(57)【要約】  非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗体が提供される。一部の態様では、グリコシル化アミノ酸位置を含むＰＤ−１ポリペプチドも提供される。（例えば、がんの処置のために）そのような抗体およびポリペプチドを作製および使用する方法も提供される。
2019509976.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する単離されたモノクローナル抗体。
【請求項２】
非グリコシル化ＰＤ−１と比較して、Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、Ｎ１１６位またはその任意の組み合わせでグリコシル化されたＰＤ−１と選択的に結合する、請求項１に記載の単離された抗体。
【請求項３】
非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの１０倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する、請求項１または２に記載の単離された抗体。
【請求項４】
蛍光標識により直接または間接的に検出可能であり、細胞フローサイトメトリーアッセイで非グリコシル化ＰＤ−１を発現する細胞への抗体結合により示されるＭＦＩより１０倍〜５０倍高い測定蛍光強度（ＭＦＩ）でグリコシル化ＰＤ−１を発現する細胞と優先的に結合する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項５】
ＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６のうちの１カ所または複数カ所でのグリコシル化を遮蔽する、請求項１〜４のいずれかに記載の単離された抗体。
【請求項６】
配列番号１のアミノ酸３４〜４４、４９〜５９、および１０４〜１２４を含みかつ配列番号１の３６、３８、５１、５３、５５、１０９、１１５、１１８および１２１位のアミノ酸と接触しているグリコシル化ＰＤ−１のエピトープと、または配列番号１のアミノ酸９１〜１０７および１２３〜１３４を含みかつ配列番号１の９５、１０３、１２７および１３１位のアミノ酸と接触しているグリコシル化ＰＤ−Ｌ１のエピトープと特異的に結合する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項７】
グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合についてＭＡｂ  ＳＴＭ４１８またはＭＡｂ  ＳＴＭ４３２と競合または交差競合する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項８】
ＶＨドメインが、配列番号３のアミノ酸配列を有し、ＶＬが、配列番号５のアミノ酸配列を有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項９】
ＶＨドメインが、配列番号２３のアミノ酸配列を有し、ＶＬドメインが、配列番号２５のアミノ酸配列を有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１０】
ＶＨドメインが、配列番号３または配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１１】
ＶＬドメインが、配列番号５または配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を有する、請求項１〜５または１０のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１２】
配列番号６のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメイン；または配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号１０のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメイン；または配列番号１１のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号１２のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメイン；または配列番号１３のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号１５のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメインを有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１３】
配列番号１６のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ１と、配列番号１７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ２と、配列番号１８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ３とを含むＶＬドメイン；または配列番号１９のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ１と、配列番号２０のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ２と、配列番号２１のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ３とを含むＶＬドメインを有する、請求項１〜５または１２のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１４】
配列番号２６のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号２７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号２８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメイン；または配列番号２９のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号３０のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号２８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメイン；または配列番号３１のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号３２のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号２８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメイン；または配列番号３３のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１と、配列番号３４のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ２と、配列番号５５のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ３とを含むＶＨドメインを有する、請求項１〜５または１３のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１５】
配列番号３６のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ１と、配列番号３７のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ２と、配列番号３８のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ３とを含むＶＬドメイン；または配列番号３９のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ１と、配列番号４０のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ２と、配列番号４１のアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｌ３とを含むＶＬドメインを有する、請求項１〜５または１４のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１６】
配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有する、１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｈ１、Ｈ２およびＨ３を含むＶＨドメインを有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１７】
配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有する、１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｌ１、Ｌ２およびＬ３を含むＶＬドメインを有する、請求項１〜５または１６のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１８】
配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有する、１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｈ１、Ｈ２およびＨ３を含むＶＨドメインを有する、請求項１〜５または１７のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項１９】
配列番号３６、配列番号３７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれ有する、または配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列をそれぞれ有する、１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｌ１、Ｌ２およびＬ３を含むＶＬドメインを有する、請求項１〜５または１８のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項２０】
ヒトフレームワーク領域を有する、請求項１２〜１９のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項２１】
１、２、３、４、５または６つのアミノ酸置換がある重鎖または軽鎖ヒトフレームワーク領域を有する、請求項２０に記載の単離された抗体。
【請求項２２】
ヒト定常ドメインを含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項２３】
ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡまたはそれらの抗原結合断片である、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項２４】
Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ’）３、一価ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、または単一ドメイン抗体である、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項２５】
ヒト抗体またはヒト化抗体である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項２６】
イメージング剤、化学療法剤、毒素または放射性核種とコンジュゲートされている、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の単離された抗体。
【請求項２７】
薬学的に許容される担体中に請求項１〜２６のいずれか一項に記載の単離された抗体を含む組成物。
【請求項２８】
がんを有する対象を処置する方法であって、薬学的に許容される組成物中の有効量の請求項１〜２６のいずれか一項に記載の単離された抗体を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項２９】
前記がんが、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、皮膚がん、脳がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記単離された抗体が、静脈内、皮内、腫瘍内、筋肉内、腹腔内、皮下または局所投与される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも第２の抗がん療法を前記対象に施すことをさらに含む、請求項２８〜３０のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
前記第２の抗がん療法が、外科手術療法、化学療法、放射線療法、凍結療法、ホルモン療法、免疫療法またはサイトカイン療法である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記第２の抗がん療法が、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、または抗ＣＴＬＡ−４抗体である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記第２の抗がん療法が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、ピディリズマブ、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、アベルマブまたはイピリムマブである、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記第２の抗がん療法が、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１と比較してグリコシル化ＰＤ−Ｌ１と優先的に結合する抗ＰＤ−Ｌ１抗体である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記第２の抗がん療法が、抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体、ＳＴＭ００４、ＳＴＭ０７３、ＳＴＭ１０８またはＳＴＭ１１５のヒト化またはキメラ化抗体である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
ＰＤ−１グリコシル化を評価する方法であって、ＰＤ−１含有試料を請求項１に記載の抗体と接触させることを含む方法。
【請求項３８】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法としてさらに定義される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記試料が、細胞試料である、請求項３９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子出願した配列表を含み、該配列表は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。２０１６年１１月３０日に作成した前記ＡＳＣＩＩコピーは、２４２５８＿１０５００５ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔという名であり、サイズは１９，８１９バイトである。
【０００２】
本発明は、一般に、医学、分子生物学および腫瘍学の分野に関する。より詳細には、本発明は、がんを処置するための抗体に関する。
【背景技術】
【０００３】
Ｔ細胞活性化の永続化は、広範囲の悪性がんの処置を劇的に変化させる。例えば、Ｔ細胞応答を標的にするＦＤＡにより初めて認可されたチェックポイント遮断薬である、イピリムマブの開発により、転移性黒色腫の処置が見込めるようになった（Hodi et al., The New England Journal of Medicine 363, 711-723 (2010)）。抗細胞傷害性Ｔリンパ球抗原−４（ＣＴＬＡ−４）モノクローナル抗体は、黒色腫患者の処置において有望な結果を示したが、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１の両方を標的にする第二世代チェックポイント阻害剤は、第ＩＩＩ相治験においてより良好な臨床的活性および安全性を明示した（Topalian et al., The New England Journal of Medicine 366, 2443-2454 (2012)；Brahmer et al., The New England Journal of Medicine 366, 2455-2465 (2012)）。ＰＤ−Ｌ１は、その免疫抑制活性に加えて、がん細胞の進行を誘導する発がん能も有する（Topalian et al., The New England Journal of Medicine 366, 2443-2454 (2012)；Page et al., Annual Review of Medicine 65, 185-202 (2014)）ため、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１を標的にすることは、ＰＤ−１による免疫抑制を遮断する上にＰＤ−Ｌ１による細胞進行を低減させることにより二重の効力をもたらし（Okazaki et al., Nature Immunology 14, 1212-1218 (2013)）、より感度の高い結果となると予想される（Topalian et al., The New England Journal of Medicine 366, 2443-2454 (2012)；Brahmer et al., The New England Journal of Medicine 366, 2455-2465 (2012)；Hamid et al., The New England Journal of Medicine, 369, 134-144 (2013)）。２０１４年に米国では抗ＰＤ−Ｌ１および／または抗ＰＤ−１抗体の効力を単一薬剤としてまたは組み合わせて試験する１０件を超える治験が進行中であった（Page et al., Annual Review of Medicine 65, 185-202 (2014)）。有望な結果を有する成功した治験は幾つかあるが、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−１の病態生理学的機能および調節メカニズムは、不完全にしか解明されていない。
【０００４】
沈黙した免疫応答を再び目覚めさせることが、最近では、外科的切除、化学療法、放射線治療および標的療法後の処置の選択肢のレパートリーに加えられている。抗ＣＴＬＡ−４モノクローナル抗体の使用（Dunn et al., Nature Immunology 3, 991-998(2002)；Leach et al., Science 271, 1734-1736 (1996)）の使用は、転移性黒色腫の処置において成功を最初は明示したが、自己免疫応答も誘導することが明らかになってきた。免疫細胞のみに影響を及ぼす抗ＣＴＬＡ−４とは異なり、抗ＰＤ−Ｌ１および抗ＰＤ−１は、がん細胞とＴ細胞の両方からの二重の影響を生じさせる腫瘍部位に対して主として作用するため、有害作用を制限し、より良好な治療効力をもたらす（Okazaki et al., Nature Immunology 14, 1212-1218 (2013)）。しかし、がん細胞におけるＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１経路をうまく標的化するための新たな治療法および方法論が依然として必要とされている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本明細書で提供されるのは、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する単離されたモノクローナル抗体（本明細書では抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体）である。一部の態様では、これらの抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１と比較して、Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４および／またはＮ１１６位でグリコシル化されたＰＤ−１と選択的に結合する。
【０００６】
一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９およびＮ５８グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９およびＮ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８およびＮ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８およびＮ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。
【０００７】
一部の態様では、抗体は、１つまたは複数のグリコシル化モチーフと選択的に結合する。一部の態様では、抗体は、グリコシル化モチーフを含む糖ペプチドおよびその隣接ペプチドと結合する。一部の態様では、抗体は、三次元でグリコシル化モチーフの１つまたは複数の付近に位置するペプチド配列と結合する。ある特定の態様では、抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの半分未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。さらなる態様では、抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの少なくとも１０倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。
【０００８】
ある特定の態様では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＰＤ−１と結合し、１つまたは複数のグリコシル化モチーフを遮蔽（mask）または隠蔽(screen)してそのモチーフと分子の結合または他の相互作用を遮断し、ＰＤ−１のそのグリコシル化部位でのグリコシル化を阻止することができる。特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６のうちの１つまたは複数のグリコシル化部位を遮蔽する。
【０００９】
特定の態様で提供されるのは、配列番号３および５のアミノ酸配列をそれぞれ有する重鎖および軽鎖可変ドメイン（シグナル配列を一切有さない成熟ＶＨおよびＶＬ領域アミノ酸）有する抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体ＳＴＭ４１８、およびその抗原結合部分、ならびにそのヒト化およびキメラ形態である。本明細書で提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１との結合についてＳＴＭ４１８  ＭＡｂと競合する、および／またはＳＴＭ４１８と同じエピトープと結合する、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体である。ＳＴＭ４１８のエピトープは下記の通りであり、ＰＤ−１アミノ酸配列内の接触残基に下線が引かれている：
３４ＰＰＴＦＳＰＡＬＬＶＶ４４…４９ＮＡＴＦＴＣＳＦＳＮＴ５９…１０４ＲＤＦＨＭＳＶＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴＹＬＣＧ１２４
（配列番号１のアミノ酸３４〜４４、４９〜５９および１０４〜１２４）。提供されるのは、配列番号１のグリコシル化ＰＤ−１配列のアミノ酸３４〜４４、４９〜５９および１０４〜１２４の領域を有し、特に、配列番号１のＴ３６、Ｓ３８、Ｔ５１、Ｔ５３、Ｓ５５、Ｓ１０９、Ｒ１１５、Ｓ１１８およびＹ１２１位のうちの１つまたは複数に接触点がある、エピトープに結合する抗体である。特定の実施形態では、提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１に選択的に結合し、配列番号１の３６、３８、５１、５３、５５、１０９、１１５、１１８および１２１位のすべてとの結合接触点を有する、抗体である。
【００１０】
提供されるのは、核酸（ＤＮＡ）であり、ＳＴＭ４１８  ＭＡｂの重鎖および軽鎖可変（Ｖ）ドメインの対応するアミノ酸配列は、下記の表３に示されている。配列番号２および３は、ＳＴＭ４１８  ＶＨドメインの核酸配列およびアミノ酸配列であり、配列番号４および５は、ＳＴＭ４１８カッパ軽鎖可変ドメインの成熟形態の核酸配列およびアミノ酸配列である。表４は、ＳＴＭ４１８のコチア、ＡｂＭ、カバットおよびコンタクト（Contact）重鎖および軽鎖ＶドメインＣＤＲを提供するものである。
【００１１】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３のアミノ酸配列を有するＶＨドメイン、および／または配列番号５のアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、配列番号３のＶＨドメインおよび配列番号５のＶＬドメインを含む抗体と競合する。他の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＨドメイン、および／または配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＬドメインを含む。これらの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、キメラ抗体であってもよく、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含んでいてもよい。
【００１２】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、もしくは配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、またはそれらの組み合わせを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、もしくは配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、またはそれらの組み合わせを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３を含むＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、または配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、あるいはそれらの組み合わせを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、または配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、あるいはそれらの組み合わせを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、または配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含み、かつ配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、または配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含む、抗体を含むか、あるいはその抗体と結合について競合する。好ましくは、ＶＨおよびＶＬドメインは、ＣＤＲの同じクラスを有する、すなわち、両方とも、コチア、ＡｂＭ、カバットまたはコンタクトＣＤＲを有する
【００１３】
他の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの、または配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの、または配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの、または配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１、Ｈ２およびＨ３を含む、ＶＨドメインを有する。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２もしくは３つのＣＤＲまたは配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２もしくは３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｌ１、Ｌ２およびＬ３を含むＶＬドメインを有しうる。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＶＨドメインとＶＬドメインの両方のＣＤＲにアミノ酸置換があってもよい。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、保存的置換である。
【００１４】
好ましくは、上述の抗体は、ヒトフレームワーク領域を有し、すなわち、ＳＴＭ４１８のヒト化形態、および任意選択的に、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含む。
【００１５】
結合親和性または他のパラメーターを向上させるためにヒト化抗体のＣＤＲおよび／またはフレームワーク領域において１つまたは複数のアミノ酸置換を行ってもよいことは、当業者には理解されるであろう。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、上記ＶＨおよびＶＬドメインならびにＣＤＲを内部に含む抗体と競合する。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１との該抗体の結合により示されるＫｄの半分未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの少なくとも５倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１タンパク質との該抗体の結合により示されるＫｄの少なくとも１０倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。
【００１６】
ある実施形態では、実施例２に記載の細胞フローサイトメトリー結合アッセイにおいて、抗体は、野生型ＰＤ−１を発現する細胞との結合であって、非グリコシル化ＰＤ−１を発現する細胞との結合についてのＭＦＩより３倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、または１００倍大きいＭＦＩとして表される結合を示す。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識またはマーカーにより直接または間接的に検出可能である。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識もしくはマーカー、例えば、ＦＩＴＣで直接標識されるか、または蛍光標識二次抗体により検出される。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に対するＳＴＭ４１８  ＭＡｂまたはそのキメラもしくはヒト化形態の結合親和性は、５〜２０ｎＭまたは５〜１０ｎＭ（下限値と上限値を含む）である。ある実施形態では、抗体は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１の相互作用を阻害し、特に、エフェクターＴ細胞により発現されるグリコシル化ＰＤ−１と腫瘍細胞により発現されるＰＤ−Ｌ１の相互作用を阻害する。
【００１７】
別の特定の態様で提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１に特異的に結合する、配列番号２３および２５のアミノ酸配列をそれぞれ有する重鎖および軽鎖可変ドメイン（成熟ＶＨおよびＶＬ領域アミノ酸配列）を有する抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体ＳＴＭ４３２、およびその抗原結合部分、ならびにそのヒト化およびキメラ形態である。配列番号２２および２４であるＳＴＭ４３２  ＭＡｂの重鎖および軽鎖可変ドメインをそれぞれコードする核酸配列は、下記の表３に示されている。また、表５に示されているのは、ＳＴＭ４３２のコチア、ＡｂＭ、カバットおよびコンタクト重鎖および軽鎖ＶドメインＣＤＲである。ＳＴＭ４３２  ＭＡｂは、接触残基、Ｒ９５、Ｒ１０３、Ｓ１２７およびＫ１３１に下線が引かれている、配列９１ＤＣＲＦＲＶＴＱＬＰＮＧＲＤＦＨＭ１０７…１２３ＣＧＡＩＳＬＡＰＫＡＱＩ１３４（配列番号１のアミノ酸Ｄ９１〜Ｍ１０７およびＣ１２３〜Ｉ１３４）を有する、グリコシル化ＰＤ−１上のエピトープと結合する。したがって、提供されるのは、上記のＳＴＭ４３２エピトープと結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体である。また、提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１との結合についてＳＴＭ４３２  ＭＡｂと競合する抗ｇｌｙｃ−ＰＤ−１抗体である。
【００１８】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２３のアミノ酸配列を有するＶＨドメイン、および／または配列番号２５のアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、配列番号２３のＶＨドメインおよび配列番号２５のＶＬドメインを含む抗体と競合する。他の実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＨドメイン、および／または配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＬドメインを含む。これらの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、キメラ抗体であってもよく、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含んでいてもよい。
【００１９】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３、配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３、もしくは配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３、またはそれらの組み合わせを含む、ＶＨドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３、配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３、もしくは配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３、またはそれらの組み合わせを含むＶＨドメインを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３６、配列番号３７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３を含むＣＤＲ１〜３、または配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列を有するコンタクトＣＤＲ１〜３、あるいはそれらの組み合わせを含む、ＶＬドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３６、配列番号３７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３、または配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列を有するコンタクトＣＤＲ１〜３、あるいはそれらの組み合わせを含むＶＬドメインを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３、配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を、または配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含み、かつ配列番号３６、配列番号７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３、または配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列を有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含む、抗体を含むか、あるいはその抗体と結合について競合する。
【００２０】
ある特定の実施形態で提供されるのは、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ、または配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ、または配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１、Ｈ２およびＨ３を含むＶＨドメインをする抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体である。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３６、配列番号３７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれまたは配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｌ１、Ｌ２およびＬ３を含むＶＬドメインも有しうる。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＶＨドメインとＶＬドメインの両方のＣＤＲにアミノ酸置換があってもよい。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、保存的置換である。
【００２１】
実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、上記ＶＨおよびＶＬドメインならびにＣＤＲを内部に含む抗体と競合する。好ましくは、これらの抗体は、ヒトフレームワーク領域を有し、すなわち、ＳＴＭ４３２のヒト化形態、および任意選択的に、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含む。結合親和性または他のパラメーターを向上させるためにヒト化抗体のＣＤＲまたはフレームワーク領域において１つまたは複数のアミノ酸置換を行ってもよいことは、当業者には理解されるであろう。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの半分未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの半分未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１との該抗体の結合により示されるＫｄの少なくとも５倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１タンパク質との該抗体の結合により示されるＫｄの少なくとも１０倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。ある実施形態では、実施例５に記載の細胞フローサイトメトリー結合アッセイにおいて、抗体は、ＷＴ  ＰＤ−１を発現する細胞との結合であって、非グリコシル化ＰＤ−１を発現する細胞との結合についてのＭＦＩより３倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、または５０倍大きいＭＦＩとして表される結合を示す。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識またはマーカーにより直接または間接的に検出可能である。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識またはマーカー、例えば、ＦＩＴＣで直接標識されている。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に対するＳＴＭ４３２  ＭＡｂあるいはその結合ドメインまたはヒト化もしくはキメラ形態の結合親和性は、５〜２０ｎＭまたは５〜１０ｎＭ（下限値と上限値を含む）である。ある実施形態では、抗体は、ＰＤ−１とＰＤ−１の相互作用を阻害し、特に、エフェクターＴ細胞により発現されるグリコシル化ＰＤ−１と腫瘍細胞により発現されるＰＤ−Ｌ１の相互作用を阻害する。
【００２２】
一部の態様では、抗体は、組換え型である。ある特定の態様では、抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、またはその抗原結合断片である。他の態様では、抗体は、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ’）３、一価ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、二重特異性抗体、二重特異性ｓｃＦｖ、または単一ドメイン抗体である。一部の態様では、抗体は、ヒト抗体またはヒト化抗体である。さらなる態様では、抗体は、イメージング剤、化学療法剤、毒素または放射性核種にコンジュゲートされている。
【００２３】
さらなる実施形態では、本明細書で提供されるのは、薬学的に許容される担体中に本実施形態の抗体（例えば、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗体）を含む組成物である。
【００２４】
なおさらなる実施形態では、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含む、ヒトＰＤ−１の少なくとも７個（例えば、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個以上）の連続するアミノ酸の断片を含む、単離されたポリペプチドが提供される。さらなる態様では、実施形態の単離されたポリペプチドは、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含む、ヒトＰＤ−１の少なくとも７個（例えば、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個以上）の連続するアミノ酸の断片であって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されている、断片を含む。一部の態様では、実施形態のポリペプチドは、免疫原性ポリペプチド（例えば、キーホールリンペットヘモシアニン、ＫＬＨ）に融合またはコンジュゲートされている。ある特定の態様では、ポリペプチドは、ＣまたはＮ末端にＣｙｓ残基をさらに含む。例えば、一部の態様では、ポリペプチドは、Ｃｙｓ残基においてジスルフィド結合により免疫原性ポリペプチドにコンジュゲートされている。
【００２５】
またさらなる実施形態では、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の連続する少なくとも７個（例えば、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個以上）の連続するアミノ酸の断片を含むポリペプチドを含む組成物であって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されており、ポリペプチドが、薬学的に許容される担体に配合されている、組成物が提供される。
【００２６】
またさらなる実施形態では、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸の断片を含むポリペプチドを含む免疫原性組成物であって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されており、ポリペプチドが、薬学的に許容される担体に配合されている、免疫原性組成物が提供される。一部の態様では、免疫原性組成物は、アジュバント、例えば、ミョウバンまたはフロイントアジュバントをさらに含む。
【００２７】
なおさらなる実施形態では、本明細書で提供されるのは、がんを有する対象を処置する方法であって、有効量の実施形態の抗体または単離されたポリペプチドを対象に投与することを含む方法である。ある特定の態様では、がんを処置する方法は、有効量のポリペプチド（例えば、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチド）を対象に投与することを含む。さらなる態様では、がんを処置する方法は、有効量の実施形態の抗体（例えば、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗体）、例えば、これらに限定されないが、ＳＴＭ４１８もしくはＳＴＭ４３２のヒト化もしくはキメラ形態、またはグリコシル化ＰＤ−１との結合についてＳＴＭ４１８もしくはＳＴＭ４３２と競合する抗体を対象に投与することを含む。一部の態様では、がんは、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、皮膚がん、脳がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである。ある特定の態様では、がんは、副腎がん、肛門がん、胆管がん、膀胱がん、骨がん、成人の脳／ＣＮＳ腫瘍、小児の脳／ＣＮＳ腫瘍、乳がん、男性乳がん、青年のがん、小児のがん、若年成人のがん、原因不明のがん、キャッスルマン病、子宮頸がん、結腸／直腸がん、子宮内膜がん、食道のがん、ユーイングファミリー腫瘍、眼がん、胆嚢がん、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、妊娠性絨毛性疾患、ホジキン病、カポジ肉腫、腎がん、咽頭もしくは下咽頭がん、白血病（例えば、成人急性リンパ球性（ＡＬＬ）、急性骨髄性（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性（ＣＬＬ）、慢性骨髄性（ＣＭＬ）、慢性骨髄単球性（ＣＭＭＬ）、小児白血病）、肝がん、肺がん（例えば、非小細胞、小細胞）、肺カルチノイド腫瘍、リンパ腫、皮膚のリンパ腫、悪性中皮腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群、鼻腔がん、副鼻腔がん、上咽頭がん、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、小児の非ホジキンリンパ腫、口腔がん、中咽頭がん、骨肉腫、卵巣がん、膵臓がん、陰茎がん、下垂体腫瘍、前立腺がん、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺がん、肉腫（例えば、成人軟部組織がん）、皮膚がん（例えば、基底および扁平細胞、黒色腫、メルケル細胞）、小腸がん、胃がん、精巣がん、胸腺がん、甲状腺がん、子宮肉腫、膣がん、外陰がん、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、またはウィルムス腫瘍である。ある特定の態様では、抗体は、薬学的に許容される組成物中にある。さらなる態様では、抗体は、全身投与される。特定の態様では、抗体は、静脈内、皮内、腫瘍内、筋肉内、腹腔内、皮下または局所投与される。
【００２８】
一部の態様では、方法は、少なくとも第２の抗がん療法を対象に施すこと（administering）をさらに含む。ある特定の態様では、その場合の第２の抗がん療法は、外科手術療法、化学療法、放射線療法、凍結療法、ホルモン療法、免疫療法またはサイトカイン療法である。
【００２９】
さらになおさらなる実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＤ−１グリコシル化、Ｎ結合型グリコシル化またはＮ−グリコシル化を評価する方法であって、ＰＤ−１含有試料と実施形態の抗体（例えば、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗体）を接触させるステップを含む方法である。一部の態様では、方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法である。ある特定の態様では、試料は、細胞試料である。
【００３０】
さらになおさらなる態様では、抗体を作製する方法であって、実施形態によるポリペプチド（例えば、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸の断片を含むポリペプチドであって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されている、ポリペプチド）を動物に投与するステップ、および動物から抗体を単離するステップを含む方法が、提供される。例えば、動物は、マウス、ラット、ウサギまたはヒトでありうる。ある特定の態様では、方法は、抗体のＣＤＲを同定するステップ、およびＣＤＲを包囲する配列をヒト化して、ヒト化抗体を産生するステップをさらに含む。なおさらなる実施形態では、方法は、ヒト化抗体を組換え発現させるステップを含む。したがって、さらなる実施形態では、本明細書で提供されるのは、上述の方法によって産生された、単離された抗体である。したがって、一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、非グリコシル化ＰＤ−１と比較して実施形態のポリペプチド（例えば、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸の断片を含むポリペプチドであって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されている、ポリペプチド）と選択的に結合する、単離された抗体である。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】ＰＤ−１とのＰＤ−Ｌ１結合はグリコシル化特異的であることを示す図である。（ＡおよびＢ）最終時点でのＰＤ−Ｌ１と野生型ＰＤ−１およびＰＤ−１  ４ＮＱ変異型（すなわち、非グリコシル化ＰＤ−１）発現２９３Ｔ細胞との動的相互作用を示す、（２４時間の時点での）タイムラプス顕微鏡画像。ＰＤ−１  ＷＴ（Ａ）または４ＮＱ  ＰＤ−１変異型（Ｂ）発現細胞の緑色蛍光（緑色蛍光標識ＰＤ−１／Ｆｃタンパク質）マージ画像（２０倍）を示す。（Ｃ）グラフは、ＰＤ−１  ＷＴまたはＰＤ−１  ４ＮＱ発現ＨＥＫ２９３Ｔ細胞へのＰＤ−Ｌ１／Ｆｃタンパク質の定量的結合を時間点ごとに示すものである。（Ｄ）野生型ＰＤ−１または４ＮＱ変異型ＰＤ−１を発現する２９３Ｔ細胞へのＰＤ−Ｌ１／Ｆｃタンパク質の結合を共免疫沈降およびウェスタンブロット分析によりアッセイした。ＷＢ：抗ｈＩｇＧ−ＨＲＰは、ウェスタンブロット分析において抗ｈＩｇＧ−ＨＲＰ抗体により認識される、結合したＰＤ−Ｌ１／Ｆｃを示し；ＷＢ：抗ＦＬＡＧは、ウェスタンブロット分析によるＰＤ−１の検出を示し；ＩＰ：ＦＬＡＧにおける抗ＦＬＡＧは、免疫沈降によるＰＤ−Ｌ１／Ｆｃ投入量の検出および抗ＦＬＡＧ抗体での検出を示す。
【図２】ＰＤ−１−Ｆｃタンパク質への抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体結合のウェスタンブロット分析の図である。野生型（ＷＴ）、変異型（Ｎ４９、Ｎ５８およびＮ７４）、およびＰＮＧａｓｅで処置された野生型に対するＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２  ＭＡｂの結合を、ウェスタンブロットで示されている。
【図３Ａ】野生型および変異型ＰＤ−１タンパク質−ＰＤ−１（配列番号１）の４９位のＮがＱで置換されているＮ４９、５８位のＮがＱで置換されているＮ５８、７４位のＮがＱで置換されているＮ７４、１１６位のＮがＱで置換されているＮ１１６、ならびに４９、５８、７４および１１６位の各々のＮがＱで置換されている４ＮＱ−を発現する２９３Ｔ細胞、または対象２９３Ｔ細胞への、標識抗ｇｌｙｃＰＤ−１および対照抗体の結合を、フローサイトメトリーを使用して測定する図である。Ａ．野生型および変異型ＰＤ−１タンパク質を発現する２９３Ｔ細胞ならびに対照２９３Ｔ細胞への抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体ＳＴＭ４１８の結合。
【図３Ｂ】野生型および変異型ＰＤ−１タンパク質−ＰＤ−１（配列番号１）の４９位のＮがＱで置換されているＮ４９、５８位のＮがＱで置換されているＮ５８、７４位のＮがＱで置換されているＮ７４、１１６位のＮがＱで置換されているＮ１１６、ならびに４９、５８、７４および１１６位の各々のＮがＱで置換されている４ＮＱ−を発現する２９３Ｔ細胞、または対象２９３Ｔ細胞への、標識抗ｇｌｙｃＰＤ−１および対照抗体の結合を、フローサイトメトリーを使用して測定する図である。Ｂ．野生型および変異型ＰＤ−１タンパク質を発現する２９３Ｔ細胞ならびに対照２９３Ｔ細胞への抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体ＳＴＭ４３２の結合。
【図３Ｃ】野生型および変異型ＰＤ−１タンパク質−ＰＤ−１（配列番号１）の４９位のＮがＱで置換されているＮ４９、５８位のＮがＱで置換されているＮ５８、７４位のＮがＱで置換されているＮ７４、１１６位のＮがＱで置換されているＮ１１６、ならびに４９、５８、７４および１１６位の各々のＮがＱで置換されている４ＮＱ−を発現する２９３Ｔ細胞、または対象２９３Ｔ細胞への、標識抗ｇｌｙｃＰＤ−１および対照抗体の結合を、フローサイトメトリーを使用して測定する図である。Ｃ．野生型および変異型ＰＤ−１タンパク質を発現する２９３Ｔ細胞ならびに対照２９３Ｔ細胞への対照マウスＩｇＧの結合。
【図４】抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体ＳＴＭ４１８の中和活性およびＥＣ５０の図である。Ａ．抗体濃度別の、ＰＤ−１を発現する細胞へのＰＤ−Ｌ１−Ｆｃタンパク質の結合を遮断するＳＴＭ４１８の活性。Ｂ．ＳＴＭ４１８濃度の関数としての、ＰＤ−１−ＰＤ−Ｌ１結合の阻害。ＥＣ５０は、０．１３２μｇ／ｍｌである。
【図５】抗ＧｌｙｃＰＤ−１抗体ＳＴＭ４３２の中和活性およびＥＣ５０の図である。Ａ．抗体濃度別の、ＰＤ−１を発現する細胞へのＰＤ−Ｌ１−Ｆｃタンパク質の結合を遮断するＳＴＭ４３２の活性。Ｂ．ＳＴＭ４３２濃度の関数としての、ＰＤ−１−ＰＤ−Ｌ１結合の阻害。ＥＣ５０は、０．１１０μｇ／ｍｌである。
【図６】がん細胞のＴ細胞殺滅に対するＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２の効果の図である。グラフは、ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２抗体および対照マウスＩｇＧの存在下でのがん細胞増殖を赤色画像検出がん細胞レベルとして示す。
【発明を実施するための形態】
【００３２】
Ｎ−グリコシル化は、小胞体（ＥＲ）で開始され、そしてその後、ゴルジでプロセシングされる、翻訳後修飾である（Schwarz & Aebi, Current Opinion in Structural Biology 21, 576-582(2011)）。このタイプの修飾は、オリゴ糖で構成されている前もって形成されたグリカンをＮＸＴモチーフ（−Ａｓｎ−Ｘ−Ｓｅｒ／Ｔｈｒ−）内に位置するアスパラギン（Ａｓｎ）側鎖アクセプターに転移させる膜結合型オリゴサッカリルトランスフェラーゼ（ＯＳＴ）複合体により先ず触媒される（Cheung and Reithmeier, Methods 41(4): 451-59 (2007)；Helenius and Aebi, Science 291 (5512): 2364-69 (2001)）。前もって形成されたグリカンからの糖類の付加または除去は、細胞依存的かつ位置依存的にＮ−グリコシル化カスケードを厳密に調節する、グリコトランスフェラーゼおよびグリコシダーゼの一群により、それぞれ媒介される。
【００３３】
プログラム死リガンド−１（ＰＤ−Ｌ１）とプログラム死（ＰＤ−１）との細胞外相互作用は、腫瘍関連免疫回避に対して顕著な影響を与える。抗ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１抗体を使用する免疫チェックポイント遮断薬の臨床的成功にもかかわらず、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１の相互作用の根底にある調節メカニズムは、大部分が依然として不明である。ＰＤ−１のＮ結合型グリコシル化は、ＰＤ−Ｌ１へのその結合を増進することができ、その結果、Ｔ細胞媒介免疫応答が抑制される。したがって、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、より一般的なＰＤ−１抗体と比較して増強された阻害効果を示す。
【００３４】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「プラグラム死−１」または「ＰＤ−１」は、霊長類（例えば、ヒト、カニクイザル（ｃｙｎｏ））、イヌおよび齧歯類（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物からのＰＤ−１を意味する。別段の指定がない限り、ＰＤ−１は、様々なＰＤ−１アイソフォーム、関連ＰＤ−１ポリペプチド（そのＳＮＰバリアントを含む）、ならびにＰＤ−１の種々の修飾形態（リン酸化ＰＤ−１、グリコシル化ＰＤ−１、およびユビキチン化ＰＤ−１を含むが、これらに限定されない）も含む。
【００３５】
ヒトＰＤ−１の例示的なアミノ酸配列は、下に提供されるものであり、この配列中、Ｎ結合型グリコシル化の部位は、太字かつ下線付きである（Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６）。
ＭＱＩＰＱＡＰＷＰＶ  ＶＷＡＶＬＱＬＧＷＲ  ＰＧＷＦＬＤＳＰＤＲ  ＰＷＮＰＰＴＦＳＰＡ  ＬＬＶＶＴＥＧＤＮＡ  ＴＦＴＣＳＦＳＮＴＳ  ＥＳＦＶＬＮＷＹＲＭ  ＳＰＳＮＱＴＤＫＬＡ  ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ  ＱＤＣＲＦＲＶＴＱＬ  ＰＮＧＲＤＦＨＭＳＶ  ＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴ  ＹＬＣＧＡＩＳＬＡＰ  ＫＡＱＩＫＥＳＬＲＡ  ＥＬＲＶＴＥＲＲＡＥ  ＶＰＴＡＨＰＳＰＳＰ  ＲＰＡＧＱＦＱＴＬＶ  ＶＧＶＶＧＧＬＬＧＳ  ＬＶＬＬＶＷＶＬＡＶ  ＩＣＳＲＡＡＲＧＴＩ  ＧＡＲＲＴＧＱＰＬＫ  ＥＤＰＳＡＶＰＶＦＳ  ＶＤＹＧＥＬＤＦＱＷ  ＲＥＫＴＰＥＰＰＶＰ  ＣＶＰＥＱＴＥＹＡＴ  ＩＶＦＰＳＧＭＧＴＳ  ＳＰＡＲＲＧＳＡＤＧ  ＰＲＳＡＱＰＬＲＰＥ  ＤＧＨＣＳＷＰＬ（配列番号１）
【００３６】
【表１】
2019509976.tif 000003
【００３７】
下記の表１に示されているように、４つのＮ−グリコシル化部位すべてが、ＰＤ１の細胞外ドメイン内に位置する。
【００３８】
特定のＰＤ−１アイソフォームまたはバリアントの具体的なグリコシル化部位が、その特定のＰＤ−１アイソフォームまたはバリアントの４９、５８、７４または１１６位のアミノ酸と異なることもある。
【００３９】
そのような場合には、当業者は、配列アライメントおよび当技術分野における他の一般的知識に基づいて、上に例示したヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６に対応する任意の特定のＰＤ−１アイソフォームまたはバリアントのグリコシル化部位を決定することができるだろう。したがって、本明細書で提供されるのは、非グリコシル化ＰＤ−１アイソフォームまたはバリアントと比較してＰＤ−１アイソフォームまたはバリアントのグリコシル化形態と選択的に結合する抗体でもある。ＰＤ−１アイソフォームまたはバリアントのグリコシル化部位は、上記提供のヒトＰＤ−１配列のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６の対応する部位であることもある。本明細書で提供されるのは、上記提供の例示的なヒトＰＤ−１配列のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含む、ＰＤ−１アイソフォームまたはバリアントの少なくとも７個（例えば、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個以上）の連続するアミノ酸の断片を含む、ポリペプチドでもある。
【００４０】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、冠詞「１つ(ａ)」、「１つ(ａｎ)」および「その（ｔｈｅ）」は、その冠詞の文法上の目的語の１つまたは１つより多くを指す。例として、「１つの抗体(an antibody)」は、1つの抗体または1つより多くの抗体を意味する。
【００４１】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「または」は、選択肢のみを意味すると明確に示されている場合または選択肢が相互排他的である場合を除き、「および／または」と同義で使用される。本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、「別の」は、少なくとも第２以上のを意味する。
【００４２】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「約」は、ある値が、その値を決定するために用いられるデバイス、方法の誤差の固有変動、または研究対象間に存在する変動を含む値を示す。
【００４３】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「抗体」は、特異的分子抗原と結合することができるポリペプチドの免疫グロブリン（または「Ｉｇ」）クラス、例えばＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、内のＢ細胞のポリペプチド産物、ならびにその抗原結合断片を有する他の分子を意味する。抗体は、ポリペプチド鎖の２つの同一の対であって、各々の対が、１本の重鎖（約５０〜７０ｋＤａ）および１本の軽鎖（約２５ｋＤａ）を有し、各鎖の各アミノ末端部分が約１００〜約１３０個以上のアミノ酸の可変領域を含み、各鎖の各カルボキシ末端部分が定常領域を含む、対からなりうる（Borrebaeck (ed.) (1995) Antibody Engineering, Second Edition, Oxford University Press.；Kuby (1997) Immunology, Third Edition, W. H. Freeman and Company, New Yorkを参照されたい）。ここで、特異的分子抗原は、グリコシル化ヒトＰＤ−１を含む。本明細書で提供される抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換えで産生された抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体を含むが、これらに限定されない。
【００４４】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「単離された」は、抗体、抗原結合断片、またはポリヌクレオチドに関して使用される場合、自然界では見られるような少なくとも１つの成分が、言及される分子にないことを意味する。この用語は、その天然の環境では見られるような一部またはすべての他の成分から取り出されている、抗体、抗原結合断片またはポリヌクレオチドを含む。抗体の天然環境の成分としては、例えば、赤血球、白血球、血小板、血漿、タンパク質、核酸、塩および栄養素が挙げられる。交点結合断片のまたはポリペプチドの天然環境の成分としては、例えば、脂質膜、細胞小器官、タンパク質、核酸、塩および栄養素が挙げられる。本発明の抗体、抗原結合断片またはポリヌクレオチドには、それが単離されるもしくは組換えで産生される細胞のこれらの成分または任意の他の成分のすべてが、実質的にないこともあり、または幅広く実質的にないこともある。
【００４５】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「モノクローナル抗体」は、単一細胞クローンの産物である、または単一細胞に由来する細胞のハイブリドーマもしくは集団の産物である、抗体を意味する。モノクローナル抗体は、免疫グロブリン遺伝子をコードする重鎖および軽鎖から組換え方法により単一分子免疫グロブリン種を産生するように産生された抗体を意味することを意図したものでもある。モノクローナル抗体調製物中の抗体のアミノ酸配列は、実質的に均一であり、そのような調製物中の抗体の結合活性は、実質的に同じ抗原結合活性を示す。対照的に、ポリクローナル抗体は、特異的抗原に結合する免疫グロブリン分子の組み合わせである集団内の異なるＢ細胞から得られる。ポリクローナル抗体の各免疫グロブリンは、同じ抗原の異なるエピトープに結合することができる。モノクローナル抗体とポリクローナル抗体の両方を産生する方法は、当技術分野において周知である（Harlow and Lane., Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)およびBorrebaeck (ed.), Antibody Engineering: A Practical Guide, W. H. Freeman and Co., Publishers, New York, pp. 103-120 (1991)）。
【００４６】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「ヒト抗体」は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に対応する、ヒト可変領域および／もしくはヒト定常領域またはその一部分を有する抗体を意味する。そのようなヒト生殖系列免疫グロブリン配列は、Kabat et al.(1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242に記載されている。ここで、ヒト抗体は、グリコシル化ヒトＰＤ−１と結合し、ヒト生殖系列免疫グロブリン核酸配列の天然起源の体細胞バリアントである核酸配列によってコードされる抗体を含むことができる。
【００４７】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「キメラ抗体」は、重鎖および／または軽鎖の一部分が、特定の種に由来するまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一または相同であるが、鎖の残部が、別の種に由来するまたは別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一または相同である抗体はもちろん、所望の生物活性を示すのであればそのような抗体の断片も意味する（米国特許第４，８１６，５６７号明細書；およびMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)を参照されたい）。
【００４８】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「ヒト化抗体」は、ヒト免疫グロブリン（例えば、レシピエント抗体）を含むキメラ抗体であって、天然相補鎖決定領域（「ＣＤＲ」）残基が、所望の特異性、親和性および能力を有するマウス、ラット、ウサギまたは非ヒト霊長類などの非ヒト種（例えば、ドナー抗体）の対応するＣＤＲからの残基によって置換されている、キメラ抗体を意味する。一部の事例では、ヒト免疫グロブリンの１つまたは複数のＦＲ領域残基が、対応する非ヒト残基によって置換されている。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見つけられない残基を有することがある。これらの修飾は、抗体の性能をさらに洗練するために行われる。ヒト化抗体重鎖および軽鎖は、少なくとも１つまたは複数の可変領域であって、ＣＤＲのすべてまたは実質的にすべてが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲのすべてまたは実質的にすべてがヒト免疫グロブリン配列のものに対応する可変領域の、実質的にすべてを有することもある。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部分、典型的にはヒト免疫グロブリンの少なくとも一部分を有することもある。さらさらなる詳細については、Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann et al., Nature, 332:323-329 (1988)；and Presta, Curr. Op. Struct. Biol., 2:593-596 (1992)；Carter et al., Proc. Natl. Acd. Sci. USA 89:4285-4289 (1992)；ならびに米国特許第６，８００，７３８号、同第６，７１９，９７１号、同第６，６３９，０５５号、同第６，４０７，２１３号および同第６，０５４，２９７号明細書を参照されたい。
【００４９】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「組換え抗体」は、組換え手段により調製、発現、作出または単離される抗体を意味する。組換え抗体は、宿主細胞にトランスフェクトされる組換え発現ベクターを使用して発現される抗体であってもよく、組換え、コンビナトリアル抗体ライブラリーから単離された抗体であってもよく、ヒト免疫グロブリン遺伝子の遺伝子導入および／もしくは染色体導入動物（例えば、マウスもしくはウシ）から単離された抗体（例えば、Taylor, L. D. et al., Nucl. Acids Res. 20:6287-6295(1992)を参照されたい）であってもよく、または免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングを含む任意の他の手段により調製、発現、作出もしくは単離された抗体であってもよい。そのような組換え抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来するものを含む、可変および定常領域を有しうる（Kabat, E. A. et al.(1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242を参照されたい。組換え抗体は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ変異誘発（または、ヒトＩｇ配列の遺伝子導入動物を使用する場合にはｉｎ  ｖｉｖｏ体細胞変異）を受けることもあり、それ故、組換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系ＶＨおよびＶＬ配列に由来し、ヒト生殖細胞系ＶＨおよびＶＬ配列と類縁の配列であるが、ｉｎ  ｖｉｖｏでヒト抗体生殖系列レパートリー内に天然に存在しない配列でありうる。
【００５０】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「抗原結合断片」および類似の用語は、抗原と免疫特異的に結合し、抗原に対するその特異性および親和性を抗体に付与するアミノ酸配列を含む、抗体の一部分を意味する。抗原結合断片は、抗体の機能性断片と呼ばれることもある。抗原結合断片は、一価であってもよく、二価であってもよく、または多価であってもよい。
【００５１】
抗原結合断片を有する分子としては、例えば、Ｆｄ、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）、Ｆ（ａｂ）２、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ）３、Ｆ（ａｂ’）３、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ、または単一ドメイン抗体が挙げられる。ｓｃＦｖは、一価ｓｃＦｖであってもよく、または二価ｓｃＦｖであってもよい。抗原結合断片を有する他の分子としては、例えば、重鎖もしくは軽鎖ポリペプチド、可変領域ポリペプチドまたはＣＤＲポリペプチドあるいはその一部分を挙げることができるが、ただしそのような抗原結合断片が結合活性を保持することを条件とする。そのような抗原結合断片は、例えば、Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York (1989)；Myers (ed.), Molec. Biology and Biotechnology: A Comprehensive Desk Reference, New York: VCH Publisher, Inc.；Huston et al., Cell Biophysics, 22:189-224 (1993)；Pluckthun and Skerra, Meth. Enzymol., 178:497-515 (1989)、およびDay, E.D., Advanced Immunochemistry, Second Ed., Wiley-Liss, Inc., New York, NY (1990)において見つけることができ、それらに記載されている。抗原結合断片は、少なくとも５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも４０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも５０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも６０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも７０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも８０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも９０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１００個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１２５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１５０個の連続するアミノ酸残基、少なくとも１７５個の連続するアミノ酸残基、少なくとも２００個の連続するアミノ酸残基、または少なくとも２５０個の連続するアミノ酸残基のアミノ酸配列を有するポリペプチドでありうる。
【００５２】
抗体の重鎖は、アミノ末端部分が約１２０〜１３０個以上のアミノ酸の可変領域を含み、カルボキシ末端部分が定常領域を含む、約５０〜７０ｋＤａのポリペプチド鎖を意味する。定常領域は、重鎖定常領域のアミノ酸配列に基づき、アルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）およびミュー（μ）と呼ばれる、５つの別個のタイプのうちの１つでありうる。これらの別個の重鎖はサイズが異なり、α、δおよびγは、おおよそ４５０のアミノ酸を含有するが、μおよびεは、おおよそ５５０のアミノ酸を含有する。軽鎖と組み合わせられた場合、これらの別個の重鎖タイプは、抗体の公知の５クラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭをそれぞれ生じ、これには、ＩｇＧの４つのサブクラス、すなわちＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４が含まれる。重鎖は、ヒト重鎖でありうる。
【００５３】
抗体の軽鎖は、アミノ末端部分が１００〜１１０個以上のアミノ酸の可変領域を含み、カルボキシ末端部分が定常領域を含む、約２５ｋＤａのポリペプチド鎖を意味する。近似的軽鎖長は、２１１〜２１７アミノ酸である。定常領域のアミノ酸配列に基づいてカッパ（κ）またはラムダ（λ）と呼ばれる２つの別個のタイプがある。軽鎖アミノ酸配列は、当技術分野において周知である。軽鎖は、ヒト軽鎖でありうる。
【００５４】
抗体の可変ドメインまたは可変領域は、抗体の軽鎖または重鎖の部分であって、軽鎖または重鎖のアミノ末端に一般に位置し、重鎖では約１２０〜１３０アミノ酸および軽鎖では約１００〜１１０アミノ酸の長さを有し、その特定の抗原に対する各々の特定の抗体の結合および特異性に使用される部分を意味する。可変ドメインは、異なる抗体間で配列が広範に異なる。配列の可変性は、ＣＤＲ内に集中しており、さらに、可変ドメイン内のより小さい可変部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。軽鎖および重鎖のＣＤＲは、抗体と抗原の相互作用に主として関与する。本明細書で使用されるアミノ酸部分のナンバリングは、Kabat et al.(1991) Sequences of proteins of immunological interest.  (U.S. Department of Health and Human Services, Washington, D.C.) 5th ed.におけるような、ＥＵインデックスに準ずる。可変領域は、ヒト可変領域でありうる。
【００５５】
ＣＤＲは、免疫グロブリン（Ｉｇもしくは抗体）ＶＨβシートフレームワークの非フレームワーク領域内の３つの高頻度可変領域（Ｈ１、Ｈ２もしくはのＨ３）のうちの１つ、または抗体ＶＬβシートフレームワークの非フレームワーク領域内の３つの高頻度可変領域（Ｌ１、Ｌ２もしくはＬ３）のうちの１つを意味する。したがって、ＣＤＲは、フレームワーク領域配列内に散在する可変領域配列である。ＣＤＲ領域は、当業者に周知であり、例えば、カバットによって抗体可変ドメイン内の最高頻度可変性領域と定義されている（Kabat et al., J. Biol. Chem. 252: 6609-6616 (1977)；Kabat, Adv. Prot. Chem. 32:1-75 (1978)）。ＣＤＲ領域配列はまた、コチアによって保存βシートフレームワーク部分がなく、したがって異なる立体構造に適応することができる残基と構造的に定義されている（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。両方の用語法は、当技術分野において十分に認知されている。基準抗体可変ドメイン内のＣＤＲの位置は、非常に多数の構造の比較により決定されている（Al-Lazikani et al., J. Mol. Biol. 273:927-948 (1997)；Morea et al., Methods 20:267-279 (2000)）。高頻度可変領域内の残基番号は、抗体によって異なるため、基準位置と比較して追加の残基は、基準可変ドメインナンバリングスキームで残基番号の次にａ、ｂ、ｃなどと従来通りにナンバリングされる（Al-Lazikani et al., supra (1997)）。そのような命名法は、当業者に周知である。
【００５６】
ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ（ＩＭＧＴ）Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）という汎用ナンバリングシステムが開発され、広く適用されている（Lafranc et al., 2003, Dev. Comp. Immunol., 27(1):55-77）。ＩＭＧＴは、ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン（Ｉｇ）、Ｔ細胞受容体（ＴＲ）および主要組織適合複合体（ＭＨＣ）を専門に扱う統合情報システムである。本明細書では、ＣＤＲは、軽鎖または重鎖内のアミノ酸配列と位置の両方の点から言及される。免疫グロブリンＶドメインの構造内のＣＤＲの「位置」は、種間で保存され、ループと呼ばれる構造の中に存在するので、構造的特徴に従って可変ドメイン配列をアラインするナンバリングシステムを使用することにより、ＣＤＲおよびフレームワーク残基が容易に同定される。この情報は、ある種の免疫グロブリンからのＣＤＲ残基を、典型的にはヒト抗体からの、アクセプターフレームワークにグラフトすることおよび置き換えることに使用されうる。さらなるナンバリングシステム（ＡＨｏｎ）が、Honegger et al., 2001, J. Mol.Biol., 309: 657-670により開発された。例えばカバットナンバリングおよびＩＭＧＴ固有ナンバリングシステムを含む、ナンバリングシステム間の対応は、当業者に周知である（例えば、Kabat, Id；Chothia et al., Id；Martin, 2010, Antibody Engineering, Vol. 2, Chapter 3, Springer Verlag；およびLefranc et al., 1999, Nuc.Acids Res., 27:209-212を参照されたい）。
【００５７】
ＣＤＲ領域配列は、ＡｂＭおよびコンタクト方法論によっても定義されている。ＡｂＭ高頻度可変領域は、カバットＣＤＲとコチア構造ループの折衷案であり、Ｏｘｆｏｒｄ  ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアにより使用される（例えば、Martin, 2010, Antibody Engineering, Vol. 2, Chapter 3, Springer Verlagを参照されたい）。「コンタクト」高頻度可変領域は、入手可能な複合体結晶構造の分析に基づく。これらの高頻度可変領域またはＣＤＲの各々からの残基は、下段にて述べられる。
【００５８】
ＣＤＲ領域配列の例示的な概要説明は、下記の表２に示されている。基準抗体可変領域内のＣＤＲの位置は、非常に多数の構造の比較により決定されている（Al-Lazikani et al., 1997, J. Mol. Biol., 273:927-948)；Morea et al., 2000, Methods, 20:267-279）。高頻度可変領域内の残基番号は、抗体によって異なるため、基準位置と比較して追加の残基は、基準可変領域ナンバリングスキームで残基番号の次にａ、ｂ、ｃなどと従来通りにナンバリングされる（Al-Lazikani et al., Id）。そのような命名法は、当業者に周知である。
【００５９】
【表２】
2019509976.tif 000004
【００６０】
１個または複数のＣＤＲを分子に共有結合的にまたは非共有結合的に分子に組み込んで、それをイムノアドヘシンにすることもできる。イムノアドヘシンは、ＣＤＲをより大きいポリペプチド鎖の一部として組み込むことができ、ＣＤＲを別のポリペプチド鎖と共有結合させることができ、またはＣＤＲを非共有結合的に組み込むことができる。ＣＤＲは、目的の特定の抗原とのイムノアドヘシンの結合を可能にする。
【００６１】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「結合する」または「結合すること」は、分子間の相互作用を意味する。相互作用は、例えば、水素結合、イオン結合、疎水性相互作用および／またはファンデルワールス相互作用をはじめとする、非共有結合性相互作用であってもよい。抗体とグリコシル化ヒトＰＤ−１などの標的分子の単一のエピトープとの全非共有結合性相互作用の強度が、そのエピトープに対する抗体の親和性である。「結合親和性」は、一般に、分子（例えば、抗体などの結合タンパク質）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との非共有結合性相互作用の合計の強度を意味する。
【００６２】
結合分子Ｘ（例えば、抗体）のその結合パートナーY（例えば、抗体の同種抗原）に対する親和性は、一般に、解離定数（Ｋｄ）または平衡解離定数（ＫＤ）によって一般に表すことができる。低親和性抗体は、一般に、抗原にゆっくりと結合し、容易に解離する傾向があるが、高親和性抗体は、一般に、より迅速に抗原に結合し、より長く結合したままである傾向がある。結合親和性の様々な測定方法が当技術分野において公知であり、それらのうちのいずれを本開示のために使用してもよい。「ＫＤ」または「ＫＤ値」は、当技術分野において公知のアッセイにより、例えば結合アッセイにより、測定することができる。ＫＤは、例えば、目的の抗体のＦａｂバージョンおよびその抗原を用いて行われる、放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）で測定することができる（Chen, et al., (1999) J. Mol. Biol. 293:865-881）。ＫＤまたはＫＤ値は、例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）２０００もしくはＢＩＡｃｏｒｅ（商標）３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，  Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を使用する、Ｂｉａｃｏｒｅによる表面プラズモン共鳴アッセイを使用することにより、または例えば、ＯｃｔｅｔＱＫ３８４システム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ、Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ、ＣＡ）を使用するバイオレイヤー干渉法により、測定することもできる。本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、抗体は、第２の分子抗原より高い親和性で第１の分子抗原と結合する場合、第２の分子抗原と比較して第１の分子抗原に「選択的に結合する」ことができると言われる。抗体は、一般に、全く関係の無い抗原とは結合しない。
【００６３】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「ポリペプチド」は、本明細書で使用される場合、２〜３０個の間のアミノ酸（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５または３０個のアミノ酸）を有するオリゴペプチド、およびより長いアミノ酸鎖、例えば、３０個より多くのアミノ酸、５０個より多くのアミノ酸、１００個より多くのアミノ酸、１５０個より多くのアミノ酸、２００個より多くのアミノ酸、３００個より多くのアミノ酸、４００個より多くのアミノ酸、５００個より多くのアミノ酸、または６００個より多くのアミノ酸を含む。例えば、組換え発現によりまたは化学合成により、ポリペプチドを産生することができる。本開示のポリペプチドを翻訳後にまたは化学的に修飾（例えば、グリコシル化、カルバミル化、リン酸化、ビオチン化、蛍光色素の結合など）することができる。ポリペプチドを特異的部位でグリコシル化することができる。ポリペプチドは、天然遺伝コードによってコードされない非天然アミノ酸を含むこともある。例えば、ポリペプチドは、メチル化された主鎖構造、ペプトイド主鎖構造（ポリＮ置換グリシン）、Ｌ−アミノ酸、Ｒ−アミノ酸などを含むこともある。ポリペプチドは、野生型配列、天然起源のバリアント配列、変異型配列（例えば、点変異、欠失変異）などを含むこともある。
【００６４】
抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体
本明細書で提供されるのは、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する単離された抗体である。ＰＤ−１は、ヒトＰＤ−１でありうる。グリコシル化ＰＤ−１は、ＰＤ−１の特異的Ｎ−グリカン構造であってもよく、またはＰＤ−１の糖ペプチドであってもよい。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗原結合断片である。
【００６５】
一部の実施形態では、本明細書で提供される単離された抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１と比較して、Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、Ｎ１１６またはそれらの任意の組み合わせにおいてグリコシル化されたヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９およびＮ５８グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９およびＮ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８およびＮ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８およびＮ７４グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。一部の実施形態では、単離された抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６グリコシル化を有するヒトＰＤ−１と選択的に結合する。
【００６６】
ある特定の態様では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＰＤ−１と結合し、１つまたは複数のグリコシル化モチーフを遮蔽または隠蔽してそのモチーフと分子の結合または他の相互作用を遮断し、ＰＤ−１のそのグリコシル化部位でのグリコシル化を阻止することができる。特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４およびＮ１１６のうちの１つまたは複数のグリコシル化部位を遮蔽する。
【００６７】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、ＰＤ−１の１つまたは複数のグリコシル化モチーフと選択的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、グリコシル化モチーフを含む糖ペプチドおよびその隣接ペプチドと選択的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する。ある特定の実施形態では、抗原結合断片は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの５０％未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。一部の実施形態では、抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。さらなる態様では、抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの少なくとも１０倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。
【００６８】
提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１に優先的に結合するモノクローナル抗体、特に、本明細書に記載のＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２である。また、提供されるのは、ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２のヒト化およびキメラ形態、ならびにＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２と結合について競合する抗体である。ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２の重鎖および軽鎖可変ドメインは、下記の表３に提供されている。
【００６９】
特定の態様で提供されるのは、配列番号３および５のアミノ酸配列をそれぞれ有する重鎖および軽鎖可変ドメイン（シグナル配列を一切有さない成熟ＶＨおよびＶＬ領域アミノ酸配列）有する抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体ＳＴＭ４１８、およびその抗原結合部分、ならびにそのヒト化およびキメラ形態である。本明細書で提供されるのは、ＰＤ−１との結合についてＳＴＭ４１８  ＭＡｂと競合する、および／またはＳＴＭ４１８と同じエピトープと結合する、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体である。
【００７０】
提供されるのは、モノクローナル核酸（ＤＮＡ）であり、ＳＴＭ４１８の重鎖および軽鎖可変（Ｖ）ドメインの対応するアミノ酸配列は、下記の表３に示されている。配列番号２および３は、ＳＴＭ４１８  ＶＨドメインの核酸配列およびアミノ酸配列であり、配列番号４および５は、ＳＴＭ４１８カッパＶＬドメインの成熟形態の核酸配列およびアミノ酸配列である。表４は、ＳＴＭ４１８のコチア、ＡｂＭ、カバットおよびコンタクト重鎖および軽鎖ＶドメインＣＤＲを提供するものである。
【００７１】
グリコシル化ＰＤ−１上のＳＴＭ４１８のエピトープは、下記の通りであると決定されており、ＰＤ−１位置は配列番号１の場合と同様であり、抗原−抗体架橋実験により決定された接触残基が下線を引くことにより示されている：
３４ＰＰＴＦＳＰＡＬＬＶＶ４４…４９ＮＡＴＦＴＣＳＦＳＮＴ５９…１０４ＲＤＦＨＭＳＶＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴＹＬＣＧ１２４
（配列番号１のアミノ酸３４〜４４、４９〜５９および１０４〜１２４）。したがって、提供されるのは、配列番号１のグリコシル化ＰＤ−１配列のアミノ酸３４〜４４、４９〜５９および１０４〜１２４の領域を有し、特に、配列番号１のＴ３６、Ｓ３８、Ｔ５１、Ｔ５３、Ｓ５５、Ｓ１０９、Ｒ１１５、Ｓ１１８およびＹ１２１位のうちの１つまたは複数に接触点がある、エピトープに結合する抗体である。特定の実施形態において、提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１に選択的に結合し、配列番号１の３６、３８、５１、５３、５５、１０９、１１５、１１８および１２１位のすべてとの結合接触点を有する、抗体である。
【００７２】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３のアミノ酸配列を有するＶＨドメイン、および／または配列番号５のアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、配列番号３のＶＨドメインおよび配列番号５のＶＬドメインを含む抗体と競合する。他の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＨドメイン、および／または配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＬドメインを含む。これらの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、キメラ抗体であってもよく、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含んでいてもよい。
【００７３】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、もしくは配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、またはそれらの組み合わせを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、もしくは配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、またはそれらの組み合わせを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３を含むＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、または配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、あるいはそれらの組み合わせを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、または配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、あるいはそれらの組み合わせを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含むか、または配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含み、かつ配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含むか、または配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含む、抗体を含むか、あるいはその抗体と結合について競合する。好ましくは、ＶＨおよびＶＬドメインは、ＣＤＲの同じクラスを有する、すなわち、両方とも、コチア、ＡｂＭ、カバットまたはコンタクトＣＤＲを有する
【００７４】
他の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号６、配列番号７および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの、または配列番号９、配列番号１０および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの、または配列番号１１、配列番号１２および配列番号８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの、または配列番号１３、配列番号１４および配列番号１５のアミノ酸配列をそれぞれ有するＣＤＲのうちの１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１、Ｈ２およびＨ３を含む、ＶＨドメインを有する。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２もしくは３つのＣＤＲまたは配列番号１９、配列番号２０および配列番号２１のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２もしくは３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｌ１、Ｌ２およびＬ３を含むＶＬドメインを有しうる。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＶＨドメインとＶＬドメインの両方のＣＤＲにアミノ酸置換があってもよい。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、保存的置換である。
【００７５】
好ましくは、上述の抗体は、ヒトフレームワーク領域を有し、すなわち、ＳＴＭ４１８のヒト化形態、および任意選択的に、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含む。
【００７６】
結合親和性または他のパラメーターを向上させるためにヒト化抗体のＣＤＲおよび／またはフレームワーク領域において１つまたは複数のアミノ酸置換を行ってもよいことは、当業者には理解されるであろう。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、上記ＶＨおよびＶＬドメインならびにＣＤＲを内部に含む抗体と競合する。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１との該抗体の結合により示されるＫｄの半分未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの少なくとも５倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１タンパク質との該抗体の結合により示されるＫｄの少なくとも１０倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。ある実施形態では、実施例２に記載の細胞フローサイトメトリー結合アッセイにおいて、抗体は、ＷＴ  ＰＤ−１を発現する細胞との結合であって、非グリコシル化ＰＤ−１を発現する細胞との結合についてのＭＦＩより５倍、１０倍、２０倍、３０倍、５０倍、７０倍、または１００倍大きいＭＦＩとして表される結合を示す。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識またはマーカーにより直接または間接的に検出可能である。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識またはマーカー、例えば、ＦＩＴＣで直接標識されている。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に対するＳＴＭ４１８  ＭＡｂまたはそのキメラもしくはヒト化形態の結合親和性は、５〜２０ｎＭまたは５〜１０ｎＭ（下限値と上限値を含む）である。ある実施形態では、抗体は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１の相互作用を阻害し、特に、エフェクターＴ細胞により発現されるグリコシル化ＰＤ−１と腫瘍細胞により発現されるＰＤ−Ｌ１の相互作用を阻害する。
【００７７】
別の態様で提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１に特異的に結合する、配列番号２３および２５のアミノ酸配列をそれぞれ有する重鎖および軽鎖可変ドメイン（成熟ＶＨおよびＶＬ領域アミノ酸配列）を有する抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体ＳＴＭ４３２、およびその抗原結合部分、ならびにそのヒト化およびキメラ形態である。配列番号２２および２４であるＳＴＭ４３２  ＭＡｂの重鎖および軽鎖可変（Ｖ）ドメインをそれぞれコードする核酸配列は、下記の表３に示されている。また、表５に示されているのは、ＳＴＭ４３２のコチア、ＡｂＭ、カバットおよびコンタクト重鎖および軽鎖ＶドメインＣＤＲである。
【００７８】
ＳＴＭ４３２は、配列９１ＤＣＲＦＲＶＴＱＬＰＮＧＲＤＦＨＭ１０７…１２３ＣＧＡＩＳＬＡＰＫＡＱＩ１３４（配列番号１のＰＤ−１アミノ酸配列のアミノ酸Ｄ９１〜Ｍ１０７およびＣ１２３〜Ｉ１３４）に対応する、グリコシル化ＰＤ−１上のエピトープに結合すると決定されている。ＭＡＢ  ＳＴＭ４３２により認識されるエピトープを含む、すなわち、ＰＤ−１に結合したｍＡｂによる接触を受ける、本明細書で示されるアミノ酸残基Ｒ９５、Ｒ１０３、Ｓ１２７およびＫ１３１には、下線が引かれている。したがって、提供されるのは、本明細書で定義される通りのＳＴＭ４３２エピトープに結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体である。また、本明細書で提供されるのは、グリコシル化ＰＤ−１との結合についてＳＴＭ４３２  ＭＡｂと競合する、および／またはＳＴＭ４３２と同じエピトープと結合する、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体である。
【００７９】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２３のアミノ酸配列を有するＶＨドメイン、および／または配列番号２５のアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、配列番号２３のＶＨドメインおよび配列番号２５のＶＬドメインを含む抗体と競合する。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＨドメイン、および／または配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＬドメインを含む。これらの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、キメラ抗体であってもよく、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含んでいてもよい。
【００８０】
ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３、配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３、もしくは配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３、またはそれらの組み合わせを含む、ＶＨドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３、配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３、もしくは配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３、またはそれらの組み合わせを含むＶＨドメインを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３６、配列番号３７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭおよびカバットＣＤＲ１〜３を含むＣＤＲ１〜３、もしくは配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列を有するコンタクトＣＤＲ１〜３、またはそれらの組み合わせを含む、ＶＬドメインを含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３６、配列番号３７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３、または配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列を有するコンタクトＣＤＲ１〜３、あるいはそれらの組み合わせを含むＶＬドメインを含む抗体と、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について競合する。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に特異的かつ優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチアＣＤＲ１〜３、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するＡｂＭ  ＣＤＲ１〜３、配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ有するカバットＣＤＲ１〜３を、または配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＨドメインを含み、かつ配列番号３６、配列番号７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれ有するコチア、ＡｂＭもしくはカバットＣＤＲ１〜３、または配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列を有するコンタクトＣＤＲ１〜３を含むＶＬドメインを含む、抗体を含むか、あるいはその抗体と結合について競合する。好ましくは、ＶＨおよびＶＬドメインは、ＣＤＲの同じクラスを有する、すなわち、両方とも、コチア、ＡｂＭ、カバットまたはコンタクトＣＤＲを有する。
【００８１】
ある特定の実施形態で提供されるのは、配列番号２６、配列番号２７および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ、配列番号２９、配列番号３０および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ、または配列番号３１、配列番号３２および配列番号２８のアミノ酸配列をそれぞれ、または配列番号３３、配列番号３４および配列番号３５のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有するＣＤＲ  Ｈ１、Ｈ２およびＨ３を含むＶＨドメインをする抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体である。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、配列番号３６、配列番号３７および配列番号３８のアミノ酸配列をそれぞれまたは配列番号３９、配列番号４０および配列番号４１のアミノ酸配列をそれぞれ有する１、２または３つのＣＤＲに１、２、３、４または５つのアミノ酸置換があるアミノ酸配列を有する、ＣＤＲ  Ｌ１、Ｌ２およびＬ３を含むＶＬドメインも有しうる。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＶＨドメインとＶＬドメインの両方のＣＤＲにアミノ酸置換があってもよい。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、保存的置換である。
【００８２】
実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１との特異的結合について、上記ＶＨおよびＶＬドメインならびにＣＤＲを内部に含む抗体と競合する。好ましくは、これらの抗体は、ヒトフレームワーク領域を有し、すなわち、ＳＴＭ４３２のヒト化形態、および任意選択的に、例えばヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４からのヒト定常ドメインを含む。結合親和性または他のパラメーターを向上させるためにヒト化抗体のＣＤＲまたはフレームワーク領域において１つまたは複数のアミノ酸置換を行ってもよいことは、当業者には理解されるであろう。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの半分未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１に対して示されるＫｄの半分未満のＫｄでグリコシル化ＰＤ−１と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１との該抗体の結合により示されるＫｄの少なくとも５倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１タンパク質との該抗体の結合により示されるＫｄの少なくとも１０倍少ないＫｄでグリコシル化ＰＤ−１タンパク質と結合する。ある実施形態では、実施例２に記載の細胞フローサイトメトリー結合アッセイにおいて、抗体は、ＷＴ  ＰＤ−１を発現する細胞との結合であって、非グリコシル化ＰＤ−１を発現する細胞との結合についてのＭＦＩより５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、または５０倍大きいＭＦＩとして表される結合を示す。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識またはマーカーにより直接または間接的に検出可能である。ある実施形態では、抗体は、蛍光標識またはマーカー、例えば、ＦＩＴＣで直接標識されている。ある実施形態では、グリコシル化ＰＤ−１に対するＳＴＭ４３２  ＭＡｂあるいはその結合ドメインまたはヒト化もしくはキメラ形態の結合親和性は、５〜２０ｎＭまたは５〜１０ｎＭ（下限値と上限値を含む）である。ある実施形態では、抗体は、ＰＤ−１とＰＤ−１の相互作用を阻害し、特に、エフェクターＴ細胞により発現されるグリコシル化ＰＤ−１と腫瘍細胞により発現されるＰＤ−１、特にグリコシル化ＰＤ−１、の相互作用を阻害する。
【００８３】
ある実施形態では、抗体は、ＰＤ−１とＰＤ−１の相互作用を阻害し、特に、エフェクターＴ細胞により発現されるグリコシル化ＰＤ−１と腫瘍細胞により発現されるＰＤ−Ｌ１の相互作用を阻害する。
【００８４】
さらに別の実施形態は、配列番号２もしくは２２と少なくとも９０〜９８％同一であるヌクレオチド配列を含む抗ｇｌｙｃＰＤ−１  ＶＨドメインをコードする、および／または配列番号４もしくは２４とそれぞれ少なくとも９０〜９８％同一であるヌクレオチド配列を含む抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体ＶＬドメインをコードする、単離された核酸分子を提供する。実施形態では、ＶＨおよび／またはＶＬドメインをコードするヌクレオチド配列は、配列番号２もしくは２２または配列番号４もしくは２４とそれぞれ９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上同一である。
【００８５】
下記の表３は、ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２の重鎖および軽鎖可変ドメインのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を提供するものである。
【００８６】
【表３】
2019509976.tif 000005
【００８７】
下記の表４および５で提供されるのは、コチア、ＡｂＭ、カバットおよびコンタクトＣＤＲによる、ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２抗体のＣＤＲ配列である。したがって、提供されるのは、ヒトフレームワーク領域に付け足された下記表４および５のＣＤＲを含む非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１に優先的に結合する、ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２のヒト化形態である。
【００８８】
【表４】
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【００８９】
【表５】
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【００９０】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤまたはＩｇＥであってもよい。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体はまた、キメラ抗体、親和成熟抗体、ヒト化抗体、またはヒト抗体であってもよい。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体はまた、ラクダ化抗体、イントラボディ、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体であってもよい。一部の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ポリクローナル抗体であってもよく、またはモノクローナル抗体であってもよい。
【００９１】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗原結合断片である。抗原結合断片は、Ｆｄ、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）、Ｆ（ａｂ）２、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ）３、Ｆ（ａｂ’）３、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ、または単一ドメイン抗体であってもよい。ｓｃＦｖは、一価ｓｃＦｖであってもよく、または二価ｓｃＦｖであってもよい。
【００９２】
公知の手段により、および本明細書に記載の通り、グリコシル化ＰＤ−１、そのそれぞれのエピトープのうちの１つもしくは複数、または前述のもののいずれかのコンジュゲートに特異的である、ポリクローナルまたはモノクローナル抗体、抗原結合断片、ならびに結合ドメインおよびＣＤＲ（上述のもののいずれかについての操作形態を含む）を、そのような抗原またはエピトープが天然源から単離されたものであるか、または天然化合物の合成誘導体もしくはバリアントであるかを問わず、作出することができる。
【００９３】
鳥類および哺乳動物を含む、任意の動物源から、抗体を産生することができる。一部の実施形態では、抗体は、ヒツジ、ネズミ（マウスおよびラット）、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ウマまたはニワトリである。加えて、より新しい技術により、ヒトコンビナトリアル抗体ライブラリーからのヒト抗体の開発およびスクリーニングが可能である。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれている米国特許第６，９４６，５４６号に記載されているように、バクテリオファージ抗体発現技術により動物の免疫処置の非存在下で特異的抗体を産生することが可能である。これらの技術は、Marks et al., Bio/Technol., 10:779-783(1992)；Stemmer, Nature, 370:389-391(1994)；Gram et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:3576-3580 (1992)；Barbas et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91:3809-3813(1994)；およびSchier et al., Gene, 169(2):147-155(1996)にさらに記載されており、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【００９４】
様々な動物種においてポリクローナル抗体を産生する方法、ならびにヒト化、キメラおよび完全ヒトをはじめとする様々なタイプのモノクローナル抗体を産生する方法も、当技術分野において周知である。例えば、次の米国特許は、そのような方法の実施可能な記述を提供しており、参照により本明細書に組み込まれている：米国特許第３，８１７，８３７号、同第３，８５０，７５２号、同第３，９３９，３５０号、同第３，９９６，３４５号、同第４，１９６，２６５号、同第４，２７５，１４９号、同第４，２７７，４３７号、同第４，３６６，２４１号、同第４，４６９，７９７号、同第４，４７２，５０９号、同第４，６０６，８５５号、同第４，７０３，００３号、同第４，７４２，１５９号、同第４，７６７，７２０号、同第４，８１６，５６７号、同第４，８６７，９７３号、同第４，９３８，９４８号、同第４，９４６，７７８号、同第５，０２１，２３６号、同第５，１６４，２９６号、同第５，１９６，０６６号、同第５，２２３，４０９号、同第５，４０３，４８４号、同第５，４２０，２５３号、同第５，５６５，３３２号、同第５，５７１，６９８号、同第５，６２７，０５２号、同第５，６５６，４３４号、同第５，７７０，３７６号、同第５，７８９，２０８号、同第５，８２１，３３７号、同第５，８４４，０９１号、同第５，８５８，６５７号、同第５，８６１，１５５号、同第５，８７１，９０７号、同第５，９６９，１０８号、同第６，０５４，２９７号、同第６，１６５，４６４号、同第６，３６５，１５７号、同第６，４０６，８６７号、同第６，７０９，６５９号、同第６，７０９，８７３号、同第６，７５３，４０７号、同第６，８１４，９６５号、同第６，８４９，２５９号、同第６，８６１，５７２号、同第６，８７５，４３４号、同第６，８９１，０２４号、同第７，４０７，６５９号、および同第８，１７８，０９８号明細書（これらの米国特許は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている）。
【００９５】
一部の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、モノクローナル抗体でありうる。一部の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ポリクローナル抗体でありうる。動物にグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドなどの抗原を接種して、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドに特異的な抗体を産生することができる。多くの場合、抗体は、免疫応答を増強するために別の分子に結合またはコンジュゲートされる。コンジュゲートは、動物において免疫応答を惹起するために使用される抗原に結合された、いずれのペプチド、ポリペプチド、タンパク質または非タンパク質性物質であってもよい。抗原接種に応答して動物において産生される抗体は、様々な個々の抗体産生Ｂリンパ球から作製される様々な同一でない分子（ポリクローナル抗体）を有する。動物におけるポリクローナル抗体産生のための妥当な条件を考えれば、動物の血清中の抗体の大部分は、その動物に免疫を付与した抗原性化合物上の集団エピトープを認識する。
【００９６】
この特異性をアフィニティー精製によって目的の抗原またはエピトープを認識する抗体のみを選択するように増強することができる。モノクローナル抗体（ＭＡｂ）を生成する方法は、ポリクローナル抗体を調製する方法と同じように開始することができる。一部の実施形態では、マウスおよびラットなどの齧歯類がモノクローナル抗体の生成に使用される。一部の実施形態では、ウサギ、ヒツジまたはカエル細胞がモノクローナル抗体の生成に使用される。ラットの使用は周知であり、ある特定の利点をもたらすことができる。マウス（例えば、ＢＡＬＢ／ｃマウス）は、日常的に使用されており、一般に、高いパーセンテージの安定した融合体をもたらす。
【００９７】
ハイブリドーマ技術は、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドで前もって免疫を付与したマウスからの単一Ｂリンパ球と不死メラノーマ細部（通常はマウスメラノーマ）の融合を含む。この技術は、不特定の世代数にわたって単一抗体産生細胞を増殖させる方法をもたらし、したがって、同じ抗原またはエピトープ特異性を有する構造的に同じ抗体（モノクローナル抗体）の無限の量を産生することができる。
【００９８】
抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ポリペプチドの産生に有用な当技術分野において公知の任意の方法、例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ合成、組換えＤＮＡ産生などによって産生することができる。ヒト化抗体を組換えＤＮＡ技術によって産生することができる。本明細書に記載の抗体は、組換え免疫グロブリン発現技術を使用して産生することもできる。ヒト化抗体をはじめとする免疫グロブリン分子の組換え産生は、米国特許第４，８１６，３９７号明細書（Ｂｏｓｓら）、米国特許第６，３３１，４１５号および同第４，８１６，５６７号明細書（両方ともＣａｂｉｌｌｙら）、英国特許出願公開第２，１８８，６３８号明細書（Ｗｉｎｔｅｒら）、英国特許出願公開第２，２０９，７５７号明細書に記載されており、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。ヒト化免疫グロブリンをはじめとする免疫グロブリンの組換え発現のための技術もまた、Goeddel et al., Gene Expression Technology Methods in Enzymology Vol. 185 Academic Press (1991)、およびBorreback, Antibody Engineering, W. H. Freeman (1992)において見つけることができ、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。組換え抗体の生成、設計および発現に関する追加情報は、Mayforth, Designing Antibodies, Academic Press, San Diego (1993)において見つけることができる。
【００９９】
外来抗体の可変領域をそのまま残してモノクローナル抗体の軽鎖および重鎖定常ドメインをヒト由来の類似ドメインで置換する方法が開発された。あるいは、完全ヒトモノクローナル抗体は、ヒト免疫グロブリン遺伝子の遺伝子導入マウスまたはラットにおいて産生される。齧歯動物アミノ酸配列とヒトアミノ酸配列の両方を有する抗体可変ドメインを組換えで構築することにより、モノクローナル抗体の可変ドメインをよりヒトの形態に変換する方法も開発された。ヒト化モノクローナル抗体の場合、高頻度可変ＣＤＲのみが非ヒト（例えば、マウス、ラット、ニワトリ、ラマ）モノクローナル抗体に由来し、フレームワーク領域はヒトアミノ酸配列に由来する。齧歯動物に特有である抗体のアミノ酸配列を、ヒト抗体の対応する位置に見られるアミノ酸配列で置換することにより治療目的使用中の有害免疫反応の尤度が低下されることになると考えられる。抗体を産生するハイブリドーマまたは他の細胞もまた、ハイブリドーマにより産生される抗体の結合特異性を変えることもまたは変えないこともある遺伝子変異または他の変化を受けることがある。
【０１００】
モノクローナル抗体および他の抗体ならびに組換えＤＮＡ技術を使用して、元の抗体の抗原またはエピトープ特異性を保持する、すなわち分子が結合ドメインを有する、他の抗体またはキメラ分子を産生することにより、操作抗体を作出することができる。そのような技術は、抗体の免疫グロブリン可変領域またはＣＤＲをコードするＤＮＡを、異なる抗体のフレームワーク領域、定常領域、または定量領域＋フレームワーク領域の遺伝物質に導入することを含む。例えば、参照により本明細書に組み込まれている米国特許第５，０９１，５１３号および同第６，８８１，５５７号明細書を参照されたい。
【０１０１】
ある特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体ライブラリーを使用する上記のファージディスプレイ方法をはじめとする当技術分野において公知の様々な方法によって作製することができる（例えば、米国特許第４，４４４，８８７号および同第４，７１６，１１１号明細書、ならびに国際公開第９８／４６６４５号、同第９８／５０４３３号、同第９８／２４８９３号、同第９８／１６６５４号、同第９６／３４０９６号、同第９６／３３７３５号および同第９１／１０７４１号パンフレットを参照されたい）。ヒト抗体は、機能性内因性免疫グロブリンを発現する能力がないがヒト免疫グロブリン遺伝子を発現することができる遺伝子導入マウスを使用して、産生することができる。例えば、ヒト重鎖および軽鎖免疫グロブリン遺伝子複合体を、マウス胚性幹細胞に、ランダムにまたは相同組換えにより導入することができる。あるいは、ヒト可変領域、定常領域および多様性領域を、ヒト重鎖および軽鎖遺伝子に加えてマウス胚性幹細胞に導入することができる。マウス重鎖および軽鎖免疫グロブリン遺伝子は、相同組換えによるヒト免疫グロブリン座位の導入で、別々にまたは同時に非機能性にすることができる。特に、ＪＨ領域のホモ接合型欠失は、内因性抗体産生を防止する。修飾された胚性幹細胞は、キメラマウスを産生するために増殖され、胚盤胞にマイクロインジェクトされる。その後、それらのキメラマウスは、ヒト抗体を発現するホモ接合子孫を産生するために飼育される。それらの遺伝子導入マウスに、選択された抗原、例えば、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドのすべてまたは一部分を用いて、従来の方法論を使用して免疫が付与される。抗原に対するモノクローナル抗体は、従来のハイブリドーマ技術を使用して、免疫付与された遺伝子導入マウスから得ることができる（例えば、米国特許第５，９１６，７７１号明細書を参照されたい）。遺伝子導入マウスにより保有されるヒト免疫グロブリン導入遺伝子は、Ｂ細胞分化中に再編成し、その後、クラススイッチおよび体細胞変異を受ける。したがって、そのような技術を使用して、治療に有用なＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭおよびＩｇＥ抗体を産生することができる。このヒト抗体産生技術の大要については、Lonberg and Huszar（1995, Int. Rev. Immunol.13:65-93；これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれている）を参照されたい。ヒト抗体およびヒトモノクローナル抗体のこの産生技術ならびにそのような抗体を産生するためのプロトコールの詳細な論述については、例えば、国際公開第９８／２４８９３号、同第９６／３４０９６号および同第９６／３３７３５号パンフレット、ならびに米国特許第５，４１３，９２３号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６６１，０１６号、同第５，５４５，８０６号、同第５，８１４，３１８号および同第５，９３９，５９８号明細書を参照されたく、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。加えて、Ａｂｇｅｎｉｘ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｅｍｏｎｔ、Ｃａｌｉｆ．）およびＭｅｄａｒｅｘ（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、Ｎ．Ｊ．）などの���社は、上記の技術に類似した技術を使用して、選択された抗原に対するヒト抗体を提供する業務に従事することができる。
【０１０２】
一実施形態では、抗体は、キメラ抗体、例えば、異種非ヒト、ヒトまたはヒト化配列（例えば、フレームワークおよび／または定常ドメイン配列）にグラフトされた非ヒトドナーからの抗原結合配列を含む抗体である。一実施形態では、非ヒトドナーは、ラットである。一実施形態では、抗原結合配列は、合成のものであり、例えば、変異誘発（例えば、ヒトファージライブラリーのファージディスプレイスクリーニングなど）によって得られる。一実施形態では、本明細書で提供されるキメラ抗体は、マウスＶ領域およびヒトＣ領域を有する。一実施形態では、マウス軽鎖Ｖ領域は、ヒトカッパ軽鎖に融合されている。一実施形態では、マウス重鎖Ｖ領域は、ヒトＩｇＧ１  Ｃ領域に融合されている。
【０１０３】
キメラ抗体の産生方法は、当技術分野において公知である。例えば、Morrison, Science 229:1202 (1985)；Oi et al., BioTechniques 4:214 (1986)；Gillies et al., J. Immunol. Methods 125:191-202(1989)；ならびに米国特許第６，３１１，４１５号、同第５，８０７，７１５号、同第４，８１６，５６７号および同第４，８１６，３９７号明細書を参照されたく、これらの参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。非ヒト種からの１つまたは複数のＣＤＲとヒト免疫グロブリン分子からのフレームワーク領域とを含むキメラ抗体は、当技術分野において公知の様々な技術を使用して産生することができ、そのような技術には、例えば、ＣＤＲグラフティング（欧州特許第２３９，４００号明細書、国際公開第９１／０９９６７号パンフレット、ならびに米国特許第５，２２５，５３９号、同第５，５３０，１０１号および同第５，５８５，０８９号明細書）、ベニアリングまたはリサーフェーシング（欧州特許第５９２，１０６号、同第５１９，５９６明細書；Padlan, Molecular Immunology 28(4/5):489-498 (1991)；Studnicka et al., Protein Engineering 7:805 (1994)；およびRoguska et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:969 (1994)）、および鎖シャフリング（米国特許第５，５６５，３３２号明細書）が含まれ、参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１０４】
組換えキメラ抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の例示的な産生方法は、ａ）マウス抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体のＣＤＲおよび可変領域が、ヒト免疫グロブリンに由来するＦｃ領域に融合されている、抗体重鎖をコードし、発現する発現ベクターを従来の分子生物学方法により構築し、それによってキメラ抗体重鎖発現用のベクターを産生するステップ、ｂ）マウス抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体の抗体軽鎖をコードし、発現する発現ベクターを従来の分子生物学方法により構築し、それによってキメラ抗体軽鎖発現用のベクターを産生するステップ、ｃ）従来の分子生物学方法により発現ベクターを宿主細胞に移入して、キメラ抗体発現用のトランスフェクトされた細胞を産生するステップ、およびｄ）トランスフェクトされた細胞を従来の細胞培養技術により培養して、キメラ抗体を産生するステップを含みうる。
【０１０５】
組換えヒト化抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の例示的な産生方法は、ａ）ＣＤＲとドナー抗体結合特異性を保持するために必要とされる可変領域フレームワークの最小部分とがマウス抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体などの非ヒト免疫グロブリンに由来し、抗体の残部がヒト免疫グロブリンに由来する、抗体重鎖をコードし、発現する発現ベクターを従来の分子生物学方法により構築し、それによってヒト化抗体重鎖発現用のベクターを産生するステップ、ｂ）ＣＤＲとドナー抗体結合特異性を保持するために必要とされる可変領域フレームワークの最小部分とがマウス抗ｇｌｙｃＰＤ−１モノクローナル抗体などの非ヒト免疫グロブリンに由来し、抗体の残部がヒト免疫グロブリンに由来する、抗体重軽鎖をコードし、発現する発現ベクターを従来の分子生物学方法により構築し、それによってヒト化抗体軽鎖発現用のベクターを産生するステップ、ｃ）従来の分子生物学方法により発現ベクターを宿主細胞に移入して、ヒト化抗体発現用のトランスフェクトされた細胞を産生するステップ、およびｄ）トランスフェクトされた細胞を従来の細胞培養技術により培養して、ヒト化抗体を産生するステップを含みうる。
【０１０６】
どちらかの例示的方法に関しても、重鎖および軽鎖−コード配列を除いてだが、異なる選択マーカーを含有することができる、そのような発現ベクターをコトランスフェクトすることができる宿主細胞は、好ましくは同じものである。この手順は、重鎖および軽鎖ポリペプチドの同等の発現をもたらす。あるいは、重鎖ポリペプチドと軽鎖ポリペプチドの両方をコードする単一のベクターを使用してもよい。重鎖および軽鎖のコード配列は、ｃＤＮＡもしくはゲノムＤＮＡまたは両方を含むことができる。組換え抗体を発現するために使用される宿主細胞は、細菌細胞、例えば大腸菌（Escherichia coli）、またはより好ましくは真核細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞もしくはＨＥＫ−２９３細胞）の、どちらであってもよい。発現ベクターの選択は、宿主細胞の選択に依存し、選択された宿主細胞において所望の発現および調節特性を有するように選択することができる。使用することができる他の細胞株には、ＣＨＯ−Ｋ１、ＮＳＯ、およびＰＥＲ．Ｃ６（Crucell、Leiden、Netherlands）が含まれるが、これらに限定されない。さらに、宿主細胞を選択するとき、種特異的なコドン使用頻度の偏りを考慮に入れ、タンパク質発現を増進するように、コドン使用頻度を最適化することができる。例えば、ＣＨＯ細胞発現のために、抗体をコードするＤＮＡは、モンゴルキヌゲネズミ（Cricetulus griseus）（チャイニーズハムスター卵巣細胞が由来する）により優先的に使用されるコドンを組み入れることができる。コドン最適化方法を用いて、所望の宿主細胞による発現向上を助長することができる（例えば、Wohlgemuth et al., Philos. Trans.R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 366(1580):2979-2986 (2011)；Jestin et al., J. Mol.Evol.69(5):452-457 (2009)；Bollenbach et al., Genome Res.17(4):401-404(2007)；Kurland et al., Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 31:191-219 (1984)；Grosjean et al., Gene 18(3): 199-209(1982)を参照されたい）。
【０１０７】
一実施形態では、抗体は、ＶＨＨドメイン配列またはナノボディ（商標）として公知である、軽鎖を欠くラクダ化抗体、好ましくは重鎖ラクダ化抗体、に由来する免疫グロブリン単一可変ドメインである。ナノボディ（商標）（Ｎｂ）は、天然起源の一本鎖抗体の最小機能断片または単一可変ドメイン（ＶＨＨ）であり、当業者には公知である。それらは、ラクダ科動物に見られる重鎖のみ抗体に由来する（Hamers-Casterman et al., Nature 363: 446-448 (1993)；Desmyter et al., Nat. Struct. Biol., 803-811 (1996)）。「ラクダ科動物」の科では、軽鎖ポリペプチド鎖を欠く免疫グロブリンが見いだされる。「ラクダ科動物」は、旧世界ラクダ科動物（フタコブラクダ（Camelus bactrianus）およびヒトコブラクダ（Camelus dromedarius））および新世界ラクダ科動物（例えば、アルパカ（Lama paccos）、ラマ（Lama glama）、グアナコ（Lama guanicoe）およびビクーニャ（Lama vicugna）を含む。単一可変ドメイン重鎖抗体は、本明細書ではナノボディ（商標）またはＶＨＨ抗体と表記される。Ｎｂの小さいサイズおよび特有の生物物理学的特性は、まれなまたは隠れたエピトープの認識について、およびタンパク質標的の空洞または活性部位への結合について、従来の抗体断片より優れている。さらに、Ｎｂを多重特異性および多価抗体として設計することができ、レポーター分子に結合させることができ、またはヒト化することができる。Ｎｂは、安定しており、胃腸系を生き延び、またＮｂを容易に製造することができる。
【０１０８】
異なる特異性の２つの抗原結合部位を一体化して単一の構築物にするので、二重特異性抗体には、優れた特異性を有する２つの個別の抗原を一緒にする能力があり、したがって、治療剤として大きな可能性がある。二重特異性抗体は、そもそも、各々が異なる免疫グロブリンを産生する能力がある２つのハイブリドーマを融合させることによって作製することができる。完全免疫グロブリン中に存在するＦｃ部分を含めずに２つのｓｃＦｖ抗体断片を連結させることによって、二重特異性抗体を産生することもできる。そのような構築物中の各ｓｃＦｖユニットは、合成ポリペプチドリンカーによって互いに連結された重鎖（ＶＨ）および軽鎖（ＶＬ）抗体鎖の各々からの１つの可変ドメインから構成されうるものであり、合成ポリペプチドリンカーは、耐タンパク質分解性を最大に維持しながら最小に免疫原性であるように遺伝子操作されていることが多い。２つのｓｃＦｖユニットを架橋する短い（通常は１０アミノ酸未満）ポリペプチドスペーサーの導入をはじめとするいくつかの技術によりそれぞれのｓｃＦｖユニットを連結することによって二重特異性一本鎖抗体を作出することができる。したがって、結果として得られる二重特異性一本鎖抗体は、それぞれのｓｃＦｖユニット内のＶＨおよびＶＬドメインが、これら２つのドメイン間の分子内会合を可能にするのに十分な長さのポリペプチドリンカーによって離隔されており、そのようにして形成されたｓｃＦｖユニットが、例えば一方のｓｃＦｖユニットのＶＨドメインと他方のｓｃＦｖユニットのＶＬ間の望ましくない会合を防止するのに十分な短さで保たれたポリペプチドスペーサーによって互いに近接して繋留されている、単一ポリペプチド鎖上に異なる特異性の２つのＶＨ／ＶＬ対を含有する種である。
【０１０９】
抗原結合断片の例としては、限定ではないが、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなるＦａｂ断片、（ｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなる「Ｆｄ」断片、（ｉｉｉ）単一抗体のＶＬおよびＶＨドメインからなる「Ｆｖ」断片、（ｉｖ）ＶＨドメインからなる「ｄＡｂ」断片、（ｖ）単離されたＣＤＲ領域、（ｖｉ）２つの連結されたＦｂ断片を含む二価断片である、Ｆ（ａｂ’）２断片、（ｖｉｉ）ＶＨドメインおよびＶＬドメインが、これら２つのドメインが会合して結合ドメインを形成することを可能にするペプチドリンカーによって連結されている、一本鎖Ｆｖ分子（「ｓｃＦｖ」）、（ｖｉｉｉ）二重特異性一本鎖Ｆｖ二量体（米国特許第５，０９１，５１３号明細書）、および（ｉｘ）遺伝子融合により構築されたダイアボディ、多価または多重特異性断片（米国特許出願公開第２００５／０２１４８６０号明細書）が挙げられる。Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはダイアボディ分子は、ＶＨおよびＶＬドメインを連結するジスルフィド架橋の組み込みによって安定させることができる。ＣＨ３ドメインに連結されたｓｃＦｖを有するミニボディも作製することができる（Hu et al., Cancer Res., 56:3055-3061 (1996)）。
【０１１０】
実施形態では抗体様結合ペプチド模倣物も企図されている。Liu et al., Cell Mol. Biol., 49:209-216(2003)には、切り詰められた抗体（pared-down antibodies）として作用するペプチドであり、より長い血清半減期および扱いやすい合成方法といったある特定の利点を有する、「抗体様結合ペプチド模倣物」（ＡＢｉＰ）が記載されている。
【０１１１】
グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチド
またさらなる実施形態では、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の少なくとも７個（例えば、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個以上）の連続するアミノ酸の断片を含むポリペプチドを含む組成物であって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されており、ポリペプチドが、薬学的に許容される担体に配合されている、組成物が提供される。
【０１１２】
一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を有するヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸のポリペプチドであって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されている、ポリペプチドである。一部の実施形態では、ポリペプチドは、グリコシル化されているＮ４９位に対応するアミノ酸を有するヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、グリコシル化されているＮ５８位に対応するアミノ酸を有するヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、グリコシル化されているＮ７４位に対応するアミノ酸を有するヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、グリコシル化されているＮ１１６位に対応するアミノ酸を有するヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸を有する。
【０１１３】
例えば、ポリペプチドは、Ｎ４９がグリコシル化されている、ヒトＰＤ−１のアミノ酸４４〜５０個の断片でありうる。別の例では、ポリペプチドは、Ｎ７４がグリコシル化されている、ヒトＰＤ−１のアミノ酸７０〜８０個の断片でありうる。さらに別の例では、ポリペプチドは、Ｎ５８およびＮ７４がグリコシル化されている、ヒトＰＤ−１のアミノ酸５０〜８０個の断片でありうる。本明細書で企図されるポリペプチドが、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸を有する任意のおよびすべてのポリペプチドであって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されている、ポリペプチドであることは、当業者には理解されるであろう。
【０１１４】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、ヒトＰＤ−１の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個の連続するアミノ酸を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ヒトＰＤ−１の少なくとも２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、または２７０、２８０個の連続するアミノ酸を有する。一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書で提供される少なくとも２個のポリペプチドを有する組成物である。少なくとも２個のポリペプチドは、別々の分子であることもあり、または１個の分子として連結されていることもある。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも３個のポリペプチド、少なくとも４個のポリペプチド、または少なくとも５個のポリペプチドを有する。一部の実施形態では、組成物は、２個のポリペプチド、３個のポリペプチド、４個のポリペプチド、または５個のポリペプチドを有する。
【０１１５】
一部の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは、非天然アミノ酸を含む。一部の実施形態では、非天然アミノ酸は、メチル化された主鎖を有するペプチドを産生するためにα−アミノ基がメチル化される。一部の実施形態では、非天然アミノ酸は、Ｒ−アミノ酸である。一部の実施形態では、非天然アミノ酸は、色素（例えば、蛍光色素）またはアフィニティータグを含むことができる。一部の実施形態では、本明細書で提供されるポリペプチドは、化学修飾を含む。化学修飾は、例えば、ビオチン、蛍光色素での化学修飾を含む。非天然アミノ酸をポリペプチドに導入する方法およびポリペプチドを化学的に修飾する方法が当技術分野において周知であることは、当業者には分かるであろう。
【０１１６】
一部の実施形態では、実施形態のポリペプチドは、免疫原性ポリペプチド（例えば、キーホールリンペットヘモシアニン、ＫＬＨ）に融合またはコンジュゲートされている。ある特定の態様では、ポリペプチドは、ＣまたはＮ末端にＣｙｓ残基をさらに含む。例えば、一部の態様では、ポリペプチドは、Ｃｙｓ残基においてジスルフィド結合により免疫原性ポリペプチドにコンジュゲートされている。
【０１１７】
またさらなる実施形態では、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸の断片を含むポリペプチドを有する免疫原性組成物であって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されており、ポリペプチドが、薬学的に許容される担体に配合されている、免疫原性組成物が本明細書で提供される。一部の態様では、免疫原性組成物は、アジュバント、例えば、ミョウバンまたはフロイントアジュバントをさらに含む。
【０１１８】
一部の実施形態では、抗体を作製する方法であって、動物にポリペプチドを投与するステップおよび動物から抗体を単離するステップを含み、ポリペプチドが、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を有するヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸の断片を有し、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されている、方法が、提供される。動物は、マウス、ラット、ウサギまたはヒトでありうる。ある特定の態様では、方法は、抗体のＣＤＲを同定するステップ、およびＣＤＲを包囲する配列をヒト化して、ヒト化抗体を産生するステップをさらに含む。なおさらなる実施形態では、方法は、ヒト化抗体を組換え発現させるステップを含む。したがって、さらなる実施形態では、上述の方法によって産生された、単離された抗体が提供される。したがって、一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、非グリコシル化ＰＤ−１と比較して実施形態のポリペプチド（例えば、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する少なくとも１個のアミノ酸を含むヒトＰＤ−１の少なくとも７個の連続するアミノ酸の断片を含むポリペプチドであって、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４またはＮ１１６位に対応する前記アミノ酸の少なくとも１個がグリコシル化されている、ポリペプチド）と選択的に結合する、単離された抗体である。
【０１１９】
本明細書で提供されるポリペプチドは、当技術分野において公知の任意の方法によって調製することができる。例えば、ポリペプチドは、化学合成または組換え産生により調製することができる。組換えポリペプチドの例示的な発現および精製方法は、例えば、Scopes R. K., Protein Purification - Principles and Practice, Springer Advanced Texts in Chemistry, 3rd Edition (1994)；Simpson R.J. et al., Basic Methods in Protein Purification and Analysis: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1stEdition (2008)；Green M. R. and Sambrook J., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 4stEdition (2012)；Jensen K. J. et al., Peptide Synthesis and Applications (Methods in Molecular Biology), Humana Press, 2ndEdition (2013)において見つけることができる。ポリペプチドの化学合成は、当技術分野において周知の方法論を使用することにより果たすことができる（Kelley and Winkler, 1990, In: Genetic Engineering Principles and Methods, Setlow J. K, ed., Plenum Press, N.Y., Vol. 12, pp 1-19；Stewart et al., 1984, J. M. Young, J. D., Solid Phase Peptide Synthesis, Pierce Chemical Co., Rockford, Ill；Marglin and Merrifield, Ann. Rev. Biochem, 39:841-866, at 862 (1970).Merrifield, R. B., 1963, J. Am. Chern. Soc. 85:2149-2154；Chemical Approaches to the Synthesis of Peptides and Proteins, Williams et al., Eds., 1997, CRC Press, Boca Raton Fla.；Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach, Atherton & Sheppard, Eds., 1989, IRL Press, Oxford, Englandを参照されたく、また米国特許第４，１０５，６０３号、同第３，９７２，８５９号、同第３，８４２，０６７号および同第３，８６２，９２５号明細書も参照されたい）。
【０１２０】
修飾および誘導体
グリコシル化ＰＤ−１に対する抗体は、動物種、モノクローナル細胞株または他の抗体源を問わず、グリコシル化ＰＤ−１の効果を中和または相殺する能力を有することができる。ある特定の動物種は、治療用抗体の生成にあまり好ましくないこともある。なぜなら、それらは、抗体のＦｃ部分による補体系の活性化に起因してアレルギー反応を引き起こす可能性がより高くなることがあるからである。しかし、全抗体を酵素的に消化して、Ｆｃ（補体結合）断片に、および結合ドメインまたはＣＤＲを有する抗体断片にすることができる。Ｆｃ部分の除去は、抗体断片が望ましくない免疫応答を惹起することになる尤度を低下させ、それ故、Ｆｃのない抗体を予防的または治療的処置に使用することができる。上記の通り、抗体をキメラ抗体、部分的または完全ヒト抗体になるように構築して、他の種において産生されたまたは他の種からの配列を有する抗体を動物に投与した結果として生じる有害な免疫学的帰結を低減または排除することもできる。
【０１２１】
所望の特性を示すバリアントについてスクリーニングすることにより、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の結合特性をさらに改善することができる。例えば、そのような改善は、当技術分野において公知のファージディスプレイ方法を使用して行うことができる。ファージディスプレイ方法では、機能性抗体ドメインが、それらをコードするポリヌクレオチド配列を担持するファージ粒子の表面に提示される。特定の実施形態では、そのようなファージを用いて、レパートリーまたはコンビナトリアル抗体ライブラリー（例えば、ヒトまたはマウス）から発現される抗原結合断片、例えば、ＦａｂおよびＦｖまたはジスルフィド結合により安定化されたＦｖを提示することができる。目的の抗原に結合する抗原結合断片を発現するファージは、抗原を用いて、例えば、標識された抗原、または固体表面もしくはビーズに結合もしくは捕捉された抗原を使用して、選択または同定することができる。これらの方法に使用されるファージは、典型的に、ｆｄおよびＭ１３をはじめとする繊維状ファージである。抗原結合断片は、ファージ遺伝子ＩＩＩタンパク質またはファージ遺伝子ＶＩＩＩタンパク質のどちらかとの組換え融合タンパク質として発現される。本明細書に記載の抗体またはポリペプチドを作製するために使用することができるファージディスプレイ方法の例としては、Brinkman et al., J Immunol Methods, 182:41-50 (1995)；Ames et al., J. Immunol. Methods, 184:177-186 (1995)；Kettleborough et al., Eur. J. Immunol., 24:952-958(1994)；Persic et al., Gene, 187:9-18 (1997)；Burton et al., Adv. Immunol. 57:191-280 (1994)；ＰＣＴ公開公報国際公開第９２／００１０４７号、同第９０／０２８０９号、同第９１／１０７３７号、同第９２／０１０４７号、同第９２／１８６１９号、同第９３／１１２３６号、同第９５／１５９８２号、同第９５／２０４０１号パンフレット；ならびに米国特許第５，６９８，４２６号、同第５，２２３，４０９号、同第５，４０３，４８４号、同第５，５８０，７１７号、同第５，４２７，９０８号、同第５，７５０，７５３号、同第５，８２１，０４７号、同第５，５７１，６９８号、同第５，４２７，９０８号、同第５，５１６，６３７号、同第５，７８０，２２５号、同第５，６５８，７２７号、同第５，７３３，７４３号および同第５，９６９，１０８号明細書において開示されているものが挙げられ、これらの参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１２２】
上記参照文献に記載されているように、ファージ選択後、ファージから抗体コード領域を単離し、例えば下段にて詳細に説明されるように、それらを使用して、全抗体（ヒト化抗体を含む）または任意の他の所望の断片を生成すること、および哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞、酵母および細菌をはじめとする任意の所望の宿主において発現させることができる。例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’およびＦ（ａｂ’）２断片を組換えで産生する技術も、ＰＣＴ公開公報国際公開第９２／２２３２４号パンフレット；Mullinax, R. L. et al., BioTechniques, 12(6):864-869 (1992)；およびSawai et al., Am. J. Reprod. Immunol. 34:26-34 (1995)；およびBetter, M. et al. Science 240:1041-1043(1988)に記載されているものなどの、当技術分野において公知の方法を使用して用いることができ、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。一本鎖Ｆｖおよび抗体を産生するために使用することができる技術の例としては、米国特許第４，９４６，７７８号および同第５，２５８，４９８号明細書；Huston, J. S. et al., Methods in Enzymology 203:46-88(1991)；Shu, L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 90:7995-7999；ならびにSkerra. A. et al., Science 240:1038-1040 (1988)に記載されているものなどが挙げられ、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１２３】
ファージディスプレイ技術を使用して、本明細書に記載の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の親和性を増加させることができる。この技術は、本明細書に記載のコンビナトリアル方法に使用することができるだろう高親和性抗体を得るのに使用することができる。親和性成熟と呼ばれるこの技術は、そのような受容体もしくはリガンド（もしくはそれらの細胞外ドメイン）またはそれらの抗原結合断片を使用して変異誘発またはＣＤＲウォーキングおよび再選択を用いて、最初の抗体または親抗体と比較したときにより高い親和性で抗原と結合する抗体を同定する（例えば、Glaser, S. M. et al., J. Immunol. 149:3903-3913(1992)を参照されたい）。単一ヌクレオチドではなくコドン全体の変異誘発は、アミノ酸変異のセミランダム化レパートリーをもたらす。バリアントクローンのプールからなるライブラリーであって、クローンの各々が、単一ＣＤＲの単一アミノ酸変化の点で異なり、各ＣＤＲ残基について可能な各アミノ酸置換を示すバリアントを含有する、ライブラリーを構築することができる。抗原に対する結合親和性が増した変異体を、固定化された変異体を標識された抗原と接触させることによりスクリーニングすることができる。当技術分野において公知の任意のスクリーニング方法を使用して、抗原に対する親和力が増した変異抗体を同定することができる（例えば、ＥＬＩＳＡ）（例えば、Wu, H. et al., Proc. Natl. Acad. Sci.(USA) 95(11):6037-6042(1998)；Yelton, D. E. et al., J. Immunol. 155:1994-2004 (1995)を参照されたい）。軽鎖をランダム化するＣＤＲウォーキングを使用することもできる。（Schier et al., J. Mol. Biol. 263:551-567(1996)を参照されたい）。
【０１２４】
ランダム変異誘発をファージディスプレイ方法と協調して使用して、改善されたＣＤＲおよび／または可変領域を同定することができる。あるいは、ファージディスプレイ技術を使用して、定方向変異誘発（例えば、親和性成熟または「ＣＤＲウォーキング」）によりＣＤＲ親和性を増加させる（または減少させる）ことができる。この技術は、標的抗原またはその抗原性断片を使用して、最初の抗体または親抗体と比較したときにより高い（またはより低い）親和性で抗原と結合するＣＤＲを有する抗体を同定する（例えば、Glaser, S. M. et al., J. Immunol. 149:3903-3913(1992)を参照されたい）。
【０１２５】
そのような親和性成熟を果たす方法は、例えば、Krause, J. C. et al., MBio.2(1) pii: e00345-10. doi: 10.1128/mBio. 00345-10(2011)；Kuan, C. T. et al., Int. J. Cancer 10.1002/ijc.25645；Hackel, B. J. et al., J. Mol. Biol. 401(1):84-96(2010)；Montgomery, D. L. et al., MAbs 1(5):462-474(2009)；Gustchina, E. et al., Virology 393(1):112-119 (2009)；Finlay, W. J. et al., J. Mol. Biol. 388(3):541-558 (2009)；Bostrom, J. et al., Methods Mol. Biol. 525:353-376 (2009)；Steidl, S. et al., Mol. Immunol. 46(1):135-144 (2008)；およびBarderas, R. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 105(26):9029-9034 (2008)に記載されており、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１２６】
本明細書で提供されるのは、「親」（または野生型）分子と比較して１、２、３、４、５つ以上のアミノ酸置換、付加、欠失または修飾を有する、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドの誘導体でもある。そのようなアミノ酸置換または付加は、天然起源の（すなわち、ＤＮＡによりコードされている）アミノ酸残基または非天然起源のアミノ酸残基を導入することができる。そのようなアミノ酸を、グリコシル化すること（例えば、そのようなアミノ酸は、変化したマンノース、２−Ｎ−アセチルグルコサミン、ガラクトース、フコース、グルコース、シアル酸、５−Ｎ−アセチルノイラミン酸、５−グリコールノイラミン酸などの含有量を有すること）、アセチル化すること、ＰＥＧ化すること、リン酸化すること、アミド化すること、公知の保護／ブロッキング基、タンパク質分解性切断により誘導体化すること、細胞リガンドまたは他のタンパク質に連結させることなどができる。一部の実施形態では、炭水化物修飾変化により、次のうちの１つまたは複数が調節される：抗体の可溶化、抗体の細胞内輸送および分泌の助長、抗体構築の促進、立体構造の完全性、ならびに抗体媒介エフェクター機能。一部の実施形態では、炭水化物修飾変化により、炭水化物修飾を欠く抗体と比較して抗体媒介エフェクター機能が増強される。抗体媒介エフェクター機能を変化させることになる炭水化物修飾は、当技術分野において周知である（例えば、Shields, R. L. et al., J. Biol. Chem. 277(30): 26733-26740 (2002)；Davies J. et al. Biotechnology & Bioengineering 74(4): 288-294(2001)を参照されたく、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている）。炭水化物含有量を変化させる方法は、当業者に公知であり、例えば、Wallick, S. C. et al., J. Exp. Med.168(3): 1099-1109(1988)；Tao, M. H. et al., J. Immunol. 143(8): 2595-2601 (1989)；Routledge, E. G. et al., Transplantation 60(8):847-53 (1995)；Elliott, S. et al., Nature Biotechnol. 21:414-21(2003)；Shields, R. L. et al., J. Biol. Chem. 277(30): 26733-26740(2002)を参照されたく、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１２７】
置換バリアントは、あるアミノ酸の別のアミノ酸との交換を、本明細書で提供される抗体またはポリペプチド内の１つまたは複数の部位に含むことができ、抗体またはポリペプチドの１つまたは複数の特性を、他の機能または特性の喪失のあるまたはない状態で調節するように置換バリアントを設計することができる。置換は、保存的であってもよく、すなわち、あるアミノ酸を同様の形状および電荷の別のアミノ酸で置き換える。保存的置換は、当技術分野において周知であり、例えば、アラニンのセリンへの、アルギニンのリジンへの、アスパラギンのグルタミンまたはヒスチジンへの、アスパルテートのグルタミンへの、システインのセリンへの、グルタミンのアスパラギンへの、グルタメートのアスパルテートへの、グリシンのプロリンへの、ヒスチジンのアスパラギンまたはグルタミンへの、イソロイシンのロイシンまたはバリンへの、ロイシンのバリンまたはイソロイシンへの、リジンのアルギニンへの、メチオニンのロイシンまたはイソロイシンへの、フェニルアラニンのチロシン、ロイシンまたはメチオニンへの、セリンのトレオニンへの、トレオニンのセリンへの、トリプトファンのチロシンへの、チロシンのトリプトファンまたはフェニルアラニンへの、およびバリンのイソロイシンまたはロイシンへの変化を含む。あるいは、置換は、非保存的であってもよく、したがって、ポリペプチドの機能または活性に影響を与える。非保存的変化は、残基の化学的に類似していないものでの置換、例えば、極性または荷電アミノ酸での非極性または非荷電アミノ酸での置換、また逆に非極性または非荷電アミノ酸の極性または荷電アミノ酸での置換を、典型的に含む。
【０１２８】
一部の実施形態では、ヒト化抗体は、誘導体抗体である。そのようなヒト化抗体は、１つまたは複数の非ヒトＣＤＲにアミノ酸残基置換、欠失または付加を含む。ヒト化抗体誘導体は、非誘導体ヒト化抗体と比較したとき、実質的に同じ結合を有することもあり、より良好な結合を有することもあり、またはより不良な結合を有することもある。一部の実施形態では、ＣＤＲの１、２、３、４または５個のアミノ酸残基は、変異、例えば、置換、欠失または付加されている。
【０１２９】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、誘導体ポリペプチドである。そのようなポリペプチドは、野生型ヒトＰＤ−１と比較してアミノ酸残基置換、欠失または付加を含む。誘導体ポリペプチドは、非誘導体ポリペプチドと比較して抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体との実質的に同じ結合を有することもあり、より良好な結合を有することもあり、またはより不良な結合を有することもある。一部の実施形態では、ヒトＰＤ−１の１、２、３、４または５個のアミノ酸残基は、変異、例えば、置換、欠失または付加されている。
【０１３０】
本明細書に記載の抗体またはポリペプチドは、当業者に公知の技術を使用して化学修飾により修飾することができ、そのような技術としては、特異的な化学的切断、アセチル化、製剤化、ツニカマイシンの代謝合成などが挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態では、誘導体ポリペプチドまたは誘導体抗体は、親ポリペプチドまたは抗体と同様または同一の機能を有する。別の実施形態では、誘導体ポリペプチドまたは誘導体抗体は、親ポリペプチドまたは親抗体と比較して活性変化を示す。例えば、誘導体抗体（またはその断片）は、親抗体より強くそのエピトープと結合することができ、または親抗体より耐タンパク質分解性が大きいこともある。
【０１３１】
誘導体化抗体における置換、付加または欠失は、該抗体のＦｃ領域におけるものであることがあり、その結果、１つまたは複数のＦｃγＲに対する該抗体の結合親和性を修飾するのに役立つことがある。１つまたは複数のＦｃγＲとの結合修飾を伴う抗体の修飾方法は、当技術分野において公知であり、例えば、ＰＣＴ公開番号国際公開第０４／０２９２０７号、同第０４／０２９０９２号、同第０４／０２８５６４号、同第９９／５８５７２号、同第９９／５１６４２号、同第９８／２３２８９号、同第８９／０７１４２号、同第８８／０７０８９号，パンフレット、ならびに米国特許第５，８４３，５９７号および同第５，６４２，８２１号を参照されたく、これらの参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。一部の実施形態では、抗体または他の分子は、活性化ＦｃγＲ、例えば、ＦｃγＲＩＩＩＡに対する親和性の変化を示すことができる。好ましくは、そのような修飾は、Ｆｃ媒介エフェクター機能の変化も有する。Ｆｃ媒介エフェクター機能を変化させる修飾は当技術分野において公知である（例えば、米国特許第６，１９４，５５１号明細書および国際公開第００／４２０７２号パンフレットを参照されたい）。一部の実施形態では、Ｆｃ領域の修飾は、抗体媒介エフェクター機能の変化、他のＦｃ受容体（例えば、Ｆｃ活性化受容体）との結合の変化、抗体依存性細胞介在性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性の変化、Ｃ１ｑ結合活性の変化、補体依存性細胞傷害活性（ＣＤＣ）の変化、食細胞活性、またはこれらの任意の組み合わせを有する抗体をもたらす。
【０１３２】
誘導体抗体またはポリペプチドは、哺乳動物、好ましくは、ヒトにおける親分子または親抗体の半減期（例えば、血清半減期）の変化を有することもできる。一部の実施形態では、そのような変化は、１５日より長い、好ましくは、２０日より長い、２５日より長い、３０日より長い、３５日より長い、４０日より長い、４５日より長い、２カ月より長い、３カ月より長い、４カ月より長い、または５カ月より長い半減期をもたらす。哺乳動物、好ましくは、ヒトにおけるヒト化抗体またはポリペプチドの半減期増加は、哺乳動物における同抗体またはポリペプチドのより高い血清力価をもたらし、したがって、前記抗体もしくはポリペプチドの投与頻度を低減させ、および／または投与される前記抗体もしくはポリペプチドの濃度を低下させる。ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期が増加した抗体またはポリペプチドは、当業者に公知の技術によって生成することができる。例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期が増加した抗体またはポリペプチドは、ＦｃドメインとＦｃＲｎ受容体間の相互作用に関与すると同定されたアミノ酸残基を修飾する（例えば、置換する、欠失させる、または付加させる）ことにより生成することができる。本明細書に記載のヒト化抗体を、生物学的半減期を増加させるように操作することができる（例えば、米国特許第第６，２７７，３７５号明細書を参照されたい）。例えば、本明細書に記載のヒト化抗体のＦｃヒンジドメインを、ｉｎ  ｖｉｖｏまたは血清半減期増加を有するように操作することができる。
【０１３３】
ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期が増加された本明細書に記載の抗体またはポリペプチドは、前記抗体またはポリペプチドポリマー分子、例えば高分子量ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）への結合により生成することができる。ＰＥＧを抗体またはポリペプチドに、多官能性リンカーを用いて、または用いずに、前記分子もしくは抗体のＮ末端もしくはＣ末端へのＰＥＧの部位特異的コンジュゲーションによって、またはリジン残基上に存在するイプシロンアミノ基を介して、結合させることができる。生物学的活性の損失をほとんどもたらさない直鎖状または分岐ポリマー誘導体化を使用することができる。コンジュゲーションの程度をＳＤＳ−ＰＡＧＥおよび質量分析によって厳密にモニターして、ＰＥＧ分子と抗体の適切なコンジュゲーションを保証することができる。未反応ＰＥＧは、例えばサイズ排除またはイオン交換クロマトグラフィーによって、抗体−ＰＥＧコンジュゲートから分離することができる。
【０１３４】
本明細書に記載の抗体またはポリペプチドをＤａｖｉｓらによって記載された方法およびカップリング剤（例えば、米国特許第４，１７９，３３７号明細書を参照されたい）によって修飾して、実質的に免疫原性応答なしに哺乳動物循環系に注射することができる組成物を得ることもできる。Ｆｃ部分の除去は、抗体断片が望ましくない免疫応答を惹起することになる尤度を低下させることができ、それ故、Ｆｃのない抗体を予防的または治療的処置に使用することができる。上記の通り、抗体をキメラ抗体、部分的または完全ヒト抗体になるように構築して、他の種において産生されたまたは他の種からの配列を有する抗体を動物に投与した結果として生じる有害な免疫学的帰結を低減または排除することもできる。
【０１３５】
融合体およびコンジュゲート
本明細書で提供される抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを、他のタンパク質との融合タンパク質として発現させることもでき、または別の部分に化学的にコンジュゲートすることもできる。
【０１３６】
一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、Ｆｃ部分を有する抗体またはポリペプチドであって、Ｆｃ部分が、アイソタイプもしくはサブクラスによって様々でありえ、キメラもしくはハイブリッドであってもよく、ならびに／または例えば、エフェクター機能、半減期の制御、組織到達性を向上させるように、安定性などの生物物理学的特性を増大させるように、および産生効率を向上させる（およびより安価にする）ように、修飾することができる、抗体またはポリペプチドである。開示される融合タンパク質の構築に有用な多くの修飾およびそれらを行う方法は当技術分野において公知であり、例えば、Mueller, J. P. et al., Mol. Immun. 34(6):441-452 (1997)、Swann, P. G., Curr. Opin. Immun. 20:493-499 (2008)、およびPresta, L. G., Curr. Opin. Immun. 20:460-470 (2008)を参照されたい。一部の実施形態では、Ｆｃ領域は、天然ＩｇＧ１、ＩｇＧ２またはＩｇＧ４  Ｆｃ領域である。一部の実施形態では、Ｆｃ領域は、ハイブリッドであり、例えば、ＩｇＧ２／ＩｇＧ４  Ｆｃ定常領域を有するキメラＦｃ領域である。Ｆｃ領域の修飾体は、Ｆｃガンマ受容体および補体への結合を防止するように修飾されたＩｇＧ４、１つまたは複数のＦｃガンマ受容体への結合を改善するように修飾されたＩｇＧ１、エフェクター機能（アミノ酸変化）を最小にするように修飾されたＩｇＧ１、グリカンが（典型的には発現宿主を変えることにより）変化した／ないＩｇＧ１、およびＦｃＲｎへのｐＨ依存性結合が変化したＩｇＧ１を含むが、これらに限定されない。Ｆｃ領域は、ヒンジ領域全体を含むこともあり、またはヒンジ領域全体未満を含むこともある。
【０１３７】
別の実施形態は、ＩｇＧ２〜４ハイブリッドおよびＩｇＧ４変異体であって、それらの半減期を増加させるＦｃＲへの結合が低減されたハイブリッドおよび変異体を含む。代表的なＩＧ２〜４ハイブリッドおよびＩｇＧ４変異体は、Angal et al., Molec. Immunol. 30(1):105-108 (1993)；Mueller et al., Mol. Immun. 34(6):441-452 (1997)；および米国特許第６，９８２，３２３号明細書に記載されており、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。一部の実施形態では、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ドメインが欠失されており、例えば、Ａｎｇａｌらは、セリン２４１がプロリンで置換されたＩｇＧ１およびＩｇＧ２を記載している。
【０１３８】
一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０または少なくとも１００個のアミノ酸を有する融合タンパク質またはポリペプチドである。
【０１３９】
一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、連結している、または共有結合している、または少なくとも１つの部分との複合体になっている、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドである。そのような部分は、これらに限定されないが、診断または治療剤としての分子の効力を増加させるものでありうる。一部の実施形態では、部分は、イメージ剤、毒素、治療用酵素、抗生物質、放射標識ヌクレオチドなどでありうる。
【０１４０】
一部の実施形態では、部分は、酵素、ホルモン、細胞表面受容体、毒素（例えば、アブリン、リシンＡ、緑膿菌外毒素（すなわち、ＰＥ−４０）、ジフテリア毒素、リシン、ゲロニン、もしくはヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質）、タンパク質（例えば、腫瘍壊死因子、インターフェロン（例えば、αインターフェロン、βインターフェロン）、神経成長因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノーゲンアクチベーター、もしくはアポトーシス剤（例えば、腫瘍壊死因子α、腫瘍壊死因子β））、生物学的応答修飾物質（例えば、リンホカイン（例えば、インターロイキン１’「ＩＬ−１」）、インターロイキン２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン６（「ＩＬ−６」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）、もしくはマクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ」））、もしくは成長因子（例えば、成長ホルモン（「ＧＨ」））など）、細胞毒（例えば、細胞傷害性薬剤もしくは細胞破壊剤、例えば、パクリタキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、モノメチルオーリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）、モノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ、例えばベドチン）およびピューロマイシンならびにそれらの類似体もしくは同族体）、代謝拮抗薬（例えば、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシル、ダカルバジン）、アルキル化剤（例えば、メクロレタミン、チオテパ、クロラムブシル、メルファラン、ＢｉＣＮＵ（登録商標）（カルムスチン；ＢＳＮＵ）およびロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾシン、マイトマイシンＣ、および037
薬剤（例えば、ダウノルビシン（旧名ダウノマイシン）およびドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（旧名アクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン（ＡＭＣ））、または抗有糸分裂剤（例えば、ビンクリスチンおよびビンブラスチン）でありうる。
【０１４１】
そのような治療用部分を抗体にコンジュゲートする技術は周知である。例えば、Amon et al., “Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy”, in MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, Reisfeld et al.(eds.), 1985, pp. 243-56, Alan R. Liss, Inc.)；Hellstrom et al., “Antibodies For Drug Delivery”, in CONTROLLED DRUG DELIVERY (2nd Ed.), Robinson et al.(eds.), 1987, pp. 623-53, Marcel Dekker, Inc.)；Thorpe, “Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review”, in MONOCLONAL ANTIBODIES '84: BIOLOGICAL AND CLINICAL APPLICATIONS, Pinchera et al.(eds.), 1985, pp. 475-506)；“Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy”, in MONOCLONAL ANTIBODIES FOR CANCER DETECTION AND THERAPY, Baldwin et al.(eds.), 1985, pp. 303-16, Academic Press；Thorpe et al., Immunol. Rev. 62:119-158 (1982)；Carter et al., Cancer J. 14(3):154-169 (2008)；Alley et al., Curr. Opin. Chem. Biol. 14(4):529-537 (2010)；Carter et al., Amer. Assoc. Cancer Res. Educ. Book. 2005(1):147-154 (2005)；Carter et al., Cancer J. 14(3):154-169(2008)；Chari, Acc. Chem Res. 41(1):98-107 (2008)；Doronina et al., Nat. Biotechnol. 21(7):778-784(2003)；Ducry et al., Bioconjug Chem.21(1):5-13(2010)；Senter, Curr. Opin. Chem. Biol. 13(3):235-244 (2009)；およびTeicher, Curr Cancer Drug Targets. 9(8):982-1004 (2009)を参照されたい。オーリスタチンＥ）（ＭＭＡＥ）、例えばベドチン；またはそれらの組み合わせ。
【０１４２】
好ましい実施形態では、抗体は、エチオピアの低木メイテヌス・オバツス（Maytenus ovatus）の樹皮から最初に単離されたベンゾアンサマクロライドであるメイタンシンにコンジュゲートされている。この細胞傷害性薬剤およびその誘導体（例えば、メイタンシノイド）は、ビンカアルカロイド部位付近のチューブリンと結合する。それらは、微小管の末端に位置するチューブリンに対して高い親和性を有し、微小管全体にわたって分布している部位に対してより低い親和性を有すると考えられている。微小管動態の抑制は、細胞を細胞周期のＧ２／Ｍ期で停止させ、最終的にはアポトーシスにより細胞死をもたらす。（Oroudjev et al., Mol. Cancer Ther., 10L2700-2713 (2010)）。２つのメイタンシン誘導体（チオール含有メイタンシノイド）として、不可逆的リンカーおよび可逆的リンカーと組み合わせて広範に使用されているＤＭ１およびＤＭ４（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）が挙げられる。詳細には、チオエーテルリンカーで抗体に結合されたＤＭ１は、「エムタンシン」と呼ばれ、ＳＰＰリンカーで抗体に結合されたＤＭ１は、「メルタンシン」と呼ばれる。ＳＰＤＢリンカーで結合されたＤＭ４は、「ラブタンシン」と呼ばれ、ｓＳＰＤＢリンカーで結合されたＤＭ４は、「ソラブタンシン」と呼ばれる。（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体−ＡＤＣは、チューブリン作用メイタンシノイドペイロードＤＭ１を含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体−ＡＤＣは、チューブリン作用メイタンシノイドペイロードＤＭ４を含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体−ＡＤＣは、ＤＮＡ作用ペイロード、例えば、ＤＧＮ４６２（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）を含む。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体−ＡＤＣの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体成分は、ＳＴＭ４１８のキメラもしくはヒト化形態、またはその結合部分である。ある実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体−ＡＤＣの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体成分は、ＳＴＭ４３２のキメラもしくはヒト化形態、またはその結合部分である。
【０１４３】
特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体にコンジュゲートされる細胞傷害性薬剤は、ＭＭＡＥ（モノメチルオーリスタチンＥ（またはデスメチル−オーリスタチンＥ））であり、該ＭＭＡＥは、その抗有糸分裂活性が、チューブリンの重合を阻止することにより細胞分裂を阻害することを含む、高毒性の抗腫瘍剤である。国際一般名ベドチンは、ＭＭＡＥ−抗体コンジュゲートにおける抗体へのその結合構造を加えたＭＭＡＥを意味する。より特定の実施形態では、ＡＤＣは、ＳＴＭ４１８（キメラもしくはヒト化形態）−ＭＭＡＥ、またはＳＴＭ４３２（キメラもしくはヒト化形態）−ＭＭＡＥである。
【０１４４】
いくつかの化学的リンカーが公知であり、細胞傷害性薬物またはＤＮＡ作用薬ペイロードを抗体にコンジュゲートしてＡＤＣを産生するために使用される。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体、特に、本明細書に記載されているようなそれらの標的に結合後にそれらの標的を内在化する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体を含むＡＤＣを産生するための単独でのまたは組み合わせでの使用に採用される、ある特定のリンカーとしては、ＳＭＣＣ（４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサンカルボン酸Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル）；ＳＰＤＢ（３−（２−ピリジルジチオ）酪酸Ｎ−スクシンイミジル）；ＳＰＰ（４−（２−ピリジルジチオ）ペンタン酸Ｎ−スクシンイミジル）；スルホ−ＳＰＤＢまたはｓＳＰＤＢ（４−（２−（ピリジルチオ）−２−スルホブタン酸Ｎ−スクシンイミジル）；チオエーテルリンカー４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボン酸スクシンイミジル（ＭＣＣ）；およびｖｃ（バリン−シトルリンジペプチドリンカー）が挙げられる。例として、操作リンカー（例えば、ＳＭＣＣ、ＳＰＤＢ、Ｓ−ＳＰＤＢ）、（Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．）は、ＡＤＣの腫瘍への結合前には安定しているように、そしてその後、ＡＣＤががん細胞に内在化された時点でペイロードの効力を最適化するように、設計されている。カテプリン切断性リンカーである、ジペプチドｖｃリンカーなどの他のリンカーを使用して、ドラスタチン１０に由来する有糸分裂阻害剤であるオーリスタチン、例えば、モノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）、例えばベドチンなどの、細胞傷害性薬剤に、抗体をコンジュゲートしてもよい。細胞毒を抗体に、１個より多くの毒素分子が各抗体分子に結合されるように、例えば１抗体当り平均で２、３、４、５、６、７または８個の毒素分子が存在しうるように、コンジュゲートしてもよい。
【０１４５】
特定の実施形態では、ＭＭＡＥは、バリン−シトルリン−ｐ−アミノベンジルオキシカルボニル−ＭＭＡＥに結合されているマレイミドカプロイル（ＭＣ）結合基（Ｍｃ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）によって、抗体システインに間接的に連結される。「ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ」直鎖状構造では、「ＭＣ」は、マレイミドおよびカプロン酸からなり、抗体に通常はＨ鎖上のシステイン基を介して結合する部分である。順番に、「ＭＣ」は、「ｖｃ」リンカーに結合しており、この「ｖｃ」リンカーは、バリン（Ｖａｌ）およびシトルリン（Ｃｉｔ）からなり、腫瘍またはがん細胞内部のカテプシンにより切断されるカテプリン切断性リンカーである。「ｖｃ」は、スペーサー「ＰＡＢ」、すなわち、パラアミノ安息香酸に結合しており、そのＰＡＢにＭＭＡＥ細胞毒が連結されている。ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＣ  ＡＤＣは、カテプシンＢなどのプロテアーゼにより切断されると膜透過性の遊離ＭＭＡＥを放出する。ある実施形態では、抗体へのリンカーは、細胞外液中では安定しているが、ＡＤＣが腫瘍またはがん細胞に入り、かくてＭＭＡＥまたは他の毒薬の抗有糸分裂メカニズムを活性化した時点で、カテプシンにより切断される。別の実施形態では、モノメチルオーリスタチンＦ、（ＭＭＡＦ）は、マレイミドカプロイル（ＭＣ−ＭＭＡＦ）により抗体システインに連結される。ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ  ＡＤＣとは対照的に、ＭＣ−ＭＭＡＦ  ＡＤＣは、ＭＣＣ−ＤＭ１  ＡＤＣと同様に切断不能であり、細胞に内在化され、細胞内で分解されて、細胞内で活性薬物としてのシステイン−ＭＣ−ＭＭＡＦを放出しなければならない。
【０１４６】
ある実施形態では、細胞傷害性ペイロードは、細胞へのＡＤＣの内在化後にリソソーム内に放出される。リソソーム内で、リソソーム酵素が、ＡＤＣの抗体成分を消化する。リソソーム分解後、薬物（および薬物−リンカー）ペイロードは、細胞質に放出され、そこで薬物は細胞内の標的に結合し、最終的には細胞死を引き起こす。最適には、放出されるペイロードは、十分に活性であり、リンカーがまだ付いている。ＡＤＣに結合された標的がリソソームへの輸送不良をもたらす他の実施形態では、標的細胞の外部では安定しているが、細胞の内部に入ると抗体成分からペイロードを切断するリンカーが、細胞内で、しかしリソソームの外部でペイロードを放出するための代替法になる。他の実施形態では、リンカーは、細胞外液中では安定しているが、ＡＤＣが腫瘍またはがん細胞に入り、かくて毒薬の抗有糸分裂または他の細胞傷害メカニズムを活性化した時点で、カテプシンにより切断される。他の実施形態では、切断性リンカーの作用により放出されたペイロードは、隣接がん細胞に入り、バイスタンダー効果によりそれらを殺滅し、かくてＡＤＣの標的化および腫瘍殺滅活性を増大させることができる。
【０１４７】
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体およびポリペプチドを、精製を助長するためにペプチドなどのマーカーにコンジュゲートすることができる。一部の実施形態では、マーカーは、ヘキサヒスチジンペプチド（配列番号４２）、インフルエンザヘマグルチニンタンパク質に由来するエピトープに対応するヘマグルチニン「ＨＡ」タグ（Wilson, I. A. et al., Cell, 37:767-778 (1984)）、または「ｆｌａｇ」タグ（Knappik, A. et al., Biotechniques 17(4):754-761 (1994)）である。
【０１４８】
一部の実施形態では、部分は、アッセイで検出することができるイメージ剤でありうる。そのようなイメージ剤は、酵素、補欠分子族、放射標識、非放射性常磁性金属イオン、ハプテン、蛍光標識、リン光分子、化学発光分子、クロモフォア、発光分子、生物発光分子、光親和性分子、着色粒子またはリガンド、例えばビオチンでありうる。
【０１４９】
一部の実施形態では、酵素には、これらに限定されないが、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが含まれ；補欠分子族複合体には、これらに限定されないが、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが含まれ；蛍光物質には、これらに限定されないが、ウンベリフェロン、フルオレセイン、イソチオシアン酸フルオレセイン、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが含まれ；発光物質は、例えば、これに限定されないが、ルミノールであり；生物発光物質には、これらに限定されないが、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが含まれ；放射性物質には、これらに限定されないが、ビスマス（２１３Ｂｉ）、炭素（１４Ｃ）、クロム（５１Ｃｒ）、コバルト（５７Ｃｏ）、フッ素（１８Ｆ）、ガドリニウム（１５３Ｇｄ、１５９Ｇｄ）、ガリウム（６８Ｇａ、６７Ｇａ）、ゲルマニウム（６８Ｇｅ）、ホルミウム（１６６Ｈｏ）、インジウム（１１５Ｉｎ、１１３Ｉｎ、１１２Ｉｎ、１１１Ｉｎ）、ヨウ素（１３１Ｉ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２１Ｉ）、ランタン（１４０Ｌａ）、ルテニウム（１７７Ｌｕ）、マンガン（５４Ｍｎ）、モリブデン（９９Ｍｏ）、パラジウム（１０３Ｐｄ）、リン（３２Ｐ）、プラセオジム（１４２Ｐｒ）、プロメチウム（１４９Ｐｍ）、レニウム（１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ）、ロジウム（１０５Ｒｈ）、ルテニウム（９７Ｒｕ）、サマリウム（１５３Ｓｍ）、スカンジウム（４７Ｓｃ）、セレン（７５Ｓｅ）、ストロンチウム（８５Ｓｒ）、硫黄（３５Ｓ）、テクネチウム（９９Ｔｃ）、タリウム（２０１Ｔｉ）、スズ（１１３Ｓｎ、１１７Ｓｎ）、トリチウム（３Ｈ）、キセノン（１３３Ｘｅ）、イッテルビウム（１６９Ｙｂ、１７５Ｙｂ）、イットリウム（９０Ｙ）、亜鉛（６５Ｚｎ）；様々なポジトロン放出断層撮影を使用するポジトロン放出物質、および常磁性金属イオンが含まれる。
【０１５０】
当技術分野において公知の技術を使用して、イメージ剤を本明細書で提供される抗体またはポリペプチドに直接、または介在物（例えば、当技術分野において公知のリンカーなど）によって間接的に、コンジュゲートすることができる。例えば、診断剤として使用するために本明細書に記載の抗体および他の分子にコンジュゲートすることができる金属イオンについては米国特許第４，７４１，９００号明細書を参照されたい。一部のコンジュゲーション方法は、例えば、抗体に結合されたジエチレントリアミン四酢酸無水物（ＤＴＰＡ）、エチレントリアミン四酢酸、Ｎ−クロロ−ｐ−トルエンスルホンアミドおよび／またはテトラクロロ−３−６α−ジフェニルグリコウリル−３などの有機キレート剤を用いる、金属キレート錯体の使用を含む。モノクローナル抗体をグルタルアルデヒドまたは過ヨウ素酸塩などのカップリング剤の存在下で酵素と反応させることもできる。フルオレセインマーカーを有するコンジュゲートは、これらのカップリング剤の存在下で、またはイソチオシアン塩との反応により、調製することができる。
【０１５１】
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体またはポリペプチドは、Ｓｅｇａｌにより米国特許第４，６７６，９８０号明細書に記載されたように二次抗体にコンジュゲートして抗体ヘテロコンジュゲートを形成することができる。そのようなヘテロコンジュゲート抗体を、さらにハプテン（例えば、フルオレセイン）に、または細胞マーカー（例えば、４−１−ＢＢ、Ｂ７−Ｈ４、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ１４、ＣＤ２５、ＣＤ２７、ＣＤ４０、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＴＬＡ４、ＧＩＴＲ、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０、ＴＩＭ３、ＴＩＭ４、ＴＬＲ２、ＬＩＧＨＴ、ＩＣＯＳ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ７、Ｂ７−Ｈ７ＣＲ、ＣＤ７０、ＣＤ４７）に、またはサイトカイン（例えば、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１２、ＩＬ−４  ＴＧＦ−ｂｅｔａ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１７、ＩＦＮγ、Ｆｌｔ３、ＢＬｙｓ）に、またはケモカイン（例えば、ＣＣＬ２１）に結合させることができる。
【０１５２】
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを固体支持体に結合させることもでき、これは、標的抗原のイムノアッセイもしくは精製に、または支持体に固定化された標的抗原に本明細書に記載の抗体または抗原結合断片への結合によって結合することができる他の分子のイムノアッセイもしくは精製に、有用でありうる。そのような固体支持体としては、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニルまたはポリプロピレンが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５３】
タンパク質精製
タンパク質精製技術は、当業者に周知である。これらの技術は、あるレベルでの、細胞、組織または器官の均質化およびペプチド画分と非ペプチド画分への粗分画を含む。目的タンパク質またはポリペプチドは、別段の指定がない限り、クロマトグラフィー技術および電気泳動技術を使用してさらに精製して部分または完全精製（または均一になるまでの精製）を果たすことができる。純粋なペプチドの調製に特に適した分析方法は、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、アフィニティークロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、および等電点電気泳動である。特に効率的なペプチド精製方法は、高速液体クロマトグラフィー（fast-performance liquid chromatography）（ＦＰＬＣ）またはさらには高速液体クロマトグラフィー（high-performance liquid chromatography）（ＨＰＬＣ）である。当技術分野において一般に公知であるように、様々な精製ステップを行う順序を変えることができる、またはある特定のステップを省いてもよく、結果的に、それでもなお、実質的に精製されたポリペプチドの調製に好適な方法となると考えられる。
【０１５４】
精製されたポリペプチドは、他の成分から単離可能な組成物であって、ポリペプチドがその天然に得ることができる状態と比較して任意の程度に精製されている組成物への言及を意図したものである。したがって、単離されたまたは精製されたポリペプチドは、それが天然に存在する環境から分離されたポリペプチドも意味する。一般に、「精製された」は、分画に付されて様々な他の成分が除去されたポリペプチド組成物であって、述べられているその生物活性を実質的に保持する組成物を意味することになる。用語「実質的に精製された」が使用される場合、この表記は、ポリペプチドが、組成物の主要成分を形成する、例えば、組成物のタンパク質の約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％以上を構成する、組成物を意味することになる。
【０１５５】
ポリペプチドの精製度を定量するための様々な方法は、本開示に鑑みて、当業者には公知である。これらは、例えば、活性画分の比活性度を決定すること、またはＳＤＳ／ＰＡＧＥ分析により画分中のポリペプチドの量を評価することを含む。画分の純度の好ましい評価方法は、画分の比活性度を計算すること、それを初期抽出物の比活性度と比較すること、そしてそのようにして、「精製倍率の数値」により評価されるそれらに関する純度を計算することである。活性の量を表すために使用される実際の単位は、精製を追跡するために選択される特定のアッセイ技術、および発現されるポリペプチドが検出可能な活性を示すか否かに、もちろん、依存することになる。
【０１５６】
ポリペプチドが常にその最も精製された状態で提供されるという一般要件はない。実際、ある特定の実施形態では実質的精製度の低い生成物に有用性がありうると考えられる。部分精製は、より少ない精製ステップを組み合わせて使用することにより、または異なる形の同じ一般精製スキームを利用することにより、果たすことができる。例えば、ＨＰＬＣ装置を用いて行われる陽イオン交換カラムクロマトグラフィーが、低圧クロマトグラフィーシステムを用いる同じ技術より高い精製「倍率」を一般にもたらすことになることは、理解される。より低い相対精製度を示す方法は、タンパク質産物の総回収率の点で、または発現されるタンパク質の活性を意味する点で有利でありうる。
【０１５７】
アフィニティークロマトグラフィーは、単離される物質と、それが特異的に結合することができる分子との間の特異的親和性に依存するクロマトグラフィー手順である。これは、受容体−リガンド型の相互作用である。カラム材料は、結合パートナーの一方の不溶性マトリックスへの共有結合的カップリングにより合成される。それ故、カラム材料は、溶液から物質を特異的に吸着することができる。溶離は、条件を、結合が起こらない条件（例えば、変化したｐＨ、イオン強度、温度など）に変えることによって起こる。マトリックスは、分子をいかなる有意な程度にも吸着しない物質であって、広範な化学的、物理学的および温度安定性を有する物質であるべきである。リガンドを、その結合特性に影響を与えないような方法でカップリングすべきである。リガンドはまた、比較的強い結合を提供すべきである。試料またはリガンドを破壊することなく物質を溶出することが可能であるべきである。
【０１５８】
サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）は、溶液中の分子がそれらのサイズ、より専門的な用語では、それらの流体力学的体積に基づいて分離される、クロマトグラフィーの方法である。これは、通常、大分子または高分子複合体、例えばタンパク質および工業用ポリマーに適用される。典型的には、カラムを通して試料を輸送するために水溶液が使用される場合、この技術は、有機溶媒が移動相として使用される場合に使用されるゲル浸透クロマトグラフィーという名に対して、ゲル濾過クロマトグラフィーと称される。ＳＥＣの基礎をなす原理は、異なるサイズの粒子が異なる速度で固定相を通って溶出（濾過）することになるということである。この結果、サイズに基づいて粒子の溶液が分離されることになる。粒子すべてが同時にまたはほぼ同時に負荷される限り、同じサイズの粒子は、一緒に溶出するはずである。
【０１５９】
高速液体クロマトグラフィー（または高圧液体クロマトグラフィー、ＨＰＬＣ）は、化合物を分離、同定および定量するために生化学および分析化学で頻繁に使用されるカラムクロマトグラフィーの一形態である。ＨＰＬＣは、クロマトグラフィー充填材料（固定相）を保持するカラム、そのカラムを通って移動相を移動させるポンプ、および分子の滞留時間を示す検出器を用いる。滞留時間は、固定相と分析すべき分子と使用される溶媒との間の相互作用によって変わる。
【０１６０】
本明細書で提供されるのは、ＰＤ−１グリコシル化、Ｎ結合型グリコシル化またはＮ−グリコシル化を評価する方法であって、ＰＤ−１含有試料と実施形態の抗体（例えば、非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗体）を接触させるステップを含む方法である。一部の態様では、この方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法である。ある特定の態様では、試料は、細胞試料である。
【０１６１】
核酸
本開示は、本明細書に記載の任意の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドをコードする核酸分子（ＤＮＡまたはＲＮＡ）も企図している。本明細書で提供されるのは、そのような核酸分子を伝達または複製することができるベクター分子（例えば、プラスミド）でもある。核酸は、一本鎖であってもよく、二本鎖であってもよく、一本鎖部分と二本鎖部分の両方を含有してもよい。
【０１６２】
医薬調製物
抗体を含有する医薬組成物の臨床応用に着手する場合、所期の用途に適した医薬組成物または治療用組成物を調製するのが一般に有利である。一般に、医薬組成物は、本明細書に記載の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドの有効量を有することができ、またはそれを薬学的に許容される担体に溶解もしくは分散されたさらなる薬剤と共に有することができる。
【０１６３】
本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを有する組成物でもある。一部の実施形態では、組成物は、抗体またはポリペプチドを少なくとも０．１重量％有することができる。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも０．５重量％、１重量％、２重量％、３重量％、４重量％、５重量％、６重量％、７重量％、８重量％、９重量％、１０重量％、１５重量％、２０重量％、２５重量％、３０重量％、３５重量％、４０重量％、４５重量％、５０重量％、５５重量％、６０重量％、６５重量％、７０重量％、７５重量％、８０重量％、８５重量％、９０重量％以上の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを有することができる。他の実施形態では、例えば、抗ｇｌｙｃＰＤ−１またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドは、組成物の重量の約２％〜約７５％の間、約２５％〜約６０％の間、約３０％〜約５０％の間、またはその中の任意の範囲を構成することができる。好適な投薬量が、投与される任意の化合物単位用量で得られるように、各治療有用組成物中の活性化合物の量を調製することができる。溶解度、バイオアベイラビリティ、生物学的半減期、投与経路、製品の有効期間、および他の薬理学的考慮事項などの因子が、そのような医薬製剤を調製する技術分野の当業者によって熟考され、しかるが故に、様々な投薬量および処置レジメンが望ましいものでありうる。
【０１６４】
組成物は、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを活性成分として有し、薬学的に許容される担体も有する、医薬組成物でありうる。医薬組成物は、１つまたは複数のさらなる活性成分をさらに含むことができる。薬学的に許容される担体は、動物での使用、さらに特にヒトでの使用が、連邦もしくは州政府の監督官庁によって承認された担体、または米国薬局方、欧州薬局方もしくは他の一般に認知されている薬局方に記載されている担体でありうる。
【０１６５】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「担体」は、治療剤と共に投与される、希釈剤、アジュバント（例えば、フロイントアジュバント（完全もしくは不完全））、賦形剤、安定剤またはビヒクルを意味する。「薬学的に許容される担体」は、用いられる投薬量および濃度でそれに曝露される細胞または哺乳動物にとって非毒性である担体であり、該担体は、滅菌液、例えば、水、油（石油、動物、植物または合成起源のもの、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油などを含む）でありうる。薬学的に許容される分子実体または組成物は、ヒトなどの動物に必要に応じて投与されたとき、有害反応、アレルギー反応または他の望ましくない反応を生じさせない。抗体またはさらなる活性成分を有する医薬組成物の調製は、参照により本明細書に組み込まれているRemington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed., 1990によって例示されているので、本明細書に鑑みて、当業者には公知である。さらに、動物（例えば、ヒト）への投与のために、調製物が、ＦＤＡ  Ｏｆｆｉｃｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓにより要求されるような無菌性、発熱性、一般安全性および純度基準を満たすべきであることは理解されるであろう。
【０１６６】
組成物は、１ｍｌ当り約０．００１ｍｇおよび約１０ｍｇの抗体またはポリペプチド総量を含むと考えられる。したがって、組成物中の抗体またはポリペプチドの濃度は、約０．００１、０．０１０、０．０５０、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．５、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０、６．５、７．０、７．５、８．０、８．５、９．０、９．５、１０．０ｍｇ／ｍｌ以上（またはこれらの中から導き出すことができる任意の範囲）でありうる。このうち、約、少なくとも約、または最大で約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％が、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドでありうる。
【０１６７】
本明細書に記載の抗体または他のポリペプチドを活性成分として有する医薬組成物の調製は、参照により本明細書に組み込まれているRemington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed., 1990によって例示されているので、本明細書に鑑みて、当業者には公知である。さらに、動物（ヒトを含む）への投与のために、調製物が、ＦＤＡ  Ｏｆｆｉｃｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓにより要求されるような無菌性、発熱性、一般安全性および純度基準を満たすべきであることは理解される。
【０１６８】
薬学的に許容される担体は、液体、半固体、すなわちペースト、または固体担体を含む。担体または希釈剤の例としては、脂肪、油、水、生理食塩水、脂質、リポソーム、樹脂、結合剤、充填剤など、またはそれらの組み合わせが挙げられる。薬学的に許容される担体は、水性溶媒（例えば、水、アルコール溶液／水溶液、エタノール、生理食塩水、非経口ビヒクル、例えば塩化ナトリウム、リンゲルデキストロースなど）、非水性溶媒（例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油、および注射用有機エステル、例えばオレイン酸エチル）、分散媒、コーティング剤（例えば、レシチン）、界面活性剤、抗酸化剤、保存剤（例えば、抗菌または抗真菌剤、抗酸化剤、キレート剤、不活性ガス、パラベン（例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン）、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサール）、等張剤（例えば、糖、塩化ナトリウム）、吸収遅延剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウム、ゼラチン）、塩、薬物、薬物安定剤（例えば、緩衝剤、アミノ酸、例えばグリシンおよびリシン、炭水化物、例えばデキストロース、マンノース、ガラクトース、フルクトース、ラクトース、スクロース、マルトース、ソルビトール、マンニトールなど）、ゲル、結合剤、賦形剤、崩壊剤、滑沢剤、甘味剤、着香剤、色素、補充液および栄養補給剤、当業者に公知であろう同様の物質およびそれらの組み合わせを含みうる。任意の従来の媒体、薬剤、希釈剤または担体が、レシピエントに対してまたはその中に含まれている組成物の治療有効性に対して有害である場合を除き、本方法を実施する際に使用するための投与可能な組成物におけるその使用は、適切である。医薬組成物中の様々な成分のｐＨおよび正確な濃度は、周知のパラメーターに従って調整される。本開示のある特定の態様に従って、任意の適便かつ実用的な方法で、すなわち、溶解、懸濁、乳化、混合、カプセル化、吸収、粉砕などによって、組成物を担体と併せることができる。そのような手順は、当業者にとって日常的なものである。
【０１６９】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、ｐＨ緩衝水溶液でありうる。例としては、緩衝液、例えば、リン酸、クエン酸および他の有機酸；アスコルビン酸をはじめとする抗酸化剤；低分子量（例えば、約１０個未満のアミノ酸残基）のポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンもしくはリジン；グルコース、マンノースもしくはデキストリンをはじめとする、単糖類、二糖類および他の炭水化物；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖アルコール、例えば、マンニトールもしくはソルビトール；塩形成性対イオン、例えば、ナトリウム；ならびに／または非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（商標）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）およびＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）が挙げられる。
【０１７０】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、滅菌液、例えば、水および油（石油、動物、植物または合成起源のもの、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱油などを含む）でありうる。水は、特に医薬組成物が静脈内投与されるときの、担体でありうる。生理食塩水、ならびにデキストロースおよびグリセロール水溶液も、特に注射用溶液に、液体担体として用いることができる。適する医薬賦形剤としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、白亜、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレングリコール、水、エタノール、ポリソルベート−８０などが挙げられる。組成物は、少量の湿潤もしくは乳化剤、またはｐＨ緩衝剤も含有しうる。これらの組成物は、溶液、懸濁液、エマルジョン、錠剤、ピル、カプセル、粉末、徐放性製剤などの形態をとることができる。
【０１７１】
本開示のある特定の実施形態は、それが、固体形態で投与されることになるのか、液体形態で投与されることになるのか、またはエアロゾル形態で投与されることになるのか、およびそれが、注射などの投与経路のために無菌である必要があるのかに依存して、異なるタイプの担体を有しうる。組成物を静脈内、皮内、経皮、髄腔内、動脈内、腹腔内、鼻腔内、膣内、直腸内、筋肉内、皮下、粘膜、経口、局部、局所、吸入（例えば、エアロゾル吸入）による、注射による、注入による、持続注入による、標的細胞を直接浸す局所的な灌流による、カテーテルによる、洗浄による、脂質組成物（例えば、リポソーム）での、または当業者に公知であろう他の方法または前述のものの任意の組み合わせによる投与用に製剤化することができる（例えば、参照により本明細書に組み込まれているRemington’s Pharmaceutical Sciences, 18th Ed., 1990を参照されたい）。典型的に、そのような組成物を溶液または懸濁液のどちらかとして調製することができ、注射前に液体を添加することにより溶液または懸濁液を調製するための使用に好適な固体形態を調製することもでき、調製物を乳化させることもできる。
【０１７２】
抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを遊離塩基、中性または塩形態の組成物に製剤化することができる。薬学的に許容される塩には、酸付加塩、例えば、タンパク質性組成物の遊離アミノ基とで形成される酸付加塩、あるいは例えば塩酸もしくはリン酸などの無機酸とで、または酢酸、シュウ酸、酒石酸もしくはマンデル酸のような有機酸とで形成される酸付加塩が含まれる。遊離カルボキシル基とで形成される塩を、例えばナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウムもしくは水酸化第二鉄などの無機塩基から誘導することもでき、またはイソプロピルアミン、トリメチルアミン、２−エチルアミノエタノール、ヒスチジンもしくはプロカインのような有機塩基から誘導することもできる。
【０１７３】
さらなる実施形態では、本明細書で提供されるのは、脂質を有する医薬組成物である。脂質は、特徴として水に不溶性であり、有機溶媒で抽出可能である、物質の一類である。例としては、長鎖脂肪族炭化水素およびそれらの誘導体を含有する化合物が挙げられる。脂質は、天然起源であることもあり、または合成である（すなわち、人間により設計もしくは製造される）こともある。脂質は、生物学的物質である。生物学的脂質は当技術分野において周知であり、例えば、中性脂肪、リン脂質、ホスホグリセリド、ステロイド、テルペン、リゾ脂質、スフィンゴ糖脂質、糖脂質、スルファチド、エーテル結合およびエステル結合脂肪酸を有する脂質、重合性脂質、ならびにそれらの組み合わせを含む。当業者に脂質として理解される、本明細書に具体的に記載のもの以外の化合物も、使用することができる。
【０１７４】
当業者は、脂質ビヒクル中に組成物を分散させるために用いることができる技術範囲を熟知しているであろう。例えば、抗体またはポリペプチドを、脂質を含有する溶液に分散させることができ、脂質と共に溶解することができ、脂質を用いて乳化させることができ、脂質と混合することができ、脂質と併せることができ、脂質と共有結合させることができ、脂質に懸濁物として含めることができ、ミセルもしくはリポソームに含めるもしくはそれらと複合体化することができ、または当業者に公知の任意の手段により脂質もしくは脂質構造と別様に会合させることができる。分散の結果として、リポソームが形成されることもあり、またはされないこともある。
【０１７５】
一般に、組成物の成分は、別々にまたは混合して単位剤形で、例えば、活性薬剤の量を示すアンプルまたはサッシェなどの密封容器内の凍結乾燥ドライパウダーまたは無水濃縮物として供給される。組成物が吸入によって投与されることになる場合、医薬品グレードの滅菌水または食塩水が入っている吸入ボトルで組成物を投薬することができる。組成物が注射によって投与される場合、投与前に成分を混合することができるように注射用滅菌水または食塩水用のアンプルを提供することができる。
【０１７６】
好適な投薬量が、投与される任意の化合物単位用量で得られるように、各治療有用組成物中の活性成分の量を調製することができる。溶解度、バイオアベイラビリティ、生物学的半減期、投与経路、製品の有効期間、および他の薬理学的考慮事項などの因子は、そのような医薬製剤を調製する技術分野の当業者によって熟考されうるものであり、しかるが故に、様々な投薬量および処置レジメンが望ましいものでありうる。
【０１７７】
単位用量または投薬量は、その投与、すなわち、適切な経路および処置レジメン、に関連して上で論じた望ましい応答を生じさせるように計算された医薬組成物の所定量を各単位が含有する、対象における使用に好適な物理的に個別の単位を意味する。投与される量は、処置の数と単位用量の両方によるが、所望される効果に依存する。患者または対象に投与される本実施形態の組成物の実際の投薬量は、身体的および生理学的要因、例えば、対象の体重、年齢、健康状態および性別、処置される疾患の型、疾患浸透度、過去のまたは同時に行われる治療的介入、患者の特発性疾患、投与経路、ならびに特定の治療用物質の作用強度、安定性および毒性によって決定されうる。他の非限定的例では、用量は、１投与につき約１マイクログラム／ｋｇ／体重から、約５マイクログラム／ｋｇ／体重から、約１０マイクログラム／ｋｇ／体重から、約５０マイクログラム／ｋｇ／体重から、約１００マイクログラム／ｋｇ／体重から、約２００マイクログラム／ｋｇ／体重から、約３５０マイクログラム／ｋｇ／体重から、約５００マイクログラム／ｋｇ／体重から、約１ミリグラム／ｋｇ／体重から、約５ミリグラム／ｋｇ／体重から、約１０ミリグラム／ｋｇ／体重から、約５０ミリグラム／ｋｇ／体重から、約１００ミリグラム／ｋｇ／体重から、約２００ミリグラム／ｋｇ／体重から、約３５０ミリグラム／ｋｇ／体重から、約５００ミリグラム／ｋｇ／体重から、約１０００ミリグラム／ｋｇ／体重以上まで、およびこれらの中から導き出すことができる任意の範囲を有しうる。ここに列挙した数値から導き出すことができる範囲の非限定的例では、上記の数値に基づいて約５ミリグラム／ｋｇ／体重から約１００ミリグラム／ｋｇ／体重、約５マイクログラム／ｋｇ／体重から約５００ミリグラム／ｋｇ／体重などの範囲を投与することができる。いずれにせよ、投与を担当する実施者が、個々の対象のための組成物中の活性成分の濃度および適切な用量を決定する。
【０１７８】
当業者には理解されるであろうが、本明細書に記載の組成物は、治療用調製物の特定性質により限定されない。例えば、そのような組成物を、生理学的に許容される液体、ゲルまたは固体担体、希釈剤および賦形剤を伴う製剤で提供することができる。これらの治療用調製物を、家畜に関するものなどの獣医学的使用のために、および他の治療剤と同様のヒトにおける臨床使用のために、哺乳動物に投与することができる。一般に、治療効力に必要な投薬量は、投与の使用および方法のタイプ、ならびに個々の対象についての特化された要件によって変わる。ヒト患者をはじめとする動物患者に投与される組成物の実際の投薬量は、身体的および生理学的要因、例えば、体重、状態の重症度、処置される疾患の型、過去のまたは同時に行われる治療的介入、患者の特発性疾患により、および投与経路に基づいて決定されうる。投薬量および投与経路に依存して、好ましい投薬量および／または有効量の投与の数は、対象の応答によって変わりうる。いずれにせよ、投与を担当する実施者が、個々の対象のための組成物中の活性成分の濃度および適切な用量を決定する。
【０１７９】
疾患の処置
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「対象」は、処置、観察および／または実験の対象である動物を意味する。「動物」は、脊椎動物および非脊椎動物、例えば、魚類、甲殻類、鳥類、および特に哺乳動物を含む。「哺乳動物」は、マウス、ラット、ウサギ、モルモット、イヌ、ネコ、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ウマ、霊長目、例えばサル、チンパンジー、類人猿およびヒトを含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、対象はヒトである。
【０１８０】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「がん」または「がん性（の）」は、無秩序な細胞増殖を概して特徴とする哺乳動物における生理学的状態を意味する。がんの例としては、血液がんおよび固形腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１８１】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「処置する」、「処置すること」または「処置」は、対象に治療剤を投与もしくは適用すること、または疾患もしくは康に関係する状態に対する治療的恩恵を得ることを目的とした手技もしくはモダリティを対象に対して行うことを意味する。例えば、処置は、治療有効量の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体を対象に投与することを含みうる。がん患者に関して使用される場合、用語「処置する」、「処置すること」または「処置」は、がんの重症度を低下させる可能性がある、またはがんの悪化を遅延させるもしくは緩徐化する可能性がある行為であって、（ａ）がんの増殖を阻害する、がんの増殖速度を低下させる、発生を阻止する、がん浸潤性を低下させる、またはがんの転移を予防する行為、および（ｂ）がんの退縮を生じさせる、がんの存在に関連する１つもしくは複数の症状を遅らせるもしくは最小にする、またはがん患者の生存期間を延長する行為を意味する。
【０１８２】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「治療有効量」は、所与の疾患、障害もしくは状態および／またはそれらに関連する症状の重症度および／または継続期間を低減および／または改善するのに十分である、薬剤（例えば、本明細書に記載の抗体もしくはポリペプチドまたは本明細書に記載の任意の他の薬剤）の量を意味する。治療剤をはじめとする薬剤の治療有効量は、（ｉ）所与の疾患、障害もしくは状態の進行もしくは悪化の低減もしくは改善、（ｉｉ）所与の疾患、障害もしくは状態の再発、発生もしくは発病の低減もしくは改善、および／または（ｉｉｉ）別の療法（例えば、本明細書に記載の抗体の投与以外の療法）の予防もしくは治療効果の改善もしくは増強に必要な量でありうる。本開示の物質／分子／薬剤（例えば、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチド）の治療有効量は、個体の病状、年齢、性別および体重、ならびに個体において所望の応答を惹起するその物質／分子／薬剤の能力などの因子によって変わりうる。治療有効量は、物質／分子／薬剤のいかなる毒性または有害効果よりも治療有益効果のほうが上回る量を包含する。
【０１８３】
本明細書で使用される場合、別段の指定がない限り、用語「投与する」または「投与」は、粘膜、皮内、静脈内、筋肉内送達および／または本明細書に記載のもしくは当技術分野において公知の任意の他の物理的送達方法などによって、体外に存在する物質を患者に注射または別様に物理的に送達する行為を意味する。疾患、障害もしくは状態またはその症状が処置されることになる場合、物質の投与は、概して疾患、障害もしくは状態の発病またはその症状の発症後に行われる。疾病、障害もしくは状態またはその症状が予防されることになる場合、物質の投与は、概して疾患、障害もしくは状態の発病またはその症状の発症前に行われる。
【０１８４】
本明細書で提供されるのは、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体およびグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドの治療目的使用でもある。これらの抗体またはポリペプチドを使用して、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１シグナル伝達の活性を調節することができる。これらの抗体またはポリペプチドを使用して、Ｔ細胞活性化または増殖におけるＰＤ−１の抑制活性を阻害することにより疾患を処置することもできる。したがって、本明細書で提供されるのは、ＰＤ−１シグナル伝達を阻害または遮断することによる対象の免疫系の上方調節におけるそのような抗体またはポリペプチドの使用である。一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＰＤ−１がＰＤ−Ｌ１に結合するのを阻止するための抗体またはポリペプチドの使用である。
【０１８５】
一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、がんの処置における抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体およびグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドの治療目的使用でもある。免疫系の上方調節は、がんの処置に特に望ましく、それ故、本明細書で提供されるのは、がん処置方法でもある。がんは、細胞の異常な無制御増殖の結果として生じる新生物または腫瘍を意味する。がんは、原発がんであることもあり、または転移がんであることもある。特定の実施形態では、がん細胞は、ＰＤ−Ｌ１に対して陽性である。
【０１８６】
ある特定の態様では、本実施形態のポリペプチドまたは抗体（例えば、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチド、またはグリコシル化ＰＤ−１と結合する抗体）を、がんを処置するために投与することができる。特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＳＴＭ４１８またはＳＴＭ４３２のキメラまたはヒト化形態である。本処置方法が有用であるがんには任意の悪性細胞型、例えば、固形腫瘍または血液腫瘍において見いだされるものが含まれる。例示的な固形腫瘍としては、膵臓、結腸、盲腸、胃、脳、頭部、頸部、卵巣、腎臓、喉頭、肉腫、肺、膀胱、メラノーマ、前立腺および乳房からなる群から選択される器官の腫瘍を挙げることができるが、これらに限定されない。例示的血液腫瘍としては、骨髄の腫瘍、ＴまたはＢ細胞悪性腫瘍、白血病、リンパ腫、芽細胞腫、骨髄腫などが挙げられる。本明細書で提供される方法を使用して処置することができるがんのさらなる例としては、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、白血病、扁平上皮がん、肺がん（小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺癌、および肺扁平上皮癌を含む）、腹膜がん、肝細胞がん、胃がん（gastricまたはstomach cancer）（胃腸がんおよび胃腸間質がんを含む）、膵臓がん、膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓または腎がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、様々な型の頭頸部がん、メラノーマ、表在拡大型メラノーマ、悪性黒子由来メラノーマ、末端黒子型メラノーマ、結節性メラノーマ、ならびにＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ；中悪性度／濾胞性ＮＨＬ；中悪性度びまん性ＮＨＬ；高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ；高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ；高悪性度小型非切れ込み核細胞性ＮＨＬ；巨大腫瘤病変性ＮＨＬ；マントル細胞リンパ腫；ＡＩＤＳ関連リンパ腫；およびワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症を含む）、急性リンパ芽球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリー細胞白血病、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）および骨髄芽球性白血病が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１８７】
がんは、具体的には以下の組織学的型のものであるが、これらに限定されない：悪性新生物；癌腫；未分化癌；巨大紡錘細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；石灰化上皮癌；移行上皮癌；乳頭移行上皮癌；腺癌；悪性ガストリノーマ；胆管細胞癌；肝細胞癌；肝細胞癌と胆管細胞癌の混合型；索状腺癌；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープ内腺癌；腺腫、家族性大腸腺腫症；固形癌；悪性カルチノイド腫瘍；細気管支・肺胞性腺癌；乳頭状腺癌；嫌色素性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基性癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞状腺癌；乳頭状・濾胞状腺癌；非被包性硬化性癌；副腎皮質癌；類内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳道腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢腺癌；乳頭状漿液嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌；粘液性腺癌；印環細胞癌；浸潤性乳管癌；髄様癌；小葉癌；炎症性癌；乳房パジェット病；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生を伴う腺癌；悪性胸腺腫；悪性卵巣間質性腫瘍；悪性莢膜細胞腫；悪性顆粒膜細胞腫；悪性アンドロブラストーマ；セルトリ細胞癌；悪性ライディッヒ細胞腫；悪性脂質細胞腫；悪性傍神経節腫；悪性乳房外傍神経節腫；褐色細胞腫；血管球血管肉腫；悪性メラノーマ；無色素性メラノーマ；表在拡大型メラノーマ；巨大色素性母斑における悪性メラノーマ；類上皮細胞メラノーマ；悪性青色母斑；肉腫；線維肉腫；悪性線維性組織球腫；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胎児性横紋筋肉腫；胞巣状横紋筋肉腫；間質肉腫；悪性混合腫瘍；ミュラー管混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；悪性間葉腫；悪性ブレンナー腫瘍；悪性葉状腫瘍；滑膜肉腫；悪性中皮腫；未分化胚細胞腫；胎児性癌；悪性奇形腫；悪性卵巣甲状腺腫；絨毛癌；悪性中腎腫；血管肉腫；悪性血管内皮腫；カポジ肉腫；悪性血管周皮腫；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；悪性軟骨芽細胞腫；間葉性軟骨肉腫；骨巨細胞腫；ユーイング肉腫；悪性歯原性腫瘍；エナメル上皮歯牙肉腫；悪性エナメル上皮腫；エナメル上皮線維肉腫；悪性松果体腫；脊索腫；悪性神経膠腫；上衣腫；星細胞腫；原形質性星細胞腫；原線維性星細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽腫；乏突起神経膠腫；乏突起神経膠芽細胞腫；原始神経外胚葉性（primitive neuroectodermal）；小脳肉腫；神経節芽細胞腫；神経芽腫；網膜芽細胞腫；嗅神経原性腫瘍；悪性髄膜腫；神経線維肉腫；悪性神経鞘腫；悪性顆粒細胞腫瘍；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキン側肉芽腫；小リンパ球性悪性リンパ腫；大細胞びまん性悪性リンパ腫；濾胞性悪性リンパ腫；菌状息肉症；他の特定される非ホジキンリンパ腫；悪性組織球増殖症；多発性骨髄腫；マスト細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；マスト細胞白血病；巨核芽球性白血病；骨髄肉腫；およびヘアリー細胞白血病。
【０１８８】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体またはポリペプチドは、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、皮膚がん、脳がん、肝臓がん、膀胱がん、胃がん、膵臓がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんであるがんを処置するために使用することができる。
【０１８９】
ポリペプチドおよび抗体は、本明細書では、様々なモダリティで抗腫瘍剤として使用することができる。特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、ポリペプチドまたは抗体を抗腫瘍剤として使用する方法であり、したがって、腫瘍細胞の集団を治療有効量のポリペプチドまたは抗体と、腫瘍細胞増殖を阻害するのに十分な期間にわたって接触させることを含む。
【０１９０】
リポソーム、微粒子、マイクロカプセルへの封入、抗体または融合タンパク質を発現することができる組換え細胞、受容体媒介エンドサイトーシス（例えば、Wu and Wu, 1987, J. Biol. Chem. 262:4429-4432を参照されたい）、レトロウイルスまたは他のベクターの一部としての核酸の構築などのような、様々な送達系も公知であり、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体、もしくはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドの関連分子、または関連医薬組成物を投与するためにそれらを使用することができる。
【０１９１】
本明細書で提供の投与方法は、非経口投与（例えば、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内および皮下）、硬膜外、および粘膜（例えば、鼻腔内および経口経路）によるような注射を含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体、他の分子、または医薬組成物は、筋肉内、静脈内、皮下、静脈内、腹腔内、経口、筋肉内、皮下、腔内、経皮、または皮膚投与される。組成物を、任意の適便な経路によって、例えば、注入またはボーラス注射によって、上皮内層または粘膜皮膚内層（例えば、経口粘膜、直腸および腸粘膜など）による吸収によって投与することができ、または他の生物活性薬剤と一緒に投与することができる。投与は、全身的であることもあり、または局所的であることもある。加えて、肺内投与も、例えば、吸入器またはネブライザー、およびエアロゾル化剤を含有する製剤を使用することにより用いることができる。例えば、米国特許第６，０１９，９６８号、同第５，９８５，２０号、同第５，９８５，３０９号、同第５，９３４，２７２号、同第５，８７４，０６４号、同第５，８５５，９１３号、同第５，２９０，５４０号および同第４，８８０，０７８号明細書、ならびにＰＣＴ公開番号国際公開第９２／１９２４４号、同第９７／３２５７２号、同第９７／４４０１３号、同第９８／３１３４６号および同第９９／６６９０３号パンフレットを参照されたく、これらの参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体、他の分子、または医薬組成物は、処置を必要とする領域に局所投与され、これは、例えば、局所注入により、注射により、または埋込物によって果たすことができ、前記埋込物は、サイラスティック膜などの膜、または繊維を含む、多孔質、無孔質またはゼラチン質材料のものである。一部の実施形態では、本明細書に記載のように抗体または他の分子を投与する場合、抗体または他の分子が吸着しない材料を使用するように注意が払われる。
【０１９２】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体またはポリペプチドは、標的化送達のためにリポソームに入っている形で製剤化される。リポソームは、水性相を封入する、同心円状に整列したリン脂質二重層で構成されている小胞である。リポソームは、様々なタイプの脂質、リン脂質および／または界面活性剤を概して有する。リポソームの成分は、生体膜の脂質配列に類似した、二重層立体配置で配列されている。リポソームは、一部はそれらの生体適合性、低い免疫原性および低い毒性のため、有用な送達ビヒクルでありうる。リポソームの調製方法は、当技術分野において公知であり、本明細書で提供される。例えば、Epstein et al., 1985, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82: 3688；Hwang et al., 1980 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77: 4030-4；米国特許第４，４８５，０４５号および同第４，５４４，５４５号を参照されたく、これらの参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１９３】
本明細書で提供されるのは、米国特許第５，０１３，５５６号明細書において開示されているものなどの、血清半減期が延長された、すなわち循環時間が向上した、リポソームの調製方法でもある。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法において使用されるリポソームは、循環から急速に排除されない、すなわち、単核食細胞系（ＭＰＳ）に取り込まれない。本明細書で提供されるのは、当業者に公知の一般的な方法を使用して調製される、立体的に安定化されたリポソームでもある。立体的に安定化されたリポソームは、リポソームと血清タンパク質の望ましくない反応を低減させ、血清成分によるオプソニン作用を低減させ、ＭＰＳによる認識を低減させる、嵩高く非常に柔軟な親水性部分を有する脂質成分を含有することができる。立体的に安定化されたリポソームは、ポリエチレングリコールを使用して調製することができる。リポソームの調製および立体的に安定化されたリポソームについては、例えば、Bendas et al., 2001 BioDrugs, 15(4): 215-224；Allen et al., 1987 FEBS Lett. 223: 42-6；Klibanov et al., 1990 FEBS Lett., 268: 235-7；Blum et al., 1990, Biochim.Biophys.Acta., 1029: 91-7；Torchilin et al., 1996, J. Liposome Res.6: 99-116；Litzinger et al., 1994, Biochim. Biophys. Acta, 1190: 99-107；Maruyama et al., 1991, Chem. Pharm. Bull., 39: 1620-2；Klibanov et al., 1991, Biochim Biophys Acta, 1062；142-8；Allen et al., 1994, Adv. Drug Deliv. Rev, 13: 285-309を参照されたく、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１９４】
本明細書で提供されるのは、特定器官標的化に適応するリポソームでもあり、例えば米国特許第４，５４４，５４５明細書を参照されたく、または特異的細胞標的化に適応するリポソームでもあり、例えば米国特許出願公開第２００５／００７４４０３号明細書を参照されたく、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。本明細書で提供される組成物および方法における使用に特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を用いて逆相蒸発方法により生成することができる。リポソームを被定義孔径のフィルターに通して押し出して、所望の直径を有するリポソームを生じさせることができる。一部の実施形態では、以前に記載された方法を使用して、抗原結合断片、例えばＦ（ａｂ’）、を有する分子をリポソームにコンジュゲートすることができる。例えば、Martin et al., 1982, J. Biol. Chem. 257: 286-288を参照されたく、この参照文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１９５】
本明細書に記載のヒト化またはキメラ抗体をイムノリポソームとして製剤化することもできる。イムノリポソームは、抗体またはその断片がリポソーム表面に共有結合的にまたは非共有結合的に連結されている、リポソーム組成物を意味する。抗体をリポソーム表面に連結させる化学は当技術分野において公知であり、例えば、米国特許第６，７８７，１５３号明細書；Allen et al., 1995, Stealth Liposomes, Boca Rotan: CRC Press, 233-44；Hansen et al., 1995, Biochim. Biophys. Acta, 1239: 133-144を参照されたく、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法および組成物において使用するためのイムノリポソームは、さらに立体的に安定化される。一部の実施形態では、本明細書に記載のヒト化抗体は、リポソームの脂質二重層内に安定的に定着する疎水性アンカーに共有結合的にまたは非共有結合的に連結される。疎水性アンカーの例としては、リン脂質、例えば、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥ）、ホスファチジルイノシトール（ＰＩ）が挙げられるが、これらに限定されない。抗体と疎水性アンカー間の共有結合性連結を達成するために、当技術分野における公知生化学的戦略のいずれを使用してもよく、例えば、J. Thomas August ed., 1997, Gene Therapy: Advances in Pharmacology, Volume 40, Academic Press, San Diego, Calif., p. 399-435を参照されたく、この参照文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。例えば、抗体分子上の官能基は、リポソーム会合疎水性アンカー上の活性基と反応することができ、例えば、抗体のリジン側鎖のアミノ基を、水溶性カルボジイミドで活性化されたリポソーム会合Ｎ−グルタリル−ホスファチジルエタノールアミンにカップリングさせてもよく、または還元抗体のチオール基を、ピリジルチオプロピオニルホスファチジルエタノールアミンなどのチオール反応性アンカーによってリポソームにカップリングさせることができる。例えば、Dietrich et al., 1996, Biochemistry, 35: 1100-1105；Loughrey et al., 1987, Biochim. Biophys. Acta, 901: 157-160；Martin et al., 1982, J. Biol. Chem.257: 286-288；Martin et al., 1981, Biochemistry, 20: 4429-38を参照されたく、これらの参照文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。抗グリコシル化ＰＤ−１抗体を有するイムノリポソーム製剤は、標的細胞、すなわち抗体が結合する受容体を含む細胞、の細胞質に活性成分を送達するので、治療剤として特に有用である。一部の実施形態では、イムノリポソームは、血中半減期増加を有することができ、特に、標的細胞を該標的細胞の細胞質に内在化することによって治療剤の損失またはリソソーム内経路による分解を回避することができる。
【０１９６】
本明細書で提供されるイムノリポソーム組成物は、１つもしくは複数の小胞形成脂質と、本発明の抗体もしくは他の分子またはその断片もしくは誘導体と、任意選択的に親水性ポリマーとを有することができる。小胞形成脂質は、アシル基および極性ヘッド基などの、２本の炭化水素鎖を有する脂質でありうる。小胞形成脂質の例としては、リン脂質、例えば、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジン酸、ホスファチジルイノシトール、スフィンゴミエリン、および糖脂質、例えばセレブロシド、ガングリオシドが挙げられる。本明細書で提供される製剤において有用なさらなる脂質は当業者に公知であり、本明細書に包含される。一部の実施形態では、イムノリポソーム組成物は、該リポソームの血清半減期を増加させる親水性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール、およびガングリオシドＧＭ１をさらに含む。親水性ポリマーをリポソームにコンジュゲートする方法は当技術分野において周知であり、本明細書に包含される。さらなる例示的イムノリポソームおよびそれらの調製方法は、例えば、米国特許出願公開第２００３／００４４４０７号明細書；ＰＣＴ公開番号国際公開第９７／３８７３１号パンフレット；Vingerhoeads et al., 1994, Immunomethods, 4: 259-72；Maruyama, 2000, Biol.Pharm.Bull.23(7): 791-799；Abra et al., 2002, Journal of Liposome Research, 12(1&2): 1-3；Park, 2002, Bioscience Reports, 22(2): 267-281；Bendas et al., 2001 BioDrugs, 14(4): 215-224, J. Thomas August ed., 1997, Gene Therapy: Advances in Pharmacology, Volume 40, Academic Press, San Diego, Calif., p. 399-435を参照されたく、これらの参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０１９７】
本明細書で提供されるのは、がん患者を処置する方法であって、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の単位用量を患者に投与することによる方法でもある。本明細書で提供されるのは、がん患者を処置する方法であって、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドの単位用量を患者に投与することによる方法でもある。単位用量は、各々の単位が、必要希釈剤、すなわち担体またはビヒクルと共同して望ましい治療効果を生じさせるように計算された活性物質の所定量を含有する、対象への単位投薬量として好適な物理的に個別の単位を意味する。
【０１９８】
抗体、ポリペプチドまたは組成物は、投与製剤に適合する様式で、かつ治療有効量で投与される。投与される量は、処置されることになる対象、活性成分を利用する対象の系の能力、および所望される治療効果の程度に依存する。投与する必要がある活性成分の正確な量は、実施者の判断に依存し、個々の対象各々に特有である。しかし、全身適用に好適な投薬量範囲が本明細書で開示され、そのような範囲は投与経路に依存する。初回投与および追加投与に好適なレジメンも企図され、典型的には、初回投与、続いての１時間またはそれ超の間隔での後続注射または他の投与による反復投与によるレジメンを含む。例示的な複数回投与が本明細書に記載され、そのような投与は、ポリペプチドまたは抗体の高い血清および組織中レベルを継続的に維持するのに有用である。あるいは、ｉｎ  ｖｉｖｏ治療用に指定された範囲で血中濃度を維持するのに十分な持続静注が企図される。
【０１９９】
治療有効量は、所望の効果を達成するように計算された所定量である。一般に、投薬量は、患者の年齢、患者の状態、患者の性別および患者の疾患の程度によって変わることになり、当業者は投薬量を決定することができる。何らかの合併症が生じた場合、個々の医師が投薬量を調整することができる。
【０２００】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物は、アンプルまたはサッシェなどの密封容器に包装される。一実施形態では、本明細書で提供される抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物は、密封容器内の滅菌凍結乾燥ドライパウダーまたは無水濃縮物として供給され、例えば、対象への投与のために水または食塩水で適切な濃度に再構成されうる。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物は、密封容器内の無菌凍結乾燥粉末として少なくとも５ｍｇ、より好ましくは少なくとも１０ｍｇ、少なくとも１５ｍｇ、少なくとも２５ｍｇ、少なくとも３５ｍｇ、少なくとも４５ｍｇ、少なくとも５０ｍｇ、または少なくとも７５ｍｇの単位投薬量で供給される。本明細書で提供される凍結乾燥抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物を元の容器内で２〜８℃の間で保管すべきであり、再構成したら１２時間以内に、好ましくは６時間以内、５時間以内、３時間以内または１時間以内に投与すべきである。代替実施形態では、本明細書で提供される抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物は、該抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物の量および濃度を示す密封容器内の液体形態で供給される。一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物の液体形態は、密封容器内に少なくとも１ｍｇ／ｍｌ、より好ましくは少なくとも２．５ｍｇ／ｍｌ、少なくとも５ｍｇ／ｍｌ、少なくとも８ｍｇ／ｍｌ、少なくとも１０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも１５ｍｇ／ｍｌ、少なくとも２５ｍｇ／ｍｌ、少なくとも５０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも１００ｍｇ／ｍｌ、少なくとも１５０ｍｇ／ｍｌ、少なくとも２００ｍｇ／ｍｌで供給される。
【０２０１】
製剤に用いられることになる正確な用量もまた投与経路および状態の重症度に依存することになり、実施者の判断および各患者の状況に応じてそのような用量を決定すべきである。有効用量は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたは動物モデル試験系から得られる用量反応曲線から推定することができる。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドについて、患者に投与される投薬量は、典型的には、患者の体重当りで０．０１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態では、患者に投与される投薬量は、患者の体重当りで０．０１ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇの間、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇの間、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５ｍｇ／ｋｇの間、０．０１〜２ｍｇ／ｋｇの間、０．０１〜１ｍｇ／ｋｇの間、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜０．７５ｍｇ／ｋｇの間、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜０．５ｍｇ／ｋｇの間、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜０．２５ｍｇ／ｋｇ、０．０１〜０．１５ｍｇ／ｋｇ、０．０１〜０．１０ｍｇ／ｋｇ、０．０１〜０．０５ｍｇ／ｋｇ、または０．０１〜０．０２５ｍｇ／ｋｇである。特に、患者に投与される投薬量は、０．２ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、６ｍｇ／ｋｇまたは１０ｍｇ／ｋｇでありうる。０．０１ｍｇ／ｋｇほども低い用量が適切な薬力学的効果を示すと予測される。０．１０〜１ｍｇ／ｋｇの用量レベルが最も適切であると予測される。より高い用量（例えば、１〜３０ｍｇ／ｋｇ）も有効であると予想されうる。一般に、ヒト抗体は、異種ポリペプチドに対する免疫応答のため他の種からの抗体より長い体内での半減期を有する。したがって、ヒト抗体のより低い投薬量およびより少ない投薬頻度を実施することができる。さらに、本明細書で提供される抗体またはポリペプチドの投薬量および投与頻度を、例えば脂質修飾などの修飾により抗体の取り込みおよび組織透過性を増進することによって低減させることができる。
【０２０２】
さらに別の実施形態では、組成物を制御放出または徐放系で送達することができる。当業者に公知の任意の技術を使用して、本明細書で提供される１つまたは複数の抗体、分子または医薬組成物を有する徐放性製剤を生成することができる。例えば、米国特許第４，５２６，９３８号明細書；ＰＣＴ公開公報国際公開第９１／０５５４８号パンフレット；ＰＣＴ公開公報国際公開第９６／２０６９８号パンフレット；Ning et al., Radiotherapy & Oncology 39:179-189 (1996)；Song et al., PDA Journal of Pharmaceutical Science & Technology 50:372-397 (1995)；Cleek et al., Pro. Int'l. Symp. Control. Rel. Bioact. Mater. 24:853-854 (1997)；およびLam et al., Proc. Int'l. Symp. Control Rel. Bioact. Mater. 24:759-760(1997)を参照されたく、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。一実施形態では、制御放出系でポンプを使用することもある（Langer, supra；Sefton, 1987, CRC Crit. Ref Biomed. Eng. 14:20；Buchwald et al., 1980, Surgery 88:507；およびSaudek et al., 1989, N. Engl. J. Med. 321:574を参照されたい）。別の実施形態では、高分子材料を使用して、抗体またはポリペプチドの制御放出を達成することができる（例えば、Medical Applications of Controlled Release, Langer and Wise (eds.), CRC Pres., Boca Raton, Fla.(1974)；Controlled Drug Bioavailability, Drug Product Design and Performance, Smolen and Ball (eds.), Wiley, New York (1984)；Ranger and Peppas, 1983, J., Macromol. Sci. Rev. Macromol. Chem. 23:61を参照されたい；Levy et al., 1985, Science 228:190；During et al., 1989, Ann. Neurol. 25:351；Howard et al., 1989, J. Neurosurg. 7 1:105)；米国特許第５，６７９，３７７号明細書；米国特許第５，９１６，５９７号明細書；米国特許第５，９１２，０１５号明細書；米国特許第５，９８９，４６３号明細書；米国特許第５，１２８，３２６号明細書；ＰＣＴ公開番号国際公開第９９／１５１５４号パンフレット；およびＰＣＴ公開番号国際公開第９９／２０２５３号パンフレットも参照されたい）。参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０２０３】
徐放性製剤において使用することができるポリマーの例としては、ポリ（メタクリル酸ヒドロキシエチル）、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリ（アクリル酸）、ポリ（エチレン−ｃｏ−酢酸ビニル）、ポリ（メタクリル酸）、ポリグリコリド（ＰＬＧ）、ポリ無水物、ポリ（Ｎ−ビニルピロリドン）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリアクリルアミド、ポリ（エチレングリコール）、ポリラクチド（ＰＬＡ）、ポリ（ラクチド−ｃｏ−グリコリド）（ＰＬＧＡ）、およびポリオルトエステルが挙げられるが、これらに限定されない。さらに別の実施形態では、制御放出系を治療標的（例えば、肺）に近接して配置することができ、したがって全身用量のほんの一部しか必要としない（例えば、Goodson, in Medical Applications of Controlled Release, supra, vol. 2, pp. 115-138 (1984)を参照されたい）。別の実施形態では、制御放出埋込物として有用なポリマー組成物が、その全体が参照により本明細書に組み込まれているDunn et al.（例えば、米国特許５，９４５，１５５号明細書を参照されたい）に従って使用される。ポリマー系からの生物活性材料の生体内原位置での制御放出の治療効果に基づいて、一般に、埋め込みは、治療的処置を必要とする患者の体内のどこで行ってもよい。
【０２０４】
別の実施形態では、非ポリマー性持続送達系が使用され、それによって対象の体内の非ポリマー性埋込物が薬物送達系として使用される。体内に埋め込むと、埋込物の有機溶媒が、組成物から周囲の組織液に消散、分散または浸出することになり、非ポリマー性材料は、徐々に凝固または沈殿して固体、ミクロ多孔質マトリックスになる（例えば、米国特許第５，８８８，５３３号明細書を参照されたい）。制御放出系は、Ｌａｎｇｅｒによる総説（1990, Science 249:1527-1533）でも論じされている。当業者に公知の任意の技術を使用して、本明細書で提供される１つまたは複数の治療剤を含む徐放性製剤を生成することができる。例えば、米国特許第４，５２６，９３８号明細書；国際公開第９１／０５５４８号および同第９６／２０６９８号パンフレット；Ning et al., 1996, Radiotherapy & Oncology 39:179-189；Song et al., 1995, PDA Journal of Pharmaceutical Science & Technology 50:372-397；Cleek et al., 1997, Pro. Int'l. Symp. Control. Rel. Bioact. Mater. 24:853-854；およびLam et al., 1997, Proc. Int'l. Symp. Control Rel. Bioact. Mater. 24:759-760を参照されたく、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。
【０２０５】
本明細書で提供されるのは、組成物が、本明細書で提供される抗体またはポリペプチドをコードする核酸を有する実施形態であって、適切な核酸発現ベクターの一部としてその組成物を構築し、その組成物が細胞内に存在することになるようにすることによって（米国特許第４，９８０，２８６号を参照されたい）、または直接注射によって、またはマクロパーティクルボンバードメント（例えば、遺伝子銃；微粒子銃、Dupont）の使用によって、または脂質もしくは細胞表面受容体もしくはトランスフェクト剤でコーティングして、または核に侵入することが公知であるホメオボックス様ペプチドに結合している状態のその組成物を投与すること（例えば、Joliot et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:1864-1868を参照されたい）によって、核酸をｉｎ  ｖｉｖｏで投与してそのコードされた抗体またはポリペプチドの発現を促進することができる、実施形態でもある。あるいは、核酸を細胞内に導入し、例えば相同組換えにより宿主細胞ＤＮＡ内に組み込むことができる。
【０２０６】
治療有効量の本明細書で提供される抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物での対象の処置は、単一処置を含むこともあり、または一連の処置を含むこともある。本明細書で提供される抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物を全身投与または局所投与して、疾患を処置することができ、例えば、局所進行または転移がんを有するがん患者において腫瘍細胞の増殖を阻害するまたはがん細胞を殺滅することができると考えられる。それらを静脈内、髄腔内および／または腹腔内投与してもよい。それらを単独で投与してもよく、または抗増殖薬と組み合わせて投与してもよい。一実施形態では、それらは、外科手術または他の手技の前に患者のがんの負荷を低減させるために投与される。あるいは、任意の残存するがん（例えば、外科手術により除去することができなかったがん）が確実に生存しないようにするために、それらを外科手術後に投与してもよい。一部の実施形態では、それらを原発癌の退縮後に投与して転移を予防することができる。
【０２０７】
併用処置
ある特定の実施形態では、実施形態の組成物および方法は、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドのまたはグリコシル化ＰＤ−１と選択的に結合する抗体の投与を、第２のまたはさらなる療法との組み合わせで含む。そのような療法をＰＤ−１またはグリコシル化ＰＤ−１に関連する任意の疾患の処置の際に適用することができる。例えば、疾患は、がんでありえ、第２の療法は、抗がんまたは過剰増殖抑制療法である。
【０２０８】
併用療法を含む方法および組成物は、治療もしくは保護効果を増強し、および／または別の抗がんもしくは過剰増殖抑制療法の治療効果を増大させる。治療および予防方法ならびに治療用および予防用組成物を、がん細胞の殺滅および／または細胞の過剰増殖の阻害などの、所望の効果を達成するのに有効な総計量で、提供することができる。これらの方法は、ポリペプチドまたは抗体および第２の療法の投与を含みうる。第２の療法は、直接的な細胞障害効果を有することもあり、または有さないこともある。例えば、第２の療法は、直接的な細胞障害効果を有さずに免疫系を上方調節する薬剤でありうる。組織、腫瘍または細胞を、１つもしくは複数の薬剤（例えば、抗体もしくは抗がん剤）を含む１つもしくは複数の組成物もしくは薬理学的製剤に曝露してもよく、または組織、腫瘍および／もしくは細胞を曝露することに関しては、１つの組成物が１）ポリペプチドもしくは抗体、２）抗がん剤、または３）ポリペプチドもしくは抗体と抗がん剤の両方を提供する、２つ以上の別個の組成物もしくは製剤を用いるものであってもよい。また、そのような併用療法を化学療法、放射線治療、外科的療法または免疫療法と共に使用できることも企図される。
【０２０９】
細胞に適用される場合の用語「接触した」および「曝露された」は、治療用ポリペプチドまたは抗体および化学療法剤または放射線治療剤が標的細胞に送達されるかまたはそれらと標的細胞とがすぐ近位に配置されるプロセスを記述するために本明細書では使用される。例えば、細胞殺滅を達成するために、両方の薬剤は、細胞を殺滅するのに有効なまたは細胞が分裂するのを防止するのに有効な総計量で細胞に送達される。
【０２１０】
抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを、第２のまたはさらなる抗がん処置の前に、その間に、その後に、またはそれに対して様々な組み合わせで投与することができる。投与は、同時に〜数分〜数日〜数週間にわたる間隔でありうる。抗体またはポリペプチドが患者に抗がん剤とは別に提供される実施形態では、一般に、２つの化合物が患者に対して有利な複合効果をなお発揮することができるような有意な期間が各送達時と送達時の間に確実に終了しないようにすることになる。そのような場合、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドおよび第２の療法を互いに約１２〜２４または７２時間以内に、より詳細には互いに約６〜１２時間以内に患者に施すことができると考えられる。一部の状況では、それぞれの投与間に数日（２、３、４、５、６または７）〜数週間（１、２、３、４、５、６、７または８）が経過する、処置の期間を、有意に延長することができる。
【０２１１】
特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、がんの処置のために１つまたは複数の他の抗ＰＤ−１抗体と組み合わせて患者に投与され、これは、ペムブロリズマブ、ニボルマブまたはピディリズマブと組み合わせでの投与を含む。他の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、がんの処置のために１つまたは複数の抗ＰＤ−Ｌ１抗体と組み合わせて患者に投与される。特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、アテゾリズマブ、デュルバルマブまたはアベルマブと組み合わせて投与される。他の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、１つまたは複数の抗ＣＴＬＡ−４抗体と組み合わせて投与され、特定の実施形態では、抗ＣＬＴＡ−４抗体は、イピリムマブである。他の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１またはＣＴＬＡ−４の活性を阻害する薬剤、例えば、Ｆｃドメインに融合したＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１またはＣＴＬＡ−４タンパク質の細胞外受容体またはリガンド結合部分を有するイムノアドヘシンと共に投与される。
【０２１２】
特定の実施形態では、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１と比較してグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に優先的に結合する抗体と組み合わせて投与される。特に、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体を、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１と比較してグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に優先的に結合する抗ＰＤ−Ｌ１抗体ＳＴＭ００４またはＳＴＭ１１５のキメラまたはヒト化形態と組み合わせて投与してもよく、それらの重鎖および軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列（およびコードヌクレオチド配列）は、２０１６年１０月６日に発行された、発明の名称が「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｔｏ  Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅｄ  ＰＤ−Ｌ１  Ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｏｆ  Ｕｓｅ  Ｔｈｅｒｅｏｆ」であるＰＣＴ公開公報国際公開第２０１６／１６０７９２号パンフレットにおいて開示されており、参照文献は、参照により本明細書に組み込まれている。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体を、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１と比較してグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に優先的に結合する抗ＰＤ−Ｌ１抗体ＳＴＭ０７３またはＳＴＭ１０８のキメラまたはヒト化形態と組み合わせて投与してもよく、それらの重鎖および軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列（およびコードヌクレオチド配列）は、２０１６年３月２９日に発行された、発明の名称が「Ｄｕａｌ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｔｏ  Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅｄ  ＰＤ−Ｌ１  Ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｏｆ  Ｕｓｅ  Ｔｈｅｒｅｏｆ」である米国特許仮出願第６２／３１４，６５２号明細書において開示されており、参照文献は、参照により本明細書に組み込まれている。
【０２１３】
ある特定の実施形態では、処置過程は、１〜９０日以上（このそのような範囲は、介在する日を含む）続きうる。ある薬剤を１日目〜９０日目（このそのような範囲は、介在する日を含む）の任意の日またはそれらの任意の組み合わせに与えることができ、別の薬剤は、１日目〜９０日目（このそのような範囲は、介在する日を含む）の任意の日またはそれらの任意の組み合わせに与えられると考えられる。１日（２４時間の期間）のうちに、患者に１回または複数回の薬剤投与を施すことができる。さらに、処置過程後、抗がん処置が投与されない期間があると考えられる。この期間は、患者の状態、例えば彼らの予後、強さ、健康状態などに依存して、１〜７日、および／または１〜５週間、および／または１〜１２カ月以上（このそのような範囲は、介在する日を含む）続きうる。これらの処置サイクルを必要に応じて反復することができる。
【０２１４】
様々な組み合わせを用いることができる。下に列挙するのは、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドを「Ａ」とし、第２の抗がん療法を「Ｂ」とした、処置に関する一部の例である：
Ａ／Ｂ／Ａ    Ｂ／Ａ／Ｂ    Ｂ／Ｂ／Ａ    Ａ／Ａ／Ｂ    Ａ／Ｂ／Ｂ    Ｂ／Ａ／Ａ    Ａ／Ｂ／Ｂ／Ｂ    Ｂ／Ａ／Ｂ／Ｂ    Ｂ／Ｂ／Ｂ／Ａ    Ｂ／Ｂ／Ａ／Ｂ    Ａ／Ａ／Ｂ／Ｂ    Ａ／Ｂ／Ａ／Ｂ    Ａ／Ｂ／Ｂ／Ａ    Ｂ／Ｂ／Ａ／Ａ    Ｂ／Ａ／Ｂ／Ａ    Ｂ／Ａ／Ａ／Ｂ    Ａ／Ａ／Ａ／Ｂ    Ｂ／Ａ／Ａ／Ａ    Ａ／Ｂ／Ａ／Ａ    Ａ／Ａ／Ｂ／Ａ
【０２１５】
第２の療法との組み合わせでの、本明細書で提供される任意の抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物の患者への投与は、もしあれば第２の療法の毒性を考慮に入れて、そのような第２の療法の投与についての一般的プロトコールに従うことになる。したがって、一部の実施形態には、併用療法に起因する毒性をモニターするステップがある。
【０２１６】
化学療法
広範な化学療法剤を本実施形態に従って第２の療法として使用することができる。化学療法薬は、がんの処置の際に投与される化合物または組成物でありうる。これらの薬剤または薬物は、細胞内でのそれらの活性モードによって、例えば、それらが細胞周期に影響を与えるかどうか、およびそれらが細胞周期にどの期で影響を与えるのかによって、カテゴリー分けすることができる。あるいは、薬剤を、ＤＮＡを直接架橋させるその能力、ＤＮＡに挿入するその能力、または核酸合成に影響を与えることにより染色体および有糸分裂異常を誘導するその能力に基づいて特性解析することができる。
【０２１７】
化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド；アルキルスルホン酸系、例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン系、例えば、ベンゾデパ、カルボコン、メツレドパおよびウレドパ；エチレンイミン系およびメチロールメラミン系（アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミドおよびトリメチロールメラミンを含む）；アセトゲニン系（特に、ブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン系（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード系、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、およびウラシルマスタード；ニトロソウレア系、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマ１ＩおよびカリケアマイシンオメガＩ１）；ダイネマイシン（ダイネマイシンＡを含む）；ビスホスホネート系、例えば、クロンドロネート；エスペラミシン；ならびにネオカルジノスタチンクロモフォアおよび関連色素タンパク質エンジイン抗生物質クロモフォア、アクラシノマイシン類、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（carabicin）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン類、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノードキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン類、例えばマイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（potfiromycin）、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、およびゾルビシン；代謝拮抗薬、例えば、メトトレキサートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、プテロプテリンおよびトリメトレキサート；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、およびチオグアニン；ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、およびフロクスウリジン；アンドロゲン系、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、およびテストラクトン；副腎皮質ホルモン合成阻害薬（anti-adrenals）、例えば、ミトタンおよびトリロスタン；葉酸補充薬、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトレキサート；デフォファミン（defofamine）；デメコルシン；ジアジクオン；エフロニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；メイタンシノイド系、例えば、メイタンシンおよびアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジン；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖類複合体；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン類（特に、Ｔ−２トキシン、ベルカリンＡ、ロリジンＡおよびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（gacytosine）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；タキソイド系、例えば、パクリタキセルおよびドセタキセル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；白金配位錯体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、およびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（例えば、ＣＰＴ−１１）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド系、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；カルボプラチン、プロカルバジン、プリカマイシン、ゲムシタビン、ナベルビン、ファルネシルプロテイントランスフェラーゼ阻害剤、トランス白金、ならびに上記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が挙げられる。
【０２１８】
放射線治療
本明細書に記載の方法および組成物と組み合わせて使用することができるもう１つの従来の抗がん療法は、放射線治療、すなわち放射線療法である。放射線治療は、γ線、X線、および／または腫瘍細胞への放射性同位元素の直接送達の使用を含む。ＤＮＡ損傷因子の他の形態、例えば、マイクロ波、プロトンビーム照射（米国特許第５，７６０，３９５号および同第４，８７０，２８７号明細書；これらの参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている）、およびＵＶ照射も考えられる。これらの因子のすべてが、ＤＮＡに対して、ＤＮＡの前駆体に対して、ＤＮＡの複製および修復に対して、ならびに染色体の構築および維持に対して広範な障害をもたらすことは、ほぼ確実である。
【０２１９】
腫瘍微小環境は、腫瘍に浸潤し、免疫応答を抑制する骨髄系由来サプレッサー細胞および調節性Ｔ細胞の存在のため、本質的に阻害性である。加えて、ある特定の阻害性分子のＴ細胞および抗原提示細胞（ＡＰＣ）上で発現は、有効な免疫応答を制限しうる。放射線は、腫瘍細胞アポトーシス、老化、オートファジーの誘導により抗腫瘍効果を媒介し、状況によっては、より有効な免疫応答を刺激することができる。
【０２２０】
アブスコパル効果は、原発性腫瘍に対する標的化照射が、照射領域内にない遠位部位で抗腫瘍応答を誘導する、生理学的プロセスである。アブスコパル効果の原因となるメカニズムは、免疫介在性であり、Ｔ細胞に対する腫瘍抗原の提示増進、ならびに局所性および全身性免疫応答を刺激するサイトカインおよび炎症誘発因子の放出を含むと考えられる。アブスコパル効果は、放射線処置を受ける原発性腫瘍か遠位に位置する腫瘍に影響を与えるので、アブスコパル効果を誘発することができる薬剤は、体内の二次的部位に広がってしまうと処置がより困難になることが多い転移性腫瘍の処置に特に有利であろう。
【０２２１】
本明細書に記載の抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドは、局所性および全身性免疫応答を刺激することができる。一部の実施形態では、治療有効量の本明細書に記載の抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物は、放射線治療の前に、それと同時に、またはその後に投与されて、相乗的アブスコパル効果を達成する。
【０２２２】
一部の実施形態では、宿主における腫瘍を照射に対して有効に増感させる、治療有効量の本明細書に記載の抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物が、投与される。照射は、電離放射線、特に、ガンマ線照射でありうる。一部の実施形態では、ガンマ線は、線型加速器によって、または放射性核種によって放射される。放射性核種による腫瘍の照射は、外部照射であることもあり、または内部照射であることもある。
【０２２３】
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物の投与は、腫瘍に対する照射前１カ月までに、特に、１０日または１週間までに開始する。加えて、腫瘍の照射は分割され、本明細書に記載の抗体、ポリペプチドまたは医薬組成物の投与は、最初の照射セッションから最後の照射セッションまでの間、維持される。
【０２２４】
照射は、Ｘ線照射であってもよい。Ｘ線の線量範囲は、長期間（３〜４週間）にわたって５０〜２００レントゲンの１日線量から、２０００〜６０００レントゲンの単一線量まで、多岐にわたる。放射性同位元素についての投与量範囲は、広範囲変動し、同位元素の半減期、放射される放射線の強度およびタイプ、ならびに新生物細胞による取り込み量に依存する。
【０２２５】
免疫療法
免疫療法を本実施形態の方法と組み合わせてまたは共に使用することができることは、当業者には理解されるであろう。がん処置に関して、免疫療法薬は、一般に、がん細胞を標的にして破壊するための免疫エフェクター細胞および分子の使用に一般に依存する。リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））は、そのような一例である。例えばイピリムマブ、ペムブロリズマブ、ニボルマブおよびアテゾリズマブなどの、チェックポイント阻害剤が、他の例である。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面の何らかのマーカーに対して特異的な抗体でありうる。抗体は、単独で治療のエフェクターとして働くこともあり、または細胞殺滅を実際にもたらすために他の細胞を動員することもある。抗体は、薬物または毒素（例えば、化学療法薬、放射性核種、リシンＡ鎖、コレラ毒素、百日咳毒素）にコンジュゲートされ、単に標的化剤として働くこともある。あるいは、エフェクターは、腫瘍細胞標的と直接的にかまたは間接的に相互作用する表面分子を保有するリンパ球でありうる。様々なエフェクター細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞およびＮＫ細胞を含む。
【０２２６】
免疫療法の一態様では、腫瘍細胞は、標的化に適している、すなわち、大多数の他の細胞上に存在しない、何らかのマーカーを有する。多くの腫瘍マーカーが存在し、これらのいずれもが本実施形態との関連での標的化に好適でありうる。一般的な腫瘍マーカーとしては、ＣＤ２０、癌胎児抗原、チロシナーゼ（ｐ９７）、ｇｐ６８、ＴＡＧ−７２、ＨＭＦＧ、シアリルルイス抗原、ＭｕｃＡ、ＭｕｃＢ、ＰＬＡＰ、ラミニン受容体、ｅｒｂＢ、およびｐ１５５が挙げられる。免疫療法の代替態様は、抗がん効果を免疫刺激効果と組み合わせることである。免疫刺激分子も存在し、それらには、サイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１２、ＧＭ−ＣＳＦ、ガンマＩＦＮ、ケモカイン、例えばＭＩＰ−１、ＭＣＰ−１、ＩＬ−８、および増殖因子、例えばＦＬＴ３リガンドが含まれる。
【０２２７】
現在研究中であるかまたは使用されている免疫治療薬の例は、免疫アジュバント、例えば、ウシ型結核菌（Mycobacterium bovis）、熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）、ジニトロクロロベンゼン、および芳香族化合物（米国特許第５，８０１，００５号および同第５，７３９，１６９号明細書；Hui and Hashimoto, Infect Immun., 66(11):5329-36(1998)；Christodoulides et al., Microbiology, 66(11):5329-36(1998)）；サイトカイン療法、例えば、インターフェロンα、βおよびγ、ＩＬ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、ならびにＴＮＦ（Bukowski et al., Clin Cancer Res., 4(10):2337-47 (1998)；Davidson et al., J Immunother., 21(5):389-98(1998)；Hellstrand et al., Acta Oncol. 37(4):347-53(1998)）；遺伝子療法、例えば、ＴＮＦ、ＩＬ−１、ＩＬ−２、およびｐ−５３（Qin et al., Proc Natl Acad Sci U S A, 95(24):14411-6(1998)；Austin-Ward and Villaseca, Rev Med Chil, 126(7):838-45 (1998)；米国特許第５，８３０，８８０号および同第５，８４６，９４５号明細書）；ならびにモノクローナル抗体、例えば、抗ＰＤ１、抗ＰＤＬ１、抗ＣＤ２０、抗ガングリオシドＧＭ２、および抗ｐ１８５（Topalian et al., The New England journal of medicine, 366:2443-2454 (2012)；Brahmer et al., The New England journal of medicine 366:2455-2465 (2012)；Hollander, Front Immunol (2012): 3:3. doi: 10.3389/fimmu. 2012. 00003；Hanibuchi et al., Int J Cancer, 78(4):480-5(1998)；米国特許第５，８２４，３１１号明細書）であり、参照文献のすべては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれている。抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドの使用を含む本明細書に記載の療法と共に１つまたは複数の抗がん療法を用いることができると考えられる。
【０２２８】
外科手術
がんを有する人物のおおよそ６０％は、予防的、診断的または病期診断、根治的、および姑息手術を含む、何らかのタイプの外科手術を受けることになる。根治手術は、がん組織のすべてまたは一部が物理的に除去、切除および／または破壊される摘除を含み、本実施形態の処置、化学療法、放射線治療、ホルモン療法、遺伝子療法、免疫療法および／または代替療法などの、他の療法と共に使用されることもある。腫瘍摘除は、腫瘍の少なくとも一部の物理的除去を意味する。腫瘍摘除に加えて、外科手術による処置は、レーザー手術、凍結手術、電気手術、および顕微鏡下手術（モース術）を含む。
【０２２９】
がん細胞、組織または腫瘍の一部またはすべてを切除すると、体内に空洞が形成されうる。処置は、その領域に対する灌流、直接注射または局所適用とさらなる抗がん療法によって果たすことができる。そのような処置を、例えば、１、２、３、４、５、６もしくは７日ごとに、または１、２、３、４および５週間ごとに、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１もしくは１２カ月ごとに繰り返すことができる。これらの処置も様々な投薬量のものでありうる。
【０２３０】
他の薬剤
処置の治療効力を向上させるために他の薬剤を本実施形態のある特定の態様と組み合わせて使用することができることが考えられる。これらのさらなる薬剤には、細胞表面受容体およびギャップ結合の上方調節をもたらす薬剤、細胞分裂阻害剤および分化剤、細胞接着阻害剤、アポトーシス誘導物質に対する過剰増殖性細胞の感受性を増大させる薬剤、または他の生物学的薬剤が含まれる。ギャップ結合の数を増加させることによる細胞内シグナル伝達の増加は、隣接する過剰増殖性細胞集団に対する過剰増殖抑制効果を増大させることができる。他の実施形態では、処置の過剰増殖抑制効力を向上させるために細胞分裂阻害剤および分化剤を本実施形態のある特定の態様と組み合わせて使用することができる。細胞接着阻害剤は、本実施形態の効力を向上させると考えられる。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ（ＦＡＫ）阻害剤およびロバスタチンである。治療効力を向上させるために、抗体ｃ２２５などの、アポトーシスに対する過剰増殖性細胞の感受性を増大させる他の薬剤を、本実施形態のある特定の態様と組み合わせて使用することができる。
【０２３１】
キットおよび診断薬
本明細書における様々な態様で提供されるのは、治療剤を含有するキットならびに／または他の治療および送達剤である。一部の実施形態では、本明細書で提供される治療を準備および／または投与するためのキットが企図される。キットは、本明細書で提供される医薬組成物のいずれかを含有する１つまたは複数の密封バイアルを含むことができる。キットは、例えば、少なくとも抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体またはグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチド、ならびに本明細書で提供される成分を調製、製剤化および／もしくは投与するためのまたは本明細書で提供される方法の１つもしくは複数のステップを行うための試薬を含むことができる。
【０２３２】
一部の実施形態では、キットは、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体および少なくとも１つの補助的試薬を含むことができる。一部の実施形態では、キットは、グリコシル化ＰＤ−１ポリペプチドおよび少なくとも１つの補助的試薬を含むことができる。
【０２３３】
一部の実施形態では、キットは、第２の抗がん剤をさらに含む。第２の抗がん剤は、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法剤、またはサイトカインでありうる。
【０２３４】
一部の実施形態では、キットは、キットの成分と反応しない容器である好適な容器手段、例えば、エッペンドルフチューブ、アッセイプレート、注射器、ビンまたはチューブも含むことができる。容器は、プラスチックまたはガラスなどの滅菌可能な材料から製造されたものでありうる。
【０２３５】
キットは、本明細書に記載の方法の手順ステップの概要を示す指示シートであって、本明細書に記載の手順と実質的に同じ手順または当業者に公知の手順に準拠するものとなる指示シートをさらに含むことができる。指示情報は、コンピューターを使用して実行すると、治療有効量の本明細書で提供される抗体またはポリペプチドを送達する現実のまたは仮想の手順を表示させる、機械可読の指示を収録しているコンピューター可読媒体でのものであってもよい。キットは、医薬品または生物学的製剤の製造、使用または販売を監督する政府機関によって指示された形式での注意書きであって、ヒトへの投与のための製造、使用または販売についての機関による承認を表す注意書きも含むことができる。
【０２３６】
［実施例］
当然のことながら、本明細書に記載の様々な実施形態の性質および主旨を実質的に変えない変更形態も企図されることが理解される。したがって、以下の実施例は、説明のためのものであり、決して限定的でない。
【０２３７】
材料および方法
細胞培養、安定発現株、およびトランスフェクション細胞は、アメリカ合衆国細胞培養系統保存機関（ＡＴＣＣ）から入手した。１０％ウシ胎仔血清（ＦＢＳ）を補充したＤＭＥＭ／Ｆ１２またはＲＰＭＩ１６４０培地でこれらの細胞を増殖させた。ピューロマイシン（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）を使用して、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるＰＤ−Ｉ安定発現株を選択した。一過性トランスフェクションのために、ＳＮリポソーム（Hu, M. C. et al., 2004, Cell, 117:225-237）、リポフェクタミン（商標）２０００およびリポフェクタミンＬＴＸ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）を使用して、ＰＤ−ＩをコードするＤＮＡなどのＤＮＡを細胞に一過性にトランスフェクトした。
【０２３８】
レンチウイルス感染を使用する安定細胞の生成。ＰＤ−１遺伝子をＯｒｉｇｅｎｅ（ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、ＭＤ、ＵＳＡ）から購入し、公知の分子生物学技術を使用して、ｐＣＤＨレンチウイルス発現ベクターにクローニングしてＰＤ−１−Ｆｌａｇ発現細胞株を樹立した。ｐＣＤＨＩ  ＰＤ−１−Ｆｌａｇ発現ベクターを鋳型として使用して、部位特異的変異誘発によりＰＤ−１−Ｆｌａｇ  ＮＱ変異体Ｎ４９Ｑ、Ｎ５８Ｑ、Ｎ７４Ｑ、Ｎ１１６Ｑおよび４ＮＱ（Ｎ４９Ｑ／Ｎ５８Ｑ／Ｎ７９Ｑ／Ｎ１１６Ｑ）を生じさせた。酵素消化およびＤＮＡシークエンシングを使用して、すべての構築物を確認した。ＰＤ−１を発現する安定細胞を生成するために、リポフェクタミンＬＴＸトランスフェクション試薬を用いてプラスミドを２９３Ｔ細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後、培地を交換し、その後、２４時間間隔で培地を採取した。レンチウイルスを含有する採取した培地を遠心分離して細胞残屑を除去し、０．４５μｍフィルターに通して濾過した。感染の１２時間前に細胞を集密度５０％で播種し、培地を、レンチウイルスを含有する培地と交換した。２４時間感染させた後、培地を新鮮培地と交換し、１μｇ／ｍｌのピューロマイシン（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ）を用いて感染細胞を選択した。
【０２３９】
免疫ブロット分析、免疫細胞化学的検査および免疫沈降。免疫ブロット分析は、以前に記載されたように行った（Lim et al., 2008, Gastroenterology, 135:2I 28-40；およびLee et al., 2007, Cell, 130:440-455）。画像取得およびバンド強度の定量は、Ｂｉｏ−Ｒａｄ  ＣｈｅｍｉＤｏｃイメージングシステム（Ｂｉｏ−Ｒａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ、ＵＳＡ）を使用して行った。免疫細胞化学的検査のために、細胞を室温で１５分間、４％パラホルムアルデヒドで固定し、５分間、５％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００中で透過処理し、その後、一次抗体を使用して染色した。使用した二次抗体は、抗マウスＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ  ４８８もしく５９４色素コンジュゲートおよび／または抗ウサギＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ  ４８８もしく５９４色素コンジュゲート（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）であった。核を４’，６−ジアミノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩブルー）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で染色した。マウント後、マルチフォトン共焦点レーザー走査顕微鏡（Ｎｉｋｏｎ  Ａ１＋、Ｍｅｌｖｉｌｌｅ、ＮＹ、ＵＳＡ）を使用して細胞を可視化した。
【０２４０】
フローサイトメトリー。ＰＤ−１野生型および変異型タンパク質または対照ベクターを過剰発現する細胞をトリプシン処理により単離し、Ｃｅｌｌ  Ｓｔａｉｎｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒ（ＣＢＳ）（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、ＵＳ）中に細胞２×１０６個／ｍＬで収集した。５０μＬの細胞を９６ウェル丸底プレートに小分けし、それに５０μＬの一次抗体２０μｇ／ｍＬを添加し、その後、穏やかに混合し、４℃で、暗所で、１時間インキュベートした。細胞をＣＳＢで洗浄し、抗マウスＩｇＧ−ＰＥコンジュゲート（１０μｇ／ｍＬ）とＤＡＰＩ（１：１００）と共に３０分間、２１℃暗所でインキュベートした。細胞を洗浄し、Ｇｕａｖａ  ＥａｓｙＣｙｔｅ  ＨＴ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、ＤＥ）またはＦＡＣＳ  Ｃｅｌｅｓｔａ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｌａｋｅｓ、ＮＪ、ＵＳ）フローサイトメーターを使用してデータを取った。
【０２４１】
ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１（ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１）の相互作用アッセイ。ＰＤ−１タンパク質とＰＤ−Ｌ１タンパク質の相互作用を測定するために、ＰＤ−１発現細胞を４％パラホルムアルデヒド中、室温で１５分間固定し、その後、組換えヒトＰＤ−Ｌ１−Ｆｃキメラタンパク質（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）と共に１時間インキュベートした。使用した二次抗体は、抗ヒトＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８色素コンジュゲート（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）であった。その後、Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８色素の蛍光強度をリアルタイム顕微鏡ＩｎｃｕＣｙｔｅ（Ｅｓｓｅｎ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ、Ｍｉｃｈｉｇａｎ、ＵＳＡ）を使用してモニターした。
【０２４２】
ＫＤ決定およびＯｃｔｅｔによるビニング。ハイスループットＫＤスクリーニングのために、抗体リガンドを２０ｎＭ溶液によりセンサーに投入した。１ｍｇ／ｍｌのウシ血清アルブミンを含有するＰＢＳ（アッセイ緩衝液）でベースラインを確立し、アッセイ緩衝液中の単一濃度の分析物にセンサーを沈めることにより会合ステップを行った。新たなアッセイ緩衝液中で解離を行い、モニターした。すべての実験は、１，０００ｒｐｍで振盪しながらセンサーを用いて行った。ＦｏｒｔｅＢｉｏのデータ分析ソフトウェアを使用して、１：１結合モデルにデータをフィッシングして、会合速度および解離速度を抽出した。ｋｄ／ｋａ比を使用してＫＤを計算した。典型的エピトープビニングアッセイでは、抗原ＰＤ−１−Ｈｉｓ（１０ｎＭ）を二次抗体（１０ｎＭ）と共に１時間、室温でプレインキュベートした。対照抗体（２０ｎＭ）をＡＭＣセンサー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）に投入し、センサー上の残りのＦｃ結合部位を全マウスＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）でブロックした。プレインキュベートした抗原−二次抗体混合物にセンサーを曝露した。ＦｏｒｔｅＢｉｏ’ｓ  Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ７．０を使用して生データを処理し、抗体対を競合結合について評価した。二次抗体によるさらなる結合は、占有されていないエピトープ（非競合物）を示し、その一方で結合なしは、エピトープブロッキング（競合物）を示す。
【０２４３】
ＰＤ−１のグリコシル化分析。ＰＤ−１タンパク質のグリコシル化を確認するために、酵素ＰＮＧａｓｅ  Ｆ、Ｅｎｄｏ  Ｈ、０−グリコシダーゼ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  ＢｉｏＬａｂｓ、Ｉｐｓｗｉｃｈ、ＭＡ、ＵＳＡ）を製造業者による説明通りに用いて細胞溶解物を処置した。
【０２４４】
統計解析。棒グラフのデータは、未処置または対照群に対する平均倍率変化と３回の独立した実験の標準偏差を表す。ＳＰＳＳ（バージョン２０、SPSS、Chicago、IL）を使用して統計解析を行った。スピアマンの相関およびマン・ホイットニー検定を使用して、タンパク質発現とＢＬＢＣサブセットとの相関関係を解析した。実験データについてはスチューデントｔ検定を行った。ＡＰ値＜０．０５を統計的に有意と見なした。
【実施例１】
【０２４５】
グリコシル化ＰＤ−１はＰＤ−Ｌ１と結合する。
Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７９およびＮ１１６にグリコシル化を有する野生型ＰＤ−１を発現する２９３Ｔ細胞を用いて、およびグリコシル化を阻止するためにこれらの位置のすべてにおけるアスパラギンがグルタミンで置換されている変異型ＰＤ−１を発現する２９３Ｔ細胞を用いて、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１結合アッセイで、ＰＤ−Ｌ１への結合におけるＰＤ−１のグリコシル化の役割を試験した。したがって、変異型４ＮＱは、Ｎ４９Ｑ／Ｎ５８Ｑ／Ｎ７９Ｑ／Ｎ１１６Ｑである。細胞を蛍光標識ＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ融合タンパク質と共にインキュベートした。ＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）Ｚｏｏｍを製造業者の指示に従って用いて、リガンドおよび受容体結合を１時間ごとに定量した。図１Ａは、野生型、すなわちグリコシル化されている、ＰＤ−１を発現する細胞がＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ融合タンパク質により緑色に染色されることを示す。その一方で、図１Ｂは、標識ＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ融合体が、グリコシル化されていない４ＮＱ変異型ＰＤ−１を発現する細胞と結合しないことを示す。図１Ｃは、野生型、グリコシル化ＰＤ−１発現細胞および４ＮＱ変異型、非グリコシル化ＰＤ−１発現細胞に関する緑色染色レベルを２４時間にわたって示すグラフである。野生型、グリコシル化ＰＤ−１発現細胞へのＰＤ−Ｌ１−Ｆｃの結合は、２４時間にわたって増加するが、４ＮＱ、非グリコシル化変異型ＰＤ−１発現細胞へのＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ結合は、ほとんどない。この実験は、ＰＤ−Ｌ１が、非グリコシル化ＰＤ−１と結合するよりはるかに大きい親和性でグリコシル化ＰＤ−１と結合することを実証する。
【０２４６】
グリコシル化がＰＤ−１−ＰＤ−Ｌ１会合に必要であるかどうかを判定するために、共免疫沈降およびウェスタンブロット分析を行って、ＰＤ−１  ＷＴまたは４ＮＱ発現２９３Ｔ細胞におけるＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１の相互作用を評価した。ＰＤ−１  ＷＴおよび４ＮＱ発現２９３Ｔ細胞の溶解物をＰＤ−Ｌ１／Ｆｃ癒合タンパク質と共にまたはなしでインキュベートし、その後、ＰＤ−１タンパク質を抗Ｆｌａｇ樹脂で免疫沈降し、ＰＤ−Ｌ１／Ｆｃを検出するために抗ヒトＩｇＧ−ＨＲＰ、およびＰＤ−１タンパク質を検出するために抗Ｆｌａｇ抗体を用いてウェスタンブロットにより分析した。図１Ｄに示されているように、ＰＤ−Ｌ１／Ｆｃを野生型と共にインキュベートするとＰＤ−ＬへのＰＤ−Ｌ１結合が（最上列に抗ｈＩｇＧ−ＨＲＰ抗体により検出された通り）観察されるが、ＰＤ−Ｌ１／Ｆｃを非グリコシル化４ＮＱ  ＰＤ−１変異体と共にインキュベートすると観察されない。抗ＦＬＡＧ抗体は、野生型および４ＮＱ  ＰＤ−１タンパク質と対照としてのＰＤ−Ｌ１／Ｆｃの両方を検出した。結果は、グリコシル化がＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１の会合に必要であることを裏付ける。
【実施例２】
【０２４７】
抗ＰＤ−１抗体の産生
標準的プロトコールによる、ヒトＰＤ−１で免疫されたＢＡＬＢ／ｃマウス（（ｎ＝６）（Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ，  Ｉｎｃ．、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、ＣＡ、ＵＳＡ）から単離された脾細胞とＳＰ２／０マウス骨髄腫細胞の融合により、グリコシル化ヒトＰＤ−１に対して生成されたモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを得た。融合前に、ＦＡＣＳ分析を使用してヒト化マウスからの血清をＰＤ−１免疫原への結合について検証した。モノクローナル抗体（ＭＡｂ）産生ハイブリドーマを生成した。抗体を産生するハイブリドーマを再び特異性について試験した。
【０２４８】
このために、１００を超える候補ＭＡＢ産生ハイブリドーマを選択し、ＡＤＣＦ培地で増殖させ、それらのモノクローナル抗体含有上清を濃縮および精製した。非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１への優先的結合についてそれらの候補モノクローナル抗体をスクリーニングした。ＰＤ−１  ＷＴ（完全にグリコシル化されたもの）を過剰発現するＴ２９３細胞にビオチンタグを付け、その後、それらの細胞を、完全非グリコシル化ＰＤ−１を過剰発現するＴ２９３細胞と混合した。混合された細胞をＰＤ−１に対する一次抗体と共にインキュベートし、ＦＩＴＣとコンジュゲートした二次抗体でさらに洗浄した。洗浄後、蛍光強度（ＭＦＩ）を測定して、膜に結合したグリコシル化または非グリコシル化ＰＤ−１への抗体の相対結合を評価した。グリコシル化ＰＤ−１に関して非グリコシル化ｐＤ−１より有意に高いＭＦＩを示す抗体を抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体として同定した。
【０２４９】
生細胞イメージングアッセイ、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（商標）（Ｅｓｓｅｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して、精製ＭＡｂを、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１間の相互作用（ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１結合相互作用）を中和または阻害するそれらの能力について試験した。このアッセイのために、ＰＤ−１を発現する２９３Ｔ細胞を抗ヒトＰＤ−１抗体と共に、および蛍光標識ＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ融合タンパク質と共にインキュベートした。Ｉｎｃｙｃｙｔｅ（商標）Ｚｏｏｍを製造業者の指示に従って用いて、リガンドおよび受容体結合を１時間ごとに定量した。
【０２５０】
非グリコシル化ＰＤ−１と比較してグリコシル化ＰＤ−１と優先的に結合する２つの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体、ＳＴＭ４１３およびＳＴＭ４３２を同定した。これらのモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖可変ドメインの配列を表３に提供する。ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）アッセイを使用して、これらの抗体をグリコシル化ＰＤ−１に対する結合動態について特性解析した。結果を下の表６に提供する。
【０２５１】
【表６】
2019509976.tif 000008
【０２５２】
抗体−抗原架橋とグリコシル化ＰＤ−１ペプチド断片に関する高質量ＭＡＬＤＩ分析を使用して、グリコシル化ＰＤ−１上のＳＴＭ４１８エピトープを決定した。抗体のエピトープは、配列番号１の３６、３８、５１、５３、５５、１０９、１１５、１１８および１２１位の抗体−抗原架橋実験により同定された結合接触点に下線が引かれている、下記の配列番号１のアミノ酸３４〜４４、４９〜５９および１０４〜１２４のグリコシル化ＰＤ−１の領域であると決定した：
３４ＰＰＴＥＳＰＡＬＬＶＶ４４…４９ＮＡＴＦＴＣＳＦＳＮＴ５９…１０４ＲＤＦＨＭＳＶＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴＹＬＣＧ１２４
（配列番号１のアミノ酸３４〜４４、４９〜５９および１０４〜１２４）。
【０２５３】
抗体−抗原架橋と高質量ＭＡＬＤＩ分析を使用して、グリコシル化ＰＤ−１上のＳＴＭ４３２エピトープを決定した。ヒトＰＤ−１配列におけるエピトープを以下の通り決定した。
９１ＤＣＲＥＲＶＴＱＬＰＮＧＲＤＦＨＭ１０７−−−−−−−−−−−−−−１２３ＣＧＡＩＳＬＡＰＫＡＱＩ１３４
（配列番号１のアミノ酸９１〜１０７および１２３〜１３４）。エピトープは、配列番号１におけるＰＤ−１のアミノ酸配列のＤ９１位からＭ１０７位そしてその後Ｃ１２３からＩ１３４に広がる。下線を引かれている位置Ｒ９５、Ｒ１０３、Ｓ１２７およびＫ１３１は、ＰＤ−１抗体への架橋を示した位置である。
【０２５４】
モノクローナル抗体ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２を、グリコシル化野生型および変異型ＰＤ−１−Ｆｃ（変異型ＰＤ−１タンパク質は、アスパラギン（Ｎ）のグルタミン（Ｑ）の変異によって１つまたは複数のグリコシル化部位が除去されている）、ならびにＰＮＧａｓｅ  Ｆで処置してグリコシル化を酵素的に除去した野生型Ｐ−１への結合について、ウェスタンブロット分析により試験した。各々０．５μｇのＰＤ−１−Ｆｃタンパク質（野生型おならびに変異型Ｎ４９Ｑ、Ｎ５８ＱおよびＮ７４Ｑ）およびＰＮＧａｓｅ  Ｆ処置野生型ＰＤ−１をウェスタンブロット分析により分析し、ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２でプロービングし、ヤギ抗マウス二次抗体で検出した。図２は、ＳＴＭ４１８が、グリコシル化野生型ＰＤ−１、ならびに４９および５８位のグリコシル化部位が変異型である（すなわち、７４および１１６位でグリコシル化されている）ＰＤ−１と結合するが、７４位に変異型グリコシル化部位を有するＰＤ−１とも、ＰＮＧａｓｅ  Ｆでの処置により脱グリコシル化された野生型ＰＤ−１とも結合しないことを示す。ＳＴＭ４３２は、野生型グリコシル化ＰＤ−１、および５８位に変異型グリコシル化部位を有するＰＤ−１と結合するが、４９または７４位のいずれかに変異型グリコシル化部位を有するＰＤ−１とも、ＰＮＧａｓｅ  Ｆでの処置により脱グリコシル化された野生型ＰＤ−１とも結合しない。
【０２５５】
フローサイトメトリーを使用して、野生型ＰＤ−１、変異型ＰＤ−１タンパク質を発現する２９３Ｔ細胞または対照２９３Ｔ細胞への抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の結合をアッセイした。野生型ＰＤ−１、Ｎ４９Ｑ  ＰＤ−１、Ｎ５８Ｑ  ＰＤ−１、Ｎ７４Ｑ  ＰＤ−１、Ｎ１１６Ｑ  ＰＤ−１、および４ＮＱ  ＰＤ−１（４９、５８、７４および１１６位における置換であるＮからＱへの変異）を発現する２９３Ｔ細胞、ならびにＰＤ−１を発現しない対照２９３Ｔ細胞への、ＳＴＭ４１８およびＳＴＭ４３２の結合をアッセイした。図３Ａおよび３Ｂは、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体または対照および蛍光標識二次抗体とのインキュベーション後の細胞のフローサイトメトリーの結果であって、ＭＦＩ、すなわち測定蛍光強度、として測定された結果を表す。図３Ｃは、対照マウスＩｇＧのインキュベーションからの結果を示す。野生型および変異型ＰＤ−１タンパク質を発現する細胞ならびに対照細胞への抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体および対照抗体の結合についてのＭＦＩを下の表７に提示する。データは、ＳＴＭ４１８が、非グリコシル化４ＮＱ変異型ＰＤ−１との結合についてのＭＦＩより約１２８倍大きいＭＦＩで野生型、グリコシル化ＰＤ−１と結合すること、およびＳＴＭ４３２が、非グリコシル化４ＮＱ変異型ＰＤ−１との結合についてのＭＦＩより約４３倍大きいＭＦＩで野生型、グリコシル化ＰＤ−１と結合することを示す。
【０２５６】
【表７】
2019509976.tif 000009
【実施例３】
【０２５７】
抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体中和活性
ＰＤ−１タンパク質とＰＤ−Ｌ１タンパク質の相互作用の抗体による阻害を測定するために、
ＰＤ−１を発現する２９３Ｔ細胞を９６ウェルプレートに播種し、ＳＴＭ４１８またはＳＴＭ４３２抗体、組換えヒトＰＤ−Ｌ１−Ｆｃタンパク質および抗ヒト−Ｆｃ  Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８色素コンジュゲート（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳ）と共にインキュベートした。緑色蛍光をＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）Ｚｏｏｍデバイスにより２時間ごとに測定し、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）Ｚｏｏｍソフトウェア（Ｅｓｓｅｎ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ、ＭＩ、ＵＳＡ）により定量した。図４Ａは、０．０３μｇ／ｍｌ〜４．０μｇ／ｍｌの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体濃度の存在下でのＰＤ−Ｌ１−ＦｃのＰＤ−１発現細胞への結合を１８時間にわたって示す。ＳＴＭ４１８は、ＰＤ−１発現細胞へのＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ結合を濃度依存的に阻害する。図４Ｂは、０．１３２μｇ／ｍｌのＥＣ５０を計算するための、ＰＤ−１−ＰＤ−Ｌ１結合の活性パーセントに対するＳＴＭ４１８の濃度のプロットである。図５Ａは、０．０３μｇ／ｍｌ〜４．０μｇ／ｍｌの抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体ＳＴＭ４３２濃度の存在下でのＰＤ−Ｌ１−ＦｃのＰＤ−１発現細胞への結合を１８時間にわたって示す。ＳＴＭ４３２は、ＰＤ−１発現細胞へのＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ結合を濃度依存的に阻害する。図５Ｂは、０．１１０μｇ／ｍｌのＥＣ５０を計算するための、ＰＤ−１−ＰＤ−Ｌ１結合の活性パーセントに対するＳＴＭ４３２の濃度のプロットである。
【実施例４】
【０２５８】
Ｔ細胞殺滅に対する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の効果
Ｔ細胞の存在下でのがん細胞に対する抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体の効果をアッセイするために、磁気αＣＤ３単離抗体キットによりヒトＰＢＭＣからＴ細胞を単離し、その後、αＣＤ３抗体  １００ｎｇ／ｍＬおよびＩＬ−２  １０ｎｇ／ｍＬとの７２時間のインキュベーションにより活性化した。１０μｇ／ｍＬ  ＳＭＴ４１８、ＳＴＭ４３２抗体または対照としてのｍＩｇＧ１アイソタイプと共にＲＰＭＩ  １６４０培地が入っている９６ウェルプレートに前もって播種した、ＮｕｃＬｉｇｈｔ  Ｒｅｄ  Ｌｅｎｔｉｖｉｒｕｓ試薬（Ｅｓｓｅｎ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ、ＭＩ、ＵＳＡ）で標識されたＢＴ５４９がん細胞に、それらの活性化したＴ細胞を添加した。Ｉｎｃｕｃｙｔｅ  Ｚｏｏｍ（Ｅｓｓｅｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ  Ｚｏｏｍ  ２０１６ソフトウェアにより計算される赤色核画像数（増殖）によって、経時的にがん細胞のＴ細胞殺滅を検出した。図６は、対照マウスＩｇＧアイソタイプと共にインキュベートした活性化Ｔ細胞の存在下でのがん細胞と比較して、活性化Ｔ細胞およびＳＴＭ４１８またはＳＴＭ４３２抗体のどちらかの存在下でのがん細胞についての増殖の低減を、９０時間にわたって示す。
【実施例５】
【０２５９】
抗体ヒト化
上に示したように、例えばヒト疾患のｉｎ  ｖｉｖｏ処置における使用を含む、ある特定の目的のためには、マウスモノクローナル抗体のヒト化誘導体を用いるほうが好ましい。そのようなヒト化抗体を形成するために、マウスモノクローナル抗体のフレームワーク配列（「親」配列）を、先ず、一連の「アクセプター」ヒト抗体のフレームワーク配列とアラインして、フレームワーク配列の差を同定する。親とアクセプター間で適合しないフレームワーク残基を置換することにより、ヒト化を果たす。バーニアゾーン、ＶＨ／ＶＬ鎖間界面、またはＣＤＲ基準クラス決定位置におけるものなどの、潜在的に重要な位置での置換を、予想される逆変異について分析した（Foote, J. et al., J. Molec. Biol. 224: 487-499 (1992)を参照されたい）。
【０２６０】
保存ドメインデータベース（ＣＯＤ）（Marchler-Bauer, et al.(2011) Nucleic Acids Res. 39:D225-D229）を使用して、各アミノ酸鎖のドメインの内容および各ドメインの近似的境界を決定することができる。可変ドメイン境界は、いくつかの一般に使用されている定義（Kabat, E. A. et al.(1991) “Sequences of Proteins of Immunological Interest,” Fifth Edition.NIH Publication No. 91-3242；Chothia, C. et al., J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)；Honegger, A. et al., J. Molec. Biol. 309(3):657-670 (2001)）に従って、ＣＤＲの境界と共に正確に決定することができる。
【０２６１】
ＭＡＦＦＴ（Katoh, K. et al., Nucleic Acids Res. 30: 3059-3066 (2002)）を使用してマウスおよびヒト生殖系列配列への親配列の複数のアライメントを生成し、各アライメントのエントリーを、親配列との配列同一性に従って順序づける。１００％配列同一性をクラスタリングし、冗長エントリーを排除することにより、参照セットを縮小して一意的な配列セットにする。
【０２６２】
最適なアクセプターフレームワーク選択は、両方の鎖のフレームワークにわたってのアクセプターに対する総合親抗体配列同一性に基づくが、ＶＨ／ＶＬ鎖間界面を構成する位置は特に興味深い。加えて、ＣＤＲのうちの５個について定義された基準構造（Chothia, C. et al., J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)；Martin, A. C. et al., J. Molec. Biol 263:800-815 (1996)；Al-Laziniki, B. et al., J. Molec. Biol. 273:927-948(1997)）の個別のセットに関係するＣＤＲループ長およびＣＤＲ位置を生殖系列と比較して、両方が同じ界面残基を有し、かつ類似のＣＤＲループ立体構造を支持することが分かっている生殖系列フレームワークがどれであるのかを決定する。
【０２６３】
ヒト生殖系列への親抗体の配列アライメントに基づいて、最も厳密に適合するエントリーを同定する。好ましいヒト生殖系列の選択は、要求される基準に基づく：（１）フレームワークにわたっての配列同一性、（２）同一のまたは匹敵する鎖間界面残基、（３）親ＣＤＲの基準立体構造を有する支持ループ、（４）重鎖生殖系列と軽鎖生殖系列の組み合わせが、発現される抗体において見いだされる、および（５）除去されなければならないＮ−グリコシル化部位の存在。
【０２６４】
ヒト化抗体のＦｖ領域の構造モデルを生成する。ＦＲおよびＣＤＲの候補構造鋳型断片、ならびに完全Ｆｖを、標的とのそれらの配列同一性、およびオングストローム（Å）での、分解能などの、鋳型構造の定性的結晶学的基準に基づいて、スコアづけし、ランクづけし、抗体データベースから選択する。
【０２６５】
構造的にＦＲ鋳型にＣＤＲをアラインするために、ＣＤＲの両側の５個の残基をＣＤＲ鋳型に含める。重複セグメントに基づいて断片のアライメントを生成し、構造配列アライメントを生成する。テンプレート断片をそのアライメントと共にＭＯＤＥＬＬＥＲ（SalI, A. et al.；J. Molec. Biol. 234:779-815(1993)）によって処理した。このプロトコールは、アラインされた構造鋳型のセットに由来する立体構造の制約を生じる。この制約を充足する構造のアンサンブルを共役勾配および模擬アニーリング最適手順によって作出する。タンパク質構造スコアおよび立体構造制約充足から導出されるエネルギースコアに基づいて、このアンサンブルからモデル構造を選択するそのモデルを点検し、側鎖最適化アルゴリズムを使用して標的と鋳型間で異なった位置の側鎖を最適化し、エネルギーを最小にする。一式の可視化および計算ツールを使用して、ＣＤＲ立体構造多様性、局所充填および表面分析を評価して、１つまたは複数の好ましいモデルを選択する。
【０２６６】
親抗体の構造モデルを構築し、不良な原子充填、結合長、結合角または二面角の歪みなどの欠陥について点検する。これらの欠陥は、抗体の構造安定性に関する潜在的問題点を示しうる。このモデリングプロトコールは、そのような欠陥を最小にしようとするものである。ヒト化Ｆｖの初期構造モデルは、安全な置換（すなわち、結合親和性または安定性に影響を与えるはずがない置換）および注意を要する置換（すなわち、位置置換が行われるが、その位置が結合親和性にとって重要であることもある）すべてを含んでいる。結合親和性低下または安定性低下のリスクに関連すると考えられる位置での置換が変更されない。鋳型の検索および選択を親鋳型検索とは別に行って、厳密に適合する親のバリアントモデルではなく良好な独立型モデルを作出する。可能性のある置換の評価を行うときに、モデルがアップデートされて、好ましい置換および逆変異の効果を反映する。
【０２６７】
本出願を通して様々な刊行物を参照してきた。これらの刊行物の開示、それら全体が、本開示が関係する技術分野の現状をより十分に説明するために参照によって本明細書により本出願に組み入れられている。ある特定の実施形態の例を本明細書で提供するが、様々な変更および修飾を加えることができることは当業者には理解されるであろう。そのような修飾形態も添付の特許請求の範囲内に入ることを意図している。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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