(57)【要約】  グアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物及びハイブリダイゼーション組成物、これらの組成物を作製する方法、並びに蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（「ＦＩＳＨ」）によるＤＮＡ若しくはＲＮＡ配列のハイブリダイゼーションのような、これらの組成物を使用する方法が、本明細書に開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
加速剤、緩衝剤、溶媒及びグアニジウムチオシアネートを含む、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項２】
約１０％（ｗ／ｖ）〜約３０％（ｗ／ｖ）の加速剤、約５ｍＭ〜約４０ｍＭの緩衝剤、約２０％（ｖ／ｖ）〜約４０％（ｖ／ｖ）の溶媒及び約０．４Ｍ〜約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネートを含む、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項３】
加速剤が、フィコール、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、ヘパリン、デキストラン硫酸、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、エチレングリコール、グリセロール、１，３−プロパンジオール、プロピレングリコール、ジエチレングリコール、ホルムアミド、ジメチルホルムアミド及びジメチルスルホキシド又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１又は請求項２に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項４】
加速剤がデキストラン硫酸である、請求項１〜３のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項５】
緩衝剤が、クエン酸ナトリウム食塩水（ＳＳＣ）、４−（２−ヒドロキシエチル）−１−ピペラジンエタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）、ＳＳＰＥ、ピペラジン−Ｎ，Ｎ’−ビス（２−エタンスルホン酸）（ＰＩＰＥＳ）、塩化テトラメチルアンモニウム（ＴＭＡＣ）、トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン（トリス）、ＳＥＴ、クエン酸、リン酸カリウム及びピロリン酸ナトリウム又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項６】
緩衝剤がクエン酸ナトリウム食塩水（ＳＳＣ）であり、塩化ナトリウムの濃度が約２５０ｍＭ〜約３５０ｍＭであり、クエン酸ナトリウムの濃度が約２５ｍＭ〜約３５ｍＭである、請求項１〜５のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項７】
溶媒が、ホルムアミド、ジメチルホルムアミド、ジメチルスルホキシド及びアセトニトリル又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜６のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項８】
溶媒がホルムアミドである、請求項１〜７のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項９】
ポリアクリレートをさらに含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項１０】
約５％（ｗ／ｖ）〜約２０％（ｗ／ｖ）のポリアクリレートを含む、請求項９に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項１１】
ポリアクリレートがポリアクリル酸ナトリウムである、請求項９又は請求項１０に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項１２】
約２８．８％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約６ｍＭのクエン酸ナトリウム、約６０ｍＭの塩化ナトリウム、約４０％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；
約３２％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約６ｍＭのクエン酸ナトリウム、約６０ｍＭの塩化ナトリウム、約４０％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；
約２４％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約７．５ｍＭのクエン酸ナトリウム、約７５ｍＭの塩化ナトリウム、約３３％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．０Ｍのグアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；
約２８％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約７．５ｍＭのクエン酸ナトリウム、約７５ｍＭの塩化ナトリウム、約３０％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．０Ｍのグアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；
約１８％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約１５ｍＭのクエン酸ナトリウム、約１５０ｍＭの塩化ナトリウム、約３３％（ｖ／ｖ）のホルムアミド、約１．０Ｍのグアニジウムチオシアネート及び約１０％（ｗ／ｖ）のポリアクリル酸ナトリウムを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；並びに
約３５．％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約９．４ｍＭのクエン酸ナトリウム、約９４ｍＭの塩化ナトリウム、約３７．５％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．２５３Ｍのグアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物
からなる群から選択される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物。
【請求項１３】
少なくとも１つの核酸配列及び請求項１〜１２のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物を含む、ハイブリダイゼーション組成物。
【請求項１４】
第１の核酸配列、第２の核酸配列及び請求項１〜１２のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物を含むハイブリダイゼーション組成物であって、第１の核酸配列が分子プローブである、ハイブリダイゼーション組成物。
【請求項１５】
少なくとも３つの核酸配列及び請求項１〜１２のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物を含むハイブリダイゼーション組成物であって、核酸配列のうち少なくとも２つが分子プローブである、ハイブリダイゼーション組成物。
【請求項１６】
核酸配列をハイブリダイズさせる方法であって、
第１の核酸配列、第２の核酸配列及び請求項１〜１２のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション緩衝液組成物を組み合わせるステップを含む、方法。
【請求項１７】
第１の核酸配列及び第２の核酸配列を変性させるステップをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
第１の核酸配列及び第２の核酸配列をハイブリダイズさせるステップをさらに含む、請求項１６又は請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
核酸配列をハイブリダイズさせる方法であって、
少なくとも１つの核酸配列を含むインサイチュ生物学的サンプルを、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載のハイブリダイゼーション組成物と組み合わせるステップを含む、方法。
【請求項２０】
約７０℃〜約９０℃の温度で核酸配列を変性させるステップをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
核酸配列をハイブリダイズさせるステップをさらに含む、請求項１９又は請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
ハイブリダイズさせるステップが、約３５℃〜約５０℃の温度で行われる、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ハイブリダイズさせるステップが、５時間以下、４時間以下、３時間以下、３時間以下、２時間以下、１時間以下、３０分間以下、１５分間以下又は５分間以下で完了する、請求項２０又は請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
第１の核酸配列が二本鎖であり、第２の核酸が一本鎖である、請求項１６〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
生物学的サンプルが、細胞学サンプル又は組織学サンプルである、請求項１９〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
これは、その全内容を参照により本明細書に完全に組み込む、２０１６年１月８日出願の米国仮特許出願第６２／２７６，４６５号に対する優先権を主張する。
【０００２】
本開示は一般に、ゲノムＤＮＡ及びＲＮＡの標識化のためのハイブリダイゼーション緩衝液に関する。より具体的には、本開示は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（「ＦＩＳＨ」）及びブロットハイブリダイゼーション方法論によってＤＮＡ配列又はＲＮＡ配列をハイブリダイズさせるための、生物学的プローブ及び合成プローブと併用される有用なハイブリダイゼーション緩衝液組成物に関する。
【背景技術】
【０００３】
ハイブリダイゼーションは、一本鎖デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）又はリボ核酸（ＲＮＡ）分子が相補的ＤＮＡ又はＲＮＡにアニールする現象である。二本鎖ＤＮＡ配列は一般に、生理学的条件下で安定であるが、実験室においてこれらの条件を（一般に周囲の温度を上昇させることによって）変化させることにより、これらの分子を単一の鎖へと分離させる。これらの鎖は、互いに相補的であるが、それらの周囲に存在する他の配列に対しても相補的であり得る。周囲の温度を低下させることで、一本鎖分子が互いにアニール又は「ハイブリダイズ」することが可能になる。
【０００４】
ハイブリダイゼーションは、サザンブロット及びノザンブロット並びにＤＮＡ配列決定のためのほとんどのアプローチを含む多くの分子生物学技術において有用である。概して、２つの種の全体的な遺伝的関連性は、それらのＤＮＡのセグメントをハイブリダイズさせること（ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション）によって決定することができる。近縁種生物間での配列類似性に起因して、かかるＤＮＡハイブリッドを解離させるためには、より遠縁の生物と比較した場合よりも高い温度が必要とされる。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を含む種々の異なる方法が、ＤＮＡサンプルの起源を特定するためにハイブリダイゼーションを使用する。別の技術において、短いＤＮＡ配列が、発現された遺伝子を同定するために、細胞ｍＲＮＡにハイブリダイズされる。研究者は、望ましくないｍＲＮＡに結合してリボソームがこのｍＲＮＡをタンパク質に翻訳することを防止するための、アンチセンスＲＮＡの使用もまた、模索している。
【０００５】
蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、高い程度の配列相補性を有する染色体の一部のみに結合する蛍光プローブを使用する技術である。これは、染色体上の特異的ＤＮＡ配列の存在又は非存在を検出及び限局化するために使用される。蛍光プローブが染色体に結合しているかどうかを見出すために、蛍光顕微鏡を使用できる。ＦＩＳＨは、遺伝カウンセリング、医学及び種の同定における使用のために、ＤＮＡ中の特定の特色を見出すために使用される場合が多い。ＦＩＳＨは、細胞、循環腫瘍細胞及び組織サンプル中の特異的ＲＮＡ標的（ｍＲＮＡ、ｌｎｃＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ）を検出及び限局化するためにも使用され得る。この場合、ＦＩＳＨは、細胞及び組織内の遺伝子発現の時空間的パターンを定義することを助けることができる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
ＦＩＳＨのような技術を効率的かつ効果的に実施するために、頑強な実験条件が、再現性があり信頼性がある結果を提供するために望まれる。従って、これらの実験を実施するための信頼性のある反応媒体及び条件が、必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（要旨）
一態様では、加速剤（ａｃｃｅｌｅｒａｔｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）、緩衝剤（ｂｕｆｆｅｒｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）、溶媒及びグアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｂｕｆｆｅｒ  ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ）が開示される。
【０００８】
別の態様では、加速剤、緩衝剤、溶媒及びグアニジウムチオシアネートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物並びに少なくとも１つの核酸配列を含む、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物が開示される。
【０００９】
ハイブリダイゼーション緩衝液及びハイブリダイゼーション組成物を作製及び使用する方法もまた、開示される。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
本開示は、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物、これらの組成物を調製するための方法及びこれらの組成物を使用する方法に関する。本開示のハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、少なくとも１種の加速剤、少なくとも１種の緩衝剤、少なくとも１種の溶媒及びグアニジウムチオシアネートを含む。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、ポリアクリル酸塩を含むこともできる。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、ハイブリダイゼーション組成物を形成するために、１つ以上の核酸配列と組み合わされてよい。
【００１１】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物の成分のこの組み合わせは、ハイブリダイゼーション試薬として有用な緩衝液組成物を生じる。緩衝液組成物は、ゲノムＤＮＡ及びＲＮＡの標識化を必要とするアッセイにおいて有用であり得る。緩衝液（ｂｕｆｆｅｒ）は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（「ＦＩＳＨ」）及びブロットハイブリダイゼーション方法論によってＤＮＡ又はＲＮＡ配列をハイブリダイズさせるために、生物的及び合成プローブと併せて有用であり得る。緩衝液組成物の具体的な成分（例えば、加速剤、緩衝剤、溶媒及びグアニジウムチオシアネート）のこの組み合わせは、予想外に優れた緩衝液組成物である組成物を提供する。
【００１２】
例えば、より高い濃度の、デキストラン硫酸のような加速剤の使用は、既存の緩衝液組成物と比較して、より短い期間で完了するようにＦＩＳＨアッセイを促進することができる。グアニジウムチオシアネートの使用は、意図しない標的に対するプローブハイブリダイゼーションの発生を低下させ、それによって、アッセイ読み取りの特異性及びバックグラウンドシグナルを改善するのにも有用であり得る。
【００１３】
１．定義
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、当業者によって一般に理解される意味と同じ意味を有する。矛盾する場合、定義を含む本明細書が支配する。好ましい方法及び材料が以下に記載されるが、本明細書に記載された方法及び材料と類似の又は等価な方法及び材料が、本発明の実施又は試験において使用され得る。本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許及び他の参考文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に開示された材料、方法及び例は、例示に過ぎず、限定を意図しない。
【００１４】
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ（ｓ））」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ（ｓ））」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「〜できる／〜し得る（ｃａｎ）」、「含む（ｃｏｎｔａｉｎ（ｓ））」及びそれらの異形は、本明細書で使用する場合、さらなる作用又は構造の可能性を排除しない、オープンエンドの推移する語句、用語又は単語であることを意図する。単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」及び「この（ｔｈｅ）」は、文脈がそうでないことを明確に示さない限り、複数形の言及を含む。本開示は、明示的に示されていようがいまいが、本明細書に提示される実施形態又は要素を「含む」、かかる実施形態又は要素「からなる」及び「から本質的になる」他の実施形態もまた、企図する。
【００１５】
「核酸」、「核酸鎖」及び「核酸配列」は、天然に存在するヌクレオチド並びに／又は非標準的核酸塩基及び／若しくは非標準的骨格を含む核酸アナログ（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）若しくはロックト核酸（ＬＮＡ））、又は核酸の任意の誘導体化された形態から形成された骨格を有するオリゴマー又はポリマーを含む、塩基対合を使用して結合又はハイブリダイズするものを意味する。
【００１６】
本明細書で使用する場合、用語「ペプチド核酸」又は「ＰＮＡ」は、（天然に存在する及び改変された）ペンダント核酸塩基を有するポリアミド骨格を有する合成ポリマーを意味する。ＰＮＡ上のプリン又はピリミジン塩基のようなペンダント核酸塩基は、リンカーを介して骨格に連結され得る。一実施形態において、ＰＮＡは、Ｎ−（２−アミノエチル）−グリシン）骨格を有する。ＰＮＡは、合成されていてもよく、任意選択的に標識されていてよい。ＰＮＡ骨格は荷電していないので、ＰＮＡは、高い配列特異性でＤＮＡ及びＲＮＡと緊密にハイブリダイズする。従って、短いＰＮＡプローブは、より長いＤＮＡ又はＲＮＡプローブと匹敵する特異性を示し得る。ＰＮＡプローブはまた、相補的ＤＮＡ又はＲＮＡへの結合において、より高い特異性を示し得る。
【００１７】
本明細書で使用する場合、用語「ロックト核酸」又は「ＬＮＡ」は、少なくとも１つ以上のＬＮＡサブユニットを含むオリゴマー又はポリマーを意味する。本明細書で使用する場合、用語「ＬＮＡサブユニット」は、リボースの２’−酸素を４’−炭素と連結するメチレン架橋を含むリボヌクレオチドを意味する。
【００１８】
核酸及び核酸アナログの例には、二本鎖及び一本鎖のデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）、それらのα−アノマー形態、それらの合成及び天然アナログなどを含む、ヌクレオチドモノマーのポリマーも含まれる。核酸鎖は、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックト核酸（ＬＮＡ）、それらの合成若しくは天然アナログ、又はそれらの混合物から全体的に構成され得る。本明細書に定義されるようなＤＮＡ、ＲＮＡ又は他の核酸は、本開示の方法及び組成物において使用できる。
【００１９】
本明細書の数値範囲の列挙について、それらの間の各々介在する数が、同じ精度で明示的に企図される。例えば、６〜９の範囲については、数７及び８が、６及び９に加えて企図され、範囲６．０〜７．０については、数６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９及び７．０が明示的に企図される。
【００２０】
２．組成物
Ａ．ハイブリダイゼーション緩衝液組成物
本開示のハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、少なくとも１種の加速剤、少なくとも１種の緩衝剤、少なくとも１種の溶媒及びグアニジウムチオシアネートを含む。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、ポリアクリル酸塩をさらに含んでもよい。成分のこの組み合わせは、ハイブリダイゼーション試薬として使用できる緩衝液組成物を提供する。緩衝液組成物は、ゲノムＤＮＡ及びＲＮＡの標識化を必要とするアッセイにおいて有用であり得る。緩衝液組成物は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（「ＦＩＳＨ」）及びブロットハイブリダイゼーション方法論によってＤＮＡ又はＲＮＡ配列をハイブリダイズさせるために、生物的及び合成プローブと併せて有用であり得る。緩衝液組成物は、蛍光標識された分子プローブのハイブリダイゼーションが既存の方法よりも速く起こるように促進することができる。
【００２１】
例えば、より高い濃度の、デキストラン硫酸のような加速剤の使用は、既存の緩衝液組成物と比較してより短い期間で完了するようにＦＩＳＨアッセイを促進することができる。グアニジウムチオシアネートの使用は、意図しない標的に対するプローブハイブリダイゼーションの発生を低下させ、それによって、アッセイ読み取りの特異性及びバックグラウンドシグナルを改善するのにも有用であり得る。
【００２２】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約３．０〜約９．０、約３．０〜約８．５、約３．５〜約８．５、約３．５〜約８．０、約４．０〜約８．０、約４．５〜約８．０、約５．０〜約８．０、約５．５〜約８．０、約６．０〜約８．０、約６．０〜約７．５、約６．５〜約７．５又は約７．０〜約７．５のｐＨを有していてもよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約３．０、約３．５、約４．０、約４．５、約５．０、約５．５、約６．０、約６．１、約６．２、約６．３、約６．４、約６．５、約６．６、約６．７、約６．８、約６．９、約７．０、約７．１、約７．２、約７．３、約７．４、約７．５、約７．６、約７．７、約７．８、約７．９、約８．０、約８．５又は約９．０のｐＨを有していてもよい。
【００２３】
１．加速剤
緩衝液組成物は、少なくとも１種の加速剤を含む。加速剤は、核酸のハイブリダイゼーション速度を加速することが可能である。
【００２４】
加速剤は、フィコール、ポリビニルピロリドン（ｐｏｌｙｖｉｎｙｌｐｙｒｏｌｉｄｏｎｅ）（ＰＶＰ）、ヘパリン又はデキストラン硫酸のようなポリマーであってもよい。加速剤は、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）のようなタンパク質であってもよい。加速剤は、エチレングリコール、グリセロール、１，３−プロパンジオール、プロピレングリコール又はジエチレングリコールのようなグリコールであってもよい。加速剤は、ホルムアミド、ジメチルホルムアミド又はジメチルスルホキシドのような有機溶媒であってもよい。加速剤は、デンハルト溶液のような、本明細書に列挙される加速剤のいずれかの組み合わせであってもよい。
【００２５】
ある特定の実施形態において、加速剤はデキストラン硫酸である。デキストラン硫酸は、核酸のハイブリダイゼーション速度を加速することが可能な、硫酸化グルコースのアニオン性ポリマーである。デキストラン硫酸のポリアニオン性の特徴は、核酸鎖を接近させるのを助け、互いに対するそれらの有効濃度を増加させ、ハイブリダイゼーションを促進する。デキストラン硫酸はまた、おそらくは硫酸基と、不溶性複合体を生成するタンパク質のアミン基との間の水素結合を介した、タンパク質との隔離性の相互作用を実証している。血漿溶液からフィブリノーゲン及び低密度リポタンパク質を沈殿させるポリマーの能力は、分析及び抗凝固剤適用のために使用されてきた。既存の緩衝液組成物と比較してより高いデキストラン硫酸濃度の使用は、より短い期間で完了するようにＦＩＳＨアッセイを促進することができる。
【００２６】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約１０％（ｗ／ｖ）〜約４０％（ｗ／ｖ）、約１０％（ｗ／ｖ）〜約３０％（ｗ／ｖ）、約２０％（ｗ／ｖ）〜約３０％（ｗ／ｖ）、約２４％（ｗ／ｖ）〜約３２％（ｗ／ｖ）、約２４％（ｗ／ｖ）〜約２９％（ｗ／ｖ）又は約２８％（ｗ／ｖ）〜約３０％（ｗ／ｖ）の加速剤を含んでよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、重量で、約１０％（ｗ／ｖ）、約１５％（ｗ／ｖ）、約２０％（ｗ／ｖ）、約２１％（ｗ／ｖ）、約２２％（ｗ／ｖ）、約２３％（ｗ／ｖ）、約２４％（ｗ／ｖ）、約２５％（ｗ／ｖ）、約２６％（ｗ／ｖ）、約２７％（ｗ／ｖ）、約２８％（ｗ／ｖ）、約２９％（ｗ／ｖ）、約３０％（ｗ／ｖ）、約３１％（ｗ／ｖ）、約３２％（ｗ／ｖ）、約３３％（ｗ／ｖ）、約３４％（ｗ／ｖ）、約３５％（ｗ／ｖ）又は約４０％（ｗ／ｖ）の加速剤を含んでよい。
【００２７】
２．緩衝剤
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、少なくとも１種の緩衝剤を含む。緩衝剤は、別の酸又は塩基の添加後に、選択された値の近傍に溶液の酸性度（ｐＨ）を維持するために使用される弱酸又は弱塩基である。即ち、緩衝剤の機能は、酸又は塩基が溶液に添加される場合の、ｐＨにおける迅速な変化を防止することである。開示されたハイブリダイゼーション緩衝液の緩衝剤は、生理学的ｐＨ又はその近傍において緩衝液組成物のｐＨを維持することが可能である。
【００２８】
緩衝剤は、クエン酸ナトリウム食塩水（ＳＳＣ）、４−（２−ヒドロキシエチル）−１−ピペラジンエタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）、ＳＳＰＥ、ピペラジン−Ｎ，Ｎ’−ビス（２−エタンスルホン酸）（ＰＩＰＥＳ）、塩化テトラメチルアンモニウム（ＴＭＡＣ）、トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン（トリス）、ＳＥＴ（スクロース／ＥＤＴＡ／トリス）、クエン酸、リン酸カリウム又はピロリン酸ナトリウムであってよい。
【００２９】
ある特定の実施形態において、緩衝剤は、ある特定のハイブリダイゼーション手順における標準的な試薬であるクエン酸ナトリウム食塩水（ＳＳＣ）である。ＳＳＣは、ハイブリダイゼーション後の洗浄ステップのための洗浄緩衝液のストリンジェンシーを制御するために使用され得る。この緩衝剤は、クエン酸ナトリウム及び塩化ナトリウムを組み合わせて、生理学的ｐＨ又はその近傍を含む特定のｐＨにおいてハイブリダイゼーション緩衝液組成物のｐＨを維持することを可能にする。
【００３０】
ある特定の実施形態において、ＳＳＣは、２０×ＳＳＣとして公知の、７．０のｐＨにおける３ＭのＮａＣｌ及び０．３Ｍのクエン酸ナトリウムの混合物を含む。２０×ＳＳＣは、より低い濃度のＮａＣｌ及びクエン酸ナトリウムの混合物を提供するために希釈してよい。例えば、２×ＳＳＣは、０．３Ｍ（３００ｍＭ）のＮａＣｌ及び０．０３Ｍ（３０ｍＭ）のクエン酸ナトリウムを含む溶液を生じる、１０分の１希釈した２０×ＳＳＣの溶液である。同様に、０．５×ＳＳＣは、０．０７５Ｍ（７５ｍＭ）のＮａＣｌ及び０．００７５Ｍ（７．５ｍＭ）のクエン酸ナトリウムを含む溶液を生じる、４０分の１希釈した２０×ＳＳＣの溶液である。同様に、０．６２５×ＳＳＣは、０．０９４Ｍ（９４ｍＭ）のＮａＣｌ及び０．００９４Ｍ（９．４ｍＭ）のクエン酸ナトリウムを含む溶液を生じる、３２分の１希釈した２０×ＳＳＣの溶液である。
【００３１】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約５ｍＭ〜約１００ｍＭ、約５ｍＭ〜約２０ｍＭ、約５ｍＭ〜約１５ｍＭ又は約５ｍＭ〜約１０ｍＭの緩衝剤を含んでよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約５ｍＭ、約６ｍＭ、約７ｍＭ、約７．５ｍＭ、約８ｍＭ、約９ｍＭ、約１０ｍＭ、約１５ｍＭ、約２０ｍＭ、約２５ｍＭ、約３０ｍＭ、約３５ｍＭ、約４０ｍＭ、約４５ｍＭ、約５０ｍＭ、約６０ｍＭ、約７０ｍＭ、約７５ｍＭ、約８０ｍＭ、約９０ｍＭ又は約１００ｍＭの緩衝剤を含んでよい。
【００３２】
ある特定の実施形態において、緩衝剤について列挙される濃度は、緩衝液中のクエン酸ナトリウムの濃度を指す。ＳＳＣを使用する場合、ＮａＣｌは、クエン酸ナトリウムの濃度の１０倍高い濃度でも存在する。
【００３３】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約５ｍＭ〜約１００ｍＭ、約５ｍＭ〜約５０ｍＭ、約５ｍＭ〜約２０ｍＭ、約５ｍＭ〜約１５ｍＭ又は約５ｍＭ〜約１０ｍＭのクエン酸ナトリウムを含んでよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約５ｍＭ、約６ｍＭ、約７ｍＭ、約７．５ｍＭ、約８ｍＭ、約９ｍＭ、約１０ｍＭ、約１５ｍＭ、約２０ｍＭ、約２５ｍＭ、約３０ｍＭ、約３５ｍＭ、約４０ｍＭ、約４５ｍＭ、約５０ｍＭ、約６０ｍＭ、約７０ｍＭ、約８０ｍＭ、約９０ｍＭ又は約１００ｍＭのクエン酸ナトリウムを含んでよい。
【００３４】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約５０ｍＭ〜約５００ｍＭ、約５０ｍＭ〜約１００ｍＭ、約５０ｍＭ〜約９０ｍＭ、約５０ｍＭ〜約８０ｍＭ、約６０ｍＭ〜約８０ｍＭ、約６０ｍＭ〜約７５ｍＭ又は約７０ｍＭ〜約８０ｍＭの塩化ナトリウムを含んでよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約５０ｍＭ、約５５ｍＭ、約６０ｍＭ、約６５ｍＭ、約７０ｍＭ、約７５ｍＭ約８０ｍＭ、約８５ｍＭ、約９０ｍＭ、約１００ｍＭ、約２００ｍＭ、約３００ｍＭ、約４００ｍＭ又は約５００ｍＭの塩化ナトリウムを含んでよい。
【００３５】
３．溶媒
緩衝液組成物は、少なくとも１種の溶媒を含む。溶媒は、好ましくは組成物の全ての他の成分を可溶化し、そうして、均質な溶液を形成するように選択される。ある特定の実施形態において、溶媒は、極性非プロトン溶媒である。一般に、極性非プロトン溶媒は、ＣＲＣ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｐｈｙｓｉｃｓ、第９５版に定義されるように、生理学的ｐＨで容易に交換される水素を有さず、１８〜２５℃の温度で少なくとも５の比誘電率を有する溶媒である。
【００３６】
溶媒は、ホルムアミド、ジメチルホルムアミド、ジメチルスルホキシド若しくはアセトニトリル又はそれらの組み合わせであってよい。
【００３７】
ある特定の実施形態において、溶媒はホルムアミドである。ホルムアミドは、インサイチュハイブリダイゼーションにおける核酸鎖の融点及びアニーリング温度を低下させることができるので、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物において有用であり得る。ホルムアミドの有用な特性は、より低いインキュベーション温度に起因する形態のより良好な防止である。
【００３８】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、体積で、約１０％〜約５０％、約２０％〜約５０％、約３０％〜約４０％、約３５％〜約４５％又は約３８％〜約４２％の溶媒を含んでよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、体積で、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３３％、約３５％、約４０％、約４５％若しくは約５０％の溶媒、又は上述の値のいずれか２つによって規定される範囲の溶媒を含んでよい。一部の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液（例えば、ホルムアミド）は、体積で、約３５％〜約４０％（例えば、約３５．５％、約３６．５％、約３７．５％、約３８．５％又は約３９．５％）の溶媒を含んでよい。
【００３９】
４．グアニジウムチオシアネート
緩衝液組成物は、グアニジウムチオシアネートを含む。グアニジウムチオシアネートを含むことは、意図しない標的に対するプローブハイブリダイゼーション（非特異的又はバックグラウンドシグナル）の発生を低下させることを補助する。
【００４０】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約０．３Ｍ〜約２．０Ｍ、約０．４Ｍ〜約２．０Ｍ、約０．４Ｍ〜約１．６Ｍ又は約１．０Ｍ〜約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネートを含んでよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約０．３Ｍ、約０．４Ｍ、約０．５Ｍ、約０．６Ｍ、約０．７Ｍ、約０．８Ｍ、約０．９Ｍ、約１．０Ｍ、約１．１Ｍ、約１．２Ｍ、約１．３Ｍ、約１．４Ｍ、約１．５Ｍ、約１．６Ｍ、約１．７Ｍ、約１．８Ｍ、約１．９Ｍ又は約２．０Ｍのグアニジウムチオシアネートを含んでよい。
【００４１】
他の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、体積で、約１０％〜約５０％、約２０％〜約５０％又は約３０％〜約４０％の溶媒を含んでよい。例えば、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、体積で、約１０％〜約２０％（例えば、約１１％、約１１．５％、約１１．８％、約１２％、約１２．５％、約１２．８％、約１３％、約１３．５％、約１３．８％、約１４％、約１４．５％、約１４．８％、約１５％、約１５．５％、約１５．８％、約１６％、約１６．５％、約１６．８％、約１７％、約１７．５％、約１７．８％、約１８％、約１８．５％、約１８．８％、約１９％、約１９．５％又は約１９．８％）の溶媒を含んでよい。
【００４２】
５．ポリアクリレート
緩衝液組成物は、ポリアクリレートを含んでよい。ポリアクリレートは、体積排除剤（ｖｏｌｕｍｅ  ｅｘｃｌｕｄｅｒ）として機能し得る。
【００４３】
ポリアクリレートは、化学式［−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＯ２Ｎａ）−］ｎを有するポリアクリル酸のナトリウム塩であるポリアクリル酸ナトリウムであり得る。反復単位ｎの数は、ポリアクリル酸ナトリウムの平均分子量が約１，５００ｇ／ｍｏｌ〜約１０，０００ｇ／ｍｏｌとなるような数であってよい。ポリアクリル酸ナトリウムの平均分子量は、約１，５００ｇ／ｍｏｌ〜約６，０００ｇ／ｍｏｌ、約２，０００ｇ／ｍｏｌ〜約６，０００ｇ／ｍｏｌ、約２，１００ｇ／ｍｏｌ〜約５，１００ｇ／ｍｏｌ、約１，５００ｇ／ｍｏｌ〜約２，５００ｇ／ｍｏｌ又は約４，５００ｇ／ｍｏｌ〜約５，５００ｇ／ｍｏｌであってよい。ポリアクリル酸ナトリウムの平均分子量は、約１，５００ｇ／ｍｏｌ、約２，０００ｇ／ｍｏｌ、約２，１００ｇ／ｍｏｌ、約２，５００ｇ／ｍｏｌ、約３，０００ｇ／ｍｏｌ、約３，５００ｇ／ｍｏｌ、約４，０００ｇ／ｍｏｌ、約４，５００ｇ／ｍｏｌ、約５，０００ｇ／ｍｏｌ、約５，１００ｇ／ｍｏｌ、約５，５００ｇ／ｍｏｌ、約６，０００ｇ／ｍｏｌ、約７，０００ｇ／ｍｏｌ、約８，０００ｇ／ｍｏｌ、約９，０００ｇ／ｍｏｌ又は約１０，０００ｇ／ｍｏｌであってよい。
【００４４】
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約５％（ｗ／ｖ）〜約２０％（ｗ／ｖ）、約５％（ｗ／ｖ）〜約１５％（ｗ／ｖ）又は約８％（ｗ／ｖ）〜約１２％（ｗ／ｖ）のポリアクリレートを含んでよい。ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、重量で、約５％（ｗ／ｖ）、約６％（ｗ／ｖ）、約７％（ｗ／ｖ）、約８％（ｗ／ｖ）、約９％（ｗ／ｖ）、約１０％（ｗ／ｖ）、約１１％（ｗ／ｖ）、約１２％（ｗ／ｖ）、約１３％（ｗ／ｖ）、約１４％（ｗ／ｖ）、約１５％（ｗ／ｖ）、約１６％（ｗ／ｖ）、約１７％（ｗ／ｖ）、約１８％（ｗ／ｖ）、約１９％（ｗ／ｖ）又は約２０％（ｗ／ｖ）のポリアクリレートを含んでよい。
【００４５】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約２８．８％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約６ｍＭのクエン酸ナトリウム、約６０ｍＭの塩化ナトリウム、約４０％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネートを含む。
【００４６】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約３２％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約６ｍＭのクエン酸ナトリウム、約６０ｍＭの塩化ナトリウム、約４０％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネートを含む。
【００４７】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約２４％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約７．５ｍＭのクエン酸ナトリウム、約７５ｍＭの塩化ナトリウム、約３３％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．０Ｍのグアニジウムチオシアネートを含む。
【００４８】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約２８％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約７．５ｍＭのクエン酸ナトリウム、約７５ｍＭの塩化ナトリウム、約３０％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．０Ｍのグアニジウムチオシアネートを含む。
【００４９】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約１８％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約１５ｍＭのクエン酸ナトリウム、約１５０ｍＭの塩化ナトリウム、約３３％（ｖ／ｖ）のホルムアミド、約１．０Ｍのグアニジウムチオシアネート及び約１０％（ｗ／ｖ）のポリアクリル酸ナトリウムを含む。
【００５０】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物は、約３５％（ｗ／ｖ）のデキストラン硫酸、約９．４ｍＭのクエン酸ナトリウム、約９４ｍＭの塩化ナトリウム、約３７．５％（ｖ／ｖ）のホルムアミド及び約１．２５３Ｍのグアニジウムチオシアネートを含む。
【００５１】
Ｂ．ハイブリダイゼーション組成物
本開示のハイブリダイゼーション組成物は、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物及び少なくとも１つの核酸配列を含む。ハイブリダイゼーション組成物は、ゲノムＤＮＡ及びＲＮＡの標識化を必要とするアッセイにおいて有用であり得る。ハイブリダイゼーション組成物は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（「ＦＩＳＨ」）及びブロットハイブリダイゼーション方法論によってＤＮＡ又はＲＮＡ配列をハイブリダイズさせるために、生物的及び／又は合成プローブを含んでよい。
【００５２】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、加速剤、緩衝剤、溶媒、グアニジウムチオシアネート、任意選択的にポリアクリレートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物、及び少なくとも１つの核酸配列を含む。
【００５３】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、加速剤、緩衝剤、溶媒、グアニジウムチオシアネート及び任意選択的にポリアクリレートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；第１の核酸配列；並びに第２の核酸配列を含む。ある特定の実施形態において、第１の核酸配列は分子プローブである。
【００５４】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、約１０％（ｗ／ｖ）〜約３０％（ｗ／ｖ）の加速剤、約５ｍＭ〜約４０ｍＭの緩衝剤、約２０％（ｖ／ｖ）〜約４０％（ｖ／ｖ）の溶媒、約０．４Ｍ〜約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネート及び任意選択的に約５％（ｗ／ｖ）〜約２０％（ｗ／ｖ）のポリアクリレートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；並びに少なくとも１つの核酸配列を含む。
【００５５】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、約１０％（ｗ／ｖ）〜約３０％（ｗ／ｖ）の加速剤、約５ｍＭ〜約４０ｍＭの緩衝剤、約２０％（ｖ／ｖ）〜約４０％（ｖ／ｖ）の溶媒、約０．４Ｍ〜約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネート及び任意選択的に約５％（ｗ／ｖ）〜約２０％（ｗ／ｖ）のポリアクリレートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；第１の核酸配列；並びに第２の核酸配列を含む。ある特定の実施形態において、第１の核酸配列は分子プローブである。
【００５６】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、約１０％（ｗ／ｖ）〜約３０％（ｗ／ｖ）の加速剤、約５ｍＭ〜約４０ｍＭの緩衝剤、約２０％（ｖ／ｖ）〜約４０％（ｖ／ｖ）の溶媒、約０．４Ｍ〜約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネート及び任意選択的に約５％（ｗ／ｖ）〜約２０％（ｗ／ｖ）のポリアクリレートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；並びに少なくとも３つの核酸配列を含む。ある特定の実施形態において、核酸配列のうち少なくとも２つは分子プローブである。
【００５７】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、約１０％（ｗ／ｖ）〜約４０％（ｗ／ｖ）の加速剤、約５ｍＭ〜約１００ｍＭの緩衝剤、約２０％（ｖ／ｖ）〜約４０％（ｖ／ｖ）の溶媒、約０．４Ｍ〜約１．６Ｍのグアニジウムチオシアネート及び任意選択的に約５％（ｗ／ｖ）〜約２０％（ｗ／ｖ）のポリアクリレートを含むハイブリダイゼーション緩衝液組成物；並びに少なくとも１つの核酸配列（例えば、１つ、２つ又は３つの核酸配列）を含む。ハイブリダイゼーション組成物が３つの核酸配列を含む実施形態では、核酸配列のうち少なくとも２つは分子プローブである。
【００５８】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、１μＬ〜２００μＬ、１μＬ〜１００μＬ、１μＬ〜５０μＬ、１μＬ〜４０μＬ、１μＬ〜３０μＬ、１μＬ〜２０μＬ、１μＬ〜１５μＬ、１μＬ〜１２μＬ又は１μＬ〜１０μＬのハイブリダイゼーション緩衝液組成物及び０．１μＬ〜５０μＬ、０．１μＬ〜２５μＬ、０．１μＬ〜２０μＬ、０．１μＬ〜１５μＬ、０．１μＬ〜１０μＬ、０．１μＬ〜５μＬ、０．１μＬ〜４μＬ又は０．１μＬ〜３μＬの、少なくとも１つの核酸配列を含む溶液を含む。
【００５９】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーション組成物は、１μＬ、２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μＬ、９μＬ、１０μＬ、１１μＬ、１２μＬ、１３μＬ、１４μＬ、１５μＬ、１６μＬ、１７μＬ、１８μＬ、１９μＬ、２０μＬ、２１μＬ、２２μＬ、２３μＬ、２４μＬ、２５μＬ、２６μＬ、２７μＬ、２８μＬ、２９μＬ、３０μＬ、３１μＬ、３２μＬ、３３μＬ、３４μＬ、３５μＬ、３６μＬ、３７μＬ、３８μＬ、３９μＬ、４０μＬ、４１μＬ、４２μＬ、４３μＬ、４４μＬ、４５μＬ、４６μＬ、４７μＬ、４８μＬ、４９μＬ、５０μＬ、５１μＬ、５２μＬ、５３μＬ、５４μＬ、５５μＬ、５６μＬ、５７μＬ、５８μＬ、５９μＬ、６０μＬ、６１μＬ、６２μＬ、６３μＬ、６４μＬ、６５μＬ、６６μＬ、６７μＬ、６８μＬ、６９μＬ、７０μＬ、７１μＬ、７２μＬ、７３μＬ、７４μＬ、７５μＬ、７６μＬ、７７μＬ、７８μＬ、７９μＬ、８０μＬ、８１μＬ、８２μＬ、８３μＬ、８４μＬ、８５μＬ、８６μＬ、８７μＬ、８８μＬ、８９μＬ、９０μＬ、９１μＬ、９２μＬ、９３μＬ、９４μＬ、９５μＬ、９６μＬ、９７μＬ、９８μＬ、９９μＬ、１００μＬ、１１０μＬ、１２０μＬ、１３０μＬ、１４０μＬ、１５０μＬ、１６０μＬ、１７０μＬ、１８０μＬ、１９０μＬ又は２００μＬのハイブリダイゼーション緩衝液組成物及び０．１μＬ、０．２μＬ、０．３μＬ、０．４μＬ、０．５μＬ、０．６μＬ、０．７μＬ、０．８μＬ、０．９μＬ、１μＬ、２μＬ、３μＬ、４μＬ、５μＬ、６μＬ、７μＬ、８μＬ、９μＬ、１０μＬ、１１μＬ、１２μＬ、１３μＬ、１４μＬ、１５μＬ、１６μＬ、１７μＬ、１８μＬ、１９μＬ、２０μＬ、２１μＬ、２２μＬ、２３μＬ、２４μＬ、２５μＬ、３０μＬ、３５μＬ、４０μＬ、４５μＬ又は５０μＬの、少なくとも１つの核酸配列を含む溶液を含む。
【００６０】
Ｃ．組成物を使用する方法
本開示の方法及び組成物は、細胞学、組織学又は分子生物学の分野における全ての型のハイブリダイゼーション適用において完全に又は部分的に使用することができる。
【００６１】
ある特定の実施形態において、本開示の方法における第１の核酸配列又は第２の核酸配列は、生物学的サンプル中に存在する。かかるサンプルの例には、組織サンプル、細胞調製物、細胞断片調製物、核及び単離又は富化された細胞成分調製物が含まれる。サンプルは、乳房、肺、結腸直腸、前立腺、肺、頭頸部、胃、膵臓、食道、肝臓及び膀胱若しくは他の関連する組織並びにそれらの新生物、任意の細胞懸濁物、血液サンプル、骨髄、末梢血単核細胞、骨髄単核細胞、形質細胞富化標本、細針吸引、腹水、痰、腹膜洗浄液、肺洗浄液、尿、糞便、細胞掻爬物、細胞スメア、サイトスピン（ｃｙｔｏｓｐｉｎ）又はサイトプレップ（ｃｙｔｏｐｒｅｐ）細胞のような種々の組織に起源してよい。
【００６２】
サンプルは、標準的なプロトコールを使用して単離及び処理され得る。組織及び細胞サンプルは、外科的切除、生検、細針吸引、ブラッシング、洗浄液、バルボタージ（ｂａｒｂｏｔａｇｅ）、スメア、組織の接触調製、骨髄吸引、血液サンプリング、羊水サンプリング及び類似の方法のような従来の方法を使用して取得することができる。単離されたサンプルは、サンプルを取得する目的に依存し、部位におけるルーチンに依存して、多くの異なる方法で処理されてよい。しばしば、サンプルは、後のサンプル分析のために組織を保存するために種々の試薬で処理され、あるいは、サンプルは、直接分析されてよい。サンプルを保存するための広く使用される方法の例は、メタノール：酢酸固定、又はホルマリン固定とその後のパラフィン包埋及び冷凍保存である。
【００６３】
中期スプレッドのために、細胞培養物は一般に、細胞周期を中期で停止させるために、コルセミド又は別の適切な紡錘極破壊剤で処理される。次いで、細胞は、固定され、顕微鏡スライド上にスポットされ、ホルムアルデヒドで処理され、洗浄され、エタノール中で脱水される。次いで、プローブが添加され、サンプルは、以下に議論される技術のいずれかによって分析される。
【００６４】
細胞学は、生物学的サンプル由来の個々の細胞、核及び／又は染色体スプレッドの試験を伴う。サンプルの細胞学的試験は、、細胞の標本を取得することから始まり、これは、典型的には、子宮頸部標本の場合のように領域を掻爬、スワブ若しくはブラッシングすることによって、又は胸腔、膀胱若しくは脊柱から取得された体液などの体液を収集することによって、又は内部腫瘍などの場合に細針吸引若しくは細針生検によって、実施可能である。従来の手動による細胞学的調製において、サンプルは、液体懸濁材料に移され、次いで、流体中のサンプルは、直接、又は遠心分離ベースの処理ステップによって、観察のためにガラス顕微鏡スライド上に移される。典型的な自動化された細胞学的調製において、フィルターアセンブリが液体懸濁物中に配置され、フィルターアセンブリは、細胞を分散させ、フィルター上の細胞を捕捉する。次いで、フィルターは取り出され、顕微鏡スライドと接触して配置される。次いで、細胞／核は、以下に議論される技術のいずれかによる分析の前に、顕微鏡スライド上で固定される。
【００６５】
細胞学的サンプルを使用する伝統的なハイブリダイゼーション実験において、標本を含むスライドは、メタノール：酢酸又はホルムアルデヒド緩衝液中に浸漬され、洗浄され、次いでエタノール中で脱水される。次いで、プローブが添加され、標本はカバーガラスで覆われる。スライドは、標本中の任意の核酸を変性させるのに十分な温度（例えば、８２℃で５分間）でインキュベートされ、次いで、ハイブリダイゼーションを可能にするのに十分な温度（例えば、３７℃で一晩）でインキュベートされる。ハイブリダイゼーション後、カバーガラスが除去され、標本は、高いストリンジェンシーの洗浄（例えば、６５℃で１０分間）とその後の一連の低いストリンジェンシーの洗浄（例えば、室温で２×３分間）に供される。次いで、サンプルは脱水され、分析のためにマウントされる。
【００６６】
組織学は、組織の薄いスライス中の細胞／核の試験を伴う。組織学的試験のための組織サンプルを調製するために、組織の小片が、適切な固定剤、典型的にはホルムアルデヒド又はグルタルアルデヒドのようなアルデヒド中で固定され、次いで、融解パラフィンワックス中に包埋される。次いで、組織サンプルを含むワックスブロックは、ミクロトームでカットされて、典型的には２〜１０ミクロンの厚さの、組織を含むパラフィンの薄いスライスが得られる。次いで、標本スライスは、顕微鏡スライドに貼り付けられ、風乾され、標本をガラススライドに接着させるために加熱される。次いで、残りのパラフィンは、適切な溶媒、典型的にはキシレン、トルエンなどで溶解される。次いで、これらのいわゆる脱パラフィン化溶媒は、以下に議論される技術のいずれかによるサンプルの分析前に、洗浄−脱水型試薬で除去される。あるいは、スライスは、凍結標本から調製され、１０％ホルマリン又は他の適切な固定剤中で短時間固定され、次いで、サンプルの分析前に脱水試薬が注入されてよい。
【００６７】
組織学的サンプルを使用する伝統的なハイブリダイゼーション実験において、ホルマリン固定パラフィン包埋組織標本は、２〜６μｍの切片へとカットされ、スライド上で収集される。パラフィンが融解され（例えば、６０℃で３０〜６０分間）、次いで、キシレン（又はキシレン代用品）による、例えば、２×５分間の洗浄によって除去（脱パラフィン化）される。サンプルは再水和され、洗浄され、次いで前処理される（例えば、９５〜１００℃で１０分間）。スライドは洗浄され、次いで、ペプシン又は別の適切な透過処理剤によって、例えば、３７℃で３〜１５分間処理される。スライドは洗浄され（例えば、２×３分間）、脱水され、プローブが適用される。標本は、カバーガラスで覆われ、スライドは、標本中の任意の核酸を変性させるのに十分な温度でインキュベートされ（例えば、８２℃で５分間）、その後、ハイブリダイゼーションを可能にするのに十分な温度でインキュベートされる（例えば、３７℃で一晩）。ハイブリダイゼーション後、カバーガラスが除去され、標本は、高いストリンジェンシーの洗浄（例えば、６５℃で１０分間）とその後の一連の低いストリンジェンシーの洗浄（例えば、室温で２×３分間）に供される。次いで、サンプルは脱水され、分析のためにマウントされる。
【００６８】
１．ハイブリダイゼーション技術
本開示の組成物及び方法は、細胞学的及び組織学的サンプルについて当該分野で公知の全ての型のＲＮＡハイブリダイゼーション技術において完全に又は部分的に使用できる。かかる技術には、例えば、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ；多色ＦＩＳＨ及びＦｉｂｅｒ−ＦＩＳＨを含む）、発色性インサイチュハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、銀インサイチュハイブリダイゼーション（ＳＩＳＨ）及びアレイが含まれる。本開示の組成物は、変性及びハイブリダイゼーションの温度及び／又は時間を低減させることによって、伝統的なＲＮＡハイブリダイゼーション適用の効率を改善することができる。
【００６９】
一般に、分子プローブは、化学合成、ＰＣＲによって、又はクローニングによって特定のＤＮＡ配列を増幅し、ＤＮＡをベクター中に挿入し、適切なエシェリキア・コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）宿主細胞においてベクター挿入物を増幅することによって、調製されてよい。一般に使用されるベクターには、細菌プラスミド、コスミド、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、ＰＩ由来人工染色体（ＰＡＣ）又は酵母人工染色体（ＹＡＣ）が含まれる。次いで、増幅されたＤＮＡが抽出され、プローブとしての使用のために精製される。
【００７０】
核酸プローブは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はＰＮＡ若しくはＬＮＡなどのアナログのような、二本鎖又は一本鎖の核酸断片又は配列であってよい。プローブは、例えば、蛍光又は明視野顕微鏡／スキャナーの使用によって可能な、プローブ−標的ハイブリッドの同定を行うために標識されてよい。一部の実施形態において、プローブは、３１Ｐ、３３Ｐ若しくは３２Ｓのような放射活性標識、ジゴキシゲニン及びビオチンのような非放射活性標識、又は蛍光標識を使用して標識されてよい。
【００７１】
一般に、プローブの型は、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて検出することができる特色の型を決定する。例えば、大きい挿入プローブを、独自の単一コピーの配列を標的化するために使用することができる。これらの大きいプローブを用いる場合、ハイブリダイゼーション効率は、プローブサイズと反比例する。より小さいプローブは、欠失、増幅、逆位、重複及び異数性のような異常を検出するために使用可能である。例えば、差示的に着色された遺伝子座特異的プローブが、スプリットシグナル（ｓｐｌｉｔ−ｓｉｇｎａｌ）インサイチュハイブリダイゼーションを介して転座を検出するために使用できる。
【００７２】
一般に、野性型複合体と変異体複合体との間の熱安定性における差異は、プローブの長さが増加するにつれて減少するので、密接に関連する配列間を識別する能力は、ハイブリダイゼーションプローブの長さと反比例する。１０ｂｐ長よりも長いプローブが、一般に、独自の生物又は目的の臨床状態を正確に同定するために必要な配列多様性を得るために必要とされる。他方で、非常に短いオリゴマー（＜１０塩基対）中の単一塩基（点変異）ほどのわずかな配列差が、非標的配列と比較した相補的核酸標的配列へのハイブリダイゼーションの識別を可能にするのに十分であり得る。
【００７３】
ある特定の実施形態において、ハイブリダイゼーションプローブの少なくとも１つのセットは、１つ以上のＰＮＡプローブを含んでよい。あるいは、又はさらに、上で議論された技術のいずれかにおけるハイブリダイゼーションプローブの少なくとも１つのセットは、１つ以上のロックト核酸（ＬＮＡ）プローブを含んでよい。２’炭素と４’炭素との間のさらなる架橋結合に起因して、ＬＮＡ骨格がハイブリダイゼーションのために事前編成される。ＬＮＡ／ＲＮＡ相互作用は、より高い融解温度によって示されるように、対応するＤＮＡ／ＲＮＡ相互作用よりも強い。従って、ハイブリダイゼーションに必要なエネルギーを減少させる本開示の組成物及び方法は、ＬＮＡプローブとのハイブリダイゼーションのために特に有用である。
【００７４】
一実施形態において、プローブは、検出可能な標識（プローブ−標的ハイブリッドの検出を可能にする分析的に同定可能なシグナルを提供する分子）を含んでよい。検出可能な標識は、プローブに直接結合されてよく、又はリンカーを使用することによってプローブに間接的に結合されてよい。酵素的プロセス及び化学的プロセスを含む、当業者に公知の任意の標識化方法が、本開示の方法及び組成物において使用されるプローブを標識化するために使用できる。他の実施形態において、プローブは標識されない。
【００７５】
一般に、ＤＮＡ検出のためのＦＩＳＨ、ＣＩＳＨ及びＳＩＳＨのようなインサイチュハイブリダイゼーション技術は、変動するストリンジェンシーでハイブリダイズする、大きい、主に特定されていない核酸プローブを使用する。大きいプローブを使用することで、インサイチュハイブリダイゼーション技術は非常に敏感になる。しかし、伝統的なハイブリダイゼーションアッセイにおける大きいプローブの首尾よい使用は、ゲノムを通じて存在する反復配列に由来する望ましくないバックグラウンド染色のブロッキングに依存する。非特異的なプローブ結合を減少させるための伝統的な方法は、Ｃｏｔ−１  ＤＮＡのような標識されていない「ブロッキング」ＤＮＡの使用を含む。さらに、非特異的なプローブ結合は、タンパク質及び組織上の結合部位を飽和させ、フィコール、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、ポリビニルピロリドン及び核酸を含むプレハイブリダイゼーション溶液と共に組織をインキュベートすることによって、減少させることができる。
【００７６】
結合したプローブは、蛍光色素（例えば、ＦＩＳＨ）、有機色素原（例えば、ＣＩＳＨ）、銀粒子（例えば、ＳＩＳＨ）又は他の金属粒子（例えば、金促進蛍光インサイチュハイブリダイゼーション、ＧＯＬＤＦＩＳＨ）で直接的又は間接的のいずれかで細胞学的サンプル及び組織学的サンプルにおいて検出され得る。従って、検出の方法に依存して、試験されるサンプルから取得された細胞／核の集団は、蛍光顕微鏡又は従来の明視野光学顕微鏡を介して可視化することができる。
【００７７】
細胞学的及び組織学的サンプルに対するハイブリダイゼーションアッセイは、特異的ＤＮＡ又はＲＮＡ配列の数、サイズ及び／又は位置を決定するための有用なツールである。
【００７８】
ＦＩＳＨは、多色画像化が必要とされる場合及び／又はプロトコールがシグナルの定量化を求める場合に使用され得る。この技術は一般に、細胞学的サンプルを調製し、プローブを標識化し、標的及びプローブを任意選択的に変性させ、プローブを標的配列にハイブリダイズさせ、シグナルを検出することを必然的に伴う。典型的には、ハイブリダイゼーション反応は、標的化された配列の位置、サイズ又は数が、蛍光顕微鏡、フローサイトメトリー又は他の適切な計測手段を使用して決定できるように、それらを蛍光染色する。メガ塩基から数キロ塩基に至る範囲のＲＮＡ配列が、ＦＩＳＨを使用して研究できる。例えば逆重畳積分のような高感度蛍光顕微鏡技術を用いると、単一のｍＲＮＡでさえ検出できる。ＦＩＳＨは、中期スプレッド及び間期核に対して使用してもよい。
【００７９】
ＦＩＳＨのための有用な適用は、ヒト及び他の真核生物モデル種における特定の疾患関連配列における単一コピーの配列の検出、並びに感染性因子の検出において使用されている。ＦＩＳＨは、出生前診断、血液学的がん及び固形腫瘍における染色体異数性；癌遺伝子増幅、遺伝子欠失又は遺伝子融合のような遺伝子異常；転座、重複、挿入又は逆位；微小欠失症候群のような隣接遺伝子症候群；種々の治療の遺伝的影響；並びに体細胞中のウイルス核酸及び染色体中のウイルス組込み部位を検出するために使用することができる。ＦＩＳＨ技術には、多重ＦＩＳＨ（ｍ−ＦＩＳＨ）、スペクトル核型決定（ＳＫＹ）、結合二元比標識化（ｃｏｍｂｉｎｅｄ  ｂｉｎａｒｙ  ｒａｔｉｏｎ  ｌａｂｅｌｉｎｇ）（ＣＯＢＲＡ）、色変化核型決定、交差種カラーバンディング（ｃｒｏｓｓ−ｓｐｅｃｉｅｓ  ｃｏｌｏｒ  ｂａｎｄｉｎｇ）、高解像度マルチカラーバンディング（ｈｉｇｈ  ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ  ｍｕｌｔｉｃｏｌｏｒ  ｂａｎｄｉｎｇ）、テロメア多重ＦＩＳＨ（ＴＭ−ＦＩＳＨ）、スプリットシグナルＦＩＳＨ（ｓｓＦＩＳＨ）及び融合シグナル（ｆｕｓｉｏｎ−ｓｉｇｎａｌ）ＦＩＳＨが含まれる。
【００８０】
ＣＩＳＨ及びＳＩＳＨは、ＦＩＳＨと同じ適用の多くに使用することができ、例えば、病理組織学適用において、下敷きとなる組織形態学の分析を可能にするというさらなる利点を有する。ＦＩＳＨが実施される場合、ハイブリダイゼーション混合物は、互いに異なっておりかつバランスの取れたプローブ対のセットを含んでよい。Ｐｏｗｅｌｌ  Ｒ  Ｄら、「Ｍｅｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」、Ｈｕｍ．Ｐａｔｈｏｌ．、３８：１１４５〜５９（２００７）に記載されるように、ＣＩＳＨについては、ハイブリダイゼーション混合物は、１つ以上の従来の有機色素原による検出のために構成されたプローブの少なくとも１つのセットを含んでよく、ＳＩＳＨについては、ハイブリダイゼーション混合物は、銀粒子による検出のために構成されたプローブの少なくとも１つのセットを含んでよい。
【００８１】
本開示の組成物は、ブロッティング及びプロービング（例えば、ノザンブロッティング及びサザンブロッティング）を含むハイブリダイゼーション、並びにアレイが関与する、全ての型の分子生物学技術において完全に又は部分的に使用することもできる。
【００８２】
２．ハイブリダイゼーション条件
本開示の組成物を使用するハイブリダイゼーション方法は、二本鎖形態を取る場合が最も多い標的核酸配列を含むサンプルに組成物を適用することを含んでもよい。通常、標的配列とハイブリダイズするためのプローブへのアクセスを確保するために、サンプル及び組成物は、標的核酸を変性させるために加熱される。変性の間に、溶媒は配列と相互作用し、標的の変性及び標的へのプローブの再アニーリングを促進する。
【００８３】
本開示の組成物を使用するハイブリダイゼーションは、伝統的な組成物を用いて実施されるハイブリダイゼーションと同じアッセイ方法論を使用して実施してよい。しかし、本開示の組成物は、より短いハイブリダイゼーション時間を可能にする。例えば、加熱前処理、消化、変性、ハイブリダイゼーション、洗浄及びマウントのステップは、体積、温度、試薬及びインキュベーション時間に関して伝統的な組成物と同じ条件を使用することができる。当該分野で公知の伝統的なハイブリダイゼーションプロトコールには、大きなバリエーションが存在する。例えば、一部のプロトコールは、続くハイブリダイゼーションステップ前に、プローブの存在なしの潜在的二本鎖ヌクレオチドの別々の変性ステップを明記する。本開示の組成物は、当該分野で公知の伝統的なハイブリダイゼーションプロトコールのいずれかにおいて使用することができる。
【００８４】
あるいは、本開示の組成物を使用するアッセイは、例えば、ハイブリダイゼーション時間を短縮させること、変性及び／若しくはハイブリダイゼーションの温度を上昇若しくは低下させること、並びに／又はハイブリダイゼーション体積を増加若しくは減少させることによって、伝統的な方法論から変化及び最適化することができる。
【００８５】
ある特定の実施形態において、本開示の組成物は、変性温度が６０℃〜１００℃であり、ハイブリダイゼーション温度が２０℃〜６０℃である場合に、強いシグナルを生じる。他の実施形態において、本開示の組成物は、変性温度が６０℃〜７０℃、７０℃〜８０℃、７０℃〜９０℃、８０℃〜９０℃又は９０℃〜１００℃であり、ハイブリダイゼーション温度が２０℃〜３０℃、３０℃〜４０℃、３５℃〜５０℃、４０℃〜５０℃又は５０℃〜６０℃である場合に、強いシグナルを生じる。他の実施形態において、本開示の組成物は、変性温度が７２℃、７３℃、８２℃、８５℃又は９２℃であり、ハイブリダイゼーション温度が３７℃、４０℃、４５℃又は５０℃である場合に、強いシグナルを生じる。
【００８６】
他の実施形態において、本開示の組成物は、変性時間が０〜１０分間であり、ハイブリダイゼーション時間が０分間〜２４時間である場合に、強いシグナルを生じる。他の実施形態において、本開示の組成物は、変性時間が０〜５分間であり、ハイブリダイゼーション時間が０分間〜８時間である場合に、強いシグナルを生じる。他の実施形態において、本開示の組成物は、変性時間が０、１、２、３、４又は５分間であり、ハイブリダイゼーション時間が０分間、５分間、１５分間、３０分間、６０分間、１２０分間、１８０分間又は２４０分間である場合に、強いシグナルを生じる。ＲＮＡ検出のための一部の場合において、変性ステップが必要とされないことが、当業者によって理解される。
【００８７】
従って、本開示の組成物を使用するハイブリダイゼーションを、８時間未満で実施してよい。他の実施形態において、ハイブリダイゼーションを、６時間未満で実施される。なお他の実施形態において、ハイブリダイゼーションを、４時間以内で実施される。他の実施形態において、ハイブリダイゼーションを、３時間以内で実施される。なお他の実施形態において、ハイブリダイゼーションを、２時間以内で実施される。他の実施形態において、ハイブリダイゼーションを、１時間以内で実施される。なお他の実施形態において、ハイブリダイゼーションを、３０分間以内で実施される。他の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、１５分間以内で起こり得る。ハイブリダイゼーションは、１０分間以内で又は５分間未満であっても起こり得る。
【００８８】
ハイブリダイゼーション時間が変化する場合、プローブの濃度を、強いシグナルを生じるため及び／又はバックグラウンドを低減させるために、変動させることもできる。例えば、ハイブリダイゼーション時間が減少する場合、プローブの量を、シグナル強度を改善するために増加させることができる。他方で、ハイブリダイゼーション時間が減少する場合、プローブの量を、バックグラウンド染色を改善するために減少させることができる。
【００８９】
本開示の組成物は、伝統的なハイブリダイゼーション組成物よりも良好なシグナル対ノイズ比を可能にする場合が多い。例えば、ある特定のプローブを用いる場合、本開示の組成物を用いた１時間のハイブリダイゼーションが、伝統的な組成物中での一晩ハイブリダイゼーションと類似のバックグラウンド及びそれよりも強いシグナルを生じる。バックグラウンドは、プローブが添加されない場合には見られない。
【００９０】
伝統的なアッセイ方法は、本開示の組成物を使用する場合に、システムが手動であるか、半自動化されているか、又は自動化されているかに合わせて、変更及び最適化することもできる。例えば、半自動化又は自動化されたシステムは、本開示の組成物を用いて得られる短いハイブリダイゼーション時間から利益を得る。短いハイブリダイゼーション時間は、伝統的な組成物がかかるシステムにおいて使用される場合に遭遇する困難を低減させることができる。例えば、半自動化及び自動化されたシステムに関する１つの問題は、かかるシステムが、小さいサンプル体積（例えば、１０〜１５０μＬ）、上昇した温度及び延長されたハイブリダイゼーション時間（例えば、１４時間）を必要とするので、サンプルの顕著な蒸発がハイブリダイゼーションの間に生じ得ることである。従って、伝統的なハイブリダイゼーション組成物中の成分の割合は、きわめて変更しにくい。しかし、本開示の組成物はより速いハイブリダイゼーションを可能にするので、蒸発は低減され、半自動化及び自動化されたシステムにおいて使用されるハイブリダイゼーション組成物中の成分の割合において、柔軟性の増大を可能にする。
【００９１】
自動化された画像化分析に関する別の問題は、必要な画像の数、必要な大量の保存場所及び画像を撮影するために必要な時間である。本開示の組成物は、伝統的な組成物と比較して非常に強いシグナルを生じることができる。本開示の組成物によって生じる非常に強いシグナルに起因して、画像化は、伝統的な組成物のために必要とされる拡大率よりも低い拡大率で実施でき、アルゴリズムによってさらに検出及び分析可能である。より低い拡大率により、焦点面が広くなるので、本開示の組成物は、サンプルの連続切片を取得する必要性を低減できるか又は排除できる。結果として、本開示の組成物は、より少ない連続切片を必要とするか又は連続切片を必要とせず、各画像がかなり大きい面積をカバーするので、全体的な画像化はかなり速くなり得る。さらに、総画像ファイルがかなり小さくなるので、分析のための全体的な時間は速くなる。
【００９２】
本発明は、以下の非限定的な実施例によって例示される複数の態様を有する。
【実施例】
【００９３】
３．実施例
［実施例１］
ＦＩＳＨアッセイのためのハイブリダイゼーション緩衝液組成物
デキストラン硫酸、クエン酸ナトリウム食塩水、ホルムアミド及びグアニジウムチオシアネートを合わせて、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物１〜４を作製した。表中の処方は、１２μＬのバルク緩衝液及び３μＬの水性プローブ混合物を使用する１５μＬの反応における最終作業濃度である。デキストラン硫酸、クエン酸ナトリウム食塩水、ホルムアミド、グアニジウムチオシアネート及びポリアクリル酸ナトリウム（２，１００ｇ／ｍｏｌ又は５，１００ｇ／ｍｏｌの平均ＭＷ）を合わせて、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物５を作製した。デキストラン硫酸、クエン酸ナトリウム食塩水、ホルムアミド及び炭酸エチレンを合わせて、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物６を作製した。デキストラン硫酸、クエン酸ナトリウム食塩水、ホルムアミド及びコハク酸ジメチルを合わせて、ハイブリダイゼーション緩衝液組成物７を作製した。緩衝液組成物の成分及びそれらの濃度は、表１に詳述する。
【００９４】
緩衝液調製物：１ｍＬサイズ／体積の緩衝液を調製した。各緩衝液チューブについて、デキストラン硫酸を、グアニジウムチオシアネート（ｇｕａｎｉｄｉｎｕｍ  ｔｈｉｏｃｙａｎａｔｅ）、Ｍｉｌｌｉ−Ｑ水（緩衝液中合計約１／３〜２／３の水）、ホルムアミド及び２０×ＳＣＣ緩衝液の溶液に、少量ずつ添加した。緩衝液を、最終的なｐＨ検証及び体積調整の前に少なくとも１２時間撹拌した。
【００９５】
【表１】
2019502386.tif 000002
【００９６】
［実施例２］
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物を用いたＦＩＳＨアッセイの評価
ハイブリダイゼーション緩衝液３、４及び５のＦＩＳＨ性能を、三色ＢＣＲ（橙色スペクトル）／ＡＢＬ（緑色スペクトル）／ＡＳＳ（水色スペクトル）プローブセットを使用して評価した。ＴｈｅｒｍｏＢｒｉｔｅ共変性を、８０℃で２分間実施し、その後３７℃で２時間ハイブリダイズさせた。
【００９７】
各緩衝液のハイブリダイゼーション性能を、以下の顕微鏡フィルターを使用して、少なくとも２人の独立した再評価者による強度、特異性、バックグラウンド及び交差ハイブリダイゼーションの質的評価に基づいて評価した（１〜５のスケール、５が最良である。）：単一バンドパスの水色、緑色及び橙色、並びに三重バンドパス（橙色／緑色／ＤＡＰＩ）。表２は、全てのフィルターについての平均強度、平均特異性、平均バックグラウンド及び全体的評価（ハイブリダイゼーションにおけるプローブシグナルについての強度、特異性及びバックグラウンドの最も低い値によって決定される）、並びにフィルターによる平均全体評価を列挙して、ＦＩＳＨアッセイにおける緩衝液組成物の性能の結果を報告する。その平均全体評価（ハイブリダイゼーションにおけるプローブシグナルについての強度、特異性及びバックグラウンドの最も低い値によって決定される）が３．９であり、三重パスフィルターを用いたその平均全体評価が４．０であったので、緩衝液４は良好にスコア付けされた。
【００９８】
【表２】
2019502386.tif 000003
【００９９】
バルク緩衝液組成物は、密度に基づいて、重量で、およそ２３．７％の水、３４．２％のホルムアミド、２９．１％のデキストラン硫酸、１２．３％のグアニジンチオシアネート、０．４５％の塩化ナトリウム及び０．２３％のクエン酸ナトリウムを含む。
【０１００】
緩衝液密度は１．２０ｇ／ｍＬである。
【０１０１】
デキストラン硫酸：０．３５ｇ  ＤＳ／ｍＬ  緩衝液×１ｍＬ  Ｂ／１．２０ｇ  Ｂ×１００＝２９．１重量％
ホルムアミド：０．３７５ｍＬ  Ｆ／ｍＬ  Ｂ×１．１３ｇ  Ｆ／ｍＬ  Ｆ×１ｍＬ  Ｂ／１．２０ｇ  Ｂ×１００＝３４．２重量％
グアニジンチオシアネート（ＧＩＴＣ）：０．１４８ｇ  Ｇ／ｍＬ  Ｂ×１ｍＬ  Ｂ／１．２０ｇ  Ｂ＝１２．３重量％
ＮａＣｌ：０．０３１２ｍＬ  ＳＳＣ／ｍＬ  Ｂ×３ｍｍｏｌ  ＮａＣｌ／ｍＬ  ＳＳＣ×０．０５８５ｇ  ＮａＣｌ／ｍｍｏｌ  ＮａＣｌ×１ｍＬ  Ｂ／１．２ｇ  Ｂ×１００＝０．４５％
クエン酸ナトリウム：０．０３１２ｍＬ  ＳＳＣ／ｍＬ  Ｂ×０．３ｍｍｏｌ  ＳＣ／ｍＬ  ＳＳＣ×０．２９４ｇ  ＳＣ／ｍｍｏｌ  ＳＣｌ×１ｍＬ  Ｂ／１．２ｇ  Ｂ×１００＝０．２３％
水（差による）＝２３．７％
水（ミニバルクの実際のレシピに基づく）＝３０ｍＬ  Ｗ／１００ｍＬ  Ｂ×１ｍＬ  Ｂ／１．２ｇ  Ｂ＝２５．０％（２０ｍＬの水を最初に添加し、ＱＳのために１０ｍＬをさらに添加したことに留意のこと。）
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物４は、表３に示すような成分を用いて調製できる。作業溶液を作製するために、１２ｕＬのこの緩衝液を、ハイブリダイゼーション反応において３ｕＬの水性プローブ混合物と共に使用した。
【０１０２】
【表３】
2019502386.tif 000004
【０１０３】
［実施例３］
ハイブリダイゼーション緩衝液組成物の成分濃度の評価
実施例１に記載される方法を使用して、異なる濃度のデキストラン硫酸（ＤＳ）、ホルムアミド（ＦＡ）及びグアニジウムチオシアネート（ＧＩＴＣ）並びに一定濃度のＳＳＣを含むハイブリダイゼーション緩衝液を調製したが、これらは表４に示される。これらの緩衝液のＦＩＳＨ性能を、三色ＢＣＲ（橙色スペクトル）／ＡＢＬ（緑色スペクトル）／ＡＳＳ（水色スペクトル）プローブセットを使用して評価した。ＴｈｅｒｍｏＢｒｉｔｅ共変性を、８０℃で２分間実施し、その後３７℃で２時間ハイブリダイズさせた。表４は、フィルターによる平均強度、平均特異性、平均バックグラウンド及び平均全体評価を列挙して、ＦＩＳＨアッセイにおける緩衝液組成物の性能の結果を報告する。
【０１０４】
【表４】
2019502386.tif 000005
【０１０５】
これらの結果に基づいて、以下のハイブリダイゼーション緩衝液処方を、上位パフォーマーとして選択した：（１）２７％のＤＳ、３２％のＦＡ、０．８ＭのＧＩＴＣ、（２）Ｇ１−２４％のＤＳ、３３％のＦＡ、１．２ＭのＧＩＴＣ、並びに（３）２８％のＤＳ、３０％のＦＡ及び１ＭのＧＩＴＣ。
【０１０６】
［実施例４］
ハイブリダイゼーション緩衝液における異なるデキストラン硫酸供給源の評価
種々の異なる商業的供給源からのデキストラン硫酸を、３２％（ｗ／ｖ）のＤＳ、４０％（ｗ／ｖ）のＦＡ及び１．６ＭのＧＩＴＣを含んだ「Ｇ１２」と称するハイブリダイゼーション緩衝液において試験した。ＤＳ供給業者は、Ｓｉｇｍａ、ＰＫ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、ＴｄＢ、Ａｍｓｅｒｃｏ、ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ及びＤｅｘｔｒａｎ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ  Ｌｔｄ．（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）を含んだ。これらの緩衝液のＦＩＳＨ性能を、三色ＢＣＲ／ＡＢＬ／ＡＳＳプローブセット並びに二色ｐ５３／ＣＥＰ１７及びｐ１６／ＩＧＨプローブセットを使用して評価した。緩衝液組成物及びＦＩＳＨ結果を表５に示す。
【０１０７】
【表５】
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【０１０８】
この実施例の結果は、Ｇ１２  ＧＩＴＣ緩衝液の性能がＤＳの供給源に依存して変動することを実証している。しかし、２つのＤＳ供給業者（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ及びＴｄＢ）は、許容可能な性能を示した。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＤＳロット１７０は酸性であり、ＧＩＴＣ緩衝液において不十分に機能した。しかし、ｐＨ調整はその性能を救済した。
【０１０９】
上述の詳細な説明及び添付の実施例は、単なる例示に過ぎず、添付の特許請求の範囲及びそれらの等価物によってのみ規定される本発明の範囲に対する限定として解釈すべきでないことが理解される。
【０１１０】
開示された実施形態に対する種々の変化及び改変は、当業者に明らかである。本発明の化学構造、置換基、誘導体、中間体、合成、組成物、処方又は使用の方法に関するものが含まれるがそれらに限定されないかかる変更及び改変は、その精神及び範囲から逸脱することなしに行うことができる。
【国際調査報告】
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2019502386.tif 000009
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