(57)【要約】血漿／血清及び組織試料を含む、臨床前の動物生体試料またはヒト生体試料中に存在し得る部位特異的抗体薬物複合体を、素早く正確に検出、特徴付け、測定、及び定量化する方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体薬物複合体（ＡＤＣ）を評価する方法であって、
ａ．
システインアミノ酸残基、
セレノシステインアミノ酸残基、
グルタミンアミノ酸残基、
非天然型アミノ酸残基、及び
糖修飾グリカン残基
から選択される組換え操作された部位で抗体に結合している少なくとも１つの薬物部分を含むＡＤＣを、前記ＡＤＣを切断するプロテアーゼで消化して、前記少なくとも１つの薬物部分に結合していない少なくとも１つのペプチド断片と、前記少なくとも１つの薬物部分に結合している少なくとも１つのペプチド断片とを含む消化されたＡＤＣ組成物を形成することと、
ｂ．高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）及び／または質量分析（ＭＳ）によって、前記消化されたＡＤＣ組成物を分析し、前記少なくとも１つの薬物部分に結合していない少なくとも１つのペプチド断片を検出することと、を含む、前記方法。
【請求項２】
前記抗体が、ＩｇＧ抗体、抗体断片、ヒトまたはヒト化抗体、グリコシル化またはリン酸化抗体、及びシステイン操作抗体から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＡＤＣの抗体部分が、（１）〜（５３）：
（１）ＢＭＰＲ１Ｂ（骨形成タンパク質受容体ＩＢ型）、
（２）Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５）、
（３）ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原）、
（４）ＭＵＣ１６（０７７２Ｐ、ＣＡ１２５）、
（５）ＭＰＦ（ＭＰＦ、ＭＳＬＮ、ＳＭＲ、巨核球増強因子、メソテリン）、
（６）Ｎａｐｉ２ｂ（ＮＡＰＩ−３Ｂ、ＮＰＴＩＩｂ、ＳＬＣ３４Ａ２、溶質輸送体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２、ＩＩ型ナトリウム依存性リン酸輸送体３ｂ）、
（７）Ｓｅｍａ  ５ｂ（ＦＬＪ１０３７２、ＫＩＡＡ１４４５、Ｍｍ．４２０１５、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＥＭＡＧ、セマフォリン５ｂ  Ｈｌｏｇ、セマドメイン、７回トロンボスポンジン反復（１型及び１型様）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）、及び短い細胞質ドメイン、（セマフォリン）５Ｂ）、
（８）ＰＳＣＡ  ｈｌｇ（２７０００５０Ｃ１２Ｒｉｋ、Ｃ５３０００８Ｏ１６Ｒｉｋ、ＲＩＫＥＮ  ｃＤＮＡ  ２７０００５０Ｃ１２、ＲＩＫＥＮ  ｃＤＮＡ２７０００５０Ｃ１２遺伝子）、
（９）ＥＴＢＲ（エンドセリンＢ型受容体）、
（１０）ＭＳＧ７８３（ＲＮＦ１２４、仮説上のタンパク質ＦＬＪ２０３１５）、
（１１）ＳＴＥＡＰ２（ＨＧＮＣ＿８６３９、ＩＰＣＡ−１、ＰＣＡＮＡＰ１、ＳＴＡＭＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＳＴＭＰ、前立腺癌関連遺伝子１、前立腺癌関連タンパク質１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原２、６回膜貫通前立腺タンパク質）、
（１２）ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容器電位カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４）、
（１３）ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形癌腫由来の成長因子）、
（１４）ＣＤ２１（ＣＲ２（補体受容体２）またはＣ３ＤＲ（Ｃ３ｄ／エプスタイン・バーウイルス受容体）またはＨｓ７３７９２）、
（１５）ＣＤ７９ｂ（ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ７９β、ＩＧｂ（免疫グロブリン関連ベータ）、Ｂ２９）、
（１６）ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ）、
（１７）ＨＥＲ２、
（１８）ＮＣＡ、
（１９）ＭＤＰ、
（２０）ＩＬ２０Ｒα、
（２１）Ｂｒｅｖｉｃａｎ、
（２２）ＥｐｈＢ２Ｒ、
（２３）ＡＳＬＧ６５９、
（２４）ＰＳＣＡ、
（２５）ＧＥＤＡ、
（２６）ＢＡＦＦ−Ｒ（Ｂ細胞活性化因子受容体、ＢＬｙＳ受容体３、ＢＲ３）、
（２７）ＣＤ２２（Ｂ細胞受容体ＣＤ２２−Ｂアイソフォーム）、
（２８）ＣＤ７９ａ（ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９α、免疫グロブリン関連アルファ）、
（２９）ＣＸＣＲ５（バーキットリンパ腫受容体１）、
（３０）ＨＬＡ−ＤＯＢ（ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータサブユニット（Ｉａ抗原））、
（３１）Ｐ２Ｘ５（プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５）、
（３２）ＣＤ７２（Ｂ細胞分化抗原ＣＤ７２、Ｌｙｂ−２）、
（３３）ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ロイシンリッチ反復（ＬＲＲ）ファミリーのＩ型膜タンパク質）、
（３４）ＦｃＲＨ１（Ｆｃ受容体様タンパク質１）、
（３５）ＦｃＲＨ５（ＩＲＴＡ２、免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転位関連２）、
（３６）ＴＥＮＢ２（推定上の膜貫通プロテオグリカン）、
（３７）ＰＭＥＬ１７（ｓｉｌｖｅｒ相同体、ＳＩＬＶ、Ｄ１２Ｓ５３Ｅ、ＰＭＥＬ１７、ＳＩ、ＳＩＬ）、
（３８）ＴＭＥＦＦ１（ＥＧＦ様ドメイン及び２つのフォリスタチン様ドメインを有する膜貫通タンパク質１、トモレグリン−１）、
（３９）ＧＤＮＦ−Ｒａ１（ＧＤＮＦファミリー受容体アルファ１、ＧＦＲＡ１、ＧＤＮＦＲ、ＧＤＮＦＲＡ、ＲＥＴＬ１、ＴＲＮＲ１、ＲＥＴ１Ｌ、ＧＤＮＦＲ−アルファ１、ＧＦＲ−ＡＬＰＨＡ−１）、
（４０）Ｌｙ６Ｅ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｅ、Ｌｙ６７、ＲＩＧ−Ｅ、ＳＣＡ−２、ＴＳＡ−１）、
（４１）ＴＭＥＭ４６（ｓｈｉｓａ相同体２（Ｘｅｎｏｐｕｓ  ｌａｅｖｉｓ）、ＳＨＩＳＡ２）、
（４２）Ｌｙ６Ｇ６Ｄ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｇ６Ｄ、Ｌｙ６−Ｄ、ＭＥＧＴ１）、
（４３）ＬＧＲ５（ロイシンリッチ反復含有Ｇタンパク質結合型受容体５、ＧＰＲ４９、ＧＰＲ６７）、
（４４）ＲＥＴ（ｒｅｔがん原遺伝子、ＭＥＮ２Ａ、ＨＳＣＲ１、ＭＥＮ２Ｂ、ＭＴＣ１、ＰＴＣ、ＣＤＨＦ１２、Ｈｓ．１６８１１４、ＲＥＴ５１、ＲＥＴ−ＥＬＥ１）、
（４５）ＬＹ６Ｋ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｋ、ＬＹ６Ｋ、ＨＳＪ００１３４８、ＦＬＪ３５２２６）、
（４６）ＧＰＲ１９（Ｇタンパク質結合型受容体１９、Ｍｍ．４７８７）、
（４７）ＧＰＲ５４（ＫＩＳＳ１受容体、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＧＰＲ５４、ＨＯＴ７Ｔ１７５、ＡＸＯＲ１２）、
（４８）ＡＳＰＨＤ１（アスパラギン酸ベータヒドロキシラーゼドメイン含有１、ＬＯＣ２５３９８２）、
（４９）チロシナーゼ（ＴＹＲ、ＯＣＡＩＡ、ＯＣＡ１Ａ、チロシナーゼ、ＳＨＥＰ３）、
（５０）ＴＭＥＭ１１８（ｒｉｎｇフィンガータンパク質、膜貫通２、ＲＮＦＴ２、ＦＬＪ１４６２７）、
（５１）ＧＰＲ１７２Ａ（Ｇタンパク質結合型受容体１７２Ａ、ＧＰＣＲ４１、ＦＬＪ１１８５６、Ｄ１５Ｅｒｔｄ７４７ｅ）、
（５２）ＣＤ３３、及び
（５３）ＣＬＬ−１から選択される１つ以上の腫瘍関連抗原または細胞表面受容体に結合する抗体である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記薬物部分が、リンカーを介して前記ＡＤＣの前記抗体部分に結合しており、ペプチド、ポリアミド、マイタンシノイド、ドラスタチン、オーリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）、ＰＮＵ−１５９６８２、アントラサイクリン、デュオカルマイシン、ビンカアルカロイド、タキサン、トリコテセン、ＣＣ１０６５、デュオカルマイシン、カンプトテシン、エリナフィド、抗生物質、フルオロフォア、放射性同位体、ならびにそれらの立体異性体、イソスター（ｉｓｏｓｔｅｒｅｓ）、代謝物、類似体、または誘導体から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記プロテアーゼが、ＩｄｅＳプロテアーゼ、ＩｄｅＺプロテアーゼ、ＩｇｄＥプロテアーゼ、ＳｐｅＢプロテアーゼ、ジンジパインプロテアーゼ、エンドグリコシダーゼ、及びそれらの組み合わせから選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記消化することが、約２０℃〜約４５℃の温度で、約ｐＨ５〜約ｐＨ９のｐＨで、及び約０．１時間〜約４８時間の期間の間、前記ＡＤＣを前記プロテアーゼと共にインキュベートすることを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記消化することが、約１時間の期間の間、約７のｐＨで、約３７℃の温度で前記ＡＤＣを前記プロテアーゼと共にインキュベートすることを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記分析することが、ＲＰ−ＬＣ、ＲＰ−ＬＣ／ＭＳ、及びＬＣ−ＭＳ／ＭＳのうちの少なくとも１つを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記ＡＤＣが、前記消化するステップの前に、緩衝液、全血、血清、血漿、脳脊髄液、唾液、尿、リンパ液、胆汁、糞便、汗、硝子体、涙、及び組織から選択されるマトリックス中で懸濁される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記ＡＤＣが、ヒト、カニクイザル、ラット、及びマウスから選択される哺乳動物の、全血、血清、血漿、または組織中で懸濁される、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＡＤＣが、前記消化するステップの前に、サイズ排除クロマトグラフィー、透析、選択的沈降、分画遠心分離、ろ過、ゲル電気泳動、液体クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、免疫沈降、プロテインＡ及びプロテインＧ、ＮＨＳ及びストレプトアビジン鉄もしくはリン、または固定化抗体もしくはレクチンを含むスピントラップカラム、常磁性ビーズ、免疫除去、分画、固相抽出法、リンペプチド富化、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、ならびに脱塩処理から選択される技法により富化される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＡＤＣが、ビーズまたは樹脂により支持されたプロテインＡ／Ｇ、標的抗原常磁性ビーズ捕捉培地、抗イディオタイプ抗体、抗Ｈｕ抗体、及び抗薬物抗体のうちの少なくとも１つを含む親和性捕捉培地に結合される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記親和性捕捉培地に結合されたＡＤＣを洗浄して、前記ＡＤＣと接触している非抗体タンパク質を減少させることをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記親和性捕捉培地に結合されたＡＤＣを脱リン酸化することをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記消化するステップが、ＡＤＣが前記親和性捕捉培地に結合されている間に生じる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＡＤＣを消化するステップの前に、ＡＤＣを前記親和性捕捉培地から溶出することをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＡＤＣの全抗体濃度が、前記消化されたＡＤＣ組成物の前記分析から計算される、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＡＤＣの抗体複合体化薬物濃度が、前記消化されたＡＤＣ組成物の前記分析から計算される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＡＤＣの平均薬物対抗体比（ＤＡＲ）が、前記消化されたＡＤＣ組成物の前記分析から計算される、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
代謝物または異化物の構造が、前記消化されたＡＤＣ組成物の前記分析から決定される、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＡＤＣのタンパク質濃度が、前記消化されたＡＤＣ組成物の前記分析から計算される、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記タンパク質濃度が、前記消化されたＡＤＣからの少なくとも１つのＦｃ断片のＲＰ−ＬＣ及び／またはＭＳ分析のピーク領域と相関している、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＡＤＣの吸光係数が、前記消化されたＡＤＣ組成物の前記分析から計算される、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＡＤＣの前記平均薬物対抗体比（ＤＡＲ）、代謝物構造または異化物構造が、前記消化されたＡＤＣの前記分析から決定され、前記タンパク質濃度が、前記消化されたＡＤＣからの少なくとも１つのＦｃ断片のＲＰ−ＬＣ及び／またはＭＳ分析からのピーク領域と相関している、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
３７ＣＦＲ§１．５３（ｂ）の下で出願されたこの正規出願は、２０１６年５月２７日に出願された米国仮出願第６２／３４２，８２５号の３５ＵＳＣ§１１９（ｅ）の利益を主張し、これは、参照によりその全体が組み込まれる。
【０００２】
本開示は、クロマトグラフィー及び／または質量分析により、非生体または生体マトリックスの抗体−薬物複合体、ならびにそれらの断片及び代謝物を捕捉、検出、分析、特徴付け、及び定量化する方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
ブレンツキシマブベドチン（ＡＤＣＥＴＲＩＳ（登録商標）、Ｓｅａｔｔｌｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）及びアドトラスツズマブエムタンシン（ＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）の承認により、特定の作用部位への薬学的活性薬物または毒素分子の標的送達を提供する抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の療法的可能性が確認され、さらなる研究及び開発がなされている。ＡＤＣは一般には、抗体、薬学的活性小分子薬物または毒素（しばしば、「薬物部分」または「ペイロード」と称される）、及びこの２つを接続するための任意のリンカーから構成される。このタンパク質構築物は、このようにして、特定の細胞型、典型的には、がん細胞上の抗原を標的化するように選択されるか、または操作される、小分子で効力の高い薬物を大分子抗体に結合させる。それ故に、ＡＤＣは、モノクローナル抗体の強力な標的能力を用いて、効力の高い複合体化小分子療法薬をがん細胞に特異的に送達する。小分子療法ペイロードはしばしば、従来の化学療法での使用へはあまりにも毒性となるであろう、効力の高い細胞毒性分子である。
【０００４】
継続中の研究及び開発プログラムにより奏効的なＡＤＣ候補が明らかになり、臨床評価及び市場承認に進むため、巨大タンパク質複合物（抗体または抗体断片）と、典型的には、非常により小さいが効力の高い薬物分子との組み合わせにより作り出された複合化学組成物を効果的に評定し得る安全性及び効能アッセイが必要とされている。薬物−抗体結合、抗体及び薬物濃度、ならびに薬物対抗体比、ならびにこれらのＡＤＣ組成物の安定性の特徴付けが最初に確立され、次いで、一貫性に関して監視されるべきであるが、これは、ＡＤＣのこれらの特性が、これらの療法体の生物活性、薬物動態、分布、免疫原性、安全性、及び安定性プロファイルに影響を与え得るためである。ＡＤＣの特徴付けにおいてのこれらの課題は、抗体当たり０〜８個の薬物分子を有し得る多くの現在利用可能なＡＤＣを典型とする、ＡＤＣ分子の異質組成物に適用される場合、さらにより困難である。この異質性は、これらの療法構築物の薬物動態パラメータ及びインビボでの性能の非一貫性の測定値をもたらす１つの要因である。
【０００５】
液体クロマトグラフィー−タンデム質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）は、血漿／血清／組織試料のような非常に複合的なマトリックスにおいて、タンパク質分析及び定量化のための強力な手段である。目的とするタンパク質及び他の内因性タンパク質の消化から生じるペプチドが同じかまたは類似の見掛けの質量を有し得るため、ＭＳ断片化の二次元目はしばしば、目的とするペプチド固有の断片を提供する。特定の親ペプチドと固有の断片イオンとの組み合わせが、定量化される分子を選択的に監視するために使用され得る。かかる手法は、「多重反応モニタリング」（ＭＲＭ）と命名されるが、選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）とも称され、これは、タンパク質定量化に関して一般的に使用される形式である。しかし、この強力な手段は、インタクトＡＤＣ、抗体断片、及びペプチド結合薬物（複数可）、ならびに遊離薬物分子の複合混合物の分析によって損なわれ得る。
【０００６】
次世代のＡＤＣの最近の開発は、改善された安定性、薬物動態（ＰＫ）、及び治療指数を有する同質のＡＤＣを産生するための技術を探究することに焦点があてられている。リンカー及び様々な細胞毒性メカニズムを有する毒素の新しい型もまた探求されている。これらの次世代ＡＤＣは、新しいペイロード及び関連する複雑なインビボでの生体内変化の構造的複雑さのために、追加の生化学分析的課題を提起し得る。例えば、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳは、インタクトＡＤＣの薬物対抗体比（ＤＡＲ）及び異化物特徴付けに使用されている。インタクトＡＤＣ親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイは、Ｆｃ領域においてＰＮＧａｓｅ  Ｆを用いてＮ−グリカンを除去し、それによってＡＤＣ質量スペクトルの複雑さ及び異質性を低減する。しかしながら、新しいＡＤＣのインタクト質量スペクトルは、より複雑であり、方法の感受性及び分解度が、いくつかの構造的修飾を解明し、ＤＡＲ分布を正確に特徴付けるのに十分でない場合がある。
【０００７】
親和性捕捉液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣ−ＭＳ）は、抗体−薬物複合体（ＡＤＣ）の直接的な薬物対抗体比（ＤＡＲ）及び異化物特徴付けに広く使用されている。しかしながら、マイタンシン及びオーリスタチン以外にリンカー及びペイロードの新しい型を組み込む、新しいＡＤＣのインタクト質量スペクトルは、先行して調査されたものよりも複雑である。現在の方法は、特定の構造的修飾を解明することにおいて、いくつかの限界を示している。
【発明の概要】
【０００８】
本発明の態様は、ＴＨＩＯＭＡＢ抗体−薬物複合体（ＴＤＣ）等の、抗体薬物複合体（ＡＤＣ）への分析手法であり、リンカー薬物が、Ｆａｂ領域において部位特異的に複合体化されている。親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイは、Ｆａｂ領域に結合すること、その後の特異的かつ均一にＦｃドメインを除去するためのビーズ上ＩｄｅＳ消化を介してＡＤＣの親和性捕捉を組み込む。結果として得られたＦ（ａｂ’）２（約１００ｋＤａ）断片は、薬物対抗体比及び薬物代謝等の重要なＡＤＣの構造的情報を含み、エレクトロスプレーイオン化ＬＣＭＳによって、インタクトＡＤＣ（約１５０ｋＤａ）よりも容易に分析される。分析物の低減されたサイズは、改善された質量スペクトルの感受性及び分解度をもたらす。さらに、低減され最適化された試料の調製時間、例えば、ＩｄｅＳ消化によるＦｃ断片の素早い除去は、延長されたインキュベート時間（例えば、Ｆｃ脱グリコシル化のための一晩にわたる酵素処理）からもたらされ得る薬物代謝の生じ得るアッセイ人口産物及び歪んだＤＡＲプロファイルを最小化する。親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイは、インビボでのＡＤＣの生体内変化に関するより詳細で正確な情報を提供し、Ｆａｂ領域で複合体化されるリンカー薬物を使用して、低用量、不安定、及び複雑な部位特異的ＡＤＣの分析を可能にする。
【０００９】
本発明の実施形態は、Ｆｃ領域で部位特異的に複合体化された薬物部分を有するＡＤＣの抗Ｆｃ捕捉及びＩｇｄＥプロテアーゼ消化を用いる方法である。
【００１０】
抗体の消化及びＡＤＣの薬物構成成分の分離による、抗体タンパク質濃度及び抗体複合体化薬物量及び構造的特徴付けを検出及び定量化し、次に、消化された抗体からの放出薬物とペプチドとの組み合わせの結果として得られた組成物のクロマトグラフィー分析及び／または質量分光光度分析のためにロバスト法が提供される。本発明の方法は、インタクトＡＤＣの代用物として薬物部分を有するＡＤＣ断片を利用し、それによって、増加したアッセイの感受性及び分解度を提供する。新しい方法はまた、薬物代謝の人口産物を最小化し、特定の薬物対抗体比（ＤＡＲ）種に対する潜在的な偏った反応を低減する。抗体及びＡＤＣ分析は、エンドプロテアーゼＬｙｓ−Ｃ、またはプロテアーゼＰＮＧａｓｅの活性の制御を試み、次に、逆相ＨＰＬＣ及び質量分析によって、限られたタンパク質分解性消化を使用して、先行して行われた。これらの方法は、感受性、分解度、及び特定のＤＡＲ種に対する偏った反応に起因して、組換え操作された、特定の薬物複合体部分を含むいくつかの次世代のＡＤＣの分析において、不十分であると見出された。これは、不安定で、はるかにより高いＭＳ分解度を要求し、かつ典型的には低用量で投与される効力の高いＤＮＡ損傷剤に対して部位特異的複合体を有し、それによって、低濃度での試料中において、ＡＤＣ組成物を特徴付けて、ヒトまたは他の試験対象へのＡＤＣの投与後に収集される生体試料中に存在し得る代謝物の構造を特徴付けるために使用される分析技術においてはるかにより高い感受性を要求する、ＡＤＣに特に当てはまる。
【００１１】
このようにして、本発明は、同質かつ部位特異的ＡＤＣの分析と一致する部位特異的かつ制御されたタンパク質分解性消化を組み合わせてＡＤＣ分析物のサイズを低減することによって、部位特異的ＡＤＣの開発中に、安定性、産生中の翻訳後及び化学修飾、配合、保管、ならびに投与を評価する、一貫性の、信頼できる、効率性の、高分解度、及び高感受性の方法を提供する。
【００１２】
分析物の低減されたサイズは、改善された質量スペクトルの感受性、及び分解度をもたらし、いくつかのインタクトＤＡＲと共に観察された反応の差異は低減される。さらに、特異的タンパク質分解性消化は、Ｆｃ炭水化物の一晩にわたる脱グリコシル化の必要性を排除する。さらに、素早いタンパク質分解性消化は、一晩にわたる酵素処理からもたらされ得るアッセイ人口産物を最小化する。本開示の親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイは、従来の方法を使用することが実行可能でない場合がある、Ｆａｂ領域で複合体化されるリンカー薬物を使用して、低用量、不安定、及び複雑な部位特異的ＡＤＣの分析のために、インビボでのＡＤＣの生体内変化に関するより詳細で正確な情報を提供する。
【００１３】
本発明は、組換え操作された部位で抗体に結合している、少なくとも１つの薬物部分を含むＡＤＣを、ＡＤＣを切断するプロテアーゼと共に消化して、薬物部分に結合していない少なくとも１つのペプチド断片、及び薬物部分に結合している少なくとも１つのペプチド断片を含む消化されたＡＤＣ組成物を形成することによって、ＡＤＣを評価する方法を提供する。次いで、消化されたＡＤＣ組成物は、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）及び／または質量分析（ＭＳ）によって分析され、少なくとも１つの薬物部分に結合している少なくとも１つのペプチド断片を検出する。ＡＤＣに対する薬物部分結合の組換え操作された特異的部位は、システインアミノ酸残基、セレノシステインアミノ酸残基、グルタミンアミノ酸残基、非天然型アミノ酸残基、及び糖修飾グリカン残基から選択される部位であり得る。ＡＤＣは、ＩｇＧ抗体であり得る。ＡＤＣの抗体部分は、抗体断片であり得る。ＡＤＣの抗体部分は、ヒトまたはヒト化抗体であり得る。ＡＤＣは、グリコシル化またはリン酸化されていてもよい。ＡＤＣの抗体部分は、１つ以上の腫瘍関連抗原または細胞表面受容体に特異的に結合し得る。
【００１４】
薬物部分は、少なくとも１つの芳香族環を含み得る。例示的な薬物部分としては、ペプチド、ポリアミド、マイタンシノイド、ドラスタチン、オーリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）、ＰＮＵ−１５９６８２、アントラサイクリン、デュオカルマイシン、ビンカアルカロイド、タキサン、トリコテセン、ＣＣ１０６５、デュオカルマイシン、カンプトテシン、エリナフィド、抗生物質、フルオロフォア、放射性同位体、ならびにそれらの立体異性体、イソスター（ｉｓｏｓｔｅｒｅｓ）、代謝物、類似体、または誘導体が挙げられる。薬物部分はまた、リンカーを介してＡＤＣの抗体部分に結合され得る。
【００１５】
これらの方法において利用されるプロテアーゼは、ＩｄｅＳプロテアーゼ、ＩｄｅＺプロテアーゼ、ＩｇｄＥプロテアーゼ、ＳｐｅＢプロテアーゼ、ジンジパインプロテアーゼ、エンドグリコシダーゼ、及びそれらの組み合わせから選択され得る。消化手順は、約２０℃〜約４５℃の温度で、ＡＤＣをプロテアーゼと共にインキュベートすることを含み得、典型的には、約３７℃の温度で、ＡＤＣをプロテアーゼと共にインキュベートすることを含む。消化はまた、約ｐＨ５〜約ｐＨ９のｐＨで、ＡＤＣをプロテアーゼと共にインキュベートすることを含み得、典型的には、約ｐＨ７のｐＨで、ＡＤＣをプロテアーゼと共にインキュベートすることを含む。消化はまた、約０．１時間〜約４８時間の期間の間、ＡＤＣをプロテアーゼと共にインキュベートすることを含み得、典型的には、約１時間の期間の間、ＡＤＣをプロテアーゼと共にインキュベートすることを含む。
【００１６】
分析することは、ＲＰ−ＬＣ、ＲＰ−ＬＣ／ＭＳ、及びＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析のうちの少なくとも１つを含み得る。
【００１７】
これらの方法において、消化するステップの前に、ＡＤＣは、緩衝液、全血、血清、血漿、脳脊髄液、唾液、尿、リンパ液、胆汁、糞便、汗、硝子体、涙、及び組織から選択されるマトリックス中で懸濁され得る。例としての実施形態において、ＡＤＣは、ヒト、カニクイザル、ラット、及びマウスから選択される哺乳動物の、全血、血清、血漿、または組織中で懸濁される。それによって、ＡＤＣは、消化するステップの前に、サイズ排除クロマトグラフィー、透析、選択的沈降、分画遠心分離、ろ過、ゲル電気泳動、液体クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、免疫沈降、プロテインＡ及びプロテインＧ、ＮＨＳ及びストレプトアビジン鉄もしくはリン、または固定化抗体もしくはレクチンを含むスピントラップカラム、常磁性ビーズ、免疫除去、分画、固相抽出法、リンペプチド富化、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、ならびに脱塩処理から選択される技法により富化され得る。このようにして、これらの方法において、ＡＤＣは、親和性捕捉培地と接触され得る。親和性捕捉培地は、ビーズまたは樹脂により支持されたプロテインＡ／Ｇ、標的抗原−常磁性ビーズ捕捉培地、抗イディオタイプ抗体、抗Ｈｕ抗体、及び抗薬物抗体のうちの少なくとも１つを含み得る。これらの分析方法は、親和性捕捉培地に結合されたＡＤＣを洗浄して、ＡＤＣと接触している非抗体タンパク質を減少させることを含み得る。これらの方法はまた、親和性捕捉培地に結合されたＡＤＣを脱リン酸化または脱グリコシル化することをさらに含み得る。消化のステップはまた、ＡＤＣが親和性捕捉培地に結合されている間に実施され得る。代替的に、または追加的に、ＡＤＣは、ＡＤＣを消化するステップの前に、親和性捕捉培地から溶出され得る。
【００１８】
これらの方法は、消化されたＡＤＣ組成物の分析からＡＤＣの全抗体濃度を計算することにおいて特に有用である。代替的に、または追加的に、ＡＤＣの抗体複合体化薬物濃度は、消化されたＡＤＣ組成物の分析から計算される。代替的に、または追加的に、ＡＤＣの平均ＤＡＲは、消化されたＡＤＣ組成物の分析から計算される。代替的に、または追加的に、代謝物または異化物構造は、消化されたＡＤＣ組成物の分析から決定され得る。代替的に、または追加的に、ＡＤＣのタンパク質濃度は、消化されたＡＤＣ組成物の分析から計算され得る。代替的に、または追加的に、タンパク質濃度は、消化されたＡＤＣからの少なくとも１つのＦｃ断片のＲＰ−ＬＣ及び／またはＭＳ分析のピーク領域と相関している。代替的に、または追加的に、ＡＤＣの吸光係数は、消化されたＡＤＣ組成物の分析から計算される。代替的に、または追加的に、ＡＤＣの平均ＤＡＲ、代謝物または異化物構造（複数可）、及びＡＤＣのタンパク質濃度は、消化されたＡＤＣからの少なくとも１つのＦｃ断片のＲＰ−ＬＣ及び／またはＭＳ分析から得られる。
【００１９】
本発明の概要は、本開示の全体及び全範囲を表すことを意図せず、かつそのように解釈されるべきではない。さらに、ここで本明細書における「本開示」またはそれらの態様に対してなされる参照が、本開示のある特定の実施形態を意味すると理解されたく、必ずしも全ての実施形態を特定の記述に限定すると解釈されるべきではない。本開示は、本発明の概要、ならびに添付図面及び実施形態の説明において様々なレベルで詳細に記載され、本発明の概要における構成要素、成分等の包含または非包含のいずれかにより、本開示の範囲に関して限定されないことが意図される。本開示の追加の態様は、実施形態の説明により、特に図面と共に用いられるとき、より容易に明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１Ａ】リンカー薬物がＦ（ａｂ）に部位特異的に複合体化されている、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）薬物複合体（ＴＤＣ）のＩｄｅＳプロテアーゼ切断で生成される抗体断片を示す。消化は、Ｆ（ａｂ’）２及びＦｃ断片を産生する。リンカー薬物は、Ｆ（ａｂ）またはＦｃのいずれかに部位特異的に複合体化され得る。
【図１Ｂ】ＩｄｅＳ消化、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳの略図を提供する。
【図１Ｃ】ＰＮＧａｓｅ  Ｆ（第１世代）及びＩｄｅＳ（第２世代）消化の略図、ならびに本開示の第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイの利点を示す。
【図１Ｄ−１】ＴＤＣ標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）の、直接的ＬＣ−ＭＳ（１Ｄ−１）、第２世代（１Ｄ−２）、及び第１世代（１Ｄ−３）親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ分析間の比較を示す。＊で標識されるＭＳピークは、グリカンを有するＤＡＲを表す。
【図１Ｄ−２】ＴＤＣ標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）の、直接的ＬＣ−ＭＳ（１Ｄ−１）、第２世代（１Ｄ−２）、及び第１世代（１Ｄ−３）親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ分析間の比較を示す。＊で標識されるＭＳピークは、グリカンを有するＤＡＲを表す。
【図１Ｄ−３】ＴＤＣ標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）の、直接的ＬＣ−ＭＳ（１Ｄ−１）、第２世代（１Ｄ−２）、及び第１世代（１Ｄ−３）親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ分析間の比較を示す。＊で標識されるＭＳピークは、グリカンを有するＤＡＲを表す。
【図１Ｅ−１】ラットの血漿からの、リンカー薬物脱抱合（−ＬＤ）、及び不安定なＴＤＣ、ＴＤＣ−Ｌ１の、ＰＮＧａｓｅＦ消化、第１世代（１Ｅ−１）分析とＩｄｅＳ消化、第２世代（１Ｅ−２）分析との比較を示す。人工部分的薬物分解（−ＰＤ）は、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイ（Ｂ）によって最小化された。部分的薬物分解は、ＴＤＣ−Ｌ１の効力に影響を与えず、ＤＡＲにおいて変化をもたらさなかった。
【図１Ｅ−２】ラットの血漿からの、リンカー薬物脱抱合（−ＬＤ）、及び不安定なＴＤＣ、ＴＤＣ−Ｌ１の、ＰＮＧａｓｅＦ消化、第１世代（１Ｅ−１）分析とＩｄｅＳ消化、第２世代（１Ｅ−２）分析との比較を示す。人工部分的薬物分解（−ＰＤ）は、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイ（Ｂ）によって最小化された。部分的薬物分解は、ＴＤＣ−Ｌ１の効力に影響を与えず、ＤＡＲにおいて変化をもたらさなかった。
【図１Ｆ−１】インビボでのマウスの血漿中の複雑なＴＤＣ異化物の特徴付け中に得られたＭＳピークを示す。薬物分子から４２Ｄａの損失に起因して、ＴＤＣ−Ｌ２異化物ＭＳピークは、ＰＮＧａｓｅＦ消化（第１世代）親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイ（１Ｆ−１）において分解されなかったが、それらは、ＩｄｅＳ消化（第２世代アッセイ）（１Ｆ−２）を使用してほぼベースラインで分解された。部分的薬物分解（−ＰＤ、４３Ｄａ）は、実施例ＴＤＣ−Ｌ２の効力に著しく影響を与え、したがってＤＡＲの低減をもたらした。
【図１Ｆ−２】インビボでのマウスの血漿中の複雑なＴＤＣ異化物の特徴付け中に得られたＭＳピークを示す。薬物分子から４２Ｄａの損失に起因して、ＴＤＣ−Ｌ２異化物ＭＳピークは、ＰＮＧａｓｅＦ消化（第１世代）親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイ（１Ｆ−１）において分解されなかったが、それらは、ＩｄｅＳ消化（第２世代アッセイ）（１Ｆ−２）を使用してほぼベースラインで分解された。部分的薬物分解（−ＰＤ、４３Ｄａ）は、実施例ＴＤＣ−Ｌ２の効力に著しく影響を与え、したがってＤＡＲの低減をもたらした。
【図２Ａ−１】ＩｄｅＳタンパク質分解性酵素で消化される部位特異的ＡＤＣのＲＰ−ＬＣＭＳ分析を示す。Ｆｃ／２断片がまず溶出し、ベースラインがＦ（ａｂ’）２を含有する薬物から分解する。次いで、リンカー薬物を含まない抗体断片のピーク領域を使用して、タンパク質濃度を計算する。
【図２Ａ−２】図２Ａ−１のＦｃ／２の畳み込みが解かれた質量スペクトラムを示す。
【図２Ｂ】ＩｄｅＳプロテアーゼで消化されたトラスツズマブを生成された０．５〜２０ｍｇ／ｍＬの範囲にわたる、標準曲線（Ｆｃ／２ピーク領域対濃度、上部）（Ｆ（ａｂ’）２ピーク領域対濃度、下部）を示す。Ｆ（ａｂ）上で部位特異的に複合体化されたＴＤＣのタンパク質濃度は、ＴＤＣ（上部曲線）のＦｃ／２のピーク領域及び線形回帰を使用して決定され得る。鎖間ジスルフィド上で複合体化される伝統的なＡＤＣはまた、Ｆｃ／２断片がまたこれらの複合体中に薬物がないときに、この方法を使用して特徴付けられ得る。Ｆｃ上で部位特異的に複合体化されたＴＤＣのタンパク質濃度は、ＴＤＣ（下部曲線）のＦ（ａｂ’）２のピーク領域及び線形回帰を使用して決定され得る。
【図２Ｃ】操作システインＫ１４９ＣでのＦ（ａｂ）上でリンカー薬物を有する操作システインＫ１４９Ｃで部位特異的に複合体化されたトラスツズマブの濃度定量を示す。濃度は、標準曲線からＦｃ／２ピーク領域（３つの複製）及び線形回帰を使用して決定された。
【図２Ｄ】操作システインＳ４００ＣでのＦｃ上でリンカー薬物を有する操作システインＳ４００Ｃで部位特異的に複合体化されたトラスツズマブの濃度定量を示す。濃度は、標準曲線からＦ（ａｂ’）２ピーク領域（３つの複製）及び線形回帰を使用して決定された。
【図２Ｅ】鎖間ジスルフィド上で複合体化されたリンカー薬物を有するトラスツズマブの濃度定量を示す。濃度は、標準曲線からＦｃ／２ピーク領域（３つの複製）及び線形回帰を使用して決定された。Ｆｃ／２断片は、ヒンジジスルフィドを含まず、リンカー薬物を含まない。
【図２Ｆ】本開示のＩｄｅＳプロテアーゼ消化方法またはビシンコニン酸アッセイ（ＢＣＡ）タンパク質アッセイによって得られた、８１個のＴＨＩＯＭＡＢ（商標）薬物複合濃度値の相関を示す。
【図３Ａ】３つの複製について、それぞれ、０．１３、０．０９、及び０．１４の標準偏差を伴う、直接的ＬＣ−ＭＳアッセイ、Ｉｄｅｓ消化、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ、及びＰＮＧａｓｅＦ親和性捕捉ＬＣ−ＭＳインタクト抗体アッセイによる、ＴＤＣ（ＰＢＤ二量体薬物、ジスルフィドリンカー）標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）のＤＡＲ（薬物対抗体比）プロファイリングを示す。
【図３Ｂ】直接的ＬＣ−ＭＳ、１時間のＩｄｅｓ消化を伴う親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ、及び一晩にわたるＰＮＧａｓｅＦ消化を伴う親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイによる、ＴＤＣ標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）のＤＡＲプロファイリングを示す。
【発明を実施するための形態】
【００２１】
本開示は、単一の試料調製物からの全抗体及び抗体複合体化薬物量をロバストに測定し、それにより、薬物対抗体比（ＤＡＲ）の算出、ならびに著しい時間及び資源の節約を提供する、抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の抗体及び薬物構成成分を検出及び定量化するための単一の測定方法に対して記載される。
【００２２】
別途定義されない限り、本明細書で使用される技術及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般的に理解されているものと同じ意味を有し、それらは、Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ，（１９９４）“Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．、及びＪａｎｅｗａｙ，ｅｔ  ａｌ（２００１）“Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ”，５ｔｈ  Ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋと一致する。商品名が本明細書で使用される場合、商品名の製品配合物、ジェネリック医薬品、及び商品名の製品の活性薬学的成分（複数可）も含まれる。
【００２３】
定義
「生体試料」という用語は、動物に由来するか、または動物から分離された任意の構成成分であり、血液、血漿、血清、細胞、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、乳、気管支洗浄液、骨髄、羊水、唾液、胆汁、硝子体、涙、または組織が含まれる。
【００２４】
「消化酵素」という用語は、特定または一般的な無作為な手法で、ペプチドまたはタンパク質を切断または加水分解して断片にすることができる酵素である。消化酵素は、抗体が生体試料の構成成分である、抗体から消化された抗体試料を形成し得る。消化酵素には、プロテアーゼ、例えば、トリプシン、パパイン、ペプシン、エンドプロテアーゼＬｙｓＣ、エンドプロテアーゼＡｒｇＣ、ｓｔａｐｈ  ａｕｒｅｕｓ  Ｖ８、キモトリプシン、Ａｓｐ−Ｎ、Ａｓｎ−Ｃ、ＰＮＧａｓｅＦ、エンドプロテアーゼＧｌｕＣ、及びＬｙｓＮが含まれる。
【００２５】
「抗体」という用語は、最も広義に使用され、それらが所望の抗原結合活性を呈する限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片を含むが、これらに限定されない、様々な抗体構造を包含する。
【００２６】
「抗体断片」とは、インタクト抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例には、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、線状抗体、一本鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）、及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれるが、これらに限定されない。
【００２７】
ある特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、ならびに以下に記載される他の断片が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の抗体断片の概説に関しては、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）を参照されたい。ｓｃＦｖ断片の概説に関しては、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ），ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）、ＷＯ９３／１６１８５、ＵＳ５５７１８９４、ＵＳ５５８７４５８を参照されたい。エピトープ残基に結合し、増加したインビボ半減期を有するサルベージ受容体を含むＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の考察に関しては、（ＵＳ５８６９０４６）。
【００２８】
ダイアボディは、二価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である（ＥＰ４０４０９７、ＷＯ１９９３／０１１６１、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４−６４４８）。トリアボディ及びテトラボディも、Ｈｕｄｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４に開示されている。
【００２９】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部、または軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部を含む、抗体断片である。ある特定の実施形態において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（ＵＳ６２４８５１６）。
【００３０】
抗体断片は、本明細書に記載されるように、インタクト抗体のタンパク質分解性消化、ならびに組換え宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはファージ）による産生を含むが、これらに限定されない様々な技法により作製され得る。
【００３１】
本明細書における「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を規定するために使用される。この用語は、天然配列Ｆｃ領域及び変異形Ｆｃ領域を含む。一実施形態において、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、またはＰｒｏ２３０から、重鎖のカルボキシル末端まで延びる。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在する場合もあれば、存在しない場合もある。本明細書で別途明記されない限り、Ｆｃ領域または定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ９１−３２４２，Ｂｅｔｈｅｓｄａ  Ｍｄ．（１９９１），ｖｏｌｓ．１−３に記載されているように、ＥＵインデックスとも呼ばれる、ＥＵ番号付けシステムに従う。
【００３２】
「フレームワーク」または「ＦＲ」とは、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。定常ドメインのＦＲは一般に、４つのＦＲドメイン、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。したがって、ＨＶＲ及びＦＲ配列は一般に、ＶＨ（またはＶＬ）にＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４の順序で出現する。
【００３３】
「完全長抗体」、「インタクト抗体」、及び「全抗体」という用語は、本明細書で、天然抗体構造と実質的に同様の構造を有するか、または本明細書に定義されるＦｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指すように同義に使用される。
【００３４】
「ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞により産生された抗体、またはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体コード配列を利用する非ヒト源に由来する抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を保有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を明確に除外する。
【００３５】
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３（２００８）で広範囲に概説され、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）、Ｑｕｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１００２９−１００３３（１９８９）、米国特許第５，８２１，３３７号、米国特許第７，５２７，７９１号、米国特許第６，９８２，３２１号、米国特許第７，０８７，４０９号、Ｋａｓｈｍｉｒｉ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：２５−３４（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフトを記載している）、Ｐａｄｌａｎ，（１９９１）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８（「リサーフェシング」を記載している）、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：４３−６０（「ＦＲシャッフリング」を記載している）、及びＯｓｂｏｕｒｎ  ｅｔ  ａｌ，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６：６１−６８、Ｋｌｉｍｋａ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ８３：２５２−２６０（ＦＲシャッフリングへの「誘導選択」手法を記載している）に記載されている。
【００３６】
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域としては、「最良適合」法を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Ｓｉｍｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）を参照されたい）、軽鎖または重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３）、ヒト成熟（体細胞突然変異した）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞株フレームワーク領域（Ａｌｍａｇｒｏ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３）、及びＦＲライブラリのスクリーニングから誘導されるフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８−１０６８４、及びＲｏｓｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１−２２６１８）。
【００３７】
ヒト抗体は一般に、ｖａｎ  Ｄｉｊｋ  ａｎｄ  ｖａｎ  ｄｅ  Ｗｉｎｋｅｌ，（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９（２００８）に記載されている。ヒト抗体は、抗原投与に応答して、インタクトなヒト抗体またはヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように修正されたトランスジェニック動物に免疫原を投与することにより調製され得る。かかる動物は典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置き換えるか、または染色体外に存在するかもしくは動物の染色体内に無作為に組み込まれているヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含有する。かかるトランスジェニックマウスにおいて、内因性免疫グロブリン遺伝子座は一般に、不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の概説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５（２００５）を参照されたい。例えば、米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号（ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術について記載）、米国特許第５，７７０，４２９号（ＨｕＭＡＢ（登録商標）技術について記載）、米国特許第７，０４１，８７０号（Ｋ−Ｍ  ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について記載）、ならびにＵＳ２００７／００６１９００（ＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について記載）も参照されたい。かかる動物により生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによりさらに修飾され得る。
【００３８】
ヒト抗体は、ハイブリドーマに基づく方法によっても作製され得る。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株が記載されている。（例えば、ＫｏｚｂｏｒＪ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）、Ｂｒｏｄｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７）、及びＢｏｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６を参照のこと）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により生成されるヒト抗体もまた、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７−３５０２に記載されている。さらなる方法としては、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生について記載）及びＮｉ，（２００６）Ｘｉａｎｄａｉ  Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５−２６８（ヒト−ヒトハイブリドーマについて記載）に記載されているものが挙げられる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）は、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，（２００５）Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７−９３７及びＶｏｌｌｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｆｉｎｄｉｎｇｓ  ｉｎ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５−９１にも記載されている。
【００３９】
ヒト抗体は、ヒト由来ファージディスプレイライブラリから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによっても生成され得る。次いで、かかる可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組み合わせられ得る。抗体ライブラリからヒト抗体を選択するための技法は、以下に記載される。
【００４０】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般的に起こるアミノ酸残基を表す抗体のフレームワーク領域である。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループからである。概して、配列のサブグループは、上記Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌにあるような、サブグループである。例示的な実施形態において、ＶＬについては、サブグループは、サブグループカッパＩである。別の例示的な実施形態において、ＶＨについては、サブグループは、サブグループＩＩＩである。
【００４１】
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲからのアミノ酸残基及びヒトＦＲからのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施形態において、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、そのＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全てまたは実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は任意に、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含み得る。抗体、例えば非ヒト抗体の「ヒト化型」は、ヒト化を経た抗体を指す。
【００４２】
「キメラ」抗体という用語は、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定の源または種に由来し、一方で重鎖及び／または軽鎖の残りが異なる源または種に由来する抗体を指す。例示的な「キメラ」抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、または非ヒト霊長類、例えば、サルに由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む（米国特許第４，８１６，５６７号、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１−６８５５）。別の例示的なキメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のクラスまたはサブクラスから変化した「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体には、その抗原結合断片が含まれる。
【００４３】
ある特定の実施形態において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、非ヒト親抗体の特異性及び親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低減させるために、ヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその一部）が非ヒト抗体に由来し、及びＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列に由来する１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は任意に、ヒト定常領域の少なくとも一部も含むであろう。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体におけるいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を回復または改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。
【００４４】
本開示の抗体は、コンビナトリアルライブラリを所望される活性（複数可）を有する抗体についてスクリーニングすることによって、単離することができる。例えば、ファージディスプレイライブラリを産生し、所望の結合特性を保有する抗体に関してかかるライブラリをスクリーニングするための様々な方法が当該技術分野で既知である。かかる方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８：１−３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）に概説されており、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４、Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８（１９９１）、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７、Ｍａｒｋｓ  ａｎｄ  Ｂｒａｄｂｕｒｙ，ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２４８：１６１−１７５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３）、Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０、Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，（２００４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １０１（３４）：１２４６７−１２４７２、及びＬｅｅ  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ２８４（１−２）：１１９−１３２にさらに記載されている。
【００４５】
ある特定のファージディスプレイ方法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により別個にクローニングされ、ファージライブラリで無作為に組換えられ、次いで、Ｗｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３−５５に記載されているように、抗原結合ファージのためにスクリーニングされ得る。ファージは典型的には、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片またはＦａｂ断片のいずれかとして抗体断片をディスプレイする。免疫化源由来のライブラリは、ハイブリドーマの構築を必要とすることなく、高親和性抗体を免疫原に提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９３）ＥＭＢＯ  Ｊ，１２：７２５−７３４により記載されるように、ナイーブレパートリーは、クローニングされ（例えば、ヒトから）、いかなる免疫化も伴わずに、幅広い非自己抗原また自己抗原に対する抗体の単一の源を提供することができる。最後に、ナイーブライブラリはまた、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ａｎｄ  Ｗｉｎｔｅｒ（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１−３８８に記載されるように、幹細胞からの再配列されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、無作為配列を含有するＰＣＲプライマーを使用して高度可変ＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再配列を達成することによって、合成的に作製することができる。ヒト抗体ファージライブラリは、ＵＳ５，７５０，３７３、ＵＳ７，９８５，８４０、ＵＳ７，７８５，９０３、ＵＳ８，６７９，４９０、ＵＳ８，０５４，２６８、及びＵＳ２００５／００７９５７４、ＵＳ２００７／０１１７１２６、ＵＳ２００７／０２３７７６４、ＵＳ２００７／０２９２９３６に記載されている。ヒト抗体ライブラリから単離された抗体または抗体断片は、本開示の目的のためにヒト抗体またはヒト抗体断片と見なされる。
【００４６】
抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体であり得る。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体である。結合特異性のうちの一方は、１つの抗原に対するものであり得るが、他方は、第２の抗原に対するものである。代替的に、二重特異性抗体は、同じ抗原の２つの異なるエピトープに結合し得る。二重特異性抗体は、抗原を発現する細胞に細胞傷害性薬剤を局在化させるためにも使用され得る。二重特異性抗体は、全長抗体または抗体断片（例えば、Ｏｒｔｉｚ−Ｓａｎｃｈｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．（２００８）８（５）：６０９−３２を参照されたい）として調製され得る。
【００４７】
多重特異性抗体を作製するための技法としては、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｃｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ３０５：５３７（１９８３））、ＷＯ１９９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．１０：３６５５（１９９１）を参照のこと）、ならびに「ノブ・イン・ホール」操作（ＵＳ５，７３１，１６８）が挙げられるが、これらに限定されない。多重特異性抗体はまた、静電ステアリング効果を操作して抗体Ｆｃ−ヘテロ二量体分子を作製すること（ＷＯ２００９／０８９００４Ａ１）、２つ以上の抗体または断片を架橋すること（例えば、ＵＳ４，６７６，９８０、及びＢｒｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）を参照のこと）、ロイシンジッパーを使用して二重特異性抗体を産生すること（例えば、Ｋｏｓｔｅｌｎｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３を参照されたい）、「ダイアボディ」技術を使用して、二重特異性抗体断片を作製すること（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４−４４８）、ならびに一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用すること（Ｇｒｕｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５２：５３６８）、ならびに三重特異性抗体を調製すること（Ｔｕｔｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０）によって作製され得る。
【００４８】
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能抗原結合部位を有する操作抗体もまた、本明細書に含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６）。
【００４９】
本明細書における抗体または断片はまた、抗原、ならびに別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用ＦＡｂ」または「ＤＡＦ」も含む（例えば、ＵＳ２００８／００６９８２０）。
【００５０】
抗体変異形
本明細書に提供される抗体のアミノ酸配列変異形もまた企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／または他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列変異形は、抗体をコードするヌクレオチド配列中に適切な修飾を導入することによるか、またはペプチド合成により調製され得る。かかる修飾には、例えば、抗体のアミノ酸配列内における、残基からの欠失、及び／またはそこへの挿入、及び／またはその置換が含まれる。最終構築物に到達するために欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせを行うことができるが、但し、その最終構築物が所望の特徴、例えば、抗原結合を保有することを条件とする。
【００５１】
抗体は、抗体及びタンパク質、薬物部分、標識、またはいくつかの他の基を含む融合タンパク質を含む。融合タンパク質は、組換え技法、複合体化、またはペプチド合成により作製されて、薬物動態等の特性を最適化し得る。ヒトまたはヒト化抗体は、アルブミン結合ペプチド（ＡＢＰ）配列を含む融合タンパク質でもあり得る（Ｄｅｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｊ  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７：３５０３５−３５０４３の３５０３８頁表ＩＩＩ及びＩＶ、米国特許公開第２００４／０００１８２７号［００７６］、及びＷＯ０１／４５７４６の１２〜１３頁を参照されたく、これらの全ては、参照により本明細書に組み込まれる）。
【００５２】
置換、挿入、及び欠失変異形
１つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異形が、本開示の方法においての使用及び分析のために提供される。置換型突然変異誘発の目的とする部位は、ＨＶＲ及びＦＲを含む。実質的な変化が、「例示的な置換」という見出しで以下の表に提供され、アミノ酸側鎖クラスを参照して以下にさらに記載される。アミノ酸置換は、目的の抗体中に導入され得、その産物は、所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少した免疫原性、または改善された抗体依存性細胞媒介細胞毒性（ＡＤＣＣ）もしくはＣＤＣについてスクリーニングされ得る。
2019519769.tif 000002
アミノ酸は、一般的な側鎖特性に従って群分けされ得る：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ
（６）芳香族：Ｔｉｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ
【００５３】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。
【００５４】
ある種類の置換変異形は、親抗体（例えば、ヒト化抗体またはヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基を置換することを伴う。一般に、さらなる研究のために選択される、結果として得られた変異形（複数可）は、親抗体と比較して、ある特定の生物学的特性における修正（例えば、改善）（例えば、親和性の増加、免疫原性の低減）を有し、及び／または実質的に保持された親抗体のある特定の生物学的特性を有することになる。例示的な置換変異形は、例えば、本明細書に記載される技法等のファージディスプレイに基づく親和性成熟技法を使用して好都合に生成され得る親和性成熟抗体である。簡潔には、１つ以上のＨＶＲ残基が突然変異され、変異形抗体がファージ上にディスプレイされ、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）に関してスクリーニングされる。
【００５５】
改変（例えば、置換）は、ＨＶＲにおいて、例えば抗体親和性を改善するために行われ得る。かかる改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセス中に高頻度で突然変異を経るコドンによりコードされた残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ，（２００８）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９−１９６を参照されたい）、及び／またはＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）において行われてもよく、結果として得られた変異体ＶＨまたはＶＬは結合親和性に関して試験される。二次ライブラリを構築し、それから再選択することによる親和性成熟が、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８：１−３７に記載されている（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，（２００１））。親和性成熟のいくつかの実施形態において、様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性突然変異誘発）のいずれかにより、成熟のために選択された可変遺伝子中に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリが作り出される。次いで、ライブラリがスクリーニングされ、所望の親和性を有する任意の抗体変異形を特定する。多様性を導入する別の方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４〜６つの残基）が無作為化されるＨＶＲ指向手法を伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング突然変異誘発またはモデリングを使用して、具体的に特定され得る。特に、ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３が、しばしば標的化される。
【００５６】
ある特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、かかる改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低減させない限り、１つ以上のＨＶＲ間で起こり得る。例えば、結合親和性を実質的に低減しない保存的改変（例えば、本明細書に提供されるような保存的置換）がＨＶＲ内で行われ得る。かかる改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」またはＳＤＲの外側であり得る。上述の変異形ＶＨ配列及びＶＬ配列のある特定の実施形態において、各ＨＶＲは、改変されないか、または１つ、２つ、もしくは３つ以下のアミノ酸置換を含有するかのいずれかである。
【００５７】
突然変異誘発のために標的化され得る抗体の残基または領域の特定に有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ  ａｎｄ  Ｗｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１−８５により記載されている「アラニンスキャニング突然変異誘発」と呼ばれる。この方法において、残基または標的残基群（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、及びｇｌｕ等の荷電残基）が特定され、中性または負荷電アミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）により置き換えられて、抗体と抗原との相互作用に影響が及ぼされたかどうかを決定する。さらなる置換が最初の置換に対する機能感受性を示すアミノ酸位置に導入され得る。代替的に、または追加的に、抗原−抗体複合体の結晶構造を使用して、抗体と抗原との間の接触点が特定される。かかる接触残基及び隣接する残基が置換の候補として標的とされ得るか、または排除され得る。変異形がスクリーニングされて、それらが所望の特性を有するかを決定することができる。
【００５８】
アミノ酸配列挿入には、長さが１残基から１００以上の残基を含有するポリペプチドの範囲であるアミノ末端及び／またはカルボキシル末端の融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例には、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異形には、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴのための）またはポリペプチドへの抗体のＮ末端もしくはＣ末端への融合が含まれ、これは抗体の血清半減期を増加させる。
【００５９】
グリコシル化変異形
ある特定の実施形態において、本明細書に提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少させるように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、１つ以上のグリコシル化部位が作り出されるか、または除去されるようにアミノ酸配列を改変させることにより好都合に達成され得る。
【００６０】
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合した炭水化物が改変され得る。哺乳動物細胞により産生された天然抗体は典型的には、Ｎ結合によりＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に結合される分岐状の二分岐オリゴ糖を含む（Ｗｒｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）ＴＩＢＴＥＣＨ  １５：２６−３２）。オリゴ糖には、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、ならびに二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースが含まれ得る。いくつかの実施形態において、本発明の抗体中におけるオリゴ糖の修飾は、ある特定の特性の改善を有する抗体変異形を作り出すために行われ得る。
【００６１】
一実施形態において、Ｆｃ領域に（直接または間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体変異形が提供される。例えば、かかる抗体内のフコースの量は、１％〜８０％、１％〜６５％、５％〜６５％、または２０％〜４０％であってもよい。フコースの量は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析（例えば、ＷＯ２００８／０７７５４６を参照されたい）により測定される、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造（例えば、複合体、ハイブリッド、及び高マンノース構造）の合計に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７も、抗体の軽微な配列変異に起因して、２９７位の上流または下流の約±３アミノ酸に、すなわち２９４〜３００位の間に位置してもよい。かかるフコシル化変異形は、改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る（米国特許公開第２００３／０１５７１０８号、ＵＳ２００４／００９３６２１）。「脱フコース化」または「フコース欠損」抗体変異形に関する特許公開の例には、ＵＳ２００３／０１５７１０８、ＷＯ２０００／６１７３９、ＷＯ２００１／２９２４６、ＵＳ２００３／０１１５６１４、ＵＳ２００２／０１６４３２８、ＵＳ２００４／００９３６２１、ＵＳ２００４／０１３２１４０、ＵＳ２００４／０１１０７０４、ＵＳ２００４／０１１０２８２、ＵＳ２００４／０１０９８６５、ＷＯ２００３／０８５１１９、ＷＯ２００３／０８４５７０、ＷＯ２００５／０３５５８６、ＷＯ２００５／０３５７７８、ＷＯ２００５／０５３７４２、ＷＯ２００２／０３１１４０、Ｏｋａｚａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９（２００４）、Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４が挙げられる。脱フコシル化抗体を産生することが可能な細胞株としては、タンパク質フコシル化が欠損したＬｅｃ１３ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３−５４５（１９８６）、ＵＳ２００３／０１５７１０８、及びＷＯ２００４／０５６３１２、特に実施例１１）、及びアルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞等のノックアウト細胞株（Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４、Ｋａｎｄａ，ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，９４（４）：６８０−６８８、ＷＯ２００３／０８５１０７）が挙げられる。
【００６２】
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖を有する抗体変異形がさらに提供される。かかる抗体変異形は、低減されたフコシル化及び／または改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。二分オリゴ糖を有するかかる抗体変異体を記載している公開としては、ＷＯ２００３／０１１８７８、米国特許第６，６０２，６８４号、及び米国特許公開２００５／０１２３５４６が挙げられる。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体変異体もまた提供され、改善されたＣＤＣ機能を有し得る。かかるガラクトース残基抗体変異形が記載されている公開としては、ＷＯ１９９７／３００８７、ＷＯ１９９８／５８９６４、ＷＯ１９９９／２２７６４が挙げられる。
【００６３】
部位特異的抗体薬物複合体
上記のように、ＡＤＣ設計において主な課題のうちの１つは、各抗体または抗体断片に結合している０〜８個の薬物分子を有し得る現在利用可能なＡＤＣの均一性である。ＡＤＣ種においてのこの異質性は、ＡＤＣ組成物の安定性、一貫性、薬物動態、及びインビボでの性能を評価、ならびに監視する分析方法に悪影響を与える。この理由のために、事前決定された部位（複数可）で抗体上に、薬物の化学的導入を可能にし、産生後のインビボでの循環中の複合体の安定性を確実する複合体手法が特定された。免疫複合体とも称される、これらの部位特異的ＡＤＣは、操作システイン（例えば、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標））、非天然アミノ酸、セレノシステイン残基、グリコトランスフェラーゼ及びトランスグルタミナーゼ１を通した酵素複合体、ならびに他の技術の使用を含む新しい部位特異的複合体手法に依存する。特に、ＴＨＩＯＭＡＢ−薬物複合体（ＴＤＣ）は、同種のＤＡＲ２を産生するために制御され得る。
【００６４】
１）システイン操作抗体薬物複合体
システイン操作抗体（例えば、ＴＨＩＯＭＡＢ（商標））は、システイン残基（複数可）で置換されている抗体の１つ以上の残基を含む。置換された残基は、反応性チオール基が抗体の到達可能な部位に位置付けられるように、抗体の到達可能な部位で生じ得、抗体を他の部分、例えば、薬物部分またはリンカー−薬物部分に複合体化するために使用され得、部位特異的ＡＤＣを作製する。かかるＴＨＩＯＭＡＢの例には、システイン操作抗体が含まれ、以下の残基のうちのいずれか１つ以上がシステインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）、重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）、ならびに重鎖Ｆｃ領域の５４００（ＥＵ番号付け）、ならびに軽鎖のＳ１２１及びＫ１４９。システイン操作抗体を作製する方法は、ＵＳ７，５２１，５４１、ＵＳ９，０００，１３０に記載されている方法を含むが、これらに限定されない。
【００６５】
それ故に、本開示の方法は、システイン操作抗体を含む抗体−薬物複合体に適用され得、ここで、野生型または親抗体の１つ以上のアミノ酸がシステインアミノ酸で置き換えられる（ＴＨＩＯＭＡＢ（商標））。抗体のいずれの形態も、そのように操作され得る。例えば、親Ｆａｂ抗体断片は、操作されて、システイン操作Ｆａｂを形成し得、親モノクローナル抗体は、操作されて、システイン操作モノクローナル抗体を形成し得る。単一の部位の突然変異により、Ｆａｂ抗体断片に単一の操作システイン残基が生じるが、単一部位の突然変異により、ＩｇＧ抗体の二量体性に起因して完全長抗体に２つの操作システイン残基が生じることに留意されたい。置き換えられた（「操作された」）システイン（Ｃｙｓ）残基を有する突然変異体は、新しく導入された、操作システインチオール基の反応性に関して評価される。チオール反応性値は、０〜１．０の範囲内の相対的な数値であり、任意のシステイン操作抗体に関して測定され得る。本発明のシステイン操作抗体のチオール反応性値は、０．６〜１．０、０．７〜１．０、または０．８〜１．０の範囲である。
【００６６】
システインアミノ酸は、鎖内または分子間ジスルフィド結合を形成しない抗体の重鎖（ＨＣ）または軽鎖（ＬＣ）中の反応部位にて操作してもよい（Ｊｕｎｕｔｕｌａ，  ｅｔ  ａｌ．（２００８）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２６（８）：９２５−９３２、Ｄｏｒｎａｎ  ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｂｌｏｏｄ  １１４（１３）：２７２１−２７２９、ＵＳ７５２１５４１、ＵＳ７７２３４８５、ＷＯ２００９／０５２２４９、Ｓｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ（２０１２）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．，３０（２）：１８４−１９１、Ｊｕｎｕｔｕｌａ  ｅｔ  ａｌ（２００８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３３２：４１−５２）。操作システインチオールは、チオール−反応性で求電子性のピリジルジスルフィド基を有する本発明のリンカー試薬またはリンカー−薬物中間体と反応して、システイン操作抗体及び薬物部分を有するＡＤＣを形成し得る。それ故に、これらの操作されたＡＤＣ中の薬物部分の特定の場所（すなわち、部位）は、設計され、制御され、既知であり得る。それによって、薬物の負荷量は、操作システインチオール基が典型的に、チオール反応性リンカー試薬またはリンカー−薬物中間体と高い収率で反応するため、制御され得る。重鎖または軽鎖の単一部位にて置換によりシステインアミノ酸を導入するように抗体を操作することで、対称の抗体上に２つの新しいシステインが得られる。２に近い薬物の負荷量（ＤＡＲ）が達成され得、これらの部位特異的複合体化されたＡＤＣにおいてほぼ完全な均一性が達成され得る。
【００６７】
２）非天然アミノ酸操作抗体薬物複合体
システイン操作抗体と同様に、非天然アミノ酸（ＵＡＡ）のタンパク質への組み込みは、生体直交型官能性を部位特異的に操作する柔軟な方法を提供する（例えば、Ａｇａｒｗａｌ  ａｎｄ  Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．２０１５，２６：１７６−９２、Ｓｏｃｈａｊ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ａｄｖａｎｃｅｓ（２０１５）３３：７７５−８４を参照されたい）。非天然アミノ酸を、抗体または抗体断片等のタンパク質に設計及び特異的に導入するために、望ましいＵＡＡの部位でアンバー終止コドン（ＴＡＧ）を有する遺伝子によってコードされる変異体タンパク質は、アンバー終止コドン部位でＵＡＡを導入することができる対応する直交性ｔＲＮＡ／アミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ａａＲＳ）対に沿って、細胞内で発現され得る（例えば、Ｌｉｕ  ａｎｄ  Ｓｃｈｕｌｔｚ（２０１０）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．７９：４１３−４４）。Ｅ．ｃｏｌｉ  ＵＡＡ発現システムに組み込まれる１つの非天然アミノ酸は、ｐ−アセチルフェニルアラニンであり、そのケトンの生体直交性反応性のために選択された（Ｗａｎｇ，ｅｔ  ａｌ．，（２００３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１００：５６−６１）。この非天然アミノ酸は、アミノオキシ−オーリスタチンＦに複合体化され、結果として得られたトラスツズマブ抗体はマウスにおいて上質の薬物動態特性を示した（Ｔｉａｎ，ｅｔ  ａｌ．，（２０１４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１１１：１７６６−１７７１）。この部位特異的操作方法論は、２つ以上の生体直交性官能基をタンパク質へ含むために拡大され得る。１つ以上の非天然アミノ酸のタンパク質への組み込みに基づくこの手法は、タンパク質中の正確に設計され特定された部位に限定される薬物複合体（複数可）を有する、極めて同質のＡＤＣ組成物を産生する、抗がん薬物等の治療部分に容易に一貫して複合体化された特定の数の既知の非天然アミノ酸を有する抗体−薬物複合体を提供し得る。
【００６８】
３）セレノシステイン操作抗体薬物複合体
セレノシステインは、天然であるが、稀である、セレノタンパク質の構成成分として全ての生命界に存在するアミノ酸であり、そのうちの２５個は、哺乳動物において現在既知である。セレノシステインは、硫黄に代わってセレンを含有し、それにより、酸性条件においてシステインよりも求電子試薬に対してより反応性になる。化学的特性は、マレイミド及びヨードアセタミド含有剤を遺伝子操作されたセレノシステイン残基を含む抗体に選択的に結合するために使用された（Ｈｏｆｅｒ，ｅｔ  ａｌ．（２００９）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４８：１２０４７−５７、Ｌｉ，ｅｔ  ａｌ．，（２０１４）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ６５：１３３−３８）。セレノシステインは、蛍光プローブ、ビオチン、及びビオチンポリエチレングリコール（ビオチン−ＰＥＧ）を抗体に複合体化するために使用され、特異的に画定された部位及び化学量論の薬剤の結合を有する完全機能複合体をもたらし、セレノシステイン残基操作に基づいて同質のＡＤＣの産生物を示す（例えば、Ａｇａｒｗａｌ  ａｎｄ  Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，（２０１５）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．２６：１７６−９２、Ｓｏｃｈａｊ，ｅｔ  ａｌ．（２０１５）Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ａｄｖａｎｃｅｓ３３：７７５−８４）を参照されたい）。
【００６９】
４）グリカン修飾抗体薬物複合体
ヒトＩｇＧ分子は、ＣＨ２ドメインの各Ｎ２９７残基で保存グリコシル化部位を有し、これらのペンダント結合Ｎ−グリカンを部位特異的複合体に好都合な標的にする。このグリコシル化部位は、結合されたグリカンに対する薬物の複合体が抗原結合に影響を与えるべきでない様々な領域から十分に離れている。これらのグリカンに治療部分を結合する１つの方法は、過ヨウ素酸と共にこれらのグリカンに含有されるビシナルジオール部分の酸化的切断を含み、還元的にアミノ化され得、ヒドラジド及びアミノオキシ化合物に複合体化され得るアルデヒドを生成する（Ｏ’Ｓｈａｎｎｅｓｓｙ，ｅｔ  ａｌ．（１９８４）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｌｅｔｔ．８：２７３−７７）。別の方法は、これらのグリカン中のＮ−アセチルグルコサミンのフコシル化を増加させることを含む。これらのフコース残基の酸化は、薬物及びフルオロフォアを抗体上のこれらの特異的部分に結合するために使用され得るカルボン酸及びアルデヒド部分を産生する（Ｚｕｂｅｒｂｕｈｌｅｒ，ｅｔ  ａｌ．（２０１２）Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．４８：７１００−０２）。別の方法は、これらのグリカン中のシアル酸を修飾することを含み（ならびに、これらのグリカン中のシアル酸含有量を増加させること）、その後、シアル酸及びアミノオキシ薬物を有する複合体の酸化が続き、オキシム結合複合体を形成する（Ｚｈｏｕ，ｅｔ  ａｌ．（２０１４）  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．２５：５１０−２０）。代替的に、シアリルトランスフェラーゼは、これらのグリカン中に生体直交性官能基を含む修飾シアル酸残基を組み込むために使用され得る。次いで、生体直交性官能基は、修飾されて、治療部分をグリカンの部位に結合する（Ｌｉ，ｅｔ  ａｌ．（２０１４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．５３：７１７９−８２）。これらのグリカン部位を修飾するための別の手法は、ガラクトース、またはケトンもしくはアジドを含有するガラクトース類似体を、これらのグリカン中のＮ−アセチルグルコサミンに結合するためのグリコシルトランスフェラーゼの使用、及び薬物または放射性ヌクレオチドをガラクトース分子に結合することである（Ｋｈｉｄｅｋｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，（２００３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１２５：１６１６２−６３、Ｃｌａｒｋ，ｅｔ  ａｌ．，（２００８）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１３０：１１５７６−７７、Ｂｏｅｇｇｅｍａｎ，ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．１８：８０６−１４）。別の手法は、代謝オリゴ糖操作による抗体の発現の時点で、これらのグリカン中への修飾糖の導入に依存する（Ｃａｍｐｂｅｌｌ，ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｍｏｌ．ＢｉｏＳｙｓｔ．３：１８７−９４、Ａｇａｒｄ，ｅｔ  ａｌ．，（２００９）Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．４２：７８８−９７）。この手法は、フコース類似体の導入を用いて利用されており、その後、フコシル化部位で薬物結合／修飾が続く（Ｏｋｅｌｅｙ，ｅｔ  ａｌ．（２０１３）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．２４：１６５０−１６５５、Ｏｋｅｌｅｙ，ｅｔ  ａｌ．，（２０１３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１１０：５４０４−０９．）。
【００７０】
抗体薬物複合体
抗体（ＰＲＯＢＯＤＹ（商標）、Ｃｙｔｏｍｘ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ＬＬＣ，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）は、組換え、タンパク質分解性活性抗体抗薬物であり、抗体軽鎖のアミノ末端がプロテアーゼ切断リンカー及び抗原に結合しているブロック抗体に設計されたマスキングペプチドと共に延在されている、モノクローナル抗体からなる（米国特許第８，５６３，２６９号、Ｄｅｓｎｏｙｅｒｓ，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉ  Ｔｒａｎｓｌ  Ｍｅｄ．２０１３  １６；５（２０７）：２０７ｒａ１４４、Ｐｏｌｕ  ａｎｄ  Ｌｏｗｍａｎ，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１４，１４（８）：１０４９−５３、Ｗｏｎｇ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ．２０１６  １２２：６２−７）。特異的腫瘍関連プロテアーゼによるリンカーの切断は、腫瘍内の抗原へ結合する能力がある抗体のマスク及び放出の分離をもたらす。抗体は、健全な組織に対して、腫瘍微小環境内に存在する細胞外プロテアーゼ活性の根本的な調節不全を開発するために設計され、それによって、不十分な活性プロテアーゼが存在しマスクを除去する健全な組織中で抗原に最低限のみ結合する。腫瘍内で、十分な無調節プロテアーゼ活性の存在下では、マスクはリンカーの切断によって除去され、抗原結合が進行する。抗体薬物複合体（ＰＤＣ）は、操作されて、抗体を微小管阻害剤ＭＭＡＥに結合している（Ｗｅｉｄｌｅ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎ  Ｇｅｎ＆Ｐｒｏｔｅｏｍ  ２０１４，１１：６７−８０、Ｓａｇｅｒｔ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｂｓｔｒａｃｔ  ２６６５，ＡＡＣＲ  Ａｎｎｕａｌ  Ｍｅｅｔｉｎｇ  ２０１４）。
【００７１】
６）ポリマーまたはペプチド複合体
抗体薬物複合体はまた、抗体、または抗体断片を使用して形成され、天然アミノ酸からなる親水性ポリマーまたはペプチドに結合しており、それら自体が治療用ペプチド、タンパク質、または治療用小分子に結合され得る。それ故に、ポリマーまたはペプチドは、抗体と治療部分（薬物）との間のリンカーとして本質的に役立つが、このリンカーは、複数の治療部分を結合するための手段を提供し、それによって各ＡＤＣ分子のＤＡＲを著しく増加させる。これらの構築物を使用すると、部位特異的ＡＤＣの部位特異的複合体の特性を維持する間、１４〜１８のＤＡＲ、またはより高いＤＡＲが可能である。かかるペプチド／ポリマー複合体を含む例示的なＡＤＣは、上述のシステイン操作抗体等の抗体の軽鎖内の特異的、操作アミノ酸残基で、ＸＴＥＮ（商標）ペプチド複合体（Ａｍｕｎｉｘ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ）に結合しているＡＤＣを含む。これらのペプチドは、ＸＴＥＮペイロードＡＤＣ複合体をもたらす架橋反応剤を介して１つ以上のペイロードに結合するための複合体パートナーとして有用である、実質的に同種のポリペプチドである。これらのペプチドリンカーは、物理学的条件下で、低い程度有するか、または二次構造もしくは三次構造を有さない、非天然型の、実質的に非繰り返し配列から構成される、ポリペプチドであり、典型的には約３６〜３０００個のアミノ酸を有し、その大部分または全体は、細胞表面受容体に対してリガンドとして役立つ標的部分の１つ以上の分子及びエフェクター薬物の１つ以上の分子に複合体化された直交性ペンダント結合反応性基の画定された数を有する、小さな親水性アミノ酸である（米国特許公開２０１５／００３７３５９）。
【００７２】
７）Ｆｃ融合タンパク質
生物製剤製品として開発されており、米国で薬物としての使用にＦＤＡによって承認されている、幅広い抗体サイトカイン融合タンパク質が存在する。これらの融合タンパク質の大半は、異なるサイトカインが全長抗体またはそれらの誘導体に融合されているタンパク質構築物を有する腫瘍抗原を標的化する（例えば、Ｏｒｔｉｚ−Ｓａｎｃｈｅｚ  ｅｔ  ａｌ．（２００８）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．８（５）：６０９−３２、Ｓｏｃｈａｊ，ｅｔ  ａｌ．（２０１５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ａｄｖａｎｃｅｓ  ３３：７７５−８４を参照されたい）。各サイトカインは、両方の構成成分の生物学的活性を保存するために、サイトカイン及び抗体の構造に依存して抗体のアミノ末端またはカルボン末端で融合され得る。増えている数の抗体誘導体とそれらと組み合わされ得る異なるサイトカインとの間で、異なる抗体サイトカイン融合タンパク質の量は、極めて大きい。追加的に、Ｆｃ融合構築物は、自己免疫条件等の非がん臨床的適応のために開発されている。これらのタンパク質は、自己タンパク質を標的化する抗体と直接的に競合し得る。概して、これらのＦｃ融合タンパク質構築物は、リガンド特異性（リガンド分子上で１つまたは多重エピトープに結合）及び結合価（リガンド分子への結合の化学量論）に基づいて、以下の４つの群に分類されている：単一リガンド特異性を有する二価、複数リガンド特異性を有する一価、単一リガンド特異性を有する多価、及び単一リガンド特異性を有する一価。
【００７３】
Ｆｃ融合タンパク質構築物以外に、これらの部位特異的、操作免疫複合体は、それらの野生型の親抗体対応物の抗原結合能力を保持する。それ故に、部位特異的抗体複合体は、抗原に、好ましくは特異的に結合することができる。かかる抗原には、例えば、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、細胞表面受容体タンパク質及び他の細胞表面分子、膜貫通タンパク質、シグナル伝達タンパク質、細胞生存制御因子、細胞増殖制御因子、組織の発達または分化に機能的に寄与することが既知であるか、または想定される分子、リンホカイン、サイトカイン、細胞周期制御に関与する分子、脈管形成に関与する分子、ならびに血管新生に機能的に寄与することが既知であるか、または想定される分子が含まれる。腫瘍関連抗原は、クラスター分化因子（すなわち、ＣＤタンパク質）であり得る。システイン操作抗体が結合することができる抗原は、上述の分類のうちの１つのサブセットのメンバーであり得、ここで、当該分類の他のサブセット（複数可）は、（目的とする抗原に関して）異なる特徴を有する他の分子／抗原を含む。
【００７４】
本開示の方法で使用される部位特異的抗体複合体は、細胞表面受容体及び腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に対する抗体を含むが、これらに限定されない、がんの治療で有用な免疫複合体を含む。腫瘍関連抗原は、当該技術分野において既知であり、当該技術分野において周知の方法及び情報を使用して抗体を産生するのに使用するために調製され得る。がんの診断及び療法のための有効な細胞標的を発見するための試みにおいて、研究者らは、１つ以上の正常な非がん性細胞（複数可）と比較して、１つ以上の特定の種類（複数可）のがん細胞の表面上に特異的に発現する膜貫通ポリペプチドまたは他の様式で腫瘍に関連するポリペプチドを特定しようとした。しばしば、かかる腫瘍関連ポリペプチドは、非がん性細胞の表面上と比較して、がん細胞の表面上でより豊富に発現する。かかる腫瘍関連細胞表面の抗原ポリペプチドの特定により、抗体に基づく療法を介してがん細胞の破壊のために特異的に標的化する能力が生じた。
【００７５】
腫瘍関連抗原ＴＡＡの例には、以下に列挙されるＴＡＡ（１）〜（５３）が含まれるが、これらに限定されない。当該技術分野で既知である、これらの抗原に関連する情報を以下に列挙し、この情報には、名称、別称、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号、及び主な参考文献（複数可）に続き、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）の核酸及びタンパク質配列を特定する慣例が含まれている。ＴＡＡ（１）〜（５３）に対応する核酸及びタンパク質配列は、ＧｅｎＢａｎｋ等の公的データベースにおいて入手可能である。抗体により標的とされる腫瘍関連抗原には、引用される参考文献において特定されている配列と比較して、少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、もしくは９５％の配列同一性を保有する全てのアミノ酸配列変異形及びアイソフォーム、または引用される参考文献中に見出される配列を有するＴＡＡと実質的に同じ生物学的特性もしくは特徴を呈するものが含まれる。例えば、変異形配列を有するＴＡＡは一般に、列挙されている対応する配列を有するＴＡＡに特異的に結合する抗体に特異的に結合することができる。本明細書に具体的に引用される参考文献中の配列及び開示は、参照により明示的に組み込まれる。
【００７６】
腫瘍関連抗原
（１）ＢＭＰＲ１Ｂ（骨形成タンパク質受容体−ＩＢ型、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１２０３）ｔｅｎ  Ｄｉｊｋｅ，Ｐ．，ｅｔ  ａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６４（５１５５）：１０１−１０４（１９９４）、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  １４（１１）：１３７７−１３８２（１９９７））、ＷＯ２００４／０６３３６２（請求項２）、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＵＳ２００３／１３４７９０−Ａ１（３８〜３９頁）、ＷＯ２００２／１０２２３５（請求項１３、２９６頁）、ＷＯ２００３／０５５４４３（９１〜９２頁）、ＷＯ２００２／９９１２２（実施例２、５２８〜５３０頁）、ＷＯ２００３／０２９４２１（請求項６）、ＷＯ２００３／０２４３９２（請求項２、図１１２）、ＷＯ２００２／９８３５８（請求項１、１８３頁）、ＷＯ２００２／５４９４０（１００〜１０１頁）、ＷＯ２００２／５９３７７（３４９〜３５０頁）、ＷＯ２００２／３０２６８（請求項２７、３７６頁）、ＷＯ２００１／４８２０４（実施例、図４）ＮＰ＿００１１９４骨形成タンパク質受容体、ＩＢ型／ｐｉｄ＝ＮＰ＿００１１９４．１−相互参照：ＭＩＭ：６０３２４８、ＮＰ＿００１１９４．１、ＡＹ０６５９９４。
（２）Ｅ１６（ＬＡＴ１、ＳＬＣ７Ａ５、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００３４８６）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２５５（２），２８３−２８８（１９９９）、Ｎａｔｕｒｅ  ３９５（６６９９）：２８８−２９１（１９９８）、Ｇａｕｇｉｔｓｃｈ，Ｈ．Ｗ．，ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６７（１６）：１１２６７−１１２７３）、ＷＯ２００４／０４８９３８（実施例２）、ＷＯ２００４／０３２８４２（実施例ＩＶ）、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＷＯ２００３／０１６４７５（請求項１）、ＷＯ２００２／７８５２４（実施例２）、ＷＯ２００２／９９０７４（請求項１９、１２７〜１２９頁）、ＷＯ２００２／８６４４３（請求項２７、２２２頁、３９３頁）、ＷＯ２００３／００３９０６（請求項１０、２９３頁）、ＷＯ２００２／６４７９８（請求項３３、９３〜９５頁）、ＷＯ２０００／１４２２８（請求項５、１３３〜１３６頁）、ＵＳ２００３／２２４４５４（図３）、ＷＯ２００３／０２５１３８（請求項１２、１５０頁）、ＮＰ＿００３４７７溶質輸送体ファミリー７（カチオン性アミノ酸輸送体、ｙ＋システム）、メンバー５／ｐｉｄ＝ＮＰ＿００３４７７．３−ホモサピエンス、相互参照：ＭＩＭ：６００１８２、ＮＰ＿００３４７７．３、ＮＭ＿０１５９２３、ＮＭ＿００３４８６＿１。
（３）ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０１２４４９）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６１（１５），５８５７−５８６０（２００１），Ｈｕｂｅｒｔ，Ｒ．Ｓ．，ｅｔ  ａｌ（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９６（２５）：１４５２３−１４５２８）、ＷＯ２００４／０６５５７７（請求項６）、ＷＯ２００４／０２７０４９（図１Ｌ）、ＥＰ１３９４２７４（実施例１１）、ＷＯ２００４／０１６２２５（請求項２）、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＵＳ２００３／１５７０８９（実施例５）、ＵＳ２００３／１８５８３０（実施例５）、ＵＳ２００３／０６４３９７（図２）、ＷＯ２００２／８９７４７（実施例５、６１８〜６１９頁）、ＷＯ２００３／０２２９９５（実施例９、図１３Ａ、実施例５３、１７３頁、実施例２、図２Ａ）、ＮＰ＿０３６５８１前立腺の６回膜貫通上皮抗原。相互参照：ＭＩＭ：６０４４１５、ＮＰ＿０３６５８１．１、ＮＭ＿０１２４４９＿１。
（４）０７７２Ｐ（ＣＡ１２５、ＭＵＣ１６、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＦ３６１４８６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６（２９）：２７３７１−２７３７５（２００１））、ＷＯ２００４／０４５５５３（請求項１４）、ＷＯ２００２／９２８３６（請求項６、図１２）、ＷＯ２００２／８３８６６（請求項１５、１１６〜１２１頁）、ＵＳ２００３／１２４１４０（実施例１６）、ＵＳ７９８９５９。相互参照：ＧＩ：３４５０１４６７、ＡＡＫ７４１２０．３、ＡＦ３６１４８６＿１。
（５）ＭＰＦ（ＭＰＦ、ＭＳＬＮ、ＳＭＲ、巨核球増強因子、メソテリン、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００５８２３）Ｙａｍａｇｕｃｈｉ，Ｎ．，ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９（２），８０５−８０８（１９９４），Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９６（２０）：１１５３１−１１５３６（１９９９），Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９３（１）：１３６−１４０（１９９６），Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０（３７）：２１９８４−２１９９０（１９９５））、ＷＯ２００３／１０１２８３（請求項１４）、（ＷＯ２００２／１０２２３５（請求項１３、２８７〜２８８頁）、ＷＯ２００２／１０１０７５（請求項４、３０８〜３０９頁）、ＷＯ２００２／７１９２８（３２０〜３２１頁）、ＷＯ９４１０３１２（５２〜５７頁）、相互参照：ＭＩＭ：６０１０５１、ＮＰ＿００５８１４．２、ＮＭ＿００５８２３＿１。
（６）Ｎａｐｉ３ｂ（ＮＡＰＩ−３Ｂ、ＮＰＴＩＩｂ、ＳＬＣ３４Ａ２、溶質輸送体ファミリー３４（リン酸ナトリウム）、メンバー２、ＩＩ型ナトリウム依存性リン酸輸送体３ｂ、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００６４２４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７（２２）：１９６６５−１９６７２（２００２）、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ６２（２）：２８１−２８４（１９９９）、Ｆｅｉｌｄ，Ｊ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２５８（３）：５７８〜５８２）、ＷＯ２００４／０２２７７８（請求項２）、ＥＰ１３９４２７４（実施例１１）、ＷＯ２００２／１０２２３５（請求項１３、３２６頁）、ＥＰ８７５５６９（請求項１、１７〜１９頁）、ＷＯ２００１／５７１８８（請求項２０、３２９頁）、ＷＯ２００４／０３２８４２（実施例ＩＶ）、ＷＯ２００１／７５１７７（請求項２４、１３９〜１４０頁）、相互参照：ＭＩＭ：６０４２１７、ＮＰ＿００６４１５．１、ＮＭ＿００６４２４＿１。
（７）Ｓｅｍａ５ｂ（ＦＬＪ１０３７２、ＫＩＡＡ１４４５、Ｍｍ．４２０１５、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＥＭＡＧ、セマフォリン５ｂ  Ｈｌｏｇ、セマドメイン、７回トロンボスポンジン反復（１型及び１型様）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）、及び短い細胞質ドメイン、（セマフォリン）５Ｂ、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＢ０４０８７８）Ｎａｇａｓｅ  Ｔ．，ｅｔ  ａｌ（２０００）ＤＮＡ  Ｒｅｓ．７（２）：１４３−１５０）、ＷＯ２００４／０００９９７（請求項１）、ＷＯ２００３／００３９８４（請求項１）、ＷＯ２００２／０６３３９（請求項１、５０頁）、ＷＯ２００１／８８１３３（請求項１、４１〜４３頁、４８〜５８頁）、ＷＯ２００３／０５４１５２（請求項２０）、ＷＯ２００３／１０１４００（請求項１１）、受託番号：Ｑ９Ｐ２８３、ＥＭＢＬ、ＡＢ０４０８７８、ＢＡＡ９５９６９．１。Ｇｅｎｅｗ、ＨＧＮＣ：１０７３７。
（８）ＰＳＣＡ  ｈｌｇ（２７０００５０Ｃ１２Ｒｉｋ、Ｃ５３０００８Ｏ１６Ｒｉｋ、ＲＩＫＥＮ  ｃＤＮＡ  ２７０００５０Ｃ１２、ＲＩＫＥＮ  ｃＤＮＡ  ２７０００５０Ｃ１２遺伝子、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＹ３５８６２８）、Ｒｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６２：２５４６−２５５３、ＵＳ２００３／１２９１９２（請求項２）、ＵＳ２００４／０４４１８０（請求項１２）、ＵＳ２００４／０４４１７９（請求項１１）、ＵＳ２００３／０９６９６１（請求項１１）、ＵＳ２００３／２３２０５６（実施例５）、ＷＯ２００３／１０５７５８（請求項１２）、ＵＳ２００３／２０６９１８（実施例５）、ＥＰ１３４７０４６（請求項１）、ＷＯ２００３／０２５１４８（請求項２０）、相互参照：ＧＩ：３７１８２３７８、ＡＡＱ８８９９１．１、ＡＹ３５８６２８＿１。
（９）ＥＴＢＲ（エンドセリンＢ型受容体、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＹ２７５４６３）、Ｎａｋａｍｕｔａ  Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１７７，３４−３９，１９９１、Ｏｇａｗａ  Ｙ．，ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１７８，２４８−２５５，１９９１、Ａｒａｉ  Ｈ．，ｅｔ  ａｌ  Ｊｐｎ．Ｃｉｒｃ．Ｊ．５６，１３０３−１３０７，１９９２、Ａｒａｉ  Ｈ．，ｅｔ  ａｌＪ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８，３４６３−３４７０，１９９３、Ｓａｋａｍｏｔｏ  Ａ．，Ｙａｎａｇｉｓａｗａ  Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１７８，６５６−６６３，１９９１、Ｅｌｓｈｏｕｒｂａｇｙ  Ｎ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８，３８７３−３８７９，１９９３、Ｈａｅｎｄｌｅｒ  Ｂ．，ｅｔ  ａｌ  Ｊ．Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０，ｓ１−Ｓ４，１９９２、Ｔｓｕｔｓｕｍｉ  Ｍ．，ｅｔ  ａｌ  Ｇｅｎｅ  ２２８，４３−４９，１９９９、Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ  Ｒ．Ｌ．，ｅｔ  ａｌ  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９，１６８９９−１６９０３，２００２、Ｂｏｕｒｇｅｏｉｓ  Ｃ．，ｅｔ  ａｌ  Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．Ｍｅｔａｂ．８２，３１１６−３１２３，１９９７、Ｏｋａｍｏｔｏ  Ｙ．，ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２，２１５８９−２１５９６，１９９７、Ｖｅｒｈｅｉｊ  Ｊ．Ｂ．，ｅｔ  ａｌ  Ａｍ．．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．１０８，２２３−２２５，２００２、Ｈｏｆｓｔｒａ  Ｒ．Ｍ．Ｗ．，ｅｔ  ａｌ  Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．５，１８０−１８５，１９９７、Ｐｕｆｆｅｎｂｅｒｇｅｒ  Ｅ．Ｇ．，ｅｔ  ａｌ  Ｃｅｌｌ  ７９，１２５７−１２６６，１９９４、Ａｔｔｉｅ  Ｔ．，ｅｔ  ａｌ，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．４，２４０７−２４０９，１９９５、Ａｕｒｉｃｃｈｉｏ  Ａ．，ｅｔ  ａｌ  Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．５：３５１−３５４，１９９６、Ａｍｉｅｌ  Ｊ．，ｅｔ  ａｌ  Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．５，３５５−３５７，１９９６、Ｈｏｆｓｔｒａ  Ｒ．Ｍ．Ｗ．，ｅｔ  ａｌ  Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．１２，４４５−４４７，１９９６、Ｓｖｅｎｓｓｏｎ  Ｐ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ  Ｈｕｍ．  Ｇｅｎｅｔ．１０３，１４５−１４８，１９９８、Ｆｕｃｈｓ  Ｓ．，ｅｔ  ａｌ  Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．７，１１５−１２４，２００１、Ｐｉｎｇａｕｌｔ  Ｖ．，ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１１１，１９８−２０６、ＷＯ２００４／０４５５１６（請求項１）、ＷＯ２００４／０４８９３８（実施例２）、ＷＯ２００４／０４００００（請求項１５１）、ＷＯ２００３／０８７７６８（請求項１）、ＷＯ２００３／０１６４７５（請求項１）、ＷＯ２００３／０１６４７５（請求項１）、ＷＯ２００２／６１０８７（図１）、ＷＯ２００３／０１６４９４（図６）、ＷＯ２００３／０２５１３８（請求項１２、１４４頁）、ＷＯ２００１／９８３５１（請求項１、１２４〜１２５頁）、ＥＰ５２２８６８（請求項８、図２）、ＷＯ２００１／７７１７２（請求項１、２９７〜２９９頁）、ＵＳ２００３／１０９６７６、��Ｓ６５１８４０４（図３）、ＵＳ５７７３２２３（請求項１ａ、欄３１〜３４）、ＷＯ２００４／００１００４。
（１０）ＭＳＧ７８３（ＲＮＦ１２４、仮説上のタンパク質ＦＬＪ２０３１５、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０１７７６３）、ＷＯ２００３／１０４２７５（請求項１）、ＷＯ２００４／０４６３４２（実施例２）、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＷＯ２００３／０８３０７４（請求項１４、６１頁）、ＷＯ２００３／０１８６２１（請求項１）、ＷＯ２００３／０２４３９２（請求項２、図９３）、ＷＯ２００１／６６６８９（実施例６）、相互参照：ＬｏｃｕｓＩＤ：５４８９４、ＮＰ＿０６０２３３．２、ＮＭ＿０１７７６３＿１。
（１１）ＳＴＥＡＰ２（ＨＧＮＣ＿８６３９、ＩＰＣＡ−１、ＰＣＡＮＡＰ１、ＳＴＡＭＰ１、ＳＴＥＡＰ２、ＳＴＭＰ、前立腺癌関連遺伝子１、前立腺癌関連タンパク質１、前立腺の６回膜貫通上皮抗原２、６回膜貫通前立腺タンパク質、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＦ４５５１３８）Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．８２（１１）：１５７３−１５８２（２００２））、ＷＯ２００３／０８７３０６、ＵＳ２００３／０６４３９７（請求項１、図１）、ＷＯ２００２／７２５９６（請求項１３、５４〜５５頁）、ＷＯ２００１／７２９６２（請求項１、図４Ｂ）、ＷＯ２００３／１０４２７０（請求項１１）、ＷＯ２００３／１０４２７０（請求項１６）、ＵＳ２００４／００５５９８（請求項２２）、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＵＳ２００３／０６０６１２（請求項１２、図１０）、ＷＯ２００２／２６８２２（請求項２３、図２）、ＷＯ２００２／１６４２９（請求項１２、図１０）、相互参照：ＧＩ：２２６５５４８８、ＡＡＮ０４０８０．１、ＡＦ４５５１３８＿１。
（１２）ＴｒｐＭ４（ＢＲ２２４５０、ＦＬＪ２００４１、ＴＲＰＭ４、ＴＲＰＭ４Ｂ、一過性受容器電位カチオンチャネル、サブファミリーＭ、メンバー４、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０１７６３６）。Ｘｕ，Ｘ．Ｚ．，ｅｔ  ａｌ  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９８（１９）：１０６９２−１０６９７（２００１），Ｃｅｌｌ  １０９（３）：３９７−４０７（２００２），Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８（３３）：３０８１３−３０８２０（２００３））、ＵＳ２００３／１４３５５７（請求項４）、ＷＯ２０００／４０６１４（請求項１４、１００〜１０３頁）、ＷＯ２００２／１０３８２（請求項１、図９Ａ）、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＷＯ２００２／３０２６８（請求項２７、３９１頁）、ＵＳ２００３／２１９８０６（請求項４）、ＷＯ２００１／６２７９４（請求項１４、図１Ａ〜Ｄ）、相互参照：ＭＩＭ：６０６９３６、ＮＰ＿０６０１０６．２、ＮＭ＿０１７６３６＿１。
（１３）ＣＲＩＰＴＯ（ＣＲ、ＣＲ１、ＣＲＧＦ、ＣＲＩＰＴＯ、ＴＤＧＦ１、奇形癌種由来の成長因子、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００３２０３またはＮＭ＿００３２１２）。Ｃｉｃｃｏｄｉｃｏｌａ，Ａ．，ｅｔ  ａｌ  ＥＭＢＯＪ．８（７）：１９８７−１９９１（１９８９），Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４９（３）：５５５−５６５（１９９１））、ＵＳ２００３／２２４４１１（請求項１）、ＷＯ２００３／０８３０４１（実施例１）、ＷＯ２００３／０３４９８４（請求項１２）、ＷＯ２００２／８８１７０（請求項２、５２〜５３頁）、ＷＯ２００３／０２４３９２（請求項２、図５８）、ＷＯ２００２／１６４１３（請求項１、９４〜９５頁、１０５頁）、ＷＯ２００２／２２８０８（請求項２、図１）、ＵＳ５，８５４，３９９（実施例２、欄１７〜１８）、ＵＳ５，７９２，６１６（図２）、相互参照：ＭＩＭ：１８７３９５、ＮＰ＿００３２０３．１、ＮＭ＿００３２１２＿１。
（１４）ＣＤ２１（ＣＲ２（補体受容体２）またはＣ３ＤＲ（Ｃ３ｄ／Ｅｐｓｔｅｉｎ  Ｂａｒｒウィルス受容体）またはＨｓ．７３７９２  Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｍ２６００４）。Ｆｕｊｉｓａｋｕ  ｅｔ  ａｌ（１９８９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４（４）：２１１８−２１２５）、Ｗｅｉｓ  Ｊ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌＪ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６７，１０４７−１０６６，１９８８、Ｍｏｏｒｅ  Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８４，９１９４−９１９８，１９８７、Ｂａｒｅｌ  Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３５，１０２５−１０３１，１９９８、Ｗｅｉｓ  Ｊ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８３，５６３９−５６４３，１９８６、Ｓｉｎｈａ  Ｓ．Ｋ．，ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０，５３１１−５３２０、ＷＯ２００４／０４５５２０（実施例４）、ＵＳ２００４／００５５３８（実施例１）、ＷＯ２００３／０６２４０１（請求項９）、ＷＯ２００４／０４５５２０（実施例４）、ＷＯ９１０２５３６（図９．１〜９．９）、ＷＯ２００４／０２０５９５（請求項１）、受託番号：Ｐ２００２３、Ｑ１３８６６、Ｑ１４２１２、ＥＭＢＬ、Ｍ２６００４、ＡＡＡ３５７８６．１。
（１５）ＣＤ７９ｂ（ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ７９b、ＩＧｂ（免疫グロブリン関連ベータ）、Ｂ２９、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００６２６または１１０３８６７４）。Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．（２００３）１００（７）：４１２６−４１３１，Ｂｌｏｏｄ（２００２）１００（９）：３０６８−３０７６、Ｍｕｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２（６）：１６２１−１６２５）、ＷＯ２００４／０１６２２５（請求項２、図１４０）、ＷＯ２００３／０８７７６８、ＵＳ２００４／１０１８７４（請求項１、１０２頁）、ＷＯ２００３／０６２４０１（請求項９）、ＷＯ２００２／７８５２４（実施例２）、ＵＳ２００２／１５０５７３（請求項５、１５頁）、ＵＳ５６４４０３３、ＷＯ２００３／０４８２０２（請求項１、３０６頁及び３０９頁）、ＷＯ９９／５５８６５８、ＵＳ６，５３４，４８２（請求項１３、図１７Ａ／Ｂ）、ＷＯ２０００／５５３５１（請求項１１、１１４５〜１１４６頁）、相互参照：ＭＩＭ：１４７２４５、ＮＰ＿０００６１７．１、ＮＭ＿０００６２６＿１。
（１６）ＦｃＲＨ２（ＩＦＧＰ４、ＩＲＴＡ４、ＳＰＡＰ１Ａ（ＳＨ２ドメイン含有ホスファターゼアンカータンパク質１ａ）、ＳＰＡＰ１Ｂ、ＳＰＡＰ１Ｃ、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿０３０７６４、ＡＹ３５８１３０）。Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１３（１０）：２２６５−２２７０（２００３）、Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ５４（２）：８７−９５（２００２）、Ｂｌｏｏｄ  ９９（８）：２６６２−２６６９（２００２）、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９８（１７）：９７７２−９７７７（２００１）、Ｘｕ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２８０（３）：７６８−７７５、ＷＯ２００４／０１６２２５（請求項２）、ＷＯ２００３／０７７８３６、ＷＯ２００１／３８４９０（請求項５、図１８Ｄ−１〜１８Ｄ−２）、ＷＯ２００３／０９７８０３（請求項１２）、ＷＯ２００３／０８９６２４（請求項２５）、相互参照：ＭＩＭ：６０６５０９、ＮＰ＿１１０３９１．２、ＮＭ＿０３０７６４＿１。
（１７）ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｍ１１７３０）Ｃｏｕｓｓｅｎｓ  Ｌ．，ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８５）２３０（４７３０）：１１３２−１１３９）、Ｙａｍａｍｏｔｏ  Ｔ．，ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ３１９，２３０−２３４，１９８６、Ｓｅｍｂａ  Ｋ．，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８２，６４９７−６５０１，１９８５、Ｓｗｉｅｒｃｚ  Ｊ．Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１６５，８６９−８８０，２００４、Ｋｕｈｎｓ  Ｊ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４，３６４２２−３６４２７，１９９９、Ｃｈｏ  Ｈ．−Ｓ．，ｅｔ  ａｌ  Ｎａｔｕｒｅ  ４２１，７５６−７６０，２００３、Ｅｈｓａｎｉ  Ａ．，ｅｔ  ａｌ（１９９３）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １５，４２６−４２９、ＷＯ２００４／０４８９３８（実施例２）、ＷＯ２００４／０２７０４９（図１Ｉ）、ＷＯ２００４／００９６２２、ＷＯ２００３／０８１２１０、ＷＯ２００３／０８９９０４（請求項９）、ＷＯ２００３／０１６４７５（請求項１）、ＵＳ２００３／１１８５９２、ＷＯ２００３／００８５３７（請求項１）、ＷＯ２００３／０５５４３９（請求項２９、図１Ａ〜Ｂ）、ＷＯ２００３／０２５２２８（請求項３７、図５Ｃ）、ＷＯ２００２／２２６３６（実施例１３、９５〜１０７頁）、ＷＯ２００２／１２３４１（請求項６８、図７）、ＷＯ２００２／１３８４７（７１〜７４頁）、ＷＯ２００２／１４５０３（１１４〜１１７頁）、ＷＯ２００１／５３４６３（請求項２、４１〜４６頁）、ＷＯ２００１／４１７８７（１５頁）、ＷＯ２０００／４４８９９（請求項５２、図７）、ＷＯ２０００／２０５７９（請求項３、図２）、ＵＳ５，８６９，４４５（請求項３、欄３１〜３８）、ＷＯ９６３０５１４（請求項２、５６〜６１頁）、ＥＰ１４３９３９３（請求項７）、ＷＯ２００４／０４３３６１（請求項７）、ＷＯ２００４／０２２７０９、ＷＯ２００１／００２４４（実施例３、図４）、受託番号：Ｐ０４６２６、ＥＭＢＬ、Ｍ１１７６７、ＡＡＡ３５８０８．１。ＥＭＢＬ、Ｍ１１７６１、ＡＡＡ３５８０８．１。
（１８）ＮＣＡ（ＣＥＡＣＡＭ６、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｍ１８７２８）、Ｂａｒｎｅｔｔ  Ｔ．，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ３，５９−６６，１９８８、Ｔａｗａｒａｇｉ  Ｙ．，ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１５０，８９−９６，１９８８、Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ  Ｒ．Ｌ．，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９：１６８９９−１６９０３，２００２、ＷＯ２００４／０６３７０９、ＥＰ１４３９３９３（請求項７）、ＷＯ２００４／０４４１７８（実施例４）、ＷＯ２００４／０３１２３８、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＷＯ２００２／７８５２４（実施例２）、ＷＯ２００２／８６４４３（請求項２７、４２７頁）、ＷＯ２００２／６０３１７（請求項２）、
受託番号：Ｐ４０１９９、Ｑ１４９２０、ＥＭＢＬ、Ｍ２９５４１、ＡＡＡ５９９１５．１。ＥＭＢＬ、Ｍ１８７２８。
（１９）ＭＤＰ（ＤＰＥＰ１、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＢＣ０１７０２３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９（２６）：１６８９９−１６９０３（２００２））、ＷＯ２００３／０１６４７５（請求項１）、ＷＯ２００２／６４７９８（請求項３３、８５〜８７頁）、ＪＰ０５００３７９０（図６〜８）、ＷＯ９９４６２８４（図９）、相互参照：ＭＩＭ：１７９７８０、ＡＡＨ１７０２３．１、ＢＣ０１７０２３＿１。
（２０）ＩＬ２０Ｒa（ＩＬ２０Ｒａ、ＺＣＹＴＯＲ７、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＦ１８４９７１）、Ｃｌａｒｋ  Ｈ．Ｆ．，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１３，２２６５−２２７０，２００３、Ｍｕｎｇａｌｌ  Ａ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ  Ｎａｔｕｒｅ  ４２５，８０５−８１１，２００３、Ｂｌｕｍｂｅｒｇ  Ｈ．，ｅｔ  ａｌ  Ｃｅｌｌ  １０４，９−１９，２００１、Ｄｕｍｏｕｔｉｅｒ  Ｌ．，ｅｔ  ａｌ  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６７，３５４５−３５４９，２００１、Ｐａｒｒｉｓｈ−Ｎｏｖａｋ  Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．Ｊ．  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７，４７５１７−４７５２３，２００２、Ｐｌｅｔｎｅｖ  Ｓ．，ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４２：１２６１７−１２６２４、Ｓｈｅｉｋｈ  Ｆ．，ｅｔ  ａｌ（２００４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７２，２００６−２０１０、ＥＰ１３９４２７４（実施例１１）、ＵＳ２００４／００５３２０（実施例５）、ＷＯ２００３／０２９２６２（７４〜７５頁）、ＷＯ２００３／００２７１７（請求項２、６３頁）、ＷＯ２００２／２２１５３（４５〜４７頁）、ＵＳ２００２／０４２３６６（２０〜２１頁）、ＷＯ２００１／４６２６１（５７〜５９頁）、ＷＯ２００１／４６２３２（６３〜６５頁）、ＷＯ９８３７１９３（請求項１、５５〜５９頁）、受託番号：Ｑ９ＵＨＦ４、Ｑ６ＵＷＡ９、Ｑ９６ＳＨ８、ＥＭＢＬ、ＡＦ１８４９７１、ＡＡＦ０１３２０．１。
（２１）Ｂｒｅｖｉｃａｎ（ＢＣＡＮ、ＢＥＨＡＢ、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＦ２２９０５３）。Ｇａｒｙ  Ｓ．Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅ  ２５６，１３９−１４７，２０００、Ｃｌａｒｋ  Ｈ．Ｆ．，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１３，２２６５−２２７０，２００３、Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ  Ｒ．Ｌ．，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９，１６８９９−１６９０３，２００２、ＵＳ２００３／１８６３７２（請求項１１）、ＵＳ２００３／１８６３７３（請求項１１）、ＵＳ２００３／１１９１３１（請求項１、図５２）、ＵＳ２００３／１１９１２２（請求項１、図５２）、ＵＳ２００３／１１９１２６（請求項１）、ＵＳ２００３／１１９１２１（請求項１、図５２）、ＵＳ２００３／１１９１２９（請求項１）、ＵＳ２００３／１１９１３０（請求項１）、ＵＳ２００３／１１９１２８（請求項１、図５２）、ＵＳ２００３／１１９１２５（請求項１）、ＷＯ２００３／０１６４７５（請求項１）、ＷＯ２００２／０２６３４（請求項１）。
（２２）ＥｐｈＢ２Ｒ（ＤＲＴ、ＥＲＫ、Ｈｅｋ５、ＥＰＨＴ３、Ｔｙｒｏ５、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿００４４４２）Ｃｈａｎ，Ｊ．ａｎｄ  Ｗａｔｔ，Ｖ．Ｍ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ６（６），１０５７−１０６１（１９９１）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ１０（５）：８９７−９０５（１９９５），Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．２１：３０９−３４５（１９９８），Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｃｙｔｏｌ．１９６：１７７−２４４（２０００））、ＷＯ２００３／０４２６６１（請求項１２）、ＷＯ２０００／５３２１６（請求項１、４１頁）、ＷＯ２００４／０６５５７６（請求項１）、ＷＯ２００４／０２０５８３（請求項９）、ＷＯ２００３／００４５２９（１２８〜１３２頁）、ＷＯ２０００／５３２１６（請求項１、４２頁）、相互参照：ＭＩＭ：６００９９７、ＮＰ＿００４４３３．２、ＮＭ＿００４４４２＿１。
（２３）ＡＳＬＧ６５９（Ｂ７ｈ、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＸ０９２３２８）。ＵＳ２００４／０１０１８９９（請求項２）、ＷＯ２００３／１０４３９９（請求項１１）、ＷＯ２００４／０００２２１（図３）、ＵＳ２００３／１６５５０４（請求項１）、ＵＳ２００３／１２４１４０（実施例２）、ＵＳ２００３／０６５１４３（図６０）、ＷＯ２００２／１０２２３５（請求項１３、２９９頁）、ＵＳ２００３／０９１５８０（実施例２）、ＷＯ２００２／１０１８７（請求項６、図１０）、ＷＯ２００１／９４６４１（請求項１２、図７ｂ）、ＷＯ２００２／０２６２４（請求項１３、図１Ａ〜１Ｂ）、ＵＳ２００２／０３４７４９（請求項５４、４５〜４６頁）、ＷＯ２００２／０６３１７（実施例２；３２０〜３２１頁、請求項３４；３２１〜３２２頁）、ＷＯ２００２／７１９２８（４６８〜４６９頁）、ＷＯ２００２／０２５８７（実施例１、図１）、ＷＯ２００１／４０２６９（実施例３、１９０〜１９２頁）、ＷＯ２０００／３６１０７（実施例２、２０５〜２０７頁）、ＷＯ２００４／０５３０７９（請求項１２）、ＷＯ２００３／００４９８９（請求項１）、ＷＯ２００２／７１９２８（２３３〜２３４頁、４５２〜４５３頁）、ＷＯ０１１６３１８。
（２４）ＰＳＣＡ（前立腺幹細胞抗原前駆体、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＪ２９７４３６）Ｒｅｉｔｅｒ  Ｒ．Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９５，１７３５−１７４０，１９９８、Ｇｕ  Ｚ．，ｅｔ  ａｌ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  １９，１２８８−１２９６，２０００、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．（２０００）２７５（３）：７８３−７８８、ＷＯ２００４／０２２７０９、ＥＰ１３９４２７４（実施例１１）、ＵＳ２００４／０１８５５３（請求項１７）、ＷＯ２００３／００８５３７（請求項１）、ＷＯ２００２／８１６４６（請求項１、１６４頁）、ＷＯ２００３／００３９０６（請求項１０、２８８頁）、ＷＯ２００１／４０３０９（実施例１、図１７）、ＵＳ２００１／０５５７５１（実施例１、図１ｂ）、ＷＯ２０００／３２７５２（請求項１８、図１）、ＷＯ９８５１８０５（請求項１７、９７頁）、ＷＯ９８５１８２４（請求項１０、９４頁）、ＷＯ９８４０４０３（請求項２、図１Ｂ）、受託番号：Ｏ４３６５３、ＥＭＢＬ、ＡＦ０４３４９８、ＡＡＣ３９６０７．１。
（２５）ＧＥＤＡ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＹ２６０７６３）、ＡＡＰ１４９５４脂肪腫ＨＭＧＩＣ融合パートナー様タンパク質／ｐｉｄ＝ＡＡＰ１４９５４．１−ホモサピエンス種：ホモサピエンス（ヒト）ＷＯ２００３／０５４１５２（請求項２０）、ＷＯ２００３／０００８４２（請求項１）、ＷＯ２００３／０２３０１３（実施例３、請求項２０）、ＵＳ２００３／１９４７０４（請求項４５）、相互参照：ＧＩ：３０１０２４４９、ＡＡＰ１４９５４．１、ＡＹ２６０７６３＿１。
（２６）ＢＡＦＦ−Ｒ（Ｂ細胞活性化因子受容体、ＢＬｙＳ受容体３、ＢＲ３、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＦ１１６４５６）、ＢＡＦＦ受容体／ｐｉｄ＝ＮＰ＿４４３１７７．１−Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ。Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｊ．Ｓ．，ｅｔ  ａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９３（５５３７），２１０８−２１１１（２００１）、ＷＯ２００４／０５８３０９、ＷＯ２００４／０１１６１１、ＷＯ２００３／０４５４２２（実施例、３２〜３３頁）、ＷＯ２００３／０１４２９４（請求項３５、図６Ｂ）、ＷＯ２００３／０３５８４６（請求項７０、６１５〜６１６頁）、ＷＯ２００２／９４８５２（欄１３６〜１３７）、ＷＯ２００２／３８７６６（請求項３、１３３頁）、ＷＯ２００２／２４９０９（実施例３、図３）、相互参照：ＭＩＭ：６０６２６９、ＮＰ＿４４３１７７．１、ＮＭ＿０５２９４５＿１、ＡＦ１３２６００。
（２７）ＣＤ２２（Ｂ細胞受容体ＣＤ２２−Ｂアイソフォーム、ＢＬ−ＣＡＭ、Ｌｙｂ−８、Ｌｙｂ８、ＳＩＧＬＥＣ−２、ＦＬＪ２２８１４、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＫ０２６４６７）、Ｗｉｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７３：１３７−１４６、ＷＯ２００３／０７２０３６（請求項１、図１）、相互参照：ＭＩＭ：１０７２６６、ＮＰ＿００１７６２．１、ＮＭ＿００１７７１＿１。
（２８）ＣＤ７９ａ（ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９a、免疫グロブリン関連アルファ、Ｉｇベータ（ＣＤ７９Ｂ）と共有結合により相互作用し、ＩｇＭ分子と表面上で複合体を形成し、Ｂ細胞分化に関与するシグナルを伝達するＢ細胞特異的タンパク質）、ｐＩ：４．８４、分子量：２５０２８ＴＭ：２［Ｐ］遺伝子染色体：１９ｑ１３．２、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００１７７４．１０）ＷＯ２００３／０８８８０８、ＵＳ２００３／０２２８３１９、ＷＯ２００３／０６２４０１（請求項９）、ＵＳ２００２／１５０５７３（請求項４、１３〜１４頁）、ＷＯ９９５８６５８（請求項１３、図１６）、ＷＯ９２０７５７４（図１）、ＵＳ５，６４４，０３３、Ｈａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５２６−１５３１、Ｍｕｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２２：１６２１−１６２５、Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ（１９９４）Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４０（４）：２８７−２９５、Ｐｒｅｕｄ’ｈｏｍｍｅ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９０（１）：１４１−１４６、Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（２）６３３−６３７、Ｓａｋａｇｕｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）ＥＭＢＯＪ．７（１１）：３４５７−３４６４。
（２９）ＣＸＣＲ５（バーキットリンパ腫受容体１、ＣＸＣＬ１３ケモカインによって活性化され、リンパ球移動及び体液性免疫において機能し、ＨＩＶ−２感染症、ならびに恐らく、ＡＩＤＳ、リンパ腫、骨髄腫、及び白血病の発症において働くＧタンパク質共役型受容体）、３７２ａａ、ｐＩ：８．５４分子量：４１９５９ＴＭ：７［Ｐ］遺伝子染色体：１１ｑ２３．３、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００１７０７．１）、ＷＯ２００４／０４００００、ＷＯ２００４／０１５４２６、ＵＳ２００３／１０５２９２（実施例２）、ＵＳ６５５５３３９（実施例２）、ＷＯ２００２／６１０８７（図１）、ＷＯ２００１／５７１８８（請求項２０、２６９頁）、ＷＯ２００１／７２８３０（１２〜１３頁）、ＷＯ２０００／２２１２９（実施例１、１５２〜１５３頁、実施例２、２５４〜２５６頁）、ＷＯ９９２８４６８（請求項１、３８頁）、ＵＳ５，４４０，０２１（実施例２、欄４９〜５２）、ＷＯ９４２８９３１（５６〜５８頁）、ＷＯ９２１７４９７（請求項７、図５）、Ｄｏｂｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２２：２７９５−２７９９、Ｂａｒｅｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３０９：７７３−７７９。
（３０）ＨＬＡ−ＤＯＢ（ペプチドに結合し、ＣＤ４＋Ｔリンパ球にそれらを提示する、ＭＨＣクラスＩＩ分子のベータサブユニット（Ｉａ抗原））、２７３ａａ、ｐＩ：６．５６、分子量：３０８２０ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：６ｐ２１．３、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００２１１１．１）Ｔｏｎｎｅｌｌｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９８５）ＥＭＢＯ  Ｊ．４（１１）：２８３９−２８４７、Ｊｏｎｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２９（６）：４１１−４１３、Ｂｅｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２８：４３３−４４１、Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９９：１６８９９−１６９０３、Ｓｅｒｖｅｎｉｕｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：８７５９−８７６６、Ｂｅｃｋ  ｅｔ  ａｌ（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５５：１−１３、Ｎａｒｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｔｉｓｓｕｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  ５９：５１２−５１９、ＷＯ９９５８６５８（請求項１３、図１５）、ＵＳ６，１５３，４０８（欄３５〜３８）、ＵＳ５９７６５５１（欄１６８〜１７０）、ＵＳ６，０１１，１４６（欄１４５〜１４６）、Ｋａｓａｈａｒａ  ｅｔ  ａｌ（１９８９）Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３０（１）：６６−６８、Ｌａｒｈａｍｍａｒ  ｅｔ  ａｌ（１９８５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０（２６）：１４１１１−１４１１９。
（３１）Ｐ２Ｘ５（プリン受容体Ｐ２Ｘリガンド開口型イオンチャネル５、シナプス伝達及び神経発生に関与し得る、細胞外ＡＴＰによって開閉されるイオンチャネル、欠損すると特発性の排尿筋不安定の病態生理に寄与し得る）、４２２ａａ）、ｐＩ：７．６３、分子量：４７２０６ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：１７ｐ１３．３、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００２５５２．２）、Ｌｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．４１８（１−２）：１９５−１９９、ＷＯ２００４／０４７７４９、ＷＯ２００３／０７２０３５（請求項１０）、Ｔｏｕｃｈｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１０：１６５−１７３、ＷＯ２００２／２２６６０（請求項２０）、ＷＯ２００３／０９３４４４（請求項１）、ＷＯ２００３／０８７７６８（請求項１）、ＷＯ２００３／０２９２７７（８２頁）。
（３２）ＣＤ７２（Ｂ細胞分化抗原ＣＤ７２、Ｌｙｂ−２）、ｐＩ：８．６６、分子量：４０２２５ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：９ｐ１３．３、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００１７７３．１）、ＷＯ２００４／０４２３４６（請求項６５）、ＷＯ２００３／０２６４９３（５１〜５２頁、５７〜５８頁）、ＷＯ２０００／７５６５５（１０５〜１０６頁）、Ｖｏｎ  Ｈｏｅｇｅｎ  ｅｔ  ａｌ（１９９０）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４４（１２）：４８７０−４８７７、Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９９：１６８９９−１６９０３。
（３３）ＬＹ６４（リンパ球抗原６４（ＲＰ１０５）、ロイシンリッチ反復（ＬＲＲ）ファミリーのＩ型膜タンパク質、Ｂ細胞の活性化及びアポトーシスを制御し、機能消失は、全身性エリテマトーデス患者における疾患活性の増加に関連する）、６６１ａａ、ｐＩ：６．２０、分子量：７４１４７ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：５ｑ１２、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿００５５７３．１）、ＵＳ２００２／１９３５６７、ＷＯ９７０７１９８（請求項１１、３９〜４２頁）、Ｍｉｕｒａ  ｅｔ  ａｌ（１９９６）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ３８（３）：２９９−３０４、Ｍｉｕｒａ  ｅｔ  ａｌ（１９９８）Ｂｌｏｏｄ  ９２：２８１５−２８２２、ＷＯ２００３／０８３０４７、ＷＯ９７４４４５２（請求項８、５７〜６１頁）、ＷＯ２０００／１２１３０（２４〜２６頁）。
（３４）ＦｃＲＨ１（Ｆｃ受容体様タンパク質１、Ｃ２型Ｉｇ様及びＩＴＡＭドメインを含有する免疫グロブリンＦｃドメインの推定上の受容体、Ｂ−リンパ球分化において役割を有し得る）、４２９ａａ、ｐＩ：５．２８、分子量：４６９２５ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：１ｑ２１−１ｑ２２、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿４４３１７０．１）、ＷＯ２００３／０７７８３６、ＷＯ２００１／３８４９０（請求項６、図１８Ｅ−１〜１８−Ｅ−２）、Ｄａｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９８（１７）：９７７２−９７７７、ＷＯ２００３／０８９６２４（請求項８）、ＥＰ１３４７０４６（請求項１）、ＷＯ２００３／０８９６２４（請求項７）。
（３５）ＩＲＴＡ２（免疫グロブリンスーパーファミリー受容体転座関連２、Ｂ細胞の成長及びリンパ腫形成に潜在的な役割を有する推定上の免疫受容体、転座による遺伝子の制御解除が一部のＢ細胞悪性腫瘍で生じる）、９７７ａａ、ｐＩ：６．８８分子量：１０６４６８ＴＭ：１［Ｐ］遺伝子染色体：１ｑ２１、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｈｕｍａｎ：ＡＦ３４３６６２、ＡＦ３４３６６３、ＡＦ３４３６６４、ＡＦ３４３６６５、ＡＦ３６９７９４、ＡＦ３９７４５３、ＡＫ０９０４２３、ＡＫ０９０４７５、ＡＬ８３４１８７、ＡＹ３５８０８５；Ｍｏｕｓｅ：ＡＫ０８９７５６、ＡＹ１５８０９０、ＡＹ５０６５５８；ＮＰ＿１１２５７１．１、ＷＯ２００３／０２４３９２（請求項２、図９７）、Ｎａｋａｙａｍａ  ｅｔ  ａｌ（２０００）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２７７（１）：１２４−１２７、ＷＯ２００３／０７７８３６、ＷＯ２００１／３８４９０（請求項３、図１８Ｂ−１〜１８Ｂ−２）。
（３６）ＴＥＮＢ２（ＴＭＥＦＦ２、トモレグリン、ＴＰＥＦ、ＨＰＰ１、ＴＲ、推定上の膜貫通プロテオグリカン、成長因子のＥＧＦ／ヘレグリンファミリー及びフォリスタチンに関連する）、３７４ａａ、ＮＣＢＩ受託番号：ＡＡＤ５５７７６、ＡＡＦ９１３９７、ＡＡＧ４９４５１、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０５７２７６、ＮＣＢＩ遺伝子：２３６７１、ＯＭＩＭ：６０５７３４、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ  Ｑ９ＵＩＫ５、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＦ１７９２７４、ＡＹ３５８９０７、ＣＡＦ８５７２３、ＣＱ７８２４３６、ＷＯ２００４／０７４３２０、ＪＰ２００４／１１３１５１、ＷＯ２００３／０４２６６１、ＷＯ２００３／００９８１４、ＥＰ１２９５９４４（６９〜７０頁）、ＷＯ２００２／３０２６８（３２９頁）、ＷＯ２００１／９０３０４、ＵＳ２００４／２４９１３０、ＵＳ２００４／０２２７２７、ＷＯ２００４／０６３３５５、ＵＳ２００４／１９７３２５、ＵＳ２００３／２３２３５０、ＵＳ２００４／００５５６３、ＵＳ２００３／１２４５７９、Ｈｏｒｉｅ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ６７：１４６−１５２、Ｕｃｈｉｄａ  ｅｔ  ａｌ（１９９９）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２６６：５９３−６０２、Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ（２０００）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６０：４９０７−１２、Ｇｌｙｎｎｅ−Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ（２００１）Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｏｃｔ  １５；９４（２）：１７８−８４。
（３７）ＰＭＥＬ１７（シルバーホモログ（ｓｉｌｖｅｒ  ｈｏｍｏｌｏｇ）、ＳＩＬＶ、Ｄ１２Ｓ５３Ｅ、ＰＭＥＬ１７、ＳＩ、ＳＩＬ）、ＭＥ２０、ｇｐ１００）ＢＣ００１４１４、ＢＴ００７２０２、Ｍ３２２９５、Ｍ７７３４８、ＮＭ＿００６９２８、ＭｃＧｌｉｎｃｈｅｙ，Ｒ．Ｐ．ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０６（３３），１３７３１−１３７３６、Ｋｕｍｍｅｒ，Ｍ．Ｐ．ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８４（４），２２９６−２３０６。
（３８）ＴＭＥＦＦ１（ＥＧＦ様ドメイン及び２つのフォリスタチン様ドメイン１を有する膜貫通タンパク質、トモレグリン１）、Ｈ７３６５、Ｃ９ｏｒｆ２、Ｃ９ＯＲＦ２、Ｕ１９８７８、Ｘ８３９６１、ＮＭ＿０８０６５５、ＮＭ＿００３６９２、Ｈａｒｍｓ，Ｐ．Ｗ．（２００３）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１７（２１），２６２４−２６２９、Ｇｅｒｙ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２２（１８）：２７２３−２７２７。
（３９）ＧＤＮＦ−Ｒａ１（ＧＤＮＦファミリー受容体アルファ１、ＧＦＲＡ１、ＧＤＮＦＲ、ＧＤＮＦＲＡ、ＲＥＴＬ１、ＴＲＮＲ１、ＲＥＴ１Ｌ、ＧＤＮＦＲ−アルファ１、ＧＦＲ−ＡＬＰＨＡ−１）、Ｕ９５８４７、ＢＣ０１４９６２、ＮＭ＿１４５７９３  ＮＭ＿００５２６４、Ｋｉｍ，Ｍ．Ｈ．ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２９（８），２２６４−２２７７、Ｔｒｅａｎｏｒ，Ｊ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ  ３８２（６５８６）：８０−８３。
（４０）Ｌｙ６Ｅ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｅ、Ｌｙ６７、ＲＩＧ−Ｅ、ＳＣＡ−２、ＴＳＡ−１）、ＮＰ＿００２３３７．１、ＮＭ＿００２３４６．２、ｄｅ  Ｎｏｏｉｊ−ｖａｎ  Ｄａｌｅｎ，Ａ．Ｇ．ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  １０３（６），７６８−７７４、Ｚａｍｍｉｔ，Ｄ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２２（３）：９４６−９５２。
（４１）ＴＭＥＭ４６（シサホモログ（ｓｈｉｓａ  ｈｏｍｏｌｏｇ）２（Ｘｅｎｏｐｕｓ  ｌａｅｖｉｓ）、ＳＨＩＳＡ２）、ＮＰ＿００１００７５３９．１、ＮＭ＿００１００７５３８．１、Ｆｕｒｕｓｈｉｍａ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．３０６（２），４８０−４９２、Ｃｌａｒｋ  Ｈ．Ｆ．，ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１３（１０）：２２６５−２２７０。
（４２）Ｌｙ６Ｇ６Ｄ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｇ６Ｄ、Ｌｙ６−Ｄ、ＭＥＧＴ１）、ＮＰ＿０６７０７９．２、ＮＭ＿０２１２４６．２、Ｍａｌｌｙａ，Ｍ．ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８０（１）：１１３−１２３、Ｒｉｂａｓ，Ｇ．ｅｔ  ａｌ（１９９９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６３（１）：２７８−２８７。
（４３）ＬＧＲ５（ロイシンリッチ反復含有Ｇタンパク質結合型受容体５、ＧＰＲ４９、ＧＰＲ６７）、ＮＰ＿００３６５８．１、ＮＭ＿００３６６７．２、Ｓａｌａｎｔｉ，Ｇ．ｅｔ  ａｌ．（２００９）Ａｍ．Ｊ．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ．１７０（５）：５３７−５４５、Ｙａｍａｍｏｔｏ，Ｙ．ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ３７（３）：５２８−５３３。
（４４）ＲＥＴ（ｒｅｔがん原遺伝子、ＭＥＮ２Ａ、ＨＳＣＲ１、ＭＥＮ２Ｂ、ＭＴＣ１、ＰＴＣ、ＣＤＨＦ１２、Ｈｓ．１６８１１４、ＲＥＴ５１、ＲＥＴ−ＥＬＥ１）、ＮＰ＿０６６１２４．１、ＮＭ＿０２０９７５．４、Ｔｓｕｋａｍｏｔｏ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ．１００（１０）：１８９５−１９０１、Ｎａｒｉｔａ，Ｎ．ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ２８（３４）：３０５８−３０６８。
（４５）ＬＹ６Ｋ（リンパ球抗原６複合物、遺伝子座Ｋ、ＬＹ６Ｋ、ＨＳＪ００１３４８、ＦＬＪ３５２２６）、ＮＰ＿０５９９９７．３、ＮＭ＿０１７５２７．３、Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｎ．ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６７（２４）：１１６０１−１１６１１、ｄｅ  Ｎｏｏｉｊ−ｖａｎ  Ｄａｌｅｎ，Ａ．Ｇ．ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  １０３（６）：７６８−７７４。
（４６）ＧＰＲ１９（Ｇタンパク質結合型受容体１９、Ｍｍ．４７８７）、ＮＰ＿００６１３４．１、ＮＭ＿００６１４３．２、Ｍｏｎｔｐｅｔｉｔ，Ａ．ａｎｄ  Ｓｉｎｎｅｔｔ，Ｄ．（１９９９）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１０５（１−２）：１６２−１６４、Ｏ’Ｄｏｗｄ，Ｂ．Ｆ．ｅｔ  ａｌ（１９９６）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．３９４（３）：３２５−３２９。
（４７）ＧＰＲ５４（ＫＩＳＳ１受容体、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＧＰＲ５４、ＨＯＴ７Ｔ１７５、ＡＸＯＲ１２）、ＮＰ＿１１５９４０．２、ＮＭ＿０３２５５１．４、Ｎａｖｅｎｏｔ，Ｊ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．７５（６）：１３００−１３０６、Ｈａｔａ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ（２００９）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２９（２）：６１７−６２３。
（４８）ＡＳＰＨＤ１（アスパラギン酸ベータヒドロキシラーゼドメイン含有１、ＬＯＣ２５３９８２）、ＮＰ＿８５９０６９．２、ＮＭ＿１８１７１８．３、Ｇｅｒｈａｒｄ，Ｄ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１４（１０Ｂ）：２１２１−２１２７。
（４９）チロシナーゼ（ＴＹＲ、ＯＣＡＩＡ、ＯＣＡ１Ａ、チロシナーゼ、ＳＨＥＰ３）、ＮＰ＿０００３６３．１、ＮＭ＿０００３７２．４、Ｂｉｓｈｏｐ，Ｄ．Ｔ．ｅｔ  ａｌ．（２００９）Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．４１（８）：９２０−９２５、Ｎａｎ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  １２５（４）：９０９−９１７。
（５０）ＴＭＥＭ１１８（ｒｉｎｇフィンガータンパク質、膜貫通２、ＲＮＦＴ２、ＦＬＪ１４６２７）、ＮＰ＿００１１０３３７３．１、ＮＭ＿００１１０９９０３．１、Ｃｌａｒｋ，Ｈ．Ｆ．ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１３（１０）：２２６５−２２７０、Ｓｃｈｅｒｅｒ，Ｓ．Ｅ．ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｎａｔｕｒｅ  ４４０（７０８２）：３４６−３５１。
（５１）ＧＰＲ１７２Ａ（Ｇタンパク質結合型受容体１７２Ａ、ＧＰＣＲ４１、ＦＬＪ１１８５６、Ｄ１５Ｅｒｔｄ７４７ｅ）、ＮＰ＿０７８８０７．１、ＮＭ＿０２４５３１．３、Ｅｒｉｃｓｓｏｎ，Ｔ．Ａ．ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１００（１１）：６７５９−６７６４、Ｔａｋｅｄａ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ（２００２）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．５２０（１−３）：９７−１０１。
（５２）シアル酸に結合する免疫グロブリン様レクチンファミリーのメンバーであるＣＤ３３は、６７ｋＤａのグリコシル化膜貫通タンパク質である。ＣＤ３３は、委任骨髄単球性前駆細胞及び赤血球前駆細胞に加えて、ほとんどの骨髄性白血病細胞及び単球性白血病細胞上で発現する。これは、最も初期の多能性幹細胞、成熟顆粒球、リンパ系細胞、または非造血系細胞には見られない（Ｓａｂｂａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８５）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．７５：７５６−５６、Ａｎｄｒｅｗｓ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８６）Ｂｌｏｏｄ  ６８：１０３０−５）。ＣＤ３３は、その細胞質尾部に２つのチロシン残基を含有し、これらの各々に、多くの阻害性受容体に見られる免疫受容体チロシン系阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）に類似する疎水性残基が続いている。
（５３）ＣＬＬ−１（ＣＬＥＣ１２Ａ、ＭＩＣＬ、及びＤＣＡＬ２）は、Ｃ型レクチン／Ｃ型レクチン様ドメイン（ＣＴＬ／ＣＴＬＤ）スーパーファミリーのメンバーをコードする。このファミリーのメンバーは、共通のタンパク質折り畳みを共有し、細胞接着、細胞間シグナル伝達、糖タンパク質ターンオーバー、ならびに炎症及び免疫応答における役割等の多様な機能を有する。この遺伝子によりコードされるタンパク質は、顆粒球及び単球の機能の負の制御因子である。この遺伝子のいくつかの代替的なスプライス転写物変異形が記載されているが、これらの変異形のうちのいくつかに関しては全長の性質が決定されていない。この遺伝子は、染色体１２ｐ１３上のナチュラルキラー遺伝子複合体領域内の他のＣＴＬ／ＣＴＬＤスーパーファミリーメンバーに緊密に結合している（Ｄｒｉｃｋａｍｅｒ  Ｋ（１９９９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．９（５）：５８５−９０、ｖａｎ  Ｒｈｅｎｅｎ  Ａ，ｅｔ  ａｌ．，（２００７）Ｂｌｏｏｄ  １１０（７）：２６５９−６６、Ｃｈｅｎ  ＣＨ，ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ  １０７（４）：１４５９−６７、Ｍａｒｓｈａｌｌ  ＡＳ，ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３６（８）：２１５９−６９、Ｂａｋｋｅｒ  ＡＢ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６４（２２）：８４４３−５０、Ｍａｒｓｈａｌｌ  ＡＳ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（１５）：１４７９２−８０２）。ＣＬＬ−１は、単一のＣ型レクチン様ドメイン（カルシウムまたは糖のいずれにも結合することが予測されていない）、ストーク領域、膜貫通ドメイン、及びＩＴＩＭモチーフを含有する短い細胞質尾部を含む、ＩＩ型膜貫通受容体であることが示されている。
【００７７】
抗体誘導体
本明細書に提供される抗体は、当該技術分野で既知であり、かつ容易に入手可能な追加の非タンパク質性部分を含有するようにさらに修飾され得る。抗体の誘導体化に好適な部分には、水溶性ポリマーが含まれるが、これに限定されない。水溶性ポリマーの非限定的な例には、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか）、及びデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、ならびにこれらの混合物が挙げられる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のため、製造時に有利であり得る。ポリマーは、任意の分子量のものであり得、分岐状または非分岐状であり得る。抗体に結合したポリマーの数は異なり得、１つより多くのポリマーが結合している場合、それらは同じ分子または異なる分子であり得る。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／または種類は、改善される抗体の特定の特性または機能、抗体誘導体が定義された条件下である療法に使用されるか等を含むが、これらに限定されない考慮すべき事項に基づいて決定され得る。
【００７８】
抗体及び非タンパク質性部分の複合体は、放射線への曝露により選択的に加熱することにより形成され得る。かかる複合体の非タンパク質性部分は、カーボンナノチューブであり得る（Ｋａｍ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０２：１１６００−６０５）。放射線は、任意の波長のものであり得、通常の細胞を傷つけないが、抗体−非タンパク質性部分に隣接する細胞が殺滅される温度まで非タンパク質性部分を加熱する波長を含むが、これらに限定されない。
【００７９】
「超可変領域」または「ＨＶＲ」という用語は、本明細書で使用される場合、配列中で超可変であり、及び／または構造的に定義されたループ（「超可変ループ」）を形成する、抗体可変ドメインの領域の各々を指す。一般に、天然４本鎖抗体は、６つのＨＶＲを含み、３つはＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）中にあり、３つはＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）中にある。ＨＶＲは一般に、超可変ループ及び／または「相補性決定領域」（ＣＤＲ）からのアミノ酸残基を含み、後者は、最も高い配列可変性を有し、及び／または抗原認識に関与する。例示的な超可変ループは、アミノ酸残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、９１〜９６（Ｌ３）、２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）、及び９６〜１０１（Ｈ３）において起こる（Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ，（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７）。例示的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の２４〜３４、Ｌ２の５０〜５６、Ｌ３の８９〜９７、Ｈ１の３１〜３５Ｂ、Ｈ２の５０〜６５、及びＨ３の９５〜１０２において生じる（Ｋａｂａｔ番号付け）。ＶＨ内のＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは一般に、超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲは、抗原と接触する残基である「特異性決定残基」または「ＳＤＲ」も含む。ＳＤＲは、短縮（ａｂｂｒｅｖｉａｔｅｄ）−ＣＤＲ、またはａ−ＣＤＲと呼ばれるＣＤＲの領域内に収容される。例示的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、及びａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の３１〜３４、Ｌ２の５０〜５５、Ｌ３の８９〜９６、Ｈ１の３１〜３５Ｂ、Ｈ２の５０〜５８、及びＨ３の９５〜１０２で起こる（Ａｌｍａｇｒｏ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３）。別途指定されない限り、ＨＶＲ残基及び可変ドメイン内の他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（上記参照）に従って本明細書で番号付けされる。
【００８０】
「単離された」抗体とは、その天然環境の構成成分から分離された抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動法（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動法）またはクロマトグラフィー（例えば、イオン交換もしくは逆相ＨＰＬＣ）法により決定される場合、９５％または９９％を超える純度に精製される。抗体純度の評定のための方法の概説に関して、例えばＦｌａｔｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ  ８４８：７９−８７を参照されたい。
【００８１】
「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、その集団を構成する個々の抗体は、同一であり、及び／または同じエピトープに結合するが、例えば、天然に存在する突然変異を含有するか、またはモノクローナル抗体調製物の産生中に発生する生じ得る変異形抗体を除き、かかる変異形は一般に、少量で存在する。異なる決定基（エピトープ）に対して指向される異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物内の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向される。それ故に、「モノクローナル」という修飾語は、実質的に同種の抗体の集団から得られるときの抗体の特徴を示しており、いかなる特定の方法による抗体の産生を必要とするものとして解釈されない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、及びヒト免疫グロブリン座の全てまたは部分を含有するトランスジェニック動物を活用する方法を含むが、これらに限定されない種々の技法により作製されてもよい。
【００８２】
「裸の抗体」は、異種性部分（例えば、細胞傷害性部分）または放射標識もしくは蛍光体に複合体化されていない抗体を指す。裸の抗体は、薬学的製剤中に存在し得る。
【００８３】
「天然抗体」とは、多様な構造を有する天然に存在する免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合されている２つの同一の軽鎖及び２つの同一の重鎖から構成される、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端まで、各重鎖は、可変重ドメイン（ｖａｒｉａｂｌｅ  ｈｅａｖｙ  ｄｏｍａｉｎ）または重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）を有し、その後に３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３）を有する。同様に、Ｎ末端からＣ末端まで、各軽鎖は、可変軽ドメイン（ｖａｒｉａｂｌｅ  ｌｉｇｈｔ  ｄｏｍａｉｎ）または軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）を有し、その後に定常軽（ＣＬ）ドメインを有する。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つの型うちの１つに割り当てられ得る。
【００８４】
多重特異性抗体
本明細書に提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体であり得る。本明細書に使用される「多重特異性抗体」という用語は、多重エピトープ特異性を有する（すなわち、１つの分子上の２つもしくはそれ以上の異なるエピトープに結合することができるか、または２つもしくはそれ以上の異なる分子上のエピトープに結合することができる）抗原結合ドメインを含む抗体を指す。
【００８５】
例としての実施形態において、多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる抗原結合部位に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体である（二重特異性抗体等）。多重特異性抗体の第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメインは、１つの同一分子内の２つのエピトープに結合してもよい（分子内結合）。例えば、多重特異性抗体の第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメインは、同じ分子上の２つの異なるエピトープに結合することができる。ある特定の実施形態において、多重特異性抗体が結合する２つの異なるエピトープは、通常、１つの単一特異性抗体、例えば、従来の抗体等、または１つの免疫グロブリン単一可変ドメインによって同時に結合されないエピトープである。多重特異性抗体の第１の抗原結合ドメイン及び第２の抗原結合ドメインは、２つの別個の分子内に位置するエピトープに結合してもよい（分子間結合）。例えば、多重特異性抗体の第１の抗原結合ドメインは、１つの分子上のあるエピトープに結合することができ、一方でその多重特異性抗体の第２の抗原結合ドメインは、異なる分子上の別のエピトープに結合することができ、それによって２つの分子が架橋され得る。
【００８６】
多重特異性抗体（二重特異性抗体等）の抗原結合ドメインは、２つのＶＨ／ＶＬユニットを含み、第１のＶＨ／ＶＬユニットは、第１のエピトープに結合し、第２のＶＨ／ＶＬユニットは、第２のエピトープに結合し、各ＶＨ／ＶＬユニットは、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）及び軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。かかる多重特異性抗体には、限定されないが、完全長抗体、２つ以上のＶＬ及びＶＨドメインを有する抗体、及び抗体断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、二重特異性ダイアボディ及びトリアボディ、共有結合または非共有結合された抗体断片等）が含まれる。重鎖可変領域の少なくとも一部分及び／または軽鎖可変領域の少なくとも一部分をさらに含むＶＨ／ＶＬ単位は、「アーム」または「ヘミマー」または「半抗体」とも称され得る。ヘミマーは、分子内ジスルフィド結合が第２のヘミマーと形成されることを可能にするのに十分な重鎖可変領域の一部分を含み得る。いくつかの実施形態では、ヘミマーは、例えば、相補的ホール突然変異またはノブ突然変異を含む第２のヘミマーまたは半抗体とのヘテロ二量体化を可能にする、ノブ突然変異またはホール突然変異を含む。ノブ突然変異及びホール突然変異は、以下で論じられる。
【００８７】
本明細書に提供される多重特異性抗体は、二重特異性抗体であり得る。本明細書に使用される「二重特異性抗体」という用語は、１つの分子上の２つの異なるエピトープに結合できるか、または２つの異なる分子上のエピトープに結合できる抗原結合ドメインを含む多重特異性抗体を指す。二重特異性抗体は、本明細書において、「二重特異性」を有するもの、または「二重特異性」であるとも称される。例示的な二重特異性抗体は、両方及び任意の他の抗原を結合し得る。結合特異性のうちの一方は、ＨＥＲ２に対するものであり、他方はＣＤ３に対するものであり得る。例えば、米国特許第５，８２１，３３７号を参照されたい。二重特異性抗体は、同じ分子の２つの異なるエピトープに結合し得る。二重特異性抗体は、２つの異なる分子上の２つの異なるエピトープに結合し得る。二重特異性抗体は、がん関連抗原を発現する細胞に細胞傷害性薬剤を局在化させるためにも使用され得る。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体断片として調製され得る。
【００８８】
多重特異性抗体を作製するための技法としては、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｃｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ  ３０５：５３７（１９８３）、ＷＯ９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．１０：３６５５（１９９１）を参照されたい）、ならびに「ノブ・イン・ホール」操作（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号、ＷＯ２００９／０８９００４、ＵＳ２００９／０１８２１２７、ＵＳ２０１１／０２８７００９、Ｍａｒｖｉｎ  ａｎｄ  Ｚｈｕ，Ａｃｔａ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｉｎ．（２００５）２６（６）：６４９−６５８、及びＫｏｎｔｅｒｍａｎｎ（２００５）Ａｃｔａ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｉｎ．，２６：１−９を参照されたい）が挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用される「ノブ・イントゥ・ホール」または「ＫｎＨ」技術という用語は、２つのポリペプチドを、それらが相互作用する界面で一方のポリペプチドに隆起（ノブ）を導入し、他方のポリペプチドに空洞（ホール）を導入することによって、インビトロまたはインビボで一緒に対合することを誘導する技術を指す。例えば、ＫｎＨは、抗体のＦｃ：Ｆｃ結合界面、ＣＬ：ＣＨ１界面、またはＶＨ／ＶＬ界面に導入されている（例えば、ＵＳ２０１１／０２８７００９、ＵＳ２００７／０１７８５５２、ＷＯ９６／０２７０１１、ＷＯ９８／０５０４３１、Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ６：７８１−７８８、及びＷＯ２０１２／１０６５８７を参照されたい）。いくつかの実施形態では、ＫｎＨにより、多重特異性抗体の製造中に２つの異なる重鎖を一緒に対合することが駆動される。例えば、Ｆｃ領域内にＫｎＨを有する多重特異性抗体は、各Ｆｃ領域に結合された単一の可変ドメインをさらに含み得るか、または同様のもしくは異なる軽鎖可変ドメインと対合する異なる重鎖可変ドメインをさらに含み得る。ＫｎＨ技術を使用して、２つの異なる受容体細胞外ドメインを一緒に、または異なる標的認識配列（例えば、アフィボディ（ａｆｆｉｂｏｄｙ）、ペプチボディ（ｐｅｐｔｉｂｏｄｙ）、及び他のＦｃ融合物を含む）を含む任意の他のポリペプチド配列を対合することもできる。
【００８９】
本明細書で使用される「ノブ突然変異」という用語は、ポリペプチドが別のポリペプチドと相互作用する界面で隆起（ノブ）をポリペプチドに導入する突然変異を指す。いくつかの実施形態において、他のポリペプチドは、ホール突然変異を有する。本明細書で使用される「ホール突然変異」という用語は、ポリペプチドが別のポリペプチドと相互作用する界面で空洞（ホール）をポリペプチドに導入する突然変異を指す。いくつかの実施形態において、他のポリペプチドは、ノブ突然変異を有する。
【００９０】
「隆起」とは、第１のポリペプチドの界面から突出し、したがって、隣接界面（すなわち、第２のポリペプチドの界面）の補償空洞内に位置付け可能となり、これにより、例えば、ヘテロ多量体を安定させ、それによりホモ多量体形成よりもヘテロ多量体形成が好都合になる、少なくとも１つのアミノ酸側鎖を指す。隆起は、元々の界面内に存在してもよく、または、合成により（例えば、界面をコードする核酸を改変することによって）導入してもよい。一部の実施形態では、第１のポリペプチドの界面をコードする核酸を、隆起をコードするように改変する。これを達成するために、第１のポリペプチドの界面の少なくとも１つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸が、元のアミノ酸残基よりも大きい側鎖体積を有する少なくとも１つの「移入」アミノ酸残基をコードする核酸で置き換えられる。２つ以上の元の残基及び対応する移入残基が存在し得る。様々なアミノ残基の側鎖体積は、例えば、ＵＳ２０１１／０２８７００９の表１に示される。「隆起」を導入する突然変異は、「ノブ突然変異」と称され得る。
【００９１】
隆起の形成のための移入残基は、アルギニン（Ｒ）、フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、及びトリプトファン（Ｗ）から選択される天然に存在するアミノ酸残基である。移入残基は、トリプトファンまたはチロシンである。隆起の形成のための元の残基は、アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、セリン、トレオニン、またはバリン等の小さい側鎖体積を有し得る。
【００９２】
「空洞」とは、第２のポリペプチドの界面から凹んでおり、それ故に隣接する第１のポリペプチドの界面上の対応する隆起を収容する少なくとも１つのアミノ酸側鎖を指す。空洞は、元の界面に存在し得るか、または合成的に（例えば、界面をコードする核酸を改変することによって）導入され得る。いくつかの実施形態において、第２のポリペプチドの界面をコードする核酸は、空洞をコードするように改変する。これを達成するために、第２のポリペプチドの界面の少なくとも１つの「元の」アミノ酸残基をコードする核酸が、元のアミノ酸残基よりも小さい側鎖体積を有する少なくとも１つの「移入」アミノ酸残基をコードするＤＮＡで置き換えられる。２つ以上の元の残基及び対応する移入残基が存在し得ることが理解される。空洞の形成のための移入残基は、アラニン（Ａ）、セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、及びバリン（Ｖ）から選択される、天然に存在するアミノ酸残基であり得る。移入残基は、セリン、アラニン、またはトレオニンであり得る。いくつかの実施形態において、空洞の形成のための元の残基は、チロシン、アルギニン、フェニルアラニン、またはトリプトファン等の大きい側鎖体積を有する。「空洞」を導入する突然変異は、「ホール突然変異」と称され得る。
【００９３】
隆起は、空洞内で「位置付け可能」であり、これは、それぞれ、第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドの界面の隆起及び空洞の空間的位置、ならびに隆起及び空洞の大きさが、界面での第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの正常な会合を著しく乱すことなく隆起が空洞内に位置し得るようなものであることを意味する。Ｔｙｒ、Ｐｈｅ、及びＴｒｐ等の隆起は、典型的に界面の軸から垂直に延出せず、好ましい構造を有さないため、対応する空洞を有する隆起のアラインメントは、場合によっては、Ｘ線結晶学または核磁気共鳴（ＮＭＲ）によって得られるもの等の３次元構造に基づいて、隆起／空洞の対をモデル化することに依存する。これは、当該技術分野で広く受け入れられている技法を使用して達成され得る。
【００９４】
ＩｇＧ１定常領域内の例示的なノブ突然変異は、Ｔ３６６Ｗ（ＥＵ番号付け）である。ＩｇＧ１定常領域内の例示的なホール突然変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）から選択される１つ以上の突然変異を含み得る。ＩｇＧ１定常領域内の例示的なホール突然変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）を含み得る。
【００９５】
ＩｇＧ４定常領域内の例示的なノブ突然変異は、Ｔ３６６Ｗ（ＥＵ番号付け）である。ＩｇＧ４定常領域内の例示的なホール突然変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）から選択される１つ以上の突然変異を含み得る。ＩｇＧ４定常領域内の例示的なホール突然変異は、Ｔ３６６Ｓ、Ｌ３６８Ａ、及びＹ４０７Ｖ（ＥＵ番号付け）を含む。
【００９６】
参照ポリペプチド配列に対する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」は、配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入して、最大配列同一性パーセントを達成した後、及びいずれの保存的置換も配列同一性の一部として考慮せずに、参照ポリペプチド配列におけるアミノ酸残基と同一である候補配列におけるアミノ酸残基の割合と定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定するための整列は、当業者が備えている技能の範囲内の様々な方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェア等の公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して達成され得る。当業者であれば、比較される配列の全長にわたる最大整列を達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含む、配列の整列に適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本開示の目的のために、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって記述され、ソースコードは、ユーザ文書と共に米国著作権庁（Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ  Ｏｆｆｉｃｅ），Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．，２０５５９に提出されており、米国著作権番号ＴＸＵ５１００８７の下に登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆ．から公的に入手可能であるか、またはソースコードからコンパイルされ得る。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムにより設定されており、変動しない。
【００９７】
アミノ酸配列比較のためにＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況下で、所与のアミノ酸配列Ａの、所与のアミノ酸配列Ｂへの、所与のアミノ酸配列Ｂとの、または所与のアミノ酸配列Ｂに対するアミノ酸配列同一性％（代替的に、所与のアミノ酸配列Ｂへの、所与のアミノ酸配列Ｂとの、または所与のアミノ酸配列Ｂに対するある特定のアミノ酸配列同一性％を有するか、または含む所与のアミノ酸配列Ａと表現され得る）は、以下のように計算される：１００×分数Ｘ／Ｙ、式中、Ｘは、配列整列プログラムＡＬＩＧＮ−２によりそのプログラムのＡとＢとの整列において完全な一致とスコア化されるアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂ内のアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢに対するアミノ酸配列同一性％が、ＢのＡに対するアミノ酸配列同一性％と等しくないことが理解される。別途具体的に明記されない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性％値は、直前の段落に記載されるようにＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して得られる。
【００９８】
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、抗体の抗原への結合に関与する抗体の重鎖または軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン（それぞれ、ＶＨ及びＶＬ）は一般に、類似の構造を有し、各ドメインが４つの保存フレームワーク領域（ＦＲ）及び３つの超可変領域（ＨＶＲ）を含む。例えば、Ｋｉｎｄｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｋｕｂｙ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ  ｅｄ．，Ｗ．Ｈ．  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．，ｐａｇｅ  ９１（２００７）を参照されたい。単一のＶＨドメインまたはＶＬドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、ＶＨドメインまたはＶＬドメインを使用して抗原に結合する抗体から単離されて、それぞれ、相補的ＶＬドメインまたはＶＨドメインのライブラリをスクリーニングすることができる（Ｐｏｒｔｏｌａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：８８０−８８７、Ｃｌａｒｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８）。
【００９９】
「腫瘍関連抗原」（ＴＡＡ）は、上記に提供されている例示的なＴＡＡの一覧に提供されているように当該技術分野で既知であり、当該技術分野で周知の方法及び情報を使用してヒトまたはヒト化抗体を産生するのに使用するために調製され得る。がんの診断及び療法のための有効な細胞標的を発見するための試みにおいて、研究者らは、１つ以上の正常な非がん性細胞（複数可）と比較して、１つ以上の特定の種類（複数可）のがん細胞の表面上に特異的に発現する膜貫通ポリペプチドまたは他の様式で腫瘍に関連するポリペプチドを特定しようとした。しばしば、かかる腫瘍関連ポリペプチドは、非がん性細胞の表面上と比較して、がん細胞の表面上でより豊富に発現する。かかる腫瘍関連細胞表面の抗原ポリペプチドの特定により、抗体に基づく療法を介してがん細胞の破壊のために特異的に標的化する能力が生じた。ＴＡＡの例には、米国特許第８，６７９，７６７号及び同第８，５４１，１７８号に記載されているものが挙げられるが、これらに限定されず、これらは、本明細書に明示的に組み込まれる。
【０１００】
本開示の方法で有用なＡＤＣの抗体構成成分は、例えば、ＵＳ４，８１６，５６７に記載されているように、組換え方法及び組成物を使用して産生され得る。本明細書に記載されるかかる抗体をコードする単離核酸が提供される。かかる核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び／または抗体のＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／または重鎖）をコードし得る。かかる核酸を含む１つ以上のベクター（例えば、発現ベクター）も提供される。かかる核酸を含む宿主細胞も提供される。宿主細胞は、（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、または（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第１のベクター、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２のベクターを含み得る（例えば、それらで形質転換されている）。宿主細胞は、真核細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）であり得る。それ故に、抗体を作製する方法が提供され、本方法は、上述される抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を、抗体の発現に好適な条件下で培養することと、任意に、抗体を宿主細胞（または宿主細胞培養培地）から回収することとを含む。
【０１０１】
抗体の組換え産生に関しては、抗体をコードする核酸が単離され、宿主細胞内でのさらなるクローニング及び／または発現のために、１つ以上のベクター中に挿入され得る。かかる核酸は、従来の手順を使用して（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することにより）、容易に単離され、配列決定され得る。
【０１０２】
抗体をコードするベクターのクローニングまたは発現に好適な宿主細胞には、原核生物細胞または真核生物細胞が含まれる。例えば、抗体は、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合に、細菌中で産生され得る。細菌中での抗体断片及びポリペプチドの発現に関しては、例えば、ＵＳ５６４８２３７、ＵＳ５７８９１９９、ＵＳ５８４０５２３、Ｃｈａｒｌｔｏｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｅ．ｃｏｌｉにおける抗体断片の発現を記載する、Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，（２００３），ｐｐ．２４５−２５４）を参照されたい。発現後、抗体は、可溶性画分中で細菌細胞ペーストから単離され得、さらに精製され得る。
【０１０３】
原核生物に加えて、糸状菌または酵母等の真核微生物は、抗体をコードするベクターに好適なクローニングまたは発現宿主であり、そのグリコシル化経路が「ヒト化」されており、部分的または完全なヒトグリコシル化パターンを有する抗体の産生をもたらす、真菌株及び酵母株を含む（Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ，（２００４）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２２：１４０９−１４１４、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２４：２１０−２１５）。
【０１０４】
グリコシル化抗体の発現に好適な宿主細胞は、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）にも由来する。無脊椎動物細胞の例には、植物細胞及び昆虫細胞が含まれる。特にＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションのために昆虫細胞と併せて使用され得る、多数のバキュロウイルス株が特定されている。
【０１０５】
植物細胞培養物は、宿主としても利用され得る（トランスジェニック植物において抗体を産生するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術を記載している、米国特許第５，９５９，１７７号、米国特許第６，０４０，４９８号、米国特許第６，４２０，５４８号、米国特許第７，１２５，９７８号、米国特許第６，４１７，４２９号）。
【０１０６】
脊椎動物細胞も宿主として使用することができる。例えば、懸濁液中で成長するように適合される哺乳動物細胞株が、有用であり得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０により形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７）；ヒト胚性腎臓株（例えば、Ｇｒａｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．（１９７７，Ｊ．Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ．３６：５９）に記載されているような２９３または２９３細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えば、Ｍａｔｈｅｒ，（１９８０）Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．２３：２４３−２５１に記載されているようなＴＭ４細胞）；サル腎臓細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頸癌種細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ、バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝臓細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２）；マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；例えば、Ｍａｔｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｎａｌｓ  Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．３８３：４４−６８に記載されているようなＴＲ１細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株は、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７７：４２１６）を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ならびにＹ０、ＮＳ０、及びＳｐ２／０等の骨髄腫細胞株を含む。抗体産生に好適なある特定の哺乳動物宿主細胞株の概説に関しては、例えば、Ｙａｚａｋｉ  ａｎｄ  Ｗｕ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．），ｐｐ．２５５−２６８（２００３）に提供されている。
【０１０７】
ＡＤＣの抗体構成成分は、それらの物理的／化学的特性及び／または生物学的活性に関して、当該技術分野で既知の様々なアッセイにより、特定され、スクリーニングされ、または特徴付けられ得る。抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット等の既知の方法により、その抗原結合活性に関して試験され得る。抗原への結合に関して別の既知の抗体と競合する抗体を特定するために、競合アッセイも使用され得る。競合抗体は、既知の抗体により結合されるのと同じエピトープ（例えば、線状または立体構造エピトープ）に結合し得る。抗体が結合するエピトープをマッピングするための詳細な例示的な方法が、Ｍｏｒｒｉｓ（１９９６）“Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｍａｐｐｉｎｇ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，”ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．６６（Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．）に提供されている。
【０１０８】
部位特異的ＡＤＣを形成する例示的な抗体には、トラスツズマブ、オクレリズマブ、ペルツズマブ、抗ＰＤ１、抗ＰＤ−Ｌ１、抗ニューロピリン−１、抗ＭＵＣ１６、リツキシマブ、抗メソテリン、抗ＬＹ６Ｅ、抗ＳＴＥＡＰ１、抗ＦｃＲＨ５、抗ＣＤ２２、抗Ｂ７Ｈ４、抗ＬＧＲ５、抗ＣＤ７９ｂ、及び抗Ｎａｐｉ２ｂを含み得るが、これらに限定されない。
【０１０９】
ＡＤＣの薬物構成成分を形成する薬物部分は、リンカー単位により抗体に共有結合して、標的療法効果のための抗体−薬物複合体を形成し得る。ＡＤＣ化合物の例示的な実施形態は、例えば、腫瘍細胞を標的化する抗体（Ａｂ）と、細胞傷害性薬物部分または細胞増殖抑制性薬物部分（Ｄ）と、ＡｂをＤに結合させるリンカー部分（Ｌ）とを含む。本抗体は、リンカー部分（Ｌ）により、リジン及びシステイン等の１つ以上のアミノ酸残基を通してＤに結合し、本組成物は、式：Ａｂ−（Ｌ−Ｄ）ｐを有し、式中、ｐは、１〜約２０、または約２〜約５である。反応性リンカー部分を介して抗体分子に複合体化され得る薬物部分の数は、抗体中に存在するか、もしくは本明細書に記載される方法により導入され得る遊離システイン残基を含むシステイン残基、または抗体の鎖間ジスルフィド結合を形成する天然システインの数により限定され得る。
【０１１０】
ＡＤＣの薬物部分（Ｄ）は、任意の療法化合物、部分、または基、特に細胞傷害性効果もしくは細胞増殖抑制性効果を有する基を含み得る。例示的な薬物部分は、チューブリン結合、ＤＮＡ結合またはインターカレーション、ならびにＲＮＡポリメラーゼ、タンパク質合成、及びトポイソメラーゼの阻害を含むが、これらに限定されない機序により、かかる細胞傷害性効果及び細胞増殖抑制性効果を付与し得る。いくつかの細胞傷害性薬物は、大きな抗体またはタンパク質受容体リガンドに複合体化されると、不活性になるか、または活性がより低減される傾向がある。例示的な薬物部分として、ペプチド（環状ペプチド、ベータペプチド、安定なペプチド、及びシステインノットペプチド等の１つ以上の非天然アミノ酸を含む治療用ペプチドを含む）、ポリアミド、マイタンシノイド、ドラスタチン、オーリスタチン、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）、ＰＮＵ−１５９６８２、アントラサイクリン、デュオカルマイシン、ビンカアルカロイド、タキサン、トリコテセン、ＣＣ１０６５、デュオカルマイシン、カンプトテシン、エリナフィド、リファマイシンまたはリファマイシン類似体を含む抗生物質、フルオロフォア、放射性同位体、ならびに細胞傷害性活性を有するこれらの薬物の誘導体を含む、それらの立体異性体、イソスター（ｉｓｏｓｔｅｒｅｓ）、代謝物、類似体、または誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１１１】
Ｆｃ領域変異体
１つ以上のアミノ酸修飾が本明細書に提供される部位特異的ＡＤＣを形成する抗体のＦｃ領域に導入され、それによりＦｃ領域変異形が産生され得る。Ｆｃ領域変異形は、１つ以上のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４Ｆｃ領域）を含み得る。
【０１１２】
本発明は、全てではないが、いくつかのエフェクター機能を有することにより、インビボでの抗体の半減期が重要であるが、ある特定のエフェクター機能（補体及びＡＤＣＣ等）が不要または有害である用途に望ましい候補となる抗体変異体を企図する。インビトロ及び／またはインビボ細胞傷害性アッセイを行って、ＣＤＣ及び／またはＡＤＣＣ活性の低減／欠乏が確認され得る。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行して、抗体がＦｃγＲ結合を欠く（故にＡＤＣＣ活性を欠く可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確実にすることができる。ＡＤＣＣを媒介するための初代細胞であるＮＫ細胞が、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現する一方で、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ  ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２（１９９１）の４６４頁表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ．ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８３：７０５９−７０６３（１９８６）を参照されたい）及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：１４９９−１５０２（１９８５）、第５，８２１，３３７号（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ，Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６６：１３５１−１３６１（１９８７）を参照されたい）に記載されている。代替的に、非放射性アッセイ法を用いてもよい（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ、及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を参照されたい）。かかるアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。代替的に、または追加的に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されるもの等の動物モデルにおいて、インビボで評価されてもよい。Ｃ１ｑ結合アッセイを実行して、抗体がＣ１ｑに結合することができず、故にＣＤＣ活性を欠くことを確認することもできる。例えば、ＷＯ２００６／０２９８７９及びＷＯ２００５／１００４０２におけるＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照されたい。補体活性化を評定するために、ＣＤＣアッセイが行われ得る（例えば、Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０２：１６３（１９９６）、Ｃｒａｇｇ，Ｍ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ  １０１：１０４５−１０５２（２００３）、及びＣｒａｇｇ，Ｍ．Ｓ．ａｎｄ  Ｍ．Ｊ．Ｇｌｅｎｎｉｅ，Ｂｌｏｏｄ  １０３：２７３８−２７４３（２００４）を参照されたい）。ＦｃＲｎ結合及びインビボクリアランス／半減期決定も、当該技術分野で既知の方法を使用して行われ得る（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ，Ｓ．Ｂ．ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９−１７６９（２００６）を参照されたい）。
【０１１３】
新生児Ｆｃ受容体へのＩｇＧ結合を増加させるために、１つ以上のアミノ酸修飾が、抗体のＦｃ部分に導入されてもよい。本抗体は、ＥＵ番号付けに従う以下の３つの突然変異、すなわちＭ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、及びＴ２５６Ｅ（「ＹＴＥ突然変異」を含む（米国特許第８，６９７，６５０号、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２８１（３３）：２３５１４−２３５２４（２００６）も参照されたい）。ＹＴＥ突然変異は、抗体がその同族抗原に結合する能力に影響を及ぼさない。ＹＴＥ突然変異は、抗体の血清半減期を、天然（すなわち、非ＹＴＥ突然変異体）抗体と比較して増加させ得る。ＹＴＥ突然変異は、抗体の血清半減期を、天然（すなわち、非ＹＴＥ突然変異体）抗体と比較して２〜１０倍増加させ得る。例えば、米国特許第８，６９７，６５０号を参照されたい。また、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２８１（３３）：２３５１４−２３５２４（２００６）も参照されたい。
【０１１４】
ＹＴＥ突然変異体は、抗体のＡＤＣＣ活性を調節する手段を提供し得る。ＹＴＥＯ突然変異体は、ヒト抗原に対して指向されるヒト化ＩｇＧ抗体のＡＤＣＣ活性を調節する手段を提供し得る。例えば、米国特許第８，６９７，６５０号を参照されたい。また、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２８１（３３）：２３５１４−２３５２４（２００６）も参照されたい。
【０１１５】
ＹＴＥ変異体は、血清半減期、組織分布、及び抗体活性（例えば、ＩｇＧ抗体のＡＤＣＣ活性）の同時調節を可能にし得る。例えば、米国特許第８，６９７，６５０号を参照されたい。また、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００６）２８１（３３）：２３５１４−２４も参照されたい。
【０１１６】
エフェクター機能が低下した抗体には、ＥＵ番号付けに従うＦｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、及び３２９のうちの１つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６，７３７，０５６号）。かかるＦｃ突然変異体には、ＥＵ番号付けに従うアラニンへの残基２６５及び２９７の置換（すなわち、ＥＵ番号付けに従うＤ２６５Ａ及びＮ２９７Ａ）を有する、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ突然変異体を含む、ＥＵ番号付けに従うアミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７、及び３２７のうちの２つ以上において置換を有するＦｃ突然変異体が含まれる（米国特許第７，３３２，５８１号）。ある特定の実施形態において、Ｆｃ突然変異体は、以下の２つのアミノ酸置換、すなわちＤ２６５Ａ及びＮ２９７Ａを含む。ある特定の実施形態において、Ｆｃ突然変異体は、以下の２つのアミノ酸置換、すなわちＤ２６５Ａ及びＮ２９７Ａからなる。
【０１１７】
野生型ヒトＦｃ領域の３２９位（ＥＵ番号付け）（Ｐ３２９）におけるプロリンは、グリシンもしくはアルギニン、またはＦｃのＰ３２９とＦｃｇＲＩＩＩのトリプトファン残基Ｗ８７及びＷ１１０との間に形成されるＦｃ／Ｆｃγ受容体界面内でプロリンサンドイッチを破壊するのに十分に大きいアミノ酸残基で置換され得る（Ｓｏｎｄｅｒｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．：Ｎａｔｕｒｅ  ４０６，２６７−２７３（２０  Ｊｕｌｙ  ２０００））。さらなる一実施形態において、Ｆｃ変異形内の少なくとも１つのさらなるアミノ酸置換は、Ｓ２２８Ｐ、Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｄ、またはＰ３３１Ｓであり、さらに別の実施形態において、上記の少なくとも１つのさらなるアミノ酸置換は、ヒトＩｇＧ１  Ｆｃ領域のＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ、またはヒトＩｇＧ４  Ｆｃ領域のＳ２２８Ｐ及びＬ２３５Ｅであり、全てＥＵ番号付けに従う（その全体が参照により組み込まれる、ＵＳ８９６９５２６）。
【０１１８】
ポリペプチドは、野生型ヒトＩｇＧ  Ｆｃ領域のＦｃ変異形を含み、このポリペプチドは、グリシンで置換されたヒトＩｇＧ  Ｆｃ領域のＰ３２９を有し、Ｆｃ変異形は、ヒトＩｇＧ１  Ｆｃ領域のＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ、またはヒトＩｇＧ４  Ｆｃ領域のＳ２２８Ｐ及びＬ２３５Ｅにおいて少なくとも２つのさらなるアミノ酸置換を含み、残基は、ＥＵ番号付けに従って番号付けされる（参照により組み込まれる、ＵＳ８９６９５２６）。Ｐ３２９Ｇ、Ｌ２３４Ａ、及びＬ２３５Ａ（ＥＵ番号付け）置換を含むポリペプチドでは、野生型ヒトＩｇＧ  Ｆｃ領域を含むポリペプチドによりＡＤＣＣが少なくともその２０％に下方調節される場合、及び／またはＡＤＣＰが下方調節される場合は、ヒトＦｃγＲＩＩＩＡ及びＦｃγＲＩＩＡに対する親和性の低下が示され得る（参照により組み込まれる、米国特許第８，９６９，５２６号）。
【０１１９】
野生型ヒトＦｃポリペプチドのＦｃ変異形を含むポリペプチドは、三重突然変異、ＥＵ番号付け（Ｐ３２９／ＬＡＬＡ）に従いＰｒｏ３２９、Ｌ２３４Ａ、及びＬ２３５Ａ位にアミノ酸置換を含み得る（ＵＳ８９６９５２６、参照によりその全体が組み込まれる）。例としての実施形態において、ポリペプチドは、以下のアミノ酸置換、すなわち、ＥＵ番号付けに従いＰ３２９Ｇ、Ｌ２３４Ａ、及びＬ２３５Ａを含む。
【０１２０】
ＦｃＲへの結合が改善または低減されたある特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、ＵＳ６，７３７，０５６、ＷＯ２００４／０５６３１２、及びＳｈｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１−６６０４（２００１）を参照されたい。）
【０１２１】
抗体変異形は、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８位、３３３位、及び／または３３４位（ＥＵ番号付け）での置換を有するＦｃ領域を含み得る。
【０１２２】
改変は、例えば、ＵＳ６１９４５５１、ＷＯ９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４に記載されているように、改変された（すなわち、改善または低減された）Ｃ１ｑ結合及び／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）をもたらすＦｃ領域で行われ得る。
【０１２３】
母体ＩｇＧの胎児への移入に関与する、半減期が増加し、かつ新生児型Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体（Ｇｕｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））は、ＵＳ２００５／００１４９３４に記載されている。それらの抗体は、Ｆｃ領域のＦｃＲｎへの結合を改善する１つ以上の置換を有するＦｃ領域を含む。かかるＦｃ変異形には、Ｆｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、または４３４のうちの１つ以上における置換、例えば、ＥＵ番号付けに従うＦｃ領域残基４３４の置換（ＵＳ７３７１８２６）を有するものが含まれる。Ｆｃ領域変異形の他の例に関して、Ｄｕｎｃａｎ＆Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  ３２２：７３８−４０（１９８８）、ＵＳ５６４８２６０、ＵＳ５６２４８２１、及びＷＯ９４／２９３５１も参照されたい。
【０１２４】
システイン操作抗体変異形
抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作抗体、例えば、「ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体」を作製することが望ましい場合がある。特定の実施形態では、置換された残基は、抗体の到達可能な部位で生じる。それらの残基をシステインで置換することによって、反応性のチオール基は、抗体の到達可能な部位に位置付けられ、それを使用して、抗体を、薬物部分またはリンカー−薬物中間体等の他の部分に複合体化して、本明細書にさらに記載される、免疫複合体を作成してもよい。ある特定の実施形態において、次の残基、すなわち軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）、重鎖のＡ１４０（ＥＵ番号付け）、重鎖のＬ１７４（ＥＵ番号付け）、重鎖のＹ３７３（ＥＵ番号付け）、軽鎖のＫ１４９（Ｋａｂａｔ番号付け）、重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）、及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）のうちの任意の１個以上が、システインで置換されてもよい。特定の実施形態において、本明細書に記載される抗体は、ＨＣ−Ａ１４０Ｃ（ＥＵ番号付け）システイン置換を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される抗体は、ＬＣ−Ｋ１４９Ｃ（Ｋａｂａｔ番号付け）システイン置換を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載される抗体は、ＨＣ−Ａ１１８Ｃ（ＥＵ番号付け）システイン置換を含む。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号、第９，０００，１３０号に記載されるように生成され得る。
【０１２５】
抗体は、以下の重鎖システイン置換のうちの１つを含み得る。
2019519769.tif 000003
抗体は、以下の軽鎖システイン置換のうちの１つを含み得る。
2019519769.tif 000004
【０１２６】
リンカー
「リンカー」（Ｌ）は、１つ以上の薬物部分（Ｄ）を抗体（Ａｂ）に結合させて、式ＩのＡＤＣを形成させるために使用することができる、二機能性または多機能性部分である。いくつかの実施形態において、ＡＤＣは、薬物に及び抗体に共有結合するための反応性官能基を有するリンカーを使用して調製することができる。例えば、いくつかの実施形態において、システイン操作抗体（Ａｂ）のシステインチオールは、リンカーの反応性官能基または薬物−リンカー中間体と結合を形成して、ＡＤＣを作製することができる。
【０１２７】
リンカーは、抗体上に存在する遊離システインと反応して、共有ジスルフィド結合を形成することができる官能性を有し得る（例えば、Ｋｌｕｓｓｍａｎ，ｅｔ  ａｌ（２００４），Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １５（４）：７６５−７７３の７６６頁の複合体化方法、及び本明細書中の実施例を参照されたい）。
【０１２８】
例示的なスペーサ構成成分としては、バリン−シトルリン（「ｖａｌ−ｃｉｔ」または「ｖｃ」）、アラニン−フェニルアラニン（「ａｌａ−ｐｈｅ」）、及びｐ−アミノベンジルオキシカルボニル（「ＰＡＢ」）が挙げられる。様々なリンカー構成成分が当技術分野において既知である。
【０１２９】
リンカーは、抗体上に存在する遊離システインと反応して共有結合を形成することが可能である官能性を有し得る。非限定的で例示的なかかる反応性官能基には、マレイミド、ハロアセトアミド、α−ハロアセチル、コハク酸イミドエステル、４−ニトロフェニルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、テトラフルオロフェニルエステル等の活性化エステル、無水物、酸塩化物、塩化スルホニル、イソシアン酸塩、及びイソチオシアン酸塩が挙げられる。例えば、Ｋｌｕｓｓｍａｎ，ｅｔ  ａｌ（２００４），Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １５（４）：７６５−７７３の７６６頁における複合方法、及びその中の実施例を参照されたい。
【０１３０】
リンカーは、抗体上に存在する求電子基と反応することが可能である官能性を有し得る。かかる求電子基の例には、アルデヒド基及びケトンカルボニル基が含まれるが、これらに限定されない。リンカーの反応性官能基のヘテロ原子が、抗体上の求電子基と反応して抗体単位との共有結合を形成することができる。かかる反応性官能基の非限定的な例には、ヒドラジド、オキシム、アミノ、ヒドラジン、チオセミカルバゾン、ヒドラジンカルボン酸塩、及びアリールヒドラジドが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３１】
リンカーは、１つ以上のリンカー構成成分を含んでもよい。例示的なリンカー構成成分には、６−マレイミドカプロイル（「ＭＣ」）、マレイミドプロパノイル（「ＭＰ」）、バリン−シトルリン（「ｖａｌ−ｃｉｔ」または「ｖｃ」）、アラニン−フェニルアラニン（「ａｌａ−ｐｈｅ」）、ｐ−アミノベンジルオキシカルボニル（「ＰＡＢ」）、Ｎ−コハク酸イミジル４−（２−ピリジルチオ）ペンタン酸塩（「ＳＰＰ」）、及び４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１カルボン酸塩（「ＭＣＣ」）が含まれる。種々のリンカー構成成分が当該技術分野で知られており、このうちのいくつかが以下に記載される。
【０１３２】
リンカーは、薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であってもよい。非限定的で例示的な切断可能なリンカーには、酸不安定性リンカー（例えば、ヒドラゾンを含む）、プロテアーゼ感受性（例えば、ペプチダーゼ感受性）リンカー、感光性リンカー、またはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５２：１２７−１３１（１９９２）、ＵＳ５２０８０２０）が挙げられる。
【０１３３】
リンカーは、ジスルフィド基と薬物部分との間に１つ以上のスペーサ単位を含んでもよい。一実施例は、以下の式を有するリンカーを含み、
2019519769.tif 000005
式中、Ａは、「ストレッチャー（ｓｔｒｅｔｃｈｅｒ）単位」であり、ａは、０〜１の整数であり、Ｗは、「アミノ酸単位」であり、ｗは、０〜１２の整数であり、Ｙは「スペーサ単位」であり、ｙは、０、１、または２であり、Ａｂ、Ｄ、及びｐは上記式Ｉで定義されるものである。かかるリンカーの例示的な実施形態は、米国特許第７，４９８，２９８号に記載され、それは参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
【０１３４】
リンカー構成成分は、抗体を別のリンカー構成成分にまたは薬物部分に結合させる「ストレッチャー単位」を含み得る。例示的なストレッチャー単位は、以下に示される（ここで波線は、抗体、薬物、または追加のリンカー構成成分への共有結合の部位を示す）。
2019519769.tif 000006
【０１３５】
リンカーは、ＷＯ２０１５／０９５２２７、ＷＯ２０１５／０９５１２４、またはＷＯ２０１５／０９５２２３に記載されるもの等のペプチド模倣体リンカーであってもよく、これらの文書は参照により本明細書に組み込まれる。
【０１３６】
薬物部分
本発明の部位特異的ＡＤＣ化合物は、以下を含む、１つ以上の薬物部分に複合体化された抗体を含む。
【０１３７】
マイタイシン及びマイタンシノイド
いくつかの実施形態において、ＡＤＣは、１つ以上のマイタンシノイド分子に複合体化された抗体を含む。マイタンシノイドは、マイタンシンの誘導体であり、チューブリン重合を阻害することによって作用する有糸分裂阻害剤である。マイタンシンは、東アフリカの低木であるＭａｙｔｅｎｕｓ  ｓｅｒｒａｔａから最初に単離された（ＵＳ３８９６１１１）。その後、特定の微生物もまた、マイタンシノール及びＣ−３マイタンシノールエステル等のマイタンシノイドを産生することが発見された（ＵＳ４１５１０４２）。合成マイタンシノイドは、例えば、ＵＳ４１３７２３０、ＵＳ４２４８８７０、ＵＳ４２５６７４６、ＵＳ４２６０６０８、ＵＳ４２６５８１４、ＵＳ４２９４７５７、ＵＳ４３０７０１６、ＵＳ４３０８２６８、ＵＳ４３０８２６９、ＵＳ４３０９４２８、ＵＳ４３１３９４６、ＵＳ４３１５９２９、ＵＳ４３１７８２１、ＵＳ４３２２３４８、ＵＳ４３３１５９８、ＵＳ４３６１６５０、ＵＳ４３６４８６６、ＵＳ４４２４２１９、ＵＳ４４５０２５４、ＵＳ４３６２６６３、及びＵＳ４３７１５３３に開示されている。
【０１３８】
マイタンシノイド薬物部分は、（ｉ）発酵または化学修飾または発酵産生物の誘導体化による調製に比較的利用しやすく、（ｉｉ）非ジスルフィドリンカーによる抗体への複合体化に好適な官能基との誘導体化に適しており、（ｉｉｉ）血漿中で安定しており、かつ（ｉｖ）様々な腫瘍細胞株に対して有効であるため、抗体−薬物複合体中の魅力的な薬物部分である。
【０１３９】
マイタンシノイド薬物部分としての使用に好適なある特定のマイタンシノイドは、当該技術分野において既知であり、既知の方法に従って天然源から単離され得るか、または遺伝子操作技法を使用して産生され得る（例えば、Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９９：７９６８−７９７３を参照されたい）。マイタンシノイドはまた、既知の方法に従って合成的にも調製され得る。
【０１４０】
例示的なマイタンシノイド薬物部分として、Ｃ−１９−デクロロ（米国特許第４２５６７４６号）（例えば、アンサミトシン（ａｎｓａｍｙｔｏｃｉｎ）Ｐ２の水素化アルミニウムリチウム還元によって調製される）、Ｃ−２０−ヒドロキシ（またはＣ−２０−デメチル）＋／−Ｃ−１９−デクロロ（米国特許第４３６１６５０号及び同第４３０７０１６号）（例えば、ＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓもしくはＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓを使用する脱メチル化、またはＬＡＨを使用する脱塩素化によって調製される）、ならびにＣ−２０−デメトキシ、Ｃ−２０−アシルオキシ（−ＯＣＯＲ）、＋／−デクロロ（米国特許第４，２９４，７５７号）（例えば、アシル塩化物を使用するアシル化によって調製される）等の、修飾芳香族環を有するものと、芳香族環の他の位置における修飾を有するものとが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１４１】
例示的なマイタンシノイド薬物部分として、Ｃ−９−ＳＨ（米国特許第４４２４２１９号）（例えば、マイタンシノールのＨ２ＳまたはＰ２Ｓ５との反応によって調製される）、Ｃ−１４−アルコキシメチル（デメトキシ／ＣＨ２ＯＲ）（ＵＳ４３３１５９８）、Ｃ−１４−ヒドロキシメチルまたはアルコキシメチル（ＣＨ２ＯＨまたはＣＨ２ＯＡｃ）（ＵＳ４４５０２５４）（例えば、Ｎｏｃａｒｄｉａによって調製される）、Ｃ−１５−ヒドロキシ／アシルオキシ（ＵＳ４３６４８６６）（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓによるマイタンシノールの転換によって調製される）、Ｃ−１５−メトキシ（ＵＳ４３１３９４６及びＵＳ４３１５９２９）（例えば、Ｔｒｅｗｉａ  ｎｕｄｌｆｌｏｒａから単離される）、Ｃ−１８−Ｎ−デメチル（ＵＳ４３６２６６３及びＵＳ４３２２３４８）（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓによるマイタンシノールの脱メチル化によって調製される）、ならびに４，５−デオキシ（ＵＳ４３７１５３３）（例えば、マイタンシノールの三塩化チタン／ＬＡＨ還元によって調製される）等の修飾を有するものもまた挙げられる。
【０１４２】
マイタンシノイド化合物上の多くの位置は、結合位置として有用である。例えば、エステル結合は、従来のカップリング技法を使用してヒドロキシル基との反応によって形成され得る。反応は、ヒドロキシル基を有するＣ−３位、ヒドロキシメチルで修飾したＣ−１４位、ヒドロキシル基で修飾したＣ−１５位、及びヒドロキシル基を有するＣ−２０位で生じ得る。結合は、マイタンシノールまたはマイタンシノール類似体のＣ−３位で形成される。
【０１４３】
マイタンシノイド薬物部分としては、構造：
2019519769.tif 000007
を有するものが挙げられ、式中、波線は、マイタンシノイド薬物部分の硫黄原子がＡＤＣのリンカーに対する共有結合を示す。各Ｒは独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルであり得る。アミド基を硫黄原子に結合させるアルキレン鎖は、メタニル、エタニル、またはプロピルであり得、すなわち、ｍは、１、２、または３である（ＵＳ６３３４１０、ＵＳ５２０８０２０、Ｃｈａｒｉ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５２：１２７−１３１、Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９３：８６１８−８６２３）。
【０１４４】
マイタンシノイド薬物部分の全ての立体異性体は、本発明のＡＤＣ、すなわち、キラル炭素におけるＲ及びＳ構成の任意の組み合わせに対して企図される（ＵＳ７２７６４９７、ＵＳ６９１３７４８、ＵＳ６４４１１６３、ＵＳ６３３４１０（ＲＥ３９１５１）、ＵＳ５２０８０２０、Ｗｉｄｄｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ（２００６）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４９：４３９２−４４０８、これは参照により全体が組み込まれる）。いくつかの実施形態において、マイタンシノイド薬物部分は、以下の立体化学を有する。
2019519769.tif 000008
【０１４５】
マイタンシノイド薬物部分の例示的な実施形態としては、構造：
2019519769.tif 000009
を有するＤＭ１、ＤＭ３、及びＤＭ４が含まれるが、これらに限定されず、式中、波線は、薬物の硫黄原子の、抗体−薬物複合体のリンカー（Ｌ）への共有結合を示す。
【０１４６】
マイタンシノイドを含有する免疫複合体、その作製方法、及びそれらの治療的使用は、例えば、ＵＳ５２０８０２０及びＵＳ５４１６０６４、ＵＳ２００５／０２７６８１２Ａ１、ならびに欧州特許第ＥＰ０４２５２３５Ｂ１号に開示され、それらの開示は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９３：８６１８−８６２３（１９９６）、及びＣｈａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５２：１２７−１３１（１９９２）もまた参照されたい。
【０１４７】
抗体−マイタンシノイド複合体は、抗体またはマイタンシノイド分子のいずれかの生物活性を著しく減少させることなく、抗体をマイタンシノイド分子に化学的に結合させることによって調製されてもよい。例えば、米国特許第５，２０８，０２０号を参照されたい（その開示は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる）。抗体分子当たり平均３〜４個のマイタンシノイド分子が複合体化されたＡＤＣは、抗体の機能または可溶性に悪影響を与えることなく、標的細胞の細胞傷害性を増強することにおいて効能を示している。いくつかの例において、毒素／抗体の１つの分子でさえも、裸抗体を使用するより細胞傷害性を増強することが予測される。
【０１４８】
抗体−マイタンシノイド複合体を作製するための例示的な結合基としては、例えば、本明細書に記載されるもの、及び米国特許第５２０８０２０号、欧州特許第０４２５２３５Ｂ１号、Ｃｈａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５２：１２７−１３１（１９９２）、ＵＳ２００５／０２７６８１２、及びＵＳ２００５／０１６９９３に記載されるものが挙げられ、それらの開示は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
【０１４９】
オーリスタチン及びドラスタチン
薬物部分は、ドラスタチン、オーリスタチン、ならびにそれらの類似体及び誘導体を含み得る（ＵＳ５６３５４８３、ＵＳ５７８０５８８、ＵＳ５７６７２３７、ＵＳ６１２４４３１）。オーリスタチンは、海生軟体動物化合物ドラスタチン−１０の誘導体である。理論によって拘束されることを意図するものではないが、ドラスタチン及びオーリスタチンは、微小管動態、ＧＴＰ加水分解、ならびに核分裂及び細胞分裂に干渉し（Ｗｏｙｋｅ  ｅｔ  ａｌ（２００１）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．４５（１２）：３５８０−３５８４）、抗癌活性（ＵＳ５６６３１４９）及び抗菌活性（Ｐｅｔｔｉｔ  ｅｔ  ａｌ（１９９８）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．４２：２９６１−２９６５）を有することが示されている。ドラスタチン／オーリスタチン薬物部分は、ペプチド薬物部分のＮ（アミノ）末端またはＣ（カルボキシル）末端を通して抗体に結合し得る（ＷＯ０２／０８８１７２、Ｄｏｒｏｎｉｎａ  ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２１（７）：７７８−７８４、Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ  ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｂｌｏｏｄ  １０２（４）：１４５８−１４６５）。
【０１５０】
例示的なオーリスタチン実施形態としては、ＵＳ７４９８２９８及びＵＳ７６５９２４１に開示されるＮ末端結合されたモノメチルオーリスタチン薬物部分が挙げられ、それらの開示は、参照にその全体が明示的に組み込まれ、式ＤＥの例示的なオーリスタチンの一実施形態は、ＭＭＡＥであり、式中、波線は、抗体−薬物複合体：ＭＭＡＥのリンカー（Ｌ）への共有結合を示す。
2019519769.tif 000010
【０１５１】
式ＤＦの例示的なオーリスタチンの一実施形態は、ＭＭＡＦであり、式中、波線は、抗体−薬物複合体：ＭＭＡＦのリンカー（Ｌ）への共有結合を示す。
2019519769.tif 000011
【０１５２】
他の例示的な実施形態としては、ペンタペプチドオーリスタチン薬物部分のＣ末端にフェニルアラニンカルボキシ修飾を有するモノメチルバリン化合物（ＷＯ２００７／００８８４８）及びペンタペプチドオーリスタチン薬物部分のＣ末端にフェニルアラニン側鎖修飾を有するモノメチルバリン化合物（ＷＯ２００７／００８６０３）が挙げられる。
【０１５３】
典型的には、ペプチド系薬物部分は、２つ以上のアミノ酸及び／またはペプチド断片の間にペプチド結合を形成することによって調製することができる。かかるペプチド結合は、例えば、液相合成法に従って調製することができる（例えば、Ｅ．Ｓｃｈｒｏｄｅｒ  ａｎｄ  Ｋ．Ｌｕｂｋｅ，“Ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ”，ｖｏｌｕｍｅ１，ｐｐ７６−１３６，１９６５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓを参照されたい）。オーリスタチン／ドラスタチン薬物部分は、ＵＳ７４９８２９８、ＵＳ５６３５４８３、ＵＳ５７８０５８８、Ｐｅｔｔｉｔ  ｅｔ  ａｌ（１９８９）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１１：５４６３−５４６５、Ｐｅｔｔｉｔ  ｅｔ  ａｌ（１９９８）Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  １３：２４３−２７７、Ｐｅｔｔｉｔ，Ｇ．Ｒ．，ｅｔ  ａｌ．Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，１９９６，７１９−７２５、Ｐｅｔｔｉｔ  ｅｔ  ａｌ（１９９６）Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｐｅｒｋｉｎ  Ｔｒａｎｓ．１  ５：８５９−８６３、及びＤｏｒｏｎｉｎａ（２００３）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２１（７）：７７８−７８４の方法に従って調製され得る。
【０１５４】
ＭＭＡＥ等の式ＤＥ及びＭＭＡＦ等の式ＤＦのオーリスタチン／ドラスタチン薬物部分、ならびにそれらの薬物−リンカー中間体及び誘導体（ＭＣ−ＭＭＡＦ、ＭＣ−ＭＭＡＥ、ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＦ、及びＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ等）は、ＵＳ７４９８２９８、Ｄｏｒｏｎｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．１７：１１４−１２４、及びＤｏｒｏｎｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２１：７７８−７８４に記載されている方法を使用して調製され得、次に対象の抗体に複合体化され得る。
【０１５５】
カリケアミシン
カリケアミシンファミリーの抗生物質、及びそれらの類似体は、ピコモル以下の濃度で二重鎖ＤＮＡ切断を産生することができる（Ｈｉｎｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５３：３３３６−３３４２、Ｌｏｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９８）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５８：２９２５−２９２８）。カリケアマイシンは、細胞内作用部位を有するが、特定の例において、血漿膜を容易には横断しない。したがって、いくつかの実施形態において、抗体媒介性内部移行を通したこれらの薬剤の細胞取り込みによって、それらの細胞傷害性効果を大いに増強することができる。非限定的で例示的なカリケアミシン薬物部分を有する抗体−薬物複合体を調製する方法は、例えば、ＵＳ５７１２３７４、ＵＳ５７１４５８６、ＵＳ５７３９１１６、ＵＳ５７６７２８５、及びＷＯ２０１７／０６８５１１に記載されている。
【０１５６】
抗体に複合体化される薬物部分は、式：
2019519769.tif 000012
を有するカリケアマイシン化合物であり、式中、Ｘは、ＢｒまたはＩであり、Ｌは、リンカーであり、Ｒは、水素、Ｃ１−６アルキル、または−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ１−６アルキルであり、Ｒａは、水素またはＣ１−６アルキルである。
【０１５７】
ピロロベンゾジアゼピン
ＡＤＣは、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）薬物部分を含み得る。ＰＤＢ二量体は、特定のＤＮＡ配列を認識し、それに結合する。天然産物アントラマイシンであるＰＢＤは、１９６５年に最初に報告された（Ｌｅｉｍｇｒｕｂｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，（１９６５）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，８７：５７９３−５７９５、Ｌｅｉｍｇｒｕｂｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，（１９６５）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，８７：５７９１−５７９３）。それ以来、三環式ＰＢＤ足場の二量体を含む、いくつかのＰＢＤ（天然に存在するもの及び類似体の両方）が報告されている（Ｔｈｕｒｓｔｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，（１９９４）Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．１９９４，４３３−４６５（ＵＳ６８８４７９９、ＵＳ７０４９３１１、ＵＳ７０６７５１１、ＵＳ７２６５１０５、ＵＳ７５１１０３２、ＵＳ７５２８１２６、ＵＳ７５５７０９９）。理論によって拘束されることを意図するものではないが、二量体構造が、Ｂ型ＤＮＡの副溝との等螺旋性（ｉｓｏｈｅｌｉｃｉｔｙ）に適切な三次元形状を付与し、それによって結合部位において滑合がもたらされると考えられている（Ｋｏｈｎ，Ｉｎ  Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ  ＩＩＩ．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ｐｐ．３−１１（１９７５）、Ｈｕｒｌｅｙ  ａｎｄ  Ｎｅｅｄｈａｍ−ＶａｎＤｅｖａｎｔｅｒ，（１９８６）Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．，１９：２３０−２３７）。Ｃ２アリール置換基を担持する二量体ＰＢＤ化合物は、細胞傷害性薬剤として有用であることが示されてきた（Ｈａｒｔｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ（２０１０）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．７０（１７）：６８４９−６８５８、Ａｎｔｏｎｏｗ（２０１０）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５３（７）：２９２７−２９４１、Ｈｏｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ（２００９）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  ａｎｄ  Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ  １９（２２）：６４６３−６４６６）。
【０１５８】
ＰＢＤ化合物は、それらをＮ１０位において、インビボで除去可能である窒素保護基で保護することによって、プロドラッグとして用いることができる（ＷＯ００／１２５０７、ＷＯ２００５／０２３８１４号）。
【０１５９】
ＰＢＤ二量体は、抗体に複合体化されており、結果として生じるＡＤＣは、抗がん特性を有することが示されている（ＵＳ２０１０／０２０３００７）。ＰＢＤ二量体上の非限定的で例示的な結合部位としては、５員のピロロ環、ＰＢＤ単位の間のテザー、及びＮ１０−Ｃ１１イミン基が挙げられる（ＷＯ２００９／０１６５１６、ＵＳ２００９／３０４７１０、ＵＳ２０１０／０４７２５７、ＵＳ２００９／０３６４３１、ＵＳ２０１１／０２５６１５７、ＷＯ２０１１／１３０５９８）。
【０１６０】
リンカーは、Ｂ環のＮ１０イミン、Ｃ環のＣ−２エンド／エキソ位、またはＡ環を結合するテザー単位を含む、ＰＢＤ二量体薬物部分の様々の部位のうちの１つで結合してもよい（以下の構造Ｃ（Ｉ）及びＣ（ＩＩ）を参照されたい）。
【０１６１】
いくつかの実施形態において、例示的なＡＤＣのＰＢＤ二量体構成成分は、式Ａ−１の構造を有し、
2019519769.tif 000013
式中、ｎは、０または１である。
【０１６２】
いくつかの実施形態において、ＡＤＣの例示的なＰＢＤ二量体構成成分は、式Ａ−２の構造を有し、
2019519769.tif 000014
式中、ｎは、０または１である。
【０１６３】
いくつかの実施形態において、ＡＤＣの例示的なＰＢＤ二量体構成成分は、式Ａ−３の構造を有し、
2019519769.tif 000015
式中、ＲＥ及びＲＥ”はそれぞれ独立して、ＨまたはＲＤから選択され、式中、ＲＤは、上記のように定義され、
式中、ｎは、０または１である。
【０１６４】
いくつかの実施形態において、ｎは、０である。いくつかの実施形態において、ｎは、１である。いくつかの実施形態において、ＲＥ及び／またはＲＥ”は、Ｈである。いくつかの実施形態において、ＲＥ及びＲＥ”は、Ｈである。いくつかの実施形態において、ＲＥ及び／またはＲＥ”は、ＲＤであり、ＲＤは任意に置換されるＣ１−１２アルキルである。いくつかの実施形態において、ＲＥ及び／またはＲＥ”は、ＲＤであり、ＲＤは、メチルである。
【０１６５】
いくつかの実施形態において、例示的なＡＤＣのＰＢＤ二量体構成成分は、式Ａ−４の構造を有し、
2019519769.tif 000016
式中、Ａｒ１及びＡｒ２はそれぞれ独立して、任意に置換されるＣ５−２０アリールであり、Ａｒ１及びＡｒ２は、同じであっても異なってもよく、
式中、ｎは、０または１である。
【０１６６】
ＡＤＣの例示的なＰＢＤ二量体構成成分は、式Ａ−５の構造を有し、
2019519769.tif 000017
式中、Ａｒ１及びＡｒ２はそれぞれ独立して、任意に置換されるＣ５−２０アリールであり、Ａｒ１及びＡｒ２は、同じであっても異なってもよく、
式中、ｎは、０または１である。
【０１６７】
Ａｒ１及びＡｒ２はそれぞれ独立して、任意で置換されたフェニル、フラニル、チオフェニル、及びピリジルから選択される。いくつかの実施形態において、Ａｒ１及びＡｒ２はそれぞれ独立して、任意に置換されるフェニルである。いくつかの実施形態において、Ａｒ１及びＡｒ２はそれぞれ独立して、任意に置換されるチエン−２−イルまたはチエン−３−イルである。いくつかの実施形態において、Ａｒ１及びＡｒ２は各々独立して、任意で置換されたキノリニルまたはイソキノリニルである。キノリニルまたはイソキノリニル基は、任意の利用可能な環の位置を通して、ＰＢＤコアに結合されてもよい。例えば、キノリニルは、キノリン−２−イル、キノリン−３−イル、キノリン−４イル、キノリン−５−イル、キノリン−６−イル、キノリン−７−イル、及びキノリン−８−イルであり得る。いくつかの実施形態において、キノリニルは、キノリン−３−イル及びキノリン−６−イルから選択される。イソキノリニルは、イソキノリン−１−イル、イソキノリン−３−イル、イソキノリン−４イル、イソキノリン−５−イル、イソキノリン−６−イル、イソキノリン−７−イル、及びイソキノリン−８−イルであり得る。いくつかの実施形態において、イソキノリニルは、イソキノリン−３−イル及びイソキノリン−６−イルから選択される。
【０１６８】
ＡＤＣの例示的なＰＢＤ二量体構成成分は、式Ａ−６の構造を有し、
2019519769.tif 000018
さらなる非限定的で例示的なＰＢＤ二量体薬物構成成分は、式Ｂ、
2019519769.tif 000019
ならびにその塩及び溶媒和物を有し、式中、
波線は、リンカーへの共有結合部位を示し、
ＯＨに接続された波線は、ＳまたはＲ配置を示し、
ＲＶ１及びＲＶ２は独立して、Ｈ、メチル、エチル、及びフェニル（このフェニルは、特に４位において、フルオロで任意に置換されてもよい）、Ｃ５−６ヘテロシクリルから選択され、式中、ＲＶ１及びＲＶ２は、同じであっても異なってもよく、
ｎは、０または１である。
ＲＶ１及びＲＶ２は独立して、Ｈ、フェニル、及び４−フルオロフェニルから選択され得る。
ＡＤＣの非限定的な例示的なＰＢＤ二量体構成成分は、テザー結合された式Ｃ（Ｉ）及びＣ（ＩＩ）が含まれる。
2019519769.tif 000020
【０１６９】
式Ｃ（Ｉ）及びＣ（ＩＩ）は、それらのＮ１０−Ｃ１１イミン型で示される。例示的なＰＢＤ薬物部分はまた、以下の表に示される、カルビノールアミン及び保護されたカルビノールアミン型も含まれる。
2019519769.tif 000021
式中、
Ｘは、ＣＨ２（ｎ＝１〜５）、Ｎ、またはＯであり、
Ｚ及びＺ’は独立して、ＯＲ及びＮＲ２から選択され、式中、Ｒは、１〜５個の炭素原子を含む第一級、第二級、または第三級アルキル鎖であり、
Ｒ１、Ｒ’１、Ｒ２、及びＲ’２はそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ８アルキル、Ｃ２−Ｃ８アルケニル、Ｃ２−Ｃ８アルキニル、Ｃ５−２０アリール（置換されたアリールを含む）、Ｃ５−２０ヘテロアリール基、−ＮＨ２、−ＮＨＭｅ、−ＯＨ、及び−ＳＨから選択され、いくつかの実施形態において、アルキル、アルケニル、及びアルキニル鎖は、最大５個の炭素原子を含み、
Ｒ３及びＲ’３は独立して、Ｈ、ＯＲ、ＮＨＲ、及びＮＲ２から選択され、Ｒは、１〜５個の炭素原子を含む第一級、第二級、または第三級アルキル鎖であり、
Ｒ４及びＲ’４は独立して、Ｈ、Ｍｅ、及びＯＭｅから選択され、
Ｒ５は、Ｃ１−Ｃ８アルキル、Ｃ２−Ｃ８アルケニル、Ｃ２−Ｃ８アルキニル、Ｃ５−２０アリール（ハロ、ニトロ、シアノ、アルコキシ、アルキル、ヘテロシクリルによって置換されたアリールを含む）、及びＣ５−２０ヘテロアリール基から選択され、いくつかの実施形態において、アルキル、アルケニル、及びアルキニル鎖は、最大５個の炭素原子を含み、
Ｒ１１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ８アルキル、または保護基（アセチル、トリフルオロアセチル、ｔ−ブトキシカルボニル（ＢＯＣ）、ベンジルオキシカルボニル（ＣＢＺ）、９−フルオレニルメチレンオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）、またはバリン−シトルリン−ＰＡＢ等の自己犠牲単位を含む部分等）であり、
Ｒ１２は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ８アルキル、または保護基であり、
Ｒ１、Ｒ’１、Ｒ２、Ｒ’２、Ｒ５、もしくはＲ１２のうちの１つの水素、またはＡ環の間の−ＯＣＨ２ＣＨ２（Ｘ）ｎＣＨ２ＣＨ２Ｏ−スペーサの水素は、ＡＤＣのリンカーに接続している結合で置き換えられる。
【０１７０】
本明細書に記載されるＰＢＤ二量体を含むＡＤＣは、ピリジン脱離基を含むリンカー−薬物中間体を、硫黄原子を介して抗体のシステインチオールに複合体化して、ジスルフィド結合を形成することによって作製され得る。さらに、いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるＰＢＤ二量体を含むＡＤＣは、ピリジン環が１つ以上のニトロ基で置換されているチオピリジル脱離基を含むリンカー−薬物中間体を複合体化することによって作製され得る。いくつかの実施形態において、ピリジル環は、−ＮＯ２で一置換される。いくつかの実施形態において、−ＮＯ２一置換は、ジスルフィドに対してパラである。いくつかの実施形態において、ＰＢＤ二量体は、Ｎ１０位を介して接続される。例えば、ＰＢＤ二量体を含む非限定的な例示的なＡＤＣは、モノメチルエチルピリジルジスルフィド、Ｎ１０結合されたＰＢＤリンカー中間体（以下に示される）を、抗体に複合体化することによって作製され得る。
2019519769.tif 000022
【０１７１】
ＰＢＤ二量体及びＰＢＤ二量体を含むＡＤＣは、当技術分野において既知の方法に従って調製することができる。例えば、ＷＯ２００９／０１６５１６、ＵＳ２００９／３０４７１０、ＵＳ２０１０／０４７２５７、ＵＳ２００９／０３６４３１、ＵＳ２０１１／０２５６１５７、ＷＯ２０１１／１３０５９８、ＷＯ２０１３／０５５９８７を参照されたい。
【０１７２】
アントラサイクリン
本開示の部位特異的ＡＤＣは、アントラサイクリンを含み得る。アントラサイクリンは、細胞傷害性活性を呈する抗生物質化合物である。理論によって拘束されることを意図しないが、アントラサイクリンは、１）薬物分子の、細胞のＤＮＡへのインターカレーションによってＤＮＡ依存的核酸合成を阻害すること、２）次に細胞巨大分子と反応して細胞への損傷を引き起こすフリーラジカルの薬物による産生、及び／または３）薬物分子と細胞膜との相互作用を含む、多くの異なる機序によって、細胞を死滅させるように動作し得る（例えば、Ｃ．Ｐｅｔｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  Ａｎｄ  Ｓｔｏｒａｇｅ  Ｏｆ  Ａｎｔｈｒａｃｙｃｌｉｎｅ  Ｉｎ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｌｅｕｋｅｍｉａ”ｉｎ  Ａｎｔｈｒａｃｙｃｌｉｎｅ  Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ、Ｎ．Ｒ．Ｂａｃｈｕｒ，“Ｆｒｅｅ  Ｒａｄｉｃａｌ  Ｄａｍａｇｅ”ｉｄ．ａｔ  ｐｐ．９７−１０２を参照されたい）。それらの細胞傷害能のため、アントラサイクリンは、白血病、乳癌、肺癌、卵巣腺癌、及び肉腫等の多くの癌の治療に使用されてきた（例えば、Ｐ．Ｈ−Ｗｉｅｒｎｉｋ，ｉｎ  Ａｎｔｈｒａｃｙｃｌｉｎｅ：Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｓｔａｔｕｓ  Ａｎｄ  Ｎｅｗ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓ  ｐ１１を参照されたい）。
【０１７３】
例示的なアントラサイクリンとしては、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ダウノマイシン、ネモルビシン、及びそれらの誘導体が挙げられる。ダウノルビシン及びドキソルビシンの免疫複合体及びプロドラッグが調製され、研究されている（Ｋｒａｔｚ  ｅｔ  ａｌ（２００６）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１３：４７７−５２３、Ｊｅｆｆｒｅｙ  ｅｔ  ａｌ（２００６）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ  １６：３５８−３６２、Ｔｏｒｇｏｖ  ｅｔ  ａｌ（２００５）Ｂｉｏｃｏｎｊ．Ｃｈｅｍ．１６：７１７−７２１、Ｎａｇｙ  ｅｔ  ａｌ（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９７：８２９−８３４、Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ  ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ  １２：１５２９−１５３２、Ｋｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４５：４３３６−４３４３、ＥＰ０３２８１４７、ＵＳ６６３０５７９）。抗体−薬物複合体ＢＲ９６−ドキソルビシンは、腫瘍関連抗原ルイス−Ｙと特異的に反応し、第Ｉ相及び第ＩＩ相試験において評価されている（Ｓａｌｅｈ  ｅｔ  ａｌ（２０００）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  １８：２２８２−２２９２、Ａｊａｎｉ  ｅｔ  ａｌ（２０００）Ｃａｎｃｅｒ  Ｊｏｕｒ．６：７８−８１、Ｔｏｌｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ（１９９９）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  １７：４７８−４８４）。
【０１７４】
ＰＮＵ−１５９６８２は、ネモルビシンの有力な代謝物（または誘導体）である（Ｑｕｉｎｔｉｅｒｉ，ｅｔ  ａｌ．（２００５））Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １１（４）：１６０８−１６１７）。ネモルビシンは、ドキソルビシンのグリコシドアミノ上に２−メトキシモルホリノ基を有するドキソルビシンの半合成類似体であり、臨床評価されている（Ｇｒａｎｄｉ  ｅｔ  ａｌ（１９９０）Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｒｅａｔ．Ｒｅｖ．１７：１３３、Ｒｉｐａｍｏｎｔｉ  ｅｔ  ａｌ（１９９２）Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ６５：７０３）（肝細胞癌についてのＩＩ相／ＩＩＩ相治験を含む（Ｓｕｎ  ｅｔ  ａｌ（２００３）、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ｆｏｒ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２２，Ａｂｓ１４４８、Ｑｕｉｎｔｉｅｒｉ（２００３）Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，４４：１ｓｔ  Ｅｄ，Ａｂｓ４６４９、Ｐａｃｃｉａｒｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ（２００６）Ｊｏｕｒ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２４：１４１１６）。
【０１７５】
いくつかの実施形態において、ネモルビシン含有ＡＤＣのネモルビシン構成成分は、ＰＮＵ−１５９６８２である。
2019519769.tif 000023
式中、波線は、リンカー（Ｌ）への結合を示す。
【０１７６】
ＰＮＵ−１５９６８２を含むアントラシクリンは、いくつかの結合部位及び本明細書に記載されるリンカーを含む種々のリンカー（ＵＳ２０１１／００７６２８７、ＷＯ２００９／０９９７４１、ＵＳ２０１０／００３４８３７、ＷＯ２０１０／００９１２４）を介して抗体に複合体化され得る。
【０１７７】
例示的なＡＤＣは、ピリジルジスルフィドＰＮＵアミド（以下に示される）を抗体に複合体化することによって作製され、
2019519769.tif 000024
ジスルフィド結合されたＰＮＵ−１５９６８２抗体−薬物複合体を産生し得る。
2019519769.tif 000025
【０１７８】
ＰＮＵ−１５９６８２マレイミドアセタール−Ａｂのリンカーは、酸不安定性である一方で、ＰＮＵ−１５９６８２−ｖａｌ−ｃｉｔ−ＰＡＢ−Ａｂ、ＰＮＵ−１５９６８２−ｖａｌ−ｃｉｔ−ＰＡＢ−スペーサ−Ａｂ、及びＰＮＵ−１５９６８２−ｖａｌ−ｃｉｔ−ＰＡＢ−スペーサ（Ｒ１Ｒ２）−Ａｂのリンカーは、プロテアーゼ切断可能である。
【０１７９】
１−（クロロメチル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−ベンゾ［ｅ］インドール（ＣＢＩ）二量体薬物部分
いくつかの実施形態において、ＡＤＣは、１−（クロロメチル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−ベンゾ［ｅ］インドール（ＣＢＩ）を含む。５−アミノ−１−（クロロメチル）−１，２−ジヒドロ−３Ｈ−ベンゾ［ｅ］インドール（アミノＣＢＩ）クラスのＤＮＡ小溝アルキル化剤は、強力な細胞毒であり（Ａｔｗｅｌｌ，ｅｔ  ａｌ（１９９９）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，４２：３４００）、癌療法のために設計された多くのクラスのプロドラッグ中のエフェクター単位として利用されてきた。これらは、抗体複合体（Ｊｅｆｆｒｅｙ，ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，４８：１３４４）、ニトロベンジルカルバメートに基づく遺伝子療法のためのプロドラッグ（Ｈａｙ，ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４６：２４５６）、及び低酸素活性化プロドラッグとしての対応するニトロ−ＣＢＩ誘導体（Ｔｅｒｃｅｌ，ｅｔ  ａｌ（２０１１）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．，Ｉｎｔ．Ｅｄ．，５０：２６０６−２６０９）を含んでいた。ＣＢＩ及びピロロ［２，１−ｃ］［１，４］ベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）ファルマコフォアは、アルキル鎖によって一緒に結合されている（Ｔｅｒｃｅｌ  ｅｔ  ａｌ（２００３）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ  ４６：２１３２−２１５１）。
【０１８０】
部位特異的ＡＤＣは、１−（クロロメチル）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−ベンゾ［ｅ］インドール（ＣＢＩ）二量体（ＷＯ２０１５／０２３３５５）を含み得る。二量体は、ヘテロ二量体であり、その二量体の半分がＣＢＩ部分であり、二量体のもう半分がＰＢＤ部分であり得る。
【０１８１】
例示的なＣＢＩ二量体は、式：
2019519769.tif 000026
を含み、
式中、
Ｒ１は、Ｈ、Ｐ（Ｏ）３Ｈ２、Ｃ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、またはリンカー（Ｌ）への結合から選択され、
Ｒ２は、Ｈ、Ｐ（Ｏ）３Ｈ２、Ｃ（Ｏ）ＮＲａＲｂ，、またはリンカー（Ｌ）への結合から選択され、
Ｒａ及びＲｂは独立して、Ｈ及び１つ以上のＦで任意に置換されたＣ１−Ｃ６アルキルから選択されるか、またはＲａ及びＲｂは、５員または６員ヘテロシクリル基を形成し、
Ｔは、Ｃ３−Ｃ１２アルキレン、Ｙ、（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−Ｙ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）、（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−Ｙ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）−Ｙ−（Ｃ１−Ｃ６アルキレン）、（Ｃ２−Ｃ６アルケニレン）−Ｙ−（Ｃ２−Ｃ６アルケニレン）、及び（Ｃ２−Ｃ６アルキニレン）−Ｙ−（Ｃ２−Ｃ６アルキニレン）から選択されるテザー基であり、
Ｙは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＮＲ１、アリール、及びヘテロアリールから選択され、
アルキレン、アルケニレン、アリール、及びヘテロアリールが独立してかつ任意に、Ｆ、ＯＨ、Ｏ（Ｃ１−Ｃ６アルキル）、ＮＨ２、ＮＨＣＨ３、Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＰ（Ｏ）３Ｈ２、及びＣ１−Ｃ６アルキルで置換され、式中、アルキルが、１つ以上のＦで任意に置換されるか、
またはアルキレン、アルケニレン、アリール、及びヘテロアリールが独立してかつ任意に、Ｌへの結合で置換され、
Ｄ’が、
2019519769.tif 000027
から選択される薬物部分であり、
式中、波線が、Ｔへの結合部位を示し、
Ｘ及びＸ２は独立して、Ｏ及びＮＲ３から選択され、Ｒ３が、Ｈ、及び１つ以上のＦで任意に置換されるＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ４は、Ｈ、ＣＯ２Ｒ、またはリンカー（Ｌ）への結合であり、Ｒが、Ｃ１−Ｃ６アルキル、またはベンジルであり、
Ｒ５は、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである。
【０１８２】
アマトキシン及びアマニチン
部位特異的ＡＤＣは、１つ以上のアマトキシン分子を含み得る。アマトキシンは、８個のアミノ酸からなる環状ペプチドである。それらは、タマゴテングダケ（Ａｍａｎｉｔａ  ｐｈａｌｌｏｉｄｅ）マッシュルームから単離され得るか、または合成的に調製され得る。アマトキシンは、哺乳動物細胞のＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼＩＩを特異的に阻害し、それにより患部細胞の転写及びタンパク質生合成も阻害する。細胞内の転写の阻害により、成長及び増殖が停止する。Ｍｏｌｄｅｎｈａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ＪＮＣＩ  １０４：１−１３（２０１２）、ＷＯ２０１０１１５６２９、ＷＯ２０１２０４１５０４、ＷＯ２０１２１１９７８７、ＷＯ２０１４０４３４０３、ＷＯ２０１４１３５２８２、及びＷＯ２０１２１１９７８７を参照されたく、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。１つ以上のアマトキシン分子は、１つ以上のα−アマニチン分子である。
【０１８３】
他の薬物部分
薬物部分はまた、ゲルダナマイシン（Ｍａｎｄｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ（２０００）Ｊ．Ｎａｔ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．９２（１９）：１５７３−１５８１、Ｍａｎｄｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ（２０００）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ  １０：１０２５−１０２８、Ｍａｎｄｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ（２００２）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．１３：７８６−７９１）、ならびにジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファ−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンシンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａ阻害剤、クルシン、クロチン、ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、及びトリコテセンを含み得るが、これらに限定されない、酵素的活性毒素及びその断片が挙げられる。例えば、ＷＯ９３／２１２３２を参照されたい。薬物部分はまた、核酸分解活性を有する化合物（例えば、リボヌクレアーゼまたはＤＮＡエンドヌクレアーゼ）も含み得る。
【０１８４】
２つ以上の求核基が薬物−リンカー中間体またはリンカー試薬と反応する場合、結果として生じる産生物は、抗体に結合する１つ以上の薬物部分が分布するＡＤＣ化合物の混合物であることを理解されたい。
【０１８５】
リンカー−薬物中間体は、薬物部分をリンカー試薬と結合させ、ＷＯ２０１３／０５５９８７、ＷＯ２０１５／０２３３５５、ＷＯ２０１０／００９１２４、ＷＯ２０１５／０９５２２７に従って、本明細書に記載されるシステイン操作抗体を含むタンパク質と複合体化することによって調製することができる。
【０１８６】
部位特異的ＡＤＣにおける抗体及び薬物部分の分析及び定量化する方法
ＡＤＣは、非特異的な毒性を低減し、従来の小分子及び抗体がん化学療法と比較して効能を増加するように設計された標的化抗がん療法薬である。それらは、モノクローナル抗体の強力な標的能力を用いて、効力の高い複合体化小分子療法薬をがん細胞に特異的に送達する。これらのＡＤＣの効能、安定性、相同性、薬物動態、及び毒性等の特性を評価するために、試料分析的分析を介して、溶液、血漿、尿、及び他の生体試料からの抗体構成成分及び薬物部分を正確に特徴付けし、定量化することは有用である。
【０１８７】
本開示は、部位特異的ＡＤＣ療法構築物の抗体及び薬物構成成分の特徴の定量化及び分析に関して、再現可能で正確、かつ効率的な分析方法を提供する。図１ｂは、試料からのＡＤＣの任意の親和性捕捉、ＡＤＣの薬物切断及び放出を含み得る部位特異的酵素消化、ならびに、続いてクロマトグラフィー及び／または分光方法による薬物及びペプチド断片の分析を含む、本開示のＡＤＣ試料アッセイにおける作業フローの図を示す。
【０１８８】
これらの方法において、部位特異的ＡＤＣ構築物は、１つ以上の特異的酵素で消化され、薬物部分に結合していない少なくとも１つのペプチド断片と、薬物部分に結合している少なくとも１つのペプチド断片とを含む消化されたＡＤＣ組成物を形成する。次いで、薬物及び消化された抗体構成成分（複数可）／断片のいずれか１つまたは両方を、クロマトグラフィー／分光法によって分析し、ＡＤＣ組成物のタンパク質濃度、ＡＤＣの全抗体濃度、ＡＤＣの薬物濃度及び／または平均ＤＡＲ、ＡＤＣ代謝物または異化物構造、及びＡＤＣの吸光係数を含み得るが、これらに限定されない、ＡＤＣの特徴を決定する。
【０１８９】
ＡＤＣ試料のタンパク質構成成分は、ＩｄｅＳプロテアーゼ、ＩｄｅＺプロテアーゼ、ＩｇｄＥプロテアーゼ、ＳｐｅＢプロテアーゼ、ジンジパインプロテアーゼ、エンドグリコシダーゼ、及びこれらの酵素の組み合わせ等のタンパク質分解性酵素で消化され得る。
【０１９０】
ＩｄｅＳは、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓによって製造され、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）及びＧｅｎｏｖｉｓ  ＡＢ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）から市販されている、細胞外システインプロテアーゼである。Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓの免疫グロブリンＧ分解酵素への指定のＩｄｅＳであるこの酵素は、高度の特異性と共にヒンジ領域下でヒトＩｇＧを切断し、Ｆ（ａｂ´）２及びＦｃ断片の同質のプールが生じる。それ故に、免疫グロブリンＭ、Ａ、Ｄ、及びＥを含む他のヒトタンパク質は、ＩｄｅＳによって消化されない。酵素は、連鎖球菌表面構造に結合しているＩｇＧ抗体を効率的に切断し、それによって、食細胞によるＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓの死滅を阻害し、細菌病原性の決定基としてこの酵素の特定、及び潜在的治療標的（ｖｏｎ  Ｐａｗｅｌ−Ｒａｍｍｉｎｇｅｎ，ｅｔ  ａｌ．ＥＭＢＯ  Ｊ．（２００２）２１（７）：１６０７−１５）をもたらす。ＩｄｅＳ酵素のタンパク質分解性切断は、以下の表に示される。
2019519769.tif 000028
ＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦ  配列番号：１
ＨＴＣＰＰＣＰＡＰＰＶＡＧＰＳＶＦ  配列番号：２
【０１９１】
ＩｄｅＺプロテアーゼ（ＩｇＧ−特異的）は、全てのヒト、ヒツジ、サル、及びウサギのＩｇＧサブクラスを認識するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉ  ｓｕｂｓｐｅｃｉｅｓ  ｚｏｏｅｐｉｄｅｍｉｃｕｓからクローニングされた抗体−特異的プロテアーゼであり、特にヒンジ領域下の単一認識部位で切断し、Ｆ（ａｂ’）２及びＦｃ断片の同質のプールを生じ、かつＮｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ（Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、及びＧｅｎｏｖｉｓ  ＡＢ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）から市販されている。ＩｄｅＺプロテアーゼは、ＩｄｅＳプロテアーゼと比較して、マウスのＩｇＧ２ａ及びＩｇＧ３サブクラスに対して著しく改善された活性を有する。
【０１９２】
ＩｇｄＥは、ブタのＩｇＧを排他的に標的化するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｉｓのプロテアーゼである。Ｓ．ｓｕｉｓの免疫グロブリンＧ分解酵素への指定のＩｇｄＥであるこの酵素は、ＩｄｅＳファミリーの連鎖球菌免疫グロブリン分解プロテアーゼとは異なるシステインプロテアーゼであり、高度の特異性でブタのＩｇＧのヒンジ領域を切断する（Ｓｐｏｅｒｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．（２０１６）２９１（１５）：７９１５−２５）。
【０１９３】
ＳｐｅＢは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓから単離されるシステインプロテアーゼであり、それはＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、及びＩｇＤを分解し、還元後にヒンジ領域でＩｇＧ抗体を切断、すなわち、還元状態、例えば、ジチオールトレイトール（ＤＴＴ）、β−メルカプトエタノール、またはＬ−システインの存在下でＩｇＧ分子を切断する（Ｐｅｒｓｓｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（２０１３）８１（６）：２２３６−４１）。
【０１９４】
ジンジパインＫｇｐ（Ｌｙｓ−ジンジパインとも称される）は、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓによって選択されるシステインプロテアーゼであり、それは温和な還元条件下、上部ヒンジ領域（Ｋ２２３及びＴ２２４の間）断片においてヒトＩｇＧ１を切断し、Ｆａｂ及びＦｃの同質のプールを産生する。組換え形態のジンジパインＫｇｐは、Ｇｅｎｏｖｉｓ  ＡＢ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）から市販されている。
【０１９５】
エンドグリコシダーゼは、免疫グロブリン、及び特にＩｇＧのＡｓｐ２７９糖タンパク質から末端シアル酸残基を放出することができるＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓによって発現された酵素のファミリーを表す。ＥｎｄｏＳは、抗体を脱グリコシル化するために使用される特異的エンドグリコシダーゼである。本開示の方法において有用であり得る追加のエンドグリコシダーゼは、Ｅｎｄｏ  Ｓ２、ＥｎｄｏＨ、ＥｎｄｏＡ、ＥｎｄｏＭ、ＥｎｄｏＦ、ＥｎｄｏＦ１、ＥｎｄｏＦ２、及びＥｎｄｏＦ３のうちの１つ以上を含む。エンドグリコシダーゼは、クロマトグラフィー／分光法分析のための消化された部位特異的ＡＤＣの調製において上述のプロテアーゼの１つ以上と組み合わせる本開示のアッセイにおいて有用であり得る。
【０１９６】
部位特異的ＡＤＣ構築物を消化するために使用されるタンパク質分解性酵素（複数可）は、検出及び定量化のための固有のペプチド断片を産生するために選択される。ＡＤＣの抗体に対して固有のペプチド断片のうちの１つ以上が、検出及び定量化され、それにより、ＡＤＣの一部分を形成しない、クロマトグラフィーまたは分光法に適用される分析試料中に存在し得るバックグラウンドタンパク質もしくは非特異的タンパク質、または他の夾雑物を排除する。
【０１９７】
例としての実施形態において、ＡＤＣ試料は、トリプシン、パパイン、ペプシン、エンドプロテアーゼＬｙｓＣ、エンドプロテアーゼＡｒｇＣ、ｓｔａｐｈ  ａｕｒｅｕｓ  Ｖ８、キモトリプシン、Ａｓｐ−Ｎ、Ａｓｎ−Ｃ、ＰＮＧａｓｅＦ、エンドプロテアーゼＧｌｕＣ、ＬｙｓＮ、またはこれらの酵素の任意の組み合わせで消化されない。それ故に、例としての実施形態において、ＡＤＣ試料は、消化または分析手順において、検出可能な量のトリプシン、パパイン、ペプシン、エンドプロテアーゼＬｙｓＣ、エンドプロテアーゼＡｒｇＣ、ｓｔａｐｈ  ａｕｒｅｕｓ  Ｖ８、キモトリプシン、Ａｓｐ−Ｎ、Ａｓｎ−Ｃ、ＰＮＧａｓｅＦ、エンドプロテアーゼＧｌｕＣ、またはＬｙｓＮを含まない。
【０１９８】
ＡＤＣのリンカー構成成分の同一性、ならびに試料のタンパク質構成成分を減少、変性、及び／または消化するために適用される化学処理に応じて、ＡＤＣの薬物部分は、ＡＤＣの抗体／ペプチド構成成分から切断され得、よって、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析において非複合体化薬物構成成分として検出及び定量化され得る。
【０１９９】
代替的に、または追加的に、ＡＤＣの薬物部分構成成分は、ＡＤＣの還元及び変性後に、ＡＤＣの抗体／ペプチド構成成分に結合したままであり得、よって、分析においてペプチド結合薬物部分として検出及び定量化され得る。
【０２００】
分析／定量化のためのＡＤＣを含有する試料は、試料を予備清浄または富化しない、消化（及び任意に還元及び／または変性）（すなわち、試料の「直接消化」）の対象となり得る。代替的に、または追加的に、ＡＤＣを含有する試料は、消化の前に、さらなる分析のために富化または濃縮され得る。低存在量ペプチドまたは薬物のかかる濃縮法には、サイズ排除クロマトログラフィー、透析、選択的沈降、分画遠心分離、ろ過、ゲル電気泳動、液体クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、免疫沈降、プロテインＡ及びプロテインＧ、ＮＨＳ及びストレプトアビジン鉄もしくはリン、または固定化抗体もしくはレクチンを含むスピントラップカラム、常磁性ビーズ、免疫除去、分画、固相抽出法、リンペプチド富化、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、脱塩処理等の富化技法が含まれ得る。
【０２０１】
ＡＤＣは、少なくとも１つの還元剤、例えば、ジチオールトレイトール（ＤＴＴ）、２−メルカプトエタノール、またはトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）を含む組成物との接触により還元され得る。ＡＤＣは、少なくとも１つの変性剤、例えば、ホルムアミド、ジメチルホルムアミド、アセトニトリル、ＳＤＳ、尿素、グアニジン、ナトリウム３−（（１−（フラン−２−イル）ウンデシルオキシ）カルボニルアミノ）プロパン−１−スルホネート（ＰｒｏｔｅａｓｅＭａｘ（商標））、及び／またはＲａｐｉＧｅｓｔ（商標）−ＳＦ−界面活性剤等の、ジオキソランもしくはジオキサン官能基を含有するもの等の酸分解性界面活性剤（複数可）（参照により本明細書に組み込まれる、ＵＳ７，２２９，５３９及びＵＳ８，５８０，５３３に記載されているような）を含む組成物との接触により変性もされ得る。ＡＤＣは、少なくとも１つの還元剤及び少なくとも１つの変性剤を含む組成物との接触により同時に還元及び変性され得る。かかる組成物は、追加の溶媒、緩衝液、及び／またはｐＨ変性剤、例えば、アセトニトリル、メタノール、エタノール、ＨＣｌ、重炭酸アンモニウム、酢酸アンモニウム、及び／またはギ酸、脱リン酸剤、例えば、仔ウシ腸アルカリ性ホスファターゼ、ウシ腸アルカリ性ホスファターゼ、もしくはラムダタンパク質ホスファターゼ等のホスファターゼを含み得る。
【０２０２】
分析のために提示されるＡＤＣは、動物もしくはヒトへの投与のために製剤化された薬学的組成物等の溶液もしくは懸濁液、またはＡＤＣの産生ステップ中に存在し得る細胞培養液もしくは上清、または動物もしくはヒトから得られる生体試料中にも存在し得る。それ故に、ＡＤＣは、緩衝液、全血、血清、血漿、脳脊髄液、唾液、尿、リンパ液、胆汁、糞便、汗、硝子体、涙、及び組織から選択されるマトリックス中に存在し得る。ＡＤＣの様々な安全性、効能、及び薬物動態／生体分布パラメータの分析のために頻繁に提示される生体試料には、ヒト、カニクイザル、ラット、及びマウスの血漿及び組織試料、ならびに他の非ヒト種由来の生体試料が含まれる。
【０２０３】
ＡＤＣは、かかる生体試料の一部として提示されるとき、親和性捕捉培地と接触され得る。親和性捕捉は、インタクトなタンパク質を富化／単離して、結合パートナー及びタンパク質複合物を特定するためか、または翻訳後修飾を調査するために幅広く使用される方法である。タンパク質またはタンパク質複合物は、非特異的手段（例えば、ゲル電気泳動、プロテインＡまたはＧ培地、１型抗神経細胞核自己抗体（ＡＮＮＡ−１、「抗Ｈｕ」としても既知である）、または特異的手段（例えば、細胞外ドメイン（ＥＣＤ）抗体、または抗アイドタイプ（ａｎｔｉ−ｉｄｏｔｙｐｉｃ）抗体）により分離され得る。次いで、ＡＤＣは、消化（任意に還元及び／または変性を含む）の前に試料の清浄手段として親和性捕捉培地から溶出され、続いて、消化のクロマトグラフィー／分光法分析にかけられ得る。
【０２０４】
代替的に、または追加的に、ＡＤＣ試料は、富化され消化された抗体試料の親和性捕捉培地からの溶出、及びクロマトグラフィー／分光法分析の前に、ビーズまたは樹脂により支持されたプロテインＡ／Ｇによる親和性捕捉、その後のビーズ上消化（タンパク質分解、脱グリコシル化、脱リン酸、還元、及び／または変性を含み得る）を用いて分析される。ビーズに基づく親和性捕捉方法（ＵＳ８５４１１７８）を含む、免疫親和性膜（ＩＡＭ）捕捉及び質量分析による抗体−薬物複合体を検出及びスクリーニングする方法が開示されている（ＵＳ７６６２９３６）。
【０２０５】
次いで、薬物（またはペプチド−リンカー−薬物）及び部位特異的ＡＤＣの消化された抗体構成成分の一方または両方を含む分析試料（複数可）（またはそれらの少なくとも一部分）は、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、逆相液体クロマトグラフィー（ＲＰ−ＬＣ）、質量分析（ＭＳ）またはタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）、ＲＰ−ＬＣ／ＭＳ、及びＬＣ−ＭＳ／ＭＳを含み得る検出方法論に適用され、ＡＤＣの薬物及び抗体構成成分の両方を検出及び定量化する。
【０２０６】
質量分析は、次いで、消化された抗体の少なくとも１つのペプチド断片の質量対電荷比、及び／またはＡＤＣの薬物（または、ペプチド−リンカー−薬物）部分の質量対電荷比を確立するために使用され得る。
【０２０７】
モル吸光係数（または質量減衰係数）は、モル減衰係数×モル質量に等しい。２８０ｎｍでのタンパク質のモル吸光係数は、ほぼ排他的に芳香族残基、特にトリプトファンに依存し、アミノ酸の配列から予測され得る。したがって、モル吸光係数が既知である場合、それは溶液中のタンパク質の濃度を測定するために使用され得る。
【０２０８】
本明細書に引用される各公開または特許は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０２０９】
ここに概して記載されている本開示は、以下の実施例を参照することによってより容易に理解され、それらは、単に本開示の実施形態のある特定の態様の例示の目的のために含まれる。実施例は、当業者が上の教示及び以下の実施例から、他の技法及び方法が特許請求の範囲を満たし得、本開示の範囲を逸脱することなく用いられ得ることを認識するように、本開示を限定することを意図しない。
【実施例】
【０２１０】
材料。ヒトリチウムヘパリン血漿を、ＢｉｏｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎＩＶＴ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）から購入した。ストレプトアビジン被覆ダイナビーズＭ−２８０を、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（ＣＡ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）から購入した。ＩｄｅＳ、すなわち、ＦａｂＲＩＣＡＴＯＲを、Ｇｅｎｏｖｉｓ，Ｉｎｃ．（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）から購入した。他の試薬は、０．０１Ｍ  ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、３ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．００５％ポリソルベート２０（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｌｉｔｔｌｅ  Ｃｈａｌｆｏｎｔ，Ｕ．Ｋ．）、及びペプチドＮ−グリコシダーゼＦ（ＰＮＧａｓｅ  Ｆ、ＰｒｏＺｙｍｅ、ＣＡ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）を含むＨＢＳ−ＥＰ緩衝液を含む。全てのＴＤＣ及び特異的ＡＤＣ捕捉試薬、例えば、ＥＣＤを、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ（Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）で産生した。ＥＣＤを、１０モル当量のスルホ−ＮＨＳ−ＬＣ−ビオチン（Ｐｉｅｒｃｅ／Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）でＥＣＤに、１０ｍＭのリン酸ナトリウム／１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．８中で、室温で６０分間ビオチン化した。過剰な結合していないビオチンを、Ｚｅｂａスピン脱塩カラム（Ｐｉｅｒｃｅ／Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を製品の手順書通りに使用して除去した。ビオチン化されたＥＣＤ濃度を、ＧｅｎｅＱｕａｎｔ  １３００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して２８０ｎｍで吸光度を測定することによって分光光度的に測定した。
【０２１１】
動物血漿試料。全ての動物研究は、実験動物の管理及び使用に関する国立衛生研究所のガイドラインに準拠して実行し、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．のＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅにより承認された。ＰＫ研究については、雌のＣ．Ｂ−１７  ＳＣＩＤマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）に、単回用量のＡＤＣを静脈内ボーラス注射で投与し、終末心臓穿刺を介して動物から全血を抜いた。リチウムヘパリンを含むチューブ内に血液試料を収集し、遠心分離まで濡れた氷の上に放置した（収集の１５分以内）。収集した血漿試料を、−７０℃で分析まで保管した。スプラーグドーリーラットからの血漿試料を同様の方法で得た。
【０２１２】
器具。親和性捕捉を、２ｍＬの正方形上部の９６ディープウェルプレート（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｓａｌｅｓ  ａｎｄ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｐｏｍｐｔｏｎ  Ｐｌａｉｎｓ，ＮＪ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）を使用して、ＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒ  ９６磁気粒子プロセッサ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎ）上で実施した。溶出液を、ＶＷＲ  Ｄｙｎａｂｌｏｃｋ  ９６ウェル  ０．５ｍＬプレート（ＶＷＲ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）に移動させた。キャピラリーＲＰＬＣ−ＭＳを、Ｓｃｉｅｘ  ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ（登録商標）５６００質量分析計（Ｒｅｄｗｏｏｄ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）に連結されているＷａｔｅｒｓ  ｎａｎｏＡＣＱＵＩＴＹ  ＵＰＬＣシステム（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ，Ｕ．Ｓ．Ａ．）上で実施した。
【０２１３】
実施例１：ＩｄｅＳ（第２世代）親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイの設計及び検証
親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイを、Ｆａｂ領域で複合体化部位を有するＴＤＣを含む部位特異的ＡＤＣについて行った（Ｓｕ，Ｄ．ｅｔ  ａｌ（２０１６）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，８８（２３）：１１３４０−１１３４６、Ｘｕ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ．（２０１３）Ｂｉｏａｎａｌｙｓｉｓ，５，１０５７−１０７１、ＵＳ８５４１１７８、Ｘｕ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ  Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（２０１１）４１２：５６−６６）。本開示の多重アッセイを試験及び検証するために、ＩｄｅＳプロテアーゼ（図１Ａ）は、特異的部位でグリカン含有Ｆｃ領域を除去し、それによって分析物のサイズ及びＡＤＣ異化物の異質性を低減した。ＩｄｅＳを使用したビーズ上消化が、インタクトＡＤＣ（約１５０ｋＤａ）の代わりに、最終ＬＣ−ＭＳ分析のためにＦ（ａｂ’）２（約１００ｋＤａ）を素早く生成することを予測した。ＩｄｅＳによって提供された分析物の低減されたサイズ及び素早い消化は、ＴＤＣのインビボ安定性及びＰＫ評定を試験するために使用される第１世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳと比較して、富化プロセス中に、改善された感受性及び分解度、ならびに最小の人工薬物修飾または分解及び個々のＤＡＲ種の等しい回復をもたらした。この第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳは、異なる抗体、リンカー−薬物、及び複合体化部位を用いて種々のＴＤＣを試験した際に、部位特異的ＡＤＣのＤＡＲ及び異化物の特徴付けを分析するために、驚くべき改善を示した。
【０２１４】
図１Ｂは、本実施例で試験された第２世代ＬＣ−ＭＳアッセイの描写を提供し、図１Ｃは、本実施例で試験され比較された第１世代及び第２世代アッセイの実施形態を比較している描写を示す。
【０２１５】
インビボ血漿試料を、ＴＤＣを静脈内に投与されていたマウス、ラット、及びカニクイザルモデルから収集した。全ての動物研究を、実験動物の管理及び使用に関する国立衛生研究所のガイドラインに準拠して行った。血漿を、ＢｉｏｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎＩＶＴ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ）から購入した。全てのＴＤＣ及び特異的ＡＤＣ捕捉試薬、例えば、細胞外ドメイン（ＥＣＤ）及び抗ヒト（Ｆａｂ領域）抗体を、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ（Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）で産生した。ＥＣＤ及び抗ヒト（Ｆａｂ領域）抗体を、１０モル当量のスルホ−ＮＨＳ−ＬＣ−ビオチン（Ｐｉｅｒｃｅ／Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ，ＵＳＡ）でＥＣＤまたは抗ヒト（Ｆａｂ領域）抗体に、１０ｍＭのリン酸ナトリウム／１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．８中で、室温で６０分間ビオチン化した。過剰な結合していないビオチンを、Ｚｅｂａ（商標）スピン脱塩カラム（Ｐｉｅｒｃｅ／Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を製品の手順書通りに使用して除去した。ビオチン化されたＥＣＤまたは抗ヒト（Ｆａｂ領域）抗体濃度を、ＧＥＮＥＱＵＡＮＴ（商標）１３００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して２８０ｎｍで吸光度を測定することによって分光光度的に測定した。
【０２１６】
第１世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳのアッセイの実験的詳細は、先行して説明されている（Ｋａｕｒ  ｅｔ  ａｌのＵＳ８５４１１７８、Ｘｕ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０１１，４１２（１）：５６−６６）。第２世代のアッセイを試験する比較について、１００μＬのストレプトアビジン常磁性ビーズ（ストレプトアビジン被覆ダイナビーズＭ−２８０、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（ＣＡ，ＵＳＡ）をビオチン化された特異的捕捉試薬の過剰量、例えば、ＨＢＳ−ＥＰ緩衝液（３００μＬ、０．０１Ｍ  ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、３ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．００５％  Ｐ２０（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｌｉｔｔｌｅ  Ｃｈａｌｆｏｎｔ，ＵＫ）中のＥＣＤを含む９６ディープウェルプレートに添加し、１時間室温（ＲＴ）で、撹拌しながらインキュベートした。次いで、ＴＤＣ含有血漿試料を、３００〜５００μＬの全体積までＥＣＤ固定化ビーズに添加し（２μｇ〜２５０μＬ最大量、いずれか少ない方）、室温で１．５時間、撹拌しながらインキュベートした。
【０２１７】
一般的な捕捉試薬、ビオチン化抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ’）２抗体を有する親和性捕捉は、全ての異なるヒト化治療的抗体ＡＤＣへの捕捉に有用であり、異なる治療群を用いた研究、または特異的なＥＤＣが利用不可である研究において、適切である。第２世代ＬＣ−ＭＳアッセイからの結果は、一般的な抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ’）２がＡＤＣ分析物の特異的ＥＣＤ捕捉に類似していることを示した。
【０２１８】
親和性捕捉を、２ｍＬの正方形上部の９６ディープウェルプレート（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｓａｌｅｓ  ａｎｄ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｐｏｍｐｔｏｎ  Ｐｌａｉｎｓ，ＮＪ，ＵＳＡ）を使用して、ＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒ  ９６磁気粒子プロセッサ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎ）上で実施した。溶出液を、ＶＷＲ  Ｄｙｎａｂｌｏｃｋ  ９６ウェル  ０．５ｍＬプレート（ＶＷＲ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）に移動させた。キャピラリーＲＰＬＣ−ＭＳを、ＡＢ  Ｓｃｉｅｘ  ５６００  ｔｒｉｐｌｅ飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析計（Ｒｅｄｗｏｏｄ  Ｃｉｔｙ，ＵＳＡ）に連結されているＷａｔｅｒｓ  ｎａｎｏＡＣＱＵＩＴＹ  ＵＰＬＣ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ，ＵＳＡ）上で実施した。
【０２１９】
親和性捕捉ＴＤＣを、第１世代方法に説明されるような一晩にわたるＰＮＧａｓｅ  Ｆ（ＰＲＯＺＹＭＥ（商標）、ＣＡ）消化とは対照的に、３７℃で１時間、ＨＢＳ−ＥＰ緩衝液（３００μＬ）中でＩｄｅＳプロテアーゼ（ＦＡＢＲＩＣＡＴＯＲ（商標）、Ｇｅｎｏｖｉｓ  ＡＢ）（４０単位）で消化した。全ての撹拌を慎重に実施し、ビーズが消化手順を通して溶液中で良好に懸濁されていることを確実にした。新しく生成されたＦ（ａｂ’）２断片を、ビーズ上でＨＢＳ−ＥＰ緩衝液、水、及び１０％ＡＣＮで続けて洗浄し、次いで、室温で１０分間、１％のギ酸を有する５０μＬの３０％アセトニトリル中でインキュベートによって溶出した。続いてＦ（ａｂ’）２溶出を、室温で１０分間、４０００ｒｐｍのＢｒｕｋｅｒ遠心分離機でスピンし、次いで、９６ウエルプレートに移動させて残りのビーズを磁石で除去した。最終溶出を、ＬＣ−ＭＳの前に、室温で１０分間、４０００ｒｐｍでスピンし、任意の残りのビーズの注入を回避した。５μＬのＦ（ａｂ’）２溶出のアリコートを、ＬＣ−ＭＳ分析のために提出した。
【０２２０】
キャピラリーＬＣ−ＭＳを、Ｗａｔｅｒｓ  ＮａｎｏＡｃｑｕｉｔｙに連結されているＴｒｉｐｌｅＴＯＦ  ５６００質量分析計上で行った。オンライン脱塩及び予備濃縮を、０．１％のギ酸（ＦＡ）及びＢ、０．１％ＦＡを有するアセトニトリル（ＡＣＮ）の移動相Ａで、１５μＬ／分の流量で勾配条件を使用して、６５℃で、ＰＳ−ＤＶＢ一体型カラム（５００−μｍ  ｉ．ｄ．×５ｃｍ、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）上で行った。ＬＣ勾配は、０％Ｂ（０〜４分）、０〜４０％Ｂ（４〜８分）、４０％Ｂ（８〜１１分）、４０〜１００％Ｂ（１１〜１２．５分）、１００％Ｂ（１２．５〜１３．５分）、１００〜０％Ｂ（１３．５〜１４．２分）、０％Ｂ（１４．２〜１５分）であった。ＬＣ流体を、廃棄するために最初の６分間流用した。ＴｒｉｐｌｅＴＯＦ  ５６００を、以下のキー設定：イオン源温度、４２５．０°Ｃ；イオン源ガス（ＧＳ）１、４０；ＧＳ２、３５；カーテンガス、３０；イオンスプレー電圧浮遊、５０００Ｖ；デクラスタリング電位、２５０；衝突エネルギー、２０で、ＤｕｏＳｐｒａｙ  Ｉｏｎ  Ｓｏｕｒｃｅを使用して操作した。質量スペクトルを、ＡＮＡＬＹＳＴ（商標）ＴＦ１．６を使用して、インタクトタンパク質形式で得た。デコンボリューションを、ＢＩＯＡＮＡＬＹＳＴ（商標）１．５．１．を使用して行った。個々のＴＤＣ  ＤＡＲ種の相対比を、デコンボリューションされた質量スペクトル中でピーク領域に基づいて得た。±１５％以内の計算結果は、有意に異なっていないと見なされた：平均ＤＡＲ＝Σ（ピーク領域％×複合体化薬物の数）／１００。
【０２２１】
方法開発ついて、直接的ＬＣ−ＭＳを試験し、第１世代、及び第２世代の両方、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳと比較した。裸の抗体（ＤＡＲ０）及びＴＤＣ標準（ＤＡＲ２）を、１００μｇ／ｍＬの全濃度で、ＤＡＲ０：ＤＡＲ２≒１：１として混合した。２０μＬのＴＤＣ混合物のアリコートを、第１世代及び第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳのそれぞれについて、１００μＬのヒト血漿中に、２０μｇ／ｍＬの最終濃度まで添加した。１０μＬのＴＤＣ混合物のアリコートを、５０μＬの１％ＦＡを有する３０％ＡＣＮ中に添加し、ＬＣ−ＭＳ分析のために直接提出した。既知の比率でのＴＤＣ混合物の直接的ＬＣ−ＭＳによるＤＡＲプロファイリングは、全ての個々のＤＡＲが類似のＬＣ−ＭＳ反応を有するかどうかの決定を可能にした。例えば、直接的ＬＣ−ＭＳによる相対的ＤＡＲ比が理論値と一貫している場合、ＬＣ回復及びイオン化効率において任意の個々のＤＡＲ種に対する有意な偏りはない。親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ及び直接的ＬＣ−ＭＳによるＤＡＲプロファイリングの一貫性は、親和性富化の間に、個々のＤＡＲ種の偏りのない回復を提案するであろう。
【０２２２】
図１Ｄは、開始ＴＤＣ標準混合物の同じ量を注入することによる、直接的ＬＣ−ＭＳ（１Ｄ−１）、第１世代（１Ｄ−３）及び第２世代（１Ｄ−２）親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ間の比較を示す。例としてのＴＤＣは、細胞傷害性薬物ペイロードとしてピロロベンゾジアゼピン二量体（ＰＢＤ）を含有する。類似の保持時間及びチャージエンベロープは、デコンボリューションされた質量スペクトル中でそれらのピーク領域に基づく、個々のＤＡＲ種の相対比を使用して半定量化を見込んでいる異なるＴＤＣ  ＤＡＲ種のイオン化効率性において、有意な差異を提案しなかった。ＡＤＣ異化物は、糖化及び／または他の修飾を含んだ。ＤＡＲ０及びＤＡＲ２の相対比において、直接的ＬＣ−ＭＳと第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳとの間に有意な差異はなく、ＤＡＲ種（ＤＡＲ０及びＤＡＲ２）の偏りのない捕捉を示した。第２世代親和性捕捉方法を、異なる抗体、Ｆａｂ領域中の複合体化部位、リンカー（マレイミド及びジスルフィド）、及び毒素（アントラサイクリン、ＣＢＩ二量体及びＰＢＤ二量体、ならびにチューブリン結合剤を含むＤＮＡ損傷剤）を使用して、幅広い種類のＴＤＣ標準（ＤＡＲ０及びＤＡＲ２）でさらに試験した。類似のイオン化効率及びＤＡＲ０及びＤＡＲ２の相対比は、直接的ＬＣ−ＭＳ手法によって観察され、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳが、幅広い種類のＦａｂ部位特異的抗体薬物複合体に適用可能であることを確認した。
【０２２３】
ＰＮＧａｓｅＦ消化、第１世代、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイ方法は、マレイミド−カプロイル−バリン−シトルリン−アミノ−ベンジルオキシカルボニル（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ）リンカーを介して細胞傷害性薬物モノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）に複合体化された、システイン操作された、抗ＭＵＣ１６抗体を含んだＴＤＣ（ＴＨＩＯＭＡＢ（登録商標）抗体薬物複合体）標準混合物を使用する。この方法は、リンカー−薬物及び抗体に応じて個々のＤＡＲに対して異なる反応を示すことが後に見出された。測定されたＤＡＲ０：ＤＡＲ２を１の理論値と比較すると、計算結果は±１５％以内で有意に異なってはいなかった。理論値との測定されたＤＡＲ０：ＤＡＲ２の差異は、第１世代及び／またはＩｄｅＳプロテアーゼ−一晩にわたる消化の親和性捕捉ＬＣ−ＭＳによって言明され、長時間（例えば、一晩にわたる）のビーズ上消化が、親和性富化ステップ中に個々のＤＡＲの潜在的な偏った回復を引き起こすことを示した。第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳにおいて、ＥＣＤ固定化、ＡＤＣ及びＥＣＤ結合、ならびにビーズ上消化ステップの低減及び最適化されたインキュベート時間は、異なるＤＡＲの潜在的な偏った捕捉を最小化し、それによって、ＤＡＲプロファイリングのためにより正確な情報を提供した。それ故に、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳの利点は、
第２世代ＬＣ−ＭＳ（最大で２３０ｃｐｓ）によるＭＳ強度が第１世代分析（最大で４８ｃｐｓ）によるものより高いことを含む。
【０２２４】
第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳは、およそ２０ｎｇ（０．２μｇ／ｍＬ×１００μＬ）と同程度に低いＴＤＣの検出を可能にする。
【０２２５】
隣接するＭＳピークは、第２世代アッセイによってより良好に分解された。
【０２２６】
グリカンのより完全な除去は、第２世代捕捉ＬＣ−ＭＳで観察される。
【０２２７】
ＰＮＧａｓｅ  Ｆの一晩にわたる消化による脱グリコシル化と比較して、ＩｄｅＳプロテアーゼによるＦｃ除去は、約１時間以内で完了し、アッセイ効率を大いに改善した（第２世代ＬＣ−ＭＳに対して１日対第１世代ＬＣ−ＭＳに対して２日）。
【０２２８】
親和性捕捉ＬＣ−ＭＳを、特異的に設計して、ＡＤＣ異化物を特定し、ＤＡＲプロファイルを特徴付けし、それによって、循環するＡＤＣの最終結果及びＰＫ作用を理解する。それによって、インビボでの生体内変化を正確に反映するために、試料調製プロセスを通してＡＤＣの完全性を保持することが重要である。しかしながら、ＰＮＧａｓｅＦ消化、第１世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳアッセイを使用して、不安定細胞傷害性薬物を含むＡＤＣが観察され、長時間のインキュベート後のエクスビボペイロード代謝等の意図しない変化を経た（図１Ｆ−１）。ラットの血漿中の不安定なＴＤＣ、ＴＤＣ−Ｌ２の、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳインタクト抗体アッセイ（左）及びＦ（ａｂ’）２アッセイによる、インビボ分析（図１Ｆ−２）。エクスビボペイロード代謝から生じる人工部分的薬物損失（−ＰＤ）を、３７℃で１時間、ＩｄｅＳ消化及び親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイによって最小化した。ＴＤＣ−Ｌ２は、ＣＢＩ二量体薬物部分及びマレイミドリンカーを有する。かかる人工ＡＤＣ異化物の産生を、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ（図１Ｆ−２）で最小化し、そこでＩｄｅＳ消化を１時間以内で完了した。低減された消化時間は、ＡＤＣの完全性において最小の意図しない変化を可能にし、このように、インビボでのＡＤＣ生体内変化及びＰＫ作用に関するより正確に情報を提供する。
【０２２９】
図３Ａは、３つの複製について、それぞれ、０．１３、０．０９、及び０．１４の標準偏差を伴う、直接的ＬＣ−ＭＳアッセイ、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ、及び親和性捕捉ＬＣ−ＭＳインタクト抗体アッセイによる、ＴＤＣ（ＰＢＤ二量体薬物、ジスルフィドリンカー）標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）のＤＡＲプロファイリングを示す。添加されたＴＤＣ標準混合物を含有するヒトの血漿（１００μＬ）を、親和性捕捉のために使用し、５μＬ溶出液をＬＣ−ＭＳ分析のために注入した。図３Ｂは、直接的ＬＣ−ＭＳ、１時間のＩｄｅＳ消化を伴う親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ、及び一晩にわたるＩｄｅＳ消化を伴う親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイによる、ジスルフィドリンカーでシステイン操作抗体に共有結合しているＰＢＤ二量体（ＴＤＣ１及びＴＤＣ４）、アントラサイクリン（ＴＤＣ２）、及びＣＢＩ二量体（ＴＤＣ５）薬物部分を有するＴＤＣのＴＤＣ標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）のＤＡＲ（薬物−抗体比）プロファイリングを示す。添加されたＴＤＣ標準混合物を含有するヒトの血漿（１００μＬ）を、親和性捕捉のために使用し、５μＬ溶出液をＬＣ−ＭＳ分析のために注入した。ＴＤＣ２のために測定されたＤＡＲ０：ＤＡＲ２の誤りは、ＩｄｅＳの一晩にわたる消化親和性捕捉ＬＣ−ＭＳによって言明され、延長したビーズ上インキュベート（例えば、一晩にわたる消化）が、試料調製の間に異なる薬物−負荷ＴＤＣ２種の潜在的な偏った回復をもたらしたことを示した。例えば、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイにおいて、有意に低減されたビーズ上消化時間は、異なるＡＤＣ種の潜在的な偏った回復を最小化し、それによって、ＤＡＲ推定に関するより正確な情報を提供した。
【０２３０】
複合ＡＤＣ異化物の分析において、近接するデコンボリューションされたＭＳピークは、ＡＤＣ異化物構造の正確な配置を可能にするために近ベースライン分離（ｎｅａｒ  ｂａｓｅｌｉｎｅ  ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ）を必要とする。図１Ｅは、チオール−マレイミド結合の切断によるリンカー−薬物分解（−ＬＤ）を示す。複数のＴＤＣ異化物を、薬物分子から４２Ｄａの損失のために、インビボでマウスの血漿中で生成した。それらのＭＳピークは、ＰＮＧａｓｅＦ消化、第１世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ（図１Ｅ−１）によって分解されなかったが、ＩｄｅＳ消化、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ（図１Ｅ−２）によって近ベースライン分解され（ｎｅａｒ  ｂａｓｅｌｉｎｅ−ｒｅｓｏｌｖｅｄ）、それは確信した異化物の特定及びより正確なＤＡＲの計算を可能にした。この正確な情報は、ＡＤＣの効能及び毒性プロファイル、ならびにＡＤＣ薬物代謝を理解するために役立ち、次に、抗体プラットフォーム、複合体化化学、リンカー、及び薬物の新型に焦点をあてられた新しい細胞傷害性ＡＤＣ設計を最適化することを助ける。インビボでのＡＤＣ及び複合異化物の薬物開発の間に検証されなければならない複数の薬物及び代謝パラメータは、生化学分析的分析における課題を提起する。例えば、第２世代親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ、ＤＡＲのための有用な試験的アッセイ及び異化物の特徴付けは、その限られた感受性、分解度、効率性、及び特定のＤＡＲ種に対する潜在的な偏った反応に起因して、次世代ＡＤＣに対して一般的には適用可能でないと見出された。このＰＮＧａｓｅＦ消化、第２世代アッセイは、薬物開発において有力になりつつある低用量及び不安定な部位特異的ＡＤＣを収容する。図１Ｅは、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳインタクト抗体アッセイ（１Ｅ−１）対親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ（１Ｅ−２）による、インビボでのマウスの血漿中の複雑化されたＴＤＣ異化物の特徴付けを示す。リンカー−薬物分解による部分的薬物損失（−ＰＤ）は、ＴＤＣ−Ｌ１の効力に著しく影響を与え、したがってＤＡＲの低減をもたらした。
【０２３１】
この比較例において用いられた第２世代親和性捕捉方法は、グリカンの大部分が位置するＦｃ断片を除去することによって、脱グリコシル化のためにＩｄｅＳプロテアーゼを利用した。リンカー薬物を保持する結果として得られたＦ（ａｂ’）２断片（約１００ｋＤａ）を、伝統的なインタクトＡＤＣ（約１５０ｋＤａ）の代わりに、ＬＣ−ＭＳによって分析する。ＰＮＧａｓｅを伴う一晩にわたる消化による脱グリコシル化と比較して、ビーズ上ＩｄｅＳ消化によるＦｃの素早い除去及びＦ（ａｂ’）２分析物の低減されたサイズは、より高い感受性、分解度、及び効率性、ならびに以下の表に要約されるように試料処理中にＡＤＣプロファイルに対する最小の意図しない変化及び完全性を有する改善されたアッセイをもたらす。
表  第１世代アッセイに対する変化及び改善
2019519769.tif 000029
【０２３２】
親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイを、薬物が鎖間ジスルフィドを介して結合される従来のＡＤＣの分析に拡張した。ＩｄｅＳプロテアーゼ消化なしで、ＰＮＧａｓｅ  Ｆによる一晩にわたる脱グリコシル化の後、軽鎖断片（より小さなサイズ）が重鎖断片（より大きなサイズ）のイオン化／ＭＳ信号を抑制するため、軽鎖（２５ｋＤ）及び重鎖（５０ｋＤ）断片を溶出するためにＬＣ分離を必要とした。ＩｄｅＳプロテアーゼ消化によって、軽鎖及び重鎖は、類似のサイズ（約２３〜２９Ｄａ）となり、同時に溶出、分析され、重鎖に対して最小のＭＳ偏りとなり得る。ビオチン化抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ’）２抗体等の一般的な捕捉試薬を利用する際、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイは、異なる抗体に複合体化された同じ薬物を有するＡＤＣにわたってＡＤＣ生体内変化における並列比較を見込んだ。この比較的な実施例は、より正確で詳細な生体内変化及びＰＫ情報のために、低用量、不安定、及び複合部位特異的ＡＤＣ、例えばＴＤＣを収容するためのＩｄｅＳプロテアーゼ消化、第２世代アッセイの可能性を示す。かかる情報は、細胞傷害性薬物設計を最適化し、適切なＰＫ生化学分析的戦略の開発を容易するのを助け、新しいＡＤＣ異化物の発見をもたらす。方法は、Ｆａｂ領域中に複合体化部位を有する種々の部位特異的ＡＤＣ、及び鎖間ジスルフィド複合体化を介する従来のＡＤＣの分析に適用可能である。
【０２３３】
実施例２：タンパク質濃度測定
正確なタンパク質濃度測定は、タンパク質−薬物複合体のインビトロ及びインビボでの効能、ならびに毒性を評価するために不可欠である。発明者らは、例えば、芳香族環の存在に起因して、特に２８０ｎｍでの小分子の吸光係数及び／またはその最大吸光度が未知である際に、２８０ｎｍでのタンパク質の吸光度に寄与する小分子ペイロードを含むＡＤＣのタンパク質濃度を測定するための方法を開発した。この実施例において、タンパク質濃度を、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｒｏｇｅｎｅｓ（ＩｄｅＳ）の免疫グロブリン分解酵素を伴うタンパク質分解性消化、及び続いてＬＣ−ＭＳ分析によって複合体化ペイロードとは独立して測定した。
【０２３４】
ＩｄｅＳは、ヒンジ領域下の部位で、高特異性でヒトＩｇＧ１を切断し、Ｆ（ａｂ’）２及びＦｃ断片を生成する（図１Ａ）。これらの種は、逆相上でクロマトグラフィー的に分離される（図２Ａ−１）。Ｆｃの２つのアーム間の非共有結合性の相互作用は、移動相の酸性及び有機溶媒濃度によって崩壊され、およそ２５ｋＤサイズのＦｃ／２ピークをもたらした。薬物ペイロードが鎖間ジスルフィドにまたはＦ（ａｂ’）２もしくはＦｃ領域に部位特異的に複合体化されるＡＤＣにおいて、薬物を含まず、Ｆｃ／２またはＦ（ａｂ’）２断片ピークのいずれかである結果として生じる抗体断片は、試料のタンパク質濃度を定量化するために使用され得る。この方法は、鎖間ジスルフィドを介して複合体化された伝統的なＡＤＣ、ならびに部位特異的複合体化のためにＦａｂまたはＦｃ領域のいずれかに位置する抗体当たり２つの操作システイン残基を有するＴＨＩＯＭＡＢ（商標）抗体薬物複合体（ＴＤＣ）の両方を特徴付けるために有用である。抗体−薬物複合体を、ＩｄｅＳで消化し、次いで、２８０ｎｍの吸光度での検出を伴う逆相ＬＣ−ＭＳ上に注入する。Ｆａｂ及び伝統的なＡＤＣ上で複合体化されたＴＤＣの場合、薬物を含む抗体断片を、Ｆｃ／２断片ピーク領域がタンパク質濃度の定量化のために使用されることを見込んでいるＦｃ／２断片からクロマトグラフィー的に分離する。この値は、開始濃度がＦｃ／２ピーク領域に対して示されるＩｄｅＳで消化された抗体標準の標準曲線の線形回帰を使用して補間されている（図２Ａ）。Ｆｃ上で操作システインを介して複合体化されたＴＤＣの場合、Ｆｃ／２断片を含む薬物を、Ｆ（ａｂ’）２断片ピーク領域がタンパク質濃度の定量化のために使用されることを見込んでいるＦ（ａｂ’）２断片からクロマトグラフィー的に分離する。この値は、開始濃度がＦ（ａｂ’）２ピーク領域に対して示されるＩｄｅＳで消化された抗体標準の標準曲線の線形回帰を使用して補間されている（図２Ａ）。
【０２３５】
０．５〜２０ｍｇ／ｍＬの範囲にわたる標準曲線（Ｆｃ／２ピーク領域対濃度、図２Ｂ、上部）（Ｆ（ａｂ’）２ピーク領域対濃度、図２Ｂ、下部）は、ＩｄｅＳプロテアーゼで消化されたトラスツズマブを使用して生成した。Ｆ（ａｂ）上で部位特異的に複合体化されたＴＤＣのタンパク質濃度は、ＴＤＣ（上部曲線）のＦｃ／２のピーク領域及び線形回帰を使用して決定され得る。鎖間ジスルフィド上で複合体化される伝統的なＡＤＣはまた、Ｆｃ／２断片がまたこれらの複合体中に薬物がないときに、この方法を使用して特徴付けられ得る。Ｆｃ上で部位特異的に複合体化されたＴＤＣのタンパク質濃度は、ＴＤＣ（下部曲線）のＦ（ａｂ’）２のピーク領域及び線形回帰を使用して決定され得る。
【０２３６】
方法
抗体当たり２つの操作システイン残基を有するＴＨＩＯＭＡＢ（商標）を、ｐＨ７．５で２時間、３倍モル過剰量のチオール反応性リンカー−薬物と共にインキュベートした。過剰なリンカー−薬物を、カチオン交換によって精製し、複合体をｐＨ５．５の緩衝液中に配合した。ＴＤＣの薬物対抗体比（ＤＡＲ）を、薬物による及び非薬物による種のデコンボリューションされた質量の存在量を使用してＬＣ−ＭＳ分析によって測定した（図２Ａ−２）。試験された全ての複合体は≧１．７のＤＡＲを有した。リンカー−薬物ペイロードは、７００〜１５００Ｄａのサイズの範囲であった。
【０２３７】
３０単位（３０単位／μｌ）のＩｄｅＳ（ＦＡＢＲＩＣＡＴＯＲ（商標）、Ｇｅｎｏｖｉｓ  ＡＢ）を、０．５２〜２０ｍｇ／ｍｌの濃度の範囲であった１０μｌの抗体または抗体−薬物複合体に添加した。反応混合物を、約ｐＨ６．５の最終反応ｐＨでＰＢＳを有する５０μｌの最終体積までもたらした。ＬＣ−ＭＳ分析前に３７℃で１時間インキュベートされた試料。試料を、エレクトロスプレーイオン化飛行時間型質量分析計（Ａｇｉｌｅｎｔ  ６２２４  ＴＯＦ−ＬＣ）に連結されたＨＰＬＣシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ  １２６０  ｉｎｆｉｎｉｔｙ）を使用して逆相高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）上で分析した。１０μｌの体積の試料を、８０℃まで加熱したＰＬＲＰ−Ｓ１０００Ａ°、８μｍ  ５０ｘ２．１ｍｍカラム（Ａｇｉｌｅｎｔ）上に注入した。勾配を、０．５ｍｌ／分の流量で、０．０５％のトリフルオロ酢酸（移動相Ａ）及びアセトニトリル中の０．０５％のトリフルオロ酢酸（移動相Ｂ）を使用して生成した。カラムを、５％Ｂで０．７分間、続いて、３０％Ｂ〜４０％Ｂで４．３分勾配を保持した。５分で、濃度はそれが１分間保持された９０％Ｂまで増加した。次いで、カラムを５％Ｂ中で２分間、再平衡させた。Ａｇｉｌｅｎｔ  ＭａｓｓＨｕｎｔｅｒ  ｓｏｆｔｗａｒｅを使用して、データを得て、分析した。
【０２３８】
デコンボリューションされた質量スペクトルデータを使用して、全抗体及び抗体薬物複合体が完了するまで消化され、インタクト抗体を含まないことを確認した。
【０２３９】
標準曲線を、既知の濃度のＩｄｅＳで消化されたトラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（商標）、抗−Ｈｅｒ２ヒトＩｇＧ１抗体）を使用して開発した。
１）操作システインＫ１４９ＣでＦ（ａｂ）上で部位特異的に複合体化されたリンカー薬物（複合体Ａ、図２Ｃ）、
２）操作システインＳ４００ＣでＦｃ上で部位特異的に複合体化されたリンカー薬物（複合体Ｂ、図２Ｄ）、または
３）鎖間ジスルフィド上で複合体化されたリンカー−薬物（複合体Ｃ、図２Ｅ）
を有する部位特異的トラスツズマブ構築物を調製した。
【０２４０】
トラスツズマブを、２０ｍＭのヒスチジン酢酸ｐＨ５．５、２４０ｍＭスクロース中で２０ｍｇ／ｍＬ〜０．５２ｍｇ／ｍＬの１．５倍に連続的に希釈した。この緩衝液を、多くのＡＤＣの最終配合のために使用される緩衝液であり、アッセイにおいて試験的試料の条件を模倣するため、希釈液のために選択した。試料を、合計１０の濃度まで３倍に希釈した。
【０２４１】
１０μｌの体積の各希釈液を、３９μｌのリン酸緩衝サリンｐＨ７．２に添加し、１μｌのＩｄｅＳ（３０単位／μｌ）を５０μｌの全体積まで添加した。これらの試料の最終ｐＨは、ＩｄｅＳ活性のために最適な活性範囲であった。試料を、３７℃で１時間インキュベートした。次いで、試料をＬＣ−ＭＳ上で順番に実行し、または濃度を増加させた。１０μｌの体積の抗体消化物を、逆相カラム上に注入し、勾配溶出して、Ｆｃ／２及びＦ（ａｂ’）２ピークを分離した。＞５μｇの抗体の注入をもたらした試料には、続けて、注入を伴わない同じＬＣ−ＭＳ方法の空の実行を行い、次の実行に繰り越す試料がないことを確実にした。
【０２４２】
抗体−薬物複合体のタンパク質濃度を、ＩｄｅＳでのタンパク質分解性消化、及び続いてＬＣ−ＭＳ分析によって測定した。標準曲線を、０．５２ｍｇ／ｍＬ〜２０ｍｇ／ｍＬの範囲である既知の濃度のＩｄｅＳで消化されたトラスツズマブを使用して開発した（図２Ｃ、２Ｄ、２Ｅ）。標準を、最小のエラーで３倍に消化及び実行した。開始濃度を、一連の基準（Ｒ２＝０．９９９９）への線形回帰をもたらすピーク領域に対して示した（図２Ｆ）。この線形回帰方程式を使用して、以下の表に従って未知の試料のタンパク質濃度を測定した。
１）Ｆ（ａｂ）上で部位特異的に複合体化されたリンカー−薬物について（図２Ｃ）
2019519769.tif 000030
２）Ｆｃ上で部位特異的に複合体化されたリンカー−薬物について（図２Ｄ）
2019519769.tif 000031
３）鎖間ジスルフィド上で複合体化されたリンカー−薬物について（図２Ｅ）
2019519769.tif 000032
【０２４３】
８１のＴＤＣのタンパク質濃度を、この方法を使用して、ならびにタンパク質濃度測定のための幅広く受け入れられている測色アッセイである、ＢＣＡによって測定した。各方法によって測定された濃度値を、強い相関を示している各々に対して示し、ＩｄｅＳ消化方法の精度及び再現性を検証した（図２Ｆ）。次いで、この方法によって測定された濃度値は、ベール−ランベルトの法則を使用してＡ２８０の吸光度でＴＤＣまたはＡＤＣの吸光係数を計算するために使用され得る。
【０２４４】
図３Ａは、３つの複製について、それぞれ、０．１３、０．０９、及び０．１４の標準偏差を伴う、直接的ＬＣ−ＭＳアッセイ、Ｉｄｅｓ消化、親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ、及びＰＮＧａｓｅＦ親和性捕捉ＬＣ−ＭＳインタクト抗体アッセイによる、ＴＤＣ（ＰＢＤ二量体薬物、ジスルフィドリンカー）標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）のＤＡＲプロファイリングを示す。添加されたＴＤＣ標準混合物を含有するヒトの血漿（１００μＬ）を、親和性捕捉のために使用し、５μＬ溶出液をＬＣ−ＭＳ分析のために注入した。
【０２４５】
図３Ｂは、直接的ＬＣ−ＭＳ、１時間のＩｄｅＳ消化を伴うＩｄｅＳ消化親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ、及び一晩にわたるＰＮＧａｓｅＦ消化を伴う親和性捕捉ＬＣ−ＭＳ  Ｆ（ａｂ’）２アッセイ（グリーン）による、ジスルフィドリンカーでシステイン操作抗体に共有結合しているＰＢＤ二量体（ＴＤＣ１及びＴＤＣ４）、アントラサイクリン（ＴＤＣ２）、及びＣＢＩ二量体（ＴＤＣ５）薬物部分を有するＴＤＣのＴＤＣ標準混合物（ＤＡＲ０：ＤＡＲ２＝１：１）のＤＡＲ（薬物−抗体比）プロファイリングを示す。添加されたＴＤＣ標準混合物を含有するヒトの血漿（１００μＬ）を、親和性捕捉のために使用し、５μＬ溶出液をＬＣ−ＭＳ分析のために注入した。ＴＤＣ２のために測定されたＤＡＲ０：ＤＡＲ２の誤りは、ＩｄｅＳの一晩にわたる消化親和性捕捉ＬＣ−ＭＳによって言明され、延長したビーズ上インキュベート（例えば、一晩にわたる消化）が、試料調製の間に異なる薬物−負荷ＴＤＣ２種の潜在的な偏った回復をもたらしたことを示した。
【０２４６】
これらの方法は、それらの複合体化ペイロードのスペクトル特性に関わらず、ＡＤＣのタンパク質濃度測定のための、素早い、ロバストの、再現可能なアッセイを提供する。フルオロフォア等の他の試験的ペイロードで複合体化された抗体は、この方法を使用して分析され得、フルオロフォアまたは吸光度とは独立してそれらのタンパク質濃度を決定する。従来のＡＤＣのタンパク質濃度はまた、この方法によって、特にＦｃ／２領域がこれらの複合体化部位を欠いている際にペイロードが鎖間ジスルフィドに複合体化されるＡＤＣのために測定されてもよい。
【０２４７】
本発明のアッセイは、比較的速い消化ステップを含み、過剰消化することなく完了まで継続する。このようにして、この方法論は、ペプシン、パパイン、及びエンドプロテアーゼリジンＣ等の従来のプロテアーゼの使用に対して、著しい利点を有する。例えば、ＩｇＧ１のペプシン消化は遅く、ｐＨ５未満で最も良く生じる。パパイン消化を、中性ｐＨで行い、タンパク質切断の部位は特異的でなく、複数のタンパク質切断イベントをしばしばもたらす。限られたＬｙｓＣ消化は、Ｆｃ領域を過剰消化し得る。ＩｄｅＳは、それがヒンジ領域下の重鎖上の１つの特異的部位でＩｇＧ１抗体を切断する際に、過剰消化の危険性を有さない。溶液中で、ＩｄｅＳは、４℃で最大１ヵ月間安定している。これらの特徴は、本明細書に示されるロバストタンパク質濃度アッセイに寄与する。
【０２４８】
日常濃度分析について、方法は、インラインでの質量分析計なしで、ＨＰＬＣ上で行われ得る。例えば、トラスツズマブ標準は、品質管理のために試験試料と共に、消化及び分析される。完全な消化は、インタクト抗体が既知の保持時間を有し、質量スペクトル分析なしで検出され得る。次いで、２８０ｎｍでの吸光度のピーク領域は、ＭＳ分析の必要なしに、タンパク質濃度と直接的に相関している。
【０２４９】
前述の発明が明確な理解のために例証及び例により多少詳しく記載されているが、これらの記述及び例は、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書で引用される全ての特許及び科学文献の開示は、参照によりそれらの全体が明示的に組み込まれる。
【図１Ａ】
2019519769.tif 000033
【図１Ｂ】
2019519769.tif 000034
【図１Ｃ】
2019519769.tif 000035
【図１Ｄ−１】
2019519769.tif 000036
【図１Ｄ−２】
2019519769.tif 000037
【図１Ｄ−３】
2019519769.tif 000038
【図１Ｅ−１】
2019519769.tif 000039
【図１Ｅ−２】
2019519769.tif 000040
【図１Ｆ−１】
2019519769.tif 000041
【図１Ｆ−２】
2019519769.tif 000042
【図２Ａ−１】
2019519769.tif 000043
【図２Ａ−２】
2019519769.tif 000044
【図２Ｂ】
2019519769.tif 000045
【図２Ｃ】
2019519769.tif 000046
【図２Ｄ】
2019519769.tif 000047
【図２Ｅ】
2019519769.tif 000048
【図２Ｆ】
2019519769.tif 000049
【図３Ａ】
2019519769.tif 000050
【図３Ｂ】
2019519769.tif 000051
【配列表】
2019519769000001.app
【国際調査報告】
2019519769.tif 000052
2019519769.tif 000053
2019519769.tif 000054
2019519769.tif 000055