(57)【要約】  本発明は、とりわけ、癌抗原ペプチド及び成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドを含む融合タンパク質、前記タンパク質を発現する核酸、その医薬製剤、前記タンパク質をコードする抗原提示細胞を含む組成物を提供する。本発明は、これらの組成物を使用して癌を治療する方法も提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに共有結合する癌抗原ペプチドを含むタンパク質であって、前記癌抗原ペプチドが前記ＭＨＣＩＩ型ペプチドに非共有的に直接結合することができる、タンパク質。
【請求項２】
前記癌抗原ペプチドが前記成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに対してＮ末端である、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項３】
前記癌抗原ペプチド及び前記成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに共有結合しているペプチドリンカーをさらに含む、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項４】
前記ペプチドリンカーが、１又は複数のグリシンアミノ酸、１又は複数のセリンアミノ酸、又は１又は複数のグリシンアミノ酸及び１又は複数のセリンアミノ酸の組み合わせから成る、請求項３に記載のタンパク質。
【請求項５】
前記癌抗原ペプチドのＮ末端に共有結合するシグナルペプチドをさらに含む、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項６】
前記成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドが成熟したＨＬＡ−ＤＲＡα鎖ペプチドである、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項７】
前記癌抗原ペプチドが８〜３０アミノ酸長である、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項８】
前記癌抗原ペプチドが１５〜２４アミノ酸長である、請求項１に記載のタンパク質。
【請求項９】
請求項１に記載の前記タンパク質を含む抗原提示細胞。
【請求項１０】
前記タンパク質が前記抗原提示細胞の細胞表面にある、請求項９に記載の抗原提示細胞。
【請求項１１】
前記抗原提示細胞が樹状細胞又はＢ細胞である、請求項９に記載の抗原提示細胞。
【請求項１２】
前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項９に記載の抗原提示細胞。
【請求項１３】
請求項１〜８の何れか一項に記載の前記タンパク質をコードする核酸。
【請求項１４】
前記核酸がｍＲＮＡである、請求項１３に記載の核酸。
【請求項１５】
前記核酸がｄｓＤＮＡである、請求項１３に記載の核酸。
【請求項１６】
前記核酸が複製不全ウイルスベクター核酸の部分を形成する、請求項１３に記載の核酸。
【請求項１７】
前記複製不全ウイルスベクター核酸が複製不全レンチウイルスベクターである、請求項１６に記載の核酸。
【請求項１８】
前記複製不全ウイルスベクター核酸が複製不全ＤＮＡウイルスベクター又は複製不全ＲＮＡウイルスベクターである、請求項１６に記載の核酸。
【請求項１９】
前記核酸が薬学的に許容されるリポソーム構築物又は薬学的に許容されるポリマー構築物の内部にある、請求項１３に記載の核酸。
【請求項２０】
請求項１３に記載の前記核酸及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬製剤。
【請求項２１】
請求項１３に記載の前記核酸を含む樹状細胞又はＢ細胞。
【請求項２２】
（ｉ）請求項９〜１２の１つに記載の前記抗原提示細胞をＣＤ４＋Ｔ細胞にインビトロに接触し、それによって、前記ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化し、前記ＣＤ４＋Ｔ細胞及び抗原提示細胞が前記患者に由来し、
（ｉｉ）前記ＣＤ４＋Ｔ細胞を増殖し、それによって複数の増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を形成し、
（ｉｉｉ）前記患者に有効量の前記複数の増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を投与することを含む、治療を必要とする患者の癌を治療する方法。
【請求項２３】
前記癌が転移性多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記患者に有効量の請求項１３に記載の前記核酸を投与することを含む、治療を必要とする患者の癌を治療する方法。
【請求項２５】
前記核酸がｍＲＮＡである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記核酸が核酸−リポソーム複合体の部分を形成する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記有効量が前記患者のＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化するのに効果的である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記核酸が複製不全ウイルスベクターの部分を形成する、請求項２４に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年２月２２日に出願された米国特許仮出願第６２／２９８，２７５号の優先権及び利益を主張し、その内容の全体及び全ての目的のために参照により本明細書に援用される。
【０００２】
「配列表」、表又はＡＳＣＩＩファイルとして提出されたコンピュータプログラムリスト付録の参照
２０１７年２月２２日に作成され、２９，９５１バイト、マシンフォーマットＩＢＭ−ＰＣ、ＭＳ−Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）オペレーティングシステムのファイル名４９９０６−５０３００１ＷＯ＿ＳＴ２５．ＴＸＴに記載の配列表は、参照により本明細書に援用される。
【背景技術】
【０００３】
ここ数十年で、圧倒的な数の研究が癌を引き起こす分子メカニズムの理解に著しく貢献した。しかし、分子腫瘍学の科学的進歩は、癌治療の同等の進歩と並行して歩んでこなかった。依然として、手術及び／又は放射線療法が大多数の患者の癌の局所治療の主要な様式である。しかし、これらの治療法は、疾患、特に特定の固形腫瘍の初期にのみ有効であり、疾患の遠隔再発には有効ではない。いくつかの腫瘍クラスにおいて、化学療法が開発され、概して、増殖及び拡散する癌によって用いられる特定の生物学的過程を標的にして、薬剤、ホルモン及び抗体に依存する。しかし、これまで多くの癌治療法は、副作用及び全体的な毒性の重症度によって限定的な有効性しか有しなかった。したがって、癌治療を進めるために新しい治療法が強く望まれる。本発明は、癌治療の分野におけるこれらの問題及びその他の問題の解決策を提供する。
【発明の概要】
【０００４】
本発明は、とりわけ、癌治療のための組成物及び方法を提供する。
【０００５】
一態様において、本発明は、成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに共有結合した癌抗原ペプチドを含むタンパク質を提供し、癌抗原ペプチドは、ＭＨＣＩＩ型ペプチドに非共有的に直接結合することができる。
【０００６】
一態様において、本発明は抗原提示細胞を提供する。抗原提示細胞は、本明細書に記載の１又は複数のタンパク質を含む。
【０００７】
一態様において、本発明は、本明細書に記載の１つのタンパク質をコードする核酸を提供する。
【０００８】
一態様において、本発明は、本明細書に開示される核酸及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬製剤を提供する。
【０００９】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載の核酸を含む樹状細胞又はＢ細胞を提供する。
【００１０】
一態様において、本発明は、治療を必要とする患者の癌を治療する方法を提供する。方法は、本明細書に記載の抗原提示細胞をＣＤ４＋Ｔ細胞にインビトロに接触し、それによってＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化し、ＣＤ４＋Ｔ細胞及び抗原提示細胞は、患者に由来し、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化して増殖し、それによって複数の増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を形成し、患者に有効量の複数の増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を投与することを含む。
【００１１】
一態様において、本発明は、治療を必要とする患者の癌を治療する方法を提供する。方法は、有効量の本明細書に記載の核酸を患者に投与することを含む。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】腫瘍を治療するための自家Ｔ細胞の移行を示す。
【図２Ａ】本明細書に開示される融合タンパク質の模式図である。
【図２Ｂ】融合タンパク質の予想される３Ｄ構造である。
【図３】本発明のプラットフォームを有する治療ワークフローを描写する。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
Ｉ．定義
本発明の様々な実施形態及び態様が本明細書に示され、記載されているが、このような実施形態及び態様は例に過ぎないことを当業者に明らかである。多くの変形例、変化例及び代替例が本発明から逸脱することなく当業者によって行われる。本明細書に記載の本発明の実施形態の様々な代替物が本発明を実施するうえで使用してもよいことが理解されるはずである。
【００１４】
本明細書で使用される節の見出しは組織立てるためにだけあり、記載の主題を限定するものとして解釈されるべきではない。特許、特許出願、記事、書籍、マニュアル、及び論文を含むがこれに限定されない本出願で引用される全ての文書又は文書の部分は、任意の目的のために参照によりその全体が明示的に援用される。
【００１５】
他に断りがない限り、本明細書で使用される技術及び科学用語は全て、本発明が属する分野の当業者によって共通に理解される意味を有する。次の参照は、本発明で使用される用語の多くの一般的な定義を当業者に提供する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ等、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（第２版１９９４）；Ｔｈｅ  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ編、１９８８）；Ｔｈｅ  Ｇｌｏｓｓａｒｙ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、５版、Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ等（編）、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；及びＨａｌｅ＆Ｍａｒｈａｍ、Ｔｈｅ  Ｈａｒｐｅｒ  Ｃｏｌｌｉｎｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。以下の用語は、本明細書で使用されるとき、特に断りがない限り、その用語に帰する意味を有する。
【００１６】
本開示及び以下の請求項における単数の不定冠詞又は定冠詞（例えば、「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」等）の使用は、特定の例において、その用語が特定の例において、１つ及びたった１つを具体的に意味しようとしていることが文脈から明らかになっていない限り、「少なくとも１つ」を意味する特許の伝統的方法に準じる。同様に、用語「含む」は、オープンエンドであり、追加の項目、特徴、要素等を除外しない。本明細書に示される参照は、特に指示されない限り、その全体が参照により本明細書に明示的に援用される。
【００１７】
用語「含む」（「ｃｏｍｐｒｉｓｅ」、「ｉｎｃｌｕｄｅ」）及び「有する」及びその派生物は、本明細書で、解釈可能でオープンエンドの用語として同じ意味で使用される。例えば、「含む」（「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ」）又は「有する」は、いかなる要素が含まれ又は有していようとも、動詞を含む句の対象によって包含される要素のみではないことを意味する。
【００１８】
用語「アミノ酸」は、自然に発生し、合成のアミノ酸、ならびに自然発生のアミノ酸と同じように機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣物を意味する。自然発生のアミノ酸、遺伝コード、ならびに後に変性するアミノ酸は、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、及びＯ−ホスホセリンによってコードされる。アミノ酸類似体は、自然発生のアミノ酸、すなわち、水素に結合するα炭素、カルボキシル基、アミノ基、及びＲ基、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムと同じ塩基化学構造を有する化合物を意味する。このような類似体は、変性されたＲ基（例えばノルロイシン）又は変性されたペプチド骨格を有するが、自然発生のアミノ酸と同じ塩基化学構造を保持する。アミノ酸模倣物は、アミノ酸の一般的な化学構造と異なるが、自然発生のアミノ酸と同様に機能する化学化合物を意味する。用語「自然発生しないアミノ酸」及び「非天然アミノ酸」）は、アミノ酸類似体、合成アミノ酸、及び自然では見られないアミノ酸模倣物を意味する。
【００１９】
アミノ酸は、共通して知られる３文字又はＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎによって推奨される１文字のシンボルによって本明細書に参照することができる。同様に、ヌクレオチドは、一般に受け入れられる一文字のコードによって参照されてもよい。
【００２０】
用語「ポリペプチド」「ペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを意味するように本明細書で同じ意味で使用され、実施形態において、ポリマーは、アミノ酸から構成されない部分に結合することができる。この用語は、アミノ酸ポリマーに適用され、１又は複数のアミノ酸残基は、対応する自然発生のアミノ酸、ならびに自然発生のアミノ酸ポリマー及び非天然のアミノ酸ポリマーの人工化学模倣物である。「融合タンパク質」は、単一部分として遺伝子組み換え的に発現する２つ以上の別々のタンパク質をコードするキメラタンパク質を意味する。
【００２１】
本明細書で使用されるとき、「核酸」、「核酸分子」、「核酸オリゴマー」、「オリゴヌクレオチド」、「核酸配列」、「核酸断片」及び「ポリヌクレオチド」は、同じ意味で使用され、限定されないが、様々な長さを有してもよい共有結合されたヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド、又はその類似体、誘導体もしくは変態の何れかを有してもよい、共有結合したヌクレオチドのポリマー形態を含むことを意図する。異なるポリヌクレオチドは、異なる３次元構造を有してもよく、知っていても、知られていなくとも、様々な機能を実施することができる。ポリヌクレオチドの非限定的な例として、遺伝子、遺伝子断片、エキソン、イントロン、遺伝子間ＤＮＡ（限定されないが異質染色質ＤＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、転移ＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組み換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、配列の単離ＤＮＡ、配列の単離ＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマーが挙げられる。本発明の方法に有用なポリヌクレオチドは、天然の核酸配列及びその変異体、人工核酸配列、又はこのような配列の組み合わせを含んでもよい。
【００２２】
ポリヌクレオチドは、典型的には、４つのヌクレオチド塩基：アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）（ポリヌクレオチドがＲＮＡの場合、チミン（Ｔ）のウラシル（Ｕ））の特定の配列から成る。したがって、用語「ポリヌクレオチド配列」は、ポリヌクレオチド分子のアルファベット表記であり、あるいは、用語「ポリヌクレオチド配列」は、ポリヌクレオチド分子そのものに適用してもよい。このアルファベット表記は、中央処理装置を有するコンピュータのデータベースに入力し、ゲノム機能解析及びホモロジー検索等のバイオインフォマティクスの適用に使用することができる。ポリヌクレオチドは、１又は複数の非標準的ヌクレオチド（複数可）、ヌクレオチド類似体（複数可）及び／又は変性ヌクレオチドを含んでもよい。
【００２３】
「保存的に修飾された変異体」は、アミノ酸と核酸配列の両方に適用する。特定の核酸配列に関して、「保存的に修飾された変異体」は、同じ又は本質的に同じアミノ酸配列をコードする核酸を意味する。遺伝コードの縮重のために、いくつかの核酸配列は所与のタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、及びＧＣＵは全て、アミノ酸アラニンをコードする。したがって、アラニンがコドンによって特定される場合、コドンは、コードされたポリペプチドを変えることなく、記載の対応するコドンの何れかに変更することができる。このような核酸の変形例は、「サイレントバリエーション」であり、保存的に修飾された変形例の１つの種である。ポリペプチドをコードする本明細書の何れの核酸配列も、核酸の全ての可能なサイレントバリエーションを記載する。当業者は、核酸の各コドン（通常、メチオニンの唯一のコドンであるＡＵＧ、及び通常、トリプトファンの唯一のコドンであるＴＧＧ）が変性され、機能的に同一の分子を生み出すことができると認識する。したがって、ポリペプチドをコードする核酸のサイレントバリエーションのそれぞれは、記載の配列のそれぞれに潜在している。
【００２４】
アミノ酸配列について、当業者は、個別の置換、核酸、ペプチド、又はコードされた配列において単一のアミノ酸又は小さい割合のアミノ酸を変化し、追加し、又は削除するタンパク質配列に対して個別に置換、削除又は追加することは、「保存的に変性された変異体」であり、変化の結果、アミノ酸を化学的に同じアミノ酸に置換することを認識する。機能的に同様のアミノ酸を提供する保存的置換テーブルは、当該技術分野で良く知られている。このような保存的に修飾された変異体は、多形変異体、種間相同物及び本発明の対立遺伝子に追加され、除外されない。
【００２５】
以下の８つのグループはそれぞれ互いに保存的置換であるアミノ酸を含み、
１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；
２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；
３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；
４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；
５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；
６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；
７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；及び
８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）
（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４）を参照のこと）。
【００２６】
「配列同一性の割合」は、２つの最適に配置された配列を比較ウィンドウで比較することによって決定され、比較ウィンドウのポリヌクレオチド又はポリペプチド配列の部分は、２つの配列の最適な配置について、（追加又は削除を含まない）参照配列と比較して追加又は削除（すなわちギャップ）を含んでもよい。配列同一性の割合は、同一の核酸残基又はアミノ酸残基が両方の配列で生じる位置の数を決定し、一致した位置の数を得て、一致した位置の数を比較ウィンドウの位置の総数で割り、その結果に１００を乗算し、配列同一性の割合を得ることによって計算する。
【００２７】
２つ以上の核酸又はポリペプチド配列において、比較ウィンドウ又は以下の配列比較アルゴリズムの１つもしくは手動アライメント及び視認検査によって測定された指定領域において、最大限に対応するために、比較し、配置する場合、用語「同一の」又は「同一性」の割合は、同じである又は同じであるアミノ酸残基又はヌクレオチドの特定の割合を有する２つ以上の配列又はサブ配列を意味する（すなわち、特定の領域において、例えば、本発明のポリペプチド配列全体、又は本発明のポリペプチドの個別のドメインの６０％同一、任意に６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、又は９９％同一である）。このような配列を「実質的に同一」と呼ぶ。この定義はまた、試験配列の補数を意味する。任意に、少なくとも約５０ヌクレオチド長、又はより好ましくは１００〜５００もしくは１０００以上のヌクレオチド長の領域に同一性が存在する。本発明は、配列番号１〜６２の何れかと実質的に同一である核酸配列及びポリペプチドを含む。
【００２８】
用語「ＭＨＣＩＩ型ペプチド」は、通常の意味では、両端に開いた機能的抗原結合溝を有し、ＨＬＡ遺伝子（例えば、ＨＬＡ−ＤＲＡα鎖ペプチド）に由来する（天然のαサブユニットの機能的断片を含む）機能的αサブユニットを最小限に含むタンパク質を意味する。抗原結合溝は、概して、１５〜２４アミノ酸長のペプチド配列に結合する。成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドは、完全長のシグナルペプチドを含まない。
【００２９】
「シグナルペプチド」は、本明細書で使用されるとき、翻訳後修飾のためにタンパク質を小胞体（ＥＲ）に輸送するアミノ酸配列を意味し、必ずプロテアーゼ認識配列を含む。シグナルペプチドは、通常、タンパク質のＮ末端にあり、プロテアーゼ認識配列は、通常、シグナルペプチドのＣ末端にある。「プロテアーゼ認識配列」は、シグナルペプチドを切除するように通常機能するシグナルペプチダーゼによって認識されるアミノ酸配列である。実施形態において、プロテアーゼ認識配列は、ＥＨＶＩ（配列番号１）等の４つのアミノ酸配列である。実施形態において、成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドは、プロテアーゼ認識配列を含むが、シグナルペプチドのその他の部分は含まない。プロテアーゼ認識配列は、ＭＨＣＩＩ型ペプチドのＮ末端にあってもよい。
【００３０】
実施形態において、ＭＨＣＩＩ型分子は、α鎖（サブユニット）を含み、β鎖（サブユニット）を含まない。他の実施形態において、ＭＨＣＩＩ型分子はα鎖及びβ鎖を含むヘテロ二量体である。以下の表は、ＭＨＣＩＩ型分子の実施形態ならびにα鎖及びβ鎖のコード遺伝子（複数可）をまとめる。
【００３１】
【表１】
2019512263.tif 000003
【００３２】
用語「癌抗原ペプチド」「腫瘍抗原」又は「ネオ抗原」は、本明細書では同じ意味で使用し、癌細胞又は腫瘍に由来する抗原（ヒトのような宿主対象の免疫応答を誘導することができる分子）を意味する。腫瘍細胞に由来する抗原は、本明細書では腫瘍特異抗原（ＴＳＡ）と呼ぶ。実施形態では、ＴＳＡは腫瘍特異的突然変異から生じる。
【００３３】
例えば、腫瘍細胞が乳癌である場合、抗原は、ＥｐＣＡＭ（上皮細胞接着分子）、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ（ヒト上皮成長因子受容体２）、ＭＵＣ−１、ＥＧＦＲ（上皮増殖因子受容体）、ＴＡＧ−１２（腫瘍関連抗原１２）、ＩＧＦｌ  Ｒ（インスリン様増殖因子受容体-Ｉ）、ＴＡＣＳＴＤ２（ｔｕｍｏｒ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｃａｌｃｉｕｍ  ｓｉｇｎａｌ  ｔｒａｎｓｄｕｃｅｒ  ２）、ＣＤ３１８、ＣＤ３４０、ＣＤ１０４、又はＮ−ｃａｄｈｅｒｉｎの１つでありうる。
【００３４】
例えば、腫瘍細胞が前立腺癌細胞である場合、抗原は、ＥｐＣＡＭ、ＭＵＣ−１、ＥＧＦＲ、ＰＳＭＡ（前立腺特異的膜抗原）、ＰＳＡ（前立腺特異抗原）、ＴＡＣＳＴＤ２、ＰＳＣＡ（前立腺幹細胞抗原）、ＰＣＳＡ（前立腺細胞表面抗原）、ＣＤ３１８、ＣＤ１０４、又はＮ−カドヘリンの１つでありうる。
【００３５】
例えば、腫瘍細胞が結腸直腸癌である場合、抗原は、ＥｐＣＡＭ、ＣＤ６６ｃ、ＣＤ６６ｅ、ＣＥＡ（癌胎児抗原）、ＴＡＣＳＴＤ２、ＣＫ２０（サイトケラチン２０）、ＣＤ１０４、ＭＵＣ-１、ＣＤ３１８、又はＮ−カドヘリンの１つでありうる。
【００３６】
例えば、腫瘍細胞が肺癌細胞である場合、抗原は、ＣＫ１８、ＣＫ１９、ＣＥＡ、ＥＧＦＲ、ＴＡＣＳＴＤ２、ＣＤ３１８、ＣＤ１０４、又はＥｐＣＡＭの１つでありうる。
【００３７】
例えば、腫瘍細胞が膵臓癌細胞である場合、抗原は、ＨＳＰ７０、ｍＨＳＰ７０、ＭＵＣ−１、ＴＡＣＳＴＤ２、ＣＥＡ、ＣＤ１０４、ＣＤ３１８、Ｎ−カドヘリン、又はＥｐＣＡＭ１の１つでありうる。
【００３８】
例えば、腫瘍細胞が卵巣癌細胞である場合、抗原は、ＭＵＣ−１、ＴＡＣＳＴＤ２、ＣＤ３１８、ＣＤ１０４、Ｎ−カドヘリン、又はＥｐＣＡＭの１つでありうる。
【００３９】
例えば、腫瘍細胞が膀胱癌細胞である場合、抗原は、ＣＤ３４、ＣＤ１４６、ＣＤ６２、ＣＤ１０５、ＣＤ１０６、ＶＥＧＦ受容体（血管内皮増殖因子受容体）、ＭＵＣ−１、ＴＡＣＳＴＤ２、ＥｐＣＡＭ、ＣＤ３１８、ＥＧＦＲ、６Ｂ５又は葉酸結合受容体の１つでありうる。
【００４０】
例えば、腫瘍細胞が癌幹細胞である場合、抗原は、ＣＤ１３３、ＣＤ１３５、ＣＤ１１７、又はＣＤ３４の１つでありうる。
【００４１】
例えば、腫瘍細胞が黒色腫癌細胞である場合、抗原は、メラニン形成細胞分化抗原、腫瘍胎児抗原、腫瘍特異抗原、ＳＥＲＥＸ抗原又はそれらの組み合わせの１つでありうる。メラニン形成細胞分化抗原の例として、限定されないが、チロシナーゼ、ｇｐ７５、ｇｐｌ００、ＭＡＲＴ１又はＴＲＰ−２が挙げられる。腫瘍胎児抗原の例として、ＭＡＧＥファミリー（ＭＡＧＥ−Ａｌ、ＭＡＧＥ−Ａ４）、ＢＡＧＥファミリー、ＧＡＧＥファミリー又はＮＹ-ＥＳＯ１が挙げられる。腫瘍特異抗原の例として、ＣＤＫ４及び１３−カテニンが挙げられる。ＳＥＲＥＸ抗原の例として、Ｄ−１及びＳＳＸ−２が挙げられる。
【００４２】
例示的なネオ抗原として、以下の表に列挙するものが挙げられるが、これに限定されない。
【００４３】
【表２−１】
2019512263.tif 000004
【表２−２】
2019512263.tif 000005
【００４４】
当業者は、前述のネオ抗原が、「［タンパク質名］−［野生型残基］［残基数］［残基変異（複数可）］」の形式で提示されることを容易に認識することができる。当業者は、当該技術分野で使用可能な配列データベースに従って、列挙した各ネオ抗原の配列を容易に決定することもできる。選択的ネオ抗原の例示的な配列として、限定されないが、
ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈ（短い）
ataatcggtcatcatgcttatggggaccag（配列番号２）
I  I  G  H  H  A  Y  G  D  Q （配列番号３）
ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈ
agcggatgggtaaaacctattataatcggtcatcatgcttatggggaccagtacagagcaacg（配列番号４）
S  G  W  V  K  P  I  I  I  G  H  H  A  Y  G  D  Q  Y  R  A  T（配列番号５）
ＩＤＨ２−Ｒ１４０Ｑ
tggaagtctccgaacggcaccattcagaatattctcggcggcactgtgttccgggag（配列番号６）
W  K  S  P  N  G  T  I  Q  N  I  L  G  G  T  V  F  R  E （配列番号７）
ＩＤＨ２−Ｒ１７２Ｋ
ggttggacgaaaccaatcactattggcaagcatgctcatggagaccagtacaag（配列番号８）
G  W  T  K  P  I  T  I  G  K  H  A  H  G  D  Q  Y  K （配列番号９）
ＫＮＲＡＳ−６１Ｒ
ttggatattctcgacacagcaggtcgagaggagtacagtgcaatgagggac（配列番号１０）
L  D  I  L  D  T  A  G  R  E  E  Y  S  A  M  R  D （配列番号１１）
ＫＮＲＡＳ−６１Ｈ
ttggatattctcgacacagcaggtcatgaggagtacagtgcaatgagggac（配列番号１２）
L  D  I  L  D  T  A  G  H  E  E  Y  S  A  M  R  D （配列番号１３）
ＫＮＲＡＳ−６１Ｋ
ttggatattctcgacacagcaggtaaagaggagtacagtgcaatgagggac（配列番号１４）
L  D  I  L  D  T  A  G  K  E  E  Y  S  A  M  R  D （配列番号１５）
ＫＮＲＡＳ−６１Ｌ
ttggatattctcgacacagcaggtctagaggagtacagtgcaatgagggac（配列番号１６）
L  D  I  L  D  T  A  G  L  E  E  Y  S  A  M  R  D （配列番号１７）
ＢＲＡＦ-Ｖ６００Ｅ
ataggtgattttggtctagctacagAgaaatctcgatggagtgggtcccat（配列番号１８）
I  G  D  F  G  L  A  T  E  K  S  R  W  S  G  S  H （配列番号１９）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｅ５４５  ＷＴ
cgagatcctctctctgaaatcactgagcaggagaaagattttctatggagt（配列番号２０）
R  D  P  L  S  E  I  T  E  Q  E  K  D  F  L  W  S （配列番号２１）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｅ５４５Ｑ
cgagatcctctctctgaaatcactCagcaggagaaagattttctatggagt（配列番号２２）
R  D  P  L  S  E  I  T  Q  Q  E  K  D  F  L  W  S （配列番号２３）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｅ５４５Ｋ
cgagatcctctctctgaaatcactaagcaggagaaagattttctatggagt（配列番号２４）
R  D  P  L  S  E  I  T  K  Q  E  K  D  F  L  W  S （配列番号２５）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｅ５４５Ａ
cgagatcctctctctgaaatcactgcgcaggagaaagattttctatggagt（配列番号２６）
R  D  P  L  S  E  I  T  A  Q  E  K  D  F  L  W  S （配列番号２７）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｅ５４５Ｇ
cgagatcctctctctgaaatcactgggcaggagaaagattttctatggagt（配列番号２８）
R  D  P  L  S  E  I  T  G  Q  E  K  D  F  L  W  S （配列番号２９）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｅ５４５Ｖ
cgagatcctctctctgaaatcactgtgcaggagaaagattttctatggagt（配列番号３０）
R  D  P  L  S  E  I  T  V  Q  E  K  D  F  L  W  S （配列番号３１）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｑ５４６Ｐ
cgagatcctctctctgaaatcactgagccggagaaagattttctatggagt（配列番号３２）
R  D  P  L  S  E  I  T  E  P  E  K  D  F  L  W  S （配列番号３３）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｑ５４６Ｋ
cgagatcctctctctgaaatcactgagaaggagaaagattttctatggagt（配列番号３４）
R  D  P  L  S  E  I  T  E  K  E  K  D  F  L  W  S （配列番号３５）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｑ５４６Ｅ
cgagatcctctctctgaaatcactgaggaggagaaagattttctatggagt（配列番号３６）
R  D  P  L  S  E  I  T  E  E  E  K  D  F  L  W  S （配列番号３７）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｑ５４６Ｒ
cgagatcctctctctgaaatcactgagcgggagaaagattttctatggagt（配列番号３８）
R  D  P  L  S  E  I  T  E  R  E  K  D  F  L  W  S （配列番号３９）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｑ５４６Ｌ
cgagatcctctctctgaaatcactgagctggagaaagattttctatggagt（配列番号４０）
R  D  P  L  S  E  I  T  E  L  E  K  D  F  L  W  S （配列番号４１）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｈ１０４７Ｒ
ttcatgaaacaaatgaatgatgcacgtcatggtggctggacaacaaaaatg（配列番号４２）
F  M  K  Q  M  N  D  A  R  H  G  G  W  T  T  K  M （配列番号４３）
ＰＩＫ３ＣＡ−Ｈ１０４７Ｌ
ttcatgaaacaaatgaatgatgcacttcatggtggctggacaacaaaaatg（配列番号４４）
F  M  K  Q  M  N  D  A  L  H  G  G  W  T  T  K  M （配列番号４５）
【００４５】
新しい腫瘍抗原を発見するために使用される最も有名な方法は、ゲノムワイド転写プロファイル又は腫瘍の総タンパク質量分析に基づく。これらの研究は、通常、腫瘍に分化して発現されるｍＲＮＡ及びタンパク質のグループの識別を導く。検証実験を行い、結果的に識別された数百のＲＮＡ／タンパク質のうち、有用なマーカーになる可能性を有する極めて少数のＲＮＡ／タンパク質を選択する。あるいは、ディープシークエンシング技術は、ゲノム（エキソーム）のタンパク質コード部分の内部の突然変異を識別し、潜在的なネオ抗原を予測することができる（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４８：６９-７４、２０１５）。様々な例示的な実施形態において、ネオ抗原を識別する方法は、患者から腫瘍サンプルを得て；発現した遺伝子の内部の１又は複数の腫瘍特異的突然変異を識別し；これらの突然変異のそれぞれを含む対応するペプチドを識別し；任意に、予測アルゴリズムの使用又は質量分析によって１又は複数の腫瘍特異的突然変異を含むペプチドをフィルターにかけ；任意にフィルターにかけたペプチドのＴ細胞の認識を評価するステップを含む。ネオ抗原を識別し、分析するために使用する追加の組成物及び方法は、米国特許出願第９，１１５，４０２号に記載され、その内容は本明細書に援用される。
【００４６】
本明細書に記載の組成物は精製することができる。精製した組成物は、目的の化合物の少なくとも約６０重量％（乾燥重量）である。好ましくは、調製物は、目的の化合物の少なくとも約７５重量％、より好ましくは少なくとも約９０重量％、及び最も好ましくは少なくとも約９９重量％以上である。純度は、例えば、高速液体クロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動による適切な標準的方法によって測定される。
【００４７】
「細胞」は、本明細書で使用するとき、ゲノムＤＮＡを保存し、又は複製するのに充分な代謝又はその他の機能をもたらす細胞を意味する。細胞は、例えば、無傷膜、特定の染料による染色、子孫を生み出す能力、又は配偶子の場合は、第２配偶子と結合し、生存可能な子孫を生み出す能力を含む当該技術分野で良く知られる方法によって識別することができる。細胞は、原核生物細胞及び真核生物細胞を含んでもよい。原核細胞として細菌が挙げられるが、これに限定されない。真核細胞として、酵母細胞ならびに植物及び動物、例えば、哺乳動物、昆虫（例えばスポドプテラ属）及びヒト細胞に由来する細胞が挙げられるが、これに限定されない。
【００４８】
用語「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）として、ＭＨＣＩＩ型分子（例えば、ヒトのＢリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞、及び活性化Ｔ細胞）を恒常的に発現する「プロフェッショナル抗原提示細胞」ならびにＴ細胞に抗原を提示することができるその他の抗原提示細胞が挙げられる。ＡＰＣは、Ｔ細胞に抗原を提示するのに十分である当該技術分野で知られるＭＨＣ分子及び補助刺激分子及び／又は接着分子の適切な組み合わせを発現することができ、又はこのような分子を発現するように誘導されもしくは加工することができる。
【００４９】
用語「ベクター」は、本明細書で使用するとき、結合された別の核酸を輸送することができる核酸分子を意味する。ベクターの１種類が「プラスミド」であり、追加のＤＮＡセグメントが結紮することができる直線又は環状二重鎖ＤＮＡループを意味する。別の種類のベクターは、ウイルスベクターであり、追加のＤＮＡセグメントはウイルスゲノムに結紮することができる。特定のベクターは、ベクターが導入される宿主細胞において、自律増殖することができる（例えば、細菌起源の複製及びエピソーム哺乳動物ベクター）。その他のベクター（例えば非エピソーム哺乳動物ベクター）は、宿主細胞に導入されると、宿主細胞のゲノムに統合され、それによって宿主細胞と共に複製される。さらに、特定のベクターは、ベクターが操作可能に結合される遺伝子の発現を指示することができる。このようなベクターは、本明細書では「発現ベクター」と呼ぶ。概して、組換えＤＮＡ技術の有用な発現ベクターは、プラスミドの形態であることが多い。本明細書において、「プラスミド」及び「ベクター」は、プラスミドがベクターの形態で使用されることが最も多いため、同じ意味で使用することができる。しかし、本発明は、ウイルスベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウィルス、及びアデノ随伴ウイルス）等の発現ベクターの他の形態を含むことを意図し、同等の機能をもたらす。さらに、いくつかのウイルスベクターは、特異的に、又は非特異的に特定の細胞型を標的化することができる。複製不全ウイルスベクター又は複製欠損レトロウイルスベクターは、標的細胞に感染し、ウイルスペイロードを送達することができるが、その後、細胞溶解及び細胞死を導く典型的な溶解経路を続けることができないウイルスベクターを意味する。
【００５０】
「医薬組成物」は、対象に投与するのに適した形態の本明細書に記載の核酸を含む製剤である。実施形態において、医薬組成物は原末又は単位剤形である。単位製剤は、例えば、カプセル、ＩＶバッグ、タブレット、エアロゾル吸入器の単一ポンプ、又はバイアルを含む様々な形態である。組成物の単位用量の有効成分の量（例えば、開示される核酸の製剤）は、有効量であり、関係する特定の治療に従って変化する。当業者は、患者の年齢及び状態によって、用量に定期的な変化をつけることが時には必要であることを理解する。用量は、投与経路によっても異なる。経口、肺、直腸、非経口、経皮、皮下、静脈内、筋肉内、腹腔内、吸入、頬、舌下、胸膜内、くも膜下腔内、鼻腔内等を含む様々な経路が考えられる。本発明の化合物の局所又は経皮投与のための剤形として、粉末、スプレー、軟膏、ペースト、クリーム、ローション、ゲル、ソリューション、パッチ、吸入が挙げられる。実施形態において、活性核酸を滅菌条件下で薬学的に許容される担体、及び防腐剤、バッファ又は必要とされる噴霧剤と混合する。
【００５１】
「薬学的に許容される」という表現は、本明細書で使用するとき、安全な医学的判断の範囲内で、過剰な毒性、刺激、アレルギー反応、又はその他の問題もしくは合併症がなく、合理的なベネフィット／リスク比に釣り合った、ヒト及び動物の組織に接触して使用するのに適した化合物、陰イオン、陽イオン、材料、組成物、担体及び／又は剤形を意味する。
【００５２】
「薬学的に許容される賦形剤」は、概して安全であり、毒性がなく、生物学的でもなく、不快なこともない医薬組成物を調製するのに有用な賦形剤を意味し、獣医学的使用及びヒトの医学的使用に許容される賦形剤を含む。本明細書及び請求項で使用される「薬学的に許容される賦形剤」はこのような賦形剤を１つ又は複数含む。薬学的に許容される賦形剤の全体的な検討は、ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ  ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ  ＳＣＩＥＮＣＥＳ（Ｍａｃｋ  Ｐｕｂ．Ｃｏ．、Ｎ．Ｊ．１９９１）で参照することができる。治療用組成物の薬学的に許容される賦形剤は、水、生理食塩水、グリセロール及びエタノール等の液体を含んでもよい。さらに、湿潤剤又は乳化剤、ｐＨ緩衝物質等の補助物質がこのようなビヒクルに存在してもよい。
【００５３】
本発明の医薬組成物は、意図した投与経路に適合するように製剤化される。投与経路の例として、非経口、例えば、静脈内、皮内、皮下、経口（例えば、吸入）、経皮的（局所）、及び経粘膜投与を含む。
【００５４】
経口投与に適した製剤は、（ａ）水、生理食塩水又はＰＥＧ４００等の希釈剤に懸濁された有効量のパッケージされた核酸、（ｂ）液体、固形物、顆粒又はゼラチン等の所定量の有効成分を含むカプセル、小袋又はタブレット、（ｃ）適切な液体の懸濁液、ならびに（ｄ）適切な乳剤から構成することができる。タブレットの形態として、１又は複数のラクトース、ショ糖、マンニトール、ソルビトール、リン酸カルシウム、コーンスターチ、ジャガイモデンプン、微結晶性セルロース、ゼラチン、コロイド状二酸化ケイ素、タルク、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、及びその他の賦形剤、着色剤、フィラー、バインダー、希釈剤、緩衝剤、湿潤剤、防腐剤、香料、染料、崩壊剤、及び薬学的に許容される担体を含むことができる。トローチ剤形は、例えばショ糖といった風味の有効成分、ならびにゼラチン及びグリセリン等の不活塩基の有効成分、又はショ糖及びアカシア乳液等、ゲル等を含むトローチを含むことができ、当該技術分野で知られる有効成分、担体に追加されて含まれる。
【００５５】
医薬組成物は、タンパク質等の大きくてゆっくりと代謝される巨大分子、キトサン等の多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸及びコポリマー（ラテックス官能化セファロース（ＴＭ）、アガロース、セルロース等）、ポリマーアミノ酸、アミノ酸コポリマー、及び脂質凝集物（油滴又はリポソーム等）も含むことができる。さらに、これらのキャリアは、免疫刺激剤（すなわちアジュバント）として機能することができる。
【００５６】
直腸投与に適した製剤として、例えば、坐剤基剤を有するパッケージされた核酸から成る坐剤が挙げられる。適切な坐剤基剤として、天然もしくは合成のトリグリセリド又はパラフィン炭化水素が挙げられる。さらに、例えば、液体トリグリセリド、ポリエチレングリコール、及びパラフィン炭化水素を含む塩基を有する選択した化合物の組み合わせから成るゼラチン直腸カプセルを使用することも可能である。
【００５７】
非経口投与、例えば、（関節の）関節内、静脈内、筋肉内、腫瘍内、皮内、腹腔内及び皮下経路に適した製剤として、水性及び非水性等張性無菌注入液が挙げられ、当該注入液は、抗酸化剤、バッファ、静菌薬、及び製剤を目的のレシピエントの血液と等張にする溶質、ならびに懸濁剤、可溶化剤、増粘剤、安定剤及び防腐剤を含むことができる。本発明の実施において、組成物は、例えば、静脈注射、経口、局所的、腹腔内、膀胱内又はくも膜下腔内に投与することができる。非経口投与、経口投与、及び静脈内投与は、好ましい投与方法である。化合物の製剤は、単位用量又はアンプル及びバイアル等複数回用量の密閉容器で提示することができる。
【００５８】
非経口、皮内又は皮下適用に使用される溶液又は懸濁液は、注射用水、生理食塩水液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール又はその他の合成溶剤等の無菌希釈剤；ベンジルアルコール又はメチルパラベン等の抗酸化剤；アスコルビン酸又は亜硫酸水素ナトリウム等の抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸等のキレート剤、酢酸塩、クエン酸又はリン酸塩等のバッファ、及び塩化ナトリウム又はブドウ糖等の浸透圧を調整する剤といった成分を含むことができる。ｐＨは、塩酸又は水酸化ナトリウム等の酸及び塩基で調整することができる。非経口調製物は、アンプル、使い捨てのシリンジ又はガラスもしくはプラスチック製の複数回バイアルに封入することができる。
【００５９】
本発明の医薬組成物は、化学療法に現在使用される良く知られている多くの方法で対象に投与することができる。例えば、癌治療のために、本発明の組成物は、腫瘍に直接注入してもよいし、血流もしくは体腔に注入されてもよいし、経口投与されてもよいし、又はパッチで皮膚を通して適用されてもよい。選択される用量は、効果的な治療を構成するのに十分であるが、許容できない副作用を引き起こすほど高用量であるべきではない。患者の疾患の状態（例えば、癌、前癌等）及び健康は、治療後の合理的な期間の最中及びその間、好ましくは綿密にモニターされるべきである。
【００６０】
「単剤療法」は、本明細書で使用するとき、治療を必要とする対象に単一の活性又は治療化合物を投与することを意味する。好ましくは、単剤療法は、治療有効量の活性組成物（例えば、核酸）を投与することを伴う。例えば、本明細書は、癌治療を必要とする対象に対して、本発明の核酸の１つで癌単剤療法を記載することができる。単独療法は、併用療法と対比してもよく、複数の活性組成物（例えば、複数の核酸）の組み合わせを投与し、好ましくは、併用療法の各成分は治療有効量で存在する。本発明の組成物の単剤療法は、望ましい生物学的効果を誘導する点で、併用療法より効果的でありうる。
【００６１】
「併用療法」（「ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  ｔｈｅｒａｐｙ」又は「ｃｏ−ｔｈｅｒａｐｙ」）は、本発明の組成物及びこれらの薬剤の相互作用から有益効果を提供するように意図された特定の治療レジメンの部分として、少なくとも１つの第２薬剤を投与することを含む。併用療法の有益効果として、治療薬の併用から生じる薬物動態又は薬力学的相互作用を挙げることができるが、これに限定されない。これらの治療薬の併用投与は、通常、規定された期間行われる（選択する併用に依存して通常、数分、数時間、数日又は数週間）。「併用療法」は、概して、偶発的、恣意的に本発明の併用剤になる別々の単剤療法レジメンの一部として２つ以上のこれらの治療薬を投与することを含むことを意図しない。
【００６２】
「併用療法」は、順番にこれらの治療薬を投与することを含むことを意図し、各治療薬は、異なる時間に投与され、実質的に同時に、これらの治療薬又は少なくとも２つの治療薬が投与される。実質的な同時投与は、例えば、各治療薬の固定した比を有する単一のカプセル、又は各治療薬について複数の単一のカプセルで対象に投与することによって、達成することができる。各治療薬の連続又は実質的に同時投与は、経口経路、静脈経路、筋肉内経路、粘膜組織を通じて直接吸収ことを含むがこれに限定されない適切な経路によって影響を受ける可能性がある。治療薬は、同じ経路又は異なる経路によって投与することができる。例えば、選択された併用の第１治療薬は、静脈注射によって投与され、併用の他の治療薬は経口投与されてもよい。あるいは、例えば、全ての治療薬は経口投与されてもよいし、又は静脈注射によって投与されてもよい。治療薬を投与する順序は厳密ではない。
【００６３】
「併用療法」は、その他の生物学的有効成分と非薬物療法（例えば、手術又は放射線治療）とさらに組み合わせて、前述の記載の治療薬を投与することも含む。併用療法をさらに非薬物治療を含む場合、非薬物治療は、治療薬と非薬物治療の併用の相互作用から得られる有益効果が達成される限り、任意の適切な時間に実施してもよい。例えば、適切な場合では、有益効果は、非薬物治療が治療薬の投与から、おそらく数日又は数週間取り除かれても達成される。
【００６４】
本発明の組成物は、第２化学療法薬と併用して投与してもよい。第２化学療法薬（抗悪性腫瘍薬又は抗増殖剤とも呼ぶ）は、アルキル化剤；抗生物質；代謝拮抗薬；解毒剤；インターフェロン；ポリクローナル又はモノクローナル抗体；ＥＧＦＲ阻害剤；ＨＥＲ２阻害剤；ヒストン脱アセチル化酵素；ホルモン；有糸分裂阻害剤；ＭＴＯＲ阻害剤；マルチキナーゼ阻害剤；セリン／スレオニンキナーゼ阻害剤；チロシンキナーゼ阻害剤；ＶＥＧＦ／ＶＥＧＦＲ阻害剤；タキサン又はタキサン誘導体、アロマターゼ阻害薬、アントラサイクリン、微小管標的薬；トポイソメラーゼ毒薬、分子標的又は酵素の阻害剤（例えば、キナーゼ又はタンパク質メチル化酵素）、シチジン類似体薬又は化学療法薬、抗悪性腫瘍薬又は抗増殖薬であってもよく、ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｏｒｇ／ｄｏｃｒｏｏｔ／ｃｄｇ／ｃｄｇ＿０．ａｓｐに列挙されている。
【００６５】
「治療必要とする対象」又は「患者」は、本明細書で使用するとき、癌を有する対象である。治療を必要とする対象は、前癌状態を有する可能性がある。通常、治療を必要とする対象は癌を有する。「対象」又は「患者」は哺乳動物を含む。哺乳動物は、例えば、ヒト又は適切な非ヒト哺乳動物、例えば、霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヤギ、ラクダ、ヒツジ、又はブタであってもよい。対象はトリ又は家禽であってもよい。実施形態において、哺乳動物はヒトである。したがって、方法はヒト治療と獣医学的応用の両方に適用することができる。
【００６６】
用語「癌」は、本明細書で使用するとき、白血病、リンパ腫、黒色腫、神経内分泌腫瘍、癌及び肉腫を含む哺乳動物に見られるあらゆる種類の癌、腫瘍又は悪性腫瘍を意味する。本明細書で提供する組成物、医薬組成物、又は方法で治療することができる例示的な癌として、リンパ腫、肉腫、膀胱癌、骨癌、脳癌、子宮頚癌、大腸癌、食道癌、胃癌、頭頸部癌、腎臓癌、骨髄腫、甲状腺癌、白血病、前立腺癌、乳癌（例えばトリプルネガティブ、ＥＲ陽性、ＥＲ陰性、化学療法耐性、ハーセプチン耐性、ＨＥＲ２陽性、ドキソルビシン耐性、タモキシフェン耐性、腺管癌、小葉癌、原発性、転移性）、卵巣癌、膵癌、肝癌（例えば、肝細胞癌）、肺癌（例えば、非小細胞肺癌、肺扁平上皮細胞癌、腺癌、肺大細胞癌、肺小細胞癌、カルチノイド、肉腫）、多形神経膠芽腫、神経膠腫、黒色腫、前立腺癌、去勢抵抗性前立腺癌、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、膠芽腫、卵巣癌、肺癌、扁平上皮細胞癌（例えば、頭、首、又は食道）、結腸直腸癌、白血病、急性骨髄性白血病、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫又は多発性骨髄腫が挙げられる。その他の例として、甲状腺、内分泌系、脳、乳房、子宮頸部、結腸、頭頸部、食道、肝臓、腎臓、肺、非小細胞肺の癌、黒色腫、中皮腫、卵巣、肉腫、胃、子宮又は髄芽腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、神経膠腫、神経膠腫、多形神経膠芽腫、卵巣癌、横紋筋肉腫、原発性血小板増加症、原発性マクログロブリン血症、原発性脳腫瘍、癌、悪性膵インスリノーマ、悪性カルチノイド、膀胱癌、前悪性皮膚病変、精巣癌、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽細胞腫、食道癌、泌尿生殖器系癌、悪性高カルシウム血症、子宮体癌、副腎皮質癌、膵内分泌又は膵外分泌、甲状腺髄様癌、甲状腺髄様癌、悪性黒色腫、結腸直腸癌、甲状腺乳頭癌、肝細胞癌、乳頭のパジェット病、葉状腫瘍、小葉癌、腺管癌、膵星細胞の癌、肝星細胞の癌又は前立腺癌が挙げられる。
【００６７】
用語「白血病」は、広義に、造血臓器の進行性、悪性疾患を意味し、概して、血液及び骨髄の白血球及びその前駆体の歪んだ増殖及び発現を特徴とする。白血病は、（１）疾患の急性又は慢性の期間及び特徴、（２）関係する細胞の種類；骨髄（骨髄性）、リンパ球（リンパ向性）、又は単球性；ならびに（３）血液−白血病性又は無白血病性（亜白血性）における異常細胞の数の増加又は増加しないことに基づいて概して臨床的に分類される。本明細書で提供する組成物、医薬組成物、又は方法で治療することができる白血病の例として、例えば、急性非リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、非白血性白血病、白血球血症白血病、好塩基球性白血病、芽球細胞白血病（ｂｌａｓｔ  ｃｅｌｌ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、ウシ白血病、慢性骨髄性白血病、皮膚白血病、胎児性白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、有毛細胞白血病、赤血球性白血病、血球芽細胞白血病、組織球白血病、幹細胞白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈａｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ芽球性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈａｔｉｃｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｇｅｎｏｕｓ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｉｄ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ肉腫細胞白血病、肥満細胞白血病、巨核芽球白血病、小骨髄芽球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄性白血病、ｍｙｅｌｏｉｄ  ｇｒａｎｕｌｏｃｙｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ、骨髄単球性白血病、ネーゲリ白血病（Ｎａｅｇｅｌｉ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａｃｅｌｌｌｅｕｋｅｍｉａ）、多発性骨髄腫、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａｃｙｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、前骨髄球性白血病、リーダー細胞性白血病、シリング白血病、幹細胞白血病、亜白血性白血病、又は未分化細胞白血病が挙げられる。
【００６８】
用語「肉腫」は、概して、胚性結合組織のような物質で構成される腫瘍を指し、概して、微小繊維状又は均一な物質に埋め込まれた密集した細胞から構成される。本明細書で提供する組成物、医薬組成物、又は方法で治療することができる肉腫として、軟骨肉腫、線維肉腫、リンパ肉腫、黒色肉腫、粘液肉腫、骨肉腫、アベメシー肉腫、脂肪肉腫（ａｄｉｐｏｓｅ  ｓａｒｃｏｍａ）、脂肪肉腫（ｌｉｐｏｓａｒｃｏｍａ）、胞状軟部肉腫、エナメル上皮肉腫、ブドウ状横紋筋肉腫、緑色腫肉腫、絨毛癌、胎児肉腫、ウィルムス腫瘍肉腫、子宮肉腫、間質肉腫、ユーイング肉腫、筋肉腫、線維芽肉腫、巨細胞肉腫、顆粒球肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血性肉腫、Ｂ細胞免疫芽球肉腫、リンパ腫、Ｔ細胞の免疫芽球肉腫、ジェンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー細胞肉腫、血管肉腫、白血肉腫、悪性間葉腫肉腫、傍骨性骨肉腫、網状赤血球肉腫、ラウス肉腫、漿液嚢胞性肉腫、滑膜肉腫、又は毛細血管拡張性肉腫（ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｌｔｉｃ  ｓａｒｃｏｍａ）が挙げられる。
【００６９】
用語「黒色腫」は、皮膚及びその他の臓器のメラニン細胞系から生じる腫瘍を意味する。本明細書で提供する組成物、医薬組成物、又は方法で治療することができる黒色腫として、例えば、末端黒子型黒色腫、無色素性メラノーマ、良性若年性黒色腫、クラウドマン黒色腫、Ｓ９１黒色腫、ハーディング−パッセー黒色腫、若年性黒色腫、悪性黒子由来黒色腫、悪性黒色腫、結節性黒色腫、爪下黒色腫、又は表在拡大型黒色腫が挙げられる。
【００７０】
用語「癌」は、周囲組織に浸潤し、転移を起こす傾向のある上皮細胞から成る悪性新増殖物を意味する。本明細書で提供する組成物、医薬組成物、又は方法で治療することができる癌の例として、例えば、甲状腺髄様癌、家族性甲状腺髄様癌、腺癌、腺房癌、小葉癌、腺嚢癌腫、腺様嚢胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ａｄｅｎｏｍａｔｏｓｕｍ）、副腎皮質癌、肺胞癌、細気管支肺胞上皮癌、基底細胞癌、基底細胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｂａｓｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、類基底細胞癌、気管支肺胞上皮癌、細気管支癌、気管支原性肺癌、大脳様癌（ｃｅｒｅｂｒｉｆｏｒｍ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、胆管細胞癌、絨毛癌、粘液癌、面皰癌、子宮体癌（ｃｏｒｐｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、篩状癌、装甲癌、皮膚癌、円柱細胞癌（ｃｙｌｉｎｄｒｉｃａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、円柱細胞癌（ｃｙｌｉｎｄｒｉｃａｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺管癌（ｄｕｃｔ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺管癌（ｄｕｃｔａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、緻密癌腫（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｄｕｒｕｍ）、胚性癌腫、脳様癌、類表皮癌、アデノイド上皮癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌｅ  ａｄｅｎｏｉｄｅｓ）、外向発育癌、潰瘍癌、線維性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｆｉｂｒｏｓｕｍ）、ゼラチン状癌腫（ｇｅｌａｔｉｎｉｆｏｒｎｉ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、コロイド腺癌、巨細胞癌（ｇｉａｎｔ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、巨細胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｇｉｇａｎｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、腺上皮にできる悪性腫瘍、顆粒膜細胞癌、毛母癌、肝様腺癌（ｈｅｍａｔｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、肝細胞癌、ハースル細胞癌、硝子様癌（ｈｙａｌｉｎｅ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、グラヴィッツ腫瘍（ｈｙｐｅｒｎｅｐｈｒｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、小児型胎児性癌、上皮内癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｉｎ  ｓｉｔｕ）、表皮内癌、上皮内癌（ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、クロムペッヘル癌（Ｋｒｏｍｐｅｃｈｅｒ’ｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、クルチツキー癌、大細胞癌、レンズ状癌（ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、レンズ状癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒｅ）、脂肪肉腫、小葉癌、リンパ上皮癌、髄様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｅｄｕｌｌａｒｅ）、髄様癌（ｍｅｄｕｌｌａｒｙ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、黒色癌（ｍｅｌａｎｏｔｉｃ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、軟癌腫（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｏｌｌｅ）、粘液性癌（ｍｕｃｉｎｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、粘液性癌腫（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｕｃｉｐａｒｕｍ）、粘液細胞性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｕｃｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、粘表皮癌、粘液癌、粘液性癌、粘液腫状癌、上咽頭癌、燕麦細胞癌、骨化性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｓｓｉｆｉｃａｎｓ）、類骨癌（ｏｓｔｅｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、乳頭癌、門脈周囲性癌（ｐｅｒｉｐｏｒｔａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、前浸潤癌、有刺細胞癌、粥状癌腫（ｐｕｌｔａｃｅｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腎細胞癌、予備細胞癌、肉腫様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｓａｒｃｏｍａｔｏｄｅｓ）、シュナイダー癌腫、硬性癌、陰嚢癌、印環細胞癌、単純癌、小細胞癌、ソラノイド癌腫（ｓｏｌａｎｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、回転楕円面細胞癌腫、紡錘細胞癌、海綿様癌、扁平上皮癌（ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、扁平上皮癌（ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、ストリング癌（ｓｔｒｉｎｇ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、毛細血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｔｉｃｕｍ）、毛細血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔｏｄｅｓ）、移行上皮癌、結節癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）、管状癌、結節癌（ｔｕｂｅｒｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、疣状癌、又は絨毛癌が挙げられる。
【００７１】
用語「転移」、「転移性」及び「転移癌」は、本明細書で使用するとき、同じ意味で使用することができ、増殖性疾患又は障害、例えば、癌が１つの臓器又は別の隣接していない臓器又は身体部分から拡散することを意味する。源を発する部位で発生した癌を原発性腫瘍、例えば、原発性乳癌と呼ぶ。原発性腫瘍又は源を発する部位のいくつかの癌細胞は、浸透し、局所領域の周囲の正常細胞に浸透する能力、ならびに／又はリンパ系又は系から他の部位及び身体の組織に循環する血管系に侵入する能力を獲得する。原発性腫瘍の癌細胞から形成される第２の臨床的に検出可能な腫瘍は、転移性又は二次腫瘍と呼ぶ。癌細胞が転移すると、転移性腫瘍及びその細胞は、元の腫瘍に類似すると推定される。したがって、肺癌が乳房に転移する場合、乳房の部位の二次腫瘍は、異常な肺細胞及び異常ではない乳房細胞から成る。この乳房の二次性腫瘍は転移性肺癌と呼ぶ。したがって、転移性癌という表現は、対象が原発性腫瘍を有するもしくは有した、及び１又は複数の二次腫瘍を有する疾患を意味する。「非転移性癌」又は「転移ではない癌を有する患者」という表現は、対象が原発性腫瘍を有するが、１又は複数の二次腫瘍を有しない疾患を意味する。例えば、転移性肺癌は、原発性肺腫瘍の病歴を有し、第２の場所又は複数の場所、例えば乳房に１又は複数の二次腫瘍を有する対象の疾患を意味する。
【００７２】
治療対象の癌は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ（ＡＪＣＣ）ＴＮＭ分類系に従ってステージに分けることができ、腫瘍（Ｔ）は、ＴＸ、Ｔ１、Ｔ１ｍｉｃ、Ｔ１ａ、Ｔ１ｂ、Ｔ１ｃ、Ｔ２、Ｔ３、Ｔ４、Ｔ４ａ、Ｔ４ｂ、Ｔ４ｃ又はＴ４ｄのステージに割りつけられ、局所のリンパ節（Ｎ）は、ＮＸ、Ｎ０、Ｎ１、Ｎ２、Ｎ２ａ、Ｎ２ｂ、Ｎ３、Ｎ３ａ、Ｎ３ｂ、又はＮ３ｃのステージに割り付けられ、遠隔転移（Ｍ）は、ＭＸ、Ｍ０、又はＭ１のステージに割り付けることができる。治療対象の癌は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ（ＡＪＣＣ）分類に従って、ステージＩ、ステージＩＩＡ、ステージＩＩＢ、ステージＩＩＩＡ、ステージＩＩＩＢ、ステージＩＩＩＣ、又はステージＩＶとしてステージに分けることができる。治療対象の癌は、ＡＪＣＣ分類に従って、グレードＧＸ（例えば、グレードは評価することができない）、グレード１、グレード２、グレード３又はグレード４としてグレードに分けることができる。治療対象の癌は、ｐＮＸ、ｐＮ０、ＰＮ０（Ｉ−）、ＰＮ０（Ｉ＋）、ＰＮ０（ｍｏｌ−）、ＰＮ０（ｍｏｌ＋）、ＰＮ１、ＰＮ１（ｍｉ）、ＰＮ１ａ、ＰＮ１ｂ、ＰＮ１ｃ、ｐＮ２、ｐＮ２ａ、ｐＮ２ｂ、ｐＮ３、ｐＮ３ａ、ｐＮ３ｂ、又はｐＮ３ｃのＡＪＣＣ病理学分類（ｐＮ）に従って、ステージに分けることができる。
【００７３】
治療対象の癌は、直径約２ｃｍ未満又は等しいと測定された腫瘍を含むことができる。治療対象の癌は、直径約２ｃｍ〜約５ｃｍと測定された腫瘍を含むことができる。治療対象の癌は、直径３ｃｍ超又は等しいと測定された腫瘍を含むことができる。治療対象の癌は、直径５ｃｍ超と測定された腫瘍を含むことができる。治療対象の癌は、顕微鏡による形で、高分化、中分化、低分化、又は未分化に分類することができる。治療対象の癌は、顕微鏡による形で、有糸分裂数（例えば、細胞分裂の量）又は核多形性（例えば、細胞の変化）によって分類することができる。治療対象の癌は、顕微鏡による形で、壊死の領域（死細胞又は変性細胞の領域）に関連していると分類することができる。治療対象の癌は、異常な核型、異常な数の染色体、又は形が異常な１又は複数の染色体を有すると分類することができる。治療対象の癌は、異数体、三倍体、四倍体である、又は変化した倍数性有すると分類することができる。治療対象の癌は、染色体転位置、又は染色体全体の削除もしくは重複、又は染色体の部分の削除、重複又は増幅の領域を有すると分類することができる。
【００７４】
治療対象の癌は、ＤＮＡサイトメトリー、フローサイトメトリー、又はイメージサイトメトリーによって評価することができる。治療対象の癌は、細胞分裂の合成ステージ（例えば、細胞分裂のＳ相）の細胞の約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、又は９０％を有するとして分類することができる。治療対象の癌は、低Ｓ相画分又は高Ｓ相画分を有するとして分類することができる。
【００７５】
本明細書で提供される「有効量」又は「治療有効な量」は、意図した目的を達成するために効果的な量を意味する。とりわけ、特定の適用に効果的な実際量は、治療条件に依存する。疾患を治療する方法で投与されるとき、本明細書に記載の医薬組成物は、望ましい結果、例えば、腫瘍に対する免疫応答を引き出す、及び／又は疾患の症状（例えば癌）の進行を減少する、なくす、又は遅らせることを達成する、又は検出可能な治療的もしくは阻害効果を表すために有効な量の活性化核酸又は増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を含有する。その効果は、当該技術分野で知られる測定方法で検出することができる。対象にとって正確な有効量は、対象の体重、大きさ、健康状態、病態の性質及び範囲、ならびに治療薬又は投与のために選択される治療薬の組み合わせに依存する。所与の状況によって治療有効量は、臨床医のスキル及び判断の範囲にある通常の実験によって決定することができる。好ましい態様において、治療対象の疾患又は病態は癌である。
【００７６】
「治療」又は「治療する」は本明細書で使用するとき、疾患、病態又は障害に立ち向かう目的で患者を管理及び治療することを記載し、本発明の組成物を投与し、疾患、病態又は障害の症状又は合併症を軽減し、又は疾患、病態又は障害をなくすことを含む。用語「治療する」は、インビトロの細胞又は動物モデルの治療も含むことができる。
【００７７】
用語「軽減する」は、本明細書で使用するとき、障害の徴候又は症状の重症度を減少するプロセスを記載することを意味する。重要なこととして、徴候又は症状は、なくならないが軽減することができる。本発明の組成物又は医薬組成物の投与は、徴候又は症状をなくしうる、又はなくすることができるが、なくすことは要求されない。効果的な用量は、徴候又は症状の重症度を減少すると予想されるべきである。例えば、癌等の障害の徴候又は障害は、複数の場所で発生しうるが、癌の重症度が複数の場所の少なくとも１つで減少すれば、軽減される。
【００７８】
用語「重症度」は、本明細書で使用するとき、癌が前癌性又は良性状態から悪性状態に変性する能力を記載することを意味する。あるいは、又はその他に、重症度は、例えば、ＴＮＭシステム（ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｕｎｉｏｎ  Ａｇａｉｎｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ（ＵＩＣＣ）及びｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ（ＡＪＣＣ）によって承認されている）又はその他の当該技術分野で認識されている方法によって、癌のステージを記載することを意味する。癌のステージは、原発性腫瘍の場所、腫瘍の大きさ、腫瘍の数、及びリンパ節の関与（リンパ節への癌の拡散）等の要因に基づいて、癌の範囲又は重症度を意味する。あるいは、又はその他に、重症度は、当該技術分野で認識されている方法によって腫瘍のグレードを記載することを意味する（国立癌研究所ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖを参照のこと）。腫瘍のグレードは、顕微鏡下で腫瘍がどれくらい異常なのか、どのくらいの速さで腫瘍が増殖し、拡散しそうなのかについて、癌細胞を分類するために使用されるシステムである。細胞の構造及び増殖パターンを含む腫瘍のグレードを決定するとき、多くの要因が考えられる。腫瘍のグレードを決定するために使用される特定の要因は、癌のそれぞれの種類によって変化する。重症度は、分化とも呼ばれる組織学的なグレードも記載し、どれくらい腫瘍細胞が、同組織タイプの正常細胞に類似しているかを意味する（国立癌研究所ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖを参照のこと）。さらに、重症度は核異型度を記載し、腫瘍細胞の大きさ及び形状、ならびに分裂している腫瘍細胞の割合を意味する（国立癌研究所ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖを参照のこと）。
【００７９】
重症度は、腫瘍が増殖因子を分泌し、細胞外マトリックスを分解し、血管形成し、並置した組織への接着を失い、又は転移する程度を記載することもできる。さらに、重症度は、原発腫瘍が転移した場所の数を記述することができる。そして、重症度は、様々な種類及び場所の腫瘍の治療の難しさを含むことができる。例えば、手術不能の腫瘍、複数の身体系にかなり多くアクセスしている癌（血液学的及び免疫学的腫瘍）、伝統的な治療法に最も耐性のある腫瘍が、最も重症であると考えられる。これらの状況において、対象の寿命を伸ばすこと、及び／又は痛みを減らすこと、癌性細胞の割合を減少すること、又は細胞を１つの系に制限すること、癌ステージ／腫瘍グレード／組織学的グレード／核異型度を改善することが、癌の徴候又は症状を軽減すると考えられる。
【００８０】
用語「症状」は、本明細書で使用するとき、疾患、病気、損傷、又は身体に正しくないことの指標として規定される。症状は、症状を経験している個体によって感じ又は気づかれるが、他者には容易に気づくことができない。他者は、医療従事者ではない。
【００８１】
用語「徴候」は、本明細書で使用するとき、身体に正しくないことの指標としても規定される。しかし、徴候は、医師、看護師、又はその他の医療従事者によって見ることができるものとして定義される。
【００８２】
癌は、ほとんどの徴候又は症状を引き起こしうる疾患のグループである。徴候と症状は、癌の大きさ、癌がどれくらい近くの臓器又は構造に影響するかに依存する。癌が拡散する（転移する）場合、症状が身体の異なる部分に見ることができる。例えば、癌は、発熱、疲労、又は体重の減少等の症状を引き起こすこともある。痛みは骨癌又は精巣癌等のいくつかの癌の初期症状になりうる。ほとんどの痛みが進行した疾患の症状である。皮膚の癌とともに、いくつかの内部の癌は、見ることができる皮膚の徴候を引き起こしうる。これらの変化は、肌が暗く見える（色素増加症）、黄色（黄疸）、又は赤色（紅斑）；かゆみ、又は過剰に髪が伸びることを含む。
【００８３】
あるいは、又はその他に、癌にサブタイプは特定の徴候又は症状を示す。排便習慣又は膀胱機能の変化は、癌を示す可能性がある。長期的な便秘、下痢、又は便の大きさの変化は、結腸直腸癌の兆候となりうる。排尿に伴う痛み、血尿、又は（より頻繁又はより少なくい排尿等の）膀胱機能の変化は、膀胱癌又は前立腺癌に関係しうる。
【００８４】
肌の状態又は新しい肌の状態の見た目の変化は、癌を示しうる。皮膚癌は出血し、治癒しない傷のように見えることがある。口の中で長期的な痛みは、特に煙、かみタバコ又はアルコールをよく飲む患者の口腔癌を示しうる。ペニス又は膣の傷は、感染症又は初期癌の兆候の何れかの徴候になりうる。
【００８５】
異常な出血又は排泄は、癌を示しうる。異常な出血は、初期又は進行癌の何れかで起こりうる。血の混じった痰（ｓｐｕｔｕｍ、ｐｈｌｅｇｍ）は、肺癌の兆候となりうる。血便（又は暗い又は黒色便）は、結腸直腸癌又は直腸がんの徴候となりうる。子宮頸部又は子宮内膜（子宮内膜）の癌は、膣からの出血を引き起こす可能性がある。血尿は、膀胱癌又は腎臓癌の徴候となりうる。乳頭からの血液分泌は、乳癌の徴候となりうる。
【００８６】
乳房又は身体の他の部分の肥厚又はしこりは、癌の存在を示しうる。多くの癌は、皮膚、多くは乳房、精巣、リンパ節（腺）、及び身体の軟部組織を通じて感じることができる。しこり又は肥厚は、癌の初期又は後期の徴候となりうる。しこり又は肥厚は、とりわけ新しく形成される又はサイズが大きくなっている場合、癌を示しうる。
【００８７】
消化障害又は嚥下の問題は癌を示しうる。これらの症状は、一般的に、他の原因を有し、消化障害又は嚥下の問題は、食道、胃、又は咽頭（喉）の癌の徴候となりうる。
【００８８】
いぼ又はほくろの最近になっての変化は、がんを示しうる。色、サイズ、又は形状が変化している、又は明確な境界がなくなっているいぼ、ほくろ又はそばかすは、潜在的な癌の発現を示す。例えば、皮膚病変は、黒色腫でありうる。
【００８９】
持続性の咳又は嗄声は、癌を示しうる。咳がなくならないことは、肺癌の徴候となりうる。嗄声は、喉頭（発声器）又は甲状腺の癌の徴候となりうる。
【００９０】
上記の徴候及び症状は、癌で見られることの多くであるが、あまり見られなく、本明細書では挙げていない多くの他の徴候及び症状がある。
【００９１】
癌治療は、腫瘍の大きさを減少させることになりうる、又は減少する可能性がある。腫瘍の大きさの減少は、「腫瘍縮小」として呼ばれることもある。好ましくは、治療後、腫瘍の大きさは、治療前の大きさより約５％以上減少し、より好ましくは腫瘍の大きさは約１０％以上減少し、より好ましくは約２０％以上減少し、より好ましくは約３０％以上減少し、より好ましくは約４０％以上減少し、さらにより好ましくは約５０％以上減少し、又は最も好ましくは約７５％以上減少する。腫瘍の大きさは、再現可能な測定方法で測定することができる。腫瘍の大きさは、腫瘍の直径として測定される。
【００９２】
癌治療は、腫瘍量を減少させることになりうる、又は減少する可能性がある。好ましくは、治療後、腫瘍量は、治療前の大きさより約５％以上減少し、より好ましくは、腫瘍量は約１０％以上減少し、より好ましくは約２０％以上減少し、より好ましくは約３０％以上減少し、より好ましくは約４０％以上減少し、さらにより好ましくは約５０％以上減少し、又は最も好ましくは約７５％以上減少する。腫瘍量は、再現可能な測定方法で測定することができる。
【００９３】
癌治療は、腫瘍の数を減少させることになりうる、又は減少する可能性がある。好ましくは、治療後、腫瘍の数は、治療前の大きさより約５％以上減少し、より好ましくは腫瘍の数は約１０％以上減少し、より好ましくは約２０％以上減少し、より好ましくは約３０％以上減少し、より好ましくは約４０％以上減少し、さらにより好ましくは約５０％以上減少し、又は最も好ましくは約７５％超減少する。腫瘍の数は、再現可能な測定方法で測定することができる。腫瘍の数は、裸眼又は特定の倍率で見ることができる腫瘍を数えることによって、測定することができる。好ましくは、特定の倍率は、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、又は５０倍である。
【００９４】
癌治療は、原発性腫瘍部位から離れたその他の組織又は臓器の転移病変の数を減少しうる、又は減少することができる。好ましくは、治療後、転移病変の数は、治療前の大きさより約５％以上減少し、より好ましくは転移病変の数は約１０％以上減少し、より好ましくは約２０％以上減少し、より好ましくは約３０％以上減少し、より好ましくは約４０％以上減少し、さらにより好ましくは約５０％以上減少し、又は最も好ましくは約７５％超減少する。転移病変の数は、再現可能な測定方法で測定することができる。転移病変の数は、裸眼又は特定の拡大率で見ることができる転移病変を数えることによって、測定することができる。好ましくは、特定の倍率は、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、又は５０倍である。
【００９５】
癌治療は、担体のみを受け取っている集団より、治療を受けた対象の集団の平均生存期間を増加しうる、又は増加することができる。好ましくは、平均生存期間は３０日以上、好ましくは６０日以上、より好ましくは９０日以上、最も好ましくは１２０日以上増加する。集団の平均生存時間の増加は、再現可能な手段によって測定することができる。集団の平均生存期間の増加は、例えば、集団について、活性組成物による治療の開始後の平均生存期間を計算することによって測定することができる。集団の平均生存期間の増加は、例えば、集団について、活性組成物による第１ラウンドの治療の終了後の平均生存期間を計算することによっても測定することができる。
【００９６】
癌治療は、未治療の対象の集団より、治療を受けた対象の集団の平均生存期間を増加しうる、又は増加することができる。好ましくは、平均生存期間は３０日以上、好ましくは６０日以上、より好ましくは９０日以上、最も好ましくは１２０日以上増加する。集団の平均生存時間の増加は、再現可能な手段によって測定することができる。集団の平均生存期間の増加は、例えば、集団について、活性組成物による治療の開始後の平均生存期間を計算することによって測定することができる。集団の平均生存期間の増加は、例えば、集団について、活性組成物による第１ラウンドの治療の終了後の平均生存期間を計算することによっても測定することができる。
【００９７】
癌治療は、本発明の組成物ではない薬剤による単独療法を受けている集団より、治療を受けた対象の集団の平均生存期間を増加しうる、又は増加することができる。好ましくは、平均生存期間は３０日以上、好ましくは６０日以上、より好ましくは９０日以上、最も好ましくは１２０日以上増加する。集団の平均生存時間の増加は、再現可能な手段によって測定することができる。集団の平均生存期間の増加は、例えば、集団について、活性組成物による治療の開始後の平均生存期間を計算することによって測定することができる。集団の平均生存期間の増加は、例えば、集団について、活性組成物による第１ラウンドの治療の終了後の平均生存期間を計算することによっても測定することができる。
【００９８】
癌治療は、担体のみを受け取っている集団より、治療を受けた対象の集団の死亡率を減少しうる、又は減少することができる。癌治療は、未治療の集団より、治療を受けた対象の集団の死亡率を減少しうる、又は減少することができる。癌治療は、本発明の組成物ではない薬剤、又はその薬学的に許容される塩、プロドラッグ、代謝産物、類似体もしくは誘導体による単独療法を受けている集団より、治療を受けた対象の集団の死亡率を減少しうる、又は減少することができる。好ましくは、死亡率は、２％以上、より好ましくは５％以上、より好ましくは１０％以上、最も好ましくは２５％以上減少する。治療対象の集団の死亡率の減少は、再現可能な手段によって測定することができる。集団の死亡率の減少は、例えば、集団について、活性組成物による治療の開始後の単位期間あたりの疾患関連死の平均数を計算することによって測定することができる。集団の死亡率の減少は、例えば、集団について、活性組成物による第１ラウンドの治療の終了後の単位期間あたりの疾患関連死の平均数を計算することによっても測定することができる。
【００９９】
癌治療は、腫瘍の増殖率を減少しうる、又は減少することができる。好ましくは、治療後の腫瘍増殖率は、治療前より少なくとも５％減少し、より好ましくは、腫瘍増殖率は、少なくとも１０％、より好ましくは少なくとも２０％、より好ましくは少なくとも３０％、より好ましくは少なくとも４０％、さらにより好ましくは少なくとも５０％、少なくとも５０％、最も好ましくは少なくとも７５％減少する。腫瘍増殖率は、再現可能な測定方法で測定することができる。腫瘍増殖率は、単位期間あたりの腫瘍径の変化に従って測定することができる。
【０１００】
癌治療は、腫瘍の再増殖を減少しうる、又は減少することができる。好ましくは、治療後、腫瘍の再増殖は、５％未満であり、より好ましくは、腫瘍の再増殖は１０％未満、より好ましくは２０％未満、より好ましくは３０％未満、より好ましくは４０％未満、より好ましくは５０％未満、さらにより好ましくは５０％未満、最も好ましくは７５％未満である。腫瘍の再増殖は、再現可能な測定方法で測定することができる。腫瘍の再増殖は、例えば、治療後の先の腫瘍収縮の後の腫瘍の直径の増加を測定することによって測定する。腫瘍の再増殖の減少は、治療が終了した後に、腫瘍の再発の失敗によって示される。
【０１０１】
ＩＩ．組成物
本発明は、癌細胞を破壊する内因性Ｔ細胞の能力を増加させる新規の免疫療法を提供する。免疫療法の理論的根拠は、抗原提示細胞によってヘルパーＴ細胞及び細胞傷害性Ｔ細胞に提示されるとき、免疫原性になる強力な抗原で満ちていることである。癌に対する既存の免疫療法に比べて、本明細書に記載の免疫療法のプラットフォーム（例えば、組成物及び方法）は、いくつかの利益及び長所を提供する。例えば、本明細書に記載の免疫療法のプラットフォーム（例えば、組成物及び方法）は、より大きい有効性で（例えば、その他の免疫療法の１０倍以上）で抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の集団を刺激する。本明細書に記載のプラットフォームは、知られているネオ抗原と知られていないネオ抗原の両方の急速な発現を可能にする。本明細書に記載のプラットフォームは、多重に受けることができ、例えば、患者は、１個以上のタンパク質／核酸（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又はそれより多くの本明細書に記載のタンパク質／核酸）を治療のために摂取することができる。本明細書に記載のプラットフォームは、容易に拡張することもでき、例えば、本明細書に記載のタンパク質／核酸／ベクター／医薬組成物は、大量に作製され、使用の準備をすることができる。本明細書に記載のプラットフォームは、運ぶのが容易で都合がよく、したがって、個別の患者に優れた受け入れ可能な個別治療を提供する。本発明のプラットフォームによるこのような個別治療の例示的な治療ワークフローを図３に説明する。本明細書に記載のプラットフォームは、また、多くの潜在的な欠点及び他の免疫療法が直面している課題を回避する。例えば、本発明の核酸は、通常、投与のためにリポソームで包装されるため、ゲノム統合を行わない。プラットフォームは、また、構築物／ベクターに挿入された特定のネオ抗原ペプチド配列だけが提示されるため、オフターゲット効果を有しない。プラットフォームは、また、自己免疫性のリスクを増加させない。プラットフォームは、最適化された翻訳を使用し、そのため、代わりのスタートリードの機会を減少する。
【０１０２】
したがって、一態様において、本発明は、成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに共有結合する癌抗原ペプチド（すなわちネオ抗原）を含むタンパク質（又は融合タンパク質）を提供し、癌抗原ペプチドは、ＭＨＣＩＩ型ペプチドに非共有結合的に直接結合することができる。本明細書に記載の１又は複数の融合タンパク質を含む構築物は、ＣＤ４ｓｅｅ構築物と呼ぶ。
【０１０３】
実施形態において、癌抗原ペプチドは、成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに対してＮ末端である。
【０１０４】
実施形態において、タンパク質は、癌抗原ペプチドに共有結合するペプチドリンカー及びＭＨＣＩＩ型ペプチドも含む。通常、ペプチドリンカーは、一又は複数（例えば、１、２、３、４、５又はそれ以上）のグリシンアミノ酸、一又は複数（例えば、１、２、３、４、５又はそれ以上）のセリンアミノ酸、又は一又は複数（例えば、１、２、３、４、５又はそれ以上）のグリシンアミノ酸及び一又は複数（例えば、１、２、３、４、５又はそれ以上）のセリンアミノ酸を有する。例えば、リンカーペプチドは、GGGSGGG（配列番号４６）、GGGSGGGG（配列番号４７）、GGGGSGGGG（配列番号４８）、GGGGSGGG（配列番号４９）又はIIGGGSGGGGSGGGGS（配列番号５０）の配列を含む。
【０１０５】
実施形態において、本発明に記載のリンカーの核酸配列は、配列番号４６〜５０の１つと、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一の一定の程度の配列を有する。
【０１０６】
実施形態において、タンパク質は、癌抗原ペプチドのＮ末端に共有結合するシグナルペプチドも含む。通常、シグナルペプチドは１０〜３０アミノ酸長を有する。実施形態において、シグナルペプチドは、ＭＡＩＳＧＶＰＶＬＧＦＦＩＩＡＶＬＭＳＡＱＥＳＷＡＩＫＥ（配列番号５１）の配列を含む。実施形態において、シグナルペプチドは、ＭＡＩＳＧＶＰＶＬＧＦＦＩＩＡＶＬＭＳＡＱＥＳＷＡＩＫＥＥＨＶＩ（配列番号６２）の配列を含む。
【０１０７】
実施形態において、本発明に記載のシグナルペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５１又は６２と、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一の一定の程度の配列を有する。
【０１０８】
実施形態において、シグナルペプチドは、シグナルペプチドのＣ末端にプロテアーゼ認識配列を含む。例えば、このプロテアーゼ認識配列のアミノ酸配列は、配列番号１を含む。実施形態において、本発明に記載のプロテアーゼ認識配列のアミノ酸配列は、配列番号１と、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一の一定の程度の配列を有する。
【０１０９】
実施形態において、成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドは、成熟したＨＬＡ−ＤＲＡα鎖ペプチドである。実施形態において、成熟したＨＬＡ−ＤＲＡα鎖ペプチドは、膜貫通ドメイン及び／又は細胞質ドメインが含まれる。
【０１１０】
ＨＬＡ−ＤＲＡα鎖は、約３３〜３５ｋＤａであり、その遺伝子は５つのエキソンを含む。エキソン１は、リーダーペプチドをコードし、エキソン２及び３は、２つの細胞外ドメインをコードし、エキソン４は膜貫通ドメイン及び細胞質側末端をコードする。ＨＬＡ−ＤＲＡ＊０１：０１は、ヒト集団の優勢対立遺伝子であり、２つのマイナーな変異体は、ＨＬＡ−ＤＲＡ＊０１：０２：０１及びＨＬＡ−ＤＲＡ＊０１：０２：０１である。これらの３つの対立遺伝子は、ペプチド結合部分に多形を有しておらず、β鎖ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、ＤＲＢ４及びＤＲＢ５について単独のα鎖として作用する。ＨＬＡ−ＤＲＡ配列は、公表されている。例えば、ヌクレオチド配列は、ＮＣ＿０００００６．１２、ＮＣ＿０１８９１７．２、ＮＴ＿００７５９２．１６、ＮＴ＿１１３８９１．３、ＮＴ＿１６７２４５．２、ＮＴ＿１６７２４６．２、ＮＴ＿１６７２４７．２、ＮＴ＿１６７２４８．２、ＮＴ＿１６７２４９．２、ＮＴ＿１８７６９２．１で見つけることができる。例えば、アミノ酸配列は、ＮＰ＿０６１９８４．２で見つけることができる。
【０１１１】
実施形態において、成熟したＨＬＡ−ＤＲＡα鎖は、以下のアミノ酸配列（ＮＣＢＩ寄託番号ＣＡＧ３３２９４．１）：
2019512263.tif 000006
を含む。
下線：シグナルペプチド
【０１１２】
実施形態において、成熟したＨＬＡ−ＤＲＡα鎖は、以下のアミノ酸配列：
2019512263.tif 000007
を含む。
下線：シグナルペプチドをコードするヌクレオチド
【０１１３】
当業者は、ＨＬＡ−ＤＲＡ核酸及びタンパク質分子が公表されているもの、例えば、多形は１又は複数の置換、削除、挿入、又はその組み合わせによって変化し、ＨＬＡ−Ｄ  Ａ生物活性のみは残ることを理解する。したがって、様々な実施形態において、本発明のタンパク質のＨＬＡ−ＤＲＡ成分のアミノ酸配列は、配列番号５２に公表されているＨＬＡ−ＤＲＡ配列、又はその断片と約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％同一であってもよい。断片は、３〜１０アミノ酸、１０〜２０のアミノ酸、２０〜４０アミノ酸、４０〜５６アミノ酸長又はさらに長くてもよい。本明細書に記載の断片と約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％の同一性を有するアミノ酸配列は、本発明の範囲に含まれる。
【０１１４】
様々な実施形態において、本発明のタンパク質のＨＬＡ−ＤＲＡ成分をコードする核酸配列は、配列番号５３に公表されているＨＬＡ−ＤＲＡ配列又はその断片と約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％の同一であってもよい。断片は、３〜１０ヌクレオチド長、１０〜２０ヌクレオチド長、２０〜４０ヌクレオチド長、４０〜５６ヌクレオチド長又はさらに長くてもよい。本明細書に記載の断片と約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％の同一性を有する核酸配列は、本発明の範囲に含まれる。
【０１１５】
実施形態において、癌抗原ペプチドは長さ８〜３０アミノ酸長である。例えば、癌抗原ペプチドは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０アミノ酸長である。例えば、癌抗原ペプチドは、８〜１５、１０〜２０、１５〜２４又は２０〜３０アミノ酸長である。通常、癌抗原ペプチドは、１５〜２４アミノ酸長である。
【０１１６】
実施形態において、癌抗原ペプチドは、又は配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３及び４５の何れか１つの少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成される。
【０１１７】
実施形態において、癌抗原ペプチドは、又は配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２及び４４の何れか１つの少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％を有する核酸配列を含む、又は構成される核酸によってコードされる。
【０１１８】
実施形態では、１つの例示的な融合タンパク質（例えば、ＩＤＨ１  Ｒ１３２Ｈｓｈｏｒｔ構築物）はアミノ酸配列：
2019512263.tif 000008
を含む。
太い下線：ＨＬＡ−ＤＲＡシグナルペプチド
二重下線：４つのアミノ酸（シグナルペプチドのプロテアーゼ認識配列）
波線の下線：ネオ抗原ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈ
点線の下線：リンカー
下線：ＨＬＡ−ＤＲＡ
【０１１９】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号５４の何れか１つの少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成される。
【０１２０】
ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈｓｈｏｒｔ構築物の対応するＤＮＡ配列は、
5’- atggccataagtggagtccctgtgctaggatttttcatcatagctgtgctgatgagcgctcaggaatcatgggctatcaaagaagaacatgtgatcataatcggtcatcatgcttatggggaccagatcatcggaggaggaagtggcggcggcggcagcggtggtggtggttcgatcatccaggccgagttctatctgaatcctgaccaatcaggcgagtttatgtttgactttgatggtgatgagattttccatgtggatatggcaaagaaggagacggtctggcggcttgaagaatttggacgatttgccagctttgaggctcaaggtgcattggccaacatagctgtggacaaagccaacttggaaatcatgacaaagcgctccaactatactccgatcaccaatgacaagttcaccccaccagtggtcaatgtcacgtggcttcgaaatggaaaacctgtcaccacaggagtgtcagagacagtcttcctgcccagggaagaccaccttttccgcaagttccactatctccccttcctgccctcaactgaggacgtttacgactgcagggtggagcactggggcttggatgagcctcttctcaagcactgggagtttgatgctccaagccctctcccagagactacagagaacgtggtgtgtgccctgggcctgactgtgggtctggtgggcatcattattgggaccatcttcatcatcaagggattgcgcaaaagcaatgcagcagaacgcagggggcctctgtaa（配列番号５５）
を含む。
【０１２１】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号５５の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有する核酸配列を含む、又は構成される核酸配列によってコードされる。
【０１２２】
実施形態では、１つの例示的な融合タンパク質（例えば、ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈ構築物）はアミノ酸配列：
2019512263.tif 000009
を含む。
太い下線：ＨＬＡ−ＤＲＡシグナルペプチド
二重下線：４つのアミノ酸（シグナルペプチドのプロテアーゼ認識配列）
波線の下線：ネオ抗原ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈ
点線の下線：リンカー
下線：ＨＬＡ−ＤＲＡ
【０１２３】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号５６の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成される。
【０１２４】
ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈ構築物の対応するＤＮＡ配列は、
5’- atggccataagtggagtccctgtgctaggatttttcatcatagctgtgctgatgagcgctcaggaatcatgggctatcaaagaagaacatgtgatcagcggatgggtaaaacctattataatcggtcatcatgcttatggggaccagtacagagcaacgatcatcggaggaggaagtggcggcggcggcagcggtggtggtggttcgatcatccaggccgagttctatctgaatcctgaccaatcaggcgagtttatgtttgactttgatggtgatgagattttccatgtggatatggcaaagaaggagacggtctggcggcttgaagaatttggacgatttgccagctttgaggctcaaggtgcattggccaacatagctgtggacaaagccaacttggaaatcatgacaaagcgctccaactatactccgatcaccaatgacaagttcaccccaccagtggtcaatgtcacgtggcttcgaaatggaaaacctgtcaccacaggagtgtcagagacagtcttcctgcccagggaagaccaccttttccgcaagttccactatctccccttcctgccctcaactgaggacgtttacgactgcagggtggagcactggggcttggatgagcctcttctcaagcactgggagtttgatgctccaagccctctcccagagactacagagaacgtggtgtgtgccctgggcctgactgtgggtctggtgggcatcattattgggaccatcttcatcatcaagggattgcgcaaaagcaatgcagcagaacgcagggggcctctgtaa（配列番号５７）
を含む。
【０１２５】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号５７の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有する核酸配列を含む、又は構成される核酸配列によってコードされる。
【０１２６】
実施形態では、１つの例示的な融合タンパク質（例えば、ＩＤＨ２−Ｒ１４０Ｑ構築物）はアミノ酸配列：
2019512263.tif 000010
を含む。
太い下線：ＨＬＡ−ＤＲＡシグナルペプチド
二重下線：４つのアミノ酸（シグナルペプチドのプロテアーゼ認識配列）
波線の下線：ネオ抗原ＩＤＨ２−Ｒ１４０Ｑ
点線の下線：リンカー
下線：ＨＬＡ−ＤＲＡ
【０１２７】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号５８の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成される。
【０１２８】
ＩＤＨ２−Ｒ１４０Ｑ構築物の対応するＤＮＡ配列は、
5’- atggccataagtggagtccctgtgctaggatttttcatcatagctgtgctgatgagcgctcaggaatcatgggctatcaaagaagaacatgtgatctggaagtctccgaacggcaccattcagaatattctcggcggcactgtgttccgggagatcatcggaggaggaagtggcggcggcggcagcggtggtggtggttcgatcatccaggccgagttctatctgaatcctgaccaatcaggcgagtttatgtttgactttgatggtgatgagattttccatgtggatatggcaaagaaggagacggtctggcggcttgaagaatttggacgatttgccagctttgaggctcaaggtgcattggccaacatagctgtggacaaagccaacttggaaatcatgacaaagcgctccaactatactccgatcaccaatgacaagttcaccccaccagtggtcaatgtcacgtggcttcgaaatggaaaacctgtcaccacaggagtgtcagagacagtcttcctgcccagggaagaccaccttttccgcaagttccactatctccccttcctgccctcaactgaggacgtttacgactgcagggtggagcactggggcttggatgagcctcttctcaagcactgggagtttgatgctccaagccctctcccagagactacagagaacgtggtgtgtgccctgggcctgactgtgggtctggtgggcatcattattgggaccatcttcatcatcaagggattgcgcaaaagcaatgcagcagaacgcagggggcctctgtaa（配列番号５９）
を含む。
【０１２９】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号５９の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有する核酸配列を含む、又は構成される核酸配列によってコードされる。
【０１３０】
実施形態では、１つの例示的な融合タンパク質（例えば、ＩＤＨ２−Ｒ１７２Ｋ構築物）はアミノ酸配列：
2019512263.tif 000011
を含む。
太い下線：ＨＬＡ−ＤＲＡシグナルペプチド
二重下線：４つのアミノ酸（シグナルペプチドのプロテアーゼ認識配列）
波線の下線：ネオ抗原ＩＤＨ２−Ｒ１７２Ｋ
点線の下線：リンカー
下線：ＨＬＡ−ＤＲＡ
【０１３１】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号６０の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成される。
【０１３２】
ＩＤＨ２−Ｒ１７２Ｋ構築物の対応するＤＮＡ配列は、
5’- atggccataagtggagtccctgtgctaggatttttcatcatagctgtgctgatgagcgctcaggaatcatgggctatcaaagaagaacatgtgatcggttggacgaaaccaatcactattggcaagcatgctcatggagaccagtacaagatcatcggaggaggaagtggcggcggcggcagcggtggtggtggttcgatcatccaggccgagttctatctgaatcctgaccaatcaggcgagtttatgtttgactttgatggtgatgagattttccatgtggatatggcaaagaaggagacggtctggcggcttgaagaatttggacgatttgccagctttgaggctcaaggtgcattggccaacatagctgtggacaaagccaacttggaaatcatgacaaagcgctccaactatactccgatcaccaatgacaagttcaccccaccagtggtcaatgtcacgtggcttcgaaatggaaaacctgtcaccacaggagtgtcagagacagtcttcctgcccagggaagaccaccttttccgcaagttccactatctccccttcctgccctcaactgaggacgtttacgactgcagggtggagcactggggcttggatgagcctcttctcaagcactgggagtttgatgctccaagccctctcccagagactacagagaacgtggtgtgtgccctgggcctgactgtgggtctggtgggcatcattattgggaccatcttcatcatcaagggattgcgcaaaagcaatgcagcagaacgcagggggcctctgtaa （配列番号６１）
を含む。
【０１３３】
実施形態において、融合タンパク質は、配列番号６１の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有する核酸配列を含む、又は構成される核酸配列によってコードされる。
【０１３４】
実施形態において、本発明の融合タンパク質は、
ａ．配列番号６２の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成されるシグナルペプチド；
ｂ．配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３及び４５の何れか１つの少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成される癌抗原ペプチド；及び
ｃ．配列番号４６〜５０の何れか１つの少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成されるリンカーを含む。
【０１３５】
実施形態において、本発明の融合タンパク質は、以下を含む核酸配列によって部分的にコードされ：
ａ．配列番号６２の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成されるシグナルペプチドをコードする核酸配列；
ｂ．配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３及び４５の何れか１つの少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成される癌抗原ペプチドをコードする核酸配列；及び
ｃ．配列番号４６〜５０の何れか１つの少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％を有するアミノ酸配列を含む、又は構成されるリンカーをコードする核酸配列を含む。
【０１３６】
本明細書で提供される別の態様は、本明細書に記載の１又は複数のタンパク質を発現している抗原提示細胞に関する。通常、タンパク質は、抗原提示細胞の細胞表面で発現する。実施形態において、抗原提示細胞は、樹状細胞又はＢ細胞である。通常、抗原提示細胞は、樹状細胞である。抗原提示細胞は、単一の対象又は複数の対象に由来しうる。通常、抗原提示細胞は、治療を受ける同対象から得られる。したがって、抗原提示細胞は、レシピエントに対して自家でありうる。
【０１３７】
１又は複数のタンパク質は、当該技術分野で使用できる方法、例えば、通常の形質転換、形質導入、感染又はトランスフェクション技術に従って抗原提示細胞に発現することができる。用語「形質転換」、「形質導入」、「感染」及び「トランスフェクション」は、外来の核酸（例えばＤＮＡ）を宿主細胞に導入するための当該技術分野で認識されている様々な技術を意味し、リン酸カルシウム又は遠隔カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、又は電気穿孔法を含む。さらに、トランスフェクションは、トランスフェクション剤によって媒介することができる。「トランスフェクション剤」は、例えば、宿主細胞、例えばリポソームにＤＮＡを導入することを媒介する化合物を含むことを意味する。宿主細胞を形質転換又はトランスフェクトする適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ等（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．、１９８９）及びその他の実験室のマニュアルに見つけることができる。
【０１３８】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載の核酸を含む樹状細胞又はＢ細胞を提供する。
【０１３９】
また、本明細書では、本明細書に記載の１又は複数のタンパク質をコードする核酸（ポリヌクレオチド配列）を提供する。「ポリヌクレオチド」は、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、変性ＲＮＡもしくはＤＮＡ、又はＲＮＡもしくはＤＮＡ模倣物（ＰＮＡ等）及びその誘導体及びその相同体の核酸ポリマーである。したがって、ポリヌクレオチドは、自然発生の核酸塩基、糖類及び共有ヌクレオシド間（骨格）結合から成るポリマー、ならびに自然発生しない同様に機能する部分を有するポリマーを含む。このような変性され、又は置換された核酸ポリマーは、当該技術分野で知られ、本発明の目的のために、「類似体」と呼ばれる。通常、核酸はｍＲＮＡである。あるいは、核酸はｄｓＤＮＡである。
【０１４０】
実施形態では、本明細書に記載の核酸は、ベクター核酸の部分を形成する。通常、ベクターは、複製不全ウイルスベクターである。例えば、複製不全ウイルスベクターは、複製不全ＤＮＡウイルスベクター（アデノウィルス、アデノ随伴ウイルスを含むが、これに限定されない）である。例えば、複製不全ウイルスベクターは、複製不全ＲＮＡウイルスベクター（複製欠損レトロウイルス及びレンチウイルス含むが、これに限定されない）である。
【０１４１】
実施形態において、ポリペプチド及び本発明のその他の組成物は、単離又は精製される。「単離された」又は「精製された」ヌクレオチド又はポリペプチドは、本明細書で使用するとき、その他のヌクレオチド及びポリペプチドを実質的に含まない。精製されたヌクレオチド及びポリペプチドは、化学合成されるときに、細胞物質又はその他の化学物質も含まない。精製された組成物は、目的の化合物の少なくとも約６０重量％（乾燥重量）である。好ましくは、調製物は、目的の化合物の少なくとも約７５重量％、より好ましくは少なくとも約９０重量％、及び最も好ましくは少なくとも約９９重量％である。例えば、精製されたヌクレオチド及びポリペプチドは、望ましいオリゴ糖の少なくとも約９０重量％、約９１重量％、約９２重量％、約９３重量％、約９４重量％、約９５重量％、約９８重量％、約９９重量％又は約１００重量％（ｗ／ｗ）である。純度は、例えば、カラムクロマトグラフィー、薄層クロマトグラフィー、又は高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）分析などの、何れかの適切な標準的な方法によって測定される。ヌクレオチド及びポリペプチドは、精製され、ヒト及び動物、例えばコンパニオンアニマル（イヌ、ネコ）及び家畜（ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、又はブタ、及び家禽）によって消費されるいくつかの製品で使用される。「精製された」は、ヒト対象に投与するために安全である、例えば、感染性又は毒物を欠いている無菌の程度も規定する。
【０１４２】
同様に、「実質的に純粋な」は、自然に不随する成分から分離したヌクレオチド又はポリペプチドを意味する。通常、ヌクレオチド及びポリペプチドは、それらが自然に関連する少タンパク質及び自然発生の有機分子が、少なくとも約６０重量％、約７０重量％、約８０重量％、約９０重量％、約９５重量％、又は約９９重量％含まない場合、実質的に純粋である。
【０１４３】
実施形態において、本明細書に記載の核酸は、薬学的に許容されるリポソーム構築物又は薬学的に許容されるポリマー構築物の内部にありうる。
【０１４４】
リポソームは、小胞としても知られ、概して、リン脂質及びコレステロール等のその他の脂質成分から構成される。リポソームは、本質的な構造が、水性コア容積を包む双極性脂質膜である担体として機能し、医薬製剤が可溶化され、カプセル化される。リポソームを調製する様々な脂質製剤及び方法が、宿主に薬学的活性剤を送るために記載されている。例えば、米国特許出願第４，６０３，０４４号のＧｅｈｏ  ａｎｄ  Ｌａｕは、薬剤を肝臓の胆汁受容体に送るための標的化されたリポソーム送達システムを記載している。このシステムは、小胞又はリポソームの形態の脂質膜構築物、及び小胞壁に付いている脂肪置換基を有する分子、及び置換されたイミノ二酢酸複合体等の胆汁を引き付ける化学物質である標的置換基にカプセル化された薬剤又は診断薬から成る。このシステムは、Ｉ型及びＩＩ型糖尿病をそれぞれ治療する際に、インスリン及びセロトニンを送達するために特に有用である。
【０１４５】
リポソームを調製するための生物活性剤の様々なポリマー製剤及び方法が記載されている。米国特許出願第３，７７３，９１９号、同第３，９９１，７７６号、同第４，０７６，７７９号、同第４，０９３，７０９号、同第４，１１８，４７０号、同第４，１３１，６４８号、同第４，１３８，３４４号、同第４，２９３，５３９号、同第４，６７５，１８９号は、とりわけ、薬及び医薬品をカプセル化するために、ポリ（乳酸）ポリ（グリコール酸）、グリコール酸及び乳酸のコポリマー、ポリ（ｏ−ヒドロキシカルボキシｌｉｅ酸）、ポリラクトン、ポリアセタール、ポリオルトエステル及びポリオルト炭酸等の生体適合性、生分解性ポリマーの調製及び使用を記載している。これらのポリマーは、機械的に有効成分を捕捉し、後に、ポリマー溶解又は分解を介して有効成分の放出を制御する。ジビニルエーテル及びポリオールから形成される特定の縮合ポリマーについてＰｏｌｙｍｅｒ  Ｌｅｔｔｅｒｓ、１８，２９３（１９８０）に記載されている。ポリマーは、上手く放出を制御する薬剤送達装置であることが証明された。
【０１４６】
本発明に使用することができるリポソーム構築物又はポリマー構築物についての情報は、  Ｓｃｈｗｅｎｄｅｎｅｒ  ＲＡ等、Ｔｈｅｒ  Ａｄｖ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ．２０１４  Ｎｏｖ；  ２（６）：１５９-１８２；  Ｌｉ  Ｙ等、Ｊ  Ｇｅｎｅ  ２０１１、Ｍｅｄ  １３：６０-７２；  Ｐｉｃｈｏｎ  Ｃ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ２０１３  ９６９：２４７-２７４；  ＭｃＮａｍａｒａ  ＭＡ等、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｓ．２０１５；  ２０１５：７９４５２８；  Ｓａｙｏｕｒ  Ｅ．  Ｊ．等、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｆｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ．  ２０１５；３，  ａｒｔｉｃｌｅ  １３；  Ｂｅｔｔｉｎｇｅｒ  Ｔ．等、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．  ２００１；３（２）：１１６-１２４；  Ｌｕ  Ｄ．等、Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ．  １９９４；１（４）：２４５-２５２；  Ｗａｓｕｎｇｕ  Ｌ．等、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ．  ２００６；１１６（２）：２５５-２６４；  Ｌｉｔｔｌｅ  Ｓ．等、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａ．  ２００４；１０１（２６）：９５３４-９５３９；  Ｐｈｕａ  Ｋ．等、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ．  ２０１３；１６６（３）：２２７-２３３；  Ｓｕ  Ｘ等、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ．２０１１；８（３）：７７４-７８７；  Ｐｈｕａ  Ｋ．  Ｋ．Ｌ．等、Ｎａｎｏｓｃａｌｅ．  ２０１４；６（１４）：７７１５-７７２９；  Ｐｈｕａ  Ｋ．  Ｋ．Ｌ．等、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒｅｐｏｒｔｓ．２０１４；４，  ａｒｔｉｃｌｅ  ５１２８に記載されている。
【０１４７】
本発明は、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤又は担体と組み合わせて本明細書に開示される核酸を含む医薬組成物／製剤も提供する。
【０１４８】
許容できる担体、賦形剤又は安定剤は、使用される投与量及び濃度でレシピエントに毒性がなく、通常、ｐＨ５．０〜８．０、最も多くは６．０〜７．０のリン酸塩、クエン酸塩、又は酢酸塩等のバッファ；等張にするために塩化ナトリウム、塩化カリウム等の塩；抗酸化剤、防腐剤、低分子量ポリペプチド、タンパク質、ポリソルベート  ８０等の親水性ポリマー、グリシン等のアミノ酸、炭水化物、キレート剤、糖類、及び当業者に知られているその他の標準的な成分（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ第１６版、Ｏｓｏｌ，Ａ．編１９８０）を含む。
【０１４９】
本明細書に記載の核酸を含む医薬製剤は、当該技術分野で知られる様々な方法で投与することができる。投与経路及び／又は様式は、望まれる結果によって変化する。実施形態において、静脈内、筋肉内、腹腔内、又は皮下に投与され、又は標的部位の近位に投与される。薬学的に許容される賦形剤は、（例えば、注射又は注入によって）静脈内、筋肉内、皮下、非経口、脊髄又は表皮投与に適することができる。
【０１５０】
本明細書に記載の核酸の医薬製剤は、当該技術で知られ、通常行われる方法に従って調製することができる。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．、第２０版、２０００；及びＳｕｓｔａｉｎｅｄ  ａｎｄ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｊ．Ｒ．Ｒｏｂｉｎｓｏｎ編、  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９７８を参照のこと。医薬組成物は、ＧＭＰ条件下で好ましくは製造される。
【０１５１】
本発明の医薬組成物の有効成分（すなわち、本明細書に記載の核酸）の実際の用量レベルは、患者に毒性を与えることなく、特定の患者に望ましい治療奏功を達成するのに効果的な量の有効成分、組成物、及び投与様式を得るために変えることができる。選択した用量レベルは、使用される本発明の特定の組成物の活性、投与経路、投与時間、使用される特定の組成物（例えば、本明細書に記載の核酸）の排出率、治療期間、使用される特定の組成物と併用して使用されるその他の薬剤、化合物及び／又は材料、年齢、性別、体重、条件、健康状態、治療を受ける患者の病歴等を含む薬物動態学的要因、ならびに同様の要因に依存する。
【０１５２】
医師又は獣医師は、望まれる治療効果を達成するために必要とされるレベルより低いレベルの用量から医薬製剤に使用される本発明の核酸の投与から始めることができ、望まれる効果が達成されるまで徐々に用量を増加させることができる。概して、本発明の組成物の有効量は、治療対象の特定の疾患又は病態、投与手段、標的部位、患者の生理学的状態、患者はヒトか動物であるか、投与するその他の医薬品、及び治療が予防目的か治療目的かを含む多くの異なる要因によって変化する。治療用量は、安全性及び有効性を最適化するために滴定する必要がある。本発明の医薬製剤を投与するために、投与範囲は、宿主の体重の約０．０００１〜１００ｍｇ／ｋｇ、通常は０．０１〜５ｍｇ／ｋｇである。例えば、１ｍｇ／ｋｇ体重、又は１０ｍｇ／ｋｇ体重、又は１〜１０ｍｇ／ｋｇ体重であってもよい。例示的な治療計画は、２週間に１回、又は１か月に１回、又は３〜６か月に１回の投与を含む。
【０１５３】
本明細書が提供する組成物は、複数回投与することができる。単一用量の投与間隔は、週、月又は年であってもよい。投与間隔は、ネオ抗原に対する免疫応答を測定することによって、示されるように不規則であってもよい。あるいは、組成物は持続放出製剤として投与することができ、それほど頻繁に投与する必要がない。投与量及び投与回数は、患者の組成物の半減期によって変化する。投与量と投与回数は、治療が予防目的なのか治療目的なのかによって変化しうる。予防的適用では、比較的低用量が長期間にわたって比較的不定期間隔で投与される。残りの人生のために治療を継続する患者もいる。治療的適用では、疾患の進行が低下し又は停止するまで、好ましくは、疾患の症状が部分又は完全緩解するのが示されるまで、比較的高用量で比較的短い間隔投与される必要がある。その後、患者は予防的計画を受ける。
【０１５４】
ＩＩＩ．方法
一態様において、本発明は、治療を必要とする患者の癌を治療する方法を提供する。方法は、本明細書に記載の抗原提示細胞をＣＤ４＋Ｔ細胞にインビトロに接触し、それによってＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化し、ＣＤ４＋Ｔ細胞及び抗原提示細胞は、患者に由来し、ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化して増殖し、それによって複数の増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を形成し、患者に有効量の複数の増殖したＣＤ４＋Ｔ細胞を投与することを含む。実施形態において、癌は転移性多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）である。
【０１５５】
一態様において、本発明は、治療を必要とする患者の癌を治療する方法を提供する。方法は、有効量の本明細書に記載の核酸を患者に投与することを含む。実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡである。実施形態において、核酸は、核酸−リポソーム複合体の部分を形成する。実施形態において、有効量は、前記患者のＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化するのに効果的である。実施形態において、核酸は、複製不全ウイルスベクターの部分を形成する。
【０１５６】
ＣＤ４＋Ｔ細胞の単離及び活性化は、当該技術分野で知られる方法によって決定することができる。例えば、ＥＤＴＡを含む血管において、対象から全血（約２０ｍｌ）を採血する。無菌条件下で、血液試料をＰＢＳで１：１に希釈し、３０ｍｌのフィコール・ハイパックの上部で層化し、４００ｇで３０分間回転する。末梢血リンパ球の層を回収し、ＰＢＳ（１：７）で希釈し、次に３００ｇで１０分間遠心分離に掛ける。細胞をＰＢＳの懸濁液で２回以上洗浄する。トリパンブルーを除外によって生存している細胞を数える。接着した細胞を取り除き、無菌ナイロンウールカラムでＴ細胞を富化する。端的には、ナイロンウールカラムをＴ細胞培地で洗浄し（１０％のＦＢＳを有する１６４０ＲＰＭＩ）３７℃で１時間インキュベートした。末梢血リンパ球（１０7  ｃｅｌｌｓ ｍｌ-1）を予温したカラムに加えて、３７℃で１時間インキュベートし、非接着性の細胞をカラムの二方コックを開けることによって回収した。カラムを５ｍｌのＴ細胞培地で２回洗浄し、全流出液を回収した。Ｔ細胞が富化した画分をカルボキシフルオセイン二酢酸サクシニミジルエステル（ＣＦＳＥ）溶液（ＰＢＳ中４ μＭ）で３７℃の水浴で８分間インキュベートした。インキュベーション後、溶液を１０容積のＴ細胞培地で希釈し、遠心分離（３００ ｇ、１０分）でペレットにし、０．１％のウシ血清アルブミンを含むＰＢＳで２回洗浄した。ＣＦＳＥ標識された細胞を再懸濁し、数えて、画分を使用して、フローサイトメトリーによって、ＣＦＳＥ蛍光を評価した（Ａｃｃｕｒｉ  ｄｉｖｉｓｉｏｎ  ｏｆ  ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ、ＵＳＡ）。フローサイトメトリーの前に、Ａｌｅｘａ６４７共役抗ＣＤ４抗体（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で免疫染色し、ＣＤ４＋集団のＣＦＳＥ蛍光を分析することができる。さらに、ＦＣＳ  ｅｘｐｒｅｓｓ  ４  ｆｌｏｗ  ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ  ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｄｅ  Ｎｏｖｏ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｌｏｓ  Ａｎｇｅｌｅｓ、ＣＡ、ＵＳＡ）を使用してフローサイトメトリーのデータ及びヒストグラム分析を行った。
【０１５７】
実施形態
【０１５８】
本明細書で考えられた実施形態は、以下の実施形態Ｐ１〜ＰＸ２８を含む。
【０１５９】
実施形態Ｐ１  成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに共有結合する癌抗原ペプチドを含むタンパク質であり、前記癌抗原ペプチドは、前記ＭＨＣＩＩ型ペプチドに非共有的に直接結合することができる。
【０１６０】
実施形態Ｐ２  実施形態Ｐ１に記載のタンパク質であり、前記癌抗原ペプチドは、前記成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに対してＮ末端である。
【０１６１】
実施形態Ｐ３  実施形態Ｐ１又はＰ２に記載のタンパク質は、前記癌抗原ペプチド及び前記成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドに共有結合するペプチドリンカーをさらに含む。
【０１６２】
実施形態Ｐ４  実施形態Ｐ３に記載のタンパク質であり、前記ペプチドリンカーが、１又は複数のグリシンアミノ酸、１又は複数のセリンアミノ酸、又は１又は複数のグリシンアミノ酸及び１又は複数のセリンアミノ酸の組み合わせから成る。
【０１６３】
実施形態Ｐ５  実施形態Ｐ１〜Ｐ４の１つに記載のタンパク質は、前記癌抗原ペプチドのＮ末端に共有結合するシグナルペプチドをさらに含む。
【０１６４】
実施形態Ｐ６  実施形態Ｐ１〜Ｐ５の１つに記載のタンパク質であり、前記成熟したＭＨＣＩＩ型ペプチドは、成熟したＨＬＡ−ＤＲＡα鎖ペプチドである。
【０１６５】
実施形態Ｐ７  実施形態Ｐ１〜Ｐ６の１つに記載のタンパク質であり、前記癌抗原ペプチドは８〜３０アミノ酸長である。
【０１６６】
実施形態Ｐ８  実施形態Ｐ１〜Ｐ６の１つに記載のタンパク質であり、前記癌抗原ペプチドは１５〜２４アミノ酸長である。
【０１６７】
実施形態Ｐ９  実施形態Ｐ１〜Ｐ８の１つに記載のタンパク質を含む抗原提示細胞である。
【０１６８】
実施形態Ｐ１０  実施形態Ｐ９に記載の抗原提示細胞であり、前記タンパク質は、前記抗原提示細胞の細胞表面である。
【０１６９】
実施形態Ｐ１１  実施形態Ｐ９又はＰ１０に記載の抗原提示細胞であり、前記抗原提示細胞は、樹状細胞又はＢ細胞である。
【０１７０】
実施形態Ｐ１２  実施形態Ｐ９又はＰ１０に記載の抗原提示細胞であり、前記抗原提示細胞は、樹状細胞である。
【０１７１】
実施形態Ｐ１３  実施形態Ｐ１〜Ｐ８の１つに記載のタンパク質をコードする核酸である。
【０１７２】
実施形態Ｐ１４  実施形態Ｐ１３に記載の核酸であり、前記核酸は、ｍＲＮＡである。
【０１７３】
実施形態Ｐ１５  実施形態Ｐ１３に記載の核酸であり、前記核酸は、ｄｓＤＮＡである。
【０１７４】
実施形態Ｐ１６  実施形態Ｐ１３に記載の核酸であり、前記核酸は、複製不全ウイルスベクター核酸の部分を形成する。
【０１７５】
実施形態Ｐ１７  実施形態Ｐ１６に記載の核酸であり、前記複製不全ウイルスベクター核酸は、複製不全レンチウイルスベクターである。
【０１７６】
実施形態Ｐ１８  実施形態Ｐ１６に記載の核酸であり、前記複製不全ウイルスベクター核酸は、複製不全ＤＮＡウイルスベクター又は複製不全ＲＮＡウイルスベクターである。
【０１７７】
実施形態Ｐ１９  実施形態Ｐ１３〜Ｐ１８の１つに記載の核酸であり、前記核酸が薬学的に許容されるリポソーム構築物又は薬学的に許容されるポリマー構築物の内部にある。
【０１７８】
実施形態Ｐ２０  実施形態Ｐ１３〜Ｐ１９の１つに記載の核酸及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬製剤である。
【０１７９】
実施形態Ｐ２１  実施形態Ｐ１３〜Ｐ１９の１つに記載の核酸を含む樹状細胞又はＢ細胞である。
【０１８０】
実施形態Ｐ２２  治療を必要とする患者の癌を治療する方法であり、方法は、（ｉ）実施形態Ｐ９〜Ｐ１２の１つの抗原提示細胞をＣＤ４＋Ｔ細胞にインビトロに接触し、それによって、前記ＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化し、ＣＤ４＋Ｔ細胞及び抗原提示細胞は、前記患者に由来し、（ｉｉ）前記ＣＤ４＋Ｔ細胞を増殖し、それによって複数の増殖した前記ＣＤ４＋Ｔ細胞を形成し、（ｉｉｉ）前記患者に有効量の前記複数の増殖した前記ＣＤ４＋Ｔ細胞を投与することを含む。
【０１８１】
実施形態Ｐ２３  前記癌が転移性多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）である、実施形態Ｐ２２に記載の方法である。
【０１８２】
実施形態Ｐ２４  治療を必要とする患者に有効量の実施形態Ｐ１３〜Ｐ１９の１つに記載の核酸を投与することを含む、治療を必要とする患者の癌を治療する方法である。
【０１８３】
実施形態Ｐ２５  前記核酸がｍＲＮＡである、実施形態Ｐ２４に記載の方法である。
【０１８４】
実施形態Ｐ２６  前記核酸が核酸−リポソーム複合体の部分を形成する、実施形態Ｐ２４又はＰ２５に記載の方法である。
【０１８５】
実施形態Ｐ２７  前記有効量が前記患者のＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化するのに効果的である、実施形態Ｐ２４〜Ｐ２６の１つに記載の方法である。
【０１８６】
実施形態Ｐ２８  前記核酸が複製不全ウイルスベクターの部分を形成する、実施形態２４に記載の方法である。
【実施例】
【０１８７】
実施例１：ＣＤ４ｓｅｅ構築物の設計と作成
【０１８８】
ＨＬＡ−ＤＲＡ１配列（配列番号５２又は５３）をＮＣＢＩヌクレオチドデータベースからダウンロードした。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用してＨＬＡ−ＤＲＡのコード配列（ｃＤＮＡ）を増幅するためにプライマーをコードするオリゴヌクレオチドを設計した。ＨＬＡ−ＤＲＡ１  ｃＤＮＡは、発明者の血液から逆転写されたＲＮＡテンプレートを使用してＰＣＲによって産生した。ｃＤＮＡはプラスミドベクターにクローン化した。
【０１８９】
グリシン／セリンリンカー配列を設計し、部位特異的変異誘発を使用してＨＬＡ−ＤＲＡ１  ｃＤＮＡシグナルペプチド切断部位の直ぐ後に組み込んだ。全ての構築物は、このベースベクターの誘導体であり、各構築物は、リンカー配列の直ぐ後ろに異なる標的ペプチドを組みむ。ＣＤ４ｓｅｅの標的ペプチドのＤＮＡ及びＲＮＡ配列は、ドライバー変異又はパッセンジャー変異の何れかとして識別されたタンパク質に由来する。
【０１９０】
転移性多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）のネオ抗原ドライバーを標的とするＣＤ４ｓｅｅ構築物を設計し、産生した。再発生するＧＢＭ細胞の７０％以上は、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＤＨ）−１又はＩＤＨ２に変異を運ぶ。ＩＤＨ２のアミノ酸アルギニン１７２における変異は、タンパク質の酵素活性を変えることができる。後のステージＧＢＭに見られる最も多くのＩＤＨ１変位は、ＩＤＨ１タンパク質のアミノ酸配列を変化するアルギニン１３２（Ｒ１３２）における単一のアミノ酸ミスセンス変異ＩＤＨ１である。これらの変異の領域を含むＣＤ４ｓｅｅ構築物を設計し、生成した。
【０１９１】
ＩＤＨ１ネオ抗原ペプチドをコードする相補的オリゴヌクレオチドは、商業サプライヤーに注文し、加熱し、アニールし、調製されたＣＤ４ｓｅｅ構築物に連結した。具体的には、リンカーとＨＬＡ−ＤＲＡ１の非シグナルペプチド領域の間にＢｃｌ１制限エンドヌクレアーゼ部位を有するようにＣＤ４ｓｅｅ構築物を設計し、構築した。アニールしたＩＤＨ１オリゴヌクレオチドは、Ｂｃｌ１切断部位に連結するのに適した端を含む。連結するための調製において、ＣＤ４ｓｅｅ構築物は、Ｂｃｌ１酵素を有するＣＤ４ｓｅｅを含むプラスミドを消化することによって調製した。連結反応によって生成されたＣＤ４ｓｅｅ構築物は、フレーム中に部位特異的変異誘発を使用して、シグナルペプチドとリンカーペプチドとの間にＣＤ４ｓｅｅ骨格の内部にＩＤＨ１ネオ抗原ペプチドについてのコード配列を導入する。
【０１９２】
実施例２：インビトロのヒト試験
【０１９３】
健康な成人の抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖を刺激するＣＤ４ｓｅｅ構築物の能力を健康なボランティアから採取した白血球細胞を使用して試験を行った。ＣＤ４ｓｅｅ構築物を含む発現プラスミドを細菌中で増殖し、エンドトキシン汚染物質を取り除く市販のプラスミド精製キットを使用して精製した。ボランティアから採血した全血を分画し、単球を精製した。単球は、ＣＤ４ｓｅｅ構造物を含むプラスミドＤＮＡに一過性にトランスフェクトし、細胞をリポ多糖及び腫瘍壊死因子−α（ＴＮＦ−α）で１〜３日間刺激した。同血液試料から単離されたＴ細胞（組織適合性一致）にＣＦＳＥ（Ｂｅｇｕｍ等、２０１４）等の蛍光プローブで標識を付けた。刺激から３日後、処理した単球を蛍光標識したＴ細胞で、さらに７日間共培養した。細胞混合物は、蛍光タグ付けされた抗ＣＤ４抗体で免疫染色し、フローサイトメトリーによって分析した。フローサイトメーターゲートを設定して、順方向散乱（ＦＳＣ）及び側方散乱（ＳＳＣ）プロットを使用して生きている細胞を識別し、これらの細胞は、ＣＤ４＋細胞を選択するために抗ＣＤ４フルオロフォアのためにゲートした。ＣＤ４＋集団のＣＦＳＥ蛍光強度をヒストグラムにプロットし、共培養期間中の５〜８又はそれより多い細胞分裂を受けたＣＤ４＋Ｔ細胞の割合を明らかにした。ＣＤ４ｓｅｅ構築物のないＩＬ−２を含んだコンパニオン共培養において、ＣＦＳＥ蛍光によって細胞分裂を計算した。何名かのヒト対象において、ＣＤ４＋Ｔ細胞増殖を刺激する強力なＣＤ４ｓｅｅ構築物がさらに発現する。
【０１９４】
実施例３：癌を治療するためのＣＤ４ｓｅｅの使用
【０１９５】
転移性結腸直腸癌患者に以下のようにＣＤ４ｓｅｅ技術で治療を行った。まず、患者から１〜３個の腫瘍の生検を取り、Ｑｉａｇｅｎ’ｓ  ＲＮｅａｓｙ等のいくつかの市販されているＲＮＡ精製キットの１つを使用して、ＲＮＡを単離する。ＲＮＡは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｒｏｃｈｅ又はその他の提供者から利用可能ないくつかの技術を用いて次世代ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡｓｅｑ）のために加工する。１，０００万〜３，０００万個の読み取りを生成するＲＮＡｓｅｑを実行することで、腫瘍（複数可）によって発現したｍＲＮＡの充分なカバレッジを提供する。インフレームのアミノ酸変異を生成する単一のヌクレオチド多型を識別するために配列の分析を行い、ネオ抗原が生じる（Ｐｏｌｙａｋｏｖａ等、２０１５）。これらのネオ抗原は、腫瘍増殖を容易にするドライバー変異又は腫瘍増殖を促進するようには見えないパッセンジャー変異を含む。知られているドライバー変異の例として、ＩＤＨ１−Ｒ１３２Ｈ、ＩＤＨ２−Ｒ１４０Ｑ、ＩＤＨ２−Ｒ１７２Ｋ、ＢＲＡＦ−Ｖ６００Ｅ、ＫＲＡＳ−Ｇ１２Ｄ、ＮＲＡＳ−Ｑ６１Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ−Ｅ５４５Ｋが挙げられるが、これに限定されない。ＲＮＡｓｅｑは、また、ＮＹ−ＥＳＯ−１及びＭＡＧＥ−Ａ３等の腫瘍増殖を頻繁に伴う癌−精巣抗原（ＣＴ）抗原のより高い発現を検出する。
【０１９６】
ドライバー変位とパッセンジャー変異の両方のネオ抗原の分析、及びＣＴ抗原の増加が行われて、ＣＤ４ｓｅｅが媒介する反応に最も適した標的を識別する。標的ペプチドが産生し、標的ペプチドは、選択された変位ならびに影響するタンパク質配列の部位に対する８〜１０個の隣接残基アミノ及びカルボキシルを含む。これらの配列をコードするオリゴヌクレオチドが産生され、ハイブリダイズされ、ネオ抗原配列がＣＤ４ｓｅｅタンパク質でインフレームに翻訳されるように、ＣＤ４ｓｅｅベクターにスプライスされる。必要であれば、完成したＣＤ４ｓｅｅ構築物をその他の発現ベクターに移す。この同手順を使用して、患者のための８〜２０ｏｉｒ以上のネオ抗原ＣＤ４ｓｅｅ構築物を生成する。共通のドライバー変異を必要とする場合、以前に発現した構築物を使用してもよい。
【０１９７】
ネオ抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を刺激するためのＣＤ４ｓｅｅ構築物の送達
【０１９８】
１回の反復で、ＣＤ４ｓｅｅ−ネオ抗原ペプチド構築物をコードするｍＲＮＡをインビトロに転写する。ＣＤ４ｓｅｅ−ネオ抗原構築物は個別に転写してもよいし、一緒にバッチしてもよい。産生したｍＲＮＡはＤＮＡ及びその他の不純物から精製される。精製されたｍＲＮＡはリポソームに包まれ、患者又は適切なドナーに由来する抗原提示細胞（ＡＰＣ）をトランスフェクトするために使用される。あるいは、ＣＤ４ｓｅｅ−ネオ抗原構築物を含むｍＲＮＡ又は発現プラスミドを電気泳動によってＡＰＣに導入する。例えば、患者の血中単球から調製された２００万個のＡＰＣを適切な量のｍＲＮＡ又は発現プラスミドを有するキュベットに置き、ｍＲＮＡが細胞にトランスフェクトされるだけの充分な強度の電気パルス及び時間に共する。ＤＳ−ＲＥＤ又はＭ−ＣＨＥＲＲＹ等の蛍光レポートされたタンパク質を含む第２の発現プラスミドを使用して、トランスフェクションの効率を確立してもよい。処理したＡＰＣを患者の血液から単離したＴ細胞と共培養し、適切な数のネオ抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を産生した。ネオ抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞を精製し、点滴静注によって患者に戻す。
【０１９９】
別に繰り返して、ｍＲＮＡを形質導入したＡＰＣを点滴静注又はリンパ節に注入することによって、患者に投与することを含んでもよい。ＡＰＣのインビボ投与は、標的にされたネオ抗原配列を組み込むペプチドワクチンで補い、ＣＤ４ｓｅｅ応答性Ｔｈ２細胞によって刺激されたＢ細胞／抗体反応を促進する。
【０２００】
別に繰り返して、ＣＤ４ｓｅｅネオ抗原構築物を前述のインビトロ又はインビボ療法のためのＡＰＣにタンパク質を発現するために使用されるレンチウイルスベクターに統合することを含んでもよい。
【０２０１】
別に繰り返して、インビトロ試験を使用して患者に使用するための最も応答性のある組み合わせについて可能な構築物の全てをスクリーンしてもよい。
【０２０２】
別に繰り返して、ＡＰＣが媒介する増殖において、Ｔ細胞のソースとして、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を使用してもよい。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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