(57)【要約】加齢黄斑変性症（ＡＭＤ）の抗ＶＥＧＦ剤による治療に対する応答のマーカーとしての網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法。本明細書ではさらに、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法を開示する。特定された遺伝子変異型は、ＭＥＣＯＭ遺伝子、ＮＴＲＫ３遺伝子及びＡＮＫ２遺伝子において染色体Ｘｐ．２２．３上の遺伝子不含領域に見つかる。
2019503665.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、
（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の前記集団の網膜内液に、統計学的に関連付けること
を含み、前記１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、前記方法。
【請求項２】
網膜内嚢胞様液の欠如が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と比べた場合の、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における視力の改善である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記の関連性のｐ値が、１×１０−６以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
１年間処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の欠如のオッズに対する、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズの比率が、０．５以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
１年間処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のオッズに対する、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズの比率が、４以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
１年間処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の欠如のオッズに対する、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズの比率が、３以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子変異型が一塩基多型である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記一塩基多型が、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２、ｒｓ５９６２０９５、ｒｓ２１０６１２４、ｒｓ１８７９７９６、ｒｓ１２１４８８４５、ｒｓ１２１４８１００、ｒｓ１７４８２８８５及びｒｓ１７６２９０１９から構成される群から選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ｉ）抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の前記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含む、前記方法。
【請求項１０】
ステップ（ａ）の前に、前記の抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰を、新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰と比較することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ステップ（ａ）の前に、前記対象からのＤＮＡ試料の遺伝子型判定が行われる、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記の統計学的関連付けが、ロジスティック回帰分析を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記解剖学的転帰が、網膜内嚢胞様浮腫の存在である、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記解剖学的転帰が、視覚の向上／視力の改善である、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
前記解剖学的転帰が、網膜内液の減少である、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
前記の関連性のｐ値が、１×１０−５以下である、請求項９に記載の方法。
【請求項１７】
網膜内用アフリベルセプトで処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少のオッズに対する、網膜内用アフリベルセプトで処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少のオッズの比率が、０．５以下である、請求項９に記載の方法。
【請求項１８】
前記遺伝子変異型が一塩基多型である、請求項９に記載の方法。
【請求項１９】
前記１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、網膜内液の減少と関連付けられる、請求項９に記載の方法。
【請求項２０】
前記一塩基多型が、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２及びｒｓ５９６２０９５から構成される群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
１５文字の増加である、請求項９に記載の方法。
【請求項２２】
前記一塩基多型が、ｒｓ２１０６１２４、ｒｓ１８７９７９６、ｒｓ１２１４８８４５及びｒｓ１２１４８１００から構成される群から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による継続的積極的処置の必要性がより低い新生血管加齢黄斑変性症対象と比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による継続的積極的処置のより高い必要性と関連付けられる、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記一塩基多型が、ｒｓ１７４８２８８５及びｒｓ１７６２９０１９から構成される群から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、
（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の前記集団の網膜内嚢胞様浮腫（液）に、統計学的に関連付けること
を含み、前記１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ遺伝子変異型対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内嚢胞様浮腫（液）のレベルと比べた場合の、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ遺伝子変異型対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内嚢胞様浮腫（液）のより低いレベルと関連付けられる、前記方法。
【請求項２６】
前記の網膜内嚢胞様液のより低いレベルが、視力の改善と相関している、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記の関連性のｐ値が、１×１０−６以下である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
１年間処置されかつ対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズに対する、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で１年間処置されかつ対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズの比率が、０．５以下である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
１年間処置されかつ対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズに対する、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で１年間処置されかつ対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズの比率が、４以下である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
１年間処置されかつ対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の欠如のオッズに対する、網膜内用抗ＶＥＧＦ剤で１年間処置されかつ対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の存在のオッズの比率が、３以下である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３１】
前記遺伝子変異型が一塩基多型である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３２】
前記一塩基多型が、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２、ｒｓ５９６２０９５、ｒｓ２１０６１２４、ｒｓ１８７９７９６、ｒｓ１２１４８８４５、ｒｓ１２１４８１００、ｒｓ１７４８２８８５及びｒｓ１７６２９０１９から構成される群から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ｉ）抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の前記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含む、前記方法。
【請求項３４】
ステップ（ａ）の前に、前記の抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰を、新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰と比較することをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３５】
ステップ（ａ）の前に、前記対象からのＤＮＡ試料の遺伝子型判定が行われる、請求項２３に記載の方法。
【請求項３６】
前記の統計学的関連付けが、ロジスティック回帰分析を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項３７】
前記解剖学的転帰が、網膜内嚢胞様浮腫の存在である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３８】
前記解剖学的転帰が、視覚の向上／視力の改善である、請求項２３に記載の方法。
【請求項３９】
前記解剖学的転帰が、網膜内液の減少である、請求項２３に記載の方法。
【請求項４０】
前記の関連性のｐ値が、１×１０−５以下である、請求項２３に記載の方法。
【請求項４１】
網膜内用アフリベルセプトで処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少のオッズに対する、網膜内用アフリベルセプトで処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少のオッズの比率が、０．５以下である、請求項２３に記載の方法。
【請求項４２】
前記遺伝子変異型が一塩基多型である、請求項２３に記載の方法。
【請求項４３】
前記１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、網膜内液の減少と関連付けられる、請求項２３に記載の方法。
【請求項４４】
前記一塩基多型が、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２及びｒｓ５９６２０９５から構成される群から選択される、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
前記視覚の向上／視力の改善が、１５文字の増加である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４６】
前記遺伝子変異型が、ｒｓ２１０６１２４、ｒｓ１８７９７９６、ｒｓ１２１４８８４５及びｒｓ１２１４８１００から構成される群から選択される一塩基多型である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４７】
前記１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による継続的積極的処置のより高い必要性と関連付けられる、請求項２５に記載の方法。
【請求項４８】
前記遺伝子変異型が、ｒｓ１７４８２８８５及びｒｓ１７６２９０１９から構成される群から選択される一塩基多型である、請求項４７に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１５年１２月３日に出願された米国仮特許出願第６２／２６２，５８９号及び２１０６年２月４日に出願された米国仮特許出願第６０／２９１，２７４号の利益を主張するものであり、本願において参照によりそれらの両方の内容全体を本明細書に援用する。
【背景技術】
【０００２】
黄斑変性症は、網膜内液が蓄積し、網膜を損傷して視野の中心での視覚の喪失を招くことがある、重篤な病状である。黄斑変性症は、加齢性のものであり得る。「乾燥型」（非滲出型）及び「湿潤型」（「新生血管型」または「滲出型」）の黄斑変性症が認識されている。
【０００３】
新生血管黄斑変性症では、視覚喪失が異常血管成長（脈絡膜血管新生）に起因し得る。網膜における異常血管の増殖は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）によって刺激される。新しい血管は脆く、黄斑の下における血液及びタンパク質の漏出につながることがある。これらの血管による出血、漏出及び瘢痕化は最終的に光受容体に対する不可逆的損傷及び急速な視覚喪失を招く可能性がある。
【０００４】
アイリーア（登録商標）（アフリベルセプト）注射剤及びルセンティス（著作権）（ラニビズマブ）は、湿潤型黄斑変性症の処置のために米国及びヨーロッパにおいて承認されているバイオ医薬である。アフリベルセプト及びラニビズマブはＶＥＧＦ阻害剤である。
【発明の概要】
【０００５】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ｉ）アフリベルセプトまたはラニビズマブを投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含む、当該方法を開示する。
【０００６】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【０００７】
本明細書では、網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の網膜内液に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ遺伝子変異型対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ遺伝子変異型対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のより低いレベルと関連付けられる、当該方法を開示する。
【０００８】
本明細書に組み込まれかつ本明細書の一部を構成している添付の図面は、開示される方法及び構成物のいくつかの実施形態を例示しており、記載と併せて、開示される方法及び構成物の原理を説明するのに役立つ。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】ＶＩＥＷ１試験において視力、解剖学的転帰及び処置頻度によって測られる抗ＶＥＧＦ剤応答に関連する遺伝子変異型を特定するのに用いられる統計学的研究の概略図を示す。
【図２】ＶＩＥＷ１完全解析セットにおいて認められた分布を反映していた性別、年齢、人種、視力及び病巣タイプを含むＰＧｘ補助研究のベースライン特性及び臨床人口統計データを示す。
【図３】米国及びカナダ（約９６％の白人を無作為化）の１５４箇所の場所におけるＶＩＥＷ１研究のための最終試料セットを生成するためにチップ上のＳＮＰに適用される品質対照尺度を示す。
【図４】ＶＩＥＷ１試験のための最終試料セットを生成するためにチップ上のＳＮＰに適用される品質対照尺度を示す。
【図５】解剖学的応答、つまりＸ染色体ＳＮＰ（ｒｓ２０５６６８８）を示したものであり、それは解剖学的転帰との最も高い関連性を示し、５２週目において、０．２５７８のオッズ比（ＯＲ）及び、網膜内液の存在との点毎の関連性（ｐ値７．２７×１０−７）が実証された。
【図６】ｒｓ２０５６６８８のＳＮＰが非コード領域に位置していたこと、及び推定変異型の約４００ｋｂ上流に最近接関連機能性遺伝子（プロテインキナーゼＸ関連（ＰＲＫ−Ｘ））の位置が特定されたことを示す。
【図７】さらなる近隣ＳＮＰが用量効果を示したことを示す。
【図８】実施例１の研究で特定されたＳＮＰを示す。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
詳細な説明
開示される方法及び構成物は、特定の実施形態及びその中に含まれる実施例についての以下の詳細な説明と、図面ならびにそれらの上記及び下記の記載を参照することによってより容易に理解され得る。
【００１１】
特に指定しない限り、開示される方法及び構成物が具体的な合成方法、具体的な分析技法または特定の試薬に限定されず、それゆえ変化し得る、ということは理解されるべきである。また、本明細書において使用する専門用語が特定の実施形態を説明するためのものに過ぎず、限定を意図してないということも、理解されるべきである。
【００１２】
開示される方法及び構成物が、記載されている特定の方法論、プロトコール及び試薬に限定されないことは理解される、というのも、これらは変化し得るからである。また、本明細書において使用する専門用語が特定の実施形態を説明するためのものであるに過ぎず、別記の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定することを意図していない、ということも理解されるべきである。
【００１３】
本明細書において明記される何らかの方法または態様が、特定の順序でそのステップが実施されることを要求していると解釈されることは、明示的に別段の定めをした場合を除き、決して意図されない。したがって、方法に関する請求項が、ステップを具体的な順序に限定すべきと特許請求の範囲または記載の中で具体的に述べていない場合、順序が暗示されることはいかなる点においても決して意図されない。このことは、ステップもしくは操作フローの並べ方に関する論理的事項、文法構造もしくは句読点に由来する単純な意味合い、または明細書中に記載の態様の数もしくはタイプを含めて、可能ないかなる非明示的解釈基準に対しても成り立つ。
【００１４】
開示される方法及び構成物のために使用されることができるか、それらと共に使用されることができるか、それらに備えて使用されることができるか、またはそれらの産物である、材料、構成物及び成分を開示する。これら及びその他の材料は本明細書中に開示されており、また、これらの材料の組み合わせ、部分集合、相互作用、群などが開示される場合、これらの複合物の個別及び集合としての様々な各々の組み合わせ及び並び替えについての具体的言及が明確に開示されていなくとも各々が本明細書において具体的に企図及び記載されていることは理解される。例えば、ＰＲＲ拮抗薬の開示及び記述があり、行うことのできるいくつかの改変についての記述があるならば、ＰＲＲ拮抗薬及び可能な改変のありとあらゆる組み合わせ及び並べ替えは、逆の具体的指示がなされていない限り、具体的に企図されている。したがって、ある部類の分子Ａ、Ｂ及びＣが開示されるとともにある部類の分子Ｄ、Ｅ及びＦならびに一例としての組み合わせ分子Ａ−Ｄが開示されているならば、たとえ各々が個別に挙げられておらずとも、各々が個別及び集合的に企図されている。したがって、この例では、Ａ、Ｂ及びＣ；Ｄ、Ｅ及びＦ；ならびに組み合わせ例Ａ−Ｄの開示により、各組み合わせＡ−Ｅ、Ａ−Ｆ、Ｂ−Ｄ、Ｂ−Ｅ、Ｂ−Ｆ、Ｃ−Ｄ、Ｃ−Ｅ及びＣ−Ｆは具体的に企図され、かつ開示されているとみなされるべきである。同様に、これらのいかなる部分集合または組み合わせも具体的に企図及び開示されている。したがって、例えば、Ａ、Ｂ及びＣ；Ｄ、Ｅ及びＦ；ならびに組み合わせ例Ａ−Ｄの開示により、Ａ−Ｅ、Ｂ−Ｆ及びＣ−Ｅの小群が具体的に企図され、かつ開示されているとみなされるべきである。この概念は、限定されないが本開示の構成物を作製及び使用する方法のステップを含めて本願のあらゆる態様に当てはまる。したがって、実施することができる種々の付加的なステップがあるならば、これらの付加的なステップの各々を、開示されている方法の任意の具体的な実施形態または実施形態の組み合わせと共に実施することができること、及びそのような組み合わせの各々が具体的に企図され、かつ開示されているとみなされるべきであることが理解される。
【００１５】
定義
本明細書及び別記の特許請求の範囲において使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈から明確に別段の定めがなされない限り、複数形への言及を包含する。したがって、例えば、「医薬担体」への言及は２つ以上のそのような担体の混合物などを包含する。
【００１６】
本明細書の記載及び特許請求の範囲の全体を通して、「ｃｏｍｐｒｉｓｅ（含む）」という用語及びその言葉の変形、例えば「含んでいる」及び「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ（含む）」は、「非限定的に含む」ことを意味するものであり、例えば他の添加物、成分、完全体またはステップを排除することは意図されない。とりわけ、１つ以上のステップまたは操作を含むものとして記されている方法においては、各ステップがそのステップにおいて列挙されていない他の添加剤、成分、整数またはステップを排除することは意図されないという意味で、各ステップは（そのステップが「から構成される」などの用語を含んでいない限り）列挙されているものを含むことが具体的に企図される。
【００１７】
範囲は、本明細書において、「約」ある特定値から、かつ／または「約」別の特定値まで、のように表現することができる。そのような範囲が表されている場合、別の実施形態は、一方の特定値から、かつ／または他方の特定値までを含む。同様に、「約」という先行詞を使用することによって値が近似として表されている場合には特定値が別の実施形態を形成する、ということは理解されよう。さらに、各範囲の終点が他の終点に関して、及び他の終点と独立しての双方で意義を成すことは、理解されよう。また、本明細書にいくつかの値が記載されていること、及び本明細書において各値がその値自体に加えて「約」その特定値としても開示されていることも、理解される。例えば、値「１０」が開示されているならば、「約１０」もまた開示されている。さらに、当業者には適切に理解されるように、ある値が開示されている場合にはその値「以下」、「その値以上」、及び値間の可能な範囲もまた開示されていることも、理解される。例えば、値「１０」が開示されているならば、「１０以下」及び「１０以上」も開示されている。さらに、本願全体を通して、データがいくつかの異なる形式で提供されていること、及びこれらのデータが終点、始点及びデータ点の任意の組み合わせについての範囲を表すことも、理解される。例えば、特定のデータ点「１０」及び特定のデータ点「１５」が開示されているならば、１０超及び１５超、１０以上及び１５以上、１０未満及び１５未満、１０以下及び１５以下、ならびに１０に等しい及び１５に等しい、ならびに１０〜１５が開示されているとみなされることは理解される。例えば、１０及び１５が開示されているならば、１１、１２、１３及び１４もまた開示されている。
【００１８】
「場合による」または「場合によって」は、後に記載されている事象または状況が起こってもよいし起こらなくてもよいこと、及び上記事象または状況が起こる場合とそれが起こらない場合とが記載に含まれることを、意味する。
【００１９】
本明細書において使用する「または」という用語は、特定の列挙のいずれか１つのメンバーを意味し、さらに、その列挙の任意の組み合わせを含む。
【００２０】
本明細書において使用する場合、「対象」という用語は、個体を意味する。一態様において、対象はヒトなどの哺乳動物である。一態様において、対象は非ヒト霊長類であることができる。非ヒト霊長類は、数例を挙げれば、マーモセット、サル、チンパンジー、ゴリラ、オランウータン及びテナガザルを含む。「対象」という用語はまた、飼育動物、例えば猫や犬、家畜（例えば、ウシ（乳牛）、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど）、実験動物（例えば、フェレット、チンチラ、マウス、ウサギ、ラット、アレチネズミ、モルモットなど）及び鳥類（例えば、ニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、キジ、ｐｉｇｅｏｎｓ（ハト）、ｄｏｖｅｓ（ハト）、オウム、オカメインコ、ガチョウなど）を含む。対象はまた、限定されないが、魚類（例えば、ゼブラフィッシュ、キンギョ、ティラピア、サケ及びマス）、両生類及び爬虫類を含むことができる。本明細書において使用する場合、「対象」は、「患者」に同じであり、その用語は互換的に使用することができる。
【００２１】
「多型」という用語は、ある集団において遺伝学的に判定される１つ以上の代替配列または対立遺伝子の発生を指す。「多型部位」は、配列変化が起こる遺伝子座のことである。多型部位は、少なくとも１つの対立遺伝子を有する。二対立遺伝子多型は２つの対立遺伝子を有する。三対立遺伝子多型は３つの対立遺伝子を有する。二倍体生物は対立形質のホモ接合体またはヘテロ接合体であり得る。多型部位は、わずか１塩基対である場合がある。多型部位の例としては、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）、可変数タンデム反復（ＶＮＴＲ）、超可変領域、ミニサテライト、ジヌクレオチド反復、トリヌクレオチド反復、テトラヌクレオチド反復、及び単純反復配列が挙げられる。本明細書において使用する場合、「多型」への言及は、１セットの多型（すなわちハプロタイプ）を包含することができる。
【００２２】
「一塩基多型（ＳＮＰ）」は、単一のヌクレオチドによって占有される多型部位において起こることがあり、それは、対立遺伝子配列間の変異部位である。その部位は、対立遺伝子の高度に保存された配列が先行及び後行していることがある。ＳＮＰは、多型部位において１つのヌクレオチドが別のヌクレオチドによって置き換わることによって生じることがある。１つのプリンが別のプリンで置き換わること、または１つのピリミジンが別のピリミジンで置き換わることは、塩基転位と呼ばれる。プリンがピリミジンで置き換わること、またはその逆は、塩基転換と呼ばれる。同義ＳＮＰは、コードされたポリペプチドのアミノ酸配列を変えない、コード領域での１つのヌクレオチドの別のヌクレオチドによる置換を指す。非同義ＳＮＰは、コードされたポリペプチドのアミノ酸配列を変える、コード領域での１つのヌクレオチドの別のヌクレオチドによる置換を指す。ＳＮＰは、基準対立遺伝子に対する１つ以上のヌクレオチドの欠失または挿入によっても生じ得る。
【００２３】
「１セットの」多型は、１つ以上の多型、例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、または６つ超の多型を意味する。
【００２４】
本明細書において使用する場合、「核酸」、「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は、任意の長さのヌクレオチドの高分子形態であることができ、ＤＮＡまたはＲＮＡであることができ、さらに、一本鎖または二本鎖であることができる。核酸は、プロモーター及びその他の調節配列を含むことができる。オリゴヌクレオチドは、合成手段によって調製することができる。核酸は、いずれか１つの多型部位を跨ぐかまたはそれに隣接する、ＤＮＡの部分またはその相補体を含む。当該部分は、５〜１００連続塩基であることができ、５、１０、１５、２０または２５ヌクレオチドを下限とし１０、１５、２０、２５、３０、５０または１００ヌクレオチドを上限とする範囲（上限は下限よりも大きいものとする）にあることができる。５〜１０、５〜２０、１０〜２０、１２〜３０、１５〜３０、１０〜５０、２０〜５０または２０〜１００塩基の核酸が一般的である。多型部位は、当該部分のいかなる位置においても起こる可能性がある。２本鎖核酸のうちの一本の鎖の配列に対する言及は、相補配列を定義付け、また、文脈から明らかである場合は別として、一本鎖の核酸に対する言及はその相補体にも言及している。
【００２５】
本明細書に記載の「ヌクレオチド」は、繋がったときに核酸ＲＮＡ及びＤＮＡの個々の構造単位を形成する分子を指す。ヌクレオチドは、核酸塩基（窒素塩基）と、５炭素糖（リボースかまたは２−デオキシリボースのどちらか）と、１つのリン酸基とからなる。「核酸」は、ヌクレオチドモノマーから作られた高分子量の巨大分子である。ＤＮＡにおいて、プリン塩基はアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）であり、ピリミジンはチミン（Ｔ）及びシトシン（Ｃ）である。ＲＮＡはチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を使用する。
【００２６】
本明細書において使用する場合、「遺伝子変異型」または「変異型」という用語は、配列がある集団において最も優勢な配列とは異なっている（例えば、本明細書に記載のＳＮＰの場合には１ヌクレオチドだけ異なっている）ヌクレオチド配列を指す。例えば、ヌクレオチド配列におけるいくつかの変異または置換は、異なるアミノ酸がコードされてその結果として遺伝子変異型ポリペプチドが生じるように、コドンを変化させる。遺伝子変異型のその他の非限定的な例としては、挿入、欠失、挿入欠失、フレームシフト変異型、停止コドン変異型、同義変異型、非同義変異型及びコピー数多型（例えば、欠失及び重複）が挙げられる。「遺伝子変異型」という用語はまた、コードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変化させない位置において、配列がある集団において最も優勢な配列とは異なっている、ポリペプチドを指すこともできる（つまり、保存された変化）。遺伝子変異型ポリペプチドは、リスクハプロタイプによってコードされるもの、保護ハプロタイプによってコードされるもの、または中立ハプロタイプによってコードされるものであり得る。遺伝子変異型ポリペプチドは、リスク関連のもの、保護関連のもの、または中立的なものであり得る。
【００２７】
「単離核酸」または「精製核酸」とは、本発明のＤＮＡの由来する生物の天然に存在するゲノムにおいてその遺伝子に隣接している遺伝子を含まない、ＤＮＡを意味する。したがって、当該用語には、例えば、自律的に複製するプラスミドもしくはウイルスなどのベクターに組み込まれるもの、または、原核生物もしくは真核生物のゲノムＤＮＡに組み込まれるもの（例えば、導入遺伝子）、または、別個の分子として存在するもの（例えば、ＰＣＲ、制限酵素消化または化学的合成もしくは試験管内合成によって製造される、ｃＤＮＡまたはゲノム断片もしくはｃＤＮＡ断片）である、組換えＤＮＡが含まれる。それにはまた、付加的なポリペプチド配列をコードするハイブリッド遺伝子の一部である組換えＤＮＡも含まれる。「単離核酸」という用語はさらに、ＲＮＡにも言及しており、例えば、単離ＤＮＡ分子によってコードされるかまたは化学的に合成されるかまたは少なくともいくつかの細胞構成要素（例えば、他のタイプのＲＮＡまたはポリペプチド分子）から分離されているかもしくはそれらを含まない、ｍＲＮＡ分子にも言及している。
【００２８】
本明細書において使用する場合、「処置される」または「処置する」とは、疾患、病態または障害の治癒、改善、安定化または防止を意図した患者の医学的管理を指す。この用語は、能動的な処置、つまり、特異的に疾患、病態または障害の改善に向けた処置を含み、さらには原因治療、つまり、関連する疾患、病態または障害の原因の除去に向けられた処置も含む。さらに、この用語は、姑息的治療すなわち、疾患、病態または障害の治癒ではなく症候の緩和を狙いとする処置、予防治療すなわち、関連する疾患、病態または障害の進行を最小限に抑えるかまたは部分的もしくは完全に抑制することに向けた処置、及び対症療法すなわち、関連する疾患、病態または障害の改善に向けた別の特異的療法を補うために採用される処置を含む。様々な態様において、当該用語は、哺乳動物（例えばヒト）を含めた対象のいかなる処置も包含し、また、（ｉ）疾患に罹患し易い可能性があるものの未だそれを有すると診断されていない患者におけるその疾患の発生の防止、（ｉｉ）疾患の抑制、すなわちその発症の阻止、または（ｉｉｉ）疾患の緩和、すなわち疾患を退行させることを含む。
【００２９】
「投与する」「投与される」及び「投与」という用語は、医薬製剤を対象に提供する任意の方法を指す。そのような方法は当業者によく知られており、限定はされないが、経口投与、舌下投与、経頬側粘膜投与、経皮投与、吸入による投与、鼻腔投与、局所投与、膣内投与、経眼投与、耳内投与、脳内投与、クモ膜下腔内投与、直腸投与、腹腔内投与ならびに、注射による投与（例えば、静脈内投与、動脈内投与、筋肉内投与、皮内投与及び皮下投与）を含む非経口投与を含む。経眼投与には、局所投与、結膜下投与、テノン嚢下投与、眼球上投与、球後投与、眼窩内投与及び、硝子体内投与を含む眼内投与を含むことができる。投与は連続的または間欠的であることができる。様々な態様において、製剤は、治療的に投与されること、つまり、既存の疾患または症状を処置するために投与されることができる。さらなる種々の態様において、製剤は、予防的に投与されること、つまり、疾患または症状の防止のために投与されることができる。
【００３０】
配列間の配列類似性または配列同一性（その用語は本明細書において互換的に使用される）の計算は、以下のとおりに行われる。２つのアミノ酸配列または２つの核酸配列の同一性率を決定するには、最適な比較のために配列を整列させる（例えば、最適なアラインメントのために第１及び第２のアミノ酸配列または核酸配列のうちの片方または両方にギャップを導入することができ、比較のために非相同配列を無視することができる）。ある特定の実施形態では、比較のために整列させる基準配列の長さは、基準配列の長さの少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、６０％、よりいっそう好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。その後、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置にあるアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列におけるある位置が、第２の配列における対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占有されている場合には、分子はその位置において同一である。
【００３１】
２つの配列間の同一性率は、ギャップの数を考慮に入れた、配列によって共有される同一位置の数と、２つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要のある各ギャップの長さの関数である。
【００３２】
配列の比較及び２つの配列間の同一性率の決定は、数学的アルゴリズムを用いて成し遂げることができる。好ましい実施形態において、２つのアミノ酸配列間の同一性率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ内のＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎ及びＷｕｎｓｃｈ（１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４−４５３）のアルゴリズムを使用して、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２行列またはＰＡＭ２５０行列ならびに、１６、１４、１２、１０、８、６または４のギャップ重み及び１、２、３、４、５または６の長さ重みを使用して決定される。また別の好ましい実施形態では、２つのヌクレオチド間の同一性率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ内のＧＡＰプログラムを使用して、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰ行列ならびに、４０、５０、６０、７０または８０のギャップ重み及び１、２、３、４、５または６の長さ重みを使用して決定される。パラメータの特に好ましい（かつ、別段の定めがない限り使用されるべき）セットは、ギャップペナルティが１２、ギャップ延長ペナルティが４、フレームシフトギャップペナルティが５である、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２スコア行列である。
【００３３】
２つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列の間の同一性率は、ＡＬＩＧＮプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ２．０）に組み込まれているＥ．Ｍｅｙｅｒｓ及びＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（１９８９，Ｃａｂｉｏｓ，４：１１−１７）のアルゴリズムを使用して、ＰＡＭ１２０重み残基表、１２のギャップ長ペナルティ、及び４のギャップペナルティを使用して決定することができる。
【００３４】
別段の定義がなされない限り、本明細書において使用するあらゆる科学技術用語は、開示される方法及び構成物の属する分野において技量を有する者によって通常理解されるのと同じ意味を有する。本発明の方法及び構成物の実践または試験には、本明細書に記載のものと類似するかまたは等価である任意の方法及び材料を使用することができるが、とりわけ有用な方法、装置及び材料について記載する。本明細書中で引用される刊行物及び引用の対象である材料を、参照により本明細書に具体的に援用する。本明細書中のいかなるものも、先行発明の効力によって本発明がそのような開示に先行する権利を有さないことを認めるものと解釈されるべきではない。参考文献が先行技術を構成することは何ら認めていない。参考文献についての記述は、著者の主張していることを述べているのであり、出願人らは、引用された文書の正確さ及び適切性に異論を唱える権利を保有している。本明細書では数多くの刊行物に言及しているが、これらの文書のいずれかが当該技術分野における共通一般知識の一部を形成するという容認をそのような言及が構成していないことは、明らかに理解されよう。
【００３５】
当業者であれば、本明細書に記載の方法及び構成物の具体的な実施形態の多くの均等物を認識するであろうし、または慣例的実験しか用いずにそれを見出すことができるであろう。そのような均等物を以下の特許請求の範囲によって包含することが意図される。
【００３６】
方法
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００３７】
抗ＶＥＧＦ剤または硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤の例としては、限定されないが、ベバシズマブ、ラニビズマブ、ラムシルマブ、アフリベルセプト、スニチニブ、ソラフェニブ、バンデタニブ、バタラニブ、チボザニブ、アキシチニブ、イマチニブまたはパゾパニブが挙げられる。
【００３８】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与されかつ遺伝子変異型対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰を、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与されかつ遺伝子変異型対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰と比較すること、及び（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含む、当該方法を開示する。
【００３９】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を１年間投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、遺伝子変異型対立遺伝子のコピーを有さない患者における網膜内嚢胞様浮腫（液）のレベルと比べた場合の、遺伝子変異型対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する対象における網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００４０】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与されかつ遺伝子変異型対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰を、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与されかつ遺伝子変異型対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰と比較すること、及び（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、統計学的関連付けのステップの前に対象からのＤＮＡ試料の遺伝子型判定が行われる、当該方法を開示する。いくつかの態様では、解剖学的結果は、１５文字（視力）の増加である。いくつかの態様では、処置頻度は、通年の投薬の後での硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による積極的な処置の継続的必要性を反映することができる。
【００４１】
本明細書に記載の統計学的関連付けは、ロジスティック回帰分析、ハーディー・ワインベルグ平衡検定を含めた遺伝子データのＱＣ、同状態性（ＩＢＳ）評価及び／または性別確認を含むことができる。集団構造は、主成分分析（ＰＣＡ）を用いて評価することができる。統計学的関連付けは、ベースライン値及びモデルの共変数としての任意の潜在的集団構造変数を使用するロジスティック回帰を含むことができる。
【００４２】
いくつかの態様では、解剖学的転帰は、網膜内嚢胞様浮腫の存在、視覚の向上／視力の改善、または網膜内液の減少である。用いることができるさらなる解剖学的転帰としては、限定されないが例えば、光干渉断層撮影法（ＯＣＴ）によって測定される中心網膜厚の減少、網膜内液と網膜下液との両方の完全な消散、脈絡膜新生血管（ＣＮＶ）領域の減少、蛍光血管撮影によって測定される新生血管病巣の全体的大きさの減少、及びＯＣＴによって測定される網膜下過反射性（ＳＨＭ）物質の減少が挙げられる。
【００４３】
いくつかの態様において、統計学的関連性は、ｐ値として測ることができる。例えば、異なるタイプのｐ値、すなわち等しい分散がどちらにも想定されている元データ及び対数変換データについての単純ｔ検定ｐ値、及びチェビー・チェッカーｐ値を得ることができる。これらのｐ値は、個体基準でのみならず、多数の比較を考慮に入れることによっても、表されることができる。ｍｉｘ−ｏ−ｍａｔｉｃ法は、これらのｐ値についてのさらなる情報を提供するために適用されることができる。いくつかの態様では、関連性のｐ値は、１×１０−５以下、１×１０−６以下、１×１０−７以下、１×１０−８以下などである。いくつかの態様では、関連性のｐ値は、１×１０−５すなわち示唆的統計学的有意性及び１×１０−８すなわち実験的統計学的有意性に等しいかまたはそれ以下である。
【００４４】
いくつかの態様では、統計学的関連性の効果の大きさは、オッズ比として測ることができる。例えば、統計学的関連性の効果の大きさは、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在のオッズの比率に対する、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在のオッズの比率として測ることができる。いくつかの態様では、そのオッズ比は、０．２以下、０．３以下、０．４以下、０．５以下、０．６以下、０．７以下、０．８以下または０．９以下である。対立遺伝子の１つのコピーを有することは、対立遺伝子の２つのコピーを有する個体よりも小さい影響を与えるであろう。
【００４５】
いくつかの態様では、統計学的関連性は、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における１５文字（視力）の増加のオッズの比率に対する、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されかつ対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象における１５文字の増加のオッズの比率として測ることができる。いくつかの態様では、そのオッズ比は、２．４以上、２．５以上、２．６以上、２．７以上、２．８以上または２．９以上である。
【００４６】
いくつかの態様では、統計学的関連性は、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による継続的積極的処置の必要性がより低くかつ対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象のオッズに対する、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による継続的積極的処置の必要性がより高くかつ対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する新生血管加齢黄斑変性症対象のオッズの比率として測ることができる。いくつかの態様では、そのオッズ比は、４．０以下、３．９以下、３．８以下、３．７以下、３．６以下、３．５以下、３．４以下、３．３以下または３．２以下である。
【００４７】
いくつかの態様では、本方法は、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付けるために用いることができる。いくつかの態様では、遺伝子変異型は、１つ以上の一塩基多型であることができる。
【００４８】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在のレベルの低下と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００４９】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与されかつ遺伝子変異型対立遺伝子のコピーを有さない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、遺伝子変異型対立遺伝子の１つまたは２つのコピーを有する対象における網膜内液のレベルの低下と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００５０】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００５１】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の網膜内液の減少に関連付けられ、遺伝子変異型が、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２及びｒｓ５９６２０９５から構成される群から選択される一塩基多型である、当該方法を開示する。いくつかの態様では、遺伝子変異型は、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２、ｒｓ５９６２０９５、ｒｓ２１０６１２４、ｒｓ１８７９７９６、ｒｓ１２１４８８４５、ｒｓ１２１４８１００、ｒｓ１７４８２８８５及びｒｓ１７６２９０１９から構成される群から選択される一塩基多型である。
【００５２】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００５３】
本明細書では、網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の網膜内液に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少に関連付けられ、網膜内液の減少が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における視力の改善である、当該方法を開示する。
【００５４】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００５５】
本明細書では、網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の網膜内液に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少と関連付けられ、関連性のｐ値が１×１０−６以下である、当該方法を開示する。
【００５６】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００５７】
本明細書では、網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の網膜内液に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少と関連付けられ、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少に対する、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少のオッズ比が０．５以下である、当該方法を開示する。
【００５８】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００５９】
本明細書では、網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の網膜内液に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少と関連付けられ、遺伝子変異型が一塩基多型である、当該方法を開示する。
【００６０】
本明細書では、視力、解剖学的転帰または処置頻度に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）（ｉ）硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での網膜内嚢胞様浮腫（液）の欠如と比べた場合の、網膜内嚢胞様浮腫（液）の存在と関連付けられる、当該方法を開示する。
【００６１】
本明細書では、網膜内液に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ａ）新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｂ）新生血管加齢黄斑変性症対象の上記集団の網膜内液に、統計学的に関連付けることを含み、１つ以上の遺伝子変異型が、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置されていない新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤で処置された新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液の減少と関連付けられ、遺伝子変異型が一塩基多型であり、一塩基多型が、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２及びｒｓ５９６２０９５から構成される群から選択される、当該方法を開示する。
【００６２】
キット
さらに、本明細書に記載の方法を利用するためのキットが本明細書において記載される。本明細書に記載のキットは、対象の試料中の１つ以上の遺伝子変異型を検出するための１つ以上のアッセイを含むことができる。
【実施例】
【００６３】
以下の実施例は、本明細書の特許請求の範囲に記載の複合物、構成物、物品、装置及び／または方法がいかにして作製及び評価されるかについての完全な開示及び記載を当業者に提供するために提示されており、単に本発明の例として意図されたものであり、本発明者らが本発明として見なすものの範囲を限定することは意図されない。数（例えば、量、温度など）に関する正確性を確実とするように努めてはいるものの、いくらかの誤差及び変動は考慮されるべきである。特に指示がない限り、部は重量部であり、温度は℃表示または周囲温度であり、圧力は大気圧またはその近傍である。
【００６４】
ＶＩＥＷ１及びＶＩＥＷ２は、新生血管加齢黄斑変性症（ＡＭＤ）の第ＩＩＩ相臨床試験（ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ−Ｅｙｅ：湿潤型ＡＭＤにおける有効性及び安全性に関する調査）であり、その処置において対象はアフリベルセプトの硝子体内注射を受けた（Ｈｅｉｅｒ  ＪＳ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ．Ａｃａｄ．Ｏｐｔｈａｌｍｏｌ．１１９：２５３７（２０１２））。
【００６５】
この統計学的研究の目的は、ＶＩＥＷ１試験において視力、解剖学的転帰及び処置頻度によって測られる抗ＶＥＧＦ薬物応答に関連する遺伝子変異型を特定することであった。ＶＩＥＷ１試験の概要を図１に示す。ＶＩＥＷ１試験では、新生血管ＡＭＤの処置におけるラニビズマブと比べた場合のアフリベルセプト硝子体内注射（ＩＡＩ）の有効性及び安全性が評価された。
【００６６】
５２週目に全てのＩＡＩ群は、全ての視力終点の向上がＲｑ４と同程度であることを実証した。眼球有害事象の発生率は、全ての処置群において同程度であり、患者の１０％超において起こっている有害事象は、結膜出血、眼痛、網膜出血及び視力低下であった。
【００６７】
３６２名のＶＩＥＷ１患者に対してゲノム全体にわたる関連付け研究（ＧＷＡＳ）を行った。Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｏｍｎｉ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｅｘｏｍｅチップを使用してＤＮＡ試料の遺伝子型判定を行った。ベースライン値を使用するロジスティック回帰を実施して遺伝子変異型と有効性変数との間での関連性を確立した。およそ百万個の変異型についてＧＷＡＳ解析を実施した。ベースライン値を使用するロジスティック回帰を用いて遺伝子変異型と有効性変数との間での関連性を判定した。全ての処置群を統合した。各ＳＮＰについて、遺伝的形質の加成様式に従って遺伝子型をコード化した。５２週目における１５以上のＥＴＤＲＳ文字の増加と、５２週目における網膜内嚢胞様浮腫（時間領域光干渉断層撮影法（ＴＤ−ＯＣＴ）によって測定される液）の存在と、９６週目における処置の頻度とに関連する変異型を評価した。また、処置負荷にも変異型を関連付けた。具体的には、５２週目から９６週目［試験２年目］にかけて７回超の注射を必要とする患者を分析した。さらに、５２週目における網膜内嚢胞様浮腫（液として定義される）の存在にも変異型を関連付けた。また、ＶＩＥＷ１の患者人口統計データ及びベースライン特性も特定した。（図２を参照のこと）。チップ上のＳＮＰに対して品質対照尺度を適用して最終試料セットを生成した。（図３及び図４を参照のこと）。
【００６８】
解剖学的応答、つまりＸ染色体ＳＮＰ（ｒｓ２０５６６８８）は、解剖学的転帰との最も高い関連性を示し、５２週目において、０．２５７８のオッズ比（ＯＲ）及び、網膜内液の存在との点毎の関連性（ｐ値７．２７×１０−７）が実証された。（図５を参照のこと）。
【００６９】
４つの近隣ＳＮＰ（ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２、ｒｓ５９６２０９５）は、同程度のＯＲ（０．３１５１〜０．３４６１）及び点毎の関連性（５．４８×１０−６〜８．５９×１０−６）を示した。ｒｓ２０５６６８８は非コード領域に位置しており、最近接関連機能性遺伝子（プロテインキナーゼＸ関連（ＰＲＫ−Ｘ））が推定変異型の約４００ｋｂ上流に位置特定された。（図６を参照のこと）。有意性がより低いさらなるＳＮＰが、５２週目における視覚の１５以上のＥＴＤＲＳ文字の増加を有する患者の割合と９６週目における処置の頻度とに関連して見つかった。
【００７０】
さらなる近隣ＳＮＰは、用量効果を示した。変異型コピーの数が０−＞１−＞２と増加することによって、５２週目において存在する液の可能性が約５０％から約２５％を経て約１０％へと減少することが判明した。（図７を参照のこと）。図８は、研究で特定されたＳＮＡをまとめたものである。
【００７１】
結論：ＶＩＥＷ１試験において抗ＶＥＧＦ処置を受けている新生血管ＡＭＤ患者のＧＷＡＳによって、遺伝子変異型と、５２週目におけるＴＤ−ＯＣＴにより測定される網膜内液の存在との示唆的関連性が特定された。変異型は、血管新生に関与するセリン／スレオニンタンパク質キナーゼであるＰＲＫ−Ｘの遺伝子の近傍のＸ染色体上の位置に存在していた。
【図１】
2019503665.tif 000003
【図２】
2019503665.tif 000004
【図３】
2019503665.tif 000005
【図４】
2019503665.tif 000006
【図５】
2019503665.tif 000007
【図６】
2019503665.tif 000008
【図７】
2019503665.tif 000009
【図８】
2019503665.tif 000010
【手続補正書】
【提出日】平成30年6月29日(2018.6.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
視力または解剖学的転帰に遺伝子変異型を関連付ける方法であって、（ｉ）抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の１つ以上の遺伝子変異型を、（ｉｉ）新生血管加齢黄斑変性症対象の前記集団の解剖学的転帰に、統計学的に関連付けることを含む、前記方法。
【請求項２】
統計学的な関連付けの前に、前記の抗ＶＥＧＦ剤を投与された新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰を、新生血管加齢黄斑変性症対象の集団の解剖学的転帰と比較することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
統計学的な関連付けの前に、前記対象からのＤＮＡ試料の遺伝子型判定が行われる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記解剖学的転帰が、網膜内嚢胞様浮腫の存在である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記解剖学的転帰が、視覚の向上／視力の改善である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記解剖学的転帰が、網膜内液の減少である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子変異型が一塩基多型である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での新生血管加齢黄斑変性症対象における網膜内液のレベルと比べた場合の、網膜内液の減少と関連付けられる、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記一塩基多型が、ｒｓ２０５６６８８、ｒｓ５９６２０８４、ｒｓ５９６２０８７、ｒｓ５９１５７２２及びｒｓ５９６２０９５から構成される群から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記視力の改善が、１５文字の増加である、請求項５に記載の方法。
【請求項１１】
前記一塩基多型が、ｒｓ２１０６１２４、ｒｓ１８７９７９６、ｒｓ１２１４８８４５及びｒｓ１２１４８１００から構成される群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記１つ以上の遺伝子変異型が、１年間の処置の後での硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による継続的積極的処置の必要性がより低い新生血管加齢黄斑変性症対象と比べた場合の、硝子体内用抗ＶＥＧＦ剤による継続的積極的処置のより高い必要性と関連付けられる、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記一塩基多型が、ｒｓ１７４８２８８５及びｒｓ１７６２９０１９から構成される群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記対象は、前記１つ以上の遺伝子変異型についてヘテロ接合性である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記対象は、前記１つ以上の遺伝子変異型についてホモ接合性である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【国際調査報告】
2019503665.tif 000011
2019503665.tif 000012
2019503665.tif 000013
2019503665.tif 000014
2019503665.tif 000015
2019503665.tif 000016