(57)【要約】本発明の分野は、免疫治療ペプチド、ペプチド結合剤、および例えばがんの免疫治療におけるそれらの使用に関する。腫瘍ワクチンは、腫瘍細胞を認識し、溶解する抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を誘導するように共に作用する腫瘍抗原および免疫賦活性分子（例えばアジュバント、サイトカインまたはＴＬＲリガンド）から典型的にはなる。本発明の分野は、免疫治療ペプチド、ペプチドをコードする核酸、ペプチド結合剤、および例えばがんの免疫治療におけるそれらの使用に関する。一態様では、本発明は、単独またはがんを処置するための他の腫瘍関連ペプチド、抗がんもしくは免疫調節剤との組合せで有用なネオ抗原性ペプチドを提供する。
2019513373.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各ＡおよびＣは、前記天然ポリペプチドに対応するアミノ酸を表し、
ｙは少なくとも１であり、Ｂは前記天然ポリペプチドのアミノ酸置換または挿入を表し、
ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、
前記少なくとも８個の連続したアミノ酸がＢｙを含み、
前記天然ポリペプチドが：
（ａ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６６】
2019513373.tif 000216
であるＡＢＬ１；
（ｂ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６７】
2019513373.tif 000217
であるＡＬＫ；
（ｃ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６８】
2019513373.tif 000218
であるＢＲＡＦ；
（ｄ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６９】
2019513373.tif 000219
であるＢＴＫ；
（ｅ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７０】
2019513373.tif 000220
であるＥＥＦ１Ｂ２；
（ｆ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７１】
2019513373.tif 000221
であるＥＧＦＲ；
（ｇ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７２】
2019513373.tif 000222
であるＥＲＢＢ３；
（ｈ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７３】
2019513373.tif 000223
であるＥＳＲ１；
（ｉ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７４】
2019513373.tif 000224
であるＦＧＦＲ３；
（ｊ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７５】
2019513373.tif 000225
であるＦＲＧ１Ｂ；
（ｋ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７６】
2019513373.tif 000226
であるＨＥＲ２；
（ｌ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７７】
2019513373.tif 000227
であるＩＤＨ１；
（ｍ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７８】
2019513373.tif 000228
であるＫＩＴ；
（ｎ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７９】
2019513373.tif 000229
であるＭＥＫ；
（ｏ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８０】
2019513373.tif 000230
であるＭＹＣ；
（ｐ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８１】
2019513373.tif 000231
であるＰＤＧＦＲａ；
（ｑ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８２】
2019513373.tif 000232
であるＰＩＫ３ＣＡ；
（ｒ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８３】
2019513373.tif 000233
であるＰＯＬＥ；
（ｓ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８４】
2019513373.tif 000234
であるＰＴＥＮ；
（ｔ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８５】
2019513373.tif 000235
であるＲＡＣ１；および
（ｕ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８６】
2019513373.tif 000236
であるＴＰ５３
からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２】
前記天然ポリペプチドが前記ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ３またはＦＧＦＲ３遺伝子によってコードされ、少なくとも１つのＢｙが細胞外で発現される、請求項１に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３】
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各Ａは、前記天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり；
Ｂｙは、存在せず；
各Ｃは、前記天然ポリペプチドをコードする配列のフレームシフトによってコードされるアミノ酸であり；
ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり；
前記少なくとも８個の連続したアミノ酸が少なくとも１つのＣｚを含み；
前記天然ポリペプチドが：
（ａ）Ｃｚが
【化１８７】
2019513373.tif 000237
であるＡＰＣ；
（ｂ）Ｃｚが
【化１８８】
2019513373.tif 000238
であるＡＲＩＤ１Ａ；
（ｃ）Ｃｚが
【化１８９】
2019513373.tif 000239
であるβ２Ｍ；
（ｄ）Ｃｚが
【化１９０】
2019513373.tif 000240
であるＣＤＨ１；
（ｅ）Ｃｚが
【化１９１】
2019513373.tif 000241
であるＧＡＴＡ３；
（ｆ）Ｃｚが
【化１９２】
2019513373.tif 000242
であるＭＬＬ２；
（ｇ）Ｃｚが
【化１９３】
2019513373.tif 000243
であるＰＴＥＮ；
（ｈ）Ｃｚが
【化１９４】
2019513373.tif 000244
であるＴＰ５３；
（ｉ）Ｃｚが
【化１９５】
2019513373.tif 000245
であるＶＨＬ；
（ｊ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１９６】
2019513373.tif 000246
であるＡＣＶＲ２Ａ；
（ｋ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１９７】
2019513373.tif 000247
であるＣ１５ＯＲＦ４０；
（ｌ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１９８】
2019513373.tif 000248
であるＣＮＯＴ１；
（ｍ）ＡｘＢｙＣｚまたはＣｚが
【化１９９】
2019513373.tif 000249
であるＥＩＦ２Ｂ３；
（ｎ）ＡｘＢｙＣｚまたはＣｚが
【化２００】
2019513373.tif 000250
であるＥＰＨＢ２；
（ｏ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０１】
2019513373.tif 000251
であるＥＳＲＰ１；
（ｐ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０２】
2019513373.tif 000252
であるＦＡＭ１１Ｂ；
（ｑ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０３】
2019513373.tif 000253
であるＧＢＰ３；
（ｒ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０４】
2019513373.tif 000254
であるＪＡＫ１；
（ｓ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０５】
2019513373.tif 000255
であるＬＭＡＮ１；
（ｔ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０６】
2019513373.tif 000256
であるＭＳＨ３；
（ｕ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０７】
2019513373.tif 000257
であるＮＤＵＦＣ２；
（ｖ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０８】
2019513373.tif 000258
であるＲＢＭ２７；
（ｗ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０９】
2019513373.tif 000259
であるＲＰＬ２２；
（ｘ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１０】
2019513373.tif 000260
であるＳＥＣ３１Ａ；
（ｙ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１１】
2019513373.tif 000261
であるＳＥＣ６３；
（ｚ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１２】
2019513373.tif 000262
であるＳＬＣ３５Ｆ５；
（ａａ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１３】
2019513373.tif 000263
であるＳＭＡＰ１；
（ｂｂ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１４】
2019513373.tif 000264
であるＴＦＡＭ；
（ｃｃ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１５】
2019513373.tif 000265
であるＴＧＦＢＲ２；
（ｄｄ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１６】
2019513373.tif 000266
であるＴＨＡＰ５；
（ｅｅ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１７】
2019513373.tif 000267
であるＴＴＫ；および
（ｆｆ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１８】
2019513373.tif 000268
であるＸＰＯＴ
からなる群から選択される遺伝子によってコードされる、単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４】
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各Ａは、第１の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり；
各Ｃは、第２の天然ポリペプチドまたは前記第１の天然ポリペプチドの潜在性エクソンもしくはスプライスバリアントのエクソンに対応するアミノ酸であり、
各Ｂは、前記第１の天然ポリペプチド、前記第２の天然ポリペプチドまたは前記第１の天然ポリペプチドの前記潜在性エクソンに対応するアミノ酸ではないアミノ酸であり、
ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、式中、
ｙは存在せず、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は、少なくとも１つのＡｘおよび少なくとも１つのＣｚを含み、または
ｙは少なくとも１であり、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は、少なくとも１つのＢｙを含み、
（ａ）前記第１の天然ポリペプチドがＢＣＲ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＡＢＬ遺伝子によってコードされ、
（ｉ）ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２１９】
2019513373.tif 000269
であり、または
（ｉｉ）ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２０】
2019513373.tif 000270
であり；
（ｂ）前記第１の天然ポリペプチドがＣ１１ｏｒｆ９５遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＲＥＬＡ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２１】
2019513373.tif 000271
であり；
（ｃ）前記第１の天然ポリペプチドがＣＢＦＢ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＭＹＨ１１遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２２】
2019513373.tif 000272
であり；
（ｄ）前記第１の天然ポリペプチドがＣＤ７４遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＲＯＳ１遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２３】
2019513373.tif 000273
であり；
（ｅ）前記第１の天然ポリペプチドがＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドが、
（ｉ）ＳＥＰＴ１４遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２４】
2019513373.tif 000274
であり；または
（ｉｉ）ＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２５】
2019513373.tif 000275
であり；
（ｆ）前記第１の天然ポリペプチドがＥＭＬ４遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＡＬＫ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２６】
2019513373.tif 000276
であり、
（ｇ）前記第１の天然ポリペプチドがＦＧＦＲ３遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＴＡＣＣ３遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２７】
2019513373.tif 000277
であり、
（ｈ）前記第１の天然ポリペプチドがＮＡＢ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＳＴＡＴ６遺伝子によってコードされ、ｙは少なくとも１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２８】
2019513373.tif 000278
であり；
（ｉ）前記第２の天然ポリペプチドがＥＲＧによってコードされ、ｙは０であり、
（ｉ）前記第１の天然ポリペプチドがＮＤＲＧ１遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２２９】
2019513373.tif 000279
であり、または
（ｉｉ）前記第１の天然ポリペプチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３０】
2019513373.tif 000280
であり；
（ｊ）前記第１の天然ポリペプチドがＰＭＬ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＲＡＲＡ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３１】
2019513373.tif 000281
であり；
（ｋ）前記第１の天然ポリペプチドがＲＵＮＸ１遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＣＢＦＡ２Ｔ１（ＲＵＮＸ１Ｔ１）遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３２】
2019513373.tif 000282
であり；
（ｌ）前記第１の天然ポリペプチドがＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされ、前記潜在性エクソンまたは前記スプライスバリアントのエクソンが前記ＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３３】
2019513373.tif 000283
である、単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項５】
腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、前記単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、前記ネオエピトープが：
ＡｘＢｙＣｚ
によって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、
式中、
各Ａは、第１の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり；
各Ｂは、前記第１の天然ポリペプチドまたは第２の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸ではないアミノ酸であり、
各Ｃは、前記第２の天然ポリペプチドをコードする配列のフレームシフトによってコードされるアミノ酸であり；
ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、式中、
ｙは存在せず、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は少なくとも１つのＣｚを含み、または
ｙは少なくとも１であり、前記少なくとも８個の連続したアミノ酸は少なくとも１つのＢｙおよび／もしくは少なくとも１つのＣｚを含み；
（ａ）前記第１の天然ポリペプチドがＡＣ０１１９９７．１遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＬＲＲＣ６９遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３４】
2019513373.tif 000284
であり、
（ｂ）前記第１の天然ポリペプチドがＥＥＦ１ＤＰ３遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＦＲＹ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３５】
2019513373.tif 000285
であり、
（ｃ）前記第１の天然ポリペプチドがＭＡＤ１Ｌ１遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＭＡＦＫ遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３６】
2019513373.tif 000286
であり、または
（ｄ）前記第１の天然ポリペプチドがＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＳＴＡＲＤ３遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３７】
2019513373.tif 000287
である、単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項６】
表１に記載の配列を含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項７】
ｘ＋ｙ＋ｚが最大５００、最大２５０、最大１５０、最大１２５または最大１００である、請求項１から６のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項８】
ｘ＋ｙ＋ｚが少なくとも８、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００または少なくとも３００である、請求項１から７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項９】
ｚが最大５００、最大２５０、最大１５０、最大１２５または最大１００である、請求項１から８のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１０】
ｚが少なくとも８、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００または少なくとも３００である、請求項１から９のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１１】
約８から約５００アミノ酸長である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１２】
約８から約１００アミノ酸長である、請求項１１に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１３】
約８から約５０アミノ酸長である、請求項１２に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１４】
約１５から約３５アミノ酸長である、請求項１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１５】
約８から約１５アミノ酸長である、請求項１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１６】
約８から約１１アミノ酸長である、請求項１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１７】
９または１０アミノ酸長である、請求項１３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１８】
主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩに結合する、請求項１から１７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項１９】
ＭＨＣクラスＩに約５００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、請求項１８に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２０】
ＭＨＣクラスＩに約２５０ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、請求項１９に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２１】
ＭＨＣクラスＩに約５０ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、請求項１９に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２２】
約８から約３０アミノ酸長である、請求項１から２１のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２３】
約８から約２５アミノ酸長である、請求項２２に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２４】
約１５から約２４アミノ酸長である、請求項２３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２５】
約９から約１５アミノ酸長である、請求項２３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２６】
ＭＨＣクラスＩＩに結合する、請求項１から１７および２２から２５のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２７】
ＭＨＣクラスＩＩに１０００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、請求項２６に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２８】
ＭＨＣクラスＩに約５００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する、請求項２７に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項２９】
隣接するアミノ酸をさらに含む、請求項１から２８のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３０】
前記隣接するアミノ酸が天然の隣接するアミノ酸ではない、請求項２９に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３１】
少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０または少なくとも５００アミノ酸の全長を有する、請求項１から３０のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３２】
最大８、最大９、最大１０、最大１１、最大１２、最大１３、最大１４、最大１５、最大１６、最大１７、最大１８、最大１９、最大２０、最大２１、最大２２、最大２３、最大２４、最大２５、最大２６、最大２７、最大２８、最大２９、最大３０、最大４０、最大５０、最大６０、最大７０、最大８０、最大９０、最大１００、最大１５０、最大２００、最大２５０、最大３００、最大３５０、最大４００、最大４５０または最大５００アミノ酸の全長を有する、請求項１から３１のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３３】
少なくとも第２のネオ抗原性ペプチドに連結された第１のネオ抗原性ペプチドである、請求項１から３２のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３４】
ポリグリシンまたはポリセリンリンカーによって前記少なくとも第２のネオ抗原性ペプチドに連結される、請求項３３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３５】
前記第２のネオ抗原性ペプチドがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約１０００ｎＭ未満の結合親和性で結合する、請求項３３または３４に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３６】
前記第２のネオ抗原性ペプチドがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約５００ｎＭ未満の結合親和性で結合する、請求項３５に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３７】
前記単離されたネオ抗原性ペプチドおよび前記第２のネオ抗原性ペプチドがヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−Ａ、−Ｂ、−Ｃ、−ＤＰ、−ＤＱまたは−ＤＲに結合する、請求項３５または３６に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３８】
前記単離されたネオ抗原性ペプチドがクラスＩ  ＨＬＡに結合し、前記第２のネオ抗原性ペプチドがクラスＩＩ  ＨＬＡに結合する、請求項３５から３７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項３９】
前記単離されたネオ抗原性ペプチドがクラスＩＩ  ＨＬＡに結合し、前記第２のネオ抗原性ペプチドがクラスＩ  ＨＬＡに結合する、請求項３５から３７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４０】
ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期、細胞標的化、抗原取り込み、抗原プロセシング、ＭＨＣ親和性、ＭＨＣ安定性、抗原提示またはこれらの組合せを増大させる改変をさらに含む、請求項３５から３７のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４１】
前記改変が、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、ＰＥＧ化、ポリシアル化、ＨＥＳ化、組換えＰＥＧ模倣物、Ｆｃ融合、アルブミン融合、ナノ粒子付着、ナノ粒子封入、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、グリコシル化、側鎖酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性物質の付加、アミノ酸模倣物の付加または非天然アミノ酸の付加である、請求項４０に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４２】
抗原提示細胞への細胞標的化を増大させる改変をさらに含む、請求項４０または４１に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４３】
前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項４２に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４４】
前記樹状細胞が、ＤＥＣ２０５、ＸＣＲ１、ＣＤ１９７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ２０９、ＣＤ２７３、ＣＤ２８３、ＣＤ２８９、ＣＤ１８４、ＣＤ８５ｈ、ＣＤ８５ｊ、ＣＤ８５ｋ、ＣＤ８５ｄ、ＣＤ８５ｇ、ＣＤ８５ａ、ＣＤ１４１、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ８３、ＴＳＬＰ受容体、Ｃｌｅｃ９ａまたはＣＤ１ａマーカーを使用して標的化される、請求項４３に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４５】
前記樹状細胞が前記ＣＤ１４１、ＤＥＣ２０５、Ｃｌｅｃ９ａまたはＸＣＲ１マーカーを使用して標的化される、請求項４４に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４６】
前記樹状細胞が自家細胞である、請求項４２から４５のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４７】
１つまたは複数の前記樹状細胞がＴ細胞に結合する、請求項４２から４６のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４８】
前記Ｔ細胞が自家Ｔ細胞である、請求項４７に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項４９】
表２に挙げた単離されたネオ抗原性ペプチドではない、請求項１から４９のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項５０】
表１または２に挙げた少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドに連結されている、請求項１から４８のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチド。
【請求項５１】
請求項１から５０のいずれかに記載の単離されたネオ抗原性ペプチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系。
【請求項５２】
細胞透過性ペプチド、ナノ粒子封入、ウイルス様粒子、リポソームまたはこれらの任意の組合せを含む、請求項５１に記載の送達系。
【請求項５３】
前記細胞透過性ペプチドがＴＡＴペプチド、単純ヘルペスウイルスＶＰ２２、トランスポータン、Ａｎｔｐまたはこれらの任意の組合せである、請求項５２に記載の送達系。
【請求項５４】
請求項１から５０のいずれかに記載の単離されたネオ抗原性ペプチドを含む細胞。
【請求項５５】
抗原提示細胞である、請求項５４に記載の細胞。
【請求項５６】
樹状細胞である、請求項５５に記載の細胞。
【請求項５７】
自家細胞である、請求項５４から５６のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項５８】
Ｔ細胞に結合する、請求項５４から５７のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項５９】
前記Ｔ細胞が自家Ｔ細胞である、請求項５８に記載の細胞。
【請求項６０】
請求項１から５０のいずれかに記載の単離されたネオ抗原性ペプチドを含む組成物。
【請求項６１】
表１または２に記載の腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の前記単離されたネオ抗原性ペプチドを含む、請求項６０に記載の組成物。
【請求項６２】
約２個から約２０個のネオ抗原性ペプチドまたは約２個から約３０個のネオ抗原性ペプチドを含む、請求項６１に記載の組成物。
【請求項６３】
前記ネオ抗原が個々の対象の腫瘍に対して特異的である、請求項６１または６２に記載の組成物。
【請求項６４】
少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個または少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の追加のネオ抗原性ペプチドをさらに含む、請求項６０から６３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６５】
約４個から約２０個の追加のネオ抗原性ペプチド、約４個から約３０個の追加のネオ抗原性ペプチドを含む、請求項６４に記載の組成物。
【請求項６６】
少なくとも１つの前記追加のネオ抗原性ペプチドが個々の対象の腫瘍に対して特異的である、請求項６０から６５のいずれかに記載の組成物。
【請求項６７】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される、請求項６６に記載の組成物。
【請求項６８】
前記試料が新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である、請求項６７に記載の組成物。
【請求項６９】
前記配列差異が次世代配列決定によって決定される、請求項６７または６８に記載の組成物。
【請求項７０】
請求項１から５０のいずれか一項に記載の単離されたネオ抗原性ペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７１】
ＤＮＡである、請求項７０に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７２】
ＲＮＡである、請求項７０に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７３】
前記ＲＮＡが自己増幅ＲＮＡである、請求項７２に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７４】
前記ＲＮＡが、安定性を増大させ、細胞標的化を増大させ、翻訳効率、アジュバント活性、サイトゾル到達性を増大させ、かつ／または細胞傷害性を減少させるように改変されている、請求項７２または７３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７５】
前記改変が、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、コドン最適化、ＧＣ含有量の増大、改変ヌクレオシドの組み込み、５’−ｃａｐまたはｃａｐ類似体の組み込み、および／またはアンマスクポリＡ配列の組み込みである、請求項７４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７６】
請求項７０から７５のいずれかに記載のポリヌクレオチドを含む細胞。
【請求項７７】
請求項７０から７５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項７８】
前記ポリヌクレオチドがプロモーターに作動可能に連結されている、請求項７７に記載のベクター。
【請求項７９】
自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルスまたはビリオンである、請求項７７または７８に記載のベクター。
【請求項８０】
アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルスまたはそのシュードタイプに由来する、請求項７９に記載のベクター。
【請求項８１】
請求項７０から７５のいずれかに記載の単離されたポリヌクレオチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系。
【請求項８２】
球状核酸、ウイルス、ウイルス様粒子、プラスミド、細菌性プラスミドまたはナノ粒子を含む、請求項８１に記載の送達系。
【請求項８３】
請求項７７から８２のいずれかに記載のベクターまたは送達系を含む細胞。
【請求項８４】
抗原提示細胞である、請求項８３に記載の細胞。
【請求項８５】
樹状細胞である、請求項８４に記載の細胞。
【請求項８６】
未成熟樹状細胞である、請求項８５に記載の細胞。
【請求項８７】
請求項７０から７５のいずれかに記載の少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項８８】
少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の前記単離されたポリヌクレオチドを含む、請求項８７に記載の組成物。
【請求項８９】
約２個から約２０個の前記単離されたポリヌクレオチド、または約２個から約３０個の前記単離されたポリヌクレオチドを含む、請求項８８に記載の組成物。
【請求項９０】
前記ネオ抗原性ペプチドが１つまたは複数の前記単離されたポリヌクレオチドを含むベクターによってコードされる、請求項８７から８９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９１】
追加のネオ抗原性ペプチドをコードする少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項８７から９０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９２】
１つまたは複数の前記追加のネオ抗原性ペプチドが１つまたは複数の前記追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドを含むベクターによってコードされる、請求項８８から９１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９３】
約４個から約２０個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチド、または約４個から約３０個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドを含む、請求項９１または９２に記載の組成物。
【請求項９４】
前記単離されたポリヌクレオチドと前記追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドとが連結される、請求項９１または９２に記載の組成物。
【請求項９５】
前記ポリヌクレオチドがポリグリシンまたはポリセリンリンカーをコードする核酸を使用して連結される、請求項９４に記載の組成物。
【請求項９６】
少なくとも１つの前記追加のネオ抗原性ペプチドが個々の対象の腫瘍に対して特異的である、請求項８７から９５のいずれかに記載の組成物。
【請求項９７】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される、請求項９６に記載の組成物。
【請求項９８】
前記試料が新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である、請求項９７に記載の組成物。
【請求項９９】
前記配列差異が次世代配列決定によって決定される、請求項９７または９８に記載の組成物。
【請求項１００】
請求項１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または請求項１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。
【請求項１０１】
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、請求項１００に記載のＴＣＲ。
【請求項１０２】
抗原に結合できる抗体または抗体断片を含むドメインをさらに含む二重特異性ＴＣＲである、請求項１００または１０１に記載のＴＣＲ。
【請求項１０３】
前記抗原がＴ細胞特異的抗原である、請求項１０２に記載のＴＣＲ。
【請求項１０４】
前記抗原がＣＤ３である、請求項１０２または１０３に記載のＴＣＲ。
【請求項１０５】
前記抗体または抗体断片が抗ＣＤ３  ｓｃＦｖである、請求項１０４に記載のＴＣＲ。
【請求項１０６】
（ｉ）Ｔ細胞活性化分子；（ｉｉ）膜貫通領域；および（ｉｉｉ）請求項１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または請求項１から５０のいずれかに挙げた少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる抗原認識部分を含むキメラ抗原受容体。
【請求項１０７】
ＣＤ３ゼータが前記Ｔ細胞活性化分子である、請求項１０６に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項１０８】
少なくとも１つの共刺激シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項１０６または１０７に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項１０９】
前記シグナル伝達ドメインが、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、ＩＴＡＭまたはＦｃイプシロンＲＩガンマである、請求項１０６から１０８のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
【請求項１１０】
前記抗原認識部分が、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩの関連で前記単離されたネオ抗原性ペプチドに結合できる、請求項１０６から１０９のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
【請求項１１１】
ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域を含む、請求項１０６から１１０のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
【請求項１１２】
前記ネオ抗原性ペプチドが腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している、請求項１０６から１１１のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
【請求項１１３】
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、請求項１０６から１１２のいずれかに記載のキメラ抗原受容体。
【請求項１１４】
請求項１００から１１３のいずれかに記載のＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含むＴ細胞であって、任意選択でヘルパーまたは細胞傷害性Ｔ細胞である、Ｔ細胞。
【請求項１１５】
対象のＴ細胞である、請求項１１４に記載のＴ細胞。
【請求項１１６】
請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含むＴ細胞であって、抗原提示細胞および請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数と共に、Ｔ細胞を活性化するのに十分な時間インキュベートされている、対象由来のＴ細胞の集団から単離されたＴ細胞である、Ｔ細胞。
【請求項１１７】
ＣＤ８＋Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞である、請求項１１６に記載のＴ細胞。
【請求項１１８】
対象由来の前記Ｔ細胞の集団が前記対象由来のＣＤ８＋Ｔ細胞の集団である、請求項１１６または１１７に記載のＴ細胞。
【請求項１１９】
請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数が対象特異的ネオ抗原性ペプチドである、請求項１１６から１１８のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２０】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍に特異的なエピトープである異なる腫瘍ネオエピトープを有する、請求項１１６から１１９のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２１】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の非腫瘍試料に存在しない腫瘍特異的非サイレント変異の発現産物である、請求項１１６から１２０のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２２】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に結合する、請求項１１６から１２１のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２３】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満のＩＣ５０で結合する、請求項１１６から１２２のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２４】
活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞が前記抗原提示細胞から分離される、請求項１１６から１２３のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２５】
前記抗原提示細胞が樹状細胞またはＣＤ４０Ｌ増殖Ｂ細胞である、請求項１１６から１２４のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２６】
前記抗原提示細胞が非形質転換細胞である、請求項１１６から１２５のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２７】
前記抗原提示細胞が非感染細胞である、請求項１１６から１２６のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２８】
前記抗原提示細胞が自家である、請求項１１６から１２７のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１２９】
前記抗原提示細胞がそれらの表面から内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するために処置されている、請求項１１６から１２８のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１３０】
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が前記細胞を約２６℃で培養するステップを含む、請求項１２９に記載のＴ細胞。
【請求項１３１】
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が、マイルドな酸溶液を用いて前記細胞を処置するステップを含む、請求項１２９に記載のＴ細胞。
【請求項１３２】
前記抗原提示細胞が、請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを用いてパルス処理されている、請求項１１６から１３１のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１３３】
パルス処理ステップが、請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドそれぞれ少なくとも約２μｇ／ｍｌの存在下で前記抗原提示細胞をインキュベートするステップを含む、請求項１３２に記載のＴ細胞。
【請求項１３４】
単離されたＴ細胞の抗原提示細胞に対する比が、約３０：１から３００：１の間である、請求項１１６から１３３のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１３５】
単離されたＴ細胞の集団をインキュベートするステップが、ＩＬ−２およびＩＬ−７の存在下でなされる、請求項１１６から１３４のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１３６】
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、請求項１１６から１３５のいずれか一項に記載のＴ細胞。
【請求項１３７】
腫瘍特異的Ｔ細胞を活性化するための方法であって、
（ａ）対象からＴ細胞の集団を単離するステップ；および
（ｂ）前記単離されたＴ細胞の集団を、抗原提示細胞および請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドと共に、前記Ｔ細胞を活性化するのに十分な時間インキュベートするステップ
を含む方法。
【請求項１３８】
前記Ｔ細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞である、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
対象由来の前記Ｔ細胞の集団が前記対象由来のＣＤ８＋Ｔ細胞の集団である、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数が対象特異的ネオ抗原性ペプチドである、請求項１３７から１３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４１】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の腫瘍に特異的なエピトープである異なる腫瘍ネオエピトープを有する、請求項１３７から１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４２】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが、前記対象の非腫瘍試料に存在しない腫瘍特異的非サイレント変異の発現産物である、請求項１３７から１４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４３】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に結合する、請求項１３７から１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４４】
前記対象特異的ネオ抗原性ペプチドが前記対象のＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満のＩＣ５０で結合する、請求項１３７から１４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４５】
前記抗原提示細胞から活性化Ｔ細胞を分離するステップをさらに含む、請求項１３７から１４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４６】
前記活性化Ｔ細胞を請求項１から５０のいずれかに記載のネオ抗原性ペプチドの少なくとも１つに対する反応性の証拠について試験するステップをさらに含む、請求項１３７から１４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４７】
前記抗原提示細胞が樹状細胞またはＣＤ４０Ｌ増殖Ｂ細胞である、請求項１３７から１４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４８】
前記抗原提示細胞が非形質転換細胞である、請求項１３７から１４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４９】
前記抗原提示細胞が非感染細胞である、請求項１３７から１４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５０】
前記抗原提示細胞が自家である、請求項１３７から１４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５１】
前記抗原提示細胞がそれらの表面から内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するために処置されている、請求項１３７から１５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５２】
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が前記細胞を約２６℃で培養するステップを含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための前記処置が、マイルドな酸溶液を用いて前記細胞を処置するステップを含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５４】
前記抗原提示細胞が請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを用いてパルス処理されている、請求項１３７から１５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５５】
パルス処理ステップが、請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドそれぞれ少なくとも約２μｇ／ｍｌの存在下で前記抗原提示細胞をインキュベートするステップを含む、請求項１５４に記載の方法。
【請求項１５６】
単離されたＴ細胞の抗原提示細胞に対する比が約３０：１から３００：１の間である、請求項１３７から１５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５７】
前記単離されたＴ細胞の集団をインキュベートするステップが、ＩＬ−２およびＩＬ−７の存在下でなされる、請求項１３７から１５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５８】
前記ＭＨＣペプチドの前記ＭＨＣがＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである、請求項１３７から１５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５９】
請求項１３７から１５８のいずれか一項に記載の方法によって産生された活性化腫瘍特異的Ｔ細胞を含む組成物。
【請求項１６０】
対象におけるがんを処置する方法であって、請求項１１６から１３６のいずれか一項に記載の、または請求項１３７から１５８のいずれか一項に記載の方法によって産生された活性化腫瘍特異的Ｔ細胞の治療有効量を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項１６１】
前記投与するステップが、約１０６から１０１２、約１０８から１０１１または約１０９から１０１０の前記活性化腫瘍特異的Ｔ細胞を投与するステップを含む、請求項１６０に記載の方法。
【請求項１６２】
請求項１１４から１６１のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸。
【請求項１６３】
前記ＴＣＲが主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で前記少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる、請求項１６２に記載の核酸。
【請求項１６４】
請求項１０６から１１３のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸。
【請求項１６５】
前記抗原認識部分が主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で前記少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる、請求項１６４に記載の核酸。
【請求項１６６】
前記ネオ抗原性ペプチドが腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している、請求項１６４に記載の核酸。
【請求項１６７】
ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域を含む、請求項１６４から１６６のいずれかに記載の核酸。
【請求項１６８】
請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または請求項１から５０のいずれかに記載の少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる抗体または抗体断片であって、任意選択で前記抗体断片が二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）である、抗体または抗体断片。
【請求項１６９】
前記少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの細胞外部分に結合する、請求項１６８に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１７０】
（ａ）前記天然ポリペプチドがβ２Ｍ遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２３８】
2019513373.tif 000288
であり；
（ｂ）前記天然ポリペプチドがＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２３９】
2019513373.tif 000289
であり；
（ｃ）前記天然ポリペプチドがＢＴＫ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４０】
2019513373.tif 000290
であり；または
（ｄ）前記天然ポリペプチドがＥＳＲ１遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４１】
2019513373.tif 000291
であり；
（ｅ）前記天然ポリペプチドがＨＥＲ２遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４２】
2019513373.tif 000292
であり；
（ｆ）前記天然ポリペプチドがＧＡＴＡ３遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２４３】
2019513373.tif 000293
であり；または
（ｇ）前記第１の天然ポリペプチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＥＲＧによってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４４】
2019513373.tif 000294
である、請求項１６８または１６９に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１７１】
二重特異性抗体または抗体断片である、請求項１６８から１７０のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１７２】
前記二重特異性抗体または抗体断片の１つの抗原結合ドメインが抗ＣＤ３結合ドメインである、請求項１７１に記載の抗体または抗体断片。
【請求項１７３】
請求項１６２から１７２のいずれか一項に記載の核酸をトランスフェクトまたは形質導入された改変細胞。
【請求項１７４】
Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、ＮＫ−Ｔ細胞、ＴＣＲ発現細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＮＫ細胞である、請求項１７３に記載の改変細胞。
【請求項１７５】
請求項１００から１１３のいずれかに記載のＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含む組成物。
【請求項１７６】
請求項１００から１１３のいずれかに記載のＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含有する自家対象Ｔ細胞を含む組成物。
【請求項１７７】
免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、請求項１７５または１７６に記載の組成物。
【請求項１７８】
少なくとも２種の免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む、請求項１７７に記載の組成物。
【請求項１７９】
前記免疫チェックポイント阻害剤がそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する、請求項１７７または１７８に記載の組成物。
【請求項１８０】
前記免疫チェックポイント阻害剤がそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する、請求項１７７または１７８に記載の組成物。
【請求項１８１】
前記Ｔ細胞がＰＤ−１および／またはＣＴＬＡ４ノックアウトＴ細胞であり、任意選択で前記ＰＤ−１および／またはＣＴＬＡ４ノックアウトＴ細胞がＣＲＩＳＰＲシステムを使用して作製される、請求項１７６から１８０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８２】
免疫調節因子またはアジュバントをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１８３】
前記免疫調節因子が、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢである、請求項１８２に記載の組成物。
【請求項１８４】
前記免疫調節因子が少なくとも１つのがん細胞またはがん細胞抽出物である、請求項１８２に記載の組成物。
【請求項１８５】
前記がん細胞が前記組成物を必要とする前記対象に対して自家である、請求項１８４に記載の組成物。
【請求項１８６】
前記がん細胞が溶解され、またはＵＶ照射に曝露されている、請求項１８５に記載の組成物。
【請求項１８７】
アジュバントをさらに含む、請求項１８２に記載の組成物。
【請求項１８８】
前記アジュバントが：ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ１３１２ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ２０６ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５０Ｖ２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５１ＶＧ、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＩＳＡ−ＴＬＲ２アゴニスト、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、アクリルもしくはメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマーおよびＱＳ２１スチムロンからなる群から選択される、請求項１８７に記載の組成物。
【請求項１８９】
対象に投与された場合に液性応答を誘導する、請求項１８７または１８８に記載の組成物。
【請求項１９０】
対象に投与された場合にヘルパーＴ細胞１型を誘導する、請求項１８９に記載の組成物。
【請求項１９１】
腫瘍特異的ネオエピトープを発現している腫瘍細胞の増殖を阻害する方法であって、前記腫瘍細胞を、請求項１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、送達系、ベクター、組成物、抗体または細胞と接触させるステップを含む方法。
【請求項１９２】
対象の予防の方法であって、前記対象の細胞を、請求項１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、送達系、ベクター、組成物、抗体または細胞と接触させるステップを含む方法。
【請求項１９３】
（ａ）前記天然ポリペプチドがβ２Ｍ遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２４５】
2019513373.tif 000295
であり；
（ｂ）前記天然ポリペプチドがＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４６】
2019513373.tif 000296
であり；
（ｃ）前記天然ポリペプチドがＢＴＫ遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４７】
2019513373.tif 000297
であり；または
（ｄ）前記天然ポリペプチドがＥＳＲ１遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４８】
2019513373.tif 000298
であり；
（ｅ）前記天然ポリペプチドがＨＥＲ２遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化２４９】
2019513373.tif 000299
であり；
（ｆ）前記天然ポリペプチドがＧＡＴＡ３遺伝子によってコードされ、Ｃｚは
【化２５０】
2019513373.tif 000300
であり；または
（ｇ）前記第１の天然ポリペプチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされ、前記第２の天然ポリペプチドがＥＲＧによってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化２５１】
2019513373.tif 000301
である、請求項１９２に記載の方法。
【請求項１９４】
それを必要とする対象においてがんを処置し、または抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、請求項１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項１９５】
前記対象がヒトである、請求項１９１から１９４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９６】
前記対象ががんを有する、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９７】
前記がんが、泌尿生殖器、婦人科、肺、胃腸管、頭頸部がん、悪性神経膠芽腫、悪性中皮腫、非転移性または転移性乳がん、悪性メラノーマ、メルケル細胞癌または骨軟部組織肉腫、血液新生物、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群および急性リンパ性白血病、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、転移性結腸直腸がん、ホルモン感受性またはホルモン不応性前立腺がん、結腸直腸がん、卵巣がん、肝細胞がん、腎細胞がん、膵臓がん、胃がん（gastric cancer）、食道がん、肝細胞がん、胆管細胞がん、頭頸部扁平上皮がん、軟部組織肉腫ならびに小細胞肺がんからなる群から選択される、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９８】
請求項１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、表１または表２に記載の対応するがんの処置における使用のためである、請求項１９１から１９７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９９】
請求項１から１９０のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、表１または表２に記載のＨＬＡ型に対応するＨＬＡ型を有する対象の処置における使用のためである、請求項１９１から１９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２００】
前記対象が前記腫瘍の外科的除去を受けている、請求項１９１から１９９のいずれかに記載の方法。
【請求項２０１】
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が、静脈内、腹腔内、腫瘍内、皮内または皮下投与を介して投与される、請求項１９１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０２】
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が、リンパ節領域に流入する解剖学的部位に投与される、請求項２０１に記載の方法。
【請求項２０３】
投与が複数のリンパ節領域になされる、請求項２０２に記載の方法。
【請求項２０４】
投与が皮下または皮内経路によってなされる、請求項１９１から２０３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０５】
ペプチドが投与される、請求項２０１に記載の方法。
【請求項２０６】
投与が腫瘍内になされる、請求項２０５に記載の方法。
【請求項２０７】
ポリヌクレオチド、任意選択でＲＮＡが投与される、請求項２０１に記載の方法。
【請求項２０８】
前記ポリヌクレオチドが静脈内に投与される、請求項２０１または２０７に記載の方法。
【請求項２０９】
前記細胞がＴ細胞または樹状細胞である、請求項２０１に記載の方法。
【請求項２１０】
前記ペプチドまたはポリヌクレオチドが抗原提示細胞標的化部分を含む、請求項２０１または２０９に記載の方法。
【請求項２１１】
前記細胞が自家細胞である、請求項２０１または２０９または２１０に記載の方法。
【請求項２１２】
前記対象に少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を投与するステップをさらに含む、請求項１９１から２１１のいずれかに記載の方法。
【請求項２１３】
前記チェックポイント阻害剤が生物学的治療薬または小分子である、請求項２１２に記載の方法。
【請求項２１４】
前記チェックポイント阻害剤が、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体および融合タンパク質またはこれらの組合せからなる群から選択される、請求項２１２または２１３に記載の方法。
【請求項２１５】
前記チェックポイント阻害剤がＰＤ−１抗体またはＰＤ−Ｌ１抗体である、請求項２１２から２１４のいずれかに記載の方法。
【請求項２１６】
前記チェックポイント阻害剤が、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、ペンブロリズマブおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項２１２から２１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１７】
前記チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドならびにこれらの任意の組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する、請求項２１２から２１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１８】
前記チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する、請求項２１２から２１７のいずれかに記載の方法。
【請求項２１９】
２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤が投与される、請求項２１２から２１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２０】
前記２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤の少なくとも１つがＰＤ−１抗体またはＰＤ−Ｌ１抗体である、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２１】
前記２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤の少なくとも１つが、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブおよびペンブロリズマブからなる群から選択される、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２２】
前記チェックポイント阻害剤および前記組成物が同時にまたは任意の順で逐次的に投与される、請求項２１２から２２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２２３】
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が前記チェックポイント阻害剤に先行して投与される、請求項２２２に記載の方法。
【請求項２２４】
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞が前記チェックポイント阻害剤の後に投与される、請求項２２２に記載の方法。
【請求項２２５】
前記チェックポイント阻害剤の投与が、ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療を通じて継続される、請求項２２２に記載の方法。
【請求項２２６】
前記ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療が、チェックポイント阻害剤治療に部分的にだけ応答するまたは応答しない対象に投与される、請求項２１２から２２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２７】
前記組成物が静脈内または皮下投与される、請求項１９１から２２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２８】
前記チェックポイント阻害剤が静脈内または皮下投与される、請求項２１２から２２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２９】
前記チェックポイント阻害剤が前記組成物の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される、請求項２１２から２２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３０】
前記組成物が前記チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される、請求項２２９に記載の方法。
【請求項２３１】
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞を用いる処置に先行して、それと同時にまたはその後に追加の治療剤を前記対象に投与するステップをさらに含む、請求項１９１から２３０のいずれかに記載の方法。
【請求項２３２】
前記追加の薬剤が、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療、放射線、抗血管新生剤または免疫抑制を低減する薬剤である、請求項２３１に記載の方法。
【請求項２３３】
前記化学療法剤が、アルキル化剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗剤または抗有糸分裂剤である、請求項２３２に記載の方法。
【請求項２３４】
前記追加の薬剤が、抗グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子ファミリー受容体（ＧＩＴＲ）アゴニスト抗体もしくは抗体断片、イブルチニブ、ドセタキセオール、シスプラチン、ＣＤ４０アゴニスト抗体もしくは抗体断片、ＩＤＯ阻害剤またはシクロホスファミドである、請求項２３１に記載の方法。
【請求項２３５】
ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答またはＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する、請求項１９１から２３４のいずれかに記載の方法。
【請求項２３６】
ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する、請求項１９１から２３５のいずれかに記載の方法。
【請求項２３７】
対象における免疫応答を刺激するための方法であって、請求項１７３から１９０のいずれかに記載の改変細胞または組成物の有効量を投与するステップを含む方法。
【請求項２３８】
前記免疫応答が細胞傷害性および／または液性免疫応答である、請求項２３７に記載の方法。
【請求項２３９】
対象におけるＴ細胞媒介性免疫応答を刺激する、請求項２３７に記載の方法。
【請求項２４０】
前記Ｔ細胞媒介性免疫応答が標的細胞に対して方向付けられている、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４１】
前記標的細胞が腫瘍細胞である、請求項２４０に記載の方法。
【請求項２４２】
前記改変細胞がｉｎ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入される、請求項２３７から２４１のいずれかに記載の方法。
【請求項２４３】
前記改変細胞がｅｘ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入される、請求項２３７から２４２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４４】
前記改変細胞が自家対象Ｔ細胞である、請求項２３７から２４３のいずれかに記載の方法。
【請求項２４５】
前記自家対象Ｔ細胞が、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンを受けている対象から得られる、請求項２４４に記載の方法。
【請求項２４６】
前記ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンが少なくとも１つの個別化されたネオ抗原を含む、請求項２４５に記載の方法。
【請求項２４７】
前記ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンが表１または２に挙げた少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドを含む、請求項２４６に記載の方法。
【請求項２４８】
前記対象が前記ネオ抗原ペプチドもしくは核酸ワクチンを受けることに先立っておよび／または受ける際に、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療または放射線を受けた、請求項２４７に記載の方法。
【請求項２４９】
前記対象が少なくとも１つのチェックポイント阻害剤を用いる処置を受ける、請求項２３７から２４８のいずれかに記載の方法。
【請求項２５０】
前記自家Ｔ細胞が、ネオ抗原を含むＴ細胞治療を少なくとも１ラウンド既に受けている対象から得られる、請求項２３７から２４９のいずれかに記載の方法。
【請求項２５１】
養子Ｔ細胞治療をさらに含む、請求項２３７から２５０のいずれかに記載の方法。
【請求項２５２】
前記養子Ｔ細胞治療が自家Ｔ細胞を含む、請求項２５１に記載の方法。
【請求項２５３】
前記自家Ｔ細胞が腫瘍抗原に対して標的化されている、請求項２５２に記載の方法。
【請求項２５４】
前記養子Ｔ細胞治療が同種異系Ｔ細胞をさらに含む、請求項２５１または２５２に記載の方法。
【請求項２５５】
前記同種異系Ｔ細胞が腫瘍抗原に対して標的化されている、請求項２５４に記載の方法。
【請求項２５６】
前記養子Ｔ細胞治療が前記チェックポイント阻害剤の前、前記チェックポイント阻害剤の後または前記チェックポイント阻害剤と同時に投与される、請求項２５１から２５５のいずれかに記載の方法。
【請求項２５７】
請求項１７３から１９０のいずれかに記載の有効性を評価するための方法であって、（ｉ）前記改変細胞を投与する前に前記対象から得られた第１の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、（ｉｉ）前記改変細胞の投与後に前記対象から得られた第２の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、および（ｉｉｉ）前記第１の試料中の標的細胞の数または濃度と比較して前記第２の試料中の標的細胞の数または濃度の増大または減少を決定するステップを含む方法。
【請求項２５８】
処置有効性が、臨床転帰；Ｔ細胞による抗腫瘍活性の増大、増強または延長；処置前の数と比較した抗腫瘍Ｔ細胞または活性化Ｔ細胞の数の増大；Ｂ細胞活性；ＣＤ４＋Ｔ細胞活性；またはこれらの組合せをモニタリングすることによって決定される、請求項２５７に記載の方法。
【請求項２５９】
処置有効性がバイオマーカーをモニタリングすることによって決定される、請求項２５８に記載の方法。
【請求項２６０】
前記バイオマーカーが、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、膀胱腫瘍抗原、サイログロブリン、アルファフェトプロテイン、ＰＳＡ、ＣＡ１２５、ＣＡ１９．９、ＣＡ１５．３、レプチン、プロラクチン、オステオポンチン、ＩＧＦ−ＩＩ、ＣＤ９８、ファスシン、ｓＰＩｇＲ、１４−３−３エータ、トロポニンＩ、循環腫瘍細胞ＲＮＡまたはＤＮＡおよびｂ型ナトリウム利尿ペプチドからなる群から選択される、請求項２５９に記載の方法。
【請求項２６１】
臨床転帰が、腫瘍退縮；腫瘍縮小；腫瘍壊死；免疫系による抗腫瘍応答；腫瘍の拡大、再発もしくは拡散；またはこれらの組合せからなる群から選択される、請求項２５８に記載の方法。
【請求項２６２】
前記処置の効果が、Ｔ細胞の存在によって、もしくはＴ細胞炎症を示す遺伝子シグネチャーの存在によって、またはこれらの組合せで予測される、請求項２５８に記載の方法。
【請求項２６３】
それを必要とする対象においてがんを処置し、または抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、前記対象に：
（ａ）請求項１から１０６のいずれかに記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞；および
（ｂ）少なくとも１つのチェックポイント阻害剤
を投与するステップを含む方法。
【請求項２６４】
免疫調節因子またはアジュバントの投与をさらに含む、請求項２６３に記載の方法。
【請求項２６５】
前記免疫調節因子またはアジュバントが、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ１３１２ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ２０６ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５０Ｖ２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ５１ＶＧ、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＩＳＡ−ＴＬＲ２アゴニスト、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、アクリルもしくはメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマーおよびＱＳ２１スチムロン、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢからなる群から選択される、請求項２６４に記載の方法。
【請求項２６６】
前記免疫調節因子またはアジュバントがポリＩＣＬＣである、請求項２６５に記載の方法。
【請求項２６７】
前記チェックポイント阻害剤が抗ＰＤｌ抗体または抗体断片である、請求項２６３から２６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６８】
前記抗ＰＤｌ抗体または抗体断片がニボルマブまたはペンブロリズマブである、請求項２６７に記載の方法。
【請求項２６９】
前記チェックポイント阻害剤が抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗体断片である、請求項２６３から２６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７０】
前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗体断片がアベルマブ、デュルバルマブまたはアテゾリズマブである、請求項２６７に記載の方法。
【請求項２７１】
前記チェックポイント阻害剤が抗ＣＴＬＡ４抗体または抗体断片である、請求項２６３から２６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７２】
前記抗ＣＴＬＡ４抗体がイピリムマブまたはトレメリムマブである、請求項２７１に記載の方法。
【請求項２７３】
抗ＰＤ１抗体および抗ＣＴＬＡ４抗体の両方を投与するステップを含む、請求項２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７４】
前記チェックポイント阻害剤の投与が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より前に開始される、請求項２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７５】
前記チェックポイント阻害剤の投与が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より後に開始される、請求項２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７６】
前記チェックポイント阻害剤の投与が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始と同時に開始される、請求項２６３から２７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７７】
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、静脈内または皮下投与される、請求項２６３から２７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７８】
前記チェックポイント阻害剤が静脈内または皮下投与される、請求項２６３から２７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７９】
前記チェックポイント阻害剤が、前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される、請求項２６３から２７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８０】
前記ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞が、前記チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される、請求項２７９に記載の方法。
【請求項２８１】
請求項１から１３６、１５９または１６８から１９０のいずれか一項に記載のペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体、細胞または組成物を含むキット。
【請求項２８２】
前記がんが：副腎、膀胱、乳房、子宮頸部、結腸直腸、神経膠芽腫、頭頸部、腎臓嫌色素性、腎臓明細胞、腎乳頭、肝臓、肺腺癌、肺扁平上皮、卵巣、膵臓、メラノーマ、胃、子宮体部内膜および子宮癌肉腫からなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８３】
前記がんが：前立腺がん、膀胱、肺扁平上皮、ＮＳＣＬＣ、乳房、頭頸部、肺腺癌、ＧＢＭ、神経膠腫、ＣＭＬ、ＡＭＬ、テント上上衣腫、急性前骨髄球性白血病、孤立性線維性腫瘍およびクリゾチニブ耐性がんからなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８４】
前記がんが：ＣＲＣ、頭頸部、胃、肺扁平上皮、肺腺癌、前立腺、膀胱、胃、腎臓細胞癌および子宮からなる群から選択される、請求項１０８に記載の方法。
【請求項２８５】
前記がんが：メラノーマ、肺扁平上皮、ＤＬＢＣＬ、子宮、頭頸部、子宮、肝臓およびＣＲＣからなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８６】
前記がんが：リンパ系がん；バーキットリンパ腫、神経芽細胞腫、前立腺腺癌、結腸直腸腺癌；子宮／子宮内膜腺癌；ＭＳＩ＋；子宮内膜漿液性癌；子宮内膜癌肉腫−悪性中胚葉性混合腫瘍；神経膠腫；星状細胞腫；ＧＢＭ、ＭＤＳを伴う急性骨髄性白血病；慢性リンパ性白血病−小リンパ球性リンパ腫；骨髄異形成症候群；急性骨髄性白血病；乳房の管腔ＮＳ癌；慢性骨髄性白血病；膵臓の腺管癌；慢性骨髄単球性白血病；骨髄線維症；骨髄異形成症候群；前立腺腺癌；本態性血小板血症；および髄筋芽腫からなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８７】
前記がんが：結腸直腸、子宮、子宮内膜および胃からなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８８】
前記がんが：子宮頸部、頭頸部、肛門、胃、バーキットリンパ腫および上咽頭癌からなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８９】
前記がんが：膀胱、結腸直腸および胃からなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９０】
前記がんが：肺、ＣＲＣ、メラノーマ、乳房、ＮＳＣＬＣおよびＣＬＬからなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９１】
前記対象がチェックポイント阻害剤治療に対して部分的または非応答者である、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９２】
前記がんが：膀胱尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、乳房侵襲性癌（ＢＲＣＡ）、乳がん、子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸管腺癌（ＣＥＳＣ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、結腸直腸がん（ＣＲＣ）、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、腎臓腎乳頭細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝臓肝細胞癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）、膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、前立腺がん、皮膚の皮膚メラノーマ（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺腺癌（ＴＨＣＡ）ならびに子宮体部類内膜癌（ＵＣＥＣ）からなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９３】
前記がんが：結腸直腸がん、子宮がん、子宮内膜がん、胃がんおよびリンチ症候群からなる群から選択される、請求項１９１から２５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９４】
前記がんがＭＳＩ＋がんである、請求項２９３に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本願は、２０１６年３月３１日に出願された米国仮出願第６２／３１６，５３０号、２０１６年３月３１日に出願された米国仮出願第６２／３１６，５３３号、２０１６年３月３１日に出願された米国仮出願第６２／３１６，５４７号、２０１６年３月３１日に出願された米国仮出願第６２／３１６，５５２号、２０１６年４月１日に出願された米国仮出願第６２／３１６，５６７号、および２０１６年４月１日に出願された米国仮出願第６２／３１６，５７１号（それぞれの全体が、参照によって本明細書中に組み込まれる）の優先権を主張する。
【０００２】
発明の分野
本発明の分野は、免疫治療ペプチド、ペプチドをコードする核酸、ペプチド結合剤、および例えばがんの免疫治療におけるそれらの使用に関する。一態様では、本発明は、単独またはがんを処置するための他の腫瘍関連ペプチド、抗がんもしくは免疫調節剤との組合せで有用なネオ抗原性ペプチドを提供する。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
腫瘍ワクチンは、腫瘍細胞を認識し、溶解する抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を誘導するように共に作用する腫瘍抗原および免疫賦活性分子（例えばアジュバント、サイトカインまたはＴＬＲリガンド）から典型的にはなる。そのようなワクチンは、共通組織限定腫瘍抗原または全腫瘍細胞調製物の形態での共通および患者特異的抗原の混合物のいずれかを含有する。共通組織限定腫瘍抗原は理想的には、多くの個体にわたって腫瘍における選択的発現を有する免疫原性タンパク質であり、合成ペプチドまたは組換えタンパク質として患者に一般に送達される。対照的に全腫瘍細胞調製物は、自家照射細胞、細胞可溶化物、細胞融合物、熱ショックタンパク質調製物または全ｍＲＮＡとして患者に送達される。全腫瘍細胞が患者自身から単離されることから、細胞は患者特異的腫瘍抗原および共通腫瘍抗原を含む可能性がある。最後に、アミノ酸配列の変更を生じる腫瘍特異的変異（患者特異的または共通であってよい）を有するタンパク質からなり、ワクチンにおいてほとんど使用されていない第３のクラスの腫瘍抗原、ネオ抗原がある。そのような変異タンパク質は：（ａ）変異およびその対応するタンパク質が腫瘍においてだけ存在することから、腫瘍細胞に固有であり、（ｂ）中枢性免疫寛容を回避し、したがって免疫原性である可能性が高く、（ｃ）液性および細胞性免疫の両方によるものを含む免疫認識のための優れた標的を提供する。しかし、個別化されたネオ抗原の使用は、各患者のゲノムの配列決定、および次いで患者特異的ネオ抗原組成物の産生を必要とする。したがって、追加のがん治療法を開発する必要性がいまだある。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
発明の簡潔な概要
本明細書では、腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、ネオエピトープが：ＡｘＢｙＣｚによって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、式中、各ＡおよびＣは、天然ポリペプチドに対応するアミノ酸を表し、ｙは少なくとも１であり、Ｂは天然ポリペプチドのアミノ酸置換または挿入を表し、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、少なくとも８個の連続したアミノ酸がＢｙを含み、天然ポリペプチドが：（ａ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１】
2019513373.tif 000003
であるＡＢＬ１；（ｂ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２】
2019513373.tif 000004
であるＡＬＫ；（ｃ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３】
2019513373.tif 000005
であるＢＲＡＦ；（ｄ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４】
2019513373.tif 000006
であるＢＴＫ；（ｅ）ＡｘＢｙＣｚが
【化５】
2019513373.tif 000007
であるＥＥＦ１Ｂ２；（ｆ）ＡｘＢｙＣｚが
【化６】
2019513373.tif 000008
であるＥＧＦＲ；（ｇ）ＡｘＢｙＣｚが
【化７】
2019513373.tif 000009
であるＥＲＢＢ３；（ｈ）ＡｘＢｙＣｚが
【化８】
2019513373.tif 000010
であるＥＳＲ１；（ｉ）ＡｘＢｙＣｚが
【化９】
2019513373.tif 000011
であるＦＧＦＲ３；（ｊ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１０】
2019513373.tif 000012
であるＦＲＧ１Ｂ；（ｋ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１１】
2019513373.tif 000013
であるＨＥＲ２；（ｌ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１２】
2019513373.tif 000014
であるＩＤＨ１；（ｍ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１３】
2019513373.tif 000015
であるＫＩＴ；（ｎ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１４】
2019513373.tif 000016
であるＭＥＫ；（ｏ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１５】
2019513373.tif 000017
であるＭＹＣ；（ｐ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１６】
2019513373.tif 000018
であるＰＤＧＦＲａ；（ｑ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１７】
2019513373.tif 000019
であるＰＩＫ３ＣＡ；（ｒ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１８】
2019513373.tif 000020
であるＰＯＬＥ；（ｓ）ＡｘＢｙＣｚが
【化１９】
2019513373.tif 000021
であるＰＴＥＮ；（ｔ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２０】
2019513373.tif 000022
であるＲＡＣ１；および（ｕ）ＡｘＢｙＣｚが
【化２１】
2019513373.tif 000023
であるＴＰ５３からなる群から選択される遺伝子によってコードされている、単離されたネオ抗原性ペプチドを提供する。
【０００５】
実施形態では、天然ポリペプチドは、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ３またはＦＧＦＲ３遺伝子によってコードされ、少なくとも１つのＢｙは細胞外に発現される。
【０００６】
本明細書では、腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、ネオエピトープが：ＡｘＢｙＣｚによって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、式中、各Ａは、天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり、Ｂｙは、存在せず、各Ｃは、天然ポリペプチドをコードする配列のフレームシフトによってコードされるアミノ酸であり、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、少なくとも８個の連続したアミノ酸が少なくとも１つのＣｚを含み、天然ポリペプチドが：（ａ）Ｃｚが
【化２２】
2019513373.tif 000024
であるＡＰＣ；（ｂ）Ｃｚが
【化２３】
2019513373.tif 000025
であるＡＲＩＤ１Ａ；（ｃ）Ｃｚが
【化２４】
2019513373.tif 000026
であるβ２Ｍ；（ｄ）Ｃｚが
【化２５】
2019513373.tif 000027
であるＣＤＨ１；（ｅ）Ｃｚが
【化２６】
2019513373.tif 000028
であるＧＡＴＡ３；（ｆ）Ｃｚが
【化２７】
2019513373.tif 000029
であるＭＬＬ２；（ｇ）Ｃｚが
【化２８】
2019513373.tif 000030
であるＰＴＥＮ；（ｈ）Ｃｚが
【化２９】
2019513373.tif 000031
であるＴＰ５３；または（ｉ）Ｃｚが
【化３０】
2019513373.tif 000032
であるＶＨＬ；（ｊ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３１】
2019513373.tif 000033
であるＡＣＶＲ２Ａ；（ｋ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３２】
2019513373.tif 000034
であるＣ１５ＯＲＦ４０；（ｌ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３３】
2019513373.tif 000035
であるＣＮＯＴ１；（ｍ）ＡｘＢｙＣｚまたはＣｚが
【化３４】
2019513373.tif 000036
であるＥＩＦ２Ｂ３；（ｎ）ＡｘＢｙＣｚまたはＣｚが
【化３５】
2019513373.tif 000037
であるＥＰＨＢ２；（ｏ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３６】
2019513373.tif 000038
であるＥＳＲＰ１；（ｐ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３７】
2019513373.tif 000039
であるＦＡＭ１１Ｂ；（ｑ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３８】
2019513373.tif 000040
であるＧＢＰ３；（ｒ）ＡｘＢｙＣｚが
【化３９】
2019513373.tif 000041
であるＪＡＫ１；（ｓ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４０】
2019513373.tif 000042
であるＬＭＡＮ１；（ｔ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４１】
2019513373.tif 000043
であるＭＳＨ３；（ｕ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４２】
2019513373.tif 000044
であるＮＤＵＦＣ２；（ｖ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４３】
2019513373.tif 000045
であるＲＢＭ２７；（ｗ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４４】
2019513373.tif 000046
であるＲＰＬ２２；（ｘ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４５】
2019513373.tif 000047
であるＳＥＣ３１Ａ；（ｙ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４６】
2019513373.tif 000048
であるＳＥＣ６３；（ｚ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４７】
2019513373.tif 000049
であるＳＬＣ３５Ｆ５；（ａａ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４８】
2019513373.tif 000050
であるＳＭＡＰ１；（ｂｂ）ＡｘＢｙＣｚが
【化４９】
2019513373.tif 000051
であるＴＦＡＭ；（ｃｃ）ＡｘＢｙＣｚが
【化５０】
2019513373.tif 000052
であるＴＧＦＢＲ２；（ｄｄ）ＡｘＢｙＣｚが
【化５１】
2019513373.tif 000053
であるＴＨＡＰ５；（ｅｅ）ＡｘＢｙＣｚが
【化５２】
2019513373.tif 000054
であるＴＴＫ；および（ｆｆ）ＡｘＢｙＣｚが
【化５３】
2019513373.tif 000055
であるＸＰＯＴからなる群から選択される遺伝子によってコードされている、単離されたネオ抗原性ペプチドを提供する。
【０００７】
本明細書では、腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、ネオエピトープが：ＡｘＢｙＣｚによって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、式中、各Ａは、第１の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり、各Ｃは、第２の天然ポリペプチドまたは第１の天然ポリペプチドの潜在性エクソンもしくはスプライスバリアントのエクソンに対応するアミノ酸であり、各Ｂは、第１の天然ポリペプチド、第２の天然ポリペプチドまたは第１の天然ポリペプチドの潜在性エクソンに対応するアミノ酸ではないアミノ酸であり、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、式中、ｙは存在せず、少なくとも８個の連続したアミノ酸は、少なくとも１つのＡｘおよび少なくとも１つのＣｚを含み、またはｙは少なくとも１であり、少なくとも８個の連続したアミノ酸は、少なくとも１つのＢｙを含み、（ａ）第１の天然ポリペプチドがＢＣＲ遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＡＢＬ遺伝子によってコードされ、（ｉ）ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化５４】
2019513373.tif 000056
であり、または（ｉｉ）ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化５５】
2019513373.tif 000057
であり；（ｂ）第１の天然ポリペプチドがＣ１１ｏｒｆ９５遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＲＥＬＡ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化５６】
2019513373.tif 000058
であり；（ｃ）第１の天然ポリペプチドがＣＢＦＢ遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＭＹＨ１１遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化５７】
2019513373.tif 000059
であり；（ｄ）第１の天然ポリペプチドがＣＤ７４遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＲＯＳ１遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化５８】
2019513373.tif 000060
であり；（ｅ）第１の天然ポリペプチドがＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドが、（ｉ）ＳＥＰＴ１４遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化５９】
2019513373.tif 000061
であり、または（ｉｉ）ＥＧＦＲ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６０】
2019513373.tif 000062
であり、；（ｆ）第１の天然ポリペプチドがＥＭＬ４遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＡＬＫ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６１】
2019513373.tif 000063
であり；（ｇ）第１の天然ポリペプチドがＦＧＦＲ３遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＴＡＣＣ３遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６２】
2019513373.tif 000064
であり；（ｈ）第１の天然ポリペプチドがＮＡＢ遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＳＴＡＴ６遺伝子によってコードされ、ｙは少なくとも１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６３】
2019513373.tif 000065
であり；（ｉ）第２の天然ポリペプチドがＥＲＧによってコードされ、ｙは０であり、（ｉ）第１の天然ポリペプチドがＮＤＲＧ１遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化６４】
2019513373.tif 000066
であり、または（ｉｉ）第１の天然ポリペプチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされ、ＡｘＢｙＣｚは
【化６５】
2019513373.tif 000067
であり；（ｊ）第１の天然ポリペプチドがＰＭＬ遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＲＡＲＡ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６６】
2019513373.tif 000068
であり；（ｋ）第１の天然ポリペプチドがＲＵＮＸ１遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＣＢＦＡ２Ｔ１（ＲＵＮＸ１Ｔ１）遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６７】
2019513373.tif 000069
であり；（ｌ）第１の天然ポリペプチドがＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされ、潜在性エクソンまたはスプライスバリアントのエクソンはＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６８】
2019513373.tif 000070
である、単離されたネオ抗原性ペプチドを提供する。
【０００８】
本明細書では、腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、単離されたネオ抗原性ペプチドが天然ポリペプチドではなく、ネオエピトープが：ＡｘＢｙＣｚによって表されるアミノ酸配列の少なくとも８個の連続したアミノ酸を含み、式中、各Ａは、第１の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸であり、各Ｂは、第１の天然ポリペプチドまたは第２の天然ポリペプチドに対応するアミノ酸ではないアミノ酸であり、各Ｃは、第２の天然ポリペプチドをコードする配列のフレームシフトによってコードされるアミノ酸であり、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも８であり、式中ｙは存在せず、少なくとも８個の連続したアミノ酸は少なくとも１つのＣｚを含み、またはｙは少なくとも１であり、少なくとも８個の連続したアミノ酸は少なくとも１つのＢｙおよび／もしくは少なくとも１つのＣｚを含み、（ａ）第１の天然ポリペプチドがＡＣ０１１９９７．１遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＬＲＲＣ６９遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化６９】
2019513373.tif 000071
であり、（ｂ）第１の天然ポリペプチドがＥＥＦ１ＤＰ３遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＦＲＹ遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化７０】
2019513373.tif 000072
であり、（ｃ）第１の天然ポリペプチドがＭＡＤ１Ｌ１遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＭＡＦＫ遺伝子によってコードされ、ｙは０であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化７１】
2019513373.tif 000073
であり、または（ｄ）第１の天然ポリペプチドがＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドがＳＴＡＲＤ３遺伝子によってコードされ、ｙは１であり、ＡｘＢｙＣｚは
【化７２】
2019513373.tif 000074
である、単離されたネオ抗原性ペプチドを提供する。
【０００９】
実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、表１に記載される配列を含む。実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚは、最大５００、最大２５０、最大１５０、最大１２５または最大１００である。実施形態では、ｘ＋ｙ＋ｚは、少なくとも８、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００または少なくとも３００である。実施形態では、ｚは、最大５００、最大２５０、最大１５０、最大１２５または最大１００である。実施形態では、ｚは、少なくとも８、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００または少なくとも３００である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約５００アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約１００アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約５０アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約１５から約３５アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約１５アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約１１アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、９または１０アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩに結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩに約５００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩに約２５０ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩに約５０ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約３０アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約２５アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約１５から約２４アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約９から約１５アミノ酸長である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩに結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩに１０００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩに約５００ｎＭまたはそれ未満の結合親和性で結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、隣接するアミノ酸をさらに含む。実施形態では、隣接するアミノ酸は、天然の隣接するアミノ酸ではない。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０または少なくとも５００アミノ酸の全長を有する。実施形態では単離されたネオ抗原性ペプチドは、最大８、最大９、最大１０、最大１１、最大１２、最大１３、最大１４、最大１５、最大１６、最大１７、最大１８、最大１９、最大２０、最大２１、最大２２、最大２３、最大２４、最大２５、最大２６、最大２７、最大２８、最大２９、最大３０、最大４０、最大５０、最大６０、最大７０、最大８０、最大９０、最大１００、最大１５０、最大２００、最大２５０、最大３００、最大３５０、最大４００、最大４５０または最大５００アミノ酸の全長を有する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、少なくとも第２のネオ抗原性ペプチドに連結された第１のネオ抗原性ペプチドである。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ポリグリシンまたはポリセリンリンカーによって少なくとも第２のネオ抗原性ペプチドに連結されている。実施形態では、第２のネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約１０００ｎＭ未満の結合親和性で結合する。実施形態では、第２のネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約５００ｎＭ未満の結合親和性で結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドおよび第２のネオ抗原性ペプチドは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−Ａ、−Ｂ、−Ｃ、−ＤＰ、−ＤＱまたは−ＤＲに結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドはクラスＩ  ＨＬＡに結合し、第２のネオ抗原性ペプチドはクラスＩＩ  ＨＬＡに結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドはクラスＩＩ  ＨＬＡに結合し、第２のネオ抗原性ペプチドはクラスＩ  ＨＬＡに結合する。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期、細胞標的化、抗原取り込み、抗原プロセシング、ＭＨＣ親和性、ＭＨＣ安定性、抗原提示またはこれらの組合せを増大させる改変をさらに含む。実施形態では、改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、ＰＥＧ化、ポリシアル化、ＨＥＳ化、組換えＰＥＧ模倣物、Ｆｃ融合、アルブミン融合、ナノ粒子付着、ナノ粒子封入、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、グリコシル化、側鎖酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性物質の付加、アミノ酸模倣物の付加または非天然アミノ酸の付加である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、抗原提示細胞への細胞標的化を増大させる改変をさらに含む。実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞である。実施形態では、樹状細胞は、ＤＥＣ２０５、ＸＣＲ１、ＣＤ１９７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ２０９、ＣＤ２７３、ＣＤ２８３、ＣＤ２８９、ＣＤ１８４、ＣＤ８５ｈ、ＣＤ８５ｊ、ＣＤ８５ｋ、ＣＤ８５ｄ、ＣＤ８５ｇ、ＣＤ８５ａ、ＣＤ１４１、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ８３、ＴＳＬＰ受容体、Ｃｌｅｃ９ａまたはＣＤ１ａマーカーを使用して標的化される。実施形態では、樹状細胞は、ＣＤ１４１、ＤＥＣ２０５、Ｃｌｅｃ９ａまたはＸＣＲ１マーカーを使��して標的化される。実施形態では、樹状細胞は、自家細胞である。実施形態では、１つまたは複数の樹状細胞は、Ｔ細胞に結合する。実施形態では、Ｔ細胞は、自家Ｔ細胞である。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、表２に挙げた単離されたネオ抗原性ペプチドではない。実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、表１または２に挙げた少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドに連結されている。
【００１０】
本明細書では、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系を提供する。実施形態では送達系は、細胞透過性ペプチド、ナノ粒子封入、ウイルス様粒子、リポソームまたはこれらの任意の組合せを含む。実施形態では、細胞透過性ペプチドは、ＴＡＴペプチド、単純ヘルペスウイルスＶＰ２２、トランスポータン、Ａｎｔｐまたはこれらの任意の組合せである。
【００１１】
本明細書では、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドを含む細胞を提供する。実施形態では、細胞は、抗原提示細胞である。実施形態では、細胞は、樹状細胞である。実施形態では、細胞は、自家細胞である。実施形態では、細胞は、Ｔ細胞に結合する。実施形態では、Ｔ細胞は、自家Ｔ細胞である。
【００１２】
本明細書では、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドを含む組成物を提供する。
【００１３】
実施形態では、組成物は、表１または２に記載される腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の単離されたネオ抗原性ペプチドを含む。実施形態では、組成物は、約２個から約２０個のネオ抗原性ペプチドまたは約２個から約３０個のネオ抗原性ペプチドを含む。実施形態では、ネオ抗原は、個々の対象の腫瘍に対して特異的である。実施形態では、組成物は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個または少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の追加のネオ抗原性ペプチドをさらに含む。実施形態では、組成物は、約４個から約２０個の追加のネオ抗原性ペプチド、約４個から約３０個の追加のネオ抗原性ペプチドを含む。実施形態では、少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドは、個々の対象の腫瘍に対して特異的である。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される。実施形態では、試料は、新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である。実施形態では、配列差異は、次世代配列決定によって決定される。
【００１４】
本明細書では、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＤＮＡである。実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。実施形態では、ＲＮＡは、自己増幅ＲＮＡである。実施形態では、ＲＮＡは、安定性を増大させ、細胞標的化を増大させ、翻訳効率、アジュバント活性、サイトゾル到達性を増大させ、かつ／または細胞傷害性を減少させるように改変されている。実施形態では、改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、コドン最適化、ＧＣ含有量の増大、改変ヌクレオシドの組み込み、５’−ｃａｐまたはｃａｐ類似体の組み込み、および／またはアンマスクポリＡ配列の組み込みである。
【００１５】
本明細書では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含む細胞を提供する。
【００１６】
本明細書では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。実施形態では、ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。実施形態では、ベクターは、自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルスまたはビリオンである。実施形態では、ベクターは、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルスまたはそのシュードタイプに由来する。
【００１７】
本明細書では、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系を提供する。実施形態では送達系は、球状核酸、ウイルス、ウイルス様粒子、プラスミド、細菌性プラスミドまたはナノ粒子を含む。
【００１８】
本明細書では、本明細書に記載されるベクターまたは送達系を含む細胞を提供する。実施形態では、細胞は、抗原提示細胞である。実施形態では、細胞は、樹状細胞である。実施形態では、細胞は、未成熟樹状細胞である。
【００１９】
本明細書では、本明細書に記載される少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。実施形態では、組成物は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の単離されたポリヌクレオチドを含む。実施形態では、組成物は、約２個から約２０個の単離されたポリヌクレオチドまたは約２個から約３０個の単離されたポリヌクレオチドを含む。実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、１つまたは複数の単離されたポリヌクレオチドを含むベクターによってコードされている。実施形態では、組成物は、追加のネオ抗原性ペプチドをコードする少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個または少なくとも１００個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドをさらに含む。実施形態では、１つまたは複数の追加のネオ抗原性ペプチドは、１つまたは複数の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドを含むベクターによってコードされている。実施形態では、組成物は、約４個から約２０個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドまたは約４個から約３０個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドを含む。実施形態では、単離されたポリヌクレオチドと追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドとは連結されている。実施形態では、ポリヌクレオチドは、ポリグリシンまたはポリセリンリンカーをコードする核酸を使用して連結されている。実施形態では、少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドは、個々の対象の腫瘍に対して特異的である。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される。実施形態では、試料は、新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である。実施形態では、配列差異は、次世代配列決定によって決定される。
【００２０】
本明細書では、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を提供する。実施形態では、ＭＨＣペプチドのＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである。実施形態では、ＴＣＲは、抗原に結合できる抗体または抗体断片を含むドメインをさらに含む二重特異性ＴＣＲである。実施形態では、抗原は、Ｔ細胞特異的抗原である。実施形態では、抗原は、ＣＤ３である。実施形態では、抗体または抗体断片は、抗ＣＤ３  ｓｃＦｖである。
【００２１】
本明細書では：（ｉ）Ｔ細胞活性化分子、（ｉｉ）膜貫通領域、および（ｉｉｉ）本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる抗原認識部分を含む、キメラ抗原受容体を提供する。実施形態では、ＣＤ３ゼータは、Ｔ細胞活性化分子である。実施形態では、キメラ抗原受容体は、少なくとも１つの共刺激シグナル伝達ドメインをさらに含む。実施形態では、シグナル伝達ドメインは、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、ＩＴＡＭまたはＦｃイプシロンＲＩガンマである。実施形態では、抗原認識部分は、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩの関連で単離されたネオ抗原性ペプチドに結合できる。実施形態では、ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域。実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している。実施形態では、ＭＨＣペプチドのＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである。
【００２２】
本明細書では、本明細書に記載されるＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含むＴ細胞であって、任意選択でヘルパーまたは細胞傷害性Ｔ細胞であるＴ細胞を提供する。実施形態では、Ｔ細胞は、対象のＴ細胞である。
【００２３】
本明細書では、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチド、または本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含むＴ細胞であって、抗原提示細胞および本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数と共に、Ｔ細胞を活性化するのに十分な時間インキュベートされた、対象由来のＴ細胞の集団から単離された、Ｔ細胞を提供する。実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞である。実施形態では、対象由来のＴ細胞の集団は、対象由来のＣＤ８＋Ｔ細胞の集団である。実施形態では、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数は、対象特異的ネオ抗原性ペプチドである。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の腫瘍に対して特異的なエピトープである異なる腫瘍ネオエピトープを有する。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の非腫瘍試料に存在しない腫瘍特異的非サイレント変異の発現産物である。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象のＨＬＡタンパク質に結合する。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象のＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満のＩＣ５０で結合する。実施形態では、活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞は抗原提示細胞から分離される。実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞またはＣＤ４０Ｌ増殖Ｂ細胞である。実施形態では、抗原提示細胞は、非形質転換細胞である。実施形態では、抗原提示細胞は、非感染細胞である。実施形態では、抗原提示細胞は、自家である。実施形態では、抗原提示細胞は、それらの表面から内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するために処置されている。実施形態では、内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための処置は、細胞を約２６℃で培養するステップを含む。実施形態では、内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための処置は、マイルドな酸溶液を用いて細胞を処置するステップを含む。実施形態では、抗原提示細胞は、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを用いてパルス処理されている。実施形態では、パルス処理ステップは、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドそれぞれ少なくとも約２μｇ／ｍｌの存在下で抗原提示細胞をインキュベートするステップを含む。実施形態では、単離されたＴ細胞の抗原提示細胞に対する比は、約３０：１から３００：１の間である。実施形態では、Ｔ細胞の単離された集団をインキュベートするステップは、ＩＬ−２およびＩＬ−７の存在下でなされる。実施形態では、ＭＨＣペプチドのＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである。
【００２４】
本明細書では：対象からＴ細胞の集団を単離するステップ、ならびにＴ細胞の単離された集団を抗原提示細胞および本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドと共に、Ｔ細胞を活性化するのに十分な時間インキュベートするステップを含む、腫瘍特異的Ｔ細胞を活性化するための方法を提供する。実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞である。実施形態では、対象由来のＴ細胞の集団は、対象由来のＣＤ８＋Ｔ細胞の集団である。実施形態では、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの１つまたは複数は、対象特異的ネオ抗原性ペプチドである。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の腫瘍に特異的なエピトープである異なる腫瘍ネオエピトープを有する。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象の非腫瘍試料に存在しない腫瘍特異的非サイレント変異の発現産物である。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象のＨＬＡタンパク質に結合する。実施形態では、対象特異的ネオ抗原性ペプチドは、対象のＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満のＩＣ５０で結合する。実施形態では、方法は、抗原提示細胞から活性化Ｔ細胞を分離するステップをさらに含む。実施形態では、方法は、活性化Ｔ細胞を本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに対する反応性の証拠について試験するステップをさらに含む。実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞またはＣＤ４０Ｌ増殖Ｂ細胞である。実施形態では、抗原提示細胞は、非形質転換細胞である。実施形態では、抗原提示細胞は、非感染細胞である。実施形態では、抗原提示細胞は、自家である。実施形態では、抗原提示細胞は、それらの表面から内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するために処置されている。実施形態では、内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための処置は細胞を約２６℃で培養するステップを含む。実施形態では、内在性ＭＨＣ関連ペプチドを剥離するための処置は、マイルドな酸溶液を用いて細胞を処置するステップを含む。実施形態では、抗原提示細胞は、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを用いてパルス処理されている。実施形態では、パルス処理は、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドそれぞれ少なくとも約２μｇ／ｍｌの存在下で抗原提示細胞をインキュベートするステップを含む。実施形態では、単離されたＴ細胞の抗原提示細胞に対する比は、約３０：１から３００：１の間である。実施形態では、Ｔ細胞の単離された集団をインキュベートするステップは、ＩＬ−２およびＩＬ−７の存在下でなされる。実施形態では、ＭＨＣペプチドのＭＨＣは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩである。
【００２５】
本明細書では、本明細書に記載される方法によって産生された活性化腫瘍特異的Ｔ細胞を含む組成物を提供する。
【００２６】
本明細書では、対象におけるがんを処置する方法であって、本明細書に記載される、または本明細書に記載される方法によって産生された活性化腫瘍特異的Ｔ細胞の治療有効量を対象に投与するステップを含む方法を提供する。実施形態では、投与するステップは、約１０６から１０１２、約１０８から１０１１、または約１０９から１０１０の活性化腫瘍特異的Ｔ細胞を投与するステップを含む。
【００２７】
本明細書では、本明細書に記載されるＴ細胞受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸を提供する。実施形態では、ＴＣＲは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる。
【００２８】
本明細書では、本明細書に記載されるキメラ抗原受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸を提供する。実施形態では、抗原認識部分は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる。実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している。実施形態では、核酸は、ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域を含む。
【００２９】
本明細書では、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドまたは本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドを含むＭＨＣペプチド複合体に結合できる抗体または抗体断片であって、任意選択で抗体断片が二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）である、抗体または抗体断片を提供する。実施形態では、抗体または抗体断片は、少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドの細胞外部分に結合する。実施形態では、天然ポリペプチドは：Ｃｚが
【化７３】
2019513373.tif 000075
であるβ２Ｍ；ＡｘＢｙＣｚが
【化７４】
2019513373.tif 000076
であるＥＧＦＲ、ＡｘＢｙＣｚが
【化７５】
2019513373.tif 000077
であるＢＴＫ、またはＡｘＢｙＣｚが
【化７６】
2019513373.tif 000078
であるＥＳＲ１、またはＡｘＢｙＣｚが
【化７７】
2019513373.tif 000079
であるＨＥＲ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされている。実施形態では、抗体または抗体断片は、二重特異性抗体または抗体断片である。実施形態では、二重特異性抗体または抗体断片の１つの抗原結合ドメインは、抗ＣＤ３結合ドメインである。
【００３０】
本明細書では、本明細書に記載される核酸をトランスフェクトまたは形質導入された改変細胞を提供する。実施形態では、改変細胞は、Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、ＮＫ−Ｔ細胞、ＴＣＲ発現細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＮＫ細胞である。
【００３１】
本明細書では、本明細書に記載されるＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含む組成物を提供する。
【００３２】
本明細書では、本明細書に記載されるＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含有する自家対象Ｔ細胞を含む組成物を提供する。実施形態では、組成物は、免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む。実施形態では、組成物は、少なくとも２種の免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む。実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤はそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する。実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤はそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する。実施形態では、Ｔ細胞は、ＰＤ−１および／またはＣＴＬＡ４ノックアウトＴ細胞であって、任意選択でＰＤ−１および／またはＣＴＬＡ４ノックアウトＴ細胞は、ＣＲＩＳＰＲシステムを使用して作製される。実施形態では、組成物は、免疫モジュレーターまたはアジュバントをさらに含む。実施形態では、免疫モジュレーターは、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢである。実施形態では、免疫モジュレーターは、少なくとも１つのがん細胞またはがん細胞抽出物である。実施形態では、がん細胞は、組成物を必要とする対象に対して自家である。実施形態では、がん細胞は、溶解された、またはＵＶ照射に曝露されている。実施形態では、組成物は、アジュバントをさらに含む。実施形態では、アジュバントは：ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２  ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６  ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０  Ｖ２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５１  ＶＧ、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＩＳＡ−ＴＬＲ２アゴニスト、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、アクリルもしくはメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマーおよびＱＳ２１スチムロンからなる群から選択される。実施形態では、組成物は、対象に投与された場合に、液性応答を誘導する。実施形態では、組成物は、対象に投与された場合に、ヘルパーＴ細胞１型を誘導する。
【００３３】
本明細書では、腫瘍特異的ネオエピトープを発現している腫瘍細胞の増殖を阻害する方法であって、腫瘍細胞を本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、送達系、ベクター、組成物、抗体または細胞と接触させるステップを含む方法を提供する。
【００３４】
本明細書で提供するのは、対象の予防の方法であって、対象の細胞を本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、送達系、ベクター、組成物、抗体または細胞と接触させるステップを含む方法である。実施形態では、天然ポリペプチドは：Ｃｚが
【化７８】
2019513373.tif 000080
であるβ２Ｍ、ＡｘＢｙＣｚが
【化７９】
2019513373.tif 000081
であるＥＧＦＲ、ＡｘＢｙＣｚが
【化８０】
2019513373.tif 000082
であるＢＴＫ、またはＡｘＢｙＣｚが
【化８１】
2019513373.tif 000083
であるＥＳＲ１、およびＡｘＢｙＣｚが
【化８２】
2019513373.tif 000084
であるＨＥＲ２からなる群から選択される遺伝子によってコードされている。
【００３５】
本明細書では、それを必要とする対象においてがんを処置しまたは抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞を対象に投与するステップを含む方法を提供する。実施形態では、対象は、ヒトである。実施形態では、対象は、がんを有する。実施形態では、がんは、泌尿生殖器、婦人科、肺、胃腸管、頭頸部がん、悪性神経膠芽腫、悪性中皮腫、非転移性または転移性乳がん、悪性メラノーマ、メルケル細胞癌または骨軟部組織肉腫、血液新生物、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群および急性リンパ性白血病、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、転移性結腸直腸がん、ホルモン感受性またはホルモン不応性前立腺がん、結腸直腸がん、卵巣がん、肝細胞がん、腎細胞がん、膵臓がん、胃がん（gastric cancer）、食道がん、肝細胞がん、胆管細胞がん、頭頸部扁平上皮がん、軟部組織肉腫ならびに小細胞肺がんからなる群から選択される。実施形態では、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞は、表１または表２に記載される対応するがんの処置における使用のためである。実施形態では、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞は、表１または表２に記載されるＨＬＡ型に対応するＨＬＡ型を有する対象の処置における使用のためである。実施形態では、対象は、腫瘍の外科的除去を受けている。実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、静脈内、腹腔内、腫瘍内、皮内または皮下投与を介して投与される。実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、リンパ節領域に流入する解剖学的部位に投与される。実施形態では、投与は、複数のリンパ節領域になされる。実施形態では、投与は、皮下または皮内経路によってなされる。実施形態では、ペプチドが投与される。実施形態では、投与は、腫瘍内になされる。実施形態では、ポリヌクレオチド、任意選択でＲＮＡが投与される。実施形態では、ポリヌクレオチドは、静脈内投与される。実施形態では、細胞は、Ｔ細胞または樹状細胞である。実施形態では、ペプチドまたはポリヌクレオチドは、抗原提示細胞標的化部分を含む。実施形態では、細胞は、自家細胞である。実施形態では、方法は、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を対象に投与するステップをさらに含む。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、生物学的治療薬または小分子である。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体および融合タンパク質またはこれらの組合せからなる群から選択される。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１抗体またはＰＤ−Ｌ１抗体である。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、ペンブロリズマブおよびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬ���、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドならびにこれらの任意の組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する。実施形態では、２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤が投与される。実施形態では、２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤の少なくとも１つはＰＤ−１抗体またはＰＤ−Ｌ１抗体である。実施形態では、２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤の少なくとも１つは、イピリムマブ、トレメリムマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブおよびペンブロリズマブからなる群から選択される。実施形態では、チェックポイント阻害剤および組成物は、同時にまたは任意の順で逐次的に投与される。実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、チェックポイント阻害剤に先行して投与される。実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、チェックポイント阻害剤の後に投与される。実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与は、ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療を通じて継続される。実施形態では、ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療は、チェックポイント阻害剤治療に部分的にだけ応答するまたは応答しない対象に投与される。実施形態では、組成物は、静脈内または皮下投与される。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、静脈内または皮下投与される。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、組成物の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される。実施形態では、組成物は、チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される。実施形態では、方法は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞を用いる処置に先行して、それと同時にまたはその後に追加の治療剤を対象に投与するステップをさらに含む。実施形態では、追加の薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療、放射線、抗血管新生剤または免疫抑制を低減する薬剤である。実施形態では、化学療法剤は、アルキル化剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗剤または抗有糸分裂剤である。実施形態では、追加の薬剤は、抗グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子ファミリー受容体（ＧＩＴＲ）アゴニスト抗体もしくは抗体断片、イブルチニブ、ドセタキセオール、シスプラチン、ＣＤ４０アゴニスト抗体もしくは抗体断片、ＩＤＯ阻害剤またはシクロホスファミドである。実施形態では、方法は、ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答またはＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する。実施形態では、方法は、ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答���よびＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する。
【００３６】
本明細書では、本明細書に記載される改変細胞または組成物の有効量を投与するステップを含む、対象における免疫応答を刺激するための方法を提供する。実施形態では、免疫応答は、細胞傷害性および／または液性免疫応答である。実施形態では、方法は、対象においてＴ細胞媒介性免疫応答を刺激する。実施形態では、Ｔ細胞媒介性免疫応答は、標的細胞に方向付けられている。実施形態では、標的細胞は、腫瘍細胞である。実施形態では、改変細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入されている。実施形態では、改変細胞は、ｅｘ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入されている。実施形態では、改変細胞は、自家対象Ｔ細胞である。実施形態では、自家対象Ｔ細胞は、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンを受けている対象から得られる。実施形態では、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンは、少なくとも１つの個別化されたネオ抗原を含む。実施形態では、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンは、表１または２に挙げた少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドを含む。実施形態では、対象は、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンを受けることに先立っておよび／または受ける際に、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療または放射線を受けた。実施形態では、対象は、少なくとも１つのチェックポイント阻害剤を用いる処置を受ける。実施形態では、自家Ｔ細胞は、ネオ抗原を含むＴ細胞治療を少なくとも１ラウンド既に受けている対象から得られる。実施形態では、方法は、養子Ｔ細胞治療をさらに含む。実施形態では、養子Ｔ細胞治療は、自家Ｔ細胞を含む。実施形態では、自家Ｔ細胞は、腫瘍抗原に対して標的化される。実施形態では、養子Ｔ細胞治療は、同種異系Ｔ細胞をさらに含む。実施形態では、同種異系Ｔ細胞は、腫瘍抗原に対して標的化される。実施形態では、養子Ｔ細胞治療は、チェックポイント阻害剤の前、チェックポイント阻害剤の後またはチェックポイント阻害剤と同時に投与される。
【００３７】
本明細書では本明細書に記載されるいずれかの細胞の有効性を評価するための方法であって：（ｉ）改変細胞を投与する前に対象から得た第１の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、（ｉｉ）改変細胞の投与後に対象から得た第２の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、および（ｉｉｉ）第１の試料中の標的細胞の数または濃度と比較して第２の試料中の標的細胞の数または濃度の増大または減少を決定するステップを含む方法を提供する。実施形態では、処置有効性は、臨床転帰；Ｔ細胞による抗腫瘍活性の増大、増強または延長；処置前の数と比較した抗腫瘍Ｔ細胞または活性化Ｔ細胞の数の増大；Ｂ細胞活性；ＣＤ４＋Ｔ細胞活性；またはこれらの組合せをモニタリングすることによって決定される。実施形態では、処置有効性は、バイオマーカーをモニタリングすることによって決定される。実施形態では、バイオマーカーは、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、膀胱腫瘍抗原、サイログロブリン、アルファフェトプロテイン、ＰＳＡ、ＣＡ１２５、ＣＡ１９．９、ＣＡ１５．３、レプチン、プロラクチン、オステオポンチン、ＩＧＦ−ＩＩ、ＣＤ９８、ファスシン、ｓＰＩｇＲ、１４−３−３エータ、トロポニンＩ、循環腫瘍細胞ＲＮＡまたはＤＮＡおよびｂ型ナトリウム利尿ペプチドからなる群から選択される。実施形態では、臨床転帰は、腫瘍退縮、腫瘍縮小、腫瘍壊死、免疫系による抗腫瘍応答、腫瘍の拡大、再発もしくは拡散またはこれらの組合せからなる群から選択される。実施形態では、処置効果は、Ｔ細胞の存在によって、もしくはＴ細胞炎症を示す遺伝子シグネチャーの存在によって、またはこれらの組合せで予測される。
【００３８】
本明細書では、それを必要とする対象においてがんを処置し、または抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞および少なくとも１つのチェックポイント阻害剤を対象に投与するステップを含む方法を提供する。実施形態では、方法は免疫調節因子またはアジュバントの投与をさらに含む。実施形態では、免疫調節因子またはアジュバントは、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２  ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６  ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０  Ｖ２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５１  ＶＧ、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＩＳＡ−ＴＬＲ２アゴニスト、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、アクリルもしくはメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマーおよびＱＳ２１スチムロン、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢからなる群から選択される。実施形態では、免疫調節因子またはアジュバントは、ポリＩＣＬＣである。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤｌ抗体または抗体断片である。実施形態では、抗ＰＤｌ抗体または抗体断片は、ニボルマブまたはペンブロリズマブ（pembolizumab）である。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗体断片である。実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体または抗体断片は、アベルマブ、デュルバルマブまたはアテゾリズマブである。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ４抗体または抗体断片である。実施形態では、抗ＣＴＬＡ４抗体は、イピリムマブまたはトレメリムマブである。実施形態では、方法は、抗ＰＤ１抗体および抗ＣＴＬＡ４抗体の両方を投与するステップを含む。実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より前に開始される。実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より後に開始される。実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始と同時に開始される。実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞は、静脈内または皮下投与される。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、静脈内または皮下投与される。実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される。実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞は、チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される。
【００３９】
本明細書では、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体、細胞または組成物を含むキットを提供する。実施形態では、がんは：副腎、膀胱、乳房、子宮頸部、結腸直腸、神経膠芽腫（glioblasoma）、頭頸部、腎臓嫌色素性、腎臓明細胞、腎乳頭、肝臓、肺腺癌、肺扁平上皮、卵巣、膵臓、メラノーマ、胃、子宮体部内膜および子宮癌肉腫からなる群から選択される。実施形態では、がんは：前立腺がん、膀胱、肺扁平上皮、ＮＳＣＬＣ、乳房、頭頸部、肺腺癌、ＧＢＭ、神経膠腫、ＣＭＬ、ＡＭＬ、テント上上衣腫、急性前骨髄球性白血病、孤立性線維性腫瘍およびクリゾチニブ耐性がんからなる群から選択される。実施形態では、がんは：ＣＲＣ、頭頸部、胃、肺扁平上皮、肺腺癌、前立腺、膀胱、胃、腎臓細胞癌および子宮からなる群から選択される。実施形態では、がんは：メラノーマ、肺扁平上皮、ＤＬＢＣＬ、子宮、頭頸部、子宮、肝臓およびＣＲＣからなる群から選択される。実施形態では、がんは：リンパ系がん、バーキットリンパ腫、神経芽細胞腫、前立腺腺癌、結腸直腸腺癌、子宮／子宮内膜腺癌、ＭＳＩ＋、子宮内膜漿液性癌、子宮内膜癌肉腫−悪性中胚葉性混合腫瘍、神経膠腫、星状細胞腫、ＧＢＭ、ＭＤＳを伴う急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病−小リンパ球性リンパ腫、骨髄異形成症候群、急性骨髄性白血病、乳房の管腔ＮＳ癌、慢性骨髄性白血病、膵臓の腺管癌、慢性骨髄単球性白血病、骨髄線維症、骨髄異形成症候群、前立腺腺癌、本態性血小板血症、および髄筋芽腫からなる群から選択される。実施形態では、がんは：結腸直腸、子宮、子宮内膜および胃からなる群から選択される。実施形態では、がんは：子宮頸部、頭頸部、肛門、胃、バーキットリンパ腫および上咽頭癌からなる群から選択される。実施形態では、がんは：膀胱、結腸直腸および胃からなる群から選択される。実施形態では、がんは：肺、ＣＲＣ、メラノーマ、乳房、ＮＳＣＬＣおよびＣＬＬからなる群から選択される。実施形態では、対象は、チェックポイント阻害剤治療に対して部分的または非応答者である。実施形態では、がんは：膀胱尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、乳房侵襲性癌（ＢＲＣＡ）、乳がん、子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸管腺癌（ＣＥＳＣ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、結腸直腸がん（ＣＲＣ）、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、腎臓腎乳頭細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝臓肝細胞癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）、膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、前立腺がん、皮膚の皮膚メラノーマ（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺腺癌（ＴＨＣＡ）および子宮体部類内膜癌（ＵＣＥＣ）からなる群から選択される。実施形態では、がんは：結腸直腸がん、子宮がん、子宮内膜がん、胃がんおよびリンチ症候群からなる群から選択される。実施形態では、がんはＭＳＩ＋がんである。
【００４０】
本発明は、表１に定義の腫瘍特異的ネオエピトープを含む単離されたネオ抗原性ペプチドであって、天然ポリペプチドではない単離されたネオ抗原性ペプチドに方向付けられている。本発明は、腫瘍特異的ネオエピトープを含み、表１において定義される単離されたネオ抗原性ペプチドにも方向付けられている。
【００４１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約５０アミノ酸長の間である。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約１５から約３５アミノ酸長の間である。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約１５アミノ酸長またはそれより短い。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約８から約１１アミノ酸長の間である。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、９または１０アミノ酸長である。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩに結合する。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩに約５００ｎＭ未満の結合親和性で結合する。
【００４２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約３０アミノ酸長またはそれより短い。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約６から約２５アミノ酸長の間である。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約１５から約２４アミノ酸長の間である。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、約９から約１５アミノ酸長の間である。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩに結合する。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩに約１０００ｎＭ未満の結合親和性で結合する。
【００４３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、隣接するアミノ酸をさらに含む。別の実施形態では、隣接するアミノ酸は、天然の隣接するアミノ酸ではない。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、少なくとも第２のネオ抗原性ペプチドに連結されている。別の実施形態では、ペプチドは、ポリグリシンまたはポリセリンリンカーを使用して連結されている。別の実施形態では、第２のネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約１０００ｎＭ未満の結合親和性で結合する。別の実施形態では、第２のネオ抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩに約５００ｎＭ未満の結合親和性で結合する。別の実施形態では、両方のネオエピトープは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−Ａ、−Ｂ、−Ｃ、−ＤＰ、−ＤＱまたは−ＤＲに結合する。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドはクラスＩ  ＨＬＡに結合し、第２のネオ抗原性ペプチドはクラスＩＩ  ＨＬＡに結合する。別の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドはクラスＩＩ  ＨＬＡに結合し、第２のネオ抗原性ペプチドはクラスＩ  ＨＬＡに結合する。
【００４４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期、細胞標的化、抗原取り込み、抗原プロセシング、ＭＨＣ親和性、ＭＨＣ安定性、または抗原提示を増大させる改変をさらに含む。別の実施形態では、改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、ＰＥＧ化、ポリシアル化、ＨＥＳ化、組換えＰＥＧ模倣物、Ｆｃ融合、アルブミン融合、ナノ粒子付着、ナノ粒子封入、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、グリコシル化、側鎖酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性物質の付加、アミノ酸模倣物の付加または非天然アミノ酸の付加である。別の実施形態では、標的化される細胞は、抗原提示細胞である。別の実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞である。別の実施形態では、樹状細胞は、ＤＥＣ２０５、ＸＣＲ１、ＣＤ１９７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ２０９、ＣＤ２７３、ＣＤ２８３、ＣＤ２８９、ＣＤ１８４、ＣＤ８５ｈ、ＣＤ８５ｊ、ＣＤ８５ｋ、ＣＤ８５ｄ、ＣＤ８５ｇ、ＣＤ８５ａ、ＣＤ１４１、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ８３、ＴＳＬＰ受容体、Ｃｌｅｃ９ａまたはＣＤ１ａマーカーを使用して標的化される。別の実施形態では、樹状細胞は、ＣＤ１４１、ＤＥＣ２０５またはＸＣＲ１マーカーを使用して標的化される。
【００４５】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系を提供する。別の実施形態では、送達系は、細胞透過性ペプチド、ナノ粒子封入、ウイルス様粒子またはリポソームを含む。別の実施形態では、細胞透過性ペプチドは、ＴＡＴペプチド、単純ヘルペスウイルスＶＰ２２、トランスポータンまたはＡｎｔｐである。
【００４６】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドを含む細胞に方向付けられている。別の実施形態では、細胞は、抗原提示細胞である。別の実施形態では、細胞は、樹状細胞である。
【００４７】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドを含む組成物に方向付けられている。別の実施形態では、組成物は、表１または２に定義される腫瘍特異的ネオエピトープを含む少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個または少なくとも３０個の単離されたネオ抗原性ペプチドを含む。別の実施形態では、組成物は、２個から２０個の間のネオ抗原性ペプチドを含む。別の実施形態では、組成物は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４または少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個または少なくとも３０個の追加のネオ抗原性ペプチドをさらに含む。別の実施形態では、組成物は、約４個から約２０個の間の追加のネオ抗原性ペプチドを含む。別の実施形態では、追加のネオ抗原性ペプチドは、個々の患者の腫瘍に対して特異的である。別の実施形態では、患者特異的ネオ抗原性ペプチドは、患者の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される。別の実施形態では、試料は、新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である。別の実施形態では、配列差異は、次世代配列決定によって決定される。
【００４８】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドに方向付けられている。別の実施形態では、単離されたポリヌクレオチドは、ＲＮＡ、任意選択で自己増幅ＲＮＡである。別の実施形態では、ＲＮＡは、安定性を増大させ、細胞標的化を増大させ、翻訳効率、アジュバント活性、サイトゾル到達性を増大させ、かつ／または細胞傷害性を減少させるように改変されている。別の実施形態では、改変は、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、コドン最適化、ＧＣ含有量の増大、改変ヌクレオシドの組み込み、５’−ｃａｐまたはｃａｐ類似体の組み込み、および／またはアンマスクポリＡ配列の組み込みである。
【００４９】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含む細胞に方向付けられている。
【００５０】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを含むベクターに方向付けられている。別の実施形態ではポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。別の実施形態では、ベクターは、自己増幅ＲＮＡレプリコン、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、ウイルスまたはビリオンを含む。別の実施形態では、ベクターは、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルスまたはそのシュードタイプである。
【００５１】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチドを含むｉｎ  ｖｉｖｏ送達系に方向付けられている。別の実施形態では、送達系は、球状核酸、ウイルス、ウイルス様粒子、プラスミド、細菌性プラスミドまたはナノ粒子を含む。
【００５２】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるベクターまたは送達系を含む細胞に方向付けられている。別の実施形態では、細胞は、抗原提示細胞である。別の実施形態では、細胞は、樹状細胞である。別の実施形態では、細胞は、未成熟樹状細胞である。
【００５３】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む組成物に方向付けられている。別の実施形態では、組成物は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個または少なくとも３０個の単離されたポリヌクレオチドを含む。別の実施形態では、組成物は、ネオ抗原性ペプチドをコードする約２個から約２０個の間のポリヌクレオチドを含む。別の実施形態では、組成物は、追加のネオ抗原性ペプチドをコードする少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個または少なくとも３０個の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、組成物は、約４個から約２０個の間の追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単離されたポリヌクレオチドと追加のネオ抗原性ポリヌクレオチドとは連結されている。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ポリグリシンまたはポリセリンリンカーをコードする核酸を使用して連結されている。一部の実施形態では、少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドは、個々の患者の腫瘍に対して特異的である。一部の実施形態では、患者特異的ネオ抗原性ペプチドは、患者の腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームと、非腫瘍試料のゲノム、エクソームおよび／またはトランスクリプトームとの間の配列差異を同定することによって選択される。一部の実施形態では、試料は、新鮮もしくはホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織、新鮮単離細胞または循環腫瘍細胞である。一部の実施形態では、配列差異は、次世代配列決定によって決定される。
【００５４】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に方向付けられている。一部の実施形態では、ＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩの関連で単離されたネオ抗原性ペプチドに結合できる。
【００５５】
一部の実施形態では、本発明は：（ｉ）Ｔ細胞活性化分子、（ｉｉ）膜貫通領域、および（ｉｉｉ）本明細書に記載される単離されたネオ抗原性ペプチドに結合できる抗原認識部分、を含むキメラ抗原受容体に方向付けられている。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、ＣＤ３ゼータをＴ細胞活性化分子として含有する。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、少なくとも１つの共刺激シグナル伝達ドメインをさらに含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、ＩＴＡＭまたはＦｃイプシロンＲＩガンマである。一部の実施形態では、抗原認識部分は、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩの関連で単離されたネオ抗原性ペプチドに結合できる。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域を含む。一部の実施形態では、腫瘍特異的エピトープは、腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している。
【００５６】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含むＴ細胞に方向付けられている。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ヘルパーまたは細胞傷害性Ｔ細胞である。
【００５７】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるＴ細胞受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む核酸に方向付けられている。一部の実施形態では、ＴＣＲは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる。別の実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるキメラ抗原受容体をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーターを含む。別の実施形態では、抗原認識部分は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはクラスＩＩの関連で少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる。一部の実施形態では、腫瘍特異的エピトープは、腫瘍関連ポリペプチドの細胞外ドメインに位置している。一部の実施形態では、核酸は、ＣＤ３ゼータ、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＣＤ４０Ｌ、Ｔｉｍ−３、Ａ２ａＲまたはＰＤ−１膜貫通領域を含む。
【００５８】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドに結合できる抗体に方向付けられている。
【００５９】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される核酸を用いてトランスフェクトされたまたは形質導入された改変細胞に方向付けられている。一部の実施形態では、改変細胞は、Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、ＮＫ−Ｔ細胞、ＴＣＲ発現細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＮＫ細胞である。
【００６０】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含む組成物に方向付けられている。一部の実施形態では、組成物は、Ｔ細胞受容体またはキメラ抗原受容体を含有する自家患者Ｔ細胞を含む。一部の実施形態では、組成物は、免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも２種の免疫チェックポイント阻害剤をさらに含む。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤はそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤はそれぞれＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する。
【００６１】
一部の実施形態では、組成物は、免疫モジュレーターまたはアジュバントをさらに含む。別の実施形態では、免疫モジュレーターは、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢである。別の実施形態では、免疫モジュレーターは、少なくとも１つのがん細胞またはがん細胞抽出物である。別の実施形態では、がん細胞は、組成物を必要とする対象に対して自家である。別の実施形態では、がん細胞は、溶解された、またはＵＶ照射に曝露されている。別の実施形態では、アジュバントは、対象に投与された場合に液性を誘導する。別の実施形態では、アジュバントは、対象に投与された場合にヘルパーＴ細胞１型を誘導する。
【００６２】
一部の実施形態では、本発明は、腫瘍細胞を本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、送達系、ベクター、組成物、抗体または細胞と接触させるステップを含む、本明細書に記載される腫瘍特異的ネオエピトープを発現している腫瘍細胞の増殖を阻害する方法に方向付けられている。
【００６３】
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象においてがんを処置しまたは抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞を対象に投与するステップを含む方法に方向付けられている。
【００６４】
一部の実施形態では、がんは、副腎、膀胱、乳房、子宮頸部、結腸直腸、神経膠芽腫、頭頸部、腎臓嫌色素性、腎臓明細胞、腎乳頭、肝臓、肺腺癌、肺扁平上皮、卵巣、膵臓、メラノーマ、胃、子宮体部内膜および子宮癌肉腫から選択される。
【００６５】
一部の実施形態では、がんは：前立腺がん、膀胱、肺扁平上皮、ＮＳＣＬＣ、乳房、頭頸部、肺腺癌、ＧＢＭ、神経膠腫、ＣＭＬ、ＡＭＬ、テント上上衣腫、急性前骨髄球性白血病、孤立性線維性腫瘍およびクリゾチニブ耐性がんの群から選択される。
【００６６】
一部の実施形態では、がんは：ＣＲＣ、頭頸部、胃、肺扁平上皮、肺腺癌、前立腺、膀胱、胃、腎臓細胞癌および子宮からなる群から選択される。
【００６７】
一部の実施形態では、がんは：メラノーマ、肺扁平上皮、ＤＬＢＣＬ、子宮、頭頸部、子宮、肝臓およびＣＲＣからなる群から選択される。
【００６８】
一部の実施形態では、がんは：リンパ系がん；バーキットリンパ腫；神経芽細胞腫；前立腺腺癌；結腸直腸腺癌；子宮／子宮内膜腺癌；ＭＳＩ＋；子宮内膜漿液性癌；子宮内膜癌肉腫−悪性中胚葉性混合腫瘍；神経膠腫；星状細胞腫；ＧＢＭ；ＭＤＳを伴う急性骨髄性白血病；慢性リンパ性白血病−小リンパ球性リンパ腫；骨髄異形成症候群；急性骨髄性白血病；乳房の管腔ＮＳ癌；慢性骨髄性白血病；膵臓の腺管癌；慢性骨髄単球性白血病；骨髄線維症；骨髄異形成症候群；前立腺腺癌；本態性血小板血症；および髄筋芽腫からなる群から選択される。
【００６９】
一部の実施形態では、がんは：結腸直腸、子宮、子宮内膜および胃からなる群から選択される。
【００７０】
一部の実施形態では、がんは：子宮頸部、頭頸部、肛門、胃、バーキットリンパ腫および上咽頭癌からなる群から選択される。
【００７１】
一部の実施形態では、がんは：膀胱、結腸直腸および胃からなる群から選択される。
【００７２】
一部の実施形態では、がんは：肺、ＣＲＣ、メラノーマ、乳房、ＮＳＣＬＣおよびＣＬＬからなる群から選択される。
【００７３】
一部の実施形態では、がんは：副腎皮質癌（ＡＣＣ）、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を伴うＡＭＬ、肛門がん、星状細胞腫、膀胱がん、膀胱尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、乳がん、乳房侵襲性癌（ＢＲＣＡ）、バーキットリンパ腫、去勢抵抗性前立腺がん、子宮頸がん、子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸管腺癌（ＣＥＳＣ）、慢性リンパ性白血病−小リンパ球性リンパ腫、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄単球性白血病、結腸直腸腺癌、結腸直腸がん（ＣＲＣ）、クリゾチニブ耐性非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、膵臓の腺管癌、子宮内膜癌肉腫−悪性中胚葉性混合腫瘍、子宮内膜漿液性癌、本態性血小板血症、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）、神経膠腫、頭頸部がん、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、侵襲性小葉癌（ＩＬＣ）ＬｕｍＡ乳がん、腎臓嫌色素性（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞癌（ＫＩＲＣ）、腎臓腎乳頭細胞癌（ＫＩＲＰ）、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬ）、肝臓肝細胞癌（ＬＩＨＣ）、肝臓がん、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）、乳房の管腔ＮＳ癌、肺がん、リンパ系がん、髄筋芽腫、メラノーマ、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）＋結腸直腸がん（ＣＲＣ）、ＭＳＩ＋類内膜癌、ＭＳＩ＋胃がん、ＭＳＩ＋子宮／子宮内膜がん、骨髄異形成症候群、骨髄線維症、上咽頭癌、神経芽細胞腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、卵巣漿液性嚢胞腺癌（ＯＶ）、膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）、前立腺がん、腎臓細胞癌、皮膚の皮膚メラノーマ（ＳＫＣＭ）、孤立性線維性腫瘍、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、胃がん、テント上上衣腫、甲状腺腺癌（ＴＨＣＡ）、子宮体部類内膜癌（ＵＣＥＣ）または子宮癌肉腫（ＵＣＳ）、子宮がんおよび子宮／子宮内膜腺癌からなる群から選択される。
【００７４】
一部の実施形態では、がんは：膀胱尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、乳房侵襲性癌（ＢＲＣＡ）、乳がん、子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸管腺癌（ＣＥＳＣ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、結腸直腸がん（ＣＲＣ）、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、腎臓腎乳頭細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝臓肝細胞癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）、膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、前立腺がん、皮膚の皮膚メラノーマ（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺腺癌（ＴＨＣＡ）ならびに子宮体部類内膜癌（ＵＣＥＣ）からなる群から選択される。
【００７５】
一部の実施形態では、対象は、ヒトである。別の実施形態では、対象は、がんを有する。別の実施形態では、がんは、泌尿生殖器、婦人科、肺、胃腸管、頭頸部がん、悪性神経膠芽腫、悪性中皮腫、非転移性または転移性乳がん、悪性メラノーマ、メルケル細胞癌または骨軟部組織肉腫、血液新生物、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群および急性リンパ性白血病、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、転移性結腸直腸がん、ホルモン感受性またはホルモン不応性前立腺がん、結腸直腸がん、卵巣がん、肝細胞がん、腎細胞がん、膵臓がん、胃がん（gastric cancer）、食道がん、肝細胞がん、胆管細胞がん、頭頸部扁平上皮がん軟部組織肉腫ならびに小細胞肺がんからなる群から選択される。別の実施形態では、対象は、腫瘍の外科的除去を受けている。別の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、静脈内、腹腔内、腫瘍内、皮内または皮下投与を介して投与される。別の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、リンパ節領域に流入する解剖学的部位に投与される。別の実施形態では、投与は、複数のリンパ節領域になされる。別の実施形態では、投与は、皮下または皮内経路によってである。
【００７６】
方法の一部の実施形態では、ペプチドが投与される。別の実施形態では、投与は、腫瘍内になされる。方法の別の実施形態では、ポリヌクレオチド、任意選択でＲＮＡが投与される。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、静脈内に投与される。方法の一部の実施形態では、細胞が投与される。別の実施形態では、細胞は、Ｔ細胞または樹状細胞である。別の実施形態では、ペプチドまたはポリヌクレオチドは、抗原提示細胞標的化部分を含む。
【００７７】
方法の別の実施形態では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤も対象に投与される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、生物学的治療薬または小分子である。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、完全ヒト抗体および融合タンパク質またはこれらの組合せからなる群から選択される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質を阻害する。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＰＤ１、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＴＩＭ３、ＧＡＬ９、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＫＩＲ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、Ａ２ａＲおよびＢ−７ファミリーリガンドまたはこれらの組合せからなる群から選択されるチェックポイントタンパク質のリガンドと相互作用する。別の実施形態では、２つまたはそれより多いチェックポイント阻害剤は、投与される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は：（ｉ）イピリムマブまたはトレメリムマブ、および（ｉｉ）ニボルマブである。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤および組成物は、同時にまたは任意の順で逐次的に投与される。別の実施形態では、ネオ抗原性ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、チェックポイント阻害剤に先行して投与される。別の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞は、チェックポイント阻害剤の後に投与される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療を通じて継続される。別の実施形態では、ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物または細胞治療は、チェックポイント阻害剤治療に部分的にだけ応答するまたは応答しない対象に投与される。別の実施形態では、組成物は、静脈内または皮下投与される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、静脈内または皮下投与される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、組成物の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される。別の実施形態では、組成物は、チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される。
【００７８】
方法の一部の実施形態では、追加の薬剤が投与される。別の実施形態では、薬剤は、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療、放射線、抗血管新生薬剤または免疫抑制を低減する薬剤である。別の実施形態では、化学療法剤は、アルキル化剤、トポイソメラーゼ阻害剤、代謝拮抗剤または抗有糸分裂剤である。別の実施形態では、追加の薬剤は、抗グルココルチコイド誘導腫瘍壊死因子ファミリー受容体（ＧＩＴＲ）アゴニスト抗体もしくは抗体断片、イブルチニブ、ドセタキセオール、シスプラチンまたはシクロホスファミドである。別の実施形態では、投与は、ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する。別の実施形態では、投与は、ＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞免疫応答を誘発する。
【００７９】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される改変細胞または組成物の有効量を投与するステップを含む、対象における免疫応答を刺激するための方法に方向付けられている。別の実施形態では、免疫応答は、細胞傷害性および／または液性免疫応答である。別の実施形態では、方法は、対象においてＴ細胞媒介性免疫応答を刺激する。別の実施形態では、Ｔ細胞媒介性免疫応答は、標的細胞に方向付けられている。別の実施形態では、標的細胞は、腫瘍細胞である。別の実施形態では、改変細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入されている。別の実施形態では、改変細胞は、ｅｘ  ｖｉｖｏでトランスフェクトまたは形質導入されている。別の実施形態では、改変細胞は、自家患者Ｔ細胞である。別の実施形態では、自家患者Ｔ細胞は、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンを受けている患者から得られる。別の実施形態では、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンは、少なくとも１つの個別化されたネオ抗原を含む。別の実施形態では、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンは、本明細書に記載される少なくとも１つの追加のネオ抗原性ペプチドを含む。別の実施形態では、患者は、ネオ抗原ペプチドまたは核酸ワクチンを受けることに先立っておよび／または受ける際に、化学療法剤、免疫調節薬、免疫代謝修飾薬、標的化治療または放射線を受けた。別の実施形態では、患者は、少なくとも１つのチェックポイント阻害剤を用いる処置を受ける。別の実施形態では、自家Ｔ細胞は、ネオ抗原を含むＴ細胞治療を少なくとも１ラウンド既に受けている患者から得られる。別の実施形態では方法は、養子Ｔ細胞治療をさらに含む。別の実施形態では、養子Ｔ細胞治療は、自家Ｔ細胞を含む。別の実施形態では、自家Ｔ細胞は、腫瘍抗原に対して標的化される。別の実施形態では、養子Ｔ細胞治療は、同種異系Ｔ細胞をさらに含む。別の実施形態では、同種異系Ｔ細胞は、腫瘍抗原に対して標的化される。別の実施形態では、養子Ｔ細胞治療は、チェックポイント阻害剤の前に投与される。
【００８０】
一部の実施形態では、本発明は処置の有効性を評価するための方法であって：（ｉ）改変細胞を投与する前に対象から得た第１の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、（ｉｉ）改変細胞の投与後に対象から得た第２の試料中の標的細胞の数または濃度を測定するステップ、および（ｉｉｉ）第１の試料中の標的細胞の数または濃度と比較して第２の試料中の標的細胞の数または濃度の増大または減少を決定するステップを含む方法に方向付けられている。別の実施形態では、処置有効性は、臨床転帰；Ｔ細胞による抗腫瘍活性の増大、増強または延長；処置前の数と比較した抗腫瘍Ｔ細胞または活性化Ｔ細胞の数の増大；Ｂ細胞活性；ＣＤ４  Ｔ細胞活性またはこれらの組合せをモニタリングすることによって決定される。別の実施形態では、処置有効性は、バイオマーカーをモニタリングすることによって決定される。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＥＡ、Ｈｅｒ−２／ｎｅｕ、膀胱腫瘍抗原、サイログロブリン、アルファフェトプロテイン、ＰＳＡ、ＣＡ  １２５、ＣＡ１９．９、ＣＡ  １５．３、レプチン、プロラクチン、オステオポンチン、ＩＧＦ−ＩＩ、ＣＤ９８、ファスシン、ｓＰＩｇＲ、１４−３−３エータ、トロポニンＩおよびｂ型ナトリウム利尿ペプチドからなる群から選択される。別の実施形態では、臨床転帰は、腫瘍退縮、腫瘍縮小、腫瘍壊死、免疫系による抗腫瘍応答、腫瘍の拡大、再発もしくは拡散またはこれらの組合せからなる群から選択される。別の実施形態では、処置効果は、Ｔ細胞の存在によって、もしくはＴ細胞炎症を示す遺伝子シグネチャーの存在によって、またはこれらの組合せで予測される。
【００８１】
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象においてがんを処置し、または抗腫瘍応答を開始、増強もしくは延長する方法であって、（ａ）本明細書に記載されるペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞、および（ｂ）少なくとも１つのチェックポイント阻害剤を対象に投与するステップを含む方法に方向付けられている。別の実施形態では、方法は、免疫調節因子またはアジュバントの投与をさらに含む。別の実施形態では、免疫調節因子またはアジュバントは、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２  ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６  ＶＧ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０  Ｖ２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５１  ＶＧ、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＩＳＡ−ＴＬＲ２アゴニスト、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、アクリルもしくはメタクリルポリマー、無水マレイン酸のコポリマーならびにＱＳ２１スチムロン、共刺激リガンド、ＴＮＦリガンド、Ｉｇスーパーファミリーリガンド、ＣＤ２８、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＤＲ３、ＣＤ６９または４−１ＢＢからなる群から選択される。別の実施形態では、免疫調節因子またはアジュバントは、ポリＩＣＬＣである。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤｌ抗体または抗体断片である。別の実施形態では、ＰＤ−１経路の阻害剤は、ニボルマブである。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ４抗体または抗体断片である。別の実施形態では、抗ＣＴＬＡ４抗体は、イピリムマブまたはトレメリムマブである。別の実施形態では、方法は、抗ＰＤ１抗体および抗ＣＴＬＡ４抗体の両方を投与するステップを含む。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より前に開始される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始より後に開始される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤の投与はペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与開始と同時に開始される。別の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞は、静脈内または皮下投与される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、静脈内または皮下投与される。別の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞の投与部位の約２ｃｍ以内に皮下投与される。別の実施形態では、ペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、組成物、抗体または細胞は、チェックポイント阻害剤と同じ流入領域リンパ節に投与される。
【００８２】
治療方法の一部の実施形態では、追加の治療剤は、例えば化学療法もしくは生物学的薬剤、放射線または免疫治療である。特定のがんに対する任意の好適な治療的処置を施すことができる。化学療法もしくは生物学的薬剤の例として、これだけに限らないが、ヒドロキシアンギオスタチンＫ  １−３、ＤＬ−ａ−ジフルオロメチルオルニチン（Difluoromethy!-oroithine）、エンドスタチン（endostatiii）、フマギリン、ゲニステイン、ミノサイクリン、スタウロスポリンおよびサリドマイドなどの血管新生阻害剤；ブレオマイシン、カルボプラチン、カルムスチン（Carrmistme）、クロラムブシル、シクロホスファミド、ｃｉｓ−ジアミン白金（Diammineplatnurn）（Ｄ）ジクロリド（シスプラチン（Cispiatin））、メルファラン、ミトキサントロンおよびオキサリプラチンなどのＤＮＡ干渉物質（intercaitor）／クロスリンカー；（±）−アメトプテリン（メトトレキセート）、３−アミノ−１，２，４−ベンゾトリアジン（beiizotriazine）１，４−ジオキシド、アミノプテリン、シトシンβ−Ｄ−アラビノフラノシド（arabinofuraiioside）、５−ブロモ（Fmoro）−５’−デオキシウリジン（5'〜deoxyuridine）、５−フルオロウラシル（Fhsorouracil）、ガンシクロビル、ヒドロキシウレアおよびマイトマイシンＣなどのＤＮＡ合成阻害剤；アクチノマイシン（Aetinomycin）Ｄ、ダウノルビシン（Dau orubicin）、ドキソルビシン、ホモハリントニンおよびイダルビシンなどのＤＮＡ−ＲＮＡ転写調節因子；Ｓ（−ｉ−）−カンプトテカン（Camptothecm）、クルクミン、（−）−デグエルム（Deguelm）、５，６−ジクロロベンズイミダゾール（Dichiorobenzimidazole）１−β−Ｄ−リボフラノシド、エトポシド、ホルメスタン、フォストリエシン、ヒスピジン、２−イミノ−１−イミダゾリジン酢酸（2-Immo-l-imidazoli-dineacetic acid）（シクロクレアチン）、メビノリン（Mevmolin）、トリコスタチンＡ、チルホスチンＡＧ３４およびチルホスチンＡＧ８７９などのοη／．γηκ；阻害剤；５−アザ−２’−デオキシシチジン、５−アザシチジン、コレカルシフェロール（ビタミンＤ３）、４−ヒドロキシタモシキフェン、メラトニン、ミフェプリストン、ラロキシフェン、オールトランスレチナール（ビタミンＡアルデヒド）、レチノイン酸オールトランス（ビタミンＡ酸）、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、１３−ｃｉｓ−レチノイン酸、レチノール（ビタミンＡ）、タモキシフェンおよびトログリタゾンなどの遺伝子調節因子；コルヒチン、ドセタキセル、ドラスタチン（Dolastatirs）１５、ノコダゾール、パクリタキセル、ポドフィロトキシン（Podophyl!otoxin）、リゾキシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン（Vi cristine）、ビンデシン（Vindesiiie）、およびビノレルビン（ナベルビン）などの微小管阻害剤；ならびに１７−（アリルアミノ）−１７−デメトキシゲルダナマイシン（17-(Allyiamino)-l 7-demethoxygeIdanamycin）、４−アミノ−１，８−ナフタルイミド、アピゲニン、ブレフェルジンＡ、シメチジン、ジクロロメチレンジホスホン酸（Dichioromethylene-diphosphonic acid）、ロイプロイド（リュープロレリン）、黄体化ホルモン放出ホルモン、ピフィスリン−ａ、ラパマイシン、性ホルモン結合グロブリン、タプシガルジンおよび尿性トリプシン阻害剤断片（ビクニン）などの未分類治療剤が挙げられる。治療剤���、アルトレタミン、アミホスチン、アスパラギナーゼ、カペシタビン、クラドリビン、シサプリド、シアラヒルセ（cyiarahirse）、ダカルバジン（ＤＴ１Ｃ）、ダクチノマイシン、ドロナビノール、エポエチンアルファ、フィルグラスチム（"filgrastim）、フルダラビン、ゲムシタビン、グラニセトロン、イホスファミド、イリノテカン、ランソプラゾール、レバミソール、ロイコボリン、メゲストロール、メスナ、メトクロプラミド、ミトタン、オメプラゾール、オンダンセトロン、ピロカルピン、プロクロルペラジンまたはトポテカン塩酸塩であってよい。治療剤は、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（登録商標））およびトラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））などのモノクローナル抗体、ベムラフェニブ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ（登録商標））イマチニブメシル酸（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、ビスモデギブ（Ｅｒｉｖｅｄｇｅ（商標））、９０Ｙ−イブリツモマブチウキセタン、１３１１−トシツモマブ（tosit.umomab）、アド−トラスツズマブエムタンシン、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））、ペルツズマブ（Ｐｅｒｊｅｔａ（商標））、アド−トラスツズマブエムタンシン（ａｄｃｙｌａ（商標））、レゴラフェニブ（Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、デノスマブ（Ｘｇｅｖａ（登録商標））、ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、アキシチニブ（Ｉｎｉｔａ（登録商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（登録商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（登録商標））、ボスチニブ（Ｂｏｓｕｌｉｆ（登録商標））、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））、オビヌツズマブ（Ｇａｚｙｖａ（商標））、イブルチニブ（Ｉｍｂｒｕｖｉｃａ（商標））、イデラリシブ（Ｚｙｄｅｌｉｇ（登録商標））、クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標））、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、アファチニブジマレイン酸塩（afatimb dimaleate）（Ｇｉｉｏｔｒｉｆ（登録商標））、セリチニブ（ＬＤＫ３７８／Ｚｙｋａｄｉａ）、トシツモマブおよび１３１１−トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））、イブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、ブレンツキシマブベドチン（Ａｄｃｅｔｒｉｓ（登録商標））、ブルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））、シルツキシマブ（Ｓｙｌｖａｎｔ（商標））、トラメチニブ（ｅｋｉｎｉｓｔ（登録商標））、ダブラフェニブ（Ｔａｆｍｌａｒ（登録商標））、ペンブロリズマブ（pembrolizimiab）（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（登録商標））、ラムシルマブ（Ｃｙｒａｍｚａ（商標））、カボザンチニブ（Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（商標））、バンデタニブ（Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標））であってよく、任意選択で治療剤は、ネオ抗原である。治療剤は、インターフェロン（ＩＮＦ��、インターロイキン（interlcukins）（ＩＬ）または造血性増殖因子などのサイトカインであってよい。治療剤は、ＩＮＦ−α、ＩＬ−２、アルデスロイキン、ＩＬ−２、エリスロポエチン、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）または顆粒球コロニー刺激因子であってよい。治療剤は、トレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ（登録商標））、フルベストラント（Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、エキセメスタン（Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、ｚｉｖ−アフリベルセプト（Ｚａｌｔｒａｐ（登録商標））、アリトレチノイン（Aiitretinoin）（Ｐａｎｒｅｔｉｎ（登録商標））、テムシロリムス（Ｔｏｒｉｓｅｌ（登録商標））、トレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ（登録商標））、ボリノスタット（Ｚｏｉｉｎｚａ（登録商標））、ロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））、プララトレキセート（Ｆｏｉｏｔｙｎ（登録商標））、レナリドミド（!enaliomide）（Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（登録商標））、ベリノスタット（Ｂｅｌｅｏｄａｑ（商標））、レナリドミド（lenaliomide）（Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（登録商標））、ポマリドミド（Ｐｏｍａｌｙｓｔ（登録商標））、カバジタキセル（Ｊｅｖｔａｎａ（登録商標））、エンザルタミド（enzaluiamide）（Ｘｔａｎｄｉ（登録商標））、アビラテロンアセテート（Ｚｙｔｉｇａ（登録商標））、ラジウム２２３塩化物（Ｘｏｆｉｇｏ（登録商標））またはエベロリムス（Ａｆｉｎｉｉｏｒ（登録商標））などの標的化治療であってよい。追加で、治療剤はＨＤＡＣ阻害剤、キナーゼ阻害剤、ＤＮＡメチル基転移酵素阻害剤、ヒストン脱メチル化阻害剤またはヒストンメチル化阻害剤などのエピジェネティック標的化薬であってよい。エピジェネティック薬は、アザシチジン（Ｖｉｄａｚａ）、デシタビン（Ｄａｃｏｇｅｎ）、ボリノスタット（Ｚｏｉｉｎｚａ）、ロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ）またはルキソリチニブ（Ｊａｋａｆｉ）であってよい。前立腺がん処置のために抗ＣＴＬＡ−４を組み合わせることができる好ましい化学療法剤はパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ）である。
【００８３】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載される任意のネオ抗原治療を含むキットに方向付けられている。
【００８４】
本発明の態様または実施形態がマーカッシュ群または他の選択肢の群によって記載される場合、本発明は挙げられた群すべてを全体として包含するだけでなく、群の各メンバーを個々におよび主群のすべての可能なサブグループおよび群のメンバーの１つまたは複数が存在しない主群としても包含する。本発明は、特許請求される発明における任意の群メンバーの１つまたは複数の明確な排除も想定する。
【００８５】
参照による組み込み
本明細書において述べるすべての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許または特許出願それぞれが具体的におよび個別に参照により組み込まれると示されたのと同様に、すべての目的についてそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。例えば、本明細書において述べられるすべての刊行物および特許は、本明細書に記載される方法、キットおよび組成物と関連して使用され得る、刊行物において記載されるキット、組成物および方法を記載するおよび開示する目的のためにそれら全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書において考察される文書は、本出願の出願日に先行するそれらの開示についてだけ提供される。本明細書の記載は、先行する発明により、またはいかなる他の理由のためにも本明細書に記載される本発明者らがそのような開示に先行して権利を与えられないことの承認として解釈されるものではない。
【図面の簡単な説明】
【００８６】
【図１】図１は、（ｘ軸上にプロットした）選択ＨＬＡクラスＩ分子について１ｎＭ〜１００，０００ｎＭの間の予測した親和性を有する５６２個の合成したペプチドの例示的なグラフを示す。実際の親和性（ＩＣ５０（ｎＭ））は、説明するように測定した（ｙ軸）。垂直および水平の太線は、それぞれ、弱いと予測した結合剤と非常に弱いと予測した結合剤との間、および弱いと観察された結合剤と非常に弱いと観察された結合剤との間の５００ｎＭカットオフを示す。斜め点線は、Ｒ２が０．４５のベストフィット線（Ｇｒａｐｈｐａｄ  Ｐｒｉｓｍ）を示す。
【００８７】
【図２】図２は、各々のＨＬＡクラスＩ分子についての安定性（Ｔ１／２；時間）について試験した、図１からの２７５個のペプチドの例示的なグラフを示す。図１からの観察された親和性に従って、ペプチドをデータ区間に分けた。各データ区間について中央値および四分位範囲を示す。
【００８８】
【図３Ａ】図３Ａは、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ融合ネオエピトープ（ＡＬＮＳＥＡＬＳＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（初回：ＢＶ４２１およびＰＥ）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ融合ネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００８９】
【図３Ｂ】図３Ｂは、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ融合ネオエピトープ（ＡＬＮＳＥＡＬＳＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（検証：ＡＰＣおよびＢＵＶ３９６）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ融合ネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００９０】
【図４Ａ】図４Ａは、ＧＡＴＡ３フレームシフトネオエピトープ（ＳＭＬＴＧＰＰＡＲＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（初回：ＡＰＣおよびＢＵＶ３９６）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＧＡＴＡ３フレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００９１】
【図４Ｂ】図４Ｂは、ＧＡＴＡ３フレームシフトネオエピトープ（ＳＭＬＴＧＰＰＡＲＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（検証：ＰＥおよびＢＶ４２１）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＧＡＴＡ３フレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００９２】
【図５Ａ】図５Ａは、β２Ｍフレームシフトネオエピトープ（ＬＬＣＶＷＶＳＳＩ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（初回：ＰＥおよびＡＰＣ）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をβ２Ｍフレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００９３】
【図５Ｂ】図５Ｂは、β２Ｍフレームシフトネオエピトープ（ＬＬＣＶＷＶＳＳＩ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（検証：ＰＥおよびＢＶ４２１）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をβ２Ｍフレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００９４】
【図６Ａ】図６Ａは、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃネオエピトープ（ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（初回：ＢＵＶ３９６およびＢＶ４２１）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃフレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００９５】
【図６Ｂ】図６Ｂは、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃネオエピトープ（ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養したＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞の例示的なグラフを示す。マルチマー（検証：ＡＰＣおよびＢＵＶ３９６）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃフレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した。
【００９６】
【図７】図７は、β２Ｍフレームシフトネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞と２０日間共培養したＴ細胞（２０日目に新しい単球由来樹状細胞で再刺激）の例示的なグラフを示す。ペプチドを伴わない対照（左）と比較して、β２Ｍフレームシフトペプチドをロードした単球由来樹状細胞での２４時間の再刺激（右）後に、ＣＤ４＋Ｔ細胞を細胞内サイトカイン染色により抗原特異性について分析した。
【００９７】
【図８】図８は、ＢＴＫ  Ｃ４８１Ｓネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞と２０日間共培養したＴ細胞（２０日目に新しい単球由来樹状細胞で再刺激）の例示的なグラフを示す。対照野生型ＢＴＫペプチド（左）と比較して、ＢＴＫ  Ｃ４８１Ｓネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞での２４時間の再刺激（右）後に、ＣＤ４＋Ｔ細胞を細胞内サイトカイン染色により抗原特異性について分析した。
【００９８】
【図９】図９は、ＧＡＴＡ３フレームシフトネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞と２０日間共培養したＴ細胞（２０日目に新しい単球由来樹状細胞で再刺激）の例示的なグラフを示す。ペプチドを伴わない対照（左）と比較して、ＧＡＴＡ３フレームシフトペプチドをロードした単球由来樹状細胞での２４時間の再刺激（右）後に、ＣＤ４＋Ｔ細胞を細胞内サイトカイン染色により抗原特異性について分析した。
【発明を実施するための形態】
【００９９】
発明の詳細な説明
本明細書では、個々の腫瘍に固有の変異事象から生じるネオ抗原の発見に基づく新規免疫治療剤およびその使用が記載される。したがって本明細書に記載される本発明は、例えば腫瘍関連抗原に対する免疫応答を刺激し、疾患を処置することにおける使用のための免疫原性組成物またはがんワクチンを作製するために使用できるペプチド、ペプチドをコードするポリヌクレオチドおよびペプチド結合剤を提供する。
【０１００】
Ｉ．定義
本明細書において使用される専門用語は、特定の事例を記載する目的のためだけであり、限定することを意図しない。本明細書において使用される、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、内容が明らかに他を示す場合を除いて複数形をさらに含むことを意図する。さらに、用語「含んでいる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「有している（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「含む（ｗｉｔｈ）」またはその異形が詳細な記載および／または特許請求の範囲において使用される限り、それらの用語は、用語「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と同様の様式で包括的であることが意図される。
【０１０１】
用語「約」または「およそ」は、当業者によって決定される場合の特定の値について許容される誤差範囲内を意味することができ、値がどのように測定または決定されたか、すなわち測定系の限界にある程度依存する。例えば「約」は、当技術分野における実施１回ごとの１または１を超える標準偏差を意味する場合がある。代替的に「約」は、所与の値の最大２０％、最大１０％、最大５％または最大１％の範囲を意味する場合がある。代替的に、特に生物学的系または工程に関して、用語は、値の１０倍以内、５倍以内、およびより好ましくは２倍以内を意味する場合がある。出願および特許請求の範囲において特定の値が記載される場合、他に示す場合を除いて、特定の値について許容される誤差範囲を意味する用語「約」は推定されるべきである。
【０１０２】
本発明の理解を容易にするために、いくつかの用語および表現を下に定義する。
【０１０３】
「ネオ抗原」は、タンパク質中の腫瘍特異的変化から生じる腫瘍抗原のクラスを意味する。ネオ抗原は、これだけに限らないが、例えばタンパク質配列中の置換、フレームシフト変異、融合ポリペプチド、インフレーム欠失、挿入、内在性レトロウイルスポリペプチドの発現およびポリペプチド（polypepitdes）の腫瘍特異的過剰発現から生じる腫瘍抗原を包含する。
【０１０４】
「腫瘍特異的ネオエピトープ」は、正常非がん性または生殖系列細胞などの参照物には存在しないががん細胞には見出されるエピトープを指す。これは、正常非がん性または生殖系列細胞において対応するエピトープは見出されるが、がん細胞中の１つまたは複数の変異によってエピトープの配列がネオエピトープを生じるように変更されている状況を特に含む。
【０１０５】
「参照物」は、腫瘍検体から本発明の方法において得られた結果を関連付けるおよび比較するために使用することができる。典型的には「参照物」は、１つまたは複数の正常検体、特に患者または１つもしくは複数の異なる個体、例えば健康な個体、特に同じ種の個体のいずれかから得られたがん疾患による影響を受けていない検体に基づいて得ることができる。「参照物」は、十分多くの正常検体を試験することによって経験的に決定できる。
【０１０６】
用語「変異」は、参照物と比較した核酸配列中の変化または差異（ヌクレオチド置換、付加または欠失）を指す。「体細胞変異」は、生殖細胞（精子および卵子）を除く身体の任意の細胞に生じる場合があり、したがって子に伝えられない。これらの変化は、がんまたは他の疾患を（常にではないが）生じる場合がある。一部の実施形態では、変異は、非同義変異である。用語「非同義変異」は、変異、例えば、翻訳産物中のアミノ酸置換などのアミノ酸変化を生じるヌクレオチド置換を指す。「フレームシフト」は、遺伝子のコドン周期性（「リーディングフレーム」としても公知）の正常な相を変異が破壊する場合に生じ、非天然タンパク質配列の翻訳をもたらす。遺伝子中のさまざまな変異が同じ変更されたリーディングフレームを達成することができる。
【０１０７】
本明細書において使用される用語「親和性」は、結合対の２つのメンバー、例えばＨＬＡ結合ペプチドとクラスＩまたはＩＩ  ＨＬＡとの間の結合の強度の測定値を指す。ＫＤは、解離定数であり、モル濃度の単位を有する。親和定数は、解離定数の逆数である。親和定数は、この化学実体を記載するための一般的な用語として使用される場合がある。これは、結合のエネルギーの直接測定値である。親和性は、商業的に入手できるＢｉａｃｏｒｅ  ＳＰＲ装置を使用して例えば表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって実験的に決定できる。親和性は、阻害濃度５０（ＩＣ５０）、５０％のペプチドが置き換えられている濃度として表される場合もある。同様にｌｎ（ＩＣ５０）は、ＩＣ５０の自然対数を指す。Ｋｏｆｆは、例えばＨＬＡ結合ペプチドとクラスＩまたはＩＩ  ＨＬＡとの解離についての、オフ速度定数を指す。
【０１０８】
本開示全体を通じて「結合データ」結果は、「ＩＣ５０」として表すことができる。ＩＣ５０は、結合アッセイにおいて標識参照ペプチドの結合の５０％阻害が観察された試験したペプチドの濃度である。アッセイが実行される条件を前提として（すなわち、ＨＬＡタンパク質および標識参照ペプチド濃度を限定して）、これらの値はＫＤ値を近似する。結合を決定するためのアッセイは当技術分野において周知であり、例えばＰＣＴ公開ＷＯ９４／２０１２７およびＷＯ９４／０３２０５、ならびにSidneyら、Current Protocols in Immunology １８．３．１頁（１９９８年）；Sidneyら、J. Immunol.１５４巻：２４７頁（１９９５年）；およびSetteら、Mol. Immunol. ３１巻：８１３頁（１９９４年）などの他の刊行物において詳細に記載されている。代替的に結合は、参照標準ペプチドによる結合と比較して表すこともできる。例えば、参照標準ペプチドのＩＣ５０と比較したそのＩＣ５０に基づくことができる。
【０１０９】
結合は：生細胞（例えばCeppelliniら、Nature ３３９巻：３９２頁（１９８９年）； Christnickら、Nature ３５２巻：６７頁（１９９１年）； Buschら、Int. Immunol. ２巻：４４３頁（１９９０年）； Hillら、J. Immunol. １４７巻：１８９頁（１９９１年）； del Guercioら、J. Immunol. １５４巻：６８５頁（１９９５年））、界面活性剤可溶化物を使用する無細胞系（例えばCerundoloら、J. Immunol. ２１巻：２０６９頁（１９９１年））、固定化精製ＭＨＣ（例えばHillら、J. Immunol. １５２巻、２８９０頁（１９９４年）； Marshallら、J. Immunol. １５２巻：４９４６頁（１９９４年））、ＥＬＩＳＡ系（例えばReayら、EMBO J. １１巻：２８２９頁（１９９２年））、表面プラズモン共鳴（例えばKhilkoら、J. Biol. Chem. ２６８巻：１５４２５頁（１９９３年））；高フラックス可溶相アッセイ（Hammerら、J. Exp. Med. １８０巻：２３５３頁（１９９４年））およびクラスＩ  ＭＨＣ安定化または会合の測定（例えばLjunggrenら、Nature ３４６巻：４７６頁（１９９０年）； Schumacherら、Cell ６２巻：５６３頁（１９９０年）； Townsendら、Cell ６２巻：２８５頁（１９９０年）； Parkerら、J. Immunol. １４９巻：１８９６頁（１９９２年））を使用するものが挙げられる他のアッセイを使用しても決定できる。
【０１１０】
「交差反応性結合」は、ペプチドが１個より多いＨＬＡ分子によって結合されていることを示し、同義語は縮重結合である。
【０１１１】
エピトープを考察するために使用される場合、用語「由来する」は、「調製された」と同義である。由来するエピトープは、天然供給源から単離されてよい、または当技術分野における標準的プロトコールに従って合成されてよい。合成エピトープは、天然に存在するＬアミノ酸残基のＤ異性体またはシクロヘキシルアラニンなどの非天然アミノ酸残基などの人工アミノ酸残基「アミノ酸模倣物」を含んでよい。由来するまたは調製されたエピトープは、天然エピトープの類似体であってよい。
【０１１２】
「希釈剤」は、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油などの石油、動物、植物または合成起源のものが挙げられる水および油などの滅菌液を含む。水は、医薬組成物のための希釈剤でもある。生理食塩水およびブドウ糖水溶液およびグリセロール溶液も、例えば注射可能な溶液での希釈剤として用いることができる。
【０１１３】
「エピトープ」は、例えば免疫グロブリン、Ｔ細胞受容体、ＨＬＡ分子またはキメラ抗原受容体によって認識される部位を合わせて形成する一次、二次および三次ペプチド構造ならびに電荷などの分子の集合的特色である。代替的にエピトープは、特定の免疫グロブリンによる認識に関与するアミノ酸残基のセットとして、またはＴ細胞の関連でのＴ細胞受容体タンパク質、キメラ抗原受容体および／もしくは主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）受容体による認識のために必要な残基として定義できる。エピトープは天然供給源からの単離によって調製されてよく、またはそれらは当技術分野における標準的プロトコールに従って合成されてよい。合成エピトープは、天然に存在するＬアミノ酸残基のＤ異性体または、シクロヘキシルアラニンなどの天然に存在しないアミノ酸残基などの人工アミノ酸残基、「アミノ酸模倣物」を含んでよい。本開示全体を通じてエピトープは、一部の場合にペプチドまたはペプチドエピトープと称してもよい。
【０１１４】
本明細書に記載されるエピトープまたは類似体および追加のアミノ酸（複数可）を含むタンパク質またはペプチドが、いまだ本発明の範囲内であることが理解される。ある特定の実施形態では、ペプチドは、抗原の断片を含む。
【０１１５】
ある特定の実施形態では、本発明のペプチド長さに制限がある。長さが制限されている実施形態は、本明細書に記載されるエピトープを含むタンパク質またはペプチドが天然配列と１００％同一性を有する領域（すなわち、連続した一連のアミノ酸残基）を含む場合に生じる。例えば天然分子全体について、読み取りからのエピトープの定義を回避するために、天然ペプチド配列に１００％同一性を有する任意の領域の長さに制限がある。したがって、本明細書に記載されるエピトープおよび天然ペプチド配列と１００％同一性を有する領域を含むペプチドについて、天然配列に１００％同一性を有する領域は、一般に６００アミノ酸残基またはそれ未満、５００アミノ酸残基またはそれ未満、４００アミノ酸残基またはそれ未満、２５０アミノ酸残基またはそれ未満、１００アミノ酸残基またはそれ未満、８５アミノ酸残基またはそれ未満、７５アミノ酸残基またはそれ未満、６５アミノ酸残基またはそれ未満、および５０アミノ酸残基またはそれ未満の長さを有する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される「エピトープ」は、天然ペプチド配列に５アミノ酸残基からの任意のインクリメントで１００％同一性を有する５１アミノ酸残基未満、例えば５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１アミノ酸残基の領域を有するペプチドによって含まれる。
【０１１６】
「ヒト白血球抗原」または「ＨＬＡ」は、ヒトクラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）タンパク質である（例えば、Stitesら、IMMUNOLOGY、第８版、Lange Publishing、Los Altos、Calif.（１９９４年）を参照されたい。
【０１１７】
本明細書において使用される「ＨＬＡサブタイプまたはＨＬＡファミリー」は、共有するペプチド結合特異性に基づいて分類されたＨＬＡ分子のセットを記載している。ある特定のアミノ酸モチーフを保有しているペプチドに対してある程度類似した結合親和性を共有しているＨＬＡクラスＩ分子は、そのようなＨＬＡサブタイプに分類される。用語ＨＬＡスーパーファミリー、ＨＬＡサブタイプファミリー、ＨＬＡファミリーおよびＨＬＡｘｘ様分子（ここで「ｘｘ」は特定のＨＬＡ型を示す）は同義である。
【０１１８】
用語「同一」またはパーセント「同一性」は、２つまたはそれより多いペプチド配列または抗原断片に関連して、配列比較アルゴリズムを使用してまたは手作業のアラインメントおよび目視検査によって測定した場合に、比較ウインドウにわたる最大一致について比較またはアラインして、同じであるまたは同じであるアミノ酸残基の指定の百分率を有する２つまたはそれより多い配列またはサブ配列を指す。
【０１１９】
「免疫原性」ペプチドまたは「免疫原性」エピトープまたは「ペプチドエピトープ」は、ペプチドがＨＬＡ分子に結合し、細胞媒介性または液性応答、例えば細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、ヘルパーＴリンパ球（ＨＴＬ）および／またはＢリンパ球応答を誘導するような対立遺伝子特異的モチーフを含むペプチドである。したがって本明細書に記載される免疫原性ペプチドは、適切なＨＬＡ分子に結合でき、それによりペプチドに対するＣＴＬ（細胞傷害性）応答またはＨＴＬ（および液性）応答を誘導する。
【０１２０】
本明細書において使用される「キメラ抗原受容体」または「ＣＡＲ」は、免疫グロブリン抗原結合ドメイン（例えば免疫グロブリン可変ドメイン）およびＴ細胞受容体（ＴＣＲ）定常ドメインを含む抗原結合タンパク質を指す。本明細書において使用されるＴＣＲポリペプチドの「定常ドメイン」は、膜近位ＴＣＲ定常ドメインを含み、ＴＣＲ膜貫通ドメインおよび／またはＴＣＲ細胞質尾部も含む場合がある。例えば一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲベータ定常ドメインに連結された免疫グロブリン重鎖可変ドメインを含む第１のポリペプチド、およびＴＣＲα定常ドメインに連結された免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（例えばκまたはλ可変ドメイン）を含む第２のポリペプチドを含む二量体である。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲα定常ドメインに連結された免疫グロブリン重鎖可変ドメインを含む第１のポリペプチド、およびＴＣＲβ定常ドメインに連結された免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（例えばκまたはλ可変ドメイン）を含む第２のポリペプチドを含む二量体である。
【０１２１】
表現「単離された」または「生物学的に純粋な」は、天然状態において見出される際に物質に通常付随する成分を実質的にまたは本質的に含まない物質を指す。したがって、本明細書に記載される単離されたペプチドは、その原位置環境においてペプチドに通常伴う物質の一部またはすべてを含有しない。「単離された」エピトープは、エピトープが由来した抗原の配列全体を含まないエピトープを指す。典型的には「単離された」エピトープは、天然配列の全長にわたって１００％同一性を有する配列を生じる追加のアミノ酸残基に付着していない。天然配列は、エピトープが由来する腫瘍関連抗原などの配列であってよい。したがって用語「単離された」は、物質がその元の環境（例えば天然に存在する場合は天然の環境）から除去されていることを意味する。例えば、生存している動物に存在する天然に存在するポリヌクレオチドまたはペプチドは、単離されていないが、天然系での共存物質の一部またはすべてから分離された同じポリヌクレオチドまたはペプチドは、単離されている。そのようなポリヌクレオチドは、ベクターの一部であってよく、および／またはそのようなポリヌクレオチドもしくはペプチドは、組成物の一部であってよく、さらにそのようなベクターまたは組成物がその天然環境の一部ではないことから、「単離されている」。単離されたＲＮＡ分子は、本明細書に記載されるＤＮＡ分子のｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ＲＮＡ転写物を含み、合成的に産生されたそのような分子をさらに含む。
【０１２２】
「主要組織適合性複合体」または「ＭＨＣ」は、生理学的免疫応答をもたらす細胞性相互作用の制御において役割を果たす遺伝子のクラスターである。ヒトではＭＨＣ複合体は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体としても公知である。ＭＨＣおよびＨＬＡ複合体の詳細な記載についてPaul、FUNDAMENTAL IMMUNOLOGY、第３版、Raven Press、New York（１９９３年）を参照されたい。
【０１２３】
「天然」または「野生型」配列は、天然に見出される配列を指す。そのような配列は、天然においてより長い配列を含む場合がある。
【０１２４】
「Ｔ細胞エピトープ」は、ペプチド提示ＭＨＣ分子またはＭＨＣ複合体の形態にあるクラスＩまたはＩＩのＭＨＣ分子によって結合され、次いでこの形態で細胞傷害性Ｔリンパ球またはヘルパーＴ細胞によってそれぞれ認識および結合され得るペプチド配列を意味するものとして理解される。
【０１２５】
「受容体」は、生物学的分子またはリガンドに結合できる分子群を意味するものとして理解される。受容体は、細胞、細胞形成または生物において情報を伝達するように働くことができる。受容体は、例えば各受容体ユニットがタンパク質分子からなり得る少なくとも１つの受容体ユニットを含む。受容体は、リガンドのものを補完し、結合パートナーとしてリガンドと複合体化できる構造を有する。情報は、細胞表面でのリガンドの複合体形成に続く受容体のコンフォメーション変化によって特に伝達される。一部の実施形態では、受容体は、リガンドと、特に好適な長さのペプチドまたはペプチド断片と受容体／リガンド複合体を形成できるＭＨＣクラスＩおよびＩＩのタンパク質を特に意味するものとして理解される。
【０１２６】
「リガンド」は、受容体に相補的である構造を有し、この受容体と複合体を形成できる分子を意味するものとして理解される。一部の実施形態では、リガンドは、好適な長さおよび好適な結合モチーフをそのアミノ酸配列中に有するペプチドまたはペプチド断片を意味するものとして理解され、それによりペプチドまたはペプチド断片はＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩのタンパク質と複合体を形成できる。
【０１２７】
一部の実施形態では、「受容体／リガンド複合体」は、クラスＩのまたはクラスＩＩのＭＨＣ分子を提示するペプチドまたはペプチド断片を含む、「受容体／ペプチド複合体」または「受容体／ペプチド断片複合体」を意味するとしても理解される。
【０１２８】
「主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）のタンパク質または分子」、「ＭＨＣ分子」、「ＭＨＣタンパク質」または「ＨＬＡタンパク質」は、タンパク質抗原のタンパク質分解性切断から生じるペプチドに結合でき、有望なリンパ球エピトープ（例えばＴ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープ）を提示でき、それらを細胞表面に輸送でき、それらを特定の細胞、特に細胞傷害性Ｔリンパ球、ヘルパーＴ細胞またはＢ細胞に提示できるタンパク質を意味するものとして理解される。ゲノム中の主要組織適合性複合体は、細胞表面上に発現されるその遺伝子産物が内在性および／または外来抗原の結合および提示のために、それにより免疫学的プロセスを調節するために重要である遺伝領域を含む。主要組織適合性複合体は、異なるタンパク質、すなわちＭＨＣクラスＩの分子およびＭＨＣクラスＩＩの分子をコードする２つの遺伝子群に分類される。２つのＭＨＣクラスの細胞生物学および発現パターンは、これらのさまざまな役割に適合されている。
【０１２９】
用語「ペプチド」および「ペプチドエピトープ」は、典型的には隣接するアミノ酸残基のα−アミノ基とカルボキシル基との間のペプチド結合によって、互いに接続された一連の残基を表記するために、本明細書において「オリゴペプチド」と互換的に使用される。
【０１３０】
「合成ペプチド」は、非天然供給源から得られた、例えば人工であるペプチドを指す。そのようなペプチドは、化学的合成または組換えＤＮＡ技術などの方法を使用して産生することができる。「合成ペプチド」は「融合タンパク質」を含む。
【０１３１】
「ＰａｎＤＲ結合」ペプチド、「ＰａｎＤＲ結合エピトープ」は、１つより多いＨＬＡクラスＩＩ  ＤＲ分子に結合する分子のファミリーのメンバーである。
【０１３２】
「薬学的に許容される」は、一般に無毒性、不活性および／または生理学的に適合する組成物または組成物の成分を指す。
【０１３３】
「薬学的賦形剤」または「賦形剤」は、アジュバント、担体、ｐＨ調製剤および緩衝剤、浸透圧調整剤、湿潤剤、保存剤などの物質を含む。「薬学的賦形剤」は、薬学的に許容される賦形剤である。
【０１３４】
用語「モチーフ」は、アミノ酸配列中の規定の長さの残基のパターン、例えば特定のＨＬＡ分子によって認識されるクラスＩ  ＨＬＡモチーフについて、約１５アミノ酸残基長未満、または約１３アミノ酸残基長未満、例えば約８から約１３（例えば、８、９、１０、１１、１２もしくは１３）アミノ酸残基、およびクラスＩＩ  ＨＬＡモチーフについて約６から約２５（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４もしくは２５）アミノ酸残基のペプチドを指す。モチーフは、所与のヒトＨＬＡ対立遺伝子によってコードされる各ＨＬＡタンパク質について典型的には異なっている。これらのモチーフは、一次および二次アンカー残基のパターンにおいて異なっている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩモチーフは、９、１０または１１アミノ酸残基長のペプチドを同定する。
【０１３５】
「スーパーモチーフ」は、２つまたはそれより多いＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子によって共有されるペプチド結合特異性である。一部の実施形態では、本明細書に記載されるスーパーモチーフ保有ペプチドは、２つまたはそれより多いＨＬＡ抗原によって高いまたは中程度の親和性（本明細書において定義のとおり）で認識される。
【０１３６】
本明細書において使用される用語「天然に存在する」は、目的物を天然で見出すことができる事実を指す。例えば生物（ウイルスを含む）に存在し、天然の供給源から単離でき、かつ研究室において人によって意図的に改変されていないペプチドまたは核酸は、天然に存在している。
【０１３７】
本発明によれば、用語「ワクチン」は、医薬調製物（医薬組成物）または、投与により免疫応答、例えば、病原体またはがん細胞などの疾患細胞を認識し、攻撃する細胞性または液性免疫応答を誘導する産物に関する。ワクチンは、疾患の予防または処置のために使用できる。用語「個体に合わせたがんワクチン」または「個別化されたがんワクチン」は、特定のがん患者に関連し、がんワクチンが、個々のがん患者の要求または特殊な事情に適合されることを意味する。
【０１３８】
「防御免疫応答」または「治療的免疫応答」は、疾患症状、副作用または進行をなんらかの方法で予防するまたは少なくとも部分的に抑止する、病原性抗原（例えば腫瘍抗原）に由来する抗原へのＣＴＬおよび／またはＨＴＬ応答を指す。免疫応答は、ヘルパーＴ細胞の刺激によって促進される抗体応答も含む場合がある。
【０１３９】
「抗原プロセシング」または「プロセシング」は、ポリペプチドまたは抗原の前記ポリペプチドまたは抗原の断片であるプロセシング産物への分解（例えばポリペプチドのペプチドへの分解）、および細胞、例えば抗原提示細胞による特定のＴ細胞への提示のための１つまたは複数のこれらの断片とＭＨＣ分子との会合（例えば結合を介する）を指す。
【０１４０】
「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）は、ＭＨＣ分子と会合しているタンパク質抗原のペプチド断片をそれらの細胞表面上に提示する細胞である。一部のＡＰＣは、抗原特異的Ｔ細胞を活性化する。専門の抗原提示細胞は、食作用によってまたは受容体媒介エンドサイトーシスによって抗原を内部移行させることに非常に効率的であり、次いでクラスＩＩ  ＭＨＣ分子に結合した抗原の断片をそれらの膜上に示す。Ｔ細胞は、抗原提示細胞の膜上の抗原−クラスＩＩ  ＭＨＣ分子複合体を認識し、相互作用する。次いで、追加の共刺激シグナルが抗原提示細胞によって産生され、Ｔ細胞の活性化がもたらされる。共刺激分子の発現は、専門の抗原提示細胞の特色を明らかにする。
【０１４１】
専門の抗原提示細胞の主な種類は、最も幅広い抗原提示を有し、恐らく最も重要な抗原提示細胞である樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞およびある種の活性化上皮細胞である。
【０１４２】
樹状細胞（ＤＣ）は、抹消組織において捕捉された抗原をＴ細胞にＭＨＣクラスＩＩおよびＩ抗原提示経路の両方を介して提示する白血球集団である。樹状細胞が免疫応答の強力な誘導因子であり、これらの細胞の活性化が抗腫瘍性免疫の誘導のために重大な意味を持つステップであることは周知である。
【０１４３】
樹状細胞は、２つの十分に特徴付けられた表現型の間を識別する簡単な方法として使用できる「未成熟」および「成熟」細胞に好都合にカテゴリー分けされる。しかしこの命名法は、生じる可能性がある分化の中間段階を除外すると解釈されるべきでない。
【０１４４】
未成熟樹状細胞は、Ｆｅｙ受容体およびマンノース受容体の高発現と関連する抗原取り込みおよびプロセシングに対する高い能力を有する抗原提示細胞として特徴付けられる。成熟表現型は、これらのマーカーは低発現だが、クラスＩおよびクラスＩＩ  ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）ならびに共刺激分子（例えばＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４−１  ＢＢ）などのＴ細胞活性化の原因となる細胞表面分子の高発現によって典型的には特徴付けられる。
【０１４５】
用語「残基」は、アミド結合もしくはアミド結合模倣物によってペプチドもしくはタンパク質に組み込まれたアミノ酸残基もしくはアミノ酸模倣物残基、またはアミノ酸もしくはアミノ酸模倣物をコードする核酸（ＤＮＡもしくはＲＮＡ）を指す。
【０１４６】
ペプチドまたはタンパク質を記載するために使用される命名法は、各アミノ酸残基の左側にアミノ基が（アミノまたはＮ末端）が、右側にカルボキシル基が（カルボキシまたはＣ末端）が表される従来の慣例に従う。アミノ酸残基の位置がペプチドエピトープにおいて参照される場合、エピトープまたはペプチドもしくはその一部であってよいタンパク質のアミノ末端に位置する残基が１位でアミノからカルボキシル方向に番号付けられる。
【０１４７】
本発明の選択された具体的な実施形態を表す式では、アミノおよびカルボキシル末端基は、他に指定されない限り、具体的に示されなくても、生理学的ｐＨ値で推定される形態にある。アミノ酸構造式では各残基は、一般に標準的な３文字または１文字表記によって表される。アミノ酸残基のＬ型は、大文字１文字または３文字記号の最初の大文字によって表され、Ｄ型を有するアミノ酸残基のＤ型は、小文字１文字または小文字３文字記号によって表される。しかし３文字記号またはフルネームが大文字を含まずに使用される場合、それらはＬアミノ酸残基を指す。グリシンは不斉炭素原子を有さず、単に「Ｇｌｙ」または「Ｇ」と示される。本明細書に記載されるペプチドのアミノ酸配列は、一般に標準的１文字記号を使用して記される（Ａ、アラニン；Ｃ、システイン；Ｄ、アスパラギン酸；Ｅ、グルタミン酸；Ｆ、フェニルアラニン；Ｇ、グリシン；Ｈ、ヒスチジン；Ｉ、イソロイシン；Ｋ、リシン；Ｌ、ロイシン；Ｍ、メチオニン；Ｎ、アスパラギン；Ｐ、プロリン；Ｑ、グルタミン；Ｒ、アルギニン；Ｓ、セリン；Ｔ、トレオニン；Ｖ、バリン；Ｗ、トリプトファン；およびＹ、チロシン）。
【０１４８】
用語「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、本明細書において互換的に用いられ、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡおよびＲＮＡ、例えばｍＲＮＡを含む。ヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基および／またはそれらの類似体、またはＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼによってポリマーに組み込まれ得る任意の基質であってよい。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドおよび核酸は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写ｍＲＮＡであってよい。一部の実施形態では、本発明の方法を使用して投与されるポリヌクレオチドはｍＲＮＡである。
【０１４９】
用語「同一」またはパーセント「同一性」は、２つまたはそれより多い核酸またはポリペプチドに関連して、同じもしくは、いかなる保存的アミノ酸置換も配列同一性の一部として考慮せずに最大一致について比較およびアライン（必要に応じてギャップを導入する）した場合に同じであるヌクレオチドもしくはアミノ酸残基の指定の百分率を有する、２つもしくはそれより多い配列またはサブ配列を指す。パーセント同一性は、配列比較ソフトウェアもしくはアルゴリズムを使用して、または目視検査によって測定できる。アミノ酸またはヌクレオチド配列のアラインメントを得るために使用できる種々のアルゴリズムおよびソフトウェアは、当技術分野において周知である。これらとして、これだけに限らないが、ＢＬＡＳＴ、ＡＬＩＧＮ、Ｍｅｇａｌｉｇｎ、ＢｅｓｔＦｉｔ、ＧＣＧ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｐａｃｋａｇｅおよびこれらの変種が挙げられる。一部の実施形態では、本明細書に記載される２つの核酸またはポリペプチドが実質的に同一であることは、配列比較アルゴリズムを使用してまたは目視検査によって測定して、最大一致について比較およびアラインした場合に、それらが少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、一部の実施形態では、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％のヌクレオチドまたはアミノ酸残基同一性を有することを意味する。一部の実施形態では、同一性は、少なくとも約１０、少なくとも約２０、少なくとも約４０〜６０残基、少なくとも約６０〜８０残基または２つの値の間の任意の整数の長さである配列の領域にわたって存在する。一部の実施形態では、同一性は、少なくとも約８０〜１００残基などの６０〜８０残基より長い領域にわたって存在し、一部の実施形態では、配列は、ヌクレオチド配列のコード領域などの比較される配列の全長にわたって実質的に同一である。
【０１５０】
「保存的アミノ酸置換」は、１つのアミノ酸残基が類似する側鎖を有する別のアミノ酸残基を用いて置き換えられることである。類似する側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野において定義されており、塩基性側鎖（例えばリシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えばグリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分枝側鎖（例えばトレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が挙げられる。例えばフェニルアラニンのチロシンへの置換は、保存的置換である。ペプチド機能を排除しないヌクレオチドおよびアミノ酸保存的置換を同定する方法は、当技術分野において周知である。
【０１５１】
本明細書において使用される用語「ベクター」は、宿主細胞において目的の１つまたは複数の遺伝子（複数可）または配列（複数可）を送達および通常は発現できる構築物を意味する。ベクターの例として、これだけに限らないが、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡまたはＲＮＡ発現ベクター、プラスミド、コスミドまたはファージベクター、陽イオン性縮合剤を伴うＤＮＡまたはＲＮＡ発現ベクターおよびリポソーム中に封入されたＤＮＡまたはＲＮＡ発現ベクターが挙げられる。
【０１５２】
「単離された」ポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物は、天然において見出されない形態にあるポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物である。単離されたポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞または組成物は、天然では見出される形態ではもはやない程度に精製されたものを含む。一部の実施形態では、単離されたポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター細胞または組成物は、実質的に純粋である。一部の実施形態では、「単離されたポリヌクレオチド」は、ＰＣＲまたは定量的ＰＣＲ反応において増幅されたポリヌクレオチドを含むＰＣＲまたは定量的ＰＣＲ反応物を包含する。
【０１５３】
本明細書において使用される用語「実質的に純粋」は、少なくとも５０％純粋（すなわち、混入物を含まない）、少なくとも９０％純粋、少なくとも９５％純粋、少なくとも９８％純粋または少なくとも９９％純粋である物質を指す。
【０１５４】
用語「対象」は、これだけに限らないが、特定の処置のレシピエントになるヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、げっ歯類などが挙げられる任意の動物（例えば哺乳動物）を指す。典型的には用語「対象」および「患者」は、ヒト対象に関して本明細書において互換的に用いられる。
【０１５５】
用語「有効量」または「治療有効量」または「治療効果」は、対象または哺乳動物における疾患または障害を「処置」するのに治療的に有効な量を指す。薬物の治療有効量は、治療効果を有し、それ自体が疾患または障害の発症を予防できる、疾患または障害の発症を遅らせることができ、疾患または障害の進行を遅らせることができ、疾患または障害に伴う１つまたは複数の症状をある程度緩和でき、罹患率および死亡率を低減でき、生活の質を改善でき、またはそのような効果の組合せであり得る。
【０１５６】
用語「処置する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」または「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」または「処置すること（ｔｏ  ｔｒｅａｔ）」または「軽減する（ａｌｌｅｖｉａｔｉｎｇ）」または「軽減すること（ｔｏ  ａｌｌｅｖｉａｔｅ）」は、１）診断された病的状態または障害の症状を治癒、遅らせる、和らげるおよび／または進行を停止させる治療的手段、ならびに２）標的化された病的状態または障害を予防するまたは発症を遅らせる予防のまたは予防的手段の両方を指す。したがって、処置を必要とするものは、既に障害を有するもの、障害を有しやすいもの、および障害が予防されているものを含む。
【０１５７】
本開示および特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、内容が明らかに他を示す場合を除いて複数形を含む。
【０１５８】
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含んだ（ｃｏｍｐｒｉｓｅｄ）」、「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの用語が、米国特許法に帰する意味を有し得ることが理解され、例えばそれらは「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含んだ（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」、「含んでいる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」などを意味することができ、「本質的になっている（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」および「本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」などの用語は、それらを米国特許法に帰する意味を有し、例えばそれらは、明確には引用されていない要素を許容するが、先行技術において見出される要素または、本発明の基本的なもしくは新規の特徴に影響を与える要素を除外する。本明細書の記載は、保証を意図しない。
【０１５９】
本明細書において「Ａおよび／またはＢ」などの表現法において使用される用語「および／または」は、ＡおよびＢの両方、ＡまたはＢ、Ａ（単独）、ならびにＢ（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂおよび／またはＣ」などの表現法において使用される用語「および／または」は、次の実施形態：Ａ、ＢおよびＣ、Ａ、ＢまたはＣ、ＡまたはＣ、ＡまたはＢ、ＢまたはＣ、ＡおよびＣ、ＡおよびＢ、ＢおよびＣ、Ａ（単独）、Ｂ（単独）、ならびにＣ（単独）のそれぞれを包含することが意図される。
【０１６０】
ＩＩ．ネオ抗原
治癒的および腫瘍特異的免疫治療を開発するための決定的な障壁の１つは、自己免疫を回避するための高度に特異的で限定された腫瘍抗原の同定および選択である。悪性細胞内での遺伝子変化（例えば、反転、転座、欠失、ミスセンス変異、スプライス部位変異など）の結果として生じる腫瘍ネオ抗原は、最も腫瘍特異的なクラスの抗原である。ネオ抗原は、それらの同定、最適化された抗原の選択、およびワクチンまたは免疫原性組成物における使用のためのネオ抗原の生成の技術的困難性のため、がんワクチンまたは免疫原性組成物においてはめったに使用されてこなかった。これらの課題は、高い割合のがんを有する対象に由来する一致した生殖系列試料中ではなく、腫瘍中にＤＮＡレベルで存在する新生物／腫瘍中の変異を同定すること；新生物／腫瘍内で発現され、高い割合の患者ＨＬＡ対立遺伝子に結合する複数のネオ抗原Ｔ細胞エピトープを生成するための１つまたは複数のペプチド−ＭＨＣ結合予測アルゴリズムを用いて同定された変異を分析すること；および高い割合のがんを有する対象を処置するのに好適ながんワクチンまたは免疫原性組成物における使用のための、全てのネオ抗原ペプチドおよび予測される結合ペプチドのセットから選択される複数のネオ抗原性ペプチドを合成することによって解決することができる。
【０１６１】
例えば、ペプチド配列決定情報の治療ワクチンへの翻訳は、高い割合の個体のＨＬＡ分子に結合することができる変異ペプチドの予測を含んでもよい。免疫原として利用するための特定の変異の効率的な選択には、どの変異ペプチドが高い割合の患者のＨＬＡ対立遺伝子に効率的に結合するかを予測する能力が必要である。最近、検証された結合および非結合ペプチドを用いたニューラルネットワークに基づく学習手法が、主なＨＬＡ−Ａおよび−Ｂ対立遺伝子に関する予測アルゴリズムの精度を向上させてきた。しかしながら、ＨＬＡ−ペプチド結合規則をコードする向上したニューラルネットワークに基づくアルゴリズムを使用するとしても、いくつかの因子が、ＨＬＡ対立遺伝子上に提示されるペプチドを予測する力を制限する。
【０１６２】
例えば、ペプチド配列決定情報の治療ワクチンへの翻訳は、長いペプチドのマルチエピトープワクチンとして薬物を製剤化することを含んでもよい。多くの変異エピトープを、免疫系の大きな能力を実用的に利用するものとして標的化することは、免疫標的化遺伝子産物の下方調節による免疫回避のための機会を妨げ、エピトープ予測手法の公知の不正確性を相殺する。合成ペプチドは、複数の免疫原を効率的に調製し、変異エピトープの同定を有効なワクチンに迅速に翻訳するための有用な手段を提供する。ペプチドを、容易に化学的に合成し、汚染細菌または動物物質を含まない試薬を利用して容易に精製することができる。小さいサイズは、タンパク質の変異領域への明確な集中を可能にし、また、他の成分（非変異タンパク質またはウイルスベクター抗原）に由来する無関係の抗原性競合を低減させる。
【０１６３】
例えば、ペプチド配列決定情報の治療ワクチンへの翻訳は、強力なワクチンアジュバントとの組合せを含んでもよい。有効なワクチンには、免疫応答を開始させるための強力なアジュバントが必要である。例えば、ポリ−ＩＣＬＣ、ＴＬＲ３のアゴニストならびにＭＤＡ５およびＲＩＧ３のＲＮＡヘリカーゼドメインは、ワクチンアジュバントにとっていくつかの望ましい特性を示した。これらの特性は、ｉｎ  ｖｉｖｏでの免疫細胞の局所および全身活性化の誘導、刺激ケモカインおよびサイトカインの産生、ならびにＤＣによる抗原提示の刺激を含む。さらに、ポリ−ＩＣＬＣは、ヒトにおいて持続的なＣＤ４＋およびＣＤ８＋応答を誘導することができる。重要なことに、転写およびシグナル伝達経路の上方調節における著しい類似性が、ポリ−ＩＣＬＣをワクチン接種された対象および高度に有効な複製可能黄熱病ワクチンを受けたことがあるボランティアにおいて見られた。さらに、ＮＹＥＳＯ−１ペプチドワクチン（モンタニドに加えて）と組み合わせたポリ−ＩＣＬＣで免疫された９０％を超える卵巣癌患者が、最近の第１相試験においてＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導、ならびに該ペプチドに対する抗体応答を示した。同時に、ポリ−ＩＣＬＣは、現在まで２５を超える臨床試験において広範囲に試験されており、比較的良性の毒性プロファイルを示した。
【０１６４】
出願人らは、以下の遺伝子における変異事象を発見した：
【０１６５】
ＡＢＬ１、ＡＣ０１１９９７、ＡＣＶＲ２Ａ、ＡＦＰ、ＡＫＴ１、ＡＬＫ、ＡＬＰＰＬ２、ＡＮＡＰＣ１、ＡＰＣ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲ、ＡＲ−ｖ７、ＡＳＣＬ２、β２Ｍ、ＢＲＡＦ、ＢＴＫ、Ｃ１５ＯＲＦ４０、ＣＤＨ１、ＣＬＤＮ６、ＣＮＯＴ１、ＣＴ４５Ａ５、ＣＴＡＧ１Ｂ、ＤＣＴ、ＤＫＫ４、ＥＥＦ１Ｂ２、ＥＥＦ１ＤＰ３、ＥＧＦＲ、ＥＩＦ２Ｂ３、ｅｎｖ、ＥＰＨＢ２、ＥＲＢＢ３、ＥＳＲ１、ＥＳＲＰ１、ＦＡＭ１１１Ｂ、ＦＧＦＲ３、ＦＲＧ１Ｂ、ＧＡＧＥ１、ＧＡＧＥ１０、ＧＡＴＡ３、ＧＢＰ３、ＨＥＲ２、ＩＤＨ１、ＪＡＫ１、ＫＩＴ、ＫＲＡＳ、ＬＭＡＮ１、ＭＡＢＥＢ１６、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＡＧＥＡ４、ＭＡＧＥＡ８、ＭＡＧＥＢ１７、ＭＡＧＥＢ４、ＭＡＧＥＣ１、ＭＥＫ、ＭＬＡＮＡ、ＭＬＬ２、ＭＭＰ１３、ＭＳＨ３、ＭＳＨ６、ＭＹＣ、ＮＤＵＦＣ２、ＮＲＡＳ、ＰＡＧＥ２、ＰＡＧＥ５、ＰＤＧＦＲａ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＭＥＬ、ｐｏｌタンパク質、ＰＯＬＥ、ＰＴＥＮ、ＲＡＣ１、ＲＢＭ２７、ＲＮＦ４３、ＲＰＬ２２、ＲＵＮＸ１、ＳＥＣ３１Ａ、ＳＥＣ６３、ＳＦ３Ｂ１、ＳＬＣ３５Ｆ５、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＭＡＰ１、ＳＭＡＰ１、ＳＰＯＰ、ＴＦＡＭ、ＴＧＦＢＲ２、ＴＨＡＰ５、ＴＰ５３、ＴＴＫ、ＴＹＲ、ＵＢＲ５、ＶＨＬ、ＸＰＯＴ、ＥＥＦ１ＤＰ３：ＦＲＹ融合ポリペプチド、ＥＧＦＲ：ＳＥＰＴ１４融合ポリペプチド、ＥＧＦＲＶＩＩＩ欠失ポリペプチド、ＥＭＬ４：ＡＬＫ融合ポリペプチド、ＮＤＲＧ１：ＥＲＧ融合ポリペプチド、ＡＣ０１１９９７．１：ＬＲＲＣ６９融合ポリペプチド、ＲＵＮＸ１（ｅｘ５）−ＲＵＮＸ１Ｔ１融合ポリペプチド、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ融合ポリペプチド、ＮＡＢ：ＳＴＡＴ６融合ポリペプチド、ＮＤＲＧ１：ＥＲＧ融合ポリペプチド、ＰＭＬ：ＲＡＲＡ融合ポリペプチド、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ：ＳＴＡＲＤ３融合ポリペプチド、ＭＡＤ１Ｌ１：ＭＡＦＫ融合ポリペプチド、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣ融合ポリペプチド、ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３融合ポリペプチド、ＢＣＲ：ＡＢＬ融合ポリペプチド、Ｃ１１ｏｒｆ９５：ＲＥＬＡ融合ポリペプチド、ＣＢＦＢ：ＭＹＨ１１融合ポリペプチド、ＣＢＦＢ：ＭＹＨ１１融合ポリペプチド、ＣＤ７４：ＲＯＳ１融合ポリペプチド、ＣＤ７４：ＲＯＳ１融合ポリペプチド、ＥＲＶＥ−４：プロテアーゼ、ＥＲＶＥ−４：逆転写酵素、ＥＲＶＥ−４：逆転写酵素、ＥＲＶＥ−４：未知、ＥＲＶＨ−２マトリックスタンパク質、ＥＲＶＨ−２：  ｇａｇ、ＥＲＶＨ−２：レトロウイルスマトリックス、ＥＲＶＨ４８−１：コートタンパク質、ＥＲＶＨ４８−１：シンサイチン、ＥＲＶＩ−１エンベロープタンパク質、ＥＲＶＫ−５  ｇａｇ、ＥＲＶＫ−５  ｅｎｖ、ＥＲＶＫ−５  ｐｏｌ、ＥＢＶ  Ａ７３、ＥＢＶ  ＢＡＬＦ３、ＥＢＶ  ＢＡＬＦ４、ＥＢＶ  ＢＡＬＦ５、ＥＢＶ  ＢＡＲＦ０、ＥＢＶ  ＬＦ２、ＥＢＶ  ＲＰＭＳ１、ＨＰＶ−１６、ＨＰＶ−１６  Ｅ７、およびＨＰＶ−１６  Ｅ６。
【０１６６】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原は、β２Ｍ、ＢＴＫ、ＥＧＦＲ、ＧＡＴＡ３、ＫＲＡＳ、ＭＬＬ２、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ融合ポリペプチド、またはＴＰ５３における変異事象に起因するものである。
【０１６７】
ネオ抗原ポリペプチド
態様では、本発明は、表１または表２に由来する腫瘍特異的変異を含む単離されたペプチドを提供する。これらのペプチドおよびポリペプチドは、本明細書では「ネオ抗原性ペプチド」または「ネオ抗原性ポリペプチド」と呼ばれる。用語「ペプチド」は、典型的には、隣接するアミノ酸のα−アミノ基とカルボキシル基とのペプチド結合によって互いに接続された、一連の残基、典型的には、Ｌ−アミノ酸を指定するために、本明細書では「変異ペプチド」および「ネオ抗原性ペプチド」と互換的に使用される。同様に、用語「ポリペプチド」は、典型的には、隣接するアミノ酸のα−アミノ酸とカルボキシル基とのペプチド結合によって互いに接続された、一連の残基、例えば、Ｌ−アミノ酸を指定するために、本明細書では「変異ポリペプチド」および「ネオ抗原性ポリペプチド」と互換的に使用される。ポリペプチドまたはペプチドは、様々な長さであってもよく、その中性（非荷電）形態または塩である形態であってもよく、グリコシル化、側鎖酸化、もしくはリン酸化などの改変を含有しなくてもよく、またはこれらの改変を含有してもよく、改変が本明細書に記載されるポリペプチドの生物学的活性を破壊しない条件を受けてもよい。
【０１６８】
一部の実施形態では、腫瘍特異的変異を同定するために配列決定法が使用される。任意の好適な配列決定法、例えば、次世代配列決定（ＮＧＳ）技術を、本発明に従って使用することができる。第３世代配列決定法は、その方法の配列決定ステップを加速するために、将来ＮＧＳ技術に取って代わるかもしれない。明確にするために、本発明の文脈における用語「次世代配列決定」または「ＮＧＳ」は、Ｓａｎｇｅｒ化学として公知の「従来の」配列決定法とは対照的に、全ゲノムを小片に破壊することによって、全ゲノムに沿って同時に無作為に核酸鋳型を読み取る全ての新規な高効率配列決定技術を意味する。そのようなＮＧＳ技術（大規模平行配列決定技術としても公知である）は、非常に短期間に、例えば、１〜２週間以内、例えば、１〜７日以内または２４時間未満以内に全ゲノム、エクソーム、トランスクリプトーム（ゲノムの全ての転写された配列である）またはメチローム（ゲノムの全てのメチル化された配列である）の核酸配列情報を送達することができ、原理的には、単一細胞配列決定手法を可能にする。商業的に入手可能であるか、または文献に記載された複数のＮＧＳプラットフォーム、例えば、ＷＯ２０１２／１５９６４３で詳細に説明されたものを、本発明の文脈において使用することができる。
【０１６９】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチド分子は、限定されるものではないが、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、約１２０個またはそれより多いアミノ酸残基、およびそこに由来する任意の範囲を含んでもよい。特定の実施形態では、ネオ抗原性ペプチド分子は、１００アミノ酸に等しいか、または１００アミノ酸未満である。
【０１７０】
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩに関する本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドおよびポリペプチドは、長さ１３残基またはそれ未満であり、通常、約８から約１１残基の間、特に、９または１０残基からなる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩに関する本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドおよびポリペプチドは、長さ９〜２４残基である。
【０１７１】
より長いネオ抗原性ペプチドを、いくつかの方法で設計することができる。一部の実施形態では、ＨＬＡ結合ペプチドが予測されるか、または公知である場合、より長いネオ抗原性ペプチドは、（１）それぞれ対応する遺伝子産物のＮおよびＣ末端に向かって２〜５アミノ酸の伸長を有する個々の結合ペプチド；または（２）それぞれについて伸長した配列を含む結合ペプチドの一部もしくは全部の連結からなり得る。他の実施形態では、配列決定が腫瘍中に存在する長い（１０残基を超える）ネオエピトープ配列を示す場合（例えば、新規ペプチド配列をもたらすフレームシフト、リードスルーまたはイントロン含有に起因する）、より長いネオ抗原性ペプチドは、単一のより長いペプチドまたはいくつかの重複する、より長いペプチドとして新規腫瘍特異的アミノ酸の全伸長物からなり得る。一部の実施形態では、より長いペプチドの使用は、患者の細胞による内在性プロセシングを可能にすると推定され、より効率的な抗原提示およびＴ細胞応答の誘導をもたらすことができる。一部の実施形態では、ペプチドが重複し、長いネオ抗原性ペプチド上にタイル表示される場合、２つまたはそれよりも多いペプチドを使用することができる。
【０１７２】
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドおよびポリペプチドは、ＨＬＡタンパク質（例えば、ＨＬＡクラスＩまたはＨＬＡクラスＩＩ）に結合する。特定の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドおよびポリペプチドは、対応する野生型ペプチドよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質に結合する。特定の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満またはそれ未満のＩＣ５０を有する。
【０１７３】
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約８〜約５０アミノ酸残基の長さ、または約８〜約３０、約８〜約２０、約８〜約１８、約８〜約１５、または約８〜約１２アミノ酸残基の長さであってもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約８〜約５００アミノ酸残基の長さ、または約８〜約４５０、約８〜約４００、約８〜約３５０、約８〜約３００、約８〜約２５０、約８〜約２００、約８〜約１５０、約８〜約１００、約８〜約５０、または約８〜約３０アミノ酸残基の長さであってもよい。
【０１７４】
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、またはそれより多いアミノ酸残基の長さであってもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００またはそれより多いアミノ酸残基の長さであってもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、最大８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、またはそれ未満のアミノ酸残基の長さであってもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、最大８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、またはそれ未満のアミノ酸残基の長さであってもよい。
【０１７５】
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも４５０、または少なくとも５００アミノ酸の全長を有する。
【０１７６】
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、最大８、最大９、最大１０、最大１１、最大１２、最大１３、最大１４、最大１５、最大１６、最大１７、最大１８、最大１９、最大２０、最大２１、最大２２、最大２３、最大２４、最大２５、最大２６、最大２７、最大２８、最大２９、最大３０、最大４０、最大５０、最大６０、最大７０、最大８０、最大９０、最大１００、最大１５０、最大２００、最大２５０、最大３００、最大３５０、最大４００、最大４５０、または最大５００アミノ酸の全長を有する。
【０１７７】
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約０．５〜約１２、約２〜約１０、または約４〜約８のｐＩ値を有してもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、またはそれより高いｐＩ値を有してもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、最大４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、またはそれ未満のｐＩ値を有してもよい。
【０１７８】
一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、約１ｐＭから約１ｍＭ、約１００ｐＭから約５００μＭ、約５００ｐＭから約１０μＭ、約１ｎＭから約１μＭ、または約１０ｎＭから約１μＭのＨＬＡ結合親和性を有してもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、７００、８００、９００μＭ、またはそれより高いＨＬＡ結合親和性を有してもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、最大２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、７００、８００、９００μＭのＨＬＡ結合親和性を有してもよい。
【０１７９】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、当技術分野で周知のものなどの担体、例えば、サイログロブリン、ヒト血清アルブミンなどのアルブミン、破傷風トキソイド、ポリＬ−リシン、ポリＬ−グルタミン酸などのポリアミノ酸残基、インフルエンザウイルスタンパク質、Ｂ型肝炎ウイルスコアタンパク質などを含んでもよい。
【０１８０】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを、末端−ＮＨ２アシル化により、例えば、アルカノイル（Ｃ１〜Ｃ２０）またはチオグリコリルアセチル化、末端カルボキシルアミド化、例えば、アンモニア、メチルアミンなどによって改変することができる。一部の実施形態では、これらの改変は、支持体または他の分子に連結するための部位を提供することができる。
【０１８１】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、限定されるものではないが、グリコシル化、側鎖酸化、ビオチン化、リン酸化、界面活性物質、例えば、脂質の付加などの改変を含有してもよく、または例えば、アセチル化などにより化学的に改変することができる。さらに、ペプチド中の結合は、ペプチド結合以外のもの、例えば、共有結合、エステルまたはエーテル結合、ジスルフィド結合、水素結合、イオン結合などであってもよい。
【０１８２】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、得られるペプチドの物理学的特性（例えば、安定性または溶解性）を改変するための置換を含有してもよい。例えば、ネオ抗原性ペプチドを、システイン（Ｃ）のα−アミノ酪酸（「Ｂ」）との置換によって改変することができる。その化学的性質のため、システインは、ジスルフィド架橋を形成する傾向を有し、ペプチドを構造的に十分に変化させて、結合能を低減させる。α−アミノ酪酸のＣへの置換は、この問題を軽減するだけでなく、ある特定の例では結合および架橋能力を実際に改善する。システインのα−アミノ酪酸との置換は、ネオ抗原性ペプチドの任意の残基で、例えば、ペプチド内のエピトープもしくは類似体のアンカーもしくは非アンカー位置で、またはペプチドの他の位置で起こり得る。
【０１８３】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、アミノ酸模倣物または非天然アミノ酸残基、例えば、Ｄ−またはＬ−ナフィルアラニン；Ｄ−またはＬ−フェニルグリシン；Ｄ−またはＬ−２−チエニルアラニン；Ｄ−またはＬ−１、−２、−３、または４−ピレネイルアラニン；Ｄ−またはＬ−３チエニルアラニン；Ｄ−またはＬ−（２−ピリジニル）−アラニン；Ｄ−またはＬ−（３−ピリジニル）−アラニン；Ｄ−またはＬ−（２−ピラジニル）−アラニン；Ｄ−またはＬ−（４−イソプロピル）−フェニルグリシン；Ｄ−（トリフルオロメチル）−フェニルグリシン；Ｄ−（トリフルオロ−メチル）−フェニルアラニン；Ｄ−．ｒｈｏ．−フルオロフェニルアラニン；Ｄ−またはＬ−．ｒｈｏ．−ビフェニル−フェニルアラニン；Ｄ−またはＬ−．ｒｈｏ．−メトキシビフェニルフェニルアラニン；Ｄ−またはＬ−２−インドール（アリル）アラニン；およびＤ−またはＬ−アルキルアラニンを含んでもよく、ここで、アルキル基は、置換または非置換のメチル、エチル、プロピル、ヘキシル、ブチル、ペンチル、イソプロピル、イソ−ブチル、ｓｅｃ−イソチル、イソ−ペンチル、または非酸性アミノ酸残基であってもよい。非天然アミノ酸の芳香環としては、例えば、チアゾリル、チオフェニル、ピラゾリル、ベンズイミダゾリル、ナフチル、フラニル、ピロリル、およびピリジル芳香環が挙げられる。様々なアミノ酸模倣物または非天然アミノ酸残基を有する改変ペプチドは、ｉｎ  ｖｉｖｏで増大した安定性を示す傾向があるため、特に有用である。そのようなペプチドもまた、改善された貯蔵期間または製造特性を有する。
【０１８４】
ペプチド安定性を、いくつかの方法でアッセイすることができる。例えば、ペプチダーゼならびにヒト血漿および血清などの様々な生物学的媒体が、安定性を試験するために使用されてきた。例えば、Verhoefら、Eur. J. Drug Metab.Pharmacokinetics １１巻：２９１頁（１９８６年）を参照されたい。本明細書に記載されるペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを使用して都合良く決定される。プロトコールは以下の通りである：プールされたヒト血清（ＡＢ型、非熱不活化）を、使用前に遠心分離によって破損させる。次いで、血清を、ＲＰＭＩ−１６４０または別の好適な組織培養培地を用いて２５％に希釈する。所定の時間間隔で、少量の反応溶液を除去し、６％水性トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）またはエタノールに添加する。濁った反応試料を１５分間冷却（４℃）した後、スピンして沈降した血清タンパク質をペレット化する。次いで、ペプチドの存在を、安定性特異的クロマトグラフィー条件を使用する逆相ＨＰＬＣによって決定する。
【０１８５】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、溶液中にある、凍結乾燥される、または結晶形態であってもよい。
【０１８６】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを、合成的に、組換えＤＮＡ技術もしくは化学的合成により調製するか、または天然の腫瘍または病原性生物などの天然供給源から単離することができる。エピトープを、個々に合成するか、またはペプチド中で直接的もしくは間接的に接合することができる。本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、他の天然に存在する宿主細胞タンパク質およびその断片を実質的に含まないが、一部の実施形態では、ペプチドを、天然の断片または粒子に接合されるように合成的にコンジュゲートすることができる。
【０１８７】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを、様々な方法で調製することができる。一部の実施形態では、ペプチドを、従来の技術に従って、溶液中または固相支持体上で合成することができる。様々な自動合成装置が商業的に入手可能であり、公知のプロトコールに従って使用することができる（例えば、StewartおよびYoung、SOLIDPHASE PEPTIDE SYNTHESIS、第２版、Pierce Chemical Co.、１９８４年を参照されたい）。さらに、個々のペプチドを、化学的ライゲーションを使用して接合して、依然として本発明の範囲内にある、より大きいペプチドを生成することができる。
【０１８８】
あるいは、ペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現ベクター中に挿入し、適切な宿主細胞中に形質転換またはトランスフェクトし、発現にとって好適な条件下で培養する、組換えＤＮＡ技術を用いることができる。これらの手順は、Sambrookら、MOLECULAR CLONING、A LABORATORY MANUAL、Cold Spring Harbor Press、Cold Spring Harbor、N.Y. (１９８９年)に一般的に記載されたように、当技術分野で一般に公知である。したがって、本明細書に記載される１つまたは複数のエピトープを含む、またはそれからなる組換えペプチドを使用して、適切なＴ細胞エピトープを提供することができる。
【０１８９】
一態様では、本明細書に記載される発明はまた、１つ、少なくとも２つ、または２つを超えるネオ抗原性ペプチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも２つの異なるペプチドを含有する。一部の実施形態では、少なくとも２つの異なるペプチドは、同じポリペプチドに由来する。異なるポリペプチドとは、ペプチドが長さ、アミノ酸配列、またはその両方において異なることを意味する。ペプチドは、腫瘍特異的変異を含有することが公知の、または分かっている任意のポリペプチドに由来する。
【０１９０】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、天然ペプチドのアミノ酸置換をもたらす点変異を有する遺伝子によってコードされている。
【０１９１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＢＬ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化８３】
2019513373.tif 000085
である。
【０１９２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＬＫ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化８４】
2019513373.tif 000086
である。
【０１９３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＢＲＡＦ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化８５】
2019513373.tif 000087
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、DFGLATEKSRまたはFGLATEKSRWではない。
【０１９４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＢＴＫ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化８６】
2019513373.tif 000088
である。
【０１９５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＥＦ１Ｂ２遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化８７】
2019513373.tif 000089
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、ＥＡＶＳＧＰＰＰＡ、ＦＥＡＶＳＧＰＰＰまたはＦＥＡＶＳＧＰＰＰＡではない。
【０１９６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＧＦＲ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化８８】
2019513373.tif 000090
である。
【０１９７】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＲＢＢ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、EFSTLPLPNLRMVRGTQVYDGKFである。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、RMVRGTQVY、LPLPNLRMV、LRMVRGTQV、TLPLPNLRMV、NLRMVRGTQV、またはLRMVRGTQVYではない。
【０１９８】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＳＲ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化８９】
2019513373.tif 000091
である。
【０１９９】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＦＧＦＲ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９０】
2019513373.tif 000092
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、DVLERCPHR、LERCPHRPI、CPHRPILQA、またはLERCPHRPILではない。
【０２００】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＦＲＧ１Ｂ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９１】
2019513373.tif 000093
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、SASNSCFIR、LSASNSCFI、ALSASNSCFまたはFQNGKMALSAではない。
【０２０１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＨＥＲ２遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９２】
2019513373.tif 000094
である。
【０２０２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＩＤＨ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９３】
2019513373.tif 000095
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化９４】
2019513373.tif 000096
ではない。
【０２０３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＫＩＴ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９５】
2019513373.tif 000097
である。
【０２０４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＥＫ遺伝子である。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９６】
2019513373.tif 000098
である。
【０２０５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＹＣ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９７】
2019513373.tif 000099
である。
【０２０６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＰＤＧＦＲａ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９８】
2019513373.tif 000100
である。
【０２０７】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化９９】
2019513373.tif 000101
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１００】
2019513373.tif 000102
ではない。
【０２０８】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＰＯＬＥ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０１】
2019513373.tif 000103
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、TTKLPLKFR、RDAETDQIM、KFRDAETDQI、ETTKLPLKFR、またはRDAETDQIMMではない。
【０２０９】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＰＴＥＮ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０２】
2019513373.tif 000104
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、QTGVMICAY、GKGQTGVMI、GQTGVMICAY、またはKAGKGQTGVMではない。
【０２１０】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＲＡＣ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０３】
2019513373.tif 000105
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、TTNAFSGEY、FSGEYIPTV、SGEYIPTVF、YTTNAFSGEY、TTNAFSGEYI、またはFSGEYIPTVFではない。
【０２１１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＴＰ５３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０４】
2019513373.tif 000106
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１０５】
2019513373.tif 000107
ではない。
【０２１２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、フレームシフト変異を有する遺伝子によってコードされている。
【０２１３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＣＶＲ２Ａ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０６】
2019513373.tif 000108
である。
【０２１４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、Ｃ１５ＯＲＦ４０遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０７】
2019513373.tif 000109
である。
【０２１５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＣＮＯＴ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０８】
2019513373.tif 000110
である。
【０２１６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＩＦ２Ｂ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１０９】
2019513373.tif 000111
である。
【０２１７】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＰＨＢ２遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１０】
2019513373.tif 000112
である。
【０２１８】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＳＲＰ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１１】
2019513373.tif 000113
である。
【０２１９】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＦＡＭ１１Ｂ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１２】
2019513373.tif 000114
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１１３】
2019513373.tif 000115
ではない。
【０２２０】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＧＢＰ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１４】
2019513373.tif 000116
である。
【０２２１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＪＡＫ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１５】
2019513373.tif 000117
である。
【０２２２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＬＭＡＮ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１６】
2019513373.tif 000118
である。
【０２２３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＳＨ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１７】
2019513373.tif 000119
である。
【０２２４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＮＤＵＦＣ２遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１８】
2019513373.tif 000120
である。
【０２２５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＲＢＭ２７遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１１９】
2019513373.tif 000121
である。
【０２２６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＲＰＬ２２遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２０】
2019513373.tif 000122
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、VVKGGKKRSKまたはVKGGKKRSKではない。
【０２２７】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＳＥＣ３１Ａ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２１】
2019513373.tif 000123
である。
【０２２８】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＳＥＣ６３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２２】
2019513373.tif 000124
である。
【０２２９】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＳＬＣ３５Ｆ５遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２３】
2019513373.tif 000125
である。
【０２３０】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＳＭＡＰ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２４】
2019513373.tif 000126
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１２５】
2019513373.tif 000127
ではない。
【０２３１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＴＦＡＭ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２６】
2019513373.tif 000128
である。
【０２３２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＴＧＦＢＲ２遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２７】
2019513373.tif 000129
である。
【０２３３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＴＨＡＰ５遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２８】
2019513373.tif 000130
である。
【０２３４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＴＴＫ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１２９】
2019513373.tif 000131
である。
【０２３５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＸＰＯＴ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１３０】
2019513373.tif 000132
である。
【０２３６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＰＣ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１３１】
2019513373.tif 000133
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１３２】
2019513373.tif 000134
ではない。
【０２３７】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１３３】
2019513373.tif 000135
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１３４】
2019513373.tif 000136
ではない。
【０２３８】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、β２Ｍ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１３５】
2019513373.tif 000137
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１３６】
2019513373.tif 000138
ではない。
【０２３９】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＣＤＨ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１３７】
2019513373.tif 000139
である。
【０２４０】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＧＡＴＡ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１３８】
2019513373.tif 000140
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１３９】
2019513373.tif 000141
ではない。
【０２４１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＬＬ２遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１４０】
2019513373.tif 000142
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１４１−１】
2019513373.tif 000143
【化１４１−２】
2019513373.tif 000144
ではない。
【０２４２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＰＴＥＮ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１４２】
2019513373.tif 000145
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１４３】
2019513373.tif 000146
ではない。
【０２４３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＴＰ５３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１４４】
2019513373.tif 000147
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１４５】
2019513373.tif 000148
ではない。
【０２４４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＶＨＬ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、Ｃｚは、
【化１４６】
2019513373.tif 000149
である。一部の関連する実施形態では、ネオ抗原性ペプチドは、
【化１４７】
2019513373.tif 000150
ではない。
【０２４５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、第１の遺伝子と第２の遺伝子との融合物によってコードされている。一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、第１の遺伝子と第２の遺伝子とのインフレーム融合物によってコードされている。
【０２４６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＢＣＲ遺伝子およびＡＢＬ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１４８】
2019513373.tif 000151
である。
【０２４７】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、Ｃ１１ｏｒｆ９５遺伝子およびＲＥＬＡ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１４９】
2019513373.tif 000152
である。
【０２４８】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＣＢＦＢ遺伝子およびＭＹＨ１１遺伝子によってコードされている。
【化１５０】
2019513373.tif 000153
である。
【０２４９】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＣＤ７４遺伝子およびＲＯＳ１遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５１】
2019513373.tif 000154
である。
【０２５０】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＧＦＲ遺伝子およびＳＥＰＴ１４遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、第１の天然ポリペプチドがある遺伝子によってコードされ、第２の天然ポリペプチドが、
【化１５２】
2019513373.tif 000155
によってコードされている。
【０２５１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＧＦＲ遺伝子およびＥＧＦＲ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５３】
2019513373.tif 000156
である。
【０２５２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＭＬ４遺伝子およびＡＬＫ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５４】
2019513373.tif 000157
である。
【０２５３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＦＧＦＲ３遺伝子およびＴＡＣＣ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５５】
2019513373.tif 000158
である。
【０２５４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＮＡＢ遺伝子およびＳＴＡＴ６遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５６】
2019513373.tif 000159
である。
【０２５５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＮＤＲＧ１遺伝子およびＥＲＧ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５７】
2019513373.tif 000160
である。
【０２５６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＴＭＰＲＳＳ２遺伝子およびＥＲＧ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５８】
2019513373.tif 000161
である。
【０２５７】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＰＭＬ遺伝子およびＲＡＲＡ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１５９】
2019513373.tif 000162
である。
【０２５８】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＲＵＮＸ１遺伝子およびＣＢＦＡ２Ｔ１（ＲＵＮＸ１Ｔ１）遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１６０】
2019513373.tif 000163
である。
【０２５９】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、第１の遺伝子と、第１の遺伝子のスプライスバリアントのエクソンとの融合物によってコードされている。一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、第１の遺伝子と、第１の遺伝子の潜在性エクソンとの融合物によってコードされている。
【０２６０】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＲ−ｖ７遺伝子と、ＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされる潜在性エクソンによってコードされている。一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＲ遺伝子のスプライスバリアントのエクソンを含むＡＲ−ｖ７遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１６１】
2019513373.tif 000164
である。
【０２６１】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、第１の遺伝子と、第２の遺伝子との融合物によってコードされ、ここで、ペプチドは、融合物から得られるフレーム外配列によってコードされるアミノ酸配列を含む。
【０２６２】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＡＣ０１１９９７．１遺伝子およびＬＲＲＣ６９遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ｙは１である。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１６２】
2019513373.tif 000165
である。
【０２６３】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＥＥＦ１ＤＰ３遺伝子およびＦＲＹ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ｙは１である。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１６３】
2019513373.tif 000166
である。
【０２６４】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＭＡＤ１Ｌ１遺伝子およびＭＡＦＫ遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ｙは０である。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１６４】
2019513373.tif 000167
である。
【０２６５】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、ＰＰＰ１Ｒ１Ｂ遺伝子およびＳＴＡＲＤ３遺伝子によってコードされている。関連する実施形態では、ｙは１である。関連する実施形態では、ＡｘＢｙＣｚは、
【化１６５】
2019513373.tif 000168
である。
【０２６６】
一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、表１に記載された１つまたは複数のペプチド配列を含む。一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表１Ｄ、表１Ｅ、および／または表１Ｆに記載された１つまたは複数のペプチド配列を含む。一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、表２に記載された１つまたは複数のペプチド配列を含まない。一部の実施形態では、単離されたネオ抗原性ペプチドは、表２Ａ、表２Ｂ、表２Ｃ、および／または表２Ｄに記載された１つまたは複数のペプチド配列を含まない。
ネオ抗原ポリヌクレオチド
【０２６７】
本明細書に記載されるペプチドのそれぞれをコードするポリヌクレオチドも、本発明の一部である。当業者には理解されるように、遺伝子コードの冗長性のため、様々な核酸配列が同じペプチドをコードし得る。これらの核酸はそれぞれ、本発明の範囲内にある。ペプチドをコードする核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡ、またはＤＮＡとＲＮＡの組合せであってもよい。一部の実施形態では、ペプチドをコードする核酸は、自己増幅性ｍＲＮＡである（Britoら、Adv. Genet. ２０１５年；８９巻：１７９〜２３３頁）。本明細書に記載されるペプチドをコードする任意の好適なポリヌクレオチドは、本発明の範囲内にある。
【０２６８】
用語「ＲＮＡ」は、「ｍＲＮＡ」を含み、一部の実施形態では、「ｍＲＮＡ」に関する。用語「ｍＲＮＡ」は、「メッセンジャーＲＮＡ」を意味し、ＤＮＡ鋳型を使用することによって生成され、ペプチドまたはポリペプチドをコードする「転写物」に関する。典型的には、ｍＲＮＡは、５’−ＵＴＲ、タンパク質コード領域、および３’−ＵＴＲを含む。ｍＲＮＡは、細胞中およびｉｎ  ｖｉｔｒｏでは限られた半減期しか有さない。一部の実施形態では、ｍＲＮＡは、自己増幅性ｍＲＮＡである。本発明の文脈では、ｍＲＮＡを、ＤＮＡ鋳型からのｉｎ  ｖｉｔｒｏでの転写によって生成することができる。ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの転写方法は、当業者には公知である。例えば、商業的に入手可能な様々なｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写キットが存在する。
【０２６９】
ＲＮＡの安定性および翻訳効率を、必要に応じて改変することができる。例えば、ＲＮＡの安定化効果を有する、および／またはＲＮＡの翻訳効率を増大させる１つまたは複数の改変によって、ＲＮＡを安定化し、その翻訳を増加させることができる。そのような改変は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ／ＥＰ２００６／００９４４８に記載されている。本発明に従って使用されるＲＮＡの発現を増加させるために、それを、発現されるペプチドまたはタンパク質の配列を変化させることなく、コード領域、すなわち、発現されるペプチドまたはタンパク質をコードする配列の中で改変して、ＧＣ含量を増加させ、ｍＲＮＡの安定性を増加させ、コドン最適化を実施し、したがって、細胞中での翻訳を増強することができる。
【０２７０】
本発明で使用されるＲＮＡの文脈における用語「改変」は、前記ＲＮＡ中に自然には存在しないＲＮＡの任意の改変を含む。本発明の一部の実施形態では、本発明に従って使用されるＲＮＡは、キャップ付きでない５’−三リン酸を有さない。そのようなキャップ付きでない５’−三リン酸の除去を、ＲＮＡをホスファターゼで処理することによって達成することができる。本発明によるＲＮＡは、その安定性を増加させる、および／または細胞傷害性を減少させるための改変されたリボヌクレオチドを有してもよい。例えば、一部の実施形態では、本発明に従って使用されるＲＮＡ中の、５−メチルシチジンは、部分的または完全に、例えば、完全に、シチジンに置換される。あるいは、または追加で、一部の実施形態では、本発明に従って使用されるＲＮＡ中の、プソイドウリジンは、部分的または完全に、例えば、完全に、ウリジンに置換される。
【０２７１】
一部の実施形態では、用語「改変」は、５’キャップまたは５’キャップ類似体を有するＲＮＡを提供することに関する。用語「５’キャップ」とは、ｍＲＮＡ分子の５’末端に見出されるキャップ構造を指し、一般的には、非通常の５’−５’三リン酸連結によりｍＲＮＡに接続されたグアノシンヌクレオチドからなる。一部の実施形態では、このグアノシンは、７位でメチル化される。用語「従来の５’キャップ」とは、天然に存在するＲＮＡ  ５’キャップ、７−メチルグアノシンキャップ（ｍＧ）を指す。本発明の文脈では、用語「５’キャップ」は、ＲＮＡキャップ構造と似ており、ｉｎ  ｖｉｖｏおよび／または細胞中で、ＲＮＡを安定化する、および／またはそれに付着した場合、ＲＮＡの翻訳を増強する能力を有するように改変された５’キャップ類似体を含む。
【０２７２】
ある特定の実施形態では、本発明のネオ抗原ペプチドをコードするｍＲＮＡは、それを必要とする対象に投与される。一部の実施形態では、本発明は、改変ヌクレオシドを含むＲＮＡ、オリゴリボヌクレオチド、およびポリリボヌクレオチド分子、それを含む遺伝子治療ベクター、遺伝子治療およびそれを含む遺伝子転写サイレンシング法を提供する。一部の実施形態では、投与されるｍＲＮＡは、少なくとも１つの改変ヌクレオシドを含む。
【０２７３】
本明細書に記載されるペプチドをコードするポリヌクレオチドを、化学的技術、例えば、Matteucciら、J. Am. Chem. Soc. １０３巻：３１８５頁（１９８１年）のホスホトリエステル法によって合成することができる。適切かつ所望の核酸塩基を、天然エピトープをコードするものに置換することによって、類似体を含むか、またはそれからなるペプチドをコードするポリヌクレオチドを簡単に作製することができる。
【０２７４】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを生成し、投与するのに好適な多数のベクターおよび宿主系が、当業者に公知であり、商業的に入手可能である。例えば、以下のベクターが提供されている。細菌：ｐＱＥ７０、ｐＱＥ６０、ｐＱＥ−９（Ｑｉａｇｅｎ）、ｐＢＳ、ｐＤ１０、ｐｈａｇｅｓｃｒｉｐｔ、ｐｓｉＸ１７４、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ  ＳＫ、ｐｂｓｋｓ、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８Ａ、ｐＮＨ４６Ａ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）；ｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫＫ２２３−３、ｐＫＫ２３３−３、ｐＤＲ５４０、ｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；ｐＣＲ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）。真核：ｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４４、ｐＸＴ１、ｐＳＧ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、ｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、ｐＳＶＬ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；ｐ７５．６（Ｖａｌｅｎｔｉｓ）；ｐＣＥＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）；ｐＣＥＩ（Ｅｐｉｍｍｕｎｅ）。しかしながら、複製可能であり、宿主中で生存できる限り、任意の他のプラスミドまたはベクターを使用することができる。
【０２７５】
適切な宿主の代表例として、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍならびにＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の中の様々な種などの細菌細胞；酵母などの真菌細胞；ＤｒｏｓｏｐｈｉｌａおよびＳｆ９などの昆虫細胞；Gluzman、Cell ２３巻：１７５頁（１９８１年）により記載されたＣＯＳ−７系のサル腎臓線維芽細胞、および同等のベクターを発現することができる他の細胞株、例えば、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＣＨＯ、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞株またはＢｏｗｅｓメラノーマなどの動物細胞；植物細胞などを挙げることができる。適切な宿主の選択は、本明細書の教示から当業者の範囲内にあると考えられる。
【０２７６】
したがって、本発明はまた、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドの生成および投与にとって有用なベクター、および発現ベクター、ならびにそのようなベクターを含む宿主細胞に関する。
【０２７７】
宿主細胞は、例えば、クローニングベクターまたは発現ベクターであってもよいベクターを用いて遺伝子操作される（形質導入される、または形質転換される、またはトランスフェクトされる）。ベクターは、例えば、プラスミド、ウイルス粒子、ファージなどの形態にあってもよい。操作された宿主細胞を、プロモーターを活性化し、形質転換体を選択するか、またはポリヌクレオチドを増幅するために必要に応じて改変された従来の栄養培地中で培養することができる。温度、ｐＨなどの培養条件は、発現のために選択された宿主細胞に関して以前に使用されたものであり、当業者には明らかであろう。
【０２７８】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドの発現のために、開始および停止コドン、プロモーターおよびターミネーター領域、一部の実施形態では、所望の細胞宿主中での発現のための発現ベクターを提供するための複製系と作動可能に連結したコード配列を提供する。例えば、細菌宿主と適合するプロモーター配列は、所望のコード配列の挿入のための都合の良い制限部位を含有するプラスミド中に提供される。得られる発現ベクターは、好適な細菌宿主中に形質転換される。
【０２７９】
一般に、組換え発現ベクターは、複製起点および宿主細胞の形質転換を可能にする選択マーカー、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのアンピシリン耐性遺伝子およびＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＴＲＰ１遺伝子、ならびに下流の構造配列の転写を方向付けるための高度に発現される遺伝子に由来するプロモーターを含む。そのようなプロモーターは、特に、３−ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）、酸ホスファターゼ、または熱ショックタンパク質などの解糖酵素をコードするオペロンに由来するものであってもよい。異種構造配列を、翻訳開始および終結配列、ならびに、一部の実施形態では、翻訳されたタンパク質のペリプラズム空間または細胞外媒体中への分泌を方向付けることができるリーダー配列と共に適切な段階で集合させる。任意選択で、異種配列は、所望の特徴、例えば、発現される組換え産物の安定化または単純化された精製を提供するＮ末端同定ペプチドを含む融合タンパク質をコードしてもよい。
【０２８０】
また、好適なベクターおよび制御配列を用いて、酵母、昆虫または哺乳動物細胞宿主を使用することもできる。哺乳動物発現系の例としては、Gluzman、Cell ２３巻：１７５頁（１９８１年）により記載されたサル腎臓線維芽細胞のＣＯＳ−７系、および同等のベクターを発現することができる他の細胞株、例えば、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＣＨＯ、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞株が挙げられる。哺乳動物発現ベクターは、複製起点、好適なプロモーターおよびエンハンサー、ならびにまた、任意の必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位、転写終結配列、および５’隣接非転写配列を含む。また、そのようなプロモーターは、例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ−ＩＥプロモーター）または単純ヘルペスウイルス１型（ＨＳＶ  ＴＫプロモーター）などの、ウイルス供給源に由来するものであってもよい。ＳＶ４０スプライスに由来する核酸配列、およびポリアデニル化部位を使用して、必要とされる非転写遺伝子エレメントを提供することができる。
【０２８１】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドはまた、得られるペプチドの小胞体への移動を容易にするユビキチン化シグナル配列、および／または小胞体（ＥＲ）シグナル配列などの標的化配列を含んでもよい。
【０２８２】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドを、ヒト細胞（例えば、樹状細胞を含む免疫細胞）に投与し、発現させることができる。ヒトコドン使用表を使用して、それぞれのアミノ酸に関するコドン選択を導くことができる。そのようなポリヌクレオチドは、上記のものなどの、エピトープならびに／もしくは類似体間にスペーサーアミノ酸残基を含むか、またはエピトープならびに／もしくは類似体（ならびに／もしくはＣＴＬ、ＨＴＬ、およびＢ細胞エピトープ）に隣接する天然の隣接配列を含んでもよい。
【０２８３】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを、ウイルスまたは細菌ベクターによって投与する／発現させることもできる。発現ベクターの例としては、ワクシニアまたは鶏痘などの弱毒化ウイルス宿主が挙げられる。この手法の例として、ワクシニアウイルスが、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現させるためのベクターとして使用される。免疫化プロトコールにおいて有用なワクシニアウイルスおよび方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（Ｂａｃｉｌｌｅ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ  Ｇｕｅｒｉｎ）である。ＢＣＧベクターは、Stoverら、Nature ３５１巻：４５６〜４６０頁（１９９１年）によって記載されている。本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドの治療的投与または免疫化にとって有用な様々な他のベクター、例えば、アデノおよびアデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉベクター、解毒化炭疽毒素ベクター、センダイウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、カナリア痘ベクター、および鶏痘ベクターなどが、本明細書の記載から当業者には明らかであろう。一部の実施形態では、ベクターは、改変ワクシニアアンカラ（ＶＡ）（例えば、Ｂａｖａｒｉａｎ  Ｎｏｒｉｄｉｃ（ＭＶＡ−ＢＮ））である。
【０２８４】
当業者には周知の標準的な調節配列をベクター中に含有させて、ヒト標的細胞中での発現を確保することができる。いくつかのベクターエレメントが望ましい：ポリヌクレオチド、例えば、ミニ遺伝子挿入のための下流のクローニング部位を有するプロモーター；効率的な転写終結のためのポリアデニル化シグナル；Ｅ．ｃｏｌｉ複製起点；およびＥ．ｃｏｌｉ選択マーカー（例えば、アンピシリンまたはカナマイシン耐性）。いくつかのプロモーター、例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ｈＣＭＶ）プロモーターを、この目的のために使用することができる。他の好適なプロモーター配列については、例えば、米国特許第５，５８０，８５９号および第５，５８９，４６６号を参照されたい。一部の実施形態では、プロモーターは、ＣＭＶ−ＩＥプロモーターである。
【０２８５】
本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、転写される領域中に１つまたは複数の合成または天然のイントロンを含んでもよい。ｍＲＮＡ安定化配列および哺乳動物細胞中での複製のための配列の含有を、ポリヌクレオチド発現を増加させるために考慮することもできる。
【０２８６】
さらに、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、免疫賦活性配列（ＩＳＳまたはＣｐＧ）を含んでもよい。これらの配列を、ベクター中に、ポリヌクレオチドコード配列の外側に含有させて、免疫原性を増強することができる。
【０２８７】
一部の実施形態では、少なくとも１つの抗原性ペプチド分子のサイズは、限定されるものではないが、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、約１２０個またはそれより多いアミノ分子残基、およびそこに由来する任意の範囲を含んでもよい。
【０２８８】
一部の実施形態では、抗原性ペプチド分子は、５０アミノ酸に等しいか、またはそれ未満である。一部の実施形態では、抗原性ペプチド分子は、約２０〜約３０アミノ酸に等しい。より長いペプチドを、いくつかの方法で設計することができる。例えば、ＨＬＡ結合領域が予測されるか、または公知である場合、より長いペプチドは、それぞれ対応する遺伝子産物のＮおよびＣ末端に向かって０〜１０アミノ酸の伸長を有する個々の結合ペプチドのいずれかからなってもよい。より長いペプチドはまた、それぞれについて伸長した配列を含む結合ペプチドの一部または全部の連結からなってもよい。別の場合、配列決定が、疾患組織中に存在する長い（１０残基を超える）エピトープ配列を示す場合（例えば、新規ペプチド配列をもたらすフレームシフト、リードスルーまたはイントロン含有に起因する）、より長いペプチドは、新規疾患特異的アミノ酸の全伸長物からなってもよい。両場合において、より長いペプチドの使用は、樹状細胞などの専門的な抗原提示細胞による内在性プロセシングが必要であり、より効率的な抗原提示およびＴ細胞応答の誘導をもたらすことができる。一部の実施形態では、伸長した配列を、ポリペプチドの生化学的特性（溶解度または安定性などの特性）を改善するため、またはペプチドの効率的なプロテアソームプロセシングの可能性を改善するために変化させる。
【０２８９】
抗原性ペプチドおよびポリペプチドは、ＨＬＡタンパク質に結合することができる。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、対応する天然／野生型ペプチドよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質に結合することができる。抗原性ペプチドは、約１０００ｎＭ未満、約５００ｎＭ未満、約２５０ｎＭ未満、約２００ｎＭ未満、約１５０ｎＭ未満、約１００ｎＭ未満、または約５０ｎＭ未満のＩＣ５０を有してもよい。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、対象に投与された場合に、自己免疫応答を誘導しない、および／または免疫寛容を引き起こさない。
【０２９０】
本発明はまた、複数の抗原性ペプチドを含む組成物も提供する。抗原性ペプチドに対する参照は、対象の細胞中へのペプチドの導入をもたらすことができる任意の好適な送達モダリティ（例えば、核酸）を含む。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも２つまたはそれより多い抗原性ペプチドを含む。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、または５００個の異なるペプチドを含有する。一部の実施形態では、組成物は、表１に由来する少なくとも１つのペプチドを含有する。一部の実施形態では、組成物は、表１に由来する少なくとも１つのペプチドと、表１に由来する少なくとも１つの他のペプチドとを含有する。一部の実施形態では、組成物は、表１に由来する少なくとも１つのペプチドと、表２に由来する少なくとも１つの他のペプチドとを含有する。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも２０個の異なるペプチドを含有する。一部の実施形態では、組成物は、最大２０個の異なるペプチドを含有する。本発明によれば、２つまたはそれより多い異なるペプチドは、同じポリペプチドに由来するものであってもよい。例えば、抗原性変異がポリペプチドをコードする場合、２つまたはそれより多い抗原性ペプチドは、そのポリペプチドに由来するものであってもよい。一部の実施形態では、ポリペプチドに由来する２つまたはそれより多い抗原性ペプチドは、ポリペプチドに広がるタイルアレイを含んでもよい（例えば、抗原性ペプチドは、ポリペプチドの一部、または全部に広がる一連の重複する抗原性ペプチドを含んでもよい）。抗原性ペプチドは、任意のタンパク質コード遺伝子に由来するものであってもよい。抗原性ペプチドは、ヒトがんにおける変異または感染性因子もしくは自己免疫疾患に由来するものであってもよい。
【０２９１】
抗原性ペプチド、ポリペプチド、および類似体をさらに改変して、通常はタンパク質の一部ではない追加の化学的部分を含有させることができる。これらの誘導体化部分は、溶解度、生物学的半減期、タンパク質の吸収、または結合親和性を改善することができる。この部分はまた、タンパク質の任意の望ましい副作用などを低減させるか、または排除することができる。これらの部分の概説を、Remington's Pharmaceutical Sciences、第２０版、MackPublishing Co.、Easton、PA（２０００年）に見出すことができる。例えば、所望の活性を有する抗原性ペプチドおよびポリペプチドを、必要に応じて改変して、所望のＭＨＣ分子に結合し、適切なＴ細胞を活性化する非改変ペプチドの生物学的活性の実質的に全部を増加させるか、または少なくとも保持しながら、ある特定の所望の属性、例えば、改善された薬理学的特徴を提供することができる。例えば、抗原性ペプチドおよびポリペプチドは、保存的または非保存的である置換などの様々な変化を受けてもよく、そのような変化は、ＭＨＣ結合の改善などの、その使用におけるある特定の利点を提供することができる。そのような保存的置換は、アミノ酸残基を、生物学的および／または化学的に類似する別のアミノ酸残基で、例えば、ある疎水性残基を別のものに、またはある極性残基を別のものに置き換えることを包含してもよい。単一のアミノ酸置換の効果を、Ｄ−アミノ酸を使用して精査することもできる。そのような改変を、例えば、Merrifield、Science ２３２巻：３４１〜３４７頁（１９８６年）、BaranyおよびMerrifield、ThePeptides、GrossおよびMeienhofer編(N.Y.、Academic Press)、１〜２８４頁（１９７９年）；ならびにStewartおよびYoung、SolidPhase Peptide Synthesis(Rockford、III.、Pierce)、第２版（１９８４年）に記載されるような、周知のペプチド合成手順を使用して作製することができる。
【０２９２】
例えば、アミノ酸の付加または欠失により、化合物のアミノ酸配列を伸長するか、または減少させることにより、抗原性ペプチドを改変することもできる。抗原性ペプチド、ポリペプチド、または類似体を、ある特定の残基の順序または組成を変化させることによって改変することもできる。生物学的活性にとって必須のある特定のアミノ酸残基、例えば、重要な接触部位にあるもの、または保存された残基は、一般的には、生物学的活性に対する有害な効果なしには変化させることができないことが当業者には理解されるであろう。重要でないアミノ酸は、Ｌ−ａ−アミノ酸、またはそのＤ−異性体などの、タンパク質中に天然に存在するものに必ずしも限定されないが、β−γ−δ−アミノ酸、ならびにＬ−ａ−アミノ酸の多くの誘導体などの非天然アミノ酸を同様に含んでもよい。
【０２９３】
ＭＨＣ結合に対する、静電気的変化、疎水性などの効果を決定するために、単一のアミノ酸置換を含む一連のペプチドを使用することにより、抗原ペプチドを最適化することができる。例えば、一連の正に荷電した（例えば、ＬｙｓもしくはＡｒｇ）または負に荷電した（例えば、Ｇｌｕ）アミノ酸置換を、様々なＭＨＣ分子およびＴ細胞受容体に対する異なるパターンの感受性を示すペプチドの長さに沿って作製することができる。さらに、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、または同様の残基などの小さく相対的に中性の部分を使用する複数の置換を用いることができる。置換は、ホモ−オリゴマーまたはヘテロ−オリゴマーであってもよい。置換または付加される残基の数および型は、必須の接触点と、求められるある特定の機能的属性（例えば、疎水性対親水性）との間に必要な空間に依存する。親ペプチドの親和性と比較した、ＭＨＣ分子またはＴ細胞受容体に対する結合親和性の増大を、そのような置換によって達成することもできる。任意の事象において、そのような置換は、例えば、結合を破壊し得る立体および電荷干渉を回避するように選択されたアミノ酸残基または他の分子断片を用いるべきである。アミノ酸置換は、典型的には、単一の残基のものである。置換、欠失、挿入またはその任意の組合せを組み合わせて、最終的なペプチドに到達することができる。
【０２９４】
抗原性ペプチドを改変して、所望の属性を提供することができる。例えば、ＣＴＬ活性を誘導するペプチドの能力を、ヘルパーＴ細胞応答を誘導することができる少なくとも１つのエピトープを含有する配列への連結によって増強することができる。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド／Ｔヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結される。一部の実施形態では、スペーサーは、生理的条件下で実質的に非荷電であるアミノ酸またはアミノ酸模倣物などの相対的に小さい中性分子を含む。スペーサーを、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、または非極性アミノ酸の他の中性スペーサーもしくは中性極性アミノ酸から選択することができる。任意選択で存在するスペーサーは、同じ残基を含む必要はなく、したがって、ヘテロ−またはホモ−オリゴマーであってよいことが理解されるであろう。抗原性ペプチドを、ペプチドのアミノまたはカルボキシ末端で、直接的に、またはスペーサーを介してＴヘルパーペプチドに連結することができる。抗原性ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端をアシル化することができる。例示的なＴヘルパーペプチドは、破傷風トキソイド８３０−８４３、インフルエンザ３０７−３１９、マラリアスポロゾイト周囲３８２−３９８および３７８−３８９を含む。
【０２９５】
本発明は、少なくとも部分的には、１つまたは複数の疾患特異的抗原を含む患者の免疫系を提供する能力に基づくものである。当業者であれば、本開示および当技術分野における知識から、そのような疾患特異的抗原を生成する様々な方法が存在することを理解するであろう。一般に、そのような疾患特異的抗原を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏで生成することができる。疾患特異的抗原を、ペプチドまたはポリペプチドとしてｉｎ  ｖｉｔｒｏで生成した後、ワクチンまたは免疫原性組成物に製剤化し、対象に投与することができる。本明細書でさらに詳細に説明されるように、そのようなｉｎ  ｖｉｔｒｏでの生成は、例えば、ペプチド合成または様々な細菌、真核、もしくはウイルス組換え発現系のいずれかにおけるＤＮＡもしくはＲＮＡ分子からのペプチド／ポリペプチドの発現、次いで、発現されたペプチド／ポリペプチドの精製などの、当業者には公知の様々な方法によって行うことができる。あるいは、疾患特異的抗原をコードする分子（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ウイルス発現系など）を対象中に導入することによってｉｎ  ｖｉｖｏで疾患特異的抗原を生成してもよく、その際、コードされた疾患特異的抗原が発現される。抗原のｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏでの生成の方法は、医薬組成物および療法の送達方法に関するため、それも本明細書にさらに記載される。
【０２９６】
一部の実施形態では、本発明は、改変された抗原性ペプチドを含む。改変は、抗原性ペプチド自体の一次アミノ酸配列を変化させない共有化学的改変を含んでもよい。改変は、所望の特性、例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏでの半減期の延長、安定性の増大、クリアランスの低下、免疫原性もしくはアレルゲン性の変化、特定の抗体、細胞標的化、抗原取込み、ＭＨＣ親和性、ＭＨＣ安定性、または抗原提示の上昇を可能にすることを有するペプチドを生成することができる。実行することができる抗原性ペプチドに対する変化としては、限定されるものではないが、担体タンパク質へのコンジュゲーション、リガンドへのコンジュゲーション、抗体へのコンジュゲーション、ＰＥＧ化、ポリシアル化、ＨＥＳ化、組換えＰＥＧ模倣物、Ｆｃ融合、アルブミン融合、ナノ粒子付着、ナノ粒子封入、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、グリコシル化、側鎖酸化、リン酸化、ビオチン化、界面活性物質の添加、アミノ酸模倣物の添加、または非天然アミノ酸の添加が挙げられる。
【０２９７】
短い血漿半減期またはプロテアーゼ分解に対する感受性と関連する問題を、様々な非タンパク質性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンのいずれかへのポリペプチド配列のコンジュゲーションまたは連結（例えば、典型的には、タンパク質と、非タンパク質性ポリマー、例えば、ＰＥＧの両方に共有結合する連結部分を介する）を含む、様々な改変によって克服することができる。そのようなＰＥＧにコンジュゲートした生体分子は、より良好な物理的および温度安定性、酵素的分解に対する感受性に対する保護、可溶性の増大、より長いｉｎ  ｖｉｖｏでの循環半減期およびクリアランスの低下、免疫原性および抗原性の低下、ならびに毒性の低減などの、臨床的に有用な特性を有することが示されている。
【０２９８】
ポリペプチド配列へのコンジュゲーションにとって好適なＰＥＧは、一般的には室温で水溶性であり、一般式Ｒ（Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ２）ｎＯ−Ｒ（式中、Ｒは水素またはアルキルもしくはアルカノール基などの保護基であり、ｎは１〜１０００の整数である）を有する。Ｒが保護基である場合、それは一般的には１〜８個の炭素を有する。ポリペプチド配列にコンジュゲートされるＰＥＧは、線状または分枝状であってもよい。分枝状ＰＥＧ誘導体、「スター−ＰＥＧ」およびマルチアームＰＥＧが、本開示によって企図される。
【０２９９】
本開示はまた、ＰＥＧが異なるｎ値を有し、したがって、様々な異なるＰＥＧが特定の比率で存在する、コンジュゲートの組成物も企図する。例えば、一部の組成物は、ｎ＝１、２、３および４であるコンジュゲートの混合物を含む。一部の組成物では、ｎ＝１であるコンジュゲートの百分率は１８〜２５％であり、ｎ＝２であるコンジュゲートの百分率は５０〜６６％であり、ｎ＝３であるコンジュゲートの百分率は１２〜１６％であり、ｎ＝４であるコンジュゲートの百分率は最大で５％である。そのような組成物を、当技術分野で公知の反応条件および精製方法によって生成することができる。例えば、陽イオン交換クロマトグラフィーを使用して、コンジュゲートを分離した後、例えば、所望の数のＰＥＧが付着した、非改変タンパク質配列を含まない精製された、他の数のＰＥＧが付着したコンジュゲートに由来するコンジュゲートを含有する画分を同定することができる。
【０３００】
末端反応基（「スペーサー」）を介して、本発明のポリペプチドにＰＥＧを結合することができる。スペーサーは、例えば、１つまたは複数のポリペプチド配列の遊離アミノ基またはカルボキシル基と、ポリエチレングリコールとの間の結合を媒介する末端反応基である。遊離アミノ基に結合することができるスペーサーを有するＰＥＧは、ポリエチレングリコールのコハク酸エステルを、Ｎ−ヒドロキシスクシニルイミドで活性化することによって調製することができるＮ−ヒドロキシスクシニルイミドポリエチレングリコールを含む。遊離アミノ基に結合することができる別の活性化ポリエチレングリコールは、ポリエチレングリコールモノメチルエーテルを、シアヌル酸クロリドと反応させることによって調製することができる２，４−ビス（Ｏ−メトキシポリエチレングリコール）−６−クロロ−ｓ−トリアジンである。遊離カルボキシル基に結合される活性化ポリエチレングリコールは、ポリオキシエチレンジアミンを含む。
【０３０１】
スペーサーを有するＰＥＧへの、１つまたは複数の本開示のポリペプチド配列のコンジュゲーションを、様々な従来の方法によって実行することができる。例えば、コンジュゲーション反応を、５〜１０のｐＨの溶液中、４℃〜室温の温度で、３０分〜２０時間にわたって、４：１〜３０：１の試薬：タンパク質のモル比を利用して実行することができる。反応条件を、主として所望の置換度をもたらす反応を方向付けるように選択することができる。一般に、低温、低ｐＨ（例えば、ｐＨ＝５）、および短い反応時間は、付着するＰＥＧの数を減少させる傾向があるが、高温、中性から高いｐＨ（例えば、ｐＨ＞７）、およびより長い反応時間は、付着するＰＥＧの数を増加させる傾向がある。当技術分野で公知の様々な手段を使用して、反応を終結させることができる。一部の実施形態では、反応は、反応混合物を酸性化し、例えば、−２０℃で凍結することによって終結する。
【０３０２】
本開示はまた、ＰＥＧ模倣物の使用も企図する。いくつかの追加の有利な特性を提供しながら、ＰＥＧの属性（例えば、血清半減期の増強）を保持する組換えＰＥＧ模倣物が開発されている。例えば、目的のペプチドまたはタンパク質薬物（例えば、Ａｍｕｎｉｘ’ＸＴＥＮ技術；Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ、ＣＡ）に組換え的に既に融合した、ＰＥＧと類似する伸長したコンフォメーションを形成することができる単純なポリペプチド鎖（例えば、Ａｌａ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、ＳｅｒおよびＴｈｒを含む）を生成することができる。これにより、製造プロセス中の追加のコンジュゲーションステップの必要性がなくなる。さらに、確立された分子生物学的技術により、ポリペプチド鎖の側鎖組成の制御が可能になり、免疫原性および製造特性の最適化が可能となる。
【０３０３】
グリコシル化は、タンパク質の物理特性に影響し、タンパク質の安定性、分泌、および細胞内局在化において重要でもある。適切なグリコシル化は、生物学的活性にとって重要であり得る。事実、真核生物に由来する一部の遺伝子は、タンパク質をグリコシル化するための細胞プロセスを欠く細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）中で発現された場合、そのグリコシル化の欠如のため、回収されるタンパク質に活性がほとんどないか、または全くない。グリコシル化部位の付加を、アミノ酸配列を変化させることによって遂行することができる。ポリペプチドに対する変化を、例えば、１つまたは複数のセリンまたはトレオニン残基（Ｏ−連結グリコシル化部位に関する）またはアスパラギン残基（Ｎ−連結グリコシル化部位に関する）の付加、またはそれによる置換によって作製することができる。Ｎ−連結およびＯ−連結オリゴ糖の構造および各型において見出される糖残基は異なっていてもよい。一般に両方の型において見出される糖の１つの型は、Ｎ−アセチルノイラミン酸である（以下、シアル酸と呼ぶ）。シアル酸は、通常、Ｎ−連結とＯ−連結オリゴ糖の両方の末端残基であり、その負電荷のため、糖タンパク質に対して酸性の特性を付与することができる。本開示の実施形態は、Ｎ−グリコシル化バリアントの生成および使用を含む。
【０３０４】
任意選択で、特に、所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが生成されるように予め選択された塩基でポリペプチドをコードするＤＮＡを変異させることにより、ＤＮＡレベルでの変化によって、本開示のポリペプチド配列を変化させることができる。ポリペプチド上の炭水化物部分の数を増加させる別の手段は、グリコシドのポリペプチドへの化学的または酵素的連結によるものである。炭水化物の除去を、化学的もしくは酵素的に、またはグリコシル化されるアミノ酸残基をコードするコドンの置換により遂行することができる。化学的脱グリコシル化技術は公知であり、ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は様々なエンドおよびエキソグリコシダーゼの使用によって達成することができる。
【０３０５】
コンジュゲーションのための追加の好適な成分および分子としては、例えば、リンパ系を標的化するための分子、サイログロブリン；ヒト血清アルブミン（ＨＡＳ）などのアルブミン；破傷風トキソイド；ジフテリアトキソイド；ポリ（Ｄ−リシン：Ｄ−グルタミン酸）などのポリアミノ酸；ロタウイルスのＶＰ６ポリペプチド；インフルエンザウイルスヘマグルチニン、インフルエンザウイルス核タンパク質；キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）；ならびにＢ型肝炎ウイルスコアタンパク質および表面抗原；または前記の任意の組合せが挙げられる。
【０３０６】
ＨＳＡをコードするＤＮＡ、またはその断片が、１つまたは複数のポリペプチド配列をコードするＤＮＡに接合されるように、本開示の１つまたは複数のポリペプチドへのアルブミンの融合を、例えば、遺伝子操作によって達成することができる。その後、好適な宿主を、例えば、好適なプラスミドの形態の融合されたヌクレオチド配列を用いて形質転換またはトランスフェクトして、融合ポリペプチドを発現させることができる。発現を、例えば、原核もしくは真核細胞からｉｎ  ｖｉｔｒｏで、または例えば、トランスジェニック生物からｉｎ  ｖｉｖｏで行うことができる。本開示の一部の実施形態では、融合タンパク質の発現は、哺乳動物細胞株、例えば、ＣＨＯ細胞株中で行われる。形質転換は、その周囲からの外因性遺伝物質（外因性ＤＮＡ）の直接的な取込み、組み込みおよび発現ならびに細胞膜を介する取込みの結果である細胞の遺伝子変化を指すために本明細書で広く使用される。形質転換は、一部の細菌種において自然に起こるが、それを他の細胞中で人工的な手段によって行うこともできる。さらに、アルブミン自体を改変して、その循環半減期を延長することができる。改変されたアルブミンの１つまたは複数のポリペプチドへの融合を、上記の遺伝子操作技術により、または化学的コンジュゲーションにより実現することができる；得られる融合分子は、非改変型アルブミンとの融合物のものを超える半減期を有する（ＷＯ２０１１／０５１４８９を参照されたい）。コンジュゲートした脂肪酸鎖（アシル化）を介するアルブミン結合などの、いくつかのアルブミン結合戦略が、直接的融合の代替物として開発されている。血清アルブミンは脂肪酸の輸送タンパク質であるため、アルブミン結合活性を有するこれらの天然リガンドが、低分子タンパク質治療薬の半減期の延長のために使用されている。例えば、糖尿病のための認可された製品であるインスリンデテミル（ＬＥＶＥＭＩＲ）は、遺伝的に改変されたインスリンにコンジュゲートされたミリスチル鎖を含み、長期作用型インスリン類似体が得られる。
【０３０７】
別の型の改変は、別のタンパク質（例えば、対象タンパク質とは異種のアミノ酸配列を有するタンパク質）などの、ポリペプチド配列のＮおよび／もしくはＣ末端で１つもしくは複数の追加の成分もしくは分子、または担体分子をコンジュゲートする（例えば、連結する）ことである。したがって、例示的なポリペプチド配列を、別の成分または分子とのコンジュゲートとして提供することができる。
【０３０８】
コンジュゲート改変は、第２の分子の追加の、または相補的な機能または活性と共に活性を保持するポリペプチド配列をもたらし得る。例えば、ポリペプチド配列を分子にコンジュゲートさせて、例えば、溶解、保存、ｉｎ  ｖｉｖｏもしくは貯蔵半減期または安定性、免疫原性の低下、ｉｎ  ｖｉｖｏでの遅延もしくは制御放出などを容易にすることができる。他の機能または活性は、非コンジュゲート化ポリペプチド配列と比較して毒性が低いコンジュゲート、非コンジュゲート化ポリペプチド配列よりも効率的に細胞もしくは臓器の型を標的化するコンジュゲート、または本明細書に記載される障害もしくは疾患（例えば、糖尿病）と関連する原因もしくは効果にさらに対抗する薬物を含む。
【０３０９】
また、ポリペプチドを、タンパク質などの大きく、ゆっくりと代謝される大分子；セファロース、アガロース、セルロース、セルロースビーズなどの多糖；ポリグルタミン酸、ポリリシンなどのポリマーアミノ酸；アミノ酸コポリマー；不活化ウイルス粒子；ジフテリア、破傷風、コレラ、白血球毒素分子に由来するトキソイドなどの不活化細菌毒素；不活化細菌；および樹状細胞にコンジュゲートすることもできる。
【０３１０】
コンジュゲーションのための追加の候補成分および分子としては、単離または精製にとって好適なものが挙げられる。特定の非限定例として、ビオチン（ビオチン−アビジン特異的結合対）、抗体、受容体、リガンド、レクチン、または例えば、プラスチックもしくはポリスチレンビーズ、プレートもしくはビーズ、磁気ビーズ、試験紙、および膜などの固相支持体を含む分子などの結合分子が挙げられる。陽イオン交換クロマトグラフィーなどの精製方法を使用して、電荷差によってコンジュゲートを分離し、コンジュゲートをその様々な分子量に効率的に分離することができる。陽イオン交換クロマトグラフィーにより得られる画分の含量を、従来の方法、例えば、質量分析、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、または分子量によって分子実体を分離するための他の公知の方法を使用して分子量によって同定することができる。
【０３１１】
一部の実施形態では、本開示のポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシル末端を、免疫グロブリンのＦｃ領域（例えば、ヒトＦｃ）と融合して、融合コンジュゲート（または融合分子）を形成することができる。Ｆｃ融合コンジュゲートは、バイオ医薬品の全身半減期を増加させることが示されており、したがって、バイオ医薬品は、より低頻度の投与を必要とし得る。
【０３１２】
Ｆｃは、血管に並ぶ内皮細胞中の新生Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）に結合し、結合時に、Ｆｃ融合分子は分解から保護され、循環中に再放出され、分子を循環中により長く維持する。このＦｃ結合は、内在性ＩｇＧがその長い血漿半減期を保持する機構であると考えられる。より最近のＦｃ融合技術は、単一コピーのバイオ医薬品を、抗体のＦｃ領域に連結して、伝統的なＦｃ融合コンジュゲートと比較して、バイオ医薬品の薬物動態特性および薬力学的特性を最適化する。
【０３１３】
本開示は、１つまたは複数の特性を改善するための、ポリペプチドの、現在公知の、または将来開発される、他の改変の使用を企図する。本開示のポリペプチドの循環半減期を延長する、安定性を増大させる、クリアランスを低下させる、または免疫原性もしくはアレルゲン性を変化させるための１つのそのような方法は、分子の特徴を改変するために他の分子に連結されたヒドロキシエチルスターチ誘導体を利用するＨＥＳ化によるポリペプチド配列の改変を含む。ＨＥＳ化の様々な態様は、例えば、米国特許出願第２００７／０１３４１９７号および第２００６／０２５８６０７号に記載されている。
【０３１４】
タンパク質またはペプチドを、標準的な分子生物学的技術によるタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドの発現、天然の供給源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの翻訳、またはタンパク質もしくはペプチドの化学的合成を含む、当業者には公知の任意の技術によって作製することができる。
【０３１５】
ペプチドを、汚染細菌または動物物質を含まない試薬を利用して容易に化学合成することができる（Merrifield RB: Solid phase peptide synthesis. I. The synthesis of atetrapeptide. J. Am. Chem. Soc.８５巻：２１４９〜５４頁、１９６３年）。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、（１）均一な合成および切断条件を使用するマルチチャネル機器上での平行固相合成；（２）カラムストリッピングを用いるＲＰ−ＨＰＬＣカラム上での精製；ペプチド間での置き換えではなく再洗浄；次いで、（３）最も有益なアッセイの限定されたセットを用いる分析によって調製される。製造管理および品質管理に関する基準（ＧＭＰ）フットプリントを、個々の患者に関してペプチドのセットの周囲で定義することができ、したがって、異なる患者についてペプチドの合成間でのみ一式変更手順を要する。
【０３１６】
あるいは、本発明の抗原性ペプチドをコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を使用して、抗原性ペプチドをｉｎ  ｖｉｔｒｏで生成することができる。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ、一本鎖および／もしくは二本鎖、または天然型もしくは安定化型のポリヌクレオチド、例えば、ホスホロチエート骨格を有するポリヌクレオチド、またはその組合せであってもよく、それがペプチドをコードする限り、イントロンを含有しても、または含有しなくてもよい。一部の実施形態では、ペプチドを生成するためにｉｎ  ｖｉｔｒｏでの翻訳が使用される。ポリペプチドを発現することができる発現ベクターを調製することもできる。異なる細胞型のための発現ベクターが当技術分野で周知であり、過度の実験なく選択することができる。一般に、ＤＮＡを、発現のための適切な向きに、かつ正確なリーディングフレームでプラスミドなどの発現ベクター中に挿入する。必要に応じて、ＤＮＡを、所望の宿主（例えば、細菌）によって認識される適切な転写および翻訳調節性制御ヌクレオチド配列に連結することができるが、そのような制御は、一般的には、発現ベクター中で利用可能である。次いで、ベクターを、標準的な技術を使用してクローニングのための宿主細菌中に導入する（例えば、Sambrookら（１９８９年）、Molecular Cloning, ALaboratory Manual、Cold Spring Harbor Laboratory、Cold Spring Harbor、N.Y.を参照されたい）。
【０３１７】
単離されたポリヌクレオチドを含む発現ベクター、ならびに発現ベクターを含有する宿主細胞も企図される。抗原性ペプチドを、所望の抗原性ペプチドをコードするＲＮＡまたはｃＤＮＡ分子の形態で提供することができる。本発明の１つまたは複数の抗原性ペプチドを、単一の発現ベクターによってコードさせることができる。
【０３１８】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、例えば、宿主細胞からのポリペプチドの発現および／または分泌を助けるポリヌクレオチド（例えば、細胞からのポリペプチドの輸送を制御するための分泌配列として機能するリーダー配列）に同じリーディングフレームで融合された疾患特異的抗原性ペプチドのコード配列を含んでもよい。リーダー配列を有するポリペプチドは、プレタンパク質であり、宿主細胞によって切断されて成熟形態のポリペプチドを形成するリーダー配列を有してもよい。
【０３１９】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、例えば、コードされたポリペプチドの精製を可能にし、次いで、個別化された疾患ワクチンまたは免疫原性組成物中に組み込むことができるマーカー配列に同じリーディングフレームで融合された疾患特異的抗原性ペプチドのコード配列を含んでもよい。例えば、マーカー配列は、細菌宿主の場合、マーカーに融合された成熟ポリペプチドの精製を提供するｐＱＥ−９ベクターによって供給されるヘキサ−ヒスチジンタグであってもよく、またはマーカー配列は、哺乳動物宿主（例えば、ＣＯＳ−７細胞）が使用される場合、インフルエンザヘマグルチニンタンパク質に由来するヘマグルチニン（ＨＡ）タグであってもよい。追加のタグとしては、限定されるものではないが、カルモジュリンタグ、ＦＬＡＧタグ、Ｍｙｃタグ、Ｓタグ、ＳＢＰタグ、Ｓｏｆｔａｇ１、Ｓｏｆｔａｇ３、Ｖ５タグ、Ｘｐｒｅｓｓタグ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ、ＳｐｙＴａｇ、ビオチンカルボキシル担体タンパク質（ＢＣＣＰ）タグ、ＧＳＴタグ、蛍光タンパク質タグ（例えば、緑色蛍光タンパク質タグ）、マルトース結合タンパク質タグ、Ｎｕｓタグ、Ｓｔｒｅｐタグ、チオレドキシンタグ、ＴＣタグ、Ｔｙタグなどが挙げられる。
【０３２０】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、複数の抗原性ペプチドを生成することができる単一のコンカテマー化した抗原性ペプチド構築物を作製するために同じリーディングフレームで融合された１つまたは複数の疾患特異的抗原性ペプチドのコード配列を含んでもよい。
【０３２１】
一部の実施形態では、本発明の疾患特異的抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なくとも６０％同一、少なくとも６５％同一、少なくとも７０％同一、少なくとも７５％同一、少なくとも８０％同一、少なくとも８５％同一、少なくとも９０％同一、少なくとも９５％同一、または少なくとも９６％、９７％、９８％もしくは９９％同一であるヌクレオチド配列を有する単離された核酸分子を提供することができる。
【０３２２】
本明細書に記載される単離された疾患特異的抗原性ペプチドを、当技術分野で公知の任意の好適な方法によってｉｎ  ｖｉｔｒｏで（例えば、実験室で）生成することができる。そのような方法は、直接的なタンパク質合成方法から、単離されたポリペプチド配列をコードするＤＮＡ配列の構築および好適な形質転換宿主中でのこれらの配列の発現までの範囲である。一部の実施形態では、目的の野生型タンパク質をコードするＤＮＡ配列を単離または合成することにより、組換え技術を使用してＤＮＡ配列を構築する。任意選択で、部位特異的変異誘発によって配列を変異させて、その機能的類似体を提供することができる。例えば、Zoellerら、Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA ８１巻：５６６２〜５０６６頁（１９８４年）および米国特許第４，５８８，５８５号を参照されたい。
【０３２３】
一部の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を、オリゴヌクレオチド合成装置を使用する化学合成によって構築することができる。そのようなオリゴヌクレオチドを、所望のポリペプチドのアミノ酸配列および目的の組換えポリペプチドが生成される宿主細胞における好ましいコドンの選択に基づいて設計することができる。標準的な方法を適用して、目的の単離されたポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド配列を合成することができる。例えば、完全なアミノ酸配列を使用して、復帰翻訳される遺伝子を構築することができる。さらに、特定の単離されたポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含有するＤＮＡオリゴマーを合成することができる。例えば、所望のポリペプチドの一部をコードするいくつかの小さいオリゴヌクレオチドを合成した後、ライゲートすることができる。個々のオリゴヌクレオチドは、典型的には、相補的集合のための５’または３’突出部を含有する。
【０３２４】
一度集合したら（例えば、合成、部位特異的変異誘発、または別の方法により）、目的の特定の単離されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を発現ベクター中に挿入し、任意選択で、所望の宿主中でのタンパク質の発現にとって適切な発現制御配列に作動可能に連結する。適切な集合を、ヌクレオチド配列決定、制限マッピング、および好適な宿主中での生物学的活性ポリペプチドの発現によって確認することができる。当技術分野では周知のように、宿主中でのトランスフェクトされた遺伝子の高い発現レベルを得るために、遺伝子を、選択された発現宿主において機能的である転写および翻訳発現制御配列に作動可能に連結することができる。
【０３２５】
組換え発現ベクターを使用して、疾患特異的抗原性ペプチドをコードするＤＮＡを増幅し、発現させることができる。組換え発現ベクターは、哺乳動物、微生物、ウイルスまたは昆虫遺伝子に由来する好適な転写または翻訳調節エレメントに作動可能に連結した、疾患特異的抗原性ペプチドまたは生物等価類似体をコードする合成またはｃＤＮＡ由来ＤＮＡ断片を有する複製可能なＤＮＡ構築物である。転写単位は一般に、本明細書に詳述されるような、（１）遺伝子エレメントまたは遺伝子発現において調節的な役割を有するエレメント、例えば、転写プロモーターまたはエンハンサー、（２）ｍＲＮＡに転写され、タンパク質に翻訳される構造またはコード配列、ならびに（３）適切な転写および翻訳開始および終結配列の集合を含む。そのような調節エレメントは、転写を制御するためのオペレーター配列を含んでもよい。通常、複製起点によって提供される、宿主中で複製する能力、および形質転換体の認識を容易にするための選択遺伝子を追加で組み込むことができる。ＤＮＡ領域は、それらが互いに機能的に関連する場合、作動可能に連結する。例えば、シグナルペプチド（分泌リーダー）のためのＤＮＡは、それがポリペプチドの分泌に関与する前駆体として発現される場合、ポリペプチドのためのＤＮＡに作動可能に連結する；プロモーターは、それが配列の転写を制御する場合、コード配列に作動可能に連結する；またはリボソーム結合部位は、それが翻訳を可能にするように配置される場合、コード配列に作動可能に連結する。一般に、作動可能に連結するとは、連続的であることを意味し、分泌リーダーの場合、連続的であり、リーディングフレームにあることを意味する。酵母発現系における使用を意図される構造エレメントは、宿主細胞による翻訳されたタンパク質の細胞外分泌を可能にするリーダー配列を含む。あるいは、リーダーまたは輸送配列を含まない組換えタンパク質が発現される場合、それはＮ末端メチオニン残基を含んでもよい。次いで、任意選択で、この残基を発現された組換えタンパク質から切断して、最終産物を提供することができる。
【０３２６】
真核宿主、特に、哺乳動物またはヒトのための有用な発現ベクターとしては、例えば、ＳＶ４０、ウシパピローマウイルス、アデノウイルスおよびサイトメガロウイルスに由来する発現制御配列を含むベクターが挙げられる。細菌宿主のための有用な発現ベクターとしては、ｐＣＲ１、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９およびその誘導体などのＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉに由来するプラスミド、Ｍ１３および線維性一本鎖ＤＮＡファージなどの、より広い宿主範囲のプラスミドなどの、公知の細菌プラスミドが挙げられる。
【０３２７】
ポリペプチドの発現のための好適な宿主細胞としては、適切なプロモーターの制御下にある原核生物、酵母、昆虫または高等真核細胞が挙げられる。原核生物としては、グラム陰性またはグラム陽性生物、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたは桿菌が挙げられる。高等真核細胞としては、哺乳動物起源の確立された細胞株が挙げられる。無細胞翻訳系を用いることもできる。細菌、真菌、酵母、および哺乳動物細胞宿主と共に使用するための適切なクローニングおよび発現ベクターは、当技術分野で周知である（Pouwelsら、Cloning Vectors: A LaboratoryManual、Elsevier、N.Y.、１９８５年を参照されたい）。
【０３２８】
様々な哺乳動物または昆虫細胞培養系も、組換えタンパク質を発現させるために有利に用いられる。そのようなタンパク質は一般的には正確に折り畳まれ、適切に改変され、完全に機能的であるため、哺乳動物細胞中での組換えタンパク質の発現を行うことができる。好適な哺乳動物宿主細胞株の例としては、Gluzman（Cell ２３巻：１７５頁、１９８１年）により記載された、サル腎臓細胞のＣＯＳ−７株、および例えば、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、２９３、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞株などの、適切なベクターを発現することができる他の細胞株が挙げられる。哺乳動物発現ベクターは、複製起点、発現される遺伝子に連結された好適なプロモーターおよびエンハンサー、および他の５’または３’隣接非転写配列などの非転写エレメント、ならびに必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位、および転写終結配列などの５’または３’非翻訳配列を含んでもよい。昆虫細胞中での異種タンパク質の生成のためのバキュロウイルス系が、LuckowおよびSummers、Bio/Technology６巻：４７頁（１９８８年）によって概説されている。
【０３２９】
形質転換された宿主により生成されるタンパク質を、任意の好適な方法に従って精製することができる。そのような標準的な方法としては、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、アフィニティーおよびサイズカラムクロマトグラフィーなど）、遠心分離、示差溶解度、またはタンパク質精製のための他の標準的な技術によるものが挙げられる。ヘキサヒスチジン、マルトース結合ドメイン、インフルエンザコート配列、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼなどの親和性タグを、タンパク質に付着させ、適切なアフィニティーカラムの通過による容易な精製を可能にすることができる。単離されたタンパク質を、タンパク質分解、核磁気共鳴およびｘ線結晶解析などの技術を使用して物理的に特徴付けることもできる。例えば、培養培地中に組換えタンパク質を分泌する系に由来する上清を、商業的に入手可能なタンパク質濃縮フィルター、例えば、ＡｍｉｃｏｎまたはＭｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｐｅｌｌｉｃｏｎ限外濾過ユニットを使用して最初に濃縮することができる。濃縮ステップの後、濃縮物を好適な精製マトリックスに加えることができる。あるいは、陰イオン交換樹脂、例えば、ペンダントジエチルアミノエチル（ＤＥＡＥ）基を有するマトリックスまたは基質を用いることができる。マトリックスは、アクリルアミド、アガロース、デキストラン、セルロースまたはタンパク質精製において一般的に用いられる他の型であってもよい。あるいは、陽イオン交換ステップを用いることができる。好適な陽イオン交換体は、スルホプロピルまたはカルボキシメチル基を含む様々な不溶性マトリックスを含む。最後に、疎水性ＲＰ−ＨＰＬＣ媒体、例えば、ペンダントメチルまたは他の脂肪族基を有するシリカゲルを用いる１つまたは複数の逆相高速液体クロマトグラフィー（ＲＰ−ＨＰＬＣ）ステップを用いて、がん幹細胞タンパク質−Ｆｃ組成物をさらに精製することができる。様々な組合せでは、前記精製ステップの一部または全部を用いて、均一な組換えタンパク質を提供することもできる。
【０３３０】
細菌培養物中で生成される組換えタンパク質を、例えば、細胞ペレットからの初期抽出、次いで、１または複数の濃縮、塩析、水性イオン交換またはサイズ排除クロマトグラフィーステップにより単離することができる。高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を、最終的な精製ステップのために用いることができる。組換えタンパク質の発現において用いられる微生物細胞を、凍結−解凍サイクリング、超音波、機械的破壊、または細胞溶解剤の使用などの任意の従来の方法によって破壊することができる。
【０３３１】
本発明はまた、ｉｎ  ｖｉｖｏで、例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡワクチンの形態で、抗原性ペプチド／ポリペプチドを、それを必要とする対象に送達するためのビヒクルとしての核酸分子の使用も企図する（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１２／１５９６４３およびＷＯ２０１２／１５９７５４を参照されたい）。
【０３３２】
一部の実施形態では、プラスミドの使用により、抗原を、それを必要とする患者に投与することができる。これらのものは、通常は、目的の遺伝子（または相補的ＤＮＡ）のｉｎ  ｖｉｖｏでの転写および翻訳を駆動する強力なウイルスプロモーターからなるプラスミドである（Morら（１９９５年）、The Journal of Immunology １５５巻（４号）：２０３９〜２０４６頁）。時には、イントロンＡを、ｍＲＮＡ安定性を改善し、従って、タンパク質発現を増加させるために含有させることもできる（Leitnerら（１９９７年）、The Journal of Immunology １５９巻（１２号）：６１１２〜６１１９頁）。プラスミドはまた、ウシ成長ホルモンまたはウサギベータ−グロブリンポリアデニル化配列などの、強力なポリアデニル化／転写終結シグナルを含む（Alarconら（１９９９年）、Adv. Parasitol. Advances inParasitology ４２巻：３４３〜４１０頁；Robinson ら（２０００年）、Adv. Virus Res. Advances in Virus Research ５５巻：１〜７４頁；Bohmetら（１９９６年）、Journal of ImmunologicalMethods １９３巻（１号）：２９〜４０頁）。１つより多い免疫原を発現させるため、または免疫原および免疫賦活性タンパク質を発現させるために、時には、マルチシストロンベクターが構築されることもある（Lewisら（１９９９年）、Advances in Virus Research(Academic Press) ５４巻：１２９〜８８頁）。
【０３３３】
プラスミドを、いくつかの異なる方法によって動物組織中に導入することができる。２つの最も一般的な手法は、標準的な皮下注射針、および遺伝子銃送達を使用する、生理食塩水中でのＤＮＡの注射である。ＤＮＡワクチンプラスミドの構築およびこれらの２つの方法による宿主へのその後の送達の概略図は、Scientific American (Weinerら（１９９９年）、ScientificAmerican ２８１巻（１号）：３４〜４１頁）に例示されている。生理食塩水中での注射は、通常、骨格筋において筋肉内に（ＩＭ）、または皮内に（ＩＤ）、細胞外空間に送達されるＤＮＡを用いて行われる。これを、ブピバカインなどの筋毒素で筋線維を一時的に損傷することによるエレクトロポレーションにより；または生理食塩水もしくはスクロースの高張溶液を使用することにより補助することができる（Alarconら（１９９９年）、Adv. Parasitol. Advances inParasitology ４２巻：３４３〜４１０頁）。この送達方法に対する免疫応答は、針の型、針の整列、注入速度、注入容量、筋肉の型、ならびに注射される動物の年齢、性別および生理的条件などの多くの因子によって影響され得る（Alarconら（１９９９年）、Adv. Parasitol. Advances inParasitology ４２巻：３４３〜４１０頁）。
【０３３４】
他の一般的に使用される送達方法である遺伝子銃送達は、促進剤として圧縮ヘリウムを使用して、金またはタングステン微粒子上に吸着されたプラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）を標的細胞中に弾道的に加速する（Alarconら（１９９９年）、Adv. Parasitol. Advances inParasitology ４２巻：３４３〜４１０頁；Lewisら（１９９９年）、Advances in Virus Research (Academic Press) ５４巻：１２９〜８８頁）。
【０３３５】
代替的な送達方法は、鼻および肺の粘膜などの、粘膜表面上へのネイキッドＤＮＡのエアロゾル滴下（Lewisら（１９９９年）、Advances in Virus Research(Academic Press) ５４巻：１２９〜８８頁）ならびに眼および膣の粘膜へのｐＤＮＡの局所投与（Lewisら（１９９９年）、Advances in Virus Research (Academic Press) ５４巻：１２９〜８８頁）を含んでもよい。粘膜表面送達はまた、陽イオン性リポソーム−ＤＮＡ調製物、生分解性ミクロスフェア、腸粘膜への経口投与のための弱毒化ＳｈｉｇｅｌｌａまたはＬｉｓｔｅｒｉａベクター、および組換えアデノウイルスベクターを使用して達成されている。また、ＤＮＡまたはＲＮＡを、細胞を一時的に透過性にする、細胞膜の軽度の機械的破壊後に細胞に送達することもできる。膜のそのような軽度の機械的破壊を、小さい開口部を介して細胞に穏やかに力を加えることによって遂行することができる（Ex Vivo Cytosolic Delivery of Functional Macromolecules to ImmuneCells、Shareiら、PLOS ONE |DOI:10.1371/journal.pone.0118803、２０１５年４月１３日）。
【０３３６】
一部の実施形態では、疾患特異的ワクチンまたは免疫原性組成物は、例えば、１つまたは複数の抗原性ペプチド／ポリペプチドをコードする別々のＤＮＡプラスミドを含んでもよい。本明細書で考察されるように、発現ベクターの正確な選択は、発現させるペプチド／ポリペプチドに依存してもよく、当業者の技術の範囲内にある。ＤＮＡ構築物の予想される持続性（例えば、筋肉細胞中でのエピソーム、非複製、非組み込み型における）は、保護の持続期間の増大を提供すると予想される。
【０３３７】
本発明の１つまたは複数の抗原性ペプチドを、ウイルスに基づく系（例えば、アデノウイルス系、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、ポックスウイルス、またはレンチウイルス）を使用して、ｉｎ  ｖｉｖｏでコードさせ、発現させることができる。一部の実施形態では、疾患ワクチンまたは免疫原性組成物は、例えば、アデノウイルスなどの、それを必要とするヒト患者における使用のためのウイルスに基づくベクターを含んでもよい。アデノ随伴ウイルス、アデノウイルス、およびレンチウイルス送達のために使用することができるプラスミドは以前に記載されている（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，９５５，８０８号および第６，９４３，０１９号、ならびに米国特許出願第２００８０２５４００８号を参照されたい）。
【０３３８】
本発明のペプチドおよびポリペプチドを、ベクター、例えば、本明細書で考察される核酸分子、例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡプラスミド、ポックスウイルス、例えば、オルトポックスウイルス、アビポックスウイルス、またはアデノウイルス、ＡＡＶまたはレンチウイルスなどのウイルスベクターによって発現させることもできる。この手法は、本発明のペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現させるためのベクターの使用を含む。急性もしくは慢性感染宿主または非感染宿主への導入時に、ベクターは、免疫原性ペプチドを発現し、それによって、宿主のＣＴＬ応答を誘発する。
【０３３９】
本発明の実施において使用することができるベクターのうち、細胞の宿主ゲノム中への組み込みは、レトロウイルス遺伝子移入法を用いて可能であり、挿入される導入遺伝子の長期的発現が得られることが多い。一部の実施形態では、レトロウイルスは、レンチウイルスである。追加で、高い形質導入効率が、多くの異なる細胞型および標的組織において観察されている。外来エンベロープタンパク質を組み込み、標的細胞の潜在的な標的集団を拡大増殖させることによって、レトロウイルスの指向性を変化させることができる。また、レトロウイルスを操作して、挿入される導入遺伝子の条件的発現を可能にし、ある特定の細胞型のみがレンチウイルスによって感染するようにすることができる。細胞型特異的プロモーターを使用して、特定の細胞型における発現を標的化することができる。レンチウイルスベクターは、レトロウイルスベクターである（従って、レンチウイルスベクターとレトロウイルスベクターの両方を、本発明の実施において使用することができる）。さらに、レンチウイルスベクターは、非分裂細胞に形質導入するか、または感染し、典型的には、高いウイルス力価を生成することができる。レトロウイルス遺伝子移入系の選択は、したがって、標的組織に依存し得る。レトロウイルスベクターは、最大で６〜１０ｋｂの外来配列のパッケージング能力を有するｃｉｓ作用性の長い末端反復を含む。最小のｃｉｓ作用性ＬＴＲは、ベクターの複製およびパッケージングにとって十分であり、次いで、これを使用して、所望の核酸を標的細胞中に組み込み、持続的な発現を提供する。本発明の実施において使用することができる広く使用されるレトロウイルスベクターとしては、マウス白血病ウイルス（ＭｕＬＶ）、テナガザル白血病ウイルス（ＧａＬＶ）、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、およびその組合せに基づくものが挙げられる（例えば、Buchscherら（１９９２年）、J. Virol. ６６巻：２７３１〜２７３９頁；Johannら（１９９２年）、J. Virol.６６巻：１６３５〜１６４０頁；Sommnerfeltら（１９９０年）、Virol.１７６巻：５８〜５９頁；Wilsonら（１９９８年）、J. Virol.６３巻：２３７４〜２３７８頁；Millerら（１９９１年）、J. Virol.６５巻：２２２０〜２２２４頁；ＰＣＴ／ＵＳ９４／０５７００を参照されたい）。
【０３４０】
また、本発明の実施において有用なものは、ウマ感染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）に基づくレンチウイルスベクターなどの、最小非霊長類レンチウイルスベクターである。このベクターは、標的遺伝子の発現を駆動するサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーターを有してもよい。したがって、本発明は、本発明の実施において有用なベクター：レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクターを含むウイルスベクターを企図する。
【０３４１】
本明細書の実施形態では、送達は、レンチウイルスによる。１×１０９形質導入単位（ＴＵ）／ｍＬの力価を有する組換えレンチウイルスの投与量、例えば、１０μｌを、本発明におけるレトロウイルスまたはレンチウイルスベクターの使用に適合させるか、または外挿することができる。脳などの組織における形質導入のためには、非常に少量を使用する必要があり、したがって、ウイルス調製物は、超遠心分離によって濃縮される。限外濾過またはマトリックスへの結合およびそれからの溶出などの他の濃縮方法を使用することができる。他の実施形態では、投与されるレンチウイルスの量は、平均７５ｋｇのヒトについて、または対象の体重およびサイズおよび種について調整して、合計単回投与量として、１×１０５もしくは約１×１０５プラーク形成単位（ＰＦＵ）、５×１０５もしくは約５×１０５ＰＦＵ、１×１０６もしくは約１×１０６ＰＦＵ、５×１０６もしくは約５×１０６ＰＦＵ、１×１０７もしくは約１×１０７ＰＦＵ、５×１０７もしくは約５×１０７ＰＦＵ、１×１０８もしくは約１×１０８ＰＦＵ、５×１０８もしくは約５×１０８ＰＦＵ、１×１０９もしくは約１×１０９ＰＦＵ、５×１０９もしくは約５×１０９ＰＦＵ、１×１０１０もしくは約１×１０１０ＰＦＵまたは５×１０１０もしくは約５×１０１０ＰＦＵであってもよい。当業者であれば、好適な投与量を決定することができる。ウイルスに関する好適な投与量を、経験的に決定することができる。
【０３４２】
また、本発明の実施において有用なものは、アデノウイルスベクターである。１つの利点は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏで様々な哺乳動物細胞および組織中に組換え遺伝子を効率的に移入し、発現する組換えアデノウイルスの能力であり、移入された核酸の高い発現が得られる。さらに、休止細胞に生産的に感染する能力は、組換えアデノウイルスベクターの有用性を拡大する。さらに、高い発現レベルは、核酸の生成物が、免疫応答を生成するのに十分なレベルで発現されることを確保する（例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７，０２９，８４８号を参照されたい）。本発明の実施において有用なアデノウイルスベクターに関して、米国特許第６，９５５，８０８号に記載されている。使用されるアデノウイルスベクターを、Ａｄ５、Ａｄ３５、Ａｄ１１、Ｃ６、およびＣ７ベクターからなる群から選択することができる。アデノウイルス５（「Ａｄ５」）ゲノムの配列が公開されている（Chroboczek, J.、Bieber, F.、およびJacrot, B.（１９９２年）、The Sequence of the Genomeof Adenovirus Type 5 and Its Comparison with the Genome of Adenovirus Type 2、Virology １８６巻、２８０〜２８５頁；この内容は参照により本明細書に組み込まれる）。Ａｄ３５ベクターは、米国特許第６，９７４，６９５号、第６，９１３，９２２号、および第６，８６９，７９４号に記載されている。Ａｄ１１ベクターは、米国特許第６，９１３，９２２号に記載されている。Ｃ６アデノウイルスベクターは、米国特許第６，７８０，４０７号；第６，５３７，５９４号；第６，３０９，６４７号；第６，２６５，１８９号；第６，１５６，５６７号；第６，０９０，３９３号；第５，９４２，２３５号；および第５，８３３，９７５号に記載されている。Ｃ７ベクターは、米国特許第６，２７７，５５８号に記載されている。Ｅ１欠損性もしくは欠失性、Ｅ３欠損性もしくは欠失性、および／またはＥ４欠損性もしくは欠失性であるアデノウイルスベクターを使用することもできる。Ｅ１領域中に変異を有するある特定のアデノウイルスは、Ｅ１欠損性アデノウイルス変異体が非許容細胞中で複製欠損であるか、または、少なくとも、高度に弱毒化されているため、改善された安全域を有する。Ｅ３領域中に変異を有するアデノウイルスは、アデノウイルスがＭＨＣクラスＩ分子を下方調節する機構を破壊することによって免疫原性を増強してもよい。Ｅ４変異を有するアデノウイルスは、後期遺伝子発現の抑制のため、アデノウイルスベクターの免疫原性を低下させていてもよい。そのようなベクターは、同じベクターを利用する反復的ワクチン再接種が所望される場合に特に有用であり得る。Ｅ１、Ｅ３、Ｅ４、Ｅ１およびＥ３、ならびにＥ１およびＥ４に欠失または変異があるアデノウイルスベクターを、本発明に従って使用することができる。さらに、全てのウイルス遺伝子が欠失している「ガットレス」アデノウイルスベクターを、本発明に従って使用することもできる。そのようなベクターは、その複製のためにヘルパーウイルスを必要とし、自然環境には存在しない条件である、Ｅ１ａとＣｒｅの両方を発現する特殊なヒト２９３細胞株を必要とする。そのような「ガットレス」ベクターは、非免疫原性であり、したがって、そのベク���ーをワクチン再接種のために複数回接種することができる。「ガットレス」アデノウイルスベクターを、本発明の導入遺伝子などの異種挿入物／遺伝子の挿入のために使用し、さらに、多数の異種挿入物／遺伝子の同時送達のために使用することができる。一部の実施形態では、送達は、単回追加用量にあってもよい、アデノウイルスによるものである。一部の実施形態では、アデノウイルスは、複数用量によって送達される。ｉｎ  ｖｉｖｏでの送達に関して、ＡＡＶは、宿主ゲノム中に組み込まれないため、低毒性であり、挿入変異を引き起こす可能性が低いため、他のウイルスベクターよりも有利である。ＡＡＶは、４．５または４．７５Ｋｂのパッケージング限界を有する。４．５または４．７５Ｋｂよりも大きい構築物は、ウイルス産生の有意な低下をもたらす。核酸分子発現を駆動するために使用することができる多くのプロモーターが存在する。ＡＡＶ  ＩＴＲは、プロモーターとして働くことができ、追加のプロモーターエレメントの必要性を排除するのに有利である。遍在的発現のために、以下のプロモーターを使用することができる：ＣＭＶ、ＣＡＧ、ＣＢｈ、ＰＧＫ、ＳＶ４０、フェリチン重鎖または軽鎖など。脳での発現のために、以下のプロモーターを使用することができる：全ニューロンのためのシナプシンＩ、興奮ニューロンのためのＣａＭＫＩＩアルファ、ＧＡＢＡ生成ニューロンのためのＧＡＤ６７またはＧＡＤ６５またはＶＧＡＴなど。ＲＮＡ合成を駆動するために使用されるプロモーターとしては、Ｕ６またはＨ１などのＰｏｌ  ＩＩＩプロモーターが挙げられる。Ｐｏｌ  ＩＩプロモーターおよびイントロンカセットを使用して、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を発現させることができる。本発明の実施において有用なＡＡＶベクターに関して、米国特許第５６５８７８５号、第７１１５３９１号、第７１７２８９３号、第６９５３６９０号、第６９３６４６６号、第６９２４１２８号、第６８９３８６５号、第６７９３９２６号、第６５３７５４０号、第６４７５７６９号、および第６２５８５９５号、ならびにそこで引用される文献に記載されている。ＡＡＶに関して、ＡＡＶはＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５またはその任意の組合せであってもよい。当業者であれば、標的化される細胞に関してＡＡＶを選択することができる；例えば、当業者であれば、脳または神経細胞を標的化するために、ＡＡＶ血清型１、２、５またはハイブリッドキャプシドＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ５またはその任意の組合せを選択することができる；また、当業者であれば、心臓組織を標的化するために、ＡＡＶ４を選択することができる。ＡＡＶ８は、肝臓への送達にとって有用である。一部の実施形態では、送達は、ＡＡＶを介するものである。任意の副作用に対して治療利益を平衡化するために投与量を調整することができる。
【０３４３】
一部の実施形態では、疾患ワクチンまたは免疫原性組成物に対する細胞性免疫応答の効率的な活性化を、非病原性微生物中でワクチンまたは免疫原性組成物中の関連抗原を発現させることによって達成することができる。そのような微生物の周知の例は、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｖｉｓ  ＢＣＧ、ＳａｌｍｏｎｅｌｌａおよびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａである（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，９９１，７９７号を参照されたい）。
【０３４４】
一部の実施形態では、ポックスウイルスが、疾患ワクチンまたは免疫原性組成物中で使用される。これらのものとしては、オルトポックスウイルス、アビポックス、ワクシニア、ＭＶＡ、ＮＹＶＡＣ、カナリア痘、ＡＬＶＡＣ、鶏痘、ＴＲＯＶＡＣなどが挙げられる（例えば、Verardietら、Hum Vaccin Immunother. ２０１２年７月；８巻（７号）：９６１〜７０頁；およびMoss、Vaccine. ２０１３年；３１巻（３９号）：４２２０〜４２２２頁を参照されたい）。ポックスウイルス発現ベクターは、１９８２年に記載されており、急速にワクチン開発ならびに多くの分野における研究に広く使用されるようになった。このベクターの利点としては、単純な構築、大量の外来ＤＮＡを収容する能力および高い発現レベルが挙げられる。Ｃｈｏｒｄｏｐｏｘｖｉｒｉｎａｅ亜科のポックスウイルス（脊椎動物のポックスウイルス）、例えば、オルトポックスウイルスおよびアビポックスウイルス、例えば、ワクシニアウイルス（例えば、Ｗｙｅｔｈ株、ＷＲ株（例えば、ＡＴＣＣ（登録商標）ＶＲ−１３５４）、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ株、ＮＹＶＡＣ、ＮＹＶＡＣ．１、ＮＹＶＡＣ．２、ＭＶＡ、ＭＶＡ−ＢＮ）、カナリア痘ウイルス（例えば、Ｗｈｅａｔｌｅｙ  Ｃ９３株、ＡＬＶＡＣ）、鶏痘ウイルス（例えば、ＦＰ９株、Ｗｅｂｓｔｅｒ株、ＴＲＯＶＡＣ）、ハトポックス、鳩痘、ウズラ痘、およびアライグマ痘、特に、その合成または非天然組換え体などの、本発明の実施において使用することができるポックスウイルスに関する情報、その使用、ならびにそのような組換え体を作製および使用する方法を、科学文献および特許文献に見出すことができる。
【０３４５】
一部の実施形態では、ワクシニアウイルスが、抗原を発現するために疾患ワクチンまたは免疫原性組成物において使用される（Rolphら、Recombinant viruses as vaccines andimmunological tools. Curr Opin Immunol ９巻：５１７〜５２４頁、１９９７年）。組換えワクシニアウイルスは、感染した宿主細胞の細胞質内で複製することができ、したがって、目的のポリペプチドは、免疫応答を誘導することができる。さらに、ポックスウイルスは、免疫細胞、特に抗原提示細胞に直接感染することによって主要組織適合性複合体クラスＩ経路によるプロセシングのためにコードされた抗原を標的化するその能力のためだけでなく、自己アジュバント化するその能力のため、ワクチンまたは免疫原性組成物ベクターとして広く使用されてきた。
【０３４６】
一部の実施形態では、ＡＬＶＡＣが、疾患ワクチンまたは免疫原性組成物においてベクターとして使用される。ＡＬＶＡＣは、外来導入遺伝子を発現するように改変することができ、原核抗原と真核抗原の両方に対するワクチン接種のための方法として使用されてきたカナリア痘ウイルスである（Horig H、Lee DS、ConkrightWら、Phase I clinical trial of a recombinantcanarypoxvirus (ALVAC) vaccine expressing human carcinoembryonic antigen andthe B7.1 co-stimulatory molecule. Cancer Immunol Immunother ２０００年；４９巻：５０４〜１４頁；von Mehren M、Arlen P、Tsang KYら、Pilot study of a dual generecombinant avipox vaccine containing both carcinoembryonic antigen (CEA) andB7.1 transgenes in patients with recurrent CEA-expressing adenocarcinomas. ClinCancer Res ２０００年；６巻：２２１９〜２８頁；Musey L、Ding Y、Elizaga Mら、HIV-1vaccination administered intramuscularly can induce both systemic and mucosal Tcell immunity in HIV-1-uninfected individuals. J Immunol ２００３年；１７１巻：１０９４〜１０１頁；Paoletti E. Applications of pox virus vectors to vaccination: anupdate. Proc Natl Acad Sci U S A １９９６年；９３巻：１１３４９〜５３頁；米国特許第７，２５５，８６２号）。第Ｉ相臨床試験では、腫瘍抗原ＣＥＡを発現するＡＬＶＡＣウイルスは、優れた安全性プロファイルを示し、選択された患者においてＣＥＡ特異的Ｔ細胞応答の増加をもたらした；しかしながら、客観的な臨床応答は観察されなかった（Marshall JL、Hawkins MJ、Tsang KYら、Phase I study in cancer patientsof a replication-defective avipox recombinant vaccine that expresses humancarcinoembryonic antigen. J Clin Oncol １９９９年；１７巻：３３２〜７頁）。
【０３４７】
一部の実施形態では、改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）ウイルスを、抗原ワクチンまたは免疫原性組成物のためのウイルスベクターとして使用することができる。ＭＶＡは、オルトポックスウイルス科の一員であり、ワクシニアウイルスのアンカラ株（ＣＶＡ）のニワトリ胚線維芽細胞上での約５７０回の連続継代によって生成された（概説については、Mayr, A.ら、Infection ３巻、６〜１４頁、１９７５年を参照されたい）。これらの継代の結果として、得られるＭＶＡウイルスは、ＣＶＡと比較して３１キロベース少ないゲノム情報を含有し、宿主細胞が高度に制限されている（Meyer, H.ら、J. Gen. Virol. ７２巻、１０３１〜１０３８頁、１９９１年）。ＭＶＡは、その極端な弱毒性、すなわち、減少したビルレンスまたは感染能力を特徴とするが、依然として優れた免疫原性を保つ。様々な動物モデルにおいて試験した場合、ＭＶＡは、免疫抑制された個体においてさえ、無毒性であることが分かった。さらに、ＭＶＡ−ＢＮ（登録商標）−ＨＥＲ２は、ＨＥＲ−２陽性乳がんの処置のために設計された候補免疫治療であり、現在、臨床試験中である（Mandlら、Cancer Immunol Immunother.２０１２年１月；６１巻（１号）：１９〜２９頁）。組換えＭＶＡを作製および使用するための方法が記載されている（例えば、その全体が本明細書に組み込まれる米国特許第８，３０９，０９８号および第５，１８５，１４６号を参照されたい）。
【０３４８】
一部の実施形態では、ワクチンまたは免疫原性組成物の組換えウイルス粒子は、それを必要とする患者に投与される。
【０３４９】
ネオ抗原結合ペプチド
ある特定の実施形態では、本発明は、ネオ抗原ペプチド：ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体に高い親和性で結合することができる結合タンパク質（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片）、またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を提供する。一部の実施形態では、本発明は、タンパク質の細胞外ドメインに由来するネオ抗原性ペプチドに高い親和性で結合することができるＣＡＲを提供する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原特異的結合タンパク質またはＴＣＲまたはＣＡＲは、結合タンパク質がその特異的結合機能を保持するか、または実質的に保持するという条件で、天然アミノ酸配列中に１つまたは複数のアミノ酸置換、挿入、または欠失を有するバリアントポリペプチド種を含む。アミノ酸の保存的置換は周知であり、自然に起こってもよく、または結合タンパク質もしくはＴＣＲを組換え生成する場合、導入してもよい。アミノ酸置換、欠失、および付加を、当技術分野で公知の変異誘発方法を使用してタンパク質中に導入することができる（例えば、Sambrookら、Molecular Cloning: A LaboratoryManual、第３版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、N Y、２００１年を参照されたい）。オリゴヌクレオチド特異的部位特異的（またはセグメント特異的）変異誘発手順を用いて、所望の置換、欠失、または挿入に従って変化した特定のコドンを有する変化したポリヌクレオチドを提供することができる。あるいは、アラニン走査変異誘発、変異性ポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、およびオリゴヌクレオチド特異的変異誘発などの、無作為または飽和変異誘発技術を使用して、免疫原ポリペプチドバリアントを調製することができる（例えば、Sambrookら、上掲を参照されたい）。
【０３５０】
当業者には公知の様々な基準は、ペプチドまたはポリペプチド中の特定の位置で置換されたアミノ酸が保存的であるか（または類似するか）どうかを示す。例えば、類似アミノ酸または保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が類似する側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられたものである。類似アミノ酸を、以下のカテゴリーに含有させることができる：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）；酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）；非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン、ヒスチジン）；非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）；ベータ分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン）。分類することがより難しいと考えられるプロリンは、脂肪族側鎖を有するアミノ酸（例えば、ロイシン、バリン、イソロイシン、およびアラニン）と特性を共有する。ある特定の環境では、グルタミンのグルタミン酸への置換またはアスパラギンのアスパラギン酸への置換は、グルタミンおよびアスパラギンがそれぞれ、グルタミン酸およびアスパラギン酸のアミド誘導体であるという点で類似置換であると考えることができる。当技術分野で理解されるように、２つのポリペプチド間の「類似性」は、ポリペプチドのアミノ酸配列およびその保存的アミノ酸置換を、第２のポリペプチドの配列と比較することによって決定される（例えば、ＧＥＮＥＷＯＲＫＳ、Ａｌｉｇｎ、ＢＬＡＳＴアルゴリズム、または本明細書に記載され、当技術分野で実行される他のアルゴリズムを使用する）。
【０３５１】
ある特定の実施形態では、ネオ抗原特異的結合タンパク質、ＴＣＲまたはＣＡＲは、ＣＤ８に依存せずに、またはＣＤ８の非存在下で、細胞表面上のネオ抗原：ＨＬＡ複合体に特異的に結合することができる。ある特定の実施形態では、ネオ抗原特異的結合タンパク質は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、キメラ抗原受容体またはＴＣＲの抗原結合断片であり、これらはいずれも、キメラ、ヒト化またはヒトであってもよい。さらなる実施形態では、ＴＣＲの抗原結合断片は、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）を含む。
【０３５２】
ある特定の実施形態では、上記の実施形態のいずれか１つに記載されるネオ抗原特異的結合タンパク質または高親和性組換えＴＣＲと、薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤とを含む組成物が提供される。
【０３５３】
組換え生成された可溶性ＴＣＲを単離および精製するのに有用な方法は、例えば、組換え可溶性ＴＣＲを培養培地中に分泌する好適な宿主細胞／ベクター系から上清を得ること、次いで、商業的に入手可能なフィルターを使用して培地を濃縮することを含んでもよい。濃縮後、濃縮液を、単一の好適な精製マトリックスまたは親和性マトリックスもしくはイオン交換樹脂などの一連の好適なマトリックスに加えることができる。１つまたは複数の逆相ＨＰＬＣステップを用いて、組換えポリペプチドをさらに精製することができる。免疫原をその自然環境から単離する場合にこれらの精製方法を用いることもできる。１つまたは複数の本明細書に記載される単離された／組換え可溶性ＴＣＲの大規模生産のための方法は、適切な培養条件を維持するためにモニタリングおよび制御されるバッチ式細胞培養を含む。可溶性ＴＣＲの精製を、本明細書に記載され、当技術分野で公知の方法に従って実施することができる。
【０３５４】
ＩＩＩ．免疫原性組成物およびワクチン組成物
一部の実施形態では、本発明は、免疫原性組成物、例えばネオ抗原特異的応答（例えば液性または細胞媒介性免疫応答）を生じることができるワクチン組成物を対象とする。一部の実施形態では、免疫原性組成物は、本明細書で特定する腫瘍特異的ネオ抗原に対応する、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬（例えばペプチド、ポリヌクレオチド、ＴＣＲ、ＣＡＲ、ＴＣＲまたはＣＡＲを含有する細胞、ポリペプチドを含有する樹状細胞、ポリヌクレオチドを含有する樹状細胞、抗体など）を含む。
【０３５５】
一部の実施形態では、免疫原性ペプチドは、疾患または状態を有する１人または複数の対象から特定される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチドは、疾患または状態を有する１人または複数の対象に特異的である。一部の実施形態では、免疫原性ペプチドは、疾患または状態を有する１人または複数の対象のＨＬＡハプロタイプに一致するＨＬＡに結合することができる。
【０３５６】
当業者は、例えばｉｎ  ｖｉｔｒｏでのＴ細胞の発生ならびにそれらの効率および全体的な存在、ある特定のペプチドについてのある特定のＴ細胞の増殖、親和性および拡大増殖ならびに例えばＩＦＮ−γ生成またはＴ細胞による腫瘍殺滅を分析することによるＴ細胞の機能性を試験することにより、ネオ抗原性治療薬を選択することができる。最も効率的なペプチドをその後、免疫原性組成物として組み合わせることができる。
【０３５７】
本発明の一部の実施形態では、１つの免疫原性組成物が、様々なＭＨＣ分子、例えば様々なＭＨＣクラスＩ分子と連合することができるネオ抗原性ペプチドおよび／またはポリペプチドを含むように、様々なネオ抗原性ペプチドおよび／またはポリペプチドが選択される。一部の実施形態では、免疫原性組成物は、最も頻繁に存在するＭＨＣクラスＩ分子と連合することができるネオ抗原性ペプチドおよび／またはポリペプチドを含む。したがって、本明細書に記載される免疫原性組成物は、少なくとも２つ、少なくとも３つまたは少なくとも４つのＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ分子と連合することができる様々なペプチドを含む。
【０３５８】
一部の実施形態では、本明細書に記載される免疫原性組成物は、特異的な細胞傷害性Ｔ細胞応答、特異的なヘルパーＴ細胞応答またはＢ細胞応答を生じることができる。
【０３５９】
一部の実施形態では、本明細書に記載される免疫原性組成物は、アジュバントおよび／または担体をさらに含み得る。有用なアジュバントおよび担体の例は、本明細書で以下に示す。組成物中のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドは、担体、例えばタンパク質または抗原提示細胞、例えばペプチドをＴ細胞もしくはＢ細胞に提示することができる樹状細胞（ＤＣ）を伴い得る。さらなる実施形態では、ＤＣ結合ペプチドは、ネオ抗原性ペプチドおよびネオ抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドを樹状細胞に標的化するための担体として使用される（Sioudら、FASEB J  ２７巻：３２７２〜３２８３頁（２０１３年））。
【０３６０】
実施形態では、ネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、そのようなポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する抗原提示細胞（例えば樹状細胞）として提供することができる。他の実施形態では、そのような抗原提示細胞は、患者における使用についてＴ細胞を刺激するために使用される。
【０３６１】
一部の実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞である。関連する実施形態では、樹状細胞は、ネオ抗原性ペプチドまたは核酸を用いてパルス処理した自家樹状細胞である。ネオ抗原性ペプチドは、適切なＴ細胞応答をもたらす任意の好適なペプチドであってもよい。腫瘍関連抗原からのペプチドを用いてパルス処理した自家樹状細胞を使用するＴ細胞治療は、Murphyら（１９９６年）The Prostate  ２９巻、３７１〜３８０頁およびTjuaら（１９９７年）The Prostate  ３２巻、２７２〜２７８頁で開示されている。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＴＬである。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＨＴＬである。
【０３６２】
したがって、本発明の一実施形態は、１つまたは複数の本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを用いてパルス処理またはそれをロードした少なくとも１つの抗原提示細胞（例えば樹状細胞）を含有する免疫原性組成物である。実施形態では、そのようなＡＰＣは、自家（例えば自家樹状細胞）である。あるいは、患者から単離した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）に、ｅｘ  ｖｉｖｏでネオ抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドをロードしてもよい。関連する実施形態では、そのようなＡＰＣまたはＰＢＭＣは、患者に注射して戻す。
【０３６３】
ポリヌクレオチドは、樹状細胞に形質導入することができ、したがってネオ抗原性ペプチドの提示および免疫の誘導をもたらす任意の好適なポリヌクレオチドであってもよい。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、受動的ローディングにより細胞が取り込むネイキッドＤＮＡであってもよい。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、送達ビヒクル、例えばリポソーム、ウイルス様粒子、プラスミドまたは発現ベクターの部分である。別の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ベクターを含まない送達系、例えば高性能エレクトロポレーション法および高速細胞変形により送達される。実施形態では、そのような抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば樹状細胞）または末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、Ｔ細胞（例えば自家Ｔ細胞）を刺激するために使用される。関連する実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＴＬである。他の関連する実施形態では、Ｔ細胞は、ＨＴＬである。そのようなＴ細胞をその後、患者に注射する。一部の実施形態では、ＣＴＬを、患者に注射する。一部の実施形態では、ＨＴＬを、患者に注射する。一部の実施形態では、ＣＴＬおよびＨＴＬの両方を、患者に注射する。いずれかの治療薬の投与は、同時に、または逐次的にかつ任意の順で行うことができる。
【０３６４】
治療的処置のための本明細書に記載される医薬組成物（例えば免疫原性組成物）は、非経口、局所、鼻内、経口または局部投与に意図される。一部の実施形態では、本明細書に記載される医薬組成物は、非経口で、例えば静脈内に、皮下に、皮内に、または筋内に投与される。実施形態では、組成物は、腫瘍内に投与することができる。組成物は、腫瘍への局部免疫応答を誘導するために外科的切除部位に投与してもよい。一部の実施形態では、ネオ抗原性ペプチドの溶液を含む非経口投与のための組成物が、本明細書に記載され、免疫原性組成物は、許容可能な担体、例えば水性担体中に溶解または懸濁される。様々な水性担体、例えば水、緩衝水、０．９％生理食塩水、０．３％グリシン、ヒアルロン酸などを使用することができる。これらの組成物は、従来型の周知の滅菌技術により滅菌してもよく、または濾過滅菌してもよい。得られた水溶液は、そのまま使用のために包装しても、または凍結乾燥してもよく、凍結乾燥した調製物は、投与前に滅菌溶液と組み合わせる。組成物は、生理的条件に近づけるために必要とされる薬学的に許容される補助物質、例えばｐＨ調節剤および緩衝剤、浸透圧調節剤、湿潤剤など、例えば酢酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、ソルビタンモノラウレート、トリエタノールアミンオレートなどを含有してもよい。
【０３６５】
医薬製剤中の本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドおよびポリヌクレオチドの濃度は、広く、すなわち、約０．１重量％未満から、通常または少なくとも約２重量％で、多くて２０重量％〜５０重量％またはそれよりも多くまで変動してもよく、選択される特定の投与様式に従って流体体積、粘性などにより選択される。
【０３６６】
また、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドおよびポリヌクレオチドは、ペプチドを特定の細胞組織、例えばリンパ組織に標的化するリポソームを介して投与することができる。また、リポソームは、ペプチドの半減期を増大させることにおいて有用である。リポソームとして、エマルション、フォーム、ミセル、不溶性単層、液体結晶、リン脂質分散物、ラメラ層などが挙げられる。これらの調製物において、送達されるペプチドは、単独で、あるいは例えばリンパ球系細胞に遍在する受容体に結合する分子、例えばＤＥＣ２０５抗原に結合するモノクローナル抗体と共に、または他の治療組成物もしくは免疫原性組成物と共にリポソームの部分として組み込まれる。したがって、本明細書に記載される所望のペプチドまたはポリヌクレオチドを充填したリポソームは、リンパ球系細胞の部位に方向付けてもよく、そこでリポソームはその後、選択された治療的／免疫原性ポリペプチド／ポリヌクレオチド組成物を送達する。リポソームは、一般的に中性および負荷電リン脂質ならびにステロール、例えばコレステロールを含む、標準のベシクル形成脂質から形成することができる。脂質の選択は一般的に、例えばリポソームサイズ、酸不安定性および血流中でのリポソームの安定性を考慮して導かれる。例えばSzokaら、Ann. Rev. Biophys. Bioeng.９巻；４６７頁（１９８０年）、米国特許第４，２３５，８７１号、同第４，５０１，７２８号、同第４，５０１，７２８号、同第４，８３７，０２８号および同第５，０１９，３６９号に記載されているように、リポソームを調製するための様々な方法が使用可能である。
【０３６７】
免疫細胞に標的化するために、所望の免疫系細胞の細胞表面決定基についてのネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドが、リポソームに組み込まれる。ペプチドを含有するリポソーム懸濁液は、特に投与様式、送達されるポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび処置される疾患の段階に従って変動する用量で、静脈内に、局部に、局所になど投与してもよい。
【０３６８】
一部の実施形態では、ネオ抗原ポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、樹状細胞に標的化される。一部の実施形態では、ネオ抗原ポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、マーカーＤＥＣ２０５、ＸＣＲ１、ＣＤ１９７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１２３、ＣＤ２０９、ＣＤ２７３、ＣＤ２８３、ＣＤ２８９、ＣＤ１８４、ＣＤ８５ｈ、ＣＤ８５ｊ、ＣＤ８５ｋ、ＣＤ８５ｄ、ＣＤ８５ｇ、ＣＤ８５ａ、ＴＳＬＰ受容体、Ｃｌｅｃ９ａまたはＣＤ１ａを使用して樹状細胞に標的化される。
【０３６９】
固体組成物のために、例えば医薬グレードのマンニトール、乳糖、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカン、セルロース、グルコース、ショ糖、炭酸マグネシウムなどを含む従来型またはナノ粒子非毒性固体担体を使用することができる。経口投与のために、薬学的に許容される非毒性組成物は、通常使用される賦形剤、例えば前に列挙する担体のいずれかおよび一般的に１０〜９５％の活性成分、すなわち、２５％〜７５％の濃度の１つまたは複数の本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを組み込むことにより形成される。
【０３７０】
エアロゾル投与のために、ネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、界面活性剤および噴射剤を伴う微細分割形態で供給することができる。そのような薬剤の代表は、脂肪族多価アルコールまたはその環状無水物を伴う、６〜２２個の炭素原子を含有する脂肪酸のエステルまたは部分エステル、例えばカプロン酸、オクタン酸、ラウリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、オレステリック（olesteric）酸およびオレイン酸である。混合エステル、例えば混合または天然グリセリドを使用してもよい。界面活性剤は、組成物の０．１重量％〜２０重量％または０．２５〜５重量％を構成し得る。組成物の残部は、噴射剤であってもよい。また、例えば鼻内送達のためのレシチンのように、所望の場合、担体を含んでもよい。
【０３７１】
また、本明細書に記載されるネオ抗原性ポリヌクレオチドを送達するための追加の方法は、当技術分野で公知である。例えば、核酸は、「ネイキッドＤＮＡ」として直接送達することができる。このアプローチは、例えばWolffら、Science  ２４７巻：１４６５〜１４６８頁（１９９０年）ならびに米国特許第５，５８０，８５９号および同第５，５８９，４６６号に記載されている。また、核酸は、例えば米国特許第５，２０４，２５３号に記載されているように、弾道送達を使用して投与することができる。ＤＮＡ単独からなる粒子を投与してもよい。あるいは、ＤＮＡを、粒子、例えば金粒子に接着してもよい。
【０３７２】
また、治療目的または免疫化目的のために、ネオ抗原性ペプチドまたはペプチド結合剤をコードするｍＲＮＡを患者に投与してもよい。一部の実施形態では、ｍＲＮＡは、自己増幅ＲＮＡである。さらなる実施形態では、自己増幅ＲＮＡは、合成脂質ナノ粒子製剤の一部である（Geallら、Proc Natl Acad Sci U S A.１０９巻：１４６０４〜１４６０９頁（２０１２年））。
【０３７３】
また、核酸は、カチオン性化合物、例えばカチオン性脂質と複合体化して送達することができる。脂質媒介遺伝子送達方法は、例えばＷＯ９６／１８３７２、ＷＯ９３／２４６４０；ManninoおよびGould-Fogerite、BioTechniques  ６巻（７号）：６８２〜６９１頁（１９８８年）；米国特許第５，２７９，８３３号；ＷＯ９１／０６３０９；ならびにFelgnerら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA  ８４巻：７４１３〜７４１４頁（１９８７年）に記載されている。
【０３７４】
また、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドおよびポリペプチドは、弱毒ウイルス、例えばワクシニアまたは鶏痘により発現させることができる。このアプローチは、本明細書に記載されるペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現させるためのベクターとしてのワクシニアウイルスの使用を含む。急性もしくは慢性感染宿主または非感染宿主への導入に際して、組換えワクシニアウイルスは、免疫原性ペプチドを発現し、これにより宿主ＣＴＬ応答を誘発する。免疫化プロトコールで有用なワクシニアベクターおよび方法は、例えば米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターは、ＢＣＧ（カルメット・ゲラン桿菌）である。ＢＣＧベクターは、Stoverら（Nature  ３５１巻：４５６〜４６０頁（１９９１年））に記載されている。本明細書に記載されるペプチドの治療的投与または免疫化に有用な広く様々な他のベクターは、本明細書の説明から当業者に明らかである。
【０３７５】
アジュバントは、免疫原性組成物へのその混合が治療剤への免疫応答を増大させるか、または別の方法で改変する任意の物質である。担体は、ネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドが連合することができるスキャフォールド構造、例えばポリペプチドまたは多糖である。任意選択で、アジュバントは、本明細書に記載されるポリペプチドまたはポリヌクレオチドに共有結合的にまたは非共有結合的にコンジュゲートされる。
【０３７６】
抗原への免疫応答を増大させるアジュバントの能力は典型的に、免疫媒介反応の顕著な増大または疾患症状の低減により現れる。例えば、液性免疫の増大は、抗原に対して生じた抗体の力価の顕著な増大により現れる場合があり、Ｔ細胞活性の増大は、細胞増殖または細胞傷害活性またはサイトカイン分泌の増大で現れ得る。また、アジュバントは、例えば主に液性応答またはヘルパーＴ２型応答を、主に細胞性応答またはヘルパーＴ１型応答に変えることにより、免疫応答を変えることができる。
【０３７７】
好適なアジュバントは、当技術分野で公知であり（ＷＯ２０１５／０９５８１１を参照のこと）、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリ−ＩＣＬＣ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦ  ｔｒａｐ、Ｒ８４８、ベータグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、サポニンに由来するＡｑｕｉｌａ’ｓ  ＱＳ２１スチムロン（Ａｑｕｉｌａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、Ｍａｓｓ．、ＵＳＡ）、マイコバクテリア抽出物および合成細菌細胞壁模倣物ならびに他の専売アジュバント、例えばＲｉｂｉ’ｓ  Ｄｅｔｏｘ．ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓを含むが、これらに限定されない。また、アジュバントとして、不完全フロイントアジュバントまたはＧＭ−ＣＳＦが挙げられる。樹状細胞およびそれらの調製物に特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えばＭＦ５９）は、以前に説明されている（Dupuis Mら、Cell Immunol.１９９８年；１８６巻（１号）：１８〜２７頁；Allison A C；Dev Biol Stand.１９９８年；９２巻：３〜１１頁）（Moscaら、Frontiers in Bioscience、２００７年；１２巻：４０５０〜４０６０頁）（Gamvrellisら、Immunol & Cell Biol.２００４年；８２巻：５０６〜５１６頁）。また、サイトカインを使用することができる。いくつかのサイトカインは、リンパ組織への樹状細胞遊走に影響すること（例えばＴＮＦ−アルファ）、樹状細胞がＴリンパ球のための効率的な抗原提示細胞へ成熟するのを加速させること（例えばＧＭ−ＣＳＦ、ＰＧＥ１、ＰＧＥ２、ＩＬ−１、ＩＬ−１ｂ、ＩＬ−４、ＩＬ−６およびＣＤ４０Ｌ）（その全体を参照により本明細書に組み込む米国特許第５，８４９，５８９号）および免疫アジュバントとして作用すること（例えばＩＬ−１２）（Gabrilovich D Iら、J Immunother Emphasis TumorImmunol.１９９６年（６巻）：４１４〜４１８頁）に直接連結されている。
【０３７８】
また、ＣｐＧ免疫賦活性オリゴヌクレオチドは、ワクチン環境においてアジュバントの効果を向上させることが報告されている。理論に束縛されるものではないが、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、主にＴＬＲ９を介した生得的な（非適応性）免疫系を活性化することにより作用する。ＣｐＧが誘発したＴＬＲ９活性化は、ペプチドまたはタンパク質抗原、生存ウイルスまたは殺滅させたウイルス、樹状細胞免疫原性医薬組成物、自家細胞性免疫原性医薬組成物ならびに予防的および治療的免疫原性医薬組成物の両方の多糖コンジュゲートを含む、広く様々な抗原への抗原特異的液性および細胞性応答を向上させる。重要なことに、それは、樹状細胞成熟および分化を向上させ、ＣＤ４  Ｔ細胞の助けの非存在下でさえも、ＴＨ１細胞の高活性化および強い細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）発生をもたらす。ＴＬＲ９刺激により誘導されたＴＨ１バイアスは、通常ＴＨ２バイアスを促進するミョウバンまたは不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）などのアジュバントの存在下でさえも、維持される。ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、他のアジュバントと共に製剤化されるか、もしくは共投与された場合、または抗原が比較的弱いときに強い応答を誘導するためにとりわけ必要な微小粒子、ナノ粒子、脂質エマルションもしくは同様の製剤などの製剤中の場合、一層より大きなアジュバント活性を示す。また、それらは、免疫応答を加速し、一部の実験ではＣｐＧを伴わない全用量免疫原性医薬組成物に匹敵する抗体応答で、抗原用量を低減することを可能にした（Arthur M. Krieg、Nature Reviews, DrugDiscovery、５巻、２００６年６月、４７１〜４８４頁）。米国特許第６，４０６，７０５Ｂ１号は、抗原特異的免疫応答を誘導するためのＣｐＧオリゴヌクレオチド、非核酸アジュバントおよび抗原を組み合わせた使用を説明する。市販されているＣｐＧ  ＴＬＲ９アンタゴニストは、本明細書に記載される医薬組成物の構成成分である、Ｍｏｌｏｇｅｎ（Ｂｅｒｌｉｎ、ＧＥＲＭＡＮＹ）のｄＳＬＩＭ（ｄｏｕｂｌｅ  Ｓｔｅｍ  Ｌｏｏｐ  Ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｏｒ）である。また、他のＴＬＲ結合分子、例えばＲＮＡ結合ＴＬＲ７、ＴＬＲ８および／またはＴＬＲ９を使用してもよい。
【０３７９】
有用なアジュバントの他の例として、化学修飾ＣｐＧ（例えばＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）、ポリ（Ｉ：Ｃ）（例えばポリｉ：ＣＩ２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌ＤＮＡまたはＲＮＡ、ＴＬＲ８のためのｓｓＲＮＡ４０ならびに治療として、かつ／またはアジュバントとして作用し得る免疫活性小分子および抗体、例えばシクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、セレブレックス、ＮＣＸ−４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフェニブ（sorafinib）、ＸＬ−９９９、ＣＰ−５４７６３２、パゾパニブ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、イピリムマブ、トレメリムマブおよびＳＣ５８１７５が挙げられるが、これらに限定されない。本発明に関して有用なアジュバントおよび添加剤の量および濃度は、過度の実験を行うことなく、当業者が容易に決定することができる。追加のアジュバントとして、コロニー刺激因子、例えば顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ、サルグラモスチム）が挙げられる。
【０３８０】
一部の実施形態では、本発明に従う免疫原性組成物は、１つを超える様々なアジュバントを含んでもよい。さらに、本発明は、上記のいずれかまたはそれらの組合せを含む、任意のアジュバント物質を含む治療組成物を包含する。また、ネオ抗原性治療薬（例えば液性または細胞媒介性免疫応答）が企図される。一部の実施形態では、免疫原性組成物は、ネオ抗原治療薬（例えばペプチド、ポリヌクレオチド、ＴＣＲ、ＣＡＲ、ＴＣＲまたはＣＡＲを含有する細胞、ポリペプチドを含有する樹状細胞、ポリヌクレオチドを含有する樹状細胞、抗体など）を含み、アジュバントは、任意の適切な順序で別々に投与することができる。
【０３８１】
担体は、アジュバントとは独立して存在し得る。担体の機能は例えば、特定の変異体の活性もしくは免疫原性を増大させるためにそれらの分子量を増大させること、安定性を与えること、生物学的活性を増大させることまたは血清半減期を増大させることであり得る。さらに、担体は、ペプチドをＴ細胞に提示するのを助け得る。担体は、当業者に公知の任意の好適な担体、例えばタンパク質または抗原提示細胞であってもよい。担体タンパク質は、キーホールリンペットヘモシアニン、血清タンパク質、例えばトランスフェリン、ウシ血清アルブミン、ヒト血清アルブミン、サイログロブリンもしくは卵白アルブミン、免疫グロブリンまたはホルモン、例えばインスリンまたはパルミチン酸であり得るが、これらに限定されない。一部の実施形態では、担体は、ヒトフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインを含む（Koideら、Methods Enzymol.２０１２年；５０３巻：１３５〜５６頁）。ヒトの免疫化のために、担体は、ヒトに許容される生理学的に許容される担体で、かつ安全でなければならない。しかしながら、本発明の一部の実施形態では、破傷風トキソイドおよび／またはジフテリアトキソイドは、好適な担体である。あるいは、担体は、デキストラン、例えばセファロースであってもよい。
【０３８２】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、免疫原性を増大させるために、担体へのポリペプチドの連結の代替として複数を連結したペプチドとして合成することができる。また、そのような分子は、複数抗原性ペプチド（ＭＡＰ）として公知である。
【０３８３】
免疫応答を誘導するネオ抗原は、許容される担体または賦形剤と組み合わせる場合、組成物として使用することができる。そのような組成物は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏもしくはｉｎ  ｖｉｖｏ分析に、または疾患を有する対象を処置するためのｉｎ  ｖｉｖｏもしくはｅｘ  ｖｉｖｏでの対象への投与に有用である。
【０３８４】
したがって、医薬組成物は、活性成分に加えて、当業者に周知の薬学的に許容される賦形剤、担体、緩衝液、安定化剤または他の材料を含み得る。そのような材料は、非毒性であるべきであり、活性成分の有効性を妨害するべきではない。担体または他の材料の正確な性質は、投与経路に依存する。
【０３８５】
目的のタンパク質、例えば本明細書に記載されるネオ抗原を含む医薬製剤は、所望の程度の純度を有するネオ抗原を任意選択の生理学的に許容される担体、賦形剤または安定化剤と混合することにより、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で保存のために調製することができる（Remington's Pharmaceutical Sciences  第１６版、Oslo,A.編（１９８０年））。許容される担体、賦形剤または安定化剤は、使用される投与量および濃度でレシピエントにとって非毒性であるものであり、緩衝液、例えばリン酸、クエン酸および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤（例えばオクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；ベンザルコニウムクロリド、ベンゼトニウムクロリド；フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えばメチルまたはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満の）ポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリシン；グルコース、マンノースもしくはデキストリンを含む単糖、二糖および他の炭水化物；キレート剤、例えばＥＤＴＡ；糖、例えばショ糖、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトール；塩形成対イオン、例えばナトリウム；金属複合体（例えばＺｎ−タンパク質複合体）；ならびに／または非イオン性界面活性剤、例えばＴＷＥＥＮ（登録商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣ（登録商標）もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む。
【０３８６】
許容される担体は、投与した患者に生理学的に許容され、それが共に投与された／それが含まれて投与された化合物の治療特性を保持する。許容される担体およびそれらの製剤は一般的に、例えばRemington' pharmaceutical Sciences（第１８版、A.Gennaro編、Mack Publishing Co.、Easton、PA  １９９０年）に記載されている。１つの例示的な担体は、生理食塩水である。薬学的に許容される担体は、１つの器官もしくは身体の部分の投与部位から別の器官もしくは身体の部分へ、またはｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ系で対象化合物を運ぶか、または輸送することに関わる、薬学的に許容される材料、組成物またはビヒクル、例えば液体もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒または被包材料である。許容される担体は、製剤の他の成分と適合性であり、それが投与される対象にとって有害ではない。許容される担体は、ネオ抗原の特異的活性を変えるべきではない。
【０３８７】
一態様では、医薬投与と適合性の、溶媒（水性または非水性）、溶液、エマルション、分散媒体、コーティング、等張化剤および吸収促進剤または吸収遅延剤を含む、薬学的に許容されるか、または生理学的に許容される組成物が、本明細書で提供される。したがって、医薬組成物または医薬製剤は、対象における薬学的使用のために好適な組成物を指す。医薬組成物および製剤は、ある量のネオ抗原（またはネオ抗原をコードするポリヌクレオチド）および薬学的または生理学的に許容される担体を含む。組成物は、特定の投与経路（すなわち、全身または局部）と適合性であるように製剤化され得る。したがって、組成物は、様々な経路による投与に好適な担体、希釈剤または賦形剤を含む。
【０３８８】
一部の実施形態では、組成物は、組成物中のネオ抗原の安定性を改善するために、かつ／または組成物の放出速度を制御するために、許容される添加剤をさらに含む。許容される添加剤は、ネオ抗原の特異的活性を変えない。例示的な許容される添加剤として、糖、例えばマンニトール、ソルビトール、グルコース、キシリトール、トレハロース、ソルボース、ショ糖、ガラクトース、デキストラン、デキストロース、果糖、乳糖およびそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。許容される添加剤は、許容される担体および／または賦形剤、例えばデキストロースと組み合わせることができる。あるいは、例示的な許容される添加剤として、ペプチドの安定性を増大させ、溶液のゲル化を減少させるための界面活性剤、例えばポリソルベート２０またはポリソルベート８０が挙げられるが、これらに限定されない。界面活性剤は、溶液の０．０１％〜５％の量で組成物に添加され得る。そのような許容される添加剤の添加は、保存中の組成物の安定性および半減期を増大させる。
【０３８９】
医薬組成物は、例えば注射により投与することができる。注射用組成物は、水溶液（水溶性の場合）または分散液および滅菌注射用溶液または分散液の即座の調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与のために、好適な担体として、生理食塩水、静菌水またはリン酸緩衝液（ＰＢＳ）が挙げられる。担体は、例えば水、エタノール、ポリオール（例えばグリセロール、プロピレングリコールおよび液体ポリエチレングリコールなど）およびそれらの好適な混合物を含有する溶媒または分散媒体であってもよい。流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用により、分散液の場合必要とされる粒子サイズの維持により、および界面活性剤の使用により維持することができる。抗菌および抗真菌剤として、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸およびチメロサールが挙げられる。等張剤、例えば糖、多価アルコール、例えばマンニトール、ソルビトールおよび塩化ナトリウムは、組成物中に含まれ得る。得られた溶液は、そのまま使用のために包装しても、または凍結乾燥してもよく、凍結乾燥した調製物は後に、投与前に滅菌溶液と組み合わせ得る。静脈内注射または患部での注射のために、活性成分は、発熱物質を含まず、好適なｐＨ、等張性および安定性を有する非経口で許容される水溶液の形態である。当業者は、例えば等張性ビヒクル、例えば生理食塩液注射、リンガー液、乳酸加リンガー液を使用して、好適な溶液を十分に調製することができる。保存剤、安定化剤、緩衝液、抗酸化剤および／または他の添加剤は、必要に応じて含まれ得る。滅菌注射用溶液は、必要に応じて上記に列挙する成分の１つまたは組合せと共に、必要な量の活性成分を適切な溶媒に組み込み、続いて濾過滅菌することにより調製することができる。一般的に、分散液は、活性成分を、塩基性分散媒体および上記に列挙するものからの必要な他の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことにより調製される。滅菌注射用溶液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、活性成分および任意の追加の所望の成分の事前に濾過滅菌した溶液から、その粉末を産生する真空乾燥および冷凍乾燥である。
【０３９０】
組成物は従来の方法で、例えば単位用量の注射により、静脈内投与してもよい。注射のために、活性成分は、実質的に発熱物質を含まず、好適なｐＨ、等張性および安定性を有する非経口で許容される水溶液の形態であってもよい。例えば等張性ビヒクル、例えば生理食塩液注射、リンガー液、乳酸加リンガー液を使用して、好適な溶液を調製することができる。保存剤、安定化剤、緩衝液、抗酸化剤および／または他の添加剤は、必要に応じて含まれ得る。加えて、組成物は、エアロゾル化により投与することができる。
【０３９１】
一部の実施形態では、組成物は、例えば保存中の棚寿命を増大させるために、凍結乾燥される。組成物が、医薬または本明細書で提供する方法のいずれかにおける使用のために考慮される場合、組成物がヒト患者に投与されたとき炎症反応または危険なアレルギー反応を引き起こさないように、組成物が実質的に発熱物質を含み得ないことが企図される。発熱物質について組成物を試験することおよび実質的に発熱物質を含まない組成物を調製することは、当業者によく理解されており、市販のキットを使用して達成することができる。
【０３９２】
許容される担体は、安定化させるか、吸収を増大もしくは遅延させるか、またはクリアランスを増大もしくは遅延させる化合物を含有することができる。そのような化合物として、例えば炭水化物、例えばグルコース、ショ糖またはデキストラン；低分子量タンパク質；ペプチドのクリアランスまたは加水分解を低減する組成物；あるいは賦形剤または他の安定化剤および／もしくは緩衝液が挙げられる。吸収を遅延させる薬剤として、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンが挙げられる。また、リポソーム担体を含む洗剤を、医薬組成物を安定化させるために、またはその吸収を増大もしくは減少させるために使用してもよい。消化から保護するために、化合物を、それを酸加水分解もしくは酵素加水分解に対して抵抗性にする組成物と複合体化してもよく、または化合物を、適切な抵抗性担体、例えばリポソーム中に複合体化してもよい。
【０３９３】
組成物は、投与製剤と適合する様式で、かつ治療有効量で投与することができる。投与される量は、処置される対象、対象の免疫系が活性成分を利用する能力および所望の結合能の程度に依存する。投与に必要な活性成分の正確な量は、実施者の判断に依存し、各個体に固有である。また、初回投与および追加接種に好適なレジメンは、可変的であるが、初回投与、および続く次の注射または他の投与による１時間またはそれよりも長い間隔での繰返し用量が典型である。あるいは、血中濃度を維持するのに十分な連続静脈内点滴が企図される。
【０３９４】
ペプチドベースの免疫原性医薬組成物は、当技術分野で好適な、かつ理解されている、周知の技術、担体および賦形剤のいずれかを使用して製剤化することができる。ポリペプチドは、同じ配列を含有する多数のポリペプチドのカクテルまたは異なるポリペプチドの多数のコピーのカクテルであってもよい。ペプチドは、例えば脂質付加または担体タンパク質への付着により修飾してもよい。脂質付加は、ポリペプチドへの脂質基の共有結合的付着であり得る。脂質付加ペプチドまたは脂質付加ポリペプチドは、構造を安定化することができ、処置の有効性を向上させることができる。
【０３９５】
脂質付加は、いくつかの異なる型、例えばＮ−ミリストイル化、パルミトイル化、ＧＰＩ−アンカー付加、プレニル化およびいくつかの追加の型の修飾に分類することができる。Ｎ−ミリストイル化は、グリシン残基へのミリスチン酸、Ｃ１４飽和酸の共有結合的付着である。パルミトイル化は、システイン残基への長鎖脂肪酸（Ｃ１６）のチオエステル連結である。ＧＰＩ−アンカー付加は、アミド結合を介したグリコシル−ホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）連結である。プレニル化は、システイン残基へのイソプレノイド脂質（例えばファルネシル（Ｃ−１５）、ゲラニルゲラニル（Ｃ−２０））のチオエーテル連結である。追加の型の修飾は、システインの硫黄原子によるＳ−ジアシルグリセロールの付着、セリンまたはトレオニン残基によるＯ−オクタノイルコンジュゲーション、システイン残基へのＳ−アーキオールコンジュゲーションおよびコレステロール付着を含み得る。
【０３９６】
脂質付加ペプチドを発生させるための脂肪酸は、Ｃ２〜Ｃ３０飽和、一不飽和または多不飽和脂肪族アシル基を含み得る。例示的な脂肪酸として、パルミトイル、ミリストイル、ステアロイルおよびデカノイル基が挙げられ得る。一部の場合、アジュバント特性を有する脂質部分を、外的アジュバントの非存在下で免疫原性を誘発または向上させるために目的のポリペプチドに付着させる。脂質付加ペプチドまたはリポペプチドは、自己アジュバントリポペプチドと呼ばれ得る。上記および本明細書のその他の箇所に記載されている脂肪酸のいずれかは、目的のポリペプチドの免疫原性を誘発または向上させ得る。免疫原性を誘発または向上させ得る脂肪酸として、パルミトイル、ミリストイル、ステアロイル、ラウロイル、オクタノイルおよびデカノイル基を挙げることができる。
【０３９７】
ポリペプチド、例えばネイキッドペプチドまたは脂質付加ペプチドは、リポソームに組み込んでもよい。ときには、脂質付加ペプチドを、リポソームに組み込んでもよい。例えば、脂質付加ペプチドの脂質部分は、リポソームの脂質二重層に自発的に統合し得る。したがって、リポペプチドは、リポソームの「表面」上に提示され得る。
【０３９８】
製剤への組み込みに好適である例示的なリポソームとして、多重ラメラベシクル（ＭＬＶ）、オリゴラメラベシクル（ＯＬＶ）、単一ラメラベシクル（ＵＶ）、小型単一ラメラベシクル（ＳＵＶ）、中型単一ラメラベシクル（ＭＵＶ）、大型単一ラメラベシクル（ＬＵＶ）、巨大単一ラメラベシクル（ＧＵＶ）、多胞体ベシクル（ＭＶＶ）、逆相蒸発方法（ＲＥＶ）により作製した単一またはオリゴラメラベシクル、逆相蒸発方法により作製した多重ラメラベシクル（ＭＬＶ−ＲＥＶ）、安定プルリラメラベシクル（ＳＰＬＶ）、凍結融解ＭＬＶ（ＦＡＴＭＬＶ）、押出成形方法により調製したベシクル（ＶＥＴ）、フレンチプレスにより調製したベシクル（ＦＰＶ）、融合により調製したベシクル（ＦＵＶ）、脱水−再水和ベシクル（ＤＲＶ）およびバブルソーム（ｂｕｂｂｌｅｓｏｍｅ）（ＢＳＶ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３９９】
調製方法によって、リポソームは、単一ラメラまたは多重ラメラであってもよく、約０．０２μｍ〜約１０μｍよりも大きい範囲の直径のサイズで変動し得る。リポソームは、多くの種類の細胞に吸着し、その後組み込んだ薬剤（例えば本明細書に記載されるペプチド）を放出し得る。一部の場合、リポソームは、標的細胞と融合し、これによりリポソームの内容物はその後、標的細胞に移る。リポソームは、食作用性の細胞により形質膜陥入され得る。形質膜陥入に続いて、リポソーム脂質のリソソーム内分解および被包された薬剤の放出が起こり得る。
【０４００】
また、本明細書で提供するリポソームは、担体脂質を含み得る。一部の実施形態では、担体脂質は、リン脂質である。リポソームを形成することができる担体脂質として、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、ホスファチジルコリン（ＰＣ；レシチン）、ホスファチジン酸（ＰＡ）、ホスファチジルグリセロール（ＰＧ）、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥ）、ホスファチジルセリン（ＰＳ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の好適なリン脂質として、ジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、ジミリストイルホスファチジルコリン（ＤＭＰＣ）、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール（dipalmitoylphosphatidyglycerol）（ＤＰＰＧ）、ジステアロイルホスファチジルグリセロール（distearoylphosphatidyglycerol）（ＤＳＰＧ）、ジミリストイルホスファチジルグリセロール（ＤＭＰＧ）、ジパルミトイルホスファチジン酸（ＤＰＰＡ）；ジミリストイルホスファチジン酸（ＤＭＰＡ）、ジステアロイルホスファチジン酸（ＤＳＰＡ）、ジパルミトイルホスファチジルセリン（ＤＰＰＳ）、ジミリストイルホスファチジルセリン（ＤＭＰＳ）、ジステアロイルホスファチジルセリン（ＤＳＰＳ）、ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン（dipalmitoylphosphatidyethanolamine）（ＤＰＰＥ）、ジミリストイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＭＰＥ）、ジステアロイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＳＰＥ）などまたはそれらの組合せがさらに挙げられる。一部の実施形態では、リポソームは、リポソーム形成を調節するステロール（例えばコレステロール）をさらに含む。担体脂質は、任意の公知の無リン極性脂質であってもよい。
【０４０１】
医薬組成物は、周知の技術を使用してリポソーム内に被包することができる。また、生分解性ミクロスフェアは、本発明の医薬組成物の担体として使用することができる。
【０４０２】
医薬組成物は、リポソームまたはミクロスフェア（または微小粒子）中で投与することができる。患者への投与のためのリポソームおよびミクロスフェアを調製するための方法は、当業者に周知である。本質的に、材料は、水溶液中に溶解され、適切なリン脂質および脂質が、必要な場合界面活性剤と共に、添加され、材料は必要に応じて透析または超音波処理される。
【０４０３】
ポリマーまたはタンパク質から形成されるミクロスフェアは、当業者に周知であり、消化管を通って直接血流へ入る通路のために調整され得る。あるいは、化合物を組み込み、ミクロスフェアまたはミクロスフェアの複合体を数日〜数ヶ月に及ぶ期間にわたる遅延放出のために埋め込んでもよい。
【０４０４】
また、ポリペプチドは、送達のために担体タンパク質に付着させてもよい。担体タンパク質は、免疫原性担体エレメントであってもよく、任意の組換え技術により付着させることができる。例示的な担体タンパク質として、海洋養殖キーホールリンペットヘモシアニン（ｍｃＫＬＨ）、ＰＥＧ化ｍｃＫＬＨ、Ｂｌｕｅ  Ｃａｒｒｉｅｒ＊  Ｐｒｏｔｅｉｎ、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、カチオン化ＢＳＡ、卵白アルブミンおよび細菌タンパク質、例えば破傷風トキソイド（ＴＴ）が挙げられる。
【０４０５】
また、ポリペプチドは、複数抗原性ペプチド（ＭＡＰ）として調製することができる。ペプチドは、小非免疫原性コアにＮ末端またはＣ末端で付着させることができる。このコア上に構築されたペプチドは、非常に局在化したペプチド密度を提供し得る。コアは、樹状コア残基または二機能性単位からなるマトリックスであってもよい。ＭＡＰを構築するための好適なコア分子は、アンモニア、エチレンジアミン、アスパラギン酸、グルタミン酸およびリシンを含み得る。例えばリシンコア分子は、そのアミノ基の各々を通した２つの追加のリシンへのペプチド結合を介して付着させることができる。
【０４０６】
ポリペプチドは、化学合成されるか、または細胞系もしくは細胞を含まない系で組換え発現され得る。ペプチドは、例えば液相合成、固相合成により、またはマイクロ波利用ペプチド合成により合成することができる。ポリペプチドは、例えばアシル化、アルキル化、アミド化、アルギニル化、ポリグルタミル化、ポリグリシル化、ブチリル化、ガンマ−カルボキシル化、グリコシル化、マロニル化、ヒドロキシル化、ヨウ素化、ヌクレオチド付加（例えばＡＤＰ−リボシル化）、酸化、リン酸化、アデニリル化、プロピオニル化、Ｓ−グルタチオン付加、Ｓ−ニトロシル化、スクシニル化、硫酸化、糖化、パルミトイル化、ミリストイル化、イソプレニル化もしくはプレニル化（例えばファルネシル化またはゲラニルゲラニル化）、グリコシルホスファチジルイノシトール化、リポイル化、フラビン部分（例えばＦＭＮまたはＦＡＤ）の付着、ヘムＣの付着、ホスホパンテテイニル化、レチニリデンシッフ塩基形成、ジフタミド形成、エタノールアミンホスホグリセロール付着、ハイプシン形成、ビオチニル化、ペグ化、ＩＳＧ化、ＳＵＭＵ化、ユビキチン化、ＮＥＤＤ化、Ｐｕｐ化、シトルリン化、脱アミド化、エリミニル化（ｅｌｉｍｉｎｙｌａｔｉｏｎ）、カルバミル化またはそれらの組合せにより修飾してもよい。
【０４０７】
ポリペプチドの発生後、ポリペプチドは、不純物を除去するための１ラウンドまたは複数ラウンドの精製ステップに供してもよい。精製ステップは、分離方法、例えば親和性に基づく、サイズ排除に基づく、イオン交換に基づく分離方法などを利用するクロマトグラフィーステップであってもよい。一部の場合、ポリペプチドは、多くて３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、９９．９％もしくは１００％純粋であるか、または不純物の存在を伴わない。一部の場合、ポリペプチドは、少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、９９．９％もしくは１００％純粋であるか、または不純物の存在を伴わない。
【０４０８】
ポリペプチドは、天然アミノ酸、非天然アミノ酸またはそれらの組合せを含み得る。アミノ酸残基は、アミノ基およびカルボキシル基の両方を含有する分子を指し得る。好適なアミノ酸として、非限定的に、天然に存在するアミノ酸のＤおよびＬ異性体の両方ならびに有機合成または他の代謝経路により調製される天然に存在しないアミノ酸が挙げられる。アミノ酸という用語は、本明細書で使用されるとき、非限定的にα−アミノ酸、天然アミノ酸、非天然アミノ酸およびアミノ酸類似体を含む。
【０４０９】
「α−アミノ酸」という用語は、α−炭素と呼ばれる炭素に結合したアミノ基およびカルボキシル基の両方を含有する分子を指し得る。
【０４１０】
「β−アミノ酸」という用語は、β配置のアミノ基およびカルボキシル基の両方を含有する分子を指し得る。
【０４１１】
「天然に存在するアミノ酸」は、天然で合成されるペプチドで通常見られ、１文字略語Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｃ、Ｄ、Ｑ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、ＹおよびＶにより公知の２０個のアミノ酸のうちのいずれか１つを指し得る。天然アミノ酸の特性の要約を示す表は、例えば、参照により本明細書に組み込む米国特許出願公開第２０１３０１２３１６９号で見ることができる。
【０４１２】
本明細書で提供するペプチドは、１つまたは複数の疎水性、極性または荷電アミノ酸を含み得る。「疎水性アミノ酸」は、小疎水性アミノ酸および大疎水性アミノ酸を含む。「小疎水性アミノ酸」は、グリシン、アラニン、プロリンおよびそれらの類似体であり得る。「大疎水性アミノ酸」は、バリン、ロイシン、イソロイシン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファンおよびそれらの類似体であり得る。「極性アミノ酸」は、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、システイン、チロシンおよびそれらの類似体であり得る。「荷電アミノ酸」は、リシン、アルギニン、ヒスチジン、アスパラギン酸、グルタミン酸およびそれらの類似体であり得る。
【０４１３】
本明細書で提供するペプチドは、１つまたは複数のアミノ酸類似体を含み得る。「アミノ酸類似体」は、アミノ酸に構造的に類似し、ペプチド模倣大環状分子の形成においてアミノ酸を置換することができる分子であり得る。アミノ酸類似体として、非限定的に、β−アミノ酸、およびアミノ基またはカルボキシ基が同様に反応性の基により置換されているアミノ酸（例えば、一級アミンの二級もしくは三級アミンでの置換またはカルボキシ基のエステルでの置換）が挙げられる。
【０４１４】
本明細書で提供するペプチドは、１つまたは複数の非天然アミノ酸を含み得る。「非天然アミノ酸」は、天然で合成されるペプチドで通常見られ、１文字略語Ａ、Ｒ、Ｎ、Ｃ、Ｄ、Ｑ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、Ｋ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｓ、Ｔ、Ｗ、ＹおよびＶにより公知の２０個のアミノ酸のうちの１つではないアミノ酸であり得る。非天然アミノ酸またはアミノ酸類似体は、例えば、参照により本明細書に組み込む米国特許出願公開第２０１３０１２３１６９号で開示されている構造を含む。
【０４１５】
アミノ酸類似体は、β−アミノ酸類似体を含み得る。β−アミノ酸類似体ならびにアラニン、バリン、グリシン、ロイシン、アルギニン、リシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、システイン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、プロリン、セリン、トレオニンおよびトリプトファンの類似体の例は、例えば、参照により本明細書に組み込む米国特許出願公開第２０１３０１２３１６９号で開示されている構造を含み得る。
【０４１６】
アミノ酸類似体は、ラセミ化合物であってもよい。一部の場合、アミノ酸類似体のＤ異性体が使用される。一部の場合、アミノ酸類似体のＬ異性体が使用される。一部の場合、アミノ酸類似体は、ＲまたはＳ配置であるキラル中心を含む。ときには、β−アミノ酸類似体のアミノ基（複数可）は、保護基、例えばｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ基）、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）、トシルなどで置換される。ときには、β−アミノ酸類似体のカルボン酸官能基は、例えばそのエステル誘導体として保護される。一部の場合、アミノ酸類似体の塩が使用される。
【０４１７】
「非必須」アミノ酸残基は、ポリペプチドの本質的な生物学的活性または生化学的活性（例えば受容体結合または活性化）を無効にするか、または実質的に変えることなく、ポリペプチドの野生型配列から変えることができる残基であり得る。「必須」アミノ酸残基は、ポリペプチドの野生型配列から変えた場合、ポリペプチドの本質的な生物学的活性または生化学的活性を無効にするか、または実質的に無効にすることをもたらす残基であり得る。
【０４１８】
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似する側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられている置換であり得る。類似する側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で定義されている。これらのファミリーは、塩基性側鎖（例えばＫ、Ｒ、Ｈ）、酸性側鎖（例えばＤ、Ｅ）、非荷電極性側鎖（例えばＧ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｙ、Ｃ）、非極性側鎖（例えばＡ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｐ、Ｆ、Ｍ、Ｗ）、ベータ分枝側鎖（例えばＴ、Ｖ、Ｉ）および芳香族側鎖（例えばＹ、Ｆ、Ｗ、Ｈ）を有するアミノ酸を含み得る。したがって、ポリペプチド中の予測される非必須アミノ酸残基は、例えば同じ側鎖ファミリーからの別のアミノ酸残基で置き換えることができる。許容される置換の他の例は、等配電子的考慮（例えばメチオニンについてノルロイシン）または他の特性（例えばフェニルアラニンについて２−チエニルアラニンまたはトリプトファンについて６−Ｃｌ−トリプトファン）に基づく置換であり得る。
【０４１９】
また、核酸ベースの免疫原性医薬組成物を、対象に投与することができる。核酸ベースの免疫原性医薬組成物は、当技術分野で好適な、かつ理解されている、周知の技術、担体および賦形剤のいずれかを使用して製剤化することができる。核酸は、ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡもしくはｃＤＮＡ、ＲＮＡまたはハイブリッドであってもよく、核酸は、デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドとの組合せならびにウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチンヒポキサンチン、イソシトシンおよびイソグアニンを含む塩基の組合せを含有し得る。核酸は、化学合成方法により、または組換え方法により得ることができる。免疫原性医薬組成物は、ＤＮＡベースの免疫原性医薬組成物、ＲＮＡベースの免疫原性医薬組成物、ハイブリッドＤＮＡ／ＲＮＡベースの免疫原性医薬組成物またはハイブリッド核酸／ペプチドベースの免疫原性医薬組成物であり得る。ペプチドは、表１もしくは２のペプチドに由来するペプチド、表１もしくは２のペプチドに対して配列相同性が少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％もしくはそれよりも高い配列を有するペプチドまたは表１もしくは２のペプチドに対して配列相同性が多くて４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％もしくはそれ未満である配列を有するペプチドであり得る。
【０４２０】
本明細書に記載される核酸は、ホスホジエステル結合を含有し得るが、一部の場合、以下に概略されるように（例えばプライマーおよびプローブ、例えば標識プローブの構築において）、例えばホスホルアミド、ホスホロチオエート、Ｏ−メチルホスホロアミダイト連結を含む交互の骨格ならびにペプチド核酸骨格および連結を有し得る核酸類似体が含まれる。他の類似体核酸は、ロックド核酸を含む二環式構造、陽性骨格および非リボース骨格を有する核酸を含む。また、１つまたは複数の炭素環式糖を含有する核酸は、核酸の定義に含まれる。また、ロックド核酸（ＬＮＡ）は、核酸類似体の定義に含まれる。ＬＮＡは、リボース環が、２’−Ｏ原子を４’−Ｃ原子に接続するメチレン架橋により「ロック」されている核酸類似体のクラスである。これらのリボース−リン酸骨格の修飾は、生理学的環境におけるそのような分子の安定性および半減期を増大させるために行われ得る。例えば、ＰＮＡ：ＤＮＡおよびＬＮＡ−ＤＮＡハイブリッドは、より高い安定性を示すことができ、したがって、一部の実施形態で使用することができる。核酸は、特定されるように一本鎖であっても、もしくは二本鎖であってもよく、または二本鎖もしくは一本鎖配列の両方の部分を含有してもよい。適用によって、核酸は、ＤＮＡ（例えばゲノムＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡおよびｃＤＮＡを含む）、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡおよびｒＲＮＡを含む）またはハイブリッドであってもよく、核酸は、デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドとのいずれかの組合せおよびウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン（xathanine hypoxathanine）、イソシトシン、イソグアニンなどを含む塩基のいずれかの組合せを含有する。
【０４２１】
核酸ベースの免疫原性医薬組成物は、ベクターの形態であってもよい。ベクターは、環状プラスミドまたは線形核酸であり得る。環状プラスミドまたは線形核酸は、適切な対象細胞において特定のヌクレオチド配列の発現を方向付けることができ得る。ベクターは、終止シグナルに作動可能に連結され得る、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結したプロモーターを有し得る。ベクターは、ヌクレオチド配列の適切な翻訳に必要な配列を含有し得る。目的のヌクレオチド配列を含むベクターは、キメラであってもよく、これは、その構成成分の少なくとも１つがその他の構成成分の少なくとも１つについて異種性であり得ることを意味する。発現カセットにおけるヌクレオチド配列の発現は、構成的プロモーターの制御下であってもよく、または宿主細胞が一部の特定の内部刺激もしくは外部刺激に曝露されたときにのみ転写を開始し得る誘導性プロモーターの制御下であってもよい。
【０４２２】
ベクターは、プラスミドであり得る。プラスミドは、細胞に、ポリペプチドをコードする核酸をトランスフェクトするために有用である場合があり、形質転換した宿主細胞を培養し、ポリペプチドの発現が起こる条件下で維持してもよい。
【０４２３】
プラスミドは、本明細書で開示する様々なポリペプチドのうちの１つまたは複数をコードする核酸配列を含み得る。単一のプラスミドは、単一のポリペプチドのコード配列または１つを超えるポリペプチドのコード配列を含有し得る。ときには、プラスミドは、アジュバント、例えば免疫刺激性分子、例えばサイトカインをコードするコード配列をさらに含み得る。
【０４２４】
プラスミドは、コード配列の上流にあり得る開始コドンおよびコード配列の下流にあり得る終止コドンをさらに含み得る。開始コドンおよび終止コドンは、コード配列とインフレームであり得る。また、プラスミドは、コード配列に作動可能に連結したプロモーターおよびコード配列の上流のエンハンサーを含み得る。エンハンサーは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチンまたはウイルスエンハンサー、例えばＣＭＶ、ＦＭＤＶ、ＲＳＶもしくはＥＢＶからのエンハンサーであってもよい。
【０４２５】
また、プラスミドは、染色体外でプラスミドを維持し、細胞内で多数のコピーのプラスミドを生成するために哺乳動物複製起点を含んでもよい。また、プラスミドは、プラスミドが投与される細胞における遺伝子発現に十分に適合され得る調節配列を含み得る。コード配列は、宿主細胞においてコード配列のより効率的な転写を可能にし得るコドンを含み得る。
【０４２６】
また、核酸ベースの免疫原性医薬組成物は、エレクトロポレーション法により対象に効率的に送達され、本明細書で開示する１つまたは複数のポリペプチドを発現させることができる、線形核酸免疫原性医薬組成物または線形発現カセットであってもよい。
【０４２７】
また、細胞ベースの免疫原性医薬組成物を、対象に投与してもよい。例えば、抗原提示細胞（ＡＰＣ）ベースの免疫原性医薬組成物は、当技術分野で好適な、かつ理解されている、周知の技術、担体および賦形剤のいずれかを使用して製剤化することができる。ＡＰＣは、単球、単球由来細胞、マクロファージおよび樹状細胞を含む。ときには、ＡＰＣベースの免疫原性医薬組成物は、樹状細胞ベースの免疫原性医薬組成物であり得る。
【０４２８】
樹状細胞ベースの免疫原性医薬組成物は、当技術分野で周知の任意の方法により調製することができる。一部の場合、樹状細胞ベースの免疫原性医薬組成物は、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏ方法を通して調製することができる。ｅｘ  ｖｉｖｏ方法は、患者への投与前にＤＣを活性化またはロードするために、本明細書に記載されるポリペプチドを用いてｅｘ  ｖｉｖｏでパルス処理した自家ＤＣの使用を含み得る。ｉｎ  ｖｉｖｏ方法は、本明細書に記載されるポリペプチドと連結した抗体を使用して特定のＤＣ受容体を標的化することを含み得る。ＤＣベースの免疫原性医薬組成物は、ＤＣアクチベーター、例えばＴＬＲ３、ＴＬＲ−７〜８およびＣＤ４０アゴニストをさらに含み得る。ＤＣベースの免疫原性医薬組成物は、アジュバントおよび薬学的に許容される担体をさらに含み得る。
【０４２９】
アジュバントは、免疫原性医薬組成物を受容した患者において誘発する免疫応答（液性および／または細胞性）を向上させるために使用することができる。ときには、アジュバントは、Ｔｈ１型応答を誘発し得る。他の場合、アジュバントは、Ｔｈ２型応答を誘発し得る。Ｔｈ１型応答は、サイトカイン、例えばＩＬ−４、ＩＬ−５およびＩＬ−１０の生成により特徴付けられ得るＴｈ２型応答とは対照的に、サイトカイン、例えばＩＦＮ−γの生成により特徴付けることができる。
【０４３０】
一部の態様では、脂質ベースのアジュバント、例えばＭＰＬＡおよびＭＤＰは、本明細書で開示する免疫原性医薬組成物で使用することができる。モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬＡ）は、例えば、特定のＴリンパ球に対するリポソーム抗原の提示の増大を引き起こすアジュバントである。加えて、また、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）は、本明細書に記載される免疫原性医薬製剤と共に好適なアジュバントとして使用することができる。
【０４３１】
また、アジュバントは、刺激性分子、例えばサイトカインを含み得る。サイトカインの非限定的な例として、ＣＣＬ２０、ａ−インターフェロン（ＩＦＮ−ａ）、β−インターフェロン（ＩＦＮ−β）、γ−インターフェロン、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦａ、ＴＮＦｐ、ＧＭ−ＣＳＦ、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、皮膚性Ｔ細胞誘因性ケモカイン（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ＭＥＣ）、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２８、ＭＨＣ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１８、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ−１−、ＩＬ−８、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐ１５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８の変異形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲＳ、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ  Ｋ、ＳＡＰ−Ｉ、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫ  ＬＩＧＡＮＤ、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０  ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰＩおよびＴＡＰ２が挙げられる。
【０４３２】
追加のアジュバントとして、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ−１ｐ、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐ１５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１８の変異形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、ＩＬ−２２、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ  Ｋ、ＳＡＰ−１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫ  ＬＩＧＡＮＤ、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０  ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２およびそれらの機能的断片が挙げられる。
【０４３３】
一部の態様では、アジュバントは、ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターであり得る。ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターの例として、ＴＬＲ−９アゴニストが挙げられ、ｔｏｌｌ様受容体の小分子モジュレーター、例えばＩｍｉｑｕｉｍｏｄに限定されない。本明細書に記載される免疫原性医薬組成物との組合せで使用されるアジュバントの他の例として、サポニン、ＣｐＧ  ＯＤＮなどが挙げられ得、これらに限定されない。ときには、アジュバントは、細菌トキソイド、ポリオキシプロピレン−ポリオキシエチレンブロックポリマー、アルミニウム塩、リポソーム、ＣｐＧポリマー、水中油型エマルションまたはそれらの組合せから選択される。ときには、アジュバントは、水中油型エマルションである。水中油型エマルションは、少なくとも１つの油および少なくとも１つの界面活性剤を含む場合があり、油（複数可）および界面活性剤（複数可）は、生分解性（代謝可能）かつ生体適合性である。エマルション中の油滴は、直径５μｍ未満である場合があり、ミクロン以下の直径を有してもよく、これらの小サイズはマイクロフルイダイザーで達成されて、安定なエマルションを提供する。２２０ｎｍ未満のサイズを有する滴は、濾過滅菌に供することができる。
【０４３４】
一部の場合、免疫原性医薬組成物は、担体および賦形剤（緩衝液、炭水化物、マンニトール、タンパク質、ポリペプチドもしくはアミノ酸、例えばグリシン、抗酸化剤、静菌剤、キレート剤、懸濁剤、増粘剤および／または保存剤を含むが、これらに限定されない）；水；石油起源、動物起源、植物起源または合成起源の油を含む油、例えばピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油など；生理食塩水溶液；水性デキストロースおよびグリセロール溶液；香味剤、着色剤、脱粘着剤および他の許容される添加剤；アジュバントまたは結合剤；生理的条件に近づけるために必要とされる他の薬学的に許容される補助物質、例えばｐＨ緩衝剤、浸透圧調節剤、乳化剤、湿潤剤などを含み得る。賦形剤の例として、デンプン、グルコース、乳糖、ショ糖、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、グリセロールモノステアレート、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。別の場合、医薬調製物は、実質的に保存剤を含まない。他の場合、医薬調製物は、少なくとも１つの保存剤を含有し得る。当業者に公知の任意の好適な担体が本明細書に記載される医薬組成物を投与するために使用され得るが、担体の種類は投与様式によって変動することが認識される。
【０４３５】
免疫原性医薬組成物は、保存剤、例えばチオメルサールまたは２−フェノキシエタノールを含み得る。一部の場合、免疫原性医薬組成物は、実質的に水銀材料を含まず（例えば＜１０μｇ／ｍｌ）、例えばチオメルサールを含まない。α−トコフェロールコハク酸エステルは、水銀化合物の代替として使用することができる。
【０４３６】
浸透圧を制御するために、生理食塩、例えばナトリウム塩を、免疫原性医薬組成物中に含めることができる。他の塩は、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸二ナトリウムおよび／または塩化マグネシウムなどを含み得る。
【０４３７】
免疫原性医薬組成物は、２００ｍＯｓｍ／ｋｇ〜４００ｍＯｓｍ／ｋｇの間、２４０〜３６０ｍＯｓｍ／ｋｇの間または２９０〜３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲内の重量オスモル濃度を有し得る。
【０４３８】
免疫原性医薬組成物は、１つまたは複数の緩衝液、例えばＴｒｉｓ緩衝液、ホウ酸緩衝液、コハク酸緩衝液、ヒスチジン緩衝液（特に水酸化アルミニウムアジュバントで）またはクエン酸緩衝液を含み得る。一部の場合、緩衝液は、５〜２０ｍＭの範囲で含まれる。
【０４３９】
免疫原性医薬組成物のｐＨは、約５．０〜約８．５の間、約６．０〜約８．０の間、約６．５〜約７．５の間または約７．０〜約７．８の間であり得る。
【０４４０】
免疫原性医薬組成物は、無菌であり得る。免疫原性医薬組成物は、非発熱性で、例えば１用量当たり１ＥＵ（エンドトキシン単位、標準測定）未満を含有する場合があり、１用量当たり０．１ＥＵ未満であり得る。組成物はグルテンを含まない場合がある。
【０４４１】
免疫原性医薬組成物は、洗剤、例えばポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（「Ｔｗｅｅｎ」として公知）またはオクトキシノール（例えばオクトキシノール−９（Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００）またはｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール）を含み得る。洗剤は、微量でのみ存在し得る。免疫原性医薬組成物は、１ｍｇ／ｍｌ未満のオクトキシノール−１０およびポリソルベート８０の各々を含み得る。他の微量の残りの構成成分は、抗生物質（例えばネオマイシン、カナマイシン、ポリミキシンＢ）であり得る。
【０４４２】
免疫原性医薬組成物は、当技術分野で周知の好適なビヒクル中の滅菌溶液または懸濁液として製剤化され得る。医薬組成物は、従来型の周知の滅菌技術により滅菌してもよく、または濾過滅菌してもよい。得られた水溶液は、そのまま使用のために包装しても、または凍結乾燥してもよく、凍結乾燥した調製物は、投与前に滅菌溶液と組み合わせる。
【０４４３】
免疫原性医薬組成物は、１つまたは複数の薬学的に許容される塩で製剤化され得る。薬学的に許容される塩は、無機イオン、例えばナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムイオンなどの塩を含み得る。そのような塩は、無機酸または有機酸、例えば塩酸、臭化水素酸、リン酸、硝酸、硫酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、酢酸、フマル酸、コハク酸、乳酸、マンデル酸、リンゴ酸、クエン酸、酒石酸またはマレイン酸での塩を含み得る。加えて、薬剤（複数可）がカルボキシ基または他の酸性基を含有する場合、それは無機塩基または有機塩基で薬学的に許容される添加塩に変換することができる。好適な塩基の例として、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、アンモニア、シクロヘキシルアミン、ジシクロヘキシルアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミンなどが挙げられる。
【０４４４】
例えば活性剤、例えば本明細書に記載されるペプチド、核酸、抗体もしくはその断片および／またはＡＰＣを含む医薬組成物は、１つまたは複数のアジュバントとの組合せで、ある特定のモル比を含むように製剤化され得る。例えば、約９９：１〜約１：９９のモル比の、活性剤、例えば本明細書に記載されるペプチド、核酸、抗体もしくはその断片および／またはＡＰＣと１つまたは複数のアジュバントとの組合せが使用され得る。一部の場合、活性剤、例えば本明細書に記載されるペプチド、核酸、抗体もしくはその断片および／またはＡＰＣと１つまたは複数のアジュバントとの組合せのモル比の範囲は、約８０：２０〜約２０：８０、約７５：２５〜約２５：７５、約７０：３０〜約３０：７０、約６６：３３〜約３３：６６、約６０：４０〜約４０：６０、約５０：５０および約９０：１０〜約１０：９０から選択され得る。活性剤、例えば本明細書に記載されるペプチド、核酸、抗体もしくはその断片および／またはＡＰＣと１つまたは複数のアジュバントとの組合せのモル比は、約１：９であってもよく、一部の場合、約１：１であってもよい。活性剤、例えば本明細書に記載されるペプチド、核酸、抗体もしくはその断片および／またはＡＰＣと１つまたは複数のアジュバントとの組合せは、同じ投与単位で、例えば１つのバイアル、坐剤、錠剤、カプセル、エアロゾルスプレーで共に製剤化してもよく、あるいは各薬剤、形態および／または化合物は、別々の単位、例えば２つのバイアル、坐剤、錠剤、２つのカプセル、錠剤およびバイアル、エアロゾルスプレーなどで製剤化してもよい。
【０４４５】
一部の場合、免疫原性医薬組成物は、追加の薬剤と共に投与してもよい。追加の薬剤の選択は、少なくとも一部には、処置される状態に依存し得る。追加の薬剤は、例えば炎症状態を処置するために使用される薬物、例えばＮＳＡＩＤ、例えばイブプロフェン、ナプロキセン、アセトアミノフェン、ケトプロフェンまたはアスピリンを含む、例えば病原体感染（例えばウイルス感染）に治療効果を有する任意の薬剤を含み得る。別の例として、製剤は追加で、１つまたは複数の栄養補助剤、例えばビタミンＣ、Ｅまたは他の抗酸化剤を含有し得る。
【０４４６】
活性剤、例えば本明細書に記載されるペプチド、核酸、抗体もしくはその断片および／またはＡＰＣを、１つまたは複数のアジュバントとの組合せで含む医薬組成物は、例えば投与され得る調製物への活性剤の加工を促進する、賦形剤、希釈剤および／または補助剤を含む１つまたは複数の生理学的に許容される担体を使用して従来様式で製剤化され得る。適切な製剤は、少なくとも一部には、選択される投与経路に依存し得る。本明細書に記載される薬剤（複数可）は、経口、口腔、局所、直腸、経皮、経粘膜、皮下、静脈内および筋内適用ならびに吸入によるものを含む、いくつかの投与経路または投与様式を使用して患者に送達することができる。
【０４４７】
活性剤は、非経口投与（例えば注射、例えばボーラス注射または連続点滴による）のために製剤化してもよく、アンプル、事前充填式シリンジ、小体積点滴で単位用量形態にて、または保存剤を添加した多用量容器にて提示してもよい。組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液またはエマルション、例えば水性ポリエチレングリコール中の溶液などの形態をとり得る。
【０４４８】
注射用製剤のために、ゴマ油、トウモロコシ油、綿実油またはピーナッツ油およびエリキシル剤、マンニトール、デキストロースを伴う、水溶液もしくは油性懸濁液もしくはエマルションまたは滅菌水溶液および同様の医薬ビヒクルを含む、ビヒクルは、当技術分野で好適であることが公知のものから選択することができる。また、製剤は、生体適合性、生分解性であるポリマー組成物、例えばポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）を含み得る。これらの材料は、薬物をロードしたミクロスフェアまたはナノスフェアに作製し、さらにコーティングまたは誘導体化して優れた維持放出性能を提供することができる。眼周囲注射または眼内注射に好適なビヒクルは、例えば注射グレード水、リポソームおよび親油性物質に好適なビヒクル中の治療剤の懸濁液を含む。眼周囲注射または眼内注射のための他のビヒクルは、当技術分野で周知である。
【０４４９】
一部の場合、医薬組成物は、ヒトへの静脈内投与に適合した医薬組成物としてルーチン手技に従って製剤化される。典型的に、静脈内投与のための組成物は、滅菌等張水性緩衝液中の溶液である。また、必要な場合、組成物は、可溶化剤および注射部位の痛みを軽減するためのリドカインなどの局部麻酔薬を含み得る。一般的に、成分は、別々に、または単位投与形態中で共に混合して、例えば、活性剤の量を表示する密閉容器、例えばアンプルまたはサシェ中の乾燥した凍結乾燥粉末または水を含まない濃縮物として供給される。組成物が点滴により投与される場合、それは、滅菌医薬グレード水または生理食塩水を含有する点滴瓶で分配され得る。組成物が注射により投与される場合、成分を投与前に混合し得るように、注射用滅菌水または生理食塩水のアンプルが提供され得る。
【０４５０】
投与が注射による場合、活性剤は、水溶液中、特に生理学的に適合性の緩衝液、例えばハンクス溶液、リンガー溶液または生理食塩緩衝液中に製剤化され得る。溶液は、調合剤、例えば懸濁剤、安定化剤および／または分散剤を含有し得る。あるいは、活性化合物は、使用前の、好適なビヒクル、例えば滅菌発熱物質非含有水での構成のための粉末形態であってもよい。別の実施形態では、医薬組成物は、アジュバント、またはペプチドにより刺激された免疫応答を向上させるために添加される任意の他の物質を含まない。別の実施形態では、医薬組成物は、ペプチドへの免疫応答を阻害する物質を含む。
【０４５１】
以前に説明する製剤に加えて、また、活性剤は、デポー調製物として製剤化され得る。そのような長期作用製剤は、埋め込みまたは経皮送達（例えば皮下または筋内）、筋内注射もしくは経皮パッチの使用により投与することができる。したがって、例えば、薬剤は、好適なポリマー材料もしくは疎水性材料（例えば許容される油中のエマルションとして）またはイオン交換樹脂と共に、あるいはわずかに可溶性の誘導体として、例えばわずかに可溶性の塩として製剤化することができる。
【０４５２】
ある場合に、１つまたは複数の薬剤を含む医薬組成物は、局所的に投与されるか、または特定の感染部位もしくはその近くに注射された場合、局部効果および領域性効果を発揮する。例えば強粘液、溶液、懸濁液、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）ベースの溶液、リポソーム製剤、ゲル、ゼリー、クリーム、ローション、軟膏、坐剤、フォームまたはエアロゾルスプレーの直接局所適用は、例えば局部効果および／または領域性効果を生成するための局部投与のために使用することができる。そのような製剤のために薬学的に適切なビヒクルは、例えば低級脂肪族アルコール、ポリグリコール（例えばグリセロールまたはポリエチレングリコール）、脂肪酸のエステル、油、脂肪、シリコーンなどを含む。また、そのような調製物は、保存剤（例えばｐ−ヒドロキシ安息香酸エステル）および／または抗酸化剤（例えばアスコルビン酸およびトコフェロール）を含み得る。また、Dermatological Formulations: Percutaneous absorption、Barry（編）、Marcel Dekker Incl、１９８３年を参照されたい。別の実施形態では、上皮性または粘膜性ウイルス感染を処置するために、トランスポーター、担体またはイオンチャネル阻害剤を含む局部／局所製剤が使用される。
【０４５３】
医薬組成物は、美容的または皮膚科学的に許容される担体を含有し得る。そのような担体は、皮膚、爪、粘膜、組織および／または毛髪と適合性であり、これらの要求に適合する任意の従来の方法で使用される美容用または皮膚科学用担体を含み得る。そのような担体は、当業者が容易に選択することができる。皮膚軟膏の製剤化において、薬剤または薬剤の組合せは、油性炭化水素ベース、無水吸収ベース、油中水型吸収ベース、水中油型の水で除去可能なベースおよび／または水溶性ベース中で製剤化することができる。そのような担体および賦形剤の例として、保水剤（例えば尿素）、グリコール（例えばプロピレングリコール）、アルコール（例えばエタノール）、脂肪酸（例えばオレイン酸）、界面活性剤（例えばミリスチン酸イソプロピルおよびラウリル硫酸ナトリウム）、ピロリドン、グリセロールモノラウレート、スルホキシド、テルペン（例えばメントール）、アミン、アミド、アルカン、アルカノール、水、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、様々な糖、デンプン、セルロース誘導体、ゼラチンおよびポリマー、例えばポリエチレングリコールが挙げられるが、これらに限定されない。
【０４５４】
軟膏およびクリームは、好適な増粘剤および／またはゲル化剤を添加して、例えば水性ベースまたは油性ベースで製剤化することができる。ローションは、水性ベースまたは油性ベースで製剤化することができ、また一般的に、１つまたは複数の乳化剤、安定化剤、分散剤、懸濁剤、増粘剤または着色剤を含有する。医薬剤の送達のための経皮パッチの構築および使用は、当技術分野で周知である。そのようなパッチは、医薬剤の連続送達、拍動性送達またはオンデマンド式送達のために構築され得る。
【０４５５】
医薬組成物および投与形態を形成するために使用され得る潤滑剤として、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、鉱油、軽油、グリセリン、ソルビトール、マンニトール、ポリエチレングリコール、他のグリコール、ステアリン酸、ラウリル硫酸ナトリウム、タルク、水添植物油（例えばピーナッツ油、綿実油、ヒマワリ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油）、ステアリン酸亜鉛、オレイン酸エチル、ラウリン酸（laureate）エチル、寒天またはそれらの混合物が挙げられ得るが、これらに限定されない。追加の潤滑剤として、例えばｓｙｌｏｉｄシリカゲル、合成シリカの凝固エアロゾルまたはそれらの混合物が挙げられる。潤滑剤は任意選択で、医薬組成物の約１重量パーセント未満の量で添加することができる。
【０４５６】
医薬組成物は、水性、水性−アルコール性または油性溶液；ローションまたは漿液分散液；水性、無水または油性ゲル；水相中の脂肪相の分散液により得られるエマルション（Ｏ／Ｗまたは水中油）または逆のエマルション（Ｗ／Ｏまたは油中水）；マイクロエマルションまたはあるいはマイクロカプセル；イオン性および／または非イオン性型の微小粒子または脂質ベシクル分散液を含む、局所適用に好適な任意の形態であり得る。これらの組成物は、従来方法に従って調製することができる。組成物の様々な構成要素の量は、当技術分野において従来の方法で使用されている量である。これらの組成物は特に、顔面用、手用、身体用および／もしくは粘膜用または皮膚の清浄用の、保護、処置もしくはケアクリーム、乳液、ローション、ゲルまたはフォームを構成する。また、組成物は、石鹸またはクレンジングバーを構成する固体調製物からなってもよい。
【０４５７】
医薬組成物は、アジュバント、例えば親水性または親油性ゲル化剤、親水性または親油性活性剤、保存剤、抗酸化剤、溶媒、芳香剤、充填剤、日焼け止め、臭気吸収剤および染料を含有し得る。これらの様々なアジュバントの量は、考慮される分野において従来の方法で使用されている量であり、例えば組成物の総重量の約０．０１％〜約２０％である。それらの性質によって、これらのアジュバントは、脂肪相に、水相に、および／または脂質ベシクルに導入することができる。
【０４５８】
局所／局部適用に関連する場合、医薬組成物は、１つまたは複数の浸透エンハンサーを含み得る。例えば、製剤は、透過性障壁、例えば皮膚を介する本発明の薬剤または薬剤の組合せの浸透を増大させるか、または送達を補助する好適な固体またはゲル相担体または賦形剤を含み得る。これらの浸透を向上させる化合物の多くは、局所製剤の分野で公知であり、例えば水、アルコール（例えばメタノール、エタノール、２−プロパノールのようなテルペン）、スルホキシド（例えばジメチルスルホキシド、デシルメチルスルホキシド、テトラデシルメチルスルホキシド）、ピロリドン（例えば２−ピロリドン、Ｎ−メチル−２−ピロリドン、Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）ピロリドン）、ラウロカプラム、アセトン、ジメチルアセトアミド、ジメチルホルムアミド、テトラヒドロフルフリルアルコール、Ｌ−α−アミノ酸、アニオン性、カチオン性、両性または非イオン性界面活性剤（例えばミリスチン酸イソプロピルおよびラウリル硫酸ナトリウム）、脂肪酸、脂肪アルコール（例えばオレイン酸）、アミン、アミド、クロフィブリン酸アミド、ヘキサメチレンラウラミド、タンパク質分解性酵素、α−ビサボロール、ｄ−リモネン、尿素およびＮ，Ｎ−ジエチル−ｍ−トルアミドなどが挙げられる。追加の例として、保水剤（例えば尿素）、グリコール（例えばプロピレングリコールおよびポリエチレングリコール）、グリセロールモノラウレート、アルカン、アルカノール、ＯＲＧＥＬＡＳＥ、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、様々な糖、デンプン、セルロース誘導体、ゼラチンおよび／または他のポリマーが挙げられる。別の実施形態では、医薬組成物は、１つまたは複数のそのような浸透エンハンサーを含む。
【０４５９】
局部／局所適用のための医薬組成物は、１つまたは複数の抗菌保存剤、例えば四級アンモニウム化合物、有機水銀、ｐ−ヒドロキシ安息香酸エステル、芳香族アルコール、クロロブタノールなどを含み得る。
【０４６０】
医薬組成物は、エアロゾル溶液、懸濁液または乾燥粉末に製剤化することができる。エアロゾルは、呼吸系または鼻道を通して投与することができる。例えば、当業者は、本発明の組成物は、適切な担体、例えば薬学的に許容される噴射剤中に懸濁または溶解することができ、点鼻スプレーまたは吸入剤を使用して肺に直接投与することができることを認識する。例えば、トランスポーター、担体またはイオンチャネル阻害剤を含むエアロゾル製剤は、例えば点鼻スプレーまたは吸入剤としての投与のために、噴射剤または溶媒および噴射剤の混合物中に溶解、懸濁または乳化してもよい。エアロゾル製剤は、当技術分野において従来の方法で使用されている、圧力下の任意の許容される噴射剤、例えば美容的もしくは皮膚科学的または薬学的に許容される噴射剤を含有し得る。
【０４６１】
鼻内投与のためのエアロゾル製剤は一般的に、滴またはスプレーで鼻道に投与されるように設計された水溶液である。点鼻溶液は、それらが一般的に等張性であり、約５．５〜約６．５のｐＨを維持するようにわずかに緩衝されている点で、鼻汁に類似し得るが、この範囲外のｐＨ値を追加で使用してもよい。また、抗菌剤または保存剤は、製剤中に含まれ得る。
【０４６２】
吸入のためのエアロゾル製剤または吸入剤は、薬剤または薬剤の組合せが鼻内または経口呼吸経路により投与された場合、対象の呼吸樹に運搬されるように設計され得る。吸入溶液は、例えば噴霧器により投与することができる。微粉薬物または液体薬物を含む吸入または吹送は、例えば排出を助けるための噴射剤中の薬剤または薬剤の組合せの溶液または懸濁液の医薬エアロゾルとして呼吸系に送達することができる。噴射剤は、ハロゲン化炭素、例えばフッ化炭素、例えばフッ素化塩素化炭化水素、ハイドロクロロフルオロカーボンおよびハイドロクロロカーボンならびに炭化水素および炭化水素エーテルを含む、液化ガスであってもよい。
【０４６３】
ハロゲン化炭素噴射剤は、全ての水素がフッ素で置き換えられているフッ化炭素噴射剤、全ての水素が塩素および少なくとも１つのフッ素で置き換えられているクロロフルオロカーボン噴射剤、水素含有フッ化炭素噴射剤ならびに水素含有クロロフルオロカーボン噴射剤を含み得る。本発明で有用な炭化水素噴射剤として、例えばプロパン、イソブタン、ｎ−ブタン、ペンタン、イソペンタンおよびネオペンタンが挙げられる。また、炭化水素の配合物は、噴射剤として使用することができる。エーテル噴射剤として、例えばジメチルエーテルおよびエーテルが挙げられる。また、本発明のエアロゾル製剤は、１つを超える噴射剤を含んでもよい。例えば、エアロゾル製剤は、同じクラスからの１つを超える噴射剤、例えば２つもしくはそれよりも多いフッ化炭素；または異なるクラスからの１つを超える、２つを超える、３つを超える噴射剤、例えばフッ化炭化水素および炭化水素を含んでもよい。また、本発明の医薬組成物は、圧縮気体、例えば不活性気体、例えば二酸化炭素、亜酸化窒素または窒素で分配することができる。
【０４６４】
また、エアロゾル製剤は、他の構成成分、例えばエタノール、イソプロパノール、プロピレングリコールならびに界面活性剤または他の構成成分、例えば油および洗剤を含み得る。これらの構成成分は、製剤を安定化させ、かつ／または弁構成要素を潤滑化するように働き得る。
【０４６５】
エアロゾル製剤は、加圧包装してもよく、溶液、懸濁液、エマルション、粉末および半固体調製物を使用するエアロゾルとして製剤化してもよい。例えば、溶液エアロゾル製剤は、（実質的に）純粋な噴射剤中に、または噴射剤および溶媒の混合物として、本発明の薬剤、例えばトランスポーター、担体またはイオンチャネル阻害剤の溶液を含み得る。溶媒は、薬剤を溶解し、かつ／または噴射剤の蒸発を遅延させるために使用することができる。溶媒は、例えば水、エタノールおよびグリコールを含み得る。好適な溶媒の任意の組合せは、任意選択で保存剤、抗酸化剤および／または他のエアロゾル構成成分と組み合わせて、使用され得る。
【０４６６】
エアロゾル製剤は、分散液または懸濁液であってもよい。懸濁エアロゾル製剤は、本発明の薬剤または薬剤の組合せ、例えばトランスポーター、担体またはイオンチャネル阻害剤および分散剤の懸濁液を含み得る。分散剤は、例えばソルビタントリオレート、オレイルアルコール、オレイン酸、レシチンおよびトウモロコシ油を含み得る。また、懸濁エアロゾル製剤は、潤滑剤、保存剤、抗酸化剤および／または他のエアロゾル構成成分を含み得る。
【０４６７】
エアロゾル製剤は同様に、エマルションとして製剤化することができる。エマルションエアロゾル製剤は、例えばアルコール、例えばエタノール、界面活性剤、水および噴射剤ならびに本発明の薬剤または薬剤の組合せ、例えばトランスポーター、担体またはイオンチャネルを含み得る。使用される界面活性剤は、非イオン性、アニオン性またはカチオン性であり得る。エマルションエアロゾル製剤の一例は、例えばエタノール、界面活性剤、水および噴射剤を含む。エマルションエアロゾル製剤の別の例は、例えば植物油、モノステアリン酸グリセリンおよびプロパンを含む。
【０４６８】
医薬化合物は、坐剤としての投与のために製剤化してもよい。低融点蝋、例えばトリグリセリドの混合物、脂肪酸グリセリド、Ｗｉｔｅｐｓｏｌ  Ｓ５５（Ｄｙｎａｍｉｔｅ  Ｎｏｂｅｌ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｇｅｒｍａｎｙの商標）またはココアバターを最初に融解し、活性構成成分を、例えば撹拌により均一に分散させる。融解した均一な混合物をその後、便利な大きさの鋳型に注ぎ、冷却させ、凝固させる。
【０４６９】
医薬組成物は、膣投与のために製剤化してもよい。活性成分に加えてそのような担体を含有するペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、フォームまたはスプレーは、適切であることが当技術分野で公知である。
【０４７０】
医薬組成物は、局所、眼内、眼周囲または全身投与のためのインサート上の、インサート内の、またはインサートに付着した維持放出製剤における使用のために、生体適合性ポリマーに放出可能に付着させてもよい。生体適合性ポリマーからの制御放出は、滴下注入用製剤を形成するためにも水溶性ポリマーを伴って利用することができる。生体適合性ポリマー、例えばＰＬＧＡミクロスフェアまたはナノスフェアからの制御放出は、維持放出投与のための眼内埋め込みまたは注射に好適な製剤でも利用することができる。任意の好適な生分解性および生体適合性ポリマーを使用することができる。
【０４７１】
ＩＶ．ＣＴＬペプチドとＨＴＬペプチドとの組合せ
免疫賦活活性を有する、本明細書に記載されるネオ抗原性ポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそれらの類似体を含む免疫原性またはワクチン組成物は、所望の属性、例えば改善した血清半減期を提供するために、または免疫原性を向上させるために修飾してもよい。
【０４７２】
例えば、ネオ抗原性ペプチドがＣＴＬ活性を誘導する能力は、ヘルパーＴ細胞応答を誘導することができる少なくとも１つのエピトープを含有する配列にペプチドを連結することにより向上させることができる。一部の実施形態では、ＣＴＬエピトープ／ＨＴＬエピトープコンジュゲートは、スペーサー分子により連結されている。スペーサーは典型的に、生理的条件下で実質的に非荷電の、比較的小さな中性分子、例えばアミノ酸またはアミノ酸模倣物からなる。スペーサーは典型的に、例えばＡｌａ、Ｇｌｙまたは非極性アミノ酸もしくは中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意選択で、本スペーサーは、同じ残基からなる必要はなく、したがってヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが理解される。存在する場合、スペーサーは通常、少なくとも１個または２個の残基、より通常には３〜６個の残基である。あるいは、ＣＴＬペプチドは、スペーサーを伴わずにＴヘルパーペプチドに連結してもよい。
【０４７３】
ＣＴＬペプチドエピトープは、Ｔヘルパーペプチドエピトープに直接連結してもよいが、ＣＴＬエピトープ／ＨＴＬエピトープコンジュゲートは、スペーサー分子により連結してもよい。スペーサーは典型的に、生理的条件下で実質的に非荷電の、比較的小さな中性分子、例えばアミノ酸またはアミノ酸模倣物からなる。スペーサーは典型的に、例えばＡｌａ、Ｇｌｙまたは非極性アミノ酸もしくは中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意選択で、本スペーサーは、同じ残基からなる必要はなく、したがってヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが理解される。存在する場合、スペーサーは通常、少なくとも１個または２個の残基、より通常には３〜６個の残基である。ＣＴＬペプチドエピトープは、ＣＴＬペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかで直接的に、またはスペーサーを介してＴヘルパーペプチドエピトープに連結してもよい。免疫原性ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端はアシル化してもよい。
【０４７４】
また、ＨＴＬペプチドエピトープは、それらの生物学的特性を変えるために修飾してもよい。例えば、ＨＴＬエピトープを含むペプチドは、プロテアーゼに対するそれらの抵抗性を増大させ、したがってそれらの血清半減期を延長するためにＤ−アミノ酸を含有し得る。また、エピトープペプチドは、それらの生物学的活性を増大させるために、他の分子、例えば脂質、タンパク質もしくは糖または任意の他の合成化合物にコンジュゲートしてもよい。例えば、Ｔヘルパーペプチドは、アミノ末端またはカルボキシル末端のいずれかで１つまたは複数のパルミチン酸鎖にコンジュゲートしてもよい。
【０４７５】
ある特定の実施形態では、Ｔヘルパーペプチドは、集団の大部分に存在するヘルパーＴ細胞により認識されるペプチドである。これは、ＨＬＡクラスＩＩ分子の多く、ほとんどまたは全てに結合するアミノ酸配列を選択することにより達成することができる。これらは、「緩やかなＨＬＡ拘束性（ｌｏｏｓｅｌｙ  ＨＬＡ−ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ）」または「無差別な（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ）」Ｔヘルパー配列として公知である。無差別なアミノ酸配列の例として、破傷風トキソイドの８３０〜８４３位（ＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＴＥ）、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ  ＣＳタンパク質の３７８〜３９８位（ＤＩＥＫＫＩＡＫＭＥＫＡＳＳＶＦＮＶＶＮＳ）およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  １８ｋＤタンパク質の１１６位（ＧＡＶＤＳＩＬＧＧＶＡＴＹＧＡＡ）などの抗原からの配列が挙げられる。他の例として、ＤＲ１−４−７スーパーモチーフを有するか、またはＤＲ３モチーフのいずれかを有するペプチドが挙げられる。
【０４７６】
あるいは、天然に見られないアミノ酸配列を使用して、緩やかなＨＬＡ拘束様式でヘルパーＴリンパ球を刺激することができる合成ペプチドを調製することが可能である（例えばＰＣＴ公開ＷＯ  ９５／０７７０７を参照のこと）。Ｐａｎ−ＤＲ結合エピトープと呼ばれるこれらの合成化合物（例えばＰＡＤＲＥ、Ｅｐｉｍｍｕｎｅ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）は、ほとんどのＨＬＡ−ＤＲ（ヒトＨＬＡクラスＩＩ）分子に結合するように設計されている。例えば、式：ａＫＸＶＷＡＮＴＬＫＡＡａを有し、「Ｘ」がシクロヘキシルアラニン、フェニルアラニンまたはチロシンのいずれかであり、ａがＤ−アラニンまたはＬ−アラニンのいずれかであるｐａｎ−ＤＲ結合エピトープペプチドは、ほとんどのＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子に結合すること、およびＨＬＡ型にかかわらず、ほとんどの個体からのヘルパーＴリンパ球の応答を刺激することが分かっている。ｐａｎ−ＤＲ結合エピトープの代替物は、全て「Ｌ」の天然アミノ酸を含み、エピトープをコードする核酸の形態で提供することができる。
【０４７７】
一部の実施形態では、医薬組成物（例えば免疫原性組成物）中のネオ抗原治療薬（例えばペプチド、ポリヌクレオチド、ＴＣＲ、ＣＡＲ、ＴＣＲまたはＣＡＲを含有する細胞、ポリペプチドを含有する樹状細胞、ポリヌクレオチドを含有する樹状細胞、抗体など）中に、細胞傷害性Ｔリンパ球に予備刺激を与える少なくとも１つの構成成分を含めることが望ましい場合がある。脂質は、ウイルス抗原に対してｉｎ  ｖｉｖｏでＣＴＬに予備刺激を与えることができる薬剤として特定されている。例えば、パルミチン酸残基は、リシン残基のε−アミノ基およびα−アミノ基に付着し、それから例えば１つまたは複数の連結残基、例えばＧｌｙ、Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−、Ｓｅｒ、Ｓｅｒ−Ｓｅｒなどを介して免疫原性ネオ抗原性ペプチドに連結してもよい。脂質付加ペプチドはその後、ミセルもしくは粒子中に直接投与してもよく、リポソームに組み込んでもよく、またはアジュバント中に乳化してもよい。一部の実施形態では、特に有効な免疫原性構築物は、連結、例えばＳｅｒ−Ｓｅｒを介して免疫原性ペプチドのアミノ末端に付着した、Ｌｙｓのε−アミノ基およびα−アミノ基に付着したパルミチン酸を含む。
【０４７８】
ＣＴＬ応答の脂質予備刺激の別の例として、Ｅ．ｃｏｌｉリポタンパク質、例えばトリパルミトイル−Ｓ−グリセリルシステイニルセリル（glycerylcysteinlyseryl）−セリン（Ｐ３ＣＳＳ：ｔｒｉｐａｌｍｉｔｏｙｌ−Ｓ−ｇｌｙｃｅｒｙｌｃｙｓｔｅｉｎｙｌｓｅｒｙｌ−ｓｅｒｉｎｅ）は、適切なペプチドに共有結合的に付着された場合、ウイルス特異的ＣＴＬに予備刺激を与えるために使用することができる。（例えばDeresら、Nature  ３４２巻：５６１頁、１９８９年を参照のこと）。本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、例えばＰ３ＣＳＳに連結してもよく、リポペプチドは個体に投与されて、標的抗原に対するＣＴＬ応答に特異的に予備刺激を与える。さらに、また、中和抗体の誘導は、Ｐ３ＣＳＳをコンジュゲートしたエピトープにより予備刺激を与えられ得るので、２つのそのような組成物は、感染に対する液性および細胞媒介性応答の両方をより有効に誘発するために組み合わせてもよい。
【０４７９】
本明細書で示すように、ペプチドを互いに連結するのを容易にするために、担体支持体またはより大きなペプチドへの連結を提供するために、ペプチドまたはオリゴペプチドの物理的または化学的特性の改変を提供するためなどに、追加のアミノ酸をネオ抗原性ペプチドの末端に付加してもよい。アミノ酸、例えばチロシン、システイン、リシン、グルタミン酸またはアスパラギン酸などは、ペプチドまたはオリゴペプチドのＣ末端またはＮ末端に導入してもよい。しかしながら、Ｔ細胞エピトープのカルボキシル末端での修飾は、一部の場合、ペプチドの結合特性を変え得ることに留意すべきである。加えて、ペプチドまたはオリゴペプチド配列は、末端ＮＨ２アシル化により、例えばアルカノイル（Ｃ１〜Ｃ２０）またはチオグリコリルアセチル化、末端カルボキシルアミド化、例えばアンモニア、メチルアミンなどにより修飾することにより、天然配列とは異なり得る。一部の場合、これらの修飾は、支持体または他の分子への連結のための部位を提供し得る。
【０４８０】
本明細書に記載される免疫原性組成物の実施形態は、患者の血液からのＰＢＭＣまたはそれから単離したＤＣへの、エピトープを有するネオ抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのカクテルのｅｘ  ｖｉｖｏ投与を含む。ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−１βおよびＴＮＦαを含む、樹状細胞（ＤＣ）の回収を促進するための医薬品を使用してもよい。ＤＣをペプチドまたはペプチドをコードするポリヌクレオチドを用いてパルス処理した後、かつ患者に再注入する前に、結合していないペプチドを除去するためにＤＣを洗浄する。この実施形態では、ワクチンまたは免疫原性組成物は、表面上にＨＬＡ分子と複合体化したパルス処理したペプチドエピトープを提示する、ペプチドを用いてパルス処理したＤＣを含む。組成物はその後、患者に投与される。他の実施形態では、そのようなパルス処理したＤＣは、Ｔ細胞治療における使用に好適なＴ細胞を刺激するために使用される。
【０４８１】
Ｖ．多エピトープ免疫原性組成物
多エピトープの同時送達を可能にする、いくつかの異なるアプローチが利用可能である。本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドをコードする核酸は、本発明の特に有用な実施形態である。一部の実施形態では、核酸は、ＲＮＡである。一部の実施形態では、本明細書に記載される１つまたは多数のエピトープを含むネオ抗原性ペプチドをコードするミニ遺伝子構築物は、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドをコードする核酸を投与するために使用される。
【０４８２】
多エピトープミニ遺伝子の使用は、An, L.およびWhitton, J. L.、J. Virol.７１巻：２２９２頁、１９９７年；Thomson, S. A.ら、J. Immunol.１５７巻：８２２頁、１９９６年；Whitton, J. L.ら、J. Virol.６７巻：３４８頁、１９９３年；Hanke, R.ら、Vaccine  １６巻：４２６頁、１９９８年に記載されている。例えば、スーパーモチーフおよび／またはモチーフを有するネオ抗原ペプチドをコードする多エピトープＤＮＡプラスミド、普遍的ヘルパーＴ細胞エピトープ（または多腫瘍関連抗原ＨＴＬエピトープ）ならびに小胞体移行シグナル配列を操作することができる。
【０４８３】
多エピトープ性ミニ遺伝子の免疫原性は、トランスジェニックマウスにおいて試験して、試験したエピトープに対して誘導された免疫応答の大きさを評価してもよい。さらに、ｉｎ  ｖｉｖｏでのＤＮＡにコードされたエピトープの免疫原性は、ＤＮＡプラスミドをトランスフェクトした標的細胞に対する特定のＣＴＬ株のｉｎ  ｖｉｔｒｏ応答と相関し得る。したがって、これらの実験は、１．）ミニ遺伝子が、細胞媒介性および／または液性応答を発生するように働くこと、ならびに２．）誘導された免疫細胞は、コードされたエピトープを発現する細胞を認識したことの両方を示し得る。
【０４８４】
例えば、ヒト細胞における発現のための選択されたネオエピトープをコードするＤＮＡ配列（ミニ遺伝子）を創出するために、エピトープのアミノ酸配列は、逆翻訳され得る。ヒトコドン利用表は、各アミノ酸についてのコドン選択肢を導くために使用することができる。これらのネオエピトープをコードするＤＮＡ配列は、翻訳された場合に連続ポリペプチド配列が創出されるように、直接隣接していてもよい。発現および／または免疫原性を最適化するために、追加のエレメントをミニ遺伝子設計に組み込んでもよい。逆翻訳され、かつミニ遺伝子配列に含まれ得るアミノ酸配列の例として、ＨＬＡクラスＩエピトープ、ＨＬＡクラスＩＩエピトープ、ユビキチン化シグナル配列および／または小胞体標的化シグナルが挙げられる。加えて、ＣＴＬおよびＨＴＬエピトープのＨＬＡ提示は、ＣＴＬまたはＨＴＬエピトープに隣接する合成の（例えばポリアラニン）、または天然に存在する隣接する配列を含めることにより改善することができ、エピトープ（複数可）を含むこれらのより大きなペプチドは、本発明の範囲内である。
【０４８５】
ミニ遺伝子配列は、ミニ遺伝子のプラス鎖およびマイナス鎖をコードするオリゴヌクレオチドを組み立てることによりＤＮＡに変換され得る。重複オリゴヌクレオチド（３０〜１００塩基長）は、周知の技術を使用して適切な条件下で合成し、リン酸化し、精製し、アニーリングすることができる。オリゴヌクレオチドの端部は、例えばＴ４  ＤＮＡリガーゼを使用して接合してもよい。エピトープポリペプチドをコードするこの合成ミニ遺伝子をその後、所望の発現ベクターにクローニングしてもよい。
【０４８６】
当業者に周知の標準の調節配列は、標的細胞における発現を確実にするためにベクターに含まれ得る。例えば、ミニ遺伝子挿入のための下流のクローニング部位を有するプロモーター；効率的な転写終止のためのポリアデニル化シグナル；Ｅ．ｃｏｌｉ複製起点；およびＥ．ｃｏｌｉ選択マーカー（例えばアンピシリンまたはカナマイシン抵抗性）。多くのプロモーター、例えばヒトサイトメガロウイルス（ｈＣＭＶ）プロモーターを、この目的のために使用することができる。他の好適なプロモーター配列については、例えば米国特許第５，５８０，８５９号および同第５，５８９，４６６号を参照されたい。
【０４８７】
ミニ遺伝子発現および免疫原性を最適化するために、追加のベクター改変を使用することができる。一部の場合、イントロンが、効率的な遺伝子発現に必要とされ、１つまたは複数の合成または天然に存在するイントロンが、ミニ遺伝子の転写される領域に組み込まれ得る。また、ｍＲＮＡ安定化配列および哺乳動物細胞における複製のための配列を含めることが、ミニ遺伝子発現を増大させるために考慮され得る。
【０４８８】
発現ベクターが選択されると、ミニ遺伝子は、プロモーターの下流のポリリンカー領域にクローニングされ得る。このプラスミドで適切なＥ．ｃｏｌｉ株を形質転換し、ＤＮＡを標準の技術を使用して調製する。ミニ遺伝子およびベクターに含まれる全ての他のエレメントの向きおよびＤＮＡ配列は、制限酵素マッピングおよびＤＮＡ配列解析を使用して確認することができる。正しいプラスミドを有する細菌細胞を、マスター細胞バンクおよびワーキング細胞バンクとして保存してもよい。
【０４８９】
加えて、免疫調節性配列は、ＤＮＡワクチンの免疫原性において役割を果たすように見える。これらの配列は、所望の場合免疫原性を向上させるために、ミニ遺伝子コード配列の外側で、ベクターに含まれ得る。一部の実施形態では、配列は、免疫賦活性である。別の実施形態では、配列は、ＩＳＳまたはＣｐＧである。
【０４９０】
一部の実施形態では、ミニ遺伝子がコードするエピトープおよび（免疫原性を向上または減少させるために含まれる）第２のタンパク質の両方の生成を可能にする２シストロン性発現ベクターが、使用され得る。共発現された場合、免疫応答を有益に向上させ得るタンパク質またはポリペプチドの例として、サイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−１２、ＧＭ−ＣＳＦ）、サイトカイン誘導分子（例えばＬｅＩＦ）、共刺激分子、またはＨＴＬ応答のためのｐａｎ−ＤＲ結合タンパク質が挙げられる。ヘルパー（ＨＴＬ）エピトープは、細胞内標的化シグナルに接合し、発現されるＣＴＬエピトープとは別々に発現させてもよく、これは、ＣＴＬエピトープの方向付けとは異なるＨＴＬエピトープの細胞区画への方向付けを可能にする。必要な場合、これは、ＨＴＬエピトープがＨＬＡクラスＩＩ経路に、より効率的に入り、これによりＨＴＬ誘導を改善することを促進し得る。ＨＴＬまたはＣＴＬ誘導とは対照的に、免疫抑制性分子（例えばＴＧＦ−β）の共発現により免疫応答を特異的に減少させることは、ある特定の疾患において有益であり得る。
【０４９１】
治療量のプラスミドＤＮＡは、例えばＥ．ｃｏｌｉにおける発酵、続いて精製により生成することができる。ワーキング細胞バンクからの一定分量を、増殖培地に接種するために使用し、周知の技術に従って振盪フラスコまたはバイオリアクター中で飽和するまで増殖させる。プラスミドＤＮＡは、標準のバイオ分離技術、例えばＱＩＡＧＥＮ，Ｉｎｃ．（Ｖａｌｅｎｃｉａ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）により供給される固相陰イオン交換樹脂を使用して精製することができる。必要な場合、ゲル電気泳動または他の方法を使用して、開環状形態および線形形態からスーパーコイルＤＮＡを単離してもよい。
【０４９２】
精製プラスミドＤＮＡは、様々な製剤を使用して注射用に調製することができる。これらのうちの最も単純なものは、滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中の凍結乾燥ＤＮＡの再構成である。「ネイキッドＤＮＡ」として公知のこのアプローチは現在、臨床試験において筋内（ＩＭ：ｉｎｔｒａｍｕｓｃｕｌａｒ）投与のために使用されている。ミニ遺伝子ＤＮＡワクチンの免疫治療効果を最大限にするために、精製プラスミドＤＮＡを製剤化するための代替方法を使用してもよい。様々な方法が説明されており、新しい技術が利用可能になり得る。また、カチオン性脂質は、製剤中で使用することができる（例えばＷＯ９３／２４６４０；ManninoおよびGould-Fogerite、BioTechniques  ６巻（７号）：６８２頁（１９８８年）；米国特許第５，２７９，８３３号；ＷＯ９１／０６３０９；およびFelgnerら、Proc. Nat'l Acad. Sci. USA  ８４巻：７４１３頁（１９８７年）により説明されるものを参照のこと）。加えて、また、糖脂質、膜融合性リポソーム、ペプチドおよび保護性相互作用性非縮合化合物（ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ，ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ，ｎｏｎ−ｃｏｎｄｅｎｓｉｎｇ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ）（ＰＩＮＣ）と集合的に呼ばれる化合物は、変数、例えば安定性、筋内分散または特定の器官もしくは細胞種への輸送に影響を与えるために、精製プラスミドＤＮＡに複合体化され得る。
【０４９３】
別の実施形態では、高速細胞変形の使用により、核酸が細胞に導入される。高速変形中、細胞膜で一時的な破壊が起こり、したがって核酸が細胞に入ることが可能になるように、細胞は圧搾される。あるいは、タンパク質を、発現ベクターから、例えば細菌発現ベクター中で生成してもよく、タンパク質はその後、細胞に送達され得る。
【０４９４】
標的細胞感受性化は、ミニ遺伝子がコードするＣＴＬエピトープの発現およびＨＬＡクラスＩ提示についての機能的アッセイとして使用することができる。例えば、プラスミドＤＮＡは、標準のＣＴＬクロム放出アッセイの標的として好適な哺乳動物細胞株に導入される。使用されるトランスフェクション方法は、最終的な製剤に依存する。エレクトロポレーション法は、「ネイキッド」ＤＮＡに使用することができ、一方で、カチオン性脂質は、直接的なｉｎ  ｖｉｔｒｏトランスフェクションを可能にする。緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）を発現するプラスミドを共トランスフェクトして、蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）を使用したトランスフェクトされた細胞の富化を可能にしてもよい。これらの細胞をその後、クロム−５１（５１Ｃｒ）標識し、エピトープ特異的ＣＴＬ株についての標的細胞として使用する。５１Ｃｒ放出により検出される細胞溶解は、ミニ遺伝子がコードするＣＴＬエピトープの生成およびそのＨＬＡ提示の両方を示す。ＨＴＬエピトープの発現は、ＨＴＬ活性を査定するためのアッセイを使用して類似する様式で評価することができる。
【０４９５】
ｉｎ  ｖｉｖｏ免疫原性は、ミニ遺伝子ＤＮＡ製剤の機能的試験のための第２のアプローチである。適切なヒトＨＬＡタンパク質を発現するトランスジェニックマウスを、ＤＮＡ産物で免疫化する。投与用量および経路は、製剤に依存する（例えばＰＢＳ中のＤＮＡについてはＩＭ、脂質複合体化ＤＮＡについては腹腔内（ＩＰ））。例示的なプロトコールは、免疫化後２１日であり、脾細胞を回収し、試験する各エピトープをコードするペプチドの存在下で１週間再刺激する。その後、ＣＴＬエフェクター細胞について、標準技術を使用して、ペプチドをロードした５１Ｃｒ標識標的細胞の細胞溶解についてアッセイを行う。ミニ遺伝子がコードするエピトープに対応する、ペプチドエピトープをロードしたＨＬＡにより感受性化した標的細胞の溶解は、ＣＴＬのｉｎ  ｖｉｖｏ誘導についてのＤＮＡワクチン機能を示す。ＨＴＬエピトープの免疫原性は、類似する様式でトランスジェニックマウスにおいて評価される。
【０４９６】
あるいは、核酸は、例えば米国特許第５，２０４，２５３号に記載されている弾道送達を使用して投与することができる。この技術を使用して、ＤＮＡのみからなる粒子が投与される。さらなる代替の実施形態では、ＤＮＡは、粒子、例えば金粒子に接着され得る。
【０４９７】
ＶＩ．本発明における使用のための細胞
一態様では、また、本発明は、免疫応答性細胞を活性化するネオ抗原認識受容体（例えばＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ））を発現する細胞および高い免疫応答を必要とする疾患の処置のためにそのような細胞を使用する方法を提供する。
【０４９８】
そのような細胞は、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドの１つに結合する抗原認識受容体（例えばＴＣＲまたはＣＡＲ）を発現する遺伝子改変免疫応答性細胞（例えばＴ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）細胞、ヘルパーＴリンパ球（ＨＴＬ）細胞）ならびにしたがって抗原特異的免疫応答の増大が所望される新生物および他の病理の処置のための使用方法を含む。Ｔ細胞活性化は、抗原に対して標的化したＴＣＲまたはＣＡＲにより媒介される。
【０４９９】
本発明は、免疫応答性細胞を活性化する抗原認識受容体（例えばＴＣＲ、ＣＡＲ）とキメラ共刺激受容体（ＣＣＲ）との組合せを発現する細胞および高い免疫応答を必要とする疾患の処置のためにそのような細胞を使用する方法を提供する。一部の実施形態では、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＣＴＬ細胞または他の免疫応答性細胞が、新生物の処置または予防のための１つまたは複数の共刺激リガンドの選択的富化のためのシャトルとして使用される。そのような細胞は、特定のがんの処置または予防のためにそれを必要とするヒト対象に投与される。
【０５００】
一部の実施形態では、本発明の方法で使用され得る腫瘍抗原特異的ヒトリンパ球として、非限定的に、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように遺伝子改変した末梢ドナーリンパ球（Sadelain, M.ら、２００３年、Nat Rev Cancer  ３巻：３５〜４５頁）、ａおよびｐヘテロダイマーを含む全長腫瘍抗原認識Ｔ細胞受容体複合体を発現するように遺伝子改変した末梢ドナーリンパ球（Morgan, R. A.ら、２００６年、Science  ３１４巻：１２６〜１２９頁）、腫瘍生検中の腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）に由来するリンパ球培養物（Panelli, M. C.ら、２０００年、J Immunol  １６４巻：４９５〜５０４頁；Panelli, M. C.ら、２０００年、J Immunol  １６４巻：４３８２〜４３９２頁）ならびに人工抗原提示細胞（ＡＡＰＣ）またはパルス処理した樹状細胞を使用して選択的にｉｎ  ｖｉｔｒｏで拡大増殖させた抗原特異的末梢血白血球（Dupont, J.ら、２００５年、Cancer Res  ６５巻：５４１７〜５４２７頁；Papanicolaou, G. A.ら、２００３年、Blood  １０２巻：２４９８〜２５０５頁）が挙げられる。Ｔ細胞は、自家であっても、同種であってもよく、または操作した前駆細胞もしくは幹細胞にｉｎ  ｖｉｔｒｏで由来してもよい。
【０５０１】
一部の実施形態では、免疫治療薬は、操作した受容体である。一部の実施形態では、操作した受容体は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）もしくはＢ細胞受容体（ＢＣＲ）、養子Ｔ細胞治療（ＡＣＴ）またはそれらの誘導体である。他の態様では、操作した受容体は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である。一部の態様では、ＣＡＲは、第１世代のＣＡＲである。他の態様では、ＣＡＲは、第２世代のＣＡＲである。また他の態様では、ＣＡＲは、第３世代のＣＡＲである。
【０５０２】
一部の態様では、ＣＡＲは、細胞外部分、膜貫通部分および細胞内部分を含む。一部の態様では、細胞内部分は、少なくとも１つのＴ細胞共刺激ドメインを含む。一部の態様では、Ｔ細胞共刺激ドメインは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＴＮＦＲＳ９（４−１ＢＢ）、ＴＮＦＲＳＦ４（ＯＸ４０）、ＴＮＦＲＳＦ８（ＣＤ３０）、ＣＤ４０ＬＧ（ＣＤ４０Ｌ）、ＩＣＯＳ、ＩＴＧＢ２（ＬＦＡ−１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＫＬＲＣ２（ＮＫＧ２Ｃ）、ＴＮＦＲＳ１８（ＧＩＴＲ）、ＴＮＦＲＳＦ１４（ＨＶＥＭ）またはそれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０５０３】
一部の態様では、操作した受容体は、標的に結合する。一部の態様では、結合は、疾患または状態を患う１人または複数の対象に特異的なペプチドに特異的である。
【０５０４】
一部の態様では、免疫治療薬は、本明細書で詳細に説明する細胞である。一部の態様では、免疫治療薬は、ペプチドに特異的に結合する受容体を含む細胞である。一部の態様では、免疫治療薬は、本発明のペプチド／核酸との組合せで使用される細胞である。一部の実施形態では、細胞は、患者細胞である。一部の実施形態では、細胞は、Ｔ細胞である。一部の実施形態では、細胞は、腫瘍浸潤リンパ球である。
【０５０５】
一部の態様では、状態または疾患を有する対象は、対象のＴ細胞受容体レパートリに基づいて処置される。一部の実施形態では、抗原ワクチンは、対象のＴ細胞受容体レパートリに基づいて選択される。一部の実施形態では、対象は、抗原またはペプチドに特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞で処置される。一部の実施形態では、対象は、ＴＣＲ、例えば対象特異的ＴＣＲに特異的な抗原またはペプチドで処置される。一部の実施形態では、対象は、ＴＣＲ、例えば対象特異的ＴＣＲを発現するＴ細胞に特異的な抗原またはペプチドで処置される。一部の実施形態では、対象は、対象特異的ＴＣＲに特異的な抗原またはペプチドで処置される。
【０５０６】
一部の実施形態では、免疫原性抗原組成物またはワクチンは、１人または複数の対象において特定されるＴＣＲに基づいて選択される。一部の実施形態では、Ｔ細胞レパートリの特定および機能アッセイにおける試験は、状態または疾患を有する１人または複数の対象に投与される免疫原性組成物またはワクチンを決定するために使用される。一部の実施形態では、免疫原性組成物は、抗原ワクチンである。一部の実施形態では、抗原ワクチンは、対象特異的抗原ペプチドを含む。一部の実施形態では、抗原ワクチンに含まれる抗原ペプチドは、抗原に結合する対象特異的ＴＣＲの定量に基づいて選択される。一部の実施形態では、抗原ペプチドは、ＴＣＲに対するペプチドの結合親和性に基づいて選択される。一部の実施形態では、選択は、量と結合親和性との両方の組合せに基づく。例えば、機能アッセイにおいて抗原に強く結合するが、ＴＣＲレパートリにおいてあまり高く表れないＴＣＲは、ＴＣＲを発現するＴ細胞が有利に増幅され得るので、抗原ワクチンの優れた候補であり得る。
【０５０７】
一部の実施形態では、抗原は、ＴＣＲへの結合に基づいて１人または複数の対象への投与のために選択される。一部の実施形態では、Ｔ細胞、例えば疾患または状態を有する対象からのＴ細胞を拡大増殖させてもよい。免疫原性抗原ペプチドに特異的なＴＣＲを発現する拡大増殖させたＴ細胞は、対象に投与して戻してもよい。一部の実施形態では、好適な細胞、例えばＰＢＭＣに、免疫原性抗原ペプチドに特異的なＴＣＲの発現のためのポリヌクレオチドを形質導入またはトランスフェクトし、対象に投与する。免疫原性抗原ペプチドに特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を拡大増殖させ、対象に投与して戻してもよい。一部の実施形態では、自家疾患組織とインキュベートした場合に細胞傷害活性をもたらす、免疫原性抗原ペプチドに特異的なＴＣＲを発現するＴ細胞を拡大増殖させ、対象に投与してもよい。一部の実施形態では、免疫原性抗原ペプチドへの結合をもたらす、機能アッセイで使用されるＴ細胞を拡大増殖させ、対象に投与してもよい。一部の実施形態では、対象特異的免疫原性抗原ペプチドに結合すると決定されているＴＣＲを、Ｔ細胞において発現させ、対象に投与してもよい。
【０５０８】
共刺激リガンド
一部の実施形態では、本発明の細胞は、免疫細胞の完全な活性化に重要な非抗原特異的シグナルである、少なくとも１つの共刺激リガンドと共に提供される。共刺激リガンドとして、非限定的に、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）リガンド、サイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５またはＩＬ２１）および免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーリガンドが挙げられる。
【０５０９】
腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）は、全身性炎症に関連するサイトカインであり、急性期反応を刺激する。その主な役割は、免疫細胞の調節にある。腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）リガンドは、いくつかの共通の特徴を共有する。リガンドの大部分は、短い細胞質セグメントおよび比較的長い細胞外領域を含有するＩＩ型膜貫通タンパク質として合成される。ＴＮＦリガンドとして、非限定的に、神経成長因子（ＮＧＦ）、ＣＤ４ＯＬ（ＣＤ４ＯＬ）／ＣＤ１５４、ＣＤ１３７Ｌ／４−１ＢＢＬ、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）、ＣＤ１３４Ｌ／ＯＸ４ＯＬ／ＣＤ２５２、ＣＤ２７Ｌ／ＣＤ７０、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）、ＣＤ３ＯＬ／ＣＤ１５３、腫瘍壊死因子β（ＴＮＦ（３）／リンホトキシン−アルファ（ＬＴａ）、リンホトキシン−ベータ（ｕｒ（３）、ＣＤ２５７／Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）／Ｂｌｙｓ／ＴＨＡＮＫ／Ｔａｌｌ−１、グルココルチコイド誘導ＴＮＦ受容体リガンド（ＧＩＴＲＬ）およびＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド（ＴＲＡＩＬ）、ＬＩＧＨＴ（ＴＮＦＳＦ１４）が挙げられる。免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーは、細胞の認識、結合または接着プロセスに関わる細胞表面および可溶性タンパク質の大きな群である。これらのタンパク質は、免疫グロブリンと構造的特徴を共有する。それらは、免疫グロブリンドメイン（折畳み）を有する。免疫グロブリンスーパーファミリーリガンドとして、非限定的にＣＤ８０およびＣＤ８６、ＣＤ２８の両方のリガンドが挙げられる。
【０５１０】
本発明の遺伝子改変免疫応答性細胞を含む組成物は、新生物の処置のために対象に全身的に、または直接的に提供され得る。一部の実施形態では、本発明の細胞は、目的の器官（例えば腫瘍により冒されている器官）に直接注射される。あるいは、遺伝子改変免疫応答性細胞を含む組成物は、例えば循環系（例えば腫瘍脈管構造）への投与により、目的の器官に間接的に提供される。ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏでのＴ細胞、ＮＫ細胞またはＣＴＬ細胞の生成を増大させるために、拡大増殖および分化剤を細胞の投与前、投与中、または投与後に提供してもよい。
【０５１１】
改変細胞は、通常血管内に、任意の生理学的に許容されるビヒクル中で投与され得るが、また、それらを、骨、または細胞が再生および分化に適切な部位を見出し得る他の便利な部位（例えば胸腺）に導入してもよい。本発明の遺伝子改変免疫応答性細胞は、精製した細胞集団を含み得る。当業者は、様々な周知の方法、例えば蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）を使用して集団中の遺伝子改変免疫応答性細胞の割合を容易に決定することができる。投与量は、当業者が容易に調節することができる（例えば純度の減少は、投与量の増大を必要とし得る）。細胞は、注射、カテーテルなどにより導入することができる。所望の場合、また、インターロイキン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−６およびＩＬ−１１および他のインターロイキン、コロニー刺激因子、例えばＧ−、Ｍ−およびＧＭ−ＣＳＦ、インターフェロン、例えばγ−インターフェロンならびにエリスロポエチンを含むが、これらに限定されない因子を含めてもよい。
【０５１２】
本発明の組成物は、遺伝子改変免疫応答性細胞またはそれらの前駆細胞および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を含む。投与は、自家または異種であり得る。例えば、免疫応答性細胞または前駆細胞は、１人の対象から得、同じ対象または異なる適合性の対象に投与してもよい。本発明の末梢血由来免疫応答性細胞またはそれらの子孫（例えばｉｎ  ｖｉｖｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏ由来）は、カテーテル投与を含む局部注射、全身性注射、局部注射、静脈内注射または非経口投与により投与され得る。本発明の治療組成物（例えば遺伝子改変免疫応答性細胞を含有する医薬組成物）を投与する場合、それは一般的に、単位投与量注射用形態（溶液、懸濁液、エマルション）で製剤化される。
【０５１３】
ＶＩＩ．使用方法および医薬組成物
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬（例えばペプチド、ポリヌクレオチド、ＴＣＲ、ＣＡＲ、ＴＣＲまたはＣＡＲを含有する細胞、ポリペプチドを含有する樹状細胞、ポリヌクレオチドを含有する樹状細胞、抗体など）は、治療的処置方法、例えばがんの処置を含むが、これらに限定されない、様々な適用において有用である。一部の実施形態では、治療的処置方法は、免疫治療を含む。ある特定の実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、免疫応答を活性化、促進、増大および／もしくは向上させ、存在する免疫応答を新しい標的に再方向付けし、腫瘍の免疫原性を増大させ、腫瘍増殖を阻害し、腫瘍体積を低減し、腫瘍細胞アポトーシスを増大させ、かつ／または腫瘍の腫瘍形成能を低減するために有用である。使用方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏ方法であり得る。
【０５１４】
一部の態様では、本発明は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を使用して、対象において免疫応答を活性化するための方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を使用して、対象において免疫応答を促進するための方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるネオ抗原ペプチドを使用して、対象において免疫応答を増大させるための方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、ネオ抗原ペプチドを使用して、免疫応答を向上させるための方法を提供する。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上は、細胞媒介性免疫を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上は、Ｔ細胞活性または液性免疫を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上は、ＣＴＬまたはＨＴＬ活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上は、ＮＫ細胞活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上は、Ｔ細胞活性を増大させることおよびＮＫ細胞活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上は、ＣＴＬ活性を増大させることおよびＮＫ細胞活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上は、Ｔｒｅｇの抑制性活性を阻害または減少させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答は、抗原性刺激の結果である。一部の実施形態では、抗原性刺激は、腫瘍細胞である。一部の実施形態では、抗原性刺激は、がんである。
【０５１５】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を使用する、免疫応答の活性化、促進、増大および／または向上方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞にネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを送達する治療有効量のネオ抗原治療薬を、それを必要とする対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、腫瘍関連抗原に結合し、腫瘍細胞により内部移行される治療有効量のネオ抗原治療薬を、それを必要とする対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞により内部移行され、細胞によりプロセシングされる治療有効量のネオ抗原ポリペプチドを、それを必要とする対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞により内部移行される治療有効量のネオ抗原ポリペプチドを、それを必要とする対象に投与するステップを含み、抗原性ペプチドは、腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞により内部移行され、細胞によりプロセシングされる治療有効量のネオ抗原ポリペプチドを、それを必要とする対象に投与するステップを含み、抗原性ペプチドは、腫瘍細胞の表面上に提示される。
【０５１６】
一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞に少なくとも１つの抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを送達する治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを、それを必要とする対象に投与するステップであって、抗原性ペプチドが、腫瘍細胞の表面上に提示される、ステップを含む。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子との複合体で腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で腫瘍細胞の表面上に提示される。
【０５１７】
一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞を、腫瘍細胞に少なくとも１つの抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを送達する本明細書に記載されるネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと接触させるステップであって、抗原性ペプチドが、腫瘍細胞の表面上に提示される、ステップを含む。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子との複合体で腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、抗原性ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体で腫瘍細胞の表面上に提示される。
【０５１８】
一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞に少なくとも１つの抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを送達する治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを、それを必要とする対象に投与するステップであって、抗原性ペプチドが、腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍細胞に対する免疫応答が、誘導される、ステップを含む。一部の実施形態では、腫瘍細胞に対する免疫応答は、増大する。一部の実施形態では、ネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、腫瘍細胞に少なくとも１つの抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを送達し、抗原性ペプチドは、腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍増殖は、阻害される。
【０５１９】
一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞に少なくとも１つの抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを送達する治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを、それを必要とする対象に投与するステップであって、抗原性ペプチドが、腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍細胞に対して方向付けられたＴ細胞による殺滅が、誘導される、ステップを含む。一部の実施形態では、腫瘍細胞に対して方向付けられたＴ細胞による殺滅は、向上する。一部の実施形態では、腫瘍細胞に対して方向付けられたＴ細胞による殺滅は、増大する。
【０５２０】
一部の実施形態では、対象において免疫応答を増大させる方法は、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を対象に投与するステップであって、薬剤が、本明細書に記載されるネオ抗原に特異的に結合する抗体である、ステップを含む。一部の実施形態では、対象において免疫応答を増大させる方法は、治療有効量の抗体を対象に投与するステップを含む。
【０５２１】
本発明は、存在する免疫応答を腫瘍に再方向付けする方法を提供する。一部の実施形態では、存在する免疫応答を腫瘍に再方向付けする方法は、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、存在する免疫応答は、ウイルスに対するものである。一部の実施形態では、ウイルスは、麻疹ウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ；水痘ウイルス）、インフルエンザウイルス、ムンプスウイルス、ポリオウイルス、風疹ウイルス、ロタウイルス、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）およびサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、ウイルスは、水痘帯状疱疹ウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスは、サイトメガロウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスは、麻疹ウイルスである。一部の実施形態では、存在する免疫応答は、天然のウイルス感染後に獲得されている。一部の実施形態では、存在する免疫応答は、ウイルスに対する予防接種後に獲得されている。一部の実施形態では、存在する免疫応答は、細胞媒介性応答である。一部の実施形態では、存在する免疫応答は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）またはＨＴＬを含む。
【０５２２】
一部の実施形態では、対象において存在する免疫応答を腫瘍に再方向付けする方法は、（ｉ）ネオ抗原に特異的に結合する抗体と、（ｉｉ）本明細書に記載される少なくとも１つのネオ抗原性ペプチドとを含む融合タンパク質を投与するステップであって、（ａ）融合タンパク質が、腫瘍関連抗原への結合後に腫瘍細胞により内部移行され、（ｂ）ネオ抗原性ペプチドが、プロセシングされ、ＭＨＣクラスＩ分子を伴って腫瘍細胞の表面上に提示され、（ｃ）ネオ抗原性ペプチド／ＭＨＣクラスＩ複合体が、細胞傷害性Ｔ細胞により認識される、ステップを含む。一部の実施形態では、細胞傷害性Ｔ細胞は、メモリーＴ細胞である。一部の実施形態では、メモリーＴ細胞は、ネオ抗原性ペプチドでの予防接種の結果である。
【０５２３】
本発明は、腫瘍の免疫原性を増大させる方法を提供する。一部の実施形態では、腫瘍の免疫原性を増大させる方法は、腫瘍または腫瘍細胞を有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬と接触させるステップを含む。一部の実施形態では、腫瘍の免疫原性を増大させる方法は、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を対象に投与するステップを含む。
【０５２４】
また、本発明は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を使用して、腫瘍の増殖を阻害するための方法を提供する。ある特定の実施形態では、腫瘍の増殖を阻害する方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで細胞混合物をネオ抗原治療薬と接触させるステップを含む。例えば、免疫細胞（例えばＴ細胞）と混合した不死化細胞株またはがん細胞株を、培地中で培養し、そこにネオ抗原性ペプチドを添加する。一部の実施形態では、腫瘍細胞を、患者試料、例えば組織生検、胸水または血液試料から単離し、免疫細胞（例えばＴ細胞）と混合し、培地中で培養し、そこにネオ抗原治療薬を添加する。一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、免疫細胞の活性を増大、促進および／または向上させる。一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、腫瘍細胞増殖を阻害する。一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、腫瘍細胞の殺滅を活性化する。
【０５２５】
ある特定の実施形態では、対象は、ヒトである。ある特定の実施形態では、対象は腫瘍を有するか、または対象は少なくとも部分的に除去された腫瘍を有した。
【０５２６】
一部の実施形態では、腫瘍の増殖を阻害する方法は、治療有効量のネオ抗原治療薬を対象に投与するステップを含む、存在する免疫応答を新しい標的に再方向付けするステップであって、存在する免疫応答は、ネオ抗原性ペプチドにより腫瘍細胞に送達された抗原性ペプチドに対するものである、ステップを含む。
【０５２７】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、がん幹細胞を含む。ある特定の実施形態では、腫瘍におけるがん幹細胞の発生頻度は、ネオ抗原治療薬の投与により低減される。一部の実施形態では、治療有効量のネオ抗原治療薬を対象に投与するステップを含む、対象において腫瘍におけるがん幹細胞の発生頻度を低減する方法が、提供される。
【０５２８】
加えて、一部の態様では、本発明は、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を対象に投与するステップを含む、対象において腫瘍の腫瘍形成能を低減する方法を提供する。ある特定の実施形態では、腫瘍は、がん幹細胞を含む。一部の実施形態では、腫瘍の腫瘍形成能は、腫瘍におけるがん幹細胞の発生頻度を低減することにより低減される。一部の実施形態では、方法は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を使用するステップを含む。ある特定の実施形態では、腫瘍におけるがん幹細胞の発生頻度は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬の投与により低減する。
【０５２９】
一部の実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、結腸直腸腫瘍、膵腫瘍、肺腫瘍、卵巣腫瘍、肝腫瘍、乳腺腫瘍、腎腫瘍、前立腺腫瘍、神経内分泌腫瘍、消化管腫瘍、メラノーマ、子宮頸部腫瘍、膀胱腫瘍、神経膠芽腫および頭頸部腫瘍からなる群から選択される腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、結腸直腸腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、卵巣腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は、乳腺腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は、肺腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、膵腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は、メラノーマ腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍である。
【０５３０】
本発明は、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を対象に投与するステップを含む、対象においてがんを処置するための方法をさらに提供する。
【０５３１】
一部の実施形態では、がんを処置する方法は、存在する免疫応答を新しい標的に再方向付けするステップを含み、方法は、治療有効量のネオ抗原治療薬を対象に投与するステップであって、存在する免疫応答は、ネオ抗原性ペプチドによりがん細胞に送達された抗原性ペプチドに対するものである、ステップを含む。
【０５３２】
本発明は、治療有効量の本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を対象（例えば処置を必要とする対象）に投与するステップを含む、がんを処置する方法を提供する。ある特定の実施形態では、対象は、ヒトである。ある特定の実施形態では、対象は、がん性腫瘍を有する。ある特定の実施形態では、対象は、少なくとも部分的に除去された腫瘍を有した。
【０５３３】
ある特定の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、膵がん、肺がん、卵巣がん、肝がん、乳がん、腎がん、前立腺がん、消化管がん、メラノーマ、子宮頸がん、神経内分泌がん、膀胱がん、神経膠芽腫および頭頸部がんからなる群から選択されるがんである。ある特定の実施形態では、がんは、膵がんである。ある特定の実施形態では、がんは、卵巣がんである。ある特定の実施形態では、がんは、結腸直腸がんである。ある特定の実施形態では、がんは、乳がんである。ある特定の実施形態では、がんは、前立腺がんである。ある特定の実施形態では、がんは、肺がんである。ある特定の実施形態では、がんは、メラノーマである。一部の実施形態では、がんは、固形がんである。一部の実施形態では、がんは、固形腫瘍を含む。
【０５３４】
一部の実施形態では、がんは、血液のがんである。一部の実施形態では、がんは、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、Ｔ細胞性急性リンパ芽球性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、有毛細胞白血病、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、非ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）および皮膚Ｔ細胞性リンパ腫（ＣＴＣＬ）からなる群から選択される。
【０５３５】
一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、組合せ治療として投与される。２つまたはそれよりも多い治療剤との組合せ治療は、必ずではないが、異なる作用機構により働く薬剤を使用する。異なる作用機構を有する薬剤を使用する組合せ治療は、相加効果または相乗効果をもたらし得る。組合せ治療は、単独治療で使用されるより低い各薬剤の用量を可能にし、これにより薬剤（複数可）の毒性副作用を低減し、かつ／または治療指数を増大させ得る。組合せ治療は、抵抗性がん細胞が発達する可能性を減少させ得る。一部の実施形態では、組合せ治療は、免疫応答に影響を与える（例えば応答を向上または活性化する）治療剤と、腫瘍／がん細胞に影響を与える（例えば阻害または殺滅する）治療剤とを含む。
【０５３６】
がんとして、Ｂ細胞がん、例えば多発性骨髄腫、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、重鎖病、例えばアルファ鎖病、ガンマ鎖病およびミュー鎖病、良性モノクローナルガンマグロブリン血症および免疫細胞アミロイドーシス、メラノーマ、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん（例えば転移性、ホルモン不応性前立腺がん）、膵がん、胃がん、卵巣がん、膀胱がん、脳または中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮または子宮内膜がん、口腔または咽頭がん、肝がん、腎がん、精巣がん、胆道がん、小腸または虫垂がん、唾液腺がん、甲状腺がん、副腎がん、骨肉腫、軟骨肉腫、血液学的組織のがんなどが挙げられるが、これらに限定されない。本発明により包含される方法に適用可能ながんの種類の他の非限定的な例として、ヒト肉腫および癌腫、例えば線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮細胞肉腫（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、リンパ管肉腫、リンパ管内皮細胞肉腫（ｌｙｍｐｈａｎｇｉｏｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、結腸直腸がん、膵がん、乳がん、卵巣がん、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、肝がん、絨毛癌、精上皮腫、胚性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、骨がん、脳腫瘍、精巣がん、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、髄膜腫、メラノーマ、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば急性リンパ球性白血病および急性骨髄性白血病（骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性、および赤白血病）；慢性白血病（慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病および慢性リンパ球性白血病）；および真性多血症、リンパ腫（ホジキン病および非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症ならびに重鎖病が挙げられる。一部の実施形態では、表現型が本発明の方法により決定されるがんは、上皮がん、例えば、膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、婦人科がん、腎がん、喉頭がん、肺がん、口腔がん、頭頸部がん、卵巣がん、膵がん、前立腺がんまたは皮膚がんであるが、これらに限定されない。他の実施形態では、がんは、乳がん、前立腺がん、肺がんまたは結腸がんである。また他の実施形態では、上皮がんは、非小細胞肺がん、非乳頭状腎細胞癌、子宮頸癌、卵巣癌（例えば漿液性卵巣癌）または乳癌である。上皮がんは、漿液性、類内膜性、粘液性、明細胞、ブレンナーまたは未分化を含むが、これらに限定されない、様々な他の様式で特徴付けることができる。一部の実施形態では、本発明は、リンパ腫、またはマントル細胞リンパ腫を含むが、これに限定されない、そのサブタイプの処置、診断および／または予後において使用される。また、リンパ増殖性障害は、増殖性疾患であると考えられる。
【０５３７】
一部の実施形態では、本明細書に記載される薬剤と少なくとも１つの追加の治療剤との組合せは、相加結果または相乗結果をもたらす。一部の実施形態では、組合せ治療は、薬剤の治療指数の増大をもたらす。一部の実施形態では、組合せ治療は、追加の治療剤（複数可）の治療指数の増大をもたらす。一部の実施形態では、組合せ治療は、薬剤の毒性および／または副作用の減少をもたらす。一部の実施形態では、組合せ治療は、追加の治療剤（複数可）の毒性および／または副作用の減少をもたらす。
【０５３８】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を投与するステップに加えて、方法または処置は、少なくとも１つの追加の治療剤を投与するステップをさらに含む。追加の治療剤は、薬剤の投与の前に、投与と同時に、および／または投与に続いて投与され得る。一部の実施形態では、少なくとも１つの追加の治療剤は、１つ、２つ、３つまたはそれよりも多い追加の治療剤を含む。
【０５３９】
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬との組合せで投与され得る治療剤として、化学療法剤が挙げられる。したがって、一部の実施形態では、方法または処置は、化学療法剤との組合せの、または化学療法剤のカクテルとの組合せの本明細書に記載される薬剤の投与を含む。薬剤での処置は、化学療法の投与の前に、投与と同時に、または投与に続いて行い得る。組合せ投与は、単一の医薬製剤中での、もしくは別々の製剤を使用する共投与またはいずれかの順であるが、一般的には全ての活性剤がそれらの生物学的活性を同時に発揮し得るような期間内での連続投与を含み得る。そのような化学療法剤の調製および投与スケジュールは、製造業者の説明書に従って、または熟練した実施者により経験的に決定されるように使用され得る。また、そのような化学療法の調製および投与スケジュールは、The Chemotherapy Source Book、第４版、２００８年、M. C.Perry編、Lippincott、Williams& Wilkins、Philadelphia、PAに記載されている。
【０５４０】
有用なクラスの化学療法剤として、例えば抗チューブリン剤、オーリスタチン、ＤＮＡ副溝結合剤、ＤＮＡ複製阻害剤、アルキル化剤（例えばプラチナ複合体、例えばシスプラチン、モノ（プラチナ）、ビス（プラチナ）および三核プラチナ複合体ならびにカルボプラチン）、アントラサイクリン、抗生物質、葉酸代謝拮抗薬、代謝拮抗薬、化学療法増感剤、デュオカルマイシン、エトポシド、フッ化ピリミジン、イオノフォア、レキシトロプシン、ニトロソウレア、プラチノール、プリン代謝拮抗薬、ピューロマイシン、放射線増感剤、ステロイド、タキサン、トポイソメラーゼ阻害剤、ビンカアルカロイドなどが挙げられる。ある特定の実施形態では、第２の治療剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、有糸分裂阻害薬、トポイソメラーゼ阻害剤または血管新生阻害剤である。
【０５４１】
本発明で有用な化学療法剤として、アルキル化剤、例えばチオテパおよびシクロホスファミド（cyclosphosphamide）（ＣＹＴＯＸＡＮ）；アルキルスルホネート、例えばブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパおよびウレドーパ；アルトレタミンを含むエチレンイミンおよびメチラメラミン（methylamelamines）、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド（trietylenephosphoramide）、トリエチレンチオホスホルアミド（triethylenethiophosphaoramide）およびトリメチロロメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｍｅ）；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン；抗生物質、例えばアクラシノマイシン（aclacinomysins）、アクチノマイシン、アントラマイシン（authramycin）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリチアマイシン、カルビシン（carabicin）、カルミノマイシン（caminomycin）、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン（ｄｅｔｏｒｕｂｉｃｉｎ）、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン（potfiromycin）、ピューロマイシン、ケラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗薬、例えばメトトレキセートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シトシンアラビノシド、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５−ＦＵ；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；副腎皮質ホルモン合成阻害薬（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌ）、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補液、例えばフォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトレキセート（edatraxate）；デホファミン；デメコルチン；ジアジクオン；エルホルミチン；エリプチニウムアセテート；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィ���ン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ；ラゾキサン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（Ａｒａ−Ｃ）；タキソイド、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ）およびドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；プラチナ類似体、例えばシスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；プラチナ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；ＣＰＴ１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸；エスペラミシン；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ）；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。また、化学療法剤として、腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば、例えばタモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）−イミダゾール、４ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストンおよびトレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ）を含む抗エストロゲン薬；ならびに抗アンドロゲン薬、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリドおよびゴセレリン；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が挙げられる。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、シスプラチンである。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、カルボプラチンである。
【０５４２】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は、トポイソメラーゼ阻害剤である。トポイソメラーゼ阻害剤は、トポイソメラーゼ酵素（例えばトポイソメラーゼＩまたはＩＩ）の作用を妨害する化学療法剤である。トポイソメラーゼ阻害剤として、ドキソルビシンＨＣｌ、ダウノルビシンシトレート、ミトキサントロンＨＣｌ、アクチノマイシンＤ、エトポシド、トポテカンＨＣｌ、テニポシド（ＶＭ−２６）およびイリノテカンならびにこれらのいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、追加の治療剤は、イリノテカンである。
【０５４３】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は、代謝拮抗薬である。代謝拮抗薬は、正常な生化学反応に必要な代謝物と類似する構造を有するが、細胞の１つまたは複数の正常な機能、例えば細胞分裂を妨害するのに十分異なる、化学物質である。代謝拮抗薬として、ゲムシタビン、フルオロウラシル、カペシタビン、メトトレキセートナトリウム、ラルチトレキセド（ralitrexed）、ペメトレキセド、テガフール、シトシンアラビノシド、チオグアニン、５−アザシチジン、６メルカプトプリン、アザチオプリン、６−チオグアニン、ペントスタチン、リン酸フルダラビンおよびクラドリビンならびにこれらのいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、ゲムシタビンである。
【０５４４】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は、チューブリンに結合する薬剤を含むが、これに限定されない有糸分裂阻害剤である。一部の実施形態では、薬剤は、タキサンである。ある特定の実施形態では、薬剤は、パクリタキセルもしくはドセタキセルまたはパクリタキセルもしくはドセタキセルの薬学的に許容される塩、酸もしくは誘導体である。ある特定の実施形態では、薬剤は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ）、ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）、アルブミン結合パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ）、ＤＨＡ−パクリタキセルまたはＰＧ−パクリタキセルである。ある特定の代替の実施形態では、有糸分裂阻害剤は、ビンカアルカロイド、例えばビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビンもしくはビンデシンまたはそれらの薬学的に許容される塩、酸もしくは誘導体を含む。一部の実施形態では、有糸分裂阻害剤は、キネシンＥｇ５の阻害剤または分裂期キナーゼ、例えばＡｕｒｏｒａ  ＡもしくはＰｌｋ１の阻害剤である。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、パクリタキセルである。一部の実施形態では、追加の治療剤は、アルブミン結合パクリタキセルである。
【０５４５】
一部の実施形態では、追加の治療剤は、小分子などの薬剤を含む。例えば、処置は、本発明の薬剤と、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２）および／またはＶＥＧＦを含むが、これらに限定されない腫瘍関連抗原に対する阻害剤として作用する小分子との組合せ投与を含み得る。一部の実施形態では、本発明の薬剤は、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ）、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ）、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ）、ラパチニブ（lapatanib）、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ）、ＡＥＥ７８８、ＣＩ−１０３３、セジラニブ（ＲＥＣＥＮＴＩＮ）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ）およびパゾパニブ（ＧＷ７８６０３４Ｂ）からなる群から選択されるタンパク質キナーゼ阻害剤との組合せで投与される。一部の実施形態では、追加の治療剤は、ＴＯＲ阻害剤を含む。別の実施形態では、追加の治療剤は、化学療法またはＴｒｅｇ細胞の数を低減する他の阻害剤である。ある特定の実施形態では、治療剤は、シクロホスファミドまたは抗ＣＴＬＡ４抗体である。別の実施形態では、追加の治療薬は、骨髄由来サプレッサー細胞の存在を低減する。さらなる実施形態では、追加の治療薬は、カルボタキソールである。別の実施形態では、追加の治療剤は、細胞をヘルパーＴ１型応答に移行させる。さらなる実施形態では、追加の治療剤は、イブルチニブである。
【０５４６】
一部の実施形態では、追加の治療剤は、生物学的分子、例えば抗体を含む。例えば、処置は、本発明の薬剤と、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２／ＥｒｂＢ２および／またはＶＥＧＦに結合する抗体を含むが、これらに限定されない腫瘍関連抗原に対する抗体との組合せ投与を含み得る。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、がん幹細胞マーカーに特異的な抗体である。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、血管新生阻害剤である抗体（例えば抗ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体抗体）である。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ）、ラムシルマブ、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ）、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ）、ニモツズマブ、ザルツムマブまたはセツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ）である。
【０５４７】
本明細書で提供する薬剤および組成物は、単独で、または従来型治療レジメン、例えば外科手術、照射、化学療法および／もしくは骨髄移植（自家、同一遺伝子、同種または非関連）との組合せで使用することができる。一組の腫瘍抗原は、例えばがん患者の大部分で、有用であり得る。
【０５４８】
一部の実施形態では、少なくとも１つまたは複数の化学療法剤を、免疫原性ワクチンを含む組成物に加えて、投与してもよい。一部の実施形態では、１つまたは複数の化学療法剤は、異なるクラスの化学療法剤に属し得る。
【０５４９】
化学療法剤の例として、アルキル化剤、例えばナイトロジェンマスタード（例えばメクロレタミン（ナイトロジェンマスタード）、クロラムブシル、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標））、イホスファミドおよびメルファラン）；ニトロソウレア（例えばＮ−ニトロソ−Ｎ−メチルウレア、ストレプトゾシン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチンおよびセムスチン）；アルキルスルホネート（例えばブスルファン）；テトラジン（例えばダカルバジン（ＤＴＩＣ）、ミトゾロミドおよびテモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（登録商標）））；アジリジン（例えばチオテパ、マイトマイシン（mytomycin）およびジアジクオン）；およびプラチナ薬（例えばシスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチン）；非古典的アルキル化剤、例えばプロカルバジンおよびアルトレタミン（ヘキサメチルメラミン）；代謝拮抗剤、例えば５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、６−メルカプトプリン（６−ＭＰ）、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、クラドリビン、クロファラビン、シタラビン（Ａｒａ−Ｃ（登録商標））、デシタビン、フロクスウリジン、フルダラビン、ネララビン、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））、ヒドロキシウレア、メトトレキセート、ペメトレキセド（Ａｌｉｍｔａ（登録商標））、ペントスタチン、チオグアニン、ビダーザ；微小管阻害剤、例えばビンカアルカロイド（例えばビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシンおよびビンフルニン）；タキサン（例えばパクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標）））；ポドフィロトキシン（例えばエトポシドおよびテニポシド）；エポチロン（例えばイキサベピロン（Ｉｘｅｍｐｒａ（登録商標）））；エストラムスチン（Ｅｍｃｙｔ（登録商標））；抗腫瘍抗生物質、例えばアントラサイクリン（例えばダウノルビシン、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標））、エピルビシン、イダルビシン）；アクチノマイシン−Ｄ；およびブレオマイシン；トポイソメラーゼＩ阻害剤、例えばトポテカンおよびイリノテカン（ＣＰＴ−１１）；トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えばエトポシド（ＶＰ−１６）、テニポシド、ミトキサントロン、ノボビオシン、メルバロンおよびアクラルビシン；コルチコステロイド、例えばプレドニゾン、メチルプレドニゾロン（Ｓｏｌｕｍｅｄｒｏｌ（登録商標））、およびデキサメタゾン（Ｄｅｃａｄｒｏｎ（登録商標））；Ｌ−アスパラギナーゼ；ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））；免疫治療剤、例えばリツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、サリドマイド、レナリドマイド（Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（登録商標））、ＢＣＧ、インターロイキン−２、インターフェロン−アルファおよびがんワクチン、例えばＰｒｏｖｅｎｇｅ（登録商標）；ホルモン治療剤、例えばフルベストラント（Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））、タモキシフェン、トレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ（登録商標））、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、エキセメスタン（exemestan）（Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、酢酸メゲストロール（Ｍｅｇａｃｅ（登録商標））、エストロゲン、ビカルタミド、（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、ニルタミド（Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（登録商標））、リュープロリド（Ｌｕｐｒｏｎ（登録商標））およびゴセレリン（Ｚｏｌａｄｅｘ（登録商標））；分化剤、例えばレチノイド、トレチノイン（ＡＴＲＡまたはＡｔｒａｌｉｎ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））および三酸化ヒ素（Ａｒｓｅｎｏｘ（登録商標））；ならびに標的化治療剤、例えばイマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））およびスニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、化学療法は、カクテル療法である。カクテル療法の例として、ＣＨＯＰ／Ｒ−ＣＨＯＰ（リツキサン、シクロホスファミド、ヒドロキシドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン）、ＥＰＯＣＨ（エトポシド、プレドニゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、ヒドロキシドキソルビシン）、Ｈｙｐｅｒ−ＣＶＡＤ（シクロホスファミド、ビンクリスチン、ヒドロキシドキソルビシン、デキサメタゾン）、ＦＯＬＦＯＸ（フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、オキサリプラチン）、ＩＣＥ（イホスファミド、カルボプラチン、エトポシド）、ＤＨＡＰ（高用量シタラビン［ａｒａ−Ｃ］、デキサメタゾン、シスプラチン）、ＥＳＨＡＰ（エトポシド、メチルプレドニゾロン、シタラビン［ａｒａ−Ｃ］、シスプラチン）およびＣＭＦ（シクロホスファミド、メトトレキセート、フルオロウラシル）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５５０】
ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、第２の免疫治療剤を含む。一部の実施形態では、追加の免疫治療剤として、コロニー刺激因子、インターロイキン、免疫抑制機能をブロックする抗体（例えば抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＤ３抗体、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＴＩＧＩＴ抗体）、免疫細胞機能を向上させる抗体（例えば抗ＧＩＴＲ抗体、抗ＯＸ−４０抗体、抗ＣＤ４０抗体または抗４−１ＢＢ抗体）、ｔｏｌｌ様受容体（例えばＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ９）、可溶性リガンド（例えばＧＩＴＲＬ、ＧＩＴＲＬ−Ｆｃ、ＯＸ−４０Ｌ、ＯＸ−４０Ｌ−Ｆｃ、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４０Ｌ−Ｆｃ、４−１ＢＢリガンドまたは４−１ＢＢリガンド−Ｆｃ）またはＢ７ファミリーの構成員（例えばＣＤ８０、ＣＤ８６）が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、追加の免疫治療剤は、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＯＸ−４０、ＣＤ−４０または４−１ＢＢを標的化する。
【０５５１】
一部の実施形態では、追加の治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、抗ＣＴＬＡ−４抗体、抗ＣＤ２８抗体、抗ＴＩＧＩＴ抗体、抗ＬＡＧ３抗体、抗ＴＩＭ３抗体、抗ＧＩＴＲ抗体、抗４−１ＢＢ抗体または抗ＯＸ−４０抗体である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、抗ＴＩＧＩＴ抗体である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ）、ペンブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ）、ピジリズマブ（pidilzumab）、ＭＥＤＩ０６８０、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−Ａ３１７およびＰＤＲ００１からなる群から選択される抗ＰＤ−１抗体である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、ＢＭＳ９３５５５９（ＭＤＸ−１１０５）、アテゾリズマブ（atexolizumab）（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）およびアベルマブ（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）からなる群から選択される抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、イピリムマブ（ＹＥＲＶＯＹ）およびトレメリムマブからなる群から選択される抗ＣＴＬＡ−４抗体である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、ＢＭＳ−９８６０１６およびＬＡＧ５２５からなる群から選択される抗ＬＡＧ−３抗体である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、ＭＥＤＩ６４６９、ＭＥＤＩ０５６２およびＭＯＸＲ０９１６からなる群から選択される抗ＯＸ−４０抗体である。一部の実施形態では、追加の治療剤は、ＰＦ−０５０８２５６６からなる群から選択される抗４−１ＢＢ抗体である。
【０５５２】
一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、アドレノメジュリン（ＡＭ）、アンジオポエチン（Ａｎｇ）、ＢＭＰ、ＢＤＮＦ、ＥＧＦ、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＦＧＦ、ＧＤＮＦ、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、幹細胞因子（ＳＣＦ）、ＧＤＦ９、ＨＧＦ、ＨＤＧＦ、ＩＧＦ、遊走刺激因子、ミオスタチン（ＧＤＦ−８）、ＮＧＦ、ニューロトロフィン、ＰＤＧＦ、トロンボポエチン、ＴＧＦ−α、ＴＧＦ−β、ＴＮＦ−α、ＶＥＧＦ、ＰｌＧＦ、ガンマ−ＩＦＮ、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５およびＩＬ−１８からなる群から選択される生物学的分子との組合せで投与され得る。
【０５５３】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬での処置は、腫瘍の外科的除去、がん細胞の除去または処置する医師により必要であると考えられる任意の他の外科的治療により達成することができる。
【０５５４】
ある特定の実施形態では、処置は、放射線治療との組合せの本明細書に記載されるネオ抗原治療薬の投与を含む。薬剤での処置は、放射線治療の投与の前に、投与と同時に、または投与に続いて行うことができる。そのような放射線治療の投与スケジュールは、熟練した医療実施者が決定することができる。
【０５５５】
組合せ投与は、単一の医薬製剤中での、もしくは別々の製剤を使用する共投与またはいずれかの順であるが、一般的には全ての活性剤がそれらの生物学的活性を同時に発揮し得るような期間内での連続投与を含み得る。
【０５５６】
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬と少なくとも１つの追加の治療剤との組合せは、任意の順で、または同時に投与してもよいことが理解される。一部の実施形態では、薬剤は、第２の治療剤での処置を以前に受けた患者に投与される。ある特定の他の実施形態では、ネオ抗原治療薬および第２の治療剤は、実質的に同時に、または同時に投与される。例えば、対象に、第２の治療剤（例えば化学療法）での処置過程を受けさせながら、薬剤を与えてもよい。ある特定の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、第２の治療剤での処置の１年以内に投与される。２つの（またはそれよりも多い）薬剤または処置は、数時間単位または数分単位以内に（すなわち、実質的に同時に）対象に投与され得ることがさらに理解される。
【０５５７】
疾患の処置のために、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬の適切な投与量は、処置される疾患の種類、疾患の重症度および過程、疾患の応答性、薬剤が治療目的のために投与されるか、または予防目的のために投与されるか、以前の治療、患者の病歴など、処置する医師の裁量にある全てに依存する。ネオ抗原治療薬は、１度、もしくは数日〜数ヶ月続く一連の処置にわたり、または治癒がもたらされるか、もしくは疾患状態の減少（例えば腫瘍サイズの低減）が達成されるまで、投与することができる。最適投与スケジュールは、患者の体内の薬物蓄積の測定から計算することができ、個々の薬剤の相対的効力に依存して変化する。投与する医師は、最適投与量、投与法および繰返し率を決定することができる。
【０５５８】
一部の実施形態では、ネオ抗原治療薬は、初回のより高い「ローディング」用量で、続いて１回または複数回のより低い用量で投与してもよい。一部の実施形態では、また、投与頻度は、変化してもよい。一部の実施形態では、投与レジメンは、初回用量、続いて追加の用量（または「維持」用量）を１週間に１回、２週毎に１回、３週毎に１回または１ヶ月毎に１回投与することを含み得る。例えば、投与レジメンは、初回ローディング用量、続いて例えば初回用量の１／２の毎週の維持用量を投与することを含み得る。あるいは、投与レジメンは、初回ローディング用量、続いて例えば隔週に初回用量の１／２の維持用量を投与することを含み得る。あるいは、投与レジメンは、３回の初期用量を３週間、続いて例えば隔週に同じ量の維持用量を投与することを含み得る。
【０５５９】
当業者に公知のように、任意の治療剤の投与は、副作用および／または毒性を引き起こし得る。一部の場合、副作用および／または毒性は、治療有効用量での特定の薬剤の投与を不可能にするほど重度である。一部の場合、治療を中止しなければならず、他の薬剤が試され得る。しかしながら、同じ治療薬クラスの多くの薬剤は、同様の副作用および／または毒性を示し、このことは、患者が治療を停止しなければならないか、または可能であれば、治療剤に伴う不快な副作用に苦しまなければならないことを意味する。
【０５６０】
一部の実施形態では、投与スケジュールは、特定の回数の投与または「周期」に限定され得る。一部の実施形態では、薬剤は、３、４、５、６、７、８回またはそれよりも多い周期で投与される。例えば、薬剤は２週毎に６周期投与され、薬剤は３週毎に６周期投与され、薬剤は２週毎に４周期投与され、薬剤は３週毎に４周期投与されるなど。投与スケジュールは、当業者が決定し、続いて改変してもよい。
【０５６１】
本発明は、薬剤、化学療法剤などの投与に伴う副作用および／または毒性を低減し得る、１つまたは複数の薬剤を投与するための断続的投与戦略を使用するステップを含む、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を対象に投与する方法を提供する。一部の実施形態では、ヒト対象においてがんを処置するための方法は、治療有効用量の化学療法剤との組合せの治療有効用量のネオ抗原治療薬を対象に投与するステップであって、薬剤の１つまたは両方が、断続的投与戦略に従って投与される、ステップを含む。一部の実施形態では、ヒト対象においてがんを処置するための方法は、治療有効用量の第２の免疫治療剤との組合せの治療有効用量のネオ抗原治療薬を対象に投与することであって、薬剤の１つまたは両方が、断続的投与戦略に従って投与される、投与することを含む。一部の実施形態では、断続的投与戦略は、対象に初回用量のネオ抗原治療薬を投与することと、約２週毎に１回、続く用量の薬剤を投与することとを含む。一部の実施形態では、断続的投与戦略は、対象に初回用量のネオ抗原治療薬を投与することと、約３週毎に１回、続く用量の薬剤を投与することとを含む。一部の実施形態では、断続的投与戦略は、対象に初回用量のネオ抗原治療薬を投与することと、約４週毎に１回、続く用量の薬剤を投与することとを含む。一部の実施形態では、薬剤は断続的投与戦略を使用して投与され、追加の治療剤は毎週投与される。
【０５６２】
本発明は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を含む組成物を提供する。また、本発明は、本明細書に記載されるネオ抗原治療薬と薬学的に許容されるビヒクルとを含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫治療で使用を見出す。一部の実施形態では、組成物は、腫瘍増殖を阻害することにおいて使用を見出す。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象（例えばヒト患者）で腫瘍増殖を阻害することにおいて使用を見出す。一部の実施形態では、組成物は、がんを処置することにおいて使用を見出す。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象（例えばヒト患者）でがんを処置することにおいて使用を見出す。
【０５６３】
製剤は、本発明のネオ抗原治療薬を薬学的に許容されるビヒクル（例えば担体または賦形剤）と組み合わせることにより、保存および使用のために調製される。当業者は一般的に、薬学的に許容される担体、賦形剤および／または安定化剤を、製剤または医薬組成物の不活性成分であると考える。例示的な製剤は、ＷＯ２０１５／０９５８１１に列挙されている。
【０５６４】
好適な薬学的に許容されるビヒクルとして、非毒性緩衝液、例えばリン酸、クエン酸および他の有機酸；塩、例えば塩化ナトリウム；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；保存剤、例えばオクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール、アルキルパラベン、例えばメチルまたはプロピルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３−ペンタノールおよびｍ−クレゾール；低分子量ポリペプチド（例えば約１０アミノ酸残基未満）；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリシン；炭水化物、例えば単糖、二糖、グルコース、マンノースまたはデキストリン；キレート剤、例えばＥＤＴＡ；糖、例えばショ糖、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール；塩形成対イオン、例えばナトリウム；金属複合体、例えばＺｎ−タンパク質複合体；ならびに非イオン性界面活性剤、例えばＴＷＥＥＮまたはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が挙げられるが、これらに限定されない。（Remington: The Science and Practice of Pharmacy、第２２版、２０１２年、Pharmaceutical Press、London）。一部の実施形態では、ビヒクルは、水中の５％デキストロースである。
【０５６５】
本明細書に記載される医薬組成物は、局部処置または全身処置のいずれかのために任意の数の様式で投与され得る。投与は、上皮もしくは経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、滴、坐剤、スプレー、液体および粉末による局所；噴霧器、気管内および鼻内によるものを含む、粉末もしくはエアロゾルの吸入もしくは吹送による肺投与；経口；または静脈内、動脈内、腫瘍内、皮下、腹腔内、筋内（例えば注射または点滴）もしくは頭蓋内（例えばクモ膜下腔内または脳室内）を含む非経口であってもよい。
【０５６６】
治療製剤は、単位投与形態であってもよい。そのような製剤として、錠剤、ピル、カプセル、粉末、顆粒、水もしくは非水性媒体中の溶液もしくは懸濁液または坐剤が挙げられる。
【０５６７】
また、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、マイクロカプセル中に封入してもよい。そのようなマイクロカプセル、例えばヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセルおよびポリ−（メチルメタクリレート（methylmethacylate））マイクロカプセルは、Remington: TheScience and Practice of Pharmacy、第２２版、２０１２年、PharmaceuticalPress、Londonに記載されているように、それぞれ、例えばコアセルベーション技術により、または界面重合により、コロイド状薬物送達系（例えばリポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子およびナノカプセル）中に、またはマクロエマルション中に調製される。
【０５６８】
ある特定の実施形態では、医薬製剤は、リポソームと複合体化した本明細書に記載されるネオ抗原治療薬を含む。リポソームを生成する方法は、当業者に公知である。例えば、一部のリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を伴う逆相エバポレーションにより発生させることができる。リポソームは、所望の直径を有するリポソームを産生するために規定の孔サイズのフィルターを通して押し出してもよい。
【０５６９】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドを含む維持放出調製物が、生成され得る。維持放出調製物の好適な例として、薬剤を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、ここではマトリックスは、造形品（例えばフィルムまたはマイクロカプセル）の形態である。維持放出マトリックスの例として、ポリエステル、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）またはポリ（ビニルアルコール）などのハイドロゲル、ポリ乳酸、Ｌ−グルタミン酸と７エチル−Ｌ−グルタミン酸塩とのコポリマー、非分解性エチレン−ビニルアセテート、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマーおよび酢酸リュープロリドからなる注射用ミクロスフェア）などの分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、ショ糖酢酸イソ酪酸エステルおよびポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【０５７０】
本開示は、免疫原性ワクチンを含む処置方法を提供する。疾患（例えばがんまたはウイルス感染）のための処置方法が提供される。方法は、免疫原性抗原を含む有効量の組成物を対象に投与するステップを含み得る。一部の実施形態では、抗原は、ウイルス抗原を含む。一部の実施形態では、抗原は、腫瘍抗原を含む。
【０５７１】
調製され得るワクチンの非限定的な例として、ペプチドベースのワクチン、核酸ベースのワクチン、抗体ベースのワクチン、Ｔ細胞ベースのワクチンおよび抗原提示細胞ベースのワクチンが挙げられる。
【０５７２】
ワクチン組成物は、活性剤の、薬学的に使用され得る調製物への加工を促進する賦形剤および補助剤を含む、１つまたは複数の生理学的に許容される担体を使用して製剤化することができる。適切な製剤は、選択される投与経路に依存し得る。周知の技術、担体および賦形剤のいずれかは、好適に、かつ当技術分野で理解されているように使用することができる。
【０５７３】
一部の場合、ワクチン組成物は、ペプチドベースのワクチン、核酸ベースのワクチン、抗体ベースのワクチンまたは細胞ベースのワクチンとして製剤化される。例えば、ワクチン組成物は、カチオン性脂質製剤中のネイキッドｃＤＮＡ；例えばポリ（ＤＬ−ラクチド−ｃｏ−グリコリド）（「ＰＬＧ」）ミクロスフェア（例えばEldridgeら、Molec. Immunol.２８巻：２８７〜２９４頁、１９９１年；Alonsoら、Vaccine  １２巻：２９９〜３０６頁、１９９４年；Jonesら、Vaccine  １３巻：６７５〜６８１頁、１９９５年を参照のこと）中に被包したリポペプチド（例えばVitiello, A.ら、J. Clin. Invest.９５巻：３４１頁、１９９５年）、ネイキッドｃＤＮＡもしくはペプチド；免疫刺激性複合体（ＩＳＣＯＭＳ：ｉｍｍｕｎｅ  ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ  ｃｏｍｐｌｅｘ）中に含有されるペプチド組成物（例えばTakahashiら、Nature  ３４４巻：８７３〜８７５頁、１９９０年；Huら、Clin Exp Immunol.１１３巻：２３５〜２４３頁、１９９８年）；または多抗原ペプチド系（ＭＡＰｓ：ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｓｙｓｔｅｍ）（例えばTam, J. P.、Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A.８５巻：５４０９〜５４１３頁、１９８８年；Tarn, J.P.、J. Immunol. Methods  １９６巻：１７〜３２頁、１９９６年を参照のこと）を含み得る。ときには、ワクチンは、ペプチドベースのワクチン、または核酸がポリペプチドをコードする核酸ベースのワクチンとして製剤化される。ときには、ワクチンは、抗体ベースのワクチンとして製剤化される。ときには、ワクチンは、細胞ベースのワクチンとして製剤化される。
【０５７４】
特定された疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドのアミノ酸配列を、薬学的に許容される組成物を開発するために使用することができる。抗原源は、糖タンパク質を含む天然または合成タンパク質、ペプチドおよび超抗原；抗体／抗原複合体；リポタンパク質；ＲＮＡまたはその翻訳産物；ならびにＤＮＡまたはＤＮＡによりコードされるポリペプチドであり得るが、これらに限定されない。また、抗原源は、形質転換されていないか、形質転換されたか、トランスフェクトされたか、または形質導入された細胞または細胞株を含み得る。細胞は、組換え抗原を発現させるために使用され得る、当業者に公知の様々な発現ベクターまたはレトロウイルスベクターのいずれかを使用して形質転換、トランスフェクトまたは形質導入され得る。また、発現は、組換え抗原（複数可）をコードするＤＮＡ分子を含有する発現ベクターまたはレトロウイルスベクターで形質転換したか、これをトランスフェクトしたか、またはこれを形質導入した任意の適切な宿主細胞で達成され得る。任意の数の、当業者に公知のトランスフェクション、形質転換および形質導入プロトコールを使用することができる。組換えワクシニアベクターおよびワクシニアベクターを感染させた細胞は、抗原源として使用することができる。
【０５７５】
組成物は、合成疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを含み得る。組成物は、２つまたはそれよりも多い疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを含み得る。組成物は、疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体（例えばタンパク質、ペプチド、ＤＮＡおよびＲＮＡ）を含み得る。疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体は、特定された疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを発生させることができるか、またはこれに発生され得る。一部の実施形態では、治療組成物は、免疫原性ペプチドの前駆体を含む。疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体は、プロドラッグであり得る。一部の実施形態では、疾患特異的免疫原性ネオ抗原ペプチドを含む組成物は、アジュバントをさらに含み得る。例えば、ネオ抗原ペプチドは、ワクチンとして利用することができる。一部の実施形態では、免疫原性ワクチンは、薬学的に許容される免疫原性ネオ抗原ペプチドを含み得る。一部の実施形態では、免疫原性ワクチンは、免疫原性ネオ抗原ペプチドの薬学的に許容される前駆体（例えばタンパク質、ペプチド、ＤＮＡおよびＲＮＡ）を含み得る。一部の実施形態では、処置方法は、免疫原性ネオ抗原ペプチドを特異的に認識する有効量の抗体を対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、処置方法は、免疫原性ネオ抗原ペプチドを特異的に認識する有効量の可溶性ＴＣＲまたはＴＣＲ類似体を対象に投与するステップを含む。
【０５７６】
本明細書に記載される方法は、個別化薬の関係において特に有用であり、ここでは免疫原性ネオ抗原ペプチドは、同じ個体のための治療薬（例えばワクチンまたは治療抗体）を開発するために使用される。したがって、対象において疾患を処置する方法は、本明細書に記載される方法に従って対象において免疫原性ネオ抗原ペプチドを特定するステップと、ペプチド（またはその前駆体）を合成するステップと、対象にペプチドまたはペプチドを特異的に認識する抗体を投与するステップとを含み得る。一部の実施形態では、免疫原性ネオ抗原の発現パターンは、患者特異的ワクチンの発生のための本質的な基礎として働き得る。一部の実施形態では、免疫原性ネオ抗原の発現パターンは、特定の疾患を有する一群の患者用のワクチンの発生のための本質的な基礎として働き得る。このようにして、特定の疾患、例えば特定の種類の腫瘍は、患者群で選択的に処置することができる。
【０５７７】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、大きな患者群において自家抗疾患Ｔ細胞により認識され得る構造的に正常な（「共有の」）抗原である。一部の実施形態では、疾患により構造的に正常な（「共有の」）ネオ抗原を発現する、疾患を有する一群の対象の抗原発現パターンが決定される。
【０５７８】
免疫原性ネオ抗原を生成する様々な方法がある。タンパク質またはペプチドは、標準の分子生物学的技術を通したタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドの発現；天然源からのタンパク質もしくはペプチドの単離；ｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳；またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含む、当業者に公知の任意の技術により作製され得る。一般的に、そのような疾患特異的ネオ抗原は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏのいずれかで生成することができる。免疫原性ネオ抗原は、ペプチドまたはポリペプチドとしてｉｎ  ｖｉｔｒｏで生成してもよく、それはその後、個別化ワクチンまたは免疫原性組成物に製剤化し、対象に投与してもよい。免疫原性ネオ抗原のｉｎ  ｖｉｔｒｏ生成は、ペプチド合成、または様々な細菌、真核生物もしくはウイルス組換え発現系のいずれかにおけるＤＮＡもしくはＲＮＡ分子からのペプチド／ポリペプチドの発現および続く発現させたペプチド／ポリペプチドの精製を含み得る。あるいは、免疫原性ネオ抗原は、免疫原性ネオ抗原をコードする分子（例えばＤＮＡ、ＲＮＡおよびウイルス発現系）を対象に導入し、これに際してコードされた免疫原性ネオ抗原が発現されることにより、ｉｎ  ｖｉｖｏで生成することができる。一部の実施形態では、免疫原性ネオ抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでネオ抗原ペプチドを生成するために使用することができる。
【０５７９】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、免疫原性ネオ抗原をコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一性を有する配列を含む。
【０５８０】
ポリヌクレオチドは、例えばＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ、一本鎖および／もしくは二本鎖の天然もしくは安定化形態のポリヌクレオチドまたはこれらの組合せであり得る。免疫原性ネオ抗原ペプチドをコードする核酸は、それがペプチドをコードする限り、イントロンを含有してもよく、または含有しなくてもよい。一部の実施形態では、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳は、ペプチドを生成するために使用される。
【０５８１】
また、ネオ抗原をコードする配列を含む発現ベクターおよび発現ベクターを含有する宿主細胞が、企図される。本発明における使用に好適な発現ベクターは、核酸配列に作動可能に連結した少なくとも１つの発現制御エレメントを含み得る。発現制御エレメントは、核酸配列の発現を制御および調節するためにベクターに挿入される。発現制御エレメントの例は、当技術分野で周知であり、例えばｌａｃ系、ファージラムダのオペレーターおよびプロモーター領域、酵母プロモーターならびにポリオーマ、アデノウイルス、レトロウイルスまたはＳＶ４０に由来するプロモーターが挙げられる。追加の作動性エレメントとして、リーダー配列、終止コドン、ポリアデニル化シグナルならびに宿主系における核酸配列の適切な転写および続く翻訳に必要な、または好ましい任意の他の配列が挙げられるが、これらに限定されない。発現制御エレメントの正しい組合せは、選択される宿主系に依存することが当業者に理解される。発現ベクターは、宿主系における核酸配列を含有する発現ベクターの移行および続く複製に必要な追加のエレメントを含有するべきであることがさらに理解される。そのようなエレメントの例として、複製起点および選択マーカーが挙げられるが、これらに限定されない。
【０５８２】
ネオ抗原ペプチドは、所望のネオ抗原ペプチドをコードするＲＮＡまたはｃＤＮＡ分子の形態で提供され得る。本発明の１つまたは複数のネオ抗原ペプチドは、単一の発現ベクターによりコードされ得る。一般的に、ＤＮＡは、発現のために適切な方向および正しいリーディングフレームで、発現ベクター、例えばプラスミドに挿入され、必要な場合、ＤＮＡは、所望の宿主（例えば細菌）により認識される適切な転写および翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結され得るが、そのような制御は一般的に、発現ベクターで使用可能である。その後、ベクターは、標準の技術を使用して宿主細菌に導入され、クローニングされる。真核生物宿主、とりわけ哺乳動物またはヒトに有用な発現ベクターとして、例えばＳＶ４０、ウシパピローマウイルス、アデノウイルスおよびサイトメガロウイルスからの発現制御配列を含むベクターが挙げられる。細菌宿主に有用な発現ベクターとして、公知の細菌プラスミド、例えばｐＣＲ  １、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９およびそれらの誘導体を含むＥ．ｃｏｌｉからのプラスミド、より広い宿主範囲のプラスミド、例えばＭ１３および繊維状一本鎖ＤＮＡファージが挙げられる。
【０５８３】
実施形態では、目的のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列は、オリゴヌクレオチド合成機を使用して化学合成により構築してもよい。そのようなオリゴヌクレオチドは、所望のポリペプチドのアミノ酸配列に基づいて、かつ目的の組換えポリペプチドが生成される宿主細胞において好まれるコドンを選択して、設計され得る。標準の方法は、単離した目的のポリペプチドをコードする単離したポリヌクレオチド配列を合成するために適用することができる。
【０５８４】
ポリペプチドの発現に好適な宿主細胞として、適切なプロモーターの制御下の原核生物、酵母、昆虫またはより高度な真核生物細胞が挙げられる。原核生物として、グラム陰性またはグラム陽性生物、例えばＥ．ｃｏｌｉまたはｂａｃｉｌｌｕｓ属が挙げられる。より高度な真核生物細胞として、哺乳動物起源の確立された細胞株が挙げられる。また、細胞を含まない翻訳系を使用してもよい。細菌、真菌、酵母および哺乳動物細胞宿主での使用に適切なクローニングベクターおよび発現ベクターは、当技術分野で周知である。様々な哺乳動物または昆虫細胞培養系を、組換えタンパク質を発現させるために使用することができる。例示的な哺乳動物宿主細胞株として、ＣＯＳ−７、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、２９３、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞株が挙げられるが、これらに限定されない。哺乳動物発現ベクターは、非転写エレメント、例えば複製起点、発現される遺伝子に連結した好適なプロモーターおよびエンハンサーならびに他の５’または３’に隣接する非転写配列および５’または３’非翻訳配列、例えば必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位および転写終止配列を含み得る。
【０５８５】
形質転換した宿主により生成されるタンパク質は、任意の好適な方法に従って精製することができる。そのような標準の方法として、クロマトグラフィー（例えばイオン交換、アフィニティおよびサイジングカラムクロマトグラフィーなど）、遠心分離、溶解度差またはタンパク質精製のための任意の他の標準技術によるものが挙げられる。アフィニティタグ、例えばヘキサヒスチジン、マルトース結合ドメイン、インフルエンザコート配列、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼなどを、タンパク質に付着させて、適切なアフィニティカラムの通過による容易な精製を可能にしてもよい。また、単離したタンパク質は、タンパク質分解、核磁気共鳴およびｘ線結晶学などの技術を使用して物理的に特徴付けることができる。
【０５８６】
ワクチンは、本明細書に記載されるポリペプチド配列に結合する実体を含み得る。実体は、抗体であり得る。抗体ベースのワクチンは、好適に、かつ当技術分野で理解されているように周知の技術、担体および賦形剤のいずれかを使用して製剤化することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるペプチドは、ネオ抗原特異的治療薬、例えば抗体治療薬を作製するために使用することができる。例えば、ネオ抗原は、ネオ抗原を特異的に認識する抗体を生じ、かつ／または特定するために使用することができる。これらの抗体は、治療薬として使用され得る。抗体は、天然抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体であってもよく、または抗体断片であってもよい。抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドのうちの１つまたは複数を認識し得る。抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドに対して配列相同性が多くて４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％であるか、またはそれよりも低い配列を有するポリペプチドを認識し得る。抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドに対して配列相同性が少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％であるか、またはそれよりも高い配列を有するポリペプチドを認識し得る。また、抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドと比較して配列長が少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％であるか、またはそれよりも長い配列長を有するポリペプチドを認識し得る。抗体は、本明細書に記載されるポリペプチドと比較して配列長が多くて３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％であるか、またはそれよりも短い配列長を有するポリペプチドを認識し得る。
【０５８７】
また、本発明は、例えばＤＮＡ／ＲＮＡワクチンの形態で、ｉｎ  ｖｉｖｏにて、それを必要とする対象にネオ抗原ペプチド／ポリペプチドを送達するためのビヒクルとしての核酸分子の使用を企図する。
【０５８８】
一部の実施形態では、ワクチンは、核酸ワクチンである。一部の実施形態では、ネオ抗原は、プラスミドの使用により対象に投与することができる。プラスミドは、いくつかの異なる方法、例えば粘膜表面、例えば鼻粘膜および肺粘膜上でのネイキッドＤＮＡの注射またはエアロゾル滴下注入により動物組織に導入され得る。一部の実施形態では、例えば「遺伝子銃」での物理的送達を使用してもよい。発現ベクターの正確な選択は、発現されるペプチド／ポリペプチドに依存する場合があり、十分に当業者の技術の範囲内である。
【０５８９】
一部の実施形態では、核酸は、免疫原性ペプチドまたはペプチド前駆体をコードする。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、免疫原性ペプチドまたはペプチド前駆体をコードする配列に隣接する配列を含む。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、１つを超える免疫原性エピトープを含む。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、ＤＮＡベースのワクチンである。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、ＲＮＡベースのワクチンである、一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、ｍＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、ネイキッドｍＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、修飾ｍＲＮＡ（例えばプロタミンを使用して分解から保護したｍＲＮＡ、修飾５’ＣＡＰ構造を含有するｍＲＮＡまたは修飾ヌクレオチドを含有するｍＲＮＡ）を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、一本鎖ｍＲＮＡを含む。
【０５９０】
ポリヌクレオチドは、実質的に純粋であるか、または好適なベクターもしくは送達系に含有されていてもよい。好適なベクターおよび送達系として、ウイルス、例えばアデノウイルス、ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノ随伴ウイルスまたは１つを超えるウイルスのエレメントを含有するハイブリッドに基づく系が挙げられる。非ウイルス送達系として、カチオン性脂質およびカチオン性ポリマー（例えばカチオン性リポソーム）が挙げられる。
【０５９１】
１つまたは複数のネオ抗原ペプチドは、ウイルスベースの系を使用してコードされ、ｉｎ  ｖｉｖｏで発現され得る。ウイルスベクターは、本発明において組換えベクターとして使用してもよく、ウイルスゲノムの一部分は、ウイルスの感染力を破壊することなく、新しい遺伝子を導入するために欠失される。本発明のウイルスベクターは、非病原性ウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは、哺乳動物において特異的細胞種について向性を有する。別の実施形態では、本発明のウイルスベクターは、専門的抗原提示細胞、例えば樹状細胞およびマクロファージに感染することができる。本発明のさらに別の実施形態では、ウイルスベクターは、哺乳動物において任意の細胞に感染することができる。また、ウイルスベクターは、腫瘍細胞に感染し得る。本発明において使用されるウイルスベクターとして、ポックスウイルス、例えばワクシニアウイルス、ａｖｉｐｏｘウイルス、鶏痘ウイルスおよび高弱毒化ワクシニアウイルス（ＡｎｋａｒａまたはＭＶＡ）、レトロウイルス、アデノウイルス、バキュロウイルスなどが挙げられるが、これらに限定されない。
【０５９２】
ワクチンは、様々な経路により送達することができる。送達経路として、経口（口腔および舌下を含む）、直腸、鼻内、局所、経皮パッチ、肺、膣、坐剤もしくは非経口（筋内、動脈内、クモ膜下腔内、皮内、腹腔内、皮下および静脈内を含む）投与、またはエアロゾル化、吸入もしくは吹送による投与に好適な形態のものを挙げることができる。薬物送達系についての一般的な情報は、Anselら、Pharmaceutical Dosage Forms and DrugDelivery Systems（Lippencott Williams & Wilkins、Baltimore Md.（１９９９年））で見ることができる。本明細書に記載されるワクチンは、筋肉に投与してもよく、あるいは皮内もしくは皮下注射により、または経皮で、例えばイオン泳動により投与してもよい。ワクチンの上皮投与を使用してもよい。
【０５９３】
一部の場合、また、ワクチンは、鼻道による投与のために製剤化してもよい。担体が固体である、鼻内投与に好適な製剤は、例えば約１０〜約５００ミクロンの範囲内の粒子サイズを有する粗い粉末を含んでもよく、これは、鼻吸入の様式で、すなわち、鼻に近づけて保たれた粉末容器からの鼻道を通る速い吸入により投与される。製剤は、鼻スプレー、点鼻薬または噴霧器によるエアロゾル投与によるものであってもよい。製剤は、ワクチンの水性または油性溶液を含み得る。
【０５９４】
ワクチンは、液体調製物、例えば懸濁液、シロップまたはエリキシル剤であってもよい。また、ワクチンは、非経口、皮下、皮内、筋内または静脈内投与（例えば注射投与）のための調製物、例えば滅菌懸濁液またはエマルションであってもよい。
【０５９５】
ワクチンは、一回の免疫化のための材料を含んでもよく、または多数回の免疫化のための材料を含んでもよい（すなわち、「多用量」キット）。保存剤を含めることは、多用量配置において好ましい。多用量組成物中に保存剤を含めることの代替として（またはこれに加えて）、組成物を、材料の除去のための無菌アダプターを有する容器中に含有することができる。
【０５９６】
ワクチンは、約０．５ｍＬの投与体積で投与してもよいが、半分の用量（すなわち、約０．２５ｍＬ）を小児に投与してもよい。ときには、ワクチンは、より高い用量、例えば約１ｍｌで投与され得る。
【０５９７】
ワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０用量またはそれよりも多い用量−過程レジメンとして投与することができる。ときには、ワクチンは、１、２、３または４用量−過程レジメンとして投与される。ときには、ワクチンは、１用量−過程レジメンとして投与される。ときには、ワクチンは、２用量−過程レジメンとして投与される。
【０５９８】
第１の用量および第２の用量の投与は、約０日、１日、２日、５日、７日、１４日、２１日、３０日、２ヶ月、４ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１年、１．５年、２年、３年、４年またはそれよりも長く、分けてもよい。
【０５９９】
本明細書に記載されるワクチンは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年毎またはそれよりも長い年毎に投与することができる。ときには、本明細書に記載されるワクチンは、２、３、４、５、６、７年毎またはそれよりも長い年毎に投与される。ときには、本明細書に記載されるワクチンは、４、５、６、７年毎またはそれよりも長い年毎に投与される。ときには、本明細書に記載されるワクチンは、１回投与される。
【０６００】
投与量の例は、限定ではなく、本明細書に記載されるワクチンを投与するための特定の投与レジメンを例示するためにのみ使用される。ヒトにおける使用のための有効量は、動物モデルから決定することができる。例えば、ヒトのための用量は、動物において有効であることが分かった、循環、肝臓、局所および／または胃腸濃度を達成するように製剤化され得る。動物データおよび他の種類の同様のデータに基づいて、当業者は、ヒトに適切なワクチン組成物の有効量を決定することができる。
【０６０１】
薬剤または薬剤の組合せについて言及する場合、有効量は一般的に、医学分野もしくは医薬分野の様々な規制機関もしくは諮問機関（例えばＦＤＡ、ＡＭＡ）のいずれかにより、または製造業者もしくは供給者により推奨または承認された、用量範囲、投与様式、製剤などを意味する。
【０６０２】
一部の態様では、本明細書に記載されるワクチンおよびキットは、２℃〜８℃の間で保存することができる。一部の場合、ワクチンは、凍結保存されない。一部の場合、ワクチンは、−２０℃または−８０℃などの温度で保存される。一部の場合、ワクチンは、日光を避けて保存される。
【０６０３】
ＶＩＩＩ．キット
本明細書に記載されるネオ抗原治療薬は、投与のための説明書を共に伴うキット形態で提供してもよい。典型的に、キットは、単位投与形態の、容器中の所望のネオ抗原治療薬と、投与のための説明書とを含み得る。また、追加の治療薬、例えば、サイトカイン、リンホカイン、チェックポイント阻害剤、抗体を、キットに含めてもよい。また、望ましいものであり得る他のキット構成要素として、例えば滅菌シリンジ、追加接種投与量および他の所望の賦形剤が挙げられる。
【０６０４】
また、本明細書に記載される１つまたは複数の方法での使用のためのキットおよび製造物品が、本明細書で提供される。キットは、１つまたは複数のネオ抗原ポリペプチドを含有し得る。また、キットは、本明細書に記載されるポリペプチドのうちの１つもしくは複数をコードする核酸、本明細書に記載されるポリペプチドのうちの１つもしくは複数を認識する抗体または本明細書に記載されるポリペプチドのうちの１つもしくは複数で活性化されるＡＰＣベースの細胞を含有し得る。キットは、ワクチンの組立ておよび送達に必要なアジュバント、試薬および緩衝液をさらに含有し得る。
【０６０５】
また、キットは、バイアル、管などの１つまたは複数の容器を受容するように仕切られた担体、包装または容器を含んでもよく、容器（複数可）の各々は、本明細書に記載される方法で使用される別々の要素、例えばポリペプチドおよびアジュバントの１つを含む。好適な容器として、例えば瓶、バイアル、シリンジおよび試験管が挙げられる。容器は、様々な材料、例えばガラスまたはプラスチックから形成することができる。
【０６０６】
本明細書で提供する製造物品は、包装材料を含有する。医薬包装材料の例として、ブリスターパック、瓶、管、袋、容器、瓶ならびに選択された製剤ならびに意図される投与および処置様式に好適な任意の包装材料が挙げられるが、これらに限定されない。キットは典型的に、内容物および／または使用のための説明を列挙する標識と、使用のための説明を有する包装インサートとを含む。また、一組の説明書が典型的に、含まれる。
【０６０７】
本発明を、特定の実施例により、より詳細に説明する。以下の実施例は、例示の目的のために提供され、いかなる様式でも本発明を限定するとは意図されない。当業者は、変えるか、または改変して、本発明に従う代替の実施形態を得ることができる様々な重要でないパラメータを容易に認識する。本明細書で列挙する全ての特許、特許出願および出版物は、それらを全体として参照により本明細書に組み込む。
【実施例】
【０６０８】
（実施例１）
免疫原性の可能性を有する変異配列の特定
出願人らは、がん患者において再発する変異を発見した。表１および２を参照されたい。
【０６０９】
本明細書に記載されるネオ抗原性ペプチドは、表１および２で列挙される変異に由来し得る。例えば、ネオ抗原性ペプチドは、置換変異、例えばＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｖ変異に由来し得る。ネオ抗原性ペプチドは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００アミノ酸残基のタンパク質を含むペプチド、例えば置換（Ｇ１２Ｖ）を含むＫＲＡＳであり得る。置換は、ネオ抗原性ペプチドの長さに沿ったいずれの箇所に位置してもよい。例えば、それは、ネオ抗原性ペプチドのＮ末端の第３番目、ネオ抗原性ペプチドの中心の第３番目またはネオ抗原性ペプチドのＣ末端の第３番目に位置してもよい。別の例では、置換残基は、Ｎ末端から２〜５残基離れて、またはＣ末端から２〜５残基離れて位置する。ネオ抗原性ペプチドは、腫瘍特異的挿入変異に同様に由来してもよく、ここではネオ抗原性ペプチドは、挿入された残基のうちの１つもしくは複数または全てを含む。
【０６１０】
また、ネオ抗原性ペプチドは、フレームシフト変異、融合ポリペプチド、インフレーム欠失およびスプライスバリアントに由来し得る。これらの変異から生じる腫瘍特異的ポリペプチドは、生殖細胞系によりコードされるポリペプチド配列と腫瘍特異的変異によりコードされる腫瘍特異的変異ポリペプチドとの間の移行点の存在により特徴付けることができる。ネオ抗原性ペプチドは、生殖細胞系がコードする天然配列と腫瘍特異的ポリペプチド配列との間の移行点を包含する、約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０または１００アミノ酸残基のペプチドであり得る。移行点は、ネオ抗原性ペプチドの長さに沿ったいずれの箇所に位置してもよい。例えば、それは、ネオ抗原性ペプチドのＮ末端の第３番目、ネオ抗原性ペプチドの中心の第３番目またはネオ抗原性ペプチドのＣ末端の第３番目に位置してもよい。別の例では、移行点は、Ｎ末端から２〜５残基離れて、またはＣ末端から２〜５残基離れて位置する。また、フレームシフト変異およびスプライスバリアントに由来するネオ抗原性ペプチドは、腫瘍特異的変異残基からなるペプチドであり得る。
【０６１１】
表１および２に列挙する各変異事象について、変異タンパク質の全長アミノ酸配列を得た。生殖細胞系タンパク質配列で見られない任意の構成要素９マーまたは１０マーに、ネオ−ペプチドとして印をつけ、使用可能なアルゴリズムを使用して６個の通常のＨＬＡ対立遺伝子（ＨＬＡ−Ａ０１：０１、ＨＬＡ−Ａ０２：０１、ＨＬＡ−Ａ０３：０１、ＨＬＡ−Ａ１１：０１、ＨＬＡ−Ａ２４：０２、ＨＬＡ−Ｂ０７：０２およびＨＬＡ−Ｂ０８：０１）に対する結合可能性についてスコア付けした。１０００ｎＭより優れたスコアの任意のペプチドを決定した。決定したペプチドを、表１および２に列挙し、括弧内に高いスコアのＨＬＡ対立遺伝子を示す。
【表１−１】
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【表１−２】
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【表１−３】
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【表１−４】
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【表１−５】
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【表１−６】
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【表１−７】
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【表１−８】
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【表１−９】
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【表１−１０】
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【表１−１１】
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【表１−１２】
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【表１−１３】
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【表１−１４】
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【表１−１５】
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【表１−１６】
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【表１−１７】
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【表１−１８】
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【表１−１９】
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【表１−２０】
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【表１−２１】
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【表１−２２】
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【表１−２３】
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【表１−２４】
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【表１−２５】
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1下線のアミノ酸は、非天然アミノ酸を表す
2太字のアミノ酸は、2つの融合した遺伝子のうちの第2の遺伝子によりコードされるアミノ酸配列の天然アミノ酸を表す
3太字および下線のアミノ酸は、フレームシフトのための2つの融合した遺伝子のうちの第2の遺伝子によりコードされるアミノ酸配列の非天然アミノ酸を表す。
【表２−１】
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【表２−２】
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【表２−３】
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【表２−４】
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【表２−５】
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【表２−６】
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【表２−７】
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【表２−８】
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【表２−９】
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【表２−１０】
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1下線のアミノ酸は、非天然アミノ酸を表す
2太字のアミノ酸は、2つの融合した遺伝子のうちの第2の遺伝子によりコードされるアミノ酸配列の天然アミノ酸を表す
3太字および下線のアミノ酸は、フレームシフトのための2つの融合した遺伝子のうちの第2の遺伝子によりコードされるアミノ酸配列の非天然アミノ酸を表す。
【０６１２】
上記の表において、例示的な融合の１つまたは複数について、最初の「：」より前の配列は、第１の遺伝子によりコードされるポリペプチドのエクソン配列に属し、第２の「：」より後の配列は、第２の遺伝子によりコードされるポリペプチドのエクソン配列に属し、「：」記号の間のアミノ酸は、第１の遺伝子によりコードされるポリペプチドのエクソン配列と第２の遺伝子によりコードされるポリペプチドのエクソン配列との間のスプリットであるコドンによりコードされる。しかしながら、一部の実施形態、例えばＮＡＢ：ＳＴＡＴ６では、ＮＡＢエクソンは、ＳＴＡＴ６の５’ＵＴＲに連結し、接合点より後の第１のアミノ酸は、ＳＴＡＴ６の正常な開始コドンである（（それは通常翻訳されないので）この部位に存在するフレームはない）。
また、上記の表のＡＲ−Ｖ７は、一部の実施形態では、全長ＡＲで見られるリガンド結合ドメインを欠くタンパク質をコードする、ＡＲ遺伝子のスプライスバリアントであると考えることができる。
【０６１３】
（実施例２）
ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ結合アッセイ
ＨＬＡ分子へのペプチド結合の以下の実施例は、ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩペプチドの結合親和性の定量を示す。結合アッセイは、モチーフを有するか、またはモチーフを有しないペプチドのいずれかで行うことができる。
【０６１４】
エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）形質転換ホモ接合細胞株、線維芽細胞、ＣＩＲまたは７２１．２２トランスフェクタントを、ＨＬＡクラスＩ分子源として使用する。細胞溶解物を調製し、ＨＬＡ分子を、開示されているプロトコールに従って精製する（Sidneyら、Current Protocols in Immunology  １８．３．１（１９９８年）；Sidneyら、J. Immunol.１５４巻：２４７頁（１９９５年）；Setteら、Mol. Immunol.３１巻：８１３頁（１９９４年））。アフィニティクロマトグラフィーにより、ＨＬＡ分子を溶解物から精製する。溶解物を、適切な抗体に連結したＳｅｐｈａｒｏｓｅ  ＣＬ−４Ｂビーズのカラムに通す。抗ＨＬＡカラムをその後、１％ＮＰ−４０、ＰＢＳ中の１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣＬ、ｐＨ８．０および０．４％ｎ−オクチルグルコシドを含有するＰＢＳで洗浄し、ＨＬＡ分子を、０．４％ｎ−オクチルグルコシドを含有する０．１５Ｍ  ＮａＣｌ中の５０ｍＭジエチルアミン、ｐＨ１１．５で溶出する。１／２５体積の２．０Ｍ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ６．８を溶出液に添加してｐＨを約８．０まで低減する。溶出液をその後、Ｃｅｎｔｒｉｐｒｅｐ  ３０濃縮器（Ａｍｉｃｏｎ、Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ）での遠心分離により濃縮する。タンパク質含有量を、ＢＣＡタンパク質アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）により評価し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより確認する。
【０６１５】
クラスＩおよびクラスＩＩ  ＭＨＣに対するペプチドの結合親和性を測定するために利用されるプロトコールの詳細な説明は、公開されている（Setteら、Mol. Immunol.３１巻：８１３頁、１９９４年；Sidneyら、Current Protocols in Immunology、Margulies編、John Wiley & Sons、New York、１８．３節、１９９８年）。簡単に説明すると、精製したＭＨＣ分子（５〜５００ｎＭ）を、プロテアーゼ阻害剤カクテルの存在下で、０．０５％Ｎｏｎｉｄｅｔ  Ｐ−４０（ＮＰ４０）を含有するＰＢＳ中にて様々な非標識ペプチド阻害剤および１〜１０ｎＭの１２５Ｉ放射標識プローブペプチドと４８時間（またはＨ−２  ＩＡアッセイについては２０％ｗ／ｖジギトニンと）インキュベートする。ｐＨ４．５で行ったＤＲＢ１＊０３０１、ならびにｐＨ５．０で行ったＤＲＢ１＊１６０１（ＤＲ２ｗ２１β１）およびＤＲＢ４＊０１０１（ＤＲｗ５３）を除いて、全てのアッセイはｐＨ７．０で行う。
【０６１６】
インキュベーション後、７．８ｍｍ×１５ｃｍ  ＴＳＫ２００カラム（ＴｏｓｏＨａａｓ  １６２１５、Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙｖｉｌｌｅ、ＰＡ）上でのゲル濾過により、ＭＨＣ−ペプチド複合体を遊離ペプチドから分離する。ＤＲＢ１＊１５０１（ＤＲ２ｗ２β１）アッセイに使用した放射標識ペプチドの大きなサイズのために、これらの条件下で非結合ピークから結合ピークを分離することがより困難であるので、全てのＤＲＢ１＊１５０１（ＤＲ２ｗ２β１）アッセイを、７．８ｍｍ×３０ｃｍ  ＴＳＫ２０００カラムを使用して、０．６ｍＬ／分で溶出して行った。ＴＳＫカラムからの溶出液を、Ｂｅｃｋｍａｎ  １７０放射性同位体検出器に通し、放射活性をプロットし、Ｈｅｗｌｅｔｔ−Ｐａｃｋａｒｄ  ３３９６Ａ積分器を使用して積分し、結合したペプチドの画分を決定する。
【０６１７】
クロラミン−Ｔ方法を使用して、放射標識ペプチドをヨウ素化する。典型的に、予備実験で、各ＭＨＣ調製物を固定量の放射標識ペプチドの存在下で滴定して、全放射活性の１０〜２０％に結合するのに必要なＨＬＡ分子の濃度を決定する。全ての続く阻害アッセイおよび直接結合アッセイを、これらのＨＬＡ濃度を使用して行う。
【０６１８】
これらの条件下では、［標識］＜［ＨＬＡ］およびＩＣ５０≧［ＨＬＡ］であるので、測定したＩＣ５０値は、真のＫＤ値の合理的な近似値である。ペプチド阻害剤は典型的に、１２０μｇ／ｍｌ〜１．２ｎｇ／ｍｌの範囲の濃度で試験し、２〜４回の完全に独立した実験で試験する。異なる実験で得たデータの比較を可能にするために、阻害についての陽性対照のＩＣ５０を各試験したペプチド（典型的に放射標識したプローブペプチドの非標識変形）についてのＩＣ５０で割ることにより、各ペプチドについて相対的結合数を計算する。データベースの目的および実験間比較のために、相対的結合値を編集する。これらの値は続いて、阻害についての陽性対照のＩＣ５０  ｎＭを目的のペプチドの相対的結合で割ることにより、ＩＣ５０  ｎＭ値に変換し戻すことができる。このデータ編集方法は、異なる日に試験した、または異なるロットの精製ＭＨＣで試験したペプチドを比較するために最も正確かつ一貫性があると証明されている。
【０６１９】
ＨＬＡ−ＤＲ精製に使用される抗体（ＬＢ３．１）は、α鎖特異的であるので、β１分子は、β３（ならびに／またはβ４およびβ５）分子から分離されない。結合アッセイのβ１特異性は、β３が発現されない、ＤＲＢ１＊０１０１（ＤＲ１）、ＤＲＢ１＊０８０２（ＤＲ８ｗ２）およびＤＲＢ１＊０８０３（ＤＲ８ｗ３）の場合に明らかである。また、それは、ＤＲＢ１＊０３０１（ＤＲ３）およびＤＲＢ３＊０１０１（ＤＲ５２ａ）、ＤＲＢ１＊０４０１（ＤＲ４ｗ４）、ＤＲＢ１＊０４０４（ＤＲ４ｗ１４）、ＤＲＢ１＊０４０５（ＤＲ４ｗ１５）、ＤＲＢ１＊１１０１（ＤＲ５）、ＤＲＢ１＊１２０１（ＤＲ５ｗ１２）、ＤＲＢ１＊１３０２（ＤＲ６ｗ１９）ならびにＤＲＢ１＊０７０１（ＤＲ７）についても示されている。ＤＲＢ１＊１５０１（ＤＲ２ｗ２β１）、ＤＲＢ５＊０１０１（ＤＲ２ｗ２β２）、ＤＲＢ１＊１６０１（ＤＲ２ｗ２１β１）、ＤＲＢ５＊０２０１（ＤＲ５１Ｄｗ２１）およびＤＲＢ４＊０１０１（ＤＲｗ５３）アッセイについてのβ鎖特異性の問題は、線維芽細胞の使用により回避される。ＤＲβ分子特異性についてのアッセイの開発および検証は、以前に説明されている（例えばSouthwoodら、J. Immunol.１６０巻：３３６３〜３３７３頁、１９９８年を参照のこと）。
【０６２０】
クラスＩ  ＭＨＣに対するペプチドの結合安定性を測定するために利用されるプロトコールの詳細な説明は、公開されている（Harndahlら、J Immunol Methods.３７４巻：５〜１２頁、２０１１年）。簡単に説明すると、ビオチニル化ＭＨＣ−Ｉ重鎖および軽鎖をコードする合成遺伝子を、標準の方法を使用してＥ．ｃｏｌｉで発現させ、封入体から精製する。軽鎖（β２ｍ）を、ヨウ素（１２５Ｉ）で放射標識し、１８℃で精製ＭＨＣ−Ｉ重鎖および目的のペプチドと組み合わせて、ｐＭＨＣ−Ｉ複合体形成を開始させる。これらの反応は、ビオチニル化ＭＨＣ−Ｉ重鎖を表面に結合するためにストレプトアビジンでコーティングしたマイクロプレートにおいて行い、放射標識軽鎖の測定を可能にして、複合体形成をモニターする。解離は、より高濃度の非標識軽鎖の添加および３７℃でのインキュベーションにより開始させる。安定性は、シンチレーションカウントにより測定される、複合体の半分が解離するのにかかる時間の長さ（時間）として定義される。
【０６２１】
また、生存細胞／フローサイトメトリーベースのアッセイ、例えばＴＡＰ欠損ハイブリドーマ細胞株Ｔ２（アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ受託番号ＣＲＬ−１９９２）、Ｍａｎａｓｓａｓ、Ｖａ．）を利用するアッセイを使用してもよい。この細胞株のＴＡＰ欠損は、ＥＲにおけるＭＨＣＩの非効率的なローディングおよび過剰な空のＭＨＣＩをもたらす。SalterおよびCresswell、EMBOJ.５巻：９４３〜４９頁（１９８６年）；Salter、Immunogenetics  ２１巻：２３５〜４６頁（１９８５年）。空のＭＨＣＩは、非常に不安定であり、短命である。Ｔ２細胞を低温で培養する場合、空のＭＨＣＩは、細胞表面上に一過的に現れ、そこでそれらはＭＨＣＩ結合ペプチドの外因的付加により安定化され得る。この結合アッセイを行うために、ペプチド受容性ＭＨＣＩを、一定分量の１０７個のＴ２細胞を血清非含有ＡＩＭ−Ｖ培地単独中で、または上昇する濃度（０．１〜１００μＭ）のペプチドを含有する培地中で２６℃にて一晩培養することにより誘導した。細胞をその後、ＰＢＳで２回洗浄し、続いて蛍光タグ付加ＨＬＡ−Ａ０２０１特異的モノクローナル抗体、ＢＢ７．２とインキュベートして、細胞表面発現を定量した。ＦＡＣＳ  Ｃａｌｉｂｕｒ器具（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）について試料を得、付属のＣｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェアを使用して蛍光強度平均値（ＭＦＩ）を決定した。
【０６２２】
（実施例３）
ＨＬＡクラスＩ結合親和性
ＨＬＡ結合アッセイを、所与のエピトープと選択したＨＬＡ分子との相互作用の親和性または安定性のいずれかを評価するために使用した。これらの測定の各々は、例えばＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発するエピトープの能力の表示であった。
【０６２３】
表１からのペプチドのサブセット（ｎ＝５６２）を合成し、それらの所与のＨＬＡクラスＩ分子についてのそれらの親和性を、説明するように測定した。値を表３に示す。図１で、測定値を予測した親和性に対してプロットする。これらのデータは、予測値と測定値との間の強い相関を示し（点線は、ベストフィットを表す、Ｒ２＝０．４５）、予測値の価値を示す。しかしながら、外れ値は、これらの測定値の重要性を示す。垂直および水平の太線は、それぞれ、予測した親和性および観察された親和性ついての５００ｎＭを示す。５００ｎＭは、当技術分野で、ＨＬＡクラスＩに対する「弱い結合剤」であるエピトープの最大親和性として通常認められている。したがって、下方右側４分の１区（５００ｎＭを超える予測値、５００ｎＭ未満の測定値）の点は、非常に弱い結合剤であると考えられたが、許容される範囲内で結合することが観察されたエピトープである。この４分の１区のエピトープ（ｎ＝７５）は、予測値により結合剤とは考えられなかったエピトープ（下部右側４分の１区と上部右側４分の１区との組合せ、ｎ＝２４６）の３０．５％である。
【表３−１】
2019513373.tif 000204
【表３−２】
2019513373.tif 000205
【表３−３】
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【表３−４】
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【表３−５】
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【表３−６】
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【表３−７】
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【表３−８】
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【表３−９】
2019513373.tif 000212
【表３−１０】
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【表３−１１】
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【表３−１２】
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【０６２４】
（実施例３）
ＨＬＡクラスＩ結合安定性
また、親和性測定に使用したペプチドのサブセットを、説明するアッセイを使用する安定性測定に使用した（ｎ＝２７５）。これらのデータを表３に示す。図２で、データを４つのビン区域に従ってプロットし、中央値および四分位間間隔を重ねる。５０ｎＭ未満は当分野で強い結合剤として考えられ、５０〜１５０ｎＭは中程度の結合剤と考えられ、１５０〜５００ｎＭは弱い結合剤と考えられ、５００ｎＭを超えるものは非常に弱い結合剤と考えられた。観察された安定性と観察された親和性との間の関係は、これらのビン区域化安定性間隔にわたる減少する安定性中央値により明らかであった。しかしながら、ビン間でかなりの重複があり、重要なことに、多時間範囲での観察された安定性を有するエピトープが、非常に弱い結合剤を含む、全てのビンに存在する。
【０６２５】
（実施例４）
免疫原性アッセイ
免疫原性アッセイを、Ｔ細胞を拡大増殖させる各試験ペプチドの能力を試験するために使用する。以下の方法で、成熟専門的ＡＰＣを、これらのアッセイのために調製する。ビーズベースのキット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して、単球を健康なヒトドナーＰＢＭＣから富化する。富化した細胞を、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−４中に播種して、未成熟ＤＣを誘導する。５日後、未成熟ＤＣを各ペプチドと共に３７℃で１時間インキュベートし、その後サイトカイン成熟カクテル（ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１β、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＴＮＦα、ＰＧＥ１β）を添加する。細胞を３７℃でインキュベートして、ＤＣを成熟させる。
【０６２６】
ＤＣの成熟後、ＰＢＭＣ（バルクまたはＴ細胞について富化したもののいずれか）を、増殖サイトカインと共に成熟樹状細胞に添加する。機能アッセイおよび／または四量体染色の組合せを使用して、ペプチド特異的Ｔ細胞について培養物をモニターする。修飾ペプチドおよび親ペプチドでの並行する免疫原性アッセイにより、ペプチドがペプチド特異的Ｔ細胞を拡大増殖させた相対的効率の比較が可能になった。
【０６２７】
四量体染色。ＭＨＣ四量体を購入または現場で製造し、免疫原性アッセイにおいてペプチド特異的Ｔ細胞拡大増殖を測定するために使用する。査定のために、製造業者の説明書に従って、１％ＦＣＳおよび０．１％アジ化ナトリウムを含有するＰＢＳ（ＦＡＣＳ緩衝液）中の１×１０５個の細胞に、四量体を添加する。細胞を暗条件で室温にて２０分間インキュベートする。Ｔ細胞マーカー、例えばＣＤ８に特異的な抗体をその後、製造業者により示唆される最終濃度になるように添加し、細胞を暗条件で４℃にて２０分間インキュベートする。細胞を冷ＦＡＣＳ緩衝液で洗浄し、１％ホルムアルデヒドを含有する緩衝液中に再懸濁する。細胞を、ＦＡＣＳ  Ｃａｌｉｂｕｒ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）器具について得、Ｃｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）の使用により分析する。四量体陽性細胞の分析のために、前方散乱および側方散乱プロットからリンパ球ゲートを採る。データは、ＣＤ８＋／四量体＋であった細胞の割合として報告される。
【０６２８】
細胞内サイトカイン染色。抗原特異的Ｔ細胞集団を特定するための十分確立した四量体染色がない場合、抗原特異性は、十分確立したフローサイトメトリーアッセイを使用するサイトカイン生成の査定を使用して見積もることができる。簡単に説明すると、Ｔ細胞を目的のペプチドで刺激し、対照と比較する。刺激後、ＣＤ４＋Ｔ細胞によるサイトカイン生成（例えばＩＦＮγおよびＴＮＦα）を、細胞内染色により査定する。これらのサイトカイン、とりわけＩＦＮγは、刺激された細胞を特定するのに使用した。
【０６２９】
ＥＬＩＳＰＯＴ。単一の細胞ベースでＴ細胞からのＩＦＮガンマの放出を測定するＥＬＩＳＰＯＴアッセイ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、ペプチド特異的Ｔ細胞を機能的に列挙する。標的細胞（Ｔ２またはＨＬＡ−Ａ０２０１をトランスフェクトしたＣ１Ｒ）を、１０μＭペプチドを用いて３７℃で１時間パルス処理し、３回洗浄した。１×１０５個のペプチドを用いてパルス処理した標的を、免疫原性培養物から採った様々な濃度のＴ細胞（５×１０２〜２×１０３個）を有するＥＬＩＳＰＯＴプレートウェル中で共培養する。プレートを、製造業者のプロトコールに従って現像し、ＥＬＩＳＰＯＴリーダー（Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｌｔｄ．）で付属のソフトウェアにより分析する。ＩＦＮガンマ生成Ｔ細胞の数に対応するスポットを、播種したＴ細胞の数当たりのスポットの絶対数として報告する。修飾ペプチドに対して拡大増殖したＴ細胞を、修飾ペプチドを用いてパルス処理した標的を認識するそれらの能力についてのみでなく、親ペプチドを用いてパルス処理した標的を認識するそれらの能力についても試験する。
【０６３０】
ＣＤ１０７染色。ＣＤ１０７ａおよびｂを、同族ペプチドでの活性化後、ＣＤ８＋Ｔ細胞の細胞表面上で発現させる。Ｔ細胞の溶解性顆粒は、分子ＣＤ１０７ａおよびｂを含むリソソーム関連膜糖タンパク質（「ＬＡＭＰ：ｌｙｓｏｓｏｍａｌ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ」）を含有する脂質二重層を有する。細胞傷害性Ｔ細胞がＴ細胞受容体を通して活性化された場合、これらの溶解性顆粒の膜は、Ｔ細胞の細胞膜を動員および融合する。顆粒内容物は放出され、これは標的細胞の死を引き起こす。顆粒膜が細胞膜と融合するとき、Ｃ１０７ａおよびｂは細胞表面上に曝露され、したがってそれらは脱顆粒のマーカーである。ＣＤ１０７ａおよびｂ染色により測定される脱顆粒は、単一の細胞ベースで報告されるので、アッセイは、ペプチド特異的Ｔ細胞を機能的に列挙するために使用される。アッセイを行うために、ＨＬＡ−Ａ０２０１をトランスフェクトした細胞Ｃ１Ｒに２０μＭの最終濃度になるようにペプチドを添加し、細胞を３７℃で１時間インキュベートし、３回洗浄した。１×１０５個のペプチドでパルス処理したＣ１Ｒ細胞を、管に一定分量採り、ＣＤ１０７ａおよびｂに特異的な抗体を、製造業者（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）により示唆される最終濃度になるように添加する。ＣＤ１０７分子を、それらがアッセイの過程中に表面上に一過的に現れたときに「捕獲する」ために、抗体をＴ細胞の添加前に添加する。免疫原性培養物からの１×１０５個のＴ細胞を次に添加し、試料を３７℃で４時間インキュベートした。Ｔ細胞を追加の細胞表面分子、例えばＣＤ８についてさらに染色し、ＦＡＣＳ  Ｃａｌｉｂｕｒ器具（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）で得る。データを、付属のＣｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェアを使用して分析し、結果をＣＤ８＋ＣＤ１０７ａおよびｂ＋細胞の割合として報告した。
【０６３１】
細胞傷害性アッセイ。細胞傷害活性を、クロム放出アッセイを使用して測定する。標的Ｔ２細胞を、Ｎａ５１Ｃｒで３７℃にて１時間標識し、洗浄した５×１０３個の標的Ｔ２細胞をその後、免疫原性培養物からの様々な数のＴ細胞に添加した。３７℃での４時間のインキュベーション後に回収した上清中で、クロム放出を測定する。特異的溶解の割合を：
（実験的放出−自発的放出）／（総放出−自発的放出）×１００
として計算する。
【０６３２】
免疫原性アッセイを、各ペプチドが抗原特異的拡大増殖によりＴ細胞応答を誘発し得るかどうかを査定するために行った。現在の方法は不完全であるが、したがって陰性結果はペプチドが応答を誘導することができないことを示唆せず、陽性結果はペプチドがＴ細胞応答を誘導し得ることを示す。表３からのいくつかのペプチドを、説明するようにマルチマー読出しでＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発するそれらの能力について試験した。各陽性結果は、任意の調製バイアスを避けるために第２のマルチマー調製物で測定した。陽性マルチマー染色のいくつかの例を図３〜６に示し、マルチマー陰性細胞（左）および抗原特異的（マルチマー−二重−陽性）細胞（右）を示す。
【０６３３】
ＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞を、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ融合ネオエピトープ（ＡＬＮＳＥＡＬＳＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養した。マルチマー（初回：ＢＶ４２１およびＰＥ；検証：ＡＰＣおよびＢＵＶ３９６）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧ融合ネオエピトープについての抗原特異性について分析した（図３）。
【０６３４】
ＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞を、ＧＡＴＡ３フレームシフトネオエピトープ（ＳＭＬＴＧＰＰＡＲＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養した。マルチマー（初回：ＡＰＣおよびＢＵＶ３９６；検証：ＰＥおよびＢＶ４２１）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＧＡＴＡ３フレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した（図４）。
【０６３５】
ＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞を、β２Ｍフレームシフトネオエピトープ（ＬＬＣＶＷＶＳＳＩ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養した。マルチマー（初回：ＰＥおよびＡＰＣ；検証：ＰＥおよびＢＶ４２１）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をβ２Ｍフレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した（図５）。
【０６３６】
ＨＬＡ−Ａ０２：０１＋Ｔ細胞を、ＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃネオエピトープ（ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ；ＨＬＡ−Ａ０２：０１）をロードした単球由来樹状細胞と１０日間共培養した。マルチマー（初回：ＢＵＶ３９６およびＢＶ４２１；検証：ＡＰＣおよびＢＵＶ３９６）を使用して、ＣＤ８＋Ｔ細胞をＫＲＡＳ  Ｇ１２Ｃフレームシフトネオエピトープについての抗原特異性について分析した（図６）。
【０６３７】
抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は、十分確立したＨＬＡクラスＩマルチマー技術を使用して容易に査定されるが、ＨＬＡクラスＩＩマルチマー技術は十分確立していないため、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答は、評価するために別々のアッセイを必要とする。ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を査定するために、Ｔ細胞を目的のペプチドで再刺激し、対照と比較した。完全に新しい（例えばフレームシフトまたは融合から生じた）配列の場合、対照は、ペプチドなしであった。点変異の場合、対照は、野生型ペプチドであった。刺激後、ＣＤ４＋Ｔ細胞によるサイトカイン（例えばＩＦＮγおよびＴＮＦα）の生成を、細胞内染色により査定した。これらのサイトカイン、とりわけＩＦＮγは、刺激された細胞を特定するのに使用した。抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞応答は、対照と比較してサイトカイン生成の増大を示した。ネオペプチドに対して発生した抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞応答の例を、図７〜９に示す。
【０６３８】
Ｔ細胞を、β２Ｍフレームシフトネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞と２０日間共培養した（２０日目に新しい単球由来樹状細胞で再刺激する）。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、β２Ｍフレームシフトペプチドをロードした単球由来樹状細胞での２４時間の再刺激後、細胞内サイトカイン染色により抗原特異性について分析し、ペプチドを伴わない対照と比較した（図７）。
【０６３９】
ナイーブＴ細胞を、ＢＴＫ  Ｃ４８１Ｓネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞と２０日間共培養した（２０日目に新しい単球由来樹状細胞で再刺激する）。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＢＴＫ  Ｃ４８１Ｓネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞での２４時間の再刺激後、細胞内サイトカイン染色により抗原特異性について分析し、対照野生型ＢＴＫペプチドと比較した（図８）。
【０６４０】
ナイーブＴ細胞を、ＧＡＴＡ３フレームシフトネオペプチドをロードした単球由来樹状細胞と２０日間共培養した（２０日目に新しい単球由来樹状細胞で再刺激する）。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、ＧＡＴＡ３フレームシフトペプチドをロードした単球由来樹状細胞での２４時間の再刺激後、細胞内サイトカイン染色により抗原特異性について分析し、ペプチドを伴わない対照と比較した（図９）。
【０６４１】
（実施例５）
腫瘍特異的ワクチンにおける包含のためのＣＴＬおよびＨＴＬエピトープの選択
この実施例は、本発明のワクチン組成物のためのペプチドエピトープを選択するための手技を例示する。組成物中のペプチドは、ペプチド（複数可）をコードする、単一の配列または１つもしくは複数の配列（すなわちミニ遺伝子）のいずれかの核酸配列の形態であってもよく、あるいは単一エピトープ性ペプチドおよび／または多エピトープ性ペプチドであってもよい。
【０６４２】
投与に際して、腫瘍クリアランスと相関することが観察されている免疫応答を模倣するエピトープを選択する。例えば、ワクチンは、少なくとも１つの腫瘍抗原領域からの１〜２個のエピトープを含み得る。１つの領域からのエピトープを、１つまたは複数の追加の腫瘍抗原領域からのエピトープとの組合せで使用してもよい。
【０６４３】
例えば、ＨＬＡクラスＩ分子について５００ｎＭもしくはそれ未満のＩＣ５０、またはクラスＩＩについて１０００ｎＭもしくはそれ未満のＩＣ５０の結合親和性を有するエピトープを選択してもよい。
【０６４４】
多エピトープ性組成物、例えばミニ遺伝子を創出する場合、典型的に、目的のエピトープを包含する可能な限り最も小さいペプチドを発生させることが望ましい。使用される原理は、入れ子状態のエピトープを含むペプチドを選択する場合に使用される原理と、同じでない場合、同様である。しかしながら、加えて、ミニ遺伝子として提供される核酸配列の決定に際して、これがコードするペプチド配列を、任意の「接合部エピトープ」が創出されているかどうかを決定するために分析する。接合部エピトープは、例えばモチーフ分析により予測される、潜在的ＨＬＡ結合エピトープである。レシピエントはＨＬＡ分子に結合し、天然タンパク質配列には存在しないそのエピトープに対する免疫応答を発生し得るので、接合部エピトープは一般的に避けられるべきである。
【０６４５】
ワクチン組成物における包含のためのペプチドエピトープは、例えば表に列挙するものから選択される。選択されたペプチドからなるワクチン組成物は、投与された場合、安全、有効であり、かつ腫瘍増殖を阻害する免疫応答の大きさが類似する免疫応答を誘発する。
【０６４６】
（実施例６）
予防的使用または治療的使用のためのペプチド組成物
本発明の免疫原性またはワクチン組成物は、腫瘍増殖を阻害するために使用される。例えば、多数のＣＴＬおよびＨＴＬエピトープを含有する多エピトープ性組成物（またはこれを含む核酸）は、腫瘍を有する個体に投与される。免疫化のためのペプチド用量は、７０ｋｇの患者について、約１〜約５０，０００μｇ、一般的に１００〜５，０００μｇである。初回投与に、４週間目に追加接種投与量を続けてもよく、続いて、ＰＢＭＣ試料中でエピトープ特異的ＣＴＬ集団の存在を決定する技術により、患者における免疫応答の大きさを評価してもよい。追加の追加接種用量は、必要に応じて投与される。組成物は、安全かつ腫瘍増殖を阻害するために有効であることが分かっている。
【０６４７】
あるいは、多エピトープ性組成物は、当技術分野で公知の、かつ本明細書で開示する方法に従って、核酸として、例えばＲＮＡとして投与してもよい。
【０６４８】
ネオ抗原結合剤、例えばＴＣＲまたはＣＡＲは、当技術分野で公知の、かつ本明細書で開示する方法に従って投与することができる。結合剤は、細胞治療の部分として、結合剤をコードするポリヌクレオチド、例えばＤＮＡまたはＲＮＡとして投与してもよい。あるいは、結合剤は、患者Ｔ細胞を、表に列挙するエピトープを発現する腫瘍細胞に再方向付けすることができる細胞傷害剤またはＴ細胞結合剤に連結した、特異的ペプチド：ＭＨＣ複合体を認識することができる抗体またはその断片として調製してもよい。
【０６４９】
ネオ抗原ペプチド、ポリヌクレオチド、結合剤またはこれらの分子を発現する細胞は、当技術分野で公知の多数の方法により同じ患者に送達してもよく、他のがん治療（例えば化学療法、外科手術、放射線、チェックポイント阻害剤など）とさらに組み合わせてもよい。
【０６５０】
（実施例７）
樹状細胞を使用する組成物の投与
本発明のエピトープを含むワクチンは、樹状細胞を使用して投与してもよい。この実施例では、ペプチドでパルス処理した、または核酸でパルス処理した樹状細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏでＣＴＬ応答を刺激するために患者に投与され得る。この方法では、樹状細胞を単離し、拡大増殖させ、ペプチドまたは本発明のＣＴＬおよびＨＴＬエピトープをコードするＤＮＡもしくはＲＮＡを含むワクチンを用いてパルス処理する。樹状細胞を、ｉｎ  ｖｉｖｏでＣＴＬおよびＨＴＬ応答を誘発するために患者に点滴して戻す。誘導されたＣＴＬおよびＨＴＬはその後、ワクチン中のエピトープが由来するタンパク質を有する特異的標的腫瘍細胞を破壊し（ＣＴＬ）、またはその破壊を促進する（ＨＴＬ）。
【０６５１】
あるいは、特定の腫瘍関連抗原に対するｅｘ  ｖｉｖｏ  ＣＴＬまたはＨＴＬ応答は、抗原提示細胞源、例えば樹状細胞および適切な免疫原性ペプチドまたは核酸と共に、患者の、または遺伝的に適合性の、ＣＴＬまたはＨＴＬ前駆細胞を組織培養においてインキュベートすることにより誘導され得る。前駆細胞が活性化され、エフェクター細胞へと拡大増殖される適切なインキュベーション時間（典型的に約７〜２８日間）後、細胞を患者に点滴して戻し、そこでそれらはそれらの特異的標的細胞、すなわち腫瘍細胞を破壊し（ＣＴＬ）、またはその破壊を促進する（ＨＴＬ）。
【０６５２】
（実施例８）
ネオエピトープの特定
アミノ酸配列を変える明確な遺伝子変化を含有するがん細胞は、潜在的な新しいＴ細胞エピトープ、例えば表に示されるものを発生し得る。どの患者の腫瘍が表に特定される腫瘍特異的ネオエピトープを含有するかを特定することは、ＤＮＡ変異の特定を含み得る。１つのアプローチとして、十分確立した技術を使用する、患者からの同等の生殖細胞系試料に対する腫瘍の全ゲノムまたは全エクソーム配列決定を行ってもよい。追加のアプローチとして、また、腫瘍および適切な同等の正常試料のＲＮＡ配列決定を行ってもよい。追加のアプローチとして、また、次世代配列決定技術または十分確立したサンガー配列決定のいずれかの標的化配列決定に基づいた特異的アッセイを行ってもよい。加えて、高特異的ポリメラーゼ連鎖反応ベースのアッセイを開発してもよい。
【０６５３】
（実施例９）
ＣＤ８＋またはＣＤ４＋細胞によるネオ抗原ペプチド認識の特異性
様々な実施形態では、本教示は、ワクチン誘導ＣＤ８＋細胞による変異型配列と野生型配列との間の区別の開示を含む。ワクチン誘導Ｔ細胞が天然にプロセシングされた抗原を認識することができるかどうかを決定するために、腫瘍細胞株に、ワクチンに組み込まれたペプチドの多ミニ遺伝子構築物をコードする変異型（ＭＵＴ）配列または野生型（ＷＴ）配列を形質導入し得る。各ミニ遺伝子は、ＭＵＴまたはＷＴ配列のいずれかをコードする２１アミノ酸からなり得る。特定の変異を含有するタンパク質に特異的なワクチン誘導細胞を、ＭＵＴまたはＷＴ発現がん細胞と共にインキュベートしてもよく、上清を２４時間のインキュベーション後に回収してもよく、細胞が生成したＩＦＮ−ｙをＥＬＩＳＡにより上清中で測定してもよい。
【０６５４】
また、変異型ペプチドおよび野生型ペプチドのネオ抗原特異的細胞認識は、標準の４時間５１Ｃｒ放出アッセイで決定してもよい。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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