(57)【要約】  本開示は、一次性及び再発性クロストリジウム・ディフィシル(CDI)を含むCDI感染症を治療するための組成物及び方法を提供する。特に、本明細書に記載される組成物及び方法は、凍結乾燥糞便微生物叢調製物を含む医薬組成物の単回経口投薬を介して、少なくとも80%のCDIクリアランス率を達成することができる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
必要とする対象においてクロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)感染症(CDI)を治療する方法であって、凍結乾燥糞便微生物調製物を含む単回投薬量の医薬組成物を前記対象に経口投与することを含み、前記単回投薬量は、少なくとも80%のCDIクリアランス率を達成することができる、方法。
【請求項２】
前記CDIクリアランス率が、20、30、40、50、又は100の患者集団サイズに基づいて計算される、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記対象の便中のプロテオバクテリア(Proteobacteria)の相対存在量が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン存在量と比較して、前記単回投薬量の投与から3〜6日以内に少なくとも50%減少する、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記対象の便中のファーミキューテス(Firmicutes)及びバクテロイデス(Bacteroidetes)からなる群から選択される1つ以上の細菌の相対存在量が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン存在量と比較して、前記単回投薬量の投与から3〜6日以内に少なくとも50%増加する、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
前記対象の便中のファーミキューテス内のアルファ多様性が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン多様性と比較して、前記単回投薬量の投与から3〜6日以内に少なくとも100%増加する、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
前記対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン多様性と比較して、前記単回投薬量の投与から6日、21日、又は60日以内に実質的に変化しないままである、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
前記単回投薬量が、少なくとも90%のCDIクリアランス率を達成する、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
前記対象が、前記医薬組成物の前記投与前の2時間、水だけを許可される、又は前記医薬組成物の前記投与後の2時間、水だけを許可される、又はその両方である、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
前記対象が、前記単回投薬量の投与から最初の2週間以内に、腸運動の不規則性、膨張、若しくは鼓腸をほとんど経験しないか又は全く経験しない、請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
前記医薬組成物が、前記投与前に少なくとも3日間、室温で保存することができる、請求項1に記載の方法。
【請求項１１】
前記方法が、前記単回投薬量の投与前に結腸下剤を必要としない、請求項1に記載の方法。
【請求項１２】
前記医薬組成物が、腸溶性カプセル又はマイクロカプセル、耐酸性カプセル又はマイクロカプセル、腸溶性錠剤、耐酸性錠剤、腸溶性ゲルタブ、耐酸性ゲルタブ、腸溶性丸薬、又は耐酸性丸薬として製剤化される、請求項1に記載の方法。
【請求項１３】
前記単回投薬量が、1010個以上の総細胞数を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１４】
前記凍結乾燥糞便微生物調製物が、トレハロース、グルコース、フルクトース、スクロース、ラクトース、リボース、マンニトール、エリトリトール、アラビトール、ソルビトール、アラニン、グリシン、プロリン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される凍結防止剤を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１５】
前記CDIが、一次性CDI又は再発性CDIである、請求項1に記載の方法。
【請求項１６】
前記糞便微生物調製物が、ドナーの、完全な又は実質的に完全な微生物叢を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１７】
前記糞便微生物調製物の調製が、選別、篩分け、分画遠心分離、密度勾配遠心分離、濾過、クロマトグラフィー、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される分離工程を伴う、請求項1に記載の方法。
【請求項１８】
前記糞便微生物調製物が、正常で健康的なヒト糞便フローラに類似した含有比率で生存フローラの調製物を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１９】
前記対象が、前記組成物の投与前に抗生物質で前処置される、請求項1に記載の方法。
【請求項２０】
前記抗生物質が、アモキシシリン、テトラサイクリン、メトロニダゾール、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項19に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への参照
本出願は、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる、2016年7月1日に出願された米国仮特許出願第62/357,814号及び2016年9月7日に出願された米国非仮特許出願第15/258,821号の利益を主張する。
【０００２】
発明の分野
本開示は、一般的に、医学及び胃腸病学、薬理学、並びに微生物学に関する。特に、この出願は、抗生物質単独では完全に除去することができないクロストリジウム(Closetridium)感染症(CDI)を治療する方法を提供する。
【背景技術】
【０００３】
医学及び農業における何十年にもわたる抗菌薬の広範な使用は、現代の医療において最も緊急に増大している脅威の1つを構成する、数が増加している抗生物質耐性病原体の出現をもたらしている。更に、抗生物質は、通常は宿主自体の微生物叢によって提供される定着抵抗性を低下させることによって感染症に対する脆弱性を増加させる。したがって、宿主微生物叢を救うことができる病原体に対するより標的化された治療、及び/又は正常な宿主微生物叢組成を回復することができる修復治療が望まれる。
【０００４】
再発性クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)感染症(R-CDI)の症候群は、治療のための広域抗生物質への依存の本質的な落とし穴を表す一般的な臨床的課題である。この感染症に対する標準的な抗生物質、例えば、メトロニダゾール及びバンコマイシンは、腸内微生物叢を抑制し、正常な微生物群構造の破壊及び全体的な微生物多様性の減少をもたらす。防御微生物叢の喪失及び二次胆汁酸の欠如がC.ディフィシル胞子発芽、栄養型C.ディフィシル細菌の増殖、及び内毒素の産生を可能にする場合、CDIは抗生物質療法の中止後に再発する。
【０００５】
再発性CDIは、CDIに関連した最も困難であり、ますます一般的な課題の1つである(Surawicz、Gastroenterology、2009年、136巻、1152〜4頁)。CDIの初期の発生率は、約20〜30%の症例において30日以内に再発することがあり(Kelly及びLaMont、N Engl J Med、2008年、359巻、1932〜40頁、Louieら、N Engl J Med、2011年、364巻、422〜31頁、Pepinら、Clin Infect Dis、2006年、42巻、758〜64頁)、及び2回以上の出現後に再発の危険性が2倍になる(McDonaldら、Emerg Infect Dis、2006年、12巻、409〜15頁)。高齢、非C. ディフィシレ適応症に対する介入抗生物質の使用、腎不全、免疫不全、及び制酸剤治療は、再発性CDIの公知の危険因子の一部である(Surawicz、Gastroenterology、2009年、136巻、1152〜4頁、Gareyら、J Hosp Infect、2008年、70巻、298〜304頁)。3つの臨床基準:65歳を超える年齢、重症疾患、及び初期CDIエピソードの治療後の抗生物質の継続的使用の存在は、ほぼ90%の再発率を予測するものである(Huら、Gastroenterology、2009年、136巻、1206〜14頁)。CDIはまた、最近、CDI感染症の更なる独立した危険因子として共通して認識されている炎症性腸疾患(IBD)の管理を複雑にする(Issaら、Clin Gastroenterol Hepatol、2007年、5巻、345〜51頁、Rodemannら、Clin Gastroenterol Hepatol、2007年、5巻、339〜4415頁)。基礎となるIBDを有する患者におけるCDIは、大腸炎の重症度の増加、並びに再発及び結腸切除術のより高い比率と関連している(Issaら、Inflamm Bowel Dis、2008年、14巻、1432〜42頁)。
【０００６】
正常であり健康的な腸内微生物叢(正常腸内微生物)の存在がCDIに対する防御を提供することが示唆されている。逆に、CDIの治療に使用されるメトロニダゾール及びバンコマイシンを含む抗生物質の使用による正常な腸内微生物叢の深刻な崩壊が、おそらくその再発の主な理由の1つである。Chang及び同僚は、初期及び再発性CDIを有する7人の患者の糞便微生物叢を分析するために、16S rDNA配列決定を使用した(Changら、J Infect Dis、2008年、197巻、435〜8頁)。彼らの報告は、細菌種の多様性が名目上の対照となる対象と比較して、全ての患者において低下したと主張している。同様に、Khoruts及び同僚は、糞便微生物叢のTRFLP分析を用いた対照と比較して、CDIを有する患者における顕著な腸内毒素症を報告した(Khorutsら、J Clin Gastroenterol、2010年、44巻、354〜60頁)。しかしながら、種の多様性の最大の低下は、再発性CDIを有する3人の患者に見られ、彼らの腸内微生物叢の崩壊は、門レベルで明白であり、通常、結腸における2つの優勢な門のうちの1つであるバクテロイデス(Bacteroidetes)において顕著に低下した。その代わりに、これらの患者の腸内微生物叢は、通常、結腸微生物叢のほんのわずかな構成要素であるプロテオバクテリア(Proteobacteria)門及びベルコミクロビア(Verrucomicrobia)門のメンバーによって支配されていた。
【０００７】
「糞便細菌療法」としても公知である糞便微生物叢移植(FMT)は、通常の組成及び機能性腸内微生物群の最速の再構成を可能にする1つの治療プロトコールを表す。何十年にもわたり、FMTは、典型的には、再発性クロストリジウム・ディフィシル感染症(CDI)を有する患者に対する最後の手段の選択肢として、世界中のセレクトセンター(select center)によって提供されてきた。FMTの一般的に引用された初期の報告は、Eiseman及び同僚によるものであり、1958年に重症又は劇症型の偽膜性大腸炎を有する可能性があった患者に対する糞便浣腸の使用について記載した(Eisemanら、Surgery、1958年、44巻、854〜9頁)。この時以来、500件を超える症例が、個々の症例報告、小規模な症例シリーズ、又は再発性CDIの除去における累積成功率が約90%の臨床試験として、いずれの特筆すべき有害事象もなく、報告されている。FMTに使用された歴史及び一般的な方法論は、最近のいくつかの概説に記載されている(Bakken、Anaerobe、2009年、15巻、285〜9頁、van Noodら、Euro Surveill、2009年、14巻、Khoruts及びSadowsky、Mucosal Immunol、2011年、4巻、4〜7頁、Khoruts及びSadowsky、Nat Rev Gastroenterol Hepatol、2016年:doi: 10.1038/nrgastro.2016.98)。
【０００８】
最近の無作為化された比較臨床試験は、この治療アプローチの顕著な有効性を確認している(van Noodら、2013年、N Engl J Med、368巻、407〜15頁)。しかしながら、長期にわたって成功した実績、並びに大きな臨床的必要性にもかかわらず、多数の患者のためのこの手段の利用可能性は、非常に限定されたままである。
【０００９】
現在、FMTは、結腸内視鏡、浣腸により、又は鼻空腸管を介して、ホモジナイズされた便、ホモジナイズされた便の抽出物、又は培養した便成分の形態でのヒト微生物叢の注入を含むいくつかの経路によって投与される。Youngsterら、JAMA、2014年は、カプセル化された凍結微生物叢を経口的に送達することができ、R-CDIの治療に成功をもたらすと主張しているが、この調製物の実用性は、審美性、貯蔵、及び有効期間の問題によって制限される。この背景の下で、本開示は、取り扱い、投与、及び貯蔵を容易にするために、ある範囲の温度に耐えることができる、微生物叢の凍結乾燥調製物を使用する次世代形態のカプセルFMTを提供する。本明細書に記載される方法及び組成物は、いくつかの条件を満たす:(1)凍結乾燥手順は、微生物叢の全分類スペクトルの大部分の生存能力を維持する、(2)得られた材料は、標準的なカプセル化を可能にする物理化学的特性を有する、(3)カプセル化手順は、微生物叢の生存能力を損なわない、(4)微生物叢が結腸に生着し、R-CDIを首尾よく治療する。更に、本開示は、単回投薬量で高いCDIクリアランス率を達成する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】国際公開第WO2012/122478号
【特許文献２】国際公開第WO2012/016287号
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Surawicz、Gastroenterology、2009年、136巻、1152〜4頁
【非特許文献２】Kelly及びLaMont、N Engl J Med、2008年、359巻、1932〜40頁
【非特許文献３】Louieら、N Engl J Med、2011年、364巻、422〜31頁
【非特許文献４】Pepinら、Clin Infect Dis、2006年、42巻、758〜64頁
【非特許文献５】McDonaldら、Emerg Infect Dis、2006年、12巻、409〜15頁
【非特許文献６】Gareyら、J Hosp Infect、2008年、70巻、298〜304頁
【非特許文献７】Huら、Gastroenterology、2009年、136巻、1206〜14頁
【非特許文献８】Issaら、Clin Gastroenterol Hepatol、2007年、5巻、345〜51頁
【非特許文献９】Rodemannら、Clin Gastroenterol Hepatol、2007年、5巻、339〜4415頁
【非特許文献１０】Issaら、Inflamm Bowel Dis、2008年、14巻、1432〜42頁
【非特許文献１１】Changら、J Infect Dis、2008年、197巻、435〜8頁
【非特許文献１２】Khorutsら、J Clin Gastroenterol、2010年、44巻、354〜60頁
【非特許文献１３】Eisemanら、Surgery、1958年、44巻、854〜9頁
【非特許文献１４】Bakken、Anaerobe、2009年、15巻、285〜9頁
【非特許文献１５】van Noodら、Euro Surveill、2009年、14巻
【非特許文献１６】Khoruts及びSadowsky、Mucosal Immunol、2011年、4巻、4〜7頁
【非特許文献１７】Khoruts及びSadowsky、Nat Rev Gastroenterol Hepatol、2016年:doi: 10.1038/nrgastro.2016.98
【非特許文献１８】van Noodら、2013年、N Engl J Med、368巻、407〜15頁
【非特許文献１９】Petersonら、Clin. Infect. Dis、2007年、45巻、1152〜60頁
【非特許文献２０】Stocks、Cytometry A、2004年10月、61巻(2号)、189〜95頁
【非特許文献２１】Cangelosi及びMescheke、Appl Environ Microbiol、2014年10月、80巻(19号)、5884〜5891頁
【非特許文献２２】Shannon及びWeaver、(1949年) The mathematical theory of communication. The University of Illinois Press、Urbana、117頁
【非特許文献２３】Hamiltonら、Am. J. Gastroenterology、2012年、107巻、761〜7頁
【非特許文献２４】Schlossら、Appl. Environ. Microbiol.、2009年、75巻、7537〜41頁
【非特許文献２５】Staleyら、Jmicrobiol Methods、2015年、114巻、43〜50頁
【非特許文献２６】Pruesse Eら、Nucleic Acids Res、2007年、35巻、7188〜96頁
【非特許文献２７】Huseら、Environ Microbiol、2010年、12巻、1889〜98頁
【非特許文献２８】Edgarら、Bioinformatics、2011年、27巻、2194〜200頁
【非特許文献２９】Gihringら、Environ Microbiol、2012年、14巻、285〜90頁
【非特許文献３０】Coleら、Nucleic Acids Res、2009年、37巻、D141-5
【非特許文献３１】Knightsら、Nat. Methods、2011年、8巻、761〜3頁
【非特許文献３２】Hamiltonら、Gut Microbes、2013年、4巻、125〜35頁
【非特許文献３３】Weingardenら、Microbiome、2015年、3巻、10頁
【非特許文献３４】Weingardenら、Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol、2014年、306巻、G310-9
【非特許文献３５】Shankarら、Microbiome、2014年、2巻、13頁
【非特許文献３６】Shahinasら、Mbio、2012年、3巻
【非特許文献３７】Seekatzら、MBio、2014年、5巻、e00893-14
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
本開示は、それを必要とする対象においてクロストリジウム・ディフィシル感染症(CDI)を治療する方法を含む。一部の態様では、本開示は、一次性CDIを治療する方法を含む。他の態様では、本開示は、抗生物質単独では除去することができない再発性CDIを治療する方法を含む。
【００１３】
より詳細には、ある態様では、本開示の方法は、それを必要とする対象に、凍結乾燥糞便微生物調製物を含む単回投薬量の医薬組成物を経口投与することを含み、この場合、単回投薬量は、単回投薬量の医薬組成物を受けている対象の集団において少なくとも80%のCDIクリアランス率を達成することができる。
【００１４】
本開示の更なる態様は、本開示の方法が、それを必要とする対象に、凍結乾燥糞便微生物調製物を含む単回投薬量の医薬組成物を経口投与することを含むことであり、この場合、単回投薬量は少なくとも80%のCDIクリアランス率を達成することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１Ａ】本開示の実施例2による、希薄化(rarefication)せずに、全てのマウス糞ペレット及びドナー試料の間の門の分布を示す図である。
【図１Ｂ】本開示の実施例2による、ドナーの寄与に関連付けられたOTUの門レベルの分類を示す図である。
【図２】本開示の実施例2による、PBS対照、凍結、又は凍結乾燥糞便微生物叢を強制投与されたドナー及び無菌マウス試料の主座標分析を示す図である。
【図３Ａ】本開示の実施例5による、治癒した患者試料及びドナー試料における門の分布を示す図である。
【図３Ｂ】本開示の実施例5による、ドナーの寄与に関連付けられたOTUの門レベルの分類を示す図である。
【図４】本開示の実施例5による、FMTによって治癒されたFMTの前後の患者、及びドナー試料における、個々に、バクテロイデス門及びファーミキューテス(Firmicutes)門内のアルファ多様性を示す図である。
【図５】本開示の実施例5による、低用量(2.1〜2.5×1011細胞)及び高用量(1.25〜2.5×1012細胞)のカプセルFMTを投与された患者由来の試料における、門の分布及びドナーとの類似性(すなわち、SourceTrackerソフトウェアパッケージを使用することによって決定される、ドナー生着に対するDNA配列の帰属)を示す図である。
【図６】本開示の実施例5による、PPIの使用によってグループ分けされた患者由来の試料間の門及び全ドナー類似性の分布を示す図である。
【図７Ａ】本開示の実施例5による、初期カプセルFMT後にC.ディフィシル感染症の再発を経験した患者の間の門及びアルファ多様性の分布を示す。
【図７Ｂ】本開示の実施例5による、結腸内視鏡FMT後、再発後のカプセルFMT後のC.ディフィシル感染症の再発を経験した患者の間の門及びアルファ多様性の分布を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
対応する参照番号は、いくつかの図面を通じて対応する部分を示す。本明細書に記載される例は、本開示のいくつかの態様を例示するものであるが、いずれの方法でも本開示の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
【００１７】
この説明は、本開示が実施され得る全ての異なる方法、又は本開示に追加し得る全ての特徴に関する詳細なカタログとなることを意図するものではない。例えば、一態様に関して例示された特徴は他の態様に組み込まれ得、特定の態様に関して例示された特徴はその態様から削除され得る。したがって、本開示は、本開示の一部の態様では、本明細書に記載されている任意の特徴又は特徴の組み合わせを排除又は省略することができることを企図する。更に、本明細書において示唆された様々な態様に対する多数の変形及び追加は、本開示を考慮すれば当業者には明らかであり、それらは本開示から逸脱しない。他の例では、本発明を不必要に分かりにくくしてしまわないために、周知の構造、インターフェース、及びプロセスを詳細に示していない。本明細書のいかなる部分も、本発明の全範囲のいかなる部分の否定をももたらすと解釈されることは意図されない。したがって、以下の説明は、本開示の一部の特定の態様を例示することを意図し、それらの全ての置換、組み合わせ、及び変形を網羅的に特定することを意図していない。
【００１８】
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書の開示の説明において使用される用語は、特定の態様を説明することのみを目的とし、本開示を限定することを意図するものではない。
【００１９】
本明細書に引用されている全ての刊行物、特許出願、特許及び他の参考文献は、それらの全体が参照により組み込まれる。
【００２０】
文脈がそうでないことを示さない限り、本明細書に記載される開示の様々な特徴は、任意の組み合わせで使用され得ることが特に意図される。更に、本開示はまた、本開示の一部の態様では、本明細書に記載される任意の特徴又は特徴の組み合わせを排除又は省略することができることを企図している。
【００２１】
本明細書に開示されている方法は、記載された方法を達成するための1つ以上の工程又は動作を含むことができる。方法の工程及び/又は動作は、本発明の範囲から逸脱することなく交換し得る。言い換えれば、特定の順序の工程又は動作が本態様の適切な操作のために必要とされない限り、特定の工程及び/又は動作の順序及び/又は使用は、本発明の範囲から逸脱することなく変更され得る。例えば、工程は、任意の実施可能な順序で行われ得る。及び、必要に応じて、2つ以上の工程の任意の組み合わせを同時に行われ得る。
【００２２】
用語「及び/又は」は、列挙された要素のうちの1つ若しくは全て、又は列挙された要素のうちの任意の2つ以上の組み合わせを意味する。
【００２３】
「好ましい」及び「好ましくは」という用語は、特定の状況下で特定の利益をもたらし得る本発明の実施形態を指す。しかしながら、他の実施形態はまた、同じ又は他の状況下で好ましい場合がある。更に、1つ以上の好ましい実施形態の記述は、他の実施形態が有用ではないことを意味するものではなく、本発明の範囲から他の実施形態を除外することを意図するものでもない。
【００２４】
特記しない限り、「1つの(a)」、「1つの(an)」、「その(the)」、及び「少なくとも1つの」は互換的に使用され、1つ以上を意味する。
【００２５】
また、本明細書において、端点による数値範囲の列挙は、その範囲内に包含される全ての数を含む(例えば、1〜5は、1、1.5、2、2.75、3、3.80、4、5等を含む)。
【００２６】
本明細書で使用される「約」、「およそ」、及び「実質的に」という用語は、パーセンテージ、細胞数、体積等の測定可能な値に言及する場合、特定の量の約±20%、±10%、±5%、±1%、±0.5%、更には±0.1%の変動を包含することを意味する。
【００２７】
本明細書で使用するとき、「XとYの間」及び「約XとYの間」等の語句は、XとYを含むと解釈されるべきである。本明細書で使用するとき、「約XとYの間」等の語句は「約Xと約Yの間」を意味し、「約XからYまで」等の句は、「約Xから約Yまで」を意味する。
【００２８】
本明細書で使用するとき、「CDIクリアランス」とは、治療剤を投与してから2ヶ月以内に、下痢症状の自然な再発がなく、便中にC.ディフィシル毒素Bが存在しないことを指す。
【００２９】
本明細書で使用するとき、「C.ディフィシル毒素Bが存在しない」とは、PCRによって試験された検出可能なC.ディフィシル毒素BのDNAが存在しないことを指す。例えば、Petersonら、Clin. Infect. Dis、2007年、45巻、1152〜60頁を参照されたい。
【００３０】
本明細書で使用するとき、「凍結乾燥(lyophilization)」又は「凍結乾燥(freeze drying)」は、材料を最初に凍結し、次に、その中の氷を真空環境で昇華させることによって材料を乾燥させるプロセスを指す。
【００３１】
本明細書で使用するとき、「凍結防止剤(cryoprotectant)」とは、例えば、微生物細胞を凍結中に、活性成分を保護するために製剤に添加される物質を指す。
【００３２】
本明細書で使用するとき、「凍結保護剤(lyoprotectant)」とは、凍結乾燥(Lyophilization)(凍結乾燥(freeze-drying)としても公知である)プロセスの乾燥段階中に活性成分を保護するために製剤に添加される物質を指す。
【００３３】
本明細書で使用するとき、「周囲温度」という用語は、周囲環境の温度、より具体的には周囲空気の温度を指す。「室温」という用語は、約15℃(59°F)〜22℃(72°F)の温度である、温度が制御された建物の室内温度を指す。
【００３４】
本明細書で使用するとき、「糞便細菌」とは、糞便物質中に見出すことができる細菌を指す。
【００３５】
本明細書で使用するとき、「糞便微生物」とは、糞便物質中に見出すことができる1つ以上の微生物を指す。
【００３６】
本明細書で使用するとき、「微生物叢」及び「フローラ」とは、真核生物、古細菌、細菌、及びウイルス(細菌ウイルス(すなわち、ファージ)を含む)を含む、持続的に及び一時的に、対象の生体中又は生体上に住む微生物の群を指す。「糞便微生物叢」又は「糞便微生物叢調製物」とは、対象の糞便中に存在する微生物の群を指す。選択されていない糞便微生物叢とは、選択せずにドナーの糞便試料に由来する糞便微生物の群又は混合物を指し、実質的に、このような糞便試料に見出される微生物成分及び集団構造に類似している。
【００３７】
本明細書で使用するとき、「非フローラ糞便物質」という用語は、本質的に微生物ではない糞便の成分を指す。例えば、非フローラ糞便物質には、限定されないが、未消化繊維又は宿主細胞破片が含まれる。
【００３８】
本明細書で使用するとき、「生存可能な」とは、無傷の細胞膜を保有することを意味する。ここでは、細菌集団の生存率は、細胞の膜完全性の関数としてモニターされる。損傷した膜を有する細胞は、死滅した又は死にかけているとみなされ、一方、無傷の膜を有する細胞は生存しているとみなされる。例えば、SYTO9及びヨウ化プロピジウムは、生細菌及び死細菌を染色及び識別するために使用される。Stocks、Cytometry A、2004年10月、61巻(2号)、189〜95頁を参照されたい。細胞の生存率はまた、分子生存率分析、例えば、生存細胞に関連した核酸を不活性化細胞に関連した核酸と区別することができるPCRに基づくアプローチを介して評価することができる。Cangelosi及びMescheke、Appl Environ Microbiol、2014年10月、80巻(19号)、5884〜5891頁を参照されたい。
【００３９】
本明細書で使用するとき、「単離された」又は「精製された」とは、(1)(自然であるか又は実験上の設定であるかにかかわらず)最初に生成されたときに伴っていた成分のうちの少なくとも一部から分離された、細菌又は他の実在物若しくは物質、並びに/又は(2)ヒトの手によって生成、調製、精製、及び/又は製造された、細菌又は他の実在物若しくは物質を指す。単離又は精製された細菌は、細菌が最初に伴っていた他の成分のうちの少なくとも約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%以上から分離することができる。
【００４０】
本明細書で使用するとき、細菌又は任意の他の生物若しくは実在物に関連して、「病原体」及び「病原性」という用語は、生物又は実在物を含む宿主生物の疾患、障害、又は状態を引き起こす又はこれらに影響を与えることができる任意のこのような生物又は実在物を含む。
【００４１】
本明細書で使用するとき、「胞子」又は「胞子」の集団は、一般的には生存しており、同一の細菌の栄養型よりも熱及び殺菌剤等の環境影響に対してより耐性があり、典型的には、発芽及び発芽後増殖が可能な細菌(又は他の単細胞生物)を含む。「胞子形成体(spore-former)」又は「胞子形成が可能な」細菌は、適切な環境条件下で胞子を生成する遺伝子及び他の必要不可欠な能力を含む細菌である。
【００４２】
本明細書で使用するとき、「対象」は、ヒト、実験動物(例えば、霊長類、ラット、マウス)、家畜(例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、シチメンチョウ、ニワトリ)、及びペット(例えば、イヌ、ネコ、齧歯動物等)を含む任意の動物対象を指す。対象又は患者は、健康であってもよく、又は胃腸病原体による感染症を患っていてもよく、又は胃腸病原体による感染症を発症する若しくは感染させるリスクがあってもよい。
【００４３】
本明細書で使用するとき、「シャノン多様性指数(Shannon Diversity Index)」は、所与のコミュニティに存在する種の個体数及び均等性を式:
【００４４】
【数１】
2019519562.tif 000002
【００４５】
を使用して説明する多様性指標を指し、式中、Hはシャノン多様性指数であり、Rはコミュニティにおける種の総数であり、piはi番目の種で構成されているRの割合である。高い値は、多様であり、均等に分散されたコミュニティを示し、0の値は、所与のコミュニティに1種のみが存在することを示す。更に参考までに、Shannon及びWeaver、(1949年) The mathematical theory of communication. The University of Illinois Press、Urbana、117頁を参照されたい。
【００４６】
本明細書で使用する「抗生物質」とは、細菌を死滅すること、細菌の増殖を阻害すること、又は細菌の生存率を低下させることによって細菌感染症を治療及び/又は予防するために使用される物質を指す。
【００４７】
本明細書で使用するとき、状態又は疾患に関して「治療」又は「治療する」は、状態又は疾患が患者に現れた後に、好ましくは臨床結果を含む有益な又は所望の結果を得るためのアプローチである。疾患に関する有益な又は望ましい結果には、限定されないが、以下のうちの1つ以上が含まれる:疾患に関連する状態の改善、疾患の治癒、疾患の重症度の低下、疾患の進行の遅延、疾患に関連した1つ以上の症状の軽減、疾患を患っているものの生活の質の向上、生存期間の延長、及びそれらの任意の組み合わせ。同様に、本開示の目的のために、状態に関する有益な又は望ましい結果には、限定されないが、以下のうちの1つ以上が含まれる:状態の改善、状態の治癒、状態の重症度の低下、状態の進行の遅延、病状に関連する1つ以上の症状を軽減、状態を患っているものの生活の質の向上、生存期間の延長、及びそれらの任意の組み合わせ。
【００４８】
本明細書で使用するとき、状態又は疾患に関して「予防」又は「予防する」は、それが患者に現れる前に状態又は疾患を発症するリスクを低下させるためのアプローチである。予防アプローチには、限定されないが、迅速であり、適切な管理を開始することができる、最も早い段階で疾患を同定すること、その症状が現れる前に状態又は疾患になりやすい組織を保護すること、疾患の結果を低下又は最小限にすること、及びそれらを組み合わせることが含まれる。
【００４９】
本明細書で使用するとき、「治療有効量」又は「薬学的に活性な用量」とは、言及された疾患、障害、又は状態の治療に有効な組成物の量を指す。
【００５０】
本明細書で使用するとき、「単回投薬量の医薬組成物」とは、単回投与における治療有効量の組成物を提供することを指す。
【００５１】
本明細書で使用するとき、「アルファ多様性」とは、局所規模又は特定の生息地における平均の種多様性を指し、種の数によって決定される。
【００５２】
本明細書で使用するとき、「腸内毒素症」とは、消化管内の微生物の不均衡又は不適応を指す。
【００５３】
本開示のある態様は、それを必要とする対象においてCDIを治療する方法を含む。一部の態様では、それを必要とする対象において一次性CDIを治療する方法が提供される。特定の態様では、それを必要とする対象において再発性CDIを治療する方法が提供される。別の態様では、本開示は、それを必要とする対象においてCDIを予防する方法を提供する。
【００５４】
ある態様では、本開示の方法は、それを必要とする対象に、凍結乾燥糞便微生物調製物を含む単回投薬量の医薬組成物を経口投与することを含み、この場合、単回投薬量は、単回投薬量の医薬組成物を受けている対象の集団において少なくとも80%のCDIクリアランス率を達成することができる。別の態様では、単回投薬量の医薬組成物は、単回投薬量の医薬組成物を受ける対象の集団において少なくとも60%のCDIクリアランス率を達成することが可能であり得る。特定の態様では、単回投薬量の医薬組成物は、単回投薬量の医薬組成物を受ける対象の集団において少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%のCDIクリアランス率を達成することが可能であり得る。特定の態様では、単回投薬量の医薬組成物は、単回投薬量の医薬組成物を受ける対象の集団において少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも92%、少なくとも94%、少なくとも96%、少なくとも98%、又は少なくとも99%のCDIクリアランス率を達成することが可能であり得る。ある態様では、単回投薬量の医薬組成物は、単回投薬量の医薬組成物を受ける対象の集団において少なくとも50〜55%、55〜60%、60〜65%、65〜70%、70〜75%、75〜80%、80〜85%、85〜90%、90〜95%、95%〜100%のCDIクリアランス率を達成することが可能であり得る。ある態様では、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから最初の2週間以内に、対象は、腸運動の不規則性、膨張、又は鼓腸をほとんど経験しないか又は全く経験しない。
【００５５】
一態様では、本明細書に記載される糞便微生物調製物は、精製又は再構成された糞便細菌混合物を含む。一態様では、本明細書に記載される糞便微生物調製物は、糞便微生物叢調製物を含む。一態様では、糞便微生物調製物は、アシダミノコッカス(Acidaminococcus)属、アッカーマンシア(Akkermansia)属、アリスティペス(Alistipes)属、アナエロツルンカス(Anaerotruncus)属、バクテロイデス(Bacteroides)属、ビフィドバクテリウム(Bifidobacterium)属、ブラウティア(Blautia)属、ブチリビブリオ(Butyrivibrio)属、クロストリジウム(Clostridium)属、コリンセラ(Collinsella)属、コプロコッカス(Coprococcus)属、コリネバクテリウム(Corynebacterium)属、ドレア(Dorea)属、エンテロコッカス(Enterococcus)属、エシェリキア(Escherichia)属、ユーバクテリウム(Eubacterium)属、フィーカリバクテリウム(Faecalibacterium)属、ヘモフィルス(Haemophilus)属、ホールディマニア(Holdemania)属、ラクトバチルス(Lactobacillus)属、モラクセラ(Moraxella)属、パラバクテロイデス(Parabacteroides)属、プレボテラ(Prevotella)属、プロピオニバクテリウム(Propionibacterium)属、ラオウルテラ(Raoultella)属、ロゼブリア(Roseburia)属、ルミノコッカス(Ruminococcus)属、スタフィロコッカス(Staphylococcus)属、ストレプトコッカス(Streptococcus)属、サブドリグラヌルム(Subdoligranulum)属、及びベイロネラ(Veillonella)属からなる群から選択される1種以上、2種以上、3種以上、4種以上、又は5種以上の生きた糞便微生物を含む。一態様では、糞便微生物調製物は、バクテロイデス・フラジリス亜種ブルガタス(Bacteroides fragilis ssp. vulgatus)、コリンセラ・アエロファシエンス(Collinsella aerqfaciens)、バクテロイデス・フラジリス亜種テタイオタオミクロン(Bacteroides fragilis ssp. thetaiotaomicron)、ペプトストレプトコッカス・プロダクツスII (Peptostreptococcus productus II)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(Parabacteroides distasonis)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ(Faecalibacterium prausnitzii)、コプロコッカス・ユウタクタス(Coprococcus eutactus)、ペプトストレプトコッカス・プロダクツス(Peptostreptococcus productus)、ルミノコッカス・ブロミイ(Ruminococcus bromii)、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス(Bifidobacterium adolescentis)、ゲミガー・フォルミシリス(Gemmiger formicilis)、ビフィドバクテリアム・ロンガム(Bifidobacterium longum)、ユーバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)、ルミノコッカス・トルキース(Ruminococcus torques)、ユーバクテリウム・レクターレ(Eubacterium rectale)、ユーバクテリウム・エリゲンス(Eubacterium eligens)、バクテロイデス・エガーシイ(Bacteroides eggerthii)、クロストリジウム・レプタム(Clostridium leptum)、バクテロイデス・フラジリス亜種A(Bacteroides fragilis ssp. A)、ユーバクテリウム・ビフォルメ(Eubacterium biforme)、ビフィドバクテリウム・インファンティス(Bifidobacterium infantis)、ユーバクテリウム・レクターレ(Eubacterium rectale)、コプロコッカス・コメス(Coprococcus comes)、シュードフラボニフラクター・カピローサス(Pseudoflavonifractor capillosus)、ルミノコッカス・アルブス(Ruminococcus albus)、ドレア・フォルミシゲネランス(Dorea formicigenerans)、ユーバクテリウム・ハリイ(Eubacterium hallii)、ユーバクテリウム・ヴェントリオスム(Eubacterium ventriosum)、フゾバクテリウム・ルッシ(Fusobacterium russi)、ルミノコッカス・オベウム(Ruminococcus obeum)、ユーバクテリウム・レクターレ、クロストリジウム・ラモーサム(Clostridium ramosum)、ラクトバチルス・ライヒマンニイ(Lactobacillus leichmannii)、ルミノコッカス・カリダス(Ruminococcus callidus)、ブチリビブリオ・クロッソタス(Butyrivibrio crossotus)、アシダミノコッカス・フェルメンタンス(Acidaminococcus fermentans)、ユーバクテリウム・ヴェントリオスム(Eubacterium ventriosum)、バクテロイデス・フラギリス亜種フラギリス(Bacteroides fragilis ssp. fragilis)、コプロコッカス・カツス(Coprococcus catus)、アナエロスチペス・ハドルス(Anaerostipes hadrus)、ユーバクテリウム・シリンドロイデス(Eubacterium cylindroides)、ユーバクテリウム・ルミナンチウム(Eubacterium ruminantium)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、ユーバクテリウム・リモーサム(Eubacterium limosum)、ティセラ・プラエアキュータ(Tissirella praeacuta)、フゾバクテリウム・モルティフェルム(Fusobacterium mortiferum)、フゾバクテリウム・ナビフォルメ(Fusobacterium naviforme)、クロストリジウム・イノキューム(Clostridium innocuum)、クロストリジウム・ラモーサム(Clostridium ramosum)、プロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes)、ルミノコッカス・フラベファシエンス(Ruminococcus flavefaciens)、バクテロイデス・フラギリス亜種オバータス(Bacteroides fragilis ssp. ovatus)、フゾバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)、フゾバクテリウム・モルティフェルム(Fusobacterium mortiferum)、エシェリキア・コリ、ゲメラ・モルビロルム(Gemella morbillorum)、フィネゴルディア・マグヌス(Finegoldia magnus)、ストレプトコッカス・インターメディウス(Streptococcus intermedius)、ルミノコッカス・ラクタリス(Ruminococcus lactaris)、ユーバクテリウム・テヌエ(Eubacterium tenue)、ユーバクテリウム・ラムルス(Eubacterium ramulus)、バクテロイデス・クロストリジフォルミス亜種クロストリジフォルミス(Bacteroides clostridiiformis ssp. clostridliformis)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulans)、プレボテラ・オラリス(Prevotella oralis)、プレボテラ・ルミニコラ(Prevotella ruminicola)、オドリバクター・スプランクニカス(Odoribacter splanchnicus)、及びデスイフォモナス・ピグラ(Desuifomonas pigra)からなる群から選択される1種以上、2種以上、3種以上、4種以上、又は5種以上の生きた糞便微生物を含む。
【００５６】
一態様では、糞便微生物調製物は、アシダミノコッカス属、アッカーマンシア属、アリスティペス属、アナエロツルンカス属、バクテロイデス属、ビフィドバクテリウム属、ブラウティア属、ブチリビブリオ属、クロストリジウム属、コリンセラ属、コプロコッカス属、コリネバクテリウム属、ドレア属、エンテロコッカス属、エシェリキア属、ユーバクテリウム属、フィーカリバクテリウム属、ヘモフィルス属、ホールディマニア属、ラクトバチルス属、モラクセラ属、パラバクテロイデス属、プレボテラ属、プロピオニバクテリウム属、ラオウルテラ属、ロゼブリア属、ルミノコッカス属、スタフィロコッカス属、ストレプトコッカス属、サブドリグラヌルム属、及びベイロネラ属からなる群から選択される1種以上、2種以上、3種以上、4種以上、又は5種以上の生きた糞便微生物を欠失している又は実質的に欠いている。一態様では、糞便微生物調製物は、バクテロイデス・フラジリス亜種ブルガタス、コリンセラ・アエロファシエンス、バクテロイデス・フラジリス亜種テタイオタオミクロン、ペプトストレプトコッカス・プロダクツスII、パラバクテロイデス・ディスタソニス、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ、コプロコッカス・ユウタクタス、ペプトストレプトコッカス・プロダクツス、ルミノコッカス・ブロミイ、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス、ゲミガー・フォルミシリス、ビフィドバクテリアム・ロンガム、ユーバクテリウム・シラエウム、ルミノコッカス・トルキース、ユーバクテリウム・レクターレ、ユーバクテリウム・エリゲンス、バクテロイデス・エガーシイ、クロストリジウム・レプタム、バクテロイデス・フラジリス亜種A、ユーバクテリウム・ビフォルメ、ビフィドバクテリウム・インファンティス、ユーバクテリウム・レクターレ、コプロコッカス・コメス、シュードフラボニフラクター・カピローサス、ルミノコッカス・アルブス、ドレア・フォルミシゲネランス、ユーバクテリウム・ハリイ、ユーバクテリウム・ヴェントリオスム、フゾバクテリウム・ルッシ、ルミノコッカス・オベウム、ユーバクテリウム・レクターレ、クロストリジウム・ラモーサム、ラクトバチルス・ライヒマンニイ、ルミノコッカス・カリダス、ブチリビブリオ・クロッソタス、アシダミノコッカス・フェルメンタンス、ユーバクテリウム・ヴェントリオスム、バクテロイデス・フラギリス亜種フラギリス、コプロコッカス・カツス、アナエロスチペス・ハドルス、ユーバクテリウム・シリンドロイデス、ユーバクテリウム・ルミナンチウム、スタフィロコッカス・エピデルミディス、ユーバクテリウム・リモーサム、ティセラ・プラエアキュータ、フゾバクテリウム・モルティフェルム、フゾバクテリウム・ナビフォルメ、クロストリジウム・イノキューム、クロストリジウム・ラモーサム、プロピオニバクテリウム・アクネス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、バクテロイデス・フラギリス亜種オバータス、フゾバクテリウム・ヌクレアタム、フゾバクテリウム・モルティフェルム、エシェリキア・コリ、ゲメラ・モルビロルム、フィネゴルディア・マグヌス、ストレプトコッカス・インターメディウス、ルミノコッカス・ラクタリス、ユーバクテリウム・テヌエ、ユーバクテリウム���ラムルス、バクテロイデス・クロストリジフォルミス亜種クロストリジフォルミス、バクテロイデス・コアグランス、プレボテラ・オラリス、プレボテラ・ルミニコラ、オドリバクター・スプランクニカス、及びデスイフォモナス・ピグラからなる群から選択される1種以上、2種以上、3種以上、4種以上、又は5種以上の生きた糞便微生物を欠失している又は実質的に欠いている。
【００５７】
一部の態様では、本開示の方法は、単回投薬量の医薬組成物の経口投与前に、対象に最大2時間、水だけを摂取させることを更に含む。特定の態様では、本開示の方法は、単回投薬量の医薬組成物の経口投与前に、対象に最大約30分、最大約1時間、最大約1時間半、又は最大約2時間、水だけを摂取させることを含む。ある態様では、本開示の方法は、単回投薬量の医薬組成物の経口投与後に、対象に最大2時間、水だけを摂取させることを更に含む。特定の態様では、本開示の方法は、単回投薬量の医薬組成物の経口投与後に、対象に最大約30分、最大約1時間、最大約1時間半、又は最大約2時間、水だけを摂取させることを含む。一部の態様では、本開示の方法は、経口投与工程の前に結腸の下剤を必要としない。特定の態様では、本開示の方法は、単回投薬量の医薬組成物の経口投与後に少なくとも2時間、対象を直立位置に維持することを更に含む。
【００５８】
一部の態様では、本開示の方法は、経口投与工程の前に医薬組成物を4℃以上で保存することを更に含む。ある態様では、本開示の方法は、経口投与工程の前に少なくとも3日間、医薬組成物を室温で保存することを更に含む。
【００５９】
ある態様では、凍結乾燥糞便微生物調製物を含む、本開示の方法で使用される医薬組成物は、トレハロース、グルコース、フルクトース、スクロース、ラクトース、リボース、マンニトール、エリトリトール、アラビトール、ソルビトール、アラニン、グリシン、プロリン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される凍結防止剤を含み得る。
【００６０】
一部の態様では、本開示の方法で使用される医薬組成物は、腸溶性カプセル若しくはマイクロカプセル、耐酸性カプセル、耐酸性マイクロカプセル、腸溶性錠剤、耐酸性錠剤、腸溶性ゲルタブ、耐酸性ゲルタブ、腸溶性丸薬、又は耐酸性丸薬として製剤化され得る。特定の態様では、本開示の医薬組成物は、食品、液体飲料、食品添加物、乳製品ベースの製品、大豆ベースの製品又はその派生物、ゼリー、又はヨーグルトと一緒に投与され得る。
【００６１】
一部の態様では、本開示による単回投薬量は、1010以下、例えば、約103〜約1010、約104〜約1010、約105〜約1010、約106〜約1010、約107〜約109、又は約107〜約108等の総細胞数を含む。特定の態様では、本開示による単回投薬量は、1010以下、例えば、約103〜約1010、約104〜約1010、約105〜約1010、約106〜約1010、約107〜約109、又は約107〜約108等の総生細胞数を含む。
【００６２】
一態様では、本開示による単回投薬量は、少なくとも約105、106、107、108、109、1010、1011、1012、又は1013cfuを含む。別の態様では、単回投薬量は、最大で約105、106、107、108、109、1010、1011、1012、又は1013cfuを含む。更なる態様では、単回投薬量は、108cfu〜1014cfu、109cfu〜1013cfu、1010cfu〜1012cfu、109cfu〜1014cfu、109cfu〜1012cfu、109cfu〜1011cfu、109cfu〜1010cfu、1010cfu〜1014cfu、1010cfu〜1013cfu、1011cfu〜1014cfu、1011cfu〜1013cfu、1012cfu〜1014cfu、及び1013cfu〜1014cfuからなる群から選択される。一態様では、医薬組成物は、約0.2、0.4、0.6、0.8若しくは1.0グラムの単位質量中に、又は約0.2、0.4、0.6、0.8若しくは1.0ミリリットルの単位体積中に、上述の単回投薬量を含む。
【００６３】
一態様では、本開示による単回投薬量は、少なくとも約105、106、107、108、109、1010、1011、1012、又は1013個の細胞又は胞子を含む。別の態様では、単回投薬量は、最大で合計約105、106、107、108、109、1010、1011、1012、又は1013個の細胞又は胞子を含む。更なる態様では、単回投薬量は、108〜1014、109〜1013、1010〜1012、109〜1014、109〜1012、109〜1011、109〜1010、1010〜1014、1010〜1013、1011〜1014、1011〜1013、1012〜1014、及び1013〜1014個の細胞又は胞子からなる群から選択される。ある態様では、単回投薬量の細胞数は、生細胞に関する。一態様では、医薬組成物は、約0.2、0.4、0.6、0.8若しくは1.0グラムの単位質量中に、又は約0.2、0.4、0.6、0.8若しくは1.0ミリリットルの単位体積中に、上述の単位投薬量を含む。
【００６４】
一部の態様では、本開示による本開示の単回投薬量の医薬組成物は、糞便微生物叢に基づく治療に以前に曝されたことがない対象に投与される。特定の態様では、本開示による単回投薬量の医薬組成物は、胃腸の腸内毒素症を排除又は軽減する可能性がある。ある態様では、本開示による単回投薬量の医薬組成物は、対象の胃腸管における細菌の多様性を増加させ得る。
【００６５】
特定の態様では、それを必要とする対象への本出願の単回投薬量の医薬組成物の経口投与から3〜6日以内に、対象の便中のプロテオバクテリアの相対存在量は少なくとも30%減少し得る。特定の態様では、対象の便中のプロテオバクテリアの相対存在量は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜5日以内、3〜4日以内、又は4〜5日以内に少なくとも30%減少し得る。一部の態様では、対象の便中のプロテオバクテリアの相対存在量は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜6日以内に、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも98%減少し得る。
【００６６】
ある態様では、必要とする対象に本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜6日以内に、対象の便中のファーミキューテスの相対存在量が少なくとも30%増加し得る。特定の態様では、対象の便中のファーミキューテスの相対存在量は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜5日以内、3〜4日以内、又は4〜5日以内に少なくとも30%増加し得る。いくつかの態様では、対象の便中のファーミキューテスの相対存在量は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜6日以内に、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも98%増加し得る。
【００６７】
ある態様では、それを必要とする対象に本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜6日以内に、対象の便中のバクテロイデスの相対存在量は、少なくとも30%増加し得る。特定の態様では、対象の便中のバクテロイデスの相対存在量は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜5日以内、3〜4日以内、又は4〜5日以内に少なくとも30%増加し得る。いくつかの態様では、対象の便中のバクテロイデスの相対存在量は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜6日以内に、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、又は少なくとも98%増加し得る。
【００６８】
ある態様では、それを必要とする対象に本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜6日以内に、対象の便中のファーミキューテスのアルファ多様性が少なくとも20%増加し得る。特定の態様では、対象の便中のファーミキューテスのアルファ多様性は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜5日以内、3〜4日以内、又は4〜5日以内に少なくとも20%増加し得る。一部の態様では、対象の便中のファーミキューテスのアルファ多様性は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから3〜6日以内に、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%、少なくとも150%、又は少なくとも200%増加し得る。
【００６９】
ある態様では、それを必要とする対象に本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから6日以内に、対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性は実質的に変化しないままである。一部の態様では、対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから21日又は60日以内に実質的に変化しないままである。特定の態様では、対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから6日以内に、20%未満、例えば、15%未満、10%未満、8%未満、6%未満、又は4%未満の変化を示す。ある態様では、対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから21日以内に、20%未満、例えば、15%未満、10%未満、8%未満、6%未満、又は4%未満の変化を示す。別の態様では、対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから60日以内に、20%未満、例えば15%未満、10%未満、8%未満、6%未満、又は4%未満の変化を示す。
【００７０】
一部の態様では、本開示による方法は、下痢、体重減少、出血、食欲不振、腹痛、発熱、及び疲労感からなる群から選択される1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上の症状を排除又は軽減し得る。ある態様では、このような症状の排除又は軽減は、本出願の単回投薬量の医薬組成物を経口投与してから少なくとも3日以内、少なくとも1週間以内、少なくとも2週間以内、少なくとも3週間以内、少なくとも4週間以内、少なくとも5週間以内、少なくとも6週間以内に起こる。
【００７１】
特定の態様では、本開示による方法は、単回投薬量の経口投与後に維持投薬スケジュールを提供することを更に含む。一部の態様では、維持投薬スケジュールは、単回投薬量より少ないか又はそれに等しい投薬量を含む。ある態様では、維持投薬スケジュールは、少なくとも約2ヶ月、少なくとも約4ヶ月、少なくとも約6ヶ月、少なくとも約8ヶ月、少なくとも約10ヶ月、少なくとも約12ヶ月、少なくとも約18ヶ月、少なくとも約24ヶ月、少なくとも約36ヶ月、少なくとも約48ヶ月、少なくとも約72ヶ月、又は少なくとも約96ヶ月の期間、持続する。特定の態様では、単回経口投与と維持投薬スケジュールの間に少なくとも1週間の間隔があり得る。一部の態様では、間隔は、少なくとも約2週間、少なくとも約3週間、少なくとも約4週間、少なくとも約5週間、少なくとも約6週間、少なくとも約7週間、少なくとも約8週間、少なくとも約9週間、少なくとも約10週間、少なくとも約11週間、又は少なくとも約12週間であり得る。特定の態様では、維持投薬スケジュールは、連続投薬スケジュールである。ある態様では、維持投薬スケジュールは、間欠的投与スケジュールである。いくつかの態様では、間欠的投薬スケジュールは、少なくとも1日間間、少なくとも2日間、少なくとも3日間、少なくとも4日間、少なくとも5日間、少なくとも6日間、少なくとも7日間、少なくとも8日間、少なくとも9日間、少なくとも10日間、少なくとも11日間、少なくとも12日間、少なくとも13日間、又は少なくとも14日間の治療期間、続く、少なくとも1日間、少なくとも2日間、少なくとも3日間、少なくとも4日間、少なくとも5日間、少なくとも6日間、少なくとも7日間、少なくとも8日間、少なくとも9日間、少なくとも10日間、少なくとも11日間、少なくとも12日間、少なくとも13日間、又は少なくとも14日間の休止期間を含む。
【００７２】
特定の態様では、本開示による方法は、本開示の単回投薬量の医薬組成物の経口投与前に、対象を抗生物質で前処置することを更に含む。一部の態様では、抗生物質は、アモキシシリン、テトラサイクリン、メトロニダゾール、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、及びそれらの組み合わせからなる群より選択され得る。特定の態様では、抗生物質は、リファキシミン、リファマイシン誘導体、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、ビコザマイシン、アミノグリコシド、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、パロモマイシン、ベルダミシン(verdamicin)、ムタミシン(mutamicin)、シソミシン(sisomicin)、ネチルミシン(netilmicin)、レチミシン(retymicin)、カナマイシン、アズトレオナム、アズトレオナムマクロライド、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、アジスロマイシン、次サリチル酸ビスマス、バンコマイシン、ストレプトマイシン、フィダキソミシン(fidaxomicin)、アミカシン、アルベカシン、ネチミシン(netilmicin)、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、トブラマイシン、及びそれらの組合せからなる群から選択され得る。
【００７３】
特定の態様では、本開示による方法は、本開示の単回投薬量の医薬組成物の経口投与前に、対象を抗炎症薬で前処置することを更に含む。
【００７４】
一部の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、ドナーの、全て揃っている又は実質的に完全な微生物叢を含み得る。特定の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、選択されていない糞便微生物を含み得る。一部の態様では、糞便微生物調製物は、培養物から生きた非病原性糞便細菌の単離又は精製された集団を含み得る。特定の態様では、糞便微生物調製物は、非生体物質を実質的に含まない。一部の態様では、糞便微生物調製物は、残存繊維、DNA、ウイルスコート物質、及び非生存材料からなる群から選択される無細胞物質を実質的に含まない。ある態様では、本開示の糞便微生物調製物は、糞便微生物のドナー由来の真核細胞を実質的に含まなくてもよい。一部の態様では、本開示の糞便微生物叢調製物は、抗生物質耐性集団を含まない。
【００７５】
特定の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、及び超音波処理、又はそれらの組み合わせからなる群から選択される処理を含むプロセスによって調製される。一部の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、及び超音波処理からなる群から選択される1つ以上の処理を必要としないプロセスによって調製される。ある態様では、本開示の糞便微生物調製物は、以下の処理:エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、及び超音波処理のうちのいずれか1つを用いないプロセスによって調製される。一態様では、本開示の糞便微生物調製物は、フィルタリング（選別）、篩分け、密度勾配、濾過、クロマトグラフィー、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される分離工程を伴うプロセスによって調製される。一態様では、本開示の糞便微生物調製物は、フィルタリング、篩分け、密度勾配、濾過、及びクロマトグラフィーからなる群から選択される1つ以上の分離工程を必要としないプロセスよって調製される。
【００７６】
ある態様では、本開示の糞便微生物調製物は、再構成された糞便物質から調製される。別の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、合成糞便物質から調製される。
【００７７】
ある態様では、本明細書において提供され又は投与される医薬組成物は、2.0以上、2.1以上、2.2以上、2.3以上、2.3以上、2.4以上、2.5以上、3.0以上、3.1以上、3.2以上、3.3以上、3.4以上、3.4以上、3.5以上、3.6以上、3.7以上、3.8以上、3.9以上、4.0以上、4.1以上、4.2以上、4.3以上、4.4以上、4.5以上、又は5.0以上のシャノン多様性指数を含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、医薬組成物は、2.5〜5.0、2.7〜5.0、2.9〜5.0、3.1〜5.0、3.3〜5.0、3.5〜5.0、3.7〜5.0、3.9〜5.0、又は4.1〜5.0のシャノン多様性指数を含む糞便微生物叢を含む。一態様では、シャノン多様性指数は、門レベルで計算される。別の態様では、シャノン多様性指数は、科レベルで計算される。一態様では、シャノン多様性指数は、属レベルで計算される。別の態様では、シャノン多様性指数は、種レベルで計算される。更なる態様では、医薬組成物は、正常な健康ヒト糞便フローラに類似した含有比率(proportional content)のフローラの調製物を含む。
【００７８】
更なる態様では、医薬組成物は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10種の異なる科由来の糞便細菌を含む。ある態様では、本明細書において提供され又は投与される医薬組成物は、0.05%、0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、又は10質量%以下の非生体材料/生物材料を含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書で提供され又は投与される医薬組成物は、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、又は95質量%以下の非生体材料/生体材料を含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書において提供され又は投与される医薬組成物は、篩、カラム、又は類似したフィルタリングデバイスであって、篩、排除、若しくは2.0mm、1.0mm、0.5mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm、若しくは0.2mmの粒子フィルターサイズを有する上記デバイスを通過する糞便試料の非生体材料の粒子及び/又は生体材料の粒子を含む、それらからなる、又はそれから本質的になる。「非生体材料」は、賦形剤、例えば、処理された糞便物質に添加される、凍結防止剤等の薬学的に不活性な物質を含まない。「生物材料」は、糞便物質中の生体材料を指し、細菌及び古細菌等の原核細胞(生きている原核細胞及び生きている原核細胞になるように胞子形成することができる胞子)、原虫及び真菌等の真核細胞、及びウイルスを含む微生物を含む。一実施形態では、「生物学的材料」は、正常な健康ヒトの結腸に存在する生体材料、例えば、微生物、真核細胞、及びウイルスを指す。ある態様では、本明細書において提供され又は投与される医薬組成物は、組成物が実質的に無臭であるヒト糞便の抽出物を含む。ある態様では、本明細書で提供され又は投与される医薬組成物は、凍結乾燥、粗製、半精製又は精製製剤中の糞便物質又は糞便フローラ調製物を含む。
【００７９】
ある態様では、医薬組成物中の糞便微生物叢は、例えば、実質的に非フローラ糞便物質を含まない、高度に純化され又は精製された糞便マイクロフローラ(microflora)を含む。ある態様では、糞便微生物叢は更に処理され、例えば、篩分けの前、その後、又はその前後に精密濾過を受けることができる。別の態様では、高度に精製された糞便微生物叢産物を限外濾過して、大きな分子を除去するが、治療用マイクロフローラ、例えば細菌は保持される。
【００８０】
別の態様では、本明細書において使用される医薬組成物中の糞便微生物叢は、少なくとも約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%若しくは99.9%単離又は精製されている糞便フローラの分離株であり(又は含み)、約0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%若しくは1.0%以下の非糞便フローラ物質を有する、実質的に単離された若しくは精製された糞便フローラ又は全て揃っている(若しくは実質的に全て揃っている)微生物叢;或いはSadowskyら、国際公開第WO2012/122478A1号に記載され、又はBorodyら、国際公開第WO2012/016287A2号に記載される、実質的に単離され、精製され若しくは実質的に全て揃っている微生物叢を含むか又はそれから本質的になる。
【００８１】
ある態様では、医薬組成物中の糞便微生物叢は、ドナーの実質的に全て揃っている又は非選択的な糞便微生物叢、再構成された糞便物質、又は合成糞便物質を含む。別の態様では、医薬組成物中の糞便微生物叢は、抗生物質耐性集団を含まない。別の態様では、医薬組成物は糞便微生物叢を含み、外来材料(例えば、残留繊維、DNA、RNA、ウイルスコート物質、非生存材料等の無細胞材料を含む非生体物質;及び糞便物質のドナー由来の真核細胞等の生体物質)をほとんど含まない。
【００８２】
ある態様では、本明細書において使用される医薬組成物中の糞便微生物叢は、疾患スクリーニングされた新鮮な同種糞便又は同等の凍結乾燥され、再構成された糞便に由来する。ある態様では、新鮮な同種糞便は、抗生物質耐性集団を含まない。別の態様では、医薬組成物中の糞便微生物叢は、合成糞便組成物に由来する。ある態様では、合成糞便組成物は、好ましくは含有比率に関して、抗生物質耐性集団を含まない正常な健康ヒト糞便フローラに類似した生存フローラの調製物を含む。適切な微生物は、以下:バクテロイデス属、ユーバクテリウム属、フゾバクテリウム属、プロピオニバクテリウム属、ラクトバチルス属、ルミノコッカス属、エシェリキア・コリ、ゲミガー(Gemmiger)属、クロストリジウム属、デスルホモナス(Desulfomonas)属、ペプトストレプトコッカス(Peptostreptococcus)属、ビフィドバクテリウム属、コリンセラ属、コプロコッカス属、ドレア属、及びルミノコッカス属から選択され得る。
【００８３】
ある態様では、医薬組成物は、制酸剤等の他のアジュバントと組み合わせて胃内の細菌不活性化を抑制する。(例えば、Mylanta、Mucaine、Gastrogel)。別の態様では、胃内の酸分泌はまた、H2-アンタゴニスト又はプロトンポンプ阻害剤を使用して薬理学的に抑制され得る。H2-アンタゴニストの例は、ニチジンである。プロトンポンプ阻害剤の例は、オメプラゾールである。一態様では、酸抑制剤は、医薬組成物の投与前に投与され、又はそれと同時に投与される。
【００８４】
一部の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、正常な健康ヒト糞便フローラに類似している、含有比率の生存フローラの調製物を含む。特定の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも12種、少なくとも15種、少なくとも18種、又は少なくとも20種の異なる科由来の細菌を含む。一部の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも12種、少なくとも15種、少なくとも18種、少なくとも20種、少なくとも23種、少なくとも25種、少なくとも27種、少なくとも30種、少なくとも32種、少なくとも35種、少なくとも38種、又は少なくとも40種の異なる属由来の細菌を含む。特定の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、科、属、又は種のレベルで0.4〜5.0のシャノン多様性指数を有する。
【００８５】
一部の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、胞子形態で、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約99%、又は少なくとも約99.5%の微生物を有する。特定の態様では、本開示の糞便微生物調製物は、非胞子形態で、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約99%、又は少なくとも約99.5%の微生物を有する。
【００８６】
ある態様では、本開示は、以下の例示的な実施形態を提供する。
【００８７】
実施形態1:それを必要とする対象においてクロストリジウム・ディフィシル感染症(CDI)を治療する方法であって、前記方法は、凍結乾燥糞便微生物叢調製物を含む単回投薬量医薬組成物を前記対象に経口投与することを含み、前記単回投薬量は、少なくとも80%のCDIクリアランス率を達成する方法。
【００８８】
実施形態2:それを必要とする対象においてクロストリジウム・ディフィシル感染症(CDI)を治療する方法であって、前記方法は、凍結乾燥糞便微生物叢調製物を含む単回投薬量医薬組成物を前記対象に経口投与することを含み、前記単回投薬量は、少なくとも80%のCDIクリアランス率を達成することができる。
【００８９】
実施形態3:前記CDIクリアランス率が、20、30、40、50、又は100の患者集団サイズに基づいて計算される、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９０】
実施形態4:前記対象の便中のプロテオバクテリアの相対存在量が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン存在量と比較して、前記単回投薬量の投与から3〜6日以内に少なくとも50%減少する、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９１】
実施形態5:前記対象の便中のファーミキューテスの相対存在量が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン存在量と比較して、前記単回投薬量の投与から3〜6日以内に少なくとも50%増加する、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９２】
実施形態6:前記対象の便中のバクテロイデスの相対存在量が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン存在量と比較して、前記単回投薬量の投与から3〜6日以内に少なくとも50%増加する、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９３】
実施形態7:前記対象の便中のファーミキューテス内のアルファ多様性が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン多様性と比較して、前記単回投薬量の投与から3〜6日以内に少なくとも100%増加する、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９４】
実施形態8:前記対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン多様性と比較して、前記単回投薬量の投与から6日、21日、又は60日以内に実質的に変化しないままである、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９５】
実施形態9:前記対象の便中のバクテロイデス内のアルファ多様性が、前記単回投薬量を投与する直前のベースライン多様性と比較して、前記単回投薬量の投与から6日、21日、又は60日以内に15%未満の変化を示す、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９６】
実施形態10:前記単回投薬量が、少なくとも85%、88%、90%、92%、94%、96%、98%、又は99%のCDIクリアランス率を達成する、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９７】
実施形態11:前記対象が、前記医薬組成物の前記投与前の2時間、水だけを許可される、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９８】
実施形態12:前記対象が、前記医薬組成物の前記投与後の2時間、水だけを許可される、実施形態1又は2に記載の方法。
【００９９】
実施形態13:前記対象が、前記医薬組成物の前記投与後の少なくとも2時間、直立したままである、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１００】
実施形態14:前記対象が、前記単回投薬量の投与から最初の2週間以内に、腸運動の不規則性、膨張、若しくは鼓腸をほとんど経験しないか又は全く経験しない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０１】
実施形態15:前記医薬組成物が、前記投与前に4℃以上で保存される、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０２】
実施形態16:前記医薬組成物が、前記投与前に4℃以下で保存される、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０３】
実施形態17:前記医薬組成物が、長期保存のために-20℃又は-80℃で保存される、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０４】
実施形態18:前記医薬組成物が、前記投与前に少なくとも3日間、室温で保存され得る、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０５】
実施形態19:前記方法が、前記単回投薬量の投与前に結腸下剤を必要としない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０６】
実施形態20:前記医薬組成物が、腸溶性コーティングカプセル又はマイクロカプセル、耐酸性カプセル又はマイクロカプセル、腸溶性コーティング錠剤、耐酸性錠剤、腸溶性ゲルタブ、耐酸性ゲルタブ、腸溶性コーティング丸薬、又は耐酸性丸薬として製剤化される、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０７】
実施形態21:前記医薬組成物が、食品、液体飲料、食品添加物、乳製品ベースの製品、大豆ベースの製品又はその派生物、ゼリー、又はヨーグルトと一緒に投与される、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０８】
実施形態22:前記単回投薬量が、1010個以上の総細胞数を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１０９】
実施形態23:前記単回投薬量が、1010個以下の総細胞数を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１０】
実施形態24:前記単回投薬量が、1010個以下の総生細胞数を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１１】
実施形態25:前記単回投薬量が、約103〜約1010個、約104〜約1010個、約105〜1010個、約106〜1010個、約107〜109個、若しくは約107〜108個の総細胞数又は総生細胞数を含む、実施形態22に記載の方法。
【０１１２】
実施形態26:前記凍結乾燥糞便微生物叢調製物が、トレハロース、グルコース、フルクトース、スクロース、ラクトース、リボース、マンニトール、エリトリトール、アラビトール、ソルビトール、アラニン、グリシン、プロリン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される凍結防止剤を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１３】
実施形態27:前記CDIが一次性CDIである、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１４】
実施形態28:前記CDIが再発性CDIである、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１５】
実施形態29:前記単回投薬量が、前記対象の史上初の糞便微生物叢ベースの療法である、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１６】
実施形態30:前記糞便微生物叢調製物が、ドナーの、全て揃っている又は実質的に完全な微生物叢を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１７】
実施形態31:前記糞便微生物叢調製物が、選択されていない糞便微生物叢を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１８】
実施形態32:前記糞便微生物叢調製物が、培養からの単離された又は精製された生きた非病原性糞便細菌の集団を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１１９】
実施形態33:前記糞便微生物叢調製物の調製が、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、及び超音波処理、並びにそれらの組み合わせからなる群から選択される処理を伴う、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２０】
実施形態34:前記糞便微生物叢調製物の調製が、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、及び超音波処理からなる群から選択される処理を伴わない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２１】
実施形態35:前記糞便微生物叢調製物の調製が、フィルタリング、篩分け、分画遠心分離、密度勾配遠心分離、濾過、クロマトグラフィー、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される分離工程を伴う、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２２】
実施形態36:前記糞便微生物叢調製物の調製が、選別、篩分け、密度勾配、濾過、及びクロマトグラフィーからなる群から選択される1つ以上の分離工程を必要としない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２３】
実施形態37:前記糞便微生物叢調製物が、非生体物質を実質的に含まない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２４】
実施形態38:前記糞便微生物叢調製物が、残留繊維、DNA、ウイルスコート物質、及び非生存材料からなる群から選択される無細胞物質を実質的に含まない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２５】
実施形態39:前記糞便微生物叢調製物が、前記糞便微生物のドナー由来の真核細胞を実質的に含まない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２６】
実施形態40:前記糞便微生物叢調製物が、再構成された糞便物質由来である、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２７】
実施形態41:前記糞便微生物叢調製物が、合成糞便物質由来である、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２８】
実施形態42:前記糞便微生物叢調製物が抗生物質耐性集団を含まない、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１２９】
実施形態43:前記糞便微生物叢調製物が、正常であり健康的なヒト糞便フローラに類似した含有比率で生存フローラの調製物を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１３０】
実施形態44:前記糞便微生物叢調製物が、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、18、又は20個の異なる科に由来する細菌を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１３１】
実施形態45:前記糞便微生物叢調製物が、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、18、20、23、25、27、30、32、35、38、又は40個の異なる属に由来する細菌を含む、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１３２】
実施形態46:前記糞便微生物叢調製物が、種レベルで3.0〜4.5のシャノン多様性指数を有する、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１３３】
実施形態47:前記糞便微生物叢調製物が、胞子の形態で少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、99%、又は99.5%の微生物を有する、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１３４】
実施形態48:前記糞便微生物叢調製物が、非胞子の形態で少なくとも約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、99%、又は99.5%の微生物を有する、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１３５】
実施形態49:前記単回投薬の後に維持投薬スケジュールが続く、実施形態1又は2に記載の方法。
【０１３６】
実施形態50:前記維持投薬スケジュールが、前記単回投薬の用量より低い又はそれに等しい用量を含む、実施形態49に記載の方法。
【０１３７】
実施形態51:前記第2の投薬スケジュールが、少なくとも約2、4、6、8、10、12、18、24、36、48、72、又は96ヶ月間続く、実施形態49に記載の方法。
【０１３８】
実施形態52:前記単回投薬と前記維持投薬スケジュールの間隔が、少なくとも約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、又は12週間である、実施形態49に記載の方法。
【０１３９】
実施形態53:前記維持投薬スケジュールが連続投薬スケジュールである、実施形態49に記載の方法。
【０１４０】
実施形態54:前記維持投薬スケジュールが、間欠的投薬スケジュールである、実施形態49に記載の方法。
【０１４１】
実施形態55:前記間欠的投薬スケジュールが、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、又は14日の治療期間、その後の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、又は14日の休止期間が続く、実施形態54に記載の方法。
【０１４２】
実施形態56:前記単回投薬量が胃腸の腸内毒素症を排除又は軽減する、実施形態1から55のいずれか1つに記載の方法。
【０１４３】
実施形態57:前記単回投薬量が、前記対象の胃腸管における細菌の多様性を増加させる、実施形態1から56のいずれか1つに記載の方法。
【０１４４】
実施形態58:前記対象が、前記組成物の投与前に抗生物質で前処置される、実施形態1から57のいずれか1つに記載の方法。
【０１４５】
実施形態59:前記抗生物質が、アモキシシリン、テトラサイクリン、メトロニダゾール、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態58に記載の方法。
【０１４６】
実施形態60:前記抗生物質が、リファキシミン、リファマイシン誘導体、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、ビコザマイシン、アミノグリコシド、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、パロモマイシン、ベルダミシン、ムタミシン、シソミシン、ネチルミシン、レチミシン、カナマイシン、アズトレオナム、アズトレオナムマクロライド、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、アジスロマイシン、ビスマスサブサリチレート、バンコマイシン、ストレプトマイシン、フィダキソミシン、アミカミシン、アルベカシン、ネチルミシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態58に記載の方法。
【０１４７】
実施形態61:前記対象が、前記組成物の投与前に抗炎症薬で前処置される、実施形態1から60のいずれか1つに記載の方法。
【０１４８】
実施形態62:前記方法が、下痢、体重減少、出血、食欲不振、腹痛、発熱、及び疲労感からなる群から選択される1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上の症状を排除又は軽減する、実施形態1から61のいずれか1つに記載の方法。
【０１４９】
本開示は、好ましい実施形態を参照して説明されているが、本開示の範囲から逸脱することなく特定の状況に適応するために、様々な変更がなされ得て、均等物がそれらの要素に置換され得ることは当業者に理解される。したがって、本開示は、本開示を実施するために企図される最良の形態として開示された特定の実施形態に限定されないが、本開示は、添付の特許請求の範囲及び精神に含まれる全ての実施形態を含むことが意図される。
【実施例】
【０１５０】
(実施例1)
糞便細菌は、グリセロールが以下の凍結防止剤(全ての化学薬品はUSPグレード以上であり、PBS、pH7.0中に調製された):5%スクロースのみ;10%スクロースのみ;10%スキムミルクのみ;5%トレハロースのみ;10%トレハロースのみ;10%トレハロース+2.5%スクロース;5%トレハロース+2.5%スクロース;5%マンニトールのみ;又は10%マンニトールのみのうちの1つで置換されていることを除いて、以前にHamiltonら、Am. J. Gastroenterology、2012年、107巻、761〜7頁に記載された標準的な方法を用いて調製される。使用される凍結乾燥機(LyoStar II, Stone Ridge, NY、又は同等品)は、-20℃で36時間、続いて+30℃で6時間の棚温度を有する。全ての工程は、100mT以下の真空下で行われ、最終生成物は、使用されるまで+20℃に保持される。総投薬量は、2.5×1012細胞である。
【０１５１】
具体的には、5%又は10%濃度の細胞保護剤であるマンニトール及びトレハロースは、微粉末に砕かれ、カプセルに容易に包装され得る調製物を生じさせる。しかしながら、トレハロースによる細菌の生存率は、それらの膜の完全性(Table 1(表1))によって測定されるように、マンニトールと比較して優れており、新鮮な糞便微生物叢と比較してほとんど見分けがつかない(生存率の約4%の喪失)。特に、膜の完全性は、凍結乾燥後、最大8週間まで安定である。更に、10%トレハロースと比較して5%トレハロースを用いて生成された調製物間の生存率にはほとんど差がなく、より少ない量のトレハロースはより少ないカプセルで投薬を可能にする。結論として、トレハロースは、更なる全ての研究において標準的な凍結防止剤として選択される。
【０１５２】
【表１】
2019519562.tif 000003
【０１５３】
凍結乾燥微生物叢の膜の完全性は、室温、4℃及び-20℃で96時間保存した後も無傷のままである(Table 2(表2))。細胞数及び膜の完全性は、濾過工程及び室温、4℃、及び-20℃で96時間保持した後に調製された新鮮な微生物叢の3重の試料から決定される。この実験の結果は、最初の調製で見られたものと比較して、室温、4℃、又は-20℃で保持された試料中の細胞完全性に有意差がないことを示している。
【０１５４】
【表２】
2019519562.tif 000004
【０１５５】
(実施例2)
無菌マウスは、Mayo Clinic(Rochester, MN, USA)の無菌施設で飼育し、維持される。動物は、経口強制投与を介して、微生物叢又はPBSを1用量あたり100μL投与される。微生物叢調製物は、上述のように10%グリセロールを含む凍結/融解液体、又は5%トレハロース中の再水和凍結乾燥微生物叢を含む。各マウスへの凍結又は凍結乾燥材料のいずれかの投薬量は1010細胞である。強制経口投与前、並びに強制経口投与後3、7、14、及び21日目に糞便ペレットを回収する。
【０１５６】
微生物叢の異なる分類群が、凍結乾燥プロトコールによって保存されることを確実にするために、無菌マウスにおける調製物を試験する。凍結/融解液体調製物とグリセロールを比較する。全ての細菌門の迅速であり、安定した生着は、凍結処置群と凍結乾燥処置群の両方で明らかである。図1Aは、全てのマウス糞便ペレット及びドナー試料の間の希薄化形成のない門の分布を示す。図1Bは、ドナーの寄与に関連するOTUの門レベルの分類を示す。誤差バーは、平均の標準誤差を反映する。
【０１５７】
強制投与後、生着は、ポルフィロモナス(Porphyromonadaceae)科及びバクテロイデス科の間で主にバクテロイデスの初期の拡大として進行し、続いて、主にラクノスピラ科及びルミノコッカス科のファーミキューテスの相対存在量が増加する(図1A)。生殖は、強制投与後の3日目に凍結と凍結乾燥処置群の両方で明らかであり(T3;図1B)、ドナーOTUがコミュニティの>50%を占めている。ドナーコミュニティは、凍結乾燥調製物を用いてより迅速に確立するように見えるが、調製物間の差は、T3(p=0.101)又は全ての時間点にわたって有意ではない(p=0.237)。凍結処理群と凍結乾燥処理群の両方のコミュニティ構成は、ANOSIMによってドナーコミュニティと同様に互いに異なり(p<0.001)、各群は独立してクラスターをなしている(AMOVA p<0.001、図2)。
【０１５８】
(実施例3)
二重カプセル化されたカプセルは、サイズ00のカプセル内に包装された充填サイズ0のカプセルを使用することによって調製される。ヒプロメロースカプセルは、Capsugel(Morristown, NJ)からのDRcaps(登録商標)である。カプセルは、24穴の充填剤(Capsule Machine, Capsule Connection, Prescott, AZ)を使用して約1×1011細胞/カプセルの最終濃度まで手動で充填する。カプセルは必要になるまで50mL円錐管に-80℃(便利な乾式保存オプション)で保存される。冷凍庫から取り出されると、乾燥剤パケットが容器に追加される。-80℃での保存期間の長さは、カプセルの有効性に影響を与えないようである(Table 3(表3))。
【０１５９】
【表３】
2019519562.tif 000005
【０１６０】
(実施例4)
本明細書に記載されている経験を含め、2008年の開始からミネソタ大学プログラムで最初のFMTを提供した患者は全て、以前にKhorutsら、Clin. Gastroenterol. Hepatol.、2016年に記載されている正式な包含及び除外基準を満たす。簡単には、これらの包含基準は以下の通りである:(1)インフォームド・コンセント;(2)感染症の初期エピソードに続くCDIの少なくとも2つの自発的再発の証拠書類;(3)少なくとも1回の延長された抗生物質レジメン(6週間以上)の感染症除去の失敗;(4)FMTの3ヶ月以内の排泄物検査によるCDIの証拠書類。全てのFMT患者に対する除外基準は、以下を含む:(1)FMTの3ヶ月以内の非CDI抗生物質治療の予測;(2)肝疾患及び肝性脳症を有する患者に対して、患者がバンコマイシン、1日あたり125mg、又はリファキシミンによる抑制療法に耐えることができる場合、2年未満の平均余命。更に、本研究におけるFMTのカプセル化経口調製物によるFMTの除外基準は、以下を含む:(1)嚥下障害、(2)公知の炎症性腸疾患(IBD)、(3)結腸内視鏡診断の臨床適応の欠如、(4)任意の免疫抑制療法又は公知の免疫不全症(例、IgA欠乏症)の存在、(5)カプセルFMTについてインフォームド・コンセントの入手の失敗。カプセルFMTから除外された患者は、一般的な包含/除外基準が満たされる場合、選択肢として結腸内視鏡FMTが提供される。
【０１６１】
このコホートに含まれる一部の患者は、結腸内視鏡検査によって投与された以前のFMTのレシピエントである。このプログラムでは、CDIの自然発生的再発、すなわち新たな抗生物質誘発を伴わない感染症の再発を患っている患者に、別のラウンドのFMTが提供される。患者がCDIによる再感染、すなわち新たな抗生物質誘発後の再発を経験した場合、このような抗生物質治療の試み後の自発的再発後にのみ、抗CDI抗生物質(好ましくは、フィダキソミシン(fidaxomicin)、メトロニダゾール、又はバンコマイシン)及びFMTの1ラウンドが提供される。
【０１６２】
FMTカプセルの調製に使用されるドナー材料は、以前に記載されている標準的なドナーから得られる(ミネソタ大学IRBドナープロトコール1303M29782、Khorutsら、Clin. Gastroenterol. Hepatol.、2016年)。カプセルFMT調製物のための材料は、2人の男性ドナーによって提供される。医療関係者がFMTカプセルを患者の家に届け、FMTプロトコールの指示を補強する。初めに、結腸下剤を用いて患者の準備を整え、バンコマイシンはFMTの1日前まで続ける。結腸下剤をプロトコールから除去したら、患者はFMTの2日前にバンコマイシンを中止する。患者は、カプセルは2日間、冷蔵庫に保管できると告げられる。患者は、カプセルを摂取する前に2時間、水だけを許可される。カプセル摂取後の2時間、水だけが許容され、その間、患者は直立したままでなければならなかった。プロトコールは、結果のセクションにおいて更に記載されている臨床経験の過程で展開を生じる。変数には、(1)カプセルFMT前の結腸下剤薬の投与(最初の4人の患者の後に中止される)、(2)酸抑制薬、(3)FMTの投薬量(これは、主要な研究人員の減少に伴って、調製された材料の量が限定されたことにより、研究を進めるうちに減少される)を含む。
【０１６３】
2014年6月から2016年3月までのカプセルFMTの臨床経験全体を記載した単一施設(ミネソタ大学)の実際的な研究では、FMTの失敗は、下痢症状の自発的再発、及び投与の2ヶ月以内のPCRによるC.ディフィシル毒素Bの陽性糞便検査として定義される。C.ディフィシル毒素Bは、頻度にかかわらず、軟便を指摘又は訴えた全ての患者において測定される。全ての患者は、カプセルFMT後の追跡調査の来院のために2ヶ月後に病院で診察を受け、他の提供者による新しい質問又は懸念及び抗生物質用の新しい処方で無期限に病院と連絡を取り合うよう指示される。この研究は、ミネソタ大学のInstitutional Review Boardによって承認されている。
【０１６４】
この臨床コホートにおける患者の基本的な特徴は、このプログラムにおいてFMTを提供された、基礎となるIBDがない患者に匹敵する。これらの患者は、抗生物質のみでR-CDIのサイクルを断ち切る全ての合理的な試みに失敗する。
【０１６５】
臨床カプセルFMTプロトコ-ルは、プログラムの過程で展開を生じる。初期の投薬量(〜2.5×1012細菌、24〜27カプセル)は、糞便の質量に基づく粗く、任意の投与から生じた以前の結腸内視鏡検査の経験に基づく。カプセルは、空腹時に1日あたり2〜3回で2〜3日かけて投与される。最初の4人の患者は、カプセルを服用する前、結腸内視鏡FMT前に受けたものと同一である大腸下剤を服用するように指示される。5人目の患者は、下剤の服用に極度の困難を示した対麻痺患者である。したがって、彼女は下剤を受けないが、その代わりに、カプセルFMTを開始する前の2日間にバンコマイシンをオフにする期間を長くした。臨床転帰は成功しており、この事例証拠に基づいて、下剤準備段階は他の全ての患者に対するプロトコールから以降排除される。
【０１６６】
患者は、投与が比較的容易であるにもかかわらず、カプセルFMTプロトコールを直ちには受け入れない場合がある。同意プロセスの間、結腸内視鏡FMTに関する広範な経験及び新しいカプセルプロトコールの比較的な新しさが患者に伝えられる。CDI再発のサイクルに疲れきっている患者は、公知の成功歴のある治療を好む。したがって、カプセルを選択した初期の患者は、主に、結腸内視鏡FMTで治療した後に、自発的再発又は抗生物質によって誘発されるC.ディフィシルによる再感染のいずれかを患った患者である。これらの患者は、結腸内視鏡検査がない選択肢を歓迎する。これは、おそらく、彼らは落胆したと感じ、新しいものを試したいと望むためである。事実、カプセルFMTの利用可能性の最初の6ヶ月間に、4人の患者がカプセルFMTで治療され、31人の結腸内視鏡FMTが行われる。しかしながら、カプセルFMT代替品の受け入れペースは、この調製物を用いる臨床経験の成長、及び臨床結果について患者に知らせる能力とともに徐々に増加する。
【０１６７】
カプセルの供給が限られているため、投薬量を配分する必要がある。最初に、最初の投薬量を半分にし、次の14人の患者に1.25×1012細菌を受ける(1日以内に14カプセルを摂取する)。最後に、元の投薬量を一桁減少させ、最後の30人の患者に2.1〜2.5×1011細菌を投与する(2〜4カプセル、単回摂取)。患者は、カプセルを任意の用量で服用することに困難性及び審美的懸念がないことを報告する。
【０１６８】
CDI除去の成功率は、コホート全体で83.8%(41/49患者)である。カプセル治療が最初のFMTである全ての患者の中での成功率は89.7%(35/39患者)である。これらの患者のうちの1人は、彼女のカプセルFMTの翌日以内に複雑性尿路感染症(患者は尿道ステントを有していた)の入院中に広域抗生物質を受け、CDIによる再感染を患っている。最小投薬量の微生物叢でCDIを除去できた成功率は、カプセル治療が最初のFMTである患者で93.3%(28/30患者)及び96.2%(25/26)である。全コホートのうちの2人の患者は、2ヶ月のエンドポイント後にCDIの自然発生的な再発を患っている。上記の尿路感染症患者を除き、このコホートでは重篤な有害事象は観察されない。患者の約3分の1が、カプセルFMT後の最初の数週間で、いくらかの腸運動の不規則性、膨張、及び鼓腸を報告する。
【０１６９】
(実施例5)
糞便試料は、FMT前の1週間以内、FMT後の1、3、7、14日目、並びにFMT後の1、3、及び6〜12ヶ月後に、患者によって無菌容器に回収される。試料は、研究助手がピックアップするまで凍結保存され、氷上で実験室に輸送される。
【０１７０】
製造者の指示から逸脱することなく、250〜500mg量のヒト糞便物質は、PowerSoil(登録商標)DNA単離キット(MoBio Laboratories, Inc., Carlsbad, CA, USA)を用いて抽出される。微生物叢は、カプセルFMTが最初の介入を表した(すなわち、以前の結腸内視鏡FMTがなかった)患者、及び以前の介入にかかわらず感染症の任意の再発を経験した患者から特徴付けられる。16S rRNA遺伝子のV5+V6超可変領域は、BSF784/1064Rプライマーセットを用いてミネソタ・ゲノミクス・センター(UMGC, Minneapolis, MN, USA)で増幅される。(Soginら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006;103:12115-20; Claessonら、Nucleic Acids Res 2010;38:e200)。アンプリコンをゲル精製し、精製したアンプリコンを等量ずつプールして配列決定する。ペアエンド配列決定は、Illumina MiSeqプラットフォーム(Illumina, Inc., San Diego, CA, USA)を用いて、300ntの読み取り長でUMGCによって行われる。配列決定データは、fastqファイルとして回収され、無菌マウス及びドナー/患者試料について、それぞれBioProject受託番号SRP071210及びSRP064361で、国立バイオテクノロジー情報センターのシーケンスリードアーカイブに寄託されている。
【０１７１】
配列処理及び分析は、特に断りのない限り、MOTHUR ver.1.34.0(Schlossら、Appl. Environ. Microbiol.、2009年、75巻、7537〜41頁、Staleyら、Jmicrobiol Methods、2015年、114巻、43〜50頁)を用いて行われる。順方向及び逆方向の読み取りのためのFastqファイルは、150ntにトリミングされ、fastq-ジョインソフトウェアを使ってペアエンド接合される。(Aronesty Open Bioinforma J、201、7巻、1〜8頁)。配列は、50ntのウィンドウで35の平均品質スコアで品質が調整される。>8塩基のホモポリマー、あいまいな塩基、又はプライマー配列由来の>2ミスマッチを有する任意の配列は排除される。高品質の配列は、SILVAデータベースver.119(Pruesse Eら、Nucleic Acids Res、2007年、35巻、7188〜96頁)に対して整列され、続いて、2%の予備クラスター化工程に供される。(Huseら、Environ Microbiol、2010年、12巻、1889〜98頁)。キメラは、UCHIMEソフトウェアを用いて同定され、除去される。(Edgarら、Bioinformatics、2011年、27巻、2194〜200頁)。試料間の比較について、試料あたりの読み取り数は、無菌マウスでは50,456読み取り、患者比較では11,500読み取りになることは稀である。(Gihringら、Environ Microbiol、2012年、14巻、285〜90頁)。操作的分類単位(OTU)は、最隣接アルゴリズムを使用して97%の同一性で割り当てられ、分類割り当ては、RDP14データベースに対して行われる。(Coleら、Nucleic Acids Res、2009年、37巻、D141-5)。ドナーコミュニティの生着は、SourceTrackerソフトウェアのデフォルトパラメータを用いて、ドナー試料に起因する可能性があるレシピエントコミュニティのパーセンテージとして決定される(Knightsら、Nat. Methods、2011年、8巻、761〜3頁)。
【０１７２】
分析を単純化するために、糞便微生物叢の特徴付けは、カプセル治療が最初のFMTである患者から得られた試料に限定される。FMT前の全ての試料は、ドナー微生物叢と比較して著しく低い微生物多様性を示す(Table 4(表4))。このプログラム及び他のプログラムにおいてR-CDIのFMTを受けている患者の以前の研究(van Noodら、N. Engl. J. Med.、2013年、368巻、407〜15頁; Hamiltonら、Gut Microbes、2013年、4巻、125〜35頁; Weingardenら、Microbiome、2015年、3巻、10頁; Weingardenら、Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol、2014年、306巻、G310-9; Shankarら、Microbiome、2014年、2巻、13頁; Shahinasら、Mbio、2012年、3巻; Seekatzら、MBio、2014年、5巻、e00893-14)と同様に、これらの前FMTの試料は、ドナー試料と比較して、プロテオバクテリア(40.7±4.3%対2.0±0.5%、p<0.001)の相対存在量が著しく増加し、ファーミキューテス(34.4±3.8%対55.4±3.3%、p=0.443)バクテロイデス(8.5±2.7%対39.7±3.4%、p<0.001)の相対存在量が低下した。カプセルFMTは、以下に詳細に検討されるように、微生物の多様性の増加、プロテオバクテリアの相対的存在量の縮小、並びにファーミキューテス及びバクテロイデスの相対的存在量の増加と関連している。興味深いことに、これらの変化の動態は、異なる門の間で同等ではない。図3Aは、治癒した患者及びドナーの試料における門の分布を示す。試料は、FMT前(前FMT)、FMT後の6日以内(日)、FMT後の7日〜21日(週)、FMT後の30日〜60日(月)、又はFMT後の2ヶ月後に回収される。図3Bは、ドナーの寄与に関連するOTUの門レベルの分類を示す。誤差バーは、平均の標準誤差を反映する。特に、バクテロイデスの回復は幾分遅延し、その相対存在量はカプセルFMT後の1ヶ月後まで安定化しない。
【０１７３】
【表４】
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【０１７４】
FMT関連微生物群構造の変化に対するドナー微生物叢生着の寄与を評価するために、SourceTrackerコンピュータプログラムが採用される。FMT以前は、この分析は、患者試料におけるドナーに対するOTUの相対的に割合(22.6±4.4%)に起因すると考えられる。ドナー類似性は、カプセルFMT後の全ての時点で増加し、治療後の少なくとも1ヶ月で最大である。高投薬量カプセルFMT(1.25〜2.5×1012細菌)対低投薬量(2.1〜2.5×1011細菌)を受けた患者由来の糞便試料の分析は、微生物多様性の変化又は生着の動態に用量依存的な差は示されず、補足結果において更に議論される。同様に、微生物叢分析は、カプセルFMTにおけるプロトンポンプ阻害剤のいずれもの有害な効果を示さない。最後に、1カプセルFMTでCDIを除去することに失敗した全ての患者由来の糞便試料を分析し、以下に更に検討する。FMT後、これらの患者の微生物叢は、一般的に、治療の直後に抗生物質を受けるものを除いて、ドナーと分類学的により類似したものになる。しかしながら、患者数が少なかったため、FMT失敗を予測する明確なパターンの解明が妨げられる。
【０１７５】
全てのドナー及び患者試料の中で、99.1±0.1%の平均試料被覆率が観察され、各試料において平均279±29OTUが観察される。アルファ多様性は、シャノン指数に基づくと、臨床転帰にかかわらず、FMT前の患者試料において、ドナー及びFMT後の試料よりも有意に低い(Table 4(表4)、p<0.0001)。ファーミキューテスの存在量は、カプセルFMT後に有意な差はないが、一方、ファーミキューテス内のアルファ多様性は、FMT前の試料及び再発を経験した患者由来のもので有意に低くなるが(図4、p<0.0001)、存在量に有意差を示すバクテロイデス内のアルファ多様性の相違は、有意な差はなかった(p=0.468)。
【０１７６】
カプセル投薬量は、シャノン指数によって測定されるようにアルファ多様性に有意に影響を及ぼさず、1012細菌(3.72±0.18、p=0.187)と比較して、1011細菌投薬量(3.42±0.07)を受けた患者間に有意な差はない。優勢な門の相対存在量に多少の変動があるにもかかわらず(図5)、カプセル投薬量はまた、単一の時点内で門の相対存在量に有意な影響を及ぼさない(p>0.05)。同様に、SourceTrackerによって測定された生着の程度は用量依存的ではなく、どの時点でもドナー類似性のパーセントに差はない(p≧0.920)。更に、2ヶ月の追跡調査後、患者コミュニティ及びドナーの類似性は、用量に関係なくほぼ同一である。投薬量の相違と同様に、シャノン多様性は、プロトンポンプ阻害剤(PPI)の使用による有意な影響を受けず、PPIのオンとオフの平均インデックスはそれぞれ3.51±0.08対3.50±0.10である(p=0.824)。PPIの使用はまた、単一の時点内の主要な門の相対存在量(図6、p>0.05)又はドナー生着の程度(p≧0.977)に有意な影響を及ぼさない。
【０１７７】
再発を経験した患者は、FMT前に同様の分類学的構成を示すが(図7)、FMTの翌日のプロテオバクテリアの存在量は再発しなかった患者よりも多いことが観察される(p=0.013)。一部の患者(すなわち、P02、P03、及びP05)の微生物叢は、主にファーミキューテス及びバクテロイデスで構成されるドナー様集団に戻り、コミュニティはまた、FMT後の第1週以内でアルファ多様性の減少を示し、一方で、他の患者はより大きな比率のプロテオバクテリアを維持した。特に、UTI(P07)のために抗生物質に置かれた患者の微生物叢は、主にプロテオバクテリアで構成された。したがって、FMT失敗を示す可能性がある微生物コミュニティ構成のシフトの明確な傾向を知るには、更なる調査が必要である。
【図１Ａ】
2019519562.tif 000007
【図１Ｂ】
2019519562.tif 000008
【図２】
2019519562.tif 000009
【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
2019519562.tif 000011
【図４】
2019519562.tif 000012
【図５】
2019519562.tif 000013
【図６】
2019519562.tif 000014
【図７Ａ】
2019519562.tif 000015
【図７Ｂ】
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【国際調査報告】
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