(57)【要約】  ウイルスの存在を示す少なくとも１種のバイオマーカーを検出するための試験を含む診断パネル。この診断パネルと、使用説明書と、サンプルを採取してこのパネルにアプライするための器具と、バイオマーカーレベルおよびその意味に関する説明書とを含むキット。個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、この個体が疾患を有するかどうかを決定するステップとによる、疾患の存在を検出する方法。疾患のステージを決定する方法、疾患処置の進捗をモニタリングする方法、ウイルスの抑制またはリバウンドを決定する方法、および潜伏ウイルスを検出する方法。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウイルスの存在を示す少なくとも１種のバイオマーカーを検出するための試験を含むことを特徴とする診断パネル。
【請求項２】
請求項１に記載の診断パネルにおいて、前記少なくとも１種のバイオマーカーは、１，３−ジメチルウレート、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２、代謝産物３、ヒプレート、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４、代謝産物５、代謝産物６、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロール、グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニア、β−アミノイソブチレート、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレイン、ＦＤＰ−リシンタンパク質、スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、マレート、（−）Ｏ−アセチル−カルニチン、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルミル−ＣｏＡ、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテート、Ｄ−ラクテート、アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、Ｏ２、ＮＡＤＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、６−ホスホグルコネート、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２、３−オキソ−６−ヘキスロース、Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、Ｌ−アルギニン、Ｌ−アスパルテート、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）、ピロホスフェート、ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、キサントシン、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、デオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）、レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、グルタチオン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α���メチルブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、ウロカネート、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、グルタリル−ＣｏＡ、アセトアセチル−ＣｏＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択される代謝産物であることを特徴とする診断パネル。
【請求項３】
請求項１に記載の診断パネルにおいて、前記ウイルスは、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｏｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＴＬＶ）、ジョンカニンガムウイルス（ＪＣウイルス）、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルス、エボラウイルス、アデノ随伴ウイルス、アイチウイルス、オーストラリアコウモリリッサウイルス、ＢＫポリオーマウイルス、バンナウイルス、バーマ森林ウイルス、ブニヤムウェラウイルス、ブニヤウイルスラクロス、ブニヤウイルスカンジキウサギ、オナガザルヘルペスウイルス、チャンディプラウイルス、コサウイルスＡ、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ドーリウイルス、ジュグベウイルス、デュベンヘイジウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エコーウイルス、脳心筋炎ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、欧州コウモリリッサウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、ハンタンウイルス、ヘンドラウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、デルタ型肝炎ウイルス、ウマポックスウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトアストロウイルス、ヒトコロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトエンテロウイルス６８、ヒトエンテロウイルス７０、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１、ＨＰＶ２、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、ヒトパラインフルエンザ、ヒトパルボウイルスＢ１９、ヒト呼吸器多核体ウイルス、ヒトライノウイルス、ヒト重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス、ヒトスプーマレトロウイルス、ヒトトロウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、イスファハンウイルス、ＪＣポリオーマウイルス、日本脳炎ウイルス、ジュニンアレナウイルス、ＫＩポリオーマウイルス、クンジンウイルス、ラゴスコウモリウイルス、ビクトリア湖マールブルグウイルス、ランガットウイルス、ラッサウイルス、ローズデールウイルス、跳躍病ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、マチュポウイルス、マヤロウイルス、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス、麻疹ウイルス、メンゴ脳心筋炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルス、モコラウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、マレー渓谷脳炎ウイルス、ニューヨークウイルス、ニパウイルス、ノーウォークウイルス、オニョンニョンウイルス、オルフウイルス、オロポーシェウイルス、ピチンデウイルス、ポリオウイルス、プンタトロフレボウイルス、プーマラウイルス、狂犬病ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ロサウイルスＡ、ロスリバーウイルス、ロタウイルスＡ、ロタウイルスＢ、ロタウイルスＣ、風疹ウイルス、サギヤマウイルス、サリウイルスＡ、サシチョウバエ熱シチリアウイルス、サッポロウイルス、セムリキ森林ウイルス、ソウルウイルス、サル泡沫状ウイルス、シミアンウイルス５、シンドビスウイルス、サウサンプトンウイルス、セントル��ス脳炎ウイルス、ダニ媒介ポワッサンウイルス、トルクテノウイルス、トスカーナウイルス、ウークニエミウイルス、ワクシニアウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、痘瘡ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、ＷＵポリオーマウイルス、西ナイルウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス、ヤバ様疾患ウイルスならびに黄熱ウイルスからなる群から選択されることを特徴とする診断パネル。
【請求項４】
請求項１に記載の診断パネルにおいて、前記パネルはフラットマイクロウェルプレートの支持構造体を含むことを特徴とする診断パネル。
【請求項５】
請求項１に記載の診断パネルにおいて、前記パネルは筐体内に封入されていることを特徴とする診断パネル。
【請求項６】
請求項１に記載の診断パネルにおいて、前記パネルは前記少なくとも１種のバイオマーカーの濃度を感知するセンサーをさらに含むことを特徴とする診断パネル。
【請求項７】
ウイルスの存在を示す少なくとも１種のバイオマーカーを検出するための試験を含む診断パネルと、使用説明書と、サンプルを採取して前記パネルにアプライするための器具と、バイオマーカーレベルおよびその意味に関する説明書とを含むことを特徴とするキット。
【請求項８】
請求項７に記載のキットにおいて、前記少なくとも１種のバイオマーカーは、１，３−ジメチルウレート、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２、代謝産物３、ヒプレート、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４、代謝産物５、代謝産物６、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロール、グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニア、β−アミノイソブチレート、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレイン、ＦＤＰ−リシンタンパク質、スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、マレート、（−）Ｏ−アセチル−カルニチン、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルミル−ＣｏＡ、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテート、Ｄ−ラクテート、アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、Ｏ２、ＮＡＤＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、６−ホスホグルコネート、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２、３−オキソ−６−ヘキスロース、Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、Ｌ−アルギニン、Ｌ−アスパルテート、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）、ピロホスフェート、ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、キサントシン、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、デオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）、レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、グルタチオン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α−メ���ルブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、ウロカネート、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、グルタリル−ＣｏＡ、アセトアセチル−ＣｏＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択される代謝産物であることを特徴とするキット。
【請求項９】
疾患の存在を検出する方法において、
個体のサンプルを採取するステップと、
前記サンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、
少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、
前記バイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、
前記個体が疾患を有するかどうかを決定するステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法において、前記少なくとも１種のバイオマーカーは、１，３−ジメチルウレート、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２、代謝産物３、ヒプレート、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４、代謝産物５、代謝産物６、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロール、グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニア、β−アミノイソブチレート、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレイン、ＦＤＰ−リシンタンパク質、スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、マレート、（−）Ｏ−アセチル−カルニチン、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルミル−ＣｏＡ、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテート、Ｄ−ラクテート、アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、Ｏ２、ＮＡＤＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、６−ホスホグルコネート、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２、３−オキソ−６−ヘキスロース、Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、Ｌ−アルギニン、Ｌ−アスパルテート、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）、ピロホスフェート、ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、キサントシン、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、デオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）、レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、グルタチオン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α−メチ���ブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、ウロカネート、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、グルタリル−ＣｏＡ、アセトアセチル−ＣｏＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択される代謝産物であることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項９に記載の方法において、前記疾患は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｏｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＴＬＶ）、ジョンカニンガムウイルス（ＪＣウイルス）、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルス、エボラウイルス、アデノ随伴ウイルス、アイチウイルス、オーストラリアコウモリリッサウイルス、ＢＫポリオーマウイルス、バンナウイルス、バーマ森林ウイルス、ブニヤムウェラウイルス、ブニヤウイルスラクロス、ブニヤウイルスカンジキウサギ、オナガザルヘルペスウイルス、チャンディプラウイルス、コサウイルスＡ、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ドーリウイルス、ジュグベウイルス、デュベンヘイジウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エコーウイルス、脳心筋炎ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、欧州コウモリリッサウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、ハンタンウイルス、ヘンドラウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、デルタ型肝炎ウイルス、ウマポックスウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトアストロウイルス、ヒトコロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトエンテロウイルス６８、ヒトエンテロウイルス７０、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１、ＨＰＶ２、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、ヒトパラインフルエンザ、ヒトパルボウイルスＢ１９、ヒト呼吸器多核体ウイルス、ヒトライノウイルス、ヒト重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス、ヒトスプーマレトロウイルス、ヒトトロウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、イスファハンウイルス、ＪＣポリオーマウイルス、日本脳炎ウイルス、ジュニンアレナウイルス、ＫＩポリオーマウイルス、クンジンウイルス、ラゴスコウモリウイルス、ビクトリア湖マールブルグウイルス、ランガットウイルス、ラッサウイルス、ローズデールウイルス、跳躍病ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、マチュポウイルス、マヤロウイルス、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス、麻疹ウイルス、メンゴ脳心筋炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルス、モコラウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、マレー渓谷脳炎ウイルス、ニューヨークウイルス、ニパウイルス、ノーウォークウイルス、オニョンニョンウイルス、オルフウイルス、オロポーシェウイルス、ピチンデウイルス、ポリオウイルス、プンタトロフレボウイルス、プーマラウイルス、狂犬病ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ロサウイルスＡ、ロスリバーウイルス、ロタウイルスＡ、ロタウイルスＢ、ロタウイルスＣ、風疹ウイルス、サギヤマウイルス、サリウイルスＡ、サシチョウバエ熱シチリアウイルス、サッポロウイルス、セムリキ森林ウイルス、ソウルウイルス、サル泡沫状ウイルス、シミアンウイルス５、シンドビスウイルス、サウサンプトンウイルス、セントルイス脳炎ウ��ルス、ダニ媒介ポワッサンウイルス、トルクテノウイルス、トスカーナウイルス、ウークニエミウイルス、ワクシニアウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、痘瘡ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、ＷＵポリオーマウイルス、西ナイルウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス、ヤバ様疾患ウイルスならびに黄熱ウイルスからなる群から選択されるウイルスであることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項９に記載の方法において、前記検出するステップは、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー質量分析、ガスクロマトグラフィー質量分析、高速液体クロマトグラフィー質量分析、キャピラリー電気泳動質量分析、核磁気共鳴分光（ＮＭＲ）、ラマン分光および赤外分光からなる群から選択される方法を使用するステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項９に記載の方法において、前記サンプルは、血液、血漿、尿、唾液、涙、組織および脳脊髄液（ＣＳＦ）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項１４】
疾患のステージを決定する方法において、
個体のサンプルを採取するステップと、
前記サンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、
少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、
前記バイオマーカーのレベルを既知のステージレベルと比較するステップと、
前記個体の前記疾患のステージを決定するステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法において、前記少なくとも１種のバイオマーカーは、１，３−ジメチルウレート、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２、代謝産物３、ヒプレート、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４、代謝産物５、代謝産物６、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロール、グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニア、β−アミノイソブチレート、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレイン、ＦＤＰ−リシンタンパク質、スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、マレート、（−）Ｏ−アセチル−カルニチン、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルミル−ＣｏＡ、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテート、Ｄ−ラクテート、アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、Ｏ２、ＮＡＤＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、６−ホスホグルコネート、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２、３−オキソ−６−ヘキスロース、Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、Ｌ−アルギニン、Ｌ−アスパルテート、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）、ピロホスフェート、ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、キサントシン、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、デオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）、レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、グルタチオン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α−メ���ルブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、ウロカネート、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、グルタリル−ＣｏＡ、アセトアセチル−ＣｏＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択される代謝産物であることを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１４に記載の方法において、前記疾患は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｏｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＴＬＶ）、ジョンカニンガムウイルス（ＪＣウイルス）、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルス、エボラウイルス、アデノ随伴ウイルス、アイチウイルス、オーストラリアコウモリリッサウイルス、ＢＫポリオーマウイルス、バンナウイルス、バーマ森林ウイルス、ブニヤムウェラウイルス、ブニヤウイルスラクロス、ブニヤウイルスカンジキウサギ、オナガザルヘルペスウイルス、チャンディプラウイルス、コサウイルスＡ、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ドーリウイルス、ジュグベウイルス、デュベンヘイジウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エコーウイルス、脳心筋炎ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、欧州コウモリリッサウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、ハンタンウイルス、ヘンドラウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、デルタ型肝炎ウイルス、ウマポックスウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトアストロウイルス、ヒトコロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトエンテロウイルス６８、ヒトエンテロウイルス７０、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１、ＨＰＶ２、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、ヒトパラインフルエンザ、ヒトパルボウイルスＢ１９、ヒト呼吸器多核体ウイルス、ヒトライノウイルス、ヒト重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス、ヒトスプーマレトロウイルス、ヒトトロウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、イスファハンウイルス、ＪＣポリオーマウイルス、日本脳炎ウイルス、ジュニンアレナウイルス、ＫＩポリオーマウイルス、クンジンウイルス、ラゴスコウモリウイルス、ビクトリア湖マールブルグウイルス、ランガットウイルス、ラッサウイルス、ローズデールウイルス、跳躍病ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、マチュポウイルス、マヤロウイルス、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス、麻疹ウイルス、メンゴ脳心筋炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルス、モコラウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、マレー渓谷脳炎ウイルス、ニューヨークウイルス、ニパウイルス、ノーウォークウイルス、オニョンニョンウイルス、オルフウイルス、オロポーシェウイルス、ピチンデウイルス、ポリオウイルス、プンタトロフレボウイルス、プーマラウイルス、狂犬病ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ロサウイルスＡ、ロスリバーウイルス、ロタウイルスＡ、ロタウイルスＢ、ロタウイルスＣ、風疹ウイルス、サギヤマウイルス、サリウイルスＡ、サシチョウバエ熱シチリアウイルス、サッポロウイルス、セムリキ森林ウイルス、ソウルウイルス、サル泡沫状ウイルス、シミアンウイルス５、シンドビスウイルス、サウサンプトンウイルス、セントルイス脳炎��イルス、ダニ媒介ポワッサンウイルス、トルクテノウイルス、トスカーナウイルス、ウークニエミウイルス、ワクシニアウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、痘瘡ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、ＷＵポリオーマウイルス、西ナイルウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス、ヤバ様疾患ウイルスならびに黄熱ウイルスからなる群から選択されるウイルスであることを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１４に記載の方法において、前記検出するステップは、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー質量分析、ガスクロマトグラフィー質量分析、高速液体クロマトグラフィー質量分析、キャピラリー電気泳動質量分析、核磁気共鳴分光（ＮＭＲ）、ラマン分光および赤外分光からなる群から選択される方法を使用するステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１４に記載の方法において、前記サンプルは、血液、血漿、尿、唾液、涙、組織および脳脊髄液（ＣＳＦ）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項１９】
疾患処置の進捗をモニタリングする方法において、
個体のサンプルを採取するステップと、
前記サンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、
少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、
前記バイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、
前記処置が前記疾患を逆転させるようにまたは予防するように働いているかどうかを決定するステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法において、前記少なくとも１種のバイオマーカーは、１，３−ジメチルウレート、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２、代謝産物３、ヒプレート、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４、代謝産物５、代謝産物６、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロール、グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニア、β−アミノイソブチレート、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレイン、ＦＤＰ−リシンタンパク質、スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、マレート、（−）Ｏ−アセチル−カルニチン、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルミル−ＣｏＡ、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテート、Ｄ−ラクテート、アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、Ｏ２、ＮＡＤＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、６−ホスホグルコネート、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２、３−オキソ−６−ヘキスロース、Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、Ｌ−アルギニン、Ｌ−アスパルテート、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）、ピロホスフェート、ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、キサントシン、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、デオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）、レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、グルタチオン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α−メ���ルブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、ウロカネート、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、グルタリル−ＣｏＡ、アセトアセチル−ＣｏＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択される代謝産物であることを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１９に記載の方法において、前記処置される疾患は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｏｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＴＬＶ）、ジョンカニンガムウイルス（ＪＣウイルス）、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルス、エボラウイルス、アデノ随伴ウイルス、アイチウイルス、オーストラリアコウモリリッサウイルス、ＢＫポリオーマウイルス、バンナウイルス、バーマ森林ウイルス、ブニヤムウェラウイルス、ブニヤウイルスラクロス、ブニヤウイルスカンジキウサギ、オナガザルヘルペスウイルス、チャンディプラウイルス、コサウイルスＡ、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ドーリウイルス、ジュグベウイルス、デュベンヘイジウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エコーウイルス、脳心筋炎ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、欧州コウモリリッサウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、ハンタンウイルス、ヘンドラウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、デルタ型肝炎ウイルス、ウマポックスウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトアストロウイルス、ヒトコロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトエンテロウイルス６８、ヒトエンテロウイルス７０、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１、ＨＰＶ２、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、ヒトパラインフルエンザ、ヒトパルボウイルスＢ１９、ヒト呼吸器多核体ウイルス、ヒトライノウイルス、ヒト重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス、ヒトスプーマレトロウイルス、ヒトトロウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、イスファハンウイルス、ＪＣポリオーマウイルス、日本脳炎ウイルス、ジュニンアレナウイルス、ＫＩポリオーマウイルス、クンジンウイルス、ラゴスコウモリウイルス、ビクトリア湖マールブルグウイルス、ランガットウイルス、ラッサウイルス、ローズデールウイルス、跳躍病ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、マチュポウイルス、マヤロウイルス、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス、麻疹ウイルス、メンゴ脳心筋炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルス、モコラウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、マレー渓谷脳炎ウイルス、ニューヨークウイルス、ニパウイルス、ノーウォークウイルス、オニョンニョンウイルス、オルフウイルス、オロポーシェウイルス、ピチンデウイルス、ポリオウイルス、プンタトロフレボウイルス、プーマラウイルス、狂犬病ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ロサウイルスＡ、ロスリバーウイルス、ロタウイルスＡ、ロタウイルスＢ、ロタウイルスＣ、風疹ウイルス、サギヤマウイルス、サリウイルスＡ、サシチョウバエ熱シチリアウイルス、サッポロウイルス、セムリキ森林ウイルス、ソウルウイルス、サル泡沫状ウイルス、シミアンウイルス５、シンドビスウイルス、サウサンプトンウイルス、セント��イス脳炎ウイルス、ダニ媒介ポワッサンウイルス、トルクテノウイルス、トスカーナウイルス、ウークニエミウイルス、ワクシニアウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、痘瘡ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、ＷＵポリオーマウイルス、西ナイルウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス、ヤバ様疾患ウイルスならびに黄熱ウイルスからなる群から選択されるウイルスであることを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項１９に記載の方法において、前記検出するステップは、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー質量分析、ガスクロマトグラフィー質量分析、高速液体クロマトグラフィー質量分析、キャピラリー電気泳動質量分析、核磁気共鳴分光（ＮＭＲ）、ラマン分光および赤外分光からなる群から選択される方法を使用するステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項２３】
請求項１９に記載の方法において、前記サンプルは、血液、血漿、尿、唾液、涙、組織および脳脊髄液（ＣＳＦ）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項２４】
請求項１９に記載の方法において、前記処置は、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓ９、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃｆｐ１、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮＳ、アルブミンベースのエディタ、Ｃ２ｃ１、Ｃ２ｃ３、ＴｅｖＣａｓ９、古細菌Ｃａｓ９、ＣａｓＹ．１〜ＣａｓＹ．６、ＣａｓＸ  ｇＲＮＡ、アルゴノートエンドヌクレアーゼｇＤＮＡ、アバカビル、アシクロビル（ａｃｉｃｌｏｖｉｒ）、アシクロビル（ａｃｙｃｌｏｖｉｒ）、アデホビル、アマンタジン、アンプレナビル、アンプリゲン、アルビドール、アタザナビル、アトリプラ、バラビル、シドフォビル、コンビビル、ドルテグラビル、ダルナビル、デラビリジンジダノシン、ドコサノール、エドクスジン、エファビレンツ、エムトリシタビン、エンフビルチド、エンテカビル、エコリエベル、ファムシクロビル、ホミビルセン、ホスアンプレナビル、ホスカルネット、ホスホネット、融合阻害剤、ガンシクロビル、イバシタビン、イムノビル、イドクスウリジン、イミキモド、インジナビル、イノシン、インターフェロン、Ｉ型インターフェロン、ＩＩ型インターフェロン、ＩＩＩ型インターフェロン、ラミブジン、ロピナビル、ロビライド、マラビロク、モロキシジン、メチサゾン、ネルフィナビル、ネビラピン、ネクサビル、ニタゾキサニド、ヌクレオシド類似体、ノビル、オセルタミビル、ペグインターフェロンα−２ａ、ペンシクロビル、ペラミビル、プレコナリル、ポドフィロトキシン、ラルテグラビル、リバビリン、リマンタジン、リトナビル、ピラミジン、サクイナビル、ソホスブビル、テラプレビル、テノホビル、テノホビルジソプロキシル、チプラナビル、トリフリジン、トリジビル、トロマンタジン、ツルバダ、バラシクロビル、バルガンシクロビル、ビクリビロック、ビダラビン、ビラミジン、ザルシタビン、ザナミビル、ジドブジンおよびこれらの組合わせからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項２５】
請求項１９に記載の方法において、バイオマーカーレベルに基づいて前記処置を調整して前記個体中での効果を改善するステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項２６】
ウイルスの抑制またはリバウンドを決定する方法において、
遺伝子編集療法、抗ウイルス処置またはこれらの組合わせからなる群から選択される処置を受けている、ウイルスを有する個体のサンプルを採取するステップと、
前記サンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、
少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、
前記バイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、
潜伏ウイルスが活性化されているかどうかを決定するステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２７】
請求項２６に記載の方法において、前記少なくとも１種のバイオマーカーは、１，３−ジメチルウレート、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２、代謝産物３、ヒプレート、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４、代謝産物５、代謝産物６、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロール、グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニア、β−アミノイソブチレート、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレイン、ＦＤＰ−リシンタンパク質、スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、マレート、（−）Ｏ−アセチル−カルニチン、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルミル−ＣｏＡ、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテート、Ｄ−ラクテート、アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、Ｏ２、ＮＡＤＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、６−ホスホグルコネート、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２、３−オキソ−６−ヘキスロース、Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、Ｌ−アルギニン、Ｌ−アスパルテート、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）、ピロホスフェート、ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、キサントシン、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、デオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）、レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、グルタチオン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α−メ���ルブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、ウロカネート、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、グルタリル−ＣｏＡ、アセトアセチル−ＣｏＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択される代謝産物であることを特徴とする方法。
【請求項２８】
請求項２６に記載の方法において、前記ウイルスは、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｏｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＴＬＶ）、ジョンカニンガムウイルス（ＪＣウイルス）、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルス、エボラウイルス、アデノ随伴ウイルス、アイチウイルス、オーストラリアコウモリリッサウイルス、ＢＫポリオーマウイルス、バンナウイルス、バーマ森林ウイルス、ブニヤムウェラウイルス、ブニヤウイルスラクロス、ブニヤウイルスカンジキウサギ、オナガザルヘルペスウイルス、チャンディプラウイルス、コサウイルスＡ、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ドーリウイルス、ジュグベウイルス、デュベンヘイジウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エコーウイルス、脳心筋炎ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、欧州コウモリリッサウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、ハンタンウイルス、ヘンドラウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、デルタ型肝炎ウイルス、ウマポックスウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトアストロウイルス、ヒトコロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトエンテロウイルス６８、ヒトエンテロウイルス７０、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１、ＨＰＶ２、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、ヒトパラインフルエンザ、ヒトパルボウイルスＢ１９、ヒト呼吸器多核体ウイルス、ヒトライノウイルス、ヒト重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス、ヒトスプーマレトロウイルス、ヒトトロウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、イスファハンウイルス、ＪＣポリオーマウイルス、日本脳炎ウイルス、ジュニンアレナウイルス、ＫＩポリオーマウイルス、クンジンウイルス、ラゴスコウモリウイルス、ビクトリア湖マールブルグウイルス、ランガットウイルス、ラッサウイルス、ローズデールウイルス、跳躍病ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、マチュポウイルス、マヤロウイルス、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス、麻疹ウイルス、メンゴ脳心筋炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルス、モコラウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、マレー渓谷脳炎ウイルス、ニューヨークウイルス、ニパウイルス、ノーウォークウイルス、オニョンニョンウイルス、オルフウイルス、オロポーシェウイルス、ピチンデウイルス、ポリオウイルス、プンタトロフレボウイルス、プーマラウイルス、狂犬病ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ロサウイルスＡ、ロスリバーウイルス、ロタウイルスＡ、ロタウイルスＢ、ロタウイルスＣ、風疹ウイルス、サギヤマウイルス、サリウイルスＡ、サシチョウバエ熱シチリアウイルス、サッポロウイルス、セムリキ森林ウイルス、ソウルウイルス、サル泡沫状ウイルス、シミアンウイルス５、シンドビスウイルス、サウサンプトンウイルス、セントルイス��炎ウイルス、ダニ媒介ポワッサンウイルス、トルクテノウイルス、トスカーナウイルス、ウークニエミウイルス、ワクシニアウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、痘瘡ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、ＷＵポリオーマウイルス、西ナイルウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス、ヤバ様疾患ウイルスならびに黄熱ウイルスからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項２９】
請求項２６に記載の方法において、前記検出するステップは、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー質量分析、ガスクロマトグラフィー質量分析、高速液体クロマトグラフィー質量分析、キャピラリー電気泳動質量分析、核磁気共鳴分光（ＮＭＲ）、ラマン分光および赤外分光からなる群から選択される方法を使用するステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項３０】
請求項２６に記載の方法において、前記サンプルは、血液、血漿、尿、唾液、涙、組織および脳脊髄液（ＣＳＦ）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項３１】
請求項２６に記載の方法において、前記遺伝子編集療法は、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓ９、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃｆｐ１、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮＳ、アルブミンベースのエディタ、Ｃ２ｃ１、Ｃ２ｃ３、ＴｅｖＣａｓ９、古細菌Ｃａｓ９、ＣａｓＹ．１〜ＣａｓＹ．６、ＣａｓＸ  ｇＲＮＡまたはアルゴノートエンドヌクレアーゼｇＤＮＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項３２】
請求項２６に記載の方法において、前記抗ウイルス療法は、アバカビル、アシクロビル（ａｃｉｃｌｏｖｉｒ）、アシクロビル（ａｃｙｃｌｏｖｉｒ）、アデホビル、アマンタジン、アンプレナビル、アンプリジェン、アルビドール、アタザナビル、アトリプラ、バラビル、シドフォビル、コンビビル、ドルテグラビル、ダルナビル、デラヴィルディン、ジダノシン、ドコサノール、エドクスジン、エファビレンツ、エムトリシタビン、エンフビルチド、エンテカビル、エコリエベル、ファムシクロビル、ホミビルセン、ホスアンプレナビル、ホスカルネット、ホスホネット、融合阻害剤、ガンシクロビル、イバシタビン、イムノビル、イドクスウリジン、イミキモド、インジナビル、イノシン、インターフェロン、Ｉ型インターフェロン、ＩＩ型インターフェロン、ＩＩＩ型インターフェロン、ラミブジン、ロピナビル、ロビライド、マラビロク、モロキシジン、メチサゾン、ネルフィナビル、ネビラピン、ネクサビル、ニタゾキサニド、ヌクレオシド類似体、ノビル、オセルタミビル、ペグインターフェロンα−２ａ、ペンシクロビル、ペラミビル、プレコナリル、ポドフィロトキシン、ラルテグラビル、リバビリン、リマンタジン、リトナビル、ピラミジン、サクイナビル、ソホスブビル、テラプレビル、テノホビル、テノホビルジソプロキシル、チプラナビル、トリフリジン、トリジビル、トロマンタジン、ツルバダ、バラシクロビル、バルガンシクロビル、ビクリビロック、ビダラビン、ビラミジン、ザルシタビン、ザナミビル、ジドブジンおよびこれらの組合わせからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項３３】
請求項２６に記載の方法において、潜伏ウイルスが活性化されている場合には前記潜伏ウイルスに関して前記個体を処置するステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項３４】
潜伏ウイルスを検出する方法において、
個体のサンプルを採取するステップと、
前記サンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、
少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、
前記バイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、
前記個体中に潜伏ウイルスが存在しているかどうかを決定するステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項３５】
請求項３４に記載の方法において、前記少なくとも１種のバイオマーカーは、１，３−ジメチルウレート、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２、代謝産物３、ヒプレート、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４、代謝産物５、代謝産物６、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロール、グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニア、β−アミノイソブチレート、プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレイン、ＦＤＰ−リシンタンパク質、スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、マレート、（−）Ｏ−アセチル−カルニチン、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルミル−ＣｏＡ、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテート、Ｄ−ラクテート、アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、Ｏ２、ＮＡＤＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、６−ホスホグルコネート、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２、３−オキソ−６−ヘキスロース、Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、Ｌ−アルギニン、Ｌ−アスパルテート、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）、ピロホスフェート、ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、キサントシン、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、デオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）、レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、グルタチオン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α−メ���ルブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、ウロカネート、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、グルタリル−ＣｏＡ、アセトアセチル−ＣｏＡおよびこれらの組合わせからなる群から選択される代謝産物であることを特徴とする方法。
【請求項３６】
請求項３４に記載の方法において、前記疾患は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｏｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＴＬＶ）、ジョンカニンガムウイルス（ＪＣウイルス）、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルス、エボラウイルス、アデノ随伴ウイルス、アイチウイルス、オーストラリアコウモリリッサウイルス、ＢＫポリオーマウイルス、バンナウイルス、バーマ森林ウイルス、ブニヤムウェラウイルス、ブニヤウイルスラクロス、ブニヤウイルスカンジキウサギ、オナガザルヘルペスウイルス、チャンディプラウイルス、コサウイルスＡ、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ドーリウイルス、ジュグベウイルス、デュベンヘイジウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エコーウイルス、脳心筋炎ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、欧州コウモリリッサウイルス、Ｇ型肝炎ウイルス、ハンタンウイルス、ヘンドラウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、デルタ型肝炎ウイルス、ウマポックスウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトアストロウイルス、ヒトコロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトエンテロウイルス６８、ヒトエンテロウイルス７０、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１、ＨＰＶ２、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、ヒトパラインフルエンザ、ヒトパルボウイルスＢ１９、ヒト呼吸器多核体ウイルス、ヒトライノウイルス、ヒト重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス、ヒトスプーマレトロウイルス、ヒトトロウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、イスファハンウイルス、ＪＣポリオーマウイルス、日本脳炎ウイルス、ジュニンアレナウイルス、ＫＩポリオーマウイルス、クンジンウイルス、ラゴスコウモリウイルス、ビクトリア湖マールブルグウイルス、ランガットウイルス、ラッサウイルス、ローズデールウイルス、跳躍病ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、マチュポウイルス、マヤロウイルス、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス、麻疹ウイルス、メンゴ脳心筋炎ウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルス、モコラウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、マレー渓谷脳炎ウイルス、ニューヨークウイルス、ニパウイルス、ノーウォークウイルス、オニョンニョンウイルス、オルフウイルス、オロポーシェウイルス、ピチンデウイルス、ポリオウイルス、プンタトロフレボウイルス、プーマラウイルス、狂犬病ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ロサウイルスＡ、ロスリバーウイルス、ロタウイルスＡ、ロタウイルスＢ、ロタウイルスＣ、風疹ウイルス、サギヤマウイルス、サリウイルスＡ、サシチョウバエ熱シチリアウイルス、サッポロウイルス、セムリキ森林ウイルス、ソウルウイルス、サル泡沫状ウイルス、シミアンウイルス５、シンドビスウイルス、サウサンプトンウイルス、セントルイス脳炎��イルス、ダニ媒介ポワッサンウイルス、トルクテノウイルス、トスカーナウイルス、ウークニエミウイルス、ワクシニアウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、痘瘡ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、ＷＵポリオーマウイルス、西ナイルウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス、ヤバ様疾患ウイルスならびに黄熱ウイルスからなる群から選択されるウイルスであることを特徴とする方法。
【請求項３７】
請求項３４に記載の方法において、前記検出するステップは、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー質量分析、ガスクロマトグラフィー質量分析、高速液体クロマトグラフィー質量分析、キャピラリー電気泳動質量分析、核磁気共鳴分光（ＮＭＲ）、ラマン分光および赤外分光からなる群から選択される方法を使用するステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項３８】
請求項３４に記載の方法において、前記サンプルは、血液、血漿、尿、唾液、涙、組織および脳脊髄液（ＣＳＦ）からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、バイオマーカープロファイルに基づいて、ウイルスに感染した個体の疾患状態を決定するための方法および診断に関する。より具体的には、本発明は、ウイルスの遺伝子エディタ処置を評価するための方法および診断に関する。
【背景技術】
【０００２】
多くの個体が、個体の細胞内で複製するウイルス感染（例えばＨＩＶおよび肝炎）に悩まされている。ウイルスは細胞内に潜伏し得、このことは、ウイルスは不活性であり疾患の症状を引き起こさないが、後に活性になり得ることを意味する。ウイルスに罹患している個体には抗ウイルス薬が定常的に投与されるが、抗ウイルス薬は潜伏ウイルスの問題には対処し得ない。従って、処置後に個体にウイルスが存在していないかどうかを決定することは困難な可能性がある。
【０００３】
ＳｌｕｐｓｋｙへのＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０６８５９２号明細書は、疾患の第１および第２の状態を有することが分かっている対象から第１および第２のセットの生物学的サンプルを得るステップにおいて、各生物学的サンプルは複数種のバイオマーカーを含み、第１および第２の状態は所定の期間により区別されるステップと、各サンプルに関して、複数のサンプルからのバイオマーカーの濃度に基づいて疾患の各状態に関するプロファイルを作成するステップと、疾患の未知の状態を有する対象からの生物学的サンプルに基づいてプロファイルを作成するステップと、この疾患の未知の状態のプロファイルを疾患の第１および第２の状態のプロファイルと比較して、この対象が疾患の第１の状態または疾患の第２の状態のうちの一方を有するかどうかを決定するステップとによる、対象の疾患の状態を決定する方法を開示する。この方法を使用して、個体がＨＩＶを有するかどうかおよび最近感染したのかどうかを決定する。
【０００４】
任意のタイプのウイルスの感染状態および治療がウイルスを処置するように働いているかどうかを決定する方法が依然として必要とされている。
【発明の概要】
【０００５】
本発明は、ウイルスの存在を示す少なくとも１種のバイオマーカーを検出するための試験を含む診断パネルを提供する。
【０００６】
本発明は、この診断パネルと、使用説明書と、サンプルを採取してパネルにアプライするための器具と、バイオマーカーレベルおよびその意味に関する説明書とを含むキットを提供する。
【０００７】
本発明は、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、この個体が疾患を有するかどうかを決定するステップとによる、疾患の存在を検出する方法を提供する。
【０００８】
本発明はさらに、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルを既知のステージレベルと比較するステップと、この個体の疾患のステージを決定するステップとによる、疾患のステージを決定する方法を提供する。
【０００９】
本発明はまた、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、疾患処置が疾患を逆転させるようにまたは予防するように働いているかどうかを決定するステップとによる、疾患処置の進捗をモニタリングする方法も提供する。
【００１０】
本発明は、遺伝子編集療法、抗ウイルス処置またはこれらの組合わせの処置を受けている個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、潜伏ウイルスが活性化されているかどうかを決定するステップとによる、ウイルスの抑制またはリバウンドを決定する方法を提供する。
【００１１】
本発明は、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、この個体中に潜伏ウイルスが存在しているかどうかを決定するステップとによる、潜伏ウイルスを検出する方法を提供する。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
本発明は概して、少なくとも１種の代謝産物またはバイオマーカーのレベルを決定するステップと、個体の代謝状態を決定するステップとによる、ウイルスの存在を決定するための診断パネルおよび方法を対象とする。この診断パネルは、様々な処置の最中での疾患ステージとウイルスの抑制またはリバウンドとを決定し得る。
【００１３】
用語「アッセイ」は、本明細書で使用される場合、混合物中のまたはサンプル中の特定の構成成分の量を決定する手順を指す。「アッセイ」は本明細書において、用語「試験」と互換的に使用され得る。
【００１４】
用語「バイオマーカー」は、本明細書で使用される場合、物質（例えば、限定されないがタンパク質、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、代謝産物もしくは他の生物学的物質、または検出された場合に疾患に関する個体の特定の健康なもしくは不健康な状態（特に活性化状態および／もしくは不活性状態のウイルス）を示す物質）を指す。
【００１５】
用語「健康な」は、本明細書で使用される場合、疾患が存在せず、健康であり且つ発病のリスクが相対的に低い個体の状態を指す。
【００１６】
用語「サンプル」は、本明細書で使用される場合、個体からの生物学的サンプルを指し、血液、血漿、尿、唾液、涙、組織または脳脊髄液（ＣＦＳ）であり得るがこれらに限定されない。
【００１７】
用語「疾患のステージ」は、本明細書で使用される場合、個体における疾患の進行を指す。このステージは、積極的、活動的、急性、最近、慢性、無痛性、非最近、原発性、持続性、寛解または無症候性であり得る。このステージはまた、疾患の非存在でもあり得る。
【００１８】
用語「個体」は、本明細書で使用される場合、好ましくはヒトを指すが、疾患に罹患しているあらゆる動物（例えば、限定されないがサル、イヌ、ネコ、ウサギ、コウモリ、ウマ、ヒツジ、ウシ、ブタ、マウスまたはラット）も指し得る。
【００１９】
最も一般的には、本診断パネルは、一連のバイオマーカーのレベルをモニタリングするために一緒に使用され得る一連の化学的な、免疫化学的なおよび／または酵素的なアッセイまたは試験を含む。この診断パネルを使用して、疾患の存在または個体が発病する傾向を決定し得る。この診断パネルを使用して、疾患の進行および疾患のステージ（例えば最近の感染（６ヶ月未満前に罹患）または慢性の感染（１２ヶ月超前に罹患））をマークすることもできる。疾患のステージに関して特定のバイオマーカーの可能性のあるレベルが挙げられ得る、病気の各ステージに関する様々な基準またはベースラインを作成し得る。疾患の様々なステージまたは構成成分の評価は、疾患の影響の介入または逆転に重要である。この診断パネルを使用して、処置後に疾患の根絶を確認し得る。最も好ましくは、この診断パネルは、ウイルスの存在を示す少なくとも１種のバイオマーカーを検出するための試験を含む。
【００２０】
本バイオマーカーは好ましくは、疾患（特にウイルス）の存在を示す代謝産物である。代謝産物は、エネルギー生産、成長、発達、シグナル伝達および複製のために細胞反応に関与し且つ細胞の要求に従って細胞に取り込まれ得るまたは細胞から放出され得る化学物質（概して１，０００Ｄａ未満）である。この化学物質として、糖、アミノ酸、有機酸および生体異物化合物が挙げられる。メタボロミクス（またはメタボノミクスと称される場合もある）は、細胞中のまたは系中の全ての代謝産物と、内的なまたは外的なストレス（例えば感染、疾患のステージ、または毒素への曝露）に起因する可能性がある変化との研究に専念する。代謝変化は、この代謝産物（即ち代謝経路）またはこの代謝産物を取り込むもしくは放出する輸送体を使用する化学反応での変化に起因し得る。ウイルスまたは細菌による人間の感染は、細胞レベル（感染部位）および（自然免疫応答を介した）全身の両方で大きな変化を引き起こす。この応答として、特定の免疫細胞のシグナル伝達、アポトーシスのシグナル伝達、輸送体の変化、ならびにミトコンドリア機能およびエネルギー生産の変化（細胞レベルでの代謝産物濃度変化としておよび血液中でのまたは尿中での全身的な代謝産物濃度変化として観測され得る変化）が挙げられるがこれらに限定されない。
【００２１】
本代謝産物として、１，３−ジメチルウレート（１，３−ｄｉｍｅｔｈｙｌｕｒａｔｅ）、レボグルコサン、１−メチルニコチンアミド、代謝産物１（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ  １）、２−ヒドロキシイソブチレート、２−オキソグルタレート、３−アミノイソブチレート、３−ヒドロキシブチレート、３−ヒドロキシイソバレレート、３−インドキシルスルフェート、４−ヒドロキシフェニルアセテート、４−ヒドロキシフェニルラクテート、４−ピリドキサート、アセテート、アセトアセテート、アセトン、アジペート、アラニン、アラントイン、アスパラギン、ベタイン、カルニチン、シトレート、クレアチン、クレアチニン、ジメチルアミン、エタノールアミン、ホルメート、フコース、フマレート、グルコース、グルタミン、グリシン、代謝産物２（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ  ２）、代謝産物３（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ  ３）、ヒプレート（ｈｉｐｐｕｒａｔｅ）、ヒスチジン、ヒポキサンチン、イソロイシン、ラクテート、ロイシン、リシン、マンニトール、代謝産物４（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ  ４）、代謝産物５（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ  ５）（メチルアミンの場合もある）、代謝産物６（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ  ６）（メチルグアニジンの場合もある）、Ｎ，Ｎ−ジメチルグリシン、Ｏ−アセチルカルニチン、パントテネート、プロピレングリコール、ピログルタメート、ピルベート、キノリネート、セリン、スクシネート、スクロース、代謝産物７（ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅ  ７）（タートレートの場合もある）、タウリン、スレオニン、トリゴネリン、トリメチルアミン−Ｎ−オキシド、トリプトファン、チロシン、ウラシル、尿素、バリン、キシロース、ｃｉｓ−アコニテート、ｍｙｏ−イノシトール、ｔｒａｎｓ−アコニテート、１−メチルヒスチジン、３−メチルヒスチジン、アスコルベート、フェニルアセチルグルタミン、４−ヒドロキシプロリン、グルコネート、ガラクトース、ガラクチトール、ガラクトネート、ラクトース、フェニルアラニン、プロリンベタイン、トリメチルアミン、ブチレート、プロピオネート、イソプロパノール、マンノース、３−メチルキサンチン、エタノール、ベンゾエート、グルタメート、グリセロールおよびこれらの組合わせが挙げられ得るがこれらに限定されない。
【００２２】
この代謝産物は、下記の代謝サイクルからのいずれかでもあり得る。
【００２３】
ポリプリン：グアノシン、グアニン、キサンチン、尿酸、アデノシン、イノシン、イノシン酸、ヒポキサンチン、キサンチン、ＣＯ２、Ｈ２Ｏ、尿素、Ｎ−カルボアモイル−β−アラニン、ベータ−アラニン、アンモニアおよびβ−アミノイソブチレート。
【００２４】
ポリアミン：プトレシン、スペルミジン、スペルミン、メチオニン、Ｓ−アデノシルメチオニン、脱カルボキシル化Ｓ−アデノシルメチオニン、アルギニン、オルニチン、プトレシン、Ｎ１−アセチルスペルミジン、Ｎ１−アセチルスペルミン、ｅｌＦ５Ａ（Ｌｙｓ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｄｈｐ）、ｅｌＦ５Ａ（Ｈｐｕ）、Ｎ１Ｎ２−ジアセチルスペルミン、３−アミノプロパナール、３−アセチルアミノプロパナール、アクロレインおよびＧＤＰ−リシンタンパク質。
【００２５】
ＫＲＥＢＳ／ＴＣＡサイクル：スレオ−Ｄｓ−イソシトレート、オキサロ−スクシネート、２−オキソ−グルタレート、オキサロ−アセテート、Ｌ−グルタメート、２−ヒドロキシ−グルタレート、ピルベート、アセチル−ＣｏＡ、ｃｉｓ−アコニテート、Ｄ−イソシトレート、α−ケトグルタレート、スクシニル−ＣｏＡ、スクシネート、フマレート、マレート、グリシン、シトレート、カルニチン、（−）Ｏ−アセチルカルニチン、ｃｉｓ−アコニテート、イタコネート、グリコレート、グリオキシレート、オキサレート、オキサリル−ＣｏＡ、ホルメート、ホルミル−ＣｏＡおよびＣＯ２。
【００２６】
解糖および糖新生：グルコース、グルコース６−ホスフェート（Ｇ６Ｐ）、フルクトース６−ホスフェート（Ｆ６Ｐ）、フルクトース−１，６−ビホスフェート（Ｆ１，６ＢＰ）、グリセルアルデヒド３−ホスフェート（ＧＡＤＰ）、ジヒドロキシアセトンホスフェート（ＤＨＡＰ）、１，３−ビスホスホグリセリン酸（１，３ＢＰＧ）、３−ホスホグリセリン酸（３ＰＧ）、２−ホスホグリセリン酸（２ＰＧ）、ホスホエノールピルビン酸（ＰＥＰ）、ピルベート、Ｄ−グルコース、Ｄ−グルコノ−１，５−ラクトン、Ｄ−グルコネート、α−Ｄ−マンノース６−Ｐ、Ｄ−マンノース、Ｄ−フルクトース、Ｄ−ソルビトール、グリセロン−Ｐ、ｓｎ−グリセロール−３Ｐ、グリセロール、Ｄ−グリセルアルデヒド、１，２−プロパン−ジオール、２−ヒドロキシプロピオンアルデヒド、３−Ｐ−セリン、３−Ｐ−ヒドロキシピルベート、Ｄ−グリセレート、ヒドロキシピルベート、Ｌ−アラニン、Ｌ−アラニル−ｔＲＮＡ、Ｌ−グルタメート、２−オキソグルタレート、Ｌ−ラクテートおよびＤ−ラクテート。
【００２７】
酸化的リン酸化：アデノシントリホスフェート（ＡＴＰ）、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、Ｈ＋、スクシネート、フマレート、Ｈ２Ｏ、Ｏ２、ＮＡＤＨおよびＮＡＤ＋。
【００２８】
ペントースホスフェート：グルコース６−ホスフェート、ＮＡＤＰ＋、ＮＡＤＰＨ、６−ホスホグルコノラトン、Ｈ２Ｏ、Ｈ＋、６−ホスホグルコネート、ＣＯ２、リブロース−５−ホスフェート、リボース−５−ホスフェート、キシルロース−５−ホスフェート、グリセルアルデヒド３−ホスフェート、セドヘプツロース７−ホスフェート、フルクトース６−ホスフェート、エリトロース４−ホスフェートおよびキシルロース−５−ホスフェート、Ｄ−リブロース、Ｄ−リビトール、Ｄ−リボース、Ｌ−リブロース、セドヘプツロース１，７Ｐ２および３−オキソ−６−ヘキスロース。
【００２９】
尿素サイクル：Ｌ−オルニチン、カルバモイルホスフェート、Ｌ−シトルリン、アルギニノスクシネート、フマレート、Ｌ−アルギニン、尿素、Ｌ−アスパルテート、アデノシンジホスフェート（ＡＤＰ）、アデノシンモノホスフェート（ＡＭＰ）およびピロホスフェート。
【００３０】
脂肪酸β−酸化：ｔｒａｎｓ−Δ２−エノイル−ＣｏＡ、Ｌ−β−ヒドロキシアシルＣｏＡ、β−ケトアシルＣｏＡ、ＦＡＤＨ２、ＮＡＤＨ、アセチル−ＣｏＡ、アシル−ＣｏＡ、プロピオニル−ＣｏＡおよびスクシニル−ＣｏＡ。
【００３１】
ヌクレオチド代謝：ＡＭＰ、イノシンモノホスフェート（ＩＭＰ）、キサントシンモノホスフェート（ＸＭＰ）、グアノシンモノホスフェート（ＧＭＰ）、リボース−５−ホスフェート、アデノシン、イノシン、ヒポキサンチン、キサントシン、キサンチン、グアノシン、グアニン、尿酸、フマレート、アデニロスクシネート、ウリジン、ウリジンモノホスフェート（ＵＭＰ）、ＡＤＰ、チミジン、チミン、デオキシリボース−１−ホスフェート、デオキシチミジンモノホスフェート（ｄＴＭＰ）、デオキシシチジン、ＡＴＰおよびデオキシシチジンモノホスフェート（ｄＣＭＰ）。
【００３２】
補助因子およびビタミン：レチニルパルミテート、パルミテート、パルミチル−ＣｏＡ、レチノエート、β−グルクロニド、レチナール、β−カロテン、レチノイン酸、カルシジオール、２５−ヒドロイエルゴカルシフェロール（２５−ｈｙｄｒｏｙｅｒｇｏｃａｌｃｉｆｅｒｏｌ）、カルシトリオール、メチルコバラミン、５’−デオキシアデノシルコバラミン、α−ＣＥＣＨ、ＮＡＤ＋、ＮＡＤＨ、ＡＤＰおよびＡＴＰ。
【００３３】
アミノ酸代謝：グルタメート、ＮＨ４＋、α−ケトグルタレート、ピルベート、オキサロアセテート、グルタメートγ−セミアルデヒド、Δ１−ピロリン−５−カルボキシレート、シトルリン、アルギニン、尿素、オルニチン、グリシン、ＣＯ２、ＮＨ３、Ｎ５，Ｎ１０−メチレンＴＨＦ、３−ホスホグリセレート、α−ケトブチレート、プロピオニル−ＣｏＡ、スクシニル−ＣｏＡ、アセチル−ＣｏＡ、セリン、α−アミノ−β−ケトブチレート、アミノアセトン、システインスルフィネート、β−スルフィニルピルベート、ビサルファイト、サルファイト、スルフェート、アラニン、グルタチオン、タウリン、ヒポタウリン、アデノシン５’−ホスホスルフェート、３’−ホスホアデノシン５’−ホスホスルフェート、ホモシステイン、α−ケト−β−メチルバレレート、α−ケトイソカプロエート、α−ケトイソバレレート、α−メチルブチリル−ＣｏＡ、チグリル−ＣｏＡ、３−メチル−３−ヒドロキシブチリル−ＣｏＡ、２−メチルアセトアセチル−ＣｏＡ、イソバレリル−ＣｏＡ、３−メチルクロトニル−ＣｏＡ、３−メチルグルタコニル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシ−３−メチルグルタリル−ＣｏＡ、アセトアセテート、イソブチリルＣｏＡ、メタクリリル−ＣｏＡ、３−ヒドロキシイソブチリル−ＣｏＡ、メチルマロン酸セミアルデヒド、チロシン、ｐ−ヒドロキシフェニルピルベート、ホモゲンチセート、４−マレイルアセトアセテート、４−フマリルアセトアセテート、フマレート、３−ヒドロキシトリメチルリシン、４−Ｎ−トリメチルアミノブチルアルデヒド、γ−ブチロベタイン、カルニチン、ウロカネート（ｕｒｏｃａｎａｔｅ）、４−イミダゾロン−５−プロピオネート、Ｎ−ホルミミドイル−Ｌ−グルタメート、Ｎ５−ホルミミノ−テトラヒドロホレート、ヒスタミン、Ｎ−ホルミル−キヌレニン、キヌレニン、キヌレネート、３−ヒドロキシキヌレニン、アントラニレート、３−ヒドロキシアントラニレート、キノリネート、グルタリル−ＣｏＡおよびアセトアセチル−ＣｏＡ。
【００３４】
疾患の状態の決定において、代謝産物の任意の組合わせだけでなく、単一の代謝産物も使用し得る。
【００３５】
好ましくは、本診断パネルで検出される疾患はウイルスであり、例えば、限定されないがヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、ヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｏｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ）（ＨＴＬＶ）、ジョンカニンガム（Ｊｏｈｎ  Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ）ウイルス（ＪＣウイルス）、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニア（Ｃｈｉｋｕｎｇｕｎｙａ）ウイルス、エボラウイルス、アデノ随伴ウイルス、アイチ（ａｉｃｈｉ）ウイルス、オーストラリアコウモリリッサウイルス（Ａｕｓｔｒａｌｉａｎ  ｂａｔ  ｌｙｓｓａｖｉｒｕｓ）、ＢＫポリオーマウイルス、バンナ（Ｂａｎｎａ）ウイルス、バーマ森林ウイルス（Ｂａｒｍａｈ  ｆｏｒｅｓｔ  ｖｉｒｕｓ）、ブニヤムウェラ（Ｂｕｎｙａｍｗｅｒａ）ウイルス、ブニヤウイルスラクロス（Ｂｕｎｙａｖｉｒｕｓ  Ｌａ  Ｃｒｏｓｓｅ）、ブニヤウイルスカンジキウサギ（Ｂｕｎｙａｖｉｒｕｓ  ｓｎｏｗｓｈｏｅ  ｈａｒｅ）、オナガザルヘルペスウイルス、チャンディプラ（Ｃｈａｎｄｉｐｕｒａ）ウイルス、コサウイルス（Ｃｏｓａｖｉｒｕｓ）Ａ、牛痘ウイルス、コクサッキーウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ドーリ（Ｄｈｏｒｉ）ウイルス、ジュグベ（Ｄｕｇｂｅ）ウイルス、デュベンヘイジ（Ｄｕｖｅｎｈａｇｅ）ウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、エコーウイルス、脳心筋炎ウイルス、エプスタイン・バー（Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒ）ウイルス、欧州コウモリリッサウイルス（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｂａｔ  ｌｙｓｓａｖｉｒｕｓ）、Ｇ型肝炎ウイルス、ハンタン（Ｈａｎｔａａｎ）ウイルス、ヘンドラ（Ｈｅｎｄｒａ）ウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、デルタ型肝炎ウイルス、ウマポックスウイルス、ヒトアデノウイルス、ヒトアストロウイルス、ヒトコロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトエンテロウイルス６８、ヒトエンテロウイルス７０、ヒトヘルペスウイルス６、ヒトヘルペスウイルス７、ヒトヘルペスウイルス８、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）１、ＨＰＶ２、ＨＰＶ１６、ＨＰＶ１８、ヒトパラインフルエンザ、ヒトパルボウイルスＢ１９、ヒト呼吸器多核体ウイルス、ヒトライノウイルス、ヒト重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）コロナウイルス、ヒトスプーマレトロウイルス（ｈｕｍａｎ  ｓｐｕｍａｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ）、ヒトトロウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、イスファハン（Ｉｓｆａｈａｎ）ウイルス、ＪＣポリオーマウイルス、日本脳炎ウイルス、ジュニン（Ｊｕｎｉｎ）アレナウイルス、ＫＩポリオーマウイルス、クンジン（Ｋｕｎｊｉｎ）ウイルス、ラゴスコウモリウイルス（Ｌａｇｏｓ  ｂａｔ  ｖｉｒｕｓ）、ビクトリア湖（Ｌａｋｅ  Ｖｉｃｔｏｒｉａ）マールブルグウイルス、ランガット（Ｌａｎｇａｔ）ウイルス、ラッサ（Ｌａｓｓａ）ウイルス、ローズデール（Ｌｏｒｄｓｄａｌｅ）ウイルス、跳躍病ウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス、マチュポ（Ｍａｃｈｕｐｏ）ウイルス、マヤロ（Ｍａｙａｒｏ��ウイルス、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）コロナウイルス、麻疹ウイルス、メンゴ（Ｍｅｎｇｏ）脳心筋炎ウイルス、メルケル（Ｍｅｒｋｅｌ）細胞ポリオーマウイルス、モコラ（Ｍｏｋｏｌａ）ウイルス、伝染性軟属腫ウイルス、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、マレー渓谷脳炎ウイルス、ニューヨークウイルス、ニパウイルス、ノーウォークウイルス、オニョンニョン（Ｏ’ｎｙｏｎｇ−ｎｙｏｎｇ）ウイルス、オルフウイルス、オロポーシェ（Ｏｒｏｐｏｕｃｈｅ）ウイルス、ピチンデウイルス、ポリオウイルス、プンタトロ（Ｐｕｎｔａ  ｔｏｒｏ）フレボウイルス、プーマラウイルス、狂犬病ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、ロサウイルス（Ｒｏｓａｖｉｒｕｓ）Ａ、ロスリバーウイルス、ロタウイルスＡ、ロタウイルスＢ、ロタウイルスＣ、風疹ウイルス、サギヤマ（Ｓａｇｉｙａｍａ）ウイルス、サリウイルス（Ｓａｌｉｖｉｒｕｓ）Ａ、サシチョウバエ熱シチリア（ｓａｎｄｆｌｙ  ｆｅｖｅｒ  Ｓｉｃｉｌｉａｎ）ウイルス、サッポロウイルス、セムリキ森林（Ｓｅｍｌｉｋｉ  ｆｏｒｅｓｔ）ウイルス、ソウルウイルス、サル泡沫状ウイルス、シミアンウイルス５、シンドビスウイルス、サウサンプトン（Ｓｏｕｔｈｈａｍｐｔｏｎ）ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、ダニ媒介ポワッサンウイルス、トルクテノウイルス、トスカーナウイルス、ウークニエミ（Ｕｌｕｋｕｎｉｅｍｉ）ウイルス、ワクシニアウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、痘瘡ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、西部ウマ脳炎ウイルス、ＷＵポリオーマウイルス、西ナイルウイルス、ヤバサル腫瘍ウイルス、ヤバ様疾患ウイルス（Ｙａｂａ−ｌｉｋｅ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｖｉｒｕｓ）ならびに黄熱ウイルスである。
【００３６】
通常、本診断パネルは、支持構造体（例えば、サンプルを保持するために複数のウェルを有するフラットマイクロウェルプレート（例えばＥＬＩＳＡプレート））を使用し得る。各試験に必要とされる場合には、このウェルに様々な酵素または抗体をアプライし得る。この診断パネルは、サンプルの汚染または望ましくない拡散を防止するために、プラスチックまたは別の適切な材料の筐体に封入され得る。バイオマーカーの濃度データを感知するために、様々なセンサーが含まれ得る。プロセッサは、この濃度データを分析し、疾患または特定の疾患のステージの存在に関する結果をもたらし得る。
【００３７】
様々な方法（例えば、限定されないが液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー質量分析、ガスクロマトグラフィー質量分析、高速液体クロマトグラフィー質量分析、キャピラリー電気泳動質量分析、核磁気共鳴分光（ＮＭＲ）、ラマン分光または赤外分光）を使用してバイオマーカーの存在を検出し得る。
【００３８】
本発明の診断パネルをキットに含め得る。このキットは、この診断パネルと、使用説明書と、サンプルを採取してこのパネルにアプライするための器具（例えば、限定されないが綿棒、シリンジまたはバイアル）と、バイオマーカーレベルおよびその意味（例えば正常値）に関する説明書とを含み得る。このキットは、バイオマーカーを検出するのに必要とされる場合には様々な抗体を含み得る。
【００３９】
本発明は、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、この個体が疾患を有するかどうかを決定するステップとによる、疾患の存在を検出する方法を提供する。最も好ましくは、このバイオマーカーは、ウイルス（例えば、上記で説明したいずれか）の存在を示す。このバイオマーカーを、上記で説明した方法のいずれかにより検出し得る。疾患の存在に関するベーララインを、疾患を有することが分かっている個体をベースとして作成し得る。このバイオマーカーの様々な濃度が疾患の存在を示し得る。この個体が疾患を有すると決定した場合には、処置を推奨し得る。
【００４０】
本発明はさらに、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルを既知のステージレベルと比較するステップと、この個体の疾患のステージを決定するステップとによる、疾患のステージを決定する方法を提供する。このバイオマーカーを、上記で説明した方法のいずれかにより検出し得る。様々なステージレベルのベースラインを、特定のステージを有することが分かっている個体をベースとして当分野で既知の方法により作成し得る。このバイオマーカーの様々な濃度が様々なステージを示し得る。決定したステージに応じて、この個体に処置を推奨し得る。
【００４１】
本発明はまた、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、疾患処置が疾患を逆転させるようにまたは予防するように働いているかどうかを決定するステップとによる、疾患処置の進捗をモニタリングする方法も提供する。このバイオマーカーを、上記で説明した方法のいずれかにより検出し得る。ベースラインを上記で説明したように作成し得る。
【００４２】
本処置は遺伝子編集療法であり得、例えば、限定されないがＣＲＩＳＰＲ  Ｃａｓ９、ＣＲＩＳＰＲ  Ｃｆｐ１、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮＳ、アルブミンベースのエディタ、および他のＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼ、例えばＣ２ｃ１、Ｃ２ｃ３、ＴｅｖＣａｓ９、古細菌Ｃａｓ９、ＣａｓＹ．１〜ＣａｓＹ．６、ＣａｓＸ  ｇＲＮＡまたはアルゴノートエンドヌクレアーゼｇＤＮＡであり得る。この処置はまた、任意の他の抗ウイルス処置（プロテアーゼ阻害剤、インテグラーゼ阻害剤、ＲＴ阻害剤）でもあり得、例えば、限定されないがアバカビル、アシクロビル（ａｃｉｃｌｏｖｉｒ）、アシクロビル（ａｃｙｃｌｏｖｉｒ）、アデホビル、アマンタジン、アンプレナビル、アンプリゲン（ａｍｐｌｉｇｅｎ）、アルビドール、アタザナビル、アトリプラ、バラビル（ｂａｌａｖｉｒ）、シドフォビル、コンビビル、ドルテグラビル、ダルナビル、デラビリジン、ジダノシン、ドコサノール、エドクスジン、エファビレンツ、エムトリシタビン、エンフビルチド、エンテカビル、エコリエベル（ｅｃｏｌｉｅｖｅｒ）、ファムシクロビル、ホミビルセン、ホスアンプレナビル、ホスカルネット、ホスホネット、融合阻害剤、ガンシクロビル、イバシタビン、イムノビル、イドクスウリジン、イミキモド、インジナビル、イノシン、インターフェロン、Ｉ型インターフェロン、ＩＩ型インターフェロン、ＩＩＩ型インターフェロン、ラミブジン、ロピナビル、ロビライド、マラビロク、モロキシジン、メチサゾン、ネルフィナビル、ネビラピン、ネクサビル（ｎｅｘａｖｉｒ）、ニタゾキサニド、ヌクレオシド類似体、ノビル（ｎｏｖｉｒ）、オセルタミビル、ペグインターフェロンα−２ａ、ペンシクロビル、ペラミビル、プレコナリル、ポドフィロトキシン、ラルテグラビル、リバビリン、リマンタジン、リトナビル、ピラミジン、サクイナビル、ソホスブビル、テラプレビル、テノホビル、テノホビルジソプロキシル、チプラナビル、トリフリジン（ｔｒｉｆｕｒｉｚｉｎｅ）、トリジビル、トロマンタジン、ツルバダ、バラシクロビル、バルガンシクロビル、ビクリビロック、ビダラビン、ビラミジン、ザルシタビン、ザナミビル、またはジドブジンであり得る。この処置はまた、遺伝子編集療法と抗ウイルス処置との組合わせでもあり得る。バイオマーカーレベルの結果に基づいて、必要に応じて、処方した処置または用量を調整して個体中でのこれらの効果を改善し得る。
【００４３】
本診断パネルを使用して、遺伝子編集療法もしくは抗ウイルス処置のいずれかによるまたは併用処置による個体の処置の最中に、ウイルスの抑制またはリバウンドを決定し得る。このようにして、ウイルスの潜伏集団を活性化についてモニタリングし得、活性ウイルスを見出した場合には処置を調整し得る。この結果に基づいて、様々な処置を処方し得る、または現在の処置の用量を変更し得る。例えば、ＨＩＶウイルスの最初の感染後、この一次ＨＩＶ感染は数週間から数ヶ月内に収まり、典型的には最大１０年にわたり持続し得る長期の臨床「潜伏」期間が続く。この潜伏期間は無症候性ＨＩＶ感染または慢性ＨＩＶ感染とも称される。対象のＣＤ４リンパ球数は回復するが感染前レベルまでは回復せず、ほとんどの対象はセロコンバージョンを受ける（即ち、感染から２〜４週間内に血液中に検出可能なレベルの抗ＨＩＶ抗体を有する）。この潜伏期間の最中には、末梢血単核細胞中に検出可能なウイルス複製は存在し得ず、末梢血中には培養可能なウイルスはほとんどまたは全く存在し得ない。臨床潜伏期とも称されるこの潜伏期間の最中には、ＨＩＶに感染した人は、ＨＩＶ関連の症状を経験しないまたは軽度の症状しか経験しない場合がある。その後、このウイルスは活性化されるようになり、個体は再び症状を経験する可能性がある。本発明を使用して、この活性化がいつ開始されるかを検出し得、その結果、この個体に適切な処置を処方し得る。従って、本発明は、遺伝子編集療法、抗ウイルス処置またはこれらの組合わせの処置を受けている個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、潜伏ウイルスが活性化されているかどうかを決定するステップとによる、ウイルスの抑制またはリバウンドを決定する方法を提供する。
【００４４】
大部分の潜伏ウイルスは、不活性化状態でも基礎レベルの量のウイルスタンパク質を依然として産生する。基礎タンパク質は、代謝産物の変化を測定することにより間接的に検出可能である生化学的変化を依然として引き起こすだろう。従って、本診断パネルからの結果をウイルスが存在しないベースラインと比較することにより、個体中に潜伏ウイルスが存在しているかどうかを決定し得る。これは、個体がいずれの症状も示さなくなった場合に、個体が何らかの症状を示し始める前にウイルスを検出するのに有用であり得、個体が後に発病するリスクあるかどうかまたは個体が特定の治療を回避すべきであるかどうかを決定する。従って、本発明は、個体のサンプルを採取するステップと、このサンプルを、疾患を示す少なくとも１種のバイオマーカーを含む診断パネルにアプライするステップと、少なくとも１種のバイオマーカーの存在を検出するステップと、このバイオマーカーのレベルをベースラインと比較するステップと、この個体中に潜伏ウイルスが存在するかどうかを決定するステップとによる、潜伏ウイルスを検出する方法を提供する。
【００４５】
本出願全体を通して、米国特許等の様々な刊行物を、著者および年および特許番号により参照する。これらの刊行物の完全な引用を下記に列挙する。これらの刊行物および特許の開示は、その全体が、本発明が属する技術水準をより完全に説明するために、参照により本出願に組み込まれる。
【００４６】
本発明は例示的な態様で説明されており、使用されている専門用語は限定のためではなく説明のための言葉の性質を持つことが意図されていることを理解しなければならない。
【００４７】
明らかに、上記の教示を考慮して本発明の多くの変更および変化が可能である。従って、添付した特許請求の範囲内において、本発明を具体的に説明されている以外の方法で実施し得ることを理解しなければならない。
【国際調査報告】
2019522780.tif 000002