(57)【要約】  本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対して反応性の固形腫瘍（例えば、膀胱癌、卵巣癌、結腸直腸癌、頭頚部癌、子宮頚癌、腎細胞癌、および非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））を有する患者を選択する方法、ならびにかかる患者を治療する方法を提供する。この方法は、患者の生体試料における、ＩＦＮＧポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチドマーカー：ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、およびＬＡＧ３のうちの１つまたは複数の発現を検出することを含む。【選択図】図１Ａ−Ｄ
2019529437.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における固形腫瘍を治療する方法であって、患者に由来する生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーのレベルの、参照に対する増加を有すると同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはその抗原結合性断片を投与することを含む、方法。
【請求項２】
前記固形腫瘍が、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、肺癌、腎細胞癌などの腎臓癌、胃癌、膀胱癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、膵臓癌、および黒色腫からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対象における肺癌または膀胱癌を治療する方法であって、患者に由来する生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーのレベルの、参照に対する増加を検出することによって同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはその抗原結合性断片を投与することを含む、方法。
【請求項４】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはその抗原結合性断片に対して反応性の固形腫瘍を有する対象を同定する方法であって、前記対象から採取された生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーの、参照に対する発現レベルの増加を検出し、それによって、前記固形腫瘍が抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性であると同定されることを含む、方法。
【請求項５】
抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性の固形腫瘍を有する対象を同定する方法であって、前記対象から採取された生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーの、参照に対する発現レベルの増加を検出し、それによって、前記固形腫瘍が抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性であると同定されることを含む、方法。
【請求項６】
前記固形腫瘍が、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、肺癌、腎細胞癌などの腎臓癌、胃癌、膀胱癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、膵臓癌、および黒色腫からなる群から選択される、請求項４または５に記載の方法。
【請求項７】
抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性の肺癌または膀胱癌を有する対象を同定する方法であって、前記対象から採取された生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーの、参照に対する発現レベルの増加を検出し、それによって、前記固形腫瘍が抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性であると同定されることを含む、方法。
【請求項８】
前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体がデュルバルマブである、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記腫瘍が、参照に対して増加したレベルのＩＦＮＧと、ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、およびＬＡＧ３ポリヌクレオチドマーカーのうちの１つまたは複数と、を発現する、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧポリヌクレオチドマーカーを検出することを含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧポリヌクレオチドマーカーのレベルが、リアルタイムＰＣＲアッセイにおいて検出される、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
２つ以上のマーカーのレベルの増加の検出によって、前記腫瘍をデュルバルマブに対して反応性であると同定する、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記生体試料が、血液、血漿、血清、または腫瘍試料である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体単独療法に対する固形腫瘍の奏効性を特徴付けるための組成物および方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
癌は、健康上の主要な負担であり続けている。癌の治療における進歩にもかかわらず、特に既存の療法に対して耐性のある進行性の疾患または癌に罹患している患者に、より有効であり、かつ毒性が低い治療法の必要性が未だ満たされていないままである。
【０００３】
肺癌は、最も一般的な形態の癌であり、男女の間でも癌による死亡の主な死因である。年間では、結腸癌、乳癌、および前立腺癌を合わせたよりも、肺癌で死亡する人が多い。非小細胞肺癌は、最も一般的な形態の肺癌である。肺癌に罹るリスクは喫煙歴のある患者の中で高いが、肺癌は非喫煙者も罹患する。肺癌患者の生存を向上させることは、医学療法が向上しているにも関わらず、依然として難しい。大部分の肺癌は、治療の選択肢が限られる末期でのみ発見される。肺癌および他の悪性疾患が様々な発症機序から生じることの認識が高まっている。分子レベルでこれらの悪性疾患を特徴付ける方法は、患者を分類し、それによって、患者を有効な治療法へと導くのに有用である。ＮＳＣＬＣなどの肺癌を有する対象の奏効性を予想するための改善された方法が早急に必要とされている。
【０００４】
膀胱癌は、北米およびヨーロッパで最も一般的な５つの悪性疾患の中にある。膀胱癌の全体的な発生率は、特に５５歳を超える患者で上昇している。膀胱癌のうち７０％を超える膀胱癌が非筋層浸潤性であるのに対して、約２０〜３０％はかなり予後が好ましくない筋層浸潤性である。
【０００５】
腫瘍コントロールにおける免疫システム、特にＴ細胞媒介性細胞傷害の役割はよく認識されている。Ｔ細胞は癌患者における腫瘍成長および生存を、疾患の初期および末期の両時期においてコントロールするという証拠がある。しかしながら、腫瘍特異的Ｔ細胞の応答は、癌患者において開始し、かつ持続することが難しい。
【０００６】
ＰＤ−Ｌ１は、Ｔ細胞活性化のコントロールに関与する、受容体とリガンドの複合システムの一部でもある。正常な組織において、ＰＤ−Ｌ１は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、マクロファージ、間葉幹細胞、骨髄由来マスト細胞、ならびに様々な非造血性細胞上で発現する。その正常な機能は、その２つの受容体：プログラム死１（ＰＤ−１またはＣＤ２７９としても知られる）およびＣＤ８０（Ｂ７−１またはＢ７．１としても知られる）との相互作用によって、細胞活性化と寛容性とのバランスを調節することである。ＰＤ−Ｌ１は、腫瘍によっても発現され、複数の箇所で作用して、腫瘍が宿主免疫システムによる検出および排除を回避するのを助ける。ＰＤ−Ｌ１は、高頻度で広範囲の癌において発現する。一部の癌では、ＰＤ−Ｌ１の発現は、生存期間の低下および予後不良と関連している。ＰＤ−Ｌ１とその受容体との相互作用をブロックする抗体は、ＰＤ−Ｌ１依存性免疫抑制作用を軽減し、生体外での抗腫瘍性Ｔ細胞の細胞障害活性を高めることができる。デュルバルマブは、ＰＤ−１およびＣＤ８０受容体の両方へのＰＤ−Ｌ１の結合をブロックすることができる、ヒトＰＤ−Ｌ１に対するヒトモノクローナル抗体である。
【０００７】
癌および他の疾患と戦う戦略の開発に過去何十年にわたってかなりの進歩が見られたにもかかわらず、進行性、難治性、および転移性疾患の患者には臨床上の選択肢が限られている。化学療法、照射、および大量化学療法は、用量制限となる。特に、既存の療法に対して耐性のある進行性の疾患または癌に罹患している患者にとって、治療有効性が高く、臨床上の利点が多く、かつ安全プロファイルが改善された、毒性が低い新たな方法および療法が、実質的に依然として必要とされている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療に対して反応性の固形腫瘍（例えば、膀胱癌、卵巣癌、結腸直腸癌、頭頚部癌、子宮頚癌、腎細胞癌、および非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））を有する患者を選択する方法、およびかかる患者を治療する方法を提供する。この方法は、患者の生体試料において、ＩＦＮＧポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチドマーカー：ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３のうちの１つまたは複数の発現を検出することを含む。
【０００９】
一態様において、本発明は、対象における固形腫瘍を治療する方法であって、患者由来の生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーを、参照に対して高いレベルで有すると同定された患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはその抗原結合性断片を投与することを含む方法を提供する。
【００１０】
他の態様において、対象における肺癌または膀胱癌を治療する方法であって、患者由来の生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーを、参照に対して高いレベルで有すると同定された患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはその抗原結合性断片を投与することを含む方法を提供する。
【００１１】
更なる態様において、本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはその抗原結合性断片に反応性の固形腫瘍を有する患者を同定する方法であって、対象由来の生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーの、参照に対する発現レベルの増加を検出し、それによって固形腫瘍を抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性であると同定することを含む方法を提供する。
【００１２】
その他の態様において、本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性の固形腫瘍を有する対象を同定する方法であって、対象由来の生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーの、参照に対する発現レベルの増加を検出し、それによって固形腫瘍を抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性であると同定することを含む方法を提供する。
【００１３】
他の態様において、本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性の肺癌または膀胱癌有する対象を同定する方法であって、対象由来の生体試料におけるＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧからなる群から選択される２つ以上のポリヌクレオチドマーカーの、参照に対する発現レベルの増加を検出し、それによって固形腫瘍を抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性であると同定することを含む方法を提供する。
【００１４】
定義
別段の指定がない限り、本明細書で使用されるすべての技術的かつ科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、本発明で使用される用語の多くの一般的な定義を当業者に提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ  ｅｄ．１９９４）；Ｔｈｅ  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ  ｅｄ．，１９８８）；Ｔｈｅ  Ｇｌｏｓｓａｒｙ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ  Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；およびＨａｌｅ  ＆  Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ  Ｈａｒｐｅｒ  Ｃｏｌｌｉｎｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。本明細書で使用される以下の用語は、別段の指定がない限り、以下の用語に帰する意味を有する。
【００１５】
「デュルバルマブ」とは、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドに選択的に結合し、かつ配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域の少なくとも一部および／または配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域の少なくとも一部を含む、抗体またはその抗原結合性断片を意味する。
【００１６】
本明細書において提供される方法で使用されるデュルバルマブ（またはその抗原結合性断片）に関する情報は、その開示内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，７７９，１０８号明細書に記載されている。デュルバルマブの断片結晶性（Ｆｃ）ドメインは、補体成分Ｃ１ｑへの、かつ抗体依存性細胞介在性細胞障害（ＡＤＣＣ）を担うＦｃγ受容体への結合を低減する、ＩｇＧ１重鎖の定常ドメインにおいて三重変異（ｔｒｉｐｌｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）を含有する。デュルバルマブは、生体外（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）でヒトＴ細胞活性化のＰＤ−Ｌ１仲介抑制を軽減し得て、Ｔ細胞依存性メカニズムを介して異種移植モデルにおける腫瘍成長を阻害する。
【００１７】
本明細書で提供される方法で使用されるデュルバルマブは、重鎖および軽鎖、または重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む。具体的な特定の態様において、本明細書で提供される方法で使用されるデュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域および／または配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。具体的な特定の態様において、本明細書で提供される方法で使用されるデュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含み、その重鎖可変領域は、配列番号３〜５のＫａｂａｔにより定義されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含み、かつ軽鎖可変領域は、配列番号６〜８のＫａｂａｔにより定義されたＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む。当業者であれば、当業者に公知の他のＣｈｏｔｈｉａ定義、Ａｂｍ定義、または他のＣＤＲ定義を容易に同定することができる。具体的な態様において、本明細書で提供される方法で使用されるデュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、その全体が参照により明細書に組み込まれる、米国特許第８，７７９，１０８号明細書に開示される、２．１４Ｈ９ＯＰＴ抗体の可変重鎖および可変軽鎖ＣＤＲ配列を含む。
【００１８】
「抗原結合性断片」という用語は、インタクトな抗体の一部および／またはインタクトな抗体の抗原性決定可変領域を意味する。抗体の抗原結合機能は、完全長抗体の断片によって行われ得ることは知られている。抗体断片としては、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、直鎖状抗体、単鎖抗体、二重特異性抗体、および抗体断片から形成される多特異性抗体が挙げられる。
【００１９】
「インターフェロン−γ（ＩＦＮＧ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ受入番号Ｐ０１５７９と少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有し、かつ免疫修飾活性を有する、タンパク質またはその断片を意味する。例示的なＩＦＮＧアミノ酸配列（Ｕｎｉｐｒｏｔ受入番号Ｐ０１５７９）は配列番号９として提供される。
【００２０】
「ＩＦＮＧポリヌクレオチド」とは、ＩＦＮＧタンパク質をコードする核酸分子を意味する。例示的なＩＦＮＧポリヌクレオチドの配列は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿０００６１９で提供され、それは配列番号１０として再現される。
【００２１】
「抗ＰＤ−Ｌ１抗体」とは、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドに選択的に結合する、抗体またはその抗原結合性断片を意味する。例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，７７９，１０８号明細書に記載されている。デュルバルマブは例示的なＰＤ−Ｌ１抗体である。デュルバルマブでの治療後に、患者は疾患のコントロール（ＤＣ）を達成する。疾患コントロールは、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、または安定病態（ＳＤ）であることができる。デュルバルマブの配列は、本明細書において以下の配列表で提供される。
【００２２】
「ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１２５４６３５（配列番号１１）と少なくとも約８５％、９５％または１００％のアミノ酸同一性を有し、かつＰＤ−１およびＣＤ８０結合活性を有する、ポリペプチドまたはその断片を意味する。
【００２３】
「ＰＤ−Ｌ１核酸分子」とは、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＰＤ−Ｌ１核酸分子配列は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００１２６７７０６（配列番号１２）で提供される。
【００２４】
「Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン９前駆物質（ＣＸＣＬ９）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００２４０７．１と少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有し、かつケモカイン活性を有する、ポリペプチドまたはその断片を意味する。例示的なＣＸＣＬ９ポリペプチドの配列は以下に提供される。
定義  Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン９前駆物質［ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）］
受入番号ＮＰ＿００２４０７
【化１】
2019529437.tif 000003
【００２５】
「ＣＸＣＬ９ポリヌクレオチド」とは、ＣＸＣＬ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＣＸＣＬ９ポリヌクレオチドの配列（ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００２４１６．２）が以下に提供される：
【化２】
2019529437.tif 000004
【化３】
2019529437.tif 000005
【００２６】
「ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド」としても知られる「ＣＤ２７４ポリペプチド」とは、ＧｅｎＢａｎｋ：ＥＡＷ５８７６３と少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドまたはその断片を意味する。例示的なＣＤ２７４またはＰＤ−Ｌ１ポリペプチドの配列は以下に提供される：
【化４】
2019529437.tif 000006
【００２７】
「ＰＤ−Ｌ１ポリヌクレオチド」としても知られる「ＣＤ２７４ポリヌクレオチド」とは、ＣＤ２７４またはＰＤ−Ｌ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＣＤ２７４ポリヌクレオチドの配列は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿０１４１４３で提供され、以下に再現される：
【化５】
2019529437.tif 000007
【化６】
2019529437.tif 000008
【化７】
2019529437.tif 000009
【００２８】
「リンパ球活性化３（ＬＡＧ３）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ受入番号ＡＡＨ５２５８９（ＬＡＧ３ポリペプチド）と少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドまたはその断片を意味する。例示的なＬＡＧ３ポリペプチドの配列を以下に提供する。
定義  ＬＡＧ３タンパク質［ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）］
受入番号ＡＡＨ５２５８９
【化８】
2019529437.tif 000010
【００２９】
「ＬＡＧ３ポリヌクレオチド」とは、ＬＡＧ３ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＬＡＧ３ポリヌクレオチドの配列は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００２２８６で提供され、以下に再現される：
【化９】
2019529437.tif 000011
【００３０】
この開示内容で使用される「抗体」という用語は、免疫グロブリンまたはその断片もしくはその誘導体を意味し、生体外で産生されるか、生体内で産生されるかにかかわらず、抗原結合性部位を含むポリペプチドを包含する。この用語は、限定されないが、ポリクローナル、モノクローナル、単一特異的、多特異的、非特異的、ヒト化、単鎖、キメラ、合成、組換え、ハイブリッド、変異、およびグラフト化抗体を含む。「インタクトな抗体」のように「インタクト」という用語で特に修飾されていない場合には、「抗体」という用語は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆｄ、ｄＡｂなどの抗体断片、および抗原結合性機能を保持する、つまりＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する能力を保持する、他の抗体断片も包含する。一般に、かかる断片は、抗原結合性ドメインを含むと考えられる。
【００３１】
「抗原結合性ドメイン」、「抗原結合性断片」、および「結合性断片」という用語は、抗体と抗原との特異的結合を担うアミノ酸を含む抗体分子の一部を意味する。抗原が大きい場合には、抗原結合性ドメインは、抗原の一部にのみ結合し得る。抗原結合性ドメインとの特異的相互作用を担う抗原分子の一部は、「エピトープ」または「抗原決定基」と呼ばれる。抗原結合性ドメインは通常、抗体軽鎖可変領域（ＶＬ）および抗体重鎖可変領域（ＶＨ）を含むが、必ずしも両方を含まなければならないわけではない。例えば、いわゆるＦｄ抗体断片は、ＶＨドメインのみからなるが、インタクトな抗体のいくらかの抗原結合性機能を保持する。
【００３２】
抗体の結合性断片は、組換えＤＮＡ技術によって、またはインタクトな抗体の酵素または化学切断によって生成される。結合性断片としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、および単鎖抗体が挙げられる。「二重特異性」または「二機能性」抗体以外の抗体は、その結合性部位それぞれが同一であると理解される。酵素、パパインでの抗体の消化によって、抗原結合活性はないが、結晶化する能力を有する、「Ｆａｂ」断片、および「Ｆｃ」断片とも呼ばれる２つの同一の抗原結合性断片が生じる。酵素、ペプシンでの抗体の消化によって、抗体分子の２つのアームが連結された状態のままであり、かつ２つの抗原結合性部位を含む、Ｆ（ａｂ’）２断片が生じる。Ｆ（ａｂ’）２断片は、抗原を架橋する能力を有する。本明細書で使用される場合「Ｆｖ」とは、抗原認識および抗原結合性部位の両方を保持する、抗体の最小断片を意味する。本明細書で使用される場合「Ｆａｂ」とは、軽鎖の定常ドメインと重鎖のＣＨＩドメインを含む抗体の断片を意味する。
【００３３】
「ｍＡｂ」という用語は、モノクローナル抗体を意味する。本発明の抗体は、限定されないが、天然全抗体、二重特異性抗体；キメラ抗体；Ｆａｂ、Ｆａｂ’、単鎖Ｖ領域断片（ｓｃＦｖ）、融合ポリペプチド、および特殊な抗体を含む。
【００３４】
「生物学的試料」とは、組織、細胞、体液、または生物に由来する他の物質を意味する。一実施形態において、生体試料は腫瘍生検試料である。
【００３５】
本明細書において使用される「バイオマーカー」または「マーカー」とは、疾患と関連する、タンパク質、核酸分子、臨床的指標、または他の検体を意味する。一実施形態において、マーカーは対照試料または参照に存在するレベルに対して疾患（例えば、肺癌）を有する対象から採取された生体試料中に差次的に存在する。
【００３６】
この開示内容において、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」および「有する（ｈａｖｉｎｇ）」などは、米国特許法における用語に帰する意味を有し、「包含する（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「包含している（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」等を意味することができ；同様に、「本質的に〜からなっている（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」または「本質的に〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」は、米国特許法において与えられる意味を有し、その用語は、制限がなく、記載されることの基本的または新規な特徴が、記載されるが、先行技術の実施形態を除外する多くのことが存在することによって変化しない限り、記載されることよりも多くのことが存在することが可能となる。
【００３７】
「検出」とは、検出されるべき検体の存在、非存在または量を同定することを意味する。
【００３８】
「疾患」とは、細胞、組織、または臓器の正常な機能を損なう、または妨げる症状または障害を意味する。
【００３９】
肺癌としては、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）および非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）が挙げられる。ＮＳＣＬＣの主な３つのサブタイプ：扁平上皮癌、腺癌、および大細胞（未分化型）癌腫がある。他のサブタイプとしては、腺扁平上皮癌および肉腫様癌が挙げられる。
【００４０】
「単離された」、「精製された」または「生物学的に純粋な」という用語は、その天然状態で発見される状態でそれを通常伴う成分を、様々な程度まで含有しない物質を意味する。「単離」とは、本来の供給源または環境からの分離の程度を示す。「精製」とは、単離よりも高い分離の程度を示す。「精製」または「生物学的に純粋な」タンパク質は、不純物がタンパク質の生物学的性質に実質的に影響を及ぼさないように、または他の悪い結果を生じないようなように十分に、他の物質を含有しないことを意味する。つまり、細胞物質、ウイルス物質、または組換えＤＮＡ技術で生成される場合には培地、または化学的に合成される場合には化学的前駆物質もしくは他の化学物質を実質的に含有しない場合に、本発明の核酸またはペプチドは精製されている。純度および均一性は通常、分析化学技術、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動または高性能液体クロマトグラフィーを用いて決定される。「精製」という用語は、核酸またはタンパク質が、電気泳動ゲル中で本質的に１つのバンドを生じることを意味し得る。修飾、例えばリン酸化またはグリコシル化にかけられるタンパク質では、様々な修飾によって、様々な単離タンパク質が生じ得て、それを別々に精製することができる。
【００４１】
「参照」とは、比較の基準を意味する。一実施形態において、本発明の療法に対して一部反応性の患者からの試料中に存在するインターフェロン−γのレベルは、進行性疾患を有する患者から採取された相当する試料中に存在するレベルと比較される。
【００４２】
「療法」の文脈における「反応性」とは、治療に対する感受性を意味する。
【００４３】
「特異的に結合する」とは、分子（例えば、ポリペプチド）を認識し、かつ結合するが、試料、例えば生体試料における他の分子を実質的に認識しない、かつ結合しない化合物（例えば、抗体）を意味する。例えば、特異的に結合する２つの分子は、生理学的条件下にて比較的安定な複合体を形成する。特異的結合性は、高い親和性によって、かつ中程度ないし高い能力と共に通常低い親和性を有する非特異的結合性と区別される、低いないし中程度の能力を特徴とする。通常、結合性は、親和定数ＫＡが１０６Ｍ−１より高い、またはさらに好ましくは１０８Ｍ−１よりも高い場合に特異的であるとみなされる。必要であれば、非特異的結合性は、結合条件を変化させることによって、特異的結合性に実質的に影響を及ぼすことなく低減することができる。慣例の技術を用いて当業者によって、適切な結合条件、例えば、抗体の濃度、溶液のイオン強度、温度、結合に許される時間、ブロック剤（例えば、血清アルブミン、ミルクカゼイン）の濃度などを最適化することができる。
【００４４】
「対象」とは、限定されないが、ヒトまたは非ヒト哺乳動物、例えばウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ、またはネコなどの哺乳動物を意味する。
【００４５】
本明細書で提供される範囲は、その範囲内の値のすべてを含むと理解される。例えば、１〜５０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０からなる群からのいずれかの数、その群からの数の組み合わせ、またはその群からの部分的範囲を包含すると理解される。
【００４６】
本明細書で使用される、「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」等の用語は、それと関連する障害および／または症状を低減または改善することを意味する。除外されないが、障害または症状の治療は、それに関連する障害、病状または症状が完全に消失することを必要とするものではないことは理解されよう。
【００４７】
文脈で特に指定されるか、または文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される「または」という用語は、包含的であると理解される。文脈で特に指定されるか、または文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される「１つ（ａ）」、「１種（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、単数または複数であると理解される。
【００４８】
文脈で特に指定されるか、または文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される「約」という用語は、当技術分野における通常の許容差の範囲内、例えば平均の２標準偏差内であると理解される。約は、指定の値の１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、または０．０１％以内であると理解することができる。文脈から明らかでない限り、本明細書で示されるすべての数値は、約という用語によって修飾される。
【００４９】
本明細書で示される組成物または方法は、本明細書で示される他の組成物および方法のいずれかのうちの１つまたは複数と組み合わせることができる。
【図面の簡単な説明】
【００５０】
【図１Ａ−Ｄ】ＮＳＣＬＣ患者における、ＣＸＣＬ９、ＩＦＮＧ、ＬＡＧ３、およびＣＤ２７４（ＰＤ−Ｌ１）それぞれに対する総合効果（ｏｖｅｒａｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ）（ＯＳ）のカプラン・マイヤープロットである。それぞれのプロットは、受信者動作特性（ＲＯＣ）同定カットポイントを用いて高い（破線）または低い（実線）発現へとカットされる。
【図１Ｅ−Ｈ】ＮＳＣＬＣ患者における、ＣＸＣＬ９、ＩＦＮＧ、ＬＡＧ３、およびＣＤ２７４（ＰＤ−Ｌ１）それぞれに対する無増悪奏効（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤープロットである。それぞれのプロットは、ＲＯＣ同定カットポイントを用いて高い（破線）または低い（実線）発現へとカットされる。
【図２】非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）における４つの遺伝子ＣＸＣＬ９、ＩＦＮＧ、ＬＡＧ３、およびＣＤ２７４の相関性散布図を示す（スピアマンの係数）。
【図３】図３Ａ：ＮＳＣＬＣ患者における４つの遺伝子ＣＸＣＬ９、ＩＦＮＧ、ＬＡＧ３、およびＣＤ２７４シグネチャーに対する総合効果（ＯＳ）のカプラン・マイヤープロットである。それぞれのプロットは、ＲＯＣ同定カットポイントを用いて高い（破線）または低い（実線）発現へとカットされる。図３Ｂ：ＮＳＣＬＣ患者における４つの遺伝子ＣＸＣＬ９、ＩＦＮＧ、ＬＡＧ３、およびＣＤ２７４シグネチャーに対する無増悪奏効（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤープロットである。それぞれのプロットは、ＲＯＣ同定カットポイントを用いて高い（破線）または低い（実線）発現へとカットされる。
【図４】投与前および後のＮＳＣＬＣ患者における４つの遺伝子シグネチャーに対する、デュルバルマブによる治療中の効果を示す。
【図５】図５Ａ：膀胱癌患者における４つの遺伝子シグネチャーの無増悪奏効を示す。それぞれのプロットは、第一三分位数（ｕｐｐｅｒ  ｔｅｒｔｉｌｅ）カットポイントを用いて高い（破線）または低い（実線）発現へとカットされる。図５Ｂ：膀胱癌患者におけるＩＦＮＧ遺伝子シグネチャーの無増悪奏効を示す。それぞれのプロットは、第一三分位数カットポイントを用いて高い（破線）または低い（実線）発現へとカットされる。
【発明を実施するための形態】
【００５１】
本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療に対して反応性の固形腫瘍（例えば、膀胱癌、卵巣の癌、結腸直腸癌、頭頚部癌、子宮頚癌、腎細胞癌、および非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））を有する患者を選択する方法、およびかかる患者を治療する方法を提供する。この方法は、患者の生体試料における、ＩＦＮＧポリヌクレオチドおよび／１つまたは複数のポリヌクレオチドマーカー：ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３の発現を検出することを含む。
【００５２】
本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療に対して反応性の肺癌（例えば、非扁平上皮細胞または扁平上皮細胞非小細胞肺癌）または膀胱癌を有する患者が、対象の腫瘍または血液試料中のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧ  ｍＲＮＡのレベルの増加を検出することによって同定され得るという発見に少なくとも一部基づく。一部の実施形態において、患者は、患者の腫瘍または血液試料中のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧ  ｍＲＮＡのコンビネーションのレベルの増加を検出することによって同定される。
【００５３】
したがって、本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対して反応する可能性のある固形腫瘍（例えば、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、肺癌、腎細胞癌などの腎臓癌、胃癌、膀胱癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、膵臓癌、黒色腫）を有する対象を同定する方法であって、対象の腫瘍または血液試料中のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧ  ｍＲＮＡのうちの１つまたは複数のレベルの増加に基づく方法を提供する。一部の実施形態において、本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対して反応する可能性のある肺癌または膀胱癌を有する対象を同定する方法であって、対象の腫瘍または血液試料中のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧ  ｍＲＮＡのコンビネーションのレベルの増加に基づく方法を提供する。
【００５４】
本発明の態様は、患者のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数のレベルの増加を検出することによって同定される患者において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で肺癌（例えば、非扁平上皮細胞または扁平上皮細胞非小細胞肺癌）を治療する方法を提供する。一部の実施形態において、患者は、患者の腫瘍または血液試料中のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧポリヌクレオチドのコンビネーションのレベルの増加を検出することによって同定される。
【００５５】
本発明の態様は、患者の腫瘍または血液試料中のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数のレベルの増加を検出することによって同定される患者において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で膀胱癌を治療する方法を提供する。一部の実施形態において、患者は、患者の腫瘍または血液試料中のＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧポリヌクレオチドのコンビネーションのレベルの増加を検出することによって同定される。
【００５６】
Ｂ７−Ｈ１／ＣＤ２７４／ＰＤ−Ｌ１
ＣＤ２７４およびＰＤ−Ｌ１としても知られるＢ７−Ｈ１は、サイズ約５３ｋＤａのＩ型膜貫通タンパク質である。ヒトにおいて、Ｂ７−Ｈ１は、活性化およびアレルギー性／消耗されたＴ細胞などの多くの免疫細胞タイプ上で、未処置および活性化Ｂ細胞上ならびに骨髄性樹状細胞（ＤＣ）、単球およびマスト細胞上でも発現される。それは、膵島、肝臓のクッパー細胞、血管内皮および選択された上皮、例えば気道上皮および細管上皮などの非免疫細胞上でも発現され、その発現は、炎症エピソード中に高められる。Ｂ７−Ｈ１発現はまた、限定されないが、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、肺癌、腎細胞癌などの腎臓癌、胃癌、膀胱癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、および膵臓癌ならびに黒色腫などの多くの腫瘍で高いレベルで見られる。
【００５７】
Ｂ７−Ｈ１は、３つの代替のリガンドを結合することが知られており、これらの第１のリガンド、ＰＤ−１は、活性化誘導アポトーシスを受けるＴ細胞系で最初に同定された５０〜５５ｋＤａのＩ型膜貫通型受容体である。ＰＤ−１は、活性化Ｔ細胞、Ｂ細胞、および単球、ならびに免疫システムの他の細胞上で発現され、Ｂ７−Ｈ１（ＰＤ−Ｌ１）と関連するＢ７−ＤＣ（ＰＤ−Ｌ２）のどちらにも結合する。第２のリガンドは、活性化Ｔ細胞、Ｂ細胞、単球および抗原提示細胞上で発現されるＢ７ファミリーメンバーＢ７−１である。
【００５８】
ＰＤ−１／Ｂ７−Ｈ１軸を介したシグナル伝達は、Ｔ細胞応答をネガティブに調節することによって、免疫システム内で重要な非重複性機能を果たすと考えられている。腫瘍細胞上でのＢ７−Ｈ１発現は、免疫システムによる検出および排除を腫瘍が回避するのを助けると考えられる。Ｂ７−Ｈ１は、この点で、消耗の推進および腫瘍浸潤リンパ球のアネルギー、免疫抑制サイトカインの腫瘍微小環境への分泌の刺激、抑制性調節性Ｔ細胞機能の刺激および腫瘍細胞特異的な細胞毒性Ｔ細胞による溶解からのＢ７−Ｈ１発現性腫瘍細胞の保護など、いくつかの代替メカニズムを介して機能する。
【００５９】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体
特異的に結合し、かつＰＤ−Ｌ１活性（例えば、ＰＤ−１および／またはＣＤ８０に対する結合性）を抑制する抗体は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌）に有用である。デュルバルマブは、例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体であり、Ｂ７−Ｈに対して選択的であり、かつＰＤ−１およびＣＤ８０受容体へのＢ７−Ｈ１の結合をブロックする。デュルバルマブは、生体外でのヒトＴ細胞活性化のＢ７−Ｈ１仲介抑制を軽減し得て、Ｔ細胞依存性メカニズムを介して異種移植モデルにおける腫瘍成長を阻害する。使用することができる他の作用物質（ａｇｅｎｔ）としては、ＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−１を阻害する作用物質が挙げられる（ＡＢまたは他のもの）。
【００６０】
本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブ（またはその断片）に関する情報は、その開示内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，７７９，１０８号明細書に記載されている。デュルバルマブの断片結晶性（Ｆｃ）ドメインは、補体成分Ｃ１ｑへの、かつ抗体依存性細胞介在性細胞障害（ＡＤＣＣ）を担うＦｃγ受容体への結合を低減する、ＩｇＧ１重鎖の定常ドメインにおいて三重変異（ｔｒｉｐｌｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）を含有する。
【００６１】
本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブおよびその抗原結合性断片は、重鎖および軽鎖、または重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む。具体的な態様において、本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含む。具体的な態様において、本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含み、その重鎖可変領域は、配列番号３〜５のＫａｂａｔ定義ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含み、かつ軽鎖可変領域は、配列番号６〜８のＫａｂａｔ定義ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む。当業者であれば、Ｃｈｏｔｈｉａ定義、Ａｂｍ定義、または当業者に公知の他のＣＤＲ定義を容易に同定することができるだろう。具体的な態様において、本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブおよびその抗原結合性断片は、本明細書に組み込まれる、米国特許第８，７７９，１０８号明細書に開示される、２．１４Ｈ９ＯＰＴ抗体の可変重鎖および可変軽鎖ＣＤＲ配列を含む。
【００６２】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体に対する奏効性の特徴付け
抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対する固形腫瘍（例えば、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、肺癌、腎細胞癌などの腎臓癌、胃癌、膀胱癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、膵臓癌、黒色腫）の奏効性の特徴付けにおいて、ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数の発現レベルが、様々なタイプの生物学的試料（例えば、腫瘍、血液、および／またはリンパ節試料）において測定される。
【００６３】
一部の実施形態において、ポリヌクレオチドマーカーＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧのうちの１つまたは複数のポリヌクレオチド発現は、非反応性対象（例えば、進行性疾患の対象）における発現レベルと比較して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体に対して反応性の対象から採取した腫瘍または血液試料において高い。一実施形態において、ポリヌクレオチドマーカーＩＦＮＧおよびＣＸＣＬ９のレベルが測定される。一実施形態において、ポリヌクレオチドマーカーＩＦＮＧおよびＣＤ２７４のレベルが測定される。一実施形態において、ポリヌクレオチドマーカーＩＦＮＧおよびＬＡＧ３のレベルが測定される。一実施形態において、ポリヌクレオチドマーカーＩＦＮＧ、ＣＸＣＬ９、およびＬＡＧ３またはＣＤ２７４のいずれかのレベルが測定される。一実施形態において、発現の変化は、サイクル閾値（Ｃｔ）を用いて計算される。例えば、ＩＦＮＧ遺伝子のＣｔ値が得られ、その値から参照遺伝子（例えば、Ｂ２Ｍ、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤＨ）のＣｔ値が、それぞれの遺伝子の平均Ｃｔ値から引かれて、ΔＣｔ値が得られる。最終遺伝子発現スコアが（２０−ΔＣｔ）と定義される。他の実施形態において、本発明のマーカーの発現は、非反応性対象（例えば、進行性疾患の対象）におけるレベルと比べて反応性患者において少なくとも約２、３、４、５または１０倍増加する。ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧポリヌクレオチドの倍変化値は、限定されないが、定量的ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロット法、インサイチュー（ｉｎ  ｓｉｔｕ）ハイブリダイゼーション、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、マイクロアレイ、および／またはＲＮＡシーケンシングなどの当技術分野で公知の方法を用いて決定される。
【００６４】
治療方法の選択
固形腫瘍（例えば、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、肺癌、腎細胞癌などの腎臓癌、胃癌、膀胱癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、膵臓癌、黒色腫）に罹患している対象は、治療方法の選択の経過においてＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧポリヌクレオチド発現のうちの１つまたは複数について試験され得る。参照レベルに対して高い発現（例えば、Ｃｔスコアにより定義される）または増加した発現を有すると特徴付けられる患者は、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対して反応性であると同定される。
【００６５】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療
ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧポリヌクレオチドの１つまたは複数を特に高レベルで発現する腫瘍または血液試料を有すると同定された患者は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対して反応性である可能性がある。かかる患者は、デュルバルマブなどの抗ＰＤ−Ｌ１抗体、またはその抗原結合性断片を投与される。一部の実施形態において、デュルバルマブなどの抗ＰＤ−Ｌ１抗体、またはその抗原結合性断片は１度だけ、または少ない頻度で投与することができるが、それでも患者に利益を与える。更なる態様において、患者は、追加の後続（ｆｏｌｌｏｗ−ｏｎ）用量が投与される。後続用量は、患者の年齢、体重、臨床評価、全身腫瘍組織量および／または主治医の判断などの他の因子に応じて様々な時間間隔で投与され得る。
【００６６】
一部の実施形態において、デュルバルマブ、またはその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与される。一部の実施形態において、少なくとも３回用量、少なくとも４回用量、少なくとも５回用量、少なくとも６回用量、少なくとも７回用量、少なくとも８回用量、少なくとも９回用量、少なくとも１０回用量、または少なくとも１５回用量以上が患者に投与され得る。一部の実施形態において、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片が、２週間の治療期間にわたって、４週間の治療期間にわたって、６週間の治療期間にわたって、８週間の治療期間にわたって、１２週間の治療期間にわたって、２４週間の治療期間にわたって、または１年以上の治療期間にわたって投与される。一部の実施形態において、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、３週間の治療期間にわたって、６週間の治療期間にわたって、９週間の治療期間にわたって、９週間の治療期間にわたって、１２週間の治療期間にわたって、２４週間の治療期間にわたって、または１年以上の治療期間にわたって投与される。一部の実施形態において、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、２か月間の治療期間にわたって、４か月間の治療期間にわたって、または６か月間以上の治療期間にわたって（例えば、維持段階の間）、投与される。
【００６７】
患者に投与されるべきデュルバルマブ、またはその抗原結合性断片の量は、患者の年齢、体重、臨床評価、全身腫瘍組織量および／または主治医の判断などの様々なパラメーターに応じて異なる。
【００６８】
特定の態様において、本明細書において提供される方法による、デュルバルマブ、またはその抗原結合性断片の投与は、非経口投与による。例えば、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、静脈内注入によって、または皮下注射によって投与され得る。一部の実施形態において、投与は静脈内注入による。
【００６９】
本明細書で提供される方法は、腫瘍サイズを低減し、腫瘍成長を遅らせるか、または定常状態を維持することができる。特定の態様において、腫瘍サイズの低減は、適切な統計的解析に基づいて有意であり得る。腫瘍サイズの低減は、期待される腫瘍サイズに対する、患者の大きな母集団に基づく期待される腫瘍サイズ、またはコントロール集団の腫瘍サイズに対する、ベースラインでの患者の腫瘍サイズと比較することによって測定することができる。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、腫瘍サイズを少なくとも２５％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、最初の治療の約６週間以内に腫瘍サイズを少なくとも２５％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、腫瘍サイズを少なくとも５０％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、最初の治療の約１０週間以内に腫瘍サイズを少なくとも５０％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、腫瘍サイズを少なくとも７５％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、最初の治療の約１０週間以内に腫瘍サイズを少なくとも７５％低減し得る。
【００７０】
特定の態様において、本明細書で提供される方法の使用、つまりデュルバルマブ、またはその抗原結合性断片の投与によって、最初の治療の６週間以内、７週間以内、８週間以内、９週間以内、１０週間、１２週間以内、１６週間以内、２０週間以内、２４週間以内、２８週間以内、３２週間以内、３６週間以内、４０週間以内、４４週間以内、４８週間以内、または５２週間以内に腫瘍サイズが低減され得る。
【００７１】
本明細書で提供される方法は、腫瘍成長を低減するか、または遅らせることができる。一部の態様において、その低減または遅延は統計学的に有意であり得る。腫瘍成長の低減は、大きな患者集団をベースとする期待される腫瘍成長に対して、または対照集団の腫瘍成長に対して、ベースラインでの患者の腫瘍の成長を比較することによって測定することができる。
【００７２】
特定の態様において、患者は疾患コントロール（ＤＣ）を達成する。疾患コントロールは、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、または安定病態（ＳＤ）であり得る。
【００７３】
「完全奏効」（ＣＲ）とは、測定可能であろうとなかろうと、すべての病変の消失、および新たな病変がないことを意味する。初めて記述した日時から４週間以上の、繰り返しの継続的な評価を用いて、確証を得ることができる。新たな測定不可能な病変があれば、ＣＲは除外される。
【００７４】
「部分奏効」（ＰＲ）とは、ベースラインに対して全身腫瘍組織量の減少≧５０％を意味する。確証は、初めて記述した日時から少なくとも４週間の継続的な反復評価を用いて得られる。
【００７５】
「進行性疾患」（ＰＤ）とは、最小記録（ナディア））に対して２５％以上の全身腫瘍組織量の増加を意味する。最初の記述の日付から少なくとも４週での継続的な反復評価によって確認が得られる。測定不可能な新たな病変はＰＤと定義されない。
【００７６】
「安定病態」（ＳＤ）とは、ＣＲ、ＰＲ、またはＰＤの基準を満たさないことを意味する。
【００７７】
特定の態様において、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片の投与は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）を延ばし得る。
【００７８】
特定の態様において、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片の投与は、全生存期間（ＯＳ）を延ばし得る。
【００７９】
本明細書に提供される、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片は、遊離Ｂ７−Ｈ１レベルも低減し得る。遊離Ｂ７−Ｈ１とは、結合していない（例えば、デュルバルマブによって）Ｂ７−Ｈ１を意味する。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは、少なくとも８０％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは少なくとも９０％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは少なくとも９５％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは少なくとも９９％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片の投与の後に、排除される。一部の実施形態において、デュルバルマブまたはその抗原結合性断片の投与によって、例えばデュルバルマブまたはその抗原結合性断片の投与前のＢ７−Ｈ１レベルの増加率と比較して、Ｂ７−Ｈ１レベルの増加率が低減される。
【００８０】
キット
本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対する対象の奏効性を特徴付けるためのキットを提供する。一実施形態において、そのキットは、単位剤形のＰＤ−Ｌ１ポリペプチドに特異的に結合する抗体を有効量で含有する治療用組成物を含む。
【００８１】
本発明の診断キットは、ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧポリヌクレオチドの相対的発現を測定するための試薬（例えば、ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧポリヌクレオチドおよびハウスキーピング参照遺伝子のうちの１つまたは複数のためのＴａｑＭａｎプライマー／プローブ）を提供する。
【００８２】
一部の実施形態において、そのキットは、治療および／または診断用組成物を収容する滅菌容器を備え；かかる容器は、箱、アンプル、ボトル、バイアル、チューブ、バッグ、ポーチ、ブリスター包装、または当技術分野で公知の他の適切な容器であることができる。かかる容器は、プラスチック、ラミネート紙、金属箔、または薬物を保持するのに適した他の材料で製造されている。
【００８３】
一実施形態において、本発明のキットは、ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧおよび治療用抗ＰＤ−Ｌ１抗体のうちの１つまたは複数のポリヌクレオチド発現を測定する試薬を備える。所望の場合には、そのキットはさらに、ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧのうちの１つまたは複数のポリヌクレオチド発現を測定するための説明書および／または抗ＰＤ−Ｌ１抗体での処置に対して反応性として選択された固形腫瘍、肺癌（例えば、扁平上皮細胞または非扁平上皮細胞癌、非小細胞肺癌）または膀胱癌を有する患者に抗ＰＤ−Ｌ１抗体を投与するための説明書を備える。特定の実施形態において、その説明書は、以下の治療薬の説明書；投薬スケジュールおよび固形腫瘍、膀胱癌または肺癌（例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌）の治療または予防のための投与、またはその症状；注意；警告；適応症；禁忌；過量投与の情報；有害反応；動物薬理学；臨床研究；および／またはリファレンス；のうちの少なくとも１つを含む。説明書は、容器（存在する場合）に直接印刷されているか、容器に貼り付けられるラベルとして、または容器内に、または容器と共に支給される、別個のシート、パンフレット、カード、またはフォルダーとして印刷され得る。
【００８４】
本発明の実施では、別段の指定がない限り、当業者の認識範囲内に十分にある、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の従来の技術が用いられる。かかる技術は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｇａｉｔ，１９８４）；Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｗｅｉｒ，１９９６）；Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ（Ｍｉｌｌｅｒ  ａｎｄ  Ｃａｌｏｓ，１９８７）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）などの文献に完全に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの生成に適用することができ、本発明の作製および実施において、そのようなものとしてみなされ得る。特定の実施形態に特に有用な技術は、以下のセクションにおいて説明される。
【００８５】
以下の実施例は、本発明のアッセイ、スクリーニング、および治療方法をどのように構成し、かつ使用するかの完全な開示および説明を当業者に提供するために示されており、本発明者らがその発明としてみなすことの範囲を制限することを意図するものではない。
【実施例】
【００８６】
実施例１：ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧは、ＮＳＣＬＣにおける奏効率（ＯＲＲ）と相関する
進行した固形腫瘍に対するデュルバルマブの安全性および臨床的活性を評価した。患者の腫瘍について、入手可能な臨床データで、ＲＮＡシーケンシングのデータを作成し、３０名は治療前／後のＮＳＣＬＣ患者腫瘍ペアを有するだけでなく、３０名は、利用可能な臨床データと共に治療前の膀胱癌患者腫瘍を有し、イオインフォマティクス解析にかけた。以下の遺伝子が評価された：ＣＸＣＬ９、ＰＤ−Ｌ１（ＣＤ２７４）、ＬＡＧ−３、ＩＦＮＧ、ＰＤ−１（ＰＤＣＤ１）、ＮＫＧ７、ＣＤ８Ａ、ＳＬＡＭＦ７、ＰＤ−Ｌ２（ＰＤＣＤ１ＬＧ２）、ＴＩＭ−３（ＨＡＶＣＲ２）、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２、ＴＬＲ８、ＧＺＭＫ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＦＯＸＰ３、ＣＤ２７６、Ｂ７−Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、およびＣＤ３７。
【００８７】
評価された２１の候補遺伝子の中で、曲線下面積（ＡＵＣ）での受信者動作特性（ＲＯＣ）の計算、ロジスティック回帰分析、生存時間解析（ｔｉｍｅ−ｔｏ−ｅｖｅｎｔ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、例えばカプラン・マイヤーおよびコックス比例ハザード（ＰＨ）モデル、比較前／比較後の対応スチューデントｔ検定、およびスピアマンの階数相関係数を用いた相関分析を用いて、それぞれを低い群または高い群へとカットした。
【００８８】
続いて、年齢、性別、以前の治療ライン、喫煙状態および組織学（扁平および非扁平）を調節することなく、かつそれらを調節して、２１の候補遺伝子を奏効率（ＯＲＲ）と相関させた。結果を表１および２に示し、それぞれにおける上位４つの遺伝子（曲線下面積（ＡＵＣ）またはｐ値によってランク付けされる）は、ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３、およびＩＦＮＧを含む。
【００８９】
【表１】
2019529437.tif 000012
【００９０】
【表２】
2019529437.tif 000013
【００９１】
実施例２：ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧは、ＮＳＣＬＣにおいて総合効果（ＯＳ）または無増悪奏効（ＰＦＳ）と相関する
ＯＲＲ解析から同定された上位４つの遺伝子（ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧ）それぞれの同じカットポイントを使用して、高または低発現群に患者を分けた。次いで、各遺伝子の終点として個々に、総合効果（ＯＳ）または無増悪奏効（ＰＦＳ）を用いて、カプラン・マイヤー推定量（ＫＭ）分析を行った（図１Ａ〜Ｈ）。図１Ａ〜Ｄは、ＮＳＣＬＣ患者におけるＣＸＣＬ９、ＩＦＮＧ、ＬＡＧ３、およびＣＤ２７４（ＰＤＬ１）に対する総合効果プロットを示す。それぞれのプロットは、ＲＯＣ同定カットポイントを用いて高または低発現へとカットされる。図１Ｅ〜Ｈは、ＮＳＣＬＣ患者におけるＣＸＣＬ９、ＩＦＮＧ、ＬＡＧ３、およびＣＤ２７４（ＰＤＬ１）に対する無増悪生存期間プロットを示す。それぞれのプロットは、ＲＯＣ同定カットポイントを用いて高または低発現へとカットされる。
【００９２】
ログランク検定を用いて、４つすべての遺伝子が、α＝０．０５での結果と関連する、高発現と低発現との統計学的差を示した。ｙ軸は結果を示し、それは、総合（図１Ａ〜１Ｄ）または無増悪（図１Ｅ〜１Ｈ）生存期間の確率であり、ｘ軸は日数を示す。ＮＳＣＬＣ患者は、発現の第一三分位数を用いて高い、または低い群へと層別化される。
【００９３】
実施例３：ＣＤ２７４（ＰＤＬ１）は、治療後に有意な誘発を示さなかった
デュルバルマブでの治療後の有意な誘発について、４つの遺伝子（ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧ）それぞれを評価した。対応のあるｔ検定は、各遺伝子について、治療後と治療前の時点でそれぞれ計算された。結果を表３に示す。ＣＤ２７４（ＰＤＬ１）のみが、α＝０．０５で治療後の有意な誘発を示さなかった。これらの結果は、４つの遺伝子のうち３つが、腫瘍においてデュルバルマブによって誘発されることを示し、この分子の治療によって、関連する免疫特異的遺伝子の免疫活性化が起こることが示唆されている。
【００９４】
【表３】
2019529437.tif 000014
【００９５】
実施例４：ＩＦＮＧおよびＣＸＣＬ９は最も高い相関性を示した。
４つの遺伝子ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧそれぞれの治療前レベルは互いに相関し、共有情報を示した。
【００９６】
図２は、ＮＳＣＬＣにおける４つの遺伝子の相関性散布図（スピアマン係数）を示す。スピアマン係数は、２つの変数の間の統計的依存性のノンパラメトリックな尺度である。図２で明らかなように、最も高く相関する遺伝子はＩＦＮＧおよびＣＸＣＬ９（ｒ＝０．７１７）であり、ＩＦＮＧがケモカインＣＸＣＬ９を誘発したため生物学的に関連性があり、したがって、これら２つの遺伝子は最も相関すると期待される。プロットのＸ軸およびｙ軸それぞれから、他の４つの遺伝子のうちの１つに対して、特異的な遺伝子が回帰することが示される。それぞれのデータポイントは、ベースラインでのＮＳＣＬＣ患者の腫瘍試料である。
【００９７】
実施例５：ＮＳＣＬＣにおける４つの遺伝子ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧからの複合シグネチャー
遺伝子シグネチャーが、４つの遺伝子ＣＸＣＬ９、ＣＤ２７４、ＬＡＧ３およびＩＦＮＧの発現中央値を用いて計算され、奏効率（ＯＲＲ）および総合効果／無増悪生存期間の予測子としてこのシグネチャーを使用して、以前の解析が繰り返された。
【００９８】
結果を表４および５および図３に示す。遺伝子シグネチャーは、ＮＳＣＬＣにおいて客観的奏効ならびに総合（図３Ａ）および無増悪（Ｆｉｇｕｒｅ３Ｂ）生存期間のどちらとも高く相関することが示される。生存期間の図において、ｙ軸は、全生存期間の確率を示すのに対して、ｘ軸は、日数を示す。破線は、発現の第一三分位数での遺伝子シグネチャーの発現を有する患者を示す。
【００９９】
【表４】
2019529437.tif 000015
【０１００】
【表５】
2019529437.tif 000016
【０１０１】
デュルバルマブによる治療中の効果を図４に例証する。デュルバルマブで治療した後に遺伝子シグネチャーの発現が増加し、それによって、ＮＳＣＬＣ患者における治療で免疫活性化が示されている。
【０１０２】
実施例６：膀胱癌における奏効率（ＯＲＲ）と遺伝子シグネチャーの相関性
発現の第一三分位数（上位３３％）を用いて、４つの遺伝子シグネチャーを低いまたは高い群へとカットし、続いて奏効率と相関させる。試料サイズが小さいため、調整されたモデルは計算されなかった。有望なものすべて、ＩＦＮＧ単独、および４つの遺伝子シグネチャーの結果を表６に示す。レスポンダーの富化は、ＮＳＣＬＣ患者コホートにおいて実証されたように、デュルバルマブで処置された膀胱癌患者におけるＩＦＮＧ群と遺伝子シグネチャーポジティブな群の両方で明らかである。
【０１０３】
【表６】
2019529437.tif 000017
【０１０４】
実施例７：膀胱癌における無増悪生存期間と遺伝子シグネチャーおよびＩＦＮＧの相関性
４つの遺伝子シグネチャーを用いて、発現の第一三分位数（上位三分位数）にて、低または高発現群へと患者を分けた。膀胱癌患者において遺伝子シグネチャー（図５Ａ）またはＩＦＮＧ  ｍＲＮＡ（図５Ｂ）と共に無増悪生存期間を用いてカプラン・マイヤー分析を行った。ＩＦＮＧが高い患者と比較して、遺伝子シグネチャーが高い患者と総合または無増悪生存期間との相関性は高く、高遺伝子シグナチャーを有する膀胱癌患者は、高ＩＦＮＧ  ｍＲＮＡを有する患者とのみ比較して、デュルバルマブで処置した場合に生存期間が増加し得ることが示唆されている。ＯＳデータは十分ではなく、それは特定の患者の経過観察時間が、成熟時間に達しておらず比較できなかったことを意味する。
【０１０５】
ログランク検定を用いて、すべての遺伝子シグネチャーが、α＝０．０５にて高い群と低い群の統計的差を示した。
【０１０６】
その結果は、以下の材料および方法を用いて得られた。
【０１０７】
ＲＮＡ抽出およびＲＮＡシーケンシング
ＰｏｗｅｒＧｅｎ  ５００低温ホモジナイザー（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ）を使用して、β−メルカプトエタノール（β−ｍｅ）が補充されたＲＬＴ溶解バッファー６００μｌ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）中で組織をホモジナイズした。ホモジナイズされた組織ライセートを室温にて１３，０００×ｇで３分間遠心し、不溶性壊死組織片を除去した。上清を新たなマイクロ遠心チューブに移し、１００％エタノール１体積を上清に添加した。上清−エタノール混合物をＺｙｍｏ−Ｓｐｉｎ  ＩＣカラム（Ｚｙｍｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡ）に、ＲＮＡの結合のために適用した。ＲＮａｓｅ不含ＤＮａｓｅＩ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用して、カラム上でＤＮａｓｅ消化を室温で１５分間行った。ＲＮＡをＲＮａｓｅ不含水１５〜２０μｌに溶出し、Ｎａｎｏｄｒｏｐ−１０００分光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ  ＭＡ）および２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）を使用して、ＲＮＡ試料の量および質を決定した。
【０１０８】
製造元の説明書（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）に従ってＴｒｕＳｅｑ  Ｓｔｒおよびｅｄ  Ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ  Ｐｒｅｐ  Ｋｉｔを使用して、ＲＮＡ−ｓｅｑライブラリーを作成した。ビオチン標識プローブ標的化真核生物細胞質およびミトコンドリアｒＲＮＡを含有するＲｉｂｏ−Ｚｅｒｏ  Ｇｏｌｄ  ｒＲＮＡ除去溶液を使用して、リボソームＲＮＡを全ＲＮＡ（１５０ｎｇ／試料）から除去した。ストレプトアビジン被覆磁気ビーズを使用して、ｒＲＮＡ−プローブ複合体を試料から除去し、ｃＤＮＡ合成前に、得られたｒＲＮＡ枯渇試料を熱によるＲＮＡ断片化にかけた。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ逆転写酵素（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ  ＭＡ）およびランダムプライマーを使用して、第１ストランドｃＤＮＡを合成し、続いて第２ストランドｃＤＮＡ合成を行った。次に、単一のアデニレート（Ａ）残基を二本鎖ｃＤＮＡ分子の３’末端に付加し、固有のインデックスバーコード配列を含有する３’−ｄＴ−末端Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＴｒｕＳｅｑペアエンドアダプターに、得られたＡ末端二本鎖ｃＤＮＡをライゲートした。ライゲートされた産物を精製し、Ｉｌｌｕｍｉｎａライブラリープレップキットに提供されたプライマーを使用して、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）１５サイクルで濃縮した。ＲＮＡ−ｓｅｑライブラリーのサイズ分布は、２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）で分析し、ライブラリー濃度は、Ｋａｐａライブラリー定量化キット（Ｋａｐａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｗｏｂｕｒｎ，ＭＡ）を用いて決定された。それぞれのライブラリーを１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）中で４ｎＭに正規化し、最終希釈前に０．１Ｎ  ＮａＯＨ中で５分間変性させた。
【０１０９】
ＨｉＳｅｑ  ２０００またはＮｅｘｔＳｅｑ  ５００シーケンシング装置（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）のいずれかでペアードエンドシーケンシングの実施（２×１００サイクル）を行った。ＨｉＳｅｑ  ２０００シーケンシング実施の場合には、ｃＢｏｔシステムを有するＴｒｕＳｅｑ  ｖ３  Ｐａｉｒｅｄ−Ｅｎｄで変性ライブラリー（最終濃度１２ｐＭ）をクラスター形成し、ＴｒｕＳｅｑ  ｖ３  ＳＢＳ試薬（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用してシーケンシングした。ＮｅｘｔＳｅｑ  ５００システムでのシーケンシング実施は、ＮｅｘｔＳｅｑ  ５００／５５０  ｖ２フローセル上にローディングされた１．８ｐＭ変性ライブラリーおよび試薬（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を用いて実施された。
【０１１０】
バイオインフォマティクス解析
ＣＰ１１０８／ＮＣＴ０１６９３５６２は、複数の進行固形腫瘍におけるデュルバルマブの安全性および臨床活性を評価する、非ランダム、非盲検、多施設１／２フェーズ臨床試験である。９７名のＮＳＣＬＣ患者の腫瘍について、利用可能な臨床データでＲＮＡシーケンシングデータを作成した。３０名は治療前／後のＮＳＣＬＣ患者腫瘍ペアを有するだけでなく、３０名は、利用可能な臨床データと共に治療前の膀胱癌患者腫瘍を有した。評価された候補遺伝子は、ＣＸＣＬ９、ＰＤ−Ｌ１（ＣＤ２７４）、ＬＡＧ−３、ＩＦＮＧ、ＰＤ−１（ＰＤＣＤ１）、ＮＫＧ７、ＣＤ８Ａ、ＳＬＡＭＦ７、ＰＤ−Ｌ２（ＰＤＣＤ１ＬＧ２）、ＴＩＭ−３（ＨＡＶＣＲ２）、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２、ＴＬＲ８、ＧＺＭＫ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＦＯＸＰ３、ＣＤ２７６、Ｂ７−Ｈ４（ＶＴＣＮ１）、およびＣＤ３７を含んだ。解析は、曲線下面積（ＡＵＣ）での受信者動作特性（ＲＯＣ）計算、ロジスティック回帰分析、生存時間解析、例えばカプラン・マイヤーおよびコックス比例ハザード（ＰＨ）モデル、比較前／比較後の対応スチューデントｔ検定、およびスピアマンの階数相関係数を用いた相関分析を含んだ。
【０１１１】
他の実施形態
上述の説明から、様々な用法および条件にそれを採用するために、本明細書に記載の本発明に、変更および修正を加えることができることは明らかである。かかる実施形態はまた、以下の特許請求の範囲内にある。
【０１１２】
本明細書における変数のいずれかの定義における要素のリストの記載は、挙げられる要素の単一の要素または組み合わせ（またはサブコンビネーション）として可変の定義を含む。本明細書における実施形態の記載は、いずれか１つの実施形態として、または他のいずれかの実施形態またはその一部と併せた実施形態を含む。
【０１１３】
あたかも、それぞれ独立した特許および出版物が具体的かつ個々に、参照により組み込まれるように示されるのと同程度に、本明細書に記載のすべての特許および出版物は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０１１４】
配列表
配列番号１
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿７７  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列７７  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
【化１０】
2019529437.tif 000018
配列番号２
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿７２  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列７２  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
【化１１】
2019529437.tif 000019
配列番号３−ＶＨ  ＣＤＲ１
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿７３  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列７３  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
ＧＦＴＦＳＲＹＷＭＳ
配列番号４−ＶＨ  ＣＤＲ２
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿７４  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列７４  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
ＮＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧ
配列番号５−ＶＨ  ＣＤＲ３
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿７５  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列７５  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
ＥＧＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹ
配列番号６−ＶＬ  ＣＤＲ１
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿７８  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列７８  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
ＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡ
配列番号７−ＶＬ  ＣＤＲ２
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿７９  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列７９  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
ＤＡＳＳＲＡＴ
配列番号８−ＶＬ  ＣＤＲ３
＞ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０５８００７＿８０  米国特許出願公開第２０１０／０５８００７号明細書からの配列８０  生物：ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）
ＱＱＹＧＳＬＰＷＴ
配列番号９
＞ｓｐ｜Ｐ０１５７９｜ＩＦＮＧ＿ヒトインターフェロン−γ  ＯＳ＝ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）  ＧＮ＝ＩＦＮＧ  ＰＥ＝１  ＳＶ＝１
【化１２】
2019529437.tif 000020
配列番号１０
【化１３】
2019529437.tif 000021
配列番号１１
【化１４】
2019529437.tif 000022
配列番号１２
【化１５】
2019529437.tif 000023
【化１６】
2019529437.tif 000024
【化１７】
2019529437.tif 000025
配列番号１３
定義  Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン９前駆物質［ホモサピエンス（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ）］
受入番号ＮＰ＿００２４０７
【化１８】
2019529437.tif 000026
配列番号１４
【化１９】
2019529437.tif 000027
【化２０】
2019529437.tif 000028
配列番号１５
【化２１】
2019529437.tif 000029
配列番号１６
【化２２】
2019529437.tif 000030
【化２３】
2019529437.tif 000031
【化２４】
2019529437.tif 000032
配列番号１７
【化２５】
2019529437.tif 000033
配列番号１８
【化２６】
2019529437.tif 000034
【図１Ａ−Ｄ】
2019529437.tif 000035
【図１Ｅ−Ｈ】
2019529437.tif 000036
【図２】
2019529437.tif 000037
【図３】
2019529437.tif 000038
【図４】
2019529437.tif 000039
【図５】
2019529437.tif 000040
【配列表】
2019529437000001.app
【国際調査報告】
2019529437.tif 000041
2019529437.tif 000042