(57)【要約】プロバイオティクスの使用に関するざ瘡および他の皮膚障害のための処置の組成物および方法が本明細書に記述される。特定の態様では、プロバイオティクスに含まれる微生物は、特定の皮膚障害の処置のために操作または選択された。【選択図】図１
2019514885.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
医薬組成物であって、該医薬組成物は：
ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、
ｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；
ｉｉ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；または、
ｉｉｉ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも１つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、および、
ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、医薬組成物。
【請求項２】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼを含むように操作または選択された、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項３】
Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項４】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項５】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項６】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項７】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項８】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項９】
薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−２０℃から約３０℃の温度での健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項１０】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項１１】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項１２】
細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、請求項１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項１３】
皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は：
ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、
ｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；
ｉｉ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；または、
ｉｉｉ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも１つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、および、
ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、方法。
【請求項１４】
皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子に操作または選択された、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−２０℃から約３０℃の温度での健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２２】
薬学的なプロバイオティクス組成物は追加の細菌の菌株を含み、追加の菌株は、プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２３】
薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は：
ａ）第１の治療上有効な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、
ｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；
ｉｉ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；または、
ｉｉｉ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも１つを特徴とする、第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、
ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物；および、
ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項２４】
第２の健康関連微生物は、Ｐ．アクネス、Ｐ．グラヌローサム、Ｐ．アクネス亜種デフェンデンス、またはＰ．アビダムを含む細菌の菌株である、請求項２３に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項２５】
第２の健康関連微生物は、
ａ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；
ｂ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；または、
ｃ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも１つを特徴とする、請求項２３に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項２６】
第２の健康関連微生物は、リボタイプＲＴ１またはＲＴ２のＰ．アクネス細菌の菌株である、請求項２３に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項２７】
第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、または、第２の健康関連微生物は、細菌の単離または精製された菌株を含む、請求項２３に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
【請求項２８】
医薬組成物であって、該医薬組成物は：
ａ）第１の治療上有効的な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物；
ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物；および、
ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、医薬組成物。
【請求項２９】
第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、請求項２８に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約１００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する、請求項２８に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年４月２１日に出願された米国仮特許出願第６２／３２５，８５１号；２０１６年７月２９日に出願された米国仮特許出願第６２／３６８，８２９号；２０１６年７月２９日に出願された米国仮特許出願第６２／３６８，８３７号；２０１６年９月９日に出願された米国仮特許出願第６２／３８５，８３１号；および、２０１７年１月３日に出願された米国仮特許出願６２／４４１，９３１号の利益を主張し、これらのすべてが全体として本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
本出願は配列表を含み、これはＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出されており、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。２０１７年４月２０日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは４８２３６−７０６＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、２，２９４，８１６バイトのサイズである。
【背景技術】
【０００３】
個体上および／または内で生存する微生物のコミュニティがマイクロバイオームである。マイクロバイオームは、多くの様々な細菌種からなり、そのいくつかはヒトの健康に有益、中立、または有害である。マイクロバイオームの変化は、炎症性疾患、代謝疾患、発達疾患、心理学的疾病および癌などの多くの疾病の状態に関連している。マイクロバイオームの組成の判定およびマイクロバイオームの病的状態から健康状態への変更には、多様な疾病についての大きな治療上の将来性がある。
【発明の概要】
【０００４】
有害な細菌を除去または低減し、かつ健康な状態に皮膚を回復させるために皮膚上の有益な細菌を使用する、皮膚治療に対するマイクロバイオームに基づくアプローチが本明細書に提供される。本明細書に開示される方法および組成物は、ざ瘡、湿疹、乾癬、酒さおよび脂漏性皮膚炎を含む、広範囲の皮膚障害に使用されてもよい。これらの障害の現在の処置に伴う問題は、抗生物質耐性、副作用、複雑なレジメン、および、長期的な有効性の欠如を含んでいる。本明細書に開示される処置は、単純な処置レジメンおよび長期的な有効性で、抗生物質の代替物を提供し、健康な細菌を使用し、副作用は少ない。
【０００５】
本明細書に記述された組成物は、概して、皮膚障害を有する被験体に有益な効果を伝達する、少なくとも１つの健康関連微生物またはプロバイオティクスを含む。したがって、本明細書に開示される組成物は、皮膚上で（例えば皮膚温度で）有効である。これらの組成物は、しばしば、天然には存在しない細菌の特異的なカクテルを提供するために、それぞれ単離、精製、選択または操作されたいくつかの菌株の混合物を含む。これらの菌株は、図１に示されるように、容器内に、または綿棒などのアプリケーター上に、グリセロールまたはポリエチレングリコールなどの防腐剤とともに保存または包装することができる。これらの容器とアプリケーターは冷凍装置に格納することができる、冷蔵庫、あるいは使用の前の、およびその使用の間の室温の棚の上で。
【０００６】
本明細書に開示される組成物および方法の多くは、それぞれ、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）として知られ、Ｐ．アクネスと略される細菌、およびその使用を含む。しかしながら、遺伝子組み換え菌株を含む他の細菌およびその使用も本明細書で企図される。本明細書に開示される組成物および方法において使用されるＰ．アクネスのいくつかの菌株は、本明細書で、Ｐ．アクネスの健康な菌株、または単純に、「健康なＰ．アクネス」と称される。Ｐ．アクネスの健康な菌株は、概して、皮膚障害の予防または皮膚障害の病状の低減により皮膚の健康を促進する。Ｐ．アクネスの健康な菌株は、皮膚障害の原因の除去により皮膚の健康をさらに促進することがある。Ｐ．アクネスの他の菌株は、本明細書で病原性の菌株または「病原性Ｐ．アクネス」と呼ばれる。病原性Ｐ．アクネスは、概して皮膚障害またはその疾病を促進または引き起こす。概して、病原性Ｐ．アクネスは、本明細書に記述された組成物と方法では使用されない。代わりに、本明細書に開示される方法および組成物は、被験体の皮膚上の病原性Ｐ．アクネスの成長を低減または予防するのに役立ちうる。いくつかの場合には、ある量のＰ．アクネスは、健康的または病原性であるとみなすことができ、多すぎるまたは少なすぎることは望ましくまたは望ましくない。いくつかの場合には、多数のＰ．アクネス菌株の組み合わせが健康を与える。反対に、いくつかの場合には、多数のＰ．アクネス菌株の異なる組み合わせは病原性である可能性が有る。健康的および病原性の、Ｐ．アクネスの菌株、その組み合わせ、および、その量が、本明細書に記載される。
【０００７】
本明細書に開示される組成物および方法は、それぞれ、所与の遺伝子的特性を備えた細菌およびその使用を含む。Ｐ．アクネス本明細書において主に例示される細菌であるが、健康なＰ．アクネスと類似の特定の遺伝子的特性を有する他の細菌も同様に、本明細書に開示される組成物および方法に有用であり得ることが企図される。例えば、本明細書に健康なものとして同定される多くのＰ．アクネス菌株は、デオキシリボースオペロンリプレッサー（ｄｅｏＲ）、ＩＩ型リパーゼ、および、ＣＲＩＳＰＲ関連Ｃａｓエンドヌクレアーゼ（ＣＲＩＳＰＲ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  Ｃａｓ  ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅ）の組み合わせを含む。さらに、健康なＰ．アクネス菌株は、概して、ｐＩＭＰＬＥプラスミドとして当該技術分野で知られている染色体外プラスミドが無いことまたはほんの少しの量しか無いことと関連している。Ｐ．アクネスのいくつかの菌株が、当業者によって「ｐＩＭＰＬＥプラスミド」という用語が与えられた染色体外プラスミドを有していることが以前から報告されてきた。このようなプラスミドは、当該技術分野で容易に見つけられる。ｐＩＭＰＬＥプラスミドには多数のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）があることがある。これらの前述の遺伝子（例えばｄｅｏＲ、リパーゼ、Ｃａｓ）が存在すること、および／または、ｐＩＭＰＬＥプラスミドがあまり存在しないことは、本明細書に記載のざ瘡を処置する組成物および方法において有用な、Ｐ．アクネス以外の細菌を同定するために使用することができる遺伝子的特性を促進する健康な皮膚を提供する。
【０００８】
いくつかの態様において、本明細書に開示され、該医薬組成物は：第１の治療上有効的な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物；第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物；および、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、第２の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第２の健康関連微生物は、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約２００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約１００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約１００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約１マイクロモル未満のポルフィリンをインサイチュで産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約１マイクロモル未満のポルフィリンをインビトロで産生する。いくつかの実施形態では、少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・アビダム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｄｕｍ）またはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ｓｕｂｓｐ．  ｄｅｆｅｎｄｅｎｓ）の菌株を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプＲＴ１またはＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は：（ａ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含み；（ｂ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含み；または、（ｃ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１��の遺伝子を欠く。
【０００９】
いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は：（ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも１つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼを含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。
【００１０】
いくつかの態様では、皮膚障害または疾病を処置する方法が本明細書に開示され、該方法は、治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は：（ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも１つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはその組み合わせ、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子に操作または選択された。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。
【００１１】
いくつかの態様において、該薬学的なプロバイオティクス組成物が本明細書に開示され、該薬学的なプロバイオティクス組成物は：（ａ）第１の治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも１つを特徴とする、第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；（ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むように操作または選択された、第２の健康関連微生物；および、（ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、第２の健康関連微生物は、Ｐ．アクネス、Ｐ．グラヌローサムまたはＰ．アビダムを含む細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、第２の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む細菌の菌株である。
【００１２】
いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は：（ａ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤；および、（ｂ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ＤＮＡ結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現しない、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む。いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は：（ａ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤；および、（ｂ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物を含む。いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は：（ａ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤；および、（ｂ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ＤＮＡ結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現せず、および、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ結合応答調節因子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７の配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ結合応答調節因子は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７の配列に少なくとも５０％相同している配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ホスホグリセリン酸キナーゼは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９の配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ホスホグリセリン酸キナーゼは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９の配列に少なくとも５０％相同している配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６の配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６の配列に少なくとも５０％相同している配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、少なくとも２つの細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４またはＲＴ５のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＲＴ１またはＲＴ２のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ゲル、軟膏、ローション、乳剤、ペースト、クリーム、泡、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散剤およびエアロゾルの形態である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、リポソームまたはナノ粒子を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、細菌の追加の菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムおよびプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は：（ａ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含み；（ｂ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含み；または、（ｃ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠く、ように選択、形質転換、または操作される。
【００１３】
いくつかの態様では、本明細書に開示される、治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含む、皮膚障害または疾病を処置する方法が提供される。いくつかの実施形態では、皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはその組み合わせ、を含む。
【００１４】
いくつかの態様において、該薬学的なプロバイオティクス組成物が本明細書に開示され、該薬学的なプロバイオティクス組成物は：（ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼを含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない。
【００１５】
いくつかの態様では、皮膚障害または疾病を処置する方法が本明細書に開示され、該方法は、治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は：（ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬、または、酒さ、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子に操作または選択された。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、またはＨＰ４Ｇ１菌株またはＨＰ５Ｇ４菌株の少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。
【００１６】
いくつかの態様において、該薬学的なプロバイオティクス組成物が本明細書に開示され、該薬学的なプロバイオティクス組成物は：（ａ）第１の治療上有効な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドに操作または選択された、第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；（ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むように操作または選択された、第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は：（ｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子、（ｉｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、または（ｉｉｉ）ＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は：（ｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子、（ｉｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、または（ｉｉｉ）ＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、ＩＩ型リパーゼ、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、をコードする少なくとも１つの遺伝子を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、ＩＩ型リパーゼ、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、をコードする少なくとも１つの遺伝子を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、異なる菌株である。いくつかの実施形態では、第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はＲＴ１リボタイプを含み、および、第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はＲＴ２リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約−３０℃の温度での健康関連微プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、またはＨＰ４Ｇ１菌株の少なくとも１つ、またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む。いくつかの実施形態では、第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する。いくつかの実施形態では、第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない。いくつかの態様において、本明細書に開示される薬学的なプロバイオティクス組成物は、皮膚障害または疾病の処置において使用するためのものである。
【００１７】
いくつかの態様において、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌の所望の調製物を産生する方法が本明細書に開示され、該方法は：（ａ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを生産するために、グリセロール溶液にプロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを加える工程、および、（ｂ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを約４℃以下の温度で保存する工程を含み、ここで、グリセロール溶液中のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌が周囲温度にされた時、Ｐ．アクネス細菌の約５０％以上が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約２５％と約７５％の間のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約５０％グリセロールである。いくつかの実施形態では、温度は約４度と約−８０度の間である。いくつかの実施形態では、温度は約−２０度である。いくつかの実施形態では、サンプルの少なくとも約７０％から少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である。いくつかの実施形態では、サンプルの少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約２０度と約３０度の間である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約２５度である。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックは、約９０日間の最初の保存前に、周囲温度にされる。いくつかの実施形態では、サンプルの５０％超が、約２０日間の保存後に、生存可能である。いくつかの実施形態では、サンプルの約５０％超が、約９０日間の保存後に、生存可能である。いくつかの実施形態では、サンプルの約５０％超が、少なくとも最大約９０日間の保存後に、生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、またはＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む。
【００１８】
いくつかの態様では、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの少なくとも約９０％が、６０日間の保存後に生存可能である方法が本明細書に開示され、該方法は：（ａ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルをリン酸緩衝食塩水中の約２５％から約５０％の間のグリセロールの溶液に加える工程；および、（ｂ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを約−２０℃から約４℃の温度で冷却し、それにより、前記所望の調製物を形成する工程であって、上記プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの少なくとも約９０％が、６０日間の保存後に生存可能である、工程、を含む。いくつかの態様では、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの少なくとも約９０％が、９０日間の保存後に生存可能である方法が本明細書に開示され、該方法は：プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを約５０％グリセロール溶液に加える工程；および、−２０度でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを凍結し、それにより、前記所望の調製物を形成する工程であって、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの少なくとも約９０％が、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックの解凍後に生存可能である、工程、を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、室温でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを解凍する工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、水中約２５−５０％ｖ／ｖグリセロールである。いくつかの実施形態では、溶液は、緩衝溶液中約２５−５０％ｖ／ｖグリセロールである。いくつかの実施形態では、緩衝溶液はリン酸緩衝食塩水である。いくつかの実施形態では、緩衝溶液は酢酸緩衝溶液である。いくつかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１５０ｍＭから約２００ｍＭの濃度でカリウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．０５ｍＭから約０．１ｍＭの濃度でカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はプレバイオティクス安定化剤を含む。いくつかの実施形態では、プレバイオティクス安定化剤はイヌリンである。いくつかの実施形態では、イヌリンは、約０．０５％ｖ／ｖから約０．２％ｖ／ｖの濃度で溶液中に存在する。いくつかの実施形態では、溶液は抗ざ瘡剤を含む。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡剤は、レチノイド、ビタミン、酸化防止剤、過酸化物、酸、油、アルコール、抽出物、またはそのアナログを含む。いくつかの実施形態では、レチノイドは、トレチノイン、タザロテン、アダパレンまたはレチノールを含む。いくつかの実施形態では、ビタミンまたはそのアナログは、ビタミンＤ、ビタミンＣ、ビタミンＥまたはカルシプトトリエン（ｃａｌｃｉｐｔｏｔｒｉｅｎｅ）を含む。いくつかの実施形態では、酸化防止剤はビタミンＣまたはビタミンＥを含む。いくつかの実施形態では、過酸化物は過酸化ベンゾイルである。いくつかの実施形態では、酸は、サリチル酸、アゼライン酸（ａｚａｅｌｉｃ  ａｃｉｄ）、トリクロラセティック酸（ｔｒｉｃｈｌｏｒａｃｅｔｉｃ  ａｃｉｄ）またはグリコール酸を含む。いくつかの実施形態では、アルコールは、レチノールまたはレスベラトールを含む。いくつかの実施形態では、油はティーツリーオイルである。いくつかの実施形態では、抽出物は緑茶抽出物である。いくつかの実施形態では、溶液は、コールドチェーン保存を排除するために、生物学的安定性プラットフォームに組み入れられる。いくつかの実施形態では、生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロールストック溶液の泡乾燥（ｆｏａｍ  ｄｒｙｉｎｇ）または発泡（ｆｏａｍ  ｆｏｒｍａｔｉｏｎ）を含む。いくつかの実施形態では、該液は、グリコナノ粒子（ｇｌｙｃｏｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅ）、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、ショ糖、スタキオース、ヒドロキシエチルスターチ、または、グリシンおよびマンニトールの組み合わせ、の少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１およびＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、下記の少なくとも１つを特徴とする：ｄｅｏＲタンパク質を含むこと；ＩＩ型リパーゼを含むこと；１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；Ｃａｓ５タンパク質を含まないこと；ＡＴＰ結合カセットトランスポータータンパク質を含むこと；ＤＮＡ結合応答調節因子を含まないこと；および、ホスホグリセリン酸キナーゼを含まないこと。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、またはＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む。
【図面の簡単な説明】
【００１９】
【図１】図１は、本明細書に開示される健康関連微生物の組成物の例示的な産生およびパッケージングを例証する。点線は任意の工程を示す。
【図２】図２は、Ｐ．アクネスにマッピングされるサンプルからの読み取り率に対する、ｄｅｏＲ  ＋およびＩＩ型リパーゼが両方とも陽性である、リボタイプＲＴ１に対してＰ．アクネスにマッピングされる健康なボランティア（ざ瘡がない）のサンプルからの読み取り率を示す。
【図３】図３は、様々な保存条件下でのＰ．アクネス生存率についてのアッセイの結果を示す。
【図４】図４は、２３Ｓ、すなわち、被験体の皮膚マイクロバイオームの特徴付けを可能にする、ヒトの顔の上で一般に見られる細菌由来のリボソームＲＮＡ配列、の一部を示す。配列の左側に列挙された数は、以下のように、細菌菌株に相当する：（１）Ｐ．アクネス＿ＫＰＡ１７１２０２＿ＲＴ１＿２；（２）Ｐ．アクネス＿ＫＰＡ１７１２０２＿ＲＴ１＿３；（３）Ｐ．アクネスＡＴＣＣ  １１８２８＿ＲＴ２＿１；（４）Ｐ．アクネスＡＴＣＣ  １１８２８＿ＲＴ２＿２；（５）Ｐ．アビダム  ４４０６７；（６）Ｐ．アシジプロピオニシ  ＡＴＣＣ  ４８７５；（７）Ｓ．アウレウス  ０４−０２９８１；（８）Ｓ．アウレウス  Ｂｍｂ９３９３；（９）Ｓ．アウレウス  ＦＤＡ２０９Ｐ；（１０）Ｓ．エピデルミディス  ＡＴＣＣ  １２２２８；および、（１１）Ｓ．エピデルミディス  ＰＭ２２１。配列１から５はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３３から３７に相当する。配列６はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３８に相当する。配列７から１１はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９から４３に相当する。
【図５】図５は、収集されたサンプル中の健康関連Ｐ．アクネスのパーセンテージを定量するために使用することができる、健康関連Ｐ．アクネスおよびＳ．エピデルミディスの組み合わせの連続希釈で生成された標準曲線を示す。
【図６】図６は、Ｐ．アクネスにおける成功したＣＲＩＳＰＲ編集のｑＰＣＲを示す。
【図７】図７は、Ｐ．アクネスＩＩ型リパーゼをコードする遺伝子をもたらすＰ．アクネスＩ型リパーゼをコードする遺伝子における変異を示す図である。Ｉ型リパーゼ遺伝子間領域は、ＳＥＱ  ＩＤＮＯ．：４４に相当する。Ｉ型リパーゼの第２のリパーゼ（領域）（ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６）は、出現順に、それぞれＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯＳ：４５、４６および４７に相当する。ＩＩ型リパーゼの第２のリパーゼ（領域）（ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６）は、出現順に、それぞれＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯＳ：５０、５５および５６、に相当する。Ｉ型リパーゼ遺伝子間領域は、ＳＥＱ  ＩＤＮＯ．：４４に相当する。ＩＩ型リパーゼ遺伝子間領域は、ＳＥＱ  ＩＤＮＯ．：４９に相当する。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５７は、Ｉ型リパーゼ遺伝子間領域からＩ型リパーゼの第２のリパーゼ（領域）の次の１２残基を通じて伸長する配列として開示されている。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５８は、ＩＩ型リパーゼ遺伝子間領域からＩＩ型リパーゼの第２のリパーゼ（領域）の次の１２残基を通じて伸長する配列として開示されている。
【図８】図８は、本明細書に開示される組成物のための例示的なパッケージングを例証する。
【図９】図９は、いくつかの条件下でのパッケージング後の、本明細書に開示される組成物の細菌生存率を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２０】
以下の記載では、様々な実施形態についての完全な理解を与えるために、特定の具体的な詳細が説明されている。しかしながら、当業者は、これらの詳細がなくとも、提供される本実施形態を実行し得ることが理解されよう。文脈が特別に必要としない限り、以下の明細書と請求項の全体にわたって、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という単語およびその変更形態（例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」）は、開かれた包括的な意味で、すなわち、「限定されないが、〜を含む」という意味で解釈されるものとする。明細書および添付の請求項内で用いられる通り、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、その内容が他に明確に指示していない限り、複数形の指示物を含む。用語「または」は、その内容がそれ以外のものを明確に指示していない限り、「および／または」を含む意味で一般に用いられていることにも留意されたい。さらに、本明細書で提供される見出しは、便宜上のものであり、特許請求の本実施形態の範囲や意味を解釈するものではない。
【００２１】
本明細書に使用されるように、用語「約」は、約１０％、５％または１％分だけ記載の量に近い量を指す。
【００２２】
本明細書に使用されるように、組成物と方法を定義するために使用される時の「実質的に〜からなる」は、記載された目的のために、その組み合わせに対し実質的に重要な他の要素を除外することを意味するものとする。したがって、本明細書に定義されるような要素から実質的に成る組成物は、ざ瘡、湿疹、乾癬および酒さなどの皮膚障害を処置するための組成物などの特許請求の本開示の基礎的で新規な特性に実際的に影響しない他の材料または工程を除外しないである。
【００２３】
本明細書に使用されるように、「健康関連」とは、所与の障害と診察された個体においてよりも、健康または疾病の無い個体において、より蔓延している微生物を意味する。特定の実施形態では、疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬、酒さ、またはその任意の組み合わせ、でありうる。健康関連微生物は、統計的に判定することができる。例えば、所与の疾患を有する個体と比較して、健康な疾患に罹患していない個体の皮膚、口腔、または消化器系におけるマイクロバイオームまたは特定の微生物種または菌株の有病率を比較することによる。健康な個体においてより蔓延している属、種または菌株が、健康に関連している。健康関連菌株はまた、所与の皮膚疾患に関連する低レベルの病原性因子を発現するように遺伝子的に組み換えされた、または選択された菌株であり得る。健康関連菌株はまた、所与の皮膚疾患からの保護に関連する高レベルの有益な遺伝子、ＲＮＡ、またはタンパク質を発現するように遺伝子的に組み換えされた、または選択された菌株であり得る。健康関連菌株はまた、本明細書に記載されるように、マーカーを発現する、または発現しない、または好ましいレベルで発現するように、遺伝子的に組み換えされた、または選択された菌株であり得る。
【００２４】
本明細書に使用されるように、「プロバイオティクス」は、消費または適用された時健康上の利益を提供する微生物である。いくつかの例では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さに関連する、疾病を引き起こす細菌の活性または増殖を抑制する微生物である。
【００２５】
本明細書に使用されるように、参照配列に対し、本明細書においてアミノ酸配列または核酸配列を記載するために使用される場合、用語「相同している」、「相同」、または「パーセント相同する」は、ＫａｒｌｉｎおよびＡｌｔｓｃｈｕｌによって記述された式を使用して判定することができる（Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８７：  ２２６４−２２６８，  １９９０，  ｍｏｄｉｆｉｅｄ  ａｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９０：５８７３−５８７７，  １９９３）。そのような式は、Ａｌｔｓｃｈｕｌらのベーシックローカルアライメントサーチツール（ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ）（ＢＬＡＳＴ）プログラム（Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ２１５：  ４０３−４１０，  １９９０）に組み込まれる。配列のパーセント相同は、本出願の出願日の時点で、ＢＬＡＳＴの最新のバージョンを使用して判定することができる。
【００２６】
本明細書に記述されたプロピオニバクテリウム・アクネス、ＨＰ３Ａ１１、ＨＰ４Ｇ１およびＨＰ５Ｇ４の菌株は、特許手続上の微生物寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の規定に従い、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  （１０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９  ＵＳＡ）に２０１７年４月６日に寄託された。菌株は、ＮＲＲＬ／ＡＴＣＣによって試験され、生存可能であると判定された。ＮＲＲＬ／ＡＴＣＣは、以下のＮＲＲＬ／ＡＴＣＣ寄託受け入れ番号を菌株：＿＿＿＿＿＿＿＿＿に割り当てた。
【００２７】
皮膚障害の処置のための組成物および方法が本出願の全体にわたって提供される。本明細書に開示される組成物は、本明細書に記述された方法によって使用されうることが理解されよう。反対に、本明細書に開示される方法は、本明細書に開示される組成物を適切に利用してもよい。
【００２８】
皮膚障害の処置のための組成物いくつかの態様において、本開示は、細菌の菌株を含む組成物を提供する。細菌の菌株は、概して、皮膚の健康を促進、回復、または増進させる菌株である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株を含む。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、プロピオニバクテリウム細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、ラクトバチルス細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、組成物は、被験体の皮膚への適用のために製剤化される。
【００２９】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は真菌を含む。真菌は、概して、皮膚の健康を促進、回復、または増進させる真菌である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも１つの健康関連真菌を含む。いくつかの実施形態では、真菌はマラセチアである。
【００３０】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、バクテリオファージを含み、これは簡略のために本明細書でファージとも呼ばれる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはプロピオニバクテリウムファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは健康関連プロピオニバクテリウムファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、皮膚障害がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、ざ瘡がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、湿疹がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、乾癬がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、脂漏性皮膚炎がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、酒さがない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、皮膚障害がある皮膚よりも、皮膚障害がない皮膚上で、より豊富またはより蔓延しているファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、プロピオニバクテリウム・アクネスファージである。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネスファージは、Ｐ．アクネスの選択菌株を標的とする。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネスファージは、Ｐ．アクネスの病原性の菌株を標的とする。プロピオニバクテリウム・アクネスファージの非限定的な例は、Ｆａｒｒａｒ  ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，  ｖｏｌ．１８９，  ｐｐ．４１６１−４１６７，  ａｎｄ  Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．（２０１５）ＩＳＭＥ  Ｊ，ｖｏｌ．９，ｐｐ．２０７８−２０９３に記載されている。
【００３１】
いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、（本明細書ではＰ．アクネスと呼ばれる）プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、Ｐ．アクネス亜種アクネス（Ｐ．ａｃｎｅｓ  ｓｕｂｓｐ．ａｃｎｅｓ）の菌株ではない。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、（本明細書にＰ．アビダムと呼ばれる）プロピオニバクテリウム・アビダムの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、（本明細書にＰ．グラヌローサムと呼ばれる）プロピオニバクテリウム・グラヌローサムの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、（本明細書にＰ．アクネス亜種デフェンデンスと呼ばれる）プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス・アウレウスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス・エピデルミディスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス・ホミニスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも１つの健康関連菌株は、ラクトバチルス・ロイテリの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の菌株は、健康な皮膚または正常な皮膚に関連し、プロバイオティクス（または生存生物学的治療製剤（ｌｉｖｅ  ｂｉｏｌｏｇｉｃ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ））と呼ばれる。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、ざ瘡がない皮膚に関連する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、ざ瘡が実質的にない皮膚に関連する。
【００３２】
本明細書に開示される少なくとも１つのプロバイオティクスを含む組成物が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、プロバイオティクスによって被験体の皮膚に引き起こされる炎症の量の評価により、処置のための組成物に選択または評価される。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、被験体のざ瘡を引き起こすのに十分な量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、被験体のざ瘡を悪化させるのに十分な量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連ｍＲＮＡを誘導しないことがある。プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連ｍＲＮＡをほんの少量しか誘導しないことがある。
【００３３】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、プロバイオティクスで角化細胞のサンプルをインキュベートすることにより、選択または評価される。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞と共インキュベートされる（ｃｏ−ｉｎｃｕｂａｔｅｄ）際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、多数の被験体からプールされた皮膚の角化細胞と共インキュベートされる際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞と共インキュベートされる際、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、多数の被験体からプールされた皮膚の角化細胞（例えば「プールされた皮膚の角化細胞」）と共インキュベートされる時、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞またはプールされた皮膚の角化細胞と共インキュベートされる際、被験体のざ瘡を引き起こすのに十分な、ある量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞またはプールされた皮膚の角化細胞と共インキュベートされる際、被験体のざ瘡を悪化させるのに十分な、ある量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。プロバイオティクスは、被験者自身の角化細胞または複数の健康なボランティア由来のプールされた角化細胞とインキュベートされる際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連ｍＲＮＡを誘導しないことがある。プロバイオティクスは、被験者自身の角化細胞または複数の健康なボランティア由来のプールされた角化細胞とインキュベートされる際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連ｍＲＮＡをほんの少量しか誘導しないことがある。プロバイオティクスは、初代ヒト単球とインキュベートされる際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連のｍＲＮＡまたはタンパク質をほんの少量しか誘導しないことがある。ある実施形態では、炎症性インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１２またはＭＣＰ−１を含む。細菌による単球におけるＩＬ−１２の誘導のための例示的アッセイは、米国特許第９，５４９，９０５号に見出すことができる。
【００３４】
本明細書に開示される組成物は、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンを産生する菌株を含んでもよい。いくつかの実施形態では、菌株は、検出できないレベルの少なくとも１つのポルフィリンを産生する。ポルフィリンの非限定的な例は、コプロポルフィリンＩＩＩおよびプロトポルフィリンＩＸを含む。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約１マイクロモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約７５０ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約５００ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約２５０ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約２００ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約１５０ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約１００ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約５０ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約１０ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも１つのポルフィリンは、約１ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルは生体外で測定された濃度である。いくつかの実施形態では、低レベルとは、ポルフィリンの蛍光特性により、インサイチュで測定されたレベルである。いくつかの実施形態では、菌株は、ポルフィリン産生が少ない菌株を効果的に作製または選択するために、ポルフィリン産生経路の酵素をコードする核酸を欠失または突然変異させるように遺伝子的に組み換えられる。いくつかの実施形態では、菌株は、細菌の病原性の菌株と比較して、リパーゼ活性が低い。いくつかの実施形態では、菌株は、細菌の病原性の菌株と比較して、免疫性が低い。
【００３５】
医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は：（ａ）第１の治療上有効的な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物；（ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物；および、（ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。さらに、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は、実質的に：（ａ）第１の治療上有効的な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物；（ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物；（ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、および、随意に、（ｄ）本明細書に開示される追加の有効成分、からなる。いくつかの実施形態では、第２の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの菌株を含む。いくつかの実施形態では、ポルフィリンの濃度は、インビトロで測定された濃度である。いくつかの実施形態では、ポルフィリンの濃度は、インサイチュで測定された濃度である。例えば、ポルフィリンの濃度は、約４００ｎｍの波長の光、蛍光を検出するカメラ、および蛍光を定量するデジタル画像化ソフトウェアを使用して、被験体の皮膚上で直接測定することができる。いくつかの実施形態では、３００から９００ｎｍの間の波長の光が使用される。
【００３６】
いくつかの実施形態では、第１の健康関連微生物は、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。
【００３７】
いくつかの実施形態では、第２の健康関連微生物は、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。
【００３８】
いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約８００ナノモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約５００ナノモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約２００ナノモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約１００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約１０ｎＭ未満のポルフィリンを産生する。
【００３９】
いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、プロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、プロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプＲＴ１またはＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む。いくつかの実施形態では、第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプＲＴ１またはＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む。いくつかの実施形態では、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は：（ａ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含み；（ｂ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含み；または、（ｃ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠く。いくつかの実施形態では、第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は：（ａ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含み；（ｂ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含み；または、（ｃ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠く。
【００４０】
本明細書に開示されるプロバイオティクス菌株は、１６Ｓ、１８Ｓまたは２３ＳのリボソームのＤＮＡ塩基配列、メタゲノムのＤＮＡ、特定の健康関連マーカーの存在、疾病関連マーカーの欠如、またはその組み合わせ、によって定義されうる。本明細書に開示されるプロバイオティクス菌株は、精製された菌株を得るために富化または単離されてもよい。
【００４１】
本明細書に開示される細菌の１つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の２つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の３つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の４つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の５つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の６つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の７つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の８つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の９つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の１０つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。
【００４２】
本明細書に開示されるプロバイオティクスは、Ｐ．アクネスの病原性菌株の活性を阻害する、細菌の少なくとも１つの菌株を含みうる。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、Ｐ．アクネスの病原性菌株に対し静菌性または殺菌性である。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、Ｐ．アクネスの病原性菌株の増殖、再増殖または代謝を低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、プラセボ／プロバイオティクスの無い場合（ｎｏ  ｐｒｏｂｉｏｔｉｃ）と比較して少なくとも約２０％、病原性のＰ．アクネスの増殖（または再増殖）を低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約３０％低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約４０％低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約５０％低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約６０％低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約７０％低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約２倍低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約３倍低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約５倍低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性Ｐ．アクネスの増殖（または再増殖）を少なくとも約１０倍低減する。病原性のＰ．アクネスの増殖（または再増殖）の阻害または低減は、液体培養物中または固形培地上のいずれかにおけるインビトロのアッセイ中で評価されてもよい。
【００４３】
いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも１つの健康なＰ．アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、１つ以下の健康なＰ．アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも２つの健康なＰ．アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの健康なＰ．アクネス菌株は、Ｐ．アクネス亜種アクネスの菌株ではない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも１つの健康なＰ．アビダム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、１つ以下の健康なＰ．アビダム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも２つの健康なＰ．アビダム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも１つの健康なＰ．グラヌローサム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、１つ以下の健康なＰ．グラヌローサム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも２つの健康なＰ．グラヌローサム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも１つの健康なＰ．アクネス亜種デフェンデンス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、１つ以下の健康なＰ．アクネス亜種デフェンデンス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも２つの健康なＰ．アクネス亜種デフェンデンス菌株を含む。
【００４４】
Ｐ．アクネス菌株はリボタイプ（ＲＴ）によって特徴付けられる。リボタイプは、例えば、Ｆｉｔｚ−Ｇｉｂｂｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｖｅ  Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｙ  １３３：２１５２−６０  （２０１３）でのように定義される。リボタイプは、菌株の１６Ｓのリボソームのサブユニットの核酸配列によって判定することができる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９またはＲＴ１０のリボタイプの少なくとも１つから選択されたリボタイプの健康なＰ．アクネスを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９またはＲＴ１０のリボタイプの少なくとも１つから選択されたリボタイプの健康なＰ．アクネスを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、ＲＴ１およびＲＴ２から選択されたリボタイプの健康なＰ．アクネスを含む。いくつかの例では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ６のＰ．アクネス菌株を含まない。いくつかの例では、プロバイオティクスは、ＲＴ３、ＲＴ４、ＲＴ５およびＲＴ６から選択されたリボタイプのＰ．アクネス菌株を含まない。いくつかの例では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ６のＰ．アクネス菌株を含まない。いくつかの例では、プロバイオティクスは、ＲＴ３、ＲＴ４およびＲＴ５から選択されたリボタイプのＰ．アクネス菌株を含まない。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ４のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ５のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ６のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ７のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ８のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ９のＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ１０のＰ．アクネスの菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、ＲＴ１、ＲＴ２およびＲＴ３の少なくとも１つから選択されたリボタイプのＰ．アクネスの菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは��Ｔ６リボタイプを含まない。
【００４５】
特定の実施形態では、プロバイオティクスは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、および、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４から選択される配列に９５％、９７％、９８％、９９％または１００％相同している配列を有する核酸を備えた菌株を含まない。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、および、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４から選択される配列に５０％を超えて相同している配列を有する核酸を備えた菌株を含まない。ある実施形態では、プロバイオティクスは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３から選択される配列を有する核酸を備えた菌株を含まない。
【００４６】
特定の実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、異なるリボタイプの複数の微生物を含む。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの２つ以上のＰ．アクネス菌株の混合物である。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第２の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネスの第２の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ６ではないＰ．アクネスの第２の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネスの第２の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ６ではないＰ．アクネスの第２の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネスの第２の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第２の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネスの第２の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ６ではないＰ．アクネスの第２の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネスの第２の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ６ではないＰ．アクネスの第２の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネスの第１の菌株と、リボタイプＲＴ３のＰ．アクネスの第２の菌株とからなる。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの第１の菌株およびＰ．アクネスの第２の菌株は、別々に提供される。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの第１の菌株およびＰ．アクネスの第２の菌株は混合される。
【００４７】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、リボタイプＲＴ１、ｄｅｏＲ−陽性、ＩＩ型リパーゼ陽性であり、Ｃａｓ５を含まず、５％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを有する、健康関連Ｐ．アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、ｄｅｏＲ−陽性は、菌株がｄｅｏＲをコードする核酸を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、ｄｅｏＲ−陽性は、菌株がｄｅｏＲタンパク質を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、ＩＩ型リパーゼ陽性は、菌株がＩＩ型リパーゼをコードする核酸を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、ＩＩ型リパーゼ陽性は、菌株がＩＩ型リパーゼタンパク質を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、菌株は、Ｃａｓ  ５タンパク質をコード化する核酸を含まない。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、リボタイプＲＴ２、ｄｅｏＲ−陽性、ＩＩ型リパーゼ陽性であり、Ｃａｓ５陽性、および、５％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを有する、健康関連Ｐ．アクネス菌株を含む。
【００４８】
特定の実施形態では、プロバイオティクスは、異なるリボタイプの複数の微生物である。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの３つ以上のＰ．アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、ＲＴ１、ＲＴ２およびＲＴ３である。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、ＲＴ２、ＲＴ３でありおよびＲＴ６ではない。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、ＲＴ１、ＲＴ２でありおよびＲＴ６ではない。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、ＲＴ１、ＲＴ３でありおよびＲＴ６ではない。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、３つのＰ．アクネス菌株からなり、ここで、３つのＰ．アクネス菌株はリボタイプＲＴ１、ＲＴ２およびＲＴ３である。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、３つのＰ．アクネス菌株からなり、ここで、３つのＰ．アクネス菌株はリボタイプＲＴ２、ＲＴ３でありおよびＲＴ６ではない。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、３つのＰ．アクネス菌株からなり、ここで、３つのＰ．アクネス菌株はリボタイプＲＴ１、ＲＴ２でありおよびＲＴ６ではない。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、３つのＰ．アクネス菌株からなり、ここで、３つのＰ．アクネス菌株はリボタイプＲＴ１、ＲＴ３でありおよびＲＴ６ではない。
【００４９】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの健康関連菌株を含み、ここで、Ｐ．アクネスの健康関連菌株はＲＴ１またはＲＴ２のリボタイプを有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、Ｐ．アクネスの少なくとも２つの健康関連菌株を含み、ここで、Ｐ．アクネスの第１の健康関連菌株は、ＲＴ１のリボタイプを有しており、Ｐ．アクネスの第２の健康関連菌株はＲＴ２のリボタイプを有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、ＲＴ１とＲＴ２から選択されるリボタイプを有する本明細書に開示されるＰ．アクネスの健康関連菌株以外に、Ｐ．アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプＲＴ６を有するＰ．アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする核酸を含むＰ．アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする核酸を含むＰ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現するＰ．アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現するＰ．アクネスの菌株を含む。
【００５０】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、遺伝子的特性によって特定することができる細菌の少なくとも１つの菌株を含む。この遺伝子的特性は、細菌の菌株において、少なくとも存在し、随意に発現される１つ以上の遺伝子として記述することができる。１つ以上の遺伝子は、デオキシリボースオペロンリプレッサー（ｄｅｏＲ）をコードする遺伝子を含みうる。１つ以上の遺伝子は、Ｉ型リパーゼをコードしうる。１つ以上の遺伝子は、ＩＩ型リパーゼをコードしうる。１つ以上の遺伝子は、Ｃａｓ５をコードしうる。いくつかの例では、１つ以上の遺伝子は、デオキシリボースオペロンリプレッサー（ｄｅｏＲと略記される遺伝子、本明細書ではｄｅｏＲと略記されるタンパク質）をコードする遺伝子を含まない。いくつかの例では、１つ以上の遺伝子は、Ｉ型リパーゼをコードする遺伝子を含まない。いくつかの例では、１つ以上の遺伝子は、ＩＩ型リパーゼをコードする遺伝子を含まない。いくつかの例では、１つ以上の遺伝子は、Ｃａｓ５タンパク質をコードする遺伝子を含まない。
【００５１】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、ＩＩ型リパーゼを発現する細菌の少なくとも１つの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、ｄｅｏＲおよびＩＩ型リパーゼを発現する細菌の少なくとも１つの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、Ｃａｓ５およびＩＩ型リパーゼを発現する細菌の少なくとも１つの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、ｄｅｏＲおよびＩＩ型リパーゼおよびＣａｓ５を発現する細菌の少なくとも１つの菌株を含む。
【００５２】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約２５％未満の数の読み取りが整列する（ａｌｉｇｎ）。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約２０％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約１５％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約１０％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約９％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約８％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約７％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約６％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約５％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約４％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約３％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約２％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約１％未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約０．５％未満の数の読み取りが整列する。
【００５３】
いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ１であり、Ｉ型リパーゼを発現し、ｄｅｏＲおよびＣａｓ５を発現しない細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、５％未満の数の読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ１であり、ｄｅｏＲおよびＩ型リパーゼを発現し、およびＣａｓ５を発現しない細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、５％未満の数の読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ１であり、ｄｅｏＲおよびＩＩ型リパーゼを発現し、およびＣａｓ５を発現しない細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、５％未満の数の読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ２であり、ｄｅｏＲ、ＩＩ型リパーゼおよびＣａｓ５を発現する細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、５％未満の数の読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ４であり、Ｉ型リパーゼを発現するが、ｄｅｏＲは発現しない細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ６ではなく、ｄｅｏＲ、ＩＩ型リパーゼおよびＣａｓ５を発現する細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、５％未満の数の読み取りがｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。
【００５４】
幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプＲＴ１である細菌の菌株を含み、Ｉ型リパーゼをコードする核酸を含み、及びｄｅｏＲ又はＣａｓ５をコードする核酸を含まず、ここで、読み取りの数の５％未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプＲＴ１である細菌の菌株を含み、ｄｅｏＲ及びＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの核酸を含み、及びＣａｓ５をコードする核酸を含まず、ここで、読み取りの数の５％未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプＲＴ１である細菌の菌株、ｄｅｏＲ及びＩＩ型リパーゼをコードする核酸を含み、Ｃａｓ５をコードする核酸を含まず、ここで、読み取りの数の５％未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプＲＴ２である細菌の菌株を含み、ｄｅｏＲ、ＩＩ型リパーゼ、及びＣａｓ５をコードする少なくとも１つの核酸を含み、ここで、読み取りの数の５％未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプＲＴ４である細菌の菌株を含み、Ｉ型リパーゼをコードする核酸を含むが、ｄｅｏＲをコードする核酸を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプＲＴ６ではない細菌の菌株を含み、ｄｅｏＲ、ＩＩ型リパーゼ、及びＣａｓ５をコードする少なくとも１つの核酸を含み、ここで、読み取りの数の５％未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列する。
【００５５】
以下の表１は、異なる遺伝マーカーの解析によって区別され得る、Ｐ．アクネス細菌の非限定的な例、又はＰ．アクネス細菌を含む細菌の集団の要約を提供する。＋記号は、ｄｅｏＲとＣａｓ５それぞれのラベルが付いたカラムにおける、ｄｅｏＲ又はＣａｓ５（或いはｄｅｏＲ又はＣａｓ５をコードする核酸）の存在を示す。−記号は、ｄｅｏＲとＣａｓ５それぞれのラベルが付いたカラムにおける、ｄｅｏＲ又はＣａｓ５（或いはｄｅｏＲ又はＣａｓ５をコードする核酸）がないことを示す。％  ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、細菌がｐＩＭＰＬＥプラスミドについて配列決定された時の整列された読み取りの数／試験された読み取りの数を指す。
【００５６】
【表１】
2019514885.tif 000003
【００５７】
特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ａに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも１つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ｂに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも１つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ｃに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも１つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ｄに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも１つの菌株を含む。
【００５８】
特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ａ、Ｂ、Ｃ、又はＤに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも１つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ａ、Ｂ、Ｃ、又はＤに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも２つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ａ、Ｂ、Ｃ、又はＤに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも３つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ａ、Ｂ、Ｃ、又はＤに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも４つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表１の群Ａ、Ｂ、Ｃ、又はＤに対応するＰ．アクネス微生物の少なくとも５つの菌株を含む。
【００５９】
幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ｅに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ｆに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ｇに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。
【００６０】
幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ａに対応するＰ．アクネスの少なくとも１つの菌株を含むが、表１の群Ｅ、Ｆ、又はＧに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ｂに対応するＰ．アクネスの少なくとも１つの菌株を含むが、表１の群Ｅ、Ｆ、又はＧに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ｃに対応するＰ．アクネスの少なくとも１つの菌株を含むが、表１の群Ｅ、Ｆ、又はＧに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ｄに対応するＰ．アクネスの少なくとも１つの菌株を含むが、表１の群Ｅ、Ｆ、又はＧに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表１の群Ｃに対応するＰ．アクネスの少なくとも１つの菌株、及び表１の群Ｄに対応するＰ．アクネスの少なくとも１つの菌株を含むが、表１の群Ｅ、Ｆ、又はＧに対応するＰ．アクネスの菌株を含まない。
【００６１】
健康関連微生物
本明細書には、皮膚障害を処置及び予防するための組成物が提供され、該組成物は健康関連微生物を含む。一般的に、用語「健康関連微生物」は、本明細書で使用されるように、皮膚病と診断された個体よりも、健康な個体又は皮膚病のない個体において蔓延している微生物を指す。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、望ましい又は最適な口腔の健康に関連する。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、望ましい又は最適な胃腸の健康に関連する。
【００６２】
健康関連微生物は、本明細書に記載されるプロバイオティクスを含む。健康関連微生物は、本明細書に記載される健康なＰ．アクネスを含む。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、病原性微生物の少なくとも一部を交換することができる微生物である。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、健康関連菌株の割合を増大するためにマイクロバイオームを改質することができる微生物である。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、病原性微生物又は疾患に関連する微生物の増殖を阻害する。幾つか実施形態の実施形態において、健康関連微生物は、病原性微生物又は疾患に関連する微生物を打ち負かす。特定の実施形態において、皮膚障害は、尋常性ざ瘡（ざ瘡）、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬、又は酒さのうち少なくとも１つから選択される。幾つかの実施形態において、皮膚傷害は、ざ瘡である。
【００６３】
特定の実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、本明細書に開示される疾患、障害、又は疾病を持つ被験体の健康に関する望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康に関連する。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾病、障害、又は疾患がないものとして特徴づけられ得る。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾病、障害、又は疾患のうち１つ以上の症状がないものとして特徴づけられ得る。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾病、障害、又は疾患の全ての症状がないものとして特徴づけられ得る。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾患、障害、又は疾病を伴う健康に比べて改善された健康として特徴づけられ得る。特定の実施形態において、健康関連微生物は、最適な、望ましい、又は改善された皮膚の健康に関連する。特定の実施形態において、健康関連微生物は、最適な、望ましい、又は改善された口腔の健康に関連する。特定の実施形態において、健康関連微生物は、最適な、望ましい、又は改善された消化の健康に関連する。特定の実施形態において、健康関連微生物は、疾病、障害、又は疾患に関連する健康に比べて最適な、望ましい、又は改善されている、皮膚の健康、消化の健康、又はそれらの任意の組み合わせに関連する、Ｐ．アクネスの菌株である。
【００６４】
特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、健康関連微生物の存在下での統計的有意差がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約１０％多い量の健康関連微生物がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約５０％多い量の健康関連微生物がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約１００％多い量の健康関連微生物がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約２倍多い健康関連微生物の存在がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約３倍多い健康関連微生物の存在がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約５倍多い健康関連微生物の存在がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約１０倍多い健康関連微生物の存在がある。
【００６５】
特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の単離された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の精製された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の、単離され且つ精製され種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の単離された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の精製された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の、単離され且つ精製された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの単離された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの精製された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの、単離され且つ精製された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、Ｐ．アクネスの単離された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、Ｐ．アクネスの精製された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、Ｐ．アクネスの、単離され且つ精製された菌株である。
【００６６】
本明細書に記載されるように、Ｐ．アクネスの幾つかの菌株は、ざ瘡に関連し、Ｐ．アクネスの幾つかの菌株はざ瘡又は疾患の無い皮膚に関連する。これらＰ．アクネスの菌株は、ＰＣＲ、制限マッピング、サンガー配列決定、及び次世代配列決定などの、当該技術分野で既知の核酸配列決定方法の使用により、遺伝子のレベルで分化され得る。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、全ての皮膚障害ではなく特定の皮膚障害の処置に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、全ての皮膚障害ではなく複数の皮膚障害の処置に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、あらゆる皮膚障害の処置に有用である。非限定的な例として、本明細書に開示される健康関連微生物は、湿疹、脂漏性皮膚炎、又は乾癬ではなく、ざ瘡のみに有用でもよい。別の例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、ざ瘡、脂漏性皮膚炎、又は乾癬ではなく、湿疹のみに有用でもよい。別の例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、ざ瘡、脂漏性皮膚炎、又は湿疹ではなく、乾癬のみに有用でもよい。別の例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、乾癬、ざ瘡、又は湿疹ではなく、脂漏性皮膚炎のみに有用でもよい。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、湿疹、ざ瘡、及び乾癬に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、ざ瘡、及び湿疹や脂漏性皮膚炎から選択される疾病に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、湿疹、脂漏性皮膚炎、ざ瘡、及び乾癬に有用である。
【００６７】
特定の例において、本明細書に開示される組成物は少なくとも１つの健康関連微生物を含み、該健康関連微生物は、健康な又は通常の皮膚に関連するＰ．アクネス又は細菌の菌株である。特定の例において、本明細書に開示される組成物は少なくとも１つの健康関連微生物を含み、該健康関連微生物は、被験体自身の角化細胞又は複数の被験体の貯留された角化細胞でインキュベートされると、低レベルの炎症性メディエーターを産生する、Ｐ．アクネス又は細菌の菌株である。
【００６８】
特定の実施形態において、組成物は単離されたプロピオンバクテリウム菌株を含む。幾つかの実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約１０の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含むと。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約８の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約５の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約６の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。プロピオンバクテリウム菌株は、本明細書の全体にわたって開示されている。
【００６９】
特定の実施形態において、組成物は、単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、２つの単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約１０の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約８の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約５の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約６の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なプロピオンバクテリウム菌株及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
【００７０】
特定の実施形態において、組成物は、単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、２つの単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約１０の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約８の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約５の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約６の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なプロピオンバクテリウム菌株及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
【００７１】
特定の実施形態において、組成物は、単離されたＰ．アクネス菌株を含む。幾つかの実施形態において、単離されたＰ．アクネス菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約１０の単離されたＰ．アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約８の単離されたＰ．アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約５の単離されたＰ．アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約６の単離されたＰ．アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、単離されたＰ．アクネス菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。
【００７２】
特定の実施形態において、組成物は、単離されたＰ．アクネス菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、２つの単離されたＰ．アクネス菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたＰ．アクネス菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約１０の単離されたＰ．アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約８の単離されたＰ．アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約５の単離されたＰ．アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約６の単離されたＰ．アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なＰ．アクネス及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
【００７３】
特定の実施形態において、組成物は、単離されたＰ．アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、２つの単離されたＰ．アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたＰ．アクネス菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約１０の単離されたＰ．アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約８の単離されたＰ．アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約２〜約５の単離されたＰ．アクネス菌株、本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約３〜約６の単離されたＰ．アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも１つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なＰ．アクネス及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
【００７４】
特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連ファイロタイプを持つ少なくとも１つのＰ．アクネスを含む。特定の実施形態において、健康関連ファイロタイプは、Ｉ型、ＩＩ型、及びＩＩＩ型から選択される。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連ファイロタイプを持つ少なくとも２つのＰ．アクネス菌株を含み、ここで、健康関連ファイロタイプは、Ｉ型、ＩＩ型、及びＩＩＩ型の組み合わせである。特定の実施形態において、Ｉ型ファイロタイプは、ＩＡ型、ＩＢ型、及びＩＣ型から選択される。特定の実施形態において、ＩＡ型ファイロタイプは、ＩＡ１型及びＩＡ２型から選択される。菌株は、ＭｃＤｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ． （ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（９）： ｅ７０８９７ （２０１３））におけるようにファイロタイプ化され（ｐｈｙｌｏｔｙｐｅｄ）得る。
【００７５】
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連微生物の組み合わせを含み、健康関連微生物は、Ｐ．アクネスの健康な菌株の組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、Ｐ．アクネスの健康な菌株の組み合わせは、複数のリボタイプのＰ．アクネスの菌株の組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９、及びＲＴ１０から選択された少なくとも２つのリボタイプを含む。幾つかの実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ１、ＲＴ２、及びＲＴ３から選択された少なくとも２つのリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ６ではなく、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３から選択された少なくとも２つのリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ１とＲＴ２から選択されたリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ１とＲＴ３から選択されたリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ２とＲＴ３から選択されたリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ１を含むが、ＲＴ６は含まない。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、ＲＴ２を含むが、ＲＴ６は含まない。
【００７６】
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連微生物の組み合わせを含み、健康関連微生物は、Ｐ．アクネスの健康な菌株の組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、組み合わせは、Ｐ．アクネスの第１の菌株及びＰ．アクネスの第２の菌株を含む。幾つかの実施形態において、Ｐ．アクネスの第１の菌株は第１のリボタイプであり、Ｐ．アクネスの第２の菌株は第２のリボタイプである。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプ及び第２のリボタイプは同じである。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプ及び第２のリボタイプは異なるものである。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ１であり、第２のリボタイプはＲＴ１である。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ２であり、第２のリボタイプはＲＴ２である。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ１であり、第２のリボタイプはＲＴ２である。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ１であり、第２のリボタイプはＲＴ３である。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ２であり、第２のリボタイプはＲＴ３である。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ１であり、第２のリボタイプはＲＴ６ではない。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ２であり、第２のリボタイプはＲＴ６ではない。幾つかの実施形態において、第１のリボタイプはＲＴ３であり、第２のリボタイプはＲＴ６ではない。
【００７７】
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、Ｐ．アクネスの健康な菌株を含み、他のタイプの微生物又は細菌を含まない。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの健康関連菌株を含み、Ｐ．アクネスの健康関連菌株は、ＲＴ１又はＲＴ２のリボタイプを持つ。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、ＲＴ１及びＲＴ２から選択されるリボタイプを持つ本明細書に記載されるＰ．アクネスの健康関連菌株以外の、Ｐ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、リボタイプＲＴ６を持つＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、本明細書に記載されるように、ＤＮＡ結合応答調節因子又はホスホグリセリン酸キナーゼを発現するＰ．アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、本明細書に記載されるように、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現するＰ．アクネスの菌株を含む。
【００７８】
特定の実施形態において、健康関連微生物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、及びＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４から選択された配列に９５％、９７％、９８％、９９％、又は１００％相同する配列を持つ菌株を含まない。特定の実施形態において、健康関連微生物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、及びＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４から選択された配列に５０％より多く相同する配列を持つ菌株を含まない。特定の実施形態において、健康関連微生物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３から選択された配列を持つ菌株を含まない。
【００７９】
特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は健康関連微生物を含み、健康関連微生物は、ラクトバチルス・ロイテリ（本明細書ではＬ．ロイテリと称す）、又はその菌株である。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は、ＫＣＴＣ  ３６７９、ＫＣＴＣ  ３５９４、ＫＣＴＣ  ３６７８、及びそれらの任意の組み合わせなどの、Ｋｏｒｅａｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＫＣＴＣ）に寄託された菌株から選択された少なくとも１つのＬ．ロイテリ株を含む。
【００８０】
特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は健康関連微生物を含み、健康関連微生物はスタフィロコッカス−エピデルミディス（Ｓ．エピデルミディス）である。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は、１４．１．Ｒ１、ＡＳ１、ＡＵ１０、ＡＵ１６、ＡＵ２１、ＡＵ２３、ＡＵ２４、ＡＵ３５、ＡＵ３６、ＡＵ３９、ＡＵ４０、ＡＵ４４、ＡＵ４８、ＡＵ５３、ＡＵ６０、ＡＵ７３、ＡＵ８１、ＦＳ１、Ｇ５３、ＩＳ２、及びそれらの組み合わせから選択された少なくとも１つのＳ．エピデルミディス株を含む。
【００８１】
選択され、形質転換され、又は操作された細菌
特定の実施形態において、本明細書に記載される組成物は、皮膚障害に有用な遺伝子又は遺伝子突然変異で選択され、形質転換され、又は操作される、細菌の１つ以上の菌株を含む。故に、細菌は、疾患に関連した形態から「非病原性」形態、又は健康関連形態に形質転換される。特定の実施形態において、皮膚障害の病因に寄与する遺伝子は、対応する遺伝子産物を不活性化する又は少なくするために削除又は突然変異される。特定の実施形態において、皮膚障害の病因を少なくする遺伝子は、対応する遺伝子産物を活性化、又はそのレベルを増大するために突然変異される。特定の実施形態において、細菌は培養物から増殖及び選択され、又は健康な疾患の無い個体から選択される。
【００８２】
特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、本明細書に開示される組成物及び方法を介してプロバイオティクスとして送達される特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デオキシリボースオペロンリプレッサー（ｄｅｏＲ）をコードする遺伝子を含む。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デオキシリボースオペロンリプレッサーを発現する。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ＩＩ型リバーゼをコードする遺伝子を含む。特定の実施形態の中で、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ＩＩ型リパーゼを発現する。非限定的な例として、ＩＩ型リパーゼは、グリセリンエステルヒドロラーゼＢ（ＧｅｈＢ）であり得る。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、Ｉ型リバーゼをコードする遺伝子を含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、Ｉ型リバーゼを発現しない。非限定的な例として、Ｉ型リパーゼは、グリセリンエステルヒドロラーゼＡ（ＧｅｈＡ）であり得る。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ｐＩＭＰＬＥプラスミドを含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ＡＢＣトランスポーターをコードする遺伝子を含む。特定の実施形態の中で、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ＡＢＣトランスポーターを発現する。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼをコードする遺伝子を含まない。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼを含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ＤＮＡ結合応答調節因子をコードする遺伝子を含まない。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ＤＮＡ結合応答調節因子を含まない。
【００８３】
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシン（ｄｅｒｍａｔｉｎ−ｓｕｌｆａｔｅ ａｄｈｅｓｉｎ）（例えばＤＳＡ１、ＤＳＡ２）を発現しない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシン（例えばＤＳＡ１、ＤＳＡ２）をコードする核酸を含まない。デルマタン硫酸アドヘシンの不在又は欠失は、角化細胞への微生物の付着を不能にし得る。
【００８４】
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼを発現する。幾つかの実施形態において、ヒアルロニダーゼは、細菌のＢ群レンサ球菌株により発現されたヒアルロニダーゼである。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼを発現しない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼをコードする核酸を含む。幾つかの実施形態において、核酸は、細菌のＢ群レンサ球菌株により発現されたヒアルロニダーゼをコードする。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌である、細菌の菌株が存在し、且つ、細菌が選択され、形質転換され、又は操作されていない時の細菌の菌株に比べて、ヒアルロニダーゼ遺伝子の発現を増加させる。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌である、細菌の菌株が存在し、且つ、細菌が選択され、形質転換され、又は操作されていない時の細菌の菌株に比べて、ヒアルロニダーゼ活性を増加させる。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌である、細菌の菌株が存在し、且つ、細菌が選択され、形質転換され、又は操作されていない時の細菌の菌株に比べて、ヒアルロニダーゼ活性を減少させる。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼ遺伝子を欠いている。
【００８５】
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、トランスポサーゼ２酵素活性を減少させる。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、トランスポサーゼ２酵素活性を欠いている。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌に菌株は、細菌が選択され、形質転換され、操作されていない時の菌株に比べて、活性を減少させる。
【００８６】
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、マクロライド及びテトラサイクリン系抗生物質に抗生物質感受性を与える。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌には、島をコードするチオペプチドが不在又は欠失している。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌には、チロシンデカルボキシラーゼ島（酸性環境を許容する圧力下で細胞内ｐＨを増大させる）の存在又は追加がある。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌には、ゼラチンを代謝する能力がある。
【００８７】
特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＳ．エピデルミディス（Ｓ． ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）を含む。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネスを含む。
【００８８】
特定の実施形態において、細菌は、当該技術分野で既知の組換えＤＮＡ技術を使用して形質転換される。特定の実施形態において、細菌は、遺伝子、遺伝子産物、又はその発現を獲得又は失う選択圧の下で細菌を増殖させることにより形質転換される。特定の実施形態において、細菌はＣＲＩＳＰＲ技術を使用して形質転換される。特定の実施形態において、細菌は相同組換えを使用して形質転換される。
【００８９】
特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含む。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９、及びＲＴ１０から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９、及びＲＴ１０から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９、及びＲＴ１０から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株は、ＲＴ６ではなく、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株は、ＲＴ１及びＲＴ２から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株は、ＲＴ１のリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたＰ．アクネス菌株は、ＲＴ２のリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、Ｐ．アクネスのＲＴ１菌株である。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、Ｐ．アクネスのＲＴ２菌株である。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、Ｐ．アクネスのＲＴ３菌株である。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、Ｐ．アクネスのＲＴ６菌株ではない。
マーカー
【００９０】
本明細書には、プロバイオティクス及び健康関連微生物を含む組成物が開示される。本明細書に開示されるプロバイオティクス及び健康関連微生物は通常、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、少なくとも１つのマーカーの健康関連の存在、健康関連の不在、又は健康関連の発現レベルを示す。幾つかの例において、少なくとも１つのマーカーの健康関連発現は、発現の欠如である。幾つかの例において、少なくとも１つのマーカーの健康関連発現は、参考菌株における少なくとも１つのマーカーの発現と比較して低い発現である。幾つかの例において、参考菌株は病原性菌株である。幾つかの例において、参考菌株は健康関連菌株ではない。幾つかの例において、少なくとも１つのマーカーの健康関連発現は、参考菌株における少なくとも１つのマーカーの発現と比較して高い発現である。
【００９１】
幾つかの実施形態において、マーカーは核酸である。幾つかの実施形態において、核酸は、マーカーをコードする遺伝子又はその一部を含む。幾つかの実施形態において、核酸は、マーカーをコードする遺伝子又はその一部である。幾つかの実施形態において、マーカーはタンパク質である。幾つかの実施形態において、マーカーはペプチド（例えば１００以下のアミノ酸）である。幾つかの実施形態において、マーカーは核酸でもタンパク質でもない。核酸もタンパク質も含まないマーカーの非限定的な例は、グリカンと脂質を含む。
【００９２】
本明細書に開示される健康関連微生物の典型的なマーカーは、限定されないが、デオキシリボースオペロンリプレッサー、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質（Ｃａｓス）、リパーゼ、ＡＴＰ結合カセットトランスポーター、ＤＮＡ結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、デルマタン硫酸アドヘシン、及びヒアルロニダーゼを含む。幾つかの例において、細菌の少なくとも１つの菌株はプラスミドを含む。幾つかの例においては、プラスミドの存在又は不在はマーカーである。非限定的な例として、プラスミドは、本明細書に開示されるｐＩＭＰＬＥプラスミドであり得る。更に本明細書に記載されるように、ｄｅｏＲ、ＩＩ型リパーゼ、ＡＢＣトランスポーター、又はＣａｓ５、或いはそれらの組み合わせの存在は通常、本明細書に開示されるプロバイオティクス及び健康関連微生物に関連する。対照的に、本明細書に開示されるプロバイオティクス及び健康関連微生物は通常、ｐＩＭＰＬＥプラスミド、Ｉ型リパーゼ、ＤＮＡ結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、或いはデルマタン硫酸アドヘシン、又はそれらの組み合わせの不在、或いは低い発現に関連する。しかし、性質はそのような一般法則の例外を提示することを、当業者は理解する。それ故、本明細書に記載されるものに代わる、或いはそれとは反対のこれらマーカーの発現パターンは、同様に考慮される。そのようなマーカーによって特徴付けられた１つ以上の菌株を含む組成物は、以下のような記載を含んで、本明細書で更に特徴づけられる。
【００９３】
ｄｅｏＲ
幾つかの実施形態において、マーカーはデオキシリボースオペロンリプレッサー（ｄｅｏＲ）タンパク質である。幾つかの実施形態において、マーカーは、デオキシリボースオペロンリプレッサー（ｄｅｏＲ）をコードする核酸である。幾つかの実施形態において、ｄｅｏＲは、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスに発現される、ｄｅｏＲファミリー転写制御因子である（ＡＴＣＣ １１８２８， ＧｅｎＢａｎｋ： ＡＥＲ０５７２４．１）。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ｄｅｏＲの存在を獲得するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、ｄｅｏＲは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも８０％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｄｅｏＲは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも９０％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｄｅｏＲは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも９５％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｄｅｏＲは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも９７％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｄｅｏＲは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも９８％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｄｅｏＲは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも９９％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｄｅｏＲは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも１００％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株（例えば、健康関連菌株ではなく病原性菌株）よりも、デオキシリボースオペロンリプレッサーの大きな発現又は活性を持つ。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株と比較して、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約５倍、又は少なくとも約１０倍大きな、デオキシリボースオペロンリプレッサーの発現又は活性を持つ。
【００９４】
ｐＩＭＰＬＥプラスミド
幾つかの実施形態において、マーカーはｐＩＭＰＬＥプラスミドである。幾つかの実施形態において、マーカーはｐＩＭＰＬＥプラスミドの不在である。幾つかの実施形態において、マーカーは低割合のｐＩＭＰＬＥプラスミドである（例えば＜１０％）。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はｐＩＭＰＬＥプラスミドを含まない。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約８０％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約９０％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約９５％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約９７％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約９８％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも約９９％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥプラスミドは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも１００％相同する配列を持つ。特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同するプラスミドは、細菌の少なくとも１つの菌株から部分的に又は完全に削除される。特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同するプラスミドは、１つ以上のヌクレオチドの挿入、又は、細菌の選択され、形質転換され、又は操作された菌株のフレームシフト突然変異の導入により分裂される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、完全なｐＩＭＰＬＥプラスミド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）の部分を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２に明記される完全なｐＩＭＰＬＥ配列セットの約約２５％、２０％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％未満を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＲＴ６菌株又は他の疾患に関連する菌株に存在するｐＩＭＰＬＥプラスミドの特定の部分を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ｐＩＭＰＬＥプラスミド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）の少ないコピー数を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、１つの細菌ゲノムにつきｐＩＭＰＬＥプラスミドの５未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、１つの細菌ゲノムにつきｐＩＭＰＬＥプラスミドの４未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、１つの細菌ゲノムにつきｐＩＭＰＬＥプラスミドの３未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、１つの細菌ゲノムにつきｐＩＭＰＬＥプラスミドの２未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、１つの細菌ゲノムにつきｐＩＭＰＬＥプラスミドの１つのコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ｐＩＭＰＬＥプラスミド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）の低い割合を含む。特定の実施形態において、細菌は、約１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、約１．０％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２％、０．１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む。ｐＩＭＰＬＥプラスミドの割合は、％読み取りが整列されるように、Ｐ．アクネス細菌の次世代配列決定により判定され得る。特定の実施形態において、ｐＩＭＰＬＥの割合は、ＨＬ０９６ＰＡ１（ＲＴ５）からｐＩＭＰＬＥへと整列する合計の配列決定の読み取りの割合である。
【００９５】
リパーゼ
幾つかの実施形態において、マーカーはリバーゼである。幾つかの実施形態において、マーカーはリバーゼをコードする核酸である。幾つかの実施形態において、マーカーは、リバーゼをコードする核酸の不在である。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、リパーゼを発現する細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、リバーゼはＩ型リバーゼである。幾つかの実施形態において、リバーゼはＩＩ型リバーゼである。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、Ｉ型リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、ＩＩ型リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、細菌の菌株は、ＩＩ型リパーゼをコードする核酸を含む。Ｉ型リパーゼとＩＩ型リパーゼは、本明細書に記載されるように、同様の核酸によりコードされ得る。例えば、Ｉ型リパーゼをコードする遺伝子は、遺伝子間領域における６ｂｐ欠失及び単独塩基欠失の際にＩＩ型リパーゼをコードし、後者は未熟な終止コドンを作成するフレームシフトを引き起こす。例えば図７を参照。
【００９６】
Ｉ型リパーゼ
幾つかの実施形態において、マーカーはＩ型リバーゼである。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＩ型リバーゼを発現しない。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＩ型リバーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、Ｉ型リパーゼの発現又は活性の不在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、Ｉ型リパーゼの発現又は活性の存在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、菌株は、参考菌株（例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株）に比べて低い、Ｉ型リパーゼの発現又は活性のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約１．５倍低い、Ｉ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約２倍低い、Ｉ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約３倍低い、Ｉ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約５倍低い、Ｉ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約１０倍低い、Ｉ型リパーゼの発現又は活性を有している。
【００９７】
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＩ型リバーゼを発現する。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、Ｉ型リパーゼの発現又は活性の存在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、菌株は、参考菌株に比べて大きい、Ｉ型リパーゼの発現又は活性のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。
【００９８】
幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２の配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも８０％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも９０％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも９５％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも９７％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも９８％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも９９％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも８０％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０の配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０に少なくとも８０％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０に少なくとも９０％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０に少なくとも９５％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０に少なくとも９７％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０に少なくとも９８％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０に少なくとも９９％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０に少なくとも８０％相同する配列によりコードされる。
【００９９】
特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸は、少なくとも１つの菌株から部分的に又は完全に削除される。特定の実施形態において、核酸は、核酸の３’末端から少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又はそれ以上欠失される。特定の実施形態において、核酸は、核酸の５’末端から少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又はそれ以上欠失される。
【０１００】
特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸は、１つ以上のヌクレオチドの挿入、又は、少なくとも１つの菌株のフレームシフト突然変異の導入により分裂される。特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸の、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％が、分裂される。
【０１０１】
ＩＩ型リパーゼ
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＩＩ型リバーゼを発現する。ＩＩ型リパーゼの非限定的な例は、リパーゼＡＤＥ０００５１、ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６である。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＩＩ型リバーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＩＩ型リバーゼを発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株（例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株）に比べて少なくとも約１．５倍大きい、ＩＩ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約２倍大きい、ＩＩ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約３倍大きい、ＩＩ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約５倍大きい、ＩＩ型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約１０倍大きい、ＩＩ型リパーゼの発現又は活性を有している。
【０１０２】
幾つかの実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１を含む核酸から発現される。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１は、プロピオニバクテリウム・アクネスＡＴＣＣ  １１８２８の完全な環状のゲノムに見出され、ＡＴＣＣ  １１８２８の位置３９０，４２３にて開始する。以下のその後の位置は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１の第１のヌクレオチドに関連している。リパーゼのコーディング配列は、ＡＤＥ００５１、ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６、及びＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３として本明細書で言及される、塩基２２−１０３２である。塩基１−２１は遺伝子間領域である。ＩＩ型リパーゼは、位置７にＧを有し、位置１６にＡを有している。幾つかの実施形態において、Ｉ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０を含む核酸から発現される。対照的に、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１に比べて、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０は、塩基対１と２の間に挿入された６ｂｐ配列ＴＡＧＡＴＡ、位置７にＡ、位置１６にＧ、及び塩基対１４５と１４６の間にＧを有している。ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６０とＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１を表８に示す。図７はまた、Ｉ型リパーゼ及びＩＩ型リパーゼをコードする配列間の差を示す。
【０１０３】
特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に少なくとも約９０％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に少なくとも約９５％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に少なくとも約９７％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に少なくとも約９７％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に少なくとも約９９％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に１００％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１に少なくとも約９０％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１に少なくとも約９５％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１に少なくとも約９７％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１に少なくとも約９７％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１に少なくとも約９９％相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、ＩＩ型リパーゼの少なくとも一部は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６１に１００％相同する核酸によりコードされる。
【０１０４】
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ５
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＣＲＩＳＰＲ遺伝子座又はその一部を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質（Ｃａｓ）を発現する。非限定的な例として、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質は、Ｃａｓ５、Ｃａｓ９、Ｃｐｆ１、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、ＧＳＵ００５４、Ｃａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｆ１、Ｃｓｎ２、Ｃａｓ４、Ｃ２ｃｌ、Ｃ２ｃ３、及びＣ２ｃ２を含む。
【０１０５】
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＣａｓ５を発現する。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＣａｓ５をコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、Ｃａｓ５を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株（例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株）に比べて少なくとも約１．５倍大きい、Ｃａｓ５の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約２倍大きい、Ｃａｓ５の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株にて少なくとも約３倍大きい、Ｃａｓ５の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約５倍大きい、Ｃａｓ５の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約１０倍大きい、Ｃａｓ５の発現又は活性を有している。
【０１０６】
幾つかの例において、細菌の少なくとも１つの菌株はＣａｓ５を発現する。幾つかの実施形態において、Ｐ．アクネスの菌株は、Ｃａｓ５の存在に基づいて、健康関連Ｐ．アクネス、又は疾患に関連するＰ．アクネスと特徴付けられる。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、Ｐ．アクネス菌株ＡＴＣＣ  １１８２８に見出される。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に明記されるような配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に対し約７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を持つ配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に約９５％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に約９７％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に約９９％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Ｃａｓ５は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８に約１００％相同する配列によりコードされる。
【０１０７】
幾つかの例において、細菌の少なくとも１つの菌株はＣａｓ５をコードする核酸を含み、核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８の少なくとも約１０、少なくとも約２０、少なくとも約３０、少なくとも約４０、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約１１０、少なくとも約１２０、少なくとも約１３０、少なくとも約１４０、少なくとも約１５０、少なくとも約１６０、少なくとも約１７０、少なくとも約１８０、少なくとも約１９０、少なくとも約２００、少なくとも約２１０、少なくとも約２２０、少なくとも約２３０、少なくとも約２４０、少なくとも約２５０、少なくとも約２６０、少なくとも約２７０、少なくとも約２８０、少なくとも約２９０、少なくとも約３００、少なくとも約３１０、少なくとも約３２０、少なくとも約３３０、少なくとも約３４０、少なくとも約３５０、少なくとも約３６０、少なくとも約３７０、少なくとも約３８０、少なくとも約３９０、少なくとも約４００、少なくとも約４１０、少なくとも約４２０、少なくとも約４３０、少なくとも約４４０、少なくとも約４５０、少なくとも約４６０、少なくとも約４７０、少なくとも約４８０、少なくとも約４９０、少なくとも約５００、少なくとも約５５０、少なくとも約６５０、少なくとも約７００、又は約７００より多くの連続する塩基を含む。幾つかの例において、細菌の少なくとも１つの菌株はＣａｓ５をコードする核酸を含み、核酸は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８の約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、約１２０、約１３０、約１４０、約１５０、約１６０、約１７０、約１８０、約１９０、約２００、約２１０、約２２０、約２３０、約２４０、約２５０、約２６０、約２７０、約２８０、約２９０、約３００、約３１０、約３２０、約３３０、約３４０、約３５０、約３６０、約３７０、約３８０、約３９０、約４００、約４１０、約４２０、約４３０、約４４０、約４５０、約４８０、約４９０、約５００、約５５０、約６５０、約７００、又は約７００以上の連続する塩基を含む。
【０１０８】
ＡＢＣトランスポーター
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＡＴＰ結合カセットトランスポーターを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーター（ＡＢＣトランスポーター）をコードする核酸を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターをコードする核酸の発現又は過剰発現のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターの活性の増加のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターをコードする核酸の存在のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターをコードする核酸の過剰発現のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターの活性の増加のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターをコードする核酸の存在のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターをコードする核酸の過剰発現のために操作される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターの活性の増加のために操作される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、ＡＢＣトランスポーターをコードする核酸の存在のために操作される。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは既知のＡＢＣトランスポーターの一部である。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは既知のＡＢＣトランスポーターの一部であり、既知のＡＢＣのトランスポーターの一部は、既知のＡＢＣトランスポーターの活性を達成することができる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは既知のＡＢＣトランスポーターの一部であり、既知のＡＢＣのトランスポーターの一部は、既知のＡＢＣトランスポーターの酵素活性を達成することができる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは既知のＡＢＣトランスポーターの一部であり、既知のＡＢＣのトランスポーターの一部は、既知のＡＢＣトランスポーターの輸送活性を達成することができる。
【０１０９】
特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株（例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株）に比べて少なくとも約１．５倍大きい、ＡＢＣトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約２倍大きい、ＡＢＣトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約３倍大きい、ＡＢＣトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約５倍大きい、ＡＢＣトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約１０倍大きい、ＡＢＣトランスポーターの発現又は活性を有している。
【０１１０】
幾つかの実施形態において、本明細書に開示されるＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６の配列、又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約８０％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約９０％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約９５％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約９６％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約９７％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約９８％相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約９９％相同する配列によりコードされる。
幾つかの実施形態において、ＡＢＣトランスポーターは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に１００％相同する配列によりコードされる。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、少なくとも１つの菌株に部分的又は完全に存在するＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６に少なくとも約８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸で、（完全に又は部分的に）選択され、形質転換され、又は操作される。
【０１１１】
ＤＮＡ結合応答調節因子
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＤＮＡ結合応答調節因子を含まない。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＤＮＡ結合応答調節因子をコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために選択されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＤＮＡ結合応答調節因子の不在のために選択されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ＤＮＡ結合応答調節因子の不在のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ＤＮＡ結合応答調節因子の不在のために操作されている。
【０１１２】
特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株（例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株）に比べて少なくとも約１．５倍少ない、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約２倍少ない、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約３倍少ない、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約５倍少ない、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約１０倍少ない、ＤＮＡ結合応答調節因子の発現又は活性を有している。
【０１１３】
特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９０％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９０％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９５％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９５％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９７％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９７％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９９％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも９９％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に１００％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に１００％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。
【０１１４】
特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、１つ以上のヌクレオチドの挿入、又はフレームシフト突然変異の導入により分裂される核酸を含み、核酸は、分裂される前に、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同している。例えば、特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又はそれ以上の、核酸の３’末端により削除される。特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：７に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又はそれ以上の、核酸の５’末端により削除される。
【０１１５】
ホスホグリセリン酸キナーゼ
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はホスホグリセリン酸キナーゼを含まない。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために選択されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために選択されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために操作されている。
【０１１６】
特定の実施形態において、細菌の少なくとも１つの菌株は、参考菌株（例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株）に比べて少なくとも約１．５倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約２倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約３倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約５倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約１０倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。
【０１１７】
特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９０％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９０％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９５％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９５％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９７％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９７％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９９％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも９９％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に１００％相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に１００％相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。
【０１１８】
特定の実施形態において、少なくとも１つの菌株は、１つ以上のヌクレオチドの挿入、又はフレームシフト突然変異の導入により分裂される核酸を含み、核酸は、分裂される前に、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同している。例えば、特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又はそれ以上の、核酸の３’末端により削除される。特定の実施形態において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９に少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、又は１００％相同する核酸は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又はそれ以上の、核酸の５’末端により削除される。
【０１１９】
デルマタン硫酸アドヘシン
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシン（ＤＳＡ１とＤＳＡ２）を含まない。ある実施形態では、少なくとも１つの菌株は、デルマタン硫酸アドヘシンをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、少なくとも１つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために選択された。ある実施形態では、少なくとも１つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために選択された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために形質転換された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために形質転換された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために操作された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために操作された。
【０１２０】
ある実施形態では、細菌は、発現または活性の低下、あるいはデルマタン硫酸アドヘシンの欠失のために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、参考菌株と比較して、１．５倍、２倍、３倍、または１０倍少ないＤＳＡ１またはＤＳＡ２の発現または活性を有する。ある実施形態では、ＤＳＡ１またはＤＳＡ２は、選択され、形質転換され、操作され、または操作された最近のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、ＤＳＡ１またはＤＳＡ２は、選択され、形質転換され、操作され、または操作された細菌のゲノムにおける１つ以上のヌクレオチドの挿入あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。
【０１２１】
ヒアルロニダーゼ
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はヒアルロニダーゼを含まない。ヒアルロニダーゼはヒアルロン酸リアーゼ（ｌｏｃｕｓ  ｔａｇ  ＰＰＡ＿ＲＳ０１９３０）としても知られている。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はヒアルロニダーゼ活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はヒアルロニダーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するヒアルロニダーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
【０１２２】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はヒアルロニダーゼを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はヒアルロニダーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はヒアルロニダーゼをコードする核酸を有する。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するヒアルロニダーゼのより高い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
【０１２３】
ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、１．５倍大きなまたは１．５倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、２倍大きなまたは２倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、３倍大きなまたは３倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、５倍大きなまたは５倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、１０倍大きなまたは１０倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９０％の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９５％の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９７％の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９７％の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９９％の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して１００％の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はＰ．アクネス細菌である。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同性を備えた遺伝子は、合成細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同性を備えた遺伝子は、選択され、形質転換され、または操作され、または操作された細菌のゲノムにおける１つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する���ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは選択された細菌は、ｄｅｏＲ＋、ＩＩ型リパーゼ陽性、ｐＩＭＰＬＥ陰性、またはＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓ５陽性である。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌、あるいは選択された細菌は、リボタイプＲＴ１および／またはＲＴ２のＰ．アクネスを含む。
【０１２４】
ある実施形態では、細菌はヒアルロン酸リアーゼのより少ない発現または欠如のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ヒアルロニダーゼ遺伝子の存在を把握するために、選択され、形質転換され、操作され、または操作された。ヒアルロニダーゼはヒアルロン酸リアーゼ（ｌｏｃｕｓ  ｔａｇ  ＰＰＡ＿ＲＳ０１９３０）としても知られている。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、１．５倍大きなまたは１．５倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、２倍大きなまたは２倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、３倍大きなまたは３倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、５倍大きなまたは５倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、１０倍大きなまたは１０倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９０％の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９５％の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９７％の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９７％の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも９９％の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して１００％の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はＰ．アクネス細菌である。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同���を備えた核酸は、合成細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムにおける１つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは選択された細菌は、ｄｅｏＲ＋、ＩＩ型リパーゼ陽性、ｐＩＭＰＬＥ陰性、またはＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓ５陽性である。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌、あるいは選択された細菌は、リボタイプＲＴ１および／またはＲＴ２のＰ．アクネスを含む。
【０１２５】
アラニンデヒドロゲナーゼ
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼを含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼ活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するアラニンデヒドロゲナーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
【０１２６】
ある実施形態では、細菌は、アラニンデヒドロゲナーゼをコードする核酸またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。いくつかの実施形態において、アラニンデヒドロゲナーゼはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５の配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、アラニンデヒドロゲナーゼは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に少なくとも８０％相同する配列によってコードされる。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に少なくとも９０％の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に少なくとも９５％の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に少なくとも９７％の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に少なくとも９８％の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に少なくとも９９％の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムにおける１つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。ある実施形態では、核酸は、核酸の３’末端から少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％以上欠失している。ある実施形態では、核酸は、核酸の５’末端から少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％以上欠失している。
【０１２７】
トランスポゼース２
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はトランスポサーゼ２を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はトランスポサーゼ２活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はトランスポサーゼ２をコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するトランスポサーゼ２の低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はトランスポサーゼ２活性を有しておらず、ｄｅｏＲを発現し、リボタイプＲＴ１である。
【０１２８】
ある実施形態では、細菌は、トランスポサーゼ２をコードする核酸またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。いくつかの実施形態において、トランスポサーゼ２はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８の配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、トランスポサーゼ２は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に少なくとも８０％相同する配列によってコードされる。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に少なくとも９０％の相同性を有するトランスポサーゼ２またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に少なくとも９５％の相同性を有するトランスポサーゼ２またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に少なくとも９７％の相同性を有するトランスポサーゼ２またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に少なくとも９８％の相同性を有するトランスポサーゼ２またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に少なくとも９９％の相同性を有するトランスポサーゼ２またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４８に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムにおける１つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。ある実施形態では、核酸は、核酸の３’末端から少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％以上欠失している。ある実施形態では、核酸は、核酸の５’末端から少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％以上欠失している。
【０１２９】
追加のマーカー
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、多糖類の生合成を媒介するタンパク質、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、アミノ酸の生合成を媒介するタンパク質、炭水化物代謝を媒介するタンパク質、およびグリセロール輸送を媒介するタンパク質から選択された少なくとも１つのタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、タンパク質をコードする少なくとも１つの核酸を含み、タンパク質は、多糖類の生合成、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、アミノ酸の生合成を媒介するタンパク質、炭水化物代謝を媒介するタンパク質、およびグリセロール輸送を媒介するタンパク質を媒介する。いくつかの実施形態において、多糖類の生合成を媒介するタンパク質はグリコシルトランスフェラーゼである。いくつかの実施形態において、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質は、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼである。いくつかの実施形態において、アミノ酸生合成を媒介するタンパク質はコバラミン非依存性のメチオニンシンターゼである。いくつかの実施形態において、タンパク質はグリセロール取り込み促進タンパク質である。いくつかの実施形態では、ＰＴＸ３タンパク質は、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼである。いくつかの実施形態において、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼはｈｅｍＹ遺伝子によってコードされる。
【０１３０】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、グリコシルトランスフェラーゼ、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼ、およびコバラミン非依存性のメチオニンシンターゼから選択されるタンパク質をコードする少なくとも１つの核酸を含む。
【０１３１】
ある実施形態では、細菌はタンパク質のより多い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。タンパク質は、多糖類の生合成を媒介するタンパク質、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、およびアミノ酸の生合成を媒介するタンパク質から選択される。ある実施形態では、細菌は、グリコシルトランスフェラーゼ、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼ、およびコバラミン非依存性のメチオニンシンターゼから選択されたタンパク質のより大きな発現あるいは活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
【０１３２】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株は、Ｃｈｒｉｓｔｉｅ−Ａｔｋｉｎｓ−Ｍｕｎｃｈ−Ｐｅｔｅｒｓｅｎ（ＣＡＭＰ）タンパク質を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＣＡＭＰ１タンパク質を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＣＡＭＰ２タンパク質を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＣＡＭＰ３タンパク質を含まない。
【０１３３】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はＣＡＭＰタンパク質をコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、選択、形質転換、あるいは操作がされていない細菌に対するＣＡＭＰタンパク質の低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はＣＡＭＰタンパク質の非発現または非活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は少なくともＣＡＭＰタンパク質をコードする核酸の一部を除去するために突然変異させられた。いくつかの実施形態において、ＣＡＭＰタンパク質は、ＣＡＭＰ１、ＣＡＭＰ２、およびＣＡＭＰ３から選択される。
【０１３４】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はシアリダーゼを含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はシアリダーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、選択、形質転換、あるいは操作がされていない細菌に対するシアリダーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はシアリダーゼの非発現または非活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は少なくともシアリダーゼをコードする核酸の一部を除去するために突然変異させられた。
【０１３５】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はノイラミニダーゼを含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも１つの菌株を含み、細菌の少なくとも１つの菌株はノイラミニダーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、選択、形質転換、あるいは操作がされていない細菌に対するノイラミニダーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はノイラミニダーゼの非発現または非活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は少なくともノイラミニダーゼをコードする核酸の一部を除去するために突然変異させられた。
【０１３６】
ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより高い活性あるいは発現のために選択され、形質転換され、または操作された：アドヘシン（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２５８１）；ＣＡＭＰ因子（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２１７５、５０８４２７１１、５０８４２８２０、５０８４３５４６）；エンドグリコセラミダーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２１３１）；鉄輸送リポタンパク質（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４１９１１）；リゾチームＭ１（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３１２５）；プロテインＰＡＧＫ＿２３７（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．４８２８９１４４４）；プロテインＰＰＡ０５３２（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２０１６）；プロテインＰＰＡ０５３３（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２０１７）；あるいは、プロテインＰＰＡ１４９８（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２９７６）。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする核酸を用いて、選択され、形質転換され、または操作された：アドヘシン（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２５８１）；ＣＡＭＰ因子（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２１７５、５０８４２７１１、５０８４２８２０、５０８４３５４６）；エンドグリコセラミダーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２１３１）；鉄輸送リポタンパク質（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４１９１１）；リゾチームＭ１（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３１２５）；プロテインＰＡＧＫ＿２３７（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．４８２８９１４４４）；プロテインＰＰＡ０５３２（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２０１６）；プロテインＰＰＡ０５３３（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２０１７）；あるいは、プロテインＰＰＡ１４９８（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２９７６）。
【０１３７】
ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより低い活性あるいは発現のために選択され、形質転換され、または操作された：アドヘシン（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３５６５または５０８４３６４５）；細胞壁ヒドロラーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３４１０）；リパーゼ／アシルヒドロラーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３４８０）；ＮＰＬ／Ｐ６０タンパク質（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２２０９）；ペプチドＡＢＣトランスポーター（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３５９０）；プロテインＰＰＡ１１９７（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２６７７）；プロテインＰＰＡ１２８１（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２７６２）；プロテインＰＰＡ１７１５（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３１７５）；プロテインＰＰＡ１９３９（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３３８８）；プロテインＰＰＡ２２３９（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３６７４）；まれなリポタンパク質Ａｒｌｐａ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３６１２）；あるいは、トリアシルグリセロールリパーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３５４３）。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする遺伝子を欠失させるまたは崩壊させるためにヌクレオチドを用いて、選択され、形質転換され、または操作された：アドヘシン（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３５６５または５０８４３６４５）；細胞壁ヒドロラーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３４１０）；リパーゼ／アシルヒドロラーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３４８０）；ＮＰＬ／Ｐ６０タンパク質（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２２０９）；ペプチドＡＢＣトランスポーター（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３５９０）；プロテインＰＰＡ１１９７（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２６７７）；プロテインＰＰＡ１２８１（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４２７６２）；プロテインＰＰＡ１７１５（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３１７５）；プロテインＰＰＡ１９３９（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３３８８）；プロテインＰＰＡ２２３９（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３６７４）；まれなリポタンパク質Ａｒｌｐａ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３６１２）；あるいは、トリアシルグリセロールリパーゼ（ＮＣＢＩ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．５０８４３５４３）。
【０１３８】
ある実施形態では、本明細書で開示された細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより低い活性あるいは発現のために、選択され、形質転換され、または操作された：ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４７９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３６５５／３６５７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０１４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１０１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１５９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４０９３／４０９４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４１６３；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０３１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５３９０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３０３７。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする遺伝子を欠失させるまたは崩壊させるためにヌクレオチドを用いて、選択され、形質転換され、または操作された：ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４７９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３６５５／３６５７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０１４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１０１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１５９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４０９３／４０９４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４１６３；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０３１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５３９０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３０３７。
【０１３９】
ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより高い活性あるいは発現のために選択され、形質転換され、または操作された：ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４７９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３６５５／３６５７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０１４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１０１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１５９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４０９３／４０９４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４１６３；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０３１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５３９０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３０３７。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする核酸を用いて、選択され、形質転換され、または操作された：ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８５６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４７９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４４８１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３６５５／３６５７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４８１７；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０５；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５２０６；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０１４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１０１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５１５９；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４０９３／４０９４；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿４１６３；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５０３１；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿５３９０；ＨＭＰＲＥＦ０６７５＿３０３７。
【０１４０】
ある実施形態では、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌は、抗生物質耐性遺伝子を含まない。ある実施形態では、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌は、アミノグリコシド、ベータ−ラクタム、コリスチン、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、マクロライド、リンコサミド、ストレプトグラミンＢ、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、あるいはグリコペプチドのいずれか１つ以上に対する抗生物質耐性遺伝子を欠く。ある実施形態では、抗生物質は、本明細書に開示された、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌を用いる処置を停止させるために適用可能である。ある実施形態では、抗生物質は、アミノグリコシド、ベータ−ラクタム、コリスチン、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、マクロライド、リンコサミド、ストレプトグラミンＢ、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、あるいはグリコペプチドである。
【０１４１】
ある実施形態では、細菌は、細菌が接触するヒト細胞による炎症促進性メディエーターの発現あるいは放出を減らすために、選択され、形質転換され、または操作される。細菌は、直接的あるいは間接的にヒト細胞（例えば、ヒト皮膚細胞）と接触することがある。例えば、細菌は、細菌から分泌または放出された因子によってヒト細胞と間接的に接触することがある。ヒト細胞からの炎症促進性メディエーターの非限定的な例は、ＩＬ−８、ＩＬ−１、ＩＬ−６、ＴＮＦ−アルファ、ＩＮＦ−アルファ、およびヒトベータディフェンシンである。
【０１４２】
様々な微生物の混合物
複数の健康関連微生物の組成物が本明細書で提供される。健康関連微生物の組成物は、複数の様々な健康関連微生物の混合物であってもよい。ある実施形態では、混合物は、少なくとも１つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を含む。ある実施形態では、混合物は、少なくとも１つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を含む。ある実施形態では、混合物は、細菌の２、３、４、５、６、７、８、９、あるいは１０以上の単離および精製された種、菌株、リボタイプ、またはファイロタイプを含む。ある実施形態では、混合物は通常、皮膚以外の組織または身体領域をコロニー形成する細菌の少なくとも１つの菌株を含む。ある実施形態では、混合物は通常、口腔をコロニー形成する細菌の少なくとも１つの菌株を含む。ある実施形態では、通常口腔をコロニー形成する少なくとも１つの細菌は、Ｓ．サリバリウスである。ある実施形態では、混合物は、通常、胃腸管系の管腔をコロニー形成する細菌の少なくとも１つの菌株を含む。ある実施形態では、混合物は、通常、胃腸管系の管腔をコロニー形成する細菌の少なくとも１つの細菌を含み、それはラクトバチルスまたはビフィドバクテリウムである。ある実施形態では、ビフィドバクテリウムは、ビフィドバクテリウム・ラクティス  Ｂｂ−１２、ビフィドバクテリウム・アニマリス、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、またはこれらの任意の組み合わせである。ある実施形態では、ラクトバチルスは、ラクトバチルス・アシドフィルス、ラクトバチルスブルガリカス、ラクトバチルス・ラムノサスＧＧ、ラクトバチルス・ファーメンタムｉ、ラクトバチルス・サケイ、ラクトバチルス・カゼイ、ラクトバチルス・サリバリウス、Ｌラムノサス  ＬＣ７０５、ラクトバチルスＦ１９  Ｌ、ラクトバチルス・アシドフィルス  Ｌａ−５、またはこれらの任意の組み合わせである。ある実施形態では、混合物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のの異なる細菌種を含む。ある実施形態では、混合物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上のの異なる細菌株を含む。ある実施形態では、混合物は、真菌、ウイルス、またはバクテリオファージなどの少なくとも１つの非細菌の微生物を含んでいる。複数のプロバイオティクス菌株のいずれの定義された混合物も「本質的に〜〜からなる」ように列挙されることもある。このことは、混合物が、指定された菌株に加えて、賦形剤または希釈剤などの局所製剤または経口製剤として適切な投与に必要な任意の非有効成分のみを含むことを意味する。
【０１４３】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、湿疹を処置するのに特に役立つ健康関連微生物とプロバイオティクスを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された湿疹を処置するための組成物は、スタフィロコッカス・アウレウスを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された湿疹を処置するための組成物は、死んだスタフィロコッカス・アウレウス細菌を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された湿疹を処置するための組成物は、スタフィロコッカス・ホミニスを含む。他の実施形態では、プロバイオティクスは、Ｓ．アウレウスと負の相関関係にあるため、ダーマコッカス、メチロバクテリウム、またはプロピオンバクテリウムの１つ以上から構成される。他の実施形態では、Ｓ．ミティ、Ｓ．サングイニス、またはＳ．クリスタトゥスの局所的なプロバイオティクス組成物はプロバイオティクスに含まれる。
【０１４４】
製剤
いくつかの態様では、本明細書で開示された少なくとも１つのプロバイオティクスまたは健康関連微生物を含む組成物が本明細書で提供され、ここで、組成物は、それを必要としている被験体への投与のために製剤される。一般に、被験体は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、酒さ、またはこれらの任意の組み合わせに罹患したヒトである。いくつかの実施形態において、組成物は、それを必要としている被験体への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、被験体の皮膚への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、被験体の頭皮への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、組成物は経口投与のために製剤される。非限定的な例として、ラクトバチルスの菌株を含む本明細書で開示された組成物は経口投与によって優先的に投与されることがある。いくつかの実施形態では、組成物は経皮投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、組成物は注入可能な投与のために製剤される。ある実施形態では、組成物は、ゲル、軟膏、ローション、エマルジョン、ペースト、クリーム、フォーム、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散液、およびエアロゾルから選択された製剤である。ある実施形態では、製剤は、所望の形態と所望の粘性、流れ、あるいは効果的な適用、適用範囲、および皮膚への接着のための他の物理的または化学的な特性を提供する１つ以上の賦形剤を含む。
【０１４５】
本明細書に開示された組成物は、有効期間、適用、皮膚への浸透性、および治療効果のいずれか１つ以上を改善するために１つ以上の賦形剤を含む製剤で提示されることがある。いくつかの実施形態において、賦形剤は、有効期間、適用、皮膚への浸透性、および治療効果のいずれか１つ以上を改善するのに必要である。
【０１４６】
ある実施形態では、本明細書に記載された健康関連微生物またはプロバイオティクス組成物は、経口摂取のために製剤される。経口摂取形態は、丸剤、錠剤、カプセル、ペースト、液体懸濁液、コロイドであってもよく、あるいはキャンディー、チューイングガム、ヨーグルト、ミルク、コテージチーズ、またはミルクを含まない代用品、あるいは、ラクトースを減らした代用品と混合させることもある。製剤は、食用組成物の風味、匂い、あるいは口当たりを改善する追加の非有効成分を含むことがある。製剤は、有効期間とバイオアベイラビリティを保護する結合剤、封入フィルム、あるいは賦形剤をさらに含むことがある。
【０１４７】
ある実施形態では、経口で投与される、本明細書に開示された健康関連微生物とプロバイオティクス組成物は、Ｌ．アシドフィルスＬａ−５、ビフィドバクテリウム・アニマリス、ラクトバチルス・ラムノサス  、ラクトバチルスＦ１９、ラクトバチルス・ファーメンタム、ラクトバチルス・サケイ、ラクトバチルス・ロイテリ、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、プロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ亜種シェルマニＪＳ、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ラクトバチルス・アシドフィルス、ラクトバチルス・カゼイ、および、ラクトバチルス・サリバリウス、ならびにこれらの組み合わせから選択されたの細菌種を含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・サリバリウスとフラクトオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・ラムノサスＧＧを含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・ラムノサスＬＣ７０５を含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・サリバリウスとプレバイオティクスを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ラクトバチルス・ラムノサスＧＧを含む加水分解されたホエー調整乳を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ビフィドバクテリウム・ラクティスＢｂ−１２を含む加水分解されたホエー調整乳を含む。ある実施形態では、経口で投与される本明細書に開示された健康関連微生物とプロバイオティクス組成物は、ラクトバチルス・ラムノサスＧＧとビフィドバクテリアＢｂ−１２、およびこれらの組み合わせから選択された細菌を含む。
【０１４８】
エマルジョンは、第２の液体全体にわたって微小球で分布される１つの液体の調製物として記載されることもある。いくつかの実施形態において、分散した液体は、不連続相であり、分散媒は連続相である。油が分散した液体であり、水溶液が連続相である場合、それは水中油型乳剤として知られており、その一方で、水または水溶液が分散相であり、油または油性の物質が連続相である場合、それは油中水型乳剤として知られている。油相は少なくとも部分的に、ＨＦＡ噴霧剤などの噴霧剤からなることがある。油相と水相のどちらかあるいは両方は、１つ以上の界面活性剤、乳化剤、乳化安定剤、緩衝液、および他の賦形剤を含むこともある。好ましい賦形剤は、界面活性剤、とりわけ、非イオン性界面活性剤；乳化剤、とりわけ、乳化ろう；および、不揮発性、非水性の液体材料、とりわけ、プロピレングリコールなどのグリコールを含む。油相は他の油状の薬学的に承認された賦形剤を含むことがある。例えば、ヒドロキシル化したヒマシ油またはごま油などの材料は、界面活性剤または乳化剤として油相で使用されてもよい。
【０１４９】
ローションは粘性の低い〜中程度の液体製剤として記載されてもよい。ローションは、懸濁化剤と分散剤の使用により分散媒に溶解可能な微粉状の物質を含むことができる。あるいは、ローションは、ビヒクルで不混和性であり、かつ、懸濁化剤と他の適切な安定化剤によって通常は分散する液状の物質を分散相として有することができる。１つの実施形態では、ローションは、１００〜１０００センチストークの粘性を有するエマルジョンの形態をしている。ローションの流動性は、広範な表面積にわたって迅速かつ均一な塗布を可能にする。ローションは典型的には、皮膚の表面にその医薬成分の薄い被膜を残して皮膚上で乾燥するように意図される。
【０１５０】
クリームは、「水中油型」または「油中水形」の粘性液体または半固体のエマルジョンとして記載されることもある。クリームは、他の安定化剤および／または乳化剤を含むことがある。１つの実施形態では、製剤は典型的には、２０，０００−５０，０００センチストークの範囲で、１０００センチストークを越える粘性を有するクリームの形態である。クリームは多くの場合、一般に拡散しやすく除去しやすいので、軟膏よりも好ましい。
【０１５１】
クリームとローションの間の基本的な違いは粘性であり、これは、製剤を調製するために使用される様々な油の量／使用と水の割合に依存する。クリームはローションよりも典型的には厚く、様々な用途があり、および、皮膚に対する所望の効果に依存して、しばしば多くの様々な油剤／バターを使用する。クリーム製剤において、水性の割合は約６０−７５％であり、油性の割合は合計の約２０−３０％であり、他の割合は乳化剤薬剤、保存剤、および添加剤で合計１００％となる。
【０１５２】
軟膏は、軟膏基剤と随意に本開示の１つ以上の有効な薬剤を含む半固形製剤として記載されることもある。適切な軟膏基剤の例としては、炭化水素基剤（例えば、ペトロラタム、白色ワセリン、黄色軟膏、および鉱油）；吸水性基剤（親水ワセリン、脱水ラノリン、ラノリン、およびコールドクリーム）；水を除去可能な基剤（例えば、親水軟膏）、および水溶性基剤（例えば、ポリエチレングリコル軟膏）が挙げられる。ペーストは、固体の大部分を含むという点で軟膏とは典型的に異なる。ペーストは典型的には、同じ成分で調製した軟膏よりも吸収性が高く脂っぽさが少ない。
【０１５３】
ゲルは、液状ビヒクルに溶けたまたは懸濁した増粘剤またはポリマー材料の作用によって半固体となる液状ビヒクル中の小さなまたは大きな分子の分散液を含む半固体のシステムとして記載されることもある。液体は親油性成分、水性成分、またはその両方を含み得る。いくつかのエマルジョンはゲルであってもよく、あるいは、それ以外の方法で、ゲル成分を含むこともある。しかしながら、ゲルの中には、不混和性成分の均質化された混合物を含まないためエマルジョンではないものもある。適切なゲル化剤としては、限定されないが、ヒドロキシプロピルセルロースやヒドロキシエチルセルロースなどの修飾されたセルロース；カーボポールホモポリマーとコポリマー；および、これらの組み合わせが挙げられる。液体ビヒクル中の適切な溶媒としては、限定されないが、ジグリコールモノエチルエーテル；プロピレングリコールなどのアルケングリコール；ジメチルイソソルビド；イソプロピルアルコールとエタノールなどのアルコールが挙げられる。溶剤は典型的には、薬を溶かす能力について選択される。皮膚の感触および／または製剤の軟化性を改善する他の添加剤も組み込まれることがある。こうした添加剤の例としては、限定されないが、ミリスチン酸イソプロピル、酢酸エチル、Ｃ１２−Ｃ１５安息香酸アルキル、鉱油、スクアラン、シクロメチコン、カプリン酸／カプリル酸トリグリセリド、および、これらの組み合わせが挙げられる。
【０１５４】
フォームはガス状の噴霧剤と組み合わせたエマルジョンとして記載されることもある。ガス状の噴霧剤は主としてヒドロフルオロアルカン（ＨＦＡ）からなる。適切な噴霧剤としては、１，１，１，２−テトラフルオロエタン（ＨＦＡ１３４ａ）と１，１，１，２，３，３，３−ヘプタフルオロプロパン（ＨＦＡ  ２２７）などのＨＦＡが挙げられるが、現在承認されている、または医療用に承認されるかもしれないこれらおよび他のＨＦＡの混合物と混和物が適している。噴霧剤は好ましくは、噴霧中に可燃性または爆発性の蒸気を生成することができる炭化水素噴霧ガスではない。さらに、組成物は好ましくは、使用中に可燃性または爆発性の蒸気を生成することができる揮発性のアルコールを含んでいない。
【０１５５】
皮膚軟化薬は、皮膚を柔らかくするか和らげ、当該技術分野で一般に知られている、および、“Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ”，  ４．ｓｕｐ．ｔｈ  Ｅｄ．，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ，  ２００３などの概論に列挙されている外用薬剤として記載されることもある。ある実施形態では、皮膚軟化薬は、アーモンド油、ヒマシ油、セラトニア抽出物、セトステアリルアルコール、セチルアルコール、セチルエステルワックス、コレステロール、綿実油、シクロメチコン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、グリセリン、モノステアリン酸グリセリン、グリセリルモノオレアート、ミリスチン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、ラノリン、レシチン、軽油、中鎖トリグリセライド、鉱油とラノリンアルコール、ペトロラタム、ペトロラタムとラノリンアルコール、ダイズ油、デンプン、ステアリルアルコール、ひまわり油、キシリトール、およびこれらの組み合わせである。１つの実施形態では、皮膚軟化薬はステアリン酸エチルヘキシルとパルミチン酸エチルヘキシルである。
【０１５６】
界面活性剤は、表面張力を低下させ、それにより、製品の乳化、泡立ち、分散、広がり、および湿潤性を増加させる表面活性剤である。ある実施形態では、適切な非イオン性界面活性剤は、乳化ろう、モノオレイン酸グリセリル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリソルベート、ソルビタンエステル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、シクロデキストリン、モノステアリン酸グリセリン、ポロクサマー、ポビドン、およびこれらの組み合わせを含む。１つの実施形態では、非イオン性界面活性剤はステアリルアルコールである。
【０１５７】
乳化剤は、別の液体中の１つの液体の懸濁を促し、油と水の安定した混合物（すなわちエマルジョン）の形成を促す表面活性物質である。ある実施形態では、乳化剤は、金属セッケン、特定の動植物油、および様々な極性化合物である。適切な乳化剤としては、アカシア、アニオン性乳化ろう、ステアリン酸カルシウム、カルボマー、セトステアリルアルコール、セチルアルコール、コレステロール、ジエタノールアミン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、モノステアリン酸グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒプロメロース、ラノリン、含水、ラノリンアルコール、レシチン、中鎖トリグリセリド、メチルセルロース、鉱油とラノリンのアルコール、一塩基リン酸ナトリウム、モノエタノールアミン、非イオン性乳化ろう、オレイン酸、ポロクサマー、ポロクサマー、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ステアリン酸ポリオキシエチレン、アルギン酸プロピレングリコールエステル、自己乳化性モノステアリン酸グリセリン、クエン酸ナトリウム無水物、ラウリル硫酸ナトリウム、ソルビタンエステル、ステアリン酸、ひまわり油、トラガント、トリエタノールアミン、キサンタンガム、およびこれらの組み合わせが挙げられる。１つの実施形態では、乳化剤はステアリン酸グリセロールである。１つの実施形態では、乳化剤はグリセロールである。１つの実施形態では、乳化剤はグリセリンである。
【０１５８】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、被験体の頭皮に適用されるために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、シャンプー、コンディショナー、ムース、ゲル、およびスプレーから選択される製品として使用されるように製剤される。こうした組成物は脂漏性皮膚炎の処置に役立つ。こうした組成物を用いる脂漏性皮膚炎の処置は、頭部粃糠疹と乳痂から選択された症状の減少をもたらすことがある。しかしながら、本明細書で開示された組成物は、頭皮に加えて身体の他の領域の脂漏性皮膚炎を処置するために使用されてもよい。他の領域の非限定的な例としては、胸、胃、皮膚のひだ、腕、脚、鼠径部、および乳房下が挙げられる。
【０１５９】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は緩衝液を含み、緩衝液は、組成物のｐＨを制御する。好ましくは、緩衝液は、約４のｐＨから約７．５のｐＨまで、約４のｐＨから約７のｐＨまで、および約５のｐＨから約７のｐＨまで組成物を緩衝する。
【０１６０】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は望ましい皮膚のｐＨを与えるまたは維持するために製剤される。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚のｐＨは、約ｐＨ４．５〜約ｐＨ６．５の間である。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚のｐＨは、約ｐＨ５〜約ｐＨ６の間である。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚のｐＨは、約ｐＨ５．５である。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、皮膚のｐＨを調節する薬剤ともに製剤される。ｐＨを調節する薬剤の非限定的な例としては、サリチル酸、グリコール酸、トリクロロ酢酸、アゼライン酸（ａｚｅｉｌｉｃ  ａｃｉｄ）、乳酸、アスパラギン酸、塩酸塩、ステアリン酸、ステアリン酸グリセリル、パルミチン酸セチル、尿素リン酸エステル、およびトコフェロール酢酸エステルを含む。
【０１６１】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に与えるために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素曝露を皮膚に供給するために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、皮膚へのより多くの酸素放散をもたらすために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、皮膚を通るより多くの酸素放散をもたらすために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に与える薬剤とともに製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤とともに使用される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤の使用の前に使用される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤の使用の後に使用される。皮膚に酸素を供給する薬剤の非限定的な例は、葉緑素である。
【０１６２】
保存剤は真菌類と微生物の成長を防ぐために使用可能である。適切な抗真菌剤と抗菌薬としては、限定されないが、安息香酸、ブチルパラベン、エチルパラベン、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、ベンジルアルコール、塩化セチルピリジウム、クロロブタノール、フェノール、フェニルエチルアルコール、およびチメロサールが挙げられる。１つの実施形態では、局所適用時の意図された目的のために、組成物の有効性に影響を与えることなく、真菌の成長を防ぐのに効果的な防腐剤の濃度が選択される。
【０１６３】
製剤中の賦形剤は所望の製剤のタイプに基づいて選択される。ある実施形態では、賦形剤は、ゼラチン、カゼイン、レシチン、アラビアガム、コレステロール、トラガント、ステアリン酸、塩化ベンザルコニウム、ステアリン酸カルシウム、モノステアリン酸グリセリン、セトステアリルアルコール、セトマクロゴール乳化ろう、ソルビタンエステル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ポリエチレングリコール、ステアリン酸ポリオキシエチレン、コロイド状二酸化ケイ素、リン酸塩、ドデシル硫酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、非結晶性セルロース、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、トリエタノールアミン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、砂糖、およびデンプンを含む。
【０１６４】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、グリセロールとともに製剤される。いくつかの例では、組成物中の細菌の菌株はグリセロールとともに発酵させ、それにより、短鎖脂肪酸を生成する。短鎖脂肪酸の非限定的な例は、酢酸、乳酸、およびプロピオン酸を含む。いくつかの実施形態において、細菌の菌株はプロピオンバクテリウム菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の菌株はＰ．アクネス菌株である。
【０１６５】
浸透促進剤は、皮膚全体、とりわけ、角質層全体への薬物の経皮的な送達を促すために頻繁に使用される。いくつかの浸透促進剤は、皮膚の刺激、皮膚毒性、および皮膚のアレルギーを引き起こす。しかしながら、より一般に使用されるものは、尿素、（カルボニルジアミド）、イミド尿素、Ｎ，Ｎ−ジエチルホルムアミド、Ｎ−メチル−２−ピロリジン、１−ドデカル−アザシクロフェプタン−２−オン、チオグリコール酸カルシウム、２−ピロリジン、Ｎ，Ｎ−ジエチル−ｍ−トルアミド、オレイン酸、および、そのエステル誘導体、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、ビニル、およびモノオレイン酸グリセリル、ソルビタンラウリン酸モノエステルおよびモノオレイン酸ソルビタンなどのソルビタンエステル、ラウリン酸イソプロピル、ミリスチン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、アジピン酸ジイソプロピル、モノラウリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸プロピレングリコールなどの他の脂肪酸エステル、ＢＲＩＪ．ＲＴＭ７６（ステアリルポリ（１０）オキシエチレンエーテル）、ＢＲＩＪ．ＲＴＭ．７８（ステアリルポリ（２０）オキシエチレンエーテル）、ＢＲＩＪ．ＲＴＭ．９６（オレイルポリ（１０）オキシエチレンエーテル）、ならびにＢＲＩＪ．ＲＴＭ．７２１．（ステアリルポリ（２１）オキシエチレンエーテル）（ＩＣＩ  Ａｍｅｒｉｃａｓ  Ｉｎｃ．  Ｃｏｒｐ．）などの非イオン性界面活性剤を含む。
【０１６６】
組成物は、特定の濃度の健康関連微生物またはプロバイオティクスを含むために製剤可能である。例えば、組成物は、微生物が効果的な量で送達され得るように、プロバイオティクスの量を含むことができる。ある実施形態では、送達されたプロバイオティクスの量は、単位投与量あたり、少なくとも１ｘ１０３、１ｘ１０４、１ｘ１０５、１ｘ１０６、１ｘ１０７、１ｘ１０８、１ｘ１０９、１ｘ１０１０コロニー形成単位である。組成物は、組成物の全重量に対して、少なくとも約０．０００１重量％（乾燥重量によって表現される）、約０．０００１重量％から約９９重量％、約０．００１重量％から約９０重量％、約０．０１重量％から約８０重量％、また約０．１重量％から約７０重量％の比率で健康関連微生物またはプロバイオティクスとともに製剤されてもよい。一般に、局所的に投与されるよう意図された組成物は、担体１グラムあたり、あるいは不活性な、または死んだ微生物について、あるいは細菌の画分について、あるいは生成された代謝産物について計算された同等の投与量で、少なくとも１ｘ１０３、１ｘ１０４、１ｘ１０５、１ｘ１０６、１ｘ１０７、１ｘ１０８、１ｘ１０９、１ｘ１０１０の微生物を含む。
【０１６７】
本明細書に開示された微生物は、単位投与量について効果的な量の中で運ばれることがある、の、少なくとも１ｘ１０２コロニー形成単位（ｃｆｕ）に関して、に、１ｘ１０２０  ｃｆｕに関して。局所的に投与されなければならない組成物の特定のケースでは、各細菌株および／または対応する画分および／または代謝産物の濃度は、約１ｘ１０５〜約１ｘ１０１２ｃｆｕ／投与量の範囲の投与量（細菌の等価物として表現される）に一致するように調節可能である。
【０１６８】
局所適用のために本明細書に開示された組成物は一般に、約１ｘ１０２〜約１ｘ１０１５ｃｆｕ／ｇ、約１ｘ１０５〜約１ｘ１０１２ｃｆｕ／ｇ、あるいは約１ｘ１０６〜約１０ｘ１０１２ｃｆｕ／ｇの細菌を含む。
【０１６９】
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも１０６の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも１０７の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも１０８の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも１０９の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり１０９未満の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり１０８未満の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり１０７未満の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０７と１０８の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０６の微生物と、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０１０の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０６の微生物と、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０９の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０７の微生物と、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０１０の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０７の微生物と、皮膚の１ｃｍ２当たり少なくとも約１０９の微生物を送達するために製剤される。
【０１７０】
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、ミリリットル当たり約１０５の微生物〜１ミリリットル当たり約１０１２の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、１ミリリットル当たり約１０６の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、１ミリリットル当たり約１０７の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、１ミリリットル当たり約１０８の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、１ミリリットル当たり約１０９の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、１ミリリットル当たり約１０１０の微生物の濃度で製剤される。
【０１７１】
ある実施形態では、局所使用または経口使用のための本明細書に開示された組成物は、限定されないが、トレハロース、マンノース、フルクトース、グルコース、スクロース、ラクトース、ラフィノース、スタキオース、メレチトース、デキストラン、および糖アルコールなどの炭水化物；および／または、グリセロール、ウシ由来ではない媒体（例えば、トリプチックソイブロス）、乳清タンパク質、ＮａＣｌ、リン酸塩緩衝液、ＭｇＣｌ、凍結乾燥された細菌、あるいは他の不活性な／殺された細菌などの凍結保存物（ｃｒｙｏｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｖｅｓ）を含む生物学的安定性を有する化合物を含んでいる。
【０１７２】
製剤後、本明細書に開示された組成物は、エンドユーザによる送達と使用に適したやり方で包まれてもよい。１つの実施形態では、組成物は適切なディスペンサーに入れられ、エンドユーザに送られる。最終的な容器の例は、ポンプ瓶、スクィーズボトル、ジャー、チューブ、カプセル、あるいはバイアルを含み得る。
【０１７３】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、パッケージングの前にアプリケーターに加えることができる。アプリケーターの非限定的な例としては、綿パッド、ポリエステルパッド、キューチップ、スポンジ、およびブラシが挙げられる。いくつかの実施形態では、アプリケーターは包装物の内部に置かれる。包装物の非限定的な例としては、バッグ、およびホイルまたはろうで裏打ちした紙パケットが挙げられる。包装物の内部は無菌であってもよい。いくつかの実施形態において、包装物中の空気は、密封の前に真空で除去される。いくつかの実施形態では、包装物は熱で密封される。いくつかの実施形態において、包装物は接着剤で密封される。
【０１７４】
別の実施形態では、本明細書に開示された組成物は、皮膚への適用前に再構成するために、凍結乾燥またはフリーズドライされる。１つの実施形態では、凍結乾燥またはフリーズドライは、選択され、形質転換され、または操作された細菌の保存期間を改善するために、グリセロールまたは他の糖アルコールなどの１つ以上の賦形剤を用いて行われる。１つの実施形態では、凍結乾燥された組成物はトレハロース（．アルファ．−Ｄ−グルコピラノシル−１，１−．アルファ．−Ｄ−グルコピラノシド）を含まない。いくつかの実施形態において、組成物は冷凍である必要がない。
【０１７５】
本明細書に開示された組成物は、１つ以上の容器でパッケージングされてもよい。例えば、単一の瓶、チューブ、容器、またはカプセルは、２つの等しいまたは等しくない部分に分けられても良く、１つの部分はその包装形態に細菌（フリーズドライした／不活性な、など）を含み、もう一方の部分は液体またはゲルであり得る活性化材料を含む。エンドユーザが皮膚または他の表面に、選択され、形質転換され、または操作された細菌と活性化材料を分注するために、２つの容器部分内の内容物のすべてまたは一部を、容器に加えられる単一の力を用いて分注することができるように、単一の瓶または容器は設計可能である。キットは２つ以上の容器を含む形態であってもよく、１つの容器は、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌の集団を含み、もう一方の容器は、選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団との混和物のための製剤を含む。別の例では、２つ以上の容器であってもよく、１つは選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団を含み、もう一方の容器は、選択、形質転換、または操作されていない天然の非病原性の皮膚細菌を含み、および、第３の容器は、選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団との混和物のための製剤を含む。別の例において、単一の瓶を構成する２つ以上の容器は、各々が異なるチャンバーから出る２本の別個のチューブに接続された１つのポンプを有する。キットはさらに、石鹸、身体洗浄剤あるいは特定のｐＨのモイスチャーローション、活性化合物、細菌、制限因子などを含むローションまたはクリームなどの１つ以上の補完的な製品を含み得る。別の実施形態では、補完的な製品は、成長（所望の化合物の永続的または連続的な発現をもたらすために該化合物の成長、活性、および／または発現を増強する制限因子である。補完的な製品は元々の製品の活性に有益な任意の化合物も含んでもよく、持続的な有効性のためにその活性を増強することがある。別の企図されたパッケージングは、選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団が、細菌の活性化を可能にするとともに随意に再生／成長因子を制限することがある包帯またはフィルム上の層として維持されるようなものである。別の実施形態では、最終生成物は冷蔵されて保存され、細菌は活性状態にある。別の実施形態では、細菌は水溶性セルロースの小さなビーズに保存される。ビーズは日焼け止め／モイスチャー／身体洗浄剤または石鹸などの任意の溶液で混合可能である。
【０１７６】
さらに別の実施形態では、本開示は、健康な皮膚のマイクロバイオーム移植片を含む組成物を提供する。本明細書に開示された健康な皮膚のマイクロバイオーム移植片は、健康または正常な皮膚から採取された細菌の集団を含む。本明細書に開示された健康な皮膚のマイクロバイオーム移植片は、マイクロバイオームがヒト細胞の集団でインキュベートされると、ヒト細胞の集団から低レベルのヒト炎症性メディエーター（ＲＮＡおよび／またはタンパク質レベルで）を引き起こすマイクロバイオームを特徴とすることができる。ヒト細胞の集団は被験体自身の角化細胞であってもよい。ヒト細胞の集団はプールされた角化細胞であってもよい。炎症性メディエーターの非限定的な例としては、ＩＬ−８、ＩＬ−６、ＴＮＦ−アルファ、ＩＮＦ−アルファ、ＩＬ−１、およびベータデフェンシンなどのざ瘡に関連する炎症性のマーカーが挙げられる。ｍＲＮＡ、タンパク質、または機能レベルのいずれかでのこれらのメディエーターのレベルを測定する方法は、当該技術分野で知られており、かつ、定量的リアルタイムＰＣＲ、ノーザンブロット、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ、ＥＬＩＳＡ、同種タンパク質アッセイ、免疫ブロット法、または質量分析法を含む。
【０１７７】
さらに他の実施形態では、個体自身の修飾されたマイクロバイオームを含む組成物がある。個体自身の修飾されたマイクロバイオームを含む組成物は、本明細書に開示された方法によって得られてもよい。いくつかの実施形態において、個体自身の修飾されたマイクロバイオームは、個体自身のマイクロバイオーム（例えば皮膚スワブから）を採取または捕獲し、マイクロバイオームを培養し、細菌の少なくとも１つの炎症性の菌株を除去することにより生成される。いくつかの実施形態において、個体自身の修飾されたマイクロバイオームは、個体自身のマイクロバイオーム（例えば皮膚スワブから）を採取または捕獲し、マイクロバイオームを培養し、細菌の少なくとも１つの病原菌株を除去することにより生成される。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株は病原性の菌株である。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株または病原性の菌株は、角化細胞で菌株をインキュベートし、および角化細胞からの炎症性メディエーターの産生を検知することにより識別される。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株または病原性の菌株は、角化細胞を用いて菌株をインキュベートし、および角化細胞から炎症性メディエーターの産生を定量化する（例えば、菌株は、本明細書に開示された健康関連菌株よりも角化細胞から高いレベルの炎症性メディエーターを産生する）ことにより識別される。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株または病原性の菌株は、角化細胞で菌株をインキュベートし、および望ましくない角化細胞遺伝子発現あるいは望ましくない角化細胞活性を検知することにより識別される。望ましくない角化細胞遺伝子発現あるいは望ましくない角化細胞活性は、皮膚障害を促す角化細胞の発現あるいは活性を意味することが当業者に理解されるであろう。いくつかの例では、角化細胞は被験体の角化細胞である。いくつかの例では、角化細胞はプールされた角化細胞である。いくつかの例では、該方法は、非限定的な例として、リボタイプＲＴ４とＲＴ５のいくつかのＰ．アクネス菌株およびクレードＩａの細菌などのざ瘡に関連する菌株を識別および除去する工程を含む。いくつかの例では、該方法は、蒸気の方法によって識別された、または、健康な皮膚に関連することが知られている非炎症性の菌株だけを識別および選択し、修飾されたバイオームを患者に導入する工程を含む。非炎症性の菌株の非限定的な例としては、リボタイプＲＴ２、ＲＴ６のＰ．アクネス菌株、およびクレードＩＩ細菌が挙げられる。
【０１７８】
さらに別の実施形態では、健康な個体の糞便からのマイクロバイオームを含む組成物がある。これらの組成物は本明細書で「糞便移植片（ｆｅｃａｌ  ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ）」と呼ばれることもある。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームは健康な個体の糞便の完全なマイクロバイオームである。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームは健康な個体の糞便の部分的なマイクロバイオームである。いくつかの例では、健康な個体はざ瘡を有していない。いくつかの例では、健康な個体は炎症性の疾病を有していない。いくつかの例では、健康な個体は炎症性の皮膚疾病を有していない。炎症性の疾病の非限定的な例は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、酒さ、狼瘡、天疱瘡、類天疱瘡、強皮症、円形脱毛症、苔癬硬化症、扁平苔癬、そう痒症、結節性痒疹、慢性単純性苔癬、炎症性腸疾患、大腸炎、過敏性腸症候群、アテローム性動脈硬化症、ＣＡＤ、糖尿病、ＨＩＶ、および癌である。いくつかの実施形態において、健康な個体は組織移植患者ではなく、免疫抑制剤を服用しておらず、または、現在／最近（１２週以内に）抗生物質療法を受けていない。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームは、結腸の粘膜細胞を同時にインキュベートしたときに炎症性メディエーターを生成しない細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態において、結腸の粘膜細胞を同時にインキュベートする際に炎症性メディエーターを生成しない細菌の菌株は、１６Ｓ、１８Ｓ、あるいは全ゲノム配列決定によって同定される。いくつかの実施形態において、部分的なマイクロバイオームは修飾されたマイクロバイオームであり、修飾されたマイクロバイオームは、病原性の菌株を除去することにより、または健康関連菌株を導入することにより、糞便移植片に由来する。
【０１７９】
追加の有効成分
本明細書に開示された組成物は、追加の有効成分を含むことがある。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は少なくとも１つの生きていない非微生物の成分を含む。非限定的な例として、生きていない非微生物の成分は、小分子、脂肪酸、抗生物質、代謝産物、抗酸化剤、およびレチノイドから選択されることがある。抗酸化剤の非限定的な例はビタミンＣとビタミンＥである。レチノイドの非限定的な例は、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、およびレチノールである。いくつかの実施形態において、生きていない非微生物の成分はビタミンＤであり、これは、カルシポトリエンの形態であってもよい。いくつかの実施形態において、追加の有効成分は抗炎症作用を有する薬剤である。
【０１８０】
ある実施形態では、組成物は抗生物質を含んでいる。抗生物質の非限定的な例は、マクロライド、テトラサイクリン、β−ラクタム、アミノグリコシド、セファロスポリン、カルバペネム、キノロン／フルオロキノロン、スルホンアミド、サリチル酸、グリコール酸、アゼライン酸、生ファージ治療（ｌｉｖｅ  ｐｈａｇｅ  ｔｈｅｒａｐｙ）、合成ファージ収縮性のナノチューブ、レーザー、ダプソン、過酸化ベンゾイル、過酸化ベンゾイル／レスベラトロールの組み合わせ、および、これらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗生物質は、クリンダマイシン、ドキシサイクリン、エリスロマイシンおよびテトラサイクリンから選択され、ここで、抗生物質は局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、抗生物質はエリスロマイシン、テトラサイクリン、ドキシサイクリン、およびミノサイクリンから選択され、ここで、抗生物質は経口投与のために製剤される。
【０１８１】
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、過酸化ベンゾイルまたはサリチル酸などの局所的な抗ざ瘡薬物を含む。組成物に含まれる過酸化ベンゾイルまたはサリチル酸の濃度は、単一の製剤（健康関連微生物またはプロバイオティクスを含まない）に一般に含まれる濃度よりも低いことがある。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約０．１％〜約３％の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約０．１％〜約２．５％の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約０．５％〜約２．５％の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約１％〜約２．５％の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約２．５％未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約２％未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約１．５％未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約１％未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約０．５％未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約０．１％未満である。
【０１８２】
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、レチノイドなどの局所的な抗ざ瘡薬物を含む。局所的なレチノイド化合物の非限定的な例は、レチン酸、トレチノイン、アダパレン、およびタザロテンを含んでいる。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物はレスベラトロールまたはトランス−レスベラトロールを含む。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約１０％未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約５％未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約２．５％未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約１％未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約０．５％未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約０．５％〜約１０％の間である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約１％〜約１０％の間である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約０．５％〜約２．５％の間である。
【０１８３】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は少なくとも１つのω−３脂肪酸を含む。ω−３脂肪酸の非限定的な例としては、ヘキサデカトリエン酸（ＨＴＡ）（α）−リノレン酸（ＡＬＡ）、ステアリドン酸（ＳＤＡ）、エイコサトリエン酸（ＥＴＥ）、エイコサテトラエン酸（ＥＴＡ）、エイコサペンタエン酸（ＥＰＡ）、ヘンエイコサペンタエン酸（ＨＰＡ）、ドコサペンタエン酸（ＤＰＡ）、イワシ酸、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）、テトラコサペンタエン酸、テトラコサヘキサエン酸（ニシン酸）、およびフィトスフィゴシンが挙げられる。
【０１８４】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、グリコール酸、アゼライン酸（ａｚａｅｌｉｃ  ａｃｉｄ）、およびトリクロロ酢酸から選択された酸を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、ティーツリー油または緑茶抽出物などの天然抽出物を含む。
【０１８５】
いくつかの実施形態において、追加の有効成分は、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの菌株を標的とする薬物を含む。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの菌株を標的とする薬物は小分子薬である。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの菌株を標的とする薬物は、Ｐ．アクネスによって発現された酵素の小分子阻害剤である。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスによって発現された酵素は、Ｐ．アクネス成長あるいはＰ．アクネスエネルギー代謝に必要である。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの菌株を標的とする薬物は生物学的製剤である。いくつかの実施形態において、生物学的製剤はペプチドを含む。いくつかの実施形態において、生物学的製剤は抗体または抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態において、生物学的製剤は抗体−小分子抱合体。いくつかの実施形態において、生物学的製剤は抗体−薬物抱合体。いくつかの実施形態では、生物学的製剤は核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸はアンチセンス核酸分子を含み、アンチセンス核酸分子は、Ｐ．アクネスによって発現された酵素を阻害する。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスによって発現された酵素は、Ｐ．アクネス成長あるいはＰ．アクネスエネルギー代謝に必要である。いくつかの例では、アンチセンス核酸分子はｓｉＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンス核酸分子はｓｈＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンス核酸分子は、ＣＲＩＳＰＲに関連するプロテアーゼと共に使用されるガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、追加の有効成分（例えば、ガイドＲＮＡとＣＲＩＳＰＲに関連するプロテアーゼ）は、ざ瘡に関連するＰ．アクネスの菌株に特異的なゲノム要素を標的とする。
【０１８６】
皮膚障害を処置する方法
いくつかの態様において、本明細書に開示された皮膚障害を処置または予防する方法が本明細書で提供される。いくつかの態様では、該方法は本明細書に開示された細菌の菌株を投与する工程を含み、細菌の菌株は医薬組成物に組み入れられる。いくつかの態様では、方法は本明細書に開示された組成物を投与する工程を含む。いくつかの態様では、本開示は、ざ瘡を処置または予防する方法を提供する。ざ瘡を処置または予防する方法は一般に、被験体の皮膚に有効な量の本明細書で開示される細菌の菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも１つの組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも１つの種を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも１つの菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも１つのリボタイプを投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも１つのプロバイオティクスを投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも１つの健康関連微生物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された選択された細菌の少なくとも１つの選択された種を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された選択された細菌の少なくとも１つの選択された菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された、少なくとも１つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも１つの遺伝子組換えの細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも１つの遺伝子操作された細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に記載された細菌の少なくとも１つの健康関連菌株を投与する工程を含む。
【０１８７】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の単離した菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の単離した菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の精製された菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の、精製されかつ単離した菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の菌株を選択し、単離し、または精製する工程を含む。選択する工程、単離する工程、または精製する工程は、選択された、単離された、または精製された菌株を得るために、細菌の単一のクローンを単離し、それを繁殖させる工程を含むことがある。いくつかの実施形態において、上記方法は、第１の選択され、単離され、または精製された菌株と、第２の、選択され、単離され、または精製された菌株とを得るために、細菌の複数の菌株を選択し、単離し、または精製する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、医薬組成物中で第１の選択され、単離され、または精製された菌株と、第２の、選択され、単離され、または精製された菌株とを組み合わせる工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、第１の選択され、単離され、または精製された菌株、あるいは第２の、選択され、単離され、または精製された菌株は、本明細書に開示された菌株から選択される。
【０１８８】
いくつかの実施形態において、第１の選択され、単離され、または精製された菌株と、第２の、選択され、単離され、または精製された菌株は、本明細書に開示された菌株から選択される。
【０１８９】
いくつかの実施形態において、方法は、プロピオンバクテリウム、スタフィロコッカス、およびラクトバチルスの細菌の健康関連菌株から選択された細菌の少なくとも１つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、プロピオンバクテリウム細菌の少なくとも１つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に記載されるＰ．アクネスの健康関連菌株、Ｐ．グラヌローサムの健康関連菌株、Ｐ．アビダムの健康関連菌株、Ｐ．アクネス亜種デフェンデンスの健康関連菌株、および、健康関連スタフィロコッカスから選択される少なくとも１つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、Ｐ．アクネスの健康関連菌株は、Ｐ．アクネス亜種Ｐ．アクネスではない。いくつかの実施形態において、上記方法は、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、少なくとも１つの健康関連真菌を投与する工程を含む。健康関連真菌はマラッセジアであってもよい。
【０１９０】
いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された微生物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された少なくとも２つの微生物の混合物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された少なくとも１つの健康関連微生物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、微生物は真菌である。いくつかの実施形態では、微生物は原生生物である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌である。いくつかの実施形態において、細菌は、プロピオンバクテリウム細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．アビダムの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．グラヌローサムの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．アクネスの少なくとも１つの菌株から本質的になる。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．アビダムの少なくとも１つの菌株から本質的になる。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．グラヌローサムの少なくとも１つの菌株から本質的になる。いくつかの実施形態において、細菌は、Ｐ．アクネス亜種デフェンデンスの少なくとも１つの菌株から本質的になる。
【０１９１】
いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された製剤を有する組成物を投与する工程を含む。
【０１９２】
特定の実施形態では、本明細書に開示される方法は、異なるリボタイプの複数の微生物を含む組成物の有効量を適用する工程を含む。特定の実施形態では、菌株は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９およびＲＴ１０から選択されたリボタイプのＰ．アクネス菌株である。特定の実施形態では、菌株は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９およびＲＴ１０から選択されたリボタイプのＰ．アクネス菌株である。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの２つ以上のＰ．アクネス菌株の混合物である。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ１およびＲＴ２を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプ、ＲＴ１およびＲＴ３を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ６ではなくＲＴ１を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ２およびＲＴ３を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ６ではなくＲＴ２を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ２およびＲＴ３を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ６ではなくＲＴ３を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ１およびＲＴ２を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ１およびＲＴ３を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ６ではなくＲＴ１を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ２およびＲＴ３を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ６ではなくＲＴ２を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ２およびＲＴ３を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはＲＴ６ではなくＲＴ３を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はリボタイプＲＴ６を含まない。
【０１９３】
特定の実施形態では、本明細書に記載の方法は、異なるリボタイプの複数の微生物を含む組成物の有効量を提供する工程を含む。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの３つ以上のＰ．アクネス菌株の混合物である。特定の実施形態では、混合物はＲＴ１、ＲＴ２およびＲＴ３を含む。特定の実施形態では、混合物はＲＴ６ではなくＲＴ２、ＲＴ３を含む。特定の実施形態では、混合物はＲＴ１、ＲＴ２およびＲＴ６を含む。特定の実施形態では、混合物はＲＴ６ではなくＲＴ１、ＲＴ３を含む。特定の実施形態では、混合物はＲＴ１、ＲＴ２およびＲＴ３を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はＲＴ６ではなくＲＴ２、ＲＴ３を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はＲＴ６ではなくＲＴ１、ＲＴ２を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はＲＴ６ではなくＲＴ１、ＲＴ３を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はＲＴ６を含まない。
【０１９４】
本明細書に記載される方法は、様々な菌株のプロバイオティクスを適用する工程を含む。本明細書に記載される組成物は、細菌の様々な菌株を含む。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも５０％の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも６０％の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも７０％の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも８０％の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも９０％の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも９５％の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に少なくとも５０％の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に少なくとも６０％の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に少なくとも７０％の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に少なくとも８０％の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に少なくとも９０％の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に少なくとも９５％の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に少なくとも９９％の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５２、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３、またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５４に１００％の相同性がある。
【０１９５】
特定の実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は：必要としている被験体に、Ｐ．アクネスの菌株によって生成された代謝産物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、代謝産物は、細菌の培養上清、細胞可溶化物、タンパク質、核酸、脂質および他の細菌分子を含む群から選択される。特定の実施形態では、代謝産物は、細菌の培養上清、細胞可溶化物、タンパク質、核酸、脂質および他の細菌分子を含む群から選択される。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物および方法はそれぞれＰ．アクネス菌を含まない細菌の使用、またはそれらの適用を含んでもよい。いくつかの実施形態では、細菌はスタフィロコッカス属の菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物および方法は、マラセジア属などの真菌の使用を含んでもよい。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、健康または正常な皮膚に関係する細菌の有効量を投与する工程を含む。健康または正常な皮膚はざ瘡を実質的に含まない皮膚であり得る。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、被験体の角化細胞と共インキュベートされた時に、低レベルの炎症促進性メディエーターを生成する、または全く生成しない細菌の有効量を投与する工程を含む。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質をコードするＲＮＡの発現を誘導しない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の発現を誘導しない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の活性を誘発しない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質をコードするＲＮＡの発現を誘導しない細菌の有効量を投与する工程を含む。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質をコードするＲＮＡの発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の活性を増強しない細菌の有効量を投与する工程を含む。
【０２００】
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌が被験体に適用された時にざ瘡をもたらす、または増加させるであろうレベルまで、炎症促進性タンパク質をコードするＲＮＡの発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌が被験体に適用された時にざ瘡をもたらす、または増加させるであろうレベルまで、炎症促進性タンパク質の発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌が被験体に適用された時にざ瘡をもたらす、または増加させるであろうレベルまで、炎症促進性タンパク質の活性を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。炎症促進性タンパク質の非限定的な例には、ＩＬ−８、ＩＬ−１、ＩＬ−６、ＴＮＦ−α、ＩＮＦ−αおよびヒトベータディフェンシンが含まれる。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、脂漏性皮膚炎を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、必要とする被験体に、健康関連プロピオンバクテリウムの菌株の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、脂漏性皮膚炎を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、必要としている被験体に、健康関連Ｐ．アクネスの菌株の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、被験体が美容的な毛髪処理（例えば染毛剤）を受けた後に実行される。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約５５％よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約６０％よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約６５％よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約７０％よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約５５％から約７５％のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約６５％から約８０％のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約７０％から約８０％のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約７０％から約８５％のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚において望ましいスタフィロコッカスとプロピオンバクテリウムの比率を提供する量である。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約２：１、約２．５：１、約３：１、約３．５：１、および約４：１から選択され得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、少なくとも約２：１、少なくとも約２．５：１、少なくとも約３：１、少なくとも約３．５：１、および少なくとも約４：１から選択され得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約１．５：１から約４：１であり得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約２：１から約４：１であり得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約２．５：１から約４：１であり得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約３：１から約４：１であり得る。いくつかの実施形態では、有効量は、望ましい量のマラセチア菌を提供する量である。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される処置方法はさらに、被験体の皮膚の炎症を引き起こすまたは促進する、被験体の皮膚上の細菌の株を判定する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、角化細胞のサンプルにおける炎症媒介反応を評価する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、被験体から得られた角化細胞のサンプルにおける炎症媒介反応を評価する工程を含む。被験体は健康な被験体でもよい。被験体は、ざ瘡に苦しむ被験体などの、処置される被験体でよい。いくつかの実施形態では、方法は、多数の被験体からの角化細胞をプールまたは培養する工程を含む。
【０２０３】
本明細書に開示される方法は被験体に薬物を投与する工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、薬物は経口で投与される。いくつかの実施形態では、薬物は局所的に投与される。いくつかの実施形態では、薬物は、ざ瘡に冒された被験体の皮膚に局所的に投与される。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、特異的にＰ．アクネスを標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９およびＲＴ１０、およびそれらの組み合わせから選択されたリボタイプのＰ．アクネスを標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９およびＲＴ１０、およびそれらの組み合わせから選択されたリボタイプのＰ．アクネスを標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、被験体の角化細胞と共インキュベートされた時に、被験体の角化細胞からの炎症性メディエーターの生成を誘導または促進する細菌または真菌の株を標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌または真菌によって生成された因子が被験体の角化細胞と共インキュベートされた時に、被験体の角化細胞からの炎症性メディエーターの生成を誘導または促進する細菌または真菌の株を標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。そのような薬物が本明細書に開示され、例えば小分子、アンチセンス分子、ｓｉＲＮＡ、バイオロジクス、抗体、およびそれらの組み合わせである。
【０２０４】
本明細書に開示される方法は、被験体の皮膚上でレーザー治療を実行する工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、レーザー治療は、被験体に、本明細書に開示される薬物または細菌の投与に先立って実行される。いくつかの実施形態では、レーザー治療は、被験体に、本明細書に開示される薬物または細菌の投与の後に実行される。いくつかの実施形態では、レーザー治療は、被験体に、本明細書に開示される薬物または細菌の投与と同時に実行される。レーザー治療は、ポルフィリンを標的とする青または赤の光レーザーでもよい。
【０２０５】
本明細書に開示される組成物は、毎日、週１回、または月１回投与されてもよい。特定の実施形態では、組成物は１日２回、投与される。特定の実施形態では、組成物は少なくとも週２回投与される。特定の実施形態では、組成物は少なくとも月２回投与される。
【０２０６】
＜併用療法＞
本明細書に開示される組成物、健康関連微生物またはプロバイオティクスのいずれかを、他の標準的処置と組み合わせて使用可能なことが予見される。例えば、いくつかの実施形態では、方法は追加の治療薬の投与の前、後、または同時に、本明細書に開示される組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は局所的に抗生物質を投与する工程を含んでもよい。局所用抗生物質の非限定的な例として、クリンダマイシン、ドキシサイクリン、エリスロマイシンおよびテトラサイクリンがあげられる。いくつかの実施形態では、方法は経口で抗生物質を投与する工程を含んでもよい。経口の抗生物質の非限定的な例としてエリスロマイシン、または、ドキシサイクリンまたはミノサイクリンなどのテトラサイクリンがあげられる。他の標準的な処置として、抗炎症剤、酸化防止剤、酸性物質、光線療法、またはそれらの組み合わせを施す工程を含んでもよい。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、方法はレーザーで被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は青色光線で被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は赤色光線で被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、少なくとも１つの炎症促進性のＰ．アクネスの菌株を対象とする標的化レーザー装置および／または有効成分で被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ポルフィリンを標的とするレーザーで処置する工程を含む。
【０２０８】
＜マイクロバイオーム移植片によるざ瘡および他の障害の処置＞
特定の実施形態では、健康なドナーまたは疾患に冒されていないドナーからのマイクロバイオーム移植片を必要としている被験体に投与する工程を含む、皮膚病を処置する方法が本明細書に記載される。特定の実施形態では、皮膚病に冒されていない健康なドナーからのマイクロバイオーム移植片を投与する工程を含む、皮膚病を処置する方法が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、皮膚病はざ瘡である。特定の実施形態では、皮膚病は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、しゅさ、自己免疫疾患、硬化性苔癬、扁平苔癬、そう痒、結節性痒疹、ビダール苔癬およびそれらの組み合わせから選択される。
【０２０９】
特定の実施形態では、本開示は、健康な個体の便サンプルからマイクロバイオームを得て精製する方法を提供し、ここで健康な個体は、ざ瘡または他のいかなる皮膚病も患っていない第１の被験体であり、および皮膚病を患う第２の被験体にそれを移植する。皮膚病は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、しゅさ、狼瘡、水疱性類天疱瘡、天疱瘡、扁平苔癬、そう痒、および乾燥症などの自己免疫疾患から選択され得る。別の実施形態では、本開示は、炎症性疾患を患っていない健康な個体の口のサンプルからマイクロバイオームを得て精製する方法、および皮膚病を患う被験体にそれを移植する方法が提供される。炎症性疾患の非限定的な例には、自己免疫疾患（例えば白斑、悪性貧血、円形脱毛症、天疱瘡、類天疱瘡、狼瘡、強皮症、糖尿病）、アテローム動脈硬化症および関節炎が含まれる。
【０２１０】
＜ざ瘡および他の疾患の診断＞
健康関連Ｐ．アクネスは、遺伝子差異に基づいて、疾患関連Ｐ．アクネスと識別することができる。例えば、疾患関連Ｐ．アクネスは、多数の病原性遺伝子をコードするゲノム成分を抱えていることが示されてきた。他方で、多くの健康関連Ｐ．アクネスは、健康関連Ｐ．アクネスが病原性遺伝子を得るの防ぐクリスパー（ＣＲＩＳＰＲ：ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  ｓｈｏｒｔ  ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  ｒｅｐｅａｔ）を運ぶ。遺伝子差異に加えて、ポルフィリン、プロテアーゼ、リパーゼおよび溶血素などのＰ．アクネス由来分子の増大が、疾患に関係する場合もある。したがって、Ｐ．アクネス由来分子（例えばポルフィリン、プロテアーゼ、リパーゼおよび溶血素）の生合成に関する遺伝子コード化は、健康関連Ｐ．アクネスと疾患関連Ｐ．アクネスとの間の判別に有用であり得る。
【０２１１】
１つの態様では、健康関連Ｐ．アクネス菌を、遺伝標識に基づいて疾患関連Ｐ．アクネス菌から識別する方法が本明細書に提供される。典型的な方法は、限定されないがｄｅｏＲ、Ｃａｓ５、ｐＩＭＰＬＥ、Ｉ型リパーゼ、ＩＩ型リパーゼ、およびアラニンデヒドロゲナーゼを含む１つ以上の遺伝標識の発現を測定する工程を含む。いくつかの例では、健康関連Ｐ．アクネスと疾患関連Ｐ．アクネスを識別する方法は、リボタイプに基づいた識別を含む。さらに本明細書には、ｄｅｏＲ、Ｃａｓ５、ｐＩＭＰＬＥ、Ｉ型リパーゼ、ＩＩ型リパーゼ、アラニンデヒドロゲナーゼ、またはそれらの組み合わせなどの、少なくとも１つの遺伝標識の定量ＰＣＲまたは配列決定を含む、健康関連Ｐ．アクネスと疾患関連Ｐ．アクネスを識別する方法が提供される。場合によっては、方法はＰ．アクネス菌の株および／またはリボタイプを識別する工程を含む。Ｐ．アクネスＲＴ６の非制限的な例として、ＤＮＡ結合反応レギュレータおよび／またはホスホグリセレートキナーゼがあげられ、これはＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４およびＲＴ５には存在しない。別の例として、ＡＢＣ輸送体遺伝子はＲＴ６に存在せず、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４およびＲＴ５に存在する。場合によっては、そのような方法は、本明細書に記載のプロバイオティクスに使用するための細菌の選択に使用される。例えば、ＲＴ６はプロバイオティクスに存在しない。場合によっては、そのような方法は、プロバイオティクスを持った個体の処置をモニタリングするために使用される。さらに場合によっては、該方法は、健康関連および疾患関連の同じリボタイプの細菌を判別するために使用される。例えば、Ｐ．アクネスＲＴ１は、遺伝標識の有無に基づいて判別可能な、健康関連および疾患関連Ｐ．アクネスの両方を有する。
【０２１２】
個体における疾患の処置を診断および／またはモニタリングする方法であって、個体からのサンプルにおいて、健康関連および／または疾患関連Ｐ．アクネスを定量化する工程を含む方法がさらに提供される。本明細書で提供されるような定量化のための特定の方法は、ｄｅｏＲ、ＣＲＩＳＰＲ関係タンパク質、ｐＩＭＰＬＥ、Ｉ型リパーゼ、ＩＩ型リパーゼ、アラニンデヒドロゲナーゼ、ＤＮＡ結合反応レギュレータ、ホスホグリセレートキナーゼ、およびＡＢＣ輸送体の少なくとも１つを測定する工程を含む。２３ＳリボソームＲＮＡを、サンプル中の細菌の合計量を判定するために測定してもよい。いくつかの実施形態では、該処置は、本明細書に提供される健康関連微生物またはプロバイオティクスを投与する工程を含む。非制限的な例として、プロバイオティクスは、ＲＴ１およびＲＴ２のＰ．アクネスを含む。場合によっては、プロバイオティクスは、ＲＴ６のＰ．アクネスを含まない。
【０２１３】
個体からのサンプルにおいて、ｄｅｏＲ、ＣＲＩＳＰＲ関係タンパク質、ｐＩＭＰＬＥ、Ｉ型リパーゼ、ＩＩ型リパーゼ、アラニンデヒドロゲナーゼ、ＤＮＡ結合反応レギュレータ、ホスホグリセレートキナーゼ、およびＡＢＣ輸送体の少なくとも１つを検出および／または定量化することによって、個体におけるマイクロバイオームプロフィールを判定する方法が、さらに本明細書で提供される。サンプル中の細菌の相対的な定量を判定するために、２３ＳリボソームＲＮＡ配列を、個体からのサンプル中の全細菌を推定するために使用してもよい。マイクロバイオームプロフィールの判定は、例えばプロバイオティクスまたはＰ．アクネスなどの健康関連細菌を用いた処置などの処置前および／または処置中に有用であり得る。マイクロバイオームプロフィールの判定に続く処置レジメンのモニタリング方法がさらに提供される。
【０２１４】
さらに、個体におけるざ瘡または他の皮膚病を診断する、または特性評価する方法が提供される。そのような方法は、処置および／または処置モニタリングへの適合性を評価するために、本明細書で提供されるプロバイオティクスおよび細菌組成物と組み合わされてもよい。特定の実施形態では、疾患はざ瘡である。特定の実施形態では、皮膚病は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、しゅさ、自己免疫疾患、硬化性苔癬、扁平苔癬、そう痒、結節性痒疹、ビダール苔癬、またはそれらの組み合わせである。特定の実施形態では、個体がプロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐ．アクネス）、スタフィロコッカス属またはマラセジア属の真菌の病原性株を有すると判定されると、個体がざ瘡と診断される。特定の実施形態では、Ｐ．アクネスの病原性株は、ざ瘡に関係するリボタイプ（ＲＴ）を含む。特定の実施形態では、Ｐ．アクネスの菌株に関係するざ瘡は、ＲＴ１、ＲＴ４、ＲＴ５、ＲＴ７、ＲＴ８、ＲＴ９およびＲＴ１０から選択されたリボタイプのものである。特定の実施形態では、Ｐ．アクネスの菌株に関係するざ瘡は、ＲＴ４、ＲＴ５、およびＲＴ８から選択されたリボタイプのものである。特定の実施形態では、方法は、被験体のサンプルでスタフィロコッカス属菌の存在が検出された場合に、ざ瘡を有すると個体を診断する工程を含む。特定の実施形態では、方法は、被験体のサンプルでマラセジア属真菌の存在が検出された場合に、ざ瘡を有すると個体を診断する工程を含む。
【０２１５】
特定の実施形態では、本開示は：被験体から皮膚サンプルを得る工程；サンプルから随意に細菌のＤＮＡを単離する工程；ＤＮＡを増幅するために１つ以上のプライマーのセットを使用する工程；および増幅されたＤＮＡを、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−１０、２９−３２および８２−４３４の少なくとも１つと少なくとも９５％の相同性を有する配列の存在に関して分析する工程を含み、ここで被験体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−１０、２９−３２および８２−４３４の少なくとも１つと少なくとも９５％の相同性を有する配列が存在する場合、ざ瘡を有していると診断される、方法を提供する。例えば、増幅されたＤＮＡを、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−１０、２９−３２、および８２−４３４の少なくとも１つと少なくとも９９％の相同性を有する配列の存在に関して分析してもよく、および被験体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−１０、２９−３２および８２−４３４の少なくとも１つと少なくとも９９％の相同性を有する配列が存在する場合、ざ瘡を有していると診断される。別の例として、増幅されたＤＮＡを、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−１０、２９−３２および８２−４３４の少なくとも１つの存在に関して分析してもよく、および被験体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−１０、２９−３２および８２−４３４の少なくとも１つが存在する場合、ざ瘡を有していると診断される。
【０２１６】
特定の実施形態では、方法は被験体のサンプル中の微生物を検出または特性評価する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法はエクスビボサンプル中の微生物を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法はインビボサンプル中の微生物を検出する工程を含む。典型的な方法は：被験体から便サンプルを得る工程；サンプルからの細菌のＤＮＡを単離する工程；１６ＳリボソームＤＮＡ、１８ＳリボソームＤＮＡ、および／または２３ＳリボソームＤＮＡから選択されたＤＮＡを増幅する工程、増幅されたＤＮＡ産物を配列決定する工程；および個体の腸バクテリアを分類する工程、を含む。特定の実施形態では、被験体がざ瘡を有するかどうかを判定する方法は：被験体から便サンプルを得る工程；サンプルから細菌のＤＮＡを単離する工程、およびサンプル中のＤＮＡを全ゲノムショットガン配列決定する工程、を含む。別の典型的な方法は、顔、背中、または他の冒された領域などの、被験体からの皮膚サンプルのスワブを得る工程を含む。
【０２１７】
＜診断用の生体サンプル＞
特定の実施形態では、個体の診断には、生体サンプルを得る工程が含まれる。特定の実施形態において、生体サンプルは皮膚サンプルまたは生検である。特定の実施形態において、生体サンプルは便または糞便サンプルである。特定の実施形態において、生体サンプルは口または口腔粘膜のサンプルである。特定の実施形態では、生体サンプルは、綿棒または他の適合するスワブを使用して得られたスワブである。特定の実施形態では、サンプルは細菌を含む。特定の実施形態では、サンプルは真菌を含む。特定の実施形態では、サンプルはウイルスを含む。特定の実施形態では、ウイルスはバクテリオファージである。特定の実施形態では、サンプルは採取後に、ただし更なる工程が行われる前に保存される。特定の実施形態では、保存は８℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は４℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は０℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は−２０℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は−７０℃未満で行われる。特定の実施形態では、この保存は、グリセロール、グリコール、ジメチルスルホキシド、成長培地、普通ブロスまたはそれらの任意の組み合わせにおいて行われる。特定の実施形態では、サンプルは、少なくとも約１、２、３、４、５、６、または７日間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは、少なくとも約１、２、３、または４週間、保存される。いくかの実施形態では、サンプルは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは最大約１、２、３、または４週間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは最大約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間、保存される。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１日間、室温（〜２５℃）において安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約３日間安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約６日間安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約９日間安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約１２日間安定している。
【０２１９】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚病を有する皮膚に適用された時、治療活性を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、組成物が製造または包装された時に、最初の治療活性を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１日間、室温（〜２５℃）においてその最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約３日間その最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約６日間その最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約９日間その最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１２日間その最初の治療活性を維持する。
【０２２０】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１日間、室温（〜２５℃）においてその最初の治療活性の少なくとも約９０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約３日間、その最初の治療活性の少なくとも約９０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約６日間、その最初の治療活性の少なくとも約９０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約９日間、その最初の治療活性の少なくとも約９０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１２日間、その最初の治療活性の少なくとも約９０％を維持する。
【０２２１】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１日間、室温（〜２５℃）においてその最初の治療活性の少なくとも約８０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約３日間、その最初の治療活性の少なくとも約８０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約６日間、その最初の治療活性の少なくとも約８０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約９日間、その最初の治療活性の少なくとも約８０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１２日間、その最初の治療活性の少なくとも約８０％を維持する。
【０２２２】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１日間、室温（〜２５℃）においてその最初の治療活性の少なくとも約７０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約３日間、その最初の治療活性の少なくとも約７０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約６日間、その最初の治療活性の少なくとも約７０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約９日間、その最初の治療活性の少なくとも約７０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１２日間、その最初の治療活性の少なくとも約７０％を維持する。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１日間、室温（〜２５℃）においてその最初の治療活性の少なくとも約５０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約３日間、その最初の治療活性の少なくとも約５０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約６日間、その最初の治療活性の少なくとも約５０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約９日間、その最初の治療活性の少なくとも約５０％を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約１２日間、その最初の治療活性の少なくとも約５０％を維持する。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、サンプルは、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、３８℃、３９℃または４０℃などの、細菌増殖に適した生理温度において培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは約３５℃〜約３９℃において培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは約３６℃〜約３８℃において培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは液体の成長培地で培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは寒天プレートなどの固形成長培地上で培養される。いくつかの実施形態では、プレートはエクスビボにある。
【０２２５】
特定の実施形態では、本明細書に開示されるサンプルは、分析の前にさらに処理される。いくつかの実施形態では、抽出または処理手順はサンプル上で実行されない。いくつかの実施形態では、核酸はサンプルから抽出される。いくつかの実施形態では、核酸はＤＮＡである。いくつかの実施形態では、ＤＮＡは細菌ＤＮＡである。いくつかの実施形態では、細菌ＤＮＡは１６ＳリボソームＤＮＡである。いくつかの実施形態では、細菌ＤＮＡは１８ＳリボソームＤＮＡである。いくつかの実施形態では、細菌ＤＮＡは２３ＳリボソームＤＮＡである。いくつかの実施形態では、核酸はリボソームＤＮＡである。いくつかの実施形態では、核酸はＲＮＡである。いくつかの実施形態では、核酸はリボソームＲＮＡである。特定の実施形態では、核酸は、続く分析に干渉しない任意の技術を使用して抽出される。特定の実施形態では、この技術は、エタノール、メタノールまたはイソプロピルアルコールを使用したアルコール沈殿を使用する。特定の実施形態では、この技術は、フェノール、クロロホルムまたはそれらの任意の組み合わせを使用する。特定の実施形態では、この技術は塩化セシウムを使用する。特定の実施形態では、この技術は、ＤＮＡを沈殿させるのに通常使用されるナトリウム、カリウムまたは酢酸アンモニウム、または他の任意の塩を使用する。特定の実施形態では、この技術は、一般に市販されているものなどの、カラムまたは樹脂ベースの核酸精製スキームを利用し、その非限定的な一例は、Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから入手可能なＧｅｎＥｌｕｔｅ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  ＤＮＡであろう。特定の実施形態では、抽出後、核酸は続く分析の前に水、トリス緩衝液またはトリスＥＤＴＡ緩衝液に保存される。特定の実施形態では、この保存は８℃未満である。特定の実施形態では、この保存は４℃未満である。特定の実施形態では、この保存は０℃未満である。特定の実施形態では、この保存は−２０℃未満である。特定の実施形態では、この保存は−７０℃未満である。特定の実施形態では、核酸は、１、２、３、４、５、６、または７日間、保存される。いくつかの実施形態では、核酸は、１、２、３、または４週間、保存される。いくかの実施形態では、核酸は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月間、保存される。
【０２２６】
サンプルを得て関連する核酸を単離した後に、核酸を配列決定する。いくつかの実施形態では、配列決定された核酸は細菌ＤＮＡである。特定の実施形態では、核酸配列は細菌１６ＳリボソームＤＮＡである。特定の実施形態では、核酸配列は細菌１８ＳリボソームＤＮＡである。特定の実施形態では、核酸配列は細菌２３ＳリボソームＤＮＡである。特定の実施形態では、核酸配列はバクテリオファージＤＮＡである。特定の実施形態では、配列はＰＣＲを使用して判定される。特定の実施形態では、ＰＣＲで使用される少なくとも１つのプライマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１８，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１９，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２０，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２１，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２２，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２３，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２４，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６，ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２７またはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２８に対応する配列を有する。特定の実施形態において、使用されるＰＣＲは定量である。特定の実施形態では、ＰＣＲ反応は、Ｔａｑｍａｎ（商標）または同様の定量ＰＣＲ技術を利用する。特定の実施形態では、配列決定はサンガー法を使用して行なわれる。特定の実施形態では、配列決定は、連鎖停止ジデオキシヌクレオチドの使用を含む。特定の実施形態では、配列決定はゲル電気泳動を含む。特定の実施形態では、配列決定は次世代配列決定法を使用して行なわれる。特定の実施形態では、該方法はピロシーケンスである。特定の実施形態では、該方法はイオン半導体シーケンシングである。特定の実施形態では、該方法は合成による配列決定である。特定の実施形態では、該方法は核酸連結による配列決定である。特定の実施形態では、該方法は一分子リアルタイムシーケンシングである。
【０２２７】
特定の実施形態では、核酸が配列決定された後、本明細書に記載の診断が行われる。特定の実施形態では、診断は、コンピューター、統計分析、統計分析ソフトウェア、配列分析ソフトウェア、またはそれらの任意の組み合わせの使用を必要とする。特定の実施形態では、異なる生物が特定される。特定の実施形態では、マラセジア属真菌が特定される。特定の実施形態では、細菌の種々の菌株が、マイクロバイオームの編集（コンパイル）中に特定される。特定の実施形態では、スタフィロコッカス属の細菌が特定される。特定の実施形態では、Ｐ．アクネスの種々の菌株はマイクロバイオームの編集（コンパイル）中に特定される。特定の実施形態では、Ｐ．アクネスの種々の菌株は、それらの１６Ｓリボソーム配列またはリボタイプに基づいて特定される。特定の実施形態では、Ｐ．アクネはＲＴ１−ＲＴ１０に属するものとして特定される。特定の実施形態で、Ｐ．アクネスは、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ６、またはそれらの任意の組み合わせに属するものとして特定される。さらなる実施形態では、インターネットを通じて診断レポートを送ってもよく、またはインターネットで診断レポートにアクセスしてもよい。郵便で診断レポートを医療従事者、医師または患者に送ってもよい。
【０２２８】
特定の実施形態では、本開示は、ざ瘡を有する個体における抗生耐性菌の存在を判定する方法を提供し、該方法は、個体から皮膚サンプルを得る工程、サンプルから細菌ＤＮＡを単離する工程；サンプルからの１６Ｓ、１８Ｓまたは２３ＳリボソームＲＮＡの関連する領域を増幅する工程、増幅されたＤＮＡ生成物を配列決定する工程、および、テトラサイクリンおよびエリスロマイシン／クリンダマイシンの抗生物質クラスに対するそれぞれの抗生物質耐性を判定する工程、を含む。特定の実施形態では、個体の皮膚に存在する最近、または個体の皮膚から単離された細菌は、抗生物質に耐性があることが試験または判定される。特定の実施形態では、抗生物質はエリスロマイシンである。特定の実施形態では、抗生物質はクリンダマイシンである。特定の実施形態では、抗生物質耐性は、１６Ｓ、１８Ｓまたは２３Ｓのリボソームのサブタイプの配列から判定される。
【０２２９】
＜プロピオンバクテリウムの製剤を貯蔵する方法＞
いくつかの態様では、所望のプロピオンバクテリウム製剤を製造する方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、該方法は、プロピオンバクテリウムの少なくとも１つの菌株の所望の製剤を製造する工程を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの菌株はＰ．アクネスの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの菌株はＰ．アクネスの亜種アクネスの菌株ではない。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの菌株はＰ．アビダムの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの菌株はＰ．グラヌローサムの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの菌株はＰ．アクネス亜種デフェンデンスの菌株である。好ましい実施形態では、プロピオンバクテリウムの菌株は、本明細書に記載されるように、健康関連菌株である。
【０２３０】
いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを生成するために、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムのサンプルを加える工程、および約４℃以下の温度でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含む。プロピオンバクテリウムの望ましい製剤を製造する工程には、プロピオンバクテリウムサンプル、その組成物またはそのストックの冷却、凍結、および保存の少なくとも１つが含まれ得る。
【０２３１】
非限定的な例として、Ｐ．アクネス細菌の所望の製剤を製造するための方法が本明細書に提供され、該方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを生成するために、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムのサンプルを加える工程、および約４℃以下の温度でプロピオンバクテリウムグリセロールストックを保存する工程を含み、ここで、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウム細菌が周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウム菌の約５０％以上が生存可能である。
【０２３２】
さらに非限定的なとして、貯蔵されたプロピオンバクテリウムの所望の製剤を製造するための方法が本明細書に提供され、前記プロピオンバクテリウムの約９０％は、６０日間の保存後にも生存可能であり、前記方法は：プロピオンバクテリウム・ストックを生成するために約５０％のグリセロール溶液にプロピオンバクテリウムのサンプルを加える工程、−２０℃でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを凍結する工程を含み、それによって前記所望の製剤が形成され、ここで、プロピオンバクテリウムのサンプルの約９０％より多くが、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックの解凍後にも生存可能である。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約１％が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約５％が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約１０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約１５％が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約２０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約３０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約４０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約５０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約６０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約７０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、Ｐ．アクネス細菌の少なくとも約８０％が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの約９０％より多くが生存可能である。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約５％〜約７５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約５％〜約６５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約５％〜約５５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約５％〜約４５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約５％〜約３５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約５％〜約２５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約２５％〜約７５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約３０％〜約７０％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約３５％〜約６５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約４０％〜約６０％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約４５％〜約５０％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約２５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約３０％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約３５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約４０％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約４５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約５０％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約５５％のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約６０％のグリセロールである。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、方法は、選択された温度で、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウムまたはその組成物を保存する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、選択された温度で、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含む。いくつかの実施形態では、温度は約３０℃〜約−８０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約２５℃〜約−８０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約２５℃〜約−２０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約３０℃〜約４℃である。いくつかの実施形態では、温度は約１０℃〜約−８０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約１０℃〜約−４０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約１０℃〜約−３０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約１０℃〜約−２０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約４℃〜約−８０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約４℃〜約−２５℃である。いくつかの実施形態では、温度は約４℃〜約−２０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約２２℃〜約−２８℃である。いくつかの実施形態では、温度は約２５℃である。いくつかの実施形態では、温度は約４℃である。いくつかの実施形態では、温度は約−２０℃である。いくつかの実施形態では、温度は約−８０℃である。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウムの組成物を解凍する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウム菌の組成物を暖める工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、室温でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを解凍する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、浴槽でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを急速解凍する工程を含む。浴温は約２５℃〜約４０℃でもよい。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウム菌の組成物を急速解凍する工程を含む。非限定的な例として、被験体は本明細書に開示される組成物を使用し、該組成物は直接皮膚へと凍結される。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウム菌の組成物をゆっくり解凍する工程を含む。非限定的な例として、室温にさらされる前に、肌に適用される前に、または他の組成物（例えば皮膚軟化薬、ローション剤、ゲル）と併用される前に、冷蔵温度に達するように冷蔵庫で凍結される本明細書に開示される組成物を、被験体が運ぶ場合もある。用語「凍結」は、組成物が固体状または半固体状にある温度における組成物を含む。凍結は、０℃未満および−１５℃未満の温度にある組成物を含み得る。用語「冷蔵温度」は、約０℃〜約１０℃、例えば４℃の温度を指す。必ずしも冷蔵庫で冷蔵温度を達成する必要はない。非限定的な例として、アイスバケットも同様にサンプルを冷却することができた。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含み、少なくとも約６０％〜約９０％のプロピオンバクテリウムサンプルは、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、少なくとも約７０％〜約９０％のＰ．アクネスサンプルは、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、少なくとも約８０％〜約９０％が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスの少なくとも約７０％が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスサンプルの少なくとも約９０％が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。周囲温度は許容可能な室温と考えられる。いくつかの実施形態では、周囲温度は約２５℃〜約３５℃である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約２０℃〜約３０℃である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約２２℃〜約２８℃である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約２５℃である。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含み、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は少なくとも約３０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は少なくとも約３０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は少なくとも約２０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は少なくとも約３０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は少なくとも約３０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は少なくとも約３０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は少なくとも約６０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は少なくとも約６０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネスサンプルの少なくとも約７０％は少なくとも約６０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は少なくとも約６０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は少なくとも約６０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は少なくとも約６０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は少なくとも約９０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は少なくとも約９０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は少なくとも約９０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は少なくとも約９０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は少なくとも約９０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は少なくとも約９０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は少なくとも約１２０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は少なくとも約１２０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は少なくとも約１２０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は少なくとも約１２０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は少なくとも約１２０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は少なくとも約１２０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は少なくとも約１８０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は少なくとも約１８０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は少なくとも約１８０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は少なくとも約１８０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は少なくとも約１８０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は少なくとも約１８０日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は少なくとも約１年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は少なくとも約１年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は少なくとも約１年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は少なくとも約１年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は少なくとも約１年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は少なくとも約１年間の保存後も生存可能である。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は溶液中で約１０％のグリセロールｖ／ｖ〜約９０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のグリセロールｖ／ｖ〜約８０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２５％のグリセロールｖ／ｖ〜約７５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約３０％のグリセロールｖ／ｖ〜約７０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約３５％のグリセロールｖ／ｖ〜約６５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約４０％のグリセロールｖ／ｖ〜約６０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約４５％のグリセロールｖ／ｖ〜約５５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のグリセロールｖ／ｖ〜約３５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のグリセロールｖ／ｖ〜約３０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約２０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約２５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約３０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約３５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約４０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約４５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約５０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約５０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約５５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約６０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約６５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約７５％のグリセロールｖ／ｖである。
【０２４０】
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウム菌を保存する工程を含み、溶液はグリセロールと水を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、グリセロールと水を主成分とする。いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液はグリセロールと食塩水を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、グリセロールと食塩水を主成分とする。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールと緩衝生理食塩水を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、グリセロールと緩衝生理食塩水を主成分とする。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールと緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、緩衝液は炭酸水素ナトリウム、クエン酸またはトリエタノールアミンを含む。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールおよびリン酸緩衝食塩水の溶液を含む。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールおよびリン酸緩衝食塩水の溶液を主成分とする。
【０２４１】
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は約３．５〜約７ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４〜約６．５ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４〜約６ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４〜約５．５ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４．５〜約５．５ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４．８〜約５ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４．２ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４．４ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４．６ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約４．８ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約５ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約５．２ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約５．４ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約５．６ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約５．８ｐＨを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約６ｐＨを有する。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は塩またはそのイオンを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、カリウム、カルシウム、マグネシウム、ナトリウムおよびホウ素から選択されたイオンを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約０．００１ｍＭ〜約１ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約０．００１ｍＭ〜約０．１ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約０．０１ｍＭ〜約０．１ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約０．０５ｍＭ〜約０．１ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約０．０１ｍＭ〜約１ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約０．１ｍＭ〜約１ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約１００ｍＭ〜約２５０ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約１２５ｍＭ〜約２２５ｍＭである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約１５０ｍＭ〜約２００ｍＭである。いくつかの実施形態では、カリウムの濃度は約１００ｍＭ〜約２５０ｍＭである。いくつかの実施形態では、カリウムの濃度は約１２５ｍＭ〜約２２５ｍＭである。いくつかの実施形態では、カリウムの濃度は約１５０ｍＭ〜約２００ｍＭである。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．００１ｍＭ〜約１ｍＭの濃度でカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．０１ｍＭ〜約０．５ｍＭの濃度でカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．０５ｍＭ〜約０．１ｍＭの濃度でカルシウムを含む。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液はプレバイオティクス安定剤を含む。いくつかの実施形態では、プレバイオティクス安定剤は多糖類またはオリゴ糖から選択される。いくつかの実施形態では、プレバイオティクス安定剤はイヌリンである。いくつかの実施形態では、安定剤は、約０．０１％ｖ／ｖ〜約１％ｖ／ｖの濃度で溶液に存在する。いくつかの実施形態では、安定剤は、約０．０１％ｖ／ｖ〜約０．５％ｖ／ｖの濃度で溶液に存在する。いくつかの実施形態では、安定剤は、約０．０５％ｖ／ｖ〜約０．２％ｖ／ｖの濃度で溶液に存在する。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．０１％ｖ／ｖ〜約１％ｖ／ｖの濃度でイヌリンを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．０１％ｖ／ｖ〜約０．５％ｖ／ｖの濃度でイヌリンを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．０５％ｖ／ｖ〜約０．２％ｖ／ｖの濃度でイヌリンを含む。明確性のために、本明細書で使用される用語％ｖ／ｖは、溶液の構成要素の容積によって表される、溶液の全容積の割合を表す。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は抗ざ瘡薬を含み、抗ざ瘡薬はざ瘡を予防または低減する、または消失させる薬剤である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬は、レチノイド、ビタミン、酸化防止剤、過酸化物、酸性物質、油脂、アルコール、抽出物およびその類似体から選択される。明確性のために、本明細書で使用される用語「類似体」は、他の化合物と類似する構造を持つが、全構造の約１０％未満が異なっている化合物を指す。いくつかの実施形態では、レチノイドはトレチノイン、タザロテン、アダパレンおよびレチノールから選択される。いくつかの実施形態では、ビタミンまたはその類似体は、ビタミンＡ、ビタミンＣ、ビタミンＤ、ビタミンＥおよびカルシポトリエンから選択される。いくつかの実施形態では、酸化防止剤はビタミンＣおよびビタミンＥから選択され、過酸化物は過酸化ベンゾイルである。いくつかの実施形態では、酸性物質は、サリチル酸、アゼライク酸、トリクロロ酢酸、およびグリコール酸から選択される。いくつかの実施形態では、アルコールはセチルアルコール、ステアリルアルコールおよびセテアリルアルコールから選択される。いくつかの実施形態では、アルコールはレチノール（ビタミンＡ１としても知られる）およびレスベラトロールから選択される。いくつかの実施形態では、油脂は、ラベンダー油、クラリーセージ油、ジュニパーベリー油、ベルガモット油、ホホバ油、ローズマリー油、やし油、アボカド油、ハッカ油およびティーツリー油から選択される。いくつかの実施形態では、油脂はティーツリー油である。いくつかの実施形態では、抽出物は、アロエ、ガーリック、アマランス、インドセンダン、コリアンダー、レモン、バジル、グレープフルーツ、キュウリ、ブドウ、ビート、緑茶またはそれらの組み合わせの抽出物から選択される。いくつかの実施形態では、抽出物は緑茶抽出物である。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は生物学的安定性プラットフォームに組み入れられる。いくつかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、温度制御、例えばコールドチェーン保存の必要を排除する。いくつかの実施形態では、生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロールストック溶液の泡乾燥または発泡を含む。いくつかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、グライコナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、スクロース、スタキオース、ヒドロキシエチル澱粉、およびグリシンとマンニトールの組み合わせの少なくとも１つを含む。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、方法は、少なくとも１つの選択されたリボタイプのＰ．アクネスサンプルを保存または貯蔵する工程を含む。Ｐ．アクネス菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネス菌のサンプルは、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネス菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１およびＲＴ２のＰ．アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネス菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネス菌のサンプルは、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、Ｐ．アクネス菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１およびＲＴ２のＰ．アクネス菌を主成分とする。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、方法は、Ｐ．アクネス菌のサンプルの初期培養を培養する工程を含み得る。初期培養はプロピオンバクテリウムのより小さなアリコートでもよく、および該方法は、所望量を得るためにプロピオンバクテリウムを増殖させる工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、方法は、培地で初期培養を培養する工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、細胞培養培地は補強クロストリジウム培地を含む。いくつかの実施形態では、細胞培養培地は、補強クロストリジウム培地を主成分とする。いくつかの実施形態では、細胞培養培地はルリア培地を含む。いくつかの実施形態では、細胞培養培地はトリプトンブロスを含む。いくつかの実施形態では、方法は、培地において初期培養またはその産物を分割、希釈、または継代培養する工程の少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物を洗浄する少なくとも１つの工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物を遠心分離機にかける、またはペレット化する少なくとも１つの工程を含む。いくつかの実施形態では、培養物は約３５００ｒｃｆから約４５００ｒｃｆで遠心分離機にかけられる。いくつかの実施形態では、培養物は約３８００ｒｃｆから約４２００ｒｃｆで遠心分離機にかけられる。いくつかの実施形態では、培養物は約４０００ｒｃｆで遠心分離機にかけられる。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物を攪拌する少なくとも１つの工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物をピペット操作する少なくとも１つの工程を含む。本明細書に記載される工程の１つはいずれも、少なくとも１回行われ得る。本明細書に記載される工程の１つはいずれも、少なくとも２回行われ得る。本明細書に記載される工程の１つはいずれも、少なくとも３回行われ得る。いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウムのサンプルを含む培養物またはその初期培養に小袋を加える工程を含む。いくつかの実施形態では、小袋は、プロピオンバクテリウムが酸素にさらされるのを減らす。
【０２４８】
＜貯蔵されたプロピオンバクテリウムの組成物＞
いくつかの態様では、貯蔵された細菌のサンプルを含む組成物が本明細書に提供され、該細菌はプロピオンバクテリウムを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ１およびＲＴ２のＰ．アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物の細菌は、リボタイプＲＴ１のＰ．アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、組成物の細菌は、リボタイプＲＴ２のＰ．アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプＲＴ１およびＲＴ２のＰ．アクネス菌を含む。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも１つの冷凍保存剤に保存された細菌のサンプルを含む。いくつかの実施形態では、冷凍保存剤はポリオールである。ポリオールの非限定的な例として、ＤＭＳＯ、エチレングリコール、グリセロール、プロピレン（ＰＥＧ）グリコール、スクロース、トレハロースおよび２−メチル−２，４−ペンタンジオール（ＭＰＤ）があげられる。様々な実施形態では、ＰＥＧは約１０ｇ／ｍｏｌ〜約１０，０００ｇ／ｍｏｌの分子量を有し得る。様々な実施形態では、ＰＥＧは約１０ｇ／ｍｏｌ〜約５，０００ｇ／ｍｏｌの分子量を有し得る。様々な実施形態では、ＰＥＧは約１０ｇ／ｍｏｌ〜約１，０００ｇ／ｍｏｌの分子量を有し得る。様々な実施形態では、ＰＥＧは約１０ｇ／ｍｏｌ〜約５００ｇ／ｍｏｌの分子量を有し得る。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物はポリエチレングリコールを含む。いくつかの実施形態では、ポリエチレングリコールを含む組成物はグリセロールの量を減らすことを可能にし、一方で組成物中の細菌の生存率を維持し、それはポリエチレングリコールを含まず、およびより多量のグリセロールを含む組成物中の細菌の生存率に類似する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物中のグリセロールの量を減らすまたは最小化することで、被験体にとってより好ましい構成を有する製剤がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物中のグリセロールの量を減らすまたは最小化することで、より多量のグリセロールを有する組成物と比較してよりニキビを生じさせない製剤がもたらされる。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、第１のポリオールおよび第２のポリオールの混合物に貯蔵された細菌のサンプルを含む。いくつかの実施形態では、第１のポリオールまたは第２のポリオールはグリセロールである。いくつかの実施形態では、第１のポリオールまたは第２のポリオールはポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、グリセロールとポリエチレングリコールの混合物に貯蔵された細菌のサンプルを含む。いくつかの実施形態では、混合物は、約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約５０％のグリセロールｖ／ｖ、および約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約５０％のｗ／ｖポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、混合物は、約５％のグリセロールｖ／ｖ〜約５０％のグリセロールｖ／ｖ、および約５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約５０％のｗ／ｖポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、混合物は、約５％のグリセロールｖ／ｖ〜約３０％のグリセロールｖ／ｖ、および約５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約４０％のｗ／ｖポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、混合物は、約１０％のグリセロールｖ／ｖ〜約３５％のグリセロールｖ／ｖ、および約１０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３５％のｗ／ｖポリエチレングリコールである。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は溶液を含み、溶液は溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約７５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約５０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約４０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約３５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約３０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約２５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約２０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のグリセロールｖ／ｖ〜約１５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のグリセロールｖ／ｖ〜約５０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のグリセロールｖ／ｖ〜約４０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のグリセロールｖ／ｖ〜約３５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のグリセロールｖ／ｖ〜約３０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のグリセロールｖ／ｖ〜約２５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のグリセロールｖ／ｖ〜約４０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のグリセロールｖ／ｖ〜約３５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のグリセロールｖ／ｖ〜約３０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のグリセロールｖ／ｖ〜約２５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のグリセロールｖ／ｖ〜約４０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のグリセロールｖ／ｖ〜約３５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のグリセロールｖ／ｖ〜約３０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のグリセロールｖ／ｖ〜約２５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のグリセロールｖ／ｖ〜約５０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のグリセロールｖ／ｖ〜約４０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のグリセロールｖ／ｖ〜約３０％のグリセロールｖ／ｖである。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は溶液を含み、溶液は溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約７５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約５０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約４０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約２５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約２０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約１５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約５０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約４０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約２５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約４０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約２５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約４０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約１５％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約２５％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約５０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約４０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約２０％のポリエチレングリコールｗ／ｖ〜約３０％のポリエチレングリコールｗ／ｖである。
【０２５４】
いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約１０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約１５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約２０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約２５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約３０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約３５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約４０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約４５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約５０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約５５％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約６０％のグリセロールｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約７０％のグリセロールｖ／ｖである。
【０２５５】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、グリセロールおよび水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび水から本質的に成る。幾つかの実施形態では、方法は、溶液中にプロピオニバクテリウムを保存する工程を含み、ここで溶液は、グリセロールおよび生理食塩水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび生理食塩水から本質的に成る。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび緩衝生理食塩水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび緩衝生理食塩水から本質的に成る。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび緩衝液を含む。幾つかの実施形態では、緩衝液は、炭酸水素ナトリウム、クエン酸またはトリエタノールアミンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよびリン酸緩衝生理食塩水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよびリン酸緩衝生理食塩水から本質的に成る。
【０２５６】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、約３．５から約７の間のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４から約６．５の間のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４から約６の間のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４から約５．５の間のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４．５から約５．５の間のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４．８から約５の間のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４．２のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４．４のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４．６のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約４．８のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約５のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約５．２のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約５．４のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約５．６のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約５．８のｐＨを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約６のｐＨを有している。
【０２５７】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、塩またはそのイオンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、カリウム、カルシウム、マグネシウム、ナトリウム、およびホウ素から選択されるイオンを含む。幾つかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。幾つかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約０．００１ｍＭから約１ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約０．００１ｍＭから約０．１ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約０．０１ｍＭから約０．１ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約０．０５ｍＭから約０．１ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約０．０１ｍＭから約１ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約０．１ｍＭから約１ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約１００ｍＭから約２５０ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約１２５ｍＭから約２２５ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約１５０ｍＭから約２００ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、カリウムの濃度は、約１００ｍＭから約２５０ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、カリウムの濃度は、約１２５ｍＭから約２２５ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、カリウムの濃度は、約１５０ｍＭから約２００ｍＭの間である。幾つかの実施形態では、溶液は、約０．００１ｍＭから約１ｍＭの濃度のカルシウムを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約０．０１ｍＭから約０．５ｍＭの濃度のカルシウムを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約０．０５ｍＭから約０．１ｍＭの濃度のカルシウムを含む。
【０２５８】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、少なくとも１つの安定化剤を含む。幾つかの実施形態では、安定化剤は、イヌリン、スクロース、トレハロース、コーンスターチ、マルトデキストリン、グアーガム、ローカストビーンガム、およびキサンタンガムから選択される。幾つかの実施形態では、トレハロースまたはスクロースは、コールドチェーンフリーの安定性（ｃｏｌｄ−ｃｈａｉｎ ｆｒｅｅ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ）のために細菌を安定させる。幾つかの実施形態では、安定化剤はイヌリンである。幾つかの実施形態では、安定化剤は、約０．０１％ ｖ／ｖから約１％ ｖ／ｖの濃度の溶液中に存在する。幾つかの実施形態では、安定化剤は、約０．０１％ ｖ／ｖから約０．５％ ｖ／ｖの濃度の溶液中に存在する。幾つかの実施形態では、安定化剤は、約０．０５％ ｖ／ｖから約０．２％ ｖ／ｖの濃度の溶液中に存在する。幾つかの実施形態では、溶液は、約０．０１％ ｖ／ｖから約１％ ｖ／ｖの濃度のイヌリンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約０．０１％ ｖ／ｖから約０．５％ ｖ／ｖの濃度のイヌリンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約０．０５％ ｖ／ｖから約０．２％ ｖ／ｖの濃度のイヌリンを含む。
【０２５９】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は抗ざ瘡剤を含み、そこで抗ざ瘡剤は、ざ瘡を予防するか、低減するか、または消失させる薬剤である。幾つかの実施形態では、抗ざ瘡剤は、レチノイド、ビタミン、抗酸化剤、過酸化物、酸、油、アルコール、抽出物、およびそれらのアナログから選択される。幾つかの実施形態では、レチノイドは、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、およびレチノールから選択される。幾つかの実施形態では、ビタミンまたはそのアナログは、ビタミンＤ、ビタミンＣ、ビタミンＥ、およびカルシポトリエンから選択される。幾つかの実施形態では、抗酸化剤は、ビタミンＣおよびビタミンＥから選択される。過酸化物は過酸化ベンゾイルである。幾つかの実施形態では、酸は、サリチル酸、アゼライン酸、トリクロロ酢酸、およびグリコール酸から選択される。幾つかの実施形態では、アルコールは、レチノールおよびレスベラトロールから選択される。幾つかの実施形態では、油はティーツリーオイルである。幾つかの実施形態では、抽出物は緑茶抽出物である。
【０２６０】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、生物学的安定性プラットフォームに組み込まれる。幾つかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、温度調節、例えば、コールドチェーン保存の必要性を排除する。幾つかの実施形態では、生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロール保存液の泡乾燥または発泡を含む。幾つかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、グリコナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、スクロース、スタキオース、ヒドロキシエチルデンプン、およびグリシンとマンニトールの組み合わせの少なくとも１つを含む。
【０２６１】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、約−８０℃から約１０℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−８０℃から約４℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−４０℃から約１０℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−２５℃から約１０℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−２０℃から約４℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−９０℃から約−７０℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−３０℃から約−１０℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−８０℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−２０℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約４℃である。
【０２６２】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックを含み、ここで、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％から少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％から少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％から少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、Ｐ．アクネスのサンプルの少なくとも約６０％は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。周囲温度は、許容可能な室温と考えられる。幾つかの実施形態では、周囲温度は、約２５℃から約３５℃の間である。幾つかの実施形態では、周囲温度は、約２０℃から約３０℃の間である。幾つかの実施形態では、周囲温度は、約２２℃から約２８℃の間である。幾つかの実施形態では、周囲温度は約２５℃である。
【０２６３】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックを含み、ここでプロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は、少なくとも約３０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は、少なくとも約３０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、Ｐ．アクネスのサンプルの少なくとも約７０％は、少なくとも約２０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は、少なくとも約３０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は、少なくとも約３０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は、少なくとも約３０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は、少なくとも約６０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は、少なくとも約６０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は、少なくとも約６０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は、少なくとも約６０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は、少なくとも約６０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は、少なくとも約６０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は、少なくとも約９０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は、少なくとも約９０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は、少なくとも約９０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は、少なくとも約９０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は、少なくとも約９０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は、少なくとも約９０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は、少なくとも約１２０日間の保存後に生存可能である。
幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は、少なくとも約１２０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は、少なくとも約１２０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は、少なくとも約１２０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は、少なくとも約１２０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は、少なくとも約１２０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は、少なくとも約１８０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は、少なくとも約１８０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は、少なくとも約１８０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は、少なくとも約１８０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は、少なくとも約１８０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は、少なくとも約１８０日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約５０％は、約１年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約６０％は、約１年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約７０％は、約１年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約８０％は、約１年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９０％は、約１年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約９５％は、約１年の保存後に生存可能である。
【０２６４】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約３０日から少なくとも約９０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約３０日から少なくとも約１２０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約３０日から少なくとも約１８０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、少なくとも約３０日から約９０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、少なくとも約３０日から約１２０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、少なくとも約３０日から約１８０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約３０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約６０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約９０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約１２０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約１８０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約２４０日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約１年の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、約１年までの保存期間を有している。
【０２６５】
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、解凍され、続いて、必要としている被験体に適用されることが可能である。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、温められ、続いて、必要としている被験体に適用されることが可能である。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、冷凍され、続いて、必要としている被験体に適用されることが可能である。幾つかの実施形態では、被験体への続く適用は、被験体の皮膚への組成物の直接的な適用を含む。幾つかの実施形態では、被験体への続く適用は、皮膚への適用前の適用組成物への組成物の適用を含む。適用組成物は、液体、ゲル、ローション剤、皮膚軟化薬、ペースト、マスク、および被験体の皮膚に適用することができる事実上あらゆる溶液から選択され得る。幾つかの実施形態では、適用組成物は抗ざ瘡剤を含まない。幾つかの実施形態では、適用組成物は抗ざ瘡剤を含む。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、解凍または温めることなく、凍結ストックから被験体の皮膚へと直接適用することができる。
【０２６６】
【表２】
2019514885.tif 000004
【０２６７】
本開示は、本明細書に列挙される付番された実施形態のレビューによってさらに理解される。本明細書で熟考された様々な実施形態は、限定される必要はないが、下記の１つ以上、およびそれらの組み合わせを含み得る：
【０２６８】
１．薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は、（ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、薬学的なプロバイオティクス組成物。
２．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼを含むように操作または選択された、実施形態１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３．Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態１または２に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
４．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む、実施形態１乃至３のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
５．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、実施形態１乃至４のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
６．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態１乃至５のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
７．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態１乃至６のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
８．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態１乃至７のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９．薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態１乃至８のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１０．Ｐ・アクネスのＨＰ３Ａ１１菌株、Ｐ・アクネスのＨＰ３Ｂ４菌株、Ｐ・アクネスのＨＰ４Ｇ１菌株、またはＰ・アクネスのＨＰ５Ｇ４菌株の少なくとも１つを含む、実施形態１乃至９のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１１．プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムの少なくと１つの追加の菌株を含む、実施形態１乃至１０のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１２．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態１乃至１１のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１３．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態１乃至１２のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１４．皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は：（ａ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、方法。
１５．皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さを含む、実施形態１４に記載の方法。
１６．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子に操作または選択された、実施形態１４または１５に記載の方法。
１７．ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座またはその部分は、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態１４乃至１６のいずれかに記載の方法。
１８．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む、実施形態１４乃至１７のいずれかに記載の方法。
１９．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、実施形態１４乃至１８のいずれかに記載の方法。
２０．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態１４乃至１９のいずれかに記載の方法。
２１．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態１４乃至２０のいずれかに記載の方法。
２２．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態１４乃至２１のいずれかに記載の方法。
２３．薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態１４乃至２２のいずれかに記載の方法。
２４．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株の少なくとも１つを含む、実施形態１４乃至２３のいずれかに記載の方法。
２５．薬学的なプロバイオティクス組成物は、プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムの追加の菌株を含む、実施形態１４乃至２４のいずれかに記載の方法。
２６．薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は、（ａ）第１の治療上有効な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドに操作または選択された、第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むように操作または選択された、第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；および、（ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、薬学的なプロバイオティクス組成物。
２７．第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、（ｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子、（ｉｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、または（ｉｉｉ）ＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、を含むように操作または選択された、実施形態２６に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
２８．第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、（ｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子、（ｉｉ）デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、または（ｉｉｉ）ＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、を含むように操作または選択された、実施形態２６または２７に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
２９．第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、ＩＩ型リパーゼ、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、をコードする少なくとも１つの遺伝子を含むように操作または選択された、実施形態２６乃至２８のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３０．第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、ＩＩ型リパーゼ、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミド、をコードする少なくとも１つの遺伝子を含むように操作または選択された、実施形態２６乃至２９のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３１．第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、異なる菌株である、実施形態２６乃至３０のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３２．第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む、実施形態２６乃至３１のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３３．第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はＲＴ１リボタイプを含み、および、第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はＲＴ２リボタイプを含む、実施形態２６乃至３２のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３４．第１および第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、実施形態２６乃至３３のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３５．薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約−３０℃の温度での健康関連微プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態２６乃至３４のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３６．皮膚障害または疾病の処置において使用するための、実施形態２６乃至３５のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３７．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む、実施形態２６乃至３６のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３８．第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態２６乃至３７のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
３９．第１または第２の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態２６乃至３８のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
４０．プロピオニバクテリウム・アクネス細菌の所望の調製物を産生する方法であって、（ａ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを生産するために、グリセロール溶液にプロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを加える工程、  および、（ｂ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを約４℃以下の温度で保存する工程を含み、ここで、グリセロール溶液中のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌が周囲温度にされた時、Ｐ．アクネス細菌の約５０％以上が生存可能である、方法。
４１．グリセロール溶液は、約２５％と約７５％の間のグリセロールである、実施形態４０に記載の方法。
４２．グリセロール溶液は約５０％グリセロールである、実施形態４０または４１に記載の方法。
４３．温度は約４度と約−８０度の間である、実施形態４０乃至４２のいずれかに記載の方法。
４４．温度は約−２０度である、実施形態４０乃至４３のいずれかに記載の方法。
４５．サンプルの少なくとも約７０％から少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である、実施形態４０乃至４４のいずれかに記載の方法。
４６．サンプルの少なくとも約９０％は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である、実施形態４０乃至４５のいずれかに記載の方法。
４７．周囲温度は約２０度と約３０度の間である、実施形態４５または４６に記載の方法。
４８．周囲温度は約２５度である、実施形態４５または４６に記載の方法。
４９．プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックは、約９０日間の保存前に、周囲温度にされる、実施形態４５乃至４８のいずれかに記載の方法。
５０．サンプルの５０％超が、約２０日間の保存後に、生存可能である、実施形態４０乃至４９のいずれかに記載の方法。
５１．サンプルの約５０％超が、約９０日間の保存後に、生存可能である、実施形態４０乃至４９のいずれかに記載の方法。
５２．サンプルの約５０％超が、少なくとも最大約９０日間の保存後に、生存可能である、実施形態４０乃至４９のいずれかに記載の方法。
５３．プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株の少なくとも１つを含む、実施形態４０乃至５２のいずれかに記載の方法。
５４．保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプル約９０％までが、６０日間の保存後に生存可能であり、該方法は、（ａ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルをリン酸緩衝食塩水中の約１％から約５０％の間のグリセロールの溶液に加える工程；（ｂ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックをある−２０度から３０度の間の温度で保存し、それにより、上記所望の調製物を形成する工程であって、上記プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの約９０％までが、６０日間の保存後に生存可能である、工程を含む方法。
５５．保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプル約９０％までが、９０日間の保存後に生存可能であり、該方法は、（ａ）プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを約５０％グリセロール溶液に加える工程；および、（ｂ）−２０度でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを凍結し、それにより、上記所望の調製物を形成する工程であって、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの約９０％までが、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックの解凍後に生存可能である、工程、を含む方法。
５６．室温でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを解凍する工程を含む、実施形態５５に記載の方法。
５７．溶液は、約１−５０％グリセロールｖ／ｖである、実施形態５５または５６に記載の方法。
５８．溶液は、約５−５０％グリセロールｖ／ｖである、実施形態５５乃至５７のいずれかに記載の方法。
５９．溶液は緩衝液である、実施形態５５乃至５８のいずれかに記載の方法。
６０．緩衝液は、リン酸緩衝食塩水および酢酸緩衝液から選択される、実施形態５９に記載の方法。
６１．溶液はカリウムを含む、実施形態５５乃至６０のいずれかに記載の方法。
６２．溶液は、約１５０ｍＭから約２００ｍＭの濃度でカリウムを含む、実施形態６１に記載の方法。
６３．溶液はカルシウムを含む、実施形態５５乃至６２のいずれかに記載の方法。
６４．溶液は、約０．０５ｍＭから約０．１ｍＭの濃度でカルシウムを含む、実施形態６３に記載の方法。
６５．溶液はプレバイオティクス安定化剤を含む、実施形態５５乃至６４のいずれかに記載の方法。
６６．プレバイオティクス安定化剤はイヌリンである、実施形態６５に記載の方法。
６７．イヌリンは、約０．０５％ｖ／ｖから約０．２％ｖ／ｖの濃度で溶液中に存在する、実施形態６６に記載の方法。
６８．溶液は抗ざ瘡剤を含む、実施形態５５乃至６７のいずれかに記載の方法。
６９．抗ざ瘡剤は、レチノイド、ビタミン、酸化防止剤、過酸化物、酸、油、アルコール、抽出物、そのアナログ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態６８に記載の方法。
７０．レチノイドは、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、レチノール、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態６９に記載の方法。
７１．ビタミンまたはそのアナログは、ビタミンＤ、ビタミンＣ、ビタミンＥまたはカルシプトトリエンを含む、実施形態６９に記載の方法。
７２．酸化防止剤はビタミンＣまたはビタミンＥを含む、実施形態６９に記載の方法。
７３．過酸化物は過酸化ベンゾイルである、実施形態６９に記載の方法。
７４．酸は、サリチル酸、アゼライン酸、トリクロラセティック酸またはグリコール酸を含む、実施形態６９に記載の方法。
７５．アルコールは、レチノールまたはレスベラトールを含む、実施形態６９に記載の方法。
７６．油はティーツリーオイルである、実施形態６９に記載の方法。
７７．抽出物は緑茶抽出物である、実施形態６９に記載の方法。
７８．溶液は、コールドチェーン保存を排除するために、生物学的安定性プラットフォームに組み入れられる、実施形態５４乃至７７のいずれかに記載の方法。
７９．生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロールストック溶液の泡乾燥または発泡を含む、実施形態７８に記載の方法。
８０．溶液は、グリコナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、ショ糖、スタキオース、ヒドロキシエチルスターチ、または、グリシンおよびマンニトールの組み合わせ、の少なくとも１つを含む、実施形態７８に記載の方法。
８１．プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態５４乃至８０のいずれかに記載の方法。
８２．プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態５４乃至８０のいずれかに記載の方法。
８３．プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプＲＴ１およびＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態５４乃至８０のいずれかに記載の方法。
８４．プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、下記の少なくとも１つを特徴とする、実施形態５４乃至８３のいずれかに記載の方法：ｄｅｏＲタンパク質を含むこと；  ＩＩ型リパーゼを含むこと；  １０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；  Ｃａｓ５タンパク質を含まないこと；  ＡＴＰ結合カセットトランスポータータンパク質を含むこと；  ＤＮＡ結合応答調節因子を含まないこと；  および、ホスホグリセリン酸キナーゼを含まないこと。
８５．プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む、実施形態５４乃至８３のいずれかに記載の方法。
８６．医薬組成物であって、（ａ）  治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、  デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；  ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；  または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、  の少なくとも１つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；  および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む医薬組成物。
８７．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼを含むように操作または選択された、実施形態８６に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
８８．Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態８６または８７に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
８９．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態８６乃至８８のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９０．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態８６乃至８９のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９１．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む、実施形態８６乃至９０のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９２．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、実施形態８６乃至９１のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９３．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態８６乃至９２のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９４．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態８６乃至９３のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９５．薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−２０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態８６乃至９４のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９６．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態８６乃至９５のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９７．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む、実施形態８６乃至９６のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９８．細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態８６乃至９７のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
９９．皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は：（ａ）  治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、  デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；  ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；  または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、  の少なくとも１つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物；  および、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む方法。
１００．皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態９９に記載の方法。
１０１．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子に操作または選択された、実施形態９９または１００に記載の方法。
１０２．Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態９９乃至１０１のいずれかに記載の方法。
１０３．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ１またはＲＴ２リボタイプを含む、実施形態９９乃至１０２のいずれかに記載の方法。
１０４．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、実施形態９９乃至１０３のいずれかに記載の方法。
１０５．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態９９乃至１０４のいずれかに記載の方法。
１０６．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態９９乃至１０５のいずれかに記載の方法。
１０７．薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−２０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態９９乃至１０６のいずれかに記載の方法。
１０８．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態９９乃至１０７のいずれかに記載の方法。
１０９．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＨＰ３Ａ１１菌株、ＨＰ３Ｂ４菌株、ＨＰ４Ｇ１菌株、またはＨＰ５Ｇ４菌株を含む、実施形態９９乃至１０８のいずれかに記載の方法。
１１０．薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム  ・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態９９乃至１０９のいずれかに記載の方法。
１１１．薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は：ａ）  第１の治療上有効な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；  ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；  または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも１つを特徴とする、第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物；  および、ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む薬学的なプロバイオティクス組成物。
１１２．第２の健康関連微生物は、Ｐ．アクネス、Ｐ．グラヌローサム、Ｐ．アクネス亜種デフェンデンス、またはＰ．アビダムを含む細菌の菌株である、実施形態１１１に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１１３．第２の健康関連微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含むこと；  ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含むこと；  または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも１つを特徴とする、実施形態１１１または１１２に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１１４．第２の健康関連微生物は、リボタイプＲＴ１またはＲＴ２のＰ．アクネス細菌の菌株である、実施形態１１１乃至１１３のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１１５．第１の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、または、第２の健康関連微生物は、細菌の単離または精製された菌株を含む、実施形態１１１乃至１１４のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
１１６．医薬組成物であって、（ａ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤；  および、（ｂ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ＤＮＡ結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現しない、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
１１７．医薬組成物であって、（ａ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤；  および、（ｂ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
１１８．医薬組成物であって、ａ）  薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤；  および、（ｂ）治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、  ＤＮＡ結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現せず、  および、ＡＴＰ結合カセットトランスポーターを発現する、  健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
１１９．ＤＮＡ結合応答調節因子は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の配列によってコードされる、実施形態８６、１１６、および１１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２０．ＤＮＡ結合応答調節因子は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７の配列に少なくとも５０％相同している配列によってコードされる、実施形態８６、１１６、および１１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２１．ホスホグリセリン酸キナーゼは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９の配列によってコードされる、実施形態８６、１１６、および１１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２２．ホスホグリセリン酸キナーゼは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９の配列に少なくとも５０％相同している配列によってコードされる、実施形態８６、１１６、および１１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２３．ＡＴＰ結合カセットトランスポーターは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６の配列によってコードされる、実施形態１１６または１１７に記載の医薬組成物。
１２４．ＡＴＰ結合カセットトランスポーターは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６の配列に少なくとも５０％相同している配列によってコードされる、実施形態８６、１１７、および１１８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２５．少なくとも２つの細菌の菌株を含む、実施形態８６、および１１６乃至１２４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２６．ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４またはＲＴ５のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態８６、および１１６乃至１２５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２７．ＲＴ１またはＲＴ２のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態８６、および１１６乃至１２６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２８．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ＲＴ６リボタイプを含まない、実施形態８６、および１１６乃至１２７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１２９．医薬組成物は、局所投与のために製剤される、実施形態８６、および１１６乃至１２８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３０．医薬組成物は、ゲル、軟膏、ローション、乳剤、ペースト、クリーム、泡、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散剤およびエアロゾルの形態である、実施形態８６、および１１６乃至１２９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３１．リポソームまたはナノ粒子を含む、実施形態８６、および１１６乃至１３０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３２．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼを含む、実施形態８６、および１１６乃至１３１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３３．Ｃａｓ５タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態８６、および１１６乃至１３２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３４．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約１％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態８６、および１１６乃至１３３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３５．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約０．３％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含む、実施形態８６、および１１６乃至１３３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３６．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの２つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態８６、および１１６乃至１３５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３７．薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−１０℃から約３０℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態８６、および１１６乃至１３６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３８．細菌の追加の菌株を含む、実施形態８６、および１１６乃至１３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３９．
細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態８６、および１１６乃至１３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４０．健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含み；  ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含み；  または、ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠く、  ように選択、形質転換、または操作される、実施形態８６、および１１６乃至１３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４１．皮膚障害または疾病を処置する方法であって、実施形態８６および１１６乃至１４０のいずれか１つに記載の治療上有効な量の医薬組成物を適用する工程を含む、方法。
１４２．皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態１４１に記載の方法。
１４３．医薬組成物であって、該医薬組成物は：  ａ）第１の治療上有効的な量の第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物；  ｂ）第２の治療上有効な量の第２の健康関連微生物；  および、ｃ）薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、  を含む医薬組成物。
１４４．第２の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの菌株を含む、実施形態１４３に記載の医薬組成物。
１４５．第２の健康関連微生物は、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、実施形態１４３または１４４に記載の医薬組成物。
１４６．第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約１マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、実施形態１４３乃至１４５のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４７．第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約２００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する、実施形態１４３乃至１４６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４８．第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約１００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する、実施形態１４３乃至１４６のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１４９．第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約１００ｎＭ未満のポルフィリンを産生する、実施形態１４３乃至１４８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５０．第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約１マイクロモル未満のポルフィリンをインサイチュで産生する、実施形態１４３乃至１４９のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５１．第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第２の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも１つは、約１マイクロモル未満のポルフィリンをインビトロで産生する、実施形態１４３乃至１５０のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５２．少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、プロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む、実施形態１４３乃至１５１のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５３．少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態１４３乃至１５２のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５４．少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプＲＴ１またはＲＴ２のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む、実施形態１４３乃至１５３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１５５．少なくとも第１の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は：  （ａ）ＡＴＰ結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも１つの遺伝子を含み；  （ｂ）デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびＩＩ型リパーゼの少なくとも１つをコードする少なくとも１つの遺伝子、および約１０％未満のｐＩＭＰＬＥプラスミドを含み；  または、（ｃ）ＤＮＡ結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも１つの遺伝子を欠く、実施形態１４３乃至１５４のいずれか１つに記載の医薬組成物。
【実施例】
【０２６９】
以下の実施例は、開示の様々な実施形態を例示する目的で与えられ、いかなる方法でも本開示を制限するようには意図されていない。本明細書に記載される方法とともに、本実施例は、好ましい実施形態の代表例である且つ典型的なものであり、本開示の範囲を限定するものとしては意図されない。請求項の範囲によって定義される本開示の精神内に包含されるその変化および他の使用が、当業者に想定される。
【０２７０】
実施例１：健康関連菌株の同定
特定の微生物を健康関連の微生物になりやすくさせ得る特徴は、健康な及び罹患した個体からのサンプルを使用し、その各々から微生物を培養し、および比較ゲノム解析を実行して判定され得る。本実施例において、健康関連のＰ．アクネス菌株を判定するために、サンプルを、尋常性ざ瘡に罹患した個体から収集した。
【０２７１】
マイクロコムドン（Ｍｉｃｒｏｃｏｍｅｄｏｎｅ）またはスワブのサンプルを、同意を得た成人被験体から収集した。クローンのサンプルを、プレート上の限界希釈によって分離し、その後、２００μＬの液体培養液中で成長させた。微生物のＤＮＡを、９６の個々の培養物から単離した。ＤＮＡを、製造業者の指示に従って、ＱＩＡｇｅｎのＤＮｅａｓｙ Ｂｌｏｏｄ ＆ Ｔｉｓｓｕｅキットを使用して単離した。ペアエンドのＤＮＡ配列決定（２ｘ３００ｂｐ）を、製造業者の指示に従って、試薬キットｖ３を使用してＩｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ上で行い、９６のサンプルの各々に対して２００，０００〜６００，０００の読み取りを生成した。ＩｌｌｕｍｉｎａのＢａｓｅｓｐａｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｈｕｂにおいて、初期解析を実行し、各サンプルからのすべての読み取りを、ＢＷＡ Ａｌｉｇｎｅｒを用いて以下に整列させる：
ａ．  ｄｅｏＲ；
ｂ．  プロピオニバクテリウム・アクネスＡＴＣＣ １１８２８（受入番号ＣＰ００３０８４）；または
ｃ．ｐＩＭＰＬＥおよび他の参照ゲノム。
アラインメントを、Ｂｒｏａｄ ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＩｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｖｉｅｗｅｒを用いて調べ、ＢｉｏｍａｔｔｅｒのＧｅｎｅｉｏｕｓバージョン９．１を使用して確認した。９６のクローンすべてを、ｄｅｏＲ配列、Ｉ型リパーゼまたはＩＩ型リパーゼの配列の有無、およびｐＩＭＰＬＥプラスミドの有無に関して解析した。配列アラインメントを、健康なボランティアからのＰ．アクネスの配列とｄｅｏＲ遺伝子からのＰ．アクネスの配列との間で実行した。解析は、すべての健康なクローンのおよそ半分が、ｄｅｏＲに対して陽性である（ｄｅｏＲ遺伝子座にマッピングする読み取りの０．４％を超える）ことを明らかにした。配列アラインメントをまた、健康なボランティアとリパーゼ遺伝子のＰ．アクネス間で実行し、遺伝子座Ｐ．アクネスは、Ｉ型リパーゼおよびＩＩ型リパーゼに対して陽性であった。ｐＩＭＰＬＥ−ＨＬ０９６ＰＡ１（ＧｅｎＢａｎｋ：ＣＰ００３２９４．１）に対して実行された健康なボランティアからの読み取りのｐＩＭＰＬＥプラスミド配列アラインメントに関して、健康なボランティアから明らかにされたＰ．アクネスは、ｐＩＭＰＬＥプラスミドを含んでいない。健康なボランティアからの読み取りは、Ｐ．アクネスをリボタイプＲＴ１にマッピングする。図２は、より多くのＲＴ１菌株が、ＲＴ２と比較したときにｄｅｏＲ陽性である且つＩＩ型リパーゼ陽性であることを示すことによって、これを確証している。幾つかの結果を表２に要約する。
【０２７２】
【表３】
2019514885.tif 000005
【０２７３】
実施例２：ヒアルロニダーゼ遺伝子を用いる健康関連菌株の同定
ＲＴ１またはＲＴ２陽性であった健康関連のＰ．アクネスのクローンを、ヒアルロニダーゼをコードする遺伝子の存在のためにさらに検査した。予想外なことに、ＩＩ型リパーゼに対して陽性であったほとんどの健康関連菌株は、ヒアルロニダーゼ遺伝子も持っていた。表３を参照。
【０２７４】
【表４】
2019514885.tif 000006
【０２７５】
実施例３：Ｐ．アクネスの生存率アッセイ
Ｐ．アクネスの生存率を、表４に示されるように２か月の保存期間にわたって毎週評価した。少なくとも３つのサンプルを、各時点で試験した。
【０２７６】
【表５】
2019514885.tif 000007
【０２７７】
サンプルを、下記に従って調製した：
１．リボタイプＲＴ１（ＨＰ３Ａ１１）およびＲＴ２（ＨＰ５Ｇ４）のＰ．アクネスを、０．０６６ ＯＤ６００で開始させ、補強クロストリジウム培地（ＲＣＭ）中の対数期において〜１．０ ＯＤ６００に増殖させた。
２．１日後、培養物は高密度濁度を示し、それらをＲＣＭで１：２に分割して、各リボタイプ：４ ＲＴ２ ＬＣおよび４ ＲＴ１ ＬＣの４つの液体培養（ＬＣ）サンプルを生成した。
３．２日後、結果として生じるペレットと培地を分離した。ＬＣの培地を、２つのチューブ（〜３ｍｌ）の間で分割し、チューブを、９ｍｌの新鮮な培地で充填し、ボルテックスした。ペレットを、元の試験管に残し、８ｍｌの新鮮なＲＣＭを用いてピペット操作によって再懸濁した。すべてのＬＣ（８つのペレットＬＣ（４ ＲＴ１および４ ＲＴ２）、および１６の培地由来のＬＣ）を、大量の酸素の充填を考慮して２つの小袋を備えるジャーに入れた。
４．ＬＣを、ボルテックスし、分割し、およびＬＣが非常に混濁し、大きなペレットが形成されると、それに新鮮な培地を与えた。
５．実験の１日前に、培養物を、ボルテックスし、分割し、５分間４，３００ｇで遠心沈殿させ、培地を交換した。
６．保存の開始日に、ＬＣを、無菌の５０ｍｌの円錐管へと分割し（例えば、ＲＴ１またはＲＴ２の５０ｍｌのアリコート）、細胞のペレット化を回避した。円錐管を軽くボルテックスし、ＯＤ６００を測定した。随意に、ＯＤ６００が１．０を超えた場合に、ＬＣは希釈されてもよい。
７．ＬＣを、アリコートに分割し、５分間４，０００ｒｃｆで遠心沈殿させた。培地は廃棄し、ペレットを５ｍｌの２５％ ｖ／ｖのグリセロール／水で洗浄して、細胞を洗浄した。細胞を、もう一度遠心分離にかけ、洗浄液を廃棄した。
８．細胞を、水中の８．７５ｍｌの２５％グリセロール、水中の６ｍｌの５０％グリセロールまたはＰＢＳ中の３．２５ｍｌの２５％グリセロールに加えて、生きている細菌溶液を生成した。
９．２５０マイクロリットルの生きている細菌溶液を、１．５ｍｌのエッペンチューブに加え、４℃、−２０℃または−８０℃で静置させた。
【０２７８】
細胞生存率を下記に従って評価した：
１．各時点で、エッペンチューブを、各処置から選択し、室温にさらした。チューブを６回反転させた。
２．２０マイクロリットルの解凍されたストックを、ＲＣＭを用いて９６ウェルプレートにおいて連続希釈した。
３．解凍されたストックをまた、様々な希釈でＢｒｕｃｅｌｌａプレート上に置いた（ｓｐｏｔｔｅｄ）。
４．プレートをデジタルカメラで画像化し、９５％の信頼区間（Ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ Ｉｎｔｅｒｖａｌ）で細胞をカウントした。
【０２７９】
図３は、３０日、６０日および９０日間の保存後の様々なリボタイプ１およびリボタイプ２のＰ．アクネス調製物の生存率を示している。皮膚への直接的な適用をシミュレートする、サンプルの熱ショックは、これらのサンプルが、ざ瘡処置に使用された場合に報告された生存率を保持することを実証した。
【０２８０】
実施例４．Ｐ．アクネスＲＴ６の同定
Ｐ．アクネスの健康関連菌株（例えば、ざ瘡に関連する菌株）を単離する及び精製するために、サンプル中のＰ．アクネスの望ましくない菌株（例えば、ざ瘡を有する被験体の皮膚上で見つかった菌株）を同定することが有用であり得る。例えば、幾つかの場合では、リボタイプＲＴ６のＰ．アクネスは望ましくない。この目的のために、対象の菌株に特異的な遺伝子が同定され得る。以下の例は、これがどのように実行され得るかを実証している。
【０２８１】
リボタイプＲＴ６のＰ．アクネスを健康な菌株と区別する遺伝子の同一性を確認した。ＤＮＡ結合応答調節因子およびホスホグリセリン酸キナーゼをコードする遺伝子を、リボタイプＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４およびＲＴ５ではなく、リボタイプＲＴ６のＰ．アクネスにおいて同定した。加えて、ＡＢＣトランスポーターｗｏコードする遺伝子は、ＲＴ６には存在しないが、ＲＴ１、ＲＴ２、ＲＴ３、ＲＴ４およびＲＴ５には存在する。これらの遺伝子に対する配列を、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６（ＡＢＣトランスポーター）、７（ＤＮＡ結合応答調節因子）および９（ホスホグリセリン酸キナーゼ）として提供する。
【０２８２】
これらの遺伝子の有無を、これらの３つの遺伝子配列の各々に対する、全ゲノムまたは完成したゲノムのスキャフォールドのすべてのいずれかを用いて、ＢＬＡＳＴ、Ｍｅｇａｂｌａｓｔ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅの登録商標）を使用して、配列アラインメントによって確認し、結果を表５に示す。「Ｙ」は、配列全体に対する完全な一致またはＯＲ＞６０ｂｐの連続的な完全な配列アラインメントである。「Ｎ」は、＜６０ｂｐの完全なアラインメントがあることを意味している。「Ｎ」の最適な一致は２６ｂｐであった。
【０２８３】
【表６】
2019514885.tif 000008
【０２８４】
実施例５．皮膚マイクロバイオームを特徴づけるための汎細菌アッセイ
皮膚マイクロバイオームの強固な汎サンプリングを、以下の例において実証する。これは、防腐剤を使用して又は使用せずに実行することができる。この方法は、ｑＰＣＲ解析と適合性があり、ＤＮＡ精製を必要としない。顔から収集されたほとんどの細菌を定量化するために、ＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲアッセイを使用した。２つの異なる細菌門、すべてのプロピオニバクテリウムおよびスタフィロコッカスで性能を確認した。この方法は、顔に一般に見られるほとんどの細菌（Ｐ．アクネス菌株およびスタフィロコッカス）を認識するのに単一の遺伝子座のみの評価を必要とし、一方で本分野の現在の方法は、類似したカバレッジを達成するために複数のプライマーペアを使用する。被験体の顔の皮膚上の細菌の大多数を、以下の表６に記載する。
【０２８５】
【表７】
2019514885.tif 000009
【０２８６】
ヒトの顔上で一般に見られる細菌からの２３Ｓ配列の一部を、既知の配列と整列させた。図４およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３−４３を参照。（太文字および下線で示された）この遺伝子座での２つの一塩基多型にもかかわらず、プライマー（グレーおよび黒）およびＴａｑＭａｎレポーター（白色）の慎重な配置は、アクチノバクテリアおよびファーミキューテスの両方からの広く多様な細菌の定量化を可能にする。
【０２８７】
すべてのアッセイに対する標準曲線を、Ｐ．アクネスとともに作成した。健康関連のＰ．アクネスのパーセンテージを、収集されたサンプル中の健康関連のＰ．アクネスのパーセンテージを定量化するために使用されたＳ．エピデルミディスまたは病原性のＰ．アクネスを用いて希釈系列を使用して計算した。細菌（ＰＡＮＢＡＣ）の全体的なサンプルにおけるｄｅｏＲ＋またはＣａｓ５＋細菌を測定することによって、これらのパーセンテージを判定した。例えば、図５を参照。
【０２８８】
実施例６．ｐＩＭＰＬＥプラスミドのパーセンテージの判定
ｐＩＭＰＬＥプラスミドのパーセンテージを、生体サンプルから判定した。
【０２８９】
生体サンプルを収集し、２００μＬの液体培養液中で成長させた。ＤＮＡを、製造業者の指示に従って、ＱＩＡｇｅｎのＤＮｅａｓｙ Ｂｌｏｏｄ ＆ Ｔｉｓｓｕｅキットを使用して単離した。ペアエンドのＤＮＡ配列決定（２ｘ３００ｂｐ）を、製造業者の指示に従って、試薬キットｖ３を使用してＩｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ上で行い、各サンプルに対して２００，０００〜６００，０００の読み取りを生成した。ＩｌｌｕｍｉｎａのＢａｓｅｓｐａｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｈｕｂにおいて、初期解析を実行し、各サンプルからのすべての読み取りを、ＢＷＡ Ａｌｉｇｎｅｒを用いてｐＩＭＰＬＥに整列させる。アラインメントを、Ｂｒｏａｄ ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＩｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｖｉｅｗｅｒを用いて調べ、ＢｉｏｍａｔｔｅｒのＧｅｎｅｉｏｕｓバージョン９．１を使用して確認した。
【０２９０】
ｐＩＭＰＬＥのパーセンテージを、ＨＬ０９６ＰＡ１からｐＩＭＰＬＥプラスミドに整列させた合計の配列決定の読み取りのパーセンテージによって判定した。ｐＩＭＰＬＥのパーセンテージを、カバレッジ＊コピー数としても計算した。これらの方法を使用して、異なるリボタイプでのｐＩＭＰＬＥのパーセンテージを、表７に見られるように判定し。
【０２９１】
【表８】
2019514885.tif 000010
【０２９２】
実施例７．Ｐ．アクネスの遺伝子組み換え
健康なＰ．アクネスのクローンを改良するために、ポルフィリン合成経路における遺伝子の発現をノックアウトした。遺伝子ＨｅｍＹ（プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ、ＥＣ：１．３．３．４  １．３．３．１５）のオープンリーディングフレームの真中における終止コドンをＰ．アクネスのゲノムに挿入することによって、これを達成した。簡潔には、ＲＮＡにガイドされたＤＮＡエンドヌクレアーゼＣａｓ９（ＣＲＩＳＰＲ関連のタンパク質９）を、特異的なＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）、およびＨｅｍＹ遺伝子中の望ましい位置で二本鎖切断を開裂するトランス活性化ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）を用いてＨｅｍＹに対して標的とした。特異的配列を、相同性指向修復カセット（Ｈｏｍｏｌｏｇｙ Ｄｉｒｅｃｔｅｄ Ｒｅｐａｉｒ ｃａｓｓｅｔｔｅ）（ＨＤＲ）を用いて開裂の部位に挿入した。
【０２９３】
Ｃａｓ９、ｃｒＲＮＡ、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＨＤＲのドナーテンプレートを、エレクトロポレーションを使用してＰ．アクネスへと導入し、細胞を形質転換した。細胞は、エレクトロポレーションを受ける前にエレクトロコンピテント（ｅｌｅｃｔｒｏｃｏｍｐｅｔｅｎｔ）でなければならない。エレクトロコンピテントなＰ．アクネスを、固定相へと成長させ、スクロース、塩化マグネシウム、および一ナトリウムリン酸塩の緩衝液中で洗浄することによって調製した。
【０２９４】
ｔｒａｃｒＲＮＡおよびｃｒＲＮＡを、ＩＤＴの二本鎖を形成する緩衝液（ｄｕｐｌｅｘ−ｆｏｒｍｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ）を使用して二本鎖にした。その後、ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡの二本鎖を、Ｃａｓ９およびリン酸緩衝生理食塩水の溶液中にインキュベートして、リボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を形成した。ＲＮＰ、ＨＤＲ、およびエレクトロコンピテントなＰ．アクネスを組み合わせて、氷上でインキュベートし（形質転換培養物）、あらかじめ冷却したＢｉｏＲＡＤエレクトロポレーションキュベットへと移した。形質転換培養物を、ＢｉｏＲＡＤ Ｍｉｃｒｏｐｕｌｓｅｒを使用して電気穿孔した。豊富なクロストリジウム培地を、すぐに形質転換培養物に加え、２４時間別の容器に移し、室温でインキュベートした。形質転換培養物を、ｑＰＣＲで評価し（図６を参照）、３７℃で最終的な７２時間の嫌気性インキュベーションのために複数のＢｒｕｃｅｌｌａプレート上に広げた。
【０２９５】
図６は、９２１ｂｐ（９２１）または１２３ｂｐのＨＤＲで形質転換された細胞からのｑＰＣＲ結果を比較している。サンプルをそれぞれ、挿入された配列（Ｉｎｓｅｒｔ）あるいは非形質転換または野生型（ｗｔ）のゲノム配列のいずれかを認識したプライマーで評価した。より長い９２１ｂｐのＨＤＲを使用して、より高いパーセンテージの細胞を形質転換したことに留意されたい。「９２１」サンプルはより多くの細胞を有しており、結果としてＩｎｓｅｒｔおよびｗｔの系統の両方の左方移行をもたらした。
【０２９６】
実施例８．局所投与のためのスワブとしての細菌のパッケージング組成物
本明細書に開示された治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を保存し、ヒトの顔に送達するために、パッケージングシステムを作成した。これらのデバイスは、嫌気的に、薬学的に許容可能な賦形剤においておよそ４ミリリットルのＰ．アクネスを安全に保存し、送達する必要がある。さらに、これらのシステムは、−８０°Ｃもの低い温度での保存に適用可能であった。パッケージングシステムは、（環境による）プロバイオティクスおよび（プロバイオティクスによる）環境の両方の汚染を予防し、あらゆる空気への露出を最小限にし、容易な適用を可能にする。
【０２９７】
前述のパッケージの一例を図８に示す。簡潔には、直径およそ２インチの円形の綿パッドを、積層したポリプロピレン製バッグに入れた。３〜５ミリリットルのＰ．アクネスの溶液を、１ミリリットル当たり〜１０９の微生物で、綿パッドへと無菌で適用した。ほぼすべての空気を逃がし、バッグを、チャンバー真空シーラー（Ｖａｃｍａｓｔｅｒ ＶＰ２１５）において熱で密封した。これらのパッケージを容易に開け、パッドを、プロバイオティクスの適用または回収および生存率の測定のために除去した。１５ミリリットルの円錐管におけるパッドの遠心分離によって、定量的な無菌の回収をほぼ達成した。綿パッド、ポリプロピレン製バッグおよび高真空が、Ｐ．アクネスの生存率を損なわない、またはＰ．アクネスを保持しないことを確認するために、サンプルを、４つの異なる条件から収集し、コロニーを蒔く及びカウントすることによってＣＦＵ／ミリリットルを判定した。図９は、エッペンチューブ（対照）における、あるいは住宅用霜取り不要冷凍庫、研究室用冷凍庫、または密封前に軽い真空のみを有する研究室用冷凍庫における出願人のパッケージングのいずれかにおける−２０°Ｃで１週間保存されたＰ．アクネスのサンプルからの回収を比較している。多数の生存可能なＰ．アクネスを、すべての条件から回収した。
【０２９８】
代替的なタイプのパッドおよびバッグが、そのようなパッケージングに利用され得る。
例えば、ポリエステル製パッドが使用される場合、ヒートシールによって、パッドはバッグの片側に張り付けられて、乱雑になることなく及び手への露出なしで液体治療薬の適用を可能にするように遮蔽して、取り扱うことができる。同様に、ピールオープンパウチ（ｐｅｅｌ−ｏｐｅｎ ｐｏｕｃｈ）が使用される場合、清潔で容易な適用のために、はさみは必要とされないだろう。
【０２９９】
本発明の好ましい実施形態が、本明細書に示され、記載されているが、このような実施形態がほんの一例として提供されることは当業者に明白となる。多くの変更、変化および置換が、本発明から逸脱することなく当業者に想到される。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用され得ることを理解されたい。
【図１】
2019514885.tif 000011
【図２】
2019514885.tif 000012
【図３】
2019514885.tif 000013
【図４】
2019514885.tif 000014
【図５】
2019514885.tif 000015
【図６】
2019514885.tif 000016
【図７】
2019514885.tif 000017
【図８】
2019514885.tif 000018
【図９】
2019514885.tif 000019
【配列表】
2019514885000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成29年5月18日(2017.5.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
本明細書に記述されたプロピオニバクテリウム・アクネス、ＨＰ３Ａ１１、ＨＰ４Ｇ１およびＨＰ５Ｇ４の菌株は、特許手続上の微生物寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の規定に従い、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（１０８０１  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ  Ｍａｎａｓｓａｓ，  ＶＡ  ２０１１０−２２０９  ＵＳＡ）  に２０１７年４月６日に寄託された。菌株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）によって試験され、生存可能であると判定された。ＡＴＣＣは、ＡＴＣＣ寄託受け入れ番号：ＰＴＡ−１２４０１０を菌株ＨＰ３Ａ１１に、ＰＴＡ−１２４０１１を菌株ＨＰ４Ｇ１に、および、ＰＴＡ−１２４０１２をＨＰ５Ｇ４に、割り当てた。
【国際調査報告】
2019514885.tif 000020
2019514885.tif 000021
2019514885.tif 000022
2019514885.tif 000023