(57)【要約】  本願明細書は、ある実施形態におけるｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合するモノクローナル結合剤を含む組成物およびその使用を開示する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｌ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３を含む結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号１〜１５から選択され、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６〜２５から選択され、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２６〜３６から選択され、
前記結合剤が間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤。
【請求項２】
重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｈ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号５０〜６１から選択され、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号６２〜７８から選択され、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号７９〜９３から選択され、
前記結合剤が間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤。
【請求項３】
配列番号１〜１５から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１６〜２５から選択されるＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２６〜３６から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、配列番号５０〜６１から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、配列番号６２〜７８から選択されるＣＤＲ−Ｈ２および配列番号７９〜９３から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含む結合剤であって、
前記結合剤が間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤。
【請求項４】
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２、４、６、８、１０、１２および１４から選択される、請求項１または３に記載の結合剤。
【請求項５】
ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１７、１９、２１、２３および２５から選択される、請求項１、３または４に記載の結合剤。
【請求項６】
ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７、２９、３１、３３および３５から選択される、請求項１、３、４または５に記載の結合剤。
【請求項７】
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号５１、５３、５５、５７および５９から選択される、請求項２または３に記載の結合剤。
【請求項８】
ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号６３、６５、６７、６９、７３および７５から選択される、請求項２、３または７に記載の結合剤。
【請求項９】
ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号８０、８２、８４、８６、８８、９１および９３から選択される、請求項２、３または８に記載の結合剤。
【請求項１０】
抗体、またはその結合断片である、請求項１から９のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１１】
モノクローナル抗体、またはその結合断片である、請求項１０に記載の結合剤。
【請求項１２】
ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の定常領域を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１３】
ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＡまたはＩｇＭの定常領域を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１４】
ヒト化されている、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１５】
少なくとも１つのヒト化またはヒトフレームワーク領域を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１６】
少なくとも３つのヒト化またはヒトフレームワーク領域を含む、請求項１５に記載の結合剤。
【請求項１７】
少なくとも１つのマウスフレームワーク領域を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１８】
少なくとも３つのマウスフレームワーク領域を含む、請求項１７に記載の結合剤。
【請求項１９】
抗体のＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖまたはｓｃＦＶである、請求項１から１８のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２０】
一本鎖ポリペプチドからなる、請求項１から１９のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２１】
配列番号３７〜４４から選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２２】
配列番号９４〜１０３から選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２３】
配列番号４５〜４９から選択される軽鎖配列を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２４】
配列番号１０４〜１０８から選択される重鎖配列を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２５】
配列番号４５〜４９から選択される前記軽鎖配列および／または配列番号１０４〜１０８から選択される前記重鎖配列がアミノ酸付加、アミノ酸欠失およびアミノ酸置換から選択される１〜５のアミノ酸改変を含む、請求項２３または２４に記載の結合剤。
【請求項２６】
ヒトがん細胞上におけるｃＭＥＴの内在化を誘起する、請求項１から２５のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２７】
ヒトがん細胞上におけるｃＭＥＴの分解を誘起する、請求項１から２５のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２８】
ｃＭＥＴアゴニストではない、請求項１から２５のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２９】
哺乳類ｃＭＥＴに特異的に結合する、請求項１から２８のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項３０】
前記哺乳類ｃＭＥＴがヒトｃＭＥＴ、サルｃＭＥＴまたはラットｃＭＥＴである、請求項２９に記載の結合剤。
【請求項３１】
ヒトｃＭＥＴ、サルｃＭＥＴまたはラットｃＭＥＴに特異的に結合する、請求項３０に記載の結合剤。
【請求項３２】
ヒトｃＭＥＴに特異的に結合する、請求項３０に記載の結合剤。
【請求項３３】
野生型ｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項１から３２のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項３４】
ｃＭＥＴ変異体の細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項１から３２のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項３５】
前記ｃＭＥＴ変異体がｃＭＥＴのＥ１６８ＤまたはＮ３７５Ｓ変異体を含む、請求項３４に記載の結合剤。
【請求項３６】
１０ｎＭ以下のＫＤでヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項１から３４のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項３７】
１ｎＭ以下のＫＤでヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項３６に記載の結合剤。
【請求項３８】
抗腫瘍剤を含む、請求項１から３７のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項３９】
請求項１から３８のいずれか一項に記載の結合剤である第１の結合剤と、ｃＭＥＴに特異的に結合しない第２の結合剤とを含む組成物。
【請求項４０】
前記第１の結合剤がｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤であり、前記第２の結合剤が前記第１の結合剤にコンジュゲートしている、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
腫瘍性障害またはがんを有する対象を処置する方法であって、
ａ）腫瘍性障害を有するか、有する疑いのある対象を準備すること、
ｂ）治療有効量の請求項１から３８のいずれか一項に記載の結合剤または請求項３９もしくは４０に記載の組成物を前記対象に投与すること
を含む方法。
【請求項４２】
前記結合剤が前記対象の１つまたは複数の細胞上に発現されたｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記結合剤がｃＭＥＴを発現している１つまたは複数の細胞のマイトーシスを阻害し、および／またはその死を誘起する、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記腫瘍性障害またはがんが肺癌、乳癌、卵巣癌、腎癌、結腸直腸癌、胃癌、甲状腺癌、膵癌、神経芽腫、または頭頸部の扁平上皮癌、頚がん、肝細胞がん、肉腫、中皮腫、膠芽細胞腫、多発性骨髄腫、黒色腫、前立腺および食道の癌を含む、請求項４１から４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
請求項１から３８のいずれか一項に記載の結合剤および薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、添加剤またはキャリアを含む医薬組成物。
【請求項４６】
前記添加剤が保存剤を含む、請求項４５に記載の医薬組成物。
【請求項４７】
前記希釈剤がリン酸塩緩衝食塩液を含む、請求項４５または４６に記載の医薬組成物。
【請求項４８】
前記賦形剤がクエン酸ナトリウム無水物またはポリオキシエチレンソルビタン−２０モノオレエート（ポリソーベート８０）を含む、請求項４５から４７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項４９】
前記キャリアが組み換えタンパク質を含む、請求項４５から４８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５０】
前記組成物が無菌である、請求項４５から４９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５１】
前記組成物が哺乳類への静脈内投与に好適な無菌の凍結乾燥粉末として製剤化される、請求項４５から５０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の実施形態は、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤を含む組成物およびその使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
タンパク質ｃＭＥＴはＭＥＴまたは肝細胞増殖因子受容体（ＨＧＦＲ）と呼ばれることもある、ヒトにおいてＭＥＴ遺伝子（ＭＥＴプロトオンコジーン、レセプターチロシンキナーゼ）によってコードされるタンパク質である。ｃＭＥＴはチロシンキナーゼ活性を有するシングルパス細胞表面受容体である。ＭＥＴ翻訳産生物の一次一本鎖前駆体タンパク質は翻訳後に切断されてαおよびβサブユニットを産生し、これらはジスルフィドで連結されて成熟した細胞表面ｃＭＥＴ受容体を形成する。ｃＭＥＴは上皮性起源の細胞、ならびに幹細胞、前駆細胞およびその他の細胞型に発現する。肝細胞増殖因子／分散因子（ＨＧＦ／ＳＦ）およびそのスプライシングアイソフォーム（ＮＫ１、ＮＫ２）はｃＭＥＴのリガンドとして同定されている。
【０００３】
ｃＭＥＴは正常な胚発育、器官形成および創傷治癒に必要なものと考えられている。ｃＭＥＴの異常な発現および／または活性は、ある種の腫瘍性障害およびがん（たとえば腎、肝、胃、乳腺、および脳のがん）に関連しており、ｃＭＥＴは腫瘍の成長、血管新生、および転移に関与している。ｃＭＥＴの過発現ならびにそのリガンドの共発現による自己活性化も、腫瘍形成に関与している。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
ｃＭＥＴに特異的に結合する新規な結合剤、モノクローナル抗体およびその結合部分、その医薬組成物ならびにこれを用いる方法が本明細書で提示される。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
いくつかの態様では、ｃＭＥＴ、ｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその部分に特異的に結合する結合剤が本明細書で提示される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載した結合剤はｃＭＥＴを含むタンパク質またはポリペプチド、ｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその部分に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴ、非ヒト霊長類ｃＭＥＴ（たとえばサルｃＭＥＴ）、ラットｃＭＥＴおよびマウスｃＭＥＴから選択される１つまたは複数の哺乳類ｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴの変異体および／または１つもしくは複数の天然に産生する変異体を含むヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はＥ１６８Ｄおよび／またはＮ３７５Ｓ変異体を含むヒトｃＭＥＴ変異体に特異的に結合する。
【０００６】
いくつかの態様では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｌ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２および／またはＣＤＲ−Ｌ３を含み、ＣＤＲ−Ｌ１は表１から選択され、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択され、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択される。いくつかの態様では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｈ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２および／またはＣＤＲ−Ｈ３を含み、ＣＤＲ−Ｈ１は表６から選択され、ＣＤＲ−Ｈ２は表７から選択され、ＣＤＲ−Ｈ３は表８から選択される。いくつかの態様では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２、および表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ１は配列番号２、４、６、８、１０、１２および１４から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ２は配列番号１７、１９、２１、２３および２５から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ３は配列番号２７、２９、３１、３３および３５から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１は配列番号５１、５３、５５、５７および５９から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ２は配列番号６３、６５、６７、６９、７３および７５から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ３は配列番号８０、８２、８４、８６、８８、９１および９３から選択される。いくつかの実施形態では、結合剤は抗体、またはそのｃＭＥＴ結合断片である。
【０００７】
ある実施形態では、結合剤は、表４もしくは表５から選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域、および／または表９もしくは表１０から選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含む。表４もしくは表５の軽鎖可変領域、または表９もしくは表１０の重鎖可変領域は、アミノ酸付加、アミノ酸欠失およびアミノ酸置換から選択される１〜２０の、またはいくつかの実施形態では１〜１０のアミノ酸改変を含んでよく、結合剤はｃＭＥＴへの特異的結合を保持している。
【０００８】
ある実施形態では、結合剤はモノクローナル抗体、またはそのｃＭＥＴ結合断片である。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の定常領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＡまたはＩｇＭの定常領域を含む。ある実施形態では、結合剤はヒト化されており、および／または少なくとも１〜４のヒト化領域もしくはヒトフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤は少なくとも１〜４のマウスフレームワーク領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は抗体のＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖまたはｓｃＦＶ断片である。
【０００９】
いくつかの態様では、本明細書に記載した結合剤は１つまたは複数の機能特性を有する。ある実施形態では、結合剤はヒトがん細胞上におけるｃＭＥＴの内在化を誘起し、または促進する。いくつかの実施形態では、結合剤はヒトがん細胞上におけるｃＭＥＴの分解を誘起し、または促進する。いくつかの実施形態では、結合剤は検出可能なｃＭＥＴアゴニスト活性を有しない。いくつかの実施形態では、結合剤はそれが結合した細胞の死を誘起し、または促進する。ある実施形態では、結合剤は抗腫瘍剤とコンジュゲートされる。
【００１０】
いくつかの態様では、本明細書に記載した結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。いくつかの態様では、本明細書に記載した結合剤は１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下のＫＤでｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。いくつかの態様では、ｃＭＥＴまたはその部分への結合剤の親和性は１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下のＫＤを含む。
【００１１】
いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、別の抗原（たとえばｃＭＥＴではない抗原またはその部分）に特異的に結合する第２の抗原結合部分を含む。たとえば、いくつかの実施形態では、結合剤はｃＭＥＴに特異的に結合する第１の抗原結合ドメインと別のポリペプチドに特異的に結合する第２の抗原結合ドメインを含む。
【００１２】
ある態様では、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法が本明細書に提示される。１つの実施形態では、方法には本明細書に記載した結合剤の治療有効量を対象に投与することが含まれる。いくつかの実施形態では、方法には対象の細胞（たとえば新生物細胞またはがん細胞）を結合剤と接触させることが含まれる。ある実施形態では、結合剤は対象の１つまたは複数の細胞上で発現したｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合するように構成される。ある実施形態では、結合剤はｃＭＥＴを発現する１つまたは複数の細胞のマイトーシスを減少させ、阻害しもしくは低減し、および／または細胞の死を促進しもしくは誘起する。ある実施形態では、腫瘍性障害またはがんには肺癌、乳癌、卵巣癌、腎癌、結腸直腸癌、胃癌、甲状腺癌、膵癌、神経芽腫、または頭頸部の扁平上皮癌、頚がん、肝細胞がん、肉腫、中皮腫、膠芽細胞腫、多発性骨髄腫、黒色腫、前立腺および食道の癌が含まれる。
【００１３】
いくつかの実施形態では、結合剤を含む医薬組成物が提供される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は結合剤に加えて薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、添加剤および／またはキャリアを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は再構成により哺乳類への静脈内投与に好適な無菌の凍結乾燥粉末として製剤化される。
【００１４】
本技術のある態様を以下の記述、実施例、特許請求の範囲および図面においてさらに説明する。
【００１５】
図面は本技術の実施形態を説明するものであって制限するものではない。説明を明瞭かつ容易にするため、図面はスケール通りではなく、いくつかの場合には特定の実施形態の理解を助けるために種々の態様を誇張してまたは拡大して示すことがある。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】図１はｃＭＥＴに特異的に結合するモノクローナル抗体（例示的な結合剤）の生成のために用いたワークフローの概要を示す。リードモノクローナルＡｂ  Ｐ３Ｄ１２は、ヒトＦｃに融合させたｃＭＥＴの組み換え未変性細胞外ドメインで免疫したマウスから生成させた。
【図２】図２はｃＭＥＴに特異的に結合するモノクローナル抗体（例示的な結合剤）の生成のために用いた免疫スキームを示す。マウスを指示されたように最初に１００μｇのヒトｃＭＥＴ−Ｆｃ融合タンパク質（ｃＭＥＴ−Ｆｃ）またはフロイント完全アジュバント（ＣＦＡ）中の５０〜１００μｇのＫＬＨコンジュゲートｃＭＥＴぺプチドの腹腔内投与（ｉ．ｐ．）によって免疫した。ｃＭＥＴ−Ｆｃは抗体のＦｃ部分に融合したヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインを含む。ｃＭＥＴぺプチドはｃＭＥＴ細胞外ドメインの一部から戦略的に選択した。免疫されたマウスに、指示されたように不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）中の２５μｇまたは５０μｇのｃＭＥＴ−Ｆｃまたはぺプチドを含む１回または複数回のブースター免疫を行なった。数匹のマウスには多数部位で繰り返し免疫（ＲＩＭＭＳ）を行なった。免疫にはＭｅｔ−Ｆｃ融合、ぺプチド、従来およびＲＩＭＭＳが含まれていた。免疫されたマウスの脾臓を採取し、好適な融合パートナーと融合させた。２万を超えるハイブリドーマクローンを得てスクリーニングした。
【図３】図３はアゴニストＭｅｔ−ｍＡｂ抗体のＦａｂ（５Ｄ５  Ｆａｂ）およびＨＧＦベータサブユニット（ＨＧＦｂ）と結合したＭＥＴ  ＳＥＭＡドメインの３Ｄ構造を示す。下の矢印はぺプチド３を設計するために用いたｃＭＥＴの部分の位置を示す。
【図４】図４は例示的な融合（ＦＵＳＩＯＮ  ６Ｂ１、プレート３）からの特性解析の結果を示す。抗ｃＭｅｔハイブリドーマを、一つにはＥＬＩＳＡによってアッセイしたｃＭｅｔへの特異的結合の存在について（「ＭＥＴ結合ＥＬＩＳＡ  ＯＤ４５０ｎｍ」とラベルした欄を参照）、またフローサイトメトリーによって測定したヒトがん細胞株におけるｃＭＥＴの内在化を誘起する能力について（「ＦＡＣＳ  Ｇｅｏｍ．Ｍｅａｎ」とラベルした欄を参照）、選択した。陰性対照より低いＦＡＣＳ  Ｇｅｏ  Ｍｅａｎ値はｃＭｅｔの内在化を示す。矢印はリードハイブリドーマＦ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２を示す。
【図５】図５はＭＥＴ分解アッセイの結果を示す。指示されたウェル（ｘ軸）から単離された抗ｃＭｅｔ抗体を試験し、メソスケール（ＭＳＤ）ｃＭｅｔタンパク質定量によって測定したヒトがん細胞株におけるｃＭＥＴの分解を誘起する能力について選択した。Ｍｅｔ分解の相対値を％対照（対照の％）としてｙ軸に示す。１００％対照（陰性対照レベル）より低い値はｃＭｅｔの内在化および分解を示す。分解は内在化のみでなく、抗体薬物複合体の重要な特性であるリソソーマルトラフィッキングを示す。矢印はリードハイブリドーマＦ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２についての結果を示す。
【図６】図６はＥＲＫリン酸化アッセイ（Ｐ−ＥＲＫアッセイ）の結果を示す。これは、細胞表面上のｃＭＥＴへの抗ｃＭＥＴ抗体の結合によって誘起されるＥＲＫのリン酸化を間接的に測定することによって抗ｃＭＥＴ抗体のアゴニスト活性を測定する方法である。生きた細胞を抗ｃＭＥＴ抗体で処理した後の細胞溶解液中に検出されたリン酸化ＥＲＫの量（対照の％として示す、ｙ軸）を示している。種々の抗ｃＭＥＴハイブリドーマ（ｘ軸）から産生された抗ｃＭＥＴ抗体を６μｇ／ｍｌまたは３０μｇ／ｍｌ（ｘ軸上に示す）で試験し、ＥＲＫの有意なリン酸化を誘起する活性のないこと（即ち増殖を誘起しない活性、即ちアゴニスト活性がないこと）によって選択した。リードモノクローナル抗体（ｍＡｂ）Ｐ３Ｄ１２を矢印で示す。
【図７】図７はヒト、サル（シノモルガス・マカク（Ｃｙｎｏｍｏｌｇｕｓ  Ｍａｃａｑｕｅ）、「Ｃｙｎｏ」）、イヌ、ラット、およびマウスのｃＭＥＴへの結合についてのＥＬＩＳＡによってアッセイしたある種のｃＭＥＴｍＡｂの結果を示す。全てのモノクローナル抗体はヒトおよびサルのｃＭＥＴに結合した。Ｐ３Ｄ１２はラットのｃＭＥＴと有意な交差反応性を示した。それぞれの抗体の種々の濃度をｘ軸に示す。相対的結合量をｙ軸に示す（ＯＤ４５０ｎｍ）。
【図８】図８Ａは９種のマウスモノクローナル抗ｃＭＥＴ抗体の軽鎖可変領域のアミノ酸配列の配置を示し、その名称を各配列の左側に示す。配列番号は各配列の右側に示す。ＬＣ  Ｆ６Ｂ１Ｐ１Ｅ２とＦ６ＢＰ３Ｅ２の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。また、ＬＣ  Ｆ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２とＦ６Ｂ１Ｐ３Ｅ９の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。  図８Ｂは９種のマウスモノクローナル抗ｃＭＥＴ抗体の重鎖可変領域のアミノ酸配列の配置を示し、その名称を各配列の左側に示す。配列番号は各配列の右側に示す。Ｆ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２Ｈ７９１３とＦ６Ｂ１Ｐ３Ｅ９の重鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。また、Ｆ６Ｂ１Ｐ１Ｅ２Ｈ７８１９とＦ６ＢＰ３Ｅ２の重鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。
【図９】図９Ａおよび９Ｂは、ヌードマウスにおけるＭＫＮ４５腫瘍モデル（ｃＭｅｔ＋胃がんモデル）を用いた、指示された抗ｃＭＥＴ抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の効果を評価するインビボ（ｉｎ  ｖｉｖｏ）キセノグラフトマウスモデルの結果を示す。動物を２．５ｍｇ／ｋｇ（９Ａ）または５．０ｍｇ／ｋｇ（９Ｂ）のＡＤＣで１回処理した。それぞれの薬物複合体抗ｃＭＥＴ結合剤の効果を、ＰＢＳまたは無関係な非ターゲットモノクローナル抗体（ＩｇＧ−ＡＤＣ）と比較する。移植後の種々の時点（ｘ軸、日（移植後））で腫瘍容量（ｙ軸）を測定した。腫瘍成長の阻害は陽性の効果を示す。抗ｃＭＥＴ結合剤および非ターゲットモノクローナル抗体（ＩｇＧ）はモノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）とコンジュゲートさせた。
【図１０】図１０はＥＲＫリン酸化アッセイ（Ｐ−ＥＲＫアッセイ）の結果を示す。これは、細胞表面上のｃＭＥＴへの抗ｃＭＥＴ抗体の結合によって誘起されるＥＲＫのリン酸化を間接的に測定することによって抗ｃＭＥＴ抗体のアゴニスト活性を測定する方法である。生きた細胞を抗ｃＭＥＴ抗体で処理した後の細胞溶解液中に検出されたリン酸化ＥＲＫの量（対照の％として示す、ｙ軸）を示している。Ｐ３Ｄ１２と指定された単離されたマウスモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖の定常領域を、ｘ軸に示すヒトＩｇＧ１（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ１））またはヒトＩｇＧ２（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ２））の抗体定常領域に置き換えた。それぞれの抗体を、ｘ軸に示す０．０００６４μｇ／ｍｌ、０．００３２μｇ／ｍｌ、０．０１６μｇ／ｍｌ、０．０８μｇ／ｍｌ、０．４μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍｌおよび５０μｇ／ｍｌで試験した。「対照」は未処理の陰性対照を示す。ＨＧＦ（ＥＣ９０）は陽性対照であり、ｃＭＥＴ受容体の天然のリガンドである肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）で処理した細胞を示す。このデータは、ヒトＩｇＧ２アイソタイプが検出可能なアゴニスト活性を示さないことを示している。
【図１１】図１１はＭＥＴ分解アッセイの結果を示す。分解は抗体結合の際のｃＭＥＴ受容体の内在化の尺度である。キメラ抗ｃＭＥＴ抗体を、メソスケール（ＭＳＤ）ｃＭＥＴタンパク質定量によって測定したヒトがん細胞株におけるｃＭＥＴの分解を誘起する能力について試験した。Ｍｅｔ分解の相対値を％対照（対照の％）としてｙ軸に示す。１００％対照より低い値はｃＭｅｔの内在化および分解を示す。キメラ抗体は、Ｐ３Ｄ１２と指定された単離されたマウスモノクローナル抗体（Ｐ３Ｄ１２（マウス））の重鎖および軽鎖の定常領域を、ｘ軸に示すヒトＩｇＧ１（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ１））またはヒトＩｇＧ２（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ２））の抗体定常領域に置き換えることによって生成させた。それぞれの抗体を、ｘ軸に示す０．０００６４μｇ／ｍｌ、０．００３２μｇ／ｍｌ、０．０１６μｇ／ｍｌ、０．０８μｇ／ｍｌ、０．４μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍｌおよび５０μｇ／ｍｌで試験した。Ｐ３Ｄ１２のキメラｃＭＥＴ抗体は、親のマウスＰ３Ｄ１２抗体と同様の内在化／分解活性を示した。
【図１２】図１２はリード抗ｃＭＥＴモノクローナル結合剤の試験および選択のプロセス開発のフローチャートを示す。
【図１３】図１３はマウス抗ｃＭＥＴクローンＰ３Ｄ１２のヒト化バージョンの５種のヒト化軽鎖可変領域の配置を示し、その名称および配列番号を各配列の左側に示す。マウス抗ｃＭＥＴｍＡｂをヒト化するために５種の独立した方法を用いた。方法のうち２つは同じ結果を生じた。したがって４種の異なった軽鎖を示している。
【図１４】図１４はマウスクローンＰ３Ｄ１２のヒト化バージョンの５種のヒト化重鎖可変領域の配置を示し、その名称および配列番号を各配列の左側に示す。マウス抗ｃＭＥＴｍＡｂをヒト化するために５種の独立した方法を用いた。方法のうち２つは同じ結果を生じた。したがって４種の異なった軽鎖（図１３を参照）および４種の異なった重鎖が存在し、それにより１６種の異なった結合剤の組合せができる。
【図１５】図１５は、ＭＫＮ４５腫瘍モデル（ｃＭｅｔ＋胃がんモデル）を用いて示された、指示されたヒト化抗ｃＭｅｔ抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の２．５ｍｇ／ｋｇ（２．５ｍｐｋ）または５ｍｇ／ｋｇ（５ｍｐｋ）での効果を試験するインビボキセノグラフトマウスモデルの結果を示す。動物を指示された２．５ｍｇ／ｋｇまたは５．０ｍｇ／ｋｇのＡＤＣで１回処理した。それぞれの抗ｃＭＥＴ結合剤の効果をＰＢＳまたは非ターゲットモノクローナル抗体リツキシマブ（Ｒｅｔｕｘ）と比較する。リツキシマブは免疫系Ｂ細胞の表面に一次的に見出されるＣＤ２０をターゲットとする抗がんモノクローナル抗体である。移植後の種々の時点（ｘ軸）で腫瘍容量（ｙ軸）を測定した。腫瘍成長の阻害は陽性の効果を示す。抗ｃＭＥＴ結合剤はモノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）とコンジュゲートさせた。
【図１６】図１６は抗ｃＭＥＴモノクローナル結合剤ｈＤ１２およびＭＥＴ  ＩｇＧ２のｃＭＥＴ−Ｆｃおよび突然変異体ｃＭＥＴ（Ｅ１６８Ｄ）Ｆｃ組み換え融合タンパク質への結合を示す。Ｅ１６８Ｄ変異は小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）で見出される体細胞変異である。変異はＳｅｍａドメインに存在し、ｃＭｅｔ受容体の構成的活性化をもたらす。ｃＭｅｔの体細胞変異の存在量は極めて少ない。Ｅ１６８ＤはＳＣＬＣ患者の０．８％〜３％に起こる。ヒトＩｇＧ１  Ｆｃと融合したヒトｃＭＥＴまたはＥ１６８Ｄ  ｃＭＥＴ細胞外ドメインについて結合ＥＬＩＳＡを行なった。ｃＭＥＴタンパク質をプレートに一夜コートし、試料を滴定してヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）−ＨＲＰで検出した。ＥＣ５０はシグモイドドースレスポンスフィットによって決定した。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
ｃＭＥＴまたはその部分に結合するモノクローナル結合剤、ならびにその組成物および使用が、いくつかの実施形態において本明細書で提示される。プロトオンコジーンＭＥＴ翻訳産生物は間葉上皮転換因子（ＭＥＴ）を含む。ＭＥＴは本明細書で用語「ｃＭＥＴ」と同義に用いる。ｃＭＥＴは肝細胞増殖因子受容体（ＨＧＦＲ）としても知られている。ヒトｃＭＥＴ（たとえば配列番号１０９）は、１３９０アミノ酸の非成熟ポリペプチド配列を含み、Ｎ末端からＣ末端に数えてアミノ酸１〜２４のＮ末端単一配列、アミノ酸約２４〜９３２のヒトｃＭＥＴの細胞外ドメイン、アミノ酸約９３３〜９５５の膜貫通ドメイン、およびアミノ酸約９５６〜１３９０の細胞質ドメインを含む。ｃＭＥＴ受容体のリーダー配列、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインを同定する方法は知られており、好適な哺乳類種に由来するｃＭＥＴポリペプチド配列内のそのようなドメインまたは領域を同定するために任意の好適な方法を用いることができる。ヒトｃＭＥＴポリペプチドはいくつかの既知の変異体を含み得る（たとえば２０１６年５月５日にアクセスしたURL:http://www.uniprot.org/uniprot/P08581を参照。そこに開示されたｃＭＥＴ変異体および代替の配列は参照により本明細書に組み込まれる）。ヒトｃＭＥＴの天然産生変異体の非限定的な例には、ヒトｃＭＥＴ（配列番号１０９）の１４３、１５０、１５６、１６８、２３８、３１６、３２０、３７５、３８５、７７３、９７０、９９１、および／または９９２におけるアミノ酸置換が含まれる。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはｃＭＥＴの細胞外ドメインは本明細書ではＥ１６８Ｄと称するヒトｃＭＥＴの１６８位のＥからＤへの置換を含む。いくつかの実施形態ではｃＭＥＴまたはｃＭＥＴの細胞外ドメインは本明細書ではＮ３７５Ｓと称するヒトｃＭＥＴの３７５位のＮからＳへの置換を含む。
【００１８】
いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴは哺乳類ｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴは霊長類ｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはヒトｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはサルｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはげっ歯類ｃＭＥＴ（たとえばラットおよび／またはマウス）である。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはイヌ科ｃＭＥＴ（たとえばイヌｃＭＥＴ）である。哺乳類ｃＭＥＴの非限定的な例は実施例５および／または本出願の配列表で提供される。ある実施形態では、ｃＭＥＴの細胞外ドメインは典型的には未変性の哺乳類細胞の細胞表面上に発現したｃＭＥＴポリペプチドのＮ末端部分を含む。ｃＭＥＴの細胞外ドメインはＭＥＴ翻訳産生物に由来する２つ以上のポリペプチド鎖を含み得る。ある実施形態ではｃＭＥＴの細胞外ドメインは細胞質ドメインおよび／または膜貫通ドメインを含まない可溶性形および／または非膜結合形で発現され得る。ある実施形態では、ｃＭＥＴの細胞外ドメインは融合タンパク質として発現され、単離され、および／または精製される。たとえば、哺乳類ｃＭＥＴの細胞外ドメインは免疫グロブリンのＦｃ部分を含む融合タンパク質として操作され、発現され得る（たとえばｃＭＥＴ−Ｆｃ）。ある実施形態では、ｃＭＥＴおよび／またはｃＭＥＴの細胞外ドメインは１つまたは複数のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。ｃＭＥＴポリペプチドは本明細書に開示したｃＭＥＴポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％であってよい。ある実施形態では、ｃＭＥＴポリペプチドはｃＭＥＴタンパク質の部分（たとえばそのサブ配列）を含む。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴの部分はｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその部分を含む。
【００１９】
ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する１つまたは複数の結合剤を含む組成物（たとえば医薬組成物）が、いくつかの実施形態において本明細書で提示される。いくつかの実施形態では、本明細書に提示する結合剤は対象における腫瘍性障害および／またはがんの処置、予防および／または診断のために用いられる。
【００２０】
「対象」という用語は哺乳類を意味する。任意の好適な哺乳類を本明細書に記載した方法または組成物によって処置することができる。哺乳類の非限定的な例には、ヒト、非ヒト霊長類（たとえば類人猿、テナガザル、チンパンジー、オランウータン、サル、マカク、その他）、家庭内動物（たとえばイヌ、ネコ）、家畜（たとえばウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）および実験動物（たとえばマウス、ラット、ウサギ、モルモット）が含まれる。いくつかの実施形態では、哺乳類はヒトである。哺乳類は任意の年齢または任意の成長段階であってよい（たとえば成体、十代、子供、新生児、または子宮内の哺乳類）。哺乳類は雌雄いずれでもよい。哺乳類は妊娠した雌であってよい。
【００２１】
いくつかの実施形態では、対象は本明細書に記載した処置または組成物を必要としている。ある実施形態では、対象は腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある。いくつかの実施形態では、本明細書に記載した処置または組成物を必要としている対象は腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤または組成物は、腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある対象を処置するために用いられる。
【００２２】
ある実施形態では、結合剤は少なくとも１つの抗原（たとえばｃＭＥＴまたはその部分）に特異的に結合する１つもしくは複数のポリペプチドまたは１つもしくは複数のタンパク質を含むかまたはからなる。結合剤は少なくとも１つの抗原結合部分（即ち結合部分）を含むことが多い。結合剤の抗原結合部分は抗原に特異的に結合する部分である。ある実施形態では、結合剤の結合部分は単一のポリペプチド（たとえば一本鎖抗体）を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤の結合部分は２つのポリペプチドを含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤の結合部分は２つ、３つ、４つまたはそれ以上のポリペプチドを含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の構造部分（たとえばスカフォールド、構造ポリペプチド、定常領域および／またはフレームワーク領域）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその結合部分は基材（たとえばポリマー、非有機材料、シリコン、ビーズ、その他）に取着されている。
【００２３】
結合剤は１つの抗原結合部分または複数の抗原結合部分を含んでよい。たとえば、１つの結合部分を含む結合剤は１価と称されることがある。２つの結合部分を含む結合剤は２価と称されることがある。いくつかの実施形態では、結合剤は１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０またはそれ以上の結合部分を含む。ある実施形態では、多価結合剤の結合部分の全ては同じ抗原に結合する。ある実施形態では、多価結合剤の結合部分の全ては少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または１００％同一である１つまたは複数のポリペプチド配列を含む。
【００２４】
ある実施形態では、結合剤の２つ以上の結合部分は異なった抗原に結合する。そのような結合剤は二重特異性または多重特異性結合剤（たとえば抗体）と称されることがある。したがって、ある実施形態では、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する第１の抗原結合部分と、別の抗原（たとえばｃＭＥＴではないポリペプチドまたはその部分）に特異的に結合する第２の抗原結合部分とを含む。ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合しない別の結合剤に共有結合でまたは非共有結合で取着される。ある実施形態では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は別の抗原に特異的に結合する第２の結合剤を含む。
【００２５】
いくつかの実施形態では、結合剤は抗体またはその部分（たとえばその結合部分）を含む。ある実施形態では、結合剤は好適な抗体、抗体断片および／または抗体の抗原結合部分（たとえば結合断片、即ちその結合部分）を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は抗体（たとえばモノクローナル抗体および／または組み換え抗体）である。結合剤または抗体は好適な方法で生成させ、製造し、または産生することができる。いくつかの実施形態では、結合剤はモノクローナルである。いくつかの実施形態では、結合剤は好適な種に由来するモノクローナル抗体である。結合剤のある非限定的な例には、モノクローナル抗体、キメラ抗体、抗体結合断片（たとえば抗体の抗原結合部分）、ＣＤＲ−グラフト抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、またはそれらの部分が含まれる。ヒト抗体は任意の好適な方法で得ることができる。たとえば、ヒト抗体は完全にヒト型の抗体を産生するように操作されたトランスクロモソーマル動物から得ることができる。ある実施形態では、結合剤はポリクローナルではなく、ポリクローナル抗体ではなく、「結合剤」という用語はポリクローナル抗体を意味しない。
【００２６】
いくつかの実施形態では、結合剤は好適な種に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤はたとえばウサギ、ヤギ、ウマ、ウシ、ラット、マウス、魚、鳥、またはラマに由来し、これらから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤は鳥（たとえばニワトリ、または鳥の卵）に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤は植物に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される（たとえば遺伝子操作された植物によって産生される組み換え結合剤）。いくつかの実施形態では、結合剤は好適な哺乳類に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。ある実施形態では、好適な哺乳類はヒト重鎖および／もしくはヒト軽鎖またはそれらの部分を含む抗体を産生するように操作された遺伝的に改変された哺乳類（たとえばトランスクロモソーマルまたはトランスジェニック哺乳類）である。いくつかの実施形態では、結合剤は原核細胞または真核細胞から産生され、得られ、単離され、または精製される（たとえば遺伝子操作された細胞によって産生される組み換え結合剤）。いくつかの実施形態では、結合剤はウイルスから産生され、得られ、単離され、または精製される（たとえば遺伝子操作されたウイルスによって産生される組み換え結合剤）。結合剤は好適な発現システムから発現し、単離し、および／または精製することができる。その非限定的な例には好適な細菌、ファージ、昆虫、ウイルス、植物または哺乳類の発現システムが含まれる。たとえば、結合剤をコードする核酸を好適な哺乳類細胞株に導入し、結合剤を発現させて細胞培養培地中に分泌させることができる。
【００２７】
ある実施形態では、結合剤は天然には見出されず、天然には産生されない。たとえばある実施形態では、結合剤は外来の組み換え抗原、強力なアジュバント、およびしばしば鉱油および／または界面活性剤を含む乳化したカクテルを投与し、それにより外来の組み換え抗原（たとえばｃＭＥＴ、ｃＭＥＴ−Ｆｃ）への人工的な免疫応答を誘起することによって動物で人工的に生成される。
【００２８】
ある実施形態では、モノクローナル抗体またはモノクローナル結合剤は、モノクローナル結合剤の産生中に発生するかも知れない変異体を例外として、結合剤またはその結合断片の実質的に同種の集団であって、集団中のそれぞれの個別の結合剤は実質的に同一であり、および／または同じエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、そのような変異体は一般に存在しないか、微量で存在し得る。典型的には異なった決定基（エピトープ）を指向する異なった抗体の集団を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル結合剤の集団のそれぞれの結合剤は、抗原の単一の決定基と結合することが多い。モノクローナル結合剤は他の免疫グロブリンが混入していないことが多い。１つまたは複数の異なったモノクローナル結合剤を意図的に組成物に加えて混合物を形成させてもよい。
【００２９】
修飾語「モノクローナル」は、結合剤を何らかの特定の方法で産生することが必要であると解釈すべきではない。モノクローナル結合剤は任意の好適な方法で産生することができる。たとえばある実施形態では、モノクローナル抗体はハイブリドーマ法（たとえばKohler et al, Nature, 256:495 (1975)に記載されている）またはその変形によって作られる。いくつかの実施形態では、モノクローナル結合剤は組み換えＤＮＡ法によって作られる。たとえば、モノクローナル結合剤は好適な発現系（たとえばファージディスプレイ発現系）を用いて組み換えライブラリーをスクリーニングすることによって作ることができる。いくつかの実施形態では、モノクローナル結合剤は、たとえばClackson et al, Nature, 352:624-628 (1991)および／もしくはMarks et al, J. Mol Biol, 222:581-597 (1991)に記載されている手法またはその変形によって結合剤のファージライブラリーから単離される。
【００３０】
ある実施形態では、結合剤は、スカフォールドと称されることもある１つまたは複数の構造または骨格部分を含む。結合剤はスカフォールドを含んでよく、その非限定的な例には抗体、プロテインＡのＺドメイン、ガンマ−Ｂ結晶、ユビキチン、シスタチン、Ｓａｃ７ｄ、三重らせんコイルドコイル、リポカリン、アンキリン繰り返しモチーフ、ＦｙｎのＳＨ３ドメイン、好適なプロテアーゼ阻害剤のＫｕｎｉｔｚドメイン、フィブロネクチンドメイン、核酸ポリマー、その他、それらの部分またはそれらの組合せに由来するスカフォールドが含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤はスカフォールドを含まない。ある実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の１つまたは複数の構造部分を含む。
【００３１】
ある実施形態では、結合剤は１つまたは複数の定常領域（たとえば抗体、たとえば哺乳類抗体に由来する定常領域）を含む。ある実施形態では、結合剤は抗体軽鎖の定常領域および／または抗体重鎖の定常領域を含む。哺乳類抗体では少なくとも２種の免疫グロブリン軽鎖が存在し、これらはラムダ（λ）およびカッパ（κ）と称される。結合剤は抗体の任意の好適な定常領域またはその１つまたは複数の部分を含んでよい。いくつかの実施形態では、結合剤はラムダ軽鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はカッパ軽鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の軽鎖の定常領域またはその部分のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤はヒト抗体の抗体軽鎖の定常領域のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は軽鎖定常領域を含まない。
【００３２】
ある実施形態では、結合剤は抗体重鎖の定常領域を含む。哺乳類では、抗体はＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭと称される少なくとも５種／クラスのＩｇ重鎖を有することができ、これらは異なった重鎖定常領域またはその部分（たとえばＣＨ１、ＣＬ、ＣＨ２、ＣＨ３ドメイン）の存在によって決定される。結合剤は任意の好適な重鎖定常領域またはその部分を含み得る。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３もしくはＩｇＧ４の重鎖定常領域、またはその１つもしくは複数の部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、またはＩｇＥアイソタイプの１つまたは複数の重鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の重鎖の定常領域またはその部分のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または１００％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤はヒト抗体の抗体重鎖の定常領域のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％同一または１００％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は定常領域の１つまたは複数の付加、欠失および／または改変を含む。結合剤は抗体のクラス、または結合剤のアイソタイプを変更させるために改変されることがある。いくつかの実施形態では、結合剤は、結合剤の１つまたは複数の機能を改変するため、たとえば血清半減期、Ｆｃ受容体結合、補体結合（たとえばＣ１ｑ結合）、グリコシル化、シアリル化、細胞毒性、抗体依存性細胞介在ファゴサイトーシス（ＡＤＣＰ）、抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）、その他を阻害し、強化し、または低減させるための１つまたは複数の付加、欠失および／または改変（１つまたは複数のアミノ酸置換、欠失または付加）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は重鎖定常領域または軽鎖定常領域の１つまたは複数の部分を含まない。いくつかの実施形態では、結合剤は重鎖定常領域を含まない。
【００３３】
いくつかの実施形態では、結合剤は抗体の１つまたは複数の可変領域またはその部分を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の軽鎖可変領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の重鎖可変領域またはその部分を含む。ある実施形態では、結合剤は少なくとも１つの軽鎖可変領域および少なくとも１つの重鎖可変領域を含む。軽鎖可変領域と重鎖可変領域は同じまたは異なったポリペプチドの上にあってよい。ある実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１つまたは複数の重鎖可変領域からなる。ある実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１つまたは複数の軽鎖可変領域からなる。ある実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１つまたは複数の軽鎖可変領域および１つまたは複数の重鎖可変領域からなる。
【００３４】
いくつかの実施形態では、結合剤はＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ（Ｄａｂ）、シンボディ、その他、および／またはそれらの組合せもしくは部分を含むかまたはからなる（たとえば米国特許第６０９９８４２号および第５９９０２９６号を参照）。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の抗原結合部分を含む一本鎖ポリペプチドを含む。たとえば、一本鎖結合剤は組み換え分子生物学プロセスによって重鎖可変領域またはその抗原結合部分を軽鎖可変領域またはその抗原結合部分とリンカー（たとえばアミノ酸、ポリペプチドリンカー）で接合することによって構築することができる。そのような一本鎖結合剤は抗原に対して親の二本鎖モノクローナル結合剤と同様の特異性および親和性を示すことが多い。結合剤はＣＤＲグラフト化部分またはヒト化部分等の操作された領域を含むことが多い。ある実施形態では、結合剤は未変性の二本鎖免疫グロブリンであり、他の実施形態では、結合剤はＦａｂモノマーまたはＦａｂダイマーである。
【００３５】
結合剤のポリペプチドをコードする核酸またはその部分は、好適なクローン化手順によって組み換え発現のためにクローン化、サブクローン化、再配列または改変され、続いて当業者には公知の方法によって好適な発現系で発現される（たとえばManiatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1982; Antibody Engineering: Methods and Protocols, Vol. 248 of Methods in molecular biology, edited by Benny K. C. Lo, Springer Science & Business Media, 2004; Antibody Engineering, Vol. 1, Roland E. Kontermann, Stefan Duebel, Edition 2, Publisher Springer Science & Business Media, 2010; Antibody Phage Display: Methods and Protocols, Biomed Protocols, Vol. 178 of Methods in molecular biology, Editors Philippa M. O’Brien, Robert Aitken, Springer Science & Business Media, 2004を参照）。
【００３６】
哺乳類では、抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域はそれぞれ、共通してＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と称され、フレームワーク領域（たとえばＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４）によって分離され、および／またはこれらが側面にある３つのＣＤＲ（相補性決定領域）に寄与している。本明細書で用いる「ＣＤＲ」という用語は、相補性決定領域として同定されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ある実施形態では、ＣＤＲポリペプチド配列の確実な説明および結合剤の結合部位を含む残基の同定は、結合剤の構造を解明することおよび／または結合剤−抗原複合体の構造を解明することによって達成される。ある実施形態では、これはＸ線結晶学および／またはコンピュータモデリング等の任意の好適な方法によって達成することができる。ある実施形態では、結合剤または抗体のＣＤＲ配列を同定しまたは近似するために種々の分析方法を用いることができる。たとえば、結合剤、抗体、その結合部分またはその可変領域のポリペプチド配列におけるＣＤＲのアミノ酸配列および／または位置は好適な方法によって同定することができる。その非限定的な例には、Ｋａｂａｔシステム（たとえばKabat, E. A., et al., 1991; Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication No. 91-3242ならびにJohnson, G. and Wu, T. T. 2000, Nucleic Acids Researchを参照）、および／またはＣｈｏｔｈｉａナンバリングスキーム（たとえばChothia & Lesk, (1987) J. Mol. Biol, 196:901-917; Chothia et al, Nature, (1989) 342:878-883;およびAl-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948）が含まれる。いくつかの実施形態では、抗体のＣＤＲのアミノ酸配列および／または位置は、ＡｂＭ法および／または接触法によって同定することができる。「ＡｂＭ」定義には、抗体構造をモデル化してＯｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｇｒｏｕｐによって作成されたコンピュータプログラムの統合されたパッケージを用いる（たとえばMartin et al, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 86:9268-9272 (1989); "AbMTM, A Computer Program for Modeling Variable Regions of Antibodies," Oxford, UK; Oxford Molecular, Ltd.を参照）。ＡｂＭ定義はSamudrala et al., "Ab Initio Protein Structure Prediction Using a Combined Hierarchical Approach," in PROTEINS, Structure, Function and Genetics Suppl, 3:194-198 (1999)によって記述された知識データベースとアブイニシオ法との組合せを用いた一次配列からの抗体の三次構造をモデルとしている。ある実施形態では、接触定義は入手可能な複結晶構造の解析に基づいている（たとえばMacCallum et ah, J. Mol. Biol, 5:732-45 (1996)を参照）。
【００３７】
いくつかの実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つまたは少なくとも６つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は３〜６０個のＣＤＲを含む（たとえば複数の抗原結合部分を有する結合剤について）。いくつかの実施形態では、結合剤は３〜１２個のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１〜６個のＣＤＲポリペプチド配列を含む。
【００３８】
ある実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、軽鎖可変領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤の軽鎖可変領域は１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１つ、２つ、３つ。、またはそれ以上のＣＤＲ）を含む。抗体または結合剤の軽鎖可変領域におけるＣＤＲを表わすアミノ酸配列はＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３と称され、これらは軽鎖可変領域のアミノ末端（Ｎ末端）からカルボキシ末端（Ｃ末端）への方向で連続的に（即ちＬ１、Ｌ２およびＬ３）番号を付している。たとえば、結合剤の軽鎖可変領域を表わすポリペプチドにおいて、ＣＤＲ−Ｌ１は存在する場合には最もＮ末端側の軽鎖ＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｌ３は存在する場合には最もＣ末端側の軽鎖ＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｌ２は存在する場合には結合剤の軽鎖可変領域または結合部分の（ｉ）ＣＤＲ−Ｌ１とＣＤＲ−Ｌ３との間、（ｉｉ）ＣＤＲ−Ｌ３のＮ末端側、または（ｉｉｉ）ＣＤＲ−Ｌ１のＣ末端側に位置している。「ＣＤＲ−Ｌ１」、「ＣＤＲ−Ｌ２」および「ＣＤＲ−Ｌ３」という用語は一つには結合剤の相補性決定領域（たとえば軽鎖可変領域のＣＤＲ）として同定され、または本明細書において開示されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列の非限定的な例を、それぞれ表１〜表３に示す。本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、本明細書に開示したＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３の任意の組合せを含んでよく、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む一本軽鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、および他の任意の好適なＣＤＲ−Ｌ２および／またはＣＤＲ−Ｌ１ポリペプチド配列と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分の軽鎖ＣＤＲはＣＤＲ−Ｌ３およびＣＤＲ−Ｌ２からなり、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および任意の他の好適なＣＤＲ−Ｌ１ポリペプチド配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる３つの軽鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。
【００３９】
いくつかの実施形態では、結合剤は表１、表２または表３に列挙したＣＤＲ配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一である１つまたは複数の軽鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表１に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は表１に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｌ１を含む。
【００４０】
ＣＤＲ−Ｌ１配列
【表１】
2019537556.tif 000002
【００４１】
表１〜表１０で参照したクローン名は、クローンがそれに由来するフュージョン番号（「Ｆ」）、プレート番号（「Ｐ」）および９６ウェルプレートのウェル番号（Ａ１〜Ｈ１２）を示す。したがって、たとえばクローンＦ６ＡＰ１２Ｆ１２はフュージョン６Ａ、プレート１２、ウェルＦ１２に由来するものである。それぞれのクローンのフュージョン番号は図２に示すフュージョンに対応する。
【００４２】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表２に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｌ２を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表２に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｌ２を含む。
【００４３】
ＣＤＲ−Ｌ２配列
【表２】
2019537556.tif 000003
【００４４】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表３に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｌ３を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表３に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００４５】
ＣＤＲ−Ｌ３配列
【表３】
2019537556.tif 000004
【００４６】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４のアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有する軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４の軽鎖可変領域配列を含む。
【００４７】
軽鎖可変領域配列
【表４】
2019537556.tif 000005
【００４８】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表５の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有するヒト化軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表５のヒト化軽鎖可変領域配列を含む。
【００４９】
ヒト化Ｐ３Ｄ１２軽鎖
【表５】
2019537556.tif 000006
【００５０】
ある実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、重鎖可変領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１つ、２つ、３つまたはそれ以上のＣＤＲ）を含む。抗体または結合剤の重鎖可変領域におけるＣＤＲを表わすアミノ酸配列はＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３と称され、これらは重鎖可変領域のアミノ末端（Ｎ末端）からカルボキシ末端（Ｃ末端）への方向で連続的に（即ちＨ１、Ｈ２およびＨ３）番号を付している。たとえば、結合剤の重鎖可変領域を表わすポリペプチドにおいて、ＣＤＲ−Ｈ１は存在する場合には最もＮ末端側のＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｈ３は存在する場合には最もＣ末端側のＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｈ２は存在する場合には重鎖可変領域の（ｉ）ＣＤＲ−Ｈ１とＣＤＲ−Ｈ３との間、（ｉｉ）ＣＤＲ−Ｈ３のＮ末端側、または（ｉｉｉ）ＣＤＲ−ＨのＣ末端側に位置している。「ＣＤＲ−Ｈ１」、「ＣＤＲ−Ｈ２」および「ＣＤＲ−Ｈ３」という用語は一つには結合剤の相補性決定領域（たとえば結合剤の重鎖可変領域のＣＤＲ）として同定され、または本明細書において開示されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列の非限定的な例を、それぞれ表６〜表８に示す。本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、本明細書に開示したＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３の任意の組合せを含んでよく、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる一本重鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および他の任意の好適なＣＤＲ−Ｈ２および／またはＣＤＲ−Ｈ１ポリペプチド配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分の重鎖ＣＤＲはＣＤＲ−Ｈ３およびＣＤＲ−Ｈ２からなり、ＣＤＲ−Ｈ３は表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２は表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、ならびに任意の他の好適なＣＤＲ−Ｈ１ポリペプチド配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる３つの重鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。
【００５１】
いくつかの実施形態では、結合剤は表６、表７または表８のＣＤＲの任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有する１つまたは複数の重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表６に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｈ１を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は表６に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｈ１を含む。
【００５２】
ＣＤＲ−Ｈ１配列
【表６】
2019537556.tif 000007
【００５３】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表７に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｈ２を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表７に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｈ２を含む。
【００５４】
ＣＤＲ−Ｈ２配列
【表７】
2019537556.tif 000008
【００５５】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表８に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｈ３を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表８に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｈ３を含む。
【００５６】
ＣＤＲ−Ｈ３配列
【表８】
2019537556.tif 000009
【００５７】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表９の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有する重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表９の重鎖可変領域配列を含む。
【００５８】
重鎖可変領域配列
【表９】
2019537556.tif 000010
【００５９】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表１０の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有するヒト化重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表１０のヒト化重鎖可変領域配列を含む。
【００６０】
ヒト化Ｐ３Ｄ１２重鎖
【表１０】
2019537556.tif 000011
【００６１】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２６〜３６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３配列）および配列番号７９〜９３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３配列）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号３４または３５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３および配列番号８７、８８、９２または９３のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。
【００６２】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２６〜３６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３配列）、配列番号１６〜２５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２（たとえば表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２配列）、配列番号７９〜９３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３配列）、および配列番号６２〜７８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２（たとえば表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２配列）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号３４または３５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２４または２５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号８７、８８、９２または９３のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、および配列番号７０、７１または７８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２を含む。
【００６３】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２６〜３６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３配列）、配列番号１６〜２５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２（たとえば表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２配列）、配列番号１〜１５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１（たとえば表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１配列）、配列番号７９〜９３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３配列）、配列番号６２〜７８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２（たとえば表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２配列）、および配列番号５０〜６１のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１（たとえば表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１配列）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号３４または３５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２４または２５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号９、１０または１５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号８７または８８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号７０、７１または７８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号５８または５９のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む。
【００６４】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号９４〜１０８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（たとえば表９および表１０から選択される重鎖可変領域）および配列番号３７〜４９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（たとえば表４および表５から選択される軽鎖可変領域）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号１０４〜１０８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（たとえ表１０から選択される重鎖可変領域）および配列番号４５〜４９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（たとえば表５から選択される軽鎖可変領域）を含む。
【００６５】
本明細書で用いる略語「ａｂｂ」、「ｓｄｒ」、「ｆｒａ」、「ｖｅｎ．」および「ｃｄｒ」を以下に説明する。略語「ｃｄｒ」または「ＣＤＲ」は相補性決定領域を意味する。略語「ａｂｂ」はPadlan et al. (1995) "Identification of specificity-determining residues in antibodies" FASEB J 9:133-139による短縮したＣＤＲを意味する。いくつかの実施形態では、短縮したＣＤＲは適当なヒトスカフォールドにグラフトされた軽鎖の残基２７Ｄ〜３４、５０〜５５、および８９〜９６、ならびに重鎖の３１〜３５Ｂ、５０〜５８、および９５〜１０１として定義される。重要なフレームワーク残基は保存されることが多い。略語「ｓｄｒ」はPadlan et al. (1995)による、抗原結合に関与していると考えられる残基である「特異性決定残基」を意味する。略語「ｆｒａ」はWu and Kabat (1992) "Possible use of similar framework region amino acid sequences between human and mouse immunoglobulins for humanizing mouse antibodies" Mol Immunol 29:1141-1146の示唆に基づく「フランケンシュタインアプローチ」を意味する。略語「ｖｅｎ」はPadlan (1991), "A possible procedure for reducing the immunogenicity of antibody variable domains while preserving their ligand-binding properties" Mol Immunol 28:489-498による「ベニア化」を意味する。
【００６６】
「％同一」または「％同一性」という用語は、２つのアミノ酸配列の間の配列同一性を意味する。同一性は、比較の目的のために配置された各配列における位置を比較することによって決定することができる。比較される配列における等価の位置が同じアミノ酸によって占有される場合には、分子はその位置において同一である。等価の部位が同じまたは同様（たとえば立体的および／または電子的性質において同様）のアミノ酸残基によって占有される場合には、分子はその場所において同種（同様）であると称することができる。相同性、同様性、または同一性の百分率としての表現は、比較される配列によって共有される位置における同一または同様のアミノ酸の数の関数を意味する。相同性、同様性、または同一性の百分率としての表現は、比較される配列によって共有される位置における同一または同様のアミノ酸の数の関数を意味する。ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ、またはＥＮＴＲＥＺ等の種々の配置アルゴリズムおよび／またはプログラムを用いることができる。ＦＡＳＴＡおよびＢＬＡＳＴはＧＣＧ配列解析パッケージ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．）の一部として入手可能であり、たとえばデフォルトセッティングとともに用いることができる。ＥＮＴＲＥＺはNational Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, Md.を通して入手可能である。１つの実施形態では、２つの配列の％同一性は、ギャップウェイトを１として、たとえば２つの配列の間に単一のアミノ酸またはヌクレオチドのミスマッチがあるかのように各アミノ酸ギャップに重み付けしたＧＣＧプログラムによって決定することができる。
【００６７】
配置のための他の手法はMethods in Enzymology, vol. 266: Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis (1996), ed. Doolittle, Academic Press, Inc., a division of Harcourt Brace & Co., San Diego, Calif., USAに記載されている。いくつかの実施形態では、配列を配置するために配列におけるギャップを許容する配置プログラムが利用される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎは配列の配置におけるギャップを許容するアルゴリズムの１つの型である。Meth. Mol. Biol. 70:173-187 (1997)を参照されたい。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ配置法を用いるＧＡＰプログラムも、配列を配置するために用いることができる。代替のサーチ戦略はＭＡＳＰＡＲコンピュータの上で作動するＭＰＳＲＣＨソフトウェアを用いる。ＭＰＳＲＣＨは大規模並列コンピュータ上で配列を記録するためにＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを用いる。このアプローチにより、隔たって関連する組合せを捕捉する能力が改善され、特に小さなギャップおよびヌクレオチド配列エラーを許容することができる。核酸にコードされたアミノ酸配列を用いて、タンパク質およびＤＮＡの両方のデータベースをサーチすることができる。
【００６８】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表９および表１０の重鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲならびに表９および表１０の重鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。ある実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域の任意の１つからそれぞれ選択されるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３、ならびに表９および表１０の重鎖可変領域の任意の１つからそれぞれ選択されるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む。ＣＤＲ（たとえばＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３）のアミノ酸配列は、本明細書に開示した重鎖または軽鎖可変領域の中で、本明細書に記載した任意の好適な方法または当業者には公知の方法によって同定することができる。
【００６９】
いくつかの実施形態では、結合剤は表１〜表１０から選択される１つまたは複数の好適な配列を含み、選択されるポリペプチド配列は０〜５、１〜５、０〜１０、１〜１０、０〜１５、または１〜１５のアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変はアミノ酸の付加、アミノ酸の欠失、および／またはアミノ酸の置換であってよい。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した結合剤は１つまたは複数のアミノ酸類似体、非天然アミノ酸またはアミノ酸誘導体を含む。
【００７０】
ある実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、１つまたは複数のフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。フレームワーク領域はＣＤＲの間に位置し、および／または抗体もしくは結合剤の重鎖もしくは軽鎖可変領域のＣＤＲ配列の側面にあることが多い。哺乳類では、重鎖可変領域は４つのフレームワーク領域を含むことが多く、軽鎖可変領域は４つのフレームワーク領域を含むことが多い。抗体において、抗体の可変領域において、または結合剤において、任意の好適な方法を用いて１つまたは複数のフレームワーク領域を同定することができる。以下に考察するように、結合剤は改変されていない、または改変された（たとえば最適化された）、合成または天然産生のフレームワーク領域を含んでよい。
【００７１】
いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分はキメラ化、グラフト化、および／またはヒト化されている。キメラ化、グラフト化、および／またはヒト化された結合剤は改変されまたは置換された定常領域および／またはフレームワーク領域を含むことが多いが、一方、ｃＭＥＴまたはその部分への結合特異性は維持されている。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、ヒト抗体由来の定常領域、フレームワーク領域、またはそれらの部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、天然の抗体分子には見出されない完全合成部分、１つまたは複数のアミノ酸、またはアミノ酸の配列を含む。
【００７２】
天然産生のフレームワーク領域またはその部分は、任意の好適な種から得られる。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分の軽鎖および重鎖可変領域の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、同じまたは別の種からのフレームワーク領域にグラフトされる。たとえば、結合剤の１つまたは複数のフレームワーク領域はげっ歯類（たとえばマウスまたはラット）または霊長類（たとえばヒト）に由来するものでよい。
【００７３】
ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分の軽鎖および／または重鎖可変領域のＣＤＲは、コンセンサスヒトフレームワーク領域にグラフトすることができる。コンセンサスヒトフレームワーク領域を創成するために、ある実施形態では、いくつかのヒト重鎖または軽鎖アミノ酸配列からのフレームワーク領域を配置してコンセンサス配列を同定することができる。ある実施形態では、抗体または結合剤の重鎖または軽鎖フレームワーク領域は、異なった重鎖または軽鎖可変領域からの１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分で置き換えられる。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、１つまたは複数のヒトフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のヒトフレームワーク領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は１つまたは複数のマウスフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のマウスフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は１つまたは複数のヒトフレームワーク領域および１つまたは複数のマウスフレームワーク領域を含む。
【００７４】
たとえばフレームワーク領域またはその部分を改変し、置換し、または欠失させることによってキメラ化、ヒト化、および／または最適化された抗体または結合剤を生成させる方法は既知である。ＣＤＲグラフト化の非限定的な例は、たとえば米国特許第６１８０３７０号、第６０５４２９７号、第５６９３７６２号、第５８５９２０５号、第５６９３７６１号、第５５６５３３２号、第５５８５０８９号および第５５３０１０１号、ならびにJones et al, Nature, 321 :522-525 (1986); Verhoeyen et al, Science, 239:1534-1536 (1988)、ならびにWinter, FEBS Letts., 430:92-94 (1998)に記載されている。キメラ化、グラフト化、および／またはヒト化された結合剤を生成するさらなる非限定的な例には、米国特許第５５３０１０１号、第５７０７６２２号、第５９９４５２４号、第６２４５８９４号、Queen et al., (1988) PNAS 86:10029-10033、Riechmann et al., Nature (1988) 332:323-327、Antibody Engineering: Methods and Protocols, Methods in molecular biologyの248卷、Benny K. C. Lo編、Springer Science & Business Media, (2004)、およびAntibody Engineering, Vol. 1, Roland E. Kontermann, Stefan Duebel, 2版, Publisher Springer Science & Business Media, (2010)が含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分（たとえば１つまたは複数のアミノ酸）をヒト抗体からの１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分と交換することによってヒト化することができる。ある実施形態では、抗体または結合剤は、ドナー結合剤の結合特異性を保持しながらドナー結合剤（たとえばマウスモノクローナル抗体）からの１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１、２、３、４、５または６個全てのＣＤＲ）をアクセプター結合剤（たとえばヒト抗体）に移動させることによって、ヒト化またはグラフト化することができる。ある実施形態では、キメラ化、グラフト化またはヒト化結合剤を作成するプロセスは、結合剤の定常領域またはフレームワーク領域に１つまたは複数のアミノ酸置換、付加または欠失を作成することを含む。ある実施形態では、「リシェーピング」、「超キメラ化」、または「ベニア化／リサーフェシング」等の手法を用いてヒト化結合剤を産生することができる（たとえばVaswami et al, Annals of Allergy, Asthma, & Immunol. 81 :105 (1998); Roguska et al, Prot. Engin., 9:895-904 (1996); および米国特許第６０７２０３５号を参照）。いくつかの態様では、結合剤は免疫原性を低減させるために上で考察した方法によって、または別の好適な方法によって改変される（たとえばGilliland et al, J. Immunol, 62(6):3663-71 (1999)を参照）。
【００７５】
ある実施形態では、結合剤のアミノ酸配列は、標的（たとえばｃＭＥＴ）に対する結合親和性、種間の交差反応性、溶解性および／または機能（たとえばアゴニスト活性、またはその欠落）を最適化するために改変される。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴへの結合のために、および／または本明細書に開示した結合剤の機能または特徴を最適化するために本明細書に開示したＣＤＲの特定の組合せを最適化することができる。たとえば、本明細書に開示した特徴付けられた軽鎖可変領域（たとえば配列番号４８の軽鎖可変領域）を、好適な発現系を用いて、特徴付けられた重鎖可変領域（たとえば配列番号１０７の重鎖可変領域）のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２を含む重鎖可変領域のライブラリーとともに共発現することができ、ＣＤＲ−Ｈ３は、たとえば表８の１つまたは複数のＣＤＲ−Ｈ３領域を含んでもよいＣＤＲ−Ｈ３配列のライブラリーで置き換えられる。得られる軽鎖／重鎖結合剤は、ｃＭＥＴへの結合について、および／または特定の機能について、スクリーニングすることができる。最適化された結合剤は同定され、ＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列は好適な方法によって同定される。上記のスクリーニング法を用いて、結合剤の結合特異性、結合親和性、および／または機能を改善させ得るＣＤＲの特定の組合せ、または特定の最適化されたＣＤＲ配列（たとえばアミノ酸置換、付加または欠失を含むＣＤＲ配列）を含む結合剤を同定することができる。結合剤をスクリーニングし最適化するそのような方法は既知である（たとえばPortolano et al., (1993) Journal of Immunology 150:880-887;およびClarkson et al., (1991) Nature 352:624-628)を参照）。そのような参考文献は、相補性可変領域のライブラリーをスクリーニングすることによって、既知の軽鎖可変領域、既知の重鎖可変領域、またはそれらの部分（たとえばそれらのＣＤＲ）を用いて特異的抗原と結合する抗体を産生させる方法を教示している。
【００７６】
ある実施形態では、結合剤の親和性および／または機能を最適化するために結合剤が改変され、グリコシル化部位が除去または付加される（たとえばCo et al, Mol. Immunol, 30:1361-1367 (1993)を参照）。いくつかの実施形態では、結合剤におけるグリコシル化部位の数および／または型が改変されまたは変更される。Ｎ連結グリコシル化部位は配列Ａｓｎ−Ｘ−ＳｅｒまたはＡｓｎ−Ｘ−Ｔｈｒによって特徴付けられることが多い。ここでＸと指定されたアミノ酸残基はプロリン以外の任意のアミノ酸残基であってよい。この配列を創成するためのアミノ酸の置換は、Ｎ連結炭水化物鎖の付加のための新たな可能な部位を提供する。あるいは、この配列を除外する置換は、存在するＮ連結炭水化物鎖を除去することになる。ある実施形態では、１つまたは複数のＮ連結グリコシル化部位（典型的には天然産生の）が除外され、１つまたは複数の新たなＮ連結部位が創成されるＮ連結炭水化物鎖の再配列も提供される。いくつかの実施形態では、結合剤は、改変されない結合剤と比較して１つまたは複数のシステイン残基が欠失することまたは１つまたは複数のシステイン残基が別のアミノ酸（たとえばセリン）によって置換されることによって改変される。ある実施形態では、システイン変異体は発現、分泌、および／または溶解性を最適化するために有用であり得る。
【００７７】
ある実施形態では、結合剤は、たとえばタンパク質分解に対する結合剤の感受性を低減させるため、酸化に対する結合剤の感受性を低減させるため、血清半減期を増大させるため、および／または結合剤のその他の物理化学的、薬物動態もしくは機能的特性を付与または改変するために設計されまたは意図されたある種のアミノ酸付加、置換または欠失を含むように改変される。
【００７８】
いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類ｃＭＥＴの細胞外ドメインもしくは細胞外領域またはその部分に特異的に結合する。ある態様では、結合剤は天然に見出される非変性の（遺伝的に改変されていない）哺乳類の細胞によって産生される野生型ｃＭＥＴに特異的に結合する。ある態様では、結合剤は天然に発生するｃＭＥＴ変異体に特異的に結合する。ある態様では、結合剤は１つまたは複数のアミノ酸置換、付加または欠失を含むｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、またはげっ歯類（たとえばマウスまたはラット）の細胞の表面で産生されおよび／または発現されるｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤は配列番号１０９〜１１３の任意の１つのアミノ酸配列を有する１つまたは複数のｃＭＥＴポリペプチドまたはその部分に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴおよび／またはその細胞外ドメインに特異的に結合し、ヒトｃＭＥＴはＥ１６８からＤ１６８への置換（即ちｃＭＥＴのＥ１６８Ｄ変異体）を含む。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴおよび／またはその細胞外ドメインに特異的に結合し、ヒトｃＭＥＴはＮ３７５からＳ３７５への置換（即ちｃＭＥＴのＮ３７５Ｓ変異体）を含む。
【００７９】
「特異的に結合する」という用語は、他の分子または他のぺプチドより優先的に標的のぺプチドに結合する結合剤を意味し、これはたとえば好適なインビトロ（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）アッセイ（たとえばＥＬＩＳＡ、イムノブロット、フローサイトメトリー、その他）によって決定される。特異的結合相互作用は約２倍以上、しばしば約１０倍以上、時には約１００倍以上、１０００倍以上、１０，０００倍以上、１００，０００倍以上、または１，０００，０００倍以上、非特異的結合相互作用を識別する。
【００８０】
いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）でｃＭＥＴまたはその部分（たとえばｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に結合する結合剤である。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）でヒトｃＭＥＴまたはその部分（たとえばヒトｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に結合する結合剤である。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）で非ヒト種（たとえば非ヒト霊長類またはげっ歯類、たとえばマウスもしくはラット）由来のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤である。ある実施形態では、本明細書に開示した結合剤はヒトｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、非ヒト霊長類由来のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。ある実施形態では、本明細書に開示した結合剤はヒトｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、げっ歯類（たとえばマウスまたはラット）由来のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤は（ｉ）１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下のＫＤでヒトｃＭＥＴまたはその部分（たとえばヒトｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に特異的に結合し、（ｉｉ）１００ｎＭ以下、９０ｎＭ以下、８０ｎＭ以下、７０ｎＭ以下、６０ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、４０ｎＭ以下、３０ｎＭ以下、２０ｎＭ以下、または１０ｎＭ以下のＫＤでラットもしくはマウスｃＭＥＴまたはその部分（たとえばラットまたはマウスｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に特異的に結合する。
【００８１】
いくつかの実施形態では、結合剤はラベルを含む。本明細書で用いる「ラベル」または「ラベルされた」という用語は、たとえばラベルされたアミノ酸の組み込みまたはラベルされたアビジン（たとえば光学法または比色法で検出できる蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプトアビジン）によって検出できるビオチン部分のポリペプチドへの取着による検出可能なマーカーの組み込みを意味する。ある実施形態では、ラベルまたはマーカーを結合剤に取着して治療薬または診断薬を生成することができる。結合剤は共有結合または非共有結合で任意の好適なラベルまたはマーカーに取着することができる。ポリペプチドおよび糖タンパク質をラベルする種々の方法は当業者に公知であり、用いることができる。ポリペプチドへのラベルの非限定的な例には、これだけに限らないが、以下の放射性同位元素または放射性核種（たとえば３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光ラベル、酵素ラベル（たとえばホースラディッシュペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、ケミルミネッセントラベル、金属ラベル、クロモフォア、エレクトロケミルミネッセンスラベル、燐光ラベル、クエンチャー（たとえばフルオロフォアクエンチャー）、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）ペア（たとえばドナーおよびアクセプター）、染料、酵素基質、小分子、質量タグ、量子ドット、ナノ粒子、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（たとえばロイシンジッパーペア配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）、その他およびそれらの組合せが含まれる。
【００８２】
いくつかの実施形態では、結合剤は好適なキャリアを含む。結合剤は共有結合または非共有結合で好適なキャリアに取着することができる。キャリアの非限定的な例には、結合剤のインビボ半減期を変化させまたは延長する薬剤または分子、ポリエチレングリコール、グリコーゲン（たとえば結合剤のグリコシル化による）、デキストラン、米国特許第６６６０８４３号に記載されたキャリアまたは媒体、その他およびそれらの組合せが含まれる。
【００８３】
いくつかの実施形態では、結合剤は好適な治療剤を含む。結合剤は共有結合または非共有結合で任意の好適な治療剤に取着することができる。治療剤の非限定的な例には、医薬、毒素、放射性同位元素、リガンド、受容体、サイトカイン、抗体、抗腫瘍剤、阻害剤（たとえば受容体アンタゴニスト、酵素阻害剤）、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６６６０８４３号に開示されたサイトカインまたは薬剤、その他、またはそれらの組合せが含まれる。抗腫瘍剤の非限定的な例には、アウリスタチン（たとえばモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）、モノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）、その他）、ドラスタチン、マイタンシン、ツブリシン、イリノテカンまたはその誘導体もしくは代謝物（たとえばＳＮ３８）、カリケアマイシン、ピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）、ヅロカルマイシン、ドキソルビシン、シュードモナスエキソトキシンＡ（たとえばＰＥ３８）、それらの誘導体、その他、またはそれらの組合せが含まれる。したがって、ある実施形態では、本明細書に開示する結合剤は抗腫瘍剤を含む。
【００８４】
いくつかの実施形態では、ラベル、治療剤またはキャリアは、好適なリンカーを用いて結合剤に結合される。好適なリンカーの非限定的な例には、シラン、チオール、ホスホン酸、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、アミノ酸およびぺプチド、それらのポリマー、それらの誘導体、その他、およびそれらの組合せが含まれる。リンカーを用いて２つ以上の分子を取着する方法は当業者には公知であり、時には「架橋」と称される。
【００８５】
いくつかの実施形態では、ラベル、治療剤、キャリアまたはリンカーは、結合剤の好適なチオール基（たとえばシステイン残基のチオール基）に取着される。結合剤の定常領域またはフレームワーク領域の任意の好適なアミノ酸残基は、ラベル、治療剤、キャリアまたはリンカーを取着させる目的で、チオール基を含むアミノ酸残基（たとえばシステイン）で置換することができる。チオール含有アミノ酸残基で置換することができるアミノ酸の非限定的な例には、ＩｇＧ２のＡ１１８、Ｓ１１９、Ｓ２３９、Ｖ２８２、Ｔ２８９、Ｎ３６１、およびＶ４２２、ＩｇＧ１のＳ１１５、Ｓ２５２、Ｖ２８９、Ｔ３０６およびＮ３８４、またはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３もしくはＩｇＧ４の対応する位置が含まれる。ラベル、治療剤、キャリアおよび／またはリンカーを結合剤に取着させる他の非限定的な例には、アミンをＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）エステル、イミドエステル、ペンタフルオロフェニル（ＰＦＰ）エステル、ヒドロキシメチルホスフィン、オキシランもしくは他の任意のカルボニル化合物と反応させること、カルボキシルをカルボジイミドと反応させること、スルフヒドリルをマレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド、および／もしくはビニルスルホンと反応させること、アルデヒドをヒドラジンと反応させること、任意の非選択的基をジアジリンおよび／もしくはアリールアジドと反応させること、ヒドロキシルをイソシアネートと反応させること、ヒドロキシルアミンをカルボニル化合物と反応させること、その他およびそれらの組合せが含まれる。
【００８６】
ある実施形態では、結合剤は１つまたは複数の機能的特徴を含む。したがって、結合剤は構造的および機能的に記述することができる（たとえばそれが何をするのかによって、またはそれが何をできるのかによって）。本明細書に開示した結合剤はｃＭＥＴの細胞外部分、たとえば細胞の表面に存在するｃＭＥＴの細胞外部分に特異的に結合することができる。いくつかの実施形態では、細胞はｃＭＥＴを発現するヒトがん細胞またはヒト新生物細胞である。ある実施形態では、細胞の表面のｃＭＥＴとの結合に際して、本明細書に開示したある種の結合剤はｃＭＥＴの内在化を誘起する。いくつかの実施形態では、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、細胞上（たとえばがん細胞上）におけるｃＭＥＴの分解を誘起する。リガンドまたは結合剤の結合によって誘起される細胞表面結合受容体の内在化および／または分解は公知の生物学的プロセスである。ｃＭＥＴの内在化および／または分解を誘起する結合剤の能力は、好適な実験的アッセイを用いることによって、過度の実験をせずに容易に観察される。したがって、いくつかの実施形態では、結合剤は細胞表面上のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、ｃＭＥＴの内在化および／または分解を誘起する。
【００８７】
いくつかの実施形態では、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、シグナリング（たとえばチロシンキナーゼ活性）を誘起しまたは促進する。ある実施形態では、結合剤は細胞表面上のｃＭＥＴに特異的に結合し、シグナリング（たとえばチロシンキナーゼ活性）を検出可能に誘起せずまたは促進しない。したがって、ある実施形態では、本明細書に開示した抗ｃＭＥＴ結合剤は検出可能なｃＭＥＴアゴニスト活性を有しない。ある実施形態では、抗ｃＭＥＴ結合剤は細胞表面上におけるｃＭＥＴの結合に際してアゴニスト活性を欠き、および／または細胞表面上におけるｃＭＥＴの結合に際して検出可能なチロシンキナーゼ活性を誘起しまたは促進することができない。いくつかの実施形態では、抗ｃＭＥＴ結合剤はｃＭＥＴアンタゴニストである。ある実施形態では、抗ｃＭＥＴ結合剤はｃＭＥＴ受容体を経由するシグナリングを低下させ、阻害し、低減し、妨害し、もしくは防止し、および／またはｃＭＥＴ受容体が検出可能なチロシンキナーゼ活性を誘起しまたは促進することを低下させ、阻害し、低減し、妨害し、もしくは防止する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した抗ｃＭＥＴ結合剤はｃＭＥＴがその天然の類似リガンド（たとえば肝細胞増殖因子、またはそのアイソフォーム）に結合することを低下させ、阻害し、低減し、防止し、または妨害する。
【００８８】
ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤と接触させることにより、細胞の死が誘起されまたは促進される。ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤と接触させることにより、ｃＭＥＴを発現する細胞のアポトーシスまたはネクローシスによって細胞の死が誘起されまたは促進される。ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤と接触させることにより、ＡＤＣＣ、ＡＤＣＰまたは補体依存性細胞毒性（ＣＤＣＣ）プロセスによって細胞の死が誘起されまたは促進される。
【００８９】
ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤と接触させることによって、細胞のマイトーシスが低下し、阻害され、または低減される。ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤と接触させることによって、細胞の転移が低下し、阻害され、または低減される。
【００９０】
いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分（たとえばｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその部分）に特異的に結合する１つまたは複数の結合剤を含む組成物または医薬組成物が本明細書に提示される。
【００９１】
医薬組成物は好適な投与経路のために製剤化することができる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は皮下（ｓ．ｃ．）、皮内、筋肉内、腹腔内および／または静脈内（ｉ．ｖ．）投与のために製剤化される。ある実施形態では、医薬組成物は、組成物のたとえばｐＨ、浸透圧、粘度、透明性、色、等張性、臭気、無菌性、安定性、溶解もしくは放出の速度、吸着もしくは浸透を改変し、維持し、または保存するための製剤材料を含んでもよい。ある実施形態では、好適な製剤材料には、これだけに限らないが、アミノ酸（グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリジン等）、抗微生物剤、抗酸化剤（アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウムまたは亜硫酸水素ナトリウム等）、緩衝剤（ホウ酸塩、重炭酸塩、トリスＨＣｌ、クエン酸塩、リン酸塩（たとえばリン酸塩緩衝食塩液）、または好適な有機酸）、増量剤（マニトールまたはグリシン等）、キレート化剤（エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）等）、複合化剤（カフェイン、ポリビニルピロリドン、ベータ−シクロデキストリンまたはヒドロキシプロピル−ベータ−シクロデキストリン等）、タンパク質（血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン等）、着色剤、香料および希釈剤、乳化剤、親水性ポリマー（ポリビニルピロリドン等）、低分子量ポリペプチド、塩形成カウンターイオン（ナトリウム等）、溶媒（グリセリン、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコール等）、希釈剤、賦形剤および／または医薬アジュバント（Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed., A.R. Gennaro, ed., Mack Publishing Company (1995)）が含まれる。
【００９２】
ある実施形態では、医薬組成物は好適な賦形剤を含み、その非限定的な例には、付着防止剤（たとえばステアリン酸マグネシウム）、バインダー、フィラー、単糖類、二糖類、その他の炭水化物（たとえばグルコース、マンノースまたはデキストリン）、糖アルコール（たとえばマンニトールまたはソルビトール）、コーティング（たとえばセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、微結晶セルロース、合成ポリマー、シェラック、ゼラチン、トウモロコシタンパク質ゼイン、腸溶性またはその他の多糖類）、デンプン（たとえばジャガイモ、メイズまたはムギのデンプン）、シリカ、着色剤、崩壊剤、香料、潤滑剤、保存剤、吸着剤、甘味剤、媒体、懸濁剤、界面活性剤および／または湿潤剤（プルロニック、ＰＥＧ、ソルビタンエステル、ポリソーベート２０、ポリソーベート８０等のポリソーベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサパル等）、安定性向上剤（シュクロースまたはソルビトール等）、ならびに等張性向上剤（アルカリ金属ハライド、塩化ナトリウムもしくは塩化カリウム、マンニトール、ソルビトール）、および／またはRemington's Pharmaceutical Sciences, 18版、A.R. Gennaro編、Mack Publishing Company (1995)に開示された任意の賦形剤が含まれる。本明細書で用いる「バインダー」という用語は、医薬混合物を組み合わされた状態に保つことを補助する化合物または成分を意味する。医薬製剤を作成するために医薬錠剤、カプセルおよび顆粒の調製においてしばしば用いられる好適なバインダーは当業者には公知である。明らかにするため、本明細書で用いる「結合剤」という用語は、ある種の医薬製剤で用いられる「バインダー」を意味しない。しかしある実施形態では、医薬組成物はｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤ならびにバインダーを含んでもよい。
【００９３】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は薬学的に許容される好適な添加剤および／またはキャリアを含む。好適な添加剤の非限定的な例には、好適なｐＨ調整剤、緩和剤、緩衝剤、硫黄含有還元剤、抗酸化剤その他が含まれる。硫黄含有還元剤の非限定的な例には、Ｎ−アセチルシステイン、Ｎ−アセチルホモシステイン、チオクト酸、チオジグリコール、チオエタノールアミン、チオグリセロール、チオソルビトール、チオグリコール酸およびその塩、チオ硫酸ナトリウム、グルタチオン、およびＣ１〜Ｃ７チオアルカン酸等のスルフヒドリル基を有する還元剤が含まれる。抗酸化剤の非限定的な例には、エリソルビン酸、ジブチルヒドロキシトルエン、ブチルヒドロキシアニソール、アルファ−トコフェロール、トコフェロールアセテート、Ｌ−アスコルビン酸およびその塩、Ｌ−アスコルビルパルミテート、Ｌ−アスコルビルステアレート、重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、トリアミルガレートおよびプロピルガレート、ならびにエチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）ジナトリウム、ピロリン酸ナトリウムおよびメタリン酸ナトリウム等のキレート化剤が含まれる。さらに、希釈剤、添加剤および賦形剤は、一般に用いられる他の成分、たとえば塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、リン酸ナトリウム、リン酸カリウムおよび重炭酸ナトリウム等の無機塩、ならびにクエン酸ナトリウム、クエン酸カリウムおよび酢酸ナトリウム等の有機塩を含んでもよい。
【００９４】
本明細書で用いる医薬組成物は長期間、たとえば数か月または数年にわたって安定であり得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物は１つまたは複数の好適な保存剤を含む。保存剤の非限定的な例には、塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸、過酸化水素、その他、および／またはそれらの組合せが含まれる。保存剤は塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゾキソニウム、塩化ベンゼトニウム、セトリミド、塩化セパゾニウム、塩化セチルピリジニウム、または臭化ドミフェン（ＢＲＡＤＯＳＯＬ（Ｒ））等の四級アンモニウム化合物を含み得る。保存剤はチメロサール等のチオサリチル酸のアルキル水銀塩、硝酸フェニル水銀、酢酸フェニル水銀またはホウ酸フェニル水銀を含み得る。保存剤はメチルパラベンまたはプロピルパラベン等のパラベンを含み得る。保存剤はクロロブタノール、ベンジルアルコールまたはフェニルエチルアルコール等のアルコールを含み得る。保存剤はクロロヘキシジンまたはポリヘキサメチレンビグアニド等のビグアニド誘導体を含み得る。保存剤は過ホウ酸ナトリウム、イミダゾリジニル尿素、および／またはソルビン酸を含み得る。保存剤は商品名ＰＵＲＩＴＥ（登録商標）として知られ、市販されている安定化オキシクロロ複合体を含み得る。保存剤は商品名ＰＯＬＹＱＵＡＲＴ（登録商標）として知られ、Ｈｅｎｋｅｌ  ＫＧａＡから市販されているポリグリコール−ポリアミン縮合レジンを含み得る。保存剤は安定化過酸化水素を含み得る。保存剤は塩化ベンザルコニウムであってよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物は保存剤を含まない。
【００９５】
いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的に血液または血液製品混入物（たとえば血液細胞、血小板、ポリペプチド、ミネラル、血液由来化合物または化学製品、その他）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的に血清および血清混入物（たとえば血清タンパク質、血清脂質、血清炭水化物、血清抗原、その他）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的に病原体（たとえばウイルス、寄生虫または細菌）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的にエンドトキシンを含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は無菌である。ある実施形態では、組成物または医薬組成物はｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤および希釈剤（たとえばリン酸塩緩衝食塩液）を含む。ある実施形態では、組成物または医薬組成物はｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤および賦形剤（たとえばクエン酸ナトリウム無水物、またはポリオキシエチレンソルビタン−２０モノオレエート（ポリソーベート８０））を含む。
【００９６】
本明細書に記載した医薬組成物は、それらを用いる治療による任意の好適な形態および／または量で対象に投与するために構成され得る。たとえば非経口投与（たとえば注射または注入による）のために構成された医薬組成物は、油性または水性媒体中の懸濁液、溶液またはエマルジョンの形態を取ってよく、水性または非水性溶媒、共溶媒、懸濁液、保存剤、安定化剤および／または分散剤等の製剤化剤、賦形剤、添加剤および／または希釈剤を含んでよい。いくつかの実施形態では、非経口投与に適した医薬組成物は１つまたは複数の賦形剤を含んでよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物は凍結乾燥によって乾燥粉末形態にされる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は凍結乾燥によって好適な医薬溶媒（たとえば水、食塩液、等張緩衝溶液（たとえばＰＢＳ）、その他）による再構成に適した乾燥粉末形態にされる。ある実施形態では、凍結乾燥された医薬組成物の再構成された形態は哺乳類への非経口投与（たとえば静脈内投与）に適している。
【００９７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載した医薬組成物は局所投与のために構成されてよく、結合剤および／または潤滑剤、ポリマーグリコール、ゼラチン、ココアバターまたは他の好適なワックスもしくは脂肪の１つまたは複数を含んでよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載した医薬組成物は、一般に局所的薬剤投与に適する局所的キャリアを含み、当業者には公知の任意の好適な材料を含む局所的製剤の中に組み込まれる。ある実施形態では、医薬組成物の局所的製剤は局所パッチからの結合剤の投与のために製剤化される。
【００９８】
ある実施形態では、最適な医薬組成物は、たとえば意図された投与経路、デリバリーフォーマットおよび所望の用量に基づいて当業者によって決定されることになる（たとえば上記のＲｅｍｉｎｇｔｏｎ'ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓを参照）。ある実施形態では、そのような組成物は本発明の抗体の物理的状態、安定性、インビボ放出の速度およびインビボクリアランスの速度に影響し得る。
【００９９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤は、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置するために用いられる。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤または医薬組成物は対象における腫瘍性障害またはがんの処置において用いられ、結合剤はヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法が本明細書に提示される。ある実施形態では、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法は、治療有効量の本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤を対象に投与することを含む。ある実施形態では、処置の方法は対象の細胞（たとえば１つまたは複数の細胞）を治療有効量の本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤と接触させることを含む。ある実施形態では、処置の方法は対象の細胞（たとえば１つまたは複数の細胞）をヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその変異体に特異的に結合する治療有効量の結合剤と接触させることを含む。対象の細胞はｃＭＥＴの細胞外部分を発現する細胞であることが多い。対象の細胞は対象の内部（たとえばインビボ）で見出されてもよく、対象の外部（たとえばインビトロまたはエクスビボ（ｅｘ  ｖｉｖｏ））で見出されてもよい。
【０１００】
本明細書に開示した組成物、医薬組成物または結合剤は、ｃＭＥＴを発現する細胞型が関与する好適な腫瘍性障害またはがんを処置するために用いることができる。本明細書の方法で処置することができる腫瘍性障害またはがんの非限定的な例には、肺癌、乳癌、卵巣癌、腎癌、結腸直腸癌、胃癌、甲状腺癌、膵癌、神経芽腫、または頭頸部の扁平上皮癌、頚がん、肝細胞がん、肉腫、中皮腫、膠芽細胞腫、多発性骨髄腫、黒色腫、前立腺および食道の癌が含まれる。ある実施形態では、がんまたは腫瘍性障害の新生物細胞は、好適な方法（たとえば全細胞ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣｓ、任意の好適な免疫アッセイ、その他）により、好適な抗ｃＭＥＴ結合剤、または本明細書に記載した新規な結合剤を用いて、ｃＭＥＴの発現について迅速にアッセイすることができる。
【０１０１】
組成物、医薬組成物または結合剤を対象に投与する任意の好適な方法を用いることができる。本明細書に記載した本発明の方法による使用のための組成物の正確な製剤処方および投与経路は、患者の病状を考慮して個別の医師によって選択することができる。たとえば参照により全体として本明細書に組み込まれるFingl et al. 1975、「The Pharmacological Basis of Therapeutics」１章、p.1を参照されたい。本明細書に記載した医薬組成物または結合剤の投与のため、任意の好適な投与経路を用いることができる。投与経路の非限定的な例には、局所または局部（たとえば経皮または皮膚（たとえば皮膚上もしくは表皮）、眼中または眼上、鼻内、経粘膜、耳中、耳の内側（たとえば鼓膜の後ろ））、腸内（たとえば胃腸管を経由する送達、たとえば経口（たとえば錠剤、カプセル、顆粒、液体、乳化、トローチ、またはそれらの組合せ）、舌下、経胃栄養チューブ、直腸、その他）、非経口投与（たとえば非経口、たとえば静脈内、動脈内、筋肉内、腹腔内、皮内、皮下、腔内、頭蓋内、関節内、関節スペース内、心筋内（心臓内）、空洞内注射、病巣内（皮膚病巣内）、骨内注入（骨髄内）、髄腔内（脊柱管内）、子宮内、膣内、膀胱内注入、硝子体内）、その他またはそれらの組合せが含まれる。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、本明細書の組成物は対象に提供される。対象に提供される組成物は自己投与のため、または別人（たとえば医療従事者以外の者）によって対象に投与されるために提供されることがある。たとえば、本明細書に記載した組成物は、患者が本明細書に記載した組成物または処置を受けることを許可する臨床医によって書かれた指示書（たとえば処方箋）として提供され得る。別の例では、組成物は対象に提供され、対象は組成物を経口、静脈内またはたとえば吸入によって自己投与する。
【０１０３】
あるいは、全身的ではなくたとえば持続性薬剤または持続放出製剤を用いることを含めて、皮膚、粘膜、または治療のための目的の領域への直接適用による局所での本発明の方法に従う使用のために組成物を投与してもよい。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は単独で（たとえば単一活性成分（ＡＩまたはたとえば単一活性医薬成分（ＡＰＩ））として）投与することができる。他の実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は１つまたは複数の追加のＡＩ／ＡＰＩと組み合わせて、たとえば２つの異なった組成物として、または１つまたは複数の追加のＡＩ／ＡＰＩが医薬組成物中で結合剤とともに混合されまたは製剤化される単一組成物として、投与することができる。
【０１０５】
医薬組成物は、たとえば従来の混合、溶解、顆粒化、糖衣錠製造、摩砕、乳化、カプセル化、トラップ化、または錠剤化プロセスによる方法を含む任意の好適な方式で製造することができる。
【０１０６】
ある実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は効果的な治療結果を得るために必要な好適な頻度または間隔で投与される。効果的な治療結果は、腫瘍性障害またはがんに罹患した対象における新生細胞またはがん細胞の数、生存率、増殖、マイトーシス、または転移をモニターすることによって決定することができる。したがって、ある実施形態では、対象における新生細胞またはがん細胞の数、生存率、増殖、マイトーシス、または転移の減少は効果的な治療結果と考えられる。いくつかの実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は毎時、１日１回、１日２回、１日３回、１日４回、１日５回、および／もしくは規則的な間隔で、たとえば毎日、１日おき、週３回、毎週、隔週、月１回、ならびに／または単に医療従事者によって必要とされまたは推奨される頻度または間隔で投与することができる。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、組成物中の結合剤の量は効果的な治療結果を得るために必要な量である。ある実施形態では、組成物（たとえば医薬組成物）中の結合剤の量は、本明細書で意図するように、腫瘍性障害またはがんを予防し、処置し、その重篤度を低減し、その発症を遅らせ、および／またはその症状を緩和するために十分な量である。
【０１０８】
「治療有効量」は、効果的な治療結果を得るために十分な量および／または腫瘍性障害またはがんを予防し、処置し、その重篤度を低減し、その発症を遅らせ、および／またはその症状を緩和するために必要で十分な量である。ある実施形態では、「治療有効量」は、腫瘍またはがんの増殖を停止させ、および／またはその増殖を遅延させるために十分な量を意味する。ある実施形態では、「治療有効量」は、１つまたは複数の腫瘍細胞の複製を阻害し、および／またはその死を誘起するために十分な量を意味する。治療有効量の決定は、特に本明細書に提供した詳細な開示を考慮すれば、十分に当業者の能力の範囲内である。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、組成物中の結合剤の量は、少なくとも治療有効量である量であり、望ましくない副反応を最小化するのに十分な低い量である。必要な結合剤または活性薬剤の組合せの正確な量は、対象の年齢、体重、および一般症状、治療すべき病状の重篤度、ならびに投与される薬剤の特定の組合せによって対象から対象へと変動する。したがって、多様な対象群において腫瘍性障害を処置するための正確な治療有効量を特定することは常に可能ではない。よく知られているように、特定の病状を有する所与の患者についての、また特定の疾患についての特定の用量は常時変動するが、それぞれの症例における最適量の決定は単純なルーチン手順によって容易に達成することができる。したがって、腫瘍性障害を処置するために用いられる結合剤の治療有効量は、当業者によってルーチンの実験を用いて決定することができる。
【０１１０】
ある実施形態では、組成物中の結合剤の量は、好適な治療有効量または用量で（たとえば部分的に特定の投与経路によることがある好適な容量および濃度で）投与される。ある実施形態の中では、結合剤（たとえば組成物中の結合剤）は、０．０１ｍｇ／ｋｇ（たとえば対象の体重１ｋｇあたり）〜５００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜５００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜４００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜３００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜２００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１５０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜７５ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜２５ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜５ｍｇ／ｋｇまたは０．１ｍｇ／ｋｇ〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与することができる。いくつかの態様では、結合剤の量は約１０ｍｇ／ｋｇ、９ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、７ｍｇ／ｋｇ、６ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、０．９ｍｇ／ｋｇ、０．８ｍｇ／ｋｇ、０．７ｍｇ／ｋｇ、０．６ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、０．４ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．２ｍｇ／ｋｇ、または０．１ｍｇ／ｋｇであってよい。いくつかの実施形態では、結合剤の治療有効量は約０．１ｍｇ／ｋｇ〜５００ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約３００ｍｇ／ｋｇである。静脈内投与に好適な量は公知である。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、結合剤はインビトロまたはインビボでｃＭＥＴを検出するために用いられる。いくつかの実施形態では、結合剤は細胞表面上のｃＭＥＴを検出するため、および／または細胞がｃＭＥＴを発現している場合に腫瘍細胞（たとえば悪性細胞）の存在または非存在を決定するために用いられる。いくつかの実施形態では、結合剤は対象が腫瘍性障害またはがんを有しているかを決定するために用いられる。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴを検出する方法は、試料（たとえば対象から直接または間接に得た試料）中の細胞におけるｃＭＥＴの存在または非存在を決定することを含む。
【０１１２】
ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤を検出しおよび／またはその存在、非存在および／もしくは量を定量するために任意の好適な方法を用いることができ、その非限定的な例は、Immunology, Werner Luttmann; Academic Press, 2006および／またはMedical Detection and Quantification of Antibodies to Biopharmaceuticals: Practical and Applied Considerations, Michael G. Tovey; John Wiley & Sons, July 12, 2011に見出すことができる。ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤を検出しおよび／またはその存在、非存在および／もしくは量を定量するために用いることができる方法のさらなる非限定的な例には、競合的免疫アッセイ、非競合的免疫アッセイ、ウェスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、競合もしくはサンドイッチＥＬＩＳＡ、サンドイッチ免疫アッセイ、免疫沈降アッセイ、免疫放射アッセイ、蛍光免疫アッセイ、プロテインＡ免疫アッセイ、プレシピチン反応、ゲル拡散プレシピチン反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体固定化アッセイ、免疫組織化学アッセイ、ウェスタンブロットアッセイ、免疫組織アッセイ、免疫細胞化学アッセイ、ドットブロットアッセイ、蛍光分極アッセイ、シンチレーションプロキシミティアッセイ、均一時間分解蛍光アッセイ、ＩＡｓｙｓ分析、ＢＩＡコア分析、その他またはそれらの組合せが含まれる。
【０１１３】
結合剤の量または用量を含む医薬組成物は、所望であれば結合剤の１つまたは複数の用量を含み得るキット、パックまたは分注デバイスで提供され得る。パックはたとえばブリスターパック等の金属またはプラスチックの箔を含み得る。パックまたは分注デバイスは投与のための説明書を伴ってもよい。パックまたは分注器は、医薬品の製造、使用または販売を規制する政府官庁によって規定された形態で容器に付随し、ヒトまたは獣医用投与のための薬剤の形態の官庁による承認を反映する注意書を伴ってもよい。そのような注意書は、たとえば処方薬として米国食品医薬品局によって承認されたラベル、または承認された製品添付文書であってよい。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、キットまたはパックは、１日〜１年、１日〜１８０日、１日〜１２０日、１日〜９０日、１日〜６０日、１日〜３０日、またはその間の任意の日または日数、１〜４時間、１〜１２時間、または１〜２４時間、患者を処置するために十分な量の結合剤を含む。
【０１１５】
キットは製品ラベルまたは成分の説明もしくはその中の成分のインビトロ、インビボ、もしくはエクスビボの使用のための指示書を含む添付文書を含んでもよい。例示的な指示書には、診断法、処置プロトコルまたは治療計画の指示書が含まれる。ある実施形態では、キットは包装材料を含み、これはキットの成分を収容する物理的な構造を意味する。包装材料は成分を無菌に保つことができ、そのような目的に一般的に用いられる材料（たとえば紙、波形繊維、ガラス、プラスチック、箔、アンプル、バイアル、チューブ、その他）から作られてよい。製品ラベルまたは添付文書は「印刷物」、たとえば個別の、または成分、キットもしくは包装材料（たとえば箱）に貼付された、またはキット成分を含むアンプル、チューブもしくはバイアルに取着された紙もしくはボール紙を含む。ラベルまたは添付文書はさらに、コンピュータで読み取り可能な媒体、ＣＤ−もしくはＤＶＤ−ＲＯＭ／ＲＡＭ、ＤＶＤ、ＭＰ３等の光学ディスク、磁気テープまたはＲＡＭおよびＲＯＭまたは磁気／光学保存媒体等のこれらの混成物等の電子保存媒体、ＦＬＡＳＨ媒体またはメモリー型カード等を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、その中の１つまたは複数の成分の同定情報、用量、作用機序、薬物動態（ＰＫ）および薬力学（ＰＤ）を含む活性成分の臨床薬理学を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、メーカー情報、ロット番号、製造場所、製造日を同定する情報、キット成分が用いられる適応病状、障害、疾患または症状に関する情報を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、方法、処置プロトコルまたは治療計画において１つまたは複数のキット成分を用いるための医師または対象者のための指示書を含んでよい。指示書は、用量、頻度もしくは期間、および本明細書で説明した方法、処置プロトコルまたは治療計画のいずれかを実施するための指示書を含んでよい。したがって本発明のキットは、本明細書に述べた本発明の方法および使用のいずれかを実施するためのラベルまたは指示書をさらに含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、起こり得る副作用に関する情報および／または警告を含んでよい。
【０１１６】
ある実施形態では、キットは既知量のｃＭＥＴを有する１つまたは複数の対照を含む。いくつかの実施形態では、キットはｃＭＥＴを発現する細胞を含む。キット中の細胞は、細胞が直ちに使用可能になるまで適切な保存条件下に保つことができる。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、キットは結合剤を含む診断キットである。診断キット中に含まれる結合剤は任意の好適な形態を取り得る。いくつかの実施形態では、診断キットは結合剤および検出可能なラベルを含む。たとえばある実施形態では、診断キットは本発明の方法を実施して、たとえばカラーチャートまたは標準曲線と比較することができる比色結果を生成するために必要な試薬を含むスティックテストを含むかまたはからなる。診断キットは、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤を検出するために必要な成分、たとえば二次抗体を含んでもよい。
【実施例１】
【０１１８】
抗体の生成
ｃＭＥＴに対する抗体応答を誘起するため、図１および図２に示すようにｃＭＥＴ−ＦｃまたはｃＭＥＴぺプチドでマウスを免疫した。いくつかの実施形態では、戦略領域に由来するぺプチドを免疫のために選択した。ぺプチド３の設計を着想させたＭＥＴ上の構造ループの例を図３に示す。免疫されたマウスの脾臓を得て、脾臓細胞を好適な融合パートナーと融合させ、標準的なプロトコルでハイブリドーマを産生させた。ハイブリドーマクローンを単離し、ハイブリドーマ培地をＭＥＴへの結合および／またはフローサイトメトリーで測定したヒトがん細胞株上のｃＭＥＴの内在化を誘起する能力について試験した（図４）。選択されたハイブリドーマ抗体を、ＭＥＴの分解を誘起する能力（図５）、またはＥＲＫのリン酸化を誘起する能力の欠如（図６）について選択した。
【０１１９】
理想的な抗ｃＭＥＴ抗体の候補を選択するために追加的なアッセイを行なった。たとえば、抗ｃＭＥＴ抗体の種間交差反応性を、ＥＬＩＳＡで測定した抗体のヒトｃＭＥＴ、サルｃＭＥＴ（たとえばマカカ・ファシクラリス（Ｍａｃａｃａ  ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）、即ちシノモルガス・マカク（Ｃｙｎｏｍｏｌｇｕｓ  Ｍａｃａｑｕｅ））、ラットｃＭＥＴおよびマウスｃＭＥＴへの結合能力を測定することによって試験した（図７および表１）。インビボ半減期およびその他の薬物動態特性も評価した（データは示していない）。抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の有効性および特異性も、ＭＭＡＦにコンジュゲートした抗ｃＭＥＴ抗体を用いて、ｃＭＥＴの高度、中度の発現および非発現の細胞株について決定した（図９および図１５、表１１および表１２）。ＡＤＣのインビボ効果を、ＭＫＮ４５キセノグラフトモデルを用いて試験した。
【０１２０】
【表１１】
2019537556.tif 000012
ＳＰＲ＝表面プラスモン共鳴
ＭＳＤ＝メソスケールディスカバリープラットフォーム
ＮＨＰ＝非ヒト霊長類（即ちシノモルガス・マカク）
５Ｄ５＝アゴニスト陽性対照
ＡＢＦ４６＝ＭＥＴ  ＡＤＣ、陽性対照
【実施例２】
【０１２１】
選択したヒト化モノクローナル結合剤の特性のまとめ
マウスモノクローナル抗体Ｐ３Ｄ１２の重鎖ＣＤＲおよび軽鎖ＣＤＲを含むヒト化してアイソタイプスイッチされたモノクローナル結合剤を生成させた。１６種の異なった重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）の組合せを、ＰＢＳへの溶解性、ヒトｃＭＥＴへの結合、ラットｃＭＥＴへの結合、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）で測定したヒトおよびラットのｃＭＥＴへの結合親和性、メソスケールディスカバリープラットフォーム（ＭＳＤ）として報告されたアゴニスト活性の存在およびｃＭＥＴの分解について試験した。結果を以下の表１２にまとめる。
【０１２２】
【表１２】
2019537556.tif 000013
【実施例３】
【０１２３】
ヒト対象は肝および肺に存在する２ｃｍ以上の多数転移癌を有している。癌細胞がその細胞表面上にｃＭＥＴを発現しているかを判断するため生検を行なう。細胞表面のｃＭＥＴ発現の存在は生検の結果で確認される。
【０１２４】
ヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤をヒト対象に投与する。結合剤はヒトカッパおよびＩｇＧ１重鎖定常領域、配列番号４１の軽鎖可変領域、および配列番号９８の重鎖可変領域を含んでもよい。結合剤は用量３０ｍｇ／ｋｇとし、２時間かけて３００ｍｌの容量を１日１回で６週間、静脈内投与することができる。フォローアップ生検および超音波により、腫瘍の存在、大きさおよび生存率を判断する。６週間の処置の後、対象者は寛解していると判断される。
【実施例４】
【０１２５】
ヒト対象は肝および肺に存在する２ｃｍ以上の多数転移癌を有している。癌細胞がその細胞表面上にｃＭＥＴを発現しているかを判断するため生検を行なう。細胞表面のｃＭＥＴ発現の存在は生検の結果で確認される。
【０１２６】
ヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤をヒト対象に投与する。結合剤はヒトカッパおよびＩｇＧ２ａ重鎖定常領域、配列番号４８のヒト化軽鎖可変領域、および配列番号１０７のヒト化重鎖可変領域を含んでもよい。結合剤はＭＭＡＦにコンジュゲートしていてもよい。結合剤は用量１ｍｇ／ｋｇとし、２時間かけて３００ｍｌの容量を１日１回で６週間、静脈内投与する。フォローアップ生検および超音波により、腫瘍の存在、大きさおよび生存率を判断する。６週間の処置の後、対象者は寛解していると判断される。
【実施例５】
【０１２７】
ｃＭＥＴ配列
配列番号１０９（ヒトｃＭＥＴ−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ｐ０８５８１（ＭＥＴ＿ＨＵＭＡＮ）  ＊残基Ｅ１６８およびＮ３７５は太字で下線を付している。
【化１】
2019537556.tif 000014
【０１２８】
配列番号１１０（ラットｃＭＥＴ−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ｐ９７５２３（ＭＥＴ＿ＲＡＴ）
【化２】
2019537556.tif 000015
【０１２９】
配列番号１１１（マウスｃＭＥＴ−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ｐ１６０５６（ＭＥＴ＿ＭＯＵＳＥ）
【化３】
2019537556.tif 000016
【０１３０】
配列番号１１２（イヌｃＭＥＴ）
【化４】
2019537556.tif 000017
【０１３１】
配列番号１１３（マカカ・ムラッタ（Ｍａｃａｃａ  ｍｕｌａｔｔａ）、リーサスｃＭＥＴ−ＮＣＢＩリファレンスシーケンス：ＮＰ＿００１１６２１００．１）
【化５】
2019537556.tif 000018
【実施例６】
【０１３２】
実施形態
Ａ１．ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤であって、それぞれが表４または表５から選択される軽鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３を含む、結合剤。
【０１３３】
Ａ２．ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤であって、それぞれが表９または表１０から選択される重鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む、結合剤。
【０１３４】
Ａ３．ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤であって、（ｉ）それぞれが表４または表５から選択される軽鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３ならびに（ｉｉ）それぞれが表９または表１０から選択される重鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む、結合剤。
【０１３５】
Ａ４．ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤であって、表１、表２および表３のＣＤＲから選択される軽鎖可変領域の３つのＣＤＲ、ならびに表４、表５および表６のＣＤＲから選択される重鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む、結合剤。
【０１３６】
Ａ５．ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤であって、表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、表４から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、表５から選択されるＣＤＲ−Ｈ２、表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含む、結合剤。
【０１３７】
Ａ６．ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤であって、表１から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｌ１、表２から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｌ２、表３から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｌ３、表４から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｈ１、表５から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｈ２、および表６から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｈ３を含む、結合剤。
【０１３８】
Ａ７．実施形態Ａ１〜Ａ６のいずれか一項の結合剤であって、組み換えモノクローナル抗体である、結合剤。
【０１３９】
Ａ８．実施形態Ａ１〜Ａ７のいずれか一項の結合剤および
薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、添加剤またはキャリア
を含む医薬組成物。
【０１４０】
Ａ９．実施形態Ａ８の医薬組成物であって、前記結合剤がＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の定常領域を含む、医薬組成物。
【０１４１】
Ａ１０．実施形態Ａ８またはＡ９の医薬組成物であって、前記結合剤がＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＡまたはＩｇＭの定常領域を含む、医薬組成物。
【０１４２】
Ａ１１．実施形態Ａ８からＡ１０のいずれか一項の医薬組成物であって、前記結合剤がヒト化されている、医薬組成物。
【０１４３】
Ｂ１．組み換えモノクローナル抗体であって、
表１から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｌ１、表２から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｌ２、表３から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｌ３、表４から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｈ１、表５から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｈ２、および表６から選択されるＣＤＲと少なくとも８０％同一であるＣＤＲ−Ｈ３を含み、
前記抗体がヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する、組み換えモノクローナル抗体。
【０１４４】
Ｂ２．実施形態Ｂ１の抗体であって、ヒト化、キメラ化またはＣＤＲグラフト化された抗体。
【０１４５】
Ｃ１．対象における腫瘍性障害またはがんの処置における使用のための、実施形態Ａ１〜Ａ１１、Ｂ１およびＢ２のいずれか一項の抗体結合剤、医薬組成物または抗体。
【０１４６】
本明細書に引用したそれぞれの特許、特許出願、公開または他のいずれかの参照もしくは文献の全体が参照により本明細書に組み込まれる。矛盾が生じた場合には、定義を含む明細書が優先する。
【０１４７】
いずれの特許、特許出願、公開または他のいずれかの文献の引用はこれらのいずれも妥当な先行技術であると承認するものではなく、これらの出版物または文献の内容または日付に関するいかなる承認を構成するものでもない。
【０１４８】
他に定義しない限り、本明細書で用いた全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術における当業者によって共通に理解される同じ意味を有する。本発明の実施または試験において本明細書に記載したものと同様または等価の方法および材料を用いることができるが、本明細書には好適な方法および材料を記載している。
【０１４９】
本明細書に開示した特徴の全ては任意の組合せで組み合わせることができる。本明細書に開示したそれぞれの特徴は、同一、等価または同様の目的を果たす代替の特徴に置き換えてもよい。したがって、他に明示的に述べない限り、開示した特徴（たとえば抗体）は等価または同様の特徴の属の例である。
【０１５０】
本明細書で用いる場合、全ての数値または数値範囲は、文脈から明らかに他が指示されない限り、その範囲内の整数および値の分数または範囲内の整数を含む。さらに、本明細書に値のリストが記載されている場合には（たとえば約５０％、６０％、７０％、８０％、８５％または８６％）、リストには全ての中間値およびその分数値が含まれる（たとえば５４％、８５．４％）。したがって、説明すると８０％またはそれ以上の同一性への言及は、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％等、ならびに８１．１％、８１．２％、８１．３％、８１．４％、８１．５％等、８２．１％、８２．２％、８２．３％、８２．４％、８２．５％等、等々を含む。
【０１５１】
超（より大）または未満を伴う整数への言及は、それぞれ参照する数より大きいまたは小さい任意の数を含む。したがって、たとえば１００未満への言及は９９、９８、９７等、数字１までの全てを含み、１０未満への言及は９、８、７等、数字１までの全てを含む。
【０１５２】
本明細書で用いる場合、全ての数値または範囲は、文脈から明らかに他が指示されない限り、その範囲内の値および整数の分数ならびにその範囲内の整数の分数を含む。したがって、説明すると１〜１０等の数値範囲への言及は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０ならびに１．１、１．２、１．３、１．４、１．５等、等々を含む。したがって１〜５０の範囲への言及は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０等、５０を含み５０まで、ならびに１．１、１．２、１．３、１．４、１．５等、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５等、等々を含む。
【０１５３】
連続した範囲への言及は、その連続の中の異なった範囲の境界値を組み合わせた範囲を含む。したがって、説明するとたとえば１〜１０、１０〜２０、２０〜３０、３０〜４０、４０〜５０、５０〜６０、６０〜７５、７５〜１００、１００〜１５０、１５０〜２００、２００〜２５０、２５０〜３００、３００〜４００、４００〜５００、５００〜７５０、７５０〜１，０００、１，０００〜１，５００、１，５００〜２，０００、２，０００〜２，５００、２，５００〜３，０００、３，０００〜３，５００、３，５００〜４，０００、４，０００〜４，５００、４，５００〜５，０００、５，５００〜６，０００、６，０００〜７，０００、７，０００〜８，０００、または８，０００〜９，０００の連続した範囲への言及は、１０〜５０、５０〜１００、１００〜１，０００、１，０００〜３，０００、２，０００〜４，０００等の範囲を含む。
【０１５４】
本技術の基本的態様から逸脱することなく、上記に対して改変を行なうことができる。１つまたは複数の具体的な実施形態を参照して技術を実質的に詳細に説明したが、当業者であれば本出願に具体的に開示した実施形態に変更を加えることが可能であることが認識されよう。しかしこれらの改変および改善は本技術の範囲および精神に含まれる。
【０１５５】
本発明は、種々の実施形態および態様を説明するため肯定的な言語を用いて本明細書で一般に開示している。本発明はまた、物質もしくは材料、方法および条件、プロトコルもしくは手順等の特定の主題を全てもしくは部分的に除外した実施形態を特に含む。たとえば、本発明のある実施形態または態様において、材料および／または方法ステップを除外している。したがって、本発明が何を含まないかに関して本発明が本明細書中で一般的に表明していないとしても、それにも関わらず、本発明において明示的に除外されていない態様は、本明細書に開示されている。
【０１５６】
本明細書に説明的に記述した技術は、本明細書に具体的に開示されていないいかなる要素なしでも好適に実施することができる。したがって、たとえば本明細書のそれぞれの場合における「含む」、「実質的に〜からなる」、および「〜からなる」という用語のいずれも、他の２つの用語のいずれかで置き換えることができる。用いた用語および表現は説明の用語として用いており、限定の用語ではない。そのような用語および表現の使用は開示し記述した特徴またはその部分のいかなる等価物をも除外するものではなく、特許を請求する技術の範囲内で種々の改変が可能である。「ａ」または「ａｎ」という用語は、要素の１つまたは要素の２つ以上が記載されていることが文脈上明白でない限り、それが修飾する要素の１つまたは複数を意味することができる（たとえば「試薬」は１つまたは複数の試薬を意味することができる）。本明細書で用いる用語「約」は、基本となるパラメーターの１０％以内（即ちプラスマイナス１０％）の値を意味し、数値列の最初における用語「約」の使用は、数値のそれぞれを修飾する（即ち「約１、２および３」は約１、約２および約３を意味する）。たとえば、「約１００グラム」の重量は、９０グラム〜１１０グラムの重量を含み得る。本明細書で用いる用語「実質的に」は、「少なくとも９５％」、「少なくとも９６％」、「少なくとも９７％」、「少なくとも９８％」、または「少なくとも９９％」を意味する値の修飾語を意味し、１００％を含み得る。たとえば、実質的にＸを含まない組成物は、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、または１％未満のＸを含んでよく、および／またはＸは組成物中に存在せずもしくは検出不能であってもよい。
【０１５７】
したがって、代表的な実施形態および任意選択の特徴によって本技術を具体的に開示したが、本明細書に開示した概念の改変および変更を当業者が行なうことは可能であり、そのような改変および変更は本技術の範囲内であると考えられることを理解されたい。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和1年5月27日(2019.5.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｌ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３を含む結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号１〜１５から選択され、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６〜２５から選択され、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２６〜３６から選択され、
前記結合剤が間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤。
【請求項２】
重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｈ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号５０〜６１から選択され、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号６２〜７８から選択され、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号７９〜９３から選択され、
前記結合剤が間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤。
【請求項３】
配列番号１〜１５から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１６〜２５から選択されるＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２６〜３６から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、配列番号５０〜６１から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、配列番号６２〜７８から選択されるＣＤＲ−Ｈ２および配列番号７９〜９３から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含む結合剤であって、
前記結合剤が間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤。
【請求項４】
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２、４、６、８、９、１０、１２、１４および１５から選択される、請求項１または３に記載の結合剤。
【請求項５】
ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１７、１９、２１、２３、２４および２５から選択される、請求項１、３または４に記載の結合剤。
【請求項６】
ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７、２９、３１、３３、３４および３５から選択される、請求項１、３、４または５に記載の結合剤。
【請求項７】
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号５１、５３、５５、５７、５８および５９から選択される、請求項２または３に記載の結合剤。
【請求項８】
ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号６３、６５、６７、６９、７０、７１、７３、７５および７８から選択される、請求項２、３または７に記載の結合剤。
【請求項９】
ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号８０、８２、８４、８６、８７、８８、９１および９３から選択される、請求項２、３または８に記載の結合剤。
【請求項１０】
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号９または１０、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号２４または２５、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号３４または３５、ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号５８または５９、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号７０または７１、およびＣＤＲ−Ｈ３が配列番号８７または８８である、請求項１から９のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１１】
抗体、またはその結合断片である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１２】
配列番号３７〜４４から選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１３】
配列番号９４〜１０３から選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１４】
配列番号４６〜４９から選択される軽鎖配列を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１５】
配列番号１０５〜１０８から選択される重鎖配列を含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１６】
配列番号４６〜４９から選択される前記軽鎖配列および／または配列番号１０５〜１０８から選択される前記重鎖配列がアミノ酸付加、アミノ酸欠失およびアミノ酸置換から選択される１〜５のアミノ酸改変を含む、請求項１４または１５に記載の結合剤。
【請求項１７】
軽鎖配列が配列番号４７、重鎖配列が配列番号１０８の配列を有している、請求項１６記載の結合剤。
【請求項１８】
ヒトがん細胞上におけるｃＭＥＴの内在化を誘起する、請求項１から１７のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項１９】
ヒトがん細胞上におけるｃＭＥＴの分解を誘起する、請求項１から１７のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２０】
抗腫瘍剤を含む、請求項１から１９のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項２１】
請求項１から１９のいずれか一項に記載の結合剤である第１の結合剤と、ｃＭＥＴに特異的に結合しない第２の結合剤とを含む組成物。
【請求項２２】
前記第１の結合剤がｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤であり、前記第２の結合剤が前記第１の結合剤にコンジュゲートしている、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
請求項１から２０のいずれか一項に記載の結合剤、または請求項２１もしくは２２に記載の組成物を、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、添加剤またはキャリアと共に含む医薬組成物。
【請求項２４】
腫瘍性障害またはがんを治療するための、請求項２３に記載の医薬組成物。
【請求項２５】
前記結合剤が前記対象の１つまたは複数の細胞上に発現されたｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項２４に記載の医薬組成物。
【請求項２６】
前記結合剤がｃＭＥＴを発現している１つまたは複数の細胞のマイトーシスを阻害し、および／またはその死を誘起する、請求項２４または２５に記載の医薬組成物。
【請求項２７】
前記腫瘍性障害またはがんが肺癌、乳癌、卵巣癌、腎癌、結腸直腸癌、胃癌、甲状腺癌、膵癌、神経芽腫、または頭頸部の扁平上皮癌、頚がん、肝細胞がん、肉腫、中皮腫、膠芽細胞腫、多発性骨髄腫、黒色腫、前立腺および食道の癌を含む、請求項２４から２６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【国際調査報告】
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2019537556.tif 000036
2019537556.tif 000037