(57)【要約】本明細書では、とりわけ、微生物組成物およびそれを使用する方法が提供される。提供される微生物組成物は、とりわけ、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含み、炎症性疾患を処置および防止する方法に特に有用である。
2019512473.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
それを必要とする被験体においてディスバイオシスを処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【請求項２】
（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、芽胞、栄養型細菌、または芽胞と栄養型細菌の混合物の形態である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、芽胞を含む粉末の形態である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記被験体に約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の異なる種の細菌を投与する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記細菌集団が、細菌組成物の一部を形成する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記細菌組成物が、約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の細菌種を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記細菌組成物が、糞便移植物ではない、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記細菌組成物が、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記細菌組成物を経口または直腸投与する、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記被験体が、炎症性疾患を有する、請求項７に記載の方法。
【請求項１３】
前記被験体が、炎症性疾患に罹患するリスクがある、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記被験体が、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも１名、２名、３名、または４名有する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記炎症性疾患が、小児アレルギー性喘息または炎症性腸疾患である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記被験体が、便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫、および／または腹痛に苦しんでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記被験体が、最近１、２、３、または４カ月以内に抗生物質を投与されている、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記被験体が新生児である、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記被験体が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８、または２４カ月齢未満である、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記被験体が、約２から約１８歳の間である、または少なくとも約１８歳である、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記有効量が、
（ｉ）前記被験体におけるＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、クレードＩＶもしくはＸＩＶに属するＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｓｐ．、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｓｐ．、および／もしくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．のレベルを上昇させる；
（ｉｉ）前記被験体の糞便中のｐＨを低下させる；
（ｉｉｉ）前記被験体の糞便中の乳酸のレベルを上昇させる；
（ｉｖ）前記被験体における循環イタコネートのレベルを上昇させる；
（ｖ）被験体におけるアレルギー性炎症を処置、軽減、もしくは防止する；
（ｖｉ）前記被験体の気道における適応免疫応答を低減させる；
（ｖｉｉ）胃腸関連腸間膜リンパ節における樹状細胞活性化を低減させる；
（ｖｉｉｉ）前記被験体の肺、血液、血清、もしくは血漿中の修復マクロファージのレベルを上昇させる；
（ｉｘ）前記被験体における抗炎症性化合物のレベルを上昇させる；
（ｘ）前記被験体における炎症促進性化合物のレベルを低下させる；
（ｘｉ）前記被験体におけるエオタキシンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させる；ならびに／または
（ｘｉｉ）前記被験体におけるムチンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させる
のに有効である、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記有効量が、前記被験体の肺におけるムチンの分泌および／または分泌のレベルを低下させるのに有効である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記抗炎症性化合物が、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記抗炎症性化合物がＩＬ−１７である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記炎症促進性化合物が、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記炎症促進性化合物が、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−８、ＩＬ−１３、ＴＮＦ−α、またはＭＵＣ５Ｂである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記被験体に（ａ）Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、（ｂ）Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、または（ｃ）真菌微生物を投与するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
それを必要とする被験体において炎症性疾患を処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【請求項３１】
前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
それを必要とする被験体においてウイルス性呼吸器感染症を処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【請求項３３】
前記ウイルス性呼吸器感染症が、呼吸器合胞体ウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、アデノウイルス、コロナウイルス、またはライノウイルスによって引き起こされる、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記ウイルス性呼吸器感染症が、細気管支炎、感冒、クループ、または肺炎である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
それを必要とする被験体においてアレルギーを処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【請求項３６】
前記アレルギーが、乳、卵、魚、甲殻類、ナッツ類、ピーナッツ、小麦、ネコ、イヌ、もしくは齧歯類からの鱗屑、虫刺され、花粉、ラテックス、チリダニ、または大豆に対するアレルギーである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記アレルギーが、小児アレルギー性喘息、枯草熱、またはアレルギー性気道感作である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
それを必要とする被験体において抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または炎症促進性化合物のレベルを低下させる方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【請求項３９】
前記被験体の糞便、血液、血漿、血清、気管支肺胞洗浄液、汗、唾液、痰、リンパ液、脊髄液、尿、涙、胆汁、房水、硝子体液、羊水、母乳、脳脊髄液、耳垢、鼻の粘液、粘液、または皮脂において前記抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または前記炎症促進性化合物のレベルを低下させるための、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記抗炎症性化合物が、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、請求項３８の一項に記載の方法。
【請求項４１】
被験体が、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に罹患している、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む組成物。
【請求項４３】
（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の異なる種の細菌を含む、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４５】
糞便移植物ではない、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４６】
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４７】
カプセル剤、錠剤、懸濁剤、坐剤、粉剤・散剤、クリーム剤、油剤、水中油エマルション、油中水エマルション、または水性液剤である、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４８】
粉末、固体、半固体、または液体の形態である、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４９】
２０℃における、約０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１未満の水分活性（ａｗ）を有する、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５０】
食品または飲料である、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５１】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、粉末の形態である、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５２】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、凍結乾燥されたものである、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５３】
それを必要とする被験体において炎症促進性化合物を検出する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料中の該炎症促進性化合物を検出するステップとを含む方法。
【請求項５４】
前記被験体が、ディスバイオシスを有するまたはそれを発症するリスクがある、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記被験体が、炎症性疾患を有する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
前記被験体が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８、または２４カ月齢未満である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５８】
前記被験体が、約２から約１８歳の間である、または少なくとも約１８歳である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５９】
前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６０】
前記生体試料が体液である、請求項５３に記載の方法。
【請求項６１】
前記体液が、血液、血漿、血清、糞便水分、または気管支肺胞洗浄液である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記体液が糞便水分である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記炎症促進性化合物を検出するステップが、抗原提示細胞を前記生体試料と接触させることを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６４】
前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記炎症促進性化合物を検出するステップが、ナイーブＴ細胞を抗原提示細胞と接触させて、接触したＴ細胞を生じさせることをさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６６】
前記接触したＴ細胞および／または該接触したＴ細胞の後代によって産生されたサイトカインを検出するステップをさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記炎症促進性化合物が、
（ｉ）ヘルパーＴ（ＴＨ）−２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉ）ＴＨ−１、ＴＨ−１７、および／もしくはＴＨ２２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉｉ）ＴＨ−１細胞のＴＨ−２細胞に対する比が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して減少している場合；
（ｉｖ）ＩＬ−１７を産生するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；ならびに／または
（ｖ）前記接触したＴ細胞の後代および／もしくはそれの後代によって産生されるＩＬ−４、ＩＬ−１０、および／またはＩＬ−１３の量が対照と比較して増加している場合
に検出される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置またはさらなる検査もしくはモニタリングを受けるよう該被験体を指導するステップをさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６９】
前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、該被験体に請求項５２から６２までのいずれか一項に記載の組成物を投与するステップをさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項７０】
前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、該被験体を、ディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあると診断するステップをさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項７１】
被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）請求項６３から８０までのいずれか一項に記載の方法に従って炎症促進性化合物を検出するステップとを含む方法。
【請求項７２】
被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
【請求項７３】
前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを有するかどうかを決定するステップをさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項７４】
請求項７１に記載の方法に従ってディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあると決定された被験体においてディスバイオシスまたは炎症性疾患を処置または防止する方法であって、該被験体にディスバイオシスまたは前記炎症性疾患に対する処置を施すステップを含む方法。
【請求項７５】
ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
【請求項７６】
被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
【請求項７７】
炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において抗炎症性代謝産物を検出する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料中の抗炎症性代謝産物の発現レベルを決定するステップとを含む方法。
【請求項７８】
被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、該標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇または抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む方法。
【請求項７９】
炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）第１の時点での該被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での該被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）抗炎症性または炎症促進性代謝産物の前記第２の発現レベルを抗炎症性または炎症促進性代謝産物の該第１の発現レベルと比較し、それにより、該被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む方法。
【請求項８０】
被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法であって、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、該被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体における該炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願との相互参照
本出願は、２０１６年３月４日に出願された米国仮特許出願第６２／３０４，０８７号に対する優先権の利益を主張し、その全体が全ての目的のために本明細書に援用される。
連邦政府による資金提供を受けた研究開発の下でなされた発明に対する権利に関する記載
【０００２】
本発明は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈから付与された助成金番号第Ｒ２１  ＡＴ００４７３２号、同第Ｐ０１  ＡＩ０８９４７３号、および同第ＨＬ０８００７４号の下で政府の支援を受けてなされた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
配列表の参照による組込み
【０００３】
２０１７年３月３日に作成され、サイズが１０７，５３６バイトである「４８５３６−５７５００１ＷＯ＿ＳｅｑｕｅｎｃｅＬｉｓｔｉｎｇ．ＴＸＴ」という名称のテキストファイルの内容はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００４】
最近の試験から、ヒト腸に存在する微生物群集が宿主免疫応答の発生および調節において重要な役割を果たすという証拠が提供されている。例えば、特定のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種が存在することにより特異的なＴ細胞レパートリーが誘導されることが示されている［Ａｔａｒａｓｈｉら（２０１１年）Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｏｌｏｎｉｃ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｂｙ  ｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓ  Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｅｃｉｅｓ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ３３１巻（６０１５号）：３３７〜３４１頁］。腸マイクロバイオームは複雑であるにもかかわらず、特定の細菌種の存在または非存在により、適応免疫環境が劇的に変化し得る。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ａｔａｒａｓｈｉら（２０１１年）Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｏｌｏｎｉｃ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｂｙ  ｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓ  Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｅｃｉｅｓ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ３３１巻（６０１５号）：３３７〜３４１頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本明細書では、ディスバイオシス、感染、および炎症性疾患の処置に驚くほど有用である、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む新規の方法および微生物組成物が提供される。
ある態様は、１、２、３、４、５、６、７または８種類（あるいは少なくとも１、２、３、４、５、６、７または８種類）の細菌種を含む、本質的にからなる、またはからなる細菌集団を含む方法および組成物を提供する。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．のうちの任意の１、２、３、４、５、６、７または８種類を含む、本質的にからなる、またはからなる。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｅｃｕｌａｒｅ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｂｔｉｌｅを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓを含む。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅまたはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉである。複数の実施形態では、細菌集団は、以下：Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓの任意の組合せのうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０、あるいは１〜５、１〜１０、１〜５または１〜２０を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。
【０００７】
ある態様では、単離された細菌を投与するための方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【０００８】
ある態様では、細菌補給の方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【０００９】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症を処置または防止する方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１０】
ある態様では、微生物組成物が提供される。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む。複数の実施形態では、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓおよび腸への投与に適している生物学的担体を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１１】
ある態様では、微生物組成物が提供される。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む。複数の実施形態では、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓおよび腸への投与に適している生物学的担体を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１２】
ある態様では、医薬組成物が提供される。複数の実施形態では、医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む。複数の実施形態では、医薬組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む。複数の実施形態では、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓと、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物が提供される。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１３】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症性疾患を処置または防止する方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。方法は、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１４】
ある態様では、それを必要とする被験体において抗炎症性代謝産物を増大させる方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１５】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症促進性代謝産物を減少させる方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓをさらに含む。
【００１６】
ある態様では、炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において抗炎症性代謝産物を検出する方法が提供される。この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料における抗炎症性代謝産物の発現レベルを決定するステップを含む。
【００１７】
ある態様では、炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において炎症促進性代謝産物を検出する方法が提供される。この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料における炎症促進性代謝産物の発現レベルを決定するステップを含む。
【００１８】
ある態様では、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇または抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む。
【００１９】
ある態様では、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇が、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む。
【００２０】
ある態様では、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、標準対照と比べて抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む。
【００２１】
ある態様では、炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法が提供される。方法は、（ｉ）第１の時点での被験体における抗炎症性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での被験体における抗炎症性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）抗炎症性代謝産物の第２の発現レベルを抗炎症性代謝産物の第１の発現レベルと比較し、それにより、被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む。
【００２２】
ある態様では、炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法が提供される。方法は、（ｉ）第１の時点での被験体における炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での被験体における炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルと比較し、それにより、被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む。
【００２３】
ある態様では、被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む。
【００２４】
ある態様では、被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１Ａ】図１Ａ〜１Ｂは、Ｃ＋Ｌｊを補給したマウスにおいてのみ肺の組織学的性質の有意な改善および杯細胞過形成の減少が明らかであることを示す図である。６つの実験群のそれぞれにおける３匹のマウス由来の組織学的試料を２連の試験で染色して杯細胞過形成を可視化した。図１Ａ：６つの群のそれぞれについてのＰＡＳ染色の代表的な画像は、ＣＲＡで攻撃したマウスにおいて杯細胞（染色された）のムチン分泌が誘導されること、ならびにＬ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉおよび微生物共同体の補給がこの誘導からの保護がなされた唯一の処置群であることを明白に示す。図１Ｂ：Ｉｍａｇｅ  Ｊを使用して各画像におけるＰＡＳ染色陽性の面積の百分率を定量した。各データポイントが２回の独立したマウス試験で生成された個々の符号によって表されている。このデータの統計解析により、Ｃ＋Ｌｊ共同体を補給したマウスに関連するＰＡＳ染色の百分率が全ての他のＣＲＡ処置群と比較して有意に低下することが示される。
【図１Ｂ】図１Ａ〜１Ｂは、Ｃ＋Ｌｊを補給したマウスにおいてのみ肺の組織学的性質の有意な改善および杯細胞過形成の減少が明らかであることを示す図である。６つの実験群のそれぞれにおける３匹のマウス由来の組織学的試料を２連の試験で染色して杯細胞過形成を可視化した。図１Ａ：６つの群のそれぞれについてのＰＡＳ染色の代表的な画像は、ＣＲＡで攻撃したマウスにおいて杯細胞（染色された）のムチン分泌が誘導されること、ならびにＬ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉおよび微生物共同体の補給がこの誘導からの保護がなされた唯一の処置群であることを明白に示す。図１Ｂ：Ｉｍａｇｅ  Ｊを使用して各画像におけるＰＡＳ染色陽性の面積の百分率を定量した。各データポイントが２回の独立したマウス試験で生成された個々の符号によって表されている。このデータの統計解析により、Ｃ＋Ｌｊ共同体を補給したマウスに関連するＰＡＳ染色の百分率が全ての他のＣＲＡ処置群と比較して有意に低下することが示される。
【００２６】
【図２】図２は、Ｃ＋Ｌｊを補給したマウスにおけるＭＵＣ５ＡＣの発現の有意な低減により組織学的所見が裏付けられることを示すグラフである。各動物の肺から抽出したＲＮＡを使用して、杯細胞によるムチン産生に関与する遺伝子であるＭＵＣ５ＡＣの遺伝子発現レベルを調査した。２回の独立したマウス試験からのデータが示されている。このデータの統計解析により、Ｃ＋Ｌｊを補給したマウスに関連するＭｕｃ５ａｃ遺伝子発現の百分率が全ての他のＣＲＡ処置群と比較して有意に低下することが示される。
【００２７】
【図３Ａ】図３Ａ〜３Ｃは、Ｃ＋Ｌｊの補給により、アレルギー反応に関連するサイトカインの気道での発現の低減がもたらされることを示すグラフである。各動物の肺から抽出したＲＮＡを使用してＩＬ−４（図３Ａ）、ＩＬ−１３（図３Ｂ）、ＩＬ−１０（図３Ｃ）およびＩＬ−１７を含めたアレルギー反応に関連する複数のサイトカインの遺伝子発現レベルも調査した。同様に、出願人らは、Ｔｈ２に関連するサイトカイン（ＩＬ−４およびＩＬ−１３）、ならびにＩＬ−１０についてＣ＋Ｌｊ補給に関連するサイトカイン発現の有意な低減を観察した。２回の独立した反復試験からのデータが示されている。
【図３Ｂ】図３Ａ〜３Ｃは、Ｃ＋Ｌｊの補給により、アレルギー反応に関連するサイトカインの気道での発現の低減がもたらされることを示すグラフである。各動物の肺から抽出したＲＮＡを使用してＩＬ−４（図３Ａ）、ＩＬ−１３（図３Ｂ）、ＩＬ−１０（図３Ｃ）およびＩＬ−１７を含めたアレルギー反応に関連する複数のサイトカインの遺伝子発現レベルも調査した。同様に、出願人らは、Ｔｈ２に関連するサイトカイン（ＩＬ−４およびＩＬ−１３）、ならびにＩＬ−１０についてＣ＋Ｌｊ補給に関連するサイトカイン発現の有意な低減を観察した。２回の独立した反復試験からのデータが示されている。
【図３Ｃ】図３Ａ〜３Ｃは、Ｃ＋Ｌｊの補給により、アレルギー反応に関連するサイトカインの気道での発現の低減がもたらされることを示すグラフである。各動物の肺から抽出したＲＮＡを使用してＩＬ−４（図３Ａ）、ＩＬ−１３（図３Ｂ）、ＩＬ−１０（図３Ｃ）およびＩＬ−１７を含めたアレルギー反応に関連する複数のサイトカインの遺伝子発現レベルも調査した。同様に、出願人らは、Ｔｈ２に関連するサイトカイン（ＩＬ−４およびＩＬ−１３）、ならびにＩＬ−１０についてＣ＋Ｌｊ補給に関連するサイトカイン発現の有意な低減を観察した。２回の独立した反復試験からのデータが示されている。
【００２８】
【図４】図４は、Ｉｌ−１７分泌ヘルパーＴ細胞（ＣＤ３＋ＣＤ４＋）の百分率の上昇がＣ＋Ｌｊを補給したマウスにおいて最も有意であることを示すグラフである。脾細胞からのフローサイトメトリーのデータにより、Ｔｈ１７細胞に関連するサイトカインであるＩＬ−１７を発現するＣＤ４＋細胞の百分率の有意な上昇が明らかになる。この観察は２連の試験にわたって真に保持され、本図には両方の試験からのデータが示されている。
【００２９】
【図５】図５Ａ〜５Ｂは、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを含むがＬ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＬＧＧは含まない細菌共同体が、アレルギー感作の減弱をもたらすことを示すグラフである。ＣＲＡアレルゲンマウス試験を、細菌共同体サプリメントに含めるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓアンカー種としてＬ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＬＧＧ（ＬＧＧ）またはＬ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ（Ｌｊ）のいずれかを使用して実施した。感作に対する各共同体の効果を評価するために、ｑＰＣＲを使用して肺組織におけるＭＵＣ５ＡＣの発現レベルを決定した。Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉに基づく共同体ではＭＵＣ５ＡＣ発現が有意に低減したが、Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＬＧＧ共同体ではこのアレルギー反応バイオマーカーの発現を低減させることはできなかった。
【００３０】
【図６ＡＢ】図６Ａ〜６Ｃは、非アトピー新生児由来の糞便水分によりＩＬ４およびＩＬ１３応答の発現が有意に低減することを示すグラフである。図６Ａ：糞便水分への曝露により、両方ではなく一方のドナーにおいてＣＤ４＋ヘルパーＴ２細胞の数が有意に減少する。図６Ｂ：ＩＬ４発現は両方のドナーにおいて有意に低減する。図６Ｃ：ＩＬ１３発現は両方のドナーにおいて有意に低減する。
【図６Ｃ】図６Ａ〜６Ｃは、非アトピー新生児由来の糞便水分によりＩＬ４およびＩＬ１３応答の発現が有意に低減することを示すグラフである。図６Ａ：糞便水分への曝露により、両方ではなく一方のドナーにおいてＣＤ４＋ヘルパーＴ２細胞の数が有意に減少する。図６Ｂ：ＩＬ４発現は両方のドナーにおいて有意に低減する。図６Ｃ：ＩＬ１３発現は両方のドナーにおいて有意に低減する。
【００３１】
【図７Ａ】図７Ａ〜７Ｂは、別個の新生児のＣａｎｄｉｄａの腸マイクロバイオーム単離物由来の無細胞上清により一貫してＣＤ４＋ＩＬ４＋（Ｔｈ２）細胞が誘導されることを示すグラフである（図７Ａ）。特定の種によりＣＤ４＋ＩＬ１０＋（Ｔ−ｒｅｇ）細胞が誘導または抑制される（図７Ｂ）。ＢＨＩ、滅菌ブレインハートインフュージョン培地曝露（対照）；ＣＴ、Ｃ．ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ；ＣＰ、Ｃ．ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ；ＣＯ、Ｃ．ｏｒｔｈｏｐｓｉｌｏｓｉｓ；およびＣＴ、Ｃ．ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ；対照、非抗原刺激条件；ＣＲＡ、ゴキブリ刺激Ｔ細胞。
【図７Ｂ】図７Ａ〜７Ｂは、別個の新生児のＣａｎｄｉｄａの腸マイクロバイオーム単離物由来の無細胞上清により一貫してＣＤ４＋ＩＬ４＋（Ｔｈ２）細胞が誘導されることを示すグラフである（図７Ａ）。特定の種によりＣＤ４＋ＩＬ１０＋（Ｔ−ｒｅｇ）細胞が誘導または抑制される（図７Ｂ）。ＢＨＩ、滅菌ブレインハートインフュージョン培地曝露（対照）；ＣＴ、Ｃ．ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ；ＣＰ、Ｃ．ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ；ＣＯ、Ｃ．ｏｒｔｈｏｐｓｉｌｏｓｉｓ；およびＣＴ、Ｃ．ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ；対照、非抗原刺激条件；ＣＲＡ、ゴキブリ刺激Ｔ細胞。
【００３２】
【図８Ａ】図８Ａ〜８Ｄは、ＵＣマイクロバイオタイプが有意に異なる疾患重症度および持続時間を示すことを示すグラフである。図８Ａ：簡易大腸炎疾患重症度スコア。図８Ｂ：結腸外顕在化の数。図８Ｃ：罹病期間。図８Ｄ：炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する家族員の数。
【図８ＢＣ】図８Ａ〜８Ｄは、ＵＣマイクロバイオタイプが有意に異なる疾患重症度および持続時間を示すことを示すグラフである。図８Ａ：簡易大腸炎疾患重症度スコア。図８Ｂ：結腸外顕在化の数。図８Ｃ：罹病期間。図８Ｄ：炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する家族員の数。
【図８Ｄ】図８Ａ〜８Ｄは、ＵＣマイクロバイオタイプが有意に異なる疾患重症度および持続時間を示すことを示すグラフである。図８Ａ：簡易大腸炎疾患重症度スコア。図８Ｂ：結腸外顕在化の数。図８Ｃ：罹病期間。図８Ｄ：炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する家族員の数。
【００３３】
【図９Ａ】図９Ａ〜９Ｄは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ糞便水分アッセイにより、ＵＣ患者が有意に別個のＴｈ２比、ＩＬ４産生およびＣＤ８＋ＩＬ１７＋集団を示すことが明らかになることを示すグラフである。図９Ａ：健康な対照と比較してＴｈ２応答への有意な歪みによりＵＣ患者が特徴付けられる。図９Ｂ：ＵＣマイクロバイオタイプはＴｈ２への歪みの程度に有意差を示し、最も重症のマイクロバイオタイプ（ＭＢＴ−１）が最も極めて大きなＴｈ２への歪みを示す。図９Ｃ：ＩＬ４発現はＵＣマイクロバイオタイプの間で有意に異なり、ＭＢＴ−１群は疾患の重症度が最も低い群と比較して有意に高いＩＬ４発現を示す。図９Ｄ：ＭＢＴ−１患者は２つの他の疾患の重症度がより低い群と比較して有意に多い数のＣＤ８＋ＩＬ１７＋細胞を示す。
【図９ＢＣ】図９Ａ〜９Ｄは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ糞便水分アッセイにより、ＵＣ患者が有意に別個のＴｈ２比、ＩＬ４産生およびＣＤ８＋ＩＬ１７＋集団を示すことが明らかになることを示すグラフである。図９Ａ：健康な対照と比較してＴｈ２応答への有意な歪みによりＵＣ患者が特徴付けられる。図９Ｂ：ＵＣマイクロバイオタイプはＴｈ２への歪みの程度に有意差を示し、最も重症のマイクロバイオタイプ（ＭＢＴ−１）が最も極めて大きなＴｈ２への歪みを示す。図９Ｃ：ＩＬ４発現はＵＣマイクロバイオタイプの間で有意に異なり、ＭＢＴ−１群は疾患の重症度が最も低い群と比較して有意に高いＩＬ４発現を示す。図９Ｄ：ＭＢＴ−１患者は２つの他の疾患の重症度がより低い群と比較して有意に多い数のＣＤ８＋ＩＬ１７＋細胞を示す。
【図９Ｄ】図９Ａ〜９Ｄは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ糞便水分アッセイにより、ＵＣ患者が有意に別個のＴｈ２比、ＩＬ４産生およびＣＤ８＋ＩＬ１７＋集団を示すことが明らかになることを示すグラフである。図９Ａ：健康な対照と比較してＴｈ２応答への有意な歪みによりＵＣ患者が特徴付けられる。図９Ｂ：ＵＣマイクロバイオタイプはＴｈ２への歪みの程度に有意差を示し、最も重症のマイクロバイオタイプ（ＭＢＴ−１）が最も極めて大きなＴｈ２への歪みを示す。図９Ｃ：ＩＬ４発現はＵＣマイクロバイオタイプの間で有意に異なり、ＭＢＴ−１群は疾患の重症度が最も低い群と比較して有意に高いＩＬ４発現を示す。図９Ｄ：ＭＢＴ−１患者は２つの他の疾患の重症度がより低い群と比較して有意に多い数のＣＤ８＋ＩＬ１７＋細胞を示す。
【００３４】
【図１０】図１０は、気道アレルギー感作のマウスモデルにおけるリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）または治療用共同体（ＴＣ）補給レジメンおよびＣＲＡによる攻撃のスケジュールを例示する実験時系列を示す図である。
【００３５】
【図１１】図１１Ａ〜１１Ｂは、マウスへのＴＣの経口補給により、免疫寛容の誘導に関連する属の相対的存在量の増加が促進されることを示す図である。図１１Ａ：１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列決定を使用した試験において動物の糞便中のマイクロバイオーム組成を決定した。クラスター解析により、処置群の間でのマイクロバイオーム組成の差異が明らかになった。ＴＣを補給した動物では、対照群と比較して有意に別個の組成が示された。具体的には、ＴＣを補給した動物では、免疫調節活性の潜在性を有する種（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、クレードＩＶおよびＸＩＶに属するＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ種、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、およびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）が富化されていた。図１１Ｂ：ＣＲＡ−ＴＣで処置した動物において富化された分類群を示す円グラフ。
【００３６】
【図１２Ａ】図１２Ａ〜１２Ｂは、マウスへのＴＣの経口補給により、腸管腔および末梢のどちらにおいても代謝的再プログラミングが促進され、また、修復マクロファージエフェクター表現型に関連する循環イタコネートの有意な増加が含まれることを示すグラフである。図１２Ａ：非標的化液体クロマトグラフィー質量分析を使用した優勢の管腔内代謝産物の主成分分析により、３群間の別個の代謝プロファイルが明らかになった（キャンベラ距離行列；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、Ｒ２＝０．２９、ｐ＝０．００５）。図１２Ｂ：同じ戦略を使用して血清中で同定された循環代謝産物の主成分分析からも調査した群間の有意差が明らかになった（キャンベラ距離行列；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、Ｒ２＝０．２９、ｐ＝０．００２）。非標的化ＬＣ  ＧＣ質量分析を使用して、ゴキブリ（ＣＲＡ）抗原による攻撃の前にＴＣまたはＰＢＳを補給したマウスの糞便中（図１２Ａ）および血清中（図１２Ｂ）の数百の代謝産物を同定し、その相対濃度を決定した。ＰｃｏＡプロットにおけるＴＣを補給した動物とＰＢＳを補給した動物との有意な空間的分離から、これらの動物の糞便および血清中の代謝産物のプロファイルが有意に異なることが示される。
【図１２Ｂ】図１２Ａ〜１２Ｂは、マウスへのＴＣの経口補給により、腸管腔および末梢のどちらにおいても代謝的再プログラミングが促進され、また、修復マクロファージエフェクター表現型に関連する循環イタコネートの有意な増加が含まれることを示すグラフである。図１２Ａ：非標的化液体クロマトグラフィー質量分析を使用した優勢の管腔内代謝産物の主成分分析により、３群間の別個の代謝プロファイルが明らかになった（キャンベラ距離行列；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、Ｒ２＝０．２９、ｐ＝０．００５）。図１２Ｂ：同じ戦略を使用して血清中で同定された循環代謝産物の主成分分析からも調査した群間の有意差が明らかになった（キャンベラ距離行列；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、Ｒ２＝０．２９、ｐ＝０．００２）。非標的化ＬＣ  ＧＣ質量分析を使用して、ゴキブリ（ＣＲＡ）抗原による攻撃の前にＴＣまたはＰＢＳを補給したマウスの糞便中（図１２Ａ）および血清中（図１２Ｂ）の数百の代謝産物を同定し、その相対濃度を決定した。ＰｃｏＡプロットにおけるＴＣを補給した動物とＰＢＳを補給した動物との有意な空間的分離から、これらの動物の糞便および血清中の代謝産物のプロファイルが有意に異なることが示される。
【００３７】
【図１３Ａ】図１３Ａは、気道アレルギー感作のマウスモデルにおいて、マウス気道（肺）の組織学的切片から、マウスへの代謝的に活性な治療用共同体（ＣＲＡ＋ＴＣ）の経口補給により炎症性流入［ヘマトキシリンおよびエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色；濃く染色された有核細胞］が有意に低減することが示されることを示す図である。Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ単独（ＣＲＡ＋Ｌｊ）でも、ＴＣのうち４種を動物に補給すること（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを省略；ＣＲＡ＋Ｃ）でも保護は付与されず、これにより、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉがＴＣの他の４種のメンバーと相乗作用により作用して気道粘膜表面の保護をもたらすことが示される。熱により死滅させた代謝的に不活性なＴＣでも保護は付与されず、これにより、代謝的に活性なＴＣのみが保護をなすことが示される。図１３Ｂは、好酸球のマーカーであるＣＣＬ−１１発現の遺伝子発現分析により、ＣＲＡ＋ＴＣ群がアレルギー感作後の肺における好酸球存在の有意な減少を示すことが確認されることを示すグラフである。
【図１３Ｂ】図１３Ａは、気道アレルギー感作のマウスモデルにおいて、マウス気道（肺）の組織学的切片から、マウスへの代謝的に活性な治療用共同体（ＣＲＡ＋ＴＣ）の経口補給により炎症性流入［ヘマトキシリンおよびエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色；濃く染色された有核細胞］が有意に低減することが示されることを示す図である。Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ単独（ＣＲＡ＋Ｌｊ）でも、ＴＣのうち４種を動物に補給すること（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを省略；ＣＲＡ＋Ｃ）でも保護は付与されず、これにより、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉがＴＣの他の４種のメンバーと相乗作用により作用して気道粘膜表面の保護をもたらすことが示される。熱により死滅させた代謝的に不活性なＴＣでも保護は付与されず、これにより、代謝的に活性なＴＣのみが保護をなすことが示される。図１３Ｂは、好酸球のマーカーであるＣＣＬ−１１発現の遺伝子発現分析により、ＣＲＡ＋ＴＣ群がアレルギー感作後の肺における好酸球存在の有意な減少を示すことが確認されることを示すグラフである。
【００３８】
【図１４Ａ】図１４Ａは、気道アレルギー感作のマウスモデルにおいて、マウス気道（肺）の組織学的切片から、マウスへの代謝的に活性な治療用共同体（ＣＲＡ＋ＴＣ）の経口補給によりムチン過剰分泌（過ヨウ素酸シッフ（ＰＡＳ）染色；濃染色）が有意に低減することが示されることを示す図である。Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ単独（ＣＲＡ＋Ｌｊ）でも、ＴＣのうち４種を動物に補給すること（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを省略；ＣＲＡ＋Ｃ）でもムチン分泌は低下せず、これにより、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉがＴＣの他の４種のメンバーと相乗作用により作用して気道粘膜表面のムチン分泌を抑制することが示される。熱により死滅させた代謝的に不活性なＴＣでもムチン分泌は低下せず、これにより、代謝的に活性なＴＣのみが保護をなすことが示される。図１４Ｂは、気道におけるムチン分泌に関与する主要な遺伝子であるＭｕｃ５ＡＣ発現の遺伝子発現分析により、ＣＲＡ＋ＴＣ群が他の処置群と比較して肺におけるムチン遺伝子発現の有意な低減を示すことが確認されることを示すグラフである。
【図１４Ｂ】図１４Ａは、気道アレルギー感作のマウスモデルにおいて、マウス気道（肺）の組織学的切片から、マウスへの代謝的に活性な治療用共同体（ＣＲＡ＋ＴＣ）の経口補給によりムチン過剰分泌（過ヨウ素酸シッフ（ＰＡＳ）染色；濃染色）が有意に低減することが示されることを示す図である。Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ単独（ＣＲＡ＋Ｌｊ）でも、ＴＣのうち４種を動物に補給すること（Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを省略；ＣＲＡ＋Ｃ）でもムチン分泌は低下せず、これにより、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉがＴＣの他の４種のメンバーと相乗作用により作用して気道粘膜表面のムチン分泌を抑制することが示される。熱により死滅させた代謝的に不活性なＴＣでもムチン分泌は低下せず、これにより、代謝的に活性なＴＣのみが保護をなすことが示される。図１４Ｂは、気道におけるムチン分泌に関与する主要な遺伝子であるＭｕｃ５ＡＣ発現の遺伝子発現分析により、ＣＲＡ＋ＴＣ群が他の処置群と比較して肺におけるムチン遺伝子発現の有意な低減を示すことが確認されることを示すグラフである。
【００３９】
【図１５Ａ】図１５Ａ〜１５Ｃは、気道アレルギー感作のマウスモデルにおいて、マウスに代謝的に活性なＴＣを経口補給することによりアレルギー性炎症に関連するサイトカイン発現が有意に低減することを示すグラフである。図１５Ａ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−１３の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。図１５Ｂ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−４の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。図１５Ｃ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−１０の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。
【図１５Ｂ】図１５Ａ〜１５Ｃは、気道アレルギー感作のマウスモデルにおいて、マウスに代謝的に活性なＴＣを経口補給することによりアレルギー性炎症に関連するサイトカイン発現が有意に低減することを示すグラフである。図１５Ａ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−１３の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。図１５Ｂ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−４の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。図１５Ｃ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−１０の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。
【図１５Ｃ】図１５Ａ〜１５Ｃは、気道アレルギー感作のマウスモデルにおいて、マウスに代謝的に活性なＴＣを経口補給することによりアレルギー性炎症に関連するサイトカイン発現が有意に低減することを示すグラフである。図１５Ａ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−１３の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。図１５Ｂ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−４の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。図１５Ｃ：ＴＣで処置し、ＣＲＡで攻撃した動物における、ＰＢＳによる処置およびＣＲＡによる攻撃と比較したＩＬ−１０の発現の相対変化の有意な減少を実証する箱ひげ図。
【００４０】
【図１６ＡＢ】図１６Ａ〜１６Ｆは、マウスへのＴＣの経口補給により、気道アレルギー感作のマウスモデルにおける修復マクロファージエフェクター表現型がもたらされることを示すグラフである。ＣＲＡ＋ＴＣで処置したマウスでは、ＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉマクロファージが（図１６Ａ）腸間膜リンパ節、（図１６Ｂ）脾臓、および（図１６Ｃ）肺において、ＣＲＡ＋ＰＢＳで処置した動物と比較して非リンパ球集団のより大きな百分率を形成する。ＣＲＡ＋ＴＣで処置した動物およびＣＲＡ＋ＰＢＳで処置した動物は、（図１６Ｄ）腸間膜リンパ節および（図１６Ｅ）脾臓のどちらにおいても非リンパ球集団においてＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉＣＤ２０６＋（Ｍ２）マクロファージの同様の百分率を示す。図１６Ｆ：肺では、ＣＲＡ＋ＴＣで処置した動物は、ＣＲＡ＋ＰＢＳで処置したマウスと比較して非リンパ球集団におけるＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉＣＤ２０６＋（Ｍ２）マクロファージの百分率の上昇を示す。
【図１６ＣＤ】図１６Ａ〜１６Ｆは、マウスへのＴＣの経口補給により、気道アレルギー感作のマウスモデルにおける修復マクロファージエフェクター表現型がもたらされることを示すグラフである。ＣＲＡ＋ＴＣで処置したマウスでは、ＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉマクロファージが（図１６Ａ）腸間膜リンパ節、（図１６Ｂ）脾臓、および（図１６Ｃ）肺において、ＣＲＡ＋ＰＢＳで処置した動物と比較して非リンパ球集団のより大きな百分率を形成する。ＣＲＡ＋ＴＣで処置した動物およびＣＲＡ＋ＰＢＳで処置した動物は、（図１６Ｄ）腸間膜リンパ節および（図１６Ｅ）脾臓のどちらにおいても非リンパ球集団においてＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉＣＤ２０６＋（Ｍ２）マクロファージの同様の百分率を示す。図１６Ｆ：肺では、ＣＲＡ＋ＴＣで処置した動物は、ＣＲＡ＋ＰＢＳで処置したマウスと比較して非リンパ球集団におけるＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉＣＤ２０６＋（Ｍ２）マクロファージの百分率の上昇を示す。
【図１６ＥＦ】図１６Ａ〜１６Ｆは、マウスへのＴＣの経口補給により、気道アレルギー感作のマウスモデルにおける修復マクロファージエフェクター表現型がもたらされることを示すグラフである。ＣＲＡ＋ＴＣで処置したマウスでは、ＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉマクロファージが（図１６Ａ）腸間膜リンパ節、（図１６Ｂ）脾臓、および（図１６Ｃ）肺において、ＣＲＡ＋ＰＢＳで処置した動物と比較して非リンパ球集団のより大きな百分率を形成する。ＣＲＡ＋ＴＣで処置した動物およびＣＲＡ＋ＰＢＳで処置した動物は、（図１６Ｄ）腸間膜リンパ節および（図１６Ｅ）脾臓のどちらにおいても非リンパ球集団においてＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉＣＤ２０６＋（Ｍ２）マクロファージの同様の百分率を示す。図１６Ｆ：肺では、ＣＲＡ＋ＴＣで処置した動物は、ＣＲＡ＋ＰＢＳで処置したマウスと比較して非リンパ球集団におけるＣＤ１１ｂｈｉＦ４／８０ｈｉＣＤ２０６＋（Ｍ２）マクロファージの百分率の上昇を示す。
【００４１】
【図１７】図１７は、気道アレルギー感作試験のマウスモデルにおいて利用した処置群を示す表である。
【００４２】
【図１８ＡＢ】図１８Ａ〜１８Ｃは、マウスへの治療用共同体（ＴＣ）の経口補給後の腸管腔における代謝的再プログラミングにより、多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）が富化されている特殊化された脂質、プラズマローゲンの濃度の上昇が促進される。ＰＵＦＡは小児期のアレルギーおよび喘息に関して低リスクの新生児の糞便中で増加する。図１８Ａ：ＴＣを用いた処置後に濃度が低下した炭水化物化合物。図１８Ｂ：ＴＣを用いた処置後に濃度が低下したエネルギー化合物。図１８Ｃ：ＴＣを用いた処置後に濃度が低下した脂質化合物（ＰＵＦＡ、長鎖脂肪酸、アシル−グリセロール、および分枝脂肪酸）および濃度が上昇した脂質化合物（リン脂質およびプラズマローゲン）。
【図１８Ｃ】図１８Ａ〜１８Ｃは、マウスへの治療用共同体（ＴＣ）の経口補給後の腸管腔における代謝的再プログラミングにより、多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）が富化されている特殊化された脂質、プラズマローゲンの濃度の上昇が促進される。ＰＵＦＡは小児期のアレルギーおよび喘息に関して低リスクの新生児の糞便中で増加する。図１８Ａ：ＴＣを用いた処置後に濃度が低下した炭水化物化合物。図１８Ｂ：ＴＣを用いた処置後に濃度が低下したエネルギー化合物。図１８Ｃ：ＴＣを用いた処置後に濃度が低下した脂質化合物（ＰＵＦＡ、長鎖脂肪酸、アシル−グリセロール、および分枝脂肪酸）および濃度が上昇した脂質化合物（リン脂質およびプラズマローゲン）。
【００４３】
【図１９】図１９は、細菌および真菌α−多様性およびβ−多様性が糞便試料採取のときの参加者年齢に関連することを示すグラフである。細菌および真菌α−多様性は逆相関する（シャノン指数；ｎ＝１８８；ピアソン相関、ｒ２＝−０．２４；Ｐ＜０．００１）。
【００４４】
【図２０Ａ】図２０Ａ〜２０Ｂは、新生児において存在する組成的に別個の年齢に依存しないＮＧＭの状態が真菌分類学において有意差を示し、また、２歳時のアトピーのＲＲに関連することを示すグラフである。図２０Ａ：ＮＧＭ参加者の年齢は有意に異ならない（ｎ＝１３０；クラスカル・ワリス；Ｐ＝０．２５６）。箱ひげ図は２５および７５パーセンタイルによって定義される。中心線は中央値（５０パーセンタイル）を表す。ひげは、それぞれ７５パーセンタイルプラス四分位範囲（ＩＱＲ、７５−２５パーセンタイル）の１．５倍および２５パーセンタイルマイナス四分位範囲（ＩＱＲ、７５−２５パーセンタイル）の１．５倍と定義される。図２０Ｂ：２歳時に測定されたアレルゲン特異的血清ＩｇＥ濃度の合計（ｎ＝１３０）は、ＮＧＭ３ではＮＧＭ１参加者と比較して有意に高い（ウエルチｔ検定；Ｐ＝０．０３４）。箱ひげ図は図２０Ａにおいて定義されている通り構築される。
【図２０Ｂ】図２０Ａ〜２０Ｂは、新生児において存在する組成的に別個の年齢に依存しないＮＧＭの状態が真菌分類学において有意差を示し、また、２歳時のアトピーのＲＲに関連することを示すグラフである。図２０Ａ：ＮＧＭ参加者の年齢は有意に異ならない（ｎ＝１３０；クラスカル・ワリス；Ｐ＝０．２５６）。箱ひげ図は２５および７５パーセンタイルによって定義される。中心線は中央値（５０パーセンタイル）を表す。ひげは、それぞれ７５パーセンタイルプラス四分位範囲（ＩＱＲ、７５−２５パーセンタイル）の１．５倍および２５パーセンタイルマイナス四分位範囲（ＩＱＲ、７５−２５パーセンタイル）の１．５倍と定義される。図２０Ｂ：２歳時に測定されたアレルゲン特異的血清ＩｇＥ濃度の合計（ｎ＝１３０）は、ＮＧＭ３ではＮＧＭ１参加者と比較して有意に高い（ウエルチｔ検定；Ｐ＝０．０３４）。箱ひげ図は図２０Ａにおいて定義されている通り構築される。
【００４５】
【図２１】図２１は、ＮＧＭが有意に異なる２歳時のＰＭアトピー発生のＲＲおよび４歳時の医師により診断された喘息の親による報告のＲＲを示すことを示すグラフである。微生物叢の状態間のリスク比の有意性を対数二項回帰に基づいて算出した。
【００４６】
【図２２ＡＢ】図２２Ａ〜２２Ｆは、ＮＧＭ３参加者由来の滅菌糞便水分により、アトピー性喘息に関連するＣＤ４＋細胞集団の機能障害が誘導されることを示すグラフである。２名の健康な成体ドナー（生物学的反復実験）の血清由来の樹状細胞および自己精製したナイーブＣＤ４＋細胞を、ＮＧＭ１参加者（ｎ＝７；試料当たり３つの生物学的反復実験）またはＮＧＭ３参加者（ｎ＝５；試料当たり３つの生物学的反復実験）由来の滅菌糞便水分と一緒にインキュベートした。図２２Ａおよび２２Ｂ：ＮＧＭ３参加者由来の糞便水分により、ＣＤ４＋ＩＬ−４＋細胞（ＬＭＥ、Ｐ＜０．００１；中心線は平均値を表す）（図２２Ａ）およびＩＬ−４の発現（ＬＭＥ；Ｐ＝０．０４５）（図２２Ｂ）の割合の有意な増加が誘導された。図２２Ｃ：ＮＧＭ１およびＮＧＭ３参加者の両方に由来する糞便水分によりＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋細胞（ＬＭＥ；ＮＧＭ１についてＰ＜０．００１およびＮＧＭ３についてＰ＝０．０１７）割合の対照と比較した有意な増加が誘導された。図２２Ｄ：重み付け相関ネットワーク分析により、ＮＧＭ３参加者とＮＧＭ２参加者およびＮＧＭ１参加者を区別する代謝モジュールが同定された（ｎ＝２８；ＡＮＯＶＡ；Ｐ＝０．０３８）。箱ひげ図により２５および７５パーセンタイルが定義される；中央値が中心線によって表される。ＩＱＲ（７５−２５パーセンタイル）がひげによって表される。図２２Ｅ：ＮＧＭ３を識別する代謝モジュールにおける１２種の代謝産物のモジュールメンバーシップ（ＭＭ）に対する代謝産物有意性の散布図。代謝産物有意性の値がより高い代謝産物によりＮＧＭ３が他のＮＧＭから識別される。破線（ＮＧＭ間差異についての全体的なｐ値を表す）の上にプロットされた代謝産物はＮＧＭ分化に有意に関連し（Ｐ＜０．０５）、ＮＧＭ３では他のＮＧＭと比較してより高い濃度で検出された。ＭＭ値はモジュールにおける特定の代謝産物と他の代謝産物の相互関連性の程度を示す（ＭＭ値が高いほど相互関連性が大きいことが示される）。図２２Ｆ：図２２Ａ〜２２Ｃで実施したものと同じｅｘ  ｖｉｖｏアッセイを使用したところ、１２，１３−ＤｉＨＯＭＥにより、３つの異なる濃度で、ビヒクル対照と比較してＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋細胞の割合が有意に低減した（ＬＭＥ；７５、１３０および２００μＭの濃度についてそれぞれＰ＝０．０４、Ｐ＜０．００１、Ｐ＝０．００１；中心線は細胞の平均割合を表す）。
【図２２ＣＤ】同上
【図２２ＥＦ】同上
【００４７】
【図２３】図２３は、ディリクレ多項式混合モデルにより、３種の組成的に別個の細菌ＮＧＭが最良のモデルフィットとして同定されることを示すグラフである。モデルフィットは、より低い値がより良いモデルフィットを示す負の対数モデルに対するラプラス近似に基づくものであった。
【００４８】
【図２４】図２４は、ＮＧＭ３参加者由来の滅菌糞便水分によりＣＤ４＋ＩＬ−４＋細胞歪みが誘導されることを示すグラフである。２つの健康な成体ドナー（生物学的反復実験）の血清由来の樹状細胞を、ＮＧＭ１参加者（ｎ＝７；試料当たり３つの生物学的反復実験）またはＮＧＭ３参加者（ｎ＝５；試料当たり３つの生物学的反復実験）由来の滅菌糞便水分と一緒にインキュベートした後、自己精製したナイーブＣＤ４＋細胞と共インキュベートした。ＮＧＭ３糞便水分によりＮＧＭ１と比較してＣＤ４＋ＩＬ−４＋細胞歪みへの傾向が誘導される（ＬＭＥ；Ｐ＝０．０９５）。
【００４９】
【図２５】図２５は、ｅｘ  ｖｉｖｏアッセイに使用したＮＧＭ３試料サブセットにおいてジヒドロキシ脂肪酸１２，１３−ＤｉＨＯＭＥの濃度が有意に上昇することの確認を示すグラフである。ｅｘ  ｖｉｖｏ  ＤＣ−Ｔ細胞アッセイにおいて使用した試料のサブセットを使用し、代謝産物計測強度データに基づいて、ＮＧＭ３試料（ｎ＝７）ではＮＧＭ１試料（ｎ＝５）と比較して１２，１３−ＤｉＨＯＭＥの相対濃度が有意に上昇する（ウエルチのｔ検定；Ｐ＝０．０３３）。
【００５０】
【図２６】図２６は、本研究の参加者のＰＭアトピーの状態を決定するために使用したアレルゲンを示す表である。それぞれについてアレルゲン特異的ＩｇＥの平均値および中央値（ＩＵ  ｍｌ−１）が提示されている。
【００５１】
【図２７】図２７は、アトピーの発生または喘息の医師の診断の親による報告を有することについてのＩＧＭのリスク比（乳児＞６カ月齢）を示す表である。リスク比を対数二項回帰に基づいて算出した。
【００５２】
【図２８】図２８は、低リスクＮＧＭ１において高リスクＮＧＭ３新生児の腸内微生物叢に対して相対的存在量の有意な増加を示す真菌分類群の表である。相対的存在量の有意差を、ゼロ過剰負の二項回帰モデルを使用して決定した（ｑ＜０．２０）。背景が白色のものはＮＧＭ１において富化された（ＮＧＭ３と比較して）分類群を示し、背景が灰色のものは、ＮＧＭ３において富化された（ＮＧＭ１と比較して）分類群を示す。所見が相対的存在量の差異によって順位づけられている（ＮＧＭ１〜ＮＧＭ３）。
【００５３】
【図２９】図２９は、低リスクＮＧＭ２において高リスクＮＧＭ３新生児の腸内微生物叢に対して相対的存在量の有意な増加を示す真菌分類群の表である。相対的存在量の有意差を、ゼロ過剰負の二項回帰モデルを使用して決定した（ｑ＜０．２０）。背景が白色のものはＮＧＭ２において富化された（ＮＧＭ３と比較して）分類群を示し、背景が灰色のものは、ＮＧＭ３において富化された（ＮＧＭ２と比較して）分類群を示す。所見が相対的存在量の差異によって順位づけられている（ＮＧＭ２〜ＮＧＭ３）。
【００５４】
【図３０】図３０は、１６Ｓ  ｒＲＮＡに基づくβ−多様性、ＰＩＣＲＵＳｔおよびメタボロミックデータセットのプロクラステス分析を示す表である。プロクラステス分析の結果から、細菌のβ−多様性、ＰＩＣＲＵＳｔおよびメタボロミックデータが高度にかつ有意に相関することが示される。
【００５５】
【図３１Ａ】図３１Ａ〜３１Ｃは、健康な糞便中微生物叢（ｎ＝１３）とＵＣに関連する糞便中微生物叢（ｎ＝３０）の比較を示すグラフである。図３１Ａ：細菌多様性。横棒は、平均±標準偏差を表す。Ｐ値は両側スチューデントｔ検定によって得た。図３１Ｂ：ペアワイズ重み付けＵｎｉＦｒａｃ距離の非計量多次元尺度構成法（ＮＭＤＳ）によって表される細菌群集組成。図３１Ｅ：ペアワイズ重み付けＵｎｉＦｒａｃ距離のＮＭＤＳによって表される、民族性によって層別化されるＵＣ患者（１８名のＥＵ  ＵＣ、１２名のＳＡ  ＵＣ）の細菌群集組成。図３１Ｂおよび図３１Ｅでは、破線の楕円はそれぞれ、ｏｒｄｉｅｌｌｉｐｓｅによって算出される各層別化群の重心についての９５％信頼区間を表す。
【図３１ＢＣ】図３１Ａ〜３１Ｃは、健康な糞便中微生物叢（ｎ＝１３）とＵＣに関連する糞便中微生物叢（ｎ＝３０）の比較を示すグラフである。図３１Ａ：細菌多様性。横棒は、平均±標準偏差を表す。Ｐ値は両側スチューデントｔ検定によって得た。図３１Ｂ：ペアワイズ重み付けＵｎｉＦｒａｃ距離の非計量多次元尺度構成法（ＮＭＤＳ）によって表される細菌群集組成。図３１Ｅ：ペアワイズ重み付けＵｎｉＦｒａｃ距離のＮＭＤＳによって表される、民族性によって層別化されるＵＣ患者（１８名のＥＵ  ＵＣ、１２名のＳＡ  ＵＣ）の細菌群集組成。図３１Ｂおよび図３１Ｅでは、破線の楕円はそれぞれ、ｏｒｄｉｅｌｌｉｐｓｅによって算出される各層別化群の重心についての９５％信頼区間を表す。
【００５６】
【図３２ＡＢ】図３２Ａ〜３２Ｄは、ＵＣ  ＭＣＳ（ＭＣＳ１、１１名、ＭＣＳ２、８名、ＭＣＳ３、４名、ＭＣＳ４、３名）の間でのＵＣ重症度の臨床的測定値を示すグラフである。図３２Ａ：簡易臨床大腸炎活動性（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｏｌｉｔｉｓ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ）。図３２Ｂ：結腸外症状の数。図３２Ｃ：ＩＢＤと診断された家族員の数。図３２Ｄ：疾患の持続時間。全てのペアワイズ比較を、両側ダン検定を用いて行った。Ｐ値＜０．１のみが示されている。ＥＵ  ＵＣ、四角；ＳＡ  ＵＣ、丸。
【図３２ＣＤ】図３２Ａ〜３２Ｄは、ＵＣ  ＭＣＳ（ＭＣＳ１、１１名、ＭＣＳ２、８名、ＭＣＳ３、４名、ＭＣＳ４、３名）の間でのＵＣ重症度の臨床的測定値を示すグラフである。図３２Ａ：簡易臨床大腸炎活動性（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｏｌｉｔｉｓ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ）。図３２Ｂ：結腸外症状の数。図３２Ｃ：ＩＢＤと診断された家族員の数。図３２Ｄ：疾患の持続時間。全てのペアワイズ比較を、両側ダン検定を用いて行った。Ｐ値＜０．１のみが示されている。ＥＵ  ＵＣ、四角；ＳＡ  ＵＣ、丸。
【００５７】
【図３３ＡＢ】図３３Ａ〜３３Ｋは、滅菌糞便水分と共インキュベートした自己ＤＣとの共培養後のｉｎ  ｖｉｔｒｏヒトＴ細胞活性を示すグラフである。図３３Ａ：Ｔｈ１対Ｔｈ２比；図３３Ｂ：Ｔｈ１発生頻度；図３３Ｃ：Ｔｈ２発生頻度；図３３Ｄ：Ｔｈ１７発生頻度；ｅ、制御性Ｔ細胞の発生頻度（健康４８名、ＵＣ１１６名）。健康およびＵＣ  ＭＣＳのＴｈ１発生頻度（図３３Ｆ）、Ｔｈ２発生頻度（図３３Ｇ）、およびＴｈ１対Ｔｈ２比（図３３Ｈ）の比較が示されている（健康４８名、ＭＣＳ１、４８名、ＭＣＳ２、４０名、ＭＣＳ３、１６名、およびＭＣＳ４、８名）。ヒトＴ細胞を、健康な参加者ならびにＭＣＳ１およびＭＣＳ２患者由来の滅菌糞便水分で攻撃した自己ＤＣと共培養した後の、細胞上清中のＩＬ−４の濃度（図３３Ｉ）、ＩＬ−５の濃度（図３３Ｊ）、およびＩＬ−１３の濃度（図３３Ｋ）が示されている（健康な参加者４８名、ＭＣＳ１患者４８名、およびＭＣＳ２患者４０名）。データは、匿名のＰＢＭＣドナー２名から得たＤＣ／Ｔ細胞を用いた４回の反復実験（図３３Ａ〜３３Ｈ）または２回の反復実験（図３３Ｉ〜３３Ｋ）から生成した。横棒（各群についての平均フィット値）およびＰ値は線形混合効果モデリングによって決定した（材料および方法を参照されたい）。Ｐ値＜０．１が示されている。
【図３３ＣＤ】同上
【図３３ＥＦ】同上
【図３３ＧＨ】同上
【図３３ＩＪ】同上
【図３３Ｋ】同上
【００５８】
【図３４Ａ】図３４Ａ〜３４Ｈは、健康な糞便中真菌微生物叢（ｎ＝１３）とＵＣに関連する糞便中真菌微生物叢（ｎ＝３０）の比較を示すグラフである。図３４Ａ：健康状態によって層別化した真菌α多様性。図３４Ｂ：ペアワイズブレイ・カーチス距離のＮＭＤＳによって表される真菌群集組成。参加者が健康状態によって色付けされている。細菌のα多様性図３４Ｃおよび真菌のα多様性図３４Ｄは健康状態および民族性によって層別化された（健康なＥＵ、１０名、健康なＳＡ、３名、ＵＣ  ＥＵ、１８名、ＵＣ  ＳＡ、１２名）。図３４Ｅ：民族性によって層別化したＵＣ患者の簡易臨床大腸炎活動性（ＥＵ  ＵＣ、１４名、ＳＡ  ＵＣ、１２名）。Ｐ値は両側順位和検定によって得た。図３４Ｆ：ペアワイズ重み付けＵｎｉＦｒａｃ距離のＮＭＤＳによって表される、民族性によって層別化した全ての参加者（ＥＵ、２８名、ＳＡ、１５名）の細菌群集組成。図３４Ｇ：ペアワイズブレイ・カーチス距離のＮＭＤＳによって表される、民族性によって層別化した全ての参加者（ＥＵ、２８名、ＳＡ、１５名）の真菌群集組成。図３４Ｈ：ペアワイズキャンベラ距離のＮＭＤＳによって表される、民族性によって層別化したＵＣ患者（ＥＵ  ＵＣ、１５名、ＳＡ  ＵＣ、１１名）のＰｈｙｌｏＣｈｉｐによりプロファイリングされた細菌群集組成。パネルａ、ｃ、およびｄでは、横棒は、平均±標準偏差を表す。Ｐ値は両側ｔ検定によって得た。図３４Ｂおよび図３４Ｆ〜３４Ｈでは、破線の楕円はそれぞれ、ｏｒｄｉｅｌｌｉｐｓｅによって算出された各参加者層別化群の重心についての９５％信頼区間を表す。各ドット／四角は、単一のドナーから得た単一の糞便試料を表す。
【図３４ＢＣ】同上
【図３４ＤＥ】同上
【図３４ＦＧ】同上
【図３４Ｈ】同上
【００５９】
【図３５】図３５Ａ〜３５Ｂは、ＵＣ  ＭＣＳによって層別化したＵＣ患者の細菌群集組成を示すグラフである。図３５Ａ：Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑによって得た１６Ｓ  ｒＲＮＡプロファイルについてのペアワイズ重み付けＵｎｉＦｒａｃ距離のＮＭＤＳ（ＭＣＳ１、１２名、ＭＣＳ２、１０名、ＭＣＳ３、４名、ＭＣＳ４、３名、その他、１名）。図３５Ｂ：ＰｈｙｌｏＣｈｉｐによって得た１６Ｓ  ｒＲＮＡプロファイルについてのペアワイズキャンベラ距離のＮＭＤＳ（ＭＣＳ１、１０名、ＭＣＳ２、８名、ＭＣＳ３、４名、ＭＣＳ４、２名、その他、１名）。破線の楕円はそれぞれ、ｏｒｄｉｅｌｌｉｐｓｅによって算出された各参加者層別化群の重心についての９５％信頼区間を表す。各ドット／四角は、単一のドナーから得た単一の糞便試料を表す。
【００６０】
【図３６】図３６は、滅菌糞便水分と共インキュベートした自己ＤＣとの共培養後のｉｎ  ｖｉｔｒｏヒトＴ細胞活性を示すグラフである。ＥＵ  ＵＣ患者（ｎ＝）およびＳＡ  ＵＣ患者の誘導されたＴｈ１対Ｔｈ２比を比較する。データは、匿名のＰＢＭＣドナー２名から得たＤＣ／Ｔ細胞を用いた４回の反復実験から生成した。横棒（各群についての平均フィット値）およびＰ値は線形混合効果モデリングによって決定した。
【００６１】
【図３７】図３７は、試験参加者コホートの内訳を示す表である。注釈：ＳＡ−ＵＣ参加者の１名については性別の報告ができなかった。
【００６２】
【図３８】図３８は、Ｍｅｔａｂｏｌｏｎ  ＱＣ試料について説明の表である。
【００６３】
【図３９】図３９は、Ｍｅｔａｂｏｌｏｎ  ＱＣ標準物質を示す表である。
【発明を実施するための形態】
【００６４】
Ｉ．定義
本明細書には本発明の種々の実施形態および態様が示され説明されているが、そのような実施形態および態様は単に例として提示されていることが当業者には明白である。当業者は、本発明から逸脱することなく多数の変形、変化および置換をすぐに思いつく。本明細書に記載の発明の実施形態に対する種々の代替を本発明の実施において使用することができることが理解されるべきである。
【００６５】
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成目的のものであり、記載の主題を限定するものとは解釈されない。限定することなく、特許、特許出願、論文、書籍、マニュアル、および専門書を含めた、本出願において引用されている全ての文書または文書の一部は、これによりあらゆる目的に関してそれらの全体が明白に参照により組み込まれる。
【００６６】
別段の定義がない限り、本明細書で使用される技術的用語および科学的用語は、当業者に一般に理解されるものと同じ意味を有する。例えば、Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎら、ＤＩＣＴＩＯＮＡＲＹ  ＯＦ  ＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、第２版、Ｊ．  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ  １９９４年）；Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ、Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ  １９８９年）を参照されたい。本明細書に記載のものと同様または同等である任意の方法、デバイスおよび材料を本発明の実施において使用することができる。以下の定義は、本明細書において頻繁に使用される特定の用語の理解を容易にするために提示するものであり、本開示の範囲を限定するものではない。
【００６７】
「外因性」という用語は、外部の所与の細胞または生物体を起源とする分子または物質（例えば、化合物、核酸またはタンパク質）を指す。例えば、「外因性プロモーター」は、本明細書で言及される場合、それを発現する植物体を起源とするものではないプロモーターである。逆に、「内因性」または「内因性プロモーター」という用語は、所与の細胞または生物体に対してネイティブである、またはその中で生じた分子または物質を指す。
【００６８】
「単離された」という用語は、核酸またはタンパク質に適用される場合、核酸またはタンパク質が天然の状態では付随する他の細胞構成成分を本質的に含まないことを示す。これは、例えば、均一な状態であり得、また、乾燥していてもよく水溶液であってもよい。純度および均一性は、一般には、ポリアクリルアミドゲル電気泳動または高速液体クロマトグラフィーなどの分析化学技法を使用して決定される。調製物中に存在する優勢な種であるタンパク質は、実質的に精製されている。
【００６９】
「単離された」という用語は、細菌に適用される場合、（１）最初に産生された（自然においてか実験の場においてかにかかわらず）ときにそれが付随していた構成成分の少なくとも一部から分離され、かつ／または（２）人間の手によって、例えば、（これらに限定されないが）、プレート上および／もしくは発酵槽内での培養などの人工的な培養条件を使用して産生、調製、精製、および／もしくは製造された細菌を指す。単離された細菌は、培養されている細菌を、そのような培養が単一培養でないとしても、含む。単離された細菌は、それらが最初に付随していた他の構成成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、またはそれよりも多くから分離されたものであり得る。複数の実施形態では、単離された細菌は、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超純粋である。複数の実施形態では、本明細書で提示される細菌集団は単離された細菌を含む。複数の実施形態では、本明細書で提示される組成物は単離された細菌を含む。複数の実施形態では、投与される細菌は単離された細菌である。
【００７０】
本明細書で使用される場合、物質は、他の構成成分を実質的に含まなければ、「純粋」である。「精製する（ｐｕｒｉｆｙ）」、「精製すること（ｐｕｒｉｆｙｉｎｇ）」および「精製された（ｐｕｒｉｆｉｅｄ）」という用語は、細菌に適用される場合、最初に産生されたもしくは発生した（例えば、自然においてか実験の場においてかにかかわらず）とき、またはそれが最初に産生された後の任意の時間にそれが付随していた構成成分の少なくとも一部から分離された細菌を指す。細菌または細菌集団は、産生されたときもしくはその後に、例えば、細菌もしくは細菌集団を含有する材料もしくは環境から、または培養の継代によって単離されている場合、精製されたものであるとみなすことができ、精製された細菌または細菌集団は、他の材料を最大で約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、または約９０％よりも多く含有してよく、それでもなお「単離された」とみなされ得る。一部の実施形態では、精製された細菌および細菌集団は、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超純粋である。本明細書で提示される微生物組成物の場合では、組成物中に存在する１つまたは複数の細菌型（種または株）を、その細菌型を含有する材料または環境において産生および／または存在する１つまたは複数の他の細菌から独立に精製することができる。微生物組成物およびその細菌構成成分は、一般に、残留する生息地の産物から精製される。
【００７１】
「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という用語は、本明細書では互換的に使用され、アミノ酸残基のポリマーを指し、ここで、ポリマーは、複数の実施形態では、アミノ酸からなるものではない部分とコンジュゲートし得る。これらの用語は、１つまたは複数のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工的な化学的模倣物であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然に存在するアミノ酸ポリマーおよび天然に存在しないアミノ酸ポリマーに当てはまる。「融合タンパク質」は、組換えにより単一の部分として発現される２つまたはそれよりも多くの別々のタンパク質配列をコードするキメラタンパク質を指す。
【００７２】
「ペプチジル」および「ペプチジル部分」という用語は、一価ペプチドを意味する。
【００７３】
「アミノ酸」という用語は、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と同様の方法で機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣物を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝暗号によりコードされるアミノ酸、ならびに後で修飾されたアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、およびＯ−ホスホセリンである。アミノ酸類似体は、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基と結合したα炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸模倣物は、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と同様の方法で機能する化学化合物を指す。「天然に存在しないアミノ酸」および「非天然アミノ酸」という用語は、天然には見いだされないアミノ酸類似体、合成アミノ酸、およびアミノ酸模倣物を指す。
【００７４】
アミノ酸は、本明細書では、それらの一般に公知の３文字記号によって、またはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎにより推奨されている１文字記号によってのいずれかで参照することができる。同様に、ヌクレオチドは、それらの一般に認められている１文字コードで参照することができる。
【００７５】
「保存的に改変されたバリアント」は、アミノ酸配列と核酸配列の両方に当てはまる。特定の核酸配列に関して、「保存的に改変されたバリアント」とは、同一のまたは本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸を指す。遺伝暗号の縮重が原因で、いくつかの核酸配列が任意の所与のタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧおよびＧＣＵは全てアミノ酸アラニンをコードする。したがって、コドンによりアラニンが指定されるあらゆる位置において、コードされるポリペプチドを変化させることなくコドンを記載されている対応するコドンのいずれかに変更することができる。そのような核酸バリエーションは、保存的に改変されたバリエーションの１つの種である「サイレントバリエーション」である。ポリペプチドをコードする本明細書のあらゆる核酸配列は、核酸のあらゆる可能性のあるサイレントバリエーションも記載する。核酸の各コドン（普通はメチオニンに対する唯一のコドンであるＡＵＧ、および普通はトリプトファンに対する唯一のコドンであるＴＧＧ以外）を改変して、機能的に同一の分子を得ることができることが当業者には認識されよう。したがって、記載されている各配列にはポリペプチドをコードする核酸の各サイレントバリエーションが暗に含まれる。
【００７６】
アミノ酸配列に関しては、コードされる配列内の単一のアミノ酸または小さな百分率のアミノ酸を変化させる、付加するまたは欠失させる核酸、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質配列に対する個々の置換、欠失または付加は、変化の結果、アミノ酸が化学的に同様のアミノ酸で置換される「保存的に改変されたバリアント」であることが当業者には認識されよう。機能的に同様のアミノ酸が提示された保存的置換表は、当技術分野で周知である。そのような保存的に改変されたバリアントは、本発明の多型バリアント、種間ホモログ、および対立遺伝子に対して追加的なものであり、また、これらを排除しない。
【００７７】
以下の８群はそれぞれ互いと保存的置換であるアミノ酸を含有する：
１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；
２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；
３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；
４）アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）；
５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；
６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；
７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；および
８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）
（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４年）を参照されたい）。
【００７８】
「同一の」またはパーセント「同一性」という用語は、２つまたはそれよりも多くの核酸配列またはポリペプチド配列に関しては、ＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２．０配列比較アルゴリズムを使用して下記のデフォルトパラメータを用いて、または手動によるアラインメントおよび目視検査によって測定して（例えば、ＮＣＢＩウェブサイトｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／などを参照されたい）、同じであるまたは指定の百分率の同じであるアミノ酸残基もしくはヌクレオチドを有する（すなわち、比較ウインドウまたは指定の領域にわたって最大の対応に関して比較およびアラインした場合に指定の領域にわたって約６０％の同一性、好ましくは６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれよりも高い同一性）、２つまたはそれよりも多くの配列または部分配列（ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅ）を指す。そうして、そのような配列は「実質的に同一」といわれる。この定義は、試験配列の相補物（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔ）も指すまたはそれにも適用することができる。この定義は、欠失および／または付加を有する配列、ならびに置換を有する配列も含む。下記の通り、好ましいアルゴリズムは、ギャップなどを説明することができる。同一性は少なくとも約２５アミノ酸もしくはヌクレオチドの長さの領域にわたって、またはより好ましくは５０〜１００アミノ酸もしくはヌクレオチドの長さの領域にわたって存在することが好ましい。
【００７９】
「標識」または「検出可能部分」は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、化学的、または他の物理的手段によって検出可能な組成物である。例えば、有用な標識として、３２Ｐ、蛍光色素（例えば、シアニン）、電子密度試薬（ｅｌｅｃｔｒｏｎ−ｄｅｎｓｅ  ｒｅａｇｅｎｔ）、酵素（例えば、ＥＬＩＳＡにおいて一般に使用される通り）、ビオチン、ジゴキシゲニン、もしくはハプテンおよびタンパク質、または、例えば、標的ペプチドに特異的に反応するペプチドもしくは抗体に放射標識を組み入れることによって検出可能にすることができる他の実体が挙げられる。抗体と標識をコンジュゲートするための当技術分野で公知の任意の適切な方法を使用することができ、例えば、Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、１９９６年、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｉｎｃ．、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏに記載されている方法を使用する。
【００８０】
「接触させること（ｃｏｎｔａｃｔｉｎｇ）」は、その単純な通常の意味に従って使用され、少なくとも２つの別個の種（例えば、生体分子を含む化学化合物および／または細菌細胞などの細胞）を、反応する、相互作用するまたは物理的に触れるのに十分に近位になるようにするプロセスを指す。しかし、得られる反応生成物は、添加された試薬間の反応から、または、反応混合物中で生じる可能性がある添加された試薬のうちの１つもしくは複数に由来する中間体から直接生成できることが理解されるべきである。
【００８１】
「接触させること（ｃｏｎｔａｃｔｉｎｇ）」という用語は、２つの種を反応させる、相互作用させる、または物理的に触れさせることを含み得、ここで、２つの種は、例えば、本明細書に記載の抗体ドメインおよび抗体結合性ドメインであってよい。複数の実施形態では、接触させることは、例えば、本明細書に記載の抗体ドメインを抗体結合性ドメインと相互作用させることを含む。
【００８２】
「患者」または「それを必要とする被験体」とは、示されている障害に罹患しているまたは罹患する可能性がある、動物界の生存しているメンバーを指す。複数の実施形態では、被験体は、疾患に天然に罹患している個体を含む種のメンバーである。複数の実施形態では、被験体は哺乳動物である。哺乳動物の非限定的な例としては、齧歯類（例えば、マウスおよびラット）、霊長類（例えば、キツネザル、ガラゴ、サル、類人猿、およびヒト）、ウサギ、イヌ（例えば、伴侶犬、介助犬、または、警察犬、軍用犬、競争犬、もしくは観賞犬などの使役犬）、ウマ（例えば、競走馬および使役馬）、ネコ（例えば、イエネコ）、家畜（例えば、ブタ、ウシ、ロバ、ラバ、バイソン、ヤギ、ラクダ、およびヒツジ）、ならびにシカが挙げられる。複数の実施形態では、被験体はヒトである。複数の実施形態では、被験体は、シチメンチョウ、アヒル、またはニワトリなどの非哺乳動物の動物である。複数の実施形態では、被験体は、本明細書で提示される組成物または医薬組成物を投与することによって処置することができる疾患または状態に罹患しているまたはかかりやすい生存している生物体である。
【００８３】
「疾患」または「状態」という用語は、本明細書で提示される化合物、医薬組成物、または方法を用いて処置できる患者または被験体の存在状態または健康状態を指す。複数の実施形態では、疾患は、炎症性疾患（例えば、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、または本明細書で言及されている任意の他の炎症性疾患）である。本明細書で使用される場合、疾患の「症状」は、疾患に関連するあらゆる臨床的または検査的顕在化を含み、被験体が感じるまたは気づき得るものに限定されない。
【００８４】
本明細書で使用される場合、「炎症性疾患」という用語は、異常な炎症（例えば、疾患に罹患していない健康な人などの対照と比較した炎症のレベルの上昇）を特徴とする疾患または状態を指す。炎症性疾患の非限定的な例として、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎が挙げられる。
【００８５】
本明細書で使用される場合、「ディスバイオシス」という用語は、健康または一般集団と比較した胃腸微生物叢の差異を意味する。複数の実施形態では、ディスバイオシスは、健康または一般集団と比較した胃腸微生物叢の共生種多様性の差異を含む。ある実施形態では、ディスバイオシスは、有益な微生物の減少および／またはパソビオント（病原性または潜在的に病原性である微生物）の増加および／または全体的な微生物叢の種の多様性の低下を含む。抗生物質の使用、心理学的および身体的ストレス、放射線、および食事の変化を含めた（しかしこれらに限定されない）多くの因子により腸の微生物叢の有益なメンバーが害され、それにより、ディスバイオシスがもたらされる可能性がある。ある実施形態では、ディスバイオシスは、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅなどの細菌日和見病原体の過成長を含むまたは促進する。ある実施形態では、ディスバイオシスは、健康な被験体と比較して（例えば、炎症性疾患、感染を有さない対応する被験体、および約１、２、３、４、５、もしくは６カ月以内に抗生物質を投与されていない対応する被験体、ならびに／または健康もしくは一般集団と比較して）ある種または属の細菌細胞または真菌細胞の量（絶対数または総微生物集団に対する割合）の低減（例えば、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれよりも大きな低減）を含む。ある実施形態では、ディスバイオシスは、健康な被験体と比較して（例えば、炎症性疾患、感染を有さない対応する被験体、および約１、２、３、４、５、もしくは６カ月以内に抗生物質を投与されていない対応する被験体、ならびに／または健康もしくは一般集団と比較して）ある種または属内の細菌細胞または真菌細胞の量（絶対数または総微生物集団に対する割合）の増大（例えば、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれよりも大きな増大）を含む。ある実施形態では、胃腸感染症、胃腸炎症、下痢、大腸炎を含む被験体、または約１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０週間以内に抗生物質を受けた被験体は、ディスバイオシスを含むと考えられる。ある実施形態では、損なわれた微生物叢は、小腸の細菌または真菌過成長を含む。抗生物質の投与（例えば、全身的に、例えば静脈内注射によって、または経口的に）は、正常な微生物叢の大きな変化の一般的かつ明らかな原因である。したがって、本明細書で使用される場合、「抗生物質により誘発されるディスバイオシス」という用語は、抗生物質の投与によって引き起こされるまたは抗生物質の投与に続くディスバイオシスを指す。
【００８６】
ディスバイオシスの非限定的な例は、本明細書に提示される例に記載されている。新生児に関連するディスバイオシスの非限定的な例は、その内容全体（全ての補足情報およびデータを含めて）が参照により本明細書に組み込まれるＦｕｊｉｍｕｒａら（２０１６年）「Ｎｅｏｎａｔａｌ  ｇｕｔ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ  ｗｉｔｈ  ｃｈｉｌｄｈｏｏｄ  ｍｕｌｔｉｓｅｎｓｉｔｉｚｅｄ  ａｔｏｐｙ  ａｎｄ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ」、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、２２巻（１０号）：１１８７〜１１９１頁（以降「Ｆｕｊｉｍｕｒａら、２０１６年」）にも記載されている。一部の実施形態では、ディスバイオシスを有する被験体は、Ｆｕｊｉｍｕｒａら、２０１６年に記載されているＮＧＭ３マイクロバイオームプロファイルを有する。潰瘍性大腸炎に関連するディスバイオシスの非限定的な例は、その内容全体（全ての補足情報およびデータを含めて）が参照により本明細書に組み込まれるＭａｒら（２０１６年）「Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｓｅｖｅｒｉｔｙ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  Ｒｅｌａｔｅ  ｔｏ  Ｄｉｓｔｉｎｃｔ  Ｉｎｔｅｒｋｉｎｇｄｏｍ  Ｇｕｔ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｓｔａｔｅｓ  ｉｎ  Ｅｔｈｎｉｃａｌｌｙ  Ｄｉｓｔｉｎｃｔ  Ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ  Ｃｏｌｉｔｉｓ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ」、ｍＢｉｏ７巻（４号）：ｅ０１０７２〜１６頁（以降「Ｍａｒら、２０１６年」）に記載されている。一部の実施形態では、ディスバイオシスを有する被験体は、Ｍａｒら、２０１６年に記載されているＭＣＳ４マイクロバイオームプロファイルを有する。一部の実施形態では、ディスバイオシスを有する被験体は、Ｍａｒら、２０１６年に記載されているＭＣＳ３マイクロバイオームプロファイルを有する。一部の実施形態では、ディスバイオシスを有する被験体は、Ｍａｒら、２０１６年に記載されているＭＣＳ２マイクロバイオームプロファイルを有する。一部の実施形態では、ディスバイオシスを有する被験体は、Ｍａｒら、２０１６年に記載されているＭＣＳ１マイクロバイオームプロファイルを有する。
【００８７】
疾患（例えば、アレルギー、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、または結節性紅斑）に関連する物質または物質の活性もしくは機能に関する、「関連する（ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ）」または「〜と関連する（ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ）」という用語は、疾患が物質または物質の活性もしくは機能によって引き起こされる（全体的にまたは部分的に）、あるいは疾患の症状が物質または物質の活性もしくは機能によって引き起こされる（全体的にまたは部分的に）ことを意味する。
【００８８】
「異常」という用語は、本明細書で使用される場合、正常とは異なることを指す。酵素活性を記載するために使用される場合、異常とは、正常対照または正常な非疾患対照試料の平均よりも高いまたはそれより低い活性を指す。異常な活性は、疾患をもたらす量の活性を指し得、ここで、異常な活性を正常な量または疾患に関連しない量に戻すこと（例えば、本明細書に記載の方法を使用することによって）により、疾患または１つもしくは複数の疾患症状の低減がもたらされる。
【００８９】
「対照」または「標準対照」とは、試験試料、測定値、または値と比較するための参照、通常は公知の参照である、参照としての機能を果たす試料、測定値、または値を指す。例えば、試験試料を、所与の疾患（例えば、ディスバイオシス、自己免疫疾患、炎症性自己免疫疾患、がん、感染性疾患、免疫疾患、または他の疾患）を有する疑いがある患者から取得し、公知の正常な（非疾患）個体（例えば、標準対照被験体）と比較することができる。標準対照はまた、所与の疾患を有さない同様の個体（例えば、標準対照被験体）、例えば、同様の医学的背景、同じ年齢、体重などを有する健康な個体の集団（すなわち、標準対照集団）から集めた平均測定値または値を示し得る。標準対照値はまた、同じ個体から、例えば、疾患が発症する前にその患者から以前に得た試料から得ることもできる。例えば、対照は、薬理学的データ（例えば、半減期）または治療的測定基準（例えば、副作用の比較）に基づいて治療的利益を比較するために考案することができる。対照は、データの有意性を決定するためにも有益である。例えば、所与のパラメータについての値が対照において広範に変動する場合には、試験試料における変動は有意とはみなされない。任意の数のパラメータ（例えば、マイクロバイオーム、ＲＮＡレベル、タンパク質レベル、特定の細胞型、特定の体液、特定の組織、滑膜細胞、滑液、滑膜組織、線維芽細胞様滑膜細胞、マクロファージ様滑膜細胞など）を評価するために標準対照を設計することができることが当業者には認識されよう。
【００９０】
当業者は、所与の状況においてどの標準対照が最も適切であるかを理解し、また、データを標準対照値との比較に基づいて解析することができよう。標準対照は、データの有意性（例えば、統計的有意性）を決定するためにも有益である。例えば、所与のパラメータについての値が標準対照において広範に変動する場合、試験試料における変動は有意とはみなされない。
【００９１】
「診断」という用語は、被験体において疾患（例えば、自己免疫疾患、炎症性自己免疫疾患、がん疾患、感染性疾患、免疫疾患、または他の疾患）が存在する相対的確率を指す。同様に、「予後」という用語は、病態に関して被験体においてある特定の今後の転帰が生じ得る相対的確率を指す。例えば、本発明に関しては、予後は、個体が疾患（例えば、自己免疫疾患、炎症性自己免疫疾患、がん疾患、感染性疾患、免疫疾患、もしくは他の疾患）を発症する尤度、または疾患の可能性のある重症度（例えば、疾患の持続時間）を指し得る。用語は、医学診断の分野の当業者のいずれにも理解される通り、絶対的なものではない。
【００９２】
「生体試料」または「試料」とは、被験体もしくは患者から得られるまたは被験体もしくは患者に由来する材料を指す。生体試料は、組織学的目的のために取得された、生検試料および剖検試料などの組織の切片、ならびに凍結切片を含む。そのような試料としては、血液および血液画分または産物（例えば、血清、血漿、血小板、赤血球など）などの体液、糞便および糞便画分または産物（例えば、糞便水分、例えば、これに限定されないが、他の糞便構成成分および固体から遠心分離および濾過などの方法によって分離された糞便水分）、痰、組織、培養細胞（例えば、初代培養物、外植片、および形質転換された細胞）、便、尿、滑液、関節組織、滑膜組織、滑膜細胞、線維芽細胞様滑膜細胞、マクロファージ様滑膜細胞、免疫細胞、造血細胞、線維芽細胞、マクロファージ、樹状細胞、Ｔ細胞などが挙げられる。複数の実施形態では、試料は、真核生物、例えば哺乳動物、例えば、チンパンジーもしくはヒトなどの霊長類；ウシ；イヌ；ネコ；齧歯類、例えば、モルモット、ラット、マウス；ウサギ；または鳥類；爬虫類；または魚から得られる。
【００９３】
「細胞」とは、本明細書で使用される場合、そのゲノムＤＮＡを保存または複製するのに十分な代謝機能または他の機能を実行する細胞を指す。細胞は、例えば、インタクトな膜の存在、特定の染料による染色、後代を生じさせる能力、または、配偶子の場合では第２の配偶子と合体して生存可能な子孫を生じさせる能力を含めた、当技術分野において周知の方法によって同定することができる。細胞は、原核細胞および真核細胞を含み得る。原核細胞としては、これに限定されないが、細菌が挙げられる。真核細胞としては、これらに限定されないが、酵母細胞ならびに植物および動物に由来する細胞、例えば、哺乳動物、昆虫（例えば、ハスモンヨトウ（ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ））およびヒト細胞が挙げられる。細胞は、天然に非接着である場合、または表面に接着しないように、例えばトリプシン処理によって処理されている場合に有用であり得る。
【００９４】
本明細書で使用される場合、種に対する略語「ｓｐ．」は、示されている属の少なくとも１つの種（例えば、１、２、３、４、５、またはそれよりも多くの種）を意味する。種に対する略語「ｓｐｐ．」は、示されている属の２つまたはそれよりも多くの種（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれよりも多く）を意味する。複数の実施形態では、本明細書で提示される方法および組成物は、示されている属（単数もしくは複数）内の単一の種、または示されている属（単数もしくは複数）内の２つもしくはそれよりも多く（例えば、２つよりも多くを含む複数）の種を含む。複数の実施形態では、示されている種の（ｏｒ  ｔｈｅ  ｉｎｄｉｃａｔｅｄ  ｓｐｅｃｉｅｓ）１、２、３、４、５、もしくはそれよりも多くまたは全てを単離する。複数の実施形態では、示されている種を一緒に投与する。複数の実施形態では、示されている種のそれぞれは、種のそれぞれを含む単一の組成物中に存在する。複数の実施形態では、種のそれぞれを同時に、例えば、互いから約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、３０、または６０、１〜５、１〜１０、１〜３０、１〜６０、または５〜１５秒または互いから約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、３０、または６０、１〜５、１〜１０、１〜３０、１〜６０、または５〜１５分以内に投与する。
【００９５】
本開示では、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」および「有する（ｈａｖｉｎｇ）」などは、米国特許法に帰する意味を有し得、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」などを意味し得る。「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）または「本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」は、同様に、米国特許法に帰する意味を有し、また、この用語はオープンエンドであり、列挙されているものの基本的なまたは新規の特性が、列挙されているものより多くのものの存在によって変化しない限りは、列挙されているものより多くのものの存在が許容されるが、先行技術の実施形態は排除される。対照的に、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」という移行句では、指定されていない要素、ステップ、または成分はいかなるものも排除される。
【００９６】
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、数値または範囲に関しては、文脈からより限定された範囲が必要な場合を除き、列挙または特許請求されている数値または範囲の±１０％を意味する。
【００９７】
本明細書および特許請求の範囲における記載では、「のうちの少なくとも１つ（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎｅ  ｏｆ）」または「のうちの１つまたはそれより多く（ｏｎｅ  ｏｒ  ｍｏｒｅ  ｏｆ）」などの句が存在し得、要素または特徴の接続語一覧が後に続く。「および／または」という用語も２つまたはそれよりも多くの要素または特徴の一覧に存在し得る。別段それが使用されている文脈と暗にまたは明確に矛盾する場合を除き、そのような句は、列挙されている要素もしくは特徴のいずれかを個別に、または列挙されている要素もしくは特徴のいずれかを他の列挙されている要素もしくは特徴のいずれかと組み合わせて意味するものとする。例えば、「ＡおよびＢのうちの少なくとも１つ」；「ＡおよびＢのうちの１つまたはそれより多く」；ならびに「Ａおよび／またはＢ」という句は、それぞれ、「Ａのみ、Ｂのみ、またはＡとＢ共に」を意味するものとする。３つまたはそれよりも多くの項目を含む一覧に関しても同様の解釈が意図されている。例えば、「Ａ、Ｂ、およびＣのうちの少なくとも１つ」；「Ａ、Ｂ、およびＣのうちの１つまたはそれより多く」；ならびに「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」という句は、それぞれ、「Ａのみ、Ｂのみ、Ｃのみ、ＡとＢ共に、ＡとＣ共に、ＢとＣ共に、またはＡとＢとＣ共に」を意味するものとする。さらに、上および特許請求の範囲における「に基づく（ｂａｓｅｄ  ｏｎ）」という用語の使用は、「に少なくとも一部基づく（ｂａｓｅｄ  ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｉｎ  ｐａｒｔ  ｏｎ）」を意味するものとし、したがって、列挙されていない特徴または要素も許容される。
【００９８】
パラメータの範囲が提示されている場合、その範囲内の全ての整数、およびその１０分の１も本発明により提供されることが理解される。例えば、「０．２〜５ｍｇ」は、それを含めて最大で５．０ｍｇまで、０．２ｍｇ、０．３ｍｇ、０．４ｍｇ、０．５ｍｇ、０．６ｍｇなどの開示である。
【００９９】
本明細書の説明においておよび続く特許請求の範囲全体を通して使用される場合、「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」の意味は、文脈により明確に別段の規定がなされない限り、複数の参照を含む。
ＩＩ．細菌集団および微生物組成物
【０１００】
ある態様では、組成物は、１、２、３、４、５、６、７または８種類（あるいは少なくとも１、２、３、４、５、６、７または８種類）の細菌種を含む、本質的にからなる、またはからなる細菌集団を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．のうちの任意の１、２、３、４、５、６、７または８種類を含む、本質的にからなる、またはからなる。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｅｃｕｌａｒｅ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｂｔｉｌｅを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓを含む。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅまたはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉである。複数の実施形態では、細菌集団は、以下：Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓの任意の組合せのうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０、あるいは１〜５、１〜１０、１〜５または１〜２０を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌は、単離された細菌である。
【０１０１】
ある態様では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む組成物が提供される。複数の実施形態では、（ｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．はＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．はＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．はＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．はＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである。
【０１０２】
ある態様では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む組成物が提供される。複数の実施形態では、（ｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．はＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．はＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．はＣｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓであり、（ｖ）Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．はＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである。
【０１０３】
複数の実施形態では、細菌集団は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐをさらに含む。複数の実施形態では、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．は、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｅｃｕｌａｒｅまたはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｂｔｉｌｅである。複数の実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓである。
【０１０４】
ある態様では、微生物組成物が提供される。組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓおよび腸への投与に適している生物学的担体を含む。
【０１０５】
ある態様では、微生物組成物が提供される。組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓおよび腸への投与に適している生物学的担体を含む。
【０１０６】
複数の実施形態では、生物学的担体は、経口または直腸投与に適している。複数の実施形態では、生物学的担体は、腸でのコロニー形成に適している。本明細書で言及される「生物学的に許容される」（または「薬理学的に許容される」）担体は、動物またはヒトに投与した際に有害なアレルギー反応または他の不都合な反応を生じない本明細書に記載の分子実体および組成物を指す。
【０１０７】
複数の実施形態では、組成物は、約２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３または２種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約２０種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、２０種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約１５種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、１５種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約１０種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約９種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、９種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約８種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、８種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約７種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、７種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約６種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、６種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約５種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、５種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約４種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、４種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約３種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、３種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、約２種類未満の異なる種の細菌を含む。複数の実施形態では、組成物は、２種類未満の異なる種の細菌を含む。
【０１０８】
複数の実施形態では、組成物は、糞便移植物ではない。複数の実施形態では、組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む。複数の実施形態では、組成物は、カプセル剤、錠剤、懸濁剤、坐剤、粉剤・散剤（ｐｏｗｄｅｒ）、クリーム剤、油剤（ｏｉｌ）、水中油エマルション、油中水エマルション、または水性液剤である。複数の実施形態では、組成物は、粉末、固体、半固体、または液体の形態である。複数の実施形態では、組成物は、食品または飲料である。
【０１０９】
複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は、粉末の形態である。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は、凍結乾燥されたものである。
【０１１０】
複数の実施形態では、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は、芽胞、栄養型細菌、または芽胞と栄養型細菌の混合物の形態である。複数の実施形態では、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は、芽胞を含む粉末の形態である。複数の実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．は、芽胞、栄養型細菌、または芽胞と栄養型細菌の混合物の形態である。複数の実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．は、芽胞を含む粉末の形態である。
【０１１１】
複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃における約０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１未満の水分活性（ａｗ）を有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．９未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．９未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．８未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．８未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．７未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．７未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．６未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．６未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．５未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．５未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．４未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．４未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．３未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．３未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．２未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．２未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．１未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．１未満のａｗを有する。
【０１１２】
本明細書で提供される場合、「微生物組成物」は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．のうちの任意の１、２、３、４、５、６、７または８種類を含む、本質的にからなる、またはからなる細菌集団を含む組成物を指す。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｅｃｕｌａｒｅ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｂｔｉｌｅを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓを含む。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅまたはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉである。複数の実施形態では、細菌集団は、以下：Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓの任意の組合せのうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０、あるいは１〜５、１〜１０、１〜５または１〜２０を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。一部の実施形態では、微生物組成物は、細菌種であるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓの１種または複数種の細菌細胞を含む。複数の実施形態では、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌は、単離されている。本明細書で使用される場合、細菌の「型」または１つよりも多くの「型」は、属レベルで、種レベルで、亜種レベルで、株レベルで、または本明細書に記��されており、そうでなければ当技術分野で公知の任意の他の分類学的な方法によって区別することができる。
【０１１３】
複数の実施形態では、組成物は、有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、組成物は、有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、組成物は、有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓから本質的になる。複数の実施形態では、組成物は、有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓからなる。微生物組成物がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」場合、微生物組成物の作動または基本的特性および新規の特性に干渉しない他の作用剤が含まれていてよい。
【０１１４】
「有効量」は、規定の目的を実現する（例えば、それが投与されるところの効果を実現する、疾患を処置する、酵素活性を低下させる、疾患または状態の１つまたは複数の症状を軽減する）のに十分な量である。「有効量」の例は、疾患の症状（単数または複数）の処置、防止、または軽減に寄与するのに十分な量であり、これは、「治療有効量」とも称することができる。したがって、本明細書で提示される「有効量」または「治療有効量」は、疾患（例えば、ディスバイオシス、感染症、または炎症性疾患）の症状を無処置の患者と比べて好転させるまたは防止するために必要な細菌集団（例えば、細菌の１つまたは複数の種または株を含む細菌集団、例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む細菌集団）の量を指す。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓを含まない。
【０１１５】
症状（単数または複数）（およびこの句の文法上の等価物）の「軽減」とは、症状（複数可）の重症度もしくは発生頻度の低下、または症状（複数可）の排除を意味する。薬物の「予防有効量」は、被験体に投与した際に、意図された予防効果を有する、例えば、傷害、疾患、病状もしくは状態の発症（もしくは再発）を防止するもしくは遅延させる、または疾患、病状、もしくは状態、もしくはそれらの症状の発症（もしくは再発）の可能性を低減させる、薬物の量である。完全な予防効果は１回用量の投与によって必ずしも生じるのではなく、一連の用量を投与した後にしか生じない場合がある。したがって、予防有効量を１回または複数回の投与で投与することができる。「活性を低下させる量」とは、本明細書で使用される場合、酵素またはタンパク質の活性をアンタゴニストが存在しない場合と比べて低下させるのに必要なアンタゴニストの量を指す。「機能を混乱させる量」とは、本明細書で使用される場合、酵素またはタンパク質の機能をアンタゴニストが存在しない場合と比べて混乱させるのに必要なアンタゴニストの量を指す。所与のクラスの医薬製品についての適切な投与量に関する文献において手引きを見いだすことができる。例えば、所与のパラメータに対して、有効量は、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、４０％、５０％、６０％、７５％、８０％、９０％、または少なくとも１００％の増加または減少を示す。有効性を「〜倍」の増加または低減として表すこともできる。例えば、治療有効量は、対照の少なくとも１．２倍、１．５倍、２倍、５倍、またはそれよりも大きな効果を有し得る。正確な量は、処置の目的に依存し、当業者は公知の技法を使用して確かめることができる（例えば、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ（１−３巻、１９９２）；Ｌｌｏｙｄ、Ｔｈｅ  Ａｒｔ、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ（１９９９）；Ｐｉｃｋａｒ、Ｄｏｓａｇｅ  Ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ（１９９９）；およびＲｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ、第２０版、２００３、Ｇｅｎｎａｒｏ、Ｅｄ．、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ、Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓを参照）。
【０１１６】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０１５までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１２〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１３〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１４〜１０１５ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０１５までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１２〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１３〜１０１５ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１４〜１０１５ｃｆｕを含む。
【０１１７】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０１４までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１２〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１３〜１０１４ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０１４までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１２〜１０１４ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１３〜１０１４ｃｆｕを含む。
【０１１８】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０１３までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１２〜１０１３ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０１３までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１３ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１２〜１０１３ｃｆｕを含む。
【０１１９】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０１２までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０１２までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１２ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１２ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１２ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１２ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１２ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１２ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１０〜１０１２ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０１１〜１０１２ｃｆｕを含む。
【０１２０】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０１１までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１１ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１１ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１１ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１１ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１１ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１１ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０１１までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１１ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１１ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１１ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１１ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１１ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１１ｃｆｕを含む。
【０１２１】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０１０までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１０ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１０ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１０ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１０ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１０ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１０ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０１０までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０１０ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０１０ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０１０ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０１０ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０１０ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０９〜１０１０ｃｆｕを含む。
【０１２２】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０９までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０９ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０９ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０９ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０９ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０９ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０９までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０９ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０９ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０９ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０９ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０８〜１０９ｃｆｕを含む。
【０１２３】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０８までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０８ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０８ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０８ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０８ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０８までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０８ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０８ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０８ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０７〜１０８ｃｆｕを含む。
【０１２４】
複数の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、経口的に投与することができ、１０３から１０７までのコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの生きた微生物を含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０７ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０７ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０７ｃｆｕ／ｇを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０３から１０７までのｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０４〜１０７ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０５〜１０７ｃｆｕを含む。複数の実施形態では、組成物は、１０６〜１０７ｃｆｕを含む。
【０１２５】
本明細書で提示されるコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇの量およびｃｆｕは、（個別に）投与される各細菌種株の量を指す場合もあり、細菌集団についての総ｃｆｕ／ｇまたはｃｆｕを指す場合もあることが理解される。
【０１２６】
医薬組成物中の本発明の組成物の割合または濃度は、投与量、化学的特性（例えば、疎水性）、および投与経路を含めたいくつかの因子に応じて変動し得る。例えば、定義された微生物組成物は、経口投与のために、約０．００５ｍｇから約１０００ｍｇまでを含有するカプセル剤で提供することができる。代わりに、または加えて、投与量は、上記の通り細菌のｃｆｕまたはｃｆｕ／ｇとして表すことができる（例えば、ｃｆｕ／ｇとして表す場合は乾燥重量）。複数の実施形態では、投与量は、変動し得るが、約１０２〜約１０１５ｃｆｕ／ｇ、例えば、１ｘｌ０２ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０２ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０３ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０３ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０４ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０４ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０５ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０５ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０６ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０６ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０７ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０７ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０８ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０８ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０９ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０９ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０１０ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０１０ｃｆｕ／ｇ、ｌｘｌ０１１ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０１１ｃｆｕ／ｇまたは１ｘｌ０１２ｃｆｕ／ｇ乾燥重量の当量の範囲であり得る。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、個々にまたは合計で、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４または１０１５のコロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇ乾燥重量、または合計ｃｆｕのいずれか１つで投与される。複数の実施形態では、組成物は、約１０７コロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇまたは合計１０７ｃｆｕのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを含む。複数の実施形態では、組成物は、約１０７コロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇまたは合計１０７ｃｆｕのＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。複数の実施形態では、組成物は、約１０７コロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇまたは合計１０７ｃｆｕのＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓを含む。複数の実施形態では、組成物は、約１０７コロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇまたは合計１０７ｃｆｕのＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、組成物は、約１０８コロニー形成単位（ｃｆｕ）／ｇまたは合計１０８ｃｆｕのＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。複数の実施形態では、組成物は、組成物１グラム当たり生きた微生物（例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）、あるいは、不活化したもしくは死んだ微生物に対してまたは微生物画分に対してまたは産生される代謝産物に対して算出される等価用量を含む。
【０１２７】
複数の実施形態では、本明細書で提示されるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉは、マウスの腸からＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ単離培地（ｄｅＭａｎ、Ｒｏｇｏｓｅ  ａｎｄ  Ｓｈａｒｐｅ  ａｇａｒ）を使用して培養された株の１つまたは複数の単離された細菌細胞を指す。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉの非限定的な例としては、ＡＴＣＣに受託番号１１５０６および５３６７２の下で寄託された株が挙げられる。
【０１２８】
複数の実施形態では、本明細書で提示されるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓは、ＡＴＣＣに受託番号５３１０３として寄託された株の識別特性を全て有する細菌株；ＡＴＣＣ番号５３１０３株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号５３１０３として寄託された株のバリアント；およびＡＴＣＣ番号５３１０３株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号５３１０３として寄託された株の変異体の１つまたは複数の単離された細菌細胞を指す。
【０１２９】
複数の実施形態では、本明細書で提示されるＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、ＡＴＣＣに受託番号２７７６６として寄託された株の識別特性を全て有する細菌株；ＡＴＣＣ番号２７７６６株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号２７７６６として寄託された株のバリアント；およびＡＴＣＣ番号２７７６６株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号２７７６６として寄託された株の変異体の１つまたは複数の単離された細菌細胞を指す。
【０１３０】
複数の実施形態では、本明細書で提示されるＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、ＡＴＣＣに受託番号ＢＡＡ−８３５として寄託された株の識別特性を全て有する細菌株；ＡＴＣＣ番号ＢＡＡ−８３５株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号ＢＡＡ−８３５として寄託された株のバリアント；およびＡＴＣＣ番号ＢＡＡ−８３５株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号ＢＡＡ−８３５として寄託された株の変異体の１つまたは複数の単離された細菌細胞を指す。
【０１３１】
複数の実施形態では、本明細書で提示されるＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓは、ＡＴＣＣに受託番号２５２３２として寄託された株の識別特性を全て有する細菌株；ＡＴＣＣ番号２５２３２株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号２５２３２として寄託された株のバリアント；およびＡＴＣＣ番号２５２３２株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号２５２３２として寄託された株の変異体の１つまたは複数の単離された細菌細胞を指す。
【０１３２】
複数の実施形態では、本明細書で提示されるＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、ＡＴＣＣに受託番号２５７４４として寄託された株の識別特性を全て有する細菌株；ＡＴＣＣ番号２５７４４株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号２５７４４として寄託された株のバリアント；およびＡＴＣＣ番号２５７４４株の識別特性を全て有する、ＡＴＣＣに受託番号２５７４４として寄託された株の変異体の１つまたは複数の単離された細菌細胞を指す。
【０１３３】
複数の実施形態では、組成物は、抗炎症性代謝産物を増大させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉは、抗炎症性代謝産物を増大させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、抗炎症性代謝産物を増大させるのに有効である。複数の実施形態では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、抗炎症性代謝産物を増大させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓは、抗炎症性代謝産物を増大させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、抗炎症性代謝産物を増大させるのに有効である。本明細書で提示される「代謝産物」は、細菌細胞の代謝の中間体および産物を指し、ここで、細菌細胞は、哺乳動物の腸内に存在する。代謝産物という用語は、哺乳動物細胞によって形成される中間体および産物も含む。代謝産物の非限定的な例としては、アミノ酸、アルコール、ビタミン、ポリオール、有機酸、ヌクレオチド（例えば、イノシン−５’−一リン酸およびグアノシン−５’−一リン酸）、脂質、炭水化物、ペプチドおよびタンパク質が挙げられる。本明細書で提示される「抗炎症性代謝産物」は、細胞（例えば、細菌細胞、哺乳動物細胞）によって産生され、炎症を阻害することができる代謝産物を指す。本明細書で定義される場合、「阻害（ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ）」、「阻害する（ｉｎｈｉｂｉｔ）」、「阻害すること（ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ）」などの用語は、タンパク質−抗炎症性代謝産物相互作用に関しては、阻害剤（例えば、抗炎症性代謝産物）の不在下でのタンパク質の活性または機能と比べてタンパク質の活性または機能に負の影響を及ぼす（例えば、低下させる）（例えば、炎症性代謝産物の活性を低下させる）ことを意味する。「阻害すること（ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ）」という用語は、少なくとも一部において、刺激を部分的にもしくは完全に遮断すること、活性化を低下させる、防止する、もしくは遅延させること、または炎症に必要なシグナルトランスダクション、遺伝子発現、酵素活性もしくはタンパク質発現（例えば、炎症性代謝産物）を不活化する、脱感作させる、もしくは下方制御することを含む。一部の実施形態では、阻害は、疾患または疾患の症状（例えば、炎症）の軽減を指す。同様に、「阻害剤」は、炎症を、例えば、炎症性代謝産物に結合すること、炎症性代謝産物の活性を部分的にまたは完全に遮断すること、低下させること、防止すること、遅延させること、不活化すること、脱感作させること、または下方制御することによって阻害する化合物（例えば、代謝産物）である。本明細書で提示される、炎症を阻害または軽減することが可能な代謝産物は、対照と比較して炎症の検出可能に低い活性レベルをもたらす物質を指す。低下した活性は、対照における活性よりも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれを超えて低い場合がある。ある特定の例では、低下は、対照と比較して１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、またはそれよりも大きな低下である。
【０１３４】
複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、微生物脂質または微生物炭水化物である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、微生物脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はリン脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は多価不飽和脂肪酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物炭水化である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はイタコン酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はｎ−アセチルグルコサミンである。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はｎ−アセチルガラクトサミンである。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はフコシルラクトースである。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はアミノ酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はトリプトファンである。
【０１３５】
複数の実施形態では、組成物は、炎症促進性代謝産物を低下させるのに有効である。複数の実施形態では、組成物は、炎症促進性代謝産物を低下させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉは、炎症促進性代謝産物を低下させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉは、炎症促進性代謝産物を低下させるのに有効である。複数の実施形態では、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａは、炎症促進性代謝産物を低下させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓは、炎症促進性代謝産物を低下させるのに有効である。複数の実施形態では、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、炎症促進性代謝産物を低下させるのに有効である。本明細書で提示される「炎症促進性代謝産物」は、細胞（例えば、細菌細胞、哺乳動物細胞）によって産生され、炎症を増加させることができる代謝産物を指す。本明細書で提示される炎症を増加させることができる代謝産物は、対照と比較して検出可能により高いレベルの炎症をもたらす物質を指す。増加した活性は、対照における活性よりも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれを超えて高い場合がある。ある特定の例では、増加は、対照と比較して１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、またはそれよりも大きい。
【０１３６】
複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物脂質である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は、ジヒドロキシ−１２−オクタデセン酸、コール酸またはメチルマロン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物炭水化物である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は、ｎ−アセチルムラミン酸、ラクトビオン酸またはマルトトリオースである。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はオルニチンまたはタウリンである。
【０１３７】
本明細書で提示される組成物は、代謝的に活性な細菌または代謝的に不活性な細菌またはその画分を含み得る。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは代謝的に活性である。複数の実施形態では、前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは代謝的に不活性である。代謝的に活性な細菌は、分裂することができ、炭水化物、脂質またはアミノ酸などの代謝産物を産生する。対照的に、代謝的に不活性な細菌は分裂もせず、代謝産物の産生もしない。
ＩＩＩ．医薬組成物
【０１３８】
本明細書に記載されるように、本明細書で提供される微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．のうちの任意の１、２、３、４、５、６、７または８種類を含む、本質的にからなる、またはからなる細菌集団を含み得る。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｅｃｕｌａｒｅ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｂｔｉｌｅを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓを含む。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅまたはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉである。複数の実施形態では、細菌集団は、以下：Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓの任意の組合せのうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０、あるいは１〜５、１〜１０、１〜５または１〜２０を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。一部の実施形態では、微生物組成物は、細菌種であるＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓの１種または複数種の細菌細胞を含む。複数の実施形態では、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌は、単離された細菌である。
【０１３９】
複数の実施形態では、微生物組成物は、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。
【０１４０】
複数の実施形態では、微生物組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む。したがって、一つの態様では、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓと、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物が提供される。
【０１４１】
「薬学的に許容される賦形剤」および「薬学的に許容される担体」とは、活性薬剤の被験体への投与および被験体による吸収を助け、患者に対する著しい有害な毒物学的影響を引き起こすことなく本発明の組成物に含めることができる物質を指す。薬学的に許容される賦形剤の非限定的な例としては、水、ＮａＣｌ、ノーマルセーライン溶液、乳酸加リンゲル、通常のスクロース、通常のグルコース、結合剤、充填剤、崩壊剤、滑沢剤、コーティング、甘味剤、フレーバー、塩類溶液（例えば、リンゲル液）、アルコール、油、ゼラチン、ラクトース、アミロースまたはデンプンなどの炭水化物、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリジン、および着色剤などが挙げられる。そのような調製物は、滅菌し、所望であれば、本発明の化合物と有害な反応を起こさない滑沢剤、防腐剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を及ぼす塩、緩衝剤、着色料、および／または芳香物質などの補助剤と混合することができる。当業者は他の医薬賦形剤が本発明において有用であることを認識されよう。
【０１４２】
その実施形態を含めた、本明細書で提示される微生物組成物は、経口投与、胃腸投与、または直腸投与することができる。投与は、単回ボーラス投薬の形態であってもよく、例えば、連続的な灌流ポンプによるものであってもよい。複数の実施形態では、本明細書で提示される微生物共同体を１つまたは複数の賦形剤、例えば、崩壊剤、充填剤、滑剤、または防腐剤と組み合わせる。複数の実施形態では、本明細書で提示される微生物共同体は、カプセルの一部を形成する。適切なカプセルとしては、ハードシェルカプセルまたはソフトシェルカプセルのどちらも挙げられる。カプセルを形成するために任意の脂質に基づくまたはポリマーに基づくコロイドを使用することができる。コロイド調製物に有用な例示的なポリマーとしては、ゼラチン、植物多糖またはそれらの誘導体、例えば、カラギーナンならびにデンプンおよびセルロースの改変された形態、例えば、ヒプロメロースが挙げられる。任意選択で、他の成分、例えば、カプセルの硬度を低下させるためのグリセリンおよび／またはソルビトールなどの可塑剤、着色料、防腐剤、崩壊剤、滑沢剤ならびに表面処理をゲル化剤溶液に加えることができる。
【０１４３】
微生物組成物は、単位剤形に製剤化することができ、各投与量は、例えば、用量当たり、最小のウレアーゼ活性を有する定義された微生物共同体を約０．００５ｍｇから約２０００ｍｇまで含有する。「単位剤形」という用語は、ヒト被験体および他の哺乳動物に対する単位投与量として適切な物理的に別個の単位を指し、各単位は、所望の治療効果がもたらされるように算出された所定の数量の活性な材料を適切な医薬賦形剤を伴って含有する。錠剤などの固体組成物を調製するために、主要な活性成分を医薬賦形剤と混合して、本発明の化合物の均一な混合物を含有する固体の予備製剤組成物を形成する。これらの予備製剤組成物について均一と言及する場合、組成物を錠剤、丸剤およびカプセル剤などの同等に有効な単位剤形に容易に細分することができるように、活性成分を一般に組成物全体を通して一様に分散させる。次いで、この固体予備製剤を、本明細書で提示される微生物組成物を例えば０．００５ｍｇから約１０００ｍｇまで含有する上記の種類の単位剤形に細分する。
【０１４４】
微生物組成物は、単位剤形に製剤化することができ、それぞれの投与量は、例えば、個々にまたは組み合わせて、約０．１ｍｇから約５０ｍｇまで、約０．１ｍｇから約４０ｍｇまで、約０．１ｍｇから約２０ｍｇまで、約０．１ｍｇから約１０ｍｇまで、約０．２ｍｇから約２０ｍｇまで、約０．３ｍｇから約１５ｍｇまで、約０．４ｍｇから約１０ｍｇまで、約０．５ｍｇから約１ｍｇまで；約０．５ｍｇから約１００ｍｇまで、約０．５ｍｇから約５０ｍｇまで、約０．５ｍｇから約３０ｍｇまで、約０．５ｍｇから約２０ｍｇまで、約０．５ｍｇから約１０ｍｇまで、約０．５ｍｇから約５ｍｇまで；約１ｍｇから約５０ｍｇまで、約１ｍｇから約３０ｍｇまで、約１ｍｇから約２０ｍｇまで、約１ｍｇから約１０ｍｇまで、約１ｍｇから約５ｍｇまで；約５ｍｇから約５０ｍｇまで、約５ｍｇから約２０ｍｇまで、約５ｍｇから約１０ｍｇまで；約１０ｍｇから約１００ｍｇまで、約２０ｍｇから約２００ｍｇまで、約３０ｍｇから約１５０ｍｇまで、約４０ｍｇから約１００ｍｇまで、約５０ｍｇから約１００ｍｇまでのＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．（例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．（例えば、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．（例えば、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ）および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．（例えば、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）を含む。
【０１４５】
一部の実施形態では、本発明の錠剤または丸剤をコーティングするまたは他のやり方で調合して持続的作用の利点もたらす剤形を提供することができる。例えば、錠剤または丸剤は、内側の投薬構成成分と外側の投薬構成成分を含んでよく、後者は前者を覆うエンベロープの形態である。２つの構成成分は、胃内での崩壊に抵抗する働きをし、内側の構成成分がインタクトに十二指腸に通すことまたは放出の遅延を可能にする腸溶層により分離することができる。そのような腸溶層またはコーティングのために種々の材料を使用することができ、そのような材料としては、いくつかのポリマー酸ならびにポリマー酸とシェラック、セチルアルコール、および酢酸セルロースなどの材料の混合物が挙げられる。
【０１４６】
経口投与または注射による投与のために本発明の組成物を組み入れることができる液体形態としては、水溶液、適切に風味付けしたシロップ、水性または油性懸濁液、および綿実油、ゴマ油、ココナッツ油、またはピーナッツ油などの食用油で風味付けしたエマルション、ならびにエリキシルおよび同様の医薬ビヒクルが挙げられる。
ＩＶ．処置方法
【０１４７】
本明細書で提示される方法によると、被験体に、有効量の本明細書で提示される薬剤のうちの１つまたは複数を投与する。有効量および有効投与量という用語は互換的に使用される。有効量という用語は、所望の生理的応答（例えば、炎症、感染、またはディスバイオシスの軽減）を生じさせるのに必要な任意の量と定義される。薬剤を投与するための有効量およびスケジュールは当業者が経験的に決定することができる。投与のための投与量の範囲は、疾患または障害の１つまたは複数の症状に影響を及ぼす（例えば、軽減または遅延させる）所望の効果を生じさせるのに十分に大きなものである。投与量は、例えば望ましくない交差反応、アナフィラキシー反応などの実質的な有害な副作用が引き起こされるほど多くないものであるべきである。一般に、投与量は、年齢、状態、性別、疾患の種類、疾患もしくは障害の程度、投与経路、またはレジメンに他の薬物が含まれているかどうかによって変動し、当業者が決定することができる。投与量は、あらゆる禁忌の場合に個々の医師が調整することができる。投与量は変動し得、１つまたは複数の用量の投与で、毎日、１日または数日にわたって投与することができる。所与のクラスの医薬製品についての適切な投与量に関する文献において手引きを見いだすことができる。例えば、所与のパラメータに関して、有効量は、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、４０％、５０％、６０％、７５％、８０％、９０％、または少なくとも１００％の増加または減少を示す。有効性を「〜倍」の増加または低減として表すこともできる。例えば、治療有効量は、対照よりも少なくとも１．２倍、１．５倍、２倍、５倍、またはそれよりも大きな効果を有し得る。正確な用量および製剤は処置の目的に依存し、当業者は公知の技法を使用して確かめることができる（例えば、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ（１−３巻、１９９２）；Ｌｌｏｙｄ、Ｔｈｅ  Ａｒｔ、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ（１９９９）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ、第２０版、Ｇｅｎｎａｒｏ、Ｅｄｉｔｏｒ（２００３）およびＰｉｃｋａｒ、Ｄｏｓａｇｅ  Ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ（１９９９）を参照）。
【０１４８】
予防的使用に関しては、初期発症の前またはその間（例えば、自己免疫疾患の最初の徴候および症状の際）に、被験体に治療有効量の本明細書に記載の微生物組成物を投与する。治療的処置は、疾患の診断または発生後に、被験体に治療有効量の本明細書に記載の薬剤を投与することを伴う。したがって、別の態様では、それを必要とする被験体において疾患（例えば、炎症性疾患、感染症、またはディスバイオシス）を処置する方法が提供される。
【０１４９】
「被験体」、「患者」、「個体」などの用語は、限定するものではなく、一般に置き換えることができる。つまり、「患者」と記載されている個体は、必ずしも所与の疾患を有さず、単に医学的助言を求めているだけの場合がある。
【０１５０】
本明細書で使用される場合、状態、疾患もしくは障害、または状態、疾患もしくは障害に関連する症状を「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」またはその「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、臨床結果を含めた有益なまたは所望の結果を得るための手法を指す。有益なまたは所望の臨床結果としては、これらに限定されないが、１つまたは複数の症状または状態の緩和または好転、状態、障害または疾患の程度の低減、状態（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）、障害または疾患の状態（ｓｔａｔｅ）の安定化、状態、障害または疾患の発生の防止、状態、障害または疾患の拡散の防止、状態、障害または疾患の進行の遅延または緩徐化、状態、障害または疾患の発症の遅延または緩徐化、状態、障害または疾患の状態の好転または一時的緩和、および、部分的なものであるか完全なものであるかにかかわらず寛解を挙げることができる。「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」は、被験体の生存を、処置の不在下で予測される生存を超えて延長させることも意味し得る。「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」は、状態、障害または疾患の進行を阻害すること、状態、障害または疾患の進行を一時的に緩徐化することも意味し得るが、一部の例では、状態、障害または疾患の進行を恒久的に停止させることを伴う。本明細書で使用される場合、処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）、処置する（ｔｒｅａｔ）、または処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）という用語は、プロテアーゼの発現を特徴とする疾患もしくは状態の１つもしくは複数の症状の影響またはプロテアーゼの発現を特徴とする疾患もしくは状態の症状を低減させる方法を指す。したがって、開示されている方法では、処置は、確立された疾患、状態、または、疾患もしくは状態（例えば、炎症、感染、もしくはディスバイオシス）の症状の重症度の１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％の低下を指し得る。例えば、疾患を処置するための方法は、被験体において疾患の１つまたは複数の症状が対照と比較して１０％低減していれば、処置とみなされる。したがって、低減は、ネイティブまたは対照レベルと比較して１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、または１０％から１００％の間の任意のパーセントの低減であり得る。処置は、疾患、状態、または疾患もしくは状態の症状の治癒または完全な消失を必ずしも指すものではないことが理解される。さらに、本明細書で使用される場合、減少、低減、または阻害への言及は、対照レベルと比較して１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれよりも大きな変化を含み、そのような用語は、完全な排除を含み得るが、必ずしも含むものではない。
【０１５１】
定義された微生物組成物を含む組成物は、被験体の胃腸管に経鼻十二指腸カテーテルによって、浣腸によって、または内視鏡、小腸内視鏡、もしくは結腸内視鏡によって、または消費され得るカプセル剤もしくは丸剤として経口的に投与することができる。ある特定の実施形態では、定義された微生物組成物を適切な賦形剤（例えば、食塩溶液）中に希釈する。好ましい実施形態では、細菌を凍結乾燥形態で送達する。
【０１５２】
組成物をどのように製剤化するかにかかわらず、必要な投与量は、投与経路、製剤の性質、被験体の状態の性質、例えば免疫系の未熟または胃腸障害、被験体のサイズ、体重、体表面積、年齢、および性別、投与されている他の薬物、ならびに担当臨床医の判断に依存する。複数の実施形態では、適切な投与量は０．０１〜１，０００ｍｇ／ｋｇの範囲である。いくつかの典型的な用量範囲は、１日当たり約１μｇ／ｋｇ体重から約１ｇ／ｋｇ体重までである。複数の実施形態では、用量範囲は、１日当たり約０．０１ｍｇ／ｋｇ体重から約１００ｍｇ／ｋｇ体重までである。複数の実施形態では、用量は、例えば、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇまたは１００ｍｇ／ｋｇであり得る。代わりに、または加えて、投与量は、ｃｆｕとして、またはｃｆｕ／ｇ乾燥重量として表され得る。複数の実施形態では、投与量は、変動し得るが、約１０２〜約１０１２ｃｆｕ／ｇ、例えば、１ｘｌ０２ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０２ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０３ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０３ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０４ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０４ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０５ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０５ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０６ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０６ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０７ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０７ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０８ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０８ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０９ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０９ｃｆｕ／ｇ、１ｘｌ０１０ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０１０ｃｆｕ／ｇ、ｌｘｌ０１１ｃｆｕ／ｇ、５ｘｌ０１１ｃｆｕ／ｇまたは１ｘｌ０１２ｃｆｕ／ｇ乾燥重量の投与される細菌のいずれか１つ（個々に）または細菌の合計集団の当量の範囲であり得る。複数の実施形態では、投与量は、約１０２〜約１０１２ｃｆｕ、例えば、１ｘｌ０２ｃｆｕ、５ｘｌ０２ｃｆｕ、１ｘｌ０３ｃｆｕ、５ｘｌ０３ｃｆｕ、１ｘｌ０４ｃｆｕ、５ｘｌ０４ｃｆｕ、１ｘｌ０５ｃｆｕ、５ｘｌ０５ｃｆｕ、１ｘｌ０６ｃｆｕ、５ｘｌ０６ｃｆｕ、１ｘｌ０７ｃｆｕ、５ｘｌ０７ｃｆｕ、１ｘｌ０８ｃｆｕ、５ｘｌ０８ｃｆｕ、１ｘｌ０９ｃｆｕ、５ｘｌ０９ｃｆｕ、１ｘｌ０１０ｃｆｕ、５ｘｌ０１０ｃｆｕ、ｌｘｌ０１１ｃｆｕ、５ｘｌ０１１ｃｆｕまたは１ｘｌ０１２ｃｆｕの投与される細菌のいずれか１つ（個々に）または細菌の合計集団の範囲であり得る。
【０１５３】
投与は、単回であっても複数回（例えば、２倍または３倍、４倍、６倍、８倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、１５０倍、またはそれよりも多い倍数）であってもよい。本明細書で提示される任意の組成物を用いた処置の持続時間は、１日という短期から宿主の寿命（例えば、長年）という長期までの任意の長さの時間であってよい。例えば、組成物は、週に１、２、３、４、５、６、もしくは７回（例えば、４週間〜数カ月もしくは長年にわたって）；１カ月に１回（例えば、３〜１２カ月もしくは長年にわたって）；または１年に１回、５年、１０年、またはそれより長い期間にわたって投与することができる。処置の頻度は変動し得ることも注目に値する。例えば、本組成物を毎日、毎週、毎月、または毎年１回（または２回、３回など）投与することができる。
【０１５４】
組成物を他の治療剤と併せて投与することもできる。他の治療剤は、特定の障害に応じて変動するが、それらとして、例えば、食生活改善、血液透析、安息香酸ナトリウム、酢酸フェニル（ｐｈｅｎｙｌａｃｅｔａｔｅ）、アルギニンなどの治療剤、または手術療法を挙げることができる。２つまたはそれよりも多くの治療剤の並行投与は、薬剤がそれらの治療効果を発揮する間の期間が重複する限りは、薬剤を同時にまたは同じ経路によって投与することを必要としない。異なる日または週における投与と同じく、同時または逐次的投与が意図されている。
【０１５５】
炎症性疾患、感染症（例えば、呼吸器感染症または胃腸感染症）およびディスバイオシスを処置および防止する方法であって、その実施形態を含めた本明細書に記載の細菌集団または微生物組成物を投与するステップを含む方法が本明細書で提示される。
【０１５６】
ある態様では、それを必要とする被験体においてディスバイオシス、炎症性疾患、またはウイルス性呼吸器感染症を処置または防止する方法が提供される。
【０１５７】
ある態様では、それを必要とする被験体において抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または炎症促進性化合物のレベルを低下させる方法が提供される。
【０１５８】
ある態様では、それを必要とする被験体の代謝を変化させる方法が提供される。
【０１５９】
複数の実施形態では、方法は、１、２、３、４、５、６、７または８種類（あるいは少なくとも１、２、３、４、５、６、７または８種類）の細菌種を含む、本質的にからなる、またはからなる有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．のうちの任意の１、２、３、４、５、６、７または８種類を含む、本質的にからなる、またはからなる。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｅｃｕｌａｒｅ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｂｔｉｌｅを含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓを含む。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅまたはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓである。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉである。複数の実施形態では、細菌集団は、以下：Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏ��ａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ、Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｓｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓの任意の組合せのうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０、あるいは１〜５、１〜１０、１〜５または１〜２０を含む。複数の実施形態では、細菌集団は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよび／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを含む。複数の実施形態では、細菌は、単離された細菌である。
【０１６０】
複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐを含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、（ｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．はＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．はＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．はＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．はＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである。複数の実施形態では、（ｉ）Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．はＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂ��ｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅまたはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓであり；（ｉｉ）Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．はＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり；（ｉｉｉ）Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．はＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり；（ｉｖ）Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．はＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり；（ｖ）Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．はＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓまたはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓである。
【０１６１】
複数の実施形態では、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は、芽胞、栄養型細菌、または芽胞と栄養型細菌の混合物の形態である。複数の実施形態では、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は、芽胞を含む粉末の形態である。複数の実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．は、芽胞、栄養型細菌、または芽胞と栄養型細菌の混合物の形態である。複数の実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．は、芽胞を含む粉末の形態である。
【０１６２】
複数の実施形態では、約２０、１５、１０、９、８、７または６種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、約２０種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、２０種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、約１５種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、１５種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、約１０種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、１０種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、約９種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、９種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、約８種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、８種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、約７種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、７種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、約６種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。複数の実施形態では、６種類未満の異なる種の細菌が被験体に投与される。
【０１６３】
複数の実施形態では、細菌集団は、細菌組成物の部分を形成する。複数の実施形態では、細菌組成物は、約２０、１５、１０、９、８、７または６種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、約２０種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、約１５種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、１５種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、約１０種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、１０種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、約９種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、９種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、約８種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、８種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、約７種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、７種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、約６種類未満の種の細菌を含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、６種類未満の種の細菌を含む。
【０１６４】
複数の実施形態では、細菌組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む。複数の実施形態では、細菌組成物は、糞便移植物ではない。複数の実施形態では、細菌組成物は、カプセル剤、錠剤、懸濁剤、坐剤、粉剤・散剤（ｐｏｗｄｅｒ）、クリーム剤、油剤（ｏｉｌ）、水中油エマルション、油中水エマルション、または水性液剤である。複数の実施形態では、細菌組成物は、粉末、固体、半固体、または液体の形態である。
【０１６５】
複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２または０．１未満の水分活性（ａｗ）を有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．９未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．９未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．８未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．８未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．７未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．７未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．６未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．６未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．５未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．５未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．４未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．４未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．３未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．３未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．２未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．２未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で約０．１未満のａｗを有する。複数の実施形態では、細菌組成物は、２０℃で０．１未満のａｗを有する。
【０１６６】
複数の実施形態では、細菌組成物は、食品または飲料である。
【０１６７】
複数の実施形態では、細菌組成物を経口または直腸投与する。
【０１６８】
複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は、粉末の形態である。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は凍結乾燥されたものである。
【０１６９】
複数の実施形態では、被験体はヒトである。複数の実施形態では、被験体は、細菌性、ウイルス性、または真菌性胃腸感染症に罹患しているまたは罹患している人と一緒に住んでいる。
【０１７０】
複数の実施形態では、被験体は炎症性疾患を有する。複数の実施形態では、被験体は、炎症性疾患に罹患するリスクがある。複数の実施形態では、被験体は、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも１名、２名、３名、または４名有する。複数の実施形態では、被験体は、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも４名有する。複数の実施形態では、被験体は、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも３名有する。複数の実施形態では、被験体は、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも２名有する。複数の実施形態では、被験体は、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも１名有する。
【０１７１】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である。
【０１７２】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、小児アレルギー性喘息または炎症性腸疾患である。複数の実施形態では、被験体は、便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫、および／または腹痛に苦しんでいる。
【０１７３】
複数の実施形態では、被験体は、最近１、２、３または４カ月以内に抗生物質を投与されている。複数の実施形態では、被験体は、最近４カ月以内に抗生物質を投与されている。複数の実施形態では、被験体は、最近３カ月以内に抗生物質を投与されている。複数の実施形態では、被験体は、最近２カ月以内に抗生物質を投与されている。複数の実施形態では、被験体は、最近１カ月以内に抗生物質を投与されている。
【０１７４】
複数の実施形態では、被験体は、新生児である。複数の実施形態では、被験体は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８または２４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約３カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、３カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約５カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、５カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約６カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、６カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約７カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、７カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約９カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、９カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約２４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、２４カ月齢未満である。
【０１７５】
複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または少なくとも約１８歳である。複数の実施形態では、被験体は、２〜１８歳の間であるか、または少なくとも１８歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または少なくとも約１８（例えば、１９、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０）歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約１９歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または１９歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約２０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または２０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約２５歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または２５歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約３０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または３０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約４０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または４０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約５０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または５０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約６０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または６０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約７０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または７０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約８０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または８０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約９０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または９０歳である。
【０１７６】
複数の実施形態では、被験体は、（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している胃腸マイクロバイオームを含む。
【０１７７】
複数の実施形態では、有効量は、（ｉ）前記被験体におけるＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、クレードＩＶもしくはＸＩＶに属するＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｓｐ．、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｓｐ．、および／もしくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．のレベルを上昇させる；（ｉｉ）前記被験体の糞便中のｐＨを低下させる；（ｉｉｉ）前記被験体の糞便中の乳酸のレベルを上昇させる；（ｉｖ）前記被験体における循環イタコネートのレベルを上昇させる；（ｖ）被験体におけるアレルギー性炎症を処置、軽減、もしくは防止する；（ｖｉ）前記被験体の気道における適応免疫応答を低減させる；（ｖｉｉ）胃腸関連腸間膜リンパ節における樹状細胞活性化を低減させる；（ｖｉｉｉ）前記被験体の肺、血液、血清、もしくは血漿中の修復マクロファージのレベルを上昇させる；（ｉｘ）前記被験体における抗炎症性化合物のレベルを上昇させる；（ｘ）前記被験体における炎症促進性化合物のレベルを低下させる；（ｘｉ）前記被験体におけるエオタキシンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させる；ならびに／または（ｘｉｉ）前記被験体におけるムチンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させるのに有効である。
【０１７８】
複数の実施形態では、有効量は、前記被験体の肺におけるムチンの分泌および／または分泌のレベルを低下させるのに有効である。
【０１７９】
複数の実施形態では、抗炎症性化合物は、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、抗炎症性化合物はＩＬ−１７である。複数の実施形態では、
【０１８０】
複数の実施形態では、炎症促進性化合物は、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、炎症促進性化合物は、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−８、ＩＬ−１３、ＴＮＦ−α、またはＭＵＣ５Ｂである。
【０１８１】
複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は代謝的に活性である。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．は代謝的に不活性である。
【０１８２】
複数の実施形態では、方法は、被験体に（ａ）Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、（ｂ）Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、または（ｃ）真菌微生物を投与するステップをさらに含む。  
【０１８３】
複数の実施形態では、有効量は、被験体の代謝を変化させるのに有効である。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、脂質、リン脂質、またはプラズマローゲンのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、１６種、１７種、１８種、１９種、２０種、２１種、２２種、２３種、２４種、もしくは２５種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている２種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている３種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている４種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている５種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている６種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている７種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている８種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている９種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１０種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１１種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１２種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１３種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１４種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１５種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１６種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１７種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１８種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている１９種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている２０種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている２１種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている２２種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている２３種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている２４種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表３に列挙されている任意の化合物、または表３に列挙されている２５種の化合物の任意の組合せのレベルを上昇させることを含む。複数の実施形態では、被験体の糞便中のレベルが上昇する。複数の実施形態では、被験体の体液中のレベルが上昇する。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において炭水化物、脂質、またはエネルギー化合物のレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５または５０種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている２種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている３種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている４種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている５種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている６種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている７種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている８種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている９種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１０種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１１種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１２種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１３種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１４種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１５種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１６種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１７種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１８種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている１９種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている２０種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている２１種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている２２種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている２３種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている２４種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている２５種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されて
いる任意の化合物、または表４に列挙されている３０種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている３５種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている４０種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている４５種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、被験体の代謝を変化させることは、被験体において、表４に列挙されている任意の化合物、または表４に列挙されている５０種の化合物の任意の組合せのレベルを低下させることを含む。複数の実施形態では、このレベルは、被験体の糞便中で減少している。複数の実施形態では、このレベルは、被験体の体液中で減少している。
【０１８４】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症性疾患を処置または防止する方法が提供される。方法は、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、本明細書に提供される微生物組成物を形成する。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓが微生物組成物を形成する場合、細菌は、腸への投与または腸でのコロニー形成のための、薬学的に許容される担体を含む組成物の部分を形成する。許容される担体としては、これに限定されないが、イヌリンが挙げられる。複数の実施形態では、腸は、健康な被験体のものである。複数の実施形態では、腸は、炎症性疾患の処置または防止を必要とする被験体のものである。複数の実施形態では、被験体は新生児である。本明細書で提示される「新生児」は、生まれたての小児または哺乳動物を指す。複数の実施形態では、新生児は約４週齢未満である。
【０１８５】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症性疾患を処置または防止する方法が提供される。方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。
【０１８６】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である。
【０１８７】
複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは代謝的に活性である。本明細書で提示される「代謝的に活性」は、細胞分裂することができる細胞（例えば、細菌）を指す。複数の実施形態では、代謝的に活性な細胞は、基質（例えば、グルコース）を消費することができる。複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは代謝的に不活性である。複数の実施形態では、微生物組成物は、腸に投与するのに有効である。複数の実施形態では、微生物組成物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕを含まない。
【０１８８】
複数の実施形態では、微生物組成物は、抗炎症性代謝産物（例えば、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸）を増加させるのに有効である。本明細書に記載の通り、抗炎症性代謝産物は、微生物脂質（例えば、リン脂質、多価不飽和脂肪酸）であってよい。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はリン脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は多価不飽和脂肪酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物炭水化物（例えば、イタコン酸（ｉｔｏｃｏｎａｔｅ）、ｎ−アセチルグルコサミン、ｎ−アセチルガラクトサミン、フコシルラクトース）である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はイタコン酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はｎ−アセチルグルコサミンである。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はｎ−アセチルガラクトサミンである。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はフコシルラクトースである。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物アミノ酸（例えば、トリプトファン）である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物はトリプトファンである。本明細書で提示される抗炎症性代謝産物を増加させることができる組成物は、対照と比較して検出可能により高いレベルの抗炎症性代謝産物をもたらす組成物を指す。増加した活性は、対照における活性よりも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれを超えて高い場合がある。ある特定の例では、増加は、対照と比較して１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、またはそれよりも大きい。複数の実施形態では、微生物組成物は、ＩＬ−１７を分泌するヘルパーＴ細胞の数を増加させるのに有効である。
【０１８９】
複数の実施形態では、微生物組成物は、炎症促進性代謝産物を減少させるのに有効である。本明細書に記載の通り、炎症促進性代謝産物は、微生物脂質（例えば、ジヒドロキシ−１２−オクタデセン酸、コール酸またはメチルマロン酸）であり得る。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はジヒドロキシ−１２−オクタデセン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はコール酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はメチルマロン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物炭水化物（例えば、ｎ−アセチルムラミン酸、ラクトビオン酸またはマルトトリオース）である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はｎ−アセチルムラミン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はラクトビオン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はマルトトリオースである。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物アミノ酸（例えば、オルニチンまたはタウリン）である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はオルニチンである。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はタウリンである。本明細書で提示される炎症促進性代謝産物を減少させることができる組成物は、対照と比較して検出可能により低いレベルの炎症促進性代謝産物をもたらす組成物を指す。減少した活性は、対照における活性よりも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれ未満に低い場合がある。ある特定の例では、減少は、対照と比較して１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、またはそれよりも小さい。
【０１９０】
複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３またはＭＵＣ５Ｂである。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はＩＬ−４である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はＩＬ−１０である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はＩＬ−１３である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はＭＵＣ５Ｂである。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はＭＵＣ５ＡＣである。複数の実施形態では、微生物組成物は、ヘルパーＴ細胞２型サイトカイン発現を低減させるのに有効である。
【０１９１】
本明細書で提示される「ＩＬ−４」という用語は、組換えまたは天然に存在する形態のインターロイキン４（ＩＬ−４）サイトカイン、または、ＩＬ−４タンパク質の活性（例えば、ＩＬ−４と比較して少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％以内の活性）を維持するそのバリアントもしくはホモログのいずれかを含む。一部の態様では、バリアントまたはホモログは、天然に存在するＩＬ−４ポリペプチドと比較して、配列全体または配列の一部（例えば、５０個、１００個、１５０個または２００個の連続したアミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。複数の実施形態では、ＩＬ−４は、ＮＣＢＩ配列参照ＧＩ：４５０４６６９（受託番号ＮＰ＿０００５８０．１；配列番号１）によって識別されるタンパク質、またはそのアイソフォーム、ホモログもしくは機能性断片である。
【０１９２】
本明細書で提示される「ＩＬ−１０」という用語は、組換えまたは天然に存在する形態のインターロイキン１０（ＩＬ−１０）サイトカイン、または、ＩＬ−１０タンパク質の活性（例えば、ＩＬ−１０と比較して少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％以内の活性）を維持するそのバリアントもしくはホモログのいずれかを含む。一部の態様では、バリアントまたはホモログは、天然に存在するＩＬ−１０ポリペプチドと比較して、配列全体または配列の一部（例えば、５０個、１００個、１５０個または２００個の連続したアミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。複数の実施形態では、ＩＬ−１０は、ＮＣＢＩ配列参照ＧＩ：１０８３５１４１（受託番号ＮＰ＿０００５６３．１；配列番号２）によって識別されるタンパク質、またはそのアイソフォーム、ホモログもしくは機能性断片である。
【０１９３】
本明細書で提示される「ＩＬ−１３」という用語は、組換えまたは天然に存在する形態のインターロイキン１３（ＩＬ−１３）サイトカイン、または、ＩＬ−１３タンパク質の活性（例えば、ＩＬ−１３と比較して少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％以内の活性）を維持するそのバリアントもしくはホモログのいずれかを含む。一部の態様では、バリアントまたはホモログは、天然に存在するＩＬ−１３ポリペプチドと比較して、配列全体または配列の一部（例えば、５０個、１００個、１５０個または２００個の連続したアミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。複数の実施形態では、ＩＬ−１３は、ＮＣＢＩ配列参照ＧＩ：２６７８７９７８（受託番号ＮＰ＿００２１７９．２；配列番号３）によって識別されるタンパク質、またはそのアイソフォーム、ホモログもしくは機能性断片である。
【０１９４】
本明細書で提示される「ＩＬ−１７」という用語は、組換えまたは天然に存在する形態のインターロイキン１７（ＩＬ−１７）サイトカイン、または、ＩＬ−１７タンパク質の活性（例えば、ＩＬ−１７と比較して少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％以内の活性）を維持するそのバリアントもしくはホモログのいずれかを含む。一部の態様では、バリアントまたはホモログは、天然に存在するＩＬ−１７ポリペプチドと比較して、配列全体または配列の一部（例えば、５０個、１００個、１５０個または２００個の連続したアミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。複数の実施形態では、ＩＬ−１７は、ＵｎｉＰｒｏｔ配列参照Ｑ１６５５２（配列番号４）によって識別されるタンパク質、またはそのホモログもしくは機能性断片である。複数の実施形態では、ＩＬ−１７は、ＵｎｉＰｒｏｔ配列参照Ｑ９ＵＨＦ５によって識別されるタンパク質、またはそのアイソフォーム、ホモログもしくは機能性断片である。  
【０１９５】
本明細書で提示される「ＭＵＣ５ＡＣ」という用語は、組換えまたは天然に存在する形態のムチン５ＡＣ（ＭＵＣ５ＡＣ）タンパク質、または、ＭＵＣ５ＡＣタンパク質の活性（例えば、ＭＵＣ５ＡＣと比較して少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％以内の活性）を維持するそのバリアントもしくはホモログのいずれかを含む。一部の態様では、バリアントまたはホモログは、天然に存在するＭＵＣ５ＡＣポリペプチドと比較して、配列全体または配列の一部（例えば、５０個、１００個、１５０個または２００個の連続したアミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。複数の実施形態では、ＭＵＣ５ＡＣは、ＵｎｉＰｒｏｔ配列参照Ｐ９８０８８（配列番号５）によって識別されるタンパク質、またはそのアイソフォーム、ホモログもしくは機能性断片である。
【０１９６】
本明細書で提示される「ＭＵＣ５Ｂ」という用語は、組換えまたは天然に存在する形態のムチン５Ｂ（ＭＵＣ５Ｂ）タンパク質、または、ＭＵＣ５Ｂタンパク質の活性（例えば、ＭＵＣ５Ｂと比較して少なくとも５０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％以内の活性）を維持するそのバリアントもしくはホモログのいずれかを含む。一部の態様では、バリアントまたはホモログは、天然に存在するＭＵＣ５Ｂポリペプチドと比較して、配列全体または配列の一部（例えば、５０個、１００個、１５０個または２００個の連続したアミノ酸部分）にわたって少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％のアミノ酸配列同一性を有する。複数の実施形態では、ＭＵＣ５Ｂは、ＵｎｉＰｒｏｔ配列参照Ｑ９ＨＣ８４（配列番号６）によって識別されるタンパク質、またはそのアイソフォーム、ホモログもしくは機能性断片である。
【０１９７】
複数の実施形態では、方法は、治療有効量の真菌を投与するステップをさらに含む。複数の実施形態では、真菌はＭａｌａｓｓｅｚｉａ真菌である。複数の実施形態では、微生物組成物は、病原性真菌活性を低下させるのに有効である。「病原性真菌活性」は、本明細書で言及される場合、病原性真菌に由来する代謝活性である。複数の実施形態では、病原性真菌はＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓである。複数の実施形態では、病原性真菌は炎症促進性脂質を形成する。
【０１９８】
複数の実施形態では、被験体は新生児である。複数の実施形態では、新生児は、約４週齢未満である。複数の実施形態では、新生児は、少なくとも約１カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、少なくとも約２カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、少なくとも約３カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、少なくとも約４カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、少なくとも約５カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、少なくとも約６カ月にわたって処置される。
【０１９９】
複数の実施形態では、新生児は、約１カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約２カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約３カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約４カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約５カ月にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約６カ月にわたって処置される。
【０２００】
複数の実施形態では、新生児は、約１カ月未満にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約２カ月未満にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約３カ月未満にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約４カ月未満にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約５カ月未満にわたって処置される。複数の実施形態では、新生児は、約６カ月未満にわたって処置される。
【０２０１】
複数の実施形態では、新生児は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３または５４週間にわたって処置される。
【０２０２】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症または結節性紅斑である。複数の実施形態では、炎症性疾患は喘息である。複数の実施形態では、炎症性疾患は潰瘍性大腸炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は過敏性腸症候群である。複数の実施形態では、炎症性疾患は関節炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患はぶどう膜炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は壊疽性膿皮症である。複数の実施形態では、炎症性疾患は結節性紅斑である。
【０２０３】
ある態様では、それを必要とする被験体において抗炎症性代謝産物を増加させる方法が提供される。方法は、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、本明細書に提供される薬学的に活性な賦形剤をさらに含む。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、その実施形態を含め、本明細書に提供される微生物組成物を形成してもよい。したがって、複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、微生物組成物を形成する。
【０２０４】
抗炎症性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質（例えば、リン脂質、多価不飽和脂肪酸）、微生物炭水化物（例えば、イタコン酸、ｎ−アセチルグルコサミン、ｎ−アセチルガラクトサミン、フコシルラクトース）または微生物アミノ酸（例えば、トリプトファン）であり得る。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物炭水化物である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物アミノ酸である。
【０２０５】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症促進性代謝産物を減少させる方法が提供される。方法は、治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを被験体に投与するステップを含む。複数の実施形態では、方法は、本明細書に提供される薬学的に活性な賦形剤をさらに含む。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは、その態様を含め、本明細書に提供される微生物組成物を形成していてもよい。したがって、複数の実施形態では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓは微生物組成物を形成する。
【０２０６】
本明細書に記載の通り、炎症促進性代謝産物は、微生物脂質（例えば、ジヒドロキシ−１２−オクタデセン酸、コール酸またはメチルマロン酸）であり得る。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はジヒドロキシ−１２−オクタデセン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はコール酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はメチルマロン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物炭水化物（例えば、ｎ−アセチルムラミン酸、ラクトビオン酸またはマルトトリオース）である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はｎ−アセチルムラミン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はラクトビオン酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はマルトトリオースである。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物アミノ酸（例えば、オルニチンまたはタウリン）である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はオルニチンである。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物はタウリンである。
【０２０７】
ある態様では、それを必要とする被験体において抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または炎症促進性化合物のレベルを低下させる方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。
【０２０８】
複数の実施形態では、抗炎症性化合物のレベルを上昇させるための方法は、被験体の糞便、血液、血漿、血清、気管支肺胞洗浄液、汗、唾液、痰、リンパ液、脊髄液、尿、涙、胆汁、房水、硝子体液、羊水、母乳、脳脊髄液、耳垢、鼻の粘液、粘液、または皮脂において炎症促進性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または低下させる。
【０２０９】
複数の実施形態では、抗炎症性化合物は、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である。
【０２１０】
複数の実施形態では、被験体は、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に罹患している。
【０２１１】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、本明細書に記載の疾患である。複数の実施形態では、炎症性疾患は潰瘍性大腸炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は過敏性腸症候群である。複数の実施形態では、炎症性疾患は関節炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患はぶどう膜炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は壊疽性膿皮症である。複数の実施形態では、炎症性疾患は結節性紅斑である。
【０２１２】
ある態様では、それを必要とする被験体においてウイルス性呼吸器感染症を処置または防止する方法が提供される。方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。
【０２１３】
複数の実施形態では、ウイルス性呼吸器感染症は、呼吸器合胞体ウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、アデノウイルス、コロナウイルス、またはライノウイルスによって引き起こされる。複数の実施形態では、ウイルス性呼吸器感染症は、細気管支炎、感冒、クループ、または肺炎である。
【０２１４】
複数の態様では、それを必要とする被験体においてアレルギーを処置または防止する方法が提供される。方法は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を被験体に投与するステップを含む。
【０２１５】
複数の実施形態では、アレルギーは、乳、卵、魚、甲殻類、ナッツ類、ピーナッツ、小麦、ネコ、イヌ、もしくは齧歯類からの鱗屑、虫刺され、花粉、ラテックス、チリダニ、または大豆に対するアレルギーである。複数の実施形態では、アレルギーは、小児アレルギー性喘息、枯草熱、またはアレルギー性気道感作である。
Ｖ．検出方法
【０２１６】
ある態様では、炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において抗炎症性代謝産物を検出する方法が提供される。この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料における抗炎症性代謝産物の発現レベルを決定するステップを含む。抗炎症性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質（例えば、リン脂質、多価不飽和脂肪酸）、微生物炭水化物（例えば、イタコン酸、ｎ−アセチルグルコサミン、ｎ−アセチルガラクトサミン、フコシルラクトース）または微生物アミノ酸（例えば、トリプトファン）であり得る。したがって、複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、本明細書に記載される通りの微生物脂質または微生物炭水化物である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、微生物脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、生物炭水化物である。
【０２１７】
複数の実施形態では、化合物（例えば、代謝産物）の発現レベルは、化合物の量（例えば、重量）である。複数の実施形態では、化合物（例えば、サイトカインなどのタンパク質）の発現レベルは、ｍＲＮＡ発現のレベルである。
【０２１８】
ある態様では、炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において炎症促進性代謝産物を検出する方法が提供される。この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料における炎症促進性代謝産物の発現レベルを決定するステップを含む。炎症促進性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質（例えば、ジヒドロキシ−１２−オクタデセン酸、コール酸またはメチルマロン酸）、微生物炭水化物（例えば、ｎ−アセチルムラミン酸、ラクトビオン酸またはマルトトリオース  シルラクトース（ｓｙｌｌａｃｔｏｓｅ））または微生物アミノ酸（例えば、オルニチンまたはタウリン）であり得る。
【０２１９】
ある態様では、それを必要とする被験体において炎症促進性化合物を検出する方法が提供される。この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料における炎症促進性化合物を検出するステップを含む。
【０２２０】
ある態様では、ディスバイオシスまたは炎症性疾患の処置の効果をモニターする方法が提供される。複数の実施形態では、この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップを含む。
【０２２１】
ある態様では、被験体における炎症性疾患の活性を決定する方法が提供される。複数の実施形態では、この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップを含む。
【０２２２】
ある態様では、炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において抗炎症性代謝産物を検出する方法が提供される。複数の実施形態では、この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料における抗炎症性代謝産物の発現レベルを決定するステップを含む。
【０２２３】
複数の実施形態では、被験体は、ディスバイオシスを有するまたはそれを発症するリスクがある。複数の実施形態では、被験体は炎症性疾患を有する。複数の実施形態では、被験体は、炎症性疾患に罹患するリスクがある。
【０２２４】
複数の実施形態では、被験体は、（ｉ）炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／もしくは同胞を少なくとも１名、２名、３名、もしくは４名有する；（ｉｉ）便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫（ｕｒｇｅｎｃｙ）、および／もしくは腹痛に苦しんでいる；ならびに／または（ｉｉｉ）最近１、２、もしくは４カ月以内に抗生物質を投与されている。
【０２２５】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である。
【０２２６】
複数の実施形態では、被験体は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８または２４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約３カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、３カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約５カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、５カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約６カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、６カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約７カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、７カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約９カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、９カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約２４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、２４カ月齢未満である。
【０２２７】
複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または少なくとも約１８歳である。複数の実施形態では、被験体は、２〜１８歳の間であるか、または少なくとも１８歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または少なくとも約１８（例えば、１９、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０）歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約１９歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または１９歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約２０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または２０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約２５歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または２５歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約３０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または３０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約４０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または４０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約５０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または５０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約６０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または６０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約７０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または７０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約８０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または８０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約９０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または９０歳である。
【０２２８】
複数の実施形態では、被験体は、（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している胃腸マイクロバイオームを含む。
【０２２９】
複数の実施形態では、生体試料は体液である。複数の実施形態では、体液は、血液、血漿、血清、糞便水分、または気管支肺胞洗浄液（ｂｒａｎｃｈｅｏａｌｅｏｌａｒ  ｌａｖａｇｅ）である。複数の実施形態では、体液は糞便水分である。
【０２３０】
複数の実施形態では、炎症促進性化合物を検出するステップは、抗原提示細胞を生体試料と接触させることを含む。複数の実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞である。複数の実施形態では、樹状細胞は、血液から単離されたものである。複数の実施形態では、樹状細胞は、健康な被験体（例えば、炎症性疾患、感染症を有さない被験体、および約１、２、３、４、５、または６カ月以内に抗生物質を投与されていない被験体）の血液から単離されたものである。複数の実施形態では、樹状細胞は、末梢血単核細胞から得られた（例えば、単離された、選択された、または富化させた）ものである。複数の実施形態では、樹状細胞は、樹状細胞の初代培養物の一部である。複数の実施形態では、樹状細胞は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回未満継代した樹状細胞の培養物の一部である。複数の実施形態では、樹状細胞は不死化されていない。複数の実施形態では、樹状細胞は、不死化された樹状細胞である。
【０２３１】
複数の実施形態では、炎症促進性化合物を検出するステップは、ナイーブＴ細胞を抗原提示細胞と接触させて、接触したＴ細胞を生じさせることをさらに含む。複数の実施形態では、方法は、接触したＴ細胞および／または接触したＴ細胞の後代によって産生されたサイトカインを検出するステップをさらに含む。複数の実施形態では、Ｔ細胞は、血液から単離されたものである。複数の実施形態では、Ｔ細胞は、健康な被験体（例えば、炎症性疾患、感染症を有さない被験体、および約１、２、３、４、５、または６カ月以内に抗生物質を投与されていない被験体）の血液から単離されたものである。複数の実施形態では、Ｔ細胞は、末梢血単核細胞から得られた（例えば、単離された、選択された、または富化させた）ものである。複数の実施形態では、Ｔ細胞は、Ｔ細胞の初代培養物の一部である。複数の実施形態では、Ｔ細胞は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回未満継代したＴ細胞の培養物の一部である。複数の実施形態では、Ｔ細胞は不死化されていない。複数の実施形態では、Ｔ細胞は、不死化されたＴ細胞である。
【０２３２】
複数の実施形態では、炎症促進性化合物は、（ｉ）ヘルパーＴ（ＴＨ）−２細胞の割合が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；（ｉｉ）ＴＨ−１、ＴＨ−１７、および／もしくはＴＨ２２細胞の割合が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；（ｉｉｉ）ＴＨ−１細胞のＴＨ−２細胞に対する比が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して減少している場合；（ｉｖ）ＩＬ−１７を産生するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；ならびに／または（ｖ）接触したＴ細胞の後代および／もしくはそれの後代によって産生されるＩＬ−４、ＩＬ−１０、および／またはＩＬ−１３の量が対照と比較して増加している場合に検出される。
【０２３３】
複数の実施形態では、対照は、（ｉ）滅菌培養培地と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；（ｉｉ）ディスバイオシス、炎症性疾患、または胃腸感染症を有さない被験体由来の生体試料と接触させた抗原提示細胞と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；ならびに／あるいは（ｉｉｉ）一般集団またはディスバイオシス、炎症性疾患、もしくは胃腸感染症を有さない被験体の集団における割合、比、および／または量に対応する参照値である。
【０２３４】
複数の実施形態では、方法は、被験体において炎症促進性化合物が検出された場合に、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置またはさらなる検査もしくはモニタリングを受けるよう被験体を指導するステップをさらに含む。
【０２３５】
複数の実施形態では、方法は、被験体において炎症促進性化合物が検出された場合に、被験体にその実施形態を含め本明細書に記載される通りの組成物を投与するステップをさらに含む。
【０２３６】
複数の実施形態では、方法は、被験体において炎症促進性化合物が検出された場合に、被験体を、ディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあると診断するステップをさらに含む。
【０２３７】
複数の実施形態では、被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。複数の実施形態では、方法は、（ｉ）被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）その実施形態を含め本明細書に記載される方法に従って炎症促進性化合物を検出するステップとを含む。
【０２３８】
開示されている方法の一部の例では、抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを評価し、そのレベルを抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の対照発現レベルと比較する。対照レベルとは、疾患（例えば、炎症性疾患）がない、疾患もしくは病態の選択されたステージにある、または治療剤などの特定の変数の不在下での試料または被験体に由来する特定の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを意味する。あるいは、対照レベルは、既知量の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物を含む。そのような既知量は、疾患がない、疾患もしくは病態の選択されたステージにある、または治療剤などの特定の変数の不在下での被験体の平均レベルと相関する。対照レベルは、１つまたは複数の選択された本明細書に記載の試料または被験体に由来する１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルも含む。例えば、対照レベルは、疾患（例えば、炎症性疾患）を有さない、疾患（例えば、炎症性疾患）の進行の選択されたステージにある、または疾患に対する処置を受けていない被験体に由来する試料中の１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルの評価を含む。別の例示的な対照レベルは、疾患を有さない、疾患の進行の選択されたステージにある、または疾患に対する処置を受けていない複数の被験体から取得した試料中の１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルの評価を含む。
【０２３９】
対照レベルが、治療剤（例えば、その実施形態を含めた本明細書で提示される微生物組成物）の不在下での試料または被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを含む場合、対照試料または被験体は、任意選択で、治療剤を用いた処置の前もしくは後に試験される、同じ試料もしくは被験体である、または、治療剤の不在下での選択された試料もしくは被験体である。あるいは、対照レベルは、特定の疾患を有さないいくつかの被験体から算出される平均発現レベルである。対照レベルは、当技術分野で公知の既知対照レベルまたは値も含む。
【０２４０】
複数の実施形態では、生体試料は体液である。複数の実施形態では、体液は、血清、糞便水分または気管支肺胞洗浄液である。複数の実施形態では、体液は血清である。複数の実施形態では、体液は糞便水分である。複数の実施形態では、体液は気管支肺胞洗浄液である。複数の実施形態では、生体試料は組織である。複数の実施形態では、組織は、肺、脾臓、または回腸組織である。複数の実施形態では、生体試料は細胞である。複数の実施形態では、生体試料は肺細胞である。複数の実施形態では、生体試料は脾臓細胞である。複数の実施形態では、生体試料は、回腸細胞である。複数の実施形態では、試料は１つまたは複数の細菌細胞である。
【０２４１】
複数の実施形態では、生体試料は、濾過および／または遠心分離によって得られる体液である。例えば、生体試料は、例えば血液もしくは糞便の濾液または遠心分離された血液もしくは糞便の上清であり得る。複数の実施形態では、濾液を遠心分離する。複数の実施形態では、上清を濾過する。複数の実施形態では、遠心分離を使用して流体のフィルター通過を増加させる。フィルターの非限定的な例としては、例えば、直径（もしくは平均直径）が５０、１００、２００、３００、４００、５００、５０〜５００、５０〜１００、１００〜５００ｎｍよりも大きい、または直径（例えば、平均直径）が０．５、１、１．５、２、２．５、５、１０、１５、２５、５０、１００、もしくは２００ミクロンよりも大きい任意の分子を制限するフィルターが挙げられる。複数の実施形態では、フィルターは、直径が約５０、１００、２００、３００、４００、５００、５０〜５００、５０〜１００、１００〜５００ｎｍまたは直径が約０．５、１、１．５、２、２．５、５、１０、１５、２５、５０、１００、もしくは２００ミクロンのポアを有する。
【０２４２】
複数の実施形態では、化合物（例えば、代謝産物）および／またはそれの発現レベルを検出するステップは、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、質量分析（ＭＳ）、誘導結合プラズマ質量分析（ＩＣＰ−ＭＳ）、加速器質量分析（ＡＭＳ）、熱イオン化質量分析（ＴＩＭＳ）およびスパーク光源質量分析（ＳＳＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）、および／またはＭＡＬＤＩ−ＴＯＦを含む。
【０２４３】
複数の実施形態では、化合物の発現レベルを検出するステップは、細胞を溶解させることを含む。複数の実施形態では、化合物の発現レベルを検出するステップは、ポリメラーゼ連鎖反応（例えば、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応）、マイクロアレイ解析、免疫組織化学的検査、またはフローサイトメトリーを含む。
【０２４４】
複数の実施形態では、決定するステップは、（ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて抗炎症性代謝産物を抗原提示細胞と接触させ、それにより、代謝産物−抗原提示細胞を形成させることと；（ｂ）代謝産物−抗原提示細胞をＴ細胞と接触させ、それにより、接触したＴ細胞を形成させることと；（ｃ）接触したＴ細胞によって産生されたサイトカインを検出することとを含む。複数の実施形態では、サイトカインは活性化されたまたは分化しているＴ細胞によって産生される。
【０２４５】
複数の実施形態では、決定するステップは、（ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて炎症促進性代謝産物を抗原提示細胞と接触させ、それにより、代謝産物−抗原提示細胞を形成させることと；（ｂ）代謝産物−抗原提示細胞をＴ細胞と接触させ、それにより、接触したＴ細胞を形成させることと；（ｃ）接触したＴ細胞によって産生されたサイトカインを検出することとを含む。
【０２４６】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症または結節性紅斑である。複数の実施形態では、炎症性疾患は喘息である。複数の実施形態では、炎症性疾患は潰瘍性大腸炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は過敏性腸症候群である。複数の実施形態では、炎症性疾患は関節炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患はぶどう膜炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は壊疽性膿皮症である。複数の実施形態では、炎症性疾患は結節性紅斑である。
【０２４７】
ある態様では、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇または抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む。
【０２４８】
ある態様では、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇が、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む。
【０２４９】
別の態様では、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、標準対照と比べて抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む。
【０２５０】
複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である。抗炎症性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質（例えば、リン脂質、多価不飽和脂肪酸）、微生物炭水化物（例えば、イタコン酸、ｎ−アセチルグルコサミン、ｎ−アセチルガラクトサミン、フコシルラクトース）または微生物アミノ酸（例えば、トリプトファン）であり得る。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物炭水化物である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物アミノ酸である。
【０２５１】
複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である。炎症促進性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質（例えば、ジヒドロキシ−１２−オクタデセン酸、コール酸またはメチルマロン酸）、微生物炭水化物（例えば、ｎ−アセチルムラミン酸、ラクトビオン酸またはマルトトリオース  シルラクトース）または微生物アミノ酸（例えば、オルニチンまたはタウリン）であり得る。
【０２５２】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症または結節性紅斑である。複数の実施形態では、炎症性疾患は喘息である。複数の実施形態では、炎症性疾患は潰瘍性大腸炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は過敏性腸症候群である。複数の実施形態では、炎症性疾患は関節炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患はぶどう膜炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は壊疽性膿皮症である。複数の実施形態では、炎症性疾患は結節性紅斑である。
【０２５３】
ある態様では、炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法が提供される。方法は、（ｉ）第１の時点での被験体における抗炎症性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での被験体における抗炎症性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）抗炎症性代謝産物の第２の発現レベルを抗炎症性代謝産物の第１の発現レベルと比較し、それにより、被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む。
【０２５４】
複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物炭水化物である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物アミノ酸である。
【０２５５】
ある態様では、炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法が提供される。方法は、（ｉ）第１の時点での被験体における炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での被験体における炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルと比較し、それにより、被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む。
【０２５６】
複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物脂質である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物炭水化物である。複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は微生物アミノ酸である。
【０２５７】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症または結節性紅斑である。複数の実施形態では、炎症性疾患は喘息である。複数の実施形態では、炎症性疾患は潰瘍性大腸炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は過敏性腸症候群である。複数の実施形態では、炎症性疾患は関節炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患はぶどう膜炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は壊疽性膿皮症である。複数の実施形態では、炎症性疾患は結節性紅斑である。
【０２５８】
ある態様では、被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。この方法は、（ｉ）被験体から生体試料を取得するステップ、および（ｉｉ）生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップを含む。
【０２５９】
複数の実施形態では、被験体は、細菌性、ウイルス性、または真菌性胃腸感染症に罹患しているまたは罹患している人と一緒に住んでいる。
【０２６０】
複数の実施形態では、被験体は、（ｉ）炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／もしくは同胞を少なくとも１名、２名、３名、もしくは４名有する；（ｉｉ）便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫（ｕｒｇｅｎｃｙ）、および／もしくは腹痛に苦しんでいる；ならびに／または（ｉｉｉ）最近１、２、もしくは４カ月以内に抗生物質を投与されている。
【０２６１】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である。
【０２６２】
複数の実施形態では、被験体は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８または２４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約３カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、３カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約５カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、５カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約６カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、６カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約７カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、７カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約９カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、９カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１２カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約１８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、１８カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、約２４カ月齢未満である。複数の実施形態では、被験体は、２４カ月齢未満である。
【０２６３】
複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または少なくとも約１８歳である。複数の実施形態では、被験体は、２〜１８歳の間であるか、または少なくとも１８歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または少なくとも約１８（例えば、１９、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０）歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約１９歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または１９歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約２０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または２０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約２５歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または２５歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約３０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または３０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約４０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または４０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約５０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または５０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約６０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または６０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約７０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または７０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約８０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または８０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または約９０歳である。複数の実施形態では、被験体は、約２〜約１８歳の間であるか、または９０歳である。
【０２６４】
複数の実施形態では、被験体は、（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している胃腸マイクロバイオームを含む。
【０２６５】
複数の実施形態では、生体試料は体液である。複数の実施形態では、体液は、血液、血漿、血清、糞便水分、または気管支肺胞洗浄液（ｂｒａｎｃｈｅｏａｌｅｏｌａｒ  ｌａｖａｇｅ）である。複数の実施形態では、体液は糞便水分である。
【０２６６】
複数の実施形態では、生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップは、抗原提示細胞を生体試料と接触させることを含む。複数の実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞である。
【０２６７】
複数の実施形態では、生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップは、ナイーブＴ細胞を抗原提示細胞と接触させて、接触したＴ細胞を生じさせることをさらに含む。
【０２６８】
複数の実施形態では、方法は、接触したＴ細胞および／または接触したＴ細胞の後代によって産生されたサイトカインを検出するステップをさらに含む。
【０２６９】
複数の実施形態では、（ｉ）ヘルパーＴ（ＴＨ）−２細胞の割合が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；（ｉｉ）ＴＨ−１、ＴＨ−１７、および／もしくはＴＨ２２細胞の割合が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；（ｉｉｉ）ＴＨ−１細胞のＴＨ−２細胞に対する比が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して減少している場合；（ｉｖ）ＩＬ−１７を産生するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；ならびに／または（ｖ）接触したＴ細胞の後代および／もしくはそれの後代によって産生されるＩＬ−４、ＩＬ−１０、および／またはＩＬ−１３の量が対照と比較して増加している場合に、生体試料は炎症促進性であると検出される。
【０２７０】
複数の実施形態では、対照は、（ｉ）滅菌培養培地と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；（ｉｉ）ディスバイオシス、炎症性疾患、または胃腸感染症を有さない被験体由来の生体試料と接触させた抗原提示細胞と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；ならびに／あるいは（ｉｉｉ）一般集団またはディスバイオシス、炎症性疾患、もしくは胃腸感染症を有さない被験体の集団における割合、比、および／または量に対応する参照値である。
【０２７１】
複数の実施形態では、方法は、生体試料が炎症促進性であると検出された場合に、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置またはさらなる検査もしくはモニタリングを受けるよう被験体を指導するステップをさらに含む。
【０２７２】
複数の実施形態では、方法は、生体試料が炎症促進性であることが検出される場合に、被験体にその実施形態を含めた本明細書に記載の細菌集団または組成物を投与するステップをさらに含む。
【０２７３】
複数の実施形態では、被験体は、（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している胃腸マイクロバイオームを含む。
【０２７４】
複数の実施形態では、方法は、被験体が、（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している胃腸マイクロバイオームを有するかどうかを決定するステップをさらに含む。
【０２７５】
複数の実施形態では、その実施形態を含めた本明細書に記載の方法に従って、ディスバイオシス、ウイルス性呼吸器感染症、または炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることが決定された被験体において、ディスバイオシス、ウイルス性呼吸器感染症、または炎症性疾患を処置または防止する方法。複数の実施形態では、方法は、被験体に本明細書に開示されている細菌集団を投与するステップを含む。
【０２７６】
別の態様では、被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む。
【０２７７】
複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物炭水化物である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物アミノ酸である。
【０２７８】
別の態様では、被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む。
【０２７９】
複数の実施形態では、炎症促進性代謝産物は、本明細書で提示される微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物脂質である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物炭水化物である。複数の実施形態では、抗炎症性代謝産物は微生物アミノ酸である。
【０２８０】
複数の実施形態では、炎症性疾患は、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症または結節性紅斑である。複数の実施形態では、炎症性疾患は喘息である。複数の実施形態では、炎症性疾患は潰瘍性大腸炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は過敏性腸症候群である。複数の実施形態では、炎症性疾患は関節炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患はぶどう膜炎である。複数の実施形態では、炎症性疾患は壊疽性膿皮症である。複数の実施形態では、炎症性疾患は結節性紅斑である。
【０２８１】
ある態様では、被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇または抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む。
【０２８２】
ある態様では、炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）第１の時点での被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルと比較し、それにより、被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む方法が提供される。
【０２８３】
ある態様では、被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法が提供される。方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における発現レベルに少なくとも一部基づいて、被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む。
【０２８４】
【表１−１】
2019512473.tif 000003
【表１−２】
2019512473.tif 000004
【表１−３】
2019512473.tif 000005
【表１−４】
2019512473.tif 000006
【０２８５】
本明細書に記載の実施例および実施形態は単に例示目的のものであること、ならびに、それらを考慮した種々の改変または変化が当業者には連想され、本出願の主旨および権限ならびに添付の特許請求の範囲の範囲内に含まれることが理解される。本明細書において引用されている刊行物、特許および特許出願は全て、あらゆる目的に関してそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施形態
【０２８６】
実施形態は、以下のＰ１〜Ｐ３４を含む。
【０２８７】
実施形態Ｐ１．それを必要とする被験体において炎症性疾患を処置または防止する方法であって、該被験体に治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを投与するステップを含む方法。
【０２８８】
実施形態Ｐ２．薬学的に活性な賦形剤をさらに含む、実施形態１に記載の方法。
【０２８９】
実施形態Ｐ３．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓが微生物組成物を形成する、実施形態１または２に記載の方法。
【０２９０】
実施形態Ｐ４．前記微生物組成物が、腸への投与に有効である、実施形態３に記載の方法。
【０２９１】
実施形態Ｐ５．前記微生物組成物が、抗炎症性代謝産物を増加させるのに有効である、実施形態３に記載の方法。
【０２９２】
実施形態Ｐ６．前記微生物組成物が、炎症促進性代謝産物を減少させるのに有効である、実施形態３に記載の方法。
【０２９３】
実施形態Ｐ７．前記抗炎症性代謝産物が、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である、実施形態５に記載の方法。
【０２９４】
実施形態Ｐ８．前記炎症促進性代謝産物が、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である、実施形態６に記載の方法。
【０２９５】
実施形態Ｐ９．前記炎症促進性代謝産物が、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３またはＭＵＣ５Ｂである、実施形態８に記載の方法。
【０２９６】
実施形態Ｐ１０．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓが、代謝的に活性である、実施形態１または９のうちの１項に記載の方法。
【０２９７】
実施形態Ｐ１１．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓが、代謝的に不活性である、実施形態１または９のうちの１項に記載の方法。
【０２９８】
実施形態Ｐ１２．治療有効量の真菌を投与するステップをさらに含む、実施形態１から１１のうちの１項に記載の方法。
【０２９９】
実施形態Ｐ１３．前記被験体が新生児である、実施形態１から１２のうちの１項に記載の方法。
【０３００】
実施形態Ｐ１４．前記炎症性疾患が、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、または結節性紅斑である、実施形態１〜１３のうちの１項に記載の方法。
【０３０１】
実施形態Ｐ１５．それを必要とする被験体において抗炎症性代謝産物を増加させる方法であって、該被験体に治療有効量のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓを投与するステップを含む方法。
【０３０２】
実施形態Ｐ１６．薬学的に活性な賦形剤をさらに含む、実施形態１５に記載の方法。
【０３０３】
実施形態Ｐ１７．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓおよびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓが微生物組成物を形成する、実施形態１５または１６に記載の方法。
【０３０４】
実施形態Ｐ１８．前記抗炎症性代謝産物が、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である、実施形態１５から１７のうちの１項に記載の方法。
【０３０５】
実施形態Ｐ１９．前記炎症性疾患が、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、または結節性紅斑である、実施形態１５〜１８のうちの１項に記載の方法。
【０３０６】
実施形態Ｐ２０．炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において抗炎症性代謝産物を検出する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料中の抗炎症性代謝産物の発現レベルを決定するステップとを含む方法。
【０３０７】
実施形態Ｐ２１．前記抗炎症性代謝産物が、微生物脂質または微生物炭水化物である、実施形態２０に記載の方法。
【０３０８】
実施形態Ｐ２２．前記生体試料が体液である、実施形態２０または２１に記載の方法。
【０３０９】
実施形態Ｐ２３．前記体液が、血清、糞便水分または気管支肺胞洗浄液である、実施形態２２に記載の方法。
【０３１０】
実施形態Ｐ２４．前記決定するステップが、（ａ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて前記抗炎症性代謝産物を抗原提示細胞と接触させ、それにより、代謝産物−抗原提示細胞を形成させることと、（ｂ）該代謝産物−抗原提示細胞をＴ細胞と接触させ、それにより、接触したＴ細胞を形成させることと、（ｃ）該接触したＴ細胞によって産生されるサイトカインを検出することとを含む、実施形態２０から２３のうちの１項に記載の方法。
【０３１１】
実施形態Ｐ２５．前記炎症性疾患が、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、または結節性紅斑である、実施形態２０〜２４のうちの１項に記載の方法。
【０３１２】
実施形態Ｐ２６．被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、該方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、該標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇または抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む、方法。
【０３１３】
実施形態Ｐ２７．前記炎症性疾患が、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、または結節性紅斑である、実施形態２６に記載の方法。
【０３１４】
実施形態Ｐ２８．前記抗炎症性代謝産物が、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である、実施形態２６に記載の方法。
【０３１５】
実施形態Ｐ２９．炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）第１の時点での該被験体における抗炎症性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での該被験体における抗炎症性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）抗炎症性代謝産物の該第２の発現レベルを抗炎症性代謝産物の該第１の発現レベルと比較し、それにより、該被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む、方法。
【０３１６】
実施形態Ｐ３０．前記炎症性疾患が、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、または結節性紅斑である、実施形態２９に記載の方法。
【０３１７】
実施形態Ｐ３１．前記抗炎症性代謝産物が、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である、実施形態２９に記載の方法。
【０３１８】
実施形態Ｐ３２．被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法であって、該方法は、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、該被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体における該炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む、方法。
【０３１９】
実施形態Ｐ３３．前記炎症性疾患が、喘息、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、関節炎、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、または結節性紅斑である、実施形態３２に記載の方法。
【０３２０】
実施形態Ｐ３４．前記抗炎症性代謝産物が、微生物脂質、微生物炭水化物または微生物アミノ酸である、実施形態３２に記載の方法。
【０３２１】
さらなる実施形態は、以下の実施形態１〜１１１を含む。
【０３２２】
実施形態１．それを必要とする被験体においてディスバイオシスを処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【０３２３】
実施形態２．（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである、実施形態１に記載の方法。
【０３２４】
実施形態３．（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｕｓｔｏｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｉｏｌｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｒａｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｃｈｕｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｎｔｈｅｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｓｓｉａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｌｉｇｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｉｃｏｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｃｃｉｎｏｓｔｅｒｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ、またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｔｈａｎｏｌｉｄｕｒａｎｓ、またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒｖｕｌｕｓである、実施形態１または２に記載の方法。
【０３２５】
実施形態４．前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、芽胞、栄養型細菌、または芽胞と栄養型細菌の混合物の形態である、実施形態１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【０３２６】
実施形態５．前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、芽胞を含む粉末の形態である、実施形態４に記載の方法。
【０３２７】
実施形態６．前記被験体に約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の異なる種の細菌を投与する、実施形態１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【０３２８】
実施形態７．前記細菌集団が、細菌組成物の一部を形成する、実施形態１に記載の方法。
【０３２９】
実施形態８．前記細菌組成物が、約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の細菌種を含む、実施形態７に記載の方法。
【０３３０】
実施形態９．前記細菌組成物が、糞便移植物ではない、実施形態７または８に記載の方法。
【０３３１】
実施形態１０．前記細菌組成物が、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、実施形態７〜９のいずれか１項に記載の方法。
【０３３２】
実施形態１１．前記細菌組成物が、カプセル剤、錠剤、懸濁剤、坐剤、粉剤・散剤、クリーム剤、油剤、水中油エマルション、油中水エマルション、または水性液剤である、実施形態７〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【０３３３】
実施形態１２．前記細菌組成物が、粉末、固体、半固体、または液体の形態である、実施形態７〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【０３３４】
実施形態１３．前記細菌組成物が、２０℃における約０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１未満の水分活性（ａｗ）を有する、実施形態７〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【０３３５】
実施形態１４．前記細菌組成物が、食品または飲料である、実施形態７〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【０３３６】
実施形態１５．前記細菌組成物を経口または直腸投与する、実施形態７〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【０３３７】
実施形態１６．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、粉末の形態である、実施形態１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【０３３８】
実施形態１７．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、凍結乾燥されたものである、実施形態１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【０３３９】
実施形態１８．前記被験体がヒトである、実施形態１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【０３４０】
実施形態１９．前記被験体が、細菌性、ウイルス性、または真菌性胃腸感染症に罹患しているまたは罹患している人と一緒に住んでいる、実施形態１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【０３４１】
実施形態２０．前記被験体が、炎症性疾患を有する、実施形態１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【０３４２】
実施形態２１．前記被験体が、炎症性疾患に罹患するリスクがある、実施形態１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【０３４３】
実施形態２２．前記被験体が、炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／または同胞を少なくとも１名、２名、３名、または４名有する、実施形態１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【０３４４】
実施形態２３．前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、実施形態２０〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【０３４５】
実施形態２４．前記炎症性疾患が、小児アレルギー性喘息または炎症性腸疾患である、実施形態２３に記載の方法。
【０３４６】
実施形態２５．前記被験体が、便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫、および／または腹痛に苦しんでいる、実施形態１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【０３４７】
実施形態２６．前記被験体が、最近１、２、３、または４カ月以内に抗生物質を投与されている、実施形態１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【０３４８】
実施形態２７．前記被験体が新生児である、実施形態１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【０３４９】
実施形態２８．前記被験体が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８、または２４カ月齢未満である、実施形態１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【０３５０】
実施形態２９．前記被験体が、約２から約１８歳の間である、または少なくとも約１８歳である、実施形態１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【０３５１】
実施形態３０．前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、実施形態１〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【０３５２】
実施形態３１．前記有効量が、
（ｉ）前記被験体におけるＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、クレードＩＶもしくはＸＩＶに属するＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｓｐ．、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｓｐ．、および／もしくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．のレベルを上昇させる；
（ｉｉ）前記被験体の糞便中のｐＨを低下させる；
（ｉｉｉ）前記被験体の糞便中の乳酸のレベルを上昇させる；
（ｉｖ）前記被験体における循環イタコネートのレベルを上昇させる；
（ｖ）被験体におけるアレルギー性炎症を処置、軽減、もしくは防止する；
（ｖｉ）前記被験体の気道における適応免疫応答を低減させる；
（ｖｉｉ）胃腸関連腸間膜リンパ節における樹状細胞活性化を低減させる；
（ｖｉｉｉ）前記被験体の肺、血液、血清、もしくは血漿中の修復マクロファージのレベルを上昇させる；
（ｉｘ）前記被験体における抗炎症性化合物のレベルを上昇させる；
（ｘ）前記被験体における炎症促進性化合物のレベルを低下させる；
（ｘｉ）前記被験体におけるエオタキシンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させる；ならびに／または
前記被験体におけるムチンの発現および／もしくは分泌のレベルを低下させる
のに有効である、実施形態１〜３０のいずれか１項に記載の方法。
【０３５３】
実施形態３２．前記有効量が、前記被験体の肺におけるムチンの分泌および／または分泌のレベルを低下させるのに有効である、実施形態３１に記載の方法。
【０３５４】
実施形態３３．前記抗炎症性化合物が、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、実施形態３１または３２に記載の方法。
【０３５５】
実施形態３４．前記抗炎症性化合物がＩＬ−１７である、実施形態３３に記載の方法。
【０３５６】
実施形態３５．前記炎症促進性化合物が、サイトカイン、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、実施形態３１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【０３５７】
実施形態３６．前記炎症促進性化合物が、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−８、ＩＬ−１３、ＴＮＦ−α、またはＭＵＣ５Ｂである、実施形態３５に記載の方法。
【０３５８】
実施形態３７．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、代謝的に活性である、実施形態１または３６のうちの１項に記載の方法。
【０３５９】
実施形態３８．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／またはＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、代謝的に不活性である、実施形態１または３６のうちの１項に記載の方法。
【０３６０】
実施形態３９．前記被験体に（ａ）Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、（ｂ）Ｃｙｓｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．、または（ｃ）真菌微生物を投与するステップをさらに含む、実施形態１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【０３６１】
実施形態４０．それを必要とする被験体において炎症性疾患を処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【０３６２】
実施形態４１．前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、実施形態４０に記載の方法。
【０３６３】
実施形態４２．それを必要とする被験体においてウイルス性呼吸器感染症を処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【０３６４】
実施形態４３．前記ウイルス性呼吸器感染症が、呼吸器合胞体ウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、アデノウイルス、コロナウイルス、またはライノウイルスによって引き起こされる、実施形態４２に記載の方法。
【０３６５】
実施形態４４．前記ウイルス性呼吸器感染症が、細気管支炎、感冒、クループ、または肺炎である、実施形態４２または４３に記載の方法。
【０３６６】
実施形態４５．それを必要とする被験体においてアレルギーを処置または防止する方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【０３６７】
実施形態４６．前記アレルギーが、乳、卵、魚、甲殻類、ナッツ類、ピーナッツ、小麦、ネコ、イヌ、もしくは齧歯類からの鱗屑、虫刺され、花粉、ラテックス、チリダニ、または大豆に対するアレルギーである、実施形態４５に記載の方法。
【０３６８】
実施形態４７．前記アレルギーが、小児アレルギー性喘息、枯草熱、またはアレルギー性気道感作である、実施形態４５または４６に記載の方法。
【０３６９】
実施形態４８．それを必要とする被験体において抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または炎症促進性化合物のレベルを低下させる方法であって、該被験体に、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む有効量の細菌集団を投与するステップを含む方法。
【０３７０】
実施形態４９．前記被験体の糞便、血液、血漿、血清、気管支肺胞洗浄液、汗、唾液、痰、リンパ液、脊髄液、尿、涙、胆汁、房水、硝子体液、羊水、母乳、脳脊髄液、耳垢、鼻の粘液、粘液、または皮脂において前記抗炎症性化合物のレベルを上昇させ、かつ／または前記炎症促進性化合物のレベルを低下させるための、実施形態４８に記載の方法。
【０３７１】
実施形態５０．前記抗炎症性化合物が、微生物脂質、微生物炭水化物、または微生物アミノ酸である、実施形態４８または４９の一項に記載の方法。
【０３７２】
実施形態５１．被験体が、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に罹患している、実施形態４８〜５０のいずれか１項に記載の方法。
【０３７３】
実施形態５２．Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、およびＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．を含む組成物。
【０３７４】
実施形態５３．（ｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．がＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉであり、（ｉｉ）前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．がＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉであり、（ｉｉｉ）前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．がＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａであり、（ｉｖ）前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓであり、（ｖ）前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．がＰｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓである、実施形態５２に記載の方法。
【０３７５】
実施形態５４．約２０、１５、１０、９、８、７、または６種類未満の異なる種の細菌を含む、実施形態５２または５３に記載の組成物。
【０３７６】
実施形態５５．糞便移植物ではない、実施形態５２〜５４のいずれか１項に記載の組成物。
【０３７７】
実施形態５６．薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、実施形態５２〜５５のいずれか１項に記載の組成物。
【０３７８】
実施形態５７．カプセル剤、錠剤、懸濁剤、坐剤、粉剤・散剤、クリーム剤、油剤、水中油エマルション、油中水エマルション、または水性液剤である、実施形態５２〜５６のいずれか１項に記載の組成物。
【０３７９】
実施形態５８．粉末、固体、半固体、または液体の形態である、実施形態５２〜５７のいずれか１項に記載の組成物。
【０３８０】
実施形態５９．２０℃における、約０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１未満の水分活性（ａｗ）を有する、実施形態５２〜５８のいずれか１項に記載の組成物。
【０３８１】
実施形態６０．食品または飲料である、実施形態５２〜５９のいずれか１項に記載の組成物。
【０３８２】
実施形態６１．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、粉末の形態である、実施形態５２〜６０のいずれか１項に記載の組成物。
【０３８３】
実施形態６２．前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．、前記Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．、前記Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐ．、前記Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、および／または前記Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．が、凍結乾燥されたものである、実施形態５２〜６１のいずれか１項に記載の組成物。
【０３８４】
実施形態６３．それを必要とする被験体において炎症促進性化合物を検出する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料中の該炎症促進性化合物を検出するステップとを含む方法。
【０３８５】
実施形態６４．前記被験体が、ディスバイオシスを有するまたはそれを発症するリスクがある、実施形態６３に記載の方法。
【０３８６】
実施形態６５．前記被験体が、炎症性疾患を有する、実施形態６３または６４に記載の方法。
【０３８７】
実施形態６６．前記被験体が、炎症性疾患に罹患するリスクがある、実施形態６３〜６５のいずれか１項に記載の方法。
【０３８８】
実施形態６７．前記被験体が、
（ｉ）炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／もしくは同胞を少なくとも１名、２名、３名、もしくは４名有する；
（ｉｉ）便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫（ｕｒｇｅｎｃｙ）、および／もしくは腹痛に苦しんでいる；ならびに／または
（ｉｉｉ）最近１、２、もしくは４カ月以内に抗生物質を投与されている、
実施形態６３〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【０３８９】
実施形態６８．前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、実施形態６３〜６７のいずれか１項に記載の方法。
【０３９０】
実施形態６９．前記被験体が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８、または２４カ月齢未満である、実施形態６３〜６９のいずれか１項に記載の方法。
【０３９１】
実施形態７０．前記被験体が、約２から約１８歳の間である、または少なくとも約１８歳である、実施形態６３〜６９のいずれか１項に記載の方法。
【０３９２】
実施形態７１．前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、実施形態６３〜７０のいずれか１項に記載の方法。
【０３９３】
実施形態７２．前記生体試料が体液である、実施形態６３〜７１のいずれか１項に記載の方法。
【０３９４】
実施形態７３．前記体液が、血液、血漿、血清、糞便水分、または気管支肺胞洗浄液である、実施形態７２に記載の方法。
【０３９５】
実施形態７４．前記体液が糞便水分である、実施形態７２または７３に記載の方法。
【０３９６】
実施形態７５．前記炎症促進性化合物を検出するステップが、抗原提示細胞を前記生体試料と接触させることを含む、実施形態６３〜７４のいずれか１項に記載の方法。
【０３９７】
実施形態７６．前記抗原提示細胞が樹状細胞である、実施形態７５に記載の方法。
【０３９８】
実施形態７７．前記炎症促進性化合物を検出するステップが、ナイーブＴ細胞を抗原提示細胞と接触させて、接触したＴ細胞を生じさせることをさらに含む、実施形態６３〜７４のいずれか１項に記載の方法。
【０３９９】
実施形態７８．前記接触したＴ細胞および／または該接触したＴ細胞の後代によって産生されたサイトカインを検出するステップをさらに含む、実施形態７７に記載の方法。
【０４００】
実施形態７９．前記炎症促進性化合物が、
（ｉ）ヘルパーＴ（ＴＨ）−２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉ）ＴＨ−１、ＴＨ−１７、および／もしくはＴＨ２２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉｉ）ＴＨ−１細胞のＴＨ−２細胞に対する比が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して減少している場合；
（ｉｖ）ＩＬ−１７を産生するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；ならびに／または
（ｖ）前記接触したＴ細胞の後代および／もしくはそれの後代によって産生されるＩＬ−４、ＩＬ−１０、および／またはＩＬ−１３の量が対照と比較して増加している場合
に検出される、実施形態７７または７８のいずれか１項に記載の方法。
【０４０１】
実施形態８０．前記対照が、（ｉ）滅菌培養培地と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；（ｉｉ）ディスバイオシス、炎症性疾患、または胃腸感染症を有さない被験体由来の生体試料と接触させた抗原提示細胞と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；ならびに／あるいは（ｉｉｉ）一般集団またはディスバイオシス、炎症性疾患、もしくは胃腸感染症を有さない被験体の集団における割合、比、および／または量に対応する参照値である、実施形態７９に記載の方法。
【０４０２】
実施形態８１．前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置またはさらなる検査もしくはモニタリングを受けるよう該被験体を指導するステップをさらに含む、実施形態６３〜８０のいずれか１項に記載の方法。
【０４０３】
実施形態８２．前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、該被験体に実施形態５２から６２までのいずれか一項に記載の組成物を投与するステップをさらに含む、実施形態６３〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【０４０４】
実施形態８３．前記被験体において前記炎症促進性化合物が検出された場合に、該被験体を、ディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあると診断するステップをさらに含む、実施形態６３〜８２のいずれか１項に記載の方法。
【０４０５】
実施形態８４．被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）実施形態６３から８０までのいずれか一項に記載の方法に従って炎症促進性化合物を検出するステップとを含む方法。
【０４０６】
実施形態８５．被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
【０４０７】
実施形態８６．前記被験体が、細菌性、ウイルス性、または真菌性胃腸感染症に罹患しているまたは罹患している人と一緒に住んでいる、実施形態８６に記載の方法。
【０４０８】
実施形態８７．前記被験体が、
（ｉ）炎症性疾患と診断されているいとこ、祖父母、親、おば、おじ、および／もしくは同胞を少なくとも１名、２名、３名、もしくは４名有する；
（ｉｉ）便秘、下痢、鼓脹、尿意逼迫（ｕｒｇｅｎｃｙ）、および／もしくは腹痛に苦しんでいる；ならびに／または
（ｉｉｉ）最近１、２、もしくは４カ月以内に抗生物質を投与されている、
実施形態８５または８６に記載の方法。
【０４０９】
実施形態８８．前記炎症性疾患が、アレルギー、アトピー、喘息、自己免疫疾患、自己炎症性疾患、過敏症、小児アレルギー性喘息、アレルギー性喘息、炎症性腸疾患、セリアック病、クローン病、大腸炎、潰瘍性大腸炎、膠原性大腸炎、リンパ球性大腸炎、憩室炎、過敏性腸症候群、短腸症候群、盲係蹄症候群、慢性持続性下痢、乳児期の難治性下痢、旅行者下痢、免疫増殖性小腸疾患、慢性前立腺炎、腸炎後症候群、熱帯性スプルー、ウィップル病、ウォルマン病、関節炎、関節リウマチ、ベーチェット病、ぶどう膜炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、外傷性脳損傷、乾癬性関節炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、若年発症糖尿病、１型糖尿病、ギラン・バレー症候群、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、強直性脊椎炎、乾癬、シェーグレン症候群、血管炎、糸球体腎炎、自己免疫性甲状腺炎、水疱性類天疱瘡、サルコイドーシス、魚鱗癬、グレーブス眼症、アジソン病、白斑、尋常性ざ瘡、骨盤炎症性疾患、再灌流傷害、サルコイドーシス、移植片拒絶反応、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、およびアトピー性皮膚炎である、実施形態８５〜８７のいずれか１項に記載の方法。
【０４１０】
実施形態８９．前記被験体が、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１２、１８、または２４カ月齢未満である、実施形態８５〜８８のいずれか１項に記載の方法。
【０４１１】
実施形態９０．前記被験体が、約２から約１８歳の間である、または少なくとも約１８歳である、実施形態８５〜８８のいずれか１項に記載の方法。
【０４１２】
実施形態９１．前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、実施形態８５〜９０のいずれか１項に記載の方法。
【０４１３】
実施形態９２．前記生体試料が体液である、実施形態８５〜９１のいずれか１項に記載の方法。
【０４１４】
実施形態９３．前記体液が、血液、血漿、血清、糞便水分、または気管支肺胞洗浄液である、実施形態９２に記載の方法。
【０４１５】
実施形態９４．前記体液が糞便水分である、実施形態９２または９３に記載の方法。
【０４１６】
実施形態９５．前記生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップが、抗原提示細胞を前記生体試料と接触させることを含む、実施形態９３〜９４のいずれか１項に記載の方法。
【０４１７】
実施形態９６．前記抗原提示細胞が樹状細胞である、実施形態９５に記載の方法。
【０４１８】
実施形態９７．前記生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップが、ナイーブＴ細胞を抗原提示細胞と接触させて、接触したＴ細胞を生じさせることをさらに含む、実施形態９５または９６に記載の方法。
【０４１９】
実施形態９８．前記接触したＴ細胞および／または該接触したＴ細胞の後代によって産生されたサイトカインを検出するステップをさらに含む、実施形態９７に記載の方法。
【０４２０】
実施形態９９．  
（ｉ）ヘルパーＴ（ＴＨ）−２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉ）ＴＨ−１、ＴＨ−１７、および／もしくはＴＨ２２細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；
（ｉｉｉ）ＴＨ−１細胞のＴＨ−２細胞に対する比が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して減少している場合；
（ｉｖ）ＩＬ−１７を産生するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合が、前記接触したＴ細胞の後代において対照と比較して増加している場合；ならびに／または
（ｖ）前記接触したＴ細胞の後代および／もしくはそれの後代によって産生されるＩＬ−４、ＩＬ−１０、および／またはＩＬ−１３の量が対照と比較して増加している場合
に生体試料が炎症促進性であると検出される、実施形態９７または９８に記載の方法。
【０４２１】
実施形態１００．前記対照が、（ｉ）滅菌培養培地と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；（ｉｉ）ディスバイオシス、炎症性疾患、または胃腸感染症を有さない被験体由来の生体試料と接触させた抗原提示細胞と接触させた対応するＴ細胞および／またはそれの後代の対応する割合、比、および／または量；ならびに／あるいは（ｉｉｉ）一般集団またはディスバイオシス、炎症性疾患、もしくは胃腸感染症を有さない被験体の集団における割合、比、および／または量に対応する参照値である、実施形態９９に記載の方法。
【０４２２】
実施形態１０１．前記生体試料が炎症促進性であると検出された場合に、ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置またはさらなる検査もしくはモニタリングを受けるよう該被験体を指導するステップをさらに含む、実施形態８５〜１００のいずれか１項に記載の方法。
【０４２３】
実施形態１０２．前記生体試料が炎症促進性であると検出された場合に、該被験体に実施形態５２から６２までのいずれか一項に記載の組成物を投与するステップをさらに含む、実施形態８５〜１０１のいずれか１項に記載の方法。
【０４２４】
実施形態１０３．前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを含む、実施形態９５〜１０２のいずれか１項に記載の方法。
【０４２５】
実施形態１０４．前記被験体が、
（ａ）健康もしくは一般集団と比較してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｂ）健康もしくは一般集団と比較してＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅの割合が低減している；
（ｃ）健康もしくは一般集団と比較してＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．の割合が増加している；
（ｄ）健康もしくは一般集団と比較してＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｅ）健康もしくは一般集団と比較してＭａｌａｓｓｅｚｉａ  ｓｐｐ．の割合が低減している；
（ｆ）健康もしくは一般集団と比較してＢａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．、もしくはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．の割合が増加している；または
（ｇ）健康または一般集団と比較してＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅの割合が増加している
胃腸マイクロバイオームを有するかどうかを決定するステップをさらに含む、実施形態６３〜１０３のいずれか１項に記載の方法。
【０４２６】
実施形態１０５．実施形態８５〜１０３のいずれか１項に記載の方法に従ってディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあると決定された被験体においてディスバイオシスまたは炎症性疾患を処置または防止する方法であって、該被験体にディスバイオシスまたは前記炎症性疾患に対する処置を施すステップを含む方法。
【０４２７】
実施形態１０６．ディスバイオシスまたは炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
【０４２８】
実施形態１０７．被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料が炎症促進性であるかどうかを検出するステップとを含む方法。
【０４２９】
実施形態１０８．炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがある被験体において抗炎症性代謝産物を検出する方法であって、（ｉ）該被験体から生体試料を得るステップと、（ｉｉ）該生体試料中の抗炎症性代謝産物の発現レベルを決定するステップとを含む方法。
【０４３０】
実施形態１０９．被験体がディスバイオシスまたは炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定する方法であって、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性代謝産物または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて上昇したか低下したかを決定するステップであり、該標準対照と比べて炎症促進性代謝産物の発現レベルの上昇または抗炎症性代謝産物の発現レベルの低下が、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあることを示すステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体が炎症性疾患を有するまたはそれを発症するリスクがあるかどうかを決定するステップとを含む方法。
【０４３１】
実施形態１１０．炎症性疾患の治療を受けている被験体または炎症性疾患の治療を受けた患者における炎症性疾患に対する処置の効果をモニタリングする方法であって、（ｉ）第１の時点での該被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第１の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉ）第２の時点での該被験体における抗炎症性または炎症促進性代謝産物の第２の発現レベルを決定するステップと、（ｉｉｉ）抗炎症性または炎症促進性代謝産物の前記第２の発現レベルを抗炎症性または炎症促進性代謝産物の該第１の発現レベルと比較し、それにより、該被験体における炎症性疾患に対する処置の効果を決定するステップとを含む方法。
【０４３２】
実施形態１１１．被験体における炎症性疾患の活動性を決定する方法であって、（ｉ）被験体における１つまたは複数の抗炎症性または炎症促進性代謝産物の発現レベルを検出するステップと、（ｉｉ）該発現レベルが標準対照と比べて調節されているかどうかを決定し、それにより、該被験体における炎症性疾患の活動性を決定するステップと、（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）における該発現レベルに少なくとも一部基づいて、該被験体における該炎症性疾患の活動性を決定するステップとを含む方法。
【実施例】
【０４３３】
以下の実施例は、例示のために提供され、特許請求された発明を限定するものではない。
（実施例１）
胃腸マイクロバイオーム回復のために合理的に設計された微生物共同体
【０４３４】
いかなる科学的理論にも縛られることなく、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉは、腸マイクロバイオームの組成をシフトさせ、胃腸管内の特定の抗炎症性脂肪酸および炭水化物代謝産物を増加させる。いくつかの有益な代謝産物が微生物によって産生される（例えば、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉおよび腸マイクロバイオーム内でそれを共富化する細菌種によって）と予測されるが、他のものは腸マイクロバイオームの変化に応答して引き出される宿主である可能性もある。新生児にＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＧＧを毎日、最初の６カ月齢にわたって補給した試験では、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの補給休止後に同様の代謝的富化に関連する腸マイクロバイオームの変化が最大１２カ月間持続した。
【０４３５】
驚いたことに、細菌種の共同体を構成する細菌集団を使用して、炎症反応を制御する代謝能を導入するまたは回復させることによって慢性炎症性疾患を防止または処置することができる。細菌種の共同体（「共同体」）は、胃腸管内の微生物のコロニー形成パターンを変化させ、最も重要なことに、炎症促進性応答の下方制御に必要な一連の抗炎症性代謝産物を産生する能力を導入するまたは回復させることによってこれを実現する。小児期疾患のリスクの大半は、微生物学的発生に関する若齢期の事象に関連し、この共同体により、リスクの高い新生児および乳児を処置する機会がもたらされる。
【０４３６】
共同体は、例えば、適切な新生児の腸マイクロバイオームの発生および免疫成熟化を導くための治療グレードの製剤または一般用サプリメントとして使用することができる。共同体は、共同体のメンバーが特徴的に枯渇した慢性炎症性疾患に対する糞便移植物の代替として、または撹乱（例えば、抗生物質もしくは抗微生物剤（ａｎｔｉ−ｍｉｃｒｏｂｉａｌ）の投与の周辺もしくはその後の）の後の腸マイクロバイオームの再発生を導くためのサプリメントとして使用することもできる。
【０４３７】
いかなる科学的理論にも縛られることなく、例示的な共同体内の種は、主要なアンカープロバイオティクス種であるＬ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉと共に、共生的に働き、それぞれがこの細菌ギルドの他のメンバーにそれらの生存および宿主免疫の調節（ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ）のための栄養分および補因子を提供する。微生物共同体のレジメン（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよびＭｙｘｏｃｏｃｃｕｓ  ｘａｎｔｈｕｓ）を使用した介入により、個々の共同体メンバーを単独で投与した場合の効果の合計よりも大きな効果に起因して、アレルギー感作からの保護の改善がもたらされる。以前公開されたもの（Ｆｕｊｉｍｕｒａら、（２０１４年）、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．、１１１巻（２号）８０５〜８１０頁）と同様のマウスモデルを使用して、アレルギー性の攻撃を例示的な微生物共同体の補給と組み合わせた。本明細書に記載の通り、宿主免疫応答およびアレルギー反応を、組織学的検査、ｑＲＴ−ＰＣＲ、およびフローサイトメトリーを使用して評価した。
【０４３８】
ゴキブリアレルゲン（ＣＲＡ）マウスモデル。
補給の保護効果を調査するために、Ｃ５７ＢＬ／６マウス（７〜８週齢）に気管内感作を行い（１〜３日目）、その後、ゴキブリアレルゲン（ＣＲＡ）を用いて週に１回、合計３週間にわたって攻撃した。マウスは、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ、陰性ビヒクル対照）、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ（Ｌｊ）、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを欠く微生物共同体（Ｃ−Ｌｊ）、完全な共同体（Ｃ＋Ｌｊ）、または熱により死滅させた完全な共同体（Ｃ＋Ｌｊ熱死滅化、代謝的に不活性な共同体に対する対照）を同時に補給した。第１週において、補給を毎日実施し、その後、残りの２週間にわたって週に２回の補給を行った。補給は全て、ＰＢＳ１００μｌに再懸濁させた細菌を使用した経口強制飼養によって実施した。試験の最後にマウスを安楽死させ、下流の分析のために様々な組織（肺、脾臓、回腸）を採取した。
【０４３９】
肺組織学的検査。各動物から肺組織を採取し、すぐにカーノイズ溶液に入れて終夜固定し、その後、７０％エタノールで脱水した。パラフィン包埋およびヘマトキシリン・エオシン（Ｈ＆Ｅ）または過ヨウ素酸シッフ（ＰＡＳ）を用いた染色のために各群から３つの試料をランダムに選択した。各染色した試料についての画像を、Ａｐｅｒｉｏ  Ｓｃａｎｓｃｏｐｅ  ＸＴ（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を２０×倍率で使用して捕捉した。ＩｍａｇｅＪも使用して、ＰＡＳで染色した各スライドに示されたムチン染色の量をＲＧＢスタックにおいてセット閾値パラメータを使用して緑色チャネルに基づいて定量した。閾値内に入る画像の百分率を測定し、解析した各画像内の陽性染色の百分率を表した。
【０４４０】
遺伝子発現についてのｑＲＴ−ＰＣＲ。マウス肺由来のｍＲＮＡを、ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して抽出した。ＲＮＡ単離の前に、肺試料を、Ｂｕｆｆｅｒ  ＲＬＴ６００μｌを伴うＬｙｓｉｎｇ  Ｍａｔｒｉｘ  Ａチューブ（ＭＰ  Ｂｉｏ）中に入れた。試料を、ＭＰＢｉｏ  ＦａｓｔＰｒｅｐ−２４ホモジナイザーを使用して５．５ｍ／ｓで３０秒間ビーズビーティングした。ＲＮＡ単離手順の残りに関しては製造者の指示に従った。試料当たり合計１．０μｇのＲＮＡをＤＮａｓｅにより処理し、ＲＴ２  Ｆｉｒｓｔ  Ｓｔｒａｎｄ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を製造者の指示に従って使用して逆転写した。アレルギーに関連する遺伝子発現についての定量的ＰＣＲをＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ  ６  Ｆｌｅｘ  ＳｙｓｔｅｍにおいてＣｕｓｔｏｍ  ＲＴ  Ｐｒｏｆｉｌｅｒ  ＰＣＲ  Ａｒｒａｙ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して実施した。反応条件は以下の通りであった：９５℃で１０分、続いて、９５℃で１５秒および６０℃で１分を４０サイクル。サイトカインの遺伝子発現をＧＡＰＤＨに対して正規化し、ＣＲＡで攻撃したＰＢＳ−ビヒクル強制飼養マウスにおける遺伝子発現と比較した倍率変化として表した。サイトカイン発現レベルの統計解析をＰｒｉｓｍ  ６ソフトウェアを使用して実施した。実験群間の遺伝子発現をマン・ホイットニーのＵ検定を使用して比較し、ｐ値≦０．０５を有意であるとみなした。
【０４４１】
ＣＤ４＋Ｔ細胞単離およびフローサイトメトリー分析。
マウス脾臓を取り出し、氷冷Ｒ１０培地（１０％熱不活化ＦＣＳ、２ｍＭのＬ−グルタミン、および１００Ｕ／ｍｌのペニシリン−ストレプトマイシンを補給したＲＰＭＩ１６４０）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）に入れた。滅菌メスを使用して組織を機械的にホモジナイズし、その後、１：１のＲ１０−ＰＢＳ溶液中、３７℃で３０分にわたってコラゲナーゼによる消化を行った（Ｃ６８８５、Ｓｉｇｍａ、１ｍｇ／ｍｌ）。消化物を１６ゲージの鈍端カニューレに１０回通過させ、その後、４０μｍのフィルターによって濾過することによって単一細胞懸濁液を得た。細胞懸濁液を氷冷ＰＢＳ（２％ＦＣＳ、２ｍＭのＥＤＴＡ）で２回洗浄し、４℃、１，２００ｒｐｍで１０分遠心分離してペレットにし、氷上でＲ１０−ＥＤＴＡ培地（２ｍＭのＥＤＴＡを伴うＲ１０）に再懸濁させた。その後の抗体染色および分析のために細胞１００万個を各チューブに分配した。各マウス由来の脾細胞の単一細胞懸濁液を一定分量に分け（ウェル当たり１００万個の細胞）、その後、抗体ＣＤ４（ＲＭ４−５、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｌａｋｅｓ、ＮＪ）、ＣＤ８ａ（５３−６．７、ＢＤ）、ＣＸＣＲ５（ＳＰＲＣＬ５、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、ＰＤ−１（ＲＭＰ１−３０、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、ＣＤ２５（ＰＣ６１、ＢＤ）、およびｌｉｖｅ／ｄｅａｄ  ａｑｕａ  ｓｔａｉｎ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて染色した。表面染色後、ＢＤ  Ｃｙｔｏｆｉｘ／Ｃｙｔｏｐｅｒｍを使用して細胞を透過処理し、内部染色のためにＣＤ３ｅ（５００Ａ２、ＢＤ）、ＩＦＮγ（ＸＭＧ１．２、ＢＤ）、ＩＬ−４（１１Ｂ１１、ＢＤ）、ＩＬ−１７  ＤＥＣ（ｅＢｉｏ１７Ｂ７、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、およびＦｏｘＰ３（ＦＪＫ−１６ｓ、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）特異的抗体と一緒にインキュベートした。染色した細胞をＢＤ  ＬＳＲ  ＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）でフローサイトメトリーによってアッセイした。
【０４４２】
統計解析。ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ６ソフトウェアを使用して統計解析を実施した。実験群を、ダンの多重比較事後検定を伴うクラスカル・ワリス検定によって比較して、試料群間に有意差があるかどうかを決定した。さらに、一部の場合では、２つの群の値を直接比較するためにマン・ホイットニー検定を使用した。Ｐ値≦０．０５を有意であるとみなした。
【０４４３】
結果。完全な共同体（Ｃ＋Ｌｊ）の補給により、アレルギー感作に対して最もロバストな保護がもたらされる。保護は、肺ムチン分泌（図１Ａ〜１Ｂ）、Ｍｕｃ５遺伝子発現（図２）、およびＴｈ２サイトカイン発現（図３Ａ〜３Ｃ）の有意な低減に関連する。アレルギー感作に対するＣ＋Ｌｊによる保護は、ＩＬ−１７分泌ヘルパーＴ細胞の全身的増加と相関する（図４）。Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉは、Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ  ＧＧよりも有効であり、ＣＲＡで攻撃したＣ５７ＢＬ／６マウスの肺におけるアレルギー感作に関連するＭｕｃ５ａｃ発現の減弱に必要である（図５Ａ〜５Ｂ）。腸内微生物叢は、個々の微生物メンバーおよび宿主の免疫応答のどちらにも影響を及ぼす複雑な機能的ネットワークを形成する。合理的に設計された微生物の胃腸共同体（ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）により、個々のプロバイオティクス種よりも大きなアレルギー性気道感作の減弱がもたらされる。
（実施例２）
気道アレルギー感作のマウスモデルに対する共同体の補給の効果
【０４４４】
いかなる科学的理論にも縛られることなく、治療用共同体（ＴＣ）は、健康なヒト腸マイクロバイオームの発生を補助する種子微生物ギルドを表わす。アレルギー性気道感作に対するＴＣ補給の効果を決定するために、ＢＡＬＢ／ｃ動物と異なる腸マイクロバイオームを有し、Ｌ．ｊｏｈｎｓｏｎｉｉを単独で補給した後にアレルギー性気道感作から保護されないＣ５７ＢＬ／６マウスにおける試験を設計した。
【０４４５】
ＴＣ補給の保護効果を調査するために、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに気管内感作を行い（０〜２日目）、その後、３週間の期間の間、１４日目および２０日目にゴキブリアレルゲン（ＣＲＡ）で攻撃した（図１０）。マウスに、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ、陰性ビヒクル対照）またはＴＣのいずれかを０〜５日目、８日目、１２日目、１６日目、および１９日目に経口強制飼養によって補給した（図１０）。表２および図１７は、本研究において利用した処置群を示す。
【０４４６】
出願人らは、異なる処置群の動物の糞便中の微生物群集の組成を、１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列決定を使用して調査した。ＴＣを補給した動物の糞便中に存在する群集は、対照群のものとは有意に組成的に別個であった（図１１Ａ）。重要なことに、ＴＣを補給した群では免疫調節活性の潜在性を有する種が富化された。例えば、ＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍおよびクレードＩＶおよびＸＩＶに属する特定のＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ種は、制御性Ｔ細胞を誘導することが示されている。さらに、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ種は、アレルギー感作疾患発生に対して保護的であると同定されている。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの増大（ｅｘｐａｎｓｉｏｎ）は、対照動物におけるアレルギー感作に特徴的であった。結論として、マウスへのＴＣの経口補給により、免疫寛容の誘導に関連する属の相対的存在量の増加が促進される（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、ＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａおよびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ；図１１Ａおよび１１Ｂ）。
【０４４７】
ＴＣの経口補給により、腸の管腔および末梢のどちらにおいても代謝的再プログラミングが促進された（図１２Ａ〜１２Ｂおよび図１８Ａ〜１８Ｃ）。修復マクロファージエフェクター表現型に関連するイタコネートのレベルの上昇もＴＣを補給した動物において同定された。
【０４４８】
ＴＣを補給したマウスでは、ＰＢＳで処置したＣＲＡ攻撃した動物と比較して、ＣＲＡ攻撃に応答したアレルギー性炎症が有意に低減することが実証された（図１３Ａ〜１３Ｂ；図１４Ａ〜１４Ｂ；図１５Ａ〜１５Ｃ）。したがって、ＴＣ補給により、気道アレルギー感作のマウスモデルにおけるアレルギー性炎症が有意に低減した。
【０４４９】
マウスへのＴＣの経口補給により、修復マクロファージエフェクター表現型がもたらされた（図１６Ａ〜１６Ｆ）。したがって、ＴＣ補給により、気道アレルギー感作のマウスモデルにおける修復マクロファージエフェクター表現型を開始することができる。
（実施例３）
ヒト糞便水分または微生物産物を使用して免疫活性化の状態を評価するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ。
【０４５０】
ヒトマイクロバイオーム試験の欠点の１つは、並行した客観的な免疫の状態に関する情報の欠如である。糞便水分もしくは気管支肺胞洗浄液などの種々の体液に関連する免疫活性化の程度を決定するため、または、微生物の種もしくは微生物の種の組合せの、免疫活性化を誘導するもしくは逆に免疫寛容を誘導する能力を評価するための、ヒトマイクロバイオーム試験に対するパートナーアッセイが本明細書で提示される。本明細書で提示されるアッセイは、慢性炎症性疾患の診断法として、ならびに、疾患に関連する免疫表現型を誘導する（ひいては治療介入の標的経路を同定する）または新規の微生物性の生物学的治療薬に相当する、生物活性のある微生物産物をスクリーニングするために使用することができる。現在までこの能力を有する公知のアッセイは存在しない。
【０４５１】
糞便試料（２５０ｍｇ）を温かいＰＢＳ（２５０μｌ、２０％ＦＣＳを含有する）に１ｇ／１ｍｌ（ｗ／ｖ）で添加し、その後、１分間勢いよくボルテックスした。糞便混合物を３７℃で１０分インキュベートした後、１４，０００ｒｐｍで５分にわたって微量遠心分離することによって細胞性材料を除去した。得られた糞便水分を、０．２μｍのフィルターを通して滅菌し、ＤＣ共インキュベーションに使用した。
【０４５２】
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を健康な成体ドナーの末梢血からＦｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ勾配遠心分離によって単離した。まずＤＣをＥａｓｙＳｅｐ（商標）Ｈｕｍａｎ  Ｐａｎ−ＤＣ  Ｐｒｅ−Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｋｉｔ（ＳＴＥＭＣＥＬＬ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｖａｎｃｏｕｖｅｒ、Ｃａｎａｄａ）を使用してＰＢＭＣから富化させた。富化させたＤＣ（細胞０．５×１０６個／ｍｌ）を糞便水分（２５μｌ）と４８時間共インキュベートし、９６ウェルプレート中、Ｒ１０培地（１０％熱不活化ＦＣＳを伴い、２ｍＭのＬ−グルタミンおよび１００Ｕ／ｍｌのペニシリン−ストレプトマイシンを伴うＲＰＭＩ１６４０；Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）で培養し、最初の２４時間は１０ｎｇ／ｍｌのＧＭ−ＣＳＦおよび２０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４を補給した。その後の２４時間のインキュベーションにはＤＣ成長因子の組合せ（１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦ−α、１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１β、１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−６、および１μＭのＰＧＥ２）を培養物に添加した。４８時間の処理の最後に、ＤＣを新鮮な培地で洗浄（１回）した後、ＣＤ４＋リンパ球と共培養した。
【０４５３】
自己ＣＤ４＋Ｔリンパ球を、ＣＤ４＋Ｔ細胞単離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ、Ｂｅｒｇｉｓｃｈ  Ｇｌａｄｂａｃｈ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して負の選択によってＰＢＭＣから精製した。これらの単離されたＴ細胞をＴｅｘＭＡＣＳ  Ｍｅｄｉｕｍ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）中に懸濁させた後、可溶性抗ＣＤ２８および抗ＣＤ４９ｄ（１μｇ／ｍｌ）の存在下、糞便水分に曝露させたＤＣに１０：１の比で添加した。ＤＣおよびＴ細胞を１２０時間共培養し、４８時間毎に新鮮なＴｅｘＭＡＣＳ  Ｍｅｄｉｕｍを補充した。細胞を、Ｐｈｏｒｂｏｌ  Ｍｙｒｉｓｔａｔｅ  Ａｃｅｔａｔｅ−Ｉｏｎｏｍｙｃｉｎ（Ｓｉｇｍａ）およびＧｏｌｇｉＰｌｕｇ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて刺激し、最終的に１６時間共インキュベートした。これらの共培養物から無細胞培地を採取し、ヒトサイトカインＩＬ−４、ＩＬ−１０、およびＩＬ−１３の濃度についてＥＬＩＳＡ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）によって評価した。
【０４５４】
単一細胞懸濁液を、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ａｂ抗ＣＤ３（ＳＰ３４−２）、抗ＣＤ４（ＳＫ３）、抗ＣＤ２５（Ｍ−Ａ２５１）、抗ＩＦＮγ（Ｂ２７）、抗ＣＤ８ａ（ＲＰＡ−Ｔ８、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ  Ａｂ抗ＩＬ−１０（ＪＥＳ３−９Ｄ７）、抗ＩＬ−４（７Ａ３−３）、Ａｆｆｙｍａｔｒｉｘ  ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｂ抗ＩＬ−２２（２２ＵＲＴＩ）、抗ＩＬ−１７Ａ（６４ＤＥＣ１７）および抗ＦｏｘＰ３（ＰＣＨ１０１）を含む２つの別々の抗体のパネル（表現型パネルおよびサイトカインパネル）を使用して染色した。ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）Ａｑｕａ  Ｄｅａｄ  Ｃｅｌｌ  Ｓｔａｉｎ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して死細胞を同定した。細胞をＣｙｔｏｆｉｘ／Ｃｙｔｏｐｅｒｍ（商標）（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）またはＦｉｘａｔｉｏｎ／  Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ（Ａｆｆｙｍａｔｒｉｘ  ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）のいずれかによって透過処理して、細胞内マーカーＩＦＮγ、ＩＬ−４、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ−２２、ＩＬ−１０、ＦｏｘＰ３について染色した。フロー分析の際、生Ｔ細胞をＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞としてゲーティングした。ＣＤ４＋Ｔ細胞亜集団の中で、Ｔｈ１はＩＦＮγ＋であり、Ｔｈ２はＩＬ−４＋であり、Ｔｈ１７細胞はＩＬ−１７Ａ＋であり、Ｔｈ２２はＩＬ１７Ａ−陰性かつＩＬ−２２＋であり、制御性Ｔ細胞はＣＤ２５ｈｉかつＦｏｘＰ３ｈｉであった。染色した細胞をＢＤ  ＬＳＲ  ＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）でフローサイトメーターによってアッセイした。
【０４５５】
非アトピー新生児由来の糞便水分ではｉｎ  ｖｉｔｒｏにおけるＣＤ４＋ＩＬ４およびＩＬ１３発現が有意に低減する。アトピーは、若齢期の胃腸内細菌過成長およびマウス微生物代謝に関連し、したがって、新生児の腸マイクロバイオームはアレルギー性疾患の発生に関連付けられる。出生コホートからの若齢期の便試料２９８例の微生物叢分析により、３種の組成的に別個の新生児の腸マイクロバイオタイプ（ＮＧＭ１、ＮＧＭ２およびＮＧＭ３）の存在が明らかになった。ＮＧＭ３新生児は、ＮＧＭ１（ＲＲ＝２．９４；９５％ＣＩ  １．４２〜６．０９）またはＮＧＭ２（ＲＲ＝２．０６；９５％ＣＩ  １．０１〜４．１９）と比較して、２歳時に主に多重感作したアトピーに対する有意に高い相対的リスクを示し（ｐ＜０．０３）、また、医師により診断された喘息が報告される可能性がより高かった（ｐ＜０．０３）。低リスクＮＧＭは、共生細菌、真菌ならびに一連の管腔内抗炎症性脂質および炭水化物が有意に富化されていた。ＮＧＭ３新生児は、共生微生物枯渇、真菌増大、ならびに真菌感染症に関連する炎症促進性脂質および宿主由来ステロールの増加として顕在化する代謝的再プログラミングを示した。
【０４５６】
新生児および乳児の腸マイクロバイオームについてのこの試験からの所見により、新生児の代謝的再プログラミングが２歳時のアトピー発生のリスクに関連したこと、および、管腔内容物において抗炎症性炭水化物および脂質の有意な増加を示した新生児ではアレルギー感作に対するリスクが有意に低下したことが示された。以前のマウス試験により、微生物由来の短鎖脂肪酸により気道アレルゲン攻撃からの保護がもたらされることが示されている。出願人らは、公知の抗炎症性脂質および炭水化物が富化された低リスク新生児（ＮＧＭ１）由来の糞便水分がアレルギーに関連するサイトカイン発現を低減する能力を示すことを理論的に説明した。したがって、出願人らは、ＮＧＭ１新生児由来の濾過滅菌した糞便水分を２名の別個の健康な成体ドナーから単離された末梢血単核細胞由来の樹状細胞と共にインキュベートした後に、それらを自己的に精製したナイーブＴ細胞と共インキュベートし、その後、イオノマイシンで刺激した。それぞれヘルパーＴ２（ＣＤ４＋、ＩＬ４＋）細胞およびサイトカイン産生を調査するために使用したフローサイトメトリーおよびＥＬＩＳＡ分析により、両方のドナーにわたって、糞便水分によりＴｈ２細胞の数は実質的な影響を受けないが（図６Ａ）、炎症促進性ＩＬ４およびＩＬ１３の発現は有意にかつ一貫して抑制される（どちらもｐ＜０．０１；図６Ｂおよび図６Ｃ）ことが示された。
【０４５７】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおけるＤＣ−Ｔ細胞活性アッセイにより、炎症促進性潜在性を有する微生物の同定が可能になる。新生児の腸マイクロバイオームおよびアトピーに関する本発明者らの試験では、Ｃａｎｄｉｄａ富化および真菌感染に対する宿主応答（ベータ−シトステロールおよびスチグマステロール）がアトピーＮＧＭ３参加者の高リスクを特徴付ける特徴の１つであった。共生胃腸マイクロバイオームの抗菌除去、その後のＣａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ芽胞の滴下注入を使用するマウス試験により、アレルゲン曝露の不在下でさえアレルギー感作が増強されることが以前に実証されている。いかなる科学的理論にも縛られることを望むものではなく、ＮＭＧ３新生児の腸マイクロバイオームにおけるＣａｎｄｉｄａ富化により、アトピーに関連する適応性ヘルパーＴ細胞サブセットが促進され得ることが理論的に説明された。Ｃａｎｄｉｄａ選択的Ｓａｂｏｕｒａｕｄ培地を使用して、４つの別個の種をＮＧＭ３新生児の便試料から単離し、全長ＩＴＳ配列決定を使用してＣ．ｍｅｔａｐｓｉｌｏｓｉｓ、Ｃ．ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ、Ｃ．ｏｒｔｈｏｐｓｉｌｏｓｉｓ、およびＣ．ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓであることを同定した。これらの４つのＣａｎｄｉｄａ種の培養物由来の濾過滅菌した無細胞上清（ＣＦＳ）を使用して末梢血単核細胞由来の樹状細胞を刺激した後、それらをゴキブリ抗原による刺激の存在下または不在下でナイーブＴ細胞と共インキュベートした。フローサイトメトリー分析を使用してヘルパーＴ２（ＣＤ４＋、ＩＬ４＋）および制御性Ｔ（ＣＤ４＋、ＩＬ１０＋）サブセットを調査した。胃腸内Ｃａｎｄｉｄａ種のそれぞれに由来するＣＦＳでは、ゴキブリアレルゲン攻撃に関係なく、対照（滅菌培養培地）への曝露と比較してＴｈ−２細胞増殖の有意な増加が誘導された（図７Ａ）。他の炎症促進性サイトカインを産生するヘルパーＴ細胞サブセット（ＴＨ１、ＴＨ１７およびＴＨ２２）の有意な増加も観察された。しかし、制御性Ｔサブセットは数の一貫した有意な増加を示さず、実際に、ほとんどの種がＴ−ｒｅｇ数には影響を及ぼさず、１種、Ｃ．ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓではＴ−ｒｅｇが誘導され、別のＣ．ｍｅｔａｐｓｉｌｏｓｉｓではゴキブリアレルゲンによる刺激の存在下でのみＴ−ｒｅｇ細胞数の有意な減少が誘導された（図７Ｂ）。したがって、これらのｉｎ  ｖｉｔｒｏ分析により、以前の動物試験が確証され、アトピーの相対的リスクが有意に高い２歳の新生児の腸マイクロバイオームにおいて富化された別個のＣａｎｄｉｄａ種の分泌物がＤＣによる抗原の提示に関係なくＴｈ−２増殖およびサイトカイン分泌を駆動する能力を有することが示される。
【０４５８】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおけるＤＣ／Ｔ細胞糞便水分アッセイを使用して、別個の糞便中マイクロバイオタイプを示し、疾患の重症度が有意に異なる潰瘍性大腸炎患者のサブセットを識別することができる。統計解析により、ＭＢＴ−１〜ＭＢＴ−３と称される、微生物叢組成（細菌および真菌プロファイリング）に基づくＵＣ患者の３つの亜群を同定することが可能になっている。本発明者らのＵＣ患者の腸内微生物叢に基づく層別化の臨床的意義を、疾患の重症度（簡易臨床大腸炎活動性（ＳＣＣＡ）指数、持続時間（ＵＣ診断からの年数）、結腸外顕在化（関節炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、およびぶどう膜炎）、ならびにＩＢＤを有する第一度および第二度近親者の数のマイクロバイオタイプ間比較によって評価した。ＭＢＴ−１患者はＭＢＴ−２およびＭＢＴ−３群と比較して高いＳＣＣＡスコア中央値を示した（図８Ａ）。これらの患者はまた、より多くの結腸外顕在化を示し、罹病期間がより長く、ＩＢＤと診断された第一度および第二度近親者の数がより多い傾向があった（図８Ｂ〜８Ｄ）。
【０４５９】
健康な微生物叢および疾患に関連する微生物叢の適応免疫応答に影響を及ぼす能力を決定する取り組みにおいて、本発明者らは次に、樹状細胞（ＤＣ；健康なヒトドナーから得たもの）を本発明者らの試験の参加者由来の濾過滅菌した糞便水分に曝露させた後、曝露させたＤＣと同じドナーから得たナイーブＴ細胞と共培養することを伴うｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイを開発した。得られたＴ細胞集団および表現型を、フローサイトメトリーを使用して評価した。健康な対照被験体と比較して、ＵＣ患者をＣＤ４＋Ｔｈ１細胞とＴｈ２細胞の比の有意差によって特徴付けた；患者はＴｈ１：Ｔｈ２比の有意な減少を示した（図９Ａ）。他のＣＤ４＋集団（Ｔｈ１７、Ｔｈ２２、および制御性Ｔ細胞）の存在量は、健康状態に基づいて、相対数にも有意差を示さず、ＣＤ８＋細胞数にも差異がなかった。健康な被験体とＵＣ患者にＴｈ１：Ｔｈ２比の差異が存在したが、有意に異なる疾患の重症度スコアと関連するＵＣ関連腸マイクロバイオタイプもこの比の付随する差異を示すと仮定した。したがって、ＵＣ−マイクロバイオタイプに基づくサイトカイン産生パターンを調査した。最も高い疾患の重症度スコアを示したＭＢＴ−１群は、有意に減少したＴｈ１：Ｔｈ２比を示し（図９Ｂ）、これには、ＣＤ４＋、ＩＬ４発現Ｔ細胞の増大と関連していた（図９Ｃ）。他のＣＤ４＋Ｔ細胞集団（Ｔｈ１７、Ｔｈ２２、およびＴｒｅｇ）でも、ＭＢＴ２およびＭＢＴ３群と比較してＭＢＴ−１群において増大する傾向があった。さらに、ＩＬ−１７を産生するＣＤ８＋Ｔ細胞において、ＭＢＴ−１群がＭＢＴ−２およびＭＢＴ−３患者試料と比較して有意な増加を示した（図９Ｄ）。これらのｉｎ  ｖｉｔｒｏデータは、健康な被験体と比較して、ＵＣ患者は、ＣＤ４＋細胞のＴｈ２が富化された集団に有意に歪むという点、およびＵＣ−マイクロバイオタイプがそれらのＴｈ２への歪みの程度およびＩＬ１７を産生する細胞傷害性ＣＤ８＋細胞の増大のどちらに関しても有意差を示すという点で臨床所見と一致する。したがって、微生物学的層別化により、免疫学的に別個のＵＣ患者集団の同定が可能になる。
【０４６０】
【表２】
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【０４６１】
【表３−１】
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【表３−２】
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【表３−３】
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【０４６２】
【表４−１】
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【表４−２】
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【表４−３】
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【表４−４】
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（実施例４）
新生児の腸内微生物叢は小児期多重感作アトピーおよびＴ細胞分化に関連する
【０４６３】
３カ月時の腸内微生物叢細菌の枯渇および代謝活性の変化は、小児期アトピーおよび喘息に関連付けられる１。組成的に別個のヒト新生児の腸内微生物叢（ＮＧＭ）が存在し、小児期アトピーおよび喘息の相対的リスク（ＲＲ）に示差的に関連するという仮説を立てた。ＵＳ出生コホートからの便試料（ｎ＝２９８；１〜１１カ月齢）および１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列決定を使用して、新生児（年齢中央値、３５日）を３つの微生物叢組成の状態（ＮＧＭ１〜３）に分けることができた。それぞれが２歳時の多重感作アトピーおよび４歳時の医師により診断された喘息に関して実質的に異なるＲＲを負った。ＮＧＭ３と標識された最も高リスクの群では、ある特定の細菌（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、ＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａおよびＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）のより低い相対的存在量、特定の真菌（ＣａｎｄｉｄａおよびＲｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ）のより高い相対的存在量、ならびに、炎症促進性代謝産物が富化された別個の糞便中メタボロームが示された。ヒト成体末梢Ｔ細胞をＮＧＭ３被験体由来の滅菌糞便水分と共にｅｘ  ｖｉｖｏ培養することにより、インターロイキン（ＩＬ）−４を産生するＣＤ４＋細胞の割合が増加し、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋細胞の相対的存在量が減少した。低リスクＮＧＭ状態に対してＮＧＭ３において富化された１２，１３−ＤｉＨＯＭＥにより、ＮＧＭ３糞便水分の相対的なＣＤ４＋ＣＤ２５＋フォークヘッドボックスＰ３（ＦＯＸＰ３）＋細胞存在量に対する効果が再現された。これらの所見により、新生児の腸マイクロバイオームディスバイオシスにより、小児期アトピーに関連するＣＤ４＋Ｔ細胞機能障害が促進される可能性があることが示唆される。
【０４６４】
アトピー、アレルゲンに応答してＩｇＥ抗体が産生される傾向は、最も一般的な慢性健康問題の１つであり２、小児期喘息発生の実質的な危険因子であると考えられる３。最近、この状態は、１２カ月齢時点ではなく３カ月齢時点でのヒト腸内微生物叢内の細菌の分類学的枯渇に結び付けられた１。したがって、組成的におよび機能的に別個の新生児（約１カ月齢）の腸内微生物叢の状態が存在し、また、それらの関連する産物がＣＤ４＋集団に小児期におけるアトピーおよび喘息発生のＲＲに関連する様式で特有に影響するという仮説を立てた。ｒａｃｉａｌｌｙ  ａｎｄ  ｓｏｃｉｏｅｃｏｎｏｍｉｃａｌｌｙ  ｄｉｖｅｒｓｅ  Ｗａｙｎｅ  Ｃｏｕｎｔｙ  Ｈｅａｌｔｈ，  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，  Ａｌｌｅｒｇｙ  ａｎｄ  Ａｓｔｈｍａ  Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ  Ｓｔｕｄｙ  ｂｉｒｔｈ  ｃｏｈｏｒｔ４の参加者から１カ月齢（年齢中央値３５日；範囲１６〜１３８日；ｎ＝１３０；「新生児」）または６カ月齢（年齢中央値２０１日；範囲１７０〜３２２日；ｎ＝１６８；「乳児」）を標的とした試験訪問中に採取した独立した糞便試料を試験した。２歳時の主に多重感作アトピー（ＰＭアトピー）を、被験体を１０種の食品および空中アレルゲンのパネルに対する血清特異的ＩｇＥ（ｓＩｇＥ）応答のパターンに応じてクラスター化する教師なし統計アルゴリズム５である潜在クラス分析を使用して定義した（図２６）。
【０４６５】
集団レベルでは（アトピーの状態とは独立して）、細菌群集のα−多様性（分類群の数および分布）は年齢が上がるにつれて拡張した（ピアソン相関、ｒ＝０．４７、ｐ＜０．００１）。並行して、真菌のα−多様性は収縮し（ピアソン相関、ｒ＝−０．２３、Ｐ＝０．００１４）、これらの微生物界には相反関係が存在した（シャノン指数；ピアソン相関、ｒ＝−０．２４、Ｐ＜０．００１；図１９）。細菌および真菌のβ−多様性（個人間の分類学的組成）は、参加者の年齢に関連した（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ；それぞれＲ２＝０．０５６、Ｐ＜０．００１；およびＲ２＝０．０３４、Ｐ＜０．００１）。新生児の糞便中微生物叢は、一般には、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａｌｅｓ（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）が優位を占めていた。乳児参加者は、ＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅおよびＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅの持続的な存在、しかし相対的存在量の減弱、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ（ＢｌａｕｔｉａおよびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）の増大、ならびに、健康な成人において優勢の真菌目であるＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ（ＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓおよびＣａｎｄｉｄａ）が特徴的に優位を占める真菌群集を示した６。これらの所見から、生後１年にわたる年齢に関連する発育勾配に沿った界間の腸微生物共進化が示される。
【０４６６】
本発明者らの一次仮説に取り組むために、ディリクレ多項式混合（ＤＭＭ）モデルを使用して参加者を細菌群集組成に基づいて群分けした７；３つの別個のＮＧＭの状態（ＮＧＭ１、２および３）が最良のモデルフィットを表した（図２３）。ＰＥＲＭＡＮＯＶＡにより、ＮＧＭ指定により小さいが些細ではない割合の細菌のβ−多様性が説明されることが確認され（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ；Ｒ２＝０．０９、Ｐ＜０．００１）、これにより、ＮＧＭ［年齢では異ならなかった（クラスカル・ワリス；Ｐ＝０．２５６；図２０Ａ）］が若年期における微生物叢の構成の勾配を表し得ることが示された。ＮＧＭは、真菌のβ−多様性と有意な関係を有する傾向があり（Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、Ｒ２＝０．０３７、Ｐ＝０．０６８）、これにより、各ＮＧＭが、存在する優勢の真菌分類群の相対的存在量が主に変動する真菌生物相（ｍｙｃｏｂｉｏｔａ）と相互関連することが示される。乳児試料は、２つの組成的に別個の腸内微生物叢の状態、ＩＧＭ１（一般にはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅが優位を占める）およびＩＧＭ２（一般にはＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅが優位を占める（重み付けされていないＵｎｉＦｒａｃ；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、Ｒ２＝０．０３２、Ｐ＝０．００１））に分けることができ、これらは、年齢が異なる（ウィルコクソン順位和、Ｐ＝０．０２５７）；ＩＧＭ１参加者の方が若齢であった。ＩＧＭの状態は真菌群集のβ−多様性には関連せず（Ｂｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、Ｒ２＝０．０１１、Ｐ＝０．３３）、これは、おそらく乳児被験体ではＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｔａｌｅｓが一貫して富化されていたからである。
【０４６７】
アトピーの従来の定義（ＩｇＥ＞０．３５  ＩＵ／ｍｌ）に従うと、ＮＧＭ群間でＲＲに有意差は観察されなかった（図２１）。しかし、喘息予測的５ＰＭアトピー定義を使用した場合には、ＮＧＭ３参加者は、２歳時に、ＮＧＭ１（ＲＲ＝２．９４；９５％ＣＩ  １．４２〜６．０９  Ｐ＝０．００４；図２１）またはＮＧＭ２群（ＲＲ＝２．０６；９５％ＣＩ  １．０１〜４．１９、Ｐ＝０．０４８；図２１）のいずれと比較しても、より高いアトピーのＲＲを負った。ＮＧＭ３について、４歳時の、親により報告され、医師により診断された喘息のＲＲに関してさらにいっそう大きな効果量が観察された（図２１）。ＰＭアトピーのＮＧＭ関連ＲＲは２歳時の特異的なＩｇＥ応答の合計によって裏付けられた（図２０Ｂ）。ＩＧＭ参加者は、ＰＭアトピー（ＲＲ＝１．０２；９５％ＣＩ  ０．５９〜１．７５、Ｐ＝０．９４；図２７）または喘息（ＲＲ＝０．５１；９５％ＣＩ  ０．２２〜１．１７、Ｐ＝０．１１）について異なるＲＲを示さず、これは、おそらく、年齢範囲の増加およびこの群内の微生物の不均一性に起因するものであった。入手可能な若齢期の特性を使用して、ＩＧＭの状態の中で実質的に別個である、出生した季節、試料採取時の年齢および授乳を含めた因子を同定した。新生児の試験訪問の間に家庭で検出可能なイヌアレルゲン（Ｃａｎ  ｆ  １）濃度（Ｐ＝０．０４５）（ＮＧＭ３群で最低）および赤子の性別（ＮＧＭ３はほぼ完全に男性であった）は、ＮＧＭの間で有意に異なった（Ｐ＝０．０３８）。アレルギー性疾患に一般に関連するこれらおよび他の若齢期の因子を調整したにもかかわらず、ＮＧＭとアトピーまたは喘息の間の関係は持続した。他の大規模な小児腸内微生物叢アトピー試験は１件しか存在せず１、その最年少の参加者は本発明者らのコホートにおける新生児（年齢中央値、３５日）よりも実質的に年齢が上であった（約１００日）。本発明者らのＤＭＭモデルパラメータをこのデータセットに適用することにより、２つの組成的に別個の群（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａが優位を占めるＮＧＭ１およびＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅが優位を占めるＩＧＭ２）が同定され、これにより、示差的なＲＲに関連する別個の先駆微生物叢を同定するためには新生児の便試料の検査が必要であることが示される。
【０４６８】
ＮＧＭ３参加者では、ＮＧＭ１群と比較した場合、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）およびＡｋｋｅｒｍａｎｓｉａ（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）を含めた細菌分類群が特徴的に枯渇していた（ゼロ過剰負の二項回帰（ＺＩＮＢ）、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ、ｑ＜０．０５）。これらの知見は、ＮＧＭ３をＮＧＭ２と比較した場合、および以前に記載されたアトピーに関連する分類学的枯渇１と比較した場合にも一貫していた。菌類学的に、ＮＧＭ３被験体では、多数のＭａｌａｓｓｅｚｉａ分類群が一貫して枯渇していた（ＺＩＮＢ；Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ、ｑ＜０．２０；図２８および図２９）−著しく、この属が新生児の腸内微生物叢において特徴的に富化されているという本発明者らの集団に基づく観察を考慮して。ＮＧＭ３群における真菌分類学的富化も、低リスク群のいずれと比較しても一貫したものであり、ＲｈｏｄｏｔｏｒｕｌａおよびＣａｎｄｉｄａが含まれた（図２８および図２９）。したがって、新生児の界間の微生物叢ディスバイオシスは、小児期におけるＰＭアトピーおよび喘息発生の特性である。
【０４６９】
ＮＧＭ３に関連する細菌分類学的変化は、アミノ酸、脂質および生体異物代謝経路を欠損させるものと予測された８。非標的化液体クロマトグラフィー質量分析により、各ＮＧＭからの代表的な被験体（ＮＧＭメンバーシップの事後確率が最も高い被験体）のサブセット（ｎ＝２８）に存在する糞便代謝産物が同定された。ＮＧＭの１６Ｓ  ｒＲＮＡプロファイル、予測されたメタゲノムおよびメタボロームの間に実質的な相関（Ｐｒｏｃｒｕｓｔｅｓ；図３０）が存在し、これは新生児の腸の細菌群集組成と代謝微小環境の間の確定的な関係を示す。群間比較により、各ＮＧＭにおいて富化されている特定の代謝産物が同定された（ウエルチｔ検定；Ｐ＜０．０５）。アトピーを有する被験体の尿の分析から以前に報告された通り１、ＮＧＭ３参加者では、一次および二次胆汁代謝産物の糞便中富化が示された。しかし、脂質、アミノ酸、炭水化物、ペプチド、生体異物、ヌクレオチド、ビタミンおよびエネルギー代謝経路を含めたより広範な代謝機能障害−本質的に、ＮＧＭ３では細菌経路は欠損していると予測される−が明らかになった。ＮＧＭ１およびＮＧＭ２群は別個の代謝プログラムを示したが、これらは代謝産物の共通のサブセットによってＮＧＭ３とは区別された。これらには、抗炎症性多価不飽和脂肪酸、ドコサペンタエン酸（ｎ３  ＤＰＡ；２２  ｎ５）およびジホモーγ−リノレン酸９，１０（ＤＧＬＡ；２０：３ｎ３またはｎ６）、コハク酸、ならびに腸上皮コロニー形成に影響を及ぼすことが公知である１１，１２母乳オリゴ糖、３−フコシルラクトースおよびラクト−Ｎ−フコペンタオースＩＩが含まれた。対照的に、ＮＧＭ３参加者では、１２，１３−ＤｉＨＯＭＥ、スチグマステロールおよびシトステロール、８−ヒドロキシオクタン酸、α−ＣＥＨＣおよびγ−トコフェロールが一貫して富化されていた。
【０４７０】
ＮＧＭ３参加者由来の滅菌糞便水分（ＮＧＭ１に由来するものと比較して）では、ｅｘ  ｖｉｖｏにおいて、ＣＤ４＋ＩＦＮγ＋：ＣＤ４＋ＩＬ−４＋細胞の比が減少し（線形混合効果モデル（ＬＭＥ）、Ｐ＝０．０９５；図２４）、ＣＤ４＋ＩＬ−４＋細胞の割合（ＬＭＥ、ｐ＜０．００１；図２２Ａ）、および放出されるＩＬ−４の濃度（ＬＭＥ、Ｐ＝０．０４５；図２２Ｂ）が増加し、また、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋細胞の百分率が低下し（対照と比較して；ＬＭＥ、ｐ＜０．０１７；図２２Ｃ）、これにより、ＮＧＭ３腸微小環境により確立されたアトピー性喘息に関連する適応免疫機能障害が促進されることが示される。重み付け相関ネットワーク分析により、３２種の代謝モジュールが同定され、そのうちの１つが、３種のＮＧＭを識別するものであり（ＡＮＯＶＡ；Ｐ＝０．０３８；図２２Ｄ）、中心代謝産物（最も高いモジュールメンバーシップ（ＭＭ）値＝０．９１；図２２Ｅ）としても最もＮＧＭを識別するもの（代謝産物有意性相関に対して最も高いＭＭ（ｒ＝０．８６、Ｐ＜０．００１；図２２Ｅ）としても同定された１２，１３−ＤｉＨＯＭＥを含有した。ＮＧＭ３被験体においてＮＧＭ１およびＮＧＭ２と比較してその相対的富化（どちらに対してもＰ＜０．０５；図２５）によって裏付けられる知見。調査した全ての濃度の１２，１３−ＤｉＨＯＭＥでＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋細胞の割合がビヒクル処理と比較して減少した（ＬＭＥ、それぞれＰ＝０．０４、Ｐ＜０．００１、Ｐ＝０．００１；図２２Ｆ）。
【０４７１】
これらの所見により、新生児の腸内微生物叢が、潜在的に、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団および機能に影響を及ぼす腸微小環境の変化によって小児期アレルギー性喘息に対する易罹患性に影響を及ぼすことが示される。これにより、腸マイクロバイオームの組成および機能を操作するための極めて若齢期の介入により、疾患を防止するための実行可能な戦略がもたらされ得ることが示唆される。
【０４７２】
方法
【０４７３】
受託コード。この試験に関連する全ての配列データは、Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ａｒｃｈｉｖｅ（ＥＮＡ）から受託番号ＰＲＪＥＢ１３８９６の下で入手可能である。追加的な情報はＦｕｊｉｍｕｒａら、２０１６年において入手可能である。
【０４７４】
試験集団。２００３年８月〜２００７年１１月にＷａｙｎｅ  Ｃｏｕｎｔｙ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，Ａｌｌｅｒｇｙ  ａｎｄ  Ａｓｔｈｍａ  Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ  Ｓｔｕｄｙ（ＷＨＥＡＬＳ）の一部として２１歳から４９歳の間の妊娠中の女性（ｎ＝１，２５８）を集めた。ＷＨＥＡＬＳは、以前に記載されている通り４、アレルギー性疾患に対する若齢期の危険因子を調査するためにデザインされたミシガン南東部からの前向き出生コホートである。簡単に述べると、デトロイト、ミシガン、およびその周辺の連続した郵便番号の予め定義されたクラスター内に居住しており、その地域から転出する意志がなく、書面によるインフォームドコンセントを提供した女性を適格とみなした。追跡面談を５回、小児出生後１、６、１２、２４および４８カ月の時点で行い、２４カ月時点の面談予約は正式認可を受けたアレルギー専門医が小児を評価することができるように標準化された試験診療所におけるものにした。１カ月および６カ月の往診時に小児から便試料を採取した。この研究の全ての態様はＨｅｎｒｙ  Ｆｏｒｄ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  Ｂｏａｒｄによって承認されたものであった。
【０４７５】
便中マイクロバイオーム分析のためのＷＨＥＡＬＳ被験体の試料の判定基準。この試験のために、ＩｇＥ測定のための採血を含む２４カ月時点の外来受診が完了し、便試料採取と同時に自宅で採取した塵試料を有する小児を選択した（ｎ＝３０８）。１カ月齢から１１カ月齢までにわたる小児からの便試料を現場スタッフが往診中に収集し、−８０℃で保管した。試料をランダム化した後、ドライアイスに詰めてＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ（ＵＣＳＦ）宛てに輸送し、そこでも、処理するまで−８０℃で保管した。
【０４７６】
ＰＭ−アトピーおよび喘息の定義。２歳時の外来受診時に採取した血液を使用して、総ＩｇＥおよび１０種のアレルゲン特異的ＩｇＥ（ｓＩｇＥ）：Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ）、チャバネゴキブリ（Ｂｌａｔｔｅｌｌａ  ｇｅｒｍａｎｉｃａ  Ｂｌａ  ｇ  ２）、イヌ（Ｃａｎｉｓ  ｌｕｐｕｓ  ｆａｍｉｌｉａｒｉｓ  Ｃａｎ  ｆ  １）、チリダニ（Ｄｅｒｍａｔｏｐｈａｇｏｉｄｅｓ  ｆａｒｉｎａｅ  Ｄｅｒ  ｆ  １）、鶏卵（卵）、ネコ（Ｆｅｌｉｓ  ｄｏｍｅｓｔｉｃｕｓ  Ｆｅｌ  ｄ  １）、牛乳（乳）、ピーナッツ（Ａｒａｃｈｉｓ  ｈｙｐｏｇａｅａ）、ブタクサ（Ａｍｂｒｏｓｉａ  ａｒｔｅｍｉｓｉｉｆｏｌｉａ）およびオオアワガエリ（Ｐｈｌｅｕｍ  ｐｒａｔｅｎｓｅ）の参加者のレベルを決定した。Ｐｈａｒｍａｃｉａ  ＵｎｉＣＡＰ  ｓｙｓｔｅｍ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）を使用して特異的ＩｇＥを測定した。ＷＨＥＡＬＳコホート全体と同様に５、潜在クラス分析を使用して参加者を１０種のアレルゲンｓＩｇＥの感作パターンに応じて４つの別個のアトピークラスに群分けした。本発明者らのサブセットは４つの潜在クラス：（ｉ）低感作または感作なし（ｎ＝２２６）；（ｉｉ）高度に感作（食物および吸入アレルゲンの両方；ｎ＝９）；（ｉｉｉ）乳および卵が優位を占める感作（ｎ＝５０）または（ｉｖ）ピーナッツおよび吸入抗原（ｉｎｈａｌａｎｔ）（複数可）が優位を占める感作（ｎ＝１３）のうちの１つに割り当てられた。試料サイズが原因で、潜在クラスｉｉ〜ｉｖはつぶれ、「優勢に多重感作された」とみなされ（ＰＭアトピー；ｎ＝７２）；残りの被験体は「低感作または感作なし」群であった。従来のアトピーの定義（１０種のアレルゲンのいずれかに対する少なくとも１つの陽性検査（ｓＩｇＥ≧０．３５ＩＵ  ｍｌ−１））も比較のために使用した。小児を、４歳時の面談で親により報告された医師による喘息の診断に応じて喘息を有すると定義した。
【０４７７】
細菌群集プロファイリングおよび真菌群集プロファイリング、ＰＩＣＲＵＳｔ分析およびメタボロミック分析。ＤＮＡ抽出。乳児３０８名からの便試料を、改変臭化セチルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）緩衝液に基づくプロトコール１３を使用することによって抽出した。簡単に述べると、２ｍｌのＬｙｓｉｎｇ  Ｍａｔｒｉｘ  Ｅチューブ（ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ、Ｓａｎｔａ  Ａｎａ、ＣＡ）中の便２５ｍｇに、改変ＣＴＡＢ抽出緩衝液０．５ｍｌを添加し、次いで、インキュベートした（６５℃、１５分）。試料をＦａｓｔｐｒｅｐ−２４（ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ、Ｓａｎｔａ  Ａｎａ、ＣＡ）中、ビーズビーティングし（５．５ｍ  ｓ−１、３０秒）、その後、フェノール：クロロホルム：イソアミルアルコール（２５：２４：１）０．５ｍｌを添加した。遠心分離後（１４，０００ｒｐｍ、５分）、上清をｈｅａｖｙ  ｐｈａｓｅ−ｌｏｃｋ  ｇｅｌ  ｔｕｂｅ（５  Ｐｒｉｍｅ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ）に添加し、クロロホルム（ｖ：ｖ）を添加した。試料を遠心分離し（１４，０００ｒｐｍ、５分）、得られた上清を新しいチューブに添加し、その後、直鎖状アクリルアミド１μｌを添加した後、ＰＥＧ−ＮａＣｌ（２ｖ：ｖ）を添加した。試料をインキュベートし（２１℃、２時間）、７０％ＥｔＯＨで洗浄し、１０ｍＭのＴｒｉｓ−Ｃｌ、ｐＨ８．５に再懸濁させた。
【０４７８】
配列決定調製。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ４領域をＣａｐｏｒａｓｏら１４により設計された通り増幅した。０．０２５ＵのＴａｋａｒａ  Ｈｏｔ  Ｓｔａｒｔ  ＥｘＴａｑ（Ｔａｋａｒａ  Ｍｉｒｕｓ  Ｂｉｏ  Ｉｎｃ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、ＭｇＣｌ２、０．４ｐｍｏｌ／μｌのＦ５１５およびＲ８０６プライマー、０．５６ｍｇ／ｍｌのウシ血清アルブミン（ＢＳＡ；Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）、２００μＭのｄＮＴＰおよびｇＤＮＡ１０ｎｇを含む１×Ｔａｋａｒａ緩衝液を使用して反応物２５μｌでＰＣＲ反応を実施した。反応を、以下を用いて３連で実施した：最初の変性（９８℃、２分）、９８℃（２０秒）、５０℃でのアニーリング（３０秒）、７２℃での伸長（４５秒）を３０サイクル、および７２℃で最終的な伸長（１０分）。アンプリコンをプールし、２％ＴＢＥアガロースｅゲル（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹ）を使用して検証した後、ＡＭＰｕｒｅ  ＳＰＲＩビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して精製し、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ  ＤＮＡ  １０００  Ｋｉｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）を用いて品質を確認し、Ｑｕｂｉｔ  ２．０  ＦｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒおよびｄｓＤＮＡ  ＨＳ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹ）を使用して定量した。試料をプールし、以前に記載されている通り１５Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑプラットフォームで配列決定した。
【０４７９】
ｒＲＮＡ遺伝子の内部転写スペーサー領域２（ＩＴＳ２）を、プライマー対ｆＩＴＳ７（５’−ＧＴＧＡＲＴＣＡＴＣＧＡＡＴＣＴＴＴＧ−３’）（配列番号７）およびＩＴＳ４（５’−ＴＣＣＴＣＣＧＣＴＴＡＴＴＧＡＴＡＴＧＣ−３’）（配列番号８）を使用して増幅した。プライマーは上記のＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑプラットフォームに対して設計した。１×Ｔａｋａｒａ緩衝液（Ｔａｋａｒａ  Ｍｉｒｕｓ  Ｂｉｏ）、２００ｎＭの各プライマー、２００μＭのｄＮＴＰ、２．７５ｍＭのＭｇＣｌ２、０．５６ｍｇ  ｍｌ−１のＢＳＡ（Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）、０．０２５ＵのＴａｋａｒａ  Ｈｏｔ  Ｓｔａｒｔ  ＥｘＴａｑおよびｇＤＮＡ５０ｎｇを用いて反応物２５μｌでＰＣＲ反応を３連で実施した。反応を以下の条件下で行った：最初の変性（９４℃、５分）、９４℃（３０秒）、５４℃でのアニーリング（３０秒）、７２℃での伸長（３０秒）を３０サイクルおよび７２℃での最終的な伸長（７分）。ＰＣＲの検証および精製を上記の通り実施した。試料を、ＫＡＰＡ  ＳＹＢＲ（ＫＡＰＡ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ、ＭＡ）ｑＰＣＲを製造者のプロトコールに従って使用して定量した。試料を等モル（５０ｎｇ）でプールし、上記の通りＰｈｉＸスパイクインコントロールを用いてライブラリーを調製し、変性させ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑカートリッジにローディングした。
【０４８０】
配列決定−データ処理および品質管理。細菌の配列に関しては、ＦＬＡＳＨ１６ｖ．１．２．７を使用してペアエンド配列をアセンブルし、バーコードによって多重分離し、質の低い読み取り（Ｑスコア、＜３０）はＱＩＩＭＥ１７１．８では廃棄した。３つの連続した塩基が＜Ｑ３０の場合には、読み取りを打ち切り、得られた読み取りが元の長さの少なくとも７５％の場合にのみデータセット内に保持した。キメラについてＵＣＨＩＭＥ１８を使用して配列を確認し、Ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓデータベース２０バージョン１３＿５に対してＵＣＬＵＳＴ１９を使用して、９７％配列同一性確認（ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ）による操作的分類単位（ＯＴＵ）ピッキングの前にデータセットからフィルタリングした。複数の実施形態では、密接に関連する微生物を配列類似性閾値（例えば９７％）に基づいて一緒に群分けする。ＯＴＵは、１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列同一性、例えば、９７％同一性についての使用者により定義されるカットオフを表し；遺伝子の配列決定された領域にわたって少なくとも９７％配列同一性を共有する全ての配列が単一のＯＴＵを形成する。参照配列にクラスター化できなかった配列決定読み取りは新規にクラスター化した。配列を、ＰｙＮＡＳＴ２１を使用してアラインし、ＲＤＰ分類器およびＧｒｅｅｎｇｅｎｅｓ参照データベースバージョン２０１３＿５を使用して分類法を割り当てた。ＯＴＵ表のノイズ除去のために、全ての試料にわたって総配列が５未満の分類群を除去した。ＦａｓｔＴｒｅｅ２２２．１．３を使用して細菌系統樹を構築した。
【０４８１】
真菌配列の質を整え（Ｑスコア、＜２５）、ｃｕｔａｄａｐｔ２３を使用してアダプター配列を除去し、その後、ＦＬＡＳＨ１６を用いてペアエンド読み取りをアセンブルした。配列をバーコードによって多重分離し、１５０ｂｐまで短縮した後、ＵＳＥＡＲＣＨ  ｖｅｒｓ．  ７パイプライン、特にＵＰＡＲＳＥ２４機能を使用してクラスタリングし、ＵＣＨＩＭＥを使用してキメラを確認した。ＵＮＩＴＥ２５  ｖｅｒｓ．６を使用して分類法を割り当てた。
【０４８２】
試料の間での読み取りの深さの変動を正規化するために、データを、試料当たり細菌については２０２，３６７配列（ｎ＝２９８）および真菌については３０，５９０（ｎ＝１８８）の最小の読み取りの深さまで純化した。各試料について真に代表的な群集が分析に使用されることを確実にするために、これらの定義された深さでの配列サブサンプリングを１００回純化した。各試料について代表的な群集組成を、特定の試料について全てのサブサンプリングから生じた全ての他のＯＴＵベクトルに対して最小の平均ユークリッド距離を示したものと定義した。ＵＣＳＦの研究者は、微生物叢データセットが上述の処理を受け、統計解析の準備ができるまで試料同一性に関して盲検とされた。
【０４８３】
観察されなかった状態の系統学的再構成（ＰＩＣＲＵＳｔ）。ＰＩＣＲＵＳｔ８を使用して、ゼロ過剰負の二項回帰に従って各ＮＧＭ状態において有意に富化された分類群の経路を予測し、複数の試験についてＢｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ偽発見率２６を使用して補正した（ｑ＜０．０５）。これらの分類群を使用して、ＰＩＣＲＵＳｔで正規化した新しいＯＴＵ表を作成し、識別力のある経路をＲで構築されたヒートマップに例示した。
【０４８４】
メタボロミックプロファイリング。３種の微生物叢の状態のそれぞれ、ＮＧＭ３被験体８名、ならびにＮＧＭ１およびＮＧＭ２群のそれぞれから１０名からの便試料（２００ｍｇ）を、Ｍｅｔａｂｏｌｏｎ（Ｄｕｒｈａｍ、ＮＣ）に、それらの標準のプロトコール（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ．ｍｅｔａｂｏｌｏｎ．ｃｏｍ／）を使用した超高速液体クロマトグラフィー−タンデム質量分析（ＵＰＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）およびガスクロマトグラフィー−質量分析（ＧＣ−ＭＳ）のために提供した。これらの試料を選択したのは、これらの試料が所与のＮＧＭ群に属する最も高い事後確率を示し、また、ＵＰＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析のために十分な試料体積を有したからである。化合物を、３，３００種を超える市販の化合物を含む精製された標準物質のＭｅｔａｂｏｌｏｎ社内ライブラリーと比較した。
【０４８５】
ｅｘ  ｖｉｖｏにおける樹状細胞攻撃およびＴ細胞共培養。代謝プロファイリングを受けたＮＧＭ１新生児の１０名のうち５名およびＮＧＭ３新生児８名のうち７名からの糞便試料を使用した（生物学的反復実験）。これらの群から排除された試料は、分析のための体積が不十分であった。糞便試料を、予め温めた、２０％ＦＢＳ（ＦＢＳ）を含有するリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）中１ｇ  ｍｌ−１（ｗ：ｖ）にホモジナイズした。試料をボルテックスし、インキュベートし（３７℃、１０分）、遠心分離した（１４，０００ｒｐｍ、３０分）。上清を、０．２μｍのフィルターを通して濾過滅菌した後、下記の樹状細胞（ＤＣ）Ｔ細胞アッセイに使用した。ＰＢＳを陰性対照として使用した。ＤｉＨＯＭＥ実験に使用した処理条件は、それぞれ０．４％、０．１５％および０．０５％のＤＭＳＯに可溶化した７５μＭ、１３０μＭおよび２００μＭの１２，１３−ＤｉＨＯＭＥ（Ｃａｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ、ＭＩ）を含むものであった。ＤｉＨＯＭＥ溶液を、Ｒ１０培地（１０％熱不活化ＦＢＳ（抗原活性化因子）および２ｍＭのｌ−グルタミンを伴い、１００Ｕ  ｍｌ−１のペニシリン−ストレプトマイシンを添加したＲｏｓｗｅｌｌ  Ｐａｒｋ  Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  １６４０培地；Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に添加し、調製から１時間以内にＤＣに曝露させた。対照は、異なる濃度のＤｉＨＯＭＥを溶解させるために使用したＰＢＳおよびＤＭＳＯ（Ｒ１０培地中に送達）を対応する百分率で含んだ。処置群のサイズを、１３０μＭの１２，１３−ＤｉＨＯＭＥを使用したＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦＯＸＰ３＋の抑制に対する効果量がおよそ７であることを実証した予備アッセイに基づいて決定し、これにより、＞０．８０のパワーを実現するためには群当たり少なくとも２つの試料が必要であることが示された。
【０４８６】
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、健康な匿名化されたヒトドナー（Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｐａｃｉｆｉｃ、Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ）から、ドナー機密性を確実にする細胞調達プログラムによって得た血漿から精製した。ドナーは、血液が研究に使われる可能性があることを承認する同意書に署名した。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ勾配遠心分離を使用してＰＢＭＣを単離し、Ｒ１０培地で２回洗浄し、１８時間インキュベートした。ＥａｓｙＳｅｐ  Ｈｕｍａｎ  Ｐａｎ−ＤＣ  Ｐｒｅ−Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｋｉｔ（ＳＴＥＭＣＥＬＬ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｖａｎｃｏｕｖｅｒ、ＢＣ）を使用して樹状細胞（ＤＣ）をＰＢＭＣから単離した。２名のドナー（生物学的反復実験）からのＤＣ（細胞０．５×１０６個／ｍｌ）を３連で（処理反復実験）、無細胞糞便水分（０．２２μＭで濾過したもの）または種々の濃度のＤｉＨＯＭＥのいずれかを用いて処理し、１０ｎｇ  ｍｌ−１のＧＭ−ＣＳＦおよび２０ｎｇ  ｍｌ−１のＩＬ−４を補給したＲ１０培地中、３７℃で２７、糞便水分アッセイについては２日間、またはＤｉＨＯＭＥ実験については５日間、培養した。ＤｉＨＯＭＥ実験に関しては、新しく調製した、ＤｉＨＯＭＥまたは対照曝露を含有する培地を４８時間毎に置き換えた。糞便水分実験に関しては、１名のドナーに対してはアッセイを２回繰り返し（技術的反復実験）、ドナーＢに対しては、後者のドナーから回収された細胞の数が不十分であったので、１回行った。ヒトドナー細胞はクローンではないので、処理反復実験も生物学的反復実験とみなした。
【０４８７】
ＣＤ４＋Ｔ細胞と共培養する２４時間前に、ＤＣ成長メディエーター（１０ｎｇ  ｍｌ−１の腫瘍核因子−α［（ＴＮＦ−α）、１０ｎｇ  ｍｌ−１のＩＬ−１ｂ、１０ｎｇ  ｍｌ−１のＩＬ−６および１ｍＭのプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）］を使用することによってＤＣ成熟化を刺激した。共培養のための調製において、ＤＣを新鮮なＲ１０培地で洗浄し、フローサイトメトリーによって計数し、ＴｅｘＭＡＣｓ  Ｍｅｄｉｕｍ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）にウェル当たり生ＣＤ４５＋細胞０．５×１０６個でプレーティングした。
【０４８８】
ナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞単離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）を使用してＰＢＭＣから自己Ｔリンパ球を精製した。精製後、ナイーブ自己ＣＤ４＋Ｔ細胞をＴｅｘＭＡＣＳ  Ｍｅｄｉｕｍ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）に懸濁させ、処理したＤＣに、可溶性抗ＣＤ２８および抗ＣＤ４９ｄの存在下（１ｍｇ  ｍｌ−１）、１０：１の比で添加した。Ｔ細胞およびＤＣ細胞を３７℃で５日間共培養し、４８時間毎に新鮮なＴｅｘＭＡＣＳ培地を補充した。サイトカイン産生を評価するために、共培養物をＰｈｏｒｂｏｌ  Ｍｙｒｉｓｔａｔｅ  Ａｃｅｔａｔｅ−Ｉｏｎｏｍｙｃｉｎ（ＳＩＧＳａ、Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）およびＧｏｌｇｉＰｌｕｇ（Ｇｐｌｕｇ；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）と１６時間にわたって混合した後、フローサイトメトリーを行った。４８時間および５日の時点で、ＰＭＡ−Ｇｐｌｕｇ添加前に共培養物から無細胞培地を採取して、サイトカイン分泌を評価した。サイトカイン分泌をサイトメトリックビーズアレイによって製造者のプロトコール（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に従って評価した。
【０４８９】
フローサイトメトリーのために、単一細胞懸濁液を、抗ＣＤ３（ＳＰ３４−２、１：１００）、抗ＣＤ４（Ｌ２００、１：１００）、抗ＣＤ２５（Ｍ−Ａ２５１、１：２５）、抗ＩＦＮ−γ（Ｂ２７、１：２００；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）；抗ＣＤ８ａ（ＲＰＡ−Ｔ８、１：１００；ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）；抗ＩＬ４（７Ａ３−３、１：２０；Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）；抗ＩＬ−１７Ａ（６４ＤＥＣ１７、１：２０）および抗ＦＯＸＰ３（ＰＣＨ１０１、１：２０；Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）を含む抗体のパネルを使用して染色した。各一次抗体についての検証が製造者のウェブサイトに提示されている。死細胞をＬＩＶＥ−ＤＥＡＤ  Ａｑｕａ  Ｄｅａｄ  Ｃｅｌｌ  Ｓｔａｉｎ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて陽性染色した。透過処理緩衝液（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して細胞を透過処理した後、細胞内マーカーＩＦＮ−γ、ＩＬ−４、ＩＬ−１７ＡおよびＦｏｘＰ３について染色した。フロー分析のために、生Ｔ細胞をＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞としてゲーティングし、生細胞を５０％未満含有するウェルを分析から排除した。ＣＤ４＋Ｔ細胞亜集団の中で、ヘルパーＴ１（Ｔｈ１）はＩＦＮ−γ＋であり、ヘルパーＴ２（Ｔｈ２）はＩＬ−４＋であり；ヘルパーＴ１７（Ｔｈ１７）はＩＬ−１７Ａ＋であり、制御性Ｔ（Ｔ  ｒｅｇ）細胞はＣＤ２５ｈｉかつＦＯＸＰ３ｈｉであった。染色した細胞をＢＤ  ＬＳＲ  ＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）でフローサイトメーターによってアッセイした。
【０４９０】
統計解析。シャノンの多様性指数を、ＱＩＩＭＥを使用して算出した。ピアソン相関を使用して細菌のシャノンの多様性と真菌のシャノンの多様性の関係について検定した。距離行列（重み付けされていないＵｎｉＦｒａｃ２８およびＢｒａｙ−Ｃｕｒｔｉｓ）をＱＩＩＭＥで算出して試料間の組成上の相違点を評価し、Ｅｍｐｅｒｏｒ２９で構築されたＰＣｏＡプロットを使用して可視化した。Ｒ環境でＡｄｏｎｉｓを使用して並べ替えの分散の多変量解析（Ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｖａｒｉａｎｃｅ）（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ）を実施して、微生物叢β−多様性の変動を有意に（Ｐ＜０．０５）説明する因子を決定した。
【０４９１】
被験体のクラスターを細菌分類学に基づいて同定するために、ディリクレ事前分布（Ｄｉｒｉｃｈｌｅｔ  ｐｒｉｏｒ）７に基づく教師なしベイズ手法を実行するＤＭＭモデルを使用した。負の対数モデルエビデンスに対するラプラス近似を使用して最も良くフィットするＤＭＭモデルを決定し、それにより最大１０種の基礎をなす微生物叢の状態を試験した。各試料をＮＧＭメンバーシップの最大事後確率に基づいて特定の新生児の腸内微生物叢（ＮＧＭ）状態に割り当てた。クラスカル・ワリスを使用して、年齢により微生物叢の状態が区別されるかどうかを検定した。相対的リスク（ＲＲ）比および対応する９５％信頼区間を、ＳＡＳバージョン９．４（Ｃａｒｙ、ＮＣ）においてＰＲＯＣ  ＧＥＮＭＯＤを使用して算出した。有病率比がほぼ１であった場合または対数二項式モデルが収束しなかった場合、調整していないＲＲおよび調整したＲＲを、最大尤度推定またはロバストなポアソン回帰を使用して対数二項回帰に基づいて算出した。両側ウエルチｔ検定を使用してｓＩｇＥ濃度（対数変換したもの）が３種のＮＧＭの状態間で有意に異なるかどうかを検定した。
【０４９２】
いずれのＯＴＵがＮＧＭ群間で相対的存在量に差異があるかを決定するために、配列計数データに適切なゼロ過剰負の二項回帰（ｐｓｃｌパッケージ）を一次モデリング戦略として使用した。ＯＴＵ分布がゼロ過剰でなく、モデルが収束できない場合、標準の負の二項式を二次モデリング戦略として使用した。これらを多数の試験について最小の偽陽性発見率を使用して補正した（細菌についてｑ＜０．０５；真菌についてｑ＜０．２０）２６。結果を、系統樹に図示するためにｉＴＯＬ３０  ｖ．３．０を使用して自然対数変換した。若齢期の因子とＮＧＭの間の関連を調査する場合、Ｐ値は、ＡＮＯＶＡによる共変量分布（数値的、正規分布）、クラスカル・ワリス（数値的、歪み）、カイ二乗（カテゴリー的）またはフィッシャー正確（疎カテゴリー的）に基づいて算出した。アトピーまたは喘息が発生している、微生物叢の状態が異なる個体のＲＲを評価する場合には対数二項式−回帰モデルを使用して交絡因子について検定した（ＳＡＳバージョン９．４におけるＰＲＯＣ  ＧＥＮＭＯＤ）。フィッシャーの正確両側検定を行って、母乳栄養が任意の特定のＮＧＭにおいて有意に（Ｐ＜０．０５）より多く行われたかを検定した。
【０４９３】
低リスクのＮＧＭの状態とＮＧＭ３の間で有意に（Ｐ＜０．０５）異なる濃度（対数変換したもの）を示す代謝産物を、両側ウエルチｔ検定を使用して同定した。ＮＧＭの間で共有されるおよび別個のスーパーパスウェイおよびサブパスウェイ産物をＣｙｔｏｓｃａｐｅ、ｖｅｒｓ．３．２．１（ｒｅｆ．３１）を使用して図示した。ＲパッケージＷＧＣＮＡを用いた重み付けされた相関ネットワーク分析（ＷＧＣＮＡ）を使用して代謝産物の共発生ネットワークを構築して、高度に相互接続する相互排他的代謝産物のモジュールを見つけた。ピアソン相関を使用して代謝産物間の関係を決定し、ここで、モジュールは正に相関する代謝産物で構成される。偽モジュールを回避するために、最小のモジュールサイズを５に設定した。モジュール「固有の代謝産物」（固有の遺伝子と称される）を所与のモジュールの第１の主要な構成成分と定義し、そのモジュールの共同代謝プロファイルの代表的な基準とみなした。そのそれぞれのモジュールとＮＧＭの間の関連を検定する（ＡＮＯＶＡ）ために各固有の代謝産物を使用し、各代謝産物とその割り当てられたモジュールの相互関連性を決定するため、および「中心」代謝産物を同定するためにモジュールメンバーシップを使用した：これを各代謝産物と固有の代謝産物の間の相関と定義した（強力な正の値は高い相互関連性を示す）。
【０４９４】
Ｐｒｏｃｒｕｓｔｅｓを使用して、１６Ｓ  系統発生、ＰＩＣＲＵＳｔおよびメタボロミックデータセットに記載されている群集間の同時発生について試験した。
【０４９５】
Ｔ細胞およびサイトカインの差異について試験するために、線形混合効果モデル（ＬＭＥ）を使用し（Ｒパッケージ  ｌｍｅｒＴｅｓｔ）、ドナーに対して調整した。示されているもの以外は、解析は全てＲ統計学的プログラミング言語で行った。
【０４９６】
ＡＯＰ：乳児の腸内微生物叢の組成の差異は小児期のアトピーの相対的リスクに関連し、これらの別個の微生物の状態に関連付けられる代謝産物はｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいてＴ細胞分化を変化させる。
【０４９７】
問題：乳児の腸内微生物叢の組成の差異は小児期のアトピーの相対的リスクに関連し、これらの別個の微生物の状態に関連付けられる代謝産物はｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいてＴ細胞分化を変化させる。
【０４９８】
腸内微生物叢−独立したコホートにおける状態検証。本発明者らのＤＭＭモデリングの妥当性を評価するために、公開されたＡｒｒｉｅｔａら１の１６Ｓ  ｒＲＮＡデータを使用した（ｎ＝３１９、Ｃａｎａｄｉａｎ  Ｈｅａｌｔｈｙ  Ｉｎｆａｎｔ  Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（ＣＨＩＬＤ）試験においておよそ３〜１２カ月齢時に採取された独立した糞便試料）。特定の年齢の各参加者は利用できず、このコホートへの最年少の参加者は３カ月齢であり、ＷＨＥＡＬＳコホートの新生児よりも実質的に年齢が上であった。したがって、本発明者らのＷａｙｎｅ  Ｃｏｕｎｔｙ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，Ａｌｌｅｒｇｙ  ａｎｄ  Ａｓｔｈｍａ  Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ  Ｓｔｕｄｙ（ＷＨＥＡＬＳ）コホートについて実施したようにデータセットを、６カ月齢を超える試料または６カ月齢未満の試料に分離することはできなかった。これにより、その後の小児期アトピーおよび喘息転帰に関連する新生児の微生物叢の状態を同定する能力が限定された。それにもかかわらず、このコホートを使用して、本発明者らの試験で同定された微生物叢の状態のいずれかがＣＨＩＬＤコホートで再現されたかどうかを決定した。ＣＨＩＬＤコホートの年齢範囲に起因して、本発明者らのＮＧＭおよびＩＧＭモデルパラメータの両方をデータセット全体に適用した。ＣＨＩＬＤデータをＮＧＭモデルにフィッティングした場合に、ＩＧＭモデルと比較してより良好なモデルフィット（すなわち、負の対数モデルエビデンスに対してより小さなラプラス近似）が得られ（モデルフィット：それぞれ３２，５０２対１７４，６１０）、２群解法によりＣＨＩＬＤデータについての最良フィットが表された。群１（Ｇ１）には２２１名（６９％）の参加者が含まれ、群２（Ｇ２）には９８名（３１％）の参加者が含まれた。事後確率は平均でＧ１の方がＧ２と比較して高かった（それぞれ０．９８対０．９５）。本発明者らの所見と一致して、Ｇ１に割り当てられたＣＨＩＬＤ参加者は、一般には、高いＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅの相対的存在量によって定義される（平均相対的存在量（ａＲＡ）：７５％）。Ｇ２参加者は、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ（ａＲＡ：３９％）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ（ａＲＡ：２９％）、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ（ａＲＡ：１２％）を特徴とし、本発明者らのコホートにおいて同定されたＩＧＭ２クラスターをより大きく反映した。
【０４９９】
コード利用可能性。単独で純化された表の代わりに、純化されていないＯＴＵ表から代表的な多重に純化されたＯＴＵ表を算出するために以下のスクリプトを使用することができる。この手法により、ランダムサンプリングの効果が安定化され、群集組成をより表すＯＴＵ表がもたらされる。各試料について多数の単一の純化ＯＴＵ表を算出し、被験体に特異的な純化ベクトル間の距離を算出する。それ自体から全ての他の純化ベクトルまでの平均距離（または中央値）が最小である純化ベクトルをその被験体を最も代表するものとみなし、得られる多重純化ＯＴＵ表においてその試料についての群集組成を表すために使用する。
【数１−１】
2019512473.tif 000015
【数１−２】
2019512473.tif 000016
【数１−３】
2019512473.tif 000017
（実施例５）
疾患の重症度および免疫活性は、民族的に別個の潰瘍性大腸炎患者における別個の界間の腸マイクロバイオームの状態に関連する
【０５００】
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者の間には有意な腸内微生物叢不均一性が存在するが、この分散の臨床的意味は不明である。民族的に別個のＵＣ患者は、免疫活性および臨床的状態に示差的に影響を及ぼす独特の代謝プログラミングを有する別々の腸内微生物叢を示すという仮説を立てた。糞便試料（ＵＣ、３０；健康、１３）の並行１６Ｓ  ｒＲＮＡおよび内部転写スペーサー２配列決定を使用して、ＵＣに関連する細菌多様性枯渇に関する以前の知見を確証し、ＵＣ腸ディスバイオシスの特性として有意なＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ増大を実証した。さらに、本発明者らのコホート内で４種の別個の微生物群集の状態（ＭＣＳ）を同定し、独立したＵＣコホートにおけるそれらの存在を確認し、また、それらと患者の民族性および疾患の重症度の両方との相互関連を実証した。各ＭＣＳは、特定のアミノ酸、炭水化物、および脂質代謝経路が一意的に富化されており、これらの経路の代謝生成物の有意な管腔内富化を示した。新規のｅｘ  ｖｉｖｏヒト樹状細胞およびＴ細胞共培養アッセイを使用して、ＵＣ患者由来の糞便水分への曝露により、健康な参加者のものと比較して、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団における有意なＴｈ２への歪みが引き起こされることを示した。さらに、ＭＣＳが最高レベルの疾患の重症度に関連付けられた患者由来の糞便水分により、最も劇的なＴｈ２への歪みが誘導された。複数の実施形態では、定義された微生物勾配または別々の微生物特徴に基づく高度に分解されたＵＣサブセットの同一性確認を有効な療法に活用する。
【０５０１】
長年の研究にもかかわらず、ＵＣの病因は謎のままである。診断は難しく、患者集団は不均一であり、これは、より有効な調整された療法の開発に対する著しい関門を表わす。本研究では、組成的および代謝的に別個であり、疾患重症度の臨床マーカーと共に変動し、ｅｘ  ｖｉｖｏにおいて別々のＣＤ４＋Ｔ細胞増大を駆動するＵＣ患者集団内の４種の別個の界間病原性微生物叢の存在を同定することによるＵＣ患者の層別化における腸マイクロバイオームの臨床的な有用性を実証する。これらの所見により、ＵＣ患者を細分化し、より個人向けの処置計画および標的化治療を開発する道を開くためのツールとしての腸マイクロバイオームの潜在的な価値に関する新しい洞察がもたらされる。
【０５０２】
マウスおよびヒト試験により、潰瘍性大腸炎（ＵＣ；炎症性腸疾患［ＩＢＤ］の一般的な形態）の発生および病理発生への腸内微生物叢の関与が裏付けられるが、単一の原因微生物因子は同定されておらず、細菌多様性の枯渇がＵＣ腸マイクロバイオームディスバイオシスの主要な不変の特徴のままになっている（１）。ますます、臨床的に定義された慢性炎症性疾患内の患者の間の疾患エンド型が記載されており（２）、免疫機能障害に関しては、別個の病原性プロセスが共通の臨床的障害に収束する可能性があることが示唆される。ＵＣ病理発生は腸マイクロバイオーム組成に関連するので、これらの群集の組成および機能を規定する因子により、別々の病原性単位として機能して免疫活性化の状態および疾患の重症度に確定的に影響を及ぼす別個の腸マイクロバイオームの状態が導かれる可能性があることを理論的に説明した。
【０５０３】
民族性に包含される３つの因子である宿主遺伝学、食事、および環境曝露は、腸マイクロバイオームおよびＵＣ病状の両方に影響を及ぼす（３）。実際に、米国、ベネズエラ、およびマラウィの健康な被験体は、民族性と糞便中微生物叢の組成および機能の両方の間に有意な関係を示し、食事が腸内微生物集合体の強力な選択圧力になっている（４）。独立に、Ｆｒａｎｋらは、Ｕ．Ｓ．コホートにおいて、ＩＢＤリスク対立遺伝子ＡＴＧ１６Ｌ１およびＮＯＤ２（それぞれ微生物に対するオートファジーおよび宿主応答に関連する）が腸マイクロバイオームβ多様性に有意に関連することを実証した（５）。しかし、ゲノムワイド関連研究のメタ分析により、白人集団に特徴的なそのようなＵＣリスク対立遺伝子により民族的に別個である北インド人被験体にリスクの上昇が付与されることはないことが示された（６）。複数の実施形態では、患者の民族性と疾患重症度の両方と共変動するＵＣ患者内に別個の病原性微生物叢が存在する。複数の実施形態では、これらの別個の病原性微生物叢は、有意に異なる程度のＴｈ２活性化を誘導する予測可能な管腔内代謝のプログラムを示す。
【０５０４】
結果。界間の腸内微生物叢撹乱は、ＵＣ患者の特性である。本発明者らの試験集団は、自己申告されたヨーロッパまたは南アジア（ＳＡ）民族性の４３名の被験体（ＵＣ患者３０名および健康な被験体１３名）のコホートからなるものであった。いくつかの試験で、ＵＣ患者由来の糞便試料中の細菌群集組成が調査されているが、現在まで、成人ＵＣ患者のマイコバイオームは誰も調査していない。本発明者らは、並行高分解能細菌（１６Ｓ  ｒＲＮＡ）および真菌（内部転写スペーサー２［ＩＴＳ２］）バイオマーカー遺伝子プロファイルを使用して、本発明者らの民族的に制限されたＵＣ集団が以前に記載されたもの（１）と一致する細菌微生物叢ディスバイオシスを示すことを確認した。健康な被験体と比較して、ＵＣ患者では、多様性が有意に低下し（Ｐ＝０．０１０；図３１Ａ）、組成的に別個であった（並べ替えの分散の多変量解析［ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ］：重み付けされたＵｎｉＦｒａｃ、Ｒ２＝０．０５８、Ｐ＝０．０２３）（図３１Ｂ）。真菌のα−多様性もβ−多様性も健康とＵＣ患者の間で異ならず（Ｐ＝０．５２３；図３４Ａを参照されたい）（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ：ブレイ・カーチス、Ｒ２＝０．０３８、Ｐ＝０．１２９；図３４Ｂを参照されたい）、これにより、極めて大きな細菌枯渇がＵＣ腸内微生物叢の特性であるが、これらの患者は真菌分類学におけるもっと微妙な変化により特徴付けられることが示される。
【０５０５】
合計１６５種の細菌分類群が、健康な参加者およびＵＣ患者において有意に示差的に富化されていた。以前の報告と一致して、特定のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ種ならびにＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のいくつかの未分類のメンバーがＵＣ腸内微生物叢において細菌分類群の中で最も著しく枯渇した（８、９）。ＵＣ患者はまた、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属のメンバーの富化も示し、これは、これらの同じ試料の独立した系統学的マイクロアレイプロファイリングによって検証され、また、以前の報告を確認するものであった（８、９）。ほんの少数の真菌分類群（ｎ＝１３）が示差的な相対的存在量を示した。ＵＣ患者ではＡｌｔｅｒｎａｒｉａ  ａｌｔｅｒｎａｔａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｉｂａｒｉｕｓ、およびＣａｎｄｉｄａ  ｓｏｊａｅが枯渇していたが、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ種が有意に富化されていた。集合的に、これらのデータから、ＵＣに関連する腸内微生物叢が界間ディスバイオシスを特徴とすることが示され、これは、細菌多様性が枯渇した状況の中で、病原性であると推定される細菌および真菌種の有意な増大によって強調される。
【０５０６】
ＵＣ糞便中微生物叢は、民族性、優勢の微生物特徴、および疾患特性によって分離される。次に、民族性がＵＣ患者における別個の界間の糞便中微生物叢に関連するという本発明者らの仮説に対処した。健康なＥＵおよびＳＡ参加者では、細菌または真菌多様性に有意差は示されなかった（図３４Ｃおよび図３４Ｄを参照されたい）。しかし、ＳＡ−ＵＣ患者では、健康な民族的に一致する対照またはＥＵ  ＵＣ患者のいずれよりも低い細菌多様性が一貫して示された（図３４Ｃ）。また、ＳＡ−ＵＣ患者では、ＥＵ  ＵＣ群と比較して真菌多様性が有意に枯渇しており（図３４Ｄを参照されたい）、これにより、これらの患者における界間のマイクロバイオーム枯渇がより重度であることが示されるが、ＥＵ−ＵＣ患者およびＳＡ−ＵＣ患者の間で臨床疾患重症度の差異は観察されなかった（図３４Ｅを参照されたい）。参加者の全てを考慮に入れた場合、民族性は細菌のβ多様性にも有意に関連したが、真菌のβ多様性には関連しなかった（図３４Ｆおよび図３４Ｇを参照されたい）。健康状態は腸内微生物組成に有意に関連したので（図３１Ｂ）、潜在的な交絡因子であった。したがって、ＵＣ患者のみを用いてＰＥＲＭＡＮＯＶＡを反復し、それにより、真菌群集組成が患者の民族性と有意な関係を示さないが（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ：ブレイ・カーチス、Ｒ２＝０．０６１、Ｐ＝０．１０７）、細菌のβ多様性とは有意な関係を示す（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ：重み付けされたＵｎｉＦｒａｃ、Ｒ２＝０．０７５、Ｐ＝０．０３９；図３１Ｃ）ことが示され、これは、ＰｈｙｌｏＣｈｉｐデータによって検証された知見である（図３４Ｈを参照されたい）。したがって、これらのデータから、慢性結腸炎症性疾患にもかかわらず、民族性がＵＣ腸における組成的に別個の細菌群集に関連したままであるが、これは、これらの患者の間で観察されたβ多様性の変動のほんの小さな割合（７．５％）を説明するだけであることが示される。
【０５０７】
最近の小児クローン病試験により、患者が、微生物の相互関連のパターンに基づいてサブグループにクラスター化されることが実証された（１０、１１）。次に、そのようなパターンが本発明者らの成人ＵＣコホートに存在するかどうか、また、患者の民族性および／または疾患重症度の臨床的相関に関連するかどうかを問うた。階層的クラスター解析およびマルチスケールブートストラップ再サンプリングを使用して、糞便の細菌群集組成に基づいてＵＣ患者の４つのサブグループを同定し、これらを微生物群集状態１（ＭＣＳ１）〜ＭＣＳ４と称した。これらの別個の患者サブグループを、１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列およびＰｈｙｌｏＣｈｉｐデータの両方を用いてＰＥＲＭＡＮＯＶＡによって確認した（図３５Ａおよび図３５Ｂを参照されたい）。ＭＣＳ分布は、民族性の間で有意に異なり、ＥＵ  ＵＣ集団は主にＭＣＳ１とＭＣＳ２で構成され、一方ＳＡ  ＵＣ患者では、４種のＭＣＳ全ての比較的同等の分布が示された（フィッシャーの正確検定、Ｐ＝０．０４２）。
【０５０８】
患者をＭＣＳに基づいて群分けすることの臨床的意義を、臨床的な疾患重症度（簡易臨床大腸炎活動性［ＳＣＣＡ］指数）（１２）、結腸外顕在化（関節炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、およびぶどう膜炎）、ＩＢＤと診断された第一度および第二度近親者の数、ならびに持続時間（ＵＣ診断からの年数）の群間比較を使用することによって評価した。ＭＣＳ１患者では、ＳＣＣＡスコア中央値がより高い、より重症の疾患、結腸外顕在化の数の有意な増加、より多数のＩＢＤと診断された第一度および第二度近親者、ならびにより長い罹病期間が示された（図３２）。本発明者らの試験の患者の数は少ないが、これらのデータは、別個の病原性ＵＣ腸内微生物叢が存在し、それらが疾患重症度の臨床的特徴に関連することを最初に示すものである。
【０５０９】
ＵＣ  ＭＣＳは、別個の分類学的富化、メタゲノム能、および代謝的生産性を示す。４つのＵＣ  ＭＣＳの間での微生物の分類群の分布を評価して、それぞれの特定の細菌および真菌の富化特性を同定した。各ＭＣＳは、一般には、別個の優勢の細菌の科を示した（ＭＣＳ１、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ；ＭＣＳ２、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ／Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ；ＭＣＳ３、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ；ＭＣＳ４、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）。これらのＭＣＳに特異的な細菌富化は、優勢の科を越えて広がり、また、最も高い疾患重症度群（ＭＣＳ１）を他の３群（ＭＣＳ２、ＭＣＳ３、またはＭＳＣ４）のそれぞれと比較するとさらに強調された。具体的には、ＭＣＳ１において富化されていた大多数の細菌分類群はＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ属のメンバーであったが、他のサブグループでは、Ｂｌａｕｔｉａ種、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種（ＭＣＳ２）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種（ＭＣＳ３）、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（ＭＣＳ４、一般化線形モデル、Ｐ＜０．０５）が富化されていた。優勢の細菌の科を分類器として使用して、ＭＣＳ１およびＭＣＳ２（ＥＵ  ＵＣ患者における２つの主要なＭＣＳ）の存在を、主にヨーロッパ血統の患者から得られた２つの公的に入手可能なＵＣ微生物叢データセット（９、１１）において検証し、これにより、これらのＭＣＳが本発明者らの試験だけの排他的なものではなく、全国にわたるＵＣ患者集団に存在することが示される。菌類学的に、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ種がＭＣＳ１患者において他の３種のＭＣＳのそれぞれと比較して最も高度に富化されており（一般化線形モデル、Ｐ＜０．０５）、これにより、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓ、およびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ種の界間の腸マイクロバイオーム増大がより重症のＵＣ疾患に関連することが示される。
【０５１０】
宿主免疫応答を調節し、臨床的な疾患重症度に寄与する可能性がある、各ＭＣＳに特徴的な微生物叢由来経路および産物を同定するために、糞便試料のｉｎ  ｓｉｌｉｃｏメタゲノム予測と広域スペクトルガスおよび液体クロマトグラフィー質量分析を並行して実施した。観察されなかった状態の再構成による群集の系統学的調査（ＰＩＣＲＵＳｔ；ｐｉｃｒｕｓｔ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ｐｉｃｒｕｓｔ／）（１３）を使用して、細菌の機能的能力を予測した。現在、このアルゴリズムを真菌群集の機能を予測するために使用することはできない。予測される代謝能は、ＭＣＳによって有意に変動した（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ：ブレイ・カーチス、Ｒ２＝０．３８４、Ｐ＝０．００２）。アミノ酸および脂質の生合成および代謝に関与するものを含めた合計１４４種の細菌ＫＥＧＧ  ｐａｔｈｗａｙにより、ＭＣＳ１〜ＭＣＳ４が識別された（クラスカル・ワリス検定、ｑ＜０．０００６）。具体的には、グリセロ脂質、脂肪酸、イノシトール、ならびにフェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、グルタミン酸、およびグルタミンを含めた複数のアミノ酸代謝経路の示差的な富化により、これらの群が区別された。ＭｏｒｇａｎらおよびＧｅｖｅｒｓらの試験（９、１１）からＭＣＳ１およびＭＣＳ２便試料についての機能的予測も生成した。合計１２１種のＫＥＧＧ  ｐａｔｈｗａｙが本発明者らの試験のＭＣＳ１とＭＣＳ２の間で示差的に富化されていた；これらのうち、７４種（６１．２％）はまた、ＧｅｖｅｒｓらおよびＭｏｒｇａｎらの両方のデータセットでもＭＣＳ１とＭＣＳ２を識別するものであり、これにより、複数の独立した試験にわたって、ＭＣＳ１およびＭＣＳ２に関連する微生物の機能が高い程度で保存されることが示される。
【０５１１】
ＭＣＳの間で予測される機能的差異は、特にこれらの群集を区別する経路の大多数がアミノ酸および脂質代謝に関与するものであったので、管腔内代謝の別個のプログラムとして顕在化するという仮説を立てた。実際に、各ＭＣＳは、存在する糞便中微生物叢（マンテル検定、ｒ＝０．３８、Ｐ＜０．０００１）およびその予測されるメタゲノム（マンテル検定、ｒ＝０．２１、Ｐ＜０．００８）の両方に有意に関連した有意に別個の代謝プログラムを示した（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ：Ｃａｎｂｅｒｒａ、Ｒ２＝０．２０９、Ｐ＝０．００４）。より重症のＭＣＳ１を残りのＭＣＳのそれぞれから識別した管腔内代謝産物が特に興味深いものであった。試料全てにわたって検出された８０５種の代謝産物のうち、２０７種で、相対濃度の有意なＭＣＳ間差異が示された（ウエルチｔ検定、Ｐ＜０．０５）。疾患重症度がより低いＭＣＳ群と比較して、ＭＣＳ１では、本発明者らのｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ予測により示唆された通り、オフタルミン酸（酸化ストレスの増加およびグルタチオンの枯渇のバイオマーカー）（１４）、酸化ストレス誘導性プトレシン（１５）、炎症促進性ｐ−クレゾール硫酸（１６）、９−ヒドロキシオクタデカジエン酸および（９−ＨＯＤＥ）および１３−ＨＯＤＥ（炎症促進性、白血球動員性モノヒドロキシ脂肪酸）（１７、１８）、および９，１０−ジヒドロキシオクタデカン酸（９，１０−ＤｉＨＯＭＥ；好中球動員性、細胞傷害性ジヒドロキシ脂肪酸）（１９）、ならびに白血球活性化に関与する生物活性リゾ脂質（図３３）（１８、２０）が有意に富化されていた。対照的に、疾患の重症度がより低いＭＣＳ（ＭＣＳ２、ＭＣＳ３、およびＭＣＳ４）では、種々の潜在的に保護性のジペプチド（抗炎症性アラニル−グルタミンを含む）（２１、２２）、酸化ストレスコーピング機構の改善を示すｙ−グルタミルジペプチド（２３）、ならびに抗酸化性免疫抑制性ミオイノシトール（２４、２５）が富化されていた。高および低ＵＣ重症度に関連する、ＭＣＳ間で腸管腔内代謝プログラミングにおいて観察されたこれらの差異により、より重症度の低い疾患を有する患者において炎症を調節するための推定上の機構が存在することが示される。
【０５１２】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおけるＴ細胞活性は、ＭＣＳおよび健康状態に関連する。最近の試験により、特定の腸マイクロバイオーム由来代謝産物がＴｈ２応答に影響を及ぼすこと（７）、および、独立に、Ｔｈ２細胞を含めたヘルパーＴ細胞集団による炎症促進サイトカイン産生がＵＣの特性であること（２６）が実証された。したがって、別個のＭＣＳに関連する管腔環境がＣＤ４＋Ｔ細胞活性化に疾患重症度と一致した様式で示差的に影響を及ぼすという仮説を立てた。これを評価するために、ヒト樹状細胞（ＤＣ；健康なドナーから得たもの）と試験参加者の糞便から調製した濾過滅菌した糞便水分を共インキュベートすることを含むｅｘ  ｖｉｖｏアッセイを開発した。次いで、ＤＣを自己ＣＤ４＋Ｔ細胞と共培養した後、Ｔ細胞表現型およびサイトカイン生産性を分析した。健康な参加者と比較して、ＵＣ患者では、Ｔｈ１細胞とＴｈ２細胞の比の有意な減少、Ｔｈ１細胞およびＴｈ１７細胞の両方の数の有意な増加、ならびに制御性Ｔ細胞集団およびＴｈ２細胞集団の両方が増加する傾向が示された（線形混合効果、Ｐ＜０．０５）（図３３Ａ〜３３Ｅ）。ＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットは健康な参加者とＵＣ患者の間で有意には異ならなかった（データは示していない）。これらの所見により、滅菌糞便水分中に捕捉された管腔内微生物産物が、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団のＴｈ２に歪んだ増大を誘導することによってＵＣに寄与することが示唆される。
【０５１３】
ＵＣに関連する糞便水分のＴｈ２への歪み効果が実証されたので、次に、Ｔｈ１およびＴｈ２集団に特に焦点を当てて、この免疫応答がＭＣＳおよび症状の重症度の関連する差異に基づいて変動するかどうかを問うた。ＭＣＳ４糞便水分に応答したＴｈ１集団の軽微な有意な増加を例外として、ＭＣＳ群と対照の間でＴｈ１またはＴｈ２細胞集団の全体に有意差は観察されなかった（図３３Ｆおよび図３３Ｇ）。しかし、各群についてＴｈ１対Ｔｈ２比を算出したところ、ＭＣＳ１群では、もっぱら健康な対照と比較して有意に低いＴｈ１対Ｔｈ２比が示された（図３３Ｈ）。注目すべきことに、ＵＣ患者を民族性に基づいて比較した場合にはＴｈ１対Ｔｈ２比に差異は観察されず（ＥＵ  ＵＣ対ＳＡ  ＵＣ、図３６を参照されたい）、これにより、患者の民族性が単独ではｅｘ  ｖｉｖｏで観察されるＴ細胞活性の変化に関与しないという証拠がもたらされる。さらに、疾患重症度に最大の差異を示す２種のＭＣＳ（ＭＣＳ１およびＭＣＳ２）を考慮すると、ＭＣＳ１糞便水分だけで健康な対照と比較してＴｈ２関連サイトカインの分泌が有意に増加した（図３３Ｉ〜３３Ｋ）。これらのｅｘ  ｖｉｖｏデータから、組成的かつ代謝的に別個のＵＣ微生物叢がＣＤ４＋Ｔ細胞集団にＵＣ疾患重症度と一致した様式で示差的に影響を及ぼすことができるという証拠がもたらされる。
【０５１４】
考察。ＵＣ患者の間での不均一性は十分に理解されておらず、より有効な治療に対する著しい関門を意味する。大腸炎の発生には微生物の関与が必要であり、腸マイクロバイオームディスバイオシスが成人ＵＣ患者の特性であるが、遺伝因子、治療因子、および環境因子がＵＣ細菌β多様性に関連する一方で、これらにより説明されるのはこれらの微生物群集において観察される変動のごく一部である（５、９）。微生物種は、相互関連する微生物およびそれらの生理機能を規定する種間相互作用および種内相互作用に関与する（２７、２８）。例えば、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓは、口内微生物叢において特定の細菌種と共凝集し、それにより、よりロバストなストレス抵抗性の混合種バイオフィルムが容易になる（２７）。今度は、これらの相互関連する細菌の産物により、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓにおいて単細胞形態への生理的シフトが誘導される（２７）。同様に、代謝的交差栄養に起因して、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍとの相互関連を容易にする（２８）。したがって、大腸炎の腸の炎症促進条件下では、組成および機能が患者の間で比較的保存され、また、免疫活性化および疾患重症度に関連する、病原体相互関連の別個のパターンが存在することを理論的に説明した。本発明者らのデータから、民族的境界線に沿って普及率が有意に異なる４つの別個のＵＣ  ＭＣＳが存在することが裏付けられる。内部および外部の検証により、優勢な微生物叢の状態の存在が確認され、これにより、固有の患者変動性、処置レジメン、および地理にもかかわらず、米国内のＵＣ集団の間で保存された病原性微生物叢の相互関連のパターンが存在することが示される。これらのＭＣＳの進行および発生に関する本発明者らの理解を改善するためには、マイクロバイオームをこれらの示差的な微生物の状態に向けて直接駆動する、時間的、臨床的、遺伝学的、または環境的なＵＣ患者因子を調査することが今後の研究のために重要である。
【０５１５】
本発明者らの試験で同定された４種のＭＣＳのうち、ＭＣＳ１は、最も重い患者群を表し、ＭＣＳ１の組成および代謝は免疫活性化の増強および疾患重症度の増加に結び付けられる。ＭＣＳ１では、以前ＵＣに関連付けられた、腸上皮細胞におけるインターロイキン−８（ＩＬ−８）および腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）分泌を刺激し、ＵＣのマウスモデルにおける大腸炎の症状を強化する（２９〜３１）エンテロトキシンを産生することができるＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種の増大が特徴的に示された。ＭＣＳ１患者ではまた、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓおよびＤｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ種の最大の増大も示された。これらの真菌種の腸内微生物増大は成人および小児クローン病、ならびに小児ＩＢＤ（クローン病およびＵＣ患者の組み合わせ）においても記載されている（１０、３２、３３）。本発明者らの試験と共に、これらのデータから、細菌多様性が枯渇した状況におけるＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ真菌の増大は、小児および成人集団におけるＩＢＤの一貫した特徴であることが示される。Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓが本発明者らの試験の患者のＵＣ病状に直接影響を及ぼすかどうかは不明である。しかし、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓによる胃腸内コロニー形成により、ＵＣ患者およびＵＣのマウスモデルのどちらにおいても胃腸治癒が損なわれ、抗菌性が枯渇した腸内微生物叢多様性を有するマウスの胃腸感染後にＴｈ２応答が誘導される可能性がある（３４、３５）。
【０５１６】
ＭＣＳ２サブグループは、共に抗炎症性短鎖脂肪酸を産生し得るＢｌａｕｔｉａおよびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種の両方が富化されていた（３６〜３８）。Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種（ＭＣＳ３において富化される）は、リンパ球活性を抑制することができるが、一方、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（ＭＣＳ４において富化される）は、腸上皮細胞におけるＩＬ−８およびＴＮＦ−αの両方の産生を低減させることができる（３９、４０）。本発明者らの試験においてＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅの劇的な富化が実証された１名の患者（図３５Ａおよび図３５Ｂを参照されたい）は本発明で同定された４種の主要なＭＣＳのうちの１つを有するとは分類されず、本発明者らの分析からは除外したが、追加的な患者登録を考慮して、今後の研究によりさらに特徴付け、そこから結論を導くことができる追加的な、臨床的に意義のあるＭＣＳを表わし得ることに留意するべきである。本発明者らの試験で同定されたＭＣＳは独立したＵＣマイクロバイオーム試験においても存在するという確認により、これらの微生物の状態の相対的耐久性が示されるが、それらの長期間安定性は横断的研究では評価することができない。これらのＭＣＳは、Ｇｅｖｅｒｓらによって小児クローン病において同定された微生物勾配（１１）と同様に、疾患の進行および重症度に関連する病原性微生物の連続的な状態の非線形連続体に沿って別々の点を表す可能性がある。これらの横断的研究は情報価値のあるものであるが、ＵＣの発生および進行における腸マイクロバイオームの自然歴を決定するためには、より拡張的な縦断的研究が必要である。
【０５１７】
界間の微生物の分類学的状態は、大規模研究において患者を層別化するための経済的手段を表わすが、これらの組成的に別々の病原性微生物叢の機能的能力および生産性は、宿主の免疫応答および臨床的な疾患重症度を規定するために最重要である。実際に、本発明者らの試験において、各ＭＣＳに存在する細菌によりコードされる予測経路に特有の代謝的生産性のプログラムが同定された。特に、９−ＨＯＤＥ、１３−ＨＯＤＥ、９，１０−ＤｉＨＯＭＥ、およびリゾホスファチジルコリン（ＭＣＳ１において有意に富化される）により、白血球動員および炎症促進サイトカイン分泌が増加し得る（１７〜２０）。９，１０−ＤｉＨＯＭＥ形成を妨げる可溶性エポキシドヒドロラーゼ阻害剤により、化学的マウスモデルおよび遺伝学的マウスモデルのどちらにおいてもＵＣが減弱し（４１）、これにより、これらのオキシリピンのより重症の疾患の一因としての潜在的な役割およびそれらの産生を阻害する処置がこの特定の患者サブグループにおいて特に効果的であり得ることが強調される。白血球走化性の代謝産物の富化に加えて、ＭＣＳ１患者では、どちらも白血球酸化バーストを刺激することができる（１５、１６）、微生物由来代謝産物であるｐ−クレゾール硫酸（４２）、およびプトレシンの糞便中濃度も高かった。これらの知見と一致して、オフタルミン酸もＭＣＳ１患者において富化され、これにより、活性酸素種（ＲＯＳ）をクエンチするグルタチオンのレベルが低いまたは枯渇していることに起因して酸化ストレスがより大きいことが示される（１４）。疾患重症度が高いＭＣＳ１のメタボロームは酸化ストレスが高い状態を示したが、より低い疾患重症度に関連するＵＣ  ＭＣＳ（ＭＣＳ２〜ＭＣＳ４）のメタボロームは、γ−グルタミルアミノ酸（グルタチオンレベルを維持するために重要である）および高濃度の超酸化物スカベンジングミオイノシトールの富化によって示されるγ−グルタミルトランスフェラーゼ活性の増強に起因したＲＯＳクエンチの能力の増加を示した（２３、２４）。抗炎症性ジペプチド（すなわち、アラニル−グルタミン）およびミオイノシトール（どちらも大腸炎の動物モデルにおいて炎症促進サイトカインの発現を低減させ、白血球動員を低減させる）の富化などの、免疫抑制活性を示す代謝的シグネチャー（２１、２２、２５）も疾患重症度がより低いＭＣＳ２〜ＭＣＳ４において観察された。これにより、各ＭＣＳに関連する特定の代謝的生産性により宿主免疫活性が支配され、その結果ＵＣ重症度に差異が生じる可能性があることが示唆される。
【０５１８】
宿主由来の免疫調節性代謝産物および／または微生物由来の免疫調節性代謝産物を含むＭＣＳに関連する管腔内産物により、病原性腸内微生物叢が宿主の生理機能に影響を及ぼし、臨床的な疾患重症度を規定し得る多面的機構がもたらされる。病原体に関連する分子パターン（ＰＡＭＰ）は、伝統的に、微生物に対する宿主の免疫応答を駆動するために最重要であると考えられてきたが、免疫代謝の分野における新興のデータから、微生物由来代謝産物が免疫細胞表現型の規定において同等に有効であることが示される。短鎖脂肪酸またはｐ−クレゾール硫酸などの微生物由来代謝産物の確立された直接の免疫調節活性（１６、３８）に加えて、最近の試験により、腸内微生物叢に関連する代謝産物であるタウリン、ヒスタミン、およびスペルミンがＮＬＲＰ６インフラマソームシグナル伝達、上皮ＩＬ−１８分泌、および下流の抗菌性ペプチド産生を共調節することが実証された（４３）。実際に、本発明者らのデータから、微生物由来の代謝の特定のプログラムが、ＵＣ患者の遠位腸における病原性細菌および真菌により示される一群のＰＡＭＰと組み合わさって、ＵＣ疾患の重症度に関連する免疫機能障害の有効な駆動体として機能することが示唆される。この概念に対する裏付けは、より重症度の低い疾患を有する他のサブグループの間では観察されない特徴である、Ｔ細胞集団における最大の程度のＴｈ２への歪みおよび付随するサイトカイン産生が、最も重症のＭＣＳ１患者由来の滅菌糞便水分により誘導されたというｅｘ  ｖｉｖｏにおける本発明者らの実証によってもたらされる。この観察からはマイクロバイオームがＵＣの原因物質として直接は結び付けられないが、マイクロバイオームがＵＣに付随する炎症および症状を微生物叢組成に特異的な様式で永続させることができる証拠がもたらされる。この所見から、伝統的に考慮されているＵＣ患者の特性であるＴｈ２への歪み（２６）が、本発明者らのコホートの間では一貫した所見ではなく、実際、ＵＣコホートにおいて最も重症の患者（すなわち、ＭＣＳ１）によって駆動され得ることも示される。ＵＣ患者の間に存在する異なる炎症性表現型が、表現型を維持する微生物を選択するものであるか否かまたは最初の別々のディスバイオシスの結果であるか否かはまだ対処されていない。とにかく、これにより、本研究では調査されていない別個の免疫学的特徴により、低い疾患活動性および別個の腸ＭＣＳを有する患者が特徴付けられる可能性が生じる。本明細書で提示された知見を確認しながらこれらのＭＣＳの潜在的な免疫調節寄与をさらに特徴付けるには今後のより大規模な研究が重要である。したがって、ＵＣ患者サブグループによって示される特定の微生物機能障害、代謝機能障害、および免疫機能障害に対して調整された治療により、この疾患をより有効に処置するための高度に効果的な戦略をもたらすことができる。
【０５１９】
材料および方法。糞便試料採取および核酸単離。ＥＵまたはＳＡ民族性のいずれかの健康な参加者および医師により診断されたＵＣ患者から、標準プロトコールを使用することによって便試料を採取した。ビーズビーティングと市販のＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｓｔｏｏｌ  ｋｉｔ（カタログ番号５１５０４；Ｑｉａｇｅｎ、ＣＡ）の組合せを用いて糞便中ＤＮＡを抽出した。
【０５２０】
細菌１６Ｓ  ｒＲＮＡプロファイリング。糞便試料から抽出した総ＤＮＡを、以前に記載されている通り（４４）、Ｖ４領域を標的とするバーコード付きプライマーを用いた１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子増幅（３連で）のための鋳型として使用した。配列決定ライブラリーを以前に記載されている通り（４４）作製した。全長１６Ｓ  アンプリコンも生成し、以前に記載されている通り（４５）、Ｇ３  １６Ｓ  ｒＲＮＡ  ＰｈｙｌｏＣｈｉｐ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、ＣＡ）とハイブリダイズした。
【０５２１】
真菌ＩＴＳ２ライブラリー調製。ＩＴＳ２配列決定ライブラリーを、試料毎に３連のＰＣＲアンプリコンを用いて作製した。
【０５２２】
１６ＳおよびＩＴＳ２ライブラリー配列決定。精製された配列決定ライブラリーを、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて分析し、Ｑｕｂｉｔ  ＨＳ  ｄｓ−ＤＮＡ  Ａｓｓａｙ  ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて定量し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑプラットフォームおよびＭｉＳｅｑ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｖ２．２．０を製造者（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）の指示に従って用いて配列決定した。ＦＬＡＳＨ  ｖ１．２．７、ＱＩＩＭＥ  １．８、およびｕｓｅａｒｃｈソフトウェアパッケージを配列読み取りの品質フィルタリング、操作的分類単位（ＯＴＵ）ピッキング、およびＯＴＵ表作成のために使用した（４６〜４８）。
【０５２３】
予測される群集メタゲノム分析。１６Ｓ  ｒＲＮＡデータを使用することによってｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ細菌メタゲノムを生成するためにＰＩＣＲＵＳｔ（ｐｉｃｒｕｓｔ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ｐｉｃｒｕｓｔ／）を使用した（１３）。
【０５２４】
メタボロームプロファイリング。糞便代謝産物をプロファイリングするために、広域スペクトルガスおよび液体クロマトグラフィー−質量分析のために各凍結便試料＞２００ｍｇをドライアイスに詰めてＭｅｔａｂｏｌｏｎ，Ｉｎｃ．（Ｄｕｒｈａｍ、ＮＣ）宛てに一晩配送した。
【０５２５】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおけるＤＣ／Ｔ細胞糞便水分アッセイ。匿名の健康なヒトドナー（Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｐａｃｉｆｉｃ）から得たＤＣを、代謝産物プロファイリング（インタクトな細胞を除去するためのフィルター）にかけた同じ糞便試料から調製した糞便水分と２４時間共インキュベートした後、ＴＮＦ−ａ、ＩＬ−１ｆ３、ＩＬ−６、およびプロスタグランジンＥ２を用いて刺激し、さらに２４時間インキュベートして成熟化を誘導した。次いで、ＤＣを収集し、洗浄し、自己Ｔ細胞と１／１０の比で５日間共培養し、２日毎に培地を補給した。Ｔ細胞表現型をフローサイトメトリーによって評価し、サイトカイン分泌をＣｙｔｏｍｅｔｒｉｃ  Ｂｅａｄ  Ａｒｒａｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）によって評価した。観察が末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）供給源による交絡を受けないことを確実にするために、アッセイを、別個のドナーを用いて４連で反復した。
【０５２６】
統計解析。（ｉ）微生物解析、メタゲノム解析、およびメタボロミック解析。ＱＩＩＭＥ  ｖ１．８．０およびＲ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔを用いて統計解析を実施した（４７、４９）。ＰｈｙｌｏＣｈｉｐデータに関しては、解析前に蛍光強度を対数正規化した。（ｉｉ）疾患重症度の臨床的測定値の比較。ＵＣ  ＭＣＳ間で疾患重症度の臨床的測定値をクラスカル・ワリス検定、続いてペアワイズ両側ダン検定によって比較した。（ｉｉｉ）Ｔ細胞サブセットの分析。誘導されたＴ細胞亜集団の存在量の有意差を、ＰＢＭＣ供給源（すなわち、ドナー）によって導入される潜在的な変動を説明しながら試料群（すなわち、ＵＣ  ＭＣＳ）に基づいて同定するために、Ｒ内のｌｍｅ４パッケージを用いて線形混合効果モデルを適用した（５０）。
【０５２７】
マイクロアレイおよびヌクレオチド配列データ受託番号。全てのマイクロアレイデータは、Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓデータベース（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｏ）に受託番号ＧＳＥ７８７２４の下で寄託されている。この試験に関連する配列データは全てＳｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅａｄ  Ａｒｃｈｉｖｅデータベース（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｒａ）において受託番号ＳＲＰ０７１２０１の下で入手可能である。
【０５２８】
糞便試料採取。試験参加者に糞便試料採取のための詳細な指示および必要な材料を提供した。標準化糞便試料（朝の最初の便）を自宅で便座に置いた滅菌便採取デバイス（Ｃａｔ番号Ｐｒｏｔｏｃｕｌｔ＃１２０；Ａｂｉｌｉｔｙ  Ｂｕｉｌｄｉｎｇ  Ｃｅｎｔｅｒ、ＭＮ）上に排便し、滅菌へらが付いた滅菌採取カップ（Ｃａｔ番号８０．７３４．３１１；Ｓａｒｓｔｅｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用することによって採取した。採取後、糞便試料を凍結アイスパック（Ｃａｔ番号Ｓ−９９０２；ＵＬＩＮＥ、ＣＡ）を伴う前払いの翌日配達用容器（ｏｖｅｒｎｉｇｈｔ  ｍａｉｌｅｒ）に入れ、連邦政府の規制に従ってＵＳＰＳを介して一晩配送した。到着したら、糞便試料をすぐに−８０℃で保管した。この試験は、Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｔ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ（ＣＨＲ＃１０−０３０９２）により承認された。医師が診断した潰瘍性大腸炎患者（年齢１８〜６０歳）は、ＵＣＳＦ’ｓ  Ｍｏｕｎｔ  Ｚｉｏｎ  Ｃａｍｐｕｓにある胃腸科診療所から直接集めた。質問票を各患者に提示して、疾患重症度の臨床的測定基準［簡易臨床的大腸炎活動指数（ＳＣＣＡ）、結腸外顕在化（関節炎、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、およびぶどう膜炎）、ＩＢＤと診断された第一度および第二度近親者の数、ならびに疾患の持続時間（ＵＣ診断からの年数）］を評価した。健康な志願者（年齢１８〜６０歳）を患者の家族から口づてによって引き出した。全ての参加者がヨーロッパまたは南アジアの民族性のいずれかであることを自己申告した（図３７）。さらに、全ての参加者は、Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡから半径７０マイル以内に居住していた。先行する２カ月以内に妊娠もしくは授乳、肝臓、心臓、肺もしくは腎臓が関与する重症合併症、または抗生物質による処置を経験した参加者はいずれも試験から排除した。
【０５２９】
糞便中ＤＮＡ単離。ビーズビーティングと市販のＱＩＡａｍｐ（登録商標）ＤＮＡ  Ｓｔｏｏｌ  Ｋｉｔ（Ｃａｔ番号５１５０４；ＱＩＡＧＥＮ、ＣＡ）の組合せを使用して個々の糞便試料からＤＮＡを抽出した。最初に、Ｂｕｆｆｅｒ  ＡＳＬ１．６ｍＬをおよそ１００ｍｇの糞便に添加し、ＦａｓｔＰｒｅｐ−２４計器（Ｃａｔ番号１１６００４５００；ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ）において６．０ｍ／ｓで３０秒ビーズビーティングを行った。ビーズビーティング後、試料を９５℃で５分インキュベートして溶解するのが難しい微生物の溶解効率を改善した。ＤＮＡ単離の残りを、ＱＩＡｃｕｂｅ（Ｃａｔ番号９００１２９２；ＱＩＡＧＥＮ、ＣＡ）を使用し、ＱＩＡａｍｐ（登録商標）ＤＮＡ  Ｓｔｏｏｌ  Ｋｉｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌに従って行った：病原体検出のための便からのＤＮＡの単離。単離されたＤＮＡを−８０℃で保管した。細菌コンタミネーションをモニターするための陰性対照としてブランク抽出を含めた。
【０５３０】
細菌１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子ライブラリー調製。細菌１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列決定ライブラリーを以前に記載されている通り作製した（５２）。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＰＣＲ増幅を各試料について３連で以前に記載されている通り（５２）Ｖ４領域を標的とするバーコード付きプライマーを使用して行った。１６Ｓ  ｒＲＮＡコンタミネーションをモニターするための陰性対照の鋳型としてブランク抽出を使用した。０．０２５ＵのＴａｋａｒａ  Ｈｏｔ  Ｓｔａｒｔ  ＥｘＴａｑ（Ｔａｋａｒａ  Ｍｉｒｕｓ  Ｂｉｏ  Ｉｎｃ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、ＭｇＣｌ２、０．４ｐｍｏｌ  μｌ−１のＦ５１５およびＲ８０６プライマー、０．５６ｍｇ  ｍｌ−１のウシ血清アルブミン（ＢＳＡ；Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）、２００μＭのｄＮＴＰ、およびｇＤＮＡ１０ｎｇを伴う１×Ｔａｋａｒａ緩衝液を使用して反応物２５μｌでＰＣＲ反応を実施した。反応を、以下の条件下、３連で実施した：最初の変性（９８℃で２分）、続いて９８℃（２０秒）、５０℃でのアニーリング（３０秒）、７２℃での伸長（４５秒）を３０サイクル、および７２℃での最終的な伸長を１０分。ＰＣＲ後、３連をプールし、１６ｓ  ｒＲＮＡアンプリコン濃度をゲル電気泳動定量によって決定した。１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列ライブラリーを、全てのＰＣＲアンプリコンを等モル濃度でプールして最終的な体積を７５μＬにすることによって作製した。バックグラウンドを除去するために、１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列ライブラリーを２％アガロースゲルに流し、ＱＩＡｑｕｉｃｋ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｃａｔ番号２８７０４；ＱＩＡＧＥＮ、ＣＡ）を使用して１６Ｓ  アンプリコン（約３８０ｂｐ）を精製した。１６Ｓ  ｒＲＮＡプライマー配列は、Ｃａｐｏｒａｓｏ  ＪＧ、Ｌａｕｂｅｒ  ＣＬ、Ｗａｌｔｅｒｓ  ＷＡ、Ｂｅｒｇ−Ｌｙｏｎｓ  Ｄ、Ｈｕｎｔｌｅｙ  Ｊ、Ｆｉｅｒｅｒ  Ｎ、Ｏｗｅｎｓ  ＳＭ、Ｂｅｔｌｅｙ  Ｊ、Ｆｒａｓｅｒ  Ｌ、Ｂａｕｅｒ  Ｍ、Ｇｏｒｍｌｅｙ  Ｎ、Ｇｉｌｂｅｒｔ  ＪＡ、Ｓｍｉｔｈ  Ｇ、Ｋｎｉｇｈｔ  Ｒ．、２０１２年、Ｕｌｔｒａ−ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｎ  ｔｈｅ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ  ａｎｄ  ＭｉＳｅｑ  ｐｌａｔｆｏｒｍｓ．、ＩＳＭＥ  Ｊ、６巻：１６２１〜１６２４頁に提示されている。複数の実施形態では、他のプライマー配列を使用することができる。
【０５３１】
真菌ＩＴＳ２ライブラリー調製。真菌内部転写スペーサー２（ＩＴＳ２）配列決定ライブラリーを、１６Ｓ  ｒＲＮＡライブラリーのために使用したものと同様の方法を使用して作製した。ＩＴＳ２領域のＰＣＲ増幅を、バーコード付きプライマーを使用して各試料について３連で行った。１×Ｔａｋａｒａ緩衝液（Ｔａｋａｒａ  Ｍｉｒｕｓ  Ｂｉｏ）、２００ｎＭの各プライマー、２００μＭのｄＮＴＰ、２．７５ｍＭのＭｇＣｌ２、０．５６ｍｇ  ｍｌ−１のＢＳＡ（Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ）、０．０２５ＵのＴａｋａｒａ  Ｈｏｔ  Ｓｔａｒｔ  ＥｘＴａｑおよびｇＤＮＡ５０ｎｇを用いて反応物２５μｌでＰＣＲ反応を実施した。反応を以下の条件下で行った：最初の変性（９４℃で５分）、続いて９４℃（３０秒）、５４℃でのアニーリング（３０秒）、７２℃での伸長（３０秒）を３０サイクル、および７２℃での最終的な伸長を７分。ＰＣＲ後、３連をプールし、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡＭＰｕｒｅ  ＸＰ−ＰＣＲ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔおよび関連するプロトコール（Ｃａｔ番号Ａ６３８８０、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して精製した。試料を、ＫＡＰＡ  ＳＹＢＲ  ＦＡＳＴ  ｑＰＣＲ  Ｋｉｔ（Ｃａｔ番号ＫＫ４６０１、ＫＡＰＡ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を製造者により推奨されている通り使用して定量した。次いで、全ての精製された試料を、個々の試料ＩＴＳ２定量に基づく等モル濃度でプールして最終的な体積を７５μＬにした。
【０５３２】
１６ＳおよびＩＴＳ２ライブラリー配列決定。精製された配列決定ライブラリーを、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｌｉｇｅｎｔ）を使用して分析し、Ｑｕｂｉｔ  ＨＳ  ｄｓＤＮＡ  ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して定量し、２ｎＭに希釈した。次いで、希釈した配列ライブラリーを変性させ、５．８８ｐＭに希釈し、変性させた１２．５ｐＭのＰｈｉＸスパイク−インと組み合わせて最終濃度を５ｐＭにした。次いで、調製した配列決定ライブラリーをＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑカートリッジ（Ｃａｔ番号ＭＳ−１０２−３００１、Ｉｌｌｕｍｉｎａ）にローディングし、ＭｉＳｅｑプラットフォームおよびＭｉＳｅｑ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｖ２．２．０を製造者の指示（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）に従って使用して配列決定した（５１４サイクル、Ｒｅａｄ１：２５１サイクル、Ｉｎｄｅｘ  Ｒｅａｄ：１２サイクル、Ｒｅａｄ２：２５１サイクル）。この試験に関連する全ての配列データはＳｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅａｄ  Ａｒｃｈｉｖｅ（ＳＲＡ）データベース、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｒａ（受託番号ＰＲＪＮＡ３１３０７４）において入手可能である。
【０５３３】
細菌１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列の処理。ペアエンド配列決定後、対になった配列を、ＦＬＡＳＨ  ｖ１．２．７を使用して、１５ｂｐに設定した最小の重複でアセンブルした（５３）。アセンブルされた読み取りをバーコードによって多重分離し、低品質（Ｑ−スコア＜３０）についてＱＩＩＭＥ１．８を使用してフィルタリングした（５４）。３つの連続した塩基のＱ−スコアが＜３０の場合には、質の低い塩基の前で読み取りを打ち切った。得られた読み取りが元の長さの少なくとも７５％の場合にデータセット内に保持した。ＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓ１３＿８データベース（５５）（５６）に対してｕｃｌｕｓｔを使用して操作的分類単位（ＯＴＵ）を９７％配列同一性でピッキングし、＞１配列読み取りを含有するＯＴＵを保持した。参照配列の集合にヒットできなかった読み取りを保持し、新規にクラスター化した。配列を、ＰｙＮＡＳＴを使用してアラインし、ｕｃｌｕｓｔおよびＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓ１３＿８データベース（５７）（５５）（５６）を使用して分類法（ｔａｘｏｎｏｍｙ）を割り当てた。ＰｙＮＡＳＴでアラインされた配列について、ＣｈｉｍｅｒａＳｌａｙｅｒ（５８）を使用してキメラを確認し、推定されるキメラおよびＰｙＮＡＳＴアラインメントできなかった代表的な配列を除去した。ＦａｓｔＴｒｅｅを使用して系統樹を構築した（５９）。試料の間での読み取りの深さの変動を正規化するために、データを細菌については試料当たり４９，５１８配列の最小の読み取りの深さまで純化した。各試料について真に代表的な群集が分析に使用されることを確実にするために、定義された深さでの配列サブサンプリングを１００回ブートストラップした。各試料について代表的な群集組成を、特定の試料について全てのサブサンプリングから生じた全ての他のＯＴＵベクトルに対して最小の平均キャンベラ距離を示したものと定義した。
【０５３４】
真菌ＩＴＳ２配列の処理。ペアエンド配列決定後、対になった配列を、ＦＬＡＳＨ  ｖ１．２．７を使用して、２５ｂｐの最小の重複および２９０ｂｐの最大の重複でアセンブルした（５３）。アセンブルされた読み取りをＱＩＩＭＥ１．８（５４）を使用してバーコードによって多重分離した。ｕｓｅａｒｃｈ（５５）によって決定される＞２の予測誤差を含有するアセンブルされた読み取りを除去した。シングルトン読み取りを除去し、ｕｓｅａｒｃｈ８．０（５５）を使用して９７％配列類似性のＯＴＵを新規に生成した。８＿１＿２０１５  ＵＮＩＴＥ  ＩＴＳ真菌配列データベースおよびｕｓｅａｒｃｈ８．０を使用して潜在的にキメラの配列を除去した（６０）（５５）。次いで、ＩＴＳｘソフトウェアパッケージを使用して非キメラＯＴＵの参照配列から予測ＩＴＳ２領域を抽出し、プロセスにおいて真のＩＴＳ２領域を欠くと予測されるＯＴＵをフィルタリング除去した（６１）。次いで、ＱＩＩＭＥにおいてベイズ法分類を使用し、信頼度カットオフ０．８を用いて、８＿１＿２０１５  ＵＮＩＴＥ  ＩＴＳ真菌配列データベース（５４）（６０）に従って非キメラ、ＩＴＳ２により抽出したＯＴＵに分類法を割り当てた。全配列読み取りの０．００１％未満（ｌｅｓｓ  ｔｈａｔ）を占めるＯＴＵを除去した。試料の間での読み取りの深さの変動を正規化するために、データを細菌について試料当たり６，６５３配列の最小の読み取りの深さまで純化した。各試料について真に代表的な群集が分析に使用されることを確実にするために、定義された深さでの配列サブサンプリングを１００回ブートストラップした。各試料について代表的な群集組成を、特定の試料について全てのサブサンプリングから生じた全ての他のＯＴＵベクトルに対して最小の平均キャンベラ距離を示したものと定義した。
【０５３５】
ＰｈｙｌｏＣｈｉｐを使用した細菌１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子プロファイリング。糞便試料から抽出した総ＤＮＡを以前に記載されている通り（６２）１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子増幅のための鋳型として使用した。ＰＣＲ増幅を１％ＴＢＥアガロースゲルで検証し、次いで、ＱＩＡｑｕｉｃｋ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｃａｔ番号２８７０４；ＱＩＡＧＥＮ、ＣＡ）を使用して精製した。次いで、試料当たり合計５００ｎｇの精製されたＰＣＲ産物を以前に記載されている通り（６３）断片化し、ビオチン標識し、Ｇ３  １６Ｓ  ｒＲＮＡ  ＰｈｙｌｏＣｈｉｐ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、ＣＡ）とハイブリダイズした。アレイの洗浄、染色、およびスキャンを標準のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプロトコール（６３）に従って行った。バックグラウンド差し引き、検出、分類群定量基準およびアレイ正規化を、以前に記載されている通り実施した（６３）。ステージ１閾値を定量標準物質に基づいて以下に調整した：ｒＱ１≧０．２５、ｒＱ２≧０．５０、ｒＱ３≧０．８０。この論文において報告された全てのＰｈｙｌｏＣｈｉｐマイクロアレイデータはＧｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）データベース、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｏに寄託されている（受託番号ＧＳＥ７８７２４）。
【０５３６】
予測群集メタゲノム分析。観察されなかった状態の再構成による群集の系統学的調査（ＰＩＣＲＵＳｔ；ｐｉｃｒｕｓｔ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ｐｉｃｒｕｓｔ／）、マーカー遺伝子調査（例えば１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子など）から機能的メタゲノムを予測するために使用されるバイオインフォマティクスソフトウェアパッケージを使用して、本研究において生成されたデータに関してｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ細菌メタゲノムを生成した（６４）。まず、処理された１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子ＭｉＳｅｑデータから以前生成されたバイオームフォーマット細菌ＯＴＵ表をフィルタリングしてクローズドリファレンスＯＴＵのみ［すなわち、ＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ  １３＿８データベース内に存在するＯＴＵのみ（５６）］を含有するようにした。次いで、クローズドリファレンスＯＴＵ表を使用して、ＰＩＣＲＵＳｔメタゲノム予測チュートリアル（ｐｉｃｒｕｓｔ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ｐｉｃｒｕｓｔ／ｔｕｔｏｒｉａｌｓ／ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ＿ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ．ｈｔｍｌ−ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ−ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ−ｔｕｔｏｒｉａｌ）に従って予測メタゲノムを生成した。簡単に述べると、まずＯＴＵ存在量を既知または予測される１６ｓコピー数に従って正規化した。１６ｓコピー数正規化後、次いで、この正規化されたＯＴＵ表を各試料についての予測ＫＥＧＧ  Ｏｒｔｈｏｌｏｇ（ＫＯ）存在量に使用し、これをＫＥＧＧ  Ｐａｔｈｗａｙ（ｇｅｎｏｍｅ．ｊｐ／ｋｅｇｇ／ｐａｔｈｗａｙ．ｈｔｍｌ）へとさらにまとめた。
【０５３７】
メタボロームプロファイリング。糞便代謝産物をプロファイリングするために、各試料からの＞２００ｍｇの凍結便をドライアイスに詰めてＭｅｔａｂｏｌｏｎ（Ｍｅｔａｂｏｌｏｎ、ＮＣ）宛てに一晩配送した。全ての試験試料を少量含有する均一なプールから作製したいくつかの技術的反復実験試料も含めた。受け取ったら、試料の目録を作成し、すぐに−８０℃で保管した。分析のときに、Ｍｅｔａｂｏｌｏｎの標準の溶媒抽出法（ｍｅｔａｂｏｌｏｎ．ｃｏｍ／）を使用して分析のために試料を抽出し、調製した。抽出された試料をＧＣ／ＭＳおよびＱ−Ｅｘａｃｔｉｖｅ精密質量ＬＣ／ＭＳプラットフォームでの分析のために等しい部分に分割した。
【０５３８】
試料の調製：Ｈａｍｉｌｔｏｎ  Ｃｏｍｐａｎｙの自動化ＭｉｃｒｏＬａｂ  ＳＴＡＲ（登録商標）システムを使用して試料の調製プロセスを行った。ＱＣ目的で抽出プロセスの第１のステップの前に回収標準物質（ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｓｔａｎｄａｒｄ）を添加した。独自の一連の有機および水性抽出を使用して試料の調製を行って、小分子の最大の回収率を可能にしながらタンパク質画分を除去した。得られた抽出物を２つの画分；ＬＣ／ＭＳによる分析用の１つおよびＧＣ／ＭＳによる分析用の１つに分けた。試料をＴｕｒｂｏＶａｐ（登録商標）（Ｚｙｍａｒｋ）に短時間置いて有機溶媒を除去した。次いで、各試料を凍結し、真空下で乾燥させた。次いで、試料を適切な計器、ＬＣ／ＭＳまたはＧＣ／ＭＳのいずれかに対して調製した。
【０５３９】
ＱＡ／ＱＣ：ＱＡ／ＱＣ目的で、毎日の分析にいくつかの追加的な試料を含めた。さらに、選択されたＱＣ化合物を、試験中のものを含めたすべての試料に添加した。これらの化合物は、内因性化合物の測定に干渉しないように選択された。図３８および図３９にＱＣ試料および化合物が記載されている。これらのＱＣ試料は、各試験についてのプロセス制御を評価するためならびにデータキュレーションの補助に主に使用される。
【０５４０】
超高速液体クロマトグラフィー／質量分析（ＵＰＬＣ／ＭＳ／ＭＳ）：プラットフォームのＬＣ／ＭＳ部分は、Ｗａｔｅｒｓ  ＡＣＱＵＩＴＹ超高速液体クロマトグラフィー（ＵＰＬＣ）ならびに加熱エレクトロスプレーイオン化（ＨＥＳＩ−ＩＩ）供給源および３５，０００質量分解能で作動するＯｒｂｉｔｒａｐ質量分析機器とインターフェース接続されたＴｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｑ−Ｅｘａｃｔｉｖｅ高分解能／精密質量分析計に基づくものであった。試料抽出物を乾燥させ、次いで注入およびクロマトグラフィーの一貫性を確実にするためにそれぞれが８種またはそれよりも多くの注射標準物質を固定濃度で含有する酸性または塩基性ＬＣ適合溶媒中に再構成させた。一方の一定分量には酸性陽イオンで最適化された条件を使用し、他方には塩基性陰性イオンで最適化された条件を使用して、別々の専用カラム（Ｗａｔｅｒｓ  ＵＰＬＣ  ＢＥＨ  Ｃ１８−２．１×１００ｍｍ、１．７μｍ）を使用して２つの独立した注入で分析した。酸性条件下で再構成された抽出物は０．１％ギ酸を含有する水およびメタノールを使用して勾配溶出させ、一方、塩基性抽出物は、同じく水／メタノールを使用し、６．５ｍＭの炭酸水素アンモニウムを含有した。ＭＳ分析ではＭＳと動的排除を使用したデータ依存性ＭＳ２スキャンを繰り返し、スキャン範囲は８０〜１０００ｍ／ｚであった。生のデータファイルは下記の通り保管されており、抽出される。
【０５４１】
ガスクロマトグラフィー／質量分析（ＧＣ／ＭＳ）：ＧＣ／ＭＳ分析が予定されている試料を、最低でも２４時間にわたって真空乾燥下で再度乾燥させた後、乾燥窒素の下でビストリメチル−シリル−トリフルオロアセトアミド（ｔｒｉｆｌｏｕｒｏａｃｅｔａｍｉｄｅ）（ＢＳＴＦＡ）を使用して誘導体化した。ＧＣカラムは５％フェニル／９５％ジメチルポリシロキサン融合シリカカラムであり、温度勾配は１６分間で４０℃から３００℃までであった。試料をＴｈｅｒｍｏ−Ｆｉｎｎｉｇａｎ  Ｔｒａｃｅ  ＤＳＱ高速スキャニングシングル四重極質量分析計で電子衝突イオン化を使用して分析した。日常的に質量分解能および質量精度について計器を調整し、較正した。以下に考察する通り生のデータファイルからの情報出力を自動的に抽出した。
【０５４２】
データ抽出および化合物同一性確認：Ｍｅｔａｂｏｌｏｎのハードウェアおよびソフトウェアを使用して生のデータを抽出し、ピークを同定し、ＱＣ処理した。精製された標準物質または繰り返し生じる未知の実体に関するライブラリーエントリーを比較することによって化合物を同定した。Ｍｅｔａｂｏｌｏｎにより、ライブラリー内に存在する全ての分子に関する保持時間／指数（ＲＩ）、質量電荷比（ｍ／ｚ）、およびクロマトグラフィーのデータ（ＭＳ／ＭＳスペクトルのデータを含む）を含有する、立証された標準物質に基づくライブラリーが維持されている。さらに、生化学的同定は、３つの判定基準：提唱された同一性確認の狭いＲＩウインドウ内での保持指数、ライブラリー＋／−０．４ａｍｕと一致する公称質量、ならびに実験データと真正標準物質の間のＭＳ／ＭＳフォワードおよびリバーススコアに基づく。ＭＳ／ＭＳスコアは、実験スペクトルに存在するイオンとライブラリースペクトルに存在するイオンの比較に基づく。
【０５４３】
正規化：何日にもわたる試験のために、データ正規化ステップを実施して、計器の日間の調整差異に起因する変動を補正した。基本的に、各化合物を、実行日ブロック内で、中央値を１と等しい（１．００）と登録し、各データポイントを比例的に正規化することによって補正した。１日を超える分析が必要なかった試験については、正規化は必要なかった。
【０５４４】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおけるＤＣ／Ｔ細胞糞便水分アッセイ。糞便水分の調製。糞便試料を、２０％ＦＢＳおよび２ｍＭのＥＤＴＡを含有する滅菌した３７℃のＰＢＳ中に希釈して最終濃度を１ｇ／ｍＬにした。次いで、希釈した糞便試料を１分間にわたってボルテックスし、３７℃で１０分間インキュベートした。インキュベート後、試料を、室温、約２１，０００ｇで１０分間遠心分離して不溶性材料を除去した。次いで、上清を０．２μｍのナイロンフィルターを通して濾過して、インタクトな細胞を除去した。滅菌糞便水分溶液を−２０℃で保管した。
【０５４５】
樹状細胞の糞便水分による攻撃およびＴ細胞との共培養。匿名の健康なヒトドナー由来の末梢血試料を得た（Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｐａｃｉｆｉｃ、Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ）。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をＦｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ勾配遠心分離（Ｃａｔ番号Ｈｉｓｔｏｐａｑｕｅ−１０７７１；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）によって単離した。ＥａｓｙＳｅｐ（商標）Ｈｕｍａｎ  Ｐａｎ−ＤＣ  Ｐｒｅ−Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｋｉｔ（Ｃａｔ番号１９２５１；ＳＴＥＭＣＥＬＬ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｎａｄａ）を使用して単離されたＰＢＭＣから樹状細胞（ＤＣ）を精製し、９６ウェルプレート（細胞０．５×１０６個／ｍｌ）中、新鮮なＲ１０培地：１０％熱不活化ＦＣＳ（Ｃａｔ番号９８７１−５２４４；ＵＳＡ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、１００Ｕ／ｍｌのペニシリン−ストレプトマイシン（Ｃａｔ番号１０３７８０１６；Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＣＡ）、１０ｎｇ／ｍｌのＧＭ−ＣＳＦ（Ｃａｔ番号１５−ＧＭ−０１０；Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、ＭＮ）、および２０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４（Ｃａｔ番号２０４−ＩＬ−０１０；Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を補給したＲＰＭＩ１６４０（Ｃａｔ番号１１８７５；Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で培養した。調製した滅菌糞便水分をＤＣ培養物に１／２０希釈で添加した。２４時間インキュベートした後、細胞を、１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦ−α（Ｃａｔ番号３００−０１Ａ；ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ、ＮＪ）、１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１β（Ｃａｔ番号２００−０１Ｂ；ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ）、１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−６（Ｃａｔ番号ＡＦ−２００−０６；ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ）、および１μＭのＰＧＥ２（Ｃａｔ番号７２１９４；ＳＴＥＭＣＥＬＬ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて刺激し、さらに２４時間インキュベートしてＤＣ成熟化を誘導した。自己の、単球枯渇ＰＢＭＣから、Ｈｕｍａｎ  Ｔ−Ｃｅｌｌ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｃｏｌｕｍｎ（Ｃａｔ番号ＨＴＣＣ−２０００；Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を使用した負の選択によってＴ細胞を精製し、その後、ＴｅｘＭＡＣＳ  Ｍｅｄｉｕｍ（Ｃａｔ．Ｎｏｔ．１３０−０９７−１９６；Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ、Ｇｅｒｍａｎｙ）中で培養した。ＤＣ刺激後、ＤＣを収集し、洗浄し、１ｕｇ／ｍｌの可溶性抗ＣＤ２８（Ｃａｔ番号５５５７２５；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、ＣＡ）および１μｇ／ｍｌの抗ＣＤ４９ｄ（Ｃａｔ番号５５５５０１；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）の存在下、自己Ｔ細胞と１／１０の比で５日間共培養し、２日毎に培地を補充した。観察がＰＢＭＣ供給源に依存しないことを確実にするために、別個のドナーから得たＰＢＭＣを使用してこのアッセイを４回繰り返した。
【０５４６】
フローサイトメトリー。サイトカイン産生を評価するために、共培養物を、Ｐｈｏｒｂｏｌ  Ｍｙｒｉｓｔａｔｅ  Ａｃｅｔａｔｅ−Ｉｏｎｏｍｙｃｉｎ（Ｃａｔ番号３５６１５００１０；Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）およびＧｏｌｇｉＰｌｕｇ（Ｃａｔ番号５５５０２９；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて１６時間にわたって刺激した。細胞を収集し、単一細胞懸濁液を２つの別々の抗体パネルで染色して表現型を評価した。パネル１：抗ＣＤ３（Ｃａｔ番号５５７９１７；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＣＤ４（Ｃａｔ番号５６３０２８；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＣＤ８ａ（Ｃａｔ番号５６３８２１；ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、抗ＣＤ２５（Ｃａｔ番号５５７７４１；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＦｏｘＰ３（Ｃａｔ番号１４−４７７６−８０；ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、および抗ＩＬ１０（Ｃａｔ番号１３０−０９６−０４３；Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）。パネル２：抗ＣＤ３（Ｃａｔ番号５５７９１７；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＣＤ４（Ｃａｔ番号５６３０２８；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＣＤ８ａ（Ｃａｔ番号５６３８２１；ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、抗ＣＤ６９（Ｃａｔ番号５６０７３７；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＩＮＦγ（Ｃａｔ番号５６０３７１；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＩＬ４（Ｃａｔ番号１３０−０９１−６４７；Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）、抗ＩＬ１７Ａ（Ｃａｔ番号１７−７１７９−４２；ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、および抗ＩＬ２２（Ｃａｔ番号２５−７２２９−４２；ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）。細胞をＣｙｔｏｆｉｘ／Ｃｙｔｏｐｅｒｍ（商標）（Ｃａｔ番号５５４７１４；ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）またはＦｉｘａｔｉｏｎ／Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ（Ｃａｔ番号００−５５２３−００；Ａｆｆｙｍａｔｒｉｘ  ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）のいずれかによって透過処理した。染色したら、生Ｔ細胞をＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞またはＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞としてゲーティングした。活性化されたＴ細胞は表面染色されたＣＤ６９ｈｉであった。ＣＤ４＋Ｔ細胞集団の中で、亜集団をＴｈ１：ＩＦＮγ＋、Ｔｈ２：ＩＬ−４＋、Ｔｈ１７：ＩＬ−１７Ａ＋、Ｔｈ２２：ＩＬ１７Ａ−およびＩＬ−２２＋、およびＴｒｅｇ：ＣＤ２５ｈｉおよびＦｏｘＰ３ｈｉと定義した。ＣＤ８＋Ｔ細胞亜集団をＴｃ１：ＩＦＮγ＋、Ｔｃ２：ＩＬ−４＋、およびＴｃ１７：ＩＬ−１７Ａ＋と定義した。染色した細胞をＢＤ  ＬＳＲ  ＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）でフローサイトメトリーによってアッセイした。
【０５４７】
Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ  Ｂｅａｄ  Ａｒｒａｙ。ＰＭＡ／Ｇｐｌｕｇを添加する前に、各共培養物から無細胞上清１００μＬを取り出し、３０００ｒｐｍで１分間遠心分離した。サイトメトリックビーズアレイ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用してサイトカイン分泌を測定し、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−１３の濃度を製造者のガイドラインに従って決定した。ＢＤ  ＬＳＲ  ＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）でのフローサイトメトリーによってデータを得、独自のＦＣＡＰ  アレイ解析ソフトウェア（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用してデータ解析を実施した。
【０５４８】
統計解析。微生物、メタゲノム、およびメタボロミック解析。ＱＩＩＭＥ  ｖ１．８．０およびＲ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（５４、６５）を使用して解析を実施した。シャノンの多様性およびフェイスの系統学的多様性を、ＱＩＩＭＥ  ｖ  １．８．０を使用して算出し、両側ｔ検定を実施して有意な群間差異（例えば、ＵＣ対健康）を同定した（５４）。重み付けされたＵｎｉＦｒａｃ、キャンベラ、およびブレイ・カーチス距離行列を、ＱＩＩＭＥ  ｖ  １．８．０を使用して生成し、Ｒ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔでｖｅｇａｎパッケージを使用してＮＭＤＳによって可視化した（６６、６７）。ＰｈｙｌｏＣｈｉｐデータに関しては、蛍光強度を対数正規化した後にキャンベラ距離を算出した。算出された距離行列を使用した並べ替えの分散の多変量解析（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ）を使用して、既存のメタデータ（すなわち、健康状態または民族性）と細菌、真菌、メタゲノム、またはメタボローム組成の関係をｖｅｇａｎにおいて見出されるａｄｏｎｉｓ機能を使用して決定した（６７）。マルチスケールブートストラップ再サンプリングと組み合わせた階層的クラスター解析を、Ｒのｐｖｃｌｕｓｔパッケージを使用して１０００のブートストラップ複製で実施した（６８）。距離行列間の相関をｖｅｇａｎにおいて見いだされるｍａｎｔｅｌ機能を使用して算出した（６７）。有意に富化されたまたは枯渇した細菌ＯＴＵ、真菌ＯＴＵ、および関連する試料群（例えば、ＵＣ対健康）間のＫＥＧＧ  ｐａｔｈｗａｙを同定するために、Ｒｏｍｅｒｏらによって記載されている３モデル手法を適用した（６９）。簡単に述べると、３種の線形混合効果回帰モデル（負の二項式、ゼロ過剰負の二項式、およびポアソン）を独立に各観察（すなわち、ＯＴＵまたはＫＥＧＧ  ｐａｔｈｗａｙ）にフィッティングし、Ａｋａｉｋｅ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ（ＡＩＣ）が最も低いモデルを保持した。最良フィットモデル（すなわち、ＡＩＣが最小化したもの）に対してのみＰ値をコンピュータ計算した。偽発見を説明するために、コンピュータ計算されたｐ値に基づいてｑ値を算出した。ＰｈｙｌｏＣｈｉｐデータに関しては、有意に富化されたまたは枯渇したＯＴＵを、両側ｔ検定を適用して蛍光強度を対数正規化することによって決定した。有意に富化されたまたは枯渇した糞便代謝産物を同定するために、対数正規化した相対濃度をウエルチのｔ検定を使用して比較した。
【０５４９】
疾患重症度の臨床的測定基準の比較。疾患重症度の臨床的測定基準（すなわち、ＳＣＣＡ、結腸外顕在化の数、診断された第一度および第二度近親者の数、ならびに診断からの年数をＵＣ−ＭＣＳ間でクラスカル・ワリス検定、続いてペアワイズ両側ダン検定によって比較した。
【０５５０】
Ｔ細胞サブセットの分析。上記のＴ細胞アッセイを４名の異なるＰＢＭＣドナー由来のＰＢＭＣを使用して４回別々に繰り返したので、ＰＢＭＣ供給源（すなわち、ドナー）に起因してもたらされる潜在的な変動を明らかにしながら、Ｒ内のｌｍｅ４パッケージを使用した線形混合効果モデルを適用して、誘導されたＴ細胞亜集団の存在量の有意差を試料群（すなわち、ＵＣ−ＭＣＳ）に基づいて同定した（７０）。以下の線形混合効果モデルを適用してそれぞれ健康状態（健康対ＵＣ）およびＵＣ−ＭＣＳ（健康対ＭＣＳ１、ＭＣＳ２、ＭＣＳ３、ＭＣＳ４）に起因する変化を同定した：
Ｙ〜β（ＥＸＰ＿群）＋μ（ドナー）＋μ（試料）＋ε
Ｙ〜β（ＭＣＳ）＋μ（ドナー）＋μ（試料）＋ε
式中、Ｙ＝Ｔｈ１存在量などの測定された従属変数、ＥＸＰ＿群＝健康状態（健康またはＵＣ）、ＭＣＳ＝微生物群集の状態（健康、ＭＣＳ１、ＭＣＳ２、ＭＣＳ３、またはＭＣＳ４）、ドナー＝ＰＢＭＣドナー供給源（ドナー＃１〜＃４）、および試料＝糞便試料試験参加者。
参考文献
【０５５１】
実施例４についての参考文献
【数３−１】
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【数３−２】
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【数３−３】
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【数３−４】
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【数３−５】
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【数３−６】
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【数３−７】
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【数３−８】
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【数３−９】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５】
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【図６ＡＢ】
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【図６Ｃ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８Ａ】
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【図８ＢＣ】
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【図８Ｄ】
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【図９Ａ】
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【図９ＢＣ】
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【図９Ｄ】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１５Ｃ】
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【図１６ＡＢ】
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【図１６ＣＤ】
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【図１６ＥＦ】
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【図１７】
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【図１８ＡＢ】
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【図１８Ｃ】
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【図１９】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
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【図２１】
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【図２２Ａ】
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【図２２Ｂ】
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【図２２ＣＤ】
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【図２２ＥＦ】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１Ａ】
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【図３１ＢＣ】
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【図３２ＡＢ】
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【図３２ＣＤ】
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【図３３ＡＢ】
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【図３３ＣＤ】
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【図３３ＥＦ】
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【図３３ＧＨ】
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【図３３ＩＪ】
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【図３３Ｋ】
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【図３４Ａ】
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【図３４ＢＣ】
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【図３４ＤＥ】
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【図３４ＦＧ】
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【図３４Ｈ】
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【図３５】
2019512473.tif 000093
【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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