(57)【要約】本発明は、個体の健康状態及び／又は腸内微生物相バランスを決定及び／又は監視する方法に関する。前記方法は、次の工程：個体から単離されたサンプル、好ましくは糞便サンプルに存在する細菌集団をタイプ分けする工程であって、前記集団が個体の腸内微生物相を代表する工程と、個体の健康状態に関する情報を提供する微生物相の一連の指数を測定する工程と、により特徴付けられる。指数は、多様性指数、抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数、前記腸内微生物相と少なくとも１つの病理学的病態との間の関連指数及び前記腸内微生物相と全身的老化との間の関連指数である。指数はすべて、健常個体集団のものからなる参照微生物相と比較して計算される。
2019500905.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体の健康状態を決定及び／又は監視する方法であって、
（ｉ）個体から単離された生物学的サンプル、好ましくは糞便サンプル又は腸生検物を得る工程と、
（ｉｉ）前記サンプルから細菌ＤＮＡを単離する工程と、
（ｉｉｉ）前記サンプルの細菌集団をタイプ分けする工程であって、一群の前記細菌集団を前記個体の腸内微生物相にたとえる工程と、
（ｉｖ）タイプ分けされた前記細菌集団を門、綱、目、科、属及び種から選択される少なくとも１つの分類単位に割り当てる工程と、
（ｖ）前記腸内微生物相の多様性指数を測定する工程であって、前記多様性指数が、
ａ）健常個体のサンプル中のタイプ分けされた属及び／又は細菌の科の数と比較して前記サンプル中のタイプ分けされた属及び／又は細菌の科の数として計算され、かつ
ｂ）前記指数の値が８〜２２、好ましくは１０〜１７に含まれるときは正常であると考えられる、工程と、
（ｖｉ）前記腸内微生物相の抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数を測定する工程であって、前記指数が、
ａ）抗炎症及び／又は免疫モジュレート能を有する少なくとも１つ、好ましくは少なくとも４つの細菌の属／科に割り当てられた加重又は加重の和に基づいて健常参照集団と比べて計算され、前記少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率の値が前記参照集団の１０パーセンタイル未満である場合、その属／科の加重は、前記抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数の計算に算入されず、前記相対存在率が前記参照集団の１０〜２５パーセンタイルにある場合、前記細菌の属／科に対して計算された加重の１／３が算入され、前記相対存在率が前記参照集団の２５パーセンタイル超である場合、前記細菌の属／科に対して計算される全加重が算入され、かつ
ｂ）０〜１０の範囲内にあり、前記指数の値が２．５〜１０に含まれるときは正常であると考えられる工程と、
（ｖｉｉ）前記個体の腸内微生物相と、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する少なくとも１つの障害及び／又は病理学的病態との間の関連指数を測定する工程であって、前記指数が、
ａ）参照健常個体集団で計算された９０パーセンタイル超の相対存在率を有する代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連する／関連付け可能な少なくとも１つの細菌の属／科、ならびに／あるいは参照健常個体集団で計算された１０パーセンタイル未満の相対存在率を有する代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連しない／関連付け可能でない少なくとも１つ細菌の属／科、に割り当てられた加重又は加重の和に基づいて計算され、前記加重が、０〜１の範囲内にあり、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連する／関連付け可能な前記少なくとも１つの細菌の属／科の場合、それが、前記細菌の属／科の相対存在率が参照健常個体集団で計算された９０パーセンタイル超で代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に罹患した個体集団をもたらす頻度に対応し、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連しない／関連付け可能でない前記少なくとも１つの細菌の属／科の場合、それが、前記細菌の属／科の前記相対存在率が参照健常個体集団の１０パーセンタイル未満で代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に罹患した個体集団をもたらす頻度に対応し、かつ
ｂ）０〜１０の範囲内にあり、前記指数の値が０〜４．５に含まれるときは正常であると考えられる工程と、
（ｖｉｉｉ）前記個体の前記腸内微生物相と全身的老化との間の関連指数を測定する工程であって、前記指数が、
ａ）参照健常成人個体集団で計算された９０パーセンタイル超の相対存在率を有する少なくとも１つの老化促進細菌の属／科及び／又は参照健常成人個体集団で計算された１０パーセンタイル未満の相対存在率を有する少なくとも１つの抗老化細菌の属／科に割り当てられた加重又は加重の和に基づいて計算され、前記加重が、０〜１の範囲内にあり、前記少なくとも１つの老化促進細菌の属／科である場合、それが、前記細菌の属／科の前記相対存在率が参照健常成人個体集団で計算された９０パーセンタイル超で高齢個体集団をもたらす頻度に対応し、前記少なくとも１つの抗老化細菌の属／科である場合、それが、前記細菌の属／科の前記相対存在率が参照健常成人個体集団で計算された１０パーセンタイル未満で高齢個体集団をもたらす頻度に対応し、かつ
ｂ）０〜１０の範囲内にあり、前記指数の値が０〜６に含まれるときは正常であると考えられる工程とを含み、
工程（ｖ）〜（ｖｉｉｉ）のいずれか１つに記載の指数の少なくとも１つが正常な範囲外にあると考えられる場合、前記個体の前記健康状態が損なわれていると考えられる方法。
【請求項２】
細菌集団をタイプ分けする前記工程（ｉｉｉ）が、ｒＲＮＡ１６Ｓ遺伝子の少なくとも一部の増幅と、増幅されたＤＮＡの後続シーケンシングとにより行われ、前記増幅が、少なくとも一対のプライマー、好ましくは配列番号１及び配列番号２の存在下でＰＣＲにより行われる請求項１に記載の方法。
【請求項３】
抗炎症性を有する細菌の属／細菌の科が、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクノスピラ属（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）及びロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、より好ましくは、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）及びロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）の中から選択される請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態が、肥満、２型糖尿病、メタボリック症候群、非アルコール性肝脂肪症、インスリン抵抗性、高コレステロール血症、グルコース代謝のデレギュレーション、心血管疾患、高血圧、クローン病、潰瘍性結腸炎、憩室性疾患、過敏性腸症候群、アレルギー、食物不耐性、下痢、便秘、結腸炎及び腸炎の中から選択される請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連する細菌の属／科が、エリシペロトリックス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、コリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及びメガモナス属（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ）の中から選択され、かつ代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連しない細菌の属／科が、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）及びクリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）の中から選択される請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記老化促進細菌の属／科が、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、オシロスピラ属（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、未分類クロストリジア目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、シネルギスタ科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）及びアナエロツルンカス属（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）の中から選択され、かつ抗老化の属／科が、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）及びアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）から選択される請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
腸透過性に関連する指数を測定するさらなる工程を含み、前記指数が、
ａ）デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）及びエンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の中から好ましくは選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率に割り当てられた加重及び／又は加重の和に基づいて、ならびに／あるいはフェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、シャトレワーシア属（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びメガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）の中から好ましくは選択される酪酸を生成することが知られる少なくとも１つの属又は細菌の科の相対存在率の和として計算される当該微生物相による酪酸の潜在的生成に基づいて計算され、かつ
ｂ）０〜１０の範囲内にあり、値が０〜７に含まれるときは正常であると考えられる請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記腸内微生物相の次の活性：酢酸の生成、酪酸の生成、プロピオン酸の生成、乳酸の生成、硫化水素の生成、細菌ＬＰＳ（リポ多糖）の生成、粘液溶解、又はタンパク質分解の少なくとも１つを決定する工程を含む、前記腸内微生物相の代謝効率を評価するさらなる工程を含む請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記酢酸の生成の決定が、参照健常個体集団と比較して、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びアリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の検査下のサンプル中の相対存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられ、前記酪酸の生成の決定が、参照健常個体集団と比較して、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、シャトレワーシア属（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びメガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の検査下のサンプル中の相対存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられ、前記プロピオン酸の生成の決定が、参照健常個体集団と比較して、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びオドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の検査下のサンプル中の相対存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられ、前記乳酸の生成の決定が、参照健常個体集団と比較して、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）及びフェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の検査下のサンプル中の相対存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられ、前記硫化水素の生成の決定が、参照健常個体集団と比較して、ビロフィラ属（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、デスルホビブリオ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）及びデスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）に属する他の属の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の検査下のサンプル中の相対存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられ、前記ＬＰＳの生成の決定が、参照健常個体集団と比較して、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）及びバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の検査下のサンプル中の相対存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられ、前記粘液溶解活性の決定が、参照健常個体集団と比較して、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の検査下のサンプル中の相対存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられ、前記タンパク質分解活性の決定が、参照健常個体集団と比較して、検査下のサンプル中のクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の存在率を測定する工程を含み、得られた値が前記参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内にあれば正常であると考えられる請求項８に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、個体から単離されたサンプル、好ましくは糞便サンプルに存在する細菌集団をタイプ分けする工程であって、前記集団が個体の腸内微生物相を代表する工程と、個体の健康状態に関する情報を提供する微生物相の一連の指数を測定する工程とに基づいて、個体の健康状態及び／又は腸内微生物相バランスを決定及び／又は監視する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
現在、個体の健康状態に関する情報をその腸内微生物相の分析により導出できるようにするために、古典微生物学（培養依存）に基づく方法又はそのほかに「標的化」分子法たとえば定量ＰＣＲが本質的に使用されている。しかし、これらの方法は、ヒト腸内に生息することがよく知られている非常に限られた数の特定の病原性及び／又は非病原性の細菌のみの存在を決定することを目指している。結論として、現在使用されている方法は、全腸内微生物相の広範にわたる分析を可能にするものではない。
【０００３】
全腸内微生物相の特徴付けは、臨床研究の種々の領域で、たとえば、胃腸病学、免疫学、腫瘍学、一般医学などで、ますます不可欠になりつつある。健常個体から得ることのできる平均プロファイルに類似した微生物プロファイル（胃腸管内に存在する分類単位の相対存在率により表される）は、当該個体の健康及び幸福状態に関連する／関連付け可能な指数であることが、入手可能な文献から示唆される。実際に、腸内微生物相の健康的でバランスのとれた組成は、良好な代謝効率、免疫系の適正機能及びたとえば特に、西洋の人々にますます多くなっている肥満、糖尿病、アレルギー、炎症性腸疾患、老化に関係する病変などの障害や病変に対する良好な防止レベルを維持するのに役に立ち、ときには不可欠なこともある。以上のことから、個体の全腸内微生物相の健康状態を評価できれば、個体の食事及び／又は生活習慣の適切な変更を行うことにより、そのバランスの保持又はいずれにせよ改善が可能になるであろうと推定しうる。腸内微生物相バランスの保持又は改善とは、個体の健康状態の維持及び／又は回復を意味する。言い換えると、個体の腸内微生物相の健康状態の監視ひいてはその維持及び／又は回復のためのシステムを開発できれば、病変の防止及び／又はいずれにせよ病理学的障害の解消のための個別化した食事療法及び／又は治療方法が考案可能となり、公共医療費に明らかな好影響を及ぼすであろう。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本発明の方法は、以上に記載の必要性に対応する。特に、本発明の方法は、個体の全腸内微生物相のメタゲノム解析、すなわち、腸内微生物相のタイプ分けに基づく。特に、本方法は、大量シーケンシング技術の使用に基づくものであり、腸内微生物相の健康状態のいくつかの有意な指数の決定を含み、その結果として、腸内微生物相が属する個体の健康状態の決定を含む。
【０００５】
本発明の方法を適用することにより決定される個体の健康状態に基づいて、特に、食事に介入することにより及び／又はアドホックなもしくは個別化した薬理学的療法を用いて腸内微生物相を正常化（バランス調整）して個体の健康状態の改善に役立てることにより、当該個体の生活習慣を是正する技法を取り入れることが可能である。したがって、本発明の方法を適用することにより、住民の一般的健康状態を改善することが可能であり、その結果として、すべての状態に負担を強いる医療費をかなり削減することが可能である。
【０００６】
大量シーケンシング技術による腸内微生物相の特徴付けは、全腸内微生物相（微生物生態系）の定性的（存在する微生物）組成、定量的（異なる微生物の割合）組成及び機能的（宿主の健康に及ぼす影響）組成を再構築するためにデータの適切なバイオインフォマティクス解析を必要とすることに留意すべきである。特に、この段階は、高レベルのバイオインフォマティクス能力のほかにそれに関連する生態系及び文献の十分な知識を必要とする。本発明の方法によれば、健康的な組成からの偏り（ディスバイオシス）に基づいて理解が困難な科学データを微生物相の組成及び機能に関する容易に活用可能なアウトカムに変換することにより、個体の腸内微生物相を有利に特徴付けることが可能である。言い換えると、本発明の方法は、他の方法では理解が困難かつ個体に使用不能と思われる、腸内微生物相の大量タイプ分けに関連するデータを、各種病理学的病態に対する防止やリスクなどのより有用な概念に変換する指数を測定することにより、個体の健康状態の間接的評価を可能にする。
【０００７】
限定されるものではないが例示として以下の図面を利用して、本発明を以下に詳細に説明するとともに例証も行う。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】本発明の方法を用いて行われた個体から単離された糞便サンプルの記述的分析から得られた個体の腸内微生物相の構造を表すプロットの例を示す。
【図２】本発明の方法を用いて測定された糞便サンプルの微生物相の代謝効率の分析結果を表す典型的な表の例を示す。
【図３】本発明の方法を用いて測定された糞便サンプルの微生物相のプロファイルと、考慮した主要障害、特に、免疫モジュレーション（Ａ）、炎症性腸疾患（Ｂ）、腸透過性（Ｃ）、肥満−２型糖尿病−メタボリック症候群（Ｄ）及び老化（Ｅ）との間の関連指数の例を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
本発明の第１の一般的態様は、個体の健康状態及び／又は腸内微生物相バランス、従って間接的にはその他に微生物相が属する個体の健康状態を決定及び／又は監視する方法であって、
・個体から単離された生物学的サンプル、好ましくは糞便サンプル又は腸管生検物を得る工程と、
・前記サンプルから細菌ＤＮＡを単離又は精製する工程と、
・前記サンプルの細菌集団をタイプ分けする工程であって、一群の前記細菌集団を前記個体の腸内微生物相にたとえる（又はそれを代表する）工程と、
・タイプ分けされた細菌集団を門、綱、目、科、属及び種の中から選択される少なくとも１つの分類単位に割り当てる工程と、
・健常個体集団の腸内微生物相により表される参照指数と比較して前記腸内微生物相の多様性指数を測定する工程と、
・健常個体集団の腸内微生物相により表される参照指数と比較して前記腸内微生物相の抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数を測定する工程と、
・健常個体集団の腸内微生物相を考慮して計算された参照指数と比較して前記腸内微生物相と少なくとも１つの病理学的病態との間の関連指数を測定する工程と、
・健常個体集団の腸内微生物相を考慮して計算された参照指数と比較して前記腸内微生物相と全身的老化との間の関連指数を測定する工程とを含む方法に関する。
【００１０】
これとの関連では、「腸内微生物相」という用語は、各個体の胃腸管にコロニーを形成する細菌集団（すなわち何十億個もの細菌）を意味する。
【００１１】
これとの関連では、「個体の健康状態の決定」とは、腸内微生物相のプロファイル（胃腸管内に存在する１つ以上の分類単位の相対存在率）の評価、その結果として、局所性及び／又は全身性の障害及び／又は病理学的病態の発生及び／又は確立の防止及び／又は促進への前記微生物相の関与の評価を意味する。そのため、本発明の方法を用いた個体の健康状態の決定／評価は間接的である。
【００１２】
好ましい態様によれば、好ましくはスパチュラ又はブラシを用いてサンプルを特別な容器に導入することにより、個体が自主的に糞便サンプルを得ることが可能である。
【００１３】
細菌ＤＮＡの単離工程を行う前、好ましくはＳｔｏｍａｃｈｅｒなどのホモジナイザーを用いて、サンプルをホモジナイズすることが好ましい。
【００１４】
サンプルのアリコートは、細菌ＤＮＡの抽出工程に付される。
【００１５】
後続の増幅工程に付される十分量の細菌ＤＮＡが得られる、すなわち、増幅に使用される方法の検出（感度）限界未満にならない、量のサンプルを使用することが好ましい。より好ましくは、抽出工程に使用されるサンプルの量は、１００〜５００ｍｇ、より好ましくは２００〜４００ｍｇの範囲内、さらにより好ましくは約２５０ｍｇである。
【００１６】
ＤＮＡ抽出工程は、かかる目的の通常の当業者に公知の技術を用いて、たとえば、キットを用いて又はフェノール−クロロホルムを使用する古典的方法を用いて、行われる。本発明の目的に好ましい抽出技術は、塩とタンパク質変性剤とを含有する溶解液中での機械的振盪による細胞破砕に基づく。好ましくは、抽出は、ガラス及び／又はジルコニウムのビーズの存在下で行われる。次いで、こうして処理されたサンプルは、高温、好ましくは約９５℃に昇温される。次いで、好ましくは遠心分離により、デブリを除去する工程及び好ましくは酢酸アンモニウム溶液を用いて、タンパク質画分を除去する工程が続く。こうして処理されたサンプルは、好ましくは低温でインキュベートされ、次いで、遠心分離に付される。次いで、溶液中のＤＮＡは、好ましくは、好ましいイソプロパノールなどのアルコールよる沈殿及び遠心分離により、分離される。
【００１７】
続いて、ＤＮＡは、好ましくは、キレート化剤を好ましくは含有する緩衝溶液中に、希釈される。
【００１８】
ＲＮＡ及びタンパク質を除去するために、この目的に適した酵素を用いてＤＮＡを処理することが推奨される。
【００１９】
細菌ＤＮＡのタイプ分けを進める前、抽出された細菌ＤＮＡの品質及び／又は量をチェックすることが好ましい。
【００２０】
抽出された細菌ＤＮＡの定性的チェックを行うために、かかる目的の当業者に公知の任意の技術、たとえば、ゲル電気泳動によるＤＮＡ解析を使用するか、又はＤＮＡ／タンパク質比すなわち２６０／２８０ｎｍを測定することが可能である。
【００２１】
抽出された細菌ＤＮＡの定量的チェックを行うために、この目的の当業者に公知の任意の技術を使用することが可能である。好ましくは、細菌ＤＮＡの濃度は、たとえば、ＮａｎｏＤｒｏｐやＱｕｂｉｔなどの装置を用いて、分光測光及び／又は蛍光測定の読み値によりチェックされる。
【００２２】
サンプルに存在する細菌集団をタイプ分け（又は同定）する工程は、好ましくは、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）によりｒＲＮＡ１６Ｓ遺伝子の少なくとも１部を増幅して増幅されたＤＮＡを続いてシーケンスすることにより行われる。
【００２３】
ＰＣＲは、好ましくは、遺伝子の保存領域内にマッピングされるかつ細菌カテゴリーの特定の超可変領域（すなわち、この配列は種特異的である）を増幅する少なくとも１つのプライマー対を用いて行われる。言い換えると、遺伝子のこの領域を増幅し、それをシーケンスし、そしてその配列をデータベース中に存在するものと比較することにより、サンプル中に存在する細菌集団を同定することが可能であろう。本発明の目的に好ましいプライマー対は、配列番号１（５’−ＣＣＴＡＣＧＧＧＮＧＧＣＷＧＣＡＧ−３’）及び配列番号２（５’−ＧＡＣＴＡＣＨＶＧＧＧＴＡＴＣＴＡＡＴＣＣ−３）又は８０〜９５％の同一性を有する配列である。いずれの場合も、他のプライマー対を使用することが可能である。
【００２４】
好ましくは、ＰＣＲによる増幅は、約９５℃で約３分間続くＤＮＡの変性と、各サイクルが約９５℃で約３０秒間の変性工程と次いで約５５℃で約３０秒間のアニーリング工程（この工程の温度は増幅に使用される各種プライマーのアニーリング温度に依存する）と約７２℃で約３０秒間の伸長工程とを含む各種サイクル、好ましくは少なくとも２５サイクルの変性−アニーリング−伸長と、を含む。増幅は、約７２℃で約５分間の最終工程で終了する。
【００２５】
増幅されたＤＮＡのシーケンシングは、かかる目的の当業者に公知の任意の技術を用いて行われる。Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ又はＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ又はＭｉｎＩＯＮのプラットフォーム上で各技術に特有のプロトコルに従ってシーケンスする方法は、発明の目的に特に好適である。
【００２６】
サンプルで同定された一群の細菌集団は、サンプルが属する個体の腸内微生物相にたとえることができる。したがって、サンプルの一群の細菌集団により示された技術的特徴は、当該個体の腸内微生物相のものにたとえることができる。
【００２７】
サンプルで同定された細菌集団の分類学的帰属は、好ましくは、この目的の既知のアルゴリズムを用いて行われる。
【００２８】
分類学的帰属の目的では、無料のバイオインフォマティクスパイプラインであるＱｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｉｎｓｉｇｈｔｓ  Ｉｎｔｏ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｅｃｏｌｏｇｙ（ＱＩＩＭＥ）を使用することが好ましい。こうすれば、同定された細菌集団を各分類単位（分類カテゴリー）又は門、綱、目、科、属もしくは種に帰属することが可能であろう。
【００２９】
好ましい実施形態では、本方法はまた、各分類単位で細菌集団を定量する工程も含む。
【００３０】
この時点では、本発明の方法は記述的分析の工程を含む。この工程は、腸内微生物相、すなわち、サンプルに基づいてタイプ分けされた一群の細菌集団の多様性指数を測定（決定）する工程を含む。前記多様性指数は、好ましくは、健常個体の対照サンプル中のタイプ分けされた細菌集団の属及び／又は科の数と比較して検査下の前記サンプル中のタイプ分けされた細菌集団の属及び／又は科の数として計算される。より具体的には、この指数は、好ましくは、検査下のサンプル中のタイプ分けされた細菌集団の属及び／又は科をそれらの相対存在率に従って降順に配置して、９０％に達するか又はそれを超えるまでこの順にそれぞれの相対存在率を加算してひとまとめにすることにより、計算される。９０％に達するか又はそれを超えるまで加算してひとまとめにした属及び／又は科の数は、検査下のサンプルの多様性指数の値を表す。
【００３１】
この指数は、特に、参照として採用した集団に依存する。好ましくは、それは８〜２２、より好ましくは１０〜１７の範囲内である。多様性指数は、８〜２２、好ましくは１０〜１７の範囲内であれば正常であると考えられる。これらの範囲を超えたら、多様性指数は正常な範囲外にあると考えるべきである。正常な範囲外の指数の値が決定された場合、そのことは検査下のサンプル中の測定された腸内微生物相の多様性が対照健常個体集団の多様性の最大値超又は最小値未満であることを意味するので、これにより微生物相の機能のアンバランスがもたらされ、結果的に考慮対象の微生物相が属する個体の健康に影響を及ぼす可能性がある。
【００３２】
本方法の好ましい態様によれば、記述的工程は、本明細書に記載の方法により、好ましくはｒＲＮＡ１６Ｓ遺伝子の領域の増幅及びシーケンシングにより、タイプ分けされた全細菌集団を基準にして、少なくとも１つの分類単位のレベル、好ましくは科レベルの相対存在率、すなわち、分類単位として、好ましくは科として分布するタイプ分けされた細菌集団のパーセントを測定するさらなる工程を含む。
【００３３】
好ましくは、個体の相対存在率は、メジアン及び／又は百分位（たとえば、第２５、第７５、第１０及び第９０）の形態で健常個体集団と比較して計算可能である。
【００３４】
記載の方法で分析された分類単位、好ましくは細菌の科は、好ましくは、個体の腸内微生物相バランス及びその結果として健康状態に有意に寄与するものである。
【００３５】
特に好ましいのは、バチルス科（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ユーバクテリア科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、ロイコノストック科（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）、メタノバクテリア科（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテリア科（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、クロストリジア科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ベルコミクロビア科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、コリオバクテリア科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エリシペロトリックス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、ビフィドバクテリア科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の中から選択される細菌の科である。
【００３６】
参照集団の第１０〜第９０パーセンタイルの範囲外にあるサンプルの細菌集団の及び／又は個体の科及び／又は属の相対存在率の値は、正常な範囲外の値と考えられる。正常な範囲外の値が決定された場合、そのことはその特定の分類単位に関して、好ましくはその細菌の科に関して相対存在率が高すぎるか又は低すぎることを意味するので、これにより微生物相の機能のアンバランスがもたらされ、個体宿主の健康に影響を及ぼす可能性がある。
【００３７】
残りの値、すなわち、考慮対象の第１０〜第９０パーセンタイルの値は正常値と考えられる。
【００３８】
好ましくは、少なくとも１つの分類単位のレベル、より好ましくは属レベルの相対存在率は、パーセント値として示される。好ましくは、０．１％以上の相対存在率が測定される細菌の属は、妥当であると考えられよう。すなわち、１０００個の評価配列を仮定した場合、検出（検出可能）限界以上であろう。
【００３９】
好ましい実施形態では、本発明の方法は、微生物ディスバイオシス指数を測定する工程をさらに含む。
【００４０】
本発明との関連では、「微生物ディスバイオシス指数」とは、腸内微生物相のディスバイオシス、すなわち、健常成人個体の腸内微生物相に典型的なバランスのとれたプロファイルからの考慮対象の個体の腸内微生物相の偏り、の程度を意味する。
【００４１】
この指数は、代謝及び／又は炎症及び／又は免疫タイプの病理学的病態に関連する／関連付け可能な細菌の科及び／又は属の相対存在率の和と、個体の健康状態に関連する／関連付け可能な細菌（いわゆる健康増進細菌）の科及び／又は属の相対存在率の和と、の比として計算される。
【００４２】
好ましくは、病理学的病態に関連する／関連付け可能な細菌の科及び／又は属は、ビロフィラ属（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、デスルホビブリオ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エリシペロトリックス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、コリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）及びクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の中から選択される。
【００４３】
好ましくは、個体の健康状態に関連する／関連付け可能な細菌の科及び／又は属は、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）及びルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）の中から選択される。
【００４４】
微生物ディスバイオシス指数は、対照健常個体集団で計算された最大値以下である場合、正常であると考えられる。この値を超えたら、微生物ディスバイオシス指数は正常な範囲外にあると考えるべきである。正常な範囲外の値が決定された場合、そのことは考慮対象の個体の腸内微生物相が健常成人個体の腸内微生物相の典型的なバランスのとれたプロファイルから有意に逸脱していることを意味するので、これにより微生物相の機能のアンバランスがもたらされ、個体宿主の健康に影響を及ぼす可能性がある。
【００４５】
記述的工程の後、本発明の方法は、個体の腸内微生物相の健康状態ひいては個体の健康状態の有意な指数をさらに測定（決定）する工程を含む。
【００４６】
特に、本方法は、腸内微生物相の、すなわち、検査下のサンプルに基づいてタイプ分けされた細菌集団の、抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数を測定する工程を含む。ただし、前記指数は、０〜１０の範囲内であり、かつ健常参照集団と比べて抗炎症及び／又は免疫モジュレート能を有する少なくとも１つ、好ましくは４つの細菌の属／科の相対存在率に基づいて計算される。
【００４７】
これとの関連では、抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数は、腸内微生物相が免疫系と相互作用してその適正機能を促進するひいては個体の健康状態を促進する能力の尺度である。この指数の値は０〜１０の範囲内である。個体の腸内微生物相が劣った抗炎症及び／又は免疫モジュレート活性に関連する／関連付け可能な場合、言い換えると、考慮対象の細菌の属／科がすべて、健常参照集団で計算された１０パーセンタイル未満の相対存在率を有する場合、それはゼロの値を有する。個体の腸内微生物相が優れた抗炎症及び／又は免疫モジュレート活性に関連する／関連付け可能な場合、言い換えると、考慮対象の細菌の属／科がすべて、健常参照集団で計算された２５パーセンタイル超の相対存在率を有する場合、指数は１０の値を有する。
【００４８】
好ましい態様によれば、抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数は、抗炎症及び／又は免疫モジュレート能を有する少なくとも１つ、好ましくは２つ以上、より好ましくは少なくとも４つの細菌の属／科の相対存在率を健常参照集団の同一の細菌の属／科の相対存在率と比較して評価することにより計算される。指数への各細菌の属／科の寄与は、前記少なくとも１つの細菌の属／科に帰属された加重又は加重の和に基づいて計算される。
【００４９】
好ましくは、前記加重は０〜１の範囲内である。特に、加重は、前記細菌の属／科が健常個体集団の１０パーセンタイル超である頻度に対応する。好ましくは、前記細菌の属／科の相対存在率の値が参照集団の１０パーセンタイル未満である場合、その属／科の加重は、抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数の計算に含まれず、相対存在率が参照集団の１０〜２５パーセンタイルの範囲内にある場合、前記細菌の属／科に対して計算された加重の１／３が算入され、相対存在率が参照集団の２５パーセンタイル超である場合、前記細菌の属／科に対して計算される全加重が算入される。
【００５０】
抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数は、指数の値が２．５〜１０に含まれる場合、好ましくは正常であると考えられる。指数が２．５未満である場合、それは正常な範囲外にあると考えられる。正常な範囲外の値が決定された場合、そのことは考慮対象の個体の腸内微生物相が健常成人個体の腸内微生物相と比較して劣った抗炎症及び／又は免疫モジュレート活性を有することを意味するので、これにより微生物相の機能のアンバランスがもたらされ、個体宿主の健康に影響を及ぼす可能性がある。
【００５１】
前記少なくとも１つの細菌の属／科は、好ましくは、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクノスピラ属（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）及びロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、より好ましくは、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）及びロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）の中から選択される。
【００５２】
本方法のさらなる工程は、前記個体の腸内微生物相と、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する少なくとも１つの障害及び／又は病理学的病態と、の間の関連指数、すなわち、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する１つ以上の障害及び／又は病理学的病態の発生及び／又は確立の促進への腸内微生物相の関与指数を測定（決定）する工程を含む。
【００５３】
本発明との関連では、「代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する障害及び／又は病理学的病態」とは、臨床病変をもたらす（局所、腸レベル及び／又は全身の）ヒトエネルギー代謝及び／又は免疫系の適正機能及び／又は炎症状態の変化を意味する。前記臨床病変は、好ましくは、肥満、２型糖尿病、メタボリック症候群、非アルコール性肝脂肪症、インスリン抵抗性、高コレステロール血症、グルコース代謝のデレギュレーション、心血管疾患、高血圧、クローン病、潰瘍性結腸炎、憩室性疾患、過敏性腸症候群、アレルギー、食物不耐性、下痢、便秘、結腸炎及び腸炎である。
【００５４】
前記個体の腸内微生物相と、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する少なくとも１つの障害及び／又は病理学的病態と、の間の関連指数は、好ましくは０〜１０の範囲内である。特に、前記腸内微生物相が、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記少なくとも１つの障害及び／又は病理学的病態に関連しない／関連付け可能でない（すなわち、その素因を有していない）場合、それはゼロの値を有するであろう。これに対して、前記腸内微生物相が、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連する／関連付け可能な（すなわち、その素因を有する）場合、それは１０の値を有するであろう。
【００５５】
前記個体の腸内微生物相と、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する障害及び／又は病理学的病態と、の間の関連指数は、好ましくは、参照健常個体集団の対応する分布で計算された９０パーセンタイル超の相対存在率を有する代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連する／関連付け可能な少なくとも１つの細菌の属／科、ならびに／あるいは参照健常個体集団の対応する分布で計算された１０パーセンタイル未満の相対存在率を有する代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連しない／関連付け可能でない少なくとも１つの細菌の属／科、に帰属された加重又は加重の和に基づいて計算される。
【００５６】
好ましくは、前記加重は０〜１の範囲内である。特に、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連する／関連付け可能な少なくとも１つの細菌の属／科の場合、加重は、前記細菌の属／科の相対存在率が参照健常個体集団の９０パーセンタイル超で代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に罹患した個体集団をもたらす頻度に対応し、これに対して、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連しない／関連付け可能でない少なくとも１つの細菌の属／科の場合、加重は、前記細菌の属／科の相対存在率が参照健常個体集団の１０パーセンタイル未満で代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する障害及び／又は病理学的病態に罹患した個体集団をもたらす頻度に対応する。
【００５７】
好ましくは、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連する細菌の属／科は、エリシペロトリックス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、コリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）及びメガモナス属（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ）の中から選択される。
【００５８】
好ましくは、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する前記障害及び／又は病理学的病態に関連しない細菌の属／科は、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）及びクリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）の中から選択される。
【００５９】
好ましくは、前記個体の腸内微生物相と、代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する障害及び／又は病理学的病態と、の間の関連指数は、０〜４．５の値に含まれる値を有する場合、正常であると考えられる。好ましくは、前記指数は、約４．５超の値を有する場合、正常な範囲外であると考えられる。正常な範囲外の値が決定された場合、考慮対象の個体の腸内微生物相が代謝及び／又は免疫及び／又は炎症が関与する障害及び／又は病理学的病態の素因を中程度に（４．５〜６．５に含まれる値の場合）又はかなり（６．５〜１０に含まれる値の場合）有することを意味する。
【００６０】
本方法のさらなる工程は、前記腸内微生物相と全身的老化との間の関連指数、すなわち、老化に関連する疾患の促進への腸内微生物相の関与指数を測定（決定）する工程を含む。
【００６１】
これとの関連では、「老化に関連する疾患」とは、免疫系機能の進行性低下（免疫老化と呼ばれる）及びその結果として感染性病変に対するより大きい感受性さらには典型的にはインフラメージングと呼ばれる免疫老化に関連する慢性全身性炎症性状態を意味する。
【００６２】
前記腸内微生物相と老化に関連する疾患との間の関連指数は、好ましくは０〜１０の範囲内である。特に、前記腸内微生物相が老化に関連する障害に関連しない／関連付け可能でない場合、それはゼロの値を有し、これに対して、前記腸内微生物相が老化に関連する障害の素因をかなり有する場合、それは１０の値を有する。
【００６３】
腸内微生物相と老化に関連する障害との間の関連指数は、好ましくは、参照健常成人個体集団の対応する分布で計算された９０パーセンタイル超の相対存在率を有する少なくとも１つの老化促進細菌の属／科及び／又は参照健常成人個体集団の対応する分布で計算された１０パーセンタイル未満の相対存在率を有する少なくとも１つの抗老化細菌の属／科、に帰属された加重又は加重の和に基づいて計算される。
【００６４】
好ましくは、前記加重は０〜１の範囲内である。特に、少なくとも１つの老化促進細菌の属／科である場合、加重は、前記細菌の属／科の相対存在率が参照健常成人個体集団、すなわち、好ましくは１８〜５９歳に含まれる年齢の集団の９０パーセンタイル超で高齢個体集団をもたらす頻度に対応し、これに対して、少なくとも１つの抗老化細菌の属／科である場合、加重は、前記細菌の属／科の相対存在率が参照健常成人個体集団の１０パーセンタイル未満で高齢個体集団をもたらす頻度に対応する。これとの関連では、「高齢」個体とは、６５歳以上の個体を意味する。好ましくは、前記老化促進細菌の属／科は、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、オシロスピラ属（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、未分類クロストリジア目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、シネルギスタ科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）及びアナエロツルンカス属（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）の中から選択される。好ましくは、前記抗老化の属／科は、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）及びアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）の中から選択される。
【００６５】
好ましくは、腸内微生物相と老化に関連する障害との間の関連指数は、０〜６の値を有する場合、正常であると考えられる。好ましくは、前記指数は、約６超の値を有する場合、正常な範囲外であると考えられる。正常な範囲外の値が決定された場合、考慮対象の個体の腸内微生物相が老化に関連する障害の素因を中程度に（６〜８に含まれる値の場合）又はかなり（８〜１０に含まれる値の場合）有することを意味する。
【００６６】
さらなる実施形態では、本方法は、腸透過性に関連する指数、すなわち、その値が「リーキーガット症候群」としても知られる腸透過性の促進に関与する腸内微生物相を代表する指数を測定するさらなる工程を含む。
【００６７】
これとの関連では、「腸透過性」とは、腸上皮の適正機能の変化の結果として腸管腔に存在する分子及び／又は細菌が腸壁を通り抜けて最終的に周囲組織に入り感染症や炎症を引き起こす可能性があることを意味する。
【００６８】
前記腸内微生物相と腸透過性との間の関連指数は、好ましくは０〜１０の範囲内である。特に、前記腸内微生物相が腸透過性に関連しない／関連付け可能でない（すなわち、それを促進しない）場合、それはゼロの値を有し、これに対して、前記腸内微生物相が腸透過性に関連する／関連付け可能な（すなわち、それを促進する）場合、それは１０の値を有する。
【００６９】
前記腸内微生物相と腸透過性との間の関連指数は、好ましくは、参照健常個体集団の対応する分布で計算された９０パーセンタイル超の相対存在率を有する腸透過性を促進する少なくとも１つの細菌の属／科（素因となる変数）及び／又は参照健常個体集団の対応する分布で計算された１０パーセンタイル以下の値を有する酪酸の潜在的生成（保護変数）、に帰属された加重及び／又は加重の和に基づいて計算される。
【００７０】
好ましくは、前記加重は０〜１の範囲内である。特に、腸透過性を促進する少なくとも１つの細菌の属／科の場合、加重は、前記細菌の属／科の相対存在率が参照健常個体集団の９０パーセンタイル超でリーキーガット症候群に罹患した個体集団をもたらす頻度に対応し、これに対して、酪酸の潜在的生成の場合、加重は、前記潜在能力が参照健常個体集団の１０パーセンタイル未満でリーキーガット症候群に罹患した個体集団をもたらす頻度に対応する。
【００７１】
好ましくは、腸透過性を促進する前記細菌の属／科は、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）及びエンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（素因となる変数）の中から選択される。好ましくは、考慮対象の微生物相による酪酸の潜在的生成は、酪酸を生成することが知られる細菌の属又は科、好ましくは、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、シャトレワーシア属（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びメガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）から選択される少なくとも１つの相対存在率の和として計算される。好ましくは、前記腸内微生物相と腸透過性との間の関連指数は、０〜７の値に含まれる値を有する場合、正常であると考えられる。好ましくは、前記指数は、約７超の値を有する場合、正常な範囲外であると考えられる。正常な範囲外の値が決定された場合、そのことは考慮対象の個体の腸内微生物相が腸透過性の素因をかなり有することを意味する。
【００７２】
さらなる実施形態では、本方法は、考慮対象の個体の腸内微生物相の代謝効率を評価（決定）するさらなる工程を含む。
【００７３】
前記工程は、考慮対象の腸内微生物相の次の活性：酢酸の生成、酪酸の生成、プロピオン酸の生成、乳酸の生成、硫化水素の生成、細菌ＬＰＳ（リポ多糖）の生成、粘液溶解、又はタンパク質分解の少なくとも１つを決定する工程を含む。
【００７４】
酢酸を生成する活性を決定するために、本方法は、好ましくは、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びアリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００７５】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００７６】
酪酸を生成する活性を決定するために、本方法は、好ましくは、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、シャトレワーシア属（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ）及びブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びメガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００７７】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００７８】
プロピオン酸を生成する活性を決定するために、本方法は、好ましくは、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びオドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００７９】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００８０】
乳酸を生成する活性を決定するために、本方法は、好ましくは、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）及びフェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００８１】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００８２】
硫化水素を生成する活性を決定するために、本方法は、好ましくは、ビロフィラ属（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、デスルホビブリオ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）及びデスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）に属する他の属の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００８３】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００８４】
ＬＰＳを生成する活性を決定するために、本方法は、好ましくは、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）及びバクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００８５】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００８６】
粘液溶解の活性を決定するために、本方法は、好ましくは、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）の中から選択される少なくとも１つの細菌の属／科の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００８７】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００８８】
タンパク質分解の活性を決定するために、本方法は、少なくとも１つの細菌の属／科、好ましくはクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の相対存在率を参照健常個体集団と比較して検査下のサンプルで測定することを含む。
【００８９】
得られた値は、健常参照集団で同一の計算により得られた値と比較される。参照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲内に分類された場合、それは正常であると考えられる。
【００９０】
一実施形態では、本方法は、タイプ分けされた細菌集団で少なくとも１つの潜在的病原性細菌サブ集団を同定するさらなる工程を含む。
【００９１】
これとの関連では、「潜在的病原性細菌」とは、非常に低い存在率で健常個体の微生物相に検出可能であるが、その相対存在率が増加すれば臨床的に有意な病変（たとえば下痢）を誘発可能である細菌の種／属を意味する。
【００９２】
好ましくは、前記少なくとも１つの潜在的病原性細菌集団は、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）及びシュードモナス・アエルギノサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ならびに／又はクレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、ビブリオ菌、アエロモナス属（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ）及びリステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）の中から選択される種に属する。
【００９３】
好ましくは、本発明の方法では、前記細菌は、ＤＮＡシーケンシング及びバイオインフォマティクスアルゴリズム、好ましくはバイオインフォマティクスパイプラインＱＩＩＭＥを用いた解析により得られた配列の少なくとも２つに帰属された、対象の種／属に属すると同定された少なくとも１つのＯＴＵ（操作上の分類単位）の検出限界を超えた場合、存在するとみなされる。
【００９４】
好ましい実施形態によれば、検査対象の腸内微生物相バランスを規定する目的で、記述的分析の指数（多様性指数及び微生物ディスバイオシス指数）、抗炎症・免疫モジュレート能、さらには腸透過性、全身的老化、ならびに炎症性腸疾患、代謝が関与する病理学的病態及び結腸直腸癌の発生又は確立の促進への微生物相の関与指数を用いて総括的評価を行う。
【００９５】
本発明の方法によれば、腸内微生物相は、好ましくは、以下の条件：
１）多様性指数及び／又は微生物ディスバイオシス指数が対照健常個体集団と比較して正常な範囲外にある及び／又は
２）抗炎症・免疫モジュレート能が２．５の値未満であり、腸内微生物相の劣った抗炎症・免疫モジュレート活性が示唆される及び／又は
３）次の指数の少なくとも１つが指定の閾値超である：腸透過性促進への微生物相の関与指数が７超である、全身的老化促進への微生物相の関与指数が６超である、炎症性腸疾患の発生又は確立の促進への微生物相の関与指数が４．５超である、代謝が関与する病理学的病態の促進への微生物相の関与指数が４．５超である、結腸直腸癌促進への微生物相の関与指数が７超である、
の少なくとも１つを呈した場合、ディスバイオティック、すなわち、個体の健康状態が変化していると定義される。
【００９６】
本発明の方法を適用する場合、微生物相がディスバイオティックであることが明らかならば、生態系機能、すなわち、すでに記載した酪酸、酢酸、プロピオン酸、乳酸及び硫化水素の生成、粘液溶解活性、又はタンパク質分解活性の維持（又はその欠如）も分析することが好ましく、好ましくはそのほかに、過剰に存在する細菌グループ及び少なく見積もられる細菌グループ、すなわち、対照健常個体集団の１０〜９０パーセンタイルの範囲外にある細菌グループの同定を目的として、生態系を構成する主要な細菌の属／科の相対存在率も考慮することが好ましい。
【００９７】
これらのデータにより、好ましくは、入手可能な文献のデータ及び腸内微生物相が属する個体により提供されうるいずれの情報も考慮して、分析対象の腸内微生物相のバランス又はディスバイオシスに関する情報を導出し、可能性のあるディスバイオシスの原因及び前記個体の身体的幸福に及ぼす可能性のある影響を評価することが可能である。
【００９８】
分析対象の腸内微生物相に過剰に存在する及び／又は少なく見積もられる細菌グループの同定ならびに腸内微生物相のある特定の細菌グループに及ぼす食事成分又はサプリメントの影響を実証する入手可能な文献に基づいて、栄養及び／又は治療のガイドライン（後者は、プロバイオティクスに基づいて食品サプリメント及び／又はサプリメントのタイプをどのように使用するかについて助言の形で）により微生物相への介入の提案を与えることも可能である。たとえば、分析対象の腸内微生物相に少なく見積もられる腸内細菌グループの成長に及ぼす好影響が入手可能な文献に報告されている食品（及び／又はサプリメント）の摂取量の増加及び／又は食事への導入を提案しうる。同様に、入手可能な文献に従って、分析対象の腸内微生物相にすでに過剰に存在する微生物の成長を促進する又は前述の微生物相に少なく見積もられる微生物の成長を妨害する食品（及び／又はサプリメント）の回避及び／又は摂取量の減少を提案しうる。
【００９９】
本発明のさらなる態様は、
（ｉ）糞便を捕集するための容器であって、スパチュラ、好ましくは有用量の糞便の捕集に好適なものが好ましくは入っている容器と、
（ｉｉ）サンプル捕集説明書と、
（ｉｉｉ）個人データ、個体の健康状態及び／又は食習慣に関する情報の収集に好適なアンケートと、
を含む、本発明の方法を実現するためのキットに関する。
【０１００】
サンプルは、好ましくは、捕集後２４〜４８時間以内に本発明の方法に付される。
【実施例】
【０１０１】
この実施例では、本発明の方法は、個体の健康状態のさまざまな態様への腸内微生物相の関与の尺度となる一群の指数を計算する工程を含む。これらの指数で得られた値に基づいて、個体の健康状態を評価／監視することが可能である。指数は、個体の糞便サンプルから抽出された全細菌ＤＮＡから増幅されたｒＲＮＡ１６Ｓ遺伝子の一部の配列に基づいて計算される。個体の糞便サンプルに存在する一群の細菌集団は、腸内微生物相にたとえることが可能である。
【０１０２】
サンプルの処理
糞便物質の各サンプルは、以下に記載されるように、すなわち、
・糞便サンプルをホモジナイズする工程と、
・ＤＮＡを抽出するために約２５０ｍｇのホモジナイズされたサンプルを秤量する工程と、
・Ａ．Ｓａｌｏｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｉｎ  Ｊ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０１０に発表されたプロトコルに従って糞便サンプルから全微生物ＤＮＡを抽出する工程と、
・ＮａｎｏＤｒｏｐ及び／又はＱｕｂｉｔにより全微生物ＤＮＡを定性的及び定量的に決定する工程と、
・以下、すなわち、
１）プライマー対Ｂａｃｔ−０３４１（５’−ＣＣＴＡＣＧＧＧＮＧＧＣＷＧＣＡＧ−３’）及びＢａｃｔ−０７８５（５’−ＧＡＣＴＡＣＨＶＧＧＧＴＡＴＣＴＡＡＴＣＣ−３）を用いてｒＲＮＡ１６Ｓ遺伝子（すなわち、１６Ｓリボソームサブユニットをコードする遺伝子）の一部をＰＣＲ増幅する工程（Ｋｌｉｎｄｗｏｒｔｈ  Ａ，Ｐｒｕｅｓｓｅ  Ｅ，Ｓｃｈｗｅｅｒ  Ｔ，Ｐｅｐｌｉｅｓ  Ｊ，Ｑｕａｓｔ  Ｃ，Ｈｏｒｎ  Ｍ，Ｇｌｏｃｋｎｅｒ  ＦＯ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｅｎｅｒａｌ  １６Ｓ  ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ＲＮＡ  ｇｅｎｅ  ＰＣＲ  ｐｒｉｍｅｒｓ  ｆｏｒ  ｃｌａｓｓｉｃａｌ  ａｎｄ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂａｓｅｄ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０１３  Ｊａｎ  ７；４１（１）：ｅ１）と、
２）Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ又はＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ又はＭｉｎＩＯＮのプラットフォーム上でＰＣＲ産物をシーケンスする工程と、
３）検出された各ＯＴＵ（操作上の分類単位）数、分類学的帰属、ならびに門、綱、目、科、属及び種のレベルで細菌集団の相対存在率を得るために無料のＱＩＩＭＥ（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｉｎｓｉｇｈｔｓ  Ｉｎｔｏ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｅｃｏｌｏｇｙ）パイプラインを用いて工程（２）の配列を解析する工程（Ｃａｐｏｒａｓｏ  ＪＧ，Ｋｕｃｚｙｎｓｋｉ  Ｊ，Ｓｔｏｍｂａｕｇｈ  Ｊ，Ｂｉｔｔｉｎｇｅｒ  Ｋ，Ｂｕｓｈｍａｎ  ＦＤ，Ｃｏｓｔｅｌｌｏ  ＥＫ，Ｆｉｅｒｅｒ  Ｎ，ｅｔ  ａｌ．ＱＩＩＭＥ  ａｌｌｏｗｓ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．２０１０  Ｍａｙ；７（５）：３３５−６）とにより糞便サンプルに存在する細菌集団をタイプ分けする工程とにより処理される。
【０１０３】
記述的分析
続いて、サンプル処理により得られた情報の記述的分析を行う。特に、科レベルで糞便サンプルで同定された各細菌集団の相対存在率を測定する。言い換えると、検査下の糞便サンプルで分析（及び選別）された全配列と比べて各科に帰属された配列のパーセントの計算を行う。
【０１０４】
これらのデータを単一プロットで組み合わせる。その例は図１に示される。それは考慮対象の個体の糞便サンプルの記述的分析から得られた個体の腸内微生物相の構造を示す。特に、個体の相対存在率は、健常イタリア人個体集団で構成される対照サンプルから得られたメジアン及び百分位（第２５、第７５、第１０及び第９０）と比較して示される。
【０１０５】
この実施例では、入手可能な文献に基づいて生態系のバランス及び個体の健康状態への寄与にきわめて重要な細菌の科（参照の科）を選択した。
【０１０６】
参照の細菌の科は、バチルス科（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ユーバクテリア科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、ロイコノストック科（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）、メタノバクテリア科（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテリア科（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、クロストリジア科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ベルコミクロビア科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、コリオバクテリア科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エリシペロトリックス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、ビフィドバクテリア科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）である。
【０１０７】
上述したプロットのほかに、考慮対象の個体の腸内微生物相と参照データセット（健常対照者）の腸内微生物相との間の比較の分解能をより大きくするために分析対象の細菌の科のそれぞれの相対存在率のプロットを生成することも可能である。これらのプロットでは、参照データセットの１０〜９０パーセンタイルの範囲外の値すなわち正常な範囲外の値は、参照色（実施例ではグレー）で表される。他の値すなわち正常な値は、異なる色（実施例ではブラック）で表される。
【０１０８】
本方法はまた、細菌の属のレベルの相対存在率、すなわち、検査下の糞便サンプルで得られた全解析配列と比べて各細菌の属に帰属された配列のパーセントのデータを提供する。
【０１０９】
特に、これらのデータは数値のパーセントとして報告され、０．１％以上の相対存在率を有する属のみが提供される。
【０１１０】
系統発生（それが属する科、目、綱及び門）は、各属に与えられる。
【０１１１】
最後に、検査下の糞便サンプルの細菌集団に関連するデータの記述的分析（すなわち腸内微生物相）は、多様性指数及び／又はディスバイオシス指数の計算を行って終了する。その値は参照データセットの健常個体集団で計算された同一の指数の値と比べて提示される。
【０１１２】
多様性指数は、腸内微生物相の生物多様性の程度を表し、糞便サンプルから増幅されたＤＮＡをシーケンスすることにより検出された細菌の属／科の数に基づいて計算される。
【０１１３】
微生物ディスバイオシス指数は、ディスバイオシス、すなわち、健常成人個体の腸内微生物相の典型的なバランスのとれたプロファイルからの考慮対象の個体の腸内微生物相の偏り、の程度を表す。
【０１１４】
計算方法は、病理学的病態に関連する／関連付け可能な細菌の属／科の相対存在率の和と、個体の健常状態に関連する／関連付け可能な細菌（いわゆる健康増進細菌）の属／科の相対存在率の和と、の比を求める。
【０１１５】
実施例では、病理学的病態に関連する／関連付け可能な細菌の属／科は、次の通り：ビロフィラ属（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、デスルホビブリオ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エリシペロトリックス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）及びコリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）であり、これに対して、個体の健常状態に関連する／関連付け可能な細菌の属／科は、次の通り：ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）及びアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）である。
【０１１６】
本発明の方法の目的では、以上に説明したように検査下の糞便サンプルの細菌集団の不均一性（属に関して）、したがって糞便サンプルが属する個体の腸内微生物相の不均一性、の尺度である多様性指数は、サンプル処理により得られた情報の記述的分析の目的では最も妥当な指数である。
【０１１７】
主要機能クラスの分析
本発明の方法は、考慮対象の腸内微生物相の代謝効率に関する結果を与える工程をさらに含む。特に、代謝効率は、少なくとも、酢酸の生成、酪酸の生成、プロピオン酸の生成、乳酸の生成、硫化水素の生成、細菌ＬＰＳ（リポ多糖）の生成、ならびに粘液溶解及びタンパク質分解の累積能力として表される。
【０１１８】
これらの機能のそれぞれに対して、入手可能な文献により提供されるデータに基づいて、考慮対象の活性を呈する能力により選択された細菌の科及び／又は属の相対存在率の和をとる。
【０１１９】
各機能クラスに対して選択された科及び／又は属の例は、以下に与えられる。
【０１２０】
・酢酸の生成：ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア属（Ｂｌａｕｔｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びアリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）。
【０１２１】
・酪酸の生成：フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、アナエロスティペス属（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、シャトレワーシア属（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、オドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）及びメガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）。
【０１２２】
・プロピオン酸の生成：バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、パラバクテロイデス属（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びオドリバクター属（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）。
【０１２３】
・乳酸の生成：ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）及びフェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）。
【０１２４】
・硫化水素の生成：ビロフィラ属（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）及びデスルホビブリオ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）。
【０１２５】
・細菌ＬＰＳの生成：エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）。
【０１２６】
・粘液溶解：アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）。
【０１２７】
・タンパク質分解：クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）。
【０１２８】
得られた値は、健常個体で構成される対照集団で行われた同一の計算で得られた値と比較される。
【０１２９】
対照データセットのメジアン及び百分位に基づいて、１０〜９０パーセンタイルにわたる信頼区間が確立され、この範囲外では、特定の代謝機能は、それぞれその機能の「不足」又は「過剰」を示唆する参照色（実施例ではブラック）の丸に関連付けられる。
【０１３０】
信頼区間内では、対照データセットの１０〜２５パーセンタイル及び７５〜９０パーセンタイルの範囲内にある値は、特定の代謝機能がそれぞれ不足又は過剰になる傾向を表す参照色（実施例ではライトグレー）の丸で表される。
【０１３１】
２５〜７５パーセンタイルの範囲内の値は、「完全に正常な」代謝機能を示唆する参照色（実施例ではダークグレー）の丸に帰属される。
【０１３２】
図２は、本発明の方法を用いて測定された糞便サンプルの微生物相の代謝効率の分析結果を表す典型的な表を示す。
【０１３３】
潜在的病原性細菌グループの存在の検出
本方法のさらなる工程は、潜在的病原性細菌に属する配列、たとえば、種のバクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ならびに属のクレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）及びサルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）に属する配列の検出に関する。検出限界超では、増殖が可能であれば臨床関連エピソードをもたらす可能性のある細菌であるので、「検出された」（グレーで）又は「検出されない」としてデータが示される。
【０１３４】
腸内微生物生態系の健康指数
本発明の方法はまた、腸内微生物相の健康に関する多情報関連指数の計算に基づく。図３は、個体の微生物相プロファイルと考慮対象の主要障害との間の関連指数の例を示す。前記指数は、検査下の糞便サンプルで同定された細菌の属及び／又は科のレベルの相対存在率のデータに基づいて計算される。
【０１３５】
抗炎症・免疫モジュレート能指数
抗炎症・免疫モジュレート能指数は、０〜１０の範囲内の値を用いて表される。０に等しい指数の値は、前記腸内微生物相の劣った抗炎症・免疫モジュレート活性に関連付けられ、これに対して、１０に等しい指数の値は、優れた抗炎症・免疫モジュレート活性に関連付けられる。
【０１３６】
より具体的には、本方法のこの実施形態例では、当該指数は、きわめて大きい抗炎症能を有する４つの細菌の属、すなわち、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ））を選択することにより計算される。
【０１３７】
それらのそれぞれに対して、参照データセット（健常対照者）の対応する分布（百分位及びメジアン）と比較して検査下の糞便サンプル中の相対存在率を用いて計算を行い、０〜１の値で表される「加重」を割り当てる。
【０１３８】
各細菌の属に対して、検査下の糞便サンプル中の相対存在率が参照データセットで計算された１０パーセンタイル未満である場合、その属の加重は抗炎症及び／又は免疫モジュレート能指数の計算に算入されない。
【０１３９】
また、低レベルの抗炎症活性の傾向のある状況も特定するために、検査下の糞便サンプル中の相対存在率が参照データセットの１０〜２５パーセンタイルの間にある場合、前記細菌の属に対して計算された加重の１／３が算入される。
【０１４０】
検査下の糞便サンプル中の相対存在率が参照データセットの２５パーセンタイル超である場合、前記細菌の属／科に対して計算された全加重が算入される。
【０１４１】
必要な操作を行った後に得られた値は、分析対象の糞便サンプルに属する微生物相ひいては前記サンプルが属する個体に帰属可能な抗炎症・免疫モジュレート活性指数の値を表す。
【０１４２】
優れた抗炎症・免疫モジュレート活性を有する微生物相は、参照色（実施例ではダークグレー）で表される５．５〜１０の値を有する指数を示し、中程度の抗炎症・免疫モジュレート活性を有する微生物相は、他の参照色（実施例ではライトグレー）で表される２．５〜５．５の値を有する指数を示し、そして劣った抗炎症・免疫モジュレート活性を有する微生物相は、さらなる参照色（実施例ではブラック）で表される０〜２．５の値を有する指数を示す。
【０１４３】
肥満、２型糖尿病、メタボリック症候群などの代謝障害の促進への微生物相の関与指数
この指数は０〜１０の値で表される。１０に等しい指数の値は、個体において次の代謝障害：肥満、２型糖尿病、又はメタボリック症候群の少なくとも１つの発生又は確立を促進する腸内微生物相に対応する（を意味する）。言い換えると、１０に等しい指数の値が得られる個体の腸内微生物相は、前記病変の少なくとも１つに関連するであろう／関連付け可能であろう。０に近い指数の値は、個体の正常代謝機能に寄与しうる腸内微生物相の指標となる。すなわち、０に近い指数の値が得られる個体の腸内微生物相は、腸内微生物相が個体の正常代謝機能を発揮しうるので、前記病変に関連しないであろう／関連付け可能でないであろう。
【０１４４】
この実施例では、当該指数は、「ベイズケースモデル」ならびに少なくとも４０名の肥満被験者及び／又は２型糖尿病被験者のデータセット（参照データセット）を用いて計算した。
【０１４５】
この場合、指数の計算は、肥満誘発・抗肥満細菌の属／科の定義及び各細菌の属／科への「肥満誘発加重」の割当てに基づく。肥満誘発細菌の属／科は、次の通り：エリシペロトリックス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）：ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、アリスティペス属（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、コリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）及びメガモナス属（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ）であり、これに対して、抗肥満細菌の属／科は、次の通り：フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）及びロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）である。
【０１４６】
最終肥満誘発指数は、考慮対象の個体の腸内微生物相が、次の代謝障害：肥満、２型糖尿病及びメタボリック症候群の少なくとも１つの発生又は確立を促進する素因をどの程度有されるか、すなわち、腸内微生物相と前記病変との間の関連性を表す。最終肥満誘発指数は、健常対照と比較して少なくとも１２（８＋４）の参照細菌の属／科のそれぞれの肥満誘発・抗肥満能及び検査下の糞便サンプル中のこれらの微生物の相対存在率の特定個体プロファイルを考慮した計算の結果である。
【０１４７】
参照細菌グループの「肥満誘発加重」の計算方法
各肥満誘発細菌の属／科は、肥満の素因への寄与により「肥満誘発加重」が割り当てられる。実際の細菌性肥満誘発能に対応する肥満誘発加重の値は０〜１に含まれ、少なくとも４０名の肥満及び／又は糖尿病被験者のデータセットで細菌の属／科の相対存在率が健常対照者集団の対応する分布で計算された９０パーセンタイル超である頻度と等価である。
【０１４８】
各抗肥満細菌の属／科は、肥満の素因への寄与により「抗肥満加重」が割り当てられる。肥満誘発加重の値は０〜１に含まれ、微生物の欠如に関連する肥満誘発能に対応し、肥満及び／又は糖尿病被験者で細菌の属／科の相対存在率が健常対照者集団の対応する分布で計算された１０パーセンタイル未満である頻度と等価である。
【０１４９】
腸内微生物相の最大「肥満誘発加重」の計算：
得られた以上の値の和は、肥満、２型糖尿病、メタボリック症候群などの代謝型障害の素因をかなり有する腸内微生物相を有する考慮対象の個体により達成可能な最大値を表す。
【０１５０】
グラフ表示及びこの指数の読取りを容易にするために、数学的比例を用いて最大肥満誘発加重が１０に等しくなるように０〜１０のスケールで肥満誘発指数の値を分布させた。
【０１５１】
個体肥満誘発指数の計算：
考慮対象の各個体の腸内微生物相の肥満誘発指数の値は、肥満誘発グループの場合、個体において健常個体の対応する分布の９０パーセンタイル超、又は抗肥満グループの場合、健常個体の対応する分布の１０パーセンタイル未満、の相対存在率を有する細菌の属／科（以上に挙げた１２に含まれる）の「肥満誘発加重」を加算してひとまとめにすることにより得られる。
【０１５２】
次いで、得られた値は０〜１０のスケールと比較され、その読取りを容易にするために着色バーとしてグラフ上に示される。正常指数は、参照色（実施例ではダークグレー）で表される０〜２．５に含まれる値を有し、中程度に代謝障害の素因を有する微生物相は、他の参照色（実施例ではライトグレー）で表される２．５〜４．５の値を有する指数を示し、代謝障害の素因を有する微生物相は、他の参照色（実施例では斜線入りダークグレー）で表される４．５〜６．５の値を有する指数を示し、そして代謝障害のかなり素因を有する微生物相は、さらなる参照色（実施例ではブラック）で表される６．５〜１０に値を有する指数を示す。
【０１５３】
炎症性腸疾患の発生又は確立の促進への微生物相の関与指数
この指数は０〜１０の値で表され、１０は高炎症性腸内微生物相に対応する。この実施例では、指数は、炎症誘発・抗炎症細菌の属／科の定義及びそれらのそれぞれへの「炎症加重」の割当てに基づく。この実施例では、次の細菌の属／科：エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）及びカンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）が炎症誘発性として定義され、かつ次の細菌の属／科：フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）及びロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）が抗炎症性として定義される。
【０１５４】
より具体的には、当該指数は、「ベイズケースモデル」及び潰瘍性結腸炎を有する少なくとも２０名の個体のデータセットを用いて計算される。
【０１５５】
最終指数は、考慮対象の個体の腸内微生物相が腸の炎症性病変の少なくとも１つ、たとえば、潰瘍性結腸炎、クローン病、憩室炎を誘発する素因を有される程度を表す。
【０１５６】
参照細菌グループの「炎症加重」の計算方法：
本方法は、少なくとも１つの炎症性腸病変の素因への寄与により各炎症誘発細菌の属／科に「炎症加重」を割り当てることに基づく。それは０〜１に含まれる値で表され、微生物の実際の炎症能に対応し、炎症を起こした腸を有する少なくとも２０名の個体のデータセットで細菌の属／科の相対存在率が健常対照者集団の対応する分布の９０パーセンタイル超である頻度と等価である。
【０１５７】
各抗炎症細菌の属／科もまた、少なくとも１つの炎症性腸疾患の素因への寄与により「炎症加重」が割り当てられる。それは０〜１に含まれる値で表され、微生物の欠如に関連する炎症能に対応し、炎症を起こした腸を有する被験者で細菌の属／科の相対存在率が健常対照者集団の対応する分布の１０パーセンタイル未満である頻度と等価である。
【０１５８】
腸内微生物相の最大「炎症加重」の計算：
この時点で、以上で得られた指数の値の和、特に炎症誘発・抗炎症細菌の属／科に対応する値の和を求める。和は、少なくとも１つの炎症性病変の素因をかなり有する腸内微生物相を有する個体により達成可能な最大値を表す。グラフ表示及びこの指数の読取りを容易にするために、数学的比例を用いて最大炎症加重が１０に等しくなるように０〜１０のスケールで指数の値を分布させた。
【０１５９】
個体炎症指数の計算：
考慮対象の個体の腸内微生物相の炎症指数の値は、炎症誘発細菌の属／科の場合、個体において健常被験者の対応する分布の９０パーセンタイル超、又は抗炎症細菌の属／科の場合、健常被験者の対応する分布の１０パーセンタイル未満、の相対存在率を有する以上に記載の細菌の属／科の「炎症加重」を加算してまとめることにより計算した。
【０１６０】
次いで、得られた値は０〜１０のスケールと比較され、その読取りを容易にするために着色バーとしてグラフ上に示される。正常指数は、参照色（考慮対象の症例ではダークグレー）で表される０〜２．５に含まれる値を示し、中程度に少なくとも１つの炎症性腸疾患の素因を有する腸内微生物相の指数は、さらなる参照色（実施例ではライトグレー）で示される２．５〜４．５に含まれる値を示し、少なくとも１つの炎症性腸疾患の素因を有する腸内微生物相の指数は、さらに他の参照色（実施例ではストライプ入りダークグレー）で示される４．５〜６．５に含まれる値を示し、そして少なくとも１つの炎症性腸疾患の素因をかなり有する腸内微生物相の指数は、さらなる参照色（実施例ではブラック）で示される６．５〜１０に含まれる値を示す。
【０１６１】
結腸直腸癌の発生又は確立の促進への微生物相の関与指数
この指数は０〜１０の値で表される。１０の値は、結腸直腸癌の素因を有する腸内微生物相、すなわち、結腸直腸癌に関連する腸内微生物相に対応する（を意味する）。
【０１６２】
この実施例では、指数は、
・  １）次の細菌の属／科：デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、コリオバクテリア科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、フゾバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、カンピロバクテリア科（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、スタフィロコッカス科（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パルビモナス属（Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ）の相対存在率及び２）潜在的病原性細菌種、たとえば、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）の存在の検出、を含む素因変数、ならびに
・  次の抗腫瘍変数：次の細菌の属／科：フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）の相対存在率及び酪酸の潜在的生成、の存在の検出、
の定義に基づく。
【０１６３】
加重は、これらの変数のそれぞれに対して割り当てられる。最終指数は、結腸直腸癌の発生及び／又は確立の促進への腸内微生物相の関与度を表し、少なくとも前述の参照変数のそれぞれの腫瘍誘発・抗腫瘍能及び含まれる微生物の相対存在率の特定個体プロファイルを考慮した計算の結果である。
【０１６４】
先に述べたように、変数のそれぞれは、０〜１に含まれる値で表される「加重」が割り当てられる。
【０１６５】
考慮対象の各個体に対して、結腸直腸癌の発生及び／又は確立の促進への腸内微生物相の関与指数の値は、素因変数の場合、個体において健常個体の対応する分布の９０パーセンタイル超の値を有する（もしくは潜在的病原性種の場合、その存在が単に検出された）、又は抗腫瘍変数の場合、健常個体の対応する分布の１０パーセンタイル未満の値を有する、前述の変数の「加重」を加算してひとまとめにすることにより得られる。
【０１６６】
次いで、その読取りを容易にするために、得られる値は０〜１０のスケールと比較され、着色バーで示される。正常指数は、０〜４に含まれる値を示し、中程度に結腸直腸癌の素因を有する微生物相の指数は、４〜７に含まれる値を示し、結腸直腸癌の素因を有する微生物相の指数は、７〜１０の値を示す。
【０１６７】
腸透過性促進への微生物相の関与指数（リーキーガット）
この指数は０〜１０の値で表され、１０は腸透過性を促進する腸内微生物相に対応する。
【０１６８】
実施例では、指数は、素因変数（属デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）及びエンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）の細菌の相対存在率を含む）及び保護変数（酪酸の潜在的生成を含む）の定義ならびにこれらの変数のそれぞれへの「加重」の割当てに基づく。
【０１６９】
最終指数値は、腸透過性促進への腸内微生物相の関与度を表し、前述の参照変数の素因能及び保護能ならびに含まれる微生物の相対存在率の特定個体プロファイルを考慮した計算の結果である。
【０１７０】
変数のそれぞれは、０〜１に含まれる値で表される「加重」が割り当てられる。考慮対象の各個体に対して、腸透過性促進への腸内微生物相の関与指数の値は、素因変数の場合、個体において健常個体の対応する分布の９０パーセンタイル超の値、又は保護変数の場合、健常個体の対応する分布の１０パーセンタイル未満の値、を有する前述の変数の「加重」を加算してひとまとめにすることにより得られる。
【０１７１】
次いで、得られた値は０〜１０のスケールと比較され、その読取りを容易にするために着色バーの形態でグラフ上に示される。
【０１７２】
正常指数は、参照色（実施例ではダークグレー）で表される０〜４に含まれる値を有し、中程度に腸透過性を促進する腸内微生物相の指数は、さらなる参照色（実施例ではライトグレー）で示される４〜７に含まれる値を示し、そして腸透過性を促進する微生物相の指数は、さらなる参照色（実施例ではブラック）で示される７〜１０の値を示す。
【０１７３】
全身的老化促進への微生物相の関与指数
この指数は０〜１０の値で表され、１０は、老化（免疫老化及びンフラメージング）に典型的な少なくとも１つの障害の素因をかなり有する腸内微生物相に対応し、これに対して、０に近い値は、健常成人個体の正常免疫及び／又は代謝機能に寄与しうる腸内微生物相の指標となる。
【０１７４】
指数は、「ベイズケースモデル」及び少なくとも４０名の高齢個体すなわち６５歳超の個体のデータセットを用いて計算される。
【０１７５】
当該指数は、老化促進細菌の属／科、特に、エンテロバクテリア科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、リケネラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、未分類クロストリジア目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、シネルギスタ科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）、オシロスピラ属（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）及びアナエロツルンカス属（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）の細菌、ならびに抗老化の属／科、特に、フェカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロセブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、コプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）及びアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）の細菌の定義、ならびにこれらの細菌の属／科のそれぞれへの「加重」の割当てに基づく。
【０１７６】
参照細菌グループの「老化加重」の計算方法：
「老化促進」として選択された細菌の属／科のそれぞれに老化に典型的な障害の素因への寄与により加重（０〜１に含まれる値で表される）を割り当てる。これは、少なくとも４０名の高齢個体のデータセットで前記細菌の属／科の相対存在率が対照健常成人集団の対応する分布の９０パーセンタイル超である頻度と等価である。
【０１７７】
同様に、「抗老化」細菌の属／科のそれぞれに老化に典型的な障害の素因への寄与より加重（０〜１に含まれる値で表される）を割り当てる。これは、高齢個体で前記細菌の属／科の相対存在率が対照健常成人集団の対応する分布の１０パーセンタイル未満である頻度と等価である。
【０１７８】
腸内微生物相の最大「老化加重」の計算：
得られた「老化促進」値及び「抗老化」値の和は、老化に典型的な少なくとも１つの障害の素因をかなり有する腸内微生物相を有する個体により達成可能な最大値を表す。
【０１７９】
グラフ表示及び値の読取りを容易にするために、数学的比例を用いて最大値が１０に等しくなるように０〜１０のスケールで老化指数の値を分布させた。
【０１８０】
個体老化指数の計算：
考慮対象の各個体に対して、腸内微生物相の老化指数の値は、「老化促進」の場合、考慮対象の個体において健常成人個体の対応する分布の９０パーセンタイル超、又は「抗老化」の場合、健常成人個体の対応する分布の１０パーセンタイル未満、の相対存在率を有する以上に記載の細菌の属／科の加重を加算してひとまとめにすることにより得られる。
【０１８１】
次いで、得られた値は０〜１０のスケールと比較され、その読取りを容易にするために着色バーの形態でグラフ上に示される。
【０１８２】
正常指数は、参照色（実施例ではダークグレー）で表される０〜４に含まれる値を有し、老化に典型的な少なくとも１つの障害の素因を中程度に有する微生物相の指数は、さらなる参照色（実施例ではライトグレー）で表される４〜６に含まれる値を示し、老化に典型的な少なくとも１つの障害の素因を有する微生物相の指数は、さらなる参照色（実施例ではストライプ入りダークグレー）で表される６〜８に含まれる値を示し、そして老化に典型的な少なくとも１つの障害の素因をかなり有する微生物相の指数は、さらなる参照色（実施例ではブラック）で表される８〜１０に含まれる値を示す。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０１８３】
【非特許文献１】Ａ．Ｓａｌｏｎｅｎら  「Ｊ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ」  ２０１０
【非特許文献２】Ｋｌｉｎｄｗｏｒｔｈ  Ａ，Ｐｒｕｅｓｓｅ  Ｅ，Ｓｃｈｗｅｅｒ  Ｔ，Ｐｅｐｌｉｅｓ  Ｊ，Ｑｕａｓｔ  Ｃ，Ｈｏｒｎ  Ｍ，Ｇｌｏｃｋｎｅｒ  ＦＯ「Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｅｎｅｒａｌ  １６Ｓ  ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ＲＮＡ  ｇｅｎｅ  ＰＣＲ  ｐｒｉｍｅｒｓ  ｆｏｒ  ｃｌａｓｓｉｃａｌ  ａｎｄ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂａｓｅｄ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｓｔｕｄｉｅｓ」Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０１３  Ｊａｎ  ７；４１（１）：ｅ１
【非特許文献３】Ｃａｐｏｒａｓｏ  ＪＧ，Ｋｕｃｚｙｎｓｋｉ  Ｊ，Ｓｔｏｍｂａｕｇｈ  Ｊ，Ｂｉｔｔｉｎｇｅｒ  Ｋ，Ｂｕｓｈｍａｎ  ＦＤ，Ｃｏｓｔｅｌｌｏ  ＥＫ，Ｆｉｅｒｅｒ  Ｎら  「ＱＩＩＭＥ  ａｌｌｏｗｓ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ」  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０１０  Ｍａｙ；７（５）：３３５−６
【図１】
2019500905.tif 000003
【図２】
2019500905.tif 000004
【図３】
2019500905.tif 000005
【配列表】
2019500905000001.app
【国際調査報告】
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2019500905.tif 000007
2019500905.tif 000008
2019500905.tif 000009