(57)【要約】  免疫チェックポイント阻害のための方法及び組成物におけるリジン特異的ヒストンデメチラーゼ-1（LSD1）阻害剤が開示される。本発明はまた、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）上皮間葉系細胞転換（EMT）、又は（v）間葉上皮系細胞転換（MET）の少なくとも1つを改変することにおけるタンパク質性分子及びそれらの使用に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象におけるプログラム細胞死リガンド1（programmed death-ligand 1）(PD-L1)及び/又はプログラム細胞死リガンド2（programmed death-ligand 2）（PD-L2）活性を阻害するためのリジン特異的ヒストンデメチラーゼ-1（LSD1）阻害剤の使用。
【請求項２】
対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害する方法。
【請求項３】
免疫調節剤による標的抗原に対する対象の免疫応答を増強するためのLSD1阻害剤の使用。
【請求項４】
対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、免疫調節剤によって標的抗原に対する対象の免疫応答を増強する方法。
【請求項５】
前記免疫調節剤が、前記標的抗原の少なくとも一部に相当する抗原、前記標的抗原と免疫相互作用する抗原結合分子、及び前記標的抗原に対する免疫応答を調節する免疫調節細胞から選択される、請求項3又は4に記載の方法又は使用。
【請求項６】
前記対象が、上昇したPD-L1及びPD-L2活性を有する、請求項1〜5の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項７】
前記対象が、転移性癌又は感染症を有する、請求項6に記載の方法又は使用。
【請求項８】
前記転移性癌が、転移性乳癌である、請求項7に記載の方法又は使用。
【請求項９】
前記LSD1阻害剤が、LSD1の核移行の阻害剤である、請求項1〜8の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項１０】
前記LSD1阻害剤が、LSD1の触媒活性の阻害剤である、請求項1〜8の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項１１】
前記LSD1阻害剤が、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子である、請求項9に記載の方法又は使用。
【請求項１２】
前記単離又は精製タンパク質性分子が、式I:
Z1RRTX1RRKRAKVZ2  (I)
（式中、
「Z1」及び「Z2」が、独立に、存在しない、又は約1〜約50個のアミノ酸残基（及びその間の全ての整数残基）を含むタンパク質性部分、及び保護部分の少なくとも1つから独立に選択され; 及び
「X1」が、S、T、A、G及びそれらの修飾形態を含む小アミノ酸残基から選択される）
で表される単離又は精製タンパク質性分子である、請求項11に記載の方法又は使用。
【請求項１３】
「X1」が、S及びAから選択される、請求項12に記載の方法又は使用。
【請求項１４】
「Z1」が、式II:
X2X3X4  (II)
（式中、
「X2」が、存在しない又は保護部分であり;
「X3」が、存在しない又は何れかのアミノ酸残基から選択され; 及び
「X4」が、何れかのアミノ酸残基から選択される）
で表されるタンパク質性分子である、請求項12又は13に記載の方法又は使用。
【請求項１５】
「X3」が、R、K及びそれらの修飾形態を含む塩基性アミノ酸残基から選択される、請求項14に記載の方法又は使用。
【請求項１６】
「X4」が、F、Y、W及びそれらの修飾形態を含む芳香族アミノ酸残基から選択される、請求項14又は15に記載の方法又は使用。
【請求項１７】
「Z2」が、存在しない、請求項12〜16の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項１８】
式Iの単離又は精製タンパク質性分子が、配列番号1、2又は3:
RRTSRRKRAKV（配列番号1）;
RRTARRKRAKV（配列番号2）; 又は
RWRRTARRKRAKV（配列番号3）
で表されるアミノ酸配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、請求項12〜17の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項１９】
式Iのタンパク質性分子が、少なくとも1つの膜透過性部分をさらに含む、請求項12〜18の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項２０】
前記膜透過性部分が、脂質部分である、請求項19に記載の方法又は使用。
【請求項２１】
前記膜透過性部分が、ミリストイル基である、請求項19又は20に記載の方法又は使用。
【請求項２２】
前記膜透過性部分が、式Iのタンパク質性分子のN-又はC-末端アミノ酸残基にコンジュゲートされる、請求項19〜21の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項２３】
PD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害する方法であって、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞を、LSD1阻害剤と接触させることを含む、方法。
【請求項２４】
PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞を、LSD1阻害剤と接触させることを含む、PD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害するためのLSD1阻害剤の使用。
【請求項２５】
前記PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞が、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項23又は24に記載の方法又は使用。
【請求項２６】
前記PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞が、癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項25に記載の方法又は使用。
【請求項２７】
前記LSD1阻害剤が、LSD1の核移行の阻害剤である、請求項23〜26の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項２８】
前記LSD1阻害剤が、LSD1の触媒活性の阻害剤である、請求項23〜26の何れか1項に記載の方法又は使用。
【請求項２９】
前記LSD1阻害剤が、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子である、請求項27に記載の方法又は使用。
【請求項３０】
前記単離又は精製タンパク質性分子が、請求項12〜22の何れか1項に記載の式Iで表される単離又は精製タンパク質性分子である、請求項29に記載の方法又は使用。
【請求項３１】
プロテインキナーゼC（PKC）のリン酸化活性を阻害する方法であって、PKC過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、方法。
【請求項３２】
PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）上皮間葉系細胞転換（EMT）、又は（v）間葉上皮系細胞転換（MET）の少なくとも1つを改変する方法であって、前記PKC過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、形態、増殖、維持、EMT又はMETを調節する量の単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、方法。
【請求項３３】
癌が、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む対象における癌を治療又は予防する方法であって、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含み、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子を前記対象に投与することを含む、方法。
【請求項３４】
前記PKCが、PKC-θである、請求項31〜33の何れか1項に記載の方法。
【請求項３５】
前記PKC過剰発現細胞が、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項31〜34の何れか1項に記載の方法。
【請求項３６】
前記PKC過剰発現細胞が、癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項35に記載の方法。
【請求項３７】
LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCリン酸化を阻害する方法であって、LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、方法。
【請求項３８】
前記PKCが、PKC-θである、請求項37に記載の方法。
【請求項３９】
LSD1の活性を阻害する方法であって、LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、方法。
【請求項４０】
LSD1過剰発現細胞におけるLSD1の核移行を阻害する方法であって、前記LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、方法。
【請求項４１】
LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変する方法であって、前記LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、形態、増殖、維持、EMT又はMETを調節する量の単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、方法。
【請求項４２】
癌が少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を有する対象において癌を治療又は予防する方法であって、前記癌が、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含み、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子を対象に投与することを含む、方法。
【請求項４３】
前記LSD1過剰発現細胞が、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項37〜42の何れか1項に記載の方法。
【請求項４４】
前記LSD1過剰発現細胞が、癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項43に記載の方法。
【請求項４５】
前記単離又は精製タンパク質性分子が、請求項12〜22の何れか1項に記載の式Iで表される単離又は精製タンパク質性分子である、請求項31〜44の何れか1項に記載の方法。
【請求項４６】
PKC過剰発現細胞におけるPKCのリン酸化活性を阻害するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項４７】
PKC過剰発現細胞におけるPKCのリン酸化活性を阻害するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項４８】
PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項４９】
PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項５０】
対象において癌を治療又は予防するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用であって、前記癌が、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む、使用。
【請求項５１】
対象において癌を治療又は予防するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用であって、前記癌が、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む、使用。
【請求項５２】
前記PKCが、PKC-θである、請求項46〜51の何れか1項に記載の使用。
【請求項５３】
前記PKC過剰発現細胞が、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項46〜52の何れか1項に記載の使用。
【請求項５４】
前記PKC過剰発現細胞が、癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項53に記載の使用。
【請求項５５】
LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCリン酸化を阻害するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項５６】
LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCリン酸化を阻害するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項５７】
前記PKCが、PKC-θである、請求項55又は56に記載の使用。
【請求項５８】
LSD1の活性を阻害するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項５９】
LSD1の活性を阻害するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項６０】
LSD1過剰発現細胞におけるLSD1の核移行を阻害するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項６１】
LSD1過剰発現細胞におけるLSD1の核移行を阻害するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項６２】
LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項６３】
LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項６４】
対象において癌を治療又は予防するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用であって、前記癌が、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含む、使用。
【請求項６５】
対象において癌を治療又は予防するための薬剤の製造における、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子の使用であって、前記癌が、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含む、使用。
【請求項６６】
前記LSD1過剰発現細胞が、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項55〜65の何れか1項に記載の使用。
【請求項６７】
前記LSD1過剰発現細胞が、癌幹細胞腫瘍細胞である、請求項66に記載の使用。
【請求項６８】
前記単離又は精製タンパク質性分子が、請求項12〜22の何れか1項に記載の式Iで表される単離又は精製タンパク質性分子である、請求項46〜67の何れか1項に記載の使用。
【請求項６９】
PKC過剰発現細胞におけるPKCのリン酸化活性を阻害することに使用するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７０】
PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変することに使用するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７１】
対象において癌を治療又は予防することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子であって、前記癌が、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７２】
LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCリン酸化を阻害することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７３】
LSD1の活性を阻害することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７４】
LSD1過剰発現細胞における核移行を阻害することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７５】
LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変することに使用するためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７６】
対象において癌を治療又は予防することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、単離又は精製タンパク質性分子であって、前記癌が、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含む、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７７】
前記単離又は精製タンパク質性分子が、請求項12〜22の何れか1項に記載の式Iで表される単離又は精製タンパク質性分子である、請求項69〜76の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７８】
式I:
Z1RRTX1RRKRAKVZ2  (I)
（式中、
「Z1」及び「Z2」が、独立に、存在しない、又は約1〜約50個のアミノ酸残基（及びその間の全ての整数残基）を含むタンパク質性部分の少なくとも1つから独立に選択され; 及び
「X1」が、S、T、A、G及びそれらの修飾形態を含む小アミノ酸残基から選択される）
で表される単離又は精製タンパク質性分子であって、前記タンパク質性分子が、配列番号4:
EGRRTSRRKRAKVE（配列番号4）
のアミノ酸配列からなるタンパク質性分子以外のものである、単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項７９】
「X1」が、S及びAから選択される、請求項78に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８０】
「Z1」が、式II:
X2X3X4  (II)
（式中、
「X2」が、存在しない又は保護部分であり;
「X3」が、存在しない又は何れかのアミノ酸残基から選択され; 及び
「X4」が、何れかのアミノ酸残基から選択される）
で表されるタンパク質性分子である、請求項78又は79に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８１】
「X3」が、R、K及びそれらの修飾形態を含む塩基性アミノ酸残基から選択される、請求項80に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８２】
「X4」が、F、Y、W及びそれらの修飾形態を含む芳香族アミノ酸残基から選択される、請求項80又は81に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８３】
「Z2」が、存在しない、請求項78〜82の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８４】
式Iの単離又は精製タンパク質性分子が、配列番号1、2又は3:
RRTSRRKRAKV（配列番号1）;
RRTARRKRAKV（配列番号2）; 又は
RWRRTARRKRAKV（配列番号3）
で表されるアミノ酸配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる、請求項78〜83の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８５】
式Iのタンパク質性分子が、少なくとも1つの膜透過性部分をさらに含む、請求項78〜84の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８６】
前記透過性部分が、脂質部分である、請求項85に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８７】
膜透過性部分が、ミリストイル基である、請求項85又は86に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８８】
膜透過性部分が、式Iのタンパク質性分子のN-又はC-末端アミノ酸残基にコンジュゲートされる、請求項85〜87の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項８９】
請求項78〜88の何れか1項に記載のタンパク質性分子及び薬学的に許容される担体又は希釈剤を含む組成物。
【請求項９０】
治療のための、請求項78〜88の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子の使用。
【請求項９１】
治療のための、薬剤の製造における請求項78〜88の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質の使用。
【請求項９２】
治療に使用するための、請求項78〜88の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【請求項９３】
薬剤として用いるための、請求項78〜88の何れか1項に記載の単離又は精製タンパク質性分子。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、2016年9月7日に出願されたオーストラリア仮特許出願第2016903602号「阻害剤及びその使用」に基づく優先権を主張し、その全体の内容が、出典明記により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本発明は、一般に、免疫チェックポイント阻害のための方法及び組成物においてリジン特異的ヒストンデメチラーゼ-1（LSD1）阻害剤に関する。本発明はまた、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）上皮間葉系細胞転換（EMT）、又は（v）間葉上皮系細胞転換（MET）の少なくとも1つを改変することにおけるタンパク質性分子及びそれらの使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
本明細書における、何れかの先行する刊行物（又はそれから派生する情報）、又は公知の何れかの事項への参照は、その先の刊行物（又はそれから派生する情報）又は公知の事項が、本明細書が関連する試行分野における共通の一般知識の一部を形成するという示唆の認識又は承認又は何れかの形態として解釈されず且つ、解釈されるべきではない。
【０００４】
プログラム細胞死タンパク質-1（PD-1）は、T細胞活性化を調節し、そして免疫応答を低下させる能力を介して免疫系の調節において重要な役割を果たす。PD-1は、活性化T細胞（免疫抑制CD4+T細胞（Treg）及び疲弊CD8+T細胞を含む）、B細胞、骨髄樹状細胞（MDC）、単球、胸腺細胞及びナチュラルキラー（NK）細胞上に発現される(Gianchecchi et al. (2013) Autoimmun. Rev., 12: 1091-1100)。
【０００５】
PD-1シグナル伝達経路は、正常な個体における中枢性及び末梢性の耐性の維持に寄与し、それによって、正常な宿主細胞の破壊を回避する。胸腺において、PD-1とそのリガンドの相互作用は、正の選択を抑制し、それによって、CD4- CD8-二重陰性細胞のCD4+ CD8+二重陽性T細胞への転換を阻害する(Keir et al. (2005) J. Immunol., 175: 7329-7379)。副次的な免疫媒介性組織損傷を回避するために負の選択を回避する自己応答性及び炎症性エフェクターT細胞の阻害は、PD-1シグナル伝達経路に依存する(Keir et al. (2006) J. Exp. Med., 203: 883-895)。
【０００６】
PD-1は、プログラム細胞死リガンド-1（PD-L1; B7-H1; CD274）及びプログラム細胞死リガンド-2（PD-L2; B7-DC; CD273）の2つのリガンドによって結合される。PD-L1は、T細胞、B細胞、樹状細胞、マクロファージ、上皮細胞及び内皮細胞を含む様々な細胞型で発現される（Chen et al. (2012) Clin Cancer Res, 18(24): 6580-6587; Herzberg et al. (2016) The Oncologist, 21: 1-8）。PD-L1の発現はまた、局所的な腫瘍環境における多くのタイプの腫瘍細胞及び他の細胞において上方制御される（Herzberg et al. (2016) The Oncologist, 21: 1-8）。PD-L2は、単球、マクロファージ、樹状細胞等の抗原提示細胞で主に発現されるが、微小環境刺激によっては、多くの種類の他の免疫細胞及び非免疫細胞上でも発現が誘導され得る（Herzberg et al. (2016) The Oncologist, 21: 1-8; Kinter et al. (2008) J. Immunol., 181: 6738-6746; Zhong et al. (2007) Eur. J. Immunol., 37: 2405-2410; Messal et al. (2011) Mol. Immunol., 48: 2214-2219; Lesterhuis et al. (2011) Mol. Immunol., 49: 1-3）。
【０００７】
PD-1、PD-L1及びPD-L2は、局所腫瘍環境において悪性細胞及び他の細胞によって過剰発現される。PD-1は、多くの異なる腫瘍タイプ由来の腫瘍浸潤リンパ球（TIL）の大部分で高く発現されており、局所的なエフェクター免疫応答を抑制する。PD-1のTIL発現は、エフェクター機能の障害（サイトカイン産生及び腫瘍細胞に対する細胞傷害性の有効性）及び/又は多数の腫瘍タイプにおける転帰不良と関連する（Thompson et al. (2007) Clin Cancer Res, 13(6): 1757-1761; Shi et al. (2011) Int. J. Cancer, 128: 887-896）。PD-1の発現は、腎臓癌、卵巣癌、膀胱癌、乳癌、尿路上皮癌、胃癌及び膵臓癌を含む多くの腫瘍タイプにおける転帰不良と強く相関することが見出された（Keir et al. (2008) Annu. Rev. Immunol., 26: 677-704; Shi et al. (2011) Int. J. Cancer, 128: 887-896）。PD-L2は、腫瘍のサブセットにおいて上方制御されることが示されており、そしてまた、転帰不良に関連している。
【０００８】
従って、PD-1シグナル伝達経路のメンバーは、癌及び感染症の治療のための重要な治療標的であり、そしてこの経路を標的とする新しい治療薬が望まれている。
【発明の概要】
【０００９】
本発明は、LSD1阻害剤が、免疫チェックポイント、特にPD-L1及び/又はPD-L2を阻害するという発見に部分的に基づいている。従って、本発明者達は、LSD1阻害剤は、免疫調節剤による標的抗原に対する対象における免疫応答の増強することのため、又は癌、特に転移性の癌、又は感染症の治療のためを含む広範囲の用途で使用し得ると考えた。
【００１０】
従って、本発明の一態様において、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害するためのLSD1阻害剤の使用が提供される。
【００１１】
本発明の他の態様において、対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害する方法が提供される。本発明の関連する態様において、対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害する方法が提供される。
【００１２】
本発明のさらに別の態様において、免疫調節剤による標的抗原に対する対象の免疫応答を増強するためのLSD1阻害剤の使用が提供される。関連した態様において、本発明は、LSD1阻害剤及び免疫調節剤を含む組成物を提供する。
【００１３】
さらなる態様において、本発明は、抗感染症薬の有効性を増強するためのLSD1阻害剤の使用を提供する。本発明の関連する態様において、LSD1阻害剤及び抗感染薬を含む組成物が、提供される。
【００１４】
本発明のさらに別の態様において、対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、免疫調節剤によって対象において標的抗原に対する免疫応答を増強する方法が提供される。
【００１５】
本発明のさらなる態様において、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞をLSD1阻害剤と接触させることを含む、PD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害する方法が提供される。
【００１６】
本発明のさらなる他の態様において、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞をLSD1阻害剤と接触させることを含む、PD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害するためのLSD1の使用が提供される。本発明の関連する態様において、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞をLSD1阻害剤と接触させることを含む、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞においてPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害する方法が提供される。
【００１７】
本発明者達はまた、LSD1ポリペプチドの部分配列に基づくタンパク質性分子及び構造的に関連する分子は、LSD1の細胞核への移行を含むLSD1活性を阻害し、従って、上記及び本明細書の他の部分に広く記載されているようなPD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害することにも有用であると考えた。さらに、そのようなタンパク質性分子はまた、PKC、特にPKC-θのリン酸化活性を阻害することも提唱された。これらの分子はまた、EMTの阻害、癌幹細胞及び非癌幹細胞腫瘍細胞の形成の阻害、並びにMETの誘導において有意な活性を有することが示されており、これは、癌等のLSD1の過剰発現に関連する様々な状態の治療において役立つ。
【００１８】
従って、本発明の別の態様は、PKC過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含むか又は本質的にそれからなる単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、タンパク質キナーゼC（PKC）のリン酸化活性を阻害する方法を提供する。
【００１９】
本発明のさらに別の態様において、前記PKC過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる形成-、増殖-、維持-、EMT-、又はMET-調節量の単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変する方法が提供される。
【００２０】
本発明はまた、対象における癌を治療又は予防する方法であって、ここで、癌は、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含み、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子を対象に投与することを含む、方法を提供する。
【００２１】
本発明の他の態様において、LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCのリン酸化の阻害方法が提供される。
【００２２】
本発明のさらに別の態様において、LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、LSD1の活性を阻害する方法が提供される。
【００２３】
本発明のさらなる態様は、LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1の核移行を阻害する方法が提供される。
【００２４】
本発明のさらに別の態様において、前記LSD1過剰発現細胞を、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる形成-、増殖-、維持-、EMT-、又はMET-調節量の単離又は精製タンパク質性分子と接触させることを含む、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変する方法が提供される。
【００２５】
本発明はまた、対象における癌を治療又は予防する方法であって、ここで、癌は、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含み、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子を対象に投与することを含む、方法にも及ぶ。
【００２６】
本発明のさらに別の態様において、PKC過剰発現細胞におけるPKCのリン酸化活性を阻害するための、LSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００２７】
本発明は、他の態様において、PKC過剰発現細胞におけるPKCのリン酸化活性を阻害するための薬剤の製造におけるLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００２８】
本発明の他の態様において、PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００２９】
本発明のさらなる態様において、PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するための薬剤の製造におけるLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００３０】
本発明はまた、対象における癌を治療又は予防するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が企図され、ここで、癌は、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む。
【００３１】
他の態様において、本発明は、対象における癌を治療又は予防するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供され、ここで、癌は、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む。
【００３２】
本発明のさらに別の態様において、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCリン酸化を阻害するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００３３】
本発明のさらに別の態様において、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCリン酸化を阻害するための薬剤の製造においてLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００３４】
さらなる態様において、本発明は、LSD1の活性を阻害するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用を提供する。
【００３５】
本発明は、LSD1の活性を阻害するための薬剤の製造におけるLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用を企図する。
【００３６】
本発明の他の態様において、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1の核移行を阻害するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００３７】
本発明のさらに別の態様において、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1の核移行を阻害するための薬剤の製造におけるLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００３８】
本発明はまた、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用にも及ぶ。
【００３９】
本発明のさらなる態様において、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変するための薬剤の製造におけるLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００４０】
本発明のさらに別の態様において、対象における癌を治療又は予防するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供され、ここで、癌は、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含む。
【００４１】
本発明のさらなる態様は、対象における癌を治療又は予防するための薬剤の製造におけるLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用を提供し、ここで、癌は、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含む。
【００４２】
本発明の別の態様は、PKC過剰発現細胞におけるPKCのリン酸化活性を阻害することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用を提供する。
【００４３】
本発明のさらに別の態様において、PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子の使用が提供される。
【００４４】
本発明のさらに別の態様において、対象における癌を治療又は予防するためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子が提供され、ここで、癌は、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む。
【００４５】
さらなる態様において、本発明は、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1のPKCのリン酸化を阻害することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子を提供する。
【００４６】
本発明のさらに別の態様において、LSD1の活性を阻害することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子が提供される。
【００４７】
本発明はまた、LSD1過剰発現細胞におけるLSD1の核移行を阻害することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子を企図する。
【００４８】
本発明の他の態様において、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子が提供される。
【００４９】
さらに別の態様において、本発明は、対象における癌を治療又は予防することにおける使用のためのLSD1の残基108〜118に対応する配列を含む、それからなる、又はそれから本質的になる単離又は精製タンパク質性分子を提供し、ここで、癌は、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含む。
【００５０】
本発明のさらなる態様において、
式I:
Z1RRTX1RRKRAKVZ2 (I)
（式中、
「Z1」及び「Z2」は、独立に、存在しないか、又は約1〜50のアミノ酸残基（及びその間の全ての整数残基）を含むタンパク質性部分、及び保護部分の少なくとも1つから独立に選択され; 及び
「X1」が、S、T、A、G及びそれらの修飾された形態を含む小アミノ酸残基から選択される）
によって表される単離又は精製タンパク質性分子が提供され、ここで、前記タンパク質性分子は、配列番号4: EGRRTSRRKRAKVE（配列番号4）のアミノ酸配列からなるタンパク質性分子以外のものである。
【図面の簡単な説明】
【００５１】
【図１】図1は、MCF7（PMAで刺激された（MCF7ST）及び非刺激（MCF7NS））及びMDA-MB-231（MDA）乳癌細胞株におけるセリン111でリン酸化されたPD-L1及びLSD1（LSDs111p）の発現を示す写真及びグラフである。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在度（PCC）が提示される。
【図２】図2は、MDA-MB-231乳癌細胞株におけるセリン111でリン酸化されたLSD1（LSD1p）及びPD-L2の発現を示す写真及びグラフである。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在度（PCC）が提示される。
【図３Ａ】図3は、MCF7（PMAで刺激された接着細胞（MCF7 ST AD）; PMAで刺激された懸濁細胞（MCF7 ST SUS）; 及び無刺激（MCF7 NS））及びMDA-MB-231細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2の発現を示す。無刺激、PMAで刺激、又はPMA及びTGF-βで刺激され、PD-L1に対して染色された誘導性MCF7のFACSプロットが、図3Aに示される。図3Bは、MCF7細胞及びMDA-MB-231細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2のmRNAの発現を示す。図3Cは、LSD1 siRNAで処置されたMCF7細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2のmRNAの発現を示す。
【図３Ｂ】図3は、MCF7（PMAで刺激された接着細胞（MCF7 ST AD）; PMAで刺激された懸濁細胞（MCF7 ST SUS）; 及び無刺激（MCF7 NS））及びMDA-MB-231細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2の発現を示す。無刺激、PMAで刺激、又はPMA及びTGF-βで刺激され、PD-L1に対して染色された誘導性MCF7のFACSプロットが、図3Aに示される。図3Bは、MCF7細胞及びMDA-MB-231細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2のmRNAの発現を示す。図3Cは、LSD1 siRNAで処置されたMCF7細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2のmRNAの発現を示す。
【図３Ｃ】図3は、MCF7（PMAで刺激された接着細胞（MCF7 ST AD）; PMAで刺激された懸濁細胞（MCF7 ST SUS）; 及び無刺激（MCF7 NS））及びMDA-MB-231細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2の発現を示す。無刺激、PMAで刺激、又はPMA及びTGF-βで刺激され、PD-L1に対して染色された誘導性MCF7のFACSプロットが、図3Aに示される。図3Bは、MCF7細胞及びMDA-MB-231細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2のmRNAの発現を示す。図3Cは、LSD1 siRNAで処置されたMCF7細胞におけるCD44、PD-L1及びPD-L2のmRNAの発現を示す。
【図４】図4は、刺激された（MCF7ST）及び無刺激（MCF7NS）MCF7細胞並びにMDA-MB-231細胞（MDA）におけるセリン111でリン酸化されたLSD1（LSD1p）の発現及び核局在化に対するペプチド阻害剤L1、L2及びL3の効果を示すグラフ及び写真である。全核蛍光（TNF1）が決定された。
【図５】図5は、刺激されたMCF7細胞（MCF7ST）及び無刺激MCF7細胞（MCF7NS）におけるPD-L1の発現及び核局在化に対するペプチド阻害剤L1、L2及びL3の効果を示すグラフ及び写真である。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、及び核バイアス（Fn/c）が、決定された。
【図６】図6は、MDA-MB-231細胞におけるPD-L1の発現及び核局在化に対するペプチド阻害剤L1、L2及びL3の効果を示すグラフ及び写真である。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、及び核バイアス（Fn/c）が、決定された。
【図７Ａ】図7は、ビヒクル（Con）、アブラキサン（60mg/kg、30mg/kg及び10mg/kg）（Abrax）又はドセタキセル（10mg/kg及び4mg/kg）（Doc）を用いてのマウスMDA-MB-231異種移植の処置の効果を示すグラフ及び写真である。図7Aは、処置中の経時的な腫瘍の体積を示す。図7Bは、ビヒクル単独と比較した、（i）セリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）、（ii）上皮成長因子受容体（EGFR）、及び（iii）アブラキサン又はドセタキセル処置細胞におけるSNAILの核蛍光シグナル（TNF1）を示す。
【図７Ｂ】図7は、ビヒクル（Con）、アブラキサン（60mg/kg、30mg/kg及び10mg/kg）（Abrax）又はドセタキセル（10mg/kg及び4mg/kg）（Doc）を用いてのマウスMDA-MB-231異種移植の処置の効果を示すグラフ及び写真である。図7Aは、処置中の経時的な腫瘍の体積を示す。図7Bは、ビヒクル単独と比較した、（i）セリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）、（ii）上皮成長因子受容体（EGFR）、及び（iii）アブラキサン又はドセタキセル処置細胞におけるSNAILの核蛍光シグナル（TNF1）を示す。
【図８−１】図8は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するビヒクル（Con）、アブラキサン（60mg/kg、30mg/kg及び10mg/kg）（Abrax）、フェネルジン（41mg/kg、27mg/kg又は13.5mg/kg）（Phenel）又はそれらの組合せを用いての処置の効果を示すグラフ及び写真である。図8A〜Eは、経時的な腫瘍の大きさ及び体積を示す。
【図８−２】図8は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するビヒクル（Con）、アブラキサン（60mg/kg、30mg/kg及び10mg/kg）（Abrax）、フェネルジン（41mg/kg、27mg/kg又は13.5mg/kg）（Phenel）又はそれらの組合せを用いての処置の効果を示すグラフ及び写真である。図8A〜Eは、経時的な腫瘍の大きさ及び体積を示す。
【図８−３】図8は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するビヒクル（Con）、アブラキサン（60mg/kg、30mg/kg及び10mg/kg）（Abrax）、フェネルジン（41mg/kg、27mg/kg又は13.5mg/kg）（Phenel）又はそれらの組合せを用いての処置の効果を示すグラフ及び写真である。図8A〜Eは、経時的な腫瘍の大きさ及び体積を示す。
【図９−１】図9は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するアブラキサン（60mg/kg）（Abrax）、フェネルジン（41mg/kg）（Phenel）又はそれらの組合せを用いての処置の効果を示すグラフ及び写真である。図9は、セリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）、サイトケラチン及びPD-L1の発現を示す。この図は、全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）を評価する。
【図９−２】図9は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するアブラキサン（60mg/kg）（Abrax）、フェネルジン（41mg/kg）（Phenel）又はそれらの組合せを用いての処置の効果を示すグラフ及び写真である。図9は、セリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）、サイトケラチン及びPD-L1の発現を示す。この図は、全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）を評価する。
【図１０】図10は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するアブラキサン（60mg/kg）（Abrax）、フェネルジン（41mg/kg）（Phenel）又はそれらの組合せを用いての処置の効果を示すグラフ及び写真である。この図は、EGFR及び細胞表面ビメンチン（CSV）の核及び細胞質（TCFI）発現を評価する。
【図１１−１】図11は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するビヒクル（モック; A群）、アブラキサン（60mg/kg）（B群）、又はドセタキセル（10mg/kg）（E群）による処置の効果を示すグラフ及び写真である。この図は、PD-L2及び間葉系マーカー、METの発現を表す。この図は、全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）を評価する。
【図１１−２】図11は、マウス異種移植MDA-MB-231細胞に対するビヒクル（モック; A群）、アブラキサン（60mg/kg）（B群）、又はドセタキセル（10mg/kg）（E群）による処置の効果を示すグラフ及び写真である。この図は、PD-L2及び間葉系マーカー、METの発現を表す。この図は、全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）を評価する。
【図１２】図12は、患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞の代表的な画像を提示する。これらの画像は、間葉系状態での進行性癌に関与する転写因子であるSNAIL; 末梢循環腫瘍細胞のマーカーであるビメンチン及びサイトケラチン; セリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）; 及びPD-L1及びPD-L2の発現を示す。
【図１３】図13は、乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞におけるセリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）、PD-L1及び細胞表面ビメンチン（CSV）の発現を示す写真（図13A）及びグラフ（図13B）である。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）が示される。
【図１４】図14は、乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞におけるセリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）、PD-L2及びサイトケラチンの発現を示す写真及びグラフである。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）が示される。
【図１５Ａ】図15は、乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞における細胞表面ビメンチン、SNAIL及びPD-L1の発現を示す写真（図15A）及びグラフ（図15B）である。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）が示される。
【図１５Ｂ】図15は、乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞における細胞表面ビメンチン、SNAIL及びPD-L1の発現を示す写真（図15A）及びグラフ（図15B）である。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）が示される。
【図１５Ｃ】図15は、乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞における細胞表面ビメンチン、SNAIL及びPD-L1の発現を示す写真（図15A）及びグラフ（図15B）である。全核蛍光（TNF1）、全細胞質蛍光（TCFI）、核バイアス（Fn/c）及び共局在化度（PCC）が示される。
【図１６】図16は、パルギリン（Parg）及びフェネルジンによる処置に応答した乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞におけるセリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）、サイトケラチン及びPD-L2の全細胞質発現（TCFI）を示す。
【図１７Ａ−１】図17は、ビヒクル（モック）と比較して、パルギリン（図17A）及びフェネルジン（図17B）による処置に応答した乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞における表面ビメンチン、PD-L1及びSNAILの発現を示す写真及びグラフである。
【図１７Ａ−２】図17は、ビヒクル（モック）と比較して、パルギリン（図17A）及びフェネルジン（図17B）による処置に応答した乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞における表面ビメンチン、PD-L1及びSNAILの発現を示す写真及びグラフである。
【図１７Ｂ−１】図17は、ビヒクル（モック）と比較して、パルギリン（図17A）及びフェネルジン（図17B）による処置に応答した乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞における表面ビメンチン、PD-L1及びSNAILの発現を示す写真及びグラフである。
【図１７Ｂ−２】図17は、ビヒクル（モック）と比較して、パルギリン（図17A）及びフェネルジン（図17B）による処置に応答した乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞における表面ビメンチン、PD-L1及びSNAILの発現を示す写真及びグラフである。
【図１８Ａ−１】図18は、2つの乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞の核（nPD-L1）及び表面（sPD-L1）におけるPD-L1の発現に対するサイクリン依存性キナーゼ（CDK）阻害剤パルボシクリブ（Palbo）又はリボシクリブ（Ribo）、フェネルジン（Phenel）及びそれらの組合せの効果を示し、ここで、図18Aは、患者Aから得られたデータを表し、図18Bは、患者Bから得られたデータを表す。FACSデータ及びそれらのグラフ表示が示される。
【図１８Ａ−２】図18は、2つの乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞の核（nPD-L1）及び表面（sPD-L1）におけるPD-L1の発現に対するサイクリン依存性キナーゼ（CDK）阻害剤パルボシクリブ（Palbo）又はリボシクリブ（Ribo）、フェネルジン（Phenel）及びそれらの組合せの効果を示し、ここで、図18Aは、患者Aから得られたデータを表し、図18Bは、患者Bから得られたデータを表す。FACSデータ及びそれらのグラフ表示が示される。
【図１８Ｂ】図18は、2つの乳癌患者の液体生検から単離された末梢循環腫瘍細胞の核（nPD-L1）及び表面（sPD-L1）におけるPD-L1の発現に対するサイクリン依存性キナーゼ（CDK）阻害剤パルボシクリブ（Palbo）又はリボシクリブ（Ribo）、フェネルジン（Phenel）及びそれらの組合せの効果を示し、ここで、図18Aは、患者Aから得られたデータを表し、図18Bは、患者Bから得られたデータを表す。FACSデータ及びそれらのグラフ表示が示される。
【図１９】図19は、コントロール（Ctrl）と比較して、MDA-MB-231細胞におけるLSD1の核移行に対する3つのペプチドLSD1阻害剤、L1、L2及びL3の効果のグラフ及び写真である。LSD1発現の核バイアス（Fn/c）が提示される。
【図２０】図20は、MCF7細胞における癌幹細胞（CSC）形成に対するLSD1ペプチド阻害剤、L1、L2及びL3（50μM及び100μM）の効果を示す。FACSデータ及びそのグラフ表示が提示される。
【図２１】図21は、MDA-MB-231細胞における癌幹細胞（CSC）形成に対するLSD1ペプチド阻害剤、L1、L2及びL3（50μM及び100μM）の効果を示す。FACSデータ及びそのグラフ表示が提示される。
【図２２】図22は、コントロール（モック）と比較してMDA-MB-231（MDA）細胞におけるPD-L1の発現に対するLSD1ペプチド阻害剤、L1、L2及びL3（50μM及び100μM）の効果を示す写真及びグラフである。全細胞蛍光（TFI）が、提示される。
【図２３】図23は、コントロール（Pep-Ctrl）と比較して、MDA-MB-231（MDA）細胞における上皮成長因子受容体（EGFR）の発現に対するLSD1ペプチド阻害剤L1、L2及びL3の効果を示す写真及びグラフである。全細胞蛍光（TFI）が、提示される。
【図２４】図24は、コントロール（Pep-Ctrl）と比較して、MDA-MB-231（MDA）細胞におけるMET（間葉系マーカー）の発現に対するL1、L2及びL3の効果を示す写真及びグラフである。全細胞蛍光（TFI）が、提示される。
【図２５】図25は、無刺激（MCF7NS）MCF7細胞、PMAで刺激された接着MCF7細胞（MCF7 ST）及びPMAで刺激された浮遊（MCF7 FLT）MCF7細胞におけるPKC-θ及びLSD1の発現を示す写真及びグラフである。データは、平均±SEMを表す。ImageJのプロットプロファイル機能を用いて、核をまたぐ単一の線上で蛍光シグナル強度のみをプロットした（n=核当たり5株、5個の別個の細胞）。示された抗体の対についての平均蛍光シグナル強度は、標準誤差で線上の各点についてプロットされた。各抗体についてのシグナルが反対の抗体と比較してどのように変化したかを比較するために、シグナルがプロットされた。共局在度（PCC）が、各プロットファイルについて決定された。全核蛍光（TNFI）がまた、提示される。
【図２６】図26は、PKC-θ阻害剤C27又はBIMでの処置と比較して、無刺激（MCF7NS）MCF7細胞及び刺激MCF7細胞並びにMDA-MB-231（MDA）細胞におけるセリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）の発現を示す写真及びグラフである。全核蛍光（TNFI）が提示される。示されたデータは、少なくとも20個の別個の細胞についての平均±SEMを示す。
【図２７】図27は、コントロール（モック）と比較して、異種移植MDA-MB-231細胞におけるセリン111でリン酸化されたLSD1（LSDs111p）の発現に対するアブラキサン（60mg/kg）及びドセタキセル（10mg/kg）処置の効果を示す。代表的な画像及び全核蛍光（TNFI）を表すグラフが示される。示されているデータは、少なくとも20個の個々の細胞についての平均±SEMを表す。
【図２８】図28は、コントロール（モック）と比較して、PMAで刺激された（ST）MCF7細胞及び無刺激（NS）MCF7細胞におけるLSD1及びSNAILの発現に対するLSD1 siRNA（si-LSD1）の効果を示す写真及びグラフである。示されているデータは、少なくとも20個の個々の細胞についての平均±SEMを表す。
【図２９】図29は、コントロール（モック）と比較して、PMAで刺激された（ST）MCF7細胞及び無刺激（NS）MCF7細胞におけるLSD1及びSNAILの発現に対するLSD1、NCD36（NCB）及びパルギリン（Parg）の触媒活性の阻害剤の効果を示す写真及びグラフである。示されているデータは、少なくとも20個の個々の細胞についての平均±SEMを表す。
【図３０】図30は、コントロール（モック）と比較して、MDA-MB-231細胞におけるLSD1及びSNAILの発現に対するLSD1 siRNA（si-LSD1）、パルギリン（Parg）及びNCD36（NCB）の効果を示す写真及びグラフである。示されているデータは、少なくとも20個の個々の細胞についての平均±SEMを表す。
【図３１】図31は、コントロール（Ctrl）と比較して、MDA-MB-231細胞におけるLSD1の発現に対するペプチド阻害剤、L1、L2及びL3の効果を示す写真及びグラフである。示されているデータは、少なくとも20個の個々の細胞についての平均±SEMを表す。LSD1発現の核バイアス（Fn/c）が提示される。
【発明を実施するための形態】
【００５２】
本発明の詳細な説明
1.  定義
他に定義されない限り、本明細書で用いられる全ての技術的及び科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似又は同等の何れかの方法及び材料を本発明の実施又は試験に用いることが出来るが、好ましい方法及び材料が記載される。本発明の目的のために、以下の用語を下記に定義する。
【００５３】
「a」及び「an」は、本明細書において、かかる冠詞の文法上の目的語の1つ以上（すなわち、少なくとも1つ）を指すために用いられる。例として、「1つの要素」は、1つの要素又は複数の要素を意味する。
【００５４】
「約」は、基準量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量又は長さに対して最大15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1%変動する基準量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量又は長さを意味する。
【００５５】
用語「同時投与（administration concurrently）」、「同時に投与する（administering concurrently）」又は「同時に投与した（administered concurrently）」及び同様のものは、2つ以上の活性物質を含む単一組成物の投与、又は別々の組成物としての各活性物質の投与及び/又は有効な結果が得られる十分に短い時間内に同時又は連続的に別々の経路で送達することを指し、有効な結果がそのような全ての活性物質が単一の組成物として投与されたときに得られるものと同等である。「同時に（simultaneously）」とは、活性剤が、実質的に同時に、そして望ましくは同じ製剤中で一緒に投与されることを意味する。「同時期に（contemporaneously）」は、活性剤が間を空けずに投与されること、例えばある剤が、約1分以内から、約一日前又は一日後以内に投与されることを意味する。同時期の時間の何れもが有用である。しかしながら、同時に投与されない場合、薬剤は、約1分以内から約8時間以内、好ましくは約1から約4時間以内に投与されることが多い。同時期に投与される場合、薬剤は、対象の同じ部位に適切に投与される。用語「同一の部位（same site）」は、正確な位置を含むが、約0.5〜約15センチメートル以内、好ましくは、約0.5〜約5センチメートル以内であり得る。本明細書で使用される用語「別々に（separately）」は、薬剤がある間隔で、例えば約1日〜数週間又は数か月の間隔で投与されることを意味する。活性剤は、任意の順序で投与され得る。本明細書で使用される用語「連続的に（sequentially）」は、薬剤が、例えば数分間、数時間、数日又は数週間の間隔で順番に投与されることを意味する。適切な場合、活性剤は、規則的な繰り返し周期で投与され得る。
【００５６】
用語「薬剤」又は「調節剤」は、所望の薬理学的及び/又は生理学的効果を誘導する化合物を含む。当該用語はまた、限定されないが、塩、エステル、アミド、プロドラッグ、活性代謝物、類似体及び同様のもの等を含む本明細書に具体的に記載される化合物の医薬的に許容され且つ、薬理学的に活性な成分を包含する。上記用語が用いられる場合、さらに、活性剤自体並び医薬的に許容される、薬理学的に活性な塩、エステル、アミド、プロドラッグ、代謝産物、類似体等を含むことが理解され得る。用語「薬剤」は、狭義に解釈されるべきではなく、小分子、タンパク質性分子（ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質）、並びにそれらを含む組成物、並びにRNA、DNA及び模倣物等の遺伝子分子を含む組成物、及び化学的類似体を含む組成物、並びに細胞性薬剤を含む組成物に及び。用語「薬剤」は、本明細書に記載されるポリペプチドを産生する及び分泌することが出来る細胞、並びにポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む。従って、用語「薬剤」は、細胞の範囲内での発現及び分泌のためのウイルス又は非ウイルスベクター等のベクター、発現ベクター及びプラスミドを含む核酸構築物にまで及ぶ。
【００５７】
本明細書で用いられる場合、用語「アルキル」は、1〜10個の炭素原子を有する直鎖、分枝鎖又は環状の飽和炭化水素基を指す。適切な場合に、アルキル基は、特定の数の炭素原子、例えば、1、2、3、4、5又は6個の炭素原子を直鎖状又は分枝鎖状にの配置で有するアルキル基を含む, C1-6アルキルを有し得る。適切なアルキル基の例は、限定されないが、メチル、エチル、n-プロピル、i-プロピル、n-ブチル、i-ブチル、t-ブチル、n-ペンチル、2-メチルブチル、3-メチルブチル、4-メチルブチル、n-ヘキシル、2-メチルペンチル、3-メチルペンチル、4-メチルペンチル、5-メチルペンチル、2-エチルブチル、3-エチルブチル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル及びシクロヘプチルを含む。
【００５８】
本明細書で用いられる場合、用語「アルケニル」は、炭素原子の間に1つ以上の二重結合を有し、2〜10個の炭素原子を有する直鎖、分枝鎖又は環状炭化水素基を指す。適切な場合に、アルケニル基は、特定の数の炭素原子を有し得る。例えば、「C2-C6アルケニル」におけるC2-C6は、2、3、4、5又は6個の炭素原子を直鎖状又は分枝鎖状の配置で有する基が含まれる。適切なアルケニル基の例は、限定されないが、エテニル、プロぺニル、イソプロぺニル、ブテニル、ブタジエニル、ペンテニル、ペンタジエニル、ヘキセニル、ヘキサジエニル、ヘプテニル、オクテニル、ノネニル、デセニル、シクロペンテニル、シクロヘキセニル及びシクロヘキサジエニルを含む。
【００５９】
「アラルキル」は、上記で定義したアリール基で置換されている上記のアルキル、例えば、CH2フェニル、-(CH2)2フェニル、-(CH2)3フェニル、-H2CH(CH3)CH2フェニル及び同様のもの並びにそれらの誘導体を意味する。
【００６０】
本明細書で用いられる場合、用語「芳香族」又は「アリール」は、少なくとも1つの環が芳香族である各環に7個以下の原子を有する何れかの安定な単環式又は二環式炭素環を意味する。そのようなアリール元素の例は、限定されないが、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、ビフェニル、フェナントリル、アントリル又はアセナフチルを含む。
【００６１】
特定の場合において、置換基は、（C0-C6）アルキレン-アリール等のゼロを含む炭素の範囲で定義され得る。アリールが、フェニルであると解釈される場合、この定義は、フェニル自体、並びに例えば、-CH2Ph、-CH2CH2Ph、CH(CH3)CH2CH(CH3)Phを含み得る。
【００６２】
また、本明細書に記載の化合物は、不斉中心を有する可能性があり、従って、2つ以上の立体異性体形態で存在する可能性があることも認識され得る。従って本発明はまた、2つ以上の不斉中心における実質的に純粋な異性形態の化合物、例えば、約95%又は97%ee又は99%超ee等の約90%超ee、並びにそれらのラセミ混合物、に関する。そのような異性体は天然に存在してもよく、又は例えばキラル中間体を用いる不斉合成によって、又はキラル分割によって調製され得る。
【００６３】
本明細書で用いられる場合、用語「及び/又は」は、関連する列挙された項目のうちの1つ以上の全ての可能な組み合わせ、並びに代替物（又は）で解釈される組み合わせの欠如を指し、それらを包含する。
【００６４】
本明細書で用いられる用語「抗原」は、脊椎動物、特に哺乳動物において、免疫応答を誘発することが出来るタンパク質、ペプチド又は他の分子若しくは巨大分子の全部又は一部を指す。そのような抗原はまた、そのタンパク質、ペプチド、又は他の分子若しくは巨大分子で免疫された動物からの抗体と反応性がある。
【００６５】
本明細書で用いられる用語「抗原結合分子」は、標的抗原に治して結合親和性を有する分子を指すために用いられる。この用語は、免疫結合活性を示す免疫グロブリン、免疫グロブリン断片及び非免疫グロブリン由来タンパク質フレームワークにまで及ぶことが理解され得る。
【００６６】
用語「癌幹細胞」（CSC）は、広範囲に増殖し、新しい腫瘍を形成し、そして癌の発達を維持する能力を含む、腫瘍開始能力及び腫瘍維持能力を有する細胞、すなわち腫瘍の形成及び増殖を促進する無限増殖能力を有する細胞を指す。CSCは、バルク腫瘍細胞とは生物学的に区別され、そして、幹細胞に関連する特徴、具体的には自己再生する能力及び増殖する能力、並びに特定の癌試料中に見出される全ての細胞型を生じる能力を有する。用語「癌幹細胞」（CSC）は、幹細胞（SC）における遺伝子改変及びCSCになる細胞における遺伝子改変の両方を含む。特定の実施形態において、CSCは、乳房CSCであり、これは適切には、CD24+ CD44+であり、具体的には、CD44high CD24lowが含まれる。
【００６７】
本明細書で用いられる場合、LSD1に関連する用語「触媒活性」は、特にヒストン3等のヒストンのタンパク質中のメチル化リジン残基の脱メチル化を指す。
【００６８】
本明細書及びそれに続く特許請求の範囲を通して、文脈で他を必要としない限り、用語「含む（comprise）」、並びに「含む（comprises）」及び「含む（comprising）」等の変形は、述べられた整数若しくは工程又は整数若しくは工程の群の包含を意味するが、他の整数若しくは工程又は整数若しくは工程の群の排除を意味しないことが理解され得る。従って、用語「含む（comprising）」及び同様のものの使用は、列挙された整数が必要又は必須でることを示すが、他の整数は任意選択であり、存在しても存在しなくてもよいことを意味する。「からなる（consisting of）」とは、「からなる」という語句の後に続くもの全てを含むこと、及びそれに限定されることを意味する。従って、「からなる」という語句は、列挙された要素が必要又は必須であり、他の要素が存在しないことを示す。「から本質的になる（consisting essentially of）」は、句の後に列挙された任意の要素を含むことを意味し、列挙された要素についての開示において特定される活動又は作用を妨害又は寄与しない他の要素に限定される。従って、「から本質的になる」という句は、列挙された要素が必要又は必須であることを示すが、他の要素は、任意選択であり、それらが列挙された要素の活性又は作用に影響を及ぼすか否かによって存在しなくてもよい。特定の実施形態において、本明細書に開示される特定のアミノ酸配列の状況において、用語「から本質的になる」は、その範囲内に、特定のアミノ酸配列の上流の約1〜約50の任意のアミノ酸（及びその間の全ての整数の任意のアミノ酸）及び/又は特定のアミノ酸配列の下流の約1〜約50の任意のアミノ酸及びその間の全ての整数の任意のアミノ酸）を含む。
【００６９】
「に相当する（corresponds to）」又は「に相当する（corresponding to）」は、参照配列に対して実質的な配列同一性（例えば、参照核酸配列の全部又は一部に対して、少なくとも60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、97、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又はさらに100％までの配列同一性）又は参照アミノ酸配列に対して実質的な配列類似性又は同一性を示すアミノ酸配列（例えば、参照アミノ酸配列の全部又は一部に対して、少なくとも60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、97、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%又はさらに100％までの配列同一性）を示す核酸又はアミノ酸配列等の配列を意味する。
【００７０】
「誘導体（derivative）」とは、当該技術分野で理解されるように、修飾によって、例えば他の化学部分とのコンジュゲーション又は錯体化によって、又は翻訳後修飾技術によって基礎的な分子から誘導されたポリペプチド等の分子を意味する。用語「誘導体」はまた、その範囲内に、機能的に同等な分子を提供する追加又は欠失を含む、親配列に対してなされた改変を含む。
【００７１】
本明細書で用いられる場合、用語「投与単位形態（dosage unit form）」は、処置される対象のための単位投与量として適した物理的に別々の単位を指し、各単位は、必要な医薬的に許容されるビヒクルと共に所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性物質を含む。
【００７２】
「有効量（effective amount）」は、状態を治療又は予防するという状況において、そのような処置又は予防を必要とする個体への、ある量の薬剤又は組成物の単回投与又は一連の投与の一部としての投与を意味する。これは、症状の発生の防止、そのような症状の抑制、及び又はその状態の既存の病状の治療に有効である。有効量は、治療される個体の健康状態及び体調、治療される個体の分類群、組成物の製剤化、医学的状況の評価、及び他の関連因子に応じて変化し得る。前記量は、日常的な試験を通して決定することが出来る比較的広い範囲内に入ると予想される。
【００７３】
本明細書で用いられる場合、用語「エフェクターT細胞」は、抗原を除去するように機能するT細胞（例えば、他の細胞の活性化を調節するサイトカインを産生することによって又は細胞傷害活性によって）を含む。
【００７４】
免疫応答を増強する（「免疫増強」）は、当該技術分野において周知であるように、外来又は疾患特異的抗原（例えば、癌抗原）に対する動物の能力を増大させること、すなわち、のような抗原を攻撃するようにプライミングされているそれらの細胞は、それらの抗原を検出及び破壊するための数、活性、及び能力が増加すること、を意味する。免疫応答の強度は、以下の標準的な試験によって測定される: 当該技術分野において公知の手段による末梢血リンパ球の直接測定: ナチュラルキラー細胞毒性試験（Provinciali et al. (1992) J. Immunol. Meth., 155: 19-24等参照）、細胞増殖アッセイ（Vollenweider and Groseurth (1992) J. Immunol. Meth., 149: 133-135等参照）、免疫細胞及びサブセットイムノアッセイ（Loeffler et al. (1992) Cytom., 13: 169-174; Rivoltini et al. (1992) Can. Immunol. Immunother., 34: 241-251等参照）; 又は細胞性免疫のための皮膚テスト（Chang et al. (1993) Cancer Res., 53: 1043-1050等参照）。前述の試験によって測定される免疫応答の強度の統計的に有意な増加は、本明細書で用いられるように、「増強された免疫応答（enhanced immune response）」又は「免疫増強」と見なされる。増強された免疫応答はまた、発熱及び炎症等の身体的症状並びに全身及び局所感染の治癒、並びに疾患の症状の軽減、すなわち、腫瘍の大きさの減少、限定されないが、ハンセン病、結核、マラリア、ナフタウス潰瘍（naphthous ulcers）、ヘルペス性いぼ及びパピローマ性いぼ、歯肉炎、アテローム性動脈硬化症、カポジ肉腫、気管支感染症、及び同様なもの等のエイズの併発症を含む、疾患又は状態の症状の緩和を指す。そのような身体的特徴はまた、本明細書で使用される「増強された免疫応答」又は「免疫増強」を定義する。
【００７５】
本明細書で用いられる場合、用語「上皮間葉系細胞転換」（EMT）は、上皮細胞から間葉表現型への変換を指し、これは胚発生の通常の過程である。EMTはまた、癌においてイオン及び液体輸送体として機能する損傷上皮細胞が、マトリックスリモデリング間葉細胞になるプロセスであり、この変形は、典型的に細胞形態の変化、間葉タンパク質の発現及び侵襲性の増加をもたらす。インビトロでEMTを定義するための基準は、上皮細胞極性の喪失、個々の細胞の分離及びその後の細胞運動性の獲得後の分散を含む（Vincent-Salomon and Thiery (2003), Breast Cancer Res., 5(2): 101-6参照）。EMTの間に発現、分布及び/又は機能が変化し、そしてその原因となる分子のクラスは、増殖因子（例えば、トランスフォーミング増殖因子（TGF）-β、wnts）、転写因子（例えば、SNAI、SMAD、LEF及び核β-カテニン）、細胞間接着軸の分子（カドヘリン、カテニン）、細胞骨格モジュレーター（Rhoファミリー）及び細胞外プロテアーゼ（マトリックスメタロプロテイナーゼ、プラスミノーゲンアクチベーター）を含む（Thompson and Newgreen, Cancer Res. 2005; 65(14):5991-5参照）。
【００７６】
本明細書で用いられる場合、用語「上皮」は、血管の内壁及び他の小腔を含む、身体の内表面及び外表面の被膜を指す。それは、構成細胞が、細胞間結合によって横方向に相互に及び広範囲に接着するために、比較的薄いシート又は層を形成する上皮細胞の集まりからなる。層は、変更しており、頂端面と基底面を有する。上皮細胞の件密な組織化にもかかわらず、上皮は、いくらかの可塑性を有し、そして一端から平坦又は円柱への変化又はピンチイン及び他の端での拡大等の形状を変えることが出来る。しかしながら、これらは、個々にではなく細胞群で発生する傾向がある（Thompson and Newgreen, Cancer Res. 2005; 65(14):5991-5参照）。
【００７７】
用語「発現」は、遺伝子産物の生合成を指す。例えば、コード配列の場合、発現は、コード配列のmRNAへの転写及びmRNAの1つ以上のポリペプチドの翻訳を含む。逆に、非コード配列の発現は、転写産物のみの非コード配列の転写を含む。用語「発現」はまた、特定の位置におけるタンパク質又は分子の存在を指すために本明細書中で用いられ、従って、「局在化」と変換可能に使用される。
【００７８】
「発現ベクター」は、ベクター内に含まれるポリヌクレオチドの転写及び適切にはポリヌクレオチドによってコードされるペプチド又はポリペプチドの合成を意味することが出来る何れかの遺伝的要素を意味する。そのような発現ベクターは、当業者に周知である。
【００７９】
化学種に適用される用語「基」は、分子の一部を形成する一組の原子を指す。いくつかの場合において、基は、互いに結合して分子の一部を形成する2つ以上の原子を含み得る。基は、分子の1つ以上のさらなる基への結合を可能にするために、一価又は多価（例えば、二価）であり得る。例えば、一価の基は、分子の他の基への結合を可能にするためにその水素原子の1つが除去される分子として想定することが出来る。基は、正又は負に帯電され得る。例えば、正に荷電された基は、1つ以上のプロトン（すなわち、H+）が付加された中性基として考えることができ、そして負に荷電された基は、1以上のプロトンが除去された中性基として考えることが出来る。基の非限定的な例は、限定されないが、アルキル基、アルキレン基、アルケニル基、アルケニレン基、アルキニル基、アルキニレン基、アリール基、アリーレン基、イミニル基、イミニレン基、ハイドライド基、ハロ基、ヒドロキシ基、アルコキシ基、カルボキシ基、チオ基、アルキルチオ基、ジスルフィド基、シアノ基、ニトロ基、アミノ基、アルキルアミノ基、ジアルキルアミノ基、シリル基、及びシロキシ基を含む。アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール及びヘテロシクリル等の基は、単独で用いられるか、又は複合語で使用されるか、又は基の定義で用いられるか否かに関わらず、1つ以上の置換基によって任意に置換され得る。本明細書で用いられる「任意で置換される（optionally substituted）」は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ハロ、ハロアルキル、ハロアルケニル、ハロアルキニル、ハロアリール、ヒドロキシ、アルコキシ、アルケニルオキシ、アリールオキシ、ベンジルオキシ、ハロアルコキシ、ハロアルケニルオキシ、ハロアリールオキシ、ニトロ、ニトロアルキル、ニトロアルケニル、ニトロアルキニル、ニトロアリール、ニトロヘテロシクリル、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルケニルアミノ、アルキニルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、フェニルアミノ、ジフェニルアミノ、ベンジルアミノ、ジベンジルアミノ、ヒドラジノ、アシル、アシルアミノ、ジアシルアミノ、アシルオキシ、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロシクリルアミノ、ハロヘテロシクリル、カルボキシエステル、カルボキシ、カルボキシアミド、メルカプト、アルキルチオ、ベンジルチオ、アシルチオ及びリン含有基から選択される1つ以上の基でさらに置換されていても置換されていなくてもよい基を指す。本明細書で用いられる場合、用語「任意で置換される」は、CH2基の（C=O）基での置き換えを指す場合もある。任意の置換基の非限定的な例は、アルキル、好ましくはC1-8アルキル（例えばメチル、エチル、プロプル、ブチル、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル又はシクロヘキシル等のC1-6アルキル）、ヒドロキシC1-8アルキル（例えば、ヒドロキシメチル、ヒドロキシメチル、ヒドロキシエチル、ヒドロキシプロピル）、アルコキシアルキル（例えば、メトキシメチル、メトキシエチル、メトキシプロピル、エトキシメチル、エトキシエチル、エトキシプロピル等）、C1-8アルコキシ（例えばメトキシ、エトキシ、プロポキシ、ブトキシ、シクロプロポキシ、シクロブトキシ等のC1-6アルコキシ）、ハロ（フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード）、モノフルオロメチル、モノクロロメチル、モノブロモメチル、ジフルオロメチル、ジクロロメチル、ジブロモメチル、トリフルオロメチル、トリクロロメチル、トリブロモメチル、ヒドロキシ、フェニル（それ自体が、例えば、ヒドロキシ、ハロ、メチル、エチル、プロピル、ブチル、メトキシ、エトキシ、アセトキシ、アミノ等の本明細書に記載の任意の置換基でさらに置換され得る）、ベンジル（ここで、CH2及び/又はフェニル基が、本明細書に記載のようにさらに置換され得る）、フェノキシ（ここで、CH2及び/又はフェニル基が、本明細書に記載のようにさらに置換され得る）、ベンジルオキシ（ここで、CH2及び/又はフェニル基が、本明細書に記載のようにさらに置換され得る）、アミノ、C1-8アルキルアミノ(例えばメチルアミノ、エチルアミノ、プロピルアミノ等のC1-6アルキル）、ジC1-8アルキルアミノ（例えばジメチルアミノ、ジエチルアミノ、ジプロピルアミノ等のC1-6アルキル）、アシルアミノ（例えば、NHC(O)CH3）、フェニルアミノ（ここで、フェニル自体は、本明細書に記載のようにさらに置換され得る）、ニトロ、ホルミル、-C(O)-C1-8アルキル(例えばアセチル等のC1-6アルキル)、O-C(O)-アルキル(例えばアセチル等のC1-6アルキル)、ベンゾイル（ここで、CH2及び/又はフェニル基が、本明細書に記載のようにさらに置換され得る）、C=OによるCH2の置き換え、CO2H、CO2C1-8アルキル（例えば、メチルエステル、エチルエステル、プロピルエステル、ブチルエステル等のC1-6アルキル）、CO2フェニル（ここで、フェニル自体は、さらに置換され得る）、CONH2、CONHフェニル（ここで、フェニル自体は、さらに置換され得る）、CONHベンジル（ここで、CH2及び/又はフェニル基が、本明細書に記載のようにさらに置換され得る）、CONH C1-8アルキル（例えば、メチルアミド、エチルアミド、プロピルアミド、ブチルアミド等のC1-6アルキル）、CONH C1-8アルキルアミン（例えば、アミノメチルアミド、アミノエチルアミド、アミノプロピルアミド、アミノブチルアミド等のC1-6アルキル）、-C(O)ヘテロシクリル(例えば、-C(O)-1-ピぺリジン、-C(O)-1-ピペラジン、-C(O)-4-モルホリン)、-C(O)ヘテロアリール(例えば、-C(O)-1-ピリジン、-C(O)-1-ピリダジン、-C(O)-1-ピリミジン、-C(O)-1-ピラジン)、CONHdiC1-8アルキル(例えばC1-6アルキル)を含む。
【００８０】
「ヘテロアラルキル」基は、ヘテロアリール基で置換される上記定義のアルキル、例えば、-CH2ピリジニル、-(CH2)2ピリミジニル、-(CH2)3イミダゾリル及び同様のもの、及びそれらの誘導体を意味する。
【００８１】
本明細書で用いられる用語「ヘテロアリール」又は「ヘテロ芳香族」は、各環に7個以下の原子の安定な単環式又は二環式環を表し、ここで、少なくとも1つの環は、芳香族であり、そしてO、N及びSからなる群から選択される1〜4個のヘテロ原子を含有する。この定義の範囲内のヘテロアリール基は、限定されないが、アクリジニル、カルバゾリル、シンノリニル、キノキサリニル、ピラゾリル、インドリル、ベンゾトリアゾリル、フラニル、チエニル、ベンゾチエニル、ベゾフラニル、キノリニル、イソキノリニル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、インドリル、ピラジニル、ピリダジニル、ピリジニル、ピリミジニル、ピロリル、テトラヒドロキノリンを含む。以下の複素環の定義と同様に、「ヘテロアリール」はまた、何れかの窒素含有ヘテロアリールのN-オキシド誘導体を含むと理解される。
【００８２】
「ヘテロシクリル」及び「ヘテロアリール」のさらなる例は、限定されないが、以下を含む: ベンゾイミダゾリル、ベンゾフラニル、ベンゾフラザニル、ベンゾピラゾリル、ベンゾトリアゾリル、ベンゾチオフェニル、ベンゾオキサゾリル、カルバゾリル、カルボリニル、シンノリニル、フラニル、イミダゾイル、インドリニル、インドリル、インドラジニル、インダゾリル、イソベンゾフラニル、イソインドリル、イソキノリル、イソチアゾリル、イソオキサゾリル、ナフタピリジニル（naphthpyridinyl）、オキサジアゾリル、オキサゾリル、オキサゾリン、イソオキサゾリン、オキセタニル、ピラニル、ピラジニル、ピラゾリル、ピリダジニル、ピリドピリジニル、ピリダジニル、ピリジル、ピリミジル、ピロリル、キナゾリニル、キノリル、キノキサリニル、テトラヒドロピラニル、テトラゾリル、テトラゾロピリジル、チアジアゾリル、チアゾリル、チエニル、トリアゾリル、アゼチジニル、アジリジニル、1,4-ジオキサニル、ヘキサヒドロアゼピニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ピロリジニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ジヒドロベンゾイミダゾリル、ジヒドロベンゾフラニル、ジヒドロベンゾチオフェニル、ジヒドロベンゾオキサゾリル、ジヒドロフラニル、ジヒドロイミダゾリル、ジヒドロインドリル、ジヒドロイソオキサゾリル、ジヒドロイソチアゾリル、ジヒドロオキサジアゾリル、ジヒドロオキサゾリル、ジヒドロピラジニル、ジヒドロピラゾリル、ジヒドロピリジニル、ジヒドロピリミジニル、ジヒドロピロリル、ジヒドロキノリニル、ジヒドロテトラゾリル、ジヒドロチアジアゾリル、ジヒドロチアゾリル、ジヒドロチエニル、ジヒドロトリアゾリル、ジヒドロアゼチジニル、メチレンジオキシベンゾイル、テトラヒドロフラニル、及びテトラヒドロチエニル、並びにそれらのN-オキシド。ヘテロシクリル置換基の結合は、炭素原子を介して又はヘテロ原子を介して起こり得る。
【００８３】
本明細書で用いられる場合、「ヘテロアリーレン」は、二価の単環式又は多環式環系（好ましくは、環系中の1個以上、より好ましくは、1〜3個の原子が、ヘテロ原子、すなわち、炭素以外の元素、例えば、窒素、酸素及び硫黄原子である約3〜約15員環）を指す。ヘテロアリーレン期は、1個以上、好ましくは1〜3個のアリール置換基で任意に置換され得る。例示的なヘテロアリーレン基は、1,4-イミダゾリレンを含む。
【００８４】
本明細書で用いられる用語「複素環」、「ヘテロ脂肪族」又は「ヘテロシクリル」は、O、N及びSからなる群から選択される1〜4個のヘテロ原子を含む5〜10員芳香族複素環を意味することが意図される。
【００８５】
「ヘテロシクリルアルキル」基は、複素環基で置換される上記定義のアルキル、例えば
、-CH2ピロリジン-1-イル、-(CH2)2ピペリジン-1-イル、及び同様のもの、並びにそれらの誘導体を意味する。
【００８６】
本明細書で用いられる用語「high（高い）」は、通常よりも大きい、所定の尺度等の標準よりも大きい、又は別のサブグループの尺度よりも相対的に大きい尺度を指す。例えば、CD44highは、通常のCD44の尺度よりも大きいCD44の尺度を指す。従って、「CD44high」は、常に、少なくとも対象の身体の関連する部分又は対象の身体からの関連する試料で検出可能なCD44に相当する。通常の尺度は、当業者に利用可能な何れかの方法に従って決定され得る。用語「high（高い）」はまた、所定のカットオフ等の所定の尺度以上の尺度を指し得る。対象が特定のマーカーに対して「high（高い）」ではない場合、そのマーカーに対して「low（低い）」である。一般に対象が「high（高い）」又は「low（低い）」の何れかを決定するために使用されるカットオフは、その区分が、臨床的に関連するように選択されるべきである。
【００８７】
用語「ホルモン受容体陰性（HR-）腫瘍」は、標準的な方法（例えば、患者の生体試料における核の免疫組織化学的染色）によって決定されるような特定の閾値を超えて腫瘍の増殖、生存又は生存率を促進するホルモンに対する受容体を発現しない腫瘍を意味する。前記閾値は、例えば、Allredスコア又は遺伝子発現を用いて測定され得る。例えば、Harvey et al. (1999, J Clin Oncol, 17: 1474-1481) and Badve et al. (2008, J Clin Oncol, 26(15): 2473-2481)等を参照。いくつかの実施形態において、前記腫瘍は、エストロゲン受容体（ER-）及び/又はプロゲステロン受容体（PR-）を発現しない。
【００８８】
用語「ホルモン受容体陽性（HR+）腫瘍」は、標準的な方法（例えば、患者の生体試料における核の免疫組織化学的染色）によって決定されるような特定の閾値を超えて腫瘍の増殖、生存又は生存率を促進するホルモンに対する受容体を発現する腫瘍を意味する。前記閾値は、例えば、Allredスコア又は遺伝子発現を用いて測定され得る。例えば、Harvey et al. (1999, J Clin Oncol, 17: 1474-1481) and Badve et al. (2008, J Clin Oncol, 26(15): 2473-2481)等を参照。いくつかの実施形態において、前記腫瘍は、エストロゲン受容体（ER）及び/又はプロゲステロン受容体（PR）を発現する。
【００８９】
用語「宿主細胞」は、本発明の何れかの組換えベクター又は単離ポリヌクレオチドの受容者であり得るか、又は受容者であった別個の細胞又は細胞培養物を含む。宿主細胞は、単一の宿主細胞の子孫を含み、その子孫は、天然の、偶然の又は意図的な突然変異及び/又は変化のために元の親細胞と必ずしも完全に同一（形態又は総DNA相補性）ではない。宿主細胞は、インビボ又はインビトロで本発明の組換えベクター又はポリヌクレオチドをトランスフェクトさせた又は感染させた細胞を含む。本発明の組換えベクターを含む宿主細胞は、組換え宿主細胞である。
【００９０】
「ハイブリダイゼーション」は、DNA-DNAハイブリッド又はDNA-RNAハイブリッドを産生するための相補的ヌクレオチド配列の対合を表すために本明細書で用いられる。相補的塩基配列は、塩基対合規則によって関連する配列である。DNAでは、AはTと対になり、CはGと対になる。RNAでは、UはAと対になり、CはGと対になる。これに関して、本明細書で用いられる用語「マッチ（match）」及び「ミスマッチ（mismatch）」は、相補的核酸配列中の対になったヌクレオチドのハイブリダイゼーションの可能性を指す。上記の古典的なA-T及びG-C塩基対のように、マッチしたヌクレオチドは、効率的にハイブリダイズする。ミスマッチは、効率的にハイブリダイズしないヌクレオチドの他の組合せである。本発明において、対合の好ましいメカニズムは、オリゴマー化合物の鎖の相補的ヌクレオシド又はヌクレオチド塩基（核酸塩基）間の、ワトソン-クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る水素結合を含む。例えば、アデニン及びチミンは、水素結合の形成を介して対合する相補的核酸塩基である。ハイブリダイゼーションは、当業者に公知の様々な状況で起こり得る。
【００９１】
本明細書で用いられる用語「ヒドロカルビル」は、飽和、不飽和、芳香族、直鎖若しくは分枝鎖、又は多環式基を含む環式を含む、炭素及び水素を含有する何れかの基を含む。ヒドロカルビルは、限定されないが、C1-C8アルキル、C2-C8アルケニル、C2-C8アルキニル、C3-C10シクロアルキル、フェニル及びナフチル等のアリール、ベンジル等のAr(C1-C8)アルキル、それらの何れも任意で置換され得る。
【００９２】
本明細書における「免疫相互作用」への言及は、分子間の、特に分子のうちの1つが、免疫系の成分であるか、又はそれを模倣する場合の何れかの相互作用、反応又は他の形態の会合への言及を含む。
【００９３】
本明細書で用いられる用語「阻害剤」は、標的分子の少なくとも1つの機能又は生物学的活性を減少させる又は阻害する薬剤を指す。例えば、LSD1阻害剤は、LSD1の少なくとも1つの機能又は生物学的活性を減少させる（decrease）又は低減させる（reduce）可能性がある。LSD1阻害剤は、LSD1の核移行を阻害又は低減し、LSD1の触媒活性を阻害又は低減し、LSD1のリン酸化を阻害又は低減し、及び/又はLSD1の発現を阻害又は低減することが出来る。特定の実施形態において、用語「LSD1阻害剤」は、LSD1の核移行を阻害する薬剤を指す。
【００９４】
本明細書で用いられる場合、用語「単離（isolated）」は、その天然の状態でそれに通常付随する成分を実質的に又は本質的に含まない材料を指す。例えば、「単離タンパク質性分子」は、その天然の細胞環境から及び細胞の他の成分との会合からタンパク質性分子のインビトロでの単離及び/又は精製を指す。「実質的に含まない」は、タンパク質性分子の調製物が、少なくとも純度10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98又は99%であることを意味する。好ましい実施形態において、タンパク質性分子の調製物は、本発明の主題ではない分子の約30、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1%（乾燥重量基準）未満の分子を有する（本明細書では「汚染分子」とも称される）。タンパク質性分子が組換え生産される場合、それはまた、望ましくは実質的に培地を含まない、すなわち、培地は調製物の体積の約20、15、10、5、4、3、2又は1%未満を表す。本発明は、乾燥重量で少なくとも0.01、0.1、1.0及び10ミリグラムの単離又は精製調製物を含む。
【００９５】
用語「低級アルキル」は、メチル、エチル、n-プロピル、i-プロピル、n-ブチル、t-ブチル、sec-ブチル、n-ペンチル、n-ヘキシル、2-メチルペンチル、及び同様のもの等の1〜6個の炭素原子を有する直鎖又は分枝鎖アルキル基を指す。いくつかの実施形態において、低級アルキル基は、メチル又はエチルである。
【００９６】
用語「低級アルコキシ」は、メトキシ、エトキシ、n-プロポキシ、i-プロポキシ、n-ブトキシ、t-ブトキシ、sec-ブトキシ、n-ペントキシ、n-ヘキソキシ、2-メチル-ペントキシ、及び同様のもの等の1〜6個の炭素原子を有する直鎖又は分枝鎖アルコキシ基を指す。
【００９７】
本明細書で用いられる場合、用語「LSD1過剰発現細胞」は、正常細胞よりも高いレベルで検出可能なLSD1を発現する脊椎動物細胞、とりわけ、哺乳動物細胞又は鳥類細胞、特に哺乳動物細胞を指す。当該細胞は、霊長類細胞; 鳥類細胞; ヒツジ細胞、ウシ細胞、ウマ細胞、シカ細胞、ロバ細胞、ブタ細胞等の家畜動物細胞; ラビット細胞、マウス細胞、ラット細胞、モルモット細胞及びハムスター細胞等の実験用動物細胞; ネコ細胞及びイヌ細胞等のコンパニオン動物細胞; 及びキツネ細胞、シカ細胞及びディンゴ細胞等の捕獲野生動物細胞、等の脊椎動物細胞であり得る。特定の実施形態において、LSD1過剰発現細胞は、ヒト細胞である。特定の実施形態において、LSD1過剰発現細胞は、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞である。好ましくは、癌幹細胞腫瘍細胞である。過剰発現細胞は、正常細胞又は比較細胞（例えば、乳房細胞）と比較して10%、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％以上であり得る。
【００９８】
本明細書で用いられる場合、用語「間葉から上皮細胞への転換（mesenchymal-to-epithelial transition）」（MET）は、運動性、多極性又は紡錘状の間葉細胞から上皮と称される極性細胞の平面アレイへの移行を含む可逆的な生物学的プロセスである。METは、EMTの逆過程である。METは、正常な発生、癌の転移及び誘導された多能性幹細胞の初期において生じる。
【００９９】
本明細書で用いられる場合、用語「間充織」は、結合組織、骨、軟骨並びに循環系及びリンパ系の発達由来のゼラチン状粉砕物質中にゆるく詰め込まれた未分化細胞セットからなる胚体中胚葉の一部を指す。間充織は、比較的拡散した組織ネットワークを形成する細胞の集まりである。間充織は、完全な細胞層ではなく、細胞は、典型的にそれらの隣接する細胞への接着に関与するそれらの表面上のポイントのみを有する。これらの接着はまた、カドヘリン会合を含み得る（Thompson and Newgreen (2005), Cancer Res., 65(14): 5991-5参照）。
【０１００】
「調節する（modulating）」は、標的分子のレベル又は機能的活性を直接的又は間接的に増加又は減少させることを意味する。例えば、薬剤は、標的分子以外の分子と相互作用することによって間接的にレベル/活性を調節し得る。この点に関して、標的ポリペプチドをコードする遺伝子の間接的な調節は、その範囲内に第1の核酸分子の発現の調節を含み、ここで、第1の核酸分子の発現産物は、標的ポリペプチドをコードする核酸分子の発現を調節する。
【０１０１】
本明細書で用いられる場合、用語「過剰発現させる（overexpress）」、「過剰発現（overexpression）」、「過剰発現させる（overexpressing）」又は「過剰発現した（overexpressed）」は、正常細胞と比較して、通常は癌細胞において検出可能なほど高いレベルで転写又は翻訳される遺伝子（例えば、LSD1遺伝子又はPKC遺伝子）を指す。過剰発現は、従って、タンパク質及びRNAの両方の過剰発現（転写量の増加、転写後プロセシング、安定性の改変及びタンパク質分解の改変）、並びに例えば、基質の酵素加水分解の増加におけるような、タンパク質トラフィックパターンの変化（核局在化の増加）及び機能的活性の増大による局所的な過剰発現を指す。過剰発現はまた、正常細胞又は比較細胞（例えば、乳房細胞）と比較して10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%以上であり得る。
【０１０２】
本明細書で用いられる用語「動作可能に連結された（operably linked）」は、限定されないが、プロモーターを含む調節要素の調節制御下に構造遺伝子を配置することを意味し、次いで遺伝子の転写及び任意で翻訳を制御する。異種プロモーター/構造遺伝子の組合せの構築において、一般に、遺伝子配列又はプロモーターを、その遺伝子配列又はプロモーターとそれが天然の環境で制御する遺伝子、すなわち、遺伝子配列又はプロモーターが由来する遺伝子の距離とほぼ同じ距離である、遺伝子転写開始部位からの距離に配置することが好ましい。当該技術分野で知られているように、この距離のいくらかの変動は、機能を損なうことなく適応することが出来る。同様に、その制御下に置かれる異種遺伝子に対する調節配列要素の好ましい配置は、その天然の設定における要素の配置、すなわち、それが由来する遺伝子の配置によって定義される。
【０１０３】
「医薬的に許容される担体（pharmaceutically acceptable carrier）」は、生物学的又はその他の点で好ましくない物質を含む医薬的ビヒクルを意味し、すなわち、物質は、いかなる又は実質的な有害反応を引き起こさずに選択された活性剤と共に対象に投与され得る。担体は、賦形剤及び例えば、希釈剤、界面活性剤、着色剤、湿潤剤又は乳化剤、pH緩衝剤、保存剤、トランスフェクション剤、及び同様のもの等の他の添加剤を含み得る。
【０１０４】
同様に、本明細書で提供される化合物の「薬理学的に許容される（pharmacologically acceptable）」塩、エステル、アミド、プロドラッグ又は誘導体は、塩、エステル、アミド、プロドラッグ又は生物学的ではない又は他の点で望ましい誘導体である。
【０１０５】
「フェニルアルキル」は、フェニルで置換されている上記で定義したアルキル、例えば、-CH2フェニル、-(CH2)2フェニル、-(CH2)3フェニル、CH3CH(CH3)CH2フェニル、及び同様のもの、並びにそれらの誘導体を意味する。フェニルアルキルは、アラルキル基のサブセットである。
【０１０６】
用語「リン酸化活性」は、タンパク質基質上のヒドロキシル基、特にタンパク質基質上のセリン残基又はトレオニン残基上のヒドロキシル基をリン酸化するPKCの能力を指すために本明細書中で用いられる。
【０１０７】
本明細書で用いられる場合、用語「PKC過剰発現細胞」は、PKC、特にPKC-θを正常細胞よりも検出可能で高いレベルで発現する脊椎動物細胞、とりわけ、哺乳動物又は鳥類細胞、特に哺乳動物細胞を指す。当該細胞は、霊長類細胞; 鳥類細胞; ヒツジ細胞、ウシ細胞、ウマ細胞、シカ細胞、ロバ細胞、ブタ細胞等の家畜動物細胞; ラビット細胞、マウス細胞、ラット細胞、モルモット細胞及びハムスター細胞等の実験用動物細胞; ネコ細胞及びイヌ細胞等のコンパニオン動物細胞; 及びキツネ細胞、シカ細胞及びディンゴ細胞等の捕獲野生動物細胞、等の脊椎動物細胞であり得る。特定の実施形態において、PKC過剰発現細胞は、ヒト細胞である。特定の実施形態において、PKC過剰発現細胞は、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞である。好ましくは、癌幹細胞腫瘍細胞である。過剰発現細胞は、正常細胞又は比較細胞（例えば、乳房細胞）と比較して10%、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％以上であり得る。
【０１０８】
本明細書で用いられる場合、用語「ポリペプチド」、「タンパク質性分子」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマー、並びにそれらの変異型及び合成類似体を指すために互換的に用いられる。従って、これらの用語は、1つ以上のアミノ酸残基が対応する天然アミノ酸の化学的類似体等の合成非天然アミノ酸であるアミノ酸ポリマー、並びに天然アミノ酸ポリマーに適用される。これらの用語は、例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化及び同様のもの等の修飾を排除するものではない。本課題のタンパク質性分子の可溶性形態は、特に有用である。定義内に含まれるのは、例えば、非天然アミノ酸又は置換結合を有するポリペプチドを含むアミノ酸の1つ以上のアナログを含有するポリペプチド等である。
【０１０９】
本明細書で用いられる場合、用語「予防する（prevent）」、「予防された（prevented）」又は「予防すること（preventing）」は、疾患又は病症の発症することに対して対象の耐性を増加させる、言い換えると、対象が疾患又は病症を発症する可能性を減少させる予防的治療、並びにそれを全体的に低減又は排除するため、又は悪化することを予防するために、疾患又は病症が発症した後の治療を指す。これらの用語はまた、それらの範囲内に、疾患又は病症の素因となり得るが、それを有すると診断されていない対象において、疾患又は病症が発生することを防ぐことを含む。
【０１１０】
「炎症誘発性免疫応答（pro-inflammatory immune response）」は、健康な哺乳動物のコントロールにおける1つ以上の炎症誘発性サイトカインのレベル及び/又はエフェクターT細胞のレベルと比較して、1つ以上の増加したレベルのサイトカイン（例えば、IL-6、IL-23、IL-17、IL-1α、IL-1β、及びTNF-α）及び/又は増加したレベルのエフェクターT細胞を含む免疫応答を意味する。
【０１１１】
第2の試料に対する第1の試料中の物質及び/又は減少のレベルに関して用いられる場合、用語「低減（reduce）」、「阻害（inhibit）」、「抑制（suppress）」、「減少（decrease）」、及び文法的に同等なものは、第1の試料中の物質及び/又は現象の量が、第2の試料中の量よりも、当該技術分野で認められている何れかの統計分析方法を用いて統計的に有意な何れかの量だけ低いことを意味する。一実施形態において、例えば、患者が、疼痛、疲労等の疾患症候の主観的認識を指す場合、低減は、主観的に決定され得る。他の実施形態において、例えば、患者からの試料中のCSC及び/又は非CSC腫瘍細胞の数が、患者からの早期の試料よりも少ない場合に、低減を客観的に決定し得る。他の実施形態において、第1の試料中の物質及び/又は現象の量は、第2の試料中の同じ物質及び/又は現象の量よりも少なくとも10%少ない。他の実施形態において、第1の試料中の物質及び/又は現象の量は、第2の試料中の同じ物質及び/又は現象の量よりも少なくとも25%少ない。さらに他の実施形態において、第1の試料中の物質及び/又は現象の量は、第2の試料中の同じ物質及び/又は現象の量よりも少なくとも50%少ない。さらなる実施形態において、第1の試料中の物質及び/又は現象の量は、第2の試料中の同じ物質及び/又は現象の量よりも少なくとも75%少ない。さらに他の実施形態において、第1の試料中の物質及び/又は現象の量は、第2の試料中の同じ物質及び/又は現象の量よりも少なくとも90%少ない。あるいは、差は、「n-倍」差として表現され得る。
【０１１２】
本明細書において、用語「選択的（selective）」及びその文法的な変形は、他の分子の機能を実質的に阻害することなく、標的分子を阻害する薬剤をさすために用いられる。例えば、LSD1選択的阻害剤は、他のLSD又はモノアミンオキシダーゼ（MAO）等の他の酵素の機能を実質的に阻害することなく、LSD1を阻害する薬剤である。一般に、LSD1に関しての選択的な薬剤は、他のLSD又はMAOの阻害に関して約2倍、5倍、10倍、20倍、50倍、又は約100倍超のLSD1選択性を示す。他の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1に対して少なくとも50倍大きい阻害を示す。さらなる実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOに対してよりもLSD1に対して少なくとも100倍大きい阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOに対して少なくとも500倍大きい阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOに対して少なくとも100倍大きい阻害を示す。
【０１１３】
本明細書で用いられる場合、用語「塩（salt）」及び「プロドラッグ（prodrug）」は、受容者への投与時に、本発明のタンパク質性分子、又はそれらの活性代謝物又は残基を（直接的又は間接的に）提供することが出来る何れかの医薬的に許容される塩、エステル、水和物又は何れか他の化合物を含む。適切な医薬的に許容される塩は、塩酸、硫酸、リン酸、硝酸、炭酸、ホウ酸、スルファミン酸及び臭化水素酸等の医薬的に供される無機酸、又は酢酸、プロピオン酸、酪酸、酒石酸、マレイン酸、ヒドロキシマレイン酸、フマル酸、クエン酸、乳酸、粘液酸、グルコン酸、安息香酸、コハク酸、シュウ酸、フェニル酢酸、メタンスルホン酸、トルエンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、サリチル酸、スルファニル酸、アスパラギン酸、グルタミン酸、エデト酸、ステアリン酸、パルミチン酸、オレイン酸、ラウリン酸、パントテン酸、タンニン酸、アスコルビン酸及び吉草酸等の医薬的に許容される有機酸の塩を含む。塩基性の塩は、限定されないが、ナトリウム、カリウム、リチウム、カルシウム、マグネシウム、アンモニウム及びアルキルアンモニウム等の医薬的に許容されるカチオンを用いて形成されるものを含む。また、塩基性窒素含有基は、メチル、エチル、プロピル及びブチルクロリド、ブロマイド及びヨージド等の低級アルキルハライド; ジメチル及びジメチル硫酸ジエチル等の硫酸ジアルキル; 及び他のもの等の薬剤で四級化され得る。しかしながら、医薬的に許容されない塩もまた、医薬的に許容される塩の調製に有用であるため、医薬的に許容されない塩も本発明の範囲内に入ることを理解されたい。塩及びプロドラッグの調製は、当該分野において公知の方法によって行われ得る。例えば、金属塩は、本発明の化合物と金属水酸化物との反応によって調製され得る。酸性塩は、適切な酸を本発明のタンパク質性分子と反応させることによって調製され得る。
【０１１４】
本明細書で用いられる用語「ストリンジェンシー（stringency）」は、ハイブリダイゼーション及び洗浄手順中の温度及びイオン強度条件、並びに特定の有機溶媒の存在又は非存在を指す。ストリンジェンシーが高ければ高いほど、固定された標的ヌクレオチド配列と洗浄後に標的にハイブリダイズしたままである標識プローブポリヌクレオチド配列との間の相補性の程度は、より高くなり得る。用語「高ストリンジェンシー」は、高頻度の相補的塩基を有するヌクレオチド配列のみがハイブリダイズする温度及びイオン条件を指す。必要とされるストリンジェンシーは、ヌクレオチド配列に依存して、そしてハイブリダイゼーションの間に存在する種々の成分に依存する。一般に、ストリンジェント（stringent）な条件は、定義されたイオン強度及びpHでの特定の配列についての熱融点（Tm）よりも約10〜20℃低くなるように選択される。Tmは、標的配列の50%が相補的プローブにハイブリダイズする温度（既定のイオン強度及びpH下で）である。
【０１１５】
本明細書で用いられる用語「対象（subject）」は、治療又は予防が望まれる脊椎動物の対象、特に哺乳動物又は鳥類の対象を指す。適切な対象は、限定されないが、霊長類; 鳥類; ヒツジ、ウシ、ウマ、シカ、ロバ、ブタ等の家畜動物; ラビット、マウス、ラット、モルモット、ハムスター等の実験用動物; ネコ及びイヌ等のコンパニオン動物; キツネ、シカ及びディンゴ等の捕獲野生動物を含む。特に、対象は、ヒトである。しかしながら、前述の用語は、兆候が存在することを意味しないことが理解され得る。
【０１１６】
本命明細書で用いられる場合、用語「処置（treatment）」、「処置する（treating）」、及び同様のものは、所望の薬理学的及び/又は生理学的効果を得ることを指す。その効果は、疾患又は兆候に対する部分的又は完全な治癒及び/又は疾患又は兆候に起因する有害作用に関して治療的であり得る。これらの用語はまた、哺乳動物、特にヒトにおける兆候又は疾患の何れかの処置を含み、及び以下: （a）疾患又は兆候の阻害すること、すなわち、その発症を抑制すること; 又は（b）疾患又は兆候の緩和すること、すなわち、疾患又は兆候の退縮を引き起こすこと、を含む。
【０１１７】
本明細書で用いられる場合、用語「腫瘍」は、悪性又は良性にかかわらず、全ての前癌状態の細胞及び癌性の細胞及び組織を指す。用語「癌（cancer）」及び「癌性（cancerous）」は、典型的には、部分的に無秩序な細胞増殖を特徴とする、哺乳動物における生理学的状態を指すか、又は説明する。本明細書で用いられる場合、用語「癌」は、早期癌及び後期癌を含む非転移性及び転移性の癌を指す。用語「前癌性」は、典型的に、癌に進行するか、又は癌に発達する兆候又は増殖を指す。用語「非転移性（non-metastatic）」は、良性である癌か、原発部位に留まり、リンパ系若しくは血管系又は原発部位以外の組織に浸潤していない癌を指す。一般に、非転移性癌は、ステージ0、I又はIIの癌である、何れかの癌である。「早期癌」は、浸潤性又は転移性ではなく、又はステージ0、I又はIIとして分類される癌を意味する。用語「後期癌」は、一般的に、ステージIII又はIVの癌を指すが、ステージIIの癌又はステージIIの癌のサブステージを指すことも出来る。当業者は、早期癌又は後期癌の何れかとしたステージIIの癌の分類が特定の種類の癌に依存することを理解し得る。癌の例示は、限定されないが、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、子宮頸癌、膵臓癌、大腸癌、肺癌、肝細胞癌、胃癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路癌、甲状腺癌、腎癌、癌腫、網膜芽細胞腫、メラノーマ、脳癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、子宮内膜癌、多発性骨髄腫、中皮腫、直腸癌及び食道癌を含む。例示的な実施形態において、癌は、乳癌である。
【０１１８】
本明細書で用いられる場合、用語「ベクター（vector）」は、ポリヌクレオチドを挿入又はクローニングすることが出来る、ポリヌクレオチド分子、適切には、例えばプラスミド、バクテリオファージ、酵母又はウイルスに由来するDNA分子を指す。ベクターは、1つ以上のユニークな制限部位を含み得、そして標的細胞若しくは組織又は前駆細胞若しくはその組織を含む既定の宿主細胞において自律的に複製することができ、又はクローン化された配列が再現可能であるように既定の宿主のゲノムと統合可能であり得る。従って、当該ベクターは、自律的に複製するベクター、すなわち、その複製が染色体複製から独立している、染色体外の実体として存在するベクター、例えば、直鎖状又は閉環状プラスミド、染色体外因子、ミニ染色体又は人口染色体であり得る。当該ベクターは、自己複製を確実にするために何れかの手段を含み得る。あるいは、当該ベクターは、宿主細胞に導入されるとゲノムに組み込まれ、それが組み込まれている染色体と一緒に複製されるものであり得る。ベクター系は、宿主細胞のゲノムに導入される全DNAを一緒に含む単一のベクター若しくはプラスミド、2つ以上のベクター若しくはプラスミド、又はトランスポゾンを含み得る。ベクターの選択は、典型的に、ベクターが導入される宿主細胞とのベクターの適合性に依存し得る。この場合、ベクターは、好ましくはウイルス又はウイルス由来のベクターであり、これは真菌、細菌又は動物細胞、好ましくは哺乳動物細胞において機能的である。そのようなベクターは、ポックスウイルス、アデノウイルス又は酵母に由来し得る。ベクターはまた、適切な形質転換体の選択のために使用され得る抗生物質耐性遺伝子のような選択マーカーを含み得る。そのような耐性遺伝子の例は当業者に公知であり、抗生物質カナマイシン及びG418（Geneticin（登録商標））に対する耐性を付与するnptII遺伝子、及び抗生物質ハイグロマイシンBに対する耐性を付与するhph遺伝子を含む。
【０１１９】
本明細書に記載の各実施形態は、特に明記しない限り、各実施形態全てに必要な変更を加えて適用されるべきである。
【０１２０】
2. LSD1阻害剤
本発明は、部分的に、LSD1の阻害剤が、免疫チェックポイント、特にPD-L1及び/又はPD-L2を阻害するという決定に基づく。従って、本発明者達は、LSD1阻害剤は、免疫調節剤による標的抗原に対する対象の免疫応答の増強、又は癌若しくは感染症の処置を含む、様々な用途に用いることが出来ると考えた。
【０１２１】
LSD1阻害剤は、LSD1の蓄積、機能又は安定性を低減させる; LSD1遺伝子の発現を減少させる; 何れかの活性剤を含み且つ、包含する。そのような阻害剤としては、限定されないが、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、多糖類、リポ多糖類、脂質又は他の有機（炭素含有）若しくは無機分子等の小分子及び高分子を含む。いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、LSD1の触媒活性の阻害剤又はLSD1の核移行阻害剤である。
【０１２２】
いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、少なくとも1つの他のLSD又はMAO等の他の酵素よりもLSD1を選択的に阻害する。いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、他のLSDサブタイプ及びMAOよりもLSD1を選択的に阻害する。いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、他のLSD又はMAOの阻害に関して、約2倍、5倍、10倍、20倍、50倍又は約100倍超のLSD1選択性を示す。他の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1に対して少なくとも50倍大きい阻害を示す。さらなる実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1に対して少なくとも100倍大きい阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1に対して少なくとも500倍大きい阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1に対して少なくとも100倍大きい阻害を示す。いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、非選択的LSD1阻害剤である。
【０１２３】
2.1 核酸分子
いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、LSD1転写物の転写又は翻訳を阻害するように機能する拮抗核酸分子である。この種の代表的な転写物は、以下の配列の何れか1つに相当するヌクレオチドが含まれる: （1）例えば、GenBank受入番号NM_015013.3、NP_001009999.1、及びNM_001009999.2に記載のヒトLSD1ヌクレオチド配列; （2） （1）で言及した配列の何れか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列; （3）少なくとも低、中、又は高ストリンジェンシー条件で（1）で言及した配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列; （4）以下のアミノ酸配列の何れか1つをコードするヌクレオチド配列: 例えば、GenPept登録番号NP_055828.2、NP_001009999.1、及びO60341.2に記載のヒトLSD1アミノ酸配列; （5）（4）で言及した配列の何れか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列類似性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列; 及び（4）で言及した配列の何れか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列。
【０１２４】
例示的なアンタゴニスト核酸分子は、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム及び三重鎖形成分子、RNAi及び外部ガイド配列を含む。核酸分子は、標的分子による特異的活性を有するエフェクター、阻害剤、調節剤及び刺激剤として作用することができ、又は機能性核酸分子は、他の何れかの分子とは独立して新規の活性を有することが出来る。
【０１２５】
アンタゴニスト核酸分子は、DNA、RNA、ポリペプチド、又は炭水化物鎖等の何れかの高分子と相互作用することが出来る。従って、アンタゴニスト核酸分子は、LSD1のｍRNA又はゲノムDNAと相互作用し得るか、又はそれらはLSD1ポリペプチドと相互作用し得る。多くの場合、アンタゴニスト核酸分子は、標的分子とアンタゴニスト核酸分子の間の配列相同性に基づいて他の核酸と相互作用するように設計される。他の状況において、アンタゴニスト核酸分子と標的分子の間の特異的認識は、アンタゴニスト核酸分子と標的分子との間の配列相同性に基づくのではなく、むしろ特異的認識が起こることを可能にする三次構造の形成に基づく。
【０１２６】
いくつかの実施形態において、アンチセンスRNA又はDNA分子は、標的mRNAに結合してタンパク質翻訳を妨げることによりLSD1の翻訳を直接的に阻止するために用いられる。アンチセンス分子は、標準的又は非標準的な塩基対合を通じて標的核酸分子と相互作用するように設計される。アンチセンス分子と標的分子との相互作用は、例えば、RNAseH媒介RNA-DNAハイブリッド分解を介して標的分子の破壊を促進するように設計され得る。あるいは、アンチセンス分子は、転写又は複製等の標的分子上で通常起こるプロセシング機能を妨害するように設計され得る。アンチセンス分子は、標的分子の配列に基づいて設計され得る。標的分子の最も接近しやすい領域を見出すことによってアンチセンス効率を最適化するための多数の方法が存在する。非限定的な方法としては、インビトロ選択試験並びにDMS及びDEPCを用いたDNA修飾試験が挙げられる。特定の実施例において、アンチセンス分子は、10-6、10-8、10-10、又は10-12未満又は等価の解離定数（Kd）で標的分子に結合する。特定の実施例において、翻訳開始部位、例えば-10〜+10の間の領域に由来するアンチセンスオリゴデオキシリボヌクレオチドが用いられる。
【０１２７】
アプタマーは、適切には、特定の方法で標的分子と相互作用する分子である。アプタマーは、一般に、ステムループ又はGカルテット等の規定の二次構造及び三次構造に折り畳まれる長さにおいての15〜50塩基の範囲の小核酸である。アプタマーは、ATP及びテオフィリン等の小分子、並びに逆転写酵素及びトロンビン等の大分子を結合することが出来る。アプタマーは、10-12M未満の標的分子由来のKdと非常に強く結合することが出来る。適切には、アプタマーは、10-6、10-8、10-10又は10-12未満のKdで標的分子に結合する。アプタマーは、非常に高度な特異性で標的分子に結合することが出来る。例えば、標的分子と分子上で単一の位置のみが異なる他の分子との間の結合親和性において、10,000倍を超える差を有するアプタマーが単離されている。アプタマーは、バックグラウンド結合分子を有するKdよりも少なくとも10倍、100倍、1000倍、10,000倍、又は100,000倍低い標的分子を有するKdを有することが好ましい。目標の標的（例えば、PHD、FIH-1又はvHL）に対するアプタマーを生成するために適切な方法は、「システマティックエボリューションオブリガンドバイエクスポテンシャルエンリッチメント（Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment）（SELEX（商標））」である。SELEX（商標）方法は、米国特許第5,475,096及び米国特許5,270,163号（WO91/19813も参照）に記載されている。簡単に説明すると、核酸の混合物は、結合に有利な条件下で標的分子と接触させられる。未結合核酸は、結合核酸から分離され、そして核酸-標的複合体が解離される。次いで、解離した核酸を増幅して、リガンドに富む核酸混合物を得、これを所望の結合、分配、解離及び増幅のサイクルを繰り返して、標的分子に対する非常に特異的な高親和性核酸リガンドを得る。
【０１２８】
他の実施形態において、抗LSD1リボザイムは、LSD1 RNAの特異的切断を触媒するために用いられる。リボザイム作用のメカニズムは、リボザイム分子の相補的標的RNAへの配列特異的ハイブリダイゼーション、それに続くエンドヌクレアーゼ切断を含む。ヌクレアーゼ又は核酸ポリメラーゼ型反応を触媒するいくつかの異なる型のリボザイムがあり、これは、ハンマーヘッド型リボザイム、ヘアピン型リボザイム、及びテトラヒメナリボザイム等の天然の系に見られるリボザイムに基づく。天然の系には見られないが、特定の反応を新たに触媒するように設計されたリボザイムが数多くある。代表的なリボザイムは、RNA又はDNA基質を切断する。いくつかの実施形態において、RNA基質を切断するリボザイムが用いられる。潜在的なRNA標的内の特定のリボザイム切断部位は、最初に以下の配列、GUA、GUU及びGUCを含むリボザイム切断部位について標的分子をスキャニングすることによって同定される。一度同定されると、切断部位を含む標的遺伝子の領域に相当する15〜20の間のリボヌクレオチドの短いRNA配列は、オリゴヌクレオチド配列を適さないものにし得る二次構造等の予測される構造的特徴について評価され得る。候補標的の適合性はまた、リボヌクレアーゼ保護アッセイを用いて相補的オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションに対するそれらの接近可能性を試験することによって評価され得る。
【０１２９】
三重鎖形成機能性核酸分子は、二本鎖又は一本鎖核酸の何れかと相互作用し得る分子である。三重鎖分子が標的領域と相互作用すると、三重鎖と呼ばれる構造が形成され、そこでは、ワトソン-クリック塩基対とフーグスティーン塩基対の両方に依存して複合体を形成する3本のDNA分子がある。三重鎖分子は、高い親和性及び特異性で標的領域に結合することが出来るので好ましい。三重鎖形成分子は、10-6、10-8、10-10又は10-12未満のKdで標的分子と結合することが一般に好ましい。
【０１３０】
外部ガイド配列（EGS）は、複合体を形成する標的核酸分子と結合する分子であり、そしてこの複合体は、標的分子を切断するRNAsePによって認識される。EGSは、選択したRNA分子を特異的に標的とするように設計され得る。RNAsePは、細胞内のトランスファーRNA（tRNA）のプロセシングを助ける。標的RNA: EGS複合体に天然のtRNA基質を模倣させるEGSを用いることにより、細菌性RNAsePが動員され、事実上何れかのRNA配列を切断することが出来る。同様に、真核生物のEGS/RNAsePによるRNAの切断は、真核生物細胞内の所望の標的を切断するために用いられ得る。
【０１３１】
いくつかの実施形態において、LSD1遺伝子又はLSD1転写物のRNA干渉（RNAi）を媒介するRNA分子は、遺伝子発現を低減させるか、又は抑制するために用いられ得る。RNAiは、標的遺伝子の転写物に相同な一本鎖又は通常二本鎖RNA（dsRNA）を導入することによる標的遺伝子の産物の妨害又は破壊を指す。二本鎖RNA干渉（dsRNAi）又は低分子干渉RNA（siRNA）を含むRNAi法は、哺乳動物細胞及びネマトーダC. elegans（nematode C. elegans）を含む多数の生物において広く記載されている（Fire et al. (1998) Nature, 391: 806-811)）。哺乳動物細胞において、RNAiは、低分子干渉RNA（siRNA）の21〜23ヌクレオチド（nt）二本鎖(Chiu et al. (2002) Mol. Cell., 10: 549-561; Elbashir et al. (2001) Nature, 411: 494-498)によって、又はマイクロRNA（miRNA）、機能的スモールヘアピンRNA（shRNA）、又はRNAポリメラーゼIIIプロモーターを有するDNA鋳型を用いてインビボで発現される他のdsRNAによって引き起こされ得る(Zeng et al. (2002) Mol. Cell, 9: 1327-1333; Paddison et al. (2002) Genes Dev., 16: 948-958; Lee et al. (2002) Nature Biotechnol., 20: 500-505; Paul et al. (2002) Nature Biotechnol., 20: 505-508; Tuschl (2002) Nature Biotechnol., 20: 440-448; Yu et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99(9): 6047-6052; McManus et al. (2002) RNA, 8: 842-850; Sui et al. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99(6): 5515-5520)。
【０１３２】
特定の実施例において、dsRNA自体、そして特にLSD1遺伝子の少なくとも一部に相当するdsRNA産生構築物は、その発現を低減させるか又は抑制するために用いられる。遺伝子発現のRNAiを介した阻害は、例えば、ステムループ又はヘアピンRNA構造をコードする核酸構築物を標的細胞のゲノムにトランスフェクトすることによって、又は収束プロモーター、又は単一のプロモーターの後ろから、ヘッドトゥーヘッド（head to head）若しくはテイルトゥーテイル（tail to tail）での複製物としてトランスフェクトされた核酸構築物を発現させることによって、当該分野で公知の何れかの技術を用いて達成され得る。それ自体で折り返してdsRNAを産生する能力を有する単一のRNAを産生する限り、又はそれが2つの別々のRNA転写物を生成する限り、何れかの類似の構築物を使用し得、それは次にアニールし、標的遺伝子と相同性を有するdsRNAを形成する。
【０１３３】
絶対相同性は、RNAiには必要では無く、下限は、約200塩基対のdsRNAについて約85%の相同性と記載されている（Plasterk and Ketting (2000) Current Opinion in Genetics and Dev., 10: 562-67）。従って、dsRNAの長さに応じて、RNAiをコードする核酸は、標的遺伝子転写物に対して、すなわち標的遺伝子と少なくとも約85％の相同性を有する100〜200塩基対のdsRNA、及び標的遺伝子と少なくとも約75％の相同性を有するより長いdsRNA、すなわち、300〜100塩基対、相同性のレベルが異なり得る。別々に発現されたRNAにアニーリングするように設計された単一のRNA転写物を発現するRNA構築物、又は収束プロモーターからの別々の転写物を発現する単一構築物は、適切には、少なくとも約100ヌクレオチド長である。内部折り畳みを介してdsRNAを形成するように設計された単一のRNAを発現するRNAエンコーディング構築物（RNA-encoding construct）は、通常少なくとも約200ヌクレオチド長である。
【０１３４】
dsRNA形成構築物を発現させるために用いられるプロモーターは、得られるdsRNAが、破壊の標的とされる細胞系統における遺伝子産物に特異的である場合、何れかの型のプロモーターであり得る。あるいは、当該プロモーターは、特定の発生学的系統の細胞内でのみ発現されるという点で系統特異的であり得る。これは、非標的細胞系統で発現される遺伝子と相同性のいくらかの重複を有する場合に有利であり得る。プロモーターはまた、外部から制御される因子によって、又は細胞内環境因子によって誘導性であり得る。
【０１３５】
いくつかの実施形態において、例えば、Tuschl et al. 米国特許第2002/0086356号に記載されているように、それらが相当する特定のmRNAの切断を支持する、約21から約23ヌクレオチドのRNA分子が、RNAiを媒介するために用いられ得る。このような21〜23塩基のRNA分子は、3'ヒドロキシル基を含むことができ、一本鎖又は二本鎖（2つの21〜23塩基のRNAとして）であり得、ここで、dsRNA分子は、平滑末端であり得るか、又は突出末端（例えば、5'、3'）を含み得る。
【０１３６】
いくつかの実施形態において、アンタゴニスト核酸分子は、siRNAである。siRNAは、何れかの適切な方法で調製され得る。例えば、国際公開WO02/44321を参照することができ、これは、3'突出末端と塩基対合したときに標的mRNAの配列特異的分解が可能なsiRNAが加持されており、出典明記により本明細書に組み入れられる。配列特異的遺伝子サイレンシングは、酵素ダイサーによって産生されるsiRNAを模倣する合成の短い二本鎖RNAを用いて、哺乳動物細胞において達成され得る。siRNAは、化学的又はインビトロで合成され得、又は細胞内でsiRNAにプロセシングされる短い二本鎖ヘアピン様RNA（shRNA）の結果であり得る。合成siRNAは一般に、アルゴリズム及び従来のDNA/RNA合成装置を用いて設計される。販売元は、アンビオン（Ambion）(オースティン、Tex.)、ケムジーンズ（ChemGenes）(アッシュランド、Mass.)、ダルマコン（Dharmacon）(ラファイエット、Colo.)、グレンリサーチ（Glen Research）(スターリング、 Va.)、MWBバイオテック（MWB Biotech）(エーバースベルグ、ドイツ)、プロリゴ（Proligo）(ボルダー、Colo.)及びキアゲン（Qiagen）(ベント、オランダ)を含む。siRNAはまた、アンビオンのSILENCER（商標）siRNA構築物キット等のキットを用いてインビトロで合成され得る。
【０１３７】
ベクターからのsiRNAの産生は、より一般的には、短いヘアピンRNA（shRNA）の転写を通して行われる。例えば、ImgenexのGENESUPPRESSOR（商標）構築物キット及びインビトロジェンのBLOCK-IT（商標）誘導性RNAiプラスミド及びレンチウイルスベクター等のshRNAを含むベクターの産生のためのキットが利用可能である。加えて、対象へのsiRNAの処方及び送達方法もまた、当該分野で周知である。例えば、US 2005/0282188; US 2005/0239731; US 2005/0234232; US 2005/0176018; US 2005/0059817; US 2005/0020525; US 2004/0192626; US 2003/0073640; US 2002/0150936; US 2002/0142980; and US 2002/0120129を参照。各々は、出典明記により本明細書に組み入れられる。
【０１３８】
例示的なRNAi分子（例えば、LSD1 siRNA及びshRNA）は、当該技術分野において説明されており（例えば、Yang et al. (2010) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107: 21499-21504; and He et al. (2012) Transcription, 3: 1-16）、又はサンタクルーズバイオテクノロジー、Inc.（サンタクルーズ、CA、USA）及びオリジーンテクノロジーズ、Inc.（ロックビル、MD、USA）から市販されている。
【０１３９】
2.2 ポリペプチド又はペプチドベースの分子
本発明はさらに、ペプチド又はポリペプチに基づく阻害剤化合物を企図する。例えば、BHC80（PHDフィンガータンパク質21Aとも称される）は、LSD1と複合体の一部を形成し、そして、LSD1デメチラーゼ活性を阻害し得る。従って、本発明はさらに、LSD1触媒活性を阻害するためのBHC80又は生物学的に活性な断片の使用を企図する。BHC80ポリペプチドのアミノ酸配列、及びBHC80ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、公的に入手可能である。これに関して、例えば、1)ホモサピエンスBHC80アミノ酸配列についてはGenBank受入番号NP057705; GenBank受入番号NP057705に記載のアミノ酸配列をコードする塩基配列については、GenBank NM016621; 2)ハツカネズミ（Mus musculus）BHC80アミノ酸配列についてはGenBank受入番号620094; GenBank受入番号620094に記載のアミノ酸配列をコードする塩基配列については、GenBank NM138755; 3)セキショクヤケイ（Gallus gallus）BHC80アミノ酸配列についてはGenBank受入番号NP00118576.1; GenBank受入番号NP00118576.1に記載のアミノ酸配列をコードする塩基配列については、GenBank NM001199647; 及び4) ウシ（ボスタウルス（Bos taurus））BHC80アミノ酸配列については、GenBank受入番号DAA21793を参照することが出来る。
【０１４０】
例示的なBHC80ポリペプチドは、以下からなる群から選択される: （1）上記GenBank BHC80ポリペプチドエントリーの何れか1つに挙げられたアミノ酸配列と少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列類似性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド; （2）上記GenBank BHC80ポリペプチドエントリーの何れか1つに挙げられたアミノ酸配列と少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド; （3）少なくとも低、中、又は高ストリンジェンシー条件で、上記GenBank BHC80ポリヌクレオチドエントリーの何れか1つに挙げられたヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド; （4）上記GenBank BHC80ポリヌクレオチドエントリーの何れか1つに挙げられたヌクレオチド配列と少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド; 及び（5）LSD1触媒活性を阻害する（1）〜（4）の何れか1つに記載のポリペプチドの断片。
【０１４１】
BHC80ポリペプチドは、ポリペプチド自体を送達することによって、又はBHCポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むBHC80核酸を細胞に導入することによって、細胞に導入され得る。いくつかの実施形態において、BHC80核酸は、以下から選択されるヌクレオチドを含む: （1）上記GenBank BHC80ポリヌクレオチドエントリーの何れか1つに挙げられたBHC80ヌクレオチド配列; （2） （1）で言及した配列の何れか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列; （3）少なくとも低、中、又は高ストリンジェンシー条件で、（1）に記載の配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列; （4）上記GenBank BHC80ポリヌクレオチドエントリーの何れか1つに挙げられるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列; （5）（4）で言及した配列の何れか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列類似性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列; 及び（4）で言及した配列の何れか1つと少なくとも70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列。
【０１４２】
BHC80核酸は、組換え発現ベクターの形態であり得る。BHC80ヌクレオチド配列は、転写制御エレメント、例えば、プロモーターに動作可能に連結され得る。適切なベクターは、例えば、組換えレトロウイルス、レンチウイルス、及びアデノウイルス; レトロウイルス発現ベクター、レンチウイルス発現ベクター、核酸発現ベクター、及びプラスミド発現ベクターを含む。いくつかの場合において、発現ベクターは、細胞のゲノムに組み込まれる。他の場合において、当該発現ベクターは、細胞内においてエピソーム状態で持続する。
【０１４３】
適切な発現ベクターは、限定されないが、ウイルスベクター(例えば、ワクシニアウイルスに基づくウイルスベクター; ポリオウイルス; アデノウイルス(例えば、Li et al. (1994) Invest Ophthalmol Vis Sci, 35: 2543-2549; Borras et al. (1999) Gene Ther, 6:515-524; Li and Davidson (1995) PNAS, 92: 7700-7704; Sakamoto et al. (1999) H Gene Ther, 5: 1088-1097; WO 94/12649、WO 93/03769; WO 93/19191; WO 94/28938; WO 95/11984及びWO 95/00655を参照); アデノ随伴ウイルス(例えば、Ali et al. (1998) Hum Gene Ther, 9: 8186; Flannery et al. (1997) PNAS, 94: 6916-6921; Bennett et al. (1997) Invest Ophthalmol Vis Sci, 38: 2857-2863; Jomary et al. (1997) Gene Ther, 4: 683-690; Rolling et al. (1999) Hum Gene Ther, 10: 641-648; Ali et al. (1996) Hum Mol Genet., 5: 591-594; Srivastava in WO 93/09239; Samulski et al. (1989) J. Vir., 63: 3822-3828; Mendelson et al. (1988) Virol., 166: 154-165; and Flotte et al. (1993) PNAS, 90:10613-10617を参照); SV40; 単純ヘルペスウイルス; ヒト免疫不全ウイルス(例えば、Miyoshi et al. (1997) PNAS, 94: 10319-23; Takahashi et al. (1999) J Virol, 73: 7812-7816を参照); レトロウイルスベクター(例えば、マウス白血病ウイルス、脾壊死ウイルス、及びラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、レンチウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス及び乳癌ウイルス等のレトロウイルス由来のベクター）; 及び同様のものを含む。
【０１４４】
2.3 小分子
本発明はまた、LSD1の触媒活性を低減する小分子剤を企図する。
【０１４５】
本発明での使用に適したLSD1の触媒活性を低減させる小分子は、LSD1触媒活性も阻害するMAO阻害剤; LSD1触媒活性を阻害するポリアミン化合物; LSD1触媒活性を阻害するフェニルシクロプロピルアミン誘導体; 及び同様のもの、を含む。
【０１４６】
MAO阻害剤の非限定的な例には、MAO-A選択的阻害剤、MAO-B選択的阻害剤、及びMAO非選択的阻害剤を含む。MAO阻害剤の例示は、5-ヒドロキシトリプタミン（セロトニン）（5-HT）及びノルエピネフリン（NE）を優先的に脱アミノ化する、MAO-Aアイソフォーム、及び/又はフェニルエチルアミン（PEA）及びベンジルアミンを優先的に脱アミノ化する（MAO-A及びMAO-Bの両方がドーパミン（DA）を代謝する）、MAO-Bアイソフォームの報告された阻害剤を含む。種々の実施形態において、MAO阻害剤は、不可逆的又は可逆的（例えば、MAO-Aの可逆的阻害剤（RIMA））であり得、及びMAO-A及び/又はMAO-Bに対して様々な効力を有し得る（例えば、非選択的二重阻害剤又はアイソフォーム選択的阻害剤）。
【０１４７】
いくつかの実施形態において、MAO阻害剤は、以下から選択される: クロギリン（clorgyline）; L-デプレニル（L-deprenyl）; イソカルボキサジド（isocarboxazid）(マープラン（Marplan）（商標）); アヤワスカ（ayahuasca）; ナイアラミド（nialamide）; イプロニアジド（iproniazide）; イプロクロジド（iproclozide）; モクロベミド（moclobemide） (アウロリックス（Aurorix（商標）; 4-クロロ-N-(2-モルホリン-4-イルエチル)ベンズアミド); フェネルジン（phenelzine）(ナルディル（Nardil）（商標）; (±)-2-フェニルエチルヒドラジン); トラニルシプロミン（tranylcypromine）(パルネート（Parnate）（商標）; (±)-トランス-2-フェニルシクロプロパン-1-アミン) (フェネルジンの同族); トロキサトン（toloxatone）; レボーデプレニル（levo-deprenyl）（セレギリン）（Selegiline）（商標）); ハルマラ（harmala）; RIMAs (例えば、モクロベミド、Da Prada et al. (1989), J Pharmacol Exp Ther, 248: 400-414に記載される); ブロファロミン（brofaromine）; 及びベフロキサトン（befloxatone）、Curet et al. (1998), J Affect Disord, 51: 287-30に記載される)、ラザベミド（lazabemide） (Ro 19 6327)、Ann. Neurol., 40(1): 99-107 (1996)に記載される、及びSL25.1131 (3(S),3a(S)-3-メトキシメチル-7-[4,4,4-トリフルオロメトキシ]-3,3a,4,5-テトラヒドロ-1,3-オキサゾロ[3,4-a]キノリン-1-オン)、Aubin et al. (2004). J. Pharmacol. Exp. Ther., 310: 1171-1182に記載される); セレギリン塩酸塩(1-デプレニル、エルデプレニル（ELDEPRYL）、ゼラパル（ZELAPAR）); ジメチルセレギレン（dimethylselegilene）; サフィナミド（safinamide）; ラサギリン（rasagiline）(AZILECT); ビフェメレーン（bifemelane）; デオキシペガニン（desoxypeganine）; ハルミン（harmine）(テレパシン又はバナステリンとも称される); リネゾリド（linezolid）(ザイボックス、ザイボキシド（ZYVOX、ZYVOXID）); パージリン（pargyline）(エウダチン（EUDATIN）、スピルジル（SUPIRDYL）); ジエノリドカバピロンデスメトキシヤンゴニン（dienolide kavapyrone desmethoxyyangonin）; 5-(4-アリールメトキシフェニル)-2-(2-シアノエチル) テトラゾール; NCD36 (2-[N-(4-フェニルベンゼンカルボニル)]アミノ-6-(トランス-2-フェニルシクロプロパン-1-アミノ)-N-(3-メチルベンジル)ヘキサンアミド塩酸塩; 及び同様のもの。
【０１４８】
小分子LSD1阻害剤はまた、例えば、Woster et al. 米国公開番号2007/0208082に記載されるポリアミン化合物から選択され得、これは出典明記により本明細書に組み込まれる。LSD1の例示的なポリアミン阻害剤は、式（II）
【化１】
2019534317.tif 000002
（式中、
nは、1~12の整数であり; m及びpは、独立に1〜5の整数であり; qは、0又は1であり; 各R1が、C1-C8アルキル、C4-C15シクロアルキル、C3-C15分枝アルキル、C6-C20アリール、C6-C20ヘテロアリール、C7-C24アラルキル、C7-C24ヘテロアラルキルからなる群から独立に選択され、及び
【化２】
2019534317.tif 000003
R3が、C1-C8アルキル、C4-C15シクロアルキル、C3-C15分枝アルキル、C6-C20アリール、C6-C20ヘテロアリール、C7-C24アラルキル及びC7-C24ヘテロアラルキルからなる群から選択され; 並びに
各R2が、水素又はC1-C8アルキルから独立に選択される）
による化合物、又はその塩、溶媒和化合物、又はその水和物を含む。
【０１４９】
適切なポリアミン化合部は、式（II）の化合物であり、ここで、1つ又は両方のR1が、例えば限定されないが、フェニルを含む単一環アリール等のC6-C20アリールである。一実施形態において、化合物は、式（II）のものであり、各R1が、フェニルである。一実施形態において、qが、1であり、m及びｐが3であり、そしてnが、4である。他の実施形態において、qは、1であり、m及びpが、3であり、及びnが、7である。
【０１５０】
適切なポリアミン化合物は、式（II）（式中、少なくとも1つ又は両方のR1が、C8-C12又はC1-C8アルキル、例えば直鎖アルキルである）の化合物である。1つ又は両方のR1が、メチル又はエチル等のC1-C8直鎖アルキルであり得る。一実施形態において、各R1が、メチルである。1つ又は両方のR1が、直鎖アルキル基を含むシクロアルキル基等のC4-C15シクロアルキル基を含むか、又はそれらであってもよく、ここで、当該シクロアルキル基は、そのアルキル又はシクロアルキル部分の何れかを介して分子に結合する。例えば、1つ又は両方のR1が、シクロプロピルメチル又はシクロヘキシルメチルであり得る。一実施形態において、1つのR1は、シクロプロピルメチル又はシクロヘキシルメチルであり、他方のR1は、直鎖アルキル基、例えば限定されないが、エチル基を含む直鎖C1-C8非置換アルキル基である。一実施形態において、R1は、イソプロピル等のC3-C15分枝アルキル基である。R1が、C1-C8置換アルキルである場合、置換アルキルは、一級、二級、三級又は四級アミンを含む何れかの置換基で置換され得る。従って、一実施形態において、R1は、アミンで置換されたC1-C8アルキルであり、その結果、R1は、例えば、(CH2)yNH(CH2)zCH3（y及びzが、独立に1〜8の整数である）等のアルキルNH2又はアルキル-アミン-アルキル部分等であり得る。一実施形態において、R1は、-(CH2)3NH2である。
【０１５１】
一実施形態において、化合物は、1つ又は両方のR1が、C7〜C24置換又は非置換アラルキルであり、一実施形態では、そのアラルキル部分を介して分子に結合しているアラルキル（例えば、ベンジル）である式（II）の化合物である。一実施形態において、両方のR1は、アラルキル部分であり、ここで、その部分のアルキル部分は、2つのアリール基で置換されており、そしてその部分は、アルキル基を介して分子に結合される。例えば、一実施形態において、R1が、2,2-ジフェニルエチル又は2,2-ジベンジルエチルである場合等のように、1つ又は両方のR1が、2個のフェニル基で置換されているC7-C24アラルキルである。一実施形態において、式IIIの両方のR1は、2,2-ジフェニルエチルであり、そして、nは、1、2又は5である。一実施形態において、式IIIの各R1は、2,2-ジフェニルエチルであり、nは、1、2又は5であり、並びにm及びpは、各1である。
【０１５２】
一実施形態において、少なくとも1つのR1は、水素である。1つのR1が、水素であるとき、他方のR1は、ベンジル等のアリール基を含むR1について上記で挙げられた何れかの部分であり得る。上記の式IIIの化合物の何れも、R2の少なくとも1つ又は両方が、水素又はC1-C8置換又は非置換アルキルである化合物が含まれる。一実施形態において、各R2は、メチル等の非置換アルキルである。一実施形態において、各R2は、水素である。上記に挙げた式IIIの化合物の何れも、qが、1であり、並びにm及びpが、同じである化合物であり得る。従って、式IIIのポリアミノグアニジンは、ポリアミノグアニジンコア（例えばR1を除く）に関して対照的であり得る。あるいは、式IIIの化合物は、例えば、qが0である場合、非対称であり得る。一実施形態において、m及びpは、1である。一実施形態において、qは、0である。一実施形態において、nは、1〜5の整数である。
【０１５３】
いくつかの実施形態において、当該化合物は、ポリアミノビグアニド又はN-アルキル化ポリアミノビグアニドである。N-アルキル化ポリアミノビグアニドは、少なくとも1つのビグアニドの少なくとも1つのイミン窒素が、アルキル化されているポリアミノビグアニドを意図する。一実施形態において、当該化合物は、式III（式中、qが、1であり、少なくとも1つ又は各R1が、以下の構造のものであり:
【化３】
2019534317.tif 000004
ここで、各R3が、C1-C8アルキル、C6-C20アリール、C6-C20ヘテロアリール、C7-C24アラルキル及びC7-C24ヘテロアラルキルからなる群から独立に選択され; 及び
各R2が、独立に又はC1-C8アルキルである）
のポリアミノビグアニド、又はその塩、溶媒和化合物、又はその水和物である。
【０１５４】
一実施形態において、ポリアミノビグアニド化合物において、少なくとも1つ又は各R3は、C1-C8アルキルである。例えば、R3が、C1-C8アルキルである場合、当該アルキルは、一級、二級、三級又は四級アミンを含む何れかの置換基で置換され得る。従って、一実施形態において、R3は、アミンで置換されたC1-C8アルキル基であり、その結果R3は、例えば、アルキル-NH2又はアルキル-アミン-アルキル部分、例えば-(CH2)yNH(CH2)zCH3、ここで、y及びzが、独立に1〜8の整数である、であり得る。一実施形態において、R3は、-(CH2)3NH2である。R3はまた、C4-C15シクロアルキル又はC3-C15分枝アルキルであり得る。一実施形態において、少なくとも1つ又は各R3は、C6-C20アリールである。一実施形態において、qは、1であり、m及びpは、3であり、並びにnは、4である。他の実施形態において、qは、1であり、m及びpは、3であり、並びにnは、7である。
【０１５５】
一実施形態において、当該化合物は、式IIIのポリアミノビグアニドであり、式中、少なくとも1つのR3は、C7-C24アラルキルであり、一実施形態において、そのアルキル部分を介して分子に結合するアラルキルである。一実施形態において、各R3は、その部分のアルキル部分が、1個又は2個のアリール基で置換され、その部分が、そのアルキル部分を介して分子に結合されるアラルキル部分である。例えば、一実施形態において、少なくとも1つ又は各R3が、2,2-ジフェニルエチル又は2,2-ジベンジルエチルである場合のように、2つのフェニル又はベンジル基で置換されるアルキル部分である、アラルキルである。一実施形態において、各R3は、2,2-ジフェニルエチルであり、そしてnは、1、2又は5である。一実施形態において、各R3は、2,2-ジフェニルエチルであり、そしてnは、1、2又は5であり、並びにm及びpは、それぞれ1である。
【０１５６】
上記式（III）の何れかのポリアミノビグアニド化合物は、少なくとも1つ又は両方のR2が、水素又はC1-C8アルキルである化合物を含む。一実施形態において、各R2は、メチル等の非置換アルキルである。他の実施形態において、各R2は、水素である。
【０１５７】
上記に挙げられた式IIIのポリアミノビグアニド化合物の何れも、qが1であり、m及びpが、同じである化合物が含まれる。従って、式IIIのポリアミノビグアニドは、ポリアミノビグアニドコアに関して対称であり得る。あるいは、式IIIの化合物は、非対称であり得る。一実施形態において、m及びpは、1である。一実施形態において、qは、0である。一実施形態において、nは、1〜5の整数である。一実施形態において、q、m及びpは、それぞれ1であり、nは、1、2又は5である。
【０１５８】
式IIIを参照して開示されたR1、R2、R3、m、n、p及びqは、R1、R2、R3、m、n、p及びqの全ての組合せが具体的且つ、個別に挙げられるかのようにそれらの全ての組合せを意図し、含むことが理解され、明確に伝えられる。
【０１５９】
式IIIの代表的な化合物は、例えば以下を含む、
【化４】
2019534317.tif 000005
【化５】
2019534317.tif 000006
【化６】
2019534317.tif 000007
【化７】
2019534317.tif 000008
【化８】
2019534317.tif 000009
【化９】
2019534317.tif 000010
【化１０】
2019534317.tif 000011
【０１６０】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式IV:
【化１１】
2019534317.tif 000012
（式中、
nが、1、2又は3であり;
各Lが独立に、長さが約2〜14個の炭素、例えば長さが約2、3、4、5、6、8、10、12又は14個の炭素原子のリンカーであり、リンカー骨格原子が、飽和でも不飽和でもよく、通常、1、2、3、又は4個以下の不飽和原子が、テザー骨格中に存在し得、各骨格原子が、置換されても置換されていなくてもよく（例えばC1-C8アルキルで）、リンカー骨格が、環状基（例えば、環の3個の原子が、骨格に含まれるシクロヘキサ-1,3-ジイル基）を含み得;
各R12が、独立に、水素及びC1-C8アルキルから選択され; 及び
各R11が、水素、C1-C8アルケニル、C1-C8アルキル若しくはC3-C8分枝アルキル(例えば、メチル、エチル、tert-ブチル、イソプロピル、ペンチル、シクロブチル、シクロプロピルメチル、3-メチルブチル、2-エチルブチル、5-NH2-ペント-1-イル、プロピル-1-イルメチル(フェニル)ホスフィナート、ジメチルビシクロ[3.1.1]ヘプチル)エチル、2-(デカヒドロナフチル)エチル及び同様のもの)、C6-C20アリール若しくはヘテロアリール、C1-C24アラルキル若しくはヘテロアラルキル(2-フェニルベンジル、4-フェニルベンジル、2-ベンジルベンジル、3-ベンジルベンジル、3,3-ジフェニルプロピル、3-(ベンゾイミダゾリル)-プロピル、4-イソプロピルベンジル、4-フルオロベンジル、4-tert-ブチルベンジル、3-イミダゾリル-プロピル、2-フェニルエチル及び同様のもの)、-C(=O)-C1-C8アルキル、-C(=O)-C1-C8アルケニル、-C(=O)-C1-C8アルケニル、アミノ置換シクロアルキル(例えば、5-NH2-シクロヘプチル、3-NH2-シクロペンチル及び同様のもの等の一級、二級、三級又は四級アミンで置換されたシクロアルキル基)及びC2-C8アルカノイル(例えば、メチル及びアルキルアジド基で置換されたアルカノイル)から独立に選択される）
による構造、又はその塩、その溶媒和化合物若しくはその水和物によって表される。
【０１６１】
特定の実施形態において、各Lは、-CHR13-(CH2)m-、-CHR13-(CH2)n-CHR13-、-(CH2)mCHR13-、-CH2-A-CH2-及び-(CH2)p-から独立に選択され、ここで、
mが、1〜5の整数であり;
Aが、(CH2)m、エタン-1,1-ジイル又はシクロヘックス-1,3-ジイル;
pが、2〜14の整数、例えば1、2、3、4又は5であり;
nが、1〜12の整数であり; 及び
R13が、C1-C8アルキルである。
【０１６２】
式IVに関して置換アラルキル又はヘテロアラルキルは、アリール又はヘテロアリール基で置換されたアルカノイル部分、すなわち、-C(=O)-アリール、-C(=O)-アラルキル、-C(=O)-ヘテロアリール及び-C(=O)-ヘテロアラルキルを意図し且つ、含む。一実施形態において、アラルキル又はヘテロアラルキル部分のアルキル部分は、そのアルキル部分を介して分子に結合している。例えば、少なくとも1つ又は両方のR11は、2-フェニルベンジル、4-フェニルベンジル、3,3,-ジフェニルプロピル、2-(2-フェニルエチル)ベンジル、2-メチル-3-フェニルベンジル、2-ナフチルエチル、4-(ピれニル)ブチル、2-(3-メチルナフチル)エチル、2-(1,2-ジヒドロアセナフト-4-イル)エチル及び同様のもの等のアラルキル部分であり得る。他の実施形態において、少なくとも1つ又は両方のR11は、heteroaralkyl moiety such as 3-(ベンゾイミダゾリル)プロパノイル、1-(ベンゾイミダゾリル)メタノイル、2-(ベンゾイミダゾリル)エタノイル、2-(ベンゾイミダゾリル)エチル及び同様のものであり得る。
【０１６３】
特定の実施形態において、式IVの化合物は、t-ブチル、イソプロピル、2-エチルブチル、1-メチルプロピル、1-メチルブチル、3-ブテニル、イソペント-2-エニル、2-メチルプロパン-3-オルイル、エチルチイル、フェニルチイル、プロピノイル、1-メチル-1H-ピロール-2-イル; トリフルオロメチル、シクロプロパンカルバルデヒド、ハロ置換フェニル、窒素置換フェニル、アルキル置換フェニル、2,4,6-トリメチルベンジル、ハロ-5-置換フェニル(例えば、パラ-(F3S)-フェニル）、アジド及び2-メチルブチルからなる群から選択される少なくとも1つの部分を含む。
【０１６４】
特定の実施形態において、式IVにおける各R11は、水素、n-ブチル、エチル、シクロヘキシルメチル、シクロペンチルメチル、シクロプロピルメチル、シクロヘプチルメチル、シクロヘキシルエチ-2-イル、及びベンジルから独立に選択される。
【０１６５】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式IVの構造のものであり、ここで、nは、3であり、その結果当該化合物は、式V:
【化１２】
2019534317.tif 000013
（式中、
L1、L2及びL3が、-CHR13-(CH2)m-、-CHR13-(CH2)n-CHR13-、-(CH2)m-CHR13-、-CH2-A-CH2-及び-(CH2)p-から独立に選択され;
m、A、p、n及びR13が、上記定義の通りである）
の構造を有する。
【０１６６】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式Vの構造のものであり、ここで、L1が、-CHR13-(CH2)m-であり; L2が、-CHR13-(CH2)n-CHR13-であり; 及びL3が、-(CH2)m-CHR13-であり; R11、R12、R13、m及びnが、上記定義の通りである。
【０１６７】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式Vの構造のものであり、ここで、L1、L2及びL3が、独立に-CH2-A-CH2-であり; 及びR12が、水素であり; ここで、R11及びAが、上記定義の通りである。特定の実施形態において、A及びR11の少なくとも1つが、アルケニル部分を含む。
【０１６８】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式Vの構造のものであり、ここで、L1、L2及びL3が、独立に-(CH2)p-であり、ここで、pが上記定義の通りであり; 及びR12が、水素である。特定の実施形態において、L1及びL3に対して、pは、3〜7の整数であり、及びL3に対して、pは、3〜14の整数である。
【０１６９】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式Vの構造のものであり、ここで、L1及びL3が、独立に-(CH2)p-であり; L2が、-CH2-A-CH2-であり; 及びR12が、水素であり; ここで、R12、p及びAが、上記定義の通りである。特定の実施形態において、L1及びL3に対して、pは、2〜6の整数であり、及びL3に対して、Aは、(CH2)xであり、ここで、xは、1〜5の整数、又はシクロヘックス-1,3-ジイルである。
【０１７０】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式IVの構造のものであり、ここで、nは、2であり、その結果当該化合物は、式VI:
【化１３】
2019534317.tif 000014
（式中、
L1及びL2が、-CHR13-(CH2)m-CHR13-(CH2)n-CHR13-、-(CH2)n、CHR13-、-CH2-A-CH2-及び-(CH2)p-から独立に選択され;
m、A、p、n、及びR13が、上記定義の通りである）
の構造を有する。
【０１７１】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式VIの構造のものであり、ここで、L1が、-(CH2)p-であり; 及びL2が、-(CH2)m-CHR13-であり; R13、m及びpが、上記定義の通りである。特定の実施形態において、L1に対して、pは、3〜10の整数であり、L2に対して、nは、2〜9の整数である。
【０１７２】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式VIの構造のものであり、ここで、L1及びL2が、-(CH2)p-であり; pが、上記定義の通りである。特定の実施形態において、pが、3〜7の整数である。
【０１７３】
特定の実施形態において、ポリアミン化合物は、式VIの構造のものであり、ここで、nが、1であり、その結果当該化合物は、式VII:
【化１４】
2019534317.tif 000015
（式中、
L1が、-(CH2)p-であり、pが、上記定義の通りである）
の構造を有する。特定の実施形態において、pは、2〜6の整数である。
【０１７４】
特定の実施形態において、式VIIにおける1つのR11は、アミノ置換シクロアルキル（例えば、一級、二級、三級又は四級アミンで置換されたシクロアルキル基）又はC1-C8アルカノイル（アルカノイルは、メチル又はアルキルアジド基等の1つ以上の置換基で置換され得る）であり; 及び他のR11は、C1-C8アルキル又はC7-C24アラルキルである。
【０１７５】
式VIIの代表的な化合物は、
【化１５−１】
2019534317.tif 000016
【化１５−２】
2019534317.tif 000017
【化１５−３】
2019534317.tif 000018
【化１５−４】
2019534317.tif 000019
【化１５−５】
2019534317.tif 000020
を含む。
【０１７６】
LSD1の阻害剤であるフェニルシクロプロピルアミン誘導体は、式VIII:
【化１６】
2019534317.tif 000021
（式中、
各R1-R5は、H、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、-L-アリール、-L-ヘテロシクリル、-L-カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アルキルアミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシ、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナート、イソチアナート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナート、トリハロメタンスルホンアミド、O-カルバミル、N-カルバミル、O-チオカルバミル、N-チオカルバミル、及びC-アミドから独立に選択され;
R6が、H又はアルキルであり;
R7が、H、アルキル、又はシクロアルキルであり;
R8が、-L-ヘテロシクリルであり、ここで、-L-ヘテロシクリルの環又は環系が、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、-L-アリール、-L-ヘテロシクリル、-L-カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アルキルアミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシ、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソチアナート、イソチオシアナート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナート、トリハロメタンスルホンアミド、O-カルバミル、N-カルバミル、O-チオカルバミル、N-チオカルバミル、及びC-アミドから選択される0〜3個の置換基を有し; 又は
R8が、-L-アリールであり、ここで、-L-アリールの環又は環系が、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、-L-アリール、-L-ヘテロシクリル、-L-カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アルキルアミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシ、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソチアナート、イソチオシアナート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナート、トリハロメタンスルホンアミド、O-カルバミル、N-カルバミル、O-チオカルバミル、N-チオカルバミル、及びC-アミドから選択される0〜3個の置換基を有し;
各Lが、-(CH2)n-(CH2)n-、-(CH2)nNH(CH2)n-、-(CH2)nO(CH2)n-、及び-(CH2)nS(CH2)n-から独立に選択され、及び各nが、0、1、2、及び3から独立に選択される）
で表される化合物、又はその医薬的に許容される塩を含む。
【０１７７】
いくつかの場合において、Lは、共有結合である。いくつかの場合において、R6及びR7は、ヒドロ（hydro）である。いくつかの場合において、R1-R15の1つは、-L-アリール、-L-ヘテロシクリル及び-L-カルボシクリルから選択される。
【０１７８】
式VIIIの化合物のいくつかの実施形態において、R8環又は環系上の置換基又は置換基類は、ヒドロキシル、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、-N(C1-3アルキル)2、-NH(C1-3アルキル)、-C(=O)NH2、-C(=O)NH(C1-3アルキル)、-C(=O)N(C1-3アルキル)2、-S(=O)2(C1-3アルキル)、-S(=O)2NH2、-S(O)2NH2、-S(O)2N(C1-3アルキル)2、-S(=O)2NH(C1-3アルキル)、-CN、-NH2、及び-NO2である。
【０１７９】
特定の実施形態において、本発明の化合物は、式VIIIのものであり、ここで、
各R1-R5が、任意に置換され、及び-H、ハロ、アルキル、アルコキシ、シクロアルコキシ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、-L-アリール、-L-ヘテロアリール、-L-ヘテロシクリル、-L-カルボシクリル、アシルアミノ、アシルオキシ、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、シアノ、シアナト、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナート、イソチオシアナート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナート、トリハロメタンスルホンアミド、 O-カルバミル、N-カルバミル、O-チオカルバミル、N-チオカルバミル、及びC-アミドから選択され;
R6が、-H及びアルキルから選択され;
R7が、-H、アルキル、及びシクロアルキルから選択され;
R8が、-C(=O)NRxRy及び-C(=O)Rzから選択され;
Rxは、存在する場合、-H、アルキル、アルキニル、アルケニル、-L-カルボシクリル、-L-アリール及び-L-ヘテロシクリル、これらは全て任意に置換される（-Hを除く）;
Ryは、存在する場合、-H、アルキル、アルキニル、アルケニル、-L-カルボシクリル、-L-アリール及び-L-ヘテロシクリル、これらは全て任意に置換される（-Hを除く）、ここでRx及びRyは、周期的に連結され得る;
Rzは、存在する場合、-H、アルコキシ、-L-カルボシクリル、-L-ヘテロシクリル、-L-アリールから選択され、ここで、アリール、ヘテロシクリル、又はカルボシクリルは、任意に置換され; 各Lは、式VIIIの主要骨格をカルボシクリル、ヘテロシクリル、又はアリール基に連結するリンカーであり、及び-(CH2)n-(CH2)n-、-(CH2)nC(=O)(CH2)-、-(CH2)nC(=O)NH(CH2)n-、-(CH2)nNHC(O)O(CH2)n-、-(CH2)nNHC(=O)NH(CH2)n-、-(CH2)nNHC(=S)S(CH2)n-、-(CH2)nOC(=O)S(CH2)n-、-(CH2)nNH(CH2)n-、-(CH2)n-O-(CH2)n-、-(CH2)nS(CH2)n-、及び-(CH2)nNHC(=S)NH(CH2)n-の式を有する飽和親基からから独立に選択され、各nが、0、1、2、3、4、5、6、7、及び8から独立に選択される。この実施形態によれば、任意に置換されているとは、アシルアミノ、アシルオキシ、アルケニル、アルコキシ、シクロアルコキシ、アルキル、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、カルボシクリル、シアノ、シアナト、ハロ、ハロアルキル、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロシクリル、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナート、イソチオシアナート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナート、トリハロメタンスルホンアミド、 O-カルバミル、N-カルバミル、O-チオカルバミル、N-チオカルバミル、及びC-アミドから独立に選択される0個又は1〜4個の任意の置換基を指す。この実施形態のより具体的な態様において、任意の置換基は、ハロ、アルキル、アリール、及びアリールアルキルから選択される1又は2の任意の置換基である。
【０１８０】
特定の実施形態において、式VIIIにおけるR8は、-CORzであり、その結果当該化合物は、以下の構造である:
【化１７】
2019534317.tif 000022
（式中、
R1-R7が上記定義の通りであり; 及びRzが、アシルアミノ、アシルオキシ、アルケニル、アルコキシ、シクロアルコキシ、アルキル、アルキルチオ、シクロアルキルチオ、アルキニル、アミノ、アリール、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、アリールアルコキシ、アリールオキシ、アリールチオ、ヘテロアリールチオ、カルボシクリル、シアノ、シアナト、ハロ、ハロアルキル、ハロアリール、ヒドロキシル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロシクリル、ヘテロアリールアルコキシ、イソシアナート、イソチオシアナート、ニトロ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、チオカルボニル、チオシアナート、トリハロメタンスルホンアミド、O-カルバミル、N-カルバミル、O-チオカルバミル、N-チオカルバミル、及びC-アミドから独立に選択される1〜4個の任意の置換基で任意に置換される-L-ヘテロシクリルであり、ここで前記-L-が、-(CH2)n-(CH2)n-、-(CH2)nNH(CH2)n-、-(CH2)n-O-(CH2)n-、及び-(CH2)nS(CH2)n-から独立に選択され、各nが、0、1、2、及び3から独立に選択される。
【０１８１】
この実施形態の特定の態様において、各Lは、-(CH2)n-(CH2)n-及び-(CH2)n-O-(CH2)nから独立に選択され、ここで、各nが、0、1、2、及び3から独立に選択される。この実施形態のさらに特定の態様において、各Lは、-CH2-、-CH2CH2-、-OCH2-、-OCH2CH2-、-CH2OCH2-、-CH2CH2CH2-、-OCH2CH2CH2-及び-CH2OCH2CH2-結合から選択される。この実施形態のさらに特定の態様において、各Lは、-CH2-、-CH2CH2-、OCH2-、及び-CH2CH2CH2-結合から選択される。この実施形態のさらに特定の態様において、Lは、-CH2-結合から選択される。
【０１８２】
式VIIIの化合物の例は、以下:
【化１８】
2019534317.tif 000023
を含む。
【０１８３】
式VIIIの化合物の例は、N-シクロプロピル-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; 2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ アセトアミド; N-シクロプロピル-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝プロパンアミド; 2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝-N-プロップ-2-イニルアセトアミド; N-イソプロピル-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-(tert-ブチル)-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-(2-モルホリン-4-イル-2-オキソエチル)-N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミン; 2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝プロパンアミド; メチル 2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝プロパノエート; N-シクロプロピル-2-｛メチル[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; 2-｛メチル[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-メチル-トランス-2-(フェニルシクロプロピルアミノ)プロパンアミド; 1-(4-メチルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)エタノン; 1-(4-エチルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)エタノン; 1-(4-ベンジルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)-エタノン; 2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)-1-(4-フェニルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-N-シクロプロピルアセトアミド; 2-((トランス)-2-(4-(3-フルオロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(3-クロロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(ビフェニル-4-イル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 1-(4-メチルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-(4-フェネトキシフェニル)シクロプロピルアミノ)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(4-フルオロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(ビフェニル-4-イルメトキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; (トランス)-N-(4-フルオロベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(4-フルオロベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミニウム; 4-(((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)メチル)ベンゾニトリル; (トランス)-N-(4-シアノベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミニウム; (トランス)-2-フェニル-N-(4-(トリフルオロメチル)ベンジル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(4-(トリフルオロメチル)ベンジル)シクロプロパンアミニウム; (トランス)-2-フェニル-N-(ピリジン-2-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(ピリジン-3-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(ピリジン-4-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-((6-メチルピリジン-2-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(チアゾール-2-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(���オフェン-2-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-((3-ブロモチオフェン-2-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((4-ブロモチオフェン-2-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(3,4-ジクロロベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(3-フルオロベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミニウム; (トランス)-N-(2-フルオロベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(キノリン-4-イルメチル)シクロプロパンアライン; (トランス)-N-(3-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-((6-(トリフルオロメチル)ピリジン-3-イル)メチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-((6-クロロピリジン-3-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((4-メチルピリジン-2-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((6-メトキシピリジン-2-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; 2-(((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)メチル)ピリジン-3-ol; (トランス)-N-((6-ブロモピリジン-2-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; 4-(((トランス)-2-(4(ベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)メチル)ベンゾニトリル; (トランス)-N-(4-(ベンジルオキシ)ベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-ベンジル-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)-N-(4-メトキシベンジル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)-N-(4-フルオロベンジル)シクロプロパンアミン- ; (トランス)-2-フェニル-N-(キノリン-2-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-((5-(トリフルオロメチル)ピリジン-2-イル)メチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-((3-フルオロピリジン-2-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(キノリン-3-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-((6-メトキシピリジン-3-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((5-メトキシピリジン-3-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン- ; (トランス)-N-((2-メトキシピリジン-3-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((3H-インドール-3-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; 3-(((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)メチル)ベンゾニトリル; (トランス)-N-(2-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; 3-(((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)メチル)ピリジン-2-アミン; (トランス)-N-((2-クロロピリジン-3-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(3,4-ジメトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((2,3-ジヒドロベンゾフラン-5-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(ベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-イルメチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((2,3-ジヒドロベンゾ[b][1,4]ダイオキシン-6-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2,6-ジフルオロ-4-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-2-フェニル-N-(4-(トリフルオロメトキシ)ベンジル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-(5-フルオロ-2-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2-フ���オロ-4-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((4-メトキシナフタレン-1-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2-フルオロ-6-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((2-メトキシナフタレン-1-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((4,7-ジメトキシナフタレン-1-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(4-メトキシ-3-メチルベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(3-クロロ-4-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(3-フルオロ-4-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(4-メトキシ-2-メチルベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((3,4-ジヒドロ-2H-ベンゾ[b][1,4]ジオキセピン-6-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((3,4-ジヒドロ-2H-ベンゾ[b][1,4]ジオキセピン-7-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((2,2-ジメトキシクロマン-6-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(4-メトキシ-2,3-ジメチルベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(4-メトキシ-2,5-ジメチルベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2-フルオロ-4,5-ジメトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(3-クロロ-4,5-ジメトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2-クロロ-3,4-ジメトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2,4-ジメトキシ-6-メチルベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2,5-ジメトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2,3-ジメトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2-クロロ-3-メトキシベンジル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((1H-インドール-5-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)-N-(ピリジン-2-イルメチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)-N-(2-メトキシベンジル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-(1-(4-メトキシフェニル)エチル)-2-フェニルシクロプロパンアライン; (トランス)-N-(1-(3,4-ジメトキシフェニル)エチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(1-(2,3-ジヒドロベンゾ[b][1,4]ダイオキシン-6-イル)エチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(1-(5-フルオロ-2-メトキシフェニル)エチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-(1-(3,4-ジメトキシフェニル)プロパン-2-イル)-2-フェニルシクロプロパンアミン; (トランス)-N-((3-メチル-1,2,4-オキサジアゾール-5-イル)メチル)-2-フェニルシクロプロパンアミン;
及びその医薬的に許容される塩を含む。
【０１８４】
代替の小分子LSD1阻害剤化合物は、開示されている選択的LSD1及びLSD1/MAOB二重阻害剤から選択され得る。例えば、WO2010/043721(PCT/EP2009/063685)、WO2010/084160(PCT/EP2010/050697)、PCT/EP2010/055131; PCT/EP2010/055103; 及び欧州特許出願番号EP10171345は、それらが本開示と矛盾しない範囲で、その全体が出典明記により本明細書に明示的に組み込まれる。この種の代表的な化合物としては、フェニルシクロプロピルアミン誘導体又はホモログが挙げられ、その具体例としては、アミン基上に1個又は2個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン; アミン基上に0個、1個又は2個の置換基及びフェニル基上に1、2、3、4又は5個の置換基を有するフェニルシクロプロピルアミン; フェニル基上に1、2、3、4又は5個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン; アミン基上に0、1又は2個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン、ここで、PCPAのフェニル基が、アリール又はヘテロシクリルから選択される別の環系で置換され（交換され）、アミン基上に0、1又は2個の置換基を有するアリール-又はヘテロアリール-シクロプロピルアミンを産する; PCPAのフェニル基が、アリール又はヘテロシクリルから選択される別の環系で置換され（交換され）アリール-又はヘテロシクリル-シクロプロピルアミンを産するフェニルシクロプロピルアミン、ここで、前記アリール又はヘテロシクリル部分上の前記アリール-又はヘテロシクリル-シクロプロピルアミンは、アミン基上に0、1又は2個の置換基及びフェニル基上に1、2、3、4又は5個の置換基を有する; フェニル基上に1、2、3、4又は5個の置換を有するフェニルシクロプロピルアミン; 又はシクロプロピルが、1、2、3又は4個のさらなる置換基を有する、上記のフェニルシクロプロピルアミン類似体又は誘導体の何れかを含む。適切には、ヘテロシクリル基は、この段落の上記のヘテロアリールにおいて記載される。
【０１８５】
フェニルシクロプロピルアミン誘導体又は水自体の非限定的な実施形態は、「シクロプロピルアミンアミド」誘導体及び「シクロプロピルアミン」誘導体を含む。「シクロプロピルアミンアセトアミド」誘導体の具体的な例は、限定されないが、N-シクロプロピル-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; 2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-シクロプロピル-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝プロパンアミド; 2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝-N-プロップ-2-イニルアセトアミド; N-イソプロピル-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-(tert-ブチル)-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-(2-モルホリン-4-イル-2-オキソエチル)-N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミン; 2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝プロパンアミド; メチル2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝プロパノエート; 1-(4-メチルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)エタノン; 1-(4-エチルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)エタノン; 1-(4-ベンジルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)エタノン; 2-((トランス)-2-フェニルシクロプロピルアミノ)-1-(4-フェニルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(1,1'-ビフェニル-4-イル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-N-シクロプロピルアセトアミド; 2-((トランス)-2-(4-(3-フルオロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(4-フルオロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 2-((トランス)-2-(4-(3-クロロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; 1-(4-メチルピペラジン-1-イル)-2-((トランス)-2-(4-フェネトキシフェニル)シクロプロピルアミノ)エタノン; 2-((トランス)-2-(ビフェニル-4-イル)シクロプロピルアミノ)-1-(4-メチルピペラジン-1-イル)エタノン; N-シクロプロピル-2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-メチル-トランス-2-(フェニルシクロプロピルアミノ)プロパンアミド; 2-｛メチル[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝アセトアミド; N-[2-(4-メチルピペラジン-1-イル)エチル]-N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミン; N-シクロプロピル-N'-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]エタン-1,2-ジアミン; N,N-ジメチル-N'-(2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝エチル)エタン-1,2-ジアミン; (3R)-1-(2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝エチル)ピロリジン-3-アミン; (3S)-N,N-ジメチル-1-(2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝エチル)ピロリジン-3-アミン; (3R)-N,N-ジメチル-1-(2-｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝エチル)ピロリジン-3-アミン; N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(2-ピペラジン-1-イルエチル)アミン; N,N-ジエチル-N'-[(トラ���ス)-2-フェニルシクロプロピル]エタン-1,2-ジアミン; N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(2-ピペリジン-1-イルエチル)アミン; (トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)-N-(2-(4-メチルピペラジン-1-イル)エチル)シクロプロパンアミン; (トランス)-N-(2-(4-メチルピペラジン-1-イル)エチル)-2-(3'-(トリフルオロメチル)ビフェニル-4-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(3'-クロロビフェニル-4-イル)-N-(2-(4-メチルピペラジン-1-イル)エチル)シクロプロパンアミン; (R)-1-(2-((トランス)-2-(3'-(トリフルオロメチル)ビフェニル-4-イル)シクロプロピルアミノ)エチル)ピロリジン-3-アミン; 及びN1-シクロプロピル-N2-((トランス)-2-(3'-(トリフルオロメチル)ビフェニル-4-イル)シクロプロピル)エタン-1,2-ジアミンを含む。
【０１８６】
「シクロプロピルアミン」誘導体の具体的な例は、限定されないが、N-4-フルオロベンジル-N-｛(トランス)-2-[4-(ベンジルオキシ)フェニル]シクロプロピル｝アミン、N-4-メトキシベンジル-N-｛(トランス)-2-[4-(ベンジルオキシ)フェニル]シクロプロピル｝アミン、N-ベンジル-N-｛(トランス)-2-[4-(ベンジルオキシ)フェニル]シクロプロピル｝アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ-メチル)ピリジン-3-オル、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(3-メチルピリジン-2-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(4-クロロピリジン-3-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(4-トリフルオロメチルピリジン-3-イルメチル)アミン、N-(3-メトキシベンジル)-N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(キノリン-4-イルメチル)アミン、N-(2-フルオロベンジル)-N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミン、N-(3-フルオロベンジル)-N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(3,4-ジクロロ-1-フェニルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(5-ブロモ-チオフェン-2-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(3-ブロモ-チオフェン-2-イルメチル)- アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(チオフェン-2-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(1,3-チアゾール-2-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(3-メチルピリジン-2-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(ピリジン-4-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(ピリジン-3-イルメチル)アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(ピリジン-2-イルメチル)アミン、[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-[4-(トリフルオロメチル)ベンジル]アミン、(｛[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミノ｝メチル)ベンゾニトリル、N-(4-フルオロベンジル)-N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]アミン、N-[(トランス)-2-フェニルシクロプロピル]-N-(3-ブロモ-ピリジン-2-イルメチル)アミン、N-4-シアノベンジル-N-｛(トランス)-2-[4-(ベンジルオキシ)フェニル]シクロプロピル｝アミン、N-4-[(ベンジルオキシ)-ベンジル]-N-[(トランス)-2-(4-フェニル)シクロプロピル]アミン; 2-((トランス)-2-(4-(4-シアノベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(3-シアノベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(ベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(4-フルオロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(3-フルオロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(3-クロロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(4-クロロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(3-ブロモベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-(3,5-ジフルオロベンジルオキシ)フェニル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(4-フェネトキシフェニル)シク��プロピルアミノ)アセトアミド、2-((トランス)-2-(3'-(トリフルオロメチル)ビフェニル-4-イル)シクロプロピルアミノ)アセトアミド、及び2-((トランス)-2-(3'-クロロビフェニル-4-イル)シクロプロピルアミノ)アセトアミドを含む。
【０１８７】
LSD1阻害剤の他の例は、例えば、フェネルジン若しくはパルギリン（プロパルギルアミン）又はそれらの誘導体若しくは類似体である。フェネルジン及びパルギリン（プロパルギルアミン）の誘導体及び類似体は、限定されないが、親化合物のフェニル基が、ヘテロアリール又は任意に環式基で置換される化合物又は親化合物のフェニル基が、任意に環式基で置換される化合物を含む。一態様において、フェネルジン又はパルギリン誘導体又はそれらの類似体は、本明細書に記載されるように選択的LSD1又は二重LSD1/MAOB阻害活性を有する。いくつかの実施形態において、フェネルジン誘導体又は類似体は、フェニル基上に1、2、3、4又は5個の置換基を有する。一態様において、フェネルジン誘導体又は類似体は、アリール基又はヘテロシクリル基で置換された（交換された）フェニル基を有し、ここで、前記アリール基又はヘテロシクリル基は、0、1、2、3、4又は5個の置換基を有する。一態様において、パルギリン誘導体又は類似体は、フェニル基上に1、2、3、4又は5個の置換基を有する。一態様において、パルギリン誘導体又は類似体は、アリール基又はヘテロシクリル基で置換された（交換された）フェニル基を有し、ここで、前記アリール又はヘテロシクリル基は、0、1、2、3、4又は5個の置換基を有する。そのような化合物を調製する方法は、当業者に公知である。
【０１８８】
本発明はまた、例えば、Binda et al. （2010, J. Am. Chem. Soc., 132: 6827-6833、これは、その全体が、出典明記により本明細書に組み込まれる）によってLSD1触媒機能の阻害剤として記載されているようなトラニルシプロミン誘導体を企図する。そのような化合物の非限定的な例は、
【化１９】
2019534317.tif 000024
を含む。
【０１８９】
あるいは、LSD1阻害剤化合物は、Benelkebir et al.によって記載されるトラニルシプロミンから選択され得る（2011, Bioorg. Med. Chem. 19(12): 3709-16、これは、その全体が、出典明記により本明細書に組み込まれる）。o-、m-及びp-ブロモ類似体を含むこの種の代表的な類似体は、(1R,2S)-2-(4-ブロモフェニル)シクロプロパンアミン塩酸塩(化合物4c)、(1R,2S)-2-(3-ブロモフェニル) シクロプロパンアミン塩酸塩(化合物4d)、(1R,2S)-2-(2-ブロモフェニル) シクロプロパンアミン塩酸塩(化合物4e)、(1R,2S)-2-(ビフェニル-4-イル)シクロプロパンアミン塩酸塩(化合物4f)を含む。
【０１９０】
クロロビニル、エンド-シクロプロピルアミン、及びヒドラジン官能基を含む、Culhane et al.（2010, J. Am. Chem. Soc., 132: 3164-3176、これは、その全体が、出典明記により本明細書に組み込まれる）によって開示されたペプチド骨格化合物もまた参照され得る。Culhane et al.によって開示された非限定的な化合物は、プロパルギル-Lys-4、N-メチルプロパルギル-Lys-4 H3-21、シス-3-クロロアリル-Lys-4 H3-21、トランス-3-クロロアリル-Lys-4 H3-21、エキソ-シクロプロピル-Lys-4 H3-21、エンド-シクロプロピル-Lys-4 H3-21、エンド-ジメチルシクロプロピル-Lys-4、ヒドラジノ-Lys-4 H3-21及びヒドラジノ-Lys-4 H3-21を含む。
【０１９１】
LSD1を阻害するために有用である代替シクロプロピルアミン化合物は、Fyfe et al. （米国公開番号2013/0197013号）によって開示されたものを含み、その全体が、出典明記により本明細書に組み込まれる。LSD1を阻害することに対して選択的であるとして開示されている例示的なLSD1のシクロプロピルアミン阻害剤は、式IX:
【化２０】
2019534317.tif 000025
（式中、
Eが、-N(R3)-、-O-、又は-S-であり、又は-X3=X4-であり;
X1及びX2が、独立にC(R2)又はNであり;
X3及びX4が、存在する場合、独立にC(R2)又はNであり; 
(G)が、シクリル基(式IXに示されるように、シクリル基(G)は、n置換(R1)を有する)であり; 
各（R1）が、独立に、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから選択され;
各（R2）が、独立に、-H、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから選択され、ここで、各（R2）基が、1、2、又は3個の独立して選択された任意の置換基を有するか、又は2個の（R2）基が、一緒になって1、2、又は3個の独立して選択された任意の置換基を有するヘテロシクリル又はアリール基を形成し得、ここで、前記任意の置換基が、アルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、ウレア又はカルバメートから独立して選択され得;
R3が、-H又は(C1-C6)アルキル基であり;
各L1が、独立にアルキレン又はヘテロアルキレンであり; 及び
nが、0、1、2、3、4、又は5である）
による化合物、又はエナンチオマー、ジアステレオマー、又はそれらの混合物、又はそれらの医薬的に許容される塩若しくは溶媒和化合物を含む。
【０１９２】
いくつかの実施形態において、式IXの化合物は、式X:
【化２１】
2019534317.tif 000026
（式中、
X1が、CH又はNであり; (G)が、シクリル基であり; 
各（R1）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル又はカルボキシルから独立に選択され;
各（R2）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから独立に選択され; ここで、各（R2）基は、1、2、又は3個の任意の置換基を有し、ここで、前記任意の置換基が、アルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、ウレア、又はカルバメートから独立に選択され;
各L1が、独立にアルキレン又はヘテロアルキレンであり; 
mが、0、1、2又は3であり; nが、0、1、2、3、4又は5であり、ただし、X1が、-CH-であり、（G）が、アリールである場合、n及びmは独立に選択され、その結果n+mは、0より大きい）
によって表される、又はエナンチオマー、ジアステレオマー、又はそれらの混合物、又はそれらの医薬的に許容される塩若しくは溶媒和化合物である。
【０１９３】
他の実施形態において、式IXの化合物は、式XI:
【化２２】
2019534317.tif 000027
（式中、
（G）が、シクリル基であり;
各（R1）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから独立に選択され;
各（R2）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから独立に選択され; ここで、各（R2）基が、1、2、又は3個の任意の置換基を有し、ここで、前記任意の置換基が、アルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、ウレア、又はカルバメートから独立に選択され;
各L1が、独立にアルキレン又はヘテロアルキレンであり; mは、0、1、2又は3であり; および
nが、0、1、2、3、4又は5である）
によって表される、又はエナンチオマー、ジアステレオマー、又はそれらの混合物、又はそれらの医薬的に許容される塩若しくは溶媒和化合物である。
【０１９４】
さらに他の実施形態において、式IXの化合物は、式XII:
【化２３】
2019534317.tif 000028
（式中、
Eが、-N(R3)-、-O-、又は-S-であり、又は-X3=X4-であり; 
X1、X2、X3及びX4が、独立にC(R2)又はNであり、ただし、Eが、-X3=X4-の場合、少なくとも1つのX1、X2、X3及びX4は、Nであり;
（G）が、シクリル基であり; 各（R1）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから独立に選択され;
各（R2）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから独立に選択され; ここで、各（R2）基が、1、2、又は3個の任意の置換基を有し、ここで、前記任意の置換基が、アルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、ウレア、又はカルバメートから独立に選択され;
R3が、-H又は(C1-C6)アルキル基であり; 各L1が、アルキレン又はヘテロアルキレンであり; 及びnが、0、1、2、3、4又は5である）
によって表される、又はエナンチオマー、ジアステレオマー、又はそれらの混合物、又はそれらの医薬的に許容される塩若しくは溶媒和化合物である。
【０１９５】
さらに別の実施形態において、式IXの化合物は、式XIII:
【化２４】
2019534317.tif 000029
（式中、
X1、X2、X3及びX4が、独立にCH又はNであり、ただし、すくなくとも1つのX1、X2、X3及びX4が、Nであり; 
（G）が、シクリル基であり; 各（R1）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから独立に選択され;
各（R2）が、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクリル、-L1-シクリル、-L1-アミノ、-L1-ヒドロキシル、アミノ、アミド、ニトロ、ハロ、ハロアルキル、ハロアルコキシ、シアノ、スルフィニル、スルホニル、スルホンアミド、ヒドロキシル、アルコキシ、ウレア、カルバメート、アシル、又はカルボキシルから独立に選択され、ここで、各（R2）基が、1、2、又は3個の任意の置換基を有し、ここで、前記任意の置換基が、アルキル、アルカノイル、ヘテロアルキル、ヘテロシクリル、ハロアルキル、シクロアルキル、カルボシクリル、アリールアルコキシ、ヘテロシクリルアルコキシ、アリール、アリールオキシ、ヘテロシクリルオキシ、アルコキシ、ハロアルコキシ、オキソ、アシルオキシ、カルボニル、カルボキシル、カルボキサミド、シアノ、ハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、アミノアルキル、アミドアルキル、アミド、ニトロ、チオール、アルキルチオ、アリールチオ、スルホンアミド、スルフィニル、スルホニル、ウレア、又はカルバメートから独立に選択され; 各L1が、アルキレン又はヘテロアルキレンであり;
mが、0、1、2又は3であり; 及びnが、0、1、2、3、4又は5である）
によって表される、又はエナンチオマー、ジアステレオマー、又はそれらの混合物、又はそれらの医薬的に許容される塩若しくは溶媒和化合物である。
【０１９６】
式IXによる代表的な化合物は、以下から適切に選択される: (トランス)-2-(3'-(トリフルオロメチル)ビフェニル-4-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(ターフェニル-4-イル)シクロプロパンアミン; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ビフェニル-4-オル; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ビフェニル-3-オル; (トランス)-2-(6-(3-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(3,5-ジクロロフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(4-クロロフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(3-クロロフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(4-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(4-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(3-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 4-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)ベンゾニトリル; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)ベンゾニトリル; (トランス)-2-(6-p-トリルピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-m-トリルピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 4-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェノール; 4-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)ベンズアミド; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)ベンズアミド; 2-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェノール; (トランス)-2-(6-(3-メトキシ-4-メチルフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 5-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-2-フルオロフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-フルオロフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-4-フルオロフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-2-フルオロフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-2,4-ジフルオロフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-2,4,6-トリフルオロフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-クロロフェノール; (トランス)-2-(6-(2-フルオロ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(5-クロロチオフェン-2-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(5-メチルチオフェン-2-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(1H-インドール-6-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(ベンゾ[b]チオフェン-5-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-3-メチルピリジン-2-イル)フェノール; (トランス)-2-(6-(3-クロロフェニル)-5-メチルピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(5-メチル-6-(3-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(4-フルオロ-3-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(3-フルオロ-5-メトキシフェニル)ピリジン-3-イ���)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(2-フルオロ-5-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン, (トランス)-2-(6-(2-フルオロ-3-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(3-クロロ-5-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(2-クロロ-5-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(3-メトキシ-5-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-メトキシベンゾニトリル; 5-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-2-メチルフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-4-クロロフェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-(トリフルオロメチル)フェノール; (トランス)-2-(6-(2-フルオロ-5-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(2-クロロ-5-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(3,5-ビス(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)アセトアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)メタンスルホンアミド; (トランス)-2-(6-(ベンゾ[b]チオフェン-2-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(ベンゾ[b]チオフェン-3-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 5-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)チオフェンe-2-カルボニトリル; (トランス)-2-(6-(4-メチルチオフェン-3-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(2-クロロ-6-(3-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(2-(4-クロロフェニル)-6-(3-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジンe-3-イル)シクロプロパンアミン; 4-(3-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-6-(3-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-2-イル)フェノール; 4-(3-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-6-(3-(トリフルオロメチル)フェニル)-ピリジン-2-イル)ベンズアミド; (トランス)-2-(2-メチル-6-(3-(トリフルオロメチル)フェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-ヒドロキシベンゾニトリル; (トランス)-2-(6-(3,4-ジフルオロ-5-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 5-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-2,3-ジフルオロフェノール; (トランス)-2-(6-(3-クロロ-4-フルオロ-5-メトキシフェニル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 5-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-3-クロロ-2-フルオロフェノール; (トランス)-2-(6-(1H-インダゾール-6-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; (トランス)-2-(6-(9H-カルバゾール-2-イル)ピリジン-3-イル)シクロプロパンアミン; 6-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)インドリン-2-オン; 6-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)ベンゾフラン-2(3H)-オン; 4-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)ピリジン-2(1H)-オン; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)ベンゼンスル���ンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)プロパン-2-スルホンアミド; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-4-フルオロビフェニル-3-オル; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-5-クロロビフェニル-3-オル; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-5-クロロ-4-フルオロビフェニル-3-オル; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ビフェニル-3-イル)ベンゼンスルホンアミド; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ビフェニル-3-イル)プロパン-2-スルホンアミド; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ビフェニル-3-イル)メタンスルホンアミド; N-(2-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)メタンスルホンアミド; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-4-メトキシベンゾニトリル; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ビフェニル-2-イル)メタンスルホンアミド; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-6-メトキシビフェニル-3-カルボニトリル; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-6-メトキシビフェニル-3-イル)メタンスルホンアミド; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-6-ヒドロキシビフェニル-3-カルボニトリル; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-6-ヒドロキシビフェニル-3-イル)メタンスルホンアミド; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-4-ヒドロキシベンゾニトリル; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-4-ヒドロキシフェニル)メタン-スルホンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-(トリフルオロメチル)フェニル)エタンスルホンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-(トリフルオロメチル)フェニル)メタンスルホンアミド; 3-(6-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-3-イル)フェノール; (トランス)-2-(5-(3-メトキシフェニル)ピリジン-2-イル)シクロプロパンアミン; 4-(6-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-3-イル)フェノール; 2-(6-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-3-イル)フェノール; 2-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チオフェン-2-イル)フェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チオフェン-2-イル)フェノール; 4-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チオフェン-2-イル)フェノール; 2-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-2-イル)フェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-2-イル)フェノール; 4-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-2-イル)フェノール; 2-(2-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-5-イル)フェノール; 3-(2-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-5-イル)フェノール; 2-(2-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-5-イル)フェノール; 3-(2-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-5-イル)フェノール; 3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリミジン-2-イル)フェノール; 4-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリミジン-2-イル)フェノール; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-4-メトキシフェニル)メタンスルホンアミド; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-5-クロロ-[1,1'-ビフェニル]-3-イル)メタンスルホンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-クロロフェニル)メタン���ルホンアミド; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-4-フルオロ-[1,1'-ビフェニル]-3-イル)メタンスルホンアミド; N-(5-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-2-フルオロフェニル)メタンスルホンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)エタンスルホンアミド ; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)-4-シアノベンゼンスルホンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)-3-シアノベンゼンスルホンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)フェニル)-2-シアノベンゼンスルホンアミド; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)ピリジン-2-イル)-5-(トリフルオロメチル)フェニル)-4-シアノベンゼンスルホンアミド; N-(4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-[1,1'-ビフェニル]-3-イル)-1,1,1-トリフルオロメタンスルホンアミド; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-6-ヒドロキシ-[1,1'-ビフェニル]-3-カルボニトリル; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-[1,1'-ビフェニル]-2-オル; 4'-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)-3'-メトキシ-[1,1'-ビフェニル]-3-オル; N-(3-(5-((トランス)-2-アミノシクロプロピル)チアゾール-2-イル)フェニル)-2-シアノベンゼンスルホンアミド; 又は医薬的に許容される塩又はそれらの溶媒和化合物。
【０１９７】
他の実施形態において、例えば、Ogasawara et al.（2013, Angew. Chem. Int. Ed., 52: 8620-8624、これは、その全体が、出典明記により本明細書に組み込まれる）によって記載されるように、フェニルシクロプロピルアミン誘導体から選択される。この種の代表的な化合物は、式XIV:
【化２５】
2019534317.tif 000030
（式中、
Ar1が、5〜7員環のアリール又はヘテロアリール環であり;
Ar2及びAr3が、1〜3個の置換基で任意に置換される、5〜7員環のアリール又はヘテロアリール環から、それぞれ独立に選択され; 
R1及びR2が、水素及びヒドロキシルから独立に選択されるか、又はR1及びR2が、一緒になって=O、=S若しくは=NR3を形成し; 
R3が、水素、-C1-6アルキル又は-OHから選択され;
mが、1〜5の整数であり; 及び
nが、1〜3の整数である）
によって表される、又はその医薬的に許容される塩である。
【０１９８】
式XIVの特定の実施形態において、以下の1つ以上が適用される:
Ar1が、6員環アリール又はヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン1,3,5-トリアジン、1,2,4-トラジン及び1,2,3-トリアジン、より具体的に、フェニルである。
Ar2が、6員環アリール又はヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン1,3,5-トリアジン、1,2,4-トラジン及び1,2,3-トリアジン、特にフェニルであり; ここで、特に6員環アリール又はヘテロアリール環が、特に3又は4位において、1つの任意の置換基で任意に置換される。
Ar3が、6員環アリール又はヘテロアリール環、特にフェニル、ピリジン、ピリミジン、ピラジン1,3,5-トリアジン、1,2,4-トラジン及び1,2,3-トリアジン、特にフェニルであり; ここで、特に6員環アリール又はヘテロアリール環が、特に3又は4位において、1つの任意の置換基で任意に置換される。
Ar1及びAr2に関しての特定に任意の置換基は、-C1-6アルキル、-C2-6アルケニル、-CH2F、-CHF2、-CF3、ハロ、アリール、ヘテロアリール、-C(O)NHC1-6アルキル、-C(O)NHC1-6アルキルNH2、-C(O)-ヘテロシクリル、特にメチル、エチル、プロピル、ブチル、t-ブチル、-CH2F、-CHF2、-CH3、Cl、F、フェニル、-C(O)NH(CH2)1-4NH2及び-C(O)-ヘテロシクリルを含み;
R1及びR2は、一緒になって=O、=S又は＝NR3、特に=O又は=S、より具体的に=Oを形成し;
R3が、H、-C1-3アルキル又は-OH、特にH、-CH3又は-OHである。
mが、2〜5、特に3〜5、より具体的に4であり、
nが、1又は2、特に1である。
【０１９９】
いくつかの実施形態において、式XIVの化合物は、式XIVa:
【化２６】
2019534317.tif 000031
（式中、
Ar2及びAr3が、式XIVについて定義の通りである）
の化合物である。
【０２００】
式XIVによって表される非限定的な化合物は、以下を含む。
【表１】
2019534317.tif 000032
【０２０１】
式（XIV）の化合物の合成及び阻害活性は、Ogasawara et al. (2013、上記)によって記載される。
【０２０２】
他のLSD1阻害剤は、それだけに限定されないが、例えば、Mimasu et al. (2010, Biochemistry, 49(30): 6494-6503)を含む、Ueda et al. (2009, J. Am. Chem. Soc., 131(48): 17536-17537) に開示されるものを含む。
【０２０３】
他のフェニルシクロプロピルアミン誘導体及び類似体は、例えば、Kaiser et al. (1962), J. Med. Chem., 5: 1243-1265; Zirkle et al. (1962), J. Med. Chem., 1265-1284; 米国特許番号第3,365,458号; 第3,471,522号; 及び第3,532,749号; Bolesov et al. (1974), Zhurnal Organicheskoi Khimii, 10(8): 1661-1669; 及びロシア特許番号第230169号 (19681030)に見出される。
【０２０４】
2.4  スクリーニングアッセイにより同定された阻害剤
公知のLSD1阻害剤と共に、本発明はまた、何れかの適切なスクリーニングアッセイによって同定されたLSD1阻害剤も包含する。従って、本発明は、LSD1を阻害するために、そして次に、免疫チェックポイント、特にPD-L1及び/又はPD-L2を阻害するために有用である阻害剤についてスクリーニングする方法に及び。いくつかの実施形態において、当該スクリーニング方法は、（1）調製物を試験剤と接触させる工程、ここで、前記調製物が、（i）少なくともLSD1の生物学的に活性な断片又はその変異型若しくは誘導体に相当するアミノ酸配列を含むポリペプチド; 又は（ii）LSD1遺伝子又はその一部が産生されるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド、又は（iii）レポーター遺伝子に動作可能に連結されている、LSD1遺伝子の発現を調節する遺伝子配列（例えば、転写エレメント）の少なくとも一部を含むポリヌクレオチド; 及び（2）試験剤の存在下で参照レベル又は機能的活性と比較した、ポリペプチド、ポリヌクレオチド又はレポーター遺伝子の発現産物のレベル又は機能的活性の変化の検出、を含む。試験物質の非存在下での正常若しくは参照レベル及び/又は機能的活性と比較した、ポリペプチド、転写物若しくは部分転写物若しくはレポーター遺伝子の発現産物のレベル及び/又は機能的活性の検出された低減は、薬剤が、免疫チェックポイント特にPD-L1及び/又はPD-L2を阻害することに有用である。
【０２０５】
本発明の範囲内に含まれる阻害剤は、拮抗性抗原結合分子を含むLSD1のレベル、機能的活性又は核移行の阻害剤、及び阻害剤ペプチド断片、アンチセンス分子、リボザイム、RNAi分子及び共抑制分子、並びにLSD1のポリサッカライド及びリポサッカライド阻害剤を含む。
【０２０６】
候補薬剤は、典型的に、有機分子、好ましくは50ダルトン超及び2,500ダルトン未満の分子量を有する小有機化合物であるが、多数の化学的クラスを包含する。候補薬剤は、タンパク質との構造的相互作用、特に水素結合に必要な官能基を含み、典型的に少なくともアミン、カルボニル、ヒドロキシル又はカルボキシル基、望ましくは少なくとも2つの官能基を含む。候補薬剤は、多くの場合、1つ以上の上記官能基で置換された同素環炭素若しくは複素環構造又は芳香族又は多環芳香族構造を含む。候補薬剤はまた、これらに限定されないが、ペプチド、サッカライド、脂肪酸、ステロイド、プリン、ピリミジン、誘導体、構造類似体又はそれらの組合せを含む生体分子の中に見出される。
【０２０７】
LSD1の小（非ペプチド）分子阻害剤は、特に有用である。これに関して、そのような分子は、経口投与後により容易に吸収されるか、潜在的な抗原決定基が少ないか、又はより大きなタンパク質ベースの医薬よりも細胞膜を通過する可能性が高いため、小分子が望ましい。小有機分子はまた、適切な細胞への侵入を獲得し、そして遺伝子の発現に影響を及ぼす（例えば、遺伝子発現に関与する調節領域又は転写因子と相互作用することによって）能力を有し得る; 又はアクセサリー分子の結合を阻害又は増強することによって遺伝子の活性に影響を与える。
【０２０８】
あるいは、細菌、真菌、植物及び動物抽出物の形態の天然化合物のライブラリーは、入手可能であるか、又は容易に製造される。加えて、天然又は合成により製造されたライブラリー及び化合物は、慣用の化学的、物理的及び生化学的手段により容易に修飾され、そしてコンビナトリアルライブラリー（combinatorial libraries）を産生するために用いられ得る。既知の薬理学的薬剤は、例えば、アシル化、アルキル化、エステル化、アミド化等の定方向又は無作為化学修飾に供され、構造的類似体を産生し得る。
【０２０９】
スクリーニングはまた、公知の薬理学的に活性な化合物及びそれらの化学的類似体を対象とし得る。
【０２１０】
本発明による調節剤についてのスクリーニングは、何れかの適切な方法によって達成され得る。例えば、当該方法は、LSD1をコードする遺伝子に相当するポリヌクレオチドを発現する細胞を、阻害活性を有することが疑われる薬剤と接触させること、及びLSD1のレベル又は機能的活性の阻害、又はポリヌクレオチドによってコードされる転写物のレベルの阻害、又はポリペプチド又は転写物の下流の細胞標的（以下、標的分子と称する）の活性又は発現の阻害についてスクリーニングすることを含み得る。そのような修飾を検出することは、限定されないが、ELISA、細胞ベースELISA、阻害ELISA、ウエスタンブロット、免疫沈降、スロット又はドットブロットアッセイ、免疫染色、RIA、シンチレーション近接アッセイ、フルオレセイン又はローダミン等の蛍光物質の抗原結合分子コンジュゲート又は抗原コンジュゲートを用いる蛍光イムノアッセイ、オクタロニー二重拡散分析、アビジン-ビオチン又はストレプトアビジン-ビオチン検出システムを用いるイムノアッセイ、及び逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）を含む核酸検出アッセイを含む技術を利用して達成され得る。
【０２１１】
LSD1が調節又は発現されるポリヌクレオチドは、試験の対象である細胞中に天然に存在していてもよく、又は試験の目的で宿主細胞に導入されてもよいことが理解され得る。加えて、天然に存在するか、又は導入されたポリヌクレオチドは、恒常的に発現され得、それによって、配列のコードされた産物の発現を下方制御する作用物質のスクリーニングに有用なモデルを提供し、ここで、下方制御は、核酸又は発現産物のレベルであり得る。さらに、ポリヌクレオチドが、細胞に導入される限り、そのポリヌクレオチドは、LSD1をコードする全コード配列を含み得るか、又はそのコード配列の一部（例えば、LSD1の活性部位）又はLSD1をコードする相当する遺伝子の発現を調節する部分（例えば、LSD1プロモーター）を含み得る。例えば、ポリヌクレオチドと天然に結合しているプロモーターは、試験の対象である細胞に導入され得る。プロモーターのみが利用される場合、プロモーター活性の調節の検出は、例えば、限定されないが、緑色蛍光タンパク質（GFP）、ルシフェラーゼ、β-ガラクトシダーゼ及びカテコールアミンアセチルトランスフェラーゼ（CAT）を含む適切なレポーターポリヌクレオチドにプロモーターを動作可能に連結することによって達成され得る。発現の調節は、レポーターポリヌクレオチドに関連する活性を測定することによって決定され得る。
【０２１２】
これらの方法は、合成、組合せ、化学的及び天然のライブラリーを含むタンパク質性又は非タンパク質性薬剤等の推定上の阻害剤のハイスループットスクリーニングを実施するためのメカニズムを提供する。これらの方法はまた、LSD1をコードするポリヌクレオチドに結合するか、又はその後LSD1をコードするポリヌクレオチドの発現を阻害する上流分子の発現を阻害する薬剤の検出を容易にすると予想される。従って、これらの方法は、本発明によるLSD1の発現又は活性を直接的又は間接的に阻害する薬剤を検出するメカニズムを提供する。
【０２１３】
代替の実施形態において、試験薬剤は、市販のアッセイを用いてスクリーニングされ、その具体例としてEpiQuikヒストンデメチラーゼLSD1阻害剤スクリーニングアッセイキット（Epigentek Group、ブルックリン、NY）又はLSD1阻害剤スクリーニングアッセイキット（Cayman Chemical Company、アナーバー、MI）を含む。
【０２１４】
化合物は、動物モデルでさらに試験され、最も強力なインビボ効果を有する化合物が同定され得る。これらの分子は、例えば、化合物を逐次的修飾、分子モデリング、及び合理的ドラッグデザインにおいて用いられる他の日常的な手順に供することによって、医薬品のさらなる開発のための「リード化合物」として役立ち得る。
【０２１５】
2.5新規タンパク質性分子LSD1阻害剤
本発明者達はまた、LSD1を阻害する新規タンパク質性分子を考え出した。特に、本発明者達は、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなるタンパク質性分子が、LSD1、特にLSD1の核移行を阻害することを見出した。そのようなタンパク質性分子は、癌幹細胞及び非癌幹細胞腫瘍細胞の形成及び維持を阻害する。従って、本発明者達は、本発明のタンパク質性分子を癌の治療又は予防に用いられ得ると考えた。さらに、本発明者達は、本発明のタンパク質性分子が、感染等のPD-L1及び/又はPD-L2活性を含む状態において、又は免疫応答を増強するために有用であり得ると考えた。従って、本発明の他の実施形態において、LSD1阻害剤は、LSD1の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなるタンパク質性分子である。
【０２１６】
LSD1のアミノ酸配列（Uniprot No. O60341-1）は、配列番号5に示される。残基108〜118は、以下の配列において下線が引かれている。
MLSGKKAAAA AAAAAAAATG TEAGPGTAGG SENGSEVAAQ PAGLSGPAEV GPGAVGERTP RKKEPPRASP PGGLAEPPGS AGPQAGPTVV PGSATPMETG IAETPEGRRT SRRKRAKVEY REMDESLANL SEDEYYSEEE RNAKAEKEKK LPPPPPQAPP EEENESEPEE PSGVEGAAFQ SRLPHDRMTS QEAACFPDII SGPQQTQKVF LFIRNRTLQL WLDNPKIQLT FEATLQQLEA PYNSDTVLVH RVHSYLERHG LINFGIYKRI KPLPTKKTGK VIIIGSGVSG LAAARQLQSF GMDVTLLEAR DRVGGRVATF RKGNYVADLG AMVVTGLGGN PMAVVSKQVN MELAKIKQKC PLYEANGQAV PKEKDEMVEQ EFNRLLEATS YLSHQLDFNV LNNKPVSLGQ ALEVVIQLQE KHVKDEQIEH WKKIVKTQEE LKELLNKMVN LKEKIKELHQ QYKEASEVKP PRDITAEFLV KSKHRDLTAL CKEYDELAET QGKLEEKLQE LEANPPSDVY LSSRDRQILD WHFANLEFAN ATPLSTLSLK HWDQDDDFEF TGSHLTVRNG YSCVPVALAE GLDIKLNTAV RQVRYTASGC EVIAVNTRST SQTFIYKCDA VLCTLPLGVL KQQPPAVQFV PPLPEWKTSA VQRMGFGNLN KVVLCFDRVF WDPSVNLFGH VGSTTASRGE LFLFWNLYKA PILLALVAGE AAGIMENISD DVIVGRCLAI LKGIFGSSAV PQPKETVVSR WRADPWARGS YSYVAAGSSG NDYDLMAQPI TPGPSIPGAP QPIPRLFFAG EHTIRNYPAT VHGALLSGLR EAGRIADQFL GAMYTLPRQA TPGVPAQQSP SM（配列番号5）
【０２１７】
いくつかの実施形態において、タンパク質性分子は、式I
Z1RRTX1RRKRAKVZ2  (I)
（式中、
「Z1」及び「Z2」が、独立に、存在しない、又は約1〜約50個のアミノ酸残基（及びその間の全ての整数残基）を含むタンパク質性部分、及び保護部分の少なくとも1つから独立に選択され; 及び
「X1」が、S、T、A、G及びそれらの修飾形態を含む小アミノ酸残基から選択される）
で表される単離又は精製タンパク質性分子である。
【０２１８】
いくつかの実施形態において、「X1」が、S及びAから選択される。
【０２１９】
いくつかの実施形態において、「X1」が、S、A及びそれらの修飾形態から選択される。いくつかの実施形態において、「X1」が、S、A及びS(PO3)から選択される。
【０２２０】
いくつかの実施形態において、「X1」が、Sの修飾形態、特にS(PO3)である。
【０２２１】
いくつかの実施形態において、「Z1」が、式II:
X2X3X4  (II)
（式中、
「X2」が、存在しないか、又は保護部分であり; 
「X3」が、存在しないか、又は何れかのアミノ酸残基から選択され; 及び
「X4」が、何れかのアミノ酸残基から選択される）
によって表されるタンパク質性分子である。
【０２２２】
いくつかの実施形態において、「X3」が、R、K及びそれらの修飾形態を含む塩基性アミノ酸残基から選択される。いくつかの実施形態において、「X3」は、Rである。
【０２２３】
いくつかの実施形態において、「X4」が、F、Y、W及びそれらの修飾形態を含む芳香族アミノ酸残基から選択される。いくつかの実施形態において、「X4」は、Wである。
【０２２４】
いくつかの実施形態において、「Z2」は、存在しない。
【０２２５】
いくつかの実施形態において、式Iの単離又は精製タンパク質性分子は、配列番号1、2又は3:
RRTSRRKRAKV（配列番号1）;
RRTARRKRAKV（配列番号2）; 又は
RWRRTARRKRAKV（配列番号3）
で表されるアミノ酸配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる。
【０２２６】
特定の実施形態において、式Iの単離又は精製タンパク質性分子は、配列番号1又は2で表されるアミノ酸配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなる。
【０２２７】
特定の実施形態において、式Iの単離又は精製タンパク質性分子は、配列番号4:
EGRRTSRRKRAKVE  （配列番号4）
のアミノ酸配列からなるタンパク質性分子以外のものである。
【０２２８】
本発明はまた、配列番号1、2又は3の変異型であるタンパク質性分子を企図する。そのような「変異型」タンパク質性分子は、天然タンパク質の欠失（いわゆるトランケーション）又は天然タンパク質のN末端及び/又はC末端への1つ以上のアミノ酸付加; 天然タンパク質の1つ以上の部位における1つ以上のアミノ酸の欠失又は付加; 又は天然タンパク質の1つ以上の部位における1つ以上のアミノ酸の置換、による天然タンパク質に由来するタンパク質を含む。
【０２２９】
本発明に包含される変異型タンパク質は、生物学的に活性であり、すなわち、それらは天然タンパク質の所望の生物学的活性を継続して保有する。そのような変異型は、例えば、遺伝的多型又はヒトによる操作から生じ得る。
【０２３０】
配列番号1、2及び/又は3のタンパク質性分子は、アミノ酸置換、欠失、切断及び挿入を含む様々な方法で改変され得る。そのような操作のための方法は、当該分野で一般的に知られている。例えば、配列番号1、2及び/又は3のアミノ酸配列変異型は、配列番号1、2及び/又は3のアミノ酸配列をコードする核酸の突然変異誘発によって調製され得る。突然変異誘発及びヌクレオチド配列の改変のための方法は、当該技術分野において公知である。例えば、Kunkel (1985, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 82: 488-492)、Kunkel et al. (1987, Methods in Enzymol, 154: 367-382), U.S. Pat. No. 4,873,192、Watson et al. (“Molecular Biology of the Gene”, Fourth Edition, Benjamin/Cummings, Menlo Park, Calif., 1987) 及び本明細書に引用されている参考文献を参照。目的のタンパク質の生物学的活性に影響を及ぼさない適切なアミノ酸置換に関する手引きは、Dayhoff et al. （Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.)（1978））のモデルに見出され得る。点突然変異又は切断によって作製された組合せライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする方法、及び選択された特性を有する遺伝子産物についてcDNAライブラリーをスクリーニングする方法は、当技術分野において公知である。そのような方法は、配列番号1、2及び/又は3のタンパク質性分子の組合せ突然変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適している。ライブラリー中の機能的突然変異体の頻度を高める技術である再帰的アンサンブル突然変異誘発（REM）は、活性変異体を同定するためのスクリーニングアッセイと組み合わせて用いることが出来る（Arkin and Yourvan (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 7811-7815; Delgrave et al. (1993) Protein Engineering, 6: 327-331）。以下により詳細に論じるように、1つのアミノ酸を類似の特性を有する別のアミノ酸と交換する等の保存的置換が望ましい場合がある。
【０２３１】
本発明の変異型ペプチド又はポリペプチドは、配列番号1、2及び/又は3等の親（例えば、天然に生じる又は参照）アミノ酸配列と比較して、それら配列に沿った様々な位置に保存的アミノ酸置換を含み得る。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されているものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、以下に詳細に論じるように当該分野において定義されている。
【０２３２】
本発明のタンパク質性分子のアミノ酸配列は、特定の特徴又はサブクラスのアミノ酸に関して定義される。アミノ酸残基は、一般に以下のように主要なサブクラスに分類される。
【０２３３】
酸性: 残基は、生理的pHでプロトンの損失により残基は、負電荷を有し、ペプチドが、生理的pHの水性溶媒中にある場合、当該残基は、それが含まれるペプチドの立体配置における表面位置を求めることで水性溶液に引き寄せられる。酸性側鎖を有するアミノ酸は、グルタミン酸及びアスパラギン酸を含む。
【０２３４】
塩基性: 残基は、生理的pH又はその1又は2pH単位内のプロトンとの会合に起因して正電荷を有し（例えば、ヒスチジン）、ペプチドが、生理的pHの水性溶媒中にある場合、当該残基は、それが含まれるペプチドの立体配置における表面位置を求めることで水性溶液に引き寄せられる。塩基性側鎖を有するアミノ酸は、アルギニン、リジン及びヒスチジンを含む。
【０２３５】
荷電: 残基が、生理的pHで荷電されており、従って、グルタミン酸、アスパラギン酸、アルギニン、リジン及びヒスチジン等の酸性又は塩基性側鎖を有するアミノ酸を含む。
【０２３６】
疎水性: 残基が、生理的pHで荷電されず、ペプチドが、生理的pHで水性溶媒中にある場合、それが含まれるペプチドの立体配置の内側を求めることで残基が水性溶液によってはじかれる。疎水性側鎖を有するアミノ酸は、チロシン、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン及びトリプトファンを含む。
【０２３７】
中性/極性: 残基が、生理的pHで荷電されず、残基が、水性溶液中で十分にはじかれないため、ペプチドが、生理的pHで水性媒体中にある場合、それが含まれるペプチドの立体配置の内側を求めることが予想される。中性/極性側鎖を有するアミノ酸は、アスパラギン、グルタミン、システイン、ヒスチジン、セリン及びスレオニンを含む。
【０２３８】
この説明はまた、極性基が欠如していても、側鎖が十分に大きくないことで疎水性を付与するため、特定のアミノ酸を「小さい」と特徴づける。プロリンを除いて、「小さい」アミノ酸は、少なくとも1つの極性基が側鎖にある場合に4個以下の炭素を有し、そうでない場合は3個以下の炭素を有する。小さい側鎖を有するアミノ酸は、グリシン、セリン、アラニン及びスレオニンを含む。遺伝子コードされた二次アミノ酸プロリンは、ペプチド鎖の二次的立体配置に対するその既知の効果のために特別な場合がある。プロリンの構造は、その側鎖がα-アミノ基の窒素、並びにα-炭素に結合しているという点で他の全ての天然に存在するアミノ酸とは異なる。しかしながら、いくつかのアミノ酸類似性マトリックス（例えば、Dayhoff et al.（A model of evolutionary change in proteins. Matrices for determining distance relationships In M. O. Dayhoff, (ed.), Atlas of protein sequence and structure, Vol. 5, pp. 345-358, National Biomedical Research Foundation, Washington DC）(1978)、及びGonnet et al.,（Science, 256(5062): 1443-1445）（1992）によって開示されるPAM120マトリックス及びPAM250マトリックス）は、グリシン、セリン、アラニン及びスレオニンと同じグループのプロリンを含む。したがって、本発明の目的のために、プロリンは、「小さい」アミノ酸として分類される。
【０２３９】
極性又は非極性としての分類に必要な親和性又は反発力の程度は、任意であり、従って、本発明によって特に意図されるアミノ酸は、どちらか一方として分類されている。特に命名されていないほとんどのアミノ酸は、既知の挙動に基づいて分類され得る。
【０２４０】
アミノ酸残基はさらに、残基の側鎖置換基に関して環式若しくは非環式、及び芳香族若しくは非芳香族の自明の分類として、及び小さい又は大きいとして分類され得る。カルボキシル炭素を含めて合計4個以下の炭素原子を有する、ただし、追加の極性置換基が存在する場合; そうでなければ3以下の場合、その残基は小さいとみなされる。小さいアミノ酸残基は、当然、常に非芳香族である。それらの構造特性に応じて、アミノ酸残基は、2つ以上のクラスに分類され得る。天然タンパク質アミノ酸については、このスキームによる細分類を表1に示す。
【０２４１】
【表２】
2019534317.tif 000033
【０２４２】
保存的アミノ酸置換は、側鎖に基づく分類も含む。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸群は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンであり; 脂肪族-ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸群は、セリン及びトレオニンであり; アミド含有側鎖を有するアミノ酸群は、アスパラギン及びグルタミンであり; 芳香族側鎖を有するアミノ酸群は、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンであり; 塩基性側鎖を有するアミノ酸群は、リジン、アルギニン、及びヒスチジンであり; 及びイオウ含有側鎖を有するアミノ酸群は、システイン及びメチオニンである。例えば、ロイシンのイソロイシン又はバリンへの置換、アスパラギン酸のグルタミン酸への置換、トレオニンのセリンへの置換、又はアミノ酸の構造的に関連したアミノ酸への置換は、本発明において有用な得られる変異型ペプチドの性質に大きな影響を及ぼさないと予想するのが合理的である。アミノ酸変化がLSD1を阻害するタンパク質性分子をもたらすか否かは、その活性をアッセイすることによって容易に決定され得る。保存的置換は、例示的な置換及び好ましい置換の見出しの下に表2に示される。本発明の範囲内に入るアミノ酸置換は、一般に、（a）置換の領域におけるペプチド骨格の構造、（b）標的部位における分子の電荷又は疎水性、又は（c）側鎖のバルクを維持することに対するそれらの効果において有意に異ならない置換を選択することによって達成される。置換が導入された後、変異型は、生物学的活性についてスクリーニングされる。
【０２４３】
【表３】
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ここでNleは、ノルロイシンを指すために用いられる。
【０２４４】
あるいは、保存的置換を行うための類似のアミノ酸は、側鎖の同一性に基づいて3つのカテゴリーに分類され得る。Zubay, Biochemistry, third edition, Wm.C. Brown Publishers (1993) にて記載されたように、第1群は、グルタミン酸、アスパラギン酸、アルギニン、リジン、ヒスチジンを含み、これらは全て荷電側鎖を有する; 第2群は、グリシン、セリン、スレオニン、システイン、チロシン、グルタミン、アスパラギンを含む; 及び第3群は、ロイシン、イソロイシン、バリン、アラニン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、メチオニンを含む。
【０２４５】
従って、本発明のペプチド中の予測される非必須アミノ酸残基は、典型的には、同じファミリーからの他の側鎖残基で置き換えられる。あるいは、飽和突然変異誘発等によって本発明のペプチドのコード配列の全部又は一部に沿って突然変異は、ランダムに挿入され得、例えば本明細書に記載されるように、得られた変異型は、親ペプチドの活性についてスクリーニングされ、その活性を維持する突然変異体を同定することが出来る。コード配列の突然変異誘発に続いて、コードされたペプチドは、組換え的に発現され、そしてその活性が決定され得る。「非必須」アミノ酸残基は、本発明の一実施形態のペプチドの野生型配列から、その活性の1つ以上を消失又は実質的に変化させること無く改変され得る残基である。適切には、改変は、これらの活性のうちの1つを実質的に改変せず、例えば、活性は野生型の活性の少なくとも20％、40％、60％、70％又は80%である。対照的に、「必須」アミノ酸残基は、本発明の一実施形態のペプチドの野生型配列から改変された場合、野生型の20%未満が存在するように、親分子の活性を抑制する残基である。例えば、そのような必須アミノ酸残基は、Z1で始まる式（I）の番号付けに対して、2位にArg（又はその修飾型）、2、3、6、7及び9位にArg（又はそれらの修飾型）、4位にThr(又はその修飾型)、8及び11位にLys（又はその修飾型）、10位にAla（又はその修飾型）、及び12位にVal（又はその修飾型）を含む。
【０２４６】
従って、本発明はまた、本発明の配列番号1、2及び3のタンパク質性分子の変異型も企図し、ここで、当該変異型は、1つ以上のアミノ酸残基の付加、欠失、又は置換によって親配列と区別される。一般に、変異型は、デフォルトパラメータを用いて本明細書の他の箇所に記載されている配列アライメントプログラムによって決定される、例えば配列番号1、2又は3に示されるように、親又は参照タンパク質性分子配列に対して少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列類似性を示す。望ましくは、変異型は、デフォルトパラメータを用いて本明細書の他の箇所に記載されている配列アライメントプログラムによって決定される、例えば配列番号1、2又は3に示されるように、親又は参照タンパク質性分子配列に対して少なくとも約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%の配列同一性を示す。本発明の変異型のペプチドの範囲内にある配列番号1、2及び/又は3の変異型は、親分子と一般に少なくとも１個だけ異なるが、しかし、4、3、2又は1個未満のアミノ酸だけ異なり得る。いくつかの実施形態において、本発明の変異型ペプチドは、配列番号1、2又は3に相当する配列と少なくとも1個だけ異なるが、しかし、4、3、2又は1個未満のアミノ酸だけ異なり得る。いくつかの実施形態において、本発明の変異型ペプチドのアミノ酸配列は、Z1で始まる式（I）の番号付けに対して、2位にArg（又はその修飾形態）、2、3、6、7及び9位にArg（又はその修飾形態）、4位にThr（又はその修飾形態）、8及び11位にLys（又はその修飾形態）、10位にAla（又はその修飾形態）、及び12位にVal（又はその修飾形態）を含む。いくつかの実施形態において、本発明の変異型ペプチドのアミノ酸配列は、式Iのタンパク質性分子を含む。特定の実施形態において、本発明の変異型ペプチドは、LSD1、特にLSD1の核移行を阻害する。
【０２４７】
配列比較がアライメントを必要とする場合、配列は、典型的に、最大の類似性又は同一性についてアライメントされる。欠失又は挿入からの「ループアウト」配列、又はミスマッチは、一般に相違と見なされる。相違は、適切には、非必須残基又は保存的置換における相違又は変化である。
【０２４８】
いくつかの実施形態において、配列間の配列類似性又は配列同一性の計算は、以下のように行われる。
【０２４９】
2つのアミノ酸配列又は2つの核酸配列同一性パーセントを決定するために、最適な比較目的のために配列を整列させる（例えば、最適なアライメントのために第1及び第2のアミノ酸又は核酸配列の一方又は両方にギャップを導入することができ、非相同配列は、比較のために無視され得る）。いくつかの実施形態において、比較目的で整列された参照配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも40%、より一般的には少なくとも50%又は60%、さらにより一般的には少なくとも70％、80％、90％又は100%である。次いで対応するアミノ酸位置又はヌクレオチド位置のアミノ酸残基又はヌクレオチドが比較される。第1の配列中の位置が、第2の配列中の対応する位置が、同じアミノ酸残基又はヌクレオチドで占められている場合、その分子はその位置で同一である。アミノ酸配列比較のために、第1の配列中の位置が、第2の配列中の対応する位置で同一又は類似のアミノ酸残基によって占めれれている（すなわち、保存的置換）場合、分子はその位置で類似している。
【０２５０】
2つの配列間の同一性パーセントは、ギャップの数及び各ギャップの長さを考慮に入れて、個々の位置で配列によって共有される同一アミノ酸残基の数の関数であり、これは、2つの配列の最適なアライメントのために導入される必要がある。対照的に、2つの配列間の類似性パーセントは、ギャップの数及び各ギャップの長さを考慮に入れて、個々の位置で配列によって共有される同一アミノ酸残基の数の関数であり、これは、2つの配列の最適なアライメントのために導入される必要がある。
【０２５１】
配列の比較及び配列間の同一性パーセント又は類似性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。特定の実施形態において、アミノ酸配列間の同一性又は類似性のパーセントは、Blosum62マトリックス又はPAM250マトリックスの何れか、並びに16、14、12、10、8、6、又は4のギャップ重量及び1、2、3、4、5、又は6の長さを用いてGCGソフトウェアパッケージ（Devereaux, et al. (1984) Nucleic Acids Research, 12: 387-395）のGAPプログラムに組み込まれているNeedleman及びWunsch (1970, J. Mol. Biol., 48: 444-453) アルゴリズムを用いて、決定される。いくつかの実施形態において、アミノ酸配列間の同一性又は類似性パーセントは、PAM120重量残基表、12のギャップ長ペナルティ及び4のギャップペナルティを用いて、ALIGNプログラム（バージョン2.0）に組み込まれているMeyers and Miller (1989, Cabios, 4: 11-17)のアルゴリズムを用いて決定され得る。
【０２５２】
本発明はまた、本明細書で定義されるようなストリンジェンシー条件下、特に中、高又は非常に高ストリンジェンシー条件下、好ましくは高又は非常に高いストリンジェンシー条件下で配列番号1、2及び/又は3のペプチドをコードするポリヌクレオチド配列又はその非コード鎖にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列によってコードされる単離、合成又は組換えペプチドを企図する。本発明はまた、本明細書で定義されるようなストリンジェンシー条件下、特に中、高又は非常に高いストリンジェンシー条件下、好ましくは高又は非常に高いストリンジェンシー条件下で配列番号1、2及び/又は3のペプチドをコードするポリヌクレオチド配列又はその非コード鎖にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む単離核酸分子を企図する。
【０２５３】
本明細書で用いられる場合、用語「ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする」は、ハイブリダイゼーション及び洗浄のための条件を記述し、低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、及び非常に高いストリンジェンシー条件を包含し得る。
【０２５４】
ハイブリダイゼーションを実施するための手引きは、Ausubel, et al. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc.)、特にセクション6.3.1~6.3.6に見出され得る。水性及び非水性の両方の方法が用いられ得る。本明細書における低ストリンジェンシー条件への言及は、42℃でのハイブリダイゼーションのために少なくとも約1%v/v〜少なくとも15%v/vのホルムアミド、及び少なくとも約1M〜少なくとも約2Mの塩、及び42℃での洗浄のために少なくとも約1M〜約2Mの塩を含み且つ、包含する。低ストリンジェンシー条件はまた、65℃でのハイブリダイゼーションのために1%ウシ血清アルブミン（BSA）、1mM EDTA、0.5M NaHPO4（pH7.2）、7%ドデシル硫酸ナトリウム（SDS）を含み得、及び室温での洗浄のために（i）2×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム（SSC）、0.1％SDS; 又は（ii）0.5%BSA、1mM EDTA、40mM NaHPO4（pH7.2）、5%SDS、を含み得る。低ストリンジェンシー条件の一実施形態は、約45℃で6×SSC中でのハイブリダイゼーション、次いで少なくとも50℃で0.2×SSC、0.1％SDS中での2回の洗浄を含む（線状の温度は、低ストリンジェンシー条件のために55℃まで上昇され得る）。中ストリンジェンシー条件は、42℃でのハイブリダイゼーションのため少なくとも16%v/v〜少なくとも30%v/vのホルムアミド及び少なくとも0.5M〜少なくとも0.9Mの塩、及び55℃での洗浄のため少なくとも0.1M〜少なくとも0.2Mの塩を含み且つ、包含する。中ストリンジェンシー条件はまた、65℃でのハイブリダイゼーションのために1%ウシ血清アルブミン（BSA）、1mM EDTA、0.5M NaHPO4（pH7.2）、7%SDSを含み得、及び60〜65℃での洗浄のために（i）2×SSC、0.1％SDS; 又は（ii）0.5%BSA、1mM EDTA、40mM NaHPO4（pH7.2）、5%SDS、を含み得る。中ストリンジェンシー条件の一実施形態は、約45℃の6×SSC中でハイブリダイズし、続いて60℃の0.2×SSC、0.1%SDS中で一回以上洗浄することを含む。高ストリンジェンシー条件は、42℃でのハイブリダイゼーションのため少なくとも31%v/v〜少なくとも50%v/vのホルムアミド及び約0.01M〜約0.15Mの塩、及び55℃での洗浄のため約0.01M〜約0.02M塩を含み且つ、包含する。高ストリンジェンシー条件はまた、65℃でのハイブリダイゼーションのために1%BSA、1mM EDTA、0.5M NaHPO4（pH7.2）、7%SDSを含み得、及び65℃での洗浄のために（i）2×SSC、0.1％SDS; 又は（ii）0.5%BSA、1mM EDTA、40mM NaHPO4（pH7.2）、1%SDS、を含み得る。高ストリンジェンシー条件の一実施形態は、約45℃の6×SSC中でハイブリダイズし、続いて65℃の0.2×SSC、0.1%SDS中で一回以上洗浄することを含む。
【０２５５】
本発明のいくつかの態様において、配列番号1、2及び/又は3のペプチドをコードするポリヌクレオチド配列又はその非コード鎖に高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド配列によってコードされる本発明の単離、合成又は組換えペプチドが提供される。特定の実施形態において、本発明の単離、合成又は組換えペプチドは、非常に高いストリンジェンシー条件下で配列番号1、2及び/又は3のペプチドをコードするポリヌクレオチド配列又はその非コード鎖にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列によってコードされる。非常に高いストリンジェンシー条件の一実施形態は、65℃で0.5Mリン酸ナトリウム、7%SDSでハイブリダイズし、続いて65℃の0.2×SSC、1%SDS中で一回以上洗浄することを含む。いくつかの実施形態において、本発明の変異型ペプチドのアミノ酸配列は、Z1で始まる式（I）の番号付けに対して、2位にArg（又はその修飾形態）、2、3、6、7及び9位にArg（又はその修飾形態）、4位にThr（又はその修飾形態）、8及び11位にLys（又はその修飾形態）、10位にAla（又はその修飾形態）、及び12位にVal（又はその修飾形態）を含む。いくつかの実施形態において、本発明の変異型ペプチドのアミノ酸配列は、式Iのタンパク質性分子を含む。特定の実施形態において、本発明の変異型ペプチドは、LSD1、特にLSD1の核移行を阻害する。
【０２５６】
他のストリンジェンシー条件は、当該分野で周知であり、ハイブリダイゼーションの特異性を最適化するために様々な因子が操作され得ることを当業者は認識し得る。最終洗浄のストリンジェンシーの最適化は、高程度のハイブリダイゼーションを確実にするために役立ち得る。詳細な実施例は、Ausubel, et al. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc.)中のページ2.10.1〜2.10.16及びSambrook, et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbour Press)中のセクション1.101〜1.104が参照される。
【０２５７】
ストリンジェントな洗浄は、典型的に42℃〜68℃の温度で行われるが、当業者は、他の温度がストリンジェントな条件に適している可能性があることを認識し得る。最大ハイブリダイゼーション速度は、典型的に、DNA-DNAハイブリッドの形成のためにTmより約20℃〜25℃低い温度で起こる。Tmが、融解温度、又は2つの相補的ポリヌクレオチド配列が解離する温度であることは当該技術分野において周知である。Tmを推定するための方法は、当該技術分野において周知である（Ausubel, et al. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc.)中のページ2.10.8を参照）。一般に、完全に一致したDNA二本鎖のTmは、式:
Tm = 81.5 + 16.6 (log10 M) + 0.41 (% G+C) - 0.63 (% ホルムアミド) - (600/長さ)
（式中、
Mは、Na+の濃度であり、好ましくは0.01M〜0.4Mの範囲であり; %G+Cは、全塩基数の百分率としてのグアノシン及びシトシン塩基の合計であり、30%〜70%G+Cの範囲内であり; %ホルムアミドは、体積%ホルムアミド濃度であり; 長さは、DNA二本鎖中の塩基対の数である）
による近似として予測され得る。二重鎖DNAのTmは、ランダムにミスマッチした塩基対の数が1%増加するごとに約1℃減少する。洗浄は、一般に、高ストリンジェンシーの場合はTm-15℃、又は中ストリンジェンシーの場合は、Tm-30℃で行われる。
【０２５８】
ハイブリダイゼーション手順の一実施例において、固定化DNAを含む膜（例えば、ニトロセルロース膜又はナイロン膜）は、標識プローブを含むハイブリダイゼーション緩衝液（50%脱イオンホルムアミド、5×SSC、5×デンハルト溶液（0.1%フィコール、0.1%ポリビニルピロリドン及び0.1%BSA）、0.1%SDS及び200mg/mL変性サケ精子DNA）中42℃で一晩ハイブリダイズされる。次いで、膜を2回連続して中ストリンジェンシーでの洗浄（すなわち、2×SSC、0.1%SDSで45℃で15分間、続いて2×SSC、0.1%SDSで50℃15分間）、続いて2回連続して高ストリンジェンシー洗浄（すなわち、0.2×SSC、0.1%SDSで55℃12分間、続いて0.2×SSC及び0.1%SDS溶液で65〜68℃12分間）に供する。
【０２５９】
本発明のタンパク質性分子はまた、修飾側鎖を有するアミノ酸を含むペプチド、ペプチド合成中の非天然アミノ酸残基及び/又はそれらの誘導体の組み込み、並びに本発明のペプチドに高次構造の制約を課す架橋剤及び他の方法を包含する。側鎖修飾の例は、無水酢酸によるアシル化; 無水コハク酸及び無水テトラヒドロフタル酸によるアミノ基のアシル化; メチルアセトイミデートによるアミド化; シアナトによるアミノ基のカルバモイル化; ピリドキサール-5-リン酸によるリジンのピリドキシル化、続いて水酸化ホウ素ナトリウムによる還元; アルデヒドと反応させ、続いて水酸化ホウ素ナトリウムで還元することによる還元的アルキル化; 及び2,4,6-トリニトロベンゼンスルホン酸（TNBS）によるアミノ基のトリニトロベンジル化等によるアミノ基の修飾を含む。
【０２６０】
カルボキシル基は、O-アシルイソウレア形成に続くカルボジイミド活性化とそれに続く、例えば対応するアミドへの誘導体化によって修飾され得る。
【０２６１】
アルギニン残基のグアニジン基は、2,3-ブタンジオン、フェニルグリオキサール及びグリオキサール等の試薬との複素環式縮合産物の形成によって修飾され得る。
【０２６２】
トリプトファン残基は、例えば、インドール環を、2-ヒドロキシ-5-ニトロベンジルブロミド又はスルホニルハライドでアルキル化することによって、又はN-ブロモスクシンイミドで酸化することによって修飾され得る。
【０２６３】
チロシン残基は、テトラニトロメタンによるニトロ化によって修飾され、3-ニトロチロシン誘導体を形成することが出来る。
【０２６４】
ペプチド合成中に非天然アミノ酸及び誘導体を組み込むことの例は、限定されないが、4-アミノ酪酸、6-アミノヘキサン、4-アミノ-3-ヒドロキシ-5-フェニルペンタン酸、4-アミノ-3-ヒドロキシ-6-メチルヘプタン酸、t-ブチルグリシン、ノルロイシン、ノルバリン、フェニルグリシン、オルニチン、サルコシン、2-チエニルアラニン、セレノシステイン、O-ホスホセリン、及びα,α-ジフルオロメチレンホスホノセリン及び/又はアミノ酸のD-異性体の使用を含む。本発明によって企図される非天然アミノ酸のリストを表3に示す。
【０２６５】
【表４】
2019534317.tif 000035
【０２６６】
本発明のタンパク質性分子は、本質的に膜を透過し得るが、膜透過性部分をタンパク質性分子にコンジュゲーションさせることによって、膜透過性をさらに高めることが出来る。従って、いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、少なくとも1つの膜透過部分を含む。膜透過性部分は、タンパク質性分子の何れかの点でコンジュゲートされ得る。適切な膜透過性部分は、脂質部分、コレステロール、並びに細胞透過性ペプチド及びポリカチオン性ペプチド; 特に脂質部分、等のタンパク質を含む。
【０２６７】
適切な細胞透過性ペプチドは、例えばUS20090047272、US20150266935及びUS20130136742に記載されているペプチドが含まれ得る。従って、適切な細胞透過性ペプチドは、限定されないが、塩基性ポリ（Arg）及びポリ（Lys）ペプチド並びにYGRKKRPQRRR (HIV TAT47-57; 配列番号6)、RRWRRWWRRWWRRWRR (W/R; 配列番号7)、CWK18 (AlkCWK18; 配列番号8)、K18WCCWK18 (Di-CWK18; 配列番号9)、WTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL (Transportan; 配列番号10)、GLFEALEELWEAK (DipaLytic; 配列番号11)、K16GGCRGDMFGCAK16RGD (K16RGD; 配列番号12)、K16GGCMFGCGG (P1; 配列番号13)、K16ICRRARGDNPDDRCT (P2; 配列番号14), KKWKMRRNQFWVKVQRbAK (B) bA (P3; 配列番号15)、VAYISRGGVSTYYSDTVKGRFTRQKYNKRA (P3a; 配列番号16)、IGRIDPANGKTKYAPKFQDKATRSNYYGNSPS (P9.3; 配列番号17)、KETWWETWWTEWSQPKKKRKV (Pep-1; 配列番号18)、PLAEIDGIELTY (Plae; 配列番号19)、K16GGPLAEIDGIELGA (Kplae; 配列番号20)、K16GGPLAEIDGIELCA (cKplae; 配列番号21)、GALFLGFLGGAAGSTMGAWSQPKSKRKV (MGP; 配列番号22)、WEAK(LAKA)2-LAKH(LAKA)2LKAC (HA2; 配列番号23)、(LARL)6NHCH3 (LARL46; 配列番号24)、KLLKLLLKLWLLKLLL (Hel-11-7; 配列番号25)、(KKKK)2GGC (KK;配列番号26)、(KWKK)2GCC (KWK; 配列番号27)、(RWRR)2GGC (RWR; 配列番号28)、PKKKRKV (SV40 NLS7; 配列番号29)、PEVKKKRKPEYP (NLS12; 配列番号30)、TPPKKKRKVEDP (NLS12a; 配列番号31)、GGGGPKKKRKVGG (SV40 NLS13; 配列番号32)、GGGFSTSLRARKA (AV NLS13; 配列番号33)、CKKKKKKSEDEYPYVPN (AV RME NLS17; 配列番号34)、CKKKKKKKSEDEYPYVPNFSTSLRARKA (AV FP NLS28; 配列番号35)、LVRKKRKTEEESPLKDKDAKKSKQE (SV40 N1 NLS24; 配列番号36)、及びK9K2K4K8GGK5 (ロリゴマー; 配列番号37); HSV-1テグメントタンパク質VP22; 核移行シグナル（NES）と融合したHSV-1テグメントタンパク質VP22r; 大腸菌エンテロトキシンEtxB（H57S）の突然変異体Bサブユニット; 解毒された外毒素A（ETA）; HIV-1 Tatタンパク質のタンパク質導入ドメイン、GRKKRRQRRRPPQ (配列番号38); キイロショウジョウバエアンテナペディアドメインAntp (アミノ酸43〜58)、RQIKIWFQNRRMKWKK (配列番号39); ブフォリンII、TRSSRAGLQFPVGRVHRLLRK (配列番号40); hClock-(アミノ酸35〜47) (ヒト時計タンパク質DNA結合ペプチド)、KRVSRNKSEKKRR (配列番号41); MAP (両親媒性ペプチドモデル)、KLALKLALKALKAALKLA (配列番号42); K-FGF、AAVALLPAVLLALLAP (配列番号43);VPMLKE (配列番号44)、VPMLK (配列番号45), PMLKE (配列番号46)又はPMLK (配列番号47)を含む基から選択されるペプチドを含むKu70-由来ペプチド; プリオン、マウスPrpe (アミノ酸1〜28)、MANLGYWLLALFVTMWTDVGLCKKRPKP (配列番号48); pVEC, LLIILRRRIRKQAHAHSK (配列番号49); Pep-I, KETWWETWWTEWSQPKKKRKV (配列番号50); SynBl, RGGRLSYSRRRFSTSTGR (配列番号51); トランスポータン、GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL (配列番号52); トランスポータン-10、AGYLLGKINLKALAALAKKIL (配列番号53); CADY, Ac-GLWRALWRLLRSLWRLLWRA-システアミド(配列番号54); Pep-7、SDLWEMMMVSLACQY (配列番号55); HN-1、TSPLNIHNGQKL (配列番号56); VT5、DPKGDPKGVTVTVTVTVTGKGDPKPD (配列番号57);又はpISL, RVIRVWFQNKRCKDKK (配列番号58)等のArg及びLys残基の非天然アナログを含む塩基性ポリ（Arg）及びポリ（Lys）ペプチドを含み得る。
【０２６８】
好ましい実施形態において、膜透過性部分は、例えばC10-C20脂肪アシル基、特にオクタデカノイル（ステアロイル; C18）、ヘキサデカノイル（パルミトイル; C16）又はテトラデカノイル（ミリストイル； C14）最も具体的には、テトラデカノイルである。好ましい実施形態において、膜透過性部分は、N-又はC-末端アミノ酸残基に、又はタンパク質性分子のリジン側鎖のアミン、特にタンパク質性部分のN-末端アミノ酸残基にコンジュゲート（付着）される。
【０２６９】
本発明の特定の使用及び方法のために、例えば、対象におけるタンパク質性分子の半減期を増加させるために、高レベルの安定性が所望され得る。従って、いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、安定化部分を含み、これは、本明細書において「保護部分」とも称される。安定化部分は、タンパク質性分子上の何れかの点でコンジュゲートされ得る。適切な安定化部分は、ポリエチレングリコール（PEG）又はアセチル基、ピログルタメート又はアミノ基を含むキャッピング部分を含む。好ましい実施形態において、アセチル基及び/又はピログルタメートは、タンパク質性分子のN末端アミノ酸残基にコンジュゲートされる。特定の実施形態において、タンパク質性分子のN末端は、ピログルタミド又はアセトアミドである。好ましい実施形態において、アミノ基は、タンパク質性分子のC末端アミノ酸残基にコンジュゲートされる。特定の実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、C末端に一級アミドを有する。特定の実施形態において、PEGは、タンパク質性分子のN末端又はC末端アミノ酸残基に、又はリジン側鎖のアミンを介して、特にN末端アミノ酸残基又はリジン側鎖のアミンを介してコンジュゲートされる。
【０２７０】
好ましい実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、C末端に一級アミド又は遊離カルボキシル基（C末端酸）及びN末端に一級アミンを有する。
【０２７１】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、環状ペプチドである。理論に拘束されることを望むものではないが、ペプチドの環化はペプチドの分解に対する感受性を減少させると考えられる。特定の実施形態において、タンパク質性分子は、N〜Cへの環化（ヘッドトゥーテイル環化）を用いて、好ましくはアミド結合を介して環化される。そのようなペプチドは、N又はC末端アミノ酸残基を持たない。特定の実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、アミド環化ペプチド骨格を有する。他の実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、側鎖から側鎖への環化を用いて、好ましくは、ジスルフィド結合又はラクタム架橋を介して環化される。
【０２７２】
いくつかの実施形態において、N末端及びC末端は、連結部分を用いて連結される。連結部分は、環化がアミド環化ペプチド骨格を産生できるようにペプチドリンカーであり得る。結合部分のペプチド配列内の変動は可能であり、その結果、結合部分は、タンパク質性分子の物理化学的性質を改変するため、及び潜在的に本発明のタンパク質性分子の副作用を減少させるか、そうでなければ、タンパク質性分子の治療的使用を例えば安定性を改善することによって改善するように修飾され得る。連結部分は、タンパク質性分子の構造的高次構造を実質的に変えることなく、ペプチドのN末端とC末端との間の距離にまたがることに適した長さであり得る。例えば、ペプチド結合部分は、2〜10アミノ酸残基の長さであり得る。いくつかの実施形態において、より長い又はより短いペプチド結合部分が必要とされ得る。
【０２７３】
本発明のタンパク質性分子は、塩又はプロドラッグの形態であり得る。本発明のタンパク質性分子の塩は、好ましくは医薬的に許容されるものであるが、医薬的に許容されない塩も本発明の範囲内に含まれることを理解されたい。
【０２７４】
本発明のタンパク質性分子は、結晶形態及び/又は例えば水和物等の溶媒和化合物の形態であり得る。溶媒和は、当該技術分野において公知の方法を用いて実施され得る。
【０２７５】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、少なくとも1つの他のLSD又はMAO等の他の酵素よりもLSD1を選択的に阻害する。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、他のLSDサブタイプ及びMAOよりもLSD1を選択的に阻害する。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、他のLSD又はMAOの阻害に関して、約2倍、5倍、10倍、20倍、50倍又は約100倍超のLSD1選択性を示す。他の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1に対して少なくとも50倍おおきい阻害を示す。さらなる実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOに対するよりもLSD1に対して少なくとも100倍大きい阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1に対して少なくとも500倍大きい阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のLSD又はMAOよりもLSD1対して少なくとも100倍大きい阻害を示す。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、非選択的LSD1阻害剤である。
【０２７６】
本発明はまた、本発明のタンパク質性分子をコードする核酸分子を企図する。従って、本発明のさらなる態様において、本発明のタンパク質性分子をコードするか、又は式I; 配列番号1、2又は3; 又は本明細書で記載される変異型タンパク質性分子等の本発明のタンパク質性分子をコードするポリヌクレオチド配列に相補的であるポリヌクレオチド配列を含む単離核酸分子が提供される。
【０２７７】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質性分子は、配列番号4のアミノ酸配列からなるタンパク質性分子以外のものである。
【０２７８】
本発明の単離核酸分子は、DNA又はRNAであり得る。核酸がDNA形態である場合、それはゲノムDNA又はcDNAであり得る。本発明の核酸分子のRNA形態は、一般にmRNAである。
【０２７９】
核酸分子は、典型的に、単離されているが、いくつかの実施形態において、核酸分子は、発現ベクター等の他の遺伝子分子に組み込まれていてもよく、連結されてもよく、又は融合若しくは付随されてもよい。一般に、発現ベクターは、ポリヌクレオチド配列に動作可能に連結された転写及び翻訳調節核酸を含む。従って、本発明の他の態様において、式I; 配列番号1、2又は3; 又は本明細書で記載される変異型タンパク質性分子等の本発明のタンパク質性分子をコードするポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターが提供される。
【０２８０】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、本発明のタンパク質性分子をコードするポリヌクレオチド配列を含む、発現ベクター等の1つ以上の発現構築物を導入することによって細胞内で産生され得る。
【０２８１】
本発明は、哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞、マウスエミローマ（NS0）細胞、ベビーハムスター腎臓（BHK）細胞又はヒト胎児腎臓（HEK293）細胞）、酵母細胞（例えば、ピキア・パストリス（Pichia pastoris）細胞、サッカロミセス・セレビシア（Saccharomyces cerevisiae）細胞、シゾサッカロミセス・ポンベ（Schizosaccharomyces pombe）細胞、ハンセヌラ・ポリモーファ（Hansenula polymorpha）細胞、クルイベロミセス・ラクチス（Kluyveromyces lactis）細胞、ヤロウィア・リポリティカ（Yarrowia lipolytica）細胞又はアルクスラ・アデニニボランス（Arxula adeninivorans）細胞）、又は他の細菌細胞（例えば、エシェリキア・コリ（Escherichia coli）細胞、コリネバクテリウムグルタミカム（Corynebacterium glutamicum）又はシュードモナス・フルオレッセンス（Pseudomonas fluorescens）細胞）等の宿主細胞内で本発明のタンパク質性分子を組換え産生することを企図する。
【０２８２】
治療用途に関し、本発明は、LSD1、PKC-θ、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞、特に、脊椎動物細胞、とりわけ、哺乳動物又は鳥類、特に哺乳動物細胞等のLSD1過剰発現細胞内で本発明のタンパク質性分子をインビボで産生することを企図する。
【０２８３】
例えば、US5,976,567に記載されているように、天然又は合成核酸の発現は、典型的に、本発明のタンパク質性分子をコードするポリヌクレオチド配列を調節要素（例えば、構成的又は誘導的であり得るプロモーター）に動作可能で連結し、構築物を発現ベクターに適切に組み入れ、そしてベクターを適切な宿主細胞に導入することによって達成される。典型的なベクターは、転写及び翻訳ターミネーター、転写及び翻訳開始配列及び拡散の発現の調節に有用なプロモーターを含む。ベクターは、少なくとも1つの独立したターミネーター配列、真核生物、原核生物又は両方におけるカセットの複製を可能にする配列（例えばシャトルベクター）、並びに原核生物及び真核生物の両方に対する選択マーカーを含む一般的な発現カセットを任意に含む。ベクターは、原核生物、真核生物、又はその両方における複製及び組み込みに適し得る。Giliman and Smith（Gene, 8: 81-97; Roberts et al. (1987) Nature, 328: 731-734; Berger and Kimmel, Guide to Molecular Cloning Techniques, Methods in Enzymology, volume 152, Academic Press, Inc., San Diego, Calif. (Berger) (1979)）; Sambrook et al.（Molecular Cloning - a Laboratory Manual (2nd ed.) Vol. 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Press, N.Y. (1989)）; 及びAusubel et al.,（Current Protocols in Molecular Biology, eds., Current Protocols, a joint venture between Greene Publishing Associates, Inc. and John Wiley & Sons, Inc. (Supplement) (1994)）を参照。
【０２８４】
レトロウイルス等の真核ウイルス由来の調節エレメントを含む発現ベクターは、典型的に、真核生物における核酸配列の発現に用いられる。SV40ベクターは、pSVT7及びpMT2を含む。ウシパピローマウイルスに由来するベクターは、pBV-1MTHAが含まれ、エプスタインバーウイルスは、pHEBO、及びp205を含む。他の例示的なベクターは、pMSG、pAV009/A+、pMTO10/A+、pMAMneo-5、バキュロウイルスpDSVE及びSV-40初期プロモーター、SV-40後期プロモーター、メタロチオネインプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルスプロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーター、ポリヘドリンプロモーター、又は真核生物における発現に有効な他のプロモーターの制御の下でタンパク質の発現を可能にする何れか他のベクターを含む。
【０２８５】
様々なベクターが用いられ得るが、ウイルスベクターは、標的細胞をトランスフェクトし、標的細胞にゲノムを組み込む効率が高いため、ウイルス発現ベクターは、真核細胞を改変することに有用であることに留意すべきである。この種の例示的な発現ベクターは、限定されないが、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、単純ヘルペスウイルス及び例えばB、C、Dレトロウイルス等のレトロウイルス、並びにスプーマウイルス及び改変レンチウイルスを含むウイルスDNA配列に由来し得る。動物細胞のトランスフェクションのための適切な発現ベクターは、例えば、Wu and Ataai（Curr. Opin. Biotechnol., 11(2): 205-208; Vigna and Naldini (2000) J. Gene Med., 2(5): 308-316 (2000)）; Kay et al.（Nat. Med., 7(1): 33-40; Athanasopoulos et al. (2000) Int. J. Mol. Med., 6(4): 363-375 (2001)）; 及びWalther and Stein（Drugs, 60(2): 249-271 (2000)）によって記載される。
【０２８６】
発現ベクターのポリペプチド又はポリペプチドをコードする部分は、組換え技術を用いて操作される天然に存在する配列又はその変異型を含み得る。変異型の一実施例において、本発明のタンパク質性分子をコードするポリヌクレオチドのコドン組成は、コドン使用バイアス、又は国際公開WO 99/02694及びWO 00/42215に示されるように、特定の哺乳動物細胞若しくは組織型におけるコドン翻訳効率を利用する方法を用いて、哺乳動物宿主における本発明のタンパク質性分子の発現増強を可能にするように改変される。簡単に説明すると、これらの後者の方法は、異なるコドンの翻訳効率が、異なる細胞又は組織間で異なり、これらの違いを遺伝子のコドン組成と共に利用して特定の細胞又は組織型におけるタンパク質の発現を制御することができるという観察に基づく。従って、コドン最適化ポリヌクレオチドの構築のために、親ポリヌクレオチドの少なくとも1つの既存のコドンは、それが置き換える既存の神殿よりも標的細胞又は組織においてより高い翻訳効率を有する同義のコドンと置き換えられる。親核酸分子の全ての既存のコドンをより高い翻訳効率を有する同義のコドンで置き換えることが好ましいが、部分的な置き換えでも発現の増加を達成し得るため、これは必要では無い。適切には、置換工程は、親ポリヌクレオチドの既存のコドンの5%、10%、15%、20%、25%、30%、より好ましくは、35%、40%、50%、60%、70%以上に影響を及ぼす。
【０２８７】
発現ベクターは、それが導入される細胞と適合性があり、その結果、本発明のタンパク質分子は、細胞によって発現可能である。当該発現ベクターは、用いられる発現ベクター及び細胞の特定の選択に依存する何れか適切な手段によって細胞に導入される。そのような導入手段は、当業者に周知である。例えば、導入は、接触（例えば、ウイルスベクターの場合）、エレクトロポレーション、形質転換、形質導入、コンジュゲーション又はトリペアレンタル・メイティング、トランスフェクション、カチオン性油脂との感染膜融合、DNAコート微粒子との高速ボンバードメント、リン酸カルシウム-DNA沈殿物とのインキュベーション、単一細胞への直接的なマイクロインジェクション、及び同様の方法の使用によって達成され得る。他の方法もまた利用可能であり、そして当業者に公知である。あるいは、当該ベクターは、カチオン性脂質、例えばリポソームによって導入される。そのようなリポソームは、市販されている（例えば、Lipofectin(登録商標)、Lipofectamine（商標）、及び同様のものが、Invitrogen Waltham MA、USAによって供給される）。
【０２８８】
本発明のタンパク質性分子は、組換えDNA技術を用いて又は化学合成によって調製され得る。
【０２８９】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、溶液合成又は固相合成等の標準的なペプチド合成方法を用いて調製される。本発明のタンパク質性分子の化学合成は、手動で又は自動合成装置を用いて実施され得る。例えば、線状ペプチドは、Merrifield （J Am Chem Soc, 85(14): 2149-2154(1963)）; Schnolzer, et al.（Int J Pept Protein Res, 40: 180-193(1992)）; Ensenat-Waser, et al.（IUBMB Life, 54:33-36 (2002)）; WO 2002/010193 及びCardosa, et al.（Mol Pharmacol, 88(2): 291-303 (2015)）に記載されているように、Boc又はFmoc化学の何れかを用いた固相ペプチド合成を用いて合成され得る。脱保護及び固体支持体からの切断に続いて、分取クロマトグラフィー等の適切な方法を用いて線状ペプチドが精製される。
【０２９０】
他の実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、環化され得る。環化は、例えば、avies（J Pept Sci, 9: 471-501 (2003)）に記載されるように、いくつかの技術を用いて実施され得る。
【０２９１】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、組換えDNA技術を用いて調製される。例えば、本発明のタンパク質性分子は、以下の工程: （a）本発明のタンパク質性分子をコードし且つ、調節エレメントに動作可能で連結されているポリヌクレオチド配列を含む構築物の調製工程; （b）構築物を宿主細胞に導入する工程; （c）宿主細胞を培養してポリヌクレオチド配列を発現させ、それによって、本発明のコードタンパク質性分子を産生する工程; 及び（d）宿主細胞から本発明のタンパク質性分子を単離する工程、を含む手順によって調製され得る。本発明のタンパク質性分子は、例えば、Klint, et al. （PLOS One, 8(5): e63865(2013)）; Sambrook, et al. （Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbour Press) (1989)、特にセクション16及び17）; Ausubel, et al. （Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Inc.) (1998)、特にチャプター10及び16）; 及びColigan, et al. （Current Protocols in Protein Science (John Wiley and Sons, Inc.) (1997)、特にチャプター1、5及び6）に記載されているような標準的なプロトコールを用いて組換えで調製され得る。
【０２９２】
医薬組成物
本発明のとおりに、LSD1阻害剤は、免疫チェックポイントの阻害、特にPD-L1及び/又はPD-L2の阻害のための組成物及び方法において有用である。本発明のタンパク質性分子はまた、癌又は感染症等のLSD1、PKC、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現を含む状態の治療又は予防のための組成物及び方法においても有用である。従って、いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、医薬組成物の形態であり得、ここで、医薬組成物は、LSD1阻害剤及び医薬的に許容される担体又は希釈剤を含む。いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、本発明のタンパク質性分子である。
【０２９３】
LSD1阻害剤は、中性又は塩形態として医薬組成物に製剤化され得る。
【０２９４】
当業者に理解され得るように、医薬的に許容される単体又は希釈剤の選択は、投与経路並びに病状の性質及び治療されるべき対象に依存し得る。特定の単体又は送達システム及び投与経路は、当業者によって容易に決定され得る。担体又は送達システム及び投与経路は、製剤の調製中にLSD1阻害剤の活性が枯渇しないように、そしてLSD1阻害剤が、無傷で作用部位に到達することが出来るように注意深く選択されるべきである。本発明の医薬組成物は、限定されないが、経口、直腸、局所、鼻腔内、眼内、経粘膜、腸管、経腸、筋肉内、皮下、脊髄内、髄腔内、脳室内、脳内、膣内、膀胱内、静脈内又は腹腔内投与を含む様々な経路で投与され得る。
【０２９５】
注射用途に適した医薬的な形態は、滅菌注射溶液又は分散液、及び滅菌注射溶液の調製のための滅菌粉末を含む。そのような形態は、製造及び貯蔵の条件下で安定であるべきであり、そして還元、酸化及び微生物汚染に対して保護され得る。
【０２９６】
当業者は、従来のアプローチを用いてLSD1阻害剤のための適切な製剤を容易に決定することが出来る。製剤化及び投与のための技術は、例えば、Remington（Remington’s Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1980)、最新版）に見出され得る。
【０２９７】
好ましいpH範囲及び抗酸化剤等の適切な賦形剤の同定は、例えば、Katdare and Chaubel （Excipient Development for Pharmaceutical, Biotechnology and Drug Delivery Systems (CRC Press) (2006)）に記載されているように、当該技術分野において日常的なものである。緩衝液系は、所望の範囲のpH値を提供するために日常的に用いられ、限定されないが、酢酸塩、クエン酸塩、乳酸塩、酒石酸塩及びコハク酸塩等のカルボン酸緩衝液; グリシン; ヒスチジン; リン酸塩; トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン(Tris); アルギニン; 水酸化ナトリウム; グルタミン酸; 及び炭酸塩緩衝液を含み得る。適切な酸化防止剤は、限定されないが、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)及びブチル化ヒドロキシアニソール等のフェノール化合物; ビタミンE; アスコルビン酸; メチオニン又は亜硫酸エステル等の還元剤; エチレンジアミン四酢酸(EDTA)等の金属キレート剤; システイン塩酸塩; 亜硫酸水素ナトリウム; メタ重亜硫酸ナトリウム; 亜硫酸ナトリウム; アスコルビルパルミテート; レシチン; 没食子酸プロピル; 及びαトコフェロールを含む。
【０２９８】
注射のために、LSD1阻害剤は、水溶液中で、適切にはハンクス溶液、リンゲル溶液又は生理食塩水緩衝液等の生理学的に適合性のある緩衝液中で製剤化され得る。経粘膜投与のために、浸透すべきバリアに適した浸透剤を製剤に用いる。そのような浸透剤は、一般に当該技術分野で公知である。
【０２９９】
本発明の組成物は、許容される希釈剤（生理食塩水及び滅菌水等）を含む液体の形態で投与用に製剤化され得、又は所望の質感、粘度及び外観を与える許容される希釈剤又は担体を含むローション、クリーム又はゲルの形態であり得る。許容される希釈剤及び担体は、当業者に周知であり、限定されないが、エトキシル化及び非エトキシル化界面活性剤、脂肪アルコール、脂肪酸、炭化水素油(例えば、パーム油、ココナッツ油、及びミネラルオイル)、カカオバターワックス、シリコンオイル、pHバランサー、セルロース誘導体、非イオン性有機及び無機塩基性等の乳化剤、防腐剤、ワックスエステル、ステロイドアルコール、トリグリセリドエステル、レシチン及びセファリン等のリン脂質、多価アルコールエステル、脂肪アルコールエステル、親水性ラノリン誘導体及び親水性ミツロウ誘導体を含む。
【０３００】
あるいは、LSD1阻害剤は、当該技術分野において周知の医薬的に許容される担体を用いて経口投与に適した投与量に容易に製剤化され得、これはまた、本発明の実施に企図される。そのような担体は、治療される患者による経口摂取のために、本発明の生物活性剤を錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤等の剤型に製剤化することを可能にする。これらの担体は、糖、デンプン、セルロース及びその誘導体、モルト、ゼラチン、タルク、硫酸カルシウム、植物油、合成油、ポリオール、アルギン酸、リン酸緩衝液、乳化剤、等張食塩水及び発熱物質を含まない水から選択され得る。
【０３０１】
非経口用の医薬的組成物は、水溶性形態のLSD1阻害剤の水性溶液を含む。加えて、LSD1阻害剤の懸濁液は、適切な油性注射用懸濁液として調製され得る。適切な親油性溶媒又はビヒクルは、ゴマ油等の脂肪油、又はオレイン酸エチル又はトリグリセリド等の合成脂肪酸エステルを含む。水性注射懸濁液は、カルボキシメチルセルロース、ソルビトール又はデキストラン等の懸濁液の粘度を増加させる物質を含み得る。任意で、懸濁液は、適切な安定剤又は化合物の溶解度を高めて高濃度溶液の調製を可能にする薬剤を含み得る。
【０３０２】
滅菌溶液は、適切な溶媒中の必要量の活性化合物を、必要に応じて上記のような他の賦形剤と混合され得、続いて例えば濾過等によって滅菌することによって調製され得る。一般に、分散液は、様々な滅菌活性化合物を、塩基性分散溶媒及び上記のような必要な賦形剤を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。無菌乾燥粉末は、活性化合物及び上記のような他の賦形剤を含む滅菌溶液を真空又は凍結乾燥することによって調製され得る。
【０３０３】
経口用途の医薬的調製物は、LSD1阻害剤を固体賦形剤と混合し、必要であれば、錠剤又は糖衣錠コアを得るために適当な補助剤を加えた後に顆粒の混合物を加工することによって得ることが出来る。適切な賦形剤は、特に、ラクトース、スクロース、マンニトール、又はソルビトールを含む糖; 例えば、トウモロコシデンプン、コムギデンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントガム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、及び/又はポリビニルピロリドン（PVP）等のセルロース調製物等の充填剤である。必要に応じて、架橋ポリビニルピロリドン、アガー、又はアルギン酸若しくはアルギン酸ナトリウム等のその塩等の崩壊剤が加えられ得る。そのような組成物は、何れかの製薬の方法によって調製され得るが、全ての方法は、１つ以上の必要な成分を構成する担体と上記の１つ以上の治療薬とを会合させる工程を含む。一般に、本発明の医薬組成物は、それ自体が既知の方法、例えば、従来の混合、溶解、造粒、糖衣錠製造、レビゲート、乳化、カプセル化、封入又は凍結乾燥プロセスの方法等で製造され得る。
【０３０４】
糖衣錠コアには、適切なコーティングが施されている。この目的のために、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコール、及び/又は二酸化チタン、ラッカー溶液、並びに適切な有機溶媒又は溶媒混合物を任意に含み得る濃縮糖溶液が用いられ得る。染料又は顔料は、識別のため、又は粒子用量の異なる組み合わせを特徴づけるために錠剤又は糖衣錠コーティングに添加され得る。
【０３０５】
経口使用可能な医薬品は、ゼラチン製の押込みばめ型カプセル、並びにゼラチン及びグリセロール又はソルビトール等の可塑剤で造られた軟密封カプセルを含む。押込みばめカプセルは、ラクトース等の充填剤、デンプン等の結合剤、及び/又はタルク若しくはステアリン酸マグネシウム等の潤滑剤、及び任意に安定剤との混合物中に活性成分を含むことが出来る。軟カプセル剤において、活性成分は、脂肪油、流動パラフィン、又は液体ポリエチレングルコール等の適切な液体に溶解又は縣濁され得る。さらに、安定剤が加えられ得る。
【０３０６】
LSD1阻害剤は、放出調節調製物及び製剤、例えば、高分子ミクロスフェア製剤、並びに油性又はゲルベース製剤に組み込まれ得る。
【０３０７】
特定の実施形態において、LSD1阻害剤は、多くの場合デポー製剤又は持続放出性製剤で好ましくは皮下組織又は網の組織（omental tissue）である組織内に直接LSD1阻害剤を注射する等の全身的ではなく局所的に投与され得る。他の実施形態において、LSD1阻害剤は、全身投与される。
【０３０８】
さらに、LSD1阻害剤は、細胞又は組織を標的とし、選択的に取り込まれることに適した粒子等の標的薬物送達システムで投与され得る。いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、リポソーム、ミセル、デンドリマー、生物分解性粒子、人工DNAナノ構造、脂質ベースのナノ粒子、及び炭素又は旧式ナノ粒子から選択されるビヒクルを含むか、又はそうでなければ関連する。この種の例示的な実施例において、ビヒクルは、ポリ（乳酸）（PLA）、ポリ（グリコール酸）（PGA）、ポリ（乳酸-コ-グリコール酸）（PLGA）、ポリ（エチレングリコール）（PEG）、PLA-PEGコポリマー及びそれらの組み合わせから選択される。
【０３０９】
局所投与又は選択的摂取の場合において、薬剤の有効局所濃度は、血漿中濃度と関係しない可能性がある。
【０３１０】
投与の容易さ及び投与量の均一性のために、組成物を投与単位形態に製剤化することが有効である。本発明の新規単位剤型の決定は、活性物質の特徴、達成されるべき特定の治療効果、及び本明細書に詳細に開示されるように、身体的健康が損なわれている疾患の状態を有する生存している対象における疾患の治療のための活性物質の配合の分野における固有の制限によって決定され、直接依存する。
【０３１１】
LSD1阻害剤は、対象に投与される唯一の活性成分であり得るが、前期LSD1阻害剤と同時に他の活性成分を投与することは、本発明の範囲内である。例えば、いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、1つ以上の癌療法又は抗感染症薬と同時に投与され得る。LSD1阻害剤は、癌療法若しくは抗感染症薬の後に使用され得るか、又は癌療法若しくは抗感染症薬と一緒に治療的に用いられ得る。LSD1阻害剤は、他の活性成分と別々に、同時に又は順次に投与され得る。
【０３１２】
従って、本発明の他の態様において、LSD1阻害剤及び抗感染症薬を含む組成物が提供される。本発明はまた、LSD1阻害剤を含む組成物及び癌療法を企図する。
【０３１３】
適切な癌療法は、限定されないが、放射線療法、外科手術、化学療法、ホルモン除去療法、アポトーシス促進療法及び免疫療法を含む。
【０３１４】
適切な放射線療法は、例えば、γ線照射、X線、UV照射、マイクロ波、電子放出及び放射性同位元素等の放射線及びDNA損傷を誘発する波動を含む。典型的に、治療は、限局性腫瘍部位に上記の形態の放射線を照射することによって達成され得る。最も可能性が高いことは、これらの要因の全てが、DNAの前駆体に対して、DNAの複製及び修復に対して、並びに染色体の組み立て及び維持に対して、DNAに広範囲の損傷を引き起こすことである。
【０３１５】
X線の線量範囲は、3〜4週間のような長期間にわたる50〜200レントゲンの一日量から2000〜6000レントゲンの単回量までの範囲である。放射性同位元素の線量範囲は大きく異なり、同位元素の半減期、放出される放射線の強度及び型、及び新生物細胞による取り込みに依存する。適切な放射線療法は、限定されないが、コンフォーマル外部ビーム放射線療法（4〜8週間にわたるフラクションとして与えられる50〜100グレイ）、単発又は分割高線量近接照射療法、持続間質近接照射療法、及びストロンチウム89等の全身性放射性同位元素を含む。いくつかの実施形態において、放射線療法は、放射線増感剤と共に投与され得る。適切な放射線増感剤は、限定されないが、エファプロキシラール（efaproxiral）、エタニダゾール（etanidazole）、フルオソル（fluosol）、ミソニダゾール（misonidazole）、ニモラゾール（nimorazole）、テモポルフィン（temoporfin）及びチラパザミン（tirapazamine）を含む。
【０３１６】
適切な化学療法剤は、限定されないが、アルキル化剤（例えば、シスプラチン（cisplatin）、カルボプラチン（carboplatin）、シクロホスファミド（cyclophosphamide）、ナイトロジェンマスタード（nitrogen mustard）、メルファラン（melphalan）、クロラムブシル（chlorambucil）、ブスルファン（busulphan）及びニトロソウレア（nitrosoureas））、代謝拮抗薬（例えば、5-フルオロウラシル（5-fluorouracil）及びテガフール（tegafur）のようなフルオロピリジン、ラルチトレキセド（raltitrexed）、メトトレキサート（methotrexate）、シトシンアラビノシド（cytosine arabinoside）及びヒドロキシウレア（hydroxyurea）等の葉酸代謝拮抗薬）、抗腫瘍抗生物質（例えば、アドリアマイシン（adriamycin）、ブレオマイシン（bleomycin）、ドキソルビシン（doxorubicin）、ダウノマイシン（daunomycin）、エピルビシン（epirubicin）、イダルビシン（idarubicin）、マイトマイシン-C（mitomycin-C）、ダクチノマイシン（dactinomycin）及びミトラマイシン（mithramycin）等のアントラサイクリン）、抗有糸分裂剤（例えば、ビンクリスチン（vincristine）、ビンブラスチン（vinblastine）、ビンデシン（vindesine）及びビノレルビン（vinorelbine）のようなビンカアルカロイド、並びにパクリタキセル（paclitaxel）及びドセタキセル（docetaxel）のようなタキソイド）、及びトポイソメラーゼ阻害剤（例えば、エトポシド（etoposide）及びテニポシド（teniposide）のようなエピポドフィロトキシン、アムサクリン（amsacrine）、トポテカン（topotecan）及びカンプトテシン（camptothecin））を含む抗増殖性/抗新生物薬及びそれらの組み合わせ; 例えば、抗エストロゲン薬（例えば、タモキシフェン（tamoxifen）、トレミフェン（toremifene）、ラロキシフェン（raloxifene）、ドロロキシフェン（droloxifene）及びイドキシフェン（idoxifene））、エストロゲン受容体下方制御因子（例えば、フルベストラント（fulvestrant））、抗アンドロゲン剤（例えば、ビカルタミド（bicalutamide）、フルタミド（flutamide）、ニルタミド（nilutamide）及び酢酸シプロテロン（cyproterone acetate））、UHアンタゴニスト又はLHRHアゴニスト（例えば、ゴセレリン（goserelin）、ロイプロレリン（leuprorelin）及びブセレリン（buserelin））、プロゲストゲン（例えば、酢酸メゲストロール（megestrol acetate））、アロマターゼ阻害剤（例えば、アナストロゾール（anastrozole）、レトロゾール（letrozole）、ボロゾール（vorozole）及びエキセメスタン（exemestane））及びフィナステリド（finasteride）等の５α-レダクターゼの阻害剤等の細胞増殖抑制剤; 癌細胞浸潤を阻害する薬剤（例えば、マリマスタット（marimastat）のようなメタロプロテイナーゼ阻害剤及びウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベーター受容体機能の阻害剤）; 例えば、成長因子抗体、成長因子受容体抗体（例えば、抗erbb2抗体トラスツズマブ（trastuzumab）［Herceptin（商標）］及び抗erbb1抗体セツキシマブ（Cetuximab）［C225］）、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、MEK阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤及びセリン/トレオニンキナーゼ阻害剤、例えば、上皮成長因子ファミリーの他の阻害剤（例えば、N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-7-メトキシ-6-（3-モルホリノプロポキシ）キナゾリン-4-アミン等の他のEGFRファミリーチロシンキナーゼ阻害剤（ゲフィチニブ（Gefitinib）、AZD1839）、N-（3-エチニルフェニル）-6,7-ビス（2-メトキシエトキシ）キナゾリン-4-アミン（エロチニブ（Erlotinib）、OSI-774）及び6-アクリルアミド-N-（3-クロロ-4-フルオロフェニル）-7-（3-モルホリノプロポキシ）キナゾリン-4--アミン（CI 1033）、例えば、血小板由来成長因子ファミリーの阻害剤及び例えば、肝細胞成長因子ファミリーの阻害剤を含む成長因子機能の阻害剤; 血管内皮成長因子の作用を阻害するもの等の抗血管新生剤（例えば、抗血管内皮細胞成長因子抗体ベバシズマブ（bevacizumab）[アバスチン（Avastin）（商標）]、国際特許出願WO 97/22596、WO 97/30035、WO 97/32856及びWO 98/13354に開示されるような化合物）、及び他の機序によって作用する化合物（例えば、リノミド、インテグリンαvβ3機能の阻害剤及びアンジオスタチン（angiostatin））; コンブレタスタチンA4及び国際特許出願WO 99/02166、WO 00/40529、WO 00/41669、WO 01/92224、WO 02/04434及びWO 02/08213に開示される化合物等の血管損傷剤; 例えばISIS2503、抗ras抗体等の上記に列挙した標的に対するアンチセンス療法; 例えば、シトシンデアミナーゼ、チミジンキナーゼ又は細菌ニトロレダクターゼ酵素を使用するもの等の異常なp53又は異常なGDEPT（遺伝子指向酵素プロドラッグ）等の異常な遺伝子を置換するためのアプローチ及び多剤耐性遺伝子治療等の化学療法又は放射線療法に対する患者の耐性を高めるアプローチを含む、遺伝子治療アプローチ、を含み得る。
【０３１７】
適切な免疫療法アプローチは、限定されないが、インターロイキン2、インターロイキン4又は顆粒球マクロファージコロニー刺激因子を含むサイトカインによるトランスフェクション等、患者の腫瘍細胞の免疫原性を高めるためのエクスビボ及びインビトロでのアプローチ; T細胞アネルギーを減少させるためのアプローチ; サイトカイントランスフェクト樹状細胞等のトランスフェクト免疫細胞を用いるアプローチ; サイトカイントランスフェクト腫瘍細胞株を用いるアプローチ; 及び抗イディオタイプ抗体を用いたアプローチを含み得る。これらのアプローチは一般に、癌細胞を標的とし破壊するための免疫エフェクター細胞及び分子（本明細書では「免疫調節剤」として包含される）の使用に依存している。免疫エフェクターは、例えば、悪性細胞の表面上のいくつかのマーカーに特異的な抗体であり得る。抗体は単独で、治療のエフェクターとして役立ち得、又は細胞死滅を促進するために他の細胞を動員し得る。抗体はまた、薬物又は毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンA鎖、コレラ毒素、百日咳毒素等）にコンジュゲートさせることができ、単に標的化剤としての役割を果たす。あるいは、エフェクターは、悪性細胞標的と直接的又は間接的に相互作用する表面分子を担持するリンパ球であり得る。種々のエフェクター細胞には、細胞傷害性T細胞及びNK細胞を含む。
【０３１８】
他の癌治療法の例は、植物療法、寒冷療法、毒素療法又はアポトーシス促進療法を含む。当業者は、このリストが、癌及び他の増殖性の病変に利用可能な治療様式の種類を網羅するものでないことが理解され得る。
【０３１９】
適切な抗感染症薬は、限定されないが、ウイルス、細菌、酵母、真菌、原生動物等の微生物を殺傷するか又は成長を阻害する化合物を含み得るがこれらに限定されない抗微生物剤を含み、及び、従って、抗生物質、抗アメーバ剤、抗真菌剤、抗原虫剤、抗マラリア剤、抗結核剤、抗ウイルス剤を含む。抗感染症薬はまた、その範囲内に駆虫剤及び抗線虫剤を含む。
【０３２０】
例示的な抗生物質は、キノロン（例えば、アミフロキサシン、シノキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、フルメキン、ロメフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、レボフロキサシン、オキソリン酸、ペフロキサシン、ロソキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、スパルフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、モキシフロキサシン、ゲミフロキサシン、トロバフロキサシン及びガレノキサシン）、テトラサイクリン、グリシルサイクリン及びオキサゾリジノン（例えば、クロルテトラサイクリン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、チゲサイクリン、リネゾリド、テジゾリド及びエペレゾリド）、グリコペプチド、アミノグリコシド（例えば、アミカシン、アルベカシン、ブチロシン、ジベカシン、フォルチマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、メノマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、リボスタマイシン、シソマイシン、スペクチノマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン）、β-ラクタム（例えば、イミペネム、メロペネム、ビアペネム、セファクロル、セファドロキシル、セファマンドール、セファトリジン、セファゼドン、セファゾリン、セフィキシム、セフメノキシム、セフォジジム、セフォニシド、セフォペラゾン、セフォラニド、セフォタキシム、セフォチアム、セフピミゾール、セフピラミド、セフポドキシム、セフスロジン、セフタジジム、セフテラム、セフテゾール、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフロキシム、セフゾナム、セファセトリル、セファレキシン、セファログリシン、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セフラジン、セフィネタゾール、セフォキシチン、セフォテタン、クラブラン酸、アズトレオナム、カルモナム、フロモキセフ、モキサラクタム、アムジノシリン、アモキシシリン、アンピシリン、アゾシリン、カルベニシリン、ベンジルペニシリン、カルフェシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、メチシリン、メズロシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンG、ピペラシリン、スルベニシリン、テモシリン、チカルシリン、セフジトレン、SC004、KY-020、セフジニル、セフチブテン、FK-312、S-1090、CP-0467、BK-218、FK-037、DQ-2556、FK-518、セフォゾプラン、ME1228、KP-736、CP-6232、Ro 09-1227、OPC-20000、LY206763）、リファマイシン、マクロライド（例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フィダキソマイシン、オレアンドマイシン、ロキタマイシン、ロサラマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン）、ケトライド（例えば、テリスロマイシン、セスロマイシン）、クメルマイシン、リンコサミド（例えば、クリンダマイシン、リンコマイシン）、クロラムフェニコール及びそれらの塩及びそれらの組み合わせを含む。
【０３２１】
例示的な抗ウイルス薬は、アバカビル、アシクロビル、アデフォビル、アマンタジン、アンプレナビル、アタザナビル、ボセプレビル、シドフォビル、ダクラタスビル、ダルナビル、デラビルジン、ジダノシン、ドルテグラビル、エファビレンツ、エルビテグラビル、エムトリシタビン、エンフビルチド、エンタカビル、エトラビリン、ファムシクロビル、ホミビルセン、ホスアンプレナビル、フォスカーネット、ガンシクロビル、インジナビル、ラミブジン、ラミブジン/ジドブジン、ロペナビル、マラビロック、ネルフィナビル、ネビラピン、オセルタミビル、PEG-インターフェロンアルファ-2b、ペラミビル、ラルテグラビル、リバビリン、リルピビリン、リマンタジン、リトナビル、サキナビル、シメプレビル、ソフォスビル、スタブジン、テラプレビル、テルビブジン、テノホビル、チプラナビル、バラシクロビル、バルガンシクロビル、ザルシタビン、ザナミビル、ジドブジン及びそれらの塩及びそれらの組み合わせを含む。
【０３２２】
適切な抗アメーバ剤又は抗原虫剤は、限定されないが、アトバコン、クロロキン、ヨードキノール、メフロキン、メトロニダゾール、ニタゾキサニド、パラモマイシン、ペンタミジン、チニダゾール及びそれらの塩及びそれらの組み合わせを含む。駆虫剤は、メベンダゾール、ピランテル、プラジカンテル、ミルテフォシン、アルベンダゾール、イベルメクチン、チアベンダゾール及びそれらの塩及びそれらの組み合わせから選択される少なくとも1つであり得る。例示的な抗真菌剤は、アムホテリシンB、アムホテリシンBコレステリル硫酸塩錯体、アムホテリシンB脂質錯体、アムホテリシンBリポソーム、アニドラフンギン、カスポファンギン、クロトリマゾール、フルコナゾール、フルシトシン、グリセオフルビン、グリセオフルビンマイクロサイズ、グリセオフルビンウルトラマイクロサイズ、イサブコナゾニウム、イトラコナゾール、ケトコナゾール、ミカファンギン、ミコナゾール、ナイスタチン、ポサコナゾール、テルビナフィン、ボリコナゾール及びそれらの塩及びそれらの組み合わせから選択され得る。適切な抗マラリア剤は、限定されないが、クロロキン、ドキシサイクリン、ヒドロキシクロロキン、メフロキン、プリマキン、ピリメタミン、スルファドキシンとピリメタミン、キニーネ及びそれらの塩及びそれらの組み合わせを含む。抗結核剤は、制限されないが、アミノサリチル酸、ベダキリン、カプレオマイシン、クロファジミン、シクロセリン、ダプソン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファブチン、リファンピン、リファペンチン、ストレプトマイシン及びそれらの塩及びそれらの組み合わせを含む。
【０３２３】
化学療法及び放射線療法が、急速に細胞を分裂させること、及び/又は細胞周期又は細胞分裂を乱すことを標的とすることはよく知られている。これらの治療法は、癌のいくつかの形態の治療の一部として提供されており、それらの進行を遅らせるか、又は根治的治療によって疾患の症状を元に戻すことを目的とする。しかしながら、これらの癌治療は、免疫無防備状態の状態及びそれに伴う病原性感染症をもたらす可能性があり、従って、本発明はまた、LSD1阻害剤、癌療法、及び癌療法から生じる免疫無防備状態から発症する又は発症の危険性が高い感染に対して有効である抗感染症薬を使用する併用療法にも及ぶ。適切な抗感染症薬は、上記の通りである。
【０３２４】
前述のように、LSD1阻害剤は、単位剤型の適切な医薬的に許容される担体と共に有効量で便利且つ、効果的な投与のために配合され得る。いくつかの実施形態において、単位剤型は、LSD1阻害剤を約0.25μg〜約2000mgの範囲の量で含み得る。LSD1阻害剤は、約0.25μg〜約2000mg/mLの担体の量で存在し得る。医薬組成物が、1つ以上の追加の活性成分を含む実施形態において、投与量は、前記成分の通常の投与量及び投与法を参照することによって決定される。
【０３２５】
4. 免疫チェックポイント阻害の方法
本発明者達は、LSD1の阻害剤が、PD-L1及び/又はPD-L2、特にPD-L1の核移行を含む免疫チェックポイント、特にPD-L1及び/又はPD-L2を阻害することを確認した。従って、本発明者達は、LDS1阻害剤は、免疫調節剤による標的抗原に対する対象の免疫応答の増強、抗感染症剤の有効性の増強、抗感染症の有効性を増強するため、又は転移性癌等の癌又は感染症の治療のためを含む広範囲の用途に用いられ得ると考えた。
【０３２６】
従って、本発明の他の態様において、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞をLSD1阻害剤と接触させることを含む、PD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害する方法が提供される。本発明はまた、PD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害することに用いるためのLSD1阻害剤を企図する。
【０３２７】
PD-L1及び/又はPD-L2活性の阻害は、限定されないが、PD-L1及び/又はPD-L2とPD-1の相互作用の阻害、PD-L1及び/又はPD-L2発現の阻害、又はPD-L1及び/又はPD-L2の核移行の阻害を含む。
【０３２８】
従って、本発明のさらに別の態様において、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞とLSD1阻害剤を接触させることを含む、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害する方法が提供される。本発明はまた、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害するためのLSD1阻害剤の使用; PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害することに用いるためのLSD1阻害剤; 及びD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害するための医薬の製造におけるLSD1阻害剤の使用を提供する。
【０３２９】
特定の実施形態において、PD-L1及び/又はPD-L2過剰発現細胞は、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞、特に癌幹細胞腫瘍細胞である。
【０３３０】
本発明はまた、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害するために用いるLSD1阻害剤、並びに対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2を阻害するための医薬の製造におけるLSD1阻害剤の使用を企図する。いくつかの実施形態において、対象は、PD-L1及び/又はPD-L2活性が上昇した。いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤は、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2、特にPD-L1の核移行を阻害する。
【０３３１】
従って、本発明はまた、対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、PD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害する方法にも及ぶ。他の態様において、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害するためのLSD1阻害剤の使用を提供する。本発明はまた、対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害するための医薬の製造におけるLSD1阻害剤の使用、及び対象におけるPD-L1及び/又はPD-L2の核移行を阻害するために用いるLSD1阻害剤を提供する。
【０３３２】
いくつかの実施形態において、LSD1は、選択的LSD1阻害剤である。他の実施形態において、LSD1は、非選択的LSD1阻害剤である。
【０３３３】
PD-L1及び/又はPD-L2活性に関連するいくつかの病状が存在する。従って、本発明はまた、PD-L1及び/又はPD-L2活性の阻害が、治療の有効性の増加を含む有効な治療と関連する病状の治療のためのLSD1阻害剤の使用を企図する。本発明はまた、PD-L1及び/又はPD-L2の阻害が、有効な治療に関連する、対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、対象における病状を治療する方法を提供する。さらなる態様において、本発明は、PD-L1及び/又はPD-L2の阻害が有効な治療と関連する対象における病状を治療するための医薬の製造におけるLSD1阻害剤の使用を提供する。
【０３３４】
PD-L1及び/又はPD-L2活性が関与する病状は、限定されないが、癌、特に転移性の癌、又は感染症、特に病原性感染症を含む。
【０３３５】
従って、いくつかの実施形態において、対象は、癌又は感染症である。特定の実施形態において、対象は、癌、特に転移性癌である。
【０３３６】
いくつかの実施形態において、癌は、限定されないが、乳癌、前立腺癌、肺癌、膀胱癌、膵臓癌、結腸癌、黒色腫、網膜芽細胞腫、肝臓癌又は脳腫瘍; 具体的に乳癌; さらに具体的には転移性乳癌から選択される。
【０３３７】
いくつかの実施形態において、対象は、感染症、特に病原性感染症を有する。当該感染症は、限定されないが、ウイルス、細菌、酵母、真菌、蠕虫又は原虫感染症を含み得る。本発明によって企図されるウイルス感染症は、限定されないが、HIV、肝炎、インフルエンザウイルス、日本脳炎ウイルス、エプスタインバーウイルス、単純ヘルペスウイルス、フィロウイルス、ヒトパピローマウイルス、ヒトT細胞リンパ球向性ウイルス、ヒトレトロウイルス、サイトメガロウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、ポリオウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、おたふく風邪ウイルス、アデノウイルス、エンテロウイルス、ライノウイルス、エボラウイルス、西ナイルウイルス及び呼吸器多核体ウイルス; 特にHIV、肝炎、インフルエンザウイルス、日本脳炎ウイルス、エプスタインバーウイルス及び呼吸器多核体ウイルスによって引き起こされる感染症から選択され得る。細菌感染症は、制限されないが、ナイセリア種（Neisseria species）、メニンゴコッカル種（Meningococcal species）、ヘモフィルス種（Haemophilus species）、サルモネラ種（Salmonella species）、ストレプトコッカル種（Streptococcal species）、レジオネラ種（Legionella species）、マイコプラズマ種（Mycoplasma species）、バシルス種（Bacillus species）、スタフィロコッカス種（Staphylococcus species）、クラミジア種（Chlamydia species）、アクチノミセス種（Actinomyces species）、アナベナ種（Anabaena species）、バクテロイデス種（Bacteroides species）、デロビブリオ種（Bdellovibrio species）、ボルデテラ種（Bordetella species）、ボレリア種（Borrelia species）、カンピロバクター種（Campylobacter species）、カウロバクター種（Caulobacter species）、クロルビウム種（Chlrorbium species）、クロマチウム種（Chromatium species）、クロストリジウム種（Chlostridium species）、コリネバクテリウム種（Corynebacterium species）、サイトファガ種（Cytophaga species）、デイノコッカス種（Deinococcus species）、エシェリキア種（Escherichia species）、フランシセラ種（Francisella species）、ヘリコバクター種（Helicobacter species）、ヘモフィルス種（Haemophilus species）、ハイフォミクロビウム種（Hyphomicrobium species）、レプトスピラ種（Leptospira species）、リステリア種（Listeria species）、ミクロコッカス種（Micrococcus species）、ミキソコッカス種（Myxococcus species）、ニトロバクター種（Nitrobacter species）、オシラトリア種（Oscillatoria species）、プロクロロン種（Prochloron species）、プロテウス種（Proteus species）、シュードモナス種（Pseudomonas species）、ロドスピリラム種（Rhodospirillum species）、リケッチア種（Rickettsia species）、シゲラ種（Shigella species）、スピリルム種（Spirillum species）、スピロヘータ種（Spirochaeta species）、ストレプトマイセス種（Streptomyces species）、チオバチルス種（Thiobacillus species）、トレポネーマ種（Treponema species）、ビブロ種（Vibrio species）、エルシニア種（Yersinia species）、ノカルジア種（Nocardia species）及びマイコバクテリウム種（Mycobacterium species）; 特にナイセリア種、メニンゴコッカル種、ヘモフィルス種、サルモネラ種、ストレプトコッカル種、レジオネラ種及びマイコバクテリウム種によって引き起こされる感染症によるものを含む。本発明に含まれる原虫感染症は、限定されないが、プラスモジウム種（Plasmodium species）、リーシュマニア種（Leishmania species）、トリパノソーマ種（Trypanosoma species）、トキソプラズマ種（Toxoplasma species）、エントアメーバ種（Entamoeba species）及びジアルジア種（Giardia species）によって引き起こされるものを含む。蠕虫感染症は、限定されないが、シストソーマ種（Schistosoma species）によって引き起こされる感染症を含む。本発明によって企図される真菌感染症は、限定されないが、ヒストプラズマ種（Histoplasma species）カンジダ種（Candida species）によって引き起こされる感染症を含む。
【０３３８】
特定の実施形態において、LSD1阻害剤は、上記に広範に記載されているようなLSD1、特に、式I、配列番号1、2若しくは3、又はその変異体を含む、それからなる、又は本質的にそれからなるタンパク質性分子の残基108〜118に相当する配列を含む、それからなる、又は本質的にそれからなるタンパク質性分子である。
【０３３９】
本発明はまた、抗感染症剤の有効性を増強するためのLSD1阻害剤の使用に及ぶ。従って、本発明の別の態様において、対象にLSD1阻害剤を投与することを含む、対象における抗感染症薬の効力を増強する方法が提供される。本発明はまた、対象における抗感染症剤の効力を増強するための医薬の製造におけるLSD1阻害剤の使用、及び対象における抗感染症剤の効力を増強することに使用するためのLSD1阻害剤の使用が提供される。
【０３４０】
抗感染症剤は、限定されないが、ウイルス、細菌、酵母、真菌、原核生物等の微生物を殺傷するか、増殖を阻害する何れかの化合物を含み得、従って、抗感染症剤は、抗生物質、抗アメーバ剤、抗真菌剤、抗原虫剤、抗マラリア剤、抗結核剤及び抗ウイルス剤を含む。抗感染症剤はまた、その範囲内に駆虫剤及び殺線虫剤を含む。例示的な抗生物質、殺菌剤、抗真菌剤、抗マラリア剤、抗結核剤及び抗ウイルス剤は、上記第3節に記載されている。
【０３４１】
特定の実施形態において、対象は、特に病原性感染症を有する。感染症は、限定されないが、上記のように、ウイルス性、細菌性、公募制、真菌性、蠕虫性又は原虫性感染症から選択され得る。
【０３４２】
さらに、本発明者達は、LSD1阻害剤が、免疫調節剤によって標的抗原に対する対象の免疫応答を増強するために有用であると考えた。従って、本発明はまた、免疫調節剤によって標的抗原に対する対象における免疫応答を増強することに使用するためのLSD1阻害剤、及び免疫調節剤によって標的抗原に対する対象における免疫応答を増強するための医薬の製造におけるLSD1阻害剤を企図する。
【０３４３】
LSD1阻害剤及び免疫調節剤は、同時に、別々に又は順次投与され得る。従って、本発明はまた、LSD1阻害剤及び免疫調節剤を含む組成物にも及ぶ。そのような組成物は、それ自体、又はそれらが薬学的に許容される担体又は希釈剤と組み合わせられている製剤で、対象に投与され得る。適切な製剤は、セクション3に記載される。
【０３４４】
いくつかの実施形態において、免疫調節剤は、限定されないが、標的抗原の少なくとも一部に相当する抗原、標的抗原と免疫相互作用する抗原結合分子、及び標的抗原に対する免疫応答を調節する免疫調節細胞を含む。
【０３４５】
抗原は、標的抗原に対する免疫応答を刺激するための目的の標的抗原の少なくとも一部に相当する何れかの抗原であり得る。そのような抗原は、可溶型（例えば、ペプチド、ポリペプチド、又はペプチド若しくはポリペプチドが発現可能な核酸分子）又は全細胞若しくは弱毒化病原体調製物（例えば、弱毒化ウイルス又は細菌）の形態であり得るか、又は以下により詳細に記載するように、抗原提示細胞によって示され得る。
【０３４６】
本発明において有用な標的抗原は、例えば、単純な中間代謝物、糖、脂質、及びホルモン、並びに複合糖質、リン脂質、核酸、ポリペプチド及びペプチド等の巨大分子を含む何れかの種類の生体分子であり得る。標的抗原は、宿主によって産生される内因性抗原又は宿主に対して外来性である外因性抗原から選択され得る。適切な内因性抗原は、限定されないが、癌又は腫瘍抗原が含まれ得る。
【０３４７】
癌又は腫瘍抗原の非限定的な例は、ABL1癌原遺伝子、AIDS関連癌、聴神経腫瘍、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、腺嚢癌腫、副腎皮質癌、原発性骨髄線維症、脱毛症、胞状軟部肉腫、肛門癌、血管肉腫、再生不良性貧血、星状細胞腫、毛細血管拡張性運動失調症、基底細胞癌(皮膚)、膀胱癌、骨癌、腸癌、脳幹神経膠腫、脳腫瘍及びCNS腫瘍、乳癌、CNS腫瘍、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、小児脳腫瘍、小児癌、小児白血病、小児軟部肉腫、軟骨肉腫、絨毛癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、結腸直腸癌、皮膚T細胞リンパ腫、隆起性皮膚線維肉腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、腺管癌、内分泌線癌、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、肝外胆管癌、眼癌、 眼:黒色腫、網膜芽細胞腫、卵管癌、ファンコニー貧血、線維肉腫、胆嚢癌、胃癌、胃腸癌、消化管カルチノイド、尿生殖器癌、胚細胞性腫瘍、妊娠性絨毛性疾患、神経膠腫、婦人科癌、血液系腫瘍、ヘアリーセル白血病、頭頸部癌、肝細胞癌、遺伝性乳癌、組織球増殖症、ホジキン病、ヒトパピローマウイルス、胞状奇胎、高カルシウム血症、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島細胞癌、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、喉頭癌、平滑筋肉腫、白血病、リー・フラウメニ症候群、口唇癌、脂肪肉腫、肝癌、肺癌、リンパ浮腫、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、男性乳癌、悪性ラブドイド腎臓腫瘍、髄芽腫、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮種、転移性癌、口腔癌、多発性内分泌腫瘍症、菌状息肉症、骨髄異形成症候群、骨髄腫、骨髄増殖性疾患、鼻癌、上咽頭癌、腎芽腫、神経芽細胞腫、神経線維腫症、ナイミーヘン症候群、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌 (NSCLC)、眼癌（ocular cancer）、食道癌（oesophageal cancer）、口腔癌（oral cavity cancer）、中咽頭癌、骨肉腫、オストミー卵巣癌、膵癌、副鼻腔癌、副甲状腺癌、耳下腺癌、陰茎癌、末梢性神経外胚葉性腫瘍、脳下垂体癌、真性多血症、前立腺癌、希少癌及び関連障害、腎細胞癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、ロトムンド・トムソン症候群、唾液腺癌、肉腫、シュワン腫、セザリー症候群、皮膚癌、小細胞肺癌 (SCLC)、小腸癌、軟部肉腫、脊髄腫瘍、扁平上皮癌（皮膚）、胃癌、滑膜肉腫、精巣癌、胸腺癌、甲状腺癌、移行上皮癌（膀胱）、移行上皮癌（腎臓-骨盤-/-尿管）、絨毛性癌、尿道癌、泌尿器系癌、ウロプラキン、子宮肉腫、子宮癌、膣癌、外陰部癌、 ワンデルストロームマクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍から選択される癌又は腫瘍由来の抗原を含む。腫瘍特異的抗原の例示は、限定されないが、etv6、aml1、シクロフィリンb (急性リンパ性白血病); Ig-イディオタイプ (B細胞リンパ腫); E-カドヘリン、α-カテニン、β-カテニン、γ-カテニン、p120ctn (グリオーマ); p21ras (膀胱癌); p21ras (胆道癌); MUCファミリー、HER2/neu、c-erbB-2 (乳癌); p53, p21ras (子宮頸癌); p21ras、HER2/neu、c-erbB-2、MUCファミリー、クリプト-1タンパク質、ピム-1タンパク質(結腸癌); 結腸直腸関連抗原(CRC)-CO17-1A/GA733、APC (大腸癌); 癌胎児性抗原 (CEA) (結腸直腸癌; 絨毛癌); シクロフィリンb (上皮細胞癌); HER2/neu、c-erbB-2、ga733糖タンパク質(胃癌); α-フェトプロテイン (肝細胞癌); Imp-1、EBNA-1 (ホジキンリンパ腫); CEA、MAGE-3、NY-ESO-1 (肺癌); シクロフィリンb (リンパ球由来白血病); メラニン細胞分化抗原(例えば���gp100、MART、メラン-A/MART-1、TRP-1、チロス、TRP2、MC1R、MUC1F、MUC1R又はそれらの組み合わせ)及び黒色腫特異的抗原(例えば、BAGE、GAGE-1、gp100In4、MAGE-1 (例えば、 GenBank受入番号X54156及びAA494311)、MAGE-3、MAGE4、PRAME、TRP2IN2、NYNSO1a、NYNSO1b、LAGE1、p97黒色腫抗原(例えば、 GenBank受入番号M12154) p5タンパク質、gp75、癌胎児性抗原、GM2及びGD2ガングリオシド、cdc27、p21ras、gp100Pmel117 (黒色腫); MUCファミリー、p21ras (骨髄腫); HER2/neu、c-erbB-2 (非小細胞肺癌腫); Imp-1、EBNA-1 (上咽頭癌); MUCファミリー、HER2/neu、c-erbB-2、MAGE-A4、NY-ESO-1 (卵巣癌); 前立腺特異抗原(PSA)及びその抗原エピトープPSA-1、PSA-2、及びPSA-3、PSMA、HER2/neu、c-erbB-2、ga733 糖タンパク質(前立腺癌); HER2/neu、c-erbB-2 (腎癌); ヒトパピローマウイルスタンパク質などのウイルス製品(頸部及び食道の扁平上皮癌); NY-ESO-1 (精巣癌); HTLV-1 エピトープ (T細胞白血病); 及びそれらの組み合わせを含む。
【０３４８】
外来抗原は、適切には、病原性生物由来の抗原である。
【０３４９】
例示的な病原性生物は、限定されないが、ウイルス、細菌、真核寄生虫、藻類及び原生生物を含む。ウイルスの例示は、麻疹、おたふく風邪、風疹、急性灰白髄炎、肝炎A、B (例えば、GenBank受入番号E02707)、及びC (例えば、GenBank受入番号E06890)、並びに他の肝炎ウイルス、インフルエンザ、アデノウイルス(例えば、型4及び7)、狂犬病(例えば、GenBank受入番号M34678)、黄熱病、エプスタインバーウイルス及び他のヘルペスウイルス、例えば、パピローマウイルス、エボラウイルス、インフルエンザウイルス、日本脳炎 (例えば、 GenBank受入番号E07883)、デング(例えば、GenBank受入番号M24444)、ハンタウイルス、センダイウイルス、呼吸器多核体ウイルス、 オトロミクソウイルス、水疱性口内炎ウイルス、ビスナウイルス、サイトメガロウイルス及びヒト免疫不全ウイルス(HIV) (例えば、GenBank受入番号U18552)を含む疾患の原因であるウイルスを含む。そのようなウイルスに由来する何れかの適切な抗原は、本発明の実施において有用である。例えば、HIV由来の例示的なレトロウイルス抗原は、限定されないが、gag、pol及びenv遺伝子の遺伝子産物、Nefタンパク質、逆転写酵素、及び他のHIV成分等の抗原を含む。肝炎ウイルス抗原の例示は、B型肝炎ウイルスのS、M、及びLタンパク質、B型肝炎ウイルスのプレS抗原、及びA型、B型及びC型肝炎ウイルス、例えばC型肝炎ウイルスRNA等のウイルス成分等の他の肝炎ウイルスを含む。インフルエンザウイルス抗原の例示は、限定されないが、ヘマグルチニン及びニューラルニニダーゼ等の抗原、並びに他のインフルエンザウイルス成分を含む。麻疹ウイルス抗原の例示は、限定されないが、麻疹ウイルス融合タンパク質及び他の麻疹ウイルス成分等の抗原を含む。麻疹ウイルスの例示は、限定されないが、タンパク質E1及びE2等の抗原並びに他の風疹ウイルス成分; VP7sc及び他のロタウイルス等のロタウイルス抗原を含む。サイトメガロウイルス抗原の例示は、限定されないが、エンベロープ糖タンパク質B及び他のサイトメガロウイルス抗原成分を含む。呼吸器多核体ウイルス抗原の非限定的な例は、RSV融合タンパク質、M2タンパク質、及び他の呼吸器多核体ウイルス抗原成分等の抗原を含む。単純ヘルペスウイルス抗原の例示は、限定されないが、即時型初期タンパク質、糖タンパク質D、及び他の単純ヘルペスウイルス抗原成分等の抗原を含む。水痘帯状疱疹ウイルス抗原の非限定的な例は、9PI、gpII、及び他の水痘帯状疱疹ウイルス抗原成分等の抗原を含む。日本脳炎ウイルス抗原の非限定的な例は、タンパク質E、M-E、M-E-NS、NS1、NS1-NS2A、80%E、及び他の日本脳炎ウイルス抗原成分等の抗原を含む。狂犬病ウイルス抗原の代表例は、限定されないが、狂犬病糖タンパク質、狂犬病核タンパク質及び他の狂犬病ウイルス抗原成分等の抗原を含む。パピローマウイルス抗原の例示は、限定されないが、子宮頸癌に関連するL1及びL2キャプシドタンパク質並びにE6/E7抗原を含む。ウイルス抗原のさらなる例については、Fundamental Virology, Second Edition, eds. Fields, B.N. and Knipe, D.M., 1991, Raven Press, New Yorkを参照。
【０３５０】
真菌の例示は、アクレモニウムspp.（Acremonium spp.）、アスペルギルスspp.（Aspergillus spp.）、バシジオボラスspp.（Basidiobolus spp.）、ビポラリスspp.（Bipolaris spp.）、ブラストミセスダーマティジス（Blastomyces dermatidis）、カンジダspp.（Candida spp.）、クラドフィアロフォラカリオニー（Cladophialophora carrionii）、コクシジオイデスイミティス（Coccoidiodes immitis）、コニディオボラスspp.（Conidiobolus spp.）、クリプトコッカスspp.（Cryptococcus spp.）、カーブラリアspp.（Curvularia spp.）、エピデルモフィトンspp.（Epidermophyton spp.）、エキソフィアラジェンセルメイ（Exophiala jeanselmei）、エキセロヒルムspp.（Exserohilum spp.）、フォンセカコンパクタ（Fonsecaea compacta）、フォンセカペドロソイ（Fonsecaea pedrosoi）、フサリウムオキシスポラム（Fusarium oxysporum）、フザリウムソラニ（Fusarium solani）、ゲオトリクムカンジドゥム（Geotrichum candidum）、ヒストプラズマカプスラタムvar.カプスラタム（Histoplasma capsulatum var. capsulatum）、ヒストプラズマカプスラタムvar. ドゥボイシ（Histoplasma capsulatum var. duboisii）、ホルタエアウェルネキイ（Hortaea werneckii）、ラカジアロボイ（Lacazia loboi）、ラシオジプロジアテオブロマ（Lasiodiplodia theobromae）、レプトスフェリアセネガレンシス（Leptosphaeria senegalensis）、マズレラグリセア（Madurella grisea）、マズレラマイセトマチス（Madurella mycetomatis）、マラセジアフルフル（Malassezia furfur）、マイクロスポラムspp.（Microsporum spp.）、ネオテスツディロサティー（Neotestudina rosatii）、オニココラカナデンシス（Onychocola canadensis）、パラコクシジオイデスブラジリエンシス（Paracoccidioides brasiliensis）、フィアロフォラベールコサ（Phialophora verrucosa）、ピエドライアホルタエ（Piedraia hortae）、ピエドライアホルテ（Piedra iahortae）、ピチリアシスバーシカラー（Pityriasis versicolor）、シュードアレシェリアボイジー（Pseudallesheria boydii）、ピレノケータロメロイ（Pyrenochaeta romeroi）、リゾプスアリズス（Rhizopus arrhizus）、スコプラリオプシスブレビカウリス（Scopulariopsis brevicaulis）、スキタリジウムディミディアツム（Scytalidium dimidiatum）、スポロトリックスシェンキイ（Sporothrix schenckii）、トリコフィトンspp.（Trichophyton spp.）、トリコスポロンspp.（Trichosporon spp.）、接合菌類真菌（Zygomcete fungi）、アブシジアコリムビフェラ（Absidia corymbifera）、リゾコールプシルス（Rhizomucor pusillus）及びリゾプスアリズス（Rhizopus arrhizus）を含む。従って、本発明の組成物及び方法において用いられる例示的な真菌抗原は、限定されないが、カンジダ真菌抗原成分; ヒートショックタンパク質60（HSP60）等のヒストプラズマ真菌抗原及び他のヒストプラズマ真菌抗原成分; 莢膜多糖等のクリプトコッカス真菌抗原成分及び他のクリプトコッカス真菌抗原成分; 小球抗原等のコクシジオイデス真菌抗原及び他のコクシジオイデス真菌抗原成分; 及びトリコフィチン等のティネア真菌及び他のコクシジウム真菌抗原成分を含む。
【０３５１】
細菌の例示は、限定されないが、ジフテリア（例えば、コリネバクテリウムジフテリア）、パータシス（例えば、ボルデテラパータシス、GenBank受入番号M35274）、テタヌス（例えば、クロストリジウムテタヌス、GenBank受入番号M64353）、チューバキュロウセス（例えば、マイコバクテリウムツベルクローシス）、細菌性肺炎（例えば、ヘモフィルスインフルエンザエ）、コレラ（例えば、ビブリオコレラ）、アンスラックス（例えば、バシルスアンスラシス）、チフス菌、ペスト、シゲロシス（例えば、シゲラダイセンテリア）、ボツリヌス中毒症（ボツリヌス菌（Clostridium botulinum））、サルモネラ症（GenBank受入番号L03833）、消化性潰瘍（ヘリコバクターピロリ（Helicobacter pylori））、レジオネラ症、ライム病（GenBank受入番号U59487）、大腸菌（Escherichia coli）、クロストリジウムパーフリンジェンス（Clostridium perfringens）、シュードモナスエルギノーザ（Pseudomonas aeruginosa）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）及び化膿レンサ球菌（Streptococcus pyogenes）等を含む他の病原体細菌、を含む疾患の原因となる細菌を含む。従って、本発明の組成物及び方法において用いられ得る細菌抗原は、限定されないが、パータシス毒素、糸状赤血球凝集素、ペルタクチン、FM2、FIM3、アデニル酸シクラーゼ及び他のパータシス細菌抗原成分等のパータシス細菌抗原; ジフテリア毒素又はトキソイド及び他のジフテリア細菌抗原成分等のジフテリア細菌抗原; テタヌス毒素又はトキソイド及び他のテタヌス細菌抗原成分等のテタヌス細菌抗原; Mタンパク質及び他のレンサ球菌（streptococcal bacterial）細菌抗原成分等のレンサ球菌細菌抗原; リポ多糖類及び他のグラム陰性細菌抗原成分等のグラム陰性桿菌細菌抗原; ミコール酸、ヒートショックタンパク質65（HSP65）、30kDa主要分泌タンパク質、抗原85A及び他のマイコバクテリア抗原成分等のマイコバクテリウムツベルクローシス細菌抗原; ヘリコバクターピロリ細菌抗原成分、ニューモリシン等のニューモコッカル細菌抗原、ニューモコッカル莢膜多糖及び他のニューモコッカル細菌抗原成分; 莢膜多糖及び他のヘモフィルスインフルエンザ細菌抗原成分等のヘモフィルスインフルエンザ細菌抗原; アンスラックス防御抗原及び他のアンスラックス細菌抗原成分等のアンスラックス細菌抗原; rompA等のリケッチア細菌抗原及び他のリケッチア細菌抗原成分、を含む。本明細書に記載の細菌抗原はまた、他の細菌、マイコバクテリア、マイコプラズマ、リケッチア又はクラミジア抗原を含む。
【０３５２】
原生動物の例示は、限定されないが、マラリア（例えば、GenBank受入番号X53832）、鉤虫症、糸状虫症(例えば、GenBank受入番号M27807)、住血吸虫症(例えば、GenBank受入番号LOS 198)、トキソプラズマ症、トリパノソーマ症、リーシュマニア症、ジアルジア症(GenBank受入番号M33641)、アメーバ症、フィラリア症(例えば、GenBank 受入番号J03266)、ボレリア症及び旋毛虫症を含む疾患の原因となる原生動物を含む。従って、本発明の組成物及び方法において用いられ得る原生動物抗原は、限定されないが、メロゾイト表面抗原、スポロゾイト周囲の抗原、配偶子母細胞／配偶子表面抗原、血液期抗原pf155/RESA及び他のマラリア原虫抗原成分等の熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）; SAG-1、p30等のトキソプラズマ抗原及び他のトキソプラズマ抗原成分; グルタチオン-S-トランスフェラーゼ、パラミオシン、及び他の住血吸虫抗原成分等の住血吸虫抗原; gp63、リポホスホグリカン及びその関連タンパク質及び他のリーシュマニア抗原成分等のリーシュマニア主要抗原及び他のリーシュマニア抗原; 及び75〜77kDa抗原及び他のトリパノソーマ抗原成分等のトリパノソーマクルージ抗原を含む。
【０３５３】
本発明はまた、抗原として毒素成分を企図する。毒素の例示は、制限されないが、ブドウ球菌（staphylococcal）エンテロトキシン、トキシック症候群毒素、レトロウイルス抗原（例えば、HIV由来の抗原）、レンサ球菌抗原、ブドウ球菌エンテロトキシンA（SEA）、ブドウ球菌エンテロトキシンB（SEB）、ブドウ球菌エンテロトキシンl-3（SEl-3）、ブドウ球菌エンテロトキシンD（SED）、ブドウ球菌エンテロトキシンE（SEE）並びにマイコプラズマ、マイコバクテリア及びヘルペスウイルス由来の毒素を含む。
【０３５４】
標的抗原の少なくとも一部に相当する抗原は、天然の供給源から単離されてもよく、又は当該技術分野で公知の組換え技術によって調製されてもよい。例えば、ペプチド抗原は、改変された免疫応答が望まれる細胞集団又は組織から得られる抗原提示細胞のMHC及び他の提示分子から溶出され得る。溶出されたペプチドは、当該技術分野において公知の標準的なタンパク質精製技術を用いて精製され得る（Rawson et al. (2000), Cancer Res, 60(16): 4493-4498）。必要であれば、精製ペプチドは、配列決定され得、及びペプチドの合成バージョンは、例えば以下に記載されるような標準的なタンパク質合成技術を使用して生成され得る。あるいは、粗抗原調製物は、改変された免疫応答が望まれる細胞集団又は組織の試料を単離し、そして試料を溶解するか又は試料をアポトーシス細胞の形成をもたらす条件（例えば、紫外線又はγ線照射、ウイルス感染、サイトカイン又は細胞培養培地中の栄養の欠乏によって、過酸化水素との培養、又はデキサメタゾン、セラミド化学療法剤及びルプロン又はタモキシフェン等の抗ホルモン抗原等の薬剤との培養）に供することの何れかによって産生され得る。次に、溶解物又はアポトーシス細胞は、可溶性形態での使用のため、又は以下により詳細に記載されるような抗原提示細胞との接触のための粗抗原の供給源として用いられ得る。
【０３５５】
抗原が公知の場合、それは、以下のSambrook et al. （Molecular Cloning: A Laboratory manual (Cold Spring Harbor Press) (1989)）、特にセクション16及び17; Ausubel et al.（Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, Inc.) (1998)）、特にチャプター10及び16; 及びColigan et al.（Current Protocols in Protein Science (John Wiley & Sons, Inc.) (1997)）、特にチャプター1、5及び6に記載されるような標準的なプロトコールを用いて組換え形態で簡便に調製され得る。典型的に、抗原は、（a）標的抗原又はその類似体若しくは模倣物が発現可能である発現ベクターを提供する工程; （b）ベクターを適切な宿主細胞に導入する工程; （c）宿主細胞を培養してベクターから組換えポリペプチドを発現さえる工程; 及び（d）組換えポリペプチドを単離する工程を含む手順によって調製され得る。
【０３５６】
一般的に、発現ベクターは、調節ポリヌクレオチドに動作可能に連結されている抗原をコードするポリヌクレオチドを含み得る。抗原をコードするポリヌクレオチドは、目的の標的抗原に相当する抗原をコードする何れかの適切な親ポリヌクレオチドから構成され得る。親ポリヌクレオチドは、適切には、天然の遺伝子又はその一部である。しかしながら、親ポリヌクレオチドが天然に存在しないが、組換え技術を用いて操作されている可能性がある。調節ポリヌクレオチドは、適切には、転写及び/又は翻訳制御配列を含み、これは、一般に抗原をコードするポリヌクレオチドの発現に用いられる宿主細胞に適し得る。典型的に、転写及び翻訳調節制御配列は、限定されないが、プロモーター配列、5'非コード領域、転写調節タンパク質又は翻訳調節タンパク質の機能的結合部位等のシス調節領域、上流のオープンリーディングフレーム、転写開始部位、翻訳開始部位、及び/又はリーダー配列、終止コドン、翻訳停止部位及び3'非翻訳領域をコードするヌクレオチド配列を含む。当該技術分野において公知の構成的プロモーター又は誘導性プロモーターが、本発明によって企図される。プロモーターは、天然に存在するプロモーター、又は2つ以上のプロモーターの要素を組み合わせたハイブリッドプロモーターの何れかであり得る。本発明によって企図されるプロモーター配列は、導入される宿主細胞に固有のものでもよく、又は領域が宿主細胞内で機能的である場合の代替供給源に由来するものでもよい。
【０３５７】
発現ベクターはまた、ポリアデニル化シグナル及びmRNAプロセシング又は遺伝子発現をもたらすことが出来る他の何れかの調節シグナルを含むDNAセグメントを含む遺伝子のその部分を指す3'非翻訳配列を含み得る。ポリアデニル化シグナルは、mRNA前駆体の3'末端にポリアデニル酸トラクトの付加をもたらすことによって、特徴づけられる。ポリアデニル化シグナルは、標準的な形態5’ AATAAA-3’に対する相同性の存在によって一般に認識され得るが、バリエーションは、珍しくない。3'非翻訳調節DNA配列は、約50〜1000ヌクレオチド塩基対を含み、ポリアデニル化シグナル及びmRNAプロセシング又は遺伝子発現をもたらすことが出来る何れか他の調節シグナルに加えて転写及び翻訳終結配列を含み得る。
【０３５８】
特定の実施形態において、発現ベクターは、形質転換宿主細胞の選択を可能にするための選択マーカー遺伝子をさらに含む。選択遺伝子は、当該技術分野において周知であり、用いられる宿主細胞によって異なり得る。
【０３５９】
発現ベクターはまた、組換えポリペプチドが、融合パートナーとの融合ペプチドとして発現されるように（典型的には、発現ベクターによって提供される）、融合パートナーを含み得る。融合パートナーの主な利点は、それらが、前記融合ポリペプチドの同定及び/又は精製を助けることである。融合パートナーの周知の例は、限定されないが、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ（GST）、ヒトIgGのFc部分、マルトース結合タンパク質（MBP）及びヘキサヒスチジン（HIS6）を含み、これらは、特にアフィニティークロマトグラフィーによる融合ポリペプチドの単離に有用である。アフィニティークロマトグラフィーよる融合ポリペプチド精製の目的のために、アフィニティークロマトグラフィーに関連するマトリックスは、それぞれ、グルタチオン-、アミロース-、並びにニッケル-又はコバルト-共役樹脂である。そのような多くのマトリックスは、（HIS6）融合パートナーと共に有用なQIAexpress（商標）システム(Qiagen)及びPharmacia GST精製システム等の「キット」形態で入手可能である。好ましくは、融合パートナーはまた、関連するプロテアーゼが本発明の融合ポリペプチドを部分的に消化し、それによって、それから本発明の組換えポリペプチドを遊離することを可能にする、Xa因子又はトロンビン等のプロテアーゼ切断部位を有する。その後、遊離ポリペプチドは、その後のクロマトグラフィー分離によって融合パートナーから単離され得る。融合パートナーはまた、それらの範囲内に「エピトープタグ」を含み、これは通常、特異的抗体が利用可能である短いペプチド配列である。特異的モノクローナル抗体が容易に入手可能であるエピトープタグの周知の例は、c-Myc、インフルエンザウイルス赤血球凝集素及びFLAGタグが含まれる。
【０３６０】
発現ベクターを宿主細胞に導入する工程は、トランスフェクト、アデノウイルスベクター、改変レンチウイルスベクター及び他のレトロウイルスベクターを含むウイルスベクターの形質導入、及びその選択が、用いられる宿主細胞に依存し得る形質転換を含む何れかの適切な方法によって達成され得る。そのような方法は、当業者に周知である。
【０３６１】
組換えポリペプチドは、発現ベクターで形質転換された宿主細胞をタンパク質発現に適切な条件下で培養することによって産生され得、これは、発現ベクター及び宿主細胞の選択によって変化し得る。これは、日常的な実験を通して当業者によって容易に確認される。発現に適した宿主細胞は、原核生物又は真核生物であり得る。本発明によるポリペプチドの発現のための好ましい宿主細胞の1つは、細菌である。用いられる細菌は、大腸菌（Escherichia coli）であり得る。あるいは、宿主細胞は、例えば、バキュロウイルス発現系と共に用いられ得るSF9細胞のような昆虫細胞であり得る。
【０３６２】
いくつかの実施形態において、LSD1阻害剤と共に投与され得る抗原は、それが発現可能である構築物又はベクターの形態である。
【０３６３】
あるいは、抗原は、例えば、Atherton及びSheppard (1989, Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach, IRL Press at Oxford University Press, Oxford, England)又はRoberge et al. (1995, Science, 269: 202)によって記載されるような溶液合成又は固相合成を用いて合成され得る。合成抗原のアミノ酸は、天然に存在しないか又は天然に存在するアミノ酸であり得る。ペプチド合成中の非天然アミノ酸及び誘導体の例は、限定されないが、4-アミノ酪酸、6-アミノヘキサン酸、4-アミノ-3-ヒドロキシ-5-フェニルペンタン酸、4-アミノ-3-ヒドロキシ-6-メチルヘプタン酸、t-ブチルグリシン、ノルロイシン、ノルバリン、フェニルグリシン、オルニチン、サルコシン、2-チエニルアラニン及び/又はアミノ酸のD-異性体の使用を含む。本発明によって企図される非天然アミノ酸のリストを表3（上記）に示す。
【０３６４】
本発明はまた、タンパク質分解に対するそれらの耐性を改変するため、又は溶解性を最適化するため、又はそれらを免疫原性薬剤としてより適切にするために通常の分子生物学的技術を用いてペプチド抗原を修飾することを企図する。
【０３６５】
ペプチド抗原は、目的の標的抗原に対する免疫応答を刺激又は阻害するために利用することが出来る何れかの適切なサイズのものであり得る。多くの要因が、ペプチドサイズの選択に影響を及ぼすことが出来る。例えば、ペプチドのサイズは、それがT細胞エピトープ及び/又はB細胞エピトープを含むか、又はそれらのサイズに対応するように、及びそれらのプロセシング要件に準ずるように選択され得る。当業者は、クラスI拘束性T細胞エピトープは、典型的に8〜10アミノ酸残基の長さであり、非天然フランキング残基の隣に配置される場合、そのようなエピトープは、一般に2〜3天然フランキングアミノ酸残基を必要とすることができ、それらが効率的に処理され、提示されることを保証する。クラスII拘束性T細胞エピトープは、通常、12〜25アミノ酸残基の長さの範囲であり、効率的なタンパク質分解プロセシングのために天然のフランキング残基を必要としない可能性があるが、天然のフランキング残基は、役割を果たすと考えられる。クラスII拘束性エピトープの他の重要な特徴は、それらが一般に、配列に依存しない方法において、クラスII MHC抗原の両側に保存された構造と結合することにより結合を安定化するこのコアの両側のフランキング配列を有するクラスII MHC分子に特異的に結合する中央に9〜10アミノ酸残基のコアを含む。従って、クラスII拘束性エピトープの機能的領域は、典型的に、約15アミノ酸残基未満の長さである。直鎖状B細胞エピトープのサイズ及びそれらプロセシングに影響を与える因子、例えばクラスII拘束性エピトープは、かなり多様であるが、そのようなエピトープは、15アミノ酸残基よりもサイズが小さいことが多い。以上から、ペプチドのサイズが少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30アミノ酸残基であることが有利であるが、必須ではない。適切には、ペプチドのサイズは、約500、200、100、80、60、50、40アミノ酸残基以下である。特定の有利な実施形態において、ペプチドのサイズは、ペプチド内に含まれるT細胞及び/又はB細胞エピトープの抗原提示細胞による提示のために十分である。
【０３６６】
有効な抗原性ペプチド（例えば、免疫応答を誘発することが出来る最小のペプチド配列）を同定及び選択するための基準は、当該分野において見出され得る。例えば、Apostolopoulos et al. (2000, Curr. Opin. Mol. Ther., 2: 29-36) においては、抗原提示分子の三次元構造並びにその抗原性ペプチド及びT細胞受容体の両方との相互作用の理解に基づいて最小の抗原性ペプチド配列を同定するための戦略を論じている。Shastri (1996, Curr. Opin. Immunol., 8: 271-277)においては、T細胞を活性化するために役立つ希少なペプチドを、MHC分子に通常結合している数千のペプチドからどのように区別するかを開示している。
【０３６７】
いくつかの実施形態において、免疫調節細胞は、抗原提示細胞であり、これは、標的抗原の少なくとも一部に相当する抗原を提示する。そのような抗原提示細胞は、プロフェッショナル又は通性の抗原提示細胞を含む。プロフェッショナル抗原提示細胞は、Tリンパ球又はBリンパ球媒介免疫応答を刺激又は活性化するように、特異的T細胞受容体によって認識される形態で抗原を提示するように生理学的に機能する。プロフェッショナル抗原提示細胞は、主要組織適合性複合体（MHC）との関連で抗原を処理し、提示するだけでなく、T細胞活性化を完了させるため、又は免疫寛容原生応答を誘導するために必要な追加の免疫調節分子も保有する。プロフェッショナル抗原提示細胞は、限定されないが、マクロファージ、単球、Bリンパ球、単球-顆粒球-DC前駆体、辺縁帯クッパー細胞、ミクログリア、T細胞、ランゲルハンス細胞、及び指状嵌入樹状細胞及び濾胞樹状細胞を含む樹状細胞を含む骨髄系統の細胞を含む。非プロフェショナル又は通性抗原提示細胞は、典型的に、Tリンパ球活性化又はアネルギーを完了するために必要とされる1つ以上の免疫調節分子を欠いている。非プロフェショナル又は通性抗原提示細胞の例は、限定されないが、a活性化Tリンパ球、好酸球、ケラチノサイト、アストロサイト、濾胞細胞、ミクログリア細胞、胸腺皮質細胞、内皮細胞、シュワン細胞、網膜色素上皮細胞、筋芽細胞、血管平滑筋細胞、軟骨細胞、腸細胞、胸腺細胞、腎尿細管細胞及び線維芽細胞を含む。いくつかの実施形態において、抗原提示細胞は、単球、マクロファージ、Bリンパ球、骨髄系統の細胞、樹状細胞又はランゲルハンス細胞から選択される。特定の有利な実施形態において、抗原提示細胞は、CD11cを発現し、樹状細胞を含む。
【０３６８】
いくつかの実施形態において、抗原提示細胞は、炎症誘発性免疫応答を含む免疫応答を刺激する。
【０３６９】
抗原又は抗原群に対する抗原又は抗原群に対する免疫応答を刺激するための抗原提示細胞は、当業者に公知の何れかの適切な方法に従って調製され得る。抗原特異的免疫応答を刺激するための抗原提示細胞を調製するための例示的な方法は、Albert et al. (International Publication WO 99/42564)、Takamizawa et al. (1997, J Immunol, 158(5): 2134-2142)、Thomas and Lipsky (1994, J Immunol, 153(9): 4016-4028)、O’Doherty et al. (1994, Immunology, 82(3): 487-93), Fearnley et al. (1997, Blood, 89(10): 3708-3716)、Weissman et al. (1995, Proc Natl Acad Sci U S A, 92(3): 826-830)、Freudenthal and Steinman (1990, Proc Natl Acad Sci U S A, 87(19): 7698-7702)、Romani et al. (1996, J Immunol Methods, 196(2): 137-151)、Reddy et al. (1997, Blood, 90(9): 3640-3646)、Thurnher et al. (1997, Exp Hematol, 25(3): 232-237)、Caux et al. (1996, J Exp Med, 184(2): 695-706; 1996, Blood, 87(6): 2376-85)、Luft et al. (1998, Exp Hematol, 26(6): 489-500; 1998, J Immunol, 161(4): 1947-1953)、Cella et al. (1999, J Exp Med, 189(5): 821-829; 1997, Nature, 388(644): 782-787; 1996, J Exp Med, 184(2): 747-572)、Ahonen et al. (1999, Cell Immunol, 197(1): 62-72)及びPiemonti et al. (1999, J Immunol, 162(11): 6473-6481)によって記載される。
【０３７０】
いくつかの実施形態において、抗原提示細胞は、宿主から単離され、処理され、次いで宿主に再導入又は再注入される。簡便には、抗原提示細胞は、外科的切除、生検、採血、又は他の適切な技術によって治療される宿主から得ることが出来る。そのような細胞は、本明細書において「自己（autologous）」細胞と称される。他の実施形態において、抗原提示細胞又は細胞株は、宿主とは異なる供給源から調製及び/又は培養される。そのような細胞は、本明細書において「同異種系」細胞と称される。望ましくは、同種異系抗原提示細胞又は細胞株は、潜在的レシピエントに対して主要及び/又は小さい組織適合性抗原を共有し得る（本明細書において「一般的（generic）」抗原提示細胞又は細胞株と称される）。この種の特定の有利な実施形態において、一般的な抗原提示細胞又は細胞株は、高い割合の集団（すなわち、少なくとも10、20、30、40、50、60、70、75、80、85、90、92、94又は98%）と適合する主要組織適合性（MHC）クラスI抗原を含む。適切には、一般的な抗原提示細胞又は細胞株は、意図する宿主において、免疫応答、望ましくはTリンパ球免疫応答（例えば、細胞傷害性Tリンパ球免疫応答）を誘発することに十分なレベルで、本明細書に記載の免疫刺激分子、特に免疫刺激膜分子を天然に発現する。特定の実施形態において、抗原提示細胞又は細胞株は、本明細書及び国際公開番号WO 01/88097に記載されているように、少なくとも1つのIFNによる治療に対して非常に感受性が高い（すなわち、クラスI HLAの高レベルの発現を示唆する）。
【０３７１】
いくつかの実施形態において、抗原提示細胞は、抗原提示細胞を、標的抗原の少なくとも一部に相当する抗原と抗原提示細胞による抗原の内在化を可能にすることに十分な時間及び条件下で、接触又はパルスする（pulsing）工程; 及び抗原提示細胞による提示のために抗原が処理されるために十分な時間及び条件下で、そのように接触された抗原提示細胞を培養する工程を含むプロセスによって、抗原特異的に作製される。次いで、パルス細胞を用いて、インビトロ又はインビボで自己又は同異種系T細胞を刺激することが出来る。抗原提示細胞と接触させる抗原の量は、当業者によって経験的に決定され得る。典型的に、抗原提示細胞は、抗原と共に1〜6時間インキュベートされる。通常、精製抗原及びペプチドの場合、0.1〜10μg/mLが抗原特異的抗原提示細胞の産生に適する。抗原は、それらの細胞が、抗原を内在化することに十分な期間、抗原提示細胞に暴露されるべきである。プロセスされた抗原を内在化し提示するために必要な抗原の時間及び用量は、抗原への曝露に続いて洗浄期間及び読み出しシステム（read-out system）、例えば抗原反応性T細胞への曝露に続くパルス追跡プロトコールを用いて決定され得る。細胞がプロセスされた抗原をそれらの表面に発現するために必要な最適な時間及び用量が決定されると、寛容性応答を誘導するためのプロトコールを用いて細胞及び抗原を調製することが出来る。これに関して当業者は、抗原提示細胞が抗原を提示するために必要な時間の長さは、用いられる抗原の抗原又は形態、その用量、及び用いられる抗原提示細胞、並びに抗原負荷が行われる条件に応じて変動し得ることを認識し得る。これらのパラメータは、日常的な手順を用いて当業者によって決定され得る。
【０３７２】
抗原提示細胞への外因性抗原の送達は、当業者に公知の方法によって増強され得る。例えば、抗原提示細胞、特に樹状細胞の内因性プロセシング経路の送達のためにいくつかの異なる戦略が、開発されてきた。これらの方法は、pH感受性リポソームへの抗原の挿入（Zhou and Huang (1994), Immunomethods, 4: 229-235）、可溶性抗原の飲細胞作用の取り込み後のピノソームの浸透圧溶解（Moore et al. (1988), Cell, 54: 777-785）、強力なアジュバントへの抗原の結合（Aichele et al. (1990), J. Exp. Med., 171: 1815-1820; Gao et al. (1991), J. Immunol., 147: 3268-3273; Schulz et al. (1991), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88: 991-993; Kuzu et al. (1993), Euro. J. Immunol., 23: 1397-1400; 及びJondal et al. (1996), Immunity, 5: 295-302）、及び抗原のアポトーシス細胞送達（Albert et al. (1998), Nature, 392: 86-89; Albert et al. (1998), Nature Med., 4: 1321-1324; 及び国際公開WO 99/42564及びWO 01/85207）を含む。抗原送達のために、組換え細菌（例えば、大腸菌）又はトランスフェクトされた宿主哺乳動物細胞は、樹状細胞上に（それぞれ、粒子抗原、又はアポトーシス体として）パルスされ得る。組換えキメラウイルス様粒子（VLP）はまた、樹状細胞株のMHCクラスIプロセシング経路への外因性異種抗原の送達のためのビヒクルとして用いられている（Bachmann et al. (1996), Eur. J. Immunol., 26(11): 2595-2600）。
【０３７３】
あるいは、又はさらに、抗原は、MHCクラスI経路への送達のために本発明の抗原提示細胞のサイトゾルへの抗原の移動を増強するために、細胞溶解素に連結されてもよく、又はそうでなければ付随されてもよい。例示的な細胞溶解素は、サポニン含有免疫刺激複合体（ISCOMs）（例えば、Cox and Coulter (1997), Vaccine 15(3): 248-256 及び米国特許番号6,352,697等を参照）、ホスホリパーゼ（例えば、Camilli et al. (1991), J. Exp. Med., 173: 751-754等を参照）、膜孔形成毒素（例えば、α-トキシン）、リステリオリシンO（LLO; 例えば、Mengaud et al. (1988), Infect. Immun., 56: 766-772; 及びPortnoy et al. (1992), Infect. Immun., 60: 2710-2717）、ストレプトリジンO（SLO; 例えば、Palmer et al. (1998), Biochemistry 37(8): 2378-2383）、ペルリンゴリシンO（PFO; 例えば、Rossjohn et al. (1997), Cell, 89(5): 685-692）等のグラム陽性菌の天然サイトリシンを含む。抗原提示細胞がファゴソームである場合、酸活性化細胞溶解素が有利に使用され得る。例えば、リステリオリシンは、弱酸性pH（ファゴソーム内のpH条件）でより大きな孔形成能を示し、それによって、細胞質への液胞（ファゴソーム及びエンドソームを含む）内容物の送達を促進する（例えば、Portnoy et al. (1992), Infect. Immun., 60: 2710-2717を参照）。
【０３７４】
細胞溶解素は、抗原提示細胞と接触させるために、単一の組成物の形態で予め選択された抗原と一緒に提供されてもよく、又は別個の組成物として提供されてもよい。一実施形態において、細胞溶解素は、抗原に融合又は他の方法で連結され、ここで、融合又は連結は、抗原の標的細胞の細胞質ゾルへの送達を可能にする。他の実施形態において、細胞溶解素及び抗原は、限定されないが、ウイルス、細菌、又は酵母から選択されるリポソーム又は微生物送達ビヒクル等の送達ビヒクルの形態で提供される。適切には、送達ビヒクルが微生物送達ビヒクルである場合、送達ビヒクルは、非毒性である。この種の好ましい実施形態において、送達ビヒクルは、例えば、Portnoy et al. 米国特許番号6,287,556に記載されているように、細菌中で細胞溶解素を発現する調節ポリヌクレオチドに動作可能に連結された非分泌機能性細胞溶解素をコードする第1のポリヌクレオチド、及び1つ以上の予め選択された抗原をコードする第2のポリヌクレオチドを含む非毒性細菌細菌である。非分泌型細胞溶解素は、例えば、機能的シグナル配列の欠如、遺伝的損傷を有する微生物（例えば、機能的シグナル配列変異）等の分泌能の無い微生物、又は毒を有する微生物等の様々なメカニズムによって提供され得る。多種多様な非病原性の非病原性細菌が用いられ得る。好ましい微生物は、比較的よく特徴づけられている株、特にMC4100、MC1061、DH5α等の大腸菌の実験室株である。本発明のために操作され得る他の細菌は、リステリアモノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）、シゲラフレックスネリ（Shigella flexneri）、マイコバクテリウム（mycobacterium）、サルモネラ菌（Salmonella）、バチルススブチリス（Bacillus subtilis）等のよく特徴づけられた非病原性の非病原性株を含む。特定の実施形態において、細菌は、非複製、宿主細胞ゲノムへの非統合性、及び/又は非運動性の細胞間若しくは細胞内となるように弱毒化される。
【０３７５】
上記の送達ビヒクルは、食作用性及び非食作用性抗原提示細胞を含む、本発明のビヒクルのエンドサイトーシスが可能な実質的な何れかの抗原提示細胞に1つ以上の抗原を送達するために用いられ得る。送達ビヒクルが、微生物である実施形態において、当該方法は、一般に、標的細胞による微生物の取り込み及びその後の抗原提示細胞の液胞（ファゴソーム及びエンドソームを含む）内で溶液を必要とする。
【０３７６】
他の実施形態において、抗原は、例えば上記のような適切な発現ベクターの導入によって抗原提示細胞内で産生される。発現ベクターの抗原コード部分は、組換え技術を用いて操作されている天然に存在する配列又はその変異体を含み得る。変異体の一実施例において、抗原をコードするポリヌクレオチドのコドン組成は、国際公開WO 99/02694及びWO 00/42215に詳細に記載されている方法を用いて、選択した標的細胞又は組織における抗原の発現増強を可能にするように改変される。簡単に説明すると、これらの方法は、異なるコドンの翻訳効率が異なる細胞又は組織間で異なり、これらの違いが、特定の細胞又は組織型に置けタンパク質の発現を調節するために、遺伝子のコドン組成と共に利用され得るという観察に基づく。従って、コドン最適化ポリヌクレオチドの構築のために、親ポリヌクレオチドの少なくとも1つの既存のコドンは、それを置き換える既存のコドンよりも標的細胞又は組織においてより高い翻訳効率を有する同義コドンと置き換えられる。親核酸分子の全ての既存のコドンをそのより高い翻訳効率を有する同義コドンで置き換えることが好ましいが、部分的な置き換えでも発現の増加が達成され得るため、これは必要では無い。適切には、置換工程は、親ポリヌクレオチドの既存のコドンの5、10、15、20、25、30%、より好ましくは、35、40、50、60、70%以上に影響を及ぼす。
【０３７７】
抗原提示細胞への導入のための発現ベクターは、抗原コードポリヌクレオチドが、細胞によって発現可能であるようにそれと適合性である。例えば、この種の発現ベクターは、限定されないが、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、単純ヘルペスウイルス及びレトロウイルス、例えばB、C及びDレトロウイルス、並びにスプーマウイルス及び改変レンチウイルスを含むウイルスDNA配列に由来し得る。動物細胞のトランスフェクションに適した発現ベクターは、例えば、Wu and Ataai (2000, Curr. Opin. Biotechnol. 11(2): 205-208)、Vigna and Naldini (2000, J. Gene Med., 2(5): 308-316)、Kay et al. (2001, Nat. Med., 7(1): 33-40)、Athanasopoulos, et al. (2000, Int. J. Mol. Med., 6(4):363-375)及びWalther and Stein (2000, Drugs, 60(2): 249-271)に記載されている。発現ベクターは、用いられる発現ベクター及び抗原提示細胞の特定の選択に依存する何れかの適切な手段によって抗原提示細胞に導入される。そのような導入手段は、当業者に公知である。例えば、導入は、接触（例えば、ウイルスベクターの場合）、エレクトロポレーション、形質転換、形質導入、コンジュゲーション又はトリペアレンタル・メイティング、トランスフェクション、カチオン性脂質との感染膜融合、DNAコート微粒子との高速ボンバードメント、リン酸カルシウム-DNA沈殿物とのインキュベーション、単一細胞への直接的なマイクロインジェクション、及び同様の方法の使用によって達成され得る。他の方法もまた利用可能であり、当業者に公知である。あるいは、ベクターは、カチオン性脂質、例えば、リポソームによって導入される。そのようなリポソームは、市販されている（例えば、Invitrogen, Waltham MA, USA によって提供される、Lipofectin(登録商標)、Lipofectamine（商標）、及び同様のもの）。本明細書に記載されているような抗原コード核酸分子、免疫調節分子及び/又はサイトカインを構築及び発現するための技術、例えば、オリゴヌクレオチドの合成、核酸増幅技術、細胞の形質転換、ベクターの構築、発現システム及び同様のもの並びに細胞への核酸分子の形質導入又はそうでなければ導入は、当該技術分野において十分に確立されていること、及びほとんどの実施者が、特定の条件及び手順に関する標準的な資源に精通していることが当業者に理解され得る。
【０３７８】
いくつかの実施形態において、抗原特異的抗原提示細胞は、免疫応答の改変が望まれる細胞集団又は組織から抗原提示細胞又はそれらの前駆体を単離することによって得られる。典型的に、単離された抗原提示細胞又は前駆体のいくつかは、免疫応答の刺激又は阻害が望まれる免疫応答の標的又は潜在的標的である抗原を構成的に提示するか、又はそのような抗原をインビボで取り込んでいる。この場合、外因性抗原の送達は、必須ではない。あるいは、細胞は、健康な組織又は罹患した組織の生検に由来し、溶解又はアポトーシスを起こした後、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）にパルスされ得る。この種の特定の実施形態において、抗原提示細胞は、それにたいして抗原特異的免疫応答が必要とされる癌又は腫瘍細胞である。癌又は腫瘍細胞の例示は、例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、大腸癌、膵癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、絨毛癌、セミノーマ、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、骨髄単球性の網膜芽細胞腫、単球性及び白血病; 慢性白血病 (慢性骨髄性（顆粒球）白血病および慢性リンパ球性白血病); 及び真性赤血球増加症、リンパ腫(ホジキン疾患及び非ホジキン疾患)、多発性骨髄腫、ワンデンストロームのマクログロブリン血症及び重鎖病等の肉腫及び癌腫の細胞を含む。特定の実施形態において、癌細胞又は腫瘍細胞は、乳癌細胞である。
【０３７９】
上記のいくつかの実施形態において、癌細胞又は腫瘍細胞は、通性又は非プロフェショナルな抗原提示細胞を構成し、場合によっては、それらの抗原提示機能を増強するためにさらなる改変を必要とし得る。これらの例において、抗原提示細胞は、1つ以上の免疫調節分子を発現するように改変され、これは、TAP1/TAP2トランスポータータンパク質、LMP2及びLMP7等のプロテオソーム分子、gp96、HSP70及びHSP90等のヒートショックタンパク質、並びに腫瘍組織適合性複合体（MHC）又はヒト白血球抗原（HLA）分子等の抗原プロセシング及び提示に関与するタンパク質; B7及びCD40等のT細胞活性化のための共刺激シグナルを提供する因子; OX-2、PD-L1又はPD-L2等のT細胞の直接の死滅、又はTリンパ球若しくはBリンパ球アネルギーの誘導、又はT制御細胞（Treg）生成の刺激のための共抑制シグナルを提供する因子; CD83等のアクセサリー分子; ケモカイン; リンホカイン及びサイトカイン、例えば、インターロイキンα、β及びγ、インターロイキン類（例えば、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-22等）、細胞成長を刺激する因子（GM-SCF）及びその他の因子（例えば、腫瘍壊死因子（TNF）、DC-SIGN、MIP1α、MIP1β及びトランスフォーミング成長因子-β（TGF-β））を含む免疫応答を調節するか、又は直接影響を及ぼし得る動物に天然に存在する何れかの分子を含む。特定の有利な実施形態において、免疫調節分子は、B7分子（例えば、B7-1、B7-2又はB7-3）及びICAM分子（例えば、ICAM-1及びICAM-2）から選択される。
【０３８０】
免疫調節分子を組換え的に発現させる代わりに、所望の免疫刺激分子を発現する抗原提示細胞が、不均一な細胞集団から単離又は選択され得る。単離/選択の何れかの方法が本発明によって企図され、その例は、当業者に公知である。例えば、細胞の1つ以上の特定の特徴を利用して、その細胞を異種集団から特異的に単離することが出来る。そのような特徴は、限定されないが、細胞の解剖学的位置、細胞密度、細胞サイズ、細胞形態、細胞代謝活性、Ca2+、K+、及びH+イオン等のイオンの細胞への取り込み、染色剤等の化合物の細胞への取り込み、細胞表面に発現するマーカー、タンパク質の蛍光及び膜電位を含む。これに関して使用することが出来る適切な方法は、組織の外科的除去、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）等のフローサイトメトリー技術、免疫親和性分離（例えばDynabead（商標）分離などの磁気ビーズ分離）、密度分離（例えば、メトリザミド、Percoll（商標）又はFicoll（商標）配遠心分離）、及び細胞型特異的密度分離を含む。望ましくは、細胞は、フローサイトメトリー又は免疫調節分子と免疫相互作用する抗原結合分子を用いた免疫親和性分離によって単離される。
【０３８１】
あるいは、免疫調節分子は、可溶性形態で抗原提示細胞に提供され得る。この種のいくつかの実施形態において、免疫調節分子は、膜貫通同メインを欠く（例えば、それは、B7細胞外ドメインを含む）B7分子であり、その非限定的な例は、McHugh et al. (1998, Clin. Immunol. Immunopathol., 87(1): 50-59)、Faas et al. (2000, J. Immunol., 164(12): 6340-6348) 及びJeannin et al. (2000, Immunity, 13(3): 303-312)に記載される。この種の他の実施形態において、免疫刺激タンパク質は、限定されないが、免疫グロブリン分子又はその生物学的に活性な断片等の抗原結合分子と一緒に連結された、B7分子、又はその生物学的に活性な断片、又はこれらの変異体若しくは誘導体を含むキメラ又は融合タンパク質を含むB7誘導体である。例えば、約1位〜約215位までのアミノ酸を含むB7-1分子の細胞外ドメインに相当するアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドは、PCRを用いて、ヒトIg Cy1のヒンジ、CH2及びCH3領域に相当するアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドに結合され、B7Ig融合タンパク質として発現される構築物を形成する。B7Ig融合タンパク質に相当するアミノ酸配列をコードするDNAは、1991年5月31日にブダペスト条約の下で、ロックビル、Md.のアメリカンタイプカルチャーコレクション（ATCC）に寄託され、受入番号68627が与えられた。そのようなB7誘導体を製造及び組み立てるための技術は、例えば、Linsley et al. (米国特許番号5,580,756)に開示される。Sturmhoefel et al. (1999, Cancer Res., 59: 4964-4972) も参照されたい。この報告は、IgG2aのFc部分にインフレームで融合したB7-1又はB7-2の細胞外領域を含む融合タンパク質を開示している。
【０３８２】
可溶性免疫調節分子の半減期は、必要に応じて何れかの適切な手順によって延長され得る。好ましくは、そのような分子は、例えば、Chapman et al (1999, Nature Biotechnology, 17: 780-783)によって開示されているように、モノメトキシ-ポリエチレングリコールを含むポリエチレングリコール（PEG）で化学的に修飾されている。
【０３８３】
あるいは、又は加えて、抗原提示細胞は、細胞の抗原提示機能を増強するために十分な時間及び条件下で、少なくとも1つのインターフェロンの存在下で培養され、そして細胞は、インターフェロンを除去するために洗浄される。この種の特定の有利な実施形態において、培養工程は、細胞を少なくとも1つのI型インターフェロン及び/又はII型インターフェロンと接触させることを含み得る。少なくとも1つのI型インターフェロンは、IFN-α、IFN-β、IFN-αの生物学的に活性な断片、IFN-βの生物学的に活性な断片、IFN-αの変異型、IFN-βの変異型、前記生物学的に活性な断片の変異型、IFN-αの誘導体、IFN-βの誘導体、前記生物学的に活性な断片の誘導体、前記変異型の誘導体、IFN-α類似体及びIFN-β類似体からなる群から適切に選択される。典型的に、II型インターフェロンは、IFN-γ、IFN-γの生物学的に活性な断片、IFN-γの変異型、前記生物学的に活性な断片の変異型、IFN-γの誘導体、前記生物学的に活性な断片の誘導体、前記変異型の誘導体及びIFN-γの類似体からなる群から選択される。インターフェロン処理を用いて抗原提示細胞の抗原提示機能を増強するための例示的な方法及び条件は、国際公開番号WO 01/88097に記載される。
【０３８４】
いくつかの実施形態において、抗原提示細胞（例えば、癌細胞）又は細胞株は、対象に投与された後のさらなる増殖を防ぐために適切に不活性化される。不活性化の何れかの物理的、化学的又は生物学的手段が用いられ得、これは、限定されないが、照射（一般的に少なくとも約5,000cGy、通常少なくとも約10,000cGy、典型的に少なくとも約20,000cGy）; 又はマイトマイシン-Cによる処置（通常少なくとも10μg/mL; さらに通常少なくとも50μg/mL）を含む。
【０３８５】
抗原提示細胞は、何れかの数の手段によって、1つ以上の抗原を含有する及び/又は発現するように入手又は調製され得、その結果、抗原又はそのプロセスされた形態が、Ｔリンパ球及びＢリンパ球を含む他の免疫細胞の潜在的な調節のために、及び特に、特定の抗原又は抗原群に応答するように刺激されたTリンパ球及びBリンパ球を産生するためにそれらの細胞によって提示される。
【０３８６】
いくつかの実施形態において、抗原提示細胞は、免疫エフェクター細胞である。従って、いくつかの実施形態において、上記の抗原提示細胞は、抗原又は抗原群に対して刺激されたTリンパ球を産生するために有用である。他の実施形態において、抗原特異的抗原提示細胞は、抗原又は抗原群に対して耐性/アネルギーを示すTリンパ球を産生することに有用である。特定の抗原に対して免疫応答又は免疫寛容/アネルギーを示すようにリンパ球、特にTリンパ球を誘導する効率は、限定されないが、抗原特異的細胞溶解性Tリンパ球（CTL）の標的として例えば抗原特異的抗原提示細胞を用いて、インビトロでTリンパ球細胞溶解活性をアッセイすること;例えば、Elispotアッセイ、及びELISAアッセイを用いて抗原に対するB細胞応答を測定する、抗原特異的Tリンパ球増殖（例えば、Vollenweider and Groseurth (1992), J. Immunol. Meth., 149: 133-135を参照）をアッセイすること; サイトカインプロファイルを調べること; 又は特定の抗原に対する皮膚反応性のテストによる遅延型過敏症（DTH）応答（例えば、Chang et al. (1993), Cancer Res. 53: 1043-1050を参照）を測定すること、を含む何れかの適切な方法によって決定され得る。
【０３８７】
従って、本発明はまた、抗原の提示に対して抗原特異的に応答する抗原特異的B又はTリンパ球、特にTリンパ球を提供する。いくつかの実施形態において、抗原特異的Tリンパ球は、脾臓又は扁桃腺/リンパ節等の何れかの適切な供給源から得られ得るが、好ましくは末梢血から得られ得る、Tリンパ球の集団と、上記に定義されるような抗原提示細胞を接触さえることによって産生される。Tリンパ球は、粗調製物として又は部分的に精製された若しくは実質的に精製された調製物として使用され得、それらは、例えば「免疫化学的技術、パートG: リンパ球の分離及び特徴づけ」（1984, Meth. in Enzymol. 108, Edited by Di Sabato et al., Academic Press）に記載の標準的技術を用いて適切に得られる。これは、ヒツジ赤血球を用いたロゼット化、ナイロンウールのカラムを横切る流路（passage）、又は接着性細胞を枯渇させるためのプラスチック接着性、当該技術分野において公知の適切なモノクローナル抗体を用いる免疫磁気又はフローサイトメトリー選択を含む。
【０３８８】
Tリンパ球調製物を、本明細書に記載の抗原特異的抗原提示細胞と、Tリンパ球をそれらの抗原提示細胞によって提示される1つ又は複数の抗原に刺激する又はアネルギー化することに適切な時間、接触させる。この期間は、通常、少なくとも約1日から最大5日である。
【０３８９】
寛容性又はアネルギー誘導性の抗原特異的抗原提示細胞を用いる実施形態において、そのような細胞によって、誘導される抗原特異的アネルギーは、望ましくは、1つ以上の抗原特異的調節リンパ球の型、特に調節性Tリンパ球の誘導を含む。調節性Tリンパ球のいくつかの集団は、例えば、Tr1リンパ球、Th3リンパ球、Th2リンパ球、CD8+CD28-調節性Tリンパ球、CD4+CD25+調節性Tリンパ球、ナチュラルキラー(NK) Tリンパ球の及びγδ T リンパ球等の抗原特異的な方法で他のエフェクターリンパ球の応答を阻害することが知られている。
【０３９０】
Tr1リンパ球は、IL-10の存在したで、同異種系単球によるヒト血液T細胞の刺激後に現れる可能性がある。この亜集団は、高レベルのIL-10及び中程度のレベルのTGFβを分泌するが、IL-4又はIFNγは殆ど分泌しない（Groux et al. (1997), Nature, 389: 737-742）。
【０３９１】
Th3調節亜集団は、経口（又は他の粘膜）経路による病原送達後に誘導される特定のサブセットを指す。それらは、主にTGFβ、及び低レベルのIL-10、IL-4又はIFNγのみを産生し、IgA産生のための特別な助けを提供する（Weiner et al. (2001), Microbes Infect, 3: 947-954）。それらは、Th1及びTh2型エフェクターT細胞の両方を抑制することが出来る。
【０３９２】
Th2リンパ球は、高レベルのIL-4、IL-5及びIL-10を産生するが、IFNγ及びTGFβは低い。Th2リンパ球は、それらの同族ペプチドリガンドの提示時に環境中の比較的豊富なIL-4及びIL-12の欠如に応答して生成される（O’Garra and Arai (2000), Trends Cell Biol, 10: 542-550）。CD86によるTリンパ球シグナル伝達もTh2細胞の生成に重要である可能性がある（Lenschow et al. (1996), Immunity, 5:285-293; Xu et al. (1997), J Immunol, 159: 4217-4226）。
【０３９３】
Tリンパ球の異なるCD8+CD28調節性又は「サプレッサー（suppressor）」サブセットは、インビトロでの反復抗原刺激によって誘導され得る。それらは、MHCクラスI拘束性であり、そしてCD4+T細胞応答を抑制する。
【０３９４】
Tリンパ球のCD4+CD25+調節性又は「サプレッサー」サブセットは、種々の自己免疫疾患及び炎症性疾患を阻害し、それらはまた、同種抗原応答の抑制においても有効である。特に、これらのリンパ球は、T細胞応答、抗体産生、サイトカイン分泌、及び抗原提示細胞に影響を与えることによって免疫応答を下方制御することが出来る（例えば、Suvas et al. (2003), J Exp Med., 198(6): 889-901; Taams et al. (2003), Transpl Immunol., 11(3-4): 277-85; Jonuleit et al. (2003), Transpl Immunol., 11(3-4): 267-76; Green et al. (2003), Proc Natl Acad Sci USA., 100(19): 10878-10883を参照）。CD4+CD25+調節性T細胞は、インビトロでの反復的な抗原刺激によって産生される（Feunou et al. (2003), J Immunol., 171(7): 3475-84）。
【０３９５】
MK細胞マーカーであるCD161を発現し、そのTCRが、ヒトにおいてVα24JαQ、マウスにおいてVα14Jα281であるNK Tリンパ球は、糖脂質抗原の提示を通じて特異的に非多型CD1d分子によって活性化される（Kawano et al. (1997), Science, 278: 1626-1629）。それらは多くの実験系において、免疫調節性であることが示されている。それらは、疾患発症前のいくつかの自己免疫モデルにおいて数が減少しており、非肥満性糖尿病（NOD）マウスへの受動的移入時の疾患の発生率を減少させることが出来る。CD1dによって提示される糖脂質、α-ガラクトシルセラミド（α-gal cer）の投与もまた、これらマウスにおけるNKTリンパ球の蓄積及び糖尿病の改善をもたらす（Naumov et al. (2001), Proc Natl Acad Sci USA, 98: 13838-13843）。
【０３９６】
γδTリンパ球は、様々な炎症性疾患における免疫応答の下方制御及び粘膜免疫寛容の誘導に関連する炎症の抑制に関与している。粘膜抗原によって誘導された寛容は、少数のγδT細胞による未処置のレシピエントマウスに移入可能であった（McMenamin et al. (1995), J Immunol, 154: 4390-4394; McMenamin et al. (1994), Science, 265: 1869-1871）。さらに、粘膜免疫寛容誘導は、γδ細胞機能を遮断するGL3抗体の投与により遮断された（Ke et al. (1997), J Immunol, 158: 3610-3618）。
【０３９７】
抗原特異的Tリンパ球が、インビトロ又はインビボの抗原提示細胞と接触して産生されるか否かにかかわらず、抗原提示細胞によって誘導される抗原特異的アネルギーは、抗原特異的リンパ球がその後の特異的抗原による再刺激に応答できないことを招く。これらの抗原特異的リンパ球は、抗原特異的にIL-10を産生することによって適切に特徴づけられる。IL-10は、強力な免疫抑制作用を持つサイトカインである。IL-10は、抗原特異的Tリンパ球の増殖を様々なレベルで阻害する。IL-10は、単球、樹状細胞、及びランゲルハンス細胞等のプロフェッショナル抗原提示細胞の抗原提示及び補助細胞機能を、MHCクラスII分子の発現並びに接着分子及び共刺激分子ICAM-1及びB7.1及びB7.2のダウンレギュレーションによって抑制する（Interleukin 10 (1995), de Vries and de Waal Malefyt, eds., Landes Co, Austin Tex.にレビューされる）。IL-10は、これらの細胞によるIL-12産生も阻害する。IL-12は、Tリンパ球の活性化及びTh1リンパ球の分化を促進する（D’Andrea, et al. (1993), J. Exp. Med., 178: 1041-1048; Hsieh et al. (1993), Science, 260: 547-549）。加えて、IL-10は、これら細胞によるIL-2遺伝子転写及びIL-2産生を阻害することによってTリンパ球増殖を直接阻害し（reviewed in Interleukin 10 (1995), de Vries and de Waal Malefyt, eds., Landes Co, Austin Tex.）、そしてそれ自体が、調節性T細胞を誘導する抗原提示細胞を促進する（米国特許番号6,277,635）。従って、いくつかの実施形態において、アネルギー性Tリンパ球の存在は、例えば、細胞上清中のELISAによるか、又は細胞内染色のフローサイトメトリー分析によって、IL-10産生をアッセイすることによって決定され得る。
【０３９８】
いくつかの実施形態において、免疫調節剤は、標的抗原と免疫相互作用する抗原結合分子である。いくつかの実施形態において、標的抗原は、免疫応答の増強が必要とされる疾患又は病症において、又は特定の病原体によって発現される。他の実施形態において、標的抗原は、正常状態又は疾患又は病症が存在しない状態と比較して、典型的に疾患又は状態においてより高いレベルで発現される。抗原結合分子は、前述のように標的抗原と適切に相互作用する。本発明において有用な多数の抗原結合分子が当該分野において公知である。結腸癌が治療の対象である例示において、米国特許出願公開番号20040176576に開示されるように、抗原結合分子は、Cripto-1タンパク質、Pim-1タンパク質又は結腸癌細胞溶解物中に存在する抗原から選択される抗原と免疫相互作用する。
【０３９９】
いくつかの実施形態において、抗原結合分子は、抗体、特に全ポリクローナル抗体である。そのような抗体は、例えば、標的抗原の少なくとも一部に相当する抗原をマウス又はラビットを含み得る産生種に注射することによって調製され得、ポリクローナル抗血清を得る。ポリクローナル抗体を産生する方法は、当業者に公知である。使用され得る例示的なプロトコールは、例えば、Coligan et al. （Current Protocols in Immunology, (John Wiley & Sons, Inc) (1991)）、及びAusubel et al. (1998, supra)、特にチャプター11のセクションIIIに記載される。
【０４００】
産生種で得られたポリクローナル抗血清の代わりに、モノクローナル抗体は、例えば、Kohler and Milstein (1975, Nature, 256: 495-497)に記載されているような標準的な方法を用いて、又は例えば上記のように1つ以上の抗原を接種された産生種に由来する脾臓又は他の抗体産生細胞を不活化すること等のColigan et al. (1991、上記)に記載されたようなより最近の改変による方法を用いて調製され得る。
【０４０１】
本発明はまた、抗原結合分子Fv、Fab、Fab'及びF(ab')2免疫グロブリン断片を企図する。あるいは、抗原結合分子は、合成安定化Fv断片を含み得る。この種の例示的な断片は、ペプチドリンカーを用いてVHドメインのN末端又はC末端をそれぞれVLドメインのC末端又はN末端と架橋する単鎖Fv断片（sFv、しばしばscFvと称される）を含む。ScFvは、全抗体の全ての定常部分を欠いており、補体を活性化することが出来ない。ScFvは、例えば、Kreber et al (1997, J. Immunol. Methods, 201(1): 35-55)に概説される方法に従って調製され得る。あるいは、それらは、米国特許番号5,091,513、欧州特許第239,400、又はWinter and Milstein (1991, Nature, 349: 293) 及びPluckthun et al (1996, In Antibody engineering: A practical approach., 203-252)による論文に記載の方法によって調製され得る。他の実施形態において、合成安定化Fv断片は、完全に折りたたまれたFv分子において2つの残基が、それらの間にジスルフィド結合を形成するように、システイン残基が、VH及びVLドメインに導入されるジスルフィド安定化Fv（dsFv）を含む。dsFvを産生する適切な方法は、例えば、Glockscuther et al.（Biochem., 29: 1362-1367 (1990)）; Reiter et al. （J. Biol. Chem., 269: 18327-18331(1994)）; Reiter et al.（Biochem. 33: 5451-5459 (1994)）; Reiter et al.（Cancer Res., 54: 2714-2718(1994)）; Webber et al. （Mol. Immunol., 32: 249-258(1995)）に記載される。
【０４０２】
5.  LSD1阻害の方法
上記第4節に記載されているように、本発明のタンパク質性分子は、免疫調節剤により標的抗原に対する対象の免疫応答を増強し、PD-L1及び/又はPD-L2の核移行を含むPD-L1及び/又はPD-L2活性を阻害するための方法において有用である。さらに、本発明のタンパク質性分子は、癌等のLSD1及び/又はPKCの過剰発現が関与する病症の治療又は予防のための方法において有用である。
【０４０３】
本発明によれば、本発明のタンパク質性分子は、LSD1核移行の阻害に有用である。従って、本発明のタンパク質性分子は、LSD1過剰発現細胞の形成、増殖、維持、EMT又はMETのうち少なくとも1つを変化させるための方法において有用である。本発明のタンパク質性分子は、LSD1過剰発現細胞の増殖、生存又は生存能力を阻害するために有用である。従って、本発明のタンパク質性分子は、癌、特に乳癌等の対象におけるLSD1過剰発現を含む病症の治療又は予防に有用である。
【０４０４】
従って、本発明の他の態様において、治療のために、又は治療のための医薬の製造における、本発明のタンパク質性分子の使用が提供される。本発明はまた、治療に用いるための、又は医薬品として使用するための本発明のタンパク質性分子を包含する。
【０４０５】
本発明のタンパク質性分子は、LSD1の阻害、特にLSD1の核移行に有用である。従って、本発明のタンパク質性分子は、LSD1の核移行又はLSD1のリン酸化等のLSD1の活性を阻害する方法において有用である。
【０４０６】
従って、本発明のタンパク質性分子は、それらのLSD1に対する阻害作用の結果として、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変させる方法において有用であることが提案される。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、LSD1過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの減少、障害、抑止又は予防をもたらす。
【０４０７】
本発明のタンパク質性分子は、対象における癌を治療又は予防するために用いられ得、ここで、前記癌は、少なくとも1つのLSD1過剰発現細胞を含む。前記癌は、癌幹細胞及び非癌幹細胞腫瘍細胞を含み得る。いくつかの実施形態において、前記癌は、乳癌、前立腺癌、肺癌、膀胱癌、膵臓癌、結腸癌、黒色腫、網膜芽細胞腫、肝臓癌又は脳腫瘍、特に乳癌から選択される。
【０４０８】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、悪性腫瘍、特に転移性癌の症状を治療、予防及び/又は緩和するために用いられる。好ましい実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、転移性の癌の病状を治療、予防及び/又は緩和するために用いられる。
【０４０９】
適切な種類の転移性癌は、限定されないが、転移性乳癌、前立腺癌、肺癌、膀胱癌、膵臓癌、結腸癌、黒色腫、網膜芽細胞腫、肝臓癌又は脳腫瘍を含む。いくつかの実施形態において、脳腫瘍は、神経膠腫である。好ましい実施形態において、転移性癌は、転移性乳癌である。
【０４１０】
タンパク質性分子は、LSD1過剰発現細胞を含む方法において有用である。特定の実施形態において、LSD1過剰発現細胞は、乳房、前立腺、肺、膀胱、膵臓、結腸、黒色腫、白血病、網膜芽細胞腫、肝臓又は脳細胞; 特に乳房細胞から選択される。特定の実施形態において、LSD1過剰発現細胞は、乳房上皮細胞、特に乳管上皮細胞である。
【０４１１】
いくつかの実施形態において、LSD1過剰発現細胞は、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞; 特に癌幹細胞腫瘍細胞; より具体的には乳癌幹細胞腫瘍細胞である。いくつかの実施形態において、癌幹細胞腫瘍細胞は、CD24及びCD44、特にCD44high、CD24lowを発現する。
【０４１２】
いくつかの実施形態において、当該方法は、対象から得た腫瘍試料中のLSD1遺伝子の過剰発現を検出することをさらに含み、ここで、前記腫瘍試料は、本発明のタンパク質分子を対象に投与する前の癌幹細胞腫瘍細胞及び任意に非癌幹細胞腫瘍細胞を含む。
【０４１３】
本発明のタンパク質性分子は、癌と診断された、癌を有すると疑われる、感受性があることが知られている、及び癌を発症する可能性があると考えられる個体、又は以前に治療された癌が再発すると考えられる個体を治療するために適している。癌はホルモン受容体陰性である可能性がある。いくつかの実施形態において、癌は、ホルモン受容体陰性であり、従って、ホルモン療法又は内分泌療法に耐性がある。癌が、乳癌であるいくつかの実施形態において、乳癌は、ホルモン受容体陰性である。いくつかの実施形態において、乳癌は、エストロゲン受容体陰性及び/又はプロゲステロン受容体陰性である。
【０４１４】
本発明のタンパク質性分子が有用であり得る、LSD1の過剰発現又は活性を含む多くの病状がある。従って、本発明の他の態様において、LSD1阻害が有効な治療と関連している対象における病状を治療又は予防するための本発明のタンパク質性分子の使用が提供される。本発明はまた、LSD1阻害が有効な治療と関連しているという点で、対象における病状を治療又は予防する方法を企図する。本発明のさらなる態様において、LSD1阻害が、有効な治療と関連している対象における病状を治療又は予防するための医薬の製造における本発明のタンパク質性分子の使用が提供される。本発明はまた、LSD1阻害が有効な癌と関連している病状を治療又は予防することに使用するための本発明のタンパク質性分子を提供する。
【０４１５】
LSD1過剰発現又はLSD1活性を含む病状、従って、LSD1阻害が有効な治療と関連する病状の非限定的な例は、癌; 鎌状赤血球症; ウイルス感染症、例えばHIV、単純ヘルペスウイルス（例えば、HSV-1又はHSV-2）、アデノウイルス、ヒトパピローマウイルス、パルボウイルス、天然痘ウイルス、ワクシニアウイルス、ペパドナウイルス科（hepadnaviridae）、ポリオーマウイルス、エプスタイン-バーウイルス、肝炎ウイルス（例えば、B型肝炎ウイルス）、又は水痘帯状疱疹ウイルス感染症; 炎症病状、例えばアテローム性動脈硬化、呼吸器炎症性障害(例えば、呼吸促迫症候群、喘息、慢性閉塞性肺疾患、気管支過感受性、気管支収縮、気道炎症、気道リモデリング又は嚢胞性繊維症)、慢性炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、慢性皮膚炎症性疾患(例えば、乾癬又はアトピー性皮膚炎)、メサンギウム糸球体腎炎、カワサキ病、播種性血管内炎症、カフェー病、双反転動脈灌流症候群、アレルギー性血管炎、関節炎、血管炎、冠状動脈疾患、頸動脈疾患、移植性脈管障害、慢性関節リウマチ、肝硬変、又は腎炎; 心血管性疾患、例えば、血栓症、バッド・キアリ症候群、パジェット-シュレター病、心筋梗塞、冠状動脈性心臓病、冠状動脈疾患、脳卒中、心不全又は高血圧; 又は神経障害、例えば統合失調症、発達障害、うつ病、てんかん、麻薬中毒又は神経変性疾患(例えば、パーキンソン病、ハンチントン病、アルツハイマー病又は認知症)を含む。特定の実施形態において、その病状は癌である。
【０４１６】
特定の実施形態において、当該方法は、追加の癌療法及び/又は抗感染症剤等の上記3節に記載のさらなる活性物質の投与を含む。
【０４１７】
6.  PKC阻害の方法
LSD1の残基108〜118に相当するアミノ酸配列は、セリン111上の潜在的リン酸化部位を含む。理論に縛られることを望むことなく、前記配列が、前記リン酸化部位及び周囲の残基を含むアミノ酸配列に対応する本発明のタンパク質性分子は、PKC、特にPKC-θに結合することが提案され、それによって、前記PKCのリン酸活性を阻害し、結果として、LSD1のリン酸化を阻害する。LSD1リン酸化の欠如は、同様に、LSD1の核移行を阻害することが提案される。
【０４１８】
従って、本発明のタンパク質性分子は、LSD1のPKCリン酸化の阻害及びPKC過剰発現細胞の形態、増殖、維持、EMT又はMETの少なくとも1つを改変する等のPKCのリン酸化活性の阻害に有用である。さらに、本発明のタンパク質性分子は、癌等の対象におけるPKC過剰発現を含む状態の治療又は予防に有用である。
【０４１９】
特定の実施形態において、PKCは、PKC-θである。
【０４２０】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、少なくとも1つの他のPKC酵素又はアイソフォーム、例えば、PKC-α、PKC-β、PKC-γ、PKC-δ、PKC-ε、PKC-ζ、PKC-η、PKC-λ、PKC-μ又はPKC-νよりもPKC-θのリン酸活性を選択的に阻害する。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、他の10個のPKC酵素よりもPKC-θのリン酸化活性を選択的に阻害する。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、他のPKC（すなわち、PKC-θ以外のPKC、例えば、PKC-α、PKC-β、PKC-γ、PKC-δ、PKC-ε、PKC-ζ、PKC-η、PKC-λ、PKC-μ又はPKC-ν）のリン酸化活性の阻害に関して、約2倍、5倍、10倍、20倍、50倍、又は約100倍超のPKC-θ選択性を示す。他の実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、少なくとも1つの他のPKC酵素又はアイソフォーム、例えばPKC-α等よりもPKC-θのリン酸化活性を選択的に阻害する。さらなる実施形態において、選択的分子は、他のPKCに対するよりもPKC-θに対して少なくとも100倍超の阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のPKCに対するよりもPKC-θに対して少なくとも500倍超の阻害を示す。さらに別の実施形態において、選択的分子は、他のPKCに対するよりもPKC-θに対して少なくとも100倍超の阻害を示す。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、PKC-θのリン酸化活性の非選択的阻害剤である。
【０４２１】
本発明のタンパク質性分子は、PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）METの少なくとも1つを改変させる方法において有用である。好ましくは、細胞は、形態-、増殖-、維持-、EMT-又はMET-を調節する量の本発明のタンパク質性分子と接触させられる。いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、PKC過剰発現細胞の（i）形態、（ii）増殖、（iii）維持、（iv）EMT、又は（v）MET
の低減、障害、抑止又は予防をもたらす。
【０４２２】
従って、本発明のタンパク質性分子は、対象における癌を治療又は予防するために用いられ得、ここで、前記癌は、少なくとも1つのPKC過剰発現細胞を含む。好ましい態様において、PKCは、PKC-θである。
【０４２３】
前記癌は、限定されないが、乳癌、前立腺癌、肺癌、膀胱癌、膵臓癌、結腸癌、黒色腫、網膜芽細胞腫、肝臓癌又は脳腫瘍、特に乳癌から選択され得る。特定の実施形態において、癌は転移性癌、特に転移性乳癌である。
【０４２４】
いくつかの実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、悪性腫瘍、特に転移性癌の病状を治療、予防及び/又は緩和するために使用される。好ましい実施形態において、本発明のタンパク質性分子は、転移性癌の病状を治療、予防及び/又は緩和するために用いられる。
【０４２５】
好ましい実施形態において、PKCは、PKC-θである。適切なPKC-θ過剰発現細胞は、乳房、前立腺、肺、膀胱、膵臓、結腸、黒色腫、肝臓、網膜又は神経膠腫細胞; 特に乳房細胞を含み得る。特定の実施形態において、PKC-θ過剰発現細胞は、乳房上皮細胞、特に乳管上皮細胞である。
【０４２６】
特定の実施形態において、PKC-θ過剰発現細胞は、癌幹細胞又は非癌幹細胞腫瘍細胞; 好ましくは、癌幹細胞腫瘍細胞である。いくつかの実施形態において、CSC腫瘍細胞は、CD24及びCD44、特にCD44high、CD24lowを発現する。
【０４２７】
本発明のタンパク質性分子は、癌と診断された、癌を有すると疑われる、感受性があることが知られている、及び癌を発症する可能性があると考えられる個体、又は以前に治療された癌が再発すると考えられる個体を治療するために適している。癌はホルモン受容体陰性である可能性がある。いくつかの実施形態において、癌は、ホルモン受容体陰性であり、従って、ホルモン療法又は内分泌療法に耐性がある。癌が、乳癌であるいくつかの実施形態において、乳癌は、ホルモン受容体陰性である。いくつかの実施形態において、乳癌は、エストロゲン受容体陰性及び/又はプロゲステロン受容体陰性である。
【０４２８】
本発明のタンパク質性分子が有用であり得る、PKCの過剰発現又は活性を含む多くの病状がある。従って、本発明の他の態様において、PKC阻害が有効な治療と関連している対象における病状を治療又は予防するための本発明のタンパク質性分子の使用が提供される。本発明はまた、PKC阻害、特にPKC-θ阻害が効な治療と関連しているという点で、対象における病状を治療又は予防する方法を企図する。本発明のさらなる態様において、PKC阻害が、有効な治療と関連している対象における病状を治療又は予防するための医薬の製造における本発明のタンパク質性分子の使用が提供される。本発明はまた、PKC阻害が有効な癌と関連している病状を治療又は予防することに使用するための本発明のタンパク質性分子を提供する。
【０４２９】
PKC過剰発現又はPKC活性を含む病状、従って、PKC阻害が有効な治療と関連する病状は、限定されないが、癌; 神経障害及び血管障害、例えば、ダウン症等、記憶及び認知障害、認知症、アミロイド神経障害、脳炎、脳卒中、パーキンソン病、神経及び脳の外傷、血管アミロイドーシス、アミロイドーシスを伴ううつ病又は脳出血; 急性及び慢性気道障害、例えば、気管支炎、閉塞性気管支炎、痙性気管支炎、アレルギー性気管支炎、アレルギー性喘息、気腫又は慢性閉塞性肺疾患（COPD）; 心疾患、例えば、心不全、アテローム性動脈硬化、心繊維症、肥大又は虚血性心疾患; 皮膚疾患、例えば、乾癬、毒性及びアレルギー性接触湿疹、アトピー性湿疹、脂漏性湿疹、単純性苔癬、日焼け、肛門性器領域のそう痒症、円形脱毛症、肥厚性瘢痕、円板状エリテマトーデス、濾胞性及び広範囲の膿皮症、内因性及び外因性にきび又は酒さ性ざ瘡; 関節炎の病状、例えば、慢性関節リウマチ、リウマチ性脊椎炎、変形性関節症又はその他の関節炎の病状; 後天性免疫不全症候群 (AIDS); HIV 感染症; 敗血症性ショック; 成人呼吸促迫症候群; 移植片対宿主反応; 臓器又は組織同種移植片又は異種移植の急性又は慢性拒絶反応; クローン病; 潰瘍性大腸炎; 炎症性腸疾患; アレルギー性鼻炎又は副鼻腔炎; アレルギー性結膜炎; 鼻ポリープ; 多発性硬化症等の自己免疫疾患; 腎臓病; 尿崩症を含む。特定の実施形態において、病状は、癌である。
【０４３０】
いくつかの実施形態において、当該方法は、対象から得た腫瘍試料中のPKC遺伝子、特にPKC-θ遺伝子の過剰発現を検出することをさらに含み、ここで、前記腫瘍試料は、本発明のタンパク質性分子を対象に投与する前に、癌幹細胞腫瘍細胞及び任意に非癌幹細胞腫瘍細胞を含む。
【０４３１】
特定の実施形態において、当該方法は、追加の癌療法及び/又は抗感染症剤等の、上記3節に記載のさらなる活性物質の投与を含む。
【０４３２】
当業者は、核移行及びリン酸活性の阻害等のLSD1、PD-L1、PD-L2及び/又はPKC阻害を評価し、LSD1又はPKC阻害剤であるタンパク質性分子を同定するために用いられる適切なアッセイを周知している。本発明による活性剤のスクリーニングは、何れかの適切な方法によって達成され得る。例えば、当該方法は、LSD1、PKC、PD-L1及び/又はPD-L2をコードする遺伝子に相当するポリヌクレオチドを発現する細胞を、阻害活性を有すると予想される薬剤と接触させること、及びLSD1、PKC、PD-L1及び/又はPD-L2のレベル若しくは機能活性の阻害、又はポリペプチド又は転写物の下流の細胞標的（以下、標的分子と称する）の活性又は発現の阻害をスクリーニングすることを含み得る。そのような阻害を検出することは、限定されないが、ELISA、細胞ベースELISA、阻害ELISA、ウエスタンブロット、免疫沈降、スロット又はドットブロットアッセイ、免疫染色、RIA、シンチレーション近接アッセイ、フルオレセイン又はローダミン等の蛍光物質の抗原結合分子コンジュゲート又は抗原コンジュゲートを用いる蛍光イムノアッセイ、オクタロニー二重拡散分析、アビジン-ビオチン又はストレプトアビジン-ビオチン検出システムを用いるイムノアッセイ、及び逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）を含む核酸検出アッセイを含む技術を利用して達成され得る。
【０４３３】
LSD1、PKC、PD-L1及び/又はPD-L2調節又は発現されるポリヌクレオチドは、試験の対象である細胞に天然に存在していてもよく、又は試験の対象である宿主細胞に導入されていてもよいことが理解され得る。加えて、天然に存在するか又は導入されたポリヌクレオチドは、構成的に発現され得、それによって、配列のコードされた産物の発現を下方制御する薬剤のスクリーニングに有用なモデルを提供し、ここで、下方制御は、核酸又は発現産物レベルであり得る。さらに、ポリヌクレオチドが、細胞に導入される限りにおいて、そのポリヌクレオチドは、LSD1、PKC、PD-L1及び/又はPD-L2をコードする全コード配列を含み得るか、又はそのコード配列の一部（LSD1、PKC、PD-L1及び/又はPD-L2の活性部位）、又はLSD1、PKC、PD-L1及び/又はPD-L2をコードする対応する遺伝子の発現を調節する部分（例えば、プロモーター）を含み得る。例えば、ポリヌクレオチドと天然に結合しているプロモーターは、試験の対象である細胞に導入され得る。プロモーターのみが利用される場合において、プロモーターの活性の改変の検出は、例えば、限定されないが、緑色蛍光タンパク質（GFP）、ルシフェラーゼ、βガラクトシダーゼ及びカテコールアミンアセチルトランスフェラーゼ（CAT）を含む適切なレポーターポリヌクレオチドに動作可能に連結することによって達成され得る。発現の調節は、レポーターポリヌクレオチドに関連する活性を測定することによって決定され得る。
【０４３４】
これらの方法は、合成、コンビナトリアル、化学的及び天然のライブラリーを含むタンパク質性又は非タンパク質性剤等の推定上の調節剤のハイスループットスクリーニングを実施するためのメカニズムを提供する。これらの方法はまた、標的分子をコードするポリヌクレオチドに結合する、又は上流分子の発現を阻害する薬剤の検出を容易にし、これはその後に標的分子をコードするポリヌクレオチドの発現を阻害する。従って、これらの方法は、本発明による標的分子の発現又は活性を直接的又は間接的に阻害する薬剤を検出するメカニズムを提供する。
【０４３５】
代替の実施形態において、試験薬剤は、市販のアッセイを用いてスクリーニングされ、その例示は、EpiQuikヒストンデメチラーゼLSD1阻害剤スクリーニングアッセイキット（Epigentek Group、ブルックリン、USA）、LSD1阻害剤スクリーニングアッセイキット（Cayman Chemical Company、アナーバー、USA）、PKCキナーゼ活性アッセイキット（Abcam、ケンブリッジ、イギリス）、プロテインキナーゼCアッセイキット(Panvera Corporation、マディソン、USA)、及び細胞ベースの免疫チェックポイントアッセイ（Genscript、Piscataway、USA）を含む。
【０４３６】
化合物は、動物モデルでさらに試験され、最も強力なインビボ効果を有する化合物を同定することが出来る。これらの分子は、例えば、化合物を逐次的修飾、分子モデリング、及び合理的ドラッグデザインに用いられる他の日常的手順に供することによって、医薬品の開発のための「リード化合物」として役立ち得る。
【０４３７】
さらに適切なアッセイは、Sutcliffe et al.（Front Immunol, 3: 260(2012)）; Ghildyal et al.（J Virol, 83(11): 5353-5362(2009)）; Riss et al.（Cell Viability Assays, In: Sittampalam, et al., Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences, available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK144065/ (2013)）; US 2005222186; Li et al.（J Biomol Screen, 16(2): 141-154(2011)）; Zhang et al.（FEBS Letters, 584(22): 4646-4654 (2010)）; Johnson and Hunter （Nat Methods, 2(1): 17-25(2005)）; Peck（Plant J, 45: 512-522 (2006)）; Phillips et al.（Appl Immunohistochem Mol Morphol., 23(8): 541-549 (2015)）; 及びSatelli et al.（ Sci Rep, 6: 28910 (2016)）に記載のアッセイを含む。
【０４３８】
本発明を容易に理解し、実用的な効果を発揮させることができるように、特定の好ましい実施形態が、以下の非限定的実施例によって説明される。
【実施例】
【０４３９】
実施例1.  ペプチド阻害剤の合成
LSD1ペプチド阻害剤、L1、L2及びL3（表4参照）は、例えば、Ensenat-Waser, et al. (2002) IUBMB Life, 54:33-36及びWO 2002/010193に記載されるようなマイルドFmoc化学法を用いた最新の自動固相ペプチド合成及び精製技術を用いて合成された。標準のN,N'-ジイソプロピルカルボジイミド（DIC）／ヒドロキシベンゾトリアゾール（HOBt）カップリングを用いてカップリングが実施された。脱保護の後、ペプチドは、自動分取逆相高速液体クロマトグラフィー（RP-HPLC）を用いて精製された。分画は、分析用RP-HPLC及び質量分析法を用いて分析された。純度98%以上の画分を合わせて最終生成物を得た。
【０４４０】
試験した全てのペプチドは、N末端アミノ酸のN末端アミノ基を介してミリストイル化された。ミリストイル化は、ペプチドの脱保護の前に、上記のようにDIC/HOBtカップリングを用いてミリスチン酸をN末端残基に共有結合させることによって実施された。
【０４４１】
【表５】
2019534317.tif 000036
【０４４２】
実施例2.  乳癌細胞株におけるリン酸化LSD1及びPD-L1及びPD-L2の相互作用
PD-L1は、従来、細胞表面シグナル伝達タンパク質として記載されているにもかかわらず、顕微鏡分析は、PD-L1が、MCF7及びMDA-MB-231細胞において明確な核シグナルを有することを証明した（図1）。PD-L1は、間葉系MCF7及びより進行的なトリプルネガティブMDA-MB-231乳癌細胞株において優位により多くの核分布を有する。Fn/c（細胞質蛍光に対する核の比率）及びTNFI（全核蛍光）の両方が、明確な細胞質の存在（TCFI; 全細胞質蛍光）と共により多くの核の存在を明確に示す。加えて、間葉系刺激MCF7細胞（MCF7ST）及びMDA-MB-231（MDA）の両方において有意に高い、セリン111でリン酸化されたLSD1（LSD1s111p）についての明瞭でほぼ全体的な核シグナルが存在する。さらに、LSD1s111p及びPD-L1のPCC（細胞の核内の2つのタンパク質の共局在化の程度を測定する共局在化係数）は、上皮刺激MCF7細胞（MCF7NS）では低かったが、間葉系MCF7STにおいては、有意に増加した。最も高いPCCは、MDA-MB-231細胞であった。このデータは、癌細胞の核におけるLSD1s111pとPD-L1の間の直接的な関係を示唆する。
【０４４３】
PD-L2は、MDA-MB-231細胞においてわずかな核シグナルを示したが、LSD1s111pを有する陽性PCCを示した（図2）。このデータは、癌細胞の核におけるPD-L2の核内での存在、及びLSD1s111pとPD-L2の間の直接的な関係を示唆する。
【０４４４】
図3Aは、PD-L1で染色された、PMA又はPMA及びTGF-βで刺激された誘導性MCF7のFACSプロットを示す。これらの細胞のmRNAは、PD-L1、PD-L2及びCD44について調べられた。PD-L1 mRNAは、PD-L2と比較してMCF7細胞においてより高く発現した（図3B）。逆に、PD-L2は、PD-L1と比較してMDA-MB-231細胞においてわずかに高く発現される。PD-L1及びPD-L2は、両方ともMCF7細胞により誘導された。PD-L1及びPD-L2発現は、MCF7細胞と比較してMDA-MB-231細胞において有意に高い。CD44、PD-L1及びPD-L2 mRNAと同様に、浮遊細胞（SUS）において接着集団（AD）と比較してより高いレベルで発現され、これはFACSの結果とは反対である。LSD1阻害剤（LSD1 siRNA）で処理した場合、PD-L2及びCD44 mRNA発現は、LSD1 siRNAによって下方制御されるのに対して、PD-L1の発現は、増加することが見い出された（図3C）。
【０４４５】
表５は、ジャーカットT細胞（Jurkat-T-cell）によるMDA-MB-231乳癌細胞の刺激を示す。PD-L1+細胞の頻度（%）は、IFNγ（10μg/mL）、PMA（24ng/mL）又はPMA+IFNγによる刺激によっては、改変されない。同様に、細胞が、24時間又は48時間刺激されるかにかかわらず、PD-L1+細胞の頻度は変化しないままである。
【０４４６】
IFNγ単独で24時間MDA-MB-231細胞を刺激すると、集団がシフトし、CD44hi/CD24lo細胞の頻度が、77.7%に減少した。どの刺激の組み合わせも、CD44hi/CD24lo PD-L1+MDA-MB-231細胞の頻度を有意に変化させなかった。細胞の蛍光強度中央値（MFI）は、IFNγ刺激と共に増加し、PMA単独刺激では減少する（表6）。PMA及びIFNγの両方による刺激は、PD-L1のMFIをさらに増加させた。
【０４４７】
【表６】
2019534317.tif 000037
【０４４８】
【表７】
2019534317.tif 000038
【０４４９】
このデータは、MDA-MB-231細胞の存在下でのジャーカット細胞の刺激は、PD-L1又はCD44hi/CD24lo集団の頻度を変えないが、細胞表面上に発現されるPD-L1の量を変えることが出来ることを示す。
【０４５０】
実施例3  LSD1及びPD-L1の発現及び核動力学に対するLSD1ペプチド阻害剤の影響
MCF7及びMDA-MB-231細胞におけるLSD1s111pの発現及び核局在化に対するペプチドインヒビターL1、L2及びL3（実施例1の方法に従って合成された）の効果は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて評価された（図4）。全てのペプチド阻害剤は、コントロール刺激及び非刺激MCF7及びMDA-MB-231細胞と比較して、LSD1s111pの核内の発現を有意に無効化した。従って、LSD1ペプチド阻害剤が、LSD1s111p発現及び核局在化を阻害することは明らかである。
【０４５１】
これに続いて、MCF7（図5）及びMDA-MB-231細胞（図6）におけるPD-L1の発現及び核局在化に対するペプチド阻害剤L1、L2及びL3の効果が、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて測定された。3つ全てのペプチドは、刺激MCF7細胞及びMDA-MB-231細胞の両方においてPD-L1の細胞質/表面の発現を有意に阻害した。コントロールMCF7細胞を刺激すると、PD-L1の高レベルの核内発現と同様に、核内PD-L1の有意な発現が生じる。これは、MDA-MB-231細胞においても明らかである。このPD-L1は、進行性乳癌細胞株において強い核内存在を明確に示す。L1、L2及びL3で処理した場合、核PD-L1の発現は、刺激された間葉系MCF7細胞及びMDA-MB-231細胞の両方において有意に無効化された。この効果は、上皮非刺激MCF7細胞においては、少なくなっている。核バイアスを測定するFn/c比率は、細胞質及び核のPD-L1の両方のL1、L2及びL3処理試料において有意な無効化が存在したとしても、PD-L1の局在化に対するバイアスは、MCF7及びMDA-MB-231細胞に対して明らかに強く、核である。
【０４５２】
実施例4  インビボマウスMDA-MB-231異種移植と併用療法がLSD1/PD-L1制御軸に及ぼす影響
図7は、マウスMDA-MB-231異種移植をアブラキサン（60mg/kg）又はドセタキセル（10mg/kg）の何れかで処理した効果を示し、処理中の経時的な腫瘍の体積を示す（図7A）。アブラキサン又はドセタキセル処理細胞の何れかにおいて残存する化学療法耐性MDA-MB-231細胞は、LSD1s111p［図7B(i)］、EGFR［図7B(ii)］又はSNAIL［図7B(iii)］の蛍光シグナルが、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて分析した場合、ビヒクルのみで処理したMDA-MB-231細胞と比較して、有意に増加した。
【０４５３】
図8は、異種移植MDA-MB-231細胞に対する、アブラキサン、フェネルジン又はそれらの組み合わせによる処理の効果を示す。各群の腫瘍のサイズ及び体積に対する併用療法の効果を経時的に評価した。アブラキサン単独又はフェネルジンとの組み合わせの何れかでの治療は、腫瘍体積の有意な減少をもたらした。CD44と共に、SNAIL及びビメンチンは、有意な低下を示した。
【０４５４】
アブラキサン、フェネルジン、又はそれらの組み合わせで処理されたMDA-MB-231細胞におけるLSD1s111p発現の顕微鏡分析は、アブラキサン処理された試料において、LSD1s111pの発現が、アブラキサン処理された試料（群B-アブラキサン60mg/kg）において、LSD1s111p発現が対照（群A）と比較して有意に増加したことを見出し、これは、MDA異種移植細胞の耐性母集団を示唆する（図9）。逆に、フェネルジン（41mg/kg; 群C）による処理は、コントロールと比較して阻害効果を引き起こした。アブラキサン及びフェネルジンの両方で処理した細胞（群D; アブラキサン60mg/kg、フェネルジン41mg/kg）において、LSDs111pの発現は、A群（コントロール）及び群Bと比較して有意に抑制された。サイトケラチンについては、ほぼ同一の発現プロファイルが認められ、ここで、その発現は、群Bの処理によって増大し、そしてフェネルジン、並びにフェネルジン及びアブラキサンで処理された細胞において抑制された。PD-L1はまた、アブラキサンで処理された細胞において核（TNFI）及び細胞質（TCFI）の両方において有意にアップレギュレートされ、そしてより高い核バイアスが観察された（Fn/cによって測定されるように）。フェネルジン又はアブラキサンとフェネルジンの両方で処理すると、核（TNFI）と細胞質（TCFI）の両方のPD-L1発現が有意に抑制され、核バイアス（Fn/c）が高かったが、総PD-L1発現は有意に減少された。
【０４５５】
異種移植MDA-MB-231細胞における上皮成長因子受容体（EGFR）及び細胞表面ビメンチン（CSV）発現に対するアブラキサン、フェネルジン又はこれら2つの組み合わせによる処理の効果が、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて評価された（図10）。EGFR核発現は、アブラキサン処理試料（B群; アブラキサン60mg/kg）においてコントロール（A群）と比較して有意に増加し、これは、MDA-MB-231異種移植細胞の耐性集団であることが示唆された。逆に、フェネルジン（41mg/kg; 群C）による処置は、コントロールと比較して阻害効果を起こした。アブラキサンとフェネルジンの両方で処理した細胞（群D; アブラキサン60mg/kg、フェネルジン41mg/kg）において、EGFRの核内発現は、A群（コントロール）及び群Bと比較して有意に抑制された。ほぼ同一の発現プロファイルが、CSVについて認められ、ここで、細胞質発現は、B群細胞において増加し、そしてフェネルジン並びにフェネルジン及びアブラキサンの両方で処理した細胞において抑制された。
【０４５６】
異種移植細胞におけるPD-L2及びMET（間葉系マーカー）発現に対するアブラキサン又はドセタキセルによる処理の効果は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて評価された（図11）。PD-L2は、有意な核シグナル及びMETを有する中程度から強いPCC（局在化スコア）を示し、これは、アブラキサン処理細胞で最も高かった。MET核発現はまた、アブラキサン及びドセタキセル処理MDA-MB-231異種移植細胞の両方において有意に増加した。
【０４５７】
実施例5  転移性乳癌患者の液体生検から分離された循環腫瘍細胞におけるセリン111でリン酸化されたLSD1とPD-L1及びPD-L2の相互作用
循環腫瘍細胞（CTC）が、転移性乳癌患者の液体生検から単離された。単離したCTCの代表的な共焦点レーザー走査型顕微鏡画像を図12に示す。検出されたマークは、間葉性の状態; ビメンチン; サイトケラチン; LSDs111p; PD-L1; 及びPD-L2と共に進行性癌に関与する転写因子であるSNAILが含まれる。
【０４５８】
転移性乳癌患者の液体生検から単離されたCTCにおいて、PD-L1は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて分析された際、具体的に且つ、明確に核シグナルを示した（図13）。明確な細胞質/細胞表面シグナルもまた、検出可能であった。さらに、有意なレベルの核LSD1s111pが全ての患者の試料において検出された。全ての細胞は、間葉系CTCマーカーである細胞表面ビメンチン（CSV）についても陽性であった。全体として、患者の試料は、全て核のPD-L1シグナルを示し、Fn/cは、核へのバイアス又は核と細胞質の間のシグナル強度の同等性の何れかを示した。有意なLSD1s111p及びPD-L1陽性PCCが観察され、これは、これら2つのマーカーが、核内で相互作用することを強く示唆する。
【０４５９】
転移性乳癌患者の液体生検から単離されたCTCにおいて、PD-L1のようなPD-L2は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて分析された際、明確な核及び細胞質/細胞表面シグナルを示した（図14）。有意なレベルの核内LSD1s111pが、全ての患者試料において検出され、そして全ての細胞は、CTCマーカー、サイトケラチンについて陽性であった。有意なLSD1s111p及びPD-L2陽性PCCが観察され、これは、これら2つのマーカーが核内で相互作用することを示唆している。要約すると、患者の試料は、全て核のPD-L2シグナルを示し、Fn/cは、核へのバイアス又は核と細胞質の間のシグナル強度の同等性の何れかを示した。
【０４６０】
転移性乳癌患者の液体生検から単離されたCTCは、細胞表面ビメンチン、SNAIL及びPD-L1について標識され、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて分析された。PD-L1は、明確な核及び細胞質/細胞表面シグナルを明確に示した（図15）。患者1、2、3及び4において増加した核及び細胞質シグナル強度の一般的傾向が観察されたが、患者5及び6は、最初の試料の後に、核（TNFI）及び細胞質内（TCFI）の両方の蛍光の減少を示した。全体として、患者の試料は、全て核のPD-L1シグナルを示し、Fn/cは、核へのバイアス又は核と細胞質の間のシグナル強度の同等性の何れかを示した。さらに、有意なSNAIL（LSD1調節の標的）及びPD-L1陽性PCCが観察され、これは、これら2つのマーカーが、核内で相互作用することを強く示唆する。
【０４６１】
実施例6  転移性乳癌患者の液体生検から単離CTCSに対するLSD1の効果
2つの転移性乳癌患者の液体生検から単離したCTCを、LSD1触媒阻害剤、パルギリン（Parg）又はフェネルジンで処理した（図16）。LSD1阻害剤の効果は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて、LSD1s111p、サイトケラチン（CTCのマーカー）及びPD-L2の発現を分析することによって評価された。LSD1触媒阻害剤、パルギリン及びフェネルジン、の両方が、LSD1s111p、PD-L2及びCTCマーカー、サイトケラチンの有意なノックダウンをもたらした。これは、LSD1触媒阻害剤が、LSD1s111pを首尾よく無効化することができ、患者のCTCにおいて、PD-L2及びサイトケラチン発現をノックダウンすることが出来ることを強く実証する。
【０４６２】
転移性乳癌患者の液体生検から単離CTCは、LSD1触媒阻害剤、パルギリン（Parg）で処理された（図17A）。この阻害剤の効果は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いてSNAIL（LSD1調節の標的）、ビメンチン及びPD-L1の発現を分析することによって決定された。1つの患者を除いて、パルギリンは、PD-L1及びSNAIL発現の有意なノックダウンをもたらした。これは、LSD1触媒阻害剤が、患者CTCにおけるPD-L1及びSNAIL発現を抑制することが出来ることを強く示唆する。
【０４６３】
転移性乳癌患者の液体生検から単離されたCTCは、LSD1触媒阻害剤、フェネルジンで処理された（図17B）。この阻害剤の効果は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて、SNAIL及びPD-L1の発現を分析することによって決定された。さらに、パルギリンと同様に、LSD1触媒阻害剤フェネルジンは、1人を除く全ての患者において、PD-L1及びSNAILの発現の有意なノックダウンをもたらした。このデータは、LSD1の触媒活性の阻害剤が、患者CTCにおけるPD-L1及びSNAILの発現を抑制することが出来ることを強く示唆する。
【０４６４】
実施例7  転移性乳癌患者の液体生検から単離されたCTCSに対するCDK及びLSD1阻害剤の影響
図18A及び18Bは、FACSを用いた転移性乳癌患者の液体生検から単離されたCTCに対するサイクリン依存性キナーゼ（CDK）阻害剤パルボシクリブ及びリボシクリブ、並びにLSD1触媒機能の阻害剤、フェネルジン、及びそれらの組み合わせの効果を示す。
【０４６５】
患者Aに関して、9.26%のCD45-細胞が、CD45-CK+（サイトケラチン陽性）CTCであった。しかしながら、CD45-EpCAM+細胞は、検出されなかった。全ての試験薬剤及びそれらの組み合わせは、CD45-CK+CTCにおけるPD-L1核（sPD-L1）及び表面/細胞質内（sPD-L1）の発現を阻害した（図18A）。リボシクリブ並びにフェネルジン及びリボシクリブの組み合わせは、核PD-L1の最大の阻害を示した。
【０４６６】
患者Bに注目すると、約14000CD45-EpCAM+CTCが、2mLの血液に相当するものから抽出されたPBMCにおいて検出された。CD45-細胞の22.8%が、CD45-CD+CTCであった。さらに、全ての試験薬剤及びそれらの組み合わせは、CD45-CK+CTCにおけるPD-L1核内発現を阻害した（図18B）。しかしながら、リボシクリブのみが、PD-L1の核内発現及び表面/細胞質内発現の両方を阻害した。
【０４６７】
実施例8  MDA-MB-231細胞におけるLSD1核移行に対するLSD1ペプチド阻害剤の効果
LSD1の核移行に対する3つのペプチドLSD1阻害剤、L1、L2及びL3（実施例1に従って合成された）の効果は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いてMDA-MB-231細胞において評価された。L1、L2及びL3は、MDA-MB-231細胞におけるLSD1の核移行を阻害した（図19）。
【０４６８】
実施例9  CD44HICD24LO癌幹細胞形成に対するLSD1ペプチド阻害剤の影響
PMA刺激MCF7細胞におけるCD44hiCD24lo癌幹細胞形成に対する3つのペプチドLSD阻害剤、L1、L2及びL3（実施例1に従って合成された）の効果が、FACSを用いて評価された。L1及びL2は、MCF7細胞における癌幹細胞形成を阻害した（図20）。50μMの濃度で適用した場合、L3は、癌幹細胞形成の約20%を阻害した。
【０４６９】
癌幹細胞形成を阻害するL1、L2及びL3の能力はまた、MDA-MB-231細胞において試験された。100μMのL1、L2及びL3は、MDA-MB-231細胞形成の有意な減少を引き起こしたが、L1及びL2のみが、50μMの濃度で癌幹細胞形成の少なくとも30%を阻害した。
【０４７０】
実施例10  PD-L1、EGFR及びMET発現に対するLSD1ペプチド阻害剤の効果
ペプチド阻害剤が、PD-L1、EGFR及びMET発現を調節する能力が、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いてMDA-MB-231細胞のにおいて決定された。L1、L2及びL3（実施例1に従って合成された）は、コントロールと比較してPD-L1核内発現を抑制した（図22）。L1による処理は、コントロール細胞と比較してEGFR核発現の有意な抑制をもたらした（図12）。L2及びL3処理はまた、EGFR核内発現の減少をもたらしたが、これは、L1よりも程度が小さかった（図23）。3つ全てのペプチドが、MET核発現の有意な抑制を示し、L2及びL3が最も顕著な効果を示した（図24）。
【０４７１】
実施例11  乳癌細胞内でのLSD1及びPKC-θの局在
MDA-MB-231細胞又はビヒクル単独又はPMAで60時間処理されたMCF7細胞におけるPKC-θ及びLSD1の存在は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて測定された（図25）。LSD1及びPKC-θの両方が全ての細胞の核に存在し、それらの発現は、非刺激MCF7細胞（MCF7NS）と比較して刺激MCF7細胞（MCF7ST）、浮遊MCF7細胞（MCF7FLT）、及びMDA-MB-231細胞において増加することを示した。PKC-θとLSD1との間の強い共局在相関（PCC）が、進行性乳癌細胞と間葉系乳癌細胞の両方の核において観察された。
【０４７２】
実施例12  核局在化におけるLSD1のリン酸化の役割
核局在化におけるLSD1のリン酸化の役割を、ビヒクル単独又はPMAで60時間処理し、続いてPKC-θ阻害剤C27（PKC-θ特異的阻害剤）又はBIM（pan-PKC阻害剤）を用いて処理されたMDA-MB-231細胞又はMCF7細胞を、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて評価した（図26）。セリン111でリン酸化されたLSD1（LSD1s111p）の発現が決定された。LSD1s111pの発現は、進行性（MDA-MB-231細胞）及び間葉系（MCF7細胞）の乳癌細胞において増加される。さらに、リン酸化タンパク質の蛍光シグナルは、完全に核であることが見出された。PKC-θ阻害剤C27又はBIMは、両方の細胞株においてLSD1リン酸化を有意に抑制した。従って、このデータは、PKC、特にPKC-θが、セリン111におけるLSD1のリン酸化に関与していること、及びそのようなリン酸化が、核局在化にとって重要であることを示している。
【０４７３】
実施例13  化学療法抵抗性細胞におけるリン酸化LSD1の発現
化学療法抵抗性細胞におけるリン酸化LSD1の発現を、ビヒクル単独又は化学療法剤、アブラキサン又はドセタキセルで処理した異種移植MDA-MB-231細胞の共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて評価した。アブラキサン又はドセタキセルの何れかで処理した残存じている化学療法耐性MDA-MB-231細胞は、ビヒクル単独で処理した細胞と比較した場合、リン酸化LSD1（LSD1s111p）の有意に増加した核蛍光シグナルを示した。
【０４７４】
実施例14  LSD1核局在化に対するLSD1触媒阻害剤の効果
LSD1及びSNAILの核局在に対するLSD1 siRNA、又はLSD1触媒阻害剤NCD36（2-[N-(4-フェニルベンゼンカルボニル)]アミノ-6-(トランス-2-フェニルシクロプロパン-1-アミノ)-N-(3-メチルベンジル)ヘキサンアミド塩酸塩; EP 2927212 A1参照）又はパルギリン（Parg）の効果は、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて、ビヒクル単独又はPMAで60時間刺激したMCF7細胞、並びにMDA-MB-231細胞を調査した。刺激MCF7細胞において、核のSNAIL及びLSD1が増加することが見出された（図28及び29）。しかしながら、LSD1 siRNA、NCD36及びパルギリンによる処理は、SNAIL及びLSD1の核蛍光シグナルを有意に抑制し、これは、LSD1核局在化に寄与し、そしてSNAIL発現に重要であることを示す。
【０４７５】
MDA-MB-231細胞において、核SNAIL及びLSD1は、増加することが見出された（図30）。しかしながら、LSD1 siRNA、NCD36及びパルギリンによる処理は、SNAIL及びLSD1の核蛍光シグナルを有意に抑制した。さらに、これは、LSD1の触媒活性がLSD1及びSNAILの核内発現に寄与することを示唆する。
【０４７６】
ペプチドインヒビター、L1、L2及びL3（実施例1に従って合成された）の有効性はまた、MDA-MB-231細胞において評価された。LSD1触媒阻害剤と同様に、L1、L2及びL3は、MDA-MB-231細胞におけるLSD1の核移行を明確に抑制した（図31）。
【０４７７】
材料及び方法
使用される全ての材料及び試薬は、特記しない限り、Sigma-Aldrich、Santa Cruz Biotechnology、Abcam等の商業的供給源から容易に入手可能である。
【０４７８】
細胞培養
MCF7細胞及びMDA-MB-231細胞は、American Type Culture Collection (マナッサス、VA)から入手した。細胞は、10% FBS、2mM L-グルタミン、及び1%ペニシリン-ストレプトマイシン-ネオマイシンを添加したDMEM（Invitrogen、Life Technologies、カールスバッド、CA）中で培養された。MCF7細胞は、1.32ng/mlホルボール12-ミリステート13-アセテート（PMA）（Sigma-Aldrich、セントルイス、MO）又は5ng/mlの組換えTGF-β1（R&D Systems、ミネアポリス、MN）で60時間刺激された。共培養アッセイのために、MDA-MB-231細胞は、ジャーカットT細胞で既定の比率で刺激された。
【０４７９】
循環腫瘍細胞の免疫蛍光分析
細胞は、2% Triton X-100と共に20分間インキュベートすることによって透過処理された。細胞は、LSD1s111p（Merck ABE1462）、EGFR (AB2430)、MET (ab51067)、PD-L1 (sc-50298)に対するラビット抗体、PD-L1(sc-19091)、SC-14033)、(sc-19096)に対するヤギ抗体、サイトケラチン(ミルテニー130-090-866)、CSV (アブノバH00007431-M08)、ビメンチン(SC-6260)に対するマウス抗体の何れかでプローブされ、次いで、二次抗マウスAlexa-Fluor 568（A10037）、二次抗ラビットAlexa-Fluor 488（A21206）、又は二次抗ヤギAlexa-Fluor 633（A21082）により可視化した。カバーガラスを、ProLong Diamond Antifade(登録商標)試薬（Life Technologies）を用いてガラス顕微鏡スライド上に載せた。抗体染色は、共焦点レーザー走査顕微鏡によって位置付けられた。NIS-Elements AR 3.2ソフトウェアを実行しているNikon x 60油浸レンズを用いて単一0.5セクションを得た。最終画像は、同じセクションの4つの連続画像を平均することによって得られた。デジタル共焦点画像は、ImageJ ソフトウェア（ImageJ、NIH、Bethesda、MD、USA）を用いて分析し、
方程式: Fn/c = (Fn - Fb)/(Fc - Fb)
（式中、
Fnは、核蛍光であり、Fcは、細胞質蛍光であり、及びFbは、バックグラウンド蛍光又は全核蛍光（TNFI）、全細胞質蛍光（TCFI）又は全細胞蛍光である）
を用いて核/細胞室蛍光比率（Fn/c）を決定した。細胞核に特異的な対象領域（ROI）の自動閾値化及び主導選択を備えたImageJソフトウェアを用いて、各抗体対についてピアソンの係数相関（PCC）を計算した。PCC値の範囲は、-1=共局在化の逆数、0=共局在化なし、+1=完全な共局在化である。蛍光強度はまた、各資料セットについて最小n=10細胞で測定された。マン-ホイットニーのノンパラメトリック検定（GraphPad Prism、GraphPad Software、サンディエゴ、CA）を用いて、データセット間の有意差を決定した。
【０４８０】
MDA-MB-231マウス異種移植モデル
5週齢の雌ヌードマウスを、Animal Resources Centre (Perth)から入手し、実験を行う前に、John Curtin医学研究学校（JCSMR）の動物施設で1週間慣れさせた。全ての実験手順は、オーストラリア国立大学動物実験倫理委員会（ANU AEEC）によって承認された。MDA-MB-231ヒト乳癌細胞を右乳腺に皮下注射した（25μLのBDマトリックスゲルと混合した25μLのPBS中2x106細胞）。腫瘍は、外部カリパスを用いて測定し、修正楕円式1/2（a/b2）、ここでa=最長直径及びb=短直径である、を用いて計算した。治療を開始する前（約15日）に腫瘍を約50mm3まで増殖させた。全ての治療は、腹腔内投与で行われた。
【０４８１】
腫瘍由来の単細胞懸濁液及びフローサイトメトリー染色
腫瘍を摘出し、2.5%FCSを充填した氷冷DMEMに回収した。腫瘍をペトリ皿上で外科用ブレードを用いて細かく刻み、コラゲナーゼ4型（Worthington-Biochem、USA）を充填したDMEM 2.5% FCS（1mgのコラゲナーゼ/1gの腫瘍）中で振盪しながら37℃で1時間インキュベートした。消化した腫瘍を遠心し、DMEM 2.5% FCSに再縣濁した後、0.2μmフィルターを通過させて50mlチューブに入れた。次いで、生存細胞を、トリパンブルーを用いて計数した。CD44-APC、CD24-PE及びHoeschtについて合計2x105の細胞を染色した。フローサイトメトリー取得は、LSR IIを用いて行った。フローサイトメトリー染色の分析は、FlowJoソフトウェアを用いて行った。
【０４８２】
転移性乳癌患者の液体生検からのPBMC及びCTCの分離
全血は、循環腫瘍細胞の同定のためにEDTAチューブに保存した。RosetteSep（商標）ヒトCD45欠乏カクテルを用いて、CD45+細胞を欠乏させることによって全血から腫瘍細胞（CTC）を濃縮した。赤血球（RBC）上のCD45、CD66b及びグリコホリンAを認識する四量体抗体複合体を用いて不要な細胞を欠乏の標的とした。次いで、浮遊密度培地Lymphoprep（商標）（カタログ番号07801）での遠心分離により、不要な細胞を除去した。次いで、精製上皮腫瘍細胞を、血漿と浮遊密度培地の間の界面から高度に濃縮された集団として抽出し、そしてPBS中の20%FBS中に回収した。末梢血単核球（PBMC）も同様に単離された。PBMCをCD28及びP/Iで4時間刺激した後、精製CD45欠乏細胞と12時間、目的の阻害剤の存在下又は非存在下で共培養した。
【０４８３】
循環腫瘍細胞（CD45-EpCAM+/CD45-EpCAM+CK+）及びMB-MDA-231細胞のフローサイトメトリー分析（機器: BD LSR IIフローサイトメーター）
単離PBMC及びCTCを、CD45-APC、pan-サイトケラチン（CK）-FITC、EpCAM-Percp-Cy5.5及びPD-L1-BV421工程で染色した。共培養MDA-MB-231細胞を、CD44、CD24及びPD-L1で染色した。BD LSR IIフローサイトメーターを用いるために、フローサイトメトリー分析を単一細胞懸濁液に対して行った。
【０４８４】
L1、L2及びL3処理に応答したMDA-MB-231細胞又はMCF7細胞におけるPD-L1、LSD1、EGFR又はMET発現の免疫蛍光分析
MDA-MB-231細胞又はMCF7細胞を、L1、L2又はL3のうちの1つ及びコントロールで処理した。次に細胞を3.7%ホルムアルデヒドで固定し、そして2%Triton-X-100で透過処理し、次いでLSD1に対する一次マウス抗体又はPD-L1、EGFR又はMETに対する一次ラビット抗体でプローブし、続いてAlexa-Fluor 488にコンジュゲートされたマウス又はラビット免疫グロブリンに対するヤギ抗体で可視化した。共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて、Fiji-ImageJを用いてLSD1のFn/c（細胞質蛍光強度に対する核の比率）比率、又はPD-L1、EGFR若しくはMETの全核蛍光を測定した。値は、マン-ホイットニーT検定を用いて示された有意差と共にプロットされ、試料あたり少なくとも20個の細胞が計数された。各治療の代表的な画像が示される。
【０４８５】
L1、L2及びL3処理に応答したMCF7及びMDA-MB-231細胞におけるCSC形成のフローサイトメトリー分析
5×104MCF7又はMDA-MB-231細胞に、12ウェルプレート中の1mLの完全DMEMを一晩播種した。次いで、MCF7細胞を、LSD1ペプチド阻害剤L1、L2及びL3（50μM及び100μM試験濃度）で24時間処理し、そしてPMAにより60時間刺激した。MDA-MB-231細胞を、L1、L2及びL3（50μM及び100μM試験濃度）で48時間処理した。試料を、トリプシン処理し、続いて2%HI-FBSを含有するDPBSで洗浄することにより回収した。抗ヒトCD44-APC、抗ヒトCD24-PE、Hoechst、及び抗ヒトEpCAM抗体カクテルを用いてFACSを行った。データは、BD FACSLSR-IIフローサイトメーターから回収された。Treestar FlowJoをデータ解析に使用した。
【０４８６】
MDA-MB-231細胞又はMCF7細胞単独及びPKC阻害剤で処理した場合のPKC-θ及びLSD1発現の免疫蛍光分析
共焦点レーザー走査顕微鏡検査を、ビヒクル単独で処理したMDA-MB-231細胞、又はビヒクル単独若しくは60時間PMAで処理したMCF7細胞の何れかで行った。次いで、PKC阻害剤、C27（化合物27; (R)-2-((S)-4-(3-クロロ-5-フルオロ-6-(1H-ピラゾロ[3,4-b]ピリジン-3-イル)ピリジン-2-イル)ピペラジン-2-イル)-3-メチルブタン-2-オル; Jimenez et al. (2013) J. Med. Chem., 56(5): 1799-1810参照）又はビスインドリルマレイミド（BIM）の効果を評価するために、細胞をC27、BIM又はビヒクルで処理した。細胞を、3.7%ホルムアルデヒドで固定し、2%Triton-X-100で透過処理した後、PKC-θに対する一次ラビット抗体及びLSD1又はセリン111でリン酸化されたLSD1（LSD1s111p）に対する一次マウス抗体でそれぞれプローブし、続いてAlexa-Fluor 488又はAlexa-Fluor 568にコンジュゲートした対応する二次抗体によってプローブした。非刺激及び刺激MCF7細胞及びMDA-MB-231細胞についての全核蛍光（TNFI）値を計算した。示されたデータは、平均値±SEを表す。ImageJのプロットプロフィール特徴を用いて、核のシングルラインスパニング（single line spanning）に沿って蛍光シグナル強度をプロットした（核当たりn=5、5個の個別細胞）。示された対についての平均蛍光シグナル強度を、SEを有する線上の各点についてプロットした。各抗体についてのシグナルが反対の抗体と比較してどのように変化したかを比較するために、シグナルがプロットされた。各プロットプロファイルについてPCCを決定した。これは、少なくとも20個の個々の細胞についての2つの蛍光シグナル間の関係の強度±SEを示す。例示画像の色は、プロットプロファイルに対応する。
【０４８７】
LSD1阻害剤による治療に応答したMDA-MB-231細胞又はMCF7細胞におけるLSD1及びSNAIL発現の免疫蛍光分析
共焦点レーザー走査顕微鏡検査を、ビヒクル単独で処理したMDA-MB-231細胞、又はビヒクル単独若しくはPMAで60時間処理したMCF7細胞の何れかで行い、続いて試験阻害剤又はビヒクル単独で処理した。試験阻害剤は、LSD1 siRNA又はLSD1触媒阻害剤NCD36（2-[N-(4-フェニルベンゼンカルボニル)]アミノ-6-(トランス-2-フェニルシクロプロパン-1-アミノ)-N-(3-メチルベンジル)ヘキサンアミド塩酸塩）又はパルギリン（Parg）を含む。細胞を3.7%ホルムアルデヒドで固定し、そして2%Triton-X-100で透過処理し、次いで、LSD1に対する一次マウス抗体及びSNAILに対する一次ヤギ抗体でそれぞれプローブし、続いてAlexa-Fluor 488及びAlexa-Fluor 563にコンジュゲートされた対応する二次抗体でそれぞれ、プローブした。MDA-MB-231、非刺激MCF7及び刺激MCF7細胞のTNFI値を計算した。示されているデータは、少なくとも20個の細胞についての平均値±SEを表す。
【０４８８】
LSD1ペプチド阻害剤による治療に応答したLSD1発現MDA-MB-231細胞の免疫蛍光分析
共焦点レーザー走査顕微鏡検査を、LSD1ペプチド阻害剤、L1、L2又はL3、又はビヒクル単独で処理したMDA-MB-231細胞に対して実施した。細胞を、3.7%ホルムアルデヒドで固定し、そして2%Triton-X-100で透過処理し、次にLSD1に対する一次マウス抗体、続いてAlexa-Fluor488にコンジュゲートされた二次抗体でプローブした。共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて、ImageJを用いてLSD1のFn/c比を決定した。有意差を示した値をプロットした。示されているデータは、少なくとも20個の個々の細胞についての平均値±SEを表す。
【０４８９】
化学療法で処理した異種移植MDA-MB-231細胞におけるリン酸化LSD1発現の免疫蛍光分析
LSD1s111pの核強度は、ビヒクル単独又はアブラキサン（60mg/kg）又はドセタキセル（10mg/kg）で処理した異種移植MDA-MB-231細胞において、共焦点レーザー走査顕微鏡を用いて、測定された。細胞を、3.7%ホルムアルデヒドで固定し、2%Triton-X-100で透過処理し、次いでLSD1s111pに対する一次ラビット抗体、続いてAlexa-Fluor488にコンジュゲートされた対応する二次抗体でプローブした。異種移植されたMDA-MB-231細胞についての全核蛍光（TNFI）値を計算した。示されているデータは、少なくとも20個の個々の細胞についての平均値±SEを表す。
【０４９０】
本明細書で引用した全ての特許、特許出願、及び刊行物の開示は、その全体が出典明記により本明細書に組み入れられる。
【０４９１】
本明細書を通して、その目的は、本発明を何れか1つの実施形態又は特定の特徴の集まりに限定することなく、本発明の好ましい実施形態を説明することであった。従って、当業者は、本開示に照らして、例示された実施形態において、本発明の範囲から逸脱することなく様々な改変及び変更を加えることを理解し得る。そのような改変及び変更は全て、添付の特許請求の範囲に含まれることが意図される。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【図８−３】
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【図９−１】
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【図９−２】
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【図１０】
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【図１１−１】
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【図１１−２】
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【図１２】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１４】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１５Ｃ】
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【図１６】
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【図１７Ａ−１】
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【図１７Ａ−２】
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【図１７Ｂ−１】
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【図１７Ｂ−２】
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【図１８Ａ−１】
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【図１８Ａ−２】
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【図１８Ｂ】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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