分離することと、（ｅ）結合複合体の有無を検出することとを含む。
【００２６】
実施の形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子はＣＡＲである。更に別の実施の形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む。他の実施の形態では、抗原結合分子は、アガロースビーズ、磁性ビーズ、プラスチックウェルプレート、ガラスウェルプ��ート、セラミックウェルプレート及び細胞培養バッグからなる群から選択される表面上に配置される。他の実施の形態では、検出可能な標識は、蛍光標識、フォトクロミック化合物、タンパク性蛍光標識、磁気標識、放射標識及びハプテンからなる群から選択される。検出可能な標識が蛍光標識である場合、蛍光標識は、Ａｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択することができる。また更なる実施の形態では、抗原結合分子はヒト化抗原結合分子である。
【００２７】
ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の濃度を増大する方法が更に提供される。幾つかの実施の形態では、上記方法は、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われる細胞を含むサンプルを準備することと、（ｂ）選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、任意に検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備することと、（ｃ）サンプルと抗原結合分子とを、選択されるアミノ酸配列を含む分子及び該抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることと、（ｄ）結合複合体の一部ではない任意の構成成分を除去することと、（ｅ）工程（ａ）〜（ｄ）を所望の回数繰り返すこととを含む。
【００２８】
実施の形態では、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子はＣＡＲであり、（ｂ）細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞からなる群から選択される免疫細胞である。更なる実施の形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組��せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む。幾つかの実施の形態では、細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｉｎ  ｖｉｖｏに配置されていてもよく、血液、摘出組織、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にあってもよいＴ細胞である。Ｔ細胞は自己Ｔ細胞又は同種異系Ｔ細胞であり得る。また更なる実施の形態では、抗原結合分子はヒト化抗原結合分子である。
【００２９】
また更なる態様では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞（例えば、免疫細胞）の集団を枯渇させる方法が提供される。実施の形態では、上記方法は、（ａ）ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を発現することが知られている又は疑われる、枯渇させるべき免疫細胞の集団を準備することと、（ｂ）免疫細胞と、（ａ）選択されるアミノ酸配列を含む分子及び（ｂ）該選択されるアミノ酸配列を含まない該免疫細胞の表面上に提示される活性化分子に特異的に結合する抗原結合分子とを、該選択されるアミノ酸配列を含む分子、該活性化分子及び該抗原結合分子を含む三元結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させることとを含む。
【００３０】
特定の実施の形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子はＣＡＲである。更なる実施の形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含む。幾つかの実施の形態では、免疫細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｉｎ  ｖｉｖｏに配置されていてもよく、血液、摘出組���、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織及び細胞培養培地の１つの中にあってもよいＴ細胞である。Ｔ細胞は自己Ｔ細胞又は同種異系Ｔ細胞であり得る。また更なる実施の形態では、抗原結合分子はヒト化抗原結合分子である。
【００３１】
一態様では、本発明はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の集団のｉｎ  ｖｉｖｏ分布をモニタリングする方法を提供する。幾つかの実施の形態では、細胞の集団はＣＡＲ細胞である。幾つかの実施の形態では、本発明は、抗原結合分子を準備することと、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）スキャンを行うこととを含む、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の集団のｉｎ  ｖｉｖｏ分布をモニタリングする方法を提供する。幾つかの実施の形態では、抗原結合分子を準備することで、ＣＡＲ  Ｔ細胞をｉｎ  ｖｉｖｏで刺激する又は枯渇させる。
【図面の簡単な説明】
【００３２】
【図１】図１Ａは、配列番号１のリンカー配列を含むｓｃＦｖ配列のリボン図であり、図１Ｂは、配列番号１のリンカー配列を含むｓｃＦｖ配列の空間充填図である。リンカーを灰色で示す。
【図２】配列番号１のリンカー配列を含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を提示する細胞を用いて行ったフローサイトメトリー実験の結果を示す一連のプロットである。結果は、２つの異なるクローン（クローン８、左；及びクローン１６、右）から生成した１ｎｇ、１０ｎｇ又は１００ｎｇの抗体を用いて得たものであり、３つ全ての量で発現されるＣＡＲに対する抗体の特異的結合を示す。
【図３】配列番号１のリンカー配列を含む５つの異なるＣＡＲを提示する細胞を用いて行ったフローサイトメトリー実験の結果を示す一連のプロットであり、発現されるＣＡＲに対する抗体の特異的結合を示す。
【図４】ＣＡＲを提示する細胞を用いて行った免疫組織化学（ＩＨＣ）研究の結果を示す一連の写真である。上の図は、ＣＡＲを提示する細胞への、配列番号１のリンカー配列を含むＣＡＲに対する抗体クローン８の特異的結合を示し、下の図は、ＣＡＲを提示する細胞への、配列番号１のリンカー配列を含むＣＡＲに対する抗体クローン１６の特異的結合を示す。
【図５】抗体クローン８及びクローン１６に対して行ったエピトープマッピングＥＬＩＳＡ実験の結果を示すヒストグラムである。結果から、全ての抗体が完全長１８ｍｅｒ（配列番号１）に結合するが、クローン８は１０ｍｅｒ部分配列ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）に特異的に結合し、クローン１６は８ｍｅｒ部分配列ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）に特異的に結合することが実証される。図には配列番号１、配列番号４８５〜配列番号４８８、配列番号１及び配列番号４８９〜配列番号４９１がそれぞれ出現順に開示される。
【図６】クローン８及びクローン１６によって分泌される抗体の重鎖（ＨＣ）及び軽鎖（ＬＣ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３領域を示す一連の表である。重鎖及び軽鎖ＣＤＲは、各抗体についてＫａｂａｔ（それぞれ出現順に配列番号４９２、配列番号８、配列番号９、配列番号４９３、配列番号２０、配列番号２１、配列番号１３〜配列番号１５及び配列番号２５〜配列番号２７）、Ｃｈｏｔｈｉａ（それぞれ出現順に配列番号７〜配列番号９、配列番号１９〜配列番号２１、配列番号１３〜配列番号１５及び配列番号２５〜配列番号２７）及びＩＭＧＴ（それぞれ出現順に配列番号４９４、配列番号８、配列番号９、配列番号４９５、配列番号２０、配列番号２１、配列番号１３〜配列番号１５及び配列番号２５〜配列番号２７）ナンバリングシステムを用いて示す。
【図７】１８ｍｅｒ配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、並びにクローン８の抗体が結合するこの配列上のエピトープ（ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ；配列番号２及びＳＧＫＰＧＳＧＥ；配列番号４９９）及びクローン１６の抗体が結合するこの配列上のエピトープ（ＧＫＰＧＳＧＥＧ；配列番号３及びＫＰＧＳＧ；配列番号５００）を示す表である。
【図８】本明細書で提供される抗原結合分子のヒト化形態を示す一連の表である。
【図９】ＥＬＩＳＡによるエピトープマッピングから本明細書に開示される抗原結合分子が結合することが見出された配列番号１の領域を示す棒グラフである。このアッセイにより、これまでの実験で特定された領域に焦点を合わせたより狭い範囲のペプチド配列を用いることでリンカー抗体エピトープが図５に示されるＥＬＩＳＡから更に狭められる。
【図１０】本明細書に開示される抗原結合分子を用いて負及び正にゲーティングされたＣＡＲ−Ｔ細胞を示す蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）プロットの結果を示す図である。
【図１１】ＯＫＴ３抗体及び本明細書に開示される抗リンカー抗体を用いたＣＡＲ−Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ刺激の結果を示す一連の棒グラフである。ＯＫＴ３は所与の集団中の全てのＴ細胞を活性化するが、抗リンカーＭＡｂは、ＣＡＲ＋集団対ＣＡＲ−集団の比率の勾配を用いることによって示されるように、ＣＡＲ−Ｔ細胞の集団を優先的に活性化することで経時的に富化する。
【図１２】図１２Ａ及び図１２Ｂは、ＣＡＲ−Ｔ陽性細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ刺激の影響を示す一連の棒グラフ及びプロットである。図面から、このＯＫＴ３抗体は全てのＴ細胞を刺激するが、本明細書に開示される抗原結合分子はＣＡＲ−Ｔ陽性細胞のみを選択的に刺激することが示される。
【図１３】抗リンカークローン８  Ｍａｂによる刺激の前及び後のＣＡＲ  Ｔ細胞を予め注射した雌性ＮＳＧマウスのＦＤＧ−ＰＥＴイメージングを示す図である。
【図１４】図１４Ａ及び図１４Ｂは、ペプチドＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧを含むＣＡＲ構築物と共にインキュベートしたダイアボディ（diabody）が細胞死の増大をもたらすことを示す図である。図１４Ａに示されるように、ダイアボディ濃度が増大するにつれ、特定のペプチドを含有するＣＡＲ構築物の３回の反復試験の平均においてより大きな蛍光強度中央値が見られる。対照ＣＡＲ又はモックを形質導入した細胞をダイアボディと共にインキュベートした場合、細胞毒性色素蛍光の量の有意な増大は見られない。図１４Ｂでは、ダイアボディ濃度の増大に応じたＣＡＲ＋Ｔ細胞のパーセンテージを測定する。
【発明を実施するための形態】
【００３３】
本開示は、配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む部分を特異的に結合する、抗体を含む抗原結合分子、並びに抗原結合分子のヒト化形態、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む分子、かかる分子を提示する細胞、分子をコードするポリヌクレオチド、並びにポリヌクレオチドを含むベクターに関する。ポリヌクレオチド及びベクターを含むｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞も開示される。
【００３４】
開示の抗原結合分子を使用する方法が提供される。本明細書に記載される抗原結合分子、ポリヌクレオチド、ベクター、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞及び方法は様々な用途で、例えばＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞の存在を検出する試薬として、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む分子、分子並びにかかる分子を提示する細胞の量の定量化、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞のスクリーニング、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞の精製、並びに配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に焦点を合わせたバイオマーカー研究に使用することができる。治療的使用、例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞の生物学的活性を変調する（増強又は抑制する）用途、並びに配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む治療剤、並びにかかる分子を提示する細胞に関した投与量決定試験も提供される。
【００３５】
本明細書に開示される抗原結合分子（抗体）は、ウサギ起源のＢ細胞を用いて生成したハイブリドーマから生成したが、当業者に知られている標準方法及び本明細書に記載される方法を用いて容易にヒト化することができる。開示の抗原結合分子の代表的なヒト化形態が本明細書で提供される。
【００３６】
Ｉ．定義
本開示がより容易に理解され得るように、特定の用語を最初に定義する。本出願で使用されるように、本明細書において別段の明らかな提供がなされる場合以外は、以下の用語は各々、下記に述べられる意味を有するものとする。追加の定義は、本出願全体を通して定められる。本明細書で提供される標題は、本開示の様々な態様を限定するものではなく、全体として本明細書を参照することによって理解され得る。
【００３７】
本明細書において「含む、含んでいる」の言葉と共に態様が記載される時はいかなる場合でも、「からなる」及び／又は「から本質的になる」の用語で記載される別の類似する態様も提供されることが理解される。
【００３８】
本明細書で使用される単位、接頭辞及び記号は、それらの国際単位系（ＳＩ：Systeme International de Unites）の容認される形態で提示される。数値範囲は、その範囲を規定する数字を含む。
【００３９】
別段の規定がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、この開示が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。例えば、Juo, "The Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology", 2nd ed., (2001), CRC Press、"The Dictionary of Cell & Molecular Biology", 5th ed., (2013), Academic Press、及び"The Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology", Cammack et al. eds., 2nd ed, (2006), Oxford University Pressは、この開示で使用される多くの用語の一般的な辞書を当業者に提供する。
【００４０】
本明細書で使用される場合、２０個の通常の（例えば、天然に存在する）アミノ酸及びそれらの略号は慣例的な用法に従う。例えば、Immunology - A Synthesis (2nd Edition, Golub and Gren, Eds., Sinauer Assoc., Sunderland, Mass. (1991))（いかなる目的についても引用することにより本明細書の一部をなす）を参照されたい。２０個の通常のアミノ酸の立体異性体（例えば、Ｄ−アミノ酸）、アルファ，アルファ−二置換アミノ酸等の非天然アミノ酸、Ｎ−アルキルアミノ酸、乳酸、及び他の特殊（unconventional）アミノ酸も本発明のポリペプチドの好適な成分であり得る。特殊アミノ酸の例としては、４−ヒドロキシプロリン、ガンマ−カルボキシグルタミン酸、イプシロン−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルリシン、ｅ−Ｎ−アセチルリシン、Ｏ−ホスホセリン、Ｎ−アセチルセリン、Ｎ−ホルミルメチオニン、３−メチルヒスチジン、５−ヒドロキシリシン、シグマ−Ｎ−メチルアルギニン、並びに他の同様のアミノ酸及びイミノ酸（例えば、４−ヒドロキシプロリン）が挙げられる。本明細書で使用されるポリペプチドの表記においては、標準的用法及び慣行に従い、左手方向がアミノ末端方向であり、右手方向がカルボキシ末端方向である。
【００４１】
本明細書で使用される場合、数量を特定していない用語（the terms "a" and "an"）は標準的な慣習に従って使用され、文脈上他の指示がない限り、１つ以上を意味する。
【００４２】
本明細書で使用される場合、「約」の用語は、当業者によって決定される特定の値又は組成に対する許容可能な誤差範囲に含まれる値又は組成を指し、その値又は組成がどのように測定され又は決定されるのか、すなわち測定システムの制限に部分的に依存する。例えば、「約」又は「を本質的に含む、を本質的に含んでいる（comprising essentially of）」は、当該技術分野における１回の実施当たりの１以上の標準偏差の範囲内を意味し得る。「約」又は「を本質的に含む、を本質的に含んでいる」は、最大１０％（すなわち±１０％）の範囲を意味し得る。例えば、約５ｍｇは、４．５ｍｇ〜５．５ｍｇの間の任意の数値を含み得る。さらに、特に生物学的なシステム又はプロセスに関して、上記用語は、或る値の最大１０倍又は最大５倍を意味する場合がある。特定の値又は組成が本開示で提供される場合、別段の指示がない限り、「約」又は「を本質的に含む、を本質的に含んでいる」の意味は、その特定の値又は組成に対する許容可能な誤差の範囲に含まれるとされる。
【００４３】
本明細書に記載されるように、任意の濃度範囲、パーセンテージの範囲、比率範囲、又は整数の範囲は、別段の指示がない限り、述べられる範囲に含まれる任意の整数、また適切な場合には、その分数（或る整数の１０分の１、及び１００分の１等）の値を含むものと理解される。
【００４４】
本明細書で使用される場合、「及び／又は」の用語は、２つの指定される特徴又は成分の各々ともう一方とを含む、又はもう一方を含まない具体的な開示として理解される。したがって、本明細書において「Ａ及び／又はＢ」等の句で使用される「及び／又は」の用語は、「Ａ及びＢ」；「Ａ又はＢ」；「Ａ」（単独）；及び「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、及び／又はＣ」等の句において使用される「及び／又は」の用語は、Ａ、Ｂ及びＣ；Ａ、Ｂ又はＣ；Ａ又はＣ；Ａ又はＢ；Ｂ又はＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；並びにＣ（単独）の態様の各々を包含することが意図される。
【００４５】
本明細書で使用される場合、選択肢（例えば「又は」）の使用は、選択肢の１つ、それらの両方、又はそれらの組み合わせのいずれかを意味すると理解されるべきである。
【００４６】
本明細書で使用される場合、「同種異系」の用語は、一個体に由来する任意の材料を指し、該材料はその後、同種の別の個体に導入される（例えば同種異系Ｔ細胞移植）。
【００４７】
本明細書で使用される場合、「抗体」（Ａｂ）の用語は、限定されず、抗原に特異的に結合する糖タンパク質免疫グロブリンを含む。一般に、抗体は、ジスルフィド結合によって相互に連結された少なくとも２本の重（ＨＣ）鎖及び２本の軽（ＬＣ）鎖、又はそれらの抗原結合分子を含み得る。各ＨＣ鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと略記する）及び重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は、３つの定常ドメイン、すなわちＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと略記する）及び軽鎖定常領域を含む。軽鎖定常領域は、１つの定常ドメイン、すなわちＣＬを含む。ＶＨ領域及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と称されるより保存される領域が介在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される超可変性の領域に更に細分され得る。ＶＨ及びＶＬはそれぞれ、アミノ末端からカルボキシ末端にＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、及びＦＲ４の順で並ぶ、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲを含む。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。Ａｂの定常領域は、免疫系の様々な細胞（例えばエフェクター細胞）及び古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）を含む、宿主の組織又は因子に対する免疫グロブリンの結合を媒介し得る。
【００４８】
「抗体」の用語は、別段の指示がない限り、特異的結合について無傷抗体と競合する無傷免疫グロブリン又はその抗原結合部分も包含する。抗原結合部分は組み換えＤＮＡ法、又は無傷抗体の酵素的若しくは化学的切断によって作製することができる。抗原結合部分としては、特にＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ドメイン抗体（ｄＡｂ）、相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むフラグメント、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）、キメラ抗体、ダイアボディ、トリアボディ（triabodies）、テトラボディ（tetrabodies）、及びポリペプチドに特異的抗原結合をもたらすのに十分な免疫グロブリンの少なくとも一部を含有するポリペプチドが挙げられる。
【００４９】
「抗体」の用語は、自然発生及び非自然発生（組み換えにより生成された）抗体の両方、ヒト及び非ヒト抗体、単一特異的抗体、多重特異的抗体（二重特異的抗体を含む）、免疫グロブリン、合成抗体、２本の重鎖分子及び２本の軽鎖分子を含む四量体抗体、抗体軽鎖単量体、抗体重鎖単量体、抗体軽鎖二量体、抗体重鎖二量体、抗体軽鎖−抗体重鎖対、イントラボディ（intrabodies）（例えば、Stocks, (2004) Drug Discovery Today 9(22):960-66を参照されたい）、抗体融合体（この用語は抗体−薬物コンジュゲートを包含し、本明細書では「抗体コンジュゲート」と称されることがある）、ヘテロコンジュゲート抗体、単一ドメイン抗体、一価抗体、一本鎖抗体又は一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ラクダ化抗体、アフィボディ（affybodies）、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、ジスルフィド連結Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例えば、抗−抗Ｉｄ抗体を含む）、ミニボディ、ドメイン抗体、合成抗体（本明細書では「抗体模倣物」と称されることがある）、並びにその抗原結合フラグメントを含む。或る特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体はポリクローナル抗体集団を指す。
【００５０】
非ヒト抗体は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を特異的に結合する抗体に関して本明細書に開示されるように、組み換え法を用いてヒト化し、ヒトにおけるその免疫原性を低減することができる。ヒト化抗体の例が本明細書で提供される。明示的に示された場合を除き、文脈上他の指定がない限り、「抗体」の用語は、上述の免疫グロブリンのいずれかの抗原結合分子の抗原結合フラグメントも含み、一価及び二価フラグメント又は部分、並びに一本鎖抗体（すなわち、ｓｃＦｖ）を含む。
【００５１】
様々な実施形態において、抗体は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を特異的に結合する。幾つかの実施形態では、抗体は配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含むＣＡＲ（又はその構成成分）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する。配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を提示する細胞は、Ｔ細胞等の免疫細胞であってもよいが、その必要はない。
【００５２】
本明細書で使用される場合、「抗原」の用語は、免疫応答を誘発する、又は抗体若しくは他の抗原結合分子によって結合されることが可能な任意の分子を意味する。免疫応答は、抗体産生若しくは特定の免疫適格細胞（immunologically-competent cells）の活性化のいずれか、又はそれらの両方を含み得る。当業者は、実質的に全てのタンパク質又はペプチドを含む任意の高分子（配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を含む）が抗原としての役割を果たし得ることを容易に理解する。一般的には、抗原は内因性に発現され得て、すなわちゲノムＤＮＡによって発現され得るか、又は組み換えによって発現され得るか、又は化学合成され得る。特定の一実施形態では、抗原は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子の全て又は一部を含み、キーホールリンペットヘモシニアン（ＫＬＨ）等のアジュバントに任意にコンジュゲートされる。
【００５３】
本明細書で使用される場合、「抗原結合分子」の用語は、抗原又は標的タンパク質に結合する部分、及び任意に抗原結合部分が抗原への抗原結合分子の結合を促進する立体配座をとるのを可能にするスキャフォールド又はフレームワーク部分を含むタンパク質を意味する。代表的なタイプの抗原結合分子の例としては、ｓｃＦｖ、ヒト、マウス又はウサギ抗体；ヒト化抗体；キメラ抗体；組み換え抗体；一本鎖抗体；ダイアボディ；トリアボディ；テトラボディ；Ｆａｂフラグメント；Ｆ（ａｂ’）２フラグメント；ＩｇＤ抗体；ＩｇＥ抗体；ＩｇＭ抗体；ＩｇＧ１抗体；ＩｇＧ２抗体；ＩｇＧ３抗体；又はＩｇＧ４抗体、及びそれらのフラグメントが挙げられる。
【００５４】
抗原結合分子は、例えばグラフトされた相補性決定領域（ＣＤＲ）又はＣＤＲ誘導体を含む代替タンパク質スキャフォールド又は人工スキャフォールドを含み得る。かかるスキャフォールドとしては、例えば抗原結合分子の３次元構造を安定化するために導入される突然変異を含む抗体由来のスキャフォールド、及び例えば生体適合性ポリマーを含む完全合成スキャフォールドが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Korndorfer et al., 2003, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 53(1):121-129 (2003)、Roque et al., Biotechnol. Prog. 20:639-654 (2004)を参照されたい。加えて、ペプチド抗体模倣物（「ＰＡＭ」）、及び様々な構成成分（例えば、フィブロネクチン）をスキャフォールドとして利用する抗体模倣物をベースとしたスキャフォールドを使用することができる。抗原結合分子は、例えば自然発生免疫グロブリンの構造を有し得る。
【００５５】
抗原結合分子は、１つ以上の結合部位を有し得る。２つ以上の結合部位が存在する場合、結合部位は互いに同一であっても、又は異なっていてもよい。例えば、自然発生ヒト免疫グロブリンは通例、２つの同一の結合部位を有するが、「二重特異的」又は「二官能性」抗体は２つの異なる結合部位を有し、２つの異なる抗原（例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、並びに細胞表面活性化分子）を特異的に結合することが可能である。
【００５６】
様々な実施形態において、抗原結合分子は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を特異的に結合する本明細書に開示され、図６及び図８に示される相補性決定領域（ＣＤＲ）の１つ以上を含む抗体又はそのフラグメントである。更なる実施形態では、抗原結合分子は配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含むＣＡＲに結合し、Ｔ細胞等の免疫細胞上で発現されることができる。
【００５７】
「自己」の用語は、後に再導入されることになっているのと同じ個体に由来する任意の材料を指す。例えば、本明細書に記載される操作された自己細胞療法（ｅＡＣＴ（商標））の方法は、患者からのリンパ球の収集を含み、該リンパ球は、その後、構築物、例えばＣＡＲ構築物を発現するように操作した後、同じ患者に戻される（administered back）。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「結合親和性」の用語は、分子（例えば、抗体等の抗原結合分子）の単一の結合部位と、その結合パートナー（例えば抗原）との間の非共有結合的な相互作用の合計の強さを意味する。別段の指示がない限り、本明細書で使用される「結合親和性」は、結合ペアのメンバー（例えば抗体及び抗原）間の１：１の相互作用を反映する、固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般的には、解離定数（ＫＤ）によって表され得る。親和性は、限定されないが、平衡解離定数（ＫＤ）及び平衡会合定数（ＫＡ）を含む、当該技術分野で知られている多くの方法で測定され得る及び／又は表され得る。ＫＤはｋｏｆｆ／ｋｏｎの商から計算されるが、ＫＡはｋｏｎ／ｋｏｆｆの商から計算される。ｋｏｎは、例えば抗原に対する抗体の会合速度定数を指し、ｋｏｆｆは、例えば抗原に対する抗体の解離を指す。ｋｏｎ及びｋｏｆｆは、ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）又はＫｉｎＥｘＡ又は表面プラズモン共鳴等の当業者に知られている標準的な技法によって決定され得る。
【００５９】
本明細書で使用される場合、「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」の用語は、抗原結合特異性及び親和性に寄与するアミノ酸配列を意味する。フレームワーク領域は、抗原結合分子と抗原との間の結合を促進するＣＤＲの適当な立体配座の維持に役立ち得る。重鎖及び軽鎖の可変領域の各々に３つのＣＤＲが存在し、これらは可変領域の各々についてＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３と指定される。ＣＤＲの厳密な境界は、種々のシステムに従い異なって定義されている。
【００６０】
ＣＤＲの多くの定義、すなわち、Ｋａｂａｔナンバリング、Ｃｈｏｔｈｉａナンバリング、ＡｂＭナンバリング、又は接触（contact）ナンバリングが一般に使用されている。ＡｂＭ定義は、Oxford Molecular社のＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用されるＫａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａのシステムの折衷案である。
【００６１】
Kabatによって記載されるシステム（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1987) and (1991)）は、抗体の任意の可変領域に適用可能な残基ナンバリングシステムを提供し、３つのＣＤＲを定義する正確な残基境界も提供する。
【００６２】
Chothia及び共同研究者ら（Chothia and Lesk, (1987) J. Mol. Biol., 196:901-917及びChothia et al., (1989) Nature, 342: 877-883）は、ＫａｂａｔのＣＤＲ内の或る特定の一部分（sub-portions）が、アミノ酸配列のレベルで大きな多様性を有するにもかかわらず、ほぼ同一のペプチド骨格立体配座をとることを見出した。ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲは、ＫａｂａｔのＣＤＲと重なり合う境界を有する。ＫａｂａｔのＣＤＲと重なり合うＣＤＲを定義する他の境界が、Padlan et al. ((1995) FASEB J., 9:133-139)、及びMacCallum et al. ((1996) J. Mol. Biol., 262(5):732-745)によって記載されている。更に他のＣＤＲ境界の定義は、記載のシステムの１つに厳密に従わない可能性もあるが、特定の残基若しくは残基の群、又は更にはＣＤＲ全体が抗原結合に大きな影響を与えないという予測又は実験的発見を考慮して短縮又は延長され得るが、それでもＫａｂａｔのＣＤＲと重なり合う。本明細書で用いられる方法では、これらのシステムのいずれかに従って定義されるＣＤＲを利用することができるが、例示的な実施形態ではＣｈｏｔｈｉａにより定義されるＣＤＲを用いる。
【００６３】
表Ａに、各ナンバリングシステムを用いてＣＤＲを定義する。接触の定義は、利用可能な複合体結晶構造の分析に基づく。
【００６４】
【数１】
2019525751.tif 000002
【００６５】
「Ｋａｂａｔナンバリング」の用語及び類似の用語は、当該技術分野において認められ、抗体の重鎖及び軽鎖の可変領域、又はその抗原結合分子中のアミノ酸残基をナンバリングするシステムを指す。特定の態様では、Ｋａｂａｔナンバリングシステムに従って、抗体のＣＤＲを特定することができる（例えば、Kabat et al. in Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., NIH Publication 91-3242, Bethesda MD 1991を参照されたい）。Ｋａｂａｔナンバリングシステムを使用すると、抗体重鎖分子内のＣＤＲは、典型的には、３５に続いて任意に１つ又は２つの追加のアミノ酸（Ｋａｂａｔナンバリングスキームでは３５Ａ及び３５Ｂと呼ばれる）を含み得るアミノ酸３１位〜３５位（ＣＤＲ１）、アミノ酸５０位〜６５位（ＣＤＲ２）、及びアミノ酸９５位〜１０２位（ＣＤＲ３）に存在する。Ｋａｂａｔナンバリングシステムを使用すると、抗体軽鎖分子内のＣＤＲは、典型的には、アミノ酸２４位〜３４位（ＣＤＲ１）、アミノ酸５０位〜５６位（ＣＤＲ２）、及びアミノ酸８９位〜９７位（ＣＤＲ３）に存在する。特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体のＣＤＲは、Ｋａｂａｔナンバリングスキームに従って記載することができるが、表Ａを用いて他のナンバリングシステムにて容易に構築させることができる。
【００６６】
特定の態様では、抗体のＣＤＲは、免疫グロブリンの構造ループの位置を指す、Ｃｈｏｔｈｉａナンバリングスキームに従って特定され得る（例えば、Chothia C & Lesk AM, (1987), J Mol Biol 196: 901-917、Al-Lazikani B et al., (1997) J Mol Biol 273: 927-948、Chothia C et al., (1992) J Mol Biol 227: 799-817、Tramontano A et al., (1990) J Mol Biol 215(1): 175-82、及び米国特許第７，７０９，２２６号を参照されたい）。典型的には、Ｋａｂａｔナンバリング規定を使用する場合、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｈ１ループは重鎖のアミノ酸２６〜３２、３３又は３４に存在し、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｈ２ループは重鎖のアミノ酸５２〜５６に存在し、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｈ３ループは重鎖のアミノ酸９５〜１０２に存在するのに対し、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｌ１ループは軽鎖のアミノ酸２４〜３４に存在し、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｌ２ループは軽鎖のアミノ酸５０〜５６に存在し、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｌ３ループは軽鎖のアミノ酸８９〜９７に存在する。ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−ＨＩループの末端は、Ｋａｂａｔナンバリング規定を使用して番号を付与した場合には、ループの長さに応じてＨ３２〜Ｈ３４の間で変動する（これは、ＫａｂａｔナンバリングスキームがＨ３５Ａ及びＨ３５Ｂに挿入を置くため、すなわち３５Ａも３５Ｂも存在しない場合には３２でループが終了し、３５Ａのみが存在する場合には３３でループが終了し、３５Ａと３５Ｂの両方が存在する場合には３４でループが終了するからである）。表Ａを参照されたい。具体的な実施形態では、本明細書に記載される抗体のＣＤＲは、図６及び図８に示されるように、Ｃｈｏｔｈｉａナンバリングスキームに従って特定された。
【００６７】
本明細書で使用される「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が同様の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるものである。側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当該技術分野において定義されている。これらのファミリーは、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、ベータ分岐側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、及び芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸を含む。特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体又は抗原結合分子（又はそのフラグメント）のＣＤＲ（複数の場合がある）内又はフレームワーク領域（複数の場合がある）内の１以上のアミノ酸残基を、類似する側鎖を有するアミノ酸残基で置換することができる。
【００６８】
本開示に包含される保存的アミノ酸置換は、通例は生物系における合成ではなく、化学ペプチド合成によって組み込まれる非自然発生アミノ酸残基を含み得る。これらはペプチド模倣体及び他の逆転型又は反転型のアミノ酸部分を含む。自然発生残基は、共通の側鎖特性に基づいて以下のクラスに分けることができる：
疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、
中性親水性（neutral hydrophilic）：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、
酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、
塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、
鎖の配向に影響を与える残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、及び、
芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【００６９】
非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスのメンバーと交換することを含み得る。このような置換された残基は、例えば非ヒト抗体と相同であるヒト抗体の領域、又は分子の非相同領域に導入することができる。例示的な保存的アミノ酸置換を下記表Ｂに示す。
【００７０】
【数２】
2019525751.tif 000003
【００７１】
本明細書で使用される場合、「定常領域」及び「定常ドメイン」の用語は同義であり、当該技術分野で一般的な意味を有する。定常領域は、抗原への抗体の結合に直接関与しないが、Ｆｃ受容体との相互作用等の様々なエフェクター機能を示すことができる抗体部分、例えば軽鎖及び／又は重鎖のカルボキシル末端部分である。免疫グロブリン分子の定常領域は概して、免疫グロブリン可変ドメインと比べてより保存されたアミノ酸配列を有する。
【００７２】
本明細書で使用される場合、「交差競合する（cross competes）」の用語は、抗原と第１の抗原結合分子又はその結合フラグメントとの相互作用が、抗原と相互作用する参照抗原結合分子又はその結合フラグメントの能力を遮断する、制限する、阻害する又はそうでなければ低減する状況を意味する。交差競合は、完全なものであってもよく、例えば、抗原に対する結合分子の結合が、参照結合分子の抗原を結合する能力を完全に遮断するか、又は交差競合は、部分的であってもよく、例えば、抗原に対する結合分子の結合が、参照結合分子の抗原を結合する能力を減少させる。特定の実施形態では、参照抗原結合分子と交差競合する抗原結合分子は、参照抗原結合分子と同じ、又はそれと重複するエピトープを結合する。他の実施形態では、参照抗原結合分子と交差競合する抗原結合分子は、参照抗原結合分子とは異なるエピトープを結合する。多くの種類の競合結合アッセイ、例えば、固相直接又は間接ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；固相直接又は間接酵素免疫定量法（ＥＩＡ）；サンドイッチ競合アッセイ（Stahli et al., (1983) Method Enzymol 9:242-53）；固相直接ビオチン−アビジンＥＩＡ（Kirkland et al., (1986) J. Immunol. 137:3614-19）；固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ（Harlow and Lane, 1988, Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press）；Ｉ１２５標識を使用する固相直接標識ＲＩＡ（Morel et al., (1988) Molec Immunol 25:7-15）；固相直接ビオチン−アビジンＥＩＡ（Cheung, et al., (1990) Virology 176:546-52）；及び直接標識ＲＩＡ（Moldenhauer et al., (1990) Scand J Immunol 32:77-82）を使用して、或る一つの抗原結合分子が他方と競合するかどうかを判断することができる。
【００７３】
「誘導体」の用語は、アミノ酸（又は核酸）の挿入、欠失又は置換以外の化学修飾を含む分子を指す。或る特定の実施形態では、誘導体はポリマー、脂質、又は他の有機若しくは無機部分との化学結合を含むが、これらに限定されない共有結合修飾を含む。或る特定の実施形態では、化学修飾された抗原結合分子（誘導体）は、化学修飾されていない抗原結合分子よりも長い循環半減期を有し得る。幾つかの実施形態では、誘導体抗原結合分子はポリエチレングリコール、ポリオキシエチレングリコール又はポリプロピレングリコールを含むが、これらに限定されない１つ以上の水溶性ポリマーの付着を含むように共有結合修飾される。
【００７４】
本明細書で使用される場合、「ダイアボディ」又はｄＡＢの用語は、２つのポリペプチド鎖を含む二価抗体を意味し、各ポリペプチド鎖が、同じ鎖上の２つのドメイン間での対合を可能にするには短過ぎ、それにより各ドメインを別のポリペプチド鎖上の相補的なドメインと対合させるリンカーによって接合されるＶＨ及びＶＬドメインを含む（例えば、Holliger et al., (1993) Proc Natl Acad Sci U.S.A. 90:6444-48、Poljak et al., (1994) Structure 2: 1121-23、及びPerisic et al., (1994) Strucure 2(12): 1217-26を参照されたい）。ダイアボディの２つのポリペプチド鎖が同一である場合、それらの対合により生じるダイアボディは２つの同一の抗原結合部位を有する。異なる配列を有するポリペプチド鎖は、２つの異なる抗原結合部位を有するダイアボディを作製するために使用することができる。同様に、トリアボディ及びテトラボディは、それぞれ３つ及び４つのポリペプチド鎖を含み、それぞれ同じであっても又は異なっていてもよい３つ及び４つの抗原結合部位を形成する抗体である。
【００７５】
本明細書で使用される場合、「エピトープ」は、当該技術分野における用語であり、抗体が特異的に結合することができる抗原の局在化領域を指す。エピトープは、例えばポリペプチドの隣接するアミノ酸（直鎖の又は隣接するエピトープ）であってもよく、又はエピトープは、例えば、ポリペプチド（複数の場合がある）の２以上の隣接しない領域に共に由来するもの（配座、非直鎖、不連続、又は隣接しないエピトープ）であってもよい。或る特定の実施形態では、抗体が結合するエピトープは、例えば、ＮＭＲ分光法、Ｘ線回折結晶学研究、ＥＬＩＳＡアッセイ、質量分析と結合された水素／重水素交換（例えば液体クロマトグラフィーエレクトロスプレー質量分析）、アレイに基づくオリゴペプチド走査アッセイ、及び／又は突然変異誘発マッピング（例えば部位特異的変異誘発マッピング）によって特定され得る。Ｘ線結晶学研究のため、結晶化は、当該技術分野の既知の方法（例えば、Giege R. et al., (1994) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 50(Pt 4): 339-350、McPherson A (1990) Eur J Biochem 189: 1-23、Chayen NE (1997) Structure 5: 1269-1274、McPherson A (1976) J Biol Chem 251: 6300-6303）のいずれかを使用して遂行され得る。抗体：抗原の結晶は、良く知られているＸ線回折技術を使用して研究され得て、Ｘ−ＰＬＯＲ（Yale University, 1992、Molecular Simulations, Inc.によって配布；例えば、Meth Enzymol (1985) volumes 114 & 115, eds Wyckoff HW et al.,を参照されたい）、及びＢＵＳＴＥＲ（Bricogne, (1993) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 49(Pt 1): 37-60、Bricogne, (1997) Meth Enzymol 276A: 361-423, ed Carter、Roversi et al., (2000) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56(Pt 10): 1316-1323）等のコンピューターソフトウェアを使用してリファインされ得る。突然変異誘発マッピング研究は、当業者に知られている任意の方法を使用して遂行され得る。例えば、アラニンスキャニング突然変異誘発技術を含む、突然変異誘発技術の説明について、Champe M et al., (1995) J Biol Chem 270: 1388-94、及びCunningham & Wells, (1989) Science 244: 1081-85を参照されたい。
【００７６】
本明細書で使用される場合、「Ｆａｂフラグメント」の用語はＶＬ、ＶＨ、ＣＬ及びＣＨドメインを有する一価フラグメントを意味する。「Ｆ（ａｂ’）２フラグメント」は、ヒンジ領域のジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂフラグメントを有する二価フラグメントである。「Ｆｖフラグメント」は抗体の単一アームのＶＨ及びＶＬドメインを有し、「ｄＡｂフラグメント」はＶＨドメイン、ＶＬドメイン、又はＶＨ若しくはＶＬドメインの抗原結合フラグメントを有する。
【００７７】
本明細書で使用される場合、「免疫特異的に結合する」、「免疫特異的に認識する」、「特異的に結合する」及び「特異的に認識する」の用語は類似の用語であり、抗原結合分子との関連で区別なく使用され、所与の分子が抗原（例えば、エピトープ又は免疫複合体）に優先的に結合することを意味し、かかる結合は当業者によって理解される。例えば、抗原に特異的に結合する抗原結合分子は、例えばイムノアッセイ、ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）、ＫｉｎＥｘＡ  ３０００測定器（アイダホ州ボイシのSapidyne Instruments）又は当該技術分野で知られている他のアッセイによって特定されるように、他のペプチド又はポリペプチドに結合し得るが、その親和性はより低い。具体的な実施形態では、抗原に特異的に結合する分子は、分子が別の抗原に結合する場合のＫＡと比べて少なくとも２ｌｏｇ、２．５ｌｏｇ、３ｌｏｇ、４ｌｏｇ以上のＫＡで抗原に結合する。
【００７８】
別の実施形態では、抗原（例えば、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞）に特異的に結合する分子は、約１×１０−７Ｍの解離定数（Ｋｄ）で結合する。幾つかの実施形態では、抗原結合分子は、Ｋｄが約１×１０−９Ｍ〜約５×１０−９Ｍである場合、抗原（例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞）を「高い親和性」で特異的に結合する。幾つかの実施形態では、抗原結合分子は、Ｋｄが約１×１０−１０Ｍ〜約５×１０−１０Ｍである場合、抗原（例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞）を「非常に高い親和性」で特異的に結合する。
【００７９】
更に別の実施形態では、抗原（例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、これらの配列を含む分子、かかる分子を提示する細胞）に特異的に結合する分子は、同様の結合条件下で他のタンパク質と交差反応しない。別の具体的な実施形態では、抗原（例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞）に特異的に結合する分子は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を含まない他のタンパク質と交差反応しない。具体的な実施形態では、別の無関係な抗原に対するよりも高い親和性で配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に結合する抗体又はそのフラグメントが本明細書で提供される。或る特定の実施形態では、例えばラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴又は動力学的排除アッセイ（kinetic exclusion assay）によって測定されるように、別の無関係な抗原に対するよりも２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％以上の親和性で配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、これらの配列を含む分子、並びにこの配列を含む分子のような分子を提示する細胞、並びにかかる分子を提示する細胞に結合する抗原結合分子（例えば、抗体）又はそのフラグメントが本明細書で提供される。具体的な実施形態では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含まない無関係なタンパク質と比較した、本明細書に記載される配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を特異的に結合する抗原結合分子、抗体又はその抗原結合フラグメントの結合の程度は、例えばラジオイムノアッセイによって測定されるように、１０％、１５％又は２０％未満のリンカーフラグメントタンパク質に対する抗体の結合である。
【００８０】
本明細書で使用される「重鎖」の用語は、抗体に関して使用される場合、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、任意の異なる種類、ＩｇＧのサブクラス、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４を含む、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭのクラスの抗体をそれぞれ生じさせる、例えばアルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）及びミュー（μ）を指す場合がある。
【００８１】
本明細書で使用される場合、「免疫グロブリン」の用語は、限定されないが、ＩｇＡ、分泌型ＩｇＡ、ＩｇＧ及びＩｇＭを含む、一般的に知られているアイソタイプのいずれかに由来する免疫分子を意味する。ＩｇＧサブクラスもまた、当業者によく知られており、限定されないが、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４を含む。本明細書に記載される分子の多くが免疫グロブリンである。本明細書で使用される場合、「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラス又はサブクラス（例えば、ＩｇＭ又はＩｇＧ１）を意味する。
【００８２】
免疫グロブリンは、通常は各対が１つの「軽」鎖（約２５ｋＤａ）及び１つの「重」鎖（約５０ｋＤａ〜７０ｋＤａ）を有する２つの同一のポリペプチド鎖の対から構成される四量体分子である。各鎖のアミノ末端部分は、抗原認識に主に関与する約１００個〜１３０個以上のアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシ末端部分は、エフェクター機能に主に関与する定常領域を画定する。ヒト軽鎖はカッパー及びラムダ軽鎖に分類される。重鎖はミュー、デルタ、ガンマ、アルファ又はイプシロンに分類され、それぞれ抗体のアイソタイプをＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ又はＩｇＥと画定する。軽鎖及び重鎖において、可変領域及び定常領域は約１２個以上のアミノ酸の「Ｊ」領域によって接合され、重鎖は約１０個以上のアミノ酸の「Ｄ」領域も含む。概して、Berzofsky & Berkower, in Fundamental Immunology (Paul, (ed), Lippincott Williams & Wilkins (2012)；その章及び巻の全体が全ての目的で引用することにより本明細書の一部をなす）を参照されたい。各軽鎖／重鎖対の可変領域は、無傷免疫グロブリンが２つの主要結合部位を有するように抗体結合部位を形成する。
【００８３】
自然発生免疫グロブリン鎖は、相補性決定領域又は「ＣＤＲ」とも呼ばれる３つの超可変領域によって接合される比較的保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）の同じ全体構造を示す。Ｎ末端からＣ末端に向かって、軽鎖及び重鎖はどちらもドメインＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３及びＦＲ４を含む。各ドメインへのアミノ酸の割当ては、Ｋａｂａｔ（例えば、Kabat et al. in Sequences of Proteins of lmmunological Interest, 5th Ed., NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991)を参照されたい）又はＣｈｏｔｈｉａ（本明細書で使用されるＣｈｏｔｈｉａ；例えば、Chothia & Lesk (1987), J. Mol. Biol. 196:901-917、Chothia et al., 1989, Nature 342:878-883 or Honegger & Pluckthun (2001), J Mol Biol 309:657-670を参照されたい）の定義に従って行うことができる。Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ及びＡｂｍ（Oxford Molecular）のナンバリングシステムは、本明細書でより詳しく記載される。
【００８４】
本明細書で使用される場合、「ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞」の用語は、ｅｘ  ｖｉｖｏで培養される任意の細胞を指す。ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞は、Ｔ細胞若しくは樹状細胞等のヒト細胞を含んでいてもよく、又はＣＨＯ、ｓＰ２／０、ウサギ及び他の非ヒト細胞を含んでいてもよい。
【００８５】
本明細書で使用される「軽鎖」の用語は、抗体に関して使用される場合、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、任意の異なる種類、例えばカッパー（κ）又はラムダ（λ）を指す場合がある。軽鎖アミノ酸配列は当該技術分野で知られている。具体的な実施形態では、軽鎖はヒト軽鎖である。
【００８６】
「中和する、中和すること」の用語は、リガンド（例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む部分）に結合し、そのリガンドの生物学的効果を妨げる又は減少させる抗原結合分子、ｓｃＦｖ、抗体又はそのフラグメントを指す。幾つかの実施形態では、抗原結合分子、ｓｃＦｖ、抗体又はそのフラグメントは、リガンド上の結合部位を直接遮断する、或いは間接的な手段（リガンドの構造の又はエネルギーの変更等）によってリガンドの結合能を変更する。幾つかの実施形態では、抗原結合分子、ｓｃＦｖ、抗体又はそのフラグメントは、結合されるタンパク質が生体機能を実施するのを妨げる。
【００８７】
本明細書で使用される場合、「患者」の用語は、癌等の異常な生理的状態の治療を受けているか、又は障害と正式に診断された任意のヒト、正式に認識された障害を有しないヒト、治療を受けているヒト、障害を発症するリスクがあるヒト等を意味する。「被験体」及び「患者」の用語は、本明細書では区別なく使用され、ヒト及び非ヒト動物被験体の両方を含む。
【００８８】
本明細書で使用される「ペプチド」、「ポリペプチド」及び「タンパク質」の用語は、本明細書では区別なく使用され、ペプチド結合によって共有結合的に連結されたアミノ酸残基で構成される化合物を意味する。ポリペプチド、タンパク質又はペプチドは、少なくとも２個のアミノ酸を含まなければならないが、タンパク質又はペプチドのアミノ酸配列を構成し得るアミノ酸の最大数に制限はない。本明細書で使用される場合、上記用語は、ペプチド、オリゴペプチド及びオリゴマーとも一般的に称される短い鎖と、一般的にはタンパク質と称される、より長い鎖との両方を指す。「ポリペプチド」としては例えば、特に、生物学的に活性なフラグメント、実質的に相同性のポリペプチド、オリゴペプチド、ホモダイマー、ヘテロダイマー、ポリペプチドの変異体、修飾ポリペプチド、誘導体、類縁体、融合タンパク質が挙げられる。「ポリペプチド」の用語は、天然ペプチド、組み換えペプチド、合成ペプチド又はそれらの組合せを含む。
【００８９】
幾つかの態様では、ポリペプチド及び／又はタンパク質は、抗原結合分子の１個以上のアミノ酸の欠失、付加及び／又は置換を有する。有用なポリペプチドフラグメントは、限定されないが、１個以上のＣＤＲ領域、重鎖及び／又は軽鎖の可変ドメイン、抗体鎖の他の部分の一部等を含む、抗原結合分子の免疫学的に機能性のフラグメントを含み得る。抗原結合分子の１つ以上のアミノ酸と置き換えることができる部分としては、例えばＤ形態又はＬ形態のアミノ酸、（図６及び図８に提示されるこれらの配列、並びにそれらの列挙される配列番号と比較して）抗原結合分子の同じ位置に通常見られるアミノ酸とは異なるアミノ酸、欠失、非自然発生アミノ酸、及びアミノ酸の化学類縁体が挙げられる。
【００９０】
ペプチド類縁体は、鋳型ペプチドと似た特性を有する非ペプチド薬として製薬業界で一般に使用され、本開示の一態様を形成する。これらのタイプの非ペプチド化合物は、「ペプチド模倣体（"peptide mimetics" or "peptidomimetics"）」と称される。例えば、Fauchere, (1986) Adv. Drug Res. (Testa, ed.) 15:29-69、Veber & Freidinger, (1985) TINS, p.392、及びEvans et al., (1987) J. Med. Chem, 30:1229-39（いかなる目的についても引用することにより本明細書の一部をなす）を参照されたい。
【００９１】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を含むポリペプチド、ペプチド、タンパク質及び類似分子は、これらの用語によって具体的に包含される。
【００９２】
本明細書で使用される場合、「パーセント同一性」の用語は、比較される分子中のアミノ酸又はヌクレオチド間で同一の残基のパーセントを意味する。これらの算出については、アラインメントにおけるギャップ（存在する場合）は、特定の数理モデル又はコンピュータープログラム（すなわち、「アルゴリズム」）によってアドレス指定されなければならない。アラインメントさせた核酸又はポリペプチドの同一性を算出するために使用することができる方法としては、Computational Molecular Biology, (Lesk, ed.), (1988) New York: Oxford University Press、Biocomputing Informatics and Genome Projects, (Smith, ed.), 1993, New York: Academic Press、Computer Analysis of Sequence Data, Part I, (Griffin and Griffin, eds.), 1994, New Jersey: Humana Press、von Heinje, (1987) Sequence Analysis in Molecular Biology, New York: Academic Press、Sequence Analysis Primer, (Gribskov and Devereux, eds.), 1991, New York: M. Stockton Press、及びCarillo et al., (1988) J. Applied Math. 48:1073に記載されるものが挙げられる。
【００９３】
パーセント同一性の算出においては、配列間の最も大きな一致を与える方法で比較される配列をアラインメントさせる。パーセント同一性を特定するために使用されるコンピュータープログラムは、例えばＭＯＥ（Chemical Computing Group）又はＤＮＡＳＴＡＲ（ウィスコンシン州マディソンのウィスコンシン大学）であり得る。コンピューターアルゴリズムであるＧＡＰを使用して、パーセント配列同一性が特定される２つのポリペプチド又はポリヌクレオチドをアラインメントさせることができる。配列を、それらの各アミノ酸又はヌクレオチドの最適なマッチング（アルゴリズムによって特定される、「一致スパン（matched span）」）についてアラインメントさせる。ギャップ開始ペナルティ（gap opening penalty）（平均対角（average diagonal）の３倍として算出され、ここで「平均対角」は使用される比較マトリクスの対角の平均である；「対角」は、特定の比較マトリクスにより各々の完全なアミノ酸の一致に対して割り当てられるスコア又は数である）及びギャップ伸長ペナルティ（通常は、ギャップ開始ペナルティの１／１０倍である）、並びにＰＡＭ  ２５０又はＢＬＯＳＵＭ  ６２等の比較マトリクスがアルゴリズムと併せて用いられる。或る特定の実施形態では、上記アルゴリズムによって、標準的な比較マトリクス（例えば、Dayhoff et al., (1978) Atlas of Protein Sequence and Structure 5:345-352 for the PAM 250 comparison matrix、Henikoff et al., (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89: 10915-10919 for the BLOSUM 62 comparison matrixを参照されたい）も使用される。
【００９４】
２つのアミノ酸配列をアラインメントさせる或る特定のアラインメントスキームは、２つの配列の短い領域のみのマッチングをもたらすことができ、このアラインメントされた小さな領域は、２つの完全長配列間に有意な関連性が存在しないにもかかわらず、非常に高い配列同一性を有し得る。したがって、選択されるアラインメント方法（例えば、ＧＡＰプログラム）は標的ポリペプチドの少なくとも５０個の連続アミノ酸にわたるアラインメントをもたらすように必要に応じて調整され得る。
【００９５】
本明細書で使用される場合、「一本鎖抗体」及び「一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）」の用語は区別なく使用され、ＶＬ及びＶＨ領域が連続タンパク質鎖を形成するようにリンカーによって接合され、タンパク質鎖がそれ自体に折り重なり、一価抗原結合部位を形成するようにリンカーが十分に長い抗原結合分子を意味する（例えば、Bird et al., (1988) Science 242:423-26及びHuston et al., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:5879-83 (1988)を参照されたい）。ＦＭＣ６３（Nicholson et al., (1997) Mol. Immunol. 34:(16-17) 1157-65）がｓｃＦｖの具体例であり、ＣＤ１９に特異的である。
【００９６】
治療剤（例えば配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を含む部分、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞）の「治療的有効量」、「有効用量」、「有効量」又は「治療的に有効な投薬量」は、単独で又は別の治療剤と組み合わせて使用された場合に、疾患の発症から被験体を保護する、又は疾患症状の重症度の減少、疾患症状のない期間の頻度及び持続期間の増加、若しくは疾患の罹患に起因する機能障害若しくは身体障害の予防によって明示される疾患の退縮を促進する、任意の量である。治療剤の疾患の退縮を促進する能力は、熟練した専門家に知られている様々な方法を使用して、例えば、臨床試験中のヒト被験体において、ヒトにおける効能を予測する動物モデル系において、又はｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイにおいて薬剤の活性をアッセイすることによって評価され得る。
【００９７】
「形質導入」及び「形質導入した」の用語は、外来性ＤＮＡがウイルスベクターによって細胞へと導入されるプロセスを指す（Hartl and Jones (1997) Genetics: Principles and Analysis, 4th ed, Jones & Bartlettを参照されたい）。幾つかの実施形態では、ベクターはレトロウイルスベクター、ＤＮＡベクター、ＲＮＡベクター、アデノウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、エプスタインバーウイルスベクター、パポバウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レンチウイルスベクター又はそれらの任意の組合せである。
【００９８】
本明細書で使用される場合、「可変領域」又は「可変ドメイン」の用語は区別なく使用され、抗体の一部、一般的には、軽鎖又は重鎖の一部、典型的には抗体のアミノ末端を意味し、重鎖中の約１００個〜１３０個のアミノ酸及び軽鎖中の約９０個〜１１５個のアミノ酸を含み、それらは、抗体間で配列が広範囲に異なり、特定の抗原に対する特定の抗体の結合及び特異性において使用される。配列における可変性は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される領域に濃縮されるのに対し、可変ドメイン中のより高度に保存された領域はフレームワーク領域（ＦＲ）と称される。軽鎖及び重鎖のＣＤＲは、抗体の抗原との相互作用及び特異性を主として担うものである。
【００９９】
或る特定の実施形態では、抗原結合分子の可変領域はヒト可変領域である。更なる実施形態では、可変領域は、齧歯類、ヒト又はマウスのＣＤＲ、及びヒトのフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。更なる実施形態では、可変領域は霊長類（例えば非ヒト霊長類）の可変領域である。また更なる実施形態では、可変領域はウサギ可変領域である。他の実施形態では、可変領域は、ヒトＣＤＲ及び非ヒト（例えばウサギ、マウス、ラット又は非ヒト霊長類）フレームワーク領域（ＦＲ）を含む。他の実施形態では、可変領域は非ヒト（例えばウサギ、マウス、ラット又は非ヒト霊長類）ＣＤＲ及びヒトフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。
【０１００】
「ＶＨ」、「ＶＨドメイン」及び「ＶＨ鎖」の用語は区別なく使用され、抗原結合分子、抗体又はその抗原結合フラグメントの重鎖可変領域を意味する。
【０１０１】
「ＶＬ」、「ＶＬドメイン」及び「ＶＬ鎖」の用語は区別なく使用され、抗原結合分子、抗体又はその抗原結合フラグメントの軽鎖可変領域を意味する。
【０１０２】
本発明の様々な態様が以下の小節に更に詳細に記載される。
【０１０３】
ＩＩ．抗原結合分子及びそれをコードするポリヌクレオチド
本開示は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞を特異的に結合する、抗体を含む抗原結合分子、及び／又は本明細書に記載される１つ以上の抗原結合分子（すなわち、図６及び図８に記載され、及び／又は添付の配列表に開示されるものの１つ以上）と交差競合する抗原結合分子に関する。抗原結合分子をコードするポリヌクレオチドも提供され、本開示の一態様を形成する。
【０１０４】
本発明のコードされる抗体又は抗原結合分子は、一本鎖又は二本鎖であり得る。幾つかの実施形態では、抗体又は抗原結合分子は一本鎖である。或る特定の実施形態では、抗原結合分子はｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ’）２、ｄＡｂ及びそれらの任意の組合せからなる群から選択される。特定の一実施形態では、抗体又は抗原結合分子はｓｃＦｖを含む。
【０１０５】
或る特定の実施形態では、抗体等の抗原結合分子は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域がリンカーによって接続された一本鎖（ｓｃＦｖ）を含む。幾つかの実施形態では、ＶＨがリンカーのＮ末端に位置し、ＶＬがリンカーのＣ末端に位置する。他の実施形態では、ＶＬがリンカーのＮ末端に位置し、ＶＨがリンカーのＣ末端に位置する。幾つかの実施形態では、リンカーは少なくとも約５個、少なくとも約８個、少なくとも約１０個、少なくとも約１３個、少なくとも約１５個、少なくとも約１８個、少なくとも約２０個、少なくとも約２５個、少なくとも約３０個、少なくとも約３５個、少なくとも約４０個、少なくとも約４５個、少なくとも約５０個、少なくとも約６０個、少なくとも約７０個、少なくとも約８０個、少なくとも約９０個又は少なくとも約１００個のアミノ酸を含む。幾つかの実施形態では、リンカーは約８個のアミノ酸〜約１８個のアミノ酸（例えば、１０個のアミノ酸）を含む。
【０１０６】
幾つかの実施形態では、本発明の抗原結合分子は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する。或る特定の実施形態では、本開示の抗原結合分子は配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞を１×１０−６Ｍ未満、１×１０−７Ｍ未満、１×１０−８Ｍ未満又は１×１０−９Ｍ未満のＫＤで特異的に結合する。特定の一実施形態では、抗原結合分子は配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞に１×１０−７Ｍ未満のＫＤで特異的に結合する。別の実施形態では、抗原結合分子は配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞を１×１０−８Ｍ未満のＫＤで特異的に結合する。幾つかの実施形態では、抗原結合分子はｓｃＦｖ  ＦＭＣ６３、並びにこの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞を約１×１０−７Ｍ、約２×１０−７Ｍ、約３×１０−７Ｍ、約４×１０−７Ｍ、約５×１０−７Ｍ、約６×１０−７Ｍ、約７×１０−７Ｍ、約８×１０−７Ｍ、約９×１０−７Ｍ、約１×１０−８Ｍ、約２×１０−８Ｍ、約３×１０−８Ｍ、約４×１０−８Ｍ、約５×１０−８Ｍ、約６×１０−８Ｍ、約７×１０−８Ｍ、約８×１０−８Ｍ、約９×１０−８Ｍ、約１×１０−９Ｍ、約２×１０−９Ｍ、約３×１０−９Ｍ、約４×１０−９Ｍ、約５×１０−９Ｍ、約６×１０−９Ｍ、約７×１０−９Ｍ、約８×１０−９Ｍ、約９×１０−９Ｍ、約１×１０−１０Ｍ又は約５×１０−１０ＭのＫＤで結合する。ＫＤは、本明細書に記載されるように標準的な方法論を用いて算出することができる。
【０１０７】
具体的な実施形態では、本開示の抗原結合分子は、クローン８又はクローン１６として本明細書で同定される抗体であり、各々が提示及び標識される以下の重鎖及び軽鎖アミノ酸、コード配列、可変配列及びＣＤＲ配列を含む：
クローン８  ＶＨ  ＤＮＡコード配列
ATGGAGACTGGGCTGCGCTGGCTTCTCCTGGTCGCTGTGCTCAAAGGTGTCCAGTGTCAGTCGGTGGAGGAGTCCGGGGGTCGCCTGGTCACGCCTGGGACACCCCTGACACTCACCTGCACAGCCTCTGGATTCACCATCAGTAACCTTGCAATAATCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAATATATCGGAGACATTGATGGTCGTGGTGACATATACTGTGCGACCTGGGCGAAAGGCCGATTCACCATCTCCAAAACCTCGACCACACTGGATCTGAGATTCACCAGCCCGACAACCGAGGACACGGCCACCTACTTCTGTGCCGTAGATGGTGATGGTAGTGGTTGGGGTGACTTTAACTTTTGGGGCCCAGGCACCCTGGTCACCGTCTCCTCA（配列番号４）
クローン８  ＶＨ  ＡＡ（ＣＤＲは下線）
METGLRWLLLVAVLKGVQCQSVEESGGRLVTPGTPLTLTCTASGFTISNLAIIWVRQAPGKGLEYIGDIDGRGDIYCATWAKGRFTISKTSTTLDLRFTSPTTEDTATYFCAVDGDGSGWGDFNFWGPGTLVTVSS（配列番号５）
クローン８  ＨＣ  ＡＡ（ＣＤＲは下線）
METGLRWLLLVAVLKGVQCQSVEESGGRLVTPGTPLTLTCTASGFTISNLAIIWVRQAPGKGLEYIGDIDGRGDIYCATWAKGRFTISKTSTTLDLRFTSPTTEDTATYFCAVDGDGSGWGDFNFWGPGTLVTVSSGQPKAPSVFPLAPCCGDTPSSTVTLGCLVKGYLPEPVTVTWNSGTLTNGVRTFPSVRQSSGLYSLSSVVSVTSSSQPVTCNVAHPATNTKVDKTVAPSTCSKPTCPPPELLGGPSVFIFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQDDPEVQFTWYINNEQVRTARPPLREQQFNSTIRVVSTLPIAHQDWLRGKEFKCKVHNKALPAPIEKTISKARGQPLEPKVYTMGPPREELSSRSVSLTCMINGFYPSDISVEWEKNGKAEDNYKTTPAVLDSDGSYFLYSKLSVPTSEWQRGDVFTCSVMHEALHNHYTQKSISRSPGK（配列番号６）
クローン８  ＶＨ  ＣＤＲ１  ＡＡ
GFTISNL（配列番号７）
クローン８  ＶＨ  ＣＤＲ２  ＡＡ
DIDGRGDIYCATWAK（配列番号８）
クローン８  ＶＨ  ＣＤＲ３  ＡＡ
DGDGSGWGDFNF（配列番号９）
クローン８  ＶＬ  DNAコード配列
ATGGACACGAGGGCCCCCACTCAGCTGCTGGGGCTCCTGCTGCTCTGGCTCCCAGGTGCCAGATGTGCCTATGATATGACCCAGACTCCAGCCTCTGTGGAGGTAGCTGTGGGAGGCACAGTCAGCATCAAGTGCCAGGCCAGTCAGAGCATTAGCACTGCATTAGCCTGGTATCAGCAGAAACCAGGACAGCCTCCCAAGCTCCTGATCTACAGGGCATCCACTCTGGCATCTGGGGTCTCATCGCGGTTCAAAGGCAGTGGATCTGGGACACAGTTCACTCTCACCATCAGCGGCGTGGAGTGTGACGATGCTGCCACTTACTACTGTCAACAGGGTTGGAGTACTGTGAATGTTGATAATGTTTTCGGCGGAGGGACCGAGGTGGTGGTCAGA（配列番号１０）
クローン８  ＶＬ  AA（ＣＤＲは下線）
MDTRAPTQLLGLLLLWLPGARCAYDMTQTPASVEVAVGGTVSIKCQASQSISTALAWYQQKPGQPPKLLIYRASTLASGVSSRFKGSGSGTQFTLTISGVECDDAATYYCQQGWSTVNVDNVFGGGTEVVVR（配列番号１１）
クローン８  ＬＣ  ＡＡ（ＣＤＲは下線）
MDTRAPTQLLGLLLLWLPGARCAYDMTQTPASVEVAVGGTVSIKCQASQSISTALAWYQQKPGQPPKLLIYRASTLASGVSSRFKGSGSGTQFTLTISGVECDDAATYYCQQGWSTVNVDNVFGGGTEVVVRDPVAPTVLIFPPAADQVATGTVTIVCVANKYFPDVTVTWEVDGTTQTTGIENSKTPQNSADCTYNLSSTLTLTSTQYNSHKEYTCKVTQGTTSVVQSFNRGDC（配列番号１２）
クローン８  ＶＬ  ＣＤＲ１  ＡＡ
QASQSISTALA（配列番号１３）
クローン８  ＶＬ  ＣＤＲ２  ＡＡ
RASTLAS（配列番号１４）
クローン８  ＶＬ  ＣＤＲ３  ＡＡ
QQGWSTVNVDNV（配列番号１５）
クローン１６  ＶＨ  ＤＮＡコード配列
ATGGAGACTGGGCTGCGCTGGCTTCTCCTGGTCGCTGTGCTCAAAGGTGTCCAGTGTCAGTCGCTGGAGGAGTCCGGGGGTCGCCTGGTCACGCCTGGGACACCCCTGACACTCACCTGCACAGTCTCTGGATCCGACATCAGTAGCTACCACATGGGCTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGAAGGGGCTGGAATACATCGGAATCATTGTTAGTAGTGGTAGCGCATACTACGCGACCTGGGCAAAAGGCCGATTCACCATCTCCAGGACCTCGACCACGGTGGATCTGAAAATCACCAGTCCGACAACCGAGGACTCGGCCACCTATTTCTGTGCCAGAAATCAATATAGTGGTTATGGCTTTAGCTTCTGGGGCCCAGGCACCCTGGTCACCGTCTCCTCA（配列番号１６）
クローン１６  ＶＨ  ＡＡ（ＣＤＲは下線）
METGLRWLLLVAVLKGVQCQSLEESGGRLVTPGTPLTLTCTVSGSDISSYHMGWVRQAPGKGLEYIGIIVSSGSAYYATWAKGRFTISRTSTTVDLKITSPTTEDSATYFCARNQYSGYGFSFWGPGTLVTVSS（配列番号１７）
クローン１６  ＨＣ  ＡＡ（ＣＤＲは下線）
METGLRWLLLVAVLKGVQCQSLEESGGRLVTPGTPLTLTCTVSGSDISSYHMGWVRQAPGKGLEYIGIIVSSGSAYYATWAKGRFTISRTSTTVDLKITSPTTEDSATYFCARNQYSGYGFSFWGPGTLVTVSSGQPKAPSVFPLAPCCGDTPSSTVTLGCLVKGYLPEPVTVTWNSGTLTNGVRTFPSVRQSSGLYSLSSVVSVTSSSQPVTCNVAHPATNTKVDKTVAPSTCSKPTCPPPELLGGPSVFIFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQDDPEVQFTWYINNEQVRTARPPLREQQFNSTIRVVSTLPIAHQDWLRGKEFKCKVHNKALPAPIEKTISKARGQPLEPKVYTMGPPREELSSRSVSLTCMINGFYPSDISVEWEKNGKAEDNYKTTPAVLDSDGSYFLYSKLSVPTSEWQRGDVFTCSVMHEALHNHYTQKSISRSPGK（配列番号１８）
クローン１６  ＶＨ  ＣＤＲ１  ＡＡ
GSDISSY（配列番号１９）
クローン１６  ＶＨ  ＣＤＲ２  ＡＡ
IIVSSGSAYYATWAK（配列番号２０）
クローン１６  ＶＨ  ＣＤＲ３  ＡＡ
NQYSGYGFSF（配列番号２１）
クローン１６  ＶＬ  ＤＮＡコード配列
ATGGACACGAGGGCCCCCACTCAGCTGCTGGGGCTCCTGCTGCTCTGGCTCCCAGGTGCCACATTTGCCGTCGTGCTGACCCAGACTCCATCCCCAGTGTCTACAGCTGTAGGAGGCACAGTCACCATCAATTGCCAGTCCAGTCACAGTGTTTATTATGGCGACTGGTTAGCCTGGTATCAGCAGAAACCAGGGCAGCCTCCTAAGCTCCTGATCTACAGGGCATCCAATCTGGCATCTGGTGTCCCATCGCGGTTCAAAGGCAGTGGATCTGGGACACAGTTCACTCTCACCATCAGCGGCGTGCAGTGTGACGATGCTGCCACTTACTACTGTCTAGGCGGTTATGATGATGATGGTGAGACTGCTTTCGGCGGAGGGACCGAGGTGGTGGTCAAA（配列番号２２）
クローン１６  ＶＬ  ＡＡ（ＣＤＲは下線）
MDTRAPTQLLGLLLLWLPGATFAVVLTQTPSPVSTAVGGTVTINCQSSHSVYYGDWLAWYQQKPGQPPKLLIYRASNLASGVPSRFKGSGSGTQFTLTISGVQCDDAATYYCLGGYDDDGETAFGGGTEVVVK（配列番号２３）
クローン１６  ＬＣ  ＡＡ（ＣＤＲは下線）
MDTRAPTQLLGLLLLWLPGATFAVVLTQTPSPVSTAVGGTVTINCQSSHSVYYGDWLAWYQQKPGQPPKLLIYRASNLASGVPSRFKGSGSGTQFTLTISGVQCDDAATYYCLGGYDDDGETAFGGGTEVVVKDPVAPTVLIFPPAADQVATGTVTIVCVANKYFPDVTVTWEVDGTTQTTGIENSKTPQNSADCTYNLSSTLTLTSTQYNSHKEYTCKVTQGTTSVVQSFNRGDC（配列番号２４）
クローン１６  ＶＬ  ＣＤＲ１  ＡＡ
QSSHSVYYGDWLA（配列番号２５）
クローン１６  ＶＬ  ＣＤＲ２  ＡＡ
RASNLAS（配列番号２６）
クローン１６  ＶＬ  ＣＤＲ３  ＡＡ
LGGYDDDGETA（配列番号２７）
【０１０８】
一実施形態では、本開示の抗原結合分子は抗体及びその抗原結合フラグメントである。一実施形態では、本開示の抗体は、図６及び図８に記載される少なくとも１つのＣＤＲを含む。別の態様では、本開示は、本明細書に記載され、当該技術分野で知られているように本明細書に開示される抗体を産生することが可能なハイブリドーマ及びハイブリドーマから抗体を作製する方法を提供する。
【０１０９】
ヒト化抗体は本明細書に記載され、既知の技法によって作製することができる。一実施形態では、ヒト化モノクローナル抗体は、マウス又はウサギ抗体の可変ドメイン（又はその抗原結合部位の全て若しくは一部）と、ヒト抗体に由来する定常ドメインとを含む。代替的には、ヒト化抗体フラグメントは、マウス又はウサギモノクローナル抗体の抗原結合部位と、ヒト抗体に由来する可変ドメインフラグメント（抗原結合部位を欠く）とを含み得る。操作されたモノクローナル抗体を作製する手順としては、Riechmann et al., (1988) Nature 332:323、Liu et al., (1987) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 84:3439、Larrick et al., (1989) Bio/Technology 7:934、及びWinter et al., (1993) TIPS 14:139に記載されるものが挙げられる。一実施形態では、キメラ抗体はＣＤＲグラフト化抗体である。抗体をヒト化する技法は、例えば米国特許第５，８６９，６１９号、同第５，２２５，５３９号、同第５，８２１，３３７号、同第５，８５９，２０５号、同第６，８８１，５５７号、Padlan et al., (1995) FASEB J. 9:133-39、Tamura et al., (2000) J. Immunol. 164:1432-41、Zhang et al., (2005) Mol. Immunol. 42(12):1445-1451、Hwang et al., Methods. (2005) 36(1):35-42、Dall'Acqua et al., (2005) Methods 36(1):43-60、及びClark, (2000) Immunology Today 21(8):397-402に論考されている。
【０１１０】
本発明の抗原結合分子は、完全ヒトモノクローナル抗体であってもよい。完全ヒトモノクローナル抗体は、当業者が精通している様々な技法によって生成することができる。かかる方法としては、ヒト末梢血細胞（例えば、Ｂリンパ球を含有する）のエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）形質転換、ヒトＢ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ免疫化、挿入されたヒト免疫グロブリン遺伝子を保有する免疫化トランスジェニックマウスに由来する脾臓細胞の融合、ヒト免疫グロブリンＶ領域ファージライブラリーからの単離、又は当該技術分野で知られており、本明細書の本開示に基づく他の手順が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１１１】
非ヒト動物においてヒトモノクローナル抗体を生成する手順が開発されている。例えば、１つ以上の内在性免疫グロブリン遺伝子を様々な手段によって不活性化したマウスが作製された。ヒト免疫グロブリン遺伝子をマウスに導入し、不活性化マウス遺伝子を置き換えた。この技法では、ヒト重鎖及び軽鎖遺伝子座の要素を、内在性重鎖及び軽鎖遺伝子座の標的破壊を含有する胚性幹細胞系に由来するマウスの株に導入する（Bruggemann et al., (1997) Curr. Opin. Biotechnol. 8:455-58も参照されたい）。
【０１１２】
ヒト抗体又は部分ヒト抗体の作製のためのトランスジェニック動物を作製及び使用する技法の例は、米国特許第５，８１４，３１８号、同第５，５６９，８２５号及び同第５，５４５，８０６号；Davis et al., Antibody Engineering: Methods and Protocols, (Lo, ed) Humana Press, NJ, 191-200 (2003)；Kellermann et al., (2002) Curr Opin Biotechnol. 13:593-97；Russel et al., (2000) Infect Immun. 68:1820-26；Gallo et al., (2000) Eur J. Immun. 30:534-40；Davis et al., (1999) Cancer Metastasis Rev. 18:421-25；Green, (1999) J Immunol Methods 231:11-23；Jakobovits, (1998) Advanced Drug Delivery Reviews 31:33-42；Green et al., (1998) J Exp Med. 188:483-95；Jakobovits, (1998) Exp. Opin. Invest. Drugs. 7:607-14；Tsuda et al., (1997) Genomics, 42:413-21；Mendez et al., (1997) Nat. Genet. 15:146-56；Jakobovits, (1994) Curr Biol. 4:761-63；Arbones et al., (1994) Immunity 1:247-60；Green et al., (1994) Nat. Genet. 7:13-21；Jakobovits et al., (1993) Nature 362:255-58；Jakobovits et al., (1993) Proc Natl Acad Sci USA 90:2551-55；Chen et al., (1993) Intl Immunol 5:647-656；Choi et al., (1993) Nature Genetics 4:117-23；Fishwild et al., (1996) Nature Biotechnology 14:845-51；Lonberg et al., (1994) Nature 368: 856-59；Lonberg, (1994) Handbook of Experimental Pharmacology 113: 49-101；Neuberger, (1996) Nature Biotech 14:826；Taylor et al., (1992) Nucleic Acids Research 20:6287-95；Taylor et al., (1994) Intl Immunol 6:579-91；Tomizuka et al., (1997) Nature Genetics 16:133-43；Tomizuka et al., (2000) Proc Nat Acad Sci USA 97:722-27；Tuaillon et al., (1993) Proc Nat Acad Sci USA 90:3720-24；Tuaillon et al., (1994) J Immunol 152:2912-20.；Lonberg et al., (1994) Nature 368:856；Taylor et al., (1994) Intl Immunol 6:579；米国特許第５，８７７，３９７号；Bruggemann et al., (1997) Curr. Opin. Biotechnol. 8:455-58；Jakobovits et al., (1995) Ann. N.Y. Acad. Sci. 764:525-35に記載されている。
【０１１３】
本発明の抗原結合分子を得るための付加的な方法は、この目的で確立されているファージディスプレイを用いたものである。例えば、Winter et al., (1994) Ann. Rev. Immunol. 12:433-55、Burton et al., (1994) Adv. Immunol 57:191-280を参照されたい。ヒト又はマウス免疫グロブリン可変領域の遺伝子のコンビナトリアルライブラリーをファージベクターにおいて作成し、これをスクリーニングして、ｓｃＦｖ  ＦＭＣ６３、並びにこの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞を結合するＩｇフラグメント（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓＦｖ又はその多量体）を選択することができる。例えば米国特許第５，２２３，４０９号、Huse et al., (1989) Science 246:1275-81、Sastry et al., (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:5728-32、Alting-Mees et al., (1990) Strategies in Molecular Biology 3:1-9、Kang et al., (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:4363-66、Hoogenboom et al., (1992) J. Mol. Biol. 227:381-388、Schlebusch et al., (1997) Hybridoma 16:47-52、及びこれらに引用される参照文献を参照されたい。例えば、Ｉｇ可変領域フラグメントをコードする複数のポリヌクレオチド配列を含有するライブラリーを、Ｍ１３若しくはラムダファージ（λＩｍｍｕｎｏＺａｐ（商標）（Ｈ）及びλＩｍｍｕｎｏＺａｐ（商標）（Ｌ）ベクター（カリフォルニア州ラホヤのStratagene）もこのアプローチに使用することができる）、又はそれらの変異体等の繊維状バクテリオファージのゲノムに、ファージコートタンパク質をコードする配列とインフレームで挿入することができる。
【０１１４】
簡潔に述べると、ｍＲＮＡをＢ細胞集団から単離し、λＩｍｍｕｎｏＺａｐ（商標）（Ｈ）及びλＩｍｍｕｎｏＺａｐ（商標）（Ｌ）、並びに同様のベクターにおいて重鎖及び軽鎖免疫グロブリンｃＤＮＡ発現ライブラリーを作成するために使用する。これらのベクターを個別にスクリーニングするか、又は同時発現させてＦａｂフラグメント又は抗体を形成することができる。陽性プラークを続いてＥ．コリからのモノクローナル抗体フラグメントの高レベルの発現を可能にする非溶解性プラスミドへと変換することができる。
【０１１５】
一実施形態では、ハイブリドーマにおいて、対象のモノクローナル抗体を発現する遺伝子の可変領域を、ヌクレオチドプライマーを用いて増幅する。これらのプライマーは、当業者が合成するか、又は商業的供給源（特にＶＨ、ＶＬ、ＣＨ及びＣＬ領域のプライマーを含むマウス及びヒト可変領域のプライマーも販売している）から購入することができる。これらのプライマーを用いて重鎖又は軽鎖可変領域を増幅することができ、これを次いでベクターに挿入することができる。次いで、これらのベクターを発現のためにＥ．コリ、酵母又は哺乳動物ベースの系に導入することができる。ＶＨ及びＶＬドメインの融合体を含有する多量の一本鎖タンパク質を、これらの方法を用いて作製することができる。
【０１１６】
上記の免疫化及び他の技法のいずれかを用いて本明細書で提供される抗原結合分子を産生する細胞が得られた後、本明細書に記載されるような標準的な手順に従い、ＤＮＡ又はｍＲＮＡをそれから単離し、増幅することによって特定の抗体遺伝子をクローニングすることができる。それにより産生される抗体をシークエンシングすることができ、同定されたＣＤＲ及びＣＤＲをコードするＤＮＡを、本発明による他の抗体を生成するために先に記載したように操作することができる。
【０１１７】
抗体等の幾つかのタンパク質が様々な翻訳後修飾を受ける可能性があることが当業者には理解される。これらの修飾のタイプ及び程度は多くの場合、タンパク質を発現させるために使用される宿主細胞株、及び培養条件によって決まる。かかる修飾はグリコシル化、メチオニン酸化、ジケトピペリジン（diketopiperizine）形成、アスパラギン酸塩異性化及びアスパラギン脱アミド化の変化を含み得る。よく見られる修飾は、カルボキシペプチダーゼの作用によるカルボキシ末端塩基性残基（リシン又はアルギニン等）の喪失である（例えば、Harris, (1995) J Chromatog 705:129-34に記載される）。
【０１１８】
マウスモノクローナル抗体を作製する代替的方法は、ハイブリドーマ細胞を同系マウス、例えばモノクローナル抗体を含有する腹水の形成を促進するために処理された（例えば、プリスタンで刺激された）マウスの腹膜腔に注射することである。モノクローナル抗体を、確立されている様々な技法によって単離し、精製することができる。かかる単離法として、プロテインＡセファロースを用いたアフィニティークロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー及びイオン交換クロマトグラフィーが挙げられる（例えば、Baines and Thorpe, (1992) in Methods in Molecular Biology, 10:79-104 (The Humana Press)を参照されたい）。モノクローナル抗体は、抗体の特定の性質（例えば、重鎖又は軽鎖のアイソタイプ、結合特異性等）に基づいて選択された適切なリガンドを用いるアフィニティークロマトグラフィーによって精製することができる。固体支持体に固定化される好適なリガンドの例としては、プロテインＡ、プロテインＧ、抗定常領域（軽鎖又は重鎖）抗体及び抗イディオタイプ抗体が挙げられる。
【０１１９】
開示の抗原結合分子はウサギの系において産生させたが、ヒト、部分ヒト又はヒト化抗体が多くの用途、特にヒト被験体への抗体の投与を伴う用途に好適な場合があり、他のタイプの抗原結合分子が或る特定の用途に好適である。かかる抗体は本明細書に記載されるように作製することができ、本開示の一態様を形成する。
【０１２０】
本開示は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子を提供する。本明細書に開示される抗原結合分子と交差競合する抗原結合分子が本開示の別の態様を形成する。
【０１２１】
或る特定の実施形態では、抗原結合分子は配列番号５、配列番号１１、配列番号１７及び配列番号２３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む参照抗体と交差競合する。或る特定の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１３又は配列番号１９のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１を含む参照抗体と交差競合する。或る特定の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１４又は配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ２を含む参照抗体と交差競合する。或る特定の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１５又は配列番号２１のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ３を含む参照抗体と交差競合する。
【０１２２】
他の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１３又は配列番号２５のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１を含む参照抗体と交差競合する。或る特定の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１４又は配列番号２６のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ２を含む参照抗体と交差競合する。或る特定の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１５又は配列番号２７のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ３を含む参照抗体と交差競合する。
【０１２３】
幾つかの実施形態では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００を特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示される参照抗体と同じ又は重複するエピトープ（例えば、図６及び図８に提示される配列を含むもの）を結合する。或る特定の実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、参照抗体と同じ又は重複するエピトープを結合する。
【０１２４】
ＩＩａ．クローン８
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＧＦＴＩＳＮＬ（配列番号７）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ１を含む。
【０１２５】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＤＩＤＧＲＧＤＩＹＣＡＴＷＡＫ（配列番号８）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ２を含む。
【０１２６】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＤＧＤＧＳＧＷＧＤＦＮＦ（配列番号９）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ３を含む。
【０１２７】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、（ａ）アミノ酸配列ＧＦＴＩＳＮＬ（配列番号７）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ１、及び／又は（ｂ）アミノ酸配列ＤＩＤＧＲＧＤＩＹＣＡＴＷＡＫ（配列番号８）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ２、及び／又は（ｃ）アミノ酸配列ＤＧＤＧＳＧＷＧＤＦＮＦ（配列番号９）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ３を含む重鎖ＶＨを含む。
【０１２８】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６及び図８に提示されるＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３配列のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３を含む。
【０１２９】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６及び図８のアミノ酸配列（例えば、（配列番号５））を含む重鎖可変領域配列を含む。
【０１３０】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に記載されるＶＨフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。具体的な実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、図６及び図８に提示される配列に記載される又はそれから誘導可能なＶＨ  ＦＲ（例えば、図６又は図８の１つの配列中のＦＲの１つ、２つ、３つ又は４つ）を含む。
【０１３１】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に開示される重鎖配列（例えば、図６の配列番号６）を含む。一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は配列番号５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。
【０１３２】
様々な実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号５の重鎖可変領域配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である。
【０１３３】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＱＡＳＱＳＩＳＴＡＬＡ（配列番号１３）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ１を含む。
【０１３４】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＲＡＳＴＬＡＳ（配列番号１４）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ２を含む。
【０１３５】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＱＱＧＷＳＴＶＮＶＤＮＶ（配列番号１５）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ３を含む。
【０１３６】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、（ａ）アミノ酸配列ＱＡＳＱＳＩＳＴＡＬＡ（配列番号１３）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ１、及び／又は（ｂ）アミノ酸配列ＲＡＳＴＬＡＳ（配列番号１４）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ２、及び／又は（ｃ）アミノ酸配列ＱＱＧＷＳＴＶＮＶＤＮＶ（配列番号１５）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ３を含む軽鎖ＶＬを含む。
【０１３７】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６及び図８に提示されるＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３配列のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３を含む。
【０１３８】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６又は図８のアミノ酸配列（例えば、配列番号１１）を含む軽鎖可変領域配列を含む。
【０１３９】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に記載されるＶＬフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。具体的な実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、図６及び図８に提示される配列に記載される又はそれから誘導可能なＶＬ  ＦＲ（例えば、図６又は図８の１つの配列中のＦＲの１つ、２つ、３つ又は４つ）を含む。
【０１４０】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に開示される軽鎖配列（例えば、図６又は図８の配列番号１２）を含む。一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は配列番号１１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
【０１４１】
様々な実施形態において、軽鎖可変領域は、配列番号１１の軽鎖可変領域配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である。
【０１４２】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示されるＶＨ  ＣＤＲ配列のいずれか１つ、２つ及び／又は３つを含む。或る特定の実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示される任意のＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３のアミノ酸配列をそれぞれ有するＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３を含む。幾つかの実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示されるＶＬ  ＣＤＲ配列のいずれか１つ、２つ及び／又は３つを含む。或る特定の実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示される任意のＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３のアミノ酸配列をそれぞれ有するＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３を含む。
【０１４３】
一実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１領域、（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ２領域、（ｃ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ３領域、（ｄ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１領域、（ｅ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ２領域、及び（ｆ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ３領域を含む。
【０１４４】
一実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞（配列番号１）、この配列を含む分子、並びにこの配列を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、（ａ）ＶＨ  ＣＤＲ１領域、（ｂ）ＶＨ  ＣＤＲ２領域、（ｃ）ＶＨ  ＣＤＲ３領域、（ｄ）ＶＬ  ＣＤＲ１領域、（ｅ）ＶＬ  ＣＤＲ２領域及び（ｆ）ＶＬ  ＣＤＲ３領域を含み、ここでＶＨ及びＶＬ  ＣＤＲは図６及び図８に示される。
【０１４５】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される重鎖可変領域配列及び本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される軽鎖可変領域配列を含む。
【０１４６】
一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び（ｂ）配列番号１１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。重鎖可変領域及び軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列は図６に提示される。
【０１４７】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される重鎖配列及び本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される軽鎖配列を含む。
【０１４８】
一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号６のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０１４９】
一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号６のアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号１２のアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０１５０】
ＩＩｂ．クローン１６
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＧＳＤＩＳＳＹ（配列番号１９）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ１を含む。
【０１５１】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＩＩＶＳＳＧＳＡＹＹＡＴＷＡＫ（配列番号２０）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ２を含む。
【０１５２】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＮＱＹＳＧＹＧＦＳＦ（配列番号２１）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ３を含む。
【０１５３】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、（ａ）アミノ酸配列ＧＳＤＩＳＳＹ（配列番号１９）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ１、及び／又は（ｂ）アミノ酸配列ＩＩＶＳＳＧＳＡＹＹＡＴＷＡＫ（配列番号２０）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ２、及び／又は（ｃ）アミノ酸配列ＮＱＹＳＧＹＧＦＳＦ（配列番号２１）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＨ  ＣＤＲ３を含む重鎖ＶＨを含む。
【０１５４】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６及び図８に提示されるＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３配列のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３を含む。
【０１５５】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６又は図８のアミノ酸配列（例えば、配列番号１７）を含む重鎖可変領域配列を含む。
【０１５６】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に記載されるＶＨフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。具体的な実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、図６に提示される配列に記載される又はそれから誘導可能なＶＨ  ＦＲ（例えば、図６又は図８の１つの配列（例えば、配列番号１７）中のＦＲの１つ、２つ、３つ又は４つ）を含む。
【０１５７】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に開示される重鎖配列（例えば、図６の配列番号１８）を含む。一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は配列番号１７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。
【０１５８】
様々な実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１７の重鎖可変領域配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である。
【０１５９】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＱＳＳＨＳＶＹＹＧＤＷＬＡ（配列番号２５）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ１を含む。
【０１６０】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＲＡＳＮＬＡＳ（配列番号２６）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ２を含む。
【０１６１】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、アミノ酸配列ＬＧＧＹＤＤＤＧＥＴＡ（配列番号２７）を含む、それからなる、又はそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ３を含む。
【０１６２】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、（ａ）アミノ酸配列ＱＳＳＨＳＶＹＹＧＤＷＬＡ（配列番号２５）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ１、及び／又は（ｂ）アミノ酸配列ＲＡＳＮＬＡＳ（配列番号２６）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ２、及び／又は（ｃ）アミノ酸配列ＬＧＧＹＤＤＤＧＥＴＡ（配列番号２７）を含む、それからなる、若しくはそれから本質的になるＶＬ  ＣＤＲ３を含む軽鎖ＶＬを含む。
【０１６３】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６又は図８に提示されるＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３配列のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３を含む。
【０１６４】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、図６又図８のアミノ酸配列（例えば、配列番号２３）を含む軽鎖可変領域配列を含む。
【０１６５】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に記載されるＶＬフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。具体的な実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、図６及び図８に提示される配列に記載される又はそれから誘導可能なＶＬ  ＦＲ（例えば、図６又は図８の１つの配列中のＦＲの１つ、２つ、３つ又は４つ）を含む。
【０１６６】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子又は抗体は、本明細書に開示される軽鎖配列（例えば、図６又は図８の配列番号２４）を含む。一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は配列番号２３のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。
【０１６７】
様々な実施形態において、軽鎖可変領域は、配列番号２３の軽鎖可変領域配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である。
【０１６８】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示されるＶＨ  ＣＤＲ配列のいずれか１つ、２つ及び／又は３つを含む。或る特定の実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示される任意のＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３のアミノ酸配列をそれぞれ有するＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２及びＶＨ  ＣＤＲ３を含む。幾つかの実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示されるＶＬ  ＣＤＲ配列のいずれか１つ、２つ及び／又は３つを含む。或る特定の実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、本明細書に開示される任意のＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３のアミノ酸配列をそれぞれ有するＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２及びＶＬ  ＣＤＲ３を含む。
【０１６９】
一実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ１領域、（ｂ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ２領域、（ｃ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＶＨ  ＣＤＲ３領域、（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ１領域、（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ２領域、及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＶＬ  ＣＤＲ３領域を含む。
【０１７０】
一実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞（配列番号１）、この配列を含む分子、並びにこの配列を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、（ａ）ＶＨ  ＣＤＲ１領域、（ｂ）ＶＨ  ＣＤＲ２領域、（ｃ）ＶＨ  ＣＤＲ３領域、（ｄ）ＶＬ  ＣＤＲ１領域、（ｅ）ＶＬ  ＣＤＲ２領域及び（ｆ）ＶＬ  ＣＤＲ３領域を含み、ここでＶＨ及びＶＬ  ＣＤＲは図６及び図８に示される。
【０１７１】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される重鎖可変領域配列及び本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される軽鎖可変領域配列を含む。
【０１７２】
一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。重鎖可変領域及び軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列は図６に提示される。
【０１７３】
幾つかの実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、この配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子は、本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される重鎖配列及び本明細書に（例えば、図６及び図８に）開示される軽鎖配列を含む。
【０１７４】
一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号１８のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０１７５】
一実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、（ａ）配列番号１８のアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一のアミノ酸配列を含む重鎖、及び（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【０１７６】
ＩＩＩ  抗体及び抗原結合分子をコードするポリヌクレオチド
本発明は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体及び抗原結合分子をコードするポリヌクレオチドにも関する。
【０１７７】
幾つかの実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号５及び配列番号１７からなる群から選択される重鎖可変領域アミノ酸配列に対して少なくとも約７５％、少なくとも約８５％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は１００％同一の重鎖可変領域アミノ酸配列を含む抗原結合分子をコードする。
【０１７８】
幾つかの実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１１及び配列番号２３からなる群から選択される軽鎖可変領域アミノ酸配列に対して少なくとも約７５％、少なくとも約８５％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％）、少なくとも約９９％又は１００％同一の軽鎖可変アミノ酸配列を含む抗原結合分子をコードする。
【０１７９】
或る特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号４及び配列番号１６からなる群から選択される重鎖コード配列を含む。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号１０及び配列番号２２からなる群から選択される軽鎖コード配列を含む。
【０１８０】
当業者に理解されるように、開示のポリヌクレオチド配列の変異が遺伝コードの縮重により可能である。このため、開示のポリヌクレオチド配列のかかる変異体は、本開示の一態様を形成する。
【０１８１】
ＩＶ．ベクター、細胞及び医薬組成物
或る特定の態様では、本発明のポリヌクレオチドを含むベクターが本明細書で提供される。幾つかの実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるようなＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子をコードするポリヌクレオチドを含むベクター又はベクターのセットに関する。
【０１８２】
当該技術分野で知られている任意のベクターが本発明の抗体及び抗原結合分子の発現に好適であり得る。幾つかの実施形態では、ベクターはウイルスベクターである。幾つかの実施形態では、ベクターはレトロウイルスベクター、ＤＮＡベクター、マウス白血病ウイルスベクター、ＳＦＧベクター、プラスミド、ＲＮＡベクター、アデノウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、エプスタインバーウイルスベクター、パポバウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター（ＡＡＶ）、レンチウイルスベクター又はそれらの任意の組合せである。
【０１８３】
他の態様では、本発明のポリヌクレオチド又はベクターを含む細胞が本明細書で提供される。幾つかの実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるような抗原結合分子をコードするポリヌクレオチドを含む細胞、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞に関する。幾つかの実施形態では、本発明は、本明細書に開示されるようなＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又はその抗原結合分子をコードするポリヌクレオチドを含む細胞、例えばｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞に関する。
【０１８４】
任意の細胞を、本発明の抗体及び抗原結合分子の全て又はフラグメントをコードするポリヌクレオチド及びベクターの宿主細胞として使用することができる。幾つかの実施形態では、宿主細胞は原核細胞、真菌細胞、酵母細胞、又は哺乳動物細胞等のより高等な真核細胞であってもよい。好適な原核細胞として、限定されずに、グラム陰性又はグラム陽性の生物等の真正細菌、例えばエシェリヒア（Escherichia）、例えばＥ．コリ等の腸内細菌科（Enterobacteriaceae）；Ｂ．サチリス（subtilis）及びＢ．リケニフォルミス（licheniformis）等の桿菌；Ｐ．アエルギノーザ（aeruginosa）等のシュードモナス；及びストレプトマイセス（Streptomyces）等が挙げられる。幾つかの実施形態では、宿主細胞はヒト細胞等の哺乳動物細胞である。幾つかの実施形態では、宿主細胞はＣＨＯ細胞であり、他の実施形態では、宿主細胞はｓＰ２／０又は他のマウス細胞である。本発明の宿主細胞は、当該技術分野で知られている任意の供給源によって得ることができる。
【０１８５】
本発明の他の態様は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含む組成物、本明細書に記載されるベクター、抗体、本明細書に記載される抗原結合分子、及び／又は本明細書に記載されるｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞に関する。幾つかの実施形態では、組成物は薬学的に許容可能な担体、希釈剤、可溶化剤、乳化剤、防腐剤及び／又はアジュバントを含む。幾つかの実施形態では、組成物は賦形剤を含む。
【０１８６】
一実施形態では、組成物はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗体又は抗原結合分子をコードするポリヌクレオチドを含む。別の実施形態では、組成物は配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する抗原結合分子を含む。別の実施形態では、組成物は、本明細書に開示される抗体をコードするポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドによってコードされるその抗原結合分子を含むｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞を含む。
【０１８７】
幾つかの実施形態では、組成物は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する２つ以上の異なる抗体又は抗原結合分子を含む。幾つかの実施形態では、組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９及び／又は配列番号５００、並びにこれらの配列を含む分子及びかかる分子を提示する細胞に特異的に結合する２つ以上の抗体又は抗原結合分子を含み、ここで抗体又は抗原結合分子は２つ以上のエピトープを結合する。幾つかの実施形態では、抗体又は抗原結合分子は、そのエピトープへの結合について互いに競合しない。幾つかの実施形態では、本明細書で提供される抗体又は抗原結合分子の２つ以上を医薬組成物中で組み合わせる。かかる組成物は、ヒトを含む被験体への投与に好適であるのが好ましい。
【０１８８】
Ｖ．例示的な方法
以下のセクションでは、本明細書に開示される抗原結合分子を使用する様々な例示的な方法を記載する。本明細書に開示される任意の抗原結合分子及びそのフラグメント（図面及び添付の配列表に提示されるものを含む）を開示の方法に使用することができる。
【０１８９】
開示の方法の一部でＴ細胞を用いることができる。かかるＴ細胞を当該技術分野で知られている任意の供給源によって得ることができる。例えばＴ細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで造血幹細胞集団から分化されてもよく、又はＴ細胞は被験体から得られてもよい。Ｔ細胞は、例えば末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位に由来する組織、腹水、胸水、脾臓組織及び腫瘍から得られてもよい。加えて、Ｔ細胞は、当該技術分野において利用可能な１つ以上のＴ細胞株に由来し得る。また、Ｔ細胞は、ＦＩＣＯＬＬ（商標）分離及び／又はアフェレーシス等の当業者に知られている数多くの技術を使用して被験体から収集された血液単位から得られてもよい。Ｔ細胞療法のためにＴ細胞を単離する付加的な方法は、米国特許出願公開第２０１３／０２８７７４８号（その全体が引用することにより本明細書の一部をなす）に開示されている。
【０１９０】
様々な実施形態において、抗原結合分子は、アミノ酸配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、又はアミノ酸配列ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）若しくはＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）を含む部分配列を含む分子、これらの配列を含む分子及びかかる配列を提示する細胞に特異的に結合する。更なる実施形態では、抗原結合分子は、（ａ）軽鎖ＣＤＲ１、（ｂ）軽鎖ＣＤＲ２、（ｃ）軽鎖ＣＤＲ３、（ｄ）重鎖ＣＤＲ１、（ｅ）重鎖ＣＤＲ２及び（ｆ）重鎖ＣＤＲ３の１つ以上を含む。付加的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号９若しくは配列番号２１の重鎖ＣＤＲ３、又は配列番号１５若しくは配列番号２７の軽鎖ＣＤＲ３、又は重鎖及び軽鎖の両方を含む。他の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７若しくは配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８若しくは配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、又は配列番号１３若しくは配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、又は配列番号１４若しくは配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２を含む。様々な実施形態において、抗原結合分子は重鎖ＣＤＲ１、重鎖ＣＤＲ２、重鎖ＣＤＲ３、軽鎖ＣＤＲ１、軽鎖ＣＤＲ２及び軽鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲは図６に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１９１】
様々な実施形態において、抗原結合分子は重鎖（ＨＣ）を含み、ＨＣは配列番号５を含む重鎖可変領域（ＶＨ）配列を含み得る。様々な実施形態において、重鎖は重鎖ＣＤＲ１、重鎖ＣＤＲ２及び重鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲは図６及び図８に示されるアミノ酸配列を含む。さらに、幾つかの実施形態では、本明細書に開示される請求項の抗原結合分子（例えば、配列番号５を含む可変領域（ＶＨ）配列を含む抗原結合分子）のＶＨに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＨアミノ酸配列を含む抗原結合分子を用いることができる。
【０１９２】
様々な実施形態において、抗原結合分子は軽鎖（ＬＣ）を含み、ＬＣは配列番号１１を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）配列を含み得る。様々な実施形態において、軽鎖は軽鎖ＣＤＲ１、軽鎖ＣＤＲ２及び軽鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲは図６及び図８に示されるアミノ酸配列を含む。さらに、幾つかの実施形態では、本明細書に開示される請求項の抗原結合分子（例えば、配列番号１１を含む可変領域（ＶＬ）配列を含む抗原結合分子）のＶＨに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＬアミノ酸配列を含む抗原結合分子を用いることができる。
【０１９３】
様々な実施形態において、抗原結合分子は、アミノ酸配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、又はアミノ酸配列ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）若しくはＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む部分配列を含む分子に特異的に結合することができる。開示の方法の更なる実施形態では、抗原結合分子は、（ａ）軽鎖ＣＤＲ１、（ｂ）軽鎖ＣＤＲ２、（ｃ）軽鎖ＣＤＲ３、（ｄ）重鎖ＣＤＲ１、（ｅ）重鎖ＣＤＲ２及び（ｆ）重鎖ＣＤＲ３の１つ以上を含む。開示の方法の付加的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号２１の重鎖ＣＤＲ３若しくは配列番号２７の軽鎖ＣＤＲ３、又は重鎖及び軽鎖の両方を含む。開示の方法の他の実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、又は配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、又は配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、又は配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２を含む。
【０１９４】
様々な実施形態において、抗原結合分子は重鎖ＣＤＲ１、重鎖ＣＤＲ２、重鎖ＣＤＲ３、軽鎖ＣＤＲ１、軽鎖ＣＤＲ２及び軽鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲは図６及び図８に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１９５】
開示の方法の様々な実施形態において、抗原結合分子は重鎖（ＨＣ）を含み、ＨＣは配列番号１７を含む重鎖可変領域（ＶＨ）配列を含み得る。図面を参照すると、開示の方法の様々な実施形態において、重鎖は重鎖ＣＤＲ１、重鎖ＣＤＲ２及び重鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲは図６に示されるアミノ酸配列を含む。さらに、開示の方法の実施形態では、本明細書に開示される請求項の抗原結合分子（例えば、配列番号１７を含む可変領域（ＶＨ）配列を含む抗原結合分子）のＶＨに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＨアミノ酸配列を含む抗原結合分子を用いることができる。
【０１９６】
開示の方法の様々な実施形態において、抗原結合分子は軽鎖（ＬＣ）を含み、ＬＣは配列番号２３を含む軽鎖可変領域（ＬＨ）配列を含み得る。図面を参照すると、開示の方法の様々な実施形態において、軽鎖は軽鎖ＣＤＲ１、軽鎖ＣＤＲ２及び軽鎖ＣＤＲ３を含み、各ＣＤＲは図６及び図８に示されるアミノ酸配列を含む。さらに、開示の方法の実施形態では、本明細書に開示される請求項の抗原結合分子（例えば、配列番号２３を含む可変領域（ＶＬ）配列を含む抗原結合分子）のＶＨに対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又は約１００％同一のＶＬアミノ酸配列を含む抗原結合分子を用いることができる。
【０１９７】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０１９８】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０１９９】
ここで、開示の方法に用いることができる抗原結合分子の上記の説明に鑑みて、代表的な方法をより詳細に論考する。
【０２００】
Ｖａ．或る用量の薬剤を被験体に投与する方法
一態様では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む治療用分子を提示する予め選択される数の細胞を含む用量の薬剤を被験体に投与する方法が提供される。
【０２０１】
具体的な実施形態では、用量は被験体の１キログラム当たり０．５×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり１．０×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり２．０×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり３．０×１０６個の細胞、被験体の１キログラム当たり４．０×１０６個の細胞又は被験体の１キログラム当たり５．０×１０６個の細胞を含むが、任意の用量を用いた方法を用いることができる。被験体の１キログラム当たり１．０×１０６個の細胞が好ましい用量である。
【０２０２】
本明細書に提示される定義と一致して、様々な実施形態において、被験体はヒト又は非ヒト被験体である。被験体がヒトである場合、被験体は例えば、癌等の異常な生理的状態の治療を受けているか、又は障害と正式に診断された任意のヒト、正式に認識された障害を有しないヒト、治療を受けているヒト、障害を発症するリスクがあるヒト、障害の有無について研究されているヒト等であり得る。
【０２０３】
初めに、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む治療用分子を発現することが知られている又は疑われる、既知の数の細胞を含む集団を含むサンプルを準備する。
【０２０４】
一実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）を含み、別の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）を含み、別の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）を含み、別の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）を含み、別の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む。
【０２０５】
本明細書に提示される定義と一致して、様々な実施形態において、被験体はヒト又は非ヒト被験体である。被験体がヒトである場合、被験体は例えば、癌等の異常な生理的状態の治療を受けているか、又は障害と正式に診断された任意のヒト、正式に認識された障害を有しないヒト、治療を受けているヒト、障害を発症するリスクがあるヒト、障害の有無について研究されているヒト等であり得る。
【０２０６】
初めに、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を提示することが知られている又は疑われる、既知の数の細胞を含む集団を含む既知の容量のサンプルを準備する。細胞の数は任意の既知の方法を用いて決定することができる。好ましい実施形態では、サンプル中の細胞をセルソーター（例えば、ＦＡＣＳ）等の自動化装置を用いて計数することによって集団を決定するが、従来の非自動化細胞計数法を用いることもできる。
【０２０７】
この方法の細胞は任意のタイプの細胞を含むことができ、免疫細胞（例えばＢリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞、ケラチノサイト、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞及び乏突起膠細胞）が好ましい。Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞及びＴｒｅｇ細胞を含む）が特に好ましい。具体的な実施形態では、細胞は、本明細書に記載されるように、また当該技術分野で知られている方法によって得ることができるＴ細胞である。任意のタイプの細胞を方法に用いることができ、細胞はヒト細胞又は非ヒト細胞（原核細胞及び真核細胞の両方を含む）であり得る。例示的な細胞としては、Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞等の免疫細胞が挙げられるが、これらに限定されない。Ｔ細胞は自己、同種異系若しくは異種であってもよく、又はｉｎ  ｖｉｖｏ  Ｔ細胞若しくはｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞であってもよく、ＣＤ４＋Ｔ細胞若しくはＣＤ８＋Ｔ細胞であってもよい。付加的な実施形態では、細胞はＣＡＲを提示するＴ細胞である。さらに、細胞を血液、組織、又は被験体から得られる任意の他のサンプル、細胞培養培地、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織等のような細胞を生存形態に維持することが可能な任意の環境に配置する又はそれから単離することができる。勾配精製、細胞培養選択及び／又は細胞選別が細胞を得る際に有用であり得る。
【０２０８】
細胞によって発現される治療用分子は、それが投与される被験体に治療効果をもたらすことが知られる又は考えられる任意の分子を含み得る。このため、治療用分子は、任意の構造又は設計のペプチド又はポリペプチドであってもよい。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む治療用分子の一部が、少なくとも部分的に細胞外に、すなわち本開示の抗原結合分子等の細胞外相互作用パートナーによって認識され得る程度まで発現又は配置されるのが好ましい。
【０２０９】
具体的な実施形態では、治療用分子はＣＡＲである。治療用分子がＣＡＲである場合、治療用分子はＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含み得る。
【０２１０】
続いて、選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の集団を含むサンプルのアリコートを準備する。アリコートは、任意の簡便な手段を用いて、例えばセルソーターによって、単にサンプルから物質をピペッティングして取り出すことによって得ることができる。
【０２１１】
さらに、選択されるアミノ酸配列を特異的に結合し、検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備する。抗原結合分子は本明細書、例えば図面、配列表又は本開示に開示される抗原結合分子であるのが好ましい。任意の検出可能な標識をこの方法に用いることができ、好適な標識は所望の基準のセットを用いて選択することができる。検出可能な標識のタイプの例としては、Ａｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択され得る蛍光色素が挙げられる。他のタイプの検出可能な標識としては、Johnson, Molecular Probes Handbook: A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Techniques, 11th Edition, Life Technologies, (2010)（引用することにより明示的に本明細書の一部をなす）に記載される光学色素、放射標識（例えば３Ｈ、１１Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｆ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ等の同位体マーカー）、フォトクロミック化合物、磁気標識（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ）等が挙げられる。タンパク質を標識化する戦略は当該技術分野で知られており、開示の方法に用いることができる。
【０２１２】
標識を分子中の任意の位置で抗原結合分子と会合させることができるが、そのような結合活性の変更が所望されない限りにおいて分子の結合特性が変更されないような位置（又は複数の標識が用いられる場合に複数の位置）で標識を分子と会合させるのが好ましい。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を特異的に結合する任意の抗原結合分子を用いることができる。好適な抗原結合分子及びその構成成分の例は本明細書、例えば添付の配列表、並びに図６及び図８に提示される。開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。開示の方法の他の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０２１３】
抗原結合分子を任意の表面上に配置しても、又は表面上に全く配置しなくてもよい。例えば、抗原結合分子がバッファー中に存在していても、バッファー−抗原結合分子をサンプルと接触させてもよい。代替的には、抗原結合分子を表面と会合させることができる。好適な表面としては、アガロースビーズ、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ等の磁性ビーズ、又はウェルプレート等のプラスチック、ガラス若しくはセラミックプレート、細胞培養バッグ等のバッグ等が挙げられる。表面自体をカラム等の別の構造内に配置してもよい。
【０２１４】
続いて、サンプル中に存在する細胞及び抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下でサンプルのアリコートを抗原結合分子と接触させる。このため、この方法工程の結果は、検出可能な標識が会合した抗原結合分子が、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む治療用分子を発現する細胞に結合した結合複合体の形成である。このため、結合複合体自体が検出可能である。結合複合体の形成を可能にする条件は様々な要因に依存するが、一般的にはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のような生理的ｐＨ及びイオン強度の水性バッファーが結合複合体の形成に有利であり、開示の方法で好ましい。
【０２１５】
アリコート中の結合複合体中に存在する細胞の割合を決定する。この算出は、検出可能な標識を有する細胞の数と標識を有しない細胞の数とを比較することによって行うことができ、パーセンテージとして表すことができる。結合複合体中の細胞の数を決定することができる。結合複合体中に存在する細胞の数を決定するために用いられる具体的な方法は、選択される標識の性質に依存する。例えば、蛍光標識が選択される場合にはＦＡＣＳを用いることができ、同位体標識が選択される場合には質量分析、ＮＭＲ又は他の技法を用いることができ、磁気標識が選ばれる場合には磁気ベースの細胞選別を用いることができ、顕微鏡検査を用いることもできる。サンプル中の細胞の数は最初から既知であるため、結合複合体中に存在する細胞の割合を容易に決定することができる。
【０２１６】
続いて、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現する初期サンプル中の細胞の濃度を決定する。この決定は、結合複合体中に存在し、したがって検出可能な標識を有する治療用タンパク質を発現することが決定された細胞の割合に基づく。
【０２１７】
治療用タンパク質を提示する細胞の割合が既知であり、アリコートの容量が既知であるため、治療用分子を発現する、アリコートを取ったサンプル中の細胞の数のより大きなサンプルの容量との単純な比較が、治療用分子を有するサンプル中の細胞の割合（すなわち、より大きなサンプル中の治療用分子を有する細胞の濃度）を治療用分子／容量ベースでもたらす。
【０２１８】
選択される細胞の数を含むサンプルの容量を、サンプル中に存在する治療用分子を有する細胞の濃度に基づく外挿によって決定する。
【０２１９】
最後に、所望の数の細胞を含む容量のサンプルを被験体に投与する。投与は、サンプル中に存在し、サンプル中の細胞によって発現される治療用分子に基づく治療レジメンの一態様を構成し得る。
【０２２０】
投与は１回又は２回以上行うことができるが、この方法の利点は、予め選択される数の細胞（この細胞の数は既知の又は期待される効力に基づいて決定される）を含む用量を投与することによって、治療用分子を提示する細胞の不必要な投与を回避する、すなわち、被験体が所望の治療効果をもたらす正確な数の細胞を受け、これが過度に多い又は過度に少ない細胞でないことである。
【０２２１】
Ｖｂ．細胞を活性化する方法
免疫細胞を活性化する開示の方法をＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択される配列を含む分子を提示する任意の免疫細胞に関連して用いることができる。開示の方法との関連で、かかる分子を提示するＴ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞及びＴｒｅｇ細胞を含む）が好ましく、開示の方法を実証するために使用されるが、かかる分子を提示する他の免疫細胞（例えば腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、細胞毒性Ｔリンパ球、腫瘍浸潤リンパ球等のリンパ球、好中球、好塩基球、又はヘルパーＴ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、樹状細胞、Ｂ細胞、造血幹細胞、マクロファージ、単球、ランゲルハンス細胞、ケラチノサイト、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞、及び乏突起膠細胞、及びＮＫ細胞）を開示の方法に用いることもできる。
【０２２２】
Ｔ細胞の活性化（この用語は「刺激」の用語と区別なく使用される）は、抗原−特異的Ｔ細胞受容体認識及びＴ細胞上の補助受容体により伝達されるシグナルに依存する。例えばＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン及びＣＤ３ゼータタンパク質のクラスタリングが、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）の他の構成成分と更に会合し、Ｔ細胞の活性化を誘導し、これを免疫応答性にする。このため、本明細書で使用される「活性化」又は「刺激」は、結合がシグナル伝達事象を媒介する、リガンド（同じ分子の別のコピーであってもよい、例えばＣＤ３ゼータがＣＤ３ゼータの別のコピーと会合する）との分子の結合によって誘導される一次応答を指す。
【０２２３】
一実施形態では、Ｔ細胞は、本明細書で提供される抗原結合分子によりｉｎ  ｖｉｔｒｏで活性化され、本開示の方法に従って活性化されたＴ細胞を続いてｅｘ  ｖｉｖｏで増殖させ、本明細書に開示されるものを含む様々な用途に使用することができる。
【０２２４】
別の実施形態では、活性化は本明細書で提供される抗原結合分子を用いてｉｎ  ｖｉｖｏで行われ、本開示の方法に従って活性化されたＴ細胞について、活性化細胞が配置される生物において増殖が行われる。ｉｎ  ｖｉｖｏ活性化は治療レジームの一部をなし、その例が本明細書に記載される。
【０２２５】
活性化の前に、Ｔ細胞等の免疫細胞を被験体（例えばヒト、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウサギ等の哺乳動物、又はそのトランスジェニック種；人工胸腺オルガノイド（ＡＴＯ；例えば、引用することにより本明細書の一部をなす、Seet et al., Nature Methods 14(5):521 (2017)を参照されたい）等の人工系に由来する細胞を、開示のｉｎ  ｖｉｖｏ及びｉｎ  ｖｉｔｒｏ活性化方法に用いることもできる）から得る。Ｔ細胞を含む免疫細胞はＰＢＭＣ、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位に由来する組織、脾臓組織、腫瘍又はＴ細胞株を含む、本明細書に記載されるような多数の供給源から得ることができる。また、Ｔ細胞は、ＦＩＣＯＬＬ分離等の当業者に知られている数多くの技術を使用して被験体から収集された容量の血液から得られてもよい。勾配精製、細胞培養選択及び／又は細胞選別を用いることもできる。
【０２２６】
これに鑑みて、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示するＴ細胞等の免疫細胞を活性化する方法が提供される。
【０２２７】
初めに、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示することが知られている又は疑われる免疫細胞を含むサンプルを準備する。具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）である。
【０２２８】
具体的な実施形態では、細胞は、本明細書に記載されるように、また当該技術分野で知られている方法によって得ることができるＴ細胞である。細胞はヒト細胞又は非ヒト細胞であり得る。Ｔ細胞は自己、同種異系又は異種であり得る。Ｔ細胞が開示の方法に用いられる場合、Ｔ細胞はｉｎ  ｖｉｖｏ  Ｔ細胞又はｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞であり得る。さらに、細胞を血液、組織、又は被験体から得られる任意の他のサンプル、細胞培養培地、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織、好適なバッファー等のような細胞を生存形態に維持することが可能な任意の環境に配置する又はそれから単離することができる。
【０２２９】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子はＣＡＲである。分子がＣＡＲである場合、分子はＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含み得る。
【０２３０】
次いで、抗原結合分子とサンプルとを、抗原結合分子及び選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む２つの分子を含み、選択されるアミノ酸配列を含む分子が２つの異なる免疫細胞上に配置される結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。結合事象は両方の免疫細胞を互いにより接近させる効果を有し、複数の細胞が複数の結合事象後に互いにクラスター化する。
【０２３１】
抗原結合分子は本明細書、例えば図面、配列表又は本開示の本セクションに開示される抗原結合分子（又はそのフラグメント）であるのが好ましい。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を特異的に結合する任意の抗原結合分子を用いることができる。好適な抗原結合分子の複数の例、例えば図６及び図８に示されるＣＤＲの１つ以上を有するものが本明細書で提示される。結合複合体の各免疫細胞上に存在する選択される配列を含む分子は同じであってもよく、又は抗原結合分子によって特異的に認識される限りにおいて異なっていてもよい。
【０２３２】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。開示の方法の他の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０２３３】
抗原結合分子を任意の表面上に配置しても、又は表面上に全く配置しなくてもよい。例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏ用途では、抗原結合分子がバッファー中に存在していてもよく、抗原結合分子を被験体の身体に注射することによって接触を達成することができ、その際に、抗原結合分子がＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞と接触する場合に活性化が生じる。
【０２３４】
所望のレベルの活性化を達成する抗原結合分子の正確な量は、実験的に決定することができ、様々な被験体に特異的な基準に依存する。ｉｎ  ｖｉｖｏ活性化については、抗原結合分子の量は、例えば２５μｇ／ｋｇ／日、２０μｇ／ｋｇ／日、１５μｇ／ｋｇ／日、１０μｇ／ｋｇ／日又は５μｇ／ｋｇ／日であり得る。抗原結合分子は被験体に所望の日数、例えば５日間、４日間、３日間、２日間又は１日間投与することができる。他の活性化抗体を、どのくらいの抗原結合分子を被験体に投与するかを決定する際の指針として使用することができる。例えば、抗ＣＤ３活性化抗体ＯＫＴ３を用いた臨床経験が開示の方法を行う際の実例となり、有益であり得る。
【０２３５】
特定の治療レジームを所与の被験体に合わせることができ、投与量及び条件が通常は臨床医によって考慮される様々な要因に依存し得ることが当業者には認識される。ｉｎ  ｖｉｖｏ活性化についての抗原結合分子の好適な用量を決定する際に考慮することができる例としては、被験体の健康全般及び強さ、被験体の体重、選択される配列を有する分子を提示する細胞の所望の全体的な活性化の程度、効力及びｉｎ  ｖｉｖｏ効力が挙げられる。
【０２３６】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏ活性化では、抗原結合分子がバッファー中に存在していても、バッファー−抗原結合分子をサンプルと接触させてもよい。代替的には、幾つかの実施形態では、抗原結合分子を表面と会合させることができる。好適な表面としては、アガロースビーズ、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ等の磁性ビーズ、又はウェルプレート等のプラスチック、ガラス若しくはセラミックプレート、細胞培養バッグ等のバッグ等が挙げられる。表面自体をカラム等の別の構造内に配置してもよい。
【０２３７】
結合複合体の形成を可能にする条件は様々な要因に依存するが、一般的にはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のような生理的ｐＨ及びイオン強度の水性バッファーが結合複合体の形成に有利であり、開示の方法で好ましい。
【０２３８】
実際には、抗原結合分子の結合が選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子（１つの分子が２つの異なる免疫細胞の各々にある）に特異的に結合する場合、２つの細胞が互いに接近して引き寄せられる。この接近、すなわちクラスタリングは、免疫細胞を活性化する効果を有する。
【０２３９】
Ｖｃ．対象の分子を提示する細胞の数を決定する方法
対象の分子を発現するサンプル中に存在する細胞の数を決定することが望ましい場合がある状況が見られる。例えば、対象の分子を発現する被験体から得られるサンプル中に存在する免疫細胞の数を決定することが望ましい場合がある。また、トランスフェクションの効率のレベルの尺度として使用することができる、トランスフェクトされ、対象の分子を発現する細胞の数を決定することが望ましい場合がある。開示の方法をこれらの用途、及び対象の分子を発現するサンプル中に存在する細胞の数を決定することが望ましい他の用途に用いることができる。
【０２４０】
このため、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、サンプル中の分子を提示する細胞の数を決定する方法が提供される。
【０２４１】
一実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む対象の分子を発現することが知られている又は疑われる細胞を含むサンプルを準備する。
【０２４２】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）である。
【０２４３】
細胞は任意のタイプとすることができ、ヒト又は非ヒト（例えばマウス、ラット、ウサギ、ハムスター等）であり得る。好ましい実施形態では、細胞は免疫細胞である。この方法の免疫細胞は、任意のタイプの免疫細胞（例えばＢリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞、ケラチノサイト、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞及び乏突起膠細胞）であり得る。Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞及びＴｒｅｇ細胞を含む）が特に好ましい。具体的な実施形態では、細胞は、本明細書に記載されるように、また当該技術分野で知られている方法によって得ることができるＴ細胞である。任意のタイプの免疫細胞を開示の方法の本実施形態に用いることができる。例示的な細胞としては、Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞等の免疫細胞が挙げられるが、これらに限定されない。Ｔ細胞は自己、同種異系又は異種であり得る。Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞又はＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る。Ｔ細胞が開示の方法に用いられる場合、Ｔ細胞はｉｎ  ｖｉｖｏ  Ｔ細胞又はｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞であり得る。さらに、細胞を血液、組織、又は被験体から得られる任意の他のサンプル、細胞培養培地、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織、好適なバッファー等のような細胞を生存形態に維持することが可能な任意の環境に配置する又はそれから単離することができる。
【０２４４】
具体的な実施形態では、対象の分子はＣＡＲである。分子がＣＡＲである場合、分子はＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含み得る。
【０２４５】
次いで、サンプルを、対象の分子を特異的に結合し、検出可能な標識を含む抗原結合分子と、サンプル中に存在する細胞及び抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。抗原結合分子は本明細書、例えば図面、配列表又は本開示の本セクションに開示される抗原結合分子（又はそのフラグメント）であるのが好ましい。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を特異的に結合する任意の抗原結合分子を開示の方法に用いることができる。好適な抗原結合分子の複数の例、例えば図６及び図８に示されるＣＤＲの１つ以上を有するものが本明細書で提示される。
【０２４６】
任意の検出可能な標識をこの方法に用いることができ、好適な標識は所望の基準のセットを用いて選択することができる。検出可能な標識のタイプの例としては、Ａｔｔｏ色素、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ色素、量子ドット、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｌｕｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｏｒａｎｇｅ、Ｌｕｃｉｆｅｒ  ｙｅｌｌｏｗ、ＮＢＤ、Ｒ−フィコエリトリン（ＰＥ）、ＰＥ−Ｃｙ５コンジュゲート、ＰＥ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｒｅｄ  ６１３、ＰｅｒＣＰ、ＴｒｕＲｅｄ、ＦｌｕｏｒＸ、フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ−ＦＬ、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３Ｂ、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、ＴＲＩＴＣ、Ｘ−ローダミン、リサミンローダミンＢ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ＡＰＣ−Ｃｙ７コンジュゲート、Ｉｎｄｏ−１、Ｆｌｕｏ−３、Ｆｌｕｏ−４、ＤＣＦＨ、ＤＨＲ、ＳＮＡＲＦ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｈ変異）、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｆ変異）、ＥＢＦＰ、ＥＢＦＰ２、アズライト、ＧＦＰｕｖ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ｍＣＦＰ、ｍＴｕｒｑｕｏｉｓｅ２、ＥＣＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ＧＦＰ（Ｙ６６Ｗ変異）、ｍＫｅｉｍａ−Ｒｅｄ、ＴａｇＣＦＰ、ＡｍＣｙａｎ１、ｍＴＦＰ１、ＧＦＰ（Ｓ６５Ａ変異）、Ｍｉｄｏｒｉｉｓｈｉ  Ｃｙａｎ、Ｗｉｌｄ  Ｔｙｐｅ  ＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｃ変異）、ＴｕｒｂｏＧＦＰ、ＴａｇＧＦＰ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｌ変異）、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ変異）、ＥＧＦＰ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＺｓＧｒｅｅｎ１、ＴａｇＹＦＰ、ＥＹＦＰ、Ｔｏｐａｚ、Ｖｅｎｕｓ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、ＹＰｅｔ、ＴｕｒｂｏＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗ１、Ｋｕｓａｂｉｒａ  Ｏｒａｎｇｅ、ｍＯｒａｎｇｅ、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ｍＫＯ、ＴｕｒｂｏＲＦＰ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ＴａｇＲＦＰ、ＤｓＲｅｄモノマー、ＤｓＲｅｄ２（「ＲＦＰ」）、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ＴｕｒｂｏＦＰ６０２、ＡｓＲｅｄ２、ｍＲＦＰ１、Ｊ−Ｒｅｄ、Ｒ−フィコエリトリン（ＲＰＥ）、Ｂ−フィコエリトリン（ＢＰＥ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＨｃＲｅｄ１、Ｋａｔｕｓｈａ、Ｐ３、ペリジニンクロロフィル（ＰｅｒＣＰ）、ｍＫａｔｅ（ＴａｇＦＰ６３５）、ＴｕｒｂｏＦＰ６３５、ｍＰｌｕｍ及びｍＲａｓｐｂｅｒｒｙからなる群から選択され得る蛍光色素が挙げられる。他のタイプの検出可能な標識としては、Johnson, Molecular Probes Handbook: A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Techniques, 11th Edition, Life Technologies, (2010)（引用することにより明示的に本明細書の一部をなす）に記載される光学色素、放射標識（例えば３Ｈ、１１Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｆ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ等の同位体マーカー）、フォトクロミック化合物、磁気標識（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ）等が挙げられる。タンパク質を標識化する戦略は当該技術分野で知られており、開示の方法に用いることができる。
【０２４７】
標識を分子中の任意の位置で抗原結合分子と会合させることができるが、（そのような結合活性の変更が所望されない限りにおいて）分子の結合特性が変更されないような位置（又は複数の標識が用いられる場合に複数の位置）で標識を分子と会合させるのが好ましい。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む対象の分子を特異的に結合する任意の抗原結合分子又はそのフラグメントを開示の方法に用いることができる。
【０２４８】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。開示の方法の他の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０２４９】
抗原結合分子を任意の表面上に配置しても、又は表面上に全く配置しなくてもよい。例えば、抗原結合分子がバッファー中に存在していても、バッファー−抗原結合分子をサンプルと接触させてもよい。代替的には、抗原結合分子を表面と会合させることができる。好適な表面としては、アガロースビーズ、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ等の磁性ビーズ、又はウェルプレート等のプラスチック、ガラス若しくはセラミックプレート、細胞培養バッグ等のバッグ等が挙げられる。表面自体をカラム等の別の構造内に配置してもよい。
【０２５０】
結合複合体の形成を可能にする条件は様々な要因に依存するが、一般的にはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のような生理的ｐＨ及びイオン強度の水性バッファーが結合複合体の形成に有利であり、開示の方法で好ましい。
【０２５１】
続いて、サンプルにおいて結合複合体中に存在する細胞の数を決定する。結合複合体中に存在する細胞の数を決定するために用いられる具体的な方法は、選択される標識の性質に依存する。例えば、蛍光標識が選択される場合にはＦＡＣＳを用いることができ、同位体標識が選択される場合には質量分析、ＮＭＲ又は他の技法を用いることができ、磁気標識が選ばれる場合には磁気ベースの細胞選別を用いることができ、顕微鏡検査を用いることもできる。これらの検出方法の結果は細胞の数の形とすることができ、又は結果は結果に基づく細胞の数の算出を可能にする形とすることができる。
【０２５２】
Ｖｄ．分子を単離する方法
異なる分子、特に生物学的に関連した分子の集団を互いに分離する能力を有することは極めて有用である。本明細書で提供される抗原結合分子を使用することで、かかる分離を達成し、様々なバイオテクノロジー、生物薬剤学及び治療の用途に用いることができる。
【０２５３】
本開示の一態様では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を単離する方法が提供される。
【０２５４】
一実施形態では、この方法はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われるサンプルを準備することを含む。
【０２５５】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）である。
【０２５６】
具体的な実施形態では、対象の分子はＣＡＲである。分子がＣＡＲである場合、分子はＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含み得る。
【０２５７】
選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２又は配列番号３）を特異的に結合し、任意に検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備する。検出可能な標識を用いることが決定される場合、本明細書に記載されるような任意の検出可能な標識をこの方法に用いることができ、好適な標識は所望の基準のセットを用いて選択することができる。検出可能な標識のタイプの例としては、蛍光標識（例えばフルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリトロシン、クマリン、メチル−クマリン、ピレン、Ｍａｌａｃｈｉｔｅ  ｇｒｅｅｎ、スチルベン、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、ＩＡＥＤＡＮＳ、ＥＤＡＮＳ、ＢＯＤＩＰＹ  ＦＬ、ＬＣ  Ｒｅｄ  ６４０、Ｃｙ  ５、Ｃｙ  ５．５、ＬＣ  Ｒｅｄ  ７０５、Ｏｒｅｇｏｎ  ｇｒｅｅｎ、Ａｌｅｘａ−Ｆｌｕｏｒ色素（Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ３５０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４３０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５４６、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５６８、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５９４、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６３３、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６６０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６８０）、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｃａｓ−ｃａｄｅ  Ｙｅｌｌｏｗ及びＲ−フィコエリトリン（ＰＥ）（Molecular Probes）、ＦＩＴＣ、ローダミン及びＴｅｘａｓ  Ｒｅｄ（Pierce）、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７（Amersham Life Science））が挙げられる。フルオロフォアを含む好適な光学色素が、Johnson, Molecular Probes Handbook:A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Techniques, 11thEdition, Life Technologies, (2010)（引用することにより明示的に本明細書の一部をなす）に記載されている。放射標識（例えば３Ｈ、１１Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｆ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ等の同位体マーカー）、フォトクロミック化合物、Ｈａｌｏ−ｔａｇ、Ａｔｔｏ色素、Ｔｒａｃｙ色素、タンパク性蛍光標識（例えば、タンパク性蛍光標識としては、ウミシイタケ（Renilla）、ウミエラ（Ptilosarcus）又はオワンクラゲ（Aequorea）種のＧＦＰを含む緑色蛍光タンパク質（Chalfie et al., (1994) Science 263:802-805）、ＥＧＦＰ（Clontech Labs., Inc.、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ５５７６２）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ、Quantum Biotechnologies, Inc；Stauber, (1998) Biotechniques 24:462-471；Heim et al., (1996) Curr. Biol. 6: 178-182）、高感度黄色蛍光タンパク質（Clontech Labs., Inc.）、ルシフェラーゼ（Ichiki et al., (1993) J. Immunol. 150:5408-5417）も挙げられるが、これらに限定されない）、磁気標識（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ）等を用いることもできる。タンパク質を標識化する戦略が当該技術分野で知られており、開示の方法に用いることができる。
【０２５８】
標識を分子中の任意の位置で抗原結合分子と会合させることができるが、（そのような結合活性の変更が所望されない限りにおいて）分子の結合特性が変更されないような位置（又は複数の標識が用いられる場合に複数の位置）で標識を分子と会合させるのが好ましい。本明細書に開示されるもの、例えば図６及び図８に示されるＣＤＲの１つ以上を有するもの等の選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を特異的に結合する任意の抗原結合分子又はそのフラグメントを用いることができる。
【０２５９】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。開示の方法の他の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０２６０】
抗原結合分子を任意の表面上に配置しても、又は表面上に全く配置しなくてもよい。例えば、抗原結合分子がバッファー中に存在していても、バッファー−抗原結合分子をサンプルと接触させてもよい。代替的には、抗原結合分子を表面と会合させることができる。好適な表面としては、アガロースビーズ、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ等の磁性ビーズ、又はウェルプレート等のプラスチック、ガラス若しくはセラミックプレート、細胞培養バッグ等のバッグ等が挙げられる。表面自体をカラム等の別の構造内に配置してもよい。
【０２６１】
サンプルと抗原結合分子とを、選択されるアミノ酸配列を含む分子及び抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。結合複合体の形成を可能にする条件は様々な要因に依存するが、一般的にはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のような生理的ｐＨ及びイオン強度の水性バッファーが結合複合体の形成に有利であり、開示の方法で好ましい。結合複合体の構成部分が本明細書に記載されるように表面上に配置され得ることから、形成される結合複合体も表面上に配置することができる。
【０２６２】
この段階で、結合複合体が形成されていない可能性があり、又は選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子に結合した１つ以上の抗原結合分子を含む複数の結合複合体が形成されている可能性がある。選択されるアミノ酸配列を含む非結合分子及び／又は非結合抗原結合分子が、任意の形成される結合複合体の局所環境中に存在する可能性もある。
【０２６３】
次いで、結合複合体の一部ではない任意の分子を任意の形成される結合複合体から分離する。除去の方法は、結合複合体の構造及び／又は局所環境によって決まる。例えば、抗原結合分子がビーズ、プレート又はバッグ上に配置される場合、反応混合物の非結合構成成分を、形成される結合複合体を無傷で残す溶液を用いて洗い流すことができる。結合複合体がビーズ上に配置される場合、ビーズ自体をカラム又は他の構造の中に入れてもよく、同じアプローチを用いることができる。
【０２６４】
結合複合体の形成を誘導するために使用される溶液は、例えば非結合構成成分を除去する洗浄溶液として使用することができる。形成される結合複合体を破壊しない任意の好適なバッファー又は溶液を使用することができる。通例、高塩濃度、非生理的ｐＨを有し、カオトロープ又は変性剤を含有するバッファーは、この方法工程を行う際に避けるのが好ましい。
【０２６５】
次いで、形成される結合複合体を、（ａ）選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子、及び（ｂ）抗原結合分子に分離する。分離は、当業者に知られている標準的な方法論を用いて達成することができる。例えば、好適なｐＨ及び組成の溶液で複合体を洗浄することができる。この目的で一般に用いられる溶液は、０．１ＭグリシンＨＣｌ（ｐＨ２．５〜３．０）であり、この溶液を用いて分離を達成することができる。用いることができる他の溶液としては、１００ｍＭクエン酸（ｐＨ３．０）、５０ｍＭ〜１００ｍＭトリエチルアミン又はトリエタノールアミン（ｐＨ１１．５）；１５０ｍＭ水酸化アンモニウム（ｐＨ１０．５）；０．１Ｍグリシン・ＮａＯＨ（ｐＨ１０．０）；５Ｍ塩化リチウム、３．５Ｍ塩化マグネシウム又はカリウム、３．０Ｍ塩化カリウム、２．５Ｍヨウ化ナトリウム又はカリウム、０．２Ｍ〜３．０Ｍチオシアン酸ナトリウム、２．０Ｍ  ＮａＣｌを含む０．１Ｍ  Ｔｒｉｓ−アセテート（ｐＨ７．７）；２Ｍ〜６ＭグアニジンＨＣｌ、２Ｍ〜８Ｍ尿素、１．０Ｍチオシアン酸アンモニウム、１％デオキシコール酸ナトリウム１％ＳＤＳ；及び１０％ジオキサン５０％エチレングリコール（ｐＨ８〜１１．５）が挙げられる。
【０２６６】
分離に続いて、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子に最も対象が持たれる場合、これを収集することができる。代替的には、抗原結合分子に最も対象が持たれる場合、これを収集することができる。
【０２６７】
Ｖｅ．分子の有無を決定する方法
本明細書に開示されるように、場合によっては、配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を単離することが望ましいことがある。他の場合では、単に配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子がサンプルに存在するか又は存在しないかを知ることが十分な情報である。例えば、発現のレベルに関わらず、かかる分子が発現されることを知ることが有益であり得る。他の場合では、かかる分子を除去するように設計された精製プロセス又は工程が効果的であったかを知ることが望ましい場合がある。このため、配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子の有無の定性的決定が、複数の用途で有用であり得る。
【０２６８】
これに鑑みて、サンプル中のＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸を含む分子のサンプルにおける有無を決定する方法が提供される。
【０２６９】
一実施形態では、この方法はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われるサンプルを準備することを含む。
【０２７０】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）である。
【０２７１】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子はＣＡＲである。分子がＣＡＲである場合、分子はＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含み得る。
【０２７２】
選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を特異的に結合する、検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備する。好適な標識は所望の基準のセットを用いて選択することができる。検出可能な標識のタイプの例としては、蛍光標識（例えばフルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリトロシン、クマリン、メチル−クマリン、ピレン、Ｍａｌａｃｈｉｔｅ  ｇｒｅｅｎ、スチルベン、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、ＩＡＥＤＡＮＳ、ＥＤＡＮＳ、ＢＯＤＩＰＹ  ＦＬ、ＬＣ  Ｒｅｄ  ６４０、Ｃｙ  ５、Ｃｙ  ５．５、ＬＣ  Ｒｅｄ  ７０５、Ｏｒｅｇｏｎ  ｇｒｅｅｎ、Ａｌｅｘａ−Ｆｌｕｏｒ色素（Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ３５０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４３０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５４６、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５６８、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５９４、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６３３、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６６０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６８０）、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｃａｓ−ｃａｄｅ  Ｙｅｌｌｏｗ及びＲ−フィコエリトリン（ＰＥ）（Molecular Probes）、ＦＩＴＣ、ローダミン及びＴｅｘａｓ  Ｒｅｄ（Pierce）、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７（Amersham Life Science））が挙げられる。フルオロフォアを含む好適な光学色素が、Johnson, Molecular Probes Handbook:A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Techniques, 11th Edition, Life Technologies, (2010)（引用することにより明示的に本明細書の一部をなす）に記載されている。放射標識（例えば３Ｈ、１１Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｆ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ等の同位体マーカー）、フォトクロミック化合物、Ｈａｌｏ−ｔａｇ、Ａｔｔｏ色素、Ｔｒａｃｙ色素、タンパク性蛍光標識（例えば、タンパク性蛍光標識としては、ウミシイタケ（Renilla）、ウミエラ（Ptilosarcus）又はオワンクラゲ（Aequorea）種のＧＦＰを含む緑色蛍光タンパク質（Chalfie et al., (1994) Science 263:802-805）、ＥＧＦＰ（Clon-tech Labs., Inc．、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ５５７６２）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ、Quantum Biotechnologies, Inc；Stauber, (1998) Biotechniques 24:462-471；Heim et al., (1996) Curr. Biol. 6: 178-182）、高感度黄色蛍光タンパク質（Clontech Labs., Inc.）、ルシフェラーゼ（Ichiki et al., (1993) J. Immunol. 150:5408-5417）も挙げられるが、これらに限定されない）、磁気標識（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ）等を用いることもできる。タンパク質を標識化する戦略が当該技術分野で知られており、開示の方法に用いることができる。
【０２７３】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。開示の方法の他の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０２７４】
標識を分子中の任意の位置で抗原結合分子と会合させることができるが、（そのような結合活性の変更が所望されない限りにおいて）分子の結合特性が変更されないような位置（又は複数の標識が用いられる場合に複数の位置）で標識を分子と会合させるのが好ましい。本明細書に開示されるもの、例えば図６及び図８に示されるＣＤＲの１つ以上を有するもの等の、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を特異的に結合する任意の抗原結合分子を用いることができる。
【０２７５】
続いて、サンプルと抗原結合分子とを、サンプル中に存在する細胞及び抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。抗原結合分子を任意の表面上に配置しても、又は表面上に全く配置しなくてもよい。例えば、抗原結合分子がバッファー中に存在していても、バッファー−抗原結合分子をサンプルと接触させてもよい。代替的には、抗原結合分子を表面と会合させることができる。好適な表面としては、アガロースビーズ、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ等の磁性ビーズ、又はウェルプレート等のプラスチック、ガラス若しくはセラミックプレート、細胞培養バッグ等のバッグ等が挙げられる。表面自体をカラム等の別の構造内に配置してもよい。
【０２７６】
サンプルと抗原結合分子とを、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子及び抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。結合複合体の形成を可能にする条件は様々な要因に依存するが、一般的にはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のような生理的ｐＨ及びイオン強度の水性バッファーが結合複合体の形成に有利であり、開示の方法で好ましい。結合複合体の構成部分が本明細書に記載されるように表面上に配置され得ることから、形成される結合複合体も表面上に配置することができる。
【０２７７】
この段階で、結合複合体が形成されていない可能性があり、又は選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子に結合した１つ以上の抗原結合分子（又は抗原結合分子に結合した選択されるアミノ酸配列を含む１つ以上の分子）を含む複数の結合複合体が形成されている可能性がある。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む非結合分子及び／又は非結合抗原結合分子が、任意の形成される結合複合体の局所環境中に存在する可能性もある。
【０２７８】
次いで、結合複合体の一部ではない任意の分子を任意の形成される結合複合体から分離する。除去の方法は、結合複合体の構造及び／又は局所環境によって決まる。例えば、抗原結合分子がビーズ、プレート又はバッグ上に配置される場合、反応混合物の非結合構成成分を、形成される結合複合体を無傷で残す溶液を用いて洗い流すことができる。結合複合体がビーズ上に配置される場合、ビーズ自体をカラム又は他の構造の中に入れてもよく、同じアプローチを用いることができる。
【０２７９】
結合複合体の形成を誘導するために使用される溶液は、例えば非結合構成成分を除去する洗浄溶液として使用することができる。形成される結合複合体を破壊しない任意の好適なバッファー又は溶液を使用することもできる。通例、高塩濃度、非生理的ｐＨを有し、カオトロープ又は変性剤を含有するバッファーは、この方法工程を行う際に避けるのが好ましい。
【０２８０】
最後に、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子及び抗原結合分子を含む結合複合体の有無を検出する。結合複合体の有無を検出するために用いられる具体的な方法は、選択される標識の性質に依存する。例えば、蛍光標識が選択される場合にはＦＡＣＳを用いることができ、同位体標識が選択される場合には質量分析、ＮＭＲ又は他の技法を用いることができ、磁気標識が選ばれる場合には磁気ベースの細胞選別を用いることができ、顕微鏡検査を用いることもできる。この方法の最終結果は、検出可能な標識を含む抗原結合分子の有無、ひいてはその結合パートナーである選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子の有無の定性的評価である。
【０２８１】
開示の方法の全てと同様に、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を任意の環境に配置することができる。好ましい実施形態では、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を細胞の表面上に発現させる。本実施形態では、細胞は任意のタイプとすることができ、ヒト又は非ヒト（例えばマウス、ラット、ウサギ、ハムスター等）であり得る。好ましい実施形態では、細胞は免疫細胞である。この方法の免疫細胞は、任意のタイプの免疫細胞（例えばＢリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞、ケラチノサイト、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞及び乏突起膠細胞）であり得る。Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞及びＴｒｅｇ細胞を含む）が特に好ましい。具体的な実施形態では、細胞は、本明細書に記載されるように、また当該技術分野で知られている方法によって得ることができるＴ細胞である。任意のタイプの免疫細胞を開示の方法の本実施形態に用いることができ、細胞はヒト細胞又は非ヒト細胞であり得る。例示的な細胞としては、Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞等の免疫細胞が挙げられるが、これらに限定されない。Ｔ細胞は自己、同種異系又は異種であり得る。付加的な実施形態では、細胞はＣＡＲを提示するＴ細胞である。Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞又はＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る。Ｔ細胞が開示の方法に用いられる場合、Ｔ細胞はｉｎ  ｖｉｖｏ  Ｔ細胞又はｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞であり得る。
【０２８２】
付加的な実施形態では、細胞を血液、組織、又は被験体から得られる任意の他のサンプル、細胞培養培地、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織、好適なバッファー等のような細胞を生存形態に維持することが可能な任意の環境に配置する又はそれから単離することができる。
【０２８３】
Ｖｆ．分子の濃度を増大する方法
非常に多くの場合、対象の分子は所望より低いレベルでサンプル中に存在する。例えば、細胞に外来遺伝子をトランスフェクトする場合、外来遺伝子によってコードされるタンパク質（複数の場合もある）の発現レベルは低い。細胞から分泌される分子についても同じことが言える。かかる分子は少量で存在することが多い（しかし、分子が配列番号１、配列番号２又は配列番号３の開示のアミノ酸配列の１つを含む場合、依然として本明細書で提供される方法を用いて検出することができる）。低い発現レベルの問題に対する一解決策は、溶液中に遊離していても又は細胞の表面上に発現されていてもよい対象の分子の濃度を増大することである。細胞内で発現される対象の分子の濃度を高めることもできるが、初めに分子を放出させるために細胞を溶解させる必要がある。
【０２８４】
この問題に対処するために、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する細胞の濃度を増大する方法が提供される。
【０２８５】
一実施形態では、この方法はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を含むことが知られている又は疑われる細胞を含むサンプルを準備することを含む。
【０２８６】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）である。
【０２８７】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子はＣＡＲである。分子がＣＡＲである場合、分子はＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含み得る。
【０２８８】
選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を特異的に結合し、任意に検出可能な標識を含む抗原結合分子を準備する。検出可能な標識を用いることが好ましい場合、本明細書に記載されるような任意の検出可能な標識をこの方法に用いることができ、好適な標識は所望の基準のセットを用いて選択することができる。検出可能な標識のタイプの例としては、蛍光標識（例えばフルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリトロシン、クマリン、メチル−クマリン、ピレン、Ｍａｌａｃｈｉｔｅ  ｇｒｅｅｎ、スチルベン、Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗ、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、ＩＡＥＤＡＮＳ、ＥＤＡＮＳ、ＢＯＤＩＰＹ  ＦＬ、ＬＣ  Ｒｅｄ  ６４０、Ｃｙ  ５、Ｃｙ  ５．５、ＬＣ  Ｒｅｄ  ７０５、Ｏｒｅｇｏｎ  ｇｒｅｅｎ、Ａｌｅｘａ−Ｆｌｕｏｒ色素（Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ３５０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４３０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５４６、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５６８、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５９４、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６３３、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６６０、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６８０）、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ、Ｃａｓ−ｃａｄｅ  Ｙｅｌｌｏｗ及びＲ−フィコエリトリン（ＰＥ）（Molecular Probes）、ＦＩＴＣ、ローダミン及びＴｅｘａｓ  Ｒｅｄ（Pierce）、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７（Amersham Life Science））が挙げられる。フルオロフォアを含む好適な光学色素が、Johnson, Molecular Probes Handbook:A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Techniques, 11th Edition, Life Technologies, (2010)（引用することにより明示的に本明細書の一部をなす）に記載されている。放射標識（例えば３Ｈ、１１Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｆ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ等の同位体マーカー）、フォトクロミック化合物、Ｈａｌｏ−ｔａｇ、Ａｔｔｏ色素、Ｔｒａｃｙ色素、タンパク性蛍光標識（例えば、タンパク性蛍光標識としては、ウミシイタケ（Renilla）、ウミエラ（Ptilosarcus）又はオワンクラゲ（Aequorea）種のＧＦＰを含む緑色蛍光タンパク質（Chalfie et al., (1994) Science 263:802-805）、ＥＧＦＰ（Clon-tech Labs., Inc．、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ５５７６２）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ、Quantum Biotechnologies, Inc；Stauber, (1998) Biotechniques 24:462-471；Heim et al., (1996) Curr. Biol. 6: 178-182）、高感度黄色蛍光タンパク質（Clontech Labs., Inc.）、ルシフェラーゼ（Ichiki et al., (1993) J. Immunol. 150:5408-5417）も挙げられるが、これらに限定されない）、磁気標識（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ）等を用いることもできる。タンパク質を標識化する戦略が当該技術分野で知られており、開示の方法に用いることができる。
【０２８９】
標識を分子中の任意の位置で抗原結合分子と会合させることができるが、（そのような結合活性の変更が所望されない限りにおいて）分子の結合特性が変更されないような位置（又は複数の標識が用いられる場合に複数の位置）で標識を分子と会合させるのが好ましい。本明細書に開示されるもの、例えば図６及び図８に示されるＣＤＲの１つ以上を有するもの等の、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を特異的に結合する任意の抗原結合分子（又は抗原結合分子若しくはそのフラグメントに結合した選択されるアミノ酸配列を含む１つ以上の分子）を用いることができる。
【０２９０】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。開示の方法の他の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０２９１】
抗原結合分子を任意の表面上に配置しても、又は表面上に全く配置しなくてもよい。例えば、抗原結合分子がバッファー中に存在していても、バッファー−抗原結合分子をサンプルと接触させてもよい。代替的には、抗原結合分子を表面と会合させることができる。好適な表面としては、アガロースビーズ、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ等の磁性ビーズ、又はウェルプレート等のプラスチック、ガラス若しくはセラミックプレート、細胞培養バッグ等のバッグ等が挙げられる。表面自体をカラム等の別の構造内に配置してもよい。
【０２９２】
選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現する細胞は任意のタイプとすることができ、ヒト又は非ヒト（例えばマウス、ラット、ウサギ、ハムスター等）であり得る。好ましい実施形態では、細胞は免疫細胞である。この方法の免疫細胞は、任意のタイプの免疫細胞（例えばＢリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞、ケラチノサイト、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞及び乏突起膠細胞）であり得る。Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞及びＴｒｅｇ細胞を含む）が特に好ましい。具体的な実施形態では、細胞は、本明細書に記載されるように、また当該技術分野で知られている方法によって得ることができるＴ細胞である。任意のタイプの免疫細胞を用いることができ、細胞はヒト細胞又は非ヒト細胞であり得る。例示的な細胞としては、Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞等の免疫細胞が挙げられるが、これらに限定されない。Ｔ細胞は自己、同種異系又は異種であり得る。付加的な実施形態では、細胞はＣＡＲを提示するＴ細胞である。Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞又はＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る。Ｔ細胞が開示の方法に用いられる場合、Ｔ細胞はｉｎ  ｖｉｖｏ  Ｔ細胞又はｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞であり得る。さらに、細胞を血液、組織、又は被験体から得られる任意の他のサンプル、細胞培養培地、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織、好適なバッファー等のような細胞を生存形態に維持することが可能な任意の環境に配置する又はそれから単離することができる。
【０２９３】
細胞を含むサンプルと抗原結合分子とを、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子及び抗原結合分子を含む結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。結合複合体の形成を可能にする条件は様々な要因に依存するが、一般的にはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のような生理的ｐＨ及びイオン強度の水性バッファーが結合複合体の形成に有利であり、開示の方法で好ましい。結合複合体の構成部分が本明細書に記載されるように表面上に配置され得ることから、形成される結合複合体も表面上に配置することができる。
【０２９４】
この段階で、結合複合体が形成されていない可能性があり、又は選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子に結合した１つ以上の抗原結合分子を含む複数の結合複合体が形成されている可能性がある。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む非結合分子及び／又は非結合抗原結合分子が、任意の形成される結合複合体の局所環境中に存在する可能性もある。
【０２９５】
次いで、結合複合体の一部ではない任意の分子又は細胞を任意の形成される結合複合体から分離する。除去の方法は、結合複合体の構造及び／又は局所環境によって決まる。例えば、抗原結合分子がビーズ、プレート又はバッグ上に配置される場合、反応混合物の非結合構成成分を、形成される結合複合体を無傷で残す溶液を用いて洗い流すことができる。結合複合体がビーズ上に配置される場合、ビーズ自体をカラム又は他の構造の中に入れてもよく、同じアプローチを用いることができる。
【０２９６】
結合複合体の形成を誘導するために使用される溶液は、例えば非結合構成成分を除去する洗浄溶液として使用することができる。形成される結合複合体を破壊しない任意の好適なバッファー又は溶液も使用することができる。通例、高塩濃度、非生理的ｐＨを有し、カオトロープ又は変性剤を含有するバッファーは、この方法工程を行う際に避けるべきである。
【０２９７】
この方法段階で、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を提示する細胞の集団が存在する。検出可能な標識を用いた場合、標識の性質に応じて細胞の濃度を容易に決定することができる。選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現しない細胞が存在しないことで、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を提示する細胞の集団（又は濃度）がこの方法の実施前のレベルと比較して増大する。
【０２９８】
選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子の濃度が所望のレベルにない場合、上記の工程を所望の回数繰り返すことができる。この方法工程との関連で、所望の濃度の細胞が既に存在する場合に所望の回数はゼロであり得る。
【０２９９】
Ｖｇ．免疫細胞の集団を枯渇させる方法
被験体が免疫細胞により媒介される病態を有する場合、被験体への害を阻止するために病態を適時に制御することが相当に重要であり得る。例えば、被験体が自己免疫反応を有する場合、害を阻止するために免疫細胞の集団を枯渇させることによって免疫細胞媒介性応答を抑制することが望ましい場合がある。別の例では、免疫療法を受けている被験体が療法に過度に強く反応し、害のリスクがある可能性がある。被験体に投与された免疫細胞の集団を枯渇させることが、免疫療法に対する被験体の反応を軽減する効果的なアプローチである場合もある。被験体の免疫細胞媒介性応答を制御する方法の必要性に鑑みて、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）及びＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）、ＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示する免疫細胞の集団を枯渇させる方法が提供される。本明細書で提供されるもの、例えば図６及び図８に示されるＣＤＲの１つ以上を有するもの等の、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、より具体的には部分配列ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、部分配列ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、部分配列ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）又は部分配列ＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を特異的に認識する抗原結合分子を開示の方法に用いることができる。
【０３００】
開示の方法の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号２０のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号２１のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号２６のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号２７のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。開示の方法の他の具体的な実施形態では、抗原結合分子は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２及び配列番号１５のアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。
【０３０１】
一実施形態では、この方法はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、ＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及びＫＰＧＳＧ（配列番号５００）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を提示することが知られている又は疑われる、枯渇させるべき免疫細胞の集団を準備することを含む。
【０３０２】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）であり、他の実施形態では、選択されるアミノ酸配列はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）である。
【０３０３】
具体的な実施形態では、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子はＣＡＲである。分子がＣＡＲである場合、分子はＣＤ２、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ１１ａ（ＩＴＧＡＬ）、ＣＤ１１ｂ（ＩＴＧＡＭ）、ＣＤ１１ｃ（ＩＴＧＡＸ）、ＣＤ１１ｄ（ＩＴＧＡＤ）、ＣＤ１８（ＩＴＧＢ２）、ＣＤ１９（Ｂ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＣＤ２８、ＣＤ２９（ＩＴＧＢ１）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＣＤ４８（ＳＬＡＭＦ２）、ＣＤ４９ａ（ＩＴＧＡ１）、ＣＤ４９ｄ（ＩＴＧＡ４）、ＣＤ４９ｆ（ＩＴＧＡ６）、ＣＤ６６ａ（ＣＥＡＣＡＭ１）、ＣＤ６６ｂ（ＣＥＡＣＡＭ８）、ＣＤ６６ｃ（ＣＥＡＣＡＭ６）、ＣＤ６６ｄ（ＣＥＡＣＡＭ３）、ＣＤ６６ｅ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＤ６９（ＣＬＥＣ２）、ＣＤ７９Ａ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連アルファ鎖）、ＣＤ７９Ｂ（Ｂ細胞抗原受容体複合体関連ベータ鎖）、ＣＤ８４（ＳＬＡＭＦ５）、ＣＤ９６（Ｔａｃｔｉｌｅ）、ＣＤ１００（ＳＥＭＡ４Ｄ）、ＣＤ１０３（ＩＴＧＡＥ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１５０（ＳＬＡＭＦ１）、ＣＤ１５８Ａ（ＫＩＲ２ＤＬ１）、ＣＤ１５８Ｂ１（ＫＩＲ２ＤＬ２）、ＣＤ１５８Ｂ２（ＫＩＲ２ＤＬ３）、ＣＤ１５８Ｃ（ＫＩＲ３ＤＰ１）、ＣＤ１５８Ｄ（ＫＩＲＤＬ４）、ＣＤ１５８Ｆ１（ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ）、ＣＤ１５８Ｆ２（ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ）、ＣＤ１５８Ｋ（ＫＩＲ３ＤＬ２）、ＣＤ１６０（ＢＹ５５）、ＣＤ１６２（ＳＥＬＰＬＧ）、ＣＤ２２６（ＤＮＡＭ１）、ＣＤ２２９（ＳＬＡＭＦ３）、ＣＤ２４４（ＳＬＡＭＦ４）、ＣＤ２４７（ＣＤ３−ゼータ）、ＣＤ２５８（ＬＩＧＨＴ）、ＣＤ２６８（ＢＡＦＦＲ）、ＣＤ２７０（ＴＮＦＳＦ１４）、ＣＤ２７２（ＢＴＬＡ）、ＣＤ２７６（Ｂ７−Ｈ３）、ＣＤ２７９（ＰＤ−１）、ＣＤ３１４（ＮＫＧ２Ｄ）、ＣＤ３１９（ＳＬＡＭＦ７）、ＣＤ３３５（ＮＫ−ｐ４６）、ＣＤ３３６（ＮＫ−ｐ４４）、ＣＤ３３７（ＮＫ−ｐ３０）、ＣＤ３５２（ＳＬＡＭＦ６）、ＣＤ３５３（ＳＬＡＭＦ８）、ＣＤ３５５（ＣＲＴＡＭ）、ＣＤ３５７（ＴＮＦＲＳＦ１８）、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）、ＬＦＡ−１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＮＫＧ２Ｃ、ＤＡＰ−１０、ＩＣＡＭ−１、ＮＫｐ８０（ＫＬＲＦ１）、ＩＬ−２Ｒベータ、ＩＬ−２Ｒガンマ、ＩＬ−７Ｒアルファ、ＬＦＡ−１、ＳＬＡＭＦ９、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ（ＧｒｐＬ）、ＳＬＰ−７６（ＬＣＰ２）、ＰＡＧ１／ＣＢＰ、ＣＤ８３リガンド、Ｆｃガンマ受容体、ＭＨＣクラス１分子、ＭＨＣクラス２分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリンタンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、活性化ＮＫ細胞受容体、Ｔｏｌｌ様受容体及びそれらの組合せからなる群から選択される分子又はそのフラグメントを含み得る。
【０３０４】
幾つかの実施形態では、ＣＡＲ等の分子を発現する細胞を死滅させることが有益であり得る。上記のように、幾つかの実施形態では、ＣＡＲ  Ｔ細胞等の治療用細胞が患者において治療に使用され、続いて枯渇させる必要がある場合がある。一実施形態では、本発明は、ＣＡＲを発現する他のＴ細胞を死滅させるためにＴ細胞を使用することを含む、これらのＴ細胞を除去する方法を提供する。本明細書に開示されるもの（すなわち、抗リンカークローン８及び／又は１６、並びにそのフラグメント）等の特定の抗原結合分子によって認識される特異的エピトープを含む分子を提示する細胞を、クローン８及び／又は１６のフラグメントから構成されるもの（本明細書に記載される）等の特異的抗原結合ｓｃＦｖに連結されたヒトＣＤ３結合ｓｃＦｖを含む二重特異的分子であるダイアボディを用いて死滅させることができる。或る特定の実施形態では、ダイアボディは、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を発現する細胞とヒトＴ細胞とに結合して免疫シナプスを形成し、細胞死を促進する。
【０３０５】
選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、２、３、４９９又は５００）を含む分子を提示する免疫細胞は任意のタイプとすることができ、ヒト又は非ヒト（例えばマウス、ラット、ウサギ、ハムスター等）であり得る。この方法の免疫細胞は、任意のタイプの免疫細胞（例えばＢリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞、ケラチノサイト、内皮細胞、星状細胞、線維芽細胞及び乏突起膠細胞）であり得る。Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞及びＴｒｅｇ細胞を含む）が特に好ましい。具体的な実施形態では、細胞は、本明細書に記載されるように、また当該技術分野で知られている方法によって得ることができるＴ細胞である。任意のタイプの免疫細胞を開示の方法の本実施形態に用いることができ、細胞はヒト細胞又は非ヒト細胞であり得る。例示的な細胞としては、Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＮＫ細胞、ＴＣＲ発現細胞、樹状細胞及びＮＫ−Ｔ細胞等の免疫細胞が挙げられるが、これらに限定されない。Ｔ細胞は自己、同種異系又は異種であり得る。付加的な実施形態では、細胞はＣＡＲを提示するＴ細胞である。Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞又はＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る。Ｔ細胞が開示の方法に用いられる場合、Ｔ細胞はｉｎ  ｖｉｖｏ  Ｔ細胞又はｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞であり得る。さらに、細胞を血液、組織、又は被験体から得られる任意の他のサンプル、細胞培養培地、ｅｘ  ｖｉｖｏで成長させた組織、好適なバッファー等のような細胞を生存形態に維持することが可能な任意の環境に配置する又はそれから単離することができる。開示の方法を治療的状況に用いることができることから、好ましい実施形態では、免疫細胞の集団は被験体、より好ましくはヒト被験体内に配置される。
【０３０６】
続いて、免疫細胞と、（ａ）選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２又は配列番号３）を含む分子、及び（ｂ）選択されるアミノ酸配列を含む分子を発現しない免疫細胞の表面上に発現される活性化分子に特異的に結合する抗原結合分子とを、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子、活性化分子及び抗原結合分子を含む三元結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。抗原結合分子を任意の表面上に配置しても、又は表面上に全く配置しなくてもよい。例えば、抗原結合分子（枯渇させるべき免疫細胞の集団を含んでいてもよく、バッファー中に存在していてもよい）、及びバッファー−抗原結合分子をサンプルと接触させてもよい。代替的には、抗原結合分子を表面と会合させることができる。好適な表面としては、アガロースビーズ、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ等の磁性ビーズ、又はウェルプレート等のプラスチック、ガラス若しくはセラミックプレート、細胞培養バッグ等のバッグ等が挙げられる。表面自体をカラム等の別の構造内に配置してもよい。
【０３０７】
免疫細胞と抗原結合分子とを、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子、抗原結合分子、及び選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現しない免疫細胞の表面上に発現される活性化分子を含む三元結合複合体の形成を可能にする条件下で接触させる。結合複合体の形成を可能にする条件は様々な要因に依存するが、一般的にはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のような生理的ｐＨ及びイオン強度の水性バッファーが結合複合体の形成に有利であり、開示の方法で好ましい。結合複合体の構成部分が本明細書に記載されるように表面上に配置され得ることから、形成される結合複合体も表面上に配置することができる。
【０３０８】
好ましい実施形態では、抗原結合分子を被験体に直接投与することによって接触を行う。本実施形態では、被験体は枯渇させるべき細胞の集団を既に有しており、細胞は選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現する。このため、これらの細胞及び活性化分子を提示する細胞は、抗原結合分子を被験体に投与する前に被験体中に存在する。ヒト血液、リンパ液及び組織の環境により三元結合複合体の形成が可能となる。抗原結合分子と選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子との結合は、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を提示するこれらの細胞（すなわち、枯渇させるべき細胞）を「タグ付けする」働きをする。この結合事象自体が枯渇をもたらしても又はもたらさなくてもよい。しかしながら、抗原結合分子が活性化分子を結合して三元結合複合体を形成する場合、この結合事象が両方の細胞（すなわち、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現する細胞及び活性化分子を発現する細胞）を接近させる。結合事象の生理学的結果は、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現する細胞の死滅である。このため、複数の結合事象が被験体全体で生じることで、選択されるアミノ酸配列（すなわち配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を有する免疫細胞の集団が枯渇し、被験体に対する害のリスクが減少する。
【０３０９】
Ｖｈ．分子をｉｎ  ｖｉｖｏでモニタリングする方法
陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）イメージングが腫瘍学研究及び患者ケアによく用いられている。頭部、胸部、腹部及び骨盤の占拠性病変については、最もよく報告されているＰＥＴの用途の１つは、良性の症例と悪性の症例との区別におけるものである。特に、１８Ｆ−フルオロデオキシグルコース（ＦＤＧ）がこれらの用途の全てでグルコース取込みの分布のイメージングに使用されている。加えて、腫瘍の代謝及び成長の種々の態様をイメージングする他の放射性トレーサーの開発は、可能性の更なる局面をもたらす。これらのトレーサーとしては、アミノ酸組込みを測定するための１１Ｃ−メチオニン、ヌクレオチド組込み（細胞増殖の尺度）を測定するための１８Ｆ−チミジン、及び組織低酸素を測定するための１８Ｆ−フルオロミソニダゾールが挙げられる。
【０３１０】
本発明は、ＦＤＧ取込みの特異性を増大するためのＰＥＴ分析における抗原結合分子の使用を提供する。特に、本明細書で提供される方法を用いることで、ＣＡＲ  Ｔ細胞のモニタリング、検出、刺激、活性化又は枯渇に加えて、ＣＡＲ細胞による処理後早期に変化を評定することができる。具体的には、本明細書で提供される方法は、全身スキャンへのＰＥＴの使用を容易にすることができる。癌を病期分類するこの技法を用いることで、身体のほぼ全ての部位における潜在性の転移性疾患を、ＦＤＧ蓄積の増大により潜在的に検出することができる。
【０３１１】
幾つかの実施形態では、本発明は配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を検出するｉｎ  ｖｉｖｏ方法を提供する。例えば、特定の実施形態では、抗原結合分子は、生体被験体における配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子の有無を追跡又はモニタリングするために使用することができる。幾つかの実施形態では、生体被験体はヒトである。幾つかの実施形態では、配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む分子を生体被験体に与え、該分子の有無が本明細書で提供される抗原結合分子及び陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）スキャンを用いて決定される。
【０３１２】
幾つかの実施形態では、本明細書で提供される抗原結合分子は、ＣＡＲ  Ｔ細胞をｉｎ  ｖｉｖｏで制御するために使用することができる。幾つかの実施形態では、本明細書で提供される抗原結合分子は、ＣＡＲ  Ｔ細胞をｉｎ  ｖｉｖｏで活性化又は刺激するために使用することができる。幾つかの実施形態では、本明細書で提供される抗原結合分子は、ＣＡＲ  Ｔ細胞をｉｎ  ｖｉｖｏで枯渇させるために使用することができる。幾つかの実施形態では、本明細書で提供される抗原結合分子は、ＣＡＲ  Ｔ細胞をｉｎ  ｖｉｖｏでモニタリングするために使用することができる。具体的には、ＰＥＴと組み合わせることで、本明細書で提供される抗原結合分子（例えば、抗リンカー抗体）を使用して、ｉｎ  ｖｉｖｏでの選択されるアミノ酸配列（例えば、配列番号１、配列番号２、配列番号４９９又は配列番号５００）を含む分子を発現する細胞の分布をモニタリング又は追跡することができる。
【０３１３】
参照による引用
本明細書で言及される全ての出版物、特許、及び特許出願は、個々の出版物、特許又は特許出願が各々、具体的かつ個別に引用することにより本明細書の一部をなすことが指示されるのと同じ程度に、引用することにより本明細書の一部をなす。しかしながら、本明細書における参照文献の引用は、かかる参照文献が本発明に対する先行技術の認識として解釈されるべきではない。引用することにより本明細書の一部をなす参照文献に提供される定義又は用語のいずれかが本明細書に提供される用語及び考察とは異なる場合は、本発明の用語及び定義を優先する。上記の明細書は、当業者が本発明を実施するのに十分であると考える。上記の記載及び下記の実施例は、本発明の或る特定の好ましい実施形態を詳述し、本発明者らにより企図される最良の形態を説明するものである。しかしながら、文書内で上記事項がどれほど詳述されていようと、多くの方法で本発明を実施することができ、本発明は添付の特許請求の範囲及びその任意の均等物に従って解釈されるべきであることを理解されたい。
【実施例】
【０３１４】
本発明は、以下の実施例によって更に説明されるが、更なる限定として解釈されるべきではない。本出願全体を通して引用される全ての参照文献の内容は、引用することにより明らかに本明細書の一部をなす。
【０３１５】
実施例１：抗原結合分子の生成
モノクローナル抗体を、免疫原としてキャリアタンパク質ＫＬＨにコンジュゲートした１８ｍｅｒペプチドであるＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）を用いたウサギの免疫化により生成した。オボアルブミンにコンジュゲートした完全長リンカーペプチドであるＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）を用いたＥＬＩＳＡによりポリクローナル血清をスクリーニングすることによって力価を決定した。フローサイトメトリーによりアッセイされるＣＡＲ  Ｔ細胞を用いて二次スクリーニングを行った（図２及び図３）。力価が得られた後、免疫化したウサギを屠殺し、標準的なハイブリドーマ生成及びサブクローニングの技法を用いてモノクローナル抗体を誘導した。ハイブリドーマサブクローンの最終スクリーニングを、フローサイトメトリーの付加的なラウンド及び増殖性ＣＡＲ  Ｔ細胞又はＣＡＲ  Ｔ細胞に由来する固定細胞ペレットそれぞれの免疫組織化学（ＩＨＣ）により達成した。選択された２つの最終サブクローンの配列を、ハイブリドーマサブクローンの標準的なサンガーシークエンシングにより決定した。
【０３１６】
実施例２：免疫組織化学（ＩＨＣ）
候補抗体を、免疫組織化学において有用性についてスクリーニングした（ＩＨＣ；図４）。ＩＨＣ染色のための固定細胞ペレットを作製するために、約２ｅ６個のＣＡＲ  Ｔ細胞を遠心分離し、ＰＢＳで洗浄した。細胞を、０．４５％パラホルムアルデヒド（ＰＦＡ）を含有するＰＢＳに再懸濁し、振盪プラットホーム上において室温で２時間インキュベートした。インキュベーション後に細胞をＰＢＳでもう一度洗浄し、５％ＢＳＡを含むＰＢＳに再懸濁した。図４に示されるように、ＣＡＲ形質導入細胞は本明細書で提供される例示的な抗リンカー抗体によって確実に認識された。
【０３１７】
実施例３：エピトープマッピング
抗体（すなわち、抗原結合分子）を、完全長ペプチドであるＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）、及びＮ末端又はＣ末端のいずれかが切断され、Ｎ末端のビオチン部分又はＣ末端のビオチン部分を有するリシン残基のいずれかを含有する変異体を用いたＥＬＩＳＡによってエピトープマッピングした。抗体を、プロテインＧ（Pierce）で予めコーティングしたプレートを用いて９６ウェルプレートフォーマットで捕捉した。プレートをＰＢＳＴバッファーで６回洗浄し、続いて標的ペプチドとのインキュベーションを行った。更に６回のＰＢＳＴによる洗浄を行い、抗体をストレプトアビジン−ＨＲＰと共に更にインキュベートした。ＰＢＳＴでの最終の６回の洗浄後に、シグナルを検出し、増強化学発光キット（ＥＣＬ、GE Healthcare）及びＶａｒｉｏｓｋａｎ  Ｆｌａｓｈプレートリーダー（Thermo Fisher）によって定量化した。エピトープマッピング研究の結果を図５、図７及び図９に示す。
【０３１８】
実施例４：ウサギ抗体クローン８−４及びクローン１６−６からのヒト化配列の生成
Chemical Computing Group（CCG）によって開発されたＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（ＭＯＥ）ソフトウェアを用いて、ウサギ抗体クローン８−４及び１６−６、並びに以下の２つのデータベースのそれぞれに由来する可変軽鎖ＶＬ及び可変重鎖ＶＨの対の間でアラインメントを生成した：
（１）Abysisのヒトデータベース：ＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢに由来する約２０００個の既知のヒトＶＬ／ＶＨ配列対のデータベース；及び、
（２）ヒト生殖細胞系列データベース：生殖細胞系列配列のデータベース。
【０３１９】
ヒト化モデルは、最良の配列アラインメント（ＶＬ及びＶＨドメインの両方に対して最も高い同一性）を最小のギャップで示す。各々のヒトデータベースからの上位１００個の抗体対をエクスポートし、ｋＣｌｕｓｔを用いてクラスター化した（Hauser, Mayer, & Soding, (2013) BMC Bioinformatics, 248）。２つの抗体８−４（表１〜８）及び８−１６（表９〜１６）の各々についてのＶＬ及びＶＨ配列の表を下記に提示するが、２つのデータベースの各々からの配列は、９０％（表１、表２、表５、表６、表９、表１０、表１３、表１４）及び９５％（表３、表４、表７、表８、表１１、表１２、表１５、表１６）でクラスター化する。結果を本明細書及び図８に提示する。
【０３２０】
表１．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（１８個の配列）
表２．  ８−４  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（３９個の配列）
表３．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（４７個の配列）
表４．  ８−４  ＬＣヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（９９個の配列）
表５．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（２個の配列）
表６．  ８−４  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（５個の配列）
表７．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（７個の配列）
表８．  ８−４  ＶＬヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（１２個の配列）
表９．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（４１個の配列）
表１０．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（２１個の配列）
表１１．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（８１個の配列）
表１２．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（６４個の配列）
表１３．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（３個の配列）
表１４．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（１個の配列）
表１５．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（１０個の配列）
表１６．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（７個の配列）
【０３２１】
表１．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（１８個の配列）
【表１−１】
2019525751.tif 000004
【表１−２】
2019525751.tif 000005
【０３２２】
表２．  ８−４  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（３９個の配列）
【表２−１】
2019525751.tif 000006
【表２−２】
2019525751.tif 000007
【表２−３】
2019525751.tif 000008
【表２−４】
2019525751.tif 000009
【０３２３】
表３．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（４７個の配列）
【表３−１】
2019525751.tif 000010
【表３−２】
2019525751.tif 000011
【表３−３】
2019525751.tif 000012
【表３−４】
2019525751.tif 000013
【表３−５】
2019525751.tif 000014
【０３２４】
表４．  ８−４  ＬＣヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（９９個の配列）
【表４−１】
2019525751.tif 000015
【表４−２】
2019525751.tif 000016
【表４−３】
2019525751.tif 000017
【表４−４】
2019525751.tif 000018
【表４−５】
2019525751.tif 000019
【表４−６】
2019525751.tif 000020
【表４−７】
2019525751.tif 000021
【表４−８】
2019525751.tif 000022
【表４−９】
2019525751.tif 000023
【０３２５】
表５．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（２個の配列）
【表５】
2019525751.tif 000024
【０３２６】
表６．  ８−４  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（５個の配列）
【表６】
2019525751.tif 000025
【０３２７】
表７．  ８−４  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（７個の配列）
【表７】
2019525751.tif 000026
【０３２８】
表８．  ８−４  ＶＬヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（１２個の配列）
【表８−１】
2019525751.tif 000027
【表８−２】
2019525751.tif 000028
【０３２９】
表９．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（４１個の配列）
【表９−１】
2019525751.tif 000029
【表９−２】
2019525751.tif 000030
【表９−３】
2019525751.tif 000031
【表９−４】
2019525751.tif 000032
【表９−５】
2019525751.tif 000033
【０３３０】
表１０．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（２１個の配列）
【表１０−１】
2019525751.tif 000034
【表１０−２】
2019525751.tif 000035
【表１０−３】
2019525751.tif 000036
【０３３１】
表１１．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（８１個の配列）
【表１１−１】
2019525751.tif 000037
【表１１−２】
2019525751.tif 000038
【表１１−３】
2019525751.tif 000039
【表１１−４】
2019525751.tif 000040
【表１１−５】
2019525751.tif 000041
【表１１−６】
2019525751.tif 000042
【表１１−７】
2019525751.tif 000043
【０３３２】
表１２．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化したＩＭＧＴ−ＬｉｇＭ  ＤＢ（Abysis）（６４個の配列）
【表１２−１】
2019525751.tif 000044
【表１２−２】
2019525751.tif 000045
【表１２−３】
2019525751.tif 000046
【表１２−４】
2019525751.tif 000047
【表１２−５】
2019525751.tif 000048
【表１２−６】
2019525751.tif 000049
【０３３３】
表１３．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（３個の配列）
【表１３】
2019525751.tif 000050
【０３３４】
表１４．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９０％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（１個の配列）
【表１４】
2019525751.tif 000051
【０３３５】
表１５．  １６−６  ＶＨヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（１０個の配列）
【表１５】
2019525751.tif 000052
【０３３６】
表１６．  １６−６  ＶＬヒト化配列  −−  ９５％でクラスター化した生殖細胞系列データベース（７個の配列）
【表１６】
2019525751.tif 000053
【０３３７】
実施例５：高分子及び細胞の精製のための抗リンカー抗体の使用
本明細書に開示される抗原結合分子は、配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）、これらの配列を含む分子、並びにかかる分子を提示する細胞、かかる抗原結合分子をコードするポリヌクレオチドに特異的に結合する抗体等の抗原結合分子、並びに抗原結合分子のヒト化形態である。このため、本明細書に開示される抗原結合分子（例えば、抗体）を用いて、本明細書に開示される抗原結合分子によって認識されるエピトープ（例えば、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００））を提示する高分子等の分子、ポリマー、細胞、物質等を精製することができる。
【０３３８】
一実施形態では、本明細書に開示される抗原結合分子（例えば、クローン８及び／又は１６、並びにそのフラグメント）をビーズに付着させるか、樹脂に付着又は会合させ、これをカラム又は他の構造内に配置することができる。次いで、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）の全て又はフラグメントを含む分子を含むサンプルを、抗原結合分子を付着させた又は抗原結合分子と会合させたビーズ、樹脂等と接触させることができる。これにより、抗原結合分子とＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）の全て又はフラグメントを含む分子とを含む会合複合体又は結合複合体の形成が可能となる。次いで、ビーズ又は樹脂をＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）の全て又はフラグメントを含む分子の安定性を維持するように選択されたｐＨを有するバッファー溶液（例えばＰＢＳ、ＨＥＰＥＳ、ＭＯＰＳ、Ｔｒｉｓ、トリシン等）等の好適な溶液で洗浄することができる。洗浄によりサンプルの不要な非結合構成成分を除去することができる。洗浄工程に続いて、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）の全て又はフラグメントを含む分子を、形成された任意の会合又は結合複合体を破壊するように選択される溶出バッファー及び条件を用いて抗原結合分子から溶出させることができる。好適な溶出バッファーの例としては、モル過剰のペプチドエピトープとのインキュベーション、０．１Ｍグリシン（ｐＨ２．５〜３．０）、及び０．１Ｍクエン酸（ｐＨ３．０）、５０ｍＭ〜１００ｍＭトリエチルアミン又はトリエタノールアミン（ｐＨ１１．５）、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ中の３．５Ｍ〜４．０Ｍ塩化マグネシウム（ｐＨ７．０）、２Ｍ〜６Ｍグアニジン、及び２Ｍ〜８Ｍ尿素、又は遊離ペプチドＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含有する、限定されないが、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ＨＥＰＥＳ若しくは１×ＰＢＳを含むバッファー溶液（ｐＨ約７〜８）が挙げられる。溶出工程中にＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）の全て又はフラグメントを含む、対象の溶出した分子、細胞及び部分を収集し、続いてサンプルをＳＤＳポリアクリルアミドゲル上に流すことによって純度を確認することができる。
【０３３９】
別の実施形態では、抗原結合分子を、エピトープを提示する任意の分子実体を含む溶液中に配置し、分子、細胞等の混合集団から精製し、３００ｍＭ〜５００ｍＭ塩化ナトリウムで洗浄するか、又はｐＨを低下させ、タンパク質については１Ｍ  Ｔｒｉｓ、若しくはリン酸塩緩衝液、若しくはＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）等の遊離ペプチドを含有するバッファーで中和することによってビーズ、樹脂又は遊離抗体から溶出させることができる。続いて、透析を用いて物質を所望のバッファー条件に戻すことができる。
【０３４０】
具体的な実施形態では、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）の全て又はフラグメントを含む分子を提示する細胞を、本明細書に開示される抗原結合分子と会合させた磁性ビーズ（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ）とインキュベートすることができる。インキュベーションは、生理的条件下等の結合／会合複合体のどちらの形成も可能にする条件下において、この目的で選択される培地（例えば、ＲＰＭＩ−１６４０）の存在下で行うのが好ましい。
【０３４１】
次いで、ビーズに結合した細胞（ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を提示する）を、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を提示しない細胞から分離する。一実施形態では、磁石の存在下において１０％ＦＢＳを添加したＲＰＭＩ−１６４０等の培地でビーズを洗浄することができる。
【０３４２】
次いで、選択された細胞、すなわちＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を提示する細胞をビーズから分離することができる。初めに、選択された細胞を培地中で成長させる。細胞を４８時間成長させた後、磁性ビーズを溶液中の細胞から分離し、捨てることで、所望の分子を提示する細胞の純粋な集団を残すことができる。
【０３４３】
代替的な実施形態では、ビーズは磁性ではないが、本実施形態でも、上記の工程を行い、細胞の完全性を維持するだけでなく、ビーズに結合した細胞とビーズに結合していない細胞との分離を可能にするように適合させることができる。
【０３４４】
代替的な実施形態では、本明細書に開示される抗原結合分子（例えば、クローン８及び／又は１６、並びにそのフラグメント）をＨｉｓタグ付き（すなわち、短いポリヒスチジン配列で標識された）とし、これにより樹脂上に固定化されたＮｉ２＋、Ｃｏ２＋、Ｃｕ２＋又はＺｎ２＋等の遷移金属イオンを含む樹脂を用いた細胞の分離を容易にすることができる。次いで、抗原結合分子をＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を提示することが知られている又は疑われる細胞と共に、細胞及び抗原結合分子を含む複合体の形成に好適な条件下でインキュベートすることができる。インキュベーションに続いて、細胞をウェルプレート、カラム又は他の構造等の固体構造内に配置され得る樹脂と接触させる。次いで、抗原結合分子−細胞複合体を、結合複合体の形成時に用いられる任意の溶液中に含まれる任意のイミダゾールよりも高濃度のイミダゾールで洗浄することによって互いに分離することができる。次いで、溶出した細胞を遠沈し、ＲＰＭＩ又は他の好適な培地中で洗浄した後、培地に再懸濁することができる。
【０３４５】
実施例６：ＣＡＲ陽性Ｔ細胞の選別
ＰＢＭＣを、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐａｑｕｅ密度遠心分離を用い、製造業者の取扱説明書に従って健常ドナーのｌｅｕｋｏｐａｋ（Hemacare（商標））から単離した。ＰＢＭＣを、Ｒ１０培地＋ＩＬ−２（３００ＩＵ／ｍｌ、Ｐｒｏｌｅｕｋｉｎ（商標）、Prometheus（商標）Therapeutics and Diagnostics）中のＯＫＴ３（５０ｎｇ／ｍｌ、Miltenyi Biotec（商標））を用いて刺激した。刺激の２日後に、これらの活性化初代ヒトＴ細胞のウイルス形質導入によりＣＡＲ  Ｔ細胞を生成した。形質導入は、スクリーニングに用いられるＣＡＲの起源に応じてレトロウイルス（ｐＭＳＶＧベクター）又はレンチウイルス（ｐＧＡＲベクター）のいずれかを用いて行った。ＣＡＲ構築物発現及びウイルス形質導入効率の確認は、フィコエリトリン（ＰＥ）又はフルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）にコンジュゲートしたプロテインＬを用いて決定した。
【０３４６】
培養したＣＡＲ  Ｔ細胞を培養物から取り出し、ＰＢＳで洗浄し、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）、０．２％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミン及び０．０９％アジ化ナトリウムを含む染色バッファー中で３０分間、ＰＥにコンジュゲートした抗リンカー抗体と共にインキュベートした。細胞を染色バッファー中で２回洗浄し、再懸濁し、ＢＤ  Ａｒｉａセルソーターを用いて選別した。負及び正にゲーティングされた細胞を選別後に組成について分析した（図１０）。
【０３４７】
実施例７：抗原結合分子を用いたＣＡＲ陽性Ｔ細胞の刺激／活性化
Ｔ細胞は多くの場合、マウス抗ＣＤ３抗体であるクローンＯＫＴ３等の抗ＣＤ３抗体を、抗ＣＤ２８抗体と共に用いて、それらのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）により刺激することで、第２のシグナル又は共刺激シグナルを生じる。ＣＡＲ  Ｔ細胞は、同種抗原との相互作用時に、ＣＤ２８等のそれらの細胞内ＣＤ３ゼータ及び共刺激ドメインにより両方のシグナルを生じることができる。
【０３４８】
したがって、特異的抗原結合分子（例えば、本明細書に開示されるもの：クローン８及び／又は１６、並びにそのフラグメント等のＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を認識する抗体等の抗原結合分子）によって認識される特異的エピトープを含む分子を提示するＣＡＲ陽性Ｔ細胞を活性化する方法も提供される。この方法は、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）等の活性化ドメインを含有するＴ細胞上の対象のタンパク質を認識する任意の抗体に適合させることができる。活性化は、ＣＡＲの細胞外構成成分又は同様の分子を特異的に認識するプレートに結合した、ビーズに結合した、ポリマーに結合した又は他の形態の抗体を用いて達成することができる。
【０３４９】
本実施例では、ＣＡＲ＋Ｔ細胞を本明細書で提供されるもの等の抗リンカー抗体によりｉｎ  ｖｉｔｒｏで選択的に刺激することができることが示される。比較を目的として、Ｔ細胞をｉｎ  ｖｉｔｒｏで活性化するために一般に用いられるＯＫＴ３抗体（例えば、Landegren et al., (1984) Eur. J. Immunol. 14(4):325-28を参照されたい）を、全てのＴ細胞を刺激するために使用することができる。Ｔ細胞を成長させるためのバッグ、フラスコ、プレート若しくは他の容器を刺激に使用してもよく、又は本明細書に記載されるようにウェルプレートを刺激に使用してもよい。
【０３５０】
一例では、ＣＡＲ−Ｔ細胞を実施例４に記載のように選別し（図１０）、混合してＣＡＲ陽性細胞のパーセンテージが一定の細胞の集団を形成した。次いで、これらの細胞をＯｐＴｍｉｚｅｒ培地中において３７℃で２４時間にわたって選別から回復させた。１２ウェル組織培養処理プレートを、１．５μｇ／ｍＬのＯＫＴ３又は抗リンカー抗体のいずれかと共にＨＢＳＳ中において３７℃で２時間インキュベートし、ＨＢＳＳで３回洗浄した。規定の集団の０．５ｅ６個のＴ細胞を、ＩＬ−２を含む２ｍＬのＯｐＴｍｉｚｅｒ培地中において抗体で予めコーティングしたプレートに添加し、細胞を３７℃で最大１週間インキュベートし、様々な時点でサンプリングした。
【０３５１】
サンプルをフローサイトメトリーによる分析に供し、ＣＡＲ並びにＣＤ２５、ＣＤ６９及び４−１ＢＢを含む様々な活性化マーカーの存在を確認した。時間と共に、ＯＫＴ３抗体が全てのＴ細胞を刺激し、ＣＡＲ陽性細胞のパーセンテージが変化しないことが観察された。対照的に、抗リンカー抗体と共にインキュベートした場合、ＣＡＲ陽性であるＴ細胞が刺激を受けて増殖し、集団に占めるパーセンテージがより大きくなった（図１１）。加えて、Ｔ細胞の表面上のＣＤ６９及び４−１ＢＢのレベルによって観察されるようにＯＫＴ３が全てのＴ細胞を刺激することが観察された。対照的に、抗リンカー抗体による刺激はＣＡＲ陽性細胞を選択的に刺激した（図１２Ａ及び図１２Ｂ）。
【０３５２】
このため、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を提示する細胞をｉｎ  ｖｉｔｒｏで選択的に刺激することができる。
【０３５３】
実施例８：ｉｎ  ｖｉｖｏでの抗原結合分子を用いたＣＡＲ陽性Ｔ細胞の刺激／活性化
本実施例では、ＣＡＲ＋Ｔ細胞を本明細書で提供される抗リンカー抗体によりｉｎ  ｖｉｖｏで選択的に刺激した。ＭＭ１Ｓ細胞を雌性ＮＳＧマウスに移植した。ＭＭ１Ｓ細胞を除去するために、ペプチドＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）を含むＣＡＲ−Ｔ細胞を６日目に注射した。１３日目に、フルデオキシグルコース陽電子放出断層撮影（ＦＤＧ−ＰＥＴ）実験を行い、ベースライン代謝を評定した。クローン８抗リンカー抗体を各マウスに注射し、ＦＤＧ−ＰＥＴ実験を２４時間後に繰り返した。図１３に示されるように、抗体処理後のＦＤＧ−ＰＥＴシグナルの増大は、後肢において最もよく観察され、抗リンカー注射に応答したｉｎ  ｖｉｖｏでのＣＡＲ＋Ｔ細胞の刺激が示された。
【０３５４】
実施例９：ダイアボディを用いた特異的ペプチドを含有する分子を発現する細胞の枯渇
本実施例では、ＣＡＲ＋Ｔ細胞を、クローン８及び１６等の抗リンカー結合部分を含む抗リンカー／抗ヒトＣＤ３ダイアボディによりｉｎ  ｖｉｔｒｏで選択的に死滅させることができる。特異的エピトープＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）を含有するＣＡＲを形質導入したＴ細胞（ＣＡＲ１）、エピトープを含有しないＣＡＲを形質導入したＴ細胞（ＣＡＲ２）、又は形質導入しないＴ細胞（モック）を、９６ウェルＵ底プレートにおいてＴ細胞サプリメント、ペニシリン、ストレプトマイシン、グルタミン及びＩＬ−２を含むＯｐＴｍｉｚｅｒ培地中で成長させた。各ウェルは２００００個のＴ細胞を含有していた。ダイアボディをＣＡＲ及びモックで形質導入したＴ細胞サンプルの各々に１．２８ｐＭ〜１００ｎＭの濃度で添加した。１６時間後に、細胞をＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ  Ｖｉｏｌｅｔ（(Molecular Probes）及び組み換えプロテインＬ／ストレプトアビジン−ＰＥで染色し、ダイアボディの濃度に応じた死細胞の数及びＣＡＲ＋Ｔ細胞のパーセンテージを評定した。図１４Ａに示されるように、膜が破裂した細胞に結合する色素の量はＣＡＲ１サンプル中で増大し、対照ＣＡＲの発現又はＣＡＲの非発現は色素蛍光の顕著な増大をもたらさない（それぞれＣＡＲ２及びモックを参照されたい）。このことは、ＣＡＲ２  Ｔ細胞と比較したＣＡＲ１  Ｔ細胞のパーセンテージの減少によって更に観察することができる（図１４Ｂ）。ＣＡＲ１細胞はおよそ４０％陽性から開始するが、最高のダイアボディ濃度で全Ｔ細胞の約１０％まで枯渇し、ＣＡＲ２  Ｔ細胞は２０％と一定のＣＡＲ＋にとどまる。このため、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１）及びその部分配列、特にＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号２）、ＧＫＰＧＳＧＥＧ（配列番号３）、ＳＧＫＰＧＳＧＥ（配列番号４９９）及び／又はＫＰＧＳＧ（配列番号５００）を含む分子を提示する細胞を、Ｔ細胞に特異的なダイアボディ及び特異的ペプチドによりｉｎ  ｖｉｔｒｏで選択的に枯渇させることができる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図６−３】
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【図７】
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【図８−１】
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【図８−２】
2019525751.tif 000064
【図８−３】
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【図８−４】
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【図８−５】
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【図８−６】
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【図８−７】
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【図８−８】
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【図８−９】
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【図８−１０】
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【図８−１１】
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【図８−１２】
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【図８−１３】
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【図８−１４】
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【図８−１５】
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【図８−１６】
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【図８−１７】
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【図８−１８】
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【図８−１９】
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【図８−２０】
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【図８−２１】
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【図８−２２】
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【図８−２３】
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【図８−２４】
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【図８−２５】
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【図８−２６】
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【図８−２７】
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【図８−２８】
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【図８−２９】
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【図８−３０】
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【図８−３１】
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【図８−３２】
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【図８−３３】
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【図８−３４】
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【図８−３５】
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【図８−３６】
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【図８−３７】
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【図８−３８】
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【図８−３９】
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【図８−４０】
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【図８−４１】
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【図８−４２】
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【図８−４３】
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【図８−４４】
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【図８−４５】
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【図８−４６】
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【図８−４７】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２−１】
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【図１２−２】
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【図１３】
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【図１４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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