(57)【要約】  本開示は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２に特異的に結合し、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のオプソニン作用による死滅を誘導する、および／または致命的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する、結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）を提供する。本開示はまた、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））を低減するか、または対象においてクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））感染症を治療もしくは予防する方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）を対象に投与するステップを含む方法も提供する。【選択図】図１Ａ
2019534682.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質が、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する、抗原結合タンパク質。
【請求項２】
前記抗原結合タンパク質が、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する、請求項１に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項３】
前記抗原結合タンパク質が、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない、請求項１に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４】
前記抗原結合タンパク質が、マウスを致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃から防御する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５】
前記抗原結合タンパク質がリポ多糖（ＬＰＳ）を中和する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６】
前記抗原結合タンパク質が、ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項７】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳおよび肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳの両方によって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する、請求項６に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項８】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防するが、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防しない、請求項６に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項９】
前記抗原結合タンパク質が、
（ｉ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない；
（ｉｉ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する；または
（ｉｉｉ）Ｏ１  ＬＰＳを中和せず、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない、
請求項１または４に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１０】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）のＯＰＫを誘導する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１１】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯＰＫを誘導する、請求項１０に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１２】
前記抗原結合タンパク質が肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に結合する、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１３】
前記抗原結合タンパク質がａ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導し、致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１４】
前記多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、Ｋｐ９６１８４２株またはＫｐ９７７７７８株である、請求項１３に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１５】
前記多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、表８の行１〜２２６の１つに列挙された株である、請求項１３に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１６】
前記抗原結合タンパク質が、多剤耐性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を少なくとも１つの抗生物質に感受性とする、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１７】
前記抗原結合タンパク質が、ａ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導し、抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１８】
前記クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、表８の行２２７〜２５４の１つに列挙された株である、請求項１７に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項１９】
前記抗原結合タンパク質がｇｍｌ−クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項２０】
前記抗原結合タンパク質がｇｍｌ＋クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項２１】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原のＤ−ガラクタンＩドメインに結合する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項２２】
相補性決定領域（ＣＤＲ）：  ＨＣＤＲ１、ＨＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、
ＨＣＤＲ１が配列番号１または配列番号１０９のアミノ酸配列を有し、
ＨＣＤＲ２が配列番号２または配列番号１１０のアミノ酸配列を有し、
ＨＣＤＲ３が配列番号３または配列番号１９９のアミノ酸配列を有し、
ＬＣＤＲ１が配列番号４または配列番号２００のアミノ酸配列を有し、
ＬＣＤＲ２が配列番号５もしくは６または配列番号１１３もしくは１１４のアミノ酸配列を有し、
ＬＣＤＲ３が配列番号７または配列番号２０１のアミノ酸配列を有する、
抗原結合タンパク質。
【請求項２３】
配列番号８と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号９と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
【請求項２４】
前記抗原結合タンパク質が、配列番号８または配列番号２０２を含むＶＨおよび配列番号９または配列番号２０３を含むＶＬを含む、請求項２３に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項２５】
配列番号８または配列番号２０２を含むＶＨを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
【請求項２６】
配列番号９または配列番号２０３を含むＶＬを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
【請求項２７】
配列番号８または配列番号２０２を含むＶＨおよび配列番号９または配列番号２０３を含むＶＬを含む、抗体と同じ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原中のエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
【請求項２８】
配列番号８または配列番号２０２を含むＶＨ、および配列番号９または配列番号２０３を含むＶＬを含む、抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質。
【請求項２９】
相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、前記ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３が、
それぞれ配列番号１０〜１３、１４または１５、および１６、
それぞれ配列番号１９〜２２、２３または２４、および２５、
それぞれ配列番号２８〜３１、３２または３３、および３４、
それぞれ配列番号３７〜４０、４１または４２、および４３、
それぞれ配列番号４６〜４９、５０または５１、および５２、
それぞれ配列番号１６６〜１６８、１７５、１７６または１７７、および１７８、
それぞれ配列番号１６９〜１７１、１７９、１８０または１８１、および１８２、
それぞれ配列番号５５〜５８、５９または６０、および６１、
それぞれ配列番号６４〜６７、６８または６９、および７０、
それぞれ配列番号７３〜７８、
それぞれ配列番号８２〜８５、８６または８７、および８８、
それぞれ配列番号９１〜９４、９５または９６、および９７、
それぞれ配列番号１００〜１０３、１０４または１０５、および１０６、
それぞれ配列番号１０９〜１１２、１１３または１１４、および１１５、
それぞれ配列番号１１８〜１２１、１２２または１２３、および１２４、
それぞれ配列番号１２７〜１３０、１３１または１３２、および１３３、または
それぞれ配列番号１７２〜１７４、１８３、１８４または１８５、および１８６、
のアミノ酸配列を含む、抗原結合タンパク質。
【請求項３０】
肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、前記抗原結合タンパク質が、
それぞれ配列番号１７および配列番号１８、
それぞれ配列番号２６および配列番号２７、
それぞれ配列番号３５および配列番号３６、
それぞれ配列番号４４および配列番号４５、
それぞれ配列番号５３および配列番号５４、
それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、
それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、
それぞれ配列番号６２および配列番号６３、
それぞれ配列番号７１および配列番号７２、
それぞれ配列番号８０および配列番号８１、
それぞれ配列番号８９および配列番号９０、
それぞれ配列番号９８および配列番号９９、
それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、
それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、
それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、
それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、または
それぞれ配列番号１８９および配列番号１９２、
と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるＶＨおよびＶＬを含む、抗原結合タンパク質。
【請求項３１】
前記抗原結合タンパク質が、
それぞれ配列番号１７および配列番号１８、
それぞれ配列番号２６および配列番号２７、
それぞれ配列番号３５および配列番号３６、
それぞれ配列番号４４および配列番号４５、
それぞれ配列番号５３および配列番号５４、
それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、
それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、
それぞれ配列番号６２および配列番号６３、
それぞれ配列番号７１および配列番号７２、
それぞれ配列番号８０および配列番号８１、
それぞれ配列番号８９および配列番号９０、
それぞれ配列番号９８および配列番号９９、
それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、
それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、
それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、
それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、または
それぞれ配列番号１８９および配列番号１９２、
を含む、ＶＨおよびＶＬを含む、請求項３０に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項３２】
配列番号１７、配列番号２６、配列番号３５、配列番号４４、配列番号５３、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号６２、配列番号７１、配列番号８０、配列番号８９、配列番号９８、配列番号１０７、配列番号１１６、配列番号１２５、配列番号１３４、または配列番号１８９を含むＶＨを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
【請求項３３】
配列番号１８、配列番号２７、配列番号３６、配列番号４５、配列番号５４、配列番号１９０、配列番号１９１、配列番号６３、配列番号７２、配列番号８１、配列番号９０、配列番号９９、配列番号１０８、配列番号１１７、配列番号１２６、配列番号１３５、または配列番号１９２を含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
【請求項３４】
それぞれ配列番号１７および配列番号１８、
それぞれ配列番号２６および配列番号２７、
それぞれ配列番号３５および配列番号３６、
それぞれ配列番号４４および配列番号４５、
それぞれ配列番号５３および配列番号５４、
それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、
それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、
それぞれ配列番号６２および配列番号６３、
それぞれ配列番号７１および配列番号７２、
それぞれ配列番号８０および配列番号８１、
それぞれ配列番号８９および配列番号９０、
それぞれ配列番号９８および配列番号９９、
それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、
それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、
それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、
それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、または
配列番号１８９および配列番号１９２、
を含むＶＨおよびＶＬを含む、抗体と同じ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原中のエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
【請求項３５】
それぞれ配列番号１７および配列番号１８、
それぞれ配列番号２６および配列番号２７、
それぞれ配列番号３５および配列番号３６、
それぞれ配列番号４４および配列番号４５、
それぞれ配列番号５３および配列番号５４、
それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、
それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、
それぞれ配列番号６２および配列番号６３、
それぞれ配列番号７１および配列番号７２、
それぞれ配列番号８０および配列番号８１、
それぞれ配列番号８９および配列番号９０、
それぞれ配列番号９８および配列番号９９、
それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、
それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、
それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、
それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、または
配列番号１８９および配列番号１９２、
を含むＶＨおよびＶＬを含む、抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質。
【請求項３６】
前記抗原結合タンパク質が、マウス、非ヒト、ヒト化、キメラ、再表面化、またはヒトである、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項３７】
前記抗原結合タンパク質が抗体である、請求項１〜３６のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項３８】
前記抗原結合タンパク質が抗体の抗原結合断片である、請求項１〜３７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項３９】
モノクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、またはその抗原結合断片である、請求項１〜３６のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４０】
前記抗原結合タンパク質が、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、単鎖ＦｖもしくはｓｃＦｖ、ジスルフィド連結Ｆｖ、Ｖ−ＮＡＲドメイン、ＩｇＮａｒ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、シングルドメイン抗体、ＤＶＤ−Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２、またはｓｃＦｖ−Ｆｃを含む、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４１】
約４．５Ｅ−０９または約７．８Ｅ−０９Ｍの親和性定数でクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）Ｏ２抗原に結合する、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４２】
オクテット結合、フローサイトメトリー、Ｂｉａｃｏｒｅ、ＫｉｎＥｘａ、またはラジオイムノアッセイによって結合親和性が測定される、請求項４１に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４３】
前記抗原結合タンパク質がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する、請求項２２〜４２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４４】
前記抗原結合タンパク質が、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する、請求項２９〜４３のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４５】
前記抗原結合タンパク質が、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない、請求項２２〜４３のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４６】
前記抗原結合タンパク質が、マウスを致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃から防御する、請求項２２〜４５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４７】
前記抗原結合タンパク質がＬＰＳを中和する、請求項２９〜４６のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４８】
前記抗原結合タンパク質が、ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する、請求項２９〜４７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項４９】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳおよび肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳの両方によって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する、請求項４８に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５０】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防するが、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防しない、請求項４８に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５１】
前記抗原結合タンパク質が、Ｏ１  ＬＰＳを中和せず、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない、請求項２２〜２８、３６〜４３、４５、または４６のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５２】
前記抗原結合タンパク質が
（ｉｖ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない；
（ｖ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する；または
（ｖｉ）Ｏ１  ＬＰＳを中和せず、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない、
請求項２２〜５０のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５３】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）のＯＰＫを誘導する、請求項２２〜５２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５４】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯＰＫを誘導する、請求項５３に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５５】
前記抗原結合タンパク質が肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に結合する、請求項２２〜５４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５６】
前記抗原結合タンパク質がａ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導し、致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する、請求項２２〜５５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５７】
前記多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、Ｋｐ９６１８４２株またはＫｐ９７７７７８株である、請求項５６に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５８】
前記多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、表８の行１〜２２６の１つに列挙された株である、請求項５６に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項５９】
前記抗原結合タンパク質が、多剤耐性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を少なくとも１つの抗生物質に感受性とする、請求項２２〜５８のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６０】
前記抗原結合タンパク質が、ａ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導し、抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する、請求項２２〜５９のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６１】
前記クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、表８の行２２７〜２５４の１つに列挙された株である、請求項６０に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６２】
前記抗原結合タンパク質がｇｍｌ−クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する、請求項２２〜６１のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６３】
前記抗原結合タンパク質がｇｍｌ＋クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する、請求項２２〜６２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６４】
前記抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原のＤ−ガラクタンＩドメインに結合する、請求項２２〜６３のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６５】
前記抗原結合タンパク質が、
（ａ）ＩｇＡ定常ドメイン、
（ｂ）ＩｇＤ定常ドメイン、
（ｃ）ＩｇＥ定常ドメイン、
（ｄ）ＩｇＧ１定常ドメイン、
（ｅ）ＩｇＧ２定常ドメイン、
（ｆ）ＩｇＧ３定常ドメイン、
（ｇ）ＩｇＧ４定常ドメイン、および
（ｈ）ＩｇＭ定常ドメイン
からなる群から選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、請求項１〜６４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６６】
前記抗原結合タンパク質が、
（ａ）Ｉｇκ定常ドメイン、および
（ｂ）Ｉｇλ定常ドメイン
からなる群から選択される軽鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、請求項１〜６５のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６７】
前記抗原結合タンパク質がヒトＩｇＧ１定常ドメインおよびヒトλ定常ドメインを含む、請求項１〜６４のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
【請求項６８】
請求項１〜６７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質をコードする単離核酸分子。
【請求項６９】
前記核酸分子が制御配列に作動可能に連結される、請求項６８に記載の核酸分子。
【請求項７０】
請求項６８または６９に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項７１】
請求項６８または６９に記載の核酸分子または請求項７０に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項７２】
前記宿主細胞が哺乳類宿主細胞である、請求項７１に記載の宿主細胞。
【請求項７３】
前記宿主細胞が、ＨＥＫ２９３細胞、ＣＨＯ細胞、ＣＯＳ−７細胞、ＨｅＬａ細胞、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、またはＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞である、請求項７１に記載の哺乳類宿主細胞。
【請求項７４】
請求項１〜６７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を産生するハイブリドーマ。
【請求項７５】
請求項１〜６７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を産生する単離宿主細胞。
【請求項７６】
請求項１〜６７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を作製する方法であって、（ａ）前記抗原結合タンパク質を発現する宿主細胞を培養するステップ、または請求項７１〜７３もしくは７５のいずれか一項に記載の宿主細胞または請求項７４に記載のハイブリドーマを培養するステップ、および（ｂ）前記培養宿主細胞またはハイブリドーマからその前記抗原結合タンパク質を単離するステップを含む方法。
【請求項７７】
請求項７６に記載の方法を使用して産生される抗原結合タンパク質。
【請求項７８】
請求項１〜６７または７７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質および薬学的に許容可能な賦形剤を含む医薬組成物。
【請求項７９】
前記薬学的に許容可能な賦形剤が保存剤、安定剤、または酸化防止剤である、請求項７８に記載の医薬組成物。
【請求項８０】
医薬として使用される、請求項７８または７９に記載の医薬組成物。
【請求項８１】
標識基またはエフェクター基をさらに含む、請求項１〜６７もしくは７７のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または請求項７８〜８０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項８２】
前記標識基が、同位体標識、磁気標識、レドックス活性成分、光学色素、ビオチン化基、ビオチンシグナル伝達ペプチド、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）などの蛍光成分、ヒスチジンペプチド（ｈｉｓ）、ヘマグルチニン（ＨＡ）、金結合ペプチド、およびＦｌａｇなどの二次レポーターによって認識されるポリペプチドエピトープからなる群から選択される、請求項８１に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物。
【請求項８３】
前記エフェクター基が、放射性同位体、放射性核種、毒素、治療薬、および化学療法剤からなる群から選択される、請求項８２に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物。
【請求項８４】
クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態を治療または予防するための、請求項１〜６７または７７〜８２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物の使用。
【請求項８５】
クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行う方法であって、有効量の請求項１〜６７または７７〜８２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項８６】
対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の増殖を阻害する、またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の数を低下させる方法であって、請求項１〜６７または７７〜８２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物を、それを必要としている対象に投与するステップを含む方法。
【請求項８７】
クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行う方法であって、有効量の、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項８８】
対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の増殖を阻害する、またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の数を低下させる方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を対象に投与するステップを含む方法。
【請求項８９】
前記クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が抗生物質耐性である、請求項８５〜８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９０】
前記クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、セファロスポリン、キノロン、カルバペネム、メロプレム（ｍｅｒｏｐｒｅｍ）、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミドおよび／またはコリスチンに対して耐性である、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
抗体耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株を、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質と接触させるステップを含む、抗生物質耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株を抗生物質に対して感作させる方法。
【請求項９２】
抗生物質を投与するステップをさらに含む、請求項８５〜９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
前記抗原結合タンパク質および前記抗生物質が相乗的な治療効果を提供する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
抗生物質耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株に感染した対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染に関連する状態を予防または治療する方法であって、抗生物質および肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質を対象に共投与するステップを含み、前記共投与が、等モル量の前記抗原結合タンパク質または前記抗生物質の投与の個々の効果の合計よりも大きい治療効果をもたらす方法。
【請求項９５】
前記治療効果が、前記抗原結合タンパク質または前記抗生物質のうちの１つのみを投与した対象の相加生存パーセントよりも大きい生存パーセントをもたらす、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記抗生物質が、メロペネム、カルバペネム、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミドおよび／またはコリスチンである、請求項９２〜９５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９７】
抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原にも特異的に結合する、請求項８７〜９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９８】
肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する前記抗原結合タンパク質が、抗体またはその抗原結合断片である、請求項８７〜９７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９９】
肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する前記抗原結合タンパク質が、請求項１〜６７または７７〜８２のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または医薬組成物である、請求項８７〜９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１００】
前記クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である、請求項８５または８９〜９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
前記クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記状態が、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症／セプシス、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症からなる群から選択される、請求項８４、８５、８７、８９、９０、９２、または９３〜１０１のいずれか一項に記載の使用または方法。
【請求項１０３】
前記状態が院内感染症である、請求項８４、８５、８７、８９、９０、９２、または９３〜１０２のいずれか一項に記載の使用または方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
電子的に提出された配列表に対する参照
本出願と共に提出され、ＡＳＣＩＩテキストファイルＫＬＥＢ−１００−ＷＯ−ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔ（サイズ：１３８，２８８バイト；および作成日：２０１７年８月４日）で電子的に提出された配列表の内容は、その全体が参照により本明細書に援用される。
【０００２】
技術分野
本発明の分野は、一般に、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（例えば、抗体およびその抗原結合断片）およびクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染の予防または治療のためのそれらの結合タンパク質の使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、肺炎、尿路感染症、新生児敗血症、および外科手術による創傷感染症を含む、日和見感染および院内感染の原因病原体として臨床上の重要性が急速に増しているグラム陰性菌である。そのうえ、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、および壊死性髄膜炎などのクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する、出現しつつある症候群がある。（Ｉｒｅｄｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．ＢＭＪ  ３５１：ｈ６４２０  （２０１５）を参照されたい。）
【０００４】
抗生物質抵抗性が、細菌感染への対処における重大な課題の１つとして出現してきた。薬剤抵抗性の黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）に対していくらかの進歩が得られたが、グラム陰性日和見感染症は、非常に問題である。これらの中で、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）は、多薬剤抵抗性株が広範にわたって広まっており、特に厄介なものとなってきた。広域スペクトル・βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネマーゼ（ＫＰＣ）、およびニューデリーメタロβラクタマーゼ１（ＮＤＭ−１）などの抗生物質耐性は、世界中に拡散し、現在の抗生物質の分類は主として不適切なものになった。このような現実は、抗生物質流通ルートの縮小と合わさって、わずかな治療の選択肢のみを残す。最近、いくつかの注目を集める感染が発生しており、これは肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）抗生物質抵抗性に関する緊急性を強調する。したがって、抗生物質療法を補完する戦略を開発することが重要である。
【０００５】
莢膜多糖（ＣＰＳ）およびリポ多糖（ＬＰＳ）を含む、複数の毒性因子が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の病原に関係してきた。ＬＰＳおよびＣＰＳに向けられるポリクローナル抗体は、致命的な肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染症の前臨床モデルにおいて防御的である。しかしながら、抗体によりこれらの２つの抗原を標的にすることにより、株の対象範囲に関して重大な課題が生じる。７７を超える既知の莢膜血清型および８つのＯ抗原血清型があり、いずれが最も一般的であるか、または病原に最も関連しているかは明らかでない。さらに、ＬＰＳ内の保存されたエピトープを標的とする限られた数のモノクローナル抗体は、報告された防御効果を有しない（Ｂｒａｄｅ  ｅｔ  ａｌ．２００１，Ｊ  Ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ  Ｒｅｓ，７（２）：１１９−２４）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
したがって、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））、特に抗生物質耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染に対する防御効果を有する抗体を同定し、開発する必要が大いにある。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２結合タンパク質、例えば、抗体またはその抗原結合断片、および肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２結合タンパク質を用いたクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療方法を提供する。
【０００８】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供され、この抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導する。１つの実例では、抗原結合タンパク質は、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する。１つの実例では、抗原結合タンパク質は、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない。
【０００９】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、マウスを致命的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃から防御する。
【００１０】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、リポ多糖（ＬＰＳ）を中和する。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する。１つの実例では、抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳおよび肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳの両方によって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する。１つの実例では、抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減、または予防するが、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防しない。
【００１１】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、（ｉ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない；（ｉｉ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する；または（ｉｉｉ）Ｏ１  ＬＰＳを中和せず、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない。
【００１２】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）のＯＰＫを誘導する。１つの実例では、抗原結合タンパク質は肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯＰＫを誘導する。
【００１３】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原にも結合する。
【００１４】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、ａ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導し、致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。１つの実例では、多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、Ｋｐ９６１８４２株またはＫｐ９７７７７８株（いずれもＳＴ２５８株）である。１つの実例では、多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、表８の行１〜２２６の１つに列挙された株である。
【００１５】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、多剤耐性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を少なくとも１つの抗生物質に感受性とする。
【００１６】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、ａ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導し、抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、表８の行２２７〜２５４の１つに列挙された株である。
【００１７】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、ｇｍｌ−クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、ｇｍｌ＋クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する。
【００１８】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原のＤ−ガラクタンＩドメインに結合する。
【００１９】
１つの実例では、相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供され、ＨＣＤＲ１が配列番号１のアミノ酸配列を有し、ＨＣＤＲ２が配列番号２のアミノ酸配列を有し、ＨＣＤＲ３が配列番号３のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ１が配列番号４のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ２が配列番号５または６のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ３が配列番号７のアミノ酸配列を有する。
【００２０】
１つの実例では、相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供され、ＨＣＤＲ１が配列番号１０９のアミノ酸配列を有し、ＨＣＤＲ２が配列番号１１０のアミノ酸配列を有し、ＨＣＤＲ３が配列番号１９９のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ１が配列番号２００のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ２が配列番号１１３または１１４のアミノ酸配列を有し、ＬＣＤＲ３が配列番号２０１のアミノ酸配列を有する。
【００２１】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供され、抗原結合タンパク質が、配列番号８と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号９と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。１つの実例では、その抗原結合タンパク質が、配列番号８を含むＶＨおよび配列番号９を含むＶＬを含む。
【００２２】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供され、抗原結合タンパク質が、配列番号２０２と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号２０３と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。１つの実例では、その抗原結合タンパク質が、配列番号２０２を含むＶＨおよび配列番号２０３を含むＶＬを含む。
【００２３】
１つの実例では、配列番号８を含むＶＨを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００２４】
１つの実例では、配列番号２０２を含むＶＨを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００２５】
１つの実例では、配列番号９を含むＶＬを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００２６】
１つの実例では、配列番号２０３を含むＶＬを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００２７】
１つの実例では、配列番号８を含むＶＨおよび配列番号９を含むＶＬを含む、抗体と同じ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原中のエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００２８】
１つの実例では、配列番号２０２を含むＶＨおよび配列番号２０３を含むＶＬを含む、抗体と同じ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原中のエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００２９】
１つの実例では、配列番号８を含むＶＨおよび配列番号９を含むＶＬを含む、抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００３０】
１つの実例では、配列番号２０２を含むＶＨおよび配列番号２０３を含むＶＬを含む、抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００３１】
１つの実例では、相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供され、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３は、以下のアミノ酸配列を含む：それぞれ配列番号１０〜１３、１４または１５、および１６、それぞれ配列番号１９〜２２、２３または２４、および２５、それぞれ配列番号２８〜３１、３２または３３、および３４、それぞれ配列番号３７〜４０、４１または４２、および４３、それぞれ配列番号４６〜４９、５０または５１、および５２、それぞれ配列番号１６６〜１６８、１７５、１７６または１７７、および１７８、それぞれ配列番号１６９〜１７１、１７９、１８０または１８１、および１８２、それぞれ配列番号５５〜５８、５９または６０、および６１、それぞれ配列番号６４〜６７、６８または６９、および７０、それぞれ配列番号７３〜７８、それぞれ配列番号８２〜８５、８６または８７、および８８、それぞれ配列番号９１〜９４、９５または９６、および９７、それぞれ配列番号１００〜１０３、１０４または１０５、および１０６、それぞれ配列番号１０９〜１１２、１１３または１１４、および１１５、それぞれ配列番号１１８〜１２１、１２２または１２３、および１２４、それぞれ配列番号１２７〜１３０、１３１または１３２、および１３３、それぞれ配列番号１７２〜１７４、１８３、１８４または１８５、および１８６、または配列番号１０９〜１１１、１９９、１１２〜１１５、２００および２０１。
【００３２】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供され、この抗原結合タンパク質は、それぞれ配列番号１７および配列番号１８、それぞれ配列番号２６および配列番号２７、それぞれ配列番号３５および配列番号３６、それぞれ配列番号４４および配列番号４５、それぞれ配列番号５３および配列番号５４、それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、それぞれ配列番号６２および配列番号６３、それぞれ配列番号７１および配列番号７２、それぞれ配列番号８０および配列番号８１、それぞれ配列番号８９および配列番号９０、それぞれ配列番号９８および配列番号９９、それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、それぞれ配列番号１８９および配列番号１９２、または配列番号１１６および配列番号２０２〜２０５、と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるＶＨおよびＶＬを含む。
【００３３】
１つの実例では、抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号１７および配列番号１８、それぞれ配列番号２６および配列番号２７、それぞれ配列番号３５および配列番号３６、それぞれ配列番号４４および配列番号４５、それぞれ配列番号５３および配列番号５４、それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、それぞれ配列番号６２および配列番号６３、それぞれ配列番号７１および配列番号７２、それぞれ配列番号８０および配列番号８１、それぞれ配列番号８９および配列番号９０、それぞれ配列番号９８および配列番号９９、それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、それぞれ配列番号１８９および配列番号１９２、配列番号１１６および配列番号２０２〜２０５、それぞれ配列番号２７３および配列番号２４７、それぞれ配列番号２７３および配列番号２５７、それぞれ配列番号２７３および配列番号２１７、それぞれ配列番号２７３および配列番号２２７、それぞれ配列番号２７４および配列番号２４７、それぞれ配列番号２７４および配列番号２５７、それぞれ配列番号２７４および配列番号２１７、およびそれぞれ配列番号２７４および配列番号２２７を含むＶＨおよびＶＬを含む。
【００３４】
１つの実例では、配列番号１７、配列番号２６、配列番号３５、配列番号４４、配列番号５３、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号６２、配列番号７１、配列番号８０、配列番号８９、配列番号９８、配列番号１０７、配列番号１１６、配列番号１２５、配列番号１３４、配列番号１８９；または配列番号１１６；配列番号２０２；配列番号２１３；配列番号２２３；配列番号２３３；配列番号２４３；配列番号２５３；配列番号２６３；配列番号２７３；または配列番号２７４を含むＶＨを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００３５】
１つの実例では、配列番号１８、配列番号２７、配列番号３６、配列番号４５、配列番号５４、配列番号１９０、配列番号１９１、配列番号６３、配列番号７２、配列番号８１、配列番号９０、配列番号９９、配列番号１０８、配列番号１１７、配列番号１２６、配列番号１３５、配列番号１９２；配列番号２０３；配列番号２０４；配列番号２０５；配列番号２１７；配列番号２２７；配列番号２３７；配列番号２４７；配列番号２５７；または配列番号２６７を含むＶＬを含む、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００３６】
１つの実例では、それぞれ配列番号１７および配列番号１８、それぞれ配列番号２６および配列番号２７、それぞれ配列番号３５および配列番号３６、それぞれ配列番号４４および配列番号４５、それぞれ配列番号５３および配列番号５４、それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、それぞれ配列番号６２および配列番号６３、それぞれ配列番号７１および配列番号７２、それぞれ配列番号８０および配列番号８１、それぞれ配列番号８９および配列番号９０、それぞれ配列番号９８および配列番号９９、それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、配列番号１８９および配列番号１９２、または配列番号１１６および配列番号２０２〜２０５、を含むＶＨおよびＶＬを含む、抗体と同じ肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原中のエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００３７】
１つの実例では、それぞれ配列番号１７および配列番号１８、それぞれ配列番号２６および配列番号２７、それぞれ配列番号３５および配列番号３６、それぞれ配列番号４４および配列番号４５、それぞれ配列番号５３および配列番号５４、それぞれ配列番号１８７および配列番号１９０、それぞれ配列番号１８８および配列番号１９１、それぞれ配列番号６２および配列番号６３、それぞれ配列番号７１および配列番号７２、それぞれ配列番号８０および配列番号８１、それぞれ配列番号８９および配列番号９０、それぞれ配列番号９８および配列番号９９、それぞれ配列番号１０７および配列番号１０８、それぞれ配列番号１１６および配列番号１１７、それぞれ配列番号１２５および配列番号１２６、それぞれ配列番号１３４および配列番号１３５、配列番号１８９および配列番号１９２、または配列番号１１６および配列番号２０２〜２０５、を含むＶＨおよびＶＬを含む、抗体の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原への結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質が本明細書において提供される。
【００３８】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、マウス、非ヒト、ヒト化、キメラ、再表面化、またはヒトである。
【００３９】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、抗体である。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、抗体の抗原結合断片である。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、モノクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、またはその抗原結合断片である。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、単鎖ＦｖまたはｓｃＦｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、Ｖ−ＮＡＲドメイン、ＩｇＮａｒ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、シングルドメイン抗体、ＤＶＤ−Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２、またはｓｃＦｖ−Ｆｃを含む。
【００４０】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、約４．５Ｅ−０９または約７．８Ｅ−０９Ｍの親和性定数でクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）Ｏ２抗原に結合する。１つの実例では、結合親和性は、オクテット結合、フローサイトメトリー、Ｂｉａｃｏｒｅ、ＫｉｎＥｘａ、またはラジオイムノアッセイによって測定される。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【００４１】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、ＬＰＳを中和する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳおよび肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳの両方によって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防するが、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防しない。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、Ｏ１  ＬＰＳを中和せず、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない。
【００４２】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は：（ｉ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない；（ｉｉ）Ｏ１および／またはＯ２  ＬＰＳを中和し、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）およびＯ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導する；または（ｉｉｉ）Ｏ１  ＬＰＳを中和せず、Ｏ２血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導するが、Ｏ１血清型クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導しない。
【００４３】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）のＯＰＫを誘導する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯＰＫを誘導する。
【００４４】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に結合する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は：ａ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導し、致死的な多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。１つの実例では、多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、Ｋｐ９６１８４２株またはＫｐ９７７７７８株である。１つの実例では、多剤耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、表８の行１〜２２６の１つに列挙された株である。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、多剤耐性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を少なくとも１つの抗生物質に感受性とする。
【００４５】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は：ａ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導するか、ｂ）抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）においてＯＰＫを誘導し、抗生物質に感受性の致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、表８の行２２７〜２５４の１つに列挙された株である。
【００４６】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、ｇｍｌ−クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、ｇｍｌ＋クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する。１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原のＤ−ガラクタンＩドメインに結合する。
【００４７】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、（ａ）ＩｇＡ定常ドメイン、（ｂ）ＩｇＤ定常ドメイン、（ｃ）ＩｇＥ定常ドメイン、（ｄ）ＩｇＧ１定常ドメイン、（ｅ）ＩｇＧ２定常ドメイン、（ｆ）ＩｇＧ３定常ドメイン、（ｇ）ＩｇＧ４定常ドメイン、および（ｈ）ＩｇＭ定常ドメインからなる群から選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む。
【００４８】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、（ａ）Ｉｇκ定常ドメイン、および（ｂ）Ｉｇλ定常ドメインからなる群から選択される軽鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む。
【００４９】
１つの実例では、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、ヒトＩｇＧ１定常ドメインおよびヒトλ定常ドメインを含む。
【００５０】
１つの実例では、本明細書において提供される抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む）をコードする単離核酸分子が本明細書において提供される。１つの実例では、核酸分子が制御配列に作動可能に連結される。
【００５１】
１つの実例では、本明細書において提供される核酸分子を含むベクターが本明細書において提供される。
【００５２】
１つの実例では、本明細書において提供される核酸分子または本明細書において提供されるベクターで形質転換された宿主細胞が本明細書において提供される。１つの実例では、宿主細胞が哺乳類宿主細胞である。１つの実例では、宿主細胞は、ＨＥＫ２９３細胞、ＣＨＯ細胞、ＣＯＳ−７細胞、ＨｅＬａ細胞、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、またはＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞である。
【００５３】
１つの実例では、本明細書において提供される抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む）を産生するハイブリドーマが本明細書において提供される。１つの実例では、本明細書において提供される抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む）を産生する単離宿主細胞が本明細書において提供される。１つの実例では、本明細書において提供される抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）を作製する方法であって、（ａ）抗原結合タンパク質を発現する宿主細胞を培養するステップ、または本明細書において提供される宿主細胞もしくは本明細書に記載のハイブリドーマを培養するステップ、および（ｂ）培養宿主細胞またはハイブリドーマからその抗原結合タンパク質を単離するステップを含む方法が本明細書において提供される。１つの実例では、本明細書において提供される方法を用いて産生される抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）が、本明細書において提供される。
【００５４】
１つの実例では、本明細書において提供される抗原結合（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物および薬学的に許容可能な賦形剤が、本明細書において提供される。１つの実例では、薬学的に許容可能な賦形剤が保存剤、安定剤、または酸化防止剤である。１つの実例では、医薬組成物が医薬として使用するためのものである。
【００５５】
１つの実例では、本明細書において提供される抗原結合タンパク質または本明細書において提供される医薬組成物（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）は、標識基またはエフェクター基をさらに含む。１つの実例では、標識基が、同位体標識、磁気標識、レドックス活性成分、光学色素、ビオチン化基、ビオチンシグナル伝達ペプチド、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）などの蛍光成分、ヒスチジンペプチド（ｈｉｓ）、ヘマグルチニン（ＨＡ）、金結合ペプチド、およびＦｌａｇなどの二次レポーターによって認識されるポリペプチドエピトープからなる群から選択される。１つの実例では、エフェクター基が、放射性同位体、放射性核種、毒素、治療薬、および化学療法剤からなる群から選択される。
【００５６】
１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態を治療するための、本明細書において提供される抗原結合タンパク質または医薬組成物（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）の使用が本明細書において提供される。
【００５７】
１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行う方法であって、有効量の本明細書において提供される抗原結合タンパク質または本明細書において提供される医薬組成物（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）を対象に投与するステップを含む方法が本明細書において提供される。
【００５８】
１つの実例では、対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の増殖を阻害する、またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の数を低下させる方法であって、本明細書において提供される抗原結合タンパク質または医薬組成物を、それを必要としている対象に投与するステップを含む方法が本明細書において提供される。
【００５９】
１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行う方法であって、有効量の、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質を対象に投与するステップを含む方法が本明細書において提供される。
【００６０】
１つの実例では、対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の増殖を阻害する、またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の数を低下させる方法であって、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質の有効量を対象に投与するステップを含む方法が本明細書において提供される。
【００６１】
１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は抗生物質耐性である。１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、セファロスポリン、キノロン、カルバペネム、メロプレム（ｍｅｒｏｐｒｅｍ）、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミドおよび／またはコリスチンに対して耐性である。
【００６２】
１つの実例では、抗体耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株を、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質と接触させるステップを含む、抗生物質耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株を抗生物質に対して感作させる方法が本明細書において提供される。
【００６３】
１つの実例では、方法が抗生物質を投与するステップをさらに含む。１つの実例では、抗原結合タンパク質および抗生物質は、相乗的な治療効果を提供する。
【００６４】
１つの実例では、抗生物質耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株に感染した対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染に関連する状態を予防または治療する方法であって、抗生物質および肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質を対象に共投与するステップを含み、共投与が、等モル量の抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）または抗生物質の投与の個々の効果の合計よりも大きい治療効果をもたらす方法が本明細書において提供される。１つの実例では、治療効果は、抗原結合タンパク質（例えば、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片）または抗生物質のうちの１つのみを投与した対象の相加生存パーセントよりも大きい生存パーセントをもたらす。１つの実例では、抗生物質は、メロペネム、カルバペネム、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミドおよび／またはコリスチンである。１つの実例では、抗原結合タンパク質はまた、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に特異的に結合する。
【００６５】
１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、抗体またはその抗原結合断片である。１つの実例では、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質は、本明細書において提供される抗原結合タンパク質または本明細書において提供される医薬組成物である。
【００６６】
１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。１つの実例では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である。
【００６７】
１つの実例では、状態が、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症／セプシス、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症からなる群から選択される。１つの実例では、状態が院内感染症である。
【図面の簡単な説明】
【００６８】
【図１Ａ】肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）の多剤耐性（ＭＤＲ）株におけるＯ２  ＬＰＳ血清型の増殖を示す。図１Ａは、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１／Ｏ２  ＬＰＳのＯ血清型決定抗原、および単離抗Ｏ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）でプローブされた７つの精製クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）ＬＰＳ血清型のウエスタンブロット分析を示す。図１Ｂは、最近の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）臨床分離株におけるＯ１およびＯ２血清型の有病率を示す。
【図１Ｂ】図１Ａの続きである。
【図２Ａ−Ｃ】酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）による抗Ｏ２  ＬＰＳモノクローナル抗体（ｍＡｂ）の特徴付けを示す。図２Ａは、各抗体クラスからの代表的なｍＡｂのＯ１  ＬＰＳへの結合を示す。図２Ｂは、各クラスからの代表的なｍＡｂのＯ２  ＬＰＳへの結合を示す。図２Ｃは、ＬＰＳ−Ｏ１またはＬＰＳ−Ｏ２に結合する各ｍＡｂの半最大有効濃度（ＥＣ５０）を示す。
【図３−１】抗Ｏ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）を用いたオクテット結合アッセイの結果を示す。図３Ａは、Ｏ１  ＬＰＳと相互作用する抗Ｏ２  ｍＡｂのセンサーグラムトレースを示す。図３Ｂは、Ｏ２  ＬＰＳと相互作用する抗Ｏ２  ｍＡｂのセンサーグラムトレースを示す。図３Ｃは、クラスＩＩＩ  ｍＡｂ  ＫＰＮ４２およびＫＰＮ１７９の親和性測定を示す。
【図３−２】図３−１の続きである。
【図３−３】図３−２の続きである。
【図４−１】選択されたモノクローナル抗体（ｍＡｂ）で行われたＬＰＳ中和アッセイを示す。ＬＰＳ−Ｏ１に対するｍＡｂの中和％をグラフの上のパネルに示し、ＬＰＳ−Ｏ２に対するｍＡｂの中和％をグラフの下のパネルに示す。
【図４−２】図４−１の続きである。
【図５】選択された抗Ｏ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）活性を示す。肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯ１株に対するこれらのｍＡｂのＯＰＫを左側のグラフに示し、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯ２株に対するこれらのｍＡｂのＯＰＫを右側のグラフに示す。
【図６】致死的な肺炎モデルにおけるクラスＩＩＩモノクローナル抗体（ｍＡｂ）によって与えられる防御を示す。肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバンペネマーゼ（Ｃａｒｂａｎｐｅｎｅｍａｓｅ）（ＫＰＣ）株Ｋｐ９６１８４２＿Ｏ２で攻撃されたマウスの生存％を左側のグラフに示し、ＫＰＣ株Ｋｐ９７７７７８＿Ｏ２で攻撃されたマウスの生存％を右側のグラフに示す。
【図７】抗Ｏ２  ＬＰＳモノクローナル抗体（ｍＡｂ）ＫＰＮ４２およびＫＰＮ１７９が、攻撃後の様々な時点でのマウスの生存％によって測定される、致死的な肺炎モデルにおけるメロペネムとの強力な相乗効果を有することを示す。
【図８】選択抗Ｏ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）が、メロペネムと共に、感染後６時間までマウスを防御することを示す。メロペネムと共にＫＰＮ４２で処置したマウスについて、攻撃後の様々な時点での生存％を左側のグラフに示す。メロペネムと共にＫＰＮ１７９で処置したマウスについて、攻撃後の様々な時点での生存％を右側のグラフに示す。
【図９】ＫＰＮ４２およびＫＰＮ１７９の配列最適化を示す。ＫＰＮ４２およびＫＰＮ１７９の最適化バージョンのＯ２  ＬＰＳへの結合は、下のパネルのグラフに示される。
【図１０Ａ】肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯ２株に対するオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）アッセイ（図１０Ｂ）およびＫＰＳ  ＳＴ２５８  Ｏ２株９６１８４２に対する致死的な肺炎モデル（図１０Ａおよび１０Ｃ）における、クラスＩＩＩモノクローナル抗体ＫＰＳ４４およびＫＰＳ４４ｖ２０１７によって与えられる防御を示す。
【図１０Ｂ−Ｃ】図１０Ａの続きである。
【図１１Ａ−Ｂ】図１１Ａは、抗Ｏ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）を用いたオクテット結合アッセイからの結合親和性を示す。図１１Ｂは、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）のＯ２株に対するオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）アッセイにおける、クラスＩＩＩモノクローナル抗体ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４ｖ２０１７、ＫＰＳ４４−Ｇ２、およびＫＰＳ４４−Ｇ３によって与えられる防御を示す。
【発明を実施するための形態】
【００６９】
本明細書において提供されるデータは、多剤耐性肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株の高い有病率がＯ２血清型のものであることを示す（実施例１を参照されたい）。したがって、Ｏ２血清型のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に対する防御効果を有する抗体を同定し、開発する必要性が特に高い。したがって、本開示は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む、単離結合タンパク質を提供する。関連するポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および抗体またはその抗原結合断片を含む肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２結合タンパク質を含む医薬組成物も提供される。本明細書において開示される、抗体または抗原結合断片を含むＯ２結合タンパク質を作製および使用する方法も提供される。本開示はまた、本明細書において開示される、抗体または抗原結合断片を含むＯ２結合タンパク質を投与することにより、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症（例えば、Ｏ２血清型肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）などの肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））に関連する状態を予防および／または治療する方法も提供する。
【００７０】
本開示がより容易に理解されるために、ある用語について最初に定義する。さらなる定義は詳細な説明の全体にわたって示される。
【００７１】
Ｉ．定義
用語「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が明確に示さない限り、複数の指示物を含む。例えば、「抗原結合タンパク質」は、１つ以上の抗原結合タンパク質を示すことが理解される。用語「１つの（ａ）」（または「１つの（ａｎ）」）ならびに用語「１つ以上」および「少なくとも１つ」は、本明細書では同義的に使用することができる。さらに、「および／または」は、本明細書で使用される場合、２つの指定される特徴または構成要素の各々の、他方を伴うまたは伴わない具体的な開示と解釈されるべきである。したがって、用語「および／または」は、本明細書で「Ａおよび／またはＢ」などの語句で用いられるとき、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、および「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、用語「および／または」は、「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」などの語句で用いられるとき、以下の態様の各々を包含することが意図される：Ａ、Ｂ、およびＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；およびＣ（単独）。
【００７２】
用語「含む」は、全般的に、包含するという意味で使用される、すなわち、１つ以上の特徴または構成要素の存在を許可する。本明細書において態様が用語「含む」を用いて記載される場合は常に、「からなる」および／または「から本質的になる」の用語で記載される他の点で類似の態様も提供される。
【００７３】
本明細書および請求項の全体にわたって数値に関連して使用される用語「約」は、当業者によく知られており、許容され得る精度の幅を意味する。一般に、そのような精度の幅は±１０％である。
【００７４】
特に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての科学技術用語は、本開示が関係する技術分野の当業者が一般に理解するのと同じ意味を有する。例えば、Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｕｏ，Ｐｅｉ−Ｓｈｏｗ，２ｎｄ  ｅｄ．，２００２，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ；Ｔｈｅ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ  ｅｄ．，１９９９，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ；およびＯｘｆｏｒｄ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  Ｏｆ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｒｅｖｉｓｅｄ，２０００，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓが、本開示で使用される用語の多くの一般的な辞書を当業者に提供する。
【００７５】
単位、接頭辞、および記号は、それらの国際単位系（ＳＩ）で認められている形式で示される。数値範囲は、その範囲を定義する数を含む。特に指示されない限り、アミノ酸配列は左から右にアミノからカルボキシ方向に記載する。本明細書に提供される見出しは、本明細書を全体として参照することによって有され得る種々の態様または本開示の態様の限定ではない。従って、この直後に定義する用語は、本明細書を全体として参照することによってさらに十全に定義される。
【００７６】
用語「抗原結合タンパク質」は、抗Ｏ２抗体またはその抗原結合断片など、標的、例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原を認識し、特異的に結合する１つ以上のポリペプチドから構成される分子を指す。
【００７７】
用語「抗体」は、免疫グロブリン分子の可変領域内の少なくとも１つの抗原認識部位を介してタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、または前述の組み合わせなどの標的を認識し、それに特異的に結合する免疫グロブリン分子を意味する。本明細書で使用されるとき、用語「抗体」は、その抗体が所望の生物学的活性を呈する限りにおいて、インタクトなポリクローナル抗体、インタクトなモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体を含む融合タンパク質、および任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、それぞれα、δ、ε、γ、およびμと称されるその重鎖定常ドメインのアイデンティティに基づき、５つの主要な免疫グロブリンクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭ、またはそのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）のいずれかのものであり得る。異なる免疫グロブリンクラスは異なる周知のサブユニット構造および三次元配置を有する。抗体は、ネイキッドであってもよく、または毒素、放射性同位体等の他の分子にコンジュゲートしてもよい。
【００７８】
用語「抗体断片」または「その抗体断片」は、インタクトな抗体の一部分を指す。「抗原結合断片」または「その抗原結合断片」は、抗原に結合するインタクトな抗体の一部分を指す。抗原結合断片は、インタクトな抗体の抗原決定可変領域を含有することができる。抗体断片の例としては、限定はされないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、線状抗体、ｓｃＦｖ、ならびに一本鎖抗体が挙げられる。
【００７９】
元の抗体または断片の特異性を保持する他の抗体またはキメラ分子またはその断片を産生するために、モノクローナル抗体および他の抗体またはその断片を得て、組換えＤＮＡ技術の技術を使用することが可能である。そのような技術は、異なる免疫グロブリンの定常領域または定常領域およびフレームワーク領域に抗体の免疫グロブリン可変領域または相補性決定領域（ＣＤＲ）をコードするＤＮＡを導入することを含むことができる。例えば、欧州特許出願公開第Ａ−１８４１８７号明細書、英国特許第２１８８６３８Ａ号明細書、または欧州特許出願公開第Ａ−２３９４００号明細書および多くのそれに続く文献を参照されたい。抗体を産生するハイブリドーマまたは他の細胞は、遺伝子突然変異または他の変化を受けることがあり、これにより、産生される抗体またはその断片の結合特異性が改変されてもまたは改変されなくてもよい。
【００８０】
抗体工学の技術において利用可能なさらなる技術は、ヒト抗体およびヒト化抗体またはその断片を単離することを可能にした。例えば、ヒトハイブリドーマは、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｓｅｆａｎ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌｓ（２００１）によって記載されるように作製することができる。抗原結合タンパク質を生成するための別の確立された技術、ファージディスプレイは、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｓｅｆａｎ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌｓ（２００１）および国際公開第９２／０１０４７号パンフレットなどの多くの刊行物に詳細に記載された。マウス抗体遺伝子が不活性化され、かつヒト抗体遺伝子と機能的に置き換えられているが、マウス免疫系のインタクトな他の構成要素が残っているトランスジェニックマウスは、ヒト抗原に対するヒト抗体を単離するために使用することができる。
【００８１】
合成抗体またはその断片は、例えばＫｎａｐｐｉｋ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２０００）２９６，５７−８６またはＫｒｅｂｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２５４  ２００１  ６７−８４によって記載されるように、適した発現ベクター内で合成され、アセンブルされるオリゴヌクレオチドによって生成される遺伝子からの発現によって作り出すことができる。
【００８２】
全抗体の断片が抗原に結合する機能を実行し得ることが示された。結合断片の例は、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインからなるＦａｂ断片；（ｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｉｉ）単一抗体のＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；（ｉｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ，Ｅ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３４１，５４４−５４６（１９８９），ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ，３４８，５５２−５５４）；（ｖ）単離ＣＤＲ領域；（ｖｉ）２つの連結されたＦａｂ断片を含む二価の断片であるＦ（ａｂ’）２断片；ならびに（ｖｉｉ）単鎖Ｆｖ分子（ｓｃＦｖ）、ＶＨドメインおよびＶＬドメインは、２つのドメインが結び付いて、抗原結合部位を形成するのを可能にするペプチドリンカーによって連結されている（Ｂｉｒｄ  ｅｔ  ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４２，４２３−４２６，１９８８；Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，８５，５８７９−５８８３，１９８８）；ＦｖまたはｓｃＦｖ分子は、ＶＨおよびＶＬドメインを連結するジスルフィド架橋の組み込みによって安定化されてもよい（Ｙ．Ｒｅｉｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，１４，１２３９−１２４５，１９９６）。ＣＨ３ドメインにつながれたｓｃＦｖを含むミニボディも作製されてもよい（Ｓ．Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．，５６，３０５５−３０６１，１９９６）。
【００８３】
語句「エフェクター機能」は、Ｆｃ受容体または補体成分との抗体のＦｃ構成要素の相互作用から結果として生じる抗体の活性を指す。これらの活性は、例えば抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、および抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）を含む。したがって、エフェクター機能が改変された抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、少なくとも１つのエフェクター機能（例えば、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、および／またはＡＤＣＰ）の活性を変えるＦｃ領域における改変（例えば、アミノ酸置換、欠失、追加、またはオリゴ糖の変化）を含有する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）を指す。エフェクター機能が改善された抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、少なくとも１つのエフェクター機能（例えば、ＡＤＣＣ、ＣＤＣ、および／またはＡＤＣＰ）の活性を増加させるＦｃ領域における改変（例えば、アミノ酸置換、欠失、追加、またはオリゴ糖の変化）を含有する抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）を指す。
【００８４】
用語「特異的な」は、特異的な結合ペアのあるメンバーがその特異的結合パートナー以外の分子にいかなる有意な結合も示さないであろう状態を指すために使用することができる。用語はまた、例えば、抗原結合ドメインが、多くの抗原が有する特定のエピトープに対して特異的である場合にも適用可能であり、この場合、抗原結合ドメインを有する抗原結合タンパク質は、そのエピトープを有する様々な抗原に結合することができるであろう。
【００８５】
「特異的に結合する」により、抗体またはその抗原結合断片を含む抗原結合タンパク質がその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合することならびに結合が抗原結合ドメインおよびエピトープ間のいくらかの相補性を必要とすることを一般に意味する。この定義に従って、抗体が偶然の関係がないエピトープに結合するよりも容易にその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合する場合、抗体は、そのエピトープに「特異的に結合する」と言われる。本明細書において使用されるように、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に「特異的に結合する」抗原結合タンパク質は、例えば肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原を含む、他の肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ抗原に結合してもしなくてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書において開示される抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原および肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原の両方に特異的に結合し、他の実施形態では、本明細書において開示される抗原結合タンパク質は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合するが、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原には特異的に結合しない。
【００８６】
「親和性」は、リガンド結合反応の本質的な結合強度の尺度である。例えば、抗体（Ａｂ）−抗原（Ａｇ）相互作用の強度の尺度は、結合親和性を通して測定され、これは、解離定数ｋｄによって定量化されてもよい。解離定数は、結合親和性定数であり、
【数１】
2019534682.tif 000003
によって与えられる。親和性は、例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）、ＫｉｎＥｘＡ親和性アッセイ、フローサイトメトリー、および／またはラジオイムノアッセイを使用して測定されてもよい。
【００８７】
「効力」は、定められた強度の効果をもたらすために必要とされる化合物の量で表現される化合物の薬理活性についての尺度である。それは、明確な生物学的効果を実現するために必要とされる化合物の量を指し、必要とされる用量が少ないほど、その薬剤は強力である。Ｏ２に結合する抗原結合タンパク質の効力は、例えば、本明細書において記載されるようにＯＰＫアッセイを使用して決定することができる。
【００８８】
「オプソニン作用による死滅」または「ＯＰＫ」は、免疫細胞による食作用の結果として生じる、細胞、例えばクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の死を指す。ＯＰＫ活性を実証するために使用することができるアッセイは、実施例において使用される生物発光ＯＰＫ活性または寒天プレート上の細菌コロニーを数えることによるものを含む。ＯＰＫ活性は、実施例８で使用される生物発光アッセイに従って測定される。抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、死滅のパーセンテージが４０％以上であるＯＰＫを誘導することができる。抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、死滅のパーセンテージが８０％以上であるＯＰＫを強力に誘導することができる。
【００８９】
抗体またはその抗原結合断片を含む抗原結合タンパク質は、抗原結合タンパク質がエピトープへの参照抗体または抗原結合断片の結合をある程度ブロックする場合、定められたエピトープへの参照抗体もしくはその抗原結合断片の結合を競合的に阻害するか、または参照抗体もしくは抗原結合断片と「競合する」と言われる。競合的阻害は、当技術分野において知られている任意の方法、例えば競合ＥＬＩＳＡアッセイによって決定することができる。結合分子は、少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％、または少なくとも５０％、定められたエピトープへの参照抗体もしくは抗原結合断片の結合を競合的に阻害するか、または参照抗体もしくはその抗原結合断片と競合すると言うことができる。
【００９０】
用語「競合する」は、抗原結合タンパク質（例えば、中和抗原結合タンパク質または中和抗体）に関して使用される場合、試験下の抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその免疫学的機能的断片）が、共通抗原（例えば、Ｏ２多糖またはその断片）への参照抗原結合タンパク質（例えば、リガンドまたは参照抗体）の特異的な結合を妨げるかまたは阻害するアッセイによって決定されるように、抗原結合タンパク質の競合を意味する。多数のタイプの競合的結合アッセイ、例えば、固相直接的または間接的ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、固相直接的または間接的酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（例えば、Ｓｔａｈｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９８３，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  ９２：２４２−２５３を参照されたい）；固相直接的ビオチン−アビジンＥＩＡ（例えば、Ｋｉｒｋｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４−３６１９を参照されたい）、固相直接的標識アッセイ、固相直接的標識サンドイッチアッセイ（例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，１９８８，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓを参照されたい）；１−１２５標識を使用する固相直接的標識ＲＩＡ（例えば、Ｍｏｒｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５：７−１５を参照されたい）；固相直接的ビオチン−アビジンＥＩＡ（例えば、Ｃｈｅｕｎｇ，ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １７６：５４６−５５２を参照されたい）；および直接的標識ＲＩＡ（Ｍｏｌｄｅｎｈａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３２：７７−８２）を使用することができる。典型的に、そのようなアッセイは、これら非標識試験抗原結合タンパク質および標識参照抗原結合タンパク質のいずれかを有する固体表面またはセルに結合した精製抗原の使用を伴う。
【００９１】
競合的阻害は、試験抗原結合タンパク質の存在下において固体表面またはセルに結合した標識の量を決定することによって測定することができる。通常、試験抗原結合タンパク質は、過剰に存在する。競合アッセイによって同定される抗原結合タンパク質（競合抗原結合タンパク質）は、参照抗原結合タンパク質と同じエピトープに結合する抗原結合タンパク質および立体障害が生じるほど、参照抗原結合タンパク質が結合するエピトープに限りなく近い隣接するエピトープに結合する抗原結合タンパク質を含む。通常、競合抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合、競合抗原結合タンパク質は、少なくとも４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、または７５％、共通抗原への参照抗原結合タンパク質の特異的な結合を阻害するであろう。一部の実例では、結合が、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて阻害される。
【００９２】
本明細書において開示される抗原結合タンパク質、抗体、またはその抗原結合断片は、抗原、例えばそれらが認識するかまたは特異的に結合する標的ポリペプチドのエピトープまたは一部分に関して説明するかまたは特徴付けることができる。例えば、本明細書において開示される抗原結合ポリペプチドまたはその断片の抗原結合ドメインと特異的に相互作用するＯ２の一部分は、「エピトープ」である。エピトープは、連続するアミノ酸またはタンパク質の三次フォールディングによって並ぶようになる連続していないアミノ酸の両方から形成することができる。連続するアミノ酸から形成されるエピトープは、変性溶媒への接触に際して典型的に保持されるのに対して、三次フォールディングによって形成されるエピトープは、変性溶媒による処置に際して典型的に失われる。立体エピトープは、抗原のアミノ酸配列の不連続なセクションで構成され得る。線状エピトープは抗原の連続したアミノ酸配列によって形成される。エピトープ決定基は、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル基、またはスルホニル基などの分子の化学的に活性な表面基を含んでいてもよく、特定の三次元構造特性および／または特定の電荷特性を有し得る。エピトープは、ユニークな空間的コンホメーションに少なくとも３つ、４つ、５つ、６つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５のアミノ酸を典型的に含む。エピトープは、当技術分野において知られている方法を使用して決定することができる。
【００９３】
アミノ酸は、本明細書において、その一般に知られている三文字記号によるか、あるいはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）が推奨する一文字記号により参照される。ヌクレオチドも同様に、その一般に認められている一文字コードによって参照される。
【００９４】
本明細書において使用されるように、用語「ポリペプチド」は、アミド結合（ペプチド結合としても知られている）によって直線的に連結される単量体（アミノ酸）から構成される分子を指す。用語「ポリペプチド」は、２つ以上のアミノ酸の任意の鎖を指し、特定の長さの産物を指すものではない。本明細書において使用されるように、用語「タンパク質」は、いくつかの実例ではアミド結合以外の結合によって結び付けることができる１つ以上のポリペプチドから構成される分子を包含することが意図される。他方では、タンパク質はまた、単一ポリペプチド鎖とすることができる。この後者の実例では、単一ポリペプチド鎖は、いくつかの実例では、タンパク質を形成するために互いに融合された２つ以上のポリペプチドサブユニットを含むことができる。用語「ポリペプチド」および「タンパク質」はまた、限定を伴うことなくグリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、知られている保護基／遮断基による誘導体化、タンパク質切断、または天然に存在しないアミノ酸による修飾を含む発現後修飾の産物も指す。ポリペプチドまたはタンパク質は、天然の生物学的な供給源に由来するかまたは組換え技術によって産生することができるが、示される核酸配列から必ずしも翻訳されるわけではない。ポリペプチドまたはタンパク質は、化学合成によるものを含む任意の方法で生成することができる。
【００９５】
用語「単離」は、本開示の抗原結合タンパク質またはそのような結合タンパク質をコードする核酸が全般的に本開示に従うであろう状態を指す。単離タンパク質および単離核酸は、それらが自然環境またはそのような調製物がインビトロにおいてもしくはインビボにおいて実施される組換えＤＮＡ技術によるものである場合にそれらが調製される環境（例えば、細胞培養）において見つけられる、他のポリペプチドまたは核酸など、それらが自然に関連している物質がないかまたは本質的にないであろう。タンパク質および核酸は、希釈剤またはアジュバントと共に製剤されてもよく、なお実際的な目的のために単離されてもよく、例えば、タンパク質は、イムノアッセイで使用されるマイクロタイタープレートをコーティングするために使用される場合、ゼラチンまたは他の担体と通常混合されるか、または診断もしくは療法において使用される場合、薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤と混合されるであろう。抗原結合タンパク質は、天然にまたは異種真核細胞（例えば、ＣＨＯもしくはＮＳ０（ＥＣＡＣＣ  ８５１１０５０３）細胞）の系によってグリコシル化されてもよく、またはそれらは非グリコシル化であってもよい（例えば、原核細胞における発現によって産生される場合）。
【００９６】
「単離される」ポリペプチド、抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物は、自然界で見つけられない形態のポリペプチド、抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物である。単離ポリペプチド、抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物は、それらがもはや自然界で見つけられる形態でない程度まで精製されたものを含む。いくつかの実施形態では、単離される抗原結合タンパク質、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物が本質的に純粋である。
【００９７】
「組換え」ポリペプチド、タンパク質、または抗体は、組換えＤＮＡ技術によって産生されるポリペプチドまたはタンパク質または抗体を指す。宿主細胞で発現する組換えポリペプチド、タンパク質、および抗体は、任意の好適な技術によって分離され、分画され、または部分的もしくは実質的に精製されている天然または組換えポリペプチドと同様に、本開示の目的のために単離されていると見なされる。
【００９８】
ポリペプチドの断片、変異体、または誘導体およびその任意の組み合わせも本開示に含まれる。用語「断片」は、本開示のポリペプチドおよびタンパク質を指す場合、参照ポリペプチドまたはタンパク質の特性の少なくともいくつかを保持する任意のポリペプチドまたはタンパク質を含む。ポリペプチドの断片は、タンパク分解断片および欠失断片を含む。
【００９９】
用語「変異体」は、本明細書において使用されるように、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって親の抗体またはポリペプチド配列と異なる抗体またはポリペプチド配列を指す。本開示の抗体またはポリペプチドの変異体は、アミノ酸置換、欠失、または挿入によりアミノ酸配列が改変された断片およびさらに抗体またはポリペプチドを含む。変異体は、天然に存在し得るかまたは天然に存在し得ない。天然に存在しない変異体は、当技術分野において知られている突然変異誘発技術を使用して産生することができる。変異ポリペプチドは、保存的または非保存的アミノ酸置換、欠失、または追加を含むことができる。
【０１００】
抗体またはポリペプチドに適用される用語「誘導体」は、天然のポリペプチドまたはタンパク質上に見つけられないさらなる特徴を示すように改変された抗体またはポリペプチドを指す。「誘導体」抗体の１つの例は、第２のポリペプチドもしくは他の分子（例えば、ＰＥＧなどのポリマー、発色団、もしくはフルオロフォア）または原子（例えば、放射性同位体）との融合物またはコンジュゲートである。
【０１０１】
用語「ポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド」は、本明細書において使用されるように、単数の核酸および複数の核酸を包含することが意図され、単離核酸分子または構築物、例えばメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、またはプラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）を指す。ある種の態様では、ポリヌクレオチドが、従来のホスホジエステル結合または従来のものではない結合（ペプチド核酸（ＰＮＡ）で見つけられるものなどのアミド結合）を含む。
【０１０２】
用語「核酸」は、ポリヌクレオチド中に存在する任意の１つ以上の核酸セグメント、例えばＤＮＡ、ｃＤＮＡ、またはＲＮＡ断片を指す。核酸またはポリヌクレオチドに適用される場合、用語「単離」は、その天然の環境から取り出された核酸分子、ＤＮＡ、またはＲＮＡを指し、例えば、ベクターに含有される抗原結合タンパク質をコードする組換えポリヌクレオチドは、本開示のために単離されていると見なされる。単離ポリヌクレオチドのさらなる例は、異種宿主細胞中に維持されるかまたは溶液中の他のポリヌクレオチドから精製された（部分的にもしくは実質的に）組換えポリヌクレオチドを含む。単離ＲＮＡ分子は、本開示のポリヌクレオチドのインビボまたはインビトロＲＮＡ転写物を含む。本開示による単離ポリヌクレオチドまたは核酸は、合成して産生されたそのような分子をさらに含む。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、プロモーター、エンハンサー、リボソーム結合部位、または転写終結シグナルなどの調節エレメントを含むことができる。
【０１０３】
本明細書において使用されるように、用語「宿主細胞」は、組換え核酸を有するかまたは有することができる細胞または細胞の集団を指す。宿主細胞は、原核細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ））またはその代わりに、宿主細胞は、真核生物、例えば真菌細胞（例えば、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｉｖｉｓｉａｅ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）、もしくは分裂酵母（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ）などの酵母細胞）および昆虫細胞（例えば、Ｓｆ−９）または哺乳類細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｆ、ＣＨＯ、ＣＯＳ−７、ＮＩＨ−３Ｔ３、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、もしくはハイブリドーマ）などの様々な動物細胞とすることができる。
【０１０４】
用語「アミノ酸置換」は、親配列に存在するアミノ酸残基を別のアミノ酸残基に置き換えることを指す。アミノ酸は、親配列において、例えば化学的ペプチド合成を用いるか、または当技術分野において公知の組換え方法で置換することができる。したがって、「Ｘ位での置換」または「Ｘ位での置換」と言う場合、Ｘ位に存在するアミノ酸を代替的なアミノ酸残基で置換することを指す。一部の実施形態において、置換パターンは、スキーマＡＸＹに従い記述することができ、ここでＡは、天然でＸ位に存在するアミノ酸に対応する一文字コードであり、Ｙは置換するアミノ酸残基である。他の態様において、置換パターンはスキーマＸＹに従い記述することができ、ここでＹは、天然でＸ位に存在するアミノ酸を置換するアミノ酸残基に対応する一文字コードである。
【０１０５】
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、同様の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基ファミリーは当技術分野において定義されており、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。したがって、ポリペプチドのアミノ酸が同じ側鎖ファミリーの別のアミノ酸に置き換えられる場合、この置換は保存的であると見なされる。別の態様では、一続きのアミノ酸を、側鎖ファミリーメンバーの順番および／または組成が異なる構造的には同様の一続きによって保存的に置き換えることができる。
【０１０６】
非保存的置換は、（ｉ）電気陽性側鎖を有する残基（例えば、Ａｒｇ、ＨｉｓまたはＬｙｓ）が電気陰性残基（例えば、ＧｌｕまたはＡｓｐ）に代えて、またはそれによって置換されているか、（ｉｉ）親水性残基（例えば、ＳｅｒまたはＴｈｒ）が疎水性残基（例えば、Ａｌａ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、ＰｈｅまたはＶａｌ）に代えて、またはそれによって置換されているか、（ｉｉｉ）システインまたはプロリンが任意の他の残基に代えて、またはそれによって置換されているか、または（ｉｖ）かさ高い疎水性または芳香族側鎖を有する残基（例えば、Ｖａｌ、Ｈｉｓ、ＩｌｅまたはＴｒｐ）がより小さい側鎖を有するもの（例えば、Ａｌａ、Ｓｅｒ）または側鎖を有しないもの（例えば、Ｇｌｙ）に代えて、またはそれによって置換されているものを含む。
【０１０７】
当業者は他の置換を容易に特定することができる。例えば、アミノ酸アラニンについて、置換は、Ｄ−アラニン、グリシン、β−アラニン、Ｌ−システインおよびＤ−システインのいずれか１つから選択することができる。リジンについて、置換は、Ｄ−リジン、アルギニン、Ｄ−アルギニン、ホモアルギニン、メチオニン、Ｄ−メチオニン、オルニチン、またはＤ−オルニチンのいずれか１つであってもよい。概して、単離ポリペプチドの特性の変化を引き起こすと予想し得る機能的に重要な領域の置換は、（ｉ）極性残基、例えば、セリンまたはスレオニンが疎水性残基、例えば、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、またはアラニンに代えて（またはそれによって）置換されるか、（ｉｉ）システイン残基が任意の他の残基に代えて（またはそれによって）置換されるか、（ｉｉｉ）電気陽性側鎖を有する残基、例えば、リジン、アルギニンまたはヒスチジンが電気陰性側鎖を有する残基、例えば、グルタミン酸またはアスパラギン酸に代えて（またはそれによって）置換されるか、または（ｉｖ）かさ高い側鎖を有する残基、例えば、フェニルアラニンが、かかる側鎖を有しないもの、例えばグリシンに代えて（またはそれによって）置換されるものである。前述の非保存的置換の１つがタンパク質の機能特性を変化させ得る可能性はまた、タンパク質の機能的に重要な領域に対する置換の位置にも相関する。したがって一部の非保存的置換は、生物学的特性に対する効果をほとんどまたは全く有しない。
【０１０８】
用語「アミノ酸挿入」は、親配列に存在する２つのアミノ酸残基間に新規アミノ酸残基を導入することを指す。アミノ酸は、例えば、化学的ペプチド合成を用いるか、または当技術分野において公知の組換え方法で親配列に挿入することができる。したがって本明細書で使用されるとき、語句「Ｘ位とＹ位との間への挿入」、「ＩＭＧＴ  Ｘ位とＹ位との間への挿入」または「Ｋａｂａｔ  Ｘ位とＹ位との間への挿入」（ここでＸおよびＹはアミノ酸位置に対応する）は（例えば、２３９位と２４０位との間へのシステインアミノ酸挿入）、Ｘ位とＹ位との間へのアミノ酸の挿入を指し、また、核酸配列における、Ｘ位およびＹ位のアミノ酸をコードするコドン間への、あるアミノ酸をコードするコドンの挿入も指す。挿入パターンは、スキーマＡＸｉｎｓに従い記述することができ、ここでＡは、挿入されるアミノ酸に対応する一文字コードであり、およびＸは挿入前の位置である。
【０１０９】
２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列間の「パーセント配列同一性」または「パーセント同一性」という用語は、２つの配列の最適アラインメントのため導入しなければならない付加または欠失（即ちギャップ）を考慮した、比較ウィンドウにわたって配列が共有される同一のマッチ位置の数を指す。マッチ位置は、標的配列と参照配列との両方で同一のヌクレオチドまたはアミノ酸が提供される任意の位置である。ギャップはヌクレオチドまたはアミノ酸ではないため、標的配列に提供されるギャップはカウントしない。同様に、カウントするのは標的配列のヌクレオチドまたはアミノ酸であり、参照配列のヌクレオチドまたはアミノ酸ではないため、参照配列に提供されるギャップもカウントしない。配列同一性のパーセンテージは、両方の配列に同一のアミノ酸残基または核酸塩基が存在する位置の数を決定してマッチ位置の数を求め、そのマッチ位置の数を比較ウィンドウ内の位置の総数で除し、その結果に１００を乗じて配列同一性パーセンテージを求めることにより計算される。２つの配列間の配列の比較およびパーセント配列同一性の決定は、容易に利用可能なソフトウェアプログラムを用いて達成することができる。好適なソフトウェアプログラムは、様々な供給元から、タンパク質配列およびヌクレオチド配列の両方のアラインメントについて利用可能である。パーセント配列同一性を決定するための１つの好適なプログラムは、米国政府の国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のＢＬＡＳＴウェブサイト（ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）から入手可能なＢＬＡＳＴプログラムスイートの一部であるｂｌ２ｓｅｑである。ｂｌ２ｓｅｑは、ＢＬＡＳＴＮまたはＢＬＡＳＴＰのいずれかのアルゴリズムを使用して２つの配列間の比較を行う。ＢＬＡＳＴＮは核酸配列の比較に用いられ、一方、ＢＬＡＳＴＰはアミノ酸配列の比較に用いられる。他の好適なプログラムは、例えば、ＥＭＢＯＳＳバイオインフォマティクスプログラムスイートの一部であって、かつ欧州バイオインフォマティクス研究所（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ：ＥＢＩ）、ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａからも入手可能なニードル（Ｎｅｅｄｌｅ）、ストレッチャー（Ｓｔｒｅｔｃｈｅｒ）、ウォーター（Ｗａｔｅｒ）、またはマッチャー（Ｍａｔｃｈｅｒ）である。
【０１１０】
「特異的な結合メンバー」は、互いに結合特異性を有する分子のペアのメンバーを示す。特異的な結合ペアのメンバーは、天然に由来してもよく、または全体的もしくは部分的に合成して産生されてもよい。分子のペアの一方のメンバーは、その表面上に、あるエリアまたはくぼみを有し、これは、分子のペアの他方のメンバーに特異的に結合し、そのため、その特定の空間的な正反対の構造に対して相補的である。したがって、ペアのメンバーは、互いに特異的に結合する特性を有する。特異的な結合ペアのタイプについての例は、抗原−抗体、ビオチン−アビジン、ホルモン−ホルモン受容体、受容体−リガンド、酵素−基質である。本開示は、抗原−抗体タイプの反応に関する。
【０１１１】
本明細書において使用される用語「ＩｇＧ」は、認められている免疫グロブリンガンマ遺伝子によって実質的にコードされる抗体のクラスに属するポリペプチドを指す。ヒトでは、このクラスは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含む。マウスでは、このクラスは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、およびＩｇＧ３を含む。
【０１１２】
用語「抗原結合ドメイン」は、抗原の一部またはすべてに特異的に結合し、相補的であるエリアを含む、抗体の一部を示す。抗原が大きい場合、抗体は、抗原の特定の一部にのみ結合してもよく、この一部は、エピトープと呼ばれる。抗原結合ドメインは、１つ以上の抗体可変ドメインによってもたらされてもよい（例えば、ＶＨドメインからなる、いわゆるＦｄ抗体断片）。抗原結合ドメインは、抗体軽鎖可変領域（ＶＬ）および抗体重鎖可変領域（ＶＨ）を含んでいてもよい。
【０１１３】
用語「抗原結合タンパク質断片」または「抗体断片」は、インタクトな抗原結合タンパク質または抗体の一部分を指し、インタクトな抗原結合タンパク質または抗体の抗原決定可変領域を指す。当技術分野において、抗体の抗原結合機能が完全長抗体の断片によって果たされ得ることは公知である。抗体断片の例としては、限定はされないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、線状抗体、一本鎖抗体、および抗体断片で形成される多重特異性抗体が挙げられる。
【０１１４】
用語「モノクローナル抗体」は、単一の抗原決定基またはエピトープの高度に特異的な認識および結合に関与する均質な抗体集団を指す。これは、典型的には異なる抗原決定基に対する異なる抗体を含むポリクローナル抗体と対照的である。用語「モノクローナル抗体」は、インタクトなモノクローナル抗体および完全長モノクローナル抗体の両方、ならびに抗体断片（Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖなど）、単鎖（ｓｃＦｖ）突然変異体、抗体部分を含む融合タンパク質、および抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。さらに、「モノクローナル抗体」は、限定はされないが、ハイブリドーマ、ファージ選択、組換え発現、およびトランスジェニック動物によることを含めた、任意の方法で作製されたかかる抗体を指す。
【０１１５】
用語「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体、または当技術分野において公知の任意の技法を用いて作製されるヒトによって産生される抗体に対応するアミノ酸配列を有する抗体を指す。ヒト抗体のこの定義には、インタクトなまたは完全長の抗体、その断片、および／または少なくとも１つのヒト重鎖および／または軽鎖ポリペプチドを含む抗体、例えば、マウス軽鎖およびヒト重鎖ポリペプチドを含む抗体などが含まれる。用語「ヒト化抗体」は、最小限の非ヒト（例えば、マウス）配列を含むように改変された非ヒト（例えば、マウス）免疫グロブリンに由来する抗体を指す。
【０１１６】
用語「キメラ抗体」は、免疫グロブリン分子のアミノ酸配列が２つ以上の種に由来する抗体を指す。典型的には、軽鎖および重鎖の両方の可変領域が、所望の特異性、親和性、および能力を有する哺乳動物の１つの種（例えば、マウス、ラット、ウサギ等）に由来する抗体の可変領域に対応し、一方、定常領域が、別の種（通常はヒト）に由来する抗体の配列と同種であり、その種における免疫応答の誘発が回避される。
【０１１７】
用語「抗体結合部位」は、相補的な抗体が特異的に結合する連続または不連続な部位（すなわちエピトープ）を含む抗原（例えば、Ｏ２）内の領域を指す。したがって、抗体結合部位は、抗原内に、エピトープを越えた、結合親和性および／または安定性などの特性を決定し得るかまたは抗原酵素活性または二量化などの特性に影響を与え得る追加的な範囲を含み得る。したがって、２つの抗体が抗原内の同じエピトープに結合する場合であっても、抗体がエピトープ外のアミノ酸との個別的な分子間接触を確立する場合、かかる抗体は個別的な抗体結合部位に結合すると見なされる。
【０１１８】
ＩＭＧＴ付番方式は、概して、可変ドメインの残基（およそ軽鎖の残基１〜１０７および重鎖の残基１〜１１３）を参照するときに用いられる（例えば、（Ｌｅｆｒａｎｃ，Ｍ．−Ｐ．ｅｔ  ａｌ．Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：５５−７７（２００３））。
【０１１９】
語句「Ｋａｂａｔにある通りのアミノ酸位置付番」、「Ｋａｂａｔ位置」、およびその文法上の変化形は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）における抗体の編成の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに用いられる付番方式を指す。この付番方式を用いると、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＷまたはＣＤＲの短縮、またはそれへの挿入に対応するより少ないかまたは追加的なアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔによる残基５２ａ）を含み、および重鎖ＦＷ残基８２の後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔによる残基８２ａ、８２ｂ、および８２ｃ等）を含み得る。
【０１２０】
残基のＫａｂａｔ付番は、所与の抗体について、相同性領域において抗体の配列を「標準」Ｋａｂａｔ付番配列とアラインメントすることにより決定し得る。Ｃｈｏｔｈｉａは、その代わりに構造ループの位置を参照する（Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））。Ｋａｂａｔ付番規則を用いて付番したときのＣｈｏｔｈｉａ  ＣＤＲ−Ｈ１ループの末端は、ループの長さに応じてＨ３２〜Ｈ３４で異なる（これは、Ｋａｂａｔ付番スキームがＨ３５ＡおよびＨ３５Ｂに挿入を置くためであり、３５Ａも３５Ｂも存在しない場合、ループは３２で終わり、３５Ａのみが存在する場合、ループは３３で終わり、３５Ａおよび３５Ｂの両方が存在する場合、ループは３４で終わる）。ＡｂＭ超可変領域は、Ｋａｂａｔ  ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ  構造ループとの妥協案に相当し、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ’ｓ  ＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって用いられている。ＣＤＲのＩＭＧＴ（Ｌｅｆｒａｎｃ，Ｍ．−Ｐ．ｅｔ  ａｌ．Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：５５−７７（２００３））分類も使用することができる。
【０１２１】
用語「Ｋａｂａｔ中のＥＵインデックス」は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）において記載されるヒトＩｇＧ１  ＥＵ抗体の付番方式を指す。本出願で参照されるすべてのアミノ酸の位置は、他に示されない限り、ＩＭＧＴ固有の付番を指す。例えば、Ｃ１０５はＩＭＧＴ固有の付番に従って定義される。例えば、ＫＰＮ４２−Ｃ１０５およびＫＰＮ１７９−Ｃ１０５は、Ｋａｂａｔ位置８９に対応する。
【０１２２】
本明細書において使用される用語「Ｆｃドメイン」、「Ｆｃ領域」、および「ＩｇＧ  Ｆｃドメイン」は、ＩｇＧ分子のパパイン消化によって得られる結晶化可能断片に対応する、免疫グロブリン、例えばＩｇＧ分子の一部分を指す。Ｆｃ領域は、ジスルフィド結合によって連結される、ＩｇＧ分子の２つの重鎖のＣ末端半分を含む。それは、抗原結合活性を有していないが、炭水化物成分ならびに補体およびＦｃＲｎ受容体を含むＦｃ受容体に対する結合部位を含有する。例えば、Ｆｃドメインは、第２の定常ドメインＣＨ２（ヒトＩｇＧ１のＥＵ２３１〜３４０位の残基）および第３の定常ドメインＣＨ３（ヒトＩｇＧ１のＥＵ３４１〜４４７位の残基）全体を含有する。
【０１２３】
Ｆｃとは、独立してこの領域を指し得るか、または抗体、抗体断片、もしくはＦｃ融合タンパク質に関連してこの領域を指し得る。多型は、ＥＵ２７０、２７２、３１２、３１５、３５６、および３５８位を含むが、これらに限定されない、Ｆｃドメイン中の多くの位置に観察される。したがって、「野生型ＩｇＧ  Ｆｃドメイン」または「ＷＴ  ＩｇＧ  Ｆｃドメイン」は、任意の天然に存在するＩｇＧ  Ｆｃ領域（すなわち任意の対立遺伝子）を指す。数限りないＦｃ突然変異体、Ｆｃ断片、Ｆｃ変異体、およびＦｃ誘導体が、例えば米国特許第５，６２４，８２１号明細書；米国特許第５，８８５，５７３号明細書；米国特許第５，６７７，４２５号明細書；米国特許第６，１６５，７４５号明細書；米国特許第６，２７７，３７５号明細書；米国特許第５，８６９，０４６号明細書；米国特許第６，１２１，０２２号明細書；米国特許第５，６２４，８２１号明細書；米国特許第５，６４８，２６０号明細書；米国特許第６，５２８，６２４号明細書；米国特許第６，１９４，５５１号明細書；米国特許第６，７３７，０５６号明細書；米国特許第７，１２２，６３７号明細書；米国特許第７，１８３，３８７号明細書；米国特許第７，３３２，５８１号明細書；米国特許第７，３３５，７４２号明細書；米国特許第７，３７１，８２６号明細書；米国特許第６，８２１，５０５号明細書；米国特許第６，１８０，３７７号明細書；米国特許第７，３１７，０９１号明細書；米国特許第７，３５５，００８号明細書；米国特許出願公開第２００４／０００２５８７号明細書；ならびに国際公開第９９／０５８５７２号パンフレット、国際公開第２０１１／０６９１６４号パンフレット、および国際公開第２０１２／００６６３５号パンフレットにおいて記載される。
【０１２４】
ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４の重鎖の配列は、多くの配列データベースにおいて、例えばＵｎｉｐｒｏｔデータベース（ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ）でそれぞれ受託番号Ｐ０１８５７（ＩＧＨＧ１＿ＨＵＭＡＮ）、Ｐ０１８５９（ＩＧＨＧ２＿ＨＵＭＡＮ）、Ｐ０１８６０（ＩＧＨＧ３＿ＨＵＭＡＮ）、およびＰ０１８６１（ＩＧＨＧ１＿ＨＵＭＡＮ）の下で見つけることができる。
【０１２５】
用語「ＹＴＥ」または「ＹＴＥ突然変異体」は、ヒトＦｃＲｎへの結合の増加をもたらし、かつ突然変異を有する抗体の血清半減期を改善するＩｇＧ１  Ｆｃドメイン中の突然変異のセットを指す。ＹＴＥ突然変異体は、ＩｇＧの重鎖中に導入される３つの「ＹＴＥ突然変異」の組み合わせ：Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、およびＴ２５６Ｅを含み、付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う。参照により本明細書に援用される米国特許第７，６５８，９２１号明細書を参照されたい。ＹＴＥ突然変異体は、同じ抗体の野生型バージョンと比較して、抗体の血清半減期を増加させることが示された。例えば、それらの全体が参照により本明細書に援用されるＤａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８１：２３５１４−２４（２００６）および米国特許第７，０８３，７８４号明細書を参照されたい。「Ｙ」突然変異体は、Ｍ２５６Ｙ突然変異のみを含み、同様に、「ＹＴ」突然変異は、Ｍ２５２ＹおよびＳ２５４Ｔのみを含み、「ＹＥ」突然変異は、Ｍ２５２ＹおよびＴ２５６Ｅのみを含む。他の突然変異がＥＵ２５２位および／または２５６位に存在してもよいことが明確に企図される。特定の態様では、ＥＵ２５２位の突然変異が、Ｍ２５２Ｆ、Ｍ２５２Ｓ、Ｍ２５２Ｗ、もしくはＭ２５２Ｔであってもよく、および／またはＥＵ２５６位の突然変異が、Ｔ２５６Ｓ、Ｔ２５６Ｒ、Ｔ２５６Ｑ、もしくはＴ２５６Ｄであってもよい。
【０１２６】
用語「Ｎ３」または「Ｎ３突然変異体」は、ＦｃＲｎへの結合の増加をもたらし、かつ突然変異を有する抗体の血清半減期を改善するＩｇＧ１  Ｆｃドメイン中の突然変異のセットを指す。Ｎ３突然変異体は、野生型ＩｇＧ１定常ドメイン塩基構造に組み込まれた４３２〜４３７位（４３７位と４３８位の間の挿入なし）の配列Ｃｙｓ−Ｓｅｒ−Ｔｒｐ−Ｈｉｓ−Ｌｅｕ−Ｃｙｓを含む。参照により本明細書に援用される国際公開第２０１５１７５８７４号パンフレットを参照されたい。
【０１２７】
用語「天然に存在するＯ２」は、一般に、Ｏ２多糖またはその断片が存在し得る状態を指す。天然に存在するＯ２は、組換え技術を使用するコード核酸の事前導入なしで、細胞によって天然に産生されるＯ２多糖を意味する。したがって、天然に存在するＯ２は、天然に、例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）によって産生されるものであり得、および／またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）属の様々なメンバーから単離されるものであり得る。
【０１２８】
用語「組換えＯ２」は、Ｏ２多糖またはその断片が存在し得る状態を指す。組換えＯ２は、組換えＤＮＡにより、例えば異種宿主において産生されるＯ２多糖またはその断片を意味する。
【０１２９】
原核生物の細菌発現系において発現される組換えタンパク質は、グリコシル化されないが、哺乳類細胞または昆虫細胞などの真核生物の系において発現されるものは、グリコシル化される。昆虫細胞において発現されるタンパク質は、しかしながら、哺乳類細胞において発現されるタンパク質とグリコシル化において異なる。
【０１３０】
本明細書において使用される用語「半減期」または「インビボにおける半減期」は、所与の動物の血液循環中の本開示の特定のタイプの抗体、抗原結合タンパク質、またはポリペプチドの生物学的半減期を指し、動物に投与された量の半分が動物の血液循環および／または他の組織から取り除かれるのに必要とされる時間によって示される。
【０１３１】
本明細書において使用される用語「対象」は、限定はされないが、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、雌ウシ、クマ、ニワトリ、両生類、爬虫類などを含めた、特定の治療のレシピエントとなる任意の動物（例えば、哺乳動物）を指す。本明細書において使用される用語「対象」および「患者」は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の診断、予後診断、または療法のための任意の対象、特に哺乳類対象を指す。本明細書において使用されるように、「クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態を有する患者」などの語句は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連するその状態のための療法の投与、画像処理手順もしくは他の診断手順、および／または予防的治療から利益を得るであろう哺乳類対象などの対象を含む。
【０１３２】
「クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）」は、腸内細菌科のグラム陰性条件的嫌気性桿菌の属を指す。クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、例えば肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、Ｋ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、および鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）を含む。
【０１３３】
クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）属のメンバーは、典型的に、それらの細胞表面上に２つのタイプの抗原：Ｏ抗原およびＫ抗原を発現する。Ｏ抗原はリポ多糖であり、Ｋ抗原は莢膜多糖である。これらの抗原の構造のばらつきは、抗原をクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）「血清型」に分類するための基準となる。したがって、Ｏ２結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）が、複数の血清型に結合する能力は、様々なＯ抗原および／またはＫ抗原を有するクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合するその能力を指す。本明細書において提供されるいくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）はＯ２血清型のものである。本明細書において提供されるいくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）はＯ１血清型のものである。
【０１３４】
本明細書において使用される用語「医薬組成物」は、活性成分の生物学的活性が有効となるのを可能にするような形態の調製物であって、その組成物を投与しようとする対象にとって許容できない毒性がある追加的な構成成分を含有しない調製物を指す。そのような組成物は無菌とすることができる。
【０１３５】
本明細書において開示される抗原結合タンパク質（抗体もしくはその抗原結合断片を含む）の「有効量」は、特に記載される目的を実行するのに十分な量である。「有効量」は、記載される目的に関して実験的に常法で決定することができる。本明細書において使用される用語「治療有効量」は、対象または哺乳類における疾患または状態を「治療する」のに有効である、ポリペプチド、例えば抗体を含む抗原結合タンパク質または他の薬剤の量を指し、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患または状態を有する対象に対していくらかの改善または有益性をもたらす。したがって、「治療有効」量は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患または状態の、少なくとも１つの臨床症状におけるいくらかの軽減、緩和、および／または減少をもたらす量である。本開示の方法および系によって治療することができる、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患または状態に関連する臨床症状は、当業者によく知られている。さらに、当業者は、いくらかの有益性が対象に対してもたらされる限り、治療効果が完全であるかまたは根治的である必要がないことを十分に理解するであろう。いくつかの実施形態では、用語「治療有効」は、それを必要としている患者においてクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））活性を低下させることができる治療剤の量を指す。投与される実際の量ならびに投与の速度および時間的経過は、治療されているものの性質および重症度に依存するであろう。治療についての処方せん、例えば投薬量に関する決定などは、開業医および他の医師の責任の範囲内にある。抗体およびその抗原結合断片の適切な用量は、当技術分野においてよく知られている。Ｌｅｄｅｒｍａｎｎ  Ｊ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ４７：６５９−６６４；Ｂａｇｓｈａｗｅ  Ｋ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ａｎｔｉｂｏｄｙ，Ｉｍｍｕｎｏｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ａｎｄ  Ｒａｄｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  ４：９１５−９２２を参照されたい。
【０１３６】
本明細書において使用されるように、「十分な量」またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患または状態を有する患者において特定の結果を実現する「のに十分な量」は、任意選択で治療効果である、所望の効果をもたらすのに有効である、治療剤（例えば、本明細書において開示される抗体を含む抗原結合タンパク質）の量を指す（すなわち治療有効量の投与によるもの）。いくつかの実施形態では、そのような特定の結果が、それを必要としている患者におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））活性の低下である。
【０１３７】
本明細書において使用される用語「標識」は、「標識」ポリペプチドまたは抗体を生成するために、ポリペプチド、例えば抗体を含む抗原結合タンパク質に直接または間接的にコンジュゲートされる検出可能な化合物または組成物を指す。標識は、それ自体が検出可能であってもよく（例えば、放射性同位体標識または蛍光標識）、または酵素標識の場合、検出可能な基質化合物または組成物の化学的改変を触媒することができる。
【０１３８】
「治療する」または「治療」または「治療すること」または「軽減する」または「軽減すること」または「回復させること」または「回復させる」などの用語は、診断された病的状態または障害を治癒し、減速させ、その症状を和らげ、および／またはその進行を止める治療手段を指す。「予防する」などの用語は、標的にされる病的状態または障害の発症を予防しかつ／または遅らせる予防または防止手段を指す。したがって、治療を必要としている人は、疾患または状態をすでに有している人を含む。予防を必要としている人は、疾患または状態を起こしやすい人および疾患または状態を予防すべき人を含む。例えば、語句「クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患または状態を有する患者を治療する」は、好ましくは、対象がもはやそれによって不快感および／または機能異常を被らない程度まで、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患または状態の重症度を低下させることを指す（例えば、未治療患者と比較した場合の喘息増悪における相対的な低下）。語句「クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患または状態を予防する」は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患もしくは状態の可能性を低下させることおよび／またはクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）媒介性の疾患もしくは状態の発生を低下させることを指す。
【０１３９】
本明細書において使用されるように、用語「クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態」は、疾患または状態を有する対象における、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．  ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．  ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．  ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）による感染症）によって引き起こされる（単独でもしくは他の媒介物質と共同して）、それによって悪化するか、それに関連するか、またはそれによって長引く任意の病態を指す。クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の非限定的な例は、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症を含む。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症が、院内感染症である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症が、日和見感染症である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症が、臓器移植の結果として生じる。いくつかの実施形態では、対象が、例えば人工呼吸器、カテーテル、または静脈内カテーテルを含む、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に汚染された医療デバイスに暴露される。
【０１４０】
ＣＤＲまたはＣＤＲのセットを有する構造は、一般に、ＣＤＲまたはＣＤＲのセットは、再編成された免疫グロブリン遺伝子によってコードされる天然に存在するＶＨおよびＶＬ抗体可変ドメインのＣＤＲまたはＣＤＲのセットに対応する位置に位置する抗体の重鎖配列もしくは軽鎖配列またはその実質的な一部分でできているであろう。免疫グロブリン可変ドメインの構造および位置は、（参照により本明細書において援用されるＫａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ｅｔ  ａｌ，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．４ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．ＵＳ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ．１９８７およびその最新版、現在はインターネットで入手可能（ｈｔｔｐ：／／ｉｍｍｕｎｏ．ｂｍｅ．ｎｗｕ．ｅｄｕまたは任意の検索エンジンを使用して「Ｋａｂａｔ」を検索）を参照することによって決定されてもよい。ＣＤＲはまた、フィブロネクチンまたはシトクロムＢなどの他の足場によって運ぶこともできる。
【０１４１】
ＣＤＲアミノ酸配列は、実質的に本明細書において説明されるように、ヒト可変ドメインまたは実質的なその一部分中にＣＤＲとして有することができる。ＨＣＤＲ３配列は、実質的に本明細書において説明されるように、本開示の実施形態を示し、これらのそれぞれは、ヒト重鎖可変ドメインまたは実質的なその一部分中にＨＣＤＲ３として担持され得る。
【０１４２】
本開示において用いられる可変ドメインは、任意の生殖系もしくは再編成されたヒト可変ドメインから得ることができるか、または知られているヒト可変ドメインのコンセンサス配列に基づいた合成可変ドメインとすることができる。ＣＤＲ配列（例えば、ＣＤＲ３）は、組換えＤＮＡ技術を使用して、ＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ３）を欠く可変ドメインのレパートリーに導入することができる。
【０１４３】
例えば、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９２，１０：７７９−７８３；参照により本明細書に援用される）は、可変ドメインエリアの５’末端に向けられるかまたはそれに近接するコンセンサスプライマーが、ＣＤＲ３を欠くＶＨ可変ドメインのレパートリーをもたらすために、ヒトＶＨ遺伝子の第３のフレームワーク領域に対するコンセンサスプライマーと共に使用される、抗体可変ドメインのレパートリーを産生する方法を提供する。Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．は、このレパートリーを特定の抗体のＣＤＲ３と組み合わせることができる方法をさらに記載する。類似した技術を使用して、本開示のＣＤＲ３由来の配列を、ＣＤＲ３を欠くＶＨまたはＶＬドメインのレパートリーとシャッフルすることができ、シャッフルして完成したＶＨまたはＶＬドメインを、抗原結合タンパク質をもたらすために、同種のＶＬまたはＶＨドメインと組み合わせることができる。次いで、レパートリーは、適した抗原結合タンパク質が選択されるために、国際公開第９２／０１０４７号パンフレットのファージディスプレイ系またはＫａｙ，Ｂ．Ｋ．，Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．，ａｎｄ  ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ，Ｊ．（１９９６）Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ：Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓを含む、それに続く多くの文献のいずれかなどの適した宿主系においてディスプレイすることができる。レパートリーは、１０４以上のいずれの個々のメンバーからも、例えば１０６〜１０８または１０１０のいずれのメンバーからもなることができる。他の適した宿主系は、酵母ディスプレイ、細菌ディスプレイ、Ｔ７ディスプレイ、リボソームディスプレイなどを含む。リボソームディスプレイの概説については、本明細書において参照により援用されるＬｏｗｅ  Ｄ  ａｎｄ  Ｊｅｒｍｕｔｕｓ  Ｌ，２００４，Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ，Ｂｉｏｔｅｃｈ，５１７−２７、さらに国際公開第９２／０１０４７号パンフレットを参照されたい。
【０１４４】
類似したシャッフリング技術またはコンビナトリアル技術はまた、Ｓｔｅｍｍｅｒ（本明細書において参照により援用されるＮａｔｕｒｅ，１９９４，３７０：３８９−３９１）よっても開示され、Ｓｔｅｍｍｅｒは、β−ラクタマーゼ遺伝子に関しての技術を記載しているが、このアプローチが抗体の生成に使用されてもよいことを述べている。
【０１４５】
さらなる代案は、可変ドメイン全体において突然変異を生成するために、１つ以上の選択されたＶＨおよび／またはＶＬ遺伝子のランダム突然変異誘発を使用して、本開示のＣＤＲ由来の配列を有する新規なＶＨまたはＶＬ領域を生成することである。そのような技術は、エラープローンＰＣＲを使用したＧｒａｍ  ｅｔ  ａｌ（１９９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，８９：３５７６−３５８０）によって記載される。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのアミノ酸置換が、ＨＣＤＲおよび／またはＬＣＤＲのセット内でなされる。
【０１４６】
使用されてもよい他の方法は、ＶＨまたはＶＬ遺伝子のＣＤＲ領域に対して突然変異誘発を誘導することである。そのような技術は、Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ，（１９９４，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，９１：３８０９−３８１３）およびＳｃｈｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ（１９９６，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：５５１−５６７）によって開示される。
【０１４７】
本開示の方法および技術は、別段の指示がない限り、当技術分野においてよく知られており、本明細書の全体にわたって引用され、考察される様々な全般的なおよびより詳細な参考文献において記載される従来の方法に従って全般的に実行される。例えば、すべて本明細書において参照により援用されるＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ  ｅｄ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（２００１）およびＡｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ（１９９２），ａｎｄ  Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９９０）を参照されたい。
【０１４８】
当業者は、当技術分野におけるルーチン的な手法を用いて、本開示の抗原結合タンパク質を提供するために上記に記載されるそのような技術を使用することができるであろう。
【０１４９】
ＩＩ．Ｏ２抗原結合分子
本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合するＯ２抗原結合分子、例えば抗原結合タンパク質、抗体、およびその抗原結合断片を提供する。総称して、これらの剤は、本明細書において「Ｏ２結合分子」または「Ｏ２結合剤」と称される。いくつかの例では、Ｏ２結合剤（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原への結合に加え、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に結合する。いくつかの例では、Ｏ２結合剤（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原に結合するが、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に優先的に結合する。いくつかの例では、Ｏ２結合剤（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に結合するが、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ１抗原には結合しない。
【０１５０】
クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）リポ多糖（ＬＰＳ）のＯ２抗原は、主要な構造成分として、反復Ｄ−ガラクタンＩ（Ｄ−Ｇａｌ  Ｉ）単位を含有する。Ｏ２抗原において、Ｄ−Ｇａｌ  Ｉポリマーは、コアオリゴ糖に直接結合し、構造→３）−β−Ｄ−Ｇａｌｆ−（１→３）−α−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→の反復単位から構成される。対照的に、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）リポ多糖（ＬＰＳ）のＯ１抗原は、反復単位Ｄ−ガラクタンＩおよびＤ−ガラクタンＩＩから構成される２つの構造ドメインを含有する。クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯ１抗原およびＯ２抗原の両方について、Ｏ−抗原生合成は、６つの遺伝子（ｗｚｍ、ｗｚｔ、ｇｌｆ、ｗｂｂＭ、ｗｂｂＮおよびｗｂｂＯ）から構成されるｗｂ（ｒｆｂ）遺伝子クラスターの産物によって実行される（Ｗｈｉｔｆｉｅｌｄ，Ｃ．ｅｔ  ａｌ．１９９１．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｔｗｏ  ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｌｙ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  Ｄ−Ｇａｌａｃｔａｎ  Ｏ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｌｉｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ  ｏｆ  Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ｓｅｒｏｔｙｐｅ  Ｏ２．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ．１４２０−１４３１；Ｃｌａｒｋｅ，Ｂ．Ｒ．ａｎｄ  Ｗｈｉｔｆｉｅｌｄ  Ｃ．１９９２．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｒｆｂ  ｒｅｇｉｏｎ  ｏｆ  Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ｓｅｒｏｔｙｐｅ  Ｏ２：Ｋ２０．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ．１７４：４６１４−４６２１）。Ｄ−Ｇａｌ  Ｉドメインは、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）Ｏ２  ＬＰＳの主要なＯ抗原成分でもある。図１Ａを参照されたい。
【０１５１】
いくつかのＯ２サブ血清型が文献で議論されてきた。（Ｋｅｌｌｙ，Ｒ．Ｆ．，ｅｔ  ａｌ．１９９６．Ｃｌｏｎａｌｌｙ  ｄｉｖｅｒｓｅ  ｒｆｂ  ｇｅｎｅ  ｃｌｕｓｔｅｒｓ  ａｒｅ  ｉｎｖｏｌｖｅｄ  ｉｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｆａｍｉｌｙ  ｏｆ  ｒｅｌａｔｅｄ  Ｄ−Ｇａｌａｃｔａｎ  Ｏ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｉｎ  Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｊ．  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ．５２０５−５２１４。）構造分析により、サブ血清型Ｏ２（２ａ）がＤ−Ｇａｌ  Ｉ部分のみを発現し、Ｏ２（２ａ、２ｃ）、Ｏ２（２ａ、２ｅ）、Ｏ２（２ａ、２ｅ、２ｈ）などの他のサブ血清型は、Ｄ−Ｇａｌ  Ｉ骨格上にさらなる修飾を含有することが示された。最近、サブ血清型Ｏ２（２ａ、２ｆ、２ｇ）の→３）−β−Ｄ−Ｇａｌｆ−（１→３）−［α−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→４）］−α−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→三糖反復単位は、高耐性ＣＲＥ株（クローン複合体２５８）のサブセットで発現したＤ−ガラクタンＩＩＩドメインとして定義された。ガラクタンＩ修飾遺伝子座（ｇｍｌ）遺伝子は、Ｄ−Ｇａｌ  Ｉ反復単位上のＤ−ガラクトピラノースに結合したさらなるガラクトースを有するガラクタンＩＩＩドメインの原因であった。（Ｓｚｉｊａｒｔｏ，Ｖ．ｅｔ．ａｌ．Ｉｎｔ  Ｊ  Ｍｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３０６（２）：８９−９８（２０１６））。
【０１５２】
本明細書において使用されるように、「Ｏ２抗原」という語句は、ｇｍｌ＋およびｇｍｌ−Ｏ２  ＬＰＳの両方を含み、Ｄ−ガラクタンＩＩＩ（Ｄ−Ｇａｌ  ＩＩＩ）単位のＤ−ガラクトース側鎖を含まない。したがって、本明細書において定義される「Ｏ２結合剤」（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、Ｄ−Ｇａｌ  ＩＩＩに特異的に結合しない。したがって、いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、Ｄ−Ｇａｌ  ＩＩＩ発現に関係なくＯ２抗原に結合することができる（表８）。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、例えば、すべてのＯ２株において発現される共通の炭水化物部分に結合することによって、Ｄ−Ｇａｌ  ＩおよびＤ−Ｇａｌ  ＩＩＩの両方を含有するＯ２抗原に結合することができる。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体またはポリペプチドである単離抗原結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する抗体の抗原結合断片である。
【０１５４】
ある実施形態では、Ｏ２結合分子が抗体またはポリペプチドである。いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合するマウス、非ヒト、ヒト化、キメラ、再表面化、またはヒト抗原結合タンパク質である単離抗原結合タンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合分子がヒト化抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合分子がヒト抗体またはその抗原結合断片である。
【０１５５】
本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合断片）は、ａ）クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導するか、ｂ）致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御するか、またはｃ）クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＯＰＫを誘導し、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。ある実施形態では、単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、ＬＰＳ中和活性を有しない（例えば、実施例７に記載のアッセイを用いて決定される）。ある実施形態では、単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、Ｏ２  ＬＰＳに対するＬＰＳ中和活性を有する（例えば、実施例７に記載のアッセイを用いて決定される）。ある実施形態では、単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、Ｏ１およびＯ２  ＬＰＳの両方に対するＬＰＳ中和活性を有する（例えば、実施例７に記載のアッセイを用いて決定される）。ある実施形態では、単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防しない。ある実施形態では、単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、Ｏ２  ＬＰＳによって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する。ある実施形態では、単離抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、Ｏ１およびＯ２  ＬＰＳの両方によって誘導されるＮＦ−ｋＢ活性化を阻害、低減または予防する。
【０１５６】
Ｏ２結合剤は、抗Ｏ２抗原抗体ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ（ＫＰＮ４２−ｖ２０１６）、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、ＫＰＤ１、およびそれらの抗原結合断片を含む。Ｏ２結合剤はまた、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１と同じ肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２エピトープに特異的に結合するＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書において開示されるＯ２結合剤は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原のＤ−ガラクタンＩドメインに結合する抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片が含まれる。
【０１５７】
Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）はまた、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原への結合を競合的に阻害するＯ２結合剤を含む。いくつかの実施形態では、抗Ｏ２抗体またはその抗原結合断片が競合ＥＬＩＳＡアッセイにおいて肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原へのＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１の結合を競合的に阻害する。いくつかの実施形態では、抗Ｏ２抗体またはその抗原結合断片が競合ＥＬＩＳＡアッセイにおいて肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）へのＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１の結合を競合的に阻害する。
【０１５８】
Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）はまた、ｇｍｌ遺伝子発現とは無関係に、Ｏ２血清型のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合するＯ２結合剤を含む。ｇｍｌ遺伝子発現の効果は、例えば、その全体が参照により本明細書に援用される、Ｓｚｉｊａｒｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ３０６：８９−９８（２０１６）に提供される方法を用いて、評価され得る。いくつかの実施形態では、本明細書において開示されるＯ２結合剤は、ｇｍｌ遺伝子を発現しないＯ２血清型のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（すなわち、ｇｍｌ−クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ））に結合する抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、本明細書において開示されるＯ２結合剤は、ｇｍｌ遺伝子を発現するＯ２血清型のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（すなわち、ｇｍｌ＋クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ））に結合する抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む。
【０１５９】
Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）はまた、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１の重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）配列を含むＯ２結合剤も含む。ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ３０、およびＫＰＤ１のＣＤＲ配列は、下記の表１および２に示される。
【０１６０】
【表１】
2019534682.tif 000004
【０１６１】
2019534682.tif 000005
【０１６２】
【表２】
2019534682.tif 000006
【０１６３】
2019534682.tif 000007
【０１６４】
2019534682.tif 000008
【０１６５】
本明細書において記載される抗原結合タンパク質（抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、本明細書において記載される個々の可変軽鎖または可変重鎖の１つを含むことができる。本明細書において記載される抗原結合タンパク質（抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）はまた、可変軽鎖および可変重鎖の両方を含むこともできる。抗Ｏ２抗原ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、およびＫＰＤ１抗体の可変軽鎖配列および可変重鎖配列は、以下の表３および４に提供される。
【０１６６】
【表３】
2019534682.tif 000009
【０１６７】
2019534682.tif 000010
【０１６８】
2019534682.tif 000011
【０１６９】
【表４】
2019534682.tif 000012
【０１７０】
2019534682.tif 000013
【０１７１】
2019534682.tif 000014
【０１７２】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、配列番号８、１７、２６、３５、４４、５３、１８７、１８８、６２、７１、８０、８９、９８、１０７、１１６、１２５、１３４、または１８９と少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号９、１８、２７、３６、４５、５４、１９０、１９１、６３、７２、８１、９０、９９、１０８、１１７、１２６、１３５、または１９２と少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態では、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、配列番号８、１７、２６、３５、４４、５３、１８７、１８８、６２、７１、８０、８９、９８、１０７、１１６、１２５、１３４、または１８９の配列を含む重鎖可変領域、および配列番号９、１８、２７、３６、４５、５４、１９０、１９１、６３、７２、８１、９０、９９、１０８、１１７、１２６、１３５、または１９２の配列を含む軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、配列番号８、９、１７、１８、２６、２７、３５、３６、４４、４５、５３、５４、１８７、１９０、１８８、１９１、６２、６３、７１、７２、８０、８１、８９、９０、９８、９９、１０７、１０８、１１６、１１７、１２５、１２６、１３４、１３５、１８９、または１９２に対して少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％の配列同一性を有する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）が、保存的アミノ酸置換によってのみ配列番号８、９、１７、１８、２６、２７、３５、３６、４４、４５、５３、５４、１８７、１９０、１８８、１９１、６２、６３、７１、７２、８０、８１、８９、９０、９８、９９、１０７、１０８、１１６、１１７、１２５、１２６、１３４、１３５、１８９、または１９２と異なる。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９５％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導する。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９５％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９５％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９５％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えば、メロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９６％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導する。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９６％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９６％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９６％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えば、メロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９７％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導する。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９７％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９７％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、１８９および１９２と少なくとも９７％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えば、メロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する。
【０１８５】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、１８９または１９２と少なくとも９８％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導する。
【０１８６】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９８％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９８％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９８％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えば、メロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９９％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導する。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９９％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９９％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））のＯＰＫを誘導し、致死的なクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）による攻撃からマウスを防御する。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、本開示は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的に結合する単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）を提供し、前記抗原結合タンパク質が、それぞれ配列番号８および９、１７および１８、２６および２７、３５および３６、４４および４５、５３および５４、１８７および１９０、１８８および１９１、６２および６３、７１および７２、８０および８１、８９および９０、９８および９９、１０７および１０８、１１６および１１７、１２５および１２６、１３４および１３５、または１８９および１９２と少なくとも９９％同一であるＶＨおよびＶＬを含み、抗原結合タンパク質は、抗生物質（例えば、メロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）と相乗的に作用する。
【０１９３】
モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５によって記載されるものなどのハイブリドーマ法を用いて調製することができる。ハイブリドーマ法の使用では、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物を上記に記載した通り免疫し、免疫抗原に特異的に結合し得る抗体のリンパ球による産生を誘発する。リンパ球はまた、インビトロで免疫することもできる。免疫後、リンパ球を単離し、例えばポリエチレングリコールを使用して好適な骨髄腫細胞株と融合することによりハイブリドーマ細胞を形成し、次にそこから未融合のリンパ球および骨髄腫細胞を選択によって除くことができる。次に、免疫沈降、免疫ブロット法によるか、またはインビトロ結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ））によって決定するとき選択の抗原を特異的に対象とするモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを、標準方法を用いたインビトロ培養か（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９８６）、あるいは動物においてインビボで増殖させることができる。次に、上記にポリクローナル抗体について記載したように、モノクローナル抗体を培養培地または腹水から精製することができる。
【０１９４】
あるいは、モノクローナル抗体はまた、米国特許第４，８１６，５６７号明細書に記載される通り組換えＤＮＡ方法を用いて作製することもできる。成熟Ｂ細胞またはハイブリドーマ細胞から、その抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子を特異的に増幅するオリゴヌクレオチドプライマーを使用したＲＴ−ＰＣＲによるなどして、モノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドを単離し、従来の手順を用いてその配列を決定する。次に、重鎖および軽鎖をコードする単離ポリヌクレオチドを好適な発現ベクターにクローニングし、本来免疫グロブリンタンパク質を産生しない大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ）細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞などの宿主細胞にその発現ベクターをトランスフェクトすると、宿主細胞によってモノクローナル抗体が生成される。また、記載される通り、所望の種のＣＤＲを発現するファージディスプレイライブラリから、所望の種の組換えモノクローナル抗体またはその断片を単離することもできる（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２−５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８；およびＭａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１−５９７）。
【０１９５】
モノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドは、組換えＤＮＡ技術を用いた何らかの種々の方法でさらに修飾することができ、それにより代替的な抗体を作成し得る。一部の実施形態では、例えばマウスモノクローナル抗体の軽鎖および重鎖の定常ドメインが、１）例えばヒト抗体のそれらの領域に置換されてキメラ抗体が作成されるか、または２）非免疫グロブリンポリペプチドに置換されて融合抗体が作成され得る。一部の実施形態では、定常領域がトランケートされるか、または除去されて、モノクローナル抗体の所望の抗体断片が作成される。可変領域の部位特異的または高密度突然変異誘発を用いてモノクローナル抗体の特異性、親和性等を最適化することができる。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に対するモノクローナル抗体がヒト化抗体である。ある実施形態では、そのような抗体が、ヒト対象に投与された場合に抗原性およびＨＡＭＡ（ヒト抗マウス抗体）応答を低下させるために治療上使用される。ヒト化抗体は、当技術分野において知られている様々な技術を使用して産生することができる。ある代替の実施形態では、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に対する抗体がヒト抗体である。
【０１９７】
ヒト抗体は、当技術分野において公知の様々な技法を用いて直接調製することができる。インビトロで免疫されるか、または標的抗原に対する抗体を産生する免疫された個体から単離された固定化ヒトＢリンパ球を作成することができる（例えば、Ｃｏｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）；Ｂｏｅｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７（１）：８６−９５；および米国特許第５，７５０，３７３号明細書を参照されたい）。また、例えば、Ｖａｕｇｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１４：３０９−３１４、Ｓｈｅｅｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，９５：６１５７−６１６２、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｗｉｎｔｅｒ，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１、およびＭａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１に記載される通り、ヒト抗体はファージライブラリから選択することもでき、ここで、そのファージライブラリはヒト抗体を発現する）。抗体ファージライブラリを作成および使用する技術は、米国特許第５，９６９，１０８号明細書、同第６，１７２，１９７号明細書、同第５，８８５，７９３号明細書、同第６，５２１，４０４号明細書；同第６，５４４，７３１号明細書；同第６，５５５，３１３号明細書；同第６，５８２，９１５号明細書；同第６，５９３，０８１号明細書；同第６，３００，０６４号明細書；同第６，６５３，０６８号明細書；同第６，７０６，４８４号明細書；および同第７，２６４，９６３号明細書；およびＲｏｔｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．，３６７：１１８２−２００（これらの各々は、全体として参照により援用される）にも記載されている。親和性成熟戦略およびチェインシャッフリング戦略（Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３、全体として参照により援用される）が当技術分野において公知であり、高親和性ヒト抗体の作成に用いることができる。
【０１９８】
ヒト化抗体はまた、免疫時に内因性免疫グロブリンを産生することなくヒト抗体の完全レパートリーを産生する能力を有するヒト免疫グロブリン遺伝子座を含有するトランスジェニックマウスでも作製することができる。この手法は、米国特許第５，５４５，８０７号明細書；同第５，５４５，８０６号明細書；同第５，５６９，８２５号明細書；同第５，６２５，１２６号明細書；同第５，６３３，４２５号明細書；および同第５，６６１，０１６号明細書に記載されている。
【０１９９】
本開示によれば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２抗原に特異的な一本鎖抗体の作製技法を適合させることができる（米国特許第４，９４６，７７８号明細書を参照されたい）。加えて、Ｏ２抗原に対して所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂ断片またはその断片の迅速かつ有効な同定を可能にするＦａｂ発現ライブラリの構築方法を適合させることができる（Ｈｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１（１９８９））。抗体断片は、限定はされないが：（ａ）抗体のペプシン消化によって作製されるＦ（ａｂ’）２断片、（ｂ）Ｆ（ａｂ’）２断片のジスルフィド架橋の還元によって生成されるＦａｂ断片、（ｃ）抗体をパパインおよび還元剤で処理することによって生成されるＦａｂ断片、および（ｄ）Ｆｖ断片を含め、当技術分野における技法によって作製することができる。
【０２００】
その血清半減期を増加させるために抗体を修飾することは、とりわけ抗体断片の場合にさらに望ましいものとなり得る。これは、例えば、抗体断片の適切な領域の突然変異によって抗体断片にサルベージ受容体結合エピトープを組み込むことによるか、または後に抗体断片にいずれかの末端もしくは中央で（例えば、ＤＮＡまたはペプチド合成によって）融合するペプチドタグにそのエピトープを組み込むことによって達成し得る。
【０２０１】
本開示の抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、抗体定常領域またはその一部をさらに含むことができる。例えば、ＶＬドメインは、そのＣ−末端部で、ヒトＣκまたはＣγ鎖を含む抗体軽鎖定常ドメインに付けることができる。同様に、ＶＨドメインをベースとする抗原結合タンパク質は、そのＣ−末端部で、任意の抗体アイソタイプ、例えばＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＭならびにアイソタイプサブクラス、特にＩｇＧ１およびＩｇＧ４のいずれかに由来する免疫グロブリン重鎖のすべてまたは一部（例えばＣＨ１ドメイン）に結合することができる。例えば、免疫グロブリン重鎖は、抗体アイソタイプサブクラス、ＩｇＧ１に由来することができる。これらの特性を有し、可変領域を安定化する任意の合成または他の定常領域変異体も本開示の実施形態で使用することが企図される。抗体定常領域は、ＹＴＥ突然変異を有するＦｃ領域とすることができ、Ｆｃ領域は、下記のアミノ酸置換を含む：Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ。この残基の付番は、Ｋａｂａｔの付番に基づく。Ｆｃ領域中のＹＴＥ突然変異は、抗原結合タンパク質の血清中での持続性を増加させる（Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ，Ｗ．Ｆ．ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２８１，２３５１４−２３５２４を参照されたい）。
【０２０２】
本明細書におけるいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質、例えば抗体またはその抗原結合断片が、エフェクター機能を改善するために、例えば、抗原依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および／または補体依存性細胞障害作用（ＣＤＣ）を増強するために修飾される。これは、１つ以上のアミノ酸置換をなすことによってまたはＦｃ領域中にシステインを導入することによって実現することができる。抗体のエフェクター機能を増強するかもしくは衰えさせ、かつ／または抗体の薬物動態学的特性（例えば、半減期）を改変することができるＦｃ領域の変異体（例えば、アミノ酸置換および／または追加および／または欠失）は、例えば米国特許第６，７３７，０５６Ｂ１号明細書、米国特許出願公開第２００４／０１３２１０１Ａ１号明細書、米国特許第６，１９４，５５１号明細書、ならびに米国特許第５，６２４，８２１号明細書および米国特許第５，６４８，２６０号明細書において開示される。置換のある特定のセット、３重突然変異Ｌ２３４Ｆ／Ｌ２３５Ｅ／Ｐ３３１Ｓ（「ＴＭ」）は、ヒトＣ１ｑ、ＣＤ６４、ＣＤ３２Ａ、およびＣＤ１６に対するヒトＩｇＧ１分子の結合活性における大幅な減少を引き起こす。例えば、Ｏｇａｎｅｓｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｃｔａ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ  Ｄ  Ｂｉｏｌ  Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．６４：７００−７０４（２００８）を参照されたい。他の場合、定常領域修飾が血清半減期を増加させることができる。Ｆｃ領域を含むタンパク質の血清半減期は、ＦｃＲｎに対するＦｃ領域の結合親和性を増加させることによって増加させることができる。
【０２０３】
抗原結合タンパク質が抗体またはその抗原結合断片である場合、それは、（ａ）ＩｇＡ定常ドメイン、（ｂ）ＩｇＤ定常ドメイン、（ｃ）ＩｇＥ定常ドメイン、（ｄ）ＩｇＧ１定常ドメイン、（ｅ）ＩｇＧ２定常ドメイン、（ｆ）ＩｇＧ３定常ドメイン、（ｇ）ＩｇＧ４定常ドメイン、および（ｈ）ＩｇＭ定常ドメインからなる群から選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、ＩｇＧ１重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、ＩｇＧ１／ＩｇＧ３キメラ重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む抗体またはその抗原結合断片である。
【０２０４】
本開示の抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、（ａ）Ｉｇκ定常ドメイン、および（ｂ）Ｉｇλ定常ドメインからなる群から選択される軽鎖免疫グロブリン定常ドメインをさらに含むことができる。
【０２０５】
本開示の抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、ヒトＩｇＧ１定常ドメイン、およびヒトλ定常ドメインをさらに含むことができる。本開示の抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む）は、ヒトＩｇＧ２定常ドメイン、およびヒトλ定常ドメインをさらに含むことができる。
【０２０６】
本開示の抗原結合タンパク質は、２５２、２５４、および２５６位に突然変異を含有するＩｇＧ１  Ｆｃドメインを含むことができ、位置付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う。例えば、ＩｇＧ１  Ｆｃドメインは、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、およびＴ２５６Ｅの突然変異を含有することができ、位置付番は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う。
【０２０７】
本開示はまた、本開示の抗原結合タンパク質の単離ＶＨドメインおよび／または本開示の抗原結合タンパク質の単離ＶＬドメインにも関する。
【０２０８】
本開示の抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）は、検出可能なまたは機能的な標識により標識することができる。検出可能な標識は、１３１Ｉまたは９９Ｔｃなどの放射能標識を含み、これらは、抗体画像処理について当技術分野において知られている従来の化学を使用して本開示の抗体に付けられてもよい。標識はまた、ホースラディッシュペルオキシダーゼなどの酵素標識を含む。標識は、特定の関連する検出可能な成分、例えば標識アビジンへの結合を介して検出されてもよいビオチンなどの化学成分をさらに含む。本開示の抗原結合タンパク質（抗体またはその抗原結合断片を含む）に付けられてもよい他の検出可能なまたは機能的な標識の非限定的な例は、同位体標識、磁気標識、レドックス活性成分、光学色素、ビオチン化基、ビオチンシグナル伝達ペプチド、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、および黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）などの蛍光成分、ならびにヒスチジンペプチド（ｈｉｓ）、ヘマグルチニン（ＨＡ）、金結合ペプチド、Ｆｌａｇなどの二次レポーターによって認識されるポリペプチドエピトープ、放射性同位体、放射性核種、毒素、治療剤および化学療法剤を含む。
【０２０９】
ＩＩＩ．医薬組成物
本開示はまた、本明細書において記載される１つ以上のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくは抗原結合断片を含む）をコードするポリヌクレオチドを含む医薬組成物を提供する。ある実施形態では、医薬組成物が薬学的に許容可能なビヒクルまたは薬学的に許容可能な賦形剤をさらに含む。ある実施形態では、これらの医薬組成物がヒト患者においてクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））感染症に関連する状態を治療するか、予防するか、または回復させる際に使用を見出す。ある実施形態では、これらの医薬組成物がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））の増殖を阻害する際に使用を見出す。
いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ２血清型のものである。いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型のものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤を含む医薬組成物は、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１の重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）配列を含む抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む。表１および２に示されるＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１抗体のＣＤＲ配列、または表３および４に示される抗Ｏ２抗原ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１抗体の可変軽鎖配列および可変重鎖配列を含む。
【０２１０】
ある実施形態では、製剤は、本明細書において記載される抗体または抗Ｏ２結合剤を薬学的に許容可能なビヒクル（例えば、担体、賦形剤）と組み合わせることにより、保存および使用のために調製される（例えば、参照により本明細書に援用されるＲｅｍｉｎｇｔｏｎ，Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  ２０ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，２０００を参照されたい）。いくつかの実施形態では、製剤が保存剤を含む。
【０２１１】
本開示の医薬組成物は、局所的なおよび全身性の治療のために任意の数の方法で投与することができる。
【０２１２】
いくつかの実施形態では、本明細書において記載される１つ以上のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体または抗原結合断片）を含む医薬組成物が、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症／セプシス、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、または脊椎関節症を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書において記載される１つ以上のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体または抗原結合断片）を含む医薬組成物が、院内感染症、日和見感染症、臓器移植後の感染症、ならびにクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する他の状態（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）による感染症）において有用である。いくつかの実施形態では、本明細書において記載される１つ以上のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体または抗原結合断片を含む）を含む医薬組成物が、例えば人工呼吸器、カテーテル、または静脈内カテーテルを含む、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に汚染されたデバイスに暴露される対象において有用である。
【０２１３】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の増殖を阻害するのに有効な量のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である。いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ２血清型のものである。いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型のものである。
【０２１４】
いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態を治療し、予防し、かつ／または回復させる方法は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した対象を、インビボにおいて、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片）を含む医薬組成物と接触させるステップを含む。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤を含む医薬組成物が、感染症を予防するために、対象が細菌に暴露されたのと同時にまたはその直後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤を含む医薬組成物が感染後に治療薬として投与される。
【０２１５】
ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症を治療し、予防し、かつ／または回復させる方法は、対象に、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片）を含む医薬組成物を投与するステップを含む。ある実施形態では、対象がヒトである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、対象がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染する前に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、対象がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した後に投与される。
【０２１６】
いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、人工呼吸器をした対象に投与される。ある実施形態では、対象がカテーテル（例えば、尿道カテーテルまたは静脈内カテーテル）を有する。ある実施形態では、対象が抗生物質（例えば、メロペネム、カルバペネム、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミドおよび／またはコリスチン）を受けている。
【０２１７】
いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、院内クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、日和見クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、臓器移植後のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防用である。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、Ｏ２結合９剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものであり、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を産生する広域スペクトル・β−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）である。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものであり、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を産生する非広域スペクトル・β−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）である。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものであり、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を産生する肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネマーゼ（ＫＰＣ）である。
【０２１９】
いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、セファロスポリン耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、アミノグリコシド耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、キノロン耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、カルバペネム耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、コリスチン耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、セファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミド、カルバペネム、およびコリスチン耐性クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症の治療または予防のためのものである。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含む医薬組成物は、抗生物質に感受性のクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染の治療または予防のためのものである。
【０２２０】
クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の治療、予防、および／または回復のために、本明細書において記載される医薬組成物、抗体、または抗Ｏ２結合剤の適切な投薬量は、状態のタイプ、状態の重症度および経過、状態の応答性、医薬組成物、抗体、または抗Ｏ２結合剤が治療目的に投与されるかまたは予防目的に投与されるか、以前の療法、患者の病歴など、治療している医者の判断によるあらゆることに依存する。本明細書において記載される医薬組成物、抗体、または抗Ｏ２結合剤は、１回または数日〜数か月まで続く一連の治療中またはある治療法が実行されるか、もしくは状態の縮小が実現されるまで投与することができる。最適な投薬スケジュールは、患者の体内の薬剤蓄積についての測定値から計算することができ、個々の抗体または作用物質の相対的な効力に依存して変動するであろう。投与している医者は、最適な投薬量、投薬の手法、および反復率を容易に決定することができる。クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態の治療、予防および／または改善に有用なＯ２結合剤および／または医薬組成物には、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１の重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）配列を含む抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片が含まれる。表１および２に示されるＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１抗体のＣＤＲ配列、または表３および４に示されるＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１抗体の可変軽鎖配列および可変重鎖配列を含む。
【０２２１】
ＩＶ．使用の方法
本明細書において記載されるＯ２結合剤（抗Ｏ２抗原抗体およびその抗原結合断片を含む）は、肺炎、尿路感染症、敗血症／セプシス、新生児敗血症／セプシス、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症を含むが、これらに限定されない多様な適用に有用である。いくつかの実施形態では、本明細書において記載されるＯ２結合剤（抗Ｏ２抗原抗体およびその抗原結合断片を含む）は、院内感染症、日和見感染症、臓器移植後の感染症、ならびにクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する他の状態（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）による感染症）において有用である。いくつかの実施形態では、本明細書において記載されるＯ２結合剤（抗Ｏ２抗原抗体およびその抗原結合断片を含む）は、例えば人工呼吸器、カテーテル、または静脈内カテーテルを含む、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に汚染されたデバイスに暴露される対象において有用である。
【０２２２】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象に、有効量のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片）を投与するステップを含む、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態を治療し、予防し、かつ／または回復させる方法を提供する。いくつかの実施形態では、その量は、対象におけるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の増殖を阻害するのに有効である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である。いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ２血清型のものである。いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型のものである。いくつかの実施形態では、対象がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に暴露された。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が対象において検出された。いくつかの実施形態では、対象が、例えば症状に基づいてクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染していることが疑われる。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、本開示はさらに、対象に、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片）を投与するステップを含む、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）の増殖を阻害する方法を提供する。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、Ｋ．プランチコラ（Ｋ．ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、臭鼻菌（Ｋ．ｏｚａｅｎａｅ）、鼻硬腫菌（Ｋ．ｒｈｉｎｏｓｃｌｅｒｍｏａｔｉｓ）および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）、および／またはＫ．グラニュロマティス（Ｋ．ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ）である。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）である。いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ２血清型のものである。いくつかの実施形態において、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（例えば、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ））は、Ｏ１血清型のものである。いくつかの実施形態では、対象がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に暴露された。いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）が対象において検出された。いくつかの実施形態では、対象が、例えば症状に基づいてクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染していることが疑われる。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症に関連する状態を治療し、予防し、かつ／または回復させる方法は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した対象を、インビボにおいて、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片）と接触させるステップを含む。ある実施形態では、細胞をＯ２結合剤と接触させるステップが動物モデルにおいて行われる。例えば、細菌の負担を低下させるために、マウスクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症モデルにＯ２結合剤を投与することができる。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）は、感染を予防するため、細菌を動物に導入する前に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）は、感染を予防するため、動物が細菌に暴露されたのと同時またはその直後に投与される。いくつかの実施形態では、Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）は、感染後に治療剤として投与される。
【０２２５】
ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症を治療し、予防し、かつ／または回復させる方法は、対象に、有効量のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片）を投与するステップを含む。ある実施形態では、対象がヒトである。いくつかの実施形態では、有効量のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）は、対象がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染する前に投与される。いくつかの実施形態では、有効量のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）は、対象がクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に感染した後に投与される。
【０２２６】
ある実施形態では、対象が人工呼吸器をしている。ある実施形態では、対象がカテーテル（例えば、尿道カテーテルまたは静脈内カテーテル）を有する。ある実施形態では、対象が抗生物質（例えば、メロペネム、カルバペネム、またはコリスチン）を受けている。
【０２２７】
ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症が院内感染症である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症が日和見感染症である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症が臓器移植の結果として生じる。
【０２２８】
ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を産生する広域スペクトル・β−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を産生する非ＥＳＢＬである。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を産生する肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネマーゼ（ＫＰＣ）である。
【０２２９】
ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）がセファロスポリン抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）がアミノグリコシド抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）がキノロン抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）がカルバペネム抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）がセファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、およびカルバペネム抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）がセファロスポリン、アミノグリコシド、およびキノロン抵抗性である。ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）は抗生物質に対して感受性である。
【０２３０】
ある実施形態では、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染症を治療し、予防し、かつ／または回復させる方法は、対象に、有効量のＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片）および抗生物質を投与するステップを含む。Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）および抗生物質は、同時にまたは逐次的に投与することができる。Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）および抗生物質は、同じ医薬組成物において投与することができる。Ｏ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）および抗生物質は、別々の医薬組成物において同時にまたは逐次的に投与することができる。ある実施形態では、抗生物質は、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）感染を治療するのに適した抗生物質である。ある実施形態では、抗生物質はメロペネムである。ある実施形態では、抗生物質は、カルバパネム（ｃａｒｂａｐａｎｅｍ）またはコリスチンである。ある実施形態では、抗生物質は、セファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、フルオロキノロン、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、トリメトプリム、スルホンアミド、カルバペネム、および／またはコリスチンである。
【０２３１】
本開示はまた、Ｏ２リポ多糖またはＯ２抗原を含有するクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を検出する方法を提供する。いくつかの実施形態では、Ｏ２またはＯ２抗原を含有するクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を検出する方法は、試料を本明細書において提供されるＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）と接触させるステップ、および結合剤（例えば、抗体またはその抗原結合断片）の試料への結合についてアッセイするステップを含む。結合を評価する方法は、当技術分野においてよく知られている。いくつかの実施形態では、本方法は、Ｏ１リポ多糖またはＯ１抗原を含有するクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、およびＯ２リポ多糖またはＯ２抗原を含有するクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を検出するステップを含む。いくつかの実施形態では、Ｏ１およびＯ２、またはＯ１もしくはＯ２抗原を含有するクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）を検出する方法は、試料を本明細書において提供されるＯ２結合剤（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）と接触させるステップ、および結合剤（例えば、抗体またはその抗原結合断片）の試料への結合についてアッセイするステップを含む。結合を評価する方法は、当技術分野においてよく知られている。
【０２３２】
Ｖ．キット
本開示の任意の態様または実施形態による単離抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を含むキットもまた、本開示の一態様として提供される。キットにおいて、抗原結合タンパク質、抗体、またはその抗原結合断片は、例えば下記にさらに記載されるように、試料中のその反応性を決定することができるように標識することができる。キットの構成要素は、一般に無菌であり、密封バイアルまたは他の容器中にある。キットは、抗体が有用な診断分析または他の方法において用いることができる。キットは、方法、例えば本開示に従う方法における構成要素の使用のための説明書を含有することができる。そのような方法の実行を支援するかまたは可能にする付随的な材料が本開示のキットに含まれてもよい。キットでの使用に適したＯ２結合剤は、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１の重鎖および軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）配列を含む抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む。表１および２に示されるＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ３０、およびＫＰＤ１抗体のＣＤＲ配列、または表３および４に示されるＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、およびＫＰＤ１抗体の可変軽鎖配列および可変重鎖配列を含む。
【０２３３】
試料中の抗体またはその抗原結合断片の反応性は、任意の適切な手段によって決定することができる。ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）は、可能性として考えられる１つの手段である。放射性標識抗原を非標識抗原（試験サンプル）と混合し、抗体に結合させる。結合した抗原を結合していない抗原から物理的に分離し、抗体に結合した放射性抗原の量を決定する。試験サンプル中に抗原が多くあるほど、抗体に結合する放射性抗原は少ないであろう。競合的結合アッセイはまた、レポーター分子に連結された抗原または類似体を使用して、非放射性抗原と共に使用することもできる。レポーター分子は、スペクトルで特定される吸収特性または放射特性を有する蛍光色素、蛍光体、またはレーザー色素とすることができる。適した蛍光色素は、フルオレセイン、ローダミン、フィコエリトリン、およびＴｅｘａｓ  Ｒｅｄを含む。適した発色性色素は、ジアミノベンジジンを含む。
【０２３４】
他のレポーターは、有色、磁気、または常磁性のラテックスビーズなどの高分子コロイド粒子または微粒子物質および検出可能なシグナルを直接または間接的に、視覚的に観察するか、電子的に検出するか、または他に記録することができるようにする生物学的または化学的活性剤を含む。これらの分子は、例えば、色を生じるかもしくは変化させるか、または電気的な特性における変化を引き起こす反応を触媒する酵素とすることができる。それらは、分子が反応性であり、あるエネルギー状態間の電子遷移が特徴的なスペクトルの吸収または放射をもたらす。それらは、バイオセンサーと共に使用される化学物質を含むことができる。ビオチン／アビジンまたはビオチン／ストレプトアビジンおよびアルカリホスファターゼ検出系を用いることができる。
【０２３５】
個々の抗体−レポーターコンジュゲートによって生成されるシグナルは、試料（標準および試験）中の適切な抗体結合の定量化可能な絶対的または相対的データを得るために使用することができる。
【０２３６】
本開示はまた、競合アッセイにおいて抗原レベルを測定するための、上記に記載される抗原結合タンパク質の使用も提供し、競合アッセイにおいて本開示によって提供される抗原結合タンパク質を用いることにより、試料中Ｏ２抗原またはＯ２抗原を含有するクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）のＭｒｋＡのレベルを測定する方法を含む。いくつかの実施形態では、結合していない抗原からの結合している抗原の物理的な分離が必要とされない。いくつかの実施形態では、物理的なまたは光学的な変化が結合に際して起こるように、レポーター分子が抗原結合タンパク質に連結される。レポーター分子は、検出可能であり、好ましくは測定可能なシグナルを直接または間接的に生成することができる。いくつかの実施形態では、レポーター分子の連結が直接的もしくは間接的であるかまたは共有結合性であり、例えば、ペプチド結合または非共有結合性の相互作用を介したものである。ペプチド結合を介した連結は、抗体およびレポーター分子をコード遺伝子融合物の組換え発現の結果としてのものとすることができる。
【０２３７】
本開示はまた、本開示による抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を用いることにより、Ｏ２抗原のレベルを直接測定する方法も提供する。いくつかの実施形態では、これらの方法が、バイオセンサー系を利用する。いくつかの実施形態では、本方法は、本開示による抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を用いることにより、Ｏ１およびＯ２抗原を検出するステップを含む。いくつかの実施形態では、これらの方法が、バイオセンサー系を利用する。
ＶＩ．ポリヌクレオチドおよび宿主細胞
【０２３８】
さらなる態様では、本開示は、本開示による抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）、ＶＨドメインおよび／またはＶＬドメインをコードする核酸配列を含む単離核酸を提供する。いくつかの態様では、本開示は、本明細書において記載される抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）、ＶＨドメインおよび／またはＶＬドメインを作製または調製する方法であって、前記抗原結合タンパク質、ＶＨドメインおよび／またはＶＬドメインの産生をもたらす条件下で前記核酸を発現させるステップ、ならびに抗原結合タンパク質、ＶＨドメインおよび／またはＶＬドメインを任意選択で回収するステップを含む方法を提供する。
【０２３９】
本開示によって提供される核酸がＤＮＡおよび／またはＲＮＡを含む。一態様では、核酸がｃＤＮＡである。一態様では、本開示は、上記に記載されるＣＤＲもしくはＣＤＲのセットまたはＶＨドメインもしくはＶＬドメインまたは抗体抗原結合部位または抗体、例えばｓｃＦｖ、ＩｇＧ１、もしくはＩｇＧ２をコードする核酸を提供する（例えば、表１〜４を参照されたい）。
【０２４０】
本開示の一態様は、本明細書において記載されるＶＨ  ＣＤＲまたはＶＬ  ＣＤＲ配列をコードする核酸、一般に単離核酸、任意選択でｃＤＮＡを提供する。いくつかの実施形態では、ＶＨ  ＣＤＲ配列は、表１に提供される配列番号から選択される。いくつかの実施形態では、ＶＬ  ＣＤＲ配列は、表２に提供される配列番号から選択される。ＨＣＤＲのＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１のセットをコードする核酸、およびＬＣＤＲのＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１のセットをコードする核酸も、表１および２に記載される個々のＣＤＲ、ＨＣＤＲ、ＬＣＤＲ、およびＣＤＲ、ＨＣＤＲ、ＬＣＤＲのセットをコードする核酸のように提供される。いくつかの実施形態では、本開示の核酸は、表３および４に示されるＫＰＮ４２、ＫＰＮ４２−ｖ２０１６、ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＳ３、ＫＰＮ７０、ＫＰＮ１７９、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ  Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ１７、６Ｆ６、ＫＰＬ２６、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ４４、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７）、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４���−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）、ＫＰＳ３０、またはＫＰＤ１のＶＨおよび／またはＶＬドメインをコードする。
【０２４１】
本発明はさらに、下記の表５および６に示される配列から選択される配列を含むポリヌクレオチドを提供する。
【０２４２】
【表５】
2019534682.tif 000015
【０２４３】
2019534682.tif 000016
【０２４４】
2019534682.tif 000017
【０２４５】
2019534682.tif 000018
【０２４６】
2019534682.tif 000019
【０２４７】
【表６】
2019534682.tif 000020
【０２４８】
2019534682.tif 000021
【０２４９】
2019534682.tif 000022
【０２５０】
2019534682.tif 000023
【０２５１】
2019534682.tif 000024
【０２５２】
また、表５または６に提供される配列番号のいずれか１つに対して少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有するポリヌクレオチドが提供される。したがって、ある実施形態では、ポリヌクレオチドは、（ａ）表５に提供される配列番号のいずれか１つに対して少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリヌクレオチド、および／または（ｂ）表６に提供される配列番号のいずれか１つに対して少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。ある実施形態では、ポリヌクレオチドは、（ａ）表５に提供される配列番号の配列を有するポリヌクレオチド、および／または（ｂ）表６に提供される配列番号の配列を有するポリヌクレオチドを含む。
【０２５３】
本開示は、本明細書において開示される核酸分子またはその相補体（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）の断片である、ハイブリダイゼーションプローブ、ＰＣＲプライマー、またはシークエンシングプライマーとしての使用に十分な単離ポリヌクレオチドまたはｃＤＮＡ分子を提供する。核酸分子は、例えば、制御配列に作動可能に連結することができる。
【０２５４】
本開示はまた、上記に記載される少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むプラスミド、ベクター、転写または発現カセットの形態の構築物も提供する（例えば、表５および６を参照されたい）。
【０２５５】
本開示はまた、１つ以上の核酸、プラスミド、ベクターを含むかまたは上記に記載される組換え宿主細胞も提供する（例えば、表５および６を参照されたい）。提供される任意のＣＤＲまたはＣＤＲのセットまたはＶＨドメインもしくはＶＬドメインまたは抗体抗原結合部位、抗体、例えばｓｃＦｖ、ＩｇＧ１、またはＩｇＧ２（例えば、表１〜４を参照されたい）をコードする核酸は、それ自体、コード産物の産生の方法のように、本開示の一態様を形成し、この方法は、産物（例えば、本明細書において開示される抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片を含む））をコードする核酸からの発現を含む。発現は、適切な条件下で、本明細書において記載される核酸を含有する組換え宿主細胞を培養することによって好都合に実現することができる。発現による産生後、ＣＤＲ、ＣＤＲのセット、ＶＨもしくはＶＬドメイン、抗原結合タンパク質は、任意の適した技術を使用して単離および／または精製することができる。
【０２５６】
いくつかの実例では、宿主細胞が、ＨＥＫ２９３細胞、ＨｅＬａ細胞、ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞、またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などの哺乳類宿主細胞である。
【０２５７】
抗原結合タンパク質、ＶＨおよび／またはＶＬドメイン、ならびにコード核酸分子およびベクターは、例えば、それらの自然環境から、実質的に純粋なもしくは均質の形態で単離および／もしくは精製することができるか、または核酸の場合、必要とされる機能を有するポリペプチドをコードする配列以外のもともとの核酸もしくは遺伝子がないかもしくは実質的にないものとすることができる。本開示による核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡを含み、全体的にまたは部分的に合成することができる。本明細書において説明されるヌクレオチド配列への言及は、特定の配列を有するＤＮＡ分子を包含し、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、ＵがＴと置換される、特定の配列を有するＲＮＡ分子を包含する。
【０２５８】
様々な異なる宿主細胞におけるポリペプチドのクローニングおよび発現のための系が、よく知られている。適した宿主細胞は、細菌、哺乳類細胞、植物細胞、酵母およびバキュロウイルス系、ならびにトランスジェニック植物および動物を含む。異種ポリペプチドの発現のための当技術分野において利用可能な哺乳類細胞系は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＨｅＬａ細胞、ベビーハムスター腎臓細胞、ＮＳ０マウスメラノーマ細胞、ＹＢ２／０ラット骨髄腫細胞、ヒト胎児由来腎臓細胞、ヒト胎児由来網膜細胞、およびその他多くの細胞を含む。一般的な細菌宿主は、大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ）である。
【０２５９】
大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ）などの原核細胞における抗体および抗体断片の発現は、当技術分野において十分に確立されている。概説については、例えばＰｌｕｅｃｋｔｈｕｎ，Ａ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：５４５−５５１（１９９１）を参照されたい。培養中の真核細胞における発現も抗原結合タンパク質の産生のための選択肢として当業者に利用可能である。例えば、Ｃｈａｄｄ  ＨＥ  ａｎｄ  Ｃｈａｍｏｗ  ＳＭ（２００１）１１０  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １２：１８８−１９４、Ａｎｄｅｒｓｅｎ  ＤＣ  ａｎｄ  Ｋｒｕｍｍｅｎ  Ｌ（２００２）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １３：１１７、Ｌａｒｒｉｃｋ  ＪＷ  ａｎｄ  Ｔｈｏｍａｓ  ＤＷ（２００１）Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １２：４１１−４１８。
【０２６０】
プロモーター配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化配列、エンハンサー配列、マーカー遺伝子、および必要に応じて他の配列を含む適切な調節配列を含有する適したベクターを選択または構築することができる。ベクターは、必要に応じてプラスミド、ウイルス、例えば「ファージまたはファージミドであってもよい。より詳細については、例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ：３ｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ，２００１，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓを参照されたい。例えば、核酸構築物の調製、突然変異誘発、シークエンシング、細胞中へのＤＮＡの導入および遺伝子発現、ならびにタンパク質の分析における、核酸の操作のための多くの知られている技術およびプロトコールは、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９８８，Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｒｏｍ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，４ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ  １９９９において詳細に記載される。Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．およびＡｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．（両方）の開示は、参照により本明細書に援用される。
【０２６１】
したがって、本開示のさらなる態様は、本明細書において開示される核酸を含有する宿主細胞を提供する。例えば、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質または抗体ＣＤＲ、ＣＤＲのセット、または本開示の抗原結合タンパク質のＶＨおよび／もしくはＶＬドメイン（表１〜４を参照されたい）をコードするヌクレオチド配列（表５および６を参照されたい）を含む核酸で形質転換された宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、宿主細胞が、本開示の発現抗原結合タンパク質または抗体ＣＤＲ、ＣＤＲのセット、または本開示の抗原結合タンパク質のＶＨおよび／もしくはＶＬドメイン（表１〜４を参照されたい）、を含む。
【０２６２】
そのような宿主細胞は、インビトロにおけるものとすることができ、培養中のものとすることができる。そのような宿主細胞は、単離宿主細胞とすることができる。そのような宿主細胞は、インビボにおけるものとすることができる。
【０２６３】
本明細書において提供されるさらなる態様は、宿主細胞中にそのような核酸を導入するステップを含む方法である。導入は、任意の利用可能な技術を用いることができる。真核細胞について、適した技術は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン、エレクトロポレーション、リポソーム媒介性のトランスフェクション、およびレトロウイルスもしくは他のウイルス、例えばワクシニアウイルスまたは昆虫細胞についてバキュロウイルスを使用する形質導入を含んでいてもよい。宿主細胞、特に真核細胞中への核酸の導入は、ウイルスまたはプラスミドベースの系を使用することができる。プラスミド系は、エピソームで維持されてもよく、または宿主細胞中にもしくは人工染色体中に組み込まれてもよい。組み込みは、単一の遺伝子座または複数の遺伝子座での１つ以上のコピーのランダムまたは標的統合によるものとすることができる。細菌細胞について、適した技術は、塩化カルシウム形質転換、エレクトロポレーション、およびバクテリオファージを使用するトランスフェクションを含んでいてもよい。
【０２６４】
導入後、核酸からの発現を引き起こすまたは可能にする、例えば、遺伝子の発現のための条件下で宿主細胞を培養することができる。
【０２６５】
一実施形態では、本開示の核酸が、宿主細胞のゲノム（例えば、染色体）中に統合される。統合は、標準的な技術に従って、ゲノムとの組換えを促進する配列の組み入れによって促進することができる。
【０２６６】
本開示はまた、上記に記載される抗原結合タンパク質またはポリペプチドを発現するために発現系において構築物（例えば、上記に記載されるプラスミド、ベクターなど）を使用するステップを含む方法を提供する。
【０２６７】
別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）を産生するハイブリドーマを提供する。
【０２６８】
本開示のさらなる態様は、本開示の抗体結合タンパク質（例えば、抗Ｏ２抗原抗体またはその抗原結合断片）の産生の方法であって、コード核酸からの発現を引き起こすステップを含む方法を提供する。そのような方法は、前記抗原結合タンパク質の産生に適した条件下で宿主細胞を培養するステップを含むことができる。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、産生の方法が、宿主細胞またはハイブリドーマから産生される抗原結合タンパク質（抗Ｏ２抗原抗体もしくはその抗原結合断片を含む）を単離および／または精製するステップをさらに含む。
【実施例】
【０２７０】
材料および方法
特に記載のない限り、すべての肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）分離株は、Ａｍｅｒｉｃａ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｅｕｒｏｆｉｎ  ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、またはＩＨＭＡ  ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから購入し、適切な場合に抗生物質を補足した、３７℃の２ｘＹＴ培地中で培養物を維持した。
【０２７１】
統計分析は、すべてＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍバージョン６で実行した。細菌負担を比較するために、抗Ｏ２抗原抗体治療動物は、対応のないｔ検定によってヒトアイソタイプコントロール抗体治療動物と比較した。生存結果は、カプランマイヤー曲線としてプロットし、ロングランク（マンテル・コックス）検定で分析した。
【０２７２】
他に特定しない限り、実施例で使用されるすべての抗体はヒトＩｇＧ１フォーマットであった。
【０２７３】
実施例１：多剤耐性（ＭＤＲ）株におけるＯ２血清型の増殖
高度に精製されたＬＰＳは、莢膜多糖を発現しない肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＬＰＳ血清型参照株（Ｓｔａｔｅｎ  Ｓｅｒｕｍ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）から生成された。ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析に続き、Ｓｉｌｖｅｒ  ＳｔａｉｎでＬＰＳの純度を確認した。次いで、Ｏ２血清型に対するヒト抗体を、それぞれの精製ＬＰＳに対するヒトＢ細胞の反応性に基づいて同定した。抗Ｏ２  ＬＰＳ抗体（ＫＰＤ１など）は、おそらくＯ１  ＬＰＳとＯ２  ＬＰＳとの間で共有される共通のＤ−ガラクタンＩサブユニットに起因して、Ｏ１  ＬＰＳとの交差反応性を示した。（図１Ａ）。
【０２７４】
六大陸にまたがる様々な地理的位置および様々な感染部位から、２０１２年から２０１４年の間に採取したクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）臨床分離株７０９株についてウエスタンブロットを行った。ＫＰＤ１抗体を用いてＯ２分離株の傾向を評価した。Ｏ１分離株の傾向を示す歴史的文献（Ｔｒａｕｔｍａｎｎ，Ｍ，ｅｔ．ａｌ．２００４．Ｏ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｓｅｒｏｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｉｓｏｌａｔｅｓ  ａｎｄ  ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｉｍｍｕｎｏｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ  ｏｆ  Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ．Ｖａｃｃｉｎｅ．２２：８１８−８２１．）に反して、Ｏ２が最も一般的なＬＰＳ血清型であった（３５．８％、図１Ｂ）。分離株をさらに３つの異なる薬剤感受性グループに分類して、Ｏ２の増加した発生率が多剤耐性（ＭＤＲ）分離株の全体的な増加に起因し得るかどうかを決定した。感受性群は、ＩＨＭＡによって提供される最小阻害濃度（ＭＩＣ）情報に基づいていた。広域スペクトル・β−ラクタマーゼ産生（ＥＳＢＬ）株は、セフタジジムに対して耐性であるが、カルバンペネム（ｃａｒｂａｎｐｅｎｅｍ）に対して感受性である。カルバペネム耐性腸内細菌科（ＣＲＥ）株は、カルバンペネム（ｃａｒｂａｎｐｅｎｅｍ）に対して耐性である。興味深いことに、多剤耐性分離株におけるＯ２有病率において安定した増加が観察された。Ｏ２血清型の増加は、ＣＲＥ株においてさらに顕著であり、Ｏ２  ＭＤＲ株のユニークな増殖を示唆した（図１Ｂを参照されたい）。
【０２７５】
実施例２：肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２特異的ハイブリドーマの単離
ＢＡＬＢ／ｃマウスを、４週間、皮下経路を介してＯ２リポ多糖（ＬＰＳ）により毎週免疫化した。免疫化の終了時に、リンパ節および脾臓Ｂ細胞を回収し、Ｐ３Ｘ骨髄腫と融合させた。次いで、得られたハイブリドーマからの上清を、全細菌酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）４３８１６ＤＭへの結合についてスクリーニングした。陽性ハイブリドーマを、抗生物質を含まない培地で継代培養し、その上清を肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２  ＬＰＳに対する防御ハイブリドーマの可能性のあるハイブリドーマを選択するためのＥＬＩＳＡ結合およびオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）アッセイに供した。この方法により６Ｆ６抗体を得た。
【０２７６】
実施例３：扁桃および患者Ｂ細胞からの肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）Ｏ２特異的抗体の単離
末梢血単核球（ＰＢＭＣ）および血清は、Ｂｅｌｔｒａｍｅｌｌｏ  Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ  Ｍｉｃｒｏｂｅ．８，２７１−２８３（２０１０）に記載されるように、健常献血者または肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）感染後の回復期患者の軟膜から分離した。ＰＭＢＣは液体窒素中に保存され、一方、血漿は４℃で保存された。あるいは、リンパ球は、ＤＮＡａｓｅＩおよびコラゲナーゼの存在下での組織均質化後の扁桃またはアデノイドから得た。記憶Ｂ細胞は、凍結保存されたＰＭＢＣから、または扁桃またはアデノイドから単離されたリンパ球からＣＤ１９マイクロビーズを用いて単離され、続いて細胞選別によってＩｇＭ、ＩｇＤ、およびＩｇＡを有する細胞を枯渇させた。記憶Ｂ細胞は、Ｔｒａｇｇｉａｉ，Ｅ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １０：８７１−８７５（２００４）に記載されているように不死化された。
【０２７７】
ＰＢＭＣドナー選択のために、対応する血漿をＰＢＳで希釈し、ＥＬＩＳＡにより細菌株の異なるプールまたは精製細菌抗原（例えば、ＬＰＳまたは他の多糖類、細菌タンパク質）に結合する抗体の存在を決定するために使用した。
【０２７８】
扁桃およびアデノイドのドナー選択については、Ｐｉｎｎａ，Ｄ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ３９：１２６０−１２７０（２００９）に記載されているように、扁桃リンパ球をポリクローナル刺激した。ポリクローナル抗体混合物を含有する上清を、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって細菌株の異なるプールまたは精製細菌抗原（例えば、ＬＰＳまたは他の多糖類、細菌タンパク質）に結合する抗体の存在を決定するために使用した。
【０２７９】
抗体ＫＰＤ１は、異なる肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株でコーティングされたプレートを用いて、ＥＬＩＳＡで健常ドナーの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）からのＢ細胞をスクリーニングすることによって単離された。二次スクリーニングでは、ＫＰＤ１はＬＰＳ−Ｏ１およびＯ２への結合、ＬＰＳ−Ｏ１およびＯ２の中和を示し、Ｏ２莢膜突然変異体に対するＯＰＫ活性を示した。ＫＰＤ１をヒトＩｇＧ２抗体として単離した。
【０２８０】
抗体ＫＰＳ３、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ３０、およびＫＰＳ４４は、ＬＰＳ−Ｏ２でコーティングしたプレートを用いてＥＬＩＳＡで回復期のドナーのＢ細胞をスクリーニングすることによって得られた。二次スクリーニングでは、ＫＰＳ３０はＬＰＳ−Ｏ１および−Ｏ２に結合し、ＫＰＳ３、ＫＰＳ１８およびＫＰＳ２４はＬＰＳ−Ｏ２に特異的に結合した。ＫＰＳ３，１８，２４，３０および４４は、Ｏ２莢膜突然変異株に対して強力なＯＰＫ活性を示したが、Ｏ１莢膜突然変異株に対しては示さなかった。ＫＰＳ３、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ１８はＬＰＳＯ２を中和し、ＫＰＳ３０はＬＰＳ−Ｏ１とＬＰＳ−Ｏ２の両方を中和した。ヒトＩｇＧ２抗体として、ＫＰＳ３、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、ＫＰＳ３０およびＫＰＳ４４を単離した。
【０２８１】
抗体ＫＰＮ１７、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ７０、およびＫＰＮ１７９は、ＬＰＳ−Ｏ２を用いたＥＬＩＳＡにおいて扁桃２１由来の選別されたＩｇＧ２  Ｂ細胞を調べることによって単離された。ＫＰＮ１７、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ４４およびＫＰＮ１７９は、ＥＬＩＳＡによる二次スクリーニングにおいてＬＰＳ−Ｏ１および−Ｏ２に結合することが示された。ＫＰＮ１７およびＫＰＮ４２はＬＰＳ−Ｏ２を中和し、ＫＰＮ４４およびＫＰＮ７０はＬＰＳ−Ｏ２およびＬＰＳ−Ｏ１の両方を中和する。ＫＰＮ１７９はＬＰＳ中和活性を示さなかった。ＫＰＮ１７、ＫＰＮ４２およびＫＰＮ４４は、Ｏ２莢膜突然変異体に対してＯＰＫ活性を示した。
【０２８２】
抗体ＫＰＬ２６およびＫＰＬ３６は、Ｏ２株への結合について高含量フローサイトメトリーで扁桃１４由来の選別されたＩｇＧ２  Ｂ細胞を調べることによって単離された。二次スクリーニングでは、それらは、ＥＬＩＳＡにおいてＬＰＳ−Ｏ１およびＬＰＳ−Ｏ２に結合することが確認され、ＫＰＬ２６はＬＰＳ−Ｏ１およびＬＰＳ−Ｏ２を中和し、ＫＰＬ３６はＬＰＳ−Ｏ２を中和することが確認された。ＫＰＬ２６は、Ｏ１およびＯ２莢膜突然変異体に対するＯＰＫ活性を示した。
【０２８３】
実施例４：Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂの３つのクラスの概要
以下にさらに詳細に記載するように、抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂを、１）Ｏ１およびＯ２  ＬＰＳへの結合（実施例５を参照されたい）、２）Ｏ１およびＯ２  ＬＰＳに対するＬＰＳ中和（ＬＰＳ−Ｎｅｕｔ）（実施例７を参照されたい）、３）莢膜変異株４３８１６ΔｃｐｓＢ  ｌｕｘ（Ｏ１）および８５７０ΔｃｐｓＢ  ｌｕｘ（Ｏ２）に対するＯＰＫ（実施例８を参照されたい）、および４）肺炎モデルにおける防御活性（実施例９を参照されたい）につき試験した。Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂはその後、それらのインビトロ活性に基づいて３つのクラスに分けられた。クラスＩ  ｍＡｂは、結合（Ｏ１＋Ｏ２＋）／ＯＰＫ（Ｏ１−Ｏ２＋）として特徴付けられ、クラス２  ｍＡｂは、結合（Ｏ１＋Ｏ２＋）／ＯＰＫ（Ｏ１＋Ｏ２＋）として特徴付けられ、クラスＩＩＩ  ｍＡｂは、結合（Ｏ１±Ｏ２＋）／ＯＰＫ（Ｏ１−Ｏ２＋）として特徴付けられた。表７は、３つのクラスの抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂの結合特性を概括したものである。
【０２８４】
【表７】
2019534682.tif 000025
【０２８５】
とりわけ、高レベルのインビボ防御には、有意なＬＰＳ中和活性は必要とされない。
【０２８６】
実施例５：酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）
ＥＬＩＳＡによるスクリーニングのため、高タンパク質結合処理（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ、ＣＵＳＧ８３０９３からカスタム化）したスペクトルプレート−３８４を、４℃で一晩、ｐＨ７．２のリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）中の５μｇ／ｍｌのＯ１またはＯ２  ＬＰＳでコーティングし、プレートをＰＢＳ−Ｂ、すなわち１％のエンドトキシンを含まないＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ、＃Ａ９４３０）を補足したＰＢＳでブロックした。コーティングされたプレートを、ポリクローナル刺激されたリンパ球（ＡＭＢＲＡ）、もしくは完全ヒト抗体を含有するモノクローナル不死化Ｂ細胞（ドナー照合）、からの細胞培養上清、または希釈血漿試料（ＰＢＭＣドナー選択）と共に、室温で１時間インキュベートした。次いで、プレートを、０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳ−Ｔ）で洗浄した。二次抗体を加えた。アルカリホスファターゼ結合ヤギ抗ヒトＩｇＧ−ＡＰ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、２０４０−０４、ＰＢＳ−Ｂ中１：１０００）またはペルオキシダーゼＡｆｆｉｎｉＰｕｒｅ  Ｆ（ａｂ’）２断片ヤギ抗ヒトＩｇＧ、Ｆｃγ断片特異的（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ  ＃３０９  ０３６  ０９８、ＰＢＳ−Ｂ中１：５０００）を使用した。二次抗体を典型的には１時間インキュベートした。プレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄し、Ｐ−ニトロフェニルホスフェート（ｐＮＰＰ、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｎ２７６５−１００ＴＡＢ）またはＳｕｒｅｂｌｕｅ（ＫＰＬ、５３−００−０３）基質を加え、１０分間または比色反応が展開するまで、インキュベートした。ＨＲＰ基質Ｓｕｒｅｂｌｕｅの場合、等量の０．２Ｎ  ＨＣｌを加えることによって反応を停止させた。４０５ｎｍ（ｐＮＰＰ）または４５０ｎｍ（Ｓｕｒｅｂｌｕｅ）の吸光度をマイクロプレート読み取り装置（Ｂｉｏｔｅｋ、Ｅｌｘ８０８）によって測定した。
【０２８７】
結合ＥＣ５０値を決定するために、４℃で一晩、ｐＨ７．２のリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）中の５μｇ／ｍｌのＯ１またはＯ２  ＬＰＳでコーティングした９６ウェルプレート（Ｍａｘｉ  ｓｏｒｐ、Ｎｕｎｃ＃４４２４０４）中で、ＥＬＩＳＡを行い、プレートをＰＢＳ−Ｂ、すなわち１％のエンドトキシンを含まないＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ、＃Ａ９４３０）を補足したＰＢＳでブロックした。コーティングされたプレートを、室温で１時間、モノクローナル抗体の段階希釈物と共にインキュベートした。次いで、プレートを、０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳ−Ｔ）で洗浄した。アルカリホスファターゼ結合ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、２０４０−０４、ＰＢＳ−Ｂ中１：１０００）を加えた。二次抗体反応物を１時間インキュベートした。プレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄し、Ｐ−ニトロフェニルホスフェート（ｐＮＰＰ、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｎ２７６５−１００ＴＡＢ）基質を加え、３０分間または比色反応が展開するまで、インキュベートした。４０５ｎｍでの吸光度をマイクロプレート読み取り装置（Ｂｉｏｔｅｋ、Ｅｌｘ８０８）によって測定した。データをＧｒａｐｈｐａｄ  Ｐｒｉｓｍソフトウェアによりプロットした。各クラスからの代表的なｍＡｂを、Ｏ１  ＬＰＳ（図２Ａ）およびＯ２  ＬＰＳ（図２Ｂ）への結合について試験し、ＥＣ５０値を得た（図２Ｃ）。抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂの大部分は、ＥＬＩＳＡによってＯ１およびＯ２  ＬＰＳの両方に結合した。これらの中で、ＫＰＮ４２は、Ｏ２よりＯ１に対しより低い親和性を示した。これらのＬＰＳ  ｍＡｂはいずれも、Ｏ３、Ｏ４、Ｏ５、Ｏ７、またはＯ１２  ＬＰＳ血清型に結合しなかった（例えば、図１Ａを参照されたい）。
【０２８８】
実施例６：抗Ｏ２  ｍＡｂを用いたオクテット結合アッセイ
抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂとＯ１およびＯ２  ＬＰＳとの相互作用を、溶相でオクテットプラットフォームによってさらに試験した。このプラットフォームは、より生物学的に意味のある設定で、生体分子複合体形成の速度および複合体の安定性を測定するための強力なツールを提供する。簡潔には、プロテインＡでコーティングされたセンサーを、Ｋｉｎｅｔｉｃｓバッファー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ、ＰＢＳで１０倍〜１倍に希釈）中に２μｇ／ｍＬのＯ１またはＯ２  ＬＰＳを含む溶液に浸漬する前に、０．２μｇ／ｍＬの抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂで１０分間コーティングした。バイオセンサーに結合した分子の数の変化は、リアルタイムで記録された干渉パターンのシフトを引き起こした。図３Ａおよび３Ｂに示すように、クラスＩおよびクラスＩＩのｍＡｂは、Ｏ１およびＯ２  ＬＰＳの両方に結合し、一方、クラスＩＩＩのｍＡｂ（ＫＰＮ４２）はＯ１  ＬＰＳへの結合を示さなかった。Ｏ２  ＬＰＳに対するクラスＩＩＩ  ｍＡｂの親和性定数（ＫＤ）を、オクテットセンサーグラムからのオン速度およびオフ速度に基づいて計算した。ＫＰＮ４２およびＫＰＮ１７９の両方は、それぞれ平均４．８Ｅ−０９および７．９８Ｅ−０９Ｍで同等の親和性定数を示した（図３Ｃ）。
【０２８９】
実施例７：ＬＰＳ中和アッセイ
細菌ＬＰＳによるＴＬＲ４受容体の活性化は、ＮＦ−κＢ転写調節因子の下流の活性化を導く。ＮＦ−κＢ応答性ルシフェラーゼ活性の誘導の減少を用いて、ＬＰＳ  ｍＡｂｓによるＬＰＳ中和活性を定量した。マウスＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞株を、ＮＦ−κＢ応答性プロモーター（ＲＡＷ２６４．７−ｌｕｘ）の制御下で、ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を保持するように操作した。段階希釈した抗体ストックを１：１の比でＬＰＳと混合し、４℃で１時間インキュベートした。次いで、抗体／ＬＰＳ混合物を、予め播種したＲＡＷ２６４．７−ｌｕｘ細胞（４ｅ５細胞／ウェル）を含有するアッセイプレートに１：１０に希釈し、次いで３７℃、５％ＣＯ２で２．５時間置いた。インキュベーション後、Ｓｔｅａｄｙ  Ｇｌｏ溶液（Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに加え、光から防御してさらに２０分間インキュベートした。マルチモードマイクロプレート読み取り装置（Ｓｙｎｅｒｇｙ  ２、Ｂｉｏｔｅｋまたは複数標識プレート読み取り装置、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を用いて相対発光単位（ＲＬＵ）を測定した。阻害のパーセンテージは、抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ｍＡｂによるアッセイおよびネガティブコントロールｍＡｂによるアッセイから得られたＲＬＵと抗体なしのアッセイから得られたＲＬＵを比較することによって決定した。これらの中和アッセイの結果を図４に示す。ＫＰＤ１、ＫＰＮ４４、ＫＰＮ７０、およびＫＰＬ２６はＮＦ−κＢのＯ１およびＯ２  ＬＰＳ活性化を遮断し、一方で、ＫＰＮ４２、ＫＰＮ１７、ＫＰＬ３６、ＫＰＳ３、ＫＰＳ１８、ＫＰＳ２４、およびＫＰＳ４４はＯ２  ＬＰＳに対して中程度の中和活性を示したが、Ｏ１  ＬＰＳに対しては活性を示さなかった。すべてのｍＡｂをヒトＩｇＧ１フォーマットで試験した。
【０２９０】
実施例８：選択されたＯ２  ｍＡｂのＯＰＫ活性
抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂのＯＰＫ活性をＯ１およびＯ２株に対して試験した。簡潔には、発光性肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株８５７０ΔｃｐｓＢＬｕｘ（Ｏ２）および４３８１６ΔｃｐｓＢＬｕｘ（Ｏ１）の対数期培養物を約２ｘ１０６細胞／ｍｌまで希釈した。肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）細胞、５ｅ５／ウェルのジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）分化ＨＬ−６０細胞、透明仔ウサギ血清（１：１０  Ｃｅｄａｒｌａｎｅ）、および抗体の段階希釈物（２ｎｇ〜２．５μｇ／ｍＬ）を９６ウェルプレート中で混合し、振盪させながら（２５０ｒｐｍ）３７℃で２時間インキュベートした。次いで、マルチモードマイクロプレート読み取り装置（Ｓｙｎｅｒｇｙ  ２、Ｂｉｏｔｅｋまたは複数標識プレート読み取り装置、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を用いて相対発光単位（ＲＬＵ）を測定した。死滅のパーセンテージは、抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ｍＡｂによるアッセイおよびネガティブコントロールｍＡｂによるアッセイから得られたＲＬＵと抗体なしのアッセイから得られたＲＬＵを比較することによって決定した。死滅のパーセンテージが４０％を超える場合、陽性死滅が決定された。試験したすべての抗Ｏ２  ＩｇＧ１  ｍＡｂは、Ｏ２莢膜突然変異株に対して強力なＯＰＫ活性（８０〜１００％死滅）を示した（図５および図１０）。ＫＰＬ２６はＯ１およびＯ２株の両方にＯＰＫ活性を誘導した（図５）。
【０２９１】
実施例９：クラスＩＩＩ  ｍＡｂは致死的な肺炎モデルにおいて防御する
Ｃ５７／ＢＬ６マウスは、Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから得て、特別な病原体なしの設備で維持した。動物実験は、すべてＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ（ＩＡＣＵＣ）のプロトコールおよびガイダンスに従って行った。肺炎桿菌株は、一晩、寒天プレート上で成長させ、適切な濃度で、食塩水中で希釈した。接種材料の力価は、攻撃前および後に、寒天プレート上に段階希釈した細菌を平板培養することによって決定した。急性肺炎モデルでは、Ｃ５７／ＢＬ６マウスに、５０μｌ生理食塩水中の肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）臨床分離株１ｅ４〜２ｅ８コロニー形成単位（ＣＦＵ）を鼻腔内接種した。抗肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）モノクローナル抗体（ｍＡｂ）およびヒトＩｇＧ１コントロール抗体を、細菌による攻撃の１〜２４時間後に投与した（治療的投与）。マウスの生存は、８日目まで毎日モニターした。代表的な実験の生存データをＧｒａｐｈｐａｄ  Ｐｒｉｓｍソフトウェアによりプロットした。
【０２９２】
マウスを、２ｅ８  ＣＦＵの肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバンペネマーゼ（Ｃａｒｂａｎｐｅｎｅｍａｓｅ）（ＫＰＣ）株Ｋｐ９６１８４２＿Ｏ２または３ｅ８  ＣＦＵのＫＰＣ株Ｋｐ９７７７７８＿Ｏ２で攻撃し、続いて抗Ｏ２  ｍＡｂを投与した。細菌感染の１時間後に２ｍｇ／ｋｇの濃度で投与した場合、クラスＩＩＩ抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂ  ＫＰＮ４２、ＫＰＮ１７９−ＩｇＧ１、およびＫＰＳ４４ｖ２０１７は、多剤耐性ＫＰＣ株Ｋｐ９６１８４２＿Ｏ２（図６、左のパネル、および図１０）およびＫｐ９７７７７８＿Ｏ２（図６Ｂ、右のパネル）による致命的な細菌による攻撃からマウスを防御した。ＫＰＮ１７９−ＩｇＧ３もまた防御を与えたが、クラスＩ  ｍＡｂ  ＫＰＮ７０−ｈＩｇＧ１またはＫＰＤ１−ＩｇＧ１は、これら２つのモデルでは防御しなかった。クラスＩＩ  ｍＡｂ  ＫＰＬ２６は、致命的なＯ１肺炎モデルにおいて中程度の防御を与えたが、Ｋｐ９６１８４２＿Ｏ２肺炎モデルでは防御を示さなかった。
【０２９３】
実施例１０：抗Ｏ２  ＬＰＳ  ｍＡｂ  ＫＰＮ４２およびＫＰＮ１７９は、致命的な肺炎モデルにおいて抗生物質メロペネムとの強力な相乗効果を示す
抗生物質と組み合わせた抗Ｏ２  ＬＰＳ抗体の活性を評価するために、実施例９に記載の致命的な肺炎モデルを使用した。細菌感染の１時間後に抗生物質および抗体の両方を投与した。メロペネムヒト等価用量（５０ｍｐｋ）とＫＰＮ４２またはＫＰＮ１７９の治療量以下の用量（０．２ｍｐｋ）との組み合わせは、抗体または抗生物質単独療法と比較して、有意に改善された防御を示した（図７）。これらの結果は、ＫＰＮ４２またはＫＰＮ１７９を含む抗Ｏ２抗体の投与が、抗生物質耐性肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株を抗生物質療法に対して感作させ、抗Ｏ２抗体ＫＰＮ４２またはＫＰＮ１７９の治療量以下の用量が抗生物質耐性肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）株における抗生物質との強力な相乗効果を示すことを示す。
【０２９４】
実施例１１：ＫＰＮ４２は、メロペネムと共に感染後６時間まで防御する
実施例９および１０で抗体および抗生物質の組み合わせ研究について記載したように、細菌感染後１、２、４、６および２４時間で、５０ｍｇ／ｋｇのメロペネムおよび２ｍｇ／ｋｇの抗体を投与した。メロペネムとＫＰＮ４２の組み合わせは、感染後６時間まで、コントロールｍＡｂとメロペネムの組み合わせより有意により優れた防御を示した（図８）。ＫＰＮ１７９とメロペネムの組み合わせは、感染後４時間まで、コントロールｍＡｂとメロペネムの組み合わせより優れた防御を与えた（図８）。実施例１０と合わせて、これらの結果は、細菌感染後の、ＫＰＮ４２またはＫＰＮ１７９を含む抗Ｏ２抗体の投与（すなわち、治療的投与）の有効性を示す。
【０２９５】
実施例１２：ＫＰＮ４２およびＫＰＮ１７９配列最適化
ｍＡｂ発生に関する配列負担および潜在的な抗薬物抗体を減少させるために、ＫＰＮ４２の軽鎖ＣＤＲ３中の不対システインをアラニンに交換し（図９、抗体Ａ（ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ）および抗体Ｂ（ＫＰＮ４２−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−ＶＨ／ＫＰＮ４２−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ）を参照されたい）、ＫＰＮ４２のフレームワーク（図９、抗体Ａを参照されたい）またはＫＰＮ４２のフレームワーク１、２、および４（図９、抗体Ｂを参照されたい）中の体細胞突然変異を、生殖系列残基で置換した。同様に、ＫＰＮ１７９の軽鎖ＣＤＲ３中の不対システインをアラニンと交換し、ＫＰＮ１７９重鎖ＣＤＲ１中の脱アミド化モチーフを形成するアスパラギン残基を生殖系列残基セリンで置換し（図９、抗体Ｃ（ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ）および抗体Ｄ（ＫＰＮ１７９−ＦＲ−１−２−４−ＧＬ−Ｎ３５Ｓ−ＶＨ／ＫＰＮ１７９−ＦＲ−ＧＬ−Ｃ１０５Ａ−ＶＬ）を参照されたい）、ＫＰＮ１７９のフレームワーク（図９、抗体Ｃを参照されたい）またはＫＰＮ１７９のフレームワーク１、２、および４中の体細胞突然変異を、生殖系列残基で置換した（図９、抗体Ｄを参照されたい）。生殖系列残基（図９、抗体Ｃを参照されたい）とのＫＰＮ１７９  ＶＨおよびＶＬフレームワークにおけるすべての体細胞突然変異の置換は、Ｏ２  ＬＰＳへの結合を有意に減少させた。残りの突然変異は、親抗体と同等の結合を示した（例えば、図９の抗体Ａ、ＢおよびＤを参照されたい）。
【０２９６】
実施例１３：抗Ｏ２抗原抗体は、臨床的関連性のあるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）に結合する
抗Ｏ２抗原抗体が臨床的関連性のあるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株に結合するかどうかを決定するために、臨床分離株に対する抗Ｏ２  ｍＡｂの結合をウエスタンブロットアッセイによって決定した。簡潔には、精製ＬＰＳまたは細菌溶解物を、ドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）に供した。分離したタンパク質およびＬＰＳを、製造業者の推奨に基づいて、ｉＢｌｏｔ装置を用いてゲルからニトロセルロース膜に移した。（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）。次いで、膜をカゼインブロッキング緩衝液でブロックした後、Ｏ２（ＫＰＤ１）モノクローナル抗体または他のＬＰＳ血清型に特異的な抗体でプローブした。ＰＢＳ緩衝液（ＰＢＳ−Ｔ）中０．０５％Ｔｗｅｅｎで３回洗浄した後、ブロットをＩＲＤｙｅ６８０または８００蛍光二次抗体（Ｌｉｃｏｒ）と共にインキュベートした。ブロットはＯｄｙｓｓｅｙ  Ｉｍａｇｅ  Ｓｔａｔｉｏｎで可視化した。ＬＰＳブロットでは、個別的なラダーパターンが観察された。アッセイは少なくとも２回繰り返した。場合によって、ウエスタンブロット分析の前に、細菌溶解物をプロテアーゼＫで処理してタンパク質成分を除去した。ＫＰＤ１に結合するが他のＬＰＳ血清型特異的ｍＡｂに結合しない株は、Ｏ２株として特徴付けられた。抗Ｏ２  ｍＡｂ  ＫＰＤ１およびＫＰＮ４２が結合する、臨床的関連性のあるクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株の概要を表８に示す。
【０２９７】
【表８】
2019534682.tif 000026
【０２９８】
2019534682.tif 000027
【０２９９】
2019534682.tif 000028
【０３００】
2019534682.tif 000029
【０３０１】
2019534682.tif 000030
【０３０２】
2019534682.tif 000031
【０３０３】
2019534682.tif 000032
【０３０４】
2019534682.tif 000033
【０３０５】
2019534682.tif 000034
【０３０６】
2019534682.tif 000035
【０３０７】
2019534682.tif 000036
【０３０８】
2019534682.tif 000037
【０３０９】
2019534682.tif 000038
【０３１０】
2019534682.tif 000039
【０３１１】
表８の列１〜１４０の分離株は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペナマーゼ（ｃａｒｂａｐｅｎａｍａｓｅ）（ＫＰＣ）株である。表８の列１４１〜２２６の分離株は、拡張スペクトル・βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）株であり、表８の行２２７〜２５４の分離株は抗生物質感受性株である。
【０３１２】
これらの結果は、抗Ｏ２  ｍＡｂが、臨床株の大規模で多様な群だけでなく、抗生物質耐性の臨床的関連性株にも結合することを示す。これらの結果は、抗Ｏ２  ｍＡｂが、例えば表８に開示されているクレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株の１つ以上について、本明細書において記載される治療および／または診断として有用であり得ることを示唆する。
【０３１３】
実施例１４：抗Ｏ２抗原抗体は、ｇｍｌ遺伝子発現に関係なく、Ｏ２クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株に結合する
Ｇａｌ  ＩＩＩ構造を認識するモノクローナル抗体は、ｇｍｌ＋クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）ＳＴ２５８株に結合することが報告されている。本発明者らは、多数のＯ２クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）臨床分離株から全ゲノム配列を得、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）またはウエスタンブロット分析によって、（ｉ）これらの株がｇｍｌ遺伝子を発現するか否か、および（ｉｉ）抗Ｏ２  ｍＡｂがこれらの株に結合するか否かにつき実験を行った。さらに、本発明者らは、全ゲノム配列に基づいて多遺伝子座配列型（ＭＬＳＴ）およびｇｍｌ遺伝子座を解析した。表９は、３１のＯ２クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）臨床分離株のＦＡＣＳ結合、ＭＬＳＴ、およびｇｍｌ発現データを列挙する。
【０３１４】
【表９】
2019534682.tif 000040
【０３１５】
表９に示すように、ＳＴ２５８を含む複数のＳＴタイプがこのコレクションに存在した。１２の非ＳＴ２５８株はｇｍｌ遺伝子を発現しなかった。ＫＰＮ４２は９２％（１１／１２）ｇｍｌ−および１００％（１９／１９）ｇｍｌ＋クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）株に結合した。これらのデータは、ＫＰＮ４２などの抗Ｏ２抗体が、Ｏ２抗原に結合するが、Ｇａｌ  ＩＩＩエピトープには結合しないことを示唆している。したがって、そのようなＯ２抗体は、Ｇａｌ  ＩＩＩ結合抗体よりもＯ２株に対してより広い範囲を与える。
【０３１６】
実施例１５：ＫＰＳ４４配列最適化
ｍＡｂ発生につき配列負担を減少させるために、ＫＰＳ４４の重鎖ＣＤＲ３中のトリプトファンをフェニルアラニンに交換した（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨとしても知られるＫＰＳ４４−ｖ２０１７の重鎖、配列番号２０２を参照されたい）。さらに、ＫＰＳ４４の軽鎖ＣＤＲ１中のトリプトファンをフェニルアラニンと交換し、ＫＰＳ４４の軽鎖ＣＤＲ３中のアスパラギン酸およびセリンを、それぞれアスパラギンおよびチロシンに置換した（ＫＰＳ４４−ｖ２０１７−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬとしても知られるＫＰＳ４４ｖ−２０１７の軽鎖、配列番号２０３を参照されたい）。まとめると、これはＫＰＳ４４−ｖ２０１７（ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬとしても知られる）をもたらした。
【０３１７】
親ＫＰＳ４４およびＫＰＳ４４−ｖ２０１７の重鎖ＣＤＲおよび軽鎖ＣＤＲの組み合わせを作製し、ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ１）、ＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｗ１０７Ｆ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ２）、およびＫＰＳ４４−Ｗ１０８Ｆ−ＶＨ／ＫＰＳ４４−Ｄ３７Ｎ−Ｓ３８Ｙ−ＶＬ（ＫＰＳ４４−Ｇ３）を生じた。
【０３１８】
具体的な実施形態の前出の説明は、本開示の一般的性質を十分に完全に明らかにするものであり、したがって第三者が、当技術分野の範囲内の知識を適用することにより、本開示の一般的概念から逸脱することなく、過度の実験を行うことなしにかかる具体的な実施形態を容易に改良しおよび／またはそれを様々な適用に適合させることができる。したがって、かかる適合形態および改良形態は、本明細書に提供される教示および指針に基づけば、開示される実施形態の均等物の意味および範囲内にあることが意図される。本明細書における用語法または表現法は、限定ではなく、説明を目的とするものであり、したがって本明細書の用語法または表現法は当業者によって教示および指針を踏まえて解釈されるべきであることが理解されなければならない。
【０３１９】
本開示の広さおよび範囲は、上記の例示的な実施形態のいずれによっても限定されないが、下記の請求項およびそれらの均等物に従ってのみ定義されるべきである。
【０３２０】
本出願において引用されるすべての刊行物、特許、特許出願、および／または他の文献は、それぞれの個々の刊行物、特許、特許出願、および／または他の文献が事実上、参照により組み込まれるように個々に示されるのと同じように、事実上、それらの全体が参照により組み込まれる。
【図１Ａ】
2019534682.tif 000041
【図１Ｂ】
2019534682.tif 000042
【図２Ａ−Ｃ】
2019534682.tif 000043
【図３−１】
2019534682.tif 000044
【図３−２】
2019534682.tif 000045
【図３−３】
2019534682.tif 000046
【図４−１】
2019534682.tif 000047
【図４−２】
2019534682.tif 000048
【図５】
2019534682.tif 000049
【図６】
2019534682.tif 000050
【図７】
2019534682.tif 000051
【図８】
2019534682.tif 000052
【図９】
2019534682.tif 000053
【図１０Ａ】
2019534682.tif 000054
【図１０Ｂ−Ｃ】
2019534682.tif 000055
【図１１Ａ−Ｂ】
2019534682.tif 000056
【配列表】
2019534682000001.app
【国際調査報告】
2019534682.tif 000057
2019534682.tif 000058
2019534682.tif 000059
2019534682.tif 000060
2019534682.tif 000061