(57)【要約】ＲＡＲＡアゴニストに対して感受性の細胞集団を規定する、及びＲＡＲＡアゴニストによる治療から恩恵を受けるであろう患者集団を特定する方法を本明細書に記載する。この方法は、ＲＡＲＡアゴニストを患者集団に投与することを含むことができる。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
非ＡＰＬ急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）または骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を有する対象にタミバロテンを投与するステップを含み、
前記対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料においてＩＦＲ８バイオマーカーが検出されており、前記ＩＲＦ８バイオマーカーが所定の閾値以上であるＩＲＦ８エンハンサー強度、所定の閾値以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル及びこれらの組み合わせから成る群から選択される、
がんの治療方法。
【請求項２】
前記対象由来の前記ＰＢＭＣまたは富化ＰＢＭＣ試料においてＲＡＲＡバイオマーカーも検出されており、前記ＲＡＲＡバイオマーカーが所定の閾値以上であるＲＡＲＡエンハンサーの強度、所定の閾値以上であるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベル及びこれらの組み合わせから成る群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記対象が非ＡＰＬ  ＡＭＬを有する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
非ＡＰＬ  ＡＭＬ及びＭＤＳから選択されるがんの治療方法であって、
前記がんを有する対象にＲＡＲＡアゴニストを投与するステップを含み、ここでは、前記対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料がＩＲＦ８バイオマーカーを有すると決定され、
前記ＩＲＦ８バイオマーカーが、上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの発現であるか、またはこれを含む、
前記治療方法。
【請求項５】
前記対象由来の前記ＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料が、所定の閾値レベル以上であるレベルの検出によって、上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを発現していると決定される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記スーパーエンハンサーが所定の閾値レベル以上である強度、順位ランクまたは保有率ランクを有する場合、前記対象由来の前記ＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料がＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していると決定される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記所定の閾値レベルが所定の保有率カットオフレベルである、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳに対する前記所定の保有率カットオフが約１５〜約４０％の間である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記対象が上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルまたはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを示すことがさらに示されている、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記対象が上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルまたはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを示さないことがさらに示されている、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象が上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを示すという実証より前に、前記対象が上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルまたはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを示さないことが示された、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象が上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを示すという実証と同時に、前記対象が上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルまたはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを示さないことが示された、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記がんが非ＡＰＬ急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、請求項４〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを有する対象への療法の施行方法であって、ここでは、前記対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料が、
ａ．上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない、及び
ｂ．上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない
と決定され、
前記療法がタミバロテンの投与を含まない、前記施行方法。
【請求項１５】
前記療法がＲＡＲＡアゴニストの投与を含まない、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
対象に療法を施すステップを含み、ここでは、前記対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料が、
ａ．上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現している、
ｂ．上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現している
と決定され、
前記療法がＲＡＲＡアゴニストである、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの治療方法。
【請求項１７】
対象に療法を施すステップを含み、ここでは、前記対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料が、
ａ．上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現しない、及び
ｂ．上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現している
と決定され、
前記療法がＲＡＲＡアゴニストである、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの治療方法。
【請求項１８】
ａ．非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに関する情報を受け取るステップ、及び
ｂ．前記ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはスーパーエンハンサーのレベルが参照のもの以上であると前記情報が示す場合に、ＲＡＲＡアゴニストを前記対象に投与するステップ
を含む、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの治療方法。
【請求項１９】
ａ．  ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーに関する情報を受け取るステップであって、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料において、前記スーパーエンハンサーが所定の閾値レベル以上である強度、順位ランクまたは保有率ランクを有するステップ、及び
ｂ．ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーが所定の閾値レベル以上である強度、順位ランクまたは保有率ランクを有すると前記情報が示す場合に、ＲＡＲＡアゴニストを前記対象に投与するステップ
を含む、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの治療方法。
【請求項２０】
前記ＲＡＲＡアゴニストがタミバロテンである、請求項１６〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの治療におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性の予測方法であって、
非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料が、参照のもの以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有するかどうかを決定するステップを含み、
参照のもの以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが、治療におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性を予測する、前記予測方法。
【請求項２２】
がんの治療におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性の予測方法であって、
ａ．非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料がＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有するかどうかを決定するステップを含み、
ｂ．ここでは、前記スーパーエンハンサーが、がんを罹患する対象において所定の閾値レベル以上である強度、順位ランクまたは保有率ランクを有する、
前記予測方法。
【請求項２３】
ａ．非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料を得るステップ、
ｂ．前記生物試料において、
ｉ）ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが参照のもの以上であること、または
ｉｉ）所定の閾値以上である強度、順位ランクもしくは保有率ランクを有する、ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサー
の１つまたは複数を検出するステップ
を含む方法。
【請求項２４】
非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象の診断、予後予測または治療の方法であって、
ａ．前記対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料を得るステップ、
ｂ．試料において、前記対象におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの１つまたは複数を決定するステップ
を含む、前記診断、予後予測または治療の方法。
【請求項２５】
ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが参照のもの以上である場合に、前記対象がＲＡＲＡアゴニストを含む治療用組成物を投与される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーが所定の閾値以上である強度、順位ランクまたは保有率ランクを有する場合に、前記対象が、ＲＡＲＡアゴニストを含む治療用組成物が投与される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象の診断、予後予測または治療の方法であって、
ａ．前記対象由来のＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料を得るステップ、
ｂ．試料において、前記対象におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを決定するステップ、
ｃ．ｉ）ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが参照のもの以上である、または
ｉｉ）ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサー（前記スーパーエンハンサー所定の閾値以上である強度、順位ランクまたは保有率ランクを有する）
の１つまたは複数である場合、
ＲＡＲＡアゴニストを含む治療用組成物を投与するステップ
を含む、前記診断、予後予測または治療の方法。
【請求項２８】
前記ＲＡＲＡアゴニストがタミバロテンである、請求項２４、２５または２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
ａ．非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを有する対象から得られたＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料において、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること、
ｂ．前記生物試料が、参照のもの以上である上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数または所定の閾値以上である強度、順位ランクもしくは保有率ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない場合に、前記生物試料においてＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること
を含む、方法。
【請求項３０】
ａ．非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを有する対象から得られたＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料において、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること、
ｂ．前記生物試料が、参照のもの以上である上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数または所定の閾値以上である強度、順位ランクもしくは保有率ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現している場合に、前記生物試料においてＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること
を含む、方法。
【請求項３１】
ａ．非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを有する対象から得られたＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料において、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること、
ｂ．前記生物試料が、参照のもの以上である上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つまたは複数または所定の閾値以上である強度、順位ランクもしくは保有率ランクを有する、ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない場合に、前記生物試料においてＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること
を含む、方法。
【請求項３２】
ａ．非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを有する対象から得られたＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料において、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること、
ｂ．前記生物試料が、参照のもの以上である上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数または所定の閾値以上である強度、順位ランクもしくは保有率ランクを有するＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現している場合に、前記生物試料においてＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること
を含む、方法。
【請求項３３】
前記検出ステップを同時に実施することができる、請求項２９〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
ＲＡＲＡアゴニストを前記対象に投与することをさらに含む、請求項２９〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記ＲＡＲＡアゴニストがタミバロテンである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記ｍＲＮＡレベル検出ステップが、蛍光ハイブリダイゼーション、ＰＣＲ、ｑＰＣＲ、ｑＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮＡシークエンシング、ＲＮＡハイブリダイゼーション及びシグナル増幅またはノーザンブロットを使用して行われる、請求項２９〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
前記スーパーエンハンサー検出ステップがＨ３Ｋ２７Ａｃ  ＣｈＩＰ−ｓｅｑ、クロマチン免疫沈降及びｃｈｉｐアレイ（Ｃｈｉｐ−ｃｈｉｐ）またはクロマチン免疫沈降とその後に続くｑＰＣＲ（Ｃｈｉｐ−ｑＰＣＲ）を使用して行われる、請求項２９〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを有する対象にタミバロテンと第２の治療剤の組み合わせを投与するステップであって、前記対象から得られたＰＢＭＣ試料または富化ＰＢＭＣ試料が、ＩＲＦ８バイオマーカー及び／またはＲＡＲＡバイオマーカーを有すると決定されるステップを含む非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの治療方法であって、ここでは、
前記ＩＲＦ８バイオマーカーが、上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの発現であるか、またはこれ含み、
前記ＲＡＲＡバイオマーカーが、上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つまたは複数の発現またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーであるか、またはこれ含み、
前記第２の治療剤が、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、ＤＮＡ合成酵素阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、葉酸阻害剤、ＢＲＤ４阻害剤、Ｚｎフィンガー転写因子阻害剤、ＧＣＲ阻害剤、ＣＤＫ７阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＪＭＪＤ３／ＪＡＲＩＤ１Ｂ阻害剤、ＥＺＨ２阻害剤、ＬＳＤ１阻害剤、プロテアソーム阻害剤、ＤＮＡ損傷修復阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＤＯＴ１Ｌ阻害剤、チューブリン阻害剤、ＰＬＫ阻害剤またはオーロラキナーゼ阻害剤から選択される、
前記治療方法。
【請求項３９】
前記がんが非ＡＰＬ  ＡＭＬである、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記第２の治療剤が、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、ＤＮＡ合成酵素阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、葉酸阻害剤、ＢＲＤ４阻害剤、Ｚｎフィンガー転写因子阻害剤、ＧＣＲ阻害剤、ＣＤＫ７阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＪＭＪＤ３／ＪＡＲＩＤ１Ｂ阻害剤，及びＥＺＨ２阻害剤から選択される、請求項３８または３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記第２の治療剤が、アザシチジン、三酸化ヒ素、ミドスタウリン、シタラビン、ダウノルビシン、メトトレキサート、イダルビシン、ソラフェニブ、デシタビン、キザルチニブ、ＪＱ１、ＡＴＯ、プレドニゾン、ＳＡＨＡ及びＧＳＫＪ４から選択され、ここでは、
前記第２の治療剤がミドスタウリン、ソラフェニブまたはキザルチニブである場合、前記がんが上昇したＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルを有するとさらに決定される場合にのみ前記薬剤が投与され、
前記第２の治療剤がプレドニゾンである場合、前記がんが上昇したＧＣＲｍＲＮＡレベルを有するとさらに決定される場合にのみ前記薬剤が投与され、
前記第２の治療剤がＧＳＫＪ４である場合、前記がんが上昇したＪＭＪＤ３及び／またはＪＡＲＩＤ１Ｂ  ｍＲＮＡレベルを有するとさらに決定される場合にのみ前記薬剤が投与される、
請求項４０に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年４月８日に出願された米国特許仮出願第６２／３２０，３５２号の優先権を主張し、その開示は、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
レチノイドは、天然及び合成の化合物を含む、構造的にビタミンＡと関連している化合物のクラスである。レチノイドのいくつかの系列が、皮膚科学的及び腫瘍学的疾患の治療で臨床的に有用であることが見出されている。レチノイン酸及び他の天然に存在するそのレチノイド類似体（９−シスレチノイン酸、オールトランス３，４−ジデヒドロレチノイン酸、４−オキソレチノイン酸及びレチノール）は、多種多様な炎症細胞、免疫細胞及び構造細胞の構造及び機能をモジュレートする多面的な調節化合物である。これらは、肺における上皮細胞の増殖、分化及び形態形成の重要な調節因子である。レチノイドは、ステロイド／甲状腺受容体スーパーファミリーに属するリガンド誘導性転写因子である一連のホルモン核内受容体を介して、その生物学的効果を発揮する。
【０００３】
レチノイド受容体は、２つのファミリー、すなわち、レチノイン酸受容体（ＲＡＲ）及びレチノイドＸ受容体（ＲＸＲ）に分類され、それぞれ３つの異なるサブタイプ（α、β及びγ）からなる。ＲＡＲ遺伝子ファミリーの各サブタイプは、２つの一次ＲＮＡ転写産物の差次的スプライシングから生じる可変数のアイソフォームをコードする。オールトランスレチノイン酸はレチノイン酸受容体に対する生理的ホルモンであり、３つのＲＡＲサブタイプのすべてにほぼ等しい親和性で結合するが、９−シスレチノイン酸が天然リガンドであるＲＸＲ受容体には結合しない。レチノイドは抗炎症作用を有し、上皮細胞分化の進行を変化させ、間質細胞マトリックス生成を阻害する。これらの特性は、皮膚科学的障害、例えば、乾癬、座瘡及び肥大性皮膚瘢痕に対する局所的及び全身的なレチノイド治療剤の開発をもたらした。他の用途としては、急性前骨髄球性白血病、腺癌及び扁平上皮癌ならびに肝線維症の制御が挙げられる。
【０００４】
レチノイドの治療的使用の制限は、天然に存在するレチノイド、オールトランスレチノイン酸及び９−シスレチノイン酸で観察される相対的毒性に起因した。これらの天然リガンドはＲＡＲサブタイプに関して非選択的であり、したがって体全体にわたって多面的効果を有し、これらは有毒であることが多い。
【０００５】
様々なレチノイドが、ＲＡＲもしくはＲＸＲ受容体またはそのクラス内の特定のサブタイプ（α、β、γ）と選択的または特異的に相互作用することが説明されている。ＲＡＲＡ特異的アゴニストは、がんの治療に非常に有望あり、多くのものがヒト臨床試験に入った。しかし、たった１つのＲＡＲＡ特異的アゴニスト、タミバロテンしか、これまでがんの治療に承認されていない。さらに、米国及びヨーロッパにおける治験にもかかわらず、タミバロテンは日本でしか承認されておらず、且つ急性前骨髄球性白血病の治療についてしか承認されていない。がんにおけるＲＡＲＡアゴニストの理論的有効性とそのような薬剤についての規制当局の承認不足の間のずれによって、なぜそのようなアゴニストがヒトにおいて有効でなく安全でないのかという疑問が生じる。したがって、なぜＲＡＲＡアゴニストがその治療的可能性を満たさなかったかをよりよく理解する必要がある。
【０００６】
ゲノム技術の最近の進歩及び遺伝子調節回路の理解によって、スーパーエンハンサーが発見された。所与の組織またはがん型における多くの遺伝子が遺伝子コード領域に近接してエンハンサーがあることによって調節され得るが、これらのごく少数は、すべての他の活性遺伝子と比較して、転写マーク及び機構の非常に不均整且つ不均衡に大きな負荷を示す。最近の発見によって、そのようなエンハンサーは、それを有する細胞の機能及び生存に特に関連する遺伝子と関係していることが示唆される。したがって、スーパーエンハンサーと遺伝子の関連は、その細胞の生存に対する該遺伝子の相対的重要性を示す。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本開示は、１種または複数のＩＲＦ８バイオマーカー（例えば、ＩＲＦ８スーパーエンハンサーの強度、順位ランク（ｏｒｄｉｎａｌ  ｒａｎｋ）または保有率（ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ）ランク及びＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたは保有率ランク（ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ  ｒａｎｋ）などを含めた、１種または複数のＩＲＦ８遺伝子の成分もしくは産物の存在、レベル、形態及び／または活性）を検出する技術を提供する。本開示は、１種または複数のＩＲＦ８バイオマーカーを含む細胞（例えば、がん細胞または非ＡＰＬ  ＡＭＬもしくはＭＤＳを罹患する対象由来の細胞）であって、ＩＲＦ８バイオマーカーが、上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの発現であるか、またはこれを含む細胞が、ＲＡＲＡアゴニスト、例えばタミバロテンの効果に感受性がより高いことを示す。
【０００８】
本発明の様々な実施形態、態様及び代替は、細胞集団が、レチノイン酸受容体アルファ（「ＲＡＲＡ」）のアゴニストに感受性であるかを規定すること、ＲＡＲＡアゴニストによる治療から恩恵を受けるであろう患者集団を特定すること（例えば、ＲＡＲＡアゴニストによる治療について患者を層別化すること、ＲＡＲＡアゴニストのレスポンダーを非レスポンダーから分離すること）及びそのような患者集団に対して行われる治療療法を提供することに関する問題を解決する。この解決は、ある種のがん細胞における１種または複数のＩＲＦ８バイオマーカーの発現の上昇が、そのような細胞が、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）による治療に対して、ＩＲＦ８バイオマーカーの上昇がない同様の細胞よりも実質的に応答性であろうことを指し示すという本発明者らの発見に少なくとも部分的には基づく。
【０００９】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象のがん細胞におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに基づいて、対象（例えばヒト）においてがん（例えば、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ）を治療する方法に関し、この方法は、疾患を治療するのに有効な量のＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）を対象に投与するステップを含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、対象のがん細胞におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルは、所定の閾値レベル以上である。
【００１０】
いくつかの実施形態では、本開示はがんを治療する方法に関し、この方法は、がんを有する対象にタミバロテンを投与するステップを含み、ここでは、がんはＩＲＦ８バイオマーカーを有すると決定され、ＩＲＦ８バイオマーカーは、上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの発現であるか、またはこれを含む。
【００１１】
いくつかの実施形態では、本開示は、上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない、及び上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していないと決定された対象に療法を施すステップを含む方法に関し、ここでは、療法はタミバロテンの投与を含まない。
【００１２】
いくつかの実施形態では、本開示はがんを治療する方法に関し、この方法は、（ａ）上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数を発現していない、またはその強度及び／または順位ランクが所定の閾値を超える、ＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有さない、ならびに（ｂ）上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していると決定された対象に療法を施すステップを含み、ここでは、療法はタミバロテンである。
【００１３】
いくつかの実施形態では、本開示はがんを治療する方法に関し、この方法は、上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない、及び上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していると決定された対象に療法を施すステップを含み、ここでは、療法はタミバロテンである。
【００１４】
いくつかの実施形態では、本開示はがんを治療する方法に関し、この方法は、がんを罹患する対象におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに関する情報を受け取るステップ、及び情報がＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはスーパーエンハンサーのレベルが参照のもの以上であることを示す場合に、タミバロテンを対象に投与するステップを含む。いくつかの態様では、参照は所定の閾値である。いくつかの態様では、所定の閾値はカットオフ値または保有率カットオフである。
【００１５】
いくつかの実施形態では、本開示はがんを治療する方法に関し、この方法は、がんを罹患する対象におけるＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの存在に関する情報を受け取るステップ、及び情報が、スーパーエンハンサーがＩＲＦ８遺伝子と関連することを示す場合に、タミバロテンを対象に投与するステップを含む。
【００１６】
いくつかの実施形態では、本開示は、がんが参照のもの以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有する細胞を含むかどうかを決定するステップを含む、がんの治療におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性を予測する方法に関し、ここでは、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが参照のもの以上であることが、治療におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性を予測する。いくつかの態様では、参照は所定の閾値である。いくつかの態様では、所定の閾値はカットオフ値または保有率カットオフである。
【００１７】
いくつかの実施形態では、本開示は、がんを罹患する対象において、がんがＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有する細胞を含むかどうかを決定するステップを含む、がんの治療におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性を予測する方法に関し、ここでは、ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの存在がＲＡＲＡアゴニストを用いる効果的ながん治療を示す。
【００１８】
いくつかの実施形態では、本開示は、がんを罹患する対象からのがん細胞を含む生物試料を得るステップ、及び生物試料において、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数が参照のもの以上であること、またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出するステップを含む方法に関する。いくつかの態様では、参照は所定の閾値である。いくつかの態様では、所定の閾値はカットオフ値または保有率カットオフである。
【００１９】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象からがんの試料を得るステップ、及び試料において、対象におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの存在を決定するステップを含む、がんを罹患する対象を診断する、予後予測するまたは治療する方法に関する。
【００２０】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象からがんの試料を得るステップ、試料において、対象におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの存在を決定するステップ、及び（ａ）ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが参照のもの以上である、または（ｂ）ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーのうちの１つまたは複数の場合に、ＲＡＲＡアゴニストを含む治療用組成物を投与するステップを含む、がんを罹患する対象を診断する、予後予測するまたは治療する方法に関する。いくつかの態様では、参照は所定の閾値である。いくつかの態様では、所定の閾値はカットオフ値または保有率カットオフである。
【００２１】
いくつかの実施形態では、本開示は、がんを有する対象から得られた生物試料において、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度もしくは順位ランクを検出すること、及び生物試料が、参照のもの以上である上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数、または所定の閾値以上である強度もしくは順位ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない場合に、生物試料において、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出することを含む方法に関する。いくつかの態様では、参照は所定の閾値である。いくつかの態様では、所定の閾値はカットオフ値または保有率カットオフである。
【００２２】
いくつかの実施形態では、本開示は、がんを有する対象から得られた生物試料において、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度もしくは順位ランクを検出すること、及び生物試料が、参照のもの以上である上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数、または所定の閾値以上である、ＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度もしくは順位ランクを発現している場合に、生物試料において、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出することを含む方法に関する。
【００２３】
いくつかの実施形態では、本開示は、がんを有する対象から得られた生物試料において、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること、及び生物試料が参照のもの以上である上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していない場合に、生物試料において、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度もしくは順位ランクを検出することを含む方法に関する。
【００２４】
いくつかの実施形態では、本開示は、がんを有する対象から得られた生物試料において、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを検出すること、及び生物試料が参照のもの以上である上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現している場合に、生物試料において、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度もしくは順位ランクを検出することを含む方法に関する。
【００２５】
いくつかの実施形態では、本開示は、非ＡＰＬ  ＡＭＬ及びＭＤＳから選択される疾患を罹患するヒト対象を診断及び治療する方法に関し、この方法は、
ａ．対象由来の病的な細胞の試料中に存在することが以前に決定されたＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに基づいて、対象がタミバロテン感受性型の疾患を有するかどうかを診断こと、及び
ｂ．疾患を治療するのに有効な量のタミバロテンを対象に投与すること
を含む。
【００２６】
これらの実施形態のいくつかの態様では、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルは所定の閾値以上である。
【００２７】
タミバロテンを用いる対象の治療を含む前述の実施形態のうちのいずれかのいくつかの態様では、対象はタミバロテンと第２の治療剤との組み合わせが投与される。
【００２８】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象のがん細胞におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベル及びまたはＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに基づいて、対象において、非ＡＰＬまたはＭＤＳから選択されるがんを治療する方法に関し、ここでは、治療は、タミバロテンと第２の治療剤の組み合わせを対象に投与することを含む。これらの実施形態のいくつかの態様では、対象は閾値以上であるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを有する。これらの実施形態のいくつかの態様では、対象は閾値以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有する。これらの実施形態のいくつかの態様では、対象は閾値以上であるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルと閾値以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの両方を有する。これらの実施形態のいくつかの態様では、対象は非ＡＰＬ  ＡＭＬを罹患している。
【図面の簡単な説明】
【００２９】
【図１】７種の異なるＡＭＬ細胞株におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを示す図である。赤色のバーで示した細胞株は、タミバロテン処理に対してかなりの応答性を示す。青色のバーで示した細胞株は、タミバロテン処理に対して応答性がほとんどまたは全くないことを示す。
【図２】タミバロテンの抗増殖性効力（ＥＣ５０値、ｎＭ）とＲＮＡ−ｓｅｑで測定した場合のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの相関を示す図である。ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル＝１（ｌｏｇ１０）及び５０μＭ（非応答性）と帰属されるタミバロテンのＥＣ５０値を有する左上のポイントは、低ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有し且つタミバロテンに対する抗増殖性応答がない２種のＡＭＬ細胞株由来のデータを示すことに注意されたい。タミバロテン感受性とＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの相関は非常に有意であった（ｐ＝０．０００１、スピアマンの相関、両側）。
【図３】ＲＮＡ−Ｓｅｑで測定した場合の、個々の患者ＡＭＬ試料及びＡＭＬ細胞株におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位序列（ｒａｎｋ  ｏｒｄｅｒ）グラフを示す図である。すべての応答性細胞株の中で最低のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有していた細胞株であるＡＭＬ細胞株ＰＬ２１、及びタミバロテンに非応答性のすべての細胞株の中で最高のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有していた細胞株であるＫａｓｕｍｉを示す。この集団では、２５％の保有率カットオフは、およそｌｏｇ２（７）のＲＮＡ−Ｓｅｑ  ＴＰＭ値に等しい。
【図４】タミバロテンに対する応答について試験した非ＡＰＬ  ＡＭＬ細胞株における、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの間の相関を示す図である。
【図５】ＡＭＬ患者試料の集団における、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの間の相関を示す図である。点線は、各ｍＲＮＡに対する２５％保有率カットオフを示す。
【図６】ＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンの抗増殖性効力とＩＲＦ８エンハンサー強度の相関を示す図である。ＩＲＦ８  ＲＥＣＯＭＢエンハンサースコアの関数としてのＡＭＬ細胞株のタミバロテン感受性（ＥＣ５０値、ｎＭ）のプロットである。ＩＲＦ８エンハンサースコア＝０及び５０μＭ（非応答性）と帰属されるタミバロテンのＥＣ５０値を有する左上のポイントは、検出可能なＩＲＦ８エンハンサピークがなく、タミバロテンに対する抗増殖性応答がない３種のＡＭＬ細胞株の結果を示すことに注意されたい。
【図７】ＡＭＬ患者試料におけるＩＲＦ８エンハンサー強度を示す図である。６６個のＡＭＬ患者試料に対するＲＥＣＯＭＢスコアリング方法におけるＩＲＦ８エンハンサー強度の順位序列プロットである。各バーは、単一ＡＭＬ患者に対するＩＲＦ８エンハンサー強度を示す。Ｙ軸は、スーパーエンハンサー（＞１．０）から典型的なエンハンサー（≦ｌ．０）の間のカットオフ（１．０と定義され、点線で示される）の倍数として、個々のＩＲＦ８エンハンサー強度を示す。この閾値より上の患者試料は白色の塗りつぶしで示し、一方で下のものは黒色で示す。６６個の患者試料のうちの１４個（集団の２１％）が１．０の閾値を超え、ＩＲＦ８  ＳＥを有するとみなされた。
【図８】ＡＭＬ患者試料におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＩＲＦ８エンハンサー強度の相関を示す図である。４９個の一次患者試料（エンハンサー及び発現値の両方を有するもの）における、ＩＲＦ８  ＲＥＣＯＭＢエンハンサー強度（Ｘ軸）の関数としての、クオンタイル正規化したＲＮＡ−ｓｅｑによるＩＲＦ８  ｍＲＮＡ転写産物量（ｌｏｇ２  ＴＰＭ、Ｙ軸）のプロットである。スピアマンのＲｈｏ相関推定は、２．２×１０−１２のＰ値で約０．８１である。
【図９】ＡＭＬ細胞株におけるＩＲＦ８エンハンサー強度の分布を示す図である。２６種のＡＭＬ細胞株に対するＲＥＣＯＭＢスコアリング方法におけるＩＲＦ８エンハンサー強度のプロットである。各バーは、単一ＡＭＬ細胞株に対するＩＲＦ８エンハンサー強度を示す。Ｙ軸は、スーパーエンハンサー（＞１．０）から典型的なエンハンサー（≦ｌ．０）の間のカットオフ（１．０と定義され、点線で示される）の倍数としての、個々のＩＲＦ８エンハンサー強度を図示する。この閾値より上の細胞株を白色の塗りつぶしで示し、一方で下のものは黒色で示す。２６種のＡＭＬ細胞株のうちの９種（集団の３４％）が１．０の閾値を超え、ＩＲＦ８  ＳＥを有するとみなされた。
【図１０】ＡＭＬ細胞株におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＩＲＦ８エンハンサー強度の相関を示す図である。ＲＮＡ−ｓｅｑ及びＣｈＩＰ−ｓｅｑデータの両方が利用可能なすべての非ＡＰＬ  ＡＭＬ細胞株における、ＩＲＦ８  ＲＥＣＯＭＢエンハンサー強度（Ｘ軸）の関数としての、クオンタイル正規化したＲＮＡ−ｓｅｑ  ＴＰＭ（Ｙ軸）のＩＲＦ８  ｍＲＮＡ転写産物量のプロットである。スピアマンのＲｈｏ相関推定は、約２×１０−６のｐ値で約０．８２である。
【図１１】２つの異なる患者由来マウス異種移植片ＡＭＬモデルにおける、％ＣＤ４５＋細胞によって測定した場合の、タミバロテンの毎日の投薬に対する応答を示す図である。図１１は、様々な臓器及び生体液における％ＣＤ４５＋細胞ならびにマウスモデルの生存時間も示す。
【図１２】２つのさらなる患者由来マウス異種移植片ＡＭＬモデルにおける、％ＣＤ４５＋細胞によって測定した場合の、タミバロテンの毎日の投薬に対する応答を示す図である。図１２は、これらのモデルにおける様々な臓器及び生体液における％ＣＤ４５＋細胞ならびにこれらのモデルにおける生存時間も示す。
【図１３】図１１及び１２に示される異種移植片実験で使用された４種のＡＭＬ患者試料のそれぞれにおけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル及びＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを示す図である。タミバロテン応答性異種移植片をもたらしたタミバロテン応答性ＡＭ８０９６のみが、１００ＴＰＭの閾値を超えるＩＲＦ８  ｍＲＮＡを示した。ＡＭ８０９６及びＡＭ５５１２（これらは、タミバロテンに対するいくらかの応答性を示した）は、１０ＴＰＭの閾値を超えるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを示した。
【図１４−１】様々なＡＭＬ細胞株、ＡＭＬ一次患者試料、正常血液細胞及びＡＭＬ  ＰＤＸにおいて検出されたＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位序列化を示す図である。
【図１４−２】様々なＡＭＬ細胞株、ＡＭＬ一次患者試料、正常血液細胞及びＡＭＬ  ＰＤＸにおいて検出されたＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位序列化を示す図である。
【図１５】様々なＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンとアザシチジンの組み合わせに対するアイソボログラムを示す図である。アステリスクはアイソボログラムの最大値の外側のデータポイントを示す。
【図１６】様々なＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンと三酸化ヒ素の組み合わせに対するアイソボログラムを示す図である。アステリスクはアイソボログラムの最大値の外側のデータポイントを示す。
【図１７】様々なＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンとＡｒａ−Ｃの組み合わせに対するアイソボログラムを示す図である。アステリスクはアイソボログラムの最大値の外側のデータポイントを示す。
【図１８】様々なＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンとダウノルビシンの組み合わせに対するアイソボログラムを示す図である。アステリスクはアイソボログラムの最大値の外側のデータポイントを示す。
【図１９】様々なＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンとメトトレキサートの組み合わせに対するアイソボログラムを示す図である。アステリスクはアイソボログラムの最大値の外側のデータポイントを示す。
【図２０】様々なＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンとイダルビシンの組み合わせに対するアイソボログラムを示す図である。アステリスクはアイソボログラムの最大値の外側のデータポイントを示す。
【図２１】様々なＡＭＬ細胞株におけるタミバロテンとソラフェニブの組み合わせに対するアイソボログラムを示す図である。アステリスクはアイソボログラムの最大値の外側のデータポイントを示す。
【発明を実施するための形態】
【００３０】
定義
本出願では、文脈から明らかでない限り、（ｉ）用語「ａ」は「少なくとも１つ」を意味すると理解され得、（ｉｉ）用語「または」は「及び／または」を意味すると理解され得、（ｉｉｉ）用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」及び「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」は、それ自体で提示されるか１つまたは複数のさらなる成分またはステップとともに提示されるかを問わず、記載された成分またはステップを包含すると理解され得、（ｉｖ）用語「約」及び「およそ」は、当業者に理解されるように、標準的な変動を認めると理解され得、（ｖ）範囲が提供される場合は、終点も含まれる。
【００３１】
本明細書にその構造が示される１種または複数の化学化合物は、１種または複数の異性体形態（例えば、エナンチオマー形態、ジアステレオマー形態及び幾何的形態（もしくは配座形態））及び／または互変異性形態、例えば、各不斉中心に対するＲ及びＳ配置、Ｚ及びＥ二重結合異性体ならびにＺ及びＥ配座異性体を有し得ることを当業者は理解するであろう。いくつかの実施形態では、本明細書に含まれる教示は、ありとあらゆるそのような形態に適用することができ、及び／またはありとあらゆるそのような形態を包含することができる。したがって、別段の記載がない限り、本発明の化合物の単一の立体化学的異性体ならびにエナンチオマー、ジアステレオマー及び幾何的（または配座）混合物は、すべて本発明の範囲内であり得る。同様に、別段の記載がない限り、本発明の化合物のすべての互変異性型も本発明の範囲内である。さらに、いくつかの実施形態では、本明細書に示される化学構造は、１つまたは複数の同位体標識原子の存在のみが異なる化合物を包含できることを当業者は理解するであろう。例えば、ジュウテリウムもしくはトリチウムによる水素の置換または１３Ｃもしくは１４Ｃ標識炭素による炭素の置換を除いて示されるものとその構造が同一の化合物は本発明の範囲内である。ある種の実施形態では、そのような化合物は、例えば、分析用ツールとして、生物学的アッセイにおけるプローブとして、及び／または本発明による治療剤として有用であり得る。
【００３２】
アゴニスト：本明細書で使用する場合、用語「アゴニスト」は、その存在、レベル、程度、タイプまたは形態が別の薬剤（すなわち、アゴナイズされる薬剤）のレベルまたは活性の増大と相関する薬剤、状態または事象を指すのに使用することができる。一般に、アゴニストは、適切な活性化活性を示す、例えば、小分子、ポリペプチド、核酸、炭水化物、脂質、金属及び／または任意の他のエンティティを含めた、任意の化学クラスの薬剤でもよく、またはこれを含んでもよい。いくつかの実施形態では、アゴニストは直接的でもよく（この場合、アゴニストはその標的に対して直接的にその影響を及ぼす）、いくつかの実施形態では、アゴニストは間接的でもよい（この場合、アゴニストはその標的への結合以外によって、例えば、標的の制御因子と相互作用することによってその影響を発揮し、その結果、標的のレベルまたは活性が変わる）。
【００３３】
アゴニスト療法：本明細書で使用する場合、用語「アゴニスト療法」は、所望の治療効果を達成するように目的の特定の標的をアゴナイズするアゴニストの投与を指す。いくつかの実施形態では、アゴニスト療法は、単回用量のアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、アゴニスト療法は、複数回用量のアゴニストを投与することを含む。いくつかの実施形態では、アゴニスト療法は、治療効果を達成することが既知であるか期待される投薬レジメンに従ってアゴニストを投与することを含み、例えば、これは、そのような結果が、例えば適切な集団への投与によって、指定された程度の統計的信頼性まで確立されているからである。
【００３４】
アンタゴニスト：本明細書で使用する場合、用語「アンタゴニスト」は、その存在、レベル、程度、タイプまたは形態が別の薬剤（例えば、阻害される薬剤または標的）のレベルまたは活性の低下と相関する薬剤、状態または事象を指すのに使用することができる。一般に、アンタゴニストは、適切な阻害活性を示す、例えば、小分子、ポリペプチド、核酸、炭水化物、脂質、金属及び／または任意の他のエンティティを含めた、任意の化学クラスの薬剤でもよく、またはこれを含んでもよい。いくつかの実施形態では、アンタゴニストは直接的でもよく（この場合、アンタゴニストはその標的に対して直接的にその影響を及ぼす）、いくつかの実施形態では、アンタゴニストは間接的でもよい（この場合、アンタゴニストはその標的への結合以外によって、例えば、標的の制御因子と相互作用することによって、その影響を発揮し、その結果、標的のレベルまたは活性が変わる）。
【００３５】
およそ：本明細書で使用する場合、用語「およそ」または「約」は、１つまたは複数の目的の値に適用される場合、記載された参照値と類似している値を指す。ある種の実施形態では、用語「およそ」または「約」は、別段の記載がない限り、または文脈から明らかでない限り、（そのような数が可能な値の１００％を超えると思われる場合を除いて）、記載された参照値のいずれかの方向（より大きい、またはより小さい）において、２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％またはそれ以下の範囲に入る値の範囲を指す。
【００３６】
急性前骨髄球性白血病：本明細書で使用する場合、用語「急性前骨髄球性白血病」または「ＡＰＬ」は、ヒト染色体１５と１７の間の遺伝子転座を特徴とする、急性骨髄性白血病（「ＡＭＬ」）のサブタイプを指す。したがって、用語「非ＡＰＬ  ＡＭＬ」は、そのような遺伝子転座を特徴としない、ＡＭＬの任意のサブタイプを指す。
【００３７】
生物試料：本明細書で使用する場合、用語「生物試料」は、本発明の方法によって治療される疾患を罹患する個体から得られる任意の試料を指し、これには、組織試料（例えば、組織切片及び組織の針生検）、細胞試料（例えば、細胞学的スミア（例えば、Ｐａｐもしくは血液スミア）またはマイクロダイセクションによって得られた細胞の試料）、骨髄試料（全体、その完全な細胞画分もしくはその中の細胞の亜集団のいずれか）、あるいは細胞の画分、断片またはオルガネラ（例えば、細胞を溶解し、遠心分離などでそれらの成分を分離することによって得られる）が含まれる。生物試料の他の例としては、血液、血清、尿、精液、糞便物質、脳脊髄液、間質液、粘液、涙、汗、膿汁、生検組織（例えば、外科生検もしくは針生検によって得られる）、乳頭吸引液、乳汁、腟液、唾液、スワブ（例えば、口腔スワブ）または最初の生物試料に由来する生体分子を含む任意の物質が挙げられる。いくつかの態様では、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来の生物試料は骨髄吸引液である。他の態様では、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来の生物試料は分画した全血試料である。より特定の態様では、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来の生物試料は、対象の全血由来のＰＢＭＣ画分（「ＰＢＭＣ試料」）である。さらにより特定の態様では、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを罹患する対象由来のＰＢＭＣ試料は、様々な富化技法、例えば、抗体結合ビーズ富化プロトコール、蛍光標識細胞ソーティングまたは当技術分野で既知の他の技法を使用して、特定の芽球についてさらに富化される（「富化ＰＢＭＣ試料」）。いくつかの実施形態では、文脈から明らかなように、用語「試料」は、一次試料を処理することによって、（例えば、１種または複数の成分を除去することによって、及び／または１種もしくは複数の薬剤を加えることによって）得られる調製物を指す。そのような「処理された試料」は、試料から抽出された、または一次試料をｍＲＮＡの増幅もしくは逆転写、ある種の成分の単離及び／または精製などのような技法にかけることによって得られた、例えば核酸またはタンパク質を含むことができる。
【００３８】
バイオマーカー：本明細書で使用する場合、用語「バイオマーカー」は、その存在、レベルまたは形態が目的の特定の生物学的事象または状況と相関し、その結果、その事象または状況の「マーカー」であるとみなされるエンティティを指す。数例を挙げると、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、特定の病態もしくはステージに対する、または特定の疾患、障害もしくは状態が発生し得る可能性に対するマーカーでもよいし、これを含んでもよい。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、特定の疾患もしくは治療の転帰またはそれらの可能性に対するマーカーでもよいし、これを含んでもよい。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは予測的であり、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは予後的であり、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは関連する目的の生物学的事象または状況について診断的である。バイオマーカーは、任意の化学クラスのエンティティでもよい。例えば、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、核酸、ポリペプチド、脂質、炭水化物、小分子、無機剤（例えば、金属もしくはイオン）またはそれらの組み合わせでもよいし、これを含んでもよい。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは細胞表面マーカーである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは細胞内にある。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは細胞の外部に見出される（例えば、細胞の外側、例えば、血液、尿、涙、唾液、脳脊髄液などの体液中に分泌され、またはそうでなければこうした場所で生成され、またはこうした場所に存在する）。いくつかの実施形態では、この用語は、特定の腫瘍、腫瘍サブクラス、腫瘍のステージなどに特徴的な遺伝子発現産物を指す。あるいはまたはさらに、いくつかの実施形態では、特定のマーカーの存在またはレベルは、例えば、腫瘍の特定のクラスに特徴的であり得る、特定のシグナリング経路の活性（または活性レベル）と相関する。バイオマーカーの有無の統計的有意性は、特定のバイオマーカーによって変動し得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの検出は、これが、腫瘍が特定のサブクラスのものであるという高い確率を反映するという点において非常に特異的である。そのような特異性は、感度を犠牲にして生じ得る（例えば、腫瘍がバイオマーカーを発現することが期待されるであろう腫瘍であったとしても、「陰性の」結果が生じ得る）。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＦ８バイオマーカー（例えば、ＩＲＦ８スーパーエンハンサーの強度、順位ランクまたは保有率ランク及びＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたは保有率ランクなどを含めた、１種または複数のＩＲＦ８遺伝子の成分または産物の存在、レベル、形態及び／または活性）でもよいし、これを含んでもよい。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＲＡＲＡバイオマーカー（例えば、１種または複数のＲＡＲＡバイオマーカー（例えば、ＲＡＲＡスーパーエンハンサーの強度、順位ランクまたは保有率ランク及びＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルまたは保有率ランクなどを含めた、１種または複数のＲＡＲＡ遺伝子成分または産物の存在、レベル、形態及び／または活性）を含み得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカー��、１種または複数のバイオマーカー、例えばＩＲＦ８及びＲＡＲＡの組み合わせを指す。
【００３９】
がん：本明細書で使用する場合、用語「がん」は悪性の新生物または腫瘍を指す（Ｓｔｅｄｍａｎ’ｓ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ，２５ｔｈ  ｅｄ．；Ｈｅｎｓｌｙ  ｅｄ．；Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９０）。用語「新生物」及び「腫瘍」は本明細書で互換的に使用され、組織の異常な塊であって、その塊の増殖が正常な組織の増殖を上回り、正常な組織の増殖と調和しない塊を指す。「悪性の新生物」は、一般に、分化が不十分（退形成）であり、周辺組織の進行性の浸潤、侵襲及び破壊をともなう、特徴的に急速な増殖を有する。さらに、悪性の新生物は、一般に、遠位部位に転移する能力を有する。いくつかの実施形態では、がんは、ＩＲＦ８バイオマーカーがタミバロテンなどのＲＡＲＡアゴニストに対する応答性と相関する任意の悪性の新生物または腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんは急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。いくつかの実施形態では、がんは非ＡＰＬ  ＡＭＬである。
【００４０】
組み合わせ療法：本明細書で使用する場合、用語「組み合わせ療法」は、対象が２種以上の治療レジメン（例えば、２種以上の治療剤）に同時に曝露される状況を指す。いくつかの実施形態では、２種以上の薬剤は同時に投与され得、いくつかの実施形態では、そのような薬剤は連続して投与され得、いくつかの実施形態では、そのような薬剤は重複投薬レジメンで投与される。いくつかの実施形態では、組み合わせ療法の「投与」は、組み合わせにおいて他の薬剤を受けている対象への１種または複数の薬剤の投与を含み得る。明確にするために、いくつかの実施形態では、２種以上の活性薬剤、エンティティまたは部分が、組み合わせ組成物中で、またはさらに組み合わせ化合物中で（例えば、単一化学複合体または共有結合性エンティティの一部として）一緒に投与され得るが、組み合わせ療法は、個々の薬剤が単一組成物中で一緒に（または、必ずしも同時に）投与されることを必要としない。
【００４１】
カットオフ値：本明細書で使用する場合、用語「カットオフ」及び「カットオフ値」は、集団の２つのサブセット（例えば、レスポンダーと非レスポンダー）の間の境界線を規定するアッセイで測定される値を意味する。したがって、カットオフ値以上の値は、集団の一方のサブセットを規定し、カットオフ値より低い値は集団の他方のサブセットを規定する。
【００４２】
診断情報：本明細書で使用する場合、「診断情報」または「診断で使用するための情報」は、患者が疾患、障害もしくは状態を有するかどうかを決定するのに、及び／または疾患、障害もしくは状態を、疾患、障害もしくは状態の予後もしくは疾患、障害もしくは状態の治療（一般的な治療もしくは任意の特定の治療のいずれか）に対する応答の可能性に関して有意性を有する表現型カテゴリーもしくは任意のカテゴリーに分類するのに有用な情報である。同様に、「診断」は、限定されないが、対象が疾患、障害もしくは状態を有する、もしくはこれらを発生する可能性があるかどうか、対象に顕在化した場合の疾患、障害もしくは状態の状況、ステージ分類もしくは特徴、腫瘍の性質もしくは分類に関する情報、予後に関する情報、及び／または適切な治療を選択するのに有用な情報を含めた、任意のタイプの診断情報を提供することを指す。治療の選択は、特定の治療剤または他の治療様式、例えば、手術、放射線照射などの選択、療法を保留するか実行するかどうかについての選択、投薬レジメン（例えば、１または複数の用量の特定の治療剤または治療剤の組み合わせの頻度またはレベル）に関する選択などを含むことができる。
【００４３】
剤形または単位剤形：用語「剤形」は、対象への投与のための活性薬剤（例えば、治療剤または診断剤）の物理的に分離した単位を指すのに使用することができることを当業者は理解するであろう。典型的には、そのような単位のそれぞれは、所定量の活性薬剤を含む。いくつかの実施形態では、そのような量は、適切な集団に投与される場合に所望のまたは有利な転帰と相関するように決定された投薬レジメン（すなわち、治療的投薬レジメン）に従った投与に適している単位投薬量（または、その全部分）である。特定の対象に投与される治療用組成物または薬剤の総量は、１人または複数の主治医によって決定され、複数の剤形の投与を含むことができることを当業者は認識している。
【００４４】
投薬レジメン：用語「投薬レジメン」は、典型的には期間で分離された、対象に個々に投与される一連の単位用量（典型的には１より多い）を指すのに使用できることを当業者は理解するであろう。いくつかの実施形態では、所与の治療剤は推奨される投薬レジメンを有し、これは、１つまたは複数の用量を含むことができる。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、それぞれが他の用量から時間的に分離されている、複数の用量を含む。いくつかの実施形態では、個々の用量は同じ長さの期間で互いに分離されており、いくつかの実施形態では、投薬レジメンは複数の用量及び個々の用量を分離する少なくとも２つの異なる期間を含む。いくつかの実施形態では、投薬レジメン内のすべての用量は同じ単位投与量である。いくつかの実施形態では、投薬レジメン内の異なる用量は異なる量のものである。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、第１の投与量における第１の用量、それに続く、第１の投与量と異なる、第２投与量における１つまたは複数のさらなる用量を含む。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、第１の投与量における第１の用量、それに続く、第１の投与量と同じ、第２の投与量における１つまたは複数のさらなる用量を含む。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、適切な集団全体にわたって投与される場合に所望のまたは有利な転帰と相関する（すなわち、治療的投薬レジメンである）。
【００４５】
有効量：本明細書で使用する場合、本明細書に記載の化合物の、例えば式（Ｉ）の「有効量」は、所望の生物学的応答、すなわち状態の治療を誘発するのに十分である量を指す。当業者に認識されるように、本明細書に記載の化合物の、例えば式（Ｉ）の有効量は、所望の生物学的なエンドポイント、化合物の薬物動態、治療を受ける状態、投与様式ならびに対象の年齢及び健康状態のような因子によって変動し得る。有効量は、治療的及び予防的処置を包含する。例えば、がんの治療において、有効量の発明化合物は、腫瘍量を低減させるまたは腫瘍の増殖もしくは拡散を停止させることができる。
【００４６】
エンハンサー：本明細書で使用する場合、用語「エンハンサー」は、最大１Ｍｂｐ離れた遺伝子を調節するように作用するゲノムＤＮＡ領域を指す。エンハンサーは重複し得るが、遺伝子コード領域から構成されないことが多い。エンハンサーは多くの場合転写因子が結合し、特異的なヒストンマークで示される。
【００４７】
水和物：本明細書で使用する場合、用語「水和物」は水と結合した化合物を指す。典型的には、化合物の水和物に含まれる水分子の数は、水和物中の化合物分子の数に対して一定の比で存在する。したがって、化合物の水和物は、例えば、一般式Ｒ・ｘ  Ｈ２Ｏで表すことができ、式中、Ｒは化合物であり、ｘは０より大きい数である。所与の化合物が、例えば、一水和物（ｘは１である）、低水和物（ｘは０より大きく、１より小さい数であり、例えば、半水和物（Ｒ・０．５Ｈ２Ｏ））ならびに多水和物（ｘは１より大きい数であり、例えば、二水和物（Ｒ・２Ｈ２Ｏ及び六水和物（Ｒ・６Ｈ２Ｏ））を含めた、１つのタイプより多くの水和物を形成することができる。
【００４８】
ＩＲＦ８遺伝子：本明細書で使用する場合、用語「ＩＲＦ８遺伝子」は、インターフェロンコンセンサス配列結合タンパク質またはそのスプライスバリアントをコードするゲノムＤＮＡ配列を指し、ＩＲＦ８遺伝子のすべてまたは一部を含む遺伝子融合物を特に除外する。いくつかの実施形態では、ＩＲＦ８遺伝子はゲノムビルドｈｇ１９のｃｈｒ１６：８５８６２５８２〜８５９９００８６に位置する。
【００４９】
「向上する」、「増大する」または「低減する」：本明細書で使用する場合、これらまたはこれらの文法的等価物は、参照測定値、例えば、本明細書に記載の治療の開始前の同じ個体における測定値または本明細書に記載の治療がない対照個体（もしくは複数の対照個体）における測定値と比較した値を示す。いくつかの実施形態では、「対照個体」は、治療を受ける個体と同じ形態の疾患または損傷に罹患している個体である。
【００５０】
伝令ＲＮＡ転写産物：本明細書で使用する場合、用語「伝令ＲＮＡ転写産物」またはｍＲＮＡは、遺伝子コード領域の１つまたは複数を含むＤＮＡ配列由来のＲＮＡ転写産物を指す。
【００５１】
順位ランク：本明細書で使用する場合、指定の値の「順位ランク」という用語は、一連の他の値と比較したその値の順位序列を意味する。例えば、試験細胞における他のスーパーエンハンサーと比較した場合の、試験細胞におけるＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度に関して、１００という順位ランクは、試験細胞における９９の他のスーパーエンハンサーが、ＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーより大きな強度を有していたことを意味する。
【００５２】
患者：本明細書で使用する場合、用語「患者」または「対象」は、例えば、実験、診断、予防、美容、及び／または治療目的のために、提供される組成物が投与される、または投与され得る、任意の生物を指す。典型的な患者としては、動物（例えば哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類及び／またはヒト）が挙げられる。いくつかの実施形態では、患者はヒトである。ヒトは出生前及び出生後の形態を含む。いくつかの実施形態では、患者は１つまたは複数の障害または状態を罹患しているか、これらに罹りやすい。いくつかの実施形態では、患者は、障害または状態の１つまたは複数の症状を示す。いくつかの実施形態では、患者は１つまたは複数の障害または状態と診断されている。
【００５３】
医薬的に許容可能な塩：本明細書で使用する場合、用語「医薬的に許容可能な塩」は、適切な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などをともなわずに、ヒト及び下等動物の組織と接触させて使用するのに適し、且つ妥当な利益／危険比に見合う塩を指す。医薬的に許容可能な塩は当技術分野で周知である。例えば、Ｂｅｒｇｅ  ｅｔ  ａｌ．は、参照により本明細書に組み込むＪ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１９７７，６６，１−１９で、医薬的に許容可能な塩を詳細に記載している。本発明の化合物の医薬的に許容可能な塩としては、適切な無機及び有機酸ならびに塩基に由来するものが挙げられる。医薬的に許容可能な無毒の酸付加塩の例は、無機酸、例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸及び過塩素酸を用いて、または有機酸、例えば、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸を用いて、またはイオン交換などの当技術分野で既知の他の方法を使用することによって、形成されるアミノ基の塩である。他の医薬的に許容可能な塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩、ショウノウスルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、ＭＡＬＡＴ１ｅ、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。適切な塩基に由来する塩としては、アルカリ金属塩、アルカリ土類金属塩、アンモニウム塩、及びＮ＋（Ｃ１−４アルキル）４塩が挙げられる。代表的なアルカリ金属塩またはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム塩、リチウム塩、カリウム塩、カルシウム塩、マグネシウム塩などが挙げられる。さらなる医薬的に許容可能な塩としては、適切な場合、ハライド、ヒドロキシド、カルボン酸、硫酸、リン酸、硝酸塩、低級アルキルスルホン酸及びアリールスルホン酸などの対イオンを使用して形成される無毒のアンモニウム、四級アンモニウム及びアミンカチオンが挙げられる。
【００５４】
集団：本明細書で使用する場合、用語「集団」または「試料の集団」は、より大きな群で測定される値の分布を適度に反映する、異なる試料の十分な数（例えば、少なくとも３０、４０、５０またはそれ以上）を意味する。試料の集団における各試料は、細胞株、生物から得られる生物試料（例えば、生検もしくは体液試料）または異種移植片から得られる試料（例えば、細胞株または患者試料を移植することによってマウスで増殖させた腫瘍）でもよく、ここでは、各試料は、同じ疾患、状態もしくは障害を罹患する生物由来、または同じ疾患、状態もしくは障害を示す細胞株もしくは異種移植片由来である。
【００５５】
保有率カットオフ：本明細書で使用する場合、指定の値（例えば、ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度）に関する用語「保有率カットオフ」は、集団の２つのサブセット（例えば、レスポンダーと非レスポンダー）の間の境界線を規定する保有率ランクを意味する。したがって、保有率カットオフ以上（例えば、より低いパーセンテージ値）の保有率ランクは集団の一方のサブセットを規定し、保有率カットオフよりも低い（例えば、より高いパーセンテージ値）保有率ランクは集団の他方のサブセットを規定する。
【００５６】
保有率ランク：本明細書で使用する場合、指定の値（例えば、ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度）に関する用語「保有率ランク」は、特定の値以上の集団のパーセンテージを意味する。例えば、試験細胞におけるＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度について３５％の保有率ランクは、集団の３５％が試験細胞以上の強度を有するＩＲＦ８遺伝子エンハンサーを有することを意味する。
【００５７】
予後的及び予測的情報：本明細書で使用する場合、用語「予後的情報」及び「予測的情報」は、治療の非存在下または存在下のいずれかにおける疾患または状態の過程の任意の態様を示すのに使用することができる、任意の情報を指すのに使用される。そのような情報としては、限定はされないが、患者の平均余命、患者が所与の時間（例えば、６か月、１年、５年など）にわたって生存するであろう可能性、患者が疾患から治癒するであろう可能性、患者の疾患が特定の療法に応答するであろう可能性（ここでは、様々な方法のうちのいずれかで応答を定義することができる）を挙げることができる。予後的及び予測的情報は、診断情報の広範なカテゴリー内に含まれる。
【００５８】
順位序列化：本明細書で使用する場合、用語「順位序列化」は、最高から最低または最低から最高への値の順位付けを意味する。
【００５９】
ＲＡＲＡ遺伝子：本明細書で使用する場合、用語「ＲＡＲＡ遺伝子」は、機能的なレチノイン酸受容体−α遺伝子をコードするゲノムＤＮＡ配列を指し、ＲＡＲＡ遺伝子のすべてまたは一部を含む遺伝子融合物を特に除外する。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡ遺伝子は、ゲノムビルドｈｇ１９のｃｈｒ１７：３８４５８１５２〜３８５１６６８１に位置する。
【００６０】
参照：本明細書で使用する場合、これは、比較が行われる標準または対照を説明する。例えば、いくつかの実施形態では、目的の薬剤、動物、個体、集団、試料、配列または値が、参照または対照の薬剤、動物、個体、集団、試料、配列または値と比較される。いくつかの実施形態では、参照または対照は、目的の試験または決定と実質的に同時に試験及び／または決定される。いくつかの実施形態では、参照または対照は履歴的な参照または対照であり、場合により、有形的表現媒体で具体化される。典型的には、当業者に理解されるように、参照または対照は評価中のものと同等の条件または状況下で決定され、または特徴づけられる。当業者は、十分な類似性が存在する場合に、特定のあり得る参照または対照への依存及び／または比較を正当化することを理解するであろう。
【００６１】
応答：本明細書で使用する場合、治療への応答は、治療の結果として生じるまたは治療と相関する、対象の状態の任意の有利な変化を指すことができる。そのような変化は、状態の安定化（例えば、治療がない場合に起こったであろう悪化の防止）、状態の１つもしくは複数の症状の改善、状態の１つもしくは複数の症状の発症の遅延及び／または状態の１つもしくは複数の症状の頻度の低減、及び／または状態の治癒の見通しの向上などを含むことができる。ある場合には、応答は対象の応答でもよく、ある場合には、応答は腫瘍の応答でもよい。
【００６２】
溶媒和化合物：本明細書で使用する場合、用語「溶媒和化合物」は、通常加溶媒分解反応によって溶媒と結びついた化合物の形態を指す。この物理的な会合は水素結合を含み得る。従来の溶媒としては、水、メタノール、エタノール、酢酸、ＤＭＳＯ、ＴＨＦ、ジエチルエーテルなどが挙げられる。本明細書に記載の化合物、例えば式（Ｉ）のものは、例えば結晶形態で調製することができ、溶媒和することができる。適切な溶媒和化合物としては医薬的に許容可能な溶媒和化合物があげられ、さらに、化学量論的溶媒和化合物と非化学量論的溶媒和化合物の両方が挙げられる。特定の場合では、例えば、１つまたは複数の溶媒分子が結晶性固体の結晶格子に組み込まれている場合、溶媒和化合物を単離することができる。「溶媒和化合物」は、溶液相及び単離可能な溶媒和化合物の両方を包含する。代表的な溶媒和化合物としては、水和物、エタノール和物及びメタノール和物が挙げられる。
【００６３】
強度：本明細書で使用する場合、エンハンサーまたはスーパーエンハンサーの部分について言及する場合の用語「強度」は、解析されるゲノムＤＮＡセグメントの長さに対してプロットされた、Ｈ３Ｋ２７Ａｃまたは他のゲノムマーカーのリード数の曲線下面積を、本明細書で使用する場合に意味する。したがって、「強度」は、測定のために選択される領域を規定する塩基対のスパンにわたって所与の塩基対におけるマークを測定することによって生じるシグナルの積分である。
【００６４】
対象：本明細書で使用する場合、投与が企図される「対象」は、ヒト（例えば、任意の年齢群の男性または女性、例えば、小児対象（例えば、乳児、児童、青年）または成人対象（例えば、若年成人、中年成人または高齢成人）である。
【００６５】
スーパーエンハンサー：本明細書で使用する場合、用語「スーパーエンハンサー」は、特定の細胞における他のエンハンサーに対する、ヒストンマーク及び／または転写タンパク質の不均衡な割り当て（ｓｈａｒｅ）を含む、エンハンサーのサブセットを指す。このため、スーパーエンハンサーによって調節される遺伝子は、その細胞の機能に対して重要性が高いと予想される。スーパーエンハンサーは、典型的には、強度に基づいて細胞中のエンハンサーのすべてを順位序列化すること、及びＲＯＳＥ（ｈｔｔｐｓ：／／ｂｉｔｂｕｃｋｅｔ．ｏｒｇ／ｙｏｕｎｇ＿ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ／ｒｏｓｅ）などの利用可能なソフトウェアを使用して、細胞において中位のエンハンサーよりも有意に高い強度を有するエンハンサーのサブセットを決定することによって、決定される。（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第９，１８１，５８０号を参照されたい）。
【００６６】
閾値：本明細書で使用する場合、用語「閾値」及び「閾値レベル」は、集団の２つのサブセット（例えば、レスポンダーと非レスポンダー）の間の境界線を定めるレベルを意味する。閾値または閾値レベルは、保有率カットオフまたはカットオフ値でもよい。
【００６７】
治療：本明細書で使用する場合、用語「治療」、「治療する」及び「治療すること」は、本明細書に記載の「病態」（例えば、疾患、障害もしくは状態またはそれらの１つもしくは複数の徴候または症状）を回復させる、それを緩和する、その発症を遅延させる、またはその進行を阻害することを指す。いくつかの実施形態では、「治療」、「治療する」及び「治療すること」は、疾患、障害または状態の徴候または症状が発生していること、または観察されていることを必要とする。他の実施形態では、治療は、（例えば、症状の履歴を考慮して及び／または遺伝的もしくは他の感受性因子を考慮して）、疾患または状態の徴候または症状の非存在下で施すことができる。治療は、例えば再発を遅延させるまたは防止するために、症状が消散した後に続けることもできる。
【００６８】
本明細書で使用する場合、用語「状態」、「疾患」及び「障害」は互換的に使用される。
［発明を実施するための形態］
【００６９】
ＲＡＲＡ及びＩＲＦ８
レチノイン酸受容体サブタイプアルファ（ＲＡＲＡ）は、アンタゴニストが結合していない、または結合している場合に転写レプレッサーとして作用し、アゴニスト結合状況で遺伝子アクチベーターとして作用する、核内ホルモン受容体である。ＲＡＲＡの天然リガンドはオールトランスレチノイン酸（ＡＴＲＡ）としても知られるレチノイン酸であり、これは、ビタミンＡから生成される。
【００７０】
スーパーエンハンサー（ＳＥ）は、悪性細胞におけるがん遺伝子を含めた重要な細胞同一性遺伝子を調節する、大きな高活性のクロマチン領域である。遺伝子制御プラットフォームを使用して、本発明者らは、新規な腫瘍脆弱性の発見を可能にするために、６０個の一次ＡＭＬ患者試料においてゲノムワイドでＳＥを特定した。患者試料間で差示的存在を示すＳＥのうちの１つは、ＲＡＲＡをコードするＲＡＲＡ遺伝子と関係があった。
【００７１】
研究によって、タミバロテン応答性とＲＡＲＡスーパーエンハンサーの強度及びｍＲＮＡレベルのいずれかまたは両方との優れた相関が示された。しかし、これらの潜在的なＲＡＲＡバイオマーカーのそれぞれについて、タミバロテン応答性が混在するミドルレンジが存在した。本開示は、そのような不確かな応答結果を解決するのに役立つ洞察及び技術を提供し、タミバロテン療法に対してあり得る応答性に基づいて、数ある中でも、患者を特徴づける、特定する、選択するまたは層別化することに有用な様々な組成物及び方法を提供する。例えば、本開示は、１種または複数のＩＲＦ８バイオマーカー（例えば、ＩＲＦ８スーパーエンハンサーの強度、順位ランク、保有率ランクまたはＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルなどを含めた、１種または複数のＩＲＦ８遺伝子の成分または産物の存在、レベル、形態及び／または活性）を具体化する、規定する及び／または利用する技術を提供し、がん療法におけるそれらの有用性を示す。
【００７２】
ＲＡＲＡエンハンサーの強度及び順位、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルならびにタミバロテンに対する応答性について以前に解析した様々なＡＭＬ細胞株及び患者試料を使用して、本発明者らは、タミバロテンに対する応答性と相関すると思われるさらなるバイオマーカーを探した。インターフェロン応答因子８（ＩＲＦ８）のｍＲＮＡレベルが、ＲＡＲＡと同様の患者集団でアップレギュレートされることが分かった。ＩＲＦ８は血球新生に重要なであると知られているインターフェロン応答性転写因子であり、そのシグナリングの喪失は、未成熟骨髄系細胞の異常な増殖を引き起こす。ＡＭＬでは、ＩＲＦ８の過剰発現が観察され、不十分な臨床転帰と相関し得る。このアップレギュレーションにもかかわらず、ＩＲＦ８シグナリングは、これがＳＥによって引き起こされる抑制状況にある場合、抑制的転写補助因子及び潜在的にＲＡＲＡによって実際に損なわれる。さらに、インターフェロン−αそれ自体が、ＩＲＦに対する上流シグナリングのリガンドであり、ＡＭＬにおける分化促進効果及びＲＡＲＡ経路とのシグナリングクロストークを示す。
【００７３】
本開示は、ＩＲＦ８遺伝子エンハンサー強度とＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとタミバロテンに対する感度の相関を調べるための、ＡＭＬ患者の腫瘍試料及び細胞株のパネルのゲノムワイドな発現及びエンハンサーレベル解析を記載する。ＡＭＬ細胞株のパネルは、以前にＲＡＲＡアゴニストのタミバロテンの抗増殖効果に対するその感度とＲＡＲＡエンハンサー強度及びＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの両方との間の相関について試験され、これらの間に相関があることが示された。本出願では、本発明者らは、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが、上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを有するＡＭＬ細胞株及びＡＭＬ患者試料においても上昇していること、及びＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＲＡＲＡアゴニスト、例えばタミバロテンに対する応答性との間に相関があることを示す。本発明者らは、ＩＲＦ８エンハンサー強度（例えば、ＩＲＦ８と関連するスーパーエンハンサーの存在）、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベル及びタミバロテンに対する応答性の間に相関があることも示す。したがって、ＲＡＲＡアゴニスト、例えばタミバロテンによる治療に応答性であろう患者を特定するために、ＩＲＦ８エンハンサー強度またはＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを、単独で、またはＲＡＲＡエンハンサーの強度もしくはＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルと併せて使用することができる。
【００７４】
ＩＲＦ８及びＲＡＲＡスーパーエンハンサーの特定及び閾値レベルの決定
エンハンサーまたはスーパーエンハンサーの特定は、当技術分野で既知の様々な方法によって、例えば、Ｃｅｌｌ  ２０１３，１５５，９３４−９４７及びＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０６６９５７（これらの両方は、参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように達成することができる。いくつかの実施形態では、スーパーエンハンサーの特定は、患者のがん試料から（例えば、生検から）細胞性物質及びＤＮＡを得ることによって達成される。エンハンサー測定に関する重要な測定基準は、２つの次元、すなわち、ゲノムマーカー（例えば、Ｈ３Ｋ２７Ａｃ）が隣接して検出されるＤＮＡの長さ、及び規模を構成するＤＮＡのスパンに沿った各塩基対におけるゲノムマーカーのコンパイルされた発生率に生じる。長さ及び規模の解析の積分によって生じる曲線下面積（「ＡＵＣ」）の測定は、エンハンサーの強度を決定する。対象がＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）に応答性であるかどうかを決定するために本発明の一態様で使用されるのは、対照と比較したＩＲＦ８またはＲＡＲＡスーパーエンハンサーの強度である。本明細書を考慮すれば、ゲノムマーカーが検出されるＤＮＡの長さがＩＲＦ８またはＲＡＲＡと対照の両方について同じである場合、対照に対するＩＲＦ８またはＲＡＲＡスーパーエンハンサーの規模の比は強度と等しく、これも対象がＲＡＲＡアゴニストに対して応答性であるかどうかを決定するために使用できることが、当業者に容易に明らかになるであろう。いくつかの実施形態では、他の試料と比較する前に、細胞におけるＩＲＦ８またはＲＡＲＡエンハンサーの強度が正規化される。正規化は、すべての細胞において同様のレベルで存在する遍在性のスーパーエンハンサーまたはエンハンサーを含むことが知られている同じ細胞内の領域に対して比較することによって達成される。そのような遍在性スーパーエンハンサー領域の一例は、ＭＡＬＡＴｌスーパーエンハンサー遺伝子座（ｃｈｒ１１：６５２６３７２４〜６５２６６７２４）（ゲノムビルドｈｇ１９）である。
【００７５】
Ｈ３Ｋ２７Ａｃ  ＣｈＩＰ−ｓｅｑ方法によって、ｃｈｒ１７：３８４５８１５２〜３８５１６６８ｌ（ゲノムビルドｈｇ１９）にＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサー遺伝子座が存在すること、及びｃｈｒ１６：８５８６２５８２〜８５９９００８６（ゲノムビルドｈｇ１９）にＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサー遺伝子座が存在することが決定された。
【００７６】
ＣｈＩＰ−ｓｅｑとしても知られるＣｈＩＰ−シークエンシングは、ＤＮＡとのタンパク質相互作用を解析するのに使用される。ＣｈＩＰ−ｓｅｑは、ＤＮＡ結合タンパク質の結合部位を特定するために、クロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ）を超並列ＤＮＡシークエンシングと組み合わせる。これは、目的の任意のタンパク質について、全体的な結合部位を正確にマップするのに使用することができる。以前は、ＣｈＩＰ−ｏｎ−ＣｈＩＰが、こうしたタンパク質−ＤＮＡ関係を研究するのに利用される、最も一般的な技法であった。好結果のＣｈＩＰ−ｓｅｑは、超音波処理の強度及び方法、バッファー組成、抗体の質、ならびに細胞数を含めた多くの因子に左右される。例えば、Ｔ．Ｆｕｒｅｙ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １３，８４０−８５２（Ｄｅｃｅｍｂｅｒ  ２０１２）、Ｍ．Ｌ．Ｍｅｔｚｋｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １１，３１−４６（Ｊａｎｕａｒｙ  ２０１０）、及びＰ．Ｊ  Ｐａｒｋ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １０，６６９−６８０（Ｏｃｔｏｂｅｒ  ２００９））を参照されたい。ＣｈＩＰ−ｓｅｑを使用してスーパーエンハンサーを特定するために使用することができるＨ３Ｋ２７Ａｃ以外のゲノムマーカーとしては、Ｐ３００、ＣＢＰ、ＢＲＤ２、ＢＲＤ３、ＢＲＤ４、メディエーター複合体の成分（Ｊ  Ｌｏｖｅｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１５３（２）：３２０−３３４，２０１３）、ヒストン３リジン４モノメチル化（Ｈ３Ｋ４ｍｅｌ）または他の組織特異的エンハンサー結合転写因子（Ｅ  Ｓｍｉｔｈ  ＆  Ａ  Ｓｈｉｌａｔｉｆａｒｄ，Ｎａｔ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ，２１（３）：２１０−２１９，２０１４）（Ｓ  Ｐｏｔｔ  ＆  Ｊａｓｏｎ  Ｌｉｅｂ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，４７（１）：８−１２，２０１５）が挙げられる。
【００７７】
いくつかの実施形態では、細胞株または患者試料のゲノム全体のＨ３Ｋ２７Ａｃまたは他のマーカーのＣｈＩＰ−ｓｅｑデータのスーパーエンハンサーマップが既に存在する。いくつかの実施形態では、ｃｈｒ１７：３８４５８１５２〜３８５１６６８１（ゲノムビルドｈｇ１９）遺伝子座でのそのようなマップにおけるエンハンサーまたはスーパーエンハンサーの強度または順位ランクが所定の閾値レベル以上であったかどうかを単に決定する。いくつかの実施形態では、ｃｈｒ１６：８５８６２５８２〜８５９９００８６（ゲノムビルドｈｇ１９）遺伝子座でのそのようなマップにおけるエンハンサーまたはスーパーエンハンサーの強度または順位ランクが所定の閾値レベル以上であったかどうかを単に決定する。
【００７８】
ＩＲＦ８、ＲＡＲＡ及びＭＡＬＡＴ１の特定の染色体位置は、異なるゲノムビルド及び／または異なる細胞型によって異なり得ることを理解されたい。しかし、当業者は、本明細書を考慮すれば、ゲノムビルドｈｇ１９のＲＡＲＡ及び／またはＭＡＬＡＴ１遺伝子座に対応する特定の配列を、そのような他のゲノムビルド中に位置づけることによって、そのような異なる位置を決定することができる。
【００７９】
スーパーエンハンサーを特定するための他の方法としては、クロマチン免疫沈降法（ＪＥ  Ｄｅｌｍｏｒｅ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１４６（６）９０４−９１７，２０１１）及びｃｈｉｐアレイ（Ｃｈｉｐ−ｃｈｉｐ）ならびにクロマチン免疫沈降とその後に続くｑＰＣＲ（同じ免疫沈降したゲノムマーカー及びｃｈｒ１７：３８４５８１５２〜３８５１６６８１（ゲノムビルドｈｇ１９）ＲＡＲＡ遺伝子座またはｃｈｒ１６：８５８６２５８２〜８５９９００８６（ゲノムビルドｈｇ１９）ＩＲＦ８遺伝子座ハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列を使用する）（Ｃｈｉｐ−ｑＰＣＲ）が挙げられる。Ｃｈｉｐ−ｃｈｉｐの場合には、他のアレイベースの技術と同様に、シグナルは、典型的には、プローブと投入アッセイ試料のハイブリダイゼーションによって生じる蛍光の強度で検出される。Ｃｈｉｐ−ｑＰＣＲについては、ＰＣＲ反応で生成された二本鎖ＤＮＡにインターカレートした後にだけ蛍光性になる色素を使用して、鋳型の増幅を測定する。
【００８０】
いくつかの実施形態では、必要な閾値レベル以上であるＩＲＦ８スーパーエンハンサー強度を細胞が有するかどうかの決定は、試験細胞におけるＩＲＦ８エンハンサー強度を細胞試料の集団における対応するＩＲＦ８強度と比較することによって達成され、ここでは、細胞試料のそれぞれは、治療される同じ疾患を反映する異なる供給源（例えば、異なる対象、異なる細胞株、異なる異種移植片）から得られる。これらの実施形態のいくつかの態様では、対象由来の一次腫瘍細胞試料のみが閾値レベルを決定するために使用される。これらの実施形態のいくつかの態様では、集団における試料の少なくともいくつかは、ａ）その特定のＲＡＲＡアゴニストに応答する集団における試料の最低のＩＲＦ８エンハンサー強度（「最低レスポンダー」）、及び場合により、ｂ）特定のＲＡＲＡアゴニストに応答しない集団における試料の最高のＩＲＦ８エンハンサー強度（「最高非レスポンダー」）を確立するために、特定のＲＡＲＡアゴニストに対する応答性について試験されていることになる。これらの実施形態では、試験細胞がその特定のＲＡＲＡアゴニストに応答性であるとみなされるであろうＩＲＦ８エンハンサー強度のカットオフは、ｉ）集団における最低レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度に等しいか最大で５％上回るところ、またはｉｉ）集団における最高非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度に等しいか最大で５％上回るところ、またはｉｉｉ）集団における最低レスポンダーと最高非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の間の値にセットされる。
【００８１】
上記実施形態では、必ずしも集団のすべての試料がＲＡＲＡアゴニストに対する応答性について試験されるとは限らないが、すべての試料がＩＲＦ８エンハンサー強度及び／またはＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルについて測定されることを理解されたい。いくつかの実施形態では、試料はＩＲＦ８エンハンサー強度に基づいて順位序列化される。カットオフを確立するのに使用するために上記の３つの方法のどれを選択するかは、集団における最低レスポンダーと最高非レスポンダーの間のＩＲＦ８エンハンサー強度の差、及び目的が偽陽性の数を最小限にすることか、または潜在的に応答性の試料または対象を見逃す確率を最小限にすることかどうかに依存する。最低レスポンダーと最高非レスポンダーの間の差が大きい場合（例えば、ＩＲＦ８エンハンサー強度の順位序列化において最低レスポンダーと最高非レスポンダーの間に入る、応答性について試験されていない多くの試料が存在する場合）、カットオフは、典型的には、集団における最低レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度に等しいか最大で５％上回るところにセットされる。このカットオフは、潜在的なレスポンダーの数を最大にする。この差が小さい場合（例えば、ＩＲＦ８エンハンサー強度の順位序列化において、最低レスポンダーと最高非レスポンダーの間に入る応答性について未試験の試料がほとんどまたはまったくない場合）、カットオフは、典型的には、最低レスポンダーと最高非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の間の値にセットされる。このカットオフは、偽陽性の数を最小限にする。最高非レスポンダーが、最低レスポンダーより大きなＩＲＦ８エンハンサー強度を有する場合、カットオフは、典型的には、集団における最高非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度に等しいか最大で５％上回る値にセットされる。この方法も偽陽性の数を最小限にする。
【００８２】
いくつかの実施形態では、細胞が必要な閾値レベル以上であるＩＲＦ８スーパーエンハンサーを有するかどうかの決定は、試験細胞におけるＩＲＦ８エンハンサー強度の順位を細胞試料の集団におけるＩＲＦ８エンハンサー強度の順位と比較することによって達成され、ここでは、細胞試料のそれぞれは、異なる供給源（例えば、異なる対象、異なる細胞株、異なる異種移植片から得られる。これらの実施形態では、集団における試料の少なくともいくつかは、ａ）その特定のＲＡＲＡアゴニストに応答する集団における試料の最低のＩＲＦ８エンハンサー強度の順位（「最低順位レスポンダー」）、及び場合により、ｂ）特定のＲＡＲＡアゴニストに応答しない集団における試料の最高のＩＲＦ８エンハンサー強度の順位（「最高順位非レスポンダー」）を確立するために、特定のＲＡＲＡアゴニストに対する応答性について試験されていることになる。これらの実施形態では、試験細胞がその特定のＲＡＲＡアゴニストに応答性であるとみなされるであろうＩＲＦ８エンハンサー強度の順位のカットオフは、ｉ）集団における最低順位レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の順位に等しいか最大で５％上回るところ、またはｉｉ）集団における最高順位非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の順位に等しいか最大で５％上回るところ、またはｉｉｉ）集団における最低順位レスポンダーと最高順位非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の順位の間の値にセットされる。
【００８３】
上記実施形態では、典型的には、集団の試料のすべてがＲＡＲＡアゴニストに対する応答性について試験される必要はないが、すべての試料がＩＲＦ８エンハンサー強度について測定され、同じ試料中の他のエンハンサーと比較したＩＲＦ８エンハンサー強度の順位が確立されることを理解されたい。順位は、典型的には、細胞中のすべての他のエンハンサーの強度を測定し、ＩＲＦ８エンハンサーが、他のエンハンサーと比較した場合に、強度に関してどんなランク（例えば、順位）を有するかを決定することによって得られる。
【００８４】
いくつかの実施形態では、試料はＩＲＦ８エンハンサー強度の順位に基づいて順位序列化される。カットオフを確立するのに使用するために上記の３つの方法のどれを選択するかは、集団における最低順位レスポンダーと最高順位非レスポンダーの間のＩＲＦ８エンハンサー強度の順位の差、及びカットオフが偽陽性を最小限にするように設計されているか、またはレスポンダーの数を最大にするように設計されているかどうかに依存する。この差が大きい場合（例えば、ＩＲＦ８エンハンサー強度の順位の順位序列化において最低順位レスポンダーと最高順位非レスポンダーの間に入る、応答性について試験されていない多くの試料が存在する場合）、カットオフは、典型的には、集団における最低順位レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の順位に等しいか最大で５％上回るところにセットされる。この差が小さい場合（例えば、ＩＲＦ８エンハンサー強度の順位の順位序列化において最低順位レスポンダーと最高順位非レスポンダーの間に入る、応答性について未試験の試料がほとんどまたはまったくない場合）、カットオフは、典型的には、最低順位レスポンダーと最高順位非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の順位の間の値にセットされる。最高順位非レスポンダーが最低レスポンダーのものより大きなＩＲＦ８エンハンサー強度の順位を有する場合、カットオフは、典型的には、集団における最高順位非レスポンダーのＩＲＦ８エンハンサー強度の順位に等しいか最大で５％上回る値にセットされる。
【００８５】
試験細胞または試料が集団と比較される場合のいくつかの実施形態では、集団について得られたカットオフ値（複数可）（例えば、ＩＲＦ８エンハンサー強度またはＩＲＦ８エンハンサー順位）は保有率ランクに変換され、カットオフは、カットオフ値以上を有する集団のパーセント、例えば、保有率カットオフで表される。理論に拘束されないが、出願人等は、試験試料の保有率ランクは、ＩＲＦ８エンハンサー強度を決定するために使用される方法体系にかかわらず、類似しているであろうと考える。したがって、１つのパラメーター（例えば、ＩＲＦ８エンハンサー強度の順位）について決定された保有率カットオフはポータブルであり、別のパラメーター（例えば、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル）に適用して、他のそのパラメーターについて、カットオフ値を決定することができる。これによって、任意のパラメーターに関するカットオフ値の決定が、そのようなパラメーターのレベルとＲＡＲＡアゴニストに対する応答性の間の相関を実験的に決定する必要がなく、可能になる。決定される必要があるのは、そのような他のパラメーターのどんなレベルが集団における先に決定した保有率カットオフに対応するかだけである。
【００８６】
いくつかの実施形態では、上述した方法は、対象由来の病的な細胞ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有するかどうかを単に決定するために用いることができる。これらの実施形態では、ＩＲＦ８関連スーパーエンハンサーの存在は、対象がＲＡＲＡアゴニストに応答するであろうことを示す。これらの実施形態の一態様では、ＩＲＦ８関連エンハンサーがＭＡＬＡＴ−１と関連するエンハンサー以上である強度を有する場合、細胞はＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有すると決定される。これらの実施形態の代替の態様では、ＩＲＦ８関連エンハンサーが細胞中のすべてのエンハンサーの中位の強度よりも少なくとも１０倍大きい強度を有する場合、細胞はＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有すると決定される。これらの実施形態の他の代替の態様では、ＩＲＦ８関連エンハンサーが、細胞におけるエンハンサーのそれぞれの強度の順位序列化グラフにおいて接線の傾きが１であるポイントを超える強度を有する場合、細胞はＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有すると決定される。
【００８７】
いくつかの実施形態では、上述した方法は、対象由来の病的な細胞が、所定の閾値レベル以上である強度、順位ランクまたは保有率ランクを有するＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現するかどうかをさらに決定するために用いることができる。これらの実施形態のいくつかの態様では、ａ）病的な細胞が、ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有すること（もしくは、そのようなスーパーエンハンサーが所定の閾値レベル以上である強度もしくは順位ランクを有すること、またはｂ）病的な細胞が、所定の閾値レベル以上である強度または順位ランクを有するＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有することのいずれかの決定は、対象がＲＡＲＡアゴニストに応答するであろうことを示す。これらの実施形態の他の態様では、ａ）病的な細胞がＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有すること（または、そのようなスーパーエンハンサーが所定の閾値レベル以上である強度もしくは順位ランクを有すること、及びｂ）病的な細胞が、所定の閾値レベル以上である強度または順位ランクを有するＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを有することの決定は、対象がＲＡＲＡアゴニストに応答するであろうことを示す。
【００８８】
ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの決定
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニストに対する感度を決定するために、ＩＦＲ８  ｍＲＮＡレベルをスーパーエンハンサーの強度または順位ランクの代わりに使用することができる。ＩＲＦ８  ｍＲＮＡを定量化することができ、これは、その遺伝子座におけるスーパーエンハンサー強度と非常に相関する（図１０）。本発明者らは、ＩＲＦ８をコードするｍＲＮＡ転写産物はＲＡＲＡアゴニストに対する感度と相関すると判断し（図８）、したがって、いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニストに応答するであろう細胞を特定するためにＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを使用することができる。
【００８９】
いくつかの実施形態では、１種または複数のバイオマーカー（例えば、転写産物レベルなどのエピジェネティックマーカー）の配列が評価される。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子、より大きな遺伝子領域（例えば、遺伝子またはオペロンのクラスター）、全染色体またはゲノム全体の配列を決定するために、ＤＮＡシークエンシングを使用することができる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡシークエンシングを使用することができる。個々の遺伝子、より大きな遺伝子領域（例えば、遺伝子またはオペロンのクラスター）、全染色体またはゲノム全体の配列を決定するために利用可能な様々な方法を、当業者は理解するであろう。いくつかの実施形態では、次世代シークエンシングを使用することができる。いくつかの実施形態では、全ゲノムの次世代シークエンシングを使用することができる。いくつかの実施形態では、転写産物のレベルを定量化するためにシークエンシングを利用することができる。
【００９０】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニストのレスポンダーを特定するために、同じアッセイを使用して、対象（例えば、腫瘍試料、がん細胞試料、血液試料など）におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが、同じ疾患または状態を有する対象の集団におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルと比較される。これらの実施形態では、集団における試料の少なくともいくつかは、ａ）その特定のＲＡＲＡアゴニストに応答する集団における試料の最低のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル（「最低ｍＲＮＡレスポンダー」）、及び場合により、ｂ）特定のＲＡＲＡアゴニストに応答しない集団における試料の最高のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル（「最高ｍＲＮＡ非レスポンダー」）を確立するために、特定のＲＡＲＡアゴニストに対する応答性について試験されていることになる。これらの実施形態では、試験細胞がその特定のＲＡＲＡアゴニストに応答性であるとみなされるであろうＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルのカットオフは、ｉ）集団における最低ｍＲＮＡレスポンダーのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに等しいか最大で５％上回るところ、またはｉｉ）集団における最高ｍＲＮＡ非レスポンダーのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに等しいか最大で５％上回るところ、またはｉｉｉ）集団における最低ｍＲＮＡレスポンダーと最高ｍＲＮＡ非レスポンダーのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの間の値に設定される。
【００９１】
いくつかの実施形態では、集団のすべての試料がＲＡＲＡアゴニストに対する応答性について試験される必要はないが、すべての試料がＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルについて測定される。いくつかの実施形態では、試料はＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに基づいて順位序列化される。カットオフを確立するのに使用するために上記の３つの方法のどれを選択するかは、集団における最低ｍＲＮＡレスポンダーと最高ｍＲＮＡ非レスポンダーの間のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの差、及びカットオフが偽陽性を最小限にするように設計されているか、またはレスポンダーの潜在的な数を最大にするように設計されているかどうかに依存する。この差が大きい場合（例えば、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位序列化において最低ｍＲＮＡレスポンダーと最高ｍＲＮＡ非レスポンダーの間に入る、応答性について試験されていない多くの試料が存在する場合）、カットオフは、典型的には、集団における最低ｍＲＮＡレスポンダーのｍＲＮＡレベルに等しいか最大で５％上回るところにセットされる。この差が小さい場合（例えば、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位序列化において最低ｍＲＮＡレスポンダーと最高ｍＲＮＡ非レスポンダーの間に入る、応答性について未試験の試料がほとんどまたはまったくない場合）カットオフは、典型的には、最低ｍＲＮＡレスポンダーと最高ｍＲＮＡ非レスポンダーのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの間の値にセットされる。最高ｍＲＮＡ非レスポンダーが最低ｍＲＮＡレスポンダーより大きいＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有する場合、カットオフは、典型的には、集団における最高ｍＲＮＡ非レスポンダーのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに等しいか最大で５％上回る値にセットされる。
【００９２】
いくつかの実施形態では、集団はＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに基づいて順位序列化される。これらの実施形態では、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位ランキングを得るために、各試料のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが測定され、細胞中のすべての他のｍＲＮＡのｍＲＮＡレベルと比較される。次いで、ＩＲＦ８スーパーエンハンサー強度の順位のカットオフの決定について以前に記載されているものと同じ方法で、ＲＡＲＡアゴニストに対する応答性について試験された集団の試料に基づいて、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡの順位ランキングに基づくカットオフが決定される。次いで、決定されたＩＲＦ８  ｍＲＮＡ順位のカットオフが、直接的にまたは保有率カットオフを決定するために使用され、次いで、これらのいずれかが、ＲＡＲＡアゴニストに対する潜在的な応答性について、さらなる試料を層別化するのに使用される。
【００９３】
いくつかの実施形態では、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに対するカットオフは、上記のように、ＩＲＦ８エンハンサー強度またはＩＲＦ８エンハンサー強度の順位に基づいて確立された保有率カットオフを使用して、決定される。これらの実施形態のいくつかの態様では、ｍＲＮＡカットオフレベルを決定するために、集団がｍＲＮＡレベルについて測定され、先に決定した保有率カットオフがその集団に適用される。これらの実施形態のいくつかの態様では、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡカットオフレベルを決定するために、集団におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位序列検量線が作成され、所定の保有率カットオフがその検量線に適用される。
【００９４】
試験細胞または試料が集団と比較される実施形態のいくつかの態様では、集団について得られたカットオフｍＲＮＡレベル値（複数可）は保有率ランクに変換され、ｍＲＮＡレベルのカットオフは、カットオフ値以上を有する集団のパーセント、例えば、保有率カットオフとして表される。
【００９５】
理論に拘束されないが、出願人等は、試験試料の保有率ランク及び集団の保有率カットオフは、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを決定するために使用される方法体系にかかわらず、類似しているであろうと考える。
【００９６】
これらの実施形態のいくつかの態様では、対象は、そのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが、集団におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルによって決定した際に、約８０％、７９％、７８％、７７％、７６％、７５％、７４％、７３％、７２％、７１％、７０％、６９％、６８％、６７％、６６％、６５％、６４％、６３％、６２％、６１％、６０％、５９％、５８％、５７％、５６％、５５％、５４％、４３％、４２％、５１％、５０％、４９％、４８％、４７％、４６％、４５％、４４％、４３％、４２％、４１％、４０％、３９％、３８％、３７％、３６％、３５％、３４％、３３％、３２％、３１％、３０％、２９％、２８％、２７％、２６％、２５％、２４％、２３％、２２％、２１％または２０％の集団における保有率ランクに対応する場合に、ＲＡＲＡアゴニストレスポンダーとして特定される。いくつかの実施形態では、カットオフ値はＩＲＦ８エンハンサー強度について確立された保有率カットオフに基づいて確立される。いくつかの実施形態では、カットオフ値は、ＩＲＦ８エンハンサー強度の順位について確立された保有率カットオフに基づいて確立される。いくつかの実施形態では、カットオフ値は、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに基づいて確立される。いくつかの実施形態では、ＡＭＬ、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ患者に対するカットオフ値は、ＩＲＦ８エンハンサー強度の順位について決定された保有率値に基づいて確立され、その保有率値はＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルのカットオフ値を決定するために使用される。いくつかの実施形態では、ＡＭＬ、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ患者に対するカットオフ値は、約２０〜４５％の間（例えば、約２０〜２５％、２５〜３０％、２５〜３５％、２５〜４０％、２０〜３０％、２０〜３５％、２０〜４０％、２０〜４５％、２１〜３４％、２２〜３４％、２５〜３４％、２１〜２５％、２２〜２５％、２３〜２５％、２４〜２５％または２１〜２２％の間）の保有率カットオフを使用して決定される。いくつかの実施形態では、ＡＭＬ、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ患者に対するカットオフ値は、３４％の保有率値を使用して決定される。いくつかの実施形態では、ＡＭＬ、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ患者に対するカットオフ値は、２５％の保有率値を使用して決定される。いくつかの実施形態では、ＡＭＬ、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ患者に対するカットオフ値は、２２％の保有率値を使用して決定される。いくつかの実施形態では、ＡＭＬ、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ患者に対するカットオフ値は、２１％の保有率値を使用して決定される。
【００９７】
さらに他の実施形態では、集団を３つの群（レスポンダー、部分的レスポンダー及び非レスポンダー）に分けることができ、２つのカットオフ値または保有率カットオフが設定される。部分的レスポンダー群は、レスポンダー及び非レスポンダーならびにＲＡＲＡアゴニストへの応答がレスポンダー群ほど高くなかった集団メンバーを含むことができる。これらの実施形態では、２つのカットオフ値または保有率カットオフが決定される。このタイプの層別化は、集団において、最高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡ非レスポンダーが最低ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレスポンダーより大きいＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有する場合に、特に有用であり得る。このシナリオでは、レスポンダーと部分的レスポンダーの間のカットオフレベルまたは保有率カットオフは、最高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡ非レスポンダーのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに等しいか最大で５％上回るところに設定され、部分的レスポンダーと非レスポンダーの間のカットオフレベルまたは保有率カットオフは、最低ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレスポンダーのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルに等しいかその最大５％未満に設定される。部分的レスポンダーがＲＡＲＡアゴニストを投与されるべきかどうかの決定は、治療担当医師の判断及び／または規制当局による承認に依存する。
【００９８】
細胞または生物試料の特定のＲＮＡ配列を定量化する方法は当技術分野で既知であり、限定されないが、アレイベースの技術であるＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）により提供されるサービス及び製品で利用されるような蛍光ハイブリダイゼーション、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）もしくはＴａｑＭａｎ（登録商標）技術（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いるような逆転写酵素ｑＰＣＲ、ＲＮＡシークエンシング（例えば、ＲＮＡ−ｓｅｑ）ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）（Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）とともに利用されるようなＲＮＡハイブリダイゼーション及びシグナル増幅またはノーザンブロットが挙げられる。
【００９９】
これらの実施形態のいくつかの態様では、試験細胞と対照細胞の両方または集団のすべてのメンバーにおけるＲＮＡ転写産物（ｍＲＮＡか別のＲＡＲＡまたはＩＲＦ８転写産物のいずれか）のレベルが、比較の前に正規化される。正規化は、両方の細胞に本来存在し、両方の細胞に同等レベルで存在する別のＲＮＡ転写産物（例えば、ＧＡＤＰＨ  ｍＲＮＡ、１８Ｓ  ＲＮＡ）またはスーパーエンハンサー強度の決定より前に各細胞の試料に「添加される（ｓｐｉｋｅｄ）」固定レベルの外来性ＲＮＡのいずれかと比較することによって、ＩＲＦ８またはＲＡＲＡ  ＲＮＡ転写産物の決定されたレベルを調整することを含む（Ｊ  Ｌｏｖｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１５１（３）：４７６−８２（２０１２）、Ｊ  Ｋａｎｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ７：６４（２００６）、Ｊ  Ｖａｎ  ｄｅ  Ｐｅｐｐｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｒｅｐ  ４：３８７−９３（２００３））。
【０１００】
がん及び他の疾患
本開示の方法は、スーパーエンハンサーとがんにおいて閾値レベル以上であるＩＲＦ８またはＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとの関連を特徴とする任意のがんを治療するのに有用である。スーパーエンハンサー関連ＩＲＦ８遺伝子は、特定のタイプのがんにおいて他のがんよりも広く認められ得る。いくつかの実施形態では、スーパーエンハンサー関連ＩＲＦ８遺伝子は、非ＡＰＬ  ＡＭＬ及びＭＤＳにおいて他のがんまたは前がん性状態よりも広く認められ得る。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、本発明の方法において治療される疾患はがんである。いくつかの実施形態では、治療される疾患は非ＡＰＬ  ＡＭＬ及びＭＤＳから選択される。いくつかの実施形態では、治療される疾患は、ＩＲＦ８遺伝子をともなう染色体の転座を特徴としない非ＡＰＬ  ＡＭＬ及びＭＤＳである。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）によって治療される対象は、再発性または難治性非ＡＰＬ  ＡＭＬを罹患している。対象は、ａ）導入化学療法の第１サイクル後に部分奏効を示さない、またはｂ）導入化学療法の第２サイクル後に完全奏効を示さない、またはｃ）従来の化学療法後に再発する、またはｄ）再発が単回幹細胞移植を受けている場合に、再発性または難治性非ＡＰＬ  ＡＭＬを有すると分類される。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）によって治療される対象は、難治性ＭＤＳを罹患している。対象は、ａ）（国際予後病期分類システム（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  Ｓｔａｇｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）（「ＩＰＰＳ」）を使用して決定した場合に）高リスクもしくは中間−２ＭＤＳを有するとして類別され、低メチル化剤（例えば、アザシチジン、デシタビン）で少なくとも４サイクルの導入療法の後に（ＩＷＧ２００６判定基準によって測定した場合に）いかなる血液学的向上も達成することができなかった、または完全もしくは部分奏効の任意の持続期間の後に再発した、あるいはｂ）ＩＰＳＳ中間−１または低リスクＭＤＳとして類別され、輸血依存であるか、または赤血球生成刺激剤（ＥＳＡ）による治療に失敗した場合に、難治性ＭＤＳを有すると分類される。
【０１０４】
他の実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）によって治療される対象は、高齢の不適当な対象である。本明細書で使用する場合、用語「高齢の不適当な」は、対象が、少なくとも６０歳であり、医師によって標準導入療法の候補ではないと決定されるヒトであることを意味する。
【０１０５】
ＲＡＲＡアゴニスト
スーパーエンハンサーレベルを有するとして特定された患者を治療するＲＡＲＡアゴニストの選択は、当技術分野で既知の任意のＲＡＲＡアゴニストから行うことができる。本発明の方法で利用するＲＡＲＡアゴニストはＲＡＲＡに対して特異的であり、且つ他の形態のＲａＲ、例えば、ＲａＲ  −β及びＲａＲ−γに対して有意に低い（少なくともｌ０倍低い、少なくともｌ００倍低い、少なくとも１，０００倍低い、少なくとも１０，０００倍低い、少なくとも１００，０００倍低い）アゴニスト活性を有することが好ましい。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニストは、参照により組み込まれる、以下の米国特許：ＵＳ４，７０３，１１０、ＵＳ５，０８１，２７１、ＵＳ５，０８９，５０９、ＵＳ５，４５５，２６５、ＵＳ５，７５９，７８５、ＵＳ５，８５６，４９０、ＵＳ５，９６５，６０６、ＵＳ６，０６３，７９７、ＵＳ６，０７１，９２４、ＵＳ６，０７５，０３２、ＵＳ６，１８７，９５０、ＵＳ６，３５５，６６９、ＵＳ６，３５８，９９５及びＵＳ６，３８７，９５０のうちのいずれか１つに開示されている化合物、またはこれらに記載されている部類内に入る任意の化合物から選択される。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニストは、表１に記載される以下の既知のＲＡＲＡアゴニストのうちのいずれか、または医薬的に許容可能なそれらの塩、または前述の溶媒和化合物もしくは水和物から選択される。
【表１−１】
2019513758.tif 000003
【表１−２】
2019513758.tif 000004
【表１−３】
2019513758.tif 000005
【表１−４】
2019513758.tif 000006
【表１−５】
2019513758.tif 000007
【表１−６】
2019513758.tif 000008
【表１−７】
2019513758.tif 000009
【表１−８】
2019513758.tif 000010
【０１０８】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニストはタミバロテンである。
【０１０９】
治療レジメン
マーカー及び特徴づけ
【０１１０】
いくつかの実施形態では、本開示が提供する技術は、患者が罹患しているがんのタイプの評価を含む。いくつかの実施形態では、患者は非ＡＰＬ急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を罹患している。いくつかの実施形態では、患者は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を罹患している。
【０１１１】
一般に、本開示は、対象の１つまたは複数のマーカーまたは特徴を解析及び／または評価する技術を提供し、いくつかの実施形態では、治療的決定はそのような解析及び／または評価に基づいて行われる。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、マーカーは、その存在、形態、レベル及び／または活性が適切な集団において関連する特徴（例えば、がんのタイプまたはステージ）と相関する薬剤またはエンティティである。いくつかの実施形態では、本開示は、ＲＡＲＡアゴニストによる非ＡＰＬ  ＡＭＬの治療に関連する１種または複数のバイオマーカーの特定、分類及び／または特徴づけを企図する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＲＡＲＡアゴニストによるＭＤＳの治療に関連する１種または複数のバイオマーカーの特定、分類及び／または特徴づけを企図する。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、がんの特定のタイプを罹患するとして患者を分類することは、がんのステージの評価を含むことができる。いくつかの実施形態では、がんの特定のタイプを罹患するとして患者を分類することは、患者における疾患の負荷（例えば、体内のがん細胞の数、腫瘍のサイズ及び／またはがんの量）の評価を含むことができる。
【０１１４】
一般に、がんのタイプは、当業者が容易に認識するように、任意の適切なアッセイによって、本発明に従って評価することができる。がんのタイプについての様々なアッセイが当技術分野で既知であり、例えば、組織学的評価（例えば、生検試料のもの）、イメージング（例えば、磁気共鳴画像（ＭＲＩ）、陽電子放出断層撮影法（ＰＥＴ）、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）超音波、内視鏡検査、Ｘ線（例えば、マンモグラム、バリウム嚥下、パノレックス）、ダクトグラムまたは骨スキャンを利用するものが含まれる。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法は、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳのステージまたは形態を指し示す１種または複数のバイオマーカーのレベルを評価することを含む。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法は、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル及び場合によりＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを評価することを含む。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法は、ＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの存在及び場合によりＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度または順位ランクを含む。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法は、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルまたはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの存在、及び場合によりＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベル、ＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの強度または順位ランクを評価することを含む。
【０１１６】
理論に拘束されないが、出願人等は、ＣＤ３４またはＣＤ１１７マーカーのうちの１つしか有さないＰＢＭＣのサブセットも、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡまたはスーパーエンハンサーレベルを決定するために効果的に使用することができると考える。さらに、ＲＮＡＳｃｏｐｅ（登録商標）などのある種のＩＲＦ８  ｍＲＮＡ解析技法は、解析前にＰＢＭＣ試料を富化させることを必要とせず、これは、こうした技法が、特異的なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション／増幅手順の使用に基づいて、所望の細胞からのｍＲＮＡの解析的富化をもたらすからである。
【０１１７】
患者集団
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法が、本開示に従って、本明細書に記載の１または複数の患者（例えば、患者集団）に施される。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、患者集団は、がんを罹患する１または複数の対象を含む（例えば、対象を含むか、対象から成る）。いくつかの実施形態では、患者集団は、非ＡＰＬ  ＡＭＬを罹患する１または複数の対象を含む。いくつかの実施形態では、患者集団はＭＤＳを罹患する１または複数の対象を含む。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、患者集団は、がん（例えば、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ）の治療のための以前の療法を受けた１または複数の対象を含む（例えば、対象を含むか、対象から成る）。いくつかの実施形態では、患者集団は、がん（例えば、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ）の治療のための以前の療法を受けたことがない１または複数の対象を（例えば、対象を含むか、対象から成る）。いくつかの実施形態では、患者集団は、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの治療のための以前の療法を受けたことがない患者を含むか、それから成る。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、以前の療法を受けた患者は、化学療法、免疫療法、放射線療法、緩和ケア、手術及びこれらの組み合わせから成る群から選択される以前の療法を受けたことがあり得る。いくつかの実施形態では、患者は移植を受けたことがある。いくつかの実施形態では、患者は標準的な細胞毒性化学療法を受けたことがある。いくつかの実施形態では、標準的な細胞毒性化学療法は、シタラビン及び／またはアントラサイクリンを含む。いくつかの実施形態では、標準的な細胞毒性化学療法は、さらなる化学療法及び／または造血幹細胞移植術（ＨＳＴＣ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、患者は低メチル化剤を受けたことがある。いくつかの実施形態では、患者はレナリドマイドを受けたことがある。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、患者集団は、例えば、ＲＡＲＡアゴニスト療法（例えば、タミバロテン）組成物を他の療法（例えば、化学療法剤）と組み合わせて施すために他の療法を受けたことがある及び／または受けている１または複数の対象を含む（例えば、対象を含むか、対象から成る）。いくつかの実施形態では、そのような他の療法は、（例えば、本明細書に記載のような）がん、疼痛、悪心、便秘のための療法、がん療法と関連する１種もしくは複数の副作用（例えば、そう痒、脱毛、不眠など）の治療のための療法など、またはこれらの任意の組み合わせを含むか、これらから成ってもよい。本発明は、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを治療する方法であって、治療有効量のＲＡＲＡアゴニスト療法（例えば、タミバロテン）または医薬的に許容可能なその塩によって、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳを有すると特定された患者を治療することを含む方法を提供する。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、本発明は、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの発症を防止するまたは遅延させる方法であって、予防的有効量のＲＡＲＡアゴニスト療法（例えば、タミバロテン）または医薬的に許容可能なその塩を、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの発症の防止または遅延を必要としていると特定された患者に施すことを含む方法を提供する。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、本発明は、化学療法を含む治療レジメンで以前に治療された非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの患者を、そのような患者に治療有効量のＲＡＲＡアゴニスト療法（例えば、タミバロテン）または医薬的に許容可能なその塩を施すことによって治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標準療法が存在しない非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの患者を治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、標準療法に適さない患者を治療する方法を提供する。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、患者はまた、ＭＤＳと関連する疾患、例えば、骨髄機能不全、末梢血血球減少症及び貧血、感染または出血の関連する合併症を有し得る。いくつかの実施形態では、患者は、ＡＭＬに進行するＭＤＳを有し得る。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、患者または患者集団は妊娠中である、またはその可能性がある患者でない場合がある（例えば、除外することができる）。いくつかの実施形態では、患者または患者集団は、ＲＡＲＡアゴニスト療法の施行の前及び／または間に妊娠、分娩及び／または乳汁分泌の１つまたは複数の徴候がモニターされ得る。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法は、妊娠、分娩及び／または乳汁分泌の１つまたは複数の徴候を示すことが決定される患者に対して、低減、一時中止または終了され得る。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、患者または患者集団はタミバロテンの成分に対して過敏症の既往歴を有する患者でない場合がある（例えば、除外することができる）。いくつかの実施形態では、患者または患者集団はビタミンＡ製剤を与えられている患者でない場合がある（例えば、除外することができる）。いくつかの実施形態では、患者または患者集団はビタミンＡ過剰症を有する患者でない場合がある（例えば、除外することができる）。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、患者または患者集団は高齢患者でない場合がある（例えば、除外することができる）。いくつかの実施形態では、患者または患者集団は１人または複数の高齢患者であり得、またはこれを含むことができる。いくつかの実施形態では、高齢患者は、潜在的な有害事象（例えば、低レベルの血清アルブミン及び／または血漿中の遊離薬物濃度の上昇などを含める）を検出するために、１人または複数のより若い患者と比較して、より頻繁にモニターされ得る。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法は、そのような有害事象の１つまたは複数の徴候を示すことが決定された高齢患者に対して、低減、一時中止及び／または終了され得る。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、患者または患者集団は小児患者でない場合がある（例えば、除外することができる）。いくつかの実施形態では、患者または患者集団は１人または複数の小児患者であり得、または含むことができる。いくつかの実施形態では、小児患者は潜在的な有害事象（例えば頭蓋内圧の上昇などを含める）を検出するために、１人または複数のより高齢の患者と比較して、より頻繁にモニターされ得る。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト療法は、そのような有害事象の１つまたは複数の徴候を示すと決定された小児患者に対して、低減、一時中止及び／または終了され得る。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、もし患者が、例えば、頭痛、発疹、乾燥肌、湿疹、剥離性皮膚炎、骨痛、関節痛、発熱、白血球数の増加、ヘモグロビンの減少、ＡＳＴの増加、ＡＬＴの増加、ＬＤＨの増加、ＡＬＰの増加、ＴＧの増加、ＴＣの増加、フォリシティス（ｆｏｌｌｉｃｉｔｉｓ）、毛包炎、ＣＲＰの増加及びこれらの組み合わせなどの１つまたは複数の有害反応を発生する場合、本開示によるＲＡＲＡアゴニスト療法は、特定の患者に対して、低減、一時中止または終止される。あるいはまたはさらに、いくつかの実施形態では、もし患者が、例えば、血栓症（例えば、脳梗塞、肺梗塞、動脈血栓症、静脈血栓症など）、血管炎、せん妄、中毒性皮膚壊死症（ライエル症候群）、多形性紅斑、頭蓋内圧の上昇及びこれらの組み合わせなどの１つまたは複数の有害反応を発生する場合、本開示によるＲＡＲＡアゴニスト療法は、特定の患者について、低減、一時中止または終止される。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、本発明は、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳの発症を治療する、防止する、または遅延させるのに有用な医薬の製造のための化合物（例えば、タミバロテン）または医薬的に許容可能なその塩の使用を提供する。いくつかの実施形態では、患者は、がん（例えば、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ）を罹患している。いくつかの実施形態では、患者は、他の療法（例えば、化学療法）に抵抗性であるがん（例えば、非ＡＰＬ  ＡＭＬまたはＭＤＳ）を罹患している。いくつかの実施形態では、がんはＩＲＦ８バイオマーカーを有すると決定され、ここでは、ＩＲＦ８バイオマーカーは、上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサーの発現であるか、またはこれを含む。いくつかの実施形態では、がんは、上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していると決定される。いくつかの実施形態では、がんは、上昇したＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの１つもしくは複数またはＲＡＲＡ遺伝子と関連するスーパーエンハンサーを発現していないと決定される。
【０１３１】
投与形態及び投薬レジメン
一般に、本発明に従って使用される各活性薬剤（例えば、タミバロテン）は、適正な医療行為と矛盾がなく且つ関連する薬剤（複数可）及び対象に適している医薬組成物及び投薬レジメンを使用して、製剤化され、用量決定され、治療有効量で投与される。原則として、治療用組成物は、限定はされないが、経口、粘膜、吸入によるもの、局所、頬側、経鼻、直腸または非経口（例えば、静脈内、注入、腫瘍内、結節内、皮下、腹腔内、筋肉内、皮内、経皮もしくは他の種類の投与）を含めた、当技術分野で既知の任意の適切な方法によって投与することができる。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）は経口的に投与される。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、例えば、療法を受ける対象の１つまたは複数の目的の組織または流体において、特定の所望の薬物動態プロファイルまたは曝露の他のパターンを達成するために、特定の活性薬剤に対する投薬レジメンは、間欠投与または継続投与を含むことができる。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、組み合わせて投与される異なる薬剤は、様々な送達経路を介して、及び／または様々なスケジュールに従って投与され得る。あるいはまたはさらに、いくつかの実施形態では、１または複数の用量の第１の活性薬剤は、１種もしくは複数の他の活性薬剤と実質的に同時に、及びいくつかの実施形態では、共通の経路を介して、及び／または１種もしくは複数の他の活性薬剤との単一組成物の一部として投与される。
【０１３４】
所与の治療レジメンについて経路及び／または投薬スケジュールを最適化する場合に考慮すべき因子としては、例えば、治療を受ける特定の適応症、対象の臨床状態（例えば、年齢、全体的な健康状態、以前に受けた療法及び／またはそれに対する応答など）、薬剤の送達部位、薬剤の性質、薬剤投与の様式及び／または経路、組み合わせ療法の有無ならびに医師に知られている他の因子を挙げることができる。例えば、がん治療では、治療を受ける適応症の関連する特徴としては、数ある中でも、がんのタイプ、ステージ、位置などの１つまたは複数を挙げることができる。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、例えば、所望の治療効果または治療応答を最適化するために、特定の医薬組成物及び／または利用する投薬レジメンの１つまたは複数の特徴を時間とともに修正することができる（例えば、任意の個々の用量における活性物の量を増大または低下させる、投与間の時間間隔を長くするまたは短くするなど）。
【０１３６】
一般に、本発明による活性薬剤の投薬のタイプ、量及び頻度は、関連する薬剤（複数可）が哺乳動物、好ましくはヒトに投与される際に適用する安全性及び有効性要件によって左右される。一般に、投薬のそのような特徴は、療法なしで観察されるものと比較して、特定の、及び典型的には検出可能な治療応答を提供するように選択される。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）は連続的に投与される。
【０１３７】
本発明において、例示的な望ましい治療応答は、限定はされないが、腫瘍増殖、腫瘍サイズ、転移、腫瘍と関連する症状及び副作用の１つまたは複数の阻害及び／または低下、ならびに腫瘍細胞のアポトーシスの増加、１種または複数の細胞マーカーまたは循環マーカーなどの治療的に適切な低下または増加を含むことができる。そのような判定基準は、文献に開示されている様々な免疫学的方法、細胞学的方法及び他の方法のうちのいずれかによって、容易に評価することができる。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、特定のタイプの腫瘍、特定の腫瘍、特定の患者集団（例えば、遺伝子マーカーを保有する）及び／または特定の患者についてかどうかにかかわらず、誘導性マーカーのタイミング及び／または閾値発現レベルに基づいて、投薬レジメンを調整すること、特に連続的投薬レジメンを設計することが望ましい場合もある。いくつかのそのような実施形態では、治療的投薬レジメンは、療法の前及び／または間に１種または複数の誘導性マーカーの発現を評価する検出方法と組み合わせることができ、またはこうした検出方法を考慮して調節することができる。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）療法レジメンは、タミバロテンの約１ｍｇ／ｍ２、２ｍｇ／ｍ２、３ｍｇ／ｍ２、４ｍｇ／ｍ２、５ｍｇ／ｍ２、６ｍｇ／ｍ２、７ｍｇ／ｍ２、８ｍｇ／ｍ２、９ｍｇ／ｍ２、１０ｍｇ／ｍ２、１１ｍｇ／ｍ２、１２ｍｇ／ｍ２、１３ｍｇ／ｍ２、１４ｍｇ／ｍ２、１５ｍｇ／ｍ２、１６ｍｇ／ｍ２またはこれらの値の任意の２つの間の用量の少なくとも１つの用量を含む（もしくは正確に１つの用量を含むか、または１つの用量から成る）。いくつかの実施形態では、タミバロテン療法レジメンは、６ｍｇ／ｍ２の用量を含む。いくつかの実施形態では、タミバロテン療法レジメンは４ｍｇ／ｍ２の用量を含む。いくつかの実施形態では、タミバロテン療法レジメンは２ｍｇ／ｍ２の用量を含む。いくつかの実施形態では、タミバロテン療法レジメンは１ｍｇ／ｍ２の用量を含む。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）療法レジメンはタミバロテン組成物の複数の用量を含む。いくつかのそのような実施形態では、タミバロテン療法レジメンは、例えば、２、５、１０、２０、３０、６０、９０、１８０、３６５の用量、もしくはこれらの値の間の任意の２つの間のいくつかの用量を含み、及び／または反復パターンの用量（例えば、少なくとも１サイクルの１日２回の用量。このサイクルは、場合により代替投与の期間を用いて、もしくは場合により投与を行わずに、異なるサイクルを分離して、反復することができる）を含む。いくつかの実施形態では、タミバロテン療法レジメンは１日２回施される。いくつかの実施形態では、タミバロテン療法レジメンは１日１回施される。いくつかの実施形態では、タミバロテン療法レジメンは、１日２回の経口投薬量に分けられた６ｍｇ／ｍ２の総用量を含む。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）療法レジメンは、施行の前、間にある量の食物を食べた、または食べていないことが分かっている対象または患者の集団に施行することができる。食物摂取に関して、用語「施行の前」及び「施行の後」は、施行の前または後の約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、３０、４２または７２時間またはそれ以上の一定期間を指すことができる。いくつかの実施形態では、用語「食物摂取に関して、．．．を施行すること」は、対象または患者の集団が施行の前に食物を食べること（例えば、摂食状況）を意味する。いくつかの実施形態では、用語「食物摂取に関して、．．．を施行すること」は、対象または患者の集団が施行の後に食物を食べることを意味する。いくつかの実施形態では、用語「食物摂取に関して、．．．を施行すること」は、対象または患者の集団が施行の間に食物を食べることを意味する。あるいは、いくつかの実施形態では、用語「「食物摂取に関して、．．．を施行すること」は、対象または患者の集団が施行の間に絶食状況にあることを意味する。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、食物摂取は、高脂肪の食物または高脂肪の食事を含む。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）療法レジメンは、絶食状況の対象に施行される。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）療法レジメンは摂食状況の対象に施行される。
【０１４３】
製剤
本明細書で使用する場合、医薬組成物は、化合物、例えばタミバロテンと他の化学成分、例えば、担体、安定化剤、希釈剤、分散剤、懸濁化剤、増粘剤及び／または賦形剤との混合物を指す。医薬組成物は、生物への化合物の投与を容易にする。化合物を含む医薬組成物は、（限定されないが、静脈内、経口、直腸、エアロゾル、非経口、眼部、肺、経皮、腟、耳、経鼻及び局所的投与を含めた）、当技術分野で既知の任意の従来の形態及び経路によって、治療有効量で投与され得る。
【０１４４】
例えば、多くの場合デポー製剤または徐放製剤の状態で、臓器への直接的な化合物の注射を介して、全身的ではなく局部的に化合物を投与することができる。さらに標的化薬物送達システム、例えば、臓器特異的抗体でコーティングされたリポソームの中に化合物を含む医薬組成物を投与することができる。リポソームは、臓器へ標的化され、選択的に臓器に取り込まれる。さらに、化合物を含む医薬組成物は、急速放出製剤の形態で、持続放出製剤の形態で、または中間型放出製剤の形態で提供され得る。いくつかの実施形態では、持続放出製剤は、１時間を超えて、２時間を超えて、３時間を超えて、４時間を超えて、６時間を超えて、１２時間を超えて、２４時間を超えてまたはそれ以上にわたって化合物を放出する。いくつかの実施形態では、持続放出製剤は、１時間を超えて、２時間を超えて、３時間を超えて、４時間を超えて、６時間を超えて、１２時間を超えて、２４時間を超えてまたはそれ以上にわたって一定の速度で化合物を放出する。
【０１４５】
経口投与については、活性化合物を当技術分野で周知である医薬的に許容可能な担体または賦形剤と組み合わせることによって、化合物を容易に製剤化することができる。そのような担体によって、治療される対象が経口摂取するための錠剤、粉末剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、エリキシル剤、スラリー、懸濁剤などとして、本明細書に記載の化合物を製剤化することが可能になる。一般に、賦形剤、例えば、フィラー、崩壊剤、流動促進剤、界面活性剤、再結晶化阻害剤、潤滑剤、色素、結合剤、着香剤などを、習慣的な目的で、及び組成物の特性に影響を及ぼさない典型的な量で、使用することができる。いくつかの実施形態では、賦形剤は、ラクトース水和物、コーンスターチ、ヒドロキシプロピルセルロース及び／またはステアリン酸マグネシウムの１つまたは複数である。いくつかの実施形態では、ラクトース水和物、コーンスターチ、ヒドロキシプロピルセルロース及び／またはステアリン酸マグネシウムの１つまたは複数とともに、タミバロテンを製剤化することができる。
【０１４６】
タミバロテンの許容可能な製剤の特定は、例えば、参照によって本明細書に組み込まれるＵＳ２０１０００４８７０８に記載されているような当技術分野で既知の様々な方法によって達成することができる。
【０１４７】
組み合わせ療法
本開示を読めば、ある種の実施形態では、本明細書に記載のＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）を、例えば、化学療法剤、他の免疫調節剤の投与、放射線療法、高周波数超音波療法、手術、がん治療についてＦＤＡが承認した療法などを含めた他の抗がん療法と組み合わせることができることを当業者は容易に認識するであろう。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニストは、１種または複数の他の治療剤または治療様式と組み合わせて利用される。いくつかの実施形態では、１種または複数の他の治療剤または治療様式も抗がん剤または抗がん様式であり、いくつかの実施形態では、組み合わせはがん治療において相乗効果を示す。
【０１４９】
がん治療で治療効果を示す既知の化合物または治療としては、例えば、１種または複数のアルキル化剤、代謝拮抗薬、微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、細胞毒性抗生物質、血管新生阻害剤、免疫調節剤、ワクチン、細胞ベースの療法、臓器移植、放射線療法、手術などを挙げることができる。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、特に、適切ながん、または特定のがん患者がかかりやすい、もしくは特定のがん患者が罹患している別の疾患、障害もしくは状態と関連すると知られている１つまたは複数の症状を和らげる場合、ＲＡＲＡアゴニスト（及び／または組み合わされる他の療法）を１つまたは複数の緩和（例えば、鎮痛、悪心抑制、嘔吐抑制など）療法と組み合わせることができる。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、組み合わせて使用される薬剤は、個々の使用について承認されている投薬レジメンに従って投与される。しかし、いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）との組み合わせは、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）なしで薬剤が投与される場合に利用されるものと比較して、別の薬剤が、１つまたは複数のより低い及び／またはより低頻度の用量、及び／または減少したサイクル数を含む投薬レジメンに従って、投与されることを可能にする。あるいはまたはさらに、いくつかの実施形態では、適切な投薬レジメンは、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）なしで薬剤が投与される場合に利用されるものと比較して、より高い及び／またはより高頻度の用量、及び／または増加したサイクル数を含む。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、組み合わせて投与される薬剤の１または複数の用量が同時に投与され、いくつかのそのような実施形態では、薬剤は同じ組成物で投与される。しかし、より一般的には、薬剤は異なる組成物で、及び／または異なる時間に投与される。いくつかの実施形態では、タミバロテンは、他の治療剤（例えば、化学療法剤）と連続して及び／または同時に投与される。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組み合わせ療法は、対象が閾値以上であるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを有する場合にのみ施行される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組み合わせ療法は、対象が閾値以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有する場合にのみ施行される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組み合わせ療法は、閾値以上であるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルと閾値以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの両方を有する対象のみに施行される。これらの実施形態のうちのいずれかのいくつかの態様では、対象は非ＡＰＬ  ＡＭＬ罹患している。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）と組み合わされる治療剤は、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、ＤＮＡ合成酵素阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、ＦＬＴ３阻害剤、葉酸阻害剤、ＢＲＤ４阻害剤、Ｚｎフィンガー転写因子阻害剤、ＧＣＲ阻害剤、ＣＤＫ７阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＪＭＪＤ３／ＪＡＲＩＤ１Ｂ阻害剤またはＥＺＨ２阻害剤から選択される。他の特定の態様では、この第２の薬剤は、ＬＳＤ１阻害剤、プロテアソーム阻害剤、ＤＮＡ損傷修復阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＤＯＴ１Ｌ阻害剤、チューブリン阻害剤、ＰＬＫ阻害剤またはオーロラキナーゼ阻害剤から選択される。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）は、デシタビン、アザシチジン、ａｒａ−Ｃ、ダウノルビシン、イダルビシン、三酸化ヒ素及び／またはｆｌｔ３阻害剤とともに投与することができる。いくつかの実施形態では、ＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）は、ＩＤＨ阻害剤、ＢＲＤ４阻害剤（例えば、ＪＱ１）、ＨＤＡＣ阻害剤（例えば、ＳＡＨＡ及びＭＣ１５６８）、ＨＭＴ阻害剤（例えば、ＥＰＺ６４３８、ＵＮＣ０６３８、ＳＧＣ７０７、ＥＰＺ５６７６、ＵＮＣ０３７及びＰＦＩ−２）及び／またはＫＤＭ阻害剤（例えば、ＧＳＫＪ４、ＲＮ−１及びＧＳＫ−ＬＳＤ１）とともに投与することができる。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、対象はＡＭＬを罹患しており、タミバロテンは、アザシチジン、三酸化ヒ素、ミドスタウリン（高ＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬ対象においてのみ）、シタラビン、ダウノルビシン、メトトレキサート、イダルビシン、ソラフェニブ（高ＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬ対象においてのみ）、デシタビン、キザルチニブ（高ＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬ対象においてのみ）、ＪＱ１（ＢＲＤ４阻害剤）、ＡＴＯ、プレドニゾン（高ＧＣＲ  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬ対象においてのみ）、ＳＡＨＡ及びＧＳＫＪ４（高ＪＭＪＤ３／ＪＡＲＩＤ１Ｂ  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬ対象においてのみ）から選択される第２の薬剤と組み合わせて投与される。
【０１５７】
キット
１種または複数のＩＲＦ８バイオマーカーを検出するための１種または複数の試薬を含むキットをキットで提供することができる。ある場合には、キットは、がんを罹患しており、且つ閾値レベル以上である強度もしくは順位ランクを有するＩＲＦ８遺伝子と関連するスーパーエンハンサー、または参照（例えば、閾値レベル）以上であるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有すると決定された対象においてＲＡＲＡアゴニスト（例えば、タミバロテン）を使用するための指示書をともなう記載された挿入物またはラベルを含む、パッケージ化された本発明の医薬組成物を含む。上で詳細に記載されているように、閾値レベルは、医薬組成物が治療について示されるものと同じ疾患を罹患していると診断された対象、または医薬組成物が治療について示されるものと同じ疾患の細胞株もしくは異種移植モデルのいずれか由来の試料の集団において、決定される。指示書は、ＲＡＲＡアゴニストを含む容器に接着または付着させることができる。あるいは、指示書及びＲＡＲＡアゴニストを含む容器は互いに分離されてもよいが、単一のキット、パッケージ、箱または他のタイプの容器中に一緒に存在する。
【０１５８】
キット中の指示書は、典型的には、ＲＡＲＡアゴニストの治療的使用を承認する政府機関によって要求または推奨される。指示書は、スーパーエンハンサーがＩＲＦ８遺伝子と関連するかどうかを決定する特定の方法、ならびにＩＲＦ８遺伝子と関連するエンハンサーがスーパーエンハンサーであるかどうかを決定するための定量化方法、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル及び／またはパッケージ化されたＲＡＲＡアゴニストによる治療が推奨される及び／または治療的有効と想定される、スーパーエンハンサーもしくはＩＲＦ８  ｍＲＮＡの閾値レベルを決定するための定量化方法を含むことができる。いくつかの態様では、指示書は、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが測定された集団の少なくとも３０パーセンタイルにＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが入る対象に、組成物が投与されることを指示する。これらの実施形態のいくつかの態様では、対象は、そのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル保有率ランクが、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが測定された集団において、約８０％、７９％、７８％、７７％、７６％、７５％、７４％、７３％、７２％、７１％、７０％、６９％、６８％、６７％、６６％、６５％、６４％、６３％、６２％、６１％、６０％、５９％、５８％、５７％、５６％、５５％、５４％、４３％、４２％、５１％、５０％、４９％、４８％、４７％、４６％、４５％、４４％、４３％、４２％、４１％、４０％、３９％、３８％、３７％、３６％、３５％、３４％、３３％、３２％、３１％、３０％、２９％、２８％、２７％、２６％、２５％、２４％、２３％、２２％、２１％または２０％である場合、ＲＡＲＡアゴニストのレスポンダーとして特定される。いくつかの態様では、指示書は、特定のアッセイによってＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルが測定された対象に組成物が投与されることを指示する。
【０１５９】
指示書は、場合により、投薬情報、ＲＡＲＡアゴニストによる治療が承認されたがんのタイプ、ＲＡＲＡアゴニストについての物理化学的情報、約ＲＡＲＡアゴニストについての薬物動態的情報、薬物−薬物相互作用情報を含むことができる。いくつかの実施形態では、指示書は、ＡＭＬを罹患していると診断された対象に組成物が投与されることを指示する。いくつかの実施形態では、指示書は、非ＡＰＬ  ＡＭＬを罹患していると診断された対象に組成物が投与されることを指示する。いくつかの態様では、指示書は、ＭＤＳを罹患していると診断された対象に組成物が投与されることを指示する。いくつかの態様では、医薬組成物はタミバロテンを含む。
【実施例】
【０１６０】
本明細書に記載の本発明をより十分に理解するために、以下の実施例を記載する。本出願に記載されている合成的及び生物学的実施例は、本明細書に提供される化合物、医薬組成物及び方法を例示するために提供され、それらの範囲を限定するものとして決して解釈されるべきでない。
【０１６１】
実施例１：非ＡＰＬ  ＡＭＬ細胞株におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルはＲＡＲＡアゴニストへの応答性と相関する
本発明者らは、タミバロテンに対する感度についていくつかのＡＭＬ細胞株を以前に試験し、ＲＡＲＡスーパーエンハンサーの強度、ＲＡＲＡスーパーエンハンサー強度の順位及びＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルのそれぞれと感度が非常によく相関することを示した。これは、以下に記載のように行った。
【０１６２】
実験当日に、細胞をＡｃｃｕｍａｘ（ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用してホモジナイズし、数え、適切な増殖培地中で６０，０００細胞／ｍＬに調整した。Ｂｉｏｔｅｋ  ＥＬ４０６を使用して、５０μｌの細胞を白色（ＡＴＰｌｉｔｅ）または黒色（ＣｙＱｕａｎｔ）３８４ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ）中に分配した。細胞を３７℃のインキュベーターに戻して、接着させた。３時間後に、Ｊａｎｕｓワークステーション上で、２０ｎｌの３８４ウェルピントランスファーマニフォールドを使用して、化合物をプレートに加えた。ストックを、３８４ウェル化合物プレートのＤＭＳＯストックにおいて、１０ポイントの４重用量応答にアレイ化した。化合物の添加後、３７℃インキュベーター中で５日間または１０日間プレートをインキュベートした。
【０１６３】
ＡＴＰｌｉｔｅ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）またはＣｙＱｕａｎｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して細胞生存率を読み取った。ＡＴＰｌｉｔｅについては、プレートをインキュベーターから取り出し、使用前に室温にした。ＡＴＰｌｉｔｅ試薬の凍結乾燥粉末を溶解バッファーに再懸濁し、蒸留水で１：２に希釈した。Ｂｉｏｔｅｋ液体ハンドラーを使用して、２５μＬのこの溶液を各ウェルに加えた。プレートを１５分間室温でインキュベートしてから、Ｅｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）で発光シグナルを読み取った。ＣｙＱｕａｎｔについては、製造者の指示書のように、ＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）中に試薬を混合した。マルチチャンネルピペットを使用して試薬を加え、インキュベーターにプレートを３０分間戻してから、Ｅｎｖｉｓｉｏｎプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）で読み取った。
【０１６４】
記載されるように得たデータを蓄積し、マイクロソフトのＥｘｃｅｌでグループ化し、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して解析した。プレートに含まれるＤＭＳＯのみで処理したウェルに対して正規化した場合の細胞のパーセント生存率に対してプロットされた化合物濃度のｌｏｇ１０変換されたデータを用いる４パラメーター（ヒルの傾きは１に等しいと仮定されない）非線形回帰を使用して、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍバージョン６．０で、ＥＣ５０及びＥｍａｘを計算するための曲線適合を行った。端のウェルは除外した。
【０１６５】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ＰｒｉｍｅＶｉｅｗ（商標）ヒト遺伝子発現アレイを使用して、これらのＡＭＬ細胞株のうちの７つ（タミバロテンに感受性の４つ−ＮＯＭＯ−１、ＯＣＩ−ＡＭＬ３、ＭＶ−４−１１及びＳｉｇ−Ｍ５、ならびに非感受性の３つ−ＫＧｌａ、ＯＣＩ−Ｍ１及びＫａｓｕｍｉ−１）を、タミバロテン感受性細胞株において特異的に上昇している可能性がある他のｍＲＮＡについて最初に調べ、潜在的候補としてＩＲＦ８  ｍＲＮＡを特定した。次いで、以下に記載されるようにＲＮＡ−ｓｅｑ解析を行うことによって、先にこれらの７つのＡＭＬ細胞株のそれぞれで、及びタミバロテンに対する感度について試験したいくつかの他のＡＭＬ細胞株で、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを定量化した。最初の７つの細胞株についての結果を図１に示す。興味深いことに、ＮＯＭＯ−１は高いＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを有していなかったが、タミバロテンに応答性であった。ＮＯＭＯ−１が上昇したＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有していたという事実は、この見せかけの矛盾を明らかにするのに役に立ち、タミバロテンに対する応答性を予測するためのＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの使用をさらに有効にした。
【０１６６】
ＲＮＡ調製：細胞懸濁液を微量遠心機チューブに移し、１ｍＬのＰＢＳで洗浄した。細胞ペレットを２００μＬのＴＲＩｚｏｌに再懸濁した。Ａｍｂｉｏｎ  ｍｉＲＶａｎａ  ｍｉＲＮＡ単離キット（ＡＭ１５６１）の２０μＬのｍｉＲＮＡホモジネート添加物を加え、混合し、氷上で１０分間インキュベートした。２０μＬのブロモクロロプロパンを加え、混合し、室温で５分間インキュベートし、１２，０００×ｇで、４℃で１０分間遠心分離した。６２μＬの水性相を７８μＬのエタノールに加え、フィルターカラムに移した。Ａｍｂｉｏｎの全ＲＮＡ単離プロトコールに従って、単離を続けた。試料を品質管理についてバイオアナライザーで試験し、次いで、シークエンシングのためにＷｈｉｔｅｈｅａｄ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｃｏｒｅ、（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）に送った。
【０１６７】
ＲＮＡ−ｓｅｑデータ処理：ｒｓｅｍ  ｖｌ．２．２１ソフトウェア（ｒｓｅｍ−ｃａｌｃｕｌａｔｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ；パラメーター＝−ｐ４−−ｓａｍｔｏｏｌｓ−ｓｏｒｔ−ｍｅｍ  ３Ｇ−−ｃｉ−ｍｅｍｏｒｙ３０７２−−ｂｏｗｔｉｅ−ｃｈｕｎｋｍｂｓ１０２４−−ｑｕｉｅｔ−−ｏｕｔｐｕｔ−ｇｅｎｏｍｅ−ｂａｍ−−ｂｏｗｔｉｅ２−−ｂｏｗｔｉｅ２−ｐａｔｈ／ｄａｔａ／ｄｅｖｔｏｏｌｓ／ｂｏｗｔｉｅ２−２．０．５−−ｓｔｒａｎｄ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ）を使用して、リードをＨＧ１９トランスクリプトームに整列させ、次いで同じｒｓｅｍスイート（ｒｓｅｍ−ｐａｒｓｅ−ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ、ｒｓｅｍ−ｂｕｉｌｄ−ｒｅａｄ−ｉｎｄｅｘ、ｒｓｅｍ−ｒｕｎ−ｅｍ）を使用してｍＲＮＡの定量化を行い、１００万あたりの転写産物（ＴＰＭ）で報告した。次いで、各試料についてすべてのタンパク質コード遺伝子を抽出し、それらのスコアをクオンタイル正規化した。
【０１６８】
次いで、図２及び表１に示すように、タミバロテンに対する感度をＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルと比較した。
【表１−９】
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【０１６９】
上の表から分かるように、ＨＬ６０を除いて、すべてのタミバロテン応答性細胞株は、アッセイにおいて１９０ＴＰＭ（ｌｏｇ２（７．５７））より大きいＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有していたが、非応答性細胞株はすべて１６．５ＴＰＭ（ｌｏｇ２（４．０３））未満のＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有していた。付随する高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベル（６．７３  ＴＰＭ）をともなわないタミバロテンに対するＨＬ６０の応答性は、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとタミバロテン感受性の間の相関はＡＰＬについて当てはまらない可能性があり、それにより、非ＡＰＬ  ＡＭＬを罹患する対象を層別化するのにより適し得ることを示唆している。図２は、ＨＬ６０に対するデータポインを除く。
【０１７０】
多数の異なるタイプの試料（正常血液細胞、ＡＭＬ細胞株、一次ＡＭＬ患者試料及びＡＭＬ  ＰＤＸ）について、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを決定した。得られたデータを順位序列にプロットし、図１４に結果を図表で示した。示すように、図１４は、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルと疾患の存在の間のいかなる相関も示さず、ＩＲＦ８レベルは、病的な細胞、細胞株及びＰＤＸと比較して、正常細胞において適度に類似した様式で分布しているように思われる。
【０１７１】
実施例２：ＲＡＲＡアゴニスト処理に対するＩＲＦ８  ｍＲＮＡの閾値の決定
ＡＭＬ細胞株の結果は、ＲＮＡ−Ｓｅｑアッセイにおいて１５．５から１９０ＴＰＭの間（すなわち、ｌｏｇ２（４．０３）からｌｏｇ２（７．５７）の間）のカットオフ値を示唆する。ＩＲＦ  ｍＲＮＡレベルの分布を調べるために、及びカットオフ値に基づく保有率カットオフを決定するために、（Ｓｔａｎｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙの好意により提供された）ＡＭＬ患者試料の集団を選択した。その集団にＡＭＬ細胞株を加え、次いで、順位序列化グラフを生成した。図３は、組み合わせた患者試料／ＡＭＬ細胞株集団におけるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの順位序列化分布を示す。本発明者らは、２５％の保有率カットオフがおよそｌｏｇ２（７）のＩＲＦ  ｍＲＮＡ値に対応すると判断した。
【０１７２】
実施例３：ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの相関
次に、ＡＭＬ細胞株及び患者集団においてＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを比較して、相関を決定した。図４は、タミバロテンに応答したいくつかの細胞株は、比較的低いＲＡＲＡ  ｍＲＮＡを有するが、高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有することを示す。図５は、患者のサブセットも高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを示すが、比較的低いＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを示し、逆もまた同じであることを示す。これは、患者においてＩＲＦ８  ｍＲＮＡとＲＡＲＡ  ｍＲＮＡの両方を測定すること、及びいずれかのｍＲＮＡレベルが閾値を超える場合に、ＲＡＲＡアゴニスト、例えばタミバロテンによる治療のための患者を選択することが、治療可能な患者集団を最適化することができるという考えを支持する。
【０１７３】
実施例４：ＩＲＦ８と関連するスーパーエンハンサーはＲＡＲＡアゴニスト処置に対する応答性と相関する
次に、以下のように、いくつかのＡＭＬ細胞株及び患者試料においてＩＲＦ８エンハンサー強度を調べた。
【０１７４】
細胞固定：懸濁液中の細胞については、典型的には１／１０量の新鮮な１１％ホルムアルデヒド溶液を細胞懸濁液に加え、混合し、この混合物を室温（ＲＴ）で８分間放置した。次いで、１／２０量の２．５Ｍグリシンまたは１／２量の１Ｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．５を加えてホルムアルデヒドをクエンチし、少なくとも１分間インキュベートした。２０〜５０ｍＬの冷却した１×リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で細胞を３回すすぎ、１２５０×ｇで５分間遠心分離して、各洗浄の前後に細胞をペレット化した。次いで、細胞を１５ｍＬのコニカルチューブに移し、１２５０×ｇで、４℃で５分間遠心分離した。上清を除去し、キムワイプで軽くたたくことによって残留する液体を除去し、次いで、ペレット化した細胞を液体窒素中で瞬間凍結し、−８０℃で保存した。
【０１７５】
ビーズ調製：２ｍＬの免疫沈降物あたりおよそ６０μＬのＤｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）プロテインＧ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用した。１．５ｍＬ  エッペンドルフチューブにおいて、それぞれ１．０ｍＬブロッキングバッファー（ＰＢＳ中に０．５％ＢＳＡ  ｗ／ｖ）で、ビーズを５分間３回洗浄した。磁石（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して各洗浄後にビーズを収集し（少なくとも完全に１分間磁石を結合させた）、次いで、上清を吸引した。６μｇの抗体を加えた２５０μＬのブロッキングバッファーに洗浄したビーズを再懸濁し、回転混合しながら一晩（最低６時間）この混合物をインキュベートした。それぞれ１ｍＬのブロッキングバッファーで抗体結合ビーズを５分間３回洗浄し、ブロッキングバッファー（ＩＰあたり６０μＬ）に再懸濁した。これらの最後の洗浄及び再懸濁は、一旦細胞を超音波処理（参照されたい９．１．１．３）したら行い、また一晩の免疫沈降の直前に行った。
【０１７６】
細胞溶解：１×プロテアーゼ阻害剤（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ、Ｒｏｃｈｅ；１ｍＬ  Ｈ２Ｏに１錠を溶解して５０×溶液にすることによって調製し、一定分量で−２０℃で保存した）を、使用前にすべての溶解バッファーに加えた。各チューブの細胞（およそ５×ｌ０７細胞）を５〜１０ｍＬの溶解バッファー１（ＬＢｌ；１４０ｍＭ  ＮａＣｌ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、１０％グリセロール、０．５％ＮＰ−４０、０．２５％トリトンＸ−１００）に再懸濁し、４℃で１０分間揺り動かした。卓上遠心分離機において１２５０×ｇで５分間４℃で細胞を遠心分離し、上清を吸引除去した。細胞を５ｍＬの溶解バッファー２（ＬＢ２；２００ｍＭ  ＮａＣｌ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５ｍＭ  ＥＧＴＡ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８）に再懸濁し、回転させて４℃で１０分間インキュベートした。卓上遠心分離機において１２５０×ｇで５分間４℃で細胞を再度ペレット化し、２〜５ｍＬのＣｏｖａｒｉｓ超音波処理バッファー（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．１％ＳＤＳ）中で洗浄した。卓上遠心分離機において１２５０×ｇで５分間４℃でペレットを遠心分離した。卓上遠心分離機において１２５０×ｇで５分間４℃で細胞をペレット化し、２０００〜５０００万細胞／１ｍＬのＣｏｖａｒｉｓ超音波処理バッファーの濃度で再懸濁した。
【０１７７】
クロマチン免疫沈降法：上記のように調製した５０μＬの抗体コンジュゲートビーズを１．５ｍｌチューブ中の（細胞溶解で上記したように）きれいにした細胞抽出物の溶液に加え、４℃で一晩（最低８時間）揺り動かして、免疫沈降物ＤＮＡ−タンパク質複合体を得た。
【０１７８】
洗浄、溶出、及び架橋反転：これらのステップで使用するすべてのバッファーを氷冷した。磁気スタンドを使用して磁気ビーズを沈殿させ、１ｍＬの洗浄バッファー１（５０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ  ｐＨ７．５、１４０ｍＭ  ＮａＣｌ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、１ｍＭ  ＥＧＴＡ、０．７５％トリトン−Ｘ、０．１％ＳＤＳ、０．０５％ＤＯＣ）で、穏やかに回転混合させながらそれぞれ５分で３回洗浄し、１ｍＬの洗浄バッファー２（５０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ  ｐＨ７．５、５００ｍＭ  ＮａＣｌ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、１ｍＭ  ＥＧＴＡ、０．７５％トリトン−Ｘ、０．１％ＳＤＳ、０．０５％ＤＯＣ）で、５分にわたって１回、及び１ｍＬの洗浄バッファー３（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、５０ｍＭ  ＮａＣｌ）で、５分にわって１回洗浄した。すべての残留する洗浄バッファーを吸引し、ビーズを１２５０×ｇで１分間軽く遠心分離し、チューブを磁石上に戻し、バッファーのすべての痕跡を除去した。２１０μＬの量の溶出バッファー（５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８、１０ｍＭ  ＥＤＴＡ、１％ＳＤＳ）を加え、１５分毎に短くボルテックスしてビーズを再懸濁させながら、６５℃で６０分間溶出した。磁石を使用してビーズを上清から分離し、２００μＬの上清を取り出し、逆架橋用にきれいなチューブ入れた。ＩＰ及び全細胞抽出画分の両方を６５℃で一晩（最低８時間であるが、最大１８時間）逆架橋した。次いで、６５℃で一晩（最低８時間であるが、最大１８時間）インキュベートすることよって、免疫沈降のための別々に逆架橋した両方の試料及び全細胞抽出画分に加熱した。加熱によって、ホルムアルデヒド架橋の加水分解が促進された。
【０１７９】
ＤＮＡのクリーンアップ及び精製：２００μｌの量の、Ｔｒｉｓ−ＥＤＴＡバッファー（５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８、１ｍＭ  ＥＤＴＡ）及び２．７μＬの３０ｍｇ／ｍｌ  ＲＮａｓｅＡ（０．２ｍｇ／ｍＬの終濃度）を各試料に加え、混合し、３７℃で２時間インキュベートした。次いで、５μＬの塩化カルシウム溶液（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．０中に３００ｍＭ  ＣａＣｌ２）を４μＬの２０ｍｇ／ｍｌプロテイナーゼＫ（０．２ｍｇ／ｍＬの終濃度）とともに各試料に加え、混合し、５５℃で６０分間インキュベートした。次いで、２５：２４：の比のフェノール：クロロホルム：イソアミルアルコール（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  ＃Ｐ３８０３）を４００μＬ各チューブに加え、低設定（５／１０）のボルテックスミキサー上で混合し、各チューブを転倒させて、さらに混合した。
【０１８０】
１０，０００ＲＰＭで３０秒間室温でチューブを遠心分離することによって、ＰｈａｓｅＬｏｃｋ  Ｇｅｌ（商標）チューブ（Ｑｉａｇｅｎ、３Ｐｒｉｍｅ）を各試料について調製した。次に、フェノール：クロロホルム：イソアミルアルコール中の試料ＤＮＡをＰｈａｓｅＬｏｃｋ  Ｇｅｌ（商標）チューブ加え、１２，０００〜１６，０００×ｇで２分間間室温で遠心分離した。次いで、水溶液（最上部の画分）を新しい１．６ｍｌチューブ移し、２０μＬの５Ｍ  ＮａＣｌ及び１．５μＬの２０μｇ／μＬのグリコーゲン（全量３０μｇ）を加え、次いで１ｍＬのＥｔＯＨを加え、ボルテックスまたは反転によって混合した。次いで、試料を−２０℃で一晩（６〜１６時間）インキュベートした。混合物を２０，０００×ｇで２０分間４℃で遠心分離してＤＮＡをペレット化し、１ｍＬピペットチップで上清を除去し、８００μＬの８０％ＥｔＯＨ中でペレットを洗浄し、２０，０００×ｇで２０分間４℃で遠心分離し、１ｍＬピペットチップで上清を除去した。２０，０００×ｇで１分間再度試料を遠心分離し、上清を除去し、５〜２０分間ペレットを風乾した。ペレットはその周りに水のハローを有さないはずであり、ガラス状または薄片状の乾燥状態であるはずである。次いで、ペレットを６０μＬの水に溶解し、シークエンシングに５０μＬを使用した。
【０１８１】
ＣｈＩＰ−ｓｅｑのデータ処理：Ｂｏｗｔｉｅ２  ｖ．２．０．５ソフトウェア（パラメーター＝−ｐ４−感受性）を使用して、ＣｈＩＰ−ｓｅｑ  ＩＰとＩＮの両方のリードをＨＧ１９ゲノムに整列させた。これによって、ＩＰとＩＮのシークエンシング実験の両方の整列化をまとめたゲノムワイドなＢＡＭファイルが得られた。
【０１８２】
ユニバーサルＩＲＦ８エンハンサースコアデータセットの作成：すべての下流解析で適用することができるユニバーサルＩＲＦ８エンハンサースコアデータセットを生成した。整列させたＩＰ  ＢＡＭを使用してＭＡＣＳ  ｖｌ．４で整列させたＨ３Ｋ２７Ａｃリードデータでゲノムワイドに観察されるピークをＣｈＩＰ−ｓｅｑフォアグラウンドデータと指定し、整列させたＩＮ  ＢＡＭを対照バックグラウンドデータと指定した。１０−９というストリンジェントなｐ値カットオフを使用したが、そうでなければ、デフォルトパラメーターを使用した。次いで、これらのピークを、これらがヒト参照ゲノムにおいてこれらの間に≧１２，５００塩基対を有する場合、併合した。ピークのこのセットをＲＯＳＥピークと称し、所与の試料に対するＩＲＦ８転写産物と重複する最高スコアのＲＯＳＥピークのランクをその試料に対する「ＩＲＦ８  ＲＯＳＥランク」として記録した。
【０１８３】
次いで、ＲＯＳＥピークのセットをＥＮＣＯＤＥ（ｈｔｔｐｓ：／／ｓｉｔｅｓ．ｇｏｏｇｌｅ．ｃｏｍ／ｓｉｔｅ／ａｎｓｈｕｌｋｕｎｄａｊｅ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ｂｌａｃｋｌｉｓｔｓ）及びＥＮＣＯＤＥ  Ｐｒｏｊｅｃｔ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  （２０１２）によって定義される「ブラックリスト領域」についてフィルターにかけて、ＣｈＩＰ−ｓｅｑのアーチファクトを除去した。
【０１８４】
次いで、一次患者試料由来のフィルターにかけたＲＯＳＥピークのセットを、他の試料のピークと重複するピークのすべてを有する所与の試料の各ピークの座標の和集合を取ることにより、ユニバーサルＨ３Ｋ２７Ａｃエンリッチメントマップに併合した。これによって、Ｈ３Ｋ２７Ａｃエンリッチメントのユニバーサルマップが生成された。次いで、所与の領域に対して、その領域内にマップされたＩＰリードの数を合計し、１００万を乗じた、全実験でマッピングしたリード数（「１００万あたりのリード」またはＲＰＭ）で割ることによって、（細胞株を含めた）各試料内のこのユニバーサルマップ内で各エンリッチメント領域を定量化した。ＩＮリードに対して同様のＲＰＭスコアを計算した。ＩＮ  ＲＰＭをＩＰ  ＲＰＭから引いて、所与の試料について、ユニバーサルマップ内の所与の領域に対する全体のスコアを得た。Ｒ  ＭＡＳＳライブラリーｖ７．３．４５のｆｉｔｄｉｓｔｒ関数を使用して、負の二項分布を所与の試料に対するスコアに適合させた。分布の末端を、この負の二項式の累積分布関数が０．９９（０．０１のｐ値と等しい）と交差するポイントとして位置づけした。このポイントによる試料の領域のすべてに対する全体のスコアを、適合させた負の二項分布の最下部の９９％にスコア化された任意のエンリッチメント領域が１未満にスコア化され（「典型的なエンハンサー」とみなされる）、９９％より上にスコア化された任意の領域が１を超えるスコアをとる（「スーパーエンハンサー」とみなされる）ように分けた。これらのスコアは、ユニバーサルマップに対する各試料に関する「ＲＥＣＯＭＢ」スコアと呼ばれる。次いで、クオンタイル正規化を使用し、フロアを０に設定して、各試料のＲＥＣＯＭＢスコアをすべての他の試料に対して正規化した。
【０１８５】
ＣｈＩＰ−ｓｅｑデータの可視化：パイルアップ（エクステントサイズ（ｅｘｔｓｉｚｅ）２００）を作成するためのＭＡＣＳ２及びＴＤＦコマンドのためのｉｇｖｔｏｏｌ  ｖ２．３．９ソフトウェアのｉｇｖｔｏｏｌを使用してＢＡＭファイルをＩＧＶフォーマット化ファイルに変換した後に、Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｖｉｅｗｅｒ（ＩＧＶ）バージョン２．３．６０を使用して、Ｈ３Ｋ２７Ａｃのゲノムワイドな局在を可視化した。ノイズレベル（０．２５）のちょうど上で始まり、ＭＡＬＡＴ１遺伝子を中心とする制御領域にわたってピークの完全な高さを見るために必要とされるレベルのおおよそ半分のレベルで終わるように、各トラックのＹ軸を設定した。
【表２】
2019513758.tif 000012
【０１８６】
上記のデータは、≧１．０のＩＲＦ８のＲＥＣＯＭＢエンハンサースコア（≧１．０のＲＥＣＯＭＢスコアはスーパーエンハンサーを定義する）がタミバロテンに対する応答性とよく相関することを示す。ＨＬ６０ＡＰＬ細胞株を除いて、試験した１２種の非ＡＰＬ  ＡＭＬ細胞株の中から、そのカットオフ値は１つの偽陽性（Ｋａｓｕｍｉ−１）及び１つの偽陰性（ＥＯＬ−１）をもたらした。≧１．２５のＲＥＣＯＮＭＢスコアにカットオフを上げれば偽陽性を除外すると思われ、一方で≧０．７５のＲＥＣＯＭＢスコアにカットオフを下げれば偽陰性を除外すると思われる。このデータは、図６においてグラフ形態でも示す。ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとタミバロテンに対する応答性の間の同様の相関も観察され、４．２５より大きいＩＲＦ８  ｍＲＮＡのＴＰＭ（ｌｏｇ２）値を有する細胞株は、すべてタミバロテン感受性を示した。
【０１８７】
次いで、ＡＭＬ患者試料のサブセットに対するＣｈＩＰ−ｓｅｑによって、エンハンサープロファイリングを適用した。ＩＲＦ８遺伝子座のエンハンサー強度は、６６種のＡＭＬ患者試料の間で大きく変化し、ＳＥを有する患者の２１％（１４／６６）が１．０を上回るＲＥＣＯＭＢスコアで示された（図７）。たいていの患者試料はＩＲＦ８エンハンサーが定量化できない最も低い１４％（９／６６）を含めた、最低限のエンハンサー活性を示した。
【０１８８】
実施例５：ＩＲＦ８  ｍＲＮＡとＩＲＦ８エンハンサー強度の相関
ＩＲＦ８エンハンサーの定量化及びＣｈＩＰ−ｓｅｑとＲＮＡ−ｓｅｑデータの相関：クオンタイル正規化したＲＥＣＯＭＢスコアを、ＩＲＦ８と重複する、ユニバーサルマップでエンハンサーと呼ばれる領域（ｃｈｒ１６：８５８６２５８２〜８５９９００８６）について、すべての患者にわたって使用した。これは、スピアマンの相関を使用するＲＳＥＭからの完全なＩＲＦ８遺伝子モデルについてのクオンタイル正規化したＴＰＭ発現の推定と相関した。ＲＮＡ−ｓｅｑとＣｈＩＰ−ｓｅｑの両方を有する患者のみを使用した。細胞株で同じ解析を行ったが、ＡＰＬ細胞株は除外した。
【０１８９】
ＩＲＦ８  ｍＲＮＡの測定値によるＩＲＦ８  ＳＥの代理推定を可能にするために、これら２つの間の相関を同じＡＭＬ患者コホートで調べた。ＲＮＡ−ｓｅｑで測定したＩＲＦ８  ｍＲＮＡをＨ３Ｋ２７ａｃに対するＲＩＴＣＯＭＢスコアによるＩＲＦ８遺伝子座エンハンサー尺度と比較した（図８）。ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルもこのコホートの試料間で大きく変化し、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルは、ＩＲＦ８エンハンサー強度と非常に相関した（スピアマンのＲｈｏ相関推定は約０．８１、２．２×ｌ０−１２のＰ値）。
【０１９０】
２６種のＡＭＬ細胞株において、ＩＲＦ８エンハンサー強度及びＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの値もプロファイルした。これらの細胞株のいくつかは、タミバロテンに対する抗増殖感受性について以前に試験した（表２を参照されたい）。ＡＭＬ患者試料で観察されるように、ＡＭＬ細胞株は、ＩＲＦ８エンハンサー強度の幅広い分布を示した（図９）。ＩＲＦ８エンハンサー強度及びＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルも２６種のＡＭＬ細胞株で大きく変化し、そのうちの９種（３４％）は≧１．０のＩＲＦ８  ＲＥＣＯＭＢ値を有していた。
【０１９１】
ＡＭＬ患者試料と同様に、ＡＭＬ細胞株は、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＩＲＦ８エンハンサー強度の強い相関を示し（図１０；スピアマンのＲｈｏ相関推定は約０．８２、２×ｌ０−６のＰ値）、したがって、これは、ＩＲＦ８エンハンサー強度の代理尺度としてのＩＲＦ８  ｍＲＮＡを支持する。
【０１９２】
実施例６：タミバロテンに対するＰＤＸモデルの応答及びＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとの相関
ＢＡＬＢ／ｃヌード免疫無防備状態マウスにおける異なるＡＭＬ患者試料（ＡＭ８０９６、ＡＭ５５１２、ＡＭ７５７７及びＡＭ７４４０）由来の異種移植モデルは、Ｃｒｏｗｎ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｂｅｉｊｉｎｇ、Ｃｈｉｎａ）によって、本質的に以下のように調製される。
【０１９３】
各患者試料からのおよそ２×１０６個の細胞を１００μＬのＰＢＳに懸濁し、尾のＩＶ注射によって、別々のマウス（それぞれの異なる患者試料及び対照について、ｎ＝３）に注射した。ＡＭ５５１２、ＡＭ７５７７及びＡＭ７４４０異種移植片については、腫瘍量は、ヒトＣＤ４５＋細胞の濃度が動物の末梢血で約１〜５％に達するときに、処置を開始するのに十分高いと考えられる。蛍光活性化セルソーター及びＦＩＴＣ抗ヒトＣＤ４５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号３０４０３７）を使用して、ヒトＣＤ４５＋細胞を（眼出血から得られる）マウス血液で検出する。ＡＭ８０９６異種移植片については、処置は細胞の注射から４０日後に開始する。
【０１９４】
１０ｍｌ／ｋｇ容量で６ｍｇ／ｋｇ体重の最終用量の毎日のスケジュールで、ｐＨ８に調整したＰＢＳ、１％ＤＭＳＯ中で、タミバロテンを経口的に投与する。ビヒクル群のマウスに同じスケジュール、容量及び製剤を与えるが、タミバロテンを欠く。処置動物及び対照動物からの末梢血中のヒトＣＤ４５＋細胞のレベルを１週１回測定する。
【０１９５】
ＡＭ５５１２及びＡＭ８０９６異種移植片は、タミバロテンで処置した場合に、３５日間の処置後にビヒクル対照と比較して、ＣＤ４５＋細胞の合計％ならびに血液、骨髄及び脾臓におけるＣＤ４５＋細胞の％の有意な低減を示す（図１１）。これに反して、ＡＭ７５７７及びＡＭ７４４０は、全体的にまたは血液、骨髄もしくは脾臓のうちのいずれにおいても、タミバロテン処置動物とビヒクル処置動物の間で腫瘍体積の有意な低減を示さない（図１２）。
【０１９６】
次いで、異種移植片研究で使用した４つの患者試料のそれぞれにおいて、ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルとＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの両方を測定した（図１３）。異種移植片研究における２つの非レスポンダー、ＡＭ７５７７及びＡＭ７４４０は、本アッセイにおいて、１００ＴＰＭをはるかに下回るＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有する。レスポンダーのうちの１つ、ＡＭ８０９６は、３５０ＴＰＭを超えるＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを有する。もう１つのレスポンダー、ＡＭ５５１２は、非常に低いレベルのＩＲＦ８  ｍＲＮＡを有する。興味深いことに、これらの４試料はＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルについて同様のパターンを示し、ＡＭ７５７７及びＡＭ７４４０は任意の決定された保有率カットオフ（例えば、３６％保有率カットオフ）より低いＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルを有し、ＡＭ８０９６はその保有率カットオフを有意に上回り、ＡＭ５５１２も保有率カットオフより低かったが、ＡＭ７５７７またはＡＭ７４４０非レスポンダーのどちらよりも有意に高いＲＡＲＡ  ｍＲＮＡを有していた。
【０１９７】
実施例７：ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルの決定及びｃｈｉｐシークエンシングのための患者試料の調達及び調製
血液（８ｍＬ）を非ＡＰＬ  ＡＭＬ患者から採取し、８ｍＬのＢＤ  Ｖａｃｕｔａｉｎｅｒ  ＣＰＴクエン酸ナトリウムチューブに収集した。採血に続いて、チューブを８〜１０回手で軽く転倒させて、確実に抗凝血剤が十分に見られなくなるようにした。収集してから２時間以内に行う遠心分離の前に、チューブを直立させて室温で保存した。次いで血液試料を、１５００〜１８００ＲＣＦ（相対遠心力）で、室温（ｌ８〜２５℃）で２０分間遠心分離した。遠心分離後に、血液は層に分離した。ゲルプラグより下の下部層は、完全な下部にある赤色層（赤血球）及びこの上の薄い灰色の層（顆粒球及び密度溶液）である。ゲルプラグの真上は密度溶液の透明な層であり、次いで、白色層（単核細胞及び血小板）及び上部の黄色がかった層（血漿）であった。ＰＢＭＣを含む白色層（１ｍＬの体積まで）を遠心分離してからパスツールピペットで直ちに取り出した。必要に応じて、滴加し、続いて穏やかに手で反転させて混合する２０％ｖ／ｖのＢｌｏｏｄＳｔｏｒ（登録商標）凍結培地（ＢｉｏＬｉｆｅ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ）を含むクライオバイアル中でＰＢＭＣを保存することができる。
【０１９８】
次いで、磁気標識及び標識された細胞の磁気分離について製造者の手引きに従って、先のステップで得られたＰＢＭＣ画分（前に凍結した場合は解凍した）をヒトＣＤ１１７ミクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）及びヒトＣＤ３４ミクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）で同時に処理した。次いで、単離したＣＤ３４＋／ＣＤ１１７＋細胞から伝令ＲＮＡを抽出し、上記のようにｑＰＣＲを使用して定量化した。
【０１９９】
実施例８：タミバロテンとＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルと相関する他の薬剤の間の相乗作用
Ｂｉｏｔｅｋ  ＥＬ４０６を使用して、２０〜６０，０００細胞／ｍｌを含む５０μＬの細胞培地を白色３８４ウェルＮｕｎｃプレート（Ｔｈｅｒｍｏ）に分配した。次いで、懸濁細胞には化合物を直ちに加えたが、接着細胞株には１時間与えて、化合物の添加より前にプレートの表面に再付着させた。タミバロテン及び試験する第２の薬剤をＤＭＳＯに溶解し、３８４ウェル化合物貯蔵プレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ）上にアレイ化させた。各化合物プレートに、それぞれ所与の細胞株に対する所与の化合物のＥＣ５０を中心とした５つの異なる用量でタミバロテン及び１つの第２の薬剤を加え、これによって、２つの薬剤について合計で２５の異なる用量の組み合わせがもたらされた。
【０２００】
Ｊａｎｕｓ  ＭＤＴワークステーション（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）上で、２０ｎｌの３８４ウェルピントランスファーマニフォールドを使用して、化合物アレイをアッセイプレートに分配した。各プレートは、各化合物それ自体の４重の５つの用量に加えて、すべての５×５の化合物濃度の８つの反復物を含んでいた。化合物の添加後、細胞プレートを３７℃インキュベーター中で５日間インキュベートした。ＡＴＰｌｉｔｅ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を使用して、製造者プロトコールに従って、細胞生存率を評価した。データを市販のＣａｌｃｕＳｙｎソフトウェアを使用して解析し、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して可視化した。タミバロテンと第２の薬剤の２５の用量の組み合わせのそれぞれをプロットするアイソボログラムを作成し、相乗作用の存在について解析した。アイソボログラムでは、１．０の横座標値と縦座標値を結ぶ直線は、２つの化合物の組み合わせについて相加的であった増殖阻害を示す。その直線を下回るプロットは相乗的な増殖阻害を示し、その線及び０．７５の横座標値と縦座標値を結ぶ線を下回るプロットは、軽度の相乗作用を示す。０．７５の横座標値と縦座標値を結ぶ線と０．２５の横座標値と縦座標値を結ぶ線の間に入るプロットは、中程度の相乗作用を示す。０．２５の横座標値と縦座標値を結ぶ線を下回るプロットは、強い相乗作用を示す。各アイソボログラムの最大値の外側にあるデータポイントはアイソボログラムの右上隅のアステリスクの数で示され、相乗作用なしのデータポイントを示す。
【０２０１】
様々なＡＭＬ細胞株に対するこれらのアッセイにおいて、アザシチジン、三酸化ヒ素、ミドスタウリン、シタラビン、ダウノルビシン、メトトレキサート、イダルビシン、ソラフェニブ、デシタビン、キザルチニブ、ＡＢＴ１９９（ＢＣＬ２阻害剤）、ＪＱ１（ＢＲＤ４阻害剤）、ＡＴＯ、プレドニゾン、ＳＡＨＡ、ＧＳＫＪ４（ＪＭＩＤ３／ＪＡＲＩＤ１Ｂ阻害剤）及びＥＰＺ６４３８（ＥＺＨ２阻害剤）を第２の薬剤として試験した。図１５〜２１は、異なる細胞株においてタミバロテンと組み合わせた様々な第２の薬剤に対するアイソボログラムを示す。
【０２０２】
アザシチジンとタミバロテンの組み合わせについては、Ｓｉｇ−Ｍ５について中程度から強い相乗作用が観察され、ＫＧ−１ａ及びＮＯＭＯ−１について中程度の相乗作用が観察され、ＭＶ−４−１１について軽度から中程度の相乗作用が観察された（図１５を参照されたい）。Ｋａｓｕｍｉ−１またはＯＣＩ−Ｍ１については、相乗作用は観察されなかった（データ非表示）。
【０２０３】
三酸化ヒ素とタミバロテンの組み合わせについては、Ｓｉｇ−Ｍ５及びＭＶ４１１について強い相乗作用が観察され、ＮＯＭＯ−１について中程度の相乗作用が観察された（図１６を参照されたい）。Ｋａｓｕｍｉ−１については、なしから軽度の相乗作用が観察され、ＯＣＩ−Ｍ１については相乗作用が観察されなかった（データ非表示）。
【０２０４】
シタラビン（Ａｒａ−Ｃ）とタミバロテンの組み合わせについては、ＫＧ−１ａ及びＯＣＩ−Ｍ１について、いくらかの中程度の相乗作用が観察されたが、ＨＬ−６０については相乗作用が観察されなかった（図１７を参照されたい）。ＭＶ−４１１については、最大値の外側の多数のデータポイント（２５のうち７）及び強い相乗作用を示した多数によって、解釈が難しくなる。
【０２０５】
ダウノルビシンとタミバロテンの組み合わせについては、Ｋａｓｕｍｉ−１及びＮＯＭＯ−１について強い相乗作用が観察され、Ｓｉｇ−Ｍ５及びＭＶ−４−１１について中程度の相乗作用が観察された（図１８を参照されたい）。ＯＣＩ−Ｍ１については、相乗作用が観察されなかった（データ非表示）。
【０２０６】
メトトレキサートとタミバロテンの組み合わせについては、ＮＯＭＯ−１、Ｓｉｇ−Ｍ５及びＭＶ−４−１１について、中程度の相乗作用が観察された（図１９を参照されたい）。Ｋａｓｕｍｉ−１については、なしから軽度の相乗作用が観察され、ＯＣＩ−Ｍ１については、相乗作用は観察されなかった（データ非表示）。
【０２０７】
イダルビシンとタミバロテンの組み合わせについては、ＮＯＭＯ−１、Ｓｉｇ−Ｍ５及びＭＶ４１１について、中程度の相乗作用が観察された（図２０を参照されたい）。Ｋａｓｕｍｉ−１またはＯＣＩ−Ｍ１については、相乗作用は観察されなかった（データ非表示）。
【０２０８】
最大値の外側の多数のデータポイントが原因で、ＭＶ４１１、ＮＯＭＯ−１、ＫＧ−１ａ及びＳｉｇ−Ｍ５におけるソラフェニブとタミバロテンの組み合わせについて不確定の結果が観察されたが（参照されたい図２１）、ＯＣＩ−Ｍ１におけるこの組み合わせについては、相乗作用は観察されなかった（データ非表示）。ソラフェニブはＦＬＴ３阻害剤であり、一部の細胞株において、タミバロテンと他のＦＬＴ３阻害剤、例えばミドスタウリン及びキザルチニブとの組み合わせについても、相乗作用が観察された。理論に拘束されないが、本発明者らは、ＦＬＴ３阻害剤との相乗作用は、高ＲＡＲＡ及び／または高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルならびに高ＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルの両方を必要とすると考える。この「条件付き」相乗作用はＧＣＲ阻害剤プレドニゾンとでも見られ、これは、高ＧＣＲ  ｍＲＮＡレベルならびに高ＲＡＲＡ及び／または高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを必要とするように思われた。これはＪＭＪＤ３／ＪＡＲＩＤＩＢ阻害剤ＧＳＫＪ４とでも観察され、これは、相乗作用が確認されるには、高ＪＭＪＤ３／ＪＡＲＩＤ１Ｂ  ｍＲＮＡレベルならびに高ＲＡＲＡ及び／または高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡレベルを必要とすると思われた。
【０２０９】
ＢＣＬ２阻害剤ＡＢＴ１９９とタミバロテンの組み合わせについては、試験したいかなる細胞株においても相乗作用が観察されなかった。ＥＺＨ２阻害剤ＥＰＺ６４３８とタミバロテンの組み合わせにおいても、相乗作用が観察されなかった。
【０２１０】
しかし、高ＲＡＲＡ及び／または高ＩＲＦ８  ｍＲＮＡ  ＡＭＬ細胞株において、ＨＤＡＣ阻害剤ＳＡＨＡとタミバロテンの組み合わせについて、相乗作用が観察された。
【０２１１】
さらに、ＨＬ−６０及びＫＧ−１ａ細胞において、デシタビンとタミバロテンの組み合わせについて、強い相乗作用が観察された（データ非表示）。
【０２１２】
Ｚｎフィンガー転写因子阻害剤ＡＴＯとタミバロテンの組み合わせについても、相乗作用が観察された。
【０２１３】
いかなる特定の理論にも拘束されないが、高ＲＡＲＡレベル、高ＩＲＦ８レベルまたは両方の組み合わせを特徴とする非ＡＰＬ  ＡＭＬは、タミバロテンとアザシチジン、三酸化ヒ素、ミドスタウリン（高ＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬにおいて）、シタラビン、ダウノルビシン、メトトレキサート、イダルビシン、ソラフェニブ（高ＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬにおいて）、デシタビン、キザルチニブ（高ＦＬＴ３  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬにおいて）、ＪＱ１（ＢＲＤ４阻害剤）、ＡＴＯ、プレドニゾン（高ＧＣＲ  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬにおいて）、ＳＡＨＡ、及びＧＳＫＪ４（高ＪＭＪＤ３／ＪＡＲＩＤ１Ｂ  ｍＲＮＡレベルを特徴とするＡＭＬにおいて）の１つまたは複数との組み合わせに相乗的に応答する可能性があると仮定することができる。
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１１．  ＳＹ−１４２５−Ｐ００６：  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＲＡＲＡ  ｅｎｈａｎｃｅｒ  ａｎｄ  ＲＡＲａ  ｍＲＮＡ  ｉｎ  ＡＭＬ  ｐａｔｉｅｎｔ  ｓａｍｐｌｅｓ  ａｎｄ  ｃｅｌｌ  ｌｉｎｅｓ
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【国際調査報告】
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