(57)【要約】免疫チェックポイント阻害剤と併用して、TUSC2療法などの腫瘍抑制因子療法を投与する工程を含む、がんを有する対象を処置する方法。がん治療で使用するためのキットおよび試薬も提供される。2019534268.tif 000010
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
TUSC2療法を対象に投与する工程を含む、がんを有する対象を処置する方法であって、対象が少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤で処置されたことがあるか、または処置されている最中である、前記方法。
【請求項２】
少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を対象に投与する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を対象に投与する工程が、TUSC2療法の前に少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を投与することを含む、請求項2記載の方法。
【請求項４】
少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を対象に投与する工程が、TUSC2療法の後にまたはそれと同時に少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を投与することを含む、請求項2記載の方法。
【請求項５】
対象が、TUSC2療法の前2週間以内に少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を投与されている、請求項1記載の方法。
【請求項６】
少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤が抗PD1剤を含む、請求項1記載の方法。
【請求項７】
抗PD1剤が、抗PD1抗体、抗PDL1抗体、または抗PDL2抗体を含む、請求項6記載の方法。
【請求項８】
抗PD1剤が、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、KEYTRUDA(登録商標)、AMP-514、REGN2810、CT-011、BMS 936559、MPDL328OA、またはAMP-224である、請求項6記載の方法。
【請求項９】
少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤が、CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG-3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、KIR、またはA2aRの阻害剤から選択される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤が抗CTLA-4抗体である、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
抗CTLA-4抗体が、トレメリムマブ、YERVOY(登録商標)、またはイピリムマブである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤が抗キラー細胞免疫グロブリン様受容体（KIR）抗体である、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
抗KIR抗体がリリルマブである、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
対象が、2種類の免疫チェックポイント阻害剤で処置されたことがあるか、または処置されている最中である、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
2種類の免疫チェックポイント阻害剤が、抗PD1抗体および抗CTL4抗体である、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
TUSC2療法がTUSC2発現ベクターの投与を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
TUSC2発現ベクターがプラスミド DNAである、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
プラスミドがpLJ143/KGB2/FUS1である、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
TUSC2発現ベクターがリポソーム中に提供される、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
リポソームがDOTAP：コレステロールリポソームである、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
DOTAP：コレステロール比率が約1.5:1〜1:1.5である、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
DOTAP：コレステロール比率が約10:9である、請求項20記載の方法。
【請求項２３】
TUSC2発現ベクターおよびDOTAP：コレステロールリポソームが、約0.01 mg/kgから約0.10 mg/kgの用量で投与される、請求項20記載の方法。
【請求項２４】
TUSC2療法が2回以上投与される、請求項1記載の方法。
【請求項２５】
抗炎症剤を投与する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２６】
TUSC2療法がTUSC2ポリペプチドの投与を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
TUSC2ポリペプチドがミリストイル化される、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
TUSC2ポリペプチドがナノ粒子中に含まれる、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
ナノ粒子が、脂質ベースのナノ粒子、超常磁性ナノ粒子、ナノシェル、半導体ナノ結晶、量子ドット、ポリマーベースのナノ粒子、シリコンベースのナノ粒子、シリカベースのナノ粒子、金属ベースのナノ粒子、フラーレン、またはナノチューブである、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
さらなる抗がん治療を対象に投与する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項３１】
さらなる抗がん治療が、化学療法、放射線療法、遺伝子治療、外科的手術、ホルモン療法、抗血管新生療法、またはサイトカイン療法である、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
さらなる抗がん治療がEGFR阻害剤である、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
がんが、口腔がん、口腔咽頭がん、鼻咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織がん、内分泌もしくは神経内分泌がん、または血液がん、神経膠腫、肉腫、癌腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、口腔咽頭がん、鼻咽頭がん、腎がん、胆道がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨原性肉腫腫瘍、多発性神経内分泌I型およびII型腫瘍、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、大腸がん、直腸がん、または皮膚がんである、請求項1記載の方法。
【請求項３４】
がんが肺がんである、請求項33記載の方法。
【請求項３５】
肺がんが非小細胞肺がんである、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
がんが転移性肺がんである、請求項34記載の方法。
【請求項３７】
がんが少なくとも第1の化学療法に対して耐性である、請求項1記載の方法。
【請求項３８】
がんが白金ベースの化学療法に対して耐性である、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
TUSC2療法および少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を投与する工程が、腫瘍におけるNK細胞および/またはCD8＋T細胞密度の増加をもたらす、請求項2記載の方法。
【請求項４０】
CD8＋T細胞密度が少なくとも3倍増加する、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
TUSC2療法および少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を投与する工程が、CcL3、CcL4、CcL21a、および/またはCcL19血清レベルをもたらす、請求項2記載の方法。
【請求項４２】
TUSC2治療剤および免疫チェックポイント阻害剤を含む、キット。
【請求項４３】
免疫チェックポイント阻害剤が抗PD1抗体である、請求項42記載のキット。
【請求項４４】
EGFR阻害剤がチロシンキナーゼ阻害剤である、請求項32記載の方法。
【請求項４５】
EGFR阻害剤が、EGFR結合抗体またはアプタマーである、請求項32記載の方法。
【請求項４６】
EGFR阻害剤が、ゲフィチニブ、エルロチニブ、セツキシマブ、マツズマブ、パニツムマブ、AEE788、CI-1033、HKI-272、HKI-357、またはEKB-569である、請求項32記載の方法。
【請求項４７】
がんを処置するのに治療的に有効な量でTUSC2治療剤および免疫チェックポイント阻害剤を含む、組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、2016年10月12日に出願された米国特許仮出願第62/407,329号の恩典を主張する。
【０００２】
1. 発明の分野
本明細書において提供される態様は概して、分子生物学、免疫学およびがん治療の分野に関連する。
【背景技術】
【０００３】
2. 関連技術の説明
腫瘍形成の分子メカニズムおよび遺伝子メカニズムがより明らかになってきていることから、がん治療の焦点は、組織から遺伝子レベルに移っている（Bishop, 1991）。遺伝子の2つの主要なクラス、がん遺伝子および腫瘍抑制遺伝子（TSG）における変異は、発がん過程において中心的な役割を果たす。TSGは、不活性化にホモ接合型欠失または変異を必要とするように見え、TSG発現の回復がヒト腫瘍において可能である（Lowe et al., 2004; Roth, 2006）。肺がん細胞株および原発性肺腫瘍における3p21.3領域でのホモ接合型欠失によって、この領域から腫瘍抑制活性を有する複数の遺伝子が同定されている（Lerman et al., 2000）。これらの欠失は、標的指向性抗がん治療の開発をもたらしている。しかしながら、そのような治療の有効性を増強できる方法については依然として不明である。
【発明の概要】
【０００４】
第1の態様において、免疫チェックポイント阻害剤と併用して腫瘍抑制因子療法（例えば、TUSC2療法）を投与する工程を含む、がんを有する対象を処置する方法が提供される。よって、TUSC2療法などの腫瘍抑制因子療法を対象に投与する工程を含む、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤で処置されている最中の（または以前に投与されたことがある）、がんを有する対象を処置するための方法が提供される。例えば、TUSC2療法で処置されるべき対象は、TUSC2療法の投与の、1時間、6時間、12時間、1日、3日、1週または2週未満前に免疫チェックポイント阻害剤を投与された対象であり得る。本明細書において用いられるTUSC2療法は、がん細胞においてTUSC2ポリペプチドを提供するまたはその発現を引き起こす任意の種類の療法であり得る（例えば、参照により本明細書に組み入れられる米国特許第7,902,441号を参照）。例えば、TUSC2療法は、TUSC2ポリペプチドまたはTUSC2発現ベクターのがん細胞への送達を含んでもよい。療法は、例えば、ナノ粒子を介して、または核酸発現ベクターの場合にはウイルスベクターの使用を通じて、送達されてもよい。
【０００５】
ある態様において、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤と併用してTUSC2療法を対象に投与する工程を含む、がんを有する対象を処置するための方法が提供される。例えば、TUSC2療法は、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤の前に、その後に、またはそれと本質的に同時に投与することができる。よって、いくつかの態様において、がんを処置するのに治療的に有効な量でTUSC2治療剤および免疫チェックポイント阻害剤を含む組成物が提供される。
【０００６】
いくつかの局面において、少なくとも1種類のチェックポイント阻害剤は、CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、LAG-3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、KIR、またはA2aRの阻害剤から選択される。ある局面において、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤は、ヒトプログラム細胞死1（PD-1）軸結合アンタゴニストである。いくつかの局面において、PD-1軸結合アンタゴニストは、PD-1結合アンタゴニスト、PDL1結合アンタゴニスト、およびPDL2結合アンタゴニストからなる群より選択される。ある局面において、PD-1軸結合アンタゴニストはPD-1結合アンタゴニストである。いくつかの局面において、PD-1結合アンタゴニストは、PD-1のPDL1および/またはPDL2への結合を阻害する。特定の局面において、PD-1結合アンタゴニストは、モノクローナル抗体またはその抗原結合断片である。特定の局面において、PD-1結合アンタゴニストは、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ（pidillizumab）、KEYTRUDA(登録商標)、AMP-514、REGN2810、CT-011、BMS 936559、MPDL328OA、またはAMP-224である。いくつかの局面において、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤は抗CTLA-4抗体である。特定の局面において、抗CTLA-4抗体は、トレメリムマブ、YERVOY(登録商標)、またはイピリムマブである。ある局面において、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤は、抗キラー細胞免疫グロブリン様受容体（KIR）抗体である。いくつかの局面において、抗KIR抗体はリリルマブ（lirilumab）である。ある局面において、対象は、抗PD1抗体および抗CTLA4抗体など、2種類以上の免疫チェックポイント阻害剤の投与を受けたことがあるか、または受けている最中である。
【０００７】
ある態様において、TUSC2療法の投与は、TUSC2をコードするDNAプラスミドなど、TUSC2発現ベクターの投与を含む。本明細書において提供される態様による使用のための発現ベクターは概して、TUSC2コード配列の発現のための制御エレメントを含む。例えば、ベクターは、関心対象のがん細胞における発現に有効なプロモーターおよびエンハンサーエレメントを含み得る。ある局面において、例えば、TUSC2発現は、CMVプロモーターまたはその組換えバージョン、例えば、参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願公開第20070092968号に記載のCMVプロモーター構築物などによってもたらされる。ある態様において、本明細書において提供されるベクターは、改変CMVプロモーターを含む。ある態様において、本明細書において提供されるベクターは、ミニCMVプロモーターを含む。例えば、イントロン、薬物応答エレメント、RNA安定化もしくは不安定化配列、細胞局在化シグナル、ポリアデニル化シグナル配列、および/または最適化翻訳開始コドンなどの、さらなる発現制御エレメントも含まれ得る。プラスミドDNAベクターはまた、DNA産生を促進するのを助ける配列、細菌の複製起点および/または薬物耐性マーカーなどを含んでもよい。ある特定の局面において、TUSC2発現ベクターはpLJ143/KGB2/FUS1プラスミドである。
【０００８】
発現ベクターの細胞への送達（例えば、インビボ送達）のための方法は当技術分野において周知であり、それらの方法には、これらに限定されないが、ナノ粒子（例えば、リポソームナノ粒子）、脂質コンジュゲート、およびウイルスベクターが含まれる。ある局面において、TUSC2発現ベクターは、N-[1-(2,3-(ジオレオイルオキシ)プロピル]-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド（DOTAP）：コレステロールリポソームナノ粒子などのナノ粒子中で投与される。当業者は、リポソームのさまざまな特性を調整して、ベクター送達を最適化できることを認識している。例えば、リポソームは、ある特定のサイズ範囲、および/または脂質に対するDNA；コレステロールに対するDNA；もしくはコレステロールに対する脂質の特定の比率を有するように調整されてもよい。例えば、DOTAP：コレステロールリポソームの場合では、DOTAP：コレステロール比率は、約1.5:1〜1:1.5、例えば、約10:9として定義することができる。さらなる局面において、TUSC2発現ベクターは、約50から約500 nm（例えば、200〜500 nm）の平均粒子サイズを含む、リポソームナノ粒子中に提供される。一層さらなる局面において、TUSC2ナノ粒子製剤は、約0.65から0.95のOD400を有するなど、その光学密度（OD）によって定義することができる。
【０００９】
一層さらなる態様において、TUSC2療法は、TUSC2ポリペプチドの投与を含み得る。TUSC2ポリペプチドの投与のための方法は、例えば、参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願公開第20060251726号および同第20090023207号に記載される。TUSC2ポリペプチドは、そのがん細胞に進入する活性および/または能力を増強するように改変されてもよい。例えば、ポリペプチドは、脂質成分で改変する（例えば、ミリストイル化する）ことができる。ある局面において、TUSC2は、ナノ粒子（例えば、脂質ベースのナノ粒子）、例えば、超常磁性ナノ粒子、ナノシェル、半導体ナノ結晶、量子ドット、ポリマーベースのナノ粒子、シリコンベースのナノ粒子、シリカベースのナノ粒子、金属ベースのナノ粒子、フラーレンまたはナノチューブとして提供される。
【００１０】
本明細書において提供される態様によるTUSC2療法および/または免疫チェックポイント阻害剤は典型的には、薬学的に許容される担体中に製剤化される。該態様による療法は、例えば、静脈内に、皮内に、動脈内に、腹腔内に、病巣内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸膜腔内に、気管内に、鼻腔内に、硝子体内に、膣内に、直腸内に、局所に（topically）、腫瘍内に、筋肉内に、腹腔内に、皮下に、結膜下に、小胞内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内に、眼内に、経口的に、局所に、局所的に（locally）、吸入を介して（例えば、エアロゾル吸入）、注射によって、または注入によって送達されてもよく、送達の経路は処置すべきがんの種類によって左右され得る。例えば、DOTAP：コレステロールリポソームと複合体を形成したTUSC2発現ベクターは、静脈内注入を介して投与することができる。ある特定の局面において、TUSC2療法は、約0.01 mg/kgから約0.10 mg/kgの用量、例えば、約0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09または0.10 mg/kgの用量で静脈内に投与される。さらなる局面において、TUSC2療法は、2回以上（例えば、3、4、5、6、7、8、9または10回）投与することができる。そのような療法の用量間のタイミングは異なっていてもよく、これらに限定されないが、用量間に約1、2もしくは3日、約1、2、もしくは3週、または1ヶ月以上を含み得る。
【００１１】
なおさらなる態様において、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤と併用して、および/または1種もしくは複数種の抗炎症剤と併用して、TUSC2療法を対象に投与する工程を含む、がんを有する対象を処置するための方法が提供される。例えば、抗炎症剤は、TUSC2療法の前に、その後に、またはその間に投与されてもよい。さらなる局面において、抗ヒスタミン剤およびコルチコステロイドの投与など、2種類以上の抗炎症剤が投与される。よって、ある特定の局面において、TUSC2療法と併用して使用するための抗炎症剤は、ジフェンヒドラミンおよび/またはデキサメタゾンである。
【００１２】
さらなる態様において、本明細書において提供される方法は、さらなる抗がん治療を投与する工程をさらに含む。さらなる抗がん治療は、これらに限定されないが、外科的療法、化学療法（例えば、プロテインキナーゼ阻害剤またはEGFR標的療法の投与）、放射線療法、寒冷療法、温熱療法、光線療法、放射線アブレーション療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、または生物学的療法、例えば、モノクローナル抗体、siRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイムもしくは遺伝子治療などであってもよい。これらに限定されないが、生物学的療法は、遺伝子治療、例えば、腫瘍抑制遺伝子治療、細胞死タンパク質遺伝子治療、細胞周期調節因子遺伝子治療、サイトカイン遺伝子治療、毒素遺伝子治療、免疫遺伝子治療、自殺遺伝子治療、プロドラッグ遺伝子治療、 抗細胞増殖遺伝子治療、酵素遺伝子治療、または抗血管新生因子遺伝子治療などであってもよい。
【００１３】
したがって、なおさらなる態様において、本明細書において、免疫チェックポイント阻害剤およびさらなる抗がん剤、例えば、化学療法剤と併用してTUSC2療法（例えば、TUSC2ポリペプチドまたはTUSC2発現ベクター）を対象に投与する工程を含む、がんを有する対象を処置するための組成物、療法、および方法が提供される。例えば、化学療法剤は、SrcまたはAktキナーゼ阻害剤などのプロテインキナーゼ阻害剤であり得る。いくつかの局面において、化学療法剤は、上皮増殖因子受容体（EGFR）阻害剤である。
【００１４】
したがって、ある態様において、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤および任意でプロテインキナーゼ阻害剤と併用してTUSC2療法を対象に投与する工程を含む、がんを有する対象を処置するための方法が提供される。例えば、TUSC2療法およびまたは免疫チェックポイント阻害剤は、プロテインキナーゼ阻害剤の前に、その後に、またはそれと本質的に同時に投与することができる。したがって、いくつかの態様において、がんを処置するのに治療的に有効な量でTUSC2治療剤、免疫チェックポイント阻害剤およびプロテインキナーゼ阻害剤を含む組成物が提供される。該態様による使用のためのプロテインキナーゼ阻害剤には、これらに限定されないが、EGFR、VEGFR、AKT、Erb1、Erb2、ErbB、Syk、Bcr-Abl、JAK、Src、GSK-3、PI3K、Ras、Raf、MAPK、MAPKK、mTOR、c-Kit、eph受容体、またはBRAFの阻害剤が含まれる。例えば、プロテインキナーゼ阻害剤は、アファチニブ、アキシチニブ、ベバシズマブ、ボスチニブ、セツキシマブ、クリゾチニブ、ダサチニブ、エルロチニブ、フォスタマチニブ、ゲフィチニブ、イマチニブ、ラパチニブ、レンバチニブ、ムブリチニブ、ニロチニブ、パニツムマブ、パゾパニブ、ペガプタニブ、ラニビズマブ、ルキソリチニブ、サラカチニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、トラスツズマブ、バンデタニブ、AP23451、ベムラフェニブ、CAL101、PX-866、LY294002、ラパマイシン、テムシロリムス、エベロリムス、リダフォロリムス、アルボシジブ、ゲニステイン、セルメチニブ、AZD-6244、バタラニブ、P1446A-05、AG-024322、ZD1839、P276-00、GW572016、またはそれらの混合物であり得る。ある局面において、プロテインキナーゼ阻害剤は、AKT阻害剤（例えば、MK-2206、GSK690693、A-443654、VQD-002、ミルテホシン、またはペリホシン）である。
【００１５】
該態様にしたがって使用するためのEGFR標的療法には、これらに限定されないが、EGFR/ErbB1/HER、ErbB2/Neu/HER2、ErbB3/HER3、および/またはErbB4/HER4の阻害剤が含まれる。広範なそのような阻害剤が公知であり、それらには、これらに限定されないが、受容体に対して活性を有するチロシンキナーゼ阻害剤およびEGFR結合抗体またはアプタマーが含まれる。例えば、EGFR阻害剤は、ゲフィチニブ、エルロチニブ、セツキシマブ、マツズマブ、パニツムマブ、AEE788；CI-1033、HKI-272、HKI-357、またはEKB-569であり得る。ある態様において、本明細書で提供される組成物および療法は、全身的にまたは局所的に投与される。1つの態様において、本明細書において提供される組成物および療法は全身的に投与される。ある局面において、EGFR阻害剤は、TUSC2療法の前に、その後に、またはそれと本質的に同時に患者に投与される。例えば、療法は、静脈内注入での同時投与などによって、同時に投与されてもよい。ある態様において、TUSC2阻害剤およびEGFR阻害剤は、がんを処置するのに有効な任意の量で投与することができる。ある態様において、本明細書において提供される組成物、療法、および方法は、単独で投与されたいずれかの組成物よりも低用量でTUSC2阻害剤およびEGFR阻害剤を投与する工程を含む。ある態様において、組成物、療法、および方法は、副作用を低減させる低用量でTUSC2阻害剤およびEGFR阻害剤を投与する工程を含む。ある態様において、組成物、療法、および方法は、単独で投与されたいずれかの組成物によって提供されるものより相加的な、協同的な、または相乗的な作用を提供するのに有効な用量でTUSC2療法、免疫チェックポイント阻害剤、およびEGFR阻害剤を投与する工程を含む。ある局面において、そのような療法による処置のためのがんは、肺がん（例えば、非小細胞肺がん）など、本明細書に記載されたがんのいずれかであり得る。ある好ましい局面において、組み合わせ療法による処置のためのがんは、EGFRを発現するがんである。ある態様において、EGFRを発現するがんは、少なくとも1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％の、EGFRを発現する腫瘍細胞を含む。
【００１６】
なお一層さらなる態様において、本明細書において、免疫チェックポイント阻害剤およびEGFR阻害剤と併用してTUSC2療法を対象に投与する工程を含む、がんがEGFRを発現すると以前に判定されたがんを有する対象を処置するための方法が提供される。ある態様において、本明細書において、がんがEGFRを発現するかどうかを判定する工程、およびTUSC2、免疫チェックポイント阻害剤、およびEGFR阻害剤を対象に投与する工程を含む、がんを有する対象を処置するための方法が提供される。がんのEGFR発現状態を評価するための方法は、例えば、参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願公開第20110052570号に記載されている。ある局面において、EGFRを発現するがんは、変異EGFRを発現するがん、例えば、L858Rおよび/またはT790M変異を有するEGFRを発現するがんなどであり得る。ある態様において、本明細書において提供される組成物および療法は、少なくとも1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％のEGFRを発現する腫瘍細胞を含む、EGFRを発現するがんを有する患者に投与される。一層さらなる局面において、処置のための対象は、EGFRを発現すると以前に判定され、かつがんの細胞の少なくとも10％がアポトーシス性である、がんを有する。ある態様において、本明細書において提供される方法は、EGFRを発現するがんの細胞の少なくとも10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、または99％がアポトーシス性であるかどうかを判定する工程をさらに含む。
【００１７】
ある態様において、処置または評価のためのがんは、原発性腫瘍または転移性腫瘍など、腫瘍として存在してもよい。がんは早期がんであってもよく、または転移性または後期がんであってもよい。ある局面において、がんは、口腔がん、口腔咽頭がん、鼻咽頭がん、呼吸器がん、泌尿生殖器がん、消化器がん、中枢もしくは末梢神経系組織がん、内分泌もしくは神経内分泌がん、血液がん、神経膠腫、肉腫、癌腫、リンパ腫、黒色腫、線維腫、髄膜腫、脳がん、口腔咽頭がん、鼻咽頭がん、腎がん、胆道がん、前立腺がん、褐色細胞腫、膵島細胞がん、リー・フラウメニ腫瘍、甲状腺がん、副甲状腺がん、下垂体腫瘍、副腎腫瘍、骨原性肉腫腫瘍、多発性神経内分泌I型およびII型腫瘍、乳がん、肺がん（例えば、非小細胞肺がん（NSCLC）または小細胞肺がん（SCLC））、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、皮膚がん、脳がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、大腸がん、直腸がん、または皮膚がんである。さらなる局面において、がんは、化学療法耐性がんのような、1つまたは複数の抗がん治療に耐性を有するがんと定義されてもよい。例えば、がんは、シスプラチンなど白金ベースの化学療法剤に耐性を有するがんであってもよい。
【００１８】
上記態様のいくつかの局面において、TUSC2療法および少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を投与する工程は、腫瘍におけるNK細胞および/またはCD8＋T細胞の密度の増加をもたらす。特定の局面において、CD8＋T細胞の密度は、少なくとも3倍、例えば、4、5、6、7、8、9または10倍増加する。いくつかの局面において、TUSC2療法および少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を投与する工程は、CcL3、CcL4、CcL21a、および/またはCcL19血清レベルをもたらす。
【００１９】
一層さらなる態様において、本明細書において、TUSC2治療剤および少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤を含むキットが提供される。例えば、いくつかの局面において、本明細書において提供されるキットは、TUSC2治療剤、少なくとも1種類の免疫チェックポイント阻害剤、およびTUSC2治療剤および/または免疫チェックポイント阻害剤に対するその反応を判定するために対象を試験するための試薬を含む。例えば、TUSC2治療剤に対するその反応を判定するために対象を試験するための試薬は、対象のがん細胞におけるアポトーシスのレベルを判定するための試薬であり得る。さらなる局面において、キットは、1種または複数種の抗炎症剤またはキナーゼ阻害剤をさらに含む。一層さらなる局面において、キットは、これらに限定されないが、薬学的に許容される希釈剤、シリンジ、注入バッグ、注入ライン、および/またはキットの使用のための説明書のセットを含む、1つまたは複数の追加の構成成分を含んでもよい。
【００２０】
本明細書に記載される任意の方法または組成物は、本明細書に記載される任意の他の方法または組成物に関して実行できることが企図される。同様に、対象を処置するための方法の文脈において論じられる本態様の局面は、対象における反応を予測する方法に同様に適用可能であり、逆もまた同様である。
【００２１】
特許請求の範囲および/または明細書において「含む」という用語と併用する場合、「1つの（a）」または「1つの（an）」という語の使用は「1つの（one）」を意味し得るが、「1つまたは複数」、「少なくとも1つの」、および「1つまたは2つ以上」の意味とも一致する。
【００２２】
本明細書において用いられる特定の成分に関する「本質的に含まない」は、本明細書において、少しの該特定の成分も組成物内に意図的に処方されておらず、かつ/または混入物としてまたは微量でのみ存在することを意味して用いられる。したがって、組成物の任意の意図しない混入に起因する特定の成分の総量は、0.01％をはるかに下回る。最も好ましくは、その中でいかなる量の特定の成分も標準的な分析方法によって検出できない組成物である。
【００２３】
本明細書および特許請求の範囲において用いられる「1つの（a）」または「1つの（an）」は1つまたは複数を意味し得る。本明細書および特許請求の範囲において用いられる「1つの（a）」または「1つの（an）」という語は、「含む」という語と併用される場合、1つまたは2つ以上を意味し得る。本明細書および特許請求の範囲において用いられる「別の」または「さらなる」は少なくとも第2のまたはそれ以降を意味し得る。
【００２４】
本明細書および特許請求の範囲において用いられる「約」という用語は、値が、値を決定するために用いるデバイス、方法の誤差の固有の変動、または試験対象の間に存在する変動を含むことを示すとして用いられる。
【００２５】
本発明の他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかしながら、詳細な説明および特定の実施例は、発明のある特定の態様を示しているが、これらは単に例示を目的としたものに過ぎず、本発明の精神および範囲の範囲内でさまざまな変更および改変が、この詳細な説明から当業者に明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
以下の図面は、本明細書の一部を形成し、かつ本発明のある特定の局面をさらに明らかにするために含まれる。本発明は、本明細書において提示される特定の態様の詳細な説明と組み合わせて、これらの図面の1つまたは複数を参照することによって、よりよく理解され得る。
【図１】CMT167皮下モデルに対するTUSC2および抗PD1の組み合わせ処置によって、抗腫瘍活性の増強が認められた。（A）腫瘍接種、処置スケジュールおよび用量、免疫細胞分析用の血液および脾臓の収集、および免疫組織化学的検査用の腫瘍回収、ならびにRNA単離を示す連続処理戦略。（B）CMT167-luc細胞上のPD-L1の表面発現レベルをフローサイトメトリーによって決定した。（C）、（D）4種類の異なる処置群（1群あたりマウスN=10）での腫瘍成長曲線を、IVIS 200による小動物イメージングから生じた腫瘍体積および生物発光強度に基づいて決定した。対象群を、空の（TUSC2遺伝子なし）ベクターを積載したナノ小胞で処置した。TUSC2+PD1療法は、腫瘍成長の最大の阻害をもたらし、TUSC2、PD1、および対照が続いた。（E）IVIS 200イメージングによって撮像した生物発光シグナルを有する各処置群由来の担腫瘍マウスの代表的な画像。データは4つの独立した試験の代表例である。SASのPROC MIXED手法においてCONTRASTステートメントを用いて、処置群の間の画像強度を比較した。SASバージョン9.4およびS-Plusバージョン8.04を用いて、全分析の計算を実行した。特に記載のない限り、統計値はp＜0.05の有意水準で示した。＊、P＜0.05、＊＊、P＜0.01、＊＊＊、P＜0.001。
【図２】TUSC2および抗PD1の組み合わせは、ナチュラルキラー細胞および細胞傷害性T細胞を上方制御し、制御性細胞を下方制御する。TUSC2＋抗PD1処置は、末梢血および脾臓における免疫細胞集団を変化させた。対照群を、空の（TUSC2遺伝子なし）ベクターを積載したナノ小胞で処置した。（A）腫瘍のないマウスのNK、T細胞およびB細胞に対するTUSC2の作用。1群あたりマウスn＝3のプールした試料をフローサイトメトリー分析に用いた。TUSC2ナノ小胞のインビボ取り込みを外因性 TUSC2発現に基づき決定した。TUSC2ナノ小胞の静脈内注射の24時間後に、4つの異なる免疫集団（T細胞、B細胞、NK細胞＆Lin陰性細胞）を脾臓から選別し、RT-PCRを実施し、TUSC2の発現を決定した。（B）腫瘍移植の2週目でのナチュラルキラー（NK）細胞、T細胞、およびB細胞に対するTUSC2処置およびTUSC2＋抗PD1処置の作用。（C）TUSC2処置はMDSC状態を変化させた。単核球性および顆粒球性MDSCを、以下のゲーティング戦略；CD45+＞CD3-＞MHCII low＞CD11b+＞Gr-1+を用いて決定した。CD11b+ Gr-1 highを顆粒球性MDSCとみなし、CD11b+Gr-1 lowを単核球性MDSCと見なした。データを、平均パーセンテージ±SD、n＝5として示す。＊、P＜0.05；＊＊、P＜0.01；＊＊＊ P＜0.001。（D）末梢血および脾臓細胞におけるTregに対する処置の作用。CD4+CD25+二重陽性のTリンパ球集団をTregとみなした。データを、平均パーセンテージ±SD、n＝5、＊＊、P＜0.01；＊＊＊ P＜0.001として示す。（E）Tリンパ球上のPD1、CTLA4およびTim-3の表面発現。データを、CD3+PD1+/CLTA4+/Tim-3+の平均パーセンテージ±SD、n＝5；＊、P＜0.05；＊＊、P＜0.01；＊＊＊ P＜0.001として示す。（F）TUSC2および抗PD1の処置の作用を、末梢血白血球の中でのNK/MDSC細胞ならびにCD8 Tエフェクター/Treg細胞の比率として示す。データを、平均±SD、n＝5として示す。フローデータの統計分析を、SASのPROC GENMOD手法において一般線形回帰モデルおよびCONTRASTステートメントによって行った。＊、P＜0.05；＊＊、P＜0.01；＊＊＊ P＜0.001。
【図３】TUSC2の抗PD1との組み合わせは、NK細胞およびCD8 T細胞の浸潤を増加させ、かつMDSCおよびTregの浸潤を妨げた。（A）皮下腫瘍を、空の（TUSC2遺伝子なし）ベクターを積載したナノ小胞（対照）、TUSC2ナノ小胞、抗PD1、およびTUSC2＋抗PD1で処置した。ホルマリン固定した切除腫瘍を、活性化NK細胞について抗CD8、抗NKp46で、MDSCについて抗Gr-1で、Tregについて抗Foxp3で免疫染色した。Vectra自動化イメージングシステムを使用して、腫瘍面積の25％の画像化により高分解能の画像（20×）を撮像した。1群あたり腫瘍切片N=5を画像化した。1処置群あたりおよそ100画像をHスコア化のためにInFormソフトウエアによって分析した。一般化線形回帰モデルを、処置群の間のHスコアの統計分析のために用いた。複合対称共分散構造を用いて、データのマウス間のばらつきおよび反復測定の状態を説明した。SASのPROC MIXED手法においてESTIMATEステートメントを用いて、各処置群の対の間でHスコアを比較した。＊、P＜0.05；＊＊、P＜0.01；＊＊＊ P＜0.001。（B）処置群（1処置群あたり腫瘍n＝3）由来の新鮮に切除した腫瘍からRNAを抽出し、ケモカインの遺伝子発現をNanoString技術によって決定した。データを正規化し、発現の倍率変化をnCounter分析ソフトウエアによって分析した。倍率変化を対照試料と比較した。バーは平均倍率変化（n＝3）を示す。（C）TUSC2処置によって誘導された血清中のCCL4およびCCL5ケモカインのレベルを示す。皮下担腫瘍マウスを、方法において記載されるプロトコールにしたがってTUSC2により処置した。処置の10日後に血清を収集し、LuminexマルチプレックスELISAを実施した。線形回帰モデルを用いて、処置群間のケモカインを比較した。SASのPROC MIXED手法においてESTIMATEステートメントを用いて、各処置群の対の間でケモカインを比較した。SASバージョン9.4およびS-Plusバージョン8.04を用いて、全分析について計算を実行した。データ；平均±SD；N＝3；＊＊＊、P＜0.001。
【図４】Th1媒介性免疫応答を生じるナチュラルキラー細胞へのTUSC2の抗腫瘍活性の依存。サイトカインIL-15およびIL-18は、ナチュラルキラー細胞調節に関連した。（A）NK細胞の枯渇は、処置有効性および抗腫瘍免疫応答を抑制した。腫瘍生物発光強度のグラフは、NK枯渇マウスおよび非枯渇マウスにおいてTUSC2および組み合わせによって処置した腫瘍に由来するシグナルを示す。NK1.1抗体をNK細胞枯渇のために3日毎に5回注射した。対照群を、空の（TUSC2遺伝子なし）ベクターを積載したナノ小胞で処置した。＊、P＜0.05；＊＊、P＜0.01。（B）TUSC2＋抗PD1処置の抗腫瘍活性は、腫瘍強度グラフに示すようにCD8 T細胞枯渇により影響を受けた（n＝5マウス/群）。（C）処置の10日後に、NK枯渇マウスおよび非枯渇マウスにおけるIFN-γおよびIL-4サイトカインの血清レベルをLuminexアッセイによって決定した、バーをIFN-γ（Th1）およびIL-4（Th2）の比率として示す。データを、平均±SD、n＝3として示す。＊、P＜0.05、＊＊、P＜0.01、＊＊＊、P＜0.001、＊＊＊＊、P＜0.0001（D）IL-18およびIL-15サイトカインのレベルはNK枯渇マウスおよび非枯渇マウスにおいて処置後に変化する。Luminexアッセイを用いて、血清サイトカインを測定した。データを、平均pg/ml±SD、n＝3として示す。＊、P＜0.05、＊＊、P＜0.01、＊＊＊、P＜0.001、＊＊＊＊、P＜0.0001（E）対照と比較した、TUSC2で処置したマウスから選別したNK細胞におけるIL-15RaおよびIL-18R1の発現倍率。データを、多重t検定により決定した平均±SD、n＝3；＊、P＜0.05、＊＊、P＜0.01として示す。（F）IL-15RaおよびIL-18R1のmRNA発現の倍率変化を比較するためのTUSC2およびTUSC2+PD1で処置した腫瘍のNanoString分析。
【図５】TUSC2および抗PD1の組み合わせ処置は、KRAS変異肺転移マウスモデルにおいて生存を有意に改善し、担腫瘍肺にナチュラルキラー細胞を動員した。（A）KrasG12D対立遺伝子、およびTrp53R172HΔG対立遺伝子のノックインを有するこの実験転移モデルに対して344SQ-luc細胞を用いた。PD-L1発現レベルをフローサイトメトリーによって決定し、CMT167-luc細胞のものと比較した。（B）チェックポイント遮断（抗PD1および抗CTLA4）およびTUSC2の連続処置を図示する。（C）処置後の生存をKaplan Meier曲線で示す。344SQ細胞を静脈内に注入し、マウスをTUSC2およびチェックポイント遮断の単独でまたはそれらの組み合わせで処置した（群で示す）。対照群を空の（TUSC2遺伝子なし）ベクターを積載したナノ小胞で処置し、生存時間を記録した（1群あたりマウスn＝10）。統計分析のためにUnivariate Coxモデルを用いて、処置群の間の全体生存を比較した。最大生存率がTUSC2＋PD1群（左）で認められ、TUSC2、PD1および対照が続いた。同様に、最大生存率がTUSC2＋PD1＋CTL4群（右）で観察され、TUSC2、PD1＋CTLA4、および対照が続いた。（D）IVIS 200によって撮像された担腫瘍マウスの生物発光画像は、腫瘍細胞の肺特異的な定着を示した。シグナル強度のレベルを処置群の間で示す。3つの独立した実験の代表図を示す。（E）腫瘍移植の2週後の腫瘍小結節状態を示す解剖した肺の画像。（F）（G）（H）および（I）方法に記載されるプロトコールにしたがって単一細胞を異なる群由来の転移肺から調製し、CD49b+NK細胞、CD4+CD25+Treg、Gr-1+MDSC、およびPD-L-1およびPD-L2（+）ve白血球浸潤をフローサイトメトリーにより決定した。データを腫瘍組織1グラムあたりに基づき正規化した。NK細胞をCD45+CD3-CD19-からゲーティングし；MDSCを次の通りにゲーティングした：CD45+＞CD3-＞MHCII low＞CD11b+＞GR-1+。PD＋CTは、抗PD1および抗CTLA4処置を示す。データを、細胞/組織のグラム±SD、n＝5として示す。＊、P＜0.05、＊＊、P＜0.01、＊＊＊、P＜0.001。SASのPROC GENMOD手法においてCONTRASTステートメントを用いて、統計分析のためにフローデータを比較した。
【図６】TUSC2および抗PD1の組み合わせ処置は、腫瘍微少環境における免疫遺伝子発現プロファイルを変化させた。776遺伝子のNanoString pan-cancer免疫パネルの遺伝子発現分析を、4つの処置群（空のベクターナノ小胞、TUSC2、抗PD1、および組み合わせ）からの12試料（n＝3/処置群）に対して実施した。nCounterシステムによって生じたデータを、使用する前に正規化し、遺伝子プロファイルおよび統計分析を数量化した。陽性対照、ハウスキーピング遺伝子、および陰性対照を用いて、試料調製変動、背景ノイズ、およびRNA量変動について調整した。線形モデルを用いて全体的な処置の効果を評価し、コントラストを用いて関心対象の一対比較を行った。ベータユニフォームミクスチャー（beta-uniform mixture）（BUM）モデルを用いて、結果として生じるp値をモデル化し、偽発見率（FDR）カットオフを決定し、有意に差次的に発現した遺伝子を特定する。（A）ヒートマップは、処置群の間の全体的な有意な遺伝子を示す。33遺伝子が処置によって有意に変化した。（B）TUSC2＋抗PD1と、抗PD1との間の一対比較によって、13遺伝子の別のセットを特定した。Volcanoプロットは、処置によって上方制御および下方制御された遺伝子の分離を示す。統計的に有意な遺伝子を色で示す。（C）抗腫瘍免疫応答で知られている選択された遺伝子は、単剤処置と比較して、組み合わせ処置群では少なくとも2倍強く上方制御された。（D）、（E）および（F）はそれぞれ、対照と比較したTUSC2、抗PD1および組み合わせ処置によるCD8、INF-γおよび転写因子（Tbx21、Gata3）発現の倍率変化を示す。ここで示される全ての遺伝子発現データは、NanoString技術によって生じた。
【図７】末梢血白血球および脾細胞のゲーティング戦略は、マルチカラーフローサイトメトリーアッセイで免疫亜集団を決定することが示された。
【図８】他の免疫細胞に対するNK枯渇抗体（NK1.1）の作用。NK1.1の腹腔内注射を方法に記載されるプロトコールにしたがって5回実施した。NK枯渇の効果を最後の注射の3日後に評価した。脾細胞をT細胞、B細胞、およびNK細胞についてフローサイトメトリーにより分析した。（A）分析で用いられたゲーティング戦略。（B）N＝3マウス試料をCD45、CD3、CD19、CD49b抗体染色のために一緒にプールした、各集団のパーセンテージを棒図表で示す。代表的なスキャッタープロットはNK枯渇の有効性を示す。
【図９】他の免疫細胞に対するCD8 T枯渇の作用。CD8 T細胞枯渇抗体の腹腔内注射を、方法に記載されるプロトコールにしたがって5回実施した。NK枯渇の効果を最後の注射の3日後に評価した。脾細胞をT細胞、B細胞、およびNK細胞についてフローサイトメトリーにより分析した。代表的なスキャッタープロットは、他の細胞への影響なしにCD8 T細胞枯渇の有効性を示す。
【図１０】腫瘍微少環境におけるNanoString遺伝子発現分析。PD1とTUSC2＋PD1組み合わせ処置との間の一対比較は13の有意に変化した遺伝子を示した。13遺伝子全てのP値および倍率変化を列記した。線形モデルを用いて全体的な処置の効果を評価し、コントラストを用いて関心対象の一対比較を行う。ベータユニフォームミクスチャー（BUM）モデルを用いて、結果として生じるp値をモデル化し、偽発見率（FDR）カットオフを決定し、有意に差次的に発現した遺伝子を特定する。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
例示的態様の説明
がんの発生は、正常な細胞成長を制御するいくつかの細胞経路の調節解除を伴う。健常な細胞はいくつかの腫瘍抑制遺伝子を発現し、それらが、分子ゲートキーパーとして機能し、制御されない細胞分裂を妨げる。したがって、がん細胞の発生における重要な段階は、腫瘍抑制因子シグナル伝達経路の破壊である。この点を踏まえると、がん治療の1つの有望な手段は、正常な細胞成長制御を回復するためのがん細胞における腫瘍抑制遺伝子の発現を伴う。しかしなから、今日まで、どの種類がTUSC2療法などの腫瘍抑制因子療法の有効性を増強するように機能するかは知られていない。
【００２８】
本特許出願における研究は、TUSC2療法が、免疫チェックポイント阻害剤と併用して投与される場合に特に有効であることを初めて明らかにする。抗PD1療法などの免疫チェックポイント阻害剤は、個体自体の免疫細胞を増強して腫瘍成長を阻害することによって作動する。それに対して、TUSC2療法などの腫瘍抑制剤による腫瘍の治療的処置は、がん細胞の形質転換された表現型を元に戻すことを目的とする。後者の療法は、どちらかといえば、腫瘍細胞を「より形質転換されておらず」、またできる限り免疫原性の低い状態にすることから、以前には、TUSC2療法を免疫チェックポイント阻害剤と一緒に用いようと試みることは直観に反するものであった。それにもかかわらず、本明細書において提示される研究は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗PD1および/またはCTLA4）の抗腫瘍効果は、該療法がTUSC2療法と組み合わされる場合、実際に有意に増強されることを明らかにする（例えば、図1を参照）。
【００２９】
具体的には、本研究において、抗PD1は、さまざまなレベルのPDL-1発現を有する肺腺がんの2種類のKras変異、G12VおよびG12D、同系マウスモデルにおいて腫瘍成長の抑制および生存の延長で限定的な効果を示した。しかしながら、TUSC2遺伝子回復と組み合わせた場合、腫瘍縮小および生存に対する影響ははるかに優れていた。TUSC2は、自然免疫細胞集団および適応免疫細胞集団の両方を変えた。これは、循環NK細胞およびCD8＋T細胞の有意な増加、および骨髄系由来サプレッサー細胞（MDCS）、制御性T細胞（Treg）、B細胞、T細胞チェックポイント受容体PD1およびTリンパ球関連タンパク質 4（CTLA-4）、およびムチンドメイン-3（TIM-3）の減少によって証明された。腫瘍浸潤性NK細胞およびCD8＋T細胞の密集は、TUSC2-抗PD1の組み合わせによって誘導された。NK細胞またはCD8＋T細胞のインビボ枯渇はそれぞれ、この組み合わせの効果を完全におよび部分的に減じ、CD8＋T細胞は抗PD1に対するTUSC2増強感受性の一因となる可能性があり、NK細胞はこの相乗作用に必要とされることが示唆された。インターフェロンガンマ（IFNγ）、インターロイキン15および18（IL15およびIL18）のサイトカインレベルは、TUSC2回復後に有意に増加し、それは、二重チェックポイント遮断剤、抗PD1＋抗CTLA-4により、生存も増強した。遺伝子発現プロファイル分析は、TUSC2-抗PD1組み合わせ処置による腫瘍微少環境の変化を示した。これらのデータは、この新規な組み合わせ療法が、Kras変異肺腺がんを治療する可能性がある戦略となる可能性があることを示す。
【００３０】
したがって、本明細書において詳述される方法は、免疫チェックポイント阻害剤および腫瘍抑制剤（例えば、TUSC2療法）の組み合わせ使用によりがんを処置するのに効果を有する初めての方法を提供する。
【００３１】
I. 免疫チェックポイント遮断
「免疫チェックポイント」という用語は、免疫応答を調節するためにその構成成分に阻害性シグナルをもたらす免疫システムの構成成分を指す。公知の免疫チェックポイントタンパク質は、CTLA-4、PD-1ならびにそのリガンドPD-L1およびPD-L2、それに加えてLAG-3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、KIRを含む。LAG3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、およびKIRを伴う経路は、CTLA-4およびPD-1依存性経路と同様に免疫チェックポイント経路を構成すると当技術分野において認識される（例えば、Pardoll, 2012, Nature Rev Cancer 12:252-264；Mellman et al., 2011, Nature 480:480- 489を参照）。
【００３２】
「PD-1軸結合アンタゴニスト」という用語は、T細胞機能を回復させるまたは増強する（例えば、増殖、サイトカイン産生、標的細胞殺傷）という結果を伴い、PD-1シグナル伝達軸に対するシグナル伝達に起因するT細胞機能不全を取り除くように、PD-1軸結合パートナーと、その結合パートナーの1つまたは複数との相互作用を阻害する分子を指す。「PD-1軸」という用語は、PD-1免疫チェックポイントの任意の構成成分（例えば、PD-1、PD-L1、およびPD-L2）を指す。本明細書において用いられるPD-1軸結合アンタゴニストには、PD-1結合アンタゴニスト、PD-L1結合アンタゴニスト、およびPD-L2結合アンタゴニストが含まれる。
【００３３】
「PD-1結合アンタゴニスト」という用語は、PD-1と、PD-L1および/またはPD-L2などのその結合パートナーの1つまたは複数との相互作用に起因するシグナル伝達を、低減させる、遮断する、阻害する、抑制する、または妨げる分子を指す。PD-1結合アンタゴニストは、PD-1と、その結合パートナーの1つまたは複数との結合を阻害する分子であってもよい。特定の局面において、PD-1結合アンタゴニストは、PD-1と、PD-L1および/またはPD-L2との結合を阻害する。例えば、PD-1結合アンタゴニストには、PD-1と、PD-L1および/またはPD-L2との相互作用に起因するシグナル伝達を、低減させる、遮断する、阻害する、抑制する、または妨げる抗PD-1抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、および他の分子が含まれる。例示的なPD-1結合アンタゴニストは抗PD-1抗体である。例えば、PD-1結合アンタゴニストは、MDX-1106（ニボルマブ）、MK-3475（ペムブロリズマブ）、CT-011（ピジリズマブ）、またはAMP-224である。
【００３４】
「PD-L1結合アンタゴニスト」という用語は、PD-L1と、PD-1またはB7-1などのその結合パートナーの1つまたは複数との相互作用に起因するシグナル伝達を、低減させる、遮断する、阻害する、抑制する、または妨げる分子を指す。例えば、PD-L1結合アンタゴニストは、PD-L1の、その結合パートナーとの結合を阻害する分子である。特定の局面において、PD-L1結合アンタゴニストは、PD-L1の、PD-1および/またはB7-1との結合を阻害する。PD-L1結合アンタゴニストには、PD-L1と、PD-1またはB7-1などのその結合パートナーの1つまたは複数との相互作用に起因するシグナル伝達を、低減させる、遮断する、阻害する、抑制する、または妨げる抗PD-L1抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、および他の分子が含まれ得る。例えば、PD-L1結合アンタゴニストは、機能不全のT細胞の機能不全が低下するように、PD-L1によるシグナル伝達を媒介するTリンパ球上に発現した細胞表面タンパク質によってまたはそれを通じて媒介されるネガティブな同時刺激シグナルを低下させる（例えば、抗原認識に対するエフェクター反応を増強させる）。1つの例において、PD-L1結合アンタゴニストは抗PD-L1抗体である。抗PD-L1抗体は、YW243.55.S70、MDX-1105、MPDL3280A、またはMEDI4736であってもよい。
【００３５】
「PD-L2結合アンタゴニスト」という用語は、PD-L2と、PD-1などのその結合パートナーの1つまたは複数との相互作用に起因するシグナル伝達を、低減させる、遮断する、阻害する、抑制する、または妨げる分子を指す。PD-L2結合アンタゴニストは、PD-L2と、その結合パートナーの1つまたは複数との結合を阻害する分子であってもよい。例えば、PD-L2結合アンタゴニストは、PD-L2の、PD-1との結合を阻害し、そのようなPD-L2アンタゴニストには、PD-L2と、PD-1などその結合パートナーの1つまたは複数との相互作用に起因するシグナル伝達を、低減させる、遮断する、阻害する、抑制する、または妨げる抗PD-L2抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、および他の分子が含まれる。
【００３６】
「免疫チェックポイント阻害剤」は、免疫チェックポイントタンパク質の機能を阻害する任意の化合物を指す。阻害には、機能の低下および完全な遮断が含まれる。具体的には、免疫チェックポイントタンパク質はヒト免疫チェックポイントタンパク質である。したがって、免疫チェックポイントタンパク質阻害剤は、具体的には、ヒト免疫チェックポイントタンパク質の阻害剤である。
【００３７】
したがって、本開示は、TUSC2療法などの腫瘍抑制剤の投与によって免疫チェックポイント遮断の効果を増強する方法を提供する。上述のように、免疫チェックポイントは、シグナルを上昇させる（例えば、共刺激分子）かまたはシグナルを低下させる。免疫チェックポイント遮断によって標的とされ得る阻害性免疫チェックポイント分子には、アデノシン A2A受容体（A2AR）、B7-H3（CD276としても公知）、BおよびTリンパ球アテニュエーター（BTLA）、細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質 4（CTLA-4、CD152としても公知）、インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ（IDO）、キラー細胞免疫グロブリン（KIR）、リンパ球活性化遺伝子-3（LAG3）、プログラム細胞死1（PD-1）、T細胞免疫グロブリンドメインおよびムチンドメイン3（TIM-3）、ならびにT細胞活性化のVドメインIg抑制因子（VISTA）が含まれる。具体的には、免疫チェックポイント阻害剤は、PD-1 軸および/またはCTLA-4を標的とする。
【００３８】
免疫チェックポイント阻害剤は、低分子などの薬物、リガンドもしくは受容体の組換え形態、またはヒト抗体などの抗体であってもよい（例えば、国際特許公開第WO2015016718号；Pardoll, Nat Rev Cancer, 12（4）: 252-64, 2012を参照、これら両方とも参照により本明細書に組み入れられる）。免疫チェックポイントタンパク質またはその類似体の公知の阻害剤が用いられてもよく、特に、抗体のキメラ化形態、ヒト化形態、またはヒト形態が用いられ得る。当業者は、代替名および/または同等名が本開示において言及されたある特定の抗体について使われてもよいことを理解している。そのような代替名および/または同等名は、本発明の文脈において互換可能である。例えば、ランブロリズマブは代替名および同等名MK-3475およびペムブロリズマブでも知られていることが公知である。
【００３９】
免疫応答を刺激することが当技術分野において公知である免疫チェックポイント阻害剤のいずれかが用いられ得ることが企図される。これには、抗原特異的Tリンパ球を直接的または間接的に刺激するかまたは増強する阻害剤が含まれる。これらの免疫チェックポイント阻害剤には、これらに限定されないが、PD-L2、LAG3、BTLA、B7H4、およびTIM3を含む免疫チェックポイントタンパク質および経路を標的とする剤が含まれる。例えば、当技術分野において公知のLAG3阻害剤には、可溶性LAG3（参照により本明細書に組み入れられるWO2009044273に開示されるIMP321、またはLAG3-Ig）、ならびにヒト LAG3を遮断するマウス抗体もしくはヒト化抗体（例えば、参照により本明細書に組み入れられるWO2008132601に開示されるIMP701）、またはヒトLAG3を遮断する完全ヒト抗体（参照により本明細書に組み入れられるEP 2320940に開示されるものなど）が含まれる。別の例は、これらに限定されないが、ヒトBTLAのそのリガンドとの相互作用を遮断する抗体（参照により本明細書に組み入れられるWO2011014438に開示される4C7など）を含む、BTLAに対する遮断剤の使用によって提供される。さらに別の例が、これらに限定されないが、ヒトB7H4に対する抗体（それぞれが参照により本明細書に組み入れられるWO 2013025779および WO2013067492に開示される）、またはB7H4の可溶性組換え形態（参照により本明細書に組み入れられるUS20120177645に開示されるものなど）を含む、B7H4を中和する剤の使用によって提供される。さらに別の例が、これらに限定されないが、ヒトB7-H3を中和する抗体（例えば、参照により本明細書に組み入れられるUS 20120294796においてBRCA84Dおよび誘導体として開示されるMGA271）を含む、B7-H3を中和する剤によって提供される。さらに別の例が、これらに限定されないが、ヒトTIM3を標的とする抗体（例えば、WO 2013006490 A2に開示されるような抗体、Jones et al., J Exp Med. 2008；205（12）:2763-79によって開示される抗ヒトTIM3遮断抗体F38-2E2、これらのそれぞれが参照により本明細書に組み入れられる）を含む、TIM3を標的とする剤によって提供される。
【００４０】
A. PD-1軸アンタゴニスト
T細胞機能不全またはアナジーは、阻害性受容体、プログラム細胞死1ポリペプチド（PD-1）の誘導性かつ持続性発現によって同時に発生する。したがって、PD-1、およびPD-1との相互作用によってシグナルを伝達する他の分子、例えば、プログラム細胞死リガンド1（PD-L1）およびプログラム細胞死リガンド2（PD-L2）などの治療的標的指向化が、本明細書において提供される。PD-L1は、多くのがんにおいて過剰発現され、多くの場合、予後不良と関連している（Okazaki T et al., Intern. Immun. 2007 19(7):813）。したがって、TUSC2療法などの腫瘍抑制剤の投与との組み合わせでPD-L1/PD-1相互作用を阻害することによるがんを処置する改善された方法。
【００４１】
例えば、PD-1軸結合アンタゴニストには、PD-1結合アンタゴニスト、PDL1結合アンタゴニスト、およびPDL2結合アンタゴニストが含まれる。「PD-1」の代替名には、CD279およびSLEB2が含まれる。「PDL1」の代替名には、B7-H1、B7-4、CD274、およびB7-Hが含まれる。「PDL2」の代替名には、B7-DC、Btdc、およびCD273が含まれる。いくつかの態様において、PD-1、PDL1、およびPDL2は、ヒトPD-1、PDL1、およびPDL2である。
【００４２】
いくつかの態様において、PD-1結合アンタゴニストは、PD-1の、そのリガンド結合パートナーとの結合を阻害する分子である。特定の局面において、PD-1リガンド結合パートナーはPDL1および/またはPDL2である。別の態様において、PDL1結合アンタゴニストは、PDL1の、その結合パートナーとの結合を阻害する分子である。特定の局面において、PDL1結合パートナーはPD-1および/またはB7-1である。別の態様において、PDL2結合アンタゴニストは、PDL2の、その結合パートナーとの結合を阻害する分子である。特定の局面において、PDL2結合パートナーはPD-1である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであってもよい。例示的抗体は、それらの全てが参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第US8735553号、同第US8354509号、および同第US8008449号に記載される。本明細書において提供される方法で使用するための他のPD-1軸アンタゴニストは、それらの全てが参照により本明細書に組み入れられる、米国特許出願第US20140294898号、同第US2014022021号、および同第US20110008369号に記載されるものなど、当技術分野において公知である。
【００４３】
いくつかの態様において、PD-1結合アンタゴニストは抗PD-1抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの態様において、抗PD-1抗体は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、およびCT-011からなる群より選択される。いくつかの態様において、PD-1結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のFc領域）に融合させたPDL1またはPDL2の細胞外部分またはPD-1結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの態様において、PD-1結合アンタゴニストはAMP-224である。ニボルマブは、MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558、およびOPDIVO(登録商標)としても公知である、WO2006/121168に記載の抗PD-1抗体である。ペムブロリズマブは、MK-3475、Merck 3475、ランブロリズマブ、KEYTRUDA(登録商標)、およびSCH-900475としても公知である、WO2009/114335に記載の抗PD-1抗体である。CT-011は、hBATまたはhBAT-1としても公知である、WO2009/101611に記載の抗PD-1抗体である。AMP-224は、B7-DCIgとしても公知である、WO2010/027827およびWO2011/066342に記載のPDL2-Fc融合可溶性受容体である。さらなるPD-1結合アンタゴニストには、CT-011としても公知であるピジリズマブ、AMP-514としても公知であるMEDI0680、およびREGN2810が含まれる。
【００４４】
いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、PD-L1アンタゴニスト、例えば、MEDI4736としても公知のデュルバルマブ、MPDL3280Aとしても公知のアテゾリズマブ、またはMSB00010118Cとしても公知のアベルマブである。ある局面において、免疫チェックポイント阻害剤は、rHIgM12B7などのPD-L2アンタゴニストである。いくつかの局面において、免疫チェックポイント阻害剤は、これらに限定されないが、IMP321およびBMS-986016などのLAG-3アンタゴニストである。免疫チェックポイント阻害剤は、PBF-509などのアデノシンA2a受容体（A2aR）アンタゴニストであってもよい。
【００４５】
いくつかの態様において、本明細書に記載される抗体（抗PD-1抗体、抗PDL1抗体、または抗PDL2抗体など）は、ヒトまたはマウス定常領域をさらに含む。一層さらなる局面において、ヒト定常領域は、IgG1、IgG2、IgG2、IgG3、およびIgG4からなる群より選択される。一層さらなる特定の局面において、ヒト定常領域はIgG1である。一層さらなる局面において、マウス定常領域は、IgG1、IgG2A、IgG2B、およびIgG3からなる群より選択される。一層さらなる特定の局面において、抗体は、低下したまたは最小の、エフェクター機能を有する。一層さらなる特定の局面において、最小のエフェクター機能は、原核細胞における産生によって生じる。一層さらなる特定の局面において、最小のエフェクター機能は、「エフェクター低下（effector-less）Fc変異」または非グリコシル化によって生じる。
【００４６】
したがって、本明細書で用いられる抗体は非グリコシル化され得る。抗体のグリコシル化は典型的には、N-結合型またはO-結合型のいずれかである。N-結合型は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物成分の付着を指す。トリペプチド配列、アスパラギン-X-セリンおよびアスパラギン-X-スレオニン（式中Xはプロリン以外の任意のアミノ酸である）は、炭水化物成分のアスパラギン側鎖への酵素的付着の認識配列である。したがって、ポリペプチドにおけるこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在は、潜在的グリコシル化部位を創出する。O-結合型グリコシル化は、糖、N-アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちいずれか1つの、水酸化アミノ酸、最も一般的にはセリンまたはスレオニンへの付着を指すが、5-ヒドロキシプロリンまたは5-ヒドロキシリジンもまた用いられ得る。抗体からのグリコシル化部位の除去は、（N-結合型グリコシル化部位の）上記のトリペプチド配列のうち1つを除去するようにアミノ酸配列を変更することによって簡便に達成される。変更は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン、またはスレオニン残基の別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニン、または保存的置換）への置換によって行われてもよい。
【００４７】
抗体またはその抗原結合断片は、当技術分野において公知の方法を用いて、例えば、そのような抗体または断片を産生するのに適した条件下で、発現に適した形態で前記の抗PDL1、抗PD-1、もしくは抗PDL2抗体、または抗原結合断片のいずれかをコードする核酸を含有する宿主細胞を培養し、該抗体または断片を回収することを含む工程によって、作製されてもよい。
【００４８】
B. CTLA-4
本明細書において提供される方法において標的とすることができる別の免疫チェックポイントは、CD152としても公知の細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質 4（CTLA-4）である。ヒトCTLA-4の完全なcDNA配列は、Genbankアクセッション番号L15006を有する。CTLA-4は、T細胞の表面上に認められ、抗原提示細胞の表面上のCD80またはCD86に結合すると「オフ」スイッチとして機能する。CTLA4は、ヘルパーT細胞の表面上に発現しかつ阻害性シグナルをT細胞に伝達する免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。CTLA4は、T細胞共刺激タンパク質であるCD28と類似しており、両分子とも、抗原提示細胞上にある、それぞれB7-1およびB7-2とも呼ばれる、CD80およびCD86に結合する。CTLA4はT細胞に阻害性シグナルを伝達するのに対して、CD28は刺激性シグナルを伝達する。細胞内CTLA4は制御性T細胞においても認められ、その機能に重要である可能性がある。T細胞受容体およびCD28によるT細胞活性化は、B7分子に対する阻害性受容体であるCTLA-4の発現の増大をもたらす。
【００４９】
いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、抗CTLA-4抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴヌペプチドである。
【００５０】
本方法での使用に適した抗ヒトCTLA-4抗体（またはそれに由来するVHおよび/またはVLドメイン）は、当技術分野において周知の方法を用いて作製することができる。あるいは、当技術分野において認識されている抗CTLA-4抗体が用いられ得る。例えば、US 8,119,129、WO 01/14424、WO 98/42752；WO 00/37504（CP675,206、トレメリムマブとしても公知；以前にはチシリムマブ）、米国特許第6,207,156号；Hurwitz et al., 1998において開示される抗CTLA-4抗体は、本明細書に開示される方法において用いることができる。上述の刊行物のそれぞれの教示は、参照により本明細書に組み入れられる。CTLA-4への結合についてこれらの当技術分野において認識される抗体のいずれかと競合する抗体もまた、用いることができる。例えば、ヒト化 CTLA-4抗体は、これらの全てが参照により本明細書に組み入れられる、国際特許出願第WO2001014424号、同第WO2000037504号、および米国特許第US8017114号において記載される。
【００５１】
例示的な抗CTLA-4抗体は、イピリムマブ（10D1、MDX- 010、MDX- 101、およびYervoy(登録商標)としても公知）または抗原結合断片およびそれらのバリアント（例えば、WO 01/14424を参照）である。他の態様において、抗体は、イピリムマブの重鎖および軽鎖のCDRまたはVRを含む。したがって、1つの態様において、抗体は、イピリムマブのVH領域のCDR1ドメイン、CDR2ドメイン、およびCDR3ドメイン、ならびにイピリムマブのVL領域のCDR1ドメイン、CDR2ドメイン、およびCDR3ドメインを含む。別の態様において、抗体は、上述の抗体と同じCTLA-4上のエピトープとの結合について競合するおよび/または該同じエピトープに結合する。別の態様において、抗体は、上述の抗体と少なくとも約90％の可変領域アミノ酸配列同一性（例えば、イピリムマブと少なくとも約90％、95％、または99％の可変領域同一性）を有する。
【００５２】
CTLA-4を調節するための他の分子には、これらの全てが参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第US5844905号、同第US5885796号、ならびに国際特許出願第WO1995001994号および同第WO1998042752号に記載されているような可溶性CTLA-4リガンドおよび受容体、ならびに参照により本明細書に組み入れられる米国特許第US8329867号に記載されているようなイムノアドヘシンが含まれる。
【００５３】
C. キラー免疫グロブリン様受容体（KIR）
本開示における使用のための別の免疫チェックポイント阻害剤は抗KIR抗体である。本方法での使用に適した抗ヒトKIR抗体（またはそれらに由来するVH/VLドメイン）は、当技術分野において周知の方法を用いて作製することができる。
【００５４】
あるいは、当技術分野において認識されている抗KIR抗体を用いることができる。抗KIR抗体は、複数の阻害性KIR受容体と交差反応性を有し得るものであり、これらの受容体の1つまたは複数を保有するNK細胞の細胞傷害性を強める。例えば、抗KIR抗体は、KIR2D2DL1、KIR2DL2、およびKIR2DL3のそれぞれに結合する可能性があり、これらのKIRのいずれかまたは全てによって媒介されるNK細胞の細胞傷害性の阻害を、低下、中和、および/または元に戻すことによってNK細胞活性を強める。いくつかの局面において、抗KIR抗体は、KIR2DS4および/またはKIR2DS3に結合しない。例えば、その教示が参照により本明細書に組み入れられるWO 2006/003179に記載される、モノクローナル抗体1-7F9（IPH2101としても公知）、14F1、1-6F1、および1-6F5を用いることができる。KIRへの結合についてこれらの当技術分野において認識される抗体のいずれかと競合する抗体もまた、用いることができる。用いることができるさらなる当技術分野において認識される抗KIR抗体には、例えば、それらの全てが参照により本明細書に組み入れられる、WO 2005/003168、WO 2005/009465、WO 2006/072625、WO 2006/072626、WO 2007/042573、WO 2008/084106、WO 2010/065939、WO 2012/071411、およびWO 2012/160448に開示される抗体が含まれる。
【００５５】
例示的な抗KIR抗体は、リリルマブ（BMS-986015またはIPH2102とも呼ばれる）である。他の態様において、抗KIR抗体は、リリルマブの重鎖および軽鎖の相補性決定領域（CDR）または可変領域（VR）を含む。したがって、1つの態様において、抗体は、リリルマブの重鎖可変（VH）領域のCDR1ドメイン、CDR2ドメイン、およびCDR3ドメイン、ならびにリリルマブの軽鎖可変（VL）領域のCDR1ドメイン、CDR2ドメイン、およびCDR3ドメインを含む。別の態様において、抗体は、リリルマブと少なくとも約90％の可変領域アミノ酸配列同一性を有する。
【００５６】
II. 腫瘍抑制因子療法
ある局面において、核酸またはポリペプチドを細胞に送達するための組成物および方法に関係する。具体的には、本明細書において、ナノ粒子-核酸複合体またはナノ粒子-ポリペプチド複合体、およびそのような複合体を対象に投与する方法が提供される。複合体は、ナノ粒子と会合したTUSC2ポリペプチドおよび/または核酸を含む。本明細書で用いられる「会合」は、物理的会合、化学的会合、またはその両方を意味する。例えば、会合は、共有結合、疎水性相互作用、封入、または表面吸着などを含み得る。
【００５７】
ポリペプチドおよび核酸は典型的には、細胞膜を横断するのが困難である。両タイプの分子ともに荷電残基を含み、これが膜結合および細胞内への膜輸送を妨げる。本態様は、細胞取り込みを促進するナノ粒子複合体を提供することによって、この困難さを克服する。
【００５８】
本態様によれば、ポリペプチドおよび/または核酸は、ナノ粒子と会合してナノ粒子複合体を形成し得る。いくつかの態様において、ナノ粒子は、リポソームまたは他の脂質ベースのナノ粒子、例えば、脂質ベースの小胞（例えば、DOTAP：コレステロール小胞）である。がん治療において用いられるリポソームは、がん新生脈管構造における開窓の増加を利用して、腫瘍部位のリポソーム濃度を増強する。
【００５９】
他の態様において、ナノ粒子は非脂質性ナノ粒子、例えば、酸化鉄ベースの超常磁性ナノ粒子である。約10〜100nmの直径の範囲の超常磁性ナノ粒子は、脾臓による捕捉を回避するのに十分な小ささであり、肝臓によるクリアランスを回避するのに十分な大きさである。このサイズの粒子は、非常に小さな毛細血管に侵入することができ、体組織中に効率的に分布することができる。超常磁性ナノ粒子複合体はMRI造影剤として用いられ、治療用複合体を取り込む細胞を特定および追跡することができる。ある態様において、ナノ粒子は、半導体ナノ結晶または半導体量子ドットであり、これらの両方とも光学イメージングにおいて用いることができる。さらなる態様において、ナノ粒子は、シリカのコアを覆う金層を含む、ナノシェルであり得る。ナノシェルの1つの利点は、ポリペプチドまたは核酸を、標準的な化学を用いて金層にコンジュゲートできることである。他の態様において、ナノ粒子はフラーレンまたはナノチューブであり得る（Gupta et al., 2005）。
【００６０】
本態様によれば、ナノ粒子複合体は、特定の組織および細胞を標的とすることができる。これは、ナノ粒子に、細胞を標的指向する成分をコンジュゲートすることによって達成できる。標的を指向する成分は、これらに限定されないが、タンパク質、ペプチド、脂質、ステロイド、糖、炭水化物、または合成化合物であり得る。リガンドなどの、細胞を標的指向する成分は、細胞の表面上のその同種受容体を認識し、それに結合する。同様に、抗体は、細胞表面上のその同種抗原を認識することによって、細胞を標的指向する成分として機能することができる。ある態様において、本明細書において提供される標的化ナノ粒子複合体は、疾患処置の特異性を増強し、標的細胞に進入する治療剤の量を増加させることができる。
【００６１】
A. ナノ粒子
本明細書で用いられる「ナノ粒子」という用語は、1〜1,000nmの範囲の寸法を有する任意の物質を指す。いくつかの態様において、ナノ粒子は50〜500nmの範囲の寸法を有する。本態様で用いられるナノ粒子には、脂質ベースのナノ粒子、超常磁性ナノ粒子、ナノシェル、半導体ナノ結晶、量子ドット、ポリマーベースのナノ粒子、シリコンベースのナノ粒子、シリカベースのナノ粒子、金属ベースのナノ粒子、フラーレン、およびナノチューブ（Ferrari, 2005）のようなナノスケールの物質が含まれる。ポリペプチドまたは核酸のナノ粒子へのコンジュゲーションは、標的化送達、制御放出、細胞取り込みおよび細胞内輸送の増強、ならびにインビトロおよびインビボでの治療用ペプチドの分子イメージングでの適用可能性を有する構造を提供する（West, 2004；Stayton et al., 2000；Ballou et al., 2004；Frangioni, 2003；Dubertret et al., 2002；Michalet et al., 2005；Dwarakanath et al., 2004）。
【００６２】
1. 脂質ベースのナノ粒子
脂質ベースのナノ粒子には、リポソーム、脂質調製物、および脂質ベースの小胞（例えば、DOTAP：コレステロール小胞）が含まれる。脂質ベースのナノ粒子は、正電荷、負電荷、または中性であってもよい。ある態様において、脂質ベースのナノ粒子は中性に荷電される（例えば、DOPCリポソーム）。
【００６３】
「リポソーム」は、囲まれた脂質二重層または凝集物の作製によって形成される、多様な単一層および多重層の脂質小胞を包含する一般名称である。リポソームは、リン脂質を概して含む二重膜、および水性組成物を概して含む内部媒体による小胞構造を有するとして特徴付けられ得る。本明細書において提供されるリポソームには、単層リポソーム、多重層リポソーム、および多小胞リポソームが含まれる。本明細書において提供されるリポソームは、正に荷電、負に荷電、または中性に荷電されてもよい。ある態様において、リポソームは、電荷は中性である。
【００６４】
多重層リポソームは、水性媒体によって分けられた複数の脂質層を有する。それらは、リン脂質を含む脂質が過剰な水溶液中で懸濁されると自然発生的に形成される。脂質成分は、密閉構造の形成前に自己再構成を受け、脂質二重層の間に、水と溶解された溶質を封入する（Ghosh and Bachhawat, 1991）。親油性分子、または親油性領域を有する分子もまた、脂質二重層で溶解される、または脂質二重層と会合する可能性がある。
【００６５】
特定の局面において、ポリペプチドまたは核酸は、例えば、リポソームの水性内部に封入される、リポソームの脂質二重層内に分散される、リポソームとポリペプチド/核酸の両方と会合する連結分子を介してリポソームに付着される、リポソーム内に封入される、またはリポソームと複合体を形成するなどされてもよい。
【００６６】
本態様により用いられるリポソームは、当業者に公知のさまざまな方法によって作製することができる。例えば、中性リン脂質ジオレオイルホスファチジルコリン（DOPC）などのリン脂質（Avanti Polar Lipids, Alabaster, AL）は、tert-ブタノールで溶解される。脂質は次いで、ポリペプチド、核酸、および/または他の構成成分と混合される。Tween 20を、組成物の重量の約5％となるように、脂質混合物に加える。tert-ブタノールの体積が少なくとも95％になるように、過剰なtert-ブタノールをこの混合物に加える。混合物をボルテックスし、ドライアイス/アセトン槽中で凍結させ、一晩凍結乾燥させる。凍結乾燥させた調製物を-20℃で保存し、最大で3ヶ月使用することができる。必要な場合に、凍結乾燥したリポソームを0.9％食塩水で再構成する。
【００６７】
あるいは、リポソームは、容器、例えば、ガラス製ナシ型フラスコ中で脂質を溶媒で混合することによって調製することができる。容器は、予想されるリポソームの懸濁物の体積の10倍を上回る体積を有するべきである。ロータリーエバポレーターを用いて、陰圧下でおよそ40℃にて、溶媒を除去する。溶媒は通常、所望のリポソームの体積に応じて、約5分から2時間以内に除去される。組成物は、真空下のデシケーター中でさらに乾燥させることができる。乾燥脂質は概して、時間と共に劣化する傾向のために、約1週間後に廃棄される。
【００６８】
乾燥脂質は、全ての脂質フィルムが再懸濁されるまで振とうすることによって、発熱物質除去滅菌水でおよそ25〜50 mMリン脂質に水和することができる。水性リポソームは次いで、アリコートに分けられ、それぞれバイアル中に置かれ、凍結乾燥され、真空下で密封され得る。
【００６９】
上記のように調製された乾燥脂質または凍結乾燥リポソームは、タンパク質またはペプチドの溶液で水和または再構成され、適した溶媒、例えば、DPBSで適切な濃度に希釈され得る。次いで、混合物をボルテックスミキサーで激しく振とうする。これらに限定されないが、ホルモン、薬物、および核酸構築物などを含む剤などの、封入されていないさらなる物質を、29,000×gでの遠心分離によって除去し、リポソームのペレットを洗浄する。洗浄したリポソームを適切な総リン脂質濃度、例えば、約50〜200mMで再懸濁する。封入されたさらなる物質または活性剤の量は、標準的な方法によって決定することができる。リポソーム調製物中に封入されたさらなる物質または活性剤の量の決定後、リポソームは適切な濃度に希釈され、使用まで4℃で保存されてもよい。リポソームを含む薬学的組成物は通常、滅菌した薬学的に許容される担体または希釈剤、例えば、水または食塩水溶液などを含む。
【００７０】
他の代替の方法において、リポソームは、他の公知の実験的手法（例えば、それぞれが関連部分において参照により本明細書に組み入れられるBangham et al., 1965；Gregoriadis, 1979；Deamer and Uster, 1983；Szoka and Papahadjopoulos, 1978を参照）にしたがって調製することができる。本態様で有用であり得るさらなるリポソームには、例えば、WO 02/100435A1、米国特許第5,962,016号、米国特許出願第2004/0208921号、WO 03/015757A1、WO 04029213A2、米国特許第5,030,453号、および米国特許第6,680,068号に記載されているようなカチオン性リポソームが含まれ、これらの文献は全て、ただし書きすることなくその全体が参照により本明細書に組み入れられる。リポソームを作製するプロセスは、WO 04/002453A1にも記載される。中性脂質はカチオン性リポソームに組み込むことができる（例えば、Farhood et al., 1995）。ある態様において用いられ得るさまざまな中性リポソームは、参照により本明細書に組み入れられる米国特許第5,855,911号に開示される。これらの方法は、それらの水性物質を捕捉する各々の能力およびそれらの各々の水性空間対脂質比率の点で異なる。
【００７１】
リポソームのサイズは、合成の方法に応じて変化する。本態様におけるリポソームは、多様なサイズであり得る。ある態様において、リポソームは、小さな、例えば、約100nm、約90nm、約80nm、約70nm、約60nm未満、または約50nm未満の外径である。例えば、一般に、核酸の取り込み前に、本態様による使用のためのDOTAP：コレステロールリポソームは、約50〜500nmのサイズを含む。そのようなリポソーム製剤はまた、粒子荷電（ゼータ電位）および/または光学密度（OD）によって定義されてもよい。例えば、DOTAP：コレステロールリポソーム製剤は典型的には、核酸取り込み前に0.45未満のOD400を含む。同様に、溶液中のそのような粒子の全体的な荷電は、約50〜80mVのゼータ電位によって定義することができる。
【００７２】
そのようなリポソームの調製の際に、本明細書に記載される任意のプロトコールまたは当業者に公知であるプロトコールが用いられてもよい。リポソームを調製するさらなる非限定的な例は、それぞれが参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第4,728,578号、同第4,728,575号、同第4,737,323号、同第4,533,254号、同第4,162,282号、同第4,310,505号、同第4,921,706号；国際特許出願第PCT/US85/01161号、および同第PCT/US89/05040号；英国特許出願第GB 2193095A号；Mayer et al., 1986；Hope et al., 1985；Mayhew et al. 1987；Mayhew et al., 1984；Cheng et al., 1987；およびLiposome Technology, 1984に記載される。
【００７３】
ある態様において、脂質ベースのナノ粒子は、中性リポソーム（例えば、DOPCリポソーム）である。本明細書において用いられる「中性リポソーム」または「非荷電リポソーム」は、本質的に中性の正味荷電を生じる（実質的に非荷電である）1つまたは複数の脂質構成成分を有するリポソームとして定義される。「本質的に中性」または「本質的に非荷電」とは、所定の集団（例えば、リポソームの集団）内の、たとえあったとしても、ごくわずかな脂質構成成分のみが、別の構成成分の逆の電荷によって打ち消されない電荷を含む（すなわち、10％未満、より好ましくは5％未満、およびもっとも好ましくは1％未満の構成成分が、打ち消されない電荷を含む）ことを意味する。ある態様において、中性リポソームは主に、生理的条件下で（すなわち、約pH 7で）それ自体中性である脂質および/またはリン脂質を含んでもよい。
【００７４】
本態様のリポソームおよび/または脂質ベースのナノ粒子はリン脂質を含んでもよい。ある態様において、単一種類のリン脂質が、リポソームの作製において用いられ得る（例えば、DOPCなどの中性リン脂質が、中性リポソームを作製するために用いられ得る）。他の態様において、2種類以上のリン脂質が、リポソームを作製するために用いられ得る。
【００７５】
ホスファチジルエタノールアミンおよびホスファチジルコリンは生理学的条件下で（すなわち、約pH 7で）非荷電であり、これらの化合物は中性リポソームを作製するのに特に有用である可能性があることから；リン脂質には、例えば、ホスファチジルコリン、ホスファチジルグリセロール、およびホスファチジルエタノールアミンが含まれる。ある態様において、リン脂質 DOPCは、非荷電リポソームを生成するために用いられる。ある態様において、リン脂質ではない脂質（例えば、コレステロール）を用いてもよい。
【００７６】
リン脂質には、グリセロリン脂質およびある特定のスフィンゴ脂質が含まれる。リン脂質には、これらに限定されないが、ジオレオイルホスファチジルコリン（「DOPC」）、卵ホスファチジルコリン（「EPC」）、ジラウリロイルホスファチジルコリン（「DLPC」）、ジミリストイルホスファチジルコリン（「DMPC」）、ジパルミトイルホスファチジルコリン（「DPPC」）、ジステアロイルホスファチジルコリン（「DSPC」）、1-ミリストイル-2-パルミトイルホスファチジルコリン（「MPPC」）、1-パルミトイル-2-ミリストイルホスファチジルコリン（「PMPC」）、1-パルミトイル-2-ステアロイルホスファチジルコリン（「PSPC」）、1-ステアロイル-2-パルミトイルホスファチジルコリン（「SPPC」）、ジラウリロイルホスファチジルグリセロール（「DLPG」）、ジミリストイルホスファチジルグリセロール（「DMPG」）、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール（「DPPG」）、ジステアロイルホスファチジルグリセロール（「DSPG」）、ジステアロイルスフィンゴミエリン（「DSSP」）、ジステアロイルホファチジルエタノールアミン（「DSPE」）、ジオレオイルホスファチジルグリセロール（「DOPG」）、ジミリストイルホスファチジン酸（「DMPA」）、ジパルミトイルホスファチジン酸（「DPPA」）、ジミリストイルホスファチジルエタノールアミン（「DMPE」）、ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン（「DPPE」）、ジミリストイルホスファチジルセリン（「DMPS」）、ジパルミトイルホスファチジルセリン（「DPPS」）、脳ホスファチジルセリン（「BPS」）、脳スフィンゴミエリン（「BSP」）、ジパルミトイルスフィンゴミエリン（「DPSP」）、ジミリスチルホスファチジルコリン（「DMPC」）、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン（「DAPC」）、1,2-ジアラキドイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン（「DBPC」）、1,2-ジエイコセノイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン（「DEPC」）、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（「DOPE」）、パルミトイルオエオイルホスファチジルコリン（「POPC」）、パルミトイルオエオイルホスファチジルエタノールアミン（「POPE」）、リゾホスファチジルコリン、リゾホスファチジルエタノールアミン、およびジリノレオイルホスファチジルコリンが含まれる。
【００７７】
リン脂質は、天然のまたは合成の供給源由来であってもよい。しかしながら、天然供給源由来のリン脂質、例えば、卵またはダイズのホスファチジルコリン、脳ホスファチジン酸、脳または植物のホスファチジルイノシトール、心臓カルジオリピン、および植物または細菌のホスファチジルエタノールアミンなどは、結果として生じるリポソームの不安定性および易漏出性をもたらす可能性があることから、ある態様において、主要なホスファチド（すなわち、総ホスファチド組成物の50％以上を構成する）として使用されない。
【００７８】
2. DOTAP：コレステロールナノ粒子
ある態様において、脂質ベースの小胞はDOTAP：コレステロールナノ粒子である。DOTAP：コレステロールナノ粒子は、カチオン性脂質DOTAP（1,2-ビス(オレオイルオキシ)-3-(トリメチルアンモニオ)-プロパン）をコレステロールと混合することによって調製される。DNAと一緒に調製される小胞は、DNAが2つの脂質二重層の間に凝縮されるように見える構造（「サンドイッチ」と呼ばれる）を形成することができる（米国特許第6,770,291号および同第6,413,544号）。
【００７９】
DOTAP：コレステロール-核酸複合体は、以下の非限定的な例のように調製することができる。DOTAP：コレステロール（DC）ナノ粒子（50〜500nmのサイズ）は、以前に記載された（米国特許第6,770,291号および同第6,413,544号；Templeton, 1997）ように合成される。簡単に説明すると、420mgのDOTAPおよび208mgのコレステロールを測定し、30mlのクロロホルムと一緒に混合する。次いで、混合物をロータリーエバポレーターで30分間乾燥させ、15分間凍結乾燥させる。乾燥混合物を、50℃で45分間および37℃で10分間回旋させることによって、30mlのD5Wで再構成する。次いで、混合物を低周波超音波処理に5分間供し、リポソームを形成させる。次いで、DOTAP：コレステロールリポソームを50℃に加熱し、連続して、1.0、0.45、0.2、および0.1μm滅菌 Whatmanフィルターを通してろ過する。合成したナノ粒子を4℃で保存し、ナノ粒子複合体を調製するために用いる。製剤化されたDOTAP：コレステロールリポソームは、50〜250nmの粒子サイズ、0.45未満のOD400、および50〜80mVのゼータ電位で均一に分散するはずである。残留CHCl3レベルは60ppm未満であるはずである。
【００８０】
DOTAP：コレステロール-核酸ナノ粒子を調製するために、240μlのリポソーム（上記参照）を360μl D5Wで室温にて希釈する。DNA（約5 mg/ml）を600μlの総体積まで混合物に加える。混合物をピペットで上下させ、混合する。一旦落ち着かせたら、混合物は、0.65〜0.95のOD400、200〜500nmの粒子サイズを有し、グラム染色陰性と確認されるはずである。リポソーム複合体は、3℃〜28℃で保存され、できるだけ攪拌されない。
【００８１】
B. ナノ粒子の標的指向化
標的送達は、そのペイロードを送達するナノ粒子の能力を損なうことなくリガンドを付加することによって達成される。これは、特定の細胞、組織、および器官への送達を可能にすることが企図される。リガンドベースの送達系の標的特異性は、さまざまな細胞型上のリガンド受容体の分布に基づく。標的リガンドは、ナノ粒子と非共有結合的にまたは共有結合的に会合してもよく、本明細書で述べたような多様な方法によってナノ粒子にコンジュゲートできる。
【００８２】
ナノ粒子を標的に向けるために用いることができるタンパク質またはペプチドの例には、トランスフェリン、ラクトフェリン、TGF-α、神経成長因子、アルブミン、HIV Tatペプチド、RGDペプチド、およびインスリンなどが含まれる（Gupta et al., 2005；Ferrari, 2005）。
【００８３】
C. TUSC2発現ベクター
「ベクター」という用語は、そこで核酸配列が複製できる細胞内への導入のために、その中に核酸配列を挿入できるキャリア核酸分子を指すために用いられる。核酸配列は「外因性」であってよく、これは、その中にベクターが挿入される細胞に対して、核酸配列が外来性であること、または該配列が細胞中の配列に相同であるが、該配列が通常認められない宿主細胞核酸内の位置にあることを意味する。ベクターには、プラスミド、コスミド、ウイルス（バクテリオファージ、動物ウイルス、および植物ウイルス）、および人工染色体（例えば、YAC）が含まれる。当業者は、標準的な組み換え技術（例えば、両方が参照により本明細書に組み入れられる、Maniatis et al., 1989およびAusubel et al., 1994を参照）によりベクターを構築する能力を十分に有する。
【００８４】
「発現ベクター」という用語は、転写する能力を有するRNAをコードする核酸を含む任意の種類の遺伝子構築物を指す。いくつかの場合では、RNA分子は次いで、タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドに翻訳される。他の場合では、これらの配列は、例えば、アンチセンス分子またはリボザイムの産生では、翻訳されない。発現ベクターは多様な「制御配列」を含むことができ、これは、特定の宿主細胞における機能的に連結されたコード配列の転写および場合によっては翻訳に必要とされる核酸配列を指す。転写および翻訳を管理する制御配列に加えて、ベクターおよび発現ベクターは、他の機能も果たすおよび以下に記載される核酸配列を含有してもよい。
【００８５】
ある態様において、核酸TUSC2コード配列の使用が本明細書において提供される。例えば、そのようなベクターは、TUSC2ポリペプチドの組換え産生および/または対象におけるインビボでのTUSC2の発現のために用いることができる。配列は、同じタンパク質またはポリペプチドを依然としてコードしながら、1種類のアミノ酸が複数の異なるコドンによってコードされることを考慮して、改変されてもよい。コドン選択の最適化は、組換え発現で用いられる具体的な生物に照らして行うこともできる、またはヒト細胞（例えば、がん細胞）における最大発現のために最適化されてもよい。本態様による使用のためのベクターは、遺伝子発現を制御するおよび/またはベクター産生および精製を助ける要素をさらに含む。
【００８６】
1. プロモーターおよびエンハンサー
「プロモーター」は、転写の開始および速度を制御する核酸配列の領域である、制御配列である。それは、RNAポリメラーゼおよび他の転写因子などの調節性タンパク質および分子が結合して核酸配列の特定の転写を開始し得る遺伝要素を含有してもよい。「機能的に配置される」、「機能的に連結される」、「制御下にある」、および「転写制御下にある」という記載は、プロモーターが、核酸配列との関連で正しい機能的位置および/または方向にあり、その配列の転写開始および/または発現を制御することを意味する。
【００８７】
プロモーターは概して、RNA合成の開始点を位置づけるように機能する配列を含む。これの最もよく知られた例はTATAボックスであるが、TATAボックスを欠くいくつかのプロモーター、例えば、哺乳類末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ遺伝子用のプロモーターおよびSV40後期遺伝子用のプロモーターなどでは、開始点それ自体を覆う個別の要素が、開始の位置を固定するのを助ける。さらなるプロモーター要素は、転写開始の頻度を調節する。典型的には、これらは、開始点の30〜110bp上流の領域に配置されるが、いくつかのプロモーターは、開始点の下流にも機能的要素を含有することが示されている。プロモーターの「制御下にある」コード配列を導くために、選択されたプロモーターの「下流」（すなわち、3’）に転写リーディングフレームの転写開始位置の5’端を配置する。「上流の」プロモーターはDNAの転写を刺激し、コード化RNAの発現を促進する。
【００８８】
プロモーター要素間の間隔は往々にして、要素が反転するまたは相互に関連して動く場合にプロモーター機能が保たれるように、可動性である。tkプロモーターでは、プロモーター要素間の間隔は、活性が低下し始める前まで50bp離れるまで増加させることができる。プロモーターに応じて、個々の要素は、転写を活性化させるように協同してまたは独立して機能できることが明らかである。プロモーターは、「エンハンサー」と併用して用いられても用いられなくてもよく、エンハンサーは、核酸配列の転写活性化に関与するシス作用性調節配列を指す。
【００８９】
プロモーターは、コードセグメントおよび/またはエクソンの上流に位置する5’非コード配列を単離することによって得られ得るような、核酸配列に天然に関連するプロモーターであってもよい。そのようなプロモーターは、「内在性」または「相同」と呼ぶことができる。同様に、エンハンサーは、核酸配列の下流または上流に位置する、その核酸配列に天然に関連するエンハンサーであってもよい。あるいは、その天然の環境では通常は核酸配列とは関連しないプロモーターを指す、組換え型の外因性または異種プロモーターの制御下にコード核酸セグメントを配置することによって、ある特定の利点が得られる。組換え型または異種エンハンサーはまた、その天然の環境では通常は核酸配列と関連しないエンハンサーも指す。そのようなプロモーターまたはエンハンサーには、CMVプロモーターなどのウイルスプロモーターおよびエンハンサーが含まれ得る。
【００９０】
天然には、発現のために選択されたオルガネラ、細胞、組織、器官、または生物においてDNAセグメントの発現を効果的に方向付けるプロモーターおよび/またはエンハンサーを利用することは重要である。分子生物学の分野における当業者は一般に、タンパク質発現のためのプロモーター、エンハンサー、および細胞型の組み合わせの使用を理解している（例えば、参照により本明細書に組み入れられる、Sambrook et al. 1989を参照）。利用されるプロモーターは、組換えタンパク質および/またはペプチドの大規模産生で有利であるものなど、導入DNAセグメントの高レベル発現に方向付けるのに適切な条件下で構成的、組織特異的、誘導性、およびまたは有用であってもよい。プロモーターは異種または内在性であってもよい。
【００９１】
加えて、任意のプロモーター/エンハンサーの組み合わせ（例えば、真核生物プロモーターデータベースEPDB, www.epd.isb-sib.ch/のような）もまた、発現を駆動するために用いることができる。T3、T7、またはSP6細胞質発現系の使用は別の可能性ある態様である。適切な細菌ポリメラーゼが送達複合体の一部としてまたは追加の遺伝子発現構築物として提供される場合、真核生物細胞は、ある特定の細菌プロモーターからの細胞質転写を補助することができる。
【００９２】
2. 翻訳開始シグナル
特定の開始シグナルもまた、コード配列の効率的な翻訳に必要とされ得る。これらのシグナルには、ATG開始コドンまたは隣接配列が含まれる。ATG開始コドンを含む、外因性翻訳制御シグナルが提供されることが必要な場合もある。当業者は容易にこれを決定し、必要なシグナルを提供することができる。開始コドンは、挿入断片全体の翻訳を確実にするのに望ましいコード配列のリーディングフレームと「インフレーム」でなければならないことが周知である。外因性翻訳制御シグナルおよび開始コドンは、天然または合成のものであり得る。発現の効率は、適切な転写エンハンサー要素の含有により増強されてもよい。
【００９３】
3. 複数のクローニング部位
ベクターは、そのいずれかを標準的な組み換え技術と併用してベクターを消化できる複数の制限酵素部位を含有する核酸領域である、多重クローニング部位（MCS）を含むことができる（例えば、参照により本明細書に組み入れられる、Carbonelli et al., 1999, Levenson et al., 1998、およびCocea, 1997を参照）。「制限酵素消化」は、核酸分子中の特定の位置でのみ機能する酵素による核酸分子の触媒的切断を指す。これらの制限酵素の多くは市販されている。そのような酵素の使用は当業者に広く理解される。往々にして、ベクターは、MCS内で切断する制限酵素を用いて直線化または断片化され、外因性配列の該ベクターへのライゲーションが可能になる。「ライゲーション」は、相互に近接していてもしていなくてもよい2つの核酸断片の間でリン酸ジエステル結合を形成するプロセスを指す。制限酵素およびライゲーション反応に関与する技術は、組み換え技術の分野における当業者に周知である。
【００９４】
4. スプライシング部位
多くの転写された真核生物RNA分子は、RNAスプライシングを受け、一次転写産物からイントロンが取り除かれる。ゲノム真核生物配列を含有するベクターは、タンパク質発現に適切な転写産物のプロセシングを確実にするドナーおよび/またはアクセプタースプライシング部位を必要とする場合がある（例えば、参照により本明細書に組み入れられるChandler et al., 1997を参照）そのようなスプライス部位の包含もまた、結果として生じるRNA転写産物のナンセンス変異依存分解機構を防ぐことによって発現を増強することができる。
【００９５】
5. 終結シグナル
本態様のベクターまたは構築物は概して、少なくとも1つの終結シグナルを含む。「終結シグナル」または「ターミネーター」は、RNAポリメラーゼによるRNA転写産物の特異的終結に関与するDNA配列で構成される。よって、ある態様において、RNA転写産物の産生を終わらせる終結シグナルが企図される。ターミネーターは、望ましいメッセージレベルを達成するためにインビボで必要である可能性がある。
【００９６】
本態様での使用のために企図されるターミネーターには、本明細書において記載されるまたは当業者に公知の任意の公知の転写のターミネーターが含まれ、例えば、これらに限定されないが、遺伝子の終結配列、例えば、ウシ成長ホルモンターミネーター、またはウイルス終結配列、例えば、SV40ターミネーターなどが含まれる。ある態様において、終結シグナルは、配列切断などのために、転写可能な配列または翻訳可能な配列を欠いている可能性がある。
【００９７】
6. ポリアデニル化シグナル
発現、特に真核生物発現において、典型的には、転写産物の適切なポリアデニル化をもたらすポリアデニル化シグナルが含まれる。ポリアデニル化シグナルの性質は、本態様の実施の成功に決定的であるとは考えられず、任意のそのような配列が利用されてもよい。好ましい態様には、簡便かつさまざまな標的細胞において十分に機能することが公知である、SV40ポリアデニル化シグナルまたはウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナルが含まれる。ポリアデニル化は、転写産物の安定性を増大させる可能性がある、または細胞質輸送を促進する可能性がある。
【００９８】
7. 複製起点
宿主細胞においてベクターを増やすために、複製が開始される特定の核酸配列である、1つまたは複数の複製起点部位（多くの場合、「ori」と呼ばれる）を含んでもよい。あるいは、宿主細胞が酵母である場合、自己複製配列（ARS）を利用することができる。
【００９９】
8. 選択可能なおよびスクリーニング可能なマーカー
ある態様において、本明細書において提供される核酸構築物を含有する細胞は、発現ベクター中にマーカーを含むことによってインビトロまたはインビボで特定され得る。そのようなマーカーは、細胞に特定可能な変化を与え、発現ベクターを含有する細胞の簡単な特定を可能にすることになる。概して、選択可能なマーカーは、選択を可能にする特性を与えるマーカーである。選択可能な陽性マーカーは、マーカーの存在がその選択を可能にするマーカーであり、選択可能な陰性マーカーは、その存在がその選択を妨げるマーカーである。選択可能な陽性マーカーの例は、薬物耐性マーカーである。
【０１００】
通常、薬物選択マーカーの包含は、形質転換体のクローニングおよび特定の助けとなり、例えば、ネオマイシン、ピューロマイシン、ハイグロマイシン、DHFR、GPT、ゼオシン、およびヒスチジノールに対する耐性を付与する遺伝子は有用な選択可能なマーカーである。条件の実施に基づく形質転換体の識別を可能にする表現型を付与するマーカーに加えて、その基盤が比色分析である、GFPなどのスクリーニング可能なマーカーを含む他の種類のマーカーもまた企図される。あるいは、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（tk）、またはクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（CAT）などのスクリーニング可能な酵素を利用してもよい。当業者は、おそらくFACS分析と併用して、免疫マーカーを利用する方法も知っているはずである。用いられるマーカーは、それが遺伝子産物をコードする核酸と同時に発現される能力を有する限り、重要であるとは考えられない。選択可能なマーカーおよびスクリーニング可能なマーカーのさらなる例は当業者に周知である。
【０１０１】
9. プラスミドベクター
ある態様において、プラスミドベクターは、宿主細胞を形質転換するための使用が企図される。一般に、宿主細胞に適合性を有する種に由来するレプリコンおよび制御配列を含有するプラスミドベクターは、これらの宿主と関連して用いられる。ベクターは通常は、複製部位、ならびに形質転換細胞において表現型選択を提供することができるマーキング配列を保有する。非限定的な例では、大腸菌（E. coli）はしばしば、大腸菌種に由来するプラスミドであるpBR322の派生物を用いて形質転換される。pBR322は、アンピシリンおよびテトラサイクリン耐性のための遺伝子を含有し、よって、形質転換細胞の特定にとって容易な手段を提供する。pBRプラスミド、または他の微生物プラスミドもしくはファージは、例えば、それ自体のタンパク質の発現のために微生物によって用いることができるプロモーターも含有しなければならない、またはそれを含有するように改変されなければならない。
【０１０２】
加えて、宿主微生物に適合性を有するレプリコンおよび制御配列を含有するファージベクターも、これらの宿主と関連して形質転換ベクターとして用いることができる。例えば、ファージλGEM(商標)-11は、例えば、大腸菌LE392などの宿主細胞を形質転換するために用いることができる組換えファージベクターの作製において利用され得る。
【０１０３】
さらなる有用なプラスミドベクターには、その後の精製および分離または切断のためにグルタチオンS-トランスフェラーゼ（GST）可溶性融合タンパク質を作製するのに使用するための、pINベクター（Inouye et al., 1985）；およびpGEXベクターが含まれる。他の適した融合タンパク質は、β-ガラクトシダーゼ、およびユビキチンなどを伴うものである。
【０１０４】
発現ベクターを含む細菌宿主細胞、例えば、大腸菌は、いくつかの適した培地のいずれか、例えば、LB中で成長する。ある特定のベクターにおける組換えタンパク質の発現は、当業者によって理解されるように、ある特定のプロモーターに特異的な剤と宿主細胞を接触させることにより、例えば、培地にIPTGを添加することまたはインキュベーションをより高温に切り替えることにより、誘導されうる。細菌をさらなる期間、概して2〜24時間培養したのち、細胞を遠心分離によって収集および洗浄して、残留培地を取り除く。
【０１０５】
10. ウイルスベクター
ある特定のウイルスが、受容体依存性エンドサイトーシスを介して細胞に感染するかまたは細胞に進入し、宿主細胞ゲノム内に組み込まれ安定的かつ効率的にウイルス遺伝子を発現する能力は、それらを細胞（例えば、哺乳類細胞）内への外来性核酸の移入にとって魅力的な候補にしている。よって、TUSC2をコードおよび発現するウイルスを利用してもよい。TUSC2核酸を送達するために用いられ得るウイルスベクターの非限定的な例を以下に記載する。
【０１０６】
アデノウイルスベクター。  核酸の送達のための特定の方法は、アデノウイルス発現ベクターの使用を伴う。アデノウイルスベクターは、ゲノムDNA内への組み込み能力が低いことが知られているが、この特徴は、これらのベクターによって提供される高い効率の遺伝子移入によって相殺される。「アデノウイルス発現ベクター」は、（a）構築物のパッケージングを支持し、かつ（b）その中にクローニングされている組織特異的構築物または細胞特異的構築物を最終的に発現させるのに十分なアデノウイルス配列を含有する構築物を含むことを意味する。遺伝子構成、または36kbの線状二本鎖DNAウイルスであるアデノウイルスに関する知見は、アデノウイルスDNAの大きな断片と、最大7 kbの外来性配列との置き換えを可能にする（Grunhaus and Horwitz, 1992）。
【０１０７】
AAVベクター。  核酸は、アデノウイルス介在トランスフェクションを用いて細胞内に導入されてもよい。トランスフェクション効率の増大が、アデノウイルス共役系を用いる細胞系において報告されている（Kelleher and Vos, 1994；Cotten et al., 1992；Curiel, 1994）。アデノ随伴ウイルス（AAV）は、高頻度の組み込みを有し、非分裂細胞に感染することができ、よって、例えば、組織培養（Muzyczka, 1992）またはインビボにおける哺乳類細胞内への遺伝子の送達に有用なものとなる。AAVは、感染性に関して広い宿主域を有する（Tratschin et al., 1984；Laughlin et al., 1986；Lebkowski et al., 1988；McLaughlin et al., 1988）。rAAVベクターの作製および使用に関する詳細は、それぞれが参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第5,139,941号および同第4,797,368号に記載される。
【０１０８】
レトロウイルスベクター。  レトロウイルスは、その遺伝子を宿主ゲノム内に組み込む能力を有し、大量の外来性遺伝物質を移入させ、広範なスペクトラムの種および細胞型に感染し、および特別な細胞株内にパッケージングされる（Miller, 1992）。レトロウイルスベクターを構築するために、核酸（例えば、関心対象のタンパク質をコードする核酸）をある特定のウイルス配列に代えてウイルスゲノム内に挿入し、複製欠損であるウイルスを生成させる。ビリオンを生成させるために、gag遺伝子、pol遺伝子、およびenv遺伝子を含有するがLTRおよびパッケージング構成成分を含まないパッケージング細胞株を構築する（Mann et al., 1983）。レトロウイルスLTRおよびパッケージング配列と一緒にcDNAを含有する組換えプラスミドを、特別な細胞株内に導入する（例えば、リン酸カルシウム沈殿によって）と、パッケージング配列は、組換えプラスミドのRNA転写産物のウイルス粒子内へのパッケージングを可能にし、次いで、該粒子は培養培地内に分泌される（Nicolas and Rubinstein, 1988；Temin, 1986；Mann et al., 1983）。次いで、組換えレトロウイルスを含有する培地を収集し、任意で濃縮し、遺伝子移入のために使用する。レトロウイルスベクターは、多様な細胞型に感染することができる。しかしながら、組み込みおよび安定な発現は、宿主細胞の分裂を必要とする（Paskind et al., 1975）。
【０１０９】
レンチウイルスは複雑型レトロウイルス（complex retroviruses）であり、一般的なレトロウイルス遺伝子gag、pol、およびenvに加えて、調節機能または構造的機能を有する他の遺伝子を含有する。レンチウイルスベクターは当技術分野において周知である（例えば、Naldini et al., 1996；Zufferey et al., 1997；Blomer et al., 1997；米国特許第 6,013,516号および同第5,994,136号を参照）。レンチウイルスの一部の例には、ヒト免疫不全ウイルス：HIV-1、HIV-2、およびサル免疫不全ウイルス：SIVが含まれる。レンチウイルスベクターは、HIV病原性遺伝子を多重に弱毒化することによって作製されており、例えば、遺伝子env、vif、vpr、vpu、およびnefを欠失させ、ベクターを生物学的に安全にする。
【０１１０】
他のウイルスベクター。  他のウイルスベクターを、本態様におけるワクチン構築物として利用してもよい。ワクシニアウイルス（Ridgeway, 1988；Baichwal and Sugden, 1986；Coupar et al., 1988）、シンドビスウイルス、サイトメガロウイルス、および単純ヘルペスウイルスなどのウイルスに由来するベクターが利用されてもよい。それらは、さまざまな哺乳類細胞に複数の魅力ある特徴を提供する（Friedmann, 1989；Ridgeway, 1988；Baichwal and Sugden, 1986；Coupar et al., 1988；Horwich et al., 1990）。
【０１１１】
改変ウイルス。  送達されるべき核酸は、特異的結合リガンドを発現するように操作されている感染性ウイルス内に収容されてもよい。したがって、ウイルス粒子は、標的細胞の同種受容体に特異的に結合し、細胞に内容物を送達する。レトロウイルスベクターの特異的標的指向化を可能にするように設計された新規なアプローチが、ウイルスエンベロープへのラクトース残基の化学的付加によるレトロウイルスの化学的改変に基づき開発された。この改変は、シアロ糖タンパク質受容体を介する肝細胞の特異的感染を可能にする。
【０１１２】
組換えレトロウイルスの標的指向化への別のアプローチが設計され、その中で、レトロウイルスエンベロープタンパク質および特異的細胞受容体に対するビオチン化抗体が用いられた。抗体は、ストレプトアビジンを用いることによってビオチン成分を介して共役された（Roux et al., 1989）。主要組織適合性複合体クラスI抗原およびクラスII抗原に対する抗原を用いて、インビトロでエコトロピックウイルスによるその表面抗原を有する多様なヒト細胞の感染が実証された（Roux et al., 1989）。
【０１１３】
III. 薬学的製剤
本明細書において提供される薬学的組成物は、薬学的に許容される担体中に溶解または分散させた、有効量の1種または複数種のTUSC2治療剤および/または免疫チェックポイント阻害剤および任意で追加の剤を含む。「薬学的にまたは薬理学的に許容される」という記載は、必要に応じて、例えばヒトなどの動物に投与されるときに、薬害反応、アレルギー反応、または他の有害反応を生じない分子的実態および組成物を指す。少なくともTUSC2核酸、ペプチド、もしくはナノ粒子複合体、またはさらなる活性成分を含有する薬学的組成物の調製は、参照により本明細書に組み入れられるRemington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. Mack Printing Company, 1990によって例示されるように、本開示に照らし当業者に公知である。その上、動物（例えば、ヒト）投与について、調製は、FDA Office of Biological Standardsによって要求されるような無菌性、発熱性、一般的安全性、および純度の規格を満たすべきであることが理解される。
【０１１４】
本明細書においいて用いられる「薬学的に許容される担体」には、当業者に公知であるような、任意のおよびあらゆる溶媒、分散媒体、コーティング剤、界面活性剤、抗酸化剤、保存剤（例えば、抗菌剤、抗真菌剤）、等張剤、吸収遅延剤、塩類、保存剤、薬物、薬物安定剤、ゲル、結合剤、賦形剤、崩壊剤、潤滑剤、甘味剤、着香剤、色素、そのような物質、およびそれらの組み合わせのいずれかが含まれる（例えば、参照により本明細書に組み入れられる、Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. Mack Printing Company, 1990, pp. 1289-1329参照）。いずれかの従来の担体が活性成分と不適合である場合を除き、治療的または薬学的組成物におけるその使用が企図される。
【０１１５】
ある態様において、薬学的組成物は、それが固体、液体、またはエアロゾル形態で投与されるべきかどうか、および注射などの投与の経路にとってそれが無菌状態であることを必要とするかどうかに応じて、さまざまな種類の担体を含み得る。ある態様において、本明細書において提供される薬学的組成物は、静脈内に、皮内に、動脈内に、腹腔内に、病巣内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸膜腔内に、気管内に、鼻腔内に、硝子体内に、膣内に、直腸内に、局所に、腫瘍内に、筋肉内に、腹腔内に、皮下に、結膜下に、小胞内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内に、眼内に、経口的に、局所に、局所的に、吸入（例えば、エアロゾル吸入）、注射、注入、持続注入、標的細胞を直接的に浸す局所潅流（localized perfusion）、カテーテルを介して、潅注を介して、クリームで、脂質組成物（例えば、リポソーム）で、または当業者に公知であるような他の方法もしくは前述のものの任意の組み合わせによって投与することができる（例えば、参照により本明細書に組み入れられる、Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. Mack Printing Company, 1990を参照）。
【０１１６】
ある態様において、薬学的組成物は腹腔内に投与される。さらなる態様において、薬学的組成物は、がん（例えば、癌性腫瘍）を処置するために腹腔内に投与される。例えば、薬学的組成物は、消化器がんを処置するために腹腔内に投与されてもよい。ある態様において、薬学的組成物を腫瘍内にまたはその近くに投与することが望ましい可能性がある。
【０１１７】
ある好ましい態様において、薬学的組成物は、がん（例えば、消化器がん）を処置するために経口的に投与される。
【０１１８】
ある態様において、患者に投与される組成物の実際の投与量は、身体的および生理学的な因子、例えば体重、状態の重症度、処置されている疾患のタイプ、以前のまたは同時の治療的介入、患者の特発性疾患、および投与の経路によって決定することができる。投与を担う実行者は、いかなる場合にも、個々の対象について組成物中の活性成分の濃度および適切な用量を決定するであろう。
【０１１９】
ある態様において、薬学的組成物は、例えば、少なくとも約0.1％の活性化合物を含んでもよい。他の態様において、活性化合物は、1単位の重量の約2％〜約75％、または、例えば、約25％〜約60％、およびその中から導き出される任意の範囲を含んでもよい。他の非限定的な例では、用量はまた、投与1回あたり約1マイクログラム/kg/体重、約5マイクログラム/kg/体重、約10マイクログラム/kg/体重、約15マイクログラム/kg/体重、約20マイクログラム/kg/体重、約25マイクログラム/kg/体重、約30マイクログラム/kg/体重、約35マイクログラム/kg/体重、約0.04ミリグラム/kg/体重、約0.05ミリグラム/kg/体重、約0.06ミリグラム/kg/体重、約0.07ミリグラム/kg/体重、約0.08ミリグラム/kg/体重、約0.09ミリグラム/kg/体重、約0.1ミリグラム/kg/体重、約0.2ミリグラム/kg/体重〜約0.5mg/kg/体重以上、およびその中から導き出される任意の範囲を含んでもよい。本明細書において列記した数から導き出される範囲の非限定的な例において、約0.01mg/kg/体重〜約0.1mg/kg/体重、約0.04マイクログラム/kg/体重〜約0.08ミリグラム/kg/体重などの範囲が、上記の数値に基づき投与することができる。
【０１２０】
任意の場合において、組成物は、1つまたは複数の構成成分の酸化を遅らせるために、さまざまな抗酸化剤を含んでもよい。加えて、微生物の活動の阻止は、これらに限定されないが、パラベン（例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン）、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサール、またはそれらの組み合わせを含む、さまざまな抗菌剤および抗真菌剤などの保存剤によってもたらすことができる。
【０１２１】
1つまたは複数のペプチド、ナノ粒子複合体、または追加の剤が、遊離塩基形態、中性形態、または塩形態での組成物に製剤化されてもよい。薬学的に許容される塩には、酸付加塩、例えば、タンパク質性組成物の遊離アミノ基によって形成されるもの、または例えば塩酸もしくはリン酸などの無機酸、または酢酸、シュウ酸、酒石酸、もしくはマンデル酸のような有機酸によって形成されるものが含まれる。遊離カルボキシル基によって形成される塩は、例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム、もしくは水酸化第二鉄などの無機塩基；またはイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、またはプロカインのような有機塩基からも導き出すことができる。
【０１２２】
組成物が液体形態である態様において、担体は、これらに限定されないが、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど）、脂質（例えば、トリグリセリド、植物油、リポソーム）、およびそれらの組み合わせを含む、溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用によって；例えば液体ポリオールまたは脂質などの担体での分散による必要とされる粒子サイズの維持によって；例えば、ヒドロキシプロピルセルロースなどの界面活性剤の使用によって；またはそのような方法の組み合わせによって維持することができる。多くの場合において、例えば、糖、塩化ナトリウム、またはそれらの組み合わせなどの等張剤を含むことが好ましい。
【０１２３】
他の態様において、点眼剤、点鼻液もしくはスプレー、エアロゾル、または吸入剤が本態様において用いられもよい。そのような組成物は概して、標的組織の種類に適合するように設計される。非限定的な例において、点鼻液は通常、ドロップまたはスプレーで鼻腔に投与されるように設計された水溶液である。点鼻液は、正常な毛様体作用が維持されるように、多くの点で鼻分泌物と類似するように、調製される。したがって、好ましい態様において、水性点鼻液は通常、等張性であるか、または約5.5〜約6.5のpHを維持するようにわずかに緩衝化される。加えて、眼科用調製物、薬物において用いられるものと類似の抗微生物保存剤、または適切な薬物安定剤が、必要であれば、製剤中に含まれてもよい。例えば、さまざまな市販の点鼻調製物が公知であり、抗生物質または抗ヒスタミン剤などの薬物を含む。
【０１２４】
ある態様において、1つまたは複数のポリペプチド、核酸、またはナノ粒子複合体が、経口摂取のような経路による投与用に調製される。これらの態様において、固体組成物は、例えば、溶液、懸濁剤、エマルジョン、錠剤、ピル剤、カプセル剤（例えば、ハードまたはソフトシェルゼラチンカプセル）、徐放製剤、バッカル組成物、トローチ剤、エリキシル剤、懸濁剤、シロップ剤、カシェ剤、またはそれらの組み合わせを含んでもよい。経口組成物は、食事の食物と共に直接取り入れてもよい。経口投与のための好ましい担体は、不活性希釈剤、吸収可能な食用担体、またはそれらの組み合わせを含む。他の局面において、経口組成物は、シロップ剤またはエリキシル剤として調製されてもよい。シロップ剤またはエリキシル剤は、例えば、少なくとも1つの活性剤、甘味剤、保存剤、着香剤、色素、保存剤、またはそれらの組み合わせを含んでもよい。
【０１２５】
ある好ましい態様において、経口組成物は、1つまたは複数の結合剤、賦形剤、崩壊剤、潤滑剤、着香剤、およびそれらの組み合わせを含んでもよい。ある態様において、組成物は以下の1つまたは複数を含んでもよい：結合剤、例えば、トラガントガム、アカシア、トウモロコシデンプン、ゼラチン、またはそれらの組み合わせなど；賦形剤、例えば、リン酸二カルシウム、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム、またはそれらの組み合わせなど；崩壊剤、例えば、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、アルギン酸、またはそれらの組み合わせなど；潤滑剤、例えば、ステアリン酸マグネシウムなど；甘味剤、例えば、スクロース、ラクトース、サッカリン、またはそれらの組み合わせなど；着香剤、例えば、ペパーミント、ウィンターグリーン油、チェリーフレーバー、オレンジフレーバーなど；または上述の組み合わせ。投与単位形態がカプセル剤である場合、上記タイプの材料に加えて、液体担体などの担体を含有してもよい。さまざまな他の材料が、コーティング剤として、または投与単位の物理的形態を他の方法で修飾するために存在してもよい。例えば、錠剤、ピル剤、またはカプセル剤は、シェラック、糖、またはその両方でコーティングされてもよい。
【０１２６】
他の投与様式に適しているさらなる製剤には、坐剤が含まれる。坐剤は、さまざまな重量および形状の固体投与形態であり、直腸、膣、または尿道内への挿入のために通常投薬される。挿入後、坐剤は、腔液で軟化、融解、または溶解される。概して、坐剤では、従来の担体には、例えば、ポリアルキレングリコール、トリグリセリド、またはそれらの組み合わせが含まれ得る。ある態様において、坐剤は、例えば、約0.5％〜約10％、好ましくは約1％〜約2％の範囲で活性成分を含有する混合物から形成され得る。
【０１２７】
注射可能な滅菌溶液は、活性化合物を必要とされる量で上記に列記した種々の他の成分と一緒に適切な溶媒に組み入れ、必要ならば、その後、ろ過滅菌することによって調製される。一般に、分散物は、さまざまな滅菌処理した活性成分を、基本の分散媒体および/または他の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み入れることによって調製される。注射可能な滅菌溶液、懸濁物、またはエマルジョンの調製用の滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、予め滅菌ろ過したその液体媒体から任意の追加の所望の成分を加えた活性成分の粉末が得られる真空乾燥技法または凍結乾燥技法である。液体媒体は、必要ならば、適切に緩衝化されるべきであり、液体希釈剤はまず、十分な食塩水またはグルコースで注射前に等張にされる。直接注射用の高濃度の組成物の調製もまた企図され、ここで、溶媒としてDMSOの使用することによって、極めて迅速な浸透がもたらされ、高濃度の活性成分が狭い領域に送達されることが想定される。
【０１２８】
組成物は、製造および貯蔵の条件下で安定であり、かつ細菌および真菌などの微生物の汚染作用から保護されなければならない。エンドトキシン汚染は、安全レベルで、例えば0.5 ng/mgタンパク質未満で、最低限保持されるべきであることが理解されるであろう。
【０１２９】
特定の態様において、注射可能な組成物の長期にわたる吸収は、例えば、モノステアリン酸アルミニウム、ゼラチン、またはそれらの組み合わせなどの、吸収を遅らせる剤を組成物において使用することによってもたらすことができる。
【０１３０】
IV. 組み合わせ療法
本態様の核酸、ポリペプチド、またはナノ粒子複合体の有効性を増大させるために、これらの組成物を、関心対象の疾患の処置に有効な他の剤と組み合わせることが望ましい場合がある。
【０１３１】
非限定的な例として、がんの処置は、他の抗がん剤と共に本態様のTUSC2治療剤および/または免疫チェックポイント阻害剤によって実行され得る。「抗がん」剤は、例えば、がん細胞を殺傷する、がん細胞においてアポトーシスを誘導する、がん細胞の成長速度を低下させる、転移の発生率または数を低下させる、腫瘍サイズを低下させる、腫瘍成長を阻害する、腫瘍またはがん細胞への血液供給を低下させる、がん細胞または腫瘍に対する免疫応答を促進する、がんの進行を抑制もしくは阻害する、またはがんを有する対象の寿命を増加させることによって、対象においてがんに負の影響を与えることができる。より一般的には、これらの他の組成物は、細胞を殺傷またはその増殖を阻害するのに有効な合算量で提供されることになる。このプロセスは、抗がんペプチドまたはナノ粒子複合体および剤または複数の因子と細胞を同時に接触させる工程を伴ってもよい。これは、両方の剤を含む単一の組成物または薬学的製剤と細胞を接触させることによって、または一方の組成物が抗がんペプチドまたはナノ粒子複合体を含みかつ他方が第2の剤を含む、2種類の異なる組成物または製剤と細胞を同時に接触させることによって達成されてもよい。特定の態様において、抗がんペプチドは一方の剤であることができ、かつ抗がんナノ粒子複合体はもう一方の剤であることができる。
【０１３２】
抗がんペプチドまたはナノ粒子複合体による処置は、数分から数週間の範囲の間隔で他の剤の治療に先立って行われてもよく、またはその後に行われてもよい。他の剤および抗がんペプチドまたはナノ粒子複合体が細胞に別々に適用される態様において、剤および抗がんペプチドまたはナノ粒子複合体が依然として細胞に対して有利な組み合わせ作用を発揮できるように、概して、それぞれを送達する時間の合間に有意な期間が終了しないようにすることになる。そのような例では、互いの約12〜24時間以内に、より好ましくは互いの約6〜12時間以内に、両方のモダリティと細胞を接触させてもよいことが企図される。いくつかの状況において、それぞれの投与の間に数日（例えば、2、3、4、5、6、または7日）から数週（例えば、1、2、3、4、5、6、7、または8週）が経過するように、処置期間を有意に延長することが望ましい可能性がある。
【０１３３】
同様に、ある局面において、TUSC2療法は、免疫チェックポイント阻害剤と併用して投与される。さまざまな組み合わせが用いられてもよく、式中、TUSC2療法は「A」であり、かつ免疫チェックポイント阻害剤は「B」である。
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【０１３４】
ある態様において、患者への本態様のTUSC2療法および/または免疫チェックポイント阻害剤の投与は、化学療法剤の投与の一般的なプロトコールに従い、もしあればベクターの毒性を考慮する。必要に応じて、処置サイクルを繰り返すことが予測される。さまざまな標準的な療法ならびに外科的介入が、記載された過剰増殖性細胞療法（hyperproliferative cell therapy）と組み合わせて適用されてもよいことも企図される。
【０１３５】
a. 化学療法
がん治療には、多様な組み合わせ療法も含まれる。いくつかの局面において、本態様のTUSC2治療剤および/または免疫チェックポイント阻害剤は、化学療法剤と併用して投与される（または製剤化される）。例えば、いくつかの局面において、化学療法剤は、EGFR、VEGFR、AKT、Erb1、Erb2、ErbB、Syk、Bcr-Abl、JAK、Src、GSK-3、PI3K、Ras、Raf、MAPK、MAPKK、mTOR、c-Kit、eph受容体、またはBRAFの阻害剤などのプロテインキナーゼ阻害剤である。プロテインキナーゼ阻害剤の非限定的な例には、アファチニブ、アキシチニブ、ベバシズマブ、ボスチニブ、セツキシマブ、クリゾチニブ、ダサチニブ 、エルロチニブ、フォスタマチニブ、ゲフィチニブ、イマチニブ、ラパチニブ、レンバチニブ、ムブリチニブ、ニロチニブ、パニツムマブ、パゾパニブ、ペガプタニブ、ラニビズマブ、ルキソリチニブ、サラカチニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、トラスツズマブ、バンデタニブ、AP23451、ベムラフェニブ、MK-2206、GSK690693、A-443654、VQD-002、ミルテホシン、ペリホシン、CAL101、PX-866、LY294002、ラパマイシン、テムシロリムス、エベロリムス、リダフォロリムス、アルボシジブ、ゲニステイン、セルメチニブ、AZD-6244、バタラニブ、P1446A-05、AG-024322、ZD1839、P276-00、GW572016、またはそれらの混合物が含まれる。
【０１３６】
なおさらなる組み合わせ化学療法には、例えば、チオテパおよびシクロホスファミドなどのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファンなどのアルキルスルホン酸塩；ベンゾドパ、カルボクオン、メツレドパ、およびウレドパなどのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、およびトリメチロールメラミンを含む、エチレンイミンおよびメチラメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；CC-1065（そのアドゼレシン、カルゼレシン、およびビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン1およびクリプトフィシン8）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、KW-2189およびCB1-TM1を含む）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノブエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタ-ド；カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチンなどのニトロソ尿素；エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ1IおよびカリケアマイシンωI1）などの抗生物質；ジネマイシンAを含むジネマイシン；クロドロナートなどのビスホスホナート；エスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチンクロモホアおよび関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質クロモホア類、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイスン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノドキソルビシン、シアノモルホリノドキソルビシン、2-ピロリノドキソルビシン、およびデオキシドキソルビシノンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンCなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサートおよび5-フルオロウラシル（5-FU）などの抗代謝剤；デノプテリン、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体；フルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジンなどのピリミジン類似体；カルステロン、ドロモスタノロンプロピオナート、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン；ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤；フロリン酸（frolinic acid）などの葉酸補充剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルフロルミチン；エリプチニウムアセタート；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシンおよび アンサミトシンなどのメイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；2-エチルヒドラジド；プロカルバジン；PSK多糖類複合体；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；2,2',2”-トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、T-2毒素、ベルカリンA、ロリジンA、およびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ara-C」）；シクロホスファミド；タキソイド、例えば、パクリタキセルおよびドセタキセルゲムシタビン；6-チオグアニン；メルカプトプリン；シスプラチン、オキサリプラチン、およびカルボプラチンなどの白金配位複合体；ビンブラスチン；白金；エトポシド（VP-16）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシノン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロナート；イリノテカン（例えば、CPT-11）；トポイソメラーゼ阻害剤RFS 2000；ジフルオロメチルオルニチン（DMFO）；レチノイン酸などのレチノイド；カペシタビン；カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン、ゲムシタビン、ナベルビン、ファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランス白金、ならびに上記いずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が含まれる。ある態様において、本明細書において提供される組成物は、ゲフィチニブとの組み合わせで用いられてもよい。他の態様において、本態様は、グリベックとの組み合わせで（例えば、約400〜約800mg/日のグリベックが患者に投与されてもよい）で実施されてもよい。ある態様において、1つまたは複数の化学療法剤が、本明細書において提供される組成物との組み合わせで用いられてもよい。
【０１３７】
b. 放射線療法
DNA損傷を引き起こしかつ広範に用いられている他の因子には、γ線、X線、および/または腫瘍細胞への放射線同位体の直接送達として一般に知られているものが含まれる。マイクロ波およびUV照射などのDNA損傷因子の他の形態も企図される。これらの因子は全て、DNA、DNAの前駆体、DNAの複製および修復、ならびに染色体の集合および維持に対して広範なダメージをもたらす可能性が高い。X線の線量範囲は、長期間（3〜4週）では50〜200レントゲンの一日線量から、2000〜6000レントゲンの単回線量の範囲である。放射線同位体の線量範囲はばらつきが大きく、同位体の半減期、放出される放射線の強度およびタイプ、ならびに新生細胞による取り込みによって左右される。
【０１３８】
「接触させる」および「曝露する」という用語は、細胞に適用される場合、それによって、治療用組成物および化学療法剤または放射線治療剤が標的細胞に送達されるか、または標的細胞と直に並置される、プロセスを記載するように本明細書において用いられる。細胞の殺傷または静止を達成するために、両方の剤は、細胞を殺傷するかまたは細胞の分裂を妨げるのに有効な合算量で細胞に送達される。
【０１３９】
c. 免疫療法
免疫治療剤は概して、がん細胞を標的とし破壊する免疫エフェクター細胞および分子の使用に依拠する。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面上の一部のマーカーに特異的な抗体であってもよい。抗体は単独で、療法のエフェクターとして機能してもよく、または他の細胞を動員して実際に細胞殺傷をもたらしてもよい。抗体はまた、薬物または毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンA鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）にコンジュゲートされ、標的指向化剤としてのみ機能してもよい。あるいは、エフェクターは、腫瘍細胞標的と直接的または間接的いずれかで相互作用する表面分子を保有するリンパ球であってもよい。種々のエフェクター細胞には、細胞傷害性T細胞およびNK細胞が含まれる。
【０１４０】
したがって、免疫療法は、本態様のTUSC2療法と併用して、組み合わせ療法の一部として用いることができる。組み合わせ療法の一般的なアプローチを以下に述べる。概して、腫瘍細胞は、標的指向化に適用できる、すなわち、他の細胞の大部分に存在していない、いくつかのマーカーを有していなければならない。多数の腫瘍マーカーが存在しており、これらのいずれかが本態様の文脈における標的指向化に適している可能性がある。一般的な腫瘍マーカーには、癌胎児性抗原、前立腺特異的抗原、泌尿器腫瘍関連抗原、胎児性抗原、チロシナーゼ（p97）、gp68、TAG-72、HMFG、シアリルLewis抗原、MucA、MucB、PLAP、エストロゲン受容体、ラミニン受容体、erb B、およびp155が含まれる。
【０１４１】
d. 遺伝子治療
さらに別の態様において、二次処置は、治療用ポリヌクレオチドが治療用組成物の前に、その後に、またはそれと同時に投与される遺伝子治療である。遺伝子産物の発現のためのウイルスベクターは当技術分野において周知であり、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、ワクシニアウイルスを含むポックスウイルス、およびSV40を含むパピローマウイルスのような真核生物発現系を含む。あるいは、発現構築物の投与は、リポソームまたはDOTAP：コレステロール小胞などの脂質ベースのベクターによって達成することができる。これらの方法は全て、当技術分野において周知である（例えば、Sambrook et al., 1989；Ausubel et al., 1998；Ausubel, 1996を参照）。
【０１４２】
以下の遺伝子産物の1つをコードするベクターの送達は、標的組織に対する組み合わせ抗過剰増殖作用を有するであろう。多様なタンパク質が本態様の範囲内に包含され、その一部が以下に記載される。
【０１４３】
i. 細胞増殖の阻害因子
上述のように、腫瘍抑制がん遺伝子は、過剰な細胞増殖を阻害する機能を有する。これらの遺伝子の不活性化は、その阻害性活性を破壊し、その結果制御されない増殖をもたらす。
【０１４４】
本態様による二次処置として利用され得る遺伝子には、p53、p16、Rb、APC、DCC、NF-1、NF-2、WT-1、MEN-I、MEN-II、zac1、p73、VHL、MMAC1/PTEN、DBCCR-1、FCC、rsk-3、p27、p27/p16 融合体、p21/p27融合体、抗血栓性遺伝子（例えば、 COX-1、TFPI）、PGS、Dp、E2F、ras、myc、neu、raf、erb、fms、trk、ret、gsp、hst、abl、E1A、p300、血管新生に関与する遺伝子（例えば、VEGF、FGF、トロンボスポンジン、BAI-1、GDAIF、またはそれらの受容体）、MCC、および表IVに列記した他の遺伝子が含まれる。
【０１４５】
ii. プログラム細胞死の調節因子
アポトーシス、またはプログラム細胞死は、正常な胚発生、成体組織における恒常性の維持、および癌発生の抑制に必須のプロセスである（Kerr et al., 1972）。Bcl-2ファミリーのタンパク質およびICE様プロテアーゼは、他の系においてアポトーシスの重要な調節因子およびエフェクターであることが実証されている。濾胞性リンパ腫に関連して発見されたBcl-2タンパク質は、多様なアポトーシス刺激に反応してアポトーシスを制御するおよび細胞生存を増強する顕著な役割を果たす（Bakhshi et al., 1985；Cleary and Sklar, Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA, 82（21）:7439-43, 1985；Cleary et al., 1986；Tsujimoto et al., 1985；Tsujimoto and Croce, 1986）。進化的に保存されたBcl-2タンパク質は現在、関連タンパク質のファミリーのメンバーであると認識されており、デスアゴニストまたはデスアンタゴニストとして分類することができる。
【０１４６】
その発見に続いて、Bcl-2は、さまざまな刺激によって誘発される細胞死を抑制するように作用することが示された。また、現在、共通の構造的および配列相同性を有するBcl-2細胞死調節タンパク質のファミリーが存在することが明らかである。これらのさまざまなファミリーメンバーは、Bcl-2と類似の機能を有する（例えば、BclXL、BclW、BclS、Mcl-1、A1、Bfl-1）か、またはBcl-2機能を相殺し、細胞死を促進する（例えば、Bax、Bak、Bik、Bim、Bid、Bad、Harakiri）ことが示されている。
【０１４７】
e. 外科手術
がんを有する人間のおよそ60％は、予防的な、診断または病気分類の、治癒的な、および対症療法的な外科的手術を含む、いくつかの種類の外科的手術を受ける。治癒的な外科的手術は、本明細書において提供される処置、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、遺伝子治療、免疫療法、および/または代替療法などの他の療法と併用して用いられ得るがん処置である。
【０１４８】
治癒的外科的手術には、癌性組織の全部または一部が物理的に除去される、切除される、および/または破壊される切除術が含まれる。腫瘍切除術は、腫瘍の少なくとも一部の物理的除去を指す。腫瘍切除術に加えて、外科的手術による処置には、レーザー手術、凍結手術、電気外科手術、および顕微鏡下手術（モース手術）が含まれる。本態様は、表在性がん、前がん、または付随的な量の正常組織の除去と併用して、用いられてもよいことがさらに企図される。
【０１４９】
癌性細胞、組織、または腫瘍の一部または全ての切除によって、腔が体内に形成され得る。処置は、さらなる抗がん治療による該領域の潅流、直接注射、または局所適用によって達成され得る。そのような処置は、例えば、1、2、3、4、5、6、もしくは7日毎に、または1、2、3、4、および5週毎に、または1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、もしくは12ヶ月毎に繰り返してもよい。これらの処置もまた、さまざま投与量の処置であってもよい。
【０１５０】
f. 抗炎症剤
特定の局面において、TUSC2療法および/または免疫チェックポイント阻害剤は、抗炎症剤と併せて投与される。抗炎症剤は、対象における炎症の処置または予防において有用であることが公知であるまたはそれが疑われる剤を指すとして、本明細書において定義される。コルチコステロイドは抗炎症剤の主要なクラスである。コルチコステロイドは、短時間、中時間、または長時間作用することができ、かつさまざまな方法で送達され得る。本態様において企図されるコルチコステロイドの非限定的なリストには、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、プレドニゾン、およびデキサメタゾンなどの経口コルチコステロイドが含まれる。
【０１５１】
抗炎症剤の別の主要なクラスは非ステロイド性抗炎症剤である。非ステロイド性抗炎症剤には、炎症および疼痛の処置で用いられる薬物のクラスが含まれる。このクラスの薬物の正確な作用機序は不明である。このクラスの剤のメンバーの例には、これらに限定されないが、イブプロフェン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、ナブメトン、ピロキシカム、ナプロキセン、ジクロフェナク、インドメタシン、スリンダク、トルメチン、エトドラク、フルフェナム酸、ジフルニサール、オキサプロジン、ロフェコキシブ、およびセレコキシブが含まれる。当業者はこれらの剤に精通している。この分類には、サリチル酸塩およびサリチル酸塩の誘導体、例えば、アセチルサリチル酸、サリチル酸ナトリウム、サリチル酸コリン、サリチル酸コリンマグネシウム、およびジフルニサールが含まれる。
【０１５２】
他の抗炎症剤には、金塩（例えば、金チオリンゴ酸ナトリウム、アウロチオグルコース、およびオーラノフィン）などの抗リウマチ剤、抗リウマチ剤（例えば、クロロキン、ヒドロキシクロロキン、およびペニシラミン）、抗ヒスタミン剤（例えば、ジフェンヒドラミン、クロルフェニラミン、クレマスチン、ヒドロキシジン、およびトリプロリジン）、および免疫抑制剤（例えば、メトトレキサート、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロラムブシル、シクロスポリン、およびアザチオプリン）が含まれる。本態様によって企図される他の免疫抑制剤は、タクロリムスおよびエベロリムスである。タクロリムスは、T細胞活性化に付随するインターロイキン2産生を抑制し、細胞傷害性T細胞の分化および増殖を阻害する。今日、タクロリムスは免疫抑制療法の礎として全世界で認識されている。当業者は、これらの剤、およびこのクラスの剤の他のメンバー、ならびにこれらの剤の作用メカニズムおよびこれらの剤の適用に精通している。
【０１５３】
g. 他の剤
他の剤が、本明細書において提供される組成物との組み合わせで用いられ、処置の治療効率を向上させ得ることが企図される。これらのさらなる剤には、免疫調節剤、細胞表面受容体およびギャップ結合の上方制御に影響を与える剤、細胞分裂抑制剤および分化剤、細胞接着の阻害剤、またはアポトーシス誘導因子に対する過剰増殖細胞の感受性を増大させる剤が含まれる。免疫調節剤には、腫瘍壊死因子；インターフェロンα、β、およびγ；IL-2および他のサイトカイン；F42Kおよび他のサイトカイン類似体；またはMIP-1、MIP-1β、MCP-1、RANTES、および他のケモカインが含まれる。Fas/Fasリガンド、DR4、またはDR5/TRAILなどの細胞表面受容体またはそれらのリガンドの上方制御は、過剰増殖細胞に対するオートクライン作用またはパラクライン作用の確立によって、本明細書において提供される組成物のアポトーシス誘導能力を強めることがさらに企図される。ギャップ結合の数を高めることによる細胞間シグナル伝達の増加は、付近の過剰増殖細胞集団に対する抗過剰増殖作用を増加させることになる。他の態様において、細胞分裂抑制剤および分化剤は、本明細書において提供される組成物との組み合わせで用いて、処置の抗過剰増殖効果を向上させることができる。細胞接着の阻害剤は、本発明の効果を向上させることが企図される。細胞接着阻害剤の例は、焦点接着キナーゼ（FAK）阻害剤およびロバスタチンである。抗体c225などの、アポトーシスに対する過剰増殖細胞の感受性を増加させる他の剤が、本明細書において提供される組成物との組み合わせで用いられ、処置効果を向上できることがさらに企図される。
【０１５４】
ある態様において、ホルモン療法もまた、本態様と併用して、または以前に記載された任意の他のがん治療との組み合わせで用いられてもよい。ホルモンの使用は、乳がん、前立腺がん、卵巣がん、または子宮頸がんなどのある特定のがんの処置において、テストステロンまたはエストロゲンなどのある特定のホルモンの作用のレベルを低下させるかまたはその作用を遮断するために利用され得る。この処置は多くの場合、処置の選択肢としてまたは転移の危険性を低下させるために、少なくとも1つの他のがん治療との組み合わせで用いられる。
【実施例】
【０１５５】
V. 実施例
以下の実施例は、本発明の好ましい態様を明らかにするために含まれる。以下の実施例において開示される技術は、発明の実施において十分機能することが本発明者らによって発見された技術を表しており、よって、その実施にとって好ましい様式を構成すると考えられることが、当業者によって理解されるべきである。しかしながら、当業者は、本開示に照らし、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、開示されているおよび同様のまたは類似の結果を依然として得る特定の態様において、多くの変更が行われることを理解するべきである。
【０１５６】
実施例1−免疫チェックポイント阻害剤との組み合わせでのTUSC2療法
TUSC2および抗PD1による組み合わせ処置は、G12V Kras変異同系肺皮下モデルにおいて腫瘍成長を効果的に阻害する：  Kras G12V変異および低レベルのTUSC2発現を有するマウス肺癌腫細胞株CMT/167-ルシフェラーゼを、C57BL/6マウスにおいて皮下に移植した。10匹のマウスを各群に割り当てた：DOTAP：コレステロール（DC）-空のベクター/アイソタイプ；抗PD1抗体；DC-TUSC2ナノ粒子；およびDC-TUSC2ナノ粒子＋抗PD1抗体。ランダム化したTUSC2（i.v.）および抗PD1（i.p.）の連続処置を図1Aに示す。組み合わせ処置に付随する毒性はなかった。腫瘍体積および生物発光強度をそれぞれ、ノギスおよびIVISイメージングによって測定した。CMT/167細胞におけるPD-L1の発現は23.7％である（図1B）。抗PD1は腫瘍成長を抑制する効果が限られていたことを示したのに対して、TUSC2は腫瘍成長を有意に阻害した（図1C）。組み合わせはTUSC2による腫瘍縮小をさらに増強した。アイソタイプ対照、抗PD1、TUSC2、およびTUSC2＋抗PD1の平均体積はそれぞれ、800mm3、600mm3、300mm3、および180mm3であった（＊p＜0.05；＊＊p＜0.01；および＊＊＊p＜0.001）。1秒あたりの総フラックスとしての腫瘍における生物発光強度を測定するIVSイメージングもまた、組み合わせの効果を示す（図1D〜E）。TUSC2と抗PD1との間の協同作用の事後確率は、99％を上回った。これらの結果は、このモデルにおいて、TUSC2は、腫瘍成長を低下させる際に抗PD1と相乗作用を示すことを示唆する。
【０１５７】
TUSC2および抗PD1による組み合わせ処置は、NK細胞およびCD8＋T細胞の密度を増加させ、制御細胞を抑制する：  TUSC2の抗PD1との組み合わせの免疫影響を表すために、末梢血白血球（PBL）および脾細胞における主な免疫集団を、10色パネルフローサイトメトリーを用いて特性を明らかにした。腫瘍を有さないマウスにおける末梢NK細胞、B細胞、およびT細胞に対するTUSC2ナノ小胞の静脈内送達の作用を図2Aに示す。腫瘍を有さないマウスではTUSC2とTUSC2＋抗PD1との間に差はなかった。フローサイトメトリー分析のゲーティング戦略を図1補足に示す。腫瘍細胞接種後、TUSC2は、NK細胞およびCD8＋T細胞の密度をそれぞれ著しくおよび中程度に誘導し（p＜0.001およびp＜0.05）、同時にPD1、CTLA4、およびTim3を発現するB細胞、MDSC、Treg、T細胞を顕著に減少させることが見出された（図2B〜E）。抗PD1は、NK細胞、T細胞およびB細胞に対して明確な作用を有さなかったが、PD1、CTLA4、およびTim3を発現するMDSC、Treg、およびT細胞を減少させた。組み合わせ処置はTUSC2単独と同じ作用を有した。組み合わせ処置における最大の相違は、MDSCに対するNK細胞の比率およびTregに対するCD8＋T細胞の比率の増強であった（p＜0.001）（図2F）。まとめると、これらの結果は、TUSC2-抗PD1相乗作用が恐らくNK細胞およびCD8＋T細胞の増殖の増加に関連することを示す。
【０１５８】
TUSC2および抗PD1による組み合わせ処置は、腫瘍浸潤性 NK細胞およびCD＋8T細胞を増強する：  TUSC2＋抗PD1処置がより高密度な腫瘍免疫細胞浸潤に関連するかどうか決定するために、各腫瘍の面積の25％をカバーするVectraハイスループット病理システムを用いて、免疫浸潤を分析した（1処置群あたりN＝5）。皮下腫瘍全体を処理のために一様に切除し、各腫瘍からの複数の切片を分析して、異なる処置群の間のさまざまな腫瘍サイズを考慮して任意の潜在的な試料採取の偏りを取り除いた。Hスコア値を、染色強度を考慮して、陽性細胞のパーセンテージと併用して用いた。対照または抗PD1と比較すると、組み合わせは、腫瘍内のCD8＋T細胞密度をそれぞれ10倍および3倍増加させた（p＜0.0001；図3A）。TUSC2群におけるCD8＋T浸潤は組み合わせのものより低かったが、有意ではなかった。活性化NK細胞の浸潤は、TUSC2により処置された腫瘍で最も高く（p＜0.0001）、組み合わせが続いた（p＜0.0001）（図3A）。抗PD1は、TUSC2または組み合わせと比較して、NK浸潤をわずかに増加させた。反対に、TUSC2およびTUSC2＋抗PD1は、Tregによって発現されるマーカーである、腫瘍浸潤Foxp3陽性T細胞（p＜0.0001）、および腫瘍抑制性顆粒球性マーカー1（Gr-1）（p＜0.0001）を有するMDSCを有意に抑制した。抗PD1はFoxp3密度をわずかに減少させた（p＝0.18）一方で、GR1に対して作用を有さなかった。これらの結果は、TUSC2および組み合わせが腫瘍免疫微少環境を変化させたことを示唆する。
【０１５９】
TUSC2および抗PD1による組み合わせ処置は、NK細胞およびTリンパ球に関連するケモカインの発現を増強した：  血清ケモカインの発現プロファイルを、Nanostring技術を用いて分析した。TUSC2および組み合わせへの曝露後にTリンパ球およびNK細胞の遊走に関連するケモカイン遺伝子のセットの上方制御が認められた（図3B）。CCR5認識を介するNK細胞遊走に関与する、CcL3およびCcL4の発現が2倍を上回ったのに対して、CCR7受容体と相互作用し、T細胞および樹状細胞を腫瘍に動員するCcL21aおよびCcL19（Viola et al., 2012；Griffith et al., 2014）は、未処置の対照と比較して4倍を上回って増加した。CcL4およびCcL5血清ケモカインレベルもまた、対照群と比較して、TUSC2およびTUSC2＋抗PD1処置によって増加した（図3C）。
【０１６０】
NK細胞またはCD8＋T細胞の枯渇はそれぞれ、組み合わせの抗腫瘍作用を完全におよび部分的に消失させる：  NKおよびCD＋8どちらの密度も組み合わせ療法後に強く上方制御されたという知見は、CD8＋T細胞およびNK細胞がTUSC2＋抗PD1誘導性腫瘍縮小を調節することを示唆した。この仮説を確かめるために、抗NK1.1抗体または抗CD8＋T細胞抗体の腹腔内注射を介して、NK細胞またはCD8＋T細胞をCMT167担腫瘍マウスにおいて枯渇させた（図8、9）。図4Aに示すように、抗NK1.1抗体による処置は組み合わせによる腫瘍縮小を完全に消失させたのに対して、抗CD8＋T抗体による処置はそれを部分的に減じた（図4B）。また、NK細胞枯渇はTUSC2誘導性腫瘍成長阻害を無効にしたのに対して、CD8＋T細胞枯渇は作用を有さなかった。どちらの枯渇も抗PD1反応に対して何ら作用を有さなかった。これらの知見は、CD8＋T細胞は抗PD1に対する感受性のTUSC2による増強に一因となり得るのに対して、NK細胞はこの相乗作用に不可欠なものであることを示唆する。
【０１６１】
次に、Luminexアッセイを用いる血清サイトカインの分析は、TUSC2および組み合わせのどちらも、NK枯渇によって無効となった（TUSC2 vs TUSC2/NK1.1: p＝0.008；組み合わせ対/NK1.1: p＝0.0009）作用である、強力なTh1媒介性免疫応答（対照 対 TUSC2: p＜0.0001；対照 対 組み合わせ: p＝0.007（図4C））を誘導したことを明らかにした。これは、NK細胞が、TUSC2および組み合わせに対するTh1媒介性免疫応答の誘導において重要であることを示唆する。しかしながら、NK枯渇の有無にかかわらず、これら2つの処置群においてTh1/Th2比率に有意な差は存在しない。TUSC2＋抗PD1療法は、その未処置のまたは抗PD1処置した対応群と比較して、より高いレベルのIL-15（p＝0.0001）およびIL-18（p＜0.0001）サイトカインを促進した（図4D）。IL-15はTUSC2群および組み合わせ群において同じレベルで誘導されたのに対して、IL-18のレベルは組み合わせのものよりTUSC2において有意に高かった。NK細胞を枯渇させると、IL-15（対照対TUSC2：p＝0.03）およびIL-18（対照対TUSC2：p＝0.0005）のレベルは有意に低下した。NK枯渇の有無にかかわらず、TUSC2と組み合わせとの間にはIL-18のレベルに有意な差が存在したが、IL-15ではそうではなかった。最後に、qPCRおよびNanostring技術を用いる、選別したNK細胞および腫瘍組織の発現プロファイルは、その未処置のおよび抗PD1処置した対応群のものより、TUSC2処置において有意に高いIL-15RおよびIL-18Rの発現を示した（それぞれp＝0.01およびp＝0.001；図4E、F）。
【０１６２】
TUSC2および抗PD1による組み合わせ処置は、同系G12D Kras変異肺転移モデルの生存を向上させた：  TUSC2＋抗PD1の有効性を、K-rasG12D変異を保有する344SQ-ルシフェラーゼ肺がん細胞を静脈内に接種した129Svマウスを用いる第2のKras転移性モデルで評価した。344SQ細胞におけるPD-L1発現のレベルはわずか4.5％である（図5A）。連続処置戦略を図5Bに示す。処置群は、2つの群、抗PD1の抗CTLA4との組み合わせ、ならびにTUSC2の抗PD1および抗CTLA4との組み合わせを加えて、前述のモデルでのものと同様であった。前者の組み合わせは、各薬物群単独と比較して増強された臨床有効性の報告（Larkin et al., 2015）があることから、この実験において用いられた。TUSC2は、未処置群、抗PD1群、および抗PD1＋抗CTLA4処置群と比較して生存を有意に改善した（TUSC2対対照：p＜0.0001；TUSC2対抗PD1：p＜0.001；TUSC2対抗PD1＋抗CTLA4：p＜0.001）（図5C）。TUSC2を抗PD1と組み合わせると、生存は有意に延長した（組み合わせ 対 対照：p＜0.0001；組み合わせ 対 抗PD1：p＜0.001；組み合わせ 対 TUSC2：p＝0.024）。TUSC2と抗PD1および抗CTLA4との組み合わせは、TUSC2＋抗PD1処置と比較して数日生存を延長させた。腫瘍の生物発光イメージングはこれらの知見を裏付けるものであった（図5D）。図5Eは、2週目でのTUSC2＋抗PD1を与えられた肺における腫瘍小結節の印象的なクリアランスを示す。これらの結果は、TUSC2＋抗PD1組み合わせの有効性を立証し、かつ二重チェックポイント遮断、抗PD1および抗CTLA4と、TUSC2との組み合わせがトランスレーショナルな有用性を有することを示唆する。
【０１６３】
単一細胞分析を用いる免疫細胞浸潤の分析は、対照群、または抗PD1の抗CTLA4との組み合わせ処置群と比較して、TUSC2によるより高いNK細胞浸潤を示した（p＜0.001）（図5F）。TUSC2＋抗PD1またはTUSC2＋抗PD1＋抗CTLA4の作用は、TUSC2のものよりわずかに高かった。これに対して、TregおよびMDSCの細胞浸潤は、抗PD1によって有意に抑制され（p＝0.004；p＝0.0003）、作用は、TUSC2および組み合わせによってさらに増強された（図5Gおよび5H）。これらの結果は、CMT167皮下腫瘍モデルの評価で観察されたもの（図2）と一致した。
【０１６４】
TUSC2の抗PD1との組み合わせは腫瘍微少環境における免疫遺伝子発現プロファイルを変化させた：  TUSC2＋抗PD1組み合わせにおいて差次的に発現した特定の免疫遺伝子を特定するために、腫瘍試料からのRNAを、40のハウスキーピング対照により適応応答および自然応答両方をカバーする770のマウス免疫遺伝子からなるマウスpan-cancerパネルを用いるデジタル多重プロファイリング（NanoString Technologies Inc.）に供した。偽発見率（q＜0.05）補正によるウェルチのt検定を適用し、処置群の間の統計的に有意な遺伝子発現差を導き出した。＜0.05のp値を有意とみなした。Volcanoプロットおよびヒートマップを用いて、結果を可視化した（図6A、B）。TUSC2付加は抗PD1処置に対する反応を増強したことから、一対比較を、抗PD1群とTUSC2＋抗PD1群との間で実施した。一対比較は、全ての他の群の間でも実施された。初めに、組み合わせ群で有意に上方制御されている6つの遺伝子クラスターが見出された。これには、Cd1d2、Ltf、Klra21、H60a、Tnfsf18、およびBcl6が含まれる。有意に下方制御されている別のクラスターが見出され、これは、Egr3、Cd46、Ncr1、Klra5、Ccl1、Il12rb2、およびCd59bからなる（図6B）。これらの遺伝子は全て、NK細胞およびCD8＋T細胞の調節にとって重要である（Deng et al., 2013；Shevach and Stephens, 2006；Orr et al., 2009）。組み合わせ処置は、腫瘍微少環境におけるT細胞媒介性抗腫瘍機能に関連する遺伝子の発現も上方制御した（図6D〜F）。これらの結果は、NKおよびCD8＋T免疫プロファイリングおよび腫瘍浸潤データを裏付ける（図2〜3）。
【０１６５】
実施例2−材料および方法
細胞培養および試薬：  KRasG12/CMT167-luc細胞およびK-RasG12D/344SQ-luc細胞は、Dr. Alan Fields（Mayo Clinic）、Dr. Frank R. Jirik（University of Calgary）のご厚意で提供を受けた。細胞を、10％ウシ胎仔血清（Atlanta Biological, GA）ならびに1％ペニシリンおよびストレプトマイシン（life science technologies）を補充したダルベッコ変法イーグル培地中で培養した。アイソタイプ、抗PD1、抗CTLA4、InVivoPlus 抗NK1.1（クローンPK136）、および抗CD8＋T（クローン2.43）抗マウスモノクローナル抗体をBio X Cell（West Lebanon, NH）から購入した。DOTAPおよびコレステロールをAvanti Polar Lipids（Albaster, AL）から購入した。DC-TUSC2の合成および調製は以前に記載された（Ito et al., 2004）。
【０１６６】
動物試験：  全ての動物手法は、The University of Texas MD Anderson Cancer CenterのAnimal Care and Use Committeeによる審査および承認を受けた。CMT167-luc同系モデルでは、6〜8週齢の雌C57BL/6-Eliteマウス（Charles River Laboratories, Houston, TX）に、1×106CMT167-luc細胞を右側腹部に皮下注射し、各10匹のマウスの以下のような処置群に無作為化した：対照（空のベクターナノ小胞、アイソタイプ抗体）、抗PD1、TUSC2ナノ小胞、およびTUSC2＋抗PD1。簡単に説明すると、25μgのTUSC2を、48時間毎に3サイクル静脈内に注射し、0.25mgの抗PD1抗体を、4日毎に3サイクル腹腔内に（i.p.）注射した。腫瘍体積を、式：1/2（長さ ×幅2）により計算した。マウスを腫瘍細胞注射の3〜4週後に安楽死させ、腫瘍および脾臓を回収した。344SQ転移モデルでは、6〜8週齢の雌129/Svマウスに、100,000個の344SQ-luc細胞を静脈内注射した。処置群/10匹はそれぞれ以下であった：対照（空のベクターナノ小胞、アイソタイプ抗体）、抗PD1、TUSC2、抗CTLA4、TUSC2＋抗PD1、抗PD1＋抗CTLA4、およびTUSC2＋抗PD1＋抗CTLA4。両方のモデルで、動物を日常的に監視し、IVISを用いて腫瘍を画像化した。全ての処置および測定は二重盲検で行った。免疫表現型分析では、動物を腫瘍細胞注射の2週後に殺傷し、肺を回収し、末梢血は心穿刺を介して収集した。
【０１６７】
NK細胞またはCD8＋T細胞の枯渇：  担腫瘍CMT167マウスにおいてNK細胞またはCD8＋T細胞を枯渇させるために、中和モノクローナル抗体 抗NK1.1（クローンPK136）または 抗CD8＋T（クローン2.43）抗マウスモノクローナル抗体を、腫瘍細胞の皮下接種後0日目に始めて3日毎に4サイクル、マウスに注射した（100 μg、i.p.）。NK細胞またはCD8＋T細胞の枯渇状態を脾細胞のフローサイトメトリー分析を介して監視した。腫瘍体積を測定し、生物発光強度をIVISで定量化した。
【０１６８】
マルチカラーフローサイトメトリー：  フローサイトメトリー向けの標準的なプロトコールにしたがって、PBLを単離し、細胞染色した。マルチカラーパネルを展開し、Gallios Flow Cytometer Research System（Beckman Coulter, Brea, CA）により最適化した。マウス抗体をBioLegend（San Diego, CA）から購入した。単一細胞懸濁物を蛍光活性化細胞選別染色バッファーで洗浄し、マウスFc受容体結合阻害剤と共に10分間インキュベートし、表示した抗体で染色した。FlowJoソフトウエアバージョン10（FlowJo, Ashland, OR）を用いて、データを分析した。
【０１６９】
免疫組織化学的検査：  CMT167で回収した腫瘍を10％パラホルムアルデヒドで固定し、ホルマリン固定化パラフィン包埋組織の8μm切片を、抗CD8、抗Foxp3、抗Gr-1、および抗NKp46マウス抗体で染色した。全ての免疫組織化学的分析をMD Anderson Histology Core Laboratory（Smithville, TX）で実施した。MD Anderson（Houston, TX）のImaging Core Facilityにて、各群から少なくとも5つの腫瘍試料を各抗体で染色し、200スライドVectra 3.0自動定量病理イメージングシステム（PerkinElmer, Waltham, MA）を用いて画像化および分析した。0から＋3の範囲のHスコアを細胞毎に作製した。
【０１７０】
定量的PCR：  RNeasy Mini Kit（Qiagen, Hilden, Germany）を用いて、総RNAを抽出し、SuperScript IIIキット（Invitrogen, Carlsbad, CA）を用いて逆転写した。定量的PCRをSYBR Green PCR Master Mix（Applied Biosystems, Foster City, CA）により実施した。相対的発現レベルを正規化し、発現レベルをABI Viia7 Real-Time PCR System（Applied Biosystems）により測定した。相対的定量化を、製造者により記載された比較CT法を用いて実施した。
【０１７１】
Luminexアッセイ：  血清サイトカインおよびケモカインを特定するために、製造者の説明書にしたがい、Affymetrix（eBioscience）ProcartaPlex 36-プレックスイムノアッセイ（Affymetrix, Santa Clara, CA）を用いた。1処置群あたり3試料を、二度繰り返して実施した。簡単に説明すると、7つのスタンダードを製造者のプロトコールにしたがって調製し、25μLの血清試料を、表示した抗体でコートされたビーズと混合し、500rpmで攪拌しながら室温にて2時間インキュベートした。ProcartaPlexマルチプレックスイムノアッセイはLuminex xMAP（多分析物プロファイリング）技術を用いた。Luminex 200 システム（Luminex, Austin, TX）を用いてプレートを読み取り、標準曲線をプロットした。ProcartaPlex Analystソフトウエアバージョン1.0を用いて、データを分析した。
【０１７２】
遺伝子発現分析：  NanoString Technologyによる品質管理および発現プロファイル分析のために、Qiagen RNeasy Mini Kitを用いて処置群、それぞれ3つの複製物から抽出した総腫瘍RNAをBaylor College of Medicine（Houston, TX）のGenomic Core Facilityに提出した。使用したNanoString PanCancerマウス免疫プロファイリングパネルは、特定の免疫細胞型および免疫細胞機能に関連する776の遺伝子についてプロファイリングを行う。MD AndersonのBioinformatics Core Facilityにて、データを分析した。
【０１７３】
統計解析：  CMT167モデルについて、一般化線形回帰モデルを用いて、腫瘍成長を分析した。データは全て平均±SDとして表し、処置間の差の統計的有意性は2元配置ANOVAおよび側t検定によって検定され、P＜0.05を有意と見なした。344SQモデルでは、全体生存（OS）の分布を、Kaplan-Meier法により推定した。ログランク検定を実施し、群の間の生存時間の差を検定した。Cox比例ハザードモデルに基づく生存時間データの回帰分析を、処置開始時間から死亡時間までとして定義されたOSで実行した。
【０１７４】
フローサイトメトリーおよびLuminexデータの統計解析を一般線形回帰モデルにより行い、異なる処置群を比較した。免疫組織化学データでは、処置群の間のHスコアの統計解析のために、一般化線形回帰モデルを用いた。SASのPROC MIXED手法におけるESTIMATEステートメントを各対間に用いた。NanoString分析では、遺伝子プロファイル定量化および統計解析で用いる前に、データを正規化した。陽性対照、ハウスキーピング遺伝子、および陰性対照を用いて、試料調製変動、背景ノイズ、およびRNA量変動について調整した。線形モデルを用いて全体的な処置の効果を評価し、コントラストを用いて関心対象の一対比較を行った。ベータユニフォームミクスチャー（BUM）モデルを用いて結果として生じるp値をモデル化し、偽発見率（FDR）カットオフを決定し、有意に差次的に発現した遺伝子を特定した。統計解析は全て、統計解析ソフトウエアRを用いて実施した。
【０１７５】
本明細書において開示されたおよび特許請求の範囲に記載された方法の全ては、本開示に照らし、過度な実験なしに作製および実行することができる。本発明の組成物および方法は好ましい態様に関して記載されており、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書に記載される方法および該方法の工程または工程の順序に変更が適用されてもよいことが、当業者に明らかである。より詳細には、化学的にも物理的にも関連するある特定の剤が、同じまたは類似の結果を達成する限りは、本明細書において記載された剤と置換されてもよいことが明らかである。当業者に明らかであるそのような類似の置換および改変は全て、添付の特許請求の範囲によって定義されるような本発明の精神、範囲および概念の範囲内であると考えられる。
【０１７６】
参考文献
以下の参考文献は、それらが本明細書に記載されたものを補足する例示的な手法または他の詳細を提供する範囲で、参照により本明細書に特に組み入れられる。
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図２Ｅ】
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【図２Ｆ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図４Ｅ】
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【図４Ｆ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図５Ｇ】
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【図５Ｈ】
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【図５Ｉ】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図６−３】
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【図７】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９】
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【図１０】
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【国際調査報告】
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