(57)【要約】  本開示は、メディトープとメディトープ利用可能な抗体上の結合部位とが会合した後にのみ活性化することが可能な、メディトープ−抗体の共有結合様式に向けられている。この目的に対し、本明細書に提供されるのは、メディトープ利用可能な抗体上の結合部位との特異的かつ非共有結合的な分子相互作用に干渉しないが、それでも共有結合の形成を可能とし促進するように、メディトープ上の１つまたは複数の特異的な場所（複数可）で光反応性の官能基を含有するべく、工学的に作出されたメディトープである。この方法論は、そのスピード、正確性、一貫性、および簡便性により、抗体−薬剤コンジュゲートの開発のための明らかな利点を有する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号１）、または１つもしくは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／もしくは置換を有する配列番号１のアミノ酸配列を含み、前記アミノ酸配列は、Ｐｈｅ３、Ｌｅｕ５、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９、および／またはＬｅｕ１０からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基に１つまたは複数の改変を含み、さらに前記改変は、ＵＶ光が照射されると共有結合を形成できる光反応性の官能基の組み込みを含む、ペプチド。
【請求項２】
ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸ１Ｃ（配列番号７）またはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸ１Ｃ（配列番号１３）、または１つもしくは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／もしくは置換を有する配列番号７もしくは１３のアミノ酸配列を含み、Ｘ１は、ＵＶ光が照射されると共有結合を形成できる光反応性の官能基を含む、ペプチド。
【請求項３】
前記配列は、Ｃ末端に−ＧＧＧＫをさらに含む、請求項１または２に記載のペプチド。
【請求項４】
前記ペプチドは環状である、前出の請求項のいずれかに記載のペプチド。
【請求項５】
Ｘは、Ｌ−２−アミノ−４，４−アジ−ペンタン酸、Ｌ−２−アミノ−５，５−アジ−ヘキサン酸，アジド−フェニルアラニン、およびパラ−ベンゾイルフェニルアラニンからなる群から選択される、前出の請求項のいずれかに記載のペプチド。
【請求項６】
ヘッドトゥテール（ｈｅａｄ−ｔｏ−ｔａｉｌ）ラクタム環状ペプチド、線状ペプチド、非天然のアミノ酸の組み込み、結合の短縮または伸長、および水和可能なカルボニル官能価の組み込みのうち１つまたは複数からなる群から選択される１つまたは複数の改変をさらに含む、前出の請求項のいずれかに記載のペプチド。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか１項に記載のペプチドと、メディトープ利用可能な空洞を含む抗体とを含む、非共有結合の抗体−メディトープ複合体。
【請求項８】
メディトープと、メディトープ利用可能な空洞を含む抗体とを含み、前記メディトープのアミノ酸の側鎖は、前記抗体に共有結合しており、前記抗体と前記メディトープのアミノ酸の側鎖との間の共有結合は、ジスルフィド結合ではない、抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項９】
前記メディトープは、ジスルフィド橋を有する環状の配列を含み、Ｃ１とＣ１２との間のジスルフィド橋は、前記メディトープのアミノ酸２〜１１の大部分よりも前記メディトープ利用可能な空洞の入口に近い、請求項８に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１０】
各配列がＣ１とＣ１２との間にジスルフィド橋を有するＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣ（配列番号７）もしくはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸＫＣ（配列番号１３）、または１つもしくは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／もしくは置換を有する配列番号７もしくは１３のアミノ酸配列を含む環状メディトープと、メディトープ利用可能な空洞を含む抗体とを含み、前記メディトープのアミノ酸Ｘの側鎖は、前記抗体に共有結合しており、Ｃ１とＣ１２との間のジスルフィド橋は、前記メディトープのアミノ酸２〜１１の大部分よりも前記メディトープ利用可能な空洞の入口に近い、抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１１】
１つもしくは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／または置換を有するＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣ（配列番号７）またはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸＫＣ（配列番号１３）のアミノ酸配列を含むメディトープと、メディトープ利用可能な空洞を含む抗体とを含み、前記メディトープのアミノ酸Ｘの側鎖は、前記抗体に共有結合しており、前記抗体と前記メディトープのアミノ酸の側鎖との間の共有結合は、ジスルフィド結合ではない、抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１２】
アミノ酸Ｘの側鎖は、前記抗体のアミノ酸側鎖に共有結合している、請求項１０または１１に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１３】
アミノ酸Ｘの側鎖は、前記抗体の骨格に共有結合している、請求項１２に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１４】
Ｘの側鎖は、リンカー−Ｌ−または−Ｌ−Ｌ−を介して前記抗体に共有結合しており、各Ｌは、独立して、置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、置換もしくは非置換のヘテロシクリーレン（ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｙｌｅｎｅ）、または置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである、請求項１０〜１３のいずれか１項に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１５】
前記メディトープは、それに共有結合している少なくとも１つの活性剤を、任意選択でリンカーを介してさらに含む、請求項１０〜１４のいずれか１項に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１６】
前記メディトープは、Ｎ末端およびＣ末端の両方に共有結合している活性剤を、任意選択でリンカーを介してさらに含む、請求項１０〜１４のいずれか１項に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１７】
前記活性剤は、治療剤、診断剤、または検出剤である、請求項１５または１６に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１８】
前記抗体は、前記メディトープ利用可能な空洞を含む、セツキシマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、トラスツズマブ、パ二ツズマブ、クリバツズマブ、オカラツズマブ、またはそれらの機能性フラグメントである、請求項８〜１７のいずれか１項に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項１９】
前記抗体は、表１および／または表２に記載されるようなアミノ酸のうち少なくとも１つを含む、請求項８〜１７のいずれか１項に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項２０】
前記抗体は、アミノ酸ＬＣ１０１（Ｇ）、ＬＣ１０５（Ｅ）、ＨＣ４４（Ｇ）、および／またはＨＣ１５５（Ｅ）のうち少なくとも１つを含む、請求項８〜１７のいずれか１項に記載の抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項２１】
メディトープ利用可能な空洞を含む抗体をメディトープに接触させることであって、
前記メディトープは、前記メディトープと前記メディトープ利用可能な空洞中の１つまたは複数のアミノ酸との間に非共有結合の相互作用を形成させるような状態下で、ＵＶ光が照射されると共有結合を形成できる、光反応性の官能基を含むこと；および
前記メディトープにＵＶ光を照射して、前記メディトープと前記抗体との間に共有結合を生成すること
を含む、抗体−メディトープコンジュゲートを調製する方法。
【請求項２２】
メディトープ利用可能な空洞を含む抗体を、各配列がＣ１とＣ１２との間にジスルフィド橋を有するＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸ１Ｃ（配列番号７）またはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸ１Ｃ（配列番号１３）、または１つもしくは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／もしくは置換を有する配列番号７もしくは１３アミノ酸配列を含む環状メディトープに接触させることであって、前記メディトープのアミノ酸Ｘ１の側鎖は、前記メディトープと前記メディトープ利用可能な空洞中の１つまたは複数のアミノ酸との間に非共有結合の相互作用を形成させるような状態下で、ＵＶ光が照射されると共有結合を形成できる、光反応性の官能基を含み、Ｃ１とＣ１２との間のジスルフィド橋は、前記メディトープのアミノ酸２〜１１の大部分よりも前記メディトープ利用可能な空洞の入口に近いこと；および
前記メディトープにＵＶ光を照射して、前記メディトープのアミノ酸Ｘ１の側鎖と前記抗体との間に共有結合を生成すること
を含む、抗体−メディトープコンジュゲートを調製する方法。
【請求項２３】
請求項２１から２２に記載の方法によって調製される、抗体−メディトープコンジュゲート。
【請求項２４】
請求項８〜２０または２３のいずれか１項に記載の抗体−メディトープコンジュゲートを投与することを含み、前記抗体−メディトープコンジュゲートは、それに結合している活性剤を含む、それを必要とする患者に活性剤を投与する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願への相互参照
本出願は、３５ Ｕ.Ｓ.Ｃ. セクション１１９（ｅ）に基づき、２０１６年２月２日に出願された米国仮出願第６２／２９０，３８２号に優先権を主張し、その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
分野
本開示は、メディトープが、メディトープ利用可能抗体上の結合部位と連合した後にのみ活性化される、メディトープ−抗体共有結合モダリティに関する。 
【背景技術】
【０００３】
背景
それらの特異性および好ましい薬物動力学および薬物ダイナミクスの故に、モノクローナル抗体（ｒｎＡｂｓ）に細胞毒性または生物学な能力を付与して、それらの治療効果を増強し、または放射性核種で疾病を画像化するべく、実質的な努力が行われてきている。これらの方法は、親ｒｎＡｂの利用可能な化学的性質によって制限され、および／または広範囲のタンパク質工学を必要とする。
【０００４】
サマリー
本開示は、メディトープが、メディトープ利用可能抗体上の結合サイトに結合した後にのみ、活性化することができるメディトープ−抗体共有結合モダリティに関する。この目的のため、本明細書では、メディトープの１つまたはそれ以上の特定の位置（複数）に光活性の官能基を含むように加工したメディトープが提供され、メディトープ利用可能抗体上の結合サイトとの特定の非共有結合的な分子相互作用を阻害することなく、依然として供給結合の形成を許容しかつ向上させる。この方法は、その迅速性、正確性、一貫性、容易性を以て、抗体−薬剤コンジュゲートの開発に対して明確な効果を有する。
【０００５】
ある実施形態では、光反応性の官能基を有するアミノ酸を含み、UV光の照射により共有結合を形成することが可能なメディトープと、メディトープ利用可能空洞を含む抗体とを含む非共有結合の抗体−メディトープ複合体が提供される。
【０００６】
ある実施形態では、メディトープとメディトープ利用可能空洞を有する抗体とを含む抗体−メディトープコンジュゲートが提供され、メディト−プのアミノ酸の側鎖が、交代に結合され、抗体とメディトープとの間の供給結合がジスルフィド結合ではない。抗体−メディトープコンジュゲートの抗体は、メディトープと相互作用するアミノ酸残基を含むメディトープ利用可能空洞を含んでいて、メディトープの結合を許容する。ある実施形態では、抗体は、メディトープがより効率的に（より高い結合定数で）結合するような方法で修飾された。１実施形態では、抗体は、メディトープ利用可能空洞を含むセツキシマブまたはセツキシマブの機能性フラグメントである。
【０００７】
ある実施形態では、アミノ酸配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣ（配列番号：７）またはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸＫＣ（配列番号：１３）、または１または２のアミノ酸の付加、欠失および／または置換を有する配列番号：７または１３と、メディトープ利用可能空洞を含む抗体を含む環状メディトープを含む抗体−メディトープコンジュゲートが提供され、メディトープのアミノ酸Ｘの側鎖が、共有的に抗体に結合し、Ｃ１とＣ１２との間のジスルフィド架橋が、メディトープのアミノ酸２−１１の主なものよりも、メディトープ利用可能空洞に近づけられている。
【０００８】
ある実施形態では、１つまたは２つのアミノ酸の付加、欠失および／または置換を含むアミノ酸配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣ（配列番号：７）またはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸＫＣ（配列番号：１３）を含むメディトープを含む抗体−メディトープコンジュゲートが提供され、メディトープのアミノ酸Ｘの側鎖が抗体に共有的に結合する。
【０００９】
メディトープのアミノ酸Ｘの側鎖は、抗体バックボーンおよび／または抗体のアミノ酸側鎖を含むいかなる位置ででも抗体に共有的に結合できる。
【００１０】
ある実施形態では、側鎖Ｘは、リンカーを介して抗体に共有的に結合する。いくつかの実施形態では、リンカーは、式−Ｌ−または−Ｌ−Ｌ−であり、それぞれのＬは、独置換もしくは非置換のアルキレン、置換もしくは非置換のシクロアルキレン、置換もしくは非置換のアリーレン、置換もしくは非置換のヘテロシクリーレン（ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｙｌｅｎｅ）、または置換もしくは非置換のヘテロアリーレンである。
【００１１】
ある実施形態では、メディトープは、さらに、任意でリンカーを介して共有結合した治療薬、診断薬、および／または検出可能な薬剤といった少なくとも１つの活性薬剤を含む。活性薬剤は、メディトープのＮ末端、Ｃ末端またはメディトープのアミノ酸の側鎖に結合することができる。ある実施形態では、メディトープじゃ、共有結合した１つ以上の活性薬剤を含む。この実施例では、活性薬剤は、Ｎ末端およびＣ末端の両方に共有的に結合できるか、またはメディトープは、分岐を有していて、メディトープが１つ以上のＮ末端および／またはＣ末端を有する。活性薬剤は、直接または任意にリンカーを介してメディトープに供給的に結合することができる。
【００１２】
また、アミノ酸配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：１）または１つまたは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／または置換を有する配列番号１を含むペプチドが提供され、アミノ酸配列は、Ｐｈｅ３、Ａｓｐ４、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９および／またはＬｅｕｌＯから選択される少なくとも１つのアミノ酸残基の１つまたはそれ以上の修飾を含み、さらに修飾は、ＵＶ光で照射されると共有結合を形成することが可能な光反応性の官能基の組み込みを含む。
【００１３】
また、アミノ酸配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：１）または１つまたは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／または置換を有する配列番号１を含むペプチドが提供され、アミノ酸配列は、Ｌｅｕ５、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９および／またはＬｅｕｌＯから選択される少なくとも１つのアミノ酸残基の１つまたはそれ以上の修飾を含み、さらに修飾は、ＵＶ光で照射されると共有結合を形成することが可能な光反応性の官能基の組み込みを含む。
【００１４】
また、アミノ酸配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：１）または１つまたは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／または置換を有する配列番号１を含むペプチドが提供され、アミノ酸配列は、Ｐｈｅ３、Ｌｅｕ５、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９および／またはＬｅｕｌＯから選択される少なくとも１つのアミノ酸残基の１つまたはそれ以上の修飾を含み、さらに修飾は、ＵＶ光で照射されると共有結合を形成することが可能な光反応性の官能基の組み込みを含む。
【００１５】
また、アミノ酸配列ＣＱＹＮＬＳＳＲＡＬＫＣ（配列番号：２）または１つまたは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／または置換を有する配列番号２を含むペプチドが提供され、アミノ酸配列は、Ｔｙｒ３、Ａｓｎ４、Ｌｅｕ５、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９および／またはＬｅｕｌＯから選択される少なくとも１つのアミノ酸残基の１つまたはそれ以上の修飾を含み、さらに修飾は、ＵＶ光で照射されると共有結合を形成することが可能な光反応性の官能基の組み込みを含む。
【００１６】
また、アミノ酸配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸ１Ｃ（配列番号：７）またはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸ１Ｃ（配列番号１３）または１つまたは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／または置換を有する配列番号：７または１３を含むペプチドが提供され、アミノ酸配列Ｘ１は、ＵＶ光で照射されると共有結合を形成することが可能な光反応性の官能基を含む。
【００１７】
また、アミノ酸配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸ１Ｃ（配列番号：７）またはＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸ１Ｃ（配列番号１３）または１つまたは２つのアミノ酸の付加、欠失、および／または置換を有する配列番号：７または１３を含む環状のメディトープをメディトープ利用可能空洞を含む抗体に接触させることを含む抗体−メディトープコンジュゲートを提供する方法が提供され、メディトープのアミノ酸Ｘ１の側鎖は、メディトープと、メディトープ利用可能空洞内の１つまたはそれ以上のアミノ酸との間の非共有的な相互作用の形成を可能とする条件の下でＵＶ光で照射されると共有結合を形成することが可能な光反応性の官能基を含んでおり、Ｃ１とＣ１２との間のジスルフィド架橋が、メディトープのアミノ酸２−１１の主なものよりも、メディトープ利用可能空洞に近づけられ；かつ、メディトープをＵＶ光で照射して、メディトープのアミノ酸Ｘ１の側鎖と、抗体との間で供給結合を生成する。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】図１においてパネルＡ−Ｈは、供給結合性のメディトープ−抗体コンジュゲートの形成を示す。
【図２】図２は、ＥＧＦＲを発現する細胞が、ＥＧＦＲ抗体薬剤コンジュゲートにより効果的に殺され、ることを示す（ＣＱＦＤペプチドの１０位で光活性化可能なメチオニンでメディトープペプチドへの共有的に結合を介して毒性のアウリスタチン（ＭＭＡＤ）にカップルしたＥＧＦＲ抗体）。
【図３】図３は、種々のメディトープ薬剤コンジュゲートおよびメディトープ−抗体コンジュゲートが、試験した用量で、マウスの体重を現象させないことを示す。
【図４】図４は、メディトープ薬剤コンジュゲートｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ１０ＭＭＡＤを含むセツキシマブＩ８３Ｅを使用する、ＥＧＦＲ効率のデータおよび体積減少を示す。
【図５】図５は、セツキシマブおよびメディトープ利用可能トラズツズマブのメディトープ結合空洞内でのメディトープのモデル化を示す。
【図６】図６は、光利用可能なメディトープでコンジュゲートした光最適化したトラスツズマブバリアントのＵＶコンジュゲーションを示す。
【図７】図７は、異なるＤＡＲでメディトープとコンジュゲートされたセツキシマブＩ８３Ｅを示す。
【図８−１】種々のメディトープの結合親和性を示す。
【図８−２】種々のメディトープの結合親和性を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
詳細な説明
１．定義
他に定義しない限り、本明細書で使用する全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されると同じ意味を有する。例えば、Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，微生物学および分子生物学辞典第２版、Ｊ．Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ  １９９４）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，分子クローニング、実験マニュアル、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇｓ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ  １９８９を参照）。本明細書に記載されたものと類似または等価な任意の方法、デバイスおよび材料は、本開示の実施において使用される。以下の定義は、本明細書において頻繁に使用される或る用語の理解を容易にするために提供され、本開示の範囲を限定するものではない。
【００２０】
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるように、単数形「a」、「an」および「the」は、文脈上他に明確に指示されない限り、複数の指示対象を含むことに留意されたい。 したがって、例えば、「ペプチド」への言及は、複数のペプチドを含む。
【００２１】
本明細書で使用する場合、用語「含むcomprising」または「含むcomprises」は、引用された要素を含む組成物および方法を意図するが、他の要素を排除するものではない。組成物および方法を定義するために使用される場合、「本質的に構成されている」は、記載された目的のための組合せにいかなる本質的に顕著な他の要素を排除することを意味する。したがって、本明細書で定義される要素から本質的になる組成物は、請求される基本的および新規な特性に実質的に影響を与えない他の材料またはステップを排除するものではない。「からなるConsisting of」とは、他の成分のトレース的な要素および実質的な方法ステップを排除することを意味するものとする。これらそれぞれの過渡的用語によって定義される実施形態は、本開示の範囲内である。
【００２２】
温度、時間、量および範囲を含む濃度などの数値指定の前に使用される場合の用語「約about」は、（＋）または（−）１０％、５％または１％変動する近似を示す。
【００２３】
本明細書で使用する略語は、化学的および生物学的な技術において、それらの従来の意味を有する。本明細書で使用する以下の略語は、以下の意味を有する。
【００２４】
2019513690.tif 000002
2019513690.tif 000003
【００２５】
本明細書で使用する「抗体」という用語は、免疫グロブリン遺伝子由来のフレームワーク領域または抗原に特異的に結合して認識するその断片を含むポリペプチドを指す。認識された免疫グロブリン遺伝子は、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン、およびミュー定常領域遺伝子ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。軽鎖は、カッパまたはラムダのいずれかに分類される。重鎖は、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタ、またはイプシロンとして分類され、これらはそれぞれ、免疫グロブリン類、ＩｇＧ、ＩＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤおよびＩｇＥをそれぞれ規定する。典型的には、抗体の抗原結合領域は、結合の特異性および親和性を決定する上で重要な役割を果たす。いくつかの実施形態では、抗体または抗体のフラグメントは、ヒト、マウス、ラット、ハムスター、ラクダなどを含む異なる生物に由来する。
本明細書中で使用する用語「抗体」は、抗体の所望の機能を改善または調節するために１つまたは複数のアミノ酸位置で修飾または突然変異された抗体を含む（例えば、グリコシル化、発現、抗原認識、エフェクター機能、抗原結合、特異性など）。
【００２６】
抗体は、複雑な内部構造を有する大きな、複雑な分子（分子量１５０，０００または約１３２０アミノ酸）である。天然抗体分子は、２つの同一の対のポリペプチド鎖を含み、各対は１つの軽鎖および１つの重鎖を有する。各軽鎖および重鎖は、標的抗原の結合に関与する可変（「Ｖ」）領域および免疫系の他の成分と相互作用する定常（「Ｃ」）領域の２つの領域からなる。軽鎖および重鎖の可変領域は、三次元空間で互いに集合し、抗原に結合する可変領域（例えば、細胞の表面上の受容体）を形成する。各軽鎖または重鎖可変領域内には、相補性決定領域（「ＣＤＲ」）と呼ばれる３つの短いセグメント（長さが平均１０アミノ酸）が存在する。抗体可変ドメイン（軽鎖由来の３つと重鎖由来の３つ）中の６つのＣＤＲは、３次元空間で一緒に折り畳まれて、標的抗原上にドッキングする実際の抗体結合部位を形成する。ＣＤＲの位置および長さは、Ｋａｂａｔ，Ｅ．ｅｔ  ａｌ．，免疫学的関心のあるタンパク質の配列、米国保健福祉省、１９８３、１９８７によって正確に位置付けられる。ＣＤＲに含まれていない可変領域の部分は、フレームワーク（「ＦＲ」）と呼ばれ、ＣＤＲのための環境を形成する。
【００２７】
例示的な免疫グロブリン（抗体）構造単位は、四量体を含む。各四量体は、２つの同一の対のポリペプチド鎖からなり、各対は１つの「軽」（約２５ｋＤ）および１つの「重」鎖（約５０〜７０ｋＤ）を有する。各鎖のＮ末端は、抗原認識に主に関与する約１００〜１１０またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を規定する。可変軽鎖（ＶＬ）および可変重鎖（ＶＨ）という用語は、それぞれ、これらの軽鎖および重鎖を指す。Ｆｃ（すなわち、断片の結晶化可能領域）は、免疫グロブリンの「基部」または「尾」であり、典型的には、抗体のクラスに応じて２つまたは３つの定常ドメインに寄与する２つの重鎖から構成される。特定のタンパク質に結合することにより、Ｆｅ領域は、各抗体が所与の抗原に対して適切な免疫応答を生成することを保証する。Ｆｅ領域はまた、Ｆｅ受容体などの多様な細胞受容体、および補体タンパク質などの他の免疫分子に結合する。
【００２８】
抗体は、例えば、インタクトな免疫グロブリンとして、または種々のペプチダーゼで消化することによって産生される多くのよく特徴付けられたフラグメントとして存在する。ゆえに、例えば、ペプシンは、ヒンジ領域のジスルフィド結合の下の抗体を消化して、Ｆ（ａｂ）’２（それ自体がジスルフィド結合によってＶＨ−ＣＨＩに結合した軽鎖であるＦａｂの二量体）を生成する。、穏和な条件下でＦ（ａｂ）’２を還元してヒンジ領域のジスルフィド結合を破壊し、それによってＦ（ａｂ）’２二量体をＦａｂ’単量体に変換することができる。Ｆａｂ’モノマーは、本質的にヒンジ領域の一部を有する抗原結合部分である（Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｐａｕｌ  ｅｄ．，３ｄ  ｅｄ．１９９３を参照）。種々の抗体断片は、インタクトな抗体の消化に関して定義されるが、当業者は、そのような断片が化学的にまたは組換えＤＮＡ技法を使用して新規に合成され得ることを理解するであろう。ゆえに、本明細書中で使用される抗体という用語はまた、全抗体の改変によって産生される抗体フラグメント、または組換えＤＮＡ技法（例えば、一本鎖Ｆｖ）を用いて新規に合成される抗体フラグメント、またはファージディスプレイ・ライブラリーも含む（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ等，Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４  （１９９０）を参照）。
【００２９】
一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）は、典型的には、免疫グロブリンの重鎖（ＶＨ）および軽鎖（ＶＬ）の可変領域の融合タンパク質であり、１０〜約２５アミノ酸の、より短いリンカーペプチドに連結される。リンカーは通常、溶解性のためのセリンまたはスレオニンと同様に、柔軟性のためのグリシンが豊富である。リンカーは、ＶＨのＮ末端をＶＬのＣ末端に連結するか、またはその逆に連結することができる。
【００３０】
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）のエピトープは、ｍＡｂが結合するその抗原の領域である。２つの抗体は、それぞれが他の抗原へと結合するのを競合的に阻害する（ブロックする）場合、同じまたは重複するエピトープに結合する。すなわち、一つの抗体の１ｘ、５ｘ、１０ｘ、２０ｘまたは１００ｘ過剰は、競合結合アッセイで測定して、少なくとも３０％、しかし好ましくは５０％、７５％、９０％またはさらには９９％、他の結合を阻害する。（Ｊｕｎｇｈａｎｓｅｔ  ａｌ，．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５０：１４９５，１９９０）を参照）。あるいは、一方の抗体の結合を低減または排除する本質的にすべてのアミノ酸突然変異が他方の抗体の結合を減少または排除する場合、２つの抗体は同じエピトープを有する。１つの抗体の結合を減少または排除するいくつかのアミノ酸突然変異が他方の結合を減少または排除する場合、２つの抗体は重複エピトープを有する。
【００３１】
本開示の適切な抗体の調製のためおよび本開示による使用のために、例えば、組換え、モノクローナルまたはポリクローナル抗体といった当技術分野で公知の多くの技術を使用することができる（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ  ＆  Ｍｉｉｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７  （１９７５）；Ｋｏｚｂｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，今日の免疫学４：７２（１９８３）；Ｃｏｌｅ  ｅｔ  al，，ｐｐ．７７−９６  イン  モノクローナル抗体および癌治療、Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．（１９８５）；Ｃｏｌｉｇａｎ，免疫学における現在のプロトコル（１９９１）、Ｈａｒｌｏｗ  ＆  Ｌａｎｅ、抗体、Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８８），ａｎｄ  Ｇｏｄｉｎｇ、モノクローナル抗体：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ（２ｄ  ｅｄ．１９８６）を参照）。目的の抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子は、細胞からクローニングすることができ、例えば、モノクローナル抗体をコードする遺伝子は、ハイブリドーマからクローニングでき、組換えモノクローナル抗体を産生するために使用することができる。モノクローナル抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子ライブラリーも、ハイブリドーマまたは形質細胞から製造することができる。重鎖および軽鎖遺伝子産物のランダムな組み合わせは、異なる抗原特異性を有する抗体の大きなプールを生成する（Ｋｕｂｙ，免疫工学（３ｒｄ  ｅｄ．１９９７）を参照）。一本鎖抗体または組換え抗体の製造技術（米国特許第４，９４６，７７８号、米国特許第４，８１６，５６７号）は、本開示のポリペプチドに対する抗体を産生するために適合させることができる。また、トランスジェニックマウス、または他の生物、例えば他の哺乳動物を用いて、ヒト化抗体またはヒト抗体を発現させてもよい。（米国特許番号５，５４５，８０７，  ５，５４５，８０６；５，５６９，８２５；５，６２５，１２６；５，６３３，４２５；５，６６１，０１６，Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ１０：７７９−７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３６８：８５６−８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８：８１２−１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌd  ｅｔ  ａｌ．，自然バイオテクノロジー１４：８４５−５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，自然バイオテクノロジー１４：８２６（１９９６）；ａｎｄ  Ｌｏｎｂｅｒｇ  ＆  Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３（１９９５）を参照）。あるいは、選択された抗原に特異的に結合する抗体およびヘテロマーＦａｂ断片を同定するために、ファージディスプレイ技術を使用することができる（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３４８：５５２−５５４（１９９０），Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ，バイオテクノロジー１０：７７９−７８３（１９９２）を参照）。抗体は、また、二重特異性とすることができ、すなわち、２つの異なる抗原を認識することができる（例えば、ＷＯ  ９３／０８８２９，Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ，，ＥＭＢＯ  Ｊ．１０：３６５５−３６５９（１９９１）；ａｎｄ  Ｓｕｒｅｓｈ  ｅｔ  ａｌ，，酵素学における方法１２１：２１０（１９８６）を参照）。抗体は、また、ヘテロコンジュゲート、例えば、２つの共役的な抗体、または免疫毒素となることができる（例えばｍ米国特許番号４，６７６，９８０，ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；およびＥＰ０３０８９を参照）。
【００３２】
非ヒト抗体のヒト化または霊長類化のための方法は、当該分野で周知である（例えば、米国特許番号４，８１６，５６７；５，５３０，１０１；５，８５９，２０５，５，５８５，０８９；５，６９３，７６１；５，６９３，７６２，５，７７７，０８５；６，１８０，３７０；６，２１０，６７１；および６，３２９，５１１；ＷＯ８７／０２６７１；欧州特許出願０１７３４９４；Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２、およびＶｅｒｈｏｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４）を参照）。ヒト化抗体は、さらに、例えば、ＷｉｎｔｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（１９９１）、Ｎａｔｕｒｅ  ３４９：２９３．Ｇｅｎｅｒａｌｌｙに記載され、ヒト化抗体は、非ヒトである供給源から導入された１つ以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、多くの場合、インポート残基と呼ばれ、通常はインポート可変ドメインから取得される。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒらによる以下の方法でヒト抗体の対応する配列にげっ歯類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列を置換することによって本質的に行われる（Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，８１：６８５１−６８５５（１９８４），Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７（１９８８），Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ａｎｄ  Ｏｉ，Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，４４：６５−９２（１９８８），Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１  ５３４−１５３６（１９８８）および  Ｐｒｅｓｔａ，Ｃｕｒr．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２），Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅc,Ｉｍｍｕｎ，，２８：４８９−４９８（１９９１）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎ．，３１（３）：１６９−２１７（１９９４）を参照）。従って、そのようなヒト化抗体は、実質的に無傷のヒト可変ドメインが非ヒト種由来の対応する配列で置換されたキメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）である。実際には、ヒト化抗体は、典型的には、いくつかのＣＤＲ残基および場合によってはいくつかのＦＲ残基が、げっ歯類抗体の類似部位由来の残基によって置換されるヒト抗体である。例えば、ヒト化免疫グロブリンフレームワーク領域をコードする第１の配列および所望の免疫グロブリン相補性決定領域をコードする第２の配列を含むポリヌクレオチドは、合成的にまたは適切なｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡセグメントを組み合わせることによって製造することができる。ヒト定常領域ＤＮＡ配列は、多様なヒト細胞から周知の方法に従って単離することができる。
【００３３】
「キメラ抗体」は、（ａ）定常領域またはその一部が、抗原結合部位（可変領域）が異なるまたは変化したクラス有効な機能および／または種、または酵素、毒素、ホルモン、成長因子、薬剤などキメラ抗体に新たな特性を付与する完全に異なる分子の一定の領域に連結されるように変更、置換または交換されるか；または（ｂ）可変領域またはその一部が、異なるまたは変更された抗原特異性を有する可変領域と改変、置換または交換される抗体分子である。本発明の好ましい抗体は、ヒト化および／またはキメラモノクローナル抗体を含む。
【００３４】
本明細書で提供される「治療用抗体」とは、癌、自己免疫疾患、移植拒絶、心臓血管疾患、または本明細書に記載のものなどの他の疾患または状態を治療するために使用される任意の抗体またはその機能的断片をいう。治療用抗体の非限定的な例としては、マウス抗体、ナイセリア化またはヒト化キメラ抗体またはヒト抗体を挙げることができ、これらには制限されることなく、アービタックス（セツキシマブ）、レオプロ（アブシキシマブ）、シムレクト（バシリキシナブ）、レミケード（インフリキシマブ）；オルソクローンＯＫＴ３（ムロモナブ−ＣＤ３）；リツキサン（リツキシマブ）、ベキサール（トシツモマブ）、フミラ（アダリムマブ）、キャンパス（アレムツズマブ）、シムレクト（バシリキシマブ）、アバスチン（ベバシズマブ）、シムジア（セソリツマブペゴール）、ゼナパク（ダクリズマブ）、ソイリス（エクリズマブ）、ラプティバ（エファリズマブ）、ミロタグ（ゲムツズマブ）、ゼバリン（イブリツモマブ チウキセタン）、タイサブリ（ナタリズマブ）、ゾレア（オマリズマブ）、シナジス（パリビズマブ）、ベクティビックス（パニツムマブ）、ルセンティス（ラニビズマブ）、およびハーセプチン（トラスツズマブ）を挙げることができる。
【００３５】
抗体への治療剤をコンジュゲートする技術は、周知である。（Ａｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，“癌治療における薬物の免疫標的化のためのモノクローナル抗体”，モノクローナル抗体および癌治療、  Ｒｅｉｓｆｅｌｄ  ｅｔ  ａｉ．（ｅｄｓ．）、ｐｐ．２４３−５６（Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．１９８５）；Ｈｅｌｌ  Ｓｔｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，“薬物デリバリのための抗体”制御された薬物のデリバリ（２ｎｄ  Ｅｄ．），Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．６２３−５３（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．１９８７）；Ｔｈｏｒｐｅ, “癌治療における細胞傷害性薬剤の抗体キャリア：レビュー” モノクローナル抗体‘８４：生物学的および臨床的応用、Ｐｉｎｃｈｅｒａ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．４７５−５０６（１９８５）；およびＴｈｏｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，“抗体−毒素コンジュゲートの調製および細胞傷害性”、Iｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．，６２：１１９−５８（１９８２）を参照）。本明細書で言及する「治療剤」は、癌などの疾患を治療または阻止するのに有用な合成物である。
【００３６】
タンパク質またはペプチドに言及する場合、抗体に「特異的に結合する」というフレーズは、しばしば異種のタンパク質および他の生物学的集団において、タンパク質の存在を決定づける結合反応を参照する。指定したイムノアッセイ条件下で、特定の抗体はバックグラウンドの少なくとも２倍、より典型的にはバックグラウンドの１０〜１００倍を超える特定のタンパク質に結合する。そのような条件下での抗体への特異的結合は、典型的には、特定のタンパク質に対するその特異性のために選択される抗体を必要とする。例えば、ポリクローナル抗体は、選択された抗原と特異的に免疫反応性であり、他のタンパク質ではない抗体のサブセットのみを得るように選択することができる。この選択は、他の分子と交差反応する抗体を取り除くことによって達成される。特定のタンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択するために、様々なイムノアッセイフォーマットを使用することができる。例えば、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイは、タンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択するためにルーチン的に使用されている（例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ＆  Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ−Ｍａｎｕａl  （１９９８）特定の免疫反応性を決定するために用いることができるイムノアッセイの形式および条件の記載を参照）。
【００３７】
本明細書で使用する用語「メディトープ」は、メディトープ利用可能抗体に結合するペプチドを指す。例示的なメディトープは、本明細書に記載の配列番号：１−２４、および例えば米国特許第８，６５８，７７４号および第８，９６２，８０４号に記載の配列番号：１−２４およびそのバリアント、ならびに多価および標識されたメディトープを含むが、これらに限定されない。
【００３８】
用語「メディトープ利用可能抗体」は、メディトープ結合部位を介して、メディトープに結合することができる抗体またはその機能的な断片を指す。メディトープ利用可能抗体の例は、セツキシマブ、メディトープ使用可能トラスツズマブ（例えば、米国特許第８，９６２，８０４号参照）、メディトープ利用可能Ｍ５Ａ（例えば、米国特許第８，９６２，８０４号参照）および他に記載されているものを含むが、これらに限定されない。メディトープ利用可能抗体調製方法は、米国特許第８，９６２，８０４号に記載される移植によるものというように、本技術では周知である。
【００３９】
「メディトープ利用可能な空洞」は、結合メディトープと相互作用するアミノ酸残基を含むメディトープ利用可能抗体の領域であり、この残基は重鎖および軽鎖のフレームワーク領域（ＦＲ）残基を含む。Ｆａｂ断片または抗体のＦａｂ部分に関して、メディトープ結合部位は、Ｆａｂ断片または部分の中央空洞に位置する。Ｆａｂの三次元構造に関する「中央空洞」は、Ｆａｂの内部空洞を指し、重鎖および軽鎖の可変領域および定常領域の部分によるラインとされる。中央空洞は、ゆえに、ＶＨ、ＶＬ、ＣＨＩ、およびＣＬ領域の残基によるラインとされ、抗原結合部位を含まない。
【００４０】
ある実施形態では、メディトープ利用可能空洞は、ＶＨ、ＶＬ、ＣＨＩ、およびＣＬ領域の残基によってそれぞれラインとされているが、抗原結合部位を含まない。ある実施形態では、メディトープ利用可能空洞は、その実施形態を含む明細書に提供された化合物の相互作用を可能にする、アミノ酸残基によるラインとされる。実施形態では、中央空洞をラインするアミノ酸残基は、Ｋａｂａｔ位置４０に対応する位置の残基、Ｋａｂａｔ４１位に対応する位置の残基、Ｋａｂａｔ１０位に対応する位置の残基を含む。実施形態では、メディトープ利用可能空洞をラインするアミノ酸残基は、Ｋａｂａｔ８３位に対応する位置の残基を含む。実施形態では、メディトープ利用可能空洞をラインするアミノ酸残基は、Ｋａｂａｔ８５位に対応する位置の残基を含む。実施形態では、メディトープ利用可能空洞をラインするアミノ酸残基は、米国出願番号ＵＳ２０１２／０３０１４００で公開された明細書のペプチド結合部位を形成する残基を含み、これはその全体がすべての目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
【００４１】
本明細書で使用する用語「抗体メディトープコンジュゲート」は、抗体およびメディトープ間の共有的に結合した複雑性を指す。 
【００４２】
「生物的試料」または「試料」は、対象物または患者から得られるまたは由来の物質を指す。生物的試料は、組織の切片（例えば、生検および剖検試料）および組織学的目的のために採取された凍結切片を指す。このような試料は、血液および血液画分または製品のような体液、（例えば、血清、血漿、血小板、赤血球、など）喀痰、組織、培養細胞例えば、初代培養物、外植片、および形質転換細胞）、便、尿、滑液、関節組織、滑膜組織、滑膜細胞、線維芽細胞様滑膜細胞、マクロファージ様滑膜細胞、免疫細胞、造血細胞、線維芽細胞、マクロファージ、Ｔ細胞などを含む。生物学的試料は、典型的には、真核生物、例えば霊長類、例えばチンパンジーまたはヒトのような哺乳類；牛；犬；ネコ；例えばモルモット、ラット、マウスなどのげっ歯類；ウサギ；または鳥；爬虫類；または魚から得られる。
【００４３】
本明細書で使用する「細胞」は、そのゲノムＤＮＡを保存または複製するのに十分な代謝または他の機能を実行する細胞を指す。細胞は、例えば、インタクトな膜の存在、特定の色素による染色、子孫を産生する能力、または配偶子の場合には、第２配偶子と結合して、生存可能な子孫を産生する能力といった、当技術分野で周知の方法によって同定することができる。細胞は、原核細胞および真核細胞を含み得る。原核細胞としては、バクテリアが挙げられるが、これに限定されない。真核細胞としては、酵母細胞および植物および動物由来の細胞、例えば哺乳動物、昆虫（例えばスポドプテラ）およびヒト細胞が挙げられるが、これらに限定されない。細胞は、天然には付着していないか、または例えばトリプシン処理によって表面に付着しないように処理されている場合に有用であり得る。
【００４４】
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」は、本明細書では互換的に使用されてアミノ酸残基からなるポリマーを指し、ポリマーは場合によってはアミノ酸からならない部分にコンジュゲートしてもよい。この用語は、１つ以上のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工的化学模倣物であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然に存在するアミノ酸ポリマーおよび天然に存在しないアミノ酸ポリマーに適用される。「融合タンパク質」は、単一部分として組換えにより発現される２つ以上の別個のタンパク質配列をコードするキメラタンパク質を指す。
【００４５】
用語「ペプチジル」および「ペプチジル部分」は、一価ペプチドを意味する。
【００４６】
「ラベル」または「検出可能な部分」は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、化学的または他の物理的手段によって検出可能な組成物である。有用なラベルとしては、例えば、３２Ｐ、蛍光色素、電子密度の高い試薬、酵素（例えば、ＥＬＩＳＡにおいて一般的に使用される）、ビオチン、ジゴキシゲニン、標的ペプチドと特異的に反応するペプチドまたは抗体に放射性ラベルを組み込むことによって検出可能にしたハプテンおよびタンパクまたは他のエンティティを挙げることができるができる。抗体を標識にコンジュゲートさせるための当技術分野で公知のいかなる適切な方法、例えば、Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９９６，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏに記載された方法を使用することができる。
【００４７】
「標識されたタンパク質またはポリペプチド」は、リンカーまたは化学結合を介して共有的に、またはイオン的、ファンデルワールス、静電的または水素結合を介して非共有結合的のいずれかでラベルに結合されたタンパク質またはポリペプチドであって、ラベルされたタンパク質またはポリペプチドに結合した標識の存在は、タンパクまたはポリペプチドに結合したラベルの検出により検出され得る。
【００４８】
これとは別に、高親和性の相互作用を用いる方法は、一対の結合パートナーの一方が例えばビオチン、ストレプトアビジンといった他方に結合する場合には同じ結果を達成することができる。
【００４９】
用語「アミノ酸」は、天然アミノ酸および合成アミノ酸の他、天然に存在するアミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸ミメティックスを参照する。天然に存在するアミノ酸は、遺伝子コードによってコードされるアミノ酸の他、事後的に例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸およびＯ−ホスホセリンで修飾されるアミノ酸である。アミノ酸類似体は、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち水素、カルボキシル基、アミノ基、および例えばホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムといったＲ基に結合した炭素を有する化合物を指す。上述した類似体は、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾ペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸ミメティックスは、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なるが、天然に存在するアミノ酸と同様に機能する化学的化合物を参照する。
【００５０】
アミノ酸は、一般的に知られている３文字の記号またはＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ生化学命名委員会によって推奨され１文字の記号のいずれかによって本明細書に参照され得る。同様に、ヌクレオチドは、一般に認められている一文字コードによって参照され得る。
【００５１】
アミノ酸またはヌクレオチド塩基「位置」は、Ｎ末端（または５’−末端）に対するその位置に基づいて、参照配列中の各アミノ酸（またはヌクレオチド塩基）を逐次的に同定する数字によって示される。最適なアライメントを決定する際に考慮され得る欠失、挿入、切断、融合などのために、一般にＮ末端から単に数えることによって決定される試験配列中のアミノ酸残基番号は必ずしも参照配列中の対応する位置の数と同じである必要はない。例えば、バリアントがアライメントした参照配列と比較して欠失を有する場合、欠失の位置で参照配列の位置に対応するアミノ酸は、バリアント内に存在しない。アライメントした参照配列に挿入がある場合、その挿入は、参照配列中の番号付きアミノ酸位置に対応しない。切断型または融合型の場合、対応する配列中のいずれのアミノ酸にも対応しない、参照またはアライメントした配列のいずれかに、アミノ酸の伸張が存在し得る。
【００５２】
所与のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列の番号付けの文脈において使用される場合、用語「参照して番号付けされた」または「に対応する」は、所与のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列のナンバリングの指定されたアミノ酸またはポリヌクレオチド参照配列と比較される場合に、特定の参照配列の番号付けを参照する。タンパク質中のアミノ酸残基は、所与の残基と、タンパク質内の同じ必須の構造的位置を占める場合、所与の残基に「対応する」。例えば、選択された残基がＫａｂａｔ位置４０での軽鎖トレオニンと同じ本質な空間または他の構造的関係を占める場合、選択された抗体（またはＦａｂドメイン）内の選択された残基は、Ｋａｂａｔ位置４０の軽鎖スレオニンに対応する。いくつかの実施形態では、選択されたタンパク質が抗体（またはＦａｂドメイン）の軽鎖との最大相同性のためにアライメントされる場合、トレオニン４０とアライメントした選択されたタンパク質におけるアライメントした位置は、スレオニン４０に対応すると言われる。一次配列アライメントの代わりに、三次元構造アラインメントを使用することもでき、例えば、選択されたタンパク質の構造がＫａｂａｔ位置４０での軽鎖トレオニンとの最大一致のためにアライメントされ、全体構造を比較するなどである。この場合には、構造モデルにおいてトレオニン４０と同じ本質位置を占めるアミノ酸は、スレオニン４０残基に対応すると言われる。
【００５３】
「保存的に修飾されたバリアント」は、アミノ酸と核酸配列の両方に適用される。具体的な核酸配列に関して、保存的に修飾されたバリアントは、同一的にまたは本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸を指すか、または核酸がアミノ酸配列をコードしない場合には、本質的に同一の配列を指す。遺伝子コードの縮退のため、多数の機能的に同一の核酸配列はいかなる所与のアミノ酸残基でもコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧおよびＧＣＵは、すべて、アミノ酸アラニンをコードする。ゆえに、アラニンがコドンによって指定される全ての位置で、コドンはコードされたポリペプチドを交代させることなく、記載された対応するコドンのいずれかに代替されることができる。このような核酸バリアントは、「サイレントバリアント」であり、保存的に修飾されたバリアントの１つの種である。ポリペプチドをコードする本明細書の全ての核酸配列も、核酸の全ての可能なサイレントバリアントを記載する。当業者は、核酸（通常はメチオニンの唯一のコドンであるＡＵＧと、通常はトリプトファンの唯一のコドンであるＴＧＧを除く）のそれぞれのコドンは、機能的に同一の分子を生じるために修飾されることができると認識するであろう。従って、ポリペプチドをコードする核酸の各サイレントバリアントは、発現産物に関して記述された各配列に内在しているが、実際のプローブ配列に関しては内在しない。
【００５４】
アミノ酸配列に関して、当業者は、コードされた配列中で、単一のまたは小さなパーセンテージのアミノ酸を代替、付加、欠失する核酸、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク配列の個別的な置換、欠失または付加が、「保存的に修飾されたバリアント」であり、代替が、化学的に類似するアミノ酸の置換を与えることを認識するであろう。機能的に類似のアミノ酸を提供する保存的置換表は、当技術分野で周知である。上述した保存的修飾バリアントは追加され、ポリモルフィックなバリアント、インターシピーシーズ・ホモローグおよび本開示の対立因子を排除するものではない。
【００５５】
以下の８つのグループはそれぞれ、互いに保存的置換であるアミノ酸を含む；）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）；および８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、クレイトン、タンパク質（１９８４）を参照）。
【００５６】
「核酸」は、一本鎖または二本鎖のいずれかの形態のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドおよびそれらのポリマー、およびそれらの相補体を参照する。用語「ポリヌクレオチド」は、ヌクレオチドの直鎖配列を参照する。用語「ヌクレオチド」は、典型的にポリヌクレオチドの単体、例えば、モノマーを参照する。ヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはそれらの修飾されたバージョンであり得る。本明細書で企図されるポリヌクレオチドの例は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡを含む）、ならびに一本鎖および二本鎖ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物を有するハイブリッド分子を含む。本明細書で使用する核酸は、天然に存在する核酸と同じ基本化学構造を有する核酸も参照する。上述した類似体は、修飾された糖および／または修飾された環状置換基を有するが、天然に存在する核酸として同じ基本的化学構造を保持する。核酸ミメティックスは、核酸の一般的な化学構造が異なる構造を有する化学物質を指すが、天然に存在する核酸と類似の仕方での機能を有する化学物質を参照する。上述した類似体の例は、限定するものではないか、ホスホロチオレート、ホスホロアミデート、メチルホスホネート、キラルメチルホスホネート、２−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、およびペプチド核酸（ＰＮＡ）を挙げることができる。
【００５７】
「配列同一性のパーセンテージ」は、比較ウインドウ上の２つの最適にアライメントさせた配列を比較することにより決定され、ウインドウの比較によるポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の部分は、２つの配列の最適な位置合わせのための参照配列（追加または欠失は含まない）と比較して、追加または欠失（例えば、ギャップ）を含み得る。パーセンテージは、両方の配列において同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が生じる位置の数を決定して一致が生じた位置の数を決定し、一致した位置の数を比較ウインドウ内の位置の総数で除算し、その結果に１００乗算して配列同一性のパーセンテージを生成することで計算される。
【００５８】
２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈における「同一の」またはパーセントの「同一性」という用語は、同一であるか、または同一であるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージを有する２つ以上の配列または部分配列（すなわち、６０％の同一性、場合により６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、例えば、開示のポリペプチド配列全体または本開示のポリペプチドの個々のドメインの特定の領域にわたって、例えば、９０％、９５％、９８％、または９９％の同一性）を、比較ウインドウまたは以下の配列比較アルゴリズムの１つを使用して、またはマニュアル整列および目視検査によって測定された指定領域を参照する。上述した配列は、「実質的に同一」であると言われる。この定義はまた、試験配列の相補性を参照する。任意に、同一性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長であるか、またはより好ましくは、１００〜５００または１０００またはそれ以上のヌクレオチド長である領域にわたって存在する。本開示は、配列番号：１〜７７に実質的に同一であるペプチドを含む。 
【００５９】
配列比較のために、典型的には、１つの配列が、試験配列を比較する参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験および参照配列をコンピュータに入力し、必要に応じて部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列のパーセント配列同一性を計算する。
【００６０】
本明細書で使用される「比較ウインドウ」は、例えば完全長配列または２０〜６００、約５０〜約２００、または約１００〜約１５０のアミノ酸またはヌクレオチドの連続した位置からなる群から選択される連続した位置の数のいずれか１つのセグメントへの参照を含み、であり、配列は、２つの配列が最適にに整列された後、配列は、同じ数の連続した位置の参照配列と比較される。比較のための配列のアライメント方法は、本技術では周知である。比較のための配列の最適なアラインメントは、Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９７０）Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ａｆａｔｈ．２：４８２ｃ、局所相同性アルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３、相同性アラインメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ‘ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：２４４４と類似の方法でのサーチ、これらのアルゴリズムによるコンピュータ化された実装（ＧＡＰ，ＢＥＳＴＦＩＴ，ＦＡＳＴＡ，およびＴＦＡＳＴＡ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ,  ５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、または手作業によるアライメントと目視検査（Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ，分子生物学の現代のプロトコル（１９９５  ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）によって実行することができる。
【００６１】
パーセント配列の同一性および配列の類似性を決定づけるのに適切なアルゴリズムの一例は、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムであり、それらはＡｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．｛１９７７）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２および  Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９９０）７．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０にそれぞれ記載される。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、国立バイオテクノロジー情報センターを通して公に利用可能である (ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／)。このアルゴリズムは、クエリー配列中の長さＷの短いワードを同定することにより、データベースシーケンス中の同じ長さのワードとアライメントしたときにいくつかの正の値の閾値スコアＴを満たすか、または満足するかのいずれかを最初に特定することによって高スコアリング配列対（ＨＳＰ）を同定することを含む。Ｔは、隣接単語スコア閾値を参照される。（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、上掲）。これらの最初の隣接ワードヒットは、それらを含むより長いＨＳＰを見つけるための検索を開始するための種として機能する。ワードヒットは、累積アラインメントスコアを増加させることができる限り、各配列に沿って両方向に伸長される。累積スコアは、ヌクレオチド配列に関して、パラメーターＭ（一致する残基の対についての報酬スコア；常に＞０）およびＮ（不一致残基についてのペナルティースコア；常に＜０）を用いて計算される。アミノ酸配列については、スコアリングマトリックスを用いて累積スコアを計算する。各方向のワードヒットの延長は、累積アライメントスコアが最大達成値から量Ｘだけ減少したとき；１つまたは複数のネガティブスコアリング残基アラインメントの蓄積のために、累積スコアがゼロ以下になるか； またはいずれかのシーケンスの終わりに達するかで停止する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムのパラメーターＷ、Ｔ、およびＸは、アラインメントの感度および速度を決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列について）は、１１のワード長（Ｗ）、期待値（Ｅ）または１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４および両方の鎖の比較をデフォルトとして使用する。アミノ酸配列に関して、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、、３のワード長、および１０の期待値（Ｅ）、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（ＨｅｎｉｋｏｆｆおよびＨｅｎｉｋｏｆｆ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１０９１５）、アライメント（Ｂ）５０、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両方の鎖の比較をデフォルトで使用する。
【００６２】
ＢＬＡＳＴアルゴリズムはまた、２つの配列間の類似性の統計分析も行う（ＫａｒｌｉｎおよびＡｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：５８７３−５７８７を参照）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムによって提供される類似性の１つの尺度は、２つのヌクレオチド配列またはアミノ酸配列間の一致が偶然に起こる確率の指標を提供する、最小合計確率（Ｐ（Ｎ））である。例えば、試験核酸対参照核酸の比較における最小合計確率が約０．２未満、より好ましくは約０．０１未満、最も好ましくは約０．００１未満である場合、核酸は参照配列と類似すると考えられる。.
【００６３】
２つの核酸配列またはポリペプチドが実質的に同一であるという指標は、第１の核酸によってコードされるポリペプチドが、以下に記載されるように、第２の核酸によってコードされるポリペプチドに対して挙げられた抗体と免疫学的に交差反応することである。ゆえに、ポリペプチドは、典型的には本質的に第２ポリペプチドと同一であり、例えば、２つのポリペプチドは保存的置換だけでのみ異なる。２つの核酸配列またはポリペプチドが実質的に同一であるというもう１つの指標は、２つの分子またはそれらの相補体が、以下に記載するように、ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。２つの核酸配列が実質的に同一であるというまた１つの指標は、同じプライマーを用いて配列を増幅することができるということである。
【００６４】
「接触」は、その通常の意味に従って使用され、少なくとも２つの異なる種（例えば、生体分子または細胞を含む化学化合物）が、反応、相互作用、または物理的に接触するのに十分に近づくことを可能にするプロセスを参照する。それは適切ではあるべきであるが、しかしながら、得られた反応生成物は、添加された試薬間の反応から直接に、または反応混合物中で製造される添加された試薬の１種以上からの中間体から製造することができる。
【００６５】
本明細書に記載の化学構造および式は、化学技術において知られている化学原子価の標準規則に従って構築される。置換基が、左から右に書かれたそれらの従来の化学式によって特定される場合、構造を右から左に書くことから生じる化学的に同一の置換基を等しく包含し、例えば、−ＣＨ２Ｏ−は、−ＯＣＨ２−と同等である。
【００６６】
それ自体または他の置換基の一部としての用語「アルキル」は、特に明記しない限り、炭素原子の数を有する直鎖（すなわち、非分枝鎖）または分枝鎖の非環式炭素鎖（または炭素）、またはそれらの組合せを意味する（すなわち、Ｃ１−Ｃ１０は、１〜１０の炭素を意味する）。飽和炭化水素基の例としては、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ‐ブチルといった基、例えばｎ−ブチル、ペンチル基、ｎ−ヘキシル基、ｎ−ヘプチル基、ｎ−オクチル基などを挙げることができる。不飽和アルキル基は、１つ以上の二重結合または三重結合を有するものであり、それぞれ「アルケニル」および「アルキニル」を指す。例としては、これらに限定されるものではなく、ビニル、２−プロペニル、クロチル、２−イソペンテニル、２−（ブタジエニル）、２、４−ペンタジエニル、３−（１、４−ペンタジエニル）、エチニル、プロピニル、３−ブチニルおよび高級同族体および異性体を含む。「アルコキシ」は、酸素リンカー（−Ｏ−）を介して分子の残部に結合したアルキルである。アルキル部分は、アルケニル部分であってもよい。
【００６７】
用語「アルキレン」は、それ自体で、または別の置換基の一部として、特に明記しない限り、アルキルから誘導される二価の基を意味する。典型的には、アルキル（またはアルキレン）基は１〜２４の炭素原子を有し、１０以下の炭素原子を有する基が本開示において好ましい。「低級アルキル」または「低級アルキレン」は、一般に８以下の炭素原子を有する、より短い鎖のアルキルまたはアルキレン基である。「アルキレン」という用語は、それ自体で、またはもう１つの置換基の一部として、特に明記しない限り、アルキレンから誘導される二価の基を意味する。
【００６８】
用語「ヘテロアルキル」は、単独で、または他の用語と組み合わせて、特に明記しない限り、少なくとも１個の炭素原子および群から選択される少なくとも１個のヘテロ原子を含む安定な非環式の直鎖または分枝鎖、Ｏ、Ｎ、Ｐ、ＳｉおよびＳからなる群から選択され、窒素原子および硫黄原子は場合により酸化されていてもよく、窒素ヘテロ原子は場合により四級化されていてもよい。ヘテロ原子Ｏ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、およびＳｉは、ヘテロアルキル基の任意の内部位置に、またはアルキル基が分子の残りに結合している位置に配置される。実施例は、以下を含むが、これらに限定されるものではない：‐ＣＨ２−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｈ−ＣＨ３、‐ＣＨ２ＣＨ２‐Ｎ（ＣＨ３）−ＣＨ３、−ＣＨ２‐Ｓ‐ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２、−Ｓ（Ｏ）‐ＣＨ３、−ＣＨ２−ＣＨ２‐Ｓ（Ｏ）２‐ＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｏ−ＣＨ３、−Ｓｉ（ＣＨ３）３、−ＣＨ２−ＣＨ＝Ｎ−ＯＣＨ３、−ＣＨ＝ＣＨ‐Ｎ（ＣＨ３）‐ＣＨ３、−Ｏ−ＣＨ３、−Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ３、および−ＣＮ。２〜３個までのヘテロ原子が連続していてもよく、例えば、−ＣＨ２ＮＨ−ＯＣＨ３および‐ＣＨ２−Ｏ−Ｓｉ（ＣＨ３）３である。ヘテロアルキル部分は、１のヘテロ原子を含むことができる（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）。ヘテロアルキル部分は、２の任意的に異なるヘテロ原子を含むことができる（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）。ヘテロアルキル部分は、３の任意的に異なるヘテロ原子を含むことができる（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）。ヘテロアルキル部分は、４の任意的に異なるヘテロ原子を含むことができる（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）。ヘテロアルキル部分は、５の任意的に異なるヘテロ原子を含むことができる（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）。ヘテロアルキル部分は、８の任意的に異なるヘテロ原子を含むことができる（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）.
【００６９】
同様に、用語「ヘテロアルキレン」は、それ自体または別の置換基の一部として、特に断りのない限り、−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２‐ＣＨ２−および−ＣＨ２−ＣＨ２−ＣＨ２−Ｓ−ＣＨ２−ＣＨ２−で例示されるが、限定されず、ヘテロアルキルから誘導される二価ラジカルを意味する。ヘテロアルキレン基について、ヘテロ原子も、鎖末端のいずれかまたは両方を占めることもできる（例えば、アルキレンオキシ、アルキレンジオキシ、アルキレンアミノ、アルキレンジアミノなどである）。またさらに、アルキレンおよびヘテロアルキレン結合基について、連結基の配向は、連結基の式が書かれている方向を伴うものではない。例えば、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−は、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ’−および−Ｒ’Ｃ（Ｏ）２−の両方を表す。上述したように、本明細書で使用するヘテロアルキル基は、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＯＲ’、−ＳＲ’、および／または−ＳＯ２Ｒ’などのヘテロ原子を介して、分子の残りの部分に付着するそれらの基を含む。「ヘテロアルキル」が引用され、その後、特定のヘテロアルキル基、例えば、−ＮＲ’Ｒ”などのようなものを参照する場合、用語ヘテロアルキルおよび−ＮＲ’Ｒ”は冗長でも相互排他的でもない。むしろ、特定のヘテロアルキル基は、明確性を付加するために引用される。ゆえに、用語「ヘテロアルキル」は、−ＮＲ’Ｒ”などのような特定のヘテロアルキル基を排除するものとして本明細書で解釈されるべきではない。
【００７０】
用語「シクロアルキル」および「ヘテロシクロアルキル」は、それ自体または他の用語との組み合わせで、特に明記しない限り、それぞれ「アルキル」および「ヘテロアルキル」の非芳香族環式バージョンを意味し、環を構成する炭素は、非水素原子との結合に関与するすべての炭素原子価のために必ずしも水素に結合する必要はない。加えてヘテロシクロアルキルの場合、ヘテロ原子は、複素環が分子の残りに結合している位置を占めることができる。シクロアルキルとしては例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、１−シクロヘキセニル、３−シクロヘキセニル、シクロヘプチル、３−ヒドロキシ−シクロブタ−３−エニル−１、２、ジオン、１Ｈ−１、２、４−トリアゾリル−５（４Ｈ）−オン、４Ｈ−１、２、４−トリアゾリルなどを挙げることができるが、これらに限定されない。ヘテロシクアルキルとしては、例えば、１−（１、２、５、６−テトラヒドロピリジル）、１−ピペリジニル、２−ピペリジニル、３−ピペリジニル、４−モルホリニル、３−モルホリニル、テトラヒドロフラン−２−イル、テトラヒドロフラン−３−イル、テトラヒドロチエン−２−イル、テトラヒドロチエン−３−イル、１−ピペラジニル、２−ピペラジニルなどを挙げることができるが、これらに限定されない。単独または別の置換基の一部としての「シクロアルキレン」および「ヘテロシクロアルキレン」は、それぞれシクロアルキルおよびヘテロシクロアルキルから誘導される二価のラジカルを意味する。ヘテロシクロアルキルの一部は、一環式ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含む。ヘテロシクロアルキルの一部は、２つの意的に異なる環状ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含む。ヘテロシクロアルキルの一部は、３つの任意的に異なる環状ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含む。ヘテロシクロアルキルの一部は、４つの任意的に異なる環状ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含む。ヘテロシクロアルキルの一部は、５つの任意的に異なる環状ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含む。ヘテロシクロアルキルの一部は、８つ以上の任意的に異なる環状ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、Ｓ、Ｓｉ、またはＰ）を含む。
【００７１】
用語「ハロ」または「ハロゲン」は、単独でまたは別の置換基の一部として、特に明記しない限り、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素原子を意味する。加えて、「ハロアルキル」などの用語は、モノハロアルキルおよびポリハロアルキルを含むことを意味する。例えば、用語「ハロ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル」としては、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、２、２、２−トリフルオロエチル、４−クロロブチル、３−ブロモプロピルなどを挙げることができるが、これらに限定されない。
【００７２】
用語「アシル」は、他のことが宣言されない限り、−Ｃ（Ｏ）Ｒを意味し、Ｒは、置換または非置換アルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換のアリールまたは置換または非置換のヘテロアリールである。
【００７３】
用語「アリール」は、特に明記しない限り、多価不飽和芳香族炭化水素置換を意味し、単環または互いに融合（すなわち、融合環アリール）または共有的に連結された多環（好ましくは１〜３環）とすることができる。融合環アリールは、互いに融合された多環リングを参照し、融合環の少なくとも１つは、アリール環である。用語「ヘテロアリール」は、Ｎ、Ｏ、またはＳなどの少なくとも１つのヘテロ原子を含むアリール基（または環）を参照し、窒素および硫黄原子は任意的に酸化され、窒素原子は、任意的に４級化される。ゆえに、用語「ヘテロアリール」は、融合環式ヘテロアリール基（例えば、互いに融合した多環、融合した多環の少なくとも１つはヘテロ芳香環）を含む。５、６−融合環ヘテロアリレンは、互いに融合した２つの環を言及し、一つの環が、５員を有し、他の環が、６員を有し、少なくとも１つの環はヘテロアリール環である。同様に、６、６−融合環ヘテロアリレンは、互いに融合した２環を参照し、１つの環が６員を有し、他の環が６員を有し、少なくとも１環は、ヘテロアリール環である。そして、６、５−融合環ヘテロアリレンは、互いに融合した２環を参照し、１つの環が６員を有し、他の環が５員を有し、少なくとも一つの環がヘテロアリール環である。ヘテロアリール基は、炭素またはヘテロ原子を通して、分子の残基に付着する。アリールおよびヘテロアリール基の非限定的な例としては、フェニル、１−ナフチル、２−ナフチル、４−ビフェニル、１−ピロリル、２−ピロリル、３−ピロリ３−ピラゾリル、２−イミダゾリル、４−イミダゾリル、ピラジニル、２−オキサゾリル、４−オキサゾリル、２−フェニル−４−オキサゾリル、５−オキサゾリル、３−イソオキサゾリル、４−イソオキサゾリル、５−イソオキサゾリル、２−チアゾリル、４−チアゾリル、５−ベンゾチアゾリル、プリニル、２−ベンジイミダゾリル、５−インドリル、１−イソキノリル、５−イソキノリル、２−キノキサリニル、５−キノキサリニル、３−キノリル、および６−キノリルをを挙げることができる。上述のアリールおよびヘテロアリール環システムのそれぞれの置換基は、後述する許容可能な置換基の群から選択される。単独または別の置換基の一部としての「アリーレン」および「ヘテロアリーレン」は、それぞれアリールおよびヘテロアリールから誘導される二価のラジカルを意味する。アリールおよびヘテロアリール基の非限定的な例としては、ピリジニル、ピリミジニル、チオフェニル、チエニル、フラニル、インドリル、ベンゾオキサジアゾリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾジオキサニル、チアナフタニル、ピロロピリジニル、インダゾリル、キノリニル、キノキサリニル、ピリドピラジニル、キナゾリノニル、ベンゾイソオキサゾリル、イミダゾピリジニルベンゾフラニル、ベンゾチエニル、ベンゾチオフェニル、フェニル、ナフェニル、ビネフィル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、ピラジニル、オキサゾリル、イソキザゾリル、チアゾリル、フリルチエニル、ピリジル、ピリミジル、ベンゾチアゾリル、プリニル、ベンズイミダゾリル、イソキノリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、ピロリル、ジアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ベンゾチアジアゾリル、イソチアゾリル、ピラゾロピリミジニル、ピロロピリミジニル、ベンゾトリアゾリル、ベンゾオキサゾリルまたはキノリルを挙げることができる。上記例は、置換または非置換であってもよく、上記の各ヘテロアリールの例の二価ラジカルは、ヘテロアリレンの非限定的な例である。ヘテロアリール部分は、１環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、またはＳ）を含む。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる２環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、またはＳ）を含む。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる３環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、またはＳ）を含む。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる４環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、またはＳ）を含む。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる５環ヘテロ原子（例えば、Ｏ、Ｎ、またはＳ）を含む。アリール部分は、単一の環を有する。アリール部分は、任意的に異なる２環を含む。アリール部分は、任意的に異なる３環を含む。アリール部分は、任意的に異なる４環を含む。ヘテロアリール部分は、１環を有する。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる２環を有する。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる３環を有する。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる４環を有する。ヘテロアリール部分は、任意的に異なる５環を有する。
【００７４】
融合環ヘテロシクロアルキル−アリールは、ヘテロシクロアルキルに融合したアリールである。融合環ヘテロシクロアルキル−ヘテロアリールは、ヘテロシクロアルキル融合したヘテロアリールである。融合環ヘテロシクロアルキル−シクロアルキルは、シクロアルキルに融合したヘテロシクロアルキルである。融合環ヘテロシクロアルキル−ヘテロシクロアルキルは、別のヘテロシクロアルキルに縮合したヘテロシクロアルキルである。融合環ヘテロシクロアルキル−アリール、融合環ヘテロシクロアルキル−ヘテロアリール、融合環ヘテロシクロアルキル−シクロアルキルまたは融合環ヘテロシクロアルキル−ヘテロシクロアルキルは、それぞれ独立して、非置換であるかまたは本明細書に記載の置換基の１つ以上で置換されてもよい。
【００７５】
本明細書で使用する用語「オキソ」は、炭素原子に二重結合する酸素を意味する。
【００７６】
本明細書で使用する用語「アルキルスルホニル」は、式−Ｓ（Ｏ２）−Ｒ’を有する部分を意味し、式中、Ｒ’は、上記定義の置換または非置換アルキル基である。Ｒ’は、特定数の炭素（例えば、「Ｃ１−Ｃ４アルキルスルホニル」）を有してもよい。
【００７７】
上記用語（例えば、「アルキル」、「ヘテロアルキル」、「シクロアルキル」、「ヘテロシクロアルキル」、「アリール」および「ヘテロアリール」）のそれぞれは、示された基の置換型および非置換形態の両方を含む。各タイプの基の好ましい置換基は、以下に提供される。
【００７８】
アルキルおよびヘテロアルキルラジカルの置換（アルキレン、アルケニル、ヘテロアルキレン、ヘテロアルケニル、アルキニル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルケニルおよびヘテロシクロアルケニルとしばしば呼ばれる基を含む）としては、以下の多様な群から選択された１つまたは複数を挙げることができるが、これらに限定されない：−ＯＲ’、＝Ｏ、＝ＮＲ’、＝Ｎ−ＯＲ’、−Ｒ’Ｒ”、−ＳＲ’、−ハロゲン、−ＳｉＲ’Ｒ”Ｒ”’、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＣＯ２Ｒ’、−ＣＯ Ｒ’Ｒ”、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ’Ｒ”、− Ｒ”Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＮＲ’−Ｃ（Ｏ）Ｒ”Ｒ”’、−Ｒ”Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、− Ｒ−Ｃ（Ｒ’Ｒ”）＝Ｒ”’、−Ｓ（Ｏ）Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）（Ｒ”−ＲＳＯ２Ｒ’）、‐ＣＮおよび−ＮＯ２であり、ゼロから（２ｍ’＋１）までの範囲の数で、ｍ’は、上述したラジカルの炭素原子の合計の数である。Ｒ’、Ｒ”、Ｒ”’およびＲ””はそれぞれ好ましくは独立して、置換または非置換のヘテロアルキル、置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のヘテロシクロアルキル、置換または非置換のアリール（例えば、１〜４のハロゲンに置換されたアリール）、置換または非置換のアルキル、アルコキシ、またはチオアルコキシ基、またはアリールアルキル基を参照する。本開示の化合物が１つ以上のＲ基を含む場合、例えば、それぞれのＲ基は、それらの基が１つ以上存在する場合に、それぞれＲ’、Ｒ”、Ｒ”’、およびＲ””基として独立的に選択される。Ｒ’およびＲ”が同一の窒素原子に付着する場合、それらは４−、５−、６−、または７−員環を形成する窒素原子に組み合わせることができる。例えば、−ＮＲ’Ｒ”は、１−ピロリジニルおよび４−モルホリニルを含むが、これらに限定されない。上述の置換により、当業者は、用語「アルキル」がハロアルキル（例えば、−ＣＦ３および‐ＣＨ２ＣＦ３）およびアシル（例えば、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＦ３、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＯＣＨ３、など）のような水素基以外の基に結合する炭素原子を含む基を含むことを意味することを理解するであろう。
【００７９】
アルキルラジカルに記載の置換基と同様に、アリールおよびヘテロアリールラジカルの置換は、多様化され、例えば：−ＯＲ’、−ＮＲ’Ｒ”、−ＳＲ’、−ハロゲン、−ＳｉＲ’Ｒ”Ｒ”’、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−ＣＯ２Ｒ’、−ＣＯＮ’Ｒ”、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ”，− Ｒ”Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｒ’−Ｃ（Ｏ）Ｒ”Ｒ”’、Ｒ”Ｃ（Ｏ）２Ｒ’、ＲＣ（Ｒ’Ｒ”）＝Ｒ”’、Ｓ（Ｏ）Ｒ’、−Ｓ（Ｏ）２Ｒ’、Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ’）（Ｒ”）、−ＲＳＯ２Ｒ’）、‐ＣＮ、−ＮＯ２、−Ｒ’、−Ｎ３、‐ＣＨ（Ｐｈ）２、フルオロ（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ、およびフルオロ（Ｃ１−Ｃ４）アルキルであって、ゼロから芳香族環システムの空いた価の総数の範囲において選択される；上式中、Ｒ’、Ｒ”、Ｒ’”、およびＲ””は、好ましくは独立して水素、置換または非置換のアルキル、置換または非置換のヘテロアルキル、s置換または非置換のシクロアルキル、置換または非置換のヘテロシクロアルキル、置換または非置換のアリール、および置換または非置換のヘテロアリールから選択される。本開示の化合物は、１つ以上のＲ基を含み、例えば、Ｒ基のそれぞれは、それらの基の１つ以上が存在する場合に、それぞれＲ’、Ｒ”、Ｒ’”、およびＲ””基として独立して選択される。
【００８０】
部分がＲ置換基で置換される場合、基は「Ｒ置換」として言及される。部分がＲ置換された場合、その部分は少なくとも１つのＲ置換基で置換され、それぞれのＲ置換は任意的に異なる。W例えば、本明細書の部分がＲＩＡ置換または非置換アルキルである場合に、複数のＲＩＡ置換が、アルキル部分に付着し、それぞれのＲＩＡ置換が、任意的に異なる。Ｒ置換部分が複数のＲ置換基で置換される場合、それぞれのＲ置換は、Ｒ’、Ｒ”、などのプライムシンボル（’）を使用して本明細書で差別化される。例えば、部分は、ＲＩＡ置換または非置換アルキルであり、および部分は複数のＲＩＡ置換基で置換され、複数のＲＩＡ置換はＲＩＡ’、ＲＩＡ”、ＲＩＡ”’などで差別化される。いくつかの実施形態では、複数のＲ置換は３である。いくつかの実施形態では、複数のＲ置換は２である。
【００８１】
２つ以上の置換基は、任意的に、アリール、ヘテロアリール、シクロアリール、またはヘテロシクロアリール基を形成するために結合することができる。このような、いわゆる環形成置換は、典型的には必要ではなく、環状基本構造に付着しているように見出される。一実施形態では、環形成置換は、基本構造の隣接する部材に付着する。例えば、環状基本構造の隣接メンバーに付着する２環形成置換は、融合環構造を創造する。別の実施形態では、環形成置換は、基本構造の単一のメンバーに付着する。例えば、環状基本構造の単一のメンバーに付着する２環形成置換基は、スピロ環構造を生成する。まだ他の実施形態では、環状形成置換基は、基本構造に隣接しないメンバーに付着する。
【００８２】
アリールまたはヘテロアリール環の隣接する原子の２つの置換基は、式−Ｔ−Ｃ（Ｏ）―（ＣＲＲ’）ｑ−Ｕ−の環を任意的に形成することがあり、ＴおよびＵは、独立して−ＮＲ−、−Ｏ−、−ＣＲＲ’−となるか、または単一結合となり、ｑは０〜３の整数である。
【００８３】
これとは別に、アリールまたはヘテロアリール環の隣接する原子の２つの置換基は、任意的に式−Ａ−（ＣＨ２）ｒ−Ｂ−の置換基に置換され、ＡおよびＢは、独立的に−ＣＲＲ’−、−Ｏ−、−Ｒ−、−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’−、または単一結合となり、ｒは、１〜４の整数である。形成された新たな環の単一結合の１つは、任意的に二重結合に置き換えることができる。これとは別に、アリールまたはヘテロアリール環の隣接する原子の２つの置換基は、任意的に、式 −（ＣＲＲ’）Ｓ‐Ｘ’−（Ｃ”Ｒ”Ｒ”’）ｄ−の置換基に置き換えられ、変数ｓおよびｄは、０〜３の独立した整数であり、Ｘ’は−Ｏ−、−Ｒ’−、−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、または−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ’−である。置換基Ｒ、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’”は、好ましくは独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、および置換または非置換ヘテロアリールから選択される。
【００８４】
本明細書で使用する用語「ヘテロ原子」または「環状ヘテロ原子」は、酸素（Ｏ）、窒素（Ｎ）、硫黄（Ｓ）、リン（Ｐ）、およびシリコン（Ｓｉ）を含むことを意味する。
【００８５】
本明細書で使用する「置換基」は以下の部分から選択された類を意味する： 
（Ａ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−Ｈ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ＝（ＯＮ）Ｈ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、並びに以下から選択された少なくとも１つの置換で置換されたアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリールであり、少なくとも一つの置換基が：
（ｉ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール、および
（ｉｉ）以下から選択された置換の少なくとも一つで置換された、アルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル：アリール、ヘテロアリール：
（ａ）オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ＝（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール非置換ヘテロアリール、および
（ｂ）アルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリールであって、以下から選択されたの少なくとも１つの置換基で置換される：オキソ、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−Ｈ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ２Ｃｌ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ Ｈ２、−ＨＮＨ２、−ＯＨ２、−ＨＣ＝（Ｏ）ＨＮＨ２、−ＨＣ＝（Ｏ）Ｈ２、−ＨＳＯ２Ｈ、−ＨＣ＝（Ｏ）Ｈ、−ＨＣ（Ｏ）−ＯＨ、−ＨＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨＦ２、非置換アルキル、非置換ヘテロアルキル、非置換シクロアルキル、非置換ヘテロシクロアルキル、非置換アリール、非置換ヘテロアリール。
【００８６】
本明細書で使用する「限定サイズの置換」または「限定サイズの置換基」は、上述の「限定サイズの置換基」の置換の全てから選択される基を意味し、れぞれの置換または非置換アルキルは、置換または非置換のＣ１−Ｃ２０アルキルであり、それぞれ置換または非置換ヘテロアルキルは、２〜２０員のヘテロアルキルであり、それぞれ置換または非置換シクロアルキルはＣ３−Ｃ８のシクロアルキルであり、それぞれ置換または非置換ヘテロシクロアルキルは、置換または非置換の３〜８員シクロヘテロアルキルであり、それぞれ置換または非置換アリールは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、およびそれぞれ置換または非置換ヘテロアリールは、置換または非置換の５〜１０員ヘテロアリールである。
【００８７】
本明細書に記載の「低置換」または「低置換基」は、上述の「置換基」の全ての置換から選択された基を意味し、それぞれ置換または非置換アルキルは置換または非置換のＣ１−Ｃ８アルキルであり、それぞれ置換または非置換のヘテロアルキルは２〜８員のヘテロアルキルであり、それぞれ置換または非置換シクロアルキルはＣ３−Ｃ７のシクロアルキルであり、それぞれの置換または非置換のヘテロシクロアルキルは３〜７員のヘテロシクロアルキルであり、それぞれ置換または非置換のアリールは置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、またそれぞれ置換または非置換ヘテロアリールは置換または非置換の５〜９員ヘテロアリールである。
【００８８】
いくつかの実施形態では、本明細書の化合物に記載のそれぞれの置換基は、少なくとも１つの置換基で置換される。より特定的には、いくつかの実施形態では、それぞれの置換アルキル、置換ヘテロアルキル、置換シクロアルキル、置換ヘテロアルキル、置換アリール、置換ヘテロアリール、置換アルキレン、置換シクロアルキレン、置換ヘテロシクロアルキレン、置換アリーレン、および／または本明細の化合物に記載の置換ヘテロアリーレンは、少なくとも１つの置換基で置換される。他の実施形態では、これらの基の少なくとも１つまたはすべては、少なくとも１つの低置換基で置換される。
【００８９】
他の実施形態では、それぞれ置換または非置換アルキルは、置換または非置換のＣ１−Ｃ２０アルキルとすることができ、それぞれ置換または非置換ヘテロアルキルは、置換またはの非置換２〜２０員ヘテロアルキルであり、置換または非置換シクロアルキルは、置換または非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキルであり、それぞれ置換または非置換ヘテロシクロアルキルは、置換または非置換の３〜８員ヘテロシクロアルキルであり、それぞれ置換または非置換アリールは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、および／またはそれぞれ置換または非置換ヘテロアリールは、置換または非置換の５〜１０員ヘテロアリールである。本明細書の化合物のいくつかの実施形態では、それぞれ置換または非置換アルキレンは、置換または非置換のＣ１−Ｃ２０アルキレンであり、それぞれ置換または非置換ヘテロアルキレンは置換または非置換２〜２０員ヘテロアルキレンであり、それぞれの置換または非置換シクロアルキレンは、置換または非置換のＣ３−Ｃ８シクロアルキレンであり、それぞれ置換または非置換ヘテロシクロアルキレンは、置換または非置換の３〜８員ヘテロシクロアルキレンであり、それぞれ置換または非置換アリレンは、e置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリレンであり、および／またはそれぞれ置換または非置換ヘテロアリレンは、置換または非置換の５〜１０員ヘテロアリレンである。.
【００９０】
いくつかの実施形態では、それぞれの置換または非置換アルキルは、それぞれ置換または非置換のＣ１−Ｃ８アルキルであり、それぞれ置換または非置換ヘテロアルキルは、置換または非置換の２〜８員ヘテロアルキルであり、それぞれ置換または非置換シクロアルキルは、置換または非置換Ｃ３−Ｃ７シクロアルキルであり、それぞれ置換または非置換ヘテロシクロアルキルは、置換または非置換の３〜７員ヘテロシクロアルキルであり、それぞれ置換または非置換アリールは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリールであり、および／またはそれぞれ置換または非置換ヘテロアリールは、置換または非置換５〜９員ヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、それぞれ置換または非置換アルキレンは、置換または非置換のＣ１−Ｃ８アルキレンであり、それぞれ置換または非置換ヘテロアルキレンは、置換または非置換の２〜８員ヘテロアルキレンであり、それぞれ置換または非置換シクロアルキレンは、置換または非置換のＣ３−Ｃ７シクロアルキレンであり、それぞれ置換または非置換ヘテロシクロアルキレンは、置換または非置換の３〜７員ヘテロシクロアルキレンであり、それぞれ置換または非置換アリレンは、置換または非置換のＣ６−Ｃ１０アリーレンであり、および／またはそれぞれ置換または非置換ヘテロアリーレンは、置換または非置換の５〜９員ヘテロアリーレンである。
【００９１】
本開示の化合物の明細書は、本技術の当業者に周知の化学結合の原理によって制限される。従って、基が置換の１つ以上の数によって置換される場合、このような置換は、化学的結合の原理に従うように選択され、本質的に不安定ではないか、および／または水性、中性のような周囲条件下で不安定である可能性がある当業者に知られている化合物、およびいくつかの既知の生理学的条件を含む。例えばヘテロシクロアルキルまたはヘテロアリールは、当業者に知られている化学結合の原理に従う環ヘテロ原子を介して分子の残基に結合し、それによって本質的に不安定な化合物を回避する。
【００９２】
その必要な「患者」または「被験者」は、本明細書で提供する構成物または薬品構成物の投与によって治療される疾患または状態を罹っている、または病気にかかりやすい生存した生物を参照する。非限定的な例としては、ヒト、他の哺乳類、ウシ、ラット、マウス、イヌ、サル、ヤギ、ヒツジ、ウシ、シカ、および他の非哺乳類動物を挙げることができる。いくつかの実施形態では、患者はヒトである。
【００９３】
用語「疾患」または「状態」は、本明細書が提供する、化合物、医薬組成物または方法で治療することができる患者または被験体の状態または健康状態を参照する。実施形態では、疾患は、癌（例えば、肺癌、卵巣癌、骨肉腫、膀胱癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、皮膚癌（例えば、メルケル細胞癌）、精巣癌、白血病、リンパ腫、頭頸部癌、結腸直腸癌、前立腺癌、膵臓癌、メラノーマ、乳癌、神経芽細胞腫）である。
【００９４】
用語「治療すること」または「治療」は、傷害、病気、病理または状態の治療または改善における成功の兆候（除却等の客観的または主観的パラメーターを含む）；寛解；病気または病状を患者に許容し易くする、変性または衰退の速度を遅くすること；変性の最終点で、より衰弱させることなく；患者の肉体的または精神的健康を改善することを参照する。症状の治療または改善は、身体検査、神経精神医学検査、および／または精神医学的評価の結果を含む客観的パラメーターまたは主観的パラメーターに基づくことができる。用語「治療すること」およびそのコンジュゲーションは、傷害、病理学、状態、または疾患の予防を含む。実施形態では、「治療すること」は、癌の治療を参照する。
【００９５】
「有効量」とは、化合物が化合物の非存在下と比較して所定の目的を達成するのに十分な量である（例えば、疾患を治療する、酵素活性を低下させる、酵素活性を増加させる、シグナル伝達経路を減少させる、または疾患もしくは状態の１つ以上の症状を軽減する効果を達成する）。「治療有効量」の例は、疾患の症状または症状の治療、予防、または軽減に寄与するに十分な量であり、「治療上の有効量」として参照することもできる。症状または症状（およびこの句の文法上の同等物）の「減少」は、症状の重症度または頻度の低下、または症状の排除を意味する。正確な量は、治療の目的に依存し、周知の技術を用いて当業者によって確かめられるであろう（例えば、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ、薬用量剤形（１〜３巻、１９９２）； Ｌｌｏｙｄ、医薬品合成の科学技術 （１９９９）； Ｐｉｃｋａｒ、投与量の計算 （１９９９）；およびＲｅｍｉｎｇｔｏｎ： 医薬品の科学および実践、２０版、２００３、Ｇｅｎｎａｒｏ, Ｅｄ., Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ, Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓを参照）。
【００９６】
本明細書で使用する用語「癌」は、すべての種類の癌、白血病、リンパ腫、メラノーマ、神経内分泌腫瘍、癌腫および肉腫を含む哺乳動物に見出される新生物または悪性腫瘍を参照する。
【００９７】
用語「白血病」は、広く、血液形成器官の進行性の悪性疾患を指し、概して、血液および骨髄における白血球およびその前駆体の増殖および発達の歪みを特徴とする。白血病は、一般に、（１）急性または慢性の疾患の期間および特徴；（２）関与する細胞のタイプ、骨髄性（骨髄性）、リンパ性（リンパ性）または単球性；および（３）血液白血病または白血病（亜白血病）における異常細胞の数の増加または非増加に基づいて概して臨床的に分類される。本明細書で提供される化合物、薬品組成物、または方法で治療できる白血病の実施例としては、例えば、急性非リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、白血病性白血病、白血球性白血病、好塩基球性白血病、芽細胞白血病、ウシ白血病、慢性骨髄性白血病、白血病クチス、胎児性白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、毛様白血病、血液白血病、血球芽球性白血病、組織球性白血病、幹細胞白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病、リンパ性白血病、リンパ球性白血病、骨髄性白血病、リンパ性白血病、リンパ肉腫細胞白血病、肥満細胞白血病、巨核球性白血病、小細胞性悪性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄球性白血病、骨髄性顆粒球性白血病、骨髄単球性白血病、ネエエリ白血病、形質細胞白血病、多発性骨髄腫、形質細胞性白血病、前骨髄球性白血病、Ｒｉｅｄｅｒ細胞白血病、Ｓｃｈｉｌｌｉｎｇ’ｓ白血病、幹細胞白血病、幹細胞白血病、亜白血病性白血病、または未分化細胞白血病を挙げることができる。
【００９８】
用語「肉腫」は、一般的に、胚性結合組織のような物質で構成され、原線維または均質物質に包埋された密集した細胞からなる腫瘍を参照する。本明細書が提供する化合物、薬品組成物、または方法で治療できる肉腫としては、軟骨肉腫、線維肉腫、リンパ肉腫、メラノサーマ、粘液肉腫、骨肉腫、アベメシ肉肉腫、脂肪肉腫、脂肪肉腫、歯槽軟部肉腫、変形性筋肉腫、ボトリオイド肉腫、絨毛癌、胎児性肉腫、ウィルムス腫瘍肉腫、子宮内膜肉腫、間質肉腫、ユーイング肉腫、筋肉肉腫、線維肉腫肉腫、巨細胞肉腫、顆粒球肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血肉腫、Ｂ細胞の免疫芽肉腫、リンパ腫、Ｔ細胞の免疫芽肉腫、ジェンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー細胞肉腫、血管肉腫、白血球腫、悪性間葉肉腫、悪性間葉肉腫、網状赤血球肉腫、ラウス肉腫、漿液性肉腫、滑膜肉腫、または毛細血管拡張性肉腫を挙げることができる。
【００９９】
用語「メラノーマ」は、皮膚および他の器官のメラノサイト系から生じる腫瘍を意味すると解釈される。本明細書が提供する化合物、薬品組成物、または方法で治療できるメラノーマとしては、例えば、末端ほくろ性黒色腫メラノーマ、アメラノイド性黒色腫、良性の若年性メラノーマ、クラウドマンメラノーマ、Ｓ９１メラノーマ、ハーディング−パッセージメラノーマ、若年性メラノーマ、悪性黒子黒色腫、悪性メラノーマ、結節性メラノーマ、副帯状メラノーマ、または表在性拡散メラノーマを挙げることができる。
【０１００】
用語「癌腫」は、周辺組織に浸潤し転移を引き起こす傾向のある上皮細胞からなる悪性新生成長を参照する。本明細書が提供する化合物、薬品組成物、または方法で治療できる癌腫の実施例としては、例えば、髄様甲状腺癌、家族性髄様甲状腺癌、腺房癌、粘液癌、腺様嚢胞癌、腺様嚢胞性癌、腺腫様の癌、副腎皮質の癌腫、肺胞癌、肺細胞癌、基底細胞癌、癌性基底細胞癌、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌、気管支肺胞癌、気管支肺癌、気管支原性癌腫、大脳癌腫、胆管細胞癌、コロイド癌、コロイド癌、扁平上皮癌、コーパス癌腫、篩状癌、癌腫、扁平上皮癌、円柱状癌、円筒状細胞癌、ダクト癌、ダクト状癌、癌腫デュラム、脳芽腫、類表皮癌、扁平上皮癌、癌腫類アデノイド類、外因性癌腫、癌腫、癌腫線維腫、ゼラチン性角化腫瘍、ゼラチン性癌腫、巨細胞癌、巨細胞癌、腺癌、顆粒膜細胞癌、毛嚢癌、ヘマトコッカス癌、肝細胞癌、ハッスル細胞癌、ヒアリン癌、上皮小体癌、乳児胎児性癌、インサイチュ癌腫、表皮内癌、上皮内癌、クロミフェッハ癌、クルチツキー細胞癌、大細胞癌、レンチキュラー癌、癌腫レンチキュラー、リボソーム癌、小葉癌、リンパ上皮癌、癌性骨髄腫、髄様癌、メラノーマ癌、癌腫、粘液癌、粘液腫、癌腫粘液細胞腫、粘液表皮腫細胞腫、癌腫粘膜腫、粘液癌、癌腫粘液腫、鼻咽頭癌、オート麦細胞癌、悪性腫瘍、骨芽細胞腫、乳頭状癌、門脈周囲癌、前癌性前立腺癌、鎌状赤血球癌、紅斑性癌、腎臓の腎細胞癌、リザーブ細胞癌、癌肉腫、シュナイデリア癌腫、すい臓癌腫、陰嚢腫、シネット−リング細胞癌、癌単純幹細胞、小細胞癌、ソラノイド癌、回転楕円面細胞癌腫、扁平上皮細胞癌、脈管癌、癌性毛細血管拡張症、癌腫毛細血管拡張症、移行細胞癌腫、結腸癌腫、管状癌腫、結節性癌腫、褐変癌腫、または絨毛癌を挙げることができる。
【０１０１】
本明細書で使用する用語「転移」、「転移の」および「転移性癌」は、互換的に使用することができ、例えば、ある器官または別の隣接していない器官または身体部分からの増殖性疾患または障害の拡張を参照する。癌は、原発部位、例えば乳房で発生し、その部位は原発腫瘍、例えば原発性乳癌と呼ばれる。原発腫瘍または起源部位のいくつかの癌細胞は、体の局所領域の周囲の正常組織に浸透して浸潤する能力、および/または系を通って他の部位および組織に循環するリンパ系または血管系の壁を貫通する能力を獲得する。原発腫瘍の癌細胞から形成された第２の臨床的に検出可能な腫瘍は、転移性または二次性腫瘍と呼ばれる。癌細胞が転移すると、転移性腫瘍およびその細胞は、元の腫瘍のものと類似していると推定される。ゆえに、肺癌が乳房に転移する場合、乳房の部位の二次腫瘍は、異常な肺細胞からなり、異常な乳房細胞は含まれない。胸部の二次腫瘍は、転移性肺癌と呼ばれる。ゆえに、フレーズ転移性癌とは、被験体が原発腫瘍を有しているかまたは有していたかであって、１つまたは複数の二次腫瘍を有する疾患を参照する。非転移性癌または転移性でない癌を有する被験体の字句は、被験者が原発腫瘍を有するが１つ以上の二次腫瘍を有さない被験者を参照する。例えば、転移性肺癌とは、原発性肺癌または原発性肺腫瘍の病歴を有し、第２の場所または例えば乳房内の複数の場所に１つ以上の二次腫瘍を有する被験者における疾患をいう。
【０１０２】
「抗癌剤」は、その通常の意味に従って使用され、抗腫瘍特性または細胞の成長または増殖を阻害する能力を有する組成物（例えば、化合物、薬物、アンタゴニスト、阻害剤、モジュレーター）を参照する。実施形態では、抗がん剤は、化学療法薬である。実施形態では、抗がん剤は、癌の治療方法で有効性を有する本明細書で特定された薬剤である。実施形態では、抗癌剤は、癌を治療するために、米国以外の国のＦＤＡまたは同様の規制当局によって承認された薬剤である。
【０１０３】
物質または物質の活性または機能に関連して用語「関連する」または「に関連する」は、疾患（例えば、糖尿病、癌（例えば、前立腺癌、腎臓癌、転移性癌、メラノーマ、去勢抵抗性前立腺癌、乳癌、トリプルネガティブ乳癌、グリア芽細胞腫、卵巣癌、肺癌、扁平上皮癌（例えば、頭、首、または食道）、結腸直腸癌、白血病、急性骨髄性白血病、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ、または多発性骨髄腫））に関連し、疾患（例えば、肺癌、卵巣癌、骨肉腫、膀胱癌、子宮頸癌、肝臓癌、腎臓癌、皮膚癌（例えば、メルケル細胞癌）、睾丸癌、白血病、リンパ腫、頭頸部癌、結腸直腸癌、前立腺癌、膵臓癌、メラノーマ、乳癌、神経芽細胞腫）は、（全体的または部分的に）引き起こされるか、またはこの疾患の症状は、物質または物質の活性または機能によって（全体的または完全に）引き起こされる。
【０１０４】
「化学療法」または「化学療法剤」はその通常の意味に従って使用され、抗腫瘍特性または細胞の成長または増殖を阻害する能力を有する化学的組成物または化合物を参照する。 
【０１０５】
２．メディトープ
本明細書は、本明細書に記載の抗体メディトープコンジュゲートの準備での使用のためのメディトープを提供する。メディトープは、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基を含むペプチドである。概して、本明細書で使用する用語「メディトープ」は、本明細書で開示されるメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位のような、中央空洞に結合が可能なペプチドまたは複数のペプチドを参照する。いくつかの実施形態では、メディトープ配列は、本明細書に開示されたように環状である（例えば、末端（末端に近い）システイン残基はジスルフィド結合を形成する）。
【０１０６】
提供されるメディトープのうちでも、１つ以上の修飾（例えば、配列番号：１または２と比較した、構造修飾）、それを製造する方法を有するメディトープ・バリアントである。ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮ メディトープは、メディトープ・バリアントの設計上、出発点として使用される。いくつかの局面では、メディトープ・バリアントは、未修飾メディトープ、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮと比較して、本明細書に記載のセツキシマブおよび他の抗体を含む１つ以上の提供されたメディトープ利用可能抗体について異なる生理学的条件下で、増加または代替した親和性、代替したｐＨ依存性または異なる親和性などの代替した特性を有するように設計される。メディトープ・バリアントは、多様な化学的、生物物理学的方法を使用するよう設計され、製造される。a
【０１０７】
メディトープ・バリアントは、本明細書に記載の、例えばｃＱＦＤおよびｃＱＹＮといった、メディトープへの修飾を組み込んだバリアントを含むが、これらには限定されない。適切な修飾としては、これらに限定されないが、ペプチド環化の仕方および／または位置に対する修飾、環状ペプチドの１つまたは複数のアミノ酸成分に対する修飾などの当技術分野で周知の任意のペプチド修飾を含むが、これらに限定されない、または環状ペプチドから１つまたは複数のアミノ酸を付加または欠失させることによって調製することができる。具体的な例では、ｃＱＦＤは、１つまたは複数の以下の修飾で代替される：Ａｒｇ８の修飾、Ｐｈｅ３の修飾、Ｌｅｕ５の修飾、Ｌｅｕ１０の修飾、ペプチド環化の様式の変化、および／または１つ以上の位置での水和可能なカルボニル官能性の取り込み、および１つ以上のアミノ酸の欠失または付加。ｃＱＹＮのケースでは、適切な修飾は、１つまたは複数の以下を含む：Ａｒｇ８の修飾、Ｌｅｕ５の修飾、Ｌｅｕ１０の修飾、ペプチド環化の様式の変化、および／または１つ以上の位置での水和可能なカルボニル官能性の取り込み、および１つ以上のアミノ酸の欠失または付加。メディトープ内の或るアミノ酸位置は、欠失されるかまたは異なる天然アミノ酸または非天然アミノ酸に置き換えられ、メディトープは、例えば、「クリック化学」を使用してフラグメントに化学的にコンジュゲートされる。加えて、Ｆａｂへのさらなる接触を行うために、アミノおよびカルボキシ末端を、メディトープバリアントの環状部分を超えて（すなわち、付加的に）さらなるアミノ酸で伸長させることができる。
【０１０８】
また本明細書は、ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：１）もしくは１または２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：１のアミノ酸配列を含むペプチドも提供し、アミノ酸配列は、Ｐｈｅ３、Ａｓｐ４、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９、および／またはＬｅｕ１０からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基の１つ以上の修飾を含み、さらに修飾はＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む。また本明細書は、ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：１）もしくは１または２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：１のアミノ酸配列を含むペプチドも提供し、Ａｓｐ４、Ｌｅｕ５、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９、および／またはＬｅｕ１０からなる群から選択された少なくとも１つの１つまたは複数の修飾を含み、さらに修飾はＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む。一実施形態では、アミノ酸配列はＰｈｅ３で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列はＡｓｐ４で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列はＬｅｕ５で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列はＡｒｇ８で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列はＡｒｇ９で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列はＬｅｕ１０で修飾を含む。
【０１０９】
本明細書は、ＣＱＹＮＬＳＳＲＡＬＫＣ（配列番号：２）または配列番号：２のアミノ酸付加、欠失、および／または置換を伴う配列番号：２のアミノ酸配列を含むペプチドを提供し、アミノ酸配列は、Ｔｙｒ３、Ａｓｎ４、Ｌｅｕ５、Ａｒｇ８、Ａｌａ９、および／またはＬｅｕ１０からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基で１つまたは複数の修飾を有し、さらに修飾はＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む。一実施形態では、アミノ酸配列は、Ｔｙｒ３で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列は、Ａｓｎ４で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列は、Ｌｅｕ５で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列は、Ａｒｇ８で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列は、Ａｌａ９で修飾を含む。一実施形態では、アミノ酸配列は、Ｌｅｕ１０で修飾を含む。
【０１１０】
本明細書で「メディトープ」とも参照されるこれらのペプチドは、メディトープが可能な抗体またはその抗原結合フラグメントのメディトープ結合部位またはメディトープが可能な空洞などの中央空洞に結合する。結合は、メディトープ結合部位またはメディトープ使用可能空洞内のアミノ酸の骨格または側鎖上の１つまたは複数の官能基に結合することができる。ある実施形態では、抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、４０位にトレオニン、４１位にアスパラギンおよび/またはその軽鎖のアスパラギン酸を有するか、またはカバットナンバリングに従うメディトープ結合部位を含む本明細書中に開示される、セツキシマブのメディトープ結合部位内のもの、メディトープ使用可能なトラスツズマブ、またはメディトープ対応Ｍ５Ａである。
【０１１１】
概して、メディトープが１つ以上の位置で修飾されて、メディトープが可能な空洞に効果的に非共有結合するその能力が有意に減少しないようにすることができる。加えて、ある実施形態では、メディトープは、１つまたは複数のアミノ酸を付加、欠失または置換することによって修飾されて、メディトープ利用可能空洞への非共有結合を強化することができる。従って、一実施形態では、メディトープは、５および１６アミノ酸の間のアミノ酸の長さ、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６アミノ酸の長さを有し、８および１３アミノ酸の間の長さ、例えば、９および１２アミノ酸の長さを有し、アミノ酸配列は、３、４、５、８、９、および／または１０からなる群から選択された位置での少なくとも１つのアミノ酸残基での１つまたは複数の修飾を含むものを提供し、さらに修飾はＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、バリアント・メディトープは環状ペプチドである。他の実施形態では、それらは線状または環状ペプチドである。
【０１１３】
メディトープは、このようなペプチドを由来とするペプチドまたは環状ペプチドを含むことができ、例えば、そのペプチドは以下の式を有する：
Ｘ１−Ｘ２‐Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２
Ｘ１＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または空であり；
Ｘ２ ＝ Ｇｌｎまたは空であり；
Ｘ３＝Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、 Ａｓｐ、２−ブロモ―Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、 Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基；
Ｘ４＝ＡｓｐまたはＡｓｎ；
Ｘ５＝Ｌｅｕ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、 Ｔｉｐ、 Ｔｙｒ、フェニルアラニンの非天然類似体、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基；
Ｘ６＝Ｓｅｒ；
Ｘ７＝ＴｈｒまたはＳｅｒ；
Ｘ８＝Ａｒｇ、Ｓｅｒ、修飾Ａｒｇ、または水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基；
Ｘ９＝ＡｒｇまたはＡｌａ；
Ｘ１０＝Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｐｈｅ、 Ｔｉｐ、Ｔｙｒ、フェニルアラニンの非天然類似体、水和可能なカルボニル含有残基、またはボロン酸含有残基；
Ｘ１１＝ＬｙｓまたはＡｒｇ；並びに
Ｘ１２＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノペンタン酸、β‐アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、アスパラギン酸、イソアスパラギン酸または空；
アミノ酸配列は、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ８、Ｘ９、および／またはＸ１０からなる群から選択された位置で少なくとも１つのアミノ酸残基の１つまたは複数の修飾を含み、さらに修飾は、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む。
ある実施形態では、ペプチドは下記からなる群から選択される：
ＣＱＸ１ＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：３）、
ＣＱＦＸ１ＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：４）、
ＣＱＦＤＬＳＴＸ１ＲＣ（配列番号：５）、
ＣＱＦＤＬＳＴＲＸ１ＲＣ（配列番号：６）、および
ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸ１Ｃ（配列番号：７）、
もしくは１または２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：３〜７のペプチド、Ｘ１はＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む非天然アミノ酸である。
【０１１４】
ある実施形態では、ペプチドは以下からなる群から選択される：
ＣＱＸ１ＮＬＳＳＲＡＬＫＣ（配列番号：８）、
ＣＱＹＸ１ＳＳＲＡＬＫＣ（配列番号：９）、
ＣＱＹＮＸ１ＳＲＡＬＫＣ（配列番号：１０）、
ＣＱＹＮＬＳＳＸ１ＫＣ（配列番号：１１）、
ＣＱＹＮＬＳＳＲＸ１ＫＣ（配列番号：１２）、および
ＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸ１Ｃ（および：１３）、
もしくは１または２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：８〜１３のペプチド、Ｘ１はＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む非天然アミノ酸である。
【０１１５】
ペプチド（またはメディトープ）は、本明細書で開示されたように線状または環状になることができる（例えば、システイン残基は、ジスルフィド結合を形成する）。ペプチドはまた、ヘッド−テールラクタム環状ペプチド、線状ペプチド、非天然アミノ酸の取り込み、結合の短縮または延長、または水和可能なカルボニル官能性の取り込みのうちの１つまたは複数から選択される１つまたは複数の修飾を含み得る。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、メディトープは式（Ｉ）の構造を有するペプチドである：
【０１１７】
2019513690.tif 000004
【０１１８】
上式中、
中心のマークの“*”は、“Ｒ”または“Ｓ”の構成である；
Ｒ３およびＲ３’は、独立して、Ｈまたは、Ｃ１−４アルキル、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨードおよび光反応性官能基から独立して選択される１個、２個または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
Ｒ５は：
（Ａ）アセチル、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホン酸エステル、オルトエステル、−ＣＯ２Ｈ−Ｃ１−４アルキル、‐ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯから選択される１つ以上の置換基で置換されていてもよいＣ１−８アルキル；ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、‐ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＨ２および光反応性官能基であり；または
（Ｂ）以下で置換されるＣ１−４アルキル：
ａ）１または２つのフェニル、それぞれのフェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨードおよび光反応性官能基から独立して選択される１個、２個または３個の置換基で置換されていてもよく；また
ｂ）ナフチル、イミダゾール、またはインドール；
Ｒ６は、− Ｃ１−４アルキレン−ＯＨまたは− Ｃ１−４アルキレン−ＳＨであり；
Ｒ７は、− Ｃ１−４アルキレン−ＯＨまたは− Ｃ１−４アルキレン−ＳＨであり；
ｍは、０、１、２、３、４、または５；
Ｒ８は：（ａ）−ＯＨ、−ＮＲａＲｂ、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ Ｒｄ）
Ｒａは、Ｈであり；
Ｒｂは、Ｈ、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、もしくは−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１−８アルキルであり；
Ｒｃは、Ｈ、Ｃ１−８アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリールであり；
Ｒｄは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１−８アルキル、Ｃ２−８アルケニル、Ｃ２−８アルキニル、Ｃ３−８シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり
Ｒｅは、Ｈ；−ＮＨＲｄ；または−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ２−４アセタール、Ｃ２−４ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、および−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ１−１２アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、Ｃ２−１２アルケニル、Ｃ２−８アルキニル、またはアリール基であるか；または
（ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、または−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基で置換されているＣ１−１２アルキル；
Ｒ９は、Ｃ１−４アルキル、−Ｃ１−２アルキレン−ＣＯ２Ｈ、−Ｃ１−２アルキレン−ＣＯＮＨ２、−Ｃ１−２アルキレン−ＣＯ２ＨＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２であり、
Ｒｘは光反応性官能基であり；
Ｒ１０は：（１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていてもよいＣ１―８アルキル；あるいは
（２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ１−４アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
ｎは、０または１であり；
ｐは、０または１であり；
Ｘは、その各炭素が−ＣＯ２Ｈ、−ＮＨ２、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒｙで置換されていてもよいＣ１−８アルキレンまたはＣ２−８アルケニレンであり；
ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で任意的に置き換えられていてもよく；かつ
Ｒｙは、−Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ（Ｒｚ）Ｃ（Ｏ）または‐ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈである；
Ｒｚは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ２で置換されていてもよい−Ｃ１−４アルキルであるか；
または薬学的に許容されるその塩、
また、少なくとも１つのＲ３、Ｒ３’、Ｒ５、Ｒ８、Ｒ９、および／またはＲ１０は、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基を含む。
中心のマークの“*”は、“Ｒ”または“Ｓ”の構成である。シンボル
2019513690.tif 000005
は、Ｒ１ＡからＬ１Ａの結合点を意味する。
【０１１９】
ある実施形態では、Ｒ３およびＲ３’はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ１−４アルキル、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルである；
【０１２０】
ある実施形態では、Ｒ５は：（Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１−８アルキル；または（Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ１−４アルキル基：ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；またはｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基である。
【０１２１】
ある実施形態では、Ｒ６は、−Ｃ１−４アルキル−ＯＨまたは−Ｃ１−４アルキル−ＳＨである。Ｒ７は、−Ｃ１−４アルキレン−ＯＨまたは−Ｃ１−４アルキレン−ＳＨである。そのシンボルは、０、１、２、３、４、または５である。
【０１２２】
ある実施形態では、Ｒ８は、−ＯＨ、−ＮＲａＲｂ、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅである。ＲａはＨであり；Ｒｂは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、もしくは−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１−８アルキルである。Ｒｃは、Ｈ、Ｃ１−８アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリールである。Ｒｄは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１−８アルキル、Ｃ２−８アルケニル、Ｃ２−８アルキニル、Ｃ３−８シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基である。Ｒｅは、Ｈ；−ＮＨＲｄ；または−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ２−４アセタール、Ｃ２−４ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、および−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ１−１２アルキル、Ｃ３−８シクロアルキル、Ｃ２−１２アルケニル、Ｃ２−８アルキニル、またはアリール基である。これとは別に、Ｒ８は、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、または−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル基で置換されているＣ１−１２アルキルである。
【０１２３】
ある実施形態では、Ｒ９は、Ｃ１−４アルキルまたは−Ｃ１−２アルキレン−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯ１−２アルキレンＣＯＮＨ２、−Ｃ１−２アルキレン−ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または−Ｃ１−２アルキレン−ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２である。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、Ｒ１０は、（１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１−４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｃ１−４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていてもよいＣ１−８アルキル；あるいは（２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ１−４アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）。
【０１２５】
ある実施形態では、ｎは、０または１である。ある実施形態では、ｐは、０または１である。
【０１２６】
ある実施形態では、Ｘは、（１）本明細書で述べられる、メディトープ環化戦略のいずれかから生じるリンカーであり；（２）置換アキレン、置換ヘテロアキレン、置換シクロアキレン、置換ヘテロシクロアキレン、置換アリレンまたは置換ヘテロアリレンもしくは（３）その各炭素がオキソ、−Ｃ（Ｏ）−、−ＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）−または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒｙで置換されていても良い、Ｃ１−８アルキレンまたはＣ２−８アルキレンである。前記アルキレン１−８のうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい。Ｒｙは、−Ｃ１−４アルキルまたは−ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈである。Ｒｚは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ２で置換されていてもよい−Ｃ１−４アルキルである式ＶＩＩは、すべての適切な医薬的に許容されるその塩を含む。（１）では、Ｘは、その化学三価のために、そしてＸは、上記のようなさらなる置換基（例えば、−ＮＨ２およびオキソ）を任意に含むことができるため、置換リンカーと考えられる。いくつかの実施形態では、Ｘは、
【０１２７】
2019513690.tif 000006
【０１２８】
であり、式中、**は式ＶＩＩのＸに結合したグルタミンへの結合点を表し、***は式ＶＩＩのＸおよびリジンに結合した窒素への結合点を表す。そのシンボル
2019513690.tif 000007
は、分子の残りの部分へのＸの結合点を示す。
【０１２９】
式ＶＩＩのメディトープのいくつかの実施形態では、ｍは、０、１、または２である。他の実施形態では、Ｒ３は、Ｈまたはフェニルであり、Ｒ３’はフェニル、２−ブロモフェニル、３−ブロモフェニル、または４−ブロモフェニルである。さらなる実施形態では、Ｒ５は、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２基からそれぞれ任意的に置換されてもよく、もしくはブロモまたはクロロ置換基から任意的に置換されても良い１個もしくは２個のフェニル基で置換された、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチルである。さらなる実施形態では、Ｒ８は、−ＯＨ、−ＮＨ２、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（０）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝Ｒｄ）Ｒｅである。またさらなる実施形態では、Ｒｃは、Ｈまたはメチルであり、Ｒｄは、ＨまたはＣ１−４アルキルであり、Ｒｅは、Ｃ１−４アルキルまたは−ＮＨ（Ｃ１−４アルキル）である。他の実施形態では、Ｒ９は、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２、‐ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または‐ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２から任意的に置換されたメチルまたはエチルである。さらに他の実施形態では、Ｒ１０は、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＣＯ２Ｈ、または−ＣＯＮＨ２基よりそれぞれ任意的に置換された、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、またはｔｅｒｔ−ブチルである。さらに他の実施形態では、−Ｘ−ＮＨ−は、−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ‐（例えば、ジスルフィド架橋を介して結合する）、−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６−ＮＨ−、‐β‐Ａｌａ−β‐Ａｌａ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２ＮＨ）−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、−β‐Ａｌａ−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、または −Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２‐トリアジニル‐ＣＨ２−ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−である。
【０１３０】
ある実施形態では、ペプチドは式ＩＡの化合物である：
【０１３１】
2019513690.tif 000008
【０１３２】
上式中、それぞれＲ３、Ｒ４、Ｒ８、Ｒ９およびＲ１０は、独立した−Ｌｎ−アルキル―Ｒｘ、−Ｌｎ―シクロアルキル―Ｒｘ、−Ｌｎ―アリール−Ｒｘ、−Ｌｎ−ヘテロシクリル−Ｒｘ、または−Ｌｎ−ヘテロアリール−Ｒｘであり；
Ｒｘは、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基であり；
それぞれのＬは、独立したアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンであり；
それぞれのｎは独立した０、１または２であり；
それぞれのアルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、アルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンおよびヘテロアリレンは、置換または非置換である。
【０１３３】
ある実施形態では、ペプチドは式ＩＢの化合物である：
【０１３４】
2019513690.tif 000009
【０１３５】
上式中、それぞれのＲ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ８、Ｒ９およびＲ１０は、独立した、−Ｌｎ−アルキル−Ｒｘ、−Ｌｎ−シクロアルキル―Ｒｘ、−Ｌｎ−アリール−Ｒｘ、−Ｌｎ−ヘテロシクリル−Ｒｘ、または−Ｌｎ−ヘテロアリール−Ｒｘであり；
Ｒｘは、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基であり；
それぞれのＬは、独立したアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンであり；
それぞれのｎは独立した０、１または２であり；かつ
それぞれのアルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、アルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンおよびヘテロアリレンは、置換または非置換である。
【０１３６】
本明細書は、ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸ１Ｃ（配列番号：７）または１または２つのアミノ酸付加、欠失、および／または置換を伴う配列番号：７のアミノ酸配列を含むペプチドも提供し、Ｘ１は、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基を含む。ペプチドは線状または環状になることができる（例えば、システイン残基はジスルフィド結合を形成する）。従って、ある実施形態では、ペプチドは式ＩＩＡの化合物を含む：
【０１３７】
2019513690.tif 000010
【０１３８】
上式中、Ｒ１０は、−Ｌｎ−アルキル−Ｒｘ、−Ｌｎ−シクロアルキル―Ｒｘ、−Ｌｎ−アリール−Ｒｘ、−Ｌｎ−ヘテロシクリル−Ｒｘ、または−Ｌｎ−ヘテロアリール−Ｒｘ；
Ｒｘは、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基であり；
それぞれのＬは、独立してアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンであり；
それぞれのｎは、独立して０、１または２であり；かつ
それぞれのアルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、アルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンおよびヘテロアリレンは、置換または非置換である。
【０１３９】
また、本明細書は、ＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸ１Ｃ（配列番号：１３）または１また２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：１３のアミノ酸配列を含むペプチドも提供し、Ｘは、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基を含む。ペプチドは線状または環状になることができる（例えば、システイン残基はジスルフィド結合を形成する）。従って、ある実施形態では、ペプチドは式ＩＩＢの化合物を含む。
【０１４０】
2019513690.tif 000011
【０１４１】
上式中、Ｒ１０は、−Ｌｎ−アルキル―Ｒｘ、−Ｌｎ−シクロアルキル−Ｒｘ、−Ｌｎ−アリール−Ｒｘ、−Ｌｎ−ヘテロシクリル−Ｒｘ、または−Ｌｎ−ヘテロアリール−Ｒｘであり；
ＲＸは、ＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基であり； 
それぞれのＬは、独立してアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンであり；
それぞれのｎは独立して０、１または２であり；
それぞれのアルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、アルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンおよびヘテロアリレンは、置換または非置換である。
【０１４２】
上記の実施形態のいずれかにおいては、光反応性官能基（ＲＸ）は、ＵＶ光の照射により反応種を形成する少なくとも１つの官能基を含む天然または非天然アミノ酸の側鎖であり、ゆえに共有結合の形成が可能である。官能基の実施例は、アジド（例えば、アリール・アジド、アジド−メチル−クマリンなど）、ベンゾフェノン、アントラキノン、ジアゾ化合物、ジアジリンおよびソラレン誘導体を含むが、これらに限定されない。ある実施形態では、光反応性官能基（例えば、ＲＸ）は、ベンゾフェノン、アジドまたはジアジリンを含む。
【０１４３】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＡまたはＩＢの化合物を含み、それぞれＲ４、Ｒ５、Ｒ８、Ｒ９およびＲ１０は独立して、
【０１４４】
2019513690.tif 000012
【０１４５】
であり、上式中、それぞれのＬは、独立してアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンであり；
それぞれのＲ１は、独立して、ハロ、ヒドロキシル、アルキルまたはニトロであり；
ｍは、０、１、２、３または４であり；かつ
それぞれのアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリレンは、置換または非置換である。
【０１４６】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＡまたはＩＢの化合物を含み、それぞれＲ４、Ｒ５、Ｒ８、Ｒ９およびＲ１０は独立して：
【０１４７】
2019513690.tif 000013
【０１４８】
であり、上式中、Ｌは、アルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンであり；かつそれぞのアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンおよびヘテロアリレンは、置換または非置換である。
【０１４９】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＡ、ＩＢ、ＩＩＡまたはＩＩＢの化合物を含み、Ｒ１０は：
【０１５０】
2019513690.tif 000014
【０１５１】
であり、上式中、それぞれのＬは、独立してアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンであり；
それぞれのＲ１は、独立して、ハロ、ヒドロキシル、アルキルまたはニトロであり；
ｍは、０、１、２、３または４であり；かつ
それぞれのアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリレンは、置換または非置換である。
【０１５２】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＡ、ＩＢ、ＩＩＡまたはＩＩＢの化合物を含み、Ｒ１０は：
【０１５３】
2019513690.tif 000015
【０１５４】
であり、上式中、Ｌは、アルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンまたはヘテロアリレンはであり：かつ、それぞれのアルキレン、シクロアルキレン、アリレン、ヘテロシクリレンおよびヘテロアリレンは置換または非置換である。
【０１５５】
ある実施形態では、Ｌは、アルキレンである。別の実施形態では、Ｌは、シクロアルキレンである。別の実施形態では、Ｌは、アリレンである。別の実施形態では、Ｌは、ヘテロシクリレンである。別の実施形態では、Ｌは、ヘテロアリレンである。
【０１５６】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＡ、ＩＢ、ＩＩＡまたはＩＩＢの化合物を含み、Ｒ１０は：
【０１５７】
2019513690.tif 000016
【０１５８】
であり、上式中、ｑは、１、２、３、４、５または６である。
【０１５９】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＩＩＡの化合物を含み：
【０１６０】
2019513690.tif 000017
【０１６１】
上式中、ｑは、１、２、３、４、５または６である。
【０１６２】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＩＩＢの化合物を含み：
【０１６３】
2019513690.tif 000018
【０１６４】
ｑは、１、２、３、４、５または６である。
【０１６５】
一実施形態では、ペプチドは式ＩＡ、ＩＢ、ＩＩＡ、ＩＩＢ、ＩＩＩＡまたはＩＩＩＢの化合物を含み、Ｒ１０は：
【０１６６】
2019513690.tif 000019
である。
【０１６７】
本明細書に記載のペプチド（すなわち、メディトープ）は、活性薬剤（例えば、小分子、タンパク質など）をメディトープ結合部位を有する抗体に連結するための部位特異的選択肢を提供する。本明細書に開示されるメディトープの利点の１つは、それらが抗体に共有結合することができ、正常な抗体機能が抗体に付着した後でさえも保護され、保存されることである。長期間のＵＶ光を短時間適用することによって共有結合形成が達成され得るので、抗体および／または活性剤への潜在的損傷が緩和される。
【０１６８】
ある実施形態では、メディトープは、治療剤、診断剤、または検出可能な薬剤のような薬剤にコンジュゲートされる。ペプチドは、化学リンカーのような適切な手段で薬剤にコンジュゲートされることができる。ある実施形態では、化学リンカーは、共有結合性のリンカーである。実施形態では、化学リンカーは、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリレンおよび／または置換または非置換ヘテロアリレンを含む。
【０１６９】
ある実施形態では、化学リンカーは、ＰＥＧリンカーを含む。ある実施形態では、化学リンカーは、ペプチドリンカー（例えば、グリシン、リジン、チロシン、グルタミン酸、アスパラギン酸、などのような１つまたは複数の天然または非天然アミノ酸）を含む。
【０１７０】
化学リンカーは、Ｎ末端、Ｃ末端および／または側鎖のような任意の適切な位置でメディトープに結合することができる。ある実施形態では、化学リンカーは、Ｎ端末に結合する。別の実施形態では、化学リンカーは、Ｃ端末に結合する。また別の実施形態では、メディトープは、１つ以上の化学リンカーを含み、化学リンカーはＮ端末およびＣ端末に結合する。いくつかの実施形態では、化学リンカーはアミノ酸配列ＧＧＧＫを含む。
【０１７１】
また、本明細書は以下からなる群から選択されたペプチドを提供する：
ＣＱＸ１ＬＳＴＲＲＬＲＣＧＧＧＫ（配列番号：１４）、
ＣＱＦＸ１ＳＴＲＲＬＲＣＧＧＧＫ（配列番号：１５）、
ＣＱＦＤＸ１ＴＲＲＬＲＣＧＧＧＫ（配列番号：７７）、
ＣＱＦＤＬＳＴＸ１ＲＬＲＣＧＧＧＫ（配列番号：１６）、
ＣＱＦＤＬＳＴＲＸ１ＲＣＧＧＧＫ（配列番号：１７）、および
ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸ１ＣＧＧＧＫ（配列番号：１８）、
または、１つまたは２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：１４−１８のペプチド、Ｘ１はＵＶ光の照射により反応種を形成する少なくとも１つの官能基を含む天然、または非天然アミノ酸を含む。ある実施形態では、ＸはＬ−２−アミノ−４、４−アジ−ペンタン酸、Ｌ−２−アミノ−５、５−アジ−ヘキサン酸、アジド−フェニルアラニンおよびパラ−ベンゾイルフェニルアラニンからなる群から選択される。
まは本明細書は以下からなる群から選択されるペプチドを提供する： 
ＣＱＸ１ＮＬＳＳＲＡＬＫＣＧＧＧＫ（配列番号：１９）、
ＣＱＹＸ１ＳＳＲＡＬＫＣＧＧＧＫ（配列番号：２０）、
ＣＱＹＮＸ１ ＳＳＲＡＬＫＣＧＧＧＫ（配列番号：２１）、
ＣＱＹＮＬＳＳＸ１ＡＬＫＣＧＧＧＫ（配列番号：２２）、
ＣＱＹＮＬＳＳＲＸ１ＡＬＫＣＧＧＧＫ（配列番号：２３）、および
ＣＱＹＮＬＳＳＲＡＸ１ＫＣＧＧＧＫ（配列番号：２４）、
または、１または２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：１９−２４のペプチド、ＸはＵＶ光の照射により共有結合を形成する光学官能基を含む天然、または非天然アミノ酸である。ある実施形態では、Ｘ１は、Ｌ−２−アミノ−４、４−アジ−ペンタン酸、Ｌ−２−アミノ−５、５−アジ−ヘキサン酸、アジド−フェニルアラニン、およびパラ−ベンゾイルフェニルアラニンからなる群から選択される。
【０１７２】
本明細書で開示されたある実施形態では、化学リンカーは、抗体−薬物コンジュゲートを形成する当該分野で周知の市販のリンカーをさらに含んでもよい。従って、ある実施形態では、化学リンカーは、以下からなる群から選択されたリンカーを含み得る：Ａｌａ‐Ａｌａ‐Ａｓｎ−ＰＡＢ、ＡＬＤ‐ＢＺ‐ＯＳｕ、ＡＬＤ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＡＬＤ‐モノ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐モノ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＡＬＤ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＡＬＤ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＡＬＤ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＢＣＯＴ‐ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＢＣＯＴ−ジ‐ＥＧ‐Ｏｓｕ、ＢＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＢＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、 ＢＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＢＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ‐Ｏｓｕ、Ｂｏｃ−ＮＭｅ−ＤＡＥ、ＢｒＡＨ、Ｂｒ−ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｂｒ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｂｒ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＣＯＴ‐酢酸、ＣＯＴ−ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＣＯＴ−ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＣＯＴ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＣＯＴ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＤＨＡ、ＤＨＨ、Ｆｍｏｃ‐Ａｌａ‐Ａｌａ‐Ａｓｎ−ＰＡＢ−ＰＮＰ、Ｆｍｏｃ−Ｐｈｅ−Ｌｙｓ（Ｔｒｔ）−ＰＡＢ−ＰＮＰ、Ｆｍｏｃ−Ｖａｌ−Ｃｉｔ−ＰＡＢ、Ｆｍｏｃ−Ｖａｌ−Ｃｉｔ−ＰＡＢ−ＰＮＰ、ＨＡＣ、ＭＡＨ、ＭＡＬ−ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＡＬ−ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＡＬ‐ＨＡ‐ＯＳｕ、ＭＡＬ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＡＬ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＡＬ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＡＬ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＢＡ、 ＭＣ―Ｖａｌ―Ｃｉｔ−ＰＡＢ―ＰＮＰ、ＭＤＢ、ＭＥＬ−ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＥＬ−ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＥＬ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＥＬ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＥＬ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＭＥＬ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＭＭＣ、Ｎ３ＢＡ、Ｎ３−ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、Ｎ３−ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｎ３−テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、Ｎ３−テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｎ３−トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、Ｎ３−トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＰＡＢ、ＰＨＡ−ジ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＰＨＡ−ジ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＰＨＡ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＰＨＡ‐テトラ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、ＰＨＡ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＰＦＰ、ＰＨＡ‐トリ‐ＥＧ‐ＯＳｕ、Ｐｈｅ−Ｌｙｓ（Ｆｍｏｃ）−ＰＡＢ、Ｐｈｅ−Ｌｙｓ（Ｔｒｔ）−ＰＡＢ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｂｕｔ‐ＯＰＦＰ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｂｕｔ‐ＯＳｕ、Ｐｙ‐ｄｓ‐ｄｍＢｕｔ‐ＯＰＦＰ、Ｐｙ‐ｄｓ‐ｄｍＢｕｔ‐ＯＳｕ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｐｒｐ‐ＯＰＦＰ、Ｐｙ‐ｄｓ‐Ｐｒｐ‐ＯＳｕ、およびＶａｌ−Ｃｉｔ−ＰＡＢ（ＡＬＢ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ Ｉｎｃ, ＮＥＶＡＤＡ、Ｕ．Ｓ．）
【０１７３】
本明細書で開示されたペプチドの非制限の例は、毒性コンジュゲートの有無にかかわらず、下記の表４にリストされる。
【０１７４】
2019513690.tif 000020
2019513690.tif 000021
2019513690.tif 000022
【０１７５】
一実施形態では、ペプチド１５は、マレイミドメチルシクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＭＣＣ）リンカーを介してコンジュゲートされた、ペイロード・マイタニノイド・エタンシン（ＤＭ１）を含む。コンジュゲートされたペプチド１５は以下の構造を有する：
【０１７６】
2019513690.tif 000023
【０１７７】
別の例では、ペプチド１６は、リンカーとコンジュゲートされた、ペイロード・デュオカルマイシンを含む。コンジュゲートされたペプチド１６の非制限的な実施例は、下記の構造を伴うＡｃ−ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣＧＧＧＫ―ＰＥＧ４−ｖｃ−ＰＡＢ−デュオカルマイシンＳＡである：
【０１７８】
2019513690.tif 000024
【０１７９】
別の例では、ペプチド１７は、ピロール・ベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）にコンジュゲートされる。コンジュゲートされたペプチド１７の非制限的な例は、以下の構造を伴うＡｃ−ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣＧＧＧＫ−Ｇｌｕ−Ｖａｌ‐Ａｌａ−ＰＡＢ−ＰＢＤ である：
【０１８０】
2019513690.tif 000025
【０１８１】
別の例は、アマニチンでコンジュゲートされたペプチド１８である。コンジュゲートされたペプチド１８の非制限的な例は、以下の構造を伴うＡｃ−ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣＧＧＧＫ−リンカー−アルファ−アマニチンである：
【０１８２】
2019513690.tif 000026
【０１８３】
本明細書の開示は、１つ以上の活性剤（または毒素）の接着を可能にするメディトープも提供する。それらのメディトープは、本明細書に開示のメディトープ（またはペプチド）、例えば、ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＣＧＧＧＫ（配列番号：７１）のいずれかの反応性機能部分を１つ以上含むことによって、建てられることができる。このようなメディトープの非制限的な例は、Ａｃ−ＫＧＧＧＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＣＧＧＧＫ−ＯＨ （配列番号：７２）、Ａｃ−ＫＧＧＧＣ ＱＦＤＬ Ｓ ＴＲＲＬＣＧＧＧＫＧＧＫＳＧＧＡＧＫ（配列番号：７３）、Ａｃ−ＣＱＦＤＬ Ｓ ＴＲＲＬＣ ＧＧＧＫＧＧＡＳＧＧＡＧＫＧＧＧＫ（配列番号：７４）、Ａｃ−ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＣＧＧＧＫＧＧＡＳＧＧＧＧＳＡＧＫ（配列番号：７５）、およびＡｃ−ＫＧＧＧＣＱＦＤＬＳＴＲＲＸＲＣＧＧＧＫ−ＯＨ（配列番号：７６）を含む。
【０１８４】
ある実施形態では、本明細書はメディトープ利用可能空洞を含むメディトープおよび抗体を含む、抗体メディトープコンジュゲートを提供し、メディトープのアミノ酸Ｘの側鎖は、抗体に共合的に結合し、メディトープはそれに結合する１つ以上の活性剤を有する。ある実施形態では、活性剤は同一である。このようなメディトープの一例はペプチド２１であり、以下の構造である：
【０１８５】
2019513690.tif 000027
【０１８６】
３．抗体メディトープ・コンジュゲート
本明細書は抗体メディトープ・コンジュゲートを提供し、上述した環状メディトープおよびメディトープ利用可能空洞を含む抗体を含み、メディトープは抗体に共有結合する。ある実施形態では、メディトープは、ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣ（配列番号：１）のアミノ酸配列もしくは１または２つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を伴う配列番号：１を含み、アミノ酸配列はＰｈｅ３、Ａｓｐ４、Ｌｅｕ５、Ａｒｇ８、Ａｒｇ９、および／またはＬｅｕ１０からなる群から選択された少なくとも１つのアミノ酸残基の１つまたは複数の修飾を含み、修飾はＵＶ光の照射により共有結合を形成し得る光反応性官能基の組み込みを含む。
【０１８７】
共有結合形成は、メディトープ利用可能空洞内で、メディトープと抗体との緊密で選択的な非共有結合によって強化されると信じられている。さらに、メディトープ利用可能空洞におけるメディトープの或る配置および／またはコンフォメーションは、共有結合の形成または安定なコンジュゲートの形成を促進すると考えられる。このような一例では、メディトープは、メディトープのＣ１とＣ１２との間のジスルフィド架橋が、メディトープのアミノ酸２〜１１の大部分よりもメディトープ利用可能空洞の入口に近くなるように、空洞内に配置されて、光反応性官能基が、共有結合を形成することは、抗体への効率的な共有結合形成を可能にする好ましい位置に位置する（図５を参照）。別の例では、メディトープペプチドは、重鎖のヒンジ領域により近くなるように配置され、抗体のアミノ酸１６５とペプチドのアミノ酸１０位との間で特異的な共有結合相互作用が起こる。別の例では、メディトープペプチドの３位が上方に湾曲し、抗体の４５位と特異的な相互作用をして効率的な共有結合を形成するようなペプチドの配置である。ある実施形態では、抗体とメディトープの間の共有結合は、ジスルフィド結合ではなく、ジスルフィド結合を含まない。
【０１８８】
共有結合は、メディトープと抗体の主骨の間および／または抗体のアミノ酸の側鎖を形成できると考えられている。替わりに、Ｌｅｕ１０または修飾Ｌｅｕ１０は、抗体のＫａｂａｔ位置１０１または１６５でアミノ酸への共有結合を形成することがある。別の例では、Ｐｈｅ３または修飾Ｐｈｅ３は、抗体のＫａｂａｔ位置４２または４７でアミノ酸への共有結合を形成する。ある実施形態では、メディトープは、抗体の非天然アミノ酸の側鎖を介して、抗体に共有結合する。例えば、非天然アミノ酸の導入が、非従来のアミノ−アシルｔＲＮＡシンテターゼによって非標準のアミノ酸への導入が促進される可能性がある。
【０１８９】
メディトープが利用可能抗体のメディトープ利用可能空洞に１つまたは複数の特異的な修飾を行うことにより、メディトープ上の光反応性官能基に対する結合親和性または特異性を増強することができ、ゆえに、メディトープ利用可能空洞の選択的な修飾は結合効率を高めることができると考えてられている。一実施形態では、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位をラインする残基および／またはそのような抗体がメディトープに結合するために他の点で重要である残基は、（例えば、縮退ライブラリと選択を使用して）システム的またはランダムに代替し、例えば、メディトープの特異性を強化および／または変化する。（例えば、Ｓｈｅｅｄｙ ｅｔ ａｌ.２００７ ＡＮＤ Ａｋａｍａｔｓｕ ｅｔ ａｌ. ２００７を参照。変更を行う方法については、本明細書中に参考として援用される）。いくつかの局面では、残基は、メディトープの相互作用の親和性を改良するためおよび／またはメディトープ抗体の相互作用の別の特性を代替するために、天然または非天然アミノ酸または両方に置換される。二重特異性抗体を生成するための抗体中の非天然アミノ酸の取り込みは、Ｈｕｔｃｈｉｎｓ ｅｔ ａｌ．２０１１）に記載された。修飾抗体を提供する方法は周知である（ＷＯ ２０１３／０５５４０４を参照）。
【０１９０】
メディトープと接触し、かつ／または他の点で重要である、例えば、空洞を裏打ちしているメディトープ利用可能抗体の残基、例えば、体系的に、または無作為に変化させて、水素結合、イオン、静電、または立体相互作用を介してメディトープ親和性を向上させ得る結合メディトープのうちの任意の原子からなる８Å以内の残基には、これらに限定されないが、１個または複数の軽鎖残基（例えば、Ｋａｂａｔナンバリングに基づき、かつセツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、もしくはメディトープ利用可能Ｍ５Ａ、または他のメディトープ利用可能抗体中の類似の残基に関して、軽鎖のＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｓ１４、Ｅ１７、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１ Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｋ１０７、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、またはＹ１７３）および／または１個または複数の重鎖残基（例えば、Ｋａｂａｔナンバリングに基づき、かつセツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、もしくはメディトープ利用可能Ｍ５Ａ、または他のメディトープ利用可能抗体中の類似の残基に関して、重鎖のＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、またはＬ１８７）あるいはそれらの組合せを挙げることができる。
【０１９１】
例えば、いくつかの側面では、軽鎖のＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３のうちの１個もしくは複数および／または重鎖のＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７のうちの１個もしくは複数（セツキシマブまたは他のメディトープ利用可能抗体中の類似の残基に関して）を変異させる。
【０１９２】
本明細書に記載の配列番号：１を含むメディトープが、メディトープ結合部位内の抗体に非共有結合的に結合する場合、抗体のＫａｂａｔナンバリングに従って、メディトープの１０位（すなわち、Ｌｅｕ１０）はアミノ酸８７に極めて近接していると考えられる。（例えば、約３.５Å未満）。ある実施形態では、本明細書に記載の配列番号：１を含むメディトープが、メディトープ結合部位内の抗体と非共有結合している場合、メディトープのＣ１は、Ｃ１２よりも抗体のアミノ酸８７に対してより遠い（図５を参照）。
【０１９３】
一実施形態では、抗体はメディトープ利用可能空洞を含むセツキシマブまたはセツキシマブの機能フラグメントである。ゆえに、ある実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、セツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、またはメディトープ利用可能Ｍ５Ａ（もしくはこのような抗体のＦＲと少なくともまたは約７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を伴うＦＲ）などのようなメディトープ利用可能抗体のフレームワーク領域または領域（ＦＲ）を伴う軽鎖および／または重鎖可変領域を有する。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、メディトープが可能な抗体は、セツキシマブ以外の抗体（時に鋳型抗体と呼ばれる）、例えばセツキシマブのＣＤＲとは異なる１つ以上のＣＤＲを有する抗体を修飾して、１つ以上の提供されるメディトープ、例えば配列番号１〜２４のいずれかを含むメディトープ、またはその変異体である。鋳型抗体は、ヒトまたはヒト化抗体もしくはマウス抗体とすることができる。一局面では、修飾は、典型的には、重鎖および軽鎖可変領域および／または定常領域のフレームワーク領域（ＦＲ）内のＦａｂフラグメントの中央空洞の残基を置換して、鋳型抗体をメディトープ可能にすることを含む。例えば、鋳型抗体がヒトまたはヒト化された抗体である場合、修飾は概して重鎖および軽鎖可変領域（ＦＲ）内の残基で置換を含む。いくつかの実施形態では、このような残基は、セツキシマブ、または同等のアミノ酸に存在する残基に対応して置き換えられる。ゆえに、ある実施形態では、ヒトまたはヒト化された抗体のＦＲ内の残基は、ネズミの残基に対応して置き換えられる；ある実施形態では、それらは、同様の機能基またはメディトープに相互作用する部分を有する、他の残基によって置き換えられる。典型的に、ネズミ（または他の）残基に対応して置き換えられた残基は、中央Ｆａｂ空洞内で見られ、ゆえに免疫システムに曝露されることはない。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、表１で定義されるアミノ酸を含み、特異的な軽鎖修飾が示される。表２は、特異的な重鎖修飾を示す。ある実施形態では、抗体は表１および／または表２に記述される少なくとも１つのアミノ酸を含む。表のアミノ酸は、光活性化の際にメディトープペプチドと光活性化可能なアミノ酸との共有結合を容易にするために特異的な（Ｋａｂａｔ）位置を定義する。例えば、いくつかの局面では、１つ以上のＰ８、Ｖ９または１９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、１８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３の軽鎖（ＶＬ）および／または１つ以上のＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、 Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、１８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、 Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、 Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７の重鎖（ＶＨ）（セツキシマブまたは他のメディトープ利用可能抗体中の類似残基を参照）は、変異する。
【０１９６】
抗体は、メディトープ結合効果を高め、抗体との光コンジュゲート効率を高めるために修飾されることもできる。このような修飾は、下記の表１または２で特定される１つまたは複数のアミノ酸の含有を含む。従って、ある実施形態では、抗体は、以下の表１および／または表２にリストされた１つまたは複数のアミノ酸を含む。表１および２では、光コンジュゲートの効果の所望の最適化されたアミノ酸は、太字またはイタリックでマークされる。ある実施形態では、抗体は、アミノ酸ＬＣ１０１（Ｇ）、ＬＣ１０５（Ｅ）、ＨＣ ４４（Ｇ）、および／またはＨＣ１５５（Ｅ）の少なくとも１つを含む。
【０１９７】
ある実施形態では、メディトープは、１つ以上のＧ４２、Ｑ４２、Ｎ４５、Ｇ４５、Ｋ４５、Ｇ４６、Ｋ４６、Ａ１００、Ｋ１０３、Ｒ１０３、Ｅ１６５、および／または軽鎖のＳ１６５および／または１つ以上のＫ４３、Ｇ４４および／または重鎖のＥ１５５を含む（Ｋａｂａｔナンバリング並びにセツキシマブまたは他のメディトープ利用可能抗体中の類似残基を参照）。ある実施形態では、メディトープは軽鎖Ｅ１６５を含む。（Ｋａｂａｔナンバリングに基づき、セツキシマブまたは他のメディトープ利用可能抗体中の類似残基を参照）。
【０１９８】
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【０１９９】
このように、いくつかの実施形態では、ヒトまたはヒト化された抗体のアミノ酸置換の製造は、ヒト対象物のデリバリの状況で、修飾された鋳型抗体の抗原性を高めないか、実質的に高めない。加えて、抗原性予測アルゴリズムは、点突然変異を有するヒト配列が抗原性であってはならないことを示すために、さらに使用することができる。
【０２００】
修飾された抗体の非制限的な例は、セツキシマブＩ８３Ｅ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、メディトープ利用可能パニツムマブ、メディトープ利用可能ＡＢＴ−８０６、メディトープ利用可能ゲムツズマブ、メディトープ利用可能リンツズマブ、メディトープ利用可能クリバツズマブ、セツキシマブ・バリアント２（Ｖ２）（ＬＣ Ｉ８３Ｅ、 Ｋ１０３Ｒ、 Ｅ１６５ＤおよびＨＣ  Ｅ１５４Ｓ、Ｑ１１１Ｋを伴う）、 セツキシマブ・バリアント３（Ｖ３）（ＬＣ Ｉ８３Ｅ、Ｋ１０３Ｑ、Ｅ１６５ＰおよびＨＣ Ｑ１１１Ｓ、Ｅ１５４Ｄを伴う）、ＭＢＩ＿Ｍｕｃｌ（メディトープ利用可能ＨｕＨＭＦＧ１）、ＭＢＩ＿ＣＤ１９＿１（ＳＡＲ３４１９）、ＭＢＩ＿ＣＤ１９＿２（ＭＯＲ２０８）、メディトープ利用可能リツキシマブ、メディトープ利用可能Ｘ４−３ 抗ＩＤＯ２抗体、メディトープ利用可能オカラツズマブ、光的に最適化されたトラスツズマブＶ２（Ｔｍａｂ）、メディトープ利用可能vadastuximab、光最適化されたパニツムマブＶ２（Ｐｍａｂ）、免疫原ＥＧＦＲ ｍＡｂ、および光的に最適化された抗−ＣＤ１９抗体。抗体配列の非制限的な例は、以下の表３にリストされる。
【０２０１】
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【０２０２】
４．活性剤
本明細書に記載されるような抗体−メディトープコンジュゲートは、例えば共有結合を介して、活性剤に結合されていることがある。この活性剤は、治療剤、診断剤、または検出剤とすることができ、また、毒素またはペイロードともよばれる。例示的な活性剤としては、以下に限定されないが、５−アザシチジン、５−フルオロウラシル、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、アドリアマイシン、アルデスロイキン、アリトレチノイン、ａｌｌ  ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、アルルビシン（ａｌｒｕｂｉｃｉｎ）、アルトレタミン、アメトプテリン、アミホスチン、アミノカンプトテシン、アミノグルテチミド、アムサクリン、アナグレリド、アナストロゾール、アラビノシルシトシン、アスパラギナーゼ、アザシチジン、ベンダムスチン、ベキサロテン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、ブスルファン、カルシウム、ロイコボン（ｌｅｕｃｏｖｏｎｎ）、カリケアマイシン、カネルチニブ、カルボプラチン、カルムスチン、クロラムブシル、シスプラチン、シトロボラム因子、クラドリビン、シクロホスファミド、シタラビン、ダクチノマイシン、ダルベポエチンアルファ、ダサチニブ、ダウノマイシン、ダウノルビシン、デシタビン、デキサメタゾン、デクスラゾキサン、ドセタキセル、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、エニルウラシル、エピムビシン（ｅｐｉｍｂｉｃｉｎ）、エポエチンアルファ、エルロチニブ、エストラムスチン、エタネルセプト、エトポシド、エクセメスタン、フィルグラスチム、フロックスウリジン、フルダラビン、フルオロウラシル、フルオキシメステロン、フルタミド、フルベストラント、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゴセレリン、ヘキサメチルメラミン、ヒドロコルチゾン、イフォスファミド、イマチニブメシル酸塩、インターフェロンアルファ、インターロイキン−２、インターロイキン−１１、イリノテカン、イソトレチノイン、イキサベピロン、ラパチニブ、レナリドマイド、レトロゾール、ロイプロリド、リポソームＡｒａ−Ｃ、ロムスチン、メクロレタミン、メゲストロール、メルファラン、メスナ、メトトレキサート、メチルプレドニゾロン、マイトマイシンＣ、ミトタン、ネララビン、ニルタミド、オクトレオチド、オプレルベキン、オキサリプラチン、パクリタキセル  パミドロン酸塩、ＰＥＧインターフェロン、ＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ、ペガスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、プリカマイシン、プレドニゾロン、プレドニゾン，  プロカルバジン、ピロロベンゾジアゼピン、ラリトレキシド（ｒａｌｉｔｒｅｘｅｄ）、ラロキシフェン、サパシタビン、サルグラモスチム、サトラプラチン、セムスチン、ソラフェニブ、スニチニブ、タモキシフェン、テガフール、テガフールウラシル、テモゾラミド（ｔｅｍｏｚｏｌａｍｉｄｅ）、テムシロリムス、テニポシド、チオグアニン、チオテパ、トポテカン、トレミフェン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデスチン（ｖｉｎｄｅｓｔｉｎｅ）、ビノレルビン、ボリノスタット、アクチノマイシン−Ｄ、アマニチンおよびそれらの誘導体、三酸化ヒ素、カルメット・ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、ビカルタミド、カペシタビン、クロロデオキシアデノシン、コルヒチン、コルチゾン、デカルバジン（ｄｅｃａｒｂａｚｉｎｅ）、デニロイキンジフチトックス、ドラスタチン、デュオカルマイシン、デュオスタチン（オーリスタチン誘導体、エムタンシン、エベロリムス、フラボピリドール、ギマテカン、ヒアルロン酸、ヒドロキシウレア、イダルビシン、インターフェロンガンマ、ロイコボリン、マクロファージコロニー刺激因子、メルカプトプリン、ミトキサントロン、モノメチルオーリスタチン（ＭＭＡ）、例えばＭＭＡＤ、ＭＭＡＥやＭＭＡＦなど、オゾガマイシン、ペメトレキセド、ペントスタチン、ラブタンシン、ロミプロスチム、ストレプトゾシン、サリドマイド、トランスフェリン、トリミトレキサート（ｔｒｉｍｉｔｒｅｘａｔｅ）、ツブリシン、およびゾレドロン酸が挙げられる。
【０２０３】
診断剤および治療剤としては、関連の技術分野に周知である任意のそのような剤が挙げられる。イメージング剤の中には、蛍光物質および発光物質があり、そのようなものとしては、以下に限定されないが、一般に「染料」、「標識」、または「指示剤」と称する種々の有機のまたは無機の小分子が挙げられる。例としては、フルオレセイン、ローダミン、アクリジン染料、Ａｌｅｘａ染料、およびシアニン染料が挙げられる。本開示の実施形態に従ってイメージング剤として使用されることがある酵素は、以下に限定されないが、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、酸性ホスファターゼ、グルコースオキシダーゼ、ガラクトシダーゼ、グルコロニダーゼ（ｇｌｕｃｏｒｏｎｉｄａｓｅ）、またはラクタマーゼが挙げられる。このような酵素は、検出可能なシグナルを生成する、クロモゲン、蛍光発生化合物、または発光発生化合物と組み合わせて使用されることがある。
【０２０４】
本開示の実施形態に従ってイメージング剤として使用されることがある放射活性物質としては、以下に限定されないが、１８Ｆ、３２Ｐ、３３Ｐ、４５Ｔｉ、４７Ｓｃ、５２Ｆｅ、５９Ｆｅ、６２Ｃｕ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、６７Ｇａ、６８Ｇａ、７７Ａｓ、８６Ｙ、９０Ｙ、８９Ｓｒ、８９Ｚｒ、９４Ｔｃ、９４Ｔｃ、９９ｍＴｃ、９９Ｍｏ、１０５Ｐｄ、１０５Ｒｈ、１１１Ａｇ、１１１Ｉｎ、１２３Ｉ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１４２Ｐｒ、１４３Ｐｒ、１４９Ｐｍ、１５３Ｓｍ、１５４−１５８１Ｇｄ、１６１Ｔｂ、１６６Ｄｙ、１６６Ｈｏ、１６９Ｅｒ、１７５Ｌｕ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、１８９Ｒｅ、１９４Ｉｒ、１９８Ａｕ、１９９Ａｕ、２１１Ａｔ、２１１Ｐｂ、２１２Ｂｉ、２１２Ｐｂ、２１３Ｂｉ、２２３Ｒａおよび２２５Ａｃが挙げられる。本開示の実施形態に従って追加のイメージング剤として使用されることがある常磁性イオンとしては、以下に限定されないが、遷移金属およびランタノイド金属のイオン（例えば２１〜２９、４２、４３、４４、または５７〜７１の原子番号を持つ金属）が挙げられる。これらの金属としては、Ｃｒ、Ｖ、Ｍｎ、Ｆｅ、Ｃｏ、Ｎｉ、Ｃｕ、Ｌａ、Ｃｅ、Ｐｒ、Ｎｄ、Ｐｍ、Ｓｍ、Ｅｕ、Ｇｄ、Ｔｂ、Ｄｙ、Ｈｏ、Ｅｒ、Ｔｍ、Ｙｂ、およびＬｕのイオンが挙げられる。
【０２０５】
イメージング剤が放射活性金属または常磁性イオンである際には、これらのイオンに結合させるために１つまたは複数のキレート基が付加されたロングテールを有する別のロングテール試薬に、剤を反応させることがある。このロングテールは、ポリリジン、ポリサッカライド、または金属またはイオンを結合のために追加されることがあるペンダント基を有する他の誘導体のもしくは誘導体化可能な鎖など、ポリマーとしてもよい。本開示に従って使用されることがあるキレート基の例としては、以下に限定されないが、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、ＤＯＴＡ、ＮＯＴＡ、ＮＥＴＡ、ＴＥＴＡ、ポルフィリン、ポリアミン、クラウンエーテル、ビス−チオセミカルバゾン、ポリオキシム、および同様の基が挙げられる。キレートは通常、最小限の免疫反応性の喪失、最小限の凝集および／または内部の架橋を伴って分子との結合の形成を可能にする基によって、ＰＳＭＡ抗体または機能性抗体フラグメントに連結される。同じキレートは、マンガン、鉄やガドリニウムなどの非放射活性金属と複合体を形成させると、ＭＲＩに用いる際に、本明細書に記載の抗体および担体と共に使用される場合に有用である。ＮＯＴＡ、ＤＯＴＡやＴＥＴＡなどの大環状キレートが、以下に限定されないが、それぞれガリウム、イットリウム、および銅の放射性核種を含む種々の金属および放射性金属とともに使用される。ＲＡＩＴ用の２２３Ｒａなどの核種を安定的に結合するために重要な大環状ポリエーテルなど、他の環型キレートが使用されることがある。ある特定の実施形態では、ＰＥＴ分析での使用のためのＡ１−１８Ｆ複合体などのＰＥＴイメージング剤を標的化分子に付加させるために、キレート部分が使用されることがある。
【０２０６】
例示的な治療剤としては、以下に限定されないが、薬剤、化学療法剤、治療抗体および抗体フラグメント、毒素、放射性同位体、酵素（例えば、腫瘍の部位でプロドラッグを細胞毒性剤に切断する酵素）、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＲＮＡｉ分子（例えば、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ）、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、および染料が挙げられる。治療剤はまた、キレート剤に結合している金属、金属合金、金属間物、またはコアシェルナノ粒子を含み、上記キレート剤は、標的細胞の放射線療法への感度を健康な細胞に比べてさらに高いものとする、放射線増感剤として機能する。さらに、治療剤は、ＭＲＩ造影剤用の常磁性ナノ粒子（例えば、磁鉄鉱またはＦｅ３Ｏ４）を含んでいてもよく、他のタイプの療法（例えば、光線力学療法および温熱療法およびイメージング（例えば、蛍光イメージング（ＡｕおよびＣｄＳｅ））と共に使用されてもよい。
【０２０７】
化学療法剤は、多くの場合、細胞毒性または細胞分裂抑制性を本質的に有し、アルキル化剤、代謝拮抗剤、抗腫瘍抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、有糸分裂阻害剤  ホルモン療法、標的療法剤、および免疫療法剤を含むことがある。実施形態によっては、本開示の実施形態に従って治療剤として使用される化学療法剤としては、以下に限定されないが、１３−ｃｉｓ−レチノイン酸、２−クロロデオキシアデノシン、５−アザシチジン、５−フルオロウラシル、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、アクチノマイシン−Ｄ、アドリアマイシン、アルデスロイキン、アレムツマブ、アリトレチノイン、ａｌｌ  ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、アルファ−インターフェロン、アルトレタミン、アメトプテリン、アミホスチン、アナグレリド、アナストロゾール、アラビノシルシトシン、三酸化ヒ素、アムサクリン、アミノカンプトテシン、アミノグルテチミド、アスパラギナーゼ、オーリスタチン、ジメチルバリン−バリン−ドライソロイシンドラプロリン−フェニルアラニン−ｐ−フェニレンジアミン（ＡＦＰ）、モノメチルドラスタチン１０（ＭＭＡＤ）、ドバリン−バリン−ドライソロイシンドラプロリン−フェニルアラニン（ＭＭＡＦ）、モノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）、アウロマイシン（ａｕｒｏｍｙｃｉｎ）類、アザシチジン、カルメット・ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、ベンダムスチン、ベバシズマブ、エタネルセプト、ベキサロテン、ビカルタミド、ビスマス、ボルテゾミブ、ブレオマイシン、ブスルファン、カルシウムロイコボリン、シトロボラム因子、カペシタビン、カネルチニブ、カルボプラチン、カルムスチン、セツキシマブ、クロラムブシル、シスプラチン、クラドリビン、コルチゾン、シクロホスファミド、シタラビン、ｃｃｌ０６５、ダルベポエチンアルファ、ダサチニブ、ダウノマイシン、デシタビン、デニロイキンジフチトックス、デキサメタゾン、デキサソン、デクスラゾキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デカルバジン（ｄｅｃａｒｂａｚｉｎｅ）、ドセタキセル、ドロスタチン（ｄｏｌｏｓｔａｔｉｎ）、ドキソルビシン、ドキシフルリジン、エニルウラシル、エピルビシン、エポエチンアルファ、エルロチニブ、エベロリムス、エクセメスタン、エストラムスチン、臭化エチジウム、エトポシド、フィルグラスチム、フルオキシメステロン、フルベストラント、フラボピリドール、フロックスウリジン、フルダラビン、フルオロウラシル、フルタミド、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゲムツズマブ、オゾガマイシン、ゴセレリン、顆粒球−コロニー刺激因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ヘキサメチルメラミン、ヒドロコルチゾン  ヒドロキシウレア、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ、インターロイキン−２、インターロイキン−１１、イソトレチノイン、イキサベピロン、イダルビシンイマチニブメシル酸塩、イフォスファミド、イリノテカン、ラパチニブ、レナリドマイド、レトロゾール、ロイコボリン、ロイプロリド、リポソームＡｒａ−Ｃ、ロムスチン、メクロレタミン、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、メスナ、メトトレキサート、メチルプレドニゾロン、マイトマイシンＣ、ミトタン、ミトキサントロン、メイタンシノイド類、ネララビン、ニルタミド、オクトレオチド、オプレルベキン、オキサリプラチン、パクリタキセル  パミドロン酸塩、ペメトレキセド、パニツムマブ、ＰＥＧインターフェロン、ペガスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ、ペントスタチン、プリカマイシン、プレドニゾロン、プレドニゾン、プロカルバジン、ラロキシフェン，リシン、リシンＡ鎖、リツキシマブ、ロミプロスチム、ラリトレキシド（ｒａｌｉｔｒｅｘｅｄ）、サパシタビン、サルグラモスチム、サトラプラチン、ソラフェニブ、スニチニブ、セムスチン、ストレプトゾシン、タキソール、タモキシフェン、テガフール、テガフールウラシル、テムシロリムス、テモゾラミド（ｔｅｍｏｚｏｌａｍｉｄｅ）、テニポシド、サリドマイド、チオグアニン、チオテパ、トポテカン、トレミフェン、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレチノイン、トリミトレキサート（ｔｒｉｍｉｔｒｅｘａｔｅ）、アルルビシン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデスチン（ｖｉｎｄｅｓｔｉｎｅ）、ビノレルビン、ボリノスタット、イットリウム、またはゾレドロン酸が挙げられる。
【０２０８】
本開示の実施形態に従って治療剤として使用されることがある治療抗体およびその機能性フラグメントとしては、以下に限定されないが、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、エドレコロマブ、ゲムツズマブ、リンツズマブ、イブリツモマブチウキセタン、パニツムマブ、リツキシマブ、トシツモマブ、およびトラスツズマブ、ならびに本明細書に列挙されている具体的な疾患に関連する他の抗体が挙げられる。
【０２０９】
本開示の実施形態に従って治療剤として使用されることがある毒素としては、以下に限定されないが、リシン、アブリン、リボヌクレアーゼ（ＲＮase）、ＤＮaseＩ、ブドウ球菌エンテロトキシンＡ、ヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質、ゲロニン、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素、およびシュードモナス内毒素が挙げられる。
【０２１０】
本開示の実施形態に従って治療剤として使用されることがある放射性同位体としては、以下に限定されないが、３２Ｐ、８９Ｓｒ、９０Ｙ、９９ｍＴｃ、９９Ｍｏ、１３１Ｉ、１５３Ｓｍ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、２１３Ｂｉ、２２３Ｒａ、および２２５Ａｃが挙げられる。
【０２１１】
活性剤は、当技術分野に公知の任意の手段によってコンジュゲーションすることができる。活性剤は、Ｎ末端またはＣ末端のどちらかに、任意選択でリンカーを介して、共有結合していることがある。実施形態によっては、剤は、リジン、チロシン、グルタミン酸、アスパラギン酸、ホルミルグリシン、もしくはアルデヒドのタグ、非天然アミノ酸などにコンジュゲーションされる。ホルミルグリシンまたはアルデヒドのタグは、反応性アルデヒド基を生成するホルミルグリシン生成酵素（ＦＧＥ）によって認識され標的とされる、６アミノ酸（ＬＣＴＰＳＲ、配列番号６９）または１３アミノ酸（ＬＣＴＰＳＲＧＳＬＦＴＧＲ、配列番号７０）の配列を含むことがある。反応性アルデヒド基は、メディトープを剤にコンジュゲーションすることを含むそれ以降の反応において、有用となることがある。Ｃａｒｒｉｃｏら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、３巻、３２１〜３２２頁（２００７年）を参照されたい。
【０２１２】
或る実施形態では、剤は、リジンもしくはシステイン残基の側鎖、Ｎ末端、またはメディトープ上に存在する別の適した官能基を介して、メディトープにコンジュゲーションされる。アミンまたはチオール（例えば、リジンまたはシステイン）コンジュゲーションに使用される主要な化学は、コンジュゲーションされる活性剤の活性化エステルを用いる共有結合の形成を含む。そのような試薬の例としては、ヒドロキシベンゾトリアゾールおよびそのフルオロ誘導体もしくはニトロフェニル誘導体を含む、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジル（ＮＨＳ）などのＯ−スクシンイミド試薬、またはスルホ−ＮＨＳエステル、マレイミド誘導体、ヨードアセトアミド誘導体などのハロアセチル誘導体、ピリジルジスルフィド部分を含有するリンカーなどのジスルフィドコンジュゲート、イソチオシアネート誘導体、トラウト試薬、クリック化学などが挙げられる。コンジュゲーションされる活性剤上に活性化エステルが存在し、それゆえメディトープを活性剤に接触させることによって共有結合が形成される際に、コンジュゲーションは１段階で行うことができる。２段階のコンジュゲーションも採用されることがある。このタイプのコンジュゲーションは、薬物上に存在する特定の反応性基にのちに反応できる化学官能性を導入するための、メディトープのリジン残基の修飾を用いて進む。例示的な方法としては、以下に限定されないが、マレイミドを導入するためのＯ−スクシンイミド試薬、ヨードアセトアミド、またはメディトープのリジン残基上のピリジルジスルフィド部分の使用が挙げられる。例えば、Ｂｒｕｎら、Ａｎｔｉｂｏｄｙ−Ｄｒｕｇ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｌａｕｒｅｎｔ  Ｄｕｃｒｙ（編）、第１０４５巻、１７３〜１８７頁を参照されたい。リンカーはまた、アルキレンやポリエチレングリコール鎖などのスペーサーをさらに含むことがある。
【０２１３】
５．方法
本明細書に提供されるのは、剤をある部位または細胞（例えば、イメージング剤、治療剤および／または診断剤）にデリバリするための、抗体−メディトープコンジュゲート、およびその同一物を含む組成物である。多種多様な診断部分および治療部分およびそれらの組合せが利用され、それによって、非常に安定なおよび／または多用途の薬剤デリバリおよび／または診断組成物が提供されることがある。そのため、本明細書に記載される抗体−メディトープコンジュゲートは、ｍＡｂデリバリ分野に広範な影響を及ぼし、それらは、抗体の使用が適応とされているものなど、がんを含めて、様々な疾患および状態の治療および診断のための有用な方法を提供する。例えば、結腸直腸癌および扁平上皮細胞癌、頭頸部がんを含めて、ＥＧＦＲ陽性がんに対して向けられる抗体−メディトープコンジュゲートは、セツキシマブおよびメディトープの使用による恩恵を受けるものとなる。さらに、他の治療抗体を改変してそのような抗体のメディトープ利用可能なバージョンを生成することによって、本明細書に開示される抗体−メディトープコンジュゲートを、いくつかの他のがん、疾患、および他の状態の治療および診断のための方法に利用することが可能になる。
【０２１４】
したがって、提供されるのは、抗体−メディトープコンジュゲート、およびその同一物を含む組成物の方法および使用であり、そのような使用としては、治療および診断への使用が挙げられる。また提供されるのは、そのような診断方法および治療方法での使用のためのメディトープ（バリアントおよび多価メディトープおよびメディトープ融合タンパク質を含む）を含有する医薬組成物である。
【０２１５】
実施形態によっては、提供される抗体−メディトープコンジュゲート、およびその同一物を含む組成物は、疾患または状態の治療、診断、またはイメージングに使用され、そのような疾患または状態としては、治療抗体を使用して治療されるかもしくは標的とされることがある任意のがん、疾患、または他の状態が挙げられる。がんは、免疫系を積極的に抑制することによって、免疫監視を回避する。この免疫抑制を打ち消すために想定される方法の１つは、腫瘍細胞がユニークに発現しているかまたは過剰発現している抗原のエピトープを用いたワクチン接種を介する。例えば、シグナル伝達経路を遮断し、成長因子を隔絶し、および／または免疫応答を誘導する、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、がんおよび他の疾患を治療するために臨床に組み込むことに成功している。
【０２１６】
したがって、或る実施形態では、本開示は、がんを治療するための組成物および方法を提供する。一実施形態では、本開示は、それを必要とする患者でがんを治療するための方法を提供し、この方法は、上に記載されるような環状メディトープと、メディトープ利用可能な空洞を含む抗体とを含む、有効量の抗体−メディトープコンジュゲートを、患者に投与することを含み、その際にメディトープは、治療剤をさらに含み、抗体に共有結合している。この抗体−メディトープコンジュゲートは、化学療法薬などの治療剤を腫瘍部位に標的として向けるのに役立つ。或る実施形態では、がんは固形腫瘍である。
【０２１７】
本明細書に提供される化合物、医薬組成物、または方法を用いて治療される可能性のある例示的ながんとしては、リンパ腫、肉腫、膀胱がん、骨がん、脳腫瘍、子宮頚がん、結腸がん、食道がん、胃がん、頭頸部がん、腎臓がん、骨髄腫、甲状腺がん、白血病、前立腺がん、乳房がん（例えばトリプルネガティブ、ＥＲ陽性、ＥＲ陰性、化学療法耐性、ハーセプチン耐性、ＨＥＲ２陽性、ドキソルビシン耐性、タモキシフェン耐性、腺管癌、小葉癌、原発性、転移性）、卵巣がん、膵臓がん、肝臓がん（例えば、肝細胞癌）、肺がん（例えば非小細胞肺癌、扁平上皮細胞肺癌、腺癌、大細胞肺癌、小細胞肺癌、カルチノイド、肉腫）、多形神経膠芽腫、神経膠腫、メラノーマ、前立腺がん、去勢抵抗性前立腺がん、乳がん、トリプルネガティブ乳がん、神経膠芽腫、卵巣がん、肺がん、扁平上皮細胞癌（例えば、頭部、頸部、または食道）、結腸直腸がん、白血病、急性骨髄性白血病、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、または多発性骨髄腫が挙げられる。追加の例としては、甲状腺、内分泌系、脳、乳房、子宮頸部、結腸、頭部および頸部、食道、肝臓、腎臓、肺、肺非小細胞、メラノーマ、中皮腫、卵巣、肉腫、胃、子宮のがん、または髄芽腫，ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、神経膠腫、多形神経膠芽腫、卵巣がん、横紋筋肉腫、原発性血小板増多症、原発性マクログロブリン血症、、原発性脳腫瘍、がん、悪性膵臓インスリノーマ、悪性カルチノイド、泌尿器膀胱がん、前悪性皮膚病変、精巣がん、リンパ腫、甲状腺がん、神経芽細胞腫、食道がん、泌尿生殖器管がん、悪性高カルシウム血症、子宮内膜がん、副腎皮質がん、内分泌または外分泌膵臓の新生物、髄様甲状腺がん、髄様甲状腺癌、メラノーマ、結腸直腸がん、乳頭甲状腺がん、肝細胞癌、乳首のページェット病、葉状腫瘍、小葉癌、腺管癌、膵星細胞のがん、肝星細胞のがん、または前立腺がんが挙げられる。
【０２１８】
６．医薬組成物、投薬および投与
本明細書に提供されるのは、抗体−メディトープコンジュゲートと１つまたは複数の医薬的に許容可能な賦形剤または担体とを含む医薬組成物である。「医薬的に許容可能な賦形剤」および「医薬的に許容可能な担体」とは、対象への活性剤の投与および対象による吸収の助けとなる物質を指し、重大な不利な毒性作用を患者に引き起こすことなく本開示の組成物中に含めることができる。医薬的に許容可能な賦形剤の非限定的な例としては、水、ＮａＣｌ、通常生理食塩水溶液、乳酸加リンガー、通常スクロース、通常グルコース、結合剤、フィラー、崩壊剤、滑沢剤、被覆剤、甘味料、香料、塩溶液（リンガー溶液など）、アルコール、油、ゼラチン、炭水化物、例えばラクトース、アミロースやデンプンなど、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、および色素などが挙げられる。そのような調製物は、滅菌されることがあり、所望に応じて、滑沢剤、保存剤、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を与えるための塩、緩衝液、着色剤、および／または芳香物質など、本開示のメディトープおよびコンジュゲートと有害に反応しない補助剤と混合されることがある。当業者は、他の医薬賦形剤が本開示では有用であることを認識することになる。
【０２１９】
用語「調製物」は、活性化合物の製剤を、カプセル剤を生じる担体としての被包材と共に含むことを意図されており、そこでは、活性構成成分が、他の担体と共にまたはそれ無しで、ある担体によって取り囲まれており、それゆえその担体は、活性構成成分と会合している。同様に、カシェ剤および舐剤が含まれる。錠剤、粉剤、カプセル剤、丸剤、カシェ剤、および舐剤を、経口投与に適した固形剤形として使用することができる。
【０２２０】
本明細書に使用される際に、用語「投与すること」とは、対象への経口投与、坐剤としての投与、局所接触、静脈内、非経口、腹腔内、筋肉内、病巣内、くも膜下腔内、鼻腔内もしくは皮下の投与、または徐放デバイス、例えば小型浸透圧ポンプの移植を意味する。投与は、非経口および経粘膜（例えば、頬側、舌下、口蓋、歯肉、鼻、膣、直腸、または経皮）を含めた任意の経路によって行う。非経口投与としては、例えば、静脈内、筋肉内、細動脈内、皮内、皮下、腹腔内、心室内、および頭蓋内が挙げられる。他のデリバリの経路としては、以下に限定されないが、リポソーム製剤、静脈内輸液、経皮パッチなどの使用が挙げられる。或る実施形態では、本明細書に記載される組成物は、静脈内投与される。
【０２２１】
本明細書に記載されるコンジュゲートまたは組成物は、１つまたは複数の追加の療法の投与と同時に、その直前に、またはその直後に、患者に単独で投与されても共投与されてもよい。共投与とは、コンジュゲートの個々または組合せ（２種以上のコンジュゲートまたは剤）の、同時または連続的な投与を含むことを意味する。そのため、調製物はまた、所望の際に、他の活性物質と組み合わせることができる（例えば代謝分解を低減するために）。
【０２２２】
本明細書に開示される組成物は、経皮的に、経口経路によって、デリバリすることができ、そのようなものは、塗布棒、溶液、懸濁液、エマルジョン、ゲル、クリーム、軟膏、ペースト、ゼリー、ペイント、粉末、およびエアロゾルとして製剤化される。経口調製物としては、患者が摂取するのに適した錠剤、丸剤、粉剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、舐剤、カシェ剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁液剤などが挙げられる。固形調製物としては、粉剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、カシェ剤、坐剤、および分散可能な顆粒剤が挙げられる。液体形態の調製物としては、溶液、懸濁液、およびエマルジョン、例えば、水溶液または水／プロピレングリコール溶液が挙げられる。本開示の組成物は、持効性放出および／または快適さをもたらすための構成成分を追加的に含むことがある。そのような構成成分としては、高分子量のアニオン性粘液模倣ポリマー、ゲル状の多糖、および微細化された薬剤担体物質が挙げられる。これらの構成成分は、米国特許第４，９１１，９２０号、第５，４０３，８４１号、第５，２１２，１６２号、および第４，８６１，７６０号にさらに詳細に議論されている。これらの特許の全内容は、あらゆる目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれている。本明細書に開示される組成物はまた、体内で緩やかに放出させるためにマイクロスフェアとしてデリバリすることもできる。例えば、マイクロスフェアを、皮下で緩やかに放出する薬剤含有マイクロスフェアの皮内注射を介して（Ｒａｏ、Ｊ  Ｂｉｏｍａｔｅｒ    Ｓｅｔ  Ｐｏｌｙｍ．、第７版、６２３〜６４５頁、１９９５年を参照；生分解性の注射可能なゲル製剤として（例えば、Ｇａｏ  Ｐｈａｎｎ．  Ｒｅｓ．１２巻、８５７〜８６３頁、１９９５年を参照）；または経口投与用のマイクロスフェアとして（例えば、Ｅｙｌｅｓ，Ｊ．、Ｐｈａｒｍ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ、４９巻、６６９〜６７４頁、１９９７年を参照）、投与することができる。別の実施形態では、細胞膜に融合されているかまたはエンドサイトーシスされているリポソームを使用することによって、すなわち、細胞の膜表面タンパク質受容体に結合してエンドサイトーシスを生じる、リポソームに付加された受容体リガンドを採用することによって、本開示の組成物の製剤をデリバリすることができる。リポソームを使用することによって、特にリポソーム表面が、標的細胞に特異的な受容体リガンドを運搬するか、またはその他特異的な器官に優先的に向けられる際には、ｉｎ  ｖｉｖｏでの標的細胞内への本開示の組成物のデリバリに集約させることができる（例えば、Ａｌ−Ｍｕｈａｍｍｅｄ、Ｊ．Ｍｉｃｒｏｅｎｃａｐｓｉｄ．１３巻、２９３〜３０６頁、１９９６年；Ｃｈｏｎｎ，ｕｒｒ．、Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、６巻、６９８〜７０８頁、１９９５年；Ｏｓｔｒｏ、Ａｍ．Ｊ．Ｈｏｓｐ．Ｐｈａｒｍ．、４６巻、１５７６〜１５８７頁、１９８９年を参照）。組成物はまた、ナノ粒子としてデリバリすることもできる。
【０２２３】
医薬組成物は、活性成分(例えば、実施形態または例を含む本明細書に記載される化合物)が治療有効量で、すなわち、その意図される目的を達成するのに有効な量で含有されている、組成物を含むことがある。具体的な適用に有効な実際の量は、とりわけ、治療される状態に依存する。疾患を治療するための方法において投与する際に、そのような組成物は、所望の結果、例えば、標的分子の活性を調節することおよび／または疾患症状の進行を低減、排除、もしくは遅延させることを達成するのに有効な、或る量の活性成分を含むものとなる。
【０２２４】
哺乳動物に投与される投薬量および頻度（単回用量または複数回用量）は、種々の要因、例えば、その哺乳動物が別の疾患に罹っているか否か、およびその投与経路；レシピエントのサイズ、年齢、性別、健康状態、体重、体型指数、および食事；治療される疾患の症状の性質および程度、併用治療の種類、、治療される疾患に由来する合併症、または他の健康に関連する問題に応じて、変わることがある。他の治療レジメンまたは剤を、本明細書に開示される方法および化合物と併せて使用することができる。確立された投薬量（例えば、頻度および期間）の調整および施行は、充分に当業者の能力の範疇にある。或る実施形態では、組成物は、２４時間中に約０．５ｍｇから約１０００ｍｇまで、または２４時間中に約１ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２５ｍｇ、約５０ｍｇ、約７５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、もしくは約１０００ｍｇの量でデリバリされる。
【０２２５】
本明細書に記載される任意の化合物について、治療有効量を細胞培養アッセイから最初に決定することができる。標的の濃度は、本明細書に記載されるまたは当技術分野に公知の方法を使用して測定される際に、本明細書に記載される方法を達成することが可能な活性化合物（複数可）の濃度となる。
【０２２６】
当技術分野で周知であるように、ヒトに使用するための治療有効量は、動物モデルから決定することもできる。例えば、ヒトに用いる用量は、動物で有効であることが見出されている濃度を達成するように、製剤化することができる。ヒトにおける投薬量は、上に記載されたように、化合物の有効性をモニタリングすること、および投薬量を上下に調整することによって、調整することができる。上に記載された方法および他の方法に基づいて、ヒトで最大の効能を達成するように用量を調整することは、当業者の能力の範囲内に充分にある。
【０２２７】
投薬量が、患者の要求および採用される化合物に応じて変わることがある。患者に投与される用量は、本開示のコンテキストでは、時間をかけて患者で有益な治療応答をもたらすのに充分なものとするべきである。用量のサイズはまた、存在、性質、および任意の不利な副作用の程度によって決定されるものとなる。具体的な状況について適正な投薬量を決定することは、施療者の技能の範囲内にある。一般に、治療は、化合物の最適用量よりも低い、より少ない投薬量を用いて開始される。それ以降、投薬量は、状況下で最適な効果に達するまで、少ない増分で増加される。投薬の量および間隔は、治療される具体的な臨床での適応に有効な投与化合物のレベルを与えるように、個々に調整することができる。これによって、個々の病態の重症度に見合った治療レジメンがもたらされることになる。
【０２２８】
７．合成
本明細書に提供されるのは、抗体−メディトープコンジュゲートを調製するための方法であり、この方法は、メディトープとメディトープ利用可能な空洞中の１つまたは複数のアミノ酸との間に非共有結合の相互作用を形成させるような状態下で、本明細書に記載されるようなＵＶ光が照射されると共有結合を形成できる光反応性官能基を含む環状ペプチド(すなわちメディトープ)を、メディトープ利用可能な空洞を含む抗体に接触させること、およびメディトープにＵＶ光を照射して、メディトープの或るアミノ酸の側鎖と抗体との間に共有結合を生成することを含む。
【０２２９】
本明細書に使用される際に、用語「フォトペプチド（複数可）」、「光利用可能なペプチド（複数可）」、「フォトメディトープ（複数可）」または「光利用可能なメディトープ（複数可）」とは、少なくとも１つの光反応性官能基を含むペプチドまたはメディトープを指す。
【０２３０】
共有結合の形成は、メディトープ利用可能な空洞内におけるメディトープと抗体との緊密かつ選択的な非共有結合的な会合によって増強されるものと考えられる。メディトープのＣ１とＣ１２との間のジスルフィド橋が、メディトープのアミノ酸２〜１１の大部分よりも、メディトープ利用可能な空洞の入口に近い際に、共有結合を形成することが可能な光反応性官能基は、好ましい位置に据えられて、抗体との形成の共有結合を効率良く形成することを可能にすることが、更に想定される（図５を参照されたい）。
【０２３１】
実施形態では、メディトープは、メディトープ利用可能な空洞（例えば、抗体骨格内のまたは抗体のアミノ酸の側鎖の官能基）に、約１０μΜ未満、または約９μΜ未満、または約８μΜ未満、または約７μΜ未満、または約６μΜ未満、または約５μΜ未満、または約４μΜ未満、または約３μΜ未満、または約２μΜ未満、または約１μΜ未満、または約０．５μΜ未満、または約１００ｎＭ未満、または約９０ｎＭ未満、または約８０ｎＭ未満、または約７０ｎＭ未満、または約６０ｎＭ未満、または約５０ｎＭ未満、または約１０ｎＭ未満、または約１ｎＭ未満のＫＤで結合する。
【０２３２】
非共有結合のメディトープ抗体複合体の形成は、少なくとも約２０分間、少なくとも約３０分間、または約３０分間、室温で、または約４℃などに温度を下げて、メディトープをメディトープ利用可能な抗体と共にインキュベーションすることによって促進される。抗体の濃度は、典型的には約５〜１０ｍｇ／ｍＬ、または約６ｍｇ／ｍＬである。メディトープの濃度は、典型的には約１００〜１２０ｍｇ／ｍＬ、または平衡定数によって規定されるように、抗体よりも約２．５倍から３倍大きい。
【０２３３】
非共有結合のメディトープ抗体複合体に照射するために使用される波長は、使用される光反応性官能基の特異的な要件に合わせることができる。或る実施形態では、非共有結合のメディトープ抗体複合体を照射するために使用される波長は、約３１５ｎＭから約４００ｎＭまで、または約３５０ｎＭ、または約３６５ｎＭの長波長の紫外線である。本明細書に記載されるコンジュゲーション方法の利点は、共有結合の形成に使用される波長が、抗体または治療剤を含むコンジュゲートのどの構成成分にも、著しく有害な作用を与えないことである。
【０２３４】
１回の照射事象の後、標準的な方法を用いて、共有結合の効率を評価することができる。クロマトグラフィー、サイズ濾過などを用いて、いかなる未結合のペプチドも除去することができる。ＵＶ光による照射の後、メディトープと抗体との間の共有結合の形成の効率は、典型的には少なくとも約１５％、または少なくとも約２０％、または少なくとも約２５％、または少なくとも約３０％、または約３０％超である。
【０２３５】
この開示の化合物は、容易に利用できる出発材料から、例えば、以下の一般的な方法および手順を用いて調製することができる。典型的なまたは好適なプロセス条件（すなわち、反応温度、時間、反応物のモル比、溶媒、圧力など）が与えられる際に、特段に述べられない限り、他のプロセス条件も使用できることが認識されよう。最適な反応条件は、使用される具体的な反応物および溶媒に伴って変化することがあるが、そのような条件は、定型の最適化手法によって、当業者が決定することができる。どの中間体も、単離および／または精製することなく以下のステップで精製または使用することができる。
【０２３６】
さらに、この開示の化合物は、１つまたは複数のキラル中心を含有することがある。したがって、所望に応じて、そのような化合物を、純粋な立体異性体として、すなわち、個々の鏡像異性体もしくはジアステレオマーとして、または立体異性体に富む混合物として、調製または単離することができる。そのような立体異性体（および富化された混合物）は全て、特段に指示のない限り、この開示の範囲内に含まれる。純粋な立体異性体（または富化された混合物）を、例えば、当技術分野に周知の光学活性の出発材料または立体選択試薬を使用して、調製することがある。あるいは、そのような化合物のラセミ混合物を、例えば、キラルカラムクロマトグラフィー、キラル分割剤などを使用して、分離することができる。
【０２３７】
メディトープは、当技術分野に公知の標準的なペプチド合成方法を用いて合成することができる。例えば、二重保護システイン（例えばＦｍｏｃ−Ｃｙｓ（ＴｒＴ）−ＯＨ）は、標準的なペプチドカップリング化学を用いて、樹脂およびアセンブルしているペプチド鎖に最初にカップリングすることができ、上記カップリング化学としては、ホスホニウム塩、テトラメチルアミニウム塩、ビスピロリジノアミニウム塩、ビスピペリジノアミニウム塩、イミダゾリウムウロニウム塩、ピリミジニウムウロニウム塩、Ｎ，Ｎ，Ｎ’−トリメチル−Ｎ’−フェニルウレアに由来するウロニウム塩、モルホリノベースのアミニウム／ウロニウムカップリング試薬、アンチモン酸ウロニウム塩などの使用などがある。線状メディトープのアセンブリの後、チオ保護基を除去することができ、メディトープを環化して、ジスルフィド結合（または橋）を形成することができる。このステップは、ペプチドが樹脂から切断される前または後とすることができる。
【０２３８】
光反応性官能基を側鎖上に有する非天然のアミノ酸は、公知の方法（例えば、Ｋａｕｅｒ，Ｊ．Ｃ．ら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ、１９８６年、２６１巻（２３）、１０６９５〜１０７００頁；Ｙａｎｇ，Ｔ．、Ｃｈｅｍ  Ｓｃｉ、２０１５年、６巻、１０１１〜１０１７頁；および米国特許出願公開公報第２００９０２１１８９３Ａｌ号を参照）に従って、合成することができる。どちらかの立体配置（ＤまたはＬ）を有するアミノ酸が組み込まれることが想定される。
【０２３９】
下記に示されるジアジリン含有アミノ酸は、本明細書では（ｉ）「ｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ」、「Ｌ−Ｐｈｏｔｏ−メチオニン」または「Ｌ−２−アミノ−５，５’−アジ−ヘキサン酸」、および（ｉｉ）「ｐｈｏｔｏ−Ｌｅｕ」または「Ｌ−Ｐｈｏｔｏ−ｌｅｕｃｉｎｅ」または「Ｌ−２−アミノ−４，４−アジ−ペンタン酸」を指す。名称「ｐｈｏｔｏ−Ｘａａ」は、天然に発生したアミノ酸を標示するものとして採用されており、実施形態によっては、そのアミノ酸を置換することが意図されている。ｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔおよびｐｈｏｔｏ−Ｌｅｕは、商業用供給源から利用可能である。
【０２４０】
2019513690.tif 000054
【０２４１】
ある特定の実施形態では、およびある特定のメディトープ利用可能な抗体を用いて、光反応性官能基を含むアミノ酸の側鎖を長くすることによって、共有結合形成反応を促進することができることが想定される。したがって、下記に示されるジアジリン含有アミノ酸（すなわち、（Ｓ）−２−アミノ−５−（３−メチル−３Ｈ−ジアジリン−３−イル）ペンタン酸および（Ｓ）−２−アミノ−６−（３−メチル−３Ｈ−ジアジリン−３−イル）ヘキサン酸を、本明細書に記載されるメディトープに使用することができる。
【０２４２】
2019513690.tif 000055
【０２４３】
上記に示されたジアジリン含有アミノ酸は、当技術分野に公知の方法に従って、適切な出発材料（例えば、Ｙａｎｇ，Ｔ．、Ｃｈｅｍ  Ｓｃｉ、２０１５年、６巻、１０１１〜１０１７頁；および米国特許出願公開公報第２００９０２１１８９３Ａｌ号を参照）を使用して合成することができる。例示的な方法も下記のスキーム１に示されており、下記で、ＰＧはアミン保護基（例えば、ＢＯＣ、Ｆｍｏｃなど）であり、Ｒ１００はアルキルであり、ｚは１から１１である。
【０２４４】
2019513690.tif 000056
【０２４５】
上のスキーム１では、化合物１−ａおよび２−ａは、商業用供給源から得ることができる。１−ｂおよび２−ｂは、当業者に明らかとなるような標準的な保護基化学を用いて、それぞれ１−ａおよび２−ａから生じることができる。例えば、非常に数多くの適した保護基は、Ｔ．Ｗ．ＧｒｅｅｎｅおよびＧ．Ｍ．Ｗｕｔｓ（１９９９年）、Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、第３版、Ｗｉｌｅｙ、ニューヨーク、およびその中に引用されている参考文献に記載されている。１−ｃは、当技術分野に公知の標準的なオレフィンメタセシスの反応条件下で、１−ｂから生じることができる。２−ｃは、２−ｂ（例えばＡｌＨ（ｉ−Ｂｕ）２）の選択的な還元によって生じる。２−ｄは、当技術分野に公知のＷｉｔｔｉｇオレフィン化条件下で、２−ｃから生じることができる。式３−ａの修飾アミノ酸は、２−ｄについて示されたのと同様の、しかし鎖長を変えた方法を用いて、合成することができる。例えば、本明細書に使用されるような長いｃＱＦＤは、式３−ａのアミノ酸を有するメディトープであり、この式で、ｚは規定される通りである（典型的には３から１１まで）。３−ａの水素添加は、３−ｂを生じる。ジアジリン部分を、液体アンモニアの後、ヒドロキシルアミン−Ｏ−スルホン酸および酸化によって取り付け、その結果３−ｃを生じることができる。エステル加水分解、および必要に応じて任意選択のＰＧの再保護は、３−ｄを生じる。
【実施例】
【０２４６】
実施例1:抗体−メディトープコンジュゲートの生成
ペプチドの生産：実験に使用する全てのペプチドを、ＣＳ  Ｂｉｏ，（メンローパーク、カリフォルニア州）によって、またはＷｕＸｉ  Ａｐｐｔｅｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（上海、中国）で、合成および精製した。ＣＳ５３６ＸＴペプチド合成装置を、ペプチドの小スケールの単バッチ製造に使用した。精製は、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  Ｃ１８、５μｍ、２５０×４．６ｍｍのカラムを備えたＡｇｉｌｅｎｔ  １２００  ＨＰＬＣを用いて、流速１ｍＬ／分で、１分当たり１．５％緩衝液の勾配を使用して行った。使用した緩衝液系は、２つ緩衝液から成り、その際に、緩衝系：Ａ：０．１％ＴＦＡ／Ｈ２Ｏおよび緩衝液Ｂ：０．０８％ＴＦＡ／アセトニトリルとした。ペプチドを精製後に凍結乾燥した。ペプチド合成を用いた組み込みを可能にするためにＦｍｏｃ−を用いて修飾した後に、特異的な光活性化可能なアミノ酸をペプチド鎖内に組み込んだ。デュオスタチンおよびＭＭＡＤを含めた毒素のペプチドへのコンジュゲーションを、Ｌｅｖｅｎａ  Ｂｉｏｐｈａｒｍａ（サンディエゴ、カリフォルニア州）によって実施した。全てのペプチドは、最終的に分析の後に凍結乾燥粉末としてＤＭＳＯまたはＤＭＡ中に提供され、光コンジュゲーションに用いるためにＤＭＳＯまたはＤＭＡ中に溶解した。
【０２４７】
材料：ＰＢＳ（ｐＨ７．２）または２０ｍＭヒスチジン緩衝液（ｐＨ７．０）中の精製されたメディトープ利用可能な抗体（セツキシマブ）；ＤＭＳＯまたはＤＭＡ中のメディトープペプチド−ペイロードコンジュゲート（光活性化可能なｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔを１０位に有するメディトープ）。実験室スケールの生産のための方法：４０マイクロＭ（例えば、１０ｍＬ中４０ナノモル／ｍＬは総計４００ナノモルである）以下の抗体を、３×過剰のメディトープ−ペイロードコンジュゲート（例えば１２０マイクロＭ；または１０ｍＬ中で総計１２００ナノモル）と混合する。氷上または室温で緩やかに攪拌しながら３０分間インキュベーションして、非共有結合を発生させる。９６ウェル黒色平底ポリプロピレンマイクロプレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ  Ｂｉｏ−Ｏｎｅ、番号６５５２０９）に、１ウェル当たり１５０マイクロリットルを分注する。長い領域のＵＶ（３４０ｎＭ）２５０ｍＪ／ｃｍ２を用いて照射する。この活性化手順を実施するのに使用される材料としては、ＵＶクロスリンカー、ＵＶＰ（登録商標）、供給源：長い領域のＵＶを与えるＵＶＰ  ＣＬ−１０００Ｌ  ＣＲＯＳＳ  ＬＩＮＫＥＲ  ＬＷ１１５Ｖ、所望の波長を３４０ｎＭとする。製造業者側の番号は、９５−０２２８−０１（ＵＶＰ）である。未反応ペプチドを分離するために、緩衝液交換を予備的なゲル濾過カラム（例えばＳｅｐａｘ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ由来のＳＲＴ−１０Ｃ  ＳＥＣ−３００）上で実施する。新鮮な（非照射の）メディトープ−ペイロードコンジュゲートを３×モル過剰で添加し、室温で攪拌しながら３０分間混合して、照射をポリプロピレンプレートまたはＵＶリアクター中で繰り返すことができる。その後、ゲル濾過により未反応ペプチドを除去する。新鮮なメディトープ−ペイロードと混合し、照射し、ゲル濾過を実施することによる、追加の加工処理を行うことがある。最終産物は、＞９０％コンジュゲーションされているはずである。このプロセスは、濾過ユニットに適合するＢｉｏｍｅｋ  Ｆｘなどの標準的な自動化プラットフォームを用いて、自動化およびスケールアップされることがある。より多くの量に用いるこのプロセスの拡大は、Ａｃｅ（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ由来のカタログ番号Ｚ２５９４６２）から入手できるものなど、長い範囲の大規模なＵＶリアクターを用いることによって行うことがある。プロトコールを改変し、非共有結合的な会合に続いて未反応のペプチドを除去するための濾過デバイスを使用して、共有結合的なコンジュゲーションの効率を改善することがある。この例では、ペプチド量を、利用可能なメディトープ結合部位のモル濃度に調整する。例えば、出発材料が１０ｍＬ中４０マイクロＭ（ナノモル／ｍＬ）（すなわち４００ナノモル）であり、最初の周回後に材料の４０％がコンジュゲーションされた場合に、利用可能なメディトープ結合部位の量は２４０ナノモルであり、それゆえ３×過剰のメディトープは、この際に７２０ナノモル（または、１０ｍＬ中で７２ナノモル／ｍＬもしくはマイクロＭ）である。この手順は、必要に応じてより大きくすることが求められる際に、スケール変更することができる。疎水性相互作用クロマトグラフィーを行って、共有結合物質を未結合の物質から分別することができる。疎水性相互作用クロマトグラフィー分析によるプロファイリングは、Ｓｅｐａｘ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｉｎｃ．（ニューアーク、デラウェア州、米国）Ｐｒｏｔｅｏｍｉｘ  ＨＩＣ  Ｂｕｔｙｌ−ＮＰ５カラム（２５０ｍｍ×１０ｍｍ、２．５μｍ）をＧＥ  ＨｅａｌｔｈｃａｒｅＬｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＡＫＴＡ  ｐｕｒｅ  ２５Ｌシステム（ピッツバーグ、ペンシルバニア州、米国）に取り付け、緩衝液Ａ（２０ｍＭリン酸ナトリウム、１．５Ｍ硫酸アンモニウム、ｐＨ７．０）と緩衝液Ｂ（２０ｍＭリン酸ナトリウム、２５％ｖ／ｖイソプロパノール、ｐＨ７．０）との２液勾配を使用し、０．５容の３Ｍ硫酸アンモニウムでおよそ１００μｇの抗体（ＰＢＳ）を希釈することによって調製した試料を用いて行った。
【０２４８】
図１のパネルＡ〜Ｈは、疎水性相互作用、抗体セツキシマブに共有結合しているメディトープペプチドの存在を示す。どのメディトープ利用可能抗体も同様の結果をもたらすものと想定される。個々に示される例は、本明細書に記載されるような光活性化可能な部分を含有するメディトープペプチド上にコンジュゲーションされた毒素ＭＭＡＤおよび毒素デュオスタチンを示し、このメディトープは、本明細書に記載されるように、室温で非共有結合的な相互作用の後にリツキシマブＩ８３Ｅに共有結合される。最初の反応は、薬剤と抗体との比（ＤＡＲ）１および２の混合物を伴う、５０−６０％の組み込みを引き起こす（Ａ）。室温での非共有結合に続く、新鮮な非照射ペプチドによる追加の光活性化によって、コンジュゲートの量が増え、ＤＡＲ２の増加としてここに最も明らかに認められる（Ｂ）。コンジュゲートのパーセントは約８０％に達する。（Ｃ）、すなわち、異なる毒素（デュオスタチン）を付加された第２のペプチドでは、それを高効率で抗体に高効率で共有結合的にロックすることが可能である。Ｄ〜Ｈに示されるように、メディトープ結合ポケットと非共有結合的に相互作用しその中に結合することが可能であるとはいえ、セツキシマブは、これらの改変：（Ｄ）６位でＭＭＡＤにコンジュゲーションされたアジド−フェニルアラニン；（Ｅ）アジド−Ｐｈｅ  ３  ＭＭＡＤ；（Ｆ）１０位でＭＭＡＤにコンジュゲーションされたアジド−フェニルアラニン；（Ｇ）３位でＭＭＡＤにコンジュゲーションされたベンゾイル−フェニルアラニン；および（Ｈ）ベ１０位でＭＭＡＤにコンジュゲーションされたベンゾイル−フェニルアラニンを有するＣＱＦＤペプチドとは、効率良く共有結合しなかった。この場合、非共有結合によるメディトープペプチド結合に続いて共有結合的な付加が効率的に生じることを可能にする抗体に、表１および表２によって示唆されるようなアミノ酸改変がなされることがある。
【０２４９】
それゆえ、本明細書に示されるように、メディトープ結合空洞を改変して、共有結合とそれゆえのコンジュゲートの形成とを増進できることが想定される。あるいは、またはさらに、メディトープを改変して共有結合を増進できることが想定される。
【０２５０】
実施例２：メディトープペプチドと抗体との結合のキネティクスを測定するための方法
メディトープペプチドの結合キネティクスを、Ｆｏｒｔｅ  Ｂｉｏ由来のＯｃｔｅｔ  Ｒｅｄ  Ｐｌａｔｆｏｒｍ上、Ｂｉｏ−ＬａｙｅｒＩｎｔｅｒｆｅｒｏｍｅｔｒｙ（ＢＬＩ）によって評価して。この試験に使用した抗体を表３に、ペプチドを表４に記載する。全てのキネティクス実験は、「リガンド抗体」（メディトープペプチド結合部位を含有する抗体）を固相化するための抗ヒトＦｃ捕捉型バイオセンサーチップ上で実施した。全てのキネティクス実験は、１または１０×キネティクス緩衝液（１０×キネティクス緩衝液：１０×ＰＢＳ中１％ＢＳＡ、０．２％Ｔｗｅｅｎ２０、０．０２％アジ化ナトリウム）中でランし、２００から２５０μＬの各試薬希釈液または緩衝液を、黒色９６ウェルアッセイプレートの１ウェル当たりで添加した。各キネティクスアッセイについて、使用する抗体濃度は、１から１０×キネティクス緩衝液中の２０μｇ／ｍＬとし、ペプチドは、１から１０×キネティクス緩衝液中に希釈して、正確なペプチド結合キネティクスを確定するために希釈系列とするか、または関連の結合親和性を確定するために２００ｎＭとした。実験の開始時は、バイオセンサーチップを１から１０×キネティクス緩衝液中で３０分間平衡化した。リガンド抗体を、１０×キネティクス緩衝液中で、バイオセンサーチップ上に６００秒間ロードした後、３００秒間の固定化／ベースライン決定を行い、その後、抗体をロードしたバイオセンサーをペプチド含有溶液内に浸漬して、２００から６００秒間、ペプチドを会合させた後、１０×キネティクス緩衝液中で６００秒間の解離ステップを行った。データ解析を、Ｏｃｔｅｔデータ解析ソフトウェアを用いて実施した。参照ウェルおよび平行参照センサーの両方を用いて、緩衝液のバックグラウンドおよび非特異的結合のバックグラウンドを、結合データから差し引いた。すなわち、緩衝液のバックグラウンドを測定するために、抗体のみをロードしたバイオセンサーを、ペプチド（＝参照ウェル）の不在下、緩衝液中でインキュベーションした。ペプチドとバイオセンサー表面または抗体との潜在的な非特異的結合を測定するために、参照センサーを、メディトープ利用可能ではなくメディトープ結合部位を含有しない参照抗体トラスツズマブでロードし、一致するペプチド（＝参照抗体）と共にインキュベーションした。この参照抗体は、メディトープペプチド結合を可能にするような改変を含有する、下記で表５に示される「利用可能トラスツズマブ」とは別個のものである。典型的な９６ウェルプレートは、或るペプチドの希釈系列と或る抗体との結合キネティクスを測定するためにセットアップした。示されているデータは、３つの異なるペプチド濃度でペプチド−抗体対当たりに測定された、３つのデータ点の平均に基づいており、ここでは、Ｋｄ（Ｍ）のデータ範囲は、２．６５Ｅ−０５〜４．２１Ｅ−０７であり、ｋｏｎ（１／Ｍｓ）のデータ範囲は、９．２２Ｅ＋０２〜４．０１Ｅ＋０７であり、ｋｄｉｓ（ｌ／ｓ）のデータ範囲は、１．４３Ｅ＋０１〜８．５０Ｅ−０３である。結合データを下記で表５に示す。
【０２５１】
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2019513690.tif 000058
【０２５２】
上記に示されるように、ＭＭＡＤを含むｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ１０を有するペプチドは、ｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ９に比べてメディトープ利用可能抗体との高い親和性を有する。ＭＭＡＤを含むアジド−Ｐｈｅ３を有するペプチドは、アジド−Ｐｈｅ１０、ベンゾイル−Ｐｈｅ３、およびベンゾイル−Ｐｈｅ１０に比べてメディトープ利用可能抗体との高い親和性を有する。さらに、その結果、ＭＭＡＤを含むｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ１０を有するペプチドは、デュオスタチンを含むｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ１０に比べて高い親和性を有することが示された。このように、メディトープ配列中の光反応性官能基の位置は、メディトープ利用可能抗体の結合キネティクスに影響を与えることができ、どの特定のアミノ酸がメディトープ：抗体相互作用に重要であるかを浮き彫りにした。相互作用の構造モデリングおよび解析によって、我々は光反応性官能基とメディトープ利用可能抗体との間の光反応性コンジュゲーションを最適化することが可能になった。異なるペイロードを有するメディトープは、抗体との異なる結合キネティクスを有する場合があることがさらに想定される。
【０２５３】
実施例３：Ｐｈｏｔｏｍｅｔ１０ペプチドを有する抗体−メディトープコンジュゲートの殺細胞性
殺細胞実験を、ｉＡｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅを用い、製造業者の指示書に従って実施した。簡潔に述べれば、結腸由来として記載され、かつ上皮成長因子（ＥＧＦＲ）変異を含む結腸直腸腺癌の質を担持する上皮細胞株であるＳＷ４８（ＡＴＣＣカタログ番号ＣＣＬ−２３１）と、ＥＧＦＲの発現または変異を持たない非結腸直腸性の骨髄性細胞株であるＨＬ６０とを、毒性オーリスタチン（ＭＭＡＤ）分子に連結された抗ＥＧＦＲ抗体に対する感受性について試験した。ここでは、ＭＭＡＤは、ＣＱＦＤペプチドの１０位の光活性化可能なメチオニン（ジアジリン）に、共有結合連結メディトープペプチドを介して抗体に連結されている（上に記載）。細胞を、１０％ウシ胎児血清および完全培地中、ウェル当たり２０，０００細胞個で配した。細胞を抗体のみ、またはｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ１０ペプチド−ＭＭＡＤを含む抗体薬剤コンジュゲートで処理した。使用した抗体は、Ｉ８３Ｅ変異を有するセツキシマブであった。細胞を５％ＣＯ２中、３７Ｃで４８時間インキュベーションし、次いで、Ａｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅを全てのウェルに１：１０で配し（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，ｃａｔａｌｏｇｎｕｍｂｅｒＤＡＬ−１０２５）、分配後４時間に、蛍光読み取り機能を取り付けたＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘを用いて、製造業者の推奨する励起および発光スペクトル５３０／５９０で読み取った。図２は、この実験の結果を示し、ここでは、ＥＧＦＲを発現する細胞のみが、ＥＧＦＲ抗体薬剤コンジュゲートによって効果的に死滅している。これはさらに、共有結合的な相互作用の安定性を示しており、毒素に連結された遊離のペプチドは両方の細胞株に毒性を引き起こすが、ＥＧＦＲ標的細胞株に毒性を引き起こすに過ぎないことにある通りである。
【０２５４】
実施例４：Ｉｎ  ＶｉｖｏでのＰｈｏｔｏｍｅｔ１０を有するペプチド抗体−メディトープコンジュゲート
本明細書に記載されるような特異的な光活性化可能なアミノ酸の光活性化を介してメディトープペプチドに共有結合された抗体の、相互作用の安定性を決定するための試験は、共有結合抗体への曝露後の体重減少について、第１の評価マウスによって行った。第２の試験は、特異的な抗原を標的とするコンジュゲートを用いて、標的とした腫瘍の死滅が認められるか否かを見るために行った。この場合では、ＥＧＦＲ陽性ヒトがん細胞からなる異種移植体を、ＮＯＤ／ＳＣＩＤマウスでのＨＣＴ−１１６細胞の侵襲性腫瘍モデルにおける腫瘍体積の低減および抑制について試験した。この場合では、安定な共有結合様式で細胞毒素にコンジュゲーションされた抗ＥＧＦＲ抗体は、いくらかの腫瘍成長の低減および抑制を示すことが予想される（図４）．。非ＧＬＰの単回用量の化合物の毒性試験を、ＢＡＬＢ／ｃマウスで行った。用量投与を０日目に行った。動物を、試験処置当たり計６頭について、１ケージに３頭、１群当たり２ケージで収容した。動物には、特定用の耳タグを付けた。この試験を通じて、体重（図３）および臨床症状を含めて測定を毎日行った。１１日目に器官を取り出して秤量し、全血算（ＣＢＣ）を実施した。採取および秤量した器官には、肝臓、はい、心臓、脾臓、腎臓、膀胱、および腹腔領域由来の皮膚の切片を含めた（表４）。全ての器官を１０％中性緩衝ホルマリン中に配した。心臓穿刺を介して経管瀉血を行った。およそ１００μＬの全血をＥＤＴＡ血漿チューブに採集し、以降のＣＢＣ分析のために氷上で保持した。ＣＢＣ分析は、採取の２４時間以内に行った。動物は、腹腔内投与経路を介して、２００〜５００マイクロリットル体積の化合物を受けた。全てのＩＰ注射を、２分間にわたって実施した。下記の表６は、ＭＭＡＤとコンジュゲーションされた光活性化可能な残基を１０位に有する２種の光活性化可能な連結ペプチドについて、器官の重量を示す。器官の重量に差は認められず、このことは、安定なコンジュゲーションであること、および遊離ペプチドがないことを示唆する。光活性化コンジュゲーションを伴う遊離ペプチド（抗体に連結していない）も注射したところ、やはり器官の重量の変化を引き起こさず、このことは、ペプチド単独には明らかな毒性がないことを示唆する。
【０２５５】
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【０２５６】
実施例５：ＥＧＦＲと、ペプチド８を有するおよび有さないセツキシマブバリアントとの結合キネティクス
結合キネティクスを試験して、本明細書に開示されるようなメディトープ（ペプチド８）がセツキシマブ抗体バリアントの抗原（ＥＧＦＲ）認識に及ぼす影響を評価した。
【０２５７】
この試験では、ペプチド８を含むかまたは含まないセツキシマブバリアントＩ８３Ｅ、バリアント２（Ｖ２）、バリアント３（Ｖ３）を試験した。セツキシマブのバリアント２（セツキシマブＶ２）は、ＬＣのＩ８３Ｅ、Ｋ１０３Ｒ、Ｅ１６５Ｄ、およびＨＣのＥ１５４Ｓ、Ｑｌ１１Ｋの改変を有する。セツキシマブのバリアント３（セツキシマブＶ３）は、ＬＣのＩ８３Ｅ、Ｋ１０３Ｑ、Ｅ１６５Ｐ、およびＨＣのＱ１１１Ｓ、Ｅ１５４Ｄの改変を有する。さらに、ペプチド８を有するセツキシマブＩ８３Ｅ−ＡＤＣ（セツキシマブＩ８３Ｅ−デュオスタチン）も試験した。キネティクス実験を、既に記載されているようにＯｃｔｅｔ  Ｒｅｄ  ９６を用いて実施した。結合データを下記で表７に示す。
【０２５８】
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【０２５９】
結果は、ペイロード（ペプチド８）の存在が、セツキシマブ抗体バリアントの抗原認識に影響を与えないこと、および抗体のメディトープ結合領域の特異的な改変が、一貫した方式で、抗体が抗原（ＥＧＦＲ）に結合するのを妨げないことを示した。
【０２６０】
実施例６：ペプチド８およびペプチド１９とセツキシマブバリアントとの結合キネティクス
さらに、セツキシマブバリアントと結合するためのフォトペプチド（ペプチド８）の結合キネティクスを評価した。試験したセツキシマブのバリアントは、セツキシマブ＿Ｉ８３Ｅ、セツキシマブ＿Ｖ２、およびセツキシマブ＿Ｖ３であった。結合データを下記で表８に示した。
【０２６１】
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【０２６２】
表８に示すように、セツキシマブのバリアントは、異なる結合キネティクスを有する。ペプチド８とセツキシマブバリアントとの最も速いｏｎ−ｒａｔｅは、セツキシマブ＿Ｖ２＞セツキシマブ＿Ｖ３＞セツキシマブ＿Ｉ８３Ｅであった。最も遅いｏｆｆ−ｒａｔｅは、セツキシマブ＿Ｉ８３Ｅ＞セツキシマブ＿Ｖ３＞セツキシマブ＿Ｖ２であった。この結果は、抗体のメディトープ結合ポケット中の特定のアミノ酸の変化が、メディトープの結合親和性に影響を与えることを示している。セツキシマブ＿Ｖ２およびセツキシマブ＿Ｖ２３では、ＬＣのＥｌ６５改変が光反応性ペプチドの結合を乱したことが、さらに想定される。改変Ｋ１０３Ｒ（セツキシマブ＿Ｖ２中）およびＫ１０３Ｑ（セツキシマブ＿Ｖ３）も結合に影響を及ぼすことができた。
【０２６３】
さらに、延長された側鎖を１０位に有するペプチド１９と抗体との結合キネティクスを試験した。使用した抗体は、セツキシマブＩ８３Ｅ、セツキシマブＶ２、セツキシマブＶ３、およびメディトープ利用可能クリバツズマブであった。結合データを下記で表９に示す。
【０２６４】
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【０２６５】
結果は、ペプチド１９の１０位で延長された側鎖は、メディトープと光最適化抗体との結合キネティクスを向上させることを示した。このように、メディトープ中の側鎖の改変は、抗体の結合ポケットとの結合親和性を変えることがある。
【０２６６】
実施例７：ペイロードを有する光利用可能なメディトープとメディトープ利用可能抗体との結合キネティクスおよび親和性
ペイロード／毒素を有するｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏMet１０とセツキシマブＩ８３Ｅとの結合キネティクスを試験して、ペイロードが結合キネティクスおよび親和性に及ぼす影響を評価した。この試験でのペイロードは、ＭＭＡＤ、デュオスタチン、ＤＭ１、デュオカルマイシン、またはアマニチンであった。全ての場合で、毒素とメディトープペプチドとのコンジュゲーションが首尾良くまっすぐに進んだことが認められた。毒素がコンジュゲーションされたメディトープとセツキシマブとの結合データを下記で表１０に示す。
【０２６７】
2019513690.tif 000065
【０２６８】
結果は、各種ペイロード化学がｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ１０とセツキシマブＩ８３Ｅとの結合親和性およぶキネティクスに及ぼす影響がないかまたは最小限であることを示す。
【０２６９】
ペプチド２５（ｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏＭｅｔ１０、１０位で５炭素鎖、毒素を含まない）と光最適化抗体との結合キネティクスを試験した。結合データを下記で表１１に示す。
【０２７０】
2019513690.tif 000066
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【０２７１】
その結果、メディトープペプチド２５が、ペイロード毒素に関わらず光最適化抗体ＰｍａｂおよびＴｍａｂに結合できることが示された。
【０２７２】
さらに、ペイロードを含むかまたは含まない、ｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏMet１０ペプチド（１０位での５鎖）の結合キネティクスを試験した。ペプチド１９（デュオスタチンを含む）およびペプチド２５（毒素を含まない）を、この試験で使用して、抗体との結合を評価した。結果は、デュオスタチンなどのペイロードが、ｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏMet１０ペプチド（１０位での５鎖）とＴｍａｂ（光最適化メディトープ利用可能トラスツズマブバリアント２）について、「会合（ｏｎ  ｒａｔｅ）」（Ｋｏｎ）および全体のＫＤを実際に向上させることができることを示した。結合データを下記で表１２に示す。
【０２７３】
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【０２７４】
さらに別の実験を実施して、ペプチド２５（ペイロードを含まない）およびペプチド１９（デュオスタチンを含む）とセツキシマブＩ８３Ｅ、Ｔｍａｂ、またはＰｍａｂ（光最適化メディトープ利用可能パニツムマブバリアント２）との結合キネティクスを評価した。結合データを下記で表１３に示す。
【０２７５】
2019513690.tif 000069
【０２７６】
結果は、ｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏ−Ｍｅｔ１０（５鎖）への１個のデュオスタチンの付加によって、ペプチドと利用可能抗体との結合が向上し、それがおそらくは選んだ毒素の疎水性に起因することを示す。さらに、ｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏＭｅｔ１０（５鎖）への１個のデュオスタチンの付加によって、セツキシマブＩ８３Ｅに対する親和性（Ｋｄ）、ｏｎ−ｒａｔｅ（Ｋｏｎ）およびｏｆｆ−ｒａｔｅ（Ｋ−ｏｆｆ）に最小限の効果が生じた。ＴｍａｂおよびＰｍａｂとの結合については、ｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏＭｅｔ１０（５鎖）への１個のデュオスタチンの付加によって、親和性（Ｋｄ）が増加し、ｏｆｆ−ｒａｔｅが減少した（より遅いｏｆｆ−ｒａｔｅ）。
【０２７７】
さらに、結合キネティクス試験を実施して、２官能基化された（すなわち、２個の毒素）メディトープｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏＭｅｔ１０ペプチド（１０位での４鎖）のＤＡＲ２対ＤＡＲ４と抗体との結合キネティクスに毒素ペイロードが及ぼす影響を評価した。この試験では、毒素を含まないペプチド２４、１個のデュオスタチンを含むペプチド８、および２個のデュオスタチンを含むペプチド２１を使用して、セツキシマブＩ８３Ｅ、Ｐｍａｂ、およびＴｍａｂとの結合キネティクスを試験した。キネティクス実験を、既に記載されたようにＯｃｔｅｔ  Ｒｅｄ９６を用いて実施した。結果は、２個以上の活性剤を有するメディトープが、メディトープ利用可能抗体に結合することを示した。ｌｏｎｇ−ｃＱＦＤ−ｐｈｏｔｏＭｅｔ１０ペプチド（１０位での４鎖）に付いたペイロードは、抗体との結合キネティクスに影響を及ぼすことがある。結合データを下記で表１４に示す。
【０２７８】
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【０２７９】
実施例８：光利用可能なメディトープを有するＴｍａｂのＵＶコンジュゲーション
以下は、疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）を用いて評価されたＴｍａｂと光利用可能なペプチドとのＵＶコンジュゲーションである。最適化されないと、抗体は、適正に光コンジュゲートすることができなかった。トラスツズマブ（Ｔｍａｂ）の最適化バージョンを使用して、フォトペプチドによるコンジュゲーションを評価した。この実施例で使用されたフォトペプチドには、ペプチド８、ペプチド２１、およびペプチド２６が含まれた。
【０２８０】
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【０２８１】
対照用に、Ｔｍａｂをジメトキシアンフェタミン（ＤＭＡ）と混合した。その結果、図６に示されるように、Ｔｍａｂは、ペプチド８およびペプチド２６とはコンジュゲーションするが、ペプチド２１とはしないことが実証された。Ｔｍａｂが、各種メディトープと高効率で差別的に光コンジュゲーションすることが示された。
【０２８２】
実施例９：１０位で鎖長が延長された架橋メディトープの結合キネティクス
ＨＩＣを実施して、５炭素鎖および４炭素鎖を有する１０位で鎖長が延長された架橋メディトープと、セツキシマブＩ８３Ｅ、Ｔｒａｓ  Ｖ、およびリンツズマブとの、親和性および結合キネティクスを試験した。その結果、５炭素鎖を有するメディトープが、セツキシマブＩ８３ＥおよびＴｒａｓ  ＶＩとのより高い親和性を有することが示された（図８）。
【０２８３】
実施例１０：各種ＤＡＲを有するメディトープにコンジュゲーションされたセツキシマブＩ８３Ｅ
ペプチド８およびペプチド２６を有するセツキシマブＩ８３ＥのＵＶコンジュゲーションを実施し、ＨＩＣを実施して結合キネティクスを試験した。その結果、ペプチド８が可変ＤＡＲ（ＤＡＲ１およびＤＡＲ２）に１００％コンジュゲーションされるのに対し、ペプチド２６が単独の種ＤＡＲ（ＤＡＲ１）に１００％コンジュゲーションされることが示された。
【０２８４】
この結果を図７に示す。この図は、各種ＤＡＲを選択的に生じるように各種メディトープを設計できることを実証している。
【０２８５】
実施例１１：メディトープと抗体との結合
光利用可能なメディトープと抗体（例えば、メディトープ利用可能トラスツズマブ、Ｔ−ｍａｂ、およびＰ−ｍａｂ）との結合キネティクスを試験した。結合データを下記で表１４に示す。
【０２８６】
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【０２８７】
この結果では、光利用可能なペプチドと光最適化抗体ＴｍａｂおよびＰｍａｂとの結合を確認した。さらに、各種濃度における光利用可能なメディトープと様々な抗体との結合キネティクスを試験した。結合データを下記で表１５に示す。
【０２８８】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【国際調査報告】
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