(57)【要約】本開示は、ヒトＧタンパク質共役受容体１５６タンパク質（ＧＰＲ１５６）の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする変化を含む、ｃＤＮＡを含む核酸を提供する。本開示はまた、５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む単離及び組換えヒトＧＰＲ１５６タンパク質変異体を提供する。アスパラギン酸への変化、及びこの変化をコードする遺伝子は、単極性うつ病と関連している。本開示はまた、ＧＰＲ１５６をコードする遺伝子（ＤＮＡまたはＲＮＡ）におけるかかる変化の同定に基づいて、対象が単極性うつ病を患うか、または発症するリスクを有するかどうかを測定するための方法を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むヒトＧタンパク質共役受容体１５６（ＧＰＲ１５６）タンパク質をコードする核酸配列、または前記核酸配列の相補体を含む、単離された核酸分子。
【請求項２】
前記核酸分子がＤＮＡを含む、請求項１に記載の単離された核酸分子。
【請求項３】
前記核酸分子がｃＤＮＡである、請求項２に記載の単離された核酸分子。
【請求項４】
前記核酸分子がＲＮＡを含む、請求項１に記載の単離された核酸分子。
【請求項５】
前記核酸配列がＤＮＡを含み、且つ前記アスパラギン酸がコドンＧＡＴもしくはＧＡＣによってコードされるか、または前記核酸配列がＲＮＡを含み、且つ前記アスパラギン酸がコドンＧＡＵもしくはＧＡＣによってコードされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の単離された核酸分子。
【請求項６】
前記アスパラギン酸がコドンＧＡＴによってコードされる、請求項１〜５のいずれか１項に記載の単離された核酸分子。
【請求項７】
前記ＧＰＲ１５６タンパク質が、配列番号４のアミノ酸配列、または配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、且つ配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単離された核酸分子。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
【請求項９】
前記ベクターがプラスミドである、請求項８に記載のベクター。
【請求項１０】
前記ベクターがウイルスである、請求項８に記載のベクター。
【請求項１１】
請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項１２】
請求項８〜１０のいずれか１項に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１３】
前記核酸配列が、前記宿主細胞のプロモーター活性物質に作動可能に連結する、請求項１１または請求項１２に記載の宿主細胞。
【請求項１４】
前記プロモーターが外因性プロモーターである、請求項１３に記載の宿主細胞。
【請求項１５】
前記プロモーターが誘導性プロモーターである、請求項１３または請求項１４に記載の宿主細胞。
【請求項１６】
前記宿主細胞が哺乳動物細胞である、請求項１２〜１５のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項１７】
前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含むｃＤＮＡであって、前記一部分が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、前記ｃＤＮＡ。
【請求項１８】
前記ｃＤＮＡが、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む完全長ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする、請求項１７に記載のｃＤＮＡ。
【請求項１９】
前記アスパラギン酸がコドンＧＡＴによってコードされる、請求項１７または請求項１８に記載のｃＤＮＡ。
【請求項２０】
前記ｃＤＮＡが、配列番号１６の核酸配列、または配列番号１６に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、前記ｃＤＮＡが、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載のｃＤＮＡ。
【請求項２１】
前記アスパラギン酸がコドンＧＡＣによってコードされる、請求項１７または請求項１８に記載のｃＤＮＡ。
【請求項２２】
前記ｃＤＮＡが、配列番号１７の核酸配列、または配列番号１７に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する核酸配列を含み、前記ｃＤＮＡが、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする、請求項１７、１８または２１に記載のｃＤＮＡ。
【請求項２３】
請求項１７〜２２のいずれか１項に記載のｃＤＮＡを含むベクター。
【請求項２４】
前記ベクターがプラスミドである、請求項２３に記載のベクター。
【請求項２５】
前記ベクターがウイルスである、請求項２３に記載のベクター。
【請求項２６】
請求項１７〜２２のいずれか１項に記載のｃＤＮＡを含む宿主細胞。
【請求項２７】
請求項２３〜２５のいずれか１項に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２８】
前記ｃＤＮＡが、前記宿主細胞のプロモーター活性物質に作動可能に連結する、請求項２６または請求項２７に記載の宿主細胞。
【請求項２９】
前記プロモーターが外因性プロモーターである、請求項２８に記載の宿主細胞。
【請求項３０】
前記プロモーターが誘導性プロモーターである、請求項２８または請求項２９に記載の宿主細胞。
【請求項３１】
前記宿主細胞が哺乳動物細胞である、請求項２６〜３０のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項３２】
ヒトＧタンパク質共役受容体１５６（ＧＰＲ１５６）タンパク質の少なくとも一部分を含む単離または組換えポリペプチドであって、前記一部分が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、前記単離または組換えポリペプチド。
【請求項３３】
前記ポリペプチドが、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む完全長ＧＰＲ１５６タンパク質を含む、請求項３２に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３４】
前記ポリペプチドが、配列番号４のアミノ酸配列、または配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記ポリペプチドが、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、請求項３２または請求項３３に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３５】
前記ポリペプチドが、異種ポリペプチドに融合する、請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３６】
前記異種ポリペプチドが、ペプチド精製タグ、蛍光タンパク質、またはペプチド精製タグと蛍光タンパク質の両方、を含む、請求項３５に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３７】
前記ポリペプチドが、検出可能な標識に連結した、請求項３２〜３６のいずれか１項に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３８】
前記検出可能な標識が、蛍光標識または放射性標識である、請求項３７に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項３９】
請求項３３〜３８のいずれか１項に記載の単離または組換えポリペプチド及び担体を含む組成物。
【請求項４０】
少なくとも約１５ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプローブまたはプライマーであって、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むヒトＧタンパク質共役受容体１５６（ＧＰＲ１５６）タンパク質をコードする核酸配列に特異的にハイブリダイズするか、または前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列の相補体に特異的にハイブリダイズする、前記プローブまたはプライマー。
【請求項４１】
前記プローブまたはプライマーがＤＮＡを含む、請求項４０に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項４２】
前記プローブまたはプライマーがＲＮＡを含む、請求項４０に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項４３】
前記アスパラギン酸がコドンＧＡＴによってコードされる、請求項４０〜４２のいずれか１項に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項４４】
前記アスパラギン酸がコドンＧＡＣによってコードされる、請求項４０〜４２のいずれか１項に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項４５】
前記プローブまたはプライマーが、ストリンジェントな条件下で、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列、またはその相補体に特異的にハイブリダイズする、請求項４０〜４４のいずれか１項に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項４６】
前記プローブまたはプライマーが標識を含む、請求項４０〜４５のいずれか１項に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項４７】
前記標識が、蛍光標識、放射性標識またはビオチンである、請求項４６に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項４８】
請求項４０〜４７のいずれか１項に記載のプローブが結合した基質を含む支持体。
【請求項４９】
前記支持体がマイクロアレイである、請求項４８に記載の支持体。
【請求項５０】
ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列を含むアレル特異的プローブまたはプライマーであって、前記アレル特異的プローブまたはプライマーが、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸コドンに相補的な核酸配列を含む、前記アレル特異的プローブまたはプライマー。
【請求項５１】
前記アスパラギン酸がコドンＧＡＴによってコードされる、請求項５０に記載のアレル特異的プライマー。
【請求項５２】
前記アスパラギン酸がコドンＧＡＣによってコードされる、請求項５０に記載のアレル特異的プライマー。
【請求項５３】
単極性うつ病を患う、または単極性うつ病を発症するリスクを有するヒト対象を同定するための方法であって、前記方法が、前記対象から得られた試料において、
（ｉ）前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異；及び／または
（ｉｉ）前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸分子、
の有無を測定すること、を含み、
前記ＧＰＲ１５６タンパク質の前記Ｅ５３３Ｄ変異及び／または前記Ｅ５３３Ｄ変異をコードする前記核酸分子の存在が、前記対象が単極性うつ病を患う、または単極性うつ病を発症するリスクを有することを示す、前記方法。
【請求項５４】
単極性うつ病の１つ以上の症状の存在が、前記対象が単極性うつ病を患うことを示す、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記方法がｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法である、請求項５３または請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記測定のステップが、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする前記核酸分子の少なくとも一部分をシークエンシングすることを含み、シークエンシングされた前記核酸分子が、配列番号４の５３３位に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードする、請求項５３〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
前記測定のステップが、前記ＧＰＲ１５６タンパク質全体をコードする核酸分子をシークエンシングすることを含む、請求項５３〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
前記測定のステップが、
ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された前記核酸分子が、配列番号４の５３３位に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードする、増幅と；
前記核酸分子を、検出可能な標識で標識することと；
標識された前記核酸を、プローブを含む支持体と接触させることであって、前記プローブが、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含む、接触と；
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５３〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５９】
前記核酸分子がｍＲＮＡであり、且つ前記測定のステップが、前記増幅のステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記測定のステップが、前記核酸分子を、検出可能な標識を含むプローブと接触させることであって、
前記プローブが、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むアミノ酸配列をコードする核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含む、接触と、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５３〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
前記核酸分子が、前記ヒト対象から得られた細胞内に存在する、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異が、核酸配列ＧＡＴによってコードされる、請求項５３〜６１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６３】
前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異が、核酸配列ＧＡＣによってコードされる、請求項５３〜６１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
ヒト対象において単極性うつ病を診断するか、または単極性うつ病のリスクを検出するための方法であって、前記方法が、
前記ヒト対象から得られたＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子において変化を検出することであって、前記変化が、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする、検出と、
前記対象がうつ病の１つ以上の症状を有する場合に、前記ヒト対象を単極性うつ病と診断すること、または前記対象がうつ病の１つ以上の症状を有さない場合に、前記ヒト対象が単極性うつ病のリスクがあると診断することと、
を含む、前記方法。
【請求項６５】
前記検出のステップが、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部分をシークエンシングすることを含み、シークエンシングされた前記核酸分子が、配列番号４の５３３位に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードする、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記検出のステップが、前記核酸分子全体をシークエンシングすることを含む、請求項６４または請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記検出のステップが、
ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された前記核酸分子が、配列番号４の５３３位に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードする、増幅と、
前記核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、
標識された前記核酸をプローブを含む支持体と接触させることであって、前記プローブが、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含む、接触と、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
前記核酸分子がｍＲＮＡであり、且つ前記方法が、前記増幅のステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記検出のステップが、
前記核酸分子を、検出可能な標識を含むプローブと接触させることであって、前記プローブが、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸を含むアミノ酸配列をコードする核酸配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含む、接触と、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項７０】
前記核酸分子が、前記ヒト対象から得られた細胞内に存在する、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記変化が、配列番号４の５３３位に対応する位置をコードするコドンの配列をＧＡＴに変化させる、請求項６４〜７０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７２】
前記変化が、配列番号４の５３３位に対応する位置をコードするコドンの配列をＧＡＣに変化させる、請求項６４〜７０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７３】
前記方法が、前記対象において前記変化が検出され、対象が単極性うつ病を患うと診断された場合、対象を抗うつ薬で処置することをさらに含む、請求項６４〜７２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７４】
前記抗うつ薬が、選択的セロトニン再取り込み阻害薬、セロトニンノルエピネフリン再取り込み阻害薬またはノルエピネフリン再取り込み阻害薬である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記ＧＰＲ１５６タンパク質内にＥ５３３Ｄ変異を保持するヒト対象での単極性うつ病の処置に使用のための抗うつ薬。
【請求項７６】
前記ヒト対象が、前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異及び／または前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸分子について陽性と検査された、請求項７５に記載の使用のための抗うつ薬。
【請求項７７】
前記処置が、前記ヒト対象がＥ５３３Ｄ変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質及び／または前記Ｅ５３３Ｄ変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子を有するかどうかを測定するステップを含む、請求項７５または請求項７６に記載の使用のための抗うつ薬。
【請求項７８】
前記ヒト対象が、請求項５３〜７４のいずれか１項に記載の方法を使用することによって、単極性うつ病を患うか、または単極性うつ病を発症するリスクを有すると同定されている、請求項７５〜７７のいずれか１項に記載の使用のための抗うつ薬。
【請求項７９】
前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異が、コドンＧＡＴによってコードされる、請求項７５〜７８のいずれか１項に記載の使用のための抗うつ薬。
【請求項８０】
前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異が、コドンＧＡＣによってコードされる、請求項７５〜７８のいずれか１項に記載の使用のための抗うつ薬。
【請求項８１】
前記抗うつ薬が、選択的セロトニン再取り込み阻害薬、セロトニンノルエピネフリン再取り込み阻害薬またはノルエピネフリン再取り込み阻害薬である、請求項７５〜８０のいずれか１項に記載の使用のための抗うつ薬。
【請求項８２】
前記抗うつ薬がリチウムである、請求項７５〜８０のいずれか１項に記載の使用のための抗うつ薬。
【請求項８３】
前記Ｅ５３３Ｄ変異が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸が得られる変異を指す、請求項５３〜６３のいずれか１項に記載の方法、または請求項７６〜８２のいずれか１項に記載の使用のための抗うつ薬。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年７月２８日に提出された米国仮出願第６２／３６７，９７３に対する優先権を主張し、あらゆる目的のためにその全体が本明細書に参考として組み込まれる。
【０００２】
配列表の参照
本出願は、２０１７年７月２８日に作成された９８６キロバイトのサイズの１８９２３８００７０２ＳＥＱと名付けられたテキストファイルとして電子的に提出された配列表を含む。該配列表は、本明細書に参考として組み込まれる。
【０００３】
分野
本開示は一般に、遺伝学分野に関する。より詳細には、本開示は、例えば、単極性うつ病及び不安障害に関連するＧタンパク質共役受容体１５６における遺伝子変化及びポリペプチド変異に関する。
【背景技術】
【０００４】
背景
特許、特許出願、受託番号、技術論文及び学術論文を含む様々な参考文献が、本明細書を通じて引用される。各参考文献は、あらゆる目的のためにその全体が本明細書に参考として組み込まれる。
【０００５】
Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）は、Ｎ末端細胞外ドメイン及びＣ末端細胞内ドメインとともに、７つのらせん状膜貫通ドメインを特徴とする細胞表面受容体の大きなスーパーファミリーである（Ｃｈｅｒｅｚｏｖ  Ｖ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１８：  １２５８−１２６５  （２００７））。ＧＰＣＲは、様々な細胞型で発現され、細胞膜を越えて細胞内部に細胞外シグナルを伝達することに関与する（Ｋｏｂｉｌｋａ  Ｒ，  Ｂｉｏｃｈｉｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ａｃｔａ  １７６８：  ７９４−８０７  （２００７））。生物学においてＧＰＣＲの担う役割が非常に重要であったため、２０１２年、ＧＰＣＲがどのように機能するのかを特定した２名の科学者にノーベル化学賞が授与された（Ｃｌａｒｋ  Ｒ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  １１０：  ５２７４−５２７５  （２０１３））。
【０００６】
ＧＰＲ１５６（Ｇタンパク質共役受容体１５６）は、代謝型グルタミン酸受容体サブファミリーに属するＧＰＣＲをコードするヒト遺伝子である（Ｃａｌｖｅｒ  Ａ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．  Ｍｏｌ．  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．  １１０：  ３０５−３０７  （２００３））。文献中でＧＰＲ１５６を指すために使用される他の名称は、ＧＡＢＡＢＬ（ＧＡＢＡＢ様）及びＰＧＲ２８である（Ｖａｓｓｉｌａｔｉｓ  Ｄ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  １００：  ４９０３−４９０８  （２００３））。マウスでは、ＧＰＲ１５６は、Ｇｐｒ１５６またはＧａｂａｂｌと呼ばれる。新たなＧＰＲ１５６変異の同定は、ヒト生理学におけるＧＰＲ１５６の役割及び疾患におけるその潜在的役割の継続的な研究において有用であろう。本開示は、ＧＰＲ１５６の生物学の理解を助け、ＧＰＲ１５６を調節する潜在的な治療薬及び／またはその細胞生物学的経路の同定を促進するであろう新規なＧＰＲ１５６変異体を提供する。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ｃｈｅｒｅｚｏｖ  Ｖ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１８：  １２５８−１２６５  （２００７）
【非特許文献２】Ｋｏｂｉｌｋａ  Ｒ，  Ｂｉｏｃｈｉｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ａｃｔａ  １７６８：  ７９４−８０７  （２００７）
【非特許文献３】Ｃｌａｒｋ  Ｒ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  １１０：  ５２７４−５２７５  （２０１３）
【非特許文献４】Ｃａｌｖｅｒ  Ａ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．  Ｍｏｌ．  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．  １１０：  ３０５−３０７  （２００３）
【非特許文献５】Ｖａｓｓｉｌａｔｉｓ  Ｄ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  １００：  ４９０３−４９０８  （２００３）
【発明の概要】
【０００８】
概要
本開示は、ＧＰＲ１５６変異ポリペプチドをコードする新規な核酸分子（すなわち、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ及びｃＤＮＡ）を提供し、ＧＰＲ１５６変異ポリペプチドは、単極性うつ病などのうつ病及び不安障害などの気分障害のスペクトラムと関連することが本明細書において実証される。
【０００９】
本開示は、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列または前記核酸配列の相補体を含む、単離された核酸分子を提供する。
【００１０】
本開示はまた、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列または前記核酸配列の相補体を含む、ゲノムＤＮＡ分子を提供する。
【００１１】
本開示はまた、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列または前記核酸配列の相補体を含む、ｃＤＮＡ分子を提供する。
【００１２】
本開示はまた、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列または前記核酸配列の相補体を含む、ｍＲＮＡ分子を提供する。
【００１３】
本開示はまた、本明細書に開示される任意の単離された核酸分子を含むベクターを提供する。
本開示はまた、本明細書に開示される任意の単離された核酸分子またはベクター、及び担体を含む組成物を提供する。
【００１４】
本開示はまた、本明細書に開示される任意の単離された核酸分子またはベクターを含む宿主細胞を提供する。
本開示はまた、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分を含む単離または組換えポリペプチドであって、前記部分が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、単離または組換えポリペプチドを提供する。
【００１５】
本開示はまた、本明細書に開示される任意の単離または組換えポリペプチド及び担体を含む組成物を提供する。
本開示はまた、少なくとも約５ヌクレオチドを含む核酸配列を含むプローブまたはプライマーを提供し、前記プローブまたはプライマーは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズするか、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列の相補体にハイブリダイズする。
【００１６】
本開示はまた、本明細書に開示される任意のプローブがハイブリダイズする基質を含む支持体を提供する。
本開示はまた、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列を含むアレル特異的プローブまたはプライマーであって、前記アレル特異的プローブまたはプライマーが、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸コドンに相補的な核酸配列を含む、アレル特異的プローブまたはプライマーを提供する。ある実施形態では、前記アレル特異的プローブまたはプライマーは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列、またはその相補体に特異的にハイブリダイズする。前記アレル特異的プローブまたはプライマーは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含まないＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズしない。
【００１７】
本開示はまた、ヒト対象において単極性うつ病を診断するか、または単極性うつ病のリスクを検出するための方法であって、該方法が、ヒト対象から得られたＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子において、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする変化を検出することと；前記対象がうつ病の１つ以上の症状を有する場合に、前記ヒト対象を単極性うつ病と診断すること、または前記対象がうつ病の１つ以上の症状を有さない場合に、前記ヒト対象が単極性うつ病のリスクがあると診断することとを含む、方法を提供する。
【００１８】
本開示はまた、ヒト対象において不安障害を診断するか、または不安障害のリスクを検出するための方法であって、前記方法が、ヒト対象から得られたＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子において、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする変化を検出することと；前記対象が不安障害の１つ以上の症状を有する場合に、前記ヒト対象を不安障害と診断すること、または前記対象が不安障害の１つ以上の症状を有さない場合に、前記ヒト対象が不安障害のリスクがあると診断することとを含む、方法を提供する。
【００１９】
本開示はまた、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする遺伝子の変化を含むと測定されたヒト対象での単極性うつ病の処置に使用する抗うつ薬を提供し、前記変化は、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする。
【００２０】
本開示はまた、ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする遺伝子の変化を含むと測定されたヒト対象での不安障害の処置に使用する抗うつ薬を提供し、前記変化は、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
本明細書に組み込まれ、本明細書の一部を構成する添付図面は、いくつかの態様を例示し、詳細な説明とともに、本開示の原理を説明するのに役立つ。
【図１】ｍＲｏｒ１ｓｓ．ｈＧＰＲ１５６発現ベクターのベクターマップである。
【図２】ｍＲｏｒ１ｓｓ．ｈＧＰＲ１５６＿Ｅ５３３Ｄ発現ベクターのベクターマップである。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
本開示のさらなる利点は、以下の説明に部分的に記載され、部分的に説明から明らかになるか、または本明細書に開示される実施形態の実施により理解され得る。本開示の利点は、添付の特許請求の範囲において特に指摘される要素及び組合せによって実現及び達成されるであろう。上述の一般的な説明と、以下に述べる詳細な説明は、例示及び説明のみを目的としており、特許請求されている実施形態の限定を意図するものではないことを理解されたい。
【００２３】
説明
開示の態様に関する様々な用語は、本明細書及び特許請求の範囲を通して使用される。かかる用語は、特に指示がない限り、当該技術分野において通常の意味を有するものとする。他の特別に定義された用語は、本明細書で提供される定義と一致するように解釈されるものとする。
【００２４】
特に明記しない限り、本明細書に記載された任意の方法または態様は、そのステップが、特定の順序で実行されることを必要とするものとして解釈されることを決して意味するものではない。したがって、方法クレームは、当該クレームまたは説明において、ステップが特定の順序に限定されることを具体的に記載していない場合、いかなる点においても、順序を推定することは決して意図されるものではない。これは、ステップの構成や操作の流れに関するロジックの問題、文法上の構成もしくは句読法に由来する通常の意味、または明細書に記載される態様の数もしくは種類を含む、あらゆる可能性のある解釈の非明示的な基準となる。
【００２５】
本明細書で使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈で別段明確に指示されない限り、複数形の言及を含む。
本明細書で使用する場合、用語「対象」及び「被験者」は、本明細書では互換的に使用される。対象には、哺乳動物を含む任意の動物を含み得る。哺乳動物には、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタ）、コンパニオンアニマル（例えば、イヌ、ネコ）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ）及び非ヒト霊長類が含まれるが、これらに限定されない。ある実施形態では、対象は、ヒトである。
【００２６】
本明細書で使用する場合、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含み得、一本鎖、二本鎖、または多本鎖であることができる。核酸の１本の鎖はまた、その相補体を指す。
【００２７】
本明細書で使用する場合、「対応する」という語句またはその文法上の変形形態は、所与のアミノ酸または核酸配列または位置の番号付けの文脈で使用される場合、所与のアミノ酸または核酸配列が参照配列（例えば、本明細書での参照配列は、（野生型または完全長の）ＧＰＲ１５６の核酸分子またはポリペプチドである）と比較される際に、記載された参照配列の番号付けを指す。言い換えると、所与のポリマーの残基（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）番号または残基（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）位置は、所与のアミノ酸または核酸配列内の残基の実際の番号で表した位置ではなく、参照配列と対応して示される。例えば、２つの配列間の残基の一致を最適化するためにギャップを導入することによって、所与のアミノ酸配列を参照配列に整列させることができる。これらの場合、ギャップが存在するが、所与のアミノ酸または核酸配列中の残基の番号付けは、それが整列している参照配列に対して行われる。
【００２８】
例えば、「ＧＰＲ１５６タンパク質であって、前記タンパク質は配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む（ＧＰＲ１５６  ｐｒｏｔｅｉｎ，  ｗｈｅｒｅｉｎ  ｔｈｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ  ａｎ  ａｓｐａｒｔｉｃ  ａｃｉｄ  ａｔ  ｔｈｅ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ  ５３３  ａｃｃｏｒｄｉｎｇ  ｔｏ  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）」という語句は、前記ＧＰＲ１５６タンパク質のアミノ酸配列が、配列番号４の配列に整列している場合、該ＧＰＲ１５６タンパク質が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を有することを意味する。「ＧＰＲ１５６タンパク質であって、前記タンパク質は配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む（ＧＰＲ１５６  ｐｒｏｔｅｉｎ，  ｗｈｅｒｅｉｎ  ｔｈｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ  ａｎ  ａｓｐａｒｔｉｃ  ａｃｉｄ  ａｔ  ｔｈｅ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ  ５３３  ｒｅｆｅｒｒｉｎｇ  ｔｏ  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）」及び「ＧＰＲ１５６タンパク質であって、前記タンパク質は配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む（ＧＰＲ１５６  ｐｒｏｔｅｉｎ，  ｗｈｅｒｅｉｎ  ｔｈｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ  ａｎ  ａｓｐａｒｔｉｃ  ａｃｉｄ  ａｔ  ｔｈｅ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ  ｔｏ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ  ５３３  ｏｆ  ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）」という語句についても同様である。または、言い換えると、これらの語句（例えば、「ＧＰＲ１５６タンパク質であって、前記タンパク質は配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む」という語句）は、配列番号４の５３３位のアスパラギン酸に相同なアスパラギン酸を有するＧＰＲ１５６タンパク質を指す。本明細書において、かかるタンパク質は、「Ｅ５３３Ｄ突然変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質」または「Ｅ５３３Ｄ変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質」とも称される。これに沿って、対応するＥ５３３Ｄ変異は、「Ｅ５３３Ｄ突然変異（ＧＰＲ１５６タンパク質内）」または「Ｅ５３３Ｄ変異（ＧＰＲ１５６タンパク質内）」とも呼ばれる。
【００２９】
上述したように、所与のＧＰＲ１５６タンパク質と配列番号４のアミノ酸配列との間の配列アラインメントを実施することにより、配列番号４の５３３位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質内の位置を容易に同定することができる。配列番号４の５３３位に対応するアミノ酸位置を同定するための配列アラインメントを実施するために使用可能な様々な計算アルゴリズムが存在する。例えば、ＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．  １９９７  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５：  ３３８９−３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ  ａｎｄ  Ｈｉｇｇｉｎｓ  ２０１４  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  １０７９：  １０５−１１６）を用いて、配列アラインメントを実施してよい。しかしながら、配列を手動で整列させることも可能である。
【００３０】
本開示によれば、ＧＰＲ１５６での特定の変異は、単極性うつ病及び不安障害などの気分障害を発症するリスクと関連することが観察されている。一般的に、このタンパク質の機能はほとんど理解されておらず、その生化学またはそれに関連する表現型に関する情報はほとんど公表されていない。ＧＰＲ１５６遺伝子またはタンパク質の変異は、成人におけるあらゆる気分障害または神経障害といかなる既知の関連性も持たないと考えられている。さらに、ＧＰＲ１５６遺伝子またはタンパク質の変異は、成人に特異的な一般的なうつ病または単極性うつ病または不安障害といかなる既知の関連性も持たないと考えられている。罹患した家族のメンバーでの単極性うつ病の表現型と分離しているＧＰＲ１５６遺伝子のまれな変異が、本開示にしたがって同定されている。例えば、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位のアミノ酸（例えば、野生型の配列番号１）をアスパラギン酸に変化させる遺伝子変化では、かかる変化を有するヒトが、単極性うつ病を発症し得ることを示すことが観察されている。概して、本明細書に記載の遺伝子解析により、驚くべきことに、ＧＰＲ１５６遺伝子、及び、特にＧＰＲ１５６の変異が、単極性うつ病及び不安障害に対する罹患率の増加と関連することが示される。したがって、単極性うつ病または不安障害と関連するＧＰＲ１５６変化を有するヒト対象は、単極性うつ病が抑制され、その症状が軽減され、及び／または症状の発症が抑制されるように処置され得る。したがって、本開示は、ｃＤＮＡ及びｍＲＮＡを含む単離または組換えＧＰＲ１５６変異遺伝子に加えて、単離または組換えＧＰＲ１５６変異ポリペプチドを提供する。加えて、本開示は、リスクのある対象または活動性疾患を有する対象が処置され得るように、対象におけるかかる変異の同定を活用して、単極性うつ病もしくは不安障害を発症する、かかる対象におけるリスクを同定もしくは層別化する、または単極性うつ病もしくは不安障害を患う対象を診断するための方法を提供する。
【００３１】
２つの完全長の野生型ＧＰＲ１５６タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１に記載される。配列番号１を参照すると、完全長の野生型ＧＰＲ１５６タンパク質の５１６位は、グルタミン酸またはアスパラギン酸のいずれかである。別の野生型ＧＰＲ１５６タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２（配列番号１の１９８〜２０１位に対応する位置に４つのアミノ酸の欠失を含む）に記載される。この野生型ＧＰＲ１５６タンパク質の５１２位（配列番号２を参照）は、グルタミン酸またはアスパラギン酸のいずれかである。ある実施形態では、この野生型ＧＰＲ１５６タンパク質の５１２位（配列番号２を参照）は、グルタミン酸である。ある実施形態では、この野生型ＧＰＲ１５６タンパク質の５１２位（配列番号２を参照）は、アスパラギン酸である。配列番号１の３１０〜８１４位を含むＧＰＲ１５６タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号３に記載される。配列番号１の３１０〜８１４位は、ＧＰＲ１５６の細胞質ドメインを定義する。このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号３を参照）の２０７位は、グルタミン酸またはアスパラギン酸のいずれかである。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号３を参照）の２０７位は、グルタミン酸である。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号３を参照）の２０７位は、アスパラギン酸である。
【００３２】
本開示は、単極性うつ病または不安障害と関連するＧＰＲ１５６変異タンパク質をコードする核酸分子を提供する。例えば、本開示は、配列番号４の５３３位に対応する位置（Ｅ５３３Ｄ）にアスパラギン酸を含むヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列または前記核酸配列の相補体を含む、単離された核酸分子を提供する。ある実施形態では、配列番号４の５１６位に対応する位置は、グルタミン酸である。ある実施形態では、配列番号４の５１６位に対応する位置は、アスパラギン酸である。
【００３３】
タンパク質のＮ末端から中央部へ４つのアミノ酸が欠失しているＧＰＲ１５６のアイソフォームが存在する。このＧＰＲ１５６アイソフォームのアミノ酸配列を、配列番号５に示す。このＧＰＲ１５６アイソフォームの５２９位は、配列番号４の５３３位に対応する。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、配列番号５の５２９位に対応する位置（Ｅ５２９Ｄ）にアスパラギン酸を含むヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列または前記核酸配列の相補体を含む。ある実施形態では、配列番号５の５１２位は、グルタミン酸である。ある実施形態では、配列番号５の５１２位に対応する位置は、アスパラギン酸である。
【００３４】
ある実施形態では、前記核酸分子は、配列番号４に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列（前記ＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む）または前記核酸配列の相補体を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、この核酸分子（配列番号４を参照）の５１６位に対応する位置は、グルタミン酸である。ある実施形態では、この核酸分子（配列番号４を参照）の５１６位に対応する位置は、アスパラギン酸である。本明細書では、パーセント配列同一性について言及する場合、より高いパーセントの配列同一性がより低いものよりも好ましい。
【００３５】
ある実施形態では、前記核酸分子は、配列番号５に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列（前記ＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含む）または前記核酸配列の相補体を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号５を参照）の５１２位に対応する位置は、グルタミン酸である。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号５を参照）の５１２位に対応する位置は、アスパラギン酸である。
【００３６】
ある実施形態では、前記核酸配列はＤＮＡを含み、５３３位に対応する位置のアスパラギン酸は、コドンＧＡＴまたはＧＡＣによってコードされる。ある実施形態では、前記核酸配列はＲＮＡを含み、５３３位に対応する位置のアスパラギン酸は、ＲＮＡ分子のコドンＧＡＵまたはＧＡＣによってコードされる。ある実施形態では、５３３位に対応する位置のアスパラギン酸は、コドンＧＡＴによってコードされる。ある実施形態では、前記核酸配列によってコードされるＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号４または配列番号５のアミノ酸配列を含む。
【００３７】
２つの野生型ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（すなわち、代替アレル（ａｌｔｅｒｎａｔｅ  ａｌｌｅｌｅｓ））の核酸配列は、配列番号７（ａ、ｇ、ｔまたはｃであることができる１１７，１６６位の「ｎ」を参照）に記載される。これらの野生型ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号７を参照）の１１７，１６４〜１１７，１６６位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。これらの野生型ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号７を参照）の１１７，２１５〜１１７，２１７位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００３８】
別の野生型ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡの核酸配列は、配列番号８（配列番号７の９８，４２８〜９８，４３９位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む）に記載される。この野生型ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号８を参照）の１１７，１５２〜１１７，１５４位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。この野生型ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号８を参照）の１１７，２０３〜１１７，２０５位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００３９】
ある実施形態では、前記核酸分子はゲノムＤＮＡである。ある実施形態では、前記ゲノムＤＮＡは、配列番号９（１１７，２１５〜１１７，２１７位がＧＡＴであり、それによりアスパラギン酸をコードする）もしくは配列番号１０（１１７，２１５〜１１７，２１７位がＧＡＣであり、それによりアスパラギン酸をコードする）の核酸配列、または配列番号９（配列番号４の５３３位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＴコドンを含む）もしくは配列番号１０（配列番号４の５３３位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む）に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、これらのＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号９及び配列番号１０を参照）の１１７，１６４〜１１７，１６６位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。ある実施形態では、これらのＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号９及び配列番号１０を参照）の１１７，１６４〜１１７，１６６位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）。
【００４０】
ある実施形態では、前記ゲノムＤＮＡは、配列番号１１もしくは配列番号１２の核酸配列を含むか、またはそれからなり、それぞれが、配列番号９及び配列番号１０のそれぞれの９８，４２８〜９８，４３９位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む。ある実施形態では、前記ゲノムＤＮＡは、配列番号１１に記載の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１１７，２０３〜１１７，２０５位はＧＡＴであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ゲノムＤＮＡは、配列番号１２に記載の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１１７，２０３〜１１７，２０５位はＧＡＣであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ゲノムＤＮＡは、配列番号１１（配列番号５の５２９位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＴコドンを含む）または配列番号１２（配列番号５の５２９位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む）に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、これらのＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号１１及び配列番号１２を参照）の１１７，１５２位〜１１７，１５４位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。ある実施形態では、これらのＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号１１及び配列番号１２を参照）の１１７，１５２位〜１１７，１５４位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）。
【００４１】
ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、ゲノムＤＮＡ配列全体よりも少ない。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、少なくとも約５０００、少なくとも約６０００、少なくとも約７０００、少なくとも約８０００、少なくとも約９０００、少なくとも約１００００、少なくとも約１１０００、少なくとも約１２０００、少なくとも約１３０００、少なくとも約１４０００、少なくとも約１５０００、少なくとも約１６０００、少なくとも約１７０００、少なくとも約１８０００、少なくとも約１９０００もしくは少なくとも約２００００の配列番号９、配列番号１０、配列番号１１もしくは配列番号１２の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも約１０００〜少なくとも約２０００の、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１もしくは配列番号１２の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。
【００４２】
ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、少なくとも約２０００、少なくとも約２１００、少なくとも約２２００、少なくとも約２３００もしくは少なくとも約２４００の配列番号９、配列番号１０、配列番号１１もしくは配列番号１２の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、かかる連続したヌクレオチドは、連続したヌクレオチドの他の核酸分子と組み合わせて、本明細書に記載のｃＤＮＡ分子を産生し得る。
【００４３】
かかる単離された核酸分子は、例えば、変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ及びタンパク質を発現するため、または外因性ドナー配列として使用することができる。ある集団内の遺伝子配列は、ＳＮＰなどの多型に起因して変化し得ることを理解されたい。本明細書で提供される例は、例示的な配列に過ぎず、他の配列もまた可能である。
【００４４】
ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、対応する野生型ＧＰＲ１５６遺伝子に対して配列番号４または配列番号５をコードする１つ以上の非必須セグメントが欠失している変異ＧＰＲ１５６ミニ遺伝子を含む。ある実施形態では、前記欠失した非必須セグメントは、１つ以上のイントロン配列を含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ミニ遺伝子は、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２の一部分に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または１００％の配列同一性を有し、前記ミニ遺伝子は、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸を含む。
【００４５】
２つの野生型ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡの核酸配列は、配列番号１３に記載される。これらの野生型ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１３を参照）の１５４６〜１５４８位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。これらの野生型ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１３を参照）の１５９７〜１５９９位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００４６】
別の野生型ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡの核酸配列は、配列番号１４（配列番号１３の５９２〜６０３位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む）に記載される。この野生型ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１４を参照）の１５３４〜１５３６位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。この野生型ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１４を参照）の１５８５〜１５８７位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００４７】
配列番号４の３１０〜８１４位をコードするＧＰＲ１５６ｃＤＮＡの核酸配列は、配列番号１５に記載される。この配列は、ＧＰＲ１５６の細胞質ドメインに対応する。このＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１５を参照）の６１９〜６２１位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。このＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１５を参照）の６７０〜６７２位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００４８】
本開示はまた、ｃＤＮＡ分子を提供する。本開示は、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含むｃＤＮＡ分子であって、前記部分が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、ｃＤＮＡ分子を提供する。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡ分子は、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含み、前記部分は、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００４９】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む完全長ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号４に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００５０】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含むヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号５に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００５１】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号４の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号４の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００５２】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号５の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号５の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドは、配列番号５の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００５３】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１６の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５９７〜１５９９位はＧＡＴであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１６に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＴコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１６を参照）の１５４６〜１５４８位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１６を参照）の１５４６〜１５４８位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１６を参照）の１５９９位に対応する位置に、チミンを含む。このチミンは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００５４】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１７の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５９７〜１５９９位はＧＡＣであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１７に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１７を参照）の１５４６〜１５４８位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１７を参照）の１５４６〜１５４８位は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１７を参照）の１５９９位に対応する位置に、シトシンを含む。このシトシンは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００５５】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１６の５９２〜６０３位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む配列番号１８の核酸配列を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１８に記載の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５８５〜１５８７位はＧＡＴであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１８に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる（配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＴコドンを含む）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１８を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１８を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１８を参照）の１５８７位に対応する位置に、チミンを含む。このチミンは、配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００５６】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１７の５９２〜６０３位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む配列番号１９の核酸配列を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１９に記載の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５８５〜１５８７位はＧＡＣであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号１９に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる（配列番号５の５２９位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１９を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１９を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＴまたはＧＡＣを介して）。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、前記ｃＤＮＡ（配列番号１９を参照）の１５８７位に対応する位置に、シトシンを含む。このシトシンは、配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００５７】
ＧＰＲ１５６の細胞質ドメインは、ＧＰＲ１５６の３１０〜８１４位によってコードされる。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号４の３１０〜８１４位をコードする。ある実施形態では、このｃＤＮＡの核酸配列は、配列番号２０に記載され、その６７０〜６７２位は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＴを介して）。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号２０に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＴコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号２０を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号２０を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、前記ｃＤＮＡ（配列番号２０を参照）の６７２位に対応する位置にチミンを含む。このチミンは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００５８】
ある実施形態では、配列番号４の３１０〜８１４位をコードするｃＤＮＡの核酸配列は配列番号２１に記載され、その６７０〜６７２位は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＣを介して）。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、配列番号２１に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号２１を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号２１を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡは、前記ｃＤＮＡ（配列番号２１を参照）の６７２位に対応する位置にシトシンを含む。このシトシンは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００５９】
ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、１５９９位に対応する位置にチミンを有する、本明細書に開示される任意のｃＤＮＡまたはｍＲＮＡ分子の１５２１〜１６８０位を含む核酸配列を含む。
【００６０】
ある実施形態では、前記ｃＤＮＡ分子は、ＧＰＲ１５６の全ｃＤＮＡ配列よりも少ない。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡ分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、少なくとも約２０００、少なくとも約２１００、少なくとも約２２００、少なくとも約２３００もしくは少なくとも約２４００の配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０もしくは配列番号２１の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡ分子は、少なくとも約１０００〜少なくとも約２０００の、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０もしくは配列番号２１の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。これに関して、より長いｃＤＮＡ分子は、より短いものより好ましい。ある実施形態では、前記ｃＤＮＡ分子は、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００もしくは少なくとも約５００の配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０もしくは配列番号２１の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。これに関して、より長いｃＤＮＡ分子は、より短いものより好ましい。ある実施形態では、かかるｃＤＮＡ分子は、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンを含む、または配列番号１６もしくは配列番号１７それぞれの１５９９位に対応する位置にチミンもしくはシステインを含む。
【００６１】
２つの野生型ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡの核酸配列は、配列番号２２に記載される。これらの野生型ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２２を参照）の１５４６〜１５４８位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＵまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。これらの野生型ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２２を参照）の１５９７〜１５９９位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００６２】
別の野生型ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡの核酸配列は、配列番号２３（配列番号２２の５９２〜６０３位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む）に記載される。この野生型ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２３を参照）の１５３４〜１５３６位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＵまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。この野生型ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２３を参照）の１５８５〜１５８７位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００６３】
配列番号４の３１０〜８１４位をコードするＧＰＲ１５６ｍＲＮＡの核酸配列は、配列番号２４に記載される。このＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２４を参照）の６１９〜６２１位は、グルタミン酸（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）またはアスパラギン酸（コドンＧＡＵまたはＧＡＣを介して）のいずれかをコードする。このＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２４を参照）の６７０〜６７２位は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。
【００６４】
本開示はまた、ｍＲＮＡ分子を提供する。本開示は、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含むｍＲＮＡ分子であって、前記部分が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、ｍＲＮＡ分子を提供する。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡ分子は、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分をコードする核酸配列を含み、前記部分は、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００６５】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む完全長ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号４に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００６６】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含むヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号５に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００６７】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号４の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは配列番号４の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸を含む。
【００６８】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号５の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号５の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドは、配列番号５の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【００６９】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２５の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５９７〜１５９９位はＧＡＵであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２５に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＵコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２５を参照）の１５４６〜１５４８位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２５を参照）の１５４６〜１５４８位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２５を参照）の１５９９位に対応する位置にウラシルを含む。このウラシルは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００７０】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２６の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５９７〜１５９９位はＧＡＣであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２６に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２６を参照）の１５４６〜１５４８位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２６を参照）の１５４６〜１５４８位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２６を参照）の１５９９位に対応する位置にシトシンを含む。このシトシンは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００７１】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２５の５９２〜６０３位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む配列番号２７の核酸配列を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２７に記載の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５８５〜１５８７位はＧＡＵであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２７に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる（配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＵコドンを含む）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２７を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２７を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＵまたはＧＡＣを介して）。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２７を参照）の１５８７位に対応する位置にウラシルを含む。このウラシルは、配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００７２】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２６の５９２〜６０３位に対応する位置に１２個のヌクレオチドの欠失を含む配列番号２８の核酸配列を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２８に記載の核酸配列を含むか、またはそれからなり、その１５８５〜１５８７位はＧＡＣであり、それによりアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２８に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなる（配列番号５の５２９位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２８を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする（コドンＧＡＡまたはＧＡＧを介して）。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２８を参照）の１５３４〜１５３６位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＵまたはＧＡＣを介して）。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２８を参照）の１５８７位に対応する位置にシトシンを含む。このシトシンは、配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００７３】
ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号４の３１０〜８１４位をコードする。ある実施形態では、このｍＲＮＡの核酸配列は、配列番号２９に記載され、その６７０〜６７２位は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＵを介して）。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号２９に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＵコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２９を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２９を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２９を参照）の６７２位に対応する位置にウラシルを含む。このウラシルは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００７４】
ある実施形態では、配列番号４の３１０〜８１４位をコードするｍＲＮＡの核酸配列は、配列番号３０に記載され、その６７０〜６７２位は、アスパラギン酸をコードする（コドンＧＡＣを介して）。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、配列番号３０に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有する核酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置にＧＡＣコドンを含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号３０を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、グルタミン酸をコードする。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号３０を参照）の６１９〜６２１位に対応する位置は、アスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記ｍＲＮＡは、前記ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号３０を参照）の６７２位に対応する位置にシトシンを含む。このシトシンは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンの第３位置に対応する。
【００７５】
ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、１５９９位に対応する位置にウラシルを有する、本明細書に開示される任意のｍＲＮＡ分子の１５２１〜１６８０位を含む核酸配列を含む。
【００７６】
ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ配列全体よりも少ないヌクレオチドを含む。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、少なくとも約１３００、少なくとも約１４００、少なくとも約１５００、少なくとも約１６００、少なくとも約１７００、少なくとも約１８００、少なくとも約１９００、少なくとも約２０００、少なくとも約２１００、少なくとも約２２００、少なくとも約２３００もしくは少なくとも約２４００の配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９もしくは配列番号３０の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも約１０００〜少なくとも約２０００の、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９もしくは配列番号３０の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。これに関して、より長いｍＲＮＡ分子は、より短いものより好ましい。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００もしくは少なくとも約１０００の配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９もしくは配列番号３０の連続したヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。これに関して、より長いｍＲＮＡ分子は、より短いものより好ましい。ある実施形態では、かかるｍＲＮＡ分子は、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンを含む、または配列番号２５もしくは配列番号２６それぞれの１５９９位に対応するウラシルもしくはシステインを含む。
【００７７】
本開示はまた、変異ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２など）、変異ＧＰＲ１５６ミニ遺伝子、変異ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０または配列番号２１など）及び／または変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９または配列番号３０など）にハイブリダイズする単離された核酸分子を提供する。ある実施形態では、かかる単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、少なくとも約５０００、少なくとも約６０００、少なくとも約７０００、少なくとも約８０００、少なくとも約９０００、少なくとも約１００００、少なくとも約１１０００、少なくとも約１２０００、少なくとも約１３０００、少なくとも約１４０００、少なくとも約１５０００、少なくとも約１６０００、少なくとも約１７０００、少なくとも約１８０００、少なくとも約１９０００もしくは少なくとも約２００００のヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも１５のヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、少なくとも１５のヌクレオチドから少なくとも約３５のヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、かかる単離された核酸分子は、ストリンジェントな条件下で、変異ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２など）、変異ＧＰＲ１５６ミニ遺伝子、変異ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、または配列番号２１など）及び／または変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９または配列番号３０など）にハイブリダイズする。かかる核酸分子は、本明細書で説明または例示されるように、例えば、プローブ、プライマーまたはアレル特異的プライマーとして使用してもよい。
【００７８】
ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、変異ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ（配列番号９、配列番号１０、配列番号１１または配列番号１２など）、変異ＧＰＲ１５６ミニ遺伝子、変異ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ（配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０または配列番号２１など）及び／または変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ（配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９または配列番号３０など）に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％もしくは１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５の連続ヌクレオチドにハイブリダイズする。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、約１５〜約１００ヌクレオチドもしくは約１５〜約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、約１５〜約１００ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記単離された核酸分子は、約１５〜約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。
【００７９】
ある実施形態では、本明細書に開示される任意の核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子またはｍＲＮＡ分子は精製され得、例えば、少なくとも約９０％の純度である。ある実施形態では、本明細書に開示される任意の核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子またはｍＲＮＡ分子は精製され得、例えば、少なくとも約９５％の純度である。ある実施形態では、本明細書に開示される任意の核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子またはｍＲＮＡ分子は精製され得、例えば、少なくとも約９９％の純度である。精製は人の手によって実施され、人工の精製技術が用いられる。
【００８０】
本開示はまた、本明細書に開示される任意の単離された核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子の断片を提供する。ある実施形態では、前記断片は、本明細書に開示される任意の核酸配列、もしくはそれらの任意の相補体の、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５もしくは少なくとも約１００の連続残基を含むか、またはそれからなる。これに関して、より長い断片は、より短いものより好ましい。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５もしくは少なくとも約５０の連続残基を含むか、またはそれからなる。これに関して、より長い断片は、より短いものより好ましい。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０もしくは少なくとも約３５の連続残基を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約２０の連続残基を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約２５の連続残基を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約３０の連続残基を含むか、またはそれからなる。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約３５の連続残基を含むか、またはそれからなる。前記断片は、配列番号４のアミノ酸配列を有するタンパク質の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする、もしくは配列番号５のアミノ酸配列を有するタンパク質の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸分子の一部分を含むか、またはそれからなることが想定される。かかる断片は、本明細書で説明または例示されるように、例えば、プローブ、プライマーまたはアレル特異的プライマーとして使用してもよい。
【００８１】
本開示はまた、プローブ及びプライマーを提供する。本開示のプローブまたはプライマーは、本明細書に開示される任意の核酸分子、またはその相補体に特異的にハイブリダイズする核酸配列を有する。ある実施形態では、前記プローブまたはプライマーは、ストリンジェントな条件下で、本明細書に開示される任意の核酸分子に特異的にハイブリダイズする。本開示はまた、穏やかな条件下で、本明細書に開示される任意の核酸分子、またはその相補体にハイブリダイズする核酸配列を有する核酸分子を提供する。本開示のプローブまたはプライマーは、好ましくは、ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸コドンまたはその相補体を包含する。したがって、好ましい実施形態では、本開示は、本明細書の上記及び下記により詳細に定義されるアレル特異的プライマーを提供する。
【００８２】
本開示のプローブまたはプライマーは、ＧＰＲ１５６タンパク質（例えば、配列番号４の）をコードする核酸配列内のＥ５３３Ｄ変異及び／またはＧＰＲ１５６のアイソフォーム（例えば、配列番号５の）をコードする核酸分子内のＥ５２９Ｄ突然変異を検出するために使用してよい。例えば、本開示のプライマーは、Ｅ５３３Ｄ変異を含むＧＰＲ１５６またはその断片を増幅するために使用してよい。本開示のプライマーは、Ｅ５２９Ｄ突然変異を含むＧＰＲ１５６アイソフォーム（配列番号５のアミノ酸配列を有するアイソフォームなど）またはその断片を増幅するために使用してもよい。本開示の例示されたプライマーは、表１に示される。
【００８３】
本開示はまた、上述のプライマーの１つを含む１対のプライマーを提供する。ＧＰＲ１５６内のかかる１対のプライマー長多型を使用することにより、検出することができる。例えば、１対のプライマーを用いて、ＧＰＲ１５６タンパク質（例えば配列番号５の）のＮ末端から中央部へ４つのアミノ酸が欠失しているＧＰＲ１５６アイソフォームをコードする核酸分子と標準ＧＰＲ１５６タンパク質（例えば、配列番号４の）をコードする核酸分子を区別することができる。より具体的には、前記プライマーがハイブリダイズする位置が、前記ＧＰＲ１５６アイソフォームにおいて欠失している４つのアミノ酸の位置に隣接する場合、標準ＧＲＰ１５６タンパク質に対応する増幅断片は、ＧＰＲ１５６アイソフォームに対応する増幅断片と比較してより長い。
【００８４】
本明細書に開示される核酸分子は、天然に存在するＧＰＲ１５６遺伝子、ｃＤＮＡもしくはｍＲＮＡ転写物の核酸配列を含むことができる、または非天然配列を含むことができる。ある実施形態では、前記天然に存在する配列は、同義突然変異またはコードされたＧＰＲ１５６ポリペプチドに影響を及ぼさない突然変異によって非天然配列とは異なり得る。例えば、同義突然変異またはコードされたＧＰＲ１５６ポリペプチドに影響を及ぼさない突然変異を除いて、前記配列は同一であり得る。同義突然変異または置換は、生成されたアミノ酸配列が修飾されないように、タンパク質をコードする遺伝子のエクソンにおいて、あるヌクレオチドを別のヌクレオチドに置換することである。これは、いくつかのアミノ酸が２つ以上の３塩基対コドンによってコードされているという遺伝暗号の縮重のために可能である。同義置換は、例えば、コドンの最適化の過程において使用される。本明細書に開示される核酸分子では、コドンが最適化され得る。
【００８５】
また、本明細書では、開示された核酸分子と相互作用することができる機能性ポリヌクレオチドも提供される。機能性ポリヌクレオチドは、標的分子の結合または特定の反応の触媒などの特定の機能を有する核酸分子である。機能性ポリヌクレオチドの例としては、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子及び外部ガイド配列（ｅｘｔｅｒｎａｌ  ｇｕｉｄｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ）が含まれるが、これらに限定されない。前記機能性ポリヌクレオチドは、標的分子が有する特定の活性のエフェクター、抑制因子、調節因子及び刺激因子として作用することができるか、または前記機能性ポリヌクレオチドは、他の任意の分子とは無関係に新規の活性を有することができる。
【００８６】
アンチセンス分子は、標準的または非標準的いずれかの塩基対を通じて標的核酸分子と相互作用するように設計される。前記アンチセンス分子と標的分子との相互作用は、例えば、ＲＮａｓｅ−Ｈ−介在ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッド分解を通じて該標的分子の破壊を促進するように設計される。あるいは、前記アンチセンス分子は、転写または複製などの、前記標的分子上で通常起こるであろうプロセシング機能を妨害するように設計される。アンチセンス分子は、前記標的分子の配列に基づいて設計することができる。前記標的分子の最も接近可能な領域を同定することにより、アンチセンス有効性を最適化する多数の方法が存在する。例示的な方法としては、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ選択実験、ならびにＤＭＳ及びＤＥＰＣを用いたＤＮＡ修飾研究が含まれるが、これらに限定されない。アンチセンス分子は、通常、約１０−６以下、約１０−８以下、約１０−１０以下または約１０−１２以下の解離定数（Ｋｄ）で標的分子と結合する。アンチセンス分子の設計及び使用の助けとなる方法及び技術の代表例は、以下の米国特許の非限定的なリストに見出すことができる：５，１３５，９１７；５，２９４，５３３；５，６２７，１５８；５，６４１，７５４；５，６９１，３１７；５，７８０，６０７；５，７８６，１３８；５，８４９，９０３；５，８５６，１０３；５，９１９，７７２；５，９５５，５９０；５，９９０，０８８；５，９９４，３２０；５，９９８，６０２；６，００５，０９５；６，００７，９９５；６，０１３，５２２；６，０１７，８９８；６，０１８，０４２；６，０２５，１９８；６，０３３，９１０；６，０４０，２９６；６，０４６，００４；６，０４６，３１９；及び６，０５７，４３７。アンチセンス分子の例としては、アンチセンスＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）及び短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が含まれるが、これらに限定されない。
【００８７】
本明細書に開示される単離された核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含むことができる。前記単離された核酸分子はまた、ベクター中などの異種核酸配列、または異種標識に連結または融合することができる。例えば、本明細書に開示される単離された核酸分子は、単離された核酸分子及び異種核酸配列を含むベクターまたは外因性ドナー配列中にあり得る。単離された核酸分子はまた、蛍光標識などの異種標識に連結または融合することができる。標識の他の例は、本明細書の他の箇所に開示される。
【００８８】
前記標識は、直接的に検出可能（例えば、フルオロフォア）または間接的に検出可能（例えば、ハプテン、酵素、またはフルオロフォアクエンチャー）であり得る。かかる標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的または化学的手法によって検出可能であり得る。かかる標識としては、例えば、放射線計数装置で測定できる放射性標識；分光光度計で視覚的に観察または測定できる顔料、染料または他の色原体；スピンラベル分析器で測定できるスピンラベル；及び蛍光標識（例えば、フルオロフォア）を含み、その出力信号は、適切な分子付加物の励起によって発生し、染料によって吸収される光による励起によって視覚化されることができるか、または標準的な蛍光光度計もしくはイメージングシステムで測定されることができる。前記標識は、例えば化学発光物質であることもでき、その場合、出力シグナルは、シグナル化合物、金属含有物質または酵素の化学修飾によって発生し、その場合、無色の基質から有色の生成物を生成するような、酵素依存的二次シグナルの発生が生じる。用語「標識」は、コンジュゲート分子に選択的に結合することができる「タグ」またはハプテンを指すことができる（該コンジュゲート分子は、その後基質とともに添加された場合、検出可能なシグナルを発生させるために使用される）。例えば、タグとしてビオチンを使用することができ、次いで西洋ワサビペルオキシデート（ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジンコンジュゲートを使用してタグに結合することができ、次いで、カロリメトリック（ｃａｌｏｒｉｍｅｔｒｉｃ）基質（例えば、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ））または蛍光発生基質を使用してＨＲＰの存在を検出することができる。精製を容易にするためのタグとして使用することができる例示的な標識としては、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧもしくは３ＸＦＬＡＧ、６ＸＨｉｓもしくはポリヒスチジン、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が含まれるが、これらに限定されない。多数の標識が既知であり、例えば、粒子、フルオロフォア、ハプテン、酵素及びそれらのカロリメトリック、蛍光発生及び化学発光基質、ならびに他の標識が含まれる。
【００８９】
開示された核酸分子は、例えばヌクレオチド、または、ヌクレオチド類似体もしくはヌクレオチド置換体などの非天然もしくは修飾ヌクレオチドを含むことができる。かかるヌクレオチドには、修飾塩基、糖またはリン酸基を含むヌクレオチドが含まれる、またはその構造中に非天然部分が組み込まれる。非天然ヌクレオチドの例としては、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化、アミノ化、脱アミノ化、アルキル化、ベンジル化及びフルオロフォア標識ヌクレオチドが含まれるが、これらに限定されない。
【００９０】
本明細書に開示される核酸分子では、１つ以上のヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体を含むこともできる。ヌクレオチド類似体は、塩基、糖またはリン酸部分のいずれかに対する修飾を含むヌクレオチドである。塩基部分に対する修飾には、Ａ、Ｃ、Ｇ及びＴ／Ｕの天然及び合成修飾、ならびに例えばシュードウリジン、ウラシル−５−イル、ヒポキサンチン−９−イル（Ｉ）及び２−アミノアデニン−９−イルなどの様々なプリンまたはピリミジン塩基が含まれるが、これらに限定されない。修飾塩基の例としては、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６−メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２−プロピル及び他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピニルウラシル及びシトシン、６−アゾウラシル、シトシン及びチミン、５−ウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル及び他の８−置換アデニン及びグアニン、５−ハロ特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル及び他の５−置換ウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン及び３−デアザグアニン及び３−デアザアデニンが含まれるが、これらに限定されない。例えば、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン及び５−メチルシトシンを含むがこれらに限定されない、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、ならびにＮ−２、Ｎ−６及びＯ−６置換プリンなどの特定のヌクレオチド類似体は、二重鎖形成の安定性を向上させることができる。多くの場合、塩基修飾は、例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルなどの糖修飾と組み合わせ、二本鎖安定性の向上などの特有の性質を得ることができる。
【００９１】
ヌクレオチド類似体は、糖部分の修飾も含むことができる。糖部分に対する修飾としては、リボース及びデオキシリボースの天然修飾、ならびに合成修飾が含まれるが、これらに限定されない。糖修飾としては、２’位における以下の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ−、Ｓ−もしくはＮ−アルキル；Ｏ−、Ｓ−もしくはＮ−アルケニル；Ｏ−、Ｓ−もしくはＮ−アルキニル；またはＯ−アルキル−Ｏ−アルキル（前記アルキル、アルケニル及びアルキニルは、置換もしくは非置換のＣ１−１０アルキルまたはＣ２−１０アルケニル及びＣ２−１０アルキニルであり得る）が含まれるが、これらに限定されない。  例示的な２’糖修飾はまた、−Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）ｎ−ＯＮＨ２及び−Ｏ（ＣＨ２）ＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（式中、ｎ及びｍは、１〜約１０である）が含まれるが、これらに限定されない。
【００９２】
２’位における他の修飾としては、Ｃ１−１０アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリールもしくはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性を改善するための基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学的特性を改善するための基、及び類似の特性を有する他の置換基が含まれるが、これらに限定されない。糖の他の位置、特に、３’末端ヌクレオチド上または２’−５’結合オリゴヌクレオチド中の糖の３’位、及び５’末端ヌクレオチド上の５’位にも類似の修飾がなされてもよい。修飾された糖はまた、架橋環の酸素において、ＣＨ２及びＳなどの修飾を含むものを含むことができる。ヌクレオチド糖類似体もまた、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル部分などの糖模倣体を有することができる。
【００９３】
ヌクレオチド類似体は、リン酸部分において修飾することもできる。修飾リン酸部分としては、２つのヌクレオチド間の結合が、ホスホロチオアート、キラルホスホロチオアート、ホスホロジチオアート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホナート及びキラルホスホナートを含むメチル及び他のアルキルホスホナート、ホスフィナート、３’−アミノホスホルアミダート及びアミノアルキルホスホルアミダートを含むホスホルアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホナート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスファートを含有するように修飾されることができるものが含まれるが、これらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸または修飾リン酸の結合は、３’−５’結合または２’−５’結合を介してもよく、該結合は、３’−５’から５’−３’または２’−５’から５’−２’などの反転した極性を含むことができる。様々な塩類、混合塩類及び遊離酸形態もまた含まれる。
【００９４】
ヌクレオチド置換体には、ヌクレオチドと同様の機能的特性を有するが、ペプチド核酸（ＰＮＡ）などのリン酸部分を含有しない分子を含む。ヌクレオチド置換体には、ワトソン−クリックまたはフーグスティーン様式で核酸を認識する分子が含まれるが、それらはリン酸部分以外の部分を介して互いに連結される。ヌクレオチド置換体は、適切な標的核酸と相互作用する場合、二重らせん型構造に適合することができる。
【００９５】
ヌクレオチド置換体はまた、リン酸部分もしくは糖部分が置換されたヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む。ある実施形態では、ヌクレオチド置換体は、標準的なリン原子を含有しなくてもよい。リン酸の置換体は、例えば、短鎖アルキルもしくはシクロアルキルのヌクレオシド間結合、混合したへテロ原子及びアルキルもしくはシクロアルキルヌクレオシド間結合、または１つ以上の短鎖ヘテロ原子もしくはヘテロ環のヌクレオシド間結合であることができる。これらには、モルホリノ結合（ヌクレオシドの糖部分から部分的に形成される）；シロキサン骨格；スルフィド、スルホキシド及びスルホン骨格；ホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格；メチレンホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格；アルケン含有骨格；スルファマート骨格；メチレンイミノ及びメチレンヒドラジノ骨格；スルホナート及びスルホンアミド骨格；アミド骨格；ならびにＮ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２構成部分を混合したものを有するその他のもの；を有するものが含まれる。
【００９６】
ヌクレオチド置換体において、ヌクレオチドの糖及びリン酸部分の両方が、例えばアミド型結合（アミノエチルグリシン）（ＰＮＡ）によって置換され得ることもまた理解される。
【００９７】
他の型の分子（コンジュゲート）をヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体に連結させて、例えば、細胞の取り込みを促進することも可能である。コンジュゲートは、ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体に化学的に連結することができる。かかるコンジュゲートとしては、例えば、コレステロール部分などの脂質部分、コール酸、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオールなどのチオエーテル、チオコレステロール、ドデカンジオールもしくはウンデシル残基などの脂肪族鎖、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールもしくはトリエチルアンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホナートなどのリン脂質、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分を含む。
【００９８】
本開示はまた、本明細書に開示される任意の１つ以上の核酸分子を含むベクターを提供する。ある実施形態では、前記ベクターは、本明細書に開示される任意の１つ以上の核酸分子及び異種の核酸を含む。前記ベクターは、核酸分子を輸送することができるウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであることができる。ある実施形態では、前記ベクターは、プラスミドまたはコスミド（例えば、追加のＤＮＡ断片がライゲーション可能な環状の二本鎖ＤＮＡ）である。ある実施形態では、前記ベクターは、ウイルスベクターであって、追加のＤＮＡ断片が、ウイルスゲノムにライゲーションすることができる、ベクターである。ある実施形態では、前記ベクターは、それらが導入される宿主細胞内で自己複製することができる（例えば、細菌起源の複製を有する細菌ベクター、及びエピソーム性哺乳動物ベクター）。ある実施形態では、前記ベクター（例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入時に宿主細胞のゲノムへと組み込まれることができ、それにより、宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、それらが操作可能に連結された遺伝子の発現を指向することができる。かかるベクターは、本明細書において「組み換え発現ベクター」または「発現ベクター」と呼ばれる。かかるベクターは、標的ベクター（すなわち、外因性ドナー配列）であることもできる。
【００９９】
ある実施形態では、本明細書に開示される様々な遺伝的変異によってコードされるタンパク質は、開示された遺伝的変異をコードする核酸分子を発現ベクターに挿入することによって発現され、結果として該遺伝子は、転写及び翻訳制御配列などの発現調節配列に操作可能に連結される。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルスなどの植物ウイルス、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタイン・バール（ＥＢＶ）由来エピソーム、ならびに当該技術分野において既知の他の発現ベクターが含まれるが、これらに限定されない。ある実施形態では、開示された遺伝的変異を含む核酸分子は、ベクターにライゲーションすることができ、その結果、前記ベクター内の転写及び翻訳制御配列が、遺伝的変異の転写及び翻訳を調節するというそれらの意図された機能を果たす。前記発現ベクター及び発現制御配列は、使用される発現宿主細胞と適合するように選択される。開示された遺伝的変異を含む核酸配列は、変異遺伝情報として、別のベクターまたは同じ発現ベクターに挿入されることができる。開示された遺伝的変異を含む核酸配列は、標準的な方法（例えば、開示された遺伝的変異及びベクターを含む核酸の相補的制限部位のライゲーション、または制限部位が存在しない場合は平滑末端ライゲーション）によって発現ベクターに挿入することができる。
【０１００】
開示された遺伝的変異を含む核酸配列に加えて、前記組換え発現ベクターは、宿主細胞において遺伝的変異の発現を制御する調節配列を保持することができる。調節配列の選択を含む発現ベクターの設計は、形質転換する宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現レベルなどのような要因に左右され得る。哺乳動物宿主細胞発現のための所望の調節配列は、例えば、レトロウイルスＬＴＲ由来のプロモーター及び／またはエンハンサー、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（ＣＭＶプロモーター／エンハンサーなど）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）（ＳＶ４０プロモーター／エンハンサーなど）、アデノウイルス（例えば、アデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ））、ポリオーマなどの哺乳動物細胞で高レベルのタンパク質発現を指向するウイルスエレメント、ならびに天然免疫グロブリン及びアクチンプロモーターなどの強力な哺乳動物プロモーターを含むことができる。細菌細胞または真菌細胞（例えば、酵母細胞）においてポリペプチドを発現させる方法もまた周知である。
【０１０１】
プロモーターは、例えば、構成的に活性なプロモーター、条件付きプロモーター、誘導性プロモーター、一時的に制限されたプロモーター（例えば、発生制御プロモーター）、または空間的に制限されたプロモーター（例えば、細胞特異的または組織特異的プロモーター）であることができる。プロモーターの例は、例えばＷＯ２０１３／１７６７７２に見出すことができる。
【０１０２】
誘導性プロモーターの例には、例えば、化学的制御プロモーター及び物理的制御プロモーターが含まれる。化学的制御プロモーターとしては、例えば、アルコール制御プロモーター（例えば、アルコールデヒドロゲナーゼ（ａｌｃＡ）遺伝子プロモーター）、テトラサイクリン制御プロモーター（例えば、テトラサイクリン応答性プロモーター、テトラサイクリンオペレーター配列（ｔｅｔＯ）、ｔｅｔ−Ｏｎプロモーターまたはｔｅｔ−Ｏｆｆプロモーター）、ステロイド制御プロモーター（例えば、ラット糖質コルチコイド受容体、エステロゲン受容体のプロモーター、エクジソン受容体のプロモーター）、または金属制御プロモーター（例えば、金属タンパク質プロモーター）を含む。物理的制御プロモーターとしては、例えば、温度制御プロモーター（例えば、ヒートショックプロモーター）及び光制御プロモーター（例えば、光誘導性プロモーターまたは光抑制性プロモーター）を含む。
【０１０３】
組織特異的プロモーターは、例えば、神経特異的プロモーター、グリア特異的プロモーター、筋細胞特異的プロモーター、心臓細胞特異的プロモーター、腎臓細胞特異的プロモーター、骨細胞特異的プロモーター、内皮細胞特異的プロモーターまたは免疫細胞特異的プロモーター（例えば、Ｂ細胞プロモーターまたはＴ細胞プロモーター）であることができる。
【０１０４】
発生制御プロモーターとしては、例えば、発生の胚段階の間のみ活性がある、または成熟細胞でのみ活性があるプロモーターを含む。
開示された遺伝的変異を含む核酸配列、及び調節配列に加えて、前記組換え発現ベクターは、宿主細胞中のベクターの複製を調節する配列（例えば、複製起点）及び選択マーカー遺伝子などの追加の配列を保持することができる。選択マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞の選択を促進することができる（例えば、米国特許第４，３９９，２１６号；第４，６３４，６６５号；及び第５，１７９，０１７号を参照のこと）。例えば、選択マーカー遺伝子は、前記ベクターが導入された宿主細胞に、Ｇ４１８、ハイグロマイシンまたはメトトレキサートなど、薬物に対する耐性を付与することができる。例示的な選択マーカー遺伝子には、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（ＤＨＦＲ）遺伝子（メトトレキサート選択／増幅とともにｄｈｆｒ宿主細胞において使用するための）、ｎｅｏ遺伝子（Ｇ４１８選択のため）及びグルタミン酸シンセターゼ（ＧＳ）遺伝子が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０５】
追加のベクターは、例えば、２０１６年７月２８日に出願された米国仮特許出願第６２／３６７，９７３号に記載され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示はまた、本明細書に開示される任意の１つ以上の単離された核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子またはｍＲＮＡ分子を含む組成物を提供する。ある実施形態では、前記組成物は、医薬組成物である。
【０１０６】
本開示はまた、変異ＧＰＲ１５６ポリペプチドを提供する。本開示は、前記ＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分を含む単離または組換えポリペプチドであって、前記部分が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む、単離または組換えポリペプチドを提供する。ある実施形態では、前記単離または組換えポリペプチドは、前記ＧＰＲ１５６タンパク質の少なくとも一部分を含み、前記部分は、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含む。
【０１０７】
ある実施形態では、前記単離または組換えポリペプチドは、配列番号４に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドの５３３位（配列番号４の）に対応する位置のアミノ酸は、アスパラギン酸である。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含む完全長のＧＰＲ１５６タンパク質を含む。ある実施形態では、前記完全長のＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号４に対して、少なくとも約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドの５３３位（配列番号４の）に対応する位置のアミノ酸は、アスパラギン酸である。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列からなる。この変異ＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号４を参照）の５１６位に対応する位置は、グルタミン酸またはアスパラギン酸のいずれかである。ある実施形態では、この変異ＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号４を参照）の５１６位に対応する位置は、グルタミン酸である。ある実施形態では、この変異ＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号４を参照）の５１６位に対応する位置は、アスパラギン酸である。
【０１０８】
ある実施形態では、前記単離または組換えポリペプチドは、配列番号５に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドの５２９位（配列番号５の）に対応する位置のアミノ酸は、アスパラギン酸である。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質を含む。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６タンパク質は、配列番号５に対して、少なくとも約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％もしくは約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなり、前記ポリペプチドの５２９位（配列番号５の）に対応する位置のアミノ酸は、アスパラギン酸である。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列からなる。この変異ＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号５を参照）の５１２位に対応する位置は、グルタミン酸またはアスパラギン酸のいずれかである。ある実施形態では、この変異ＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号５を参照）の５１２位に対応する位置は、グルタミン酸である。ある実施形態では、この変異ＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号５を参照）の５１２位に対応する位置は、アスパラギン酸である。
【０１０９】
ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号４の３１０〜８１４位に対応するＧＰＲ１５６タンパク質の一部分を含む。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号４の３１０〜８１４位に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％もしくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはそれからなり、配列番号４の５３３位に対応する位置（例えば、２２４位）のアミノ酸は、アスパラギン酸である。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、前記ポリペプチドは、配列番号６のアミノ酸配列からなる。このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号６を参照）の２０７位に対応する位置は、グルタミン酸またはアスパラギン酸のいずれかである。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号６を参照）の２０７位に対応する位置は、グルタミン酸である。ある実施形態では、このＧＰＲ１５６タンパク質（配列番号６を参照）の２０７位に対応する位置は、アスパラギン酸である。
【０１１０】
本開示はまた、本明細書に開示される任意のポリペプチドの断片を提供する。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約１０、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約１５０、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、少なくとも約３５０、少なくとも約４００、少なくとも約４５０、少なくとも約５００、少なくとも約５５０、少なくとも約６００、少なくとも約６５０、少なくとも約７００、少なくとも約７５０または少なくとも約８００の、前記コードされたポリペプチドの連続アミノ酸残基を含む。これに関して、より長い断片は、より短いものより好ましい。ある実施形態では、前記断片は、少なくとも約１０、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５または少なくとも約１００の、前記コードされたポリペプチドの連続アミノ酸残基を含む。これに関して、より長い断片は、より短いものより好ましい。
【０１１１】
本開示はまた、変異ＧＰＲ１５６を含む単離されたポリペプチドを含む二量体であって、前記ポリペプチドが、本明細書に開示される任意のポリペプチドから選択される、二量体を提供する。
【０１１２】
ある実施形態では、本明細書に開示される単離されたポリペプチドは、異種ポリペプチドまたは異種分子または標識に連結または融合されており、それらの多くの例は本明細書の他の箇所に開示される。例えば、前記タンパク質は、異種ポリペプチドに融合して安定性を増減することができる。前記融合ドメインまたは異種ポリペプチドは、Ｎ末端、Ｃ末端、またはポリペプチドの内部に位置することができる。融合パートナーは、例えば、Ｔヘルパーエピトープ（免疫学的融合パートナー）を提供するのを助け得るか、または天然の組換えポリペプチドよりも高い収率でタンパク質（発現エンハンサー）を発現するのを助け得る。特定の融合パートナーは、免疫学的融合パートナー及び発現増強融合パートナーの両方である。他の融合パートナーは、ポリペプチドの溶解度を増加させるために選択され得るか、または所望の細胞内区画へのポリペプチドのターゲティングを促進するために選択され得る。いくつかの融合パートナーは、ポリペプチドの精製を促進する親和性タグを含む。
【０１１３】
ある実施形態では、融合タンパク質は異種分子と直接融合しているか、またはペプチドリンカーなどのリンカーを介して異種分子に連結している。適切なペプチドリンカー配列は、例えば、以下の要因に基づいて選択され得る：１）柔軟で伸長する立体構造の採用能力；２）第１及び第２のポリペプチドの機能性エピトープと相互作用し得る二次構造の採用への抵抗力；ならびに３）ポリペプチド機能性エピトープと反応し得る疎水性または荷電残基がないこと。例えば、ペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、Ａｓｎ及びＳｅｒ残基を含有してよい。Ｔｈｒ及びＡｌａなどの他の中性に近いアミノ酸もまた、リンカー配列に使用してよい。リンカーとして有用に使用され得るアミノ酸配列には、例えば、Ｍａｒａｔｅａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｅｎｅ，  １９８５，  ４０，  ３９−４６；Ｍｕｒｐｈｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  １９８６，  ８３，  ８２５８−８２６２；ならびに米国特許第４，９３５，２３３号及び第４，７５１，１８０号に開示されているものが含まれる。リンカー配列は、通常、例えば、１〜約５０アミノ酸長であり得る。第１及び第２のポリペプチドが、機能ドメインを分離し、立体障害を防ぐために使用することができる非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、リンカー配列は通常必要とされない。
【０１１４】
ある実施形態では、前記ポリペプチドは、細胞透過性ドメインに作動可能に連結されている。例えば、前記細胞透過性ドメインは、ＨＩＶ−１ＴＡＴタンパク質、ヒトＢ型肝炎ウイルス由来のＴＬＭ細胞透過性モチーフ、ＭＰＧ、Ｐｅｐ−１、ＶＰ２２、単純ヘルペスウイルス由来の細胞透過性ペプチド、またはポリアルギニンペプチド配列から得ることができる。例えば、ＷＯ２０１４／０８９２９０を参照のこと。前記細胞透過性ドメインは、Ｎ末端、Ｃ末端、またはタンパク質の内部の任意の場所に位置することができる。
【０１１５】
ある実施形態では、前記ポリペプチドは、追跡または精製を容易にするために、蛍光タンパク質、精製タグまたはエピトープタグなどの異種ポリペプチドに作動可能に連結されている。蛍光タンパク質の例としては、緑色蛍光タンパク質（例えば、ＧＦＰ，  ＧＦＰ−２，  ｔａｇＧＦＰ，  ｔｕｒｂｏＧＦＰ，  ｅＧＦＰ，  Ｅｍｅｒａｌｄ，  Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ，  Ｍｏｎｏｍｅｒｉｃ  Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ，  ＣｏｐＧＦＰ，  ＡｃｅＧＦＰ，  ＺｓＧｒｅｅｎｌ）、黄色蛍光タンパク質（例えば、ＹＦＰ，  ｅＹＦＰ，  Ｃｉｔｒｉｎｅ，  Ｖｅｎｕｓ，  ＹＰｅｔ，  ＰｈｉＹＦＰ，  ＺｓＹｅｌｌｏｗｌ）、青色蛍光タンパク質（例えば、ｅＢＦＰ，  ｅＢＦＰ２，  Ａｚｕｒｉｔｅ，  ｍＫａｌａｍａｌ，  ＧＦＰｕｖ，  Ｓａｐｐｈｉｒｅ，  Ｔ−ｓａｐｐｈｉｒｅ）、シアン蛍光タンパク質（例えば、ｅＣＦＰ，  Ｃｅｒｕｌｅａｎ，  ＣｙＰｅｔ，  ＡｍＣｙａｎｌ，  Ｍｉｄｏｒｉｉｓｈｉ−Ｃｙａｎ）、赤色蛍光タンパク質（例えば、ｍＫａｔｅ，  ｍＫａｔｅ２，  ｍＰｌｕｍ，  ＤｓＲｅｄ  ｍｏｎｏｍｅｒ，  ｍＣｈｅｒｒｙ，  ｍＲＦＰ１，  ＤｓＲｅｄ−Ｅｘｐｒｅｓｓ，  ＤｓＲｅｄ２，  ＤｓＲｅｄ−Ｍｏｎｏｍｅｒ，  ＨｃＲｅｄ−Ｔａｎｄｅｍ，  ＨｃＲｅｄｌ，  ＡｓＲｅｄ２，  ｅｑＦＰ６１１，  ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ，  ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ，  Ｊｒｅｄ）、橙色蛍光タンパク質（例えば、ｍＯｒａｎｇｅ，  ｍＫＯ，  Ｋｕｓａｂｉｒａ−Ｏｒａｎｇｅ，  Ｍｏｎｏｍｅｒｉｃ  Ｋｕｓａｂｉｒａ−Ｏｒａｎｇｅ，  ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ，  ｔｄＴｏｍａｔｏ）及び他の任意の適切な蛍光タンパク質が含まれるが、これらに限定されない。タグの例としては、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、キチン結合タンパク質（ＣＢＰ）、マルトース結合タンパク質、チオレドキシン（ＴＲＸ）、ポリ（ＮＡＮＰ）、タンデムアフィニティー精製（ＴＡＰ）タグ、ｍｙｃ、ＡｃＶ５、ＡＵ１、ＡＵ５、Ｅ、ＥＣＳ、Ｅ２、ＦＬＡＧ、ヘマグルチニン（ＨＡ）、ｎｕｓ、Ｓｏｆｔａｇ１、Ｓｏｆｔａｇ３、Ｓｔｒｅｐ、ＳＢＰ、Ｇｌｕ−Ｇｌｕ、ＨＳＶ、ＫＴ３、Ｓ、Ｓ１、Ｔ７、Ｖ５、ＶＳＶ−Ｇ、ヒスチジン（Ｈｉｓ）、ビオチンカルボキシルキャリアタンパク質（ＢＣＣＰ）及びカルモジュリンが含まれるが、これらに限定されない。ある実施形態では、前記異種分子は、免疫グロブリンＦｃドメイン、ペプチドタグ、形質導入ドメイン、ポリ（エチレングリコール）、ポリシアル酸またはグリコール酸である。
【０１１６】
ある実施形態では、前記単離されたポリペプチドは、非天然もしくは修飾アミノ酸またはペプチド類似体を含む。例えば、天然に存在するアミノ酸とは異なる機能的置換基を有する多数のＤ−アミノ酸またはアミノ酸が存在する。天然に存在するペプチドの反対の立体異性体、及びペプチド類似体の立体異性体が開示されている。これらのアミノ酸は、最適なアミノ酸をｔＲＮＡ分子に負荷し、例えばアンバーコドンを利用して部位特異的な方法で類似体アミノ酸をペプチド鎖に挿入する遺伝子構築物を操作することによって、容易にポリペプチド鎖に組み込まれ得る。
【０１１７】
ある実施形態では、前記単離されたポリペプチドは、ペプチド模倣物であり、これはペプチドに類似するように産生され得るが、天然のペプチド結合を介して結合されない。例えば、アミノ酸またはアミノ酸類似体の結合としては、−ＣＨ２ＮＨ−、−ＣＨ２Ｓ−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−（シス及びトランス）、−ＣＯＣＨ２−、−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２−及び−ＣＨＨ２ＳＯ−が含まれるが、これらに限定されない。ペプチド類似体は、ｂ−アラニン、γ−アミノ酪酸などのように、結合原子間に２つ以上の原子を有することができる。アミノ酸類似体及びペプチド類似体は、多くの場合、より経済的な生産、より良好な化学的安定性、向上した薬理学的特性（半減期、吸収、効力、有効性など）、特異性の変化（例えば、広範囲の生物学的活性）、抗原性の低下、及び他の望ましい特性など、向上した、または望ましい特性を有する。
【０１１８】
ある実施形態では、前記単離されたポリペプチドは、Ｄ−アミノ酸（Ｄ−アミノ酸はペプチダーゼによって認識されないため、より安定なペプチドを生成するために使用することができる）を含む。コンセンサス配列の１つ以上のアミノ酸を同種のＤ−アミノ酸により系統的に置換する（例えば、Ｌ−リジンの代わりにＤ−リジン）ことによって、より安定なペプチドを生成することができる。システイン残基を用いて、２つ以上のペプチドを共に環化または結合させることができる。これは、ペプチドを特定の立体構造に制約するのに有益であり得る（例えば、Ｒｉｚｏ  ａｎｄ  Ｇｉｅｒａｓｃｈ，  Ａｎｎ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  １９９２，  ６１，  ３８７を参照のこと）。
【０１１９】
本開示はまた、本明細書に開示される任意のポリペプチドをコードする核酸分子を提供する。これには特定のポリペプチド配列に関連するすべての縮重配列が含まれる（１つの特定のポリペプチド配列をコードする配列を有するすべての核酸、ならびに前記タンパク質配列の開示された変異及び誘導体をコードする縮重核酸を含むすべての核酸）。したがって、各特定の核酸配列は本明細書に記載されていない場合があるが、各配列及びすべての配列は、開示されたポリペプチド配列を通じて、事実上本明細書に開示され、記載される。
【０１２０】
核酸内の核酸配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定の範囲の間のパーセント同一性（またはパーセント相補性）は、ＢＬＡＳＴプログラム（ベーシックローカルアライメント検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  １９９０，  ２１５，  ４０３−４１０；Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  Ｍａｄｄｅｎ，  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，  １９９７，  ７，  ６４９−６５６）を使用して、またはスミス及びウォーターマンのアルゴリズム（Ａｄｖ．  Ａｐｐｌ．  Ｍａｔｈ．，  １９８１，  ２，  ４８２−４８９）を使用するデフォルト設定を用いたＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ，  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８  ｆｏｒ  Ｕｎｉｘ，  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐａｒｋ，  Ｍａｄｉｓｏｎ  Ｗｉｓ）を使用することによって、常套的に測定できる。本明細書では、パーセント配列同一性について言及する場合、より高いパーセントの配列同一性がより低いものよりも好ましい。
【０１２１】
本開示はまた、本明細書に開示される任意の１つ以上の核酸分子及び／または任意の１つ以上のポリペプチド、ならびに担体及び／または賦形剤を含む組成物を提供する。ある実施形態では、前記担体は、核酸分子及び／またはポリペプチドの安定性を向上させる（例えば、分解生成物が、出発核酸またはタンパク質の０．５重量％未満といった閾値未満のままとなる所与の保存条件下（例えば、−２０℃、４℃または周囲温度）での期間を延長する；またはｉｎ  ｖｉｖｏでの安定性を増加させる）。担体の例としては、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ−乳酸−コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート及び脂質微小管が含まれるが、これらに限定されない。担体は、ＰＢＳ、ＨＢＳＳなどの緩衝食塩水を含んでよい。
【０１２２】
本開示はまた、本明細書に開示される任意のポリペプチドまたはその断片の産生方法を提供する。かかるポリペプチドまたはその断片は、任意の好適な方法によって産生することができる。例えば、ポリペプチドまたはその断片は、かかるポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子（例えば、組換え発現ベクター）を含む宿主細胞から産生することができる。かかる方法は、ポリペプチドまたはその断片を産生するのに十分な条件下で、ポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子（例えば、組換え発現ベクター）を含む宿主細胞を培養し、それにより該ポリペプチドまたはその断片を産生することを含むことができる。前記核酸は、前記宿主細胞中で活性なプロモーターに作動可能に連結することができ、培養は、該核酸が発現する条件下で実施することができる。かかる方法は、前記発現ポリペプチドまたはその断片を回収することをさらに含むことができる。回収は、前記ポリペプチドまたはその断片を精製することをさらに含むことができる。
【０１２３】
タンパク質発現に適した系の例には、例えば細菌細胞発現系（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、酵母細胞発現系（例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）、昆虫細胞発現系（例えば、バキュロウイルス媒介タンパク質発現）及び哺乳動物細胞発現系などの宿主細胞が含まれる。
【０１２４】
ポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子の例は、本明細書の他の箇所でより詳細に開示される。ある実施形態では、前記核酸分子は、前記宿主細胞での発現に最適化されたコドンである。ある実施形態では、前記核酸分子は、前記宿主細胞のプロモーター活性物質に作動可能に連結する。前記プロモーターは、異種プロモーター（天然に存在するプロモーターではないプロモーター）であり得る。Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉに適したプロモーターの例としては、アラビノース、ｌａｃ、ｔａｃ及びＴ７プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓに適したプロモーターの例としては、Ｐ１７０及びナイシンプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅに適したプロモーターの例としては、アルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨＩ）プロモーターもしくはエノラーゼ（ＥＮＯ）プロモーターなどの構成的プロモーター、またはＰＨＯ、ＣＵＰ１、ＧＡＬ１及びＧ１０などの誘導性プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓに適したプロモーターの例としては、アルコールオキシダーゼＩ（ＡＯＸ  Ｉ）プロモーター、グリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰ）プロモーター及びグルタチオン依存型ホルムアルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＦＬＤＩ）プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。バキュロウイルス媒介系に適したプロモーターの例は、後期ウイルス性強力ポリヘドリンプロモーターである。
【０１２５】
ある実施形態では、前記核酸分子は、ポリペプチドまたはその断片とタグをインフレームでコードし、タンパク質精製を容易にする。タグの例は、本明細書の他の箇所に開示される。かかるタグは、例えば、タグ付加タンパク質が、他のすべてのタンパク質（例えば宿主細胞タンパク質）から単離できるようにパートナーリガンド（例えば樹脂上に固定化されている）に結合する。アフィニティークロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）及びサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）は、前記発現タンパク質の純度を向上するために使用することができる方法の例である。
【０１２６】
他の方法もまた、ポリペプチドまたはその断片を産生するために使用可能である。例えば、２種以上のペプチドまたはポリペプチドをタンパク質化学技術によって互いに連結することができる。例えば、ペプチドまたはポリペプチドは、Ｆｍｏｃ（９−フルオレニルメチルオキシカルボニル）またはＢｏｃ（ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボノイル（ｔｅｒｔ−ｂｕｔｙｌｏｘｙｃａｒｂｏｎｏｙｌ））化学反応のいずれかを用いて化学的に合成され得る。かかるペプチドまたはポリペプチドは、標準的な化学反応によって合成可能である。例えば、ペプチドまたはポリペプチドは合成されて、その合成樹脂から切断され得ないが、一方で、ペプチドまたはタンパク質の他の断片は合成され、続いて樹脂から切断され得、それにより他の断片上で機能的にブロックされた末端基が露出し得る。ペプチド縮合反応により、これら２つの断片は、それぞれ、それらのカルボキシル末端及びアミノ末端でペプチド結合を介して共有結合することができる。あるいは、前記ペプチドまたはポリペプチドは、本明細書で記載のとおり、ｉｎ  ｖｉｖｏで独立して合成されることができる。単離すると、これらの独立したペプチドまたはポリペプチドは、連結し、類似のペプチド縮合反応を介してペプチドまたはその断片を形成し得る。
【０１２７】
ある実施形態では、クローン化または合成したペプチドセグメントの酵素ライゲーションにより、比較的短いペプチド断片を結合して、より大きなペプチド断片、ポリペプチド、または全タンパク質ドメインを産生することが可能になる（Ａｂｒａｈｍｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  １９９１，  ３０，  ４１５１）。あるいは、合成ペプチドのネイティブケミカルライゲーションを利用して、より短いペプチド断片から大きなペプチドまたはポリペプチドを合成的に構築することができる。この方法は、二段階化学反応からなることができる（Ｄａｗｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  １９９４，  ２６６，  ７７６−７７９）。第１段階は、非保護合成ペプチド−チオエステルと、アミノ末端Ｃｙｓ残基を含有する別の非保護ペプチドセグメントとの化学選択的反応であり、チオエステル結合中間体を最初の共有結合生成物として得ることができる。反応条件を変更することなく、この中間体は、自発的な迅速な分子内反応を受けて、ライゲーション部位に天然のペプチド結合を形成することができる。
【０１２８】
ある実施形態では、非保護ペプチドセグメントは、ペプチドセグメント間に結合が形成されている場所で化学的に連結することができる。該化学的ライゲーションの結果としては、非天然（非ペプチド）結合がある（Ｓｃｈｎｏｌｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  １９９２，  ２５６，  ２２１）。
【０１２９】
ある実施形態では、前記ポリペプチドは、例えば、グリコシル化、アセチル化及びリン酸化、ならびに当該技術分野において既知の他の修飾（天然に存在するものと天然に存在しないものの両方）などの発現後修飾を有することができる。ポリペプチドは、タンパク質全体、またはその配列であり得る。
【０１３０】
本開示はまた、本明細書に開示される１つ以上のポリペプチドまたはその相補体をコードすることができるポリヌクレオチドを含む核酸分子を含む組換え発現ベクターを含む宿主細胞を培養し、それにより該ポリペプチドを産生することを含む、本明細書に開示される任意のポリペプチドの産生方法を提供する。
【０１３１】
本開示はまた、本明細書に開示される、核酸分子を含むベクターを含む任意の１つ以上の核酸分子、及び／または任意の１つ以上のポリペプチドを含む細胞（例えば、組換え宿主細胞）を提供する。前記細胞は  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏであり得る。核酸分子は、プロモーター及び他の調節配列に連結することができ、そして、それらは発現し、コードされたタンパク質を産生する。かかる細胞の細胞株がさらに提供される。
【０１３２】
ある実施形態では、前記細胞は、全能性細胞または多能性細胞（例えば、げっ歯類ＥＳ細胞、マウスＥＳ細胞、またはラットＥＳ細胞などの胚性幹（ＥＳ）細胞）である。全能性細胞には、任意の細胞型を生じさせることができる未分化細胞が含まれ、多能性細胞には、２種以上の分化細胞型へと発達する能力を有する未分化細胞が含まれる。かかる多能性及び／または全能性細胞は、例えば、ＥＳ細胞、または人工多能性幹（ｉＰＳ）細胞などのＥＳ様細胞であることができる。ＥＳ細胞には、胚へ導入すると、発達中の胚の任意の組織に寄与することができる胚由来の全能性または多能性細胞を含む。ＥＳ細胞は、胚盤胞の内部細胞塊から得ることができ、任意の３つの脊椎動物胚葉（内胚葉、外胚葉及び中胚葉）の細胞に分化することができる。本開示によれば、前記胚性幹細胞は、非ヒト胚性幹細胞であり得る。
【０１３３】
ある実施形態では、前記細胞は初代体細胞、または初代体細胞ではない細胞である。体細胞は、配偶子、生殖細胞、生殖母細胞、または未分化幹細胞ではない任意の細胞を含むことができる。ある実施形態では、前記細胞は、初代細胞でもあり得る。初代細胞は、生物、器官または組織から直接単離された細胞または細胞の培養物を含む。初代細胞には、形質転換も不死化もしていない細胞が含まれる。初代細胞には、以前に組織培養が成功しなかった、または以前に組織培養が成功したが、無限に組織培養が成功することが不可能な生物、器官または組織から得られた任意の細胞が含まれる。かかる細胞は、従来技術によって単離することができ、例えば体細胞、造血細胞、内皮細胞、上皮細胞、線維芽細胞、間葉細胞、ケラチノサイト、メラニン細胞、単球、単核細胞、脂肪細胞、脂肪前駆細胞、ニューロン、グリア細胞、肝細胞、骨格筋筋芽細胞及び平滑筋細胞が含まれる。例えば、初代細胞は、結合組織、筋肉組織、神経系組織または上皮組織から得ることができる。
【０１３４】
ある実施形態では、前記細胞は通常、無限に増殖しない場合があるが、突然変異または変化のために、正常な細胞老化を回避し、代わりに分裂し続けることができる。かかる突然変異または変化は、自然に発生するか、または意図的に誘導可能である。不死化細胞の例としては、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ヒト胎児腎細胞（例えば、ＨＥＫ２９３細胞）及びマウス胚性線維芽細胞（例えば、３Ｔ３細胞）が含まれるが、これらに限定されない。多数の種類の不死化細胞が周知である。不死化細胞または初代細胞には、組換え遺伝子またはタンパク質の培養または発現に通常用いられる細胞が含まれる。ある実施形態では、前記細胞は、肝細胞（例えば、ヒト肝細胞）などの分化細胞である。
【０１３５】
前記細胞は、任意の起源由来であることができる。例えば、前記細胞は、真核細胞、動物細胞、植物細胞または真菌（例えば酵母）細胞であることができる。かかる細胞は、魚類細胞もしくは鳥類細胞であることができる、またはかかる細胞は、ヒト細胞、非ヒト哺乳動物細胞、げっ歯類細胞、マウス細胞もしくはラット細胞などの哺乳動物細胞であることができる。哺乳動物としては、ヒト、非ヒト霊長類、サル、類人猿、ネコ、イヌ、ウマ、雄牛、シカ、バイソン、ヒツジ、げっ歯類（例えば、マウス、ラット、ハムスター、モルモット）、家畜（例えば、雌牛、去勢牛などのウシ種；ヒツジ、ヤギなどのヒツジ種、ならびにブタ及びイノシシなどのブタ種）が含まれるが、これらに限定されない。鳥類としては、ニワトリ、シチメンチョウ、ダチョウ、ガチョウ、アヒル、などが含まれるが、これらに限定されない。飼育動物及び農業動物も含まれる。用語「非ヒト動物」は、ヒトを除外する。
【０１３６】
追加の宿主細胞は、例えば、２０１６年７月２８日に出願された米国仮特許出願第６２／３６７，９７３号に記載され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に開示される核酸分子及びポリペプチドは、任意の手段によって細胞内に導入することができる。トランスフェクションプロトコール及び核酸またはタンパク質を細胞内に導入するためのプロトコールは異なり得る。非限定的なトランスフェクション方法としては、リポソーム、ナノ粒子、カルシウム、デンドリマー、及びＤＥＡＥ−デキストランまたはポリエチレンイミンなどのカチオン性ポリマーを使用する化学ベースのトランスフェクション法を含む。非化学的方法としては、電気穿孔法、音響穿孔法及び光学的トランスフェクションを含む。粒子ベースのトランスフェクションとしては、遺伝子銃の使用、または磁力アシストトランスフェクション（ｍａｇｎｅｔ−ａｓｓｉｓｔｅｄ  ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）を含む。ウイルス法もまた、トランスフェクションに使用することができる。
【０１３７】
細胞内への核酸またはタンパク質の導入はまた、電気穿孔、細胞質内注入、ウイルス感染、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レンチウイルス、レトロウイルス、トランスフェクション、脂質媒介トランスフェクションまたはヌクレオフェクションによって媒介されることができる。ヌクレオフェクションは、細胞質へだけではなく、核膜を通じて核酸基質を核内に送達することを可能にする、改良された電気穿孔技術である。加えて、本明細書に開示される方法におけるヌクレオフェクションの使用では、通常、標準的な電気穿孔法よりも、はるかに少ない細胞しか必要としない（例えば、標準的な電気穿孔法の場合の７００万と比較して約２００万のみ）。ある実施形態では、ヌクレオフェクションは、ＬＯＮＺＡ（登録商標）ＮＵＣＬＥＯＦＥＣＴＯＲ（商標）システムを用いて実施される。
【０１３８】
細胞内への核酸またはタンパク質の導入は、顕微注入法によっても実施することができる。タンパク質またはＤＮＡの顕微注入が通常、核内へ行われる一方、ｍＲＮＡの顕微注入は、通常、細胞質内へ行われる（例えば、ｍＲＮＡを翻訳機構に直接送達するために）。あるいは、顕微注入は、核と細胞質内の両方への注入によって実施することができる：最初に針を核内に挿入し、第１の量を注入することができ、該針を細胞から抜きながら第２の量を細胞質内に注入することができる。ヌクレアーゼ剤タンパク質を細胞質内に注入する場合、該タンパク質は、核局在化シグナルを含み得、核／前核への送達を確実にし得る。
【０１３９】
細胞内に核酸またはタンパク質を導入するための他の方法は、例えば、ベクター送達、粒子媒介送達、エキソソーム媒介送達、脂質−ナノ粒子媒介送達、細胞透過性ペプチド媒介送達または埋め込み型デバイス媒介送達を含むことができる。細胞をｉｎ  ｖｉｖｏで修飾するために、対象に核酸またはタンパク質を投与する方法は、本明細書の他の箇所に開示される。細胞内への核酸及びタンパク質の導入は、流体力学的送達（ＨＤＤ）によっても実施することができる。
【０１４０】
細胞内に核酸またはタンパク質を導入するための他の方法は、例えば、ベクター送達、粒子媒介送達、エキソソーム媒介送達、脂質−ナノ粒子媒介送達、細胞透過性ペプチド媒介送達または埋め込み型デバイス媒介送達を含むことができる。ある実施形態では、核酸またはタンパク質は、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ−乳酸−コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエートまたは脂質微小管などの担体中の細胞内に導入することができる。
【０１４１】
本開示はまた、プローブ及びプライマーを提供する。プローブ及びプライマーの例は、例えば上記に開示される。本開示は、本明細書に開示される任意の核酸分子を特異的にハイブリダイズする核酸配列を含むプローブ及びプライマーを提供する。例えば、前記プローブまたはプライマーは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子にハイブリダイズする、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイズする核酸配列を含んでもよい。ある実施形態では、本開示のプローブまたはプライマーは、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子にハイブリダイズする、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイズする核酸配列を含む。ある実施形態では、前記プローブまたはプライマーは、配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子にハイブリダイズする、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイズする核酸配列を含んでもよい。ある実施形態では、前記プローブまたはプライマーは、配列番号５のＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子にハイブリダイズする、またはこの核酸分子の相補体にハイブリダイズする核酸配列を含む。前記プローブまたはプライマーは、任意の適切な長さを含んでもよく、その非限定的な例には、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４または少なくとも約２５ヌクレオチド長が含まれる。好ましい実施形態では、前記プローブまたはプライマーは、少なくとも約１８ヌクレオチド長を含む。前記プローブまたはプライマーは、約１０〜約３５、約１０〜約３０、約１０〜約２５、約１２〜約３０、約１２〜約２８、約１２〜約２４、約１５〜約３０、約１５〜約２５、約１８〜約３０、約１８〜約２５、約１８〜約２４または約１８〜約２２ヌクレオチド長を含んでもよい。好ましい実施形態では、前記プローブまたはプライマーは、約１８〜約３０ヌクレオチド長である。
【０１４２】
本開示はまた、アレル特異的プローブ及びアレル特異的プライマーを提供する。本開示のアレル特異的プローブまたはプライマーは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列、またはその相補体に特異的にハイブリダイズする。
【０１４３】
本開示の文脈では、「特異的にハイブリダイズする」とは、プローブまたはプライマー（例えば、アレル特異的プローブまたはプライマー）が、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含まないＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズしないことを意味する。本開示のプローブまたはプライマーは、好ましくは、ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸コドンまたはその相補体を包含する。
【０１４４】
したがって、本開示は、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列を含むアレル特異的プローブまたはプライマーであって、該アレル特異的プローブまたはプライマーが、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸コドンに相補的な核酸配列を含む、アレル特異的プローブまたはプライマーを提供する。
【０１４５】
したがって、本開示のアレル特異的プローブまたはプライマーは、配列番号４の５３３位にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列を含む。本開示のアレル特異的プローブまたはプライマーは、ＧＰＲ１５６内のＥ５３３Ｄ変異及び／またはＧＰＲ１５６のより短いアイソフォーム内のＥ５２９Ｄ突然変異を検出するために使用してもよい。例えば、本開示のアレル特異的プライマーは、Ｅ５３３Ｄ変異を含む、ＧＰＲ１５６（例えば、配列番号４のアミノ酸配列を有する）またはその断片をコードする核酸配列を増幅するために使用してもよい。本開示のアレル特異的プライマーは、Ｅ５２９Ｄ突然変異を含む、ＧＰＲ１５６アイソフォーム（配列番号５のアミノ酸配列を有するアイソフォームなど）の核酸配列またはその断片を増幅するために使用してもよい。
【０１４６】
ある実施形態では、本開示のアレル特異的プローブまたはプライマーは、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列を含む。ある実施形態では、前記アレル特異的プローブまたはプライマーは、配列番号５のＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列を含む。ある実施形態では、前記アレル特異的プローブまたはプライマーは、配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列を含む。ある実施形態では、前記アレル特異的プライマーは、本明細書に開示される任意の核酸分子に特異的にハイブリダイズし、前記アスパラギン酸は、コドンＧＡＴまたはＧＡＵによってコードされる。ある実施形態では、前記アレル特異的プライマーは、本明細書に開示される任意の核酸分子に特異的にハイブリダイズし、前記アスパラギン酸は、コドンＧＡＣによってコードされる。前記アスパラギン酸をコードするコドンは、前記アレル特異的プライマーの３’末端にあってよい。
【０１４７】
好ましい実施形態では、前記アレル特異的プローブまたはプライマーは、ＧＰＲ１５６遺伝子のメジャーアレルに結合する。したがって、前記アレル特異的プライマーは、好ましくは、ＧＰＲ１５６遺伝子のマイナーアレルではなく、ＧＰＲ１５６遺伝子のメジャーアレルに結合する。野生型メジャーアレルは、配列番号４の５３３位に対応する位置にグルタミン酸をコードする核酸配列を含むが、前記メジャーアレルは、配列番号４の５１６位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする核酸配列を含む。前記マイナーアレルは、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする核酸配列を含むが、前記マイナーアレルは、配列番号４の５１６位に対応する位置にグルタミン酸をコードする核酸配列を含む。したがって、前記アレル特異的プローブまたはプライマーは、Ｅ５３３Ｄ変異を含むＧＰＲ１５６遺伝子のマイナーアレルに特異的にハイブリダイズし得る。本開示によれば、前記アレル特異的プローブまたはプライマーは、Ｅ５３３Ｄ変異を含まないメジャーアレルにハイブリダイズしない。
【０１４８】
本開示のプローブまたはプライマーに関して前述した長さは、本開示のアレル特異的プローブまたはプライマーにも準用する。
本開示はまた、上述のアレル特異的プライマーのうちの一方を含む１対のアレル特異的プライマーを提供する。
【０１４９】
ある実施形態では、前記プローブまたはプライマー（例えば、アレル特異的プローブまたはプライマー）は、ＤＮＡを含む。ある実施形態では、前記プローブまたはプライマー（例えば、アレル特異的プローブまたはプライマー）は、ＲＮＡを含む。ある実施形態では、前記プローブ（例えば、アレル特異的プローブ）は、本明細書に開示される任意の核酸分子にハイブリダイズし、前記アスパラギン酸（配列番号４の５３３位に対応する位置の）は、コドンＧＡＴ（またはＧＡＵ）によってコードされる。ある実施形態では、前記プローブは、本明細書に開示される任意の核酸分子にハイブリダイズし、前記アスパラギン酸（配列番号４の５３３位に対応する位置の）は、コドンＧＡＣによってコードされる。ある実施形態では、前記プローブ（例えば、アレル特異的プローブ）は、高ストリンジェントな条件などのストリンジェントな条件下で、ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズする。
【０１５０】
ある実施形態では、前記プローブは、標識を含む。ある実施形態では、前記標識は、蛍光標識、放射性標識またはビオチンである。ある実施形態では、前記プローブの長さは、上で説明されている。あるいは、ある実施形態では、前記プローブは、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５もしくは少なくとも約１００ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。前記プローブ（例えば、アレル特異的プローブ）は、例えば、本明細書に開示される任意の核酸分子を検出するために使用してよい。好ましい実施形態では、前記プローブは、少なくとも約１８ヌクレオチド長を含む。前記プローブは、約１０〜約３５、約１０〜約３０、約１０〜約２５、約１２〜約３０、約１２〜約２８、約１２〜約２４、約１５〜約３０、約１５〜約２５、約１８〜約３０、約１８〜約２５、約１８〜約２４または約１８〜約２２ヌクレオチド長を含んでもよい。好ましい実施形態では、前記プローブは、約１８〜約３０ヌクレオチド長である。
【０１５１】
本開示はまた、本明細書に開示される任意の１つ以上のプローブが結合する基質を含む支持体を提供する。固体支持体は、本明細書に開示される任意のプローブなどの分子を結合させることができる固体基質または支持体である。固体支持体の一形態は、アレイである。固体支持体の別の形態は、アレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の異なるプローブが、アレイ、グリッド、または他の組織化されたパターンにて結合される固体支持体である。
【０１５２】
固体支持体に使用するための固体基質は、分子を結合することができる任意の固体材料を含むことができる。これには、アクリルアミド、アガロース、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、ポリスチレン、ポリエチレンビニルアセタート、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリエチレンオキシド、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン（登録商標）、フルオロカーボン、ナイロン、シリコンゴム、ポリ無水物（ｐｏｌｙａｎｈｙｄｒｉｄｅ）、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルトエステル、ポリプロピルフメレート（ｐｏｌｙｐｒｏｐｙｌｆｕｍｅｒａｔｅ）、コラーゲン、グリコサミノグリカン及びポリアミノ酸などの物質が含まれる。固体基質は、薄膜、膜、ボトル、皿、繊維、織布繊維、成形ポリマー、粒子、ビーズ、微粒子またはそれらの組み合わせを含む任意の有用な形態を有することができる。固体基質及び固体支持体は、多孔質または非多孔質であることができる。固体基質の形態は、標準的な９６ウェルタイプなどのマイクロタイター皿である。ある実施形態では、通常１ウェルあたり１アレイを含有するマルチウェルスライドガラスを用いることができる。この特徴により、アッセイの再現性がより良好に制御され、スループット及び試料処理が向上し、自動化を容易にすることができる。ある実施形態では、前記支持体は、マイクロアレイである。
【０１５３】
本明細書に開示される任意のポリペプチドは、本明細書に記載の５３３位または５２９位のアスパラギン酸に加えて、１つ以上の置換（保存的アミノ酸置換など）、挿入または欠失をさらに有することができる。挿入としては、例えば、アミノまたはカルボキシル末端融合に加えて、単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。既知の配列を有するＤＮＡ中の所定の部位で置換を行うための技術、例えばＭ１３プライマー突然変異誘発及びＰＣＲ突然変異誘発は周知である。アミノ酸置換は、通常、単一の残基であるが、一度に多数の異なる位置で起こり得る；挿入は、通常、約１〜１０アミノ酸残基ほどであり得る；そして、欠失は約１〜３０残基の範囲であり得る。欠失または挿入は、隣接対で行われ得る（すなわち２残基の欠失または２残基の挿入）。置換、欠失、挿入またはそれらの任意の組み合わせを組み合わせて、最終構築物を得てもよい。ある実施形態では、突然変異によって、配列がリーディングフレーム外に配置されず、二次ｍＲＮＡ構造を生成できる相補的領域が作られない。
【０１５４】
本開示はまた、組成物を生成し、本明細書に記載の方法を利用するためのキットを提供する。本明細書に記載のキットは、対象の試料において１つ以上の遺伝的変異を検出するためのアッセイ（複数可）を含むことができる。
【０１５５】
ある実施形態では、ＧＰＲ１５６変異のヒト同定キットでは、上記の組成物及び方法を利用する。ある実施形態では、基本キットは、本明細書に開示される任意の核酸分子（例えば、配列番号９〜１２、配列番号１６〜２１または配列番号２５〜３０など）における遺伝子座の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを有する容器を含むことができる。キットはまた、使用説明書を任意に含むことができる。キットはまた、例えば、増幅された各遺伝子座に関する１つ以上のアレリックラダー、増幅に十分な量の酵素、増幅を促進するための増幅緩衝液、酵素活性を促進するための２価カチオン溶液、増幅中の鎖伸長のためのｄＮＴＰ、電気泳動用増幅材料を調製するためのローディング溶液、鋳型対照としてのゲノムＤＮＡ、分離媒体で予想通りに物質が移動することを保証するためのサイズマーカー、ならびにユーザを教育し、使用上のエラーを抑えるためのプロトコル及びマニュアルなどの他の任意のキット構成要素を含むことができる。キット中の様々な試薬の量もまた、プロセスの最適感度などのいくつかの要因に応じて変化し得る。手動で使用するための試験キット、または自動化した試料調製、反応セットアップ、検出器もしくは分析器で使用するための試験キットを提供することは、これらの教示の範囲内である。
【０１５６】
ある実施形態では、前記キットは、アスパラギン酸をコードする少なくとも１つの遺伝子座を増幅するための少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含み、前記１対の一方のプライマーは、少なくとも１つの遺伝子座のプライマー結合部位内のＳＮＰ核酸塩基にハイブリダイズし、前記１対の少なくとも一方のプライマーは、蛍光標識を含む。ある態様では、前記遺伝子座は、ＧＰＲ１５６遺伝子に変異を含む。
【０１５７】
ある実施形態では、前記キットは、本明細書に開示される任意の核酸分子（例えば、配列番号９〜１２、配列番号１６〜２１または配列番号２５〜３０など）から選択される少なくとも１つの遺伝子座をＰＣＲ増幅するための少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含み、前記１対の一方のプライマーは、少なくとも１つの遺伝子座のプライマー結合部位内のＳＮＰ核酸塩基にハイブリダイズする。ある実施形態では、前記キットはさらに、本明細書に開示される任意の核酸分子（例えば、配列番号９〜１２、配列番号１６〜２１または配列番号２５〜３０など）から選択される少なくとも１つの遺伝子座に対応するアレリックラダー、プロトコル、酵素、ｄＮＴＰ、緩衝液、塩（複数可）及び対照核酸試料のうち少なくとも１つを含む。ある実施形態では、前記ＳＮＰ核酸塩基は、本明細書に開示される任意の核酸分子（例えば、配列番号９〜１２、配列番号１６〜２１または配列番号２５〜３０など）から選択される配列内にある。
【０１５８】
ある態様では、本明細書に開示されるキットは、本明細書に開示される任意のｃＤＮＡまたはｍＲＮＡ分子（例えば、配列番号１６〜２１または配列番号２５〜３０など）のヌクレオチド位置１５９９にチミンまたはウラシルに直接ハイブリダイズする３’末端ヌクレオチドを含むプライマーを含むことができる。
【０１５９】
また本明細書に開示されるのは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置で本明細書に開示される任意の核酸分子において、ヌクレオチドの変異を検出するように設計された少なくとも１つの核酸プローブ（検出は、ヌクレオチド変異配列への特異的ハイブリダイゼーションに基づき、前記核酸プローブは、アニーリング反応を実施するのに必要な検出可能な標識、生成物及び試薬を含む）及び説明書を含む、キットである。前記キットは、本明細書に記載の任意のプローブを含み得る。
【０１６０】
本明細書に開示されるのは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置で本明細書に開示される任意の核酸分子の少なくとも１つの遺伝子座を増幅するための少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含むキットであって、前記１対の一方のプライマーが、少なくとも１つの遺伝子座のプライマー結合部位内のＳＮＰ核酸塩基にハイブリダイズし、前記１対の少なくとも一方のプライマーが、蛍光標識を含む、キットである。前記キットは、本明細書に記載の任意のプライマーを含み得る。
【０１６１】
本明細書に開示されるのは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置で本明細書に開示される任意の核酸分子の少なくとも１つの遺伝子座を増幅するための少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含むキットであって、前記１対の一方のプライマーが、少なくとも１つの遺伝子座のプライマー結合部位内のＳＮＰ核酸塩基にハイブリダイズし、前記１対の少なくとも一方のプライマーが、配列番号４の５３３位に対応するアスパラギン酸をコードする位置で本明細書に開示される任意の核酸分子の少なくとも１つの遺伝子座に対応するアレリックラダーをさらに含む蛍光標識を含む、キットである。前記キットは、本明細書に記載の任意のプライマーを含み得る。
【０１６２】
本明細書に開示されるのは、配列番号４の５３３位に対応するアスパラギン酸をコードする位置で本明細書に開示される任意の核酸分子の少なくとも１つの遺伝子座を増幅するための少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含むキットであって、前記１対の一方のプライマーが、少なくとも１つの遺伝子座のプライマー結合部位内のＳＮＰ核酸塩基にハイブリダイズし、前記１対の少なくとも一方のプライマーが、蛍光標識を含む、キットであり、前記プライマーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）で使用される。前記キットは、本明細書に記載の任意のプライマーを含み得る。
【０１６３】
本明細書に開示されるのは、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置で本明細書に開示される任意の核酸分子の少なくとも１つの遺伝子座を増幅するための少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマーを含むキットであり、前記１対の一方のプライマーが、少なくとも１つの遺伝子座のプライマー結合部位内のＳＮＰ核酸塩基にハイブリダイズし、前記１対の少なくとも一方のプライマーが、蛍光標識を含み、さらにプロトコル、酵素、ｄＮＴＰ、緩衝液、塩（複数可）及び対照核酸試料のうち少なくとも１つを含む、キットである。前記キットは、本明細書に記載の任意のプライマーを含み得る。
【０１６４】
【表１】
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当業者は、用いられる検出技術が一般的に限定的ではないことを理解する。むしろ、アンプリコンの有無を測定できる限り、様々な検出手段が、開示された方法及びキットの範囲内にある。
【０１６５】
ある態様では、キットは、本明細書に開示される１つ以上のプライマーまたはプローブを含むことができる。例えば、キットは、１つ以上の開示される遺伝的変異にハイブリダイズする１つ以上のプローブを含むことができる。
【０１６６】
ある態様では、キットは、開示される細胞または細胞株のうちの１つを含むことができる。ある態様では、キットは、トランスジェニック細胞または細胞株を作製するのに必要な物質を含むことができる。例えば、ある態様では、キットは、開示される遺伝的変異の１つ以上を含む核酸配列を含む細胞及びベクターを含むことができる。キットはさらに、細胞培養用培地を含むことができる。
【０１６７】
本開示はまた、ヒト対象由来の生物学的試料中のＧＰＲ１５６変異遺伝子、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及び／またはポリペプチドの存在を検出する方法を提供する。集団内の遺伝子配列、ならびに、かかる遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ及びタンパク質は、一塩基多型などの多型によって異なり得ることを理解されたい。ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及びポリペプチドの本明細書で提供される配列は、例示的な配列にすぎない。ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及びポリペプチドの他の配列もまた可能である。
【０１６８】
生体試料は、対象由来の任意の細胞、組織または体液から得ることができる。前記試料は、骨髄試料、腫瘍生検材料、穿刺吸引物、または血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ液、腹水、嚢胞液もしくは尿などの体液の試料などの臨床上関連する任意の組織を含んでもよい。いくつかの事例では、前記試料は、口腔内スワブを含む。本明細書で開示される方法で使用される試料は、アッセイ形式、検出方法の性質、及び試料として使用される組織、細胞または抽出物に基づいて様々であってよい。生体試料は、使用されるアッセイに応じて異なる方法で処理することができる。例えば、変異ＧＰＲ１５６核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡの試料を単離または濃縮するように計画された予備処理を用いることができる。この目的のために、様々な既知の技術を使用してよい。変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡのレベルを検出する場合、生体試料をｍＲＮＡと濃縮するために様々な技術を使用することができる。ｍＲＮＡの存在もしくはレベル、または特定の変異ゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するための様々な方法を使用することができる。
【０１６９】
ある実施形態では、本開示は、生体試料中の核酸の少なくとも一部分をシークエンシングすることを含む変異ＧＰＲ１５６核酸分子の有無を検出して、前記核酸が、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする核酸配列を含むかどうかを測定する方法を提供する。本明細書に開示される任意の変異核酸分子は、本明細書に記載の任意のプローブを使用して検出することができる。
【０１７０】
ある実施形態では、対象における単極性うつ病関連変異ＧＰＲ１５６核酸分子（例えば、遺伝子、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）の有無の検出方法は、対象から得られた生体試料でアッセイを実施することを含み、該アッセイは、生体試料中の核酸分子が、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする核酸配列を含むかどうかを測定する。ある実施形態では、前記生体試料は、細胞または細胞溶解液を含む。かかる方法は、さらに、例えば、ＧＰＲ１５６遺伝子またはｍＲＮＡを含む対象から生体試料を得、ｍＲＮＡの場合は必要に応じてｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写し、ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡの位置が変異ＧＰＲ１５６ポリペプチドの５３３位に対応する位置にアスパラギン酸をコードすることを測定するアッセイを生体試料で実施することを含むことができる。かかるアッセイは、例えば、これらの特定のＧＰＲ１５６核酸分子の位置の同一性を測定することを含むことができる。ある実施形態では、前記対象は、ヒトである。
【０１７１】
ある実施形態では、対象における不安障害関連変異ＧＰＲ１５６核酸分子（例えば、遺伝子、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）の有無の検出方法は、対象から得られた生体試料でアッセイを実施することを含み、該アッセイは、生体試料中の核酸分子が、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする核酸配列を含むかどうかを測定する。ある実施形態では、前記生体試料は、細胞または細胞溶解液を含む。かかる方法は、さらに、例えば、ＧＰＲ１５６遺伝子またはｍＲＮＡを含む対象から生体試料を得、ｍＲＮＡの場合は必要に応じてｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写し、ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡの位置が変異ＧＰＲ１５６ポリペプチドの５３３位に対応する位置にアスパラギン酸をコードすることを測定するアッセイを生体試料で実施することを含むことができる。かかるアッセイは、例えば、これらの特定のＧＰＲ１５６核酸分子の位置の同一性を測定することを含むことができる。ある実施形態では、前記対象は、ヒトである。
【０１７２】
ある実施形態では、前記アッセイは、対象由来の生体試料中の核酸分子のＧＰＲ１５６ゲノム配列の少なくとも一部分のシークエンシングであって、前記シークエンシング部分が、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置を含む、シークエンシングか；対象由来の生体試料中の核酸分子のＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ配列の一部分のシークエンシングであって、前記シークエンシング部分が、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置を含む、シークエンシングか；または、対象から得られた生体試料から得られたｍＲＮＡから得られた核酸分子のＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ配列の一部分のシークエンシングであって、前記シークエンシング部分が、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置を含む、シークエンシングを含む。
【０１７３】
ある実施形態では、前記アッセイは、ａ）生体試料を、ｉ）配列番号４の５３３位もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置でＧＰＲ１５６ゲノム配列の位置に隣接したＧＰＲ１５６ゲノム配列の一部分、ｉｉ）配列番号４の５３３位もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応するＧＰＲ１５６ｍＲＮＡの位置に隣接したＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ配列の一部分、またはｉｉｉ）配列番号４の５３３位もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする位置に対応するＧＰＲ１５６ｃＤＮＡの位置に隣接したＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ配列の一部分、にハイブリダイズするプライマーと接触させることと：ｂ）前記プライマーを、少なくとも、ｉ）配列番号４の５３３位もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンを超えるヌクレオチド位置に対応するＧＰＲ１５６ゲノム配列の位置、ｉｉ）配列番号４の５３３位に対応する位置もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンを超えるヌクレオチド位置に対応するＧＰＲ１５６ｍＲＮＡの位置、またはｉｉｉ）配列番号４の５３３位に対応する位置もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするコドンを超えるヌクレオチド位置に対応するＧＰＲ１５６ｃＤＮＡの位置、を通じて伸長させることと：ｃ）プライマーの伸長産物が、配列番号４の５３３位に対応する位置もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするヌクレオチドを含むかどうかを測定することと、を含む。ある実施形態では、ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡのみを分析する。ある実施形態では、ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡのみを分析する。ある実施形態では、ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡから得られたＧＰＲ１５６ｃＤＮＡのみを分析する。
【０１７４】
ある実施形態では、前記アッセイは、ａ）生体試料を、ｉ）配列番号４の５３３位に対応する位置もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアミノ酸をコードするヌクレオチドを含むＧＰＲ１５６ゲノム配列の一部分、ｉｉ）配列番号４の５３３位に対応する位置もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアミノ酸をコードするヌクレオチドを含むＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ配列の一部分、またはｉｉｉ）配列番号４の５３３位に対応する位置もしくは配列番号５の５２９位に対応する位置でアミノ酸をコードするヌクレオチドを含むＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ配列の一部分、にハイブリダイズするアレル特異的プライマーと接触させることと；ｂ）アレル特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を用いてプライマーを伸長させることと；ｃ）伸長が起こったかどうかを測定することと、を含む。アレル特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を用いて、核酸配列中のＳＮＰなどの突然変異を検出することができる。アレル特異的プライマーが使用されるのは、鋳型とのミスマッチが存在するとＤＮＡポリメラーゼが伸長しないからである。基本的なアレル特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術の多くの変形形態は、当業者が自由に使用することができる。
【０１７５】
前記アレル特異的プライマーは、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸を含むＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に相補的な核酸配列または該核酸配列に対する相補体を含んでもよい。例えば、前記アレル特異的プライマーは、配列番号４及び／または配列番号５をコードする核酸配列に相補的な核酸配列またはこの核酸配列に対する相補体を含んでもよい。前記アレル特異的プライマーは、好ましくは、核酸配列が、コドンＧＡＴ（またはＧＡＵ）またはＧＡＣを介して、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする場合、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸配列に特異的にハイブリダイズする。
【０１７６】
ある実施形態では、前記アッセイは、生体試料を、ストリンジェントな条件下で、対応する野生型ＧＰＲ１５６配列ではなく、変異ＧＰＲ１５６ゲノム配列、ｍＲＮＡ配列またはｃＤＮＡ配列に特異的にハイブリダイズするプライマーまたはプローブと接触させること、及びハイブリダイゼーションが起こったかどうかを測定することを含む。
【０１７７】
ある実施形態では、前記アッセイは、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）を含む。ある実施形態では、前記アッセイはまた、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を介してｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含む。
【０１７８】
ある実施形態では、前記方法は、標的核酸配列に結合し、変異ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または同定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。前記ハイブリダイゼーション条件または反応条件は、この結果を達成するためにオペレーターによって決定することができる。このヌクレオチド長は、本明細書に記載または例示される任意のアッセイを含む、最適な検出法での使用に十分な任意の長さであり得る。一般的には、例えば、約８、約１０、約１１、約１２、約１４、約１５、約１６、約１８、約２０、約２２、約２４、約２６、約２８、約３０、約４０、約５０、約７５、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、約６００もしくは約７００ヌクレオチド以上、または約１１〜約２０、約２０〜約３０、約３０〜約４０、約４０〜約５０、約５０〜約１００、約１００〜約２００、約２００〜約３００、約３００〜約４００、約４００〜約５００、約５００〜約６００、約６００〜約７００もしくは約７００〜約８００もしくはそれ以上のヌクレオチド長を有するプライマーまたはプローブが使用される。好ましい実施形態では、前記プローブまたはプライマーは、少なくとも約１８ヌクレオチド長を含む。前記プローブまたはプライマーは、約１０〜約３５、約１０〜約３０、約１０〜約２５、約１２〜約３０、約１２〜約２８、約１２〜約２４、約１５〜約３０、約１５〜約２５、約１８〜約３０、約１８〜約２５、約１８〜約２４または約１８〜約２２ヌクレオチド長を含んでもよい。好ましい実施形態では、前記プローブまたはプライマーは、約１８〜約３０ヌクレオチド長である。
【０１７９】
かかるプローブ及びプライマーは、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列に特異的にハイブリダイズすることができる。標的核酸配列と異なり、標的核酸配列を特異的に検出及び／または同定する能力を保持するプローブは、従来の方法によって設計することができるが、プローブ及びプライマーは、前記標的配列と連続したヌクレオチドの完全な核酸配列同一性を有し得る。したがって、プローブ及びプライマーは、前記標的核酸分子に対して、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％もしくは１００％の配列同一性または相補性を共有することができる。
【０１８０】
ある実施形態では、特定のプライマーを使用して、変異ＧＰＲ１５６遺伝子座及び／またはＧＰＲ１５６変異ｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡを増幅し、特定のプローブとして使用することができ、または変異ＧＰＲ１５６遺伝子座を同定するため、または生体試料中の特定のＧＰＲ１５６ｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡのレベルを測定するために、それ自体が検出されることができるアンプリコンを作製することができる。前記ＧＰＲ１５６変異遺伝子座は、配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位にアスパラギン酸をコードする位置に対応する位置を含むゲノム核酸配列を表すために使用することができる。前記プローブが核酸分子に結合するのを可能にする条件下で、プローブが生体試料中の核酸分子とハイブリダイズする場合、この結合は検出されることができ、生体試料中の変異ＧＰＲ１５６遺伝子座の存在、または変異ＧＰＲ１５６のｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡの存在もしくはレベルを示すことを可能にする。結合プローブのかかる同定については記載されている。特定のプローブは、変異ＧＰＲ１５６遺伝子の特定の領域に対して、少なくとも約８０％、約８０％〜約８５％、約８５％〜約９０％、約９０％〜約９５％、約９５％〜約１００％同一（または相補的）の配列を含んでもよい。特定のプローブは、変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡの特定の領域に対して、少なくとも約８０％、約８０％〜約８５％、約８５％〜約９０％、約９０％〜約９５％、約９５％〜約１００％同一（または相補的）の配列を含んでもよい。特定のプローブは、変異ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡの特定の領域に対して、少なくとも約８０％、約８０％〜約８５％、約８５％〜約９０％、約９０％〜約９５％、約９５％〜約１００％同一（または相補的）の配列を含んでもよい。
【０１８１】
ある実施形態では、生体試料中の核酸相補体が、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする核酸配列を含むかどうかを測定するために、該生体試料は、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする位置に隣接する５’フランキング配列に由来する第１のプライマー及び配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする位置に隣接する３’フランキング配列に由来する第２のプライマーを含むプライマー対を使用する核酸増幅法に供され得、配列番号４の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする位置におけるＳＮＰの存在を診断するアンプリコンを作製し得る。ある実施形態では、前記アンプリコンは、プライマー対と１ヌクレオチド塩基対とを合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコルによって作製可能なアンプリコンの任意の長さまでの範囲の長さであり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界まで、または約２万ヌクレオチド塩基対の範囲であることができる。必要に応じて、前記プライマー対は、配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位でアスパラギン酸をコードする位置、及び配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位でアスパラギン酸をコードする位置の両側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上のヌクレオチドを含む領域に隣接する。ｍＲＮＡ及び／またはｃＤＮＡ配列から同様のアンプリコンを作製することができる。
【０１８２】
プローブ及びプライマーを調製及び使用するための代表的な方法は、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  ２ｎｄ  Ｅｄ．，  Ｖｏｌ．  １−３，  ｅｄ．  Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．  １９８９（以下，”Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９”）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ｅｄ．  Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  ａｎｄ  Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  １９９２（定期更新）（以下，“Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２”）；及びＩｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ：  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  １９９０）に記載される。ＰＣＲプライマー対は、既知の配列から得ることができ、例えば、その目的のために意図された、Ｖｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ  Ｉｎｃ．，  Ｂｅｔｈｅｓｄａ  Ｍｄ．）；ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ  Ｉｎｃ．，  Ｍａｄｉｓｏｎ，  Ｗｉｓ．）；及びＰｒｉｍｅｒ３（Ｖｅｒｓｉｏｎ  ０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，  １９９１，  Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，  Ｍａｓｓ．）のＰＣＲプライマー分析ツールなどのコンピュータープログラムが使用される。加えて、前記配列は視覚的にスキャンされることができ、プライマーは、既知のガイドラインを用いて手動で同定することができる。
【０１８３】
任意の核酸ハイブリダイゼーションまたは増幅またはシークエンシング方法を使用して、変異ＧＰＲ１５６遺伝子座の存在、及び／または変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ、もしくはｍＲＮＡから産生されるｃＤＮＡのレベルを特異的に検出することができる。ある実施形態では、前記核酸分子は、ＧＰＲ１５６核酸の領域を増幅するためのプライマーとして使用することができる、または前記核酸分子は、例えばストリンジェントな条件下で、変異ＧＰＲ１５６遺伝子座を含む核酸分子、または変異ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ、もしくはｍＲＮＡから産生されるｃＤＮＡを含む核酸分子に特異的にハイブリダイズするプローブとして使用することができる。
【０１８４】
例えば、核酸シークエンシング、核酸ハイブリダイゼーション及び核酸増幅を含む、様々な技術が当該分野において利用可能である。核酸シークエンシング技術の実例には、チェーンターミネーター（サンガー）シークエンシング法及びダイターミネーターシークエンシング法が含まれるが、これらに限定されない。
【０１８５】
他の方法は、シークエンシング法以外の核酸ハイブリダイゼーション法を含み、精製ＤＮＡ、増幅ＤＮＡ及び固定細胞調製物に対する標識プライマーまたはプローブの使用（蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））が含まれる。ある方法では、標的核酸は、検出前または検出と同時に増幅し得る。核酸増幅技術の実例には、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応法（ＬＣＲ）、鎖置換増幅法（ＳＤＡ）及び核酸配列ベース増幅法（ＮＡＳＢＡ）が含まれるが、これらに限定されない。他の方法の例としては、リガーゼ連鎖反応法（ＬＣＲ）、鎖置換増幅法及び好熱性ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１８６】
非増幅ポリヌクレオチドまたは増幅ポリヌクレオチドのいずれかを検出するために、例えば、ハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）、リアルタイムでの増幅過程の定量的測定、及び試料中に最初に存在する標的配列の量の測定（リアルタイム増幅に基づかない）を含む任意の方法を使用することができる。
【０１８７】
また、必ずしも配列増幅を必要とせず、例えば、染色体物質のサザン（ＤＮＡ：ＤＮＡ）ブロットハイブリダイゼーション、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）及び蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）の既知の方法に基づく、核酸を同定する方法も提供される。サザンブロッティングを用いて特定の核酸配列を検出することができる。かかる方法では、試料から抽出された核酸は断片化され、マトリックスゲル上で電気泳動分離され、メンブレンフィルターへ転写される。フィルターに結合した核酸は、目的の配列に相補的な標識プローブとハイブリダイゼーションされる。フィルターに結合したハイブリダイズされたプローブが検出される。任意のかかる方法では、該プロセスは、本明細書に記載または例示される任意のプローブを用いたハイブリダイゼーションを含むことができる。
【０１８８】
ハイブリダイゼーション技術では、プローブまたはプライマーが、その標的に特異的にハイブリダイズするようにストリンジェントな条件を用いることができる。ある実施形態では、ポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、その標的配列（例えば、変異（例えば、Ｅ５３３ＤまたはＥ５２９Ｄ）ＧＰＲ１５６遺伝子座、変異（例えば、Ｅ５３３ＤまたはＥ５２９Ｄ）ＧＰＲ１５６ｍＲＮＡ、または変異（例えば、Ｅ５３３ＤまたはＥ５２９Ｄ）ＧＰＲ１５６ｃＤＮＡ）に対し、例えば、バックグラウンドに対して少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上（バックグラウンドよりも１０倍超を含む）など、他の配列（例えば、対応する野生型ＧＰＲ１５６遺伝子座、野生型ｍＲＮＡまたは野生型ｃＤＮＡ）に対するよりも、検出可能なほど大きな程度でハイブリダイズし得る。ある実施形態では、ポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、その標的配列に対し、他の配列に対するよりも検出可能なほど大きな程度（少なくとも２倍）で、ハイブリダイズし得る。ある実施形態では、ポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、その標的配列に対し、他の配列に対するよりも検出可能なほど大きな程度（少なくとも３倍）で、ハイブリダイズし得る。ある実施形態では、ポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、その標的配列に対し、他の配列に対するよりも検出可能なほど大きな程度（少なくとも４倍）で、ハイブリダイズし得る。ある実施形態では、ポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、その標的配列に対し、他の配列に対するよりも検出可能なほど大きな程度（バックグラウンドよりも１０倍超）で、ハイブリダイズし得る。ストリンジェントな条件は、配列に依存し、各種状況によっても異なり得る。ハイブリダイゼーション及び／または洗浄条件のストリンジェンシーを制御することによって、プローブに対して１００％相補的である標的配列が同定できる（相同プロービング）。あるいは、ストリンジェンシー条件は、より低い程度の同一性が検出されるように、配列中にいくらかミスマッチとなることが可能になるように調整され得る（異種プロービング）。
【０１８９】
ＤＮＡハイブリダイゼーションの促進に適切なストリンジェンシー条件は、例えば約４５℃で６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）に続いて５０℃での２ＸＳＳＣの洗浄が既知である、またはＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９），  ６．３．１−６．３．６に見出すことができる。通常、ハイブリダイゼーション及び検出のためのストリンジェント条件は、塩濃度が約１．５ＭのＮａイオン未満であり、通常、ｐＨ７．０〜８．３で約０．０１〜１．０ＭのＮａイオン濃度（または他の塩）であり、且つ、温度は、短いプローブ（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）の場合は、少なくとも約３０℃であり、より長いプローブ（例えば、５０ヌクレオチド超）の場合は、少なくとも約６０℃である。ストリンジェント条件はまた、ホルムアミドなどの不安定化剤を添加することによって達成してもよい。例示的な低ストリンジェンシー条件は、３７℃で、３０〜３５％ホルムアミド、１Ｍ  ＮａＣｌ、１％ＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）の緩衝液でのハイブリダイゼーション、及び１Ｘ〜２Ｘ  ＳＳＣ（２０Ｘ  ＳＳＣ＝３．０Ｍ  ＮａＣｌ／０．３Ｍクエン酸三ナトリウム）中、５０〜５５℃での洗浄を含む。例示的な中程度のストリンジェンシー条件は、３７℃で、４０〜４５％ホルムアミド、１．０Ｍ  ＮａＣｌ、１％ＳＤＳ中でのハイブリダイゼーション、及び０．５Ｘ〜１Ｘ  ＳＳＣ中、５５〜６０℃での洗浄を含む。例示的な高ストリンジェンシー条件は、３７℃で、５０％ホルムアミド、１Ｍ  ＮａＣｌ、１％ＳＤＳ中でのハイブリダイゼーション、及び０．１Ｘ  ＳＳＣ中、６０〜６５℃での洗浄を含む。必要に応じて、洗浄緩衝液は、約０．１％〜約１％ＳＤＳを含んでもよい。ハイブリダイゼーションの長さは、通常約２４時間未満であり、たいてい約４〜約１２時間である。洗浄時間の長さは少なくとも平衡に達するのに十分な時間の長さであり得る。
【０１９０】
ハイブリダイゼーション反応では、特異性は、通常ハイブリダイゼーション後の洗浄の働きであり、重要な要素は、最終洗浄液のイオン強度と温度である。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドでは、ＴｍはＭｅｉｎｋｏｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｈｌ，  Ａｎａｌ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９８４，  １３８，  ２６７−２８４の式：Ｔｍ＝８１．５℃＋１６．６（ｌｏｇ  Ｍ）＋０．４１（％ＧＣ）−０．６１（％ｆｏｒｍ）−５００／Ｌに近似し得る；式中、Ｍは、１価カチオンのモル濃度であり、％ＧＣは、ＤＮＡ中のグアノシン及びシトシンヌクレオチドの割合であり、％ｆｏｒｍは、ハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドの割合であり、Ｌは、塩基対におけるハイブリッドの長さである。Ｔｍは、相補的な標的配列の５０％が、完全に一致したプローブにハイブリダイズする温度（規定のイオン強度及びｐＨ下で）である。Ｔｍは、１％のミスマッチにつき約１℃低下する；したがって、Ｔｍ、ハイブリダイゼーション及び／または洗浄条件は、所望の同一性の配列にハイブリダイズするために調整され得る。例えば、９０％以上の同一性を有する配列が求められる場合、Ｔｍは、１０℃低下し得る。通常、ストリンジェント条件は、規定されたイオン強度及びｐＨでの特定の配列及びその相補体の熱融点（Ｔｍ）よりも約５℃低く選択される。しかしながら、厳しいストリンジェント条件は、熱融点（Ｔｍ）よりも１℃、２℃、３℃もしくは４℃低いハイブリダイゼーション及び／または洗浄を利用し得；中程度のストリンジェント条件は、熱融点（Ｔｍ）よりも６℃、７℃、８℃、９℃もしくは１０℃低いハイブリダイゼーション及び／または洗浄を利用し得；低ストリンジェント条件は、熱融点（Ｔｍ）よりも１１℃、１２℃、１３℃、１４℃、１５℃もしくは２０℃低いハイブリダイゼーション及び／または洗浄を利用し得る。前記式、ハイブリダイゼーション及び洗浄組成物及び所望のＴｍを使用して、当業者は、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシー及び／または洗浄溶液における変形形態が本質的に記載されることを理解する。ミスマッチの望ましい程度が、４５℃（水溶液）または３２℃（ホルムアミド溶液）よりも低いＴｍとなる場合、より高い温度が使用され得るようにＳＳＣ濃度を増加させることが最適である。
【０１９１】
また、例えばタンパク質シークエンシング及びイムノアッセイを含む、生体試料中の変異ＧＰＲ１５６ポリペプチドの存在を検出するか、またはそのレベルを定量するための方法も提供される。ある実施形態では、ヒト対象においてＧＰＲ１５６  Ｇｌｕ５３３Ａｓｐ（例えば、配列番号４または配列番号５）の存在を検出する方法は、該生体試料中のＧＰＲ１５６  Ｇｌｕ５３３Ａｓｐ（例えば、配列番号４または配列番号５）の存在を測定する、ヒト対象由来の生体試料にアッセイを実施することを含む。
【０１９２】
タンパク質シークエンシング技術の非限定的実例には、質量分析とエドマン分解が含まれるが、これらに限定されない。イムノアッセイの実例としては、免疫沈降、ウエスタンブロット、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、免疫細胞化学、フローサイトメトリー及びイムノＰＣＲが含まれるが、これらに限定されない。様々な既知の技術（例えば、カロリメトリック、蛍光、化学発光または放射性）を用いて検出可能に標識されたポリクローナルまたはモノクローナル抗体は、イムノアッセイでの使用に適する。
【０１９３】
本開示はまた、ヒト対象において単極性うつ病を診断するか、または単極性うつ病のリスクを検出するための方法であって、該方法が、前記ヒト対象から得られたＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の変化を検出することであって、前記変化が、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする、検出と、前記対象が単極性うつ病の１つ以上の症状を含む１つ以上のうつ病の症状を有する場合に、前記ヒト対象を単極性うつ病と診断すること、または前記対象がうつ病の１つ以上の症状を有さない場合に、前記ヒト対象が単極性うつ病のリスクがあると診断することとを含む、方法を提供する。ある実施形態では、前記ヒト対象は、かかる診断を必要とする。ある実施形態では、前記ヒト対象は、単極性うつ病と診断された親類を有し得る。前記変化は、配列番号１３の１５９９位に対応する位置で、ＧからＴ（またはＵ）またはＣへの変化を含んでもよい。ある実施形態では、前記変化は、ＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＴ（またはＧＡＵ）に変化させる。ある実施形態では、前記変化は、ＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＣに変化させる。
【０１９４】
２０１３年、ワシントンＤ．Ｃ．のアメリカ精神医学会によって発行されたＴｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ａｎｄ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｍｅｎｔａｌ  Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ  −  Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（ＤＳＭ−Ｖ）は、米国における精神保健専門家の主要な診断基準である。ＤＳＭ−Ｖによると、単極性うつ病は、大うつ病性障害、気分変調性障害、混合性うつ病性障害（ｍｉｘｅｄ  ｄｅｐｒｅｓｓｉｖｅ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、抑うつ気分適応障害及び特定不能のうつ病（ＮＯＳ）からなる。うつ病のＤＳＭＩＶ基準では、２週間以上、以下の５つ以上の症状がある：ｉ）ほとんど毎日、１日の大半が落ち込んだ気分になっている；ｉｉ）すべて、またはほとんどすべての活動において興味または喜びの著しい減少；ｉｉｉ）著しい体重減少または食欲減退；ｉｖ）不眠または睡眠過多；ｖ）精神運動性の焦燥または制止；ｖｉ）疲労または気力の減退；ｖｉｉ）無価値感または過度の罪責感；ｖｉｉｉ）思考力もしくは集中力の減退または決断困難、及びｉｘ）死についての反復思考。気分変調性障害のＤＳＭＩＶ基準は、少なくとも２年間、そうではない日より多くの日数にわたって、１日の大半が抑うつ気分であることによって示される、重症だが慢性的なうつ病状態を特徴とする。この疾患に罹患している人は、以下の症状を２つ以上経験せずに２か月を超えることはない：ｉ）食欲不振または過食；ｉｉ）不眠または睡眠過多；ｉｉｉ）気力の低下または疲労；ｉｖ）自尊心の低下；ｖ）集中力の低下または決断困難；及びｖｉ）絶望感。
【０１９５】
本開示はまた、ヒト対象において不安障害を診断するか、または不安障害のリスクを検出するための方法であって、該方法が、前記ヒト対象から得られたＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の変化を検出することであって、前記変化が、配列番号４のＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位に対応する位置または配列番号５の５２９位に対応する位置にアスパラギン酸をコードする、検出と、前記対象が、臨床精神神経不安障害（ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｉａｔｒｉｃ  ａｎｘｉｅｔｙ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ）の１つ以上の症状を含む１つ以上の不安障害の症状を有する場合に、前記ヒト対象を不安障害と診断すること、または前記対象が不安障害の１つ以上の症状を有さない場合に、前記ヒト対象が不安障害のリスクがあると診断することとを含む、方法を提供する。ある実施形態では、前記ヒト対象は、かかる診断を必要とする。ある実施形態では、前記ヒト対象は、不安障害と診断された親類を有し得る。前記変化は、配列番号１３の１５９９位に対応する位置で、ＧからＴ（またはＵ）またはＣへの変化を含んでもよい。ある実施形態では、前記変化は、ＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＴ（またはＧＡＵ）に変化させる。ある実施形態では、前記変化は、ＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＣに変化させる。ある実施形態では、前記不安障害は、臨床精神神経不安障害である。
【０１９６】
不安障害の生理学的症状には、筋肉の緊張、心臓の動悸、発汗、めまい及び息切れが含まれるが、これらに限定されない。情動性症状の例としては、落ち着きのなさ、差し迫った破滅感、死への恐怖、恥ずかしさ、または屈辱への恐怖、及び恐ろしいことが起こることへの恐怖が含まれるが、これらに限定されない。
【０１９７】
ある実施形態では、前記方法は、対象から得た生体試料から得たｍＲＮＡから得た変異ＧＰＲ１５６ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡの存在を検出することを含む。集団内の遺伝子配列、及びかかる遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、一塩基多型（ＳＮＰ）などの多型によって異なり得ることを理解されたい。ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及びポリペプチドの本明細書で提供される配列は、例示的な配列にすぎず、ＧＰＲ１５６タンパク質の５３３位（配列番号４による）／５２９位（配列番号５による）に対応する位置にアスパラギン酸をコードするアレル以外のＧＰＲ１５６アレルを含む他のそのような配列もまた可能である。
【０１９８】
ある実施形態では、前記検出のステップは、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部分をシークエンシングすることを含み、前記シークエンシングされた核酸分子が、ＧＰＲ１５６タンパク質の配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードする。本明細書に開示される任意の核酸分子（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）は、シークエンシングすることができる。ある実施形態では、前記検出のステップは、前記核酸分子全体をシークエンシングすることを含む。
【０１９９】
ある実施形態では、前記検出のステップは、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記増幅された核酸分子が、配列番号４の５３３位（及び／または配列番号５の５２９位）に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードする、増幅と；前記核酸分子を、検出可能な標識で標識することと；前記標識された核酸をプローブを含む支持体と接触させることであって、前記プローブが、ストリンジェントな条件下で、配列番号４の５３３位（及び／または配列番号５の５２９位）に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸配列にハイブリダイズする核酸配列を含む、接触と；前記検出可能な標識を検出することと、を含む。本明細書に開示される任意の核酸分子は、増幅することができる。例えば、本明細書に開示される任意のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡ分子は、増幅することができる。ある実施形態では、前記核酸分子はｍＲＮＡであり、且つ前記方法は、前記増幅のステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含む。
【０２００】
ある実施形態では、前記検出のステップは、前記核酸分子を、検出可能な標識を含むプローブと接触させることであって、前記プローブが、ストリンジェントな条件下で、配列番号４の５３３位（及び／または配列番号５の５２９位）に対応する位置でアスパラギン酸を含むアミノ酸配列をコードする核酸配列にハイブリダイズする核酸配列を含む、接触と、前記検出可能な標識を検出することと、を含む。ある実施形態では、前記核酸分子は、前記ヒト対象から得られた細胞内に存在しており、それにより、検出はｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション技術にしたがう。
【０２０１】
ある実施形態では、前記検出のステップは、前記核酸分子をアレル特異的プライマーと接触させること及びアレル特異的ＰＣＲ技術を用いて前記核酸分子を増幅することとを含む。前記アレル特異的プライマーは、本明細書に記載の任意のかかるプライマーであり得、配列番号４の５３３位及び／または配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードするＧＰＲ１５６のアレルに特異的であり得る。
【０２０２】
本明細書に開示される方法で使用可能な他のアッセイとしては、例えば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）または定量ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）が含まれる。本明細書に開示される方法で使用可能なさらなる他のアッセイとしては、例えば、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）に続いて生体試料中の変異ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡの存在及び量を測定することが含まれる。
【０２０３】
本開示はまた、単極性うつ病を患う、または単極性うつ病を発症するリスクを有するヒト対象を同定するための方法を提供する。該方法は通常、対象から得られた試料中のＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異の有無、及び／またはＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする突然変異を含む核酸分子の有無を測定することを含む。前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異の存在、及び／またはＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸分子の存在は、前記対象が単極性うつ病を患う、または単極性うつ病を発症するリスクを有することを示す。前記方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｓｉｔｕまたはｉｎ  ｖｉｖｏで実施され得る。
【０２０４】
本開示はまた、不安障害を患う、または不安障害を発症するリスクを有するヒト対象を同定するための方法を提供する。該方法は通常、対象から得られた試料中のＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異の有無、及び／またはＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする突然変異を含む核酸分子の有無を測定することを含む。前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異の存在、及び／またはＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸分子の存在は、前記対象が不安障害を患う、または不安障害を発症するリスクを有することを示す。前記方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｉｎ  ｓｉｔｕまたはｉｎ  ｖｉｖｏで実施され得る。ある実施形態では、前記不安障害は、臨床精神神経不安障害である。
【０２０５】
前記方法のある実施形態では、前記測定のステップは、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部分をシークエンシングすることを含む。前記シークエンシングされた核酸分子が、配列番号４の５３３位に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードし得る。前記測定のステップは、前記ＧＰＲ１５６タンパク質全体をコードする核酸分子をシークエンシングすることを含んでもよい。前記方法のある実施形態では、前記測定のステップは、ＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することと、前記核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、前記標識された核酸をプローブを含む支持体と接触させることであって、前記プローブが、例えば、ストリンジェントな条件下で、配列番号４の５３３位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする核酸配列に特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む、接触と、前記検出可能な標識を検出することと、を含む。前記増幅された核酸分子は、好ましくは、配列番号４の５３３位に対応する位置を含むアミノ酸配列をコードする。前記核酸がｍＲＮＡを含む場合、該方法はさらに、前記増幅のステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含んでもよい。ある実施形態では、前記測定のステップは、前記核酸分子を、検出可能な標識を含むプローブと接触させること、及び前記検出可能な標識を検出することとを含む。前記プローブは、好ましくは、例えば、ストリンジェントな条件下で、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸を含むアミノ酸配列をコードする核酸配列に特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む。前記核酸分子は、前記ヒト対象から得られた細胞内に存在し得る。前記方法の一部として、前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異は、前記核酸配列ＧＡＴによってコードされ得るか、または前記核酸配列ＧＡＣによってコードされ得る。
【０２０６】
本開示はまた、ヒト対象において単極性うつ病を診断するか、または単極性うつ病のリスクを検出するための方法であって、該方法が、前記ヒト対象から得られた、配列番号４または配列番号５を含むタンパク質などの変異ＧＰＲ１５６タンパク質を検出することと、前記対象がうつ病の１つ以上の症状を有する場合に、前記ヒト対象を単極性うつ病と診断すること、または前記対象がうつ病の１つ以上の症状を有さない場合に、前記ヒト対象が単極性うつ病のリスクがあると診断することとを含む、方法を提供する。ある実施形態では、前記ヒト対象は、かかる診断を必要とする。ある実施形態では、前記ヒト対象は、単極性うつ病と診断された親類を有し得る。ある実施形態では、うつ病または単極性うつ病は、小児期うつ病及び／または不安ではない。
【０２０７】
本開示はまた、ヒト対象において不安障害を診断するか、または不安障害のリスクを検出するための方法であって、該方法が、前記ヒト対象から得られた、配列番号４または配列番号５を含むタンパク質などの変異ＧＰＲ１５６タンパク質を検出することと、前記対象が不安障害の１つ以上の症状を有する場合に、前記ヒト対象を不安障害と診断すること、または前記対象が不安障害の１つ以上の症状を有さない場合に、前記ヒト対象が不安障害のリスクがあると診断することとを含む、方法を提供する。ある実施形態では、前記ヒト対象は、かかる診断を必要とする。ある実施形態では、前記ヒト対象は、不安障害と診断された親類を有し得る。ある実施形態では、前記不安障害は、臨床精神神経不安障害である。
【０２０８】
ある実施形態では、前記方法はさらに、対象において前記変化が検出され、該対象が単極性うつ病と診断される場合、該対象を抗うつ薬で処置することを含む。
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、選択的セロトニン再取り込み阻害薬（ＳＳＲＩ）である。ＳＳＲＩの好適例としては、シタロプラム（Ｃｅｌｅｘａ（登録商標））、エスシタロプラム（Ｌｅｘａｐｒｏ（登録商標）、Ｃｉｐｒａｌｅｘ（登録商標））、パロキセチン（Ｐａｘｉｌ（登録商標）、Ｓｅｒｏｘａｔ（登録商標））、フルオキセチン（Ｐｒｏｚａｃ（登録商標））、フルボキサミン（Ｌｕｖｏｘ（登録商標））及びセルトラリン（Ｚｏｌｏｆｔ（登録商標）、Ｌｕｓｔｒａｌ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。
【０２０９】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、セロトニンノルエピネフリン再取り込み阻害薬（ＳＮＲＡ）である。ＳＮＲＩの好適例としては、デスベンラファキシン（Ｐｒｉｓｔｉｑ（登録商標））、デュロキセチン（Ｃｙｍｂａｌｔａ（登録商標））、レボミルナシプラン（Ｆｅｔｚｉｍａ（登録商標））、ミルナシプラン（Ｉｘｅｌ（登録商標）、Ｓａｖｅｌｌａ（登録商標））、トフェナセン（Ｅｌａｍｏｌ（登録商標）、Ｔｏｆａｃｉｎｅ（登録商標））及びベンラファキシン（Ｅｆｆｅｘｏｒ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１０】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、ノルエピネフリン再取り込み阻害薬（ＮＲＩ）である。ＮＲＩの好適例としては、レボキセチン（Ｅｄｒｏｎａｘ（登録商標））、ビロキサジン（Ｖｉｖａｌａｎ（登録商標））及びアトモキセチン（Ｓｔｒａｔｔｅｒａ）が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１１】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、リチウムである。
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、セロトニン調節及び刺激薬（ＳＭＳ）である。ＳＭＳの好適例としては、ビラゾドン（Ｖｉｉｂｒｙｄ（登録商標））及びボルチオキセチン（Ｔｒｉｎｔｅｌｌｉｘ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１２】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、セロトニン遮断再取り込み阻害薬（ＳＡＲＩ）である。ＳＡＲＩの好適例としては、エトペリドン（Ａｘｉｏｍｉｎ（登録商標）、Ｅｔｏｎｉｎ（登録商標））、ネファゾドン（Ｎｅｆａｄａｒ（登録商標）、Ｓｅｒｚｏｎｅ（登録商標））及びトラゾドン（Ｄｅｓｙｒｅｌ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１３】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、三環系抗うつ薬（ＴＣＡ）である。ＴＣＡの好適例としては、アミトリプチリン（Ｅｌａｖｉｌ（登録商標）、Ｅｎｄｅｐ（登録商標））、アミトリプチリノキシド（Ａｍｉｏｘｉｄ（登録商標）、Ａｍｂｉｖａｌｏｎ（登録商標）、Ｅｑｕｉｌｉｂｒｉｎ（登録商標））、クロミプラミン（Ａｎａｆｒａｎｉｌ（登録商標））、デシプラミン（Ｎｏｒｐｒａｍｉｎ（登録商標）、Ｐｅｒｔｏｆｒａｎｅ（登録商標））、ジベンゼピン（Ｎｏｖｅｒｉｌ（登録商標）、Ｖｉｃｔｏｒｉｌ（登録商標））、ジメタクリン（Ｉｓｔｏｎｉｌ（登録商標））、ドスレピン（Ｐｒｏｔｈｉａｄｅｎ（登録商標））、ドキセピン（Ａｄａｐｉｎ（登録商標）、Ｓｉｎｅｑｕａｎ（登録商標））、イミプラミン（Ｔｏｆｒａｎｉｌ（登録商標））、ロフェプラミン（Ｌｏｍｏｎｔ（登録商標）、Ｇａｍａｎｉｌ（登録商標））、メリトラセン（Ｄｉｘｅｒａｎ（登録商標）、Ｍｅｌｉｘｅｒａｎ（登録商標）、Ｔｒａｕｓａｂｕｎ（登録商標））、ニトロキサゼピン（Ｎｉｔｒｏｘａｚｅｐｉｎｅ）（Ｓｉｎｔａｍｉｌ（登録商標））、ノルトリプチリン（Ｐａｍｅｌｏｒ（登録商標）、Ａｖｅｎｔｙｌ（登録商標））、ノキシプチリン（Ａｇｅｄａｌ（登録商標））、Ｅｌｒｏｎｏｎ（登録商標）、Ｎｏｇｅｄａｌ（登録商標）、ピポフェジン（Ａｚａｆｅｎ（登録商標）／Ａｚａｐｈｅｎ（登録商標））、プロトリプチリン（Ｖｉｖａｃｔｉｌ（登録商標））及びトリミプラミン（Ｓｕｒｍｏｎｔｉｌ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。さらに、ブトリプチリン（Ｅｖａｄｙｎｅ（登録商標））、デメキシプチリン（Ｄｅｐａｒｏｎ（登録商標）、Ｔｉｎｏｒａｎ（登録商標））、イミプラミノキシド（Ｉｍｉｐｒｅｘ（登録商標）、Ｅｌｅｐｓｉｎ（登録商標））、イプリンドール（Ｐｒｏｎｄｏｌ（登録商標）、Ｇａｌａｔｕｒ（登録商標）、Ｔｅｔｒａｎ（登録商標））、メタプラミン（Ｔｉｍａｘｅｌ（登録商標））、プロピゼピン（Ｄｅｐｒｅｓｓｉｎ（登録商標）、Ｖａｇｒａｎ（登録商標））及びキヌプラミン（Ｋｉｎｕｐｒｉｌ（登録商標）、Ｋｅｖｏｐｒｉｌ（登録商標））も含まれる。さらに、オピプラモール（Ｉｎｓｉｄｏｎ（登録商標））及びチアネプチン（Ｓｔａｂｌｏｎ（登録商標））も含まれる。
【０２１４】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、四環系抗うつ薬（ＴｅＣＡ）である。ＴｅＣＡの好適例としては、アモキサピン（Ａｓｅｎｄｉｎ（登録商標））、マプロチリン（Ｌｕｄｉｏｍｉｌ（登録商標））、ミアンセリン（Ｂｏｌｖｉｄｏｎ（登録商標）、Ｎｏｒｖａｌ（登録商標）、Ｔｏｌｖｏｎ（登録商標））、ミルタザピン（Ｒｅｍｅｒｏｎ（登録商標））及びセチプチリン（Ｔｅｃｉｐｕｌ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１５】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、モノアミンオキシダーゼ阻害薬（ＭＡＯＩ）である。ＭＡＯＩの好適例としては、イプロニアジド（Ｍａｒｓｉｌｉｄ（登録商標））、イソカルボキサジド（Ｍａｒｐｌａｎ（登録商標））、フェネルジン（Ｎａｒｄｉｌ（登録商標））、セレギリン（Ｅｌｄｅｐｒｙｌ（登録商標）、Ｚｅｌａｐａｒ（登録商標）、Ｅｍｓａｍ（登録商標）、トラニルシプロミン（Ｐａｒｎａｔｅ（登録商標））、メトラリンドール（Ｉｎｋａｚａｎ（登録商標））、モクロベミド（Ａｕｒｏｒｉｘ（登録商標）、Ｍａｎｅｒｉｘ（登録商標））、ピルリンドール（Ｐｉｒａｚｉｄｏｌ（登録商標））及びトロキサトン（Ｈｕｍｏｒｙｌ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。その他としては、例えば、ベンモキシン（Ｎｅｕｒａｌｅｘ（登録商標））、カロキサゾン（Ｓｕｒｏｄｉｌ（登録商標）、Ｔｉｍｏｓｔｅｎｉｌ（登録商標））、イプロクロジド（Ｓｕｒｓｕｍ（登録商標））、メバナジン（Ａｃｔｏｍｏｌ（登録商標））、ニアラミド（Ｎｉａｍｉｄ（登録商標））、オクタモキシン（Ｘｉｍａｏｌ（登録商標））、フェニプラジン（Ｃａｔｒｏｎ（登録商標））、フェノキシプロパジン（ｐｈｅｎｏｘｙｐｒｏｐａｚｉｎｅ）（Ｄｒａｚｉｎｅ（登録商標））、ピブヒドラジン（ｐｉｖｈｙｄｒａｚｉｎｅ）（Ｔｅｒｓａｖｉｄ（登録商標））、サフラジン（Ｓａｆｒａ（登録商標））、エプロベミド（Ｂｅｆｏｌ（登録商標））及びミナプリン（Ｂｒａｎｔｕｒ（登録商標）、Ｃａｎｔｏｒ（登録商標））を含む。
【０２１６】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、非定型抗精神病薬である。非定型抗精神病薬の好適例としては、アミスルプリド（Ｓｏｌｉａｎ（登録商標））、ルラシドン（Ｌａｔｕｄａ（登録商標））及びクエチアピン（Ｓｅｒｏｑｕｅｌ（登録商標））が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１７】
ある実施形態では、前記抗うつ薬は、アゴメラチン（Ｖａｌｄｏｘａｎ（登録商標））、ビフェメラン（Ａｌｎｅｒｔ（登録商標）、Ｃｅｌｅｐｏｒｔ（登録商標））、ブプロピオン（Ｗｅｌｌｂｕｔｒｉｎ（登録商標））、ケタミン（Ｋｅｔａｌａｒ（登録商標））、タンドスピロン（Ｓｅｄｉｅｌ（登録商標））またはテニロキサジン（Ｌｕｃｅｌａｎ（登録商標）、Ｍｅｔａｔｏｎｅ（登録商標））である。
【０２１８】
ある実施形態では、該方法は、対象において前記変化が検出され、該対象が不安障害と診断される場合、該対象を抗不安薬で処置することをさらに含む。ある実施形態では、前記不安障害は、臨床精神神経不安障害である。
【０２１９】
ある実施形態では、前記抗不安薬は、アルプラゾラム（Ｘａｎａｘ（登録商標））、ブロマゼパム（Ｌｅｃｔｏｐａｍ（登録商標）、Ｌｅｘｏｔａｎ（登録商標））、クロルジアゼポキシド（Ｌｉｂｒｉｕｍ（登録商標））、クロナゼパム（Ｋｌｏｎｏｐｉｎ（登録商標）、Ｒｉｖｏｔｒｉｌ（登録商標））、クロラゼペート（Ｔｒａｎｘｅｎｅ（登録商標））、ジアゼパム（Ｖａｌｉｕｍ（登録商標））、フルラゼパム（Ｄａｌｍａｎｅ（登録商標））、ロラゼパム（Ａｔｉｖａｎ（登録商標））、オキサゼパム（Ｓｅｒａｘ（登録商標）、Ｓｅｒａｐａｘ（登録商標））、テマゼパム（Ｒｅｓｔｏｒｉｌ（登録商標））、トリアゾラム（Ｈａｌｃｉｏｎ（登録商標））及びトフィソパム（Ｅｍａｎｄａｘｉｎ（登録商標）、Ｇｒａｎｄａｘｉｎ（登録商標））を含むが、これらに限定されないベンゾジアゼピンである。
【０２２０】
ある実施形態では、前記抗不安薬は、メプロバメート（Ｍｉｌｔｏｗｎ（登録商標）、Ｅｑｕａｎｉｌ（登録商標））を含むが、これらに限定されないカルバメートである。
ある実施形態では、前記抗不安薬は、ヒドロキシジン（Ａｔａｒａｘ（登録商標））、クロルフェニラミン（Ｃｈｌｏｒ−Ｔｒｉｍｅｔｏｎ（登録商標））及びジフェンヒドラミン（Ｂｅｎａｄｒｙｌ（登録商標））を含むが、これらに限定されない抗ヒスタミン剤である。
【０２２１】
ある実施形態では、前記抗不安薬は、ブスピロン（Ｂｕｓｐａｒ（登録商標））及びタンドスピロン（Ｓｅｄｉｅｌ（登録商標））を含むが、これらに限定されないアザピロンである。
【０２２２】
ある実施形態では、前記抗不安薬は、本明細書に記載されるＳＳＲＩ、ＳＮＲＩ、ＴＣＡ、ＴｅＣＡまたはＭＡＯＩである。
ある実施形態では、前記抗不安薬は、メビカー（Ｍｅｂｉｃａｒｕｍ（登録商標））、ファボモチゾール（Ａｆｏｂａｚｏｌｅ（登録商標））、セランク（Ｓｅｌａｎｋ）、ブロマンタン、エモキシピン、プレガバリン、メンチルイソバレレートまたはメンチルイソバレレート（Ｖａｌｉｄｏｌ（登録商標））である。
【０２２３】
抗うつ薬または抗不安薬の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所、鼻腔内または筋肉内を含むが、これらに限定されない任意の適切な経路によることができる。投与される医薬組成物は、望ましくは滅菌されており、実質的に等張性であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、単位投与形態（すなわち、単回投与の用量）で提供することができる。医薬組成物は、１つ以上の生理学的及び薬学的に許容可能な担体、希釈剤、賦形剤または助剤を使用して配合することができる。配合は、選択した投与経路によって異なる。用語「薬学的に許容可能な」は、担体、希釈剤、賦形剤または補助剤が、配合物の他の成分と適合性があり、その被投薬者に実質的に有害ではないことを意味する。
【０２２４】
本開示はまた、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする遺伝子の変化を含むヒト対象での単極性うつ病の処置に使用する抗うつ薬を提供し、前記変化は、配列番号４の５３３位または配列番号４の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする。本開示はさらに、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする遺伝子の変化を含むヒト対象での単極性うつ病の処置のための薬剤の製造において使用する抗うつ薬を提供し、前記変化は、ヒトＧＰＲ１５６タンパク質における配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記変化は、配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＴ（またはＧＡＵ）に変化させる。ある実施形態では、前記変化は、配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＣに変化させる。ある実施形態では、前記抗うつ薬は、選択的セロトニン再取り込み阻害薬、セロトニンノルエピネフリン再取り込み阻害薬またはノルエピネフリン再取り込み阻害薬である。ある実施形態では、前記抗うつ薬は、リチウムである。
【０２２５】
ヒト対象での単極性うつ病の処置に使用する抗うつ剤のある実施形態では、前記ヒト対象は、ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異及び／またはＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸分子について陽性と検査される。ある実施形態では、前記処置は、ヒト対象がＥ５３３Ｄ変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質及び／またはＥ５３３Ｄ変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子を有するかどうかを測定するステップを含む。ある実施形態では、本明細書に記載または例示される任意のかかる方法を含む、単極性うつ病を患う、または単極性うつ病を発症するリスクを有するヒト対象を同定するための方法にしたがって、ヒト対象が単極性うつ病を患う、または単極性うつ病を発症するリスクを有すると同定される。前記Ｅ５３３Ｄ変異は、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸が得られる突然変異を指す。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異は、コドンＧＡＴによってコードされる。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異は、コドンＧＡＣによってコードされる。ある実施形態では、ヒト対象での単極性うつ病の処置に使用する抗うつ剤は、選択的セロトニン再取り込み阻害薬、セロトニンノルエピネフリン再取り込み阻害薬またはノルエピネフリン再取り込み阻害薬である。ある実施形態では、ヒト対象での単極性うつ病の処置に使用する抗うつ剤は、リチウムである。
【０２２６】
本開示はまた、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする遺伝子の変化を含むヒト対象での不安障害の処置に使用する抗不安薬を提供し、前記変化は、配列番号４の５３３位または配列番号４の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする。本開示はさらに、前記ヒトＧＰＲ１５６タンパク質をコードする遺伝子の変化を含むヒト対象での不安障害の処置のための薬剤の製造において使用する抗不安薬を提供し、前記変化は、ヒトＧＰＲ１５６タンパク質における配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置でアスパラギン酸をコードする。ある実施形態では、前記変化は、配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＴ（またはＧＡＵ）に変化させる。ある実施形態では、前記変化は、配列番号４の５３３位または配列番号５の５２９位に対応する位置をコードするコドンの配列を、ＧＡＣに変化させる。ある実施形態では、前記抗不安薬は、ベンゾジアゼピン、カルバメート、抗ヒスタミン薬、アザピロン、ＳＳＲＩ、ＳＮＲＩ、ＴＣＡ、ＴｅＣＡまたはＭＡＯＩである。ある実施形態では、前記不安障害は、臨床精神神経不安障害である。
【０２２７】
ヒト対象での不安障害の処置に使用する抗不安薬のある実施形態では、前記ヒト対象は、ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異及び／またはＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異をコードする核酸分子について陽性と検査される。ある実施形態では、前記処置が、ヒト対象がＥ５３３Ｄ変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質及び／またはＥ５３３Ｄ変異を有するＧＰＲ１５６タンパク質をコードする核酸分子を有するかどうかを測定するステップを含む。ある実施形態では、本明細書に記載または例示される任意のかかる方法を含む、不安障害を患う、または不安障害を発症するリスクを有するヒト対象を同定するための方法にしたがって、ヒト対象が不安障害を患う、または不安障害を発症するリスクを有すると同定される。前記Ｅ５３３Ｄ変異は、配列番号４の５３３位に対応する位置にアスパラギン酸が得られる突然変異を指す。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異は、コドンＧＡＴによってコードされる。ある実施形態では、前記ＧＰＲ１５６タンパク質内のＥ５３３Ｄ変異は、コドンＧＡＣによってコードされる。ある実施形態では、ヒト対象での不安障害の処置に使用される抗不安薬は、ベンゾジアゼピン、カルバメート、抗ヒスタミン薬、アザピロン、ＳＳＲＩ、ＳＮＲＩ、ＴＣＡ、ＴｅＣＡまたはＭＡＯＩである。ある実施形態では、前記不安障害は、臨床精神神経不安障害である。
【０２２８】
本開示はまた、単極性うつ病の診断または単極性うつ病を発症するリスクの診断において、任意の変異ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ポリペプチドの使用、及び本明細書に開示される核酸分子をハイブリダイズさせることとを提供する。
【０２２９】
本開示はまた、不安障害の診断または不安障害を発症するリスクの診断において、任意の変異ＧＰＲ１５６遺伝子、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ポリペプチドの使用、及び本明細書に開示される核酸分子をハイブリダイズさせることとを提供する。ある実施形態では、前記不安障害は、臨床精神神経不安障害である。
【０２３０】
上記または下記に引用されたすべての特許文書、ウェブサイト、他の刊行物、受託番号などは、個々の項目が、参考として組み込まれるように具体的かつ個別に示されるのと同程度に、あらゆる目的でその全体が参考として組み込まれる。異なるバージョンの配列が異なる時点での受託番号に関連付けられている場合、本出願の有効出願日の受託番号に関連付けられたバージョンを意図する。有効出願日は、実際の出願日、または、受託番号への言及がある場合は優先出願の出願日のうち早い方を意味する。同様に、異なるバージョンの出版物、Ｗｅｂサイトなどが異なる時点で出版されている場合、特に指示がない限り、出願の有効出願日に最後に公開されたバージョンを意味する。本開示の任意の特徴、ステップ、要素、実施形態または態様は、特に指示がない限り、他の任意の特徴、ステップ、要素、実施形態または態様と組み合わせて使用することができる。本開示は、明確性及び理解のために、例示及び実施例によっていくらか詳細に説明されているが、添付の特許請求の範囲内で一定の変更及び修正が実施され得ることは明らかであろう。
【０２３１】
本明細書に列挙されるヌクレオチド及びアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基の場合、標準的な文字の略語、アミノ酸の場合、一文字のコードを用いて示される。ヌクレオチド配列は、配列の５’末端から始まり、３’末端まで進む（すなわち、各行の左から右へ）という標準規則に従う。各ヌクレオチド配列の一方の鎖のみが示されているが、その相補鎖は表示されている鎖へのあらゆる言及によって含まれるものと理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端から始まり、カルボキシ末端まで進む（すなわち、各行の左から右へ）という標準規則に従う。
【０２３２】
以下の実施例は、実施形態をより詳細に説明するために提供される。それらは、特許請求されている実施形態を例示することを意図しており、限定することを意図しない。
【実施例】
【０２３３】
以下の実施例は、当業者に、本明細書で請求される化合物、組成物、物品、装置及び／または方法が、どのように作られ、評価されるかを完全に開示し、説明するために示され、これらは純粋に例示的であることを意図し、本発明者らが彼らの発明と見なすものの範囲を限定することを意図しない。数（例えば、量、温度など）に関して、正確さを保証するための努力がなされてきたが、誤りまたはずれもあることが考慮されるべきである。他に指示がない限り、部は重量部であり、温度は℃であるか、または周囲温度であり、圧力は大気圧または大気圧近傍である。
【０２３４】
実施例１：  被験者リクルートメント及び表現型検査
単極性うつ病の遺伝的評価が確認されているメノナイト家系の家族において、全エクソームシークエンシングを実施した。この血統の個体は、ＤＳＭ−５の構造化臨床面接法（ＳＣＩＤ−５）を用いて神経精神医学チームによってさらに体系的に評価された。この半構造化面接は、訓練を受けた精神保健専門家によって実施され、ＤＳＭ−５障害の体系的かつ正確な診断を確実にするように設計されている。その面接は、個人及びその親類が、大うつ病、全般性不安障害及び他の任意の併存症のある精神疾患の基準を満たしているかどうかを測定するために用いられる。該面接は通常、対象とのやり取りに１〜２時間掛かった。該面接に加えて、付随的情報を収集し、対象の書面による同意により、対象の医療記録の診断、処置提供者及び密接な接触者を確認した。合計５０人の個人を含むこの大きな血統において、罹患した及び罹患していないすべての利用可能な家族のメンバーのエクソームをシークエンシングした。
【０２３５】
実施例２：  ゲノム試料
ゲノムＤＮＡを末梢血試料から抽出し、全エクソームシークエンシングのためにＲｅｇｅｎｅｒｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＲＧＣ）に移し、自動バイオバンクに−８０℃で保存した。シークエンシングのために適切なＤＮＡの量及び質を保証するため、蛍光ベースの定量化を実施した。
【０２３６】
１μｇのＤＮＡを１５０塩基対の平均フラグメント長へと切断し（Ｃｏｖａｒｉｓ  ＬＥ２２０）、Ｋａｐａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓのカスタム試薬キットを用いてエクソーム取得用に調製した。ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ  ＳｅｑＣａｐ  ＶＣＲｏｍｅ  ２．１またはＩｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ｘＧｅｎエクソームターゲットデザインを使用して、試料を取得した。試料をバーコード化し、プールし、ｖ４ケミストリーを用いてＩｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ  ２５００で７５ｂｐペアエンドシークエンシングを使用してシークエンシングするために多重化した。取得断片は、２０倍以上のカバレッジで標的塩基の最低８５％がカバーされるようにシークエンシングされた。シークエンシング後、ＤＮＡｎｅｘｕｓ及びＡＷＳを使用して試料レベルのデータ作成及び分析の標準ツールを実行するＲＧＣで開発されたクラウドベースのパイプラインを使用してデータを処理した。要約すると、ＩｌｌｕｍｉｎａのＣＡＳＡＶＡソフトウェアを使用して、配列データを生成し、分離した。ＢＷＡ−ｍｅｍを用いて、配列リードをマッピングし、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９ヒトゲノム参照アセンブリに整列させた。アラインメント後、重複リードは、Ｐｉｃａｒｄツールを使用してマーク付けしフラグを立て、ＧＡＴＫを用いてｉｎｄｅｌを再整列させ変異の呼び出し品質を向上させた。ＧＡＴＫのＨａｐｌｏｔｙｐｅＣａｌｌｅｒ及びＶａｒｉａｎｔ  Ｑｕａｌｉｔｙ  Ｓｃｏｒｅ  Ｒｅｃａｌｉｂｒａｔｉｏｎ（ＶＱＳＲ）を使用して、ＳＮＰ及びＩＮＤＥＬの変異及び遺伝子型が呼び出され、全体的な変異品質スコアをアノテーションするために適用された。各試料について、シークエンシング及びデータ品質メトリック統計を取得し、取得性能、アラインメント性能及び変異の呼び出しを評価した。
【０２３７】
実施例３：  ゲノムデータ解析
最小読み取り深度（＞１０）、遺伝子型品質（＞３０）及びアレルバランス（＞１５％）の標準品質管理フィルターを、呼び出された変異に適用した。パスした変異は、ＲＧＣが開発したアノテーション及び分析パイプラインを使用して、それらの潜在的な機能的影響（同義、非同義、スプライシング、フレームシフトまたは非フレームシフト変異）に基づいて分類され、アノテーションされた。ＰＲＩＭＵＳを使用してコホートにおける関連性及び関係性を推測するために、遺伝データからの血統の同一性（ＩＢＤ）由来のメトリックによって家族関係を検証し（Ｓｔａｐｌｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｍｅｒ．Ｊ．  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｔ．，  ２０１４，  ９５，  ５５３−５６４）、この家族について報告されている血統と相互参照した。
【０２３８】
報告された家族歴を考慮して、常染色体優性遺伝パターンの下、血統に基づく変異解析及び分離を実施し、候補疾患遺伝子を同定した。一次解析は、障害の不完全浸透、発症年齢、または疾患の症状の発現を引き起こす可能性がある環境因子への潜在的な曝露によってもたらされる潜在的な交絡因子を低減するために、シークエンシングに利用可能なできるだけ多くの有益な罹患者を用いて実施した。すべての罹患者の間で共通の変異は、その後、ｄｂＳＮＰ、１０００ゲノムプロジェクト、ＮＨＬＢＩエクソームシークエンシングプロジェクト、エクソーム集約コンソーシアムデータベース（ＥｘＡｃ）及び内部ＲＧＣデータベースなど、母集団管理データベースで観察された頻度によってアノテーションされ、フィルタリングされ、一般的な多型及び高頻度でおそらく良性の変異を除外する。ＬＲＴ、Ｐｏｌｙ−ｐｈｅｎ２、ＳＩＦＴ、ＣＡＤＤ及びＭｕｔａｔｉｏｎ  Ｔａｓｔｅｒなどの、変異の機能的影響のバイオインフォマティック予測のためのアルゴリズムは、複数種のアラインメントに基づいた保存スコア（すなわち、ＧＥＲＰ、ＰｈａｓｔＣｏｎｓ、ＰｈｙｌｏＰ）とともに、変異のアノテーションプロセスの一部として組み込まれ、同定された候補変異の潜在的な有害性を通知するために使用される。
【０２３９】
単一のまれな変異が、罹患したこの血統の家族のメンバーにおいて、単極性うつ病の表現型と分離する遺伝子ＧＰＲ１５６において同定された（ｈｇ１９．ｇ．ｃｈｒ３：１１９８８６７２５（Ｃ＞Ａ）；ｃ．１５９９Ｇ＞Ｔ；ｐ．Ｇｌｕ５３３Ａｓｐ，  ｐ．Ｅ５３３Ｄ）。追加の家族のメンバー（一次分析には含まれていないが、ｐ．Ｅ５３３Ｄ変異を保持する）は、不安障害と確定診断された。この家族のうつ病または不安障害の表現型と分離する他の可能性のある変異を除外するために、公表されているＭＥＲＬＩＮアルゴリズム（Ａｂｅｃａｓｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．，  ２００２，  ３０）に基づいて、カスタマイズされたＲＧＣ開発パイプラインを使用して、シングルポイントのエクソームワイド及びマルチポイントのゲノムワイド連鎖解析を実施した。簡単に記せば、ＳＮＰチップ及びエクソーム由来遺伝子型のパラメトリック連鎖解析は、ＭＥＲＬＩＮ（ｃｓｇ．ｓｐｈ．ｕｍｉｃｈ．ｅｄｕ／ａｂｅｃａｓｉｓ／ｍｅｒｌｉｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）を用いて実施した。ＰＬＩＮＫ形式の遺伝子型は、少なくとも１つの非始祖（ｎｏｎ−ｆｏｕｎｄｅｒ）に存在する単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）に限定されていた。アレル頻度は、始祖及びその血統の他の無関係なメンバーにおいて推定された。遺伝データを持たない個体には、欠けている／ダミーの遺伝子型が割り当てられた。ｆｃＧＥＮＥ（ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ｆｃｇｅｎｅ／）を使用して、ＰＬＩＮＫ形式の遺伝子型をＭＥＲＬＩＮ形式のｐｅｄファイルに変換した。連鎖解析に必要な追加ファイル（．ｄａｔ及び．ｍａｐ）は、カスタマイズされたスクリプトを使用して準備した。血統構成はＰｅｄｓｔａｔｓ（ｃｓｇ．ｓｐｈ．ｕｍｉｃｈ．ｅｄｕ／ａｂｅｃａｓｉｓ／ｐｅｄｓｔａｔｓ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）を使用して検証した。チップデータの連鎖解析は、組換えについて仮定しない遺伝子型間のステップワイズまたはグリッド間隔のいずれかを用いて行われる。シングルポイントの連鎖を用いて、エクソームベースの遺伝子型を分析した。すべての分析について、不完全浸透モデルが仮定され（０．０００１，  ０．７５，  １）、疾患アレル頻度は約０．０１％であった。
【０２４０】
エクソームワイド解析とゲノムワイド解析の両方で、連鎖の単一ピークがこの血統において同定され、最大ＬＯＤスコア２．９８に達し、ヒト第３染色体において１４．４メガベース（Ｍｂ）領域に広がった。前記ＧＰＲ１５６遺伝子がこの連鎖領域内に位置し、最初のまれな変異のある家族ベースの分離解析を通じて同定された候補変異（ｃ．１５９９Ｇ＞Ｔ，  ｐ．Ｇｌｕ５３３Ａｓｐ）は、単一マーカーＬＯＤスコア２．５６が得られた。
【０２４１】
本明細書に示されるように、これらの遺伝子解析によって、ＧＰＲ１５６が単極性うつ病及び不安障害に対する家族罹患率の増加に関連する遺伝子であることが示される。
加えて、野生型及び変異Ｅ５３３Ｄ配列を含むヌクレオチド断片を、ベクター（図１及び図２参照）にサブクローニングし、さらなる解析のための野生型及び変異Ｅ５３３Ｄ  ＧＰＲ１５６構築物を得た。
【０２４２】
実施例４：  検出
対象に特定の遺伝的変異があることは、該対象が、単極性うつ病を患っているか、または発症するリスクが高いことを示し得る。血液試料などの試料を対象から得ることができる。核酸は、一般的な核酸抽出キットを用いて該試料から単離することができる。前記対象から得た試料から核酸を単離した後、該核酸は、遺伝的変異が存在するかどうか測定するためにシークエンシングされる。前記核酸の配列は、対照配列（野生型配列）と比較することができる。前記対象から得られた試料から得られた核酸と前記対照配列との間の差を見出すことにより、遺伝的変異の存在が示される。これらのステップは、上記の実施例及び本開示を通じて記載されたようにして実施することができる。１つ以上の遺伝的変異の存在は、前記対象が、単極性うつ病を患っているか、または発症するリスクが高いことを示す。
【０２４３】
本出願において引用される各参考文献（ジャーナル論文、米国及び米国以外の特許、特許出願公開、国際特許出願公開、遺伝子バンク受託番号などを含むがこれらに限定されない）は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【図１】
2019527229.tif 000003
【図２】
2019527229.tif 000004
【配列表】
2019527229000001.app
【国際調査報告】
2019527229.tif 000005
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