(57)【要約】  本明細書に提供されるのは、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）に対する治療の効能を決定し、患者におけるＰＫＤを診断し、患者におけるＰＫＤの病期を決定し、患者におけるＰＫＤをモニタリングする方法である。これらの方法は、ＡＭＢＰの単一または複数のレベルを決定することを含む。また提供されるのは、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、およびＰＫＤの追加マーカーに特異的に結合する少なくとも１つの抗体を含むキットである。
2019502902.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）治療の効能を決定する方法であって：
（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
（ｂ）第１の試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程と；
（ｃ）患者にＰＫＤ治療を施行する工程と；
（ｄ）工程（ｃ）後、患者由来の体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程と；
（ｅ）第２の試料中のレベルが第１の試料中のレベルより低ければ、施行された治療を有効と同定する工程と
を含む前記方法。
【請求項２】
ＰＫＤ患者は常染色体優性ＰＫＤを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＰＫＤ患者は常染色体劣性ＰＫＤを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
第１および第２の試料は尿を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ＰＫＤ治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ＧＣＳ阻害剤は：
（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；
４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；および
カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステル
からなる群から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
（ｆ）治療が有効と同定されれば、ＧＣＳ阻害剤の追加用量を患者に投与する工程をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
ＧＣＳ阻害剤の追加用量は、
（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；
４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド； 
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；または
カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
ＰＫＤ治療はＣＤＫ阻害剤を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
ＣＤＫ阻害剤はＲ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
（ｆ）治療が有効と同定されれば、ＣＤＫ阻害剤の追加用量を患者に投与する工程をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
ＣＤＫ阻害剤の追加用量はＲ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８を含む、請求項１１の方法。
【請求項１３】
（ｂ）および（ｄ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
（ｂ）および（ｄ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）の病期を決定する方法であって：
（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液を含む試料を提供する工程と；
（ｂ）α−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）試料中のレベルを決定する工程と；
（ｃ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程と
を含む前記方法。
【請求項１６】
ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
試料は尿を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
（ｄ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
（ｄ）（ｃ）後、患者において１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する工程をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することをさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）の病期を決定する方法であって：
（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の腎臓組織を含む試料を提供する工程と；
（ｂ）試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）レベルを決定する工程と；
（ｃ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程と
を含む、前記方法。
【請求項２４】
ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
（ｄ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
（ｄ）（ｃ）後、患者において１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する工程をさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断する方法であって：
（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液を含む試料を提供する工程と；
（ｂ）試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程と；
（ｃ）対照レベルと比較して該レベルが上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定する工程と
を含む前記方法。
【請求項３１】
ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
試料は尿を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
（ｄ）患者にＰＫＤ治療を施行する工程をさらに含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
ＰＫＤ治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
ＧＣＳ阻害剤は、
（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；
４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；および
カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルからなる群から選択される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
ＰＫＤ治療はＣＤＫ阻害剤を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
ＣＤＫ阻害剤はＲ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
（ｄ）患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程をさらに含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４０】
対照レベルは、閾値レベルまたは健康な被験者もしくは健康な被験者の集団におけるレベルである、請求項３０に記載の方法。
【請求項４１】
（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４２】
（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断する方法であって：
（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の腎臓組織を含む試料を提供する工程と；（ｂ）試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程と；
（ｃ）対照レベルと比較して該レベルが上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定する工程と
を含む前記方法。
【請求項４４】
ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
（ｄ）患者にＰＫＤ治療を施行する工程をさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
ＰＫＤ治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ＧＣＳ阻害剤は：
（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；
４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；
キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；および
カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルからなる群から選択される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
ＰＫＤ治療はＣＤＫ阻害剤を含む、請求項４６に記載の方法
【請求項５０】
ＣＤＫ阻害剤はＲ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
（ｄ）患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程をさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項５２】
対照レベルは、閾値レベルまたは健康な被験者もしくは健康な被験者の集団におけるレベルである、請求項４３に記載の方法。
【請求項５３】
（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項５４】
（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）患者をモニタリングする方法であって：
（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
（ｂ）第１の試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程と；
（ｃ）工程（ｂ）後、患者由来の体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程と；
（ｄ）第２の試料中のレベルが第１の試料中のレベルより高くなければ、ＰＫＤは改善しているまたは変化がないと患者を同定する工程と
を含む前記方法。
【請求項５６】
ＰＫＤ患者は常染色体優性ＰＫＤを有する、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
ＰＫＤ患者は常染色体劣性ＰＫＤを有する、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
第１および第２の試料は尿を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
（ｅ）ＰＫＤが改善しているまたは変化がないと同定された患者に、同じ治療を施行する工程をさらに含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
（ｂ）および（ｃ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項６１】
（ｂ）および（ｃ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
α−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）タンパク質に特異的に結合する抗体；および
多発性嚢胞腎の追加のタンパク質マーカーに特異的に結合する抗体：
から本質的に成るキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年１１月１８日に出願された米国仮特許出願第６２／２５７，０８９号の優先権を主張するものであり、この出願の内容全体は参照によって本明細書に組み入れられる。
【０００２】
本発明は、分子医学および分子生物学の方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）は、患者の腎臓に液体の詰まった上皮嚢胞が時間と共に形成されることを特徴とする、よく見られる遺伝性障害である（非特許文献１）。ＰＫＤ患者の嚢胞は、数十年にわたって大きさおよび数が増加し、隣接する腎実質を圧排および破壊し、最終的に患者に末期の腎臓疾患をもたらす（非特許文献２）。分化および極性の喪失に加えて、増殖およびアポトーシスの増加を含む複数の機序がＰＫＤに寄与することが示されている（非特許文献３）。多くの末期ＰＫＤ患者は、腎不全を軽減するのに移植または血液透析に頼っている（非特許文献１；上記参照）。
【０００４】
２種類のＰＫＤ：常染色体優性ＰＫＤ（ＡＤＰＫＤ）および常染色体劣性ＰＫＤ（ＡＲＰＫＤ）がある。２００６年に、米国では約５００，０００人がＰＫＤを有すると診断され、ＡＤＰＫＤは５００から１，０００人中約１人に発症し、ＡＲＰＫＤは２０，０００から４０，０００人中約１人に発症した。ＡＤＰＫＤは腎臓の最もよく見られる遺伝性障害であり、米国における末期腎臓疾患患者の約５％を占める（非特許文献４）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ｐａｒｋら、ＢＭＢ  Ｒｅｐｏｒｔｓ４４：３５９〜３６８頁、２０１１
【非特許文献２】Ｃｈａｐｉｎら、Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１９１：７０１〜７１０頁、２０１０
【非特許文献３】Ｂｅｌｉｂｉら、Ｅｘｐｅｒｔ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ  １９：３１５〜３２８頁、２０１０
【非特許文献４】Ｐｅｉら、Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｎｉｃ  Ｋｉｄｎｅｙ  Ｄｉｓ．１７：１４０〜１５２頁、２０１０
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明は、α−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルは、ＰＫＤを有する患者由来の体液（例えば、尿試料）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料において上昇し、より初期のＰＫＤを有する患者のレベルと比較してより後期のＰＫＤを有する患者由来の体液（例えば、尿試料）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料において増加し、治療効果のあるＰＫＤ治療を施行されたＰＫＤ被験者由来の体液（例えば、尿試料）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料において減少するという発見に少なくとも部分的に基づく。この発見を考慮し、本明細書において、ＡＭＢＰのレベルを決定することを含む、患者におけるＰＫＤ治療の効能を決定する方法、患者におけるＰＫＤを診断する方法、患者におけるＰＫＤを病期診断する方法、および患者におけるＰＫＤをモニタリングする方法が提供される。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本明細書に提供されるのは：（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程；（ｃ）患者にＰＫＤ治療を施行する工程；（ｄ）工程（ｃ）後、患者由来の体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；および（ｅ）第２の試料中のレベルが第１の試料中のレベルより低ければ、施行された治療を有効と同定する工程を含む、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）に対する治療の効能を決定する方法である。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ患者は常染色体優性ＰＫＤを有する。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ患者は常染色体劣性ＰＫＤを有する。これらの方法のいくつかの実施形態において、第１および第２の試料は、尿を含む。
【０００８】
これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；およびカルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルの群から選択される。
【０００９】
これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｆ）治療が有効と同定されれば、ＧＣＳ阻害剤の追加用量を患者に投与する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、追加用量のＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；またはカルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルが挙げられる。
【００１０】
これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ治療は、ＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｒ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８）を含む。これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｆ）治療が有効と同定されれば、ＣＤＫ阻害剤の追加用量を患者に投与する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＣＤＫ阻害剤の追加用量は、Ｒ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８を含む。
【００１１】
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｄ）におけるＡＭＢＰのレベルを決定することは、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｄ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
【００１２】
また本明細書に提供されるのは：（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程；および（ｃ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程を含む、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）の病期を決定する方法である。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである。これらの方法のいくつかの実施形態において、試料は尿を含む。
【００１３】
これらの方法のいくつかの実施形態は、（ｄ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｄ）（ｃ）後、患者において１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する工程をさらに含む。
【００１４】
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
【００１５】
また提供されるのは：（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の腎臓組織を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程；および（ｃ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程を含む、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）の病期を決定する方法である。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである。
【００１６】
これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｄ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｄ）（ｃ）後、患者において１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する工程をさらに含む。
【００１７】
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
【００１８】
また提供されるのは：（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程；および（ｃ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定する工程を含む、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断する方法である。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである。これらの方法のいずれかのいくつかの実施形態において、試料は尿を含む。
【００１９】
これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｄ）患者にＰＫＤ治療を施行する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；およびカルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルの群から選択される。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ治療は、ＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｒ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８）を含む。
【００２０】
これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｄ）患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、対照レベルは、閾値レベルまたは健康な被験者もしくは健康な被験者の集団におけるレベルである。
【００２１】
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
【００２２】
また本明細書に提供されるのは：（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の腎臓組織を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程；および（ｃ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定する工程を含む、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断する方法である。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体優性ＰＫＤである。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤは常染色体劣性ＰＫＤである。
【００２３】
これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｄ）患者にＰＫＤ治療を施行する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；キヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；およびカルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルの群から選択される。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ治療は、ＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｒ−ロスコビチンまたはＳ−ＣＲ８）を含む。
【００２４】
これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｄ）患者において１つまたは両方の腎臓を撮像することをさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、対照レベルは、閾値レベルまたは健康な被験者もしくは健康な被験者の集団におけるレベルである。
【００２５】
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
【００２６】
また本明細書に提供されるのは：（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料中のα−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）のレベルを決定する工程；（ｃ）工程（ｂ）後、患者由来の体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；および（ｄ）第２の試料中のレベルが第１の試料中のレベルより高くなければ、ＰＫＤが改善しているまたは変化がないと患者を同定する工程を含む、多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）患者をモニタリングする方法である。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ患者は常染色体優性ＰＫＤを有する。これらの方法のいくつかの実施形態において、ＰＫＤ患者は常染色体劣性ＰＫＤを有する。これらの方法のいくつかの実施形態において、第１および第２の試料は尿を含む。
【００２７】
これらの方法のいくつかの実施形態は：（ｅ）ＰＫＤが改善しているまたは変化がないと同定された患者に、同じ治療を施行する工程をさらに含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｃ）におけるＡＭＢＰのレベルの決定は、ＡＭＢＰタンパク質のレベルを決定することを含む。これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｃ）は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
【００２８】
また提供されるのは：α−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）タンパク質に特異的に結合する抗体；および多発性嚢胞腎の追加のタンパク質マーカーに特異的に結合する抗体を含む、該抗体からなる、または該抗体から本質的に成るキットである。
【００２９】
本明細書で使用されるとき、名詞の前の語「１つの（ａ）」は１つまたはそれ以上の特定の名詞を表す。例えば、語句「マーカー（ａ  ｍａｒｋｅｒ）」は、「１つまたはそれ以上のマーカー」を表す。
【００３０】
用語「患者」は、マウス、ウサギ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ウマ（例えば、競馬馬）、および高等霊長類のようなヒト、家畜（ｄｏｍｅｓｔｉｃ、ｆａｒｍ  ａｎｉｍａｌｓ）、および動物園動物、競技用動物または愛玩動物を含むあらゆる種類の哺乳類を含む脊椎動物を意味する。好ましい実施形態において、患者はヒトである。
【００３１】
用語「体液」は、哺乳動物患者から得られる任意の液体（例えば、血液、血漿、血清、または他の血液分画、リンパ液、尿、脳脊髄液、腹水、唾液、母乳、涙、膣分泌物、羊水、洗浄液、精液、腺分泌物、滲出液、および嚢胞または糞便の内容物）を意味する。好ましい実施形態において、体液は尿、血液、血清、または血漿である。
【００３２】
特に定義されない限り、本明細書に使用される全ての専門用語および科学用語は、本発明が属する当業者により通常理解されるのと同じ意味を有する。方法および材料は、本発明で使用するために本明細書に記載されている；当技術分野で公知の他の適切な方法および材料も使用することができる。材料、方法、および例は例示のみであり、限定することを意図するものではない。本明細書に言及される全ての刊行物、特許出願、特許、配列、データベース登録、および他の参考文献は、参照によりその全体が組み入れられる。矛盾する場合、定義を含む本明細書が支配する。
【００３３】
本発明の他の特徴および利点は、以下の発明を実施するための形態および図、ならびに特許請求の範囲から明らかとなろう。
【図面の簡単な説明】
【００３４】
【図１】２名の健康な患者由来の尿中ＡＭＢＰタンパク質のレベル（左の３つのレーン；正常）、および２５６ｍＬから１９７２ｍＬの総腎容積を有するＡＤＰＫＤ患者由来の尿中ＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【図２】患者の総腎容積（ＴＫＶ）の関数としての、健康な患者（白丸；正常）およびＡＤＰＫＤを有する患者（黒丸）の両方における尿中ＡＭＢＰタンパク質の定量レベル（図１の免疫ブロットから定量）を示すグラフである。
【図３】健康な患者（Ｎ；正常）および３名のＡＤＰＫＤを有する患者（Ｐ１、Ｐ２、およびＰ３）由来の腎臓溶解物中のＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【図４】健康な患者（正常な患者）（左のパネル）およびＡＤＰＫＤを有する患者（右のパネル）由来の腎臓組織の免疫蛍光顕微鏡写真である。ＡＭＢＰタンパク質が示され、近位尿細管（ＰＴ）（矢印によって示されている）に局在化し、ＰＴのマーカーであるリポタンパク質リパーゼ（ＬＴＬ）、およびＤＮＡ染色剤である４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）が示されている。
【図５】野生型（ＷＴ）マウスと比較した、６４日齢ｊｃｋマウス由来の腎臓におけるＡＭＢＰ  ｍＲＮＡの倍数発現レベルを示すグラフである。６４日齢ｊｃｋマウスおよびＷＴマウス由来の腎臓におけるＡＭＢＰ  ｍＲＮＡの発現は、ＲＴ−ＰＣＲを用いて決定された。
【図６】野生型（ＷＴ）対照マウスならびに生後２６、５０、および６４日目のｊｃｋマウス由来の腎臓溶解物中のＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【図７】野生型（ＷＴ）対照マウスならびに生後２６、５０、および６４日目のｊｃｋマウス由来の腎臓溶解物中のＡＭＢＰタンパク質の定量レベルを示すグラフである（図６の免疫ブロットから定量）。
【図８】野生型対照マウス（上段左のパネル）ならびに生後２６、５０、および６４日目のｊｃｋマウス（それぞれ、上段右、下段左、および下段右）由来の腎臓組織の免疫蛍光顕微鏡写真である。ＡＭＢＰタンパク質、ＬＴＬ、およびＤＡＰＩが示されている。
【図９】野生型マウスならびに生後２６日目、３３日目、４１日目、４８日目、および６４日目のｊｃｋマウスから採取された尿中ＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【図１０】野生型マウスならびに生後２６日目、３３日目、４１日目、４８日目、および６４日目のｊｃｋマウスから採取された尿中ＡＭＢＰタンパク質の定量レベルを示すグラフである（図９の免疫ブロットから定量）。
【図１１】野生型（対照）マウスならびに生後２６日目および６４日目のＰｋｄ１  ｃＫＯマウス由来の腎臓溶解物中のＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【図１２】野生型（対照）マウス（左のパネル）、生後２６日目のＰｋｄ１  ｃＫＯマウス、および生後６４日目のＰｋｄ１  ｃＫＯマウスの腎臓組織の免疫蛍光顕微鏡写真である。ＡＭＢＰタンパク質およびＬＴＬが示されており、「ＰＴ」は近位尿細管を示し、「ＣＹ」は嚢胞を示す。
【図１３】野生型（対照；Ｃ）マウスまたは生後２６、３３、４１、４８、および６４日目のＰｋｄ１  ｃＫＯマウスから採取された尿中ＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【図１４】対照（左のデータ）ならびに生後２６、３３、４１、４８、および６４日目の３匹のＰｋｄ１  ｃＫＯマウスから採取された尿中ＡＭＢＰタンパク質の定量レベルを示すグラフである（図１３の免疫ブロットから定量）。
【図１５】ＪｃｋマウスにおけるＡＭＢＰタンパク質レベルに対する、生後２６日目から６４日目の餌に存在する０．２％ロスコビチンの効果をテストするための動物モデル試験の概略図である。
【図１６】生後２６日目から６４日目の餌でビヒクルまたは０．２％ロスコビチンのどちらかを受け取った６４日齢ｊｃｋマウスにおける腎臓対体重測定値を示すグラフである。
【図１７】生後２６日目から６４日目の餌でビヒクルまたは０．２％ロスコビチンのどちらかを受け取った６４日齢ｊｃｋマウスにおける腎臓溶解物および尿中のＡＭＢＰタンパク質のレベルを示すグラフである。
【図１８】ｊｃｋマウスにおける嚢胞容積およびＡＭＢＰレベルに対する、Ｓ−ＣＲ８の異なる治療スケジュールの効果をテストするための動物モデル試験の概略図である。試験ではＪｃｋマウスは、以下のＳ−ＣＲ８治療スケジュール（それぞれ生後２６日目に開始）の１つで治療された：（Ａ）腹腔内注射、１日１回、５週間；（Ｂ）毎日腹腔内注射、３週間、および治療なし、２週間；ならびに（Ｄ）毎日腹腔内注射、１週間、および治療なし、４週間。尿は、生後６４日目に全てのマウスから採取された。
【図１９】ビヒクルを毎日、５週間投与されたｊｃｋマウス（生後２６日目に開始）、ならびにＳ−ＣＲ８治療スケジュールＡ、Ｂ、およびＤ（図１８に記載された）を施行されたｊｃｋマウスにおける嚢胞容積（体重のパーセンテージとしての）を示すグラフである。
【図２０】ビヒクルを毎日、５週間投与されたマウス（生後２６日目に開始）、ならびにＳ−ＣＲ８治療スケジュールＡ、Ｂ、およびＤ（図１８に記載された）を施行されたｊｃｋマウスにおける、生後６４日目に採取された尿中ＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【図２１】ビヒクルを毎日、５週間投与されたマウス（生後２６日目に開始）、ならびにＳ−ＣＲ８治療スケジュールＡ、Ｂ、およびＤ（図１８に記載された）を施行されたｊｃｋマウスにおける、生後６４日目に採取された尿中ＡＭＢＰタンパク質の定量レベルを示すグラフである（図２０の免疫ブロットから定量）。
【図２２】生後２６日目から６４日目の間のＧＣＳｉによる長期治療後、６４日齢ｊｃｋマウスから得られた尿および腎臓溶解物中のＡＭＢＰタンパク質のレベルを示す免疫ブロットである。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
本明細書において、ＡＭＢＰの単一または複数のレベルを決定することを含む、患者におけるＰＫＤ（例えば、ＡＤＰＫＤまたはＡＲＰＫＤ）治療の効能を決定する方法、患者におけるＰＫＤを診断する方法、患者におけるＰＫＤを病期診断する方法、および患者におけるＰＫＤをモニタリングする方法が提供される。また提供されるのは：ＡＭＢＰに特異的に結合する抗体、およびＰＫＤの追加のタンパク質マーカー（例えば、本明細書に記載されている、または当技術分野で公知のＰＫＤの追加のタンパク質マーカーのいずれか）に特異的に結合する抗体を含むキットである。これらの方法の非限定的態様が以下に記載される。当技術分野で理解されているように、以下に記載された様々な態様は、限定されることなく任意の組合せで使用することができる。
【００３６】
多発性嚢胞腎
本明細書に記載された方法は、ＰＫＤを有すると患者を同定または診断する工程をさらに含むことができる。ＰＫＤを有すると患者を診断する非限定的な例は、本明細書に提供され、以下に記載される。
【００３７】
他の例において患者は、患者における以下の症状：高血圧、背部または脇腹痛、頭痛、腹部サイズの増加、血尿の存在、頻尿、腎臓結石、腎不全、尿路感染または腎感染、腎嚢胞、肝嚢胞、膵嚢胞、僧帽弁逸脱、動脈瘤、悪心、嘔吐、左室肥大、ヘルニア、憩室炎、倦怠感、食欲不振、体重減少、集中力の低下、乾燥／敏感肌、筋痙攣、足および足首のむくみ、軽度または中程度のうつ病、および泡沫尿の１つまたはそれ以上の症状の観察または評価に基づきＰＫＤを有すると同定される。ＰＫＤは、遺伝子検査（例えば、Ａｔｈｅｎａ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（ウースター、ＭＡ）およびＣＧＣ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（ポルト、ポルトガル）を含む様々なベンダーからのＰＫＤ１遺伝子診断検査；Ｃｅｎｔｒｏｇｅｎｅ  ＡＧ（ドイツ）、ＰｒｅｖｅｎｔｉｏｎＧｅｎｅｔｉｃｓ（マーシュフィールド、ＷＩ）、ＧＣＧ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（ポルトガル）、およびＩｎＶｉｔａｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（サンフランシスコ、ＣＡ）を含む様々なベンダーからのＰＫＤ２遺伝子診断検査；ならびにＣｅｎｔｒｏｇｅｎｅ  ＡＧ（ドイツ）、Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（マーシュフィールド、ＷＩ）、Ｃｏｕｎｓｙｌ（サンフランシスコ、ＣＡ）、およびＩｎｖｉｔａｅ（サンフランシスコ、ＣＡ）を含む様々なベンダーから入手可能なＰＫＨＤ１遺伝子診断検査を参照のこと）を行うことにより被験者において診断することもできる。ＰＫＤ１および／またはＰＫＤ２遺伝子の変異または欠失の検出は、ＡＤＰＫＤを診断するのに使用され、ＰＫＨＤ１における変異または欠失の検出は、ＡＲＰＫＤを診断するのに使用される。
【００３８】
ＰＫＤ（例えば、ＡＤＰＫＤおよびＡＲＰＫＤ）は、画像研究を行うことにより診断することができる。例えば、超音波検査、コンピューター断層撮影法（ＣＴ）、および磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）は、腎臓の嚢胞を探し、総腎容積（ＴＫＶ）または身長補正総腎容積（ｈｔＴＫＶ）を決定するのに使用することができる。例えば、患者（例えば、該疾患の家族歴を有する患者）において３０歳までに各腎臓に少なくとも２個の嚢胞（例えば、少なくとも３個、４個、５個、または６個の嚢胞）を検出することは、ＰＫＤの診断を裏付け得る。胎児（例えば、妊娠１４週を超える胎児）における多嚢胞性異形成腎の検出は、ＡＲＰＫＤを診断するのに使用することができる。さらに、胎児由来の羊水は、ＰＫＨＤ１における変異または欠失を（例えば、本明細書に記載されたまたは当技術分野で公知のＰＫＨＤ１の遺伝子診断検査のいずれかを用いて）検出するのに使用することができる。
【００３９】
ＰＫＤは、一つには患者の腎機能を決定して被験者において診断または同定することもできる。例えば、ＰＫＤは、一つには患者のクレアチニンレベル（例えば、患者がＰＫＤを有することを示す１．３ｍｇ／ｄＬを超えるクレアチニンのレベル）、糸球体濾過率（例えば、患者がＰＫＤを有することを示す８０ｍＬ／分未満の速度）、および血中尿素窒素（例えば、２０ｍｇ／ｄＬを超える血中尿素窒素レベル）の１つまたはそれ以上を測定して診断または同定することができる。
【００４０】
本明細書に記載されたＰＫＤ患者は、本明細書に記載もしくは提供された方法のいずれか、または当技術分野で公知の任意の方法を用いて診断または同定することができる。ＰＫＤ患者は、子宮内にあってもよく（例えば、在胎期間が１４週、１５週、１７週、２０週、２５週、３０週、または３５週を超える胎児）、幼児、青少年（１３から１８歳（例えば、１３から１５歳または１５から１８歳））、または成人（１８歳を超える（例えば、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える））であってもよい。ＰＫＤ患者は、女性（例えば、妊婦）であってもよく、または男性であってもよい。ＰＫＤ患者は、ＰＫＤ治療を既に受けていてもよい。他の例においてＰＫＤ患者は、ＰＫＤ治療を受けていなくてもよい。追加の例においてＰＫＤ患者は、ＰＫＤに対する前治療を受けていた可能性があり、前治療は治療的に不成功であった（例えば、マイナスの有害な副作用の発生をもたらした、嚢胞の発生率および／もしくは増殖率を低減しなかった、ならびに／または患者の腎臓の機能の喪失速度を低減しなかった）。ＰＫＤ患者は、臨床試験の参加者であってもよい。
【００４１】
ＰＫＤ治療
ＰＫＤ治療のいくつかの例は、１つまたはそれ以上のグルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤の投与である。ＧＳＣ阻害剤の非限定的な例は、Ｌｅｅら（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：１４６６２〜１４６６９頁、１９９９）、Ｓｈａｙｍａｎら（Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．３１１：３７３〜３８７頁、２０００）、Ｈｕａｎｇら（ＦＡＳＥＢ  Ｊ．２５：３６６１〜３６７３頁、２０１１）、Ｋｏｌｔｏｎら（Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２１：６７７３〜６７７７頁、２０１１）、Ｌａｒｓｅｎら（Ｊ．Ｌｉｐｉｄ  Ｒｅｓ．５３：２８２〜２９１頁、２０１２）、Ｎｉｉｎｏら（Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．４３３：１７０〜１７４頁、２０１３）、Ｒｉｃｈａｒｄｓら（Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５５：４３２２〜４３２５頁、２０１２）、Ｎｉｅｔｕｐｓｋｉら（Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．１０５：６２１〜６２８頁、２０１２）、Ａｓｈｅら（ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ６：ｅ２１７５８頁、２０１１）、Ｓｈａｙｍａｎ（Ｄｒｕｇｓ  Ｆｕｔｕｒｅ  ３５：６１３〜６２０頁、２０１０）、Ｂｉｊｌら（Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．３２６：８４９〜８５５頁、２００８）、Ｔｒｅｉｂｅｒら（Ｘｅｎｏｂｉｏｔｉｃａ３７：２９８〜３１４頁、２００７）、ＭｃＥａｃｈｅｒｎら（Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．９１：２５９〜２６７頁、２００７）、Ｗｅｎｎｅｋｅｓら（Ｄｉａｂｅｔｅｓ５６：１３４１〜１３４９頁、２００７）、Ｊｉｍｂｏら（Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１２７：４８５〜２９１頁、２０００）、Ｍｉｕｒａら（Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．６：１４８１〜１４８９頁、１９９８）、Ａｂｅら（Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１１１：１９１〜１９６頁、１９９２）、Ｉｎｏｋｕｃｈｉら（Ｊ．Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．１４１：５７３〜５８３頁、１９８９）、およびＩｎｏｋｕｃｈｉら（Ｊ．Ｌｉｐｉｄ  Ｒｅｓ．２８：５６５〜５７１頁、１９８７）に記載されている。ＧＣＳ阻害剤の追加の例は、特許出願公開第２０１３／０２２５５７３号、第２０１３／０１３７７４３号、第２０１３／００９５０８９号、第２０１２／０３２２７８７号、第２０１２／０３２２７８６号、第２０１１／０１８４０２１号、第２０１１／０１６６１３４号、第２０１０／０２５６２１６号、および第２００７／０２５９９１８号（これらの各々は参照により本明細書に組み入れられる）に記載されている。
【００４２】
ＧＣＳ阻害剤の追加の例は、ＷＯ１４／０４３０６８（参照により本明細書に組み入れられる）に記載されている。例えば、ＧＣＳ阻害剤は、以下の式Ｉ
【化１】
2019502902.tif 000003
により表される構造を有してもよく、式中、
ｎは１、２、または３であり；
ｍは０または１であり；
ｐは０または１であり；
ｔは０、１、または２であり；
ＥはＳ、Ｏ、ＮＨ、ＮＯＨ、ＮＮＯ２、ＮＣＮ、ＮＲ、ＮＯＲまたはＮＳＯ２Ｒであり；
Ｘ１はｍが１の場合ＣＲ１であり、またはｍが０の場合Ｎであり；
Ｘ２はＯ、−ＮＨ、−ＣＨ２、ＳＯ２、ＮＨ−ＳＯ２、ＣＨ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルまたは−ＮＲ２であり；
Ｘ３は直接結合、Ｏ、−ＮＨ、−ＣＨ２−、ＣＯ、−ＣＨ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、ＳＯ２ＮＨ、−ＣＯ−ＮＨ−、またはＮＲ３であり；
Ｘ４は直接結合、ＣＲ４Ｒ５、ＣＨ２ＣＲ４Ｒ５またはＣＨ２−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＣＲ４Ｒ５であり；
Ｘ５は直接結合、Ｏ、Ｓ、ＳＯ２、ＣＲ４Ｒ５、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシ、−Ｏ−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニルオキシ、−Ｒ７−（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル−Ｒ７−、−Ｒ７−（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール−Ｒ７−、−Ｒ７−（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール−Ｒ７−、−Ｒ７−（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、および（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル−Ｒ７−であり、Ｒ７は直接結合、Ｏ、Ｓ、ＳＯ２、ＣＲ４Ｒ５、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシ、−Ｏ−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニルオキシであり；ならびにさらにＸ５が−Ｒ７−（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル−Ｒ７−、−Ｒ７−（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール−Ｒ７−、−Ｒ７−（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール−Ｒ７−、−Ｒ７−（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、および（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル−Ｒ７−と定義される場合、（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基は、ハロ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニル、アミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルアミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）ジアルキルアミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、Ｏ（Ｃ３〜Ｃ６シクロアルキル）、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルコキシ、ニトロ、ＣＮ、ＯＨ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシ、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシカルボニル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルカルボニル、（Ｃ１〜Ｃ６）ハロアルキル、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、Ｒ８Ｒ９Ｎ−ＣＯ−からなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基により場合により置換されており、Ｒ８およびＲ９は、それぞれ独立に水素および（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルからなる群から選択され、またはＲ８およびＲ９は、これらが結合している窒素と一緒になって、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、もしくは１つから３つのハロ基により場合により置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシおよび（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキルから選択される１つもしくは２つの基により場合により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルスルホニル；
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリールからなる群から選択される、１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；または（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルコキシ；ならびに
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリールからなる群から選択される、１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシ；または（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルコキシを形成していてもよく；
【００４３】
Ｒは、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり；
Ｒ１は、Ｈ、ＣＮ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルカルボニル、または（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり；
Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立に−Ｈ、場合によりハロゲン、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、ハロ（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、およびハロ（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリールからなる群から選択される１つもしくそれ以上の置換基により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、または場合によりＸ２が−ＮＲ２であり、Ｘ３が−ＮＲ３である場合、Ｒ２およびＲ３は、Ｒ２およびＲ３が結合している窒素原子と一緒になって、ハロゲン、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、ハロ（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、およびハロ（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリールから選択される１つまたはそれ以上の置換基により場合により置換されている非芳香族複素環を形成していてもよく；
Ｒ４およびＲ５は、独立にＨ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルから選択され、またはＲ４およびＲ５が結合している炭素と共に、スピロ（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル環もしくはスピロ（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルコキシ環を形成し；
Ｒ６は、−Ｈ、ハロゲン、−ＣＮ、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ６〜ＣＩ２）アリールオキシ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシ；１つから４つのハロまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルにより場合により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり；
Ａ１は、（Ｃ２〜Ｃ６）アルキニル；（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、またはベンゾ（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキルであり、Ａ１は、ハロ、場合により１つから３つハロにより置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニル、アミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルアミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）ジアルキルアミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、ニトロ、ＣＮ、−ＯＨ、１つから３つハロにより場合により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシカルボニル、および（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルカルボニルからなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基で場合により置換されており；
Ａ２は、Ｈ、（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、またはベンゾ（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキルであり、Ａ２は、ハロ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルケニル、アミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルアミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）ジアルキルアミノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、Ｏ（Ｃ３〜Ｃ６シクロアルキル）、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルコキシ、ニトロ、ＣＮ、ＯＨ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシ、（Ｃ３〜Ｃ６）シクロアルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシカルボニル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルカルボニル、（Ｃ１〜Ｃ６）ハロアルキル、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、Ｒ８Ｒ９Ｎ−ＣＯ−からなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基で場合により置換されており、Ｒ８およびＲ９は、それぞれ独立に水素および（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルからなる群から選択され、またはＲ８およびＲ９は、Ｒ８およびＲ９が結合している窒素と一緒になって、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、もしくは場合により１つから３つのハロ基により置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシおよび（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキルから選択される１つまたは２つの基により場合により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルスルホニル；
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；ならびに
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシを形成してもよく；
ただし、ｎ＋ｔ＋Ｙ＋ｚの合計が６以下であり；
ただし、ｐが０である場合；Ｘ２はＮＨ−ＳＯ２であり、Ｘ３はＮＨであり；
ただし、ｎが１であり；ｔがＯであり；ｙが１であり；ｚが１である場合；Ｘ２はＮＨであり；ＥはＯであり；Ｘ３はＮＨであり；Ａ２はＨであり、Ｘ５は直接結合であり；Ａ１は非置換フェニル、ハロフェニルまたはイソプロペニルフェニルではなく；
ただし、ｎが１であり；ｔがＯであり；ｙが１であり；ｚが１であり；Ｘ２はＯであり；ＥはＯであり；Ｘ３はＮＨであり；Ａ１は（Ｃ６〜Ｃ１２）アリールであり、Ｘ５は直接結合であり；Ａ２はＨであり、Ｒ４がＨである場合、Ｒ５はシクロへキシルではなく；ならびに
ただし、Ｘ３がＯ、−ＮＨ、−ＣＨ２−、ＣＯ、−ＣＨ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、ＳＯ２ＮＨ、−ＣＯ−ＮＨ−または−ＮＲ３であり；およびＸ４がＣＲ４Ｒ５、ＣＨ２ＣＲ４Ｒ５またはＣＨ２−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＣＲ４Ｒ５である場合；Ａ２は（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキルであり、または（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、Ｒ８Ｒ９Ｎ−ＣＯ−からなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基で置換されているベンゾ（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキルでなければならず、Ｒ８およびＲ９は、それぞれ独立に水素および（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルからなる群から選択され、またはＲ８およびＲ９は、Ｒ８およびＲ９が結合している窒素と一緒になって、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、もしくは１つから３つのハロ基により場合により置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシおよび（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルキルから選択される１つもしくは２つの基により場合により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルスルホニル；
ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；もしくは
ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２〜Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３〜Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルオキシを形成してもよい。
【００４４】
追加の例示的なＧＣＳ阻害剤には：
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル［２−（２，４’−ジフルオロビフェニル−４−イル）プロパン−２−イル］カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル｛２−［４−（１，３−ベンゾチアゾール−６−イル）フェニル］プロパン−２−イル｝カルバメート；
１−アザビシクロ［３．２．２］ノン−４−イル｛１−［５−（４−フルオロフェニル）ピリジン−２−イル］シクロプロピル｝カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル｛１−［３−（４−フルオロフェノキシ）フェニル］シクロプロピル｝カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル｛１−［４−（１，３−ベンゾチアゾール−５−イル）フェニル］シクロプロピル｝カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル［１−（４’−フルオロ−３’−メトキシビフェニル−４イル）シクロプロピル］カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル［３−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）オキセタン−３−イル］カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル｛１−［６−（４−フルオロフェノキシ）ピリジン−２−イル］シクロプロピル｝カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル［３−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）ペンタン−３−イル］カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル｛２−［２−（４−フルオロフェニル）−２Ｈ−インダゾール−６−イル］プロパン−２−イル｝カルバメート；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル｛２−［２−（１Ｈ−ピロール−１−イル）ピリジン−４−イル］プロパン−２−イル｝カルバメート；
１−（３−エチル−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）−３−［１−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）シクロプロピル］尿素；
Ｎ−（１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）−Ｎ’−［１−（４’−フルオロビフェニル−４イル）シクロプロピル］エタンジアミド；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル（１−｛４［（４，４ジフルオロシクロヘキシル）オキシ］フェニル｝シクロプロピル）カルバメート；
１−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノン−４−イル）−３−［１−（５−フェニルピリジン−２−イル）シクロプロピル］尿素；
１−［１−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）シクロプロピル］−１−メチル−３−（３−メチル−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）尿素；
１−［１−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）シクロプロピル］−１−メチル−３−（３−メチル−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）尿素；１−｛２−［４’−（２−メトキシエトキシ）ビフェニル−４−イル］プロパン−２−イル｝−３−（３−メチル−１アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）尿素；
２−（１−アザビシクロ［３．２．２］ノン−４−イル）−Ｎ−［１−（５−フェニルピリジン−２−イル）シクロプロピル］アセトアミド；
３−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）−３−メチル−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノン−４−５イル）ブタンアミド；
Ｎ−［２−（ビフェニル−４−イル）プロパン−２−イル］−Ｎ’−（３−メチル−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）硫酸ジアミド；
Ｎ−［２−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）プロパン−２−イル］−Ｎ’−（３−メチル−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）硫酸ジアミド；
１−（３−ブチル−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）−３−｛２−［１−（４−フルオロフェニル）−１Ｈ−ピラゾール−４−イル］プロパン−２−イル｝尿素；
１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル［４−（４−フルオロフェニル）−２−メチルブタ−３−イン−２−イル］カルバメート；１−（３−ブチル−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イル）−３−［４−（４−フルオロフェニル）−２−メチルブタ−３−イン−２−イル］尿素；
Ｎ−［１−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）シクロプロピル］−１，４−ジアザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−カルボキサミド；
１−（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）−３−（３−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−３−イル）尿素；
１−（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）−３−（４−メチル−１−アザビシクロ［４．２．２］デカン−４−イル）尿素；
１−（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）−３−（３−メチル−１−アザビシクロ［４．２．２］デカン−３−イル）尿素；および
１−（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）−３−（５−メチル−１−アザビシクロ［４．２．２］デカン−５−イル）尿素が挙げられる。
【００４５】
ＧＣＳ阻害剤の追加の例は、以下に列挙される。
【００４６】
（（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート）
【化２】
2019502902.tif 000004
【００４７】
（４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化３】
2019502902.tif 000005
【００４８】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化４】
2019502902.tif 000006
【００４９】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化５】
2019502902.tif 000007
【００５０】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化６】
2019502902.tif 000008
【００５１】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化７】
2019502902.tif 000009
【００５２】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化８】
2019502902.tif 000010
【００５３】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化９】
2019502902.tif 000011
【００５４】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化１０】
2019502902.tif 000012
【００５５】
（４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）
【化１１】
2019502902.tif 000013
【００５６】
別の例示的なＧＣＳ阻害剤は：以下の式ＩＩにより表されるカルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステルである：
【化１２】
2019502902.tif 000014
【００５７】
別の例示的なＧＣＳ阻害剤は：以下の式ＩＩＩにより表されるキヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメートである：
【化１３】
2019502902.tif 000015
【００５８】
ＰＫＤ治療のいくつかの例には、１つまたはそれ以上のサイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）阻害剤の投与が挙げられる。ＣＤＫ阻害剤の非限定的な例には、Ｓ−ＣＲ８、オロモウシン、ＬＥＥ０１１、パルボシクリブ、Ｐ１４４６Ａ−０５、ＰＤ−０３３２９９１、およびＲ−ロスコビチンが挙げられる。ＣＤＫ阻害剤の追加の例は、Ｃｉｃｅｎａｓら（Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１３８：１４０９〜１４１８頁、２０１１）、Ｂｌａｃｈｌｙら（Ｌｅｕｋ．Ｌｙｍｐｈｏｍａ５４：２１３３〜２１４３頁、２０１３）、Ｇａｌｏｎｓら（Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｔｈｅｒ．Ｐａｔ．２０：３７７〜４０４頁、２０１０）、Ｇｅｙｅｒら（Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ１７５４：１６０〜１７０頁、２００５）に記載されている。ＣＤＫ阻害剤の追加の例は、米国特許出願公開第２００６／０１７８３７１号、第２００６／０１７３０１７号、第２００６／０１７３０１６号、第２００６／０１３５５８９号、第２００６／０１２８７２５号、第２００６／０１０６０２３号、第２００６／００４１１３１号、第２００６／００４０９５８号、第２００６／００３０５５５号、第２００５／０２６１３５３号、第２００５／０１３０９８０号、第２００５／０００４００７号、第２００４／０２４８９０５号、第２００４／０２０９８７８号、第２００４／０１９８７５７号、第２００４／０１１６４４２号、第２００４／０１１０７７５号、第２００４／０１０６６２４号、第２００４／０１０２４５１号、第２００４／００９７５１７号、第２００４／００９７５１６号、第２００４／００７３９６９号、第２００４／００７２８３５号、第２００４／００６３７１５号、第２００４／００４８８４９号、第２００４／０００６０７４号、第２００３／００７３６８６号、第２００２／００６５２９３号、第２００２／００４２４１２号、第２００２／００１３３２８号、第２００２／０００２１７８号、および第２００１／００２５３７９号に記載されている。
【００５９】
ＰＫＤ治療の別の例は、血液透析または腹膜透析である。ＰＫＤ治療のさらなる例は、腎臓の外科移植である。
【００６０】
マーカーのレベルの決定
本明細書で提供される方法は、患者（例えば、ＰＫＤ患者）由来の少なくとも１つの試料中のマーカー（例えば、ＡＭＢＰならびに／またはＡＭＢＰおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカー）のレベルの決定を含む。例えば、マーカー（例えば、ＡＭＢＰならびに／またはＡＭＢＰおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカー）のレベルは、患者（例えば、ＰＫＤ患者）由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料において決定することができる。いくつかの例において、マーカーはタンパク質である。他の例において、マーカーはマーカータンパク質をコードするｍＲＮＡである。
【００６１】
本明細書に記載されたマーカー（例えば、ＡＭＢＰまたはＡＭＢＰおよびＰＫＤの１つもしくはそれ以上の追加マーカー）のレベルを決定するための方法は、当技術分野で十分に理解されている。例えば、本明細書に記載されたマーカー（例えば、ＡＭＢＰまたはＡＭＢＰおよびＰＫＤの１つもしくはそれ以上の追加マーカー）のタンパク質レベルは、抗体ベースのアッセイ（例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ、抗体アレイ、抗体標識ビーズ、または免疫ブロット）を用いて決定することができる。これらの抗体ベースのアッセイにおいて使用することができる例示的な抗体は、実施例に記載されている。抗体ベースのアッセイにおいて使用することができる追加の抗体は、当技術分野で公知である。ヒトＡＭＢＰに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（ウォルサム、ＭＡ）、およびＡｌｔａｓ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（ストックホルム、スウェーデン）から市販されている。ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、Ａｂｃａｍ（ケンブリッジ、ＭＡ）、およびＡｃｒｉｓ  Ａｎｔｉｂｉｄｉｅｓ（サンディエゴ、ＣＡ）から市販されている。サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、Ｃｅｌｌ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダンバーズ、ＭＡ）、およびＡｂｃａｍ（ケンブリッジ、ＭＡ）から市販されている。サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、Ａｂｃａｍ（ケンブリッジ、ＭＡ）、およびＮｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（リトルトン、ＣＯ）から市販されている。ＭＥＫに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（セントルイス、ＭＯ）、およびＣｅｌｌ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダンバーズ、ＭＡ）から市販されている。Ｓ６に特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（ウォルサム、ＭＡ）、およびＧｅｎＷａｙ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．  Ｉｎｃ．（サンディエゴ、ＣＡ）から市販されている。ｐＳ６に特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｃｅｌｌ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダンバーズ、ＭＡ）、Ａｂｃａｍ（ケンブリッジ、ＭＡ）、およびＡｂｂｉｏｔｅｃ（サンディエゴ、ＣＡ）から市販されている。ＥＲＫに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｃｅｌｌ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダンバーズ、ＭＡ）、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、およびＴｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（ウォルサム、ＭＡ）から市販されている。ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｃｅｌｌ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ダンバ��ズ、ＭＡ）、ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（ビルリカ、ＭＡ）、およびｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ（サンディエゴ、ＣＡ）から市販されている。ＡＫＴに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｃｅｌｌ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ダンバーズ、ＭＡ）、Ａｂｃａｍ（ケンブリッジ、ＭＡ）、およびＳａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）から市販されている。ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｃｅｌｌ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ダラス、ＴＸ）、ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（ビルリカ、ＭＡ）、およびｓｉｇｎａｌｗａｙ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（カレッジパーク、ＭＤ）から市販されている。カスパーゼ−２に特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）、Ａｃｒｉｓ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（サンディエゴ、ＣＡ）、およびＡｂｃａｍ（ケンブリッジ、ＭＡ）から市販されている。ＲＢＢＰに特異的に結合する抗体の非限定的な例は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ダラス、ＴＸ）から市販されている。
【００６２】
マーカー（例えば、ＡＭＢＰまたは本明細書に記載されたＰＫＤの追加マーカーのいずれか）に特異的に結合する抗体を製造する方法も、当技術分野で周知である。マーカーのタンパク質レベルを決定する追加の方法には、質量分析法、液体クロマトグラフィー（例えば、高速液体クロマトグラフィー）質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、および液体クロマトグラフィー（例えば、高速液体クロマトグラフィー）タンデム質量分析法（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）が挙げられる。体液を含有する試料中のマーカーのタンパク質レベルを決定する方法の非限定的な例は、Ｐｉｓｉｔｋｕｎら（Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．６：２６８〜２７８頁、２０１２）に記載されている。マーカー（例えば、ＡＭＢＰまたはＡＭＢＰおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカー）のレベルを決定するこれらの例示的な方法は、本明細書に提供された方法のいずれにおいても使用することができる。
【００６３】
本明細書に記載されたマーカー（例えば、ＡＭＢＰまたはＡＭＢＰおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカー）のｍＲＮＡレベルは、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベースのアッセイ（例えば、リアルタイムＰＣＲおよび逆転写酵素ＰＣＲ）を用いて決定することができる。各マーカーのｍＲＮＡレベルを決定する追加の方法には、遺伝子チップの使用が挙げられる。体液を含有する試料中のマーカーのｍＲＮＡレベルを決定する方法のさらなる例は、Ｃｈｅｎら（Ｌａｂチップ１０：５０５〜５１１頁、２０１０）、Ｓｃｈａｇｅｍａｎら（ＢｉｏＭｅｄ  Ｒｅｓ．Ｉｎｔ．、Ａｒｔｉｃｌｅ  ＩＤ２５３９５７、２０１３）、およびＡｌｖａｒｅｚら（Ｋｉｄｎｅｙ  Ｉｎｔｅｒ．８２：１０２４〜１０３２頁、２０１２）に記載されている。マーカーのｍＲＮＡレベルを決定する追加の方法は、当技術分野で周知である。
【００６４】
いくつかの例において、被験者由来の試料（例えば、体液または腎生検試料のような腎臓組織を含む試料）は、マーカーのレベルが試料中において決定される前に一時期貯蔵（例えば、少なくとも１時間（例えば、少なくとも２、４、６、８、１２、または２４時間）、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、１４、もしくは２１日間、例えば、約１０℃、約０℃、約−２０℃、約−４０℃、約−７０℃、または約−８０℃の温度で貯蔵）することができる。いくつかの例は、マーカー（例えば、ＡＭＢＰまたはＡＭＢＰおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカー）のレベルが決定される前に、体液を含む試料を濃縮する工程をさらに含む。
【００６５】
ＡＭＢＰのレベル（および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベル）は、本明細書に記載された方法のいずれかにおいて試料（例えば、体液または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料）において決定することができる。ＡＭＢＰおよびＰＫＤの例示的な追加マーカーの説明は、以下に提供される。
【００６６】
ＡＭＢＰ
アルファ−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）は、３５２個のアミノ酸を有する３９ｋＤａのプレプロタンパク質である。ヒトＡＭＢＰアミノ酸配列は配列番号１に示されている。ＡＭＢＰは、典型的には細胞内で消化されて最初にシグナル配列（配列番号１の最初の１９個のアミノ酸）を除去してプロタンパク質（配列番号２として本明細書に図示）を産生し、次いでプロテアーゼによりさらに切断されて３つの異なる下流タンパク質産物：アルファ−１−ミクログロブリン（配列番号３に示されたアミノ酸配列を有する）、ビクニン（配列番号４に示されたアミノ酸配列を有する）、およびトリプスタチン（配列番号５に示されたアミノ酸配列を有する）を産生する。ヒトＡＭＢＰ（すなわち、配列番号１）は、配列番号１の以下のアミノ酸位置の１つまたはそれ以上でグリコシル化される：アミノ酸２４位のスレオニン、アミノ酸３６位のアスパラギン、アミノ酸１１５位のアスパラギン、アミノ酸２１５位のセリン、およびアミノ酸２５０位のアスパラギン。ＡＭＢＰのタンパク質レベルを測定する場合、測定されるレベルは、ＡＭＢＰの非グリコシル化形態、および１つまたはそれ以上のアミノ酸位置でグリコシル化されているＡＭＢＰの１つまたはそれ以上の形態を含み得る。
【００６７】
ＰＫＤの追加マーカー
本明細書に記載された方法のいくつかにおいて、ＰＫＤの少なくとも１つ（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、または１３）の追加マーカーの一レベルまたは複数のレベルが決定される（例えば、米国仮特許出願第６２／０３３，０３１号に記載されているもののような任意の組合せで）。ＰＫＤの追加マーカーの非限定的な例は以下に記載される。
【００６８】
ＰＣＮＡ
増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）は、２６１個のアミノ酸を有する２８．８ｋＤａのタンパク質である。ヒトＰＣＮＡのアミノ酸配列は配列番号６に示されている。ＰＣＮＡのタンパク質レベルを測定する場合、測定されるレベルは、配列番号６のアミノ酸２４８位のチロシンで非リン酸化およびリン酸化されたＰＣＮＡの形態を含み得、配列番号６のアミノ酸２４８位のチロシンでリン酸化されたＰＣＮＡの形態のみを含み得、またはＰＣＮＡの非リン酸化形態のみを含み得る。
【００６９】
サイクリンＤ１
サイクリンＤ１は、２９５個のアミノ酸を有する３３．７ｋＤａのタンパク質である。ヒトサイクリンＤ１のアミノ酸配列は、配列番号７に示されている。サイクリンＤ１のタンパク質レベルを測定する場合、測定されるレベルは、配列番号７のアミノ酸２８６位のスレオニンで非リン酸化およびリン酸化されたサイクリンＤ１の形態を含み得、配列番号７のアミノ酸２８６位のスレオニンでリン酸化されたサイクリンＤ１の形態のみを含み得、またはサイクリンＤ１の非リン酸化形態のみを含み得る。
【００７０】
サイクリンＤ３
サイクリンＤ３は、２９２個のアミノ酸を有するタンパク質である。ヒトサイクリンＤ３のアミノ酸配列は、配列番号８に示されている。サイクリンＤ３のタンパク質レベルを測定する場合、測定されるレベルは、配列番号８のアミノ酸２７９位のセリンで非リン酸化およびリン酸化されたサイクリンＤ３の形態を含み得、配列番号８のアミノ酸２７９位のセリンでリン酸化されたサイクリンＤ３の形態のみを含み得、またはサイクリンＤ３の非リン酸化形態のみを含み得る。
【００７１】
ＭＥＫ
ＭＡＰＫ−ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）は、２つのアイソフォームを有するタンパク質である。ヒトＭＥＫの第１のアイソフォームは、３９３個のアミノ酸の配列を有し（配列番号９に示されるように）、ヒトＭＥＫの第２のアイソフォームは、３６７個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１０に示されるように）。ＭＥＫのタンパク質レベルを測定する場合、レベルは１つまたはそれ以上の：ＭＥＫの第１のアイソフォームの非リン酸化形態；ＭＥＫの第２のアイソフォームの非リン酸化形態；配列番号９のアミノ酸２１８位のセリンのリン酸化、配列番号９のアミノ酸２２２位のセリンのリン酸化、配列番号９のアミノ酸２８６位のスレオニンのリン酸化、配列番号９のアミノ酸２９２位のスレオニンのリン酸化、および配列番号９のアミノ酸２９８位のセリンのリン酸化の１つまたはそれ以上を含む、ＭＥＫの第１のアイソフォームの１つまたはそれ以上の形態；ならびに配列番号１０のアミノ酸１９２位のセリンのリン酸化、配列番号１０のアミノ酸１９６位のセリンのリン酸化、配列番号１０のアミノ酸２６０位のスレオニンのリン酸化、配列番号１０のアミノ酸２６６位のスレオニンのリン酸化、および配列番号１０のアミノ酸２７２位のセリンのリン酸化の１つまたはそれ以上を含む、ＭＥＫの第２のアイソフォームの１つまたはそれ以上の形態を含み得る。
【００７２】
Ｓ６、ｐＳ６、および総Ｓ６
リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）は、２４９個のアミノ酸を有する２８．７ｋＤａのタンパク質である。ヒトＳ６のアミノ酸配列は、配列番号１１に示されている。語句「Ｓ６のレベル」、「総Ｓ６」または「リボソームタンパク質Ｓ６のレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、Ｓ６の全ての検出可能な形態（例えば、Ｓ６の全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）のレベルの合計を含み得る。Ｓ６タンパク質のリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１１のアミノ酸２３５位のセリンのリン酸化、配列番号１１のアミノ酸２３６位のセリンのリン酸化、配列番号１１のアミノ酸２４０位のセリンのリン酸化、配列番号１１のアミノ酸２４２位のセリンのリン酸化、配列番号１１のアミノ酸２４４位のセリンのリン酸化、および配列番号１１のアミノ酸２４７位のセリンのリン酸化を含み得る。いくつかの実施形態において、Ｓ６のレベルは、Ｓ６の全ての検出可能な形態（例えば、全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）に共通する抗原に結合する抗体により決定することができる。
【００７３】
語句「ｐＳ６のレベル」または「リボソームタンパク質ｐＳ６のレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、配列番号１１のアミノ酸２３５位のセリンのリン酸化、配列番号１１のアミノ酸２３６位のセリンのリン酸化、または配列番号１１のアミノ酸２３５および２３６位のセリンのリン酸化を有するリボソームＳ６タンパク質のリン酸化形態の１つまたはそれ以上のレベル（または２つ以上のレベルの合計）を意味する。ｐＳ６のレベルは、例えば、配列番号１１のアミノ酸２３５位のリン酸化セリンおよび／もしくは配列番号１１のアミノ酸２３６位のリン酸化セリンを含むＳ６のエピトープに特異的に結合する抗体を用いて決定することができる。
【００７４】
ＥＲＫ
語句「ＥＲＫのレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、ＥＲＫ１の全ての検出可能な形態（例えば、ＥＲＫ１の各アイソフォームの全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）および／またはＥＲＫ２の全ての検出可能な形態（例えば、全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）のレベルの合計を含み得る。ヒトＥＲＫ１の第１のアイソフォームは、３７９個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１２に示されるように）。ヒトＥＲＫ１の第２のアイソフォームは、３３５個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１３に示されるように）。ヒトＥＲＫ１の第３のアイソフォームは、３５７個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１４に示されるように）。ヒトＥＲＫ２の第１のアイソフォームは、３６０個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１５に示されるように）。ヒトＥＲＫ２の第２のアイソフォームは、３１６個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１６に示されるように）。
【００７５】
ＥＲＫ１の第１のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１２のアミノ酸１７０位のセリンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸１９８位のスレオニンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸２０２位のスレオニンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸２０４位のチロシンのリン酸化、および配列番号１２のアミノ酸２０７位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ１の第２のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１３のアミノ酸１７０位のセリンのリン酸化、配列番号１３のアミノ酸１９８位のスレオニンのリン酸化、配列番号１３のアミノ酸２０２位のスレオニンのリン酸化、配列番号１３のアミノ酸２０４位のチロシンのリン酸化、および配列番号１３のアミノ酸２０７位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ１の第３のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１４のアミノ酸１７０位のセリンのリン酸化、配列番号１４のアミノ酸１９８位のスレオニンのリン酸化、配列番号１４のアミノ酸２０２位のスレオニンのリン酸化、配列番号１４のアミノ酸２０４位のチロシンのリン酸化、および配列番号１４のアミノ酸２０７位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ１の全ての検出可能な形態は、例えば、ＥＲＫ１の第１、第２、および第３のアイソフォームの非リン酸化形態と、ＥＲＫ１の第１、第２、および第３のアイソフォームの様々なリン酸化形態の全ての間で共有されるエピトープに特異的に結合する抗体により特定することができる。
【００７６】
ＥＲＫ２の第１のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１５のアミノ酸２９位のセリンのリン酸化、配列番号１５のアミノ酸１８５位のスレオニンのリン酸化、配列番号１５のアミノ酸１８７位のチロシンのリン酸化、配列番号１５のアミノ酸１９０位のスレオニンのリン酸化、配列番号１５のアミノ酸２４６位のセリンのリン酸化、アミノ酸２４８位のセリンのリン酸化、および配列番号１５のアミノ酸２８４位のセリンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ２の第２のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１６のアミノ酸２９位のセリンのリン酸化、配列番号１６のアミノ酸１８５位のスレオニンのリン酸化、配列番号１６のアミノ酸１８７位のチロシンのリン酸化、および配列番号１６のアミノ酸１９０位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ２の全ての検出可能な形態は、例えば、ＥＲＫ２の第１および第２のアイソフォームの非リン酸化形態と、ＥＲＫ２の第１および第２のアイソフォームの様々なリン酸化形態の全ての間で共有されるエピトープに特異的に結合する抗体を用いて特定することができる。
【００７７】
ｐＥＲＫ
語句「ｐＥＲＫのレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、１つまたはそれ以上の：配列番号１２のアミノ酸２０２位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第１のアイソフォームの形態、配列番号１２のアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第１のアイソフォームの形態、配列番号１２のアミノ酸２０２位にスレオニンの、およびアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第１のアイソフォーム、配列番号１３のアミノ酸２０２位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第２のアイソフォームの形態、配列番号１３のアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化有するＥＲＫ１の第２のアイソフォームの形態、配列番号１３のアミノ酸２０２位にスレオニンの、およびアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第２のアイソフォームの形態、配列番号１４のアミノ酸２０２位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第３のアイソフォームの形態、配列番号１４のアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第３のアイソフォームの形態、配列番号１４のアミノ酸２０２位にスレオニンの、およびアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第３のアイソフォームの形態、配列番号１５のアミノ酸１８５位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第１のアイソフォームの形態、配列番号１５のアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第１のアイソフォームの形態、配列番号１５のアミノ酸１８５位にスレオニンの、およびアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第１のアイソフォームの形態、配列番号１６のアミノ酸１８５位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第２のアイソフォームの形態、配列番号１６のアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第２のアイソフォームの形態、ならびに配列番号１６のアミノ酸１８５位にスレオニンの、およびアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第２のアイソフォームの形態のレベル（または２つ以上のレベルの合計）を含み得る。ｐＥＲＫのレベルは、例えば、配列番号１２、１３、もしくは１４のアミノ酸２０２位にリン酸化スレオニンを、および／もしくは配列番号１２、１３、もしくは１４のアミノ酸２０４位にリン酸化チロシンをそれぞれ含む、ＥＲＫ１の第１、第２、もしくは第３のアイソフォーム中のエピトープに特異的に結合する抗体、または配列番号１５もしくは１６のアミノ酸１８５位にリン酸化スレオニンを、および／もしくは配列番号１５もしくは１６のアミノ酸１８７位にリン酸化チロシンをそれぞれ含む、ＥＲＫ２の第１もしくは第２のアイソフォーム上のエピトープに特異的に結合する抗体を用いて決定することができる。
【００７８】
Ａｋｔ
Ａｋｔは、４８０個のアミノ酸を有する５５．７ｋＤａのタンパク質である（配列番号１７に示されるように）。Ａｋｔのタンパク質レベルを測定する場合、レベルはＡｋｔの非リン酸化形態、ならびに配列番号１７のアミノ酸１２４位のセリンのリン酸化、配列番号１７のアミノ酸１２６位のセリンのリン酸化、配列番号１７のアミノ酸１２９位のセリンのリン酸化、配列番号１７のアミノ酸１７６位のチロシンのリン酸化、配列番号１７のアミノ酸３０８位のスレオニンのリン酸化、配列番号１７のアミノ酸４５０位のスレオニンのリン酸化、配列番号１７のアミノ酸４７３位のセリンのリン酸化、および配列番号１７のアミノ酸４７４位のチロシンのリン酸化の１つまたはそれ以上を含むＡｋｔの１つまたはそれ以上の形態：の２つ以上を含み得る。
【００７９】
ｐＡｋｔ
語句「ｐＡｋｔのレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、配列番号１７のアミノ酸４７３位にセリンのリン酸化を有するＡｋｔの１つまたはそれ以上の形態のレベル（または２つ以上のレベルの合計）を含み得る。ｐＡｋｔのレベルは、例えば、配列番号１７のアミノ酸４７３位にリン酸化セリンを含むＡｋｔ中のエピトープに特異的に結合する抗体を用いて決定することができる。
【００８０】
カスパーゼ２
ヒトにおいてカスパーゼ２の３つの異なるアイソフォームがある。プロセシングされていない形態のカスパーゼ２の第１のアイソフォームは、合計４５２個のアミノ酸を有する（配列番号１８に示されるように）。処理後、カスパーゼ２の第１のアイソフォームは、３つのサブユニットペプチド：配列番号１８のアミノ酸１７０〜３２５（カスパーゼ２サブユニットｐ１８）、配列番号１８のアミノ酸３３４〜４５２（カスパーゼ２サブユニットｐ１３）、および配列番号１８のアミノ酸３４８〜４５２（カスパーゼ２サブユニットｐ１２）を形成する。配列番号１８のアミノ酸２〜１６９は、カスパーゼ２のプロセシングされていない形態のプロ配列を表している。第２のアイソフォームは、合計３１３個のアミノ酸を有する（配列番号１９）。第３のアイソフォームは、合計９１個のアミノ酸を有する（配列番号２０）。カスパーゼ２の第１のアイソフォームのリン酸化形態は、配列番号１８のアミノ酸３４０位にセリンのリン酸化を有する。カスパーゼ２のタンパク質レベルを測定する場合、レベルはカスパーゼ２の第１のアイソフォームのプロセシングされていない形態、カスパーゼ２サブユニットｐ１８、カスパーゼ２サブユニットｐ１３、カスパーゼ２サブユニットｐ１２、配列番号１８のアミノ酸３４０位にセリンのリン酸化を有するカスパーゼ２の第１のアイソフォームの形態、およびカスパーゼ２サブユニットｐ１３のアミノ酸７位にセリンのリン酸化を有するカスパーゼ２サブユニットｐ１３の形態の１つまたはそれ以上を含み得る。
【００８１】
ＲＢＢＰ
ヒト網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）は、４２５個のアミノ酸を有する（配列番号２１に示されるように）。ＲＢＢＰのリン酸化形態は、配列番号２１のアミノ酸１１０位にセリンのリン酸化を有する。ＲＢＢＰのタンパク質レベルを測定する場合、レベルは：ＲＢＢＰの非リン酸化形態、および配列番号２１のアミノ酸１１０位にセリンのリン酸化を有するＲＢＢＰの形態の１つまたは両方を含み得る。
【００８２】
ＰＫＤの治療の効能を決定する方法
本明細書に提供されるのは、ＰＫＤ患者におけるＰＫＤ（例えば、ＡＤＰＫＤまたはＡＲＰＫＤ）に対する治療の効能を決定する方法である。いくつかの例において、これらの方法は：（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；（ｃ）ＰＫＤ患者にＰＫＤ治療を施行する工程；（ｄ）工程（ｃ）後、ＰＫＤ患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；および（ｅ）第２の試料中のレベルが第１の試料中のレベルより低ければ、施行された治療を有効と同定する工程を含む。いくつかの例において、これらの方法は、（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料中のＡＭＢＰのレベル、およびＰＫＤの少なくとも１つ（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、または１３）の追加マーカー（例えば、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ−２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰ）のレベルを決定する工程；（ｃ）ＰＫＤ患者にＰＫＤ治療を施行する工程；（ｄ）工程（ｃ）後、ＰＫＤ患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｅ）（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより低く、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、もしくは１３のレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルより低ければ、施行された治療を有効と同定する工程を含む。
【００８３】
いくつかの実施形態は：（ｅ）後に、（ｆ）有効と同定された投与されたＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）；カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステル（式ＩＩにより表される）；またはキヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート（式ＩＩＩにより表される）の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。該方法のいくつかの例は：（ｅ）後に、（ｆ）有効と同定された施行された治療（例えば、Ｓ−ＣＲ８のようなＣＤＫ阻害剤）の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。
【００８４】
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択されるＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）を決定することを含み、（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより低く、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルに満たなければ、施行された治療は有効と同定される。
【００８５】
いくつかの例において、（ｂ）および（ｄ）においてＡＭＢＰのレベルを決定すること、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加バイオマーカーのレベルを決定することは、ＡＭＢＰのタンパク質レベル、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）および（ｄ）における決定は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーに特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｄ）は、サイクリンＤ１およびＭＥＫの１つまたは両方のＰＫＤの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。
【００８６】
方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｃ）において施行される治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤（例えば、本明細書に記載された、または当技術分野で公知のＧＣＳ阻害剤のいずれか）の投与である。例えば、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステル（式ＩＩにより表される）；およびキヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート（式ＩＩＩにより表される）の群から選択される。
【００８７】
方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｃ）において施行される治療は、ＰＫＤ患者へのＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｒ−ロスコビチンのような、本明細書に記載されまたは当技術分野で公知のＣＤＫ阻害剤のいずれか）の投与である。
【００８８】
方法のいずれかのいくつかの実施形態は、ＰＫＤを有する患者を選択し、またはＰＫＤを有する患者を診断する工程（例えば、本明細書に記載されたＰＫＤを診断する例示的な方法のいずれかを用いて）をさらに含む。これらの方法のいずれかにおいて患者は、本明細書に記載された患者のいずれかであってもよい。例えば、ＰＫＤを有する患者は、ＰＫＤ治療を以前に施された可能性があり、該治療は不成功であった。方法のいずれかのいくつかの実施形態は、第１および／または第２の試料をＰＫＤ患者から得ることをさらに含む。
【００８９】
いくつかの実施形態は、施行された治療の特定された効能を患者の診療記録（例えば、コンピュータ可読媒体）に記録することをさらに含む。いくつかの例は、患者、患者の家族、および／または患者のかかりつけ医もしくは主治医に、施行された治療の特定された効能を知らせることをさらに含む。いくつかの実施形態は、有効と同定された施行された治療の再施行を認可することをさらに含む。
【００９０】
第１の試料をＰＫＤ患者から得る時間から第２の試料をＰＫＤ被験者から得る時間の間の時間差は、例えば、１週間から４０週間、１週間から３０週間、１週間から２０週間、１週間から１２週間、１週間から８週間、１週間から４週間、１週間から２週間、２週間から１２週間、２週間から８週間、または２週間から４週間であってもよい。
【００９１】
ＰＫＤを診断する方法
また提供されるのは、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；および（ｃ）レベルが上昇していれば、例えば、ＡＭＢＰレベルが対照レベル（例えば、所定の閾値レベル）を上回る場合、患者はＰＫＤを有すると同定する工程を含む、患者におけるＰＫＤ（例えば、ＡＤＰＫＤまたはＡＲＰＫＤ）を診断する方法である。
【００９２】
いくつかの例において、患者におけるＰＫＤ（例えば、ＡＤＰＫＤまたはＡＲＰＫＤ）を診断する方法は、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検組織）を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のＡＭＰのレベルを決定する工程、およびＰＫＤの少なくとも１つ（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、または１３）の追加マーカー（例えば、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ−２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰ）のレベルを決定する工程；ならびに（ｃ）（ｉ）例えば対照レベルと比較してＡＭＢＰのレベルが上昇していれば、および（ｉｉ）ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、もしくは１３のレベル）が、対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定する工程を含む。
【００９３】
これらの方法のいくつかの例は：（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＰＫＤ治療（例えば、本明細書に記載された例示的なＰＫＤ治療のいずれか）を施行する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）；カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステル（式ＩＩにより表される）；またはキヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート（式ＩＩＩにより表される）を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＣＤＫ阻害剤（例えば、ロスコビチン）を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）１つまたはそれ以上の追加の検査を行って、患者におけるＰＫＤを確認する工程（例えば、ＰＫＤを有すると同定された患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程）をさらに含む。
【００９４】
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択されるＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのレベル）を決定することを含み、被験者が対照レベルと比較して上昇したＡＭＢＰのレベルを有し、およびＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）が対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。
【００９５】
いくつかの例において、（ｂ）においてＡＭＢＰのレベルを決定すること、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加バイオマーカーのレベルを決定することは、ＡＭＢＰのタンパク質レベル、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）における決定は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーに特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の少なくとも１つのＰＫＤの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。
【００９６】
これらの方法のいずれかにおいて、対照レベルは、レベル、例えば、ＰＫＤの１つもしくはそれ以上の症状を示さないおよび／またはＰＫＤを有すると診断されない被験者におけるＡＭＢＰのレベル（および場合により、同様にＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベル）、健康な被験者もしくは健康な被験者の集団における少なくとも１つのマーカーのレベル、または閾値レベル（例えば、それより上が、被験者がＰＫＤを有するまたは有し得ることを示すレベル）であってもよい。
【００９７】
いくつかの実施形態は、患者の診療記録（例えば、コンピュータ可読媒体）に患者におけるＰＫＤの同定を記録することをさらに含む。いくつかの例は、患者、患者の家族、および／または患者のかかりつけ医もしくは主治医に、患者におけるＰＫＤの同定を知らせることをさらに含む。いくつかの例は、患者の保険業者に患者におけるＰＫＤの同定を知らせることをさらに含む。
【００９８】
患者におけるＰＫＤの病期を決定する方法
また本明細書に提供されるのは、患者におけるＰＫＤ（例えば、ＡＤＰＫＤまたはＡＲＰＫＤ）の病期を決定する方法である。当業者は、患者におけるＰＫＤの病期を決定することが、例えば、患者を治療する適切な治療計画を設計および施行し、それにより望ましい転帰を得る上で有用となり得ることを容易に理解するであろう。例示的な方法は：（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；および（ｃ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程を含み得る。いくつかの例において、患者におけるＰＫＤの病期を決定する方法は：（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中のＡＭＢＰのレベルおよびＰＫＤの少なくとも１つ（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、または１３）の追加マーカー（例えば、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ−２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰ）のレベルを決定する工程；ならびに（ｃ）ＡＭＢＰのレベルおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、もしくは１３のレベル）から患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程を含む。
【００９９】
いくつかの実施形態において、（ｂ）における決定は、決定されたＡＭＢＰのレベル（および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベル）を、ＰＫＤの特定の病期（例えば、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期）に関する値の範囲と比較すること、およびＡＭＢＰのレベル（および場合により、同様にＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、もしくは１３のレベル））がＰＫＤの特定の病期に関する値の範囲内にあれば、被験者をＰＫＤの特定の病期を有すると同定することを含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）１つまたはそれ以上のアッセイを行ってＰＫＤの病期を確認する（例えば、（ｃ）後の患者における１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する）工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）ＩＶ期またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された被験者を入院させる工程をさらに含む。ＰＫＤの特定の病期（例えば、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤ）を有する被験者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む試料中のＡＭＢＰのレベルの範囲（および場合により、同様にＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルの範囲）は、当技術分野で公知の方法を用いて決定することができる。ＰＫＤの５つの病期は当技術分野で公知であり、病期の説明は様々な刊行物で入手可能である。例えば、５つの病期は、Ｋｉｄｎｅｙ  Ｓｕｐｐｏｒｔウェブページ（ｋｉｄｎｅｙ−ｓｕｐｐｏｒｔ．ｏｒｇ）に記載されている：１期（発生期）、２期（増殖期）、３期（増大または腫大期）、４期（嚢胞破裂期）、および５期（末期）。
【０１００】
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択されるＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのレベル）を決定することを含み、ＰＫＤの病期は、ＡＭＢＰのレベルおよびＰＫＤの追加マーカーのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのレベル）から決定される。
【０１０１】
いくつかの例において、（ｂ）においてＡＭＢＰのレベルを決定すること、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加バイオマーカーのレベルを決定することは、ＡＭＢＰのタンパク質レベル、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）における決定は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーに特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも１つのＰＫＤの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。
【０１０２】
ＰＫＤをモニタリングする方法
また提供されるのは、ＰＫＤ患者（例えば、ＡＤＰＫＤ患者またはＡＲＰＫＤ患者）をモニタリングする方法である。モニタリングは、例えば、行われた治療に対するＰＫＤ患者の反応を観察し、治療を継続、変更、または中止するべきかどうかについて当業者に情報を提供するのに有用となり得る。例示的な方法は：（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；（ｃ）工程（ｂ）後、または第１の試料が患者から得られた後、ＰＫＤ患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルを決定する工程；および（ｄ）第２の試料中のレベルが第１の試料中のレベルより高くなければ、ＰＫＤは改善しているまたは変化がないと患者を同定する工程（または場合により、第２の試料中のレベルが第１の試料中のレベルより高ければ、ＰＫＤは悪化または進行していると被験者を同定する工程）を含み得る。
【０１０３】
また提供されるのは：（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料中のＡＭＢＰのレベル、およびＰＫＤの少なくとも１つ（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、または１３）の追加マーカー（例えば、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ−２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰ）のレベルを決定する工程；（ｃ）工程（ｂ）後、または第１の試料が患者から得られた後、ＰＫＤ患者由来の体液（例えば、尿）または腎臓組織（例えば、腎生検試料）を含む第２の試料を提供し、第２の試料中のＡＭＢＰのレベルおよびＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｄ）（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより高くなく、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、もしくは１３のレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルより高くなければ、ＰＫＤは改善しているまたは変化がないと患者を同定する工程（または場合により、（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより高く、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、もしくは１３のレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルより高ければ、ＰＫＤは悪化または進行していると被験者を同定する工程）を含む、ＰＫＤ患者をモニタリングする方法である。
【０１０４】
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択されるＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）を決定することを含み、（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより高くなく、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルより高くなければ、患者はＰＫＤが改善しているまたは変化がないと同定される（または場合により、（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより高く、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルより高ければ、患者はＰＫＤが悪化または進行していると同定される）。
【０１０５】
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択されるＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）を決定することを含み、（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより高くなければ、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルより高くなければ、患者はＰＫＤが改善しているまたは変化がないと同定される（または場合により、（ｉ）第２の試料中のＡＭＢＰレベルが第１の試料中のＡＭＢＰレベルより高く、および（ｉｉ）第２の試料中のＰＫＤの追加マーカーの１つのレベル（または２つ、３つ、４つ、５つ、もしくは６つのレベル）が、第１の試料中のＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのレベルより高ければ、患者はＰＫＤが悪化または進行していると同定される）。
【０１０６】
いくつかの例において、（ｂ）および（ｃ）においてＡＭＢＰのレベルを決定すること、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加バイオマーカーのレベルを決定することは、ＡＭＢＰのタンパク質レベル、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）および（ｃ）における決定は、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、および場合により、ＰＫＤの少なくとも１つの追加マーカーに特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも１つ（例えば、２つ、３つ、または４つ）のＰＫＤの追加マーカーのタンパク質レベルを決定することを含む。
【０１０７】
いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）ＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定された患者に、同じ治療（例えば、本明細書に記載されまたは当技術分野で公知のＰＫＤの例示的な治療）を施行する工程をさらに含む。例えば、（ｅ）における施行は、ＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）−キヌクリジン−３−イル（２−（４’−（２−メトキシエトキシ）−［１，１’−ビフェニル］−４−イル）プロパン−２−イル）カルバメート；４−フルオロ−１−（５−フルオロ−４−（４−（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（（２−メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（３−メチルキヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（キヌクリジン−３−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド；４−フルオロ−１−（４−（４−（２−フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン−２−イル）−Ｎ−（４−メチル−１−アザビシクロ［３．２．２］ノナン−４−イル）ピペリジン−４−カルボキサミド）；カルバミン酸，Ｎ−［１−［２−（４−フルオロフェニル）−４−チアゾリル］−１−メチルエチル］−，（３Ｓ）−１−アザビシクロ［２．２．２］オクタ−３−イルエステル（式ＩＩにより表される）；またはキヌクリジン−３−イル（２−（４’−フルオロ−［１，１’−ビフェニル］−３−イル）プロパン−２−イル）カルバメート（式ＩＩＩにより表される）の投与であってもよい。
【０１０８】
方法のいずれかのいくつかの実施形態は、ＰＫＤを有する患者を選択し、またはＰＫＤを有する患者を診断する（工程（ａ）の前に）（例えば、本明細書に記載されたＰＫＤを診断する例示的な方法のいずれかを用いて）工程をさらに含む。これらの方法のいずれかにおいて患者は、本明細書に記載された患者のいずれかであってもよい。方法のいずれかのいくつかの実施形態は、第１および／または第２の試料をＰＫＤ患者から得ることをさらに含む。
【０１０９】
いくつかの実施形態は、患者の改善しているまたは変化がないＰＫＤ状態（またはあるいは悪化または進行している状態）を患者の診療記録（例えば、コンピュータ可読媒体）に記録することをさらに含む。いくつかの例は、患者、患者の家族、および／または患者の担当医もしくは主治医に、患者の改善しているまたは変化がないＰＫＤ状態（またはあるいは悪化または進行している状態）を知らせることをさらに含む。いくつかの実施形態は、患者はＰＫＤが改善しているまたは変化がないと同定された場合、第１および第２の試料が患者から得られた時点の間に患者に施行された治療の再施行を認可することをさらに含む（またはあるいは、患者はＰＫＤが悪化または進行していると同定された場合、第１および第２の試料が患者から得られた時点の間に患者に施行された治療を再施行しないことの承認をさらに含む）。いくつかの実施形態は、被験者はＰＫＤが改善しているまたは変化がないという同定に基づき、入院施設（例えば、病院）から被験者を退院させること、または入院治療（例えば、透析）を減らすことを含む（または被験者はＰＫＤが悪化もしくは進行しているという同定に基づき、被験者の入院治療（例えば、入院加療）を継続すること、もしくは入院治療（例えば、透析）を増やすこと含む）。
【０１１０】
第１および第２の試料が患者から得られる時点の時間差は、例えば、１週間から４０週間、１週間から３０週間、１週間から２０週間、１週間から１２週間、１週間から８週間、１週間から４週間、１週間から２週間、２週間から１２週間、２週間から８週間、または２週間から４週間であってもよい。
【０１１１】
キット
また本明細書に提供されるのは、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、および少なくとも１つ（例えば、２つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２）のＰＫＤの追加のタンパク質マーカーに特異的に結合する抗体から本質的に成る、または成るキットである。例えば、キットは、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、ならびにＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ−２に特異的に結合する抗体、および網膜芽腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）に特異的に結合する抗体からなる群から選択される少なくとも１つの（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２）抗体から本質的に成ってもよく、または成ってもよい。いくつかの例において、ＡＭＢＰタンパク質に特異的に結合する抗体、および／またはＰＫＤの追加のタンパク質マーカーに特異的に結合する少なくとも１つの抗体の任意の組合せが標識される（例えば、放射性同位体、フルオロフォア、またはクエンチャーで）。
【０１１２】
いくつかの例示的なキットは、１つまたはそれ以上の陽性対照組み換えタンパク質（例えば、単離された組み換えＡＭＢＰ、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ−２、およびＲＢＢＰ）をさらに含む。いくつかの例において、ＡＭＢＰに特異的に結合する抗体、およびＰＫＤの少なくとも１つの追加のタンパク質マーカーに特異的に結合する抗体は、Ｆｃドメインにより固体表面（例えば、チップ、ビーズ、または膜）に共有結合される。
【０１１３】
いくつかのキットは、ＰＫＤ患者（例えば、ＰＫＤの既知の重症度を有するＰＫＤ患者）またはＰＫＤの動物モデル（例えば、実施例に記載された動物モデルのいずれか）由来の体液を含む体液（例えば、体液、腎臓組織、または腎臓細胞を含む試料）を含む試料をさらに含む。そのような試料は、例えば陽性対照として有用である。
【０１１４】
本発明を以下の実施例でさらに説明するが、これらにより特許請求の範囲に記載された本発明の範囲は限定されない。
【実施例】
【０１１５】
〔実施例１〕
ＰＫＤのマーカーとしてのＡＭＢＰの同定、ならびにヒトＰＫＤ患者およびＰＫＤの２つの異なるマウスモデルにおけるＡＭＢＰのレベル
ＡＭＢＰがヒトおよびＰＫＤの２つの異なる動物モデルにおける正確なＰＫＤのマーカーであるかどうかを決定するために、一連の実験を行った。
【０１１６】
材料および方法
動物および採尿
Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ  ｊｃｋ／＋マウスを交配用に維持した。嚢胞性ｊｃｋ／ｊｃｋマウスを、以前に記載されているように遺伝子型判定した（Ｓｍｉｔｈら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．１７：２８２１〜２８３１頁、２００６）。Ｐｄｋ１コンディショナルノックアウトマウスを、以前に記載されているように作成した（Ｎａｔｏｌｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄ．１６：７８８〜７９２頁、２０１０）。Ｐｄｋ１遺伝子を、生後１日目に１００ｍｇ／ｋｇでヒマワリ油で送達されるタモキシフェンによりＣｒｅリコンビナーゼ活性を誘導して欠室させた（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、セントルイス、ＭＯ）。
【０１１７】
患者試料採取
正常なヒト患者およびヒトＡＤＰＫＤ患者由来の試料は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＤＲＩ）から購入した。ヒトＡＤＰＫＤ患者由来の尿試料はトロント大学で採取した。簡単には、早朝中間尿試料を採取し、コンプリートプロテイナーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ）で固定した。尿を２０００×ｇで１０分間遠心分離して細胞残屑を除去し、−８０℃で保管した。総腎容積（ＴＫＶ）をＡＤＰＫＤ患者において磁気共鳴画像（ＭＲＩ）（ガドリニウムなし）により定量した（表１）。
【０１１８】
【表１】
2019502902.tif 000016
【０１１９】
ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ試料製造
Ｐｒｏｔｅｏｓｅｅｋ  ＨＡＳ／ＩｇＧ抗体ベース除去キット（Ｐｉｅｒｃｅ、ロックフォード、ＩＬ）を使用して、尿試料１００μｇからアルブミンおよびＩｇＧの主なサブクラスを枯渇させた。枯渇試料を１０％（ｖ／ｖ）ＴＣＡ（ＥＭＤ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）に氷上で２時間沈殿させた。沈殿物を１４０００×ｇで１５分間ペレット化し、上清を捨てた。ペレットを２００μＬアセトン（−８０℃）で洗浄し、ボルテックスし、１４０００×ｇで１０分間再ペレット化し、上清を捨てた。ペレットを再懸濁し、還元し、アルキル化し、ＰｒｏｔｅａｓｅＭａｘ分解性界面活性剤、および記載されたＩｎｓｏｌｕｔｉｏｎプロトコル（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いてトリプシン消化した。分解した界面活性剤は、試料を１４，０００×ｇで１５分間遠心分離して除去し、上清をｎＬＣ−ＭＳ／ＭＳ分析用にＴｏｔａｌ  Ｒｅｃｏｖｅｒｙ  Ｖｉａｌ（Ｗａｔｅｒｓ）に移した。
【０１２０】
ナノＵＰＬＣ−ＭＳ
ペプチド消化物を、９９％緩衝液Ａ（０．１％ｖ／ｖギ酸含有水）および１％緩衝液Ｂ（０．１％ｖ／ｖギ酸含有アセトニトリル）を用いて１５μＬ／分の流速で３分間、オンラインＳｙｍｍｅｔｒｙ  Ｃ１８トラップカラム（１８０μｍ×２０ｍｍ×５μｍ（Ｗａｔｅｒｓ）により脱塩した。ペプチドをＣ１８  ＢＥＨ  １００μｍ×１００μｍ、１．７μｍ（Ｗａｔｅｒｓ）カラムで９０分勾配で溶出した。ＴａｐｅｒＴｉｐエミッター（Ｎｅｗ  Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ）を通じてナノＡｃｕｉｔｙ  ＵＰＬＣをＳｙｎａｐｔ  Ｇ１（Ｗａｔｅｒｓ）に連結した。連続フォーマットのデータ独立取得モード（ＭＳＥ）を使用して、溶出ペプチドを２００〜３０００ｍ／ｚの範囲で分析した。質量精度は、ロックスプレー検量体（［Ｇｌｕ１］−フィブリノペプチドＢ（［Ｍ＋２Ｈ］２＋、７８５．８４２０６ｍ／ｚ、Ｇｅｎｚｙｍｅ、フレーミングハム、ＭＡ）を用いて維持した。
【０１２１】
データ分析
ＭＳＥ生データを自動的に平滑化し、バックグラウンドを減算し、センタリングし、脱同位体化し、荷電状態を低減し、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｌｙｎｘ  Ｇｌｏｂａｌ  Ｓｅｒｖｅｒ  ｖ２．４（Ｗａｔｅｒｓ）で質量を補正した。処理したデータを、ヒトＩＰＩタンパク質データベースｖ３．１３１に対して検索した。フィルタリング基準は、＞９５％信頼スコアでタンパク質のみを含むように設定した。Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（Ｗａｔｅｒｓ）を用いたラベルフリー定量も使用して、対照と比べて発現差異が＞１．５倍のタンパク質を順位付けた。
【０１２２】
ウェスタンブロット（免疫ブロット）分析
腎臓試料は、１ｍＭ  ＤＴＴ、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、２ｍＭ  ＮａＦ、１ｍＭ  Ｎａ３ＶＯ４（全てＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈにより供給）、Ｐｅｆａｂｌｏｃ  ＳＣおよびコンプリートプロテイナーゼ阻害剤カクテル（両方ともＲｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｅｉｎｃｅ製）を含むＲＩＰＡ緩衝液（Ｂｏｓｔｏｎ  ＢｉｏＰｒｏｄｕｃｔｓ）中でホモジナイズした。タンパク質濃度は、ＢＣＡタンパク質アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ）により決定した。尿試料は簡単には、３０００ＲＰＭで４℃で、１０分間遠心分離して（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ  Ａｌｌｅｇｒａ  ６Ａ）細胞残屑を除去した。等容積の尿を、５×レムリ緩衝液（１５％ＳＤＳ、０．５７５Ｍスクロース、０．３２５Ｍ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ６．８、５％ベータ−メルカプトエタノール、および０．００２％ブロモフェノールブルー）に希釈した。等量のタンパク質および尿を、製造者のプロトコル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に従って４〜１４％ＮｕＰａｇｅ  Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓゲルにローディングした。膜を０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０を含むトリス緩衝生理食塩水（ＴＢＳ）中、５％無脂肪乳でブロックし、一次抗体と４℃で一晩インキュベートした。一次抗体を西洋ワサビペルオキシダーゼ標識二次抗体（Ｐｒｏｍｅｇａ）で検出した。免疫反応性タンパク質を増強化学発光（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）により検出した。以下のタンパク質に対する一次抗体を使用した：α−１−ミクログロブリンおよびβ−アクチン（Ａｂｃａｍ）、およびＧＡＰＤＨ（ＵＳ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）。
【０１２３】
定量ＲＴ−ＰＣＲ分析
ＲＮＡ抽出は、製造者の指示に従って５μｇグリコーゲン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の存在下、ＴＲＩｚｏｌ試薬中で腎臓をホモジナイズして行った。逆転写酵素反応は、製造者の推奨（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に従って、ｑＲＴ−ＰＣＲ用のＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ  Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ＳｕｐｅｒＭｉｘで抽出ＲＮＡを用いて行った。ＴａｑＭａｎプライマーを、ＡＭＢＰ（Ｍｍ００４３１７８８＿ｍ１）に対応するＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓの設定済みのＴａｑｍａｎ遺伝子発現アッセイから得た。反応はＴａｑＭａｎ遺伝子発現マスターミックスを用いて行い、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ７５００リアルタイムＰＣＲシステムにかけ、げっ歯類ＧＡＰＤＨ発現に対して正規化した。
【０１２４】
免疫蛍光
正常な患者およびＡＤＰＫＤ患者由来のパラフィン包埋腎臓標本は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅから入手した。野生型、ｊｃｋ、対照、およびＰｋｄ１  ｃＫＯ由来のパラフィン包埋腎臓を４マイクロメータ切片にカットし、圧力鍋でＡｎｔｉｇｅｎ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（ＤＡＫＯ）中で煮沸して抗原をアンマスキングした。腎臓切片をＰｒｏｔｅｉｎ  Ｂｌｏｃｋ  Ｓｅｒｕｍ  Ｆｒｅｅ（ＤＡＫＯ）を用いて一晩４℃で１時間ブロックした。ロータス・テトラゴノロブス（Ｌｏｔｕｓ  ｔｅｔｒａｇｏｎｏｌｏｂｕｓ）レクチン（ＬＴＬ）（Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）に対する一次抗体を１：１０００の希釈で使用した。染色は２０×または４０×対物レンズを備えたＯｌｙｍｐｕｓ  １×７０顕微鏡（Ｏｌｙｍｐｕｓ−Ａｍｅｒｉｃａ）で可視化した。画像はＭｅｔａｍｏｒｐｈ  Ｉｍａｇｉｎｇ  Ｓｅｒｉｅｓソフトウェア（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）でキャプチャした。
【０１２５】
結果
尿は８名のヒトＡＤＰＫＤ患者（女性７名および男性１名）および３名の正常ヒト患者由来であった。ヒトＡＤＰＫＤ患者ごとの臨床パラメータは、表１にリストされている。各ヒト被験者の尿は、軽度疾患（ＴＫＶ＜６００ｍＬ）を有する患者３名、および中等度ＡＤＰＫＤ（ＴＫＶ＞７５０ｍＬ）を有する患者５名から中間尿採取した。ＬＣ−ＭＳ／ＭＳを用いた全尿プロテオームプロファイリングを使用して、正常対照由来の尿対個々のＡＤＰＫＤ試料中のタンパク質発現を比較した。データは、α−１−ミクログロブリン／ビクニン前駆体（ＡＭＢＰ）タンパク質がＡＤＰＫＤ患者において増加していること、およびＡＭＢＰタンパク質レベルが総腎容積（ＴＫＶ）測定値と相関することを明らかにした。最も軽度（患者１）および最も重度（患者８）のＡＤＰＫＤ患者由来のＡＭＢＰ発現の比較は、ＡＭＢＰ発現における３０倍の差を示した。これは、ヒトにおけるＡＤＰＫＤの重症度が増加するにつれて、ＡＭＢＰタンパク質レベルが増加することを示唆するものである。
【０１２６】
ヒトＡＤＰＫＤにおけるＡＭＢＰ発現の分析
ＡＭＢＰタンパク質はもともと肝臓でのみ発現することが示された（Ｓａｌｉｅｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．２９６：８５〜９１頁、１９９３；Ｓａｌｉｅｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３１５：１〜９頁、１９９６；Ｄａｖｅａｕら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．２９２：４８５〜４９２頁、１９９３）が、腎臓で発現することが示されてきている（Ｇｒｅｗａｌら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３８７：６０９〜６１６頁、２００５）。腎臓において、ＡＭＢＰ遺伝子の発現は、Ａ１Ｍ特異的シスエレメントおよび転写因子により制御される。腎尿細管細胞では、ＡＭＢＰタンパク質の切断が欠如していることが証明されている（Ｇｒｅｗａｌら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．３８７：６０９〜６１６頁、２００５）。
【０１２７】
ヒトＡＤＰＫＤ患者由来の尿試料中のＡＭＢＰタンパク質レベルの免疫ブロッティング分析を行って、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳデータを確認した。分析は、ＡＭＢＰがヒトＡＤＰＫＤ患者由来の尿試料において上方制御されていること、およびＡＭＢＰ発現のレベルが疾患進行（ＴＫＶにより示された）と相関することを示した（ｒ２＝０．７７８２）（図１〜３）。正常およびヒトＡＤＰＫＤ患者の腎臓由来の切片を、Ａ１Ｍおよび近位尿細管マーカーＬＴＬに対する一次抗体で染色して、ヒト腎臓におけるＡＭＢＰ発現の局在化を決定した。図４に示されているように、近位尿細管マーカーＬＴＬで染色された尿細管が、ＡＤＰＫＤ患者の腎臓におけるＡＭＢＰタンパク質発現の部位であるが（矢印によって示されている）、そのような発現は正常患者の腎臓では観察されない。ＡＤＰＫＤ嚢胞液中のＡＭＢＰタンパク質の発現を、単独ヒトＡＤＰＫＤ患者の３つの異なる嚢胞由来の嚢胞液を用いて確認した。
【０１２８】
これらのデータは、ＡＭＤＰがＰＫＤのマーカーであることを示している。
【０１２９】
ＰＫＤのｊｃｋモデルにおけるＡＭＢＰ発現の評価
ＰＫＤのｊｃｋマウスモデル（Ｓｍｉｔｈら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．１７：２８２１〜２８３１頁、２００６）を使用してＡＭＢＰの発現を評価した。Ｊｃｋマウスを、中程度に進行した腎嚢胞性疾患の発症により特徴付けした。ｊｃｋマウスモデル由来の腎臓は生後２６日目までに肥大し、複数の嚢胞を有した。６４日目までには、正常組織はほとんど残っておらず、数および大きさが有意に増加した嚢胞があった。血清クレアチニンおよび血中尿素窒素により測定したｊｃｋマウスにおける腎臓機能は、時間とともに次第に上昇した。Ｊｃｋマウスにおいて、嚢胞は初期には集合管由来の疾患に起因し、細胞発生の進行にわたって、嚢胞は遠位尿細管およびヘンレ係締から発生する。近位尿細管に起因する嚢胞はｊｃｋマウスでは検出されない（Ｓｍｉｔｈら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．１７：２８２１〜２８３１頁、２００６）。
【０１３０】
図５のデータは、６４日齢ｊｃｋマウスが、野生型マウス対照と比べて６０倍高いＡＭＢＰ遺伝子発現レベルを有することを示している。これらのデータは、対応する免疫ブロットにより支持された。免疫ブロットも、野生型マウスと比較して５０および６０日齢ｊｃｋマウス由来の腎臓におけるＡＭＢＰタンパク質レベルの有意な上昇を示した（図６および７）。生後２６、５０、および６０日目のｊｃｋマウスならびに生後６４日目の野生型マウス由来の腎臓切片の免疫蛍光顕微鏡写真は、ｊｃｋマウスにおける疾患進行にわたって近位尿細管および糸球体でのＡＭＢＰタンパク質の増加する発現を示すが、ＡＭＢＰタンパク質発現は６４日齢の野生型マウスではほとんど観察されない（図８）。
【０１３１】
実験の次のセットでは、ｊｃｋマウス由来の尿試料中のＡＭＢＰタンパク質レベルを、疾患進行の異なる病期で測定した。尿は、生後６４日目の腎臓対体重比（最終Ｋ／ＢＷ）により測定した一連の疾患重症度を６．９５から８．７２範囲に有する５匹のｊｃｋマウスから、５週間にわたって連続的に採取した。免疫ブロットデータは、ＡＭＢＰタンパク質レベルの上昇が生後３３日目から４１日目に始まって生じること、ｊｃｋマウスにおいて進行性に増加すること、より重度の疾患は、ｊｃｋマウスにおける尿中ＡＭＢＰタンパク質レベルのより初期のアップレギュレーション、および生後６４日目のより高いＡＭＢＰタンパク質レベルを特徴とすることを示している（図９および１０）。これらのデータは、ＰＫＤの病期または重症度を決定するのにＡＭＢＰタンパク質レベル（例えば、尿または腎臓組織ＡＭＢＰレベル）を使用できることを示唆するものである。
【０１３２】
ＡＤＰＫＤのオーソロガスモデルにおけるＡＭＢＰ発現
ＰＫＤのオーソロガスマウスモデルでＡＭＢＰの発現を調べるために、ＰＫＤ１  ＣＫＯ（コンディショナルノックアウト）マウス（ＮＡＴＯＬＩら、ＮＡＴＵＲＥ  ＭＥＤ．１６：７８８〜７９２頁、２０１０）を用いて実験を行った。このモデルでは、生後１日目のＰＫＤ１の不活性化により、腎臓対体重比、嚢胞パーセンテージ、および血中尿素窒素（ＢＵＮ）の増加により明らかな、有意な嚢胞発生が生じる（ＮＡＴＯＬＩら、ＮＡＴＵＲＥ  ＭＥＤ．１６：７８８〜７９２頁、２０１０）。皮質および髄質領域における嚢胞の進行性肥大は、初期の急速な嚢胞成長（１８〜２６日齢）と、その後のよりゆっくりした成長速度の二段階で生じる。
【０１３３】
免疫ブロット分析を使用して、ＰＫＤ１  ＣＫＯマウスにおける経時なＡＭＢＰタンパク質レベルを決定した。データは、ＡＭＢＰタンパク質レベルが、ＰＫＤ１  ＣＫＯマウス由来の腎臓試料において時間とともに増加することを示している（生後６４日目の発現レベル対生後２６日目の発現レベルを比較）（図１１）。尿を、一連の疾患重症度（嚢胞パーセンテージにより測定）（２３．３から３９．６範囲の生後６４日目の最終嚢胞％）を有するＰＫＤ１マウスから５週間にわたって連続的に採取して、ＰＫＤ１  ＣＫＯマウスにおけるＡＭＢＰタンパク質の尿中レベルをさらに調べた。図１３および１４のデータは、ＰＫＤ１マウスでは尿中ＡＭＢＰタンパク質のレベルが２６から３３日の間に増加し、その後、生後６４日目（この試験の最終時点として使用）までレベルは比較的ゆっくり増加することを示している。ＪＣマウスの腎臓と同様に、ＰＫＤ１  ＣＫＯ腎臓切片の免疫蛍光分析は、近位尿細管におけるＡＭＢＰの上昇を示した（図１２）。
【０１３４】
〔実施例２〕
治療的介入後のＰＫＤの前臨床モデルにおけるＡＭＢＰ発現
サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（ＣＤＫｉ）およびグルコシルセラミド合成酵素阻害剤（ＧＣＳｉ）は、ＰＫＤのマウスモデルにおいて嚢胞性パラメータを低下させることが以前に示されている（Ｎａｔｏｌｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄ．１６：７８８〜７９２頁、２０１０；Ｂｕｋａｎｏｖら、Ｎａｔｕｒｅ  ４４４：９４９〜９５２頁、２００６；Ｂｕｋａｎｏｖら、Ｃｅｌｌ  Ｃｙｃｌｅ  １１：４０４０〜４０４６頁、２０１２）。ｊｃｋマウスにおける腎臓および尿中ＡＭＢＰ発現が、ＣＤＫｉロスコビチンおよびＳ−ＣＲ８、およびＧＣＳｉ（Ｇｅｎｚ−１２３３４６）による治療的介入の成功後に低下するかどうかを決定するために、一連の実験を行った。
【０１３５】
材料および方法
実験のこのセットで使用した材料および方法は、以下に記載するマウスモデル治療を除いて実施例１と同じである。
【０１３６】
動物治療
ロスコビチンは粉末化５０５３ダイエットに０．２％で混合して、２６から６４日目のｊｃｋマウスに適宜投与した。ＧＣＳｉ（Ｇｅｎｚ−１２３３４６）は、粉末化５０５３ダイエットに０．２２５％で混合して、生後２６日目から６４日目のｊｃｋマウスに適宜投与した（Ｎａｔｏｌｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄ．１６：７８８〜７９２頁、２０１０）。Ｓ−ＣＲ８による長期およびパルス治療は、生後２６日目から開始して２４ｍｇ／ｋｇを毎日腹腔内注射して行った。Ｓ−ＣＲ８治療のスケジュールは、図１８に示されている。尿は、腎臓対体重比（Ｋ／ＢＷ）および嚢胞性パーセンテージ（Ｃ％）により測定した一連の疾患重症度を有する動物から、５週間にわたって（生後２６、３３、４１、４８、および６４日目に）２４時間連続的に採取した。
【０１３７】
結果
ｊｃｋマウスにおけるＣＤＫ阻害剤ロスコビチンおよびＳ−ＣＲ８による治療
ロスコビチンの投与が、ＡＭＢＰレベルおよび腎臓容積の両方を減少させるかどうかを決定するために、実験の第１のセットをｊｃｋマウスで行った。データは、生後２６日目から６４日目にビヒクルのみを投与した６４日齢ｊｃｋマウスで測定した同じパラメータと比較して、生後２６日目から６４日目の０．２％ロスコビチンの経口投与（図１５）が、生後６４日目のｊｃｋマウス由来の尿および腎臓試料の両方で腎臓容積の減少（図１６）およびＡＭＢＰタンパク質レベルの減少の両方をもたらすことを示している（図１７）。
【０１３８】
第２のＣＤＫ阻害剤、Ｓ−ＣＲ８が、ＡＭＢＰレベルおよび腎臓容積の両方を減少させるかどうかを決定するために、実験の第２のセットをｊｃｋマウスで行った。これらの実験では、ｊｃｋ動物に生後２６日目に開始する以下の治療スケジュールの１つを施行した：（Ａ）２４ｍｇ／ｋｇ  Ｓ−ＣＲ８を５週間、毎日腹腔内注射；（Ｂ）２４ｍｇ／ｋｇ  Ｓ−ＣＲ８を３週間、毎日腹腔内注射、および治療なしで２週間；ならびに（Ｄ）２４ｍｇ／ｋｇ  Ｓ−ＣＲ８を１週間、毎日腹腔内注射、および治療なしで４週間（図１８）。対照として、ｊｃｋ動物に生後２６日目から６４日目にビヒクルを投与した。
【０１３９】
データは、（全てのテスト治療スケジュールにおいて）２４ｍｇ／ｋｇ  Ｓ−ＣＲ８の毎日腹腔内注射が、嚢胞容積（図１９）および対応する尿ＡＭＢＰタンパク質レベルの減少（図２０および２１）をもたらしたことを示している。これらのデータは、減少するＡＭＢＰのレベルが、被験者におけるＰＫＤ治療の効能を示し得ることを示している。
【０１４０】
ｊｃｋマウスにおけるＧＣＳ阻害剤による治療
ｊｃｋマウスの尿および腎臓試料中のＡＭＢＰレベルに対するＧＣＳ阻害剤、Ｇｅｎｚ−１２３３４６の投与の効果をテストするために、実験の追加のセットを行った。データは、生後２６日目から６４日目にビヒクルを投与した６４日齢対照ｊｃｋマウスの対応するレベルと比較して、生後２６日目から６４日目のｊｃｋマウスへの０．２２５％Ｇｅｎｚ１２３３４６の毎日投与が、生後６４日目の尿および腎臓組織試料の両方における減少をもたらすことを示している（図２２）。
【０１４１】
他の実施形態
本発明は、その発明を実施するための形態と併せて記載されているが、前述は、添付された特許請求の範囲の範囲により定義される本発明の範囲を例証するためであり、該範囲を限定しないことが意図されることを理解するべきである。他の態様、利点、および変更は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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