(57)【要約】  あるいくつかの態様において、本開示は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓを標的化する変異体バクテリオファージに関連する組成物及び方法に関する。あるいくつかの態様において、本明細書に記載の組成物及び方法は、座瘡の処置に有用である。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
バクテリオファージ耐性Ｐ．Ａｃｎｅｓに感染可能なＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．Ａｃｎｅｓ）バクテリオファージ変異体。
【請求項２】
前記バクテリオファージ変異体が、クラスター化された規則的間隔の短回文リピート（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔｓ）（ＣＲＩＳＰＲ）エスケープ変異体である、請求項１に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項３】
１、３、及び４から選択されるプロトスペーサー内に１つ以上の変異を含む、請求項１または２に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項４】
Ｔ６５０２Ｇ、Ｃ６５１４Ａ、Ｇ２７６２Ｔ、Ｔ２７５７Ｃ、Ｇ５９１９Ｔ、Ｃ５９１７Ａ、及びＡ５８９２Ｃから選択される１つ以上の変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項５】
前記バクテリオファージ変異体がＰ９．１−２Ａ、Ｐ９．１−２Ｂ、Ｐ９．１−３、及びＰ９．１−４から選択される、先行請求項のいずれかに記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項６】
先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ変異体であって、
前記バクテリオファージが、配列番号１またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、
前記ヌクレオチド配列が、配列番号１のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｇ２０、Ｇ２１、及びＧ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む、前記バクテリオファージ変異体。
【請求項７】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号１に対し、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｔ５Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｇ２０Ｔ、Ｇ２１Ｃ、Ｃ２２Ｇ、及びＣ２２Ｔから選択される１つ以上の変異を含む、請求項６に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項８】
前記バクテリオファージの遺伝子９が前記ヌクレオチド配列を含む、請求項６または７に記載のバクテリオファージ。
【請求項９】
先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ変異体であって、
前記バクテリオファージが、配列番号２またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、
前記ヌクレオチド配列が、配列番号２のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｔ２０、Ｃ２１、及びＴ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む、前記バクテリオファージ変異体。
【請求項１０】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号２に対し、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｔ５Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｔ２０Ｇ、Ｃ２１Ｇ、Ｔ２２Ｇ、及びＴ２２Ｃから選択される１つ以上の変異を含む、請求項９に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項１１】
前記バクテリオファージの遺伝子９が前記ヌクレオチド配列を含む、請求項９または１０に記載のバクテリオファージ。
【請求項１２】
先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ変異体であって、
前記バクテリオファージが、配列番号３またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、
前記ヌクレオチド配列が、配列番号３のＡ２、Ａ３、Ａ５、Ｔ６、Ｔ７、Ｇ８、Ａ９、Ｔ１１、Ｔ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｔ２０、Ｇ２３、Ｔ２５、Ｔ３０、及びＧ３１から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む、前記バクテリオファージ変異体。
【請求項１３】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号３に対し、Ｔ７Ｃ、Ｔ２０Ｇ、Ｇ２３Ａ、Ｔ２５Ｇ、Ｔ３０Ｇ、及びＧ３１Ｔから選択される１つ以上の変異を含む、請求項１２に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項１４】
前記バクテリオファージの遺伝子１６が前記ヌクレオチド配列を含む、請求項１２または１３に記載のバクテリオファージ。
【請求項１５】
先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ変異体であって、
前記バクテリオファージが、配列番号４またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、
前記ヌクレオチド配列が、配列番号４のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ａ１５、Ａ１６、及びＧ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む、前記バクテリオファージ変異体。
【請求項１６】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号４に対し、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ７Ａ、Ｃ９Ａ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ａ１５Ｇ、Ａ１６Ｃ、Ａ１６Ｔ、及びＧ１８Ｔから選択される１つ以上の変異を含む、請求項１５に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項１７】
前記バクテリオファージの遺伝子３が前記ヌクレオチド配列を含む、請求項１５または１６に記載のバクテリオファージ。
【請求項１８】
先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ変異体であって、
前記バクテリオファージが、配列番号５またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、
前記ヌクレオチド配列が、配列番号５のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ｇ１５、Ｔ１６、及びＴ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む、前記バクテリオファージ変異体。
【請求項１９】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号５に対し、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ７Ａ、Ｃ９Ａ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ｇ１５Ａ、Ｔ１６Ｃ、Ｔ１６Ａ、及びＴ１８Ｇから選択される１つ以上の変異を含む、請求項１８に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項２０】
前記バクテリオファージの遺伝子３が前記ヌクレオチド配列を含む、請求項１８または１９に記載のバクテリオファージ。
【請求項２１】
先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ変異体であって、
前記バクテリオファージが、配列番号６またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、
前記ヌクレオチド配列が、配列番号６のＡ２、Ａ３、Ｇ５、Ｃ６、Ａ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ｔ１２、Ｃ１３、Ｔ１４、Ａ３１、Ｔ３３、及びＧ３５から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む、前記バクテリオファージ変異体。
【請求項２２】
前記ヌクレオチド配列が、配列番号６に対し、Ｃ６Ａ、Ａ７Ｇ、Ｇ８Ｔ、Ａ３１Ｇ、Ｔ３３Ｇ、及びＧ３５Ａから選択される１つ以上の変異を含む、請求項２１に記載のバクテリオファージ変異体。
【請求項２３】
前記バクテリオファージの遺伝子７が前記ヌクレオチド配列を含む、請求項２１または２２に記載のバクテリオファージ。
【請求項２４】
前記バクテリオファージのゲノムが、配列番号７に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有し、前記バクテリオファージが、Ｇ２７６１Ｔ、Ｔ２７６２Ｃ、Ｇ２７６７Ｔ、Ｔ２７７１Ｃ、Ｔ２７７１Ｇ、Ｃ６４７７Ａ、Ａ６５０７Ｃ、Ａ６５０８Ｃ、Ｔ１３１６０Ｇ、Ｔ１３１７０Ｇ、Ｇ１３１７１Ｔ、Ｃ１３７３４Ａ、Ｔ２０５０１Ｇ、Ｃ２３３６５Ａ、Ｇ２７７１３Ｔ、Ｔ２８１１５Ｇ、及びＧ２８１９９Ｔから選択される１つ以上の変異を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ。
【請求項２５】
前記バクテリオファージのゲノムが、配列番号１２に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有し、前記バクテリオファージが、Ｔ２７５７Ｃ、Ｇ２７６０Ｔ、Ｇ２７６２Ｔ、Ｔ２７６６Ｃ、Ｇ３７０４Ｔ、Ｃ５８９０Ａ、Ｃ５８９０Ｔ、Ａ５８９２Ｃ、Ｃ５９１７Ａ、Ｇ５９１９Ｔ、Ａ６４９９Ｃ、Ｔ６５０２Ｇ、Ｇ６５０８Ｔ、Ｇ６５１１Ｔ、Ｃ６５１４Ａ、Ａ１２４０４Ｃ、Ｃ１６５３６Ａ、Ｇ１７８６３Ｔ、及びＧ２６９０７Ａから選択される１つ以上の変異を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ。
【請求項２６】
先行請求項のいずれかに記載の１つ以上のバクテリオファージ変異体を含む、医薬組成物。
【請求項２７】
１つ以上の抗微生物剤をさらに含む、請求項２６に記載の医薬組成物。
【請求項２８】
前記抗微生物剤が抗座瘡剤である、請求項２７に記載の医薬組成物。
【請求項２９】
前記抗座瘡剤が、レチノイド、過酸化ベンゾイル、及び抗生物質から選択される、請求項２８に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
前記医薬組成物が局所使用のために製剤化される、先行請求項のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項３１】
処置を必要としている対象における座瘡を処置する方法であって、対象に治療有効量の、バクテリオファージ耐性Ｐ．Ａｃｎｅｓに感染可能な１つ以上のＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．Ａｃｎｅｓ）バクテリオファージ変異体を含む組成物を投与することを含む、前記方法。
【請求項３２】
前記座瘡がファージ耐性Ｐ．Ａｃｎｅｓに関連する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記バクテリオファージ変異体が、クラスター化された規則的間隔の短回文リピート（ＣＲＩＳＰＲ）エスケープ変異体である、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記バクテリオファージ変異体が、１、３、及び４から選択されるプロトスペーサー内に１つ以上の変異を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記バクテリオファージ変異体が、Ｔ６５０２Ｇ、Ｃ６５１４Ａ、Ｇ２７６２Ｔ、Ｔ２７５７Ｃ、Ｇ５９１９Ｔ、Ｃ５９１７Ａ、及びＡ５８９２Ｃから選択される１つ以上の変異を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記バクテリオファージ変異体がＰ９．１−２Ａ、Ｐ９．１−２Ｂ、Ｐ９．１−３、及びＰ９．１−４から選択される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
前記医薬組成物が、先行請求項のいずれかに記載の１つ以上のバクテリオファージ変異体を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記医薬組成物が１つ以上の抗微生物剤を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
前記抗微生物剤が抗座瘡剤である、請求項３８に記載の方法物。
【請求項４０】
前記抗座瘡剤が、レチノイド、過酸化ベンゾイル、及び抗生物質から選択される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
座瘡の処置で使用するための、先行請求項のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項４２】
座瘡を処置するための、先行請求項のいずれか１項に記載の医薬組成物の使用。
【請求項４３】
座瘡を処置するための薬物製造のための、先行請求項のいずれか１項に記載の医薬組成物の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１６年５月１５日に出願された米国仮特許出願第６２／３３６，６８０号の優先権による利益を主張し、当該仮出願は、その全体が参照により本書に組み込まれる。
【０００２】
連邦政府の助成による研究に関する記載
本発明は、国立衛生研究所の認可を受けた助成金番号ＡＲ０６０３８２及びＡＲ０６０６５５の下、政府支援によって行われた。政府は、本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
本発明は、座瘡の処置で使用するための拡大した宿主域を有するＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓバクテリオファージの使用に関する。
【背景技術】
【０００４】
座瘡は、米国人集団における情動的及び身体的病的状態の重要な原因の１つである。尋常性座瘡は４，５００万人超が発症し、米国人の８０％超が一生の間に座瘡を患うと報告されている。米国の消費者は、座瘡の処置に１年当たり１２億ドル超を費やしている。当該疾患は、患者の自尊心に顕著に影響を及ぼし、瘢痕などの長期的影響につながる可能性がある。
【０００５】
座瘡の病因に関連付けられている主な種のＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．ａｃｎｅｓ）は、抗生物質療法に対する耐性が増加している。グラム陽性皮膚共生生物のＰ．ａｃｎｅｓは、ヒト毛包脂腺濾胞の支配的棲息生物であり（２）、尋常性座瘡の病因における主要な役割を、部分的には宿主の炎症応答を誘発することにより、果たしていると考えられている（３）。Ｐ．ａｃｎｅｓコロニー形成の顕著な増加は、挫創が一般に発生する思春期に見られ、座瘡を有するティーンエイジャーの皮膚上には、同年齢の健康なティーンエイジャーの１００倍ものＰ．ａｃｎｅｓ細菌が存在し得る（４）。座瘡における抗生物質の有効性は、皮膚上のＰ．ａｃｎｅｓ細菌数の減少に関連するだけでなく直接的な抗炎症特性（５）にも関連し、これは座瘡の多因子病因を反映する。Ｐ．ａｃｎｅｓの臨床分離株の最大６０％で測定されている（６−８）Ｐ．ａｃｎｅｓの抗生物質耐性株の出現により、治療薬の改善の必要性が強調されている（５）。
【０００６】
したがって、当技術分野では、重度の座瘡の処置に有用な方法及び組成物の提供が長年必要とされている。本明細書で記載する本発明は、このような組成物及び方法を提供するものである。
【発明の概要】
【０００７】
本明細書では、座瘡などの皮膚状態の処置及び／または予防に関する方法及び組成物が提供される。一部の態様において、本明細書では、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．Ａｃｎｅｓ）バクテリオファージ変異体（例えば、クラスター化された規則的間隔の短回文リピート（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔｓ）（ＣＲＩＳＰＲ）エスケープ変異体）と、バクテリオファージ耐性Ｐ．Ａｃｎｅｓに感染可能なバクテリオファージ変異体を含む組成物（例えば、医薬組成物）とが提供される。本明細書では、対象における座瘡を、本明細書で開示するバクテリオファージ変異体及び組成物を投与することによって処置または予防する方法が提供される。一部の実施形態において、当該変異体は、１、３、及び４から選択されるプロトスペーサー内に１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該変異は、Ｔ６５０２Ｇ、Ｃ６５１４Ａ、Ｇ２７６２Ｔ、Ｔ２７５７Ｃ、Ｇ５９１９Ｔ、Ｃ５９１７Ａ、Ａ５８９２Ｃ、Ｐ９．１−２Ａ、Ｐ９．１−２Ｂ、Ｐ９．１−３、及びＰ９．１−４から選択される。当該バクテリオファージは、配列番号１またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含むことができ、当該ヌクレオチド配列は、配列番号１のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｇ２０、Ｇ２１、及びＧ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該バクテリオファージ変異体は、配列番号１に対し、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｔ５Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｇ２０Ｔ、Ｇ２１Ｃ、Ｃ２２Ｇ、及びＣ２２Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。一部の実施形態において、当該バクテリオファージの遺伝子９は当該ヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、配列番号２またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、当該ヌクレオチド配列は、配列番号２のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｔ２０、Ｃ２１、及びＴ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号２に対し、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｔ５Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｔ２０Ｇ、Ｃ２１Ｇ、Ｔ２２Ｇ、及びＴ２２Ｃから選択される１つ以上の変異を含むことができる。一部の実施形態において、当該バクテリオファージの遺伝子９は当該ヌクレオチド配列を含む。
【０００８】
一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、配列番号３またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、当該ヌクレオチド配列は、配列番号３のＡ２、Ａ３、Ａ５、Ｔ６、Ｔ７、Ｇ８、Ａ９、Ｔ１１、Ｔ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｔ２０、Ｇ２３、Ｔ２５、Ｔ３０、及びＧ３１から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号３に対し、Ｔ７Ｃ、Ｔ２０Ｇ、Ｇ２３Ａ、Ｔ２５Ｇ、Ｔ３０Ｇ、及びＧ３１Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。一部の実施形態において、当該バクテリオファージの遺伝子１６は当該ヌクレオチド配列を含む。
【０００９】
一部の実施形態において、当該バクテリオファージ変異体は、配列番号４またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、当該ヌクレオチド配列は、配列番号４のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ａ１５、Ａ１６、及びＧ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。一部のこのような実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号４に対し、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ７Ａ、Ｃ９Ａ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ａ１５Ｇ、Ａ１６Ｃ、Ａ１６Ｔ、及びＧ１８Ｔから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージの遺伝子３は当該ヌクレオチド配列を含む。
【００１０】
一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、配列番号５またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、当該ヌクレオチド配列は、配列番号５のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ｇ１５、Ｔ１６、及びＴ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。一部のこのような実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号５に対し、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ７Ａ、Ｃ９Ａ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ｇ１５Ａ、Ｔ１６Ｃ、Ｔ１６Ａ、及びＴ１８Ｇから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージの遺伝子３は当該ヌクレオチド配列を含む。
【００１１】
一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、配列番号６またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含み、当該ヌクレオチド配列は、配列番号６のＡ２、Ａ３、Ｇ５、Ｃ６、Ａ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ｔ１２、Ｃ１３、Ｔ１４、Ａ３１、Ｔ３３、及びＧ３５から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。一部のこのような実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号６に対し、Ｃ６Ａ、Ａ７Ｇ、Ｇ８Ｔ、Ａ３１Ｇ、Ｔ３３Ｇ、及びＧ３５Ａから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージの遺伝子７は当該ヌクレオチド配列を含む。
【００１２】
一部の実施形態において、当該バクテリオファージのゲノムは、配列番号７に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有し、当該バクテリオファージは、Ｇ２７６１Ｔ、Ｔ２７６２Ｃ、Ｇ２７６７Ｔ、Ｔ２７７１Ｃ、Ｔ２７７１Ｇ、Ｃ６４７７Ａ、Ａ６５０７Ｃ、Ａ６５０８Ｃ、Ｔ１３１６０Ｇ、Ｔ１３１７０Ｇ、Ｇ１３１７１Ｔ、Ｃ１３７３４Ａ、Ｔ２０５０１Ｇ、Ｃ２３３６５Ａ、Ｇ２７７１３Ｔ、Ｔ２８１１５Ｇ、及びＧ２８１９９Ｔから選択される１つ以上の変異を含む。
【００１３】
一部の実施形態において、当該バクテリオファージのゲノムは、配列番号１２に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有し、当該バクテリオファージは、Ｔ２７５７Ｃ、Ｇ２７６０Ｔ、Ｔ２７５７Ｃ、Ｇ２７６０Ｔ、Ｇ２７６２Ｔ、Ｔ２７６６Ｃ、Ｇ３７０４Ｔ、Ｃ５８９０Ａ、Ｃ５８９０Ｔ、Ａ５８９２Ｃ、Ｃ５９１７Ａ、Ｇ５９１９Ｔ、Ａ６４９９Ｃ、Ｔ６５０２Ｇ、Ｇ６５０８Ｔ、Ｇ６５１１Ｔ、Ｃ６５１４Ａ、Ａ１２４０４Ｃ、Ｃ１６５３６Ａ、Ｇ１７８６３Ｔ、及びＧ２６９０７Ａから選択される１つ以上の変異を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のバクテリオファージ。
【００１４】
一部の態様において、本明細書では、本明細書で開示するバクテリオファージを含む医薬組成物が提供される。当該医薬組成物は、抗座瘡剤（例えば、レチノイド、過酸化ベンゾイル、及び抗生物質）などの１つ以上の抗微生物剤を含むことができる。医薬組成物は、局所使用のために製剤化されてもよい。
【００１５】
本明細書では、対象に治療有効量の本明細書で開示する組成物（例えば、バクテリオファージ耐性Ｐ．Ａｃｎｅｓに感染可能な１つ以上のＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（Ｐ．Ａｃｎｅｓ）バクテリオファージ変異体を含む医薬組成物）を投与することにより、処置を必要としている対象（例えば、処置を必要としている対象）における座瘡を処置する方法が提供される。座瘡は、ファージ耐性Ｐ．Ａｃｎｅｓに関連し得る。一部の実施形態において、当該バクテリオファージ変異体は、クラスター化された規則的間隔の短回文リピート（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔｓ）（ＣＲＩＳＰＲ）エスケープ変異体である。一部の実施形態において、当該バクテリオファージ変異体は、本明細書で開示するバクテリオファージ変異体である。
【００１６】
本特許または出願ファイルには、カラーで制作された図面が少なくとも１点含まれている。カラー図面を伴った本特許または特許出願公開のコピーは、要請し必要料金を支払えば特許商標庁から提供される。
【００１７】
本発明を説明する目的のため、本開示のあるいくつかの実施形態が図面で示されている。ただし、本開示は、図面に示された実施形態の詳細な配置及び手段に限定されない。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】Ｐ．ａｃｎｅｓファージＰ１００Ｄのゲノムマップを示している。
【図２】ファージエスケープ変異体における変異を示している。４つの変異体の各々において、変異（下線付き）はプロトスペーサーのうちの３つ（１（黄色）、３（緑色）、及び４（褐色））に位置している。
【図３】プラーク形態型を示すＡＴＣＣ＿Ｃ（上）及びＡＴＣＣ＿Ｔ（下）の連続希釈物を示している。
【図４】分離されたファージエスケープ変異体の数を示し、またプラーク形態型を示している。
【図５】ファージエスケープ変異体における変異を示している。
【図６】Ｐ９．１変異体におけるプロトスペーサー変異の配列を示している。
【図７】ファージ耐性である、２つのＣＲＩＳＰＲを含有する分離株の配列の図示である。
【図８】Ｂ１０１．９スペーサーにマッチするＰ．ａｃｎｅｓファージＰＳを示している。
【図９】Ｂ１６６．８スペーサーにマッチするＰ．ａｃｎｅｓファージＰＳを示している。
【図１０】Ｐ９１エスケープ変異体が野生型ファージに耐性を有する分離株に効率的に感染することを示している。
【図１１】Ｐ９１エスケープ変異体が野生型ファージに耐性を有する分離株に効率的に感染することを示している。Ｂ１０１．９上で分離された変異体はこの分離株及びＢ６６．８の両方に感染し、Ｂ６６．８上で分離された変異体はこの分離株のみに感染する。
【図１２】ＣＲＩＳＰＲエスケープ変異体におけるＰＳ及びＰＡＭが点変異を含有することを示している。
【図１３】最初にＢ６６．８上で分離され、次にＢ１０１．９を通じて継代された変異体から得られた２次的エスケープ変異体が、Ｂ１０１．９に効率的に感染し、Ｂ１０１．９  ＰＳ−１  ＰＡＭに点変異を含有することを示している。
【図１４】非耐性分離株におけるエスケープ変異体の宿主範囲が影響を受けないことを示している。
【図１５】ファージエスケープ変異体における変異を示している。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
Ｉ．概要
現状の療法は不十分であり、ファージベース療法は、座瘡の処置に対する新たな抗微生物アプローチを提供する。座瘡の経口抗微生物療法は、臨床株（６−８）における耐性により成功しないことが多く、また望ましくない全身的影響：胃腸不調、光線過敏、膣酵母感染症、及び歯の変色につながる恐れがある。局所レチノイドは刺激及び光線過敏をもたらし、全身レチノイドは有効であるが、肝毒性及び催奇形性を含めた多系統の副作用を有する。したがって、Ｐ．ａｃｎｅｓを特異的に標的化するより安全かつ有効な療法が顕著に必要とされている。
【００２０】
ファージ療法。ファージ療法は９０年にわたり利用されてきた（１０）が、抗生物質の発見や、有効性に関する長年の疑問により、米国での使用は限定されていた（１１、１２）。しかし、病原菌における抗生物質耐性の出現により、ファージ療法に対する新たな関心が刺激されている。重要なことには、バクテリオファージは毒性なしでヒトに投与されており（１３）、ファージ療法の有効性は、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ（１４）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（１５）、及びｃｕｔａｎｅｏｕｓ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（１６−１８）による感染の動物モデルで実証されている。局所ファージ療法は、モルモットモデルにおいて、皮膚移植の合併症であるＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染を有効に処置するのに使用されており（１９）、またその治療有用性は、ヒト熱傷患者及び慢性耳感染症を有するイヌの両方において示されている（２０、２１）。ＦＤＡは、肉及び鳥肉製品におけるＬｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓに対し使用するための、６つの個別に精製されたファージからなるファージカクテルを承認しており（１０）、Ｅ．ｃｏｌｉ汚染を制御するための同様の製品も承認されている。現在、多くの企業が活発に治療ファージを開発しており（１０）、いくつかの活発なファージ療法試験が存在する（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ）。これにもかかわらず、多くのヒトの細菌感染症は、ファージ療法に対し、投薬量、特異性、適用経路、耐性、クリアランス、及び不明確なままの免疫に関する重大な課題を提示している。これに対し、座瘡は、重大ではあるが生命を脅かさない苦痛であり、局所適用に応答し、ファージ療法アプローチの発展のための魅力的なモデルを提示している。
【００２１】
ファージ耐性の潜在的可能性を克服するための戦略が開発されており（２２）、これには、ｉ）「氾濫閾値（ｉｎｕｎｄａｔｉｏｎ  ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ）」を達成するための高密度ファージ粒子（２３）、ｉｉ）異なる細菌受容体を標的化するファージ混合物を含有するファージ「カクテル」、及び／またはｉｉｉ）相乗的に作用するファージ及び抗生物質の組合せ（２４）が含まれる。高用量ファージ及びファージ由来ピオシンの使用により、細菌溶解につながる受動療法がもたらされる。これらのアプローチは、ファージ療法を容易にするインタクトなファージ粒子の宿主依存的増幅が欠如している。エンドリシンをベースとするファージ由来生成物は、一部の細菌に対する非常に有効な抗微生物薬であり、耐性は検出されていない。（２５−２７）
【００２２】
座瘡における局所ファージ療法の使用は、全身療法に関連する複雑性を回避する画期的なアプローチに相当する。加えて、当該使用は、直接的かつ特異的にＰ．ａｃｎｅｓを標的化するための手段をもたらすことになる。
【００２３】
ＩＩ．定義
本明細書において「約」という用語は、指定された値のプラスマイナス１０％の範囲を指す。例えば、「約２００」という表現は、文脈上明確に矛盾しない限り、２００のプラスマイナス１０％、すなわち１８０〜２２０を含む。
【００２４】
本明細書において、「投与する」という用語は、座瘡に関連するＰ．ａｃｎｅｓとの接触をもたらす、患者の体内または体表（必要に応じて）への組成物の実際の物理的導入を意味する。宿主または細胞内に組成物を導入するあらゆる方法が本発明に従って企図されており、当該方法は、いかなる特定の導入手段にも依存せず、またそのように解釈されるべきではない。導入手段は当業者に周知であり、本明細書でも例示されている。
【００２５】
本明細書において、「組み合わせて」投与するとは、２つ以上の薬剤または組成物の同時投与及び逐次投与の両方を指す。本明細書において、同時発生的または組み合わせた投与とは、２つ以上の薬剤または組成物が、対象に対し、（ａ）同時、または（ｂ）一般の処置スケジュールの経過中の異なる時点のいずれかに投与されることを意味する。後者の場合、２つ以上の薬剤または組成物は、意図された効果を達成するように十分近接した時間に投与される。
【００２６】
本明細書において、「バクテリオファージ」という用語は、細菌に感染し細菌内で複製するウイルスを指す。バクテリオファージは、ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかを含むゲノムをカプセル化するタンパク質から構成されている。バクテリオファージは、そのゲノムを細菌の細胞質内に注入すると、バクテリア内で複製する。バクテリオファージには「溶菌性バクテリオファージ」が含まれ、これは細菌の代謝を中断し、細菌の溶解を引き起こす（すなわち、こじ開ける）。好ましい実施形態において、本開示のバクテリオファージは、Ｐ．ａｃｎｅｓに感染可能である。好ましい実施形態において、本開示のバクテリオファージは、複数の株のＰ．ａｃｎｅｓに感染可能である。好ましい実施形態において、本開示のバクテリオファージは、ファージ耐性を克服する変異を含む。
【００２７】
本明細書において、用語「有効量」「有効用量」「十分な量」「〜するのに有効な量」「治療有効量」またはこれらの文法的等価物は、所望の結果をもたらす、症状を緩和するもしくは何らかの方法で低減する、または状態の進行を止めるもしくは反転させ、主観的な症状（複数可）の軽減、または臨床医もしくは他の認定された観察者により認められる客観的に識別可能な改善をもたらすのに十分な投薬量を意味する。本明細書に記載の医薬組成物の投与による特定の状態の症状の緩和は、恒久的か一次的か、永続的か一過性かにかかわらず、医薬組成物の投与に関連し得る任意の減少を指す。
【００２８】
「充填剤」という用語は、生産及び凍結乾燥中の材料のハンドリングを容易にすることができる医薬的に許容される増量剤を意味する。好適な充填剤としては、塩化ナトリウムなどの無機塩、及び水溶性の糖、またはスクロース、マルトース、マンニトール、もしくはトレハロースなどの糖アルコールが挙げられる。
【００２９】
「分離された」「精製された」または「生物学的に純粋な」という用語は、その天然状態において通常は関連することが見いだされる構成要素を実質的または本質的に含まない材料を指す。
【００３０】
「調整する」「調整」または「調整すること」という用語は当技術分野で認識されており、応答の上方調節（すなわち、活性化、刺激、増加）もしくは下方調節（すなわち、阻害、抑制、低減、または減少）、または組合せもしくは個別のこれら２つを指す。
【００３１】
本明細書において「任意選択の」または「任意選択により」とは、その後に記載される事象または状況が生じても生じなくてもよいことを意味し、またその記載が、当該事象または状況が生じる場合と生じない場合とを含むことを意味する。
【００３２】
本明細書において「変異」という用語は、コードされたポリペプチドの機能を改変もしくは除去する、コードされたポリペプチドの生成量を改変もしくは除去する、または変化を獲得した核酸の調節機能を改変もしくは除去する、（野生型または通常の核酸配列と比較しての）核酸配列の変化を意味する。変異としては、以下に限定されないが、当技術分野で公知である点変異、欠失、挿入、逆位、重複などが挙げられる。
【００３３】
本明細書において、「非経口」経路という用語は、経口及び局所経路以外の経路を意味する。本発明での使用に好適な非経口経路は、例えば、経鼻経路とすることができる。
【００３４】
本明細書において「バクテリオファージ耐性」という用語は、細菌がバクテリオファージによる感染に抵抗する能力の向上を指す。好ましい実施形態において、バクテリオファージ耐性は、細菌によりコードされたクラスター化された規則的間隔の短回文リピート（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔｓ）（ＣＲＩＳＰＲ）に関連する。
【００３５】
本明細書において「医薬的に許容される」という用語は、生理的に認容性である、そして対象、好ましくはヒト対象に投与した場合に、典型的にはアレルギーまたは同様の不利な反応をもたらさない、組成物を指す。好ましくは、本明細書において「医薬的に許容される」という用語は、連邦もしくは州の政府の規制機関の承認を受けていること、または動物における使用、より特定的にはヒトにおける使用向けに、米国薬局方もしくは他の広く認識された薬局方に収載されていることを意味する。
【００３６】
本明細書において、「処置する」「処置すること」及び「処置」という用語は、病態、障害、もしくは疾患を阻害すること、例えば、病態、障害、もしくは疾患、もしくはその臨床症状の発生を抑止もしくは低減すること、または病態、障害、もしくは疾患を軽減すること、例えば、病態、障害、もしくは疾患、もしくはその臨床症状の緩解を引き起こすことを含む。これらの用語は、治療及び治癒も含む。処置とは、病態、障害、または疾患の症状を緩和するまたは有益な変化をもたらす任意の方法を意味する。好ましくは、このような処置を必要とする対象は哺乳類であり、より好ましくはヒトである。
【００３７】
「ｗ／ｖ」とは、重量／体積を指す。
【００３８】
ＩＩＩ．組成物
発明者らは、驚いたことにそして予想外に、変異体Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージが座瘡の処置に有用であることを観察した。加えて、本明細書に記載の組成物は、ファージ耐性Ｐ．ａｃｎｅｓの処置に有用である。
【００３９】
Ｐ．ａｃｎｅｓ株ならびに株タイプを分離及び決定する方法は、当業者に公知である（参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１３／１４２３７８を参照）。
【００４０】
あるいくつかの実施形態において、本開示は、バクテリオファージ耐性Ｐ．ａｃｎｅｓに感染可能な変異体Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージを提供する。あるいくつかの実施形態において、当該バクテリオファージ変異体は、クラスター化された規則的間隔の短回文リピート（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔｓ）（ＣＲＩＳＰＲ）エスケープ変異体である。あるいくつかの実施形態において、当該バクテリオファージ変異体は、１、３、及び４から選択されるプロトスペーサー内に１つ以上の変異を含む。あるいくつかの実施形態において、当該バクテリオファージ変異体は、Ｔ６５０２Ｇ、Ｃ６５１４Ａ、Ｇ２７６２Ｔ、Ｔ２７５７Ｃ、Ｇ５９１９Ｔ、Ｃ５９１７Ａ、及びＡ５８９２Ｃから選択される１つ以上の変異を含む。あるいくつかの実施形態において、当該バクテリオファージ変異体は、Ｐ９．１ならびに誘導体Ｐ９．１−２Ａ、Ｐ９．１−２Ｂ、Ｐ９．１−３、及びＰ９．１−４から選択される。
【００４１】
当該バクテリオファージは、配列番号１（ＧＡＡＧＴＣＴＴＣＴＧＧＧＧＴＧＣＡＧＧＧＣＡＴＧＴＴＧＧＣＴＧＡＧＣＧ）またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含むことができる。配列番号１は、ファージＰ９．１遺伝子９の部分配列（配列番号１２の残基６４４５−６７３５）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９のプロトスペーサー１によって認識され得る。当該ヌクレオチド配列は、配列番号１のＧ１、Ａ２、Ａ３、Ｇ４、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｔ１０、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｇ２０、Ｇ２１、及びＧ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号１のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ１１、Ｇ１４、及びＣ１７から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、Ｇ１Ａ、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｇ４Ａ、Ｔ５Ｇ、Ｔ７Ｇ、Ｔ８Ｃ、Ｔ１０Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１３Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｇ２０Ｔ、Ｇ２１Ｃ、Ｃ２２Ｇ、及びＣ２２Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、Ａ２Ｔ、Ｔ５Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１４Ｔ、及びＣ１７Ａから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、天然に存在するバクテリオファージ内で生じない少なくとも１つの変異を含み、例えば、当該１つ以上の変異には、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で天然には生じない少なくとも１つの変異が含まれ得る。
【００４２】
当該バクテリオファージは、配列番号２（ＧＡＡＧＴＣＴＴＣＴＧＧＧＧＴＧＣＡＧＴＣＴＡＴＧＴＴＧＧＣＴＧＡＧＣＧ）またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含むことができる。配列番号２は、ファージＰ１．１遺伝子９の部分配列（配列番号７の残基６４５３−６７４３）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９のプロトスペーサー１によって認識され得る。当該ヌクレオチド配列は、配列番号２のＧ１、Ａ２、Ａ３、Ｇ４、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｔ１０、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｔ２０、Ｃ２１、及びＴ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号２のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ１１、Ｇ１４、及びＣ１７から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、Ｇ１Ａ、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｇ４Ａ、Ｔ５Ｇ、Ｔ７Ｇ、Ｔ８Ｃ、Ｔ１０Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１３Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｔ２０Ｇ、Ｃ２１Ｇ、Ｔ２２Ｇ、及びＴ２２Ｃから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列はＡ２Ｃ及びＡ３Ｃから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、天然に存在するバクテリオファージ内で生じない少なくとも１つの変異を含み、例えば、当該１つ以上の変異には、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で天然には生じない少なくとも１つの変異が含まれ得る。
【００４３】
当該バクテリオファージは、配列番号３（ＴＡＡＧＡＴＴＧＡＧＴＴＧＧＣＴＧＡＧＴＣＧＧＡＴＧＴＧＴＴＧＣＧＧＴＴ）またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含むことができる。配列番号３は、ファージＰ１．１遺伝子１６の部分配列（配列番号７の残基１２２３９−１３３９９）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ６６．８のプロトスペーサー１によって認識され得る。当該ヌクレオチド配列は、配列番号３のＡ２、Ａ３、Ａ５、Ｔ６、Ｔ７、Ｇ８、Ａ９、Ｔ１１、Ｔ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｔ１６、Ｇ１９、Ｔ２０、Ｇ２３、Ｔ２５、Ｔ３０、及びＧ３１から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号３のＴ２０、Ｔ３０、及びＧ３１から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、Ｔ７Ｃ、Ｔ１６Ａ、Ｔ１６Ｇ、Ｇ１９Ａ、Ｔ２０Ｇ、Ｇ２３Ａ、Ｔ２５Ｇ、Ｔ３０Ｇ、及びＧ３１Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、Ｔ２０Ｇ、Ｔ３０Ｇ、及びＧ３１Ｔから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、天然に存在するバクテリオファージ内で生じない少なくとも１つの変異を含み、例えば、当該１つ以上の変異には、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で天然には生じない少なくとも１つの変異が含まれ得る。
【００４４】
当該バクテリオファージは、配列番号４（ＣＡＡＣＴＧＣＧＣＣＡＡＣＡＡＡＣＧＣＡＴＣＴＧＡＴＣＣＧＡＡＴＡＣＧＧ）またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含むことができる。配列番号４は、ファージＰ９．１遺伝子３の部分配列（配列番号１２の残基１８８１−３２０６）（配列番号１５の残基６４４５−６７３５）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９及びＢ６６．８のプロトスペーサー３によって認識され得る。当該ヌクレオチド配列は、配列番号４のＡ２、Ａ３、Ｃ４、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ｃ１０、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ａ１５、Ａ１６、及びＧ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号４のＡ３、Ｃ７、Ｃ９、及びＡ１２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ４Ｔ、Ｃ７Ａ、Ｃ７Ｇ、Ｃ９Ａ、Ｃ１０Ｔ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ｃ１３Ｔ、Ａ１５Ｇ、Ａ１６Ｃ、Ａ１６Ｇ、Ａ１６Ｔ、及びＧ１８Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、Ａ３Ｔ、Ｃ７Ａ、Ｃ９Ａ、及びＡ１２Ｇから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、天然に存在するバクテリオファージ内で生じない少なくとも１つの変異を含み、例えば、当該１つ以上の変異には、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で天然には生じない少なくとも１つの変異が含まれ得る。
【００４５】
当該バクテリオファージは、配列番号５（ＣＡＡＣＴＧＣＧＣＣＡＡＣＡＧＴＣＴＣＡＴＣＴＧＡＴＣＣＧＡＡＴＡＣＧＧ）またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含むことができる。配列番号５は、ファージＰ１．１遺伝子３の部分配列（配列番号７の残基１８８６−３２１１）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９及びＢ６６．８のプロトスペーサー３によって認識され得る。当該ヌクレオチド配列は、配列番号５のＡ２、Ａ３、Ｃ４、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ｃ１０、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ｇ１５、Ｔ１６、及びＴ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号５のＡ３、Ｃ７、Ａ１２、及びＣ１３から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ４Ｔ、Ｃ７Ａ、Ｃ７Ｇ、Ｃ９Ａ、Ｃ１０Ｔ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ｃ１３Ｔ、Ｇ１５Ａ、Ｔ１６Ａ、Ｔ１６Ｃ、Ｔ１６Ｇ、及びＴ１８Ｇから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ７Ａ、Ａ１２Ｇ、及びＣ１３Ａから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、天然に存在するバクテリオファージ内で生じない少なくとも１つの変異を含み、例えば、当該１つ以上の変異には、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で天然には生じない少なくとも１つの変異が含まれ得る。
【００４６】
当該バクテリオファージは、配列番号６（ＣＡＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＣＴＣＡＧＡＡＧＧＣＣＡＣＡＡＣＡＡＡＴＴＣＧＴ）またはその逆相補配列に対し少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含むことができる。配列番号６は、ファージＰ９．１遺伝子７の部分配列（配列番号１２の残基５６１０−６０８９）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９及びＢ６６．８のプロトスペーサー４によって認識され得る。当該ヌクレオチド配列は、配列番号６のＡ２、Ａ３、Ｇ５、Ｃ６、Ａ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ｔ１２、Ｃ１３、Ｔ１４、Ａ１６、Ａ３０、Ａ３１、Ｔ３３、Ｃ３４、Ｇ３５、及びＴ３６から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号６のＡ３、Ｃ７、Ａ１２、及びＣ１３から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、Ｃ６Ａ、Ｃ６Ｔ、Ａ７Ｇ、Ｇ８Ｔ、Ｔ１２Ｃ、Ａ１６Ｇ、Ａ３０Ｇ、Ａ３１Ｇ、Ｔ３３Ｇ、Ｃ３４Ａ、Ｇ３５Ａ、及びＴ３６Ａから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、Ｃ６Ａ、Ｇ８Ｔ、Ｔ３３Ｇ、及びＧ３５Ａから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該バクテリオファージは、天然に存在するバクテリオファージ内で生じない少なくとも１つの変異を含み、例えば、当該１つ以上の変異には、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で天然には生じない少なくとも１つの変異が含まれ得る。
【００４７】
一部の実施形態において、本発明は、Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの遺伝子９をコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号７の残基６４５３−６７４３または配列番号１２の残基６４４５−６７３５）に関し、当該ヌクレオチド配列は、配列番号１（ＧＡＡＧＴＣＴＴＣＴＧＧＧＧＴＧＣＡＧＧＧＣＡＴＧＴＴＧＧＣＴＧＡＧＣＧ）またはその逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。配列番号１は、ファージＰ９．１遺伝子９の部分配列（配列番号１２の残基６４４５−６７３５）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９のプロトスペーサー１によって認識され得る。一部の実施形態において、本発明は、配列番号７の残基６４５３−６７４３または配列番号１２の残基６４４５−６７３５に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列に関し、例えば、当該ヌクレオチド配列の部分配列は、配列番号１に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。当該ヌクレオチド配列は、配列番号１のＧ１、Ａ２、Ａ３、Ｇ４、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｔ１０、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｇ２０、Ｇ２１、及びＧ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号１のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ１１、Ｇ１４、及びＣ１７から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号１に対し、Ｇ１Ａ、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｇ４Ａ、Ｔ５Ｇ、Ｔ７Ｇ、Ｔ８Ｃ、Ｔ１０Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１３Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｇ２０Ｔ、Ｇ２１Ｃ、Ｃ２２Ｇ、及びＣ２２Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号１に対し、Ａ２Ｔ、Ｔ５Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１４Ｔ、及びＣ１７Ａから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該ヌクレオチド配列は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の実施形態において、本発明は、配列番号１のオープンリーディングフレームによりコードされるアミノ酸配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、遺伝子９によりコードされるタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、本発明は、配列番号１０または配列番号１５に示されるアミノ酸に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、当該タンパク質は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該タンパク質は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の態様において、本発明は、前述のヌクレオチド配列またはタンパク質を含む細胞またはバクテリオファージに関する。
【００４８】
一部の実施形態において、本発明は、Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの遺伝子９をコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号７の残基６４５３−６７４３または配列番号１２の残基６４４５−６７３５）に関し、当該ヌクレオチド配列は、配列番号２（ＧＡＡＧＴＣＴＴＣＴＧＧＧＧＴＧＣＡＧＴＣＴＡＴＧＴＴＧＧＣＴＧＡＧＣＧ）またはその逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。配列番号２は、ファージＰ１．１遺伝子９の部分配列（配列番号７の残基６４５３−６７４３）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９のプロトスペーサー１によって認識され得る。一部の実施形態において、本発明は、配列番号７の残基６４５３−６７４３または配列番号１２の残基６４４５−６７３５に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列に関し、例えば、当該ヌクレオチド配列の部分配列は、配列番号２に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。当該ヌクレオチド配列は、配列番号２のＧ１、Ａ２、Ａ３、Ｇ４、Ｔ５、Ｃ６、Ｔ７、Ｔ８、Ｃ９、Ｔ１０、Ｇ１１、Ｇ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｃ１７、Ｔ２０、Ｃ２１、及びＴ２２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号２のＡ２、Ａ３、Ｔ５、Ｇ１１、Ｇ１４、及びＣ１７から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号２に対し、Ｇ１Ａ、Ａ２Ｔ、Ａ２Ｃ、Ａ３Ｃ、Ｇ４Ａ、Ｔ５Ｇ、Ｔ７Ｇ、Ｔ８Ｃ、Ｔ１０Ｇ、Ｇ１１Ｔ、Ｇ１３Ｔ、Ｇ１４Ｔ、Ｃ１７Ａ、Ｔ２０Ｇ、Ｃ２１Ｇ、Ｔ２２Ｇ、及びＴ２２Ｃから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号２に対しＡ２Ｃ及びＡ３Ｃから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該ヌクレオチド配列は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の実施形態において、本発明は、配列番号２のオープンリーディングフレームによりコードされるアミノ酸配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、遺伝子９によりコードされるタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、本発明は、配列番号１０または配列番号１５に示されるアミノ酸に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、当該タンパク質は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該タンパク質は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の態様において、本発明は、前述のヌクレオチド配列またはタンパク質を含む細胞またはバクテリオファージに関する。
【００４９】
一部の実施形態において、本発明は、Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの遺伝子１６をコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号７の残基１２２３９−１３３９９または配列番号１２の残基１２２３８−１３３９８）に関し、当該ヌクレオチド配列は、配列番号３（ＴＡＡＧＡＴＴＧＡＧＴＴＧＧＣＴＧＡＧＴＣＧＧＡＴＧＴＧＴＴＧＣＧＧＴＴ）またはその逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。配列番号３は、ファージＰ１．１遺伝子１６の部分配列（配列番号７の残基１２２３９−１３３９９）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ６６．８のプロトスペーサー１によって認識され得る。一部の実施形態において、本発明は、配列番号７の残基１２２３９−１３３９９または配列番号１２の残基１２２３８−１３３９８に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列に関し、例えば、当該ヌクレオチド配列の部分配列は、配列番号３に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。当該ヌクレオチド配列は、配列番号３のＡ２、Ａ３、Ａ５、Ｔ６、Ｔ７、Ｇ８、Ａ９、Ｔ１１、Ｔ１２、Ｇ１３、Ｇ１４、Ｔ１６、Ｇ１９、Ｔ２０、Ｇ２３、Ｔ２５、Ｔ３０、及びＧ３１から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号３のＴ２０、Ｔ３０、及びＧ３１から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号３に対し、Ｔ７Ｃ、Ｔ１６Ａ、Ｔ１６Ｇ、Ｇ１９Ａ、Ｔ２０Ｇ、Ｇ２３Ａ、Ｔ２５Ｇ、Ｔ３０Ｇ、及びＧ３１Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号３に対しＴ２０Ｇ、Ｔ３０Ｇ、及びＧ３１Ｔから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該ヌクレオチド配列は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の実施形態において、本発明は、配列番号３のオープンリーディングフレームによりコードされるアミノ酸配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、遺伝子１６によりコードされるタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、本発明は、配列番号１１または配列番号１６に示されるアミノ酸に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、当該タンパク質は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該タンパク質は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の態様において、本発明は、前述のヌクレオチド配列またはタンパク質を含む細胞またはバクテリオファージに関する。
【００５０】
一部の実施形態において、本発明は、Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの遺伝子３をコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号７の残基１８８６−３２１１または配列番号１２の残基１８８１−３２０６）に関し、当該ヌクレオチド配列は、配列番号４（ＣＡＡＣＴＧＣＧＣＣＡＡＣＡＡＡＣＧＣＡＴＣＴＧＡＴＣＣＧＡＡＴＡＣＧＧ）またはその逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。配列番号４は、ファージＰ９．１遺伝子３の部分配列（配列番号１２の残基１８８１−３２０６）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９及びＢ６６．８のプロトスペーサー３によって認識され得る。一部の実施形態において、本発明は、配列番号７の残基１８８６−３２１１または配列番号１２の残基１８８１−３２０６に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列に関し、例えば、当該ヌクレオチド配列の部分配列は、配列番号４の逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。当該ヌクレオチド配列は、配列番号４のＡ２、Ａ３、Ｃ４、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ｃ１０、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ａ１５、Ａ１６、及びＧ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号４のＡ３、Ｃ７、Ｃ９、及びＡ１２から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号４に対し、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ４Ｔ、Ｃ７Ａ、Ｃ７Ｇ、Ｃ９Ａ、Ｃ１０Ｔ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ｃ１３Ｔ、Ａ１５Ｇ、Ａ１６Ｃ、Ａ１６Ｇ、Ａ１６Ｔ、及びＧ１８Ｔから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号４に対し、Ａ３Ｔ、Ｃ７Ａ、Ｃ９Ａ、及びＡ１２Ｇから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該ヌクレオチド配列は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の実施形態において、本発明は、配列番号４のオープンリーディングフレームによりコードされるアミノ酸配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、遺伝子３によりコードされるタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、本発明は、配列番号８または配列番号１３に示されるアミノ酸に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、当該タンパク質は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該タンパク質は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の態様において、本発明は、前述のヌクレオチド配列またはタンパク質を含む細胞またはバクテリオファージに関する。
【００５１】
一部の実施形態において、本発明は、Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの遺伝子３をコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号７の残基１８８６−３２１１または配列番号１２の残基１８８１−３２０６）に関し、当該ヌクレオチド配列は、配列番号５（ＣＡＡＣＴＧＣＧＣＣＡＡＣＡＧＴＣＴＣＡＴＣＴＧＡＴＣＣＧＡＡＴＡＣＧＧ）またはその逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。配列番号５は、ファージＰ１．１遺伝子３の部分配列（配列番号７の残基１８８６−３２１１）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９及びＢ６６．８のプロトスペーサー３によって認識され得る。一部の実施形態において、本発明は、配列番号７の残基１８８６−３２１１または配列番号１２の残基１８８１−３２０６に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列に関し、例えば、当該ヌクレオチド配列の部分配列は、配列番号５の逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。当該ヌクレオチド配列は、配列番号５のＡ２、Ａ３、Ｃ４、Ｔ５、Ｇ６、Ｃ７、Ｇ８、Ｃ９、Ｃ１０、Ａ１１、Ａ１２、Ｃ１３、Ａ１４、Ｇ１５、Ｔ１６、及びＴ１８から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号５のＡ３、Ｃ７、Ａ１２、及びＣ１３から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号５に対し、Ａ３Ｔ、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ４Ｔ、Ｃ７Ａ、Ｃ７Ｇ、Ｃ９Ａ、Ｃ１０Ｔ、Ａ１２Ｇ、Ｃ１３Ａ、Ｃ１３Ｔ、Ｇ１５Ａ、Ｔ１６Ａ、Ｔ１６Ｃ、Ｔ１６Ｇ、及びＴ１８Ｇから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号５に対し、Ａ３Ｃ、Ａ３Ｇ、Ｃ７Ａ、Ａ１２Ｇ、及びＣ１３Ａから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該ヌクレオチド配列は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の実施形態において、本発明は、配列番号５のオープンリーディングフレームによりコードされるアミノ酸配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、遺伝子３によりコードされるタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、本発明は、配列番号８または配列番号１３に示されるアミノ酸に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、当該タンパク質は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該タンパク質は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の態様において、本発明は、前述のヌクレオチド配列またはタンパク質を含む細胞またはバクテリオファージに関する。
【００５２】
一部の実施形態において、本発明は、Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの遺伝子７をコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号７の残基５６１８−６０９７または配列番号１２の５６１０−６０８９）に関し、当該ヌクレオチド配列は、配列番号６（ＣＡＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＣＴＣＡＧＡＡＧＧＣＣＡＣＡＡＣＡＡＡＴＴＣＧＴ）またはその逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。配列番号６は、ファージＰ９．１遺伝子７の部分配列（配列番号１２の５６１０−６０８９）である。この部分配列は、Ｐ．ａｃｎｅｓ株Ｂ１０１．９及びＢ６６．８のプロトスペーサー４によって認識され得る。一部の実施形態において、本発明は、配列番号７の残基５６１８−６０９７または配列番号１２の５６１０−６０８９に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するヌクレオチド配列に関し、例えば、当該ヌクレオチド配列の部分配列は、配列番号６の逆相補配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有する。当該ヌクレオチド配列は、配列番号６のＡ２、Ａ３、Ｇ５、Ｃ６、Ａ７、Ｇ８、Ｃ９、Ａ１１、Ｔ１２、Ｃ１３、Ｔ１４、Ａ１６、Ａ３０、Ａ３１、Ｔ３３、Ｃ３４、Ｇ３５、及びＴ３６から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号６のＡ３、Ｃ７、Ａ１２、及びＣ１３から選択される１つ以上のヌクレオチドに対し、変異を含む。当該ヌクレオチド配列は、配列番号６に対し、Ｃ６Ａ、Ｃ６Ｔ、Ａ７Ｇ、Ｃ６Ｔ、Ａ７Ｇ、Ｇ８Ｔ、Ｔ１２Ｃ、Ａ１６Ｇ、Ａ３０Ｇ、Ａ３１Ｇ、Ｔ３３Ｇ、Ｃ３４Ａ、Ｇ３５Ａ、及びＴ３６Ａから選択される１つ以上の変異を含むことができる。好ましい実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、配列番号６に対し、Ｃ６Ａ、Ｇ８Ｔ、Ｔ３３Ｇ、及びＧ３５Ａから選択される１つ以上の変異を含む。一部の実施形態において、当該ヌクレオチド配列は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該ヌクレオチド配列は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の実施形態において、本発明は、配列番号６のオープンリーディングフレームによりコードされるアミノ酸配列に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含む、遺伝子７によりコードされるタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上のアミノ酸置換を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、本発明は、配列番号９または配列番号１４に示されるアミノ酸に対し、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むタンパク質に関し、当該タンパク質は、前述のヌクレオチド変異のうちの１つ以上に対応する１つ以上の変異を含み、例えば、各ヌクレオチド変異は非同義置換の変異である。一部の実施形態において、当該タンパク質は、天然に存在する生物内で生じず、例えば、当該タンパク質は、バクテリオファージＰ１．１、Ｐ９．１、Ｐ１４．４、Ｐ１００．１、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、Ｐ０１５、ＡＴＣＣ＿Ｃ、またはＡＴＣＣ＿Ｔ内で生じない。一部の態様において、本発明は、前述のヌクレオチド配列またはタンパク質を含む細胞またはバクテリオファージに関する。
【００５３】
一部の実施形態において、本開示のバクテリオファージは、１つ以上の他のバクテリオファージと組み合わせて（バクテリオファージカクテル）使用される。バクテリオファージの組合せは、Ｐ．ａｃｎｅｓの同じ株も異なる株も標的化することができる。バクテリオファージカクテルは同時発生的に適用することができる。すなわち、バクテリオファージカクテルは同時に（例えば、同じ適用でまたは同じ組成物中であっても）適用されてもよく、別々の適用で同時に有効になるように時間をおいて適用されてもよい。バクテリオファージは、１回の適用として、定期的適用として、または持続的適用として適用することができる。
【００５４】
バクテリオファージまたはバクテリオファージの組合せは、１つ以上の他の抗微生物薬と組み合わせて使用することができる。抗微生物薬としては、既知の抗座瘡剤（例えば、レチノイド、過酸化ベンゾイル、もしくは抗生物質）、または新規の抗微生物薬（例えば、グラニュリシンもしくはＰ．ａｃｎｅｓファージエンドリシンタンパク質）が挙げられ得る。一部の実施形態において、抗生物質または抗体の組合せは、ペニシリン、セファロスポリン、カルバペネム、アミノグリコシド、スルホンアミド、キノロン、マクロライド、テトラサイクリン、リポペプチド、及びオキサゾリジノンから選択される。
【００５５】
抗生物質とは、以下に限定されないが、アミノグリコシド系抗生物質、グリコペプチド系抗生物質、マクロライド系抗生物質、及びこれらの組合せといった薬剤の一群を指す。例示的な抗生物質は、グラム陰性細菌に対し活性を有するもの、さらにグラム陽性細菌及びグラム陰性細菌の両方に対し活性を有するものとすることができる。抗生物質の非限定的な例としては、エリスロマイシン、ガラマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、トブラマイシン、バンコマイシン、及びこれらの類似体、ならびにこれらの組合せが挙げられる。本発明の方法で使用することができる抗生物質は様々である。一部の実施形態において、抗生物質または抗体の組合せは、ペニシリン、セファロスポリン、カルバペネム、アミノグリコシド、スルホンアミド、キノロン、マクロライド、テトラサイクリン、リポペプチド、及びオキサゾリジノンから選択される。対象が、あるクラスの抗生物質（例えば、セファロスポリン及びその組合せ）に対する既知のまたは可能性が疑われる過感受性を有する場合、好適な抗生物質を置き換えることができる。
【００５６】
一部の実施形態において、抗生物質または抗生物質の組合せは、対象の細菌マイクロバイオータの耐性プロファイルに基づいて具体的に選択することができる。
【００５７】
一部の実施形態において、抗生物質または抗生物質カクテル（少なくとも２つの抗生物質を含むもの）は、アモキシシリン、アンピシリン、バカンピシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンＧ、ペニシリンＶ、ピペラシリン、ピバムピシリン、ピブメシリナム、チカルシリン、セファセトリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファマンドール、セファピリン、セファトキシン、セファトリジン、セファザフル、セファレキシン、セファゼドン、セファゾリン、セフェピム、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフィネタゾール（ｃｅｆｉｎｅｔａｚｏｌｅ）、セフォテタン、セフォキシチン、ロラカルベフ、セフブペラゾン、セフィネタゾール、セフミノクス、セフォテタン、セフォキシチン、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフェタメット、セフィキシム、セフィネオキシム（ｃｅｆｉｎｅｎｏｘｉｍｅ）、セフォジジム、セフォタキシム、セフォベシン、セフピミゾール、セフポドキシム、セフテラム、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフォペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、セフタロリン、イミペネム、メロペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ベタミプロン、ビアペネム、ラズペネム、アミカシン、アルベカシン、ゲンタミシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、フラマイセチン、リボスタマイシン、ベカナマイシン、ジベカシン、トブラマイシン、スペクチノマイシン、ハイグロマイシンＢ、硫酸パロモマイシン、シソマイシン、イセパマイシン、ベルダマイシン、アストロマイシン、スルファサラジン、スルファメトキサゾール、スルファメチゾール、スルフイソキサゾール、フルオロキノロン、ケトライド、セフトビプロール、フルメキン、ナリジクス酸、オキソリン酸、ピロミド酸、ピペミド酸、ロソキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、ロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、ペフロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、ガチフロキサシン、グレパフロキサシン、レポフロキサシン、モキシフロキサシン、パズフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ゲミフロキサシン、シタフロキサシン、トロバフロキサシン、プルリフロキサシン、アジスロマイシン、エリスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、リネゾリド、クリンダマイシン、メトロニダゾール、バンコマイシン、リファブチン、リファンピン、ニトロフラントイン、クロラムフェニコール、及びこれらの組合せから選択される。
【００５８】
一部の実施形態において、組成物は、除去半減期が２０時間未満の抗生物質を含む。一部の実施形態において、組成物は、除去半減期が約１〜１２時間の抗生物質を含む。以下は約１〜１２時間の半減期を有するいくつかの抗生物質の例であり、以下から抗生物質または抗生物質の組合せを選択することができる：セファドロキシル、セファゾリン、セファレキシン、セファロチン、セファピリン、セファセロール（ｃｅｐｈａｃｅｌｏｒ）、セフプロジル、セファドリン、セファマンドール、セフォニシド、セフォラニド、セフロキシム、セフィキシム、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタキシジム（ｃｅｆｔａｘｉｄｉｍｅ）、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、ロラカルベフ、イミペネム、エリスロマイシン（及びエストレート、コハク酸エチル、グルセプテート、ラクトビオネート、ステアレートなどのエリスロマイシン塩）、アジスロマイシン、クラリスロマイコイン（ｃｌａｒｉｔｈｒｏｍｙｃｏｉｎ）、ジリスロマイシン、トロレアノマイシン（ｔｒｏｌｅａｎｏｍｙｃｉｎ）、ペニシリンＶ、ペニシリン塩及び錯体、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、アモキシシリン、アモキシシリン・クラブラン酸カリウム、アンピシリン、バカンピシリン、カルベニシリンインダニルナトリウム（そして他のカルベニシリン塩）メズロシリン、ピペラシリン、ピペラシリン・タキソバクタム（ｔａｘｏｂａｃｔａｍ）、チカルシリン、チカルシリン・クラブラン酸カリウム、クリンダマイシン、バンコマイシン、ノボビオシン、アミノサリチル酸、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトールＨＣｌ及び他の塩、エチオナミド、及びイソニアジド、シプロフロキサシン、レポフロキサシン、ロメフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、スパルフロキサシン、スルファシチン、スルファメラジン、スルファメタジン、スルファメチゾール、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、スルファピリジン、スルファジアジン、スルフィネトキサゾール（ｓｕｌｆｉｎｅｔｈｏｘａｚｏｌｅ）、スルファピリジン、メトロニダゾール、メテナミン、ホスホマイシン、ニトロフラントイン、トリメトプリム、クロファジミン、コトリモキサゾール、ペンタミジン、ならびにトリメトレキセート。
【００５９】
一部の実施形態において、抗生物質は、アミノグリコシド系抗生物質、グリコペプチド系抗生物質、マクロライド系抗生物質、及びこれらの組合せから選択される。一部の実施形態において、抗生物質は、エリスロマイシン、ゲンタマイシン、トブラマイシン、バンコマイシン、及びこれらの組合せから選択される。一部の実施形態において、抗生物質はゲンタマイシンである。
【００６０】
抗生物質または少なくとも２つの抗生物質（抗生物質カクテルと呼ばれることがある）は、対象に対し、それ自体として、または好適な担体もしくは賦形剤と混合した医薬組成物において投与することができる。
【００６１】
ＩＶ．製剤化、投薬量、及び投与
本発明のＰ．ａｃｎｅｓバクテリオファージは、これを含有する組成物の総重量に対し、乾燥重量として表現される少なくとも０．０００１％の比率で、特に０．０００１％から３０％の比率で、特に０．００１％から２０％の比率で、より特定的には０．０１重量％から１５重量％の比率で、特に０．１重量％から１０重量％及び１重量％から５重量％で、組成物中に製剤化することができる。
【００６２】
本発明の組成物及び方法は、処置を必要としている個体の処置に利用することができる。ある特定の実施形態において、当該個体は哺乳類、例えばヒト、または非ヒト哺乳類である。動物、例えばヒトに投与する場合、当該組成物またはバクテリオファージは、好ましくは、医薬組成物として、例えば、本発明のバクテリオファージ及び医薬的に許容される担体を含む医薬組成物として、投与される。
【００６３】
医薬的に許容される担体は当技術分野において周知であり、例えば、水溶液、例えば、水もしくは生理緩衝食塩水、または他の溶媒、あるいはビヒクル、例えば、グリコール、グリセロール、オリーブ油などの油、または注射用有機エステルが挙げられる。好ましい実施形態において、このような医薬組成物がヒト投与用である場合、水溶液はパイロジェンフリーまたは実質的にパイロジェンフリーである。賦形剤の選択は、例えば、薬剤の放出遅延をもたらすように、または１つ以上の細胞、組織、もしくは臓器を選択的に標的化するように行われ得る。当該医薬組成物は、錠剤、カプセル（スプリンクルカプセル及びゼラチンカプセルを含む）、粒剤、粉剤、シロップ、座薬、注射などの投薬単位形態をとることができる。当該組成物は、経皮送達系（例えば、皮膚パッチ）中に存在することもできる。当該組成物は、局所投与に好適な溶液（例えば、点眼薬）中に存在することもできる。
【００６４】
医薬的に許容される担体は、例えば、本発明のバクテリオファージの吸収を安定化または増加するように作用する、生理的に許容される薬剤を含有することができる。このような生理的に許容される薬剤としては、例えば、炭水化物（例えば、グルコース、スクロース、もしくはデキストラン）、抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸もしくはグルタチオン）、キレート剤、低分子量タンパク質、または他の安定剤もしくは賦形剤が挙げられる。生理的に許容される薬剤を含めた医薬的に許容される担体の選択は、例えば、当該組成物の投与経路に依存する。当該医薬組成物（調製物）は、リポソームまたは他のポリマーマトリックスであってもよく、これらは、例えば本発明のバクテリオファージを組み込んでおくことができる。例えば、リン脂質または他の脂質を含むリポソームは、無毒の生理的に許容される代謝可能な担体であり、比較的作製及び投与が簡単である。
【００６５】
「医薬的に許容される」という表現は、妥当な医学的評価の範囲内で、合理的な利益／リスクの割合に応じて、過度な毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題もしくは合併症を伴うことなく、ヒト及び動物の組織に接触しての使用に好適な化合物、材料、組成物、及び／または剤形を指すために本明細書で用いられる。
【００６６】
本明細書において「医薬的に許容される担体」という表現は、医薬的に許容される材料、組成物、またはビヒクル、例えば、液体または固体の充填剤、希釈剤、溶媒、またはカプセル化材料を意味する。各担体は、製剤の他の成分に適合性であり患者に有害でないという意味において、「許容される」ものでなければならない。医薬的に許容される担体として役目を果たし得る材料の一部の例としては、（１）糖、例えば、ラクトース、グルコース、及びスクロース；（２）デンプン、例えば、トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン；（３）セルロース及びその誘導体、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、及び酢酸セルロース；（４）粉末化トラガカント；（５）麦芽；（６）ゼラチン；（７）タルク；（８）賦形剤、例えば、ココアバター及び座薬ワックス；（９）油、例えば、ピーナツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及びダイズ油；（１０）グリコール、例えば、プロピレングリコール；（１１）ポリオール、例えば、グリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコール；（１２）エステル、例えば、オレイン酸エチル及びラウリン酸エチル；（１３）寒天；（１４）緩衝剤、例えば、水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウム；（１５）アルギン酸；（１６）パイロジェンフリー水；（１７）等張食塩水；（１８）リンガー液；（１９）エチルアルコール；（２０）リン酸緩衝液；ならびに（２１）医薬製剤で用いられる他の無毒の適合性物質が挙げられる。
【００６７】
医薬組成物（調製物）は、対象に対し、複数の投与経路のいずれによっても投与することができ、投与経路としては、例えば、経口（例えば、水溶液もしくは非水溶液または懸濁液におけるような水薬、錠剤、カプセル（スプリンクルカプセル及びゼラチンカプセルを含む）、ボーラス、粉剤、粒剤、舌に適用するペースト）；口腔粘膜を通じた吸収（例えば、舌下）；経肛門；経直腸または経膣（例えば、ペッサリー、クリーム、または泡沫として）；非経口（例えば無菌溶液または懸濁液としての、筋肉内、静脈内、皮下、またはくも膜下腔内を含む）；経鼻；腹腔内；皮下；経皮（例えば、皮膚に適用するパッチとして）；ならびに局所（例えば、皮膚に適用するクリーム、軟膏、もしくはスプレーとして、または点眼薬として）が挙げられる。バクテリオファージは、吸入用に製剤化することもできる。あるいくつかの実施形態において、バクテリオファージは、無菌水に単に溶解または懸濁させることができる。適切な投与経路及び投与に好適な組成物の詳細は、例えば、米国特許第６，１１０，９７３号、同第５，７６３，４９３号、同第５，７３１，０００号、同第５，５４１，２３１号、同第５，４２７，７９８号、同第５，３５８，９７０号、及び同第４，１７２，８９６号、ならびにこれらで引用された特許で見いだすことができる。
【００６８】
当該製剤は、単位剤形で好都合に提示することができ、薬学分野で周知の任意の方法によって調製することができる。担体材料と組み合わせて１つの剤形を生成することができる活性成分の量は、処置対象の宿主、特定の投与様式によって変動することになる。担体材料と組み合わせて１つの剤形を生成することができる活性成分の量は、概して、治療効果をもたらすバクテリオファージの量となる。概して、１００パーセントのうち、この量は約１パーセントから約９９パーセントの活性成分、好ましくは約５パーセントから約７０パーセント、最も好ましくは約１０パーセントから約３０パーセントの範囲となる。
【００６９】
これらの製剤または組成物を調製する方法は、本発明のバクテリオファージを、担体及び任意選択により１つ以上の補助的成分と結び付けるステップを含む。概して、当該製剤は、本発明のバクテリオファージを液体担体もしくは微粉固体またはこの両方と一様かつ密接に結び付け、そして必要に応じ生成物を整形することにより、調製される。
【００７０】
本発明の一部の実施形態において、本発明での使用に好適なバクテリオファージは、経口的、局所的、または非経口的に、特に局所的に投与することができる。
【００７１】
局所的または経皮的投与用の剤形としては、粉剤、スプレー、軟膏、ペースト、クリーム、ローション、ゲル、溶液、パッチ、及び吸入剤が挙げられる。バクテリオファージは、無菌条件下で、医薬的に許容される担体と、そして必要とされ得る任意の保存料、緩衝液、または噴射剤と混合することができる。
【００７２】
軟膏、ペースト、クリーム、及びゲルは、バクテリオファージに加えて、賦形剤、例えば、動物性及び植物性脂肪、油、ワックス、パラフィン、デンプン、トラガカント、セルロース誘導体、ポリエチレングリコール、シリコーン、ベントナイト、ケイ酸、タルク、ならびに酸化亜鉛、またはこれらの混合物を含有することができる。
【００７３】
本明細書の一部の実施形態における局所製剤の様々な構成成分の例示的内容を以下に記載する。
【００７４】
ビヒクル
本明細書の製剤／組成物で使用する好適な局所ビヒクル及びビヒクル構成要素は、化粧品及び医薬品分野において周知であり、これには以下のようなビヒクル（またはビヒクル構成要素）：水；有機溶媒、例えば、アルコール（特定的には、皮膚から容易に蒸発可能なエタノールなどの低級アルコール）、グリコール（例えば、プロピレングリコール、ブチレングリコール、及びグリセロール（グリセリン））、脂肪族アルコール（例えば、ラノリン）；水と有機溶媒（例えば、水及びアルコール）との混合物、ならびに有機溶媒の混合物（例えば、アルコール及びグリセロール）（任意選択により、さらに水との混合物）；脂質ベースの材料、例えば、脂肪酸、アシルグリセロール（鉱油などの油、及び天然または合成由来の脂肪を含む）、ホスホグリセリド、スフィンゴ脂質、及びワックス；タンパク質ベースの材料、例えば、コラーゲン及びゼラチン；シリコーンベースの材料（不揮発性及び揮発性の両方）、例えば、シクロメチコン、ジメチコノール、ジメチコン、及びジメチコンコポリオール；炭化水素ベースの材料、例えば、ワセリン及びスクワラン；ならびに皮膚への投与に好適な他のビヒクル及びビヒクル構成要素、ならびに上で特定された局所的ビヒクル構成要素または当技術分野で公知の局所的ビヒクル構成要素の混合物、が挙げられる。
【００７５】
一実施形態において、本発明の組成物は水中油エマルジョンである。本発明の組成物の製剤化での使用に好適な液体としては、水、ならびに水混和性溶媒、例えば、グリコール（例えば、エチレングリコール、ブチレングリコール、イソプレングリコール、プロピレングリコール）、グリセロール、液体ポリオール、ジメチルスルホキシド、及びイソプロピルアルコールが挙げられる。１つ以上の水性ビヒクルが存在していてもよい。
【００７６】
一部の実施形態において、製剤はメタノール、エタノール、プロパノール、またはブタノールを有しない。
【００７７】
界面活性剤及び乳化剤
多くの局所製剤は、異なる化学物質を特定の溶媒系に分散させるために、界面活性成分（乳化剤及び界面活性剤）を使用する化学的エマルジョンを含有する。例えば、ほとんどの脂質様（油質もしくは脂肪質の）または親油性成分は、最初に乳化剤と合わせない限り、水性溶媒中で均一に分散しない。この乳化剤により親油性の内部及び親水性の外部を含有する顕微鏡的水溶性構造（液滴）が形成され、水中油エマルジョンがもたらされる。水性媒体に可溶性であるためには、分子は極性であるかまたは荷電していなければならず、それにより、同様に極性の水分子と好ましく相互作用することができる。同様に、水溶性の極性または荷電成分を、大部分が脂質または油をベースとする溶媒に溶解するには、典型的には、構造の内部に親水性の構成要素を含有する一方で外部が親油性であることにより、当該成分が親油性溶媒に溶解して油中水エマルジョンを形成できるような、安定した構造を形成する乳化剤が使用される。このようなエマルジョンは、エマルジョン液滴内で乳化剤の極性または荷電部分と相互作用することができる塩または他の荷電成分を添加することにより、不安定化される可能性があることは周知である。エマルジョン不安定化によって水性及び親油性成分の２つの層への分離がもたらされ、これは局所用製品の商品価値を損なう可能性がある。
【００７８】
本発明での使用に好適な界面活性剤は、イオン性であっても非イオン性であってもよい。このような界面活性剤としては、以下に限定されないが、セチルアルコール、ポリソルベート（ポリソルベート２０、ポリソルベート４０、ポリソルベート６０、ポリソルベート８０）、ステアレス−１０（Ｂｒｉｊ  ７６）、ドデシル硫酸ナトリウム（ラウリル硫酸ナトリウム）、ラウリルジメチルアミンオキシド、セチルトリメチルアンモニウム臭化物（ＣＴＡＢ）、ポリエトキシ化アルコール、ポリオキシエチレンソルビタン、オクトキシノール、Ｎ，Ｎ−ジメチルドデシルアミン−Ｎ−オキシド、ヘキサデシルトリメチルアンモニウム臭化物（ＨＴＡＢ）、ポリオキシ１０ラウリルエーテル、胆汁酸塩（例えば、デオキシコール酸ナトリウムまたはコール酸ナトリウム）、ポリオキシルヒマシ油、ノニルフェノールエトキシレート、シクロデキストリン、レシチン、ジメチコンコポリオール、ラウラミドＤＥＡ、コカミドＤＥＡ、コカミドＭＥＡ、オレイルベタイン、コカミドプロピルベタイン、コカミドプロピルホスファチジルＰＧ−ジモニウムクロリド、リン酸ジセチル（リン酸ジヘキサデシル）、セテアレス−１０リン酸、メチルベンゼトニウムクロリド、リン酸ジセチル、セテス−１０リン酸（セテス−１０は、セチルアルコールのポリエチレングリコールエーテル（ｎの平均値は１０である）であり、セテス−１０リン酸はセテス−１０のリン酸エステルの混合物である）、セテス−２０、Ｂｒｉｊ  Ｓ１０（ポリエチレングリコールオクタデシルエーテル、平均Ｍｎ約７１１）、ならびにポロキサマー（以下に限定されないが、ポロキサマー１８８（ＨＯ（Ｃ２Ｈ４Ｏ）ａ（ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｏ）ｂ（Ｃ２Ｈ４Ｏ）ａＨ、平均分子量８４００）及びポロキサマー４０７（ＨＯ（Ｃ２Ｈ４Ｏ）ａ（ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｏ）ｂ（Ｃ２Ｈ４Ｏ）ａＨ、式中、ａは約１０１であり、ｂは約５６である）を含む）が挙げられる。このような界面活性剤の適切な組合せまたは混合物も、本発明に従って使用することができる。これらの界面活性剤の多くは、本発明の製剤において乳化剤としての役割を果たすこともできる。
【００７９】
本発明の製剤で使用する他の好適な乳化剤としては、以下に限定されないが、ベヘントリモニウムメトサルフェート−セテアリルアルコール、非イオン性乳化剤、例えば、乳化ワックス、ポリオキシエチレンオレイルエーテル、ステアリン酸ＰＥＧ−４０、セトステアリルアルコール（セテアリルアルコール）、セテアレス−１２、セテアレス−２０、セテアレス−３０、セテアレスアルコール、セテス−２０（セテス−２０は、セチルアルコールのポリエチレングリコールエーテル（ｎの平均値は２０である）である）、オレイン酸、オレイルアルコール、ステアリン酸グリセリル、ステアリン酸ＰＥＧ−７５、ステアリン酸ＰＥＧ−１００、及びステアリン酸ＰＥＧ−１００、セラミド２、セラミド３、ステアリン酸、コレステロール、ステアレス−２、及びステアレス−２０、ならびにこれらの組合せ／混合物、さらにステアラミドプロピルジメチルアミン及びベヘントリモニウムメトサルフェートのようなカチオン性乳化剤、またはこれらの組合せ／混合物が挙げられる。
【００８０】
保湿剤、柔軟剤、及び湿潤剤
概して局所用製品における、特に化粧品における最も重要な態様の１つは、消費者による製品の審美的品質の知覚である。例えば、白色ワセリンは優れた保湿剤及び皮膚保護剤である一方で、グリース状でべとつきがあり、皮膚へのすり込みが容易ではなく、衣服にしみを付ける恐れがあるため、これを皮膚に、特に顔に対し単体で使用することは稀である。消費者は、審美的に洗練され、皮膚に対し許容できる触感や性能を有する製品を高く評価する。本発明の製剤での使用に好適な保湿剤としては、以下に限定されないが、乳酸及び他のヒドロキシ酸ならびにこれらの塩、グリセロール、プロピレングリコール、ブチレングリコール、ＰＣＡナトリウム、ヒアルロン酸ナトリウム、カーボワックス２００、カーボワックス４００、及びカーボワックス８００が挙げられる。本発明の製剤での使用に好適な柔軟剤または湿潤剤としては、以下に限定されないが、パンテノール、パルミチン酸セチル、グリセロール（グリセリン）、ＰＰＧ−１５ステアリルエーテル、ラノリンアルコール、ラノリン、ラノリン誘導体、コレステロール、ワセリン、ネオペンタン酸イソステアリル、ステアリン酸オクチル、鉱油、ステアリン酸イソセチル、ミリスチン酸ミリスチル、オクチルドデカノール、パルミチン酸２−エチルヘキシル（パルミチン酸オクチル）、ジメチコン、フェニルトリメチコン、シクロメチコン、Ｃ１２−Ｃ１５アルキルベンゾエート、ジメチコノール、プロピレングリコール、テオブロマグランジフロルム種子脂、セラミド（例えば、セラミド２またはセラミド３）、ヒドロキシプロピルビスパルミタミドＭＥＡ、ヒドロキシプロピルビスラウラミドＭＥＡ、ヒドロキシプロピルビスイソステアラミドＭＥＡ、１，３−ビス（Ｎ−２−（ヒドロキシエチル）ステアロイルアミノ）−２−ヒドロキシプロパン、ビス−ヒドロキシエチルトコフェリルスクシノイルアミドヒドロキシプロパン、尿素、アロエ、アラントイン、グリチルレチン酸、ベニバナ油、オレイルアルコール、オレイン酸、ステアリン酸、ジカプリレート／ジカプレート、セバシン酸ジエチル、イソステアリルアルコール、ペンチレングリコール、イソノナン酸イソノニル、及び１，３−ビス（Ｎ−２−（ヒドロキシエチル）パルミトイルアミノ）−２−ヒドロキシプロパンが挙げられる。加えて、これらの保湿剤及び柔軟剤の任意の適切な組合せ及び混合物も、本発明に従って使用することができる。
【００８１】
保存料及び抗酸化剤
当該組成物はさらに、適用製剤の安定性または有効性を改善するように適合させた構成成分を含むことができる。
【００８２】
本発明での使用に好適な保存料としては、以下に限定されないが、尿素、例えば、イミダゾリジニル尿素及びジアゾリジニル尿素；フェノキシエタノール；メチルパラベンナトリウム、メチルパラベン、エチルパラベン、及びプロピルパラベン；ソルビン酸カリウム；安息香酸ナトリウム；ソルビン酸；安息香酸；ホルムアルデヒド；クエン酸；クエン酸ナトリウム；二酸化塩素；４級アンモニウム化合物、例えば、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、セトリミド、塩化デカリニウム、及び塩化セチルピリジニウム；水銀剤、例えば、硝酸フェニル水銀、酢酸フェニル水銀、及びチメロサール；ピロクトンオラミン、Ｖｉｔｉｓ  ｖｉｎｉｆｅｒａ種子油；ならびにアルコール剤、例えば、クロロブタノール、ジクロロベンジルアルコール、フェニルエチルアルコール、及びベンジルアルコールが挙げられる。
【００８３】
好適な抗酸化剤としては、以下に限定されないが、アスコルビン酸及びそのエステル、重亜硫酸ナトリウム、ブチル化ヒドロキシトルエン、ブチル化ヒドロキシアニソール、トコフェロール、酢酸トコフェリル、アスコルビン酸ナトリウム／アスコルビン酸、パルミチン酸アスコルビル、没食子酸プロピル、ならびにＥＤＴＡ（例えば、ＥＤＴＡ二ナトリウム）、クエン酸、及びクエン酸ナトリウムのようなキレート剤が挙げられる。
【００８４】
一部の実施形態において、抗酸化剤または保存料は、（３−（４−クロロフェノキシ）−２−ヒドロキシプロピル）カルバメートを含む。
【００８５】
一部の実施形態において、本発明の抗酸化剤または保存料は、例えば保湿剤または柔軟剤としても機能し得る。
【００８６】
加えて、これらの保存料または抗酸化剤の組合せまたは混合物も、本発明の製剤で使用することができる。
【００８７】
本発明の組成物への組み込みに好適な追加の構成成分としては、以下に限定されないが、皮膚保護剤、吸着剤、粘滑剤、柔軟剤、保湿剤、持続放出材料、可溶化剤、皮膚浸透剤、皮膚緩和剤、脱臭剤、制汗剤、サンスクリーン剤、サンレスタンニング剤、ビタミン、ヘアコンディショニング剤、抗刺激剤、アンチエイジング剤、研磨剤、吸収剤、凝結防止剤、帯電防止剤、収斂剤（例えば、ウィッチヘーゼル、アルコール、及びカモミール抽出物などのハーブ抽出物）、結合剤／賦形剤、緩衝剤、キレート剤、フィルム形成剤、コンディショニング剤、不透明剤、脂質、免疫調節剤、及びｐＨ調整剤（例えば、クエン酸、水酸化ナトリウム、及びリン酸ナトリウム）が挙げられる。例えば、健康な皮膚に通常見いだされる脂質（またはその機能的等価物）は、本発明の乳化剤に組み込むことができる。あるいくつかの実施形態において、脂質は、セラミド、コレステロール、及び遊離脂肪酸からなる群から選択される。脂質の例としては、以下に限定されないが、セラミド１、セラミド２、セラミド３、セラミド４、セラミド５、セラミド６、ヒドロキシプロピルビスパルミタミドＭＥＡ、及びヒドロキシプロピルビスラウラミドＭＥＡ、ならびにこれらの組合せが挙げられる。
【００８８】
真皮−表皮接合部のタンパク質構造と相互作用するペプチドの例としては、パルミトイルジペプチド−５ジアミノブチロイルヒドロキシトレオニン及びパルミトイルジペプチド−６ジアミノヒドロキシブチレートが挙げられる。
【００８９】
皮膚緩和剤の例としては、以下に限定されないが、藻類抽出物、ヨモギ抽出物、グリチルリチン酸ステアリル、ビサボロール、アラントイン、アロエ、アボカド油、緑茶抽出物、ホップ抽出物、カモミール抽出物、コロイド状オートミール、カラミン、キュウリ抽出物、及びこれらの組合せが挙げられる。
【００９０】
あるいくつかの実施形態において、当該組成物はベルガモットまたはベルガモット油を含む。ベルガモットは、天然のスキントナー及び解毒剤である。
【００９１】
一部の実施形態において、当該組成物はビタミンを含む。ビタミンの例としては、以下に限定されないが、ビタミンＡ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、及びこれらの組合せが挙げられる。ビタミン類似体、例えば、ビタミンＤ類似体のカルシポトリエンまたはカルシポトリオールも企図されている。一部の実施形態において、ビタミンはアスコルビン酸テトラヘキシルデシルとして存在することができる。この化合物は抗酸化活性を示し、脂質の過酸化を阻害する。あるいくつかの実施形態において、使用はＵＶ曝露の損傷作用を軽減することができる。諸研究から、これがコラーゲン生成を刺激することに加えて、メラニン形成（色素の生成）を阻害してよりむらのない皮膚の色合いに推進することにより、皮膚の透明度を高め色を明るくすることが示されている。
【００９２】
一部の実施形態において、当該組成物はサンスクリーン剤を含む。サンスクリーン剤の例としては、以下に限定されないが、ｐ−アミノ安息香酸、アボベンゾン、シノキセート、ジオキシベンゾン、ホモサレート、アントラニル酸メンチル、オクトクリレン、メトキシ桂皮酸オクチル、サリチル酸オクチル、オキシベンゾン、パディメートＯ、フェニルベンゾイミダゾールスルホン酸、スリソベンゾン、二酸化チタン、サリチル酸トロラミン、酸化亜鉛、４−メチルベンジリデンカンファー、メチレンビス−ベンゾトリアゾリルテトラメチルブチルフェノール、ビス−エチルヘキシルオキシフェノールメトキシフェニルトリアジン、テレフタリリデンジカンファースルホン酸、ドロメトリゾールトリシロキサン、フェニルジベンゾイミダゾールテトラスルホン酸二ナトリウム、ジエチルアミノヒドロキシベンゾイル安息香酸ヘキシル、オクチルトリアゾン、ジエチルヘキシルブタミドトリアゾン、ポリシリコーン−１５、及びこれらの組合せが挙げられる。
【００９３】
好適な香料及び着色料を本発明の製剤で使用することができる。局所用製品での使用に好適な香料及び着色料の例は、当技術分野において公知である。
【００９４】
粉剤及びスプレーは、バクテリオファージに加えて、賦形剤、例えば、ラクトース、タルク、ケイ酸、水酸化アルミニウム、ケイ酸カルシウム、及びポリアミド粉剤、またはこれらの物質の混合物を含有することができる。スプレーはさらに、通例の噴射剤、例えば、クロロフルオロ炭化水素、ならびに揮発性の非置換炭化水素、例えば、ブタン及びプロパンを含有することができる。
【００９５】
経皮パッチは、本発明のバクテリオファージの身体への送達制御をもたらすという追加の利点を有する。このような剤形は、バクテリオファージを適正な媒体に溶解または分散させることにより作製することができる。吸収増強剤を使用して、宿主内へのバクテリオファージの流動を増加させることもできる。このような流動の速度は、速度制御膜を提供するか、またはバクテリオファージをポリマーマトリックスもしくはゲル内に分散させるかのいずれかにより、制御することができる。
【００９６】
本発明のＰ．ａｃｎｅｓバクテリオファージは、賦形剤や、このような経口用組成物または栄養補助食品には一般的である構成要素、例えば、特に脂肪質及び／または水性の構成要素、湿潤剤、増粘剤、保存剤、テクスチュライザー、化学調味料、及び／またはコーティング剤、酸化防止剤、及び保存剤を用いて製剤化することができる。経口用組成物、特に栄養補助食品用の配合剤及び賦形剤は、当該分野において公知であり、本明細書では詳細な説明の対象としない。
【００９７】
本発明による経口投与用組成物の場合、経口摂取補助物（ｉｎｇｅｓｔｉｂｌｅ  ｓｕｐｐｏｒｔ）の使用が好ましい。経口摂取補助物は、考慮された組成物のタイプに応じて多様な性質を有し得る。錠剤、ゲルカプセル、またはロゼンジ、懸濁液、乾燥形態の経口サプリメント及び液体形態の経口サプリメントが、食品補助物としての使用に特に好適である。
【００９８】
本発明による経口用組成物の製剤化は、飲用可能な溶液、糖衣錠剤、ゲルカプセル、ゲル、エマルジョン、嚥下または咀嚼する錠剤、オブラートカプセル、特に軟質または硬質のオブラートカプセル、溶解する粒剤、シロップ、固体または液体の食品、及び放出制御が可能なヒドロゲルを生成するための当業者に公知の任意の通常プロセスを介して実施することができる。
【００９９】
特に、本発明によるＰ．ａｃｎｅｓバクテリオファージは、任意の形態の栄養補助食品または強化食品、例えば、バー食品、または圧縮粉もしくは遊離粉に組み込むことができる。粉剤は、水で、ソーダで、乳製品で、またはダイズ誘導体で希釈することができ、あるいはバー食品に組み込むことができる。
【０１００】
一部の実施形態において、本発明による経口投与される組成物は、糖衣錠剤、ゲルカプセル、ゲル、エマルジョン、錠剤、オブラートカプセル、ヒドロゲル、バー食品、圧縮粉もしくは遊離粉、液体の懸濁液もしくは溶液、菓子、発酵乳、発酵チーズ、チューイングガム、歯磨き粉、またはスプレー液の形態で製剤化することができる。
【０１０１】
有効量のバクテリオファージは、１日当たり１回用量で、または１日にわたる分割的用量で、例えば、１日に２回もしくは３回で、投与することができる。例として、本発明によるバクテリオファージの投与は、例えば、１日に３回またはそれ以上の割合で、概して少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、またはさらに４〜１５週間という長期間にわたり、任意選択により１回以上の停止期間または停止期間後の１回以上の繰り返される期間を含んで、実施することができる。
【０１０２】
当業者であれば理解するように、本発明の組成物は、対象への投与の際に有害作用を有さず、対象に毎日投与することができる。
【０１０３】
本発明の好ましい実施形態が本明細書に記載されている。当然ながら、これらの好ましい実施形態のバリエーション、変化、改変、及び等価物の置き換えは、前述の説明を読めば当業者には明白となる。発明者らは、当業者がこのようなバリエーション、変化、改変、及び等価物の置き換えを必要に応じて用いることを予測しており、また発明者らは、本発明が本明細書に具体的に記載されているものとは別のやり方で実施されるように意図している。当業者であれば、本質的に同様な結果をもたらすために変化、変更、または改変され得る重要性の低い様々なパラメーターがあることを容易に認識することになる。したがって、本発明は、適用法令が認めるところの、本明細書に付属する請求項で挙げられた主題の全ての改変及び等価物を含む。さらに、全ての可能なバリエーションにおける上述した要素の任意の組合せは、本明細書で別段の指示がない限り、または文脈上明確に矛盾しない限り、本発明に含まれる。
【０１０４】
本発明の各要素が複数の実施形態を含むものとして本明細書で説明されている一方で、別段の指示がない限り、本発明のある所与の要素における各実施形態は、本発明の他方の要素における各実施形態と共に使用可能であり、各々のこのような使用が、本発明の別々の実施形態を形成するように意図されていることを理解すべきである。
【０１０５】
本明細書で言及された引用特許、特許出願、及び科学文献は、個々の刊行物、特許、または特許出願が、明確に及び個々に参照により組み込まれていると示されているかのように、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書で引用された任意の参考文献と本明細書の特定の教示との間での任意の矛盾は、後者を支持して解決するものとする。同様に、当技術分野で理解されているある語または表現の定義と、本明細書で明確に教示されている当該語または表現の定義との間での任意の矛盾は、後者を支持して解決するものとする。
【０１０６】
上記の開示から理解され得るように、本発明の適用は多岐にわたる。本発明は、以下の実施例によってさらに例示されるが、実施例は例示に過ぎず、いかなる形でも本発明の定義及び範囲を限定するようには意図されていない。
【実施例】
【０１０７】
Ｖ．実施例
以下の実施例は、本明細書に記載の方法及び組成物の特定の実施形態を例示するように意図されており、いかなる形でも本発明の範囲を限定するものとして解釈すべきではない。
【０１０８】
実施例１
背景及び予備データ
Ｐ．ａｃｎｅｓ及びＰ．ａｃｎｅｓバクテリオファージの分離。当初はファージをＰ．ａｃｎｅｓ型株のタイピングに使用し、その一部がＰ．ａｃｎｅｓ臨床サブタイプに対し広い宿主範囲を示すことが分かった（３０−３２）。しかし、比較的容易にＰ．ａｃｎｅｓバクテリオファージをヒトの皮膚から分離することができるにもかかわらず、完全なゲノム配列は３種のＰ．ａｃｎｅｓファージについて報告されたに過ぎず（３３、３４）、Ｐ．ａｃｎｅｓファージの遺伝子的多様性や細菌宿主との関係の分子的基盤のいずれについてもわずかなことしか知られていなかった（３３、３４）。健康な個体及び座瘡を有する個体の両方から１１種の新規のＰ．ａｃｎｅｓファージがシークエンシングされ、これらのファージに対し詳細なゲノム比較解析及び表現型キャラクタリゼーションが実施された（１）。際立った発見は、形態、遺伝子内容、ヌクレオチド配列、及び宿主範囲における多様性の欠如であった。
【０１０９】
全てのファージは同一のサイフォウイルス形態を有し、直径約５０ｎｍの等角の頭部及び長い柔軟なテールを伴う。これらのファージは過去に報告されたＰ．ａｃｎｅｓファージ（３２−３６）に極めて類似し、他のファージ集団で観察される形態の多様性が欠如している。例えば、Ｐ．ａｃｎｅｓファージに遺伝子的に関連するマイコバクテリオファージは、サイフォウイルス形態（長い非収縮性のテール）及びミオウイルス形態（収縮性のテール）（長形の頭部を有するものを含む（３７、３８））の両方を有し、他の宿主のファージ（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓファージ）はポドウイルス形態（すなわち、短い切り株状のテール）を含む（３９、４０）。
【０１１０】
Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージのゲノムキャラクタリゼーション。１１種のファージ全てのゲノムは、過去に報告された３種のＰ．ａｃｎｅｓファージ（３３、３４）とサイズ（２９．５ｋｂｐ）及び構造が類似し、ゲノムによりわずかなＧＣ％バリエーションが存在する（ただし、Ｐ．ａｃｎｅｓ宿主によって異なる）。これは、他のファージの相当なＧＣ％バリエーションとは対照的である。１４種のゲノム全てにわたり高いレベルのヌクレオチド配列類似性が存在し、この多様性の欠如は、ファージ集団の一般的な多様性から逸脱するものである。Ｐ．ａｃｎｅｓファージゲノムマップのアラインメントは、ファージゲノムの際立った類似性を明らかにする。最後に、この限定されたＰ．ａｃｎｅｓファージ多様性は、遺伝子内容のネットワークマップによって図示されている（１）。
【０１１１】
Ｐ．ａｃｎｅｓファージゲノムの組織化。Ｐ．ａｃｎｅｓファージゲノムは比較的小さく（３０ｋｂｐ）、ＤＮＡパッケージング及びウイルス粒子構造、ならびにわずかな遺伝子間ギャップを有する右方向に転写されたオペロン内でゲノムの左半分（座標１−約１５ｋｂｐ）を占めるアセンブリー遺伝子（１−１９）によって組織化されている（図１）。これらの遺伝子はヌクレオチドレベルで高度に保存されているが、注目すべき例外は、推定上のマイナーテールタンパク質遺伝子の末尾（Ｐ１００Ｄ遺伝子１９及びその類縁物）である（３４）。バリエーションはこれらの遺伝子の３’半分内で最も大きく、タンパク質生成物は対応するＣ末端部分において大幅に変動する。これらの高いグリシン含量（約２０％）及び可変的数のコラーゲン様ＧＸＸＧ反復（１７から４２）の存在は、テール線維としての役割の可能性を支持するものであり、このバリエーションは宿主認識及び宿主範囲決定に寄与する可能性がある。エンドリシン（ｇｐ２０）及び推定上のホリン（ｇｐ２１）をテール遺伝子の右側にコードする溶解カセットは、ペプチドグリカン加水分解及び細胞溶解を促進する（４１）。
【０１１２】
右端の１−２遺伝子を除いて、他の遺伝子は左方向に転写され、狭い間隔が置かれ、おそらくは共転写される（図１）。少数のみが予測された機能を有し、これらはＤＮＡ代謝及び調節と関連付けられており、Ｐ１００Ｄ遺伝子３０／３１、３３、及び３６（ならびにこれらの類縁物）が含まれ、それぞれＤＮＡプライマーゼ、ＤｎａＢ様ヘリカーゼ、及びＲｅｃＢ様エキソヌクレアーゼをコードする。Ｐ１００Ｄ遺伝子２３及びその類縁物は、強く予測されたヘリックス−ターン−ヘリックスＤＮＡ結合モチーフを用いて潜在的リプレッサーをコードする。遺伝子のおよそ３分の１がマイコバクテリオファージ相同体を有する（１）。
【０１１３】
Ｐ．ａｃｎｅｓファージの宿主選好性及びＣＲＩＳＰＲ媒介耐性。Ｐ．ａｃｎｅｓファージは、２７種のＰ．ａｃｎｅｓ株のパネルに対し、広いが万能ではない宿主範囲を有する。ほとんどのファージは全ての宿主株に感染するが、プレーティング効率は可変的である。しかし、２つの株（Ｂ６６．８及びＢ１０１．９）は、ファージのうちのそれぞれ９種、１０種に対する耐性が高く、プレーティング効率は６９１９株と比較して少なくとも１００，０００倍低減される。耐性は、受容体バリエーション、制限修飾、感染中断、溶原性免疫、またはＣＲＩＳＰＲから付与された先天免疫を含めた様々な機構から生じ得る（４２）。しかし、Ｉ−Ｅ型サブファミリーのＣＲＩＳＰＲがＰ．ａｃｎｅｓゲノムにおいて説明されており（４３）、Ｐ．ａｃｎｅｓ分離株のうちの６種がＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）遺伝子を有し、これは当該分離株が同様のＣＲＩＳＰＲ座位を有することを示している。これらのうちの２種（Ｂ６６．８及びＢ１０１．９）は９−１０のスペーサーを有し（その一部はファージのプロトスペーサーと綿密にマッチしている）、ファージ耐性である（１）。その他の４種はファージとのマッチがない少数のスペーサーを有し、ファージ感受性である。比較ゲノム解析により、ＣＲＩＳＰＲスペーサーは、マッチするプロトスペーサーを含有するファージにおける耐性の原因であるという仮説が支持されている（１）。Ｐ．ａｃｎｅｓによる新規スペーサーの獲得が予想されるが、まだ実証されていない。
【０１１４】
ＣＲＩＰＳＲエスケープ変異体。高力価のファージ溶解物を非許容宿主にプレーティングすることで、宿主範囲が拡大した変異体を明らかにすることができる。例えば、Ｂ１０１．９株に感染可能なファージＰ９．１プラークは、約１０−６の頻度で検出される。４つの個々のプラークを伝播させたところ、両方の宿主に同等の効率で再感染することが示され、変異はプロトスペーサーにマッピングされた（図２）。他の８つの宿主−ファージの組合せで変異体が観察されているが、まだゲノムキャラクタリゼーションは行われていない。
【０１１５】
Ｐ．ａｃｎｅｓファージの溶解効率。ファージＡＴＣＣ  ２９３９９ＢのストックをＡＴＣＣから入手した。プレーティングしたところ、細菌宿主ＡＴＣＣ  ６９１９上に２つのプラーク形態が観察され、一方は透明で一方は濁っていた（図３）。これらのファージをＡＴＣＣ＿Ｃ（透明（ｃｌｅａｒ））及びＡＴＣＣ＿Ｔ（濁り（ｔｕｒｂｉｄ））と呼ぶ。ゲノム解析から、１，４２０ヌクレオチド相違の全てがウイルス粒子構造及びアセンブリー遺伝子（遺伝子１−１７の全てにおいて、図１）内の座標２２から１３，９２０の間に位置することが示されているため、ＡＴＣＣ＿ＣはＡＴＣＣ＿Ｔの単純な溶菌性（リプレッサー欠損）バリアントではない。当該表現型は、リプレッサー損失からではなく、構造遺伝子発現の中断から生じ得る。効率的な殺滅が治療にとって望ましいため、このような観察は一般的アプローチにとって重要である。ファージゲノムの限定された多様性が際立っているが、ここでは発明者らは、目的３で提案された溶解有効性を調節する機構の識別に、この限定された相違を利用する。発明者らは、生存ＡＴＣＣ＿Ｃが感染に対し依然感受性を有しており、これが染色体座位の組換え依存的な局在化増幅の結果生じ得るということに注目している。
【０１１６】
実験計画
Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージを座瘡の治療様式としての使用のために最適化するために、簡単な実験が行われ得る。
【０１１７】
１．ＣＲＩＳＰＲ及び他の耐性機構を回避することができる「スーパーファージ」の遺伝子的選択。座瘡のファージ療法の成功は、当該疾患に関連する全て、またはほぼ全ての臨床スペクトラムのＰ．ａｃｎｅｓ株に感染し殺滅するウイルスから利益を受けることになる。実際的には、予想される耐性発生を回避するには広いスペクトラムのファージが望ましい。Ｐ．ａｃｎｅｓファージが限定された遺伝子的多様性を有し広い宿主範囲を有するという既存の知見を越えて、宿主耐性機構を回避するスーパーファージを識別し選択することができる。例えば、ファージ内の特定の配列を標的化し、原核生物先天免疫系及びテール線維受容体相互作用を付与するＣＲＩＳＰＲ要素は、最適化の重要な領域であり得る。「スーパーファージ」がＣＲＩＳＰＲ耐性に対し免疫を有しなければならないという仮定に基づけば、ＣＲＩＳＰＲの防御または他の宿主の防御機構を回避するファージを分離するためにフォワードジェネティクス戦略を使用することができる。
【０１１８】
１．１．Ｐ．ａｃｎｅｓ臨床分離株全体の連続選択による、耐性を克服するエスケープ変異体の分離。２種のＰ．ａｃｎｅｓ分離株、Ｂ６６．８及びＢ１０１．９は高いレベルのファージ耐性を示すが、これはおそらくはＣＲＩＳＰＲ媒介の妨害に起因する（１）。これらの分離株を、これらが耐性を有する高力価（＞１０９プラーク形成単位［ｐｆｕｓ］）の各ファージ（ファージＰ１、Ｐ８、Ｐ１４、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１００．１、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、及びＰ１０５）に曝露すると、追加の変異体の識別がもたらされ得る。Ｂ１０１．９はＡＴＴＣ＿Ｃに対し耐性を有し、Ｂ６６．８はＡＴＴＣ＿Ｃに対し部分的に耐性を有した。高力価の溶解物を各細菌の分離株の菌叢にプレーティングし、個々のプラークを精製し、高力価のストックを調製することができる。例えば、１２種の独立した溶解物（１つのプラークから成長）を使用し、各溶解物から１−２つの変異体を回収し、現在の変異体と共に解析することができる。反復的に変異体を分離し試験することにより、宿主選好性決定をもたらす広い範囲の変異を識別することができる。
【０１１９】
１．２．既知のリボタイプのＰ．ａｃｎｅｓ臨床分離株を用いたこれらの変異体の宿主範囲の確立。各変異体の宿主選好性は、毛包脂腺単位から分離され１６Ｓ  ｒＤＮＡリボタイプに従って分類された別々のＰ．ａｃｎｅｓ株におけるプレーティングの効率を測定することにより、判定することができる。１０種の主なリボタイプが記載され、このうちの２種、ＲＴ４及びＲＴ５は座瘡に関連し、ＲＴ６は正常な皮膚に関連していた（２９）。注目すべきことは、ＣＲＩＳＰＲ要素が、座瘡及び健康な皮膚の両方に存在するＲＴ２と、健康な皮膚で圧倒的に見いだされるＲＴ６とで見いだされ、座瘡患者に由来するリボタイプでは見いだされないことである。疾患特異的リボタイプの識別及び特定のリボタイプにおけるＣＲＩＳＰＲの存在は予備的である。それでも、９０種のＰ．ａｃｎｅｓ株のコレクションは、上位６種のリボタイプの各々についての少なくとも３種の株と、ＣＲＩＳＰＲを含有する株を合計１２種含有する。宿主範囲解析は、ＲＴ２及びＲＴ６からの１２種のＣＲＩＳＰＲ株全てと、他の４種のリボタイプ各々の３種ずつと、合計２４種を用いて実施することができる。この宿主範囲解析中に、他の耐性株において追加のエスケープ変異体の出現が観察される可能性があるが、その場合、１におけるようにこれらを回収しキャラクタリゼーションを行うことができる。
【０１２０】
１．３．野生型及び変異体ファージの比較ゲノムによる耐性機構の探索。
【０１２１】
各ホスト−ファージ対からの２つの分離株の全体ゲノムをシークエンシングすることにより、変異がプロトスペーサー領域内に存在するかどうかを判定することができる。存在する場合、全ての分離株のプロトスペーサー領域におけるＰＣＲ増幅及びシークエンシングにより、広いスペクトラムの変異事象を識別することができる。変異がプロトスペーサーの外部に存在する場合、シークエンシングをより全体的なファージゲノムに拡大することができる。
【０１２２】
ＣＲＩＳＰＲ媒介の妨害を回避するプロトスペーサー変更を伴ったファージを回収することで、耐性に寄与する重要なＣＲＩＳＰＲ−プロトスペーサーのマッチが識別される。プロトスペーサー変異の特定の役割を調べるようにファージゲノムを操作することが、個々の変異の効果を分離する一助となり得る。さらに、ＣＲＩＳＰＲまたは特定のスペーサーが欠如した疾患関連のＰ．ａｃｎｅｓ株リボタイプは、ＣＲＩＳＰＲ（もしくはスペーサー）獲得または他の機構に起因して、ファージ耐性を有するようになる可能性がある。フォワードジェネティクスアプローチにより、ファージ耐性についての考えられる遺伝子的基礎を広く理解することができるようになる。
【０１２３】
有益な変異を組み合わせて１つの（または少数の）「スーパーファージ」にすることで、このような改善された株を治療剤として開発すること、または標的送達のために既存の薬物と組み合わせることが可能になる。
【０１２４】
２．ファージのゲノムの操作による「スーパーファージ」の構築。ＣＲＩＳＰＲエスケープ変異体を識別するためにフォワードジェネティクス戦略を使用することで、ＣＲＩＳＰＲ媒介の免疫に対しより大きい耐性を有するファージを識別することが可能になる。しかし、全ての所望の宿主範囲特性を有する１つの分離株がもたらされる可能性は低く、個々の変異の役割は不明確となる。有効なファージ療法のためには、全てのＰ．ａｃｎｅｓ株を殺滅すること、Ｐ．ａｃｎｅｓ負荷量を低減すること、及び病原株によるＣＲＩＳＰＲの獲得を予想することが必要となる。複数の有利な変異を組み込む「スーパーファージ」は、このような目標の達成に極めて有用であり得る。
【０１２５】
２．１．マイコバクテリオファージコードリコンビナーゼを用いた組換え操作用Ｐ．ａｃｎｅｓ系の開発。Ｈａｔｆｕｌｌ  ｌａｂでマイコバクテリオファージゲノム用に開発された電気穿孔ＤＮＡ（ＢＲＥＤ）のバクテリオファージ組換え操作法（４４）を、Ｐ．ａｃｎｅｓ及びそのファージへの使用（Ｐ．ａｃｎｅｓ組換え操作は利用できない）のために適合させることで、所望のバクテリオファージゲノムの産生が支援される。マイコバクテリア組換え操作プラスミド（４５−４８）をＰ．ａｃｎｅｓで評価することができ、または組換え機能及びＰ．ａｃｎｅｓプラスミド複製特性と結合した誘導発現系を含有する新規のプラスミドを産生することもできる（４９）。これらのプラスミドはＰ．ａｃｎｅｓに導入することができ（４９）、組換えは、薬物耐性変異を導入するｓｓＤＮＡ基質を用いてアッセイすることができる（４５）。これは効率的であり、迅速な最適化を可能にする。これらの技法は、ＢＲＥＤ戦略を用いてファージＤＮＡ操作に適合させることができる（４４）。
【０１２６】
２．２．宿主耐性における個々のファージ変異の役割を試験するための組換え操作系の使用。組換え操作を使用して、１で同定された１つの変異を有する定義されたファージ変異体を構築する。操作は、過去に説明されたファージゲノムＤＮＡ（４４）を用いて実施することができ、アイソジェニックなファージ株を産生するために１つの変異を導入することができる。変異体は、ＰＣＲにより識別し、精製し、ストックを調製することができる。次に、これらの変異体の宿主選好性を評価する。
【０１２７】
２．３．所望の特徴及び他の潜在的改良を有するスーパーファージを構築するための組換え操作系の使用。第２ラウンドの変異誘発では、複数の変異を合わせて１つのファージスキャフォールドゲノムにして、最も広い可能な宿主範囲を達成することができる。変異体構築及び宿主範囲試験の反復的プロセスが用いられ得る。特定の変異は予測可能な宿主範囲表現型を産生し得るが、他の状況では、特に耐性がＣＲＩＳＰＲ以外の機構によって付与される場合、産生しない可能性がある。しかし、これらは、分離及びキャラクタリゼーションが行われ得るエスケープ変異体を産生するファージ変異体／宿主の組合せももたらし得る。この順方向及び逆方向の遺伝子アプローチの統合により、総体的な戦略の強力で魅力的な態様がもたらされる。
【０１２８】
ファージゲノムを操作する能力により、ファージの使用を強化するであろう広範囲の改良への道が切り開かれる。例えば、抗ＣＲＩＳＰＲファージ遺伝子について説明されている（５０）が、これら（または関連バージョン）は、広いＣＲＩＳＰＲ回避の追加を目的に、Ｐ．ａｃｎｅｓファージゲノム内に操作して入れることができると考えられ、これは比較的短命な変異性のＣＲＩＳＰＲ回避を克服し得る戦略である。また、複製ラウンド数を制限し、そのため自己限定的である変異を操作することもできると考えられる。
【０１２９】
プロピオニバクテリアとマイコバクテリアとの間の系統発生的関連性を考えれば、マイコバクテリア組換え操作系は、例えばタンパク質発現及び電気穿孔の最適化により、Ｐ．ａｃｎｅｓで機能するように適合され得る。代替方法として、Ｍ．ｓｍｅｇｍａｔｉｓを代理宿主として使用し、Ｐ．ａｃｎｅｓファージＤＮＡを電子穿孔で組換え操作向け（ｒｅｃｏｍｂｉｎｅｅｒｉｎｇ−ｐｒｏｆｉｃｉｅｎｔ）Ｍ．ｓｍｅｇｍａｔｉｓの中に入れ、感染中心アッセイでＰ．ａｃｎｅｓの菌叢にプレーティングすることができる。Ｐ．ａｃｎｅｓファージ遺伝学の代理としてＭ．ｓｍｅｇｍａｔｉｓを使用することは、その簡便さ、マイコバクテリアの遺伝子的道具箱を活用する可能性ゆえに魅力的であり、過去に同様の代理宿主の使用が示されている（２８）。宿主媒介の交換及び変異体の識別のための広範なスクリーニングに依存する他の変異体構築戦略も利用可能であるが、効率性は組換え操作よりも低い。
【０１３０】
Ｐ．ａｃｎｅｓに組換え操作系を用いることで、定義されたファージ変異体及び複数の所望の変異を有するファージの構築が可能になる。
【０１３１】
３．Ｐ．ａｃｎｅｓ分離株の殺滅に最適な効力を有する「スーパーファージ」の分離。座瘡及び健康な皮膚の毛包脂腺単位から分離したファージは、Ｐ．ａｃｎｅｓを溶解する効率が可変的である。座瘡の処置用に改善された「スーパーファージ」は、広い宿主範囲及び高い効力を有することから利益を受けることになる。臨床分離株を効率的に殺滅させる能力をファージに与える決定因子をマッピングすることで、様々な効果の相互作用を明らかにする一助となる。
【０１３２】
３．１．ＡＴＣＣ＿Ｃにおける強化されたキラー表現型の遺伝子的決定因子のマッピング。ファージＡＴＣＣ＿ＣはＰ．ａｃｎｅｓの効率的なキラーであり、一方ＡＴＣＣ＿Ｔはそうではない。遺伝子的決定因子のマッピングにより、効力を最適化するにはどのような変異をスーパーファージに付加するべきかを知ることができる。これら２つの間には１，４２０を超える塩基の相違が存在するが、これらは全て左アームの構造遺伝子内にある。表現型の原因となる相違のマッピングは容易に達成することができる。適合したＢＲＥＤ組換え操作（上記で説明されている）を使用して、一意の制限部位を、およそ５ｋｂｐの間隔を置いてこれら２つのファージに導入することができる。次にゲノムを消化させ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで再ライゲーションさせ、組換え体の効力表現型を決定することができる。ひとたび変異を５ｋｂｐの間隔にマッピングさせたら、次に簡単なファージ交雑を行い、組換え体を回収し、間隔をシークエンシングし、変異を表現型と関係付けることができる。識別された変異を組換え操作して遺伝子的バックグランドをクリーンにし、殺滅効力に寄与する変異及び遺伝子を確認することで、プロセスが完了する。
【０１３３】
３．２．ＣＲＩＳＰＲ耐性であり効力が高い治療用ファージの構築。組換え操作を使用して、最大の宿主範囲及び効力のために必要となる全ての変異を保有するスーパーファージを構築することができる。いくつかの変異の間で遺伝子的コンフリクトが存在する可能性があり、いくつかの異なる特定の組合せを構築することが必要であり得る。他の表現型比較から出現する追加の効力変異が存在する場合、これらの変異をスーパーファージに付加することができる。効力は、異なるリボタイプにわたるＰ．ａｃｎｅｓ臨床分離株のスペクトラムを有する全てのファージに対し試験することができる。
【０１３４】
ＡＴＣＣ変異のマッピングは、ＢＲＥＤ戦略を用いて達成することができる。ただし、ファージ交雑または組換えプラスミドからのマッピングのみに依存する代替的戦略も代替または追加として適用することができる。例えば、ファージゲノムセグメントを保有する組換えプラスミドを構築し、ファージをこのような株に伝播させ、組換え体を識別することも所望の目標を達成することができる。
【０１３５】
効率的な殺滅に寄与する変異をマッピングすることで、ファージの治療的可能性が強化され、広い宿主範囲と組み合わせた場合、スーパーファージの有効性に利益をもたらす。
【０１３６】
実施例２  Ｐ．ａｃｎｅｓバクテリオファージＣＲＩＳＰＲエスケープ変異体
クラスター化された規則的間隔の短回文リピート（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔｓ）（ＣＲＩＳＰＲとして知られている）は、ファージ耐性を媒介する、細菌によってコードされた染色体要素である。ＣＲＩＳＰＲは配列特異的様式で機能する。すなわち、ファージ耐性は、「スペーサー」と呼ばれるＣＲＩＳＰＲ座位と、ファージゲノム内の「プロトスペーサー」として知られる対応領域との間の配列相同性に依存する。
【０１３７】
Ｐ．ａｃｎｅｓ臨床分離株のうちの６種がＣＲＩＳＰＲ座位を含有し、これらのうちの２種（Ｂ６６．８及びＢ１０１．９）が、バクテリオファージゲノム内のセグメントにマッチするため耐性の付与が予測される、複数のスペーサーを有する。従って、これらの分離株は、スペーサーのマッチと相互関係を有する広いファージ耐性を確かに示しており、これはＣＲＩＳＰＲ媒介の妨害によるものであることが強く示唆される（１）（Ｍａｒｉｎｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．２０１２、図９参照）。
【０１３８】
これらの観察に基づいて、この耐性を克服するＣＲＩＳＰＲエスケープ変異体を分離することが求められた。分離株を、これらが耐性を有する高力価（＞１０９プラーク形成単位［ｐｆｕｓ］）の各ファージ（ファージＰ１、Ｐ８、Ｐ１４、Ｐ１００Ａ、Ｐ１００Ｄ、Ｐ１００．１、Ｐ１０１Ａ、Ｐ１０４Ａ、及びＰ１０５）に曝露した。ほとんどのファージはこれらの耐性分離株に効率的に感染しないが、一部の場合には、このような条件下で低頻度にてプラークを回収した。取得し表現型（例えば、耐性ＣＲＩＳＰＲ含有分離株に効率的に感染する能力）を確認したプラークを、回収し精製した。図４を参照。
【０１３９】
推定上の変異体のプロトスペーサー領域をシークエンシングして、これらがＣＲＩＳＰＲエスケープファージ内で変異しているかどうかを判定した。予測されたように、ＣＲＩＳＰＲエスケープ変異体がプロトスペーサー領域内で点変異を含有することが分かった（一方、野生型ファージは当該プロトスペーサー領域内にいかなる点変異も含有しないことが確認された）。さらに、あるＣＲＩＳＰＲ含有Ｐ．ａｃｎｅｓ株上で分離された変異は、他のＣＲＩＳＰＲ耐性分離株に効率的に感染する能力を有する。現在、これが他のＣＲＩＳＰＲ含有分離株（ＢＥＩからの）に当てはまるかどうか、またこれらのファージがＰ．ａｃｎｅｓに対する毒力強化に向けてさらに進化し得るかについて試験が行われている。図５及び６を参照。ＣＲＩＳＰＲエスケープ変異体のゲノムにおける全ての点変異の位置及び同一性は、以下の表で見いだすことができる。
【表１】
2019514419.tif 000002
【０１４０】
以下の表２は、変異を識別するためにエスケープ変異体ゲノムをシークエンシングした場合のプレーティングの効率性を示している。
【表２】
2019514419.tif 000003
加えて、エスケープ変異はＰＳの５’末端において豊富である。以下を参照。
2019514419.tif 000004
・数字は、変異体が回収された回数を示している
・強調表示の残基は、ＣＲＩＳＰＲエスケープ変異体ファージ内で変異しているものを示している
・矢印の付いた残基は、野生型ファージに出現する、ＰＳを不活性化しない残基を示している（例えば、この残基が変異している場合、エスケープのために少なくとも１つの追加の変異が必要となる）
・星の付いた残基は、一部の文脈ではＰＳを不活性化しないが、他の変異との組合せでエスケープを媒介し得る残基を示している
・下線が引かれた残基も、野生株Ｐ１．１におけるＢ１０１．９／Ｂ６６．８  ＰＳ−４を不活性化すると思われる残基であるが、同じ残基がＢ６６．８  ＰＳ−１においてミスマッチであり、エスケープ変異体では、エスケープのために少なくとも１つの追加の変異が必要となるように思われる
【０１４１】
参考文献
本明細書で引用された全ての刊行物（以下に限定されないが、特許及び特許出願が含まれる）は、本明細書に示されたものに対し補足的な例示的手順または他の詳細を提供する限りにおいて、それぞれの個々の刊行物が、参照により本明細書に完全に示されているかのように組み込まれると明確かつ個々に示されているかのように、参照により明確に本明細書に組み込まれる。
１．Ｍａｒｉｎｅｌｌｉ  ＬＪ，Ｆｉｔｚ−Ｇｉｂｂｏｎ  Ｓ，Ｈａｙｅｓ  Ｃ，Ｂｏｗｍａｎ  Ｃ，Ｉｎｋｅｌｅｓ  Ｍ，Ｌｏｎｃａｒｉｃ  Ａ，Ｒｕｓｓｅｌｌ  ＤＡ，Ｊａｃｏｂｓ−Ｓｅｒａ  Ｄ，Ｃｏｋｕｓ  Ｓ，Ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ  Ｍ，Ｋｉｍ  Ｊ，Ｍｉｌｌｅｒ  ＪＦ，Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ，Ｍｏｄｌｉｎ  ＲＬ．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｓ  ｄｉｓｐｌａｙ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ａｎｄ  ｂｒｏａｄ  ｋｉｌｌｉｎｇ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｇａｉｎｓｔ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｓｋｉｎ  ｉｓｏｌａｔｅｓ．ＭＢｉｏ．３：２０１２．
２．Ｂｅｋ−Ｔｈｏｍｓｅｎ  Ｍ，Ｌｏｍｈｏｌｔ  ＨＢ，Ｋｉｌｉａｎ  Ｍ．Ａｃｎｅ  ｉｓ  ｎｏｔ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｙｅｔ−ｕｎｃｕｌｔｕｒｅｄ  ｂａｃｔｅｒｉａ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４６：３３５５−３３６０，２００８．
３．Ｋｉｍ  Ｊ，Ｏｃｈｏａ  ＭＴ，Ｋｒｕｔｚｉｋ  ＳＲ，Ｔａｋｅｕｃｈｉ  Ｏ，Ｕｅｍａｔｓｕ  Ｓ，Ｌｅｇａｓｐｉ  ＡＪ，Ｂｒｉｇｈｔｂｉｌｌ  ＨＤ，Ｈｏｌｌａｎｄ  Ｄ，Ｃｕｎｌｉｆｆｅ  ＷＪ，Ａｋｉｒａ  Ｓ，Ｓｉｅｌｉｎｇ  ＰＡ，Ｇｏｄｏｗｓｋｉ  ＰＪ，Ｍｏｄｌｉｎ  ＲＬ．Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ２  ｉｎ  ａｃｎｅ  ｔｒｉｇｇｅｒｓ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６９：１５３５−１５４１，２００２．
４．Ｌｅｙｄｅｎ  ＪＪ，ＭｃＧｉｎｌｅｙ  ＫＪ，Ｍｉｌｌｓ  ＯＨ，Ｋｌｉｇｍａｎ  ＡＭ．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｖｅｌｓ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ａｎｄ  ｗｉｔｈｏｕｔ  ａｃｎｅ  ｖｕｌｇａｒｉｓ．Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．６５：３８２−３８４，１９７５．
５．Ｅａｄｙ  ＥＡ，Ｃｏｖｅ  ＪＨ，Ｈｏｌｌａｎｄ  ＫＴ，Ｃｕｎｌｉｆｆｅ  ＷＪ．Ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ  ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ  ｉｎ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ  ｔｒｅａｔｅｄ  ａｃｎｅ  ｐａｔｉｅｎｔｓ：ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｆａｉｌｕｒｅ．Ｂｒ．Ｊ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１２１：５１−５７，１９８９．
６．Ｃｏｏｐｅｒ  ＡＪ．Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ  ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｔｏ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ．Ｍｅｄ．Ｊ．Ａｕｓｔ．１６９：２５９−２６１，１９９８．
７．Ｃｏａｔｅｓ  Ｐ，Ｖｙａｋｒｎａｍ  Ｓ，Ｅａｄｙ  ＥＡ，Ｊｏｎｅｓ  ＣＥ，Ｃｏｖｅ  ＪＨ，Ｃｕｎｌｉｆｆｅ  ＷＪ．Ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ  ｏｆ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｓｋｉｎ  ｏｆ  ａｃｎｅ  ｐａｔｉｅｎｔｓ：１０−ｙｅａｒ  ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ  ｄａｔａ  ａｎｄ  ｓｎａｐｓｈｏｔ  ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ｓｔｕｄｙ．Ｂｒ．Ｊ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１４６：８４０−８４８，２００２．
８．Ｒｏｓｓ  ＪＩ，Ｓｎｅｌｌｉｎｇ  ＡＭ，Ｃａｒｎｅｇｉｅ  Ｅ，Ｃｏａｔｅｓ  Ｐ，Ｃｕｎｌｉｆｆｅ  ＷＪ，Ｂｅｔｔｏｌｉ  Ｖ，Ｔｏｓｔｉ  Ｇ，Ｋａｔｓａｍｂａｓ  Ａ，Ｇａｌｖａｎ  Ｐｅｒｅｚ  Ｄｅｌ  Ｐｕｌｇａｒ  ＪＩ，Ｒｏｌｌｍａｎ  Ｏ，Ｔｏｒｏｋ  Ｌ，Ｅａｄｙ  ＥＡ，Ｃｏｖｅ  ＪＨ．Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ａｃｎｅ：ｌｅｓｓｏｎｓ  ｆｒｏｍ  Ｅｕｒｏｐｅ．Ｂｒ．Ｊ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１４８：４６７−４７８，２００３．
９．Ｌｅｅｍｉｎｇ  ＪＰ，Ｈｏｌｌａｎｄ  ＫＴ，Ｃｕｎｃｌｉｆｆｅ  ＷＪ．Ｔｈｅ  ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｉｎｆｌａｍｅｄ  ａｃｎｅ  ｖｕｌｇａｒｉｓ  ｌｅｓｉｏｎｓ．Ｂｒ．Ｊ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１１８：２０３−２０８，１９８８．
１０．Ｈｏｕｓｂｙ  ＪＮ  ａｎｄ  Ｍａｎｎ  ＮＨ．Ｐｈａｇｅ  ｔｈｅｒａｐｙ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ  Ｔｏｄａｙ  １４：５３６−５４０，２００９．
１１．Ｓｔｒａｕｂ  ＭＥ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｅｂａｕｍ  Ｍ．Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｎ  ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｐｒｏｄｕｃｔｓ．ＪＡＭＡ  １００：１１０−１１３，１９３３．
１２．Ｅａｔｏｎ  ＭＤ  ａｎｄ  Ｂａｙｎｅ−Ｊｏｎｅｓ  Ｓ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｔｈｅｒａｐｙ．ＪＡＭＡ  １０３：１７６９−１７７６，１９３４．
１３．Ｏｃｈｓ  ＨＤ，Ｄａｖｉｓ  ＳＤ，Ｗｅｄｇｗｏｏｄ  ＲＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｐｈｉ−Ｘ  １７４  ｉｎ  ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｄｉｓｅａｓｅｓ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ  ５０：２５５９−２５６８，１９７１．
１４．Ｄｕｂｏｓ  ＲＪ，Ｓｔｒａｕｓ  ＪＨ，Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃ．Ｔｈｅ  ｍｕｌｔｉｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｉｎ  ｖｉｖｏ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ｅｆｆｅｃｔ  ａｇａｉｎｓｔ  ａｎ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．７８：１６１−１６８，１９４３．
１５．Ｓｍｉｔｈ  ＨＷ  ａｎｄ  Ｈｕｇｇｉｎｓ  ＭＢ．Ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｍｉｃｅ  ｕｓｉｎｇ  ｐｈａｇｅ：ｉｔｓ  ｇｅｎｅｒａｌ  ｓｕｐｅｒｉｏｒｉｔｙ  ｏｖｅｒ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ．Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１２８：３０７−３１８，１９８２．
１６．Ｃａｐｐａｒｅｌｌｉ  Ｒ，Ｖｅｎｔｉｍｉｇｌｉａ  Ｉ，Ｒｏｐｅｒｔｏ  Ｓ，Ｆｅｎｉｚｉａ  Ｄ，Ｉａｎｎｅｌｌｉ  Ｄ．Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｆｏｒ  ｐｅｒｓｉｓｔｅｎｃｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｉｒｃｕｌａｔｏｒｙ  ｓｙｓｔｅｍ  ｏｆ  ｍｉｃｅ  ｉｎｆｅｃｔｅｄ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｌｙ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｎｆｅｃｔ．１２：２４８−２５３，２００６．
１７．Ｗｉｌｌｓ  ＱＦ，Ｋｅｒｒｉｇａｎ  Ｃ，Ｓｏｏｔｈｉｌｌ  ＪＳ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ａｂｓｃｅｓｓｅｓ  ｉｎ  ａ  ｒａｂｂｉｔ  ｍｏｄｅｌ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．４９：１２２０−１２２１，２００５．
１８．Ｍａｔｓｕｚａｋｉ  Ｓ，Ｙａｓｕｄａ  Ｍ，Ｎｉｓｈｉｋａｗａ  Ｈ，Ｋｕｒｏｄａ  Ｍ，Ｕｊｉｈａｒａ  Ｔ，Ｓｈｕｉｎ  Ｔ，Ｓｈｅｎ  Ｙ，Ｊｉｎ  Ｚ，Ｆｕｊｉｍｏｔｏ  Ｓ，Ｎａｓｉｍｕｚｚａｍａｎ  ＭＤ，Ｗａｋｉｇｕｃｈｉ  Ｈ，Ｓｕｇｉｈａｒａ  Ｓ，Ｓｕｇｉｕｒａ  Ｔ，Ｋｏｄａ  Ｓ，Ｍｕｒａｏｋａ  Ａ，Ｉｍａｉ  Ｓ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｉｃｅ  ａｇａｉｎｓｔ  ｌｅｔｈａｌ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ｂｙ  ｎｏｖｅｌ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｐｈｉ  ＭＲ１１．Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１８７：６１３−６２４，２００３．
１９．Ｓｏｏｔｈｉｌｌ  ＪＳ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｐｒｅｖｅｎｔｓ  ｄｅｓｔｒｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｋｉｎ  ｇｒａｆｔｓ  ｂｙ  Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ．Ｂｕｒｎｓ  ２０：２０９−２１１，１９９４．
２０．Ｓｏｏｔｈｉｌｌ  Ｊ，Ｈａｗｋｉｎｓ  Ｃ，Ａｎｇｇａｒｄ  Ｅ，Ｈａｒｐｅｒ  Ｄ．Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｓ．Ｌａｎｃｅｔ  Ｉｎｆｅｃｔ  Ｄｉｓ  ４：５４４−５４５，２００４．
２１．Ｍａｒｚａ  ＪＡ，Ｓｏｏｔｈｉｌｌ  ＪＳ，Ｂｏｙｄｅｌｌ  Ｐ，Ｃｏｌｌｙｎｓ  ＴＡ．Ｍｕｌｔｉｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃａｌｌｙ  ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒｅｄ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｓ  ｉｎ  Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  ｉｎｆｅｃｔｅｄ  ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｂｕｒｎｓ  ３２：６４４−６４６，２００６．
２２．Ｌｅｖｉｎ  ＢＲ  ａｎｄ  Ｂｕｌｌ  ＪＪ．Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ  ｄｙｎａｍｉｃｓ  ｏｆ  ｐｈａｇｅ  ｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２：１６６−１７３，２００４．
２３．Ｃａｉｒｎｓ  ＢＪ  ａｎｄ  Ｐａｙｎｅ  ＲＪ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｔｈｅｒａｐｙ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｍｕｔａｎｔ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｗｉｎｄｏｗ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．５２：４３４４−４３５０，２００８．
２４．Ｃｏｍｅａｕ  ＡＭ，Ｔｅｔａｒｔ  Ｆ，Ｔｒｏｊｅｔ  ＳＮ，Ｐｒｅｒｅ  ＭＦ，Ｋｒｉｓｃｈ  ＨＭ．［Ｔｈｅ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  ａ  ｎａｔｕｒａｌ  ｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎ，”Ｐｈａｇｅ−Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ  Ｓｙｎｅｒｇｙ”．Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｐｈａｇｅ  ｔｈｅｒａｐｙ］．Ｍｅｄ．Ｓｃｉ．（Ｐａｒｉｓ）２４：４４９−４５１，２００８．
２５．Ｌｏｅｆｆｌｅｒ  ＪＭ，Ｎｅｌｓｏｎ  Ｄ，Ｆｉｓｃｈｅｔｔｉ  ＶＡ．Ｒａｐｉｄ  ｋｉｌｌｉｎｇ  ｏｆ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ｗｉｔｈ  ａ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｃｅｌｌ  ｗａｌｌ  ｈｙｄｒｏｌａｓｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４：２１７０−２１７２，２００１．
２６．Ｌｏｅｆｆｌｅｒ  ＪＭ，Ｄｊｕｒｋｏｖｉｃ  Ｓ，Ｆｉｓｃｈｅｔｔｉ  ＶＡ．Ｐｈａｇｅ  ｌｙｔｉｃ  ｅｎｚｙｍｅ  Ｃｐｌ−１  ａｓ  ａ  ｎｏｖｅｌ  ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｆｏｒ  ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃａｌ  ｂａｃｔｅｒｅｍｉａ．Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ  ７１：６１９９−６２０４，２００３．
２７．Ｆｉｓｃｈｅｔｔｉ  ＶＡ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｌｙｓｉｎｓ  ａｓ  ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ  ａｎｔｉｂａｃｔｅｒｉａｌｓ．Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  １１：３９３−４００，２００８．
２８．Ｊａｃｏｂｓ−Ｓｅｒａ  Ｄ，Ｍａｒｉｎｅｌｌｉ  ＬＪ，Ｂｏｗｍａｎ  Ｃ，Ｂｒｏｕｓｓａｒｄ  ＧＷ，Ｇｕｅｒｒｅｒｏ  ＢＣ，Ｂｏｙｌｅ  ＭＭ，Ｐｅｔｒｏｖａ  ＺＯ，Ｄｅｄｒｉｃｋ  ＲＭ，Ｐｏｐｅ  ＷＨ，Ｍｏｄｌｉｎ  ＲＬ，Ｈｅｎｄｒｉｘ  ＲＷ，Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ．Ｏｎ  ｔｈｅ  ｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ａｎｄ  ｈｏｓｔ  ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  ４３４：１８７−２０１，２０１２．
２９．Ｆｉｔｚ−Ｇｉｂｂｏｎ  Ｓ，Ｔｏｍｉｄａ  Ｓ，Ｃｈｉｕ  ＢＨ，Ｎｇｕｙｅｎ  Ｌ，Ｄｕ  Ｃ，Ｌｉｕ  Ｍ，Ｅｌａｓｈｏｆｆ  Ｄ，Ｅｒｆｅ  ＭＣ，Ｌｏｎｃａｒｉｃ  Ａ，Ｋｉｍ  Ｊ，Ｍｏｄｌｉｎ  ＲＬ，Ｍｉｌｌｅｒ  ＪＦ，Ｓｏｄｅｒｇｒｅｎ  Ｅ，Ｃｒａｆｔ  Ｎ，Ｗｅｉｎｓｔｏｃｋ  ＧＭ，Ｌｉ  Ｈ．Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  Ｓｔｒａｉｎ  Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｋｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  Ａｃｎｅ．Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ  Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１３３：２１５２−２１６０，２０１３．
３０．Ｚｉｅｒｄｔ  ＣＨ，Ｗｅｂｓｔｅｒ  Ｃ，Ｗ．Ｓ．Ｒ．Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ａｎａｅｒｏｂｉｃ  ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｓｙｓｔ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８：３３−４７，１９６８．
３１．Ｊｏｎｇ  ＥＣ，Ｋｏ  ＨＬ，Ｐｕｌｖｅｒｅｒ  Ｇ．Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｎ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ．Ｍｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６１：２６３−２７１，１９７５．
３２．Ｗｅｂｓｔｅｒ  ＧＦ  ａｎｄ  Ｃｕｍｍｉｎｓ  ＣＳ．Ｕｓｅ  ｏｆ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｔｙｐｉｎｇ  ｔｏ  ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅ  ｔｙｐｅｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ７：８４−９０，１９７８．
３３．Ｆａｒｒａｒ  ＭＤ，Ｈｏｗｓｏｎ  ＫＭ，Ｂｏｊａｒ  ＲＡ，Ｗｅｓｔ  Ｄ，Ｔｏｗｌｅｒ  ＪＣ，Ｐａｒｒｙ  Ｊ，Ｐｅｌｔｏｎ  Ｋ，Ｈｏｌｌａｎｄ  ＫＴ．Ｇｅｎｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ａ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ．Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １８９：４１６１−４１６７，２００７．
３４．Ｌｏｏｄ  Ｒ  ａｎｄ  Ｃｏｌｌｉｎ  Ｍ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｏｆ  ｔｗｏ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ｐｈａｇｅｓ  ｄｉｓｐｌａｙｉｎｇ  ｐｓｅｕｄｏｌｙｓｏｇｅｎｙ．ＢＭＣ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １２：１９８，２０１１．
３５．Ｚｉｅｒｄｔ  ＣＨ．Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ｏｆ  Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ａｎｄ  ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ  ｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎ．Ｊ  Ｖｉｒｏｌ．１４：１２６８−７，１９７４．
３６．Ｌｏｏｄ  Ｒ，Ｍｏｒｇｅｌｉｎ  Ｍ，Ｈｏｌｍｂｅｒｇ  Ａ，Ｒａｓｍｕｓｓｅｎ  Ｍ，Ｃｏｌｌｉｎ  Ｍ．Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｓｉｐｈｏｖｉｒｕｓｅｓ  ｉｎ  ｓｕｐｅｒｆｉｃｉａｌ  ａｎｄ  ｄｅｅｐ  ｔｉｓｓｕｅ  ｉｓｏｌａｔｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ．ＢＭＣ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ８：１３９，２００８．
３７．Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ，Ｊａｃｏｂｓ−Ｓｅｒａ  Ｄ，Ｌａｗｒｅｎｃｅ  ＪＧ，Ｐｏｐｅ  ＷＨ，Ｒｕｓｓｅｌｌ  ＤＡ，Ｋｏ  ＣＣ，Ｗｅｂｅｒ  ＲＪ，Ｐａｔｅｌ  ＭＣ，Ｇｅｒｍａｎｅ  ＫＬ，Ｅｄｇａｒ  ＲＨ，Ｈｏｙｔｅ  ＮＮ，Ｂｏｗｍａｎ  ＣＡ，Ｔａｎｔｏｃｏ  ＡＴ，Ｐａｌａｄｉｎ  ＥＣ，Ｍｙｅｒｓ  ＭＳ，Ｓｍｉｔｈ  ＡＬ，Ｇｒａｃｅ  ＭＳ，Ｐｈａｍ  ＴＴ，Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ＭＢ，Ｖｏｇｅｌｓｂｅｒｇｅｒ  ＡＭ，Ｈｒｙｃｋｏｗｉａｎ  ＡＪ，Ｗｙｎａｌｅｋ  ＪＬ，Ｄｏｎｉｓ−Ｋｅｌｌｅｒ  Ｈ，Ｗ．ＢＭ，Ｐｅｅｂｌｅｓ  ＣＬ，Ｃｒｅｓａｗｎ  ＳＧ，Ｈｅｎｄｒｉｘ  ＲＷ．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｓｉｘｔｙ  ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｇｅｎｏｍｅｓ：Ｇｅｎｏｍｅ  ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ，ｇｅｎｅ  ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｇｅｎｅ  ｓｉｚｅ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３９７：１１９−１４３，２０１０．
３８．Ｐｏｐｅ  ＷＨ，Ｊａｃｏｂｓ−Ｓｅｒａ  Ｄ，Ｒｕｓｓｅｌｌ  ＤＡ，Ｐｅｅｂｌｅｓ  ＣＬ，Ａｌ−Ａｔｒａｃｈｅ  Ｚ，Ａｌｃｏｓｅｒ  ＴＡ，Ａｌｅｘａｎｄｅｒ  ＬＭ，Ａｌｆａｎｏ  ＭＢ，Ａｌｆｏｒｄ  ＳＴ，Ａｍｙ  ＮＥ，Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ＭＤ，Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ＡＧ，Ａｎｇ  ＡＡ，Ａｒｅｓ  Ｍ，Ｊｒ．，Ｂａｒｂｅｒ  ＡＪ，Ｂａｒｋｅｒ  ＬＰ，Ｂａｒｒｅｔｔ  ＪＭ，Ｂａｒｓｈｏｐ  ＷＤ，Ｂａｕｅｒｌｅ  ＣＭ，Ｂａｙｌｅｓ  ＩＭ，Ｂｅｌｆｉｅｌｄ  ＫＬ，Ｂｅｓｔ  ＡＡ，Ｂｏｒｊｏｎ  Ａ，Ｊｒ．，Ｂｏｗｍａｎ  ＣＡ，Ｂｏｙｅｒ  ＣＡ，Ｂｒａｄｌｅｙ  ＫＷ，Ｂｒａｄｌｅｙ  ＶＡ，Ｂｒｏａｄｗａｙ  ＬＮ，Ｂｕｄｗａｌ  Ｋ，Ｂｕｓｂｙ  ＫＮ，Ｃａｍｐｂｅｌｌ  ＩＷ，Ｃａｍｐｂｅｌｌ  ＡＭ，Ｃａｒｅｙ  Ａ，Ｃａｒｕｓｏ  ＳＭ，Ｃｈｅｗ  ＲＤ，Ｃｏｃｋｂｕｒｎ  ＣＬ，Ｃｏｈｅｎ  ＬＢ，Ｃｏｒａｊｏｄ  ＪＭ，Ｃｒｅｓａｗｎ  ＳＧ，Ｄａｖｉｓ  ＫＲ，Ｄｅｎｇ  Ｌ，Ｄｅｎｖｅｒ  ＤＲ，Ｄｉｘｏｎ  ＢＲ，Ｅｋｒａｍ  Ｓ，Ｅｌｇｉｎ  ＳＣ，Ｅｎｇｅｌｓｅｎ  ＡＥ，Ｅｎｇｌｉｓｈ  ＢＥ，Ｅｒｂ  ＭＬ，Ｅｓｔｒａｄａ  Ｃ，Ｆｉｌｌｉｇｅｒ  ＬＺ，Ｆｉｎｄｌｅｙ  ＡＭ，Ｆｏｒｂｅｓ  Ｌ，Ｆｏｒｓｙｔｈ  ＭＨ，Ｆｏｘ  ＴＭ，Ｆｒｉｔｚ  ＭＪ，Ｇａｒｃｉａ  Ｒ，Ｇｅｏｒｇｅ  ＺＤ，Ｇｅｏｒｇｅｓ  ＡＥ，Ｇｉｓｓｅｎｄａｎｎｅｒ  ＣＲ，Ｇｏｆｆ  Ｓ，Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ  Ｒ，Ｇｏｒｄｏｎ  ＫＣ，Ｇｒｅｅｎ  ＲＤ，Ｇｕｅｒｒａ  ＳＬ，Ｇｕｉｎｅｙ−Ｏｌｓｅｎ  ＫＲ，Ｇｕｉｚａ  ＢＧ，Ｈａｇｈｉｇｈａｔ  Ｌ，Ｈａｇｏｐｉａｎ  ＧＶ，Ｈａｒｍｏｎ  ＣＪ，Ｈａｒｍｓｏｎ  ＪＳ，Ｈａｒｔｚｏｇ  ＧＡ，Ｈａｒｖｅｙ  ＳＥ，Ｈｅ  Ｓ，Ｈｅ  ＫＪ，Ｈｅａｌｙ  ＫＥ，Ｈｉｇｉｎｂｏｔｈａｍ  ＥＲ，Ｈｉｌｄｅｂｒａｎｄｔ  ＥＮ，Ｈｏ  ＪＨ，Ｈｏｇａｎ  ＧＭ，Ｈｏｈｅｎｓｔｅｉｎ  ＶＧ，Ｈｏｌｚ  ＮＡ，Ｈｕａｎｇ  ＶＪ，Ｈｕｆｆｏｒｄ  ＥＬ，Ｈｙｎｅｓ  ＰＭ，Ｊａｃｋｓｏｎ  ＡＳ，Ｊａｎｓｅｎ  ＥＣ，Ｊａｒｖｉｋ  Ｊ，Ｊａｓｉｎｔｏ  ＰＧ，Ｊｏｒｄａｎ  ＴＣ，Ｋａｓｚａ  Ｔ，Ｋａｔｅｌｙｎ  ＭＡ，Ｋｅｌｓｅｙ  ＪＳ，Ｋｅｒｒｉｇａｎ  ＬＡ，Ｋｈａｗ  Ｄ，Ｋｉｍ  Ｊ，Ｋｎｕｔｔｅｒ  ＪＺ，Ｋｏ  ＣＣ，Ｌａｒｋｉｎ  ＧＶ，Ｌａｒｏｃｈｅ  ＪＲ，Ｌａｔｉｆ  Ａ，Ｌｅｕｂａ  ＫＤ，Ｌｅｕｂａ  ＳＩ，Ｌｅｗｉｓ  ＬＯ，Ｌｏｅｓｓｅｒ−Ｃａｓｅｙ  ＫＥ，Ｌｏｎｇ  ＣＡ，Ｌｏｐｅｚ  ＡＪ，Ｌｏｗｅｒｙ  Ｎ，Ｌｕ  ＴＱ，Ｍａｃ  Ｖ，Ｍａｓｔｅｒｓ  ＩＲ，ＭｃＣｌｏｕｄ  ＪＪ，ＭｃＤｏｎｏｕｇｈ  ＭＪ，Ｍｅｄｅｎｂａｃｈ  ＡＪ，Ｍｅｎｏｎ  Ａ，Ｍｉｌｌｅｒ  Ｒ，Ｍｏｒｇａｎ  ＢＫ，Ｎｇ  ＰＣ，Ｎｇｕｙｅｎ  Ｅ，Ｎｇｕｙｅｎ  ＫＴ，Ｎｇｕｙｅｎ  ＥＴ，Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ  ＫＭ，Ｐａｒｎｅｌｌ  ＬＡ，Ｐｅｉｒｃｅ  ＣＥ，Ｐｅｒｚ  ＡＭ，Ｐｅｔｅｒｓｏｎ  ＬＪ，Ｐｆｅｒｄｅｈｉｒｔ  ＲＥ，Ｐｈｉｌｉｐ  ＳＶ，Ｐｏｇｌｉａｎｏ  Ｋ，Ｐｏｇｌｉａｎｏ  Ｊ，Ｐｏｌｌｅｙ  Ｔ，Ｐｕｏｐｏｌｏ  ＥＪ，Ｒａｂｉｎｏｗｉｔｚ  ＨＳ，Ｒｅｓｉｓｓ  ＭＪ，Ｒｈｙａｎ  ＣＮ，Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ＹＭ，Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ  ＬＬ，Ｒｏｓｅ  ＡＣ，Ｒｕｂｉｎ  ＪＤ，Ｒｕｂｙ  ＪＡ，���ａｈａ  ＭＳ，Ｓａｎｄｏｚ  ＪＷ，Ｓａｖｉｔｓｋａｙａ  Ｊ，Ｓｃｈｉｐｐｅｒ  ＤＪ，Ｓｃｈｎｉｔｚｌｅｒ  ＣＥ，Ｓｃｈｏｔｔ  ＡＲ，Ｓｅｇａｌ  ＪＢ，Ｓｈａｆｆｅｒ  ＣＤ，Ｓｈｅｌｄｏｎ  ＫＥ，Ｓｈｅｐａｒｄ  ＥＭ，Ｓｈｅｐａｒｄｓｏｎ  ＪＷ，Ｓｈｒｏｆｆ  ＭＫ，Ｓｉｍｍｏｎｓ  ＪＭ，Ｓｉｍｍｓ  ＥＦ，Ｓｉｍｐｓｏｎ  ＢＭ，Ｓｉｎｃｌａｉｒ  ＫＭ，Ｓｊｏｈｏｌｍ  ＲＬ，Ｓｌｅｔｔｅ  ＩＪ，Ｓｐａｕｌｄｉｎｇ  ＢＣ，Ｓｔｒａｕｂ  ＣＬ，Ｓｔｕｋｅｙ  Ｊ，Ｓｕｇｈｒｕｅ  Ｔ，Ｔａｎｇ  ＴＹ，Ｔａｔｙａｎａ  ＬＭ，Ｔａｙｌｏｒ  ＳＢ，Ｔａｙｌｏｒ  ＢＪ，Ｔｅｍｐｌｅ  ＬＭ，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  ＪＶ，Ｔｏｋａｒｚ  ＭＰ，Ｔｒａｐａｎｉ  ＳＥ，Ｔｒｏｕｍ  ＡＰ，Ｔｓａｙ  Ｊ，Ｔｕｂｂｓ  ＡＴ，Ｗａｌｔｏｎ  ＪＭ，Ｗａｎｇ  ＤＨ，Ｗａｎｇ  Ｈ，Ｗａｒｎｅｒ  ＪＲ，Ｗｅｉｓｓｅｒ  ＥＧ，Ｗｅｎｄｌｅｒ  ＳＣ，Ｗｅｓｔｏｎ−Ｈａｆｅｒ  ＫＡ，Ｗｈｅｌａｎ  ＨＭ，Ｗｉｌｌｉａｍｓｏｎ  ＫＥ，Ｗｉｌｌｉｓ  ＡＮ，Ｗｉｒｔｓｈａｆｔｅｒ  ＨＳ，Ｗｏｎｇ  ＴＷ，Ｗｕ  Ｐ，Ｙａｎｇ  Ｙ，Ｙｅｅ  ＢＣ，Ｚａｉｄｉｎｓ  ＤＡ，Ｚｈａｎｇ  Ｂ，Ｚｕｎｉｇａ  ＭＹ，Ｈｅｎｄｒｉｘ  ＲＷ，Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ．Ｅｘｐａｎｄｉｎｇ  ｔｈｅ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｓ：ｉｎｓｉｇｈｔｓ  ｉｎｔｏ  ｇｅｎｏｍｅ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ．ＰＬｏＳ．ＯＮＥ．６：ｅ１６３２９，２０１１．
３９．Ｋｗａｎ  Ｔ，Ｌｉｕ  Ｊ，Ｄｕｂｏｗ  Ｍ，Ｇｒｏｓ  Ｐ，Ｐｅｌｌｅｔｉｅｒ  Ｊ．Ｔｈｅ  ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｇｅｎｏｍｅｓ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｅｏｍｅｓ  ｏｆ  ２７  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｓ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ  １０２：５１７４−５１７９，２００５．
４０．Ｃｅｙｓｓｅｎｓ  ＰＪ  ａｎｄ  Ｌａｖｉｇｎｅ  Ｒ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅｓ  ｏｆ  Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ．Ｆｕｔｕｒｅ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５：１０４１−１０５５，２０１０．
４１．Ｌｏｅｓｓｎｅｒ  ＭＪ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｅｎｄｏｌｙｓｉｎｓ−−ｃｕｒｒｅｎｔ  ｓｔａｔｅ  ｏｆ  ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．８：４８０−４８７，２００５．
４２．Ｌａｂｒｉｅ  ＳＪ，Ｓａｍｓｏｎ  ＪＥ，Ｍｏｉｎｅａｕ  Ｓ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．８：３１７−３２７，２０１０．
４３．Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  Ｈ，Ｌｏｍｈｏｌｔ  ＨＢ，Ｔｅｔｔｅｌｉｎ  Ｈ，Ｋｉｌｉａｎ  Ｍ．ＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ  Ｌｏｃｉ  ｏｆ  Ｔｙｐｅ  ＩＩ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  Ｃｏｎｆｅｒ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ａｇａｉｎｓｔ  Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｏｂｉｌｅ  Ｅｌｅｍｅｎｔｓ  Ｐｒｅｓｅｎｔ  ｉｎ  Ｔｙｐｅ  Ｉ  Ｐ．ａｃｎｅｓ．ＰＬｏＳ．ＯＮＥ．７：ｅ３４１７１，２０１２．
４４．Ｍａｒｉｎｅｌｌｉ  ＬＪ，Ｐｉｕｒｉ  Ｍ，Ｓｗｉｇｏｎｏｖａ  Ｚ，Ｂａｌａｃｈａｎｄｒａｎ  Ａ，Ｏｌｄｆｉｅｌｄ  ＬＭ，ｖａｎ  Ｋｅｓｓｅｌ  ＪＣ，Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ．ＢＲＥＤ：ａ  ｓｉｍｐｌｅ  ａｎｄ  ｐｏｗｅｒｆｕｌ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ  ｍｕｔａｎｔ  ａｎｄ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｇｅｎｏｍｅｓ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ  ３：ｅ３９５７，２００８．
４５．ｖａｎ  Ｋｅｓｓｅｌ  ＪＣ  ａｎｄ  Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ．Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｐｏｉｎｔ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ  ｉｎ  ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｕｓｉｎｇ  ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄｅｄ  ＤＮＡ  ｒｅｃｏｍｂｉｎｅｅｒｉｎｇ：ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｔｉｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｄｒｕｇ  ｔａｒｇｅｔｓ．Ｍｏｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ６７：１０９４−１１０７，２００８．
４６．ｖａｎ  Ｋｅｓｓｅｌ  ＪＣ  ａｎｄ  Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ．Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｒｅｃｏｍｂｉｎｅｅｒｉｎｇ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ４３５：２０３−２１５，２００８．
４７．ｖａｎ  Ｋｅｓｓｅｌ  ＪＣ  ａｎｄ  Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ．Ｒｅｃｏｍｂｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｉｎ  Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ４：１４７−１５２，２００７．
４８．ｖａｎ  Ｋｅｓｓｅｌ  ＪＣ，Ｍａｒｉｎｅｌｌｉ  ＬＪ，Ｈａｔｆｕｌｌ  ＧＦ．Ｒｅｃｏｍｂｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  ｐｈａｇｅｓ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ６：８５１−８５７，２００８．
４９．Ｃｈｅｏｎｇ  ＤＥ，Ｌｅｅ  ＨＩ，Ｓｏ  ＪＳ．Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｅｌｅｃｔｒｏｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ．Ｊ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ７２：３８−４１，２００８．
５０．Ｂｏｎｄｙ−Ｄｅｎｏｍｙ  Ｊ，Ｐａｗｌｕｋ  Ａ，Ｍａｘｗｅｌｌ  ＫＬ，Ｄａｖｉｄｓｏｎ  ＡＲ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ  ｇｅｎｅｓ  ｔｈａｔ  ｉｎａｃｔｉｖａｔｅ  ｔｈｅ  ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｉｍｍｕｎｅ  ｓｙｓｔｅｍ．Ｎａｔｕｒｅ  ４９３：４２９−４３２，２０１３．
【０１４２】
配列番号７
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ１．１ゲノム
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＪＸ２６２２２３．１
2019514419.tif 000005
2019514419.tif 000006
2019514419.tif 000007
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2019514419.tif 000011
2019514419.tif 000012
【０１４３】
配列番号８
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ１．１遺伝子３タンパク質産物（ポータルタンパク質）
配列番号７の残基１８８６−３２１１によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７８２７．１
2019514419.tif 000013
【０１４４】
配列番号９
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ１．１遺伝子７タンパク質産物（仮説上のタンパク質）
配列番号７の残基５６１８−６０９７によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７８３１．１
2019514419.tif 000014
【０１４５】
配列番号１０
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ１．１遺伝子９タンパク質産物（仮説上のタンパク質）
配列番号７の残基６４５３−６７４３によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７８３３．１
2019514419.tif 000015
【０１４６】
配列番号１１
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ１．１遺伝子１６タンパク質産物（仮説上のタンパク質）
配列番号７の残基１２２３９−１３３９９によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７８４０．１
2019514419.tif 000016
【０１４７】
配列番号１２
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ９．１ゲノム
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＪＸ２６２２１５．１
2019514419.tif 000017
2019514419.tif 000018
2019514419.tif 000019
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2019514419.tif 000023
2019514419.tif 000024
【０１４８】
配列番号１３
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ９．１遺伝子３タンパク質産物（ポータルタンパク質）
配列番号１２の残基１８８１−３２０６によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７４５９．１
2019514419.tif 000025
【０１４９】
配列番号１４
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ９．１遺伝子７タンパク質産物（仮説上のタンパク質）
配列番号１２の残基５６１０−６０８９によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７４６３．１
2019514419.tif 000026
【０１５０】
配列番号１５
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ９．１遺伝子９タンパク質産物（仮説上のタンパク質）
配列番号１２の残基６４４５−６７３５によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７４６５．１
2019514419.tif 000027
【０１５１】
配列番号１６
ＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍファージＰ９．１遺伝子１６タンパク質産物（仮説上のタンパク質）
配列番号１２の残基１２２３８−１３３９８によるコード
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦＴ９７４７２．１
2019514419.tif 000028
【図１】
2019514419.tif 000029
【図２】
2019514419.tif 000030
【図３】
2019514419.tif 000031
【図４】
2019514419.tif 000032
【図５】
2019514419.tif 000033
【図６】
2019514419.tif 000034
【図７】
2019514419.tif 000035
【図８】
2019514419.tif 000036
【図９】
2019514419.tif 000037
【図１０】
2019514419.tif 000038
【図１１】
2019514419.tif 000039
【図１２】
2019514419.tif 000040
【図１３】
2019514419.tif 000041
【図１４】
2019514419.tif 000042
【図１５】
2019514419.tif 000043
【配列表】
2019514419000001.app
【国際調査報告】
2019514419.tif 000044
2019514419.tif 000045