(57)【要約】本明細書には、ＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストによる治療から利益を受ける癌患者（例えば、結腸直腸癌）をそのＤＲ４およびｃＩＡＰ１のレベルに基づき特定する方法が提供される。癌（例えば、結腸直腸癌）であると診断された患者をそのＤＲ４およびｃＩＡＰ１のレベルに基づき治療する方法も提供される。また、特定レベルの１つまたは複数のバイオマーカー（ＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１）を有すると判定された癌患者をＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストの投与により治療する方法も提供される。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
高いレベルのＤＲ４を有すると判定された結腸直腸癌を有する患者を治療する方法であって、ＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストを治療有効量投与することを含む、方法。
【請求項２】
高いレベルのＤＲ４および低いレベルのｃＩＡＰ１を有すると判定された結腸直腸癌を有する患者を治療する方法であって、ＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストを治療有効量投与することを含む、方法。
【請求項３】
ＴＲＡＩＬベースの治療剤の投与を含む、請求項１〜２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４】
前記ＴＲＡＩＬベースの治療剤が架橋されている、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＴＲＡＩＬベースの治療剤がペグ化されている、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記ＴＲＡＩＬベースの治療剤がｒｈＴＲＡＩＬである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記ＴＲＡＩＬベースの治療剤がＴＲＡＩＬポリペプチドである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記ＴＲＡＩＬポリペプチドがＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドがＦｃ−Ｔ１９１（配列番号２８）である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ＤＲ４のレベルが十分に高く、ｃＩＡＰ１が十分に低いため、前記治療により５０％超の癌細胞死が得られる、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記結腸直腸癌が少なくとも約０．５のＤＲ４／ｃＩＡＰ１比を有する、請求項２〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比が少なくとも約１．０である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＤＲ４アゴニストの投与を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
ＤＲ５アゴニストの投与を含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
ＤＲ４／ＤＲ５二重アゴニストの投与を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも約０．５のＤＲ４／ｃＩＡＰ１比を有すると判定された結腸直腸癌を有する患者を治療する方法であって、配列番号２８を含むＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドを治療有効量投与することを含む、方法。
【請求項１７】
少なくとも約０．５のＤＲ４／ｃＩＡＰ１比を有すると判定された結腸直腸癌を有する患者を治療する方法であって、ＤＲ４アゴニスト、ＤＲ５アゴニストまたはＤＲ４／ＤＲ５アゴニストを治療有効量投与することを含む、方法。
【請求項１８】
前記患者が、少なくとも約０．７のＤＲ４／ｃＩＡＰ１比を有すると判定された結腸直腸癌を有する、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記患者が、少なくとも約１．０のＤＲ４／ｃＩＡＰ１比を有すると判定された結腸直腸癌を有する、請求項１６または１７に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本願は、２０１６年６月１３日に出願された米国特許仮出願第６２／３４９，４９７号および２０１７年２月１４日に出願された米国特許仮出願第６２／４５８，８２４号に対する優先権を主張するものである。上記出願の内容は参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
Ａｐｏ２Ｌ／ＴＲＡＩＬ（腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）関連アポトーシス誘導リガンド、ＣＤ２５３としても知られる）は、細胞死受容体（特にＤＲ４およびＤＲ５）に結合し活性化させるＴＮＦファミリーのメンバーである。ＴＲＡＩＬは、非シグナル伝達デコイ受容体であるＤｃＲ１、ＤｃＲ２およびオステオプロテジェリン（ＯＰＧ）にも結合する。ＴＲＡＩＬは、天然では２型膜貫通タンパク質として存在し、切断されて可溶性三量体タンパク質を解離することができる細胞外ドメインを有する。細胞死受容体による効率的なシグナル伝達およびアポトーシス誘導には、例えばＴＲＡＩＬの三量体構造を介する、受容体複合体のクラスター化が必要である。さらに、受容体複合体のさらに高次のオリゴマー化によりシグナル伝達が増幅され、より大規模なアポトーシス誘導が起こり得る。
【０００３】
ＴＲＡＩＬは、癌細胞に優先的にアポトーシスを誘導することが可能であることから、長年にわたって、ＴＲＡＩＬおよびその腫瘍学における可能性に関心が持たれてきたが、組換えヒトＴＲＡＩＬ（ｒｈＴＲＡＩＬ）およびその他の細胞死受容体アゴニストの臨床的成果は少ない。このように臨床的成果がほとんど上がっていないことの原因であると考えられる２つの因子として、最適以下のアゴニスト設計および患者の腫瘍の内因性抵抗性が挙げられる。
【０００４】
本開示はこの必要性に対処し、さらなる利点を提供するものである。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本明細書には、細胞死受容体アゴニストのＴＲＡＩＬベースの治療剤による治療から利益を受ける癌患者（例えば、結腸直腸癌患者）をその特定レベルのＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１発現に基づき特定する方法が提供される。また、特定レベルの１つまたは複数のバイオマーカー（ＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１）を有すると判定された癌患者をＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストの投与により治療する方法も提供される。
【０００６】
別の態様では、２遺伝子予測バイオマーカーにより応答患者の特定が可能である。この後者の態様は、ＴＲＡＩＬ細胞シグナル伝達経路では細胞死受容体４（ＤＲ４）と細胞内アポトーシス阻害因子１（ｃＩＡＰ１）が重要なノードとなっているという観察に基づくものである。細胞死受容体４（ＤＲ４）のレベルが高くｃＩＡＰ１のレベルが低い場合、ＴＲＡＩＬアンタゴニストまたは細胞死受容体（ＤＲ４またはＤＲ５）アゴニストによる治療が細胞死の誘導、ひいては腫瘍サイズの縮小に極めて効果的であることが明らかにされている。
【０００７】
一実施形態では、患者のＤＲ４のレベルが十分に高く、患者のｃＩＡＰ１のレベルが十分に低いため、患者を治療することにより５０％超の癌細胞死が得られる。別の実施形態では、治療により６０％超の癌細胞死、６５％超の癌細胞死、７０％超の癌細胞死、７５％超の癌細胞死、８０％超の癌細胞死、８５％超の癌細胞死、９０％超の癌細胞死、９５％超の癌細胞死または１００％の癌細胞死が得られる。一実施形態では、癌（例えば、結腸直腸癌）であると診断され、ＤＲ４のレベルが高くｃＩＡＰ１のレベルが低い腫瘍を有する患者を治療する方法が提供され、この方法は、ＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストを治療有効量投与することを含む。
【０００８】
別の態様では、１遺伝子予測バイオマーカーにより応答患者の特定が可能である。例えば、一実施形態では、ＤＲ４のレベルが十分に高いため、患者を治療することにより５０％超の癌細胞死が得られる。別の実施形態では、治療により６０％超の癌細胞死、７０％超の癌細胞死、８０％超の癌細胞死、９０％超の癌細胞死または１００％の癌細胞死が得られる。
【０００９】
一実施形態では、癌（例えば、結腸直腸癌）であると診断され、ＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１のレベルが高い腫瘍を有する患者を治療する方法が提供され、この方法は、細胞死受容体アゴニストを治療有効量投与することを含む。一実施形態では、細胞死受容体アゴニストはＤＲ４アゴニストである。別の実施形態では、細胞死受容体アゴニストはＤＲ５アゴニストである。別の実施形態では、細胞死受容体アゴニストはＤＲ４／５二重アゴニストである。
【００１０】
別の実施形態では、癌（例えば、結腸直腸癌）であると診断され、ＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１のレベルが高い腫瘍を有する患者を治療する方法が提供され、この方法は、ＴＲＡＩＬベースの治療剤を治療有効量投与することを含む。様々な実施形態では、このようなＴＲＡＩＬベースの治療剤は、架橋、ペグ化または組換えヒトｔｒａｉｌ（ｒｈＴＲＡＩＬ）であり得る。一実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴＲＡＩＬポリペプチドである。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドはＴＲＡＩＬ単量体、二量体または三量体である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドは少なくとも１つの安定化変異を含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドはＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドである。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドは、「Ｆｃ−Ｔ１４８」、「Ｆｃ−Ｔ１５１」、「Ｆｃ−Ｔ１５３」、「Ｆｃ−Ｔ１８２」、「Ｆｃ−Ｔ１８３」、「Ｆｃ−Ｔ１８６」、「Ｆｃ−Ｔ１９１」、「Ｆｃ−Ｔ１９６」、「Ｆｃ−Ｔ２０２」、「Ｆｃ−Ｔ２０３」、「Ｆｃ−Ｔ２０４」、「Ｆｃ−Ｔ２０５」、「Ｆｃ−Ｔ２０６」、「Ｆｃ−Ｔ２０７」、「Ｆｃ−Ｔ２０８」、「Ｆｃ−Ｔ２０９」、「Ｆｃ−Ｔ２１０」および「Ｆｃ−Ｔ２１１」（それぞれ配列番号２２〜３９）からなる群より選択されるＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドである。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１９１（配列番号２８）である。
【００１１】
ＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１のレベルは、ＲＮＡまたはタンパク質の測定を含めた任意の適切な技術により測定することができる。一実施形態では、ＲＴ−ＰＣＲ、定量的蛍光発生ＲＴ−ＰＣＲまたはＲＮＡ−ＩＳＨによりＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１のＲＮＡレベルを測定する。別の実施形態では、免疫組織化学法（ＩＨＣ）、酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）またはウエスタンブロット法によりＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１のタンパク質レベルを測定する。
【００１２】
一実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＩＨＣスコアが１以上、２以上または３以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが１＋以上、２＋以上または３＋以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＴ−ＰＣＲスコアが−５以上であると判定される。
【００１３】
別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＩＨＣスコアが０、１以下または２以下であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが０、１＋以下または２＋以下であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＴ−ＰＣＲスコアが５以下であると判定される。
【００１４】
別の実施形態では、バイオマーカーをｃＩＡＰ１に対するＤＲ４の比（すなわち、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１）として測定する。一実施形態では、相対ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は、少なくとも約０．５、少なくとも約０．６、少なくとも約０．７、少なくとも約０．８、少なくとも約０．９、少なくとも約１．０、少なくとも約１．１、少なくとも約１．２、少なくとも約１．３、少なくとも約１．４、少なくとも約１．５、少なくとも約１．６、少なくとも約１．７、少なくとも約１．８、少なくとも約１．９または少なくとも約２．０である。別の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は少なくとも約０．５である。別の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は少なくとも約０．７である。
【００１５】
別の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比が少なくとも約０．５であると判定された癌（例えば、結腸直腸癌）を有する患者を治療する方法が提供され、この方法は、ＴＲＡＩＬベースの治療剤（例えば、ＴＲＡＩＬ−ポリペプチドまたはＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチド、例えばＦｃ−Ｔ１９１（配列番号２８）など）または細胞死受容体アゴニスト（例えば、ＤＲ４、ＤＲ５またはＤＲ４／ＤＲ５アゴニスト）を治療有効量投与することを含む。
【００１６】
別の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比が少なくとも約０．５であると判定された結腸直腸癌を有する患者を治療する方法が提供され、この方法は、配列番号２８を含むＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドを治療有効量投与することを含む。
【００１７】
別の実施形態では、この方法は、（１）癌のＤＲ４／ｃＩＡＰ１比を判定することと、（２）ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比が約０．５以上である場合にＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストを投与することとを含む。
【００１８】
別の実施形態では、本明細書に記載される治療方法は、単独療法としてのＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストの投与を含む。別の態様では、癌（例えば、結腸直腸癌）を有する患者に対し、治療法を選択する、または治療を実施する方法が提供され、この方法は、患者由来の少なくとも１つの癌細胞試料のＤＲ４／ｃＩＡＰ１比を判定し、その比が少なくとも約０．５である場合、患者に対し、１）有効量のＴＲＡＩＬベースの治療剤もしくは細胞死受容体アゴニストによる治療を選択すること、および／または２）有効量のＴＲＡＩＬベースの治療剤もしくは細胞死受容体アゴニストを投与することを含む。一実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は、少なくとも約０．５、少なくとも約０．６、少なくとも約０．７、少なくとも約０．８、少なくとも約０．９、少なくとも約１．０、少なくとも約１．１、少なくとも約１．２、少なくとも約１．３、少なくとも約１．４、少なくとも約１．５、少なくとも約１．６、少なくとも約１．７、少なくとも約１．８、少なくとも約１．９または少なくとも約２．０である。特定の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は少なくとも約０．５である。別の特定の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は少なくとも約０．７である。
【００１９】
別の態様では、細胞死受容体アゴニストのＴＲＡＩＬベースの治療剤による治療から利益を受ける癌患者（例えば、結腸直腸癌患者）をその特定レベルのＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１発現に基づき特定する方法が提供され、その特定はＤＲ４およびｃＩＡＰ１のレベルにのみ基づくものである。例えば、この方法は、以下のバイオマーカー：ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２およびＸＩＡＰの１つまたは複数のもののレベルを測定することを含まない。別の実施形態では、この方法は、ＤＲ４およびｃＩＡＰ１ならびに１つまたは複数の追加のバイオマーカーのレベルを測定することを含み、１つまたは複数の追加のバイオマーカーは、ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２および／またはＸＩＡＰではない。
【００２０】
別の態様では、特定レベルの１つまたは複数のバイオマーカー（ＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１）を有すると判定された癌患者をＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストの投与により治療する方法が提供され、患者を治療するという決定は、Ｄｒ４および／またはｃＩＡＰ１のレベルにのみ基づくものである。例えば、患者の以下のバイオマーカー：ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２およびＸＩＡＰの１つまたは複数のもののレベルは、この方法の一環として評価されていない。別の実施形態では、患者を治療するという決定は、Ｄｒ４および／またはｃＩＡＰ１ならびに１つまたは複数の追加のバイオマーカーのレベルに基づくものであり、１つまたは複数の追加のバイオマーカーは、ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２および／またはＸＩＡＰではない。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
【図１Ａ】架橋ＴＲＡＩＬに曝露した結腸直腸癌（ＣＲＣ）細胞から得た論理モデルスコア対細胞生存率を示すグラフである。架橋ＴＲＡＩＬに曝露したＣＲＣ試料２７例から得たＤＲ４およびｃＩＡＰ１遺伝子発現レベルならびに細胞生存率の正規化データ（訓練データセット）を用いて論理モデルを作成した。論理モデルスコアはＤＲ４＊（１−ｃＩＡＰ１）に等しい。論理モデルスコアは細胞生存率と相関があり、ピアソン相関係数が−０．６９（ｐ＜０．０００１）である。各ドットは１種類の細胞系を表す。
【図１Ｂ】ｒｈＴＲＡＩＬに曝露したＣＲＣ細胞から得たフィット論理モデル（図１Ａを参照されたい）対細胞生存率を示すグラフである。ＤＲ４＊（１−ｃＩＡＰ１）モデルは、ｒｈＴＲＡＩＬに応答した１１種類のＣＲＣ細胞系の細胞生存率の最大阻害と相関する。各ドットは１種類の細胞系を表す。回帰モデル（赤線）をフィットさせて、１０ｎＭのｒｈＴＲＡＩＬに応答した細胞生存率を論理モデルスコアの関数として予測する。１１種類の細胞系のうち１０種類の細胞系のデータを用いて回帰を実施した。ＭＤＳＴ８（論理モデルスコア＝０．１４および細胞生存率＝６％）は明らかに外れ値であるため、これをフィットから除外して予測モデルを作成した。回帰モデルは、残存生存細胞のパーセント＝８６．７−１２２．０＊（論理モデルスコア）とするものである。
【図１Ｃ】９種類のＣＲＣ細胞系のｒｈＴＲＡＩＬに応答した予測細胞生存率と実際の細胞生存率との比較を示すグラフである。図１Ｂに記載される回帰モデルを用いて、９種類の新たなＣＲＣ細胞系の１０ｎＭのｒｈＴＲＡＩＬに応答した細胞生存率を予測する（試験セット）。赤丸はモデル予測を示す。箱ひげ図はｒｈＴＲＡＩＬに応答した実際の細胞生存率を示す（４反復／細胞系）。このモデルは、応答の閾値５０％を用いて、９種類の応答細胞系のうち８種類の細胞系を正確に予測することが可能である。
【図２Ａ】結腸直腸癌患者の正常組織および腫瘍の正規化ＤＲ４レベルのヒストグラムである。
【図２Ｂ】結腸直腸癌患者の正常組織および腫瘍の正規化ｃＩＡＰ１レベルのヒストグラムである。
【図２Ｃ】結腸直腸癌患者の腫瘍組織のバイオマーカー論理モデルスコアのヒストグラムである。
【図２Ｄ】結腸直腸癌患者の正常組織のバイオマーカー論理モデルスコアのヒストグラムである。
【図３Ａ】１０ｎＭの組換えＴＲＡＩＬで処置した後の結腸直腸癌細胞系の細胞生存率を示すグラフである。
【図３Ｂ】ＴＲＡＩＬに感受性または抵抗性の結腸直腸癌細胞系におけるＤＲ４／ｃＩＡＰ１  ｍＲＮＡ発現量の比を示すグラフである。
【図３Ｃ】様々な結腸直腸癌細胞系におけるＴＲＡＩＬ誘導性増殖阻害とＤＲ４／ｃＩＡＰ１相対ｍＲＮＡ発現量との間の関係を示す散布図である。
【図４】ｒｈＴＲＡＩＬおよびＦｃ−Ｔ１９１による結腸直腸癌細胞系の増殖阻害を示すグラフである。ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ発光アッセイを用いて、ｒｈＴＲＡＩＬおよびＦｃ−Ｔ１９１の抗腫瘍活性を最大１０ｎＭの濃度で評価した。各ドットは１つの細胞系を表し、各処置の標準偏差が示されている（ｒｈＴＲＡＩＬは７反復、Ｆｃ−Ｔ１９１は３反復、相関係数＝０．９２）。
【図５Ａ】Ｃｏｌｏ２０５細胞、ＲＫＯ細胞およびＫＭ１２細胞を用いたＦｃ−Ｔ１９１の腫瘍体積に対する効果を示すグラフである。矢印は処置を開始した日を示している。
【図５Ｂ】Ｃｏｌｏ２０５細胞、ＲＫＯ細胞およびＫＭ１２細胞を用いたＦｃ−Ｔ１９１の腫瘍体積に対する効果を示すグラフである。矢印は処置を開始した日を示している。
【図５Ｃ】Ｃｏｌｏ２０５細胞、ＲＫＯ細胞およびＫＭ１２細胞を用いたＦｃ−Ｔ１９１の腫瘍体積に対する効果を示すグラフである。矢印は処置を開始した日を示している。
【図６Ａ】ＬＩＭ１２１５結腸直腸癌細胞をＴＲＡＩＬ抵抗性にするのにＤＲ４ノックダウンで十分であることを示す図である。図６Ａは、３０ｎＭのＦｃ−Ｔ１９１の存在下での結腸直腸癌細胞系の細胞生存率を示すグラフである。図６Ｂは、ＬＩＭ１２１５細胞のＤＲ４および／またはＤＲ５のｓｉＲＮＡノックダウンを示すウエスタンブロットである。図６Ｃは、ＤＲ４および／またはＤＲ５に対するｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＬＩＭ１２１５細胞のＦｃ−Ｔ１９１濃度漸増下での増殖阻害を示すグラフである。
【図６Ｂ】ＬＩＭ１２１５結腸直腸癌細胞をＴＲＡＩＬ抵抗性にするのにＤＲ４ノックダウンで十分であることを示す図である。図６Ａは、３０ｎＭのＦｃ−Ｔ１９１の存在下での結腸直腸癌細胞系の細胞生存率を示すグラフである。図６Ｂは、ＬＩＭ１２１５細胞のＤＲ４および／またはＤＲ５のｓｉＲＮＡノックダウンを示すウエスタンブロットである。図６Ｃは、ＤＲ４および／またはＤＲ５に対するｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＬＩＭ１２１５細胞のＦｃ−Ｔ１９１濃度漸増下での増殖阻害を示すグラフである。
【図６Ｃ】ＬＩＭ１２１５結腸直腸癌細胞をＴＲＡＩＬ抵抗性にするのにＤＲ４ノックダウンで十分であることを示す図である。図６Ａは、３０ｎＭのＦｃ−Ｔ１９１の存在下での結腸直腸癌細胞系の細胞生存率を示すグラフである。図６Ｂは、ＬＩＭ１２１５細胞のＤＲ４および／またはＤＲ５のｓｉＲＮＡノックダウンを示すウエスタンブロットである。図６Ｃは、ＤＲ４および／またはＤＲ５に対するｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＬＩＭ１２１５細胞のＦｃ−Ｔ１９１濃度漸増下での増殖阻害を示すグラフである。
【図７Ａ】ＨＣＴ１１６結腸直腸癌細胞をＴＲＡＩＬ抵抗性にするのにＤＲ４ノックダウンで十分であることを示す図である。図７Ａは、３０ｎＭのＦｃ−Ｔ１９１の存在下での結腸直腸癌細胞の細胞生存率を示すグラフである。図７Ｂは、ＬＩＭ１２１５細胞のＤＲ４および／またはＤＲ５のｓｉＲＮＡノックダウンを示すウエスタンブロットである。図７Ｃは、Ｄｒ４および／またはＤＲ５に対するｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＬＩＭ１２１５細胞のＦｃ−Ｔ１９１濃度漸増下での増殖阻害を示すグラフである。
【図７Ｂ】ＨＣＴ１１６結腸直腸癌細胞をＴＲＡＩＬ抵抗性にするのにＤＲ４ノックダウンで十分であることを示す図である。図７Ａは、３０ｎＭのＦｃ−Ｔ１９１の存在下での結腸直腸癌細胞の細胞生存率を示すグラフである。図７Ｂは、ＬＩＭ１２１５細胞のＤＲ４および／またはＤＲ５のｓｉＲＮＡノックダウンを示すウエスタンブロットである。図７Ｃは、Ｄｒ４および／またはＤＲ５に対するｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＬＩＭ１２１５細胞のＦｃ−Ｔ１９１濃度漸増下での増殖阻害を示すグラフである。
【図７Ｃ】ＨＣＴ１１６結腸直腸癌細胞をＴＲＡＩＬ抵抗性にするのにＤＲ４ノックダウンで十分であることを示す図である。図７Ａは、３０ｎＭのＦｃ−Ｔ１９１の存在下での結腸直腸癌細胞の細胞生存率を示すグラフである。図７Ｂは、ＬＩＭ１２１５細胞のＤＲ４および／またはＤＲ５のｓｉＲＮＡノックダウンを示すウエスタンブロットである。図７Ｃは、Ｄｒ４および／またはＤＲ５に対するｓｉＲＮＡをトランスフェクトしたＬＩＭ１２１５細胞のＦｃ−Ｔ１９１濃度漸増下での増殖阻害を示すグラフである。
【図８Ａ】患者由来異種移植（ＰＤＸ）マウスモデルのＦｃ−Ｔ１９１に対する結腸直腸癌細胞の応答を示すグラフである。矢印は処置を開始した日を示している。
【図８Ｂ】患者由来異種移植（ＰＤＸ）マウスモデルのＦｃ−Ｔ１９１に対する結腸直腸癌細胞の応答を示すグラフである。矢印は処置を開始した日を示している。
【図９】結腸直腸癌ＰＤＸではＤＲ４／ｃＩＡＰ１比がＴＲＡＩＬ応答と相関することを示すグラフである。
【図１０】結腸直腸癌ＰＤＸにおけるＤＲ４およびｃＩＡＰ１のｍＲＮＡおよびタンパク質の相対発現量を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
（詳細な説明）
本明細書には、ＴＲＡＩＬベースの治療剤（例えば、ｒｈＴＲＡＩＬまたはＴＲＡＩＬポリペプチド）または細胞死受容体アゴニストによる治療に応答する癌患者（例えば、結腸直腸癌）を特定する方法が提供される。
【００２３】
定義
便宜上、本明細書、実施例および請求項で使用される特定の用語および語句の意味を以下に記載する。
【００２４】
本明細書で使用される「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（〜を含む）」は、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（〜を含む）」、「ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ（〜を含む）」または「ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ  ｂｙ（〜を特徴とする）」と同義であり、包括的またはオープンエンドなものであり、記載されていないほかの要素も方法の段階も除外しない。本明細書で使用される「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ（〜からなる）」は、請求項の要素に記載されないあらゆる要素、段階または成分を除外する。本明細書で使用される「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ（〜から実質的になる）」は、請求項の基本的で新規な特徴に実質的に影響を及ぼさない材料も段階も除外しない。本明細書の各場合において、「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（〜を含む）」、「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ（〜から実質的になる）」および「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ（〜からなる）」のいずれの用語も、任意選択で他の２つの用語と置き換えられ、したがって、主題の範囲の代替的態様を記載し得る。本明細書に例示的に記載される本発明は、本明細書に具体的に開示されない任意の１つまたは複数の要素、１つまたは複数の限定の不在下でも適切に実施され得る。
【００２５】
本明細書で使用される単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈上明らかに別の意味を表す場合を除き複数形の指示対象を包含する。「または」または「および」の使用は、別途記載がない限り「および／または」を意味する。さらに、用語「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（含む）」およびその他の形、例えば「ｉｎｃｌｕｄｅ」、「ｉｎｃｌｕｄｅｓ」および「ｉｎｃｌｕｄｅｄ」などの使用は、限定するものではない。
【００２６】
本明細書で量、持続時間などの測定可能な値に言及する場合に使用される「約」という用語は、明記される値から最大±１０％の変動を包含する。特に明示されない限り、本明細書で使用される成分量、特性、例えば分子量、反応条件などを表す数値はいずれも、用語「約」によって修飾されているものと理解されるべきである。
【００２７】
本明細書で使用される「対象」または「患者」という用語は、ヒト患者（例えば、結腸直腸癌などの癌を有する患者）である。
【００２８】
本明細書で使用される「治療する」、「治療すること」および「治療」という用語は、本明細書に記載される治療または予防手段を指す。「治療」の方法には、疾患もしくは障害の１つもしくは複数の症状または疾患もしくは障害の再発を予防する、治癒させる、遅延させる、その重症度を軽減する、改善するため、あるいはこのような治療の不在下で予測される対象の生存期間を延ばすため、本明細書に開示される組成物を対象に投与することを用いる。
【００２９】
本明細書で使用される「抗悪性腫瘍剤」または「抗癌剤」は、ヒトでの新生物、特に癌腫、肉腫、リンパ腫または白血病などの悪性（癌性）病変の発現または進行を阻害する機能的特性を有する薬剤を指す。多くの場合、転移の阻害が抗悪性腫瘍剤の特性である。
【００３０】
本明細書で使用される「ＴＲＡＩＬ」（「Ａｐｏ２Ｌ／ＴＲＡＩＬ」、「ＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド」および「ＣＤ２５３」とも呼ばれる）は、細胞死受容体（特にＤＲ４およびＤＲ５）に結合し活性化させるＴＮＦファミリーのメンバーを指す。ヒトＴＲＡＩＬのアミノ酸配列（１〜２８１）（ＮＰ＿００３８０１．１）は：
ＭＡＭＭＥＶＱＧＧＰＳＬＧＱＴＣＶＬＩＶＩＦＴＶＬＬＱＳＬＣＶＡＶＴＹＶＹＦＴＮＥＬＫＱＭＱＤＫＹＳＫＳＧＩＡＣＦＬＫＥＤＤＳＹＷＤＰＮＤＥＥＳＭＮＳＰＣＷＱＶＫＷＱＬＲＱＬＶＲＫＭＩＬＲＴＳＥＥＴＩＳＴＶＱＥＫＱＱＮＩＳＰＬＶＲＥＲＧＰＱＲＶＡＡＨＩＴＧＴＲＧＲＳＮＴＬＳＳＰＮＳＫＮＥＫＡＬＧＲＫＩＮＳＷＥＳＳＲＳＧＨＳＦＬＳＮＬＨＬＲＮＧＥＬＶＩＨＥＫＧＦＹＹＩＹＳＱＴＹＦＲＦＱＥＥＩＫＥＮＴＫＮＤＫＱＭＶＱＹＩＹＫＹＴＳＹＰＤＰＩＬＬＭＫＳＡＲＮＳＣＷＳＫＤＡＥＹＧＬＹＳＩＹＱＧＧＩＦＥＬＫＥＮＤＲＩＦＶＳＶＴＮＥＨＬＩＤＭＤＨＥＡＳＦＦＧＡＦＬＶＧ（配列番号１）
である。
【００３１】
ＴＲＡＩＬは、非シグナル伝達デコイ受容体であるＤｃＲ１、ＤｃＲ２およびオステオプロテグリン（ｏｓｔｅｏｐｒｏｔｅｇｒｉｎ）（ＯＰＧ、破骨細胞形成阻害因子（ＯＣＩＦ）としても知られる）にも結合する。ＴＲＡＩＬは、天然では２型膜貫通タンパク質として存在し、切断されて可溶性三量体タンパク質を解離することができる細胞外ドメインを有する。細胞死受容体による効率的なシグナル伝達およびアポトーシス誘導には、例えばＴＲＡＩＬの三量体構造を介する、受容体複合体のクラスター化が必要である。さらに、受容体複合体のさらに高次のオリゴマー化によりシグナル伝達が増幅され、より大規模なアポトーシス誘導が起こり得る。
【００３２】
「ペプチド」または「ポリペプチド」は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合（例えば、ペプチドイソスター）により結合したアミノ酸を２つ以上含む任意のペプチドを指す。ペプチドには、天然に存在し核酸によってコードされる２０種類のアミノ酸以外のアミノ酸が含まれていてもよく、翻訳後プロセシングなどの天然の過程または当該技術分野で周知の化学修飾技術により修飾されたアミノ酸配列が含まれる。修飾は、ペプチドのペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびアミノもしくはカルボキシル末端を含めた任意の場所に存在し得る。所与のペプチド内の複数の部位に同じタイプの修飾が同程度または様々な程度で存在し得ることが理解されよう。また、所与のポリペプチドには多数のタイプの修飾が含まれていてもよい。ポリペプチドは、ユビキチン化の結果として分岐していてよく、分岐の有無を問わず環状であってもよい。環状、分岐状および分岐環状のポリペプチドは、天然の翻訳後過程から得られるものであっても、合成法により作製されるものであってもよい。修飾としては、アセチル化、アシル化、ＡＤＰリボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトール（ｐｈｏｓｐｈｏｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ）の共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、システインの形成、ピログルタミン酸の形成、ホルミル化、ガンマカルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解プロセシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニン化などの転移ＲＮＡを介するタンパク質へのアミノ酸付加およびユビキチン化が挙げられる。
【００３３】
「単離タンパク質」または「単離ポリペプチド」という用語は、その起源もしくは由来源により天然の状態でそれに付随する天然の付随成分が付随していない；同じ種に由来する他のタンパク質が実質的に含まれていない；異なる種由来の細胞から発現する；または天然に存在しないタンパク質またはポリペプチドのことである。したがって、化学的に合成される、または天然の起源である細胞とは異なる細胞系で合成されるポリペプチドは、その天然の付随成分から「単離されている」ことになる。タンパク質は、当該技術分野で周知のタンパク質精製技術を用いる単離により天然の付随成分を実質的に含まないようにしたものであってもよい。
【００３４】
本明細書で使用される「バリアント」という用語は、野生型配列の修飾型または改変型であると定義され、例えば、１つまたは複数のアミノ酸が、実質的に機能に影響を及ぼさない他のアミノ酸（１つまたは複数）または非アミノ酸（１つまたは複数）に置き換えられていてよい。いくつかの実施形態では、バリアントは少なくとも１つのアミノ酸残基に改変側鎖を含み得る。
【００３５】
「阻害する」または「阻害」という用語は、測定可能な量だけ低下させることを意味する。
【００３６】
「阻害剤」および「アンタゴニスト」または「活性化因子」および「アゴニスト」はそれぞれ、例えば、例えばリガンド、受容体、補助因子、遺伝子、細胞、組織または器官を活性させる、阻害分子または活性化分子を指す。例えば遺伝子、受容体、リガンドまたは細胞のモジュレーターとは、遺伝子、受容体、リガンドまたは細胞の活性を変化させる分子のことであり、この場合、活性はその調節特性が活性化されるか、阻害されるか、または変化し得る。モジュレーターは、単独で作用するもの、または補助因子、例えばタンパク質、金属イオンもしくは小分子を用いるものであり得る。阻害剤とは、例えば遺伝子、タンパク質、リガンド、受容体または細胞に抑制、阻止、妨害、活性化遅延、不活性化、脱感作またはダウンレギュレートの作用を示す化合物のことである。活性化因子とは、例えば遺伝子、タンパク質、リガンド、受容体または細胞に増大、活性化、促進、活性化増大、感作またはアップレギュレートの作用を示す化合物のことである。阻害剤は、恒常的活性を抑制、阻止または不活性化する化合物とも定義され得る。
【００３７】
「アゴニスト」とは、標的と相互作用して標的の活性化の増大を引き起こす、または促進する化合物（例えば、ＴＲＡＩＬシグナル伝達を刺激（促進）するポリペプチド）のことである。
【００３８】
「アンタゴニスト」とは、アゴニストの作用に対抗する化合物のことである。アンタゴニストは、アゴニストの活性を妨害、抑制、阻害または中和する。アンタゴニストは、特定されたアゴニストが存在しない場合でも、標的、例えば標的受容体の恒常的活性を妨害、阻害または抑制し得る。
【００３９】
当業者には、過度の実験を用いずに、具体的に例示されるもの以外の出発物質、生物学的および化学的材料、生物学的および化学的試薬、合成方法、精製方法、分析方法、アッセイ方法ならびに生物学的方法を本発明の実施に用いることが可能であることが理解されよう。任意のこのような材料および方法の機能的均等物であり当該技術分野で既知のものはいずれも、本開示に含まれるものとする。
【００４０】
本明細書で用いられている用語および表現は、限定するのではなく説明するための用語として使用されるのであって、そのような用語および表現を使用するにあたっては図示および記載されている特徴またはその一部のいかなる均等物も除外する意図はなく、特許請求される本発明の範囲内で様々な修正が可能であることが認識される。したがって、好ましい実施形態、例示的実施形態および任意選択の特徴を含み得る様々な実施形態により本発明の態様が具体的に開示されているが、本明細書に開示される概念の修正形態および変形形態が当業者により用いられ得ることを理解するべきである。このような修正形態および変形形態は、記載される本発明の実施形態および添付の請求項により定められ得る本発明の実施形態の範囲内にあるものと見なされる。
【００４１】
Ａ．バイオマーカー
本明細書に記載される方法は、特定レベルの１つまたは複数の特定のバイオマーカーを有すると判定された患者をＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストの投与により治療することを含む。
【００４２】
本明細書で使用される「ＤＲ４」（「ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ」、「ＡＰＯ２」、「ＣＤ２６１」、「ＴＲＡＩＬＲ−１」および「ＴＮＦ受容体スーパーファミリーメンバー１０ａ」とも呼ばれる）は、ＴＮＦ受容体スーパーファミリーのメンバーの１つを指す。用語ＤＲ４とＴＮＦＲＳＦ１０Ａは本明細書全体を通して互換的に使用される。ＤＲ４は、ＴＲＡＩＬと結合しアポトーシスを媒介する膜結合細胞表面受容体である。ヒトＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）のアミノ酸配列（１〜４６８）（ＮＰ＿００３８３５．３）は：
ＭＡＰＰＰＡＲＶＨＬＧＡＦＬＡＶＴＰＮＰＧＳＡＡＳＧＴＥＡＡＡＡＴＰＳＫＶＷＧＳＳＡＧＲＩＥＰＲＧＧＧＲＧＡＬＰＴＳＭＧＱＨＧＰＳＡＲＡＲＡＧＲＡＰＧＰＲＰＡＲＥＡＳＰＲＬＲＶＨＫＴＦＫＦＶＶＶＧＶＬＬＱＶＶＰＳＳＡＡＴＩＫＬＨＤＱＳＩＧＴＱＱＷＥＨＳＰＬＧＥＬＣＰＰＧＳＨＲＳＥＨＰＧＡＣＮＲＣＴＥＧＶＧＹＴＮＡＳＮＮＬＦＡＣＬＰＣＴＡＣＫＳＤＥＥＥＲＳＰＣＴＴＴＲＮＴＡＣＱＣＫＰＧＴＦＲＮＤＮＳＡＥＭＣＲＫＣＳＲＧＣＰＲＧＭＶＫＶＫＤＣＴＰＷＳＤＩＥＣＶＨＫＥＳＧＮＧＨＮＩＷＶＩＬＶＶＴＬＶＶＰＬＬＬＶＡＶＬＩＶＣＣＣＩＧＳＧＣＧＧＤＰＫＣＭＤＲＶＣＦＷＲＬＧＬＬＲＧＰＧＡＥＤＮＡＨＮＥＩＬＳＮＡＤＳＬＳＴＦＶＳＥＱＱＭＥＳＱＥＰＡＤＬＴＧＶＴＶＱＳＰＧＥＡＱＣＬＬＧＰＡＥＡＥＧＳＱＲＲＲＬＬＶＰＡＮＧＡＤＰＴＥＴＬＭＬＦＦＤＫＦＡＮＩＶＰＦＤＳＷＤＱＬＭＲＱＬＤＬＴＫＮＥＩＤＶＶＲＡＧＴＡＧＰＧＤＡＬＹＡＭＬＭＫＷＶＮＫＴＧＲＮＡＳＩＨＴＬＬＤＡＬＥＲＭＥＥＲＨＡＲＥＫＩＱＤＬＬＶＤＳＧＫＦＩＹＬＥＤＧＴＧＳＡＶＳＬＥ（配列番号２）
である。
【００４３】
ＴＲＡＩＬがＤＲ４と結合することにより受容体の三量体化が起こり、プロカスパーゼ−８／１０の動員を促進する細胞死誘導シグナル伝達複合体（ＤＩＳＣ）が形成される。ＤＲ４は、細胞死経路およびアポトーシスの調節に加えて、細胞生存シグナルも媒介する。
【００４４】
本明細書で使用される「ｃＩＡＰ１」（「ＢＩＲＣ−２」、「ＢＩＲＣ２」、「ｃＩＡＰ−１」および「バキュロウイルスＩＡＰ反復含有２」とも呼ばれる）は、カスパーゼの活性化に干渉することによりアポトーシスを阻害するアポトーシス阻害タンパク質ファミリーのメンバーの１つを指す。用語ｃＩＡＰ１とＢＩＲＣ２は本明細書全体を通して互換的に使用される。ＣＩＡＰ１は、活性化されたカスパーゼ−３およびカスパーゼ−７に直接結合し、その活性を阻害することがわかっている。ＣＩＡＰ１はＴＮＦ誘導性アポトーシスを阻害する。ヒトｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）（アイソフォーム１）のアミノ酸配列（１〜６１８）（ＮＰ＿００１１５７）は：
ＭＨＫＴＡＳＱＲＬＦＰＧＰＳＹＱＮＩＫＳＩＭＥＤＳＴＩＬＳＤＷＴＮＳＮＫＱＫＭＫＹＤＦＳＣＥＬＹＲＭＳＴＹＳＴＦＰＡＧＶＰＶＳＥＲＳＬＡＲＡＧＦＹＹＴＧＶＮＤＫＶＫＣＦＣＣＧＬＭＬＤＮＷＫＬＧＤＳＰＩＱＫＨＫＱＬＹＰＳＣＳＦＩＱＮＬＶＳＡＳＬＧＳＴＳＫＮＴＳＰＭＲＮＳＦＡＨＳＬＳＰＴＬＥＨＳＳＬＦＳＧＳＹＳＳＬＳＰＮＰＬＮＳＲＡＶＥＤＩＳＳＳＲＴＮＰＹＳＹＡＭＳＴＥＥＡＲＦＬＴＹＨＭＷＰＬＴＦＬＳＰＳＥＬＡＲＡＧＦＹＹＩＧＰＧＤＲＶＡＣＦＡＣＧＧＫＬＳＮＷＥＰＫＤＤＡＭＳＥＨＲＲＨＦＰＮＣＰＦＬＥＮＳＬＥＴＬＲＦＳＩＳＮＬＳＭＱＴＨＡＡＲＭＲＴＦＭＹＷＰＳＳＶＰＶＱＰＥＱＬＡＳＡＧＦＹＹＶＧＲＮＤＤＶＫＣＦＣＣＤＧＧＬＲＣＷＥＳＧＤＤＰＷＶＥＨＡＫＷＦＰＲＣＥＦＬＩＲＭＫＧＱＥＦＶＤＥＩＱＧＲＹＰＨＬＬＥＱＬＬＳＴＳＤＴＴＧＥＥＮＡＤＰＰＩＩＨＦＧＰＧＥＳＳＳＥＤＡＶＭＭＮＴＰＶＶＫＳＡＬＥＭＧＦＮＲＤＬＶＫＱＴＶＱＳＫＩＬＴＴＧＥＮＹＫＴＶＮＤＩＶＳＡＬＬＮＡＥＤＥＫＲＥＥＥＫＥＫＱＡＥＥＭＡＳＤＤＬＳＬＩＲＫＮＲＭＡＬＦＱＱＬＴＣＶＬＰＩＬＤＮＬＬＫＡＮＶＩＮＫＱＥＨＤＩＩＫＱＫＴＱＩＰＬＱＡＲＥＬＩＤＴＩＬＶＫＧＮＡＡＡＮＩＦＫＮＣＬＫＥＩＤＳＴＬＹＫＮＬＦＶＤＫＮＭＫＹＩＰＴＥＤＶＳＧＬＳＬＥＥＱＬＲＲＬＱＥＥＲＴＣＫＶＣＭＤＫＥＶＳＶＶＦＩＰＣＧＨＬＶＶＣＱＥＣＡＰＳＬＲＫＣＰＩＣＲＧＩＩＫＧＴＶＲＴＦＬＳ（配列番号３）
である。
【００４５】
Ｂ．バイオマーカーの検出および測定
一実施形態では、試料で測定された１つまたは複数のバイオマーカーの発現レベルを用いて、（例えば、バイオマーカーの「高」発現または「低」発現と相関する）値またはスコアを導出または算出する。この値は、これらの発現レベルのみから導出しも、あるいは任意選択で、より包括的な値／スコアを得るため発現値／スコアと他の構成要素との組合せから導出してもよい。
【００４６】
本明細書に提供される方法では、バイオマーカーであるＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）またはｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ−２）のうちいずれか一方のみのスコアを用い得る。一実施形態では、本明細書に記載される方法に従って治療する患者は、高ＤＲ４スコア（すなわち、高ＤＲ４発現）を有すると判定された者である。別の実施形態では、本明細書に記載される方法に従って治療する患者は、低ｃＩＡＰ１スコア（すなわち、低ｃＩＡＰ１発現）を有すると判定された者である。別の実施形態では、本明細書に記載される方法に従って治療する患者は、高ＤＲ４スコア（すなわち、高ＤＲ４発現）および低ｃＩＡＰ１スコア（すなわち、低ｃＩＡＰ１発現）を有すると判定された者である。別の実施形態では、バイオマーカースコアは、ｃＩＡＰのＲＮＡまたはタンパク質発現に対して正規化したＤＲ４のＲＮＡまたはタンパク質発現の比である。
【００４７】
別の実施形態では、患者は、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比が少なくとも約０．５であると判定された癌（例えば、結腸直腸癌）を有する。一実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は、少なくとも約０．５、少なくとも約０．６、少なくとも約０．７、少なくとも約０．８、少なくとも約０．９、少なくとも約１．０、少なくとも約１．１、少なくとも約１．２、少なくとも約１．３、少なくとも約１．４、少なくとも約１．５、少なくとも約１．６、少なくとも約１．７、少なくとも約１．８、少なくとも約１．９または少なくとも約２．０である。特定の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は少なくとも約０．５である。別の特定の実施形態では、ＤＲ４／ｃＩＡＰ１比は少なくとも約０．７である。
【００４８】
組織または細胞試料中の遺伝子またはタンパク質の状態を判定する様々な技術が当該技術分野で公知であり、特に限定されないが、マイクロアレイ解析（例えば、ｍＲＮＡまたはマイクロＲＮＡの発現、コピー数などをアッセイする）、定量的リアルタイムＰＣＲ（商標）（「ｑＲＴ−ＰＣＲ（商標）」、例えば、ＴａｑＭａｎ（商標））、免疫解析（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学）などがこれに含まれる。遺伝子によりコードされるポリペプチドの活性レベルを遺伝子またはポリペプチドの発現レベルとほぼ同じ方法で用い得る。多くの場合、活性レベルが高いほど発現レベルが高いことを表し、活性レベルが低いほど発現レベルが低いことを表す。本開示の方法は、用いる具体的な技術とは無関係に実施され得る。
【００４９】
様々な実施形態では、核酸レベルでバイオマーカーの発現を検出する。例えば、ＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）またはｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ−２）のバイオマーカースコアをＲＮＡレベルに基づき評価することができる。遺伝子のＲＮＡレベルを測定する場合、便利で感度の高い方法の１つに逆転写反応後に実施するリアルタイム定量的ＰＣＲ（商標）（ｑＰＣＲ）アッセイがある。したがって、一実施形態では、試料中のＲＮＡレベルを求める方法は、ホモジナイズした組織から例えばＲＴ−ＰＣＲにより核酸を増幅した（ＲＮＡを逆転写し、次いで、得られたｃＤＮＡをＰＣＲまたはその他の核酸増幅法を用いて増幅した）後、増幅された分子を検出する工程を含む。通常、サイクル閾値（Ｃｔ）、すなわち、バックグラウンドを上回るｑＰＣＲ反応の蛍光が検出可能となるサイクル数を各被験遺伝子および各正規化遺伝子について求める。
【００５０】
一実施形態では、例えばＴａｑＭａｎ（商標）Ｓｙｓｔｅｍを用いることにより、ＲＮＡ発現を定量的蛍光発生ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）により評価する。このような方法では通常、目的の核酸に特異的なオリゴヌクレオチドプライマーのペアを用いる。このようなアッセイのさらなる詳細については、のちに実施例で記載する。
【００５１】
別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＴ−ＰＣＲスコアが−５以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＴ−ＰＣＲスコアが、５．０、４，９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４．０、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３．０、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１．０、０．９、０．８、０，７、０．６、０．５、０．４、０，３、０．２、０，１、０、−０．１、−０．２、−０．３、−０．４、−０．５、−０．６、−０．７、−０．８、−０．９、−１．０、−１．１、−１．２、−１，３、−１．４、−１．５、−１．６、−１．７、−１．８、−１．９、−２．０、−２．１、−２．２、−２．３、−２．４、−２．５、−２．６、−２．７、−２．８、−２．９、−３．０、−３．１、−３．２、−．３．３、−３．４、−３．５、−３．６、−３．７、−３．８、−３．９、−４．０、−４．１、４．２、−４．３、−４．４、−４．５、−４．６、−４．７、−４．８、−４．９、−５．０からなる群より選択されるものであると判定される。
【００５２】
別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＴ−ＰＣＲスコアが５以下であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＴ−ＰＣＲスコアが、５．０、４，９、４．８、４．７、４．６、４．５、４．４、４．３、４．２、４．１、４．０、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３．０、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１．０、０．９、０．８、０，７、０．６、０．５、０．４、０，３、０．２、０，１、０、−０．１、−０．２、−０．３、−０．４、−０．５、−０．６、−０．７、−０．８、−０．９、−１．０、−１．１、−１．２、−１，３、−１．４、−１．５、−１．６、−１．７、−１．８、−１．９、−２．０、−２．１、−２．２、−２．３、−２．４、−２．５、−２．６、−２．７、−２．８、−２．９、−３．０、−３．１、−３．２、−．３．３、−３．４、−３．５、−３．６、−３．７、−３．８、−３．９、−４．０、−４．１、４．２、−４．３、−４．４、−４．５、−４．６、−４．７、−４．８、−４．９、−５．０からなる群より選択されるものであると判定される。
【００５３】
一実施形態では、被験遺伝子の発現の正規化に用いるため、１つまたは複数の正規化遺伝子（多くの場合、「ハウスキーピング」遺伝子と呼ばれる）の発現も明らかにする。本明細書で使用される「正規化遺伝子」は、発現が、測定した目的の遺伝子（例えば、被験遺伝子）の発現量を校正または正規化するのに用いられる遺伝子を指す。重要なのは、正規化遺伝子の発現が癌の転帰／予後とは無関係なものであるべきであり、正規化遺伝子の発現が腫瘍試料全体で極めて類似していることである。正規化は、異なる試料間で被験遺伝子の発現を正確に比較できるようにするものである。この目的には、当該技術分野で公知のハウスキーピング遺伝子を用いることができる。ハウスキーピング遺伝子は当該技術分野で周知であり、例として、特に限定されないが、ＧＵＳＢ（グルクロニダーゼ、ベータ）、ＨＭＢＳ（ヒドロキシメチルビラン合成酵素）、ＳＤＨＡ（コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体、サブユニットＡ、フラボタンパク質）、ＵＢＣ（ユビキチンＣ）およびＹＷＨＡＺ（チロシン３−モノオキシゲナーゼ／トリプトファン５−モノオキシゲナーゼ活性化タンパク質、ゼータポリペプチド）が挙げられる。１種類または複数種類のハウスキーピング遺伝子を用いることができる。好ましくは、少なくとも２種類、５種類、１０種類または１５種類のハウスキーピング遺伝子を用いて、正規化遺伝子を組み合わせたセットとする。このような正規化遺伝子の遺伝子発現量を直接加算または定義されたアルゴリズムにより合計し平均値を求めることができる。一実施形態では、幾何平均を用いて遺伝子発現量を算出する。
【００５４】
１つまたは複数の正規化遺伝子の全発現量を、全正規化遺伝子の発現量を等しく重み付け（直接加算または平均化）して、または様々な所定の係数により合計して求められる、「正規化値」により表すことができる。例えば、もっとも単純な方法では、正規化値ＣｔＨを単一の正規化遺伝子のサイクル閾値（Ｃｔ）、または２種類以上、好ましくは１０種類以上もしくは１５種類以上の正規化遺伝子のＣｔ値の平均値とすることができ、この場合、所定の係数は１／Ｎであり、Ｎは用いる正規化遺伝子の総数である。したがって、ＣｔＨ＝（ＣｔＨ１＋ＣｔＨ２＋−ＣｔＨｎ）／Ｎとなる。当業者には明らかなように、用いる正規化遺伝子および各正規化遺伝子に与えることが望まれる重みに応じて、そのような正規化遺伝子の発現量に重みを付ける際に任意の係数（０／Ｎ〜Ｎ／Ｎ）を正規化遺伝子に与えることができる。つまり、ＣｔＨ＝ｘＣｔＨ１＋ｙＣｔＨ２＋−ｚＣｔＨｎであり、式中、ｘ＋ｙ＋．．．＋ｚ＝１である。
【００５５】
様々な実施形態では、ＲＮＡ発現値を２−ΔΔｃｔとして算出する。Δｃｔ値は、ハウスキーピング遺伝子のｃｔ値に対して正規化した目的の遺伝子のｃｔ値である。一実施形態では、基準細胞系ＣＣＫ８１のΔｃｔ値に対して正規化することによりΔΔｃｔ値を求める。
【００５６】
別の実施形態では、ＲＮＡ−ＩＳＨアッセイを用いてＲＮＡ発現を検出する。例えば、発色ＲＮＡ−ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイ（ＲＮＡ−ＩＳＨ）を用いてＲＮＡを検出し得る。発色ＲＮＡ−ＩＳＨアッセイを用いて、ＦＦＰＥ組織切片の目的とするＲＮＡを染色し得る。各ＲＮＡ−ＩＳＨアッセイでは、有資格病理学者によりスコアリングシステムが適用され得る。このシステムは、各レベルを離散変数０、１＋、２＋、３＋または４＋としてスコア化する。Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（登録商標）（「ＡＣＤ」Ｈａｙｗａｒｄ社、カリフォルニア州）ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）アッセイの以下の変法を用いて、ＦＦＰＥ腫瘍試料のバイオマーカーのＲＮＡレベルをスコア化し得る。このアッセイでは、細胞に透過処理を実施し、バイオマーカーに特異的なオリゴヌクレオチド「Ｚ」プローブのセット（例えば、米国特許第７，７０９，１９８号）とインキュベートする。「Ｚ」プローブの使用のほかにも１転写当たり複数のプローブセットを使用することにより、アッセイの特異性が標準的なＩＳＨ法よりも増大する。Ｚプローブとインキュベートした後、標的転写産物と結合した１対の隣接するＺプローブとのみハイブリダイズすることができる前増幅剤を加える。これにより非特異的結合の増幅が最小限に抑えられる。次いで、前増幅剤との配列特異的ハイブリダイゼーションに基づき増幅段階を連続して数回実施した後、腫瘍組織のバイオマーカーのＲＮＡレベルを半定量的に測定にすることが可能な酵素媒介性発色検出を実施する。
【００５７】
段階１：ＦＦＰＥ組織切片を脱パラフィンし、内在性のホスファターゼおよびペルオキシダーゼを阻止しＲＮＡ結合部位を脱マスキングするため前処理する。段階２：標的ＲＮＡの隣接した配列と特異的にハイブリダイズする標的特異的二本鎖Ｚプローブを加える。段階３：前増幅オリゴヌクレオチド、増幅オリゴヌクレオチド、最終ＨＲＰコンジュゲートオリゴヌクレオチドおよびＤＡＢを連続して添加することにより標的を検出する。段階４：光学顕微鏡を用いてスライドを可視化し、病理学者によるスコア化を実施する。
【００５８】
アッセイをスコア化するため、腫瘍試料と並行して４種類の細胞系の基準組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）を染色する。これらの細胞系は、低レベルから高レベルの範囲の様々なレベルのバイオマーカーを発現する。次いで、病理学者が基準ＴＭＡとの視覚的比較に基づき患者試料にスコアを割り当てる。
【００５９】
別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが１＋以上、２＋以上または３＋以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが１＋以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが２＋以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが３＋以上であると判定される。
【００６０】
別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが０、１＋以下または２＋以下であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが０であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが１＋以下であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＲＮＡ−ＩＳＨスコアが２＋以下であると判定される。
【００６１】
バイオマーカーの発現はタンパク質レベルでも検出することができる。したがって、ＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）またはｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ−２）のスコアをタンパク質の検出レベルに基づき評価することができる。特定の実施形態では、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いてタンパク質レベルの発現を測定する。免疫組織化学は、タンパク質と特異的に結合する抗体を用いることにより組織切片の細胞内のタンパク質を検出する技術である。Ｆｌ−ＩＨＣおよびｑＩＨＣなどの例示的ＩＨＣアッセイが当該技術分野で周知である。
【００６２】
例えば、Ｆｌ−ＩＨＣを用いてＦＦＰＥ組織の腫瘍細胞内のバイオマーカーレベルを測定することができる。Ｆｌ−ＩＨＣは、撮像をベースとするアッセイであり、各試料の腫瘍細胞１個当たりのタンパク質分子数の尺度となる。患者から外科的に切除した腫瘍組織またはコア針生検試料を採取し、ホルマリンで固定し、標準的方法を用いてパラフィンブロックに包埋する。ＦＦＰＥブロックを薄切し、スライドガラスに載せ、ＤＮＡ、サイトケラチン（ＣＫ）およびバイオマーカー（１つまたは複数ｓ）を同時染色する。最終的なマーカーの検出は蛍光に基づく。Ａｐｅｒｉｏ（登録商標）ＳｃａｎＳｃｏｐｅ（登録商標）ＦＬセットを用いてスライドを倍率２０倍で撮像し、定量的デジタル画像解析を用いて解析し得る。自動画像解析アルゴリズムでは、四角いタイル１つがそれぞれほぼ単一細胞の大きさに相当する規則的な格子を組織領域全体に当てる。次いで、バイオマーカータンパク質レベルのわかっている細胞系から構成され、患者試料と同時に染色し撮像した組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）から作成した標準曲線を用いて、ＣＫ＋タイルの蛍光測定値を絶対尺度（１細胞当たりの受容体数）に変換する。
【００６３】
ｑＩＨＣを用いてバイオマーカーのタンパク質レベルを検出することもできる。ｑＩＨＣでは、標準的な褐色染色技術を用いてＦＦＰＥ組織切片のタンパク質レベルを明らかにする。有資格病理学者によりＴＭＡに基づくスコアリングシステムが適用され得る。このシステムでは染色強度に基づきスコアを出す（例えば、０、１、２、３、４）。
【００６４】
一実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＩＨＣスコアが１以上、２以上または３以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＩＨＣスコアが１以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＩＨＣスコアが２以上であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ＤＲ４  ＩＨＣスコアが３以上であると判定される。
【００６５】
別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＩＨＣスコアが０、１以下または２以下であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＩＨＣスコアが０であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＩＨＣスコアが１以下であると判定される。別の実施形態では、患者試料は、ｃＩＡＰ１  ＩＨＣスコアが２以下であると判定される。
【００６６】
別の態様では、細胞死受容体アゴニストのＴＲＡＩＬベースの治療剤による治療から利益を受ける癌患者（例えば、結腸直腸癌患者）をその特定レベルのＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１発現に基づき特定する方法が提供され、その特定はＤＲ４およびｃＩＡＰ１のレベルにのみ基づくものである。例えば、この方法は、以下のバイオマーカー：ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２およびＸＩＡＰのうち１つまたは複数のもののレベルを測定することを含まない。別の実施形態では、この方法は、ＤＲ４およびｃＩＡＰ１ならびに１つまたは複数の追加のバイオマーカーのレベルを測定することを含み、１つまたは複数の追加のバイオマーカーは、ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２および／またはＸＩＡＰではない。
【００６７】
別の態様では、特定レベルの１つまたは複数のバイオマーカー（ＤＲ４および／またはｃＩＡＰ１）を有すると判定された癌患者をＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストの投与により治療する方法が提供され、患者を治療するという決定は、Ｄｒ４および／またはｃＩＡＰ１のレベルにのみ基づくものである。例えば、患者の以下のバイオマーカー：ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２およびＸＩＡＰの１つまたは複数のもののレベルは、この方法の一環として評価されていない。別の実施形態では、患者を治療するという決定は、Ｄｒ４および／またはｃＩＡＰ１ならびに１つまたは複数の追加のバイオマーカーのレベルに基づくものであり、１つまたは複数の追加のバイオマーカーは、ＡＰＡＦ１、ＣＡＳＰ３、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ７、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＡＳＰ１０、ＦＡＤＤ、ＳＰＴＡＮ１、ＢＣＬ２、ＧＡＳ２、ＢＩＤ、ＬＭＮＡ、ＣＦＬＡＲ、ＭＡＰ３Ｋ１４、ＢＩＲＣ３、ＣＨＵＫ、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＴＮＦＳＦ２５、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１２、ＣＹＣＳ、ＤＦＦＡ、ＤＦＦＢ、ＲＥＬＡ、ＴＲＡＤＤ、ＲＩＰＫ１、ＴＲＡＦ２および／またはＸＩＡＰではない。
【００６８】
例えば、一実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＡＰＡＦ１ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＡＳＰ３ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＡＳＰ６ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＡＳＰ７ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＡＳＰ８ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＡＳＰ９ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＡＳＰ１０ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＦＡＤＤではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＳＰＴＡＮ１ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＢＣＬ２を含まない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＧＡＳ２ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＢＩＤではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＬＭＮＡではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＦＬＡＲではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＭＡＰ３Ｋ１４ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＢＩＲＣ３ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＨＵＫではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＮＦＫＢ１ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＮＦＫＢＩＡではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＴＮＦＳＦ２５を含まない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＴＮＦＳＦ１０ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＴＮＦＳＦ１２ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＣＹＣＳではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＤＦＦＡではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＤＦＦＢではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＲＥＬＡではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＴＲＡＤＤではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＲＩＰＫ１ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＴＲＡＦ２ではない。別の実施形態では、１つまたは複数のバイオマーカーはＸＩＡＰを含まない。
【００６９】
Ｃ．生体試料
対象から採取した生体試料（生検）の１つまたは複数のバイオマーカー（例えば、ＤＲ４またはｃＩＡＰ１）の発現を検出し得る。
【００７０】
本明細書で使用される「腫瘍試料」は、１つもしくは複数の腫瘍細胞または１つもしくは複数の腫瘍由来ＲＮＡもしくはタンパク質を含み、患者（例えば、癌患者）から採取された任意の生体試料を指す。例えば、癌患者の腫瘍組織から採取した組織試料は、本明細書に記載される方法に有用な腫瘍試料である。好ましくは、試料は主として腫瘍細胞を含むものである。癌患者の腫瘍に由来する単一の悪性細胞も有用な腫瘍試料である。このような悪性細胞は、患者の腫瘍から直接採取するか、または患者の体液（例えば、血液、尿）から精製することができる。したがって、腫瘍細胞または腫瘍由来ＲＮＡもしくはタンパク質を含有する血液、尿、痰および唾液などの体液も、腫瘍試料として本明細書に記載される方法の目的に有用なものであり得る。このような試料は通常、それを対象から採取した後にさらに処理する。本明細書に記載されるバイオマーカーの検出および定量化に適した生検試料は、新鮮なもの、凍結したもの、または固定したものであり得る。適切な試料は、薄切するのが好ましい。あるいは、試料を可溶化および／またはホモジナイズした後、解析してもよい。一実施形態では、新たに採取した生検試料をＯＣＴ（登録商標）またはＣｒｙｏｍａｔｒｉｘ（登録商標）などの凍結保護物質に包埋し、例えば液体窒素またはジフルオロジクロロメタンを用いて凍結する。凍結試料をクリオスタットで連続的に薄切する。別の実施形態では、薄切する前に試料を固定し包埋する。例えば、組織試料を例えばホルマリン、グルテルアルデヒド（ｇｌｕｔｅｒａｌｄｅｈｙｄｅ）、エタノールまたはメタノールで固定し、（例えば、アルコールおよび／またはキシレンを用いて）連続的に脱水し、例えばパラフィンに包埋し得る。
【００７１】
別の実施形態では、試料は生検試料（例えば、ミクロトーム薄切前のＦＦＰＥ）のミクロトーム切片である。別の実施形態では、生検試料は、患者を治療する前３０日、６０日または９０日以内に採取したものである。
【００７２】
別の実施形態では、腫瘍試料は、血液中の循環腫瘍細胞に由来するものである。循環腫瘍細胞とは、原発性腫瘍から脱離し脈管系に侵入した細胞のことである。このような細胞は、転移性疾患を有する患者の全血１ｍＬ当たり約１〜１０個ＣＴＣの頻度でみられ、これらの細胞の単離は、腫瘍生検に代わる非侵襲的方法となり得るものであり、生検試料の入手が不可能な場合に頻繁に用いられ得る。
【００７３】
Ｄ．ＴＲＡＩＬベースの治療剤
ｉ．ＴＲＡＩＬポリペプチド
ｒｈＴＲＡＩＬに加えて、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０２２７８９号（明示的に参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているＴＲＡＩＬポリペプチドも本明細書に記載される方法に有用である。ＴＲＡＩＬポリペプチドは、正確な形式または融合パートナー（存在する場合）に関係なく、単一ポリペプチド鎖構築物のＴＲＡＩＬ単量体、二量体または三量体であり得る。例えば、一本鎖ＴＲＡＩＬ構築物は、１つ、２つまたは３つのＴＲＡＩＬ単量体を含み得る。
【００７４】
一実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドは１つのＴＲＡＩＬドメインを含む（単量体）。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドは２つのＴＲＡＩＬ単量体を含む（二量体）。別の実施形態では、ポリペプチドは３つのＴＲＡＩＬ単量体を含む（三量体）。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸残基９５〜２８１、１１４〜２８１または１２０〜２８１を含む。別の実施形態では、ポリペプチドは、抗体Ｆｃ領域もしくはそのフラグメントおよび／またはＦａｂもしくはそのフラグメントおよび／または抗体および／またはアルブミン（例えば、ＨＳＡ）と結合した（例えば、融合した）ＴＲＡＩＬポリペプチドを含む。
【００７５】
一実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は完全長ヒトＴＲＡＩＬ（すなわち、配列番号１のアミノ酸残基１〜２８１）を含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は、配列番号１で示されるアミノ酸配列の一部分を含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は配列番号１のアミノ酸１１４〜２８１を含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は配列番号１のアミノ酸１１４〜２８１よりなる。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９５〜２８１を含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は配列番号１のアミノ酸残基９５〜２８１よりなる。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は配列番号１のアミノ酸残基１２０〜２８１を含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は配列番号１のアミノ酸残基１２０〜２８１よりなる。
【００７６】
別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９０〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９１〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９２〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９３〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９４〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９５〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９６〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９７〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９８〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基９９〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１００〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０１〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０２〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０３〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０４〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０５〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０６〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０７〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０８〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１０９〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１０〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１１〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１２〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１３〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１４〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１５〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１６〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１７〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１８〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１１９〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２０〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２１〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２２〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２３〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２４〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２５〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２６〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２７〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２８〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１２９〜２８１よりなるか、これを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬドメインは配列番号１のアミノ酸残基１３０〜２８１よりなるか、これを含む。
【００７７】
別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は、配列番号１のアミノ酸残基９０〜１３０のいずれか１つにＮ末端を有し配列番号１のアミノ酸残基２５１〜２８１のいずれか１つにＣ末端を有する配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一である配列を含むか、これよりなる。
【００７８】
別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は約２５０個以下のアミノ酸残基、好ましくは約２００個以下のアミノ酸残基、より好ましくは約１５０個以下のアミノ酸残基を含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ単量体は約２５０個以下のアミノ酸残基、好ましくは約２００個以下のアミノ酸残基、より好ましくは約１５０個以下のアミノ酸残基よりなる。
【００７９】
一実施形態では、融合ポリペプチドは、３つ１組のヒトＴＲＡＩＬ単量体を含み一本鎖ＴＲＡＩＬ三量体を形成する。一実施形態では、一本鎖ＴＲＡＩＬ三量体は、アミノ末端からカルボキシル末端の順序で第一のＴＲＡＩＬ単量体、リンカー、第二のＴＲＡＩＬ単量体、第二のリンカーおよび第三のＴＲＡＩＬ単量体を含む。一実施形態では、リンカーはＧ４Ｓドメインを含む（配列番号４０）。別の実施形態では、各リンカーは１５〜２０個のアミノ酸からなる。別の実施形態では、２つのＴＲＡＩＬ単量体間のリンカーはそれぞれ３つのＧ４Ｓドメインを含む（配列番号５０）。
【００８０】
一実施形態では、ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドである。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦａｂ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドである。さらに別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＨＳＡ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドである。このようなＨＳＡ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドに使用するのに適したヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）部分としては、米国特許第８，９２７，６９４号および同第８，８７７，６８７号に開示されている天然ＨＳＡおよび変異体ＨＳＡが挙げられる。
【００８１】
一実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドは、そのシグナル伝達受容体（特にＤＲ４およびＤＲ５）または非シグナル伝達デコイ受容体であるＤｃＲ１、ＤｃＲ２およびオステオプロテグリン（ｏｓｔｅｏｐｒｏｔｅｇｒｉｎ）（ＯＰＧ）のうち少なくとも１つと結合する。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドはアポトーシスを誘導する。
【００８２】
各ＴＲＡＩＬ単量体が変異を含み得るか、または３つの単量体それぞれに変異の組合せが独立して存在するか、存在しなくてよい。一実施形態では、ＴＲＡＩＬ変異は、配列番号１の１２１位、１３０位、２１３位、２１５位、２２８位および２４７位のうち１つまたは複数の位置のアミノ酸置換から選択され得る。国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０２２７８９号（明示的に参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、一本鎖ＴＲＡＩＬ分子に使用するのに有益なＴＲＡＩＬ単量体の変異としては、以下の個々の変異：Ｒ１２１Ｉ、Ｒ１３０Ｇ、Ｙ２１３Ｗ、Ｓ２１５Ｄ、Ｎ２２８ＳおよびＩ２４７Ｖ（上の配列番号１に従って番号を付した）が挙げられる。
【００８３】
一態様では、３つの単量体それぞれが同じ変異または同じ変異の組合せを含み、別の態様では、３つの単量体のうち２つは同じ変異または同じ変異の組合せを含み、第三の単量体は異なる変異または変異の組合せを含むか、あるいは変異を含まず、さらに別の態様では、３つの単量体それぞれが異なる変異または変異の組合せを含むか、あるいは３つの単量体のうち１つまたは２つには変異が存在しない。例えば、例示的な一本鎖変異体ＴＲＡＩＬ三量体は、「Ｔ１４８」、「Ｔ１５１」、「Ｔ１５３」、「Ｔ１８２」、「Ｔ１８３」、「Ｔ１８６」、「Ｔ１９１」、「Ｔ１９６」、「Ｔ２０２」、「Ｔ２０３」、「Ｔ２０４」、「Ｔ２０５」、「Ｔ２０６」、「Ｔ２０７」、「Ｔ２０８」、「Ｔ２０９」、「Ｔ２１０」および「Ｔ２１１」（それぞれ配列番号４〜２１）から選択され得る。
【００８４】
本明細書には、ＤＲ４のレベルが高くｃＩＡＰ１のレベルが低い癌を有する患者を治療する方法が提供され、この方法は、ＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストを治療有効量投与することを含む。一実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はｒｈＴＲＡＩＬである。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤は、ＴＲＡＩＬ単量体、二量体または三量体である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１４８（配列番号４）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１５１（配列番号５）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１５３（配列番号６）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１８２（配列番号７）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１８３（配列番号８）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１８６（配列番号９）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１９１（配列番号１０）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ１９６（配列番号１１）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０２（配列番号１２）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０３（配列番号１３）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０４（配列番号１４）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０５（配列番号１５）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０６（配列番号１６）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０７（配列番号１７）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０８（配列番号１８）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２０９（配列番号１９）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２１０（配列番号２０）である。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤はＴ２１１（配列番号２１）である。
【００８５】
その他の既知のＴＲＡＩＬベースのポリペプチドおよびリガンド（例えば、明示的に参照により本明細書に組み込まれる米国特許第９３５９４２０号に記載されているものなど）も本明細書に記載される方法に使用することができる。
【００８６】
ｉｉ．Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチド
本明細書に記載される方法に有用なＴＲＡＩＬベースの治療剤は、Ｆｃ領域またはそのフラグメントと結合したＴＲＡＩＬポリペプチドも含み得る。
【００８７】
「Ｆｃ領域」（フラグメント結晶化可能領域）」、「Ｆｃドメイン」または「Ｆｃ」は、免疫グロブリンと免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）上にあるＦｃ受容体または古典的補体系の第一成分（Ｃ１ｑ）との結合を含めた宿主組織または諸因子との結合を媒介する抗体重鎖のＣ末端領域を指す。したがって、Ｆｃ領域は、第一定常領域免疫グロブリンドメイン（例えば、ＣＨ１またはＣＬ）を除く抗体の定常領域を含む。ＩｇＧ、ＩｇＡおよびＩｇＤ抗体アイソタイプでは、Ｆｃ領域は、抗体の２つの重鎖の第二定常ドメイン（ＣＨ２）および第三定常ドメイン（ＣＨ３）に由来する２つの同一のタンパク質フラグメントを含み；ＩｇＭおよびＩｇＥのＦｃ領域は、各ポリペプチド鎖に３つの重鎖定常ドメイン（ＣＨドメイン２〜４）を含む。ＩｇＧでは、Ｆｃ領域は、免疫グロブリンドメインＣγ２およびＣγ３ならびにＣγ１とＣγ２の間のヒンジを含む。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は様々であり得るが、ヒトＩｇＧ重鎖のＦｃ領域は通常、Ｃ２２６位またはＰ２３０位のアミノ酸残基（またはこの２つのアミノ酸の間にあるアミノ酸）から重鎖のカルボキシ末端までの区間に定められ、この場合、番号付けはＫａｂａｔのＥＵインデックスに従うものである。ヒトＩｇＧ  Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインはアミノ酸２３１前後からアミノ酸３４０前後の範囲に及ぶのに対し、ＣＨ３ドメインはＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＣ末端側に位置する、すなわち、ＩｇＧのアミノ酸３４１前後からアミノ酸４４７前後の範囲に及ぶ。本明細書で使用されるＦｃ領域は、任意のアロタイプバリアントを含めた天然配列ＦｃまたはバリアントＦｃ（例えば、非天然Ｆｃ）であり得る。Ｆｃは、単離した状態またはＦｃを含むタンパク質ポリペプチド、例えば「Ｆｃ融合タンパク質」（例えば、抗体またはイムノアドヘシン）とも呼ばれる「Ｆｃ領域を含む結合タンパク質」などに含まれた状態のこの領域を指し得る。
【００８８】
別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは天然配列Ｆｃ領域を含む。「天然配列Ｆｃ領域」または「天然配列Ｆｃ」は、天然にみられるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含む。天然配列ヒトＦｃ領域としては、天然配列ヒトＩｇＧ１  Ｆｃ領域；天然配列ヒトＩｇＧ２  Ｆｃ領域；天然配列ヒトＩｇＧ３  Ｆｃ領域；および天然配列ヒトＩｇＧ４  Ｆｃ領域ならびにその天然のバリアントが挙げられる。天然配列Ｆｃとしては、Ｆｃの様々なアロタイプが挙げられる（例えば、Ｊｅｆｆｅｒｉｓら（２００９）ｍＡｂｓ  １：１を参照されたい）。
【００８９】
特定の実施形態では、Ｆｃ領域はバリアントＦｃ領域、例えば、所望の構造的特徴および／または生物活性が得られるよう親Ｆｃ配列（例えば、のちに改変されてバリアントを生じる未改変Ｆｃポリペプチド）と比較して（例えば、アミノ酸の置換、欠失および／または挿入により）改変が施されているＦｃ配列である。
【００９０】
例えば、親Ｆｃと比較して（ａ）抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）が増大もしくは低下したＦｃバリアント、（ｂ）補体媒介性細胞傷害性（ＣＤＣ）が増大もしくは低下したＦｃバリアント、（ｃ）Ｃ１ｑに対する親和性が増大もしくは低下したＦｃバリアントおよび／または（ｄ）Ｆｃ受容体に対する親和性が増大もしくは低下したＦｃバリアントを得るため、Ｆｃ領域に改変を施し得る。このようなＦｃ領域バリアントは一般に、Ｆｃ領域に少なくとも１つのアミノ酸改変を含むことになる。アミノ酸改変を組み合わせるのが特に望ましいと考えられる。例えば、バリアントＦｃ領域はその中に、例えば本明細書に明記される特定のＦｃ領域の位置の２つ、３つ、４つ、５つなどの置換を含み得る。
【００９１】
バリアントＦｃ領域は、ジスルフィド結合形成に関与するアミノ酸が除去されているか、他のアミノ酸に置き換わっている配列変化も含み得る。このような除去により、本明細書に記載される抗体の産生に用いる宿主細胞中に存在する他のシステイン含有タンパク質との反応が回避され得る。システイン残基を除去してもなお、一本鎖Ｆｃドメインは非共有結合により結合した二量体Ｆｃドメインを形成することができる。他の実施形態では、Ｆｃ領域を改変して、選択した宿主細胞に対する適合性を増大させ得る。例えば、典型的な天然Ｆｃ領域のＮ末端付近にあり、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の消化酵素、例えばプロリンイミノペプチダーゼなどによって認識され得るＰＡ配列を除去し得る。他の実施形態では、Ｆｃドメイン内の１つまたは複数のグリコシル化部位を除去し得る。通常はグリコシル化されている残基（例えば、アスパラギン）により細胞溶解反応が起こり得る。このような残基は、欠失させるか、非グリコシル化残基（例えば、アラニン）で置換し得る。他の実施形態では、Ｆｃ領域から補体との相互作用に関与する部位、例えばＣ１ｑ結合部位などを除去し得る。例えば、ヒトＩｇＧ１のＥＫＫ配列に欠失または置換を施し得る。特定の実施形態では、Ｆｃ受容体との結合に影響を及ぼす部位、サルベージ受容体結合部位以外の部位を除去し得る。他の実施形態では、Ｆｃ領域を改変してＡＤＣＣ部位を除去し得る。ＡＤＣＣ部位は当該技術分野で公知であり、例えば、ＩｇＧ１のＡＤＣＣ部位に関してはＭｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２９（５）：６３３−９（１９９２）を参照されたい。バリアントＦｃドメインの具体例が、例えば国際公開第９７／３４６３１号および同第９６／３２４７８号に開示されている。
【００９２】
一実施形態では、ヒンジ領域内のシステイン残基の数が変化する、例えば増加または減少するようＦｃのヒンジ領域を改変する。この方法については、Ｂｏｄｍｅｒらによる米国特許第５，６７７，４２５号にさらに記載されている。Ｆｃのヒンジ領域内のシステイン残基の数を変化させて、例えば、軽鎖と重鎖の会合を促進する、または抗体の安定性を増大もしくは低下させる。一実施形態では、抗体のＦｃヒンジ領域を変異させて、抗体の生物学的半減期を短縮する。より具体的には、抗体のブドウ球菌プロテインＡ（ＳｐＡ）結合が天然ＦｃヒンジドメインのＳｐＡ結合と比較して低下するようＦｃヒンジフラグメントのＣＨ２−ＣＨ３ドメイン境界領域内に１つまたは複数のアミノ酸変異を導入する。この方法については、Ｗａｒｄらによる米国特許第６，１６５，７４５号にさらに詳細に記載されている。
【００９３】
また別の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸残基を異なるアミノ酸残基に置き換えることによりＦｃ領域を変化させて、抗体のエフェクター機能（１つまたは複数）を変化させる。例えば、抗体のエフェクターリガンドに対する親和性は変化しているが、親抗体の抗原結合能は保持されるようアミノ酸残基２３４、２３５、２３６、２３７、２９７、３１８、３２０および３２２から選択される１つまたは複数のアミノ酸を異なるアミノ酸残基に置き換えることができる。親和性が変化するエフェクターリガンドは、例えばＦｃ受容体または補体のＣ１成分であり得る。この方法については、Ｗｉｎｔｅｒらによる米国特許第５，６２４，８２１号および同第５，６４８，２６０号にさらに詳細に記載されている。
【００９４】
また別の例では、抗体のＣ１ｑ結合が変化し、かつ／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）が低下もしくは消失するようアミノ酸残基３２９、３３１および３２２から選択される１つまたは複数のアミノ酸を異なるアミノ酸残基に置き換えることができる。この方法については、Ｉｄｕｓｏｇｉｅらによる米国特許第６，１９４，５５１号にさらに詳細に記載されている。
【００９５】
また別の例では、アミノ酸位置２３１と２３９の内側にある１つまたは複数のアミノ酸残基を変化させることにより、抗体の補体固定能を変化させる。この方法については、ＢｏｄｍｅｒらによるＰＣＴ国際公開第９４／２９３５１号にさらに記載されている。
【００９６】
さらに別の例では、以下の位置：２３４、２３５、２３６、２３８、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６２、２６３、２６４、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７６、２７８、２８０、２８３、２８５、２８６、２８９、２９０、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１２、３１３、３１５、３２０、３２２、３２４、３２５、３２６、３２７、３２９、３３０、３３１、３３２、３３３、３３４、３３５、３３７、３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７８、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８または４３９の１つまたは複数のアミノ酸を改変することによりＦｃ領域を改変して、抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を増大させ、かつ／またはＦｃγ受容体に対する親和性を増大させ得る。例示的置換としては、２３６Ａ、２３９Ｄ、２３９Ｅ、２６８Ｄ、２６７Ｅ、２６８Ｅ、２６８Ｆ、３２４Ｔ、３３２Ｄおよび３３２Ｅが挙げられる。例示的バリアントとしては、２３９Ｄ／３３２Ｅ、２３６Ａ／３３２Ｅ、２３６Ａ／２３９Ｄ／３３２Ｅ、２６８Ｆ／３２４Ｔ、２６７Ｅ／２６８Ｆ、２６７Ｅ／３２４Ｔおよび２６７Ｅ／２６８Ｆ／３２４Ｔが挙げられる。ＦｃｙＲおよび補体との相互作用を増大させるその他の改変としては、特に限定されないが、置換２９８Ａ、３３３Ａ、３３４Ａ、３２６Ａ、２４７Ｉ、３３９Ｄ、３３９Ｑ、２８０Ｈ、２９０Ｓ、２９８Ｄ、２９８Ｖ、２４３Ｌ、２９２Ｐ、３００Ｌ、３９６Ｌ、３０５Ｉおよび３９６Ｌが挙げられる。これらおよびそれ以外の改変については、Ｓｔｒｏｈｌ，２００９，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０：６８５−６９１に概説されている。
【００９７】
Ｆｃγ受容体との結合を増大させるＦｃ改変としては、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７９、２８０、２８３、２８５、２９８、２８９、２９０、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、３０１、３０３、３０５、３０７、３１２、３１５、３２４、３２７、３２９、３３０、３３５、３３７、３３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７９、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３４、４３５、４３７、４３８または４３９のいずれか１つまたは複数の位置でのアミノ酸改変が挙げられ、この場合、Ｆｃ領域の残基の番号付けはＫａｂａｔと同じＥＵインデックス（国際公開第００／４２０７２号）の番号付けである。
【００９８】
Ｆｃに施し得るその他のＦｃ改変には、ＦｃγＲおよび／または補体タンパク質との結合を低下または消失させることによりＡＤＣＣ、ＡＤＣＰおよびＣＤＣなどのＦｃ媒介性エフェクター機能を低下または消失させるものがある。例示的改変としては、特に限定されないが、位置２３４、２３５、２３６、２３７、２６７、２６９、３２５および３２８での置換、挿入および欠失が挙げられ、この場合、番号付けはＥＵインデックスに従うものである。例示的置換としては、特に限定されないが、２３４Ｇ、２３５Ｇ、２３６Ｒ、２３７Ｋ、２６７Ｒ、２６９Ｒ、３２５Ｌおよび３２８Ｒが挙げられ、この場合、番号付けはＥＵインデックスに従うものである。Ｆｃバリアントは２３６Ｒ／３２８Ｒを含み得る。ＦｃｙＲおよび補体との相互作用を低下させるその他の改変としては、変異もしくは酵素による手段またはタンパク質をグリコシル化しない細菌などの生物体での産生による置換２９７Ａ、２３４Ａ、２３５Ａ、２３７Ａ、３１８Ａ、２２８Ｐ、２３６Ｅ、２６８Ｑ、３０９Ｌ、３３０Ｓ、３３１Ｓ、２２０Ｓ、２２６Ｓ、２２９Ｓ、２３８Ｓ、２３３Ｐおよび２３４Ｖならびに２９７位のグリコシル化の除去が挙げられる。これらおよびそれ以外の改変については、Ｓｔｒｏｈｌ，２００９，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０：６８５−６９１に概説されている。
【００９９】
任意選択で、Ｆｃ領域は、当業者に公知のものとは別の位置および／またはこれに代わる位置に非天然アミノ酸残基を含み得る（例えば、米国特許第５，６２４，８２１号；同第６，２７７，３７５号；同第６，７３７，０５６号；同第６，１９４，５５１号；同第７，３１７，０９１号；同第８，１０１，７２０号；ＰＣＴ国際公開第００／４２０７２号；同第０１／５８９５７号；同第０２／０６９１９号；同第０４／０１６７５０号；同第０４／０２９２０７号；同第０４／０３５７５２号；同第０４／０７４４５５号；同第０４／０９９２４９号；同第０４／０６３３５１号；同第０５／０７０９６３号；同第０５／０４０２１７、同第０５／０９２９２５号および同第０６／０２０１１４号を参照されたい）。
【０１００】
抑制性受容体ＦｃγＲＩＩｂに対する親和性を増大させるＦｃバリアントも使用し得る。このようなバリアントは、Ｆｃ融合タンパク質に、例えばＢ細胞および単球を含めたＦｃγＲＩＩｂ＋細胞に関連する免疫調節性活性をもたらし得る。一実施形態では、Ｆｃバリアントにより、１つまたは複数の活性化受容体と比較してＦｃγＲＩＩｂに対する親和性が選択的に増大し得る。ＦｃγＲＩＩｂとの結合を変化させる改変としては、ＥＵインデックスに従う２３４、２３５、２３６、２３７、２３９、２６６、２６７、２６８、３２５、３２６、３２７、３２８および３３２からなる群より選択される位置での１つまたは複数の改変が挙げられる。ＦｃγＲＩＩｂ親和性を増大させる例示的置換としては、特に限定されないが、２３４Ｄ、２３４Ｅ、２３４Ｆ、２３４Ｗ、２３５Ｄ、２３５Ｆ、２３５Ｒ、２３５Ｙ、２３６Ｄ、２３６Ｎ、２３７Ｄ、２３７Ｎ、２３９Ｄ、２３９Ｅ、２６６Ｍ、２６７Ｄ、２６７Ｅ、２６８Ｄ、２６８Ｅ、３２７Ｄ、３２７Ｅ、３２８Ｆ、３２８Ｗ、３２８Ｙおよび３３２Ｅが挙げられる。例示的置換としては、２３５Ｙ、２３６Ｄ、２３９Ｄ、２６６Ｍ、２６７Ｅ、２６８Ｄ、２６８Ｅ、３２８Ｆ、３２８Ｗおよび３２８Ｙが挙げられる。ＦｃγＲＩＩｂとの結合を増大させるその他のＦｃバリアントとしては、２３５Ｙ／２６７Ｅ、２３６Ｄ／２６７Ｅ、２３９Ｄ／２６８Ｄ、２３９Ｄ／２６７Ｅ、２６７Ｅ／２６８Ｄ、２６７Ｅ／２６８Ｅおよび２６７Ｅ／３２８Ｆが挙げられる。
【０１０１】
Ｆｃ領域のそのリガンドに対する親和性および結合特性は、特に限定されないが、平衡法（例えば、酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）またはラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ））または速度論（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ解析）およびその他の方法、例えば間接結合アッセイ、競合阻害アッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）、ゲル電気泳動およびクロマトグラフィー（例えば、ゲルろ過）を含めた当該技術分野で公知の様々なｉｎ  ｖｉｔｒｏのアッセイ法（生化学または免疫学に基づくアッセイ）により判定し得る。これらおよびその他の方法では、１つまたは複数の被験成分上の標識を利用し、かつ／または特に限定されないが、発色、蛍光、発光もしくは同位体標識を含めた様々な検出方法を用い得る。結合親和性および速度論に関する詳細な説明については、抗体−免疫原相互作用に焦点を当てたＰａｕｌ，Ｗ．Ｅ．編，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第４版，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ−Ｒａｖｅｎ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（１９９９）にみることができる。
【０１０２】
特定の実施形態では、抗体を改変してその生物学的半減期を長くする。様々な方法が可能である。例えば、Ｆｃ領域のＦｃＲｎに対する結合親和性を増大させることによりこれを実施し得る。例えば、米国特許第６，２７７，３７５号に記載されているように、以下の残基：２５２、２５４、２５６、４３３、４３５および４３６のうち１つまたは複数のものを変異させることができる。具体的な例示的置換としては、以下のもの：Ｔ２５２Ｌ、Ｔ２５４Ｓおよび／またはＴ２５６Ｆのうち１つまたは複数のものが挙げられる。あるいは、生物学的半減期を長くするため、Ｐｒｅｓｔａらによる米国特許第５，８６９，０４６号および同第６，１２１，０２２号に記載されているように、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２ドメインの２つのループから得られるサルベージ受容体結合エピトープを含むようにＣＨ１またはＣＬ領域内で抗体を変化させることができる。ＦｃＲｎとの結合を増大させ、かつ／または薬物動態特性を改善するその他の例示的バリアントとしては、例えば、２５９Ｉ、３０８Ｆ、４２８Ｌ、４２８Ｍ、４３４Ｓ、４３４Ｈ、４３４Ｆ、４３４Ｙおよび４３４Ｍを含めた位置２５９、３０８、４２８および４３４での置換が挙げられる。ＦｃのＦｃＲｎとの結合を増大させるその他のバリアントとしては、２５０Ｅ、２５０Ｑ、４２８Ｌ、４２８Ｆ、２５０Ｑ／４２８Ｌ（Ｈｉｎｔｏｎら，２００４，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（８）：６２１３−６２１６，Ｈｉｎｔｏｎら，２００６  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １７６：３４６−３５６）、２５６Ａ、２７２Ａ、２８６Ａ、３０５Ａ、３０７Ａ、３０７Ｑ、３１  １Ａ、３１２Ａ、３７６Ａ、３７８Ｑ、３８０Ａ、３８２Ａ、４３４Ａ（Ｓｈｉｅｌｄｓら，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００１，２７６（９）：６５９１−６６０４）、２５２Ｆ、２５２Ｔ、２５２Ｙ、２５２Ｗ、２５４Ｔ、２５６Ｓ、２５６Ｒ、２５６Ｑ、２５６Ｅ、２５６Ｄ、２５６Ｔ、３０９Ｐ、３１  １  Ｓ、４３３Ｒ、４３３Ｓ、４３３Ｉ、４３３Ｐ、４３３Ｑ、４３４Ｈ、４３４Ｆ、４３４Ｙ、２５２Ｙ／２５４Ｔ／２５６Ｅ、４３３Ｋ／４３４Ｆ／４３６Ｈ、３０８Ｔ／３０９Ｐ／３１１Ｓ（Ｄａｌｌ  Ａｃｑｕａｒａら，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２００２，１６９：５１７１−５１８０，Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａら，２００６，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２８１：２３５１４−２３５２４）が挙げられる。ＦｃＲｎ結合を調節するその他の改変については、Ｙｅｕｎｇら，２０１０，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，１８２：７６６３−７６７１に記載されている。特定の実施形態では、特定の生物学的特性を有するハイブリッドＩｇＧアイソタイプを使用し得る。例えば、ＣＨ２および／またはＣＨ３領域のＩｇＧ１の位置をＩｇＧ３の２つのアイソタイプが異なっている位置のアミノ酸で置換することによりＩｇＧ１／ＩｇＧ３ハイブリッドバリアントを構築し得る。したがって、１つまたは複数の置換、例えば、２７４Ｑ、２７６Ｋ、３００Ｆ、３３９Ｔ、３５６Ｅ、３５８Ｍ、３８４Ｓ、３９２Ｎ、３９７Ｍ、４２２１、４３５Ｒおよび４３６Ｆを含むハイブリッドバリアントＩｇＧ抗体を構築し得る。本明細書に記載される他の実施形態では、ＣＨ２および／またはＣＨ３領域のＩｇＧ２の位置をＩｇＧ１の２つのアイソタイプが異なっている位置のアミノ酸で置換することによりＩｇＧ１／ＩｇＧ２ハイブリッドバリアントを構築し得る。したがって、１つまたは複数の置換、例えば、以下のアミノ酸置換：２３３Ｅ、２３４Ｌ、２３５Ｌ、−２３６Ｇ（２３６位へのグリシン挿入を指す）および３２７Ａのうち１つまたは複数のものを含むハイブリッドバリアントＩｇＧ抗体を構築し得る。
【０１０３】
さらに、ヒトＩｇＧ１上のＦｃγＲ１、ＦｃγＲＩＩ、ＦｃγＲＩＩＩおよびＦｃＲｎに対する結合部位が既にマッピングされており、結合が改善されたバリアントが既に記載されている（Ｓｈｉｅｌｄｓ，Ｒ．Ｌ．ら（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：６５９１−６６０４を参照されたい）。位置２５６、２９０、２９８、３３３、３３４および３３９での特異的変異によりＦｃγＲＩＩＩとの結合が改善されることが示されている。さらに、以下の組合せ変異体：Ｔ２５６Ａ／Ｓ２９８Ａ、Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ、Ｓ２９８Ａ／Ｋ２２４ＡならびにＦｃγＲＩＩＩａ結合およびＡＤＣＣ活性が増大することが示されているＳ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４ＡがＦｃγＲＩＩＩ結合を改善することが示されている（Ｓｈｉｅｌｄｓら，２００１）。カニクイザルでＦｃγＲＩＩＩａに対する親和性増大が最も大きく、ＦｃγＲＩＩｂ結合が低下し、強い細胞傷害活性がみられたＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２ＥおよびＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ａ３３０Ｌ変異を有するバリアントを含めたＦｃγＲＩＩＩａとの結合が大幅に増大したその他のＩｇＧ１バリアントが特定されている（Ｌａｚａｒら，２００６）。アレムツズマブ（ＣＤ５２特異的）、トラスツズマブ（ＨＥＲ２／ｎｅｕ特異的）、リツキシマブ（ＣＤ２０特異的）およびセツキシマブ（ＥＧＦＲ特異的）などの抗体への三重変異の導入ではｉｎ  ｖｉｔｒｏのＡＤＣＣ活性の大幅な増大がみられ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２ＥバリアントはサルのＢ細胞を枯渇させる能力の増大を示している（Ｌａｚａｒら，２００６）。さらに、Ｂ細胞悪性腫瘍および乳癌のモデルでは、ヒトＦｃγＲＩＩＩａを発現するトランスジェニックマウスにおいてＦｃγＲＩＩＩａとの結合の増大と同時にＡＤＣＣ活性の増大を示すＬ２３５Ｖ、Ｆ２４３Ｌ、Ｒ２９２Ｐ、Ｙ３００ＬおよびＰ３９６Ｌ変異を含むＩｇＧ１変異体が特定されている（Ｓｔａｖｅｎｈａｇｅｎら，２００７；Ｎｏｒｄｓｔｒｏｍら，２０１１）。使用し得るその他のＦｃ変異体としては、Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｌ３３４Ａ，Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ，Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ａ３３０Ｌ，Ｌ２３５Ｖ／Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｐ３９６ＬおよびＭ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓが挙げられる。
【０１０４】
別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬポリペプチド鎖を第二のＦｃ−ＴＲＡＩＬポリペプチド鎖と二量体化する。特定の実施形態では、２つのＦｃ−ＴＲＡＩＬポリペプチド鎖を少なくとも１つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。別の実施形態では、２つのＦｃ−ＴＲＡＩＬポリペプチド鎖を少なくとも２つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。別の実施形態では、２つのＦｃ−ＴＲＡＩＬポリペプチド鎖を少なくとも３つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。
【０１０５】
特定の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、少なくとも１つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化した２つのポリペプチド鎖を含み、各鎖は、３つ１組のヒトＴＲＡＩＬドメインとペプチド結合してアミノ末端からカルボキシル末端の順序でＦｃ部分、リンカー、第一のＴＲＡＩＬ単量体、単量体間リンカー、第二のＴＲＡＩＬ単量体、第二の単量体間リンカーおよび第三のＴＲＡＩＬ単量体を含む単一の非分岐ポリペプチドを形成しているヒトＩｇＧ  Ｆｃ部分を含み、各リンカーは１５〜２０個のアミノ酸からなり、２つのＴＲＡＩＬ単量体間リンカーはそれぞれ３つのＧ４Ｓモチーフを含む。
【０１０６】
別の実施形態では、疾患、例えば癌を治療するポリペプチドの効果を増大させるため、Ｆｃ領域のエフェクター機能を改変する。例えば、Ｆｃ領域にシステイン残基（１つまたは複数）を導入することにより、この領域に鎖間ジスルフィド結合を形成させ得る。このように作製したホモ二量体ポリペプチドは、内部移行能の改善ならびに／あるいは補体媒介性殺細胞作用および抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）の増大を示し得る。ヘテロ二官能性架橋剤を用いて、抗腫瘍活性が増大したホモ二量体を調製してもよい。あるいは、二重Ｆｃ領域を有し、それにより補体溶解およびＡＤＣＣ能の増大を示し得るポリペプチドを設計することができる。
【０１０７】
特定の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、３つ１組のヒトＴＲＡＩＬドメインと結合してアミノ末端からカルボキシル末端の順序でＦｃ部分、リンカー、第一のＴＲＡＩＬ単量体、単量体間リンカー、第二のＴＲＡＩＬ単量体、第二の単量体間リンカーおよび第三のＴＲＡＩＬ単量体を含む単一の非分岐ポリペプチドを形成しているヒトＩｇＧ  Ｆｃ部分またはそのフラグメントを含む。特定の実施形態では、例えば、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは配列番号２２〜３９のいずれか１つを含む。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、天然の野生型ヒトＴＲＡＩＬにみられない変異を少なくとも１つ、２つ、３つまたは４つ含む。
【０１０８】
例示的一本鎖変異体Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、「Ｆｃ−Ｔ１４８」、「Ｆｃ−Ｔ１５１」、「Ｆｃ−Ｔ１５３」、「Ｆｃ−Ｔ１８２」、「Ｆｃ−Ｔ１８３」、「Ｆｃ−Ｔ１８６」、「Ｆｃ−Ｔ１９１」、「Ｆｃ−Ｔ１９６」、「Ｆｃ−Ｔ２０２」、「Ｆｃ−Ｔ２０３」、「Ｆｃ−Ｔ２０４」、「Ｆｃ−Ｔ２０５」、「Ｆｃ−Ｔ２０６」、「Ｆｃ−Ｔ２０７」、「Ｆｃ−Ｔ２０８」、「Ｆｃ−Ｔ２０９」、「Ｆｃ−Ｔ２１０」および「Ｆｃ−Ｔ２１１」（それぞれ配列番号２２〜３９）から選択され得る。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＴ１４８（配列番号２２）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１５１（配列番号２３）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１５３（配列番号２４）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１８２（配列番号２５）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１８３（配列番号２６）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１８６（配列番号２７）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１９１（配列番号２８）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ１９６（配列番号２９）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０２（配列番号３０）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０３（配列番号３１）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０４（配列番号３２）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０５（配列番号３３）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０６（配列番号３４）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０７（配列番号３５）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０８（配列番号３６）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２０９（配列番号３７）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２１０（配列番号３８）である。別の実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドはＦｃ−Ｔ２１１（配列番号３９）である。
【０１０９】
一実施形態では、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは癌細胞アポトーシスを誘導する。
【０１１０】
これ以外の既知のＴＲＡＩＬベースの治療剤およびＦｃ融合物も本明細書に記載される方法に使用することができる。例えば、一実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤は六価のＦｃ融合タンパク質（例えば、ＡＢＢＶ−６２１）（内容が明示的に参照により本明細書に組み込まれるＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別番号ＮＣＴ０３０８２２０９も参照されたい）である。ＡＢＢＶ−６２１は、ヒトＩｇＧ１抗体のＦｃドメインと融合した６つのＴＲＡＩＬの受容体結合ドメインからなるＴＲＡＩＬ受容体アゴニストである。
【０１１１】
さらに、本明細書に記載される方法に使用することができるＦｃ融合ポリペプチドとしては、一本鎖ｔｒａｉｌ受容体アゴニスト（例えば、内容が明示的に参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／１６４５８８号および米国特許出願公開第２０１５／０３３７０２７号記載されているものなど）が挙げられる。
【０１１２】
ｉｉｉ．Ｆａｂ−Ｆｃ−ＴＲＡＩＬおよびＦａｂ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチド
本明細書に記載されるＦｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、抗体Ｆａｂ領域またはそのフラグメントをさらに含み得る（例えば、Ｆａｂ−Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチド）。「Ｆａｂ」は、２つの鎖、すなわち、ＶＨドメインとＣＨ１ドメインとを含む第一の鎖およびＶＬドメインとＣＬドメインとを含む第二の鎖を含む、抗体の抗原結合部分を指す。Ｆａｂは通常、パパインで処理した抗体のＮ末端フラグメントとして記載され、ヒンジ領域の一部を含むが、本明細書では、重鎖がヒンジの一部を含まない結合ドメインを指すものとしても使用される。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ融合物は、完全長の重鎖および軽鎖またはそのフラグメントを含む。別の実施形態では、ＴＲＡＩＬ融合物は完全長抗体を含む。
【０１１３】
一実施形態では、Ｆａｂ−Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合物もしくは完全長重鎖および軽鎖重鎖ＴＲＡＩＬ融合物またはそのフラグメントを第二の融合ポリペプチド鎖と二量体化することができる。特定の実施形態では、２つの融合ポリペプチド鎖を少なくとも１つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。別の実施形態では、２つの融合ポリペプチド鎖を少なくとも２つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。別の実施形態では、２つの融合ポリペプチドを少なくとも３つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。
【０１１４】
別の実施形態では、Ｆａｂ−Ｆｃ、重鎖および軽鎖、完全長抗体またはそのフラグメントをリンカーでＴＲＡＩＬポリペプチドと融合する。別の実施形態では、リンカーはアミノ酸リンカーである。改変後も抗原結合親和性が維持される限り、Ｆａｂ領域または抗体の重鎖および／または軽鎖可変領域のフレームワークまたは連結領域内のうち１つまたは複数のものに改変を施すこともできる。
【０１１５】
別の実施形態では、Ｆａｂ−Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、３つ１組のヒトＴＲＡＩＬ単量体と結合してアミノ末端からカルボキシル末端の順序でＦｃ部分、リンカー、第一のＴＲＡＩＬ単量体、単量体間リンカー、第二のＴＲＡＩＬ単量体、第二の単量体間リンカーおよび第三のＴＲＡＩＬ単量体を含む単一の非分岐ポリペプチドを形成するヒトＦｃ部分またはそのフラグメントと結合したヒトＦａｂ部分またはそのフラグメントを含む。別の実施形態では、Ｆａｂ−Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、天然の野生型ヒトＴＲＡＩＬにみられない変異を少なくとも１つ、２つ、３つまたは４つ含む。
【０１１６】
本明細書に記載されるＴＲＡＩＬ融合物は、抗体Ｆａｂ領域またはその抗原結合部分も含み得る（Ｆａｂ−ＴＲＡＩＬ）。一実施形態では、Ｆａｂ領域は完全長の重鎖を含む。別の実施形態では、Ｆａｂ領域は、完全長の重鎖および軽鎖またはそのフラグメントを含む。別の実施形態では、Ｆａｂ−ＴＲＡＩＬ融合物を第二の融合ポリペプチド鎖と二量体化することができる。特定の実施形態では、２つの融合ポリペプチド鎖を少なくとも１つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。別の実施形態では、２つの融合ポリペプチド鎖を少なくとも２つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。別の実施形態では、２つの融合ポリペプチド鎖を少なくとも３つのＦｃ間ジスルフィド結合により二量体化する。
【０１１７】
別の実施形態では、ＦａｂまたはそのフラグメントをリンカーでＴＲＡＩＬポリペプチドと融合する。別の実施形態では、リンカーはアミノ酸リンカーである。改変後も抗原結合親和性が維持される限り、Ｆａｂ領域または抗体の重鎖および／または軽鎖可変領域のフレームワークまたは連結領域内のうち１つまたは複数のものに改変を施すこともできる。
【０１１８】
別の実施形態では、Ｆａｂ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、３つ１組のヒトＴＲＡＩＬ単量体と結合してアミノ末端からカルボキシル末端の順序でＦａｂ部分、リンカー、第一のＴＲＡＩＬ単量体、単量体間リンカー、第二のＴＲＡＩＬ単量体、第二の単量体間リンカーおよび第三のＴＲＡＩＬ単量体を含む単一の非分岐ポリペプチドを形成するヒトＦａｂ部分またはそのフラグメントを含む。別の実施形態では、Ｆａｂ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、天然の野生型ヒトＴＲＡＩＬにみられない変異を少なくとも１つ、２つ、３つまたは４つ含む。例示的Ｆａｂ−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、可溶性ＴＲＡＩＬ（ｓｃＴＲＡＩＬ）ポリペプチドと融合した抗ＥｐＣＡＭ  Ｆａｂを含み得る。
【０１１９】
ｉｖ．アルブミン−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチド
別の実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドはアルブミン部分（例えば、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ））と結合している。別の実施形態では、アルブミン−ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドは、１つ、２つまたは３つのＴＲＡＩＬ単量体を含む。
【０１２０】
特定の実施形態では、単一のＴＲＡＩＬ融合ポリペプチド鎖は、３つ１組のヒトＴＲＡＩＬ単量体とペプチド結合してアミノ末端からカルボキシル末端の順序でアルブミン部分、リンカー、第一のＴＲＡＩＬ単量体、単量体間リンカー、第二のＴＲＡＩＬ単量体、第二の単量体間リンカーおよび第三のＴＲＡＩＬ単量体を含む単一の非分岐ポリペプチドを形成するヒト血清アルブミン部分を含む。
【０１２１】
ｖ．二重特異性融合ポリペプチド
二重特異性抗体融合物も提供される。一実施形態では、ＴＲＡＩＬポリペプチドは二重特異性抗体の重鎖のＣ末端と融合している。本明細書の二重特異性抗体は、好ましくは非重複または非競合エピトープと結合し、同じまたは異なるタンパク質に対して少なくとも２つの結合特異性を有する。このような二重特異性抗体は、追加の結合特異性、例えば、発癌遺伝子の産物などの別の抗原に対する第三のタンパク質結合特異性を有し得る。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製することができる。
【０１２２】
Ｅ．ＴＲＡＩＬ融合ポリペプチドを作製する方法
本明細書に記載されるＴＲＡＩＬ融合タンパク質は、標準的な組換え技術により作製することができる。組換えによる作製の方法については最先端のものが広く知られており、原核および真核細胞でのタンパク質発現とそれに続く抗体の単離ならびに通常は薬学的に許容される純度までの精製を含む。宿主細胞で結合タンパク質を発現させるには、各ポリペプチドをコードする核酸を標準的方法により発現ベクター内に挿入する。適切な原核または真核宿主細胞（ＣＨＯ細胞、ＮＳＯ細胞、ＳＰ２／０細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ＣＯＳ細胞、ＰＥＲ．Ｃ６細胞、酵母または大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞など）で発現を実施し、その細胞（上清または溶解後の細胞）から結合タンパク質を回収する。組換えにより抗体を作製する一般的方法については最先端のものが周知であり、例えば、Ｍａｋｒｉｄｅｓ，Ｓ．Ｃ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｘｐｒ．Ｐｕｒｉｆ  １７  １８３−２０２（１９９９）；Ｇｅｉｓｓｅ，Ｓ．ら，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｘｐｒ．Ｐｕｒｉｆ．８  ２７１−２８２（１９９６）；Ｋａｕｆｍａｎ，Ｒ．Ｊ．，ＭｏＩ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６  １５１−１６１（２０００）；Ｗｅｒｎｅｒ，Ｒ．Ｇ．，Ｄｒｕｇ  Ｒｅｓ．４８  ８７０−８８０（１９９８）の総説に記載されている。
【０１２３】
ポリペプチドは、従来の精製方法により培地から適切に分離され得る。細胞成分またはその他の夾雑物、例えば細胞内の他の核酸またはタンパク質を除去するため、アルカリ／ＳＤＳ処理、ＣｓＣｌバンド形成、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動およびその他の当該技術分野で周知のものを含めた標準的技術により精製を実施することができる。Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．ら編，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  ａｎｄ  Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８７）を参照されたい。タンパク質の精製には様々な方法、例えば微生物タンパク質を用いるアフィニティークロマトグラフィー（例えば、プロテインＡまたはタンパク質Ｇアフィニティークロマトグラフィー）、イオン交換クロマトグラフィー（例えば、陽イオン交換（カルボキシルメチルレジン）、陰イオン交換（アミノエチルレジン）および混合モード交換）、チオフィリック吸着（例えば、ベータメルカプトエタノールおよびその他のＳＨリガンドを用いるもの）、疎水性相互作用または芳香族吸着クロマトグラフィー（例えば、フェニル−セファロース、アザ−アレノフィリックレジンまたはｍ−アミノフェニルボロン酸を用いるもの）、金属キレートアフィニティークロマトグラフィー（例えば、Ｎｉ（ＩＩ）親和性物質およびＣｕ（ＩＩ）親和性物質を用いるもの）、サイズ排除クロマトグラフィーおよび電気泳動法（ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動など）などが十分に確立されており、広く用いられている（Ｖｉｊａｙａｌａｋｓｈｍｉ，Ｍ．Ａ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．７５  ９３−１０２（１９９８））。ポリペプチドをコードするＤＮＡおよびＲＮＡは、従来の方法を用いて容易に単離されシーケンシングされる。
【０１２４】
Ｆ．患者集団
本明細書には、ヒト患者の癌を治療する方法および特定レベルのバイオマーカー、例えばＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）またはｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）などに基づきそのように治療する患者を選択する方法が提供される。一実施形態では、癌は、結腸直腸癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、メラノーマ（例えば、皮膚または眼内悪性メラノーマ）、漿液性卵巣癌、肝臓癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、乳癌、肺癌、子宮癌、結腸癌、直腸癌、肛門領域の癌、食道癌、胃癌、胃食道接合部癌、精巣癌、子宮癌、ファロピウス管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰部癌、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟部組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、小児固形腫瘍、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盂癌、中枢神経系（ＣＮＳ）新生物、脊髄腫瘍、神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌および中皮腫からなる群より選択される。この方法は転移性癌の治療にも適用可能である。
【０１２５】
一実施形態では、患者には、一次化学療法後に疾患の再発または持続の証拠がみられる。別の実施形態では、患者は、原発性または再発性疾患の管理のため少なくとも１回、事前に白金系化学療法レジメンを受けている。別の実施形態では、患者は白金抵抗性または難治性の癌を有する。別の実施形態では、患者には、ａ）一次治療またはｂ）アジュバント治療後に疾患の再発または持続の証拠がみられる。
【０１２６】
別の実施形態では、患者は進行癌を有する。一実施形態では、「進行」癌という用語は、ステージＩＩより上の癌を意味する。別の実施形態では、「進行」は、通常は化学療法が推奨される疾患のステージを指し、それは以下のもの：１．疾患再発の場合：任意のステージもしくはグレード；２．ステージＩＣ以上、任意のグレード；３．ステージＩＡもしくはＩＢ、グレード２もしくは３；または４．不完全手術の場合もしくは外科手術後（さらなる外科手術を施行することができない場合）後に残存疾患が疑われる場合：任意のステージもしくはグレードのうちのいずれか１つである。
【０１２７】
Ｇ．転帰
本明細書に提供される治療方法の有効性は、任意の適切な手段を用いて評価することができる。一実施形態では、治療により、腫瘍増殖速度の低下、腫瘍サイズの減少、転移性病巣数の経時的減少、無進行生存期間の増大および全奏効率の上昇からなる群より選択される少なくとも１つの治療効果が得られる。本明細書に提供される方法は、腫瘍増殖を少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９９％または１００％阻害する。
【０１２８】
一実施形態では、本明細書に記載される治療方法により５０％超の癌細胞死が得られる。別の実施形態では、この治療により６０％超の癌細胞死、６５％超の癌細胞死、７０％超の癌細胞死、７５％超の癌細胞死、８０％超の癌細胞死、８５％超の癌細胞死、９０％超の癌細胞死、９５％超の癌細胞死または１００％の癌細胞死が得られる。
【０１２９】
標的病変に関して、治療法に対する応答には以下のものが含まれ得る：
完全奏効（ＣＲ）：標的病変がすべて消失している。いずれの病的リンパ節（標的であるか非標的であるかは問わない）も短軸が１０ｍｍ未満に短縮していなければならない；
部分奏効（ＰＲ）：標的病変の直径の合計がベースラインの合計直径を基準として少なくとも３０％減少している；
進行性疾患（ＰＤ）：標的病変の直径の合計が試験の最小合計値（ベースラインの合計値が試験の最小値である場合はその値がこれに含まれる）を基準として少なくとも２０％増大している。２０％の相対的増大に加えて、合計値に少なくとも５ｍｍの絶対的増大もみられなければならない。（注：１つまたは複数の新たな病変の出現も進行したと見なされる）；および
不変（ＳＤ）：試験で最小の合計直径を基準として、ＰＲと見なされるのに十分な退縮もＰＤと見なされるのに十分な増大もみられない。（注：直径の合計に５ｍｍ以上増大がみられない２０％以下の変化は不変とされる）。不変の状態を割り当てるには、試験登録後に最小で６週間の間隔を空けて少なくとも１回、測定値が不変の基準を満たさなければならない。
【０１３０】
非標的病変に関して、治療法に対する応答には以下のものが含まれ得る：
完全奏効（ＣＲ）：非標的病変がすべて消失し、腫瘍マーカーレベルが正常化している。全リンパ節のサイズが非病的（短軸が１０ｍｍ未満）である。最初に腫瘍マーカーが正常範囲上限値を超えている場合、患者を臨床的完全奏効に含まれると見なすにはそれを正常化しなければならない；
非ＣＲ／非ＰＤ：１つもしくは複数の非標的病変（１つまたは複数）が持続しており、かつ／または腫瘍マーカーレベルが正常範囲を超えた状態で維持されている；および
進行性疾患（ＰＤ）：１つもしくは複数の新たな病変の出現および／または既存の非標的病変の明白な進行がみられる。明白な進行は通常、標的病変の状態を上回るものであってはならない。それは単一の病変増大ではなく、疾患状態の変化全体を代表するものでなければならない。
【０１３１】
例示的転帰では、本明細書に開示される方法に従って治療した患者には、少なくとも１つの癌の徴候に改善が認められ得る。
【０１３２】
一実施形態では、そのように治療した患者は、ＣＲ、ＰＲまたはＳＤを示す。
【０１３３】
別の実施形態では、そのように治療した患者には、腫瘍の退縮および／または増殖速度の低下、すなわち腫瘍増殖の抑制が認められ得る。さらに別の実施形態では、以下のうち１つまたは複数のことが起こり得る：癌細胞の数が減少する；腫瘍サイズが減少する；末梢器官内への癌細胞浸潤の阻害、遅延、速度低下もしくは停止がみられる；腫瘍転移の速度低下もしくは阻害がみられる；腫瘍増殖が阻害される；腫瘍の再発が予防もしくは遅延される；または癌に関連する１つもしくは複数の症状がある程度緩和される。
【０１３４】
他の実施形態では、このような改善を測定可能な腫瘍病変の量および／またはサイズの減少により測定する。測定可能な病変は、少なくとも１つの寸法が臨床検査でＣＴスキャン（ＣＴスキャンのスライス厚は５ｍｍ以下）およびノギスによる測定のうち一方もしくは両方により１０ｍｍ超であるか、または胸部Ｘ線により２０ｍｍ超であると正確に測定され得る（最長直径が記録され得る）病変と定義される。非標的病変、例えば病的リンパ節のサイズも改善の尺度とすることができる。一実施形態では、病変を胸部Ｘ線またはＣＴもしくはＭＲＩの結果で測定することができる。
【０１３５】
他の実施形態では、細胞診または組織学検査を用いて治療法に対する応答性を評価することができる。測定可能な腫瘍が奏効または不変の基準を満たしている場合に治療時に出現または悪化する任意の浸出液が新生物起源であるかどうかを細胞診により確認することにより、奏効または不変（浸出液が治療の副作用である可能性がある）と進行性疾患とを鑑別することができると考えられる。
【０１３６】
Ｈ．キットおよび製品
さらに、ＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストと、本明細書に記載される方法に従って使用するための指示書とを含む、キットが提供される。キットには通常、所定量の試薬の組合せが指示書およびキットの内容物が目的とする用途を示すラベルとともに包装されて含まれている。ラベルまたは指示書という用語は、キットの上に、もしくはキットとともに提供されるか、またはキットの製造、輸送、販売もしくは使用の際に随時別の方法でキットに添付される任意の書面または記録資料を包含する。それは、医薬品または生物学的製品の製造、使用または販売を規制する政府機関により定められた形態であり得、その注意書きには、ヒトへの投与または獣医学的使用のための製造、使用または販売がその機関により承認されたことが示されている。ラベルまたは指示書は、広告の小冊子およびパンフレット、包装材料ならびに音声またはビデオによる指示も包含し得る。
【０１３７】
例えば、いくつかの実施形態では、キットは、適切な容器に入ったＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストと、本明細書に記載される治療レジメンに従って投与するための指示書とを含む。いくつかの実施形態では、キットは追加の抗悪性腫瘍剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、ＴＲＡＩＬベースの治療剤または細胞死受容体アゴニストは、投与単位として適切な容器に入った形で提供される。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジおよび試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成されたものであり得る。
【０１３８】
以下の実施例は、単に例示的なものであり、当業者には本開示を読めば変形物および均等物が多数明らかになることから、決して本開示の範囲を限定するものではないと解釈されるべきである。
【０１３９】
本明細書に引用される特許、特許出願および刊行物はいずれも、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【０１４０】
（実施例）
実施例１：ＣＲＣの予想バイオマーカーを導き出すのに用いた論理モデル
遺伝子発現データを用いて、架橋組換えヒトＴＲＡＩＬ（ｒｈＴＲＡＩＬ）に対する応答を予測する論理モデルを訓練した。訓練セットには、公開されているデータ、すなわちＣａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  Ｌｉｎｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ（ＣＣＬＥ）の遺伝子発現データおよびＣＲＣ細胞系パネルでの架橋ｒｈＴＲＡＩＬによる細胞生存率の変化を用いた。ＢＩＯＣＡＲＴＡ  Ｄｅａｔｈ  Ｐａｔｈｗａｙ遺伝子リストの遺伝子で可能なあらゆるペアにＡＮＤおよびＯＲ機能を適用して論理モデルスコアを得た。架橋ｒｈＴＲＡＩＬによる最大阻害とよく相関する２遺伝子バイオマーカー、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ  ＡＮＤ（ＮＯＴ  ＢＩＲＣ２）を発見し、ブートストラップにより、それが統計的に有意であることが予測された。
【０１４１】
材料および方法
細胞系
表１Ａおよび１Ｂに示す通り、結腸直腸細胞系をＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ、マナッサス、バージニア州、米国）、米国国立癌研究所（ＮＣＩ、フレデリック、メリーランド州、米国）、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ社（セントルイス、ミズーリ州、米国）、Ｋｏｒｅａｎ  Ｃｅｌｌ  Ｌｉｎｅ  Ｂａｎｋ（ＫＣＬＢ、ソウル、韓国）、医薬基盤研究所（ＮＩＢＩＯ、大阪、日本）または医薬基盤研細胞バンク（ＪＣＲＢ、大阪、日本）から購入／入手した。恒温器中、１００％空気雰囲気下で維持したＳＷ１４１７細胞を除くいずれの細胞も３７℃、５％ＣＯ２で増殖させた。全細胞系の培養条件を表１Ａおよび１Ｂに記載する。いずれの増殖培地にも１０％熱不活化ウシ胎児血清（ＨＩ  ＦＢＳ、Ｇｉｂｃｏ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、グランドアイランド、ニューヨーク州、米国）、１００単位／ｍｌのペニシリンおよび１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）を補充した。Ｃ２ＢＢｅ−１細胞系では、増殖培地に０．０１ｍｇ／ｍＬのヒトトランスフェリン（Ｓｉｇｍａ社、カタログ番号Ｔ８１５８）を他の補充物質とともに添加した。細胞培地は、ＡＴＣＣから入手したＥＭＥＭ培地を除き、Ｇｉｂｃｏ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社から購入した。
【０１４２】
細胞生存率アッセイ：
結腸直腸細胞系を完全培地でサブコンフルエントまで培養した。トリプシン（Ｇｉｂｃｏ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、グランドアイランド、ニューヨーク州、米国）で細胞を剥離し、ｐＨ７．４のＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）で１回洗浄し、新鮮な完全増殖培地に懸濁させた。細胞を表１Ａおよび１Ｂに示す通り最適な密度で９６ウェルプレートに播種し、３７℃で一晩回復させた。次いで、細胞を漸増濃度（０〜１０ｎＭ）の組換えヒトＴＲＡＩＬ（ｒｈＴＲＡＩＬ、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ社、ミネアポリス、ミネソタ州、米国）で処置した。処置から２４時間後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ  Ａｓｓａｙ（ＣＴＧ、Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ社、マディソン、ウィスコンシン州、米国）を製造業者のプロトコル通りに用いて細胞内ＡＴＰの量を測定することにより生存率を求めた。少なくとも２つの独立した試験からデータを入手し、発光を未処置対照に対して正規化した。用量反応曲線を作成し、ＭＡＴＬＡＢ（Ｎａｔｉｃｋ社、マサチューセッツ州、米国）を用いてＡｍａｘ値を算出した。
【０１４３】
【表１Ａ】
2019517570.tif 000002
【表１Ｂ】
2019517570.tif 000003
【０１４４】
ＲＮＡｓｅｑデータの処理
ＣＣＬＥコンソーシアムはこれまでに９３３の細胞系に関するＲＮＡ−Ｓｅｑの生データを公開している。これらのデータをＲＮＡ−Ｓｅｑ定量化プログラムであるｋａｌｌｉｓｔｏ（Ｎ．Ｌ．Ｂｒａｙ，Ｈ．Ｐｉｍｅｎｔｅｌ，Ｐ．Ｍｅｌｓｔｅｄ，Ｌ．Ｐａｃｈｔｅｒ，Ａ．Ｒｘｉｖ（２０１５））を用いて処理した。このプログラムは各細胞系の遺伝子存在量を出力するものであり、次いで、これらのデータを上四分位正規化した。生物学的ノイズがシグナルに比例することが多いため、次いで、特定の遺伝子のｍＲＮＡ発現量が多い試料により結果がゆがめられないようデータをｌｏｇ２で正規化した。最後に、このデータを論理モデルに用いるため、各遺伝子の発現を０から１までの値に対して正規化した。全９３３種類のＣＣＬＥ試料について各遺伝子の発現をその遺伝子の第９５および第５百分位数の値により正規化した。
【０１４５】
のちの解析に含めた遺伝子は、キュレートされ公開されているＢＩＯＣＡＲＴＡ  Ｄｅａｔｈ  Ｐａｔｈｗａｙの遺伝子である（表２を参照されたい）。
【０１４６】
【表２】
2019517570.tif 000004
【０１４７】
論理モデルの構築
０から１までの範囲の連続型変数ＸおよびＹを考慮に入れる際には、以下の等式：
ＮＯＴ  Ｘ＝１−Ｘ
Ｘ  ＡＮＤ  Ｙ＝Ｘ＊Ｙ
Ｘ  ＯＲ  Ｙ＝ＮＯＴ（（ＮＯＴ  Ｘ）ＡＮＤ（ＮＯＴ  Ｙ））＝１−（（１−Ｘ）＊（１−Ｙ））
を用いて論理ゲート「ＡＮＤ」、「ＯＲ」および「ＮＯＴ」を記述することができる。
【０１４８】
ＣＣＬＥの全ＣＲＣ細胞系について遺伝子の全ペアおよびそのＮＯＴ値に関する論理モデルを作成した。残存細胞のパーセントを論理モデルスコアと相関させた。モデルが少なくともスクランブル出力の９５％との相関と同程度に実際の生存能と相関する場合、そのモデルを非ランダムであると見なした。
【０１４９】
最良モデルの選択
架橋ｒｈＴＲＡＩＬに対する細胞系の応答を報告している公開データセットを訓練セットに用いて、最も予測性能の高い論理モデルを選択した（Ｐ．Ｍ．Ｎａｉｒら，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １１２，５６７９−５６８４（２０１５））。結腸および盲腸に由来するＣＣＬＥ細胞系の細胞生存率データを論理モデルスコアと相関させた。生存率のスクランブルデータを論理モデルスコアと相関させることによりブートストラップを実行した。論理モデルが少なくともスクランブル出力の９５％との相関と同程度に実際の生存能と相関する場合、そのモデルを非ランダムであると見なした。
【０１５０】
ｒｈＴＲＡＩＬを用いたモデルの検証
次いで、ｒｈＴＲＡＩＬを用いてバイオマーカー仮説を検証した。最初のデータセット内にあった１４種類の細胞系をｒｈＴＲＡＩＬに用量依存性に曝露し、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ  Ｇｌｏ（登録商標）（ＣＴＧ）アッセイを用いて細胞生存率を測定した。
【０１５１】
仮説を新たな細胞系で検証する前に、ｒｈＴＲＡＩＬデータセットから得た論理モデルスコアに基づき、線形モデルを当てはめて細胞生存率を予測した。追加の９種類のＣＲＣ細胞系について、そのＣＣＬＥのＲＮＡ−Ｓｅｑ値に基づき（訓練セットについて実施した通りに）論理モデルスコアを算出し、細胞生存率を予測し、次いで、各細胞系の実際の最小生存率の中央値と比較した。
【０１５２】
結果
バイオマーカー予測
細胞生存率の最も優れた予測因子の１つはＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）であることがわかった。ＴＮＦＳＦＲ１０Ａは細胞死受容体４をコードする遺伝子であり、ＢＩＲＣ２は抗アポトーシスタンパク質ｃＩＡＰ１をコードする遺伝子である。この論理関数の出力値が大きいほど、架橋ｒｈＴＲＡＩＬが細胞生存率を低下させる能力が高いものとした。論理モデルスコアと細胞生存率との間のピアソン相関は−０．６９であった。これは２７例の試料を用いて算出したものである。論理モデルフィット対残存生存細胞のパーセントのグラフを図１Ａに示す。
【０１５３】
ブートストラップ解析から、１０００回のうち９７４回（すなわち、ｐ＝０．０２６）は論理関数ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ  ＡＮＤ（ＮＯＴ  ＢＩＲＣ２）から得た予測因子と実際の応答との間の相関の方がスクランブルデータセットから得た最良の予測因子の間の相関より優れていることがわかった。このことは、バイオマーカーのデータがランダムではないことを示していた。したがって、このモデルは、ＴＲＡＩＬシグナル伝達経路ではＤＲ４とｃＩＡＰ１が最も感度の高いノードであることを示している。このモデルから、ＤＲ４が存在しなければ、ｒｈＴＲＡＩＬはそのシグナルを細胞外から伝達することができないことが示唆される。ｃＩＡＰ１レベルが高過ぎれば、抗アポトーシスシグナルがＴＲＡＩＬからのアポトーシスの合図を圧倒することになり、したがって、ｒｈＴＲＡＩＬがアポトーシスを誘導するには高ＤＲ４と低ｃＩＡＰ１のバランスが必要となる。
【０１５４】
元の公開されているデータセットで観察されたものと同じ傾向は、より小さい細胞系のセットをｒｈＴＲＡＩＬに曝露するアッセイにも当てはまった、すなわち、各細胞系の細胞生存率の最大阻害の中央値は関数ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ  ＡＮＤ（ＮＯＴ  ＢＩＲＣ２）の論理スコアと相関することがわかった。回帰モデルに当てはめて論理モデルスコアから細胞生存率を予測するのに用いた元の公開されているデータセットと重複する１１種類のＣＲＣ細胞系を用いたモデル訓練セットのＣＴＧデータを表３にまとめる。
【０１５５】
【表３】
2019517570.tif 000005
【０１５６】
論理モデル出力、パーセント細胞生存率およびフィットのグラフを図１Ｂに示す。回帰モデル（赤線）をフィットさせて、１０ｎＭのｒｈＴＲＡＩＬに応答した細胞生存率を論理モデルスコアの関数として予測する。１１種類の細胞系のうち１０種類の細胞系のデータを用いて回帰を実施した。ＭＤＳＴ８（論理モデルスコア＝０．１４および細胞生存率＝６％）は明らかに外れ値であるため、これをフィットから除外して予測モデルを作成した。回帰モデルは、残存生存細胞のパーセント＝８６．７−１２２．０＊（論理モデルスコア）とするものである。
【０１５７】
次いで、元の公開されているデータセットに含まれていなかったさらに９種類のＣＲＣ細胞系をｒｈＴＲＡＩＬに曝露し、細胞生存率を測定した。ＣＣＬＥデータに基づけば、これらの細胞系は様々なレベルのＤＲ４およびｃＩＡＰ１を発現する。
【０１５８】
ｒｈＴＲＡＩＬに曝露した９種類の追加のＣＲＣ細胞系を用いてバイオマーカー仮説を検証した試験セットで得たＣＴＧのデータを表４にまとめる。
【０１５９】
【表４】
2019517570.tif 000006
【０１６０】
ｒｈＴＲＡＩＬに曝露した９種類の追加のＣＲＣ細胞系を用いてバイオマーカー仮説を検証した試験セットで得た正規化ＤＲ４レベルおよびｃＩＡＰ１レベルを表５にまとめる。
【０１６１】
【表５】
2019517570.tif 000007
【０１６２】
細胞系をｒｈＴＲＡＩＬ（４反復／細胞系）に用量依存性に曝露した。最小細胞生存率を記録した。
【０１６３】
論理モデルにより、５０％阻害のカットオフを用いて、９種類の追加の細胞系のうち８種類の細胞系の応答がｒｈＴＲＡＩＬに応答する細胞系または応答しない細胞系として正確に予測され（例えば、処置後の細胞死が５０％を超える細胞系は応答細胞系に分類され、処置後の細胞死が５０％未満の細胞系は非応答細胞系に分類される）、細胞系のうち６種類の細胞系で実際の生存率が少なくとも１つの測定値の１０％以内にあることが予測された。予測値対実際の細胞生存率を図１Ｃに示す。以上の結果を考え合わせると、腫瘍のＤＲ４レベルが高くｃＩＡＰ１レベルが低い患者が細胞死受容体アゴニストによる治療に良好に応答する可能性があることがわかる。
【０１６４】
実施例２：癌ゲノム情報の解析
Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）の結腸直腸に関するデータに解析を実施して、ＴＲＡＩＬに応答すると考えられる集団の割合を予測した。簡潔に述べれば、全適応症の全試料にわたって各試料の遺伝子発現を正規化した。図２Ａに、ＣＲＣ腫瘍試料の正規化ＤＲ４レベルのヒストグラムを示す。分布は明らかに右側に偏っており、大部分のＣＲＣ腫瘍試料はＤＲ４のレベルが高いことを示している。図２Ｂに、左側に偏ったＣＲＣ腫瘍試料の正規化ｃＩＡＰ１レベルのヒストグラムを示す。図２Ｃに、正規化ＤＲ４レベルおよびｃＩＡＰ１レベルに基づくＣＲＣ腫瘍試料全体のバイオマーカースコアの分布を示す。試料の５８％は、バイオマーカースコアが細胞生存率低下の予測値７５％に対応する０．５より大きいことに注目するべきである。試料の２１％はバイオマーカースコアが０．７より大きく、この０．７という数値は、腫瘍細胞が完全に根絶されると予測されるものである。
【０１６５】
ＴＣＧＡの結腸直腸の正常組織試料に同様の解析を実施した。結腸直腸の正常組織試料全体のバイオマーカースコアスコアのヒストグラムを図２Ｄに示す。注目すべきなのは、スコアが０．５を上回る試料はわずか１２％であり、スコアが０．７を上回る試料は皆無であることであり、ＴＲＡＩＬ治療が正常な結腸直腸組織に毒性を示す可能性はないことが示唆される。
【０１６６】
実施例３：ＤＲ４／ｃＩＡＰ１  ｍＲＮＡ発現比はＴＲＡＩＬベースの治療法に対する応答と相関する
結腸直腸細胞系を様々な濃度のｒｈＴＲＡＩＬ（０〜１０ｎＭ）で２４時間処置した。ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ発光アッセイを用いて１０ｎＭ（Ｃｍａｘ）での抗腫瘍活性（生存率）を評価した。図３Ａに、示される細胞系の処置後のパーセント生存率を示す。生存率が８０％低下した細胞系を感受性の細胞系に分類し、残りの細胞系を抵抗性の細胞系に分類した。感受性の細胞系の方が抵抗性の細胞系よりＤＲ４／ｃＩＡＰ１  ｍＲＮＡ発現比が有意に高かった（図１Ｂおよび１Ｃ）。
【０１６７】
現在用いられているＴＲＡＩＬアゴニスト（すなわち、ｒｈＴＲＡＩＬ）は、薬物動態特性が不良であり、かつ／または効力が低いという問題がある。一方、Ｆｃ−ＴＲＡＩＬ（例えば、Ｆｃ−Ｔ１９１）は、ＤＲ４およびＤＲ５の両方を標的としＦｃ領域とそれに続く３つの連続するＴＲＡＩＬ単量体からなる単一の融合ポリペプチドであり、マウスＰＫ試験で優れた終末相半減期を示す。Ｆｃ−Ｔ１９１はｒｈＴＲＡＩＬと同等の活性を示し、相関係数＝０．９２である。このため、ｒｈＴＲＡＩＬに良好に応答したＣＲＣ細胞系のほとんどがＦｃ−Ｔ１９１にも良好に応答した（図４）。
【０１６８】
Ｃｏｌｏ２０５細胞系はＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）の発現が高く、ｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）の発現が低い、すなわちＤＲ４／ｃＩＡＰ１比が大きいことから、この細胞系を用いてバイオマーカー仮説をｉｎ  ｖｉｖｏで検証した。Ｆｃ−Ｔ１９１（１０ｍｇ／ｋｇ  ＩＰ）単独で処置したところ、腫瘍増殖が有意に阻害された（図５Ａ）。注目すべきなのは、それぞれＤＲ４／ｃＩＡＰ１比が比較的小さいＲＫＯ細胞系およびＫＭ１２細胞系の増殖がＦｃ−Ｔ１９１処置による影響をほとんど受けなかったことである（図５Ｂおよび５Ｃ）。以上の結果から、ＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）レベルが高くｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）レベルが低いことはＴＲＡＩＬ治療が成功を収めることを示すものであることが示唆された。
【０１６９】
実施例４：細胞死受容体およびｃＩＡＰ１のノックダウンによりＣＲＣ細胞系のＴＲＡＩＬに対する応答が変化し、このことは２遺伝子バイオマーカーと応答との間に機序的関係があることを示している
コンピュータモデル化を用いてＤＲ４とｃＩＡＰ１が有望なバイオマーカーシグネチャーとして特定されたことから、ＬＩＭ−１２１５細胞およびＨＣＴ１１６細胞を用いてＦｃ−Ｔ１９１処置に応答したＤＲ４またはＤＲ５の機能的役割を検討した。
【０１７０】
材料および方法
ＲＮＡサイレンシング／トランスフェクション
ヒトＤＲ４、ＤＲ５およびｃＩＡＰ１遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡ（１つまたは複数）ならびに汎用スクランブルｓｉＲＮＡをＩＤＴ社（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、コーラルビル、アイオワ州、米国）から入手し、ｓｉＲＮＡ配列は以下の通りであった：
ｓｉＤＲ４−二本鎖−１  ＧＧＡＡＣＵＵＵＣＣＧＧＡＡＵＧＡＣＡＡＵＵＣＴＧ（配列番号４１）
ｓｉＤＲ４−二本鎖−２  ＧＧＡＣＡＡＵＧＣＵＣＡＣＡＡＣＧＡＧＡＵＵＣＴＧ（配列番号４２）
ｓｉＤＲ４−二本鎖−３  ＣＡＧＡＡＵＣＵＣＧＵＵＧＵＧＡＧＣＡＵＵＧＵＣＣＵＣ（配列番号４３）
ｓｉＤＲ５−二本鎖−１  ＧＵＣＡＣＡＵＧＡＣＣＧＧＵＡＣＵＧＧＡＡＧＡＡＡ（配列番号４４）
ｓｉＤＲ５−二本鎖−２  ＵＡＣＣＵＵＣＵＡＧＡＵＡＣＡＵＧＡＡＣＵＵＵＣＣＡＧ（配列番号４５）
ｓｉＤＲ５−二本鎖−３  ＵＣＵＧＡＧＡＣＡＧＵＧＣＵＵＣＧＡＵＧＡＣＵＴＴ（配列番号４６）
ＳｉＣＩＡＰ−１二本鎖−１  ＡＡＵＧＡＵＧＣＡＵＡＡＣＡＡＧＣＡＧＵＧＡＣＡＣＵＡ（配列番号４７）
ＳｉＣＩＡＰ−１二本鎖−２  ＡＵＡＣＣＵＵＵＡＣＡＡＧＣＧＡＧＡＧＡＡＣＵＧＡ（配列番号４８）
ＳｉＣＩＡＰ−１二本鎖−３  ＵＵＧＧＡＡＵＡＵＡＣＵＵＣＡＵＡＵＵＣＵＵＡＵＣＣＡ（配列番号４９）。
【０１７１】
６ウェルプレートで抗生物質の不在下、ＲＮＡｉ−Ｍａｘ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）トランスフェクション試薬９ｕｌを用いてＨＣＴ１１６細胞、ＬＩＭ１２１５細胞（８００，０００個）にＳｉＲＮＡプールをリバーストランスフェクトした（ＤＲ４、ＤＲ５およびｃＩＡＰ１単独を計３０ｐｍｏｌまたはＤＲ４とＤＲ５を併せて１５ｐｍｏｌ）。トランスフェクション後、細胞をＰＢＳで洗浄し、２日間培養し、トリプシン処理し、９６ウェルプレートに入れ替え（１０，０００細胞／ウェル）、漸増濃度のＦｃ−Ｔ１９１で２４時間（用量０〜３０ｕＭ）、３連で処置した。２４時間後、ＣＴＧリードアウトを測定した。同時に、細胞溶解物を調製し、ウエスタンブロット解析を用いてノックダウンを検証した。
【０１７２】
ウエスタンブロット解析
トランスフェクションから４８時間後、ｐＨ７．４の氷冷ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）（Ｇｉｂｃｏ社）で細胞を洗浄し、０．２５％トリプシン（Ｇｉｂｃｏ社）でトリプシン処理し、１５ｍｌチューブに収集した。細胞をペレット化し、氷冷ＰＢＳで１回洗浄した後、溶解緩衝液（ＲＩＰＡ  Ｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  Ｂｕｆｆｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）＋Ｐｒｏｔｅａｓｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  Ｃｏｃｋｔａｉｌ（Ｓｉｇｍａ社）、Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ  Ｉｎｈｉｂｏｔｏｒ  Ｃｏｃｋｔａｉｌ  ２（Ｓｉｇｍａ社）、１ｍＭオルトバナジウム酸ナトリウム、１０ｍＭピロリン酸ナトリウム、５０μＭフェニルアルシン、１０μＭ  ｂｐＶ、１０ｍＭ  Ｂグリセロリン酸、１Ｍフッ化ナトリウム）２５０μｌを加えた。細胞溶解物を氷上で最低３０分間インキュベートし、次いで１．５ｍｌ微小遠心管に移し、−８０℃で保管した。  ＢＣＡ  Ａｓｓａｙ（Ｐｉｅｒｃｅ社）を製造業者のプロトコル通りに用いてタンパク質濃度を求めた。
【０１７３】
タンパク質試料（２０μｇ）をＣｒｉｔｅｒｉｏｎ  ＸＴ  ４−１２％  Ｂｉｓ‐Ｔｒｉｓゲル（Ｂｉｏｒａｄ社）に装填し、１２０Ｖのゲル電気泳動により分離した。ＩＢＬＯＴ  Ｄｒｙ  Ｂｌｏｔｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いてタンパク質をニトロセルロース膜に移した。膜をＯＤＹＳＳＥＹブロッキング緩衝液（ＬＩ−ＣＯＲ社）中、室温で１時間ブロックした後、Ｏｄｙｓｓｅｙブロッキング緩衝液／ＰＢＳＴ（１：１混合物）で希釈した一次抗体と４℃で一晩インキュベートした（ＤＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）＋０．１％  ＴＷＥＥＮ２０）。以下のタンパク質：ＣＩＡＰ１（１：４００、Ｒ＆Ｄ  ｓｙｓｔｅｍ社、ＡＦ８１８１）、ＤＲ４（１：５００、Ａｂｃａｍ社、ａｂ８４１４）、ＤＲ５（１：４００、Ａｂｃａｍ社、ａｂ８４１６）およびＧＡＰＤＨ（１：１０００、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社、＃２１１８）に対する抗体を用いた。翌日、膜をＰＢＳＴで洗浄し、二次抗体：ＩＲＤＹＥ  ８００ＣＷヤギ抗ウサギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）またはＩＲＤＹＥ  ８００ＣＷロバ抗ヤギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）（ＬＩ−ＣＯＲ社）と室温で１時間インキュベートした。膜をＰＢＳＴでもう１回洗浄し、ＯＤＹＳＳＥＹ  ＣＬｘ  Ｉｍａｇｉｎｇシステム（ＬＩ−ＣＯＲ社）を用いて撮像した。
【０１７４】
細胞生存率アッセイ
結腸直腸細胞系を完全培地でサブコンフルエントまで培養した。トリプシン（Ｇｉｂｃｏ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、グランドアイランド、ニューヨーク州、米国）で細胞を剥離し、ＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）で１回洗浄し、新鮮な完全増殖培地に懸濁させた。細胞を表１Ａおよび１Ｂに示す通り最適な密度で９６ウェルプレートに播種し、３７℃で一晩回復させた。次いで、細胞を漸増濃度の単一薬剤の社内化合物Ｆｃ−Ｔ１９１（０〜３０ｎｍ、３倍希釈物）で処置した。処置から２４時間後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ  Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ  Ａｓｓａｙ（ＣＴＧ、Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ社、マディソン、ウィスコンシン州、米国）を製造業者のプロトコル通りに用いて細胞内ＡＴＰの量を測定することにより生存率を求めた。発光値を未処置対照に対して正規化した。ＭＡＴＬＡＢ（Ｎａｔｉｃｋ社、マサチューセッツ州、米国）を用いて用量反応曲線を作成した。
【０１７５】
結果
低ｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）のＬＩＭ１２１５細胞のＤＲ４をｓｉＲＮＡによりノックダウンし、ＤＲ５はノックダウンしない場合、スクランブル（非標的化）ｓｉＲＮＡをトランスフェクトした細胞と比較してＦｃ−Ｔ１９１に対する応答が低くなった（図６Ａ〜６Ｃ）。しかし、ＤＲ４とＤＲ５を組み合わせてノックダウンしたところ、ＤＲ４ノックダウン単独よりも細胞がＦｃ−Ｔ１９１から保護された（図６Ｂ〜６Ｃ）。
【０１７６】
高ｃＩＡＰ（ＢＩＲＣ２）のＨＣＴ１１６細胞では、ＤＲ４またはＤＲ５を単独でノックダウンしても、スクランブルｓｉＲＮＡをトランスフェクトした細胞と比較して有意な効果はみられなかった（図７Ａ〜７Ｃ）。しかし、ＤＲ４とＤＲ５を組み合わせてノックダウンしたところ、高濃度のＦｃ−Ｔ１９１に対してさえＨＣＴ１１６細胞の抵抗性が高くなった（図７Ｂ〜７Ｃ）。注目すべきなのは、ｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ−２）のノックダウンによりＨＣＴ１１６細胞がＦｃ−Ｔ１９１に対してさらに感受性になったことである（図７Ｂ〜７Ｃ）。以上の結果から、Ｆｃ−Ｔ１９１によりＤＲ４またはＤＲ５を介して誘導される細胞死は細胞型依存性であり、ｃＩＡＰ１はＦｃ−Ｔ１９１誘導性細胞死に対する抵抗性を生じさせ得ることが示唆される。
【０１７７】
実施例５：ＴＲＡＩＬ感受性ＰＤＸモデルは相対的に高レベルのＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）および低レベルのｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）を発現する。
バイオマーカー仮説をさらに検証するため、患者由来異種移植（ＰＤＸ）結腸直腸癌モデルを用いて、バイオマーカーレベルならびにｒｈＴＲＡＩＬ治療およびＦｃ−Ｔ１９１治療（患者試料：ＴＸ−ＣＲＣ−０６６、−０９６、−０８８、−２０６、−１６９および−１７１）に対する感受性を評価した。
【０１７８】
材料および方法
結腸直腸癌の細胞系由来異種移植マウスモデル
体重１８〜２０ｇの６週齢ヌードマウス（ＮＵ−Ｆｏｘｎ１ｎｕ；Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社）の右側腹部の皮下にＲＫＯまたはＨＣＴ１１６細胞系（５ｅ６）の５０％マトリゲル（Ｃｏｒｎｉｎｇ社）懸濁液を注射した。デジタルノギスを用いて腫瘍測定を実施し、「Ｗ」を幅の最大値とし「Ｌ」を長さの最大値とする方程式：π／６（Ｌ×Ｗ２）を用いて腫瘍体積を算出した。腫瘍が十分なサイズ（１００〜２５０ｍｍ３）になったとき、マウスを無作為化により対照群と実験群に割り付けた。マウスに溶媒対照のＰＢＳ（ｐＨ７．４）または示される用量のＦｃ−Ｔ１９１を投与した。試験期間中、腫瘍体積および体重をモニターした。最後の測定の後、組織学的評価用に腫瘍を回収した。治療群の間の統計学的差を求めるため、接種後第２２日の腫瘍体積の変化率を用いてｔ検定解析を実施した。
【０１７９】
結腸直腸癌の患者由来異種移植マウスモデル
テキサス工科大学癌センターからＴＸ−ＣＲＣ−０６６、−０９６、−０８８、−２０６、−１６９、−１７１、患者由来結腸直腸癌断片を入手した。Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社（ウィルミントン、マサチューセッツ州）から５〜８週齢の雌ＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスを購入した。イソフルラン吸引麻酔下、ＮＯＤ−ＳＣＩＤマウスの背側腹部の皮下に小さいポケットを開けた後、３０〜６０ｍｍ３の断片を皮下移植した。切開部位を外科用ステープルで閉じた。次いで、試験期間中、マウスの腫瘍増殖をモニターした。デジタルノギスを用いて腫瘍測定を実施し、「Ｗ」を幅の最大値とし「Ｌ」を長さの最大値とする方程式：（Ｌ×Ｗ２）／２を用いて腫瘍体積を算出した。次いで、良好な異種移植片を新たな宿主マウス内に継代した。継代３代または４代の時点で移植腫瘍の体積が十分なサイズ（約１００〜２５０ｍｍ３）に達したとき、マウスを５〜７個体の対照群および実験群に無作為化により割り付けた。マウスをＰＢＳまたはＦｃ−Ｔ１９１で処置した。試験期間中、腫瘍体積および体重を週２回モニターした。最後の測定の後、組織学的評価（ＩＨＣ）用に腫瘍を回収した。
【０１８０】
逆転写酵素およびＰＣＲアッセイ
結腸直腸細胞系を完全培地でサブコンフルエントまで培養した。トリプシン処理した細胞をＰＢＳで洗浄し、Ｑｉａｇｅｎ社のＲＮｅａｓｙ  Ｋｉｔを製造業者の指示に従い記載された通りに用いて全ＲＮＡを単離した。同じキットを用いてＰＤＸ組織からＲＮＡを単離した。次いで、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｈｉｇｈ  Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、グランドアイランド、ニューヨーク州、米国）を製造業者のプロトコル通りに用いて全ＲＮＡ  １μｇを逆転写した。次いで、転写された遺伝子特異的ＲＮＡを定量化するため、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｆａｓｔ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｍａｓｔｅｒ  ＭｉｘならびにＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、ＢＩＲＣ２、ＡＣＴＢ、ＲＰＬ４およびＰＰＰ２ＣＡ用のＴａｑＭａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｓｓａｙｓ（以上、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を用いてｃＤＮＡ（ＴａｑＭａｎ  Ａｓｓａｙ毎に３回の技術的反復）を増幅した。
【０１８１】
ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ  １２Ｋ  Ｆｌｅｘ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、グランドアイランド、ニューヨーク州、米国）でＬｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社が推奨するサイクル条件下にて反応を実施した。初期設定の閾値を用いて閾値サイクル（Ｃｔ）を求めた。Ｃｔは、蛍光が固定閾値を超える小数のサイクル数として定義される。２−ΔＣｔの式を当てはめてＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、ＢＩＲＣ２のＲＮＡ発現量を算出し、この場合、ΔＣｔ＝Ｃｔ（ＴＮＦＲＳＦ１０ＡまたはＢＩＲＣ２遺伝子）−Ｃｔ（ハウスキーピング遺伝子の幾何平均）とした。
【０１８２】
結果
ＴＸ−ＣＲＣ−０６６、−０９６、−０８８および−２０６は、Ｆｃ−Ｔ１９１処置（５ｍｇ／ｋｇ週１回）後に腫瘍サイズの有意な減少がみられたため、感受性の腫瘍モデルに分類した。これとは対照的に、抵抗性ＰＤＸモデルである−１６９および−１７１では、同様の濃度およびスケジュールのＦｃ−Ｔ１９１に応答した有意な増殖阻害はみられなかった。ｉｎ  ｖｉｖｏでのＦｃ−Ｔ１９１に対するＴＸ−ＣＲＣ−０９６およびＴＸ−ＣＲＣ−０１６９の応答をそれぞれＴＲＡＩＬ感受性ＰＤＸモデルおよびＴＲＡＩＬ抵抗性ＰＤＸモデルの例として図６Ａおよび６Ｂに示す。
【０１８３】
感受性および抵抗性のＰＤＸモデルでのＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）およびｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）の発現も検証し、ＴＲＡＩＬ療法に対する応答と相関させた。予想通り、４種類の感受性ＰＤＸモデルでは、２種類の抵抗性ＰＤＸモデルより高いＤＲ４／ｃＩＡＰ１  ｍＲＮＡ発現比がみられた（図９）。ウエスタンブロット解析および／またはＩＨＣによるさらなるタンパク質レベル測定では、感受性ＰＤＸモデルの方が抵抗性モデルよりＤＲ４の発現が高く、ｃＩＡＰ１の発現が低いことがさらに確認された（図１０）。以上の結果から、ＤＲ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）レベルが高くｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）レベルが低いことによりＴＲＡＩＬ療法に対する応答が予測されることがさらに示唆された。
【０１８４】
均等物
当業者であれば、慣例的な実験のみを用いて本明細書に記載される具体的な実施形態の均等物を多数認識する、または確認することができるであろう。このような均等物はのちの請求項に包含されるものとする。任意の複数の従属請求項または実施例に開示される諸実施形態の任意の組合せが本開示の範囲内に含まれることが企図される。
【０１８５】
参照による組込み
本明細書で参照される米国および外国特許ならびに係属中の特許出願および特許公報のあらゆる開示は、任意の配列表および図面の内容と同じく、その全体が参照により本明細書に具体的に組み込まれる。
【０１８６】
（配列表）
【表６−１】
2019517570.tif 000008
【表６−２】
2019517570.tif 000009
【表６−３】
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【表６−４】
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【表６−５】
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【表６−６】
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【表６−７】
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【表６−８】
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【表６−９】
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【表６−１０】
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【表６−１１】
2019517570.tif 000018
【表６−１２】
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【表６−１３】
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【表６−１４】
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【表６−１５】
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【表６−１６】
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【表６−１７】
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【表６−１８】
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【表６−１９】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９】
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【図１０】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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