(57)【要約】  本願は、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを評価するための方法およびシステムに関する。これらの方法は、対象の臨床的リスクと組み合わされて、リスク分析を改善され得る。このような方法は、適当な結腸直腸癌スクリーニングレジメンについての意思決定を助けるために使用され得る。【特許請求の範囲】
【請求項１】
結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを評価するための方法であって、
対象の遺伝的リスク評価を実施することを含み、遺伝的リスク評価は、対象から得られた生物学的サンプルにおいて、表１から選択される少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型の存在を検出することを含む、方法。
【請求項２】
遺伝的リスク評価が、一塩基多型ｒｓ３９８７、ｒｓ３５５０９２８２およびｒｓ７４４１６６、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型の存在を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも４５個の一塩基多型の存在が検出される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
遺伝的リスク評価が、一塩基多型ｒｓ５９３４６８３、またはその連鎖不均衡における一塩基多型の存在を検出することを含む、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
対象の臨床的リスク評価を実施すること、および遺伝的リスク評価と臨床的リスク評価とを組み合わせて、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを得ることをさらに含む、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
臨床的リスク評価を実施することが、対象から以下：結腸直腸癌の病歴、年齢、結腸直腸癌の家族歴、以前の結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングの結果および人種／民族の１つ以上の情報を得ることを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
臨床的リスク評価を実施することが、対象から年齢および／または第一度近親者の結腸直腸癌の病歴の情報を得ることを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
対象が陽性の糞便潜血検査を有した、請求項１から７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
対象が少なくとも４０歳である、請求項１から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
対象が、結腸直腸癌の家族歴を有し、少なくとも３０歳である、請求項１から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
対象が男性である、請求項１から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
リスク評価の結果が、対象がスクリーニングプログラムに登録されるべきであるか、またはより頻繁なスクリーニングに付されるべきであることを示す、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
方法の性能が、少なくとも約０．６３の曲線下面積（ＡＵＣ）によって特徴付けられる、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
連鎖不均衡における一塩基多型が０．９を超える連鎖不均衡を有する、請求項１から１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
連鎖不均衡における一塩基多型が１の連鎖不均衡を有する、請求項１から１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
請求項１から１５のいずれかに記載の方法を使用して結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを評価することを含む、結腸直腸癌に対するヒト対象の日常的な診断試験の必要性を決定するための方法。
【請求項１７】
一塩基多型の各々が対象の体細胞二倍体ゲノムにおいて最大２回存在し得ることを考慮するとき、一塩基多型の少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４４、少なくとも４６、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、または少なくとも７０個を有する対象が糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録されるべきである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
評価が対象を、結腸直腸癌を発症する危険性がある集団において対象の上位２０％に置くとき、対象が糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
評価が対象を、結腸直腸癌を発症する危険性がある集団において対象の上位１０％に置くとき、対象が糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
ヒト対象における結腸直腸癌に対するスクリーニング方法であって、請求項１から１５のいずれかに記載の方法を使用して結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを評価すること、および結腸直腸癌を発症することに対するリスクを有すると評価されるとき、対象において結腸直腸癌に対して日常的にスクリーニングすることを含む、方法。
【請求項２１】
リスクがあるヒト対象において結腸直腸癌を予防することにおける使用のための抗結腸直腸癌治療であって、対象は請求項１から１５のいずれかに記載の方法にしたがって結腸直腸癌を発症することに対するリスクを有すると評価される、抗結腸直腸癌治療。
【請求項２２】
２８個以上の核酸を増幅するための少なくとも２８個のプライマーセットを含むキットであって、２８個以上の核酸は表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型を含む、キット。
【請求項２３】
２８個以上の核酸にハイブリダイズするための少なくとも２８個のプローブセットを含む遺伝子アレイであって、２８個以上の核酸は表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型を含む、遺伝子アレイ。
【請求項２４】
結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを評価するためのコンピューターによって実行される方法であって、プロセッサーおよびメモリーを含むコンピューターシステムにおいて操作可能であり、
対象に対する遺伝的リスクデータを受信すること、ここで、遺伝的リスクデータは、対象から得られた生物学的サンプルにおいて、表１からの少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型の存在を検出することによって得られた；
データを処理して、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを決定すること；
結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを出力すること
を含む、方法。
【請求項２５】
対象に対する臨床的リスクデータを受信すること；
データを処理して、臨床的リスクデータと遺伝的リスクデータとを組み合わせて、結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを得ること；
結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを出力すること
をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
対象に対するリスクデータがコンピューターシステムと連結しているユーザーインターフェースから受信される、請求項２４または２５に記載のコンピューターによって実行される方法。
【請求項２７】
対象に対するリスクデータが、無線通信ネットワークを介して遠隔デバイスから受信される、請求項２４から２６のいずれかに記載のコンピューターによって実行される方法。
【請求項２８】
ユーザーインターフェースまたは遠隔デバイスがＳＮＰアレイプラットフォームである、請求項２４から２７のいずれかに記載のコンピューターによって実行される方法。
【請求項２９】
出力することが、コンピューターシステムと連結しているユーザーインターフェースに情報を出力することを含む、請求項２４から２８のいずれかに記載のコンピューターによって実行される方法。
【請求項３０】
出力することが、無線通信ネットワークを介する遠隔デバイスに情報を伝達することを含む、請求項２４から２９のいずれかに記載のコンピューターによって実行される方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
技術分野
【０００２】
本開示は、ヒト対象が結腸直腸癌を発症することに対するリスクを評価するための方法およびシステムに関する。これらの方法は、臨床的リスク対象と組み合わされ、リスク分析を改善し得る。このような方法は、適切な結腸直腸癌スクリーニングレジメンについての決定を補助するために使用され得る。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
結腸直腸癌スクリーニングプログラムは、明らかに健常な集団の個体に試験を施行して、前悪性腫瘍または早期結腸直腸癌のいずれかを有する個体を同定し、予防または早期治療による利益を得ることができるようにすることを提唱する。スクリーニング検査には、便潜血検査および大腸内視鏡検査が含まれる。平均リスク集団では、便潜血検査に基づくスクリーニングは、結腸直腸死亡率を１５％〜２５％低下させる（Hewitson et al.，2007）。内視鏡検査は、死亡率を３０％〜４０％低下させることができる（Brenner et al.，2014）。
【０００４】
多数の集団をスクリーニングすることは費用がかかり得る。理想的には、スクリーニングを受けるべき人とそのスクリーニングの手順および強度を決定することは、個体の結腸直腸癌のリスクに基づくべきである。しかし、現在のところ、疾患の個々のリスクを特定する正確で有効な方法がないため、対象となるスクリーニングは、年齢、性別、および時には家族歴の非常に広いリスク要因にのみ基づいている。このことは、スクリーニングされた者の多くが結腸直腸癌になることはなく、スクリーニングされていない人の多くはこの疾患の相当なリスクがあるため、スクリーニングプログラムを非効率にする。（Ait Ouakrim et al.，2012）。
【０００５】
遺伝的リスクアセスメントは、スクリーニングプログラムの効率を高める可能性がある。しかしながら、遺伝性結腸直腸癌に対する遺伝的感受性は複雑であり、複数の変異体および遺伝子を含む。
【０００６】
スクリーニング効率を高め、結腸直腸癌死亡率を減少させるために、ヒト対象が結腸直腸癌を発症するリスクを評価するための改善された方法が必要である。
【発明の概要】
【０００７】
発明の概要
本発明者らは、対象が結腸直腸癌を発症するリスクを評価するために有用な、ゲノム内のＳＮＰを同定した。
【０００８】
したがって、一態様において、本開示は、被験体の遺伝子リスク評価を実施することを含む、結腸直腸癌を発症するヒト被験体のリスクを評価するための方法であって、遺伝子リスク評価は、対象由来の生物学的試料において、表１から選択される少なくとも２８個の一塩基多型の存在、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型の存在を検出することを含む、方法に関する。
【０００９】
いくつかの一塩基多型は、特定のリスク評価のために他のものよりも有益である。したがって、一実施形態では、遺伝的リスク評価は、一塩基多型rs3987、rs35509282およびrs744166、またはそれらの1つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型の存在を検出することを少なくとも含む。
【００１０】
一実施形態では、遺伝的リスク評価は、表１から選択される２８を超える一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡の単一ヌクレオチド多型を検出することを含む。例えば、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４個の一塩基多型が検出され得る。他の実施形態では、少なくとも４５個の一塩基多型が検出される。
【００１１】
他の実施形態では、遺伝的リスク評価は、一塩基多型rs5934683の存在またはその連鎖不均衡における一塩基多型を検出することを含む。
【００１２】
他の実施形態では、遺伝子リスク評価は、臨床リスク評価と組み合わせて、結腸直腸癌を発症するヒト対象のリスクを得る。一例では、臨床リスク評価は、結腸直腸癌の病歴、年齢、結腸直腸癌の家族歴、以前の大腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査のスクリーニングおよび人種／民族の１つまたは複数の情報を対象から得ることを含む。他の例では、臨床的リスク評価は、年齢および／または第一度近親者の結腸直腸癌の病歴に関する情報を被験者から得ることを含む。一実施形態では、結腸直腸癌の家族歴には、多世代家族歴が含まれる。
【００１３】
当業者であれば、臨床リスク評価と遺伝的リスク評価とを組み合わせることにより、対象が大腸癌を発症する全般的なリスクを定義することを理解するであろう。したがって、本発明の方法は、全体的なリスクを評価するために使用することができる。
【００１４】
一実施形態では、本開示の方法は、結腸癌を発症するためのヒト女性対象の絶対的なリスクを決定する。
【００１５】
他の実施形態では、本開示の方法は、結腸癌を発症するためのヒト女性対象の相対リスクを決定する。
【００１６】
本開示の方法は、結腸直腸癌の症状を有する対象に適用可能であり得る。例えば、陽性の糞便潜血検査を受けた対象は、本開示の方法を使用して評価することができる。便潜血検査は一般的に５０歳前後の被験者に推奨される。本発明者らは、特定の個体が５０歳に達する前に、特に第一度近親者が結腸直腸癌と診断された場合に、結腸直腸癌のリスクが高いことを見出した。これらの所見は、一部の個体が早期に評価され、結腸直腸癌のリスクがあるかどうかを判定するべきであることを示唆している。したがって、一実施形態では、本開示の方法を用いて評価される対象は、少なくとも４０歳である。他の実施形態において、第一度近親者が結腸直腸癌と診断された場合、評価される対象は少なくとも３０歳である
【００１７】
対象は男性または女性であり得る。他の実施形態において、対象は男性である。
【００１８】
本発明を用いて結腸直腸癌を発症するリスクがあると判定された対象は、次いで、スクリーニングプログラムに登録され得るか、またはより頻繁なスクリーニングに供され得る。
【００１９】
一実施形態では、本開示の方法の性能は、少なくとも０．６３の曲線下面積（ＡＵＣ）によって特徴付けられる。
【００２０】
一実施形態では、連鎖不平衡における一塩基多型は、０．９を超える連鎖不平衡を有する。他の実施形態では、連鎖不平衡における一塩基多型は、１の連鎖不平衡を有する。
【００２１】
他の態様では、本開示の方法は、結腸直腸癌のためのヒト対象の日常的な診断試験の必要性を決定するために使用される。例えば、一塩基多型の各々が対象の体細胞倍数体ゲノム中に２倍まで存在し得ることを考慮すると、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４４、少なくとも４６、少なくとも５０、少なくとも５５個、少なくとも６０個、少なくとも６５個、または少なくとも７０個の一塩基多型は、便潜血スクリーニング、大腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録されるべきである。他の実施形態では、評価が、結腸直腸癌を発症するリスクのある集団の対象の上位２０％に対象が入る場合、対象は便潜血スクリーニング、結腸鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される。他の実施形態では、評価が、結腸直腸癌を発症するリスクのある集団の対象の上位１０％に対象が入る場合、対象は、糞便潜在性スクリーニング、大腸内視鏡またはＳ状結腸鏡スクリーニングプログラムに登録される。
【００２２】
さらなる態様において、本発明は、ヒト対象における結腸直腸癌に対するスクリーニング方法であって、本発明の方法を使用して結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを評価すること、および結腸直腸癌を発症することに対するリスクを有すると評価されるとき、対象において結腸直腸癌に対して日常的にスクリーニングすることを含む、方法を提供する。
【００２３】
他の態様において、本開示の方法は、リスクがあるヒト対象において結腸直腸癌を予防することにおける使用のための抗結腸直腸癌治療に使用される。
【００２４】
さらなる態様において、本開示は、２８個以上の核酸を増幅するための少なくとも２８個のプライマーセットを含むキットであって、２８個以上の核酸は表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型を含む、キットに関する。
【００２５】
他の態様において、本開示は、２８個以上の核酸にハイブリダイズするための少なくとも２８個のプローブセットを含む遺伝子アレイであって、２８個以上の核酸は表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型を含む、遺伝子アレイに関する。
【００２６】
他の態様において、本開示は、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを評価するためのコンピューターによって実行される方法であって、プロセッサーおよびメモリーを含むコンピューターシステムにおいて操作可能であり：
対象に対する遺伝的リスクデータを受信すること、ここで、遺伝的リスクデータは、対象から得られた生物学的サンプルにおいて、表１からの少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型の存在を検出することによって得られる；
データを処理して、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを決定すること；
結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを出力すること
を含む、方法に関する。
【００２７】
一の態様において、コンピューターによって実行される方法は：
対象に対する臨床的リスクデータを受信すること；
データを処理して、臨床的リスクデータと遺伝的リスクデータとを組み合わせて、結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを得ること；
結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを出力すること
をさらに含む。
【００２８】
一実施形態において、対象に対するリスクデータは、コンピューターシステムと連結しているユーザーインターフェースから受信される。他の実施形態において、対象に対するリスクデータは、無線通信ネットワークを介して遠隔デバイスから受信される。他の実施形態において、ユーザーインターフェースまたは遠隔デバイスは、ＳＮＰアレイプラットフォームである。他の実施形態において、出力することは、コンピューターシステムと連結しているユーザーインターフェースに情報を出力することを含む。他の実施形態において、出力することは、無線通信ネットワークを介する遠隔デバイスに情報を伝達することを含む。
【００２９】
本明細書の実施例は、他に特に明記しない限り、変更すべきところは変更して他の例に準用するものとする。
【００３０】
本開示は、例示のみを目的とする本明細書に記載の特定の例によって範囲が限定されるものではない。機能的に同等な製品、組成物および方法は、本明細書に記載されているように、明らかに本開示の範囲内である。
【００３１】
本明細書を通して、別段の記載がない限り、または文脈上別途必要な場合を除き、単一の工程、組成物、工程の群または組成物の群への言及は、それらの1つおよび複数（すなわち1つ以上）の工程、組成物、工程の群または組成物群を包含するものとする。
【００３２】
本明細書を通じて、「含む（comprise）」という用語、または「含む（comprises）」または「含み（comprising）」などの変形は、記載された要素、整数または工程、または要素、整数または工程の群を含むことを意味するが、他のいかなる要素、整数または工程、または要素、整数または工程の群を排除しないことを意図することが理解される。
【００３３】
本開示は、以下の非限定的な実施例および添付の図面を参照して以下に記載される。
【図面の簡単な説明】
【００３４】
【図１】結腸直腸癌の病歴のある１，０００，０００人（赤）および結腸直腸癌の病歴のない１，０００，０００人（青）のリスク対立遺伝子の模擬分布；およびオーストラリア（四角）および米国（丸）集団のリスク対立遺伝子の数について７０歳までの結腸直腸癌の累積リスク。
【図２−１】年齢区分、結腸直腸癌の家族歴（第一度近親者）による、およびリスク対立遺伝子の数による、オーストラリアでの結腸直腸癌（男性および女性を合わせた）のリスク。Ａ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、７０歳までの累積リスク。Ｂ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、７０歳までの累積リスク。
【図２−２】Ｃ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、５年リスク。Ｄ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、５年リスク。
【図３−１】年齢区分、結腸直腸癌の家族歴（第一度近親者）による、およびリスク対立遺伝子の数による、米国での結腸直腸癌（男性および女性を合わせた）のリスク。Ａ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、７０歳までの累積リスク。Ｂ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、７０歳までの累積リスク。
【図３−２】Ｃ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、５年リスク。Ｄ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、５年リスク。
【図４−１】年齢区分、結腸直腸癌の家族歴（第一度近親者）による、およびリスク対立遺伝子の数による、オーストラリアでの結腸直腸癌（男性）のリスク。Ａ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、７０歳までの累積リスク。Ｂ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、７０歳までの累積リスク。
【図４−２】Ｃ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、５年リスク。Ｄ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、５年リスク。
【図５−１】年齢区分、結腸直腸癌の家族歴（第一度近親者）による、およびリスク対立遺伝子の数による、オーストラリアでの結腸直腸癌（女性）のリスク。Ａ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、７０歳までの累積リスク。Ｂ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、７０歳までの累積リスク。
【図５−２】Ｃ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、５年リスク。Ｄ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、５年リスク。
【図６−１】年齢区分、結腸直腸癌の家族歴（第一度近親者）による、およびリスク対立遺伝子の数による、米国での結腸直腸癌（男性）のリスク。Ａ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、７０歳までの累積リスク。Ｂ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、７０歳までの累積リスク。
【図６−２】Ｃ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、５年リスク。Ｄ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、５年リスク。
【図７−１】年齢区分、結腸直腸癌の家族歴（第一度近親者）による、およびリスク対立遺伝子の数による、米国での結腸直腸癌（女性）のリスク。Ａ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、７０歳までの累積リスク。Ｂ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、７０歳までの累積リスク。
【図７−２】Ｃ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の五分位値での、５年リスク。Ｄ：リスク対立遺伝子の数の最大および最小の十分位値での、５年リスク。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
発明の詳細な説明
一般的な技術および選択された定義
他に特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有するものとする（例えば結腸直腸癌分析、分子遺伝学、バイオインフォマティクスおよび生化学）。
【００３６】
他に示されない限り、本開示において利用される分子および統計学的技術は、当業者に周知の標準的な手順である。このような技術は、J. Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning, John Wiley and Sons (1984), J. Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbour Laboratory Press (1989), T.A. Brown (editor), Essential Molecular Biology: A Practical Approach, Volumes 1 and 2, IRL Press (1991), D.M. Glover and B.D. Hames (editors), DNA Cloning: A Practical Approach, Volumes 1-4, IRL Press (1995 and 1996), and F.M. Ausubel et al. (editors), Current Protocols in Molecular Biology, Greene Pub. Associates and Wiley-Interscience (1988,現在までの全ての改版を含む), Ed Harlow and David Lane (editors) Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbour Laboratory, (1988), and J.E. Coligan et al. (editors) Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons (現在までの全ての改版を含む)、などの出典の文献を通して記載および説明される。
【００３７】
この開示は特定の実施形態に限定されず、当然のことながら変更可能であることが理解される。本明細書で使用する用語は、特定の実施形態のみを説明するためのものであり、限定することを意図するものではないことも理解される。 本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されているように、単数および単数形の用語「１つ（a）」、「１つ（an）」および「その（the）」は、内容が明らかに他のことを指示しない限り、複数の指示対象を任意に含む。したがって、例えば、「プローブ（a probe）」なる記載は、場合により複数のプローブ分子を含む。同様に、文脈に依存して、用語「核酸（a nucleic acid）」なる用語は、事実上、その核酸分子の多くのコピーを任意に含む。
【００３８】
本願明細書において使用される「約」なる用語は、それに反する言及がない限り、設定された数値の±１０％、より好ましくは±５％、さらに好ましくは±１％を意味する。
【００３９】
「および／または」なる用語、例えば「Ｘおよび／またはＹ」は、「ＸおよびＹ」または「ＸまたはＹ」のいずれかを意味すると理解され、両方の意味またはいずれかの意味を明示的に支持するために用いられる。
【００４０】
本明細書中で使用される「結腸直腸癌」なる用語は、対象の結腸または直腸において発生し得る任意のタイプの癌を包含する。「結腸直腸癌」、「結腸癌」、「直腸癌」および「腸癌」なる用語は、本開示の文脈において交換可能に使用することができる。
【００４１】
例えば、結腸直腸癌は、Ｔステージ１〜４として特徴付けられ得る。別の例において、結腸直腸癌は、ＤｕｋｅｓステージＡ〜Ｄとして特徴付けられ得る。
【００４２】
本明細書で使用する「結腸直腸癌」は、個体において結腸直腸癌を発症する素因を示す表現型も包含する。結腸直腸癌の素因を示す表現型は、例えば、与えられた一連の環境条件（食餌、身体活動状況、地理的な位置など）下で、関連する一般集団のメンバーよりも表現型を有する個体において癌が発症する可能性が高い傾向を示し得る。例えば、結腸直腸癌は、前癌性（例えば過形成、腺腫）として臨床的に分類され得る。
【００４３】
「多型」は可変の座位、すなわち、集団内で、多型におけるヌクレオチド配列は１を超える型または対立遺伝子を有する。多型の一例は、ゲノム中の単一ヌクレオチド位置（特定の位置のヌクレオチドは個体または集団によって異なる）における多型である「一塩基多型」である。
【００４４】
本明細書で使用される、「ＳＮＰ」または「一塩基多型」なる用語は、個体間の遺伝的変異を指し；例えば、可変である生物のＤＮＡ中の単一の窒素含有塩基位置である。本明細書で使用される、「ＳＮＰｓ」は複数のＳＮＰである。もちろん、本明細書中のＤＮＡを指す場合、このような参照文献は、アンプリコン、そのＲＮＡ転写物などのＤＮＡの誘導体を含み得る。
【００４５】
「対立遺伝子」なる用語は、特定の座位で生じているかまたはコードされている２つ以上の異なるヌクレオチド配列の１つ、またはそのような座位によってコードされる２つ以上の異なるポリペプチド配列の１つを指す。例えば、第１の対立遺伝子は１つの染色体上で生じ、一方で第２の対立遺伝子は第２の相同染色体上で、例えばヘテロ接合性個体の異なる染色体に対して、または集団中の異なるホモ接合型またはヘテロ接合性個体間で生じる。対立遺伝子は、それがある形質と関連している場合、および対立遺伝子の存在が対立遺伝子を含む個体において形質または形質形態が生じるという指標である場合、形質と正に相関する。対立遺伝子は、それがある形質と関連している場合、および対立遺伝子の存在が対立遺伝子を含む個体において形質または形質形態が生じないことの指標である場合、形質と「負に」相関する。「リスク対立遺伝子」という用語は、本開示の文脈において、結腸直腸癌に対する感受性に対する遺伝的傾向を示す対立遺伝子を意味するために使用される。対象は、特定のリスク対立遺伝子についてホモ接合、ヘテロ接合またはヌルであり得る。
【００４６】
表現型に（陽性または陰性に）統計的に関連付けることができる場合、マーカー多型または対立遺伝子は特定の表現型（結腸直腸癌感受性など）と「相関」または「関連」する。多型または対立遺伝子が統計的に関連づけられているかどうかを決定するための方法は、当業者に公知である。すなわち、指定された多型は、対照集団（例えば結腸直腸癌を有さない個体）よりも症例集団（例えば、結腸直腸癌患者）においてより一般的に生じる。この相関はしばしば因果関係であると推測されるが、必ずしもそうである必要はなく−表現型の根底にある形質に対する座位との（関連する）単純な遺伝子連鎖が、相関／会合を起こすのに十分である。
【００４７】
「連鎖不均衡」（ＬＤ）なる用語は、２つの隣接する多型遺伝子型間の統計的相関を説明するために使用される。典型的には、ＬＤは、２つの座位におけるランダムな配偶子の対立遺伝子間の相関を指し、配偶子間のハーディ−ワインバーグ平衡（統計的独立）を前提とする。ＬＤは、Ｌｅｗｏｎｔｉｎの関連パラメータ（Ｄ’）またはピアソン相関係数（ｒ）のいずれかを用いて定量化される（Devlin and Risch，1995）。ＬＤ値が１の２つの座位は、完全ＬＤといわれている。その反対に、ＬＤ値が０である２つの座位は、連鎖平衡にあるといわれている。連鎖不平衡は、ハプロタイプ頻度の推定のための期待値最大化アルゴリズム（ＥＭ）の適用後に計算される（Slatkin and Excoffier，1996）。隣接する遺伝子型／座位についての本開示によるＬＤ値は、０．５を超える、より好ましくは０．６を超える、さらにより好ましくは０．７を超える、好ましくは０．８を超える、より好ましくは０．９を超える、理想的には約１．０で選択される。本明細書に記載される本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓの多くは、０．９または１のＬＤ値を有する。
【００４８】
本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓを当業者が容易に特定できる他の方法は、２つの座位のＬＯＤスコアを決定することである。ＬＯＤとは「尤度対数」の略であり、２つの遺伝子が、または１つの遺伝子と１つの疾患遺伝子とが、１本の染色体上で互いに近接しているかどうか、つまり共に遺伝する可能性があるかどうかの統計学的推定である。一般に、ＬＯＤスコアが約２〜３かそれよりも高い場合、その２つの遺伝子は染色体上で互いに近接している、とみなされる。したがって、一実施形態では、本開示において選択される近接する遺伝子型／座位のＬＯＤ値は、少なくとも２よりも高い、少なくとも３よりも高い、少なくとも４よりも高い、少なくとも５よりも高い、少なくとも６よりも高い、少なくとも７よりも高い、少なくとも８よりも高い、少なくとも９よりも高い、少なくとも１０よりも高い、少なくとも２０よりも高い、少なくとも３０よりも高い、少なくとも４０よりも高い、少なくとも５０よりも高い、から選択される。
【００４９】
他の実施形態では、本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓは、約２０センチモルガン（ｃＭ）以下または未満の特定の遺伝子組換え距離を有し得る。例えば、１５ｃＭ以下、１０ｃＭ以下、９ｃＭ以下、８ｃＭ以下、７ｃＭ以下、６ｃＭ以下、５ｃＭ以下、４ｃＭ以下、３ｃＭ以下、２ｃＭ以下、１ｃＭ以下、０．７５ｃＭ以下、０．５ｃＭ以下、０．２５ｃＭ以下、または０．１ｃＭ以下。たとえば、１つの染色体セグメント内の２つの連鎖した座位は、減数分裂の間、約２０％、約１９％、約１８％、約１７％、約１６％、約１５％、約１４％、約１３％、約１２％、約１１％、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％、約１％、約０．７５％、約０．５％、約０．２５％、または約０．１％以下または未満の頻度で、互いに組換えが生じ得る。
【００５０】
他の実施形態では、本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓは、互いから少なくとも１００ｋｂ（座位の組換え率にもよるが、ヒトでは約０．１ｃＭと相関）、少なくとも５０ｋｂ、少なくとも２０ｋｂ以内にある。
【００５１】
特定のＳＮＰの代用マーカーを同定するための例示的なアプローチは、標的ＳＮＰの周囲のＳＮＰｓが連鎖不平衡にあり、それゆえ疾患感受性に関する情報を提供できる、とみなす簡単な方法を含む。したがって、潜在的な代用マーカーは、ＨＡＰＭＡＰなどの公に利用可能なデータベースから、科学界で好適な代用マーカー候補として選択されている、一定の基準を満たすＳＮＰｓを検索することによって、同定できる。
【００５２】
「対立遺伝子頻度」は、個体、系統または系統集団内で、ある座位にある対立遺伝子が存在する頻度（割合または比率）を指す。たとえば、対立遺伝子「Ａ」に関して、遺伝子型「ＡＡ」「Ａａ」または「ａａ」の二倍体個体は、それぞれ１．０、０．５、または０．０の対立遺伝子頻度を有している。ある系統または集団（たとえば症例集団または対照集団）内での対立遺伝子頻度は、その系統または集団の個体標本の対立遺伝子頻度を平均化すれば推定できる。同様に、系統集団内の対立遺伝子頻度は、その集団を構成している系統の対立遺伝子頻度を平均化することで計算できる。
【００５３】
一実施形態では、「対立遺伝子頻度」なる用語は、マイナー対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）の定義に使用される。ＭＡＦは、所与の集団でもっともまれな対立遺伝子で生じる頻度を指す。
【００５４】
ある個体が所与の座位に１つの対立遺伝子しか有しない場合、その個体は「ホモ接合」である（たとえば、二倍体個体は、２本の相同染色体それぞれのある座位に、同じ対立遺伝子のコピーを有している）。所与の座位に２つ以上の対立遺伝子が存在する場合、個体は「ヘテロ接合」である（たとえば、２つの座位のコピーを１つずつ有している二倍体個体）。「ｈｏｍｏｇｅｎｅｉｔｙ（均一性）」なる用語は、ある群のメンバーが１つ以上の特定の座位に同じ遺伝子型を有することを意味する。これに対して「ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ（不均一性）」なる用語は、ある群内の個体が１つ以上の特定の座位に異なる遺伝子型を有することを意味するために使用される。
【００５５】
「座位（ｌｏｃｕｓ）」は、染色体上の位置または領域である。たとえば、ある多型座位は、ある多型核酸、形質決定因子、遺伝子またはマーカーが存在する位置または領域である。さらなる一例では、「遺伝子座位（ｇｅｎｅ  ｌｏｃｕｓ）」は、特定の遺伝子が見られ得る種ゲノム内の特定の染色体上の部位（領域）である。
【００５６】
「マーカー」「分子マーカー」または「マーカー核酸」は、座位または連鎖座位を特定する際の基準点として用いられるヌクレオチド配列またはそのコード化産物（たとえば、たんぱく質）を意味する。マーカーは、ゲノムヌクレオチド配列または発現したヌクレオチド配列（たとえば、ＲＮＡ、ｎＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡなど）、またはコード化ポリペプチドに由来し得る。この用語はまた、マーカー配列を増幅できるプローブまたはプライマー対として用いられる核酸などの、マーカー配列に対して相補的なまたはマーカー配列の両側の核酸配列も指す。「マーカープローブ」は、マーカー座位の存在を特定するのに用いられ得る核酸配列または分子であり、たとえば、あるマーカー座位の配列に対して相補的な核酸プローブである。核酸は、たとえばワトソンとクリックの塩基対ルールによると、溶液中で特異的にハイブリダイズする場合に「相補的」である。「マーカー座位（ｍａｒｋｅｒ  ｌｏｃｕｓ）」は、第２の連鎖座位の存在、たとえば、表現型形質の集団バリエーションをコードするかまたはそれに寄与している連鎖または相関する座位の存在を追跡するのに用いられ得る座位である。たとえば、マーカー座位は、マーカー座位と遺伝的または物理的に連鎖している量的形質座位（ＱＴＬ）などの座位でのアレルの分離を観察するのに用いられ得る。したがって、「マーカー対立遺伝子」あるいは「マーカー座位の対立遺伝子（ａｌｌｅｌｅ  ｏｆ  ａ  ｍａｒｋｅｒ  ｌｏｃｕｓ）」は、あるマーカー座位に関して多型である集団においてマーカー座位に見られる複数の多型ヌクレオチド配列のうちの１つである。
【００５７】
一実施形態では、本開示は、目的の表現型、例えば結腸直腸癌と相関するマーカー座位を提供する。同定されたマーカーの各々は、関連する表現型に寄与するＱＴＬなどの遺伝的要素と物理的および遺伝的に近接している（物理的および／または遺伝的連鎖をもたらす）と予想される。集団のメンバー間の遺伝子多型に対応するマーカーは、当技術分野で十分に確立された方法によって検出することができる。これらには、例えばＰＣＲに基づく配列特異的増幅法、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）の検出、アイソザイムマーカーの検出、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＡＳＨ）の検出、一塩基伸長の検出、単純反復配列（ＳＳＲ）の検出、一塩基多型（ＳＮＰｓ）の検出、または増幅断片長多型（ＡＦＬＰ）の検出のために使用することができる。
【００５８】
核酸増幅の文脈における「増幅する」なる用語は、選択された核酸（またはその転写形態）のさらなるコピーが産生される任意のプロセスである。典型的な増幅方法には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）およびＲＮＡポリメラーゼに基づく増幅（例えば、転写による）などのリガーゼ媒介方法を含む種々のポリメラーゼに基づく複製方法が含まれる。
【００５９】
「アンプリコン」は、増幅された核酸であり、たとえば、任意の利用可能な増幅法（たとえば、ＰＣＲ、ＬＣＲ、転写など）により鋳型核酸を増幅して生産された核酸である。
【００６０】
特定の核酸が、所与の核酸に「由来する」とは、所与の核酸の配列を用いて構築される場合、または特定の核酸が、所定の核酸を用いて構築される場合のことをいう。
【００６１】
「遺伝子」は、１つ以上の発現分子、たとえばＲＮＡ、またはポリペプチドを一緒にコード化している、ゲノム内の１つ以上のヌクレオチド配列である。遺伝子は、ＲＮＡへと転写されるコード化配列を含み得、ＲＮＡは次いでポリペプチド配列へと翻訳され得、該遺伝子の複製または発現を介助する関連の構造的または調節配列を含み得る。
【００６２】
「遺伝子型」は、１つ以上の遺伝子座位における個体（または個体群）の遺伝的構成である。遺伝子型は、個体の１つ以上の既知の座位の対立遺伝子により、典型的には、両親から受け継いだ対立遺伝子の集合により、定められる。
【００６３】
「ハプロタイプ」は、１本のＤＮＡ鎖上の複数の遺伝子座位における個体の遺伝子型である。典型的には、ハプロタイプにより説明される遺伝子座位は、物理的及び遺伝的に連鎖しており、すなわち同じ染色体ストランド上に存在する。
【００６４】
マーカー、プローブ、またはプライマーの「セット」は、一般的な目的（たとえば結腸直腸癌発症リスクをもつ人の特定）に用いられる、マーカー、プローブ、プライマーの集合または群、あるいはそれらから得られるデータを意味する。マーカー、プローブ、もしくはプライマーに対応する、またはそれらを用いて得られるデータは、電子媒体に記憶されることが多い。あるセットの各メンバーは特定の目的に関して有用性があるが、セットならびに全部ではなく一部のマーカーを含む各サブセットから選択される個々のマーカーも、特定の目的を達成するために有用である。
【００６５】
上述した多型および遺伝子、および対応するマーカープローブ、アンプリコンまたはプライマーは、物理的な核酸として、または核酸の配列情報を含むシステム命令として、本明細書の任意のシステムで具体化され得る。たとえば、システムは、本明細書で説明する遺伝子または多型に対応する（あるいはその一部分を増幅する）プライマーまたはアンプリコンを含み得る。上述の方法と同様に、マーカープローブまたはプライマーのセットは、任意に、複数の該遺伝子または遺伝子座位の複数の多型を検出する。したがって、たとえば、マーカープローブまたはプライマーのセットは、これらの多型または遺伝子それぞれの、あるいは本明細書で説明する任意の他の多型、遺伝子または座位それぞれの、少なくとも１つの多型を検出する。そのようなプローブまたはプライマーはどれでも、任意のそのような多型または遺伝子、またはその相補的核酸、またはその転写産物（たとえば、ゲノム配列から、たとえば転写またはスプライシングによって生産されるｎＲＮＡまたはｍＲＮＡ）のヌクレオチド配列を含み得る。
【００６６】
本願明細書において使用される、「受信者操作特性曲線（ｒｅｃｅｉｖｅｒ  ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ  ｃｕｒｖｅｓ）」は、二分類システムで区切り閾値を変化させながら（１−特異性）に対する感受性をプロットしたグラフを意味する。ＲＯＣは、偽陽性の割合（ＦＰＲ＝偽陽性率）に対する真陽性の割合（ＴＰＲ＝真陽性率）をプロットすることでも同等に表すことができる。基準を変えながら２つの操作特性（ＴＰＲとＦＰＲ）を比較するので、相対操作特性曲線としても知られている。ＲＯＣ分析は、コストコンテキストまたはクラス分布から独立して（かつそれらを特定する前に）、最善であろうモデルを選択し、次善のモデルを破棄するツールを提供する。本開示の文脈で使用する方法は、当業者には明らかになろう。
【００６７】
本願明細書において使用される、「遺伝リスク評価を臨床リスク評価と統合してリスクを求めること（ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ  ｔｈｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｒｉｓｋ  ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｒｉｓｋ  ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｔｏ  ｏｂｔａｉｎ  ｔｈｅ  ｒｉｓｋ）」なる用語は、これらの２つの評価の結果に依存する任意の好適な数学的分析を意味する。たとえば、臨床リスク評価と遺伝リスク評価の各結果を足してもよいし、より好ましくは掛けてもよい。
【００６８】
本願明細書において使用される、「結腸直腸癌に対して日常的にスクリーニングすること」および「より頻繁なスクリーニング」なる用語は、相対的な用語であり、結腸直腸癌発症リスクが特定されていない対象に勧められるスクリーニング頻度との比較に基づく。たとえば、日常的なスクリーニングは、糞便スクリーニング、大腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査が１〜２年毎に含まれる。日常的なスクリーニングのための様々な他の時間間隔は、以下で論じられる。
【００６９】
遺伝的リスク評価
ある態様において、本願の方法は、遺伝的リスク評価を実施することにより、結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを評価することに関する。
【００７０】
遺伝的リスク評価は、一塩基多型について２つ以上の遺伝子座での対象の遺伝子型を解析することにより行われる。例えば、少なくとも２８個の一塩基多型が検出することができる。他の例において、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４の一塩基多型が検出される。別の例において、少なくとも４５個の一塩基多型が検出される。
【００７１】
当業者が認識するように、結腸直腸癌を発症するリスクを増加させる各ＳＮＰは、１．０より大きい結腸直腸癌との関連性のオッズ比を有する。ある態様において、多型のいずれも、３より大きいまたは４より大きい結腸直腸癌との関連性のオッズ比を有しない。
【００７２】
遺伝的リスク評価の一環として検出することができるＳＮＰｓの例は、限定はしないが、ｒｓ７２６４７４８４、ｒｓ１０９１１２５１、ｒｓ６６８７７５８、６６９１１７０、ｒｓ１１９０３７５７、ｒｓ８１２４８１、ｒｓ３５３６０３２８、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ３９８７、ｒｓ３５５０９２８２、ｒｓ６４７１６１、ｒｓ１３２１３１１、ｒｓ１６８９２７６６、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ１０５０５４７７、ｒｓ７０１４３４６、ｒｓ７１９７２５、ｒｓ１０９０４８４９、ｒｓ１０７９５６６８、ｒｓ７０４０１７、ｒｓ１１１９０１６４、ｒｓ１０３５２０９、ｒｓ１２２４１００８、ｒｓ１７４５３７、ｒｓ４２４６２１５、ｒｓ１７４５５０、ｒｓ１５３５、ｒｓ３８２４９９９、ｒｓ３８０２８４２、ｒｓ３２１７８１０、ｒｓ３２１７９０１、ｒｓ１０７７４２１４、ｒｓ１１１６９５５２、ｒｓ７１３６７０２、ｒｓ３１８４５０４、ｒｓ５９３３６、ｒｓ７３２０８１２０、ｒｓ１９５７６３６、ｒｓ４４４４２３５、ｒｓ１１６３２７１５、ｒｓ１６９６９６８１、ｒｓ９９２９２１８、ｒｓ１６９４１８３５、ｒｓ７４４１６６、ｒｓ４９３９８２７、ｒｓ１０４１１２１０、ｒｓ１８００４６９、ｒｓ２２４１７１４、ｒｓ２４２３２７９、ｒｓ４８１３８０２、ｒｓ９６１２５３、ｒｓ６０６６８２５、ｒｓ４９２５３８６、ｒｓ５９３４６８３またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡におけるＳＮＰからなる群から選択されるＳＮＰｓを含む。ある例において、検出されたＳＮＰｓは、表１またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型から選択される。ある例において、遺伝的リスク評価を実施する場合に、表１からの少なくとも２８ＳＮＰｓまたはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型が検出される。他の例において、表１からの少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４の一塩基多型またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型が検出される。別の例において、表１からの少なくとも４５個の一塩基多型またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型が検出される。
【００７３】
表１．    結腸直腸癌と関連するＳＮＰｓ。表は、ＳＮＰ名、可能性のあるＳＮＰの調節標的に最も近いまたは内部の遺伝子、報告されたリスク対立遺伝子遺伝子型、コントロールにおける報告されたリスク対立遺伝子頻度、リスク対立遺伝子あたりの結腸直腸癌との報告された関連性（オッズ比）、ＳＮＰに起因する家族性相対リスク（ＦＲＲ）、およびＳＮＰによるｌｏｇ  ＦＲＲの割合を示す。＊ＳＮＰの調節標的に最も近いまたは可能性のある遺伝子／ｓ。連鎖不均衡におけるＳＮＰｓは、角括弧［］で示される。
【表１−Ａ】
2019510473.tif 000002
【表１−Ｂ】
2019510473.tif 000003
【００７４】
ある例において、表１から選択される一塩基多型の１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型は、少なくとも０．５、少なくとも０．６、少なくとも０．７、少なくとも０．８のＬＤ値を有する。別の例において、連鎖不均衡における一塩基多型は、少なくとも０．９のＬＤ値を有する。別の例において、連鎖不均衡における一塩基多型は、少なくとも１のＬＤ値を有する。
【００７５】
いくつかの一塩基多型は、特定のリスク評価について、他のものよりも有益である。例えば、遺伝的リスク評価は、ｒｓ３９８７、ｒｓ３５５０９２８２およびｒｓ７４４１６６、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型を検出することを含み得る。
【００７６】
別の例において、遺伝的リスク評価は、ｒｓ７２６４７４８４、ｒｓ１０９１１２５１、ｒｓ６６８７７５８、ｒｓ１１９０３７５７、ｒｓ８１２４８１、ｒｓ３５３６０３２８、ｒｓ１０９３６５９９、ｒｓ３９８７、ｒｓ３５５０９２８２、ｒｓ６４７１６１、ｒｓ１３２１３１１、ｒｓ１６８９２７６６、ｒｓ６９８３２６７、ｒｓ７１９７２５、ｒｓ１０９０４８４９、ｒｓ１０７９５６６８、ｒｓ７０４０１７、ｒｓ１１１９０１６４、ｒｓ１２２４１００８、１１ｑｈａｐ（ｒｓ１７４５３７、ｒｓ４２４６２１５、ｒｓ１７４５５０、およびｒｓ１５３５のいずれか１つまたは全部）、ｒｓ３８２４９９９、ｒｓ３８０２８４２、ｒｓ３２１７８１０、ｒｓ３２１７９０１、ｒｓ１０７７４２１４、ｒｓ１１１６９５５２、ｒｓ７１３６７０２、ｒｓ３１８４５０４、ｒｓ５９３３６、ｒｓ７３２０８１２０、ｒｓ１９５７６３６、ｒｓ４４４４２３５、ｒｓ１１６３２７１５、ｒｓ１６９６９６８１、ｒｓ９９２９２１８、ｒｓ１６９４１８３５、ｒｓ７４４１６６、ｒｓ４９３９８２７、ｒｓ１０４１１２１０、１９ｑｈａｐ＾（ｒｓ１８００４６９およびｒｓ２２４１７１４のいずれか１つまたは全部）、ｒｓ２４２３２７９、ｒｓ４８１３８０２、ｒｓ９６１２５３、ｒｓ６０６６８２５、ｒｓ４９２５３８６またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡における一塩基多型を検出することを含むことができる。
【００７７】
別の例において、遺伝的リスク評価は、一塩基多型ｒｓ５９３４６８３、またはその連鎖不均衡における一塩基多型の存在を検出することを含む。
【００７８】
ある態様において、評価されたＳＮＰｓの数は、純再分類指標（Ｎｅｔ  Ｒｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｉｎｄｅｘ）（ＮＲＩ）（Ｐｅｎｃｉｎａら、２００８）を使用して計算したリスク予測における純再分類改善度に基づく。ある態様において、本願の方法の純再分類改善度は、０．０１より大きい。
【００７９】
さらなる態様において、本願の方法の純再分類改善度は、０．０５より大きい。さらに他の態様において、本願の方法の純再分類改善度は、０．１より大きい。
【００８０】
本願明細書に具体的に記載されているものと連鎖不均衡におけるＳＮＰｓは、当業者により容易に同定される。かかるＳＮＰｓの例は、１１ｑ１２．２（ｒｓ１７４５３７、ｒｓ４２４６２１５、ｒｓ１７４５５０、およびｒｓ１５３５）内の４つの完全に相関したＳＮＰｓを含む。これらの４つのＳＮＰｓは、１１ｑ１２．２ハプロタイプとして本願において命名される。別の例は、１９ｑ１３．２内に位置するｒｓ１８００４６９およびｒｓ２２４１７１４を含む。これらのＳＮＰｓもまた完全に相関し、かつ１９ｑ１３．２ハプロタイプとして本願において命名される。他の例は、１ｑ４１内に位置するｒｓ６６８７７５８およびｒｓ６６９１１７０；８ｑ２４．２１内に位置するｒｓ１０５０５４７７、ｒｓ６９８３２６７およびｒｓ７０１４３４６；１５ｑ３１内に位置するｒｓ１１６３２７１５およびｒｓ１６９６９６８１；１０ｑ２４．２内に位置するｒｓ１０３５２０９、ｒｓ１１１９０１６４；１２ｑ１３．１３内に位置するｒｓ１１１６９５５２、ｒｓ７１３６７０２（表２に提供されるさらなる可能な例）を含む。
【００８１】
表２．    上位６リスクＳＮＰｓ内のＬＤ＊におけるＳＮＰｓ（相関したＳＮＰｓ）（ＤｂＳＮＰ）のリスト。ＨＡＰＭＡＰデータセット（http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov）における０．０８より大きいｒ２を有するＳＮＰｓ（アフリカ系アメリカ人、アメリカ人、アジア人、およびヨーロッパ人）が示される。
【表２−Ａ】
2019510473.tif 000004
【表２−Ｂ】
2019510473.tif 000005
【表２−Ｃ】
2019510473.tif 000006
【００８２】
臨床的リスク評価
本願の方法は、対象の臨床的リスク評価を実施することを含むことができる。臨床的リスク評価の結果は、結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを得るために、遺伝的リスク評価と組み合わせることができる。
【００８３】
任意の適当な臨床的リスク評価手順が、本願において使用することができる。好ましくは、臨床的リスク評価は、１つ以上の遺伝子座で対象を遺伝子型決定することを伴わない。それにもかかわらず、臨床的リスク評価手順は、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２およびＭＳＨ６遺伝子における変異ならびにマイクロサテライト不安定性状態に関する情報を得ることを含んでもよい。
【００８４】
他の態様において、臨床的リスク評価手順は、対象から以下の１つ以上に関する情報を得ることを含む：結腸直腸癌および／もしくはポリープの病歴、年齢、診断時の近親者の年齢を含む結腸直腸癌および／もしくはポリープならびに／または他の癌の家族歴、以前の結腸内視鏡検査および／またはＳ状結腸鏡検査の結果、前回の糞便潜血検査の結果、体重、ボディマス指数、身長、性別、アルコール消費歴、喫煙歴、運動歴、食事（例えば葉酸、野菜、赤身の肉、果物、繊維、および飽和脂肪の消費）、炎症性腸疾患の罹患率、人種／民族、アスピリンおよびＮＳＡＩＤの使用、エストロゲン補充の実施および経口避妊薬の使用。例えば、臨床的リスク評価手順は、第一度近親者の結腸直腸癌の病歴に関する情報を対象から得ることを含むことができる。別の例において、臨床的リスク評価手順は、年齢および／または第一度近親者の結腸直腸癌の病歴に関する情報を対象から得ることを含む。
【００８５】
ある態様において、臨床的リスク評価は、少なくともいくつかの、好ましくは全ての第一度近親者の結腸直腸癌の家族歴に関する詳細を含む。
【００８６】
ある態様において、結腸直腸癌の家族歴は、数世代の家族歴の分析を伴う。本願明細書において使用される「数世代の家族歴」は、２つ以上の世代の分析を指す。数世代の家族歴は、例えば同じ世代（例えばいとこ）、および／または世代間（例えば叔父および叔母）の分析を含んでもよい。例えば、ある態様において、臨床的リスク評価は、少なくともいくつか、好ましくは全ての第二度近親者の結腸直腸癌の家族歴に関する詳細を含む。他の態様において、臨床的リスク評価は、少なくともいくつかの、好ましくは全ての第二または三度近親者の結腸直腸癌の家族歴に関する詳細を含む。
【００８７】
ある態様において、臨床的リスク評価手順は、次の５年間に結腸直腸癌を発症する対象のリスク（すなわち５年リスク）の推定値を提供する。ある例において、臨床的リスク評価により決定される５年リスクは、約１％−約３％の間である。別の例において、臨床的リスク評価により決定される５年リスクは、約１．５％−約２％の間である。
【００８８】
ある態様において、臨床的リスク評価手順は、次の１０年間に結腸直腸癌を発症する対象のリスク（すなわち１０年リスク）の推定値を提供する。ある例において、臨床的リスク評価により決定される１０年リスクは、約１％−約３％の間である。別の例において、臨床的リスク評価により決定される５年リスクは、約１．５％−約２％の間である。
【００８９】
他の態様において、臨床的リスク評価手順は、年齢７０までの結腸直腸癌を発症する対象のリスク（すなわち寿命リスク）の推定値を提供する。ある例において、臨床的リスク評価により決定される寿命リスクは、約１５％−約３０％の間である。別の例において、臨床的リスク評価により決定される寿命は、約２０％−約２５％の間である。
【００９０】
他の態様において、臨床的リスク評価を実施することは、大腸癌を発症する絶対的なリスクを計算するモデルを使用する。例えば、大腸癌とは別に他の原因により死亡する競合リスクを考慮しながら、大腸癌を発症する絶対的なリスクは、癌発生率を使用して計算され得る。ある態様において、臨床的リスク評価は、大腸癌を発症する５年の絶対的なリスクを提供する。他の態様において、臨床的リスク評価は、大腸癌を発症する１０年の絶対的なリスクを提供する。
【００９１】
臨床的リスク評価手順の例は、限定はしないが、ハーバード癌リスクインデックス（Ｈａｒｖａｒｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｉｓｋ  Ｉｎｄｅｘ）、国立がん研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）の結腸直腸癌リスク評価ツール、クリーブランドクリニックツール（Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｔｏｏｌ）、ミスマッチ修復確率モデル（ＭＭＲｐｒｏとしても知られている）、結腸直腸リスク予測ツール（ＣＲｉＰＴ）など（例えば、Ｕｓｈｅｒ−Ｓｍｉｔｈら、２０１５参照）を含む。高リスク変異および表現型危険因子に焦点を当てた幅広い研究は、これらの典型的なリスク予測アルゴリズムにまとめられてきた。
【００９２】
ハーバード癌リスクインデックスは、家族歴データ（大腸癌を有する第一度近親者）ならびに、ボディマス指標、アスピリン使用、喫煙、炎症性腸疾患歴、身長、身体活性、エストロゲン補充、経口避妊薬の使用、ならびに葉酸、野菜、アルコール、赤身の肉、果物、繊維、および飽和脂肪の消費などの環境因子を使用して、大腸癌を発症する１０年リスク予測する。ある例において、臨床的リスク評価手順は、大腸癌を発症する対象の１０年リスクを予測するためにハーバード癌リスクインデックスを使用する。
【００９３】
結腸直腸癌リスク評価ツールは、年齢、性別、Ｓ状結腸鏡検査および／もしくは結腸内視鏡検査の使用、現在の余暇活動、アスピリンおよびＮＳＡＩＤの使用、喫煙歴、ボディマス指標、ホルモン補充歴、ならびに野菜の消費に基づいて５０歳を超える人々について、結腸直腸癌を発症する５、１０、２０年、および寿命リスクを予測する。ある例において、臨床的リスク評価手順は、結腸直腸癌を発症する対象の５年リスクを予測するために結腸直腸癌リスク評価ツールを使用する。別の例において、臨床的リスク評価手順は、結腸直腸癌を発症する対象の１０年リスクを予測するために結腸直腸癌リスク評価ツールを使用する。別の例において、臨床的リスク評価手順は、結腸直腸癌を発症する対象の２０年リスクを予測するために結腸直腸癌リスク評価ツールを使用する。別の例において、臨床的リスク評価手順は、結腸直腸癌を発症する対象の寿命リスクを予測するために結腸直腸癌リスク評価ツールを使用する。
【００９４】
クリーブランドクリニックツールは、年齢、性別、民族、体重、身長、Ｓ状結腸鏡検査および／もしくは結腸内視鏡検査の使用、糞便潜血検査、喫煙、運動、結腸直腸癌の病歴およびポリープ、ならびに野菜および果物の消費に基づく結腸直腸癌リスクスコアを提供する。
【００９５】
ＭＭＲｐｒｏモデルは、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２およびＭＳＨ６遺伝子における変異、ならびに疾患の家族歴、マイクロサテライト不安定性状態、年齢、および民族などの環境因子に基づいて、結腸直腸および子宮内膜癌を発症する５年および寿命リスクを予測する。ある例において、臨床的リスク評価手順は、結腸直腸癌を発症する対象の５年リスクを予測するためにＭＭＲｐｒｏモデルを使用する。別の例において、臨床的リスク評価手順は、結腸直腸癌を発症する対象の寿命リスクを予測するためにＭＭＲｐｒｏモデルを使用する。
【００９６】
結腸直腸リスク予測ツール（ＣＲｉＰＴ）モデルは、結腸直腸癌リスクを推定するために、混合された主要遺伝子ポリジーン（ｐｏｌｙｇｅｎｉｃ）モデルを使用して数世代の家族歴を使用する。
【００９７】
複合ＳＮＰ相対リスク「遺伝的リスク」を計算する
個人の「遺伝的リスク」は、評価された各ＳＮＰの遺伝子型相対リスク値の積として定義され得る。対数加法リスクモデルは、１、ＯＲ、およびＯＲ２の相対リスク値を有する単一のＳＮＰについて、希少疾患モデルのもとで、３つの遺伝子型ＡＡ、ＡＢ、およびＢＢを定義するために使用され得、ここで、ＯＲは、高リスク対立遺伝子Ｂ対低リスク対立遺伝子Ａについての以前に報告された疾患オッズ比である。Ｂ対立遺伝子が、頻度（ｐ）を有する場合、これらの遺伝子型は、ハーディー・ワインベルク平衡を仮定して（１−ｐ）２、２ｐ（１−ｐ）、およびｐ２の集団頻度を有する。各ＳＮＰについての遺伝子型相対リスク値は、これらの頻度に基づいて、集団における平均相対リスクが１であるようにスケールできる。具体的には、スケールされていない集団の平均相対リスクを考えると：
（μ）＝（１−ｐ）２＋２ｐ（１−ｐ）ＯＲ＋ｐ２ＯＲ２
調整されたリスク値１／μ、ＯＲ／μ、およびＯＲ２／μは、ＡＡ、ＡＢ、およびＢＢ遺伝子型に使用される。喪失した遺伝子型は１の相対リスクが割り当てられる。以下の式は、遺伝的リスクを定義するために使用することができる：
ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７×ＳＮＰ８など。
【００９８】
非ＳＮＰ多型について同様の計算が行われ得る。
【００９９】
複合ＳＮＰリスクを計算する代替の方法は、Ｍａｖａｄｄａｔら（２０１５）に記載される。この例では、以下の式が使用される；
ＰＲＳ＝β１ｘ１＋β２ｘ２＋．．．βｋｘｋ＋βｎｘｎ
ここで、βｋは、ＳＮＰｋについてのマイナー対立遺伝子と関連する大腸癌のｐｅｒ−対立遺伝子（ｐｅｒ−ａｌｌｅｌｅ）ｌｏｇオッズ比（ＯＲ）であり、およびｘｋは同一のＳＮＰの対立遺伝子の数であり（０、１または２）、ｎは、ＳＮＰｓの総数であり、かつＰＲＳはポリジーンリスクスコア（複合ＳＮＰリスクとも呼ぶことができる）である。
【０１００】
結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象の「リスク」は、必要に応じて相対リスク（またはリスク比）または絶対的なリスクとして提供され得ることが想定される。
【０１０１】
ある態様において、遺伝的リスク評価は、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象の「相対リスク」を得る。特性の無い個人における疾患の発生率で割った、特定の特性（または暴露）を有する個人における疾患の発生率として測定される相対リスク（またはリスク比）は、特定の暴露がリスクを増加させるまたは減少させるかどうかを示す。相対リスクは、疾患と関連する特性を同定するのに役立つが、リスクの頻度（発生率）が相殺されるため、それ自体でスクリーニングの決定を導くのに特に有用というわけではない。
【０１０２】
他の態様において、遺伝的リスク評価は、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象の「絶対的なリスク」を得る。絶対的なリスクは、指定された期間（例えば５、１０、１５、２０年以上）内で結腸直腸癌を発症するヒト対象の数値的確率である。それは、単独で様々な危険因子を考慮しない限りにおいて、結腸直腸癌を発症するヒト対象のリスクを反映する。
【０１０３】
組み合わせた臨床的評価×遺伝的リスク
臨床的リスク評価を遺伝的リスク評価と組み合わせる際に、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象の「リスク」を得るために、以下の式が使用することができる：
［リスク（すなわち臨床評価×ＳＮＰリスク）］＝［臨床評価リスク］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７×ＳＮＰ８…×ＳＮＰ４５など
【０１０４】
ここで、臨床評価は、臨床評価により提供されるリスクであり、ＳＮＰ１−ＳＮＰ４５は、個々のＳＮＰｓの相対リスクであり、上記で概説されているとおり、１の集団平均を有するように各々はスケールされている。ＳＮＰリスク値は、１の集団平均リスクを有するように「中心」に置かれるため、ＳＮＰｓ間の独立性を前提とすると、組み合わせた値についての全遺伝子型にわたる集団平均リスクは、基礎となる臨床評価リスク推定値と一致する。
【０１０５】
ある態様では、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクは、［臨床評価リスク］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７×ＳＮＰ８…×ＳＮＰ４５などにより計算される。別の態様において、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクは、［臨床評価５年リスク］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７×ＳＮＰ８…×ＳＮＰ４５などにより計算される。
【０１０６】
別の態様において、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクは、［臨床評価寿命リスク］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７×ＳＮＰ８…×ＳＮＰ４５などにより計算される。ある態様において、臨床評価は、臨床的リスクを提供するために、以下の１つ以上を評価することにより行われる：結腸直腸癌の病歴、年齢、結腸直腸癌の家族歴、以前の結腸内視鏡検査／Ｓ状結腸鏡検査の結果および人種／民族。この態様において、リスク（すなわち組み合わせた遺伝的リスク×臨床的リスク）は、以下により提供される：
［リスク（すなわち臨床的×遺伝的リスク）］＝［臨床的因子１×臨床的因子２、…、×臨床的因子５］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７×ＳＮＰ８…×ＳＮＰ４５など
【０１０７】
ある態様において、臨床評価は、臨床的リスクを提供するために、第一度近親者の結腸直腸癌の病歴を評価することにより行われる。この態様において、リスク（すなわち組み合わせた遺伝的リスク×臨床的リスク）は、以下により提供される：
［リスク（すなわち臨床的×遺伝的リスク）］＝［結腸直腸癌を有する第一度近親者と関連する臨床的リスク］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７×ＳＮＰ８…×ＳＮＰ４５など
【０１０８】
ある態様において、ＳＮＰｓのリスク対立遺伝子に起因し得るｌｏｇ家族性相対リスク（ＦＲＲ；結腸直腸癌を伴う第一度近親者を有することと関連する結腸直腸癌についてのオッズ比）の割合は、推定され得る（４５ＳＮＰｓの検出、各ＳＮＰについてのハーディー・ワインベルグ平衡、ＳＮＰｓ間の連鎖平衡、および結腸直腸癌リスクを伴うＳＮＰｓとの関連性についての乗法モデルを前提とすると）。ＳＮＰ１、…ＳＮＰ４５は、表１からのＳＮＰｓであり、かつ臨床４６、…臨床ｍは、臨床的因子である（注：これらはＦＲＲに寄与する任意の遺伝因子であり得る）。次に、Ｇｉは、集団からのランダムな人物についてのＳＮＰｉでのリスク対立遺伝子の数を与える確率変数であり、Ｇ１、…、Ｇｍは全て独立した確率変数（連鎖平衡による）であり、かつランダムな人物のｌｏｇ−オッズ比はＸ１＋…＋Ｘｍ（仮定された乗法モデルによる）であり、ここで、Ｘｉ＝ＧｉｌｏｇＯＲｉおよびＯＲｉは、ＳＮＰｉについてのｐｅｒ−対立遺伝子オッズ比である。Ａｎｔｏｎｉｏｕら、２００３の式は、Ｗｉｎら、２０１４に厳密に由来し、そしてｌｏｇＦＲＲ＝１／２［Ｖａｒ（Ｘｉ）＋…＋Ｖａｒ（Ｘｍ）］となる。これは、ｌｏｇ  ＦＲＲが既知および未知の結腸直腸癌関連ＳＮＰｓからの独立成分の合計であることを示す。既知のＳＮＰｓによるｌｏｇ  ＦＲＲの割合は、１／２［Ｖａｒ（Ｘ１）＋…＋Ｖａｒ（Ｘ４５）／ｌｏｇＦＲＲであるが、臨床的因子による割合は、１からこの値を差し引かれる。追加的な臨床的因子は、必要に応じて上記計算に組み込まれ得る。
【０１０９】
ある態様において、遺伝的リスク評価は臨床的リスク評価と組み合わせられ、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象の「相対リスク」を得る。他の態様において、遺伝的リスク評価は、臨床的リスク評価と組み合わせられ、結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象の「絶対的なリスク」を得る。
【０１１０】
対象
本願明細書において使用される「対象」なる語は、ヒト対象を意味する。「対象」、「患者」または「個人」のような語は、文脈において、本願において互換的に使用されることができる語である。一例において、本願の方法は、対象の日常的なスクリーニングのために使用されることができる。日常的なスクリーニングは、所定の時間間隔で対象を試験することを含むことができる。典型的な時間間隔は、１ヶ月に一度、３ヶ月に一度、６ヶ月に一度、１年に一度、２年に一度または３年に一度のスクリーニングを含む。
【０１１１】
現行のリスクデータは、平均的なヒトは、約５０歳で糞便潜血検査スクリーニング（ほとんどの国家的スクリーニングプログラムが推奨する）のリスク−閾値を満たすということを示唆する。しかしながら、本願の発明者らは、本願の方法を使用して、特に、これらの対象の第一度近親者が結腸直腸癌であると診断された場合、幾人かは、５０歳に到達するかなり前に、糞便潜血検査スクリーニングに付されるべきであるということを見いだした。これらの知見は、５０歳未満の対象は本願の方法を使用して評価されるべきであることを示唆する。したがって、一例において、本願の方法を使用してスクリーニングされる対象は、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４、少なくとも４５、少なくとも４６、少なくとも４７、少なくとも４８、少なくとも４９歳である。一例において、対象は、少なくとも４０歳である。
【０１１２】
結腸直腸癌の家族歴を有する対象は、より早くスクリーニングされることができる。例えば、これらの対象は、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７歳またはそれより高い年齢からスクリーニングされることができる。
【０１１３】
別の例において、本願の方法を使用して評価される対象は、陽性の糞便潜血検査を有した。他の例において、対象は、腺腫性ポリープの個人歴または炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎またはクローン病）の個人歴を有する。
【０１１４】
別の例において、本願の方法は、結腸直腸癌を示し得る症状を有する結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを評価するために使用することができる。結腸直腸癌の文脈において、本願は、陽性の糞便スクリーニング試験を有する対象、または下痢または便秘、便の硬さの変化、経直腸出血、さしこみ、不完全な排便、ガスまたは痛みのような持続性の腹部不快症状を含む用便習慣の変化のような症状を診療所へ提示している対象に適用できるだろう。
【０１１５】
本願の方法は、男性および女性の対象におけるリスクを評価するために使用することができる。しかしながら、一例において、対象は男性である。
【０１１６】
本願の方法は、種々の民族的背景からのヒト対象における結腸直腸癌を発症することに対するリスクを評価するために使用することができる。時間とともに異なった民族の起源の混合があることは周知である。実際、これは、本願明細書に記載されている方法を実施する当業者の能力に影響しないが、対象の民族的背景を同定することは望ましい場合がある。この場合、ヒト対象の民族性は、対象により自己報告されることができる。一例として、対象は、この質問：「あなたは何の民族群に属しているか？」に応答して彼らの民族を同定するように求められることができる。別の例において、対象の民族性は、対象から適当な同意を得た後の診療記録から、または臨床医の意見または観察から得られることができる。
【０１１７】
一例において、対象は、自然人類学に基づいてコーカソイド、アウストラロイド、モンゴロイドおよびネグロイドに分類されることができる。一態様において、対象は、コーカサス人、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック系、アジア人、インド人、またはラテン系であることができる。一例において、対象はコーカサス人である。例えば、対象はヨーロッパ人であることができる。
【０１１８】
祖先より直接または間接的な、白色の皮膚を有する主にヨーロッパ起源である対象は、本願の文脈においてコーカサス人であると見なされる。コーカサス人は、例えば、少なくとも７５％コーカサス人の祖先を有し得る（例えば、限定はしないが、少なくとも３人のコーカサス人の祖父母を有する対象）。
【０１１９】
祖先より直接または間接的な、主に中央または南部アフリカ起源である対象は、本願の文脈においてネグロイドであると見なされる。ネグロイドは、例えば、少なくとも７５％ネグロイドの祖先を有し得る。主にネグロイドを祖先とし、黒色の皮膚を有するアメリカ人の対象は、本願の文脈においてアフリカ系アメリカ人であると見なされる。アフリカ系アメリカ人は、例えば、少なくとも７５％ネグロイドの祖先を有し得る。類似の原理は、例えば、他の国（例えばグレート・ブリテン、カナダまたはオランダ）に住んでいるネグロイドを祖先とする対象に適用する。
【０１２０】
祖先より直接または間接的に、スペイン、または中央または南アメリカの国のようなスペイン語を話す国を主に起源とする対象は、本願の文脈においてヒスパニック系であると見なされる。ヒスパニック系の対象は、例えば、少なくとも７５％ヒスパニック系の祖先を有し得る。
【０１２１】
日常的なスクリーニング
糞便潜血検査および結腸内視鏡検査／Ｓ状結腸鏡検査は、結腸直腸癌からの死亡率を減少させるが、多数の対象に日常的に提供するには高価である。したがって、スクリーニングするべき正しい集団を同定することが望ましい。一例において、本願の方法は、結腸直腸癌のためのヒト対象の日常的な診断試験の必要性を決定するために使用することができる。かかる日常的なスクリーニングは、上記で議論されたもののような所定の時間間隔での糞便潜血検査または結腸内視鏡検査／Ｓ状結腸鏡検査のいずれかを含むことができる。
【０１２２】
一例において、結腸直腸癌に対するヒト対象の日常的な診断試験の必要性は、検出されるリスク対立遺伝子数に基づいて決定される。当業者は、一塩基多型の各々が、対象の体細胞二倍体ゲノムにおいて最大２倍存在し得ることを認識するだろう。故に、例えば、２８個の一塩基多型の評価は、５６個の対立遺伝子の検出をもたらし得る。別の例において、４５個の一塩基多型の評価は、９０個の対立遺伝子の検出をもたらし得る。検出される対立遺伝子の割合は、リスク対立遺伝子であり得る。検出されるリスク対立遺伝子数は、大腸癌を発症する対象のリスクに関連する。
【０１２３】
一例において、一塩基多型の各々が、対象の体細胞二倍体ゲノムにおいて最大２倍存在し得ることを考慮するとき、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４、少なくとも４５、少なくとも４６、少なくとも４７、少なくとも４８、少なくとも４９、少なくとも５０、少なくとも５１、少なくとも５２、少なくとも５３、少なくとも５４、少なくとも５５、少なくとも５６、少なくとも５７、少なくとも５８、少なくとも５９、少なくとも６０個またはそれより多い、一塩基多型のリスク対立遺伝子を有する対象は糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録されるべきである。例えば、少なくとも４４個の一塩基多型のリスク対立遺伝子を有する対象は糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録されるべきである。一例において、少なくとも４４個の一塩基多型のリスク対立遺伝子を有する少なくとも４９歳の対象は、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録されるべきである。
【０１２４】
別の例において、少なくとも４６個の一塩基多型のリスク対立遺伝子を有する対象は、糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録されるべきである。この例において、少なくとも４６個の一塩基多型のリスク対立遺伝子を有する少なくとも４７歳の対象は、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録されるべきである。
【０１２５】
別の例において、結腸直腸癌に対するヒト対象の日常的な診断試験の必要性は、対象の集団内の対象リスク序列に基づいて決定される。例えば、評価が対象を、結腸直腸癌を発症する危険性がある集団において対象の上位３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１％に置くとき、対象は、糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される。
【０１２６】
一例において、遺伝的リスクは、ＳＮＰ１ｘＳＮＰ２ｘＳＮＰ３ｘＳＮＰ４ｘＳＮＰ５ｘＳＮＰ６ｘＳＮＰ７，×ＳＮＰｘに基づいて算出され、約５．９％より高いリスクを有する対象は、糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される。別の例において、約６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７．０、７．１、７．２、７．３、７．４％またはそれより高いリスクを有する対象は、糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される。
【０１２７】
別の例において、組み合わされるリスク（すなわち臨床的ｘ遺伝的リスク）は、［結腸直腸癌を有する第一度近親者を有することと関連する臨床的リスク］ｘＳＮＰ１ｘＳＮＰ２ｘＳＮＰ３ｘＳＮＰ４ｘＳＮＰ５ｘＳＮＰ６ｘＳＮＰ７，×ＳＮＰｘに基づいて算出され、約１１．５％より高いリスクを有する対象は、糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される。別の例において、約１２、１２．５、１３、１３．１、１３．２、１３．３、１３．４、１３．５、１４％またはそれより高いリスクを有する対象は、糞便スクリーニング、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査スクリーニングプログラムに登録される。
【０１２８】
別の例において、本願の方法は、対象における結腸直腸癌に対するスクリーニングの方法中へ組み込まれる。この例において、結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクは、本願の方法を使用して評価され、該対象は、結腸直腸癌を発症することに対するリスクを有すると評価されるとき、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査を介して結腸直腸癌について日常的にスクリーニングされる。
【０１２９】
本願の方法は、結腸直腸癌を発症することのリスクの評価を提供することにおける他の方法または「追加の検査」と組み合わせて使用されることもできる。この例において、多重検査の結果は、結腸内視鏡検査またはＳ状結腸鏡検査のようなより確定的な検査が必要かどうかを決定することにおいて臨床医を助け得る。一例において、本願の方法は糞便潜血検査と組み合わせて実施される。
【０１３０】
方法の性能
種々の態様において、方法の性能は、少なくとも約０．６１、少なくとも約０．６２、少なくとも約０．６３の曲線下面積（ＡＵＣ）によって特徴付けられる。
【０１３１】
種々の態様において、本願の方法によりなし遂げられる感度は、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％である。
【０１３２】
種々の態様において、本願の方法によりなし遂げられる特異性は、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約７１％、少なくとも約７２％、少なくとも約７３％、少なくとも約７４％、少なくとも約７５％、少なくとも約７６％、少なくとも約７７％、少なくとも約７８％、少なくとも約７９％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％である。
【０１３３】
処置
結腸直腸癌についての高い遺伝的傾向は、予防または治療処置を開始するための警告として処理されることができる。故に、本願の方法の実施後、処置は、対象に処方されまたは施され得る。一態様において、本願の方法は、そのリスクのあるヒト対象における結腸直腸癌のリスクを予防することまたは減少させることにおける使用のための抗結腸直腸癌治療に関する。この態様において、対象は、治療または予防薬を処方されまたは投与され得る。例えば、対象は、化学予防薬を処方されまたは投与され得る。他の例において、対象は、アスピリン、イブプロフェン（ｂｕｐｒｏｆｅｎ）、アセトアミノフェン、およびナプロキセンのような非ステロイド性の抗炎症性薬物またはホルモン治療（エストロゲン＋プロゲスチン）を処方されまたは投与され得る。別の例において、処置は、対象の食事の操作のような行動上の介入を含み得る。典型的な食事の修飾は、上昇した食物繊維、モノ飽和脂肪酸および／または魚油を含む。
【０１３４】
サンプル製造および分析
本願の方法の実施において、対象からの生物学的サンプルが必要とされる。「サンプル」および「試料（ｓｐｅｃｉｍｅｎ）」のような語は、文脈において、本願において互換的に使用されることができる語であると見なされる。任意の生物学的材料は、それが対象から得られることができる限りは上記サンプルとして使用することができ、ＤＮＡは、本願の方法に従って単離および分析されることができる。サンプルは、一般的に、インフォームドコンセントの後に、標準医学研究方法により患者から採取される。サンプルは、患者から直接採取された形態であってもよく、または少なくともいくつかの非核酸物質を除去するために、少なくとも部分的に処理（精製）されていてもよい。
【０１３５】
典型的な「生物学的サンプル」は、患者からの体液（血液、唾液、尿など）、生検、組織、および／または排泄物を含む。故に、組織生検、糞便、痰、唾液、血液、リンパ液、涙、汗、尿、膣内分泌物など、本質的に適当な核酸を含むいずれの興味ある組織も、ＳＮＰｓについて容易にスクリーニングされることができる。１つの態様において、生物学的サンプルは頬細胞サンプルである。
【０１３６】
別の態様において、サンプルは血液サンプルである。血液サンプルは、必要に応じて、遠心分離、アフィニティークロマトグラフィー（例えば免疫吸着剤手法）、免疫選択および濾過のような種々の方法を使用して、特定の細胞を除去するために処理されることができる。故に、一例において、サンプルは、対象から直接単離された、または対象から得られたサンプルから精製された特異的細胞型または細胞型の混合物を含むことができる。一例において、生物学的サンプルは、末梢血単核細胞（ｐＢＭＣ）である。細胞のサブ集団を精製する種々の方法は、当分野で知られている。例えば、ｐＢＭＣは、種々の既知のＦｉｃｏｌｌベースの遠心分離方法（例えばＦｉｃｏｌｌ-Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配遠心分離）を使用して全血から精製されることができる。
【０１３７】
ＤＮＡは、ＳＮＰｓを検出するためのサンプルから抽出することができる。一例において、ＤＮＡはゲノムＤＮＡである。ＤＮＡ、特にゲノムＤＮＡを単離する種々の方法は、当業者に知られている。一般的に、既知の方法は、出発物質の破壊および溶解、その後のタンパク質および他の汚染物質の除去、および最後にＤＮＡの回収を含む。例えば、アルコール沈殿；有機フェノール／クロロホルム抽出および塩析を含む技術は、長年、ＤＮＡを抽出し、単離するために使用されている。種々の市販されているゲノムＤＮＡ抽出のためのキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｌｉｆｅ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；Ｓｉｇｍａ）がある。ＤＮＡの純度および濃度は、種々の方法、例えば、分光光度法により評価されることができる。
【０１３８】
マーカー検出戦略
マーカーを増幅するための増幅プライマー（例えば、マーカー遺伝子座）、およびこのようなマーカーを検出するための、または多重マーカー対立遺伝子に関してサンプルの遺伝子型を決定するための適当なプローブは、本願において使用することができる。例えば、長範囲ＰＣＲのためのプライマー選択は、ＵＳ１０／０４２，４０６およびＵＳ１０／２３６，４８０に記載されており；短範囲ＰＣＲのために、ＵＳ１０／３４１，８３２がプライマー選択に関して案内を提供する。また、プライマー設計のために利用できる「Ｏｌｉｇｏ」のような公的に利用できるプログラムがある。かかる利用できるプライマー選択および設計ソフトウェア、公的に利用できるヒトゲノム配列および多型位置を用いて、当業者は、本願を実施するために、プライマーを構築してＳＮＰｓを増幅することができる。さらに、ＳＮＰを含む核酸（例えば、ＳＮＰを含むアンプリコン）の検出のために使用されるべき正確なプローブは変化することができ、例えば、検出されるべきマーカーアンプリコンの領域を同定することができる任意のプローブを本願と共に使用することができるということが評価されるだろう。さらに、検出プローブの立体配置は、もちろん、変化することができる。
【０１３９】
結腸直腸癌と関連していることが知られるＳＮＰｓを含む核酸を増幅するために有用なオリゴヌクレオチドプライマーの例を表３に提供する。当業者が認識するであろうように、これらのオリゴヌクレオチドがハイブリダイズするゲノム領域の配列は、５’および／または３’末端でより長く、恐らく５’および／または３’でより短い（該切断型が、増幅のためにまだ使用されることができる限り）、１つのまたは少数のヌクレオチド差異を有する（しかし、それにもかかわらず増幅のためになお使用されることができる）、または提供されるものと配列類似性を共有しないが、具体的に提供されたオリゴヌクレオチドがハイブリダイズする位置に近いゲノム配列に基づいて設計され、増幅のためになお使用されることができる、プライマーを設計するために使用することができる。
【０１４０】
【表３】
2019510473.tif 000007
【０１４１】
いくつかの態様において、本願のプライマーは、いかなる追加の標識工程または視覚化工程を用いることなく、増幅反応の後の異なったサイズのアンプリコンの迅速な視覚化を可能にするため、放射性標識され、または任意の適当な手法により（例えば、非放射性蛍光タグを使用して）標識される。いくつかの態様において、プライマーは標識されず、アンプリコンは、それらのサイズ解析の後に、例えば、アガロースまたはアクリルアミドゲル電気泳動の後に視覚化される。いくつかの態様において、サイズ解析の後のＰＣＲアプリコンの臭化エチジウム染色は、異なったサイズアプリコンの視覚化を可能にする。
【０１４２】
本願のプライマーが、任意の特定のサイズのアンプリコンを生成することに限定されることは意図されていない。例えば、本明細書中で、マーカー遺伝子座および対立遺伝子を増幅するために使用されるプライマーは、関連する遺伝子座の全体の領域、または任意のそのサブ領域を増幅することに限定されない。該プライマーは、検出のための任意の適当な長さのアンプリコンを生成することができる。いくつかの態様において、マーカー増幅は、少なくとも２０ヌクレオチド長、あるいは、少なくとも５０ヌクレオチド長、あるいは、少なくとも１００ヌクレオチド長、あるいは、少なくとも２００ヌクレオチド長のアンプリコンを製造する。任意のサイズのアプリコンは、本願明細書に記載されている種々の科学技術を使用して検出することができる。塩基組成物またはサイズにおける差異は、電気泳動法のような慣用の方法により検出することができる。
【０１４３】
実際、増幅がマーカー検出にとって必須要件ではない、例えば単純にゲノムＤＮＡのサンプル上でサザンブロットを実施することにより、増幅されないゲノムＤＮＡを直接検出することができるということが認識されるだろう。
【０１４４】
一般的に、分子マーカーは、限定することなく、対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＡＳＨ）、一塩基伸長の検出、アレイハイブリダイゼーション（所望によりＡＳＨを含む）、または、一塩基多型を検出するための他の方法、増幅フラグメント長多型（ＡＦＬＰ）検出、増幅可変配列検出、無作為増幅多型ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）検出、制限フラグメント長多型（ＲＦＬＰ）検出、自律性配列複製検出、単純配列反復（ＳＳＲ）検出、および一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）検出を含む、当該分野において利用できる任意の確立された方法により検出される。
【０１４５】
遺伝子マーカーを検出するためのいくつかの技術は、遺伝子マーカーに対応する核酸（例えば、鋳型としてのゲノムＤＮＡを使用して製造された増幅核酸）へのプローブ核酸のハイブリダイゼーションを利用する。限定はしないが：液相、固相、混合相、またはｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイを含むハイブリダイゼーション様式は、対立遺伝子検出のために有用である。核酸のハイブリダイゼーションへの広範囲の案内は、Ｔｉｊｓｓｅｎ（１９９３）およびＳａｍｂｒｏｏｋら（上記）において見いだされる。
【０１４６】
通常「ＴａｑＭａｎＴＭ」プローブと呼ばれる二重標識蛍光性オリゴヌクレオチドプローブを使用したＰＣＲ検出は、本願に従って実施されることもできる。これらのプローブは、２つの異なる蛍光色素を用いて標識される短い（例えば、２０−２５塩基の）オリゴデオキシヌクレオチドで構成される。各プローブの５’末端上にレポーター色素があり、各プローブの３’末端上に消光性色素が見つけられる。該オリゴヌクレオチドプローブ配列は、ＰＣＲアンプリコン中に存在する内部標的配列に対して相補的である。該プローブが無傷である場合、エネルギー移動が２つのフルオロフォア間で起こり、該レポーターからの発光は、ＦＲＥＴによる消光剤により消光される。ＰＣＲの伸長フェーズの間、該プローブは、反応において使用されるポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性により開裂され、それにより該オリゴヌクレオチド−消光剤から該レポーターを放出させ、レポーター発光強度の上昇を引き起こす。したがって、ＴａｑＭａｎＴＭプローブは、標識および消光剤を有するオリゴヌクレオチドであり、ここで該標識は、増幅において使用されるポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ作用によって増幅の間に遊離される。これは、合成の間の増幅のリアルタイム測定を提供する。種々のＴａｑＭａｎＴＭ試薬は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ（本社カリフォルニア州、フォスターシティ）から、ならびに、Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（例えば、ブラックホール消光剤プローブ）のような種々の専門メーカーから市販されている。二重標識プローブ戦略に関するさらなる詳細は、例えば、ＷＯ９２／０２６３８において見いだされることができる。
【０１４７】
他の類似の方法は、例えば、ＵＳ６，１７４，６７０に記載されている「Ｌｉｇｈｔ  Ｃｙｃｌｅｒ（登録商標）」フォーマットを使用し、例えば、２つの隣接してハイブリダイズしたプローブ間の蛍光共鳴エネルギー移動を含む。
【０１４８】
アレイベースの検出は、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（カリフォルニア州、サンタクララ）または他の製造業者からの市販されているアレイを使用して実施されることができる。核酸アレイの操作に関するレビューは、Ｓａｐｏｌｓｋｙら（１９９９）；Ｌｏｃｋｈａｒｔ（１９９８）；Ｆｏｄｏｒ（１９９７ａ）；Ｆｏｄｏｒ（１９９７ｂ）およびＣｈｅｅら（１９９６）を含む。アレイベースの検出は、アレイベースの検出の本質的にハイスループットな特性のため、本願のマーカーをサンプル中で同定するための１つの好ましい方法である。
【０１４９】
分析されるべき核酸サンプルは、単離され、増幅されおよび、一般的に、ビオチンおよび／または蛍光レポーター基を用いて標識される。標識された核酸サンプルは、次いで、流体ステーション（ｆｌｕｉｄｉｃｓ  ｓｔａｔｉｏｎ）およびハイブリダイゼーションオーブンを使用して、アレイとともにインキュベートされる。該アレイは、検出方法に応じて適宜、洗浄され、およびまたは染色され、または対比染色されることができる。ハイブリダイゼーション、洗浄および染色後、該アレイは、スキャナー中へ挿入され、そこでハイブリダイゼーションのパターンが検出される。ハイブリダイゼーションデータは、該プローブアレイに今は結合している標識された核酸中へすでに組み込まれた蛍光レポーター基から放出される光として回収される。該標識された核酸に最もはっきりと適合するプローブは、不一致を有するものより強いシグナルを生ずる。該アレイ上の各プローブの配列および位置が既知であるため、相補性により、該プローブアレイに適用された核酸サンプルの同一性は、同定されることができる。
【０１５０】
癌リスクと相関するマーカー
ＳＮＰと結腸直腸癌のリスクとの間の相関関係は、対立遺伝子と癌リスクの上昇との間の関係、または対立遺伝子と癌リスクの上昇との組合せを同定することができるいずれかの方法により実施されることができる。例えば、本明細書中で定義される遺伝子または遺伝子座における対立遺伝子は、結腸直腸癌のリスクの上昇と相関していることができる。最も一般的に、これらの方法は、多型の対立遺伝子と癌リスクとの間の相関関係を含むルックアップテーブルを参照することを含む。該テーブルは、複対立遺伝子−リスク関係のためのデータを含むことができ、および、例えば、主成分分析（ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  ａｎａｌｙｓｉｓ）、発見的アルゴリズム、などのような統計的手法の使用により、複対立遺伝子−リスク関係の追加のまたは他のより高次の効果を考慮することができる。
【０１５１】
癌リスクに対するマーカーの相関関係は、所望により、相関関係のための１つ以上の統計的試験を実施することを含む。多くの統計的試験が既知であり、ほとんどは、分析しやすくするためにコンピューターにより実行される。表現型形質と生物学的マーカーとの間の関連／相関関係を決定する種々の統計的方法が、既知であり、本願に適用されることができる。Ｈａｒｔｌ（１９８１）。種々の適当な統計的モデルは、ＬｙｎｃｈおよびＷａｌｓｈ（１９９８）に記載されている。これらのモデルは、例えば、遺伝子型値と表現型値との間の相関関係を提供し、遺伝子座の癌リスクに対する影響を特徴付け、環境と遺伝子型との間の関係を明らかにし、遺伝子の優位性または浸透度を決定し、母方のおよび他のエピジェネティックな効果を決定し、分析において主成分を決定する（主成分分析、すなわち「ＰＣＡ」を介して）、などができる。これらの文献において引用される参考文献は、マーカーと癌リスクとを相関させるための統計的モデルについて、考慮すべきさらなる詳細を提供する。
【０１５２】
相関関係を決定するための標準統計的方法に加えて、遺伝的アルゴリズムの使用のような、パターン認識および訓練により相関関係を決定する他の方法は、マーカーと癌リスクとの間の相関関係を決定するために使用することができる。これは、複対立遺伝子と癌リスクとの間のより高次の相関関係を同定する際、特に有用である。説明するため、ニューラルネットワークアプローチは、遺伝情報と表現型結果との間の相関関係を決定する構造−機能データ空間モデルの発見的開発のための遺伝的アルゴリズム型プログラミングと連結されることができる。
【０１５３】
いずれの場合も、本質的にいずれかの統計的試験は、標準プログラミング方法により、または、例えば、パターン認識のためのソフトウェアを提供する（例えば、Ｐａｒｔｅｋ  Ｐｒｏ２０００パターン認識ソフトウェアを提供する）、上記で述べられたものおよび市販のもの、例えば、Ｐａｒｔｅｋ  Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ（Ｓｔ．Ｐｅｔｅｒｓ、Ｍｏ．；ｗｗｗ．ｐａｒｔｅｋ．ｃｏｍ）由来のものを含む、かかる統計分析を実施する種々の「既製の（ｏｆｆ  ｔｈｅ  ｓｈｅｌｆ）」ソフトウェアパッケージのいずれかを使用して、コンピューターにより実行されるモデルにおいて適用されることができる。
【０１５４】
関連研究に関する追加の詳細は、ＵＳ１０／１０６，０９７、ＵＳ１０／０４２，８１９、ＵＳ１０／２８６，４１７、ＵＳ１０／７６８，７８８、ＵＳ１０／４４７，６８５、ＵＳ１０／９７０，７６１、およびＵＳ７，１２７，３５５中に見いだされることができる。
【０１５５】
上記の相関関係を実施するためのシステムも本願の特性である。一般的に、該システムは、対立遺伝子の存在または不在（直接検出される、または、例えば、発現レベルによる）を予測される癌リスクと相関させるシステム指示を含むだろう。
【０１５６】
所望により、システム指示は、任意の検出される対立遺伝子情報と関連する診断情報、例えば、関連する対立遺伝子を有する対象が、特定の癌リスクを有するという診断を許容するソフトウェアも含むことができる。このソフトウェアは、ルックアップテーブルの精度および／または該システムによる該ルックアップテーブルの解釈を改善するためのかかる入力された関連を使用して、特性において発見的であることができる。ニューラルネットワーク、マルコフ（Ｍａｒｃｏｖ）モデリングおよび他の統計分析を含む種々のかかるアプローチが、上記される。
【０１５７】
多型プロファイリング
本願は、本願（表６）において概略が示されるＳＮＰｓまたはそれらの１つ以上との連鎖不均衡におけるＳＮＰｓで個人の多型プロフィールを決定する方法を提供する。
【０１５８】
多型プロフィールは、個人において種々の多型部位を占めている多型形態を構成する。二倍体ゲノムにおいて、同じかまたは互いに異なっている２つの多型形態は、通常各多型部位を占める。故に、部位ＸおよびＹでの多型プロフィールは、形態Ｘ（ｘ１，ｘ１）、およびＹ（ｙ１，ｙ２）において表されることができ、ここでｘ１，ｘ１は、部位Ｘを占めている対立遺伝子ｘ１の２コピーを表し、ｙ１，ｙ２は、部位Ｙを占めているヘテロ接合体対立遺伝子を表す。
【０１５９】
個人の多型プロフィールは、各部位で発生する結腸直腸癌に対する感受性と関連する多型形態との比較により得点を付けられることができる。該比較は、少なくとも、例えば、１、２、５、１０、２５、５０個の、または全ての多型部位、および所望により、それらと連鎖不均衡における他のものに対して実施されることができる。該多型部位は、他の多型部位と組み合わせて分析されることができる。
【０１６０】
多型プロファイリングは、例えば、所定の個人における結腸直腸癌の処置または予防に影響する薬剤を選択することにおいて、有用である。類似の多型プロフィールを有する個人は、同様に薬剤に反応する可能性がある。
【０１６１】
コンピューターにより実行される方法
本願の方法は、コンピューターにより実行される方法としてシステムにより実行され得る。例えば、該システムは、メモリーに接続され、共に作動し得る１つまたは複数のプロセッサー（便宜上「プロセッサー」と呼ばれる）を含むコンピューターシステムであり得る。該メモリーは、ハードドライブ、固体ディスクまたはＣＤ−ＲＯＭのような非一過性コンピューター可読媒体であり得る。コードモジュールにグループ分けされたプログラムコードのような、実行可能な指示またはプログラムコードであるソフトウェアは、メモリー上に蓄積されてもよく、プロセッサーにより実行される場合、遺伝的リスク、および所望により、結腸直腸癌を発症する対象の臨床的リスクを示すデータを受信して、ユーザーが結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを決定するのを助けるために、タスクが実施されるべきであるということを決定することなどの機能を該コンピューターシステムに実施させ得る。ここで、該遺伝的リスクは、対象から得られた生物学的サンプルにおいて、表１に示される少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型の存在を検出すること；結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを得るためにデータを処理すること；結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクの存在を出力することにより得られた。
【０１６２】
例えば、メモリーは、プロセッサーにより実行される場合、システムに、表１から選択される少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型の存在を決定させ、または、表１から選択される少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型の存在を示すデータを受信させ；該データを処理して結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを得させ；結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを報告させるプログラムコードを含み得る。故に、一態様において、該プログラムコードは、システムに「遺伝的リスク」を決定させる。
【０１６３】
別の例において、メモリーは、プロセッサーにより実行される場合、システムに、表１から選択される少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型の存在を決定させ、または表１から選択される少なくとも２８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型の存在を示しているデータを受信させ；および、対象のための臨床的リスクデータを受信させまたは決定させ；該データを処理して遺伝的リスクデータを臨床的リスクデータと組み合わせて、結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを得させ；結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを報告させるプログラムコードを含み得る。例えば、該プログラムコードは、システムに臨床的リスク評価データ×遺伝的リスクを組み合わせさせることができる。
【０１６４】
他の態様において、システムは、該システムにユーザーからの情報を受信させる、および／または情報を出力または表示させるために、ユーザーインターフェースと連結している場合がある。例えば、該ユーザーインターフェースは、グラフィカルユーザーインターフェース、ボイスユーザーインターフェースまたはタッチスクリーンを含み得る。一例において、ユーザーインターフェースは、ＳＮＰアレイプラットフォームである。
【０１６５】
一態様において、システムは、少なくとも１つの遠隔デバイスまたは無線通信ネットワークのような通信ネットワークを介するサーバーを用いて通信するように構成され得る。例えば、該システムは、デバイスまたは通信ネットワークを介するサーバーから情報を受信するために、および、情報を同じまたは異なったデバイスまたは通信ネットワークを介するサーバーへ伝達するために構成され得る。他の態様において、システムは、直接的ユーザー相互作用から単離され得る。
【０１６６】
他の態様において、結腸直腸癌を発症することに対する対象のリスクを評価するために本願の方法を実施することは、結腸直腸癌を発症する対象の遺伝的リスクに基づいた診断または予後規則の確立を可能にする。例えば、診断または予後規則は、リスクの対照、標準または閾値レベルに相対的な遺伝的リスクに基づくことができる。別の例において、診断または予後規則は、リスクの対照、標準または閾値レベルに相対的な組み合わされた遺伝的および臨床的リスクに基づくことができる。
【０１６７】
他の態様において、診断または予後規則は、統計的および機械学習アルゴリズムの適用に基づいている。かかるアルゴリズムは、ＳＮＰｓの集団と訓練データにおいて観察される疾患状態（既知の疾患状態を伴う）との間の関係を使用して、未知のリスクを有する対象における結腸直腸癌を発症することに対するヒト対象のリスクを決定するために使用される関係を推論する。結腸直腸癌を発症するヒト対象のリスクを提供するアルゴリズムが、採用される。該アルゴリズムは、多変量または単変量分析機能を実施する。
【０１６８】
キットおよび製品
一態様において、本願は、２８個以上の核酸を増幅するための少なくとも２８個のプライマーセットを含むキットを提供し、ここで２８個以上の核酸は、表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型を含む。
【０１６９】
一態様において、キットは、表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型を含む核酸を増幅するための、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４、少なくとも４５個のプライマーセットを含む。
【０１７０】
当業者により認識されるであろうように、一旦ＳＮＰが同定されると、ルーチンなこととして、該ＳＮＰを増幅するようにプライマーを設計することができる。興味あるＳＮＰｓを増幅するための適当なプライマーを提案することができる種々のソフトウェアプログラムは、自由に利用できる。
【０１７１】
また、ＰＣＲプライマー対のＰＣＲプライマーが、ヒトＤＮＡからの興味ある領域を特異的に増幅するように設計されることができるということは、当業者に知られているだろう。本願の文脈において、興味ある領域は、遺伝子型を決定されるべき一塩基変異（例えば、一塩基多型、ＳＮＰ）を含む。ＰＣＲプライマー対の各ＰＣＲプライマーは、ＤＮＡ配列変異の反対の部位上の特定の一塩基変異に隣接して置かれることができる。さらに、ＰＣＲプライマーは、それらのＰＣＲプライマー結合部位における任意の既知のＤＮＡ配列変異および反復ＤＮＡ配列を回避するように設計されることができる。
【０１７２】
キットは、バッファー、ヌクレオチドおよび／またはポリメラーゼ、ならびにサンプルから核酸を抽出するための試薬のような増幅反応を実施するのに必要とされる他の試薬をさらに含み得る。
【０１７３】
アレイベースの検出は、アレイベースの検出の本質的にハイスループットな特性のため、サンプルにおいて本願のＳＮＰｓを評価するための１つの好ましい方法である。種々のプローブアレイは、文献に記載されており、結腸直腸癌と相関されることができるＳＮＰｓの検出のために、本願の文脈において使用することができる。例えば、ＤＮＡプローブアレイチップは、本願の一態様において使用される。ＤＮＡプローブセットによるサンプルＤＮＡの認識は、ＤＮＡハイブリダイゼーションにより行われる。ＤＮＡサンプルが、ＤＮＡプローブのアレイとハイブリダイズする場合、該サンプルは、該サンプルＤＮＡ配列に対して相補的であるプローブに結合する。個人のためのサンプルＤＮＡが、どのプローブにより強くハイブリダイズするかを評価することにより、該サンプル中に核酸の既知の配列が存在するかしないかを決定し、それにより核酸中に見つけられるマーカーが存在するかどうかを決定することが可能である。
【０１７４】
故に、他の態様において、本願は、２８個以上の核酸にハイブリダイズするための少なくとも２８個のプローブセットを含む遺伝子アレイを提供し、ここで２８個以上の核酸は、表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型を含む。一態様において、該アレイは、表１から選択される一塩基多型、またはそれらの１つ以上との連鎖不均衡における一塩基多型を含む核酸にハイブリダイズするための、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、少なくとも３７、少なくとも３８、少なくとも３９、少なくとも４０、少なくとも４１、少なくとも４２、少なくとも４３、少なくとも４４、少なくとも４５個のプローブを含む。
【０１７５】
他のＳＮＰｓのためのプライマーおよびプローブは、上記で例示されたキットに含まれることができる。例えば、Ｘ染色体ＳＮＰ（ｒｓ５９３４６８３）または種々の他のＳＮＰｓのためのプライマーおよび／またはプローブが含まれ得る。
【実施例】
【０１７６】
実施例
実施例１−結腸直腸癌リスクを示すＳＮＰｓ
ヨーロッパ人集団において結腸直腸癌と関連する５４個のＳＮＰｓを同定した。これらのうち、１１ｑ１２．２内の４個のＳＮＰｓ（ｒｓ１７４５３７、ｒｓ４２４６２１５、ｒｓ１７４５５０およびｒｓ１５３５）が、完全に相関しており、共通のハプロタイプ（１１ｑ１２．２ハプロタイプとしてここで命名）によって表すことができる。１９ｑ１３．２内の２個のＳＮＰｓ（ｒｓ１８００４６９およびｒｓ２２４１７１４）が、完全に相関しており、共通のハプロタイプ（１９ｑ１３．２ハプロタイプとしてここで命名）によって表すことができる。１個のＳＮＰは、Ｘ染色体（ｒｓ５９３４６８３）上にあり、組み合わせられる男性および女性に対する結腸直腸癌リスクのシミュレーションにおいて含まれなかった。１ｑ４１内の２個のＳＮＰｓ（ｒｓ６６８７７５８およびｒｓ６６９１１７０）は連鎖不均衡にある。したがって、ｒｓ６６９１１７０を除外した。８ｑ２４．２１内の３個のＳＮＰｓ（ｒｓ１０５０５４７７、ｒｓ６９８３２６７およびｒｓ７０１４３４６）は、１．０のＤ  ｐｒｉｍｅを有する。したがって、ｒｓ１０５０５４７７およびｒｓ７０１４３４６を除外した。１０ｑ２４．２内の２個のＳＮＰｓ（ｒｓ１０３５２０９およびｒｓ１１１９０１６４）は０．９のＤ  ｐｒｉｍｅを有する。したがって、ｒｓ１０３５２０９を除外した。
【０１７７】
したがって、連鎖不均衡にある、またはＸ染色体上にある残りのＳＮＰｓで合計で、４５個のＳＮＰｓを同定されている。結腸直腸癌リスクを示すＳＮＰｓを表４に示す。各リスク対立遺伝子の対立遺伝子頻度およびリスク対立遺伝子あたりのオッズ比も表４に示す。
【０１７８】
平均リスク対立遺伝子頻度は０．４３（０．０７から０．９１の範囲）であった。リスク対立遺伝子あたりの平均オッズ比は１．１４（１．０５から１．５３の範囲）であった。各ＳＮＰに起因することができる平均家族性相対リスク（ＦＲＲ；結腸直腸癌を有する第一度近親者を有することと関連する結腸直腸癌に対するオッズ比）は、総ｌｏｇ  ＦＲＲの０．５０％（０．０７％から３．４１％の範囲）である１．００４０（１．０００６から１．０２８１の範囲）であった。全４５個のＳＮＰｓに起因する可能性のある組み合わされるＦＲＲは、総ｌｏｇ  ＦＲＲの２２．３％である１．１９８０であった。ＳＮＰｓによらない推定されるＦＲＲは１．８８であった。
【０１７９】
表４．    結腸直腸癌と関連するＳＮＰｓ。表は、ＳＮＰ名、可能性のあるＳＮＰの調節標的に最も近いまたは内部の遺伝子、報告されたリスク対立遺伝子遺伝子型、コントロールにおける報告されたリスク対立遺伝子頻度、リスク対立遺伝子あたりの結腸直腸癌との報告された関連性（オッズ比）、ＳＮＰに起因する家族性相対リスク（ＦＲＲ）、およびＳＮＰによるｌｏｇ  ＦＲＲの割合を示す。＊ＳＮＰの調節標的に最も近いまたは可能性のある遺伝子／ｓ。連鎖不均衡におけるＳＮＰｓは、角括弧［］で示される。
【表４−１】
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【表４−２】
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【表４−３】
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【０１８０】
実施例２−リスク対立遺伝子シミュレーション
ＳＮＰｓのリスク対立遺伝子の累積数がコントロールから結腸直腸癌の症例を区別し、リスク対立遺伝子の数の関数として結腸直腸癌のリスクを推定する能力を決定するシミュレーションを、ソフトウェア  ＰＬＩＮＫ(Purcell et al.、2007)(http://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink/)を使用して行った。
【０１８１】
結腸直腸癌を有する１，０００，０００人（症例）および結腸直腸癌を有さない１，０００，０００人（コントロール）の集団をシミュレートした。シミュレートされた集団に対するＳＮＰリスク対立遺伝子の分布は、報告されたリスク対立遺伝子頻度に、および結腸直腸癌関連のｐｅｒ対立遺伝子オッズ比に一致した。各ＳＮＰについて結腸直腸癌との関連が独立しているリスクの単純なモデルが、この評価において仮定された。この分析において、また、各ＳＮＰについて結腸直腸癌に対する報告されたオッズ比が、男性および女性の両方に適用可能であり、年齢によらず一定であったと仮定した。
【０１８２】
ＳＮＰｓの区別能力を、受信者操作曲線を使用して、曲線下面積を評価して（無作為に選択された結腸直腸癌症例が無作為に選択されたコントロールよりもよりリスク対立遺伝子を有する確率）、コントロールから症例を区別するために評価した。オッズ比を、（ｉ）中央五分位値にあるリスク対立遺伝子の数の最高および最低の五分位値にある；（ｉｉ）リスク対立遺伝子の数の最高および最低の十分位値にある  対  リスク対立遺伝子の中央値にある；および（ｉｉｉ）リスク対立遺伝子の標準偏差あたり、に関して結腸直腸癌リスクについて推定した。五分位値および十分位値のリスク対立遺伝子の数のカットオフ、および標準偏差は、コントロールについてのリスク対立遺伝子の分布に基づいていた。
【０１８３】
これらのオッズ比は年齢によらず一定であり、男性と女性で同等であるとの仮定の下で、結腸直腸癌の累積寿命リスク（誕生から７０歳）および各年齢カテゴリーの５年リスクを、ＳＮＰリスク対立遺伝子の数によってオーストラリア人およびアメリカ人について推定した。年齢別のオーストラリア人およびアメリカ人集団発生率は、リスク対立遺伝子の中央値を有するものの発生率であると評価された。結腸直腸癌集団発生率を、オーストラリア保健福祉研究所、２０１５（Australian Institute of Health and Welfare, 2015）および監視疫学遠隔成績（Surveillance, Epidemiology, and End Results）（ＳＥＥＲ）プログラム癌統計値から得た（Howlander et al., 1975-2011）。
【０１８４】
ＳＮＰｓのリスク対立遺伝子に起因し得るｌｏｇ家族性相対リスク（ＦＲＲ；結腸直腸癌を伴う第一度近親者を有することと関連する結腸直腸癌についてのオッズ比）の割合は、推定された。各ＳＮＰについてのハーディー・ワインベルグ平衡、ＳＮＰｓ間の連鎖平衡、および結腸直腸癌リスクを伴うＳＮＰｓとの関連性についての乗法モデルを評価した。より正確には、ＳＮＰ１、…、ＳＮＰ４５を既知の結腸直腸癌関連ＳＮＰｓとし、臨床的因子１、…、臨床的因子ｍを未知のものとする（注：これらはＦＲＲに寄与する任意の遺伝因子であり得るが、単純化のためにそれらをＳＮＰｓと考える）。次に、Ｇｉは、集団からのランダムな人物についてのＳＮＰｉでのリスク対立遺伝子の数を与える確率変数であり、Ｇ１、…、Ｇｍは全て独立した確率変数（連鎖平衡による）であり、かつランダムな人物のｌｏｇ−オッズ比はＸ１＋…＋Ｘｍ（仮定された乗法モデルによる）であり、ここで、Ｘｉ＝ＧｉｌｏｇＯＲｉおよびＯＲｉは、ＳＮＰｉについてのｐｅｒ−対立遺伝子オッズ比である。Ａｎｔｏｎｉｏｕら、２００３の式は、Ｗｉｎら、２０１４に厳密に由来し、そしてｌｏｇＦＲＲ＝１／２［Ｖａｒ（Ｘｉ）＋…＋Ｖａｒ（Ｘｍ）］となる。
【０１８５】
これは、ｌｏｇ  ＦＲＲが既知および未知の結腸直腸癌関連ＳＮＰｓからの独立成分の合計であることを示す。既知のＳＮＰｓによるｌｏｇ  ＦＲＲの割合は、１／２（Ｖａｒ（Ｘ１）＋…＋Ｖａｒ（Ｘ４５））／ｌｏｇＦＲＲであるが、未知のＳＮＰｓによる割合は、１からこの値を差し引かれる。結腸直腸癌を有する少なくとも１つの第一度近親者を有するＦＲＲが、結腸直腸癌の家族歴の以前のメタ分析（Johns et al., 2001）および初等的計算（ハーディー・ワインベルグ平衡を仮定）に基づいて２．２５であり、Ｖａｒ（Ｘｉ）＝２ｐｉ（１−ｐｉ）（ｌｏｇＯＲｉ）２ことを示し、ここでｐｉはＳＮＰｉの小さい対立遺伝子頻度であると仮定した。この統計値を使用して、結腸直腸癌の家族歴の有および無で、リスク対立遺伝子の数による結腸直腸癌の５年リスクを推定した。
【０１８６】
結腸直腸癌の家族歴の有および無で、シミュレートされた人々に対するリスク対立遺伝子の数を図１に示し、以下のように要約することができる：
【０１８７】
−結腸直腸癌を有するもの：中央４２リスク対立遺伝子、２１から６１の範囲のリスク対立遺伝子、平均４１．６リスク対立遺伝子、標準偏差４．２リスク対立遺伝子；
【０１８８】
−結腸直腸癌を有さないもの：中央４０リスク対立遺伝子、２０から５９の範囲、平均３９．７リスク対立遺伝子、標準偏差４．２リスク対立遺伝子；上位四分位値４４以上のリスク対立遺伝子；下位四分位値３６以下のリスク対立遺伝子；上位十分位値４６以上のリスク対立遺伝子；下位十分位値３４以下のリスク対立遺伝子）（図１）。
【０１８９】
２９個のリスク対立遺伝子を有することが、オーストラリア人の１．４％およびアメリカ人の１．０％の結腸直腸癌の寿命リスクに相当した。それぞれのリスクは、３６個のリスク対立遺伝子に対して２．９％および２．０％であり；４３個のリスク対立遺伝子に対して６．１％および４．３％であり；および５０個のリスク対立遺伝子に対して１２．５％および８．８％であった（図１）。リスク対立遺伝子の数に関する中間五分位値の人々と比較して、結腸直腸癌のオッズ比は、リスク対立遺伝子の数の最高五分位値の人々に関して１．８１、および最低五分位値の人々に関して０．５１であった；これは、３．５５倍の五分位値間リスク（最高  対  最低五分位値）と同等である。４０個のリスク対立遺伝子の中央を有する人々と比較して、結腸直腸癌に関するオッズ比は、リスク対立遺伝子の数の最高十分位値の人々に関して２．２７、および最低十分位値の人々に関して０．４５であった；これは、５．０４倍の十分位値間リスク（最高  対  最低十分位値）と同等である。リスク対立遺伝子の標準偏差あたりのオッズ比は１．５７であった。受信者操作特性曲線は、０．６３の曲線下面積を有した。
【０１９０】
オーストラリア人における結腸直腸癌についての２０１１年集団発生率に基づいて、７０歳までの結腸直腸癌の平均累積リスクは３．３％であった。リスク対立遺伝子の数の最高五分位値の人々に関して、累積リスクは、リスク対立遺伝子の数の最低五分位値の人々に関して１．７％（結腸直腸癌を有する第一度近親者を有しもするとき３．２％、および有さなかったとき１．６％）と比較して、５．９％（結腸直腸癌を有する第一度近親者を有しもするとき１１．５％、および有さなかったとき５．５％）であった。
【０１９１】
リスク対立遺伝子の数の最高十分位値の人々に関して、累積リスクは、リスク対立遺伝子の数の最低十分位値の人々に関して１．５％（結腸直腸癌を有する第一度近親者を有しもするとき２．８％、および有さなかったとき１．４％；図２Ａ、Ｂ）と比較して、７．４％（結腸直腸癌を有する第一度近親者を有しもするとき１３．４％、および有さなかったとき６．９％）であった。組み合わせられる男性および女性よりも、男性に対する概算は、平均約１３％高く、女性に対する概算は、平均１６％低かった（図４および５）。
【０１９２】
オーストラリア人の平均（以前に罹患していない）人の結腸直腸癌の５年リスクは、６３歳で１％に達する。同じ１％  ５年リスクは、リスク対立遺伝子の数の最高五分位値の人々に関して約７歳早い（および結腸直腸癌の家族歴を有しもするとき、約１４歳早い）、およびリスク対立遺伝子の数の最高十分位値の人々に関して約１０歳早い（家族歴を有しもするとき１６歳早い；図２のパネルＣ、Ｄおよび表５）で達成される。組み合わせられる男性および女性よりも、平均して、男性は１−２年早い１％リスク  閾値に達し、女性は平均３−４歳遅い閾値に達した（表５）。
表５．結腸直腸癌の５年リスクが、結腸直腸癌の家族歴（少なくとも１の第一度近親者）および４５ＳＮＰｓのリスク対立遺伝子の種々のカテゴリーに関して、１％の閾値に達するか、または超える年齢（歳）。
【表５】
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【０１９３】
アメリカ人における結腸直腸癌の集団発生率がより低い（特にオーストラリア人と比較して５０歳後）ことを考慮すると、リスク対立遺伝子の数および家族歴に基づく関連リスクもまた、オーストラリア人よりもより低い（図３パネルＡ、Ｂ、図６および７）。比較において、同じ１％  リスクは、リスク対立遺伝子の数の最高五分位値の人々に関して約９歳早い（結腸直腸癌の家族歴を有しもするとき、２０歳早い）、およびリスク対立遺伝子の数の最高十分位値の人々に関して約１２歳早い（家族歴を有しもするとき２２歳早い；図３のパネルＣ、Ｄおよび表５）で達成される。組み合わせられる男性および女性よりも、平均して、男性は３−５年早い１％リスク  閾値に達し、女性は平均１−３歳遅い閾値に達した（表５）。
【０１９４】
実施例３−結腸直腸癌のリスクによる対象のカテゴリー化
シミュレーションを使用して、４５個のリスク関連ＳＮＰｓのパネルの有用性を定量化し、結腸直腸癌のリスクに基づいて人々を分類した。リスク対立遺伝子のスペクトルの末端の人々は、結腸直腸癌を発症するかなり高い可能性（上限）または結腸直腸癌を発症する低い可能性（下限）があった。集団にわたるこれらのＳＮＰｓと関連するリスクの全変動は総ＦＲＲの約４分の１を説明することができるため、結腸直腸癌の家族歴も考慮すると、ＳＮＰプロフィールの予測強度が増加する。（これらのＳＮＰｓのリスク対立遺伝子数に関する）集団の最低２０％の結腸直腸癌との関連性の強度は、残りのＦＲＲと関連する増加したリスクのほぼ逆であることを考慮すると、結腸直腸癌の家族歴を有するが、これらのＳＮＰｓのリスク対立遺伝子の数の集団の最低五分位値にもある人々は、集団リスクにある。
【０１９５】
したがって、これらのＳＮＰｓの測定は、結腸直腸癌リスクの評価のための有用な方法であり、誰が結腸直腸癌スクリーニングについて推奨されるべきか、およびどの強度でを決定するためのツールとして使用することができる。例えば、リスク対立遺伝子（少なくとも４４個の対立遺伝子）の集団の上位２０％の人々は、平均的な人よりも平均集団５年リスク  ９歳早いに達する。したがって、平均的な人が５０歳で糞便潜血検査スクリーニング（ほとんどの国民のスクリーニングプログラムが推奨する）のリスク閾値を満たすとき、少なくとも４４個のリスク対立遺伝子を有する人が４１歳で同じリスク閾値に達する。結腸直腸癌を有する第一度近親者を有する人々について結腸内視鏡検査スクリーニングを始める年齢は、リスク対立遺伝子の最高五分位値および最高十分位値についてそれぞれ４９および４７歳であろう。アメリカ人において、結腸直腸癌の集団リスクがオーストラリア人よりも低い場合、上位五分位値または十分位値であり、結腸直腸癌の家族歴を有する２％閾値は、それぞれ６２および５９歳で達成される。
【０１９６】
実施例４−４５個の独立したリスク関連ＳＮＰｓおよび多世代家族歴に基づく非リンチ症候群結腸直腸癌に対するリスク予測
混合主要遺伝子−多遺伝子モデル（ＣＲｉＰＴ）を使用する多世代結腸直腸癌データに基づくｌｏｇ変換年齢調整した５年結腸直腸癌リスクを与える家族歴ベースのリスクスコアを決定した。この臨床的リスク評価を、表４に列挙される４５個のＳＮＰｓに基づくリスクスコアと組み合わせた。本願発明者らは、ロジスティック回帰を使用して、結腸直腸癌を有するリスクでの各スコアに関する調整された標準偏差あたりのオッズ比（ＯＰＥＲＡ）（Dite et al., 2016）を概算した。
【０１９７】
ＳＮＰベースのスコア、家族歴ベースのスコア、および組み合わせられたＳＮＰおよび家族歴ベースのスコアは、全て、それぞれ１．４０（９５％信頼区間［ＣＩ］、１．２４−１．５８）、１．３９（１．２６−１．５３）、および１．５９（１．４２−１．７９）のＯＰＥＲＡを有する結腸直腸癌リスクと関連する。これらは、２．４、２．３および３．２の四分位値間リスク比（リスクスコアに関して、集団の最低２５％のリスクによって割られた集団の最高２５％のリスク）に相当する。組み合わせられたリスクスコアは、ＳＮＰおよび家族歴ベースのスコアよりもより良い適合を与えた（両方Ｐ＜０．００１）。（５０歳を超えて結腸直腸癌と診断された２つの第一度近親者と同様に）約４倍増加したリスクにある適度に強い家族歴を有する人々に関して、これらの概算は、ＳＮＰスコアの上位四分位値（２５％）は６倍以上の集団リスク、下位四分位値は２．５倍未満の集団リスクであると予測する。
【０１９８】
したがって、ＳＮＰｓの情報と多世代家族歴とを組み合わせることは、結腸直腸癌を予測する能力を約４０％改善した。したがって、これらの人々の約半分について臨床管理を再分類され得ることを考慮すると、この新たな組み合わせられたリスク尺度は、リスクに基づくより良い標的化された結腸直腸癌スクリーニングを知らせるために使用することができる。
【０１９９】
広範に記載された本開示の精神または範囲から逸脱することなく、特定の態様に示されるように、本開示に多くの変形および/または修飾がなされ得ることは、当業者には理解される。したがって、本態様は、すべての点で例示的であり、限定的ではないとみなされるべきである。
【０２００】
本出願は、２０１６年１月２８日に出願されたＡＵ２０１６９００２５４および２０１６年８月１６日に出願された２０１６９０３２４６の優先権を主張し、これらの記載は出典明示により本願明細書に包含させる。
【０２０１】
上記のすべての文献が、それら全体において本明細書に本願される。
【０２０２】
本願明細書に含まれている文書、行為、材料、デバイス、物品などの議論は、単に本開示の文脈を提供する目的のためである。これらの事項の一部または全部が、先行技術ベースの一部を構成するか、または本願の各請求の優先日以前に存在していたとき本開示に関連する分野における共通の一般知識であったと認めるとみなすべきでない。
【０２０３】
文献
【表６】
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【図１】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図７−１】
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【図７−２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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