(57)【要約】  １つ以上のハイブリッドバクテリオファージ宿主域決定因子（ＨＲＤ）配列を製造するための方法であって、（１）少なくとも２つのＤＮＡ配列を同定することであって、前記少なくとも２つのＤＮＡ配列がそれぞれ、ＤＮＡ配列中の一連の領域にＨＲＤをコードしており、前記ＨＲＤが互いに異なっていることと、（２）各領域をベクターに組み込むことであって、前記ベクター中における各領域が、認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素の認識部位によって隣接されており、前記制限酵素の前記切断部位が各領域の境界に位置しており、個々の一連に由来する前記領域の切断部位配列が互いに異なっており、異なる一連に由来する対応する領域の境界の切断部位配列が同一であることと、（３）前記ベクターを、認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素で処理して、前記領域の混合物を生成することと、（４）前記領域の混合物をリガーゼで処理してそれらをライゲーションし、ハイブリッドＨＲＤのアレイをコードするＤＮＡ配列のアレイを形成すること、とを含むことを特徴とする方法。【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ以上のハイブリッドバクテリオファージ宿主域決定因子（ＨＲＤ）配列を製造するための方法であって、
（１）少なくとも２つのＤＮＡ配列を同定することであって、前記少なくとも２つのＤＮＡ配列がそれぞれ、ＤＮＡ配列中の一連の領域にＨＲＤをコードしており、前記ＨＲＤが互いに異なっていることと、
（２）各領域をベクターに組み込むことであって、前記ベクターにおける各領域が、認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素の認識部位によって隣接されており、前記制限酵素の前記切断部位が各領域の境界に位置しており、個々の一連に由来する前記領域の切断部位配列が互いに異なっており、異なる一連に由来する対応する領域の境界の切断部位配列が同一であることと、
（３）前記ベクターを、前記認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素で処理して、前記領域の混合物を生成することと、
（４）前記領域の前記混合物をリガーゼで処理してそれらをライゲーションし、ハイブリッドＨＲＤのアレイをコードするＤＮＡ配列のアレイを形成すること、とを含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記制限酵素が、ＩＩＢ型制限酵素及びＩＩＳ型制限酵素から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（３）及び（４）が、単一の反応で行われる請求項１から２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
前記制限酵素認識部位が、各領域に付加される請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記領域が、前記ベクターへの組み込み前に増幅又は合成される請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記領域の少なくとも１つの切断部位配列が、前記領域によってコードされるアミノ酸配列を変化させることなく前記領域のヌクレオチド塩基配列を変化させることによって形成される請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
更に、（５）前記ハイブリッドＨＲＤのアレイに由来する各ハイブリッドＨＲＤを送達ベクターに組み込んで、送達ベクターのアレイを形成することを含む請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
（ａ）前記送達ベクターのアレイを第１の宿主細胞と接触させて、各送達ベクターを第１の宿主細胞に導入して、形質転換された第１の宿主細胞のアレイを形成することと、
（ｂ）移入された第１の宿主細胞のアレイに標的ファージを感染させることと、
（ｃ）ファージ複製及び組換えを行うことと、
（ｄ）組換えファージをスクリーニングすることと、
（ｅ）ハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択すること、とを含む請求項７に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｄ）及び（ｅ）が、ハイブリッドＨＲＤを有するファージの宿主であり、且つ前記標的ファージの宿主ではない第２の宿主細胞に組換えファージを増殖させることを含む請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
更に、（ｆ）ハイブリッドＨＲＤを有する選択された組換えファージを第１の宿主細胞と接触させて第１の宿主細胞を感染させる工程と、
（ｇ）ファージ複製を行う工程と、
（ｈ）前記第１の宿主細胞及び前記第２の宿主細胞に感染することができるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択する工程とを含む請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも２つのＤＮＡ配列が、ＨＲＤヌクレオチド配列アラインメント、ＨＲＤアミノ酸配列アラインメント、又はＨＲＤタンパク質構造アラインメントによって同定される請求項１から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記ＨＲＤが、尾部繊維タンパク質を含む請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
各尾部繊維タンパク質が、前記標的細菌に結合するための受容体結合領域と、前記受容体結合領域をバクテリオファージの本体に連結する領域とを含む請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記受容体結合領域がＣ末端受容体結合領域であり、前記Ｃ末端受容体結合領域を前記バクテリオファージの本体に連結する領域がＮ末端領域である請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
バクテリオファージＰｈｉ３３のアミノ酸配列に基づいて、前記Ｎ末端領域が前記尾部繊維タンパク質のアミノ酸１〜６２８を含み、前記Ｃ末端領域が前記尾部繊維タンパク質のアミノ酸６２９〜９６４を含む請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＩＩＳ型制限酵素が、ＢｓａＩ、ＢｐｉＩ、ＢｃｏＤＩ、ＢｂｖＩ、ＢｂｓＩ、ＢｓｍＡＩ、ＢｓｍＦＩ、ＦｏｋＩ、ＳｆａＮＩ、ＢｆｕＡＩ、ＢｓｍＢＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢｔｇＺＩ、及びＥｓｐ３Ｉ、又はそれらのアイソシゾマーから選択される請求項２から１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
前記ＩＩＳ型制限酵素が、ＥａｒＩ、ＢｓｐＱＩ、及びＳａｐＩ、又はそれらのアイソシゾマーから選択される請求項２から１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記ＩＩＳ型制限酵素が、ＨｇａＩ又はそのアイソシゾマーである請求項２から１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記ＩＩＢ型制限酵素が、ＡｌｆＩ、ＡｌｏＩ、ＢａｅＩ、ＢｓｇＩ、ＢｐｌＩ、ＢｓａＸＩ、ＣｓｐＣＩ、ＦａｌＩ、ＰｐｉＩ、及びＰｓｒＩ、又はそれらのアイソシゾマーから選択される請求項２から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
前記ハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージに、標的細菌に対して毒性であるタンパク質をコードする遺伝子が与えられる請求項８から１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記遺伝子が、α／β型の低分子酸可溶性胞子タンパク質（ＳＡＳＰ）をコードする請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＳＡＳＰがＳＡＳＰ−Ｃであり、好ましくは前記ＳＡＳＰ−Ｃがバシラス・メガテリウム由来である請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
工程（ｅ）が、前記標的ファージの宿主域よりも広い宿主域を与えるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含む請求項８から２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
工程（ｅ）が、前記少なくとも２つのＤＮＡ配列によってコードされる前記ＨＲＤ配列の宿主域を含む宿主域を与えるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含む請求項８から２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
工程（ｅ）が、複数の異なる感染部位に由来し、且つ抗生物質耐性表現型の範囲を含む、少なくとも３５種、好ましくは５０種を超える臨床分離株の集団の５０％超により定義される広い宿主域を有するハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含む請求項８から２４のいずれかに記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ハイブリッドバクテリオファージ宿主域決定因子（ＨＲＤ）配列を製造するための方法に関する。本発明は、広い宿主域を有するハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージの提供に特に適している。
【背景技術】
【０００２】
世界保健機関の２０１４年の抗菌剤耐性の世界規模調査に関する報告では、抗生物質耐性が世界的な問題であり、地域社会や病院における一般的な感染症を治療する能力を危うくしていることが明らかにされた。迅速な対応なしでは、世界はポスト抗生物質の時代に向かっており、何十年にも亘って治療可能であった一般的な感染症や軽傷が再び死に繋がり得る可能性がある（非特許文献１）。抗生物質耐性は、軽微な手術からの患者の回復を困難にし、ますます治療上の失敗を引き起こす。事実、利用可能な全ての抗生物質に対して耐性がある、世界中を循環する細菌の幾つかの属の新たな株が存在する。そのような株は、一般に、いわゆるＥＳＫＡＰＥ病原菌、即ち、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、アシネトバクター・バウマニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、及びエンテロバクター（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）種の範囲に入る（非特許文献２）。ＥＳＫＡＰＥ病原菌という用語は、現在、これらの細菌が米国及び欧州で大多数の院内感染を引き起こし、現在の汎抗生物質耐性感染症が発生している状況において、利用可能な抗生物質の全てではないにしても、その大部分から効果的に「エスケープ」できることを強調するために、Ｂｏｕｃｈｅｒらによって名付けられた。病院で治療される一般的な細菌によって引き起こされる重篤な感染症の患者の死亡率は、同じ非耐性細菌によって引き起こされる感染症に罹患する患者の死亡率の約２倍である。例えば、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）の感染症は、非耐性型感染症の罹患者よりも、死亡する可能性が６４％高いと推定されている（非特許文献１）。グラム陽性細菌のうち、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌は、米国及び欧州の病院において、罹患率及び死亡率の主要原因となり続けている。しかし、より最近になって、アシネトバクター種、多剤耐性（ＭＤＲ）緑膿菌、カルバペネム耐性クレブシエラ種、及び大腸菌などの幾つかの高度に耐性なグラム陰性病原体が、重篤な、時に治療不能な感染症を引き起こす主要病原体として浮上している。医学の進歩はますます複雑な処置が行われることを意味し、これらの進歩は、高齢患者数及び手術、移植、及び化学療法を受ける患者数の増加につながり、これらはいずれも、感染症のリスクにさらされる免疫不全個体数の更なる増加をもたらす（非特許文献３）。この現象は、効果的な抗生物質へのより大きな依存及び要求につながっている。
【０００３】
緑膿菌は、高頻度の多剤耐性（ＭＤＲ）である１つの細菌であり、その外膜の浸透性が低いことによる内因的な抵抗性を有し、細胞内に薬剤が入るのを制限し、且つ細胞内に成功裏に入った薬剤を放出する多数の流出ポンプを有する。緑膿菌は、グラム陰性菌に対する「最終手段の抗生物質」であるカルバペネムに対する耐性など、更なる耐性機構も獲得している。緑膿菌は、全ての院内感染症の約１０％を引き起こし、院内感染性肺炎の第２位の原因であり、全ての院内感染症処方の５０％を占めている。病院での緑膿菌感染症は、通常、患者が少なくとも２つの抗生物質で治療されることを記載する緑膿菌感染の現在の標準的ケアによる静脈内（ＩＶ）治療を必要とする。残念なことに、耐性は、患者の治療中に頻繁に発生する。過去３０〜４０年内に開発され承認された抗生物質の数は非常に少なく、新規で安全で効果的な抗菌剤が強く求められている。
【０００４】
現在の抗生物質の１つの代替物は、バクテリオファージに基づく医薬である。バクテリオファージ（又はファージ）は、１９２０年代又は３０年代以降の細菌感染症の治療のための医薬品として使用されている。
【０００５】
最近の開発には、テーラーメードの遺伝子送達ビヒクルを作製するための改変の基礎としてのファージの使用が含まれ、これは、病原性細菌を標的とする毒性タンパク質をコードする遺伝子の送達に使用できる。そのようなアプローチは、ＳＡＳＰｊｅｃｔシステム（特許文献１）に記載されており、このシステムでは、バクテリオファージが非溶菌性であり、最終的には生存できないように設計され、且つ標的細菌に送達されるＳＡＳＰ遺伝子発現カセットを有するように設計されており、これが、迅速なＳＡＳＰの発現につながる。ＳＡＳＰは、休眠中のグラム陽性細菌内生胞子のＤＮＡを保護する、低分子酸可溶性胞子タンパク質である。しかし、栄養細胞におけるＳＡＳＰの発現に際して、非配列特異的な様式で細胞のＤＮＡにＳＡＳＰが迅速に結合すること（非特許文献４）は、急速な細胞死をもたらす。
【０００６】
しかし、一般に、バクテリオファージはその細菌宿主に特異的である。したがって、１つの細菌宿主に特異的なファージは、そのファージが感染できない別の細菌宿主によって引き起こされる感染を治療しようとする場合、ほとんど役に立たない可能性がある。有用な医薬品にとって、効率的な方法で様々な細菌株からの感染を治療するために使用することができるバクテリオファージ組成物を提供することが課題である。
【０００７】
この課題に対処する１つの方法は、広範囲の細菌株に感染する能力に基づいてバクテリオファージ（広い宿主域のファージ）を選択することである。しかし、細菌細胞表面の可塑性のため、特にグラム陰性菌において見られるように、通常、単一のファージの宿主域が不十分であるため、このアプローチは限られている（非特許文献５及び非特許文献６）。
【０００８】
別の方法は、各種細菌株を広くカバーすることを確実にするためにファージの混合物又は「カクテル」を選択することである。この目的のために、野生型ファージのカクテルを用いて、細菌の臨床株に対する十分な活性スペクトルを確保している（非特許文献７）。このようなカクテルは、２０種類までの異なる無関係のファージからなることができる（非特許文献８）。しかし、このような大きなファージカクテルの製造及び試験は複雑であり得る。
【０００９】
したがって、医学的及び非医学的状況における細菌細胞の増殖を阻害又は予防するだけでなく、医学における細菌感染の治療に用いるための広範な宿主域を有する改良されたバクテリオファージを提供する必要性が依然として存在する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】ＷＯ２００９／０１９２９３
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】ＷＨＯ，  ２０１４
【非特許文献２】Ｂｏｕｃｈｅｒら，  ２００９
【非特許文献３】Ｗａｌｋｅｒら，  ２００９
【非特許文献４】Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎら，  １９９０
【非特許文献５】Ｃａｒｌｔｏｎ，  １９９９
【非特許文献６】Ｋｕｔａｔｅｌａｄｚｅ及びＡｄａｍｉａ，  ２０１０
【非特許文献７】Ｂｕｒｒｏｗｅｓ及びＨａｒｐｅｒ，  ２０１２
【非特許文献８】Ａｂｅｄｏｎ  ２００８
【発明を実施するための形態】
【００１２】
本発明は、１つ以上のハイブリッドバクテリオファージ宿主域決定因子（ＨＲＤ）配列を製造するための方法を提供し、前記方法は以下を含む：（１）少なくとも２つのＤＮＡ配列を同定することであって、前記少なくとも２つのＤＮＡ配列がそれぞれ、ＤＮＡ配列中の一連の領域にＨＲＤをコードしており、前記ＨＲＤが互いに異なっていることと、（２）各領域をベクターに組み込むことであって、前記ベクターにおける各領域が、認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素の認識部位によって隣接されており、前記制限酵素の前記切断部位が各領域の境界に位置しており、個々の一連に由来する前記領域の切断部位配列が互いに異なっており、異なる一連に由来する対応する領域の境界の切断部位配列が同一であることと、（３）前記ベクターを、認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素で処理して、前記領域の混合物を生成することと、（４）前記領域の混合物をリガーゼで処理してそれらをライゲーションし、ハイブリッドＨＲＤのアレイをコードするＤＮＡ配列のアレイを形成すること。
【００１３】
１つの態様では、本発明は、１つ以上のハイブリッドバクテリオファージ宿主域決定因子（ＨＲＤ）配列を製造するための方法を提供し、前記方法は以下を含む：（１）少なくとも２つのＤＮＡ配列を同定することであって、前記少なくとも２つのＤＮＡ配列がそれぞれ、ＤＮＡ配列中の一連の領域にＨＲＤをコードしており、前記ＨＲＤが互いに異なっていることと、（２）各領域をベクターに組み込むことであって、前記ベクター中における各領域が、ＩＩＳ型又はＩＩＢ型制限酵素の認識部位によって隣接されており、前記ＩＩＳ型又はＩＩＢ型制限酵素の切断部位が各領域の境界に位置しており、個々の一連に由来する前記領域の切断部位配列が互いに異なっており、異なる一連に由来する対応する領域の境界の切断部位配列が同一であることと、（３）前記ベクターを、ＩＩＳ型又はＩＩＢ型制限酵素で処理して、前記領域の混合物を生成することと、（４）前記領域の混合物をリガーゼで処理してそれらをライゲーションし、ハイブリッドＨＲＤのアレイをコードするＤＮＡ配列のアレイを形成すること。
【００１４】
本発明の方法は、バクテリオファージ宿主域決定因子（ＨＲＤ）タンパク質の領域を同定することを可能にする。これらのタンパク質は、そのような領域がキメラＨＲＤタンパク質の配列に組み込まれるたときに、ＨＲＤタンパク質によって与えられる宿主域を決定するのに必須且つ十分である。前記キメラＨＲＤタンパク質は、２つ以上のヘテロガスＨＲＤタンパク質により形成されている。このようにして、本発明は、バクテリオファージをキメラＨＲＤタンパク質を有するように設計し、前記バクテリオファージの宿主特異性が変更され得るようにし、これは、例えば、２つ以上のヘテロガスＨＲＤタンパク質に由来する配列を有する単一のキメラＨＲＤタンパク質の取得において、１つのファージが２つ以上のバクテリオファージの宿主域を獲得することによって行われる方法を提供する。この方法は、キメラＨＲＤタンパク質が２つ以上の領域に分割された２つ以上のＨＲＤ配列に由来することができるように、ＨＲＤタンパク質の領域が混合されているキメラＨＲＤタンパク質を作製し、選択するのに特に有用である。この方法の概略を図１に示す。
【００１５】
ハイブリッドＨＲＤタンパク質を形成することによって別の密接に関連するファージの宿主域を獲得した改変ファージの知られた例がある。しかし、これらの例は、バクテリオファージの宿主域を広げることに失敗し、僅かな組換え事象しか可能でなく、したがって、用途が限定されている。これらの例は、通常はタンパク質のＮ末端に保存されたタンパク質−タンパク質相互作用領域（例えば、尾部付着領域）を有する２つのファージの使用を含み、より多岐に亘る受容体結合領域は、通常はタンパク質のＣ末端に有する。ハイブリッドファージＨＲＤタンパク質は、相同組換えを利用して、２つのファージからの各種受容体結合領域を交換することによって作製される。例として、Ｄｕｐｌｅｓｓｉｓ及びＭｏｉｎｅａｕ（２００１）は、関連するファージＭＤ４に由来する推定ＨＲＤタンパク質遺伝子配列を組換えの基質として提供された組換えストレプトコッカス・サーモフィルスＤＴ１ファージを選択した。組換えファージ由来のＨＲＤタンパク質遺伝子の配列決定によれば、組換え部位が、タンパク質のＣ末端の可変領域をコードする領域の外側に位置することが示された。組換えファージは供与性ＭＤ４ファージの宿主域を継承したが、親ＤＴ１ファージの宿主域は喪失していた。
【００１６】
前記の知られた例において、ＨＲＤタンパク質遺伝子における配列多様性をもたらすために相同組換えを用いることは、生成され得る可能な変異体配列の数を制限する。組換えが起こり得る部位には制限があり、配列同一性が必要であり、したがって、交換される領域は、標的ファージと相同な配列によって隣接されていなければならない。組換えの頻度は、２つの配列間の同一性のレベル（同一性が低いと組換え頻度はより低くなる）及び相同性の長さ（同一性領域がより短いと組換え頻度はより低くなる）に応じて変化し、大腸菌における生存細胞当たり１０−５〜１０−９の組換え事象となる（Ｗａｔｔら，１９８５）。したがって、ＨＲＤタンパク質の「変異体」領域内の配列の交換は、これらの配列に見られる低い配列相同性のために可能性が低いので、組換えは一般に、保存されたタンパク質領域間でのみ生じる。ＤＮＡ配列の１超の領域が相同組換えによって置換される可能性は、非常に低い。これは、相同組換えによるＤＮＡの単一の部分の置換が、最低２つの組換え事象を必要とするのに対し、ＤＮＡの更なる部分を置換することは、２つの組換え事象が必要であり、合計で４つの事象が必要であるからである。したがって、記載されたものなどのキメラＨＲＤタンパク質を生成するために組換えにのみ依存する方法は、関連するＨＲＤタンパク質に由来する対応する領域で置換された可変配列の単一領域を有するＨＲＤタンパク質を有する組換えファージに戻る可能性が高い。即ち、ＨＲＤタンパク質の可変領域をコードするＤＮＡ配列内における、遺伝的交換、ひいてはキメラ形成は殆ど生じない。当技術分野で記載されている方法は、ヘテロガス配列の単一部分が交換されて最大２つのドナーＨＲＤタンパク質遺伝子からキメラを作製するキメラＨＲＤタンパク質を生じる可能性がある。
【００１７】
一方、驚くべきことに、本発明方法を用いると、２つ以上のバクテリオファージの宿主域を有するバクテリオファージを作製することができ、ＨＲＤ配列を供与するファージの宿主域を獲得して、宿主域を拡大する又は改善することを見出した。
【００１８】
本発明の方法は、キメラＨＲＤタンパク質をコードする遺伝子を有するファージを生成し、前記キメラＨＲＤタンパク質の可変領域は、２つ以上のファージに由来する２つ以上の可変領域配列からなる。この方法は、特定のＤＮＡ配列、即ち、その認識配列を認識し、前記認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素を使用する。「制限酵素」という用語は、本明細書において、以下、「特定のＤＮＡ配列、即ち、その認識配列を認識し、前記認識配列の外側の特定の切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素」を意味するように使用される。１つの態様では、前記制限酵素は、ＩＩＳ型又はＩＩＢ型の制限酵素である。ＩＩＳ型制限酵素は、その認識部位の外側の特定位置でＤＮＡを切断する。ＩＩＢ型制限酵素は、その認識部位の外側及び両側の特定位置でＤＮＡを切断する。２つ以上のファージに由来する２つ以上のＨＲＤ遺伝子由来のＨＲＤ遺伝子配列の選択された部分が、ＤＮＡ相同性（配列同一性）とは無関係に順番に組み合わせられるように、本発明方法にしたがい制限酵素を使用してＨＲＤ遺伝子配列のライブラリーを作製する。キメラＨＲＤ遺伝子配列のライブラリーを用いて、組換えファージのライブラリーを作製することができ、成分ＨＲＤタンパク質によって付与される組み合わせられた宿主域を有する組換えファージを選択する方法が提供される。相同組換えは、キメラ可変領域に隣接する保存配列間で生じ、したがって、可変タンパク質配列をコードするＨＲＤ遺伝子の領域における配列変異の生成は、複数の組換え事象に依存するのではなく、ライゲーションによる断片のランダムな結合に依存する。ある態様では、工程（１）において２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のＤＮＡ配列が同定される。この方法は、３つの異なるトリプシノーゲンのＤＮＡコード配列のシャッフルを記述するゴールデンゲートシャッフリング技術（Ｅｎｇｌｅｒら，２００９）に基づく。
【００１９】
１つの態様では、少なくとも２つのＤＮＡ配列は、ＨＲＤヌクレオチド配列アラインメント、ＨＲＤアミノ酸配列アラインメント、又はＨＲＤタンパク質構造アラインメントによって同定することができる。本発明の方法は、アミノ酸配列相同性を有するＨＲＤタンパク質の遺伝子に由来するライブラリーの作製において特に有用であり、或いは、この方法は、ＤＮＡ又はタンパク質配列に必ずしも相同ではないが、保存されたタンパク質配列又は構造の領域が同定され得る構造に基づくアラインメントアルゴリズムを利用してアラインさせることができる、キメラアナログタンパク質の作製に特に有用である。タンパク質は、配列類似性に基づく（例えば、ＢＬＡＳＴ、ニードル（ＥＭＢＯＳＳ）、又はＣｌｕｓｔａｌ  Ｏｍｅｇａ）又は構造的アライメントに基づく（例えば、ＴＭ−Ａｌｉｇｎ）アライメントを行うプログラムを用いてアラインさせることができる。ＨＲＤタンパク質配列又は構造をアラインさせることができれば、ＤＮＡ配列相同性を必要とせずにタンパク質のＤＮＡコード配列をアラインさせることができる。アラインされた配列は、２つ以上の領域に分割することができる。１つの態様では、配列は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上の領域に分割される。そのような領域は、配列又は構造的特徴にしたがって選択することができる。例えば、（タンパク質配列相同性又は構造類似性にしたがって）類似又は非類似の領域を同定することができる。或いは、タンパク質の領域は任意に選択することができる。
【００２０】
１つの態様では、各領域に制限酵素認識部位を付加することができる。各領域は、固有の配列によって隣接されていることができ、この配列は、（特定の制限酵素に依存して）３、４、又は５（又はそれ以上）の塩基対（ｂｐ）配列であることができ、そのような領域が適切なプラスミドベクター中にクローニングされると、制限酵素の切断部位として作用する。
【００２１】
１つの態様では、ＩＩＳ型制限酵素は、ＢｓａＩ、ＢｐｉＩ、ＢｃｏＤＩ、ＢｂｖＩ、ＢｂｓＩ、ＢｓｍＡＩ、ＢｓｍＦＩ、ＦｏｋＩ、ＳｆａＮＩ、ＢｆｕＡＩ、ＢｓｍＢＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢｔｇＺＩ、Ｅｓｐ３Ｉ、及びこれらの酵素のアイソシゾマーから選択することができる。これらは、消化時に４塩基オーバーハングを生じるＩＩＳ型制限酵素の例である。ＩＩＳ型制限酵素は、ＥａｒＩ、ＢｓｐＱＩ、ＳａｐＩ、及びこれらの酵素のアイソシゾマーから選択することもできる。これらは、消化時に３塩基オーバーハングを生じるＩＩＳ型制限酵素の例である。ＩＩＳ型制限酵素は、ＨｇａＩから選択することもできる。１つの態様では、ＩＩｂ型制限酵素は、ＡｌｆＩ、ＡｌｏＩ、ＢａｅＩ、ＢｓｇＩ、ＢｐｌＩ、ＢｓａＸＩ、ＣｓｐＣＩ、ＦａｌＩ、ＰｐｉＩ、ＰｓｒＩ、及びこれらの酵素のアイソシゾマーから選択することができる。本発明の方法での使用に適する可能性があるＩＩＢ型及びＩＩＳ型制限酵素の多くの他の例がある。このような酵素は、Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ又はＴｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃのようなモレキュラー・バイオロジー試薬会社のウェブサイトに掲載されているのが確認できる。
【００２２】
制限酵素の使用は、切断部位をＨＲＤ  ＤＮＡ配列領域内で選択することを可能にする。これは、クローニングの際に、認識部位を、これらの領域に隣接する配列中に付加することができるからである。或いは、認識部位は、制限酵素認識部位及び切断部位を有するＰＣＲ産物を作製するために、ＰＣＲプライマーに組み込むことによって付加することができる。
【００２３】
ＤＮＡ配列中の選択された領域を分けるために選択される配列は、制限酵素の切断部位を形成する３、４、又は５個の塩基対配列からなる必要がある。これらの３、４、又は５ｂｐの切断部位は、Ｅｎｇｌｅｒら（２００９）が「組換え部位」と称する配列と等価である。各３、４、又は５塩基切断部位は、各領域の一端について固有のものでなければならない。
【００２４】
１つの態様では、前記領域の少なくとも１つの切断部位配列は、その領域によってコードされるアミノ酸配列を変化させることなく、その領域のヌクレオチド塩基配列を変化させることによって形成することができる。選択されたＤＮＡ配列の１つ以上が、選択された３又は４ｂｐ配列と完全に一致するものを含まない場合、配列は、タンパク質のコード配列を変更することなく変更することができる。これは、３ｂｐコドンの「ゆらぎ」位置に対応する塩基を変化させることによって達成することができる。本発明のこの態様の利点は、適切な制限酵素の選択と共に、タンパク質のコード配列に影響を及ぼすことなく、制限部位をほぼ所望の位置に取り込ませることができることである。
【００２５】
１つの態様では、領域は、ベクターに組み込む前に増幅又は合成することができる。選択されたコード配列の各領域はＰＣＲによって増幅することができる、又は合成することができ、その結果、制限部位が領域内に設計される。即ち：認識＿部位／切断＿部位＿１／ＨＲＤ＿領域＼切断＿部位＿２＼認識＿部位
【００２６】
１つの態様では、各領域の増幅又は合成配列をプラスミドベクターにクローニングすることができる。或いは、認識部位及び切断部位が、例えばＰＣＲプライマーを用いて前述の領域に設計され、ＰＣＲ産物を得た後は、各領域の配列をプラスミドにクローニングする必要はない。この態様において、各領域の配列は、以下に記載されるように制限酵素によって消化することができる。この点に関して、認識部位、切断部位、及び領域を含むＤＮＡ配列（例えば、ＰＣＲ産物など）は、工程（２）及び（３）で定義される用語「ベクター」の意味に含まれると理解することができる。
【００２７】
したがって、ＨＲＤ配列のライブラリーを作製することができ、各ライブラリーは、各ＨＲＤタンパク質の２つ以上の領域に由来するＤＮＡコード配列を有し、その２つ以上が存在し得る。例えば、ＨＲＤタンパク質は、他のＨＲＤタンパク質との配列相同性又は構造類似性に基づいて６つの領域に分割され得る。この例では、６つの領域を、遺伝子の５’から３’へのコード配列から順に配列された領域Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、及びＦと表すことができる。ＤＮＡ断片ライブラリーの構築のためのＨＲＤ配列を提供するファージは、「ドナー」ファージと称される。この例では、ＤＮＡ断片を１Ａ、１Ｂ、１Ｃ、１Ｄ、１Ｅ、及び１Ｆと表すことができるドナーファージ１由来のライブラリーを作製することができる。ドナーファージ２のＨＲＤタンパク質の場合、２Ａ、２Ｂ、２Ｃ、２Ｄ、２Ｅ、及び２Ｆと表すことができる断片ライブラリーを作製することができる。ファージ１及び２は異なる宿主域を有することができる。これらのＤＮＡ配列は、制限酵素の認識部位が遺伝子断片のコード配列の外側に位置するように、プラスミドベクターにクローニングすることができる（図２Ａ）。或いは、遺伝子断片のこれらのＤＮＡ配列をプラスミドベクターにクローニングする必要はない。各断片は同じ制限酵素の認識部位によって隣接されていてもよく、切断部位は、各断片ごとに異なるであろうが、断片が規則的な様式でしかライゲーションできないように設計されている。例えば、ＤＮＡ  Ｃは、５’末端でのＤＮＡ断片Ｂと３’末端でのＤとのライゲーションのみを可能にする切断部位によって隣接されるであろう。これは、各領域の最後に固有の３又は４塩基配列（特定の制限酵素の認識配列に対応する）を選択することによって保証される。したがって、断片は、断片のコード配列に制限認識部位配列を付加することなく、常にＡ−Ｂ−Ｃ−Ｄ−Ｅ−Ｆの順序で互いにライゲーションするであろう。したがって、標的ファージに由来するＨＲＤタンパク質ＤＮＡ配列に隣接する配列の間で、断片を送達ベクター中にライゲーションすることによって、２つのＨＲＤ配列のキメラを有するプラスミドクローン（例えば、１Ａ２Ｂ１Ｃ２Ｄ１Ｅ２Ｆ）が形成されるであろう（図２Ｂ）。
【００２８】
１つの態様では、前記方法は、ハイブリッドＨＲＤのアレイ由来の各ハイブリッドＨＲＤを送達ベクターに組み込み、送達ベクターのアレイを形成する工程（５）を更に含むことができる。
【００２９】
１つの態様では、工程（３）及び（４）を単一の反応で行うことができる。前記方法が工程（５）を更に含む別の態様では、工程（３）、（４）、及び（５）を単一の反応で行うことができる。これは、制限酵素とリガーゼの両方、及び必要に応じて、送達ベクターを、工程（２）からのベクターの混合物に同時に添加して、制限作用及びライゲーションの両方を単一の反応で生じさせることを含むことができる。換言すれば、工程（３）で生成された領域の混合物、及び必要に応じて、送達ベクターを、混合物から制限酵素を単離又は分離することなしにリガーゼで処理することができる。これは、単純化されたプロセスを提供するので、有利である。更に、分離工程がないので、混合物は、工程（３）によって生成された全ての領域を確実に保持するが、これらの領域は、そうでなければ工程（３）後の分離工程の間に失われるか又は減少することがある。したがって、ドナープラスミドは制限酵素によって切断され、キメラはライゲーションによって形成される。ライゲーションされた配列はもはや認識部位を含まないので、ライゲーションされたキメラは制限酵素によって再度切断されることはない。
【００３０】
１つの態様では、本発明の方法は、以下の工程を更に含むことができる：（ａ）送達ベクターのアレイを第１の宿主細胞と接触させて、各送達ベクターを第１の宿主細胞に導入し、形質転換された第１の宿主細胞のアレイを形成する工程、（ｂ）移入された第１の宿主細胞のアレイに標的ファージを感染させる工程、（ｃ）ファージ複製及び組換えを行う工程、（ｄ）組換えファージをスクリーニングする工程、及び（ｅ）ハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択する工程。
【００３１】
このようなプラスミドのライブラリーは、前述のように構築することができる。作製することができる異なるＨＲＤタンパク質キメラの数は、ＨＲＤタンパク質遺伝子配列の数（Ｈ）の領域（又は断片（Ｆ））の数の累乗、即ち、ＨＦから算出することができる。エレクトロポレーション又はコンジュゲーションのような標準的な方法によって、プラスミドのライブラリーを標的ファージの細菌宿主に導入することができる。標的ファージは、ＨＲＤタンパク質の同定された様々な領域からＨＲＤ  ＤＮＡ配列を提供するドナーファージの１つであることができ、プラスミドライブラリーの１つの成分を形成する。したがって、１つの態様では、標的ファージは、ＨＲＤをコードする少なくとも２つのＤＮＡ配列のうちの１つを含むことができる。或いは、標的ファージはドナーファージでなくてもよく、代わりに、標的ファージについてＨＲＤタンパク質と相同であるか又は類似しているＨＲＤタンパク質のＤＮＡ配列のみをＤＮＡ断片ライブラリーに提供してもよい。宿主細胞ライブラリーは、標的ファージと得られる溶菌物によって感染させることができる、溶菌物中のファージの幾つかは、組換えによりプラスミドライブラリーからキメラＨＲＤ配列を獲得した組換えファージであることができる。
【００３２】
１つの態様では、工程（ｄ）及び（ｅ）は、ハイブリッドＨＲＤを有するファージの宿主であり且つ標的ファージの宿主ではない第２の宿主細胞に組換えファージを増殖させることを含むことができる。有用な組換えファージは、溶菌物を、ＤＮＡ断片ライブラリーにＨＲＤ配列を与えたドナーファージの１つ以上の宿主であるが、標的ファージの通常の宿主ではない株と混合したときに、プラークの形成をスクリーニングすることによって選択することができる。この工程は、組換えによってプラスミドライブラリーからキメラＨＲＤ配列を獲得していないファージに対して有用に選択する。１つの態様では、本発明の方法は、以下の工程を更に含むことができる：（ｆ）ハイブリッドＨＲＤを有する選択された組換えファージを第１の宿主細胞と接触させて第１の宿主細胞を感染させる工程、（ｇ）ファージ複製を行う工程、及び（ｈ）第１の宿主細胞及び第２の宿主細胞に感染することができるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択する工程。
【００３３】
本発明の１つの態様において、工程（ｅ）は、標的ファージの宿主域よりも広い宿主域を与えるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含むことができる。本発明の別の態様では、工程（ｅ）は、少なくとも２つのＤＮＡ配列によってコードされるＨＲＤ配列の宿主域を含む宿主域を与えるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含むことができる。この態様では、ハイブリッドＨＲＤによって与えられる全宿主域は、少なくとも２つのＤＮＡ配列又は標的ファージのそれによってコードされる元のＨＲＤ配列の組み合わせられた宿主域より必ずしも広いとは限らない。それにもかかわらず、特に全宿主域が、特に病原性、抗生物質耐性、又はその他の治療が困難であるなどの複数の標的細菌をカバーする場合、この態様は、依然として有利であることが理解される。前記例において、組換えファージは、ファージ２の宿主ではないファージ１の宿主及びファージ１の宿主ではないファージ２の宿主でスクリーニングすることができる。組換えファージは、１つの宿主上にプラークを形成し、その宿主上に形成されたプラークからファージを単離し、次いでこれらのプラークを第２の宿主上でスクリーニングすることによってスクリーニングすることができる。或いは、組換えファージは、２つの宿主に対して同時にプラーク形成させることによって、ファージが両方の宿主株に感染することができた透明なプラークを同定することによりスクリーニングすることができる。このようなスクリーニングでプラークを単離することにより、変更された宿主域を標的ファージに伝達するキメラＨＲＤタンパク質遺伝子を有するファージを得ることができ、キメラＨＲＤタンパク質は、選択されたキメラＨＲＤタンパク質に成分ＨＲＤタンパク質の両方の宿主域を与える。単離されたファージ由来のファージＨＲＤタンパク質遺伝子をＰＣＲ増幅し、配列決定することができる。したがって、特定の宿主域を与えるＨＲＤタンパク質の領域を同定することができる。
【００３４】
前記技術は、２超のファージＨＲＤ配列を用いて行うことができる。例えば、３つのファージＨＲＤタンパク質由来のＨＲＤ領域のライブラリーを作製することができる。所望の組換えファージは、３つの宿主株に対してスクリーニングすることにより回収することができ、各宿主株は、３つのファージのうちの１つのみの宿主であり、他の２つの宿主ではない。このようにして、全３株に感染することができるキメラＨＲＤタンパク質を選択することができる。同様に、４つ以上のＨＲＤタンパク質配列を選択することができ、その手法を適用することができる。
【００３５】
代替のアプローチは、ＨＲＤ配列のプラスミドライブラリーからのＤＮＡ断片と組み合わせて、インビトロパッケージングシステム（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇら、１９８５）を用いて、活性なファージ粒子を再形成し、適切な宿主株をトランスフェクトして、再構成ファージを増殖させることであろう。このようなファージは、本明細書に記載されるように、所望の特性を有するファージを単離するために、宿主域試験されてもよい。
【００３６】
別のアプローチは、標的ファージ由来のゲノム配列の残りと共に、ライブラリーからのＤＮＡフラグメントを使用して、インビトロで設計されたファージ粒子を作製するための無細胞転写翻訳系を作製することであろう（Ｓｈｉｎら、２０１２）。このようなファージは、本明細書に記載されるように、所望の特性を有するファージを単離するために、宿主域試験されてもよい。
【００３７】
更なるアプローチは、ファージゲノムＤＮＡと共に、プラスミドライブラリー中のＤＮＡフラグメントを使用して、適切な宿主をトランスフェクトし、エレクトロポレーションされたＤＮＡのバクテリオファージリコンビニアリング（ＢＲＥＤ）などのリコンビニアリングアプローチを用いて生存可能なファージを構築することであろう（Ｍａｒｉｎｅｌｌｉら、２００８）。このようなファージは、本明細書に記載されるように、所望の特性を有するファージを単離するために、宿主域試験されてもよい。
【００３８】
本発明の更なる態様において、工程（ｅ）は、複数の異なる感染部位に由来し、且つ抗生物質耐性表現型の範囲を含む、少なくとも３５種、好ましくは５０種を超える臨床分離株の集団の５０％超により定義される広い宿主域を有するハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含むことができる。
【００３９】
本発明によれば、広い宿主域に基づいてハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することが好ましい。広い宿主域は、多様な集合体又は臨床分離株（少なくとも３５種、好ましくは合計＞５０種）の＞５０％に感染する能力として定義することができる。そのような分離株は、欧州、米国、アジアなどのある範囲の地理的位置に由来すべきであり、多剤耐性（ＭＤＲ）株を含む多様な範囲の抗生物質耐性表現型を有するべきであり、多様な範囲の感染部位、例えば、血液、肺、及び皮膚感染から培養された菌株であるべきである。そのような分離株は、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ）及びナショナル・コレクション・オブ・タイプ・カルチャー（ＮＣＴＣ）のような公的な株コレクションから得ることができる。
【００４０】
本発明によれば、多様なＨＲＤタンパク質配列を提供するためには２つ以上のファージが必要である。適切なファージは、単一の選択された細菌種に感染することができるファージをスクリーニングすることによって単離することができる。このようにして、その種の異なる分離株に感染する幾つかのファージを単離することができる。例えば、グラム陰性細菌は、ファージのための結合受容体が一般に存在する、それらの細胞表面において高度のバリエーションを示す（Ｗａｎｇら、２０１０；Ｒａｋｈｕｂａら、２０１０）。細菌株はまた、細胞表面抗原に対して産生され得る抗血清によってもタイピングすることができる（いわゆる血清型判定）（Ｆａｕｒｅら、２００３；Ｌｕら、２０１４）。例えば、緑膿菌では、２０の血清型が存在する（Ｆａｕｒｅら、２００３；Ｌｕら、２０１４）。クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）では、表面変異の主要な源である多糖類表面莢膜及び重要なビルレンス因子、及び７８の莢膜型が分子タイピング法によって発見されている（Ｐａｎら、２０１３）。改変バクテリオファージの使用が医薬品である場合、このような改変ファージの細菌感染症治療のための活性スペクトルに対処するために、その改変バクテリオファージが、その種の可能な限り多くの異なる分離株に結合して感染することができることが有利である。したがって、これらのバクテリオファージの累積宿主域が任意の単一成分バクテリオファージよりも大きい、同一細菌種に感染する幾つかのファージ由来のＨＲＤタンパク質の使用が有利である。
【００４１】
或いは、この技術を適用して、１超の細菌種に感染することができるバクテリオファージを作製し、単離することができる。例えば、ある１つの種に感染するバクテリオファージを単離することができ、別の種に感染する別のバクテリオファージを単離することができる。それらの宿主域は互いに排他的であることができる。そのようなバクテリオファージは、記載された方法で使用できるＨＲＤタンパク質配列を提供し、医薬品として使用される改変バクテリオファージを作製することができ、この改変バクテリオファージは、２種以上の細菌種を標的とすることができ、広いスペクトルの抗菌剤を提供する。
【００４２】
単一の細菌種を標的とするためにファージが必要とされる前者の場合、ファージは、選択された種に対する感染力について試料をスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、緑膿菌に感染するファージは、代表的な緑膿菌株上でプラークを形成することができる環境源からファージをスクリーニングすることによって単離することができる（Ｇｉｌｌ及びＨｙｍａｎ、２０１０）。単離されたファージは、それらの全ゲノムを配列決定し、アノテートすることができる。
【００４３】
本発明に記載されるアプローチは、バクテリオファージ組成物の宿主域を広げる又は改善するためのこれまでのアプローチ、例えば前述の「カクテル」アプローチと比較して特に有利である。本発明は、以下により詳細に記載されるＳＡＳＰｊｅｃｔシステムなどのファージ組成物の改善に有用である。特に、本発明は、ＳＡＳＰｊｅｃｔベクターの宿主域を広げるために使用することができる。複数のＳＡＳＰｊｅｃｔベクターの宿主域が組み合わされ、それによって本発明の方法を用いて拡大されれば、単一のＳＡＳＰｊｅｃｔベクターが、２つ以上のＳＡＳＰｊｅｃｔベクターを使用する必要性に置き換わることができる。１つの利点は、製造する成分ファージがより少ないことである（即ち、所望の宿主域が混合物中の２つ以上のファージにより与えられる場合と比較して、本発明にしたがって生産される単一のファージの宿主域が拡大されれば）。これは医薬品製剤の重要な側面である。即ち、製造コストが削減される。更に、本発明によれば、前述の「カクテル」アプローチによって提供される宿主域に等価な範囲を提供するために、より少ないファージ、場合によっては１つのファージが必要とされるだけであり、医薬調製の複雑性を低減する。
【００４４】
１つの態様において、ＨＲＤは、尾部繊維タンパク質を含むことができる。各尾部繊維タンパク質は、標的細菌への結合のための受容体結合領域及び受容体結合領域をバクテリオファージの本体に連結する領域を含む。受容体結合領域は、Ｃ末端受容体結合領域であることができ、Ｃ末端受容体結合領域をバクテリオファージの本体に連結する領域は、Ｎ末端領域であることができる。バクテリオファージＰｈｉ３３のアミノ酸配列に基づいて、Ｎ末端領域は、尾部繊維タンパク質のアミノ酸１〜６２８を含み、Ｃ末端領域は、尾部繊維タンパク質のアミノ酸６２９〜９６４を含むことができる。
【００４５】
尾部繊維タンパク質は、宿主細菌への初期の認識／結合を担うタンパク質、例えばファージＴ４、Ｔ５、及びＴ７において一般的に見出される（Ｒａｋｈｕｂａら，  ２０１０）。或いは、他のＨＲＤは、ベースプレートタンパク質であってもよい。ファージゲノムは、ＢＬＡＳＴ検索を用いて、ファージゲノム中の全てのタンパク質の既知配列との相同性を評価することによって潜在的なＨＲＤ配列を検索することができる。
【００４６】
Ｎ末端領域において９０％を超える配列同一性を有するファージ尾部繊維タンパク質を同定することが有利である。例えば、緑膿菌株に対して広い宿主域を有する幾つかのファージ、Ｐｈｉ３３、ＰＴＰ４７、ＰＴＰ９２、及びＣ３６（２６０株に対して分析したときに、これらのファージはいずれも＞６０％に感染）が、単離／同定され、それらのゲノムが配列決定されている。Ｐｈｉ３３、ＰＴＰ４７、ＰＴＰ９２、及びＣ３６のゲノム配列の分析は、Ｐｈｉ３３尾部繊維タンパク質１〜６２８と比較した２配列ＢＬＡＳＴアラインメントの結果、それらがＮ末端領域に高レベルの配列同一性（＞９５％のアミノ酸配列同一性）を有する推定尾部繊維タンパク質をコードする遺伝子を含むことが示されている（Ｃ３６（９６％）、ＰＴＰ４７（９８％）、ＰＴＰ９２（９７％）（括弧内はアミノ酸同一性））。ＢＬＡＳＴ検索により、これらの４種のファージが、ＰＢ１、ＳＰＭ１、Ｆ８、ＬＢＬ３、ＫＰＰ１２、ＬＭＡ２、ＳＮ、ＪＧ０２４、ＮＨ−４、及び１４−１などのＰＢ１様ファージのファミリーを共に形成する１０種の他の寄託ファージゲノム配列に関連することが示されている（Ｃｅｙｓｓｅｎｓら，  ２００９）。これらの推定尾部繊維タンパク質の相同性を評価した。Ｐｈｉ３３尾部繊維タンパク質と比較した２配列ＢＬＡＳＴアラインメントの結果、ＬＢＬ３（９６％）、ＳＰＭ−１（９５％）、Ｆ８（９５％）、ＰＢ１（９５％）、ＫＰＰ１２（９４％）、ＬＭＡ２（９４％）、ＳＮ（８７％）、１４−１（８６％）、ＪＧ０２４（８３％）、ＮＨ−４（８３％）、Ｃ３６（９６％）、ＰＴＰ４７（８６％）、ＰＴＰ９２（８３％）（括弧内はアミノ酸同一性）であった。前記ファージ尾部繊維タンパク質の全１４個のアラインメントを図３に示す。
【００４７】
これらの１４個のファージからアノテートされた尾部繊維タンパク質配列の分析により、タンパク質のＮ末端領域（Ｐｈｉ３３尾部繊維アミノ酸１〜６２８に対応）が、アミノ酸レベルにおいて、その全長に亘るこれらのタンパク質の配列同一性よりも更に高いレベルの配列同一性を示すことが示されている（全１４種のタンパク質について９６〜１００％の範囲である）。Ｐｈｉ３３尾部繊維タンパク質のＮ末端アミノ酸１〜６２８と比較した２配列ＢＬＡＳＴアラインメントの結果、ＬＢＬ３（９６％）、ＳＰＭ−１（９６％）、Ｆ８（９６％）、ＰＢ１（９６％）、ＫＰＰ１２（９８％）、ＬＭＡ２（９９％）、ＳＮ（９９％）、１４−１（９７％）、ＪＧ０２４（９７％）、ＮＨ−４（９７％）、ＰＴＰ４７（９８％）、Ｃ３６（９６％）、ＰＴＰ９２（９７％）（括弧内はアミノ酸同一性）であった。しかし、タンパク質のＣ末端領域（Ｐｈｉ３３尾部繊維アミノ酸６２９〜９６４に対応）は、タンパク質の幾つかのＮ末端領域ほど保存されておらず、配列同一性の範囲は典型的には５７〜９６％である。Ｐｈｉ３３尾部繊維タンパク質のＣ末端６２９〜９６４アミノ酸と比較した２配列ＢＬＡＳＴアラインメントの結果、ＬＢＬ３（９４％）、ＳＰＭ−１（９３％）、Ｆ８（９３％）、ＰＢ１（９４％）、ＫＰＰ１２（８７％）、ＬＭＡ２（８５％）、ＳＮ（６５％）、１４−１（６５％）、ＪＧ０２４（５７％）、ＮＨ−４（５７％）、ＰＴＰ４７（６４％）、Ｃ３６（９６％）、ＰＴＰ９２（５７％）（括弧内はアミノ酸同一性）であった。よく特徴付けられた他のファージ由来のファージ尾部繊維の分析により、それらがＮ末端尾部ベースプレート結合領域及びＣ末端受容体結合領域を有することが示されている（Ｖｅｅｓｌｅｒ及びＣａｍｂｉｌｌａｕ、２０１１）。プラークアッセイ又は増殖阻害試験を用いた細菌株宿主域の実験分析において、ファージＰｈｉ３３、ＰＴＰ４７、ＰＴＰ９２、及びＣ３６は、重複はするが同一ではない宿主域を有する（表１）。細菌宿主受容体結合に関与するファージ尾部繊維のＣ末端領域の役割、及びこれらの４種のファージのＣ末端領域における配列変異、及びそれらと類似しているが同一ではない宿主域に関する確立された証拠をまとめると、Ｃ末端変異が、評価されたファージにおける宿主域に関連していると推定される。
【００４８】
したがって、本発明によれば、ホモロガスな尾部繊維タンパク質の遺伝子を、これらの例示されたファージの２つ以上から得て、記載された方法によって組み合わせて、キメラ尾部繊維タンパク質を形成することができ、特にキメラ尾部繊維タンパク質のＣ末端可変領域が、これらのファージの２つ以上に由来する配列を混合した様式で含むキメラ尾部繊維タンパク質を形成することができる。そのような方法で、このような尾部繊維タンパク質のＣ末端領域は、２つ以上の領域に分けることができ、これらの領域を順番に融合させて、タンパク質のＣ末端領域にバリエーションをもたらし、改善された宿主域のためのバリアントの選択を可能にする。
【００４９】
本発明の方法は、改善された宿主域をホモロガスな標的ファージに与えた組換え尾部繊維タンパク質を選択するために使用された。ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７に由来する尾部繊維ＤＮＡ及びタンパク質配列をアラインさせた（図４及び図５）。ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７に由来するＣ末端アミノ酸６２９〜９６４のＤＮＡ配列を用いて、本明細書に記載の方法を用いて各ファージについて６つの領域のライブラリーを作製した。６つの領域の各々を分ける固有の切断部位を図４及び図５に示す。Ｐｈｉ３３尾部繊維タンパク質のアミノ酸６２９〜９６４をコードするＤＮＡ配列に隣接する配列に対してホモロガスな領域によってキメラ配列が隣接されるように、キメラ尾部繊維タンパク質のライブラリーを大腸菌で作製した。ライブラリーを緑膿菌に導入し、これらの細胞をファージＰｈｉ３３に感染させ、組換えファージを単離した。これは、ＰＴＰ９２（Ｐｈｉ３３又はＰＴＰ４７ではなく）に排他的な宿主及びＰＴＰ４７（Ｐｈｉ３３又はＰＴＰ９２ではなく）に排他的な宿主にプラークを形成することができたファージを選択することにより単離した。組換えファージの宿主域試験により、ＰＴＰ９２又はＰＴＰ４７のいずれかに感染した株にプラークを形成することができた１つのファージ単離物ＰＴＰ２３８を同定した（表１）。このようにして、ＰＴＰ２３８は、試験された株について評価した場合、ＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７の両方の宿主域を獲得しており、その宿主域は、標的ファージＰｈｉ３３に比べて改善された。配列分析により、ＰＴＰ２３８が、ＰＴＰ４７尾部繊維タンパク質のＣ末端配列領域由来の２配列領域及びＰＴＰ９２尾部繊維タンパク質のＣ末端配列領域由来の４配列領域を有するキメラ尾部繊維タンパク質を有することが示された（図６）。
【００５０】
１つの態様では、本発明にしたがって産生されたハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージには、標的細菌に対して毒性であるタンパク質をコードする遺伝子が与えられる。このような遺伝子は、α／β型の低分子酸可溶性胞子タンパク質（ＳＡＳＰ）をコードすることができる。ＳＡＳＰは、好ましくはＳＡＳＰ−Ｃである。ＳＡＳＰ−Ｃは、バシラス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）由来のものであってもよい。
【００５１】
従来の抗生物質の代替として、細菌内で広いスペクトルの抗菌活性を示すタンパク質の１つのファミリーは、α／β型の低分子酸可溶性胞子タンパク質（以下、ＳＡＳＰと称する）を含む。細菌内では、ＳＡＳＰは、細菌ＤＮＡに結合する：極低温電子顕微鏡を用いたこのプロセスの視覚化は、最も研究されたＳＡＳＰがＤＮＡを覆い、突起ドメインを形成し、Ｂ型（ピッチ３．４ｎｍ）からＡ型（３．１８ｎｍ；Ａ型のＤＮＡは２．８ｎｍのピッチを有する）にＤＮＡ構造を変化させることを示している（Ｆｒａｎｃｅｓｃｏｎｉら，  １９８８及びＦｒｅｎｋｉｅｌ−Ｋｒｉｓｐｉｎら，  ２００４）。突出したＳｓｐＣモチーフは、隣接するＤＮＡ−ＳｓｐＣフィラメントと相互作用し、このフィラメントを核タンパク質ヘリックスの緊密なアセンブリにパッケージする。２００８年、Ｌｅｅらは、１０ｂｐのＤＮＡ二本鎖に結合したα／β型ＳＡＳＰの２．１Å分解能での結晶構造を報告した。この複合体では、α／β型ＳＡＳＰはヘリックスターンヘリックスモチーフを採用し、小溝接触を介してＤＮＡと相互作用し、約６ｂｐのＤＮＡと二量体として結合する。このＤＮＡはＡ−Ｂ型立体構造である。このようにして、ＤＮＡ複製が停止され、結合すると、ＳＡＳＰはＤＮＡ転写を妨げる。ＳＡＳＰは、非配列特異的な様式でＤＮＡに結合する（Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎら，  １９９０）ので、細菌ＤＮＡの変異はＳＡＳＰの結合に影響しない。α／β型ＳＡＳＰの配列は、好ましいα／β型ＳＡＳＰであるバシラス・メガテリウム由来のＳＡＳＰ−Ｃを含むＷＯ０２／４０６７８の付属書１に見出すことができる。ＷＯ０２／４０６７８は、ＳＡＳＰ遺伝子を組み込むように改変されたバクテリオファージの抗菌剤としての使用を記載している。
【００５２】
ＳＡＳＰ遺伝子を含むように改変されたバクテリオファージベクターは、一般に、ＳＡＳＰｊｅｃｔベクターと称される。ＳＡＳＰ遺伝子が標的細菌に送達されると、これらの細菌ＤＮＡの中にＳＡＳＰが生成され、細菌ＤＮＡに結合し、ＤＮＡの立体構造をＢ型からＡ型に変化させる。標的細菌細胞内に十分なＳＡＳＰを産生すると、罹患細胞の生存率が低下する。
【００５３】
特に好ましい実施形態では、本発明の方法は、選択されたプロモーターの制御下でＳＡＳＰ遺伝子と共に、この方法によって作製され選択されたキメラ尾部繊維遺伝子を有する改良されたＳＡＳＰｊｅｃｔベクターを設計するために使用することができる。そのようなＳＡＳＰｊｅｃｔベクターは、それが基づく野生型の非改変バクテリオファージに比較して、改善された宿主域を有するであろう。
【００５４】
ＳＡＳＰ遺伝子は、ＷＯ０２／４０６７８の付属書１に開示されているＳＡＳＰをコードする遺伝子のいずれか１つから選択することができる。好ましい構成では、ＳＡＳＰはＳＡＳＰ−Ｃである。ＳＡＳＰ−Ｃは、バシラス・メガテリウム由来のものであってもよい。
【００５５】
１つの態様では、本明細書中で使用される「ＳＡＳＰ」という用語は、α／β型ＳＡＳＰ活性を有するタンパク質、即ち、ＤＮＡに結合し、その構造をＢ型形態からＡ型形態に変化させる能力を意味し、ＷＯ０２／４０６７８の付属書１に列挙されるタンパク質だけでなく、その任意のホモログ、及びα／β型ＳＡＳＰ活性を有する他のタンパク質も包含する。別の態様では、本明細書中で使用される「ＳＡＳＰ」という用語は、ＷＯ０２／４０６７８の付属書１に列挙される任意のタンパク質、又はＷＯ０２／４０６７８の付属書１に列挙されるタンパク質の１つと少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９２％、９４％、９５％、９６％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するホモログを意味する。別の代替態様では、本明細書中で使用される用語「ＳＡＳＰ」は、ＷＯ０２／４０６７８の付属書１に列挙される任意のタンパク質を意味する。
【００５６】
ＳＡＳＰ遺伝子は、改変バクテリオファージが標的細菌中に複数のコピーで存在する場合に、ＳＡＳＰの毒性レベルの産生を促進するのに有利且つ十分に強力な構成的プロモーターの制御下にあることが好ましい。有用な構成的プロモーターとしては、ピルビン酸デヒドロゲナーゼＥ１成分アルファサブユニットのｐｄｈＡ、３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２のｒｐｓＢ、グルコース−６−リン酸イソメラーゼのｐｇｉ、及びフルクトースビスリン酸アルドラーゼ遺伝子プロモーターｆｄａ／ｆｂａが挙げられる。感染中に活性である好ましい調節プロモーターは、エラスターゼに対するｌａｓＢである。これらのプロモーターは、典型的には緑膿菌由来である。これらのプロモーター配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を示す配列を有するプロモーターもまた使用することができる。
【００５７】
所望の変更された宿主域を与えるキメラ尾部繊維変異体を有するようなバクテリオファージの遺伝子改変のための方法の要約
【００５８】
ほんの一例として、ここでは、ＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７に由来するものなどのファージ宿主域決定因子のアミノ酸配列をどのようにアラインさせることができるか、及び、このようにして同定された保存及び変異の領域を使用して、ＨＲＤコード遺伝子の１つ（ＰＴＰ９２由来のものなど）を幾つかのモジュールに分割することができる。次いで、配列アラインメントを用いて、検討中の他のＨＲＤコード遺伝子（この例ではＰＴＰ４７）を位置的に対応するモジュールに分割することができる。
【００５９】
ＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７から規定されるＨＲＤモジュールが、それぞれどのようにＩＩＳ型（ＢｓａＩ）制限部位及び適切な切断部位（ｃｓ）によって隣接され得るかが示される。次いで、どのように、ＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７  ＨＲＤモジュールの全ての可能な組合せからなるプラスミドライブラリーを、ゴールデンゲートアセンブリによって構築して、キメラＨＲＤのプラスミドライブラリーを形成するかが示される。
【００６０】
非ネイティブ遺伝子ＤＮＡ配列を有するファージを構築することができる幾つかの方法があり、以下はそのような方法の例である。遺伝子を除去してファージゲノムに加える１つの方法は、相同組換えを用いることである。ここでは、一例として、Ｐｈｉ３３  ＨＲＤの対応する同定された可変領域のすぐ上流に位置するＰｈｉ３３配列と、対応するＰｈｉ３３  ＨＲＤのすぐ下流に位置する別のＰｈｉ３３配列との間で、キメラＨＲＤをクローニングすることができる方法が示される。これらのＰｈｉ３３配列は、Ｐｈｉ３３バクテリオファージとの相同組換えのための相同性の領域として作用することができる。相同性を有するＰｈｉ３３領域間にクローンニングされたキメラＨＲＤの得られたプラスミドライブラリーを、Ｐｈｉ３３、ＰＴＰ９２、及びＰＴＰ４７の宿主である緑膿菌株に導入することができる。
【００６１】
キメラＨＲＤライブラリーとの組換えを受けたＰｈｉ３３誘導体を単離するために、Ｐｈｉ３３溶菌物を緑膿菌の混合培養物上に作製することができ、その各細胞はキメラＨＲＤライブラリーの代表を有し、キメラＨＲＤライブラリーの各代表は混合培養物中に存在する。次いで、得られた溶菌物を、Ｐｈｉ３３又はＰＴＰ４７ではなくＰＴＰ９２の宿主である緑膿菌株で増殖させ、ＰＴＰ９２のプラーク形成能力を獲得した組換えファージを単離することができる。ファージ増殖の第２ラウンドを、同じＰＴＰ９２宿主緑膿菌株で行い、得られた溶菌物をＰＴＰ９２のプラーク形成能力を獲得した所望の組換えファージについて濃縮することができる。次いで、この第２の溶菌産物を、ＰＴＰ４７のプラーク形成能力を獲得した組換えファージを単離する手段として、Ｐｈｉ３３又はＰＴＰ４７ではなくＰＴＰ４７の宿主である緑膿菌株上にプラーク形成させることができる。同じＰＴＰ４７宿主緑膿菌株上でのプラーク精製後、個々のプラークを、ＰＴＰ４７又はＰｈｉ３３ではなくＰＴＰ９２の宿主である緑膿菌株上でのプラーク形成について試験することができる。ＰＴＰ４７識別宿主及びＰＴＰ９２識別宿主の両方でプラークを形成するファージは、ＰＴＰ４７及びＰＴＰ９２の両方の宿主域を獲得しており、キメラＨＲＤタンパク質をコードする遺伝子を有する可能性が高い。このようにして同定されたファージに由来するＨＲＤ領域をＰＣＲで増幅し、配列決定するか、又はファージ由来のゲノムＤＮＡを単離して全ゲノム配列決定に供して、組換えＰｈｉ３３誘導体にＰＴＰ９２とＰＴＰ４７の所望の二重宿主域与えるキメラＨＲＤの配列を同定することができる。
【００６２】
実験手順
クローニング目的のためのＤＮＡを生成するためのＰＣＲ反応は、製造業者の指示にしたがって、プライマーの融解温度（Ｔｍ）に応じて、Ｈｅｒｃｕｌａｓｅ  ＩＩ  Ｆｕｓｉｏｎ  ＤＮＡポリメラーゼ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて行うことができる。或いは、クローニングのためのＤＮＡは、カスタムＤＮＡ合成、例えばＧｅｎＳｃｒｉｐｔ又はＤＮＡ  ２．０によって得ることができる。スクリーニング目的のためのＰＣＲ反応は、製造業者の指示にしたがって、プライマーのＴｍに依存して、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（ＮＥＢ）を使用して行うことができる。特段の断りがない限り、制限酵素による消化、アガロースゲル電気泳動、Ｔ４  ＤＮＡリガーゼ依存性ライゲーション、コンピテント細胞調製、及び形質転換などの一般的な分子生物学技法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）に記載の方法に基づくことができる。酵素は、Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ又はＴｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから購入することができる。ＤＮＡは、酵素反応物から精製し、Ｑｉａｇｅｎ  ＤＮＡ精製キットを用いて細胞から調製することができる。プラスミドは、コンジュゲーションヘルパー株大腸菌ＨＢ１０１（ｐＲＫ２０１３）によって媒介されるコンジュゲーションによって、大腸菌株から緑膿菌株に導入することができる。β−ガラクトシダーゼによる消化時に、第二鉄でキレート化されて黒色沈殿を形成するβ−ガラクトシダーゼの発色性基質、Ｓ−ｇａｌは、Ｓｉｇｍａ（Ｓ９８１１）から購入することができる。
【００６３】
プライマーは、Ｓｉｇｍａ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅから得ることができる。プライマーが制限酵素の認識配列を含む場合、ＰＣＲ増幅されたＤＮＡの消化を確実にするために、５’末端に更に２〜６ヌクレオチドを付加することができる。
【００６４】
標準的なクローニングはいずれも、文献記載されるように（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９）、ＤＮＡをＴ４  ＤＮＡリガーゼで一晩ライゲーションし、次に、ＤＨ５α又はＴＯＰ１０などの大腸菌クローニング株に形質転換し、選択培地で単離することにより達成することができる。ＩＩＳ型制限酵素を含むクローニングは、以下のようにプログラムされたサーマルサイクラーを用いて、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ緩衝液中で、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ及び関連するＩＩＳ型制限酵素と同時にＤＮＡをインキュベートすることによって達成することができる。
【化１】
2019510518.tif 000002
【００６５】
大腸菌／緑膿菌広宿主域ベクター（例えば、ｐＳＭ１４８４Ａ）を用いて、大腸菌と緑膿菌との間で遺伝物質を移すことができる。この種のベクターは、送達ベクターとしても知られる。プラスミドｐＳＭ１４８４Ａは、緑膿菌プラスミド由来の広宿主域、低コピー複数起点と、プラスミドｐＵＣ１９由来の大腸菌特異的高コピー複製起点と、プラスミドＲＰ４からの移入のｏｒｉＴ起点と、テトラサイクリン耐性マーカーと、ファージＰｈｉ３３由来の改変配列とを含む、以前に設計された構築物である。後者の配列は、内因性ＢｓａＩ部位を抑制するようにサイレント突然変異したＰｈｉ３３のＨＲＤの保存領域と、それに続く、ｃｓ１（ＣＴＣＧ）を含むＣＴＣＧｔＧＡＧＡＣＣ（配列番号１）ＢｓａＩ部位と、ｌａｃＺαレポーター遺伝子と、ｃｓ７（ＡＡＴＧ）を含む第２のＢｓａＩ部位ＧＧＴＣＴＣａＡＡＴＧ（配列番号２）と、最後に、ネイティブゲノム中のＨＲＤ遺伝子の停止コドンの下流の配列に対応する、Ｐｈｉ３３由来の配列とを含む。
【００６６】
ＰＣＲによるＰｈｉ３３様ファージ（ＰＢ１様ファージファミリー）の保存されたＮ末端尾部繊維領域の検出
１．実験ファージ試料中のＰｈｉ３３様ファージ様尾部繊維遺伝子の検出のためのプライマーは、以下のように設計することができる。
【００６７】
全配列が決定されたＰｈｉ３３様ファージ（Ｐｈｉ３３、ＰＢ１、ＮＨ−４，１４−１、ＬＭＡ２、ＫＰＰ１２、ＪＧ０２４、Ｆ８、ＳＰＭ−１、ＬＢＬ３、ＰＴＰ４７、Ｃ３６、ＰＴＰ９２、及びＳＮを含む）に由来する尾部繊維遺伝子のＤＮＡ配列を、ＥＢＩウェブサイトで入手可能なＣｌｕｓｔａｌ  Ｏｍｅｇａを用いてアラインさせることができ、この遺伝子の５’配列にマッピングする約２ｋｂ長の高度に保存された領域を同定することができる（ＰＢ１ゲノム配列中の３１６８０〜３３５５７、Ａｃｃ．ＥＵ７１６４１４）。１１個の尾部繊維遺伝子配列において１００％同一の部分は、目視検査によって同定することができる。選択された完全に保存された領域を標的とし、１ｋｂ以下のＰＣＲ産物を増幅する３対のＰＣＲプライマーを、以下のように選択することができる。即ち、Ｂ４５００とＢ４５０１の対（１９３ｂｐ長の領域を規定する）；Ｂ４５０２及びＢ４５０３の対（７７４ｂｐ長の領域を規定する）；及びＢ４５０４及びＢ４５０５の対（３６５ｂｐ長の領域を規定する）である。
【００６８】
プライマーＢ４５００は、位置３１６８０〜３１６９７の範囲のＰＢ１ファージゲノム（Ａｃｃ．ＥＵ７１６４１４）の配列からなる。プライマーＢ４５０１は、３１８５１〜３１８７２の範囲のＰＢ１ファージゲノム（Ａｃｃ．ＥＵ７１６４１４）の配列からなる。プライマーＢ４５０２は、３１７８５〜３１８０４の範囲のＰＢ１ファージゲノム（Ａｃｃ．ＥＵ７１６４１４）の配列からなる。プライマーＢ４５０３は、３２５４１〜３２５５８の範囲のＰＢ１ファージゲノム（Ａｃｃ．ＥＵ７１６４１４）の配列からなる。プライマーＢ４５０４は、３２８６８〜３２８８８の範囲のＰＢ１ファージゲノム（Ａｃｃ．ＥＵ７１６４１４）の配列からなる。プライマーＢ４５０５は、３３２１３〜３３２３２の範囲のＰＢ１ファージゲノム（Ａｃｃ．ＥＵ７１６４１４）の配列からなる。
Ｂ４５００
５’−ＧＴＧＡＴＣＡＣＡＣＣＣＧＡＡＣＴＧ−３’（配列番号：３）
Ｂ４５０１
５’−ＣＧＡＴＧＡＡＧＡＡＧＡＧＴＴＧＧＴＴＴＴＧ−３’（配列番号：４）
Ｂ４５０２
５’−ＡＣＧＣＣＧＧＡＣＴＡＣＧＡＡＡＴＣＡＧ−３’（配列番号：５）
Ｂ４５０３
５’−ＴＣＣＧＧＡＧＡＣＧＴＴＧＡＴＧＧＴ−３’（配列番号：６）
Ｂ４５０４
５’−ＣＣＴＴＴＣＡＴＣＧＡＴＴＴＣＣＡＣＴＴＣ−３’（配列番号：７）
Ｂ４５０５
５’−ＴＴＣＧＴＧＧＡＣＧＣＣＣＡＧＴＣＣＣＡ−３’（配列番号：８）
【００６９】
２．Ｐｈｉ３３様尾部繊維遺伝子は、以下のように実験ファージ試料中に検出することができる。
【００７０】
環境由来の単離されたファージのプラークを寒天プレートから採取し、水に加え、３０分間インキュベートして、プラークソークアウト（ｐｌａｑｕｅ  ｓｏａｋ  ｏｕｔｓ）を形成することができる。このプラークソークアウトを希釈し、その一部を、前記プライマー対の１つ又は全てを含有するＰＣＲ反応物に加え、標準的なプロトコールにしたがってＰＣＲを行うことができる。ＰＣＲ産物をエチジウムブロミド染色で１．５％アガロースゲル上で可視化し、それらのサイズを評価することができる。使用されるプライマー対について正しいサイズのＰＣＲ産物をゲル抽出し、配列決定のための外部施設に提出することができる。配列決定結果を、ＰＣＲ産物の同一性を確認するために、利用可能な尾部繊維遺伝子配列と比較することができる。
【００７１】
２つの親ＨＲＤからのキメラＨＲＤの構築の例
モジュール境界の選択
１．親ＨＲＤのアミノ酸配列は、ＣｌｕｓｔａｌＯｍｅｇａを使用してアラインさせることができ、そのようにして、最も高い配列保存領域を同定することができる（図５）。
【００７２】
２．６つのモジュールを含むキメラＨＲＤを生成するために、先に概説した基準にしたがって、７つの４ｎｔ切断部位（ｃｓ１〜ｃｓ７；表２）をアラインメントの最も高度に保存された領域から選択することができる。例として、ｉ）ｃｓ１（ＣＴＣＧ）はモジュールＡ（図５；表２）の５’境界を形成し、いずれかのＨＲＤの完全長ＤＮＡ配列の保存及び超可変領域間のジャンクションで、レシピエントプラスミド、送達ベクターｐＳＭ１４８４Ａ、のアクセプター部位に設計されたものと同一である、ｉｉ）ｃｓ２は、ＧＧＡＴ、ｃｓ１の下流１６２ｎｔに対応する、ｉｉｉ）ｃｓ３は、ＨＲＤ１にサイレントポイント突然変異を導入し、ＧＣＧＧ、ｃｓ２の下流６４６ｎｔに対応する、ｉｖ）ｃｓ４は、ＨＲＤ１にサイレントポイント突然変異を導入し、ｃｓ３の下流３７ｎｔに対応する、ｖ）ｃｓ５は、ＨＲＤ１にサイレントポイント突然変異を導入し、ＡＣＴＣ、ｃｓ４の下流２８ｎｔに対応する、ｖｉ）ｃｓ６は、ＴＧＧＧ、ｃｓ５の下流５６ｎｔに対応する、最後に、ｖｉｉ）ｃｓ７は、ＡＡＴＧ、ＨＲＤ停止コドンのすぐ下流のｃｓ６の下流６４ｎｔに対応し、レシピエントプラスミド、送達ベクターｐＳＭ１４８４Ａ、のアクセプター部位に設計されたものと同一である。
【００７３】
モジュール配列の設計及びクローニング
１．適切なｃｓが両側に隣接する異なるモジュール、ＤＮＡ断片のいずれかの末端の逆方向ＢｓａＩ制限部位からなるＤＮＡ断片は、カスタムＤＮＡ合成によって生成することができる。これらのサービスは、ＧｅｎｓｃｒｉｐｔやＤＮＡ２．０などの企業から広く入手することができる。隣接するＢｓａＩ制限部位及び４ｂｐ  ｃｓを含むモジュールＡＦの配列を、ＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７の両方について表２に示す。カスタムＤＮＡ合成の代替として、別の選択肢は、ＰＴＰ９２又はＰＴＰ４７  ＤＮＡを反応の鋳型として用いて、ＢｓａＩ制限部位及び４ｎｔ  ｃｓを組み込む適切なプライマーを用いるＰＣＲによってモジュールを増幅することであることができる。
【００７４】
２．カスタム合成されたＤＮＡモジュールは、固有のＢｓａＩ制限部位を欠く適切な大腸菌プラスミドベクターにサブクローニングすることができ、これは、送達ベクター上で使用されるものとは別の選択可能マーカーを使用する。ｐＳＭ１４８４Ａが送達ベクターとして使用する場合、モジュールベクターの選択可能マーカーは、テトラサイクリン耐性以外のものでなければならない。適切なベクターは、内因性ＢｓａＩ制限部位がサイレントに除去されたｐＵＣ５７の誘導体（ｐＵＣ５７（−ＢｓａＩ））であり得る。このようにして、それぞれ異なるモジュールを有するｐＵＣ５７（−ＢｓａＩ）中のクローンのライブラリーを作製することができる。このようなライブラリーにクローニングされたＤＮＡ配列の例を表２に示す。
【００７５】
キメラＨＲＤを含むプラスミドライブラリーの構築、及びその後の大腸菌への移入
１．アクセプタープラスミドｐＳＭ１４８４Ａ及びモジュールプラスミドｐＳＭＧ１〜ｐＳＭＧ１２（表２）は、標準的な方法を用いて調製し、次いでナノドロップを用いて定量するか、又はゲル電気泳動及び既知の標準との比較によって定量することができる。
【００７６】
２．各消化／ライゲーション反応で用いるｐＳＭ１４８４Ａ及びｐＳＭＧ１〜ｐＳＭＧ１２の量は、送達ベクター（ｐＳＭ１４８４Ａ）及び各モジュールＡ〜Ｆが反応において等モル量で存在するように計算されるべきである。一例として、ｐＳＭ１４８４Ａの量は２０μｌの反応で２００ｎｇで固定することができる。必要なモジュールプラスミド（Ｑ）の量（例えば、ｐＳＭＧ１、ｐＳＭＧ２、ｐＳＭＧ３、ｐＳＭＧ４、ｐＳＭＧ５、ｐＳＭＧ６、ｐＳＭＧ７、ｐＳＭＧ８、ｐＳＭＧ９、ｐＳＭＧ１０、ｐＳＭＧ１１、又はｐＳＭＧ１２）は、以下の式にしたがって計算することができる。
【数１】
2019510518.tif 000003
式中、
Ｍは、塩基対単位での、モジュールプラスミドの配列長（又は、線状ＤＮＡ分子がプラスミドに代えて使用される場合は、ＤＮＡ断片の長さ）であり
Ａは、塩基対単位での、送達ベクターの配列長さであり
Ｑは、ｎｇ単位での、必要とされるモジュールプラスミド（又は、線状ＤＮＡ断片がプラスミドに代えて使用される場合は、線状ＤＮＡ断片）の量であり
Ｐは、ｎｇ単位での、反応において使用される送達ベクターの量であり
Ｎは、各モジュールで利用可能な代替の数である。
【００７７】
例えば、ｐＳＭＧ１を例にとると、
Ｍ＝２８９４ｂｐ
Ａ＝１４０３９ｂｐ
上記のように、Ｐは、２００ｎｇで固定することができ、
Ｎ＝２（この例では、モジュールの２つの代替、即ち、モジュール１Ａとモジュール２Ａがあり、それぞれＰＴＰ９２とＰＴＰ４７のＨＲＤに由来する）。
【数２】
2019510518.tif 000004
【００７８】
３．次いで、Ｔ４  ＤＮＡリガーゼ緩衝液、ＢｓａＩ（２０単位）、及びＴ４  ＤＮＡリガーゼ（４０単位）を含む単一の２０μｌ一管反応において、算出された値にしたがって、送達ベクター及び全てのモジュールプラスミドを混合することができる。アセンブルされた反応物を、次のように交番的温度でのインキュベーションのためにサーマルサイクラーに入れることができる：３７℃で２時間、次いで５０Ｘ（３７℃、２分；１６℃、３分）、次いで５０℃、５分、次いで８０℃で１０分間、最後に１６℃で維持。
【００７９】
４．次いで、標準的なプロトコルにしたがって、この反応物をイソプロパノール沈殿させ、水に再懸濁させ、大腸菌ＤＨ１０Ｂを形質転換するために使用することができる。
【００８０】
５．ｐＳＭ１４８４Ａ由来の成功したクローンは、形質転換体をテトラサイクリンを含む培地上にプレーティングすることによって単離することができる。更に、プレートは、発色性基質Ｓ−ｇａｌなどのβ−ガラクトシダーゼ活性を視覚化するのに適した基質を含有することができる。必要であれば、ｌａｃＺαレポーター遺伝子がベクターＢｓａＩ制限部位の間に挿入物によって置換されたｐＳＭ１４８４Ａ誘導体を有するクローンは、Ｓ−ｇａｌプレート上に白色に見えるので、ｌａｃＺαレポーターを有し、Ｓ−ｇａｌプレート上で黒色に見える親ｐＳＭ１４８４Ａプラスミドを有するクローンと区別することができる。
【００８１】
６．プラスミドライブラリーを含有する大腸菌形質転換体は、形質転換プレートから無菌的に白色コロニーをスクレーピングして回収し、それらをプールし、１０ｍｌのＬＢ中に再懸濁することができる。理想的には、１０５〜１０６個の形質転換体コロニーをプールすべきである。プールされたライブラリー混合物は、直接使用することも、今後の使用のために−２０℃で２５％グリセロール（最終濃度）で保存することもできる。
【００８２】
プラスミドライブラリーとの組換えによるキメラＨＲＤを有するファージの生成
１．プラスミドライブラリーを有する大腸菌形質転換体のプールを直接使用することができる、又はグリセロールストックを更なる作業用に、新鮮な培養物に植菌するために使用することができる。
【００８３】
２．プラスミドライブラリーは、大腸菌形質転換体のプールから、コンジュゲーション（図７）により、３つのファージ（Ｐｈｉ３３、ＰＴＰ４７、及びＰＴＰ９２）の全ての宿主である緑膿菌株１８６８に移入することができる。形質転換体は、テトラサイクリン耐性の獲得に基づいて選択することができる。
【００８４】
３．プラスミドライブラリーを含有する緑膿菌形質転換体は、形質転換プレートから無菌的にコロニーをスクレーピングして回収し、それらをプールし、１０ｍｌのＬＢ中に再懸濁することができる。理想的には、１０５〜１０６個の形質転換体コロニーをプールすべきである。プールされたライブラリー混合物は、直接使用することも、今後の使用のために−２０℃で２５％グリセロール（最終濃度）で保存することもできる。
【００８５】
４．プラスミドライブラリーを有する緑膿菌形質転換体のプールを、Ｐｈｉ３３ファージ溶菌物を作製することができる宿主として使用することができる（図７）。得られた溶菌物（溶菌物α；図７）は、プラスミドライブラリーとの相同組換えによってキメラＨＲＤを獲得した組換えファージを含む。
【００８６】
５．次いで、溶菌物α、Ｐｈｉ３３組換えライブラリーを、ＰＴＰ４７又はＰｈｉ３３ではなくＰＴＰ９２の宿主であるシュードモナス株２７２６にプラーク形成させ、新たな溶菌物（溶菌物β）を作製し、ＨＲＤ１の要素の獲得に関連するＰＴＰ９２宿主域を獲得した組換えファージを単離することができる（図７）。
【００８７】
６．次いで、溶菌物βをシュードモナス株２７２６上に再度プラーク形成させ、第２の新たな溶菌物を作製し（溶解物γ）、ファージライブラリーをＰＴＰ９２宿主域を有する候補物について濃縮することができる（図７）。
【００８８】
７．ＰＴＰ４７宿主域も獲得した組換えファージを単離するために、ＰＴＰ９２又はＰｈｉ３３ではなくＰＴＰ４７の宿主であるシュードモナス株２９４４に溶解物γをプラーク形成させることができる（図７）。
【００８９】
８．工程７から得られた個々のプラークは、シュードモナス株２９４４上でプラーク精製し、シュードモナス株２７２６で再度試験して、ＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７の両方の宿主域の獲得を確認することができる（図７）。
【００９０】
９．所望の宿主域を有する得られた精製ファージ由来のＨＲＤ領域は、ｐＳＭ１４８４Ａにクローン化された相同性領域の上流及び下流に位置するＰｈｉ３３ゲノム配列に結合するプライマーを用いてＰＣＲによって増幅することができる。次いで、ＰＣＲ産物を配列決定して、キメラＨＲＤの配列を決定することができる（図７）。
【００９１】
１０．ＰＴＰ９２宿主（２７２６）及びＰＴＰ４７宿主（２９４４）の両方でプラーク形成する能力を獲得したこのようなファージの１つは、ＰＴＰ２３８であった。ＰＴＰ２３８のＨＲＤの配列解析により、モジュール構成Ａ２−Ｂ１−Ｃ２−Ｄ１−Ｅ１−Ｆ１を有するキメラＨＲＤを有することが示された（ここで、「１」で表されるモジュールは、ＰＴＰ９２由来であり、「２」で表されるモジュールは、ＰＴＰ４７由来である）。ＰＴＰ２３８由来のＨＲＤのアミノ酸配列を図６に示す。
【００９２】
表１．ファージＰＴＰ２３８、Ｐｈｉ３３、ＰＴＰ４７、及びＰＴＰ９２の感染力。感染力は、緑膿菌（表中に列挙した株）を播種した寒天にファージを植菌し、植菌物の領域における細菌叢の増殖を評価することによって評価した。増殖阻害は＋で表示され、ファージが宿主株に感染することを示す。ファージに感染されない株は、−で表示される。
【表１】
2019510518.tif 000005
【００９３】
表２．ＨＲＤモジュール１Ａ〜１Ｆ及び２Ａ〜２Ｆの概要。切断部位（ｃｓ）の配列及びその略語を、合成によって生成することができるモジュールフラグメントの配列と、ネイティブなＢｓａＩ制限部位はサイレントに除去されたｐＵＣ５７の誘導体にこれらの断片をクローニングすることによって構築することができるプラスミドと共に示す。
【表２−１】
2019510518.tif 000006
【表２−２】
2019510518.tif 000007
【図面の簡単な説明】
【００９４】
【図１】図１は、キメラＨＲＤライブラリーの構築後、キメラＨＲＤタンパク質を有する組換えバクテリオファージを作製するための方法を要約した概略図である。
【図２Ａ】図２は、キメラＨＲＤタンパク質を有するファージを作製するための本発明の方法の概略図である。（Ａ）各ファージについて、ファージのＨＲＤタンパク質（ＨＲＤ１及び２）の６つの領域（Ａ〜Ｆと標識される）のコード配列を含む６つのプラスミドのセットを作製する。各領域は、各領域のジャンクション（又は末端）に特異的な切断部位（ｃｓ１〜７と標識される）によって分けられる。プラスミドにクローン化された場合、切断部位は、ＩＩＳ型制限酵素（この例ではＢｓａＩ）の認識部位によって隣接されている。示した例では、２つのファージＨＲＤ配列、ファージ１及び２由来のＨＲＤ１及びＨＲＤ２があり、したがって合計で１２個のプラスミドが作製される。
【図２Ｂ】図２は、キメラＨＲＤタンパク質を有するファージを作製するための本発明の方法の概略図。（Ｂ）１２個のプラスミドをプラスミド送達ベクターと共にＢｓａＩで消化し、ワンポット反応で互いにライゲーションして、標的ファージとの組換えのための相同性アーム（ＨＡ）によって隣接されている６つの領域Ａ〜Ｆにランダムに混合されたキメラＨＲＤタンパク質のコード配列を有するプラスミドを形成する。ＤＮＡ配列の混合物を有する送達ベクターが一例として示される。
【図３−１】図３は、ファージＳＰＭ−１、Ｆ８、ＰＢ１、Ｃ３６、ＬＢＬ３、Ｐｈｉ３３、ＬＭＡ２、ＫＰＰ１２、ＪＧ０２４、ＰＴＰ９２、ＮＨ−４、１４−１、ＰＴＰ４７、ＳＮに由来する尾部繊維タンパク質のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｏｍｅｇａ多重配列アラインメントを示す。多様なＣ末端領域の配列は、灰色で網掛けされ、保存されたＮ末端領域配列は、網掛けされていない。ｓｓｓ
【図３−２】図３は、ファージＳＰＭ−１、Ｆ８、ＰＢ１、Ｃ３６、ＬＢＬ３、Ｐｈｉ３３、ＬＭＡ２、ＫＰＰ１２、ＪＧ０２４、ＰＴＰ９２、ＮＨ−４、１４−１、ＰＴＰ４７、ＳＮに由来する尾部繊維タンパク質のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｏｍｅｇａ多重配列アラインメントを示す。多様なＣ末端領域の配列は、灰色で網掛けされ、保存されたＮ末端領域配列は、網掛けされていない。ｓｓｓ
【図３−３】図３は、ファージＳＰＭ−１、Ｆ８、ＰＢ１、Ｃ３６、ＬＢＬ３、Ｐｈｉ３３、ＬＭＡ２、ＫＰＰ１２、ＪＧ０２４、ＰＴＰ９２、ＮＨ−４、１４−１、ＰＴＰ４７、ＳＮに由来する尾部繊維タンパク質のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｏｍｅｇａ多重配列アラインメントを示す。多様なＣ末端領域の配列は、灰色で網掛けされ、保存されたＮ末端領域配列は、網掛けされていない。ｓｓｓ
【図３−４】図３は、ファージＳＰＭ−１、Ｆ８、ＰＢ１、Ｃ３６、ＬＢＬ３、Ｐｈｉ３３、ＬＭＡ２、ＫＰＰ１２、ＪＧ０２４、ＰＴＰ９２、ＮＨ−４、１４−１、ＰＴＰ４７、ＳＮに由来する尾部繊維タンパク質のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｏｍｅｇａ多重配列アラインメントを示す。多様なＣ末端領域の配列は、灰色で網掛けされ、保存されたＮ末端領域配列は、網掛けされていない。ｓｓｓ
【図３−５】図３は、ファージＳＰＭ−１、Ｆ８、ＰＢ１、Ｃ３６、ＬＢＬ３、Ｐｈｉ３３、ＬＭＡ２、ＫＰＰ１２、ＪＧ０２４、ＰＴＰ９２、ＮＨ−４、１４−１、ＰＴＰ４７、ＳＮに由来する尾部繊維タンパク質のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｏｍｅｇａ多重配列アラインメントを示す。多様なＣ末端領域の配列は、灰色で網掛けされ、保存されたＮ末端領域配列は、網掛けされていない。ｓｓｓ
【図４−１】図４は、ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７由来の尾部繊維遺伝子のニードル（ＥＭＢＯＳＳ）ペアワイズアライメントを示す。切断部位として用いられる配列は、隣接する制限酵素認識部位を有するプラスミドベクター中にクローニングされる場合、黒く網掛けされている。太字及び下線で示されたヌクレオチドは、合成及びクローニングの際に、第２のアラインメントされる配列中の対応するヌクレオチド配列に変更される。翻訳されたタンパク質配列は、ヌクレオチド配列の変化の際に保存される。
【図４−２】図４は、ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７由来の尾部繊維遺伝子のニードル（ＥＭＢＯＳＳ）ペアワイズアライメントを示す。切断部位として用いられる配列は、隣接する制限酵素認識部位を有するプラスミドベクター中にクローニングされる場合、黒く網掛けされている。太字及び下線で示されたヌクレオチドは、合成及びクローニングの際に、第２のアラインメントされる配列中の対応するヌクレオチド配列に変更される。翻訳されたタンパク質配列は、ヌクレオチド配列の変化の際に保存される。
【図４−３】図４は、ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７由来の尾部繊維遺伝子のニードル（ＥＭＢＯＳＳ）ペアワイズアライメントを示す。切断部位として用いられる配列は、隣接する制限酵素認識部位を有するプラスミドベクター中にクローニングされる場合、黒く網掛けされている。太字及び下線で示されたヌクレオチドは、合成及びクローニングの際に、第２のアラインメントされる配列中の対応するヌクレオチド配列に変更される。翻訳されたタンパク質配列は、ヌクレオチド配列の変化の際に保存される。
【図４−４】図４は、ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７由来の尾部繊維遺伝子のニードル（ＥＭＢＯＳＳ）ペアワイズアライメントを示す。切断部位として用いられる配列は、隣接する制限酵素認識部位を有するプラスミドベクター中にクローニングされる場合、黒く網掛けされている。太字及び下線で示されたヌクレオチドは、合成及びクローニングの際に、第２のアラインメントされる配列中の対応するヌクレオチド配列に変更される。翻訳されたタンパク質配列は、ヌクレオチド配列の変化の際に保存される。
【図５−１】図５は、ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７由来の尾部繊維タンパク質のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｏｍｅｇａ多重配列アラインメントを示す。プラスミドライブラリーにクローニングされたＤＮＡ配列領域の境界に対応する残基は、黒色で網掛けされている。
【図５−２】図５は、ファージＰＴＰ９２及びＰＴＰ４７由来の尾部繊維タンパク質のＣＬＵＳＴＡＬ  Ｏｍｅｇａ多重配列アラインメントを示す。プラスミドライブラリーにクローニングされたＤＮＡ配列領域の境界に対応する残基は、黒色で網掛けされている。
【図６】図６は、ＰＴＰ２３８由来の尾部繊維タンパク質の配列を示す。ＰＴＰ９２の配列は太字で示され、ＰＴＰ４７の配列を下線で示される。配列の残りはＰｈｉ３３由来である。配列領域の境界は、黒色で網掛けされた残基によって表示されている。
【図７−１】図７は、２つ以上のドナーバクテリオファージの宿主域を獲得した組換えバクテリオファージを単離する１つの方法を示す模式図である。
【図７−２】図７は、２つ以上のドナーバクテリオファージの宿主域を獲得した組換えバクテリオファージを単離する１つの方法を示す模式図である。
【図７−３】図７は、２つ以上のドナーバクテリオファージの宿主域を獲得した組換えバクテリオファージを単離する１つの方法を示す模式図である。
【００９５】
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【表３−１】
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【表３−２】
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【表３−３】
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【表３−４】
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【表３−５】
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【表３−６】
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【表３−７】
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【表３−８】
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【表３−９】
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【表３−１０】
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【表３−１１】
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【表３−１３】
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【表３−１４】
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【表３−１９】
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【表３−２０】
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【表３−２１】
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【表３−２２】
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【表３−２３】
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【表３−２４】
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【表３−２５】
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【表３−２６】
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【表３−２７】
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【表３−２８】
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【表３−２９】
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【表３−３０】
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【表３−３１】
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【表３−３２】
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【表３−３３】
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【表３−３４】
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【表３−３５】
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【表３−３６】
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【表３−３７】
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【表３−３８】
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【表３−３９】
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【表３−４０】
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【表３−４１】
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【表３−４２】
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【表３−４３】
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【表３−４４】
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【表３−４５】
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【表３−４６】
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【表３−４７】
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【表３−４８】
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【表３−４９】
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【表３−５０】
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【表３−５１】
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【表３−５２】
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【表３−５３】
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【表３−５４】
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【表３−５５】
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【表３−５６】
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【表３−５７】
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【表３−５８】
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【表３−５９】
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【表３−６０】
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【表３−６１】
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【表３−６２】
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【表３−６３】
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【表３−６４】
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【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図３−３】
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【図３−４】
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【図３−５】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図４−３】
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【図４−４】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図６】
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【図７−１】
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【図７−２】
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【図７−３】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成30年12月10日(2018.12.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ以上のハイブリッドバクテリオファージ宿主域決定因子（ＨＲＤ）配列を製造するための方法であって、
（１）少なくとも２つのＤＮＡ配列を同定することであって、前記少なくとも２つのＤＮＡ配列がそれぞれ、ＤＮＡ配列中の一連の領域にＨＲＤをコードしており、前記ＨＲＤが互いに異なっていることと、
（２）各領域をベクターに組み込むことであって、前記ベクターにおける各領域が、認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素の認識部位によって隣接されており、前記制限酵素の前記切断部位が各領域の境界に位置しており、個々の一連に由来する前記領域の切断部位配列が互いに異なっており、異なる一連に由来する対応する領域の境界の切断部位配列が同一であることと、
（３）前記ベクターを、前記認識配列の外側の特異的切断部位でＤＮＡを切断することができる制限酵素で処理して、前記領域の混合物を生成することと、
（４）前記領域の前記混合物をリガーゼで処理してそれらをライゲーションし、ハイブリッドＨＲＤのアレイをコードするＤＮＡ配列のアレイを形成すること、とを含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記制限酵素が、ＩＩＢ型制限酵素及びＩＩＳ型制限酵素から選択される請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（３）及び（４）が、単一の反応で行われる請求項１から２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
前記制限酵素認識部位が、各領域に付加される請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記領域が、前記ベクターへの組み込み前に増幅又は合成される請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記領域の少なくとも１つの切断部位配列が、前記領域によってコードされるアミノ酸配列を変化させることなく前記領域のヌクレオチド塩基配列を変化させることによって形成される請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
更に、（５）前記ハイブリッドＨＲＤのアレイに由来する各ハイブリッドＨＲＤを送達ベクターに組み込んで、送達ベクターのアレイを形成することを含む請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
（ａ）前記送達ベクターのアレイを第１の宿主細胞と接触させて、各送達ベクターを第１の宿主細胞に導入して、形質転換された第１の宿主細胞のアレイを形成することと、
（ｂ）移入された第１の宿主細胞のアレイに標的ファージを感染させることと、
（ｃ）ファージ複製及び組換えを行うことと、
（ｄ）組換えファージをスクリーニングすることと、
（ｅ）ハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択すること、とを含む請求項７に記載の方法。
【請求項９】
工程（ｄ）及び（ｅ）が、ハイブリッドＨＲＤを有するファージの宿主であり、且つ前記標的ファージの宿主ではない第２の宿主細胞に組換えファージを増殖させることを含む請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
更に、（ｆ）ハイブリッドＨＲＤを有する選択された組換えファージを第１の宿主細胞と接触させて第１の宿主細胞を感染させる工程と、
（ｇ）ファージ複製を行う工程と、
（ｈ）前記第１の宿主細胞及び前記第２の宿主細胞に感染することができるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択する工程とを含む請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも２つのＤＮＡ配列が、ＨＲＤヌクレオチド配列アラインメント、ＨＲＤアミノ酸配列アラインメント、又はＨＲＤタンパク質構造アラインメントによって同定される請求項１から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記ＨＲＤが、尾部繊維タンパク質を含む、又はそのそれぞれが、前記標的細菌に結合するための受容体結合領域と、前記受容体結合領域をバクテリオファージの本体に連結する領域とを含む尾部繊維タンパク質を含む請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記受容体結合領域がＣ末端受容体結合領域であり、前記Ｃ末端受容体結合領域を前記バクテリオファージの本体に連結する領域がＮ末端領域である請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
バクテリオファージＰｈｉ３３のアミノ酸配列に基づいて、前記Ｎ末端領域が前記尾部繊維タンパク質のアミノ酸１〜６２８を含み、前記Ｃ末端領域が前記尾部繊維タンパク質のアミノ酸６２９〜９６４を含む請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＩＩＳ型制限酵素が、ＢｓａＩ、ＢｐｉＩ、ＢｃｏＤＩ、ＢｂｖＩ、ＢｂｓＩ、ＢｓｍＡＩ、ＢｓｍＦＩ、ＦｏｋＩ、ＳｆａＮＩ、ＢｆｕＡＩ、ＢｓｍＢＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢｔｇＺＩ、及びＥｓｐ３Ｉ、又はそれらのアイソシゾマーから選択される、又は
前記ＩＩＳ型制限酵素が、ＥａｒＩ、ＢｓｐＱＩ、及びＳａｐＩ、又はそれらのアイソシゾマーから選択される、又は
前記ＩＩＳ型制限酵素が、ＨｇａＩ又はそのアイソシゾマーである、及び／又は
前記ＩＩＢ型制限酵素が、ＡｌｆＩ、ＡｌｏＩ、ＢａｅＩ、ＢｓｇＩ、ＢｐｌＩ、ＢｓａＸＩ、ＣｓｐＣＩ、ＦａｌＩ、ＰｐｉＩ、及びＰｓｒＩ、又はそれらのアイソシゾマーから選択される請求項２から１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
前記ハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージに、標的細菌に対して毒性であるタンパク質をコードする遺伝子が与えられる請求項８から１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
前記遺伝子が、α／β型の低分子酸可溶性胞子タンパク質（ＳＡＳＰ）、ＳＡＳＰ−Ｃ、又はバシラス・メガテリウム由来のＳＡＳＰ−Ｃをコードする請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
工程（ｅ）が、前記標的ファージの宿主域よりも広い宿主域を与えるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含む請求項８から１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
工程（ｅ）が、前記少なくとも２つのＤＮＡ配列によってコードされる前記ＨＲＤ配列の宿主域を含む宿主域を与えるハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含む請求項８から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
工程（ｅ）が、複数の異なる感染部位に由来し、且つ抗生物質耐性表現型の範囲を含む、少なくとも３５種、好ましくは５０種を超える臨床分離株の集団の５０％超により定義される広い宿主域を有するハイブリッドＨＲＤを有する組換えファージを選択することを含む請求項８から１９のいずれかに記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2019510518000001.app
【国際調査報告】
2019510518.tif 000090
2019510518.tif 000091
2019510518.tif 000092