(57)【要約】細胞または動物におけるＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの量または活性を低減する、及び、ある特定の事例において、細胞または動物におけるＡｔａｘｉｎ−３タンパク質の量を低減するための、化合物、方法及び医薬組成物が提供される。かかる化合物、方法及び医薬組成物は、神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特質を予防または寛解するのに有用である。かかる症状及び特質としては、運動失調、ニューロパシー、及び凝集体形成が挙げられる。かかる神経変性疾患としては、ＳＣＡ３が挙げられる。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
１０〜３０の連結されたヌクレオシドからなり、配列番号：２３〜３３４のうちの任意のものの少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、または少なくとも１６のコンティグ核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
【請求項２】
前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号：１の核酸塩基配列に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％相補的な核酸塩基配列を有する、請求項１に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項１または２のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項４】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項３に記載のオリゴマー化合物。
【請求項５】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項４に記載のオリゴマー化合物。
【請求項６】
前記修飾オリゴヌクレオチドが２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋が−Ｏ−ＣＨ２−；及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、請求項５に記載のオリゴマー化合物。
【請求項７】
前記修飾オリゴヌクレオチドが修飾非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項３〜６のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項８】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項９】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項４〜８のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１０】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、請求項７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１１】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１〜５の連結された５’−ヌクレオシドからなる５’−領域と、
６〜１０の連結された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と、
１〜５の連結された３’−領域ヌクレオシドからなる３’−領域と、
を含む糖モチーフを有し、
前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域ヌクレオシドの各々が修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々が非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、
請求項１〜１０のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１２】
前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間リンケージを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１３】
前記修飾オリゴヌクレオチドの各々のヌクレオシド間リンケージが、修飾ヌクレオシド間リンケージである、請求項１２に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１４】
少なくとも１つのヌクレオシド間リンケージがホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージである、請求項１２または１３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１５】
前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間リンケージを含む、請求項１２または１３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１６】
各々のヌクレオシド間リンケージがホスホジエステルヌクレオシド間リンケージまたはホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのいずれかである、請求項１２〜１５のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１７】
前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１８】
前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、請求項１７に記載のオリゴマー化合物。
【請求項１９】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、１２〜２２、１２〜２０、１４〜２０、１６〜２０、または１８〜２０の連結されたヌクレオシドからなる、請求項１〜１８のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２０】
前記修飾オリゴヌクレオチドが、１６、１７、１８、１９または２０の連結されたヌクレオシドからなる、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２１】
前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項１〜２０のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２２】
コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、請求項１〜２０のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２３】
前記コンジュゲート基が１〜３のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、請求項２２に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２４】
前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、請求項２２または２３のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２５】
前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、請求項２３に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２６】
前記コンジュゲートリンカーが１〜３のリンカー−ヌクレオシドを含む、請求項２５に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２７】
前記コンジュゲート基が、修飾オリゴヌクレオチドの５’−端部で修飾オリゴヌクレオチドへ付加される、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２８】
前記コンジュゲート基が、修飾オリゴヌクレオチドの３’−端部で修飾オリゴヌクレオチドへ付加される、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項２９】
末端基を含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３０】
前記オリゴマー化合物が一本鎖オリゴマー化合物である、請求項１〜２９のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３１】
前記オリゴマー化合物がリンカー−ヌクレオシドを含まない、請求項１〜２５または２７〜３０のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物。
【請求項３２】
請求項１〜２９及び３１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物を含む、オリゴマー二重らせん。
【請求項３３】
請求項１〜３１のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物または請求項３２に記載のオリゴマー二重らせんを含むかまたはそれらからなる、アンチセンス化合物。
【請求項３４】
１０〜３０の連結されたヌクレオシドからなり、配列番号：２３〜３３４のうちの任意のものの少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、または少なくとも１６のコンティグ核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチド。
【請求項３５】
１０〜３０の連結するヌクレオシドからなり、配列番号：１の核酸塩基６１４〜６３７、配列番号：１の核酸塩基８３３〜８５２、または配列番号：１の核酸塩基１０９１〜１１３１の等しい長さ部分に１００％相補的な少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、または少なくとも１４のコンティグ核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列が、前記修飾オリゴヌクレオチドの全体にわたって測定された時に、配列番号：１に少なくとも９０％相補的である、前記オリゴマー化合物。
【請求項３６】
請求項１〜３１及び３５のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物、請求項３２に記載のオリゴマー二重らせんまたは請求項３４に記載の修飾オリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される担体または希釈物質とを含む、医薬組成物。
【請求項３７】
請求項３６に記載の医薬組成物を動物へ投与することを含む、方法。
【請求項３８】
治療有効量の請求項３６に記載の医薬組成物を、ＡＴＸＮ３と関連する疾患を有するかまたは発症についてのリスクのある個体へ投与することと、それによってＡＴＸＮ３と関連する疾患を治療することとを含む、ＡＴＸＮ３と関連する疾患を治療する方法。
【請求項３９】
前記ＡＴＸＮ３と関連する疾患が神経変性疾患である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記神経変性疾患がＳＣＡ３である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特質が寛解される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記症状または特質が、運動失調、ニューロパシー及び凝集体形成である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
特定のステレオ化学的立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項１〜３２または３５のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項４４】
（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項４３に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項４５】
（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項４３に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項４６】
各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで特定の独立して選択されるステレオ化学的立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項４３に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項４７】
各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項４６に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項４８】
各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項４６に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項４９】
１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置及び残りのホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージの各々で（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項４６に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５０】
５’から３’の方向でＳｐ、Ｓｐ及びＲｐの立体配置における少なくとも３つのコンティグホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項４３または請求項４６のいずれか一項に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５１】
前記修飾オリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのすべてが、ステレオランダムである、請求項１〜３２または３５のいずれか一項に記載のオリゴマー化合物のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５２】
特定のステレオ化学的立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項３４に記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５３】
（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項５２に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５４】
（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項５２に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５５】
各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで特定の独立して選択されるステレオ化学的立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項５２に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５６】
各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項５５に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５７】
各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項５５に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５８】
１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置及び残りのホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージの各々で（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項５５に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項５９】
５’から３’の方向でＳｐ、Ｓｐ及びＲｐの立体配置における少なくとも３つのコンティグホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、請求項５２または請求項５５のいずれか一項に記載のキラルにエンリッチされた集団。
【請求項６０】
前記修飾オリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのすべてが、ステレオランダムである、請求項３４に記載の修飾オリゴヌクレオチドのキラルにエンリッチされた集団。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列リスト
本出願は電子フォーマットにおける配列リストと一緒に出願されている。配列リストは、２０１７年１１月６日に生成され、２８０ＫＢのサイズである「ＢＩＯＬ０３１２ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」という表題のファイルとして本明細書に提供される。配列リストの電子フォーマットにおける情報は、その全体が参照により本明細書に援用される。
【０００２】
細胞または動物におけるＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの量または活性を低減する、及び、ある特定の事例において、細胞または動物におけるＡｔａｘｉｎ−３タンパク質の量を低減するための、化合物、方法及び医薬組成物が提供される。かかる化合物、方法及び医薬組成物は、神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特質を予防または寛解するのに有用である。かかる症状及び特質としては、運動失調、ニューロパシー、及び凝集体形成が挙げられる。かかる神経変性疾患としては、脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）が挙げられる。
【背景技術】
【０００３】
マシャド−ジョセフ病（ＭＪＤ）として公知の脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）は、ＡＴＸＮ３遺伝子中の突然変異によってもたらされ、進行性小脳失調症及び変動性の所見（ジストニア−筋固縮症候群（ｄｙｓｔｏｎｉｃ−ｒｉｇｉｄ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、パーキンソン症候群、またはジストニア及び末梢ニューロパチーの複合症候群が挙げられる）によって特徴づけられる。ＳＣＡ３は常染色体優性様式で受け継がれる。罹患した個体の子孫が突然変異を受け継ぐ機会は５０％である。ＳＣＡ３の診断は、ＡＴＸＮ３中の異常なＣＡＧトリヌクレオチド反復伸長を検出する分子的遺伝子検査の使用に基づく。罹患した個体は、５２〜８６のＣＡＧトリヌクレオチド反復を有する対立遺伝子を有する。かかる検査は罹患した個体の１００％を検出する。ＡＴＸＮ３遺伝子中の伸長ＣＡＧ反復はアタキシン−３タンパク質中の伸長ポリグルタミン反復（ポリＱ）へと翻訳され、この毒性アタキシン−３タンパク質は凝集物と関連する。これらの凝集物中のポリグルタミンが伸長したアタキシン−３タンパク質はユビキン化（ｕｂｉｑｕｉｎａｔｅｄ）され、凝集物は他のタンパク質（熱ショックタンパク質及び転写因子が挙げられる）を含有する。凝集物はＳＣＡ３患者の脳組織中で頻繁に観察される。医薬物が疾患の進行を減速しないので、ＳＣＡ３の管理は対症的である。パーキンソン症候群に似るレストレスレッグス症候群及び錐体外路症候群は、レボドーパまたはドーパミンアゴニストへ応答し得る。痙性、涎及び睡眠の問題は、リオレサール、アトロピン様薬物及び催眠剤へ変動性で応答する。ボツリヌス毒素はジストニア及び痙性のために使用されている。日中の疲労は精神刺激薬（モダフィニル等）へ応答し得る。同時に起こる抑鬱が治療されるべきである。Ｒｉｅｓｓ，Ｏ．，Ｒｕｂ，Ｕ．，Ｐａｓｔｏｒｅ，Ａ．ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｒｅｂｅｌｌｕｍ（２００８）７：１２５。
【０００４】
現在、神経変性疾患（ＳＣＡ３等）の治療のための許容可能な選択肢が欠如している。したがって、かかる疾患の治療のための化合物、方法及び医薬組成物を提供することが、本明細書における目的である。
【発明の概要】
【０００５】
細胞または動物における、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの量または活性を低減する、及び、ある特定の実施形態において、Ａｔａｘｉｎ−３タンパク質の量を低減するための、化合物、方法及び医薬組成物が本明細書において提供される。ある特定の実施形態において、動物は神経変性疾患を有する。ある特定の実施形態において、動物はＳＣＡ３を有する。ある特定の実施形態において、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの発現の低減のために有用な化合物は、オリゴマー化合物または修飾オリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は修飾オリゴヌクレオチドを含む。
【０００６】
神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特質の寛解のために有用な方法も提供される。ある特定の実施形態において、神経変性疾患はＳＣＡ３である。ある特定の実施形態において、症状及び特質としては、運動失調、ニューロパシー及び凝集体形成が挙げられる。ある特定の実施形態において、これらの症状の寛解は、運動機能の改善、ニューロパシーの低減、及び凝集物の数の低減をもたらす。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
前述の概要及び以下の詳述の両方は、単なる例示及び説明であり、制限するものではないことを理解すべきである。本明細書において、単数形の使用は特別に具体的に明示されない限り複数を含む。本明細書において使用される時、「または」の使用は、特別に明記されない限り「及び／または」を意味する。さらに、「含むこと」という用語の使用は、他の形態（「含む」及び「含んだ」等）と同様に、限定的ではない。さらに、「要素」または「構成要素」等の用語は、特別に具体的に明示されない限り、１つの単位を含む要素及び構成要素ならびに２つ以上のサブ単位を含む要素及び構成要素の両方を包含する。
【０００８】
本明細書において使用されるセクションの見出しは構成の目的のみのためであり、記載される対象物の限定として解釈されるべきではない。本出願中で引用されるすべての文書または文書の部分（特許、特許出願、論説、本、及び論文が挙げられるがこれらに限定されない）は、本明細書において検討される文書の部分に加えてそれらの全体が参照によって本明細書に明示的に援用される。
【０００９】
定義について
具体的な定義が提供されない限り、本明細書において記述される分析化学、合成有機化学、ならびに医用化学及び医薬品化学に関連して使用される命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知であり当技術分野において一般に使用されるものである。認められる場合は、本開示を通して参照されるすべての特許、出願、公開済み出願及び他の出版物ならびに他のデータは、それらの全体が参照することによって本明細書に援用される。
【００１０】
特別の指示のない限り、以下の用語は以下の意味を有する。
【００１１】
定義
本明細書において使用される時、「２’−デオキシヌクレオシド」は、天然に存在するデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中で見出されるような、２’−Ｈ（Ｈ）フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。ある特定の実施形態において、２’−デオキシヌクレオシドは修飾核酸塩基を含み得るか、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
【００１２】
本明細書において使用される時、「２’−置換ヌクレオシド」は、２’−置換糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書において使用される時、糖部分を参照する「２’−置換」は、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１つの２’−置換基を含む糖部分を意味する。
【００１３】
本明細書において使用される時、「投与」は医薬用薬剤を動物へ提供することを意味する。
【００１４】
本明細書において使用される時、「動物」はヒトまたは非ヒト動物を意味する。
【００１５】
本明細書において使用される時、「アンチセンス活性」は、その標的核酸へのアンチセンス化合物のハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び／または測定可能な変化を意味する。ある特定の実施形態において、アンチセンス活性は、アンチセンス化合物の非存在下における標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルに比較して、標的核酸またはかかる標的核酸によってコードされたタンパク質の量または発現の減少である。
【００１６】
本明細書において使用される時、「アンチセンス化合物」は、少なくとも１つのアンチセンス活性を達成することが可能なオリゴマー化合物またはオリゴマー二重らせんを意味する。
【００１７】
本明細書において使用される時、治療に関して「寛解する」は、治療の非存在下における同じ症状に比べて、少なくとも１つの症状における改善を意味する。ある特定の実施形態において、寛解は、症状の重症度もしくは頻度の低減、または症状の重症度もしくは頻度の開始の遅延もしくは進行の減速である。ある特定の実施形態において、症状または特質は、運動失調、ニューロパシー及び凝集体形成である。ある特定の実施形態において、これらの症状の寛解は、運動機能の改善、ニューロパシーの低減、または凝集物の数の低減をもたらす。
【００１８】
本明細書において使用される時、「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書において使用される時、「二環式糖」または「二環式糖部分」は、２つの環を含む修飾糖部分を意味し、そこで、第２の環は第１の環中の原子の２つを接続する架橋を介して形成され、それによって二環式構造を形成する。ある特定の実施形態において、二環式糖部分の第１の環はフラノシル部分である。ある特定の実施形態において、二環式糖部分はフラノシル部分を含まない。
【００１９】
本明細書において使用される時、「キラルにエンリッチされた集団」は、特定のキラル中心で特定のステレオ化学的立体配置を含有する集団内の分子の数またはパーセンテージが、特定のキラル中心がステレオランダムならば集団内の同じ特定のキラル中心で同じ特定のステレオ化学的立体配置を含有することが予想される分子の数またはパーセンテージより大きい、同一の分子式の複数の分子を意味する。各々の分子内に複数のキラル中心を有する分子のキラルにエンリッチされた集団は、１つまたは複数のステロランダムな（ｓｔｅｒｏｒａｎｄｏｍ）キラル中心を含有し得る。ある特定の実施形態において、分子は修飾オリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態において、分子は修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物である。
【００２０】
本明細書において使用される時、「切断可能な部分」は、生理学的条件下で（例えば細胞、動物またはヒトの内部で）切断される、結合または原子団を意味する。
【００２１】
本明細書において使用される時、オリゴヌクレオチドに関して「相補的である」は、オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列及び他の核酸が反対の方向でアライメントされる場合に、オリゴヌクレオチドまたはその１つもしくは複数の領域の核酸塩基及び別の核酸またはその１つもしくは複数の領域の核酸塩基の少なくとも７０％が互いに水素結合することが可能なことを意味する。相補的な核酸塩基は、互いに水素結合を形成することが可能な核酸塩基を意味する。相補的な核酸塩基対としては、アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）及びウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）、５−メチルシトシン（ｍＣ）及びグアニン（Ｇ）が挙げられる。相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸は、各々のヌクレオシドで核酸塩基相補性を有する必要はない。むしろ、いくつかのミスマッチは忍容される。本明細書において使用される時、オリゴヌクレオチドに関して「完全に相補的である」または「１００％相補的である」は、オリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドの各々のヌクレオシドで別のオリゴヌクレオチドまたは核酸に相補的であることを意味する。
【００２２】
本明細書において使用される時、「コンジュゲート基」は、オリゴヌクレオチドへ直接または間接的に付加される、原子団を意味する。コンジュゲート基は、コンジュゲート部分及びオリゴヌクレオチドへコンジュゲート部分を付加する、コンジュゲートリンカーを含む。
【００２３】
本明細書において使用される時、「コンジュゲートリンカー」は、オリゴヌクレオチドへコンジュゲート部分を接続する、少なくとも１つの結合を含む原子団を意味する。
【００２４】
本明細書において使用される時、「コンジュゲート部分」は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドへ付加される、原子団を意味する。
【００２５】
本明細書において使用される時、オリゴヌクレオチドの文脈において「コンティグの」（contiguous）は、互いに直に隣接するヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間リンケージを指す。例えば、「コンティグ核酸塩基」は、配列中の互いに直に隣接する核酸塩基を意味する。
【００２６】
本明細書において使用される時、「ギャップマー」は、１つまたは複数のヌクレオシドを有する外部領域の間に位置するＲＮａｓｅ  Ｈ切断を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含み、内部領域を含むヌクレオシドが外部領域を含むヌクレオシド（複数可）とは化学的に異なる、修飾オリゴヌクレオチドを意味する。内部領域は「ギャップ」と称され、外部領域は「ウィング」と称され得る。特別の指示のない限り、「ギャップマー」は糖モチーフを指す。特別の指示のない限り、ギャップマーのギャップのヌクレオシドの糖部分は、非修飾２’−デオキシフラノシルである。したがって、「ＭＯＥギャップマー」という用語は、両方のウィング中の２’−ＭＯＥヌクレオシドの糖モチーフ及び２’−デオキシヌクレオシドのギャップを有するギャップマーを指す。特別の指示のない限り、ＭＯＥギャップマーは１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間リンケージ及び／または修飾核酸塩基を含んでもよく、かかる修飾は必ずしも糖修飾のギャップマーパターンに従わない。
【００２７】
本明細書において使用される時、「ホットスポット領域」は、実施例中で以下に実証されるような標的核酸の量または活性の低減のためのオリゴマー化合物へ適用可能な標的核酸上の範囲の核酸塩基である。
【００２８】
本明細書において使用される時、「ハイブリダイゼーション」は、相補的なオリゴヌクレオチド及び／または核酸の対合またはアニーリングを意味する。特定のメカニズムに限定されるものではないが、ハイブリダイゼーションの最も一般的なメカニズムは水素結合を包含し、それは相補的な核酸塩基の間のワトソン−クリック水素結合、フーグスティーン水素結合、または逆フーグスティーン水素結合であり得る。
【００２９】
本明細書において使用される時、「ヌクレオシド間リンケージ」という用語はオリゴヌクレオチド中の隣接するヌクレオシドの間の共有結合性リンケージである。本明細書において使用される時、「修飾ヌクレオシド間リンケージ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間リンケージ以外の任意のヌクレオシド間リンケージを意味する。「ホスホロチオエートリンケージ」は、ホスホジエステルヌクレオシド間リンケージの非架橋酸素原子のうちの１つが、硫黄原子により置き換えられる修飾ヌクレオシド間リンケージである。
【００３０】
本明細書において使用される時、「リンカー−ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分へ直接的または間接的のいずれかで連結するヌクレオシドを意味する。リンカー−ヌクレオシドはオリゴマー化合物のコンジュゲートリンカー内に所在する。リンカー−ヌクレオシドは、たとえそれらがオリゴヌクレオチドとコンティグであっても、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチド部分の一部と判断されない。
【００３１】
本明細書において使用される時、「非二環式の修飾糖部分」は、第２の環を形成するための糖の２つの原子の間の架橋を形成しない修飾（置換基等）を含む、修飾糖部分を意味する。
【００３２】
本明細書において使用される時、「ミスマッチ」または「非相補的な」は、第１のオリゴマー化合物及び第２のオリゴマー化合物がアライメントされる場合に、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基と相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。
【００３３】
本明細書において使用される時、「ＭＯＥ」はメトキシエチルを意味する。「２’−ＭＯＥ」はフラノシル環の２’位での−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を意味する。
【００３４】
本明細書において使用される時、「モチーフ」は、オリゴヌクレオチド中の非修飾及び／または修飾の糖部分、核酸塩基、及び／または、ヌクレオシド間リンケージのパターンを意味する。
【００３５】
本明細書において使用される時、「ｍＲＮＡ」はタンパク質をコードするＲＮＡ転写物を意味し、特別の定めのない限りプレｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡを含む。
【００３６】
本明細書において使用される時、「神経変性疾患」は、ニューロンの構造または機能の進行性の損失（ニューロンの死が挙げられる）によってマークされる病態を意味する。ある特定の実施形態において、神経変性疾患は脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）である。
【００３７】
本明細書において使用される時、「核酸塩基」は非修飾核酸塩基または修飾核酸塩基を意味する。本明細書において使用される時、「非修飾核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）である。本明細書において使用される時、「修飾核酸塩基」は、少なくとも１つの非修飾核酸塩基と対合することが可能な、非修飾のＡ、Ｔ、Ｃ、ＵまたはＧ以外の原子団である。「５−メチルシトシン」は修飾核酸塩基である。ユニバーサル塩基は、５つの非修飾核酸塩基のうちの任意の１つと対合できる、修飾核酸塩基である。本明細書において使用される時、「核酸塩基配列」は、任意の糖またはヌクレオシド間リンケージ修飾に非依存的な、核酸またはオリゴヌクレオチド中のコンティグ核酸塩基の順序を意味する。
【００３８】
本明細書において使用される時、「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基及び糖部分は、各々独立して非修飾または修飾である。本明細書において使用される時、「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基及び／または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドは、核酸塩基を欠如する脱塩基ヌクレオシドを含む。「連結されたヌクレオシド」はコンティグ配列中で接続されるヌクレオシドである（すなわち追加のヌクレオシドは連結されるものとの間に提示されない）。
【００３９】
本明細書において使用される時、「オリゴマー化合物」は、オリゴヌクレオチド及び随意に１つまたは複数の追加の特色（コンジュゲート基または末端基等）を意味する。オリゴマー化合物は、第１のオリゴマー化合物に相補的な第２のオリゴマー化合物と対合し得るか、または非対合であり得る。「一本鎖オリゴマー化合物」は非対合オリゴマー化合物である。「オリゴマー二重らせん」という用語は、相補的な核酸塩基配列を有する２つのオリゴマー化合物によって形成された二重らせんを意味する。各々のオリゴマー二重らせんのオリゴマー化合物は、「二重らせんオリゴマー化合物」と称され得る。
【００４０】
本明細書において使用される時、「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオシド間リンケージを介して接続される、連結されたヌクレオシドの鎖を意味し、そこで、各々のヌクレオシド及びヌクレオシド間リンケージは修飾または非修飾であり得る。特別の指示のない限り、オリゴヌクレオチドは８〜５０の連結されたヌクレオシドからなる。本明細書において使用される時、「修飾オリゴヌクレオチド」はオリゴヌクレオチドを意味し、そこで、少なくとも１つのヌクレオシドまたはヌクレオシド間リンケージは修飾される。本明細書において使用される時、「非修飾オリゴヌクレオチド」は、任意のヌクレオシド修飾またはヌクレオシド間修飾を含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
【００４１】
本明細書において使用される時、「薬学的に許容される担体または希釈物質」は、動物への投与における使用のために好適な任意の物質を意味する。特定のかかる担体は、医薬組成物を、被験体による経口摂取のために、例えば錠剤、ピル、ドラジェ、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリ、懸濁物及びロゼンジ物として製剤化することができる。ある特定の実施形態において、薬学的に許容される担体または希釈物質は、滅菌水；滅菌食塩水；または滅菌バッファー溶液である。
【００４２】
本明細書において使用される時、「薬学的に許容される塩」は、化合物（オリゴマー化合物等）の生理学的及び薬学的に許容可能な塩（すなわち親化合物の所望の生物学的活性を保持し、所望されない毒性学的作用をそれへ与えない塩）を意味する。
【００４３】
本明細書において使用される時、「医薬組成物」は、被験体へ投与するために好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物はアンチセンス化合物及び滅菌水溶液を含み得る。ある特定の実施形態において、医薬組成物は、ある特定の細胞株における自由取込みアッセイで活性を示す。
【００４４】
本明細書において使用される時、「リン部分」は、リン原子を含む原子団を意味する。ある特定の実施形態において、リン部分は、モノ−ホスフェート、ジ−ホスフェートもしくはトリ−ホスフェート、またはホスホロチオエートを含む。
【００４５】
本明細書において使用される時、「プロドラッグ」は、動物またはその細胞内で異なる形態に変換される、身体の外側での形態における治療剤を意味する。典型的には、動物内のプロドラッグの変換は、細胞もしくは組織中に存在する酵素（例えば内在酵素またはウイルス酵素）もしくは化学物質の作用によって、及び／または生理的条件によって、促進される。
【００４６】
本明細書において使用される時、「量または活性を低減または阻害すること」は、無治療サンプルまたは対照サンプルにおける転写の発現または活性に比べて、転写の発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも転写の発現または活性の全消失を指さない。
【００４７】
本明細書において使用される時、「ＲＮＡｉ化合物」は、標的核酸及び／または標的核酸によってコードされたタンパク質を修飾する、ＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介して少なくとも部分的に作用するアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物としては、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡ（マイクロＲＮＡ模倣体を含む）が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、ＲＮＡｉ化合物は、標的核酸の量、活性、及び／またはスプライシングを修飾する。ＲＮＡｉ化合物という用語は、ＲＮａｓｅ  Ｈを介して作用するアンチセンス化合物を除外する。
【００４８】
本明細書において使用される時、オリゴヌクレオチドに関して「自己相補的な」は、それ自体へ少なくとも部分的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。
【００４９】
本明細書において使用される時、「標準的な細胞アッセイ」は、実施例１及びその妥当なバリエーション中で記載されるアッセイを意味する。
【００５０】
本明細書において使用される時、同一の分子式の分子の集団の文脈において「ステレオランダムなキラル中心」は、ランダムなステレオ化学的立体配置を有するキラル中心を意味する。例えば、ステレオランダムなキラル中心を含む分子の集団中で、ステレオランダムなキラル中心の（Ｓ）立体配置を有する分子の数は、ステレオランダムなキラル中心の（Ｒ）立体配置を有する分子の数と同じであり得るが、必ずしも同じではない。ステレオ化学的立体配置を制御するようにデザインされていない合成方法の結果である場合に、キラル中心のステレオ化学的立体配置は、ランダムであると判断される。ある特定の実施形態において、ステレオランダムなキラル中心は、ステレオランダムなホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージである。
【００５１】
本明細書において使用される時、「糖部分」は非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。本明細書において使用される時、「非修飾糖部分」は、ＲＮＡ（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）中で見出される時、２’−ＯＨ（Ｈ）フラノシル部分、または、ＤＮＡ（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）中で見出される時、２’−Ｈ（Ｈ）部分を意味する。非修飾糖部分は、１’、３’及び４’位の各々で１つの水素、３’位で酸素、ならびに５’位で２つの水素を有する。本明細書において使用される時、「修飾糖部分」または「修飾糖」は、修飾フラノシル糖部分または糖サロゲートを意味する。本明細書において使用される時、修飾フラノシル糖部分は、非修飾糖部分の少なくとも１つの水素の場所中で非水素置換基を含むフラノシル糖を意味する。ある特定の実施形態において、修飾フラノシル糖部分は、２’−置換糖部分である。かかる修飾フラノシル糖部分としては二環式糖及び非二環式糖が挙げられる。本明細書において使用される時、「糖サロゲート」は、核酸塩基を、別の基（オリゴヌクレオチド中のヌクレオシド間リンケージ、コンジュゲート基、または末端基等）へ連結することができる、フラノシル部分以外のものを有する、修飾糖部分を意味する。糖サロゲートを含む修飾ヌクレオシドを、オリゴヌクレオチド内の１つまたは複数の位置の中へ取り込むことができ、かかるオリゴヌクレオチドは相補的なオリゴマー化合物または核酸へハイブリダイズすることが可能である。
【００５２】
本明細書において使用される時、「標的核酸」及び「標的ＲＮＡ」は、アンチセンス化合物が影響するようにデザインされた核酸を意味する。
【００５３】
本明細書において使用される時、「標的領域」は、オリゴマー化合物がハイブリダイズするようにデザインされた標的核酸の部分を意味する。
【００５４】
本明細書において使用される時、「末端基」は、オリゴヌクレオチドの末端へ共有結合で連結された、化学基または原子団を意味する。
【００５５】
本明細書において使用される時、「治療有効量」は、動物への治療利益を提供する医薬用薬剤の量を意味する。例えば、治療有効量は、疾患の症状を改善する。
【００５６】
本開示は以下の非限定的に番号付けした実施形態を提供する。
【００５７】
実施形態１。１０〜３０の連結されたヌクレオシドからなり、配列番号：２３〜３３４のうちの任意のものの少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、または少なくとも１６のコンティグ核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物。
【００５８】
実施形態２。前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列全体にわたって測定された場合に、前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号：１の核酸塩基配列に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％または１００％相補的な核酸塩基配列を有する、実施形態１のオリゴマー化合物。
【００５９】
実施形態３。前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１または２のオリゴマー化合物。
【００６０】
実施形態４。前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態３のオリゴマー化合物。
【００６１】
実施形態５。前記修飾オリゴヌクレオチドが、二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４のオリゴマー化合物。
【００６２】
実施形態６。前記修飾オリゴヌクレオチドが２’−４’架橋を有する二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含み、前記２’−４’架橋が−Ｏ−ＣＨ２−；及び−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）−から選択される、実施形態５のオリゴマー化合物。
【００６３】
実施形態７。前記修飾オリゴヌクレオチドが修飾非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態３〜６のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００６４】
実施形態８。前記修飾オリゴヌクレオチドが、２’−ＭＯＥまたは２’−ＯＭｅを含む非二環式糖部分を含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態７のオリゴマー化合物。
【００６５】
実施形態９。前記修飾オリゴヌクレオチドが、糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態４〜８のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００６６】
実施形態１０。前記修飾オリゴヌクレオチドが、モルホリノ及びＰＮＡから選択される糖サロゲートを含む少なくとも１つの修飾ヌクレオシドを含む、実施形態７のオリゴマー化合物。
【００６７】
実施形態１１。前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１〜５の連結された５’−ヌクレオシドからなる５’−領域と；
６〜１０の連結された中央領域ヌクレオシドからなる中央領域と；
１〜５の連結された３’−領域ヌクレオシドからなる３’−領域と、
を含む糖モチーフを有し；
前記５’−領域ヌクレオシドの各々及び前記３’−領域ヌクレオシドの各々が修飾糖部分を含み、前記中央領域ヌクレオシドの各々が非修飾ＤＮＡ糖部分を含む、
実施形態１〜１０のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００６８】
実施形態１２。前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間リンケージを含む、実施形態１〜１１のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００６９】
実施形態１３。前記修飾オリゴヌクレオチドの各々のヌクレオシド間リンケージが、修飾ヌクレオシド間リンケージである、実施形態１２のオリゴマー化合物。
【００７０】
実施形態１４。少なくとも１つのヌクレオシド間リンケージがホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージである、実施形態１２または１３のオリゴマー化合物。
【００７１】
実施形態１５。前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間リンケージを含む、実施形態１２または１３のオリゴマー化合物。
【００７２】
実施形態１６。各々のヌクレオシド間リンケージがホスホジエステルヌクレオシド間リンケージまたはホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのいずれかである、実施形態１２〜１５のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００７３】
実施形態１７。前記修飾オリゴヌクレオチドが少なくとも１つの修飾核酸塩基を含む、実施形態１〜１６のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００７４】
実施形態１８。前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、実施形態１７のオリゴマー化合物。
【００７５】
実施形態１９。前記修飾オリゴヌクレオチドが、１２〜２２、１２〜２０、１４〜２０、１６〜２０、または１８〜２０の連結されたヌクレオシドからなる、実施形態１〜１８のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００７６】
実施形態２０。前記修飾オリゴヌクレオチドが、１６、１７、１８、１９または２０の連結されたヌクレオシドからなる、実施形態１〜１４のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００７７】
実施形態２１。前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、実施形態１〜２０のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００７８】
実施形態２２。コンジュゲート部分及びコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基を含む、実施形態１〜２０のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００７９】
実施形態２３。前記コンジュゲート基が１〜３のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスターを含む、実施形態２２のオリゴマー化合物。
【００８０】
実施形態２４。前記コンジュゲートリンカーが単結合からなる、実施形態２２または２３のオリゴマー化合物。
【００８１】
実施形態２５。前記コンジュゲートリンカーが切断可能である、実施形態２３のオリゴマー化合物。
【００８２】
実施形態２６。前記コンジュゲートリンカーが１〜３のリンカー−ヌクレオシドを含む、実施形態２５のオリゴマー化合物。
【００８３】
実施形態２７。前記コンジュゲート基が、修飾オリゴヌクレオチドの５’−端部で修飾オリゴヌクレオチドへ付加される、実施形態２２〜２６のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００８４】
実施形態２８。前記コンジュゲート基が、修飾オリゴヌクレオチドの３’−端部で修飾オリゴヌクレオチドへ付加される、実施形態２２〜２６のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００８５】
実施形態２９。末端基を含む、実施形態１〜２８のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００８６】
実施形態３０。前記オリゴマー化合物が一本鎖オリゴマー化合物である、実施形態１〜２９のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００８７】
実施形態３１。前記オリゴマー化合物がリンカー−ヌクレオシドを含まない、実施形態１〜２５または２７〜３０のうちの任意のもののオリゴマー化合物。
【００８８】
実施形態３２。実施形態１〜２９及び３１のうちの任意のもののオリゴマー化合物を含む、オリゴマー二重らせん。
【００８９】
実施形態３３。実施形態１〜３１のうちの任意のもののオリゴマー化合物または実施形態３２のオリゴマー二重らせんを含むかまたはそれらからなる、アンチセンス化合物。
【００９０】
実施形態３４。１０〜３０の連結されたヌクレオシドからなり、配列番号：２３〜３３４のうちの任意のものの少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、または少なくとも１６のコンティグ核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチド。
【００９１】
実施形態３５。１０〜３０の連結するヌクレオシドからなり、配列番号：１の核酸塩基６１４〜６３７、配列番号：１の核酸塩基８３３〜８５２、または配列番号：１の核酸塩基１０９１〜１１３１の等しい長さ部分に１００％相補的な少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、または少なくとも１４のコンティグ核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチドを含む、オリゴマー化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列が、前記修飾オリゴヌクレオチドの全体にわたって測定された時に、配列番号：１に少なくとも９０％相補的である、前記オリゴマー化合物。
【００９２】
実施形態３６。実施形態１〜３１及び３５のうちの任意のもののオリゴマー化合物、実施形態３２のオリゴマー二重らせんまたは実施形態３４の修飾オリゴヌクレオチド、及び薬学的に許容される担体または希釈物質を含む、医薬組成物。
【００９３】
実施形態３７。実施形態３６の医薬組成物を動物へ投与することを含む、方法。
【００９４】
実施形態３８。治療有効量の実施形態３６に記載の医薬組成物を、ＡＴＸＮ３と関連する疾患を有するかまたは発症についてのリスクのある個体へ投与すること；及びそれによってＡＴＸＮ３と関連する疾患を治療することを含む、ＡＴＸＮ３と関連する疾患を治療する方法。
【００９５】
実施形態３９。前記ＡＴＸＮ３と関連する疾患が神経変性疾患である、実施形態３８の方法。
【００９６】
実施形態４０。前記神経変性疾患がＳＣＡ３である、実施形態３９の方法。
【００９７】
実施形態４１。神経変性疾患の少なくとも１つの症状または特質が寛解される、実施形態３９の方法。
【００９８】
実施形態４２。前記症状または特質が、運動失調、ニューロパシー及び凝集体形成である、実施形態４１の方法。
【００９９】
実施形態４３。特定のステレオ化学的立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態１〜３２または３５のうちの任意のもののオリゴマー化合物のキラルにエンリッチされた集団。
【０１００】
実施形態４４。（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態４３のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０１】
実施形態４５。（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態４３のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０２】
実施形態４６。各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで特定の独立して選択されるステレオ化学的立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態４３のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０３】
実施形態４７。各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態４６のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０４】
実施形態４８。各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態４６のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０５】
実施形態４９。１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置及び残りのホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージの各々で（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態４６のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０６】
実施形態５０。５’から３’の方向でＳｐ、Ｓｐ及びＲｐの立体配置における少なくとも３つのコンティグホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態４３または実施形態４６のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０７】
実施形態５１。前記修飾オリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのすべてが、ステレオランダムである、実施形態１〜３２または３５のうちの任意のもののオリゴマー化合物のキラルにエンリッチされた集団。
【０１０８】
実施形態５２。特定のステレオ化学的立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態３４の修飾オリゴヌクレオチドのキラルにエンリッチされた集団。
【０１０９】
実施形態５３。（Ｓｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態５２のキラルにエンリッチされた集団。
【０１１０】
実施形態５４。（Ｒｐ）立体配置を有する少なくとも１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態５２のキラルにエンリッチされた集団。
【０１１１】
実施形態５５。各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで特定の独立して選択されるステレオ化学的立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態５２のキラルにエンリッチされた集団。
【０１１２】
実施形態５６。各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態５５のキラルにエンリッチされた集団。
【０１１３】
実施形態５７。各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態５５のキラルにエンリッチされた集団。
【０１１４】
実施形態５８。１つの特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージで（Ｒｐ）立体配置及び残りのホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージの各々で（Ｓｐ）立体配置を有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態５５のキラルにエンリッチされた集団。
【０１１５】
実施形態５９。５’から３’の方向でＳｐ、Ｓｐ及びＲｐの立体配置における少なくとも３つのコンティグホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる、実施形態５２または実施形態５５のキラルにエンリッチされた集団。
【０１１６】
実施形態６０。前記修飾オリゴヌクレオチドの前記ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのすべてが、ステレオランダムである、実施形態３４の修飾オリゴヌクレオチドのキラルにエンリッチされた集団。
【０１１７】
Ｉ．ある特定のオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態において、連結されたヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドが、本明細書において提供される。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であり得るか、または修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾のＲＮＡまたはＤＮＡに比べて少なくとも１つの修飾を含む。すなわち、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド（修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を含む）及び／または少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間リンケージを含む。
【０１１８】
Ａ．ある特定の修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基または修飾糖部分及び修飾核酸塩基の両方を含む。
【０１１９】
１．ある特定の糖部分
ある特定の実施形態において、修飾糖部分は非二環式修飾糖部分である。ある特定の実施形態において、修飾糖部分は二環式糖部分または三環式糖部分である。ある特定の実施形態において、修飾糖部分は糖サロゲートである。かかる糖サロゲートは、他のタイプの修飾糖部分のものに対応する１つまたは複数の置換を含み得る。
【０１２０】
ある特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つまたは複数の置換基（そのどれもフラノシル環の２つの原子を架橋して二環式構造を形成しない）を備えたフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分である。かかる非架橋置換基はフラノシルの任意の位置であり得る（２’、４’及び／または５’位での置換基が挙げられるがこれらに限定されない）。ある特定の実施形態において、非二環式修飾糖部分の１つまたは複数の非架橋置換基は分岐する。非二環式修飾糖部分のために好適な２’−置換基の例としては、２’−Ｆ，２’−ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ−メチル」）、及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、２’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０置換アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルケニル、Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキニル、Ｏ−アルキレニル−Ｏ−アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリール、Ｏ−アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）［式中、各々のＲｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ１０アルキルである］、ならびにＣｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５３１，５８４；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８５９，２２１；及びＣｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０８７中で記載される２’−置換基の中で選択される。これらの２’−置換基の特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルの中で独立して選択される１つまたは複数の置換基によりさらに置換され得る。非二環式修飾糖部分のために好適な４’−置換基の例としては、アルコキシ（例えばメトキシ）、アルキル、及びＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ  ２０１５／１０６１２８中で記載されるものが挙げられるがこれらに限定されない。非二環式修飾糖部分のために好適な５’−置換基の例としては、５’−メチル（ＲまたはＳ）、５’−ビニル、及び５’−メトキシが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、非二環式修飾糖部分は、２つ以上の非架橋糖置換基（例えば２’−Ｆ−５’−メチル糖部分、ならびにＭｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００８／１０１１５７及びＲａｊｅｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１３／０２０３８３６中で記載される修飾糖部分及び修飾ヌクレオシド）を含む。
【０１２１】
ある特定の実施形態において、２’−置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＮ−置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））［式中、各々のＲｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ１０アルキルである］から選択される非架橋２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０１２２】
ある特定の実施形態において、２’−置換ヌクレオシド非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、及びＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される非架橋２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０１２３】
ある特定の実施形態において、２’−置換非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、及びＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される非架橋２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０１２４】
ある特定の修飾糖部分は、フラノシル環の２つの原子を架橋する置換基を含んで第２の環を形成し、二環式糖部分をもたらす。ある特定のかかる実施形態において、二環式糖部分は、４’ フラノース環原子と２’フラノース環原子との間に架橋を含む。かかる４’から２’への架橋糖置換基の例としては、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’（「ＬＮＡ」）、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（「ＥＮＡ」）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と称される）、４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）及びその類似体（例えばＳｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，３９９，８４５、Ｂｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５６９，６８６、Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７４１，４５７、及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０２２，１９３を参照）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’及びその類似体（例えばＳｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，２８３を参照）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’及びその類似体（例えばＰｒａｋａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２５を参照）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（例えばＡｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６９６，３４５、Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１２４，７４５を参照）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（例えばＺｈｏｕ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，  １１８−１３４を参照）、４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’及びその類似体（例えばＳｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２７８，４２６を参照）、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’［式中、各々のＲ、Ｒａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１−Ｃ１２アルキルである］（例えばＩｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，４２７，６７２を参照）が挙げられるがこれらに限定されない。
【０１２５】
ある特定の実施形態において、かかる４’から２’への架橋は、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−；
［式中、
ｘは、０、１、または２であり；
ｎは、１、２、３、または４であり；
各々のＲａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、ヘテロ環ラジカル、置換ヘテロ環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；
各々のＪ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ヘテロ環ラジカル、置換ヘテロ環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である］
から独立して選択される１〜４の連結基を独立して含む。
【０１２６】
追加の二環式糖部分は、当技術分野において公知であり、例えば、Ｆｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、Ａｌｂａｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００１７，１２９，８３６２−８３７９；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａ．，Ｕ．Ｓ．７，０５３，２０７；Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，２６８，４９０；Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｕ．Ｓ．６，７７０，７４８；Ｉｍａｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．ＲＥ４４，７７９；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，７９４，４９９；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，６７０，４６１；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，０３４，１３３；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８０，６４４；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３４，９０９；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，１５３，３６５；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５７２，５８２；及びＲａｍａｓａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，５２５，１９１；；Ｔｏｒｓｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００４／１０６３５６；Ｗｅｎｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ１９９９／０１４２２６；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２００７／１３４１８１；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，５４７，６８４；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，６６６，８５４；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，７４６；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，７５０，１３１；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０３０，４６７；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，２６８，９８０；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５４６，５５６；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５３０，６４０；Ｍｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，０１２，４２１；Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，５０１，８０５；ならびに米国特許公報Ａｌｌｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００８／００３９６１８及び同Ｍｉｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２０１５／０１９１７２７を参照されたい。
【０１２７】
ある特定の実施形態において、二環式糖部分、及びかかる二環式糖部分を取り込むヌクレオシドは、異性体立体配置によってさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書において記載される）は、α−Ｌ立体配置またはβ−Ｄ立体配置であり得る。
【化１】
2019534009.tif 000002
α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）またはα−Ｌ−ＬＮＡ二環式ヌクレオシドは、アンチセンス活性を示すオリゴヌクレオチドの中へ取り込まれた（Ｆｒｉｅｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。本明細書において、二環式ヌクレオシドの一般的な記載には両方の異性体立体配置が含まれる。具体的な二環式ヌクレオシド（例えばＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が例示的な実施形態において本明細書で同定される場合に、特別の定めのない限り、それらはβ−Ｄ立体配置である。
【０１２８】
ある特定の実施形態において、修飾糖部分は、１つまたは複数の非架橋糖置換基及び１つまたは複数の架橋糖置換基（例えば５’置換糖及び４’−２’架橋糖）を含む。
【０１２９】
ある特定の実施形態において、修飾糖部分は糖サロゲートである。ある特定のかかる実施形態において、糖部分の酸素原子は、例えば硫黄、炭素または窒素原子により置き換えられる。ある特定のかかる実施形態において、かかる修飾糖部分は、本明細書において記載されるような架橋置換基及び／または非架橋置換基も含む。例えば、特定の糖サロゲートは、４’−硫黄原子及び２’−位（例えばＢｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，８７５，７３３及びＢｈａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．７，９３９，６７７を参照）及び／または５’位で置換を含む。
【０１３０】
ある特定の実施形態において、糖サロゲートは、５原子以外を有する環を含む。例えば、ある特定の実施形態において、糖サロゲートは６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。かかるテトラヒドロピランは、さらに修飾または置換され得る。かかる修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えばＬｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆  Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１−８５４を参照）、フルオロＨＮＡ：
【化２】
2019534009.tif 000003
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えばＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，０８８，９０４；Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，４４０，８０３；Ｓｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．８，７９６，４３７；及びＳｗａｙｚｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．９，００５，９０６を参照；Ｆ−ＨＮＡは、Ｆ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランとも称され得る）、及び式：
【化３】
2019534009.tif 000004
［式中、独立して、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドの各々について、
Ｂｘは核酸塩基部分であり；
Ｔ３及びＴ４は、各々独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドを残りのオリゴヌクレオチドへ連結するヌクレオシド間連結基であるか、または、Ｔ３及びＴ４のうちの１つは、修飾ＴＨＰヌクレオシドを残りのオリゴヌクレオチドへ連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４のうちの他のものは、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結されたコンジュゲート基、または５’もしくは３’−末端基であり；
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７は、各々独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
各々のＲ１及びＲ２は、水素、ハロゲン、置換もしくは非置換のアルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、及びＣＮ、（式中、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１であり、各々のＪ１及びＪ２及びＪ３は独立してＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである）の中で独立して選択される］
を有する追加の修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシド、が挙げられるがこれらに限定されない。
【０１３１】
ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７が各々Ｈである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７のうちの少なくとも１つは、Ｈ以外である。ある特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７のうちの少なくとも１つは、メチルである。ある特定の実施形態において、Ｒ１及びＲ２のうちの１つがＦである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。ある特定の実施形態において、Ｒ１はＦであり、Ｒ２はＨであり、ある特定の実施形態において、Ｒ１はメトキシであり、Ｒ２はＨであり、ある特定の実施形態において、Ｒ１はメトキシエトキシであり、Ｒ２はＨである。
【０１３２】
ある特定の実施形態において、糖サロゲートは、６以上の原子を有する環及び２つ以上のヘテロ原子を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド中でのそれらの使用が報告されている（例えばＢｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６９８，６８５；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１６６，３１５；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１８５，４４４；及びＳｕｍｍｅｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，０３４，５０６を参照）。本明細書において使用される時、「モルホリノ」という用語は、以下の構造：
【化４】
2019534009.tif 000005
を有する糖サロゲートを意味する。ある特定の実施形態において、モルホリノは、例えば様々な置換基の添加または変更によって、上記のモルホリノ構造から修飾され得る。かかる糖サロゲートは本明細書において「修飾モルホリノ」と称される。
【０１３３】
ある特定の実施形態において、糖サロゲートは非環式部分を含む。かかる非環式糖サロゲートを含むヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドの例としては、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えばＫｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３−５８６５を参照）、及びＭａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＷＯ２０１１／１３３８７６中で記載されるヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。
【０１３４】
修飾ヌクレオシド中で使用され得る他の多くの二環式糖及び三環式糖ならびに糖サロゲート環系は、当技術分野において公知である。
【０１３５】
２．ある特定の修飾核酸塩基
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１つまたは複数のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つまたは複数のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基を含まない１つまたは複数のヌクレオシド（脱塩基ヌクレオシドと称される）を含む。
【０１３６】
ある特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２置換プリン、Ｎ−６置換プリン及びＯ−６置換プリンから選択される。ある特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５‐ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−プロピニル（−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザ及び他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル５−ハロウラシル、５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、無差別塩基、サイズ拡大塩基、ならびにフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン（１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オン、及び９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇ−クランプ）等）が挙げられる。修飾核酸塩基としては、プリン塩基またはピリミジン塩基が他のヘテロ環により置き換えられるもの（例えば７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、及び２−ピリドン）も挙げられ得る。さらなる核酸塩基としては、Ｍｅｒｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．３，６８７，８０８中で開示されるもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．編、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、１９９０年、８５８−８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．、チャプター１５、Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．及びＬｅｂｌｅｕ，Ｂ．編、ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ、１９９３年、２７３−２８８中で開示されるもの；ならびに、チャプター６及び１５、Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｃｒｏｏｋｅ  Ｓ．Ｔ．編、ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ、２００８年、１６３−１６６及び４４２−４４３中で開示されるものが挙げられる。
【０１３７】
上で言及される修飾核酸塩基に加えて他の修飾核酸塩基のある特定のものの調製を教示する出版物としては、Ｍａｎｏｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１５８４０３；Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＵＳ２００３／０１７５９０６；Ｄｉｎｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．４，８４５，２０５；Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３０，３０２；Ｒｏｇｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１３４，０６６；Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，１７５，２７３；Ｕｒｄｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，３６７，０６６；Ｂｅｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３２，２７２；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４３４，２５７；Ｇｍｅｉｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１８７；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５９，２５５；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４８４，９０８；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５０２，１７７；Ｈａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５２５，７１１；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５５２，５４０；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４６９；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９４，１２１；Ｓｗｉｔｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５９６，０９１；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６１４，６１７；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６４５，９８５；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，６８１，９４１；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８１１，５３４；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７５０，６９２；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，９４８，９０３；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，５８７，４７０；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，４５７，１９１；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，７６３，５８８；Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８３０，６５３；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．５，８０８，０２７；Ｃｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，６，１６６，１９９；及びＭａｔｔｅｕｃｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｕ．Ｓ．６，００５，０９６が挙げられ、これらに限定されない。
【０１３８】
３．ある特定の修飾ヌクレオシド間リンケージ
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間リンケージを使用して、一緒に連結され得る。２つの主要なクラスのヌクレオシド間連結基は、リン原子の存在または非存在によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間リンケージとしては、ホスフェート（それはホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（非修飾リンケージまたは天然に存在するリンケージとも称される）を含有する）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホロアミダート、及びホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、及びホスホロジチオエート（「ＨＳ−Ｐ＝Ｓ」）が挙げられるがこれらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間連結基としては、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル、チオノカルバメート（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）；シロキサン（−Ｏ−ＳｉＨ２−Ｏ−）；及びＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が挙げられるがこれらに限定されない。修飾ヌクレオシド間リンケージを使用して、天然に存在するホスフェートリンケージに比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変更、典型的には増加させることができる。リン含有及び非リン含有のヌクレオシド間リンケージの調製の方法は、当業者に周知である。
【０１３９】
キラル中心を有する代表的なヌクレオシド間リンケージとしては、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられるがこれらに限定されない。キラル中心を有するヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなヌクレオシド間リンケージを含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として、またはホスホロチオエートリンケージ（特にステレオ化学的立体配置）を含む修飾オリゴヌクレオチドの集団として調製され得る。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのすべてがステレオランダムであるホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む。かかる修飾オリゴヌクレオチドは、各々のホスホロチオエートリンケージのステレオ化学的立体配置のランダムな選択をもたらす合成方法を使用して生成され得る。それにもかかわらず、当業者によって十分に理解されるように、各々の個別のオリゴヌクレオチド分子の個別のホスホロチオエートは定義されたステレオ立体配置を有する。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、特定の独立して選択されるステレオ化学的立体配置における１つまたは複数の特定のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを含む、修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる。ある特定の実施形態において、特定のホスホロチオエートリンケージの特定の立体配置は、集団中の分子のうちの少なくとも６５％で存在する。ある特定の実施形態において、特定のホスホロチオエートリンケージの特定の立体配置は、集団中の分子のうちの少なくとも７０％で存在する。ある特定の実施形態において、特定のホスホロチオエートリンケージの特定の立体配置は、集団中の分子のうちの少なくとも８０％で存在する。ある特定の実施形態において、特定のホスホロチオエートリンケージの特定の立体配置は、集団中の分子のうちの少なくとも９０％で存在する。ある特定の実施形態において、特定のホスホロチオエートリンケージの特定の立体配置は、集団中の分子のうちの少なくとも９９％で存在する。修飾オリゴヌクレオチドのかかるキラルにエンリッチされた集団は、当技術分野において公知の合成方法（例えばＯｋａ  ｅｔ  ａｌ．，ＪＡＣＳ  １２５，８３０７（２００３）、Ｗａｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．４２，１３４５６（２０１４）、及びＷＯ２０１７／０１５５５５中で記載される方法）を使用して生成され得る。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｓｐ）立体配置の少なくとも１つの示されたホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、（Ｒｐ）立体配置の少なくとも１つのホスホロチオエートを有する修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる。ある特定の実施形態において、（Ｒｐ）及び／または（Ｓｐ）ホスホロチオエートを含む修飾オリゴヌクレオチドは、以下の式：
【化５】
2019534009.tif 000006
［式中、「Ｂ」は核酸塩基を示す］のうちの１つまたは複数をそれぞれ含む。特別の指示のない限り、本明細書において記載される修飾オリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオシド間リンケージは、ステレオランダムまたは特定のステレオ化学的立体配置であり得る。
【０１４０】
中性ヌクレオシド間リンケージとしては、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、メトキシプロピル、及びチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が挙げられるこれらに限定されない。さらなる中性ヌクレオシド間リンケージとしては、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボン酸エステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステル及びアミドを含む、非イオン性リンケージが挙げられる（例えばＣａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ及びＰ．Ｄ．Ｃｏｏｋ編、ＡＣＳ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ  ５８０；チャプター３及び４、４０−６５を参照）。さらなる中性ヌクレオシド間リンケージとしては、混合されたＮ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２の構成要素パーツを含む非イオン性リンケージが挙げられる。
【０１４１】
Ｂ．ある特定のモチーフ
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を含む１つまたは複数の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１つまたは複数の修飾ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間リンケージを含む。かかる実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの修飾された、非修飾の、及び異なって修飾された、糖部分、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間リンケージは、パターンまたはモチーフを定義する。ある特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基及びヌクレオシド間リンケージのパターンは各々、互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフ、及び／またはヌクレオシド間リンケージモチーフによって記載され得る（本明細書において使用される時、核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列に独立した核酸塩基への修飾を記載する）。
【０１４２】
１．ある特定の糖モチーフ
ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖モチーフにおいて、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿ってアレンジされた、１つまたは複数のタイプの修飾糖及び／または非修飾糖部分を含む。ある特定の実例において、かかる糖モチーフとしては、本明細書において検討される糖修飾のうちの任意ものが挙げられるがこれらに限定されない。
【０１４３】
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーモチーフを有する領域を含むかそれからなり、それは２つの外部領域または「ウィング」、及び中央領域もしくは内部領域または「ギャップ」によって定義される。ギャップマーモチーフの３つの領域（５’−ウィング、ギャップ、及び３’−ウィング）は、ギャップのヌクレオシドの糖部分のうちの少なくともいくつかと、ウィングの各々のヌクレオシドの糖部分のうちの少なくともいくつかが異なる、ヌクレオシドのコンティグ配列を形成する。具体的には、少なくともギャップへ接近している各々のウィングのヌクレオシド（５’−ウィングの最も３’側のヌクレオシド及び３’−ウィングの最も５’側のヌクレオシド）の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なり、したがってウィングとギャップとの間に境界（すなわちウィング／ギャップジャンクション）を定義する。ある特定の実施形態において、ギャップ内の糖部分は互いに同じある。ある特定の実施形態において、ギャップは、ギャップの１つまたは複数の他のヌクレオシドの糖部分と異なる糖部分を有する１つまたは複数のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、２つのウィングの糖モチーフは、互いに同じである（対称なギャップマー）。ある特定の実施形態において、５’−ウィングの糖モチーフは３’−ウィングの糖モチーフと異なる（非対称性ギャップマー）。
【０１４４】
ある特定の実施形態において、ギャップマーのウィングは１〜５のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、ギャップマーの各々のウィングの各々のヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。
【０１４５】
ある特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは７〜１２のヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、ギャップマーのギャップの各々のヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。
【０１４６】
ある特定の実施形態において、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。複数の実施形態において、各々のウィング／ギャップジャンクションのギャップ側上のヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシヌクレオシドであり、各々のウィング／ギャップジャンクションのウィング側上のヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。ある特定の実施形態において、ギャップの各々のヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。ある特定の実施形態において、ギャップマーの各々のウィングの各々のヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。
【０１４７】
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれらからなる。かかる実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの完全に修飾された領域の各々のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態において、全体の修飾オリゴヌクレオチドの各々のヌクレオシドは修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全に修飾された領域内の各々のヌクレオシドが同じ修飾糖部分を含む、完全に修飾された糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれらからなり、本明細書において一様に修飾された糖モチーフと称される。ある特定の実施形態において、完全に修飾されたオリゴヌクレオチドは一様に修飾されたオリゴヌクレオチドである。ある特定の実施形態において、一様に修飾されたものの各々のヌクレオシドは、同じ２’−修飾を含む。
【０１４８】
本明細書において、ギャップマーの３つの領域の長さ（ヌクレオシドの数）は、表記法［５’−ウィング中のヌクレオシドの数］−［ギャップ中のヌクレオシドの数］−［３’−ウィング中のヌクレオシドの数］を使用して、提供され得る。したがって、５−１０−５ギャップマーは、各々のウィング中の５つの連結されたヌクレオシド及びギャップ中の１０の連結されたヌクレオシドからなる。具体的な修飾がかかる命名法に従う場合に、その修飾はウィング中の修飾であり、ギャップヌクレオシドは非修飾デオキシヌクレオシド糖を含む。したがって、５−１０−５  ＭＯＥギャップマーは、５’−ウィング中の５つの連結されたＭＯＥ修飾ヌクレオシド、ギャップ中の１０の連結されたデオキシヌクレオシド、及び３’−ウィング中の５つの連結されたＭＯＥヌクレオシドからなる。
【０１４９】
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、５−１０−５  ＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、３−１０−３  ＢＮＡギャップマーである。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、３−１０−３  ｃＥｔギャップマーである。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、３−１０−３  ＬＮＡギャップマーである。
【０１５０】
２．ある特定の核酸塩基モチーフ
ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフにおいて、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿ってアレンジされた、修飾核酸塩基及び/または非修飾核酸塩基を含む。ある特定の実施形態において、各々の核酸塩基は修飾される。ある特定の実施形態において、核酸塩基のどれも修飾されない。ある特定の実施形態において、各々のプリンまたは各々のピリミジンは修飾される。ある特定の実施形態において、各々のアデニンは修飾される。ある特定の実施形態において、各々のグアニンは修飾される。ある特定の実施形態において、各々のチミンは修飾される。ある特定の実施形態において、各々のウラシルは修飾される。ある特定の実施形態において、各々のシトシンは修飾される。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基のうちのいくつかまたはすべては、５−メチルシトシンである。ある特定の実施形態において、シトシン核酸塩基のすべては５−メチルシトシンであり、修飾オリゴヌクレオチドの他の核酸塩基のすべては非修飾核酸塩基である。
【０１５１】
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。ある特定のかかる実施形態において、ブロックはオリゴヌクレオチドの３’−端部である。ある特定の実施形態において、ブロックはオリゴヌクレオチドの３’−端部の３つのヌクレオシド内にある。ある特定の実施形態において、ブロックはオリゴヌクレオチドの５’−端部である。ある特定の実施形態において、ブロックはオリゴヌクレオチドの５’−端部の３つのヌクレオシド内にある。
【０１５２】
ある特定の実施形態において、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。ある特定のかかる実施形態において、修飾核酸塩基を含む１つのヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央のギャップ中である。ある特定のかかる実施形態において、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’−デオキシリボシル部分である。ある特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２−チオピリミジン及び５−プロピンピリミジンから選択される。
【０１５３】
３．ある特定のヌクレオシド間リンケージモチーフ
ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフにおいて、オリゴヌクレオチドまたはその領域に沿ってアレンジされた、修飾ヌクレオシド間リンケージ及び／または非修飾ヌクレオシド間リンケージを含む。ある特定の実施形態において、各々のヌクレオシド間連結基は、ホスホジエステルヌクレオシド間リンケージ（Ｐ＝Ｏ）である。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各々のヌクレオシド間連結基は、ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージ（Ｐ＝Ｓ）である。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの各々のヌクレオシド間リンケージは、ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージ及びホスホジエステルヌクレオシド間リンケージから独立して選択される。ある特定の実施形態において、各々のホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージは、ステレオランダムなホスホロチオエート、（Ｓｐ）ホスホロチオエート、及び（Ｒｐ）ホスホロチオエートから独立して選択される。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間リンケージはすべて修飾される。ある特定のかかる実施形態において、ウィング中のヌクレオシド間リンケージのうちのいくつかまたはすべては、非修飾ホスフェートリンケージである。ある特定の実施形態において、末端のヌクレオシド間リンケージは修飾される。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフはギャップマーであり、ヌクレオシド間リンケージモチーフは、少なくとも１つのウィング中で少なくとも１つのホスホジエステルヌクレオシド間リンケージを含み、そこで、少なくとも１つのホスホジエステルリンケージは末端のヌクレオシド間リンケージではなく、残りのヌクレオシド間リンケージはホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージである。ある特定のかかる実施形態において、ホスホロチオエートリンケージのすべてはステレオランダムである。ある特定の実施形態において、ウィング中でホスホロチオエートリンケージのすべては（Ｓｐ）ホスホロチオエートであり、ギャップは少なくとも１つのＳｐ、Ｓｐ、Ｒｐモチーフを含む。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの集団は、かかるヌクレオシド間リンケージモチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドについてエンリッチされる。
【０１５４】
Ｃ．ある特定の長さ
活性を消失させることなしに、オリゴヌクレオチドの長さを増加または減少させることは可能である。例えば、Ｗｏｏｌｆ  ｅｔ  ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７３０５−７３０９，１９９２）中で、長さで１３〜２５の核酸塩基のオリゴヌクレオチドのシリーズは、卵母細胞注射モデルにおいて標的ＲＮＡの切断を誘導する能力について試験された。オリゴヌクレオチドの端部近くの８または１１のミスマッチ塩基を備えた長さで２５の核酸塩基のオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含有しないオリゴヌクレオチドよりも低い程度とはいえ、標的ｍＲＮＡの特異的な切断を指令することができた。同様に、標的特異的切断は、１３の核酸塩基オリゴヌクレオチド（１または３のミスマッチを備えたものを含む）を使用して達成された。
【０１５５】
ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド（修飾オリゴヌクレオチドを含む）は、多様な範囲の任意の長さを有することができる。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドはＸ〜Ｙの連結されたヌクレオシドからなり、そこで、Ｘは範囲中で最も少ないヌクレオシドの数を表わし、Ｙは範囲中で最大のヌクレオシド数を表わす。ある特定のかかる実施形態において、Ｘ及びＹは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０から各々独立して選択され；但し、Ｘ≦Ｙである。例えば、ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１２〜１３、１２〜１４、１２〜１５、１２〜１６、１２〜１７、１２〜１８、１２〜１９、１２〜２０、１２〜２１、１２〜２２、１２〜２３、１２〜２４、１２〜２５、１２〜２６、１２〜２７、１２〜２８、１２〜２９、１２〜３０、１３〜１４、１３〜１５、１３〜１６、１３〜１７、１３〜１８、１３〜１９、１３〜２０、１３〜２１、１３〜２２、１３〜２３、１３〜２４、１３〜２５、１３〜２６、１３〜２７、１３〜２８、１３〜２９、１３〜３０、１４〜１５、１４〜１６、１４〜１７、１４〜１８、１４〜１９、１４〜２０、１４〜２１、１４〜２２、１４〜２３、１４〜２４、１４〜２５、１４〜２６、１４〜２７、１４〜２８、１４〜２９、１４〜３０、１５〜１６、１５〜１７、１５〜１８、１５〜１９、１５〜２０、１５〜２１、１５〜２２、１５〜２３、１５〜２４、１５〜２５、１５〜２６、１５〜２７、１５〜２８、１５〜２９、１５〜３０、１６〜１７、１６〜１８、１６〜１９、１６〜２０、１６〜２１、１６〜２２、１６〜２３、１６〜２４、１６〜２５、１６〜２６、１６〜２７、１６〜２８、１６〜２９、１６〜３０、１７〜１８、１７〜１９、１７〜２０、１７〜２１、１７〜２２、１７〜２３、１７〜２４、１７〜２５、１７〜２６、１７〜２７、１７〜２８、１７〜２９、１７〜３０、１８〜１９、１８〜２０、１８〜２１、１８〜２２、１８〜２３、１８〜２４、１８〜２５、１８〜２６、１８〜２７、１８〜２８、１８〜２９、１８〜３０、１９〜２０、１９〜２１、１９〜２２、１９〜２３、１９〜２４、１９〜２５、１９〜２６、１９〜２９、１９〜２８、１９〜２９、１９〜３０、２０〜２１、２０〜２２、２０〜２３、２０〜２４、２０〜２５、２０〜２６、２０〜２７、２０〜２８、２０〜２９、２０〜３０、２１〜２２、２１〜２３、２１〜２４、２１〜２５、２１〜２６、２１〜２７、２１〜２８、２１〜２９、２１〜３０、２２〜２３、２２〜２４、２２〜２５、２２〜２６、２２〜２７、２２〜２８、２２〜２９、２２〜３０、２３〜２４、２３〜２５、２３〜２６、２３〜２７、２３〜２８、２３〜２９、２３〜３０、２４〜２５、２４〜２６、２４〜２７、２４〜２８、２４〜２９、２４〜３０、２５〜２６、２５〜２７、２５〜２８、２５〜２９、２５〜３０、２６〜２７、２６〜２８、２６〜２９、２６〜３０、２７〜２８、２７〜２９、２７〜３０、２８〜２９、２８〜３０、または２９〜３０の連結されたヌクレオシドからなる。
【０１５６】
Ｄ．ある特定の修飾オリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態において、上述の修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間リンケージ）は、修飾オリゴヌクレオチドの中へ取り込まれる。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、それらの修飾モチーフ及び全体の長さによって特徴づけられる。ある特定の実施形態において、かかるパラメーターは、各々互いに独立的である。したがって、特別の指示のない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドの各々のヌクレオシド間リンケージは、修飾もしくは非修飾であってもよいか、または糖修飾のギャップマー修飾パターンに従うかもしくは従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウィング領域内のヌクレオシド間リンケージは、互いに同じまたは異なってもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間リンケージと同じまたは異なってもよい。同様に、かかる糖ギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンとは独立した１つまたは複数の修飾核酸塩基を含み得る。特別の指示のない限り、すべての修飾は核酸塩基配列から独立している。
【０１５７】
Ｅ．修飾オリゴヌクレオチドのある特定の集団
集団の修飾オリゴヌクレオチドがすべて同じ分子式を有する修飾オリゴヌクレオチドの集団は、ステレオランダムな集団またはキラルにエンリッチされた集団であり得る。修飾オリゴヌクレオチドのすべてのキラル中心のすべては、ステレオランダムな集団中でステレオランダムである。キラルにエンリッチされた集団中で、少なくとも１つの特定のキラル中心は、この集団の修飾オリゴヌクレオチド中でステレオランダムではない。ある特定の実施形態において、キラルにエンリッチされた集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β−Ｄリボシル糖部分についてエンリッチされ、ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージのすべてはステレオランダムである。ある特定の実施形態において、キラルにエンリッチされた集団の修飾オリゴヌクレオチドは、β−Ｄリボシル糖部分及び特定のステレオ化学的立体配置における少なくとも１つの特定ホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージの両方についてエンリッチされる。
【０１５８】
Ｆ．核酸塩基配列
ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド（非修飾または修飾のオリゴヌクレオチド）は、それらの核酸塩基配列によってさらに記載される。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、第２のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸（標的核酸等）に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定のかかる実施形態において、オリゴヌクレオチドの領域は、第２のオリゴヌクレオチドまたは同定された参照核酸（標的核酸等）に相補的な核酸塩基配列を有する。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの領域または全体の長さの核酸塩基配列は、第２のオリゴヌクレオチドまたは核酸（標的核酸等）へ少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である。
【０１５９】
ＩＩ．ある特定のオリゴマー化合物
ある特定の実施形態において、本発明は、オリゴヌクレオチド（修飾または非修飾）ならびに随意に１つまたは複数のコンジュゲート基及び／または末端基からなる、オリゴマー化合物を提供する。コンジュゲート基は、１つまたは複数のコンジュゲート部分、及びオリゴヌクレオチドへコンジュゲート部分を連結するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれかの端部または両端部へ、及び／または任意の内部の位置で付加され得る。ある特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’−位へ付加される。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれかの端部または両端部へ付加されるコンジュゲート基は、末端基である。ある特定のかかる実施形態において、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’−端部及び／または５’−端部で付加される。ある特定のかかる実施形態において、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’−端部で付加される。ある特定の実施形態において、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの３’−端部の近くに付加される。ある特定の実施形態において、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’−端部で付加される。ある特定の実施形態において、コンジュゲート基はオリゴヌクレオチドの５’−端部の近くに付加される。
【０１６０】
末端基の例としては、コンジュゲート基、キャッピング基、ホスフェート部分、保護基、修飾または非修飾のヌクレオシド、及び独立して修飾または非修飾の２つ以上のヌクレオシドが挙げられるがこれらに限定されない。
【０１６１】
Ａ．ある特定のコンジュゲート基
ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のコンジュゲート基へ共有結合で付加される。ある特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付加されるオリゴヌクレオチドの１つまたは複数の特性（薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞の取込み、荷電、及びクリアランスが挙げられるがこれらに限定されない）を修飾する。ある特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付加されるオリゴヌクレオチド上に新しい特性を与える（例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能にするフルオロフォアまたはレポーター基）。ある特定のコンジュゲート基及びコンジュゲート部分は、以前に記載されており、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えばヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えばド−デカノ−ジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８；Ｋａｂａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えばジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールまたはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４；Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  ＆  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３−９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；及びＮｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４−７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスター（例えばＷＯ２０１４／１７９６２０）である��
【０１６２】
１．コンジュゲート部分
コンジュゲート部分としては、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、フォレート、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、及び色素が挙げられるこれらに限定されない。
【０１６３】
ある特定の実施形態において、コンジュゲート部分は、活性薬物物質（例えばアスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェン−ブフェン（ｆｅｎ−ｂｕｆｅｎ）、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロサイアザイド、ジアゼピン、インド−メチシン（ｉｎｄｏ−ｍｅｔｈｉｃｉｎ）、バルビツレート、セファロスポリン、サルファ薬、抗糖尿病物質、抗菌物質、または抗生物質）を含む。
【０１６４】
２．コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドへ付加される。ある特定のオリゴマー化合物において、コンジュゲートリンカーは、単一化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分が、単結合を介してオリゴヌクレオチドへ直接付加される）。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、鎖構造（ヒドロカルビル鎖等）、または反復単位のオリゴマー（エチレングリコール、ヌクレオシドまたはアミノ酸単位等）を含む。
【０１６５】
ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、及びヒドロキシルアミノから選択される１つまたは複数の基を含む。ある特定のかかる実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル基、アミノ基、オキソ基、アミド基、及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びアミド基から選択される基を含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル基及びエーテル基から選択される基を含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは少なくとも１つのリン部分を含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは少なくとも１つのホスフェート基を含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは少なくとも１つの中性連結基を含む。
【０１６６】
ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカー（上で記載されるコンジュゲートリンカーが含まれる）は、二官能性連結部分（例えば親化合物（本明細書において提供されるオリゴヌクレオチド等）へのコンジュゲート基の付加のために有用である当技術分野において公知のもの）である。一般に、二官能性連結部分は少なくとも２つの官能基を含む。官能基の１つは親化合物上の特定の部位へ結合するように選択され、他のものはコンジュゲート基へ結合されるように選択される。二官能性連結部分中で使用される官能基の例としては、求核基と反応するための求電子物質及び求電子基と反応するための求核物質が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、二官能性連結部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、及びアルキニルから選択される１つまたは複数の基を含む。
【０１６７】
コンジュゲートリンカーの例としては、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、及び６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。他のコンジュゲートリンカーとしては、置換もしくは非置換のＣ１−Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換のＣ２−Ｃ１０アルケニル、または置換もしくは非置換のＣ２−Ｃ１０アルキニルが挙げられるがこれらに限定されず、そこで、好ましい置換基の非限定的リストとしては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル、及びアルキニルが挙げられる。
【０１６８】
ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは１〜１０のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは２〜５のリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは正確に３つのリンカー−ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーはＴＣＡモチーフを含む。ある特定の実施形態において、かかるリンカー−ヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。ある特定の実施形態において、かかるリンカー−ヌクレオシドは修飾糖部分を含む。ある特定の実施形態において、リンカー−ヌクレオシドは非修飾である。ある特定の実施形態において、リンカー−ヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジン、または置換ピリミジンから選択される、随意に保護されたヘテロ環塩基を含む。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニン、及び２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択される、ヌクレオシドである。典型的には、オリゴマー化合物が標的組織に達した後に、リンカー−ヌクレオシドはオリゴマー化合物から切断されることが所望される。したがって、リンカー−ヌクレオシドは典型的には、切断可能な結合を介して互いに及び残りのオリゴマー化合物へ連結される。ある特定の実施形態において、かかる切断可能な結合はホスホジエステル結合である。
【０１６９】
本明細書において、リンカー−ヌクレオシドはオリゴヌクレオチドの一部であると判断されない。したがって、オリゴマー化合物が、規定の数もしくは範囲の連結されたヌクレオシド及び／または参照核酸への規定のパーセント相補性からなるオリゴヌクレオチドを含み、オリゴマー化合物が、リンカー−ヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含む、実施形態において、それらのリンカー−ヌクレオシドはオリゴヌクレオチドの長さに加算されず、参照核酸についてのオリゴヌクレオチドのパーセント相補性の決定において使用されない。例えば、オリゴマー化合物は、（１）８〜３０のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチド、及び（２）修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドとコンティグである１〜１０のリンカー−ヌクレオシドを含むコンジュゲート基、を含んでもよい。かかるオリゴマー化合物中のコンティグな連結されたヌクレオシドの総数は３０よりも多い。あるいは、オリゴマー化合物は、８〜３０のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、コンジュゲート基はなくてもよい。かかるオリゴマー化合物中のコンティグな連結されたヌクレオシドの総数は、多くとも３０である。特別の指示のない限り、コンジュゲートリンカーは多くとも１０のリンカー−ヌクレオシドしか含まない。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは多くとも５のリンカー−ヌクレオシドしか含まない。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは多くとも３のリンカー−ヌクレオシドしか含まない。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは多くとも２のリンカー−ヌクレオシドしか含まない。ある特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは多くとも１のリンカー−ヌクレオシドしか含まない。
【０１７０】
ある特定の実施形態において、コンジュゲート基がオリゴヌクレオチドから切断されることが所望される。例えば、ある特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含むオリゴマー化合物は、特定の細胞タイプによってより良好に取り込まれるが、一旦オリゴマー化合物が取り込まれたならば、コンジュゲート基が切断されて、コンジュゲートされないオリゴヌクレオチドまたは親オリゴヌクレオチドを放出することが所望される。したがって、ある特定のコンジュゲートリンカーは、１つまたは複数の切断可能な部分を含み得る。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は切断可能な結合である。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、少なくとも１つの切断可能な結合を含む原子団である。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、１、２、３、４、または４以上の切断可能な結合を有する原子団を含む。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、細胞の内部または細胞内コンパートメント（リソソーム等）で選択的に切断される。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、内在性酵素（ヌクレアーゼ等）によって選択的に切断される。
【０１７１】
ある特定の実施形態において、切断可能な結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルのエステルのうちの１つもしくは両方、ホスフェートエステル、カルバメート、またはジスルフィドの中で選択される。ある特定の実施形態において、切断可能な結合はホスホジエステルのエステルのうちの１つまたは両方である。ある特定の実施形態において、切断可能な部分はホスフェートまたはホスホジエステルを含む。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分またはコンジュゲート基との間のホスフェートリンケージである。
【０１７２】
ある特定の実施形態において、切断可能な部分は１つまたは複数のリンカー−ヌクレオシドを含むかまたはそれらからなる。ある特定のかかる実施形態において、１つまたは複数のリンカー−ヌクレオシドは、切断可能な結合を介して互いに及び／または残りのオリゴマー化合物へ連結される。ある特定の実施形態において、かかる切断可能な結合は非修飾ホスホジエステル結合である。ある特定の実施形態において、切断可能な部分は、ホスフェートヌクレオシド間リンケージによってオリゴヌクレオチドの３’−末端または５’−末端のヌクレオシドのいずれかへ付加され、ホスフェートまたはホスホロチオエートのリンケージによって残りのコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分へ共有結合で付加される、２’−デオキシヌクレオシドである。ある特定のかかる実施形態において、切断可能な部分は２’−デオキシアデノシンである。
【０１７３】
Ｂ．ある特定の末端基
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は１つまたは複数の末端基を含む。ある特定のかかる実施形態において、オリゴマー化合物は安定化５’−ホフェート（ｐｈｏｐｈａｔｅ）を含む。安定化５’ホスフェートとしては、５’−ホスファネート（５’−ビニルホスホネートが挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、末端基は、１つまたは複数の脱塩基ヌクレオシド及び／または反転（ｉｎｖｅｒｔｅｄ）ヌクレオシドを含む。ある特定の実施形態において、末端基は、１つまたは複数の２’−連結ヌクレオシドを含む。ある特定のかかる実施形態において、２’−連結ヌクレオシドは脱塩基ヌクレオシドである。
【０１７４】
ＩＩＩ．オリゴマー二重らせん
ある特定の実施形態において、本明細書において記載されるオリゴマー化合物は、標的核酸のものに相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は第２のオリゴマー化合物と対合して、オリゴマー二重らせんを形成する。かかるオリゴマー二重らせんは、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物、及び第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態において、オリゴマー二重らせんの第１のオリゴマー化合物は、（１）修飾または非修飾のオリゴヌクレオチド及び随意にコンジュゲート基ならびに（２）第２の修飾または非修飾のオリゴヌクレオチド及び随意にコンジュゲート基を含むかまたはそれらからなる。オリゴマー二重らせんのいずれかまたは両方のオリゴマー化合物は、コンジュゲート基を含み得る。オリゴマー二重らせんの各々のオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは非相補的なオーバーハングするヌクレオシドを含み得る。
【０１７５】
ＩＶ．アンチセンス活性
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物及びオリゴマー二重らせんは標的核酸へハイブリダイズすることができ、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらす。かかるオリゴマー化合物及びオリゴマー二重らせんはアンチセンス化合物である。ある特定の実施形態において、標的核酸の量または活性を標準的な細胞アッセイにおいて２５％以上低減または阻害する場合に、アンチセンス化合物はアンチセンス活性を有する。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物は１つまたは複数の標的核酸に選択的に影響する。かかるアンチセンス化合物は、１つまたは複数の標的核酸へハイブリダイズし、１つまたは複数の所望のアンチセンス活性をもたらし、そして１つまたは複数の非標的核酸へハイブリダイズしないか、または有意な所望されないアンチセンス活性をもたらすようなやり方で１つまたは複数の非標的核酸へハイブリダイズしない、核酸塩基配列を含む。
【０１７６】
ある特定のアンチセンス活性において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物は、標的核酸のＲＮａｓｅ  Ｈ媒介性の切断をもたらす。ＲＮａｓｅ  Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重らせんのＲＮＡ鎖を切断する細胞性エンドヌクレアーゼである。かかるＲＮＡ：ＤＮＡ二重らせん中のＤＮＡは非修飾ＤＮＡである必要がない。ある特定の実施形態において、ＲＮａｓｅ  Ｈ活性を誘発するのに十分に「ＤＮＡ様である」アンチセンス化合物が、本明細書において記載される。ある特定の実施形態において、ギャップマーのギャップ中の１つまたは複数の非ＤＮＡ様ヌクレオシドが忍容される。
【０１７７】
ある特定のアンチセンス活性において、アンチセンス化合物、またはアンチセンス化合物の部分は、ＲＮＡ誘導性サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）へとロードされ、最終的に標的核酸の切断をもたらす。例えば、ある特定のアンチセンス化合物はアルゴノートによる標的核酸の切断をもたらす。ＲＩＳＣへとロードされるアンチセンス化合物はＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
【０１７８】
ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、その標的核酸を切断するタンパク質の動員をもたらさない。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの改変をもたらす。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。ある特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の改変をもたらす。
【０１７９】
アンチセンス活性は、直接または間接的に観察され得る。ある特定の実施形態において、アンチセンス活性の観察または検出は、かかる標的核酸によってコードされる標的核酸もしくはタンパク質の量における変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比における変化、及び／または細胞もしくは動物における表現型の変化の観察または検出を包含する。
【０１８０】
Ｖ．ある特定の標的核酸
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。ある特定の実施形態において、標的核酸は内在性ＲＮＡ分子である。ある特定の実施形態において、標的核酸はタンパク質をコードする。ある特定のかかる実施形態において、標的核酸は、成熟ｍＲＮＡ及びプレｍＲＮＡ（イントロン領域、エクソン領域及び非翻訳領域が挙げられる）から選択される。ある特定の実施形態において、標的ＲＮＡは成熟ｍＲＮＡである。ある特定の実施形態において、標的核酸はプレｍＲＮＡである。ある特定のかかる実施形態において、標的領域は完全にイントロン内にある。ある特定の実施形態において、標的領域は、イントロン／エクソンジャンクションにわたる。ある特定の実施形態において、標的領域はイントロン内に少なくとも５０％ある。ある特定の実施形態において、標的核酸はレトロ遺伝子のＲＮＡ転写産物である。ある特定の実施形態において、標的核酸は非コーディングＲＮＡである。ある特定のかかる実施形態において、標的非コーディングＲＮＡは、長い非コーディングＲＮＡ、短い非コーディングＲＮＡ、イントロン性ＲＮＡ分子から選択される。
【０１８１】
Ａ．標的核酸への相補性／ミスマッチ
活性を消失させることなしにミスマッチ塩基を導入することは可能である。例えば、Ｇａｕｔｓｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ  ２００１は、ｂｃｌ−２  ｍＲＮＡに１００％の相補性を有し、ｂｃｌ−ｘＬ  ｍＲＮＡに３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドに、ｂｃｌ−２及びｂｃｌ−ｘＬの発現をインビトロ及びインビボの両方で低減する能力があることを実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドはインビボで強力な抗腫瘍活性を実証した。Ｍａｈｅｒ  ａｎｄ  Ｄｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１−３３５８，１９８８）は、ウサギ網状赤血球アッセイにおけるヒトＤＨＦＲの翻訳を停止する能力について、１シリーズのタンデムな１４の核酸塩基オリゴヌクレオチド、ならびにタンデムなオリゴヌクレオチドの２または３の配列からそれぞれ構成される２８及び４２の核酸塩基オリゴヌクレオチドを試験した。３つの１４の核酸塩基オリゴヌクレオチド単独の各々は、２８または４２の核酸塩基オリゴヌクレオチドよりも緩やかなレベルとはいえ、翻訳を阻害することができた。
【０１８２】
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドの全体の長さにわたって標的核酸に相補的なオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に９９％、９５％、９０％、８５％または８０％相補的である。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全体の長さにわたって標的核酸に少なくとも８０％相補的であり、標的核酸に１００％または完全に相補的な領域を含む。ある特定の実施形態において、完全な相補性の領域は、長さで６〜２０、１０〜１８、または１８〜２０の核酸塩基である。
【０１８３】
ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、標的核酸に比べて１つまたは複数のミスマッチ核酸塩基を含む。ある特定の実施形態において、標的に対するアンチセンス活性はかかるミスマッチによって低減されるが、非標的に対する活性はより高い量によって低減される。したがって、特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物の選択性が改善される。ある特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。ある特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の５’−端部から位置１、２、３、４、５、６、７または８である。ある特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の３’−端部から位置９、８、７、６、５、４、３、２、１である。ある特定の実施形態において、ミスマッチは、ウィング領域の５’−端部から位置１、２、３または４である。ある特定の実施形態において、ミスマッチは、ウィング領域の３’−端部から位置４、３、２または１である。
【０１８４】
Ｂ．ＡＴＸＮ３
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、そこで標的核酸はＡＴＸＮ３である。ある特定の実施形態において、ＡＴＸＮ３核酸は、配列番号：１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００４９９３．５）；配列番号：２（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０２６４３７．１２の短縮されたヌクレオチド７３，５２４，０００〜７３，５７４，０００）；配列番号：３（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１６４７７８．１）；配列番号：４（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１２７６９６．１）；配列番号：５（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１６４７８１．１）；配列番号：６（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４５４．１）；配列番号：７（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１６４７８０．１）；配列番号：８（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４６９．１）；配列番号：９（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１６４７７９．１）；配列番号：１０（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４６１．１）；配列番号：１１（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４６６．１）；配列番号：１２（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４６２．１）；配列番号：１３（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４６７．１）；配列番号：１４（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０３１７６５．１）；配列番号：１５（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１６４７８２．１）：配列番号：１６（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４６５．１）；配列番号：１７（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＲ＿０２８４５７．１）；配列番号：１８（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１６４７７７．１）；及び配列番号：１９（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号：ＮＭ＿００１１６４７７４．１）中の配列を示す。
【０１８５】
ある特定の実施形態において、細胞を配列番号：１〜１９に相補的なオリゴマー化合物と接触させることは、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの量を低減し、ある特定の実施形態において、アタキシン−３タンパク質の量を低減する。ある特定の実施形態において、動物中の細胞を配列番号：１〜１９に相補的なオリゴマー化合物と接触させることは、神経変性疾患の１つまたは複数の症状または特質を寛解する。ある特定の実施形態において、かかる症状及び特質としては、運動失調症、ニューロパシー、及び凝集体形成が挙げられる。ある特定の実施形態において、神経変性疾患は脊髄小脳失調症３型（ＳＣＡ３）である。
【０１８６】
ＶＩ．ある特定のホットスポット領域
１．配列番号：１の核酸塩基６１４〜６３７
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号：１の核酸塩基６１４〜６３７に相補的である。ある特定の実施形態において、配列番号：１の核酸塩基６１４〜６３７はホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、かかる修飾オリゴヌクレオチドは長さで１８の核酸塩基である。ある特定の実施形態において、かかる修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。ある特定のかかる実施形態において、ギャップマーは５−８−５のＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、混合されたホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）のヌクレオシド間リンケージによって連結される。ある特定の実施形態において、混合されたホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）のヌクレオシド間リンケージは、５’から３’の順序でｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓとアレンジされる。
【０１８７】
配列番号：７３、７４及び７５の核酸塩基配列は、配列番号：１の核酸塩基６１４〜６３７に相補的である。
【０１８８】
ある特定の実施形態において、配列番号：１の核酸塩基６１４〜６３７に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの少なくとも４０％の低減を達成する。
【０１８９】
２．配列番号：１の核酸塩基８３３〜８５２
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号：１の核酸塩基８３３〜８５２に相補的である。ある特定の実施形態において、配列番号：１の核酸塩基８３３〜８５２はホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、かかる修飾オリゴヌクレオチドは長さで１８の核酸塩基である。ある特定の実施形態において、かかる修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。ある特定のかかる実施形態において、ギャップマーは５−８−５のＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、混合されたホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）のヌクレオシド間リンケージによって連結される。ある特定の実施形態において、混合されたホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）のヌクレオシド間リンケージは、５’から３’の順序でｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓとアレンジされる。
【０１９０】
配列番号：８６及び８７の核酸塩基配列は、配列番号：１の核酸塩基８３３〜８５２に相補的である。
【０１９１】
ある特定の実施形態において、配列番号：１の核酸塩基８３３〜８５２に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの少なくとも３０％の低減を達成する。
【０１９２】
３．配列番号：１の核酸塩基１０９１〜１１３１
ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは配列番号：１の核酸塩基１０９１〜１１３１に相補的である。ある特定の実施形態において、配列番号：１の核酸塩基１０９１〜１１３１はホットスポット領域である。ある特定の実施形態において、かかる修飾オリゴヌクレオチドは長さで１８の核酸塩基である。ある特定の実施形態において、かかる修飾オリゴヌクレオチドはギャップマーである。ある特定のかかる実施形態において、ギャップマーは５−８−５のＭＯＥギャップマーである。ある特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、混合されたホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）のヌクレオシド間リンケージによって連結される。ある特定の実施形態において、混合されたホスホジエステル（「ｏ」）及びホスホロチオエート（「ｓ」）のヌクレオシド間リンケージは、５’から３’の順序でｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓとアレンジされる。
【０１９３】
配列番号：９８、９９、１００、１０１及び１０２の核酸塩基配列は、配列番号：１の核酸塩基１０９１〜１１３１に相補的である。
【０１９４】
ある特定の実施形態において、配列番号：１の核酸塩基１０９１〜１１３１に相補的な修飾オリゴヌクレオチドは、標準的な細胞アッセイにおいてインビトロでＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの少なくとも３０％の低減を達成する。
【０１９５】
Ｃ．ある特定の組織中のある特定の標的核酸
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかそれからなり、そこで標的核酸は薬理学的に意義のある組織中で発現される。
【０１９６】
ＶＩＩ．ある特定の医薬組成物
ある特定の実施形態において、１つまたは複数のオリゴマー化合物またはその塩を含む医薬組成物が、本明細書において記載される。ある特定の実施形態において、医薬組成物は薬学的に許容される希釈物質または担体を含む。ある特定の実施形態において、医薬組成物は滅菌食塩溶液及び１つまたは複数のオリゴマー化合物を含む。ある特定の実施形態において、医薬組成物は、滅菌食塩溶液及び１つまたは複数のオリゴマー化合物からなる。ある特定の実施形態において、滅菌食塩水は医薬グレードの食塩水である。ある特定の実施形態において、医薬組成物は１つまたは複数のオリゴマー化合物及び滅菌水を含む。ある特定の実施形態において、医薬組成物は１つのオリゴマー化合物及び滅菌水からなる。ある特定の実施形態において、滅菌水は医薬グレードの水である。ある特定の実施形態において、医薬組成物は、１つまたは複数のオリゴマー化合物及びリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含む。ある特定の実施形態において、医薬組成物は、１つまたは複数のオリゴマー化合物及び滅菌ＰＢＳからなる。ある特定の実施形態において、滅菌ＰＢＳは医薬グレードのＰＢＳである。
【０１９７】
ある特定の実施形態において、医薬組成物は、１つまたは複数のオリゴマー化合物及び１つまたは複数の賦形剤を含む。ある特定の実施形態において、賦形剤は、水、塩溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミラーゼ、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性のあるパラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンから選択される。
【０１９８】
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、医薬組成物または製剤の調製のための薬学的に許容される活性物質及び／または不活性物質と混合され得る。医薬組成物の製剤のための組成物及び方法は多くの基準に依存し、投与経路、疾患の程度、または投与される用量が挙げられるがこれらに限定されない。
【０１９９】
ある特定の実施形態において、オリゴマー化合物を含む医薬組成物は、オリゴマー化合物の任意の薬学的に許容される塩、オリゴマー化合物のエステル、またはかかるエステルの塩を包含する。ある特定の実施形態において、１つまたは複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を含む医薬組成物は、動物（ヒトが挙げられる）への投与に際して、生物学的に活性のある代謝物質またはその残渣を提供することが可能である（直接または間接的に）。したがって、例えば、本開示は、オリゴマー化合物、プロドラッグ、かかるプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的同等物の薬学的に許容される塩に対しても描写される。好適な薬学的に許容される塩としては、ナトリウム塩及びカリウム塩が挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、プロドラッグは、オリゴヌクレオチドに付加された１つまたは複数のコンジュゲート基を含み、そこで、コンジュゲート基は身体内の内在性ヌクレアーゼによって切断される。
【０２００】
脂質部分は多様な方法で核酸療法において使用されている。ある特定のかかる方法において、核酸（オリゴマー化合物等）は、カチオン性脂質及び中性脂質の混合物から作製される前形成したリポソームまたはリポプレックスの中へ導入される。特定の方法において、モノカチオン性脂質またはポリカチオン性脂質とのＤＮＡ複合体は中性脂質の存在無しに形成される。ある特定の実施形態において、脂質部分は、特定の細胞または組織への医薬用薬剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態において、脂質部分は、脂肪組織への医薬用薬剤の分布を増加させるように選択される。ある特定の実施形態において、脂質部分は、筋肉組織に医薬用薬剤の分布を増加させるように選択される。
【０２０１】
ある特定の実施形態において、医薬組成物は送達系を含む。送達系の例としては、リポソーム及びエマルションが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の送達系は、ある特定の医薬組成物（疎水性化合物を含むものが挙げられる）の調製のために有用である。ある特定の実施形態において、ある特定の有機溶媒（ジメチルスルホキシド等）が使用される。
【０２０２】
ある特定の実施形態において、医薬組成物は、特異的な組織または細胞のタイプへ本発明の１つまたは複数の医薬用薬剤を送達するようにデザインされた、１つまたは複数の組織特異的送達分子を含む。例えば、ある特定の実施形態において、医薬組成物は、組織特異的抗体によりコーティングされたリポソームを含む。
【０２０３】
ある特定の実施形態において、医薬組成物は、共溶媒系を含む。かかる共溶媒系のある特定のものは、例えばベンジルアルコール、非極性界面活性物質、水混和性の有機ポリマー、及び水性相を含む。ある特定の実施形態において、かかる共溶媒系は、疎水性化合物のために使用される。かかる共溶媒系の非限定例は、ＶＰＤ共溶媒系であり、それは、３％ｗ／ｖのベンジルアルコール、８％ｗ／ｖの非極性界面活性物質Ｐｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ  ８０（商標）、及び６５％ｗ／ｖのポリエチレングリコール３００を含む無水アルコールの溶液である。かかる共溶媒系の割合は、それらの可溶性及び毒性の特徴を有意に変更せずに、大幅に変動され得る。さらに、共溶媒構成要素の同一性は変動され得る。例えば、他の界面活性物質はＰｏｌｙｓｏｒｂａｔｅ  ８０（商標）の代わりに使用されてもよく；ポリエチレングリコールの画分サイズは変動されてもよく；他の生体適合性ポリマーはポリエチレングリコール（例えばポリビニルピロリドン）を置き換えてもよく；他の糖または多糖はデキストロースを置換してもよい。
【０２０４】
ある特定の実施形態において、医薬組成物は経口投与のために調製される。ある特定の実施形態において、医薬組成物は頬腔投与のために調製される。ある特定の実施形態において、医薬組成物は、注射による投与（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、髄腔内、大脳室内など）のために調製される。かかる実施形態の特定のものにおいて、医薬組成物は担体を含み、水溶液（水、またはハンクス溶液、リンガー溶液もしくは生理的塩類バッファー等の生理学的に適合性のあるバッファー等）中で製剤化される。ある特定の実施形態において、他の成分が含まれる（例えば可溶性を支援するかまたは防腐物質として供される成分）。ある特定の実施形態において、注射可能な懸濁物は、適切な液体担体、懸濁化剤、及び同種のものを使用して調製される。注射のためのある特定の医薬組成物は、例えばアンプルまたは複数回用量容器中の単位投薬形態において提示される。注射のためのある特定の医薬組成物は、油性または水性のベヒクル中の懸濁物、溶液またはエマルションであり、製剤化剤（懸濁化剤、安定化剤及び／または分散剤等）を含有し得る。注射のための医薬組成物における使用のために好適なある特定の溶媒としては、親油性溶媒及び脂肪油（ゴマ油等）合成脂肪酸エステル（オレイン酸エチルまたはトリグリセリド等）、ならびにリポソームが挙げられるがこれらに限定されない。水性注射懸濁物は含有され得る。
【０２０５】
非限定的開示及び参照による援用
本明細書においてリストされる文献及び特許出版物の各々は、その全体が参照することによって援用される。本明細書において記載されるある特定の化合物、組成物及び方法が、ある特定の実施形態に従って具体的に記載されるが、以下の実施例は、本明細書において記載される化合物を例証することにのみ供され、それを限定することは意図されない。本出願において列挙される参照文献、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号、及び同種のものの各々は、その全体が参照することによって本明細書に援用される。
【０２０６】
本出願に付随する配列リストは、各々の配列を、実際には必要に応じて「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかとして同定するが、それらの配列は化学的修飾の任意の組み合わせにより修飾され得る。当業者は、ある特定の事例において、修飾オリゴヌクレオチドを記載する「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」という名称が任意であることを容易に認識するだろう。例えば、２’−ＯＨ糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖（ＤＮＡの１つの２’−Ｈの代わりに２’−ＯＨ）を有するＤＮＡとして、または修飾塩基（ＲＮＡのウラシルの代わりにチミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡとして記載され得る。したがって、本明細書において提供される核酸配列（配列リスト中のものが挙げられるがこれらに限定されない）は、天然または修飾のＲＮＡ及び／またはＤＮＡの任意の組み合わせを含有する核酸（修飾核酸塩基を有するかかる核酸が挙げられるがこれらに限定されない）を包含することが意図される。さらなる例として、そして限定されずに、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴマー化合物は、かかる核酸塩基配列（修飾または非修飾に関わらず）を有する任意のオリゴマー化合物を包含し、ＲＮＡ塩基を含むかかる化合物（配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの等）、ならびにいくつかのＤＮＡ塩基及びいくつかのＲＮＡ塩基を有するもの（「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」等）、ならびに他の修飾核酸塩基を有するオリゴマー化合物（「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」等、式中、ｍＣは５−位でメチル基を含むシトシン塩基を示す）が挙げられるがこれらに限定されない。
【０２０７】
ある特定の本明細書において記載される化合物（例えば修飾オリゴヌクレオチド）は、１つまたは複数の不斉中心を有し、したがって（Ｒ）もしくは（Ｓ）として、αもしくはβ（糖アノマーについて等）として、または（Ｄ）もしくは（Ｌ）（アミノ酸について等）としてなどで、絶対ステレオ化学の面から定義され得る、鏡像異性体、ジアステレオ異性体、及び他の立体異性の立体配置を生じさせる。ある特定の立体異性の立体配置を有するとして描写されるかまたは記載される、本明細書において提供される化合物は、指示された化合物のみを含む。不確定のステレオ化学により描写されるかまたは記載される、本明細書において提供される化合物は、すべてのかかる可能な異性体（それらのステレオランダムな形態及び光学的に純粋な形態が挙げられる）を、特別の定めのない限り含む。同様に、化合物のすべての互変異性形態も、本明細書において特別の指示のない限り包含される。特別の指示のない限り、本明細書において記載される化合物は、対応する塩形態を含むことが意図される。
【０２０８】
本明細書において記載される化合物は、指示された要素の非放射性同位体または放射性同位体により１つまたは複数の原子が置き換えられるバリエーションを包含する。例えば、水素原子を含む本明細書における化合物は、１Ｈ水素原子の各々についてすべての可能な重水素置換を包含する。本明細書における化合物によって包含される同位体置換としては、１Ｈの代わりに２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏまたは１８Ｏ、及び３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓまたは３６Ｓが挙げられるがこれらに限定されない。ある特定の実施形態において、非放射性同位体置換は、治療物質または研究のツールとしての使用のために有益なオリゴマー化合物の新しい特性を与え得る。ある特定の実施形態において、放射性同位体置換は、化合物を研究または診断目的（画像化等）のために好適にし得る。
【実施例】
【０２０９】
以下の実施例は、本開示のある特定の実施形態を例証し限定するものではない。さらに、具体的な実施形態が提供される場合に、本発明者は、それらの具体的な実施形態の一般的な適用を企図した。例えば、特定のモチーフを有するオリゴヌクレオチドの開示は、同じまたは類似するモチーフを有する追加のオリゴヌクレオチドのための妥当な裏付けを提供する。そして例えば、特定の高親和性修飾が特定の位置で現われる場合に、同じ位置で他の高親和性修飾は、特別の指示のない限り好適であると判断される。
【０２１０】
実施例１：ヒトＡＴＸＮ３に対する修飾オリゴヌクレオチドの単一の用量でのインビトロの効果
ＡＴＸＮ３核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドをデザインし、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡに対するそれらの効果についてインビトロで試験した。修飾オリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する実験のシリーズにおいて試験した。
【０２１１】
１ウェルあたり２０，０００細胞の密度で培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して、２，０００ｎＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドをトランスフェクションした。およそ２４時間の処理期間後に、ＲＮＡを細胞から単離し、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡのレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ４３９２（フォワードプライマー配列ＴＣＡＧＧＡＣＡＧＡＧＴＴＣＡＣＡＴＣＣＡＴＧＴ、配列番号：２０として本明細書において表記される；リバースプライマー配列ＴＴＣＡＣＴＣＡＴＡＧＣＡＴＣＡＣＣＴＡＧＡＴＣＡＣＴ、配列番号：２１として本明細書において表記される；プローブ配列ＡＡＧＧＣＣＡＧＣＣＡＣＣＡＧＴＴＣＡＧＧＡＧＣ、配列番号：２２として本明細書において表記される）を使用して、ｍＲＮＡのレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡのレベルを全ＲＮＡ含量に従って調整した。無処理対照細胞に比べたＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの量のパーセント低減として、結果を提示する（これらの条件は「標準的な細胞アッセイ」を記載する）。星印（＊）によりマークされたオリゴヌクレオチドは、プライマープローブセットのアンプリコン領域を標的とする。追加のアッセイを使用して、これらのオリゴヌクレオチドの効力及び有効性を測定することができる。
【０２１２】
以下の表中の修飾オリゴヌクレオチドは、５−８−５  ＭＯＥギャップマーとしてデザインされた。ギャップマーは長さで１８のヌクレオシドであり、そこで、中央のギャップセグメントは８つの２’−デオキシヌクレオシドを含み、各々５つのヌクレオシドを含む５’端部及び３’端部の両方上のウィングセグメントが隣接する。５’ウィングセグメント中の各々のヌクレオシド及び３’ウィングセグメント中の各々のヌクレオシドは、ＭＯＥ修飾を含む。各々のギャップマーの全体にわたるすべてのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。ヌクレオシド間リンケージは、混合されたホスホジエステル及びホスホロチオエートのリンケージである。ヌクレオシド間リンケージは５’から３’の順序でｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓとアレンジされ、配列中、（「ｏ」）はホスホジエステルであり（「ｓ」）はホスホロチオエートである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト遺伝子配列中で標的とする最も５’側のヌクレオシドを指示する。「終止部位」は、ギャップマーがヒト遺伝子配列中で標的とする最も３’側のヌクレオシドを指示する。
【０２１３】
表１中でリストされる各々の修飾オリゴヌクレオチドは、ヒトＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡの配列（アイソフォーム１）（配列番号：１として本明細書において表記される（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿００４９９３．５））もしくはヒトＡＴＸＮ３ゲノム配列（配列番号：２として本明細書において表記される（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０２６４３７．１２の短縮されたヌクレオチド７３，５２４，０００〜７３，５７４，０００））、または両方のいずれかへ標的化される。「Ｎ／Ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが１００％の相補性でその特定の遺伝子配列を標的としないことを指摘する。
表１
対照に比べた、修飾オリゴヌクレオチドによるヒトＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡのパーセント低減
【表１−１】
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【表１−２】
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【表１−３】
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【表１−４】
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【表１−５】
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【表１−６】
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【表１−７】
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【表１−８】
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下付き文字：「ｅ」は２’−ＭＯＥヌクレオシドを表わし；「ｄ」は２’−デオキシヌクレオシドを表わし；「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを表わし；「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間リンケージを表わす。「Ｃ」に先行する上付き文字「ｍ」は、シトシンが５−メチルシトシンであることを示す。
【０２１４】
追加の修飾オリゴヌクレオチドは、表２中でリストされるＡＴＸＮ３核酸配列を標的としてデザインされた。
表２
【表２】
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【０２１５】
表２からのＡＴＸＮ３核酸に相補的な修飾オリゴヌクレオチドを、上で記載されるプロトコールに従って、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡに対する効果について試験した。以下の表中の修飾オリゴヌクレオチドは、５−８−５  ＭＯＥギャップマーとしてデザインされた。ギャップマーは長さで１８のヌクレオシドであり、そこで、中央のギャップセグメントは８つの２’−デオキシヌクレオシドを含み、各々５つのヌクレオシドを含む５’端部及び３’端部の両方上のウィングセグメントが隣接する。５’ウィングセグメント中の各々のヌクレオシド及び３’ウィングセグメント中の各々のヌクレオシドは、ＭＯＥ修飾を含む。各々のギャップマーの全体にわたるすべてのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。ヌクレオシド間リンケージは、混合されたホスホジエステル及びホスホロチオエートのリンケージである。ヌクレオシド間リンケージは５’から３’の順序でｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓとアレンジされ、配列中、（「ｏ」）はホスホジエステルであり（「ｓ」）はホスホロチオエートである。「開始部位」は、ギャップマーがヒト遺伝子配列中で標的とする最も５’側のヌクレオシドを指示する。「終止部位」は、ギャップマーがヒト遺伝子配列中で標的とする最も３’側のヌクレオシドを指示する。
表３
【表３】
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下付き文字：「ｅ」は２’−ＭＯＥヌクレオシドを表わし；「ｄ」は２’−デオキシヌクレオシドを表わし；「ｓ」はホスホロチオエートヌクレオシド間リンケージを表わし；「ｏ」はホスホジエステルヌクレオシド間リンケージを表わす。「Ｃ」に先行する上付き文字「ｍ」は、シトシンが５−メチルシトシンであることを示す。
【０２１６】
実施例２：ヒトＡＴＸＮ３に対する修飾オリゴヌクレオチドの複数の用量でのインビトロの効果
実施例１から選択された修飾オリゴヌクレオチドを、ヒトＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡのインビトロの低減の研究でＨｅｐＧ２細胞において様々な用量でも試験した。修飾オリゴヌクレオチドを、類似の培養条件を有する実験のシリーズにおいて試験した。
【０２１７】
細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞の密度でプレーティングし、エレクトロポレーションを使用して、以下の表中で規定されるように、０．１１μＭ、０．３３μＭ、１．００μＭ、３．００μＭ、及び９．００μＭの濃度の修飾オリゴヌクレオチドをトランスフェクションした。およそ１６時間の処理期間後に、ＲＮＡを細胞から単離し、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡのレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトＡＴＸＮ３プライマープローブセットＲＴＳ４３９２を使用して、ｍＲＮＡのレベルを測定した。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡのレベルを全ＲＮＡ含量に従って調整した。無処理対照細胞に比べたＡＴＸＮ３のパーセント低減として、結果を提示する。「０」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがＡＴＸＮ３  ｍＲＮＡのレベルを低減させなかったことを示す。各々のオリゴヌクレオチドの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）も、以下の表中で提示する。
表４
【表４】
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【０２１８】
実施例３：Ｃ５７ＢＬ／６マウスにおけるヒトＡＴＸＮ３に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの急性忍容性
上記の実施例から選択された修飾オリゴヌクレオチドをマウスにおいて試験して、オリゴヌクレオチドの忍容性をインビボで査定した。メス野生型Ｃ５７ＢＬ／６マウスを４匹のマウスからなる処理群へと分けた。７００μｇの以下の表においてリストされた修飾オリゴヌクレオチドの単一の大脳室内（ＩＣＶ）用量を、マウスに投与した。４匹のマウスの１つの群に対照としてＰＢＳの単一のＩＣＶ用量を投与し、それへ、修飾オリゴヌクレオチド処理群を比較した。
【０２１９】
注射の３時間後で、各々のマウスを７つの異なる基準に従って評価した。７つの基準は、（１）マウスは、元気が良く鋭敏で応答性であった；（２）マウスは、刺激無しで立位または円背位であった；（３）マウスは、刺激無しで任意の動きを示した；（４）マウスは、持ち上げられた後に前進する動きを示した；（５）マウスは、持ち上げられた後に任意の動きを示した；（６）マウスは、尾のつまみに応答した；（７）通常の呼吸であった、である。７つの異なる基準の各々について、各々のマウスに、基準を満たしたならば０、または満たさなかったならば１のサブスコアを与えた。７つの基準のすべてが評価された後に、各々のマウスについてサブスコアを合計し、次いで各々の群について平均した。例えば、マウスが、７００μｇのＩＣＶ用量の３時間後に元気が良く鋭敏で応答性であり、且つ他のすべての基準を満たしたならば、合計０のスコアを得るだろう。別のマウスが、７００μｇのＩＣＶ用量の３時間後に元気でなく鋭敏でなく応答性でないが、他のすべての基準を満たしたならば、１のスコアを得るだろう。結果を、各々の処理群についての平均スコアとして提示する。
表５
【表５】
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【０２２０】
実施例４：Ｓｐｒａｇｕｅ  Ｄａｗｌｅｙラットにおける、ヒトＡＴＸＮ３に相補的な修飾オリゴヌクレオチドの急性忍容性（３ｍｇ）
以下の表中で提示される実験のために、Ｓｐｒａｇｕｅ  Ｄａｗｌｅｙラットを４匹のラットの群へと分けた。ラットの各々の群中の各々のラットに、上の実施例１または実施例２中で記載されるオリゴヌクレオチドの単一の３ｍｇの髄腔内（ＩＴ）用量を投与した。注射の３時間後に、身体の７つの異なる部分の動きを各々のラットについて評価した。７つの身体部分は、（１）ラットの尾；（２）ラットの後部姿勢；（３）ラットの後肢；（４）ラットの後足；（５）ラットの前足；（６）ラットの前部姿勢；（７）ラットの頭部である。７つの異なる身体部分の各々について、各々のラットに、身体部分が動いていたならば０、または身体部分が麻痺していたならば１のサブスコアを与えた。７つの身体部分の各々が評価された後に、各々のラットについてサブスコアを合計し、次いで各々の群について平均した（機能観察バッテリースコアまたはＦＯＢ）。例えば、ラットの尾、頭部及び他のすべての評価された身体部分が、３ｍｇのＩＴ用量の３時間後に動いていれば、合計０のスコアを得るだろう。別のラットが、３ｍｇのＩＴ用量の３時間後に尾を動かしていないが、他のすべての評価された身体部分を動かしていたならば、１のスコアを得るだろう。食塩水処理ラットは、一般的には０のスコアを得る。範囲の最上部のスコアは、急性毒性を示唆するだろう。結果を、各々の処理群についての平均スコアとして提示する。
表６
【表６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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