(57)【要約】  対象における、例えば、癌に対する免疫応答を増強するために、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントをコードすることができるポリヌクレオチド、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントを発現している細胞、並びに関連するベクター、及び検出可能に標識されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントを使用することができる。
2019524094.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された抗体、又はその抗原結合フラグメントであって、
前記抗体又は抗原結合フラグメントは、
ヒト反復優位糖タンパク質Ａと複合化されたヒトｐｒｏＴＧＦβ１（ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体）が溶液中にある間に前記複合体に特異的に結合し、
実施例４に記載の実験計画を用いるバイオレイヤー干渉アッセイに従って、実施例４及び６に示される条件下でＯｃｔｅｔＲｅｄ  ３８４によって測定して、以下の剤：
ＴＧＦβ１増殖因子ドメイン、
ＴＧＦβ２増殖因子ドメイン、
ＴＧＦβ３増殖因子ドメイン、
ＬＴＢＰ１と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、
ＬＴＢＰ３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、
ＬＲＲＣ３３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、及び
ヒトＧＡＲＰと会合していないｐｒｏＴＧＦβ１
のいずれに対しても検出可能な結合を有さず、
更に、実施例５に示す条件下における細胞結合ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体からのＴＧＦβ１増殖因子の放出の阻害に関する１０ｎＭ以下の阻害濃度（ＩＣ５０）を有する、
前記単離された抗体、又はその抗原結合フラグメント。
【請求項２】
前記抗体又は抗原結合フラグメントは、Ｔｒｅｇ機能をインビトロで阻害する、請求項１に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項３】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＴＧＦβ１の活性を阻害する、請求項１及び２のいずれかに記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項４】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、ヒトＧＡＲＰとの複合体の形成の結果として改変されたヒトｐｒｏＴＧＦβ１のエピトープに結合する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項５】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号１のアミノ酸配列を有するポリペプチドの存在下で、配列番号２のアミノ酸配列を有するポリペプチドに結合する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項６】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、実施例４に記載の実験計画を用いてバイオレイヤー干渉アッセイによって測定して、少なくとも８８０ｐＭの結合親和性でヒトｐｒｏＴＧＦβ１に特異的に結合する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項７】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、実施例７に示される条件下で、ヒト反復優位糖タンパク質Ａと複合化されたヒトｐｒｏＴＧＦβ１（ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体）に対して１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）でヒトｐｒｏＴＧＦβ１に結合するものである（ここで、前記ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体は溶液中にある。）、請求項１〜５のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項８】
ａ．配列番号４のアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定部位（ＣＤＲ）１、配列番号５のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、及び配列番号６のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３、配列番号７のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、配列番号８のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３、又は
ｂ．配列番号１０のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１２のアミノ酸配列を有する重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５のアミノ酸配列を有する軽鎖ＣＤＲ３
を含む、単離された抗体、又はその抗原結合フラグメント。
【請求項９】
配列番号１６及び１８のアミノ酸配列からなる群から選択される重鎖配列を含む、単離された抗体、又はその抗原結合フラグメント。
【請求項１０】
配列番号１７及び１９のアミノ酸配列からなる群から選択される軽鎖配列を含む、請求項９に記載の抗体。
【請求項１１】
ａ．前記重鎖配列は、配列番号１７のアミノ酸配列を含む軽鎖配列と対をなす配列番号１６のアミノ酸配列を含む、又は
ｂ．前記重鎖配列は、配列番号１９のアミノ酸配列を含む軽鎖配列と対をなす配列番号１８のアミノ酸配列を含む、
請求項１０に記載の抗体。
【請求項１２】
前記抗原結合フラグメントは、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ２フラグメント、又は一本鎖抗体である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の抗原結合フラグメント。
【請求項１３】
前記抗体又は抗原結合フラグメントは、組換え体である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項１４】
前記抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４のアイソタイプである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項１５】
前記抗体は、ＩｇＧ４アイソタイプである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメント。
【請求項１６】
単離された抗体、又はその抗原結合フラグメントであって、
ａ．配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖ＣＤＲ１配列、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖ＣＤＲ２配列、及び配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖ＣＤＲ３配列、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖ＣＤＲ１配列、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖ＣＤＲ２配列、及び配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖ＣＤＲ３配列、又は
ｂ．配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖ＣＤＲ１配列、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖ＣＤＲ２配列、及び配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖ＣＤＲ３配列、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖ＣＤＲ１配列、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖ＣＤＲ２配列、及び配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖ＣＤＲ３配列を含む、
前記単離された抗体又はその抗原結合フラグメント。
【請求項１７】
単離された抗体、又はその抗原結合フラグメントであって、
ａ．配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖配列と対をなす配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖配列、又は
ｂ．配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する軽鎖配列と対をなす配列番号１８のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有する重鎖配列を含む、
前記単離された抗体、又はその抗原結合フラグメント。
【請求項１８】
配列番号１６のアミノ酸配列のアミノ酸１−１１８、及び配列番号１８のアミノ酸配列のアミノ酸１−１２１からなる群から選択される重鎖可変領域配列を含む、単離された抗体、又はその抗原結合フラグメント。
【請求項１９】
配列番号１７のアミノ酸配列のアミノ酸１−１０７、及び配列番号１９のアミノ酸配列のアミノ酸１−１１０からなる群から選択される軽鎖可変領域配列を含む、請求項１８に記載の抗体。
【請求項２０】
ａ．配列番号１７のアミノ酸配列のアミノ酸１−１０７を含む軽鎖可変領域配列と対をなす配列番号１６のアミノ酸配列のアミノ酸１−１１８を含む重鎖可変領域配列、又は
ｂ．配列番号１９のアミノ酸配列のアミノ酸１−１１０を含む軽鎖可変領域配列と対をなす配列番号１８のアミノ酸配列のアミノ酸１−１２１を含む重鎖可変領域配列を含む、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２１】
請求項１〜２０いずれか一項に記載の抗体又は抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチド。
【請求項２２】
請求項２１に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項２３】
請求項２２に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２４】
抗体又は抗原結合フラグメントを生成するためのプロセスであって、
前記抗体又は抗原結合フラグメントの発現を可能にする条件下で、請求項２３に定義される前記宿主細胞を培養することと、前記抗体又は抗原結合分子を前記培養物から回収することとを含む、
前記プロセス。
【請求項２５】
請求項１〜２０のいずれか一項に記載の抗体、又はその抗原結合フラグメントと、医薬的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
【請求項２６】
請求項１〜２０のいずれか一項に記載の抗体、又はその抗原結合フラグメントと、そのパッケージとを含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（配列表）
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出済みの配列表を含み、その配列表の全体を参照により本明細書に援用するものである。当該ＡＳＣＩＩのコピーは、２０１７年７月１０日に作成され、ファイル名はＪＢＩ５０９３＿ＳＬ．ｔｘｔであり、そのサイズは２７，５７７バイトである。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、増殖因子活性を阻害するモノクローナル抗体、及び記載される抗体を生成及び使用する方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
制御性Ｔ細胞、すなわちＴｒｅｇは、免疫応答の阻害に特化したＣＤ４＋Ｔリンパ球のサブセットである。Ｔｒｅｇの機能不全は自己免疫病態をもたらすのに対して、Ｔｒｅｇの機能過剰は、癌患者における抗腫瘍免疫応答を阻害する可能性がある。Ｔｒｅｇが免疫応答を阻害する厳密な機構は、十分には理解されていない。
【０００４】
Ｔｒｅｇは、その免疫抑制機能が原因で、自然発生的又はワクチン誘発型の抗腫瘍免疫応答の潜在的阻害因子となる。マウスモデルでは、Ｔｒｅｇの枯渇によって、実験腫瘍に対する免疫応答を向上させることができる（Ｃｏｌｏｍｂｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ  ２００７，７：８８０〜８８７）。したがって、ヒトにおいてＴｒｅｇを標的にすることによって、癌に対する免疫療法の有効性を向上させることができるであろう。
【０００５】
ヒトＴｒｅｇの活性化に寄与するが、他の種類のヒトＴリンパ球の活性化に寄与しない（Ｓｔｏｃｋｉｓ，Ｊ．ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００９，３９：８６９〜８８２）ＴＧＦ−β１は、関心対象の標的となり得る。しかし、ｈＴＧＦ−β１に対する抗体は、有望であることが判明していなかった。巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、及び進行した悪性黒色腫又は腎細胞癌（ＲＣＣ）において、第１相臨床試験が実施されている（Ｌｏｎｎｉｎｇ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０１１，１２：２１７６〜２１８９）。治験によっては、いくらかの患者において、有害事象が観察された。報告された主な有害反応は、メラノーマ患者における角化棘細胞腫（ＫＡ）及び扁平上皮癌（ＳＣＣ）の発生に存していた。メラノーマ患者におけるＫＡ又はＳＣＣ病変が、その増殖が内在性ＴＧＦ−β１によって阻害されていた前癌細胞から発生した可能性がある（Ｌｏｎｎｉｎｇ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０１１，１２：２１７６〜２１８９）。したがって、癌という状況では、抗ＴＧＦ−β１抗体の使用に関する主な関心事は、これが、内在性ＴＧＦ−β１によって前癌細胞に対して発揮される腫瘍抑制効果の阻害が原因で、新しい腫瘍性病変の出現を促進する可能性があるということである。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
したがって、ＴｒｅｇからのＴＧＦ−β１の放出を防止することによって、癌治療を向上させるための新規戦略が望ましい。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明は、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及びその抗原結合フラグメントを含む。また、提供されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントをコード可能な関連するポリヌクレオチド、提供された抗体及び抗原結合フラグメントを発現している細胞、並びに関連するベクター、及び検出可能に標識されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントもまた記載されている。抗体又はその抗原結合フラグメントは、実施例４〜６に示される条件下でＯｃｔｅｔＲｅｄ＿３８４によって測定したとき、ＴＧＦβ１増殖因子ドメイン、ＴＧＦβ２増殖因子ドメイン、ＴＧＦβ３増殖因子ドメイン、ＬＴＢＰ１と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＲＲＣ３３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、及びヒトＧＡＲＰと会合していないｐｒｏＴＧＦβ１と選択的に結合しない。
【０００８】
いくつかの実施形態では、本発明の抗体及び抗原結合フラグメントは、（１）溶液中の、ヒト反復優位糖タンパク質Ａと複合化されたヒトｐｒｏＴＧＦβ１（ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体）に対する１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）、（２）細胞結合ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体からのＴＧＦβ１増殖因子の放出の阻害に関する１０ｎＭ以下の阻害濃度（ＩＣ５０）、及び（３）ＴＧＦβ１増殖因子ドメイン、ＴＧＦβ２増殖因子ドメイン、ＴＧＦβ３増殖因子ドメイン、ＬＴＢＰ１と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、及びＬＲＲＣ３３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１と比較して１００倍超であるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体に対する選択、を有し得、単離された抗体、又はその抗原結合フラグメントは、ヒトＧＡＲＰと会合していないｐｒｏＴＧＦβ１に結合しない。
【０００９】
加えて、提供されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントを使用する方法が記載されている。記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、様々な免疫療法用途などの、免疫応答を調節することが望ましいＴＧＦβ１関連疾患又は障害、例えば、癌、ワクチン、感染症の治療方法において使用され得る。
【００１０】
いくつかの実施形態では、本発明は、単離された抗体及び抗原結合フラグメントを含み、当該抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト反復優位糖タンパク質Ａと複合化されたヒトｐｒｏＴＧＦβ１（ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体）が溶液中にある間に当該複合体に特異的に結合する。これらのｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又はその抗原結合フラグメントは、Ｔｒｅｇ機能をインビトロで阻害することができる。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、ＴＧＦβ１の活性を阻害する。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、ヒトＧＡＲＰとの複合体の形成の結果として改変されたヒトｐｒｏＴＧＦβ１のエピトープに結合する。このｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、８８０ｐＭ以下の結合親和性でｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のｐｒｏＴＧＦβ１に結合し得る。
【００１１】
【表１】
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【００１２】
一部の実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はその抗原結合フラグメントは、表１に記載されたアミノ酸配列のうちいずれか１つのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む重鎖と、表１に記載されたアミノ酸配列のうちいずれか１つのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む軽鎖とを含む。本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、配列番号１６及び１８の重鎖可変領域配列を含んでもよく、配列番号１７及び１９の軽鎖可変領域配列を含んでもよい。
【００１３】
本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、ＩｇＧアイソタイプのいずれかとの組み合わせで、ＣＤＲ及び可変ドメインの記載された特徴を有する抗体を含む。同ＩｇＧアイソタイプは、Ｆｃ配列が異なるエフェクター機能をもたらすために改変されている改変版を含む。
【００１４】
記載されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントに加えて、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントをコード可能なポリヌクレオチド配列もまた提供される。記載されたポリヌクレオチドを含むベクターもまた提供される。同様に、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントを発現している細胞が提供される。また、開示されたベクターを発現可能な細胞も記載される。これらの細胞は、哺乳類細胞（例えば、２９３Ｆ細胞、ＣＨＯ細胞）、昆虫細胞（例えば、Ｓｆ９細胞）、酵母細胞、植物細胞、又は細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）であってもよい。ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントを生成するためのプロセスもまた提供される。
【００１５】
本発明はまた、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントを使用する方法を含む。このセクションにおいて議論されている方法に用いられるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体には、表１に抗体に対して記載された一連のＣＤＲを有するものが含まれる。例えば、免疫応答においてＴＧＦβ１が果たす重要な役割は、腫瘍抗原を含む任意の弱免疫原性抗原に対する免疫応答を誘導すること又は向上させることを含む免疫療法のための魅力的な標的となることである。このように、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、各種の癌及び感染症の治療における有用性を有する。
【００１６】
一実施形態において、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、ＴｒｅｇからのＴＧＦβ１の放出を阻止し、それによって、制御性Ｔ細胞によるエフェクターＴ細胞活性化の抑制を防止するために投与される。このような阻害は、例えば、Ｔ細胞増殖、既知の活性化マーカーの発現、又はサイトカイン分泌をモニタすることを含む、当該技術分野において既知の各種の方法によってアッセイされ得る。別の実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体を対象に投与して、制御性Ｔ細胞のレベル、例えば、腫瘍の制御性Ｔ細胞のレベルを減少させる。更に別の実施形態では、エフェクターＴ細胞の活性は、本明細書で提供されるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体を投与することによって誘導されるか又は向上する。
【００１７】
本開示のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はその抗原結合フラグメントを含むキットは、本発明の範囲内である。記載されたキットを使用して、本明細書で提供されるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体を使用する方法、又は当業者に既知の他の方法を行うことができる。いくつかの実施形態では、記載のキットは、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメント、生体サンプル中のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体の存在を検出する際に用いられる試薬、任意追加的に、使用していないときにｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントを収容するための容器、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントの使用説明書、固体支持体に固定されているｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメント、及び／又は検出可能に標識された形態のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントを含むことができる。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】Ｔ細胞共培養物への４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９の添加は、Ｔエフェクター細胞の増殖が増強されることにより、制御性Ｔ細胞を阻害することを示す。
【図２】４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９は、ＳＭＡＤシグナル伝達によって評価して、ＴＧＦβ１活性化を阻害することを示す。
【図３】４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９によるＴＧＦβ１活性の用量依存的阻害を示す。
【図４】ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補のＯｃｔｅｔによる親和性の結果は、ヒトｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体に結合するが、他のｐｒｏＴＧＦｂ１複合体又はＴＧＦｂ１、２又は３の可溶型には結合しないことによって、特異性を実証している。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
定義
本明細書及び特許請求の範囲を通して本明細書の諸態様に関する様々な用語が使用される。別途記載のない限り、そのような用語には、当該技術分野におけるそれらの通常の意味が与えられるものとする。その他の具体的に定義される用語は、本明細書に提供される定義と一致する様式で解釈されるものとする。
【００２０】
本明細書及び添付の「特許請求の範囲」において使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、その内容について別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を包含する。したがって、例えば、「細胞（a cell）」という言及には、２つ以上の細胞の組み合わせ、及びこれに類するものなどが含まれる。
【００２１】
本明細書で使用されるとき、測定値、例えば、量、持続時間等に言及する場合の「約」という用語は、指定された値から最大±１０％の偏差を包含することを意味する。同様に、このような偏差は、開示された方法を行うのに適している。別途記載のない限り、本明細書及び特許請求の範囲において使用される成分、分子量、反応条件等の特性の量を表す全ての数字は、全ての事例において「約」という用語により修飾されていると理解されたい。したがって、そうではないと示されない限り、下記明細書及び添付の特許請求の範囲で説明された数値パラメータは、本発明により得ようとする所望の特性に応じて変動する場合がある近似値である。最低でも、特許請求の範囲に対して均等論の適用を制限することを試みてはならず、各数値パラメータは、報告された有効桁の数字を考慮し、通常の四捨五入の手法を適用することにより、少なくとも解釈されるべきである。
【００２２】
本発明の広い範囲を説明する数値範囲及びパラメータは近似値であるが、特定の実施例に記載された数値は、可能な限り正確に報告される。ただし、任意の数値は、各試験測定において見出される標準偏差から必然的に生じる一定の誤差を本質的に含有する。
【００２３】
「単離された」とは、生物学的成分（例えば、核酸、ペプチド、又はタンパク質）が、これらの成分が本来存在する生物の他の生物学的成分、すなわち、他の染色体及び染色体外ＤＮＡ及びＲＮＡ、並びにタンパク質から、実質的に分離され、同他の成分とは別に生成され、又は同他の成分から離して精製されていることを意味する。このため、「単離」されている核酸、ペプチド、及びタンパク質は、標準的な精製法により精製された核酸及びタンパク質を含む。「単離された」核酸、ペプチド、及びタンパク質は、組成物の一部であることができ、このような組成物が核酸、ペプチド、又はタンパク質の本来の環境の一部ではない場合であっても単離されている。また、この用語は、宿主細胞中での組換え発現により調製された核酸、ペプチド、及びタンパク質、並びに化学合成された核酸も包含する。本明細書で使用されるとき、「単離された」抗体又は抗原結合フラグメントとは、種々の抗原特異性を有する他の抗体又は抗原結合フラグメントを実質的に含まない抗体又は抗原結合フラグメントを指すことを意図している（例えば、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体である単離された抗体は、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体でない抗体を実質的に含まない）。
【００２４】
本明細書において用いられる用語「トランスフォーミング増殖因子β−１」及び「ＴＧＦβ１」は、ヒトＴＧＦβ１タンパク質を具体的に包含する。ＴＧＦβ１はまた、科学文献においてＴＧＦベータ１及びＴＧＦβ１としても知られている。ＴＧＦβ１増殖因子は、例えばＧｅｎＢａｎｋ（商標）アクセッション番号ＡＫ２９１９０７、ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＰ＿０００６５１．３．１及びＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ０１１３７．２に記載されているプロドメインと共に合成される（Ｄｅｒｙｎｃｋ  ｅｔ  ａｌ．１９８５，Ｎａｔｕｒｅ  ３１６，７０１〜７０５も参照のこと）。いくつかの実施形態では、ＴＧＦβ１の翻訳タンパク質は、配列番号２のアミノ酸配列を有するヒトプロテインである。プロドメイン及び増殖因子のエレメントの両方を含むＴＧＦβ１は、本明細書において「ｐｒｏＴＧＦβ１」と称される。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１は、タンパク質分解的に分離されているが、１つ又は２つ以上の化学的相互作用によって結合したままである、プロドメイン及び増殖因子の構成成分を含む。そのような化学的相互作用としては、限定するものではないが、疎水結合、ファンデルワールス力の影響による相互作用、極性／イオン性の相互作用、水素結合、及び非共有結合を挙げることができる。
【００２５】
本明細書において用いられる用語「反復優位糖タンパク質Ａ」及び「ＧＡＲＰ」とは、ヒトＧＡＲＰを指す。ＧＡＲＰは、別名ロイシンに富む反復配列を含むタンパク質３２（ＬＲＲＣ３２）及びｇａｒｐｉｎとして知られている。ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＮＰ＿００１１２２３９４．１及びＮＰ＿００５５０３．１は、代表的なヒトＧＡＲＰアミノ酸配列を提供する。特定の実施形態では、ＧＡＲＰは、配列番号１のヒトＧＡＲＰである。
【００２６】
「抗体」は、特に断らない限り、免疫グロブリンの全てのアイソタイプ（ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、及びＩｇＹ）を指し、種々の単量体、多量体、及びキメラ型を含む。ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）、及び抗体様ポリペプチド、例えば、キメラ抗体及びヒト化抗体が、「抗体」という用語に具体的に包含される。
【００２７】
「抗原結合フラグメント」は、特定の抗原に対して結合親和性を示し得る任意のタンパク質性構造体である。抗原結合フラグメントは、任意の既知の手法、例えば、酵素開裂、ペプチド合成、及び組み換え手法により提供されたものを含む。一部の抗原結合フラグメントは、親抗体分子の抗原結合特異性を保持しているインタクトな抗体の一部から構成される。例えば、抗原結合フラグメントは、特定の抗原に結合することが既知である抗体の、少なくとも１つの可変領域（重鎖若しくは軽鎖の可変領域のいずれか一方）、又は１つ若しくは２つ以上のＣＤＲを含んでもよい。適切な抗原結合フラグメントの例には、ディアボディ及び一本鎖分子、並びにＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｃ、Ｆａｂｃ、及びＦｖ分子、一本鎖（Ｓｃ）抗体、個々の抗体軽鎖、個々の抗体重鎖、抗体鎖若しくはＣＤＲと他のタンパク質との間でのキメラ融合体、タンパク質スキャフォールド、重鎖単量体若しくは二量体、軽鎖単量体若しくは二量体、１本の重鎖と１本の軽鎖とからなる二量体、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、及びＣＨ１ドメインからなる一価フラグメント、国際公開第２００７０５９７８２号に記載された一価抗体、ヒンジ領域においてジスルフィド結合により連結された２つのＦａｂフラグメントを含む二価フラグメント、Ｖ．ｓｕｂ．Ｈ及びＣ．ｓｕｂ．Ｈ１ドメインから本質的になるＦｄフラグメント、抗体の１つのアームのＶＬ及びＶＨドメインから本質的になるＦｖフラグメント、ＶＨドメインから本質的になり、ドメイン抗体とも呼ばれる（Ｈｏｌｔ  ｅｔ  ａｌ；Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２００３  Ｎｏｖ．；２１（１１）：４８４〜９０）ｄＡｂフラグメント（Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３４１，５４４〜５４６（１９８９））、ラクダ科動物抗体フラグメントつまりナノボディ（Ｒｅｖｅｔｓ  ｅｔ  ａｌ；Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｌ  Ｔｈｅｒ．２００５  Ｊａｎ．；５（１）：１１１〜２４）、単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）等が挙げられるが、これらに限定されない。全ての抗体アイソタイプが、抗原結合フラグメントを生成するのに使用されてもよい。加えて、抗原結合フラグメントは、対象となる所与の抗原に対する親和性を付与する方向にポリペプチドセグメントをうまく包含させ得る、非抗体タンパク質性フレームワーク、例えば、タンパク質スキャフォールドを含んでもよい。抗原結合フラグメントは、組換え的に生成されてもよく、又はインタクトな抗体の酵素的若しくは化学的開裂により生成されてもよい。「抗体又はその抗原結合フラグメント」という表現は、所与の抗原結合フラグメントが、この表現内で参照された抗体の１つ又は２つ以上のアミノ酸セグメントを組み込んでいることを示すために使用されてもよい。
【００２８】
「ＣＤＲ」及びその複数形「ＣＤＲｓ」という用語は、相補性決定領域（ＣＤＲ）であって、そのうちの３つが軽鎖可変領域（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、及びＣＤＲＬ３）の結合特性を構成し、３つが重鎖可変領域（ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、及びＣＤＲＨ３）の結合特性を構成する、相補性決定領域（ＣＤＲ）を意味する。ＣＤＲは、抗体分子の機能的活性に寄与し、スキャフォールド領域又はフレームワーク領域を含むアミノ酸配列によって分離される。正確な定義上のＣＤＲの境界及び長さは、異なる分類及び番号付けシステムに依存する。したがって、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ定義、Ｃｈｏｔｈｉａ定義、接触定義、又は任意の他の境界定義によって参照され得る。境界が異なるにもかかわらず、これらのシステムの各々は、可変配列内のいわゆる「超可変領域」を構成するものにおいてある程度のオーバーラップを有する。したがって、これらのシステムによるＣＤＲの定義は、隣接するフレームワーク領域についての長さ及び境界領域の点で異なることがある。例えば、それぞれが参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  ｅｄ．ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．９１〜３２４２（１９９１）；Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｃａｎｏｎｉｃａｌ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  Ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ  Ｒｅｇｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ，」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１（１９８７）；及びＭａｃＣａｌｌｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，「Ａｎｔｉｂｏｄｙ−Ａｎｔｉｇｅｎ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ：Ｃｏｎｔａｃｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｉｔｅ  Ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ，」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２（１９９６））を参照のこと。
【００２９】
典型的には、ＣＤＲは、カノニカル構造として分類され得るループ構造を形成する。「カノニカル構造」という用語は、抗原結合（ＣＤＲ）ループによって採用される主鎖立体配座を意味する。比較構造の研究から、６つの抗原結合ループのうちの５つが利用可能な立体配座の限られたレパートリーしか有さないことが見出された。各カノニカル構造は、ポリペプチド主鎖のねじれ角によって特徴付けられ得る。したがって抗体間で対応するループは、それらのループの大部分において高度のアミノ酸配列可変性がみられるにもかかわらず、非常によく似た三次元構造を有し得る（Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｃａｎｏｎｉｃａｌ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  Ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ  Ｒｅｇｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ，」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１（１９８７）；Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  Ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ  Ｒｅｇｉｏｎｓ，」Ｉ  ３４２：８７７（１９８９）；Ｍａｒｔｉｎ  ａｎｄ  Ｔｈｏｒｎｔｏｎ，「Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｆａｍｉｌｉｅｓ  ｉｎ  Ｌｏｏｐｓ  ｏｆ  Ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ａｕｔｏｍａｔｉｃ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｔｏ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：８００（１９９６））（当該文献のそれぞれは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。更に、採用されたループ構造とその周囲のアミノ酸配列との間には関係がある。特定のカノニカルクラスの立体配座は、ループの長さと、ループ内の重要な位置並びに保存されたフレームワーク（すなわち、ループの外側）内にあるアミノ酸残基とによって決定される。したがって、これらの重要なアミノ酸残基の存在に基づいて、特定のカノニカルクラスへの割り当てを行うことができる。
【００３０】
「ポリペプチド」という用語は、「タンパク質」という用語と互換的に使用され、その最も広い意味において、２つ又はそれ以上のサブユニットアミノ酸、アミノ酸類似体、又はペプチド模倣体の化合物を指す。サブユニットは、ペプチド結合によって連結されていてもよい。別の実施形態では、サブユニットは、他の結合、例えば、エステル、エーテルなどによって連結されてもよい。本明細書で使用されるとき、「アミノ酸」という用語は、グリシン並びにＤ及びＬ光学異性体の両方と、アミノ酸類似体と、ペプチド模倣体と、を含む、天然及び／若しくは非天然アミノ酸又は合成アミノ酸のいずれかを指す。３つ又はそれ以上のアミノ酸のペプチドは、ペプチド鎖が短い場合、一般にオリゴペプチドと称される。ペプチド鎖が長い場合、ペプチドは、一般にポリペプチド又はタンパク質と称される。
【００３１】
抗体又は抗体フラグメントの文脈において使用されるとき、「特異的に結合（Specifically binds）」若しくは「特異的に結合（binds specifically）」又はそれらの派生語は、免疫グロブリン遺伝子又は免疫グロブリン遺伝子のフラグメントによりコードされたドメインを介して、分子の混合集団を含有するサンプル中の他の分子に優先的に結合することなく、対象となるタンパク質の１つ又は２つ以上のエピトープに結合することを表す。典型的には、抗体は、表面プラズモン共鳴アッセイ又は細胞結合アッセイにより測定された場合、約１×１０−８Ｍ未満のＫｄで、同じ性質の抗原に結合する。好ましい実施形態では、結合特異性はバイオレイヤー干渉法を用いて測定される。「［抗原］特異的」抗体等の表現は、列挙された抗体が列挙された抗原に特異的に結合することを伝達することを意味する。
【００３２】
「ポリヌクレオチド」は、同義的に「核酸分子」、「ヌクレオチド」、又は「核酸」と呼ばれ、非修飾ＲＮＡ若しくはＤＮＡ又は修飾ＲＮＡ若しくはＤＮＡでもよい、任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを指す。「ポリヌクレオチド」には、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖の領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、並びに一本鎖及び二本鎖の領域の混合物であるＲＮＡ、ＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子（一本鎖、又はより典型的には、二本鎖、又は一本鎖及び二本鎖の領域の混合物でもよい）が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡ若しくはＤＮＡ又はＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。用語、ポリヌクレオチドには、１つ以上の修飾塩基を含有するＤＮＡ又はＲＮＡ、及び安定性若しくは他の理由により修飾された主鎖を有するＤＮＡ又はＲＮＡも含まれる。「修飾」塩基は、例えば、トリチル化塩基及び異常な塩基、例えば、イノシンを含む。各種の修飾が、ＤＮＡ及びＲＮＡになされてもよい。したがって、「ポリヌクレオチド」は、典型的に天然に認められるポリヌクレオチドの化学的、酵素的又は代謝的に修飾された形態、並びにウイルス及び細胞のＤＮＡ及びＲＮＡの特徴を有する化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」はまた、比較的短い核酸鎖（多くの場合、オリゴヌクレオチドと呼ばれる）も包含する。
【００３３】
「ベクター」とは、セグメントの複製又は発現をもたらすように、別の核酸セグメントを操作的に挿入可能な、レプリコン、例えば、プラスミド、ファージ、コスミド、又はウイルスのことである。
【００３４】
本明細書で使用されるとき、「宿主細胞」という用語は、例えば、初代細胞、培養中の細胞、又は細胞株からの細胞のいずれのタイプの細胞であり得る。特定の実施形態では、「宿主細胞」という用語は、核酸分子でトランスフェクトされた細胞、及びそのような細胞の子孫又は潜在的子孫を指す。このような細胞の子孫は、核酸分子でトランスフェクトされた親細胞とは、例えば、宿主細胞ゲノムへの核酸分子の後続の生成又は集積において生じ得る変異又は環境影響により、同一ではないことがある。「発現」及び「生成」という用語は、本明細書において同義的に使用され、遺伝子産物の生合成を意味する。これらの用語は、遺伝子のＲＮＡへの転写を包含する。また、これらの用語は、ＲＮＡの１つ又は２つ以上のポリぺプチドへの翻訳を包含し、全ての天然の転写後及び翻訳後修飾を更に包含する。抗体又はその抗原結合フラグメントの発現又は生成は、細胞の細胞質内、又は細胞外環境、例えば、細胞培養の増殖培地内でもよい。「実質的に同じ」の意味は、この用語が使用される文脈に応じて異なる場合がある。天然の配列バリエーションが重鎖及び軽鎖並びにこれらをコードする遺伝子中におそらく存在するために、いくらかのレベルのバリエーションが本明細書に記載されたアミノ酸配列又は抗体若しくは抗原結合フラグメントをコードする遺伝子内に見出されると予測されるであろう。ただし、固有の結合特性（例えば、特異性及び親和性）にはほとんど影響しないか、又は影響しない。このような予測は、部分的には、遺伝暗号の縮重及び保存的アミノ酸配列バリエーションの進化的成功による。同バリエーションは、コードされたタンパク質の性質を認識できるほどには改変させない。したがって、核酸配列の文脈において、「実質的に同じ」は、２つ以上の配列間での少なくとも６５％の同一性を意味する。好ましくは、この用語は、２つ以上の配列間での少なくとも７０％の同一性、より好ましくは、少なくとも７５％の同一性、より好ましくは、少なくとも８０％の同一性、より好ましくは、少なくとも８５％の同一性、より好ましくは、少なくとも９０％の同一性、より好ましくは、少なくとも９１％の同一性、より好ましくは、少なくとも９２％の同一性、より好ましくは、少なくとも９３％の同一性、より好ましくは、少なくとも９４％の同一性、より好ましくは、少なくとも９５％の同一性、より好ましくは、少なくとも９６％の同一性、より好ましくは、少なくとも９７％の同一性、より好ましくは、少なくとも９８％の同一性、及びより好ましくは、少なくとも９９％以上の同一性を意味する。２つの配列間の同一性パーセントは、ギャップ数及び各ギャップの長さを考慮して、配列により共有される同一の位置の数の関数である（すなわち、相同性の割合（％）＝同一位置数／位置の総数×１００）。同考慮は、２つの配列の最適なアライメントを導くのに必要である。２つのヌクレオチド又はアミノ酸配列間の同一性パーセントは、例えば、Ｅ．Ｍｅｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｗ．Ｍｉｌｌｅｒ，Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ  ４，１１〜１７（１９８８）のアルゴリズムを使用して決定されてもよい。同アルゴリズムは、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれ���おり、ＰＡＭ１２０重み付け残基テーブル、ギャップ長ペナルティ１２、及びギャップペナルティ４を使用する。加えて、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８，４４４〜４５３（１９７０）のアルゴリズムを使用して決定されてもよい。
【００３５】
タンパク質の機能に実質的な影響を有することなく、タンパク質のアミノ酸配列内に生じ得るバリエーションの度合いは、核酸配列のバリエーションの度合いより非常に小さい。これは、同じ縮重原理がアミノ酸配列には適用しないためである。したがって、抗体又は抗原結合フラグメントの文脈において、「実質的に同じ」は、記載された抗体又は抗原結合フラグメントに対して、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する抗体又は抗原結合フラグメントを意味する。他の実施形態は、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントと顕著な同一性を共有しないが、１つ又は２つ以上のＣＤＲ又は結合性を付与するのに必要とされる他の配列を組み込む、フレームワーク、スキャフォールド、又は他の非結合領域を有し、本明細書に記載されたこのような配列に対して、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又は抗原結合フラグメントを含む。
【００３６】
「結合親和性」は、概して、分子の単一の結合部位（例えば、抗体）とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の総和の強さを指す。別途記載のない限り、本明細書で使用されるとき、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体及び抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性を、概して、解離定数（ＫＤ）によって表すことができる。親和性は、平衡解離定数（ＫＤ）及び平衡会合定数（ＫＡ）を含むが、これらに限定されない、当該技術分野において既知のいくつかの方法で測定及び／又は発現され得る。ＫＤはｋｏｆｆ／ｋｏｎの商から計算されるが、ＫＡはｋｏｎ／ｋｏｆｆの商から計算される。ｋｏｎは、例えば、抗原に対する抗体の会合速度定数を意味し、ｋｏｆｆは、例えば、抗原に対する抗体の解離を意味する。ｋｏｎ及びｋｏｆｆは、バイオレイヤー干渉法などの当業者に既知の手法によって決定され得る。
【００３７】
「対象」という用語は、ヒト及び非ヒト動物を意味し、全ての脊椎動物、例えば、哺乳類及び非哺乳類、例えば、非ヒト霊長類、マウス、ウサギ、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、及び爬虫類を意味する。記載された方法の多くの実施形態において、対象はヒトである。
【００３８】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメント
本明細書において、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体である単離されたモノクローナル抗体又は抗原結合フラグメントが記載される。本明細書において用いられる用語「ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体」とは、特徴的な親和性、特異性、及び活性を有する抗体を指す。ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、（１）ｐｒｏＴＧＦβ１が溶液中におけるヒトＧＡＲＰとの複合体である場合、ヒトｐｒｏＴＧＦβ１に対する１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）（例えば、無細胞アッセイを用いて測定したとき）、（２）細胞結合ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体からのＴＧＦβ１増殖因子の放出の阻害に関する１０ｎＭ以下の阻害濃度（ＩＣ５０）、（３）ＴＧＦβ１増殖因子ドメイン、ＴＧＦβ２増殖因子ドメイン、ＴＧＦβ３増殖因子ドメイン、ＬＴＢＰ１と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、ＬＴＢＰ３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１、及びＬＲＲＣ３３と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１と比較して、（結合親和性によって測定して、すなわち、Ｋｄ値が）１００倍超であるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体に対する選択性；及び（４）ＧＡＲＰとの複合体でない場合のｐｒｏＴＧＦβ１に対する親和性の欠如、を有し得る。場合によっては、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体はまた、ＬＴＢＰ２及び／又はＬＴＢＰ４と共有的に会合しているｐｒｏＴＧＦβ１と比較して、１００倍超であるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体に対する選択性を有する。抗体分子の全体的な構造は、抗原結合ドメインを含む。同ドメインは、重鎖及び軽鎖並びにＦｃドメインを含み、補体固定及び結合抗体受容体を含む各種の機能を果たす。
【００３９】
記載されるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、全てのアイソタイプである、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭ、並びに４本鎖免疫グロブリン構造の合成多量体を含む。記載された抗体又は抗原結合フラグメントはまた、雌鳥又はシチメンチョウの血清及び雌鳥又はシチメンチョウの卵黄中に一般的に見出されるＩｇＹアイソタイプも含む。
【００４０】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、任意の種から組換え手法により得ることができる。例えば、抗体又は抗原結合フラグメントは、マウス、ラット、ヤギ、ウマ、ブタ、ウシ、ニワトリ、ウサギ、ラクダ、ロバ、ヒト、又はそれらのキメラ版でもよい。ヒトへの投与において使用するために、非ヒト由来の抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒト患者への投与時に、より低い抗原性となるように、遺伝的に又は構造的に改変されてもよい。
【００４１】
一部の実施形態では、抗体又は抗原結合フラグメントはキメラである。本明細書で使用されるとき、「キメラ」という用語は、非ヒト哺乳類、げっ歯類、又は爬虫類の抗体アミノ酸配列に由来する少なくとも１つの可変ドメインの少なくともいくらかの部分を有する抗体又はその抗原結合フラグメントを指すが、抗体又はその抗原結合フラグメントの残り部分はヒトに由来する。
【００４２】
一部の実施形態では、抗体は、ヒト化抗体である。ヒト化抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最少配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、その免疫グロブリン鎖、又はフラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、又は抗体の他の抗原結合部分配列）でもよい。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が所望の特異性、親和性、及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）、例えば、マウス、ラット、又はウサギからの残基により置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。一般的には、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むこととなる。同可変ドメイン中、全て又は実質的に全てのＣＤＲ領域は、非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、全て又は実質的に全てのフレームワーク領域は、ヒト免疫グロブリン配列のフレームワーク領域である。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的には、ヒト免疫グロブリンのＦｃのうち少なくとも一部を含んでもよい。
【００４３】
本明細書に記載された抗体又は抗原結合フラグメントは、各種の形態で存在し得るが、表１に示された抗体ＣＤＲのうち１つ又は２つ以上を含むこととなる。
【００４４】
いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒトＩｇＧ又はその誘導体である。本明細書で例示されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒトであるが、例示された抗体又は抗原結合フラグメントは、キメラ化されてもよい。
【００４５】
いくつかの実施形態では、表１に記載された抗体のうちいずれか１つのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む重鎖と、表１に記載された抗体のうちいずれか１つのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含む軽鎖と、を含む、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体が提供される。
【００４６】
いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、配列番号４を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号５を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号６を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号７を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号８を含む軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号９を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。このｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒトフレームワーク配列を含んでもよい。このｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、８８０ｐＭ以下の親和性でｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のｐｒｏＴＧＦβ１に結合することができ、Ｔｒｅｇ機能をインビトロで阻害することができ、かつ、ＴＧＦβ１の活性を阻害することができる。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、配列番号１６と実質的に同じか又は同一の重鎖と、配列番号１７と実質的に同じか又は同一の軽鎖と、を含む。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、配列番号１６のアミノ酸配列１−１１８と実質的に同じか又は同一の重鎖可変領域と、配列番号１７のアミノ配列１−１０７と実質的に同じか又は同一の軽鎖可変領域と、を含む。この段落において論じられる抗体の重鎖及び軽鎖可変領域は、１つのアームがｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体のアームである二重特異性構築物への包含に適している。
【００４７】
いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、配列番号１０を含む重鎖ＣＤＲ１、配列番号１１を含む重鎖ＣＤＲ２、配列番号１２を含む重鎖ＣＤＲ３、配列番号１３を含む軽鎖ＣＤＲ１、配列番号１４を含む軽鎖ＣＤＲ２、及び配列番号１５を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む。このｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、ヒトフレームワーク配列を含んでもよい。このｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、８８０ｐＭ以下の親和性でｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のｐｒｏＴＧＦβ１に結合することができ、Ｔｒｅｇ機能をインビトロで阻害することができ、かつ、ＴＧＦβ１の活性を阻害することができる。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、配列番号１８と実質的に同じか又は同一の重鎖と、配列番号１９と実質的に同じか又は同一の軽鎖と、を含む。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、配列番号１８のアミノ酸配列１−１２１と実質的に同じか又は同一の重鎖可変領域と、配列番号１９のアミノ配列１−１１０と実質的に同じか又は同一の軽鎖可変領域と、を含む。この段落において論じられる抗体の重鎖及び軽鎖可変領域は、１つのアームがｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体のアームである二重特異性構築物への包含に適している。
【００４８】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、配列番号４−１５のＣＤＲアミノ酸配列及び配列番号１６−１９の可変領域アミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、少なくとも７５％の同一性、少なくとも８０％の同一性、少なくとも８５％の同一性、少なくとも９０％の同一性、少なくとも９１％の同一性、少なくとも９２％の同一性、少なくとも９３％の同一性、少なくとも９４％の同一性、少なくとも９５％の同一性、少なくとも９６％の同一性、少なくとも９７％の同一性、少なくとも９８％の同一性、及び少なくとも９９％以上の同一性を有するアミノ酸配列を有し得る。
【００４９】
また、本開示のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントをコードする単離されたポリヌクレオチドも開示される。本明細書で提供された可変ドメインセグメントをコード可能な単離されたポリヌクレオチドは、抗体又は抗原結合フラグメントを生成する同一の又は異なるベクターに含まれてもよい。
【００５０】
組換え抗原結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドもまた、本開示の範囲内である。一部の実施形態では、記載されたポリヌクレオチド（及びこのポリヌクレオチドがコードするペプチド）は、リーダー配列を含む。当該技術分野において既知の任意のリーダー配列を利用することができる。リーダー配列には、制限部位又は翻訳開始部位を挙げることができるが、これらに限定されない。
【００５１】
本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、記載されるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントの生物学的特性（例えば、結合親和性又は免疫エフェクター活性）を保持している、１つ又は複数のアミノ酸置換、欠失、又は付加を有する変異体を含む。これらの変異体としては、（ａ）１つ又は２つ以上のアミノ酸残基が保存的又は非保存的アミノ酸により置換されている変異体、（ｂ）１つ又は２つ以上のアミノ酸がポリペプチドに付加され、又は同ポリペプチドから欠失されている変異体、（ｃ）１つ又は２つ以上のアミノ酸が置換基を含む変異体、及び（ｄ）ポリペプチドが別のペプチド又はポリペプチド、例えば、融合パートナー、タンパク質タグ、又は他の化学部分と融合した変異体、を挙げることができる。これらは、ポリペプチドに有用な特性、例えば、抗体に対するエピトープ、ポリヒスチジン配列、ビオチン部分等を付与してもよい。本明細書に記載された抗体又は抗原結合フラグメントは、保存的又は非保存的位置のいずれかにおいてある種からのアミノ酸残基が別の種における対応する残基に置換されている変異体を含んでもよい。他の実施形態では、非保存的位置におけるアミノ酸残基は、保存的又は非保存的残基により置換される。これらの変異体を得るための手法は、遺伝的（欠失、変異等）、化学的、及び酵素的手法を含めて、当業者に既知である。
【００５２】
本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、複数の抗体アイソタイプ、例えば、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、及びＩｇＥを具現化することができる。一部の実施形態では、抗体アイソタイプは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４アイソタイプ、好ましくは、ＩｇＧ１アイソタイプである。抗体又はその抗原結合フラグメントの特異性は、ＣＤＲのアミノ酸配列及び配置により主に決定される。したがって、あるアイソタイプのＣＤＲは、抗原特異性を変化させることなく、別のアイソタイプに変更することができる。あるいは、抗原特異性を変化させることなく、ハイブリドーマに、ある抗体アイソタイプの生成から別のものに切り替える技術（アイソタイプスイッチング）が確立されてきた。したがって、このような抗体アイソタイプは、記載された抗体又は抗原結合フラグメントの範囲内にある。
【００５３】
本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、約８８０ｐＭ未満の解離定数（ＫＤ）を含む、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のｐｒｏＴＧＦβ１に対する結合親和性を有する。記載されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又は抗原結合フラグメントの親和性は、バイオレイヤー干渉法、表面プラズモン共鳴又はＥＬＩＳＡベースの方法など、当該技術分野において既知の各種方法によって決定することができる。バイオレイヤー干渉法によって親和性を測定するアッセイは、ＯｃｔｅｔＲｅｄ  ３８４を使用して実施されるアッセイを含み、その場合、アッセイは室温（例えば、約２５℃）で実施され、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のｐｒｏＴＧＦβ１に結合することができる抗体は、ビオチン化ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体をロードしたストレプトアビジンバイオセンサ上に捕捉される。
【００５４】
本明細書に記載されたポリヌクレオチドを含むベクターもまた提供される。ベクターは、発現ベクターであり得る。このため、対象となるポリペプチドをコードする配列を含有する組換え発現ベクターは、本開示の範囲内であると想到される。発現ベクターは、１つ又は２つ以上の追加配列を含有してもよい。同追加配列には、例えば、制御配列（例えば、プロモータ、エンハンサー）、選択マーカー、及びポリアデニル化シグナルが挙げられるが、これらに限定されない。広い各種の宿主細胞を形質転換するためのベクターは周知であり、プラスミド、ファージミド、コスミド、バキュロウイルス、バクミド、細菌人工染色体（ＢＡＣ）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、並びに、他の細菌、酵母、及びウイルスのベクターが挙げられるが、これらに限定されない。
【００５５】
本説明の範囲内にある組換え発現ベクターは、適切な調節エレメントに操作可能に連結することができる少なくとも１つの組換えタンパク質をコードする、合成的、遺伝的、又はｃＤＮＡ由来の核酸フラグメントを含む。このような調節エレメントには、転写プロモータ、適切なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、並びに転写及び翻訳の終了を制御する配列を挙げることができる。発現ベクター、特に、哺乳類の発現ベクターはまた、１つ又は２つ以上の非転写エレメント、例えば、複製の起点、発現される遺伝子に連結された適切なプロモータ及びエンハンサー、他の５’又は３’フランキング非転写配列、５’又は３’非翻訳配列（例えば、必須リボソーム結合部位）、ポリアデニル化部位、スプライスドナー及びアクセプター部位、又は転写終了配列を含んでもよい。宿主において複製する能力を付与する複製の起点もまた包含されてもよい。
【００５６】
脊椎動物細胞を形質転換するのに使用される発現ベクター中の転写及び翻訳コントロール配列は、ウイルスソースにより提供することができる。例示的なベクターは、Ｏｋａｙａｍａ  ａｎｄ  Ｂｅｒｇ，３  Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２８０（１９８３）に記載されたように構築されてもよい。
【００５７】
一部の実施形態では、抗体又は抗原結合フラグメントのコード配列は、強力な構成的プロモータ、例えば、下記遺伝子：ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）、アデノシンデアミナーゼ、ピルビン酸キナーゼ、ベータアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋クレアチン等のためのプロモータの制御下に置かれる。加えて、多くのウイルスプロモータが、真核細胞中で構成的に機能し、記載された実施形態での使用に適している。このようなウイルスプロモータには、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）中間初期プロモータ、ＳＶ４０の初期及び後期プロモータ、マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモータ、モロニー白血病ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、及び他のレトロウイルスの長端末反復配列（ＬＴＲ）、並びに単純ヘルペスウイルスのチミジンキナーゼプロモータが挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態において、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はその抗原結合フラグメントのコード配列は、誘引性プロモータ、例えば、メタロチオネインプロモータ、テトラサイクリン誘引性プロモータ、ドキシサイクリン誘引性プロモータ、１つ又は２つ以上のインターフェロン刺激応答エレメント（ＩＳＲＥ）、例えば、プロテインキナーゼＲ  ２’，５’−オリゴアデニレート合成酵素、ＭＸ遺伝子、ＡＤＡＲ１等を含有するプロモータの制御下に置かれる。
【００５８】
本明細書に記載されたベクターは、１つ又は２つ以上の配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含有してもよい。ＩＲＥＳ配列の融合ベクター内への包含は、一部のタンパク質の発現を向上させるのに有益であり得る。一部の実施形態では、ベクター系は、１つ又は２つ以上のポリアデニル化部位（例えば、ＳＶ４０）を含むこととなる。同部位は、前述の核酸配列のうちいずれかの上流又は下流にあってもよい。ベクターのコンポーネントは、近接して連結されてもよく、又は遺伝子産物を発現させるのに最適な間隔を提供するように（すなわち、ＯＲＦ間に「スペーサ」ヌクレオチドを導入することにより）配置されてもよく、若しくは別の方法で位置付けられてもよい。調節エレメント、例えば、ＩＲＥＳモチーフはまた、発現に最適な間隔を提供するように配置されてもよい。
【００５９】
ベクターは、当該技術分野において周知の選択マーカーを含んでもよい。選択マーカーには、陽性及び陰性選択マーカー、例えば、抗生物質抵抗性遺伝子（例えば、ネオマイシン抵抗性遺伝子、ヒグロマイシン抵抗性遺伝子、カナマイシン抵抗性遺伝子、テトラサイクリン抵抗性遺伝子、ペニシリン抵抗性遺伝子）、グルタミン酸合成酵素遺伝子、ガンシクロビル選択用のＨＳＶ−ＴＫ、ＨＳＶ−ＴＫ誘導体、又は６−メチルプリン選択用の細菌のプリンヌクレオシドホスホリラーゼ遺伝子（Ｇａｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，７  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．１７３８〜１７４３（２０００））が挙げられる。選択マーカーをコードする核酸配列又はクローニング部位は、対象となるポリペプチドをコードする核酸配列又はクローニング部位の上流又は下流にあってもよい。
【００６０】
本明細書に記載されたベクターを使用して、記載された抗体又は抗原結合フラグメントをコードする遺伝子で、種々の細胞を形質転換することができる。例えば、ベクターを使用して、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントの生成細胞を生じさせることができる。このため、別の態様は、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のｐｒｏＴＧＦβ１に特異的に結合する抗体又はその抗原結合フラグメント、例えば、本明細書に記載され、例示された抗体又は抗原結合フラグメントをコードする核酸配列を含むベクターで形質転換された宿主細胞を特徴とする。
【００６１】
外来性遺伝子を細胞内に導入するための数多くの手法が、当該技術分野において既知であり、本明細書に記載され、例示された種々の実施形態に従って、記載された方法を行う目的で組換え細胞を構築するのに使用することができる。使用される手法により、異種遺伝子配列を宿主細胞に安定して導入すべきであり、その結果、異種遺伝子配列は、細胞の子孫により遺伝され、発現され得、レシピエント細胞の必須の成育及び生理学的機能が損なわれない。使用することができる手法としては、染色体導入法（例えば、細胞融合、染色体媒介性遺伝子導入、マイクロ細胞媒介性遺伝子導入）、物理的方法（例えば、トランスフェクション、スフェロプラスト融合、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、リポソーム担体）、ウイルスベクター導入（例えば、組換えＤＮＡウイルス、組換えＲＮＡウイルス）等が挙げられる（Ｃｌｉｎｅ，２９  Ｐｈａｒｍａｃ．Ｔｈｅｒ．６９〜９２（１９８５）に記載）が、これらに限定されない。哺乳類細胞による細菌プロトプラストのリン酸カルシウム沈殿及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）誘因融合を使用しても、細胞を形質転換することができる。
【００６２】
本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントの発現に使用するのに適した細胞は、好ましくは、真核細胞、より好ましくは、植物、げっ歯類、又はヒト起源の細胞である。これらの細胞には、とりわけ、例えば、ＮＳＯ、ＣＨＯ、ＣＨＯＫ１、ｐｅｒＣ．６、Ｔｋ−ｔｓ１３、ＢＨＫ、ＨＥＫ２９３細胞、ＣＯＳ−７、Ｔ９８Ｇ、ＣＶ−１／ＥＢＮＡ、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＨｅＬａ、ＮＳ１、Ｓｐ２／０骨髄腫細胞、及びＢＨＫ細胞株等が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、抗体の発現は、ハイブリドーマ細胞を使用して達成されてもよい。ハイブリドーマを生成するための方法は、当該技術分野において十分確立されている。
【００６３】
本明細書に記載された発現ベクターにより形質転換された細胞は、本明細書に記載された抗体又は抗原結合フラグメントの組換え発現について選択され、又はスクリーニングされてもよい。組換え陽性細胞は、タンパク質改変又は変化させた翻訳後修飾により、所望の表現型、例えば、高レベルの発現、向上した増殖特性、又は所望の生化学的特性を有するタンパク質を生成する能力を示すサブクローンについて、増殖され、スクリーニングされる。これらの表現型は、所与のサブクローンの本来の特性又は変異により得る。変異は、化学薬品、ＵＶ波長光、照射、ウイルス、挿入変異、ＤＮＡミスマッチ修復の阻害、又はこのような方法の組み合わせにより得られる。
【００６４】
処置のためにｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体を使用する方法
本明細書において、治療に使用するための、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はその抗原結合フラグメントが提供される。特に、これらの抗体又は抗原結合フラグメントは、癌を処置するのに有用であり得る。上述したように、Ｔｒｅｇから放出された活性型ＴＧＦβ１は、他のＴ細胞の作用を阻害する。このため、ＴＧＦβ１媒介免疫抑制機能を阻害することは、様々な癌に対する免疫応答をブーストするための魅力的なアプローチとなる。ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体を使用して、固形腫瘍並びに白血病を含む血液癌の両方を処置することができる。
【００６５】
これらの方法において使用する抗体には、本明細書において上述したもの、例えば、表１及びこれらの抗体の更なる検討において列記された特徴、例えば、ＣＤＲ又は可変ドメイン配列を有するｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントが含まれる。
【００６６】
本明細書に記載されるいくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体の免疫エフェクター特性は、当業者に既知の手法によるＦｃ改変によって調節され得る。例えば、Ｆｃエフェクター機能、例えば、Ｃ１ｑ結合、補体依存性細胞毒性（ＣＤＣ）、抗体依存性細胞媒介性細胞毒性（ＡＤＣＣ）、抗体依存性細胞媒介性貪食（ＡＤＣＰ）、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体、ＢＣＲ）のダウンレギュレーション等が、これらの活性を担うＦｃ中の残基を改変することにより提供され、かつ／又は制御され得る。の下方制御などのＦｃエフェクター機能は、これらの活性に関与するＦｃの残基を修飾することによって提供及び／又は調節され得る。
【００６７】
「抗体依存性細胞媒介性細胞毒性」又は「ＡＤＣＣ」は、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）を発現している非特異的細胞毒性細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、及びマクロファージ）が標的細胞上に結合した抗体を認識し、続けて、標的細胞の溶解を引き起こす、細胞媒介性反応を指す。
【００６８】
ＡＤＣＣを誘導するモノクローナル抗体の能力は、そのオリゴ糖成分を操作することにより向上され得る。ヒトＩｇＧ１又はＩｇＧ３は、Ａｓｎ２９７においてＮ−グリコシル化される。ここで、グリカンの大部分は、周知の二分岐Ｇ０、Ｇ０Ｆ、Ｇ１、Ｇ１Ｆ、Ｇ２、又はＧ２Ｆの形態にある。遺伝子操作されていないＣＨＯ細胞により生成される抗体は、典型的には、少なくとも約８５％のグリカンフコース含量を有する。Ｆｃ領域に付着した二分岐の複雑なタイプのオリゴ糖からのコアフコースの除去により、改善されたＦｃ．ガンマ．ＲＩＩＩａ結合を介して、抗原結合性又はＣＤＣ活性を変化させることなく、抗体のＡＤＣＣが向上される。このようなｍＡｂは、二分岐の複雑なタイプのＦｃオリゴ糖を有する、比較的高い脱フコシル化抗体の成功した発現をもたらすことが報告された種々の方法、例えば、培養浸透圧の制御（Ｋｏｎｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｙｔｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６４：２４９〜６５，２０１２）、宿主細胞株としての変異体ＣＨＯ株Ｌｅｃ１３の適用（Ｓｈｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７７：２６７３３〜２６７４０，２００２）、宿主細胞株としての変異体ＣＨＯ株ＥＢ６６の適用（Ｏｌｉｖｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＭＡｂｓ；２（４），２０１０、Ｅｐｕｂ  ａｈｅａｄ  ｏｆ  ｐｒｉｎｔ、ＰＭＩＤ：２０５６２５８２）、宿主細胞株としてのラットハイブリドーマ細胞株ＹＢ２／０の適用（Ｓｈｉｎｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７８：３４６６〜３４７３，２００３）、アルファ．１，６−フコシルトランスフェラーゼ（ＦＵＴ８）遺伝子に対して特異的な低分子干渉ＲＮＡの導入（Ｍｏｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｂｉｏｅｎｇ  ８８：９０１〜９０８，２００４）、又はベータ−１，４−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩとゴルジアルファ−マンノシダーゼＩＩとの共発現又は強力なアルファ−マンノシダーゼＩ阻害剤であるキフネンシン（Ｆｅｒｒａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８１：５０３２〜５０３６；２００６、Ｆｅｒｒａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｂｉｏｅｎｇ  ９３：８５１〜８６１，２００６；Ｘｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｂｉｏｅｎｇ  ９９：６５２〜６５，２００８）を使用して達成され得る。
【００６９】
本明細書に記載のいくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体により引き出されたＡＤＣＣはまた、抗体Ｆｃ中の特定の置換によって向上され得る。例示的な置換は、例えば、米国特許第６，７３７，０５６号に記載されたように、アミノ酸位置２５６、２９０、２９８、３１２、３５６、３３０、３３３、３３４、３６０、３７８、又は４３０（ＥＵインデックスに従った残基番号付け）における置換である。
【００７０】
薬学的組成物及び投与
本明細書で提供される医薬組成物は、ａ）有効量の本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗体フラグメントと、ｂ）不活性でも又は生理学的に活性でもよい医薬的に許容される担体と、を含む。好ましい実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又はその抗原結合フラグメントである。本明細書で使用されるとき、「医薬的に許容され得る担体」という用語は、生理学的に適合性である、任意かつ全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤、及び抗真菌剤等を含む。適切な担体、希釈剤、及び／又は賦形剤の例には、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノール等のうち１種又は２種以上、並びにそれらの任意の組み合わせが挙げられる。多くの場合には、等張性剤、例えば、糖、ポリアルコール、又は塩化ナトリウムを組成物中に含むのが好ましい。特に、適切な担体の関連する例には、（１）ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ約７．４、約１ｍｇ／ｍＬ〜２５ｍｇ／ｍＬヒト血清アルブミンを含有又は非含有、（２）０．９％生理食塩水（０．９％  ｗ／ｖ塩化ナトリウム（ＮａＣｌ））、及び（３）５％（ｗ／ｖ）デキストロース、が挙げられ、抗酸化剤、例えば、トリプタミン、及び安定化剤、例えば、Ｔｗｅｅｎ  ２０（登録商標）をも含有してもよい。
【００７１】
本明細書における組成物はまた、処置される特定の疾患にとって必要な場合には、更なる治療剤を含有してもよい。好ましくは、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗体フラグメントと補助的な活性化合物とは、互いに有害な影響を及ぼさない補完的な活性を有する。好ましい実施形態では、更なる治療剤は、シタラビン、アントラサイクリン、ヒスタミン二塩酸塩、又はインターロイキン２である。好ましい実施形態では、更なる治療剤は、化学療法剤である。
【００７２】
本発明の組成物は、各種の形態でもよい。これらには、例えば、液体、半固体、及び固体の剤形が挙げられるが、好ましい形態は、意図された投与方式及び治療用途により決まる。典型的に好ましい組成物は、注射可能な溶液又は注入可能な溶液の形態である。好ましい投与方式は、非経口（例えば、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮下）である。好ましい実施形態では、本発明の組成物は、静脈内に、ボーラスとして又は一定期間にわたる連続的な注入により投与される。別の好ましい実施形態では、本組成物は、局所及び全身性の治療効果を発揮するために、筋肉内、皮下、関節内、関節滑液嚢内、腫瘍内、腫瘍周囲、病巣内、又は病巣周囲の経路により投与される。
【００７３】
非経口投与用の無菌組成物が、本発明の抗体、抗体フラグメント、又は抗体コンジュゲートを、必要とされる量で適切な溶媒に包含させ、続けて、マイクロフィルター法により滅菌することにより調製され得る。溶媒又は賦形剤として、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノール等、並びにこれらの組み合わせを使用することができる。多くの場合には、等張性剤、例えば、糖、ポリアルコール、又は塩化ナトリウムを組成物中に含むのが好ましい。これらの組成物はまた、補助剤、特に、湿潤剤、等張化剤、乳化剤、分散剤、及び安定化剤を含有してもよい。非経口投与用の無菌組成物はまた、使用時に滅菌水又は任意の他の注射可能な菌媒体中に溶解されてもよい、無菌の固体組成物の形態に調製されてもよい。
【００７４】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗体フラグメントはまた、経口投与されてもよい。経口投与用の固体組成物として、錠剤、丸剤、粉末剤（ゼラチンカプセル剤、サッシェ剤）、又は顆粒剤が使用されてもよい。これらの組成物において、本発明による活性成分は、１つ又は２つ以上の不活性な希釈剤、例えば、デンプン、セルロース、スクロース、ラクトース、又はシリカと、アルゴン流下において混合される。これらの組成物はまた、希釈剤以外の物質、例えば、１つ又は２つ以上の潤滑剤、例えば、ステアリン酸マグネシウム又はタルク、着色剤、コーティング（糖衣錠）、あるいはグレーズを含んでもよい。
【００７５】
経口投与用の液体組成物として、不活性な希釈剤、例えば、水、エタノール、グリセロール、植物油、又はパラフィンオイルを含有する、医薬的に許容され得る液剤、懸濁剤、乳剤、シロップ剤、及びエリキシル剤が使用されてもよい。これらの組成物は、希釈剤以外の物質、例えば、湿潤剤、甘味料、増粘剤、着香剤、又は安定化製品を含んでもよい。
【００７６】
用量は、所望の効果、治療の期間、及び使用される投与経路により決まる。用量は、一般的には、成人１日あたりに経口で５ｍｇ〜１０００ｍｇであり、単位用量は、活性物質１ｍｇ〜２５０ｍｇの範囲である。一般的には、医師は、適切な用量を、処置される対象の年齢、体重、及び同対象に固有の任意の他の要因に応じて決定する。
【００７７】
好ましい実施形態では、本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗体フラグメントは、哺乳類における過剰増殖性障害を治療するために使用される。より好ましい実施形態では、本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗体フラグメントを含有する、上記で開示された医薬組成物のうちの１つは、哺乳類における過剰増殖性障害を治療するために使用される。一実施形態において、この障害は、癌である。副腎皮質癌、肛門癌、膀胱癌、脳腫瘍、神経膠腫、乳癌、カルチノイド腫瘍、子宮頚部癌、結腸癌、子宮内膜癌、食道癌、肝臓外胆管癌、ユーイング腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、眼癌、胆嚢癌、胃癌、胚細胞腫瘍、妊娠性絨毛腫瘍、頭頚部癌、下咽頭癌、島細胞癌、腎臓癌、喉頭癌、白血病、口唇及び口腔癌、肝癌、肺癌、リンパ腫、黒色腫、中皮腫、メルケル細胞癌、転移性扁平頭頚部癌、骨髄腫、新生物、鼻咽頭癌、神経芽細胞腫、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、副鼻腔及び鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、褐色細胞腫癌、下垂体癌、形質細胞腫瘍、前立腺癌、横紋筋肉腫、直腸癌、腎細胞癌、唾液腺癌、皮膚癌、カポジ肉腫、Ｔ細胞リンパ腫、軟部組織肉腫、胃癌、巣腫瘍、胸腺腫、甲状腺癌、尿道癌、子宮癌、膣癌、外陰癌、又はウィルムス腫瘍などの様々な異なる癌性腫瘍を、本明細書に記載の抗体で治療することができる。
【００７８】
前述の癌のいずれかを処置する際、提供される処置方法を利用して、更なる腫瘍増殖を阻害し、腫瘍退縮を誘導し、無増悪生存期間を増加させ、並びに／又は腫瘍を有する個体における全生存期間を延長させることができる。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体はまた、転移の発症を遅延又は予防することができる。各種の方法を使用して、処置の進行をモニタすることができる。例えば、阻害は、腫瘍サイズの減少及び／又は腫瘍内の代謝活性の低下をもたらし得る。これらのパラメータの両方は、例えば、ＭＲＩ又はＰＥＴスキャンによって測定され得る。阻害はまた、腫瘍内の壊死のレベル、腫瘍細胞死、及び血管分布のレベルを確認する生検によってモニタされ得る。転移の程度は、既知の方法を使用してモニタされ得る。したがって、本発明の医薬組成物は、黒色腫、肺、頭部及び頸部、腎細胞、大腸直腸、乳房、前立腺、子宮内膜、膀胱、腎臓、食道、精巣、卵巣、扁平上皮細胞癌（例えば、頭部及び頸部の扁平上皮細胞癌（squamous cell carcinoma of the head and neck、ＳＣＣＨＮ）、ブドウ膜黒色腫、濾胞性リンパ腫、子宮頸部、脳、膵臓、肝臓、リンパ腫、ホジキン病、多発性骨髄腫、胃、並びに星細胞（astrocyctic）が含まれるが、これらに限定されない、各種の癌の処置又は転移の防止に有用である。
【００７９】
同様に、本明細書において、選択された細胞集団の増殖を阻害するための方法であって、ＴＧＦβ１発現免疫細胞を、有効量の本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗体フラグメントと、単独で又は他の治療薬との組み合わせにおいてかのいずれか一方で、接触させることを含む、方法が更に提供される。好ましい実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又はその抗原結合フラグメントである。好ましい実施形態では、更なる治療剤は免疫療法、すなわち、免疫応答を誘導又は向上させる免疫刺激剤である。このような薬剤としては、例えば、１）樹状細胞の活性化剤、２）ワクチンアジュバント、３）Ｔ細胞刺激剤、４）免疫チェックポイント阻害剤、並びに５）抑制細胞、サイトカイン、及び／又は酵素の阻害剤が挙げられ得る。よって、一実施形態において、抗体はワクチンと共に投与される。
【００８０】
臨床的な使用について、治療有効量のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントが、それを必要とする対象に投与される。例えば、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及びその抗原結合フラグメントは、ＴＧＦβ１陽性免疫細胞を含有する癌性腫瘍の治療において有用であり得る。好ましい実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又はその抗原結合フラグメントである。一部の実施形態では、対象は、哺乳類、好ましくは、ヒトである。いくつかの実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントは、無菌試験済みの溶液として投与される。
【００８１】
処置及び使用の上記方法における投与計画は、最適な所望の応答（例えば、治療応答）を提供するように調節される。例えば、単一ボーラスを投与してもよく、いくつかの分離用量を、時間をかけて投与してもよく、又は用量を治療状況の緊急性によって示されるように、比例して減少又は増加させてよい。非経口組成物は、投与しやすくしかつ用量を均一にするために、投与単位の形態に製剤化されてもよい。
【００８２】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及びフラグメントの効率的な投与及び投与計画は、処置される疾患又は状態により決まり、当業者によって決定されてもよい。本発明の化合物の治療的に有効な量の例示的で非限定的な範囲は、約０．００１〜１０ｍｇ／ｋｇ、例えば、約０．００１〜５ｍｇ／ｋｇ、例えば、約０．００１〜２ｍｇ／ｋｇ、例えば、約０．００１〜１ｍｇ／ｋｇ、例えば、約０．００１、約０．０１、約０．１、約１、又は約１０ｍｇ／ｋｇである。
【００８３】
当該技術分野において通常の技能を有する医師又は獣医師は、必要とされる医薬組成物の有効量を容易に決定し、処方することができる。例えば、医師又は獣医師は、医薬組成物中で用いるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントの用量を、所望の治療効果を達成するのに必要されるレベルよりも少ないレベルで開始し、所望の効果が達成されるまで用量を徐々に増加させることができる。一般的には、本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体の適切な１日用量は、治療効果を生じさせるのに有効な最も少ない用量である化合物量である。投与は、例えば、非経口、例えば、静脈内、筋肉内、又は皮下でもよい。一実施形態において、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントは、ｍｇ／ｍ２で算出された１週用量で注入により投与されてもよい。このような用量は、例えば、下記：用量（ｍｇ／ｋｇ）×７０に従って、上記で提供されたｍｇ／ｋｇ用量に基づくことができる。このような投与は、例えば、１〜８回、例えば、３〜５回繰り返されてもよい。投与は、２〜２４時間、例えば、２〜１２時間の期間にわたる連続的な注入により行われてもよい。一実施形態において、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントは、毒性の副作用を減少させるために、長期間、例えば、２４時間超にわたるゆっくりとした連続的な注入により投与されてもよい。
【００８４】
一実施形態において、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントは、１週間に１回で与えられる場合、最大８回、例えば、４〜６回の固定用量として算出された１週用量で投与されてもよい。このような計画は、例えば、６ケ月又は１２ケ月後に、必要に応じて１回又は２回以上繰り返されてもよい。このような固定用量は、例えば、上記で提供されたｍｇ／ｋｇ用量に基づくことができる。ここで、体重は、７０ｋｇと仮定する。用量は、例えば、生体サンプルを採取し、本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体の抗原結合領域を標的にする抗イディオタイプ抗体を使用することによって、本発明のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体の投与時の血中量を測定することにより、決定又は調節されてもよい。
【００８５】
一実施形態において、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントは、例えば、６ヵ月又はそれ以上の期間にわたり週１回等の維持療法により投与されてもよい。
【００８６】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はフラグメントはまた、癌の進行リスクを低下させ、癌の進行におけるイベントの発生の開始を遅延させ、かつ／又は癌が緩解した際の再発リスクを低下させるために、予防的に投与されてもよい。
【００８７】
本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及びそのフラグメントはまた、併用療法において投与されてもよい、すなわち、治療される疾患又は状態に関連する他の治療薬と組み合わせてもよい。したがって、一実施形態において、抗体含有医薬は、１種又は２種以上の他の治療剤、例えば、化学療法剤と組み合わせるためのものである。いくつかの実施形態では、他の治療薬としては、限定するものではないが、アルキル化薬などの抗腫瘍薬、例えば、ナイトロジェンマスタード（例えば、メクロレタミン、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン、及びクロラムブシル）；ニトロソウレア（例えば、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、及びセムスチン（メチル−ＣＣＮＵ））；Ｔｅｍｏｄａｌ（商標）（テモゾロミド）、エチレンイミン／メチルメラミン（例えば、トリエチレンメラミン（ＴＥＭ）、トリエチレンチオホスホラミド（チオテパ）、ヘキサメチルメラミン（ＨＭＭ、アルトレタミン））；スルホン酸アルキル（例えば、ブスルファン）；トリアジン（例えば、ダカルバジン（ＤＴＩＣ））；代謝アンタゴニスト、例えば葉酸類似体（例えば、メトトレキサート及びトリメトレキサート）、ピリミジン類似体（例えば、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、フルオロデオキシウリジン、ゲムシタビン、シトシンアラビノシド（ＡｒａＣ、シタラビン）、５−アザシチジン、及び２，２’−ジフルオロデオキシシチジン）、プリン類似体（例えば、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、アザチオプリン、２’−デオキシコホルマイシン（ペントスタチン）、エリスロヒドロキシノニルアデニン（ＥＨＮＡ）、リン酸フルダラビン、及び２−クロロデオキシアデノシン（クラドリビン、２−ＣｄＡ））；細胞分裂抑制薬などの天然物（例えば、パクリタキセル、ビンカアルカロイド（例えば、ビンブラスチン（ＶＬＢ）、ビンクリスチン、及びビノレルビン）、タキソテール、エストラムスチン、及びリン酸エストラムスチン）；ピポドフィロトキシン（例えば、エトポシド及びテニポシド）；抗腫瘍抗生物質（例えば、アクチノマイシンＤ、ダウノマイシン（ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ミトキサントロン、イダルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）、マイトマイシンＣ、アクチノマイシン）；酵素（例えば、Ｌ−アスパラキナーゼ）；生物学的応答調節物質（例えば、インターフェロン−アルファ、ＩＬ−２、Ｇ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ）；種々の薬剤、例えば、白金配位錯体（例えば、シスプラチン及びカルボプラチン）、アントラセンジオン（例えば、ミトキサントロン）、置換尿素（例えば、ヒドロキシ尿素）、メチルヒドラジン誘導体（例えば、Ｎ−メチルヒドラジン（ＭＩＨ）及びプロカルバジン）、副腎皮質抑制剤（例えば、ミトタン（ｏ，ｐ−ＤＤＤ）、アミノグルテチミド）；ホルモン類及びアンタゴニスト類、例えば副腎皮質ステロイドアンタゴニスト類（例えば、プレドニゾン及び等価物、デキサメタゾン、アミノグルテチミド）；Ｇｅｍｚａｒ（商標）（ゲムシタビン）、プロゲスチン（例えば、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲステロール）；���ストロゲン類（例えば、ジエチルスチルベステロール及びエチニルエストラジオール等価物）；抗エストロゲン剤（例えば、タモキシフェン）；アンドロゲン類（例えば、プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン／等価物）；抗アンドロゲン剤（例えば、フルタミド、生殖腺刺激ホルモン放出ホルモンアナログ及びリュープロリド）；並びに非ステロイド性抗アンドロゲン剤（例えば、フルタミド）、が挙げられる。ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤、脱メチル化剤（例えば、Ｖｉｄａｚａ）、及び転写抑制解除（ＡＴＲＡ）療法を含むが、これらに限定されない、エピジェネティック機構を標的とする療法も、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体と組み合わせることができる。
【００８８】
化学療法剤の追加の特異的例としては、タキソール、タキセン（taxenes）（例えば、ドセタキセル及びＴａｘｏｔｅｒｅ）、変性パクリタキセル（例えば、Ａｂｒａｘａｎｅ及びＯｐａｘｉｏ）ドキソルビシン、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）、Ｓｕｔｅｎｔ、Ｎｅｘａｖａｒ、及び他の多種キナーゼ阻害剤、シスプラチン及びカルボプラチン、エトポシド、ゲムシタビン、並びにビンブラスチンが挙げられる。ＭＡＰＫ経路阻害剤（例えば、ＥＲＫ、ＪＮＫ、及びｐ３８の阻害剤）、ＰＩ３キナーゼ／ＡＫＴ阻害剤、並びにＰｉｍ阻害剤を含むが、これらに限定されない他のキナーゼの特異的阻害剤を、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体と組み合わせて使用することもできる。他の阻害剤としては、Ｈｓｐ９０阻害剤、プロテアソーム阻害剤（例えば、Ｖｅｌｃａｄｅ）、及びＴｒｉｓｅｎｏｘなどの複数の作用機序の阻害剤が挙げられる。
【００８９】
このような組み合わせ投与は、同時、任意の順序において、別々又は連続的でもよい。同時投与では、薬剤は、必要に応じて、１つの組成物又は別々の組成物として投与されてもよい。
【００９０】
一実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントは、抗原提示細胞を刺激する薬剤と組み合わされる。かかる薬剤の例としては、ＣＤ４０アゴニスト、例えばアゴニスト性抗ＣＤ４０抗体又はＣＤ４０Ｌが挙げられる。
【００９１】
いくつかの方法は、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントをワクチンアジュバントと共に投与することを含む。このようなアジュバントとしては、例えば、ＩＬ−１２と種々のＴｏｌｌ様受容体（Toll Like Receptor、ＴＬＲ）アゴニストとが挙げられ、ＴＬＲアゴニストには、ＣｐＧ（ＴＬＲ９アゴニスト）、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ−ＴＬＲ４アゴニスト）、ポリＩ：Ｃ又はポリＩＣＬＣ（ＴＬＲ３アゴニスト）、並びにレシキモド及び８５２Ａ（ＴＬＲ７／８アゴニスト）が含まれる。
【００９２】
他の治療的アプローチでは、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体は、ＩＬ−１５及び／若しくはＩＬ−１７、又はこれらの分子の活性化剤などのＴ細胞増殖因子との組み合わせで投与される。関連する方法では、Ｔ細胞刺激剤がｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体と組み合わせられる。このような刺激剤としては、アゴニスト抗４−１ＢＢ抗体などの４−１ＢＢのアゴニスト、及び４−１ＢＢＬが挙げられる。
【００９３】
一実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントは、Ｔ細胞チェックポイント阻害剤、例えば、免疫系に阻害シグナルを送る分子と共に投与される。このような薬剤の例としては、ニボルマブ（Bristol-Myers Squibb）及びＭＫ−３４７５（Ｍｅｒｃｋ）としても知られるペンブロリズマブ、ピジリズマブ（Ｃｕｒｅｔｅｃｈ）、ＡＭＰ−２２４（Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）を含む抗ＰＤ−１抗体、並びにＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ）、ＭＤＸ−１１０５（Ｂｒｉｓｔｏｌ  Ｍｙｅｒ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＭＥＤＩ−４７３６（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、及びＭＳＢ−００１０７１８Ｃ（Ｍｅｒｃｋ）を含む抗ＰＤ−Ｌ１抗体などのＰＤ−１又はＰＤ−Ｌ１（Ｂ７−Ｈ１）の阻害剤が挙げられる。他のチェックポイント阻害剤としては、抗ＣＴＬＡ−４抗体などのＣＴＬＡ−４のアンタゴニストが挙げられる。例示的な抗ＣＴＬＡ４抗体は、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂより市販されているＹｅｒｖｏｙ（登録商標）（イピリムマブ）である。他の例示的なＣＴＬＡ−４抗体としては、トレメリムマブ（Ｐｆｉｚｅｒ）、チシリムマブ（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、及びＡＭＧＰ−２２４（Ｇｌａｘｏ  Ｓｍｉｔｈ  Ｋｌｉｎｅ）が挙げられる。
【００９４】
更に他の方法では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントは、免疫抑制効果を有する酵素の阻害剤との組み合わせで投与される。一例は、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼの小分子阻害剤である１−メチルトリプトファン（1-methyl tryptophan、１ＭＴ）である。
【００９５】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントはまた、ＡｍｇｅｎによるＴ−ＶＥＣ（腫瘍溶解性免疫療法薬）との組み合わせで使用され得る。
【００９６】
特定の実施形態では、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントは、二重特異性抗体との組み合わせで投与される。二重特異性抗体は、宿主の免疫系、特に、Ｔ細胞の細胞毒性活性を癌細胞に対して指向させ得る。
【００９７】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントはまた、各種の標的療法との組み合わせで投与され得る。標的療法の例としては、治療用抗体の使用が挙げられるが、これに限定されない。例示的な抗体としては、細胞表面タンパク質Ｈｅｒ２、ＣＤＣ２０、ＣＤＣ３３、ムチン様糖タンパク質、及び腫瘍細胞、ＯＸ４０、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４上に存在する表皮増殖因子受容体（epidermal growth factor receptor、ＥＧＦＲ）に結合し、任意選択的に、これらのタンパク質を発現する腫瘍細胞に対して細胞増殖抑制効果及び／又は細胞毒性効果を誘導するものが挙げられるが、これらに限定されない。例示的な抗体はまた、乳癌及び他の形態の癌を処置するために使用され得るＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）（トラスツズマブ）、並びに非ホジキンスリンパ腫及び他の形態の癌の処置に使用され得るＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）（リツキシマブ）、ＺＥＶＡＬＩＮ（商標）（イブリツモマブチウキセタン）、及びＬＹＭＰＨＯＣＩＤＥ（商標）（エプラツズマブ）が挙げられる。ある種の例示的な抗体としてはまた、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標））、ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）（ＩＭＣ−Ｃ２２５）；ＢＥＸＸＡＲ（商標）（ヨウ素１３１トシツモマブ）；ＫＤＲ（キナーゼ領域受容体）阻害剤；抗ＶＥＧＦ抗体及びアンタゴニスト（例えば、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）及びＶＥＧＡＦ−ＴＲＡＰ）；抗ＶＥＧＦ受容体抗体及び抗原結合領域；抗Ａｎｇ−１及びＡｎｇ−２抗体及び抗原結合領域；Ｔｉｅ−２に対する抗体及びその他のＡｎｇ−１及びＡｎｇ−２受容体；Ｔｉｅ−２リガンド；Ｔｉｅ−２キナーゼ阻害剤に対する抗体；Ｈｉｆ−１ａの阻害剤、及びＣａｍｐａｔｈ（商標）（アレムツズマブ）も挙げられる。特定の実施形態では、癌治療剤は、ＴＮＦ関連ポリペプチドＴＲＡＩＬを含むが、これに限定されない、腫瘍細胞において選択的にアポトーシスを誘導するポリペプチドである。
【００９８】
一実施形態では、本明細書に提供されるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントは、血管新生を減少させる１つ又は２つ以上の抗血管新生剤との組み合わせで使用される。かかる薬剤の例としては、限定するものではないが、ＩＬ−８アンタゴニスト、Ｃａｍｐａｔｈ、Ｂ−ＦＧＦ；ＦＧＦアンタゴニスト；Ｔｅｋアンタゴニスト（Ｃｅｒｒｅｔｔｉら、米国特許出願公開第２００３／０１６２７１２号；Ｃｅｒｒｅｔｔｉらの米国特許第６，４１３，９３２号、及びＣｅｒｒｅｔｔｉら、米国特許第６，５２１，４２４号）；抗ＴＷＥＡＫ剤（抗体及び抗原結合領域を含むが、これらに限定されない）；好適なＴＷＥＡＫ受容体アンタゴニスト（Ｗｉｌｅｙ、米国特許第６，７２７，２２５号）；インテグリンとそのリガンドとの結合に拮抗するＡＤＡＭディスインテグリンドメイン（Ｆａｎｓｌｏｗら、米国特許出願公開第２００２／００４２３６８号）；抗ｅｐｈ受容体及び抗エフリン抗体；抗原結合領域、又はアンタゴニスト（米国特許第５，９８１，２４５号、同第５，７２８，８１３号、同第５，９６９，１１０号、同第６，５９６，８５２号、同第６，２３２，４４７号、同第６，０５７，１２４号）；Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）又はＶＥＧＦ−ＴＲＡＰ（商標）などの抗ＶＥＧＦ剤（例えば、ＶＥＧＦに特異的に結合する抗体若しくは抗原結合領域、又は可溶性ＶＥＧＦ受容体若しくはそのリガンド結合領域）、及び抗ＶＥＧＦ受容体剤（例えば、それに特異的に結合する抗体又は抗原結合領域）、パニツムマブ、ＩＲＥＳＳＡ（商標）（ゲフィチニブ）、ＴＡＲＣＥＶＡ（商標）（エルロチニブ）などのＥＧＦＲ阻害剤（例えば、それに特異的に結合する抗体又は抗原結合領域）、抗Ａｎｇ１及び抗Ａｎｇ２剤（例えば、それに、又はその受容体、例えば、Ｔｉｅ−２／ＴＥＫに特異的に結合する抗体又は抗原結合領域）、及び抗Ｔｉｅ２キナーゼ阻害剤（例えば、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ、散乱因子としても知られている）のアンタゴニストなどの増殖因子に特異的に結合しその活性を阻害する、抗体又は抗原結合領域）、並びにその受容体「ｃ−ｍｅｔ」に特異的に結合する抗体又は抗原結合領域（例えば、リロツムマブ及びＡＭＧ  ３３７、Ａｍｇｅｎ）；抗ＰＤＧＦ−ＢＢアンタゴニスト；ＰＤＧＦ−ＢＢリガンドに対する抗体及び抗原結合領域；並びにＰＤＧＦＲキナーゼ阻害剤、が挙げられる。
【００９９】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントとの組み合わせで使用され得る他の抗血管新生剤としては、ＭＭＰ−２（マトリックスメタロプロテアーゼ２）阻害剤、ＭＭＰ−９（マトリックスメタロプロテアーゼ９）阻害剤、及びＣＯＸ−ＩＩ（シクロオキシゲナーゼＩＩ）阻害剤などの薬剤が挙げられる。有用なＣＯＸ−ＩＩ阻害剤の例としては、ＣＥＬＥＢＲＥＸ（商標）（セレコキシブ）、バルデコキシブ、及びロフェコキシブが挙げられる。
【０１００】
本明細書に提供されるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントはまた、増殖因子阻害剤との組み合わせで使用され得る。かかる増殖因子阻害剤の例としては、限定するものではないが、ＥＧＦ−Ｒ（表皮増殖因子受容体）反応を阻害することができる薬剤、例えば、ＥＧＦ−Ｒ抗体（例えば、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標））、ＥＧＦ抗体、及びＥＧＦ−Ｒ阻害剤である分子；ＶＥＧＦ（血管内皮成長因子）阻害剤、例えば、ＶＥＧＦ受容体及びＶＥＧＦを阻害することができる分子；並びにｅｒｂＢ２受容体阻害剤、例えばｅｒｂＢ２受容体に結合する有機分子又は抗体、例えば、ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．）、が挙げられる。ＥＧＦ−Ｒ阻害剤は、例えば、米国特許第５，７４７，４９８号、国際公開第９８／１４４５１号、国際公開第９５／１９９７０号、及び国際公開第９８／０２４３４号に記載されている。
【０１０１】
一部の処置用途では、特に、骨が悪影響を受けるように癌が骨に転移している場合、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントを、更なる骨喪失を阻害するか又は喪失された骨を復元するのを助ける治療剤と共に投与するのが有用であり得る。したがって、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はそのフラグメントは、治療有効量の骨成長促進（タンパク同化）剤又は骨抗吸収剤、例えば、限定するものではないが：ＢＭＰ−１からＢＭＰ−１２と表される骨形態発生因子；トランスフォーミング増殖因子−β及びＴＧＦ−βファミリーメンバー；線維芽細胞増殖因子ＦＧＦ−１〜ＦＧＦ−１０；インターロイキン−１阻害剤（例えば、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−１に対する抗体及びＩＬ−１受容体に対する抗体）；ＴＮＦα阻害剤（例えば、エタネルセプト、アダリムマブ及びインフリキシマブ）；ＲＡＮＫリガンド阻害剤（例えば、可溶性ＲＡＮＫ、オステオプロテゲリン及びＲＡＮＫ又はＲＡＮＫリガンドに特異的に結合するアンタゴニスト抗体、例えば、デノスマブ（ＸＧＥＶＡ（登録商標））、Ｄｋｋ−１阻害剤（例えば、抗Ｄｋｋ−１抗体）、副甲状腺ホルモン、Ｅシリーズプロスタグランジン、ビスホスホネート並びにフッ化物及びカルシウムなどの骨増強ミネラル、と共に投与されてもよい。ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及びその機能的フラグメントとの組み合わせで使用され得る同化剤としては、パラサイロイドホルモン及びインスリン様増殖因子（insulin-like growth factor、ＩＧＦ）が挙げられ、後者の薬剤は、好ましくは、ＩＧＦ結合タンパク質と複合化される。このような併用治療に好適なＩＬ−１受容体アンタゴニストは、国際公開第８９／１１５４０号に記載されており、好適な可溶性ＴＮＦ受容体１は、国際公開第９８／０１５５５号に記載されている。例示的なＲＡＮＫリガンドアンタゴニストは、例えば、国際公開第０３／０８６２８９号、国際公開第０３／００２７１３号、米国特許第６，７４０，５１１号、及び同第６，４７９，６３５号に開示されている。
【０１０２】
一実施形態では、癌を治療するための方法は、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体の治療有効量の投与と、それを必要とする対象に放射線治療を行うこととを含む。放射線治療としては、患者に対する放射線療法又は放射性医薬の関連する投与を含んでもよい。放射線源は、処置される患者の外側又は内側のいずれか一方であってもよい（放射線治療は、例えば、外照射療法（ＥＢＲＴ）又は小線源治療（ＢＴ）の形態でもよい）。このような方法を実施するのに使用することができる放射性元素には、例えば、ラジウム、セシウム−１３７、イリジウム−１９２、アメリシウム−２４１、金−１９８、コバルト−５７、銅−６７、テクネチウム−９９、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、及びインジウム−１１１が挙げられる。
【０１０３】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体の検出方法
本明細書において、サンプルを、本明細書に記載の抗体、又はその抗原結合フラグメントと接触させることにより、生体サンプル中のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体を検出するための方法が提供される。本明細書に記載されたように、サンプルは、尿、血液、血清、血漿、唾液、腹水、循環細胞、循環腫瘍細胞、組織会合していない細胞（すなわち、遊離細胞）、組織（例えば、外科手術的に切除された腫瘍組織、微小針吸引を含む生検）、組織学的調製物等から得ることができる。いくつかの実施形態では、記載された方法は、サンプルを、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又はその抗原結合フラグメントのいずれかと接触させることにより、生体サンプル中のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体を検出することを含む。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、サンプルを、本明細書に記載のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体又は抗原結合フラグメントの２つ以上と接触させてもよい。例えば、サンプルを、第１のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又はその抗原結合フラグメントと接触させ、次いで、第２のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又はその抗原結合フラグメントと接触させてもよく、この場合、第１の抗体又は抗原結合フラグメントと第２の抗体又は抗原結合フラグメントとは、同じ抗体又は抗原結合フラグメントではない。一部の実施形態では、第１の抗体又はその抗原結合フラグメントは、サンプルと接触させる前に、表面、例えば、マルチウェルプレート、チップ、又は類似する基材に固定されてもよい。他の実施形態では、第１の抗体又はその抗原結合フラグメントは、サンプルと接触させる前に、何にも固定されず又は付着されなくてもよい。
【０１０５】
記載されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、検出可能に標識されてもよい。いくつかの実施形態では、標識された抗体及び抗原結合フラグメントは、本明細書に記載の方法によるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体の検出を容易にし得る。多くのこのような標識が、当業者に容易に既知である。例えば、適切な標識には、放射線標識、蛍光標識、エピトープタグ、ビオチン、発色団標識、ＥＣＬ標識、又は酵素が挙げられるが、これらに限定されると考えられるべきではない。より具体的には、記載された標識には、ルテニウム、１１１Ｉｎ−ＤＯＴＡ、１１１Ｉｎ−ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、及びベータガラクトシダーゼ、ポリヒスチジン（ＨＩＳタグ）、アクリジン染料、シアニン染料、フルオロン染料、オキサジン染料、フェナントリジン染料、ローダミン染料、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ（登録商標）染料などが挙げられる。
【０１０６】
記載されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体及び抗原結合フラグメントは、生体サンプル中のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体を検出するための各種アッセイに使用されてもよい。一部の適切なアッセイには、ウェスタンブロット分析、ラジオイムノアッセイ、表面プラズモン共鳴、免疫蛍光測定法、免疫沈澱法、平衡透析法、免疫拡散法、電気化学発光（ＥＣＬ）イムノアッセイ、免疫組織化学法、蛍光発色細胞選別（ＦＡＣＳ）又はＥＬＩＳＡアッセイが挙げられるが、これらに限定されると考えるべきではない。
【０１０７】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体を検出するためのキット
本明細書において、生体サンプル中のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体を検出するためのキットが提供される。これらのキットは、本明細書に記載されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又はその抗原結合フラグメントのうち１つ又は２つ以上と、このキットを使用するための指示書と、を含む。
【０１０８】
提供されるｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体、又は抗原結合フラグメントは、溶液の中に存在してもよく、凍結乾燥されていてもよく、基材、キャリア、又はプレートに固着されていてもよく、又は検出可能に標識化されていてもよい。
【０１０９】
記載されるキットはまた、本明細書に記載された方法を行うのに有用な更なる構成要素を含んでもよい。例として、キットは、対象からサンプルを得るための手段、対照若しくは参照サンプル、例えば、ゆっくり進行する癌を有する対象及び／又は癌を有さない対象からのサンプル、１つ若しくはそれ以上のサンプル区画、及び／又は本発明の方法の実施について説明する指示材料、並びに組織特異的な対照若しくは基準物質を含んでもよい。
【０１１０】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のレベルを決定するための手段は、例えば、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体のレベルを決定するためのアッセイで使用するための緩衝液又は他の試薬を更に含み得る。指示書は、例えば、アッセイを行うための印刷された指示書及び／又はｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体の発現レベルを評価するための指示書であり得る。
【０１１１】
記載されたキットはまた、対象からサンプルを単離するための手段を含んでもよい。これらの手段は、対象から流体又は組織を得るのに使用され得る機器又は試薬のうち１つ又は２つ以上の品目を含み得る。対象からサンプルを得るための手段はまた、血液サンプルから血液成分、例えば、血清を単離するための手段を含んでもよい。好ましくは、キットは、ヒト対象で使用するために設計されている。
【実施例】
【０１１２】
下記実施例は、先の開示を補い、本明細書に記載された主題のより良好な理解を提供するために提供される。これらの実施例は、記載された主題を限定すると解釈されるべきでない。本明細書に記載された実施例及び実施形態は例示のみを目的とするものであり、それらを考慮した種々の改変又は変更は、当業者に明らかであり、また、本発明の真の範囲内に含まれ、かつ本発明の真の範囲から逸脱することなくなされ得ることが理解される。
【０１１３】
実施例１：ファージディスプレイ技術を使用したｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体の発見
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体を産生させるために、抗体産生キャンペーンを行った。ＣｈｅｍＰａｒｔｎｅｒ所有の完全ヒトナイーブファージディスプレイライブラリ（Ｃｈｅｍｐａｒｔｎｅｒ，Ｓｈａｎｇｈａｉ，Ｃｈｉｎａ）を、ヒト抗体フラグメントの供給源として使用した。最初に、ライブラリを、ビオチン化ｓＧＡＲＰ（配列番号１）とＬＴＢＰ１−ｐｒｏＴＧＦβ１（配列番号２及び３）とを合わせた混合物に対して陰性パニングし、望ましくないＬＴＢＰ１−ｐｒｏＴＧＦｂ１複合体又は非複合化ｓＧＡＲＰタンパク質に結合したｓｃＦｖフラグメントを除去した。次に、除去したライブラリのアウトプットを、ｓＧＡＲＰ−ｐｒｏＴＧＦβ１に対して数回パニングした。ｓＧＡＲＰ−ｐｒｏＴＧＦβ１に特異的に結合する２５のｓｃＦｖを、固有のＨＣＤＲ３配列、所望の複合体選択性、及び配列のライアビリィティに基づいて選択した。固有の重鎖Ｖ領域をヒトＩｇＧ４発現ベクターにクローニングし、固有の軽鎖をヒトカッパ発現ベクターにクローニングし、得られたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補を再びＥＬＩＳＡで結合活性について試験した。このアッセイからのトップバインダーを、更なる特性評価のために選択した。
【０１１４】
実施例２：インビトロにおける４Ｂ１ｃ１及び４ｂ１６Ｂ９によるヒトＴｒｅｇ機能の阻害
前述した実施例で生成されたｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補を、インビトロ抑制アッセイにおいてヒトＴｒｅｇ機能について試験した。活性化ＣＤ４＋ＣＤ２５Ｈｉサプレッサー細胞を、Ｔｒｅｇの供給源として使用し、ＣＦＳＥ標識ＣＤ４＋ＣＤ２５−エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ細胞）を、増殖抑制の標的として使用した。細胞を、１  Ｔｒｅｇ／１  Ｔｅｆｆの比率で、プレート結合抗ＣＤ３、可溶性抗ＣＤ２８と共に、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補の存在下又は非存在下でインキュベートした。Ｔｒｅｇは、Ｔエフェクターのみと比較して、Ｔｅｆｆ細胞の増殖を約５０％阻害した。Ｔｅｆｆ（Ｔｒｅｇと共にインキュベート）の増殖レベルは、Ｔｒｅｇ／Ｔｅｆｆ対照群又はｈＩｇＧ４群と比較すると、４Ｂ１Ｃ１の存在下で回復し、４Ｂ１６Ｂ９によって部分的に回復した（図１）。これらの結果は、ヒトＴｒｅｇによる免疫抑制におけるＴＧＦ−β１の活性化を確認し、４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９は、陽性対照中和ＴＧＦβ抗体１Ｄ１１（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓカタログ番号ＭＡＢ−１８３５）と同様に、インビトロでこの活性を部分的に阻害することを示す。
【０１１５】
【表２】
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【０１１６】
２つのｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補のＶＨ及びＶＬを下の表３に示す。
【０１１７】
【表３】
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【０１１８】
実施例３：ＴＧＦβ１バイオアッセイ
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補が活性型ＴＧＦβ１のレベルを制御する能力を、組み込まれたＴＧＦβ／Ｓｍａｄ３反応性ルシフェラーゼ発現ユニットを有するＴＭＬＣレポーター細胞を用いて測定した。簡潔に述べると、ＨＥＫ２９３又はＳｗ４８０細胞に、ヒトｐｒｏＴＧＦβ１及びＬＴＢＰ１発現プラスミド又はヒトｐｒｏＴＧＦβ１及びＧＡＲＰ発現プラスミドのいずれかを一過性にトランスフェクトする。細胞をトランスフェクションから回復させ、細胞にｐｒｏＴＧＦβ１をＬＴＢＰ１又はＧＡＲＰのいずれかとの複合体として３７℃で２４時間にわたって発現させた。この時点でアッセイを実施できた。アッセイをセットアップするために、一過性トランスフェクタントをＳＷ４８０β６と共に培養した。当該細胞はＴＧＦβ１活性化インテグリンαＶβ６を安定発現する。アッセイが目的どおりに機能していることを確認するために、既知の濃度のＴＧＦ−β１増殖因子を有する培地サンプルを、ＴＭＬＣレポーター細胞培養物に添加して、標準曲線を生成した。
【０１１９】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補（１０μｇ／ｍＬ）をトランスフェクト細胞と混合し、ＴＭＬＣレポーター細胞培養物に添加した。次いで、プレートを３７℃で１６時間インキュベートした。成功したＴＧＦβ１シグナル伝達は、ＳＭＡＤ２／３経路の後に、製造業者（Ｐｒｏｍｅｇａ）によって示されるようにＢｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏを添加し、Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ  Ｈ１プレートリーダー（Ｂｉｏｔｅｋ）で得られた発光を測定することによって検出され得るルシフェラーゼ発現を活性化することが期待された。
【０１２０】
４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９抗体は、対照群で処理したものと比較してルシフェラーゼの発現を有意に減少させた。これにより、これら抗体が活性型ＴＧＦβ１増殖因子のレベルを制御し、細胞におけるＴＧＦβ１媒介シグナル伝達を減少させることが示された。この効果は、陽性対照であるＴＧＦβ中和抗体１Ｄ１１の影響と同様である。
【０１２１】
実施例４：バイオレイヤー干渉法による親和性測定
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補のｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体に対する結合親和性を、ＯｃｔｅｔＲｅｄ  ３８４（Ｆｏｒｔｅｂｉｏ，Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．）でバイオレイヤー干渉法によって測定した。ストレプトアビジンバイオセンサ（Ｆｏｒｔｅｂｉｏ、カタログ番号１８−５０２０）に、ｐＨ  ５、酢酸ナトリウム緩衝液中２０μｇ／ｍＬのビオチン化ｓＧＡＲＰ−ｐｒｏＴＧＦβ１複合体をロードし、同じ緩衝液で洗浄し、同じ緩衝液中１０μｇ／ｍＬのｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補の入ったウェルに移した。解離定数を、Ｏｃｔｅｔソフトウエアを使用し、定常状態アルゴリズムに対する応答の非線形フィッティングにより得た（表４）。同様の親和性を的速度論フィッティングにより得た。
【０１２２】
【表４】
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【０１２３】
結合特異性を確認するため、４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９を、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＴＢＰ１、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＴＢＰ３及びｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＲＲＣ３３に対する結合に関して上述と同様にスクリーニングした。上述したように、試験は、抗体１０μｇ／ｍＬ及び抗原２０μｇ／ｍＬで以下の条件下で行われた。この試験により、図４に示すように、ｐｒｏＴＧＦ１−ＧＡＲＰ複合体以外の抗原に対する抗体の認識可能な結合はなかったことが実証された。
【０１２４】
【表５】
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【０１２５】
実施例５：用量反応アッセイ
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補による活性型ＴＧＦβ１レベルの制御の濃度依存性を、実施例３に記載のように、組み込まれたＴＧＦβ／Ｓｍａｄ３反応性ルシフェラーゼ発現ユニットを有するＴＭＬＣレポーター細胞を用いて測定した。実施例３との唯一の違いは、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補を様々な濃度で実験ウェルに添加したことであった。
【０１２６】
４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９は、それぞれ０．１７８ｎＭ及び１．９ｎＭのＩＣ５０で、用量依存的にＴＧＦβ１活性化を阻害することを実証した（図３）。
【０１２７】
実施例６：抗体の特性評価
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体選択的抗体候補の、他のたんぱく質複合体と比較したｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体に対する選択性を、ＯｃｔｅｔＲｅｄ  ３８４（Ｆｏｒｔｅｂｉｏ，Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．）でバイオレイヤー干渉法によって測定した（図４）。４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９は、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ複合体に対して１ｎＭ未満の解離定数（Ｋｄ）を示した一方、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＴＢＰ１複合体又はｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＴＢＰ３複合体に対する検出可能な結合は示さなかった。４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９はまた、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、又はＴＧＦβ３増殖因子に対する結合を示さなかった。
【０１２８】
ｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＲＲＣ３３複合体に結合する抗体についても試験した。ｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＲＲＣ３３複合体を発現させ、当該複合体をサイズ排除クロマトグラフィ（ＳＥＣ）によって精製し、分析用ＳＥＣによって非凝集複合体の形成を確認した。次に、精製したｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＲＲＣ３３複合体に対する４Ｂ１Ｃ１及び４Ｂ１６Ｂ９の結合を、実施例４に記載のようにＯｃｔｅｔＲｅｄ  ３８４（Ｆｏｒｔｅｂｉｏ，Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．）分析によって試験した。そのため、４Ｂ１Ｃ１又は４Ｂ１６Ｂ９は抗ヒトＦｃチップ上に捕捉され、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰ又はｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＲＲＣ３３のいずれかの結合がＯｃｔｅｔによって検出された。ｐｒｏＴＧＦβ１−ＧＡＲＰとは対照的に、ｐｒｏＴＧＦβ１−ＬＲＲＣ３３複合体に対する４Ｂ１Ｃ１又は４Ｂ１６Ｂ９の結合は検出されなかった。
【０１２９】
【表６−１】
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【０１３０】
【表６−２】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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