(57)【要約】  医薬における使用のためのポリペプチドが提供される。このポリペプチドは、免疫チェックポイント阻害剤とともに同時に、別々に又は連続的に投与される。このポリペプチドは、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを含む。このポリペプチドは、１００アミノ酸長未満である。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
医薬における使用のためのポリペプチドであって、免疫チェックポイント阻害剤とともに同時に、別々に又は連続的に投与され、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを含み、１００アミノ酸長未満である、ポリペプチド。
【請求項２】
医薬における使用のための核酸分子であって、免疫チェックポイント阻害剤とともに同時に、別々に又は連続的に投与され、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項３】
医薬における使用のためのＴ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞であって、免疫チェックポイント阻害剤とともに同時に、別々に又は連続的に投与され、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又は前記ポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、前記ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である、Ｔ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞。
【請求項４】
医薬における使用のための免疫チェックポイント阻害剤であって、
ｉ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを含むポリペプチドであって、１００アミノ酸長未満である、ポリペプチド、
ｉｉ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子、
ｉｉｉ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又は前記ポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、前記ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体、又は
ｉｖ）ｉｉｉ）に規定されるようなＴ細胞受容体を呈するＴ細胞
とともに同時に、別々に又は連続的に投与される、免疫チェックポイント阻害剤。
【請求項５】
がんの治療又はがんに対するワクチン接種における使用のための、請求項１に記載のポリペプチド、請求項２に記載の核酸分子、請求項３に記載のＴ細胞若しくはＴ細胞受容体又は請求項４に記載の免疫チェックポイント阻害剤。
【請求項６】
患者におけるがんの治療又はがんに対するワクチン接種の方法であって、
ｉ）免疫チェックポイントを阻害するステップと、
ｉｉ）同時に、別々に又は連続的に、
ａ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドであって、１００アミノ酸長未満である、少なくとも１つのポリペプチド、
ｂ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、
ｃ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又は前記ポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、前記ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体、又は
ｄ）ｃ）に規定されるようなＴ細胞受容体を呈するＴ細胞
を投与するステップと
を含む方法。
【請求項７】
前記免疫チェックポイント阻害剤又は前記免疫チェックポイントの前記阻害と組み合わせた前記少なくとも１つのポリペプチド、前記核酸分子、前記Ｔ細胞又は前記Ｔ細胞受容体は、がんの治療又はがんに対するワクチン接種における相乗効果をもたらす、請求項５に記載の使用のためのポリペプチド、核酸分子、Ｔ細胞、Ｔ細胞受容体若しくは免疫チェックポイント阻害剤又は請求項６に記載の治療方法。
【請求項８】
がんの治療又はがんに対するワクチン接種に適した組成物又はキットであって、
ｉ）ａ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドであって、１００アミノ酸長未満である、少なくとも１つのポリペプチド、
ｂ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、
ｃ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又は前記ポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、前記ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体、又は
ｄ）ｃ）に規定されるようなＴ細胞受容体を呈するＴ細胞と、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含み、前記免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた前記少なくとも１つのポリペプチド、前記少なくとも１つの核酸分子、前記Ｔ細胞又はＴ細胞受容体は、がんの治療又はがんに対するワクチン接種における相乗効果をもたらす、組成物又はキット。
【請求項９】
前記ポリペプチド又は前記少なくとも１つのポリペプチドは、自己抗原の少なくとも１５、２０、２５若しくは３０のアミノ酸の領域又は前記領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む、請求項１、５若しくは７のいずれか一項に記載の使用のためのポリペプチド、請求項２、５若しくは７のいずれか一項に記載の使用のための核酸分子、請求項３、５若しくは７のいずれか一項に記載の使用のためのＴ細胞若しくはＴ細胞受容体、請求項４、５若しくは７のいずれか一項に記載の使用のための免疫チェックポイント阻害剤、請求項６若しくは７に記載の治療方法又は請求項８に記載の組成物若しくはキット。
【請求項１０】
前記自己抗原は、ユニバーサル腫瘍抗原、好ましくはテロメラーゼ逆転写酵素、Ｔｏｐ２α、サバイビン又はＣＹＰ１Ｂ１である、請求項１、５、７若しくは９のいずれか一項に記載の使用のためのポリペプチド、請求項２、５、７若しくは９のいずれか一項に記載の使用のための核酸分子、請求項３、５、７若しくは９のいずれか一項に記載の使用のためのＴ細胞若しくはＴ細胞受容体、請求項４、５、７若しくは９のいずれか一項に記載の使用のための免疫チェックポイント阻害剤、請求項６、７若しくは９のいずれか一項に記載の治療方法又は請求項８若しくは９に記載の組成物若しくはキット。
【請求項１１】
前記自己抗原は、テロメラーゼ逆転写酵素であり、前記ポリペプチド又は前記少なくとも１つのポリペプチドは、
ｉ）配列番号１の配列を含むポリペプチド、
ｉｉ）少なくとも１２のアミノ酸を含むｉ）の免疫原性断片、又は
ｉｉｉ）ｉ）若しくはｉｉ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含む、請求項１、５、７、９又は１０のいずれか一項に記載の使用のためのポリペプチド、請求項２、５、７、９又は１０のいずれか一項に記載の使用のための核酸分子、請求項３、５、７、９又は１０のいずれか一項に記載の使用のためのＴ細胞又はＴ細胞受容体、請求項４、５、７、９又は１０のいずれか一項に記載の使用のための免疫チェックポイント阻害剤、請求項６、７、９又は１０のいずれか一項に記載の治療方法、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の組成物又はキット。
【請求項１２】
がんの治療又はがんに対するワクチン接種に適した組成物又はキットであって、
ｉ）少なくとも１つのポリペプチドであって
ａ）配列番号１の配列を含むポリペプチド、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含む少なくとも１つのポリペプチドと、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含む組成物又はキット。
【請求項１３】
前記ポリペプチド又は前記少なくとも１つのポリペプチドは、ポリペプチドのカクテルであり、前記ポリペプチドのカクテルは、
ポリペプチドであって、
ａ）配列番号２の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含むポリペプチドと、任意選択的に、
ポリペプチドであって、
ａ）配列番号３の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含むポリペプチドと
をさらに含む、請求項１１に記載の使用のためのポリペプチド、請求項１１に記載の使用のための核酸分子、請求項１１に記載の使用のためのＴ細胞又はＴ細胞受容体、請求項１１に記載の使用のための免疫チェックポイント阻害剤、請求項１１に記載の治療方法、請求項１１又は１２に記載の組成物又はキット。
【請求項１４】
がんの治療又はがんに対するワクチン接種に適した組成物又はキットであって、
ｉ）配列番号１の一次配列若しくは前記一次配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する二次配列を含むポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸を含む前記一次配列若しくは前記二次配列の免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子と、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含む組成物又はキット。
【請求項１５】
前記少なくとも１つの核酸分子は、核酸分子のカクテルであり、前記核酸分子のカクテルは、
配列番号２の一次配列若しくは前記一次配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する二次配列を含むポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸を含む前記一次配列若しくは前記二次配列の免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子と、任意選択的に、
配列番号３の一次配列若しくは前記一次配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する二次配列を含むポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸を含む前記一次配列若しくは前記二次配列の免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子と
をさらに含む、請求項１４に記載の組成物又はキット。
【請求項１６】
がんの治療又はがんに対するワクチン接種に適した組成物又はキットであって、
ｉ）少なくとも１つのＴ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈する少なくとも１つのＴ細胞であって、
ａ）配列番号１の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列
からなるポリペプチドに対して、前記ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である、少なくとも１つのＴ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈する少なくとも１つのＴ細胞と、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含む組成物又はキット。
【請求項１７】
少なくとも１つのＴ細胞受容体は、Ｔ細胞受容体のカクテルであるか、又は前記少なくとも１つのＴ細胞は、Ｔ細胞のカクテルであり、前記カクテルは、
Ｔ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞であって、
ａ）配列番号２の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
からなるポリペプチドに対して、前記ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である、Ｔ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞と、任意選択的に、
Ｔ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞であって、
ａ）配列番号３の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
からなるポリペプチドに対して、前記ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である、Ｔ細胞受容体又は前記Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞と
をさらに含む、請求項１６に記載の組成物又はキット。
【請求項１８】
前記免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＤ２８ＣＴＬＡ−４免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーの阻害剤であり、好ましくは、前記免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤、ＰＤ−１阻害剤若しくはＰＤ−Ｌ１阻害剤であるか、又は前記免疫チェックポイントの前記阻害は、ＣＴＬＡ−４阻害剤、ＰＤ−１阻害剤若しくはＰＤ−Ｌ１阻害剤の投与による、請求項１、５、７、９、１０、１１若しくは１３のいずれか一項に記載の使用のためのポリペプチド、請求項２、５、７、９、１０、１１若しくは１３のいずれか一項に記載の使用のための核酸分子、請求項３、５、７、９、１０、１１若しくは１３のいずれか一項に記載の使用のためのＴ細胞若しくはＴ細胞受容体、請求項４、５、７、９、１０、１１若しくは１３のいずれか一項に記載の使用のための免疫チェックポイント阻害剤、請求項６、７、９、１０、１１若しくは１３のいずれか一項に記載の治療方法又は請求項８〜１７のいずれか一項に記載の組成物若しくはキット。
【請求項１９】
前記ＣＴＬＡ−４阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体若しくは小分子ＣＴＬＡ−４拮抗剤であるか、前記ＰＤ−１阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体若しくは小分子ＰＤ−１拮抗剤であるか、又は前記ＰＤ−Ｌ１阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体若しくは小分子ＰＤ−Ｌ１拮抗剤である、請求項１８に記載の使用のためのポリペプチド、請求項１８に記載の使用のための核酸分子、請求項１８に記載の使用のためのＴ細胞若しくはＴ細胞受容体、請求項１８に記載の使用のための免疫チェックポイント阻害剤、請求項１８に記載の組成物若しくはキット又は請求項１８に記載の治療方法。
【請求項２０】
前記抗ＣＴＬＡ−４抗体は、イピリムマブ若しくはトレメリムマブであるか、前記抗ＰＤ−１抗体は、ニボルマブ若しくはペムブロリズマブであるか、又は前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ若しくはＢＭＳ−９３６５５９である、請求項１９に記載の使用のためのポリペプチド、請求項１９に記載の使用のための核酸分子、請求項１９に記載の使用のためのＴ細胞若しくはＴ細胞受容体、請求項１９に記載の使用のための免疫チェックポイント阻害剤、請求項１９に記載の組成物若しくはキット又は請求項１９に記載の治療方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、医薬における使用のためのポリペプチド、核酸分子、Ｔ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤に関する。本発明は、患者におけるがんを治療する方法にも関する。本発明は、がんの治療に適した組成物及びキットにも関する。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
がんは、個体内部での新しい異常な細胞の増殖によって特徴付けられる疾患である。がんは、がん細胞、すなわち浸潤及び転移の特性を呈する細胞の発生を可能にする幾つかの突然変異事象を含む多段階プロセスを通じて発生する。
【０００３】
極めて多数の手法が、がんを治療するために提起されている。１つの手法は、腫瘍関連抗原の断片を含む抗原ペプチド（すなわちペプチドに基づくがんワクチン）の使用である。かかる抗原ペプチドは、個体に投与されるとき、腫瘍関連抗原を発現する細胞に対するＭＨＣクラスＩ又はクラスＩＩ制限Ｔ細胞応答を誘発する。
【０００４】
かかるＴ細胞応答が生じるように、抗原ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示される必要があることが理解されるべきである。ヒト集団内でのＭＨＣ分子における可変性は、広範囲である。特に、異なる個体は、ポリペプチドのアミノ酸配列に応じて、ポリペプチドに対する様々な結合親和性を有する異なるＨＬＡ対立遺伝子を有する。したがって、１つの特定のＨＬＡ対立遺伝子を有する個体は、特定の配列のポリペプチドに結合することになるＭＨＣ分子を有し得る一方、ＨＬＡ対立遺伝子が欠如した他の個体は、このポリペプチドに対して結合及び提示することができないＭＨＣ分子を有することになる（又は少なくとも、それらのＭＨＣ分子は、このポリペプチドに対して非常に低い親和性を有することから、それを比較的低いレベルで提示することになる）。したがって、ヒト集団内でのＭＨＣ分子における可変性は、ペプチドに基づくがんワクチンに広範な集団範囲を提供することが、すべての個体が所与の抗原に対する免疫応答を開始させるわけではないために問題であることを意味する。
【０００５】
がんの治療に対する他の手法は、がんに対する個体の免疫応答を調節するために、免疫チェックポイントに関与するタンパク質を標的にすることである。過剰な制御されない免疫応答を阻止するため、通常、免疫系を下方制御する免疫チェックポイント機構は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）及びプログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ−１）を含む。ＣＬＴＡ−４及びＰＤ−１は、Ｔ細胞活性化の経路を下方制御し、がんを有する個体では、これによりがんに対する天然免疫応答が下方制御され得る。これらのチェックポイントの抗体媒介性遮断は、阻害された免疫応答の効力を解放し、生存率を改善することが予想される。例えば、抗ＣＴＬＡ−４抗体のイピリムマブ又はトレメリムマブを用いた臨床状況下でのＣＴＬＡ−４の遮断は、転移性メラノーマを有する患者の約２０％において持続的な生存利益をもたらした（McDermott et al. Ann Oncol. 2013 24(10):2694-2698）。抗ＣＴＬＡ−４治療は、非小細胞肺がん、膵がん、卵巣がん、リンパ腫、胃がん及び乳がんなどの他のがんでも検討されている（Postow et al., J Clin Oncol. 2015 33(17):1974-82; Kyi & Postow, FEBS Lett. 2014 588(2):368-76）。
【０００６】
最良の治療のためのペプチドに基づくがんワクチンは、患者の過半数、典型的には６０〜８０％においてがん特異的免疫応答を誘発する能力がある（Kyte et al. Clin Cancer Res. 201 1 17(13):4568-80; Brunsvig et al. Cancer Immunol Immunother. 2006 55(12):1553-64）。しかし、ペプチドワクチン接種の結果としての臨床応答は、典型的には、ごくわずかな患者に限って見られる（Reviewed in Melero et al. Nat Rev Clin Oncol. 2014 11(9):509-24）。したがって、ペプチドに基づくがんワクチンを免疫チェックポイントの阻害と組み合わせることにより、ワクチンに対する免疫応答の増強と臨床的奏効率の上昇との両方がもたらされると予想された。
【０００７】
しかし、イピリムマブを９−ｍｅｒ  ｇｐ１００メラノーマペプチドワクチンと組み合わせた画期的な第ＩＩＩ相臨床試験では、この組み合わせは、イピリムマブ単独と同等であり、ワクチン単独は、保護効果を有しなかった（Hodi et al. N Engl J Med. 2010 363(8):711-23）。Ｍａｒｔ１、ｇｐ１００及びチロシナーゼに由来する３つの９−ｍｅｒペプチドを含有する別のメラノーマワクチンとイピリムマブとを組み合わせた場合、ほぼ同様の結果が認められた（Sarnaik et al. Clin Cancer Res. 201 1 17(4):896-906）。
【０００８】
再びイピリムマブ単独での結果と比べると、さらなる臨床的有用性がこの組み合わせに関連することはなかった。ワクチンの個別ペプチド成分に対するＴ細胞応答は、低く（０〜２０％）、臨床応答に関連しなかった。まとめると、試験は、患者７２２（６４７＋７５）名を含んだことから、これらのデータは、ペプチドに基づくがんワクチンと組み合わせた免疫チェックポイント阻害剤、特にＣＴＬＡ−４遮断薬の投与が、免疫応答を増強するか又はヒトにおけるかかるワクチンの改善された臨床的有効性をもたらさないことを強く示唆する。これは、マウスにおける実験から予想されたことに反する（Williams et al. Clin Cancer Res. 2013, 19(13) 3545-3555; Met et al. Cancer Lett. 2006 231(2):247-256）。本発明は、この課題に対する解決策を提供することを探求する。
【０００９】
国際公開第２０１５／０９５８１１号は、新生物、より詳細には腫瘍を、複数の新生物／腫瘍に特異的な新規抗原を含む新生物ワクチンと、少なくとも１つのチェックポイント阻害剤とを対象に投与することにより治療するための方法に関する。国際公開第２０１５／０９６８１１号は、具体的には、各患者の腫瘍内に見出される個人的突然変異によって作出される腫瘍特異的な新規抗原を含む個別化がんワクチンに関することが理解されるべきである。国際公開第２０１５／０９５８１１号に開示された個別化がんワクチンは、広範囲の集団を通じて好適ではないであろう。さらに、個別化がんワクチンとチェックポイント阻害剤との組み合わせに関して、がんの治療におけるこの組み合わせの有効性を支持するための実験データは、国際公開第２０１５／０９５８１１号に提供されていない。ペプチドに基づくがんワクチンと組み合わせた免疫チェックポイント阻害剤の投与が、上で説明したように、免疫応答を増強するか又はヒトにおける改善された臨床的有効性をもたらさないことを示す証拠の優勢を仮定すると、これは重要である。
【００１０】
国際公開第２０１５／０３３１４０号は、免疫原性腫瘍抗原ペプチド由来の組成物及びその組成物を用いるがんの治療に関する。この組成物を免疫療法薬又は免疫調節薬（例えば、免疫チェックポイントを遮断するための薬剤を含む）と組み合わせるという概念は、一般的な条件において開示されている。しかし、国際公開第２０１５／０３３１４０号は、ペプチド由来組成物と免疫チェックポイント阻害剤との組み合わせに関するいかなる実験データも提供していない。ペプチドに基づくがんワクチンと組み合わせた免疫チェックポイント阻害剤の投与が、上で説明したように、免疫応答を増強するか又はヒトにおける改善された臨床的有効性をもたらさないことを示す証拠の優勢を仮定すると、これは重要である。したがって、がんの治療における組み合わせの実施可能な開示は、国際公開第２０１５／０３３１４０号に提供されていない。
【００１１】
国際公開第２０１６／０２５６４７号は、ＩＬ−２、治療抗体又はその断片とがんワクチンとの組み合わせでがんを治療する方法に関する。国際公開第２０１６／０２５６４７号の実施例４は、Ｂ１６Ｆ１０メラノーママウスモデルにおけるＭＳＡ−ＩＬ−２＋抗ＰＤ−１抗体＋ＴＡ９９（抗Ｔｒｐ−１抗体）＋がんワクチン（Ｔｒｐ−２を標的にする両親媒性物質のがんワクチン）の４つ組の組み合わせに関する。がんワクチンは、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発することが８４頁に記述されており、それが８〜１０のアミノ酸長であったことを意味する。ペプチドのこの長さは、イピリムマブと組み合わされるとき、ヒトにおけるさらなる臨床的有用性をもたらさなかったHodi et al. 2006及びSarnaik et al. 2011のがんワクチンに用いられる場合に等しい。
【００１２】
Yuan et al. Cancer Immunol Immunother. 2011 Aug; 60(8):1137-46は、ｇｐ１００  ＤＮＡ、ｇｐ１００２０９−２１７及びチロシナーゼ３６９−３７７ペプチドワクチン＋ＧＭ−ＣＳＦ  ＤＮＡ、又は組換えヒトＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質のいずれかの先行ワクチン接種を受けた（prevaccinated）イピリムマブ治療患者３名の試験について報告している。組換えヒトＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質の先行ワクチン接種を受けた患者ＩＭＦ−１１において、その後のインビトロ免疫モニタリングが２０−ｍｅｒのＮＹ−ＥＳＯ−１重複ペプチドを用いて実施されたが、これらのペプチドは、ワクチン自体で用いられなかった。ワクチン接種からイピリムマブ治療にかけての期間は、１０か月〜２．５年の範囲であった。広範囲の患者を通じてヒトにおける臨床的有用性をもたらす方法及び組成物を提供する必要性が残っている。
【００１３】
国際公開第２００７／１１３６４８号は、がんを治療するための抗ＣＴＬＡ−４抗体及び少なくとも１つの治療薬を含む使用及び組成物に関する。抗ＣＴＬＡ−４抗体、ＣＰ−６７５，２０６及び（全）腫瘍抗原の組み合わせについて記述されているが、この組み合わせに関する実験データは存在しない。例えば、実施例１５は、アカゲザルにおけるインフルエンザウイルスワクチン及びＣＰ−６７５，２０６抗体の投与に関するが、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた自己抗原に由来するがんワクチンの投与についてのデータは提供されていない。ペプチドに基づくがんワクチンと組み合わせた免疫チェックポイント阻害剤の投与が、上で説明したように、免疫応答を増強するか又はヒトにおける改善された臨床的有効性をもたらさないことを示す証拠の優勢を仮定すると、これは重要である。
【００１４】
Foy et al. Cancer Immunol Immunother. 2016 May; 65(5):537-49は、治療的ＣＴ２６−ＨＥＲ−２肺転移マウスモデルにおけるＭＶＡ−ＢＮ−ＨＥＲ２ポックスウイルスに基づく能動免疫療法の単独使用又はＣＴＬＡ−４チェックポイント遮断との併用に関する。ＭＶＡ−ＢＮ−ＨＥＲ２は、ヒト上皮増殖因子受容体２（ＨＥＲ−２）の修飾形態をコードする修飾されたワクシニアアンカラに基づく組換えベクターである。ヒトＨＥＲ−２が自己抗原でない場合、マウスにおいてFoy et al.の試験が実施された。ＣＴＬＡ−４遮断と組み合わせたペプチドに基づくがんワクチンと関連して上で考察したように、マウスにおける実験は、ヒトにおける免疫応答の増強及び臨床的有効性の改善に必ずしも変換されないという懸念が存在する。
【００１５】
Zanetti Nat Rev Clin Oncol. 2017 Feb; 14(2):115-128は、抗がん免疫療法におけるテロメラーゼ逆転写酵素に関する展望見解の論文である。その考察は、特に腫瘍微小環境及び治療的ワクチン接種の成功を判定する際のその役割との関連で免疫チェックポイント阻害剤を包含する（図１）。特に、（既存の）自然に獲得された免疫応答に対するブレーキを外す際の、免疫チェックポイント阻害剤の役割及び免疫チェックポイント阻害剤が消耗したＴ細胞の活性を回復させる能力について考察されている。しかし、上記のように、ペプチドに基づくがんワクチンと組み合わせた免疫チェックポイント阻害剤の投与が免疫応答を増強するか又はヒトにおける改善された臨床的有効性をもたらさないことを示す証拠の優勢を仮定すると重要である、その考察を支持するような実験データは提供されていない。
【００１６】
国際公開第０３／０８６４５９号は、抗ＣＴＬＡ−４抗体を用いて二次又は記憶免疫応答を促進又は増強する方法に関する。実施例１は、ＧＭ−ＣＳＦを発現する全細胞ワクチンがカニクイザルにおいて用いられる、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋応答を誘発するメラノーマ細胞ワクチンに関する。実施例５は、ヒトにおける２つのＨＬＡ−Ａ＊０２０１制限ｇｐ１００ペプチドのワクチン接種と併せた抗ＣＴＬＡ−４抗体の投与に関する。これらのペプチドは、９アミノ酸長であり、Hodi et al. 2010のがんワクチンにおいて用いられるのと同じペプチド（すなわちｇｐ１００：２０９−２１７（２１０Ｍ）及びｇｐ１００：２８０−２８８（２８８Ｖ））であり、イピリムマブと組み合わされるとき、ヒトにおいてさらなる臨床的有用性をもたらさなかった。
【００１７】
国際公開第２０１１／１０１１７３号は、がんを治療するためのヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ｈＴＥＲＴ）からの様々なポリペプチドを開示する。免疫チェックポイント阻害剤についての開示はない。さらなる抗がん治療を提供する必要性が残っている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１８】
本発明は、上の課題の少なくとも一部を軽減することを探求し、一部の態様では、ペプチドに基づくがんワクチンを広範な集団適用範囲に提供し、チェックポイント阻害剤と組み合わされるときにがん患者における臨床的奏効率を改善することを探求する。
【課題を解決するための手段】
【００１９】
これに関連して、ＭＨＣクラスＩ分子は、大部分の細胞の表面上に見出され、典型的には８〜１０のアミノ酸残基長であるポリペプチドに結合することが注目されるべきである。ＭＨＣクラスＩ分子は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発するために、タンパク質加水分解により細胞質タンパク質から誘導されるポリペプチドをＣＤ８＋Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞又はＣＴＬとしても知られている）に提示する。それに対し、ＭＨＣクラスＩＩ分子は、抗原提示細胞の表面上に見出され、一般により長い、典型的には１２〜２４のアミノ酸長であるポリペプチドに結合する。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発するために、エンドサイトーシスにより内部移行され、消化されている細胞外タンパク質から誘導されるポリペプチドをＣＤ４＋Ｔ細胞（通常、ヘルパーＴ細胞又はＴｈ細胞として知られている）に提示する。
【００２０】
本発明者らは、Hodi et al. 2006及びSarnaik et al. 2011に記載の試験において、ペプチドに基づくがんワクチンが、ＨＬＡ−Ａ２が陽性の患者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発するように設計された短い（９−ｍｅｒ）ペプチドを含んだという見解に至っている。本発明は、ＣＴＬＡ−４阻害剤及び１２アミノ酸以上（すなわち「ロング」ペプチド）である少なくとも１つのペプチドを含み、且つヘルパーＴ細胞応答を誘導する能力があるペプチドに基づくがんワクチンの組み合わせにより、がんの治療における相乗効果がもたらされるという驚くべき知見に基づく。この知見により、広範囲の患者においてヘルパーＴ細胞応答を誘発する能力がある、自己抗原の少なくとも１つのロングペプチドを含むペプチドに基づくがんワクチンを免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせることにより、広範囲の集団にわたるがんの治療において、改善された免疫応答及び改善された臨床的有効性がもたらされ得るという驚くべき認識に至った。
【００２１】
発明の概要
本発明の第１の態様によると、医薬における使用のためのポリペプチドであって、免疫チェックポイント阻害剤とともに同時に、別々に又は連続的に投与され、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを含む、ポリペプチドが提供される。
【００２２】
好ましくは、このポリペプチドは、１００アミノ酸長未満である。
【００２３】
特に、このポリペプチドは、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する。
【００２４】
本発明の第２の態様によると、医薬における使用のための核酸分子であって、免疫チェックポイント阻害剤とともに同時に、別々に又は連続的に投与され、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸分子が提供される。
【００２５】
本発明の第３の態様によると、医薬における使用のためのＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞であって、免疫チェックポイント阻害剤とともに同時に、別々に又は連続的に投与され、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又はそのポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である、Ｔ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞が提供される。
【００２６】
本発明の第４の態様によると、医薬における使用のための免疫チェックポイント阻害剤であって、
ｉ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドを含むポリペプチド、
ｉｉ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子、
ｉｉｉ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又はそのポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体、又は
ｉｖ）ｉｉｉ）に規定されるようなＴ細胞受容体を呈するＴ細胞
とともに同時に、別々に又は連続的に投与される、免疫チェックポイント阻害剤が提供される。
【００２７】
便宜上、項目ｉ）下のポリペプチドは、１００アミノ酸長未満である。
【００２８】
好ましくは、本発明のポリペプチド、本発明の核酸分子、本発明のＴ細胞若しくはＴ細胞受容体又は本発明の免疫チェックポイント阻害剤は、がんの治療における使用のためのものである。
【００２９】
好ましくは、本発明のポリペプチド、本発明の核酸分子、本発明のＴ細胞若しくはＴ細胞受容体又は本発明の免疫チェックポイント阻害剤は、がんに対するワクチン接種における使用のためのものである。
【００３０】
本発明の第５の態様によると、患者におけるがんの治療の方法であって、
ｉ）免疫チェックポイントを阻害するステップと、
ｉｉ）同時に、別々に又は連続的に、
ａ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチド、
ｂ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、
ｃ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又はそのポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体、又は
ｄ）ｃ）に規定されるようなＴ細胞受容体を呈するＴ細胞
を投与するステップと
を含む方法が提供される。
【００３１】
有利には、項目ａ）下の少なくとも１つのポリペプチドは、１００アミノ酸長未満である。
【００３２】
便宜上、本発明の第５の態様に示されるような患者におけるがんに対するワクチン接種の方法が提供される。
【００３３】
好ましくは、免疫チェックポイント阻害剤又は免疫チェックポイントの阻害と組み合わせた少なくとも１つのポリペプチド、Ｔ細胞又はＴ細胞受容体は、がんの治療における相乗効果をもたらす。
【００３４】
便宜上、免疫チェックポイント阻害剤又は免疫チェックポイントの阻害と組み合わせた少なくとも１つの核酸分子は、がんの治療における相乗効果をもたらす。
【００３５】
好ましくは、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた少なくとも１つのポリペプチド、少なくとも１つの核酸分子、Ｔ細胞若しくはＴ細胞受容体又は免疫チェックポイントの阻害は、がんに対するワクチン接種における相乗効果をもたらす。
【００３６】
有利には、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせたポリペプチド、核酸分子、Ｔ細胞又はＴ細胞受容体は、促進されたＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答の生成における使用のためのものである。
【００３７】
本発明の第６の態様によると、がんの治療に適した組成物又はキットであって、
ｉ）ａ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチド、
ｂ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む少なくとも１つのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、
ｃ）自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸からなるポリペプチド又はそのポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体、又は
ｄ）ｃ）に規定されるようなＴ細胞受容体を呈するＴ細胞と、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含み、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた少なくとも１つのポリペプチド、Ｔ細胞又はＴ細胞受容体は、がんの治療における相乗効果をもたらす、組成物又はキットが提供される。
【００３８】
好ましくは、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた少なくとも１つの核酸分子は、がんの治療における相乗効果をもたらす。好ましくは、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた少なくとも１つのポリペプチド、少なくとも１つの核酸分子、Ｔ細胞又はＴ細胞受容体は、がんに対するワクチン接種における相乗効果をもたらす。
【００３９】
便宜上、項目ａ）下の少なくとも１つのポリペプチドは、１００アミノ酸長未満である。
【００４０】
好ましくは、少なくとも１つのポリペプチドは、自己抗原の少なくとも１５、２０、２５若しくは３０のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む。
【００４１】
好ましくは、このポリペプチドは、自己抗原の少なくとも１５、２０、２５若しくは３０のアミノ酸の領域又はその領域に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を含む。
【００４２】
便宜上、自己抗原は、ユニバーサル腫瘍抗原、好ましくはテロメラーゼ逆転写酵素、Ｔｏｐ２α、サバイビン又はＣＹＰ１Ｂ１である。
【００４３】
有利には、自己抗原は、テロメラーゼ逆転写酵素であり、少なくとも１つのポリペプチドは、配列番号１の配列若しくはそれに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を含むポリペプチド又は少なくとも１２のアミノ酸を含むその免疫原性断片を含む。
【００４４】
便宜上、自己抗原は、テロメラーゼ逆転写酵素であり、及びポリペプチド又は少なくとも１つのポリペプチドは、
ｉ）配列番号１の配列を含むポリペプチド、
ｉｉ）少なくとも１２のアミノ酸を含むｉ）の免疫原性断片、又は
ｉｉｉ）ｉ）若しくはｉｉ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含む。
【００４５】
本発明の第７の態様によると、がんの治療に適した組成物又はキットであって、
ｉ）配列番号１の配列若しくはそれに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を含むポリペプチド又は少なくとも１２のアミノ酸を含むその免疫原性断片を含む少なくとも１つのポリペプチドと、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含む組成物又はキットが提供される。
【００４６】
便宜上、項目ｉ）下の少なくとも１つのポリペプチドは、
ａ）配列番号１の配列を含むポリペプチド、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含む。
【００４７】
好ましくは、少なくとも１つのポリペプチドは、ポリペプチドのカクテルであり、ポリペプチドのカクテルは、
配列番号２の配列若しくはそれに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を含むポリペプチド又は少なくとも１２のアミノ酸を含むその免疫原性断片と、任意選択的に、
配列番号３の配列若しくはそれに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を含むポリペプチド又は少なくとも１２のアミノ酸を含むその免疫原性断片と
をさらに含む。
【００４８】
便宜上、ポリペプチド又は少なくとも１つのポリペプチドは、ポリペプチドのカクテルであり、ポリペプチドのカクテルは、
ポリペプチドであって、
ａ）配列番号２の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含むポリペプチドと、任意選択的に、
ポリペプチドであって、
ａ）配列番号３の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
を含むポリペプチドと
をさらに含む。
【００４９】
本発明の第８の態様によると、がんの治療に適した組成物又はキットであって、
ｉ）配列番号１の一次配列若しくは一次配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する二次配列を含むポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸を含む一次配列若しくは二次配列の免疫原性断片をコードする核酸配列を含む少なくとも１つの核酸分子と、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含む組成物又はキットが提供される。
【００５０】
有利には、少なくとも１つの核酸分子は、核酸分子のカクテルであり、核酸分子のカクテルは、
配列番号２の一次配列若しくは一次配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する二次配列を含むポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸を含む一次配列若しくは二次配列の免疫原性断片をコードする核酸配列を含む核酸分子と、任意選択的に、
配列番号３の一次配列若しくは一次配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する二次配列を含むポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸を含む一次配列若しくは二次配列の免疫原性断片をコードする核酸配列を含む核酸分子と
をさらに含む。
【００５１】
本発明の第９の態様によると、がんの治療に適した組成物又はキットであって、
ｉ）配列番号１からなるポリペプチド又はそのポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性を有する配列に対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である、少なくとも１つのＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈する少なくとも１つのＴ細胞と、
ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤と
を含む組成物又はキットが提供される。
【００５２】
便宜上、項目ｉ）下のポリペプチドは、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるとき、
ａ）配列番号１の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
からなる。
【００５３】
好ましくは、少なくとも１つのＴ細胞受容体は、Ｔ細胞受容体のカクテルであるか、又は少なくとも１つのＴ細胞は、Ｔ細胞のカクテルであり、このカクテルは、
配列番号２の配列又はそれに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなるポリペプチドに対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞と、任意選択的に、
配列番号３の配列又はそれに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなるポリペプチドに対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞と
をさらに含む。
【００５４】
好ましくは、少なくとも１つのＴ細胞受容体は、Ｔ細胞受容体のカクテルであるか、又は少なくとも１つのＴ細胞は、Ｔ細胞のカクテルであり、このカクテルは、
ａ）配列番号２の配列、
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
からなるポリペプチドに対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞と、任意選択的に、
ａ）配列番号３の配列
ｂ）少なくとも１２のアミノ酸を含むａ）の免疫原性断片、又は
ｃ）ａ）若しくはｂ）に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
からなるポリペプチドに対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞と
をさらに含む。
【００５５】
便宜上、本発明の第６、第７、第８又は第９の態様に記載の組成物又はキットは、がんに対するワクチン接種に適する。
【００５６】
有利には、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤であるか、又は免疫チェックポイントの阻害は、ＣＴＬＡ−４阻害剤、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤の投与による。
【００５７】
特に、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＤ２８ＣＴＬＡ−４免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーの阻害剤である。
【００５８】
便宜上、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体若しくは小分子ＣＴＬＡ−４拮抗剤であるか、ＰＤ−１阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体若しくは小分子ＰＤ−１拮抗剤であるか、又はＰＤ−Ｌ１阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体若しくは小分子ＰＤ−Ｌ１拮抗剤である。
【００５９】
好ましくは、抗ＣＴＬＡ−４抗体は、イピリムマブ若しくはトレメリムマブであるか、抗ＰＤ−１抗体は、ニボルマブ若しくはペムブロリズマブであるか、又は抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ若しくはＢＭＳ−９３６５５９である。
【００６０】
本発明の第１０の態様によると、本発明の組成物及び薬学的に許容できるアジュバント、希釈剤又は賦形剤と、任意選択的に別の治療成分とを含む医薬組成物が提供される。
【００６１】
便宜上、本発明のキットは、薬学的に許容できるアジュバント、希釈剤又は賦形剤と、任意選択的に別の治療成分とをさらに含む。
【００６２】
有利には、本発明の治療方法は、薬学的に許容できるアジュバント、希釈剤又は賦形剤と、任意選択的に別の治療成分との投与をさらに含む。
【００６３】
本発明の第１１の態様によると、患者におけるがんの治療の方法であって、本発明の組成物又は本発明の医薬組成物を患者に投与することを含む方法が提供される。
【００６４】
用語「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを指すように本明細書で交換可能に用いられる。用語は、１つ以上のアミノ酸残基が、修飾残基又は天然に存在しない残基、例えば対応する天然に存在するアミノ酸の人工的化学模倣物であるアミノ酸ポリマー、並びに天然に存在するアミノ酸ポリマーに適用される。
【００６５】
用語「アミノ酸」は、本明細書で用いられるとき、天然に存在するアミノ酸及び合成アミノ酸、並びに天然に存在するアミノ酸に類似した機能を有するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣物を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝暗号によってコードされたもの、並びに細胞内での翻訳後に修飾されたもの（例えば、ヒドロキシプロリン、γカルボキシグルタミン酸及びＯ−ホスホセリン）である。語句「アミノ酸類似体」は、天然に存在するアミノ酸と同じ塩基性化学構造（水素、カルボキシ基、アミノ基及びＲ基に結合されたα炭素）を有するが、修飾Ｒ基又は修飾骨格（例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム）を有する化合物を指す。語句「アミノ酸模倣物」は、天然に存在するアミノ酸と異なる構造を有するが、それと類似した機能を有する化合物を指す。
【００６６】
用語「断片」は、ポリペプチドと関連して本明細書で用いられるとき、ポリペプチドの一部を形成する連続したアミノ酸系列を意味する。ポリペプチドの「免疫原性断片」は、過去の定義によると、個体に投与されるとき、免疫応答、例えばＴ細胞応答を誘発する能力がある断片である。一部の実施形態では、ポリペプチドの「免疫原性断片」は、過去の定義によると、ＭＨＣクラスＩＩ制限免疫応答を誘発する能力がある断片である。
【００６７】
用語「遺伝子」、「ポリヌクレオチド」及び「核酸分子」は、複数のヌクレオチドのポリマーを指すように本明細書で交換可能に用いられる。核酸分子は、天然に存在する核酸を含み得、又はペプチド核酸、モルホリン及びロックド核酸並びにグリコール核酸及びトレオース核酸などの人工核酸を含み得る。
【００６８】
用語「ヌクレオチド」は、本明細書で用いられるとき、細胞酵素によって認識される天然に存在するヌクレオチド及び合成ヌクレオチド類似体を指す。
【００６９】
用語「がん」は、本明細書で用いられるとき、個体における細胞の新しく、異常であり、及び／又は制御されない増殖によって特徴付けられる疾患群を指す。がん細胞は、隣接組織に浸潤し、及び／又は身体内の他の部位に伝播する能力を有する（すなわち、がん細胞は、転移する能力がある）。
【００７０】
用語「治療」は、本明細書で用いられるとき、任意の部分的又は完全な治療を指し、疾患又は症状を阻害すること、すなわちその発生を停止させること、及び疾患又は症状を緩和すること、すなわち疾患又は症状の後退を引き起こすことを含む。
【００７１】
用語「自己抗原」は、本明細書で用いられるとき、ヒト身体内の天然に存在するタンパク質に由来する抗原を指す。正常な条件下において、免疫系は、胸腺におけるＴ細胞の負の選択に起因して自己抗原と反応することはない。しかし、がんを有する個体では、自己抗原は、（例えば、がんが発生した組織を仮定すると、自己抗原の由来元であるタンパク質を過剰発現するか又はそれを不適切に発現するがん細胞の結果として）免疫系により外来物として認識され得、Ｔ細胞免疫応答がその自己抗原に対して開始される。一部の実施形態では、自己抗原は、「腫瘍関連抗原」、すなわち正常細胞と同様にがん細胞に関連した抗原と称され得る。自己抗原の例は、テロメラーゼ逆転写酵素である。
【００７２】
用語「ユニバーサル腫瘍抗原」は、本明細書で用いられるとき、（ほぼ）すべての腫瘍において、例えばすべての腫瘍タイプの少なくとも８０％、８５％又は９０％において発現される抗原を指す。一部の実施形態では、ユニバーサル腫瘍抗原は、腫瘍の悪性表現型に直接的に関与する。ユニバーサル腫瘍抗原の例として、テロメラーゼ逆転写酵素、Ｔｏｐ２α、サバイビン及びＣＹＰ１Ｂ１が挙げられる。
【００７３】
用語「Ｔ細胞」（「Ｔリンパ球」としても知られている）は、本明細書で用いられるとき、特異的抗原を認識する能力があり、且つ細胞表面Ｔ細胞受容体を含む細胞を指す。用語「Ｔ細胞」は、Ｔ細胞の異なるタイプ、例えばＣＤ４＋Ｔ細胞（ヘルパーＴ細胞又はＴｈ細胞としても知られている）、ＣＤ８＋Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞又はＣＴＬとしても知られている）、メモリーＴ細胞及び制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）を含む。
【００７４】
用語「Ｔ細胞受容体」は、本明細書で用いられるとき、Ｔ細胞の抗原受容体を指す。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体は、ＭＨＣ分子によって提示されるときのポリペプチドを認識する（すなわちそれに結合する）。
【００７５】
用語「Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞」は、本明細書で用いられるとき、Ｔ細胞受容体を細胞表面上に含むＴ細胞を指す。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体は、ＭＨＣ分子によって提示されるときのポリペプチドを認識する（すなわちそれに結合する）ことに関与する。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体のＭＨＣ分子によって提示されるときのポリペプチドへの結合は、Ｔ細胞受容体を呈するＴ細胞の活性化をもたらす。Ｔ細胞活性化は、本明細書に記載のようなＴ細胞応答アッセイ及びエリスポットアッセイを用いて測定され得る。
【００７６】
用語「Ｔ細胞受容体又はＴ細胞がポリペプチドに特異的である」は、本明細書で用いられるとき、ＭＨＣ分子上に提示されるときのポリペプチドを認識する（すなわちそれに結合する）能力があるＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を含むＴ細胞を指す。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体（又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞）が特異的である対象のポリペプチドは、長さが通常であればＭＨＣ分子上に提示される場合よりも長い。これらの実施形態では、用語「Ｔ細胞受容体又はＴ細胞がポリペプチドに特異的である」は、本明細書で用いられるとき、ＭＨＣ分子上に提示されるときのポリペプチドの免疫原性断片のＴ細胞受容体又はＴ細胞による認識を指す。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体又はＴ細胞のそれが特異的である対象のポリペプチドへの結合は、Ｔ細胞の活性化をもたらす。Ｔ細胞活性化は、本明細書に記載のようなＴ細胞応答アッセイ及びエリスポットアッセイを用いて測定可能である。
【００７７】
用語「ＭＨＣ分子」は、本明細書で用いられるとき、ポリペプチドと会合し、且つＴ細胞の細胞表面でポリペプチドを呈する能力があるタンパク質構造を指す。ＭＨＣ分子は、主要組織適合性複合体内部の遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、用語「ＭＨＣ分子」は、ＭＨＣクラスＩ分子及び／又はＭＨＣクラスＩＩ分子を指す。
【００７８】
用語「免疫チェックポイント」は、本明細書で用いられるとき、免疫応答が制限される任意のポイントを指す。免疫チェックポイントは、免疫反応を緩徐化又は停止し、免疫細胞の制御されない活性からの過剰な組織損傷を防止する阻害経路である。「免疫チェックポイント」の例として、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）チェックポイント及びプログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ−１）チェックポイントが挙げられる。
【００７９】
用語「免疫チェックポイント阻害剤」は、本明細書で用いられるとき、より広範な免疫活性を可能にする免疫チェックポイントを下方制御又は遮断する能力がある任意の化合物、物質又は組成物（例えば、任意の小分子、化合物、抗体、核酸分子、ポリペプチド若しくはそれらの断片、ワクチン又はウイルスワクチン）を指す。用語「チェックポイント阻害剤」は、本明細書では「免疫チェックポイント阻害剤」と交換可能に用いられる。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント経路に関与するタンパク質に特異的に結合し、それにより免疫チェックポイントの活性全体を破壊及び下方制御する抗体である。かかる免疫チェックポイント阻害剤の例として、抗ＣＴＬＡ−４抗体（イピリムマブ、トレメリムマブ又はＡＧＥＮ−１８８４など）及び抗ＰＤ−１抗体（ニボルマブ又はペムブロリズマブなど）が挙げられる。他の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント経路に関与するタンパク質の活性に対して干渉及び／又は阻害し、それにより免疫チェックポイントの活性全体を下方制御する小分子拮抗剤である。好ましい実施形態では、小分子拮抗剤は、ＣＴＬＡ−４及び／又はＰＤ−１チェックポイントを下方制御するため、ＣＴＬＡ−４及び／又はＰＤ−１タンパク質を標的にする（すなわち、小分子拮抗剤は、小分子ＣＴＬＡ−４拮抗剤又は小分子ＰＤ−１拮抗剤である）。さらなる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＢＴＬＡ、ＬＡＧ３、ＩＣＯＳ、ＰＤＬ１又はＫＩＲなどのＣＤ２８ＣＴＬＡ４  Ｉｇスーパーファミリーの別のメンバーで標的にされる（Page et al., Annual Review of Medicine 65:27 (2014)）。さらなる追加的な実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＤ４０、ＯＸ４０、ＣＤ１３７、ＧＩＴＲ、ＣＤ２７又はＴＩＭ−３などのＴＮＦＲスーパーファミリーのメンバーで標的にされる。さらなる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）を標的にする。場合により、免疫チェックポイントの標的化は、阻害抗体又は類似分子を用いて達成される。他の場合、それは、標的に対する作動薬を用いて達成され、このクラスの例として、刺激性標的ＯＸ４０及びＧＩＴＲが挙げられる。
【００８０】
好ましい実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、Ｔ細胞の調節に関与する免疫チェックポイントを標的にする。一部の実施形態では、標的にされる免疫チェックポイントは、Ｔ細胞活性の負の制御因子であり、そのため、免疫チェックポイント阻害剤の作用は、より広範なＴ細胞活性を可能にする。上で考察したように、一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＤ２８ＣＴＬＡ４免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーのメンバーを標的にする。免疫グロブリンスーパーファミリーにおけるタンパク質は、特徴的なβシートフォールドである免疫グロブリンドメイン（免疫グロブリンフォールドとしても知られている）を有する。ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１及びＰＤ−Ｌ１は、ＣＤ２８ＣＴＬＡ４  Ｉｇスーパーファミリーのメンバーの例である。
【００８１】
用語「免疫チェックポイントの阻害」は、本明細書で用いられるとき、より広範な免疫活性を可能にするため、免疫チェックポイントを下方制御又は遮断することを指す。一部の実施形態では、免疫チェックポイントの阻害は、上記の免疫チェックポイント阻害剤の少なくとも１つを用いて達成される。
【００８２】
用語「がんの治療における相乗効果」は、本明細書で用いられるとき、対照（例えば、チェックポイント阻害剤の不在下でペプチドに基づくがんワクチンが投与されている患者、又は代替的にペプチドに基づくがんワクチンの不在下でチェックポイント阻害剤が投与されている患者）と比べた、ペプチドに基づく（又は核酸分子に基づく）がんワクチン及びチェックポイント阻害剤が投与されている患者における要素の以下の組み合わせの少なくとも１つの存在を指す。
１．ワクチンのペプチドに対する測定可能な免疫応答を開始させるための患者の免疫系により要求される期間の短縮。換言すれば、促進されたＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答が生成される。
２．患者によるワクチンのペプチドに対する強力な免疫応答の開始。一実施形態では、「強力な免疫応答」は、本明細書で用いられるとき、患者１０名の平均を通じて、平均ピーク免疫応答が少なくとも１７、好ましくは少なくとも１９のＳＩであることを指す。
３．患者における改善された臨床成績。
【００８３】
一部の実施形態では、用語「がんの治療における相乗効果」は、患者における前記要素の少なくとも２つ又は前記要素の３つすべての存在を指す。一実施形態では、追加的要素、すなわち広範な免疫応答の誘導（すなわち２つ、３つ又はより多くのワクチン成分に対する免疫応答の開始）は、がんの治療における相乗効果のさらなる証拠である。好ましい実施形態では、免疫応答は、本明細書中の材料及び方法セクションに説明の通り、患者血液試料を用いるＴ細胞応答アッセイ（３Ｈ−チミジン取り込みによる増殖）によって測定される。特異的なＴ細胞応答は、ペプチド応答がバックグラウンドの少なくとも３倍である場合（刺激指標ＳＩ≧３）、陽性と考えられる。一実施形態では、患者１０名の平均を通じて、ペプチドワクチンの初回投与から７週後、５０％超が陽性免疫応答を示し、且つ平均ピーク免疫応答が少なくとも１７、好ましくは少なくとも１９のＳＩであるとき、相乗効果がもたらされる。一部の実施形態では、改善された臨床成績は、部分又は完全応答（部分又は完全寛解としても知られている）又は安定疾患である。完全応答は、治療に応答した身体における検出可能な腫瘍又はがんの消失を指し、部分応答は、腫瘍サイズにおける又は治療に応答した身体におけるがんの程度における減少を指し、また安定疾患は、身体における腫瘍又はがんが程度又は重症度における低減又は増加のいずれもないことを意味する。
【００８４】
用語「促進されたＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答を生成する」は、本明細書で用いられるとき、測定可能なＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答を開始させるのに免疫系によって必要とされる時間における短縮を指す。一実施形態では、応答時間は、ワクチン接種の開始からワクチン特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞の陽性ワクチン応答を規定するレベルに至る増殖までの期間を指す。この実施形態では、促進されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答は、Ｔ２＜Ｔ１（ここで、Ｔ１は、ワクチン単独の応答時間であり、Ｔ２は、ワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤の併用治療の応答時間である）として定義される。一実施形態では、ワクチンは、本発明のポリペプチドを含み、他の実施形態では、ワクチンは、本発明の核酸分子を含む。
【００８５】
ワクチンが臨床ワクチンである特定の実施形態では、Ｔ１及びＴ２は、治療される集団内の平均値を指す。一実施形態では、Ｔ１及びＴ２は、１０名以上の患者を通じた平均値を指す。陽性免疫応答を規定するレベルは、用いられるアッセイに依存する。一実施形態では、それは、検出閾値に基づき、他の実施形態では、それは、予め定義された値である。特定の実施形態では、免疫応答を測定するために用いられるアッセイは、本明細書に記載のようなＴ細胞増殖アッセイ（３Ｈ−チミジン取り込みによる増殖）である。一実施形態では、陽性免疫応答を規定するレベルは、３の刺激指標（ＳＩ）（ＳＩ≧３）に予め定義される。このレベルが検出閾値よりも高く、特定の実施形態では、潜在的には臨床的に関連する免疫応答を表すように選択されることは理解されるべきである。他の実施形態では、ＳＩは、３より低いか又は３より高い。一実施形態では、ＳＩは、２又は４である。
【００８６】
一実施形態では、上で定義されるようなＴ１は、ワクチン単独で治療された患者の５０％以上が陽性免疫応答を有するときまでの週数であり、且つＴ２は、ワクチン及び免疫チェックポイント阻害剤の組み合わせで治療された患者の５０％以上が陽性免疫応答を有するときまでの週数である。一実施形態では、促進された免疫応答は、Ｔ１と比べたＴ２における６０％の減少を指す（例えば、１０週であるＴ１と比べると、Ｔ２は、４週である）。他の実施形態では、促進されたＣＤ４＋免疫応答は、Ｔ１と比べたＴ２における５５％、５０％、４５％、４０％、３５％又は３０％の減少を指す。試料は、別々の時点で収集されることから、一部の実施形態では、Ｔ１及びＴ２の計算には内挿が必要である。
【００８７】
用語「テロメラーゼ逆転写酵素」（ＴＥＲＴ）は、本明細書で用いられるとき、主な活性が、テロメラーゼ酵素のＲＮＡ成分内部の鋳型配列をコピーすることにより、単純な反復配列を染色体末端に付加する逆転写酵素として作用することによるテロメアの伸長である、テロメラーゼホロ酵素複合体の触媒成分を指す。一部の実施形態では、テロメラーゼという用語は、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素タンパク質（ｈＴＥＲＴ）を指す。完全長ｈＴＥＲＴ配列は、ジェンバンク受入番号ＡＦ０１５９５０．１で示され、配列番号６で示される。
【００８８】
本明細書では、２つの配列間の百分率「同一性」は、デフォルトパラメータを用いるＢＬＡＳＴＰアルゴリズムバージョン２．２．２（Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaeffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),“Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs”, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402）を用いて決定される。特に、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、ＵＲＬ  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/を用いてインターネット上でアクセス可能である。
【図面の簡単な説明】
【００８９】
図の簡単な説明
【図１】本発明の実施形態が免疫応答を誘発するための機構を示す概略図である。
【図２Ａ】Ｔ細胞増殖アッセイを用いて、配列番号１、２及び３の組み合わせがワクチン接種されたメラノーマ患者において検出されたＴ細胞応答をまとめた棒グラフである。配列番号１及び２並びに配列番号１、２及び３の組み合わせに対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答が検出された。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みによって測定された。≧３の刺激指標は、免疫応答と考えられる。７１９−２０は、配列番号１を指し、７２５は、配列番号２を指し、７２８は、配列番号３を指し、ｈＴＥＲＴ１混合物は、配列番号１、２及び３の組み合わせを指す。
【図２Ｂ】エリスポットアッセイを用いて、配列番号１、２及び３の組み合わせがワクチン接種されたメラノーマ患者において検出されたＴ細胞応答をまとめた棒グラフである。配列番号１及び２並びに配列番号１、２及び３の組み合わせに対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答が検出された。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みによって測定された。≧３の刺激指標は、免疫応答と考えられる。７１９−２０は、配列番号１を指し、７２５は、配列番号２を指し、７２８は、配列番号３を指し、ｈＴＥＲＴ１混合物は、配列番号１、２及び３の組み合わせを指す。
【図３Ａ】配列番号１の配列を有するポリペプチド及びその断片に対する、メラノーマ患者において検出されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答をまとめた棒グラフである。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みにより測定された。≧２の刺激指標は、免疫応答と考えられる。７１９−２０−１３〜７１９−２０−１６及び７１９−２０−２〜７１９−２０−９は、その１４のアミノ酸を含む配列番号１の断片を指す。
【図３Ｂ】配列番号１の配列を有するポリペプチド及びその断片に対する、メラノーマ患者において検出されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答をまとめた棒グラフである。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みにより測定された。≧２の刺激指標は、免疫応答と考えられる。７１９−２０−１３〜７１９−２０−１６及び７１９−２０−２〜７１９−２０−９は、その１４のアミノ酸を含む配列番号１の断片を指す。
【図３Ｃ】配列番号１の配列を有するポリペプチド及びその断片に対する、肺がん患者において検出されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答をまとめた棒グラフである。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みにより測定された。≧２の刺激指標は、免疫応答と考えられる。７１９−２０−１３〜７１９−２０−１６及び７１９−２０−２〜７１９−２０−９は、その１４のアミノ酸を含む配列番号１の断片を指す。
【図４】配列番号２の配列を有するポリペプチド及びその断片に対する、メラノーマ患者及び卵巣がん患者において検出されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答をまとめた棒グラフである。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みにより測定された。≧２の刺激指標は、免疫応答と考えられる。７２５−１〜７２５−４は、その１２のアミノ酸を含む配列番号２の断片を指す。
【図５】配列番号３の配列を有するポリペプチド及びその断片に対する、膵がん患者及び神経膠芽腫患者において検出されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答をまとめた棒グラフである。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みにより測定された。≧３の刺激指標は、免疫応答と考えられる。７２８−１〜７２８−４は、その１２のアミノ酸を含む配列番号３の断片を指す。
【図６】配列番号１、２及び３の組み合わせがワクチン接種された前立腺がんを有するがん患者において検出されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答をまとめた棒グラフである。配列番号１からの重複１４−ｍｅｒペプチドに対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答がワクチン接種後に検出され、応答するＴ細胞がクローン化された。図６のデータは、選択されたＣＤ４＋Ｔ細胞クローンの増殖性応答を示す。ペプチド負荷ＰＢＭＣに応答した増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みにより測定された。≧３の刺激指標は、免疫応答と考えられる。
【図７】配列番号１、２及び３並びにＧＭ−ＣＳＦがワクチン接種された肺及び前立腺がん患者からの試料と、イピリムマブ治療を配列番号１、２及び３並びにＧＭ−ＣＳＦのワクチン接種と組み合わせて受けたメラノーマ患者からの試料とにおいて検出された陽性免疫応答をまとめたグラフである。Ｔ細胞増殖は、３Ｈ−チミジン取り込みにより測定された。≧３の刺激指標は、陽性免疫応答と考えられた。
【発明を実施するための形態】
【００９０】
発明の詳細な説明
本発明は、がんを治療するためのキットを提供する。キットは、２つの成分を含む。第１の実施形態では、第１の成分は、自己抗原の少なくとも１つのポリペプチドであり、このポリペプチドは、少なくとも１２のアミノ酸長である。第２の成分は、免疫チェックポイント阻害剤である。
【００９１】
ポリペプチド
がんを治療するためのキットの第１の成分は、自己抗原の少なくとも１つのポリペプチドである。
【００９２】
自己抗原は、ヒト身体内部の天然に存在するタンパク質に由来する抗原である。がん細胞が発生した組織を仮定すると、がん細胞は、特定の自己抗原を正常細胞よりも高いレベルで発現し得るか、又は自己抗原は、不適切に発現され得る。これらの自己抗原は、「腫瘍関連抗原」と見なすことができ、そのため、がん治療における有望な標的を表す。自己抗原が（ほぼ）すべてのヒト腫瘍で発現される抗原であるユニバーサル腫瘍抗原であることが好ましい。特定の腫瘍関連抗原が自己抗原とユニバーサル腫瘍抗原との両方であることは理解されるべきである。がんは、異質性疾患であり、がんの異なるタイプ間と同様に、同じタイプのがんを有する個体間に高度な多様性が存在する。ユニバーサル腫瘍抗原を標的にすることにより、がん治療の適応性は、患者集団を通じて（すなわち、がんタイプの範囲内及び間で）改善される。
【００９３】
本発明の第１の実施形態では、自己抗原は、テロメラーゼ酵素のテロメラーゼ逆転写酵素サブユニット（ヒトにおける「ＴＥＲＴ」又は「ｈＴＥＲＴ」）である。テロメラーゼ酵素は、「自己タンパク質」であり、すなわち、それは、ヒト身体における天然に存在するタンパク質である。さらに、テロメラーゼ酵素がすべてのヒト腫瘍の大部分において活性化されることが認められている。これを考慮すると、ｈＴＥＲＴのポリペプチドは、自己抗原とユニバーサル腫瘍抗原との両方であると見なされる。
【００９４】
テロメラーゼは、真核細胞内の直鎖状ＤＮＡ鎖のテロメア領域の３’末端を複製する機能を有する酵素であり、なぜなら、これらの領域は、ＤＮＡポリメラーゼ酵素により、正常な方法では伸長され得ないためである。テロメラーゼ酵素は、テロメラーゼ逆転写酵素サブユニット（ヒトにおける「ＴＥＲＴ」又は「ｈＴＥＲＴ」）及びテロメラーゼＲＮＡを含む。テロメラーゼＲＮＡを鋳型として用いることにより、テロメラーゼ逆転写酵素サブユニットは、ＤＮＡ鎖の３’末端を伸長するように反復配列を真核細胞内の染色体の３’末端に付加する。完全長ｈＴＥＲＴ配列は、ジェンバンク受入番号ＡＦ０１５９５０．１で示され、配列番号６で示される。
【００９５】
テロメラーゼは、骨髄及び胃腸管における幹細胞などの特定の正常組織内で発現される。しかし、テロメラーゼ酵素がすべてのヒト腫瘍の大部分において活性化されることが認められている（例えば、Kim et al., Science. 1994 266(5193):201 1-5; Shay & Wright, FEBS Lett. 2010 584(17):3819-25）。テロメラーゼ酵素の発現の不在下で細胞のテロメアが徐々に失われ、染色体の完全性が細胞の細胞分裂の各ラウンドとともに劣化し、最終的に細胞のアポトーシスをもたらすことから、テロメラーゼは、ヒト腫瘍の大部分において活性化されると考えられる。したがって、テロメラーゼ酵素の発現は、通常、かかる発現の不在下でプログラム細胞死が初期段階で生じることになるため、一般にがん細胞の発現にとって必要である。がんにおけるテロメラーゼ活性化の役割を考慮すると、ｈＴＥＲＴからのポリペプチドは、ユニバーサル腫瘍抗原と見なされる。
【００９６】
他の実施形態では、自己抗原及び／又はユニバーサル腫瘍抗原は、ｈＴＥＲＴ以外のタンパク質に由来する。一実施形態では、自己抗原及び／又はユニバーサル腫瘍抗原は、トポイソメラーゼＩＩα（Ｔｏｐ２α）、サバイビン又はチトクロムＰ４５０  １Ｂ１（ＣＹＰ１Ｂ１）から選択される（Park et al., Cancer Immunol Immunother. 2010(5):747-57; Soerensen et al., Cancer Biol Ther. 2008 7(12):1885-7; Wobser et al., Cancer Immunol Immunother. 2006 55(10):1294-8; Gribben et al., Clin Cancer Res. 2005 11(12):4430-6）。一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、ポリペプチドのカクテル（すなわち混合物）である。第１の実施形態では、ポリペプチドのカクテルは、ｈＴＥＲＴタンパク質の少なくとも２つの異なるポリペプチドを含む。しかし、一部の実施形態では、ポリペプチドのカクテルは、異なる自己抗原及び／又はユニバーサル腫瘍抗原のいずれか１つから選択される少なくとも２つの異なるポリペプチドを含む。一実施形態では、ポリペプチドのカクテルは、ｈＴＥＲＴ、Ｔｏｐ２α、サバイビン又はＣＹＰ１Ｂ１のいずれか１つから選択される少なくとも２つの異なるポリペプチドを含む。
【００９７】
がんを治療するためのキットの第１の成分中の自己抗原の少なくとも１つのポリペプチドは、少なくとも１２のアミノ酸長である。
【００９８】
異なる長さのポリペプチドが異なるＴ細胞応答を誘発することは理解されるべきである。より詳細には、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発するため、ポリペプチドは、典型的には８〜１０のアミノ酸残基長であるポリペプチドにのみ結合することになるＭＨＣクラスＩ分子上に提示される必要がある。他方、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発するため、ポリペプチドが一般により長いことができ、典型的には１２〜２４のアミノ酸残基長である場合、ポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ分子上に提示される必要がある。したがって、自己抗原又はユニバーサル腫瘍抗原の少なくとも１つのポリペプチドは、より長い長さ（すなわち少なくとも１２のアミノ酸長）であるため、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答（すなわちヘルパーＴ細胞応答）を誘発する能力がある。
【００９９】
自己抗原の少なくとも１つのポリペプチドが１５アミノ酸長に等しいか又は少なくとも１５アミノ酸長であることが好ましい。一部の実施形態では、自己抗原の少なくとも１つのポリペプチドは、１６、１７、１８、１９、２０、２５若しくは３０アミノ酸長に等しいか又は少なくとも１６、１７、１８、１９、２０、２５若しくは３０アミノ酸長である。一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、１００アミノ酸長未満、好ましくは５０、４０又は３０アミノ酸長未満である。
【０１００】
自己抗原がテロメラーゼ（より具体的にはｈＴＥＲＴ）である実施形態では、ポリペプチドが配列番号１〜５の配列を含むことが好ましい。ポリペプチドが配列番号１、２又は３の配列を含むことが特に好ましい。ポリペプチドが配列番号１、２又は３の配列からなることが特に好ましい。かかるポリペプチドが、ポリペプチドの各々が少なくとも１２のアミノ酸長であることから、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答（すなわちヘルパーＴ細胞応答）を誘発可能であることは理解されるべきである。配列番号１は、３０アミノ酸長であり、配列番号２、３及び４は、１５アミノ酸であり、且つ配列番号５は、１６アミノ酸長である。
【０１０１】
他の実施形態では、配列番号１〜５の少なくとも１２アミノ酸を含む上記ポリペプチドの免疫原性断片が提供される。一実施形態では、免疫原性断片は、配列番号１〜５の少なくとも１２、１３又は１４アミノ酸を含む。別の実施形態では、免疫原性断片は、配列番号１の少なくとも１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２５アミノ酸を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドのカクテルは、配列番号１〜５の免疫原性断片を含み、免疫原性断片は、少なくとも１２のアミノ酸を含む。例示的な免疫原性断片は、配列番号７〜３８に示されるものを含む。配列番号７〜２３及び２４〜３０のポリペプチドが配列番号１のポリペプチドのすべての免疫原性断片であることは理解されるべきである。配列番号３１〜３４のポリペプチドは、配列番号２のポリペプチドのすべての免疫原性断片である。配列番号３５〜３８のポリペプチドは、配列番号３のポリペプチドのすべての免疫原性断片である。
【０１０２】
さらなる実施形態では、提供される少なくとも１つのポリペプチドは、上記ポリペプチドの１つに対して正確な配列同一性を有しない。代わりに、このポリペプチドは、上に示されるポリペプチドに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する。この配列が、上に示される配列に対して少なくとも９０％、９５％又は９９％の配列同一性を有することが特に好ましい。アミノ酸配列の任意の付加又は置換が元のアミノ酸側鎖の特性の保存をもたらすことも好ましい。すなわち、置換又は修飾は、「保存的」である。
【０１０３】
機能的に類似したアミノ酸を提供する保存的置換表は、当該技術分野で周知である。アミノ酸側鎖の特性の例は、疎水性アミノ酸（Ａ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｆ、Ｐ、Ｗ、Ｙ、Ｖ）、親水性アミノ酸（Ｒ、Ｄ、Ｎ、Ｃ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｓ、Ｔ）、及び以下の官能基又は特徴：脂肪族側鎖（Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｌ、Ｉ、Ｐ）、ヒドロキシル基含有側鎖（Ｓ、Ｔ、Ｙ）、硫黄原子含有側鎖（Ｃ、Ｍ）、カルボン酸及びアミド含有側鎖（Ｄ、Ｎ、Ｅ、Ｑ）、塩基含有側鎖（Ｒ、Ｋ、Ｈ）、及び芳香族含有側鎖（Ｈ、Ｆ、Ｙ、Ｗ）を共通に有する側鎖である。さらに、以下の８つの基の各々は、互いに対して保存的置換であるアミノ酸を有する（例えば、Creighton, Proteins (1984)を参照されたい：
１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）、
２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）、
３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）
４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）、
５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）、
６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）、
７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）、及び
８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）。
【０１０４】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドの配列は、特定のＨＬＡ対立遺伝子のＭＨＣクラスＩＩ分子へのポリペプチドの結合親和性を改変する（例えば、増強する）ために改変される。他の実施形態では、ポリペプチドは、そのＮ及び／又はＣ末端において、上に示されるアミノ酸に加えてさらなるアミノ酸を有する。ポリペプチドのＭＨＣ分子への結合親和性を改変する（例えば、増強する）ため、かかる追加的なアミノ酸も用いることができる。
【０１０５】
ポリペプチドが自己抗原の断片に対応する配列を有することに限定されないことは理解されるべきである。すなわち、一部の実施形態では、ポリペプチドは、自己抗原に対応する領域に加えて、Ｎ末端及び／又はＣ末端に追加的なアミノ酸配列を含む。しかし、自己抗原に対応する領域（すなわち上に示される場合と少なくとも８０％、９０％、９５％又は９９％同一である）は、少なくとも１２のアミノ酸長である。
【０１０６】
本発明の一部のさらなる実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、他の物質に（例えば、共有結合的に）連結される一方、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答のその誘導能を保持する。かかる他の物質は、脂質、糖及び糖鎖、アセチル基、天然及び合成高分子などを含む。少なくとも１つのポリペプチドは、特定の実施形態では、グリコシル化、側鎖酸化又はリン酸化のような修飾を有する。
【０１０７】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、ポリペプチドのカクテル、例えば同じ自己抗原又は２つ以上の異なる自己抗原から得られるポリペプチドのカクテルである。一実施形態では、カクテルは、自己抗原の少なくとも２つ又は少なくとも３つの異なるポリペプチドを含む。ポリペプチドのカクテルでは、カクテル中のポリペプチドが２つ以上のＨＬＡ対立遺伝子のＭＨＣクラスＩＩ分子によって結合され得ることが特に好ましい。一部の実施形態では、カクテルが異なる配列を有する３つ以上のポリペプチド（例えば、３、４又は５つのポリペプチド）を含むことも理解されるべきである。
【０１０８】
ポリペプチドのカクテルがｈＴＥＲＴタンパク質のポリペプチドを含むことが好ましい。カクテル中のポリペプチドが、配列番号１〜５の配列を含む少なくとも２つの異なるポリペプチドからの配列を含むことが好ましい。カクテル中のポリペプチドが配列番号１、２及び３の配列を含むことが特に好ましい。カクテル中のポリペプチドが配列番号１、２及び３の配列からなることが特に好ましい。
【０１０９】
一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、当該技術分野で知られている通常の方法により生成される。或いは、少なくとも１つのポリペプチドは、例えば、臭化シアンを用いる切断、及びそれに続く精製により生成されるタンパク質の断片である。酵素切断も用いられ得る。さらなる実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、組換え発現ポリペプチドの形態である。例えば、（例えば、プロモーター配列に対応する制御配列の下流の）発現可能な形態でポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む好適なベクターは、調製され、好適な宿主細胞内に形質転換される。次に、宿主細胞は、培養され、目的のポリペプチドを生成する。他の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチドは、インビトロ翻訳系を用いてインビトロで生成される。
【０１１０】
核酸分子
本発明の第２の実施形態では、上に示されるようなポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子が提供される。
【０１１１】
自己抗原がテロメラーゼである実施形態では、核酸分子が、配列番号１〜５の配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むことが好ましい。核酸分子が、配列番号１、２又は３の配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むことが特に好ましい。核酸分子が、配列番号１、２又は３の配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むことが特に好ましい。
【０１１２】
一部の実施形態では、同じ自己抗原又は２つ以上の異なる自己抗原から得られるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子のカクテルなどの核酸分子のカクテル（すなわち混合物）が提供される。一実施形態では、カクテルは、自己抗原のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも２つ又は少なくとも３つの異なる核酸分子を含む。核酸分子のカクテルにおいて、コードポリペプチドが２つ以上のＨＬＡ対立遺伝子のＭＨＣクラスＩＩ分子によって結合され得ることが特に好ましい。一部の実施形態では、カクテルは、異なるポリペプチド配列をコードする３つ以上の核酸分子（例えば、３、４又は５つの核酸分子）を含むことも理解されるべきである。
【０１１３】
核酸分子のカクテルが、ｈＴＥＲＴタンパク質のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むことが好ましい。カクテル中のコードポリペプチド配列が、配列番号１〜５の配列を含む少なくとも２つの異なるポリペプチドからの配列を含むことが好ましい。カクテル中のコードポリペプチドが配列番号１、２及び３の配列を含むことが特に好ましい。カクテル中のコードポリペプチドが配列番号１、２及び３の配列からなることが特に好ましい。
【０１１４】
他の変形形態では、コードポリペプチドの配列は、上記の配列と同一でないばかりか、それに対して少なくとも８０％、９０％、９５％又は９９％の配列同一性を有する。いずれの場合でも、コードポリペプチドは、１００アミノ酸長未満、好ましくは５０、４０又は３０アミノ酸長未満である。
【０１１５】
本発明の一部のさらなる実施形態では、核酸分子又は各核酸分子は、他の物質に（例えば、共有結合的に）連結される。
【０１１６】
遺伝暗号の縮重のため、特定のポリペプチドをコードする核酸分子が様々なポリヌクレオチド配列を有し得ることは理解されるべきである。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ及びＧＣＴは、すべてアミノ酸アラニンをコードする。
【０１１７】
核酸分子は、ＤＮＡ若しくはＲＮＡ又はその誘導体のいずれかであり得る。
【０１１８】
Ｔ細胞受容体又はＴ細胞
本発明の第３の実施形態では、上に示されるようなポリペプチドに対して、そのポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞が提供される。
【０１１９】
上に示されるように、本発明のポリペプチドは、自己抗原の少なくとも１２のアミノ酸の領域を含む。この長さのポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ分子上に提示される。したがって、Ｔ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子上に提示されるときのポリペプチドを認識し、且つそれに結合する能力がある。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、典型的には１２〜２４アミノ酸長であるポリペプチドに結合する。Ｔ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞が、１２〜２４アミノ酸長より長いポリペプチドに特異的であるものとして記述される実施形態では、ポリペプチドの免疫原性断片がＭＨＣ分子上に提示されることは理解されるべきである。
【０１２０】
自己抗原がテロメラーゼ（ｈＴＥＲＴ）である実施形態では、Ｔ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞が、配列番号１〜５から選択される配列からなるポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸からなるその免疫原性断片に対して、そのポリペプチド又はその免疫原性断片がＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であることが好ましい。Ｔ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞が、配列番号１、２若しくは３の配列からなるポリペプチド、又は少なくとも１２のアミノ酸からなるその免疫原性断片に対して、そのポリペプチド又はその免疫原性断片がＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であることが特に好ましい。
【０１２１】
一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体のカクテル（すなわち混合物）又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルが提供される。すなわち、カクテルは、異なるＴ細胞受容体又は異なるＴ細胞受容体を呈するＴ細胞を含み、それらの各々は、ＭＨＣ分子上に提示されるときの異なるポリペプチドに対して特異的である。
【０１２２】
一実施形態では、異なるＴ細胞受容体のカクテル又は異なるＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルは、同じ自己抗原からの異なるポリペプチドに対して、各ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であるか、又はそれ以外では、２つ以上の異なる自己抗原からの異なるポリペプチドに対して、各ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である。一実施形態では、異なるＴ細胞受容体のカクテル又は異なるＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルは、自己抗原の少なくとも２つ又は少なくとも３つの異なるポリペプチドに対して、各ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である。すなわち、一部の実施形態では、カクテルは、異なる配列を有する３つ以上又は４つ以上のポリペプチド（例えば、３、４又は５つのポリペプチド）に対して、各ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である。異なるＴ細胞受容体のカクテル又は異なるＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルが、２つ以上のＨＬＡ対立遺伝子のＭＨＣクラスＩ及び／又はクラスＩＩ分子によって結合及び提示され得るポリペプチドに対して特異的であることが特に好ましい。
【０１２３】
Ｔ細胞受容体のカクテル又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルが、ｈＴＥＲＴタンパク質の異なるポリペプチドに対して、各ポリペプチドがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的であることが好ましい。
【０１２４】
Ｔ細胞受容体のカクテル又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である対象のポリペプチドが、配列番号１〜５の配列を含む少なくとも２つの異なるポリペプチドからの配列からなることが好ましい。Ｔ細胞受容体のカクテル又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である対象のポリペプチドが、配列番号１、２及び３の配列からなることが特に好ましい。Ｔ細胞受容体のカクテル又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルがＭＨＣ分子上に提示されるときに特異的である対象のポリペプチドが、配列番号１、２及び３の配列からなることがとりわけ好ましい。
【０１２５】
一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体のカクテル又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞のカクテルが特異的である対象のポリペプチドは、そのポリペプチドの免疫原性断片であり、免疫原性断片は、ＭＨＣ分子上に提示される。特定の上記ポリペプチド、例えば配列番号１が、通常であればＭＨＣクラスＩＩ分子上に提示される場合よりも長いことは理解されるべきである。したがって、Ｔ細胞受容体若しくはＴ細胞受容体を呈するＴ細胞又はそのカクテルが、配列番号１の配列を含むか又はそれからなるポリペプチドに対して特異的であるように記述される実施形態では、配列番号１の少なくとも１２のアミノ酸を含む免疫原性断片がＭＨＣ分子上に提示されることは理解されるべきである
【０１２６】
他の変形形態では、Ｔ細胞受容体若しくは各Ｔ細胞受容体、又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞若しくは各Ｔ細胞がＭＨＣ分子に結合されるときに特異的である対象のポリペプチドの配列は、そのポリペプチドがやはりＭＨＣ分子によって提示され得るという条件で、上記の配列と同一でなく、代わりにそれに対して少なくとも８０％、９０％、９５％又は９９％の配列同一性を有する。
【０１２７】
免疫チェックポイント阻害剤
がんを治療するためのキットの第２の成分は、免疫チェックポイント阻害剤である。
【０１２８】
本発明では、免疫チェックポイント阻害剤は、より広範な免疫活性を可能にするための、免疫チェックポイントを下方制御又は遮断する能力がある任意の化合物、物質又は組成物（例えば、任意の小分子化合物、抗体、核酸分子、若しくはポリペプチド、又はその断片）である。免疫チェックポイント阻害剤がＣＴＬＡ−４チェックポイント及び／又はＰＤ−１チェックポイントを標的にすることが好ましい。さらなる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＢＴＬＡ、ＬＡＧ３、ＩＣＯＳ、ＰＤＬ１又はＫＩＲなどのＣＤ２８ＣＴＬＡ−４  Ｉｇスーパーファミリーの別メンバーで標的にされる（Page et al., Annual Review of Medicine 65:27 (2014)）。さらなる追加的な実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＤ４０、ＯＸ４０、ＣＤ１３７、ＧＩＴＲ、ＣＤ２７又はＴＩＭ−３などのＴＮＦＲスーパーファミリーのメンバーで標的にされる。さらなる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）を標的にする。
【０１２９】
一部の実施形態では、免疫チェックポイントの標的化は、阻害抗体若しくはその抗原結合断片又は類似分子を用いて達成される。かかる好適な治療薬の例は、下の表１及び表２に示される。好ましい実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント経路に関与するタンパク質に特異的に結合し、それにより免疫チェックポイントの全活性を破壊及び下方制御する抗体である。免疫チェックポイント阻害剤が抗ＣＴＬＡ−４抗体又は抗ＰＤ−１抗体であることが特に好ましい。抗ＣＴＬＡ−４抗体がイピリムマブ又はトレメリムマブであり、且つ抗ＰＤ−１抗体がニボルマブ又はペムブロリズマブであることが特に好ましい。
【０１３０】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイント経路に関与するタンパク質の活性に対して干渉及び／又は阻害し、それにより免疫チェックポイントの全活性を下方制御する小分子拮抗剤である。好ましい実施形態では、小分子拮抗剤は、ＣＴＬＡ−４及び／又はＰＤ−１チェックポイントを下方制御するため、ＣＴＬＡ−４及び／又はＰＤ−１タンパク質を標的にする（すなわち、小分子拮抗剤は、小分子ＣＴＬＡ−４拮抗剤又は小分子ＰＤ−１拮抗剤である）。
【０１３１】
さらなる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体（すなわちＰＤ−１の内因性リガンドであるＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する抗体）である。抗ＰＤ−Ｌ１抗体がＢＭＳ−９３６５５９又はＭＰＤＬ３２８０Ａであることが好ましい。他の実施形態では、免疫チェックポイントの標的化は、標的に対する作動薬を用いて達成され、このクラスの例として、刺激標的のＯＸ４０及びＧＩＴＲが挙げられる。
【０１３２】
【表１】
2019517508.tif 000003
【０１３３】
【表２】
2019517508.tif 000004
【０１３４】
本発明の第１の実施形態では、１つの免疫チェックポイント阻害剤が、がんの治療のためのキット中に提供される。免疫チェックポイント阻害剤が抗ＣＴＬＡ−４抗体であることが好ましい。免疫チェックポイント阻害剤がイピリムマブであることが特に好ましい。本発明の第２の実施形態では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤が、がんの治療のためのキット中に提供される。この第２の実施形態では、第１及び第２のチェックポイント阻害剤は、異なる免疫チェックポイントを標的にするように提供される。第１の免疫チェックポイント阻害剤がＣＴＬＡ−４チェックポイントを標的にし、且つ第２の免疫チェックポイント阻害剤がＰＤ−１チェックポイントを標的にすることが好ましい。
【０１３５】
ＣＴＬＡ−４及びＣＴＬＡ−４経路の阻害剤：
ＣＤ１５２としても知られている細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原（ＣＴＬＡ−４）は、Ｔ細胞活性化を調節するように機能する共抑制分子である。
【０１３６】
ＣＴＬＡ−４は、後の免疫Ｔ細胞応答を弱め、自己免疫又は制御不能の炎症を阻止するための、新規免疫応答の開始又は既存の応答の刺激後まもなく上方制御されるＴ細胞の表面上の負の制御因子として最初に同定された。したがって、発生する免疫応答の規模は、ＣＴＬＡ−４の作用と密接に関連している。特定の実施形態では、抗ＣＴＬＡ−４抗体は、イピリムマブ又はトレメリムマブである。
【０１３７】
チェックポイント阻害剤は、Ｔ細胞調節の免疫系の内因性機構を調節することにより機能する。イピリムマブ（YERVOY, Bristol-Meyers Squibb, New York, NY）は、モノクローナル抗体であり、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって認可されることになる最初のかかるチェックポイント阻害剤である。それは、転移性メラノーマに対する標準的治療になっている（Hodi et al., N. Engl. J. Med. 363:711-23. 2010; Robert et al., N. Engl. J. Med. 364:2517-26. 2011）。イピリムマブは、Ｔ細胞表面共阻害分子の細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）によって媒介される阻害シグナル伝達に対して結合し、それを遮断する。作用機構が１つの腫瘍タイプに特異的でなく、大量の前臨床データが複数の悪性腫瘍を通じた腫瘍免疫監視の役割を支持することから（Andre et al, Clin. Cancer Res. 19:28-33. 2013; May et al. Clin. Cancer Res. 17:5233-38. 2011）、イピリムマブは、数ある腫瘍タイプの中でも前立腺、肺、腎臓及び乳がんを有する患者のための治療として検討されつつある。イピリムマブは、ＣＴＬＡ−４の標的化により免疫系を活性化することによって作用する。別のＣＴＬＡ−４遮断抗体として、トレメリムマブは、臨床試験において引き続き検討されており、メラノーマを有する患者における耐久性応答についても実証されている（Kirkwood et al., Clin. Cancer Res. 16:1042-48. 2010; Rihas et al. J. Clin. Oncol. 3 1:616-22, 2013）。
【０１３８】
ＰＤ−１及びＰＤ−１経路の阻害剤：
ＣＴＬＡ−４が早期Ｔ細胞活性化を調節することに役立つ一方、プログラム死１（ＰＤ−１）シグナル伝達は、部分的には末梢組織内でのＴ細胞活性化を調節するように機能する。ＰＤ−１受容体は、ＣＤ２８ファミリーに属する免疫抑制性受容体を指す。ＰＤ−１は、Ｔ  ｒｅｇ、活性化Ｂ細胞、及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を含む幾つかの細胞型上に発現され、主に以前に活性化されたＴ細胞上においてインビボで発現され、２つのリガンドＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２に結合する。ＰＤ−１の内因性リガンドのＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２は、活性化免疫細胞及び非造血性細胞、例えば腫瘍細胞において発現される。ＰＤ−１は、本明細書で用いられるとき、ヒトＰＤ−１（ｈＰＤ−１）、変異体、アイソフォーム及びｈＰＤ−１の種相同体、並びに少なくとも１つのｈＰＤ−１と共通のエピトープを有する類似体を含むことを意味する。完全ｈＰＤ−１配列は、ジェンバンク受入番号Ｕ６４８６３下に見出すことができる。プログラム死リガンド−１（ＰＤ−Ｌ１）は、ＰＤ−１に対する２つの細胞表面糖タンパク質リガンドの１つであり（他方はＰＤ−Ｌ２である）、ＰＤ−１への結合時にＴ細胞活性化の下方制御及びサイトカイン分泌をもたらす。ＰＤ−Ｌ１は、本明細書で用いられるとき、ヒトＰＤ−Ｌ１（ｈＰＤ−Ｌ１）、変異体、アイソフォーム及びｈＰＤ−Ｌ１の種相同体、並びに少なくとも１つのｈＰＤ−Ｌ１と共通のエピトープを有する類似体を含む。完全ｈＰＤ−Ｌ１配列は、ジェンバンク受入番号Ｑ９ＮＺＱ７下に見出すことができる。腫瘍は、ＰＤ−Ｌ１／Ｌ２を発現し、それによりＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１，２相互作用を介して腫瘍浸潤性リンパ球を抑制することにより免疫監視を逃れることが示されている（Dong et al. Nat. Med. 8:793-800. 2002）。治療抗体とのこれらの相互作用の阻害は、Ｔ細胞応答を増強し、抗腫瘍活性を刺激することが示されている（Freeman et al. J. Exp. Med. 192: 1027-34. 2000）。
【０１３９】
上で考察したように、一部の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、ニボルマブ（ＣＡＳ登録番号：９４６４１４−９４−４）である。ニボルマブに代わる名称として、ＭＤＸ−１  １０６、ＭＤＸ−１  １０６−０４、ＯＮＯ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８が挙げられる。ニボルマブは、ＰＤ−１に対する完全ヒトＩｇＧ４遮断モノクローナル抗体である（Topaliam et al., N. Engl. J. Med. 366:2443-54. 2012）。ニボルマブは、ＰＤ−１を特異的に遮断し、それは免疫耐性を克服し得る。ＰＤ−１に対するリガンドは、すべての造血性細胞及び多数の非造血性組織において発現されるＰＤ−Ｌ１（Ｂ７−Ｈ１）、並びに発現が主に樹状細胞及びマクロファージに制限されるＰＤ−Ｌ２（Ｂ７−ＤＣ）として同定されている（Dong, H. et al. 1999. Nat. Med. 5:1365; Freeman, G. J.et al. 2000. J. Exp. Med. 192:1027; Latehman, Y. et al. 2001. Nat. Immunol 2:261; Tseng, S. Y. et al. 2001. J. Exp. Med. 193:839）。ＰＤ−Ｌ１は、多くのがんにおいて過剰発現され、予後不良に関連することが多く（Okazaki T et al, Intern. Immun. 2007 19(7):813) (Thompson RH et al, Cancer Res 2006, 66(7):3381)、腫瘍浸潤Ｔリンパ球の大部分は、正常組織内のＴリンパ球及び末梢血Ｔリンパ球と異なり、主にＰＤ−１を発現し、これは、腫瘍反応性Ｔ細胞上のＰＤ−１の上方制御が抗腫瘍免疫応答の障害に寄与し得ることを示す（Blood 2009 1 14(8):1537）。詳細には、腫瘍細胞が免疫抑制性ＰＤ−１リガンドのＰＤ−Ｌ１を発現することから、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用の阻害により、インビトロでＴ細胞応答が増強され、前臨床抗腫瘍活性が媒介され得る。
【０１４０】
ニボルマブを含む幾つかの臨床試験（第Ｉ、ＩＩ及びＩＩＩ相）が実施されているか又は進行中である。例えば、第Ｉ相用量漸増試験では、ニボルマブは、安全であり、客観的応答は、腫瘍タイプを通じて１６〜３１％であり、大部分の応答は、１年より長期間にわたって耐久性を示した（Topaliam et al., Presented at Annu. Meet. Am. Soc. Clin. Oncol., Chicago, May 31-June 4. 2013）。別の試験では、進行性メラノーマを有する患者におけるイピリムマブと組み合わせたニボルマブ（抗ＰＤ−１、ＢＭＳ−９３６５５８、Ｑ  Ｑ−４５３８）の安全性及び臨床活性が検討された（Woichok, J Clin Oncol 31 , 2013 (suppl; abstr 9012 2013 ASCO Annual Meeting）。
【０１４１】
２つの抗ＰＤ−Ｌ１阻害抗体のＭＰＤＬ３２８０Ａ（Genentech, South San Francisco, CA）及びＢＭＳ−９３６５５９（Bristol Meyers Squibb, New York, NY）は、臨床的検討を経ている。ニボルマブ及びＭＫ−３４７５と同様に、これらの抗体は、主にＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１シグナル伝達を遮断することにより機能すると考えられる。ＰＤ−１抗体と異なり、ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＰＤ−Ｌ２とＰＤ−１との間の潜在的な相互作用を残すが、加えてＰＤ−Ｌ１とＣＤ８０との間の相互作用を遮断する（Park et al., 2010. Blood 3 16:1291-98）。ＭＰＤＬ３２８０Ａは、複数の腫瘍タイプにおいて評価されており、そこでは、安全性及び予備有効性が、メラノーマ、腎細胞がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、及び結腸直腸がん、胃がん、及び頭頸部扁平上皮がんにおいて同定された（Herbst et al. presented at Annu. Meet Am. Soc. Clin. Oncol., Chicago, May 31-June 4. 2013）。同様に、ＢＭＳ−９３６５５９は、第Ｉ相試験における複数の腫瘍タイプにわたり、安全であり且つ臨床活性があることが示された。ＭＥＤＩ−４７３６は、現在臨床開発中の別のＰＤ−Ｌ１遮断抗体である（ＮＣＴ０１６９３５６２）。
【０１４２】
ＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１に加えて、極めて多数の他の免疫調節性標的が主に同定されており、多くは臨床試験において検討中の対応する治療抗体を伴う。Page et al. (Annu. Rev. Med. 2014. 65)は、図１において抗体・免疫修飾物質の標的について詳述しており、参照により本明細書中に援用される。
【０１４３】
追加的成分
本発明の一部の実施形態では、がんを治療するためのキット中の追加的成分が提供される。
【０１４４】
一実施形態では、キットは、薬学的に許容できるアジュバント、希釈剤又は賦形剤をさらに含む。
【０１４５】
典型的なアジュバントは、ポリＩ：Ｃ（Hiltonol）、ＣｐＧ、リポソーム、微粒子、ウイルス様粒子（ＩＳＣＯＭＳ）、フロイント不完全アジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、ミョウバン、細菌性毒素（例えば、コレラ毒素及びサルモネラ毒素）を含む。さらなる典型的なアジュバントは、イミキモド又はグルコピラノシル脂質Ａを含む。特に好ましいアジュバントは、ＧＭ−ＣＳＦ（顆粒球マクロファージコロニー刺激因子）である。典型的な希釈剤及び賦形剤は、滅菌水、生理食塩水、培養液及びリン酸緩衝液を含む。本発明のように、免疫系のＴ細胞アームを標的にするワクチンにおける使用のための典型的なアジュバントは、Petrovsky & Aguilar Immunol Cell Biol. 2004 82(5):488-96（参照により本明細書中に援用される）に詳述される。
【０１４６】
上記のようなポリペプチド又は核酸分子は、特定の実施形態では、免疫原性担体にカップリングされるか又はウイルス若しくは細菌中に組み込まれる。例示的な免疫原性担体は、キーホールリンペットヘモシアニン、ウシ血清アルブミン、オバルブミン、トリ免疫グロブリン及び免疫原性毒素のペプチド断片を含む。一実施形態では、核酸分子は、樹状細胞、酵母、細菌、ウイルスベクター、腫瘍溶解性ウイルス、ウイルス様粒子、リポソーム、ミセルナノ粒子又は金ナノ粒子からなる群から選択される担体にカップリングされるか又は組み込まれる。
【０１４７】
キットは、一部の実施形態では、さらなる治療成分を含む。例示的なさらなる治療成分は、インターロイキン−２（ＩＬ２）、インターロイキン−１２（ＩＬ１２）、自己抗原又は腫瘍関連抗原のさらなるポリペプチド（すなわち上で考察された以外の自己抗原又は腫瘍関連抗原のポリペプチド）、化学療法剤、鎮痛剤、抗炎症剤及び他の抗がん剤を含む。
【０１４８】
キットの追加的成分のさらなる詳細は、Remington’s Pharmaceutical Sciences and US Pharmacopoeia, 1984, Mack Publishing Company, Easton, PA, USAに見出され得る。
【０１４９】
特定の実施形態では、キットの上記成分は、がんを治療するための組成物又は医薬組成物の形態で提供される。
【０１５０】
一実施形態では、ワクチン（すなわちポリペプチド又は核酸分子）及び免疫チェックポイント阻害剤は、同じ注射器から局所的に注射される。この実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤が全身的に投与されるときに用いられる用量と比べて非常に低用量の免疫チェックポイント阻害剤が用いられる（Fransen et al. Clin Cancer Res. 2013 19(19):5381-9; Fransen et al. Oncoimmunology. 2013 2(11):e26493を参照されたい）。すなわち、免疫チェックポイント阻害剤は、１μｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇの範囲の低限の用量で用いられることになる。ワクチンの用量は、それが免疫チェックポイント阻害剤から別々に投与されるときと比べて不変である。
【０１５１】
本発明の方法
上で説明のようなキット、組成物又は医薬組成物の各成分は、使用時、治療を必要とする患者に投与される。原則的に、キットの成分の任意の投与様式、組成物又は医薬組成物が用いられ得る。
【０１５２】
キット、組成物又は医薬組成物がポリペプチドを含む実施形態では、ポリペプチドは、抗原提示細胞により形質膜陥入され、抗原プロセシングを受ける場合があり、次に細胞表面上のＭＨＣクラスＩＩ分子と複合体を形成して提示される。Ｔ細胞の表面上のＴ細胞受容体との相互作用を通じてＣＤ４＋Ｔ細胞応答が誘発される。抗原プロセシングの結果として、キット、組成物又は医薬組成物のポリペプチドがまた、細胞表面上のＭＨＣクラスＩ分子と複合体を形成して提示され、それによりＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘発し得ることは理解されるべきである。キット、組成物又は医薬組成物が核酸分子を含む実施形態では、核酸分子も形質膜陥入され、次に転写され（核酸分子がＤＮＡである場合）、翻訳され、コードポリペプチドが内因性細胞経路を通じて合成される。その後、前述の通り、Ｔ細胞応答を誘発するため、コードポリペプチドは、プロセシングを受け、ＭＨＣ分子上に提示される。このように、ＣＤ４＋Ｔ細胞（及びＣＤ８＋Ｔ細胞）免疫を誘発するため、キット、組成物又は医薬組成物は、ワクチンとして用いられ得る。
【０１５３】
キット、組成物又は医薬組成物がＴ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞を含む実施形態では、Ｔ細胞又はＴ細胞受容体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞（又はＣＤ８＋Ｔ細胞）免疫を直接的にもたらす。
【０１５４】
上で説明のようなキットの成分は、治療を必要とする患者に同時に、別々に又は連続的に投与され得る。すなわち、キットの成分は、異なる時刻に並びに実質的に同時の様式で投与され得る。同時にという用語は、本明細書で用いられるとき、１つ以上の薬剤の同時の投与を指す。例えば、特定の実施形態では、自己抗原の少なくとも１つのポリペプチド及び免疫チェックポイント阻害剤は、同時に投与される。同時には、同時期、すなわち同じ期間中の投与を含む。特定の実施形態では、１つ以上の薬剤は、同時間以内に同時に、又は同日以内に同時に投与される。一部の実施形態では、用語「連続的に」は、キットの成分が相互に１、３、５、７、１０、３０又は６０日以内に投与されることを指す。一部の実施形態では、用語「連続的に」は、キットの成分が相互に２、４又は６か月以内に投与されることを指す。
【０１５５】
上で説明の通り、キットの第２の成分（すなわち免疫チェックポイント阻害剤）は、より広範な免疫活性を可能にするため、免疫チェックポイントを下方制御又は遮断する能力がある。一部の実施形態では、キットの第１の成分に続いてキットの第２の成分を投与することが好ましい。このようにして、Ｔ細胞免疫応答として有効であるキットの第２の成分は、（一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチド又は核酸分子である）キットの第１の成分のワクチン接種に応答して開始される。ワクチン接種の開始段階中にキットの第２の成分を投与することが好ましい。一部の実施形態では、これは、キットの第１の成分の初期ワクチン接種から３０、２１、１４、１０、７、５、３又は１日以内である。本発明の実施形態に従う治療レジームに関するさらなる詳細は、以下に記載される。
【０１５６】
理論によって拘束されることを望まないが、キットの第１の成分に後続する、上記の時間枠内でのキットの第２の成分の投与により、一次リンパ器官におけるナイーブＴ細胞の集団からの、キットの第１の成分に特異的なＴ細胞の迅速且つ有効な増殖（すなわち迅速且つ有効な一次免疫応答）が促進されると考えられる。これは、Ｔ細胞応答として有効であるキットの第２の成分が開始されており、免疫チェックポイントにより応答が弱まることを阻止するためと考えられる。したがって、強力な新規の免疫応答が促進され、これが下記のようなより高い臨床的有用性に転換される。さらに、キットの第１の成分に後続する、上記の時間枠内でのキットの第２の成分の投与は、促進されたＣＤ４＋Ｔ細胞免疫応答の生成に寄与すると考えられる。
【０１５７】
キットの各成分の連続的投与又は実質的に同時の投与は、限定はされないが、皮内経路、経口経路、静脈内経路、皮下経路、筋肉内経路、粘膜組織（例えば、経鼻、口、膣、及び直腸）を通じた直接吸収、及び眼内経路（例えば、硝子体内、眼球内など）を含む任意の適切な経路により影響され得る。キットの成分は、同じ経路により、又は異なる経路により投与され得る。キットの成分が注射により投与されることが特に好ましい。一実施形態では、キットの成分は、患者における腫瘍に直接的に注射される。治療対象のがんが患者の鼻又は口に存在する場合、一部の実施形態では、キット、組成物又は医薬組成物の成分は、噴霧剤及び吸入により投与される。
【０１５８】
（一部の実施形態では、自己抗原の少なくとも１つのポリペプチド又はその少なくとも１つのポリペプチドをコードする核酸分子である）キットの第１の成分の至適用量は、１００〜７００μｇであるが、この範囲外の用量がときに要求され得る（例えば、１〜１５００μｇ）。３００μｇの用量が特に好ましい。一実施形態では、キットの第１の成分は、Ｔ細胞であり、１０６〜１０１１個の細胞の用量が提供される。キットの第２の成分（すなわち免疫チェックポイント阻害剤）の至適用量は、３ｍｇ／ｋｇであるが、他の用量がときに要求され得る（例えば、１μｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ）。
【０１５９】
一部の実施形態では、キットの第２の成分（すなわち免疫チェックポイント阻害剤）の２〜５回の投与を含む治療計画が追求され、各投与は、２〜５週で分割される。好ましい実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の３回投与を含む治療計画が追求され）、各投与は、３週で分割される。
【０１６０】
一部の実施形態では、（一部の実施形態では、少なくとも１つのポリペプチド、核酸分子、又はＴ細胞受容体若しくはＴ細胞受容体を呈するＴ細胞である）キットの第１の成分は、以下の治療計画に従って患者に投与される。キットの第１の成分は、（ｉ）免疫チェックポイント阻害剤の初回投与前、（ｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤の各再投与前、及び（ｉｉｉ）免疫チェックポイント阻害剤治療計画の完了後に投与される。キットの第１の成分の複数回投与が段階（ｉ）、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）で提供されることが好ましい。
【０１６１】
キットの第１の成分の１〜５回投与がそれぞれ段階（ｉ）及び（ｉｉ）でチェックポイント阻害剤の初回投与前又は再投与前の７日以内に提供されることが特に好ましい。キットの第１の成分の１〜３回投与が提供されることが特に好ましい。一部の実施形態では、段階（ｉ）でのキットの第１の成分の投与は、チェックポイント阻害剤の初回投与前の１〜３日に提供される。キットの第１の成分が、免疫チェックポイント阻害剤治療計画の完了後、患者に毎月投与されること（すなわち段階（ｉｉｉ））も好ましい。他の実施形態では、段階（ｉｉｉ）でのキットの第１の成分の投与は、３か月ごとである。
【０１６２】
一実施形態では、キットの第１の成分は、上で説明されるような追加的成分とともに投与される。キットの第１の成分がＧＭ−ＣＳＦとともに投与されることが特に好ましい。ＧＭ−ＣＳＦの至適用量は、５０〜１００μｇである。７５μｇの用量が特に好ましい。
【０１６３】
一部の実施形態では、キットの第１及び第２の成分を用いる治療計画は、キットの第２の成分の初回投与から全部で４８週間続く。他の実施形態では、治療計画は、４８週よりも短いか又は長い。
【０１６４】
前述のように、少なくとも１つのポリペプチドは、広範囲のがんタイプに関連した自己抗原及び／又はユニバーサル腫瘍抗原に属する。したがって、本発明の有効性は、任意の特定のタイプのがんに限定されない。一実施形態では、自己抗原及び／又はユニバーサル腫瘍抗原がｈＴＥＲＴであることから、原則として、キットの成分、組成物又は医薬組成物は、テロメラーゼ遺伝子が活性化された任意のタイプのがんを患う患者に投与され得る。かかるがんは、限定はされないが、乳がん、前立腺がん、膵がん、結腸直腸がん、肺がん、膀胱がん、悪性メラノーマ、白血病、リンパ腫、卵巣がん、子宮頸がん及び胆道がんを含む。しかし、がんの大部分においてテロメラーゼ酵素が発現されることから、本発明の有効性が任意の特定のタイプのがんに限定されないことは理解されるべきである。
【０１６５】
がんの大部分においてテロメラーゼが発現されることは、Kim et al. Science. 1994 Dec 23; 266(5193):2011-5及びBearss et al. Oncogene. 2000 Dec 27; 19(56):6632-41（両方とも参照により本明細書中に援用される）などの試験で実証されている。
【０１６６】
Kim et al. 1994は、１８の異なるヒト組織を表す培養細胞内において、１００中９８の不死集団及び２２中０の死亡集団がテロメラーゼに対して陽性であったことを実証している。テロメラーゼ活性を有する不死細胞株の由来元であるヒト組織は、皮膚、結合、脂肪、乳房、肺、胃、膵臓、卵巣、頸部、腎臓、膀胱、結腸、前立腺、ＣＮＳ、網膜及び血液を含んだ。したがって、本発明であれば、これらの組織に由来するがんに対する使用に適することになる。同様に、１２のヒト腫瘍タイプを表す１０１中９０の生検及び５０中０の正常な体細胞組織がテロメラーゼに対して陽性であった。テロメラーゼ活性を示すヒト腫瘍タイプは、肝細胞がん、大腸がん、扁平上皮がん（頭頸部）、ウィルムス腫瘍、乳がん（乳管及び小葉、結節陽性）、乳がん（腋窩リンパ節陰性）、前立腺がん、前立腺上皮内腫瘍３型、良性前立腺肥大、神経芽細胞腫、脳腫瘍、小細胞肺がん、横紋筋肉腫、平滑筋肉腫、血液悪性腫瘍（急性リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、リンパ腫（成人）を含む）を含んだ。
【０１６７】
Bearss et al. 2000は、広範囲のがんタイプにわたる患者から直接的に採取された腫瘍細胞におけるテロメラーゼ活性の存在をさらに実証した。これらの腫瘍タイプは、血液悪性腫瘍（急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病（早期）、慢性リンパ性白血病（後期）、骨髄腫、低グレードリンパ腫、高グレードリンパ腫を含む）、乳房、前立腺、肺（非小細胞及び小細胞を含む）、結腸、卵巣、頭頸部、腎臓、メラノーマ、神経芽細胞腫、神経膠芽腫、肝細胞がん、胃、及び膀胱を含んだ。
【０１６８】
テロメラーゼが上記のがんタイプにおいて活性化されることから、本発明がこれらのがんタイプのいずれか１つ（また当然ながら、テロメラーゼが活性化される任意のがんタイプ）に対する使用に適することは理解されるべきである。さらに、テロメラーゼの活性化は、がんタイプ間で共有される一般的特性であることから、本発明が任意の特定のタイプのがんに限定されないことは明白である。
【０１６９】
本発明のポリペプチドの一部（例えば、配列番号１のポリペプチド）が、通常であればＭＨＣクラスＩ又はクラスＩＩ分子のいずれかにおいて収容される場合よりも長いことは着目されるべきである。例えば、ＨＰＶ及び子宮頸がんワクチン接種に対してのワーキンググループにより、この長さのペプチドは、より強固な免疫応答を誘導することが示されている（Welters et al, 2008）。理論によって拘束されることを望まないが、かかるポリペプチドが、患者へのその投与後、細胞により形質膜陥入され、プロテアソームにおいてタンパク質分解性分解を受け、次にＭＨＣクラスＩ又はクラスＩＩ分子上に提示されると考えられる。したがって、かかるポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩ及び／又はＭＨＣクラスＩＩ制限Ｔ細胞応答を引き起こし得る。配列番号１と反応する異なるＣＤ４＋細胞クローンは、タンパク質分解切断の結果として、この３０−ｍｅｒポリペプチドと異なるペプチド断片を認識することから、これが図６（実施例６を参照されたい）によって示されることは理解されるべきである。より長いポリペプチドが、より短いポリペプチドよりも長期間にわたって患者内部で現存を維持し、そのため、それらが免疫応答を誘発し得る期間が長くなることも理解されるべきである。これは、比較的低いＭＨＣ結合親和性を有するポリペプチドについて特に有意である。
【０１７０】
個体は、一般に、自己抗原のポリペプチドに対して、かかるポリペプチドと反応するＴ細胞が個体の胸腺においてＴ細胞発生中に破壊される過程を通じて、ある程度の免疫寛容を発達させていることも理解されるべきである。したがって、本発明の一部の実施形態では、比較的低いＭＨＣ結合親和性を有する本発明のポリペプチドが所望される。これは、より低いＭＨＣ結合親和性を有するポリペプチドが成熟Ｔ細胞により低い速度で曝露されていることから、そのポリペプチドと反応する個体のＴ細胞のすべてが個体のＴ細胞レパートリーから除去されている可能性がそれほど高くないためである。したがって、比較的低いＭＨＣ結合親和性を有するポリペプチドは、一部の実施形態では、免疫寛容をより容易に克服することができる。
【０１７１】
相乗効果
少なくとも１２のアミノ酸長である自己抗原又はユニバーサル腫瘍抗原の少なくとも１つのポリペプチド及びチェックポイント阻害剤は、がんの治療における相乗効果をもたらす。他の実施形態では、本発明に従う核酸分子、Ｔ細胞受容体又はＴ細胞受容体を呈するＴ細胞、及び免疫チェックポイント阻害剤は、がんの治療における相乗効果をもたらす。
【０１７２】
がんの治療における相乗効果は、自己抗原又はユニバーサル腫瘍抗原の少なくとも１つのポリペプチドに対する測定可能な免疫応答を開始させるための患者の免疫系によって要求される期間の短縮、少なくとも１つのポリペプチドに対する強力な免疫応答の開始（すなわち刺激指標ＳＩ≧３）、及び改善された臨床成績（すなわち部分又は完全応答（部分又は完全寛解としても知られている）又は安定疾患）を含む。一部の実施形態では、がんの治療における相乗効果はまた、広範な免疫応答の誘導（すなわち２つ、３つ又はそれより多いワクチン成分に対する免疫応答の開始）を含む。
【０１７３】
理論によって拘束されることを望まないが、自己抗原の少なくとも１つのポリペプチドがＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する能力は、相乗効果にとって特に重要であると考えられる。図１を参照すると、本発明のポリペプチドがＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発することが予想されるような機構が示される。ロングポリペプチドを用いることにより、ＣＤ４＋Ｔ細胞が刺激される。これらの細胞は、腫瘍微小環境における複雑な役割を担い、腫瘍細胞及び多数の免疫エフェクターと直接的に相互作用することができ、腫瘍細胞の破壊をもたらす。死腫瘍細胞は、より多くの抗原を放出し、次いで抗原提示細胞によって取り込まれ、他の腫瘍抗原を標的化するＴ細胞免疫の第２の波、すなわち「エピトープ拡散」と称される現象を刺激する。
【０１７４】
ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する能力があるポリペプチド及び免疫チェックポイント阻害の組み合わせは、高比率の患者における免疫応答の迅速な発生及びそれ以外の患者における検出可能性が低い／ない免疫応答の効率的増強をもたらす。これは、高い臨床的奏効率（すなわち部分又は完全応答（部分又は完全寛解としても知られている）又は安定疾患を有する患者の割合をもたらす。特に、自己抗原及び／又はユニバーサル腫瘍抗原のポリペプチドは、がん特異的免疫応答をかかる応答が欠如した患者にもたらし、患者における弱い又は準最適な自然免疫応答も増強し、それにより免疫チェックポイント阻害から臨床的に利益を得る可能性がある患者の数を大幅に拡大することになる。免疫チェックポイント阻害は、Ｔ細胞増殖に対するチェックポイントの負の影響を除去し、それにより、より高比率の患者においてより迅速且つ臨床的に効率的なＴ細胞応答をもたらす。これは、自己抗原及び／又は腫瘍関連抗原のポリペプチドに対する負の応答を、ポリペプチドのワクチン接種の終結後に長期にわたって拡大されたクローン増殖を可能にすることにより、正の応答に転換させることを含む。
【０１７５】
本発明が以下の臨床状況下で特に有用であることは理解されるべきである。第１に、患者が、自然免疫応答が一般に不在である場合に腫瘍を有するような患者群（すなわち免疫チェックポイント阻害が予め臨床的有用性をもたらしていない腫瘍徴候）及び免疫チェックポイント阻害に対して応答する患者の比率が極めて低い患者群（例えば、悪性メラノーマを有する患者）である。第２に、以前のがんワクチンがロングペプチドワクチンに対して免疫応答を誘発する能力を示している患者群、及びがんワクチンが開発可能であっても、ワクチン接種後に免疫応答を誘導する能力に反して実質的な臨床的有用性をもたらすことができない患者である。一実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント療法が現在のところ臨床的有用性をわずかに有するか又は全く有しない患者群において用いられ、本発明は、自己抗原の少なくとも１つのポリペプチドのワクチン接種後に新規の免疫応答を誘発する。
【実施例】
【０１７６】
実施例
以降では、実施例を参照して本発明が具体的に説明される。しかし、これらの実施例は、本発明の技術的範囲を限定するものではない。
【０１７７】
材料及び方法
Ｔ細胞応答アッセイ（３Ｈ−チミジン取り込みによる増殖）
末梢血単核球（ＰＢＭＣ）をワクチン接種の開始前及びワクチン接種後の複数の時点で得た。ＰＢＭＣを前述のように単離及び凍結した（Inderberg-Suso EM et al., Oncoimmunology 2012 1(5):670-686、参照により本明細書中に援用される）。１回のインビトロでのワクチンペプチドによる前刺激後にワクチン接種前及び後のＰＢＭＣから作製したＴ細胞培養物を、その後、前述のような３Ｈ−チミジン取り込みを用いる標準Ｔ細胞増殖アッセイで試験した（Inderberg-Suso EM et al., Oncoimmunology 2012 1(5):670-686）。照射した自家ＰＢＭＣを抗原提示細胞（ＡＰＣ）として用いた。Ｔ細胞（５００００個）を関連抗原（例えば、配列番号１、２及び３の組み合わせ並びに配列番号１、２及び３の個別ポリペプチド）の存在下及び不在下で５００００個のＡＰＣとともにインキュベートした。Ｔ細胞培養物を３通りに試験した。平均値の標準誤差（ＳＥＭ）は、通常、１０％未満であった。Ｔ細胞バルクの応答は、刺激指標（ＳＩ；抗原存在下での応答を抗原不在下での応答で除したもの）が３以上であったとき（ＳＩ≧３）、抗原特異的であると考えた。
【０１７８】
エリスポットアッセイ
ＩＦＮ−γエリスポットアッセイを本質的に前述のように実施した（Gjertsen MK et al. J Mol Med (Berl) 2003; 81:43-50）。ヒトＩＦＮ−γに対するモノクローナル抗体（Mabtech）をＰＢＳで希釈し、最終濃度を５μｇ／ｍｌにした。９６ウェルのMultiScreen-HAプレート（Millipore）を、７５μｌ／ウェルの保存液を添加することにより抗体でコーティングし、４℃で一晩インキュベートした。翌日、プレートを室温で１時間貯蔵し、ウェルを２００μｌ／ウェルのＰＢＳで６回洗浄し、余分な抗体を除去した。非特異的結合をブロッキングするため、プレートを１００μｌ／ウェルのCellGro DC培地＋１０％ヒト血清（HS; Baxter）とともに３７℃で１〜２時間インキュベートした。解凍及び洗浄後の自家ＰＢＭＣを数え上げ、プレコーティングしたウェルに５×１０５細胞／ウェルで添加した。レスポンダーＴ細胞を収集し、洗浄し、数え上げ、CellGro DC培地（CellGenix）中、自家ＰＢＭＣを１×１０５細胞／ウェルで含有するウェルに３通りに移した。Ｔ細胞のみ及びＰＢＭＣのみを伴う陰性対照並びにＴ細胞＋ＰＢＭＣ＋ブドウ球菌（Staphylococcus）エンテロトキシンＣ３（SEC3；Toxin Technologies）を有する陽性対照を含めた。加湿インキュベーター内、５％ＣＯ２下、３７℃で一晩のインキュベーション後、プレートをＰＢＳで６回洗浄した。２回洗浄と３回洗浄との間にプレートを室温で１０分間インキュベートした。各ウェルに、ヒトＩＦＮ−γに対するビオチン化抗体（Mabtech）１μｇ／ｍｌの保存液７５μｌを添加し、プレートを室温で２時間インキュベートした。６回の反復洗浄後、プレートを（ＰＢＳ＋１％ＨＳＡで１：１０００に希釈した）保存液からの７５μｌ／ウェルのストレプトアビジン−ＡＬＰ（Mabtech）とともに１時間インキュベートした。余分な抗体を除去するため、ウェルを再びＰＢＳで６回洗浄した。次いで、基質ＢＣＩＰ／ＮＢＴ（Sigma-Aldrich）７５μｌを各ウェルに添加後、プレートを５〜２０分間インキュベートした。スポットの出現時に水を添加し、反応を停止させた。自動分析装置CTL IMMUNOSPOT S5 VERSA-02-9030（Cellular Technology Ltd）を用いて、スポットを数え上げた。
【０１７９】
実施例１：配列番号１及び２の配列並びに配列番号１、２及び３の組み合わせを有するポリペプチドは、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する能力がある
末梢血Ｔ細胞は、配列番号１、２及び３のワクチン接種を受けていたメラノーマ患者において応答する。Ｔ細胞を配列番号１、２又は３並びに３つ全部のポリペプチドの組み合わせでインビトロ刺激した。Ｔ細胞増殖アッセイ及びエリスポットアッセイは、本明細書中に示すような材料及び方法セクションの通りに実施した。結果を図２Ａ及び２Ｂ並びに下の表３Ａ〜３Ｃに提示する。７１９−２０は、配列番号１を指し、７２５は、配列番号２を指し、７２８は、配列番号３を指し、ｈＴＥＲＴＩ混合物は、配列番号１、２及び３の組み合わせを指す。刺激指標（ＳＩ）は、Ｔ細胞増殖アッセイで試験したすべてのポリペプチドについて計算した。ＳＩ≧３を陽性と考えた。
【０１８０】
【表３】
2019517508.tif 000005
【０１８１】
【表４】
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【０１８２】
【表５】
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【０１８３】
図２Ａを参照すると、配列番号１、２並びに配列番号１、２及び３の組み合わせは、配列番号１、２及び３の組み合わせのワクチン接種後４、７及び１２週目にメラノーマ患者において強力な免疫応答を誘発したことが示される。このアッセイは、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答についての標準的アッセイである。図２Ｂを参照すると、配列番号１、２並びに配列番号１、２及び３の組み合わせに対する陽性免疫応答は、メラノーマ患者におけるワクチン接種後１２週目にエリスポットアッセイを用いて検出されたことが示される。このアッセイは、主にＣＤ８＋Ｔ細胞応答を測定するために開発されている。
【０１８４】
したがって、配列番号１、２並びに配列番号１、２及び３の組み合わせは、メラノーマ患者においてＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する能力があった。
【０１８５】
実施例２：配列番号１の配列を有するポリペプチドのポリペプチド断片の免疫原性
ＣＤ４＋Ｔ細胞をメラノーマ患者２名（患者Ｐ７及びＰ９）及び肺がん患者（患者Ｐ５）から作製した。患者は、以前にがんワクチンの投与を受けていなかった。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、（下の表４に示すような）配列番号１又は１４のアミノ酸を含むその断片でインビトロ刺激した。Ｔ細胞増殖アッセイは、本明細書中に示すような材料及び方法セクションの通りに実施した。ＳＩ≧２を陽性と考えた。結果を図３Ａ〜Ｃに提示する。
【０１８６】
【表６】
2019517508.tif 000008
【０１８７】
図３Ａを参照すると、配列番号１の配列を有するペプチド並びにペプチド断片７１９−２０−１３、７１９−２０−１４、７１９−２０−１５及び７１９−２０−１６による、メラノーマ患者Ｐ７から採取したＴ細胞クローン（クローン２８−２及び５−２）の刺激が示される。各ペプチドは、クローン２８−２及び５−２からの強力な応答を誘発した。クローン２８−２のＳＩは、例外的に高く、これらのペプチドが異常に高い活性のあるＴ細胞クローンをがん患者のＴ細胞レパートリーから選択し得ることを示す。両方のクローンがＨＬＡ−ＤＱ６制限であったことから、これらの結果は、所与のＨＬＡクラスＩＩ分子によって提示されたこれらのペプチドを認識するＴ細胞のレパートリーが複雑であることをさらに示す。
【０１８８】
図３Ｂを参照すると、配列番号１の配列を有するペプチド並びにペプチド断片７１９−２０−２、７１９−２０−３、７１９−２０−４、７１９−２０−５、７１９−２０−６、７１９−２０−７、７１９−２０−８及び７１９−２０−９による、メラノーマ患者Ｐ９から採取したＴ細胞クローン（クローン９及び８０）の刺激が示される。メラノーマＰ９のＴ細胞クローン９の特に強力な刺激がペプチド断片７１９−２０、７１９−２０−３、７１９−２０−４、７１９−２０−５、７１９−２０−６及び７１９−２０−７において認められた。これらのＴ細胞クローンの両方がＨＬＡ−ＤＲ８制限であったことから、同じＨＬＡクラスＩＩ分子によって提示された同じペプチドを認識するＴ細胞が不均一であることが再び示される。
【０１８９】
図３Ｃを参照すると、配列番号１の配列を有するペプチド並びにペプチド断片７１９−２０−２、７１９−２０−４、７１９−２０−５及び７１９−２０−６による、肺がん患者Ｐ５から採取したＴ細胞クローン（クローン１０９；ＨＬＡ−ＤＲ８制限）の刺激が示される。各ペプチドは、クローン１０９からの強力な応答を誘発した。
【０１９０】
結論として、配列番号１のペプチド断片は、患者試料からのＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを問題なく刺激した。さらに、試験した１２／１７のペプチド断片が、試験した５つのＴ細胞クローン間で認識された。
【０１９１】
実施例３：配列番号１のＭＨＣクラスＩＩ結合モチーフ
配列番号１のＭＨＣクラスＩＩ結合モチーフ及びその配列の免疫原性断片を計算したものを表５に示す。
【０１９２】
【表７】
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【０１９３】
表５から明らかなように、配列番号１のポリペプチド及びその免疫原性断片は、広範囲のＨＬＡ分子に結合することができる（Ｔｈエピトープを提示するもののみを表５に示すことに留意されたい）。したがって、このポリペプチドは、非常に広範な患者集団にわたって免疫応答を生成することができる。
【０１９４】
実施例４：配列番号２の配列を有するポリペプチドのポリペプチド断片の免疫原性
ＣＤ４＋Ｔ細胞をメラノーマ患者（患者Ｐ７）及び卵巣がん患者（患者Ｐ１）から作製した。患者は、以前にがんワクチンの投与を受けていなかった。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、（下の表６に示すような）配列番号２又は１２のアミノ酸を含むその断片でインビトロ刺激した。Ｔ細胞増殖アッセイは、本明細書中に示すような材料及び方法セクションの通りに実施した。ＳＩ≧２を陽性と考えた。結果を図４に提示する。
【０１９５】
【表８】
2019517508.tif 000010
【０１９６】
図４を参照すると、配列番号２の配列を有するポリペプチド並びにポリペプチド断片７２５−２及び７２５−４による、メラノーマ患者Ｐ７及び卵巣がんＰ１から採取したＴ細胞の刺激が示される。
【０１９７】
配列番号２のポリペプチド断片は、患者試料からのＴ細胞を問題なく刺激した。さらに、試験した２／４のポリペプチド断片が、試験したがん患者間で認識された。
【０１９８】
実施例５：配列番号３の配列を有するポリペプチド及びその断片は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する能力がある
ＣＤ４＋Ｔ細胞を、がんワクチンの投与を受けていなかった膵がんを有する患者１名（患者Ｐ１）及び神経膠芽腫を有する患者１名（患者Ｐ５）から作製した。ＣＤ４＋Ｔ細胞を、（下の表７に示すような）配列番号３又は１２のアミノ酸を含むその断片でインビトロ刺激した。Ｔ細胞増殖アッセイは、本明細書中に示すような材料及び方法セクションの通りに実施した。ＳＩ≧３を陽性と考えた。結果を図５に提示する。
【０１９９】
【表９】
2019517508.tif 000011
【０２００】
図５を参照すると、配列番号３の配列を有するポリペプチド及びその断片は、非ワクチン接種膵がん及び神経膠芽腫患者においてＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発したことが示される。ＣＤ４＋Ｔ細胞の特に強力な刺激が膵がん患者におけるペプチド断片７２８−２において認められた一方、すべての断片が神経膠芽腫患者からの細胞を強力に刺激した。
【０２０１】
結論として、配列番号３及びその断片は、非ワクチン接種膵がん及び神経膠芽腫がん患者においてＣＤ４＋Ｔ細胞を刺激することができた。
【０２０２】
実施例６：配列番号１の配列を有するポリペプチドのポリペプチド断片は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する能力がある
配列番号１に特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞クローンを、配列番号１、２及び３の組み合わせのワクチン接種を受けた患者から作製し、配列番号１の１４−ｍｅｒペプチドの重複ライブラリーで刺激した。Ｔ細胞クローン増殖は、材料及び方法の通り、Ｔ細胞応答アッセイ（３Ｈ−チミジン取り込みによる増殖）を用いてペプチド刺激後に測定した。データを図６に示す。
【０２０３】
図６を参照すると、配列番号１に特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞クローンは、ＨＬＡ制限に応じて配列番号１ポリペプチドの異なる１４−ｍｅｒ断片を認識したことが示される。したがって、完全長配列番号１のワクチン接種は、異なるＨＬＡ制限のＴ細胞クローンが刺激されることから（例えば、ＨＬＡ−ＤＲ及びＨＬＡ−ＤＱ制限Ｔ細胞クローン）、広範なＣＤ４＋Ｔ細胞応答を生成する能力がある。
【０２０４】
結論として、配列番号１の配列を有するポリペプチドの断片は、異なるＨＬＡ制限のＴ細胞クローンにおけるＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発する能力があった。
【０２０５】
実施例７：イピリムマブと組み合わせてがんワクチンを受けた切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者からの臨床応答データ
臨床試験において、抗ＣＴＬＡ−４遮断薬及びがんワクチン（がん特異的なヘルパーＴ細胞応答を誘導する能力があるロングペプチドを含む）の併用療法について検討した。試験（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１３−００５５８２−３９）では、切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者において、イピリムマブ並びに配列番号１、２及び３のカクテルを含むがんワクチンの組み合わせについて検討した。
【０２０６】
イピリムマブは、活性化Ｔ細胞のサブセット上で発現される免疫調節分子であるヒト細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４、ＣＤ１５２）に特異的な完全ヒトモノクローナル免疫グロブリンである。イピリムマブにおける提起された作用機構は、ＣＴＬＡ−４の下方調節機能の阻害をもたらす、ＣＴＬＡ−４と抗原提示細胞上に発現されるＢ７同時刺激分子（ＣＤ８０又はＣＤ８６）との相互作用の破壊である。
【０２０７】
配列番号１、２及び３を含むがんワクチンは、幾つかのがんタイプの治療用に現在開発中の注射のための治療がんワクチンである。それは、天然に存在するタンパク質の断片、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素サブユニット（ｈＴＥＲＴ）を表し、且つがん特異的なヘルパーＴ細胞応答を誘導する能力がある、１５及び３０アミノ酸長の３つの合成ペプチドの混合物からなる。
【０２０８】
臨床試験
設計
これは、切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者におけるイピリムマブ／がんワクチンの組み合わせについての安全性及び耐容性を試験する第Ｉ／ＩＩａ相非盲検単一アーム介入試験であった。
【０２０９】
治療レジーム
患者にイピリムマブ並びに配列番号１、２及び３を含むがんワクチンを顆粒球マクロファージ−コロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）と一緒に投与した。イピリムマブは、全部で４用量を３週ごとに投与した。ＧＭ−ＣＳＦ及びがんワクチンは、イピリムマブの初回投与の７、５及び３日前に投与した。ＧＭ−ＣＳＦ及びがんワクチンの４回目投与は、イピリムマブの初回投与の１１日後に施し、次いでイピリムマブの各投与の３日前、その後、４週ごとに全部で最大９回、ワクチン投与した。
【０２１０】
結果
この試験に登録した最初の患者１４名のうちの１２名が適格であり、治療した。患者は、５８．７の平均年齢（４８〜７４の範囲）を有した。女性は、５名であり、男性は、７名であった。治療開始から５〜１４か月のフォローアップ期間で臨床応答データを収集したものを表８に示す。表８を参照すると、患者１２名中６名が臨床応答を有し、これらの３名が部分応答を有し、３名が安定疾患を有した。
【０２１１】
【表１０】
2019517508.tif 000012
【０２１２】
考察
上記の結果は、５０％の疾患制御率（部分若しくは完全応答又は安定疾患を有する患者の割合）を示す。Hodi et al. 2010は、類似患者集団における第３相試験からの結果を報告しており、そこでは、イピリムマブ単独を受ける患者群における疾患制御率（最良総合効果）が２８．５％であり（フォローアップ期間中央値が２７．８か月であり）、且つイピリムマブ及びがんワクチンｇｐ１００を受ける患者群における疾患制御率が２０．１％であった（フォローアップ期間中央値が２１か月であった）（Hodi et al. N Engl J Med. 2010 363(8)711-23）。重要なことに、現行試験における部分奏効率は２５％であった。Hodi et al. 2010は、イピリムマブ＋Ｇｐ１００群及びイピリムマブ単独群における部分奏効率がそれぞれ５．５％及び９．５％であることを報告した。Ｇｐ１００は、メラノソームタンパク質、糖タンパク質１００（Ｇｐ１００）に由来するＨＬＡ−Ａ＊０２０１−制限９−ｍｅｒペプチドを含むがんワクチンである。
【０２１３】
したがって、切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者が、ｈＴＥＲＴからの３つのロングペプチドを含むがんワクチンがイピリムマブと組み合わせて投与される場合に上の臨床試験において認められる疾患制御率は、イピリムマブが、単独で又はｇｐ１００に由来するショート（９−ｍｅｒ）ペプチドを含むがんワクチンと組み合わせて投与されるときの類似患者集団において認められる場合よりも明らかに高かった。特に、上の臨床試験の部分奏効率は、Hodi et al. 2010によって報告された場合よりも実質的に高かった。
【０２１４】
実施例８：がんワクチンをイピリムマブと組み合わせて投与された、切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者からの全生存データ
導入
本実施例は、実施例７に示すような臨床試験からのさらなるデータを提供する。
【０２１５】
結果
この試験に登録した最初の患者１４名のうちの１２名が適格であり、治療した。患者は、５８．７の平均年齢（４８〜７４の範囲）を有した。女性は、５名であり、男性は、７名であった。無作為化から１８か月目及び１２か月目の全生存（ＯＳ）率は、７５％（９／１２）であった。
【０２１６】
全生存中央値には依然として達していなかった。しかし、１８〜２８か月の範囲の生存における利用可能なフォローアップデータによると、全生存中央値は、少なくとも１８か月であった。一般に、全生存は、臨床試験における無作為化から任意の原因による死亡までの期間の長さと定義される。
【０２１７】
考察
Hodi et al. 2010は、１年ＯＳ率が、イピリムマブ単独を受ける患者群において４６％であり、イピリムマブ及びがんワクチンｇｐ１００を受ける患者群において４４％である類似患者集団における第３相試験からの結果を報告している（Hodi et al. N Engl J Med. 2010 363(8):711-23）。Ｇｐ１００は、メラノソームタンパク質、糖タンパク質１００（Ｇｐ１００）に由来するＨＬＡ−Ａ＊０２０１−制限９−ｍｅｒペプチドを含むがんワクチンである。Hodiは、イピリムマブ単独群における１０．１か月及びイピリムマブ＋ｇｐ１００群における１０．０か月の全生存中央値を報告した。生存におけるフォローアップ期間中央値は、イピリムマブ単独を受ける患者群及びイピリムマブ＋ｇｐ１００を受ける患者群においてそれぞれ２７．８か月及び２１か月であった。
【０２１８】
したがって、切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者が、ｈＴＥＲＴからの３つのロングペプチドを含むがんワクチンをイピリムマブと組み合わせて受ける、上の臨床試験における１年全生存及び全生存中央値は、イピリムマブが、単独で又はｇｐ１００に由来するショート（９−ｍｅｒ）ペプチドを含むがんワクチンと組み合わせて投与されるときの類似患者集団において認められる場合よりも明らかに高かった。
【０２１９】
実施例９：がんワクチンをイピリムマブと組み合わせて受けたメラノーマ患者と比べた、がんワクチン単独を受けた肺及び前立腺がん患者からの試料における免疫応答の誘導
配列番号１、２及び３を含む治療がんワクチンは、２つの第１／２Ａ相臨床試験における肺がんを有する患者（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１２−００１８５２−２０）及び前立腺がんを有する患者（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１２−００２４１１  −２６）の各々において検討されている。
【０２２０】
抗ＣＴＬＡ−４抗体イピリムマブ並びに配列番号１、２及び３を含むがんワクチンを用いた併用療法は、メラノーマにおける臨床試験（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１３−００５５８２−３９）において検討されている。
【０２２１】
治療レジーム
肺及び前立腺がん試験：
試験は、アンドロゲン感受性転移性前立腺がんを有する患者及び非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を有する患者における放射線療法及び／又は化学療法の各々の完了後の、配列番号１、２及び３を含むがんワクチンの非盲検用量漸増第Ｉ／ＩＩａ相試験であった。配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦを１、３及び５日目、次いで２、３、４、６及び８週目に投与し、その後、最大６か月にわたって毎月ワクチン接種した。
【０２２２】
メラノーマ試験：
切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者は、イピリムマブ並びに配列番号１、２及び３を含むがんワクチンをＧＭ−ＣＳＦと一緒に受けた。イピリムマブは、標準的手順に従い、３週ごとに全部で４用量投与した。配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦは、イピリムマブの治療前及びその間に投与し、その後、ワクチンは、４週ごとに全部で最大９用量投与した。より具体的には、配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦは、イピリムマブの初回投与の７、５及び３日前に投与した。ＧＭ−ＣＳＦ及びがんワクチンの４回目用量は、イピリムマブの初回投与の１１日後に投与し、次いでイピリムマブの各投与の３日前に投与し、その後、ワクチンは、４週ごとに全部で最大９用量投与した。
【０２２３】
免疫応答分析
免疫応答は、材料及び方法の通り、治療前、その間及びその後、収集した患者血液試料を用いてＴ細胞応答アッセイ（３Ｈ−チミジン取り込みによる増殖）により測定した。特異的Ｔ細胞応答は、ワクチンペプチドの少なくとも１つ又はペプチドの組み合わせに対するペプチド応答がバックグラウンドの少なくとも３倍であった場合（刺激指標ＳＩ≧３）、陽性と考えた。試験中、配列番号１、２又は３のペプチドのいずれかに対して陽性の特異的Ｔ細胞応答を生じさせる任意の患者を免疫応答者と定義した。
【０２２４】
結果
配列番号１、２及び３を含むがんワクチンの３００μｇでのワクチン接種後の免疫応答データは、前立腺がん試験における患者７名及び肺がん試験における患者６名から入手可能であった。メラノーマ試験（すなわち３００μｇのがんワクチンとイピリムマブとの組み合わせ）における患者１１名からの血液試料も免疫応答分析用に入手可能であった。データを図７にまとめる。
【０２２５】
図７を参照すると、ワクチン接種後の異なる時点でワクチンに対する陽性免疫応答を生じさせた患者の百分率が示される。全体として、メラノーマ試験における１０／１１（９１％）の患者が陽性免疫応答を有した。陽性応答を有しなかった患者１名では、４週目に１つのワクチン接種後血液試料のみが入手可能であった。全体として、組み合わせた前立腺がん群及び肺がん群における患者の８６％が陽性免疫応答を有した。がんワクチン及びイピリムマブの併用治療を受けた患者は、がんワクチン単独を受けた患者よりも迅速に免疫応答を生じさせた。４週目において、がんワクチン及びイピリムマブの組み合わせを受けた患者の５５％が免疫応答を有した一方、がんワクチン単独を受けた患者の過半数（５４％）が免疫応答を生じさせるまでに１０週間かかった。メラノーマ試験における患者２名、前立腺がん試験における患者２名及び肺がん試験における患者１名は、ワクチンペプチドの１つに対する自然免疫応答を有し、すべてがワクチン接種により強化された。
【０２２６】
したがって、図７の結果は、がんワクチン及びイピリムマブの併用治療を受けた患者が、がんワクチン単独を受けた患者よりも迅速にワクチンのポリペプチドに対する免疫応答を開始させたことを示す。全体として、がんワクチン及びイピリムマブの併用治療を受けた患者は、がんワクチン単独を受けた患者と比べてより高い割合で試験中にワクチンのポリペプチドの１つに対して免疫応答を生じさせた。
【０２２７】
実施例１０：がんワクチン及びイピリムマブの組み合わせは、がんの治療における相乗効果をもたらす
配列番号１、２及び３を含む治療がんワクチンは、肺がんを有する患者（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１２−００１８５２−２０）及び前立腺がんを有する患者（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１２−００２４１１−２６）の各々における２つの第１／２Ａ相臨床試験で検討されている。
【０２２８】
抗ＣＴＬＡ−４抗体イピリムマブ並びに配列番号１、２及び３を含むがんワクチンを用いた併用療法は、メラノーマにおける臨床試験（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１３−００５５８２−３９）で検討されている。
【０２２９】
治療レジーム
肺及び前立腺がん試験：
試験は、アンドロゲン感受性転移性前立腺がんを有する患者及びＮＳＣＬＣを有する患者における放射線療法及び／又は化学療法の各々の完了後の、配列番号１、２及び３を含むがんワクチンの非盲検用量漸増第Ｉ／ＩＩａ相試験であった。配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦを１、３及び５日目、次いで２、３、４、６、８及び１０週目に投与し、その後、最大６か月にわたって毎月注射した。
【０２３０】
メラノーマ試験：
切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者は、イピリムマブ並びに配列番号１、２及び３を含むがんワクチンをＧＭ−ＣＳＦと一緒に受けた。イピリムマブは、標準的手順に従い、３週ごとに全部で４用量投与した。配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦは、イピリムマブの治療前及びその間に投与し、その後、ワクチンは、４週ごとに全部で最大９用量投与した。より具体的には、配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦは、イピリムマブの初回投与の７、５及び３日前に投与した。ＧＭ−ＣＳＦ及びがんワクチンの４回目用量は、イピリムマブの初回投与の１１日後に投与し、次にイピリムマブの各投与の３日前に投与し、その後、ワクチンは、４週ごとに全部で最大９用量投与した。
【０２３１】
免疫応答分析
免疫応答は、材料及び方法に示す通り、治療前、その間及びその後、収集した患者血液試料を用いてＴ細胞応答アッセイ（３Ｈ−チミジン取り込みによる増殖）により測定した。特異的Ｔ細胞応答は、ワクチンペプチドの少なくとも１つ又はペプチドの組み合わせに対するペプチド応答がバックグラウンドの少なくとも３倍であった場合（刺激指標ＳＩ≧３）、陽性と考えた。試験中、配列番号１、２又は３のペプチドのいずれかに対して陽性の特異的Ｔ細胞応答を生じさせる任意の患者を免疫応答者と定義した。
【０２３２】
結果
肺及び前立腺がん試験：
肺及び前立腺がん試験からの３００μｇの投与コホートについての組み合わせデータを表９Ａに示す。応答患者におけるデータのみを含める。ワクチン接種患者１３名のうちの応答患者１１名では、がんワクチンにおける配列番号１、２又は３のペプチドの少なくとも１つに対して陽性免疫応答を得るのに１患者あたり平均７．６回（６〜１１回の範囲）のがんワクチン注射が必要とされた。これは、１患者あたり平均用量２．３ｍｇ（１．８〜３．３ｍｇの範囲）のがんワクチンに対応する。この患者群におけるピーク免疫応答の平均強度（ＳＩ）は、１５．５（３．７〜３４．５の範囲）であった。
【０２３３】
【表１１】
2019517508.tif 000013
【０２３４】
メラノーマ試験：
この試験では、同じがんワクチン用量（３００μｇ／注射）を用いた。データを表９Ｂに示す。この群における１１名中１０名の患者は、ワクチン接種後のがんワクチンに対する陽性免疫応答を開始した。患者１０名において陽性免疫応答を得るために必要とされるがんワクチン注射の平均回数は、５回（３〜７回の範囲）であった。これは、１患者あたり平均用量１．５ｍｇ（０．９〜２．１ｍｇの範囲）のがんワクチンに対応する。この患者群におけるピーク免疫応答の平均強度（ＳＩ）は、２０．２（３．９〜５６．３の範囲）であった。
【０２３５】
【表１２】
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【０２３６】
考察
がんの治療において配列番号１、２及び３を含むがんワクチンをＣＴＬＡ−４遮断薬イピリムマブと組み合わせるとき、表９Ａ及び９Ｂに提示したデータは、相乗効果を明示する。これは、ワクチンに対する測定可能な免疫応答を開始するための患者の免疫系によって必要とされる期間の有意な短縮（表９Ｃに概説される）及びその後の免疫応答の強さの両方により明示される。増加する腫瘍量を有する患者では、腫瘍の制御を得る上で期間が重要であり、早期免疫応答が必須となる。したがって、５回の注射（１５日）〜７．６（８）回の注射（３６日）での時間差は関連性が高い。別の重要な成功パラメータは、免疫応答の強さである。強い免疫応答は、弱い応答よりも臨床効果を有する可能性が高く、そのため、組み合わせ試験において認められた２０．２の平均ピークＳＩは、好ましくは、がんワクチンが単独投与されるときに認められた１５．５の平均ピークＳＩに匹敵する。
【０２３７】
【表１３】
2019517508.tif 000015
【０２３８】
結論として、ロングペプチドに基づくワクチン（すなわち配列番号１、２及び３の配列を有するポリペプチドを含む）と組み合わせたＣＴＬＡ−４遮断の役割の分析からのデータによると、がん患者においてＣＴＬＡ−４遮断をペプチドワクチン誘導Ｔ細胞応答と組み合わせるとき、相乗効果の例が初めて提供される。この相乗効果は、患者がワクチンのペプチドに対する陽性免疫応答を開始するのにかかる期間の短縮、より強力な免疫応答、及び改善された臨床応答（すなわち実施例７によって示される通り）を含んだ。全体として、これらのデータは、がん治療における臨床像をさらに変えることが期待される、新型のがんワクチン−チェックポイント阻害剤治療にとっての強力な理論的根拠を提供する。
【０２３９】
実施例１１：イピリムマブと組み合わせたがんワクチンを受けたメラノーマ患者からの試料における広範な免疫応答の誘導
配列番号１、２及び３を含む治療がんワクチンは、肺がんを有する患者（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１２−００１８５２−２０）及び前立腺がんを有する患者（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１２−００２４１１−２６）の各々における２つの第１／２Ａ相臨床試験で検討されている。
【０２４０】
抗ＣＴＬＡ−４抗体イピリムマブ並びに配列番号１、２及び３を含むがんワクチンを用いた併用療法は、メラノーマにおける臨床試験（ＥｕｄｒａＣＴ番号：２０１３−００５５８２−３９）で検討されている。
【０２４１】
治療レジーム
肺及び前立腺がん試験：
試験は、アンドロゲン感受性転移性前立腺がんを有する患者及びＮＳＣＬＣを有する患者における放射線療法及び／又は化学療法の各々の完了後の、配列番号１、２及び３を含むがんワクチンの非盲検用量漸増第Ｉ／ＩＩａ相試験であった。配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦを１、３及び５日目、次いで２、３、４、６、８及び１０週目に投与し、その後、最大６か月にわたって毎月注射した。３つの異なる用量群におけるワクチンは、１００、３００及び７００μｇであった一方、アジュバント用量は、ＧＭ−ＣＳＦの７５μｇであった。
【０２４２】
メラノーマ試験：
切除不能又は転移性悪性メラノーマを有する患者は、イピリムマブ並びに配列番号１、２及び３を含むがんワクチンをＧＭ−ＣＳＦと一緒に受けた。イピリムマブは、標準的手順に従い、３週ごとに全部で４用量投与した。配列番号１、２及び３を含むがんワクチン並びにＧＭ−ＣＳＦは、イピリムマブの治療前及びその間に投与し、その後、ワクチンは、４週ごとに全部で最大９用量投与した。ワクチン用量は、３００μｇであった一方、アジュバント用量は、ＧＭ−ＣＳＦの７５μｇであった。
【０２４３】
免疫応答分析
免疫応答は、材料及び方法に示す通り、治療前、その間及びその後、収集した患者血液試料を用いてＴ細胞応答アッセイ（３Ｈ−チミジン取り込みによる増殖）により測定した。特異的Ｔ細胞応答は、ペプチド応答がバックグラウンドの少なくとも３倍であった場合（刺激指標ＳＩ≧３）、陽性と考えた。免疫応答は、配列番号１、２又は３の各個別ペプチドに対して測定した。
【０２４４】
結果
ワクチン接種後に配列番号１、２又は３の個別ペプチドのすべてに対して陽性免疫応答を有する患者の割合を下の表１０に提示する。
【０２４５】
【表１４】
2019517508.tif 000016
【０２４６】
考察
実施例９で考察のように、がんワクチン及びイピリムマブの併用治療を受けたメラノーマ患者の９１％は、ワクチンのポリペプチドの１つに対する免疫応答を生じさせた。本実施例は、がんワクチン及びイピリムマブの併用治療を受けたメラノーマ患者において広範な免疫応答が生じたことをさらに示す。これは、ワクチン接種をＣＴＬＡ４遮断薬イピリムマブと組み合わせたとき、配列番号１、２及び３の３つすべてのワクチン接種ペプチドに対して免疫応答を生じさせる患者の割合が、ワクチン接種を単独に施したとき（すなわち前立腺及び肺がん患者において）と比べてより大きいことにより明示される。したがって、表１０に提示するデータは、がんの治療において配列番号１、２及び３を含むがんワクチンをＣＴＬＡ−４遮断薬イピリムマブと組み合わせるときの相乗効果をさらに示す。広範な免疫応答は、好ましい臨床成績に関連することが知られている（Kenter et al. N Engl J Med. 2009 Nov 5; 361(19):1838-47）。
【０２４７】
結論として、実施例１１からのデータは、配列番号１、２及び３を含むがんワクチンをＣＴＬＡ−４遮断薬イピリムマブと組み合わせるときのがんの治療における相乗効果に関するさらなる証拠を広範な免疫応答の誘導の形態で提供する。
【０２４８】
全体として、上記実施例におけるデータは、自己抗原に対するロングペプチドがんワクチンを抗ＣＴＬＡ−４抗体と組み合わせることで、ワクチン単独の投与と比べてワクチンに応答する患者の数が増加し（評価可能な患者の９１％）、応答がより早いように見られ、より強力であり、ワクチン接種の低減を必要とし、且つワクチンの３つすべての成分に対する免疫応答（すなわち広範な免疫応答）を開始することができる患者の割合が高まるといった利点をもたらすことを示す。ワクチン応答のこの増幅は、この組み合わせを投与するとき、イピリムマブを単独投与するときと比べてより高い臨床的有用性をもたらす。
【０２４９】
【表１５】
2019517508.tif 000017
【０２５０】
【表１６】
2019517508.tif 000018
【０２５１】
【表１７】
2019517508.tif 000019
【０２５２】
【表１８】
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【０２５３】
【表１９】
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【０２５４】
【表２０】
2019517508.tif 000022
【０２５５】
【表２１】
2019517508.tif 000023
【図１】
2019517508.tif 000024
【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
2019517508.tif 000026
【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５】
2019517508.tif 000031
【図６】
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【図７】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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