(57)【要約】  患者の治療をモニタリングするシステムと方法はエキソソームから得られた情報を使用し、腫瘍から特定された治療標的を腫瘍外部の生体液内のエキソソーム中で追跡する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の治療をモニタリングする方法であって、
複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第１のエキソソーム中で確認する段階であって、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、治療は患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階であって、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する段階と、
第２のエキソソーム中での患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つの確認に基づいて患者記録を更新する段階を含む方法。
【請求項２】
複数のオミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種中に存在する核酸を解析する段階を更に含み、任意に核酸は二重微小染色体である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
非特異的捕捉及び抗体媒介捕獲の内の少なくとも１種を用いてエキソソームを単離する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
生体液は全血、血清、血漿又は尿である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階を少なくとも１回繰り返す、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
患者記録を更新する段階は治療を変更する提案を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種中に存在する核酸を解析する段階を更に含み、任意に核酸は二重微小染色体である、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
非特異的捕捉及び抗体媒介捕獲の内の少なくとも１種を用いてエキソソームを単離する、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
生体液は全血、血清、血漿又は尿である、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階を少なくとも１回繰り返す、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
患者記録を更新する段階は治療を変更する提案を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
治療のモニタリング用エキソソームマーカーを選択する方法であって、
複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定し、患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする治療組成物を特定する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つをエキソソーム中で確認する段階であって、エキソソームは治療前に患者の生体液から入手する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質が定量化に十分な量存在することを確認したら、該疾患関連タンパク質を治療のモニタリング用に選択する段階を含む方法。
【請求項３０】
複数のオミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項２９又は請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項２９〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
疾患は癌である、請求項２９〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項２９〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項２９〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項２９〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項２９〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
定量化に十分な量は少なくともアトモルの疾患関連タンパク質である、請求項２９〜３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
複数のオミクスデータはディファレンシャルオミクスデータである、請求項２９に記載の方法。
【請求項４１】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項２９に記載の方法。
【請求項４２】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項４４】
疾患は癌である、請求項２９に記載の方法。
【請求項４５】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項２９に記載の方法。
【請求項４６】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項４７】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項４８】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項２９に記載の方法。
【請求項４９】
定量化に十分な量は少なくともアトモルの疾患関連タンパク質である、請求項２９に記載の方法。
【請求項５０】
患者の免疫療法治療をモニタリングする方法であって、
患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び量の内の少なくとも１つを第１のエキソソーム中で確認する段階であって、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、治療は患者及び腫瘍特異的なネオエピトープを標的とする段階と、
患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階であって、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する段階を含む方法において、
確認する段階は質量分光反応モニタリングを用いて行う方法。
【請求項５１】
免疫療法治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープをコードする核酸を含む組換え物質の投与を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
組換え物質は任意に複製欠損性のアデノウイルスである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
組換え物質は照射細菌又は照射酵母である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種に存在する核酸を解析する段階を更に含む、請求項５０〜５３のいずれかに記載の方法。
【請求項５５】
生体液中の循環腫瘍ＲＮＡを解析する段階を更に含む、請求項５０〜５４のいずれかに記載の方法。
【請求項５６】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項５０〜５５のいずれかに記載の方法。
【請求項５７】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種に存在する核酸を解析する段階を更に含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５８】
生体液中の循環腫瘍ＲＮＡを解析する段階を更に含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５９】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項５０に記載の方法。
【請求項６０】
免疫療法治療は、チェックポイント阻害剤及び免疫刺激性サイトカインの内の少なくとも１種の投与を含む、請求項５０に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、２０１６年６月２１日出願の米国特許仮出願第６２／３５２７５３号の優先権を主張するものである。
【０００２】
本発明の分野は、エキソソームを介して、特にエキソソームのタンパク質解析（このタンパク質は成長、転移、及び／又は増殖を促進することが知られている突然変異と関連する）を介して癌の治療をモニタリングすることである。
【背景技術】
【０００３】
背景の説明には本発明を理解するのに有用となり得る情報が含まれる。本明細書に記載の情報がいずれも本願で特許請求される発明の先行技術であるか又はこれに関連するものであること、或いは具体的又は黙示的に参照される任意の刊行物が先行技術であることを認めるものではない。
【０００４】
本明細書に記載の刊行物はいずれも、各々の刊行物又は特許出願が具体的且つ個別的に参照によって組み込まれることが示された場合と同程度に、参照によって組み込まれる。組み込まれる参考文献における用語の定義及び使用法が、本明細書に記載の用語の定義と一致しないか、これに反する場合、本明細書に記載のその用語の定義が適用され、参考文献中でのその用語の定義は適用されない。
【０００５】
オミクス解析は、様々な疾患（特に癌）の治療において臨床的に関連性のある標的を確認するためのツールになりつつある。オミクス解析によって罹患組織や潜在的な治療選択肢への重要な洞察が可能になるが、治療の進行又は成功をモニタリングするには罹患組織を頻繁に再サンプリングすることが必要となるため、そのようなモニタリングは通常は実行不可能である。或いは、癌細胞は相当量のエキソソームを放出することが知られているため、エキソソームを特定の状況下では生検の代用として使用することができる。例えば、米国特許第８０２１８４７号及び米国特許第８４７６０１７号では、疾患と関連することが知られているＲＮＡ配列を特定するための診断ツールとしてのエキソソームの使用が教示されている。しかし、そのようなアプローチでは治療の直接的な機能情報を得ることができず、ＲＮＡ配列が非罹患組織にも存在する場合にはあまり有用ではない。
【０００６】
最近では、エキソソームも腫瘍微小環境の生物学に影響を及ぼすことが報告されており（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃａｎｃｅｒ  ２０１６；１５：４２、又はＳｅｍｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｄｅｖ  Ｂｉｏｌ  ２０１５；４０：７２−８１を参照）、免疫応答にも影響を及ぼすことが報告されている（例えば、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１４；１４（３）：１９５−２０８を参照）。更に、エキソソームはレトロトランスポゾン要素と増幅癌遺伝子配列を含むことが報告された（例えば、Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２０１１；２：１８０を参照）。
【０００７】
従って、エキソソームも、例えば、ＵＳ２０１１／００５３１５７に開示されているように治療剤として提案されている。しかし、腫瘍由来エキソソームは動物モデルでは強力な抗癌ワクチンであり、抗原特異的Ｔ及びＢ細胞応答を促進することが示されているが、腫瘍由来エキソソームに関する最近の文献では小胞が重要な免疫抑制的役割を果たすことが強く示唆されている（例えば、Ｖａｃｃｉｎｅｓ  ２０１５，３，１０１９−１０５１を参照）。ＵＳ２０１１／００５３１５７では、エキソソーム関連ＲＮＡを潜在的な治療標的の特定に使用し、次いで治療をモニタリングするのに使用することができることも教示されている。同様に、様々なエキソソーム関連ｍｉＲＮＡが潜在的なマーカーとして報告された（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃａｎｃｅｒ（２０１６）１５：４２を参照）。
【０００８】
従って、エキソソームの分野は相当の研究努力から恩恵を受けてきたが、機能（特に疾患関連機能）に強い関係性を有する確実なタンパク質マーカーは捉えどころのないままであった。従って、エキソソームを用いた療法のモニタリングと検証を可能にするシステムと方法が依然として必要である。
【発明の概要】
【０００９】
本発明の主題は、疾患の治療において標的となる１種以上の患者及び疾患関連タンパク質を使用して患者の治療をモニタリングする様々なシステムと方法に関する。好都合なことには、このようなモニタリングは疾患と患者に対して非常に特異的であり、特に治療がネオエピトープを標的とする免疫療法である場合、治療効果についての直接的な情報が得られる。
【００１０】
本発明の主題の一態様では、本発明者は、患者の治療をモニタリングする方法であって、複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定する段階を含む方法を企図する。他の段階では、患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を第１のエキソソーム中で確認するが、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、治療は患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする。更に他の段階では、患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を第２のエキソソーム中で確認するが、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する。次に、第２のエキソソーム中での患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つの確認に基づいて患者記録を更新する。
【００１１】
最も典型的には、複数のオミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択され、及び／又は複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む。
【００１２】
ある実施形態では、非突然変異、発現抑制、過少発現又は過剰発現の遺伝子を好都合に特定することができる経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する（例えば、ＰＡＲＡＤＩＧＭを用いて調節解除経路又は救済経路を特定する）。他の実施形態では、患者特異的疾患関連タンパク質は、癌ドライバー遺伝子又は転移に関与する遺伝子を特定することができる、突然変異遺伝子又は調節解除遺伝子である。従って、企図される患者特異的疾患関連タンパク質としては、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質（例えば、治療が化学療法を含む場合）が挙げられる。更なる実施形態では、患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープである（例えば、治療が免疫療法を含む場合）。更に、患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び／又は量は、質量分光反応モニタリング（例えば、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング又は並行反応モニタリング）を用いて確認できることが企図される。更に必要に応じて、企図される方法は、第１及び／又は第２のエキソソーム中に存在する核酸、又は循環腫瘍核酸（例えば、ｃｔＲＮＡ）を解析する段階を含むこともできる。
【００１３】
エキソソームは非特異的捕捉及び／又は抗体媒介捕獲を用いて単離することができ、生体液としては通常、全血、血清、血漿及び尿が挙げられる。更に、患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を第２のエキソソーム中で確認する段階は少なくとも１回繰り返すことができ、患者記録を更新する段階は治療を変更する提案を含むことが企図される。
【００１４】
従って、本発明者は、治療のモニタリング用エキソソームマーカーを選択する方法も企図する。このような方法は、複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定する段階と、患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする治療組成物を特定する更なる段階を含むことが好ましい。患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つをエキソソーム中で確認し、エキソソームは治療前に患者の生体液から入手する。次に、患者特異的疾患関連タンパク質が定量化に十分な量存在する（例えば、少なくともアトモルである）ことを確認したら、該疾患関連タンパク質を治療のモニタリング用に選択する。
【００１５】
最も典型的には、オミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択され、及び／又は患者特異的疾患関連タンパク質は経路解析アルゴリズムを用いて（例えば、ＰＡＲＡＤＩＧＭを用いて）特定する。本発明の主題に限定されるものではないが、オミクスデータは罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含み、疾患は癌であることが一般には好ましい。
【００１６】
患者特異的疾患関連タンパク質に関して企図されることは、該タンパク質が化学療法で標的とされ得る過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質（例えば、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質）であり得ること、及び／又は、患者特異的疾患関連タンパク質が免疫療法で標的とされ得る患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり得ることである。患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び／又は量は質量分光反応モニタリングを用いて確認することが更に企図される。
【００１７】
上述に鑑みて、本発明者は患者の免疫療法治療をモニタリングする方法も企図する。好ましい方法は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び／又は量を第１のエキソソーム中で確認する段階を含み、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、免疫療法治療は患者及び腫瘍特異的なネオエピトープを標的とする。他の段階では、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び／又は量を第２のエキソソーム中で確認し、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する。最も好ましくは、確認する段階は、質量分光反応モニタリング（例えば、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング、及び並行反応モニタリング）を用いて行う。
【００１８】
例えば、適切な免疫療法治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープをコードする核酸を含む組換え物質（例えば、任意に複製欠損性のアデノウイルス、照射細菌又は照射酵母）の投与を含むことができる。更に、企図される方法は、第１及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種に存在する核酸を解析する段階、及び／又は生体液中の循環腫瘍ＲＮＡを解析する段階を含むことができる。必要に応じて、免疫療法治療は、チェックポイント阻害剤及び／又は免疫刺激性サイトカインの投与を更に含むことができる。
【００１９】
以下の好ましい実施形態の詳細な説明から本発明の主題の様々な目的、特徴、態様及び利点が更に明らかになるであろう。
【発明を実施するための形態】
【００２０】
本発明者は、患者の様々な治療、特に癌治療のモニタリングが、患者特異的で患者の疾患に関連する１種以上のエキソソームタンパク質の検出及び／又は定量化によって可能であることを発見した。特に好ましい方法では、タンパク質は定性的又は定量的に確認し、患者の体液から単離されるエキソソーム上及び／又はエキソソーム中に存在し得る。更に、タンパク質は治療の標的であることが好ましく、従って、治療の有効性に対する直接的且つ具体的な洞察がもたらされるであろう。企図される方法は、リアルタイム又はほぼリアルタイムで患者における治療効果の追跡を可能にすることも認識すべきである。
【００２１】
本明細書で使用される「患者」という用語は、「対象」及び「個体」という用語と互換可能であり、エキソソームを有することが示されている又は予想される全ての動物を意味する。例えば、患者は哺乳動物、ヒト又は非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、他の家畜、又は齧歯動物とすることができる。
【００２２】
本発明の主題の態様の一例では、癌と診断された患者に対して腫瘍生検を行うことができ、腫瘍の一部をオミクス解析、典型的には全ゲノム配列決定、トランスクリプトーム配列決定、及び／又はプロテオミクス解析に用いる。好ましくは、全ゲノム配列決定データを対応する正常組織（即ち、同一患者の健常組織、例えば、血液又は腫瘍に冒された器官の健常組織部分）由来の全ゲノム配列決定データと共に使用して患者に特異的な癌関連変化を特定する。このような比較解析のための多数のアルゴリズムが当技術分野で周知であるが、このような解析は位置参照情報（例えば、ＢＡＭフォーマット、ＧＡＲフォーマット等）に基づいて整理されるデータファイルの同期増分アライメントを用いて行うことが特に好ましい。例えば、適切なアルゴリズムとしては、ＵＳ２０１２／００５９６７０及びＵＳ２０１２／００６６００１に記載されているものが挙げられる。また、オミクスデータを（トランスクリプトミクスデータ及びプロテオミクスデータと共に）経路解析アルゴリズムでも使用して、潜在的に新薬の開発につながるような標的や標的経路を特定するか、又は腫瘍の薬に対する感受性を回復し得る１種以上の治療を特定することが一般に好ましい。他の適切な経路解析ツールの中で、特に企図される経路解析アルゴリズムはＷＯ２０１１／１３９３４５、ＷＯ２０１３／０６２５０５及びＷＯ２０１４／１９３９８２に教示されている。
【００２３】
容易に理解されるように、一旦経路解析及び／又は突然変異解析に基づいて適切な標的が特定されると、新薬の開発につながるような標的を標的とするか又は薬物感受性経路を標的とする１種以上の化学療法剤で患者を治療することができる。異なる観点から見ると、そうして特定された新薬の開発につながるような標的及び／又は経路によって、次に癌の治療に使用される患者特異的疾患関連タンパク質が得られることを認識すべきである。同様に、（例えば、過活動又は活動性喪失をもたらす）発現レベル及び／又は突然変異状態に基づいて経路アルゴリズムを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定することができる。或いは、又は更には、オミクス解析によって、癌ワクチンによる（例えば、発現可能でＭＨＣ提示可能なネオエピトープをコードする組換え核酸を保有する組換え細菌、酵母又はウイルスを介する）治療に適した１種以上のネオエピトープの存在を明らかにすることもできる。従って、患者特異的疾患関連タンパク質としては、１種以上の患者及び腫瘍特異的ネオエピトープも挙げられる。
【００２４】
患者特異的疾患関連タンパク質は治療の開始前（又は従来の治療が無効であった場合には新たな治療ラウンドの開始前）に確立されること、また、疾患関連タンパク質の特定が有効な治療の種類を直接誘導することを特に理解すべきである。更に、患者由来の生体液を治療の開始前（又は従来の治療が無効であった場合には新たな治療ラウンドの開始前）に入手し、患者の生体液内のエキソソーム中で患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を確認する。化学療法及び／又は免疫療法のための治療を確認し、化学療法及び／又は免疫療法の標的の存在を確認することによって、化学療法及び／又は免疫療法の最中及びその後に成功の可能性が高いと予想されるだけでなく、直接検出可能で定量化可能な治療方法を選択する。従って、その後、治療中又は治療後に、エキソソームを患者から単離することができ、疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を確認してリアルタイム又はほぼリアルタイムで疾患関連タンパク質の動的変化を追跡する。
【００２５】
これに関連して、腫瘍細胞は相当量のエキソソームを放出し、腫瘍細胞での変化はエキソソームでの対応する変化に直接反映されることを理解すべきである。注目すべきことに、このような変化は、エキソソームの表面（変化が典型的にはタンパク質である場合）及び／又はエキソソームの内腔（変化がｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ＤＮＡ、二重微小染色体、タンパク質、代謝産物等であり得る場合）で検出可能となり得る。更に、特に標的タンパク質が比較的少量しか存在しない場合、エキソソーム標的の特定及び／又は定量化によって（エキソソーム及び／又はエキソソームタンパク質の濃縮により）比較的迅速に濃縮することができるシグナルの増大が考慮されよう。
【００２６】
複数のオミクスデータに関しては、オミクスデータは全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及び／又はプロテオーム配列決定データであり、疾患関連タンパク質は好ましくはネオエピトープであるか、又は疾患関連タンパク質がシグナル伝達経路の一部である経路解析アルゴリズム（例えば、ＰＡＲＡＤＩＧＭ）を用いて特定することが一般に企図される。最も典型的には、複数のオミクスデータは、罹患組織（腫瘍生検）由来のオミクスデータ及び対応する正常組織（例えば、血液）由来のオミクスデータを含む。疾患は癌であることが一般に好ましいが、他の多くの疾患も企図されており、特に遺伝性の疾患も含まれることを理解すべきである。
【００２７】
例えば、患者からオミクス情報を入手して１種以上のネオエピトープを特定することに関しては、標準的な組織処理プロトコルと配列決定プロトコル後に１種以上の患者生検試料からオミクスデータを入手することが一般に企図される。本発明の主題に限定されるものではないが、データは患者対応の腫瘍データ（例えば、同じ患者の正常データに対する腫瘍データ）であること、及びデータフォーマットはＳＡＭ、ＢＡＭ、ＧＡＲ又はＶＣＦフォーマットであることが典型的には好ましい。しかし、他の参照データ（例えば、同じ患者の以前の正常データ又は同じ患者の以前の腫瘍データ、又はｈｏｍｏ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃｕｓ）に対する非対応又は対応データも本明細書での使用に適していると考えられる。従って、オミクスデータは、「新しい」オミクスデータであってもよく、以前の手順で入手した（又は異なる患者から入手した）オミクスデータであってもよい。例えば、こうして入手したオミクス情報の位置誘導型同期比較を用い、腫瘍生検（又はリンパ生検又は転移部位の生検）及び対応する正常組織（即ち、末梢血等の同じ患者由来の非罹患組織）の全ゲノム解析及び／又はエキソーム解析によって第１の段階で患者腫瘍からネオエピトープを特定することができる。
【００２８】
他の選択肢の中でも、ゲノム解析はあらゆる解析方法で実施可能であることが企図されるが、特に好ましい解析方法としては、次世代の配列決定（例えば、大規模並列配列決定法、イオントレント配列決定、パイロ配列決定等）を用いた腫瘍試料と対応する正常試料の両方のＷＧＳ（全ゲノム配列決定）及びエキソーム配列決定が挙げられる。同様に、配列データの計算解析を多くの方法で行うことができることを理解すべきである。しかし、最も好ましい方法では、ＢＡＭファイルとＢＡＭサーバを使用し、例えば、ＵＳ２０１２／００５９６７０Ａ１とＵＳ２０１２／００６６００１Ａ１に開示されているように、腫瘍試料と正常試料の位置誘導型同期アライメントによってコンピュータで解析を行う。当然のことながら、配列解析用の別のファイルフォーマット（例えば、ＳＡＭ、ＧＡＲ、ＦＡＳＴＡ等）も本明細書では明確に企図される。
【００２９】
コンピュータに関する言葉はいずれも、サーバ、インターフェース、システム、データベース、エージェント、ピア、エンジン、コントローラ、或いは他の個別に又は共同で作動する種類の計算装置を含む、計算装置の任意の適切な組合せを包含すると解されなければならないことに留意すべきである。計算装置は、有形の非一時的なコンピュータ可読記憶媒体（例えば、ハードドライブ、ソリッドステートドライブ、ＲＡＭ、フラッシュ、ＲＯＭ等）に格納されているソフトウェア命令を実行するよう設定されたプロセッサを含むことを理解すべきである。ソフトウェア命令は、後に本開示の装置に関して説明するように、計算装置が役割、責任、又は他の機能を提供するよう設定するのが好ましい。更に、開示された技術は、コンピュータベースのアルゴリズム、プロセス、方法又は他の命令の実行に関連した開示段階をプロセッサに実行させるソフトウェア命令を格納した非一時的なコンピュータ可読媒体を含むコンピュータプログラム製品として具体化することができる。特に好ましい実施形態では、様々なサーバ、システム、データベース又はインターフェースは、ＨＴＴＰ、ＨＴＴＰＳ、ＡＥＳ、公開−秘密キー交換、ウェブサービスＡＰＩ、既知の金融取引プロトコル、又は他の電子情報交換法に基づく可能性のある標準化プロトコル又はアルゴリズムを用いてデータを交換する。装置間でのデータ交換は、パケット交換網、インターネット、ＬＡＮ、ＷＡＮ、ＶＰＮ、又は他の種類のパケット交換網、回路交換網、セル交換網、又は他の種類のネットワークを通じて実施することができる。
【００３０】
当然のことながら、こうして特定された配列の相違に関して下流解析を行って、癌及び患者特異的突然変異に基づく新しいペプチド配列をもたらすものを特定することができることを理解すべきである。従って、ネオエピトープは、変異の種類（例えば、欠失、挿入、トランスバージョン、遷移、転位）と変異（例えば、ナンセンス、ミスセンス、フレームシフト等）の影響を考慮して特定することができ、よって、サイレント変異や他の無関係の（例えば、非発現の）変異を排除するコンテンツフィルターとして機能することができる。更に、適切なネオエピトープのためのフィルタリングは、閾値未満（典型的には対応する正常転写レベル及び／又は翻訳レベル未満）で転写及び／又は翻訳される遺伝子を排除するフィルタリング段階も含むことができる。
【００３１】
他の例では、（対応する正常遺伝子に比べて）突然変異、過剰発現又は過少発現しているために疾患に寄与又はその原因にもなっている遺伝子を特定する経路解析アルゴリズムを用いてオミクスデータを解析することもできる。様々な経路解析アルゴリズムが当技術分野では既知であり、本明細書での使用に適していると考えられるが、特に好ましい経路解析アルゴリズムは、ＷＯ２０１１１３９３４５、ＷＯ２０１３０６２５０５及びＷＯ／２０１４／０５９０３６に記載のＰＡＲＡＤＩＧＭ、及びＷＯ２０１７／０３３１５４に記載のシステムと方法である。
【００３２】
更に、経路解析と経路モデル変更をコンピュータで用いて薬物治療の選択肢を特定し、及び／又は、病態（特に腫瘍性疾患）の治療関連パラメータ（例えば、薬物耐性及び／又は特定の治療に対する感受性）の決定要因又はそれに関連する経路要素を標的とする薬物治療をシミュレートすることもできる。より具体的には、経路解析システム及び方法を用い、特定された経路要素をコンピュータで調節又は変更して所望の効果が達成され得るかどうか試験することができる。例えば、薬剤耐性についての経路モデルが病態の発症に重要である特定の要素の過剰発現（例えば、特定の薬剤に対する薬剤耐性）を特定する場合、その要素の発現レベルをコンピュータで低下させ、その要素のコンピュータでの低下が細胞を薬物感受性へ逆転させる可能性があるかどうか同じ経路解析システム及び方法で試験することができる。このようなアプローチは、可能性のある複数の腫瘍変異体を示す複数の細胞株が既に利用可能である場合には特に価値がある。このような場合、細胞株の各々について経路解析を実施して、細胞株特異的な経路モデルのコレクションを得ることができる。このようなコレクションは、患者試料のデータをコレクションと同じデータ空間内で解析することができるため、患者試料から入手したデータと比較するのに特に有用であり、これによって、最終的に患者の治療標的を特定することができる。従って、他の利点の中でも、企図されるシステムと方法によって、患者が実際に薬物治療を受ける前に、腫瘍試料由来の患者データを解析して多剤治療を特定することが可能になる。
【００３３】
従って、異なる観点から見ると、患者の罹患細胞及び／又は組織由来の様々なオミクスデータを計算アプローチで使用して細胞及び／又は組織の感受性プロファイルを確認することも企図されるが、このプロファイルは、種々の同様の罹患細胞（例えば、乳癌細胞）における経路及び／又は経路要素の先験的な特定に基づく。最も好ましくは、先験的に特定した経路及び／又は経路要素は、特定の薬剤介入及び／又は治療計画に対する耐性及び／又は感受性と関連している。一旦感受性プロファイルが確立されると、先験的に特定した経路及び／又は経路要素から治療を直接予測することができるか、或いは、特定した経路及び／又は経路要素を既知の経路モデリングシステムと方法を用いてコンピュータで調節して、薬剤介入及び／又は治療計画で起こり得る結果を予測するのに役立たせることができる。このようなアプローチに適したシステムと方法はＷＯ２０１４／１９３９８２に記載されている。
【００３４】
経路モデルは一組のオミクスデータから生成してもよく、以前の確認から得てもよいことを認識すべきである。従って、企図されるシステムと方法は、オミクス処理モジュールに結合された記憶モジュールを含むこともでき、この記憶モジュールは１種以上の以前に確認された経路モデルを保存する。保存された経路モデルが「正常」組織又は罹患組織に対応し得ることも認識すべきである。 経路モデルが罹患組織に由来する場合、罹患組織はサブトレイトによって特徴付けられる特定のサブタイプ（例えば、特定の薬物に対して治療抵抗性であるサブタイプ、転移組織由来のサブタイプ等）であり得ることも理解すべきである。オミクスデータはインターフェースを介して多くの方法で提供され得ることも企図される。例えば、データは単一のファイル又は別個のファイルのコレクションで提供することができ、データの提供は、以前に保存されたライブラリー又は配列決定装置や配列解析システムからサービスプロバイダーによって行うことができる。従って、学習エンジンはゲノムデータベース、ＢＡＭサーバ、又は配列決定装置を更に含んでいてもよく、それと結合されていてもよい。
【００３５】
特定の経路に応じて、経路要素の性質は大幅に変化し、それと共に調節パラメータの性質が変化することに留意すべきである。しかし、一般には、調節パラメータによって経路要素から下流要素への経路を通るシグナルの流れが決まることに留意すべきである。例えば、経路要素がＤＮＡ配列であるか又はＤＮＡ配列を含む場合、企図される調節パラメータはＤＮＡ配列の転写（又は他の役割）に影響を及ぼす細胞物質であろう。従って、ＤＮＡ配列に関して企図される調節パラメータとしては、１種以上の転写因子、転写活性化因子、ＲＮＡポリメラーゼサブユニット、シス調節要素、トランス調節要素、（脱）アセチル化ヒストン、（脱）メチル化ヒストン、及び／又はリプレッサーが挙げられる。同様に、経路要素がＲＮＡ配列であるか又はＲＮＡ配列を含む場合、適切な調節パラメータとしてはＲＮＡの翻訳（又は他の活性）に影響を及ぼす因子が挙げられることが企図される。従って、このような調節パラメータとしては、開始因子、翻訳因子、ＲＮＡ結合タンパク質、リボソームＲＮＡ及び／又はタンパク質、ｓｉＲＮＡ、及び／又はポリＡ結合タンパク質が挙げられる。同様に、経路要素がタンパク質であるか又はタンパク質を含む場合、このタンパク質の活性に影響を及ぼす全ての因子は適切な調節パラメータと見なされ、従って、この因子としては、他のタンパク質（例えば、このタンパク質と相互作用して活性複合体又は特異的活性を有する複合体を形成する）、化学的修飾（例えば、リン酸化、アシル化、タンパク質切断等）を挙げることができる。
【００３６】
従って、オミクス解析から得た結果を用いてネオエピトープ及び／又は他の疾患関連タンパク質（例えば、受容体、キナーゼ、ホスファターゼ、転写因子等）を特定し、本発明者はエキソソームマーカーを選択する方法も企図する。このような方法では、患者由来の複数のオミクスデータを用いて１種以上の疾患関連タンパク質を特定し、療法が化学療法の場合には、薬物を疾患関連タンパク質を標的とするものとして特定する（例えば、キナーゼ阻害剤、細胞シグナル伝達阻害剤等）。同様に、療法が免疫療法である場合、患者由来の複数のオミクスデータを用いて１種以上のネオエピトープ、癌関連抗原、及び／又は癌特異的抗原を特定する。更に他の段階では、疾患関連タンパク質がエキソソーム内又はエキソソーム上に存在する（例えば、特定量存在する）ことを確認する。最も典型的には、既に上述したように、エキソソームは治療の前に患者の生体液から入手する。容易に理解されるように、次に１種以上の疾患関連タンパク質の選択は、疾患関連タンパク質が実際に定量化に十分な量存在すると判断又は確認された際に行うことができる。
【００３７】
従って、異なる観点から見ると、生化学的解析及びオミクス解析の全ての方法が適切であり、適切な疾患関連タンパク質としては、１種以上の代謝産物、１種以上の膜脂質成分、膜関連タンパク質、膜貫通タンパク質、及び細胞内タンパク質が挙げられると共に、種々の核酸が挙げられることが企図される。従って、企図される特定方法は大きく異なり、腫瘍組織の生化学的解析（例えば、酵素活性を検出又は定量化するため）、全ゲノム及び／又はエキソーム配列決定（例えば、ネオエピトープ、遺伝子再構成等を検出するため）、トランスクリプトーム解析（例えば、過剰発現又は発現の欠如）、及びプロテオミクス解析（例えば、翻訳後修飾、発現タンパク質の量等を検出するため）が挙げられる。
【００３８】
例えば、疾患関連タンパク質に関して、タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質（例えば、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質）とすることができる。必要に応じて、企図される方法は、第１及び／又は第２のエキソソーム中に存在し得る核酸を解析する段階を含むこともできる。例えば、適切な核酸としては、更に後述するように二重微小染色体及びＲＮＡが挙げられる。
【００３９】
最も典型的には、オミクス（ゲノム、トランスクリプトーム、及び／又はプロテオミクス）解析は、疾患関連タンパク質（特にネオエピトープを含む）、新薬の開発につながるような経路変化（例えば、シグナル伝達の過活動、又は薬物に対する感受性の喪失）、ドライバー遺伝子／突然変異、及び転移に関連する遺伝子を容易に特定する組織及び対応する正常試料由来のＢＡＭＢＡＭ及び／又はＰＡＲＡＤＩＧＭを用いて行うことができる。そして、適切な薬物又は免疫学的計画による治療によってネオエピトープを発現する細胞が減少し、ひいてはネオエピトープを有するエキソソームが減少するであろう。同様に、薬物による治療によって癌細胞上の受容体の発現が低下し、ひいてはエキソソーム上に発現する受容体の量を減少させることができる。
【００４０】
より具体的には、他の適切な標的の中で、オミクス解析（あまり好ましくない態様では、遺伝子パネル又は他の遺伝子解析）を用いて、ドライバー変異が癌に存在するかどうか、及び／又は転移に関連する遺伝子が癌において活性化又は抑制されているかどうか特定することができる。例えば、企図されるドライバー遺伝子変異とドライバー変異としては、ＴＰ５３、ＰＩＫ３ＣＡ、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＰＴＥＮ、ＭＬＬ３、ＡＰＣ、ＭＬＬ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＮＦ１、ＦＡＴ１、ＡＮＫ３、ＭＡＣＦ１、ＡＨＮＡＫ、ＬＡＭＡ２、ＣＤＫＮ２Ａ、ＥＧＦＲ、ＶＨＬ、ＰＢＲＭ１、ＦＡＴ２ＩＤＨ１、ＮＲＡＳ、ＡＴＲＸ、ＡＴＭ、ＲＢ１、ＮＯＴＣＨ１、ＡＲＩＤ２等が挙げられる。適切な癌ドライバーを特定するための更なる方法とシステムは、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０１３，Ｖｏｌ．１０  Ｎｏ．１１，１０８１−４に見出すことができ、企図されるドライバー遺伝子とドライバー変異の更なる例は、Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（Ｉｎｔｏｇｅｎ．ｏｒｇ）によって公表されている。
【００４１】
同様に、転移に関連する多数の既知の遺伝子が存在し、そのような遺伝子は全て本明細書での使用に適していると見なすことが企図される。例えば、企図される遺伝子としては、ＡＫＡＰ１２（ＰＫＡ調節）、ＢＲＭＳ１（転写調節）、カスパーゼ８（アポトーシス）、ＣＤＨ１（細胞接着）、ＣＤＨ１１（細胞接着）、ＣＤ４４（ヒアルロン酸受容体）、ＣＲＳＰ３（転写調節）、ＤＣＣ（細胞接着）、ＤＬＣ１（Ｒｈｏ−ＧＴＰａｓｅ活性化）、ＤＲＧ１（血管新生）、ＧＡＳ１（アポトーシス）、ゲルゾリン（アクチン脱重合）、ＫＡＩ１（アポトーシス）、ＫＩＳＳ１／ＫＩＳＳ１Ｒ（腫瘍休眠維持）、ＫＬＦ１７（転写調節）、ＬＳＤ１（クロマチンリモデリング）、ＭＡＰ２Ｋ４（ＭＡＰＫＫシグナル伝達）、ＭＫＫ４（ＭＡＰＫシグナル伝達）、ＭＡＫ７（ＭＡＰＫシグナル伝達）、マイクロＲＮＡ−３３５、１２６（ＳＯＸ４、ＭＥＲＴＫ、ＰＴＰＲＮ２、ＴＮＣの抑制）、Ｎｍ２３（ＭＡＰＫシグナル伝達）、ＰＥＢＰ１（Ｒａｆキナーゼ阻害）、ＲｈｏＧＤＩ２（Ｒｈｏシグナル伝達）、ＲＲＭ１（ＰＴＥＮ上方制御）、ＴＸＮＩＰ（酸化還元調節）が挙げられる。
【００４２】
更に、オミクス解析によって、増幅される遺伝子又は配列を特定することもできる。例えば、肝臓転移を有する結腸直腸癌患者の原発腫瘍試料は、染色体７ｐ、８ｑ、１３ｑ及び２０ｑの獲得と染色体１ｐ、８ｐ、９ｐ、１４ｑ、１７ｐ及び２２ｑの消失を示した。染色体消失領域に位置する遺伝子としては、ＭＡＰ２Ｋ４、ＬＬＧＬ１、ＦＢＬＮ１、ＥＬＡＣ２、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＤＨ３Ａ１、ＳＨＭＴ１、ＡＲＳＡ、ＷＮＴ７Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ、ＵＰＫ３Ａ、ＴＹＭＰ、ＲＡＳＤ１、ＰＥＭＴ及びＴＯＰ３Ａが挙げられ、これらは全て転移サプレッサーとして機能する可能性がある。
【００４３】
一旦疾患関連タンパク質と治療が確立されれば、治療前に患者の生体液（例えば、血漿、血清、又は尿）を入手し、次に当技術分野で周知の方法を用いて（例えば、非特異的捕捉とそれに続く親和性精製によって）エキソソームを生体液から単離又は濃縮する。例えば、典型的にはエキソソームを患者の体液から単離する。本明細書で使用される「体液」という用語は、対象の身体の至る所（好ましくは、末梢部位）から単離された流体試料を意味し、その例としては、血液、血漿、血清、尿、痰、髄液、胸水、リンパ液、呼吸器液、腸管、涙液、唾液、母乳、腹水、及び腫瘍嚢胞液が挙げられる。
【００４４】
既に上述したように、エキソソームの単離は多くの方法で行うことができ、例えば、超遠心分離及びポリマーネットワークへの捕捉（例えば、Ｓｙｓｔｅｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（２４３８  Ｅｍｂａｒｃａｄｅｒｏ  Ｗａｙ、カリフォルニア州パロ・アルト、９４３０３）から市販されているＥｘｏＱｕｉｃｋ（商標）を用いる）、エキソソームアネキシンＡ５を用いたＧｌｃＮＡｃ多糖との共沈殿、及びエキソソーム特異的表面マーカー（例えば、ＣＤ９、ＣＤ６３、ＣＤ８１）を用いた免疫沈降又は磁気分離等の非特異的方法で行うことができる。当然のことながら、全ての単離方法を組み合わせてエキソソームの純度を更に高めることができる（例えば、その後にタンパク質解析を用いる場合）ことを理解すべきである。しかし、特に解析が核酸解析に基づく場合には、捕捉によるエキソソーム濃縮のみが適切となり得る。一旦濃縮又は単離すれば、次にエキソソームに様々な解析プロセスを施して疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を確認することができる。
【００４５】
生体液からエキソソームを単離する他の方法としては、分画遠心分離、超遠心分離、陰イオン交換及び／又はゲル浸透クロマトグラフィー、ナノ膜限外濾過、マイクロフルイディクス等を用いる方法が挙げられる（例えば、米国特許第６８９９８６３号、米国特許第６８１２０２３号、米国特許第７１９８９２３号参照）。特に好ましい方法では、エキソソームは、ポリマー組成物（例えば、ＥｘｏＱｕｉｃｋ（登録商標）、Ｓｙｓｔｅｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（２４３８  Ｅｍｂａｒｃａｄｅｒｏ  Ｗａｙ、カリフォルニア州パロ・アルト、９４３０３）から市販されている独自のポリマー）、沈殿溶液（例えば、Ｅｘｏｓｏｍｅ  Ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（商標）、Ｍａｃｈｅｒｅｙ−Ｎａｇｅｌ社（２８５０  Ｅｍｒｉｃｋ  Ｂｌｖｄ．、ペンシルバニア州ベツレヘム、１８０２０）から市販されている独自の溶液）を用いて非特異的に単離することができる。同様に、適切な遠心分離プロトコルは周知である（例えば、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．２０１５；１２９５：１７９−２０９；Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒｅｐｏｒｔｓ  ５、論文番号：１７３１９（２０１５）を参照）。
【００４６】
更に、エキソソームは、特定の細胞型、例えば、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、精巣、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤等に由来するものについて更に濃縮することもできる。エキソソームはそのドナー細胞由来の表面分子／抗原を保有することが多いため、表面分子／抗原を使用して特定のドナー細胞型からエキソソームを特定、単離及び／又は濃縮することができる。こうして、異なる細胞集団に由来するエキソソームについて、そのタンパク質及び／又は核酸含有量を分析することができる。例えば、腫瘍（悪性及び非悪性）のエキソソームは腫瘍関連又は腫瘍特異的表面抗原を保有し、このような抗原によってエキソソームを検出、単離及び／又は濃縮することができる。例えば、適切な抗原としては上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）が挙げられ、これは、肺、結腸直腸、乳房、前立腺、頭頸部、及び肝臓起源の細胞腫由来のエキソソームには特異的であるが、血液細胞起源の細胞腫由来のエキソソームには特異的でない。他の例では、表面抗原はＣＤ２４であり、これは尿中エキソソームに特異的な糖タンパク質である。更に他の例では、表面抗原はＣＤ７０、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、Ｆａｓリガンド、ＴＲＡＩＬ、トランスフェリン受容体、ＨＳＰ７２等とすることができる。
【００４７】
更に、特定の腫瘍と患者に特異的であるネオエピトープに基づいて腫瘍特異的エキソソームを単離することもでき、この場合、ネオエピトープの特定は上述のようなオミクス解析によって行う。このようなエキソソームの単離は、抗体（最も典型的には合成抗体）及び他の高親和性結合剤（例えば、ファージディスプレイ、ｍＲＮＡディスプレイ等によって特定されたもの）を使用して行うことができる。ネオエピトープに対する高親和性結合剤を生成する方法の一例はＷＯ２０１６／１７２７２２に開示されている。
【００４８】
更に、特定の細胞型からのエキソソームの単離は、抗体、アプタマー、アプタマー類似体、又は所望の表面抗原に特異的な分子インプリントポリマーを使用して行うこともできる。一実施形態では、表面抗原は癌の種類に特異的である。他の実施形態では、表面抗原は必ずしも癌性ではない細胞型に特異的である。細胞表面抗原に基づくエキソソーム分離方法の一例は米国特許第７１９８９２３号に記載されている。例えば、米国特許第５８４０８６７号、米国特許第５５８２９８１号及びＷＯ／２００３／０５０２９０に記載のように、アプタマーとその類似体は表面分子に特異的に結合し、細胞型特異的エキソソームを回収するための分離ツールとして使用することができる。分子インプリントポリマーも、例えば、米国特許第６５２５１５４号、米国特許第７３３２５５３号及び米国特許第７３８４５８９号に記載のように表面分子を特異的に認識し、細胞型特異的エキソソームを単離するのに適している。
【００４９】
一旦エキソソームを患者の生体液から単離すれば、タンパク質及び／又は核酸解析を行うことができる。これに関連して、タンパク質はエキソソームの内腔内に位置するか、膜に結合しているか、又はエキソソームの表面上に位置することがある（例えば、膜貫通タンパク質の外部ドメインとして、又は膜関連タンパク質として）ことを理解すべきである。従って、様々な化学薬品を用いてエキソソームを溶解又は処理することができ、特に企図される薬剤としては１種以上の界面活性剤、カオトロピック剤が挙げられることに留意すべきである。同様に、エキソソームをプロテアーゼで処理して膜結合タンパク質を放出させることもできる。或いは、又は更には、エキソソームに物理的プロセス（例えば、超音波処理、電気穿孔等）を施して疾患関連タンパク質を放出するか、又はそれを利用しやすくすることもできる。一方、エキソソームを更なる処理を行わずにタンパク質解析に使用することもできる（例えば、疾患関連タンパク質がエキソソームの表面に存在し、検出可能な標識を用いて疾患関連タンパク質を検出又は定量化する場合）。
【００５０】
最も典型的には、疾患関連タンパク質の存在及び量の確認は、質量分光反応モニタリング、特に選択反応モニタリング（ＳＲＭ）、連続反応モニタリング（ＣＲＭ）、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）、又は並行反応モニタリング（ＰＲＭ）を用いて行う。或いは、エキソソーム上のタンパク質解析は他の様々な方法、例えば、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ試験、ＦＡＣＳや他の光学解析のための磁気ビーズへの結合、及び様々な質量分光技法によって行うことができ、利用可能なエキソソームと特定の疾患関連タンパク質の量によって、使用する解析の種類が少なくともある程度決まる。
【００５１】
上述のように、疾患関連タンパク質を治療（例えば、化学療法及び／又は免疫療法）の前に確認し、定量化することが一般に好ましい。一旦治療を開始した後の疾患関連タンパク質の確認に関して、そのような確認は疾患関連タンパク質を追跡するのに適した任意のスケジュールの下で実施可能であることが企図される。例えば、確認は定期的に（例えば、毎週又は毎月１回又は２回）行うこともでき、或いは、他のパラメータの後（例えば、疾患関連タンパク質を標的とする薬物の投与から１２時間又は２４時間後、及び／又は超音波、放射線、又は他の断層撮影手段の後の相補的な検査として）行うこともできる。同様に、疾患関連タンパク質を治療期間に亘って固定する必要はないが、観察された治療効果、生検結果、その後のオミクス解析等に応じて変えることができる。
【００５２】
更に企図される態様では、エキソソームから核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ等）を抽出することが有益であるか又は望ましいものとなり得る。核酸分子は幾つもの処置によってエキソソームから単離することができるが、このような処置は全て当技術分野では周知であり、特定の単離処置は特定の生体試料及び核酸の種類に依存し得る。例えば、核酸がＲＮＡである場合、ＲＮＡを相補的ＤＮＡに逆転写した後に更なる増幅を行うことができる。このような逆転写は単独で又は増幅段階と組み合わせて行うことができる。逆転写と増幅段階を組み合わせた方法の一例は逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）であり、これは米国特許第５６３９６０６号に記載のように更に改変して定量的にすることができる。他の例としては、特に核酸配列が既知であるか又は疑わしい場合、オリゴヌクレオチドを捕獲するハイブリダイゼーション（ノーザン／サザンブロット）が挙げられる。更に、エキソソーム中の核酸の分析は定量的又は定性的となり得る。定量分析の場合、エキソソーム内の対象となる特定の核酸の相対的又は絶対的な量（発現レベル）を当技術分野で既知の方法で測定することができる。定性分析の場合、エキソソーム内の対象となる特定の核酸の種は、野生型であろうと変異体であろうと、当技術分野で既知の方法で特定することもできる。
【００５３】
また、体液について次の循環核酸、即ち、循環遊離ＲＮＡ（ｃｆＲＮＡ）、循環腫瘍ＲＮＡ（ｃｔＲＮＡ）、循環遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、及び循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）の内の１種以上を解析することもできることが企図される。このような解析によって、エキソソームタンパク質解析に更なる情報が有益にもたらされ、また、この解析は同じ生体液で行うことができる。
【００５４】
例えば、ｃｔＲＮＡは、エキソソームタンパク質解析と共に治療の診断及びモニタリング用の高感度で選択的且つ定量的なマーカーとして使用することができ、好都合なことには、同じ生体液由来の患者の非侵襲的サンプリングを繰り返すことができる。最も典型的な態様では、細胞の完全性を維持して（溶解又は損傷細胞由来のＲＮＡによる汚染を回避し）、ｃｔＲＮＡ及び／又はｃｔＤＮＡを安定化させる条件下で処理される全血からｃｔＲＮＡを単離する。一旦非核酸成分から分離すれば、循環核酸を好ましくはリアルタイム定量的ＰＣＲを用いて定量化する（当然のことながら、上述の他の循環核酸も本明細書での使用に適していると考えられる）。
【００５５】
最も典型的には、生体液はエキソソームを単離する生体液と同じである。しかし、独立したサンプリングも本明細書で企図される。従って、適切な生体液としては、唾液、腹水、髄液、尿等が挙げられ、これらは新しいものでも保存／凍結されたものでもよい。例えば、適切な解析の場合、ＲＮＡ安定剤又はＤＮＡ安定剤をそれぞれ含む無細胞ＲＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）チューブ又は無細胞ＤＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）チューブに取り込まれた１０ｍｌの全血として検体を受け入れることができる。好都合なことには、ｃｔＲＮＡは無細胞ＲＮＡ  ＢＣＴチューブ内の全血中で７日間安定であり、ｃｔＤＮＡは無細胞ＤＮＡ  ＢＣＴチューブ内の全血中で１４日間安定であるため、ｃｔＲＮＡ又はｃｔＤＮＡを分解させることなく世界中の場所から患者サンプルを輸送する時間を得られる。更に、血液細胞を全く溶解しないか実質的に溶解しない（例えば、１％以下、又は０．１％以下、又は０．０１％以下、又は０．００１％以下）ＲＮＡ安定化剤を使用してｃｔＲＮＡを単離することが一般に好ましい。異なる観点から見ると、ＲＮＡ安定化試薬を血液と混合した後、この試薬によって血清又は血漿中のＲＮＡ量が実質的に増加することはない（例えば、全ＲＮＡの増加は１０％以下、又は５％以下、又は２％以下、又は１％以下である）。当然のことながら、他の多くの採取方法も適切であると見なされること、また、ｃｔＲＮＡ及び／又はｃｔＤＮＡを少なくとも一部精製又は固相に吸着させて安定性を高めた後に更なる処理が可能であることを認識すべきである。
【００５６】
容易に理解されるように、血漿の分画とｃｔＤＮＡ及びｃｔＲＮＡの抽出は多くの方法で行うことができる。好ましい態様の一例では、１０ｍＬチューブ中の全血を１６００ｒｃｆで２０分間遠心分離して血漿を分画する。次に、こうして得た血漿を分離し、１６，０００ｒｃｆで１０分間遠心分離して細胞片を除去する。当然のことながら、遠心分離によって実質的な細胞溶解（例えば、全細胞の１％以下、又は０．１％以下、又は０．０１％以下、又は０．００１％以下の溶解）がもたらされない限り、様々な別の遠心分離プロトコルも適切であると考えられる。Ｑｉａｇｅｎ試薬を用いてｃｔＤＮＡとｃｔＲＮＡを２ｍＬの血漿から抽出する。汚染の可能性がある血液細胞や他の不純物を除去し、抽出中に核酸の安定性を維持するように抽出プロトコルを設計することが好ましい。全ての核酸をバーコードマトリックス保存チューブに入れ、ＤＮＡを−４℃で保存し、ＲＮＡを−８０℃で保存するか又はｃＤＮＡに逆転写した後に−４℃で保存する。注目すべきことに、こうして単離したｃｔＲＮＡを凍結した後に更なる処理を行うことができる。
【００５７】
単離したｃｔＲＮＡの定量化は多くの方法で行うことができるが、分析物の発現の測定は、各遺伝子に特異的なプライマーを用いたｃｔ−ｃＤＮＡの定量的リアルタイムＰＣＲによって行うことが好ましい。例えば、２μＬのｃＤＮＡ、プライマー及びプローブを含む１０μＬの反応混合物中でアッセイを用いて増幅を行うことができる。ｃｔ−ｃＤＮＡの入力レベルの内部標準としてβ−アクチンを使用することができる。各分析物の濃度が既知の試料の標準曲線を各ＰＣＲプレートと各遺伝子の陽性及び陰性対照に含めることができる。各分析物の定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）増幅に由来するＣｔ値から各患者の血液サンプルのβ−アクチンのＣｔ値を差し引いてΔＣｔ（ｄＣＴ）を算出した。患者検体の相対的発現の計算は、遺伝子発現値１０に設定したＵｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ＲＮＡの段階希釈のΔＣｔの標準曲線を使用して行う（ΔＣＴが各分析物の対数濃度に対してプロットされた場合）。
【００５８】
適切な標的核酸に関して、適切な標的としては疾患及び／又は疾患の治療に関連する全ての遺伝子が挙げられることを理解すべきである。例えば、疾患標的としては、１種以上の癌関連遺伝子、癌特異的遺伝子、患者及び腫瘍特異的突然変異を有する遺伝子（ネオエピトープ）、癌ドライバー遺伝子、及び癌で過剰発現することが知られている遺伝子が挙げられる。更に企図される標的核酸としては、疾患関連タンパク質をコードするものが挙げられる。従って、適切な標的としては、「機能性」タンパク質（例えば、酵素、受容体、転写因子等）をコードするもの、及び「非機能性」タンパク質（例えば、構造タンパク質、チューブリン等）をコードするもの、更にはネオエピトープをコードするものが挙げられる。異なる観点から見ると、適切な標的としては、罹患細胞又は器官に特異的な標的（例えば、ＰＣＡ３、ＰＳＡ等）、又は癌患者に通常見られる標的、例えば、ＫＲＡＳ（例えば、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｃ等）やＢＲＡＦ（例えば、Ｖ６００Ｅ）、ネオエピトープ、チェックポイント阻害剤リガンド（例えば、ＰＤ−Ｌ１）等における様々な突然変異も挙げられる。
【００５９】
エキソソーム由来の疾患関連タンパク質の検出及び／又は定量化と共にｃｔＲＮＡの検出及び定量化に更に適した標的としては、ＡＢＬ１、ＡＢＬ２、ＡＣＴＢ、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＭＥＲ１１、ＡＰＣ、ＡＲ、ＡＲＡＦ、ＡＲＦＲＰ１、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ１Ｂ、ＡＳＸＬ１、ＡＴＦ１、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＡＵＲＫＡ、ＡＵＲＫＢ、ＡＸＩＮ１、ＡＸＬ、ＢＡＰ１、ＢＡＲＤ１、ＢＣＬ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ２、ＢＣＬ６、ＢＣＯＲ、ＢＣＯＲＬ１、ＢＬＭ、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＤ４、ＢＲＩＰ１、ＢＴＧ１、ＢＴＫ、ＥＭＳＹ、ＣＡＲＤ１１、ＣＢＦＢ、ＣＢＬ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＣＮＥ１、ＣＤ２７４、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤＣ７３、ＣＤＨ１、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫ６、ＣＤＫ８、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＣＥＡ、ＣＥＢＰＡ、ＣＨＤ２、ＣＨＤ４、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＣＩＣ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＲＫＬ、ＣＲＬＦ２、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＣＦ、ＣＴＬＡ４、ＣＴＮＮＡ１、ＣＴＮＮＢ１、ＣＵＬ３、ＣＹＬＤ、ＤＡＸＸ、ＤＤＲ２、ＤＥＰＴＯＲ、ＤＩＣＥＲ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＯＴ１Ｌ、ＥＧＦＲ、ＥＰ３００、ＥＰＣＡＭ、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ７、ＥＰＨＢ１、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、ＥＲＢＢ４、ＥＲＥＧ、ＥＲＧ、ＥＲＲＦＩ１、ＥＳＲ１、ＥＷＳＲ１、ＥＺＨ２、ＦＡＭ４６Ｃ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＳ、ＦＡＴ１、ＦＢＸＷ７、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ２３、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ６、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＨ、ＦＬＣＮ、ＦＬＩ１、ＦＬＴ１、ＦＬＴ３、ＦＬＴ４、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＬ２、ＦＯＸＰ１、ＦＲＳ２、ＦＵＢＰ１、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＴＡ１、ＧＡＴＡ２、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ４、ＧＡＴＡ６、ＧＩＤ４、ＧＬＩ１、ＧＮＡ１１、ＧＮＡ１３、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＧＰＲ１２４、ＧＲＩＮ２Ａ、ＧＲＭ３、ＧＳＫ３Ｂ、Ｈ３Ｆ３Ａ、ＨＡＶＣＲ２、ＨＧＦ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＲＡＳ、ＨＳＤ３Ｂ１、ＨＳＰ９０ＡＡ１、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＩＤＯ、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＧＦ２、ＩＫＢＫＥ、ＩＫＺＦ１、ＩＬ７Ｒ、ＩＮＨＢＡ、ＩＮＰＰ４Ｂ、ＩＲＦ２、ＩＲＦ４、ＩＲＳ２、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＪＵＮ、ＭＹＳＴ３、ＫＤＭ５Ａ、ＫＤＭ５Ｃ、ＫＤＭ６Ａ、ＫＤＲ、ＫＥＡＰ、ＫＥＬ、ＫＩＴ、ＫＬＨＬ６、ＫＬＫ３、ＭＬＬ、ＭＬＬ２、ＭＬＬ３、ＫＲＡＳ、ＬＡＧ３、ＬＭＯ１、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＹＮ、ＬＺＴＲ１、ＭＡＧＩ２、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＡＰ２Ｋ２、ＭＡＰ２Ｋ４、ＭＡＰ３Ｋ１、ＭＣＬ１、ＭＤＭ２、ＭＤＭ４、ＭＥＤ１２、ＭＥＦ２Ｂ、ＭＥＮ１、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＬＨ１、ＭＰＬ、ＭＲＥ１１Ａ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＭＴＯＲ、ＭＵＣ１、ＭＵＴＹＨ、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ、ＭＹＣＮ、ＭＹＤ８８、ＭＹＨ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＦＫＢ１Ａ、ＮＫＸ２−１、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＭ１、ＮＲＡＳ、ＮＳＤ１、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＮＵＰ９３、ＰＡＫ３、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＫ２、ＰＡＸ３、ＰＡＸ、ＰＢＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＣＤ１、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＤＫ１、ＰＧＲ、ＰＩＫ３Ｃ２Ｂ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３ＣＧ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＩＫ３Ｒ２、ＰＬＣＧ２、ＰＭＳ２、ＰＯＬＤ１、ＰＯＬＥ、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＲＥＸ２、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＣ１、ＰＲＫＤＣ、ＰＲＳＳ８、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＮ１１、ＱＫ１、ＲＡＣ１、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１、ＲＡＦ１、ＲＡＮＢＰ１、ＲＡＲＡ、ＲＢ１、ＲＢＭ１０、ＲＥＴ、ＲＩＣＴＯＲ、ＲＩＴ１、ＲＮＦ４３、ＲＯＳ１、ＲＰＴＯＲ、ＲＵＮＸ１、ＲＵＮＸ１Ｔ１、ＳＤＨＡ、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＣ、ＳＤＨＤ、ＳＥＴＤ２、ＳＦ３Ｂ１、ＳＬＩＴ２、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ３、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＯ、ＳＮＣＡＩＰ、ＳＯＣＳ１、ＳＯＸ１０、ＳＯＸ２、ＳＯＸ９、ＳＰＥＮ、ＳＰＯＰ、ＳＰＴＡ１、ＳＲＣ、ＳＴＡＧ２、ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ４、ＳＴＫ１１、ＳＵＦＵ、ＳＹＫ、Ｔ（ＢＲＡＣＨＹＵＲＹ）、ＴＡＦ１、ＴＢＸ３、ＴＥＲＣ、ＴＥＲＴ、ＴＥＴ２、ＴＧＦＲＢ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＯＰ１、ＴＯＰ２Ａ、ＴＰ５３、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＲ、Ｕ２ＡＦ１、ＶＥＧＦＡ、ＶＨＬ、ＷＩＳＰ３、ＷＴ１、ＸＰＯ１、ＺＢＴＢ２、ＺＮＦ２１７、ＺＮＦ７０３、ＣＤ２６、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ４４、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ１３、ＣＤ１５、ＣＤ２９、ＣＤ１５１、ＣＤ１３８、ＣＤ１６６、ＣＤ１３３、ＣＤ４５、ＣＤ９０、ＣＤ２４、ＣＤ４４、ＣＤ３８、ＣＤ４７、ＣＤ９６、ＣＤ  ４５、ＣＤ９０、ＡＢＣＢ５、ＡＢＣＧ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＰＨＡ−ＦＥＴＯＰＲＯＴＥＩＮ、ＤＬＬ１、ＤＬＬ３、ＤＬＬ４、ＥＮＤＯＧＬＩＮ、ＧＪＡ１、ＯＶＡＳＴＡＣＩＮ、ＡＭＡＣＲ、ＮＥＳＴＩＮ、ＳＴＲＯ−１、ＭＩＣＬ、ＡＬＤＨ、ＢＭＩ−１、ＧＬＩ−２、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸ３ＣＬ１、ＣＸＣＲ４、ＰＯＮ１、ＴＲＯＰ１、ＬＧＲ５、ＭＳＩ−１、Ｃ−ＭＡＦ、ＴＮＦＲＳＦ７、ＴＮＦＲＳＦ１６、ＳＯＸ２、ＰＯＤＯＰＬＡＮＩＮ、Ｌ１ＣＡＭ、ＨＩＦ−２  ＡＬＰＨＡ、ＴＦＲＣ、ＥＲＣＣ１、ＴＵＢＢ３、ＴＯＰ１、ＴＯＰ２Ａ、ＴＯＰ２Ｂ、ＥＮＯＸ２、ＴＹＭＰ、ＴＹＭＳ、ＦＯＬＲ１、ＧＰＮＭＢ、ＰＡＰＰＡ、ＧＡＲＴ、ＥＢＮＡ１、ＥＢＮＡ２、ＬＭＰ１、ＢＡＧＥ、ＢＡＧＥ２、ＢＣＭＡ、Ｃ１０ＯＲＦ５４、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２５、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ２７６、ＣＣＬ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ��６、ＣＸＣＬ１７、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＣＴＡＧ２、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ４、ＣＴＡＧ５、ＣＴＡＧ６、ＣＴＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＧＡＧＥ１、ＧＡＧＥ２Ａ、ＧＡＧＥ２Ｂ、ＧＡＧＥ２Ｃ、ＧＡＧＥ２Ｄ、ＧＡＧＥ２Ｅ、ＧＡＧＥ４、ＧＡＧＥ１０、ＧＡＧＥ１２Ｄ、ＧＡＧＥ１２Ｆ、ＧＡＧＥ１２Ｊ、ＧＡＧＥ１３、ＨＨＬＡ２、ＩＣＯＳＬＧ、ＬＡＧ１、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＡＧＥＡ１２、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ２、ＭＡＧＥＡ３、ＭＡＧＥＡ４、ＭＡＧＥＡ４、ＭＡＧＥＡ５、ＭＡＧＥＡ６、ＭＡＧＥＡ７、ＭＡＧＥＡ８、ＭＡＧＥＡ９、ＭＡＧＥＢ１、ＭＡＧＥＢ２、ＭＡＧＥＢ３、ＭＡＧＥＢ４、ＭＡＧＥＢ６、ＭＡＧＥＢ１０、ＭＡＧＥＢ１６、ＭＡＧＥＢ１８、ＭＡＧＥＣ１、ＭＡＧＥＣ２、ＭＡＧＥＣ３、ＭＡＧＥＤ１、ＭＡＧＥＤ２、ＭＡＧＥＤ４、ＭＡＧＥＤ４Ｂ、ＭＡＧＥＥ１、ＭＡＧＥＥ２、ＭＡＧＥＦ１、ＭＡＧＥＨ１、ＭＡＧＥＬ２、ＮＣＲ３ＬＧ１、ＳＬＡＭＦ７、ＳＰＡＧ１、ＳＰＡＧ４、ＳＰＡＧ５、ＳＰＡＧ６、ＳＰＡＧ７、ＳＰＡＧ８、ＳＰＡＧ９、ＳＰＡＧ１１Ａ、ＳＰＡＧ１１Ｂ、ＳＰＡＧ１６、ＳＰＡＧ１７、ＶＴＣＮ１、ＸＡＧＥ１Ｄ、ＸＡＧＥ２、ＸＡＧＥ３、ＸＡＧＥ５、ＸＣＬ１、ＸＣＬ２及びＸＣＲ１の１種以上をコードするＲＮＡが挙げられる。当然のことながら、上述の遺伝子は野生型又は突然変異型（例えば、ミスセンス又はナンセンス突然変異、挿入、欠失、融合、及び／又は転座）とすることができ、そのようなＲＮＡから発現されるタンパク質中でこれらの遺伝子の全てがネオエピトープの形成を引き起こしても引き起こさなくてもよいことを理解すべきである。このように特定されたｃｔＲＮＡも上述の遺伝子産物を標的とする薬物による治療の選択の根拠となり得る。更に、疾患関連タンパク質の定量的又は定性的分析をｃｔＲＮＡの定量的又は定性的分析と組み合わせることによって、利用可能な治療に対する洞察がもたらされるだけでなく、同一又は相補的観点から疾患状態及び／又は治療効果をモニタリングすることもできる。例えば、生体液（例えば、血液）由来のオミクス解析の場合、続いてエキソソームタンパク質解析を行うことが可能な新薬の開発につながる標的を特定することができるが、同じ生体液から、例えば、ＰＤ−Ｌ１のｃｔＲＮＡの検出を介して免疫状態の情報を得ることができるか、又は他の腫瘍特異的マーカーに関する情報を得ることもできる。
【００６０】
エキソソームから得られる疾患関連タンパク質を使用することによって様々な利点が実現されることを理解すべきである。特に、疾患関連タンパク質が突然変異タンパク質ではなく、及び／又は非罹患細胞中に存在する場合、そのようなタンパク質は、癌細胞が健常な細胞よりも有意に大量のエキソソームを産生／循環中に放出するので依然として定量化することができる。更に、本明細書に記載のエキソソームの使用によって、治療効果をリアルタイム（即ち、採血又は生体液単離後数時間又は数日以内）で検出することができ、更なる腫瘍生検を得る必要がない。また、腫瘍細胞又は他の罹患細胞の細胞内タンパク質を（エキソソームによる代用によって）検出及び定量化することができ、腫瘍生検を必要としない。このことが特に有益となるのは、疾患関連タンパク質が通常は目に見えないか入手できない残存腫瘍細胞及び／又は循環腫瘍細胞から検出される場合である。
【００６１】
特に疾患関連タンパク質がネオエピトープである場合、検出／定量化されたネオエピトープは免疫療法の効果と直接相関することに留意すべきである。更に、エキソソーム疾患関連タンパク質を使用して、クローン集団、耐性、及び／又はチェックポイント阻害に対する感受性を確認することもできる。更に注目すべき利点では、エキソソーム疾患関連タンパク質は腫瘍の増殖がなくてもモニタリングすることができる。従って、エキソソーム疾患関連タンパク質は、腫瘍が治療抵抗性であり、及び／又は他の変化を受けている場合に特に適切である。
【００６２】
従って、本発明者が、本発明の主題の一態様では、癌と診断された患者の進行中の治療をモニタリングする方法を企図することを理解すべきであり、この方法では、複数のオミクスデータを使用して先ず１種以上の疾患関連タンパク質を特定する。次に、疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を患者の生体液から得た第１のエキソソーム中で確認した後、疾患関連タンパク質を標的とする治療（例えば、キナーゼ、受容体又は受容体リガンドを標的とする化学療法、或いは腫瘍関連抗原、腫瘍特異的抗原又はネオエピトープを標的とする免疫療法等）を行う。その後、治療中又は治療後に患者の生体液から得た第２のエキソソーム中で疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を確認する。次に、第２のエキソソーム中の疾患関連タンパク質の存在及び／又は量の確認に基づいて患者記録を更新する（例えば、治療の変更に向けた提案を含むように更新する）。
【００６３】
従って、異なる観点から見ると、本発明者はエキソソームマーカーを選択する方法も企図する。特に好ましい選択方法は、複数のオミクスデータを使用して１種以上の疾患関連タンパク質を特定し、疾患関連タンパク質を標的とする薬物（他の治療）を特定する段階を含む。更に他の段階では、疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を次にエキソソーム（このエキソソームは治療前に患者の生体液から入手する）中で確認し、疾患関連タンパク質が定量化に十分な量存在すること（例えば、質量分析法を用いる場合にはアトモルの疾患関連タンパク質）を確認したら疾患関連タンパク質を選択する。
【００６４】
従って、同様に、本発明者は患者の治療をモニタリングする方法も企図する。このような方法は、１種以上の疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を患者の生体液から得た第１のエキソソーム中で確認した後、疾患関連タンパク質を標的とする治療（例えば、キナーゼ、受容体又は受容体リガンドを標的とする化学療法、或いは腫瘍関連抗原、腫瘍特異的抗原又はネオエピトープを標的とする免疫療法等）を行う段階と、治療中又は治療後に患者の生体液から得た第２のエキソソーム中で疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を確認する他の段階を含むことが好ましい。最も典型的には、質量分光反応モニタリングを用いて確認段階を行う。
【００６５】
従って、上述に鑑みて、治療前確認においてエキソソーム内又はエキソソーム上で疾患関連タンパク質の存在及び／又は量を確認して患者の治療をモニタリングすることができ、エキソソームは典型的には患者の生体液から入手し、治療は疾患関連タンパク質を標的とすることを理解すべきである。治療中又は治療後に（患者の生体液から再度単離されている）エキソソーム内又はエキソソーム上で疾患関連タンパク質の存在及び／又は量をもう一度確認する。最も好ましくは、疾患関連タンパク質の確認は質量分光反応モニタリング、特に選択反応モニタリング（ＳＲＭ）を用いて行う。
【００６６】
本明細書に記載の全ての方法は、本明細書で特に明記しない限り、又は文脈によって明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で行うことができる。本明細書中の特定の実施形態に関して使用される全ての例又は例示的な言語（例えば、「等」）の使用は、単に本発明の理解をより容易にすることを意図しており、特許請求の範囲に記載の発明の範囲を限定するものではない。本明細書中のどの言語も、本発明の実施に必須な請求されていない如何なる要素をも示すとは解釈されるべきではない。
【００６７】
コンピュータに関する言葉はいずれも、サーバ、インターフェース、システム、データベース、エージェント、ピア、エンジン、コントローラ、或いは他の個別に又は共同で作動する種類の計算装置を含む、計算装置の任意の適切な組合せを包含すると解されなければならないことに留意すべきである。計算装置は、有形の非一時的なコンピュータ可読記憶媒体（例えば、ハードドライブ、ソリッドステートドライブ、ＲＡＭ、フラッシュ、ＲＯＭ等）に格納されているソフトウェア命令を実行するよう設定されたプロセッサを含むことを理解すべきである。ソフトウェア命令は、後に本開示の装置に関して説明するように、計算装置が役割、責任、又は他の機能を提供するよう設定するのが好ましい。特に好ましい実施形態では、様々なサーバ、システム、データベース又はインターフェースは、ＨＴＴＰ、ＨＴＴＰＳ、ＡＥＳ、公開−秘密キー交換、ウェブサービスＡＰＩ、既知の金融取引プロトコル、又は他の電子情報交換法に基づく可能性のある標準化プロトコル又はアルゴリズムを用いてデータを交換する。データ交換は、パケット交換網、インターネット、ＬＡＮ、ＷＡＮ、ＶＰＮ、又は他の種類のパケット交換網を通じて実施することが好ましい。
【００６８】
本明細書に開示された本発明の別の要素又は実施形態の分類は限定として解釈されるべきではない。各群のメンバーの参照及び特許請求は個別に行うか、又はその群の他のメンバーや本明細書中に記載の他の要素との任意の組み合わせで行うことができる。利便性及び／又は特許性の理由から、ある群の１種以上のメンバーを別の群に包含することも、そこから削除することもできる。そのような包含又は削除が生じた場合、本明細書ではその群を修正されたものとして含み、従って添付の特許請求の範囲で使用される全てのマーカッシュ群の書面による説明を満たすと見なされる。本明細書の説明、及び以下の特許請求の範囲全体を通して使用される「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」の意味は、文脈上明らかに他の意味に解すべき場合を除き、複数の指示対象を包含する。また、本明細書の説明で使用される「ｉｎ」の意味は、文脈上明らかに他の意味に解すべき場合を除き、「ｉｎ」及び「ｏｎ」を包含する。更に本明細書では、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、用語「ｃｏｕｐｌｅｄ  ｔｏ」は、直接結合（互いに結合される２個の要素が互いに接触する）と間接結合（少なくとも１個の追加的要素がその２個の要素の間に位置している）の両方を包含することを意図する。従って、用語「ｃｏｕｐｌｅｄ  ｔｏ」と「ｃｏｕｐｌｅｄ  ｗｉｔｈ」は同意語として使用される。
【００６９】
既に記載されたもの以外の多くの更なる変更が本明細書中の発明概念から逸脱することなく可能であることは、当業者には明白なはずである。従って、本発明の主題は、添付の特許請求の範囲の範囲内であることを除いて制限されるべきではない。更に、明細書と特許請求の範囲の両方を解釈する上で、全ての用語は文脈と矛盾せず可能な限り広くなるように解釈されるべきである。特に用語「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ」と「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」は、要素、成分又は段階に対して非排他的に言及していると解釈されるべきであり、このことは、参照された要素、成分又は段階が、明確には参照されていない他の要素、成分又は段階と共に存在しても、利用されても、又は組み合わされてもよいことを示している。本明細書の特許請求の範囲で、Ａ、Ｂ、Ｃ・・・・及びＮから成る群から選択されるものの少なくとも１個に言及される場合、その文章は、Ａに加えてＮ、又はＢに加えてＮ等ではなく、その群から１個の要素のみが必要とされていると解釈されるべきである。
【手続補正書】
【提出日】平成30年3月5日(2018.3.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の治療をモニタリングする方法であって、
複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第１のエキソソーム中で確認する段階であって、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、治療は患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階であって、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する段階と、
第２のエキソソーム中での患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つの確認に基づいて患者記録を更新する段階を含む方法。
【請求項２】
複数のオミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種中に存在する核酸を解析する段階を更に含み、任意に核酸は二重微小染色体である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
非特異的捕捉及び抗体媒介捕獲の内の少なくとも１種を用いてエキソソームを単離する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
生体液は全血、血清、血漿又は尿である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階を少なくとも１回繰り返す、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
患者記録を更新する段階は治療を変更する提案を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種中に存在する核酸を解析する段階を更に含み、核酸は二重微小染色体である、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
非特異的捕捉及び抗体媒介捕獲の内の少なくとも１種を用いてエキソソームを単離する、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
生体液は全血、血清、血漿又は尿である、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階を少なくとも１回繰り返す、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
患者記録を更新する段階は治療を変更する提案を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
治療のモニタリング用エキソソームマーカーを選択する方法であって、
複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定し、患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする治療組成物を特定する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つをエキソソーム中で確認する段階であって、エキソソームは治療前に患者の生体液から入手する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質が定量化に十分な量存在することを確認したら、該疾患関連タンパク質を治療のモニタリング用に選択する段階を含む方法。
【請求項３０】
複数のオミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項２９又は請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項２９〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
疾患は癌である、請求項２９〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項２９〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項２９〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項２９〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項２９〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
定量化に十分な量は少なくともアトモルの疾患関連タンパク質である、請求項２９〜３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
複数のオミクスデータはディファレンシャルオミクスデータである、請求項２９に記載の方法。
【請求項４１】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項２９に記載の方法。
【請求項４２】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項４４】
疾患は癌である、請求項２９に記載の方法。
【請求項４５】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項２９に記載の方法。
【請求項４６】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項４７】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項４８】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項２９に記載の方法。
【請求項４９】
定量化に十分な量は少なくともアトモルの疾患関連タンパク質である、請求項２９に記載の方法。
【請求項５０】
患者の免疫療法治療をモニタリングする方法であって、
患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び量の内の少なくとも１つを第１のエキソソーム中で確認する段階であって、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、治療は患者及び腫瘍特異的なネオエピトープを標的とする段階と、
患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階であって、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する段階を含む方法において、
確認する段階は質量分光反応モニタリングを用いて行う方法。
【請求項５１】
免疫療法治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープをコードする核酸を含む組換え物質の投与を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
組換え物質は複製欠損性のアデノウイルスである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
組換え物質は照射細菌又は照射酵母である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種に存在する核酸を解析する段階を更に含む、請求項５０〜５３のいずれかに記載の方法。
【請求項５５】
生体液中の循環腫瘍ＲＮＡを解析する段階を更に含む、請求項５０〜５４のいずれかに記載の方法。
【請求項５６】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項５０〜５５のいずれかに記載の方法。
【請求項５７】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種に存在する核酸を解析する段階を更に含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５８】
生体液中の循環腫瘍ＲＮＡを解析する段階を更に含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５９】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項５０に記載の方法。
【請求項６０】
免疫療法治療は、チェックポイント阻害剤及び免疫刺激性サイトカインの内の少なくとも１種の投与を含む、請求項５０に記載の方法。
【手続補正書】
【提出日】令和1年7月5日(2019.7.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の治療をモニタリングする方法であって、
複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第１のエキソソーム中で確認する段階であって、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、治療は患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階であって、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する段階と、
第２のエキソソーム中での患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つの確認に基づいて患者記録を更新する段階を含む方法。
【請求項２】
複数のオミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種中に存在する核酸を解析する段階を更に含み、核酸は二重微小染色体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
非特異的捕捉及び抗体媒介捕獲の内の少なくとも１種を用いてエキソソームを単離する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
生体液は全血、血清、血漿又は尿である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階を少なくとも１回繰り返す、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
患者記録を更新する段階は治療を変更する提案を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
治療のモニタリング用エキソソームマーカーを選択する方法であって、
複数のオミクスデータを使用して患者特異的疾患関連タンパク質を特定し、患者特異的疾患関連タンパク質を標的とする治療組成物を特定する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量の内の少なくとも１つをエキソソーム中で確認する段階であって、エキソソームは治療前に患者の生体液から入手する段階と、
患者特異的疾患関連タンパク質が定量化に十分な量存在することを確認したら、該疾患関連タンパク質を治療のモニタリング用に選択する段階を含む方法。
【請求項１７】
複数のオミクスデータは、全ゲノム配列決定データ、エキソーム配列決定データ、トランスクリプトーム配列決定データ、及びプロテオーム配列決定データから成る群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
複数のオミクスデータはディファレンシャルオミクスデータである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
経路解析アルゴリズムを用いて患者特異的疾患関連タンパク質を特定する、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
経路解析アルゴリズムはＰＡＲＡＤＩＧＭである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
複数のオミクスデータは、罹患組織由来のオミクスデータ及び対応する正常組織由来のオミクスデータを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
疾患は癌である、請求項１６に記載の方法。
【請求項２３】
患者特異的疾患関連タンパク質は過剰発現タンパク質又は突然変異タンパク質である、請求項１６に記載の方法。
【請求項２４】
患者特異的疾患関連タンパク質はキナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質であり、治療は、キナーゼ、受容体、成長因子、転写因子、又はシグナル伝達関連タンパク質を標的とする化学療法を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２５】
患者特異的疾患関連タンパク質は患者及び腫瘍特異的ネオエピトープであり、治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープを標的とする免疫療法を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２６】
質量分光反応モニタリングを用いて患者特異的疾患関連タンパク質の存在及び量を確認する、請求項１６に記載の方法。
【請求項２７】
定量化に十分な量は少なくともアトモルの疾患関連タンパク質である、請求項１６に記載の方法。
【請求項２８】
患者の免疫療法治療をモニタリングする方法であって、
患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び量の内の少なくとも１つを第１のエキソソーム中で確認する段階であって、第１のエキソソームは治療前に患者の生体液から入手し、治療は患者及び腫瘍特異的なネオエピトープを標的とする段階と、
患者及び腫瘍特異的ネオエピトープの存在及び量の内の少なくとも１つを第２のエキソソーム中で確認する段階であって、第２のエキソソームは治療中又は治療後に患者の生体液から入手する段階を含む方法において、
確認する段階は質量分光反応モニタリングを用いて行う方法。
【請求項２９】
免疫療法治療は、患者及び腫瘍特異的ネオエピトープをコードする核酸を含む組換え物質の投与を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
組換え物質は複製欠損性のアデノウイルスである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
組換え物質は照射細菌又は照射酵母である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
第１のエキソソーム及び第２のエキソソームの内の少なくとも１種に存在する核酸を解析する段階を更に含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３３】
生体液中の循環腫瘍ＲＮＡを解析する段階を更に含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３４】
質量分光反応モニタリングは、選択反応モニタリング、連続反応モニタリング、多重反応モニタリング及び並行反応モニタリングから成る群から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３５】
免疫療法治療は、チェックポイント阻害剤及び免疫刺激性サイトカインの内の少なくとも１種の投与を含む、請求項２８に記載の方法。
【国際調査報告】
2019527343.tif 000002
2019527343.tif 000003
2019527343.tif 000004