(57)【要約】  がんを有する患者に電離放射線及び免疫調節剤を施すことによって腫瘍を処置する方法を開示する。方法は、免疫調節剤と電離放射線とを組み合わせてがん患者を処置する場合に抗腫瘍有効性と正常組織保護との二重の恩恵を提供する。本明細書に記載の方法はさらに、患者特有のバイオマーカーシグネチャに基づいて患者を、免疫調節剤と組み合わせた最適化された放射線処置を受ける群に分類することを可能にする。
2019519548.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
がんを有する対象における腫瘍を処置する方法であって、有効量の電離放射線及び免疫調節剤を前記腫瘍に施すことを含む、前記方法。
【請求項２】
前記免疫調節剤が、
抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせ
からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記抑制性チェックポイント分子に対する前記阻害剤が、
前記抑制性チェックポイント分子に特異的に結合してその活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片
であり、前記抑制性チェックポイント分子が、
ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＢＴＬＡ、Ａ２ａＲ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ１６０、ＣＤ２４４（２Ｂ４）、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＬＡＧ−３、ＶＩＳＴＡ、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ１、ＴＩＭ２、ＴＩＭ３、ＴＩＭ４、及びＫＩＲ、ならびにそれらのリガンド
からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記刺激性チェックポイント分子の前記活性化剤が、
前記刺激性チェックポイント分子に特異的に結合してその活性を増大させる、低分子薬、ポリペプチド系活性化剤またはポリヌクレオチド系活性化剤
であり、前記刺激性チェックポイント分子が、
Ｂ７−１（ＣＤ８０）、Ｂ７−２（ＣＤ８６）、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＨＶＥＭ、誘導性共刺激分子（ＩＣＯＳ）、グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子受容体（ＧＩＴＲ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びそれらのリガンド
からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記ケモカイン阻害剤が、
前記ケモカインに特異的に結合してケモカイン活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片
であり、前記ケモカインが、
ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１２、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ４、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ７、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ５、及びＣＸＣＬ１６
からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記ケモカイン阻害剤が、
ケモカイン受容体に特異的に結合してケモカイン活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片
であり、前記ケモカイン受容体が、
ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ，４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６、及びＣＸＣＲ７
からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
ＭＩＦの前記阻害剤が、
ＭＩＦに特異的に結合してＭＩＦ活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片
である、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
（ａ）前記対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを検出すること
をさらに含み、前記１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；
（ｂ）前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルを、正常組織試料における前記１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び
（ｃ）前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記腫瘍を電離放射線及び免疫調節剤で処置すること
をさらに含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
正常組織試料における前記発現レベルに比べて、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しておりかつ前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているならば、前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが変化している、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記腫瘍試料が、腫瘍細胞を含む生検材料である、請求項８または請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記免疫細胞バイオマーカー（複数可）または前記腫瘍細胞バイオマーカー（複数可）または前記血中循環バイオマーカー（複数可）がポリヌクレオチドまたはタンパク質である、請求項８〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記バイオマーカーが、ＣＤ４４、ＭＦＧ−Ｅ８、ＣＤ６８、ＴＧＦβ、またはＴＧＦβ経路関連バイオマーカーである、請求項８〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記検出が、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、ウェスタン分析、ＨＰＬＣ、プロテオミクス、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザン分析、及びマイクロアレイからなる群から選択されるアッセイを用いることによって実施される、請求項８〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記正常組織試料が、腫瘍と同じ組織種からの非腫瘍細胞を含む、請求項８〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが順位付けまたは重み付けされている、請求項８〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記電離放射線及び前記免疫調節剤を施す前に前記腫瘍の機能撮像を実施することをさらに含む、請求項８〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線及び／または前記免疫調節剤が、標準的処置プロトコールに比べてより高い用量・線量で施される、請求項８〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて、ＣＤ４４の前記発現レベルが上昇しており、かつＭＦＧ−Ｅ８の前記発現レベルが低下している、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＣＤ６８の前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて上昇している、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が寡分割放射線処置として施される、請求項８〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が多分割放射線処置として施される、請求項８〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記電離放射線と前記免疫調節剤とが付随的に施される、請求項８〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記電離放射線と前記免疫調節剤とが逐次的に施される、請求項８〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
がんを有する対象における腫瘍を処置する方法であって、
（ａ）前記対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定すること
を含み、前記１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；
（ｂ）前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルを、正常組織試料における前記１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び
（ｃ）前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を前記対象における前記腫瘍に施すこと
を含む、前記方法。
【請求項２５】
正常組織試料における前記発現レベルに比べて、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しておりかつ前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているならば、前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが変化している、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが順位付けまたは重み付けされている、請求項２４または請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
電離放射線を施すことが、前記腫瘍に放射線増感剤を接触させることを含む、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
前記免疫調節剤が、
抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせ
からなる群から選択される、請求項２４〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線及び／または前記免疫調節剤が、標準的処置プロトコールに比べてより高い用量・線量で施される、請求項２４〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて、ＣＤ４４の前記発現レベルが上昇しており、かつＭＦＧ−Ｅ８の前記発現レベルが低下している、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ＣＤ６８の前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて上昇している、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が寡分割放射線処置として施される、請求項２４〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が多分割放射線処置として施される、請求項２４〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
前記電離放射線と前記免疫調節剤とが付随的に施される、請求項２４〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記電離放射線と前記免疫調節剤とが逐次的に施される、請求項２４〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記電離放射線及び前記免疫調節剤を施す前に前記腫瘍の機能撮像を実施することをさらに含む、請求項２４〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
がんを有する対象を、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置の候補として同定する方法であって、
（ａ）前記対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定すること
を含み、前記１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）、イメージングマーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；
（ｂ）前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルを、正常組織試料における前記１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び
（ｃ）前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記対象を、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置の候補として分類すること
を含む、前記方法。
【請求項３８】
正常組織試料における前記発現レベルに比べて、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しておりかつ前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているならば、前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが変化している、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが順位付けまたは重み付けされている、請求項３７または請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記腫瘍の機能撮像を実施することをさらに含む、請求項２４〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
前記免疫調節剤が、
抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせ
からなる群から選択される、請求項３７〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線及び／または前記免疫調節剤が、標準的処置プロトコールに比べてより高い用量・線量で施される、請求項３７〜４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて、ＣＤ４４の前記発現レベルが上昇しており、かつＭＦＧ−Ｅ８の前記発現レベルが低下している、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
ＣＤ６８の前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて上昇している、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が寡分割放射線処置として施される、請求項３７〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が多分割放射線処置として施される、請求項３７〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
前記電離放射線と前記免疫調節剤とが付随的に施される、請求項３７〜４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
前記電離放射線と前記免疫調節剤とが逐次的に施される、請求項３７〜４７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
前記方法が試験管内方法である、請求項３７〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
前記腫瘍試料が生検材料である、請求項３７〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
がんを有する対象のための処置を選択する方法であって、
（ａ）前記対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定すること
を含み、前記１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；
（ｂ）前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルを、正常組織試料における前記１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び
（ｃ）前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を選択すること
を含む、前記方法。
【請求項５２】
前記腫瘍の機能撮像を実施すること；及び
前記腫瘍の前記機能撮像に基づいて、前記電離放射線と前記免疫調節剤とを含む前記処置を選択すること
をさらに含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
正常組織試料における前記発現レベルに比べて、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているかまたは、前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが上昇しておりかつ前記バイオマーカーのうちの少なくとも１つの前記発現レベルが低下しているならば、前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが変化している、請求項５１または請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが順位付けまたは重み付けされている、請求項５１〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
前記電離放射線が、前記腫瘍に放射線増感剤を接触させることを含む、請求項５１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
前記免疫調節剤が、
抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせ
からなる群から選択される、請求項５１〜５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線及び／または前記免疫調節剤が、標準的処置プロトコールに比べてより高い用量・線量で施される、請求項５１〜５６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５８】
前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて、ＣＤ４４の前記発現レベルが上昇しており、かつＭＦＧ−Ｅ８の前記発現レベルが低下している、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
ＣＤ６８の前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて上昇している、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が寡分割放射線処置として施される、請求項５１〜５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に前記電離放射線が多分割放射線処置として施される、請求項５１〜５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
前記方法が試験管内方法である、請求項５１〜５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６３】
前記腫瘍試料が生検材料である、請求項５１〜５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
前記バイオマーカーが、ＣＤ４４、ＭＦＧ−Ｅ８、ＣＤ６８、ＴＧＦβ、またはＴＧＦβ経路関連バイオマーカーである、請求項２４〜６３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
がんを有する対象における腫瘍を処置する方法に使用するための免疫調節剤であって、前記方法が、電離放射線及び免疫調節剤を前記腫瘍に施すことを含むことを特徴とする、前記免疫調節剤。
【請求項６６】
がんを有する対象における腫瘍を処置する方法に使用するための免疫調節剤であって、前記方法が、
（ａ）前記対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定すること
を含み、前記１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；
（ｂ）前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルを、正常組織試料における前記１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び
（ｃ）前記腫瘍試料における前記１つ以上のバイオマーカーの前記発現レベルが前記正常組織試料における前記発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を前記対象における前記腫瘍に施すこと
を含むことを特徴とする、前記免疫調節剤。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、「ＩＭＭＵＮＥ  ＭＯＤＵＬＡＴＯＲＳ  ＩＮ  ＣＯＭＢＩＮＡＴＩＯＮ  ＷＩＴＨ  ＲＡＤＩＡＴＩＯＮ  ＴＲＥＡＴＭＥＮＴ」と題して２０１６年６月１７日に出願された米国仮特許出願第６２／３５１，６８１号の非仮特許出願であり、米国特許法第１１９条（ｅ）に基づくその利益及び優先権を主張するものであり、参照によりその内容をあらゆる目的のために本明細書に援用する。
【背景技術】
【０００２】
放射線療法は、がんを有する患者にとって肝要な治療様式である。放射線は、大部分の正常組織を温存しつつ腫瘍にミリメートル未満の精度で送達されることができ、最終的には腫瘍細胞の殺傷をもたらす。しかしながら、放射線の細胞殺傷効果から逃れる、及び／または耐性機序を発達させる、腫瘍細胞の能力は、放射線療法の腫瘍細胞殺傷作用を打ち消し得、がんを処置する放射線療法の治療効果を潜在的に制限し得る。さらに、正常組織への毒性の潜在性は、処置範例としての放射線療法の治療的機会に影響を与え得る。
【０００３】
放射線誘導腫瘍細胞死は、溶解した細胞からの腫瘍抗原の遊離、抗原提示細胞でのＭＨＣ−１発現の増加、及び腫瘍内Ｔ細胞集団の多様性向上をもたらす。これら及び他の因子は、体自体の免疫系の活性化を開始させてがん細胞を根絶するためには肝要である。体自体の免疫系を活性化させるべく免疫調節剤が探索されているが、単独療法として限界があることが知られている（例えば、患者における奏効率）。単独療法として使用される場合の免疫調節剤の奏効率は、対象とされる患者集団の２０〜３０％の範囲である。２つの免疫調節剤を使用する、または免疫調節剤と標的指向性抗がん薬とを使用する、といった併用的手法は、全身正常組織毒性ゆえの限界を有している。
【発明の概要】
【０００４】
本明細書に記載の方法は、免疫調節剤と電離放射線とを組み合わせてがん患者を処置する場合に抗腫瘍有効性と正常組織保護との二重の恩恵を提供する。本明細書に記載の方法は、共形性の高い線量を腫瘍に送達する電離放射線療法と、免疫調節剤とを施すことによって局所がん及び転移がんを処置するために用いることができる。この併用療法は、局所と全身との両方における放射線療法の有効性と、免疫調節剤の有効性とを両方とも向上させる潜在性を有する。本明細書に記載の方法はさらに、患者特有のバイオマーカーシグネチャに基づいて患者を、最適化された放射線処置を受ける群に分類することを可能にする。バイオマーカーシグネチャは、腫瘍の侵攻性、放射線耐性及び好ましくない予後と相関することが示されているマーカーを含む。
【０００５】
いくつかの態様では、電離放射線及び免疫調節剤を腫瘍に施すことを含む、がんを有する対象における腫瘍を処置する方法が、本明細書において提供される。いくつかの実施形態では、対象に施される電離放射線及び免疫調節剤の量は、腫瘍を処置するのに有効であり、例えば、１つ以上の腫瘍細胞を殺傷すること、腫瘍の成長速度または大きさを小さくすること、または対象の体から腫瘍を除去することのために有効である。いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。免疫調節剤の投与は、放射線療法と組み合わされた場合に抗腫瘍応答を増大させることが予期せずして見出された。
【０００６】
いくつかの実施形態では、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤は、抑制性チェックポイント分子に特異的に結合してその活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片であり、抑制性チェックポイント分子は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＢＴＬＡ、Ａ２ａＲ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ１６０、ＣＤ２４４（２Ｂ４）、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＬＡＧ−３、ＶＩＳＴＡ、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ１、ＴＩＭ２、ＴＩＭ３、ＴＩＭ４、及びＫＩＲ、ならびにそれらのリガンドからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、刺激性チェックポイント分子の活性化剤は、刺激性チェックポイント分子に特異的に結合してその活性を増大させる、低分子薬、ポリペプチド系活性化剤またはポリヌクレオチド系活性化剤であり、刺激性チェックポイント分子は、Ｂ７−１（ＣＤ８０）、Ｂ７−２（ＣＤ８６）、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＨＶＥＭ、誘導性共刺激分子（ＩＣＯＳ）、グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子受容体（ＧＩＴＲ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びそれらのリガンドからなる群から選択される。ある場合には、ケモカイン阻害剤は、ケモカイン（またはその受容体）に特異的に結合してケモカイン活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片である。いくつかの実施形態では、ケモカインは、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１２、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ４、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ７、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ５、及びＣＸＣＬ１６からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ケモカイン阻害剤は、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ，４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６、及びＣＸＣＲ７からなる群から選択されるケモカイン受容体に結合する。いくつかの事例では、ＭＩＦの阻害剤は、ＭＩＦに特異的に結合してＭＩＦ活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片である。
【０００７】
いくつかの態様では、電離放射線及び免疫調節剤を腫瘍に施すことを含む、がんを有する対象における腫瘍を処置する方法が、本明細書において提供される。方法は、（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；（ｂ）１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び（ｃ）腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を対象における腫瘍に施すことを含む。バイオマーカーは、ＣＤ４４、乳脂肪球ＥＧＦ因子８（ＭＦＧ−Ｅ８）、ＣＤ６８、ＴＧＦβ、ＴＧＦβ経路関連バイオマーカー、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
【０００８】
特定の態様では、がんを有する対象を、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置の候補として同定する方法が本明細書において提供される。方法は、（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）、イメージングマーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；（ｂ）１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び（ｃ）腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に対象を、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置の候補として分類することを含む。バイオマーカーは、ＣＤ４４、ＭＦＧ−Ｅ８、ＣＤ６８、ＴＧＦβ、ＴＧＦβ経路関連バイオマーカー、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
【０００９】
他の態様では、がんを有する対象のための処置を選択する方法が本明細書において提供される。方法は、（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；（ｂ）１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び（ｃ）腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を選択することを含む。バイオマーカーは、ＣＤ４４、ＭＦＧ−Ｅ８、ＣＤ６８、ＴＧＦβ、ＴＧＦβ経路関連バイオマーカー、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
【００１０】
いくつかの実施形態では、正常または対照試料における発現レベルに比べて、ＣＤ４４の発現レベルが上昇している、及び／またはＭＦＧ−Ｅ８の発現レベルが低下している場合に、電離放射線及び／または、電離放射線と免疫調節剤とを含む併用療法を対象に施す。いくつかの実施形態では、正常または対照試料における発現レベルに比べて、ＣＤ４４の発現レベルが上昇している、及び／またはＭＦＧ−Ｅ８の発現レベルが低下している場合に、対象に施す電離放射線の量及び／または免疫調節剤の量を増やす。他方、正常または対照組織試料における発現レベルに比べて、ＣＤ４４の発現レベルが低下している、及び／またはＭＦＧ−Ｅ８の発現レベルが上昇している場合には、対象に施す電離放射線の量及び／または免疫調節剤の量が減らされ得る。
【００１１】
いくつかの実施形態では、ＣＤ６８の発現レベルが正常組織試料または対照組織試料における発現レベルに比べて上昇している場合に、電離放射線及び／または、電離放射線と免疫調節剤とを含む併用療法を対象に施す。いくつかの実施形態では、ＣＤ６８の発現レベルが正常組織試料または対照組織試料における発現レベルに比べて上昇している場合に、対象に施す電離放射線の量及び／または免疫調節剤の量を増やす。他方、ＣＤ６８の発現レベルが正常組織試料または対照組織試料における発現レベルに比べて低下している場合には、対象に施す電離放射線の量及び／または免疫調節剤の量が減らされ得る。
【００１２】
本明細書では、がんを有する対象に免疫調節剤及び電離放射線を施すことを含む、腫瘍を処置するための改良された方法が提供される。この併用療法は、免疫調節剤単独療法または放射線単独療法に比べて増大した抗がん応答を引き出すことができる。
【００１３】
いくつかの態様では、対象における腫瘍を処置するための電離放射線及び免疫調節剤の用途が本明細書において提供される。いくつかの実施形態では、用途は、電離放射線と本明細書に記載の免疫調節剤との併用を含む。
【００１４】
別の態様では、本開示は、がんを有する対象における腫瘍を処置する方法に使用するための免疫調節剤を提供し、当該方法は、電離放射線及び免疫調節剤を腫瘍に施すことを含むことを特徴とする。
【００１５】
別の態様では、がんを有する対象における腫瘍を処置する方法に使用するための免疫調節剤を本明細書において提供し、当該方法は、
（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定すること
を含み、１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；
（ｂ）１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び
（ｃ）腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を対象における腫瘍に施すこと
を含むことを特徴とする。
【００１６】
本発明の他の目的、特徴及び利点は、以下の詳細な説明及び図面から当業者にとって明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１７】
【図１】ＨＦＨＳにて体幹部定位放射線療法（ＳＢＲＴ）（１２Ｇｙ×４）かまたは一般的な分割放射線（６０〜７０Ｇｙ）かのどちらかによって処置された患者コホート。
【図２】がんにおけるＣＤ４４及びＣＤ４４関連シグナル伝達経路（ＴＧＦβ経路）の役割を示す。Ｔｈａｐａ  Ｒ，Ｗｉｌｓｏｎ，ＧＤ：Ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ  Ｉｎｔ，（２０１６）を出典とする。
【図３】図３Ａは、細胞におけるタンパク質発現の強度及び割合を考慮に入れたＡｌｌｒｅｄ  ＩＨＣスコア化を示す。図３Ｂは、肺腫瘍組織におけるＣＤ４４及びＭＧＦ−Ｅ８の発現レベルを示す。
【図４】放射線処置の最中でのＴＧＦβの役割を図示する。
【図５】図５Ａ、図５Ｂ及び図５Ｃは、ヒトＮＳＣＬ組織学的亜型におけるＴＧＦβ活性が放射線耐性と相関することを示す。ＡＣＤ及びＳＣＣ腫瘍試料の免疫染色を図５Ａに示す。図５Ｂ及び図５Ｃは、ＡＣＤ及びＳＣＣ試料におけるＴＧＦβ及び活性化ＳＭＡＤ２のレベルを比較するものである。
【図６】免疫調節剤と放射線とを含む併用処置が単独療法に比べて腫瘍成長の阻害を強化することができることを示す。
【図７】免疫調節剤と放射線とを含む併用処置が単独療法に比べて腫瘍成長の阻害を強化することができることを示す。
【図８】図８Ａ〜８Ｅは、ヒトの肺腫瘍（図８Ａ）、結腸腫瘍（図８Ｂ）、前立腺腫瘍（図８Ｃ）及び乳房腫瘍（図８Ｄ）ならびに結腸腫瘍保有同系Ｃ５７／ＢＬ６マウスモデル（図８Ｅ）におけるＴＩＭ−４発現を示す。図８Ｆは陰性対照である。
【図９】図９Ａ〜９Ｄは、ヒト肺腫瘍（図９Ａ）、ヒト結腸腫瘍（図９Ｂ）、ヒト前立腺腫瘍（図９Ｃ）及びヒト乳房腫瘍（図９Ｄ）におけるＭＦＧＥ−８発現を示す。
【図１０Ａ】図１０Ａは、免疫調節剤（抗ＴＩＭ−４抗体）を放射線と組み合わせて含む処置が免疫調節剤による単独療法に比べて腫瘍成長を阻害することができることを示す。図１０Ａは、ＭＣ−３８癌腫を保有するマウスが１７、１９、２１、２３日目に抗ＴＩＭ−４抗体（２ｍｇ／ｋｇ）で処置されたことを示す。個々のマウス（Ｃ１〜Ｃ５）の腫瘍体積を処置過程にわたって追跡評価した。
【図１０Ｂ】図１０Ｂは、免疫調節剤（抗ＴＩＭ−４抗体）を放射線と組み合わせて含む処置が免疫調節剤による単独療法に比べて腫瘍成長を阻害することができることを示す。図１０Ｂは、ＭＣ−３８癌腫を保有するマウスが１６日目に放射線（２Ｇｙ）で処置され、続いて１７、１９、２１、２３日目に抗ＴＩＭ−４抗体（２ｍｇ／ｋｇ）を投与されたことを示す。個々のマウス（Ｄ１〜Ｄ５）の腫瘍体積を処置過程にわたって追跡評価した。
【発明を実施するための形態】
【００１８】
発明の詳細な説明
本明細書に記載の方法は、免疫調節剤と電離放射線とを組み合わせてがん患者を処置する場合に抗腫瘍有効性及び正常組織保護の利点を提供する。本明細書に記載の方法は、免疫調節剤と組み合わせた電離放射線が単独の放射線療法または免疫調節剤療法による処置（単独療法）に比べて抗腫瘍応答を増大させることができるという予期せぬ結果をもたらす。抗腫瘍応答の増大は、どちらかの単独療法のみによってもたらされる腫瘍成長の阻害を強化または増大させることができる。本明細書に記載の方法は、共形性の高い線量を腫瘍に送達する電離放射線療法と、免疫調節剤とを施すことによって局所がん及び転移がんを処置するために用いることができる。本明細書に記載の併用療法は、（局所及び全身における）放射線療法の有効性と、免疫調節剤の有効性とを両方とも向上させることができる。免疫調節剤を放射線と組み合わせて施す場合、免疫調節剤単独か放射線単独療法かのどちらかを施す場合に比べて抗がん応答を強化することもできる。
【００１９】
１．定義
「処置する」という用語は、腫瘍または腫瘍と診断された対象に処置を施すことを指す。処置は、腫瘍細胞を殺傷すること、腫瘍の成長を遅らせること、腫瘍の大きさを小さくすること、または対象から腫瘍を完全に除去することのために十分または有効である量または治療的用量・線量で施され得る。処置の例としては、電離放射線、免疫調節剤、またはその両方の組み合わせが挙げられる。当該用語はさらに、処置または処置計画を選択すること、及び医療従事者または対象に処置選択肢を提供することを含む。
【００２０】
「電離放射線」という用語は、原子または分子から電子を放出させてそれによってイオンを生じさせるのに十分な運動エネルギーを有する粒子を含む放射線を指す。当該用語には、直接電離放射線、例えば、アルファ粒子（ヘリウム核）、ベータ粒子（電子）及びプロトンによって生じるものと、ガンマ線及びＸ線を含めた光子などの間接電離放射線との両方が含まれる。放射線療法で使用する電離放射線の例としては、高エネルギーＸ線、電子ビーム及びプロトンビームが挙げられる。
【００２１】
「腫瘍環境」または「腫瘍微小環境」という用語は、とりわけより広い環境において明確に区別される部分としての、生物または生物の一部の近傍小規模環境、例えば、腫瘍の近傍小規模環境を指す。当該用語は、腫瘍細胞自体を含むだけでなく、関連する血管（内皮細胞及び平滑筋細胞を含む）、免疫系細胞及び分泌サイトカイン、上皮細胞、線維芽細胞、結合組織及び／または、腫瘍関連もしくは腫瘍周辺の細胞外マトリックスも含む。当該用語は、腫瘍が置かれている細胞環境及び細胞外環境も指す。
【００２２】
放射線療法において、「標準的治療」または「標準的放射線処置プロトコール」という用語は一般に、腫瘍の種類、大きさ、組織位置及びその他の様々な生物学的パラメータに基づいて所与の腫瘍に対する適切な処置であることが医学分野において一般的に認められている、電離放射線の線量及びそれを施す間隔を指す。標準的治療または標準的処置プロトコールは様々であり、いくつかの因子に依存する。例えば、肺癌の放射線療法では、標準的治療は、腫瘍に対して生物学的有効線量を多数回に分割して（例えば、低線量放射線をおよそ３０分割して、またはおよそ６０Ｇｙを６週間かけて）施すかまたはより少ない回数（例えば１〜５分割）に分割して（例えば、末梢型腫瘍には５４ＧＹを３分割して、または中枢型腫瘍には４８〜６０Ｇｙを４〜８分割して）施すことを含む。
【００２３】
「電離放射線の類似する線量」という用語は、別の対象における腫瘍に施される、または既存の処置過程を経ている同じ対象における腫瘍に施される有効線量と同一、ほぼ同じ、または実質的に同じである電離放射線線量を指す。当該用語は、対象における腫瘍に電離放射線を施す当該技術分野において技量を有する医療技術者によって送達される電離放射線線量の正常な変動または予期される変動を包含する。例えば、当該用語は、腫瘍に施される有効線量の１０％未満、５％未満または１％未満の変動を包含する。対象は、ヒトまたは非ヒト動物、例えば伴侶動物（例えば、ネコ、イヌ）または家畜（例えば、ウシ、ウマなど）であり得る。
【００２４】
「発現レベル」という用語は、本明細書に記載のバイオマーカーの量もしくはレベル及び／または存在もしくは非存在を指す。
【００２５】
「低分子薬」という用語は、約５０ｋＤａ未満、約１０ｋＤａ未満、約１ｋＤａ未満、約９００Ｄａ未満、または約５００Ｄａ未満の分子量を有する有機化合物を指す。当該用語は、所望の薬理特性を有する薬物を含み、経口で、または注射によって投与することができる化合物を含む。
【００２６】
「放射線増感剤」という用語は、腫瘍細胞を放射線療法で殺傷するのをより簡単にする任意の物質を指す。例示的な放射線増感剤としては、ミソニダゾール、メトロニダゾール及びトランスクロセチン酸ナトリウムなどの低酸素型放射線増感剤、ならびにポリ（ＡＤＰ）リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤などのＤＮＡ損傷応答阻害剤が挙げられる。
【００２７】
「試料」、「生物学的試料」及び「腫瘍試料」という用語は、対象または患者から得られた体液、限定されないが例えば、血液、血清、血漿もしくは尿、及び／または細胞もしくは組織を指す。いくつかの実施形態では、試料は、ホルマリン固定及びパラフィン包埋された組織または腫瘍試料である。いくつかの実施形態では、試料は、冷凍された組織または腫瘍試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、腫瘍からの腫瘍細胞を含む生検材料であり得る。
【００２８】
ＩＩ．実施形態の詳細な説明
本開示は、腫瘍試料におけるシグネチャバイオマーカーの発現レベルを決定すること、腫瘍試料における発現レベルを正常組織試料における発現レベルと比較すること、及び腫瘍試料における発現レベルが正常組織試料におけるそれとは異なっている場合に腫瘍を処置することによって、対象における腫瘍を処置する、方法について記載する。いくつかの実施形態では、処置は、１つ以上の免疫調節剤と組み合わせた電離放射線である。かくして、バイオマーカーは、腫瘍を処置する療法のためのいわゆる「コンパニオン診断」を提供する。本明細書に記載の方法は、共形性の高い線量を腫瘍に送達する電離放射線療法と、免疫調節剤とを施すことによって局所がん及び転移がんを処置するために用いることができる。
【００２９】
一態様では、電離放射線及び免疫調節剤を腫瘍に施すことを含む、がんを有する対象における腫瘍を処置する方法が提供される。免疫調節剤は、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、例えばＴ細胞と腫瘍抗原とに結合する二重特異性抗体、細胞性免疫調節剤、例えばＣＡＲ−Ｔ細胞、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択され得る。いくつかの実施形態では、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤は、抑制性チェックポイント分子に特異的に結合してその活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片であり、抑制性チェックポイント分子は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＢＴＬＡ、Ａ２ａＲ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ１６０、ＣＤ２４４（２Ｂ４）、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＬＡＧ−３、ＶＩＳＴＡ、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ１、ＴＩＭ２、ＴＩＭ３、ＴＩＭ４、及びＫＩＲ、ならびにそれらのリガンドからなる群から選択される。他の実施形態では、刺激性チェックポイント分子の活性化剤は、刺激性チェックポイント分子に特異的に結合してその活性を増大させる、低分子薬、ポリペプチド系活性化剤またはポリヌクレオチド系活性化剤であり、刺激性チェックポイント分子は、Ｂ７−１（ＣＤ８０）、Ｂ７−２（ＣＤ８６）、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ−４０（ＣＤ１３４）、ＨＶＥＭ、誘導性共刺激分子（ＩＣＯＳ）、グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子受容体（ＧＩＴＲ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びそれらのリガンドからなる群から選択される。特定の実施形態では、ケモカイン阻害剤は、ケモカイン（またはその受容体）に特異的に結合してケモカイン活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片である。いくつかの実施形態では、ケモカインは、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１２、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ４、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ７、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ５、及びＣＸＣＬ１６からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ケモカイン阻害剤は、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ，４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６、及びＣＸＣＲ７からなる群から選択されるケモカイン受容体に結合する。ＭＩＦの阻害剤は、ＭＩＦに特異的に結合してＭＩＦ活性を阻害する、低分子薬、または抗体もしくはその断片であり得る。他のマクロファージ遊走の阻害剤を使用することもできる。いくつかの実施形態では、免疫調節剤はインドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の阻害剤である。
【００３０】
方法は、（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルを検出することをさらに含み得、１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；（ｂ）１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び（ｃ）１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に腫瘍を電離放射線及び免疫調節剤で処置することをさらに含み得る。ある場合には、正常組織試料における発現レベルに比べて、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しておりかつバイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているならば、１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは変化している。１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは、順位付けまたは重み付けされていてもよい。
【００３１】
場合によっては、方法は、電離放射線及び免疫調節剤を施す前に腫瘍の機能撮像を実施することをさらに含む。
【００３２】
いくつかの実施形態では、免疫細胞バイオマーカー（複数可）または腫瘍細胞バイオマーカー（複数可）または血中循環バイオマーカー（複数可）はポリヌクレオチドまたはタンパク質である。検出のステップは、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、ウェスタン分析、ＨＰＬＣ、プロテオミクス、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザン分析、及びマイクロアレイからなる群から選択されるアッセイを用いることによって実施され得る。
【００３３】
腫瘍試料は、腫瘍細胞を含む生検材料であり得る。正常組織試料は、腫瘍と同じ組織種からの非腫瘍細胞を含み得る。
【００３４】
腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合、電離放射線を、標準的処置プロトコールに比べてより高い線量で施す。特定の場合には、腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に電離放射線を寡分割放射線処置として施す。他の場合には、腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に電離放射線を多分割放射線処置として施す。
【００３５】
電離放射線と免疫調節剤とを付随的に施してもよい。あるいは、電離放射線と免疫調節剤とを逐次的に施してもよい。
【００３６】
別の態様では、がんを有する対象における腫瘍を処置する方法であって、（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；（ｂ）１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び（ｃ）腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を対象における腫瘍に施すことを含む、当該方法が、本明細書において提供される。
【００３７】
いくつかの実施形態では、正常組織試料における発現レベルに比べて、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しておりかつバイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているならば、１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは変化している。１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは、順位付けまたは重み付けされていてもよい。
【００３８】
ある場合には、電離放射線を施すステップは、腫瘍に放射線増感剤を接触させることを含む。腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合、電離放射線は、標準的処置プロトコールに比べてより高い線量で施され得る。腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合、電離放射線は寡分割放射線処置として施され得る。他の場合には、腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に電離放射線を多分割放射線処置として施す。
【００３９】
免疫調節剤は、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択され得る。電離放射線と免疫調節剤とを付随的に施す。特定の場合には、電離放射線と免疫調節剤とを逐次的に施す。
【００４０】
本明細書に記載の方法は、電離放射線及び免疫調節剤を施す前に腫瘍の機能撮像を実施することをさらに含み得る。
【００４１】
さらに別の態様では、がんを有する対象を、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置の候補として同定する方法が本明細書において提供される。方法は、（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）、イメージングマーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；（ｂ）１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び（ｃ）腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に対象を、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置の候補として分類することを含む。ある場合には、正常組織試料における発現レベルに比べて、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しておりかつバイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているならば、１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは変化している。特定の事例では、１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは、順位付けまたは重み付けされている。いくつかの事例では、方法は、腫瘍の機能撮像を実施することをさらに含む。
【００４２】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合、電離放射線は、標準的処置プロトコールに比べてより高い線量で施され得る。ある場合には、腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に電離放射線を寡分割放射線処置として施す。他の場合には、腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に電離放射線を多分割放射線処置として施す。電離放射線と免疫調節剤とが付随的に施される。電離放射線と免疫調節剤とが逐次的に施される。
【００４３】
別の態様では、がんを有する対象のための処置を選択する方法であって、（ａ）対象からの腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、１つ以上のバイオマーカーが、免疫細胞マーカー（複数可）、腫瘍細胞マーカー（複数可）、血中循環マーカー（複数可）及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものであり；（ｂ）１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルを、正常組織試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルと比較すること；及び（ｃ）腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を選択することを含む、当該方法が、本明細書において提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍の機能撮像を実施すること；及び、腫瘍の機能撮像に基づいて、電離放射線と免疫調節剤とを含む処置を選択することを含む。いくつかの事例では、電離放射線は、腫瘍に放射線増感剤を接触させることを含む。
【００４４】
いくつかの実施形態では、正常組織試料における発現レベルに比べて、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているかまたは、バイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが上昇しておりかつバイオマーカーのうちの少なくとも１つの発現レベルが低下しているならば、１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは変化している。１つ以上のバイオマーカー、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ以上のバイオマーカーの発現レベルは、順位付けまたは重み付けされていてもよい。
【００４５】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、細胞性免疫調節剤、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合、電離放射線は標準的処置プロトコールに比べてより高い線量で施され得る。いくつかの事例では、腫瘍試料における２つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に電離放射線を寡分割放射線処置として施す。他の事例では、腫瘍試料における１つ以上のバイオマーカーの発現レベルが正常組織試料における発現レベルに比べて変化している場合に電離放射線を多分割放射線処置として施す。
【００４６】
別の態様では、キットが提供される。キットは、本明細書に記載のバイオマーカーの発現を検出することができる試薬を含む。いくつかの実施形態では、キットは、バイオマーカーの核酸（例えばＲＮＡ）発現を検出することができる試薬を含む。例えば、キットは、本明細書に記載のバイオマーカー遺伝子によって発現する核酸を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライマーを含み得る。いくつかの実施形態では、キットはさらに、バイオマーカー核酸または増幅されたバイオマーカーまたはその相補体とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを含む。核酸を増幅及び検出する方法は当技術分野でよく知られており、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、及び定量的リアルタイムＰＣＲ、ノーザン分析、発現した核酸の配列決定ならびに、発現及び／または増幅した核酸とマイクロアレイとのハイブリダイゼーションを含み得る。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に記載のバイオマーカーによってタンパク質発現を検出することができる試薬を含む。いくつかの実施形態では、試薬は、バイオマーカータンパク質に特異的に結合する抗体である。タンパク質発現を検出する方法は、当技術分野でよく知られており、免疫学的検定、ＥＬＩＳＡ、ウェスタン分析及びプロテオーム技術を含む。
【００４７】
上記の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、腫瘍試料における各バイオマーカーの発現レベルの差は、正常組織における発現レベルに比べて少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれより大きく上昇または低下している。いくつかの実施形態では、腫瘍試料における各バイオマーカーの発現レベルは、正常組織における発現レベルに比べて少なくとも１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍またはそれより大きく上昇または低下している。
【００４８】
いくつかの実施形態では、腫瘍試料における全てのバイオマーカーの平均発現レベル及び／または順位付けされた発現レベルは、正常組織における発現レベルに比べて上昇または低下している。したがって、いくつかの実施形態では、腫瘍試料における全てのバイオマーカーの平均発現レベル及び／または順位付けされた発現レベルは、正常組織における発現レベルに比べて少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれより大きく上昇または低下している。いくつかの実施形態では、正常組織における発現レベルは、対照またはベースラインレベルに対して正規化される。処置、処置過程または処置計画の前、後または間に当該発現レベルを腫瘍試料における発現レベルと比較してもよいことは理解されよう。したがって、いくつかの実施形態では、腫瘍試料における各バイオマーカーの発現レベルは、処置の前、間または後での腫瘍試料における発現レベルに比べて少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％またはそれより大きく上昇または低下している。
【００４９】
さらに、上記の態様及び実施形態のいずれかに関して、１つ以上のバイオマーカーは、バイオマーカーの任意の組み合わせ、例えば、本明細書に記載のバイオマーカーのいずれか、２つ以上のバイオマーカーの任意の組み合わせ、３つ以上のバイオマーカーの任意の組み合わせ、４つ以上のバイオマーカーの任意の組み合わせ、５つ以上のバイオマーカーの任意の組み合わせ、６つ以上のバイオマーカーの任意の組み合わせ、及び７つ以上のバイオマーカーの任意の組み合わせを含み得るかまたはそれからなり得る。
【００５０】
別の態様では、本明細書に記載のバイオマーカーのうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つまたは４つ以上の発現レベルを決定する。２つ以上のバイオマーカー、例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ以上のバイオマーカーの発現レベルの組み合わせは、がんを有する対象の放射線に対する感度が対照対象に比べてより高いということを指し示し得る。この対象には、標準的線量に比べて低減されたかまたは低下した線量の放射線が施され得る。他の場合には、２つ以上のバイオマーカー、例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ以上のバイオマーカーの発現レベルの組み合わせは、がんを有する対象の放射線に対する感度が対照対象に比べてより低いということを指し示し得る。放射線に対する感度がより低い対象には、増加した線量、寡分割線量、または多分割線量の放射線が施され得る。場合によって、放射線療法は、免疫調節剤、限定されないが例えば、抗ＴＩＭ４抗体、抗ＭＦＧ−Ｅ８抗体、抗Ｍ１９９抗体及びそれらの任意の組み合わせと組み合わされて施され得る。
【００５１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＤ４４、ＭＦＧ−Ｅ８、ＣＤ６８、ＴＧＦβまたはそれらの任意の組み合わせである。特定の実施形態では、対照試料に比べて、がんを有する対象から得られた試料における第１バイオマーカーの発現レベルが高く、第２バイオマーカーの発現レベルが低いのであれば、放射線処置単独療法が局所腫瘍の制御に失敗し得るということが予測される。かくして、このバイオマーカープロファイルは、対象に放射線処置を免疫調節剤と組み合わせて施すべきであることを指し示すことができる。あるいは、このバイオマーカープロファイルは、放射線の線量を増加すべき（つまり標準的プロトコール線量よりも増やすべき）であることを指し示すことができる。例えば、対照試料に比べて対象の腫瘍試料でのＣＤ４４のレベルが高く、ＭＦＧ−Ｅ８のレベルが低いのであれば、放射線処置は単独では臨床的奏効につながらないであろうと予測される。換言すれば、ＣＤ４４のレベルが高くＭＦＧ−Ｅ８のレベルが低い腫瘍試料は、電離放射線療法に対して感受性がないかまたは感度が低い可能性がある。いくつかの事例では、本明細書に記載のバイオマーカープロファイルは、増加した線量の放射線及び／または、電離放射線と抗ＴＩＭ４抗体、抗ＭＦＧ−Ｅ８抗体、抗Ｍ１９９抗体及びそれらの任意の組み合わせなどの免疫調節剤とを含む併用療法を対象が受けるべきであることを指し示す。
【００５２】
他の実施形態では、ＣＤ４４のレベルが正常試料に比べて低い、及び／またはＭＦＧ−Ｅ８のレベルが正常試料に比べて高い場合、対象において電離放射線単独療法が臨床的奏効をもたらす可能性がある。いくつかの事例では、ＣＤ４４のレベルが低い、及び／またはＭＦＧ−Ｅ８のレベルが高い対象は、電離放射線療法に対して感受性である可能性があると予測される。
【００５３】
いくつかの実施形態では、対象の腫瘍のＣＤ６８のレベルが対照試料に比べて高い場合、対象は放射線単独療法の後の生存率が低いと予測される。それゆえ、対象には電離放射線と免疫調節剤とを含む併用療法が施され得る。他の事例では、対象の腫瘍のＣＤ６８のレベルが対照試料に比べて低い場合、対象において放射線単独療法が臨床的奏効をもたらす可能性がある。この対象は放射線に対して感受性であると予測される。特定の事例では、標準的プロトコール線量に比べて低い線量または低減された線量の放射線を対象に施すべきであることが指し示され得る。
【００５４】
Ａ．療法選択のためのバイオマーカー
本明細書に記載のバイオマーカーは、個別に適合させた、免疫調節剤と組み合わせた放射線療法を受ける患者を階層化するために使用することができる。バイオマーカーは、がんを有する患者に対する免疫調節剤療法の有効性を追跡評価するために使用することもできる。バイオマーカーとしては、限定されないが例えば、１つ以上の免疫細胞バイオマーカー、１つ以上の腫瘍細胞バイオマーカー、１つ以上の血中循環バイオマーカー、１つ以上のイメージングバイオマーカー、及びそれらの任意の組み合わせが挙げられる。例えば、免疫細胞バイオマーカーは、特定細胞集団、例えばＴ細胞集団の位置及び／または活性についての情報を提供することができる。免疫細胞バイオマーカーまたは腫瘍細胞バイオマーカーは、遺伝子バイオマーカー、ポリヌクレオチドバイオマーカーまたはタンパク質バイオマーカーであり得る。いくつかの実施形態では、免疫細胞バイオマーカーは、非免疫細胞または異なる免疫細胞種に比べて特定の免疫細胞でより高いレベルで発現する特異的なポリヌクレオチド（例えば、ＲＮＡ及びマイクロＲＮＡ）またはタンパク質である。同様に、腫瘍細胞バイオマーカーは、非腫瘍細胞に比べて腫瘍細胞でより高いレベルで発現する特異的なポリヌクレオチド（例えば、ＲＮＡ及びマイクロＲＮＡ）またはタンパク質であり得る。例えば、腫瘍細胞バイオマーカーは、腫瘍細胞の増殖及び／または転移に関連するタンパク質または上記タンパク質をコードするポリヌクレオチドであり得る。いくつかの事例では、タンパク質は、腫瘍細胞によって活性化される血管新生または他のプロセスに関与するものであり得る。腫瘍バイオマーカーは、がん遺伝子または腫瘍抑制物質であり得る。いくつかの事例では、腫瘍細胞バイオマーカーは、非腫瘍細胞には存在しないが腫瘍細胞には存在する遺伝子変異、遺伝子突然変異、コピー数多型（ＣＮＶ）、一塩基多型（ＳＮＰ）などである。いくつかの実施形態では、血中循環バイオマーカーはエクソソーム（すなわち、体液中に認められる細胞由来の小胞）である。有用なバイオマーカーの例としては、米国特許出願公開第２０１６００２４５９４号が挙げられ、これを以て参照によりその開示をあらゆる目的のために援用する。
【００５５】
バイオマーカーセットは、限定されないが、ＣＤ４４、乳脂肪球−ＥＧＦ因子８（ＭＦＧ−Ｅ８）、ＣＤ６８及びＴＧＦβを含み得る。ＣＤ４４は、リンパ球及びがん細胞を含めた様々な細胞種の細胞増殖、細胞−細胞相互作用、細胞接着及び細胞遊走における役割を果たす細胞表面糖タンパク質である。ヒトＣＤ４４ポリペプチド配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿０００６０１に示されている。ヒトＣＤ４４  ｍＲＮＡ（コード）配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００６１０に示されている。乳脂肪球−ＥＧＦ因子８タンパク質（ＭＦＧ−Ｅ８）は、腫瘍中のアポトーシス細胞の貪食及びクリアランスを促進する、マクロファージによって産生されるタンパク質である。ヒトＭＦＧ−Ｅ８ポリペプチド配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿００５９１９に示されている。ヒトＭＦＧ−Ｅ８  ｍＲＮＡ（コード）配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００５９２８に示されている。ＣＤ６８は、ヒトの単球及び組織マクロファージに高発現する１１０ｋＤの膜貫通型糖タンパク質である。当該タンパク質は、主としてリソソーム及びエンドソームに局在し、少ない割合で細胞表面へ循環している。それは、高度にグリコシル化された細胞外ドメインを有するＩ型内在性膜タンパク質であり、組織特異的及び臓器特異的なレクチンまたはセレクチンと結合する。ＣＤ６８は、スカベンジャー受容体ファミリーのメンバーでもある。ヒトＣＤ６８ポリペプチド配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿００１２４２に示されている。ヒトＣＤ６８  ｍＲＮＡ（コード）配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１２５１に示されている。ＴＧＦβは、細胞成長、細胞増殖、細胞分化、アポトーシス、恒常性及びその他多くの細胞プロセスに関与するサイトカインである。ヒトＴＧＦβポリペプチド配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿０００６５１に示されている。ヒトＴＧＦβ  ｍＲＮＡ（コード）配列は、例えばＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００６６０に示されている。
【００５６】
本明細書に記載の各バイオマーカーの患者試料における発現レベルが正常組織試料または対照組織試料における腫瘍バイオマーカーの発現レベルに比べて上昇または低下し得ることは理解されよう。例えば、腫瘍試料におけるある腫瘍バイオマーカーの発現レベルが正常組織における発現レベルに比べて上昇し得る一方で、腫瘍試料における別のバイオマーカーの発現レベルは正常組織における発現レベルに比べて低下し得る。発現レベルはまた、患者試料における全ての腫瘍バイオマーカー発現レベルの平均、組み合わせまたは合計に基づくものであってもよい。例えば、患者試料における各バイオマーカーの発現レベルを順位付けまたは重み付けして、正常組織値（それは、正規化された値であり得、例えば１に定められ得る）よりも高いかまたは低い順位値を生成してもよい。
【００５７】
いくつかの実施形態では、腫瘍を有する対象からの生物学的試料においてバイオマーカー発現を決定する。いくつかの実施形態では、生物学的試料は腫瘍試料である。腫瘍試料は、腫瘍からの腫瘍細胞を含む生検材料であり得る。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、対象からの体液、限定されないが例えば、血液、血清、血漿もしくは尿、及び／または細胞もしくは組織を含む。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、ホルマリン固定及びパラフィン包埋された組織または腫瘍試料である。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、冷凍された組織または腫瘍試料である。それゆえ、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法の１つ以上のステップは試験管内で行われる。例えば、いくつかの実施形態では、バイオマーカー発現を試験管内で決定する。
【００５８】
いくつかの実施形態では、正常組織試料は、腫瘍と同じ組織種からの非腫瘍細胞を含む。いくつかの実施形態では、正常組織試料は、腫瘍と診断された同じ対象から得られる。正常組織試料はまた、異なる対象からの同じ組織種の対照試料であってもよい。正常組織試料の発現レベルは、正常組織試料の集団から得られた平均（ａｖｅｒａｇｅ）値または平均（ｍｅａｎ）値であってもよい。
【００５９】
本明細書に記載のバイオマーカーの発現レベルは、当技術分野で知られている任意の方法を用いて決定することができる。例えば、発現のレベルは、核酸（例えば、ＲＮＡ、ｍＲＮＡまたはマイクロＲＮＡ）または核酸によってコードされるタンパク質の発現を検出することによって決定することができる。
【００６０】
核酸の発現レベルを検出する方法の例としては、限定されないが、ノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ、及びＤＮＡマイクロアレイが挙げられる。
【００６１】
タンパク質（例えばポリペプチド）の発現レベルを検出する方法の例としては、限定されないが、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、ウェスタン分析、ＨＰＬＣ、及びプロテオームアッセイが挙げられる。いくつかの実施形態では、タンパク質発現レベルは、Ａｌｌｒｅｄ法を用いてスコアを割り当てる免疫組織化学によって決定される（例えば、参照により本明細書に援用されるＡｌｌｒｅｄ，Ｄ．Ｃ．，Ｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎ  ９：４−５，２００５を参照されたい）。例えば、ホルマリン固定されパラフィン包埋された組織を、本明細書に記載のバイオマーカーに特異的に結合する抗体と接触させる。結合した抗体を、検出可能標識によって、または比色用標識などの検出可能標識（例えば、ＨＲＰまたはＡＰによって生成する酵素基質）に連結された二次抗体によって検出する。陽性腫瘍細胞の割合及びそれらの平均染色強度を見積もることによって抗体陽性信号をスコア化する。割合スコアと強度スコアとの両方をまとめ合わせて、両因子に重み付けをする合計スコアとする。
【００６２】
いくつかの実施形態では、タンパク質発現レベルをデジタル病理診断によって決定する。デジタル病理診断法は、スライドガラスなどの固体支持体上の組織の画像をスキャンすることを含む。スキャン装置を使用してスライドガラスをスキャンしてスライド全体の画像にする。スキャンした画像は通常、保管及び検索のための情報管理システムに格納される。画像解析ツールを使用してデジタルスライドから客観的定量測定結果を得ることができる。例えば、適切な画像解析ツールを使用して免疫組織化学染色の面積及び強度を解析することができる。デジタル病理診断システムは、スキャナ、解析（視覚化ソフトウェア、情報管理システム及び画像解析プラットフォーム）、格納及び通信（共有サービス、ソフトウェア）を含み得る。デジタル病理診断システムは、多くの商業的供給業者、例えばＡｐｅｒｉｏ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｌｅｉｃａ  Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＧｍｂＨの子会社）及びＶｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（現在はＲｏｃｈｅの一部）から入手することができる。発現レベルは、Ｆｌａｇｓｈｉｐ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（ＣＯ）、Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（ＣＡ）、Ｑｕｅｓｔ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（ＮＪ）、及びＰｒｅｍｉｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ＬＬＣ（ＣＯ）を含めた商業的サービス提供業者によって定量されることができる。
【００６３】
いくつかの実施形態では、腫瘍の撮像、例えば機能撮像も用いて、本明細書に記載の併用療法を受けるべきがん患者を同定または選択する。機能撮像の非限定的な例としては、単一光子放射コンピュータ断層撮影、光学撮像、超音波検査、陽電子放射断層撮影（ＰＥＴ）、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）、灌流コンピュータ断層撮影、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、機能的磁気共鳴画像法、磁気共鳴分光撮像、動的コントラスト増強撮像、拡散重み付け撮像、血中酸素濃度依存型撮像、磁気共鳴分光法、磁気共鳴リンパ撮像、及びそれらの任意の組み合わせが挙げられる。任意のタイプの機能撮像、例えばマルチモーダル撮像を実施して、腫瘍を特性評価すること、腫瘍の描写、腫瘍の程度、腫瘍の体積を決定すること、及び／または腫瘍微小環境（例えば、腫瘍周辺の環境）を評価することができる。機能撮像は、最善の処置選択肢を選択すること及び／または処置に対する応答を追跡評価することにおいて役立ち得る。
【００６４】
Ｂ．処置過程を選択する方法
バイオマーカーの発現レベルを使用して、腫瘍と診断された対象の処置過程を決定または選択することができる。例えば、いくつかの実施形態では、処置は、対象における腫瘍に電離放射線を施すことを含む。電離放射線はまた、特に腫瘍が分散性または移動性である場合には、対象の全体またはその一部に施され得る。いくつかの実施形態では、処置はさらに、腫瘍に放射線増感剤を接触させることを含む。いくつかの実施形態では、処置はさらに、免疫チェックポイント経路を阻害する化合物またはバイオ医薬品、例えば抗体を対象に投与することを含む。このように、いくつかの実施形態では、処置は、免疫調節剤と組み合わせた標準的放射線処置プロトコールを施すことを含む。
【００６５】
処置過程は、バイオマーカーの発現レベルに基づいて選択することができる。例えば、放射線療法が対象にとって適切であるか否かを判定するために（つまり、放射線療法の実施／非実施の判断を下すために）発現レベルを使用することができる。さらには、バイオマーカーの発現レベルが、正常値または対照値に比べて上昇しているのであれば、腫瘍に対する有効放射線量を増やしてもよい、及び／または分割スケジュールを適宜調整してもよい。また、腫瘍に栄養を送っている血管に対する放射線量を増やしてもよい。いくつかの事例では、寡分割放射線処置を施す。あるいは、多分割放射線処置を施す。場合によっては、放射線処置を免疫調節剤処置と組み合わせて提供する。
【００６６】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーの発現レベルが、正常値または対照値に比べて上昇しているのであれば、処置は、腫瘍に電離放射線を施すことを含み得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの発現レベルが、正常値または対照値に比べて低下しているのであれば、処置は、腫瘍に施す電離放射線の量を減らすことを含み得る。場合によっては、放射線処置を免疫調節剤処置と組み合わせて提供する。
【００６７】
処置はさらに、既存の処置過程を修正することを含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、既存の処置過程を修正して、腫瘍に施す電離放射線の有効線量を増やす。いくつかの実施形態では、腫瘍に施す電離放射線の量を増やすこと及び／または腫瘍に放射線増感剤を接触させることによって電離放射線の有効線量を増やす。いくつかの実施形態では、既存の処置過程を修正して、腫瘍に施す電離放射線の有効線量を減らす。いくつかの実施形態では、処置は、標準的放射線処置プロトコールを修正することを、免疫調節剤を投与することと組み合わせて含む。
【００６８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のバイオマーカーのレベルが腫瘍環境において高くなっている場合に、腫瘍に施す電離放射線の有効線量を増やす。例えば、腫瘍環境におけるバイオマーカー（複数可）のレベルが高くなっていない対象に対しては、電離放射線の有効線量を標準的治療に比べて増やす。これは、放射線療法を現在受けていない対象、及び放射線療法を受けている対象のための既存の処置過程を修正していない対象に対して、適用される。それゆえ、対象が腫瘍に対する放射線療法を既に受けている場合に電離放射線の有効線量を現在の有効線量から増やすことができる。放射線療法は、隣接する健常組織に関する制約を軽減するために修正されることができる。例えば、腫瘍環境におけるバイオマーカーレベルが、より強力な放射線療法が必要であることを指し示している場合、処置計画は、健常組織と腫瘍組織と間の境界に対する制約を軽減するように修正され得る。これは、より多くの腫瘍組織を殺傷するためにいくらかの健常組織を損傷することとの妥協点をもたらすであろう。
【００６９】
いくつかの実施形態では、処置は放射線療法と免疫調節剤（放射線増感剤を含む）との組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、免疫調節剤を対象に投与するとき、腫瘍に施す電離放射線の有効線量を（例えば、標準的治療または既存の処置過程に比べて）変更しない。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のバイオマーカーのレベルが腫瘍環境において高くなっていない対象に施す場合と同じまたは類似する有効線量の電離放射線を対象に施し、そしてさらに、免疫調節剤を対象に投与する。いくつかの実施形態では、腫瘍に施す電離放射線の有効線量は、腫瘍環境においてバイオマーカー（複数可）のレベルが高くなっていない対象のための標準的治療に基づくものであり、対象にはさらに、免疫調節剤を投与する。既存の処置過程を伴ういくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のバイオマーカーのレベルが腫瘍環境において高くなっている場合、電離放射線の有効線量を現在の有効線量に維持し、電離放射線と組み合わせて抗がん剤を対象に施す。
【００７０】
いくつかの実施形態では、処置計画を本明細書に記載のバイオマーカーの発現レベルに基づいて展開及び／または修正する。
【００７１】
処置過程は、正常試料におけるレベルと比べたときの腫瘍試料におけるバイオマーカーの発現レベルを決定するアルゴリズムを使用することによって選択することもできる。アルゴリズムは、バイオマーカー発現レベルと、発現レベルをまとめ合わせるための係数（すなわち重み）とを含む線形回帰アルゴリズムであり得る。いくつかの実施形態では、アルゴリズムは、係数を計算する最小二乗近似を含む。腫瘍試料におけるバイオマーカーの発現レベルが正常試料に比べて上昇または低下しているとアルゴリズムによって判定されるのであれば、適切な処置過程が割り当てられ得る。いくつかの実施形態では、アルゴリズムはノンパラメトリック回帰木である。いくつかの実施形態では、データを解析してどのバイオマーカーが臨床上の生存率または局所腫瘍制御の失敗を最もよく予測しているかを判定するために、標準的な統計方法を用いた。
【００７２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法はコンピュータ実施方法である。いくつかの実施形態では、コンピュータ実施方法は、順位付けまたは重み付けされた値を本明細書に記載のバイオマーカーの発現レベルに割り当てる線形回帰モデルを含む。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載の方法をコンピュータに実施させる命令を供給するものである、コンピュータ可読媒体を提供する。例えば、媒体は、順位付けまたは重み付けされた値を本明細書に記載のバイオマーカーの発現レベルに割り当てることをコンピュータにさせる命令を、供給することができる。
【００７３】
Ｃ．放射線療法
本明細書に記載の腫瘍バイオマーカーの発現レベルは、放射線療法による患者の処置を最適化するために用いることができる。例えば、腫瘍または対象に施す放射線の治療線量は、バイオマーカーの発現レベルに基づいて調節することができる。当技術分野でよく知られているように、電離放射線の有効線量は腫瘍の種類及び処置を必要とするがんの病期によって様々である。有効線量は、患者に施されている他の処置モダリティ、例えば化学療法処置及び外科処置、ならびに放射線を術前または術後に施したか否かにも基づいて様々であり得る。一般に、固形上皮腫瘍に対する治癒的治療線量は約６０〜８０グレイ（Ｇｙ）の範囲であり、他方、リンパ腫に対する治癒的線量は約２０〜４０Ｇｙである。一般に、予防的線量は４５〜６０Ｇｙであり得る。
【００７４】
当技術分野でよく知られているように、治療線量は分割して送達することができる。分割とは、放射線の全線量をある時間にわたって、例えば、数日、数週間または数ヶ月にわたって広げることを指す。各分割部分において送達される線量は１日あたり約１．５〜２Ｇｙとすることができる。処置計画は、各患者の処置の必要性に応じて１日あたり、１日おき、毎週などに１回以上の分割処置を含むことができる。例えば、寡分割スケジュールは、全線量を比較的大きいいくつかの線量に分割すること、及び当該線量を少なくとも１日おきに施すことを含む。例示的な寡分割線量は、１分割部分あたり３〜２０Ｇｙである。肺癌を処置するのに用いることができる例示的な分割スケジュールは、連続多分割加速放射線療法（ＣＨＡＲＴ）であり、それは１日あたり３つの小分割部分からなる。
【００７５】
いくつかの実施形態では、電離放射線は、対象における腫瘍に放射線増感剤を接触させることを含む。例示的な放射線増感剤としては、ミソニダゾール、メトロニダゾール及びトランスクロセチン酸ナトリウムなどの低酸素型放射線増感剤、ならびに低酸素状態の腫瘍組織中への酸素の拡散を増大させるのに役立つ化合物が挙げられる。放射線増感剤は、塩基除去修復（ＢＥＲ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）、相同組換え（ＨＲ）及び非相同末端結合（ＮＨＥＪ）を含めた組換え修復、ならびに直接的修復機構に干渉する、ＤＮＡ損傷応答阻害剤であってもよい。ＳＳＢ修復機構はＢＥＲ、ＮＥＲまたはＭＭＲ経路を含むのに対し、ＤＳＢ修復機構はＨＲ及びＮＨＥＪ経路からなる。放射線は、修復されなければ致命的となるＤＮＡ切断を引き起こす。一本鎖切断は、完全なＤＮＡ鎖を鋳型として使用してＢＥＲ、ＮＥＲ及びＭＭＲ機構によって修復される。ＳＳＢ修復の主たる経路は、ポリ−（ＡＤＰ−リボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）と称される関連酵素ファミリー利用するＢＥＲである。かくして、放射線増感剤は、ポリ（ＡＤＰ）リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）阻害剤などのＤＮＡ損傷応答阻害剤を含み得る。
【００７６】
本明細書に記載のバイオマーカーは、腫瘍またはがんと診断された患者のための処置計画を展開及び修正するのに有用である。処置計画は、照射される必要のある腫瘍体積、腫瘍に施す放射線の最適または有効線量、及び危険に曝されている付近の健常組織または臓器の損傷を防止する最大線量を可視化または測定することを含み得る。処置を計画する際にアルゴリズムを使用することができ、アルゴリズムは、採用される特定の放射線療法技術パラメータ、例えば、ガントリー角度、ＭＬＣリーフ位置などに基づく線量計算アルゴリズム、ならびに線量計算同士でシステムパラメータを調節して処置の有効性を最適化するために種々の技術を用いる検索アルゴリズムを含み得る。線量計算アルゴリズムの例としては、様々なモンテカルロ（「ＭＣ」）技術及びペンシルビームコンボル−ション（「ＰＢＣ」）が挙げられる。検索アルゴリズムの例としては、様々な擬似焼きなまし（「ＳＡ」）技術、代数的逆方向治療計画（「ＡＩＴＰ」）、及び同時反復逆方向治療計画（「ＳＩＩＴＰ」）が挙げられる。そのような技術及びその他の技術は当技術分野でよく知られており、本開示の範囲に含まれる。
【００７７】
処置計画アルゴリズムは、付加的な特徴及び能力を提供する一体化された処置計画ソフトウェアパッケージの一部として実装され得る。例えば、各ガントリー角度でのフルエンスマップの組を最適化するために、それらを送達するのに必要なリーフ移動を計算すべく別個のリーフシーケンサーを使用しつつ、線量計算アルゴリズム及び検索アルゴリズムを使用してもよい。あるいは、線量計算アルゴリズム及び検索アルゴリズムを使用してリーフ移動及び他の機械パラメータを直接最適化してもよい。本発明の譲受人によって提供されるＥｃｌｉｐｓｅ（商標）治療計画システムはそのような一体化されたソフトウェアプログラムを含む。処置計画を最適化する方法は米国特許第７，８０１，２７０号に記載されており、それを参照により本明細書に援用する。
【００７８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバイオマーカーは、放射線療法の後の腫瘍制御の経過を追跡評価するために使用することができる。例えば、電離放射線療法の前と後とでバイオマーカーの発現レベルが比較され得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの発現レベルが放射線療法の後に上昇している場合、これは、腫瘍が大きくなり続けていることを示唆する。それゆえ、本明細書に記載のバイオマーカーを使用して腫瘍成長を追跡評価することに基づいて放射線処置を修正することができる。
【００７９】
本明細書に記載のバイオマーカーは、当技術分野で知られている任意の放射線療法技術と共に使用することができる。放射線療法技術としては、例えば体外照射放射線療法（「ＥＢＲＴ」）及び強度変調放射線療法（「ＩＭＲＴ」）が挙げられ、それらは、マルチリーフコリメータ（「ＭＬＣ」）を装備した放射線療法システム、例えば直線加速器によって施されることができる。マルチリーフコリメータ及びＩＭＲＴの使用によって、放射線ビームの形状及び線量を変化させながら多数の角度から患者を処置することが可能になり、それによって付近の健常組織への余分な照射が回避される。他の放射線療法技術の例としては、体幹部定位放射線療法（ＳＢＲＴ）、強度変調回転放射線療法、三次元原体放射線療法（「３Ｄ原体」または「３ＤＣＲＴ」）、画像誘導放射線療法（ＩＧＲＴ）が挙げられる。放射線療法技術はさらに、患者の解剖学的変化ならびに臓器及び腫瘍の形状に応じて線量分布を最適化するために放射線療法の過程の途中で処置を改訂することができるＩＧＲＴの一形態である、適応放射線療法（ＡＲＴ）も含み得る。別の放射線療法技術は小線源療法である。小線源療法では、放射線源が腫瘍の近くにくるように放射線源を対象の体内に埋め込む。本明細書中で使用する場合、放射線療法という用語は、広義に解釈されるべきであり、光子（例えば高エネルギーＸ線及びガンマ線）、粒子（例えば電子及びプロトンビーム）の使用及び放射線外科技術を含めた様々な患者照射技術を含むことが意図される。さらに、共形放射線を標的体積に供給するいかなる方法も本開示の範囲内であることが意図される。
【００８０】
Ｄ．免疫調節剤
放射線療法は１つ以上の免疫調節剤と組み合わせて施され得る。併用療法は、単独療法としてどちらかの処置を施す場合に比べて増加した抗腫瘍応答（望ましい臨床的奏効）をもたらすことができる。いくつかの事例では、免疫調節剤は、抑制性チェックポイント分子に対する阻害剤、刺激性チェックポイント分子の活性化剤、ケモカイン阻害剤、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）の阻害剤、成長因子、サイトカイン、インターロイキン、インターフェロン、免疫系細胞に結合する抗体、例えばＴ細胞と腫瘍抗原とに結合する二重特異性抗体、細胞性免疫調節剤、例えばＣＡＲ−Ｔ細胞、ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択され得る。
【００８１】
免疫調節剤は、抗原提示細胞及びＴ細胞などの免疫系細胞の表面に発現した分子に結合する、低分子及び生物製剤療法（例えば、抗体、その断片及びその誘導体）を含み得る。免疫調節剤は、免疫系を抑制または刺激する低分子も含み得る。いくつかの事例では、免疫調節剤は、ＣＤ２７＋免疫細胞を刺激するかまたは、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＢＴＬＡ、Ａ２ａＲ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ１６０、ＣＤ２４４（２Ｂ４）、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＬＡＧ−３、ＶＩＳＴＡ、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ１、ＴＩＭ２、ＴＩＭ３、ＴＩＭ４、ＫＩＲ及びそれらのリガンドなどを含めた１つ以上の抑制性チェックポイント分子（複数可）を阻害する。免疫チェックポイント経路及びシグナル伝達分子は、例えば、Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ，２０１２，１２：２５２−２６４、及びＭｅｌｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，４８０：４８０−４８９に記載されている。
【００８２】
抑制性チェックポイント分子の阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＢＴＬＡ、Ａ２ａＲ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、Ｂ７−Ｈ６、ＣＤ４７、ＣＤ４８、ＣＤ１６０、ＣＤ２４４（２Ｂ４）、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＩＬＴ−２、ＩＬＴ−４、ＬＡＧ−３、ＶＩＳＴＡ、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ−Ｂ、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ１、ＴＩＭ２、ＴＩＭ３、ＴＩＭ４、ＫＩＲ及びそれらのリガンドに特異的に結合するかまたはそれを認識する抗体またはその断片であり得る。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブ、トレメリムマブなどといったものからなる群から選択される。低分子免疫調節剤の１つの非限定的な例は、酵素インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫調節剤はＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２またはＣＴＬＡ−４の阻害剤である。
【００８３】
いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、ランブロリズマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２４４、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＰＤＬ３２８ＯＡ、ＭＩＨ１、ＩＢＩ−３０８、ｍＤＸ−４００、ＢＧＢ−１０８、ＭＥＤＩ−０６８０、ＳＨＲ−１２１０、ＰＦ−０６８０１５９１、ＰＤＲ−００１、ＧＢ−２２６、ＳＴＩ−１１１０、それらのバイオ後続品、それらのバイオベター、及びそれらの生物学的等価体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１阻害剤は、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、ＢＭＳ−９３６５５９、ＡＬＮ−ＰＤＬ、ＴＳＲ−０４２、ＫＤ−０３３、ＣＡ−１７０、ＳＴＩ−１０１４、ＫＹ−１００３、それらのバイオ後続品、それらのバイオベター、及びそれらの生物学的等価体からなる群から選択される。
【００８４】
いくつかの実施形態では、刺激性チェックポイント分子の活性化剤は、低分子、抗体またはその断片、ポリペプチド系活性化剤、ポリヌクレオチド系活性化剤（すなわち、アプタマー）、アゴニスト、アゴニスト抗体またはその断片などである。刺激性チェックポイント分子は、Ｂ７−１（ＣＤ８０）、Ｂ７−２（ＣＤ８６）、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ−４０（ＣＤ１３４）、ＨＶＥＭ、誘導性共刺激分子（ＩＣＯＳ）、グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子受容体（ＧＩＴＲ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びそれらのリガンドであり得る。
【００８５】
いくつかの実施形態では、ケモカイン阻害剤を免疫調節剤として投与する。ケモカイン阻害剤は、ケモカイン（またはその受容体）に特異的に結合してその活性を阻害する、低分子、または抗体もしくはその断片であり得る。いくつかの実施形態では、ケモカインは、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ７、ＣＣＬ８、ＣＣＬ１１、ＣＣＬ１２、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１４、ＣＣＬ１５、ＣＣＬ１６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２６、ＣＣＬ２７、ＣＣＬ２８、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＸＣＬ４、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ６、ＣＸＣＬ７、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３、ＣＸＣＬ１４、ＣＸＣＬ５、及びＣＸＣＬ１６、またはがんに関連する他の任意のケモカイン、例えば腫瘍微小環境中へ白血球を移動させる（例えば、腫瘍への白血球浸潤を制御する）ものからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ケモカイン阻害剤は、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ，４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６、及びＣＸＣＲ７からなる群から選択されるケモカイン受容体に結合する。
【００８６】
免疫調節剤のさらなる例としては、限定されないが、抗ＴＩＭ４抗体、抗ＭＦＧ−Ｅ８抗体、抗Ｍ１９９抗体、それらの任意の組み合わせなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、免疫系の初回刺激及び活性化に関与する薬剤（抗体または低分子）を含み、ＣＴＬＡ４、Ｂ７（Ｂ７−１またはＢ７−２）、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ２もしくはＰＤ−１を標的とする薬剤、またはＣＴＬＡ４とＢ７−１／Ｂ７−２との結合相互作用もしくはＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ２との結合相互作用を標的とする薬剤を含む。ＣＴＬＡ４、Ｂ７（Ｂ７−１またはＢ７−２）、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ２及びＰＤ−１を標的とする薬剤は、これらの分子に特異的に結合する抗体、例えばモノクローナル抗体を含む。いくつかの実施形態では、薬剤は、ＬＡＧ３、ＴＩＭ１、ＴＩＭ３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＩＬ−１０またはホスファチジルセリンに特異的に結合する抗体である。
【００８７】
本明細書に記載の免疫調節剤は、治療的有効用量で投与され得る。治療的有効用量は、投与される免疫調節剤の種類に基づいて当業者によって決定され得る。当技術分野において記述がなされている投薬量、投与経路及び投与スケジュールを用いることができる。代表的な用量は、Ｍｅｒｃｋ  Ｍａｎｕａｌ  Ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎで見出すことができる（ｍｅｒｃｋｍａｎｕａｌｓ．ｃｏｍ／ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌでインターネットを参照のこと）。
【００８８】
さらに、動物に投与される免疫調節剤の用量を体表面積（ＢＳＡ）規格化法に基づくヒトへの等価用量（ｍｇ／ｍ２で表される）に換算することができる（例えば、参照により本明細書に援用される、Ｒｅａｇａｎ−Ｓｈａｗ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，“Ｄｏｓｅ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ  ｆｒｏｍ  ａｎｉｍａｌ  ｔｏ  ｈｕｍａｎ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｒｅｖｉｓｉｔｅｄ，”ＦＡＳＥＢ  Ｊ．２２，６５９−６６１（２００７）、及び“Ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ  ―  Ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｍａｘｉｍｕｍ  Ｓａｆｅ  Ｓｔａｒｔｉｎｇ  Ｄｏｓｅ  ｉｎ  Ｉｎｉｔｉａｌ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｔｒｉａｌｓ  ｆｏｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ｉｎ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｅａｌｔｈｙ  Ｖｏｌｕｎｔｅｅｒｓ，”  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＣＤＥＲ），Ｊｕｌｙ  ２００５，Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙを参照のこと）。例えば、ＢＳＡに基づくヒト等価用量（ＨＥＤ）は以下の式Ｉによって算出することができる。
【００８９】
Ｉ．  ＨＥＤ＝ｍｇ／ｋｇ表示の動物用量×（ｋｇ表示の動物体重／ｋｇ表示のヒト体重）０．３３
【００９０】
あるいは、ＨＥＤを以下の式ＩＩによって決定することができる。
【００９１】
ＩＩ．  ＨＥＤ（ｍｇ／ｋｇ）＝動物用量（ｍｇ／ｋｇ）×（動物Ｋｍ／ヒトＫｍ）
【００９２】
Ｋｍ係数は、以下の表（Ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ，Ｉｄ．を参照のこと）に基づいて決定される。
【００９３】
表１：体表面積に基づく動物用量のヒト等価用量への換算
2019519548.tif 000003
６０ｋｇのヒトを想定。
【００９４】
したがって、マウスでの５ｍｇ／ｋｇ用量は６０ｋｇのヒトでの０．４ｍｇ／ｋｇ用量と等価である。６０ｋｇのヒトでの０．４ｍｇ／ｍｌ用量は１４．８ｍｇ／ｍ２の用量と等価である。
【００９５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の免疫調節剤は、がんまたは腫瘍を処置するのに有効な期間にわたって治療的有効量で投与される。本明細書に記載の免疫調節剤の有効量は、当業者によって決定されることができ、免疫調節剤の哺乳動物用の投薬量として約０．５〜約２００ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜約１５０ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜１００ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜約７５ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．０５〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約１〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約１〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約２０ｍｇ／ｋｇ体重、約１０ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、約２．５ｍｇ／ｋｇ、約１．０ｍｇ／ｋｇ、もしくは約０．５ｍｇ／ｋｇ体重、またはそれらに含まれる導出可能な任意の範囲を含む。いくつかの実施形態では、免疫調節剤の投薬量は約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、免疫調節剤の投薬量は約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、または約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約２．５ｍｇ／ｋｇ体重である。本明細書に記載の組成物は、単回用量として、または個々の分割用量の形態で、例えば、１日あたり１〜４回、または２日ごと、３日ごと、４日ごと、５日ごと、６日ごと、または毎月、投与され得る。本明細書に記載の組成物はまた、様々な処置サイクル、例えば２、３、４、５、６、７、８、９、１０処置サイクルにわたって投与され得る。処置サイクルは、処置するがんに応じて異なる長さの時間であってもよく、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０週間の処置サイクルあっていてもよい。さらに、本明細書に記載の免疫調節剤の有効量は、医師及び臨床医に知られている方法によって前臨床試験中及び臨床試験中に決定され得る。
【００９６】
ＩＩＩ．実施例
以下の実施例は、特許請求の範囲に記載の本発明を限定するためではなく例示するために提供される。
【００９７】
実施例１：放射線療法の奏効を予測するバイオマーカーの同定及び使用。
１つ以上のバイオマーカーの発現レベルに基づく放射線感受性指数を使用して放射線に対するがん患者の感受性を予測することができる。ゲノムバイオマーカー及び他の腫瘍微小環境の指標も、患者における放射線療法の奏効を予測するために使用することができる。さらに、分子標的に基づくバイオマーカー、例えばＣＤ４４及びＴＧＦβは腫瘍応答を予測し得る。
【００９８】
ＣＤ４４レベルは、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有する患者における放射線療法の後の局所腫瘍再発を予測できることが示された。試験では、１３３名の患者が体幹部定位放射線療法（ＳＢＲＴ）（１２Ｇｙ×４）または従来の分割放射線（６０〜７０Ｇｙ）で処置された（図１）（例えば、Ｋｕｍａｒ，Ｓ．，ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  ｉｎ  Ｎｏｎ−Ｓｍａｌｌ  Ｃｅｌｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｔｒｅａｔｅｄ  Ｗｉｔｈ  Ｒａｄｉａｔｉｏｎ  Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｌｏｃａｌｌｙ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｎｏｎ−Ｓｍａｌｌ  Ｃｅｌｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ，”Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｒａｄｉａｔｉｏｎ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ*Ｂｉｏｌｏｇｙ*Ｐｈｙｓｉｃｓ，Ｖｏｌｕｍｅ  ９０，Ｉｓｓｕｅ  ５，Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ，１５  Ｎｏｖｅｍｂｅｒ  ２０１４，Ｐａｇｅｓ  Ｓ２５−Ｓ２６を参照のこと）。腫瘍試料を患者から得て、ＣＤ４４、ＭＦＧ−Ｅ８及びＣＤ６８を含めた特異的バイオマーカーで染色した。バイオマーカー発現の分析から、ＣＤ４４は放射線療法の奏効を予測するためにバイオマーカーとして使用されることができることが明らかになった。
【００９９】
ＣＤ４４は、ヒアルロナンの受容体であり、侵攻性腫瘍表現型との関連がある（図２）（Ｔｈａｐａ  Ｒ，Ｗｉｌｓｏｎ  ＧＤ：Ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌｓ  Ｉｎｔ（２０１６）を参照のこと）。それは、がん始原細胞（ＣＩＣ）上に発現し、ＴＧＦβ活性化に関与する。ＣＤ４４は放射線耐性との関連がある。
【０１００】
この試験では、比率スコア及び強度スコアを特徴とし、０〜８の合計スコアを与えるＡｌｌｒｅｄスコア化方式に従って、ＣＤ４４タンパク質レベルを定量した（図３Ａ）。図３Ｂは、腫瘍試料のＣＤ４４及びＭＦＧ−Ｅ８によるＩＨＣ染色を示す。ＣＤ４４の高発現及びＭＦＧ−Ｅ８の低発現は、局所腫瘍制御の失敗を予測した。ＣＤ６８の高発現は、放射線療法による生存率の恩恵の減少に関連していた。
【０１０１】
データは、腫瘍微小環境が放射線療法に対する腫瘍応答における役割を果たし得ることを示唆している。かくして、この微小環境のバイオマーカーは臨床的奏効を予測し得る。
【０１０２】
ＴＧＦβは、正常組織の恒常性において重要である多面的なサイトカインであり、炎症及び免疫応答を調節し、増殖及び分化を制御する。図４で示されるように、ＴＧＦβが電離放射線の奏効において肝要な役割を果たすことが実質的に立証されている。ＴＧＦβは、照射組織において活性化され、放射線誘導線維症の発症において役割を果たす。ＮＳＣＬＣ亜型におけるＴＧＦβ活性は放射線の臨床的奏効と相関することが示された。図５Ａは、ＴＧＦβ及びホスホ−ＳＭＡＤ２（ＴＧＦβの下流シグナル伝達分子）によって染色された腺腫（ＡＤ）及び小細胞肺癌腫（ＳＣＣ）ヒト腫瘍の代表的画像を提供する。図５Ｂ及び５Ｃは、腺腫腫瘍がＳＣＣ腫瘍よりも高いレベルでＴＧＦβを発現することを示す。（Ｄｕ  Ｓ，Ｑｕｙａｎｇ  Ｈ，Ｐｅｌｌｉｃｃｉｏｔｔａ  Ｉ，Ｂｅｈｅｓｈｔｉ  Ａ，Ｌｏ  ＣＨ，Ｐａｒｒｙ  Ｒ，ａｎｄ  Ｂａｒｃｅｌｌｏｓ−Ｈｏｆｆ  ＭＨ（２０１６）を参照のこと）。
【０１０３】
ゲノムバイオマーカー、免疫細胞マーカー、腫瘍細胞マーカー、血中循環マーカー、幹細胞マーカーなどバイオマーカーは、放射線療法に対する腫瘍の応答または感度を予測するのに有用となり得る。かくして、これらのバイオマーカーは、放射線非応答性または応答性の細胞において発現し得、放射線療法の臨床的奏効またはその欠如の指標となり得る。
【０１０４】
実施例２：免疫調節剤と放射線とを含む併用処置は単独療法に比べて腫瘍成長の阻害を強化し得る。
この試験では、雌のＢ５７／ＢＬ６マウス（ｎ＝５）にＭＣ３８結腸癌腫の腫瘍片（２×２ｍｍ）を移植した。移植後８日目に腫瘍をガンマ放射線（２Ｇｙ）に曝露した。さらに、移植後９日目及び１１日目に抗ＴＩＭ４抗体、抗ＭＦＧ−Ｅ８抗体及び抗Ｍ１９９抗体などの免疫調節剤をマウスに投与した。２ｍｇ／ｋｇの抗体を各マウスに注射した。腫瘍体積を３つの直交軸（ｘ、ｙ、ｚ）に沿って測定し、腫瘍体積を算出した。
【０１０５】
図６は、放射線と抗ＴＩＭ４抗体との併用療法が放射線療法単独または抗ＴＩＭ４抗体単独での場合に比べて腫瘍成長を少なくしたことを示す。さらに、放射線と抗Ｍ１９９抗体との併用療法も、抗Ｍ１９９抗体単独療法に比べて少なくなった腫瘍成長を示す。同様に、放射線と組み合わされた抗ＭＦＧ−Ｅ８抗体療法は、単独療法に比べて腫瘍成長阻害を強化した。結果は、併用療法を施されたがんの免疫適格性動物モデルにおける腫瘍成長阻害を示している。
【０１０６】
相対腫瘍体積を評定したところ、放射線と、抗ＴＩＭ４抗体、抗ＭＦＧ−Ｅ８抗体または抗Ｍ１９９抗体のいずれかとを含む併用療法は、免疫調節剤単独での処置に比べて腫瘍成長の阻害強化を示した（図７）。データは、免疫調節剤療法と組み合わせた放射線が放射線療法単独に比べて抗腫瘍応答を増大させることができることを示している。
【０１０７】
実施例３：ヒト腫瘍試料におけるＴＩＭ−４及びＭＦＧＥ−８タンパク質発現レベル
材料及び方法：ホルマリン固定されパラフィン包埋された組織切片を脱パラフィンし、その後、ＴＩＭ−４かＭＦＧＥ−８かのどちらかを標的とする抗体で染色した。染色は、２つの抗原回復方法を用いて実施した：ＴＩＭ−４―標的回復液（Ｄａｋｏ）、クエン酸緩衝液ｐＨ６．１  ９７℃で２０分間；ＭＦＧＥ−８―標的回復液（Ｄａｋｏ）、Ｔｒｉｓ  ＥＤＴＡ  ｐＨ９．０  ９７℃で２０分間。Ｄａｋｏ  Ｅｎｖｉｓｉｏｎ  Ｆｌｅｘキットを使用して組織切片を染色した。手短に述べると、ペルオキシダーゼ遮断試薬で１０分間、内在性過酸化物を遮断した。マウス腫瘍組織については、スライドをペルオキシダーゼ遮断用緩衝液と共に１時間インキュベートした。マウス腫瘍組織スライドを洗浄用緩衝液で濯ぎ、その後、Ｆｃ受容体遮断剤と共に３０分間インキュベートした。さらに、ｍｏｕｓｅ  ｄｅｔｅｃｔｉｖｅ（Ｂｉｏｃａｒｅ）を使用してマウス組織切片を３０分間インキュベートした。ＴＩＭ−４かＭＦＧＥ−８かのどちらかを標的とする一次抗体と共に組織切片を、ヒト組織の場合には室温で３０分間、マウス組織の場合には４℃で一晩、インキュベートした。マウスモノクローナル抗体ＭＦＧ−Ｅ８（ヒトの場合には１／５００；Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ）及びウサギポリクローナルＴＩＭ−４（ヒトの場合には１／５００、マウスの場合には１／４００；Ａｂｃａｍ）を使用した。非特異的染色を除外するためにアイソタイプ対照及び陰性対照を各々の一次抗体と並行して使用した。組織を適切なマウス、ウサギまたはマウスリンカーと共に１０分間インキュベートし、洗浄し、その後、Ｄａｋｏ  ＥｎｖｉｓｉｏｎＴＭ＋Ｄｕａｌ  Ｌｉｎｋシステム西洋ワサビペルオキシダーゼ（マウス及びウサギ）において３０分間インキュベートした。ＤＡＢ色原体ミックスを使用して組織切片を１０分間染色し、後にヘマトキシリンで対比染色して核を可視化した。
【０１０８】
ＩＨＣ発現の定量：各タンパク質マーカーの発現をその強度及び比率により、以下に示す方法に従って評価した：手短に述べると、０＝陰性、１＝弱、２＝中及び３＝強として強度（略して「Ｉｎｔ」）を０〜３にスコア化する。比率（略して「Ｐｒｏｐ」）については、０から５までをそれぞれ０、１〜１０、２１〜５０、５１〜８０、８１〜１００％に対応させて０〜４にスコア化する。合計スコア（略して「Ｔｏｔ」）は強度と比率との積であり、０〜１２の値を有する。
【０１０９】
結果：ヒトの肺腫瘍、結腸腫瘍、前立腺腫瘍及び乳房腫瘍ならびに、ＭＣ−３８腫瘍保有Ｃ５７／ＢＬ６モデルを含めた腫瘍保有同系マウスモデルにおいて、ＴＩＭ−４発現が検出された（図８Ａ〜８Ｅ）。
【０１１０】
さらに、腫瘍組織マイクロアレイ（ＢＣ０４１１１４、ＬＵＣ４８１、Ｂｉｏｍａｘ、Ｉｎｃ．）でＴＩＭ−４の発現レベルを評定した。合計１０６症例のヒト肺腫瘍においてＴＩＭ−４発現を評定した。９０症例の肺腫瘍（ＢＣ０４１１１４）のうち１０症例は強い染色を示し、５０症例は中程度の染色を示し、３０症例は弱い染色を示した。１６症例のヒト肺腫瘍（ＬＵＣ４８１）のうち４症例の肺腫瘍は中程度の染色を示し、１２症例は弱い染色を示した。ヒト多臓器腫瘍マイクロアレイ（ＴＭＡ２００１、Ｂｉｏｍａｘ  Ｉｎｃ．）においてもＴＩＭ−４発現を評定した。
【０１１１】
ＭＦＧＥ−８発現は、ヒト多臓器腫瘍マイクロアレイ（ＴＭＡ２００１、Ｂｉｏｍａｘ  Ｉｎｃ．）において評定され、肺、結腸、前立腺及び乳房の腫瘍を含めた多くの腫瘍において検出された（図９Ａ〜８Ｄ）。
【０１１２】
実施例４：免疫調節剤と放射線とを含む併用処置は単独療法に比べて腫瘍成長を阻害することができる。
腫瘍保有動物（ＭＣ−３８保有Ｃ５７／ＢＬ６マウス）を、抗ＴＩＭ−４抗体単独（図１０Ａ）か、または放射線と組み合わせた抗ＴＩＭ−４（図１０Ｂ）かのどちらかで処置した。図１０Ａは、ＭＣ−３８癌腫保有マウスを１７日目、１９日目、２１日目、２３日目に抗ＴＩＭ４抗体（２ｍｇ／ｋｇ）で処置したことを示す。個々のマウス（Ｃ１〜Ｃ５）の腫瘍体積を処置過程にわたって追跡評価した。図１０Ｂは、ＭＣ−３８癌腫保有マウスを１６日目に放射線（２Ｇｙ）で処置し、続いて１７日目、１９日目、２１日目、２３日目に抗ＴＩＭ４抗体（２ｍｇ／ｋｇ）を投与したことを示す。個々のマウス（Ｄ１〜Ｄ５）の腫瘍体積を処置過程にわたって追跡評価した。腫瘍成長を５０日目まで追跡評価した。いくつかの事例では、図１０Ｂに一例として示されているように、初期腫瘍体積が増加した後に腫瘍は退縮した。
【０１１３】
この実施例は、免疫調節剤と組み合わせた放射線による腫瘍の処置が免疫調節剤療法単独での場合に比べて抗腫瘍応答を増大させることができることを示すさらなるデータを提供する。
【０１１４】
本明細書に記載の実施例及び実施形態は例示目的で示されているに過ぎず、それに鑑みた様々な改変または変化は、当業者に対して示唆されることになり、本願の趣旨及び範囲ならびに別記の請求項の範囲の内に含まれることになる、ということが理解される。本明細書中で引用される全ての刊行物、特許、特許出願及び配列受託番号は、参照によりそれらの全体がこれによりあらゆる目的のために援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図８Ｄ】
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【図８Ｅ】
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【図８Ｆ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【国際調査報告】
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