(57)【要約】癌が、癌の免疫編集の逃避相から癌の免疫編集の排除相および平衡相へと腫瘍を駆動する様々な化合物および組成物を使用する協調された治療レジメンを使用して、治療される。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍を治療するための協調した治療レジメンを提供する方法であって、
腫瘍の微小環境で免疫抑制を低減する少なくとも１つの第１の医薬組成物を投与することにより腫瘍の逃避相を戻すことと、
適応免疫応答および自然免疫応答の少なくとも１つを高める少なくとも１つの第２の医薬組成物を投与することにより腫瘍の排除相を誘導することと、
ＴＨ１応答に対する適応免疫応答を付勢する少なくとも１つの第３の医薬組成物を投与することにより腫瘍の平衡相を維持すること
を含む、方法。
【請求項２】
前記第１の医薬組成物が、アルブミンに結合される薬物を含み、アルブミンが、任意選択でナノ粒子アルブミンである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記アルブミンに結合される抗体またはそのフラグメントをさらに含む請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記薬物が、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンからなる群から選択される、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記抗体またはそのフラグメントが、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、ガザイバ（Ｇａｚｙｖａ）、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンからなる群から選択される、請求項２〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記抗体またはそのフラグメントが、壊死性細胞の成分に特異的に結合する、請求項２〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記第１の医薬組成物が、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記薬物が、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２からなる群から選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１の医薬組成物が、血管透過性賦活薬を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
第１の血管透過性賦活薬が、少なくともＩＬ２の一部を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記第２の医薬組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記組み換え細菌ワクチン、前記組み換えウイルスワクチン、または前記組み換え酵母ワクチンが、腫瘍関連抗原ならびに患者および腫瘍に特異的な新規エピトープの少なくとも１つを発現するように遺伝的に操作される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記腫瘍関連抗原が、ＭＵＣ１、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ブラキュリ、および発癌性Ｒａｓ変異タンパク質からなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記第２の医薬組成物が、ナチュラルキラー細胞を含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ナチュラルキラー細胞が、ａＮＫ細胞、ｈａＮＫ細胞、またはｔａＮＫ細胞である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記第２の医薬組成物が、免疫刺激性サイトカインを含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記第３の医薬組成物が、チェックポイント阻害剤、免疫刺激性サイトカイン、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、および組み換え酵母ワクチンの少なくとも１つを含む、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ４阻害剤であり、前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記腫瘍に低線量で放射線照射するステップをさらに含む請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記抗体またはそのフラグメントが、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、ガザイバ（Ｇａｚｙｖａ）、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンからなる群から選択される、請求項２または３に記載の方法。
【請求項２２】
前記抗体またはそのフラグメントが、壊死性細胞の成分に特異的に結合する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記第１の医薬組成物が、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記薬物が、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２（米国特許第９４９２４９９号参照）からなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記第１の医薬組成物が、血管透過性賦活薬を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記第１の血管透過性賦活薬が、少なくともＩＬ２の一部を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記第２の医薬組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記組み換え細菌ワクチン、前記組み換えウイルスワクチン、または前記組み換え酵母ワクチンが、腫瘍関連抗原ならびに患者および腫瘍に特異的な新規エピトープの少なくとも１つを発現するように遺伝的に操作される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記腫瘍関連抗原が、ＭＵＣ１、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ブラキュリ、および発癌性Ｒａｓ変異タンパク質からなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記第２の医薬組成物が、ナチュラルキラー細胞を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記ナチュラルキラー細胞が、ａＮＫ細胞、ｈａＮＫ細胞、またはｔａＮＫ細胞である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記第２の医薬組成物が、免疫刺激性サイトカインを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記第３の医薬組成物が、チェックポイント阻害剤、免疫刺激性サイトカイン、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、および組み換え酵母ワクチンの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ４阻害剤であり、かつ前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記腫瘍に低線量で放射線照射するステップをさらに含む請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
腫瘍の免疫編集のプロセスを改変する方法であって、
腫瘍のオーミクス情報および前記腫瘍の経路解析を使用して化学療法の治療レジメンを決定することと、
前記化学療法の治療レジメンを低用量のメトロノミックなスケジュールで適用することと、
腫瘍の微小環境に薬物を選択的に送達する少なくとも１つの薬学的な薬剤を使用して第２の治療レジメンを適用することと、
前記オーミクス情報に基づく少なくとも１つのワクチン組成物を使用して第３の治療レジメンを適用することと、
チェックポイント阻害剤および免疫刺激性サイトカインの少なくとも１つを含む第４の治療レジメンを適用すること
を含む、方法。
【請求項３８】
前記オーミクス情報が、全ゲノム配列情報、エキソーム配列情報、トランスクリプトーム配列情報、およびプロテオミクス情報の少なくとも１つを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記経路解析が、ＰＡＲＡＤＩＧＭ解析である、請求項３７または３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記化学療法の治療レジメンが、前記腫瘍の解剖学的位置と無関係である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記少なくとも１つの薬学的な薬剤が、アルブミンに結合される薬物を含み、アルブミンが、任意選択でナノ粒子アルブミンである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４２】
前記薬物が、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンからなる群から選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記薬剤が、前記アルブミンに結合される抗体またはそのフラグメントをさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記抗体またはそのフラグメントが、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、ガザイバ（Ｇａｚｙｖａ）、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンからなる群から選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記少なくとも１つの薬学的な薬剤が、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項４６】
前記薬物が、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２からなる群から選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記ワクチン組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項４８】
前記ワクチン組成物が、少なくとも１つの患者および腫瘍に特異的な新規エピトープを発現するように遺伝的に操作される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ４阻害剤であり、かつ前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項５０】
ナチュラルキラー細胞の投与および低線量での放射線の照射の少なくとも１つをさらに含む請求項３７に記載の方法。
【請求項５１】
癌を治療するための協調した方法としての複数の医薬組成物の使用であって、
前記複数の医薬組成物の少なくとも１つの第１の医薬組成物が腫瘍の逃避相を戻すために腫瘍の微小環境中の免疫抑制を低減し、
前記複数の医薬組成物の少なくとも１つの第２の医薬組成物が腫瘍の排除相を誘導するために適応免疫応答および自然免疫応答の少なくとも１つを高め、
前記複数の医薬組成物の少なくとも１つの第３の医薬組成物が腫瘍の平衡相を維持するためにＴＨ１応答に対する適応免疫応答を付勢する
ことを特徴とする、使用。
【請求項５２】
前記第１の医薬組成物が、アルブミンに結合される薬物を含み、アルブミンが、任意選択でナノ粒子アルブミンである、請求項５１に記載の使用。
【請求項５３】
前記アルブミンに結合される抗体またはそのフラグメントをさらに含む請求項５２に記載の使用。
【請求項５４】
前記薬物が、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンからなる群から選択される、請求項５２または５３に記載の使用。
【請求項５５】
前記抗体またはそのフラグメントが、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、ガザイバ（Ｇａｚｙｖａ）、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンからなる群から選択される、請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５６】
前記抗体またはそのフラグメントが、壊死性細胞の成分に特異的に結合する、請求項５２〜５４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５７】
前記第１の医薬組成物が、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含む、請求５１に記載の使用。
【請求項５８】
前記薬物が、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２からなる群から選択される、請求項５７に記載の使用。
【請求項５９】
前記第１の医薬組成物が、血管透過性賦活薬を含む、請求項５１に記載の使用。
【請求項６０】
前記第１の血管透過性賦活薬が、少なくともＩＬ２の一部を含む、請求項５９に記載の使用。
【請求項６１】
前記第２の医薬組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含む、請求項５１〜６０のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６２】
前記組み換え細菌ワクチン、前記組み換えウイルスワクチン、または前記組み換え酵母ワクチンが、腫瘍関連抗原ならびに患者および腫瘍に特異的な新規エピトープの少なくとも１つを発現するように遺伝的に操作される、請求項６１に記載の使用。
【請求項６３】
前記腫瘍関連抗原が、ＭＵＣ１、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ブラキュリ、および発癌性Ｒａｓ変異タンパク質からなる群から選択される、請求項６２に記載の使用。
【請求項６４】
前記第２の医薬組成物が、ナチュラルキラー細胞を含む、請求項５１〜６３のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６５】
前記ナチュラルキラー細胞が、ａＮＫ細胞、ｈａＮＫ細胞、またはｔａＮＫ細胞である、請求項６４に記載の使用。
【請求項６６】
前記第２の医薬組成物が、免疫刺激性サイトカインを含む、請求項５１〜６５のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６７】
前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項６６に記載の使用。
【請求項６８】
前記第３の医薬組成物が、チェックポイント阻害剤、免疫刺激性サイトカイン、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、および組み換え酵母ワクチンの少なくとも１つを含む、請求項５１〜６７のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６９】
前記チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ４阻害剤であり、かつ前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項６８に記載の使用。
【請求項７０】
前記腫瘍に低線量で放射線照射するステップをさらに含む請求項５１〜６９のいずれか１項に記載の使用。
【請求項７１】
腫瘍の免疫編集プロセスを改変するための協調した治療レジメンとしての複数の化学療法の治療レジメンの使用であって、
化学療法の治療レジメンが低用量のメトロノミックなスケジュールで適用され、前記化学療法の治療レジメンが、腫瘍のオーミクス情報および腫瘍の経路解析を使用して決定される、
第２の治療レジメンが腫瘍の微小環境に薬物を選択的に送達する少なくとも１つの薬学的な薬剤を使用して適用され、
第３の治療レジメンがオーミクス情報に基づく少なくとも１つのワクチン組成物を使用して適用され、かつ
チェックポイント阻害剤および免疫刺激性サイトカインの少なくとも１つを含む第４の治療レジメンが適用される
ことを特徴とする、使用。
【請求項７２】
前記オーミクス情報が、全ゲノム配列情報、エキソーム配列情報、トランスクリプトーム配列情報、およびプロテオミクス情報の少なくとも１つを含む、請求項７１に記載の使用。
【請求項７３】
前記経路解析が、ＰＡＲＡＤＩＧＭ解析である、請求項７１または７２に記載の使用。
【請求項７４】
前記化学療法の治療レジメンが、前記腫瘍の解剖学的位置と無関係である、請求項７１に記載の使用。
【請求項７５】
前記少なくとも１つの薬学的な薬剤が、アルブミンに結合される薬物を含み、アルブミンが、任意選択でナノ粒子アルブミンである、請求項７１に記載の使用。
【請求項７６】
前記薬物が、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンからなる群から選択される、請求項７５に記載の使用。
【請求項７７】
前記薬剤が、前記アルブミンに結合される抗体またはそのフラグメントをさらに含む、請求項７５に記載の使用。
【請求項７８】
前記抗体またはそのフラグメントが、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、ガザイバ（Ｇａｚｙｖａ）、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンからなる群から選択される、請求項７７に記載の使用。
【請求項７９】
前記少なくとも１つの薬学的な薬剤が、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含む、請求項７１に記載の使用。
【請求項８０】
前記薬物が、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２からなる群から選択される、請求項７９に記載の使用。
【請求項８１】
前記ワクチン組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含む、請求項７１に記載の使用。
【請求項８２】
前記ワクチン組成物が、少なくとも１つの患者および腫瘍に特異的な新規エピトープを発現するように遺伝的に操作される、請求項８１に記載の使用。
【請求項８３】
前記チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ４阻害剤であり、かつ前記免疫刺激性サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、およびＩＬ−１５スーパーアゴニストからなる群から選択される、請求項７１に記載の使用。
【請求項８４】
ナチュラルキラー細胞の投与および低線量での放射線の照射の少なくとも１つをさらに含む請求項７１に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、２０１６年６月３０日に出願の仮出願番号第６２／３５７，３２４号、２０１６年８月５日に出願の同６２／３７１，６６５号、２０１６年９月１２日に出願の同６２／３９３，５２８号、２０１６年１０月５日に出願の同６２／４０４，７５３号、２０１７年２月２４日に出願の同６２／４６３，０３７号、２０１７年３月２０日に出願の同６２／４７４，０３４号、および２０１７年３月１７日に出願の同６２／４７３，２０７号を有する米国仮特許出願に対する優先権の利益を主張するものである。
【０００２】
技術分野
本発明の分野は、癌治療の組成物および方法であり、特にヒトの癌治療に関する。
【背景技術】
【０００３】
背景の説明は、本発明の理解に有用であり得る情報を含んでいる。本明細書中提供さる情報のいずれかが従来技術であるかもしくは本発明で請求される発明に関連すること、または具体的もしくは暗示的に参照されるいずれかの刊行物が従来技術であることは承認されていない。
【０００４】
本明細書中のすべての刊行物および特許出願は、それぞれ個々の刊行物または特許出願が参照として組み込まれているように具体的かつ個々に記載される場合と同じ度合で、参照として援用される。援用された参照文献における用語の定義または使用が、本明細書中提供される当該用語の定義と一致せず、または矛盾している場合、本明細書中提供される用語の定義を適用し、参照文献中の用語の定義を適用しない。
【０００５】
近年では、免疫系は、腫瘍細胞を検出および排除することにより癌の発達を防止でき、かつ免疫破壊を回避できる腫瘍細胞のための選択により癌の進行を促進することもできることから、癌において二面性のある役割を果たしていると説明された。癌における免疫系のこの逆説的な役割は、癌の免疫編集とも呼ばれる（Ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｅｄｉｔｉｎｇ：  ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ’ｓ  ｒｏｌｅｓ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ｐｒｏｍｏｔｉｏｎ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ．  ２０１１；３３１：１５６５−７０）。免疫編集は、３つの相：（１）腫瘍細胞が免疫系により検出または排除される、排除相；（２）癌細胞の死滅が腫瘍の増殖によって平衡化される、平衡相；および（３）腫瘍細胞の変異体が免疫防御を回避し迅速に増殖する、逃避相、を含むと考えられている。
【０００６】
癌細胞は、免疫細胞による認識および破壊を回避するための様々な機構を利用する（たとえば、Ｔｈｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｓｙｓｔｅｍ  ａｎｄ  ｃａｎｃｅｒ  ｅｖａｓｉｏｎ  ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ：  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｃｏｎｃｅｐｔｓ．  Ｊ  Ｉｎｔｅｒｎ  Ｍｅｄ．  ２０１６；２７９：５４１−６２参照）。癌細胞は、多くの場合、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、骨髄由来免疫抑制細胞（ＭＤＳＣ）、および免疫抑制マクロファージ（Ｍ２マクロファージ）の動員を介して腫瘍の微小環境（ＴＭＥ）を調節する。また癌細胞は、Ｔ細胞が腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）を認識するために一般に重要である、特定のＭＨＣ（主要組織適合遺伝子複合体）分子の発現をダウンレギュレートすることにより、免疫系を回避する。
【０００７】
最大耐量（ＭＴＤ）をベースとする化学療法、癌のマーカーのシグネチャーに基づく標的治療、およびさらには高線量の放射線照射を伴うモノクローナル抗体療法といった、従来の、分子的情報のない治療レジメンは免疫系を害し、それにより免疫寛容原性細胞死をもたらす。残念なことに、免疫寛容原性腫瘍細胞死は、癌の免疫監視の回避を可能にし、多くの場合複数の耐性がある異質遺伝子性クローンの選択および逃避を促進し、結果として、複数の種類の腫瘍において転移および不十分で長期間の予後を伴う。よって、それらの意図とは対照的に、従来の治療レジメンおよび現在の標準治療は、癌の免疫編集の逃避相を不注意に増悪および永続化させ、免疫抑制的な腫瘍の微小環境を支援し、癌患者における不十分で長期間の予後を伴う可能性がある。従来技術の図１は、癌の免疫編集の３つの相を例示的に示し、健常な組織から形質転換した細胞への経路、ならびに通常遭遇する因子およびシグナリング分子と共に上述の３つの相を表している。
【０００８】
実際に、癌細胞は単一のクローン上優位な変異細胞から直線的に増殖するという長年の仮説が大きく誤っており、それが高用量の化学療法の実務および単一の薬剤標的治療の投与の両方に対する予後に大きく影響することが、現在認識されている。現在、癌の大部分は癌細胞中の多くの変異により生じ進行すること、ならびに癌は多クローン性の疾患であることが、一般的に受け入れられている。さらに、ほとんどの場合、各患者の癌は、変異の性質および数の観点から特有である。結果的に、現在の標準治療に関連して矛盾した状況―従来のＭＴＤベースの治療レジメンは短期間の応答を誘発し得るが同時に腫瘍の微小環境の均衡状態を免疫抑制状態にすることにより患者の平衡相を逃避相に駆り立てる場合がある、という状況が存在する。実際に、従来の治療のレジメンおよび現在の標準治療は、癌患者において長期間の不十分な予後をもたらす免疫抑制性の腫瘍の微小環境を支援することにより、腫瘍の免疫編集の逃避相を気づかずに増悪および永続化し得る。この、標準治療に続く大部分の固形腫瘍での限定的な長期間の寛解の潜在的な原因についてのこの洞察は、ＭＴＤベースの化学療法および単一の薬剤の標的治療の送達におけるパラダイムシフトを必要とする。
【０００９】
形質転換した（「癌」）細胞の形成が再生の生理的なプロセスの一部として定期的に起こり、かつ、癌の臨床上のエビデンスが、ヒトでの正常な毎日の生理的現象として、ナチュラルキラー細胞の無傷の自然免疫系（排除相）によりこの休止状態の相の間に食い止められている（平衡）という見解は興味深い。この観点では、正常な生理的状態が、変異によりまたは腫瘍の微小環境の免疫抑制により圧倒される場合、逃避相が生じ、結果として癌の臨床上のエビデンスが現れる。
【００１０】
しかしながら、今日までに、腫瘍の細胞または組織を、逃避相から、平衡またはさらには排除相へと戻そうとする治療レジメンは存在しない。よって、癌のための多くの治療組成物が当該分野で知られているが、それらの使用は通常、腫瘍細胞の特定の欠陥を標的とすること、またはより一般的な方法でチェックポイント阻害を低減することに限定される。異なる観点からみると、これまで知られている癌の治療は概して、選択された腫瘍細胞のパラメータに焦点を当てており、ここでは腫瘍の異質性が存在する場所での再発はほぼ既成事実である。
【００１１】
結果的に、癌の免疫編集に対処し、かつ患者に特異的な方法で腫瘍細胞または腫瘍を逃避相から平衡またはさらには排除相へ戻そうとする、治療組成物および方法を提供する必要が未だ存在する。
【発明の概要】
【００１２】
本発明の主題は、様々な医薬組成物を患者に投与して腫瘍の細胞または組織を逃避相から平衡またはさらには排除相に戻す、癌治療の組成物の様々な使用および方法を目的とする。さらに、医薬組成物の少なくともいくつかは、患者および患者の腫瘍に特異的であり、腫瘍において免疫抑制を低減させ、かつストレスおよび損傷のシグナル、自然免疫応答および適応免疫応答の誘導および亢進、ならびに免疫記憶の産生を増大させるために、腫瘍の微小環境の調節を協調的な様式で達成する。
【００１３】
本発明の主題の一態様では、本発明者らは、腫瘍の微小環境で免疫抑制を低減する少なくとも１つの第１の医薬組成物を投与することにより腫瘍の逃避相を戻すステップを含む、腫瘍を治療する方法を企図する。別のステップでは、排除相を、適応免疫応答および／または自然免疫応答を亢進する少なくとも１つの第２の医薬組成物を投与することにより誘導し、さらなるステップにおいて、腫瘍の平衡相を、ＴＨ１応答に対する適応免疫応答を付勢する少なくとも１つの第３の医薬組成物を投与することにより維持する。
【００１４】
好ましい態様では、第１の医薬組成物は、アルブミン（たとえばナノ粒子のアルブミン）に結合される薬物を含む。望ましくは、アルブミンは、標的特異性をさらに向上させるために、抗体またはそのフラグメントにさらに結合されてよい。適切な薬物として、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンが挙げられ、適切な抗体またはそのフラグメントとして、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、Ｇａｚｙｖａ、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンが挙げられる。あるいは、抗体またはそのフラグメントは、壊死性細胞の成分（たとえばヌクレオリン、ＤＮＡなど）にも特異的に結合してよい。
【００１５】
さらに企図される態様では、適切な第１の医薬組成物はまた、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、および／またはＭ２マクロファージを阻害する薬物を含んでよい。よって、適切な薬物として、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２（たとえば米国特許第９４９２４９９号参照）が挙げられる。さらにまたはあるいは、第１の医薬組成物は、血管透過性賦活薬（たとえばＩＬ２の一部）を含んでもよい。
【００１６】
適切な第２の医薬組成物に関して、当該組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含み得ることが企図される。最も典型的には、このようなワクチンは、腫瘍関連抗原（たとえばＭＵＣ１、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ブラキュリ、発癌性のＲａｓ変異タンパク質など）ならびに親および腫瘍に特異的な新規エピトープの少なくとも１つを発現するように遺伝的に操作される。さらに、第２の医薬組成物はまた、ナチュラルキラー細胞（たとえばａＮＫ細胞、ｈａＮＫ細胞、もしくはｔａＮＫ細胞）、および／または免疫刺激性サイトカイン（たとえばＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、ＩＬ−１５スーパーアゴニスト）を含んでもよい。
【００１７】
企図される第３の医薬組成物は、チェックポイント阻害剤（たとえばＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ４阻害剤）、免疫刺激性サイトカイン（たとえばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、ＩＬ−１５、およびそれらのスーパーアゴニストバージョン）、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、および組み換え酵母ワクチンの少なくとも１つを含んでよい。
【００１８】
さらに、企図される方法は、腫瘍に低線量の放射線照射を行うステップをさらに含んでよい。
【００１９】
本発明の主題の別の態様では、本発明者らは、腫瘍を治療する方法を企図する。このような方法は、概して、腫瘍のオーミクスの情報および腫瘍の経路解析を使用して化学療法の治療レジメンを決定するステップと、化学療法の治療レジメンを低用量のメトロノミックなスケジュールで行うさらなるステップとを含む。さらなる別のステップでは、第２の治療レジメンを、腫瘍の微小環境に薬物を選択的に送達する少なくとも１つの薬学的な薬剤を使用して行い、第３の治療レジメンを、オーミクス情報に基づく少なくとも１つのワクチン組成物を使用して行う。さらに、チェックポイント阻害剤および免疫刺激性サイトカインの少なくとも１つを含む第４の治療レジメンを行う。
【００２０】
好ましくは、オーミクス情報は、全ゲノム配列情報、エキソーム配列情報、トランスクリプトーム配列情報、およびプロテオミクス情報の少なくとも１つを含み、かつ／または経路解析は、ＰＡＲＡＤＩＧＭ解析である。特に、化学療法の治療レジメンは腫瘍の解剖学的位置と無関係であることを理解すべきである。
【００２１】
このような方法のさらなる態様では、少なくとも１つの薬学的な薬剤は、アルブミンに結合される薬物を含んでよく、アルブミンは、任意選択でナノ粒子のアルブミンである。適切な薬物として、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンが挙げられる。望ましい場合、薬剤は、アルブミンに結合される抗体またはそのフラグメントをさらに含んでよく、好ましい抗体およびそのフラグメントとして、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、Ｇａｚｙｖａ、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンが挙げられる。
【００２２】
あるいはまたはさらに、少なくとも１つの薬学的な薬剤はまた、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含んでもよく、特に好ましい薬物として、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２が挙げられる。
【００２３】
最も好ましくは、適切なワクチン組成物は、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含んでよく、これらは、少なくとも１つの患者および腫瘍に特異的な新規エピトープを発現するように遺伝子操作されてよい。
【００２４】
チェックポイント阻害剤に関しては、阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ４阻害剤であることが好ましく、免疫刺激性サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、および／またはＩＬ−１５スーパーアゴニストであってよい。さらに、企図される方法は、ナチュラルキラー細胞の投与および低線量の放射線照射の少なくとも１つをさらに含んでよい。
【００２５】
本発明の主題の様々な目的、特性、態様、および利点は、同様の数字が同様の構成要素を表す添付の図面に加えて、以下の、好ましい実施形態の詳細な説明からより明らかとなる。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１】図１は、癌の免疫編集の３つの相の従来技術の例示的な概略図である。
【図２】図２は、本発明の主題に係る治療の例示的な概略図である。
【図３】図３は、本発明の主題に係る治療の選択したステップで使用される例示的な化合物を伴う概略図である。
【図４】図４は、本発明の主題に係る治療の例示的なフローチャートである。
【図５】図５は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与えると考えられ、結果としてＨＮＳＣＣの治療において腫瘍の免疫原性細胞死をもたらす機構（複数可）の概略図である。
【図６】図６は、ＨＮＳＣＣの治療での誘導相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図７】図７は、ＨＮＳＣＣの治療での維持相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図８】図８は、本発明の主題に係るＨＮＳＣＣの治療レジメンの概略図である。
【図９】図９は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与えると考えられ、結果としてＭＣＣの治療において腫瘍の免疫原性細胞死をもたらす機構（複数可）の概略図である。
【図１０】図１０は、ＭＣＣの治療での誘導相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図１１】図１１は、ＭＣＣの治療での維持相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図１２】図１２は、本発明の主題に係るＭＣＣに関する治療レジメンの概略図である。
【図１３】図１３は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与えると考えられ、結果としてメラノーマの治療において腫瘍の免疫原性細胞死をもたらす機構（複数可）の概略図である。
【図１４】図１４は、メラノーマの治療での誘導相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図１５】メラノーマの治療における維持相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図１６】図１６は、本発明の主題に係るメラノーマに関する治療レジメンの概略図である。
【図１７】図１７は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与えると考えられ、結果としてＮＨＬの治療において腫瘍の免疫原性細胞死をもたらす機構（複数可）の概略図である。
【図１８】図１８は、ＮＨＬの治療での誘導相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図１９】図１９は、ＮＨＬの治療での維持相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図２０】図２０は、本発明の主題に係るＮＨＬに関する治療レジメンの概略図である。
【図２１】図２１は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与えると考えられ、結果としてＮＳＣＬＣの治療において腫瘍段階の免疫原性細胞死をもたらす機構（複数可）の概略図である。
【図２２】図２２は、ＮＳＣＬＣの治療での誘導相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図２３】図２３は、ＮＳＣＬＣの治療での維持相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図２４】図２４は、本発明の主題に係るＮＳＣＬＣに関する治療レジメンの概略図である。
【図２５】図２５は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与えると考えられ、結果としてＰＡＮＣの治療において腫瘍の免疫原性細胞死をもたらす機構（複数可）の概略図である。
【図２６】図２６は、ＰＡＮＣの治療での誘導相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図２７】図２７は、ＰＡＮＣの治療での維持相の間の様々な医薬組成物の投与に関するフローチャートである。
【図２８】図２８は、本発明の主題に係るＰＡＮＣに関する治療レジメンの概略図である。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
詳細な説明
最大耐量（ＭＴＤ）での化学療法、細胞分裂を妨害する薬剤である、キナーゼ阻害剤を使用する標的治療、および高線量の放射線照射を伴う抗体療法を使用する従来の分子的情報のない治療レジメンは通常、免疫系を害し、よって免疫寛容原性細胞死をもたらし、これは次に癌の免疫監視の選択および回避を可能にし、かつ抵抗性の異質遺伝子性クローンの逃避を可能にし、結果として転移および不十分な長期間の予後をもたらす。よって、従来の治療のレジメンおよび現在の標準治療は、腫瘍の免疫編集の逃避相を気づかずに永続化させ免疫抑制のＴＭＥ（腫瘍の微小環境）を支援する場合がある。
【００２８】
治療が、解剖学、癌の発展の機構とほとんど無関係である腫瘍の生物学に基づき、かつ患者の腫瘍の遺伝的変化に特異的にテーラーメードされる、癌の治療におけるパラダイム変化が必要とされる。本明細書中提示される治療方法および組成物は、このような手法を表す。
【００２９】
本発明の主題にしたがい、現在本発明者らは、癌治療が、患者の癌に対する抗腫瘍性の適応応答および自然応答を維持および増大させつつ、免疫原性細胞死（ＩＣＤ）を最大限にすることを目的とし得ることを発見した。この目的のために、本明細書中に提示される治療方法、ならびに特定の化合物および組成物の使用は、細胞傷害性の化学療法および放射線療法の両方の、より低いメトロノミックな用量を利用して、免疫系の抑制を最小限にしつつ損傷関連分子パターン（ｄａｍａｇｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐａｔｔｅｒｎ）（ＤＡＭＰ）シグナルおよび細胞死を誘導する。さらに、企図される方法はまた、患者の適応免疫応答および自然免疫応答を増強および刺激するための様々な免疫調節剤、ワクチン、チェックポイント阻害剤、細胞ベースの組成物、および融合タンパク質の使用を含む。特に、免疫抑制されるＴＭＥを克服することにより、癌の排除相を、好ましくは融合タンパク質、アデノウイルスおよび酵母のベクターワクチン、ならびにナチュラルキラー細胞を使用する併用療法により活性化される、エフェクター細胞（たとえば成熟した樹状細胞、ＮＫ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、メモリーＴ−ＮＫ細胞）を介して、元に戻すことができる。このような併用が患者に特異的な変異のパターンを標的とすることを、さらに認識すべきである。このようにして、免疫応答のオフターゲットの刺激が、有意に低減される。
【００３０】
最も好ましくは、企図される化合物および組成物は、腫瘍の微小環境を免疫調節するために、自然免疫応答系および適応免疫応答系（ｉｎｎａｔｅ  ａｄａｐｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｓｙｓｔｅｍ）を活性化するために、かつ、免疫原性細胞死（ＩＣＤ）を誘導するために、時空間的に編成された免疫治療製品の組み合わせで投与される。より具体的には、本発明者らは、このような手法が、協調した効果をもたらし、特に以下をもたらすことを企図する：
【００３１】
（１）好ましくは腫瘍の免疫抑制された状態を克服することにより、癌の免疫編集の逃避相を破壊すること（このような治療は好ましくは、組織生検および／またはリキッドバイオプシーから情報を得、Ｔ−Ｒｅｇ、ＭＤＳＣ、およびＭ２マクロファージを阻害できる低用量のメトロノミック化学療法剤を用いて、および／または免疫抑制免疫系を高めるサイトカイン（たとえばＴＧＦβ）の阻害により、行われる）；
【００３２】
（２）好ましくはｄａｍａｇｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐａｔｔｅｒｎ（ＤＡＭＰ）シグナルのアップレギュレートおよび／または誘導、腫瘍関連ＭＨＣ限定抗原およびストレス受容体（ＮＫＧ２Ｄ）のアップレギュレート、ＰＤ−Ｌ１などの腫瘍特異的受容体のアップレギュレートによりおよび／または低線量の放射線照射、免疫調節薬（ＩＭｉＤ）およびヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）剤の投与、および／または、アデノウイルス、細菌、および／もしくは酵母のベクターワクチンを介する樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、メモリーＴ細胞および／もしくはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の活性化、サイトカイン融合タンパク質の投与、チェックポイント阻害剤、および／またはＮＫ細胞療法の注入により行われる、癌の免疫編集の排除相を誘導すること；ならびに
【００３３】
（３）ワクチンブースター、サイトカイン融合タンパク質の維持、および／または通常の外来性ＮＫ融合物を用いて患者の免疫系のＴＨ１状態を維持することにより達成できる、癌の免疫編集の平衡相の復元。
【００３４】
別の観点からみると、本発明者らは、企図される治療の時空間的な方法が、逃避相を克服すること、排除相を再確立することにより、および平衡相の支援を介して長期間の維持を達成することにより、患者の免疫系の天然の（癌の前の）状態を取り戻すことを企図する。
【００３５】
この目的のために、企図される選択肢のうち特に、好ましい治療の構成要素は、（ａ）腫瘍の微小環境に入り（たとえば経細胞輸送を介して）、腫瘍抑制因子の環境を克服するための、ナノ粒子のアルブミンが結合した（Ｎａｂ）化学療法の併用、（ｂ）免疫コンピテント細胞に腫瘍関連抗原および／または患者および腫瘍に特異的な新抗原を直接的または間接的に送達して、患者および腫瘍に特異的な様式で未成熟な樹状細胞を活性化させて、適応免疫応答を誘導しおよび高める、抗原産生ワクチン実体（たとえば組み換え型のアデノウイルス、細菌、および／または酵母）、（ｃ）自然免疫応答を誘導するおよび／または高めるための、内在性（たとえばＩＬ−１５またはＩＬ−１５スーパーアゴニストでの刺激による）および／または外来性（たとえば遺伝的に改変されたＮＫ細胞、たとえばａＮＫ細胞、ｈａＮＫ細胞、ｔａＮＫ細胞）であり得る、ナチュラルキラー細胞、ならびに（ｄ）好ましくはワクチン、細胞療法、および融合タンパク質（たとえば遺伝的に操作された融合タンパク質のサイトカイン刺激物質および／またはチェックポイント阻害剤）を介して活性化される、長期間の寛解を持続するための内在性の活性化されたメモリーＴ細胞および／またはＮＫ細胞、を含む。
【００３６】
よって、機構的な観点からみると、本発明者らは、時空間的な編成の、免疫療法用の化合物および／または組成物の組み合わせが、（ａ）１つまたは複数の免疫抑制サイトカインの阻害剤と共に、免疫原性細胞死（ＩＣＤ）を誘導できる低用量のメトロノミック化学療法剤を用いて、好ましくは組織生検およびリキッドバイオプシーから情報を得る、腫瘍の免疫抑制された状態を克服するために、腫瘍の微小環境を透過すること；（ｂ）ｄａｍａｇｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐａｔｔｅｒｎ（ＤＡＭＰ）シグナルの誘導をアップレギュレートしすること、および低線量の放射線照射、ＩＭｉＤ（免疫調節薬）およびＨＤＡＣ（ヒストン脱アセチル化薬）剤を介して腫瘍関連のＭＨＣ限定抗原およびストレス受容体（ＮＫＧ２Ｄ）をアップレギュレートすること；（ｃ）様々なサイトカイン融合タンパク質、チェックポイント阻害剤の投与、およびＮＫ細胞療法の注入を介して樹状細胞、ナチュラルキラー細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、メモリーＴ細胞および／またはＮＫ細胞を活性化すること；ならびに（ｄ）ブースト用ワクチン（たとえば、腫瘍関連抗原および新抗原を送達するアデノウイルス、細菌、および／または酵母のベクター）、ＮＫ活性化剤、および様々な免疫刺激融合タンパク質を介して平衡状態を維持すること、により、現在の標準治療よりも低い毒性および高い有効性で、腫瘍の微小環境を免疫調節し、免疫原性細胞死（ＩＣＤ）を誘導し、および複数の腫瘍タイプの長期間の持続可能な寛解をもたらすことを企図する。実際に、企図される方法および使用は、抗原性およびアジュバント活性の供給源として腫瘍を利用することを、認識すべきである。
【００３７】
特に、本発明の主題に係る治療の手法を使用する場合、このような手法の薬物の大部分は主に、それらの従来の機能（たとえば特異的な受容体を遮断するまたは特異的な酵素を阻害する機能）では使用されないが、薬物の組み合わせが、患者の腫瘍および免疫系の免疫生物学を調節するために協調した方法で使用され、それにより、腫瘍を逃避相から排除相および平衡相へ戻すことを認識すべきである。対照的に、現在使用されている組み合わせは、今までのところ、癌治療での戦略的な手法として、癌の免疫編集を利用することができず、またはさらには癌の免疫編集の調節を認識していなかった。
【００３８】
図２は、本発明の主題の様々な態様を例示的に示す。ここでは、概略的に示されるように、多クローン性癌細胞を有する腫瘍は標準治療を用いて治療され得るが、それは一部の腫瘍細胞の免疫寛容原性細胞死をもたらし、治療は通常、標準治療に抵抗性であり、かつ多くの治療戦略に対して今や免疫抑制的で非応答性であるＴＭＥと共に腫瘍および／または腫瘍転移を確立した細胞を表す生存細胞の画分をもたらす。さらに、免疫寛容原性細胞は一般に、ＩＣＤ（免疫原性細胞死―腫瘍の１つまたは複数の抗原に対する癌患者の免疫応答による細胞死、概して自然免疫応答および適応免疫応答を介する）に通常遭遇するため、免疫刺激をもたらさないことに留意すべきである。
【００３９】
対照的に、企図される使用および方法は、以下に、さらにより詳細に説明されるように、ＴＭＥに特異的にまたは優先的に入る組成物および化合物の使用により、ＴＭＥの免疫抑制を最初に低減するまたはさらには戻すように設計される。ＴＭＥの免疫抑制の低減または阻害に加えて、企図される方法および使用は、低用量のメトロノミック化学療法をさらに好ましくは含んでよい。このような低用量およびメトロノミックな化学療法は好適には、患者の免疫系を、治療上有効な方法で自然免疫応答および適応免疫応答の両方の増大を可能にする度合に機能させる。
【００４０】
さらに、一般に、このような低用量のメトロノミック化学療法は、患者の腫瘍のオーミクス解析および経路解析により情報を与えられることが企図される。たとえば、オーミクス解析は、腫瘍に関連する特異的な変異ならびに患者および腫瘍に特異的な新規エピトープの存在および発現を同定できる。よって、特異的な変異は、このような変異を治療することが知られている薬物（たとえばｋ−ｒａｓではキナーゼ阻害剤など）を用いて、標的化できる。さらに、これにより同定された腫瘍および患者に特異的な変異はまた、以下にさらにより詳細に説明されるように、免疫療法において使用することもできる。好ましくは、オーミクス解析は、米国特許公開公報第２０１２００５９６７０号および同第２０１２００６６００１号に例示的に記載されるように、同じ患者からの腫瘍の試料および対応する正常な試料を使用して行われる。よって、患者の腫瘍のオーミクス解析は、薬用（ｄｒｕｇｇａｂｌｅ）の標的を明らかにするだけでなく、免疫療法で使用できる患者および腫瘍に特異的な新規エピトープの情報をも提供することを、理解するべきである。
【００４１】
たとえば、患者および腫瘍に特異的な新抗原は、患者の疾患組織および健常な組織からのオーミクスデータを解析することおよび比較することを介して（たとえば、全ゲノムシークエンシングおよび／またはエキソームシークエンシングなどを介して）同定できる。同定した変異の中で、患者に特異的な新抗原が、変異の種類、転写の強度、翻訳の強度、および先験的に知られている分子のバリエーションのうちの少なくとも１つによる選別により、さらに選択されることが、一般に好ましい。患者に特異的な新抗原および／または癌に特異的で、患者に特異的な新抗原の同定に関するさらなる詳細は、国際特許出願番号第ＰＣＴ／ＵＳ１６／５６５５０号で詳細に説明される。
【００４２】
さらに、腫瘍関連の抗原は、患者のＨＬＡ種の少なくとも１つのＭＨＣクラスＩのサブタイプまたは少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩのサブタイプに対する高親和性の結合剤であることが考慮され、これは、たとえば国際特許公開公報第２０１７／０３５３９２号に記載されるｄｅ  Ｂｒｕｉｊｎグラフの手法を使用してｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで、または当該分野で知られている従来の方法（たとえば抗体ベースの方法）を使用して、決定できる。ヒトの疾患関連抗原の結合親和性は、決定されたＨＬＡ種に対してｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで試験される。好ましい結合親和性は、たとえばＮｅｔＭＨＣを使用して、たとえば５００ｎＭ未満、または２５０ｎＭ未満、または１５０ｎＭ未満、または５０ｎＭ未満の最少のＫＤにより測定できる。最も典型的には、ＨＬＡ種の決定は、少なくとも３つのＭＨＣ−Ｉのサブタイプ（たとえばＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃなど）および少なくとも３つのＭＨＣ−ＩＩのサブタイプ（たとえばＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＲなど）を含み、好ましくは、各サブタイプは、少なくとも４桁のｄｅｐｔｈに決定される。このような手法は、患者および腫瘍に対して真である特異的な新抗原を同定するだけでなく、細胞に提示される可能性が最も高く、したがって治療効果を有する免疫応答を引き起こす可能性が最も高い新抗原をも同定することを、認識するべきである。
【００４３】
当然、患者および癌に特異的な新抗原に対する患者のＨＬＡ種のマッチングは、ＮｅｔＭＨＣ以外のシステムを使用して行うことができることを認識すべきであり、適切なシステムとして、ＮｅｔＭＨＣ  ＩＩ、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ、ＩＥＤＢ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ（ＵＲＬ  ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ）、ＲａｎｋＰｅｐ、ＰＲＥＤＥＰ、ＳＶＭＨＣ、Ｅｐｉｐｒｅｄｉｃｔ、ＨＬＡＢｉｎｄｉｎｇ、および他のもの（たとえばＪ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０１１；３７４：１‐４参照）が挙げられる。最も高い親和性の計算において、変化したアミノ酸の位置が移動（上）する新抗原配列の一群を使用できることに留意すべきである。あるいはまたはさらに、新抗原への改変は、患者のＨＬＡ種への発現された新抗原の結合をさらに増大させるためにＮ末端および／またはＣ末端の修飾を付加することにより、実施することが可能である。よって、新抗原は、同定された通り天然であってよく、または特定のＨＬＡ種と良好に適合するようにさらに改変されてもよい。
【００４４】
さらに、望ましい場合には、対応する野生型の配列（すなわち、アミノ酸の変化を伴わない新抗原配列）の結合は、高い差別的親和性を確保するように計算できる。たとえば、新抗原とその対応する野生型の配列の間のＭＨＣ結合における特に好ましい高い差別的親和性は、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、少なくとも１０００倍などである。
【００４５】
さらに、オーミクス情報（特にオーミクス情報が、全ゲノムのシークエンシングまたはエキソームのシークエンシング、ＲＮＡ配列および転写のデータ、ならびに（好ましくは定量的な）プロテオミクス情報を含む）を使用して、様々な細胞のシグナリング経路の状態を決定することもできる。このような経路の情報、および特に変異の情報と組み合わせた当該経路の情報は、腫瘍の解剖学的な特性とは無関係である細胞の中のさらなる薬用の標的を明らかにできるであろう（たとえば非乳癌におけるＨＥＲ２シグナリングの存在）。オーミクス情報に基づく特に好ましい経路解析は、国際特許公開公報第２０１１／１３９３４５号、同２０１３／０６２５０５号、同２０１４／１９３９８２号、同２０１４／０５９０３６号、同２０１４／２１０６１１号、同２０１５／１８４４３９号、および同２０１６／１１８５２７号に記載されるものを含む。異なる観点からみると、企図される治療および使用におけるオーミクスデータは、腫瘍の種類および位置よりは経路の情報に基づき、免疫療法用の組成物の生成の情報を与え、かつ、化学療法薬の選択の情報を与えるために使用される。よって、適切なオーミクスデータは、全ゲノムシークエンシングデータ、エキソームシークエンシングデータ、ＲＮＡ配列および転写のデータ、ならびにプロテオミクススデータ（たとえば質量分光分析からの定量的なプロテオミクスデータ）を含む。
【００４６】
ゲノミクス、トランスクリプトミクス、およびプロテオミクスのデータの使用は特に、得られたデータの経路解析と組み合わせて、鍵となる変化した細胞シグナリング経路の同定を可能にし、それにより腫瘍の解剖学的な種類については不可知であるがシグナル伝達および関連する細胞事象における機能的な変化に感受性がある治療への手段を可能にする。これは、さもなければ企図されない、腫瘍の治療に適した薬物の同定を可能にするだけでなく、腫瘍の免疫パラメータの調節をも可能にする。ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびタンパク質のシグネチャーならびに関連するシグナリング経路の変化を、治療の開始前であっても同定できる。実際に、仮定ではない（ｎｏｎ−ａｓｓｕｍｐｔｉｖｅ）確率解析は、従来の治療の組織×組織の割り当て、または数百のＤＮＡが癌の駆動体であるという従来の仮定に対する先入観のない、治療の決定を可能にする。
【００４７】
さらに、ＴＭＥの免疫抑制の低減または阻害に関して、ＴＭＥを、ＴＭＥで優先的に集積する薬物で直接標的化できることが企図される。たとえば、直接的な標的化は、阻害剤またはＴ−ｒｅｇ（制御性Ｔ細胞）、ＭＤＳＣ（骨髄由来免疫抑制細胞）、および／またはＭ２マクロファージの使用、以下にさらに記載されるアルブミン薬物コンジュゲートの使用、ならびに／または壊死性細胞（たとえばヌクレオリン、ヒストン、ＤＮＡなど）に結合する抗体またはそのフラグメントに結合する薬物の使用を含む。間接的な標的化は通常、ＴＭＥへ薬物のアクセスを容易にできるようにＴＭＥの血管新生を透過性にする透過性亢進薬物を使用する（たとえばＩＬ−２またはそのＰＥＰフラグメント）。
【００４８】
ＴＭＥの免疫抑制の低減または阻害のさらに企図される態様では、ＴＭＥがまた、様々なストレスシグナル、特にはＮＫＧ２Ｄの発現および提示を誘導するストレス状態に供されてＮＬＫなどの免疫コンピテント細胞を誘引することが企図される。たとえばストレス応答は、低線量の放射線療法（たとえば８Ｇｙ未満）、ホルモン抑制、小分子阻害剤などを使用して誘導されてよい。特に、上記手法の１つ以上を採用する場合、腫瘍細胞の少なくとも一部が、様々な免疫コンピテント細胞、特にナチュラルキラー細胞（以下にさらに記載されるように患者自身または外来性のＮＫ細胞であり得る）に曝露されるであろうと考えられる。よって、ＴＭＥに取り組むことは、第１の自然免疫応答をもたらし得る。好適には、このような自然免疫応答（たとえばＮＫ細胞を介する）は、免疫カスケードを引き起こし、自然免疫応答により死滅した細胞の成分に対する適応免疫応答を刺激する。よって、これらの治療および特定の化合物および組成物の使用を用いてＴＭＥでの免疫抑制を低減または排除でき、これらを使用して、癌の免疫編集の逃避相を遮断または戻すことができることを、認識するべきである。
【００４９】
ＴＭＥでの免疫抑制の低減または反転の直後、またはＴＭＥでの免疫抑制の低減または反転と同時に、本発明者らは、腫瘍の排除相を、好ましくは適応免疫応答および自然免疫応答の少なくとも１つを高める１つ以上の薬学的な化合物または組成物を介して、誘導できることを企図する。適応免疫応答の好ましい誘導に関して、当該応答が１つ以上のワクチン組成物によりもたらされることが一般に好ましい。たとえば、特に好ましいワクチン組成物は、腫瘍関連抗原（たとえばＭＵＣ−１、ブラキュリ、ＣＥＡ、ＨＥＲ２など）および／または（好ましくは患者および腫瘍に特異的な）腫瘍の新規エピトープに対する免疫応答をもたらすように製剤化される。この文脈では、適応免疫応答の産生に使用される腫瘍の新規エピトープは、上述のオーミクスの情報に基づき選択されることを理解すべきである。好適には、特定の患者に関するオーミクス情報がしたがって、少なくとも化学療法薬（好ましくはオーミクスデータを使用した経路解析を介した化学療法薬）の同定のため、および免疫療法用組成物を作製するために適切な新規エピソープの同定のために、使用される。
【００５０】
適切な選択肢のうち特に、免疫療法用組成物は、以下により詳細に記述される細菌ワクチン、酵母ワクチン、および（アデノ）ウイルスワクチンの少なくとも１つに基づく癌ワクチンであることが通常好ましい。癌ワクチンは、好ましくは、１つ以上の腫瘍関連抗原および／もしくは腫瘍の新規エピトープを細胞内空間で発現している、または組み換え実体がコードする組み換えウイルス発現ベクターである、組み換え型の実体であることを認識すべきである。さらに好ましい態様では、ワクチン組成物が連続的に（たとえば最初に細菌、次に酵母、次にウイルス）投与されてよく、または１つまたは２つのワクチン組成物のみが使用される（たとえばアデノウイルスまたは細菌ワクチンのみ）ことにも、留意すべきである。当然、組み換え型タンパク質または当該タンパク質をコードする核酸は、すべてのワクチン組成物で同じであってもよく、重複していてもよく、または異なっていてもよいことを理解すべきである。
【００５１】
排除相における自然免疫応答の亢進に関して、自然免疫応答が、患者自身の免疫系由来である、または外来性の免疫コンピテント細胞を介し得ることが一般に好ましい。たとえば、患者の自然免疫応答が高まる場合、ナチュラルキラー細胞および活性化したＴ細胞の増殖および活動を、以下により詳細に論述されるように１つ以上の免疫刺激性サイトカインを使用して、ブーストしてよい。あるいはまたはさらに、患者はアロジェニックなＮＫ細胞、最も好ましくは活性化したＮＫ細胞（ａＮＫ細胞、ｈａＮＫ細胞、またはｔａＮＫ細胞など）、ならびに／またはキメラＴ細胞の受容体を含む組み換え型Ｔ細胞を受けてもよい。ＮＫの注入、特にａＮＫおよびｈａＮＫの注入は好適には、ＴＭＥにおける腫瘍細胞に存在する事前のストレスシグナル（概してメトロノミックな低用量の化学療法、低線量の放射線照射、ならびに／または内分泌抑制により誘導される）を増幅する。さらに、ｈａＮＫ細胞は、腫瘍関連抗原または新規エピトープを結合する１つ以上の抗体に、高親和性のＣＤ１６受容体を介して結合されてよい。また、自然免疫応答は、腫瘍細胞に特異的に向けられてよい。排除相は、さらに以下でより詳細に論述されるように、１つ以上のサイトカイン、融合タンパク質、および／またはケモカインの投与によりさらに亢進または支援されてよい。
【００５２】
よって、排除相を誘導または亢進するために投与される化合物および組成物は、ＴＭＥおよび腫瘍が、免疫抑制を低減するまたは無効にするように、かつ追加的なストレスシグナルを有するようにあらかじめ調節された場合に特に有効であることを、認識すべきである。異なる観点からみると、従来より知られている治療のすべてまたはほぼすべては概して、当該治療が免疫抑制を維持するＴＭＥに送達または投与されるために、治療効果を提示できなかった。対照的に、本発明で企図される方法および使用は好適に、腫瘍およびＴＭＥをあらかじめ調節して、排除相を誘導する治療をより有効にする。望ましくは、排除相は、Ｔ−ｒｅｇ、ＭＤＳＣ、および／またはＭ２マクロファージを阻害する１つ以上の薬物の投与により、さらに支援され得る。
【００５３】
所定の時間または所定の治療応答のための排除相の誘導の後、企図される方法および使用は次に、平衡相を維持することを目的とする。この時点で、残りの腫瘍、腫瘍転移、および腫瘍細胞は、免疫カスケード（すなわち、免疫コンピテント細胞（たとえばＮＫ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞）により攻撃された腫瘍細胞が腫瘍の免疫原性タンパク質を放出し、エピトープの拡散およびさらなる免疫応答をもたらすプロセス）をも刺激するプロセスで大きく排除され、免疫原性細胞死および免疫記憶（たとえばメモリーＴ細胞、メモリーＢ細胞、メモリーＮＫ細胞）をもたらす。患者の免疫状態を維持し、かつ腫瘍細胞に存在した抗原に対するメモリーをさらにブーストするために、患者は上述のチェックポイント阻害剤、免疫刺激性サイトカイン、および／またはさらなるワクチン用量を受けてよい。このような治療ならびに上記の化合物および組成物の使用は、ＴＨ１応答（インターフェロンγ、腫瘍壊死因子α、およびＩＬ−２の産生を通常特徴とする；対照的に、ＴＨ２応答は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、およびＩＬ−１３の産生を通常特徴とする）に対する適応免疫応答および／または平衡相を付勢することに有効である。企図される化合物および組成物を使用する維持は、平衡相を維持し、自然免疫応答および適応免疫応答を支援し、かつメモリーＮＫ細胞、メモリーＴ細胞、およびメモリーＢ細胞の産生を支援する。
【００５４】
異なる観点からみると、腫瘍の逃避相を戻し、同時にまたはより好ましくはその後に排除相を誘導し、かつ腫瘍の平衡相を維持する治療レジメンを提供することは、以前に発達または確立された腫瘍の免疫抑制および免疫回避を克服できる。よって、企図される方法および使用は、従来の治療と同じ化合物および組成物のいくつかを使用するが、逃避相を排除相および維持相へ戻すことを達成するための協調した治療は、認識も理解もされていなかった。
【００５５】
図３は、企図される化合物、組成物、および使用のいくつかを概略的に示す。たとえば、ＴＭＥは、アブラキサン（ナノ粒子のアルブミンに結合されるパクリタキセル）、壊死性細胞の成分に特異的に結合する抗体部分を有する様々な抗体薬物コンジュゲートを使用して、対処され得る。たとえば、アルブミン薬物コンジュゲートを使用して、腫瘍の微小血管系の内皮におけるアルブミンに関するｇｐ６０介在型経細胞輸送機構を利用してもよい。よって、薬物がアルブミン（またはナノ粒子の再フォールディングされたアルブミン）に非共有結合される、アルブミンを含む様々な薬物コンジュゲートが企図され、企図される薬物として、様々な細胞傷害性薬物、代謝拮抗性薬物、アルキル化剤、微小管作用剤（ｍｉｃｒｏｔｕｂｕｌｉｎ  ａｆｆｅｃｔｉｎｇ  ｄｒｕｇ）、トポイソメラーゼ阻害剤、ＤＮＡ修復を妨害する薬物などが挙げられる。よって、適切な薬物として、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンが挙げられる。このようなコンジュゲートは好適に、低用量かつメトロノミックな形式で投与される。アルブミンへのコンジュゲートのための（またはコンジュゲートを伴わずに使用するための）さらに企図される薬物は、ＴＭＥのサプレッサー細胞、特にＴ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、および／またはＭ２マクロファージを阻害する薬物を含む。たとえばこのような薬物として、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２（たとえば米国特許第９４９２４９９号参照）が挙げられる。
【００５６】
、
同様に、ＴＭＥ中への薬物コンジュゲートのエントリが、腫瘍の微小血管系の内皮のＦｃＲｎ受容体を介して行われる場合、イムノグロブリンのＦｃ部分を含む様々なコンジュゲートおよびキメラタンパク質が企図される。よって、特に企図されるコンジュゲートおよびキメラタンパク質は、免疫刺激性サイトカイン（たとえばＩＬ−２、ＩＬ１５など）、およびケモカイン（たとえばＣＸＣＬ１４  ＣＤ４０Ｌなど）を含む。あるいは、ＴＭＥはまた、ＩＬ−２の透過性亢進ペプチド部分（ＰＥＰ）を一般に使用して、腫瘍の微小血管系を破壊することにより、より非特異的な方法で標的化され得る。このような透過性賦活薬は、好ましくは、壊死性腫瘍細胞に結合する薬物および／またはサプレッサー細胞を阻害する薬物の投与と共に、または投与の前に、提供される。
【００５７】
図３にまた概略的に表されるように、ＴＭＥにおける腫瘍細胞の免疫原性は、好ましくは上述のオーミクスおよび経路の解析で選択される１つ以上の化学療法薬を使用して、増大され得る。このような治療は好ましくは、低用量およびメトロノミックな形式で行われてストレスシグナルの過剰発現または転写を誘導する。たとえば一般的には、このような治療は、タンパク質の発現、細胞分裂、および細胞周期の少なくとも１つに影響を与えることに有効であり、好ましくはアポトーシスを誘導し、または少なくともストレス関連遺伝子（および特にはＮＫＧ２Ｄリガンド、ＤＡＭＰシグナル）の発現を誘導もしくは増大させることが好ましい。化学療法剤は好適には、特異的なｄａｍａｇｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐａｔｔｅｒｎ（ＤＡＭＰ）シグナルの誘導をもたらす腫瘍細胞における免疫原性種の細胞死を誘導することにより、免疫系の自然的および適合的なアームの両方を刺激し得ることに留意すべきである。これらのシグナルは細胞デブリの食作用を引き起こし、樹状細胞の成熟化、Ｔ細胞およびＮＫ細胞の活性化を促進し、最終的には抗腫瘍応答を促進する。
【００５８】
よって企図される態様では、免疫原性を増大させかつ／または免疫抑制を減少させるための治療は、ＴＭＥを標的とする化学療法剤の１つまたは複数を使用する低用量の治療を含む。最も典型的には、低用量の治療は、化学療法剤に関して７０％以下、５０％以下、４０％以下、３０％以下、２０％以下、１０％以下、または５％以下のＩＤ５０またはＩＣ５０である用量である。異なる観点からみると、低用量の投与は、薬物に関する処方の情報に記載される通常推奨される用量の５〜１０％、または１０〜２０％、または２０〜３０％、または３０〜５０％、または５０〜７０％である用量である。さらに、および望ましい場合、このような低用量のレジメンは、たとえば米国特許第７７５８８９１号、同第７７７１７５１号、同７７８０９８４号、同７９８１４４５号、および同８０３４３７５号に記載されるメトロノミックな方法で行われてよい。
【００５９】
さらに、免疫原性を増大および／または免疫抑制を減少させるためにＴＭＥを標的とするように企図される治療は、放射線療法、特に、比較的低線量（たとえば腫瘍の放射線照射に関して通常推奨される線量の５〜１０％、または１０〜２０％、または２０〜３０％、または３０〜５０％、または５０〜７０％の線量）での標的化定位放射線療法（ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｓｔｅｒｅｏｔａｃｔｉｃ  ｒａｄｉａｔｉｏｎ  ｔｈｅｒａｐｙ）を伴ってよい。ストレスシグナルの発現および提示または分泌を利用するために、低用量の化学療法および／または低線量の放射線照射の後、１２〜３６以内にＮＫ細胞（たとえばａＮＫ細胞、ｈａＮＫ細胞、またはｔａＮＫ細胞）の注入を行って自然免疫応答を高めることが一般に好ましい。
【００６０】
よって企図される治療および使用はまた、患者に対する自己または異種のＮＫ細胞、特に、阻害が少ないように遺伝的に改変されたＮＫ細胞の注入を含んでもよいことが企図される。たとえば、遺伝的に改変されたＮＫ細胞は、当該細胞を恒常的に活性化させる、少なくとも１つのキラー細胞の免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の発現の低減または消失を有するように改変されたＮＫ−９２誘導体であってよい。当然、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ２ＤＳ１、ＫＩＲ２ＤＳ２、ＫＩＲ２ＤＳ３、ＫＩＲ２ＤＳ４、ＫＩＲ２ＤＳ５、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、およびＫＩＲ３ＤＳ１を含む、１つ以上のＫＩＲが除去されてよく、またはそれら発現が抑制され得る（たとえばｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡなどを介して）ことに留意すべきである。このような改変された細胞は、当該分野でよく知られているプロトコルを使用して、調製され得る。あるいは、このような細胞はまた、ａＮＫ細胞（「活性化ナチュラルキラー細胞」）としてＮａｎｔＫｗｅｓｔから商業的に得られてもよい。このような細胞は次に、以下にさらに論述されるように共刺激性分子を発現するようにさらに改変されてよい。さらに、本明細書中の使用に適切な企図されるＮＫ細胞は、ＴｒｅｇおよびＭＤＳＣに対する活性化シグナルである、ＮＫＧ２Ａの発現を消失または発現抑制したものも含む。
【００６１】
あるいは、遺伝的に操作されたＮＫ細胞はまた、高親和性のＦｃγ受容体（ＣＤ１６−１５８Ｖ）を発現するように改変されるＮＫ−９２誘導体であってもよい。Ｆｃγ受容体の高親和性の変異体に関する配列は、当該分野でよく知られており、産生および発現のすべての方法は、本明細書中の使用に適切であるとみなされる。このような受容体の発現は、本明細書中企図される治療に応答して患者により産生されるか、または治療抗体として供給される抗体を使用して、腫瘍細胞の特異的標的化を可能にすると考えられ、ここでこれらの抗体は、患者の腫瘍細胞（たとえば新規エピトープ）、特定の腫瘍種（たとえばｈｅｒ２ｎｅｕ、ＰＳＡ、ＰＳＭＡなど）、または癌に関連する抗原（たとえばＣＥＡ−ＣＡＭ）に特異的である。好適には、このような細胞は、ｈａＮＫ細胞（「高親和性ナチュラルキラー細胞」）としてＮａｎｔＫｗｅｓｔから商業的に得られてよく、その後さらに改変（たとえば共刺激性分子を発現するように）されてよい。
【００６２】
さらなる態様では、遺伝的に操作されたＮＫ細胞はまた、キメラＴ細胞受容体を発現するように遺伝的に操作されてもよい。特に好ましい態様では、キメラＴ細胞受容体は、オーミクス解析により決定される、患者の腫瘍関連抗原、腫瘍特異的抗原、および／または新規エピトープに対して結合特異性を有するｓｃＦｖ部分または他のエクトドメインを有する。前述のように、このような細胞は、ｔａＮＫ細胞（「標的活性化ナチュラルキラー細胞」）としてＮａｎｔＫｗｅｓｔから商業的に得られてよく、望ましいようにさらに改変されてよい。細胞が、癌関連抗原または新規エピトープに対する親和性を有するように操作されたキメラＴ細胞受容体を有する場合、すべての既知の癌関連抗原および新規エピトープは、使用に適切であるとみなされることが企図される。たとえば、腫瘍関連抗原として、ＣＥＡ、ＭＵＣ−１、ＣＹＰＢ１、ＰＳＡ、Ｈｅｒ−２、ＰＳＡ、ブラキュリなどが挙げられる。
【００６３】
さらに、本明細書中企図される方法および使用はまた、ＮＫ細胞以外の細胞（またはＮＫ細胞に加えてＮＫ細胞以外の細胞）を用いる細胞ベースの治療を含むことに留意すべきである。たとえば、適切な細胞ベースの治療として、Ｔ細胞ベースの治療が挙げられる。他の選択肢の中で、Ｔ細胞（たとえばＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞など）に関連する１つ以上の特性を検出できることが企図される。より具体的には、企図されるオーミクス解析は、新規エピトープ／ＭＨＣタンパク質複合体に対して特異的なＴ細胞受容体を有する新規エピトープ反応性Ｔ細胞の同定のために使用できる、特異的な新規エピトープ（たとえばＭＨＣ  Ｉでは８ｍｅｒ〜１２ｍｅｒ、ＭＨＣＩＩでは１２ｍｅｒ〜２５ｍｅｒ）を同定できる。よって、本方法は、新規エピトープに反応性のＴ細胞を回収することを含んでよい。回収されたＴ細胞は、患者に再導入するための調製において、ｅｘ  ｖｉｖｏで増殖または増大されてよい（または消耗される場合は再活性化される）。あるいは、回収されたＴ細胞中のＴ細胞受容体遺伝子を単離し、ウイルス、または他の適応性細胞療法システム（たとえばＣＡＲ−Ｔ、ＣＡＲ−ＴＡＮＫなど）中に移行できる。新規エピトープ以外に、オーミクス解析はまた、１つ以上の腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）も提供できる。よって、これらの解析から同定されるＴＡＡに感受性のある受容体を有するＴ細胞を回収することもできる。これらの細胞を、ｅｘ  ｖｉｖｏで増殖または培養でき、および上述のものと同様の治療方法で使用できる。Ｔ細胞は、ペプチドの合成バージョンを産生し、それらを市販のＭＨＣまたはＭＨＣ様タンパク質と結合させ、次にこれらのｅｘ  ｖｉｖｏ複合体を使用して標的のＴ細胞に結合させることにより、同定できる。回収されるＴ細胞は、疾患に対する患者の免疫応答により活性化されたＴ細胞、消耗したＴ細胞、または論述した特性に応答性のある他のＴ細胞を含み得ることを認識すべきである。
【００６４】
よって、上述の治療が、ＴＭＥにおける腫瘍細胞の免疫抑制を低減させ免疫原性を増大させるためにＴＭＥを標的とするだけでなく、自然免疫応答を開始または支援することにも留意すべきである。好適には、自然免疫応答は、腫瘍細胞に結合されるとＮＫ細胞の細胞傷害性の細胞死滅を引き起こす、腫瘍抗原特異的抗体を使用して、さらに高められてよい。特に、このような抗体は、既知の腫瘍関連抗原（たとえばＭＵＣ−１、ＨＥＲ２、ブラキュリ、ＣＥＡなど）だけでなく、企図されるオーミクス解析を使用して以前に同定された患者および腫瘍に特異的な新規エピトープも標的にできる。たとえば、新規エピトープに特異的な抗体の調製および使用は、国際特許公開公報第２０１６／１７２７２２号に例示的に記載される。このような抗体介在型の細胞の死滅はまた、エピトープの拡散（すなわち、細胞傷害性の細胞死滅を介する新規腫瘍細胞エピトープの提示）を高め、次に適応免疫応答を誘導または亢進する。
【００６５】
さらに、腫瘍細胞抗原に結合する抗体に関して、当該抗体またはそのフラグメントはまた、非抗体部分が免疫刺激性サイトカイン、ケモカイン、共刺激性分子、またはチェックポイント阻害を妨害する分子である融合タンパク質として調製されてもよいことを認識すべきである。
【００６６】
異なる観点からみると、腫瘍の免疫原性は、刺激または抗免疫抑制因子の腫瘍特異的結合により、もたらされるまたは高められてよい。このような治療は好適には、自然免疫応答および適応免疫応答の少なくとも１つを介して排除相を誘導または亢進する。
【００６７】
図３をさらに参照すると、適応免疫応答はまた、腫瘍関連抗原および／または腫瘍の新規エピトープの標的化を介して特異的な患者の腫瘍に適合する１つ以上のワクチン組成物を使用して、誘導され得る。新規エピトープのワクチンを使用する場合、当該新規のエピトープが好適には上述のオーミクス解析において同定されることを認識すべきである。当該分野で知られている様々な腫瘍のワクチン組成物が存在するが、これらのすべてが、本明細書中の使用に適するとみなされる。しかしながら、特に好ましい腫瘍のワクチン組成物として、細菌が１つ以上の腫瘍関連抗原および／または新規エピトープを発現するように遺伝的に操作される、細菌ワクチン組成物が挙げられる。最も好ましくは、組み換え型細菌は、患者のＣＤ−１４介在型敗血症を誘導するには不十分である低いレベルでエンドトキシンを発現するように遺伝的に操作される。改変されたリポ多糖を含む例示的な細菌株の１つとして、ＣｌｅａｒＣｏｌｉ（登録商標）ＢＬ２１（ＤＥ３）エレクトロコンピテントセルが挙げられる。この細菌株は、遺伝子型Ｆ‐ｏｍｐＴ  ｈｓｄＳＢ  （ｒＢ−ｍＢ−）ｇａｌ  ｄｃｍ  ｌｏｎ  λ（ＤＥ３［ｌａｃＩ  ｌａｃＵＶ５−Ｔ７  ｇｅｎｅ  １  ｉｎｄ１  ｓａｍ７  ｎｉｎ５］）ｍｓｂＡ１４８  ΔｇｕｔＱΔｋｄｓＤ  ΔｌｐｘＬΔｌｐｘＭΔｐａｇＰΔｌｐｘＰΔｅｐｔＡを有するＢＬ２１である。この文脈で、いくつかの特異的な欠失変異（ΔｇｕｔＱ  ΔｋｄｓＤ  ΔｌｐｘＬ  ΔｌｐｘＭΔｐａｇＰΔｌｐｘＰΔｅｐｔＡ）が、ＬＰＳのリピドＩＶＡへの改変をコードし、１つの追加的な補填変異（ｍｓｂＡ１４８）が、ＬＰＳ前駆体リピドＩＶＡの存在下で細胞が生存能力を維持できるようにすることに、留意すべきである。これらの変異は、ＬＰＳ由来のオリゴ糖鎖の欠失をもたらす。最も典型的には、これらの細菌は、投与前に放射線照射される。同様に、多くの酵母発現系が、本明細書中の使用に適切であるとみなされる。しかしながら、特に好ましい組み換え型酵母系として、Ｓ．  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅに基づく系が挙げられる。
【００６８】
ワクチン組成物のさらに好ましい態様では、組み換え型ウイルスが適切であるとみなされ、特に、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ１６／６５４１２号、同ＰＣＴ／ＵＳ１７／１７５８８号、同ＰＣＴ／ＵＳ１７／２３１１７号、および国際特許公開公報第２０１６／１６４８３３号に記載される抗原性が低減した組み換え型アデノウイルス系（Ａｄ５型など）が適切とみなされる。このようなウイルスは、たとえば、患者の癌関連の新規エピトープを同定するステップと、患者のＨＬＡ種への新規エピトープの結合を決定し、かつ新規エピトープの発現レベルを決定するさらなるステップと、少なくとも１つの共刺激性分子を選択するさらなるステップと、少なくとも１つの共刺激性分子および癌関連の新規エピトープをコードする核酸を含むようにウイルスを遺伝的に改変するステップとを含む方法で調製されてよい。ウイルスに関しては一般に、ウイルスはアデノウイルスまたは複製欠損ウイルスであることが言及される。さらに、ウイルスは非免疫原性であることが好ましい。よって、特に好ましいウイルスとして、アデノウイルス、特にＡｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］が挙げられる。
【００６９】
患者の癌関連の新規エピトープは好ましくは、腫瘍および対応する正常な試料のオーミクスデータの位置誘導型の同期アライメントによりｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで同定され、企図される方法は、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで患者のＨＬＡ種を予測するステップをさらに含んでよい。本発明の主題に限定されるものではないが、新規エピトープの発現レベルは、対応する正常な試料と比較して少なくとも２０％であることが好ましい。
【００７０】
組み換え実体（たとえば細菌、酵母、ウイルス）が、Ｂ７．１（ＣＤ８０）、Ｂ７．２（ＣＤ８６）、ＣＤ３０Ｌ、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４８、ＣＤ７０、ＣＤ１１２、ＣＤ１５５、ＩＣＯＳ−Ｌ、４−１ＢＢ、ＧＩＴＲ−Ｌ、ＬＩＧＨＴ、ＴＩＭ３、ＴＩＭ４、ＩＣＡＭ−１、およびＬＦＡ３（ＣＤ５８）の群から選択されるものを含む、１つ以上の共刺激性分子をコードする１つ以上の配列も含み得ることが、さらに企図される。さらに、核酸は、サイトカイン（たとえばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−１５スーパーアゴニスト（ＩＬ−１５Ｎ７２Ｄ）、および／またはＩＬ−１５スーパーアゴニスト／ＩＬ−１５ＲαＳｕｓｈｉ−Ｆｃ融合複合体）をコードする配列をさらに含んでよい。あるいは、またはさらに、核酸は、ＳＭＡＣ（たとえばＣＤ２、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２８、Ｌｃｋ、Ｆｙｎ、ＬＦＡ−１、ＣＤ４３、および／またはＣＤ４５、またはそれらの各結合対応物）の少なくとも１つの構成要素をコードする配列をもさらに含んでもよい。望ましい場合、核酸はさらに、ＥＢＶのＬＭＰ１の膜貫通型ドメインがＩＰＳ−１のシグナリングドメインに融合されるキメラタンパク質などの、ＳＴＩＮＧ経路の活性化因子をコードする配列を含み得る。このような改変は、適応免疫応答の活性化のための追加的なシグナルを提供することにより、適応免疫応答の発達をさらに高めると考えられる。
【００７１】
さらに、図３にまた表されるように、平衡相は、様々なサイトカイン、特に、ＩＬ−２およびＩＬ−１５、またはＩＬ−１５スーパーアゴニストの投与により維持または支援されてよく、これらのすべては、腫瘍関連抗原、壊死性細胞の成分（たとえばヌクレオリン、ＤＮＡ、ヒストンタンパク質など）、または患者および腫瘍に特異的な抗原に結合する結合部分を有する融合タンパク質の一部であり得る。このような組成物は好適には、腫瘍の標的部位でＴ細胞およびＮＫ細胞を活性化する。同様に、平衡相は、チェックポイント阻害を妨害する様々な結合剤（たとえばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１結合剤）の投与により維持または支援されてよく、これらのすべては、繰り返すが、腫瘍関連抗原、壊死性細胞の成分（たとえばヌクレオリン、ＤＮＡ、ヒストンタンパク質など）、または患者および腫瘍に特異的な抗原に結合する結合部分を有する融合タンパク質の一部であり得る。適応免疫応答および／または自然免疫応答を高めるさらに企図される態様では、ハイブリッドタンパク質の投与が企図され、このハイブリッドタンパク質は、タンパク質を安定させ血清半減期を増大させるためにＩＬ１５／ＩＬ−１５Ｒ−αの構成要素およびＦｃの構成要素を有する。たとえば、特に好ましいハイブリッドタンパク質として、二量体のヒトのＩＬ−１５受容体α（ＩＬ−１５Ｒα）ｓｕｓｈｉドメイン／ヒトＩｇＧ１Ｆｃ融合タンパク質（Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  （２００９）  １８３：３５９８‐３６０７）に対する高親和性に関連するヒトＩＬ−１５の変異体の２つのタンパク質サブユニットを含む、ＩＬ−１５ベースの免疫刺激性タンパク質複合体が挙げられる。
【００７２】
最終的に、図３にまた例示されるように、企図される方法よび使用は、概してシスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２などの１つ以上のサプレッサー細胞の阻害剤の投与により、平衡相を維持するためのステップを含む。さらに、望ましい場合、チェックポイント阻害剤を投与できる。
【００７３】
免疫原性細胞死を目的とする時空的編成の治療を、図４に概略的に示す。ここで、治療ならびに企図される化合物および組成物の使用は、機構的な観点から４つの要素：ＩＣＤシグナルの誘導、ＩＣＤシグナルの強化、移植、および免疫のエフェクターの維持、として示される。
【００７４】
上述のように、免疫抑制性のＴＭＥを克服することは、自然免疫応答および適応免疫応答に基づく、後のまたは同時発生的な治療に関する基盤を構築する。この目的のために、メトロノミックな低用量の化学療法が患者に提供されて、ＴＭＥに入り、ＴＭＥのサプレッサー細胞を免疫調節する。このような段階は、ＭＤＳＣ阻害剤、Ｔ−Ｒｅｇ阻害剤、Ｍ２マクロファージ阻害剤の使用、Ｍ２のＭ１への形質転換の刺激、血管透過性の改変、ＶＥＧＦおよび／またはＡ２Ａ  Ｒ阻害剤の投与、ならびに、さらには典型的に低酸素であるＴＭＥに対する組織への酸素負荷を含む、多くの方法で達成できる。このような治療は、ＴＭＥの免疫原性を増大させるために様々な組成物を用いて上述のようにさらに増強できる。免疫原性シグナルの誘導は、化学療法、ホルモン療法、および標的治療により、ならびにエピジェネティックな調節（たとえばヒストンデアセチラーゼ、および他のＩＭｉＤＳ、たとえばアザシチジン、デシタビン、およびボリノスタットなどを含む、ＤＮＭＴ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＳｉｒＴ調節剤などを用いる）により達成され、よって腫瘍細胞の免疫原性を増大させることができる。上述の治療の種類に応じて、原発性の腫瘍は、ワクチン抗原および免疫刺激（たとえばＤＡＭＰシグナルの放出またはストレスシグナルの発現を介する）の供給源となり得る。ＩＣＤシグナルの強化が次に、通常免疫刺激性サイトカインおよび／または共刺激性シグナルと共に、上述のワクチン組成物を使用して、樹状細胞およびＴ細胞の調製を介して行われる。治療はまた、通常比較的低線量（たとえば８Ｇｙ未満）での放射線照射を用いる、腫瘍細胞のストレス、受容体および／または抗原提示のアップレギュレーションを含んでもよい。望ましいまたは必要な場合、内皮―間葉系の移行は、好ましくは適切な結合分子へＴＧＦβおよび／またはＩＬ−１０を結合することにより、調節されてよい。移植は好ましくは、すでに上述されたＮＫ細胞の投与を含む。最後に、免疫エフェクターの維持は、免疫刺激性サイトカインの投与、腫瘍ワクチンのブースター、およびチェックポイント阻害剤の投与により、達成できる。
【００７５】
容易に認識されるように、本明細書中企図される方法および使用は好ましくは、治療の有効性をモニタリングするための診断試験により達成され、適切な診断試験として、放射線医学試験、生検および付随する生化学的な試験、オーミクスの解析、および特にリキッドバイオプシーが挙げられる。このようなモニタリングは、特に新規に発見されたまたは最近排除された新規エピトープ、新規に発見された薬用の標的ならびに経路活性などの観点から、１つ以上の構成要素の調節を可能にする。この文脈で、疾患進行をイメージング試験、全オミクス（Ｐａｎｏｍｉｃｓ）ではっきりさせるには数カ月間かかり得るが、患者の固有の分子プロファイルおよび関連するプロテオミクスのシグナリング経路のシグネチャーに基づいて、疾患進行を迅速に同定でき、治療を変更できる。
【００７６】
循環腫瘍のＲＮＡ（ｃｔＲＮＡ）、特に患者および腫瘍に特異的な変異を有するｃｔＲＮＡは、診断および治療のモニタリングのための感受性の高い選択的かつ定量的なマーカーとして、さらには患者の反復的および非侵襲的なサンプリングを可能にする発見ツールとして使用できる。最も典型的な態様では、ｃｔＲＮＡは、ｃｔＲＮＡおよびｃｔＤＮＡの細胞の統合性および安定性を保存する条件下で処理される全血試料から単離される。特に、ｃｔＲＮＡが患者の生物学的体液から単離される場合、ｍｉＲＮＡ（および他の制御性ＲＮＡ）もまた、検出および／または定量化できる。最も典型的には、非核酸の構成要素からのｃｔＲＮＡの分離後に、循環核酸を次いで、好ましくはリアルタイムの定量的ＰＣＲを使用して、定量化してもよい。
【００７７】
異なる観点からみると、治療が開始される前であっても、様々な核酸を、特定の患者における特定の疾患、疾患のステージ、治療の応答の検出および／またはモニタリングのために選択できることを認識すべきである。好適には、企図される組成物および方法は、癌をもたらすまたは癌に関連する従来の既知の変異とは無関係である。またさらに、企図される方法はまた、クローン性腫瘍細胞の集団をモニタリングでき、かつ免疫調節療法（たとえばチェックポイント阻害剤またはサイトカイン）、および特に新規エピトープに基づく治療（たとえば新規エピトープまたはポリトープを発現するＤＮＡプラスミドワクチンおよび／またはウイルスもしくは酵母発現系を用いる治療）による治療の成功の予測を可能にする。
【００７８】
実施例
以下の説明は、本発明の主題により患者の癌を治療するための例示的なプロトコルを提供する。これらのプロトコルは、特異的な化合物および組成物を単独でまたは組み合わせて列挙するが、代替的な化合物および組成物が、同じまたは同様の効果で提供され得ることを理解すべきである。さらに、用量およびスケジュールは、患者の年齢、癌のステージ、および総合的な健康状態に従い、変更され得る。
【００７９】
薬学的な薬剤および組成物：本明細書中特段他の記載がない限り、本明細書中言及される化合物および組成物のすべては、既知であり、市販されている。市販されていない化合物は、以下に列挙されるように特徴づけられる。
【００８０】
ＡＬＴ−８０３：ＡＬＴ−８０３は、二量体のヒトのＩＬ−１５受容体α（ＩＬ−１５Ｒα）ｓｕｓｈｉドメイン／ヒトのＩｇＧ１  Ｆｃ融合タンパク質に対する高親和性に関連するヒトのＩＬ−１５の変異体の２つのタンパク質サブユニットを含むＩＬ１５ベースの免疫刺激性タンパク質の複合体である（Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  （２００９）  １８３：  ３５９８‐３６０７）。ＩＬ−１５の変異体は、ヘリックスＣの７２位でのアスパラギンのアスパラギン酸塩への置換（Ｎ７２Ｄ）を伴う、成熟ヒトＩＬ−１５サイトカイン配列を含む１１４アミノ酸のポリペプチドである。ヒトＩＬ−１５Ｒα  ｓｕｓｈｉドメイン／ヒトＩｇＧ１  Ｆｃ融合タンパク質は、Ｆｃドメイン（２３２個のアミノ酸）を含むヒトＩｇＧ１  ＣＨ２−ＣＨ３領域に連結されるヒトＩＬ−１５受容体αサブユニット（ＩＬ−１５Ｒα）のｓｕｓｈｉドメイン（成熟ヒトＩＬ−１５Ｒαタンパク質のアミノ酸１〜６５）を含む。Ｎ７２Ｄの置換を除き、タンパク質配列のすべてはヒトである。
【００８１】
ａＮＫ：ａＮＫ細胞株は、非ホジキンリンパ腫と診断された５０歳の男性の末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から確立された、ヒトのＩＬ―２依存性ＮＫ細胞株である（Ｌｅｕｋｅｍｉａ  １９９４；８：６５２−８）。ａＮＫ細胞は、ＣＤ３、ＣＤ８、およびＣＤ１６の非存在下でのＣＤ５６ｂｒｉｇｈｔおよびＣＤ２の発現を特徴とする。ＣＤ５６ｂｒｉｇｈｔ／ＣＤ１６ｎｅｇ／ｌｏｗ表現型は、サイトカイン産生因子としての免疫調節機能を有する、末梢血中のＮＫ細胞の微量のサブセットに特徴的である。正常なＮＫ細胞とは異なり、ａＮＫは、大部分のキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の発現を欠く（Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｔｈｅｒ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓ  ２００１；１０：３６９−８３）。すべてのＮＫ細胞により発現される活性化機能および阻害可能性を有するＫＩＲ受容体であるＫＩＲ２ＤＬ４のみが、ａＮＫの表面で検出された。ＫＩＲ２ＤＬ４は、ＨＬＡのアレルＧに対する結合を介して阻害性作用を介在するとみなされている。ａＮＫ細胞の細胞傷害的な死滅の優先的な経路は、パーフォリン／エラスターゼの経路を介し、ａＮＫは、高レベルのパーフォリンおよびグランザイムＢを発現する（Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｔｈｅｒ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓ  ２００１；１０：３６９−８３）。
【００８２】
ａＮＫ細胞は、非常に幅広い細胞傷害の範囲を有し、血液系の悪性腫瘍および固形腫瘍由来の細胞株に対して活性である（Ｂｉｏｌ  Ｂｌｏｏｄ  Ｍａｒｒｏｗ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ  １９９６；２：６８−７５）。重症複合免疫不全（ＳＣＩＤ）マウスにおける安全性の評価は、急性的な毒性または長期間の発癌性などのａＮＫ治療に関連する作用を示さなかった。ヒトの白血病細胞を投与されたマウスまたはヒトメラノーマのマウスモデルに対するａＮＫ細胞の投与は、いくつかのマウス腫瘍での完全な寛解を含む、腫瘍の増殖の生存および抑制の向上をもたらした。
【００８３】
ｈａＮＫ：ｈａＮＫ細胞は、ＮＫ−９２［ＣＤ１６．１５８Ｖ，  ＥＲ  ＩＬ−２］誘導体（高親和性の活性化されたナチュラルキラー細胞株「注入用のｈａＮＫ（商標）」）であり、内在性の細胞内に保持されるＩＬ−２を産生するよう、およびＣＤ１６、高親和性（１５８Ｖ）のＦｃγ受容体（ＦｃγＲＩＩＩａ／ＣＤ１６ａ）を発現するように操作された、ヒトのアロジェニックなＮＫ細胞株として培養される。表現型的に、ｈａＮＫ細胞は、ＣＤ５６＋、ＣＤ３−、およびＣＤ１６＋である。
【００８４】
ｈａＮＫ細胞株は、ＩＬ−２およびＣＤ１６受容体の高親和性変異体を含むバイシストロニックなプラスミドベクターで親ａＮＫ細胞株をトランスフェクトすることにより、開発された（ＵＲＬ：ｈｔｔｐｓ：／／ｎａｎｔｋｗｅｓｔ．ｃｏｍ／ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ／＃ｈａｎｋ）。プラスミドはアンピシリン抵抗カセットを含み、導入遺伝子の発現に使用されるプロモーターは、ＳＶ４０ポリアデニル化配列を有する伸長因子１α（ＥＦ−１ａ）である。プラスミドは、伝達性海綿状脳症（ＴＳＥ）フリーの産生条件下で作製され、ＣＤ１６およびＩＬ−２に関するいくつかのヒト起源の配列を含み、これらはいずれも形質転換特性を有しない。注入用のｈａＮＫ（商標）は、ＣＤ１６受容体の高親和性の変異体の挿入の結果として、ＣＤ１６標的化ＡＤＣＣの能力を高めた。ｈａＮＫ００３マスターセルバンクは、モノクローナル細胞株に由来した。
【００８５】
アベルマブ：アベルマブは、ＰＤ−Ｌ２とＰＤ−１の間の相互作用を損なわないでおく一方で、ＰＤ−Ｌ１とその受容体、ＰＤ−１の間の相互作用を遮断するヒトのモノクローナルＩｇＧ１抗体である（たとえば、Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ．  ２０１６；１７：１３７４−１３８５参照）。
【００８６】
ＥＴＢＸ−０１１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＣＥＡ（６Ｄ））：ＥＴＢＸ−０１１は、Ｅ１−、Ｅ２ｂおよびＥ３遺伝子領域が除去されＣＡＰ１−６Ｄ変異を有するＣＥＡをコードする遺伝子と置換された、アデノウイルスベクターワクチンである（Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  ２０１５；６４：９７７−８７；  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  ２０１３；６２：１２９３−３０１）。
【００８７】
ＥＴＢＸ−０２１：ＥＴＢＸ−０２１は、Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］ベクターおよび改変されたＨＥＲ１２遺伝子インサートを含む、ＨＥＲ２を標的とするアデノウイルスベクターワクチンである（Ｃａｎｃｅｒ  ｇｅｎｅ  ｔｈｅｒａｐｙ  ２０１１；１８：３２６−３３５）。ＨＥＲ２遺伝子インサートは、細胞外ドメインおよび膜貫通領域を含む切り詰め型のヒトＨＥＲ２タンパク質をコードする。発癌性の活性をもたらすキナーゼドメインを含む、全細胞内ドメインが除去される。
【００８８】
ＥＴＢＸ−０５１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ）：ＥＴＢＸ−０５１は、Ｅ１−、Ｅ２ｂ、およびＥ３の遺伝子領域の除去ならびに改変されたヒトのブラキュリ遺伝子の挿入により改変されたＡｄ５ベースのアデノウイルスベクターワクチンである。改変されたブラキュリ遺伝子は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）抗腫瘍免疫応答を増大させるように設計されたアゴニストのエピトープを含む（たとえばＯｎｃｏｔａｒｇｅｔ．  ２０１５；６：３１３４４−５９参照）。
【００８９】
ＥＴＢＸ−０６１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１）：ＥＴＢＸ−０６１は、Ｅ１−、Ｅ２ｂ、およびＥ３の遺伝子領域の除去ならびに改変されたヒトのＭＵＣ１遺伝子の挿入により改変されたＡｄ５ベースのアデノウイルスベクターワクチンである。改変されたＭＵＣ１遺伝子は、ＣＴＬ抗腫瘍免疫応答を増大させるように設計されたアゴニストのエピトープを含む（たとえばＯｎｃｏｔａｒｇｅｔ．  ２０１５；６：３１３４４−５９参照）。
【００９０】
ＧＩ−４０００（ＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、ＧＩ−４０１６、ＧＩ−４０２０）：ＧＩ−４０００は、ＧＩ−４０００シリーズ由来の４つの別々の製品、ＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、ＧＩ−４０１６、ＧＩ−４０２０である。これらはそれぞれ、６つの変異されたＲａｓ腫瘍性タンパク質の２〜３個の組み合わせを発現するように操作された組み換え型の熱失活させたＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅである。ＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、およびＧＩ−４０１６製品は、それぞれ、コドン６１での２つの変異（グルタミンのアルギニンへの変異［Ｑ６１Ｒ］、およびグルタミンのロイシンへの変異［Ｑ６１Ｌ］）、＋コドン１２での３つの異なる変異の１つ（グリシンのバリンへの変異［Ｇ１２Ｖ］、グリシンのシステインへの変異［Ｇ１２Ｃ］、またはグリシンのアスパラギン酸塩への変異［Ｇ１２Ｄ］のいずれか）を含む。ＧＩ−４０２０製品は、コドン６１での２つの変異（グルタミンのヒスチジンへの変異［Ｑ６１Ｈ］、およびグルタミンのロイシンへの変異［Ｑ６１Ｌ］）、＋コドン１２での１つの変異（グリシンのアルギニンへの変異［Ｇ１２Ｒ］）を含む。
【００９１】
よって、ＧＩ−４０００は、発現するように製品が操作された変異型Ｒａｓ腫瘍性タンパク質に応じて、下位名称ＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、ＧＩ−４０１６、およびＧＩ−４０２０を有する４つの個々の製品として製造される。この生物学的な製品は、注射用にリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で製剤化されており、２０ＹＵ／ｍＬ（１ＹＵ＝１０７個の酵母細胞）の濃度で別々にバイアル封入される。それぞれの使い捨て２ｍｌバイアルは、生物学的な製品１．２ｍｌを含む。薬物の２つのバイアルは、各ＧＩ−４０００の投与訪問のために使用される。対象の腫瘍でのＲａｓ変異を含む特異的なＧＩ−４０００製品が、治療に使用される（Ｇ１２Ｖに対しＧＩ−４０１４、Ｇ１２Ｃに対しＧＩ−４０１５、Ｇ１２Ｄに対しＧＩ−４０１６、Ｇ１２ＲまたはＱ６１Ｈに対しＧＩ−４０２０、およびＱ６１ＬまたはＱ６１Ｒに対しＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、またはＧＩ−４０１６）。０．５ｍｌの２つのシリンジを、各バイアルから引き出し、合計４回の注射を、各投与訪問で４０ＹＵの用量で投与する。
【００９２】
ＧＩ−６２０７：ＧＩ−６２０７は、完全長のヒト癌胎児性抗原（ＣＥＡ）を発現するように操作された熱死滅させた組み換え型Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ酵母ベースのワクチンであり、免疫原性を高めるように設計される、天然タンパク質のアミノ酸６１０位での１つのアミノ酸の置換（アスパラギンのアスパラギン酸への置換）をコードするように改変された遺伝子コード配列を有する。改変されたヒトＣＥＡ遺伝子を含むプラスミドベクターは、親酵母株（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ  Ｗ３０３−野生型酵母からの既知の変異を伴う一倍体株）をトランスフェクトして最終的な組み換えワクチン製品を生産するために使用される（たとえばＮａｔ  Ｍｅｄ．  ２００１；７：６２５−９参照）。
【００９３】
ＧＩ−６３０１：ＧＩ−６３０１は、ヒトのブラキュリ（ｈブラキュリ）腫瘍性タンパク質を発現する熱死滅させたＳ．  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ酵母ベースのワクチンである。ブラキュリ抗原は、ベクター内での抗原の蓄積を促進するためにｈブラキュリ配列に付加されたＮ末端ＭＡＤＥＡＰ（Ｍｅｔ−Ａｌａ−Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ｐｒｏ）モチーフおよびウェスタンブロットによる解析のためのＣ末端ヘキサヒスチジンエピトープタグを有する、完全長のタンパク質である（たとえばＣａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｓ．  ２０１５；３：１２４８−５６参照）。ｈブラキュリタンパク質の発現は、銅により誘導可能なＣＵＰ１プロモーターにより制御される。
【００９４】
頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）：
【００９５】
頭頸部癌は、咽頭、喉頭、鼻、洞、および口を含む多くの悪性腫瘍を集合的に含む。推定６０，０００人の患者が、毎年米国で頭頸部癌と診断され、ＨＮＳＣＣと診断された全患者のおよそ半数の患者が、この疾患により死亡する。様々な治療の選択肢があるにもかかわらず、治療予後および全生存の向上が、依然として火急に必要とされている。
【００９６】
一般的に、本明細書中提示されるＨＮＳＣＣワクチンの治療の総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし、癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。薬剤の選択に関する原理は、表１にまとめられており、ここでｉ）腫瘍の分子プロファイリングは、ＥＴＢＸ−０２１を投与するかどうかを決定することを表し、ｉｉ）腫瘍の分子プロファイリングは、ＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定することを表し、ｉｉｉ）カペシタビンは５−ＦＵに代謝されることを表し、ｉｖ）ロイコボリンは、５−ＦＵの活性を増強することを表し、およびｖ）ニボルマブまたはアベルマブのいずれかが投与され得ることを表す。
【表１】
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【００９７】
図５は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与えると考えられ、結果としてＩＣＤをもたらす機構を、例示的および概略的に表す。腫瘍の増殖を可能にする明確に異なっているが相補的な機構を同時に（または連続的に）標的とする薬剤を組み合わせることにより、治療レジメンは、抗癌活性を最大限にし、治療に対する応答の持続期間を延ばすことを目的とする。
【００９８】
この目的のために、企図されるＨＮＳＣＣの治療は、低用量のメトロノミック化学療法（ＬＤＭＣ）、ベバシズマブ、セツキシマブ、癌ワクチン、低線量の放射線療法、ＩＬ−１５スーパーアゴニスト、ＮＫ細胞療法、およびチェックポイント阻害剤を組み合わせる。このような治療レジメンは、ＩＣＤを最大限にし、癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持すると考えられる。より具体的には、治療レジメンは、（ａ）ＴＭＥでの免疫抑制を軽減すること（ＴＭＥでの免疫抑制に寄与するＴｒｅｇ、ＭＤＳＣ、およびＭ２マクロファージの密度を低減するために、ＬＤＭＣを使用する、リンパ球の輸送を促進するようにＴＭＥで形態的な変化を引き起こすために、ベバシズマブを使用する）；（ｂ）ＩＣＤシグナルを誘導および協調させること（腫瘍細胞の抗原性を高めるために、ＬＤＭＣおよび低線量の放射線療法を使用する、ＴＭＥを変え、これがより効率的な抗原特異的なＴ細胞の応答を可能にし腫瘍細胞をＩＣＤにより感受性にさせるために、ベバシズマブを使用する、ＡＤＣＣおよび細胞傷害性Ｔ細胞の活性を高めるために、セツキシマブおよびフルベストラントを使用する）；（ｃ）樹状細胞およびＴ細胞を調節すること（腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞の応答を高めるために、癌ワクチンおよびＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する）；（ｄ）自然免疫応答を高めること（自然免疫系を増強するために、ＮＫ細胞療法を使用する、内在性ＮＫ細胞および導入されたＮＫ細胞の活性を高めるために、ＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する、ＮＫ細胞の活性を刺激するために、低線量の放射線療法を使用する）；ならびに（ｅ）免疫応答を維持すること（長期間の抗癌性免疫応答を促進するために、チェックポイント阻害剤を使用する）により、免疫編集の逃避相を妨害するように設定される。
【００９９】
ＨＮＳＣＣワクチン治療は、２つの相：誘導相および維持相で行われる。誘導相の目的は、腫瘍細胞に対する免疫応答を刺激し、ＴＭＥにおける免疫抑制を軽減することである。維持相の目的は、腫瘍細胞に対する現在進行中の免疫系の活性を持続し、持続可能な治療応答をもたらすことである。誘導相および維持相のために企図される化合物および組成物の例示的な使用および投与のタイミングを、それぞれ図６および図７に示す。よって、以下の薬剤および組成物を好ましくは、誘導相および維持相のために使用する：
【０１００】
１．ＡＬＴ−８０３、組み換え型のヒトスーパーアゴニストＩＬ−１５複合体（ＩＬ１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体としても知られている）；２．ＥＴＢＸ−０１１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＣＥＡ）；３．ＥＴＢＸ−０２１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＨＥＲ２）；４．ＥＴＢＸ−０５１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ）；５．ＥＴＢＸ−０６１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１）；６．ＧＩ−４０００（Ｒａｓ酵母ワクチン）；７．ＧＩ−６２０７（ＣＥＡ酵母ワクチン）；８．ＧＩ−６３０１（ブラキュリ酵母ワクチン）；９．ｈａＮＫ（商標）、ＮＫ−９２［ＣＤ１６．１５８Ｖ、ＥＲ  ＩＬ−２］、静脈内注入のための懸濁剤（注入用のｈａＮＫ（商標））；１０．アベルマブ（ＩＶでの使用のためのＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標）の注射剤）；１１．ベバシズマブ（静脈内注入用のアバスチン（登録商標）液剤）；１２．カペシタビン（経口で使用するための、ＸＥＬＯＤＡ（登録商標）錠剤）；１３．セツキシマブ（静脈内注入用のアービタックス（登録商標）注射剤）；１４．シスプラチン（シスプラチン注射剤）；１５．シクロホスファミド（経口で使用するためのシクロホスファミドのカプセル剤）；１６．５−ＦＵ（ＩＶでのみ使用するためのフルオロウラシル注射剤）；１７．フルベストラント（注射用のＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））；１８．ロイコボリン（ＩＶまたはＩＭに使用するためのロイコボリンカルシウム）；１９．Ｎａｂ−パクリタキセル（注射可能な懸濁剤用のアブラキサン（登録商標）［注射可能な懸濁剤用のパクリタキセルのタンパク質結合粒子］［アルブミン−結合］）；２０．ニボルマブ（静脈内に使用するためのＯＰＤＩＶＯ（登録商標）注射剤）；２１．オメガ−３−酸エチルエステル（経口で使用するためのＬｏｖａｚａのカプセル剤）；ならびに２２．体幹部定位放射線照射（ＳＢＲＴ）。
【０１０１】
より具体的には、ＨＮＳＣＣに関する例示的な治療プロトコルは通常、以下のステップ、段階、化合物および組成物を含む：
【０１０２】
腫瘍をスクリーニング時に評価し、腫瘍の応答を、固形がんの治療効果判定（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１および免疫関連応答の基準（ｉｒＲＣ）にしたがい標的および非標的の病変のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、またはポジトロン断層撮影（ＰＥＴ）−ＣＴにより、誘導相の間８週間ごとに、および維持相の間３ケ月ごとに評価する。
【０１０３】
プロスペクティブな腫瘍の分子プロファイリング：プロスペクティブな腫瘍のプロファイリングを、ＨＥＲ２発現およびＲａｓ変異の状態の情報を提供するために行い、かつＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定するために使用する。すべての対象は、腫瘍の分子プロファイルに関わらずＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１、ＧＩ−６２０７、およびＧＩ−６３００を受ける。プロスペクティブな腫瘍の分子プロファイリングを、スクリーニング時に回収されるＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。対象は、腫瘍がＨＥＲ２を過剰発現する場合（質量分析による定量的プロテオミクスにより決定される、≧７５０アトモル／μｇの腫瘍組織）、ＥＴＢＸ−０２１を受ける。対象は、全ゲノムシークエンスにより決定されるように、腫瘍が特異的なＲａｓ変異に関して陽性である場合、ＧＩ−４０００を受ける。上述のように、ＧＩ４０００は、ＧＩ−４０００シリーズ由来の４つの別々の製品であり（ＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、ＧＩ−４０１６、およびＧＩ−４０２０）、これらのそれぞれは、変異されたＲａｓ腫瘍性タンパク質の組み合わせを発現する。特異的なＲａｓ変異は、どのＧＩ−４０００製品を治療に使用するかを決定する（Ｇ１２Ｖに対しＧＩ−４０１４、Ｇ１２Ｃに対しＧＩ−４０１５、Ｇ１２Ｄに対しＧＩ−４０１６、Ｇ１２ＲまたはＱ６１Ｈに対しＧＩ−４０２０、およびＱ６１ＬまたはＱ６１Ｒに対しＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、またはＧＩ−４０１６）。
【０１０４】
誘導相：誘導相は、最大１年の治療期間の間の反復される２週間のサイクルを含む。オメガ−３−酸エチルエステル、シクロホスファミド、シスプラチン、５  ＦＵ／ロイコボリン、ｎａｂ−パクリタキセル、ベバシズマブ、ＡＬＴ−８０３、ｈａＮＫ細胞、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、およびＥＴＢＸ−０６１）、酵母ベースのワクチン（ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７、およびＧＩ−６３０１）、ニボルマブまたはアベルマブ、フルベストラント、セツキシマブ、および放射線療法の治療レジメンを、２週間ごとに反復する。最初の４回の２週間のサイクルの間に、併用してＳＢＲＴを与える。放射線照射を、ＳＢＲＴを使用してすべての可能性のある腫瘍部位に行う。具体的には、治療の例示的な誘導相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる：
【０１０５】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（経口［ＰＯ］により１日２回［ＢＩＤ］［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］）
【０１０６】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０１０７】
１日目、４週間ごと（他の治療サイクルごと）：
・フルベストラント（５００ｍｇ  ＩＭ）
【０１０８】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ、経口（ＰＯ）、１日２回［ＢＩＤ］）
【０１０９】
１日目、３日目、５日目、８日目、１０日目および１２日目、２週間ごと：
・５−ＦＵ（２４時間にわたり４００ｍｇ／ｍ２を連続ＩＶ注入）
・ロイコボリン（２０ｍｇ／ｍ２のＩＶボーラス投与）
【０１１０】
１日目および８日目、２週間ごと：
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・シスプラチン（４０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
【０１１１】
５日目、１９日目、３３日目（３回の投与で２週間ごと、次に８週間ごと）：
ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のウイルス粒子［ＶＰ］／ワクチン／用量  皮下［ＳＣ］）
【０１１２】
・ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７、ＧＩ−６３０１（４０酵母単位［ＹＵ］／ワクチン／用量  ＳＣ）、ＡＤ５ベースのワクチンの投与後２時間
【０１１３】
プロスペクティブな腫瘍の分子プロファイリングは、上述のように、ＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定する。
【０１１４】
８日目、毎週
・セツキシマブ（２５０ｍｇ  ＩＶ）
【０１１５】
８日目、２週間ごと：
・ニボルマブ（１時間にわたり３ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）またはアベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０１１６】
８、２２、３６、５０日目（４回の投与で２週間ごと）：
・ＳＢＲＴ（８Ｇｙを超えない、正確な線量は放射線腫瘍医により決定される）
【０１１７】
９日目、２週間ごと：
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ  ａＮＫ注入の３０分前）
【０１１８】
９日目および１１日目、２週間ごと：
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０１１９】
維持相：
【０１２０】
維持相の持続期間は、誘導相における最後の治療の完了後最大１年である。維持相は、反復される２週間のサイクルを含む。オメガ−３−酸エチルエステル、シクロホスファミド、カペシタビン、ｎａｂ−パクリタキセル、ベバシズマブ、ＡＬＴ−８０３、ｈａＮＫ細胞、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、およびＥＴＢＸ−０６１）、酵母ベースのワクチン（ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７、およびＧＩ−６３０１）、ニボルマブまたはアベルマブ、フルベストラント、およびセツキシマブの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。
【０１２１】
治療の維持相を、以下の投与レジメンにしたがい行う：
【０１２２】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（経口［ＰＯ］により１日２回（ＢＩＤ）［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］）
【０１２３】
１日目、２週間ごと
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・ニボルマブ（１時間にわたり３ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）またはアベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
・セツキシマブ（２５０ｍｇ  ＩＶ）
【０１２４】
１日目、４週間ごと（他の治療サイクルごと）：
フルベストラント（５００ｍｇ  ＩＭ）
【０１２５】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・カペシタビン（６５０ｍｇ／ｍ２  ＰＯ  ＢＩＤ）
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０１２６】
２日目、２週間ごと：
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ）（ａＮＫ注入の３０分前）
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０１２７】
５日目、その後８週ごと：
・ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のＶＰ／ワクチン／用量  皮下［ＳＣ］）
・ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７、ＧＩ−６３０１（４０ＹＵ／ワクチン／用量  ＳＣ）、ＡＤ５ベースのワクチンの投与後２時間。
【０１２８】
プロスペクティブな腫瘍の分子プロファイリングは、上述のように、ＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定する。図８は、例示的な治療プロトコルを概略的に示す。
【０１２９】
腫瘍の分子プロファイリング：全血由来の非腫瘍細胞と比較した組織由来の腫瘍細胞のゲノムのシークエンシングを、疾患進行に寄与し得、かつ／または治療に応答し得る腫瘍特異的なゲノムの変動を同定するために行う。ＲＮＡのシークエンシングを、発現データを提供し、ＤＮＡ変異に対する関連性を得るために行う。定量的プロテオミクス解析を、特異的なタンパク質の絶対量を決定するため、疾患の進行および／または応答に相関性のある遺伝子の発現を確認するため、ならびに応答に関するカットオフ値を決定するために行う。すべてのゲノムの、転写の、およびタンパク質の分子学的解析は、定量的プロテオミクスによるＨＥＲ２の発現のプロスペクティブな腫瘍の分子学的解析ならびにＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定するためのゲノムシークエンシングによるＲａｓ変異の状態の解析を除き、予備的である。
【０１３０】
経過観察の解析／試料の収集および解析：腫瘍の分子プロファイリングを、次世代のシークエンシングおよび質量分析ベースの定量的プロテオミクスにより、ＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。腫瘍組織および全血の試料を、Ｔｉｓｓｕｅ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｋｉｔ  ａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｋｉｔに含まれる説明書のカードに従い回収し、輸送する。試料の回収に関する検体の必要条件および手法の説明は、ＮａｎｔＯｍｉｃｓ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  Ｍａｎｕａｌに記載される。ＦＦＰＥ腫瘍組織の検体は、腫瘍のＤＮＡ、腫瘍のＲＮＡ、および腫瘍のタンパク質の抽出に必要である。全血の試料は、対象の正常なＤＮＡの抽出に必要である。腫瘍の組織および全血を、ＣＬＩＡにより認証されＣＡＰにより認可された臨床研究室で処理する。
【０１３１】
予備的免疫学解析：免疫療法の治療の目的の１つは、抗原特異的な抗腫瘍免疫応答をもたらすことである。予備的免疫学解析は、治療により誘導される免疫応答の予備的評価を提供するために使用される。免疫解析用の血液試料を、スクリーニング時および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、決められた採血の間、対象から回収する。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配分離により単離されたＰＢＭＣを、以下の腫瘍関連抗原ペプチド：ＣＥＡ、ブラキュリ、およびＭＵＣ１、ならびにＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与する場合は、ＨＥＲ２および変異Ｒａｓのそれぞれ、に曝露した後のＩＦＮ−γまたはグランザイムＢの分泌に関しＥＬＩＳｐｏｔアッセイを使用して、抗原特異的免疫応答について解析する。フローライトメトリーを、腫瘍関連抗原ペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはＴＮＦ−αの発現に関して細胞内サイトカイン染色アッセイを使用してＴ細胞応答を評価するために利用する。細胞上のＣＤ１０７ａの発現に関するフローサイトメトリー解析を、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＮＫ細胞などの脱顆粒した細胞に関して試験するために利用する。ＰＢＭＣを、上述の腫瘍関連抗原をコードする重複する１５ｍｅｒのペプチドプールを用いて、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで刺激する。対照のペプチドプールは、陰性対照としての無関係な抗原ペプチドプールおよび陽性対照としてのＣＥＦＴペプチド混合物の使用を含む。ＣＥＦＴは、ＣＭＶ、Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒウイルス、インフルエンザ、および破傷風毒素のペプチドの混合物である。ＣＤ４＋およびＣＤ８＋のＴ細胞の刺激後の解析は、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、およびＣＤ１０７ａの発現の産生を含む。血清を、アデノウイルス（血清型５）に対する抗体力価を中和する、上述の腫瘍関連抗原を対象とする抗体に関して、およびＩＬ−１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体に対する見込みのある抗体の発達に関して解析する。
【０１３２】
循環する腫瘍ＤＮＡおよびＲＮＡのアッセイ：腫瘍は治療の間に進展し、薬物抵抗性細胞が出現する。これらは、検出することが困難であり、腫瘍を最初の治療に対して抵抗性にし得る。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡに関する血液ベースの試験は、薬物抵抗性腫瘍細胞の出現を追跡でき、患者に対する新規の薬物標的および治療の選択肢を同定できる。全血を、スクリーニング時、および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡの解析のため決められた採血の間に、回収する。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡにおける特異的な腫瘍および免疫に関連する解析物の発現レベルを、ｑＰＣＲにより測定し、対象の予後との相関に関して解析する。
【０１３３】
メルケル細胞癌：
【０１３４】
皮膚癌は、米国で診断される最も一般的な悪性腫瘍であり、毎年２００万人超の米国人が皮膚癌と診断される。メルケル細胞癌（ＭＣＣ）は、皮膚の真皮層と表皮層の間に位置するメルケル細胞から生じると考えられた、非常に希少で高悪性度の種類の皮膚癌である。おおよそ１５００もの新規の症例が、２００７年に米国で予測された。ＭＣＣは、白人の６５歳超の男性、ならびに、後天性（たとえばＨＩＶ感染）または医原性（たとえば自己免疫疾患の治療による）の免疫抑制を伴う対象に多い。紫外線への曝露は、この疾患に関する独立したリスク因子であり、ＭＣＣの罹患率上昇に寄与する可能性がある。
【０１３５】
皮膚に限定されるＭＣＣは、予後が良好であり、多くの場合は外科手術のみによって治癒できる。局所的な疾患を有する対象に関する５年のＯＳ率は、２ｃｍ未満の腫瘍では６６％であり、２ｃｍ超の腫瘍では５１％である。転移性ＭＣＣは、予後がこれより不十分であり、局所的なリンパ節の関与を伴う対象の５年ＯＳは３９％であり、遠位の臓器への転移を伴う対象では１８％である。進行性の疾患段階、会陰部または下肢での位置、男性、高齢（６０歳超）、免疫抑制、併存因子、速い分裂速度、および血管リンパへの浸潤（ａｎｇｉｏｌｙｍｐｈａｔｉｃ  ｉｎｖａｓｉｏｎ）が、不十分な予後に関連する。外科的な切除は、ＭＣＣに関する治療の礎石であり、幅広い局所的な切除により明確な切除縁を確立することを目的とする。ステージＩ／ＩＩのＭＣＣを有する対象の原発性腫瘍部分に対するアジュバント放射線療法は、ＯＳを向上することが示されている。しかしながら、いくつかの研究は化学療法が進行性ＭＣＣを有する対象の生存を増大させ得ることを示唆するが、ステージＩＩＩの疾患を有する対象においては、全身性の化学療法も放射線療法もＯＳを向上させない。
【０１３６】
細胞傷害性化学療法が、転移性ＭＣＣを治療するために多くの場合使用される。化学療法で治療される対象のうち少数は治療に良好に応答するが、通常応答は一時的であり、生存時間の有意な増加を引き起こすことはめったにない。エトポシドおよびカルボプラチンを用いるアジュバント治療は、進行性の局所領域の疾患を伴う対象に関するＯＳの有益性に関連していない。いくつかの研究は、転移性ＭＣＣを有する対象において、細胞傷害性化学療法（エトポシド−カルボプラチンおよびシクロホスファミド−ドキソルビシン−ビンクリスチン−プレドニゾンが最も頻繁に使用されている）を使用して、客観的な高い抗腫瘍応答（５０％超）を示した。しかしながら、これらの応答は、まれにしか持続可能ではなく、９ケ月間のＯＳの中央値に関連する。さらに、高い率の化学物質毒性死（ｃｈｅｍｏｔｏｘｉｃ  ｄｅａｔｈ）が、第１選択の治療に関連した。現在、化学療法および放射線療法に関する治療の決定を誘導するための現存するデータは限られており、多くの場合決定は、ＡＥの併存および検討に基づきなされる。転移性ＭＣＣを有する対象では、治療の選択肢が限定されていること、および利用可能な治療の有効性が限定されていることにより、さらなる治療の選択肢の必要性が強調される。
【０１３７】
一般的に、メルケル細胞癌のワクチン治療の総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし、癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。薬剤の選択に関する原理は、表２にまとめられており、ここで５−ＦＵは５−フルオロウラシルであり；ｈａＮＫは、高親和性の活性化したナチュラルキラーであり；ＩＣＤは、免疫原性細胞死であり；ＳＢＲＴは、定位放射線療法であり、ＴＭＥは腫瘍の微小環境である。
【表２】
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【０１３８】
図９は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与え、結果的にＩＣＤをもたらす機構を例示的および概略的に示す。腫瘍の増殖を可能にする明確に異なっているが相補的な機構を同時に（または連続的に）標的とする薬剤を組み合わせることにより、治療レジメンは、抗癌活性を最大限にし、かつ治療に対する応答の持続期間を延ばすことを目的とする。
【０１３９】
この目的のために、企図されるＭＣＣの治療は、ＬＤＭＣ、ベバシズマブ、癌ワクチン、低線量の放射線療法、ＩＬ−１５スーパーアゴニスト、ＮＫ細胞療法、およびチェックポイント阻害剤を組み合わせる。このような治療は、ＩＣＤを最大限にし癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持すると考えられる。より具体的には、治療レジメンは、（ａ）ＴＭＥでの免疫抑制を軽減すること（ＴＭＥでの免疫抑制に寄与するＴｒｅｇ、ＭＤＳＣ、およびＭ２マクロファージの密度を低減するために、ＬＤＭＣを使用する、リンパ球の輸送を促進するようにＴＭＥで形態的な変化を引き起こすために、ベバシズマブを使用する）；（ｂ）ＩＣＤシグナルを誘導および協調させること（腫瘍細胞の抗原性を高めるために、ＬＤＭＣおよび低線量の放射線療法を使用する、ＴＭＥを変えて、これがより効率的な抗原特異的なＴ細胞の応答を可能にし、腫瘍細胞をＩＣＤにより感受性にさせるために、ベバシズマブを使用する、オメガ−３−酸エチルエステルは、毒性を増大することなくＩＣＤを高める）；（ｃ）樹状細胞およびＴ細胞を調節すること（腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞の応答を高めるために、癌ワクチンおよびＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する）；（ｄ）自然免疫応答を高めること（自然免疫系を増強するために、ＮＫ細胞療法を使用する、内在性ＮＫ細胞および導入されたＮＫ細胞の活性を高めるために、ＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する、ＮＫ細胞の腫瘍細胞傷害性を高めるように腫瘍細胞のＮＫリガンドをアップレギュレートするために、小分割した線量の放射線療法を使用する）；ならびに（ｅ）免疫応答を維持すること（長期間の抗癌性免疫応答を促進するために、チェックポイント阻害剤を使用する）により、免疫編集の逃避相を妨害するように設定される。
【０１４０】
ＭＣＣワクチン治療は、２つの相：誘導相および維持相で行われる。誘導相の目的は、腫瘍細胞に対する免疫応答を刺激し、ＴＭＥにおける免疫抑制を軽減することである。維持相の目的は、腫瘍細胞に対する現在進行中の免疫系の活性を持続し、持続可能な治療応答をもたらすことである。誘導相および維持相のために企図される化合物および組成物の例示的な使用および投与のタイミングを、それぞれ図１０および図１１に示す。よって、以下の薬剤および組成物を好ましくは、誘導相および維持相のために使用する：
【０１４１】
１．ＡＬＴ−８０３、組み換え型のヒトスーパーアゴニスト  インターロイキン−１５（ＩＬ−１５）複合体（ＩＬ１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体としても知られている）；２．アベルマブ（ＩＶでの使用のためのＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標）の注射剤）；３．ベバシズマブ（静脈内注入用のアバスチン（登録商標）液剤）；４．カペシタビン（経口で使用するための、ＸＥＬＯＤＡ（登録商標）錠剤）；５．シスプラチン（シスプラチン注射剤）；６．シクロホスファミド（経口で使用するためのシクロホスファミドのカプセル剤）；７．ＥＴＢＸ−０５１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ）；８．ＥＴＢＸ−０６１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１）；９．５−ＦＵ（ＩＶでのみ使用するためのフルオロウラシル注射剤）；１０．ＧＩ−６３０１（ブラキュリ  酵母ワクチン）；１１．ｈａＮＫ（商標）、ＮＫ−９２［ＣＤ１６．１５８Ｖ，  ＥＲ  ＩＬ−２］、静脈内注入用の懸濁剤（注入用のｈａＮＫ（商標））；１２．ロイコボリン（ＩＶまたはＩＭに使用するためのロイコボリンカルシウム）；１３．Ｎａｂ−パクリタキセル（注射可能な懸濁剤用のアブラキサン（登録商標）［注射可能な懸濁剤用のパクリタキセルのタンパク質結合粒子］［アルブミン−結合］）；１４．オメガ−３−酸エチルエステル（経口で使用するためのＬｏｖａｚａのカプセル剤）；ならびに１５．ＳＢＲＴ。
【０１４２】
より具体的には、ＭＣＣに関する例示的なプロトコルは通常、以下のステップ、段階、化合物、および組成物を含む：
【０１４３】
腫瘍をスクリーニング時に評価し、腫瘍の応答を、固形がんの治療効果判定（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１および免疫関連応答の基準（ｉｒＲＣ）にしたがい標的および非標的の病変のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、またはポジトロン断層撮影−コンピュータ断層撮影（ＰＥＴ  ＣＴ）により、誘導相の間８週間ごとに、および維持相の間１２週間ごとに評価する。
【０１４４】
腫瘍の生検および予備的な腫瘍の分子プロファイリングを、スクリーニング時、最初の誘導相の終了時（治療開始後８週間）、ならびに見込みのある長期間の誘導相および維持相（応答に応じる）の間行う。別々の血液チューブを、誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、予備的免疫学およびｃｔＤＮＡ／ｃｔＲＮＡ解析のため規定の採血の間に、回収する。
【０１４５】
誘導相：誘導相は、反復される２週間のサイクルを含む。オメガ−３−酸エチルエステル、シクロホスファミド、シスプラチン、５ＦＵ／ロイコボリン、ｎａｂ−パクリタキセル、ベバシズマブ、ＡＬＴ−８０３、ｈａＮＫ細胞、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０５１およびＥＴＢＸ−０６１）、ＧＩ−６３０１酵母ワクチン、およびアベルマブの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。最初の４回の２週間のサイクルの間に、併用してＳＢＲＴを与える。放射線照射を、ＳＢＲＴを使用してすべての可能性のある腫瘍部位に行う。企図される技術は、リニアアクセレータベースの療法（３Ｄ放射線療法および強度変調放射線療法［ＩＭＲＴ］）を含む。具体的には、治療の誘導相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる：
【０１４６】
１日目、毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（５×１ｇカプセル剤、経口［ＰＯ］による）
【０１４７】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０１４８】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ、経口（ＰＯ）、１日２回［ＢＩＤ］）
【０１４９】
１日目、３日目、５日目、８日目、１０日目および１２日目、２週間ごと：
・５−ＦＵ（２４時間にわたり連続的なＩＶ注入として４００ｍｇ／ｍ２）
・ロイコボリン（２０ｍｇ／ｍ２のＩＶボーラス投与）
【０１５０】
１日目および８日目、２週間ごと
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・シスプラチン（４０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
【０１５１】
５日目、１９日目、３３日目（３回の投与で２週間ごと、次に８週間ごと）：
・ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のウイルス粒子［ＶＰ］／ワクチン／用量  皮下［ＳＣ］）
・ＧＩ−６３０１（４０酵母単位［ＹＵ］／用量  ＳＣ）、Ａｄ５ベースのワクチンの投与後２時間
【０１５２】
８日目、２週間ごと：
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０１５３】
８、２２、３６、５０日目（４回の投与で２週間ごと））：
・ＳＢＲＴ（８Ｇｙを超えない、正確な線量は放射線腫瘍医により決定される）
【０１５４】
９日目、２週間ごと：
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ  ｈａＮＫ注入の３０分前）
【０１５５】
９日目および１１日目、２週間ごと：
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０１５６】
維持相：治療の維持相を、以下の投与レジメンにしたがい行う：
【０１５７】
１日目、毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（５×１ｇのカプセル剤  ＰＯ）
【０１５８】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０１５９】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＰＯ  ＢＩＤ）
・カペシタビン（６５０ｍｇ／ｍ２  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０１６０】
２日目、２週間ごと
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ）（ｈａＮＫ注入の３０分前）
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０１６１】
５日目、その後８週間ごと
・ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のＶＰ／ワクチン／用量  ＳＣ）
・ＧＩ−６３０１（４０ＹＵ／用量  ＳＣ）、Ａｄ５ベースのワクチンの投与から２時間後
【０１６２】
図１２は、例示的な治療プロトコルを概略的に示す。
【０１６３】
治療の前、間、および後の腫瘍の分子プロファイリングは、次世代のシークエンシングおよび質量分析ベースの定量的プロテオミクスにより、ＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。
【０１６４】
経過観察の解析／試料の収集および解析：最も典型的には、ＦＦＰＥ腫瘍組織の検体は、腫瘍のＤＮＡ、腫瘍のＲＮＡ、および腫瘍のタンパク質の抽出に必要であり、全血の試料は、対象の正常なＤＮＡの抽出に必要である。腫瘍の組織および全血を、ＣＬＩＡにより認証されＣＡＰにより認可された臨床研究室で処理する。
【０１６５】
予備的免疫学解析：免疫療法の治療の目的の１つは、抗原特異的な抗腫瘍免疫応答をもたらすことである。予備的免疫学解析は、治療により誘導される免疫応答の予備的評価を提供するために使用される。免疫解析用の血液試料を、スクリーニング／ベースライン時および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、決められた採血の間、対象から回収する。１０．０ｍＬの試料が、採血時に必要とされる。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配分離により単離されたＰＢＭＣを、ブラキュリおよびＭＵＣ１ペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはグランザイムＢの分泌に関しＥＬＩＳｐｏｔアッセイを使用して抗原特異的免疫応答について解析する。フローサイトメトリーを、ブラキュリおよびＭＵＣ１ペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはＴＮＦ−αの発現に関して、細胞内サイトカイン染色アッセイを使用してＴ細胞の応答を評価するために利用する。細胞上のＣＤ１０７ａの発現に関するフローサイトメトリー解析を、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＮＫ細胞などの脱顆粒細胞に関して試験するために利用する（Ｋａｎｎａｎ  １９９６）。ＰＢＭＣを、ブラキュリおよびＭＵＣ１をコードする重複する１５ｍｅｒのペプチドプールを用いてｉｎ  ｖｉｔｒｏで刺激する。対照のペプチドプールは、陰性対照としての無関係な抗原ペプチドプールおよび陽性対照としてのＣＥＦＴペプチド混合物の使用を含む。ＣＥＦＴは、サイトメガロウイルス、ＥＢＶ、インフルエンザ、および破傷風毒素のペプチドの混合物である。ＣＤ４Ｔ細胞およびＣＤ８Ｔ細胞の刺激後の解析は、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、およびＣＤ１０７ａの発現の産生を含む。血清を、アデノウイルス（血清型５）に対する抗体力価を中和する、ブラキュリおよびＭＵＣ１に対する抗体に関して、およびＩＬ−１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体に対する見込みのある抗体の発達に関して解析する。
【０１６６】
循環する腫瘍ＤＮＡおよびＲＮＡのアッセイ：腫瘍は治療の間に進展し、薬物抵抗性細胞が出現する。これらは、検出することが困難であり、腫瘍を最初の治療に対して抵抗性にし得る。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡに関する血液ベースの試験は、薬物抵抗性腫瘍細胞の出現を追跡でき、患者に対する新規の薬物標的および治療の選択肢を同定できる。全血を、スクリーニング／ベースライン時に、および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡの解析のため決められた採血の間に、回収する。２０．０ｍＬの試料が、採血時に必要とされる。全血を、それぞれＤＮＡまたはＲＮＡの安定化剤を含むＣｅｌｌ−Ｆｒｅｅ  ＤＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）チューブまたはＣｅｌｌ−Ｆｒｅｅ  ＲＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）チューブに取り出す。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡにおける特異的な腫瘍および免疫に関連する解析物の発現レベルを、ｑＰＣＲにより測定し、対象の予後との相関に関して解析する。
【０１６７】
メラノーマ：
【０１６８】
皮膚癌は、米国で診断される最も一般的な悪性腫瘍であり、毎年２００万人超のアメリカ人が皮膚癌と診断される。主に３種類の皮膚癌：集合的に非メラノーマ皮膚癌と呼ばれる、基底細胞癌、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、およびメラノーマが存在する。メラノーマは、メラニン形成細胞の悪性腫瘍であり、皮膚癌の約１％のみを構成するが、皮膚癌による死亡の大部分を占める。８７，１１０の新規メラノーマの症例が、２０１７年に米国で診断されると推定され、９，７３０の症例の死亡が推定される。
【０１６９】
メラノーマの発症頻度は、米国で急激に上昇しており、罹患率は、１９８２年〜２０１１年で２倍となっている。メラノーマの症例の９０％超は、過剰なＵＶへの曝露によるものであり、上昇する罹患率は、増加する累積的なＵＶの曝露を反映すると考えられる。太陽への曝露に加えて、メラノーマの発症に関するリスク因子として、皮膚色素沈着が挙げられ、皮膚の色が薄いほどリスクが高い。メラノーマは、アフリカ系アメリカ人よりも白人において、２０倍よくみられる。陽性のメラノーマの家族歴、およびいくつかの希少な遺伝的変異の存在もまた、この疾患のリスクの高さに関連する。
【０１７０】
早期メラノーマに対する治療は、かなり有効であり、局在化した疾患を有する患者では、５年生存率は９０％を超える。早期メラノーマに関する治療の選択肢は、陽性の腫瘍の限界を達成しながらの腫瘍の切除に焦点を当てている。しかしながら、転移性または再発性の疾患を伴う患者では、予後はかなり悪く、５年生存率は、歴史的にみて１０％未満であり、ＯＳの中央値は１年未満である。
【０１７１】
切除不能な後期の再発性メラノーマに関する治療選択肢として、病巣内療法、免疫療法、シグナル伝達阻害剤、化学療法、および対症療法的局所療法が挙げられる。新規の免疫療法は、進行性のステージのメラノーマを有する患者に対し新規の治療の選択肢を提供し、これらの薬剤を用いる治療は、一部の患者に持続可能な応答をもたらした。進行性メラノーマの治療に関して現在承認されている免疫療法として、インターロイキン−２（ＩＬ−２）およびチェックポイント阻害剤のイピリムマブ、ニボルマブ、およびペンブロリズマブが挙げられる。高用量のＩＬ−２で治療しされた転移性メラノーマを有する対象の８つの試験のレトロスペクティブ分析は、１６％の全奏効率を示した。応答した対象のうち、２８％は、中央値６２ケ月の経過観察時で進行のないままであった。しかしながら、毛細管漏出症候群を含む、ＩＬ−２に関連する高い毒性は、広範囲での使用を制限する。無作為化試験では、特に２つの手法、チェックポイント阻害およびマイトジェン活性化プロテインキナーゼ（ＭＡＰＬ）シグナル伝達経路の阻害が、長い間進行性メラノーマのＳｏＣであったダカルバジン単独療法と比較して、ＯＳの改善を示した。臨床試験では、ダカルバジンを用いた治療は、１０〜２０％のＯＲＲをもたらしたが、ＯＳの改善には関連しなかった。
【０１７２】
ＭＡＰＫ経路、特にＢＲＡＦ（ｖ−Ｒａｆ  ｍｕｒｉｎｅ  ｓａｒｃｏｍａ  ｖｉｒａｌ  ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ｈｏｍｏｌｏｇ  Ｂ１）およびマイトジェン活性化ＥＲＫ（細胞外シグナル調節型キナーゼ）活性化キナーゼ（ＭＥＫ）を標的とするシグナル伝達阻害剤もまた、切除不能または進行性の疾患を有する患者の治療として研究されてきた。ＢＲＡＦ遺伝子の変異は、皮膚のメラノーマにおいて最も頻繁な変異である。悪性メラノーマの約４０％〜６０％が、ＢＲＡＦにおいて単一のヌクレオチド変異を有し、最も一般的に見いだされるものは、６００位でのバリンのグルタミン酸への置換である（ＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅ）。選択的なＶＲＡＦ  Ｖ６００Ｅキナーゼ阻害剤であるベムラフェニブは、その効能はＦＤＡに承認された試験により検出されたＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅ変異を有する患者に限定されるが、進行性疾患を有する患者のＰＦＳおよびＯＳにおける改善を示した。ダブラフェニブは、ダカルバジンと比較してＰＦＳの改善をもたらしたＢＲＡＦの別の選択的阻害剤である。ＭＥＫ阻害剤である、トラメチニブおよびコビメチニブもまた、切除不能または転移性のメラノーマを有する患者の治療に関して承認されている。トラメチニブでの単独療法の治療は、化学療法のグループ（ダカルバジンまたはパクリタキセルのいずれか）と比較してＰＦＳの改善を示した。同様に、ベムラフェニブと併用したコビメチニブは、ベムラフェニブ（ｖｅｒｍｕｒａｆｅｎｉｂ）治療単独よりも顕著なＰＦＳの増加を示した。
【０１７３】
切除不能な後期かつ再発性のメラノーマに関する治療の選択肢は増加しているが、チェックポイント阻害もＭＡＰＫ経路の阻害も、単独療法として使用される場合、治療に効果的でないようである。
【０１７４】
一般的に、メラノーマのワクチン治療の総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。企図される治療に含まれる薬剤の選択に関する原理は、表３にまとめられており、ここでａ）アベルマブまたはニボルマブのいずれかを投与することを表し；ｂ）カペシタビンは、５−ＦＵに代謝されることを表し；ｃ）ロイコボリンは５−ＦＵの活性を増強することを表す。
【０１７５】
【表３】
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【０１７６】
図１３は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与え、結果的にＩＣＤをもたらす機構を例示的および概略的に示す。腫瘍の増殖を可能にする明確に異なっているが相補的な機構を同時に標的とする薬剤を組み合わせることにより、治療レジメンは、抗癌活性を最大限にし治療に対する応答の持続期間を延ばすことを目的とする。
【０１７７】
この目的のために、企図されるメラノーマ治療は、ＬＤＭＣ、ベバシズマブ、癌ワクチン、低線量の放射線療法、ＩＬ−１５スーパーアゴニスト、ＮＫ細胞療法、およびチェックポイント阻害剤を組み合わせる。治療レジメンの総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。より具体的には、この治療は、（ａ）ＴＭＥでの免疫抑制を軽減すること（ＴＭＥでの免疫抑制に寄与するＴｒｅｇ、ＭＤＳＣ、およびＭ２マクロファージの密度を低減するために、ＬＤＭＣを使用する、リンパ球の輸送を促進するようにＴＭＥで形態的な変化を引き起こすために、ベバシズマブを使用する）；（ｂ）ＩＣＤシグナルを誘導および協調させること（腫瘍細胞の抗原性を高めるために、ＬＤＭＣおよび低線量の放射線療法を使用する、ＴＭＥを変え、これがより効率的な抗原特異的なＴ細胞の応答を可能にし、腫瘍細胞をＩＣＤにより感受性にさせるために、ベバシズマブを使用する。オメガ３−酸エチルエステルは、毒性を上げることなくＩＣＤを高める）；（ｃ）樹状細胞およびＴ細胞を調節すること（腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞の応答を高めるために、癌ワクチンおよびＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する）；（ｄ）自然免疫応答を高めること（自然免疫系を増強するために、ＮＫ細胞療法を使用する、内在性ＮＫ細胞および導入されたＮＫ細胞の活性を高めるために、ＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する、ＮＫ細胞の腫瘍細胞傷害性を高めるように腫瘍細胞のＮＫリガンドをアップレギュレートするために、小分割した線量の放射線療法を使用する）；ならびに（ｅ）免疫応答を維持すること（長期間の抗癌性免疫応答を促進するために、チェックポイント阻害剤を使用する）により、免疫編集の逃避相を妨害するように設計される。
【０１７８】
メラノーマのワクチン治療は、２つの相：誘導相および維持相で行われる。誘導相の目的は、腫瘍細胞に対する免疫応答を刺激し、ＴＭＥにおける免疫抑制を軽減することである。維持相の目的は、腫瘍細胞に対する現在進行中の免疫系の活性を持続し、持続可能な治療応答をもたらすことである。誘導相および維持相のために企図される化合物および組成物の例示的な使用および投与のタイミングを、それぞれ図１４および図１５に示す。よって、以下の薬剤および組成物を好ましくは、誘導相および維持相のために使用する：
【０１７９】
１．ＡＬＴ−８０３，組み換え型のヒトスーパーアゴニスト  インターロイキン−１５（ＩＬ−１５）複合体（ＩＬ１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体としても知られている）；２．アベルマブ（ＩＶでの使用のためのＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標）の注射剤）；３．ベバシズマブ（静脈内注入用のアバスチン（登録商標）液剤）；４．カペシタビン（経口で使用するための、ＸＥＬＯＤＡ（登録商標）錠剤）；５．シスプラチン（シスプラチン注射剤）；６．シクロホスファミド（経口で使用するためのシクロホスファミドのカプセル剤）；７．ＥＴＢＸ−０１１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＣＥＡ）；８．ＥＴＢＸ−０５１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ）；９．ＥＴＢＸ−０６１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１）；１０．５−ＦＵ（ＩＶでのみ使用するためのフルオロウラシル注射剤）；１１．ＧＩ−６２０７（ＣＥＡ  酵母ワクチン）；１２．ＧＩ−６３０１（ブラキュリ  酵母ワクチン）；１３．ｈａＮＫ（商標）、ＮＫ−９２［ＣＤ１６．１５８Ｖ，  ＥＲ  ＩＬ−２］、静脈内注入用の懸濁剤（注入用のｈａＮＫ（商標））；１４．ロイコボリン（ＩＶまたはＩＭに使用するためのロイコボリンカルシウム）；１５．Ｎａｂ−パクリタキセル（注射可能な懸濁剤用のアブラキサン（登録商標）［注射可能な懸濁剤用のパクリタキセルのタンパク質結合粒子］［アルブミン−結合］）；１６．ニボルマブ（静脈内に使用するためのＯＰＤＩＶＯ（登録商標）注射剤）；１７．オメガ−３−酸エチルエステル（経口で使用するためのＬｏｖａｚａのカプセル剤）；１８．ＳＢＲＴ。
【０１８０】
より具体的には、メラノーマに関する例示的な治療プロトコルは通常、以下のステップ、段階、化合物、および組成物を含む：
【０１８１】
腫瘍の生検および予備的な腫瘍の分子プロファイリングを、スクリーニング時、最初の誘導相の終了時（治療開始後８週間）、ならびに見込みのある長期間の誘導相および維持相（応答に応じる）の間行う。別々の血液チューブを、誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、予備的免疫学およびｃｔＤＮＡ／ｃｔＲＮＡ解析のため決められた採血の間に、回収する。
【０１８２】
腫瘍をスクリーニング時に評価し、腫瘍の応答を、固形がんの治療効果判定（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１および免疫関連応答の基準（ｉｒＲＣ）にしたがい標的および非標的の病変のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、またはポジトロン断層撮影−コンピュータ断層撮影（ＰＥＴ  ＣＴ）により、誘導相の間８週間ごとに、および維持相の間１２週間ごとに評価する。
【０１８３】
誘導相：誘導相は、反復される２週間のサイクルを含む。ＡＬＴ−８０３、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０５１、およびＥＴＢＸ−０６１）、酵母ベースのワクチン（ＧＩ−６２０７およびＧＩ−６３０１）、ｈａＮＫ細胞、アベルマブまたはニボルマブ、ベバシズマブ、シスプラチン、シクロホスファミド、５ＦＵ／ロイコボリン、ｎａｂ−パクリタキセル、およびオメガ−３−酸エチルエステルの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。最初の４回の２週間のサイクルの間に、併用してＳＢＲＴを与える。放射線照射を、ＳＢＲＴを使用してすべての可能性のある腫瘍部位に行う。具体的には、メラノーマ治療の例示的な誘導相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる。
【０１８４】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（経口［ＰＯ］により、１日２回［ＢＩＤ］［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］
【０１８５】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０１８６】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０１８７】
１日目、３日目、５日目、８日目、１０日目および１２日目、２週間ごと：
・５−ＦＵ（２４時間にわたり連続的なＩＶ注入として４００ｍｇ／ｍ２）
・ロイコボリン（２０ｍｇ／ｍ２のＩＶボーラス投与）
【０１８８】
１日目および８日目、２週間ごと：
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・シスプラチン（４０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
【０１８９】
５日目、１９日目、３３日目（３回の投与で２週間ごと、次に８週間ごと）：
・ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のウイルス粒子［ＶＰ］／ワクチン／用量  皮下［ＳＣ］）
・ＧＩ−６２０７、ＧＩ−６３０１（４０酵母単位［ＹＵ］／ワクチン／用量  ＳＣ）、Ａｄ５ベースのワクチンの投与後２時間
【０１９０】
８日目、２週間ごと：
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）またはニボルマブ（１時間にわたり３ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０１９１】
８、２２、３６、５０日目（４回の投与で２週間ごと））：
・ＳＢＲＴ（８Ｇｙを超えない、正確な線量は放射線腫瘍医により決定される）
【０１９２】
９日目、２週間ごと：
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ  ｈａＮＫ注入の３０分前）
【０１９３】
９日目および１１日目、２週間ごと：
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０１９４】
維持相：維持相の持続期間は、誘導相の最後の治療の完了後最大１年である。維持相は、反復される２週間のサイクルを含む。ＡＬＴ−８０３、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ  ０５１、およびＥＴＢＸ  ０６１）、酵母ベースのワクチン（ＧＩ−６２０７およびＧＩ−６３０１）、ｈａＮＫ細胞、アベルマブまたはニボルマブ、ベバシズマブ、カペシタビン、シクロホスファミド、ｎａｂ−パクリタキセル、およびオメガ−３−酸エチルエステルの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。
【０１９５】
治療の維持相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる：
【０１９６】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（ＰＯ  ＢＩＤ［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］）
【０１９７】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）またはニボルマブ（１時間にわたり３ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０１９８】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＰＯ  ＢＩＤ）
・カペシタビン（６５０ｍｇ／ｍ２  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０１９９】
２日目、２週間ごと
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ  ｈａＮＫ注入の３０分前）
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０２００】
５日目、その後８週間ごと
・ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のＶＰ／ワクチン／用量  ＳＣ）
・ＧＩ−６３０１（４０ＹＵ／用量  ＳＣ）、Ａｄ５ベースのワクチンの投与後２時間
【０２０１】
図１６は、例示的な治療プロトコルを概略的に表す。
【０２０２】
腫瘍の分子プロファイリング：全血由来の非腫瘍細胞と比較した組織由来の腫瘍細胞のゲノムのシークエンシングを、疾患進行に寄与し得、かつ／または治療に応答し得る腫瘍特異的なゲノムの変動を同定するために行う。ＲＮＡのシークエンシングを、発現データを提供しＤＮＡの変異に関連づけるために行う。定量的プロテオミクス解析を、特異的なタンパク質の絶対量を決定するため、疾患の進行および／または応答に相関のある遺伝子の発現を確認するため、ならびに応答に関するカットオフ値を決定するために、行う。
【０２０３】
経過観察の解析／試料の収集および解析：腫瘍の分子プロファイリングを、次世代のシークエンシングおよび質量分析ベースの定量的プロテオミクスにより、ＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。スクリーニング時および最初の誘導相の終了時（治療の開始後８週間）での腫瘍組織および全血の回収が企図される。
【０２０４】
腫瘍組織および全血の試料は、Ｔｉｓｓｕｅ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｋｉｔ  ａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｋｉｔに含まれる説明書のカードに従い、回収し、輸送する。ＦＦＰＥ腫瘍組織の検体は、腫瘍のＤＮＡ、腫瘍のＲＮＡ、および腫瘍のタンパク質の抽出に必要である。全血の試料は、対象の正常なＤＮＡの抽出に必要である。腫瘍の組織および全血を、ＣＬＩＡにより認証されＣＡＰにより認可された臨床研究室で処理する。
【０２０５】
予備的免疫学解析：免疫療法の治療の目的の１つは、抗原特異的な抗腫瘍免疫応答をもたらすことである。予備的免疫学解析は、治療により誘導される免疫応答の予備的評価を提供するために使用される。免疫解析用の血液試料を、スクリーニング時および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、決められた採血の間、対象から回収する。１０．０ｍＬの試料が、採血時に必要とされる。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配分離により単離されたＰＢＭＣを、ＣＥＡ、ブラキュリ、およびＭＵＣ１ペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはグランザイムＢの分泌に関しＥＬＩＳｐｏｔアッセイを使用して、抗原特異的な免疫応答について解析する。フローサイトメトリーを、ＣＥＡ、ブラキュリ、およびＭＵＣ１ペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはＴＮＦ−αの発現に関して細胞内サイトカイン染色アッセイを使用して、Ｔ細胞応答を評価するために利用する。細胞上のＣＤ１０７ａの発現に関するフローサイトメトリー解析を、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＮＫ細胞などの脱顆粒細胞に関して試験するために利用する（Ｋａｎｎａｎ  １９９６）。ＰＢＭＣを、ＣＥＡ、ブラキュリ、およびＭＵＣ１をコードする重複する１５ｍｅｒのペプチドプールを用いてｉｎ  ｖｉｔｒｏで刺激する。対照のペプチドプールは、陰性対照としての無関係な抗原ペプチドプールおよび陽性対照としてのＣＥＦＴペプチド混合物の使用を含む。ＣＥＦＴは、サイトメガロウイルス、ＥＢＶ、インフルエンザ、および破傷風毒素のペプチドの混合物である。ＣＤ４Ｔ細胞およびＣＤ８Ｔ細胞の刺激後の解析は、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、およびＣＤ１０７ａの発現の産生を含む。血清を、アデノウイルス（血清型５）に対する抗体力価を中和する、ＣＥＡ、ブラキュリおよびＭＵＣ１に対する抗体に関して、ならびにＩＬ−１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体に対する見込みのある抗体の発達に関して解析する。
【０２０６】
循環する腫瘍ＤＮＡおよびＲＮＡのアッセイ：腫瘍は治療の間に進展し、薬物抵抗性細胞が出現する。これらは、検出することが困難であり、腫瘍を最初の治療に対して抵抗性にし得る。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡに関する血液ベースの試験は、薬物抵抗性腫瘍細胞の出現を追跡でき、患者に対する新規の薬物標的および治療の選択肢を同定できる。全血を、スクリーニング時、および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡの解析のため決められた採血の間に、回収する。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡにおける特異的な腫瘍および免疫に関連する解析物の発現レベルを、ｑＰＣＲにより測定し、対象の予後との相関に関して解析する。
【０２０７】
非ホジキンリンパ腫：
ＮＨＬは、２０１７年に７２，２４０の新規の症例が診断されると推定される、米国で非常に蔓延している疾患であり、すべての癌のおよそ４％を占める。この疾患は、癌関連の死亡のうち９番目の死因であり、２０１７年には２０，１４０名が死亡すると推定される。ＮＨＬは、Ｂ細胞リンパ腫またはＴ細胞リンパ腫として分類できる。米国のＮＨＬの症例の約８５％はＢ細胞リンパ腫である。Ｂ細胞リンパ腫は、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、Ｂｕｒｋｉｔｔリンパ腫、およびリンパ形質細胞性リンパ腫を含む、様々なサブタイプを含む。Ｂ細胞リンパ腫のうち、ＤＬＢＣＬは、最も一般的であり、通常は高悪性度の疾患である。濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、およびリンパ形質細胞性リンパ腫は、低悪性度の疾患である傾向がある。米国でのＮＨＬの症例の１５％未満が、Ｔ細胞リンパ腫である。Ｂ細胞リンパ腫と同様に、多くのＴ細胞リンパ腫のサブタイプが存在し、それは前駆Ｔリンパ芽球性リンパ腫および末梢性Ｔ細胞リンパ腫を含む。ＮＨＬを有する患者は通常、進行性のステージ（ＩＩＩ／ＩＶ）の疾患を伴い、多くは、最初は無症候性である。
【０２０８】
ＮＨＬの治療は、疾患の種類および度合に基づき様々であり、化学療法、免疫療法、標的療法、放射線療法、および幹細胞移植を含む。ＣＤ２０に陽性のＮＨＬの標準的な第１選択の治療は、抗ＣＤ２０抗体リツキシマブでの、単独での治療または化学療法、たとえばシクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニゾン（Ｒ−ＣＨＯＰ）；ベンダムスチン（Ｒ−ベンダムスチン）、およびシクロホスファミド、ビンクリスチン、およびプレドニゾン（Ｒ−ＣＶＰ）との併用での治療を含む。リツキシマブでの治療の後に再発した患者は、リツキシマブ抵抗性（ＲＲ）またはリツキシマブ感受性（ＲＳ）と分類される。患者は、リツキシマブを投与されながら病状が進行する場合または最後のリツキシマブ治療から６ケ月以内に病状が進行する場合に、ＲＲとみなされる。患者は、リツキシマブを含む従来のレジメン（ｐｒｉｏｒ  ｒｉｔｕｘｉｍａｂ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｒｅｇｉｍｅｎｓ）に応答した場合およびリツキシマブの最後の投与から６ケ月超で再発する場合、ＲＳとみなされる。ＲＳの患者では、患者の約４０％が、リツキシマブでの再治療に応答する。リツキシマブ単独で再治療されたＲＲ患者に関する臨床試験ベースの応答および生存のデータは報告されていないが、合理的な推定値は、単一薬剤のリツキシマブの再治療に対し低い奏効率である（＜５％）。
【０２０９】
大部分の患者は治療に最初は応答するが、多くの患者は結果的に再発し、さらなる治療を必要とする。さらに、一部の患者は最初の治療に応答しない。ＣＤ２０陽性ＮＨＬに対し、より有効な治療が依然として必要とされる。
【０２１０】
一般的に、ＮＨＬのワクチン治療の総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。薬剤の選択に関する原理は、表４にまとめられており、ここで（ａ）カペシタビンは５−ＦＵに代謝され、（ｂ）ロイコボリンは５−ＦＵの活性を増強する。
【表４】
2019524692.tif 000006
【０２１１】
図１７は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与え、結果的にＩＣＤをもたらす機構を例示的および概略的に示す。腫瘍の増殖を可能にする明確に異なっているが相補的な機構を同時に（または経時的に）標的とする薬剤を組み合わせることにより、治療レジメンは、抗癌活性を最大限にし治療に対する応答の持続期間を延ばすことを目的とする。
【０２１２】
この目的のために、企図されるＮＨＬ治療は、ＬＤＭＣ、リツキシマブ、ベバシズマブ、癌ワクチン、低線量の放射線療法、ＩＬ−１５スーパーアゴニスト、ＮＫ細胞療法、およびチェックポイント阻害剤を組み合わせる。治療レジメンの総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。具体的には、この治療は、（ａ）ＴＭＥでの免疫抑制を軽減すること（ＴＭＥでの免疫抑制に寄与するＴｒｅｇ、ＭＤＳＣ、およびＭ２マクロファージの密度を低減するために、ＬＤＭＣを使用する、リンパ球の輸送を促進するようにＴＭＥで形態的な変化を引き起こすために、ベバシズマブを使用する）；（ｂ）ＩＣＤシグナルを誘導および協調させること（腫瘍細胞の抗原性を高めるために、ＬＤＭＣおよび低線量の放射線療法を使用する、ＴＭＥを変え、これがより効率的な抗原特異的なＴ細胞の応答を可能にし、腫瘍細胞をＩＣＤにより感受性にさせるために、ベバシズマブを使用する、オメガ３−酸エチルエステルは、毒性を上げることなくＩＣＤを高める）；（ｃ）樹状細胞およびＴ細胞を調節すること（腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞の応答を高めるために、癌ワクチンおよびＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する）；（ｄ）自然免疫応答を高めること（自然免疫系を増強するために、ＮＫ細胞療法を使用する、内在性ＮＫ細胞および導入されたＮＫ細胞の活性を高めるために、ＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する、ＮＫ細胞の腫瘍細胞傷害性を高めるように腫瘍細胞のＮＫリガンドをアップレギュレートするために、小分割した線量の放射線療法を使用する）；ならびに（ｅ）免疫応答を維持すること（長期間の抗癌性免疫応答を促進するために、チェックポイント阻害剤を使用する）により、免疫編集の逃避相を妨害するように設計される。
【０２１３】
ＮＨＬのワクチン治療は、２つの相：誘導相および維持相で行われる。誘導相の目的は、腫瘍細胞に対する免疫応答を刺激し、ＴＭＥにおける免疫抑制を軽減することである。維持相の目的は、腫瘍細胞に対する現在進行中の免疫系の活性を持続し、持続可能な治療応答をもたらすことである。誘導相および維持相のために企図される化合物および組成物の例示的な使用および投与のタイミングを、それぞれ図１８および図１９に示す。よって以下の薬剤および組成物を好ましくは、誘導相および維持相のために使用する：
【０２１４】
１．ＡＬＴ−８０３，組み換え型のヒトスーパーアゴニスト  インターロイキン−１５（ＩＬ−１５）複合体（ＩＬ１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体としても知られている）；２．アベルマブ（ＩＶでの使用のためのＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標）の注射剤）；３．ベバシズマブ（静脈内注入用のアバスチン（登録商標）液剤）；４．カペシタビン（経口で使用するための、ＸＥＬＯＤＡ（登録商標）錠剤）；５．シクロホスファミド（経口で使用するためのシクロホスファミドのカプセル剤）；６．ＥＴＢＸ−０６１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１）；７．５−ＦＵ（ＩＶでのみ使用するためのフルオロウラシル注射剤）；８．ｈａＮＫ（商標）、ＮＫ−９２［ＣＤ１６．１５８Ｖ，ＥＲＩＬ−２］、静脈内注入用の懸濁剤（注入用のｈａＮＫ（商標））；９．ロイコボリン（ＩＶまたはＩＭに使用するためのロイコボリンカルシウム）；１０．Ｎａｂ−パクリタキセル（注射可能な懸濁剤用のアブラキサン（登録商標）［注射可能な懸濁剤用のパクリタキセルのタンパク質結合粒子］［アルブミン−結合］）；１１．オメガ−３−酸エチルエステル（経口で使用するためのＬｏｖａｚａのカプセル剤）；１２．オキサリプラチン（静脈内で使用するためのＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）注射剤）；１３．リツキシマブ（ＩＶで使用するためのリツキサン（登録商標）注射剤）；１４．ＳＢＲＴ。
【０２１５】
より具体的には、ＮＨＬに関する例示的なプロトコルは通常、以下のステップ、段階、化合物、および組成物を含む：
【０２１６】
腫瘍の生検および予備的な腫瘍の分子プロファイリングを、スクリーニング時、最初の誘導相の終了時（治療開始後８週間）、ならびに見込みのある長期間の誘導相および維持相（応答に応じる）の間行う。別々の血液チューブを、誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、予備的免疫学およびｃｔＤＮＡ／ｃｔＲＮＡ解析のため決められた採血の間に、回収する。
【０２１７】
腫瘍をスクリーニング時に評価し、腫瘍の応答を、固形がんの治療効果判定（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１および免疫関連応答の基準（ｉｒＲＣ）にしたがい、標的および非標的の病変のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、またはポジトロン断層撮影−コンピュータ断層撮影（ＰＥＴ  ＣＴ）により、誘導相の間８週間ごとに、および維持相の間１２週間ごとに評価する。
【０２１８】
誘導相：誘導相は、反復される２週間のサイクルを含む。ＡＬＴ−８０３、Ａｄ５−ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０６１）、ｈａＮＫ細胞、アベルマブ、ベバシズマブ、シクロホスファミド、５ＦＵ／ロイコボリン、ｎａｂ−パクリタキセル、オメガ−３−酸エチルエステル、オキサリプラチン、およびリツキシマブの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。最初の４回の２週間のサイクルの間に、併用してＳＢＲＴを与える。放射線照射を、ＳＢＲＴを使用してすべての可能性のある腫瘍部位に行う。
【０２１９】
治療の誘導相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる。
【０２２０】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（経口［ＰＯ］により１日２回［ＢＩＤ］［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］）
【０２２１】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０２２２】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０２２３】
１日目、３日目、５日目、８日目、１０日目および１２日目、２週間ごと：
・５−ＦＵ（２４時間にわたり連続的なＩＶ注入としての４００ｍｇ／ｍ２）
・ロイコボリン（２０ｍｇ／ｍ２のＩＶボーラス投与）
【０２２４】
１日目および８日目、２週間ごと：
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・オキサリプラチン（４０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
【０２２５】
５日目、１９日目、３３日目（３回の投与で２週間ごと、次に８週間ごと）：
・ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のウイルス粒子［ＶＰ］／用量  皮下［ＳＣ］）
【０２２６】
８日目、２週間ごと：
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０２２７】
８、２２、３６、５０日目（４回の投与で２週間ごと））：
・ＳＢＲＴ（８Ｇｙを超えない、正確な線量は放射線腫瘍医により決定される）
【０２２８】
９日目、２週間ごと：
・リツキシマブ（３７５ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ  ｈａＮＫ注入の３０分前）
【０２２９】
９日目および１１日目、２週間ごと：
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０２３０】
維持相
維持相の持続期間は、誘導相の最後の治療の完了後最大１年である。維持相は、反復される２週間のサイクルを含む。ＡＬＴ−８０３、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ  ０６１）、ｈａＮＫ細胞、アベルマブ、ベバシズマブ、カペシタビン、シクロホスファミド、ｎａｂ−パクリタキセル、オメガ−３−酸エチルエステル、およびリツキシマブの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。
【０２３１】
治療の維持相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる：
【０２３２】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（ＰＯ  ＢＩＤ［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］）
【０２３３】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
・ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０２３４】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＰＯ  ＢＩＤ）
・カペシタビン（６５０ｍｇ／ｍ２  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０２３５】
２日目、２週間ごと：
・リツキシマブ（３７５ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ  ｈａＮＫ注入の３０分前）
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０２３６】
５日目、その後８週間ごと
ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のＶＰ／用量  ＳＣ）
【０２３７】
図２０は、例示的な治療方法を概略的に表す。
【０２３８】
腫瘍の分子プロファイリング：全血由来の非腫瘍細胞と比較した組織由来の腫瘍細胞のゲノムのシークエンシングを、疾患進行に寄与し得、かつ／または治療に応答し得る腫瘍特異的なゲノムの変動を同定するために行う。ＲＮＡのシークエンシングを、発現データを提供しＤＮＡの変異に対する関連性を得るために行う。定量的プロテオミクス解析を、特異的なタンパク質の絶対量を決定するため、疾患の進行および／または応答に相関性のある遺伝子の発現を確認するため、ならびに応答に関するカットオフ値を決定するために行う。すべてのゲノムの、転写の、およびタンパク質の分子学的解析は、予備的である。腫瘍の分子プロファイリングを、次世代のシークエンシングおよび質量分析ベースの定量的プロテオミクスにより、ＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。スクリーニング時および最初の誘導相の終了時（治療開始後８週間）での腫瘍組織および全血の回収が、この治療で企図される。
【０２３９】
経過観察の解析／試料の収集および解析：腫瘍組織および全血の試料を、Ｔｉｓｓｕｅ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｋｉｔ  ａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｓｐｅｃｉｍｅｎ  Ｋｉｔに含まれる説明書のカードに従い回収し輸送する。ＦＦＰＥ腫瘍組織の検体は通常、腫瘍のＤＮＡ、腫瘍のＲＮＡ、および腫瘍のタンパク質の抽出に必要である。全血の試料は通常、対象の正常なＤＮＡの抽出に必要である。腫瘍の組織および全血を、ＣＬＩＡにより認証されＣＡＰにより認可された臨床研究室で処理する。
【０２４０】
予備的免疫学解析：免疫療法の治療の目的の１つは、抗原特異的な抗腫瘍免疫応答をもたらすことである。予備的免疫学解析は、治療により誘導される免疫応答の予備的評価を提供するために使用される。免疫解析用の血液試料を、スクリーニング時および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、決められた採血の間、対象から回収する。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配分離により単離されたＰＢＭＣを、ＭＵＣ１に曝露した後のＩＦＮ−γまたなグランザイムＢの分泌に関しＥＬＩＳｐｏｔアッセイを使用して、抗原特異的免疫応答について解析する。フローサイトメトリーを、腫瘍関連抗原ペプチド、ＭＵＣ１に曝露した後のＩＦＮ−γまたはＴＮＦ−αの発現に関して細胞内サイトカイン染色アッセイを使用してＴ細胞応答を評価するために利用する。細胞上のＣＤ１０７ａの発現に関するフローサイトメトリー解析を、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＮＫ細胞などの脱顆粒細胞に関して試験するために利用する。ＰＢＭＣを、ＭＵＣ１をコードする重複する１５ｍｅｒのペプチドプールを用いてｉｎ  ｖｉｔｒｏで刺激する。対照のペプチドプールは、陰性対照としての無関係な抗原ペプチドプールおよび陽性対照としてのＣＥＦＴペプチド混合物の使用を含む。ＣＥＦＴは、サイトメガロウイルス、ＥＢＶ、インフルエンザ、および破傷風毒素のペプチドの混合物である。ＣＤ４Ｔ細胞およびＣＤ８Ｔ細胞の刺激後の解析は、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、およびＣＤ１０７ａの発現の産生を含む。血清を、アデノウイルス（血清型５）に対する抗体力価を中和する、ＭＵＣ１に対する抗体に関して、およびＩＬ−１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体に対する見込みのある抗体の発達に関して解析する。
【０２４１】
循環する腫瘍ＤＮＡおよびＲＮＡのアッセイ：腫瘍は治療の間に進展し、薬物抵抗性細胞が出現する。これらは、検出することが困難であり、腫瘍を最初の治療に対して抵抗性にし得る。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡに関する血液ベースの試験は、薬物抵抗性腫瘍細胞の出現を追跡でき、患者に対する新規の薬物標的および治療の選択肢を同定できる。全血を、スクリーニング時、および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡの解析のため決められた採血の間に、回収する。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡにおける特異的な腫瘍および免疫に関連する解析物の発現レベルを、ｑＰＣＲにより測定し、対象の予後との相関に関して解析する。
【０２４２】
非小細胞性肺癌：
肺癌は、世界的に見て癌の主な原因であり、およそ５人に１人の、癌による死亡の原因であり、毎年合計約１５９万人が死亡している。全種類の肺癌の主なリスク因子は喫煙であり、肺癌の症例のおよそ８５〜９０％が、この原因によるものとされ得る。喫煙を中断する効果は、過去２５年にわたり米国で肺癌の発症率の減少をもたらした。しかしながら、肺癌は、深刻な健康上の重荷を課し続けている。米国では、推定２２４，０００の肺癌の新規の症例が、２０１６年に診断され、およそ１５８，０００名の死亡が肺癌に起因すると考えられる。
【０２４３】
肺癌は組織学的に、小細胞性肺癌およびＮＳＣＬＣに分類される。ＮＳＣＬＣは、包括的な分類であり、小細胞性肺癌ではない全ての肺癌を含み、それは肺の中の神経内分泌性細胞から生じると考えられる。ＮＳＣＬＣは、肺癌のおよそ８５％を含み、ＮＳＣＬＣの最も一般的な種類として、扁平上皮癌、腺癌、および大細胞癌が挙げられる。
【０２４４】
早期の局在性の切除可能な疾患を有する患者では、外科的な手法が最良の予後を提供する。標準治療（ＳｏＣ）の外科的手法は、ステージ１のＮＳＣＬＣ患者で、およそ７０％の５年の無病疾患進行率をもたらすことが報告されている。しかしながら、このことは、患者のごく少数にのみに当てはまり、新規に診断される肺癌患者の７０％は進行したステージの疾患を有し、かつこれらの患者の大部分は転移性疾患を有する。外科手術は、ステージ３または４のＮＳＣＬＣを有する大部分の患者には推奨されない。
【０２４５】
一般的に、本明細書中提示されるＮＳＣＬＣのワクチン治療の総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし、癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。この治療に含まれる薬剤の選択に関する原理は、表５にまとめられており、ここで（ｉ）腫瘍の分子プロファイリングは、ＥＴＢＸ−０２１を投与するかどうかを決定することを表し；（ｉｉ）腫瘍の分子プロファイリングは、ＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定することを表し；（ｉｉｉ）カペシタビンは５−ＦＵに代謝されることを表し；（ｉｖ）シスプラチンは、扁平上皮癌のサブタイプ有する対象に投与され、オキサリプラチンは、腺癌のサブタイプを有する対象に投与されることを表し；（ｖ）ロイコボリンは、５−ＦＵの活性を増強することを表し；（ｖｉ）ニボルマブまたはアベルマブのいずれかが投与されることを表す。
【表５】
2019524692.tif 000007
【０２４６】
図２１は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与え、結果的にＩＣＤをもたらす機構を例示的および概略的に示す。腫瘍の増殖を可能にする明確に異なっているが相補的な機構を同時に標的とする薬剤を組み合わせることにより、治療レジメンは、抗癌活性を最大限にし治療に対する応答の持続期間を延ばすことを目的とする。
【０２４７】
この目的のために、企図されるＮＳＣＬＣ治療は、ＬＤＭＣ、ベバシズマブ、癌ワクチン、低線量の放射線療法、ＩＬ−１５スーパーアゴニスト、ＮＫ細胞療法、およびチェックポイント阻害剤を組み合わせる。治療レジメンの総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。具体的には、この治療は、（ａ）ＴＭＥでの免疫抑制を軽減すること（ＴＭＥでの免疫抑制に寄与するＴｒｅｇ、ＭＤＳＣ、およびＭ２マクロファージの密度を低減するために、ＬＤＭＣを使用する、リンパ球の輸送を促進するようにＴＭＥで形態的な変化を引き起こすために、ベバシズマブを使用する）；（ｂ）ＩＣＤシグナルを誘導および協調させること（腫瘍細胞の抗原性を高めるために、ＬＤＭＣおよび低線量の放射線療法を使用する、ＴＭＥを変え、それがより効率的な抗原特異的なＴ細胞の応答を可能にし、腫瘍細胞をＩＣＤにより感受性にさせるために、ベバシズマブを使用する、フルベストラントを、ＡＤＣＣおよび細胞傷害性Ｔ細胞の活性を高めるために使用する。オメガ−３−酸エチルエステルは、毒性を上げることなくＩＣＤを高める）；（ｃ）樹状細胞およびＴ細胞を調節すること（腫瘍特異的細胞傷害性Ｔ細胞の応答を高めるために、癌ワクチンおよびＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する）；（ｄ）自然免疫応答を高めること（自然免疫系を増強するために、ＮＫ細胞療法を使用する、内在性ＮＫ細胞および導入されたＮＫ細胞の活性を高めるために、ＩＬ−１５スーパーアゴニストを使用する、低線量の小分割照射法を、ＮＫ細胞の腫瘍細胞傷害性を高めるように腫瘍細胞のＮＫリガンドをアップレギュレートするために使用する）、ならびに（ｅ）免疫応答を維持すること（長期間の抗癌性免疫応答を促進するために、チェックポイント阻害剤を使用する）により、免疫編集の逃避相を妨害するように設定される。
【０２４８】
ＮＳＣＬＣのワクチン治療は、２つの相：誘導相および維持相で行われる。誘導相の目的は、腫瘍細胞に対する免疫応答を刺激し、ＴＭＥにおける免疫抑制を軽減することである。維持相の目的は、腫瘍細胞に対する現在進行中の免疫系の活性を持続し、持続可能な治療応答をもたらすことである。誘導相および維持相のために企図される化合物および組成物の例示的な使用および投与のタイミングを、それぞれ図２２および図２３に示す。よって、以下の薬剤および組成物を好ましくは、誘導相および維持相のために使用する：
【０２４９】
１．ＡＬＴ−８０３、組み換え型のヒトスーパーアゴニストＩＬ−１５複合体（ＩＬ１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体としても知られている）；２．ＥＴＢＸ−０１１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＣＥＡ）；３．ＥＴＢＸ−０２１（Ａｄ５［Ｅ１−，  Ｅ２ｂ−］−ＨＥＲ２）；４．ＥＴＢＸ−０５１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ）；５．ＥＴＢＸ−０６１（Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１）；６．ＧＩ−４０００（Ｒａｓ  酵母ワクチン）；７．ＧＩ−６２０７（ＣＥＡ酵母ワクチン）；８．ＧＩ−６３０１（ブラキュリ  酵母ワクチン）；９．ｈａＮＫ（商標）、ＮＫ−９２［ＣＤ１６．１５８Ｖ、ＥＲ  ＩＬ−２］、静脈内注入のための懸濁剤（注入用のｈａＮＫ（商標）；１０．アベルマブ（ＩＶでの使用のためのＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標）の注射剤）；１１．ベバシズマブ（静脈内注入用のアバスチン（登録商標）液剤）；１２．カペシタビン（経口で使用するための、ＸＥＬＯＤＡ（登録商標）錠剤）；１３．シスプラチン（シスプラチン注射剤）；１４．シクロホスファミド（経口で使用するためのシクロホスファミドのカプセル剤）；１５．５−ＦＵ（ＩＶでのみ使用するためのフルオロウラシル注射剤）；１６．フルベストラント（注射用のＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））；１７．ロイコボリン（ＩＶまたはＩＭに使用するためのロイコボリンカルシウム）；１８．Ｎａｂ−パクリタキセル（注射可能な懸濁剤用のアブラキサン（登録商標）［注射可能な懸濁剤用のパクリタキセルのタンパク質結合粒子］［アルブミン−結合］）；１９．ニボルマブ（静脈内に使用するためのＯＰＤＩＶＯ（登録商標）注射剤）；２０．オメガ−３−酸エチルエステル（経口で使用するためのＬｏｖａｚａのカプセル剤）；２１．オキサリプラチン（静脈内で使用するためのＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）注射剤）；ならびに２２．ＳＢＲＴ。
【０２５０】
より具体的には、ＮＳＣＬＣに関する例示的な治療プロトコルは、通常、以下のステップ、段階、化合物、および組成物を含む：
【０２５１】
腫瘍をスクリーニング時に評価し、腫瘍の応答を、固形がんの治療効果判定（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１および免疫関連応答の基準（ｉｒＲＣ）にしたがい標的および非標的の病変のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、またはポジトロン断層撮影（ＰＥＴ）−ＣＴにより、誘導相の間８週間ごとに、および維持相の間１２週間ごとに評価する。
【０２５２】
プロスペクティブな腫瘍の分子プロファイリング：プロスペクティブな腫瘍のプロファイリングを、ＨＥＲ２発現およびＲａｓ変異の状態の情報を提供するために行い、ＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定するために使用する。すべての対象は、腫瘍の分子プロファイルに関わらずＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１、ＧＩ−６２０７、およびＧＩ−６３００を受ける。プロスペクティブな腫瘍の分子プロファイリングを、スクリーニング時に回収したＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。
【０２５３】
対象は、腫瘍がＨＥＲ２を過剰発現する場合（質量分析による定量的プロテオミクスにより決定される、≧７５０アトモル／μｇの腫瘍組織）、ＥＴＢＸ−０２１を受ける。対象は、全ゲノムシークエンスにより決定されるように、腫瘍が特異的なＲａｓ変異に関して陽性である場合、ＧＩ−４０００を受ける。ＧＩ４０００は、ＧＩ−４００シリーズ由来の４つの別々の製品であり（ＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、ＧＩ−４０１６、およびＧＩ−４０２０）、これらはそれぞれ、変異されたＲａｓ腫瘍性タンパク質の組み合わせを発現する。特異的なＲａｓ変異は、どのＧＩ−４０００製品を治療に使用するかを決定する（Ｇ１２Ｖに対しＧＩ−４０１４、Ｇ１２Ｃに対しＧＩ−４０１５、Ｇ１２Ｄに対しＧＩ−４０１６、Ｇ１２ＲまたはＱ６１Ｈに対しＧＩ−４０２０、およびＱ６１ＬまたはＱ６１Ｒに対しＧＩ−４０１４、ＧＩ−４０１５、またはＧＩ−４０１６）。
【０２５４】
誘導相：誘導相は、最大１年の治療期間の反復される２週間のサイクルを含む。オメガ−３−酸エチルエステル、シクロホスファミド、シスプラチン、またはオキサリプラチン、５ＦＵ／ロイコボリン、ｎａｂ−パクリタキセル、ベバシズマブ、ＡＬＴ−８０３、ｈａＮＫ細胞、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、およびＥＴＢＸ−０６１）、酵母ベースのワクチン（ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７およびＧＩ−６３０１）、ニボルマブまたはアベルマブ、フルベストラント、および放射線療法の治療レジメンを、２週間ごとに反復する。最初の４回の２週間のサイクルの間に、併用してＳＢＲＴを与える。放射線照射を、ＳＢＲＴを使用してすべての可能性のある腫瘍部位に行う。ＮＳＣＬＣ治療の例示的な誘導相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる：
【０２５５】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（経口［ＰＯ］により１日２回（ＢＩＤ）［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］）
【０２５６】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０２５７】
１日目、４週間ごと（他の治療サイクルごと）：
・フルベストラント（５００ｍｇ  ＩＭ）
【０２５８】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ、経口（ＰＯ）、１日２回［ＢＩＤ］）。
【０２５９】
１日目、３日目、５日目、８日目、１０日目および１２日目、２週間ごと：
・５−ＦＵ（２４時間にわたり４００ｍｇ／ｍ２を連続ＩＶ注入）
・ロイコボリン（２０ｍｇ／ｍ２のＩＶボーラス投与）
【０２６０】
１日目および８日目、２週間ごと：
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・シスプラチン（４０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）またはオキサリプラチン（４０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
シスプラチンは、扁平上皮癌のサブタイプを有する対象に投与される。オキサリプラチンは、腺癌のサブタイプを有する対象に投与される。
【０２６１】
５日目、１９日目、３３日目（３回の投与で２週間ごと、次に８週間ごと）：
・ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のウイルス粒子［ＶＰ］／ワクチン／用量  皮下［ＳＣ］）
・ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７、ＧＩ−６３０１（４０酵母単位［ＹＵ］／ワクチン／用量  ＳＣ）、ＡＤ５ベースのワクチンの投与後２時間
プロスペクティブな腫瘍の分子プロファイリングは、上述のように、ＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定する。
【０２６２】
８日目、２週間ごと：
・ニボルマブ（１時間にわたり３ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）またはアベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０２６３】
８、２２、３６、５０日目（４回の投与で２週間ごと））：
・ＳＢＲＴ（８Ｇｙを超えない、正確な線量は放射線腫瘍医により決定される）
【０２６４】
９日目、２週間ごと：
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ  ｈａＮＫ注入の３０分前）
【０２６５】
９日目および１１日目、２週間ごと：
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０２６６】
維持相：維持相の持続期間は、誘導相の最後の治療の完了後最大１年である。維持相は、反復される２週間のサイクルを含む。オメガ−３−酸エチルエステル、シクロホスファミド、カペシタビン、ｎａｂ−パクリタキセル、ベバシズマブ、ＡＬＴ−８０３、ｈａＮＫ細胞、Ａｄ５ベースのワクチン（ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、およびＥＴＢＸ−０６１）、酵母ベースのワクチン（ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７およびＧＩ−６３０１）、ニボルマブまたはアベルマブ、およびフルベストラントの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。例示的な治療の維持相は、以下の投与レジメンにしたがい行われる。
【０２６７】
毎日：
・オメガ−３−酸エチルエステル（ＰＯ  ＢＩＤ［３×１ｇのカプセル剤および２×１ｇのカプセル剤］）
【０２６８】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１００ｍｇ  ＩＶ）
・ニボルマブ（１時間にわたり３ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）またはアベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０２６９】
１日目、４週間ごと（他の治療サイクルごと）：
・フルベストラント（５００ｍｇ  ＩＭ）
【０２７０】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・カペシタビン（６５０ｍｇ／ｍ２  ＰＯ  ＢＩＤ）
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０２７１】
２日目、２週間ごと
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ）（ｈａＮＫ注入の３０分前）
・ｈａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ）
【０２７２】
５日目、その後８週間ごと
・ＥＴＢＸ−０１１、ＥＴＢＸ−０２１、ＥＴＢＸ−０５１、ＥＴＢＸ−０６１（５×１０１１個のＶＰ／ワクチン／用量  ＳＣ）
ＧＩ−４０００、ＧＩ−６２０７、ＧＩ−６３０１（４０ＹＵ／ワクチン／用量  ＳＣ）、Ａｄ５ベースのワクチンの投与後２時間
【０２７３】
プロスペクティブな分子プロファイリングは、上述のように、ＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−６２０７を投与するかどうかを決定する。図２４は、例示的な治療プロトコルを表す。
【０２７４】
腫瘍の分子プロファイリング：全血由来の非腫瘍細胞と比較した組織由来の腫瘍細胞のゲノムのシークエンシングを、疾患進行に寄与し得、かつ／または治療に応答し得る腫瘍特異的なゲノムの変動を同定するために行う。ＲＮＡのシークエンシングを、発現データを提供し、ＤＮＡの変異に対する関連性を得るために行う。定量的プロテオミクス解析を、特異的なタンパク質の絶対量を決定するため、疾患の進行および／または応答に相関性のある遺伝子の発現を確認するため、ならびに応答に関するカットオフ値を決定するために行う。すべてのゲノムの、転写の、およびタンパク質の分子学的解析は、定量的プロテオミクスによるＨＥＲ２の発現のプロスペクティブな腫瘍の分子学的解析ならびにＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与するかどうかを決定するためのゲノムのシークエンシングによるＲａｓ変異の状態の解析を除き、予備的である。
【０２７５】
経過観察の解析／試料の収集および解析：腫瘍の分子プロファイリングを、次世代のシークエンシングおよび質量分析ベースの定量的プロテオミクスにより、ＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。スクリーニング時および最初の誘導相の終了時（治療開始後８週間）での腫瘍組織および全血の回収が、この治療で企図される。ＦＦＰＥ腫瘍組織の検体は通常、腫瘍のＤＮＡ、腫瘍のＲＮＡ、および腫瘍のタンパク質の抽出に必要である。全血の試料は通常、対象の正常なＤＮＡの抽出に必要である。腫瘍の組織および全血を、ＣＬＩＡにより認証されＣＡＰにより認可された臨床研究室で処理する。
【０２７６】
免疫解析用の血液試料を、スクリーニング時および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、決められた採血の間、対象から回収する。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配分離により単離されたＰＢＭＣを、以下の腫瘍抗原ペプチド：ＣＥＡ、ブラキュリ、およびＭＵＣ１、ならびにＥＴＢＸ−０２１およびＧＩ−４０００を投与する場合は、それぞれＨＥＲ２および変異型Ｒａｓに曝露した後のＩＦＮ−γまたはグランザイムＢの分泌に関しＥＬＩＳｐｏｔアッセイを使用して、抗原特異的免疫応答について解析する。フローサイトメトリーを、腫瘍関連抗原ペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはＴＮＦ−αの発現に関して細胞内サイトカイン染色アッセイを使用してＴ細胞の応答を評価するために利用する。細胞上のＣＤ１０７ａの発現に関するフローサイトメトリー解析を、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＮＫ細胞などの脱顆粒細胞に関して試験するために利用する。ＰＢＭＣを、上述の腫瘍関連抗原をコードする重複する１５ｍｅｒのペプチドプールを用いてｉｎ  ｖｉｔｒｏで刺激する。対照のペプチドプールは、陰性対照としての無関係な抗原ペプチドプールおよび陽性対照としてのＣＥＦＴペプチド混合物の使用を含む。ＣＥＦＴは、ＣＭＶ、Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒウイルス、インフルエンザ、および破傷風毒素のペプチドの混合物である。ＣＤ４＋およびＣＤ８＋のＴ細胞の刺激後の解析は、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、およびＣＤ１０７ａの発現の産生を含む。血清を、アデノウイルス（血清型５）に対する抗体力価を中和する、上述の腫瘍関連抗原を対象とする抗体に関して、およびＩＬ−１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体に対する見込みのある抗体の発達に関して解析する。
【０２７７】
循環する腫瘍ＤＮＡおよびＲＮＡのアッセイ：腫瘍は治療の間に進展し、薬物抵抗性細胞が出現する。これらは、検出することが困難であり、腫瘍を最初の治療に対して抵抗性にし得る。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡに関する血液ベースの試験は、薬物抵抗性腫瘍細胞の出現を追跡でき、患者に対する新規の薬物標的および治療の選択肢を同定できる。全血を、スクリーニング時、および誘導相において１ケ月ごとおよび維持相において２ケ月ごとに、ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡの解析のため決められた採血の間に、回収する。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡにおける特異的な腫瘍および免疫に関連する解析物の発現レベルを、ｑＰＣＲにより測定し、対象の予後との相関に関して解析する。
【０２７８】
膵臓癌：
膵臓癌は、米国での癌関連死の２番目の主な病因と推定されており、２０１７年には、この疾患による推定４３，０９０名の死亡および推定５３，６７０の新規の症例が予測される。これは、世界で１２番目の最も一般的な癌であり、２０１２年には、およそ３３８，０００の新規の症例が診断されている（全体の２％）。予後は不十分であり、結果として、膵臓癌は、世界で７番目の最も一般的な癌の死因であり、２０１２年には、膵臓癌により、３３０，０００超の人々が死亡した（全体の４％）。
【０２７９】
膵臓は、２つの主な細胞種、外分泌性および内分泌性の細胞種から構成される。外分泌性細胞は消化酵素を産生し、ランゲルハンス島の内分泌性細胞はホルモンであるインスリンおよびグルカゴンを産生する。内分泌性腫瘍は概して、良好な予後を有するが、発症する膵臓癌の６％のみを占める。他方で、外分泌性細胞は、治癒可能なものは稀であり、群を抜いて最も一般的な膵臓癌の種類であり、腺癌が外分泌性膵臓の癌の約９４％を占める。膵臓癌の罹患率は、白人の個体において、２００４年〜２０１３年に１年あたり約１％増加したが、黒人の個体では、同じままである。
【０２８０】
膵臓腺癌の患者の予後は非常に悪く、全生存期間の中央値は５〜８カ月間であり、患者の５％未満が５年超生存する。膵臓癌の外科的な切除およびその後のアジュバント化学療法は、長期間の生存を達成するために必要とされる主な治療の選択肢である。これは、新規に診断された患者のうち約１５％〜２０％で達成できる；しかしながら、再発は一般的であり、最適な切除が行われた事例であっても一般的である。より進行性の疾患を有する患者の大部分に対し、治療は概して、転移性患者に対する化学療法単独または支持ケア、および局所的に進行した疾患を有する患者に対する放射線療法を伴うまたは伴わない化学療法を含む。これらの患者の予後は、さらに見込みが低く、５年生存率は２％である。
【０２８１】
膵臓癌患者の大部分は、進行性疾患を有する。このグループの生存率は極めて低く、転移性疾患患者のうちわずか２％が、診断時から５年生存する。少数のグループの患者（９％）は、局在型の切除可能な疾患と診断される；しかしながら、このグループであっても、５年生存率は不十分であり、わずか２５％超である。膵臓癌患者に対する標準治療の治療は、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸでの治療であり、これはゲムシタビンでの単独療法よりもＯＳおよびＰＦＳを向上させる；しかしながら、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸは、比較的良好に健康（ＥＣＯＧ  ０または１）な患者にのみ利用可能であり、治療を受ける患者の予後は、依然として厳しく、ＰＦＳの中央値は６．４ケ月でありＯＳの中央値は１１．１ケ月である（Ｃｏｎｒｏｙ  ２０１１）。かなりの割合の患者で長期間の耐久性のある応答をもたらすことのできる新規の治療の選択肢が、膵臓癌患者にとって明らかに必要である。
【０２８２】
一般的に、本明細書中提示されるＰＡＮＣのワクチン治療の総合的な目標は、癌に対する患者の抗腫瘍性の適合応答および自然応答を維持および増強しつつ、免疫学的な細胞死（ＩＣＤ）を最大限にすることである。この治療に含まれる薬剤の選択に関する原理を、表６にまとめる。
【表６】
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【０２８３】
図２５は、それにより各薬剤が免疫系に影響を与え、結果的にＩＣＤをもたらす機構を示す。腫瘍の増殖を可能にする明確に異なっているが相補的な機構を同時に標的とする薬剤を組み合わせることにより、治療レジメンは、抗癌活性を最大限にし治療に対する応答の持続期間を延ばすことを目的とする。
【０２８４】
この目的のために、企図されるＰＡＮＣ治療は、１）抑制性ＴＭＥを克服すること；２）分子的な情報による免疫原性シグナルの誘導；３）樹状細胞およびＴ細胞の調節；４）ＮＫ細胞の移植、ならびに５）ＬＤＭＣの投与を介した免疫応答の維持および持続可能な長期間の寛解の誘導、の特異的でかつ相補的な目的を達成するために設定される。
【０２８５】
ＰＡＮＣのワクチン治療は、２つの相：誘導相および維持相で行われる。誘導相の目的は、腫瘍細胞に対する免疫応答を刺激し、ＴＭＥにおける免疫抑制を軽減することである。維持相の目的は、腫瘍細胞に対する現在進行中の免疫系の活性を持続し、持続可能な治療応答をもたらすことである。誘導相および維持相のために企図される化合物および組成物の例示的な使用および投与のタイミングを、それぞれ図２６および図２７に示す。よって、以下の薬剤および組成物を好ましくは、誘導相および維持相のために使用する：
【０２８６】
１．経口で使用するためのシクロホスファミド錠剤；２．ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）（注入用のオキサリプラチン、ＵＳＰ）；３．経口で使用するためのＸＥＬＯＤＡ（カペシタビン）錠剤；４．静脈内で使用するためのフルオロウラシル注射剤；５．ＩＶまたはＩＭで使用するためのロイコボリンカルシウム；６．アブラキサン（登録商標）（ｎａｂ−パクリタキセル）；７．アバスチン（ベバシズマブ）；８．ＡＬＴ−８０３、組み換え型のヒトスーパーアゴニスト  インターロイキン−１５（ＩＬ−１５）複合体（ＩＬ１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体としても知られている）；９．ａＮＫ（商標）、ＮＫ−９２［ＣＤ１６．１５８Ｖ、ＥＲ  ＩＬ−２］（高親和性の活性化ナチュラルキラー細胞株［注入用のａＮＫ（商標）］）；１０．ＥＴＢＸ−０１１：Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＣＥＡ（癌胎児性抗原）；１１．アベルマブ、ヒト抗ＰＤ−Ｌ１  ＩｇＧ１モノクローナル抗体；１２．ＧＩ−４０００、変異型Ｒａｓタンパク質を発現する組み換えＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ酵母由来のワクチン。
【０２８７】
より具体的には、ＰＡＮＣに関する例示的な治療プロトコルは通常、以下のステップ、段階、化合物、および組成物を含む：
【０２８８】
腫瘍の生検および腫瘍の分子プロファイリングは、スクリーニング時、および最初の誘導（８週間）の終了時、および見込みのある長期間の誘導相（応答に応じる）の間に行われる。さらに、決められた毎週の採血の間に、別々の血液チューブを、循環ＲＮＡの変化に関して血液を解析するために回収する。腫瘍をスクリーニング時に評価し、腫瘍の応答を、固形がんの治療効果判定（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１および免疫関連応答の基準（ｉｒＲＣ）にしたがい標的および非標的の病変のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、またはポジトロン断層法（ＰＥＴ）により、誘導相の間８週間ごとに、および維持相の間３ケ月ごとに評価する。
【０２８９】
誘導相：誘導相は、低線量の放射線照射およびメトロノミック化学療法の反復される２週間のサイクルを含む。シクロホスファミド、オキサリプラチン、５−ＦＵ／ロイコボリン、ｎａｂ−パクリタキセル、ベバシズマブ、ＡＬＴ−８０３、ａＮＫ、ワクチン（Ａｄ５およびＧＩ−４０００）、およびアベルマブの治療レジメンを、２週間ごとに反復する。最初の４回の２週間のサイクルの間に、併用して体幹部定位放射線照射（ＳＢＲＴ）を与える。放射線照射を、ＳＢＲＴを使用してすべての可能性のある腫瘍部位に行う。企図される技術は、リニアアクセレータベースの療法（３Ｄ放射線療法および強度変調放射線療法［ＩＭＲＴ］）、ならびにガンマナイフおよびサイバーナイフを含む。
【０２９０】
誘導の治療は、対象がＰＤまたは許容不可能な毒性（用量の低下により修正できない）を経験するまで続行する。誘導相でＣＲを有する対象は、治療の維持相に入る。ＲＥＣＩＳＴバージョン１．１およびｉｒＲＣにより評価されるＣＴ／ＭＲＩを使用する応答評価を、誘導相の間、８週間ごとに行う。
【０２９１】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  １日２回［ＢＩＤ］）
【０２９２】
１日目および８日目、２週間ごと：
・オキサリプラチン（４０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ）
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１２５ｍｇ  ＩＶ）
【０２９３】
１日目、２週間ごと：
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
【０２９４】
１日目、３日目、５日目、８日目、１０日目および１２日目、２週間ごと：
・５−フルオロウラシル（連続注入として２４時間にわたり４００ｍｇ／ｍ２）
・ロイコボリン（２０ｍｇ／ｍ２のＩＶボーラス投与）
【０２９５】
８、２２、３６、５０日目（４回の投与で２週間ごと））：
・ＳＢＲＴ（８Ｇｙ）
【０２９６】
９日目、２週間ごと：
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  皮下［ＳＣ］  ａＮＫ注入の３０分前）
【０２９７】
９日目および１１日目、２週間ごと：
・ａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量  ＩＶ）
【０２９８】
５日目、１９日目、３３日目（３回の投与で２週間ごと、次に８週間ごと）：
・Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＣＥＡ（５×１０１１個のＶＰ／用量  ＳＣ）
・ＧＩ−４０００（４０酵母単位［ＹＵ］ＳＣ；必要とされるＫＲＡＳの変異を表すゲノムのシークエンシングに応じて使用）
【０２９９】
８日目、２週間ごと：
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０３００】
維持相：維持相の持続期間は、誘導相の最後の治療の完了後１年である。治療は、対象がＰＤまたは許容できない毒性を経験するまで維持相を通じて継続する。ＲＥＣＩＳＴバージョン１．１およびｉｒＲＣにしたがい評価されるＣＴ／ＭＲＩを使用する応答評価を、維持相の間３ケ月ごとに行う。
【０３０１】
１〜５日目および８〜１２日目、２週間ごと：
・シクロホスファミド（５０ｍｇ  ＢＩＤ）
・カペシタビン（６５０ｍｇ／ｍ２  ＰＯ  ＢＩＤ）
【０３０２】
１日目、２週間ごと：
・Ｎａｂ−パクリタキセル（１２５ｍｇ  ＩＶ）
・ベバシズマブ（５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ）
・アベルマブ（１時間にわたり１０ｍｇ／ｋｇ、ＩＶ）
【０３０３】
２日目、２週間ごと
・ＡＬＴ−８０３（１０μｇ／ｋｇ  ＳＣ）（ａＮＫ注入の３０分前）
・ａＮＫ（２×１０９個の細胞／用量  ＩＶ）
【０３０４】
５日目、その後８週間ごと
・Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＣＥＡ（５×１０１１個のＶＰ／用量  ＳＣ）
・ＧＩ−４０００（４０ＹＵ  ＳＣ）
【０３０５】
図２８は、例示的な治療プロトコルを表す。
【０３０６】
経過観察の解析／試料の収集および解析：予備的ゲノミクス、トランスクリプトミクス、循環ＲＮＡおよびプロテオミクスの分子プロファイリングを、次世代のシークエンシングおよび質量分析ベースの定量的プロテオミクスにより、ＦＦＰＥ腫瘍組織および全血（腫瘍組織に対する対象の対応する正常な比較物質）で行う。誘導相の間、血液試料を、分子プロファイリングのため、毎週回収する。維持相の間、血液試料を、分子プロファイリングのため毎月収集する：２２．５ｍＬの試料が、各採血で必要とされる。
【０３０７】
試料の収集ならびに細胞フリーＤＮＡおよび細胞フリーＲＮＡに関する解析：検体は、それぞれＲＮＡおよびＤＮＡの安定化剤を含む、Ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ  ＲＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）チューブまたはＣｅｌｌ−ｆｒｅｅ  ＤＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）チューブ中に取り出された全血１０ｍＬである。ｃｔＲＮＡは、７日間の間Ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ  ＲＮＡ  ＢＣＴチューブ中の全血で安定であり、ｃｔＤＮＡは、１４日間Ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ  ＤＮＡ  ＢＣＴチューブ中の全血で安定である。これらの核酸安定化剤は、ｃｔＲＮＡまたはｃｔＤＮＡの分解なしに患者の試料を輸送する時間を与える。１０ｍｌチューブ中の全血を、２０分間１６００ｒｃｆで血漿を分画ために遠心する。この血漿を分離し、１６，０００ｒｃｆで１０分間遠心して、細胞のデブリを除去する。ｃｔＤＮＡおよびｃｔＲＮＡを、Ｑｉａｇｅｎ試薬を使用する所有者の自家開発されたプロトコルを用いて、血漿２ｍＬから抽出した。このプロトコルは、潜在的な混入血液細胞、他の不純物を除去し、抽出の間の核酸の安定性を維持するように設計された。すべての核酸を、バーコード付けされたマトリックス保存チューブ中で保存する。ＤＮＡを−４℃で保存し、ＲＮＡを−８０℃で保存する、または相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に逆転写しｃＤＮＡを−４℃で保存する。
【０３０８】
ＰＤ−Ｌ１の発現を、この遺伝子に特異的なプライマーを使用して、ｃｔ−ｃＤＮＡの定量的リアルタイムＰＣＲにより測定する。増幅を、２μＬのｃＤＮＡ、プライマーおよびプローブを含む反応混合物１０μＬ中で行う。β―アクチンを、ｃｔ−ｃＤＮＡの投入レベルの内部対照として使用する。既知の濃度のＰＤ−Ｌ１による試料の検量線を、各ＰＣＲプレート、ならびに各遺伝子に関する陽性対照および陰性対照について行う。試験試料は、核酸を含むマトリックスチューブ上の２Ｄのバーコードをスキャンすることにより同定される。デルタＣｔ（ｄＣｔ）を、β‐アクチンのＣｔ値にを減算したＰＤ−Ｌ１のＣｔ値から計算する。患者の検体の相対的な発現を、遺伝子発現の値が１０で設定されたＵｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ＲＮＡ  ｓｅｔの段階希釈のデルタＣｔの検量線を使用して計算する（デルタＣｔが、ＰＤ−Ｌ１のｌｏｇ濃度に対してプロットされる）。ＰＤ−Ｌ１のレベルを、主要評価項目および副次評価項目を用いて解析して、統計的かつ臨床的に有意な相関を同定する。
【０３０９】
免疫学解析：免疫解析用の血液試料を、第１の治療の前、および各治療サイクルの１日目および治療の終了時に再度、対象から回収する。治療前および治療後の、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配分離により単離されたＰＢＭＣを、ＣＥＡペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはグランザイムＢの分泌に関しＥＬＩＳｐｏｔアッセイを使用して、抗原特異的な免疫応答について解析する。フローサイトメトリーを、ＣＥＡペプチドに曝露した後のＩＦＮ−γまたはＴＦＮ−αの発現に関して細胞内サイトカイン染色アッセイを使用してＴ細胞の応答を評価するために利用する。細胞上のＣＤ１０７ａの発現に関するフローサイトメトリー解析を、ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＮＫ細胞などの脱顆粒細胞に関して試験するために利用する。ＰＢＭＣを、腫瘍関連抗原ＣＥＡをコードする重複する１５ｍｅｒのペプチドプールを用いてｉｎ  ｖｉｔｒｏで刺激する。対照のペプチドプールは、陰性対照としての無関係な抗原ペプチドプールおよび陽性対照としてのＣＥＦＴペプチド混合物の使用を含む。ＣＥＦＴは、ＣＭＶ、Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒウイルス、インフルエンザ、および破傷風毒素のペプチドの混合物である。ＣＤ４Ｔ細胞およびＣＤ８Ｔ細胞の刺激後の解析は、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、およびＣＤ１０７ａの発現の産生を含む。血清を、アデノウイルス（血清型５）に対する抗体力価を中和する、ＣＥＡに対する抗体に関して、およびＩＬ−１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体に対する見込みのある抗体の発達に関して解析する。
【０３１０】
軟部組織肉腫：
軟部組織肉腫は、比較的珍しい癌である。それらは、毎年の新規の癌の全症例の１％未満を占める。これは、軟部組織中の細胞が、悪性腫瘍をより一般に引き起こす組織とは対照的に、絶え間なく細胞分裂していないためであり得る。
【０３１１】
２００６年に、約９，５００の新規の症例が米国で診断された。軟部組織肉腫は、２０歳未満の小児および青年において特定の組織が一般的である（横紋筋肉腫、滑膜肉腫）が、高齢者（５０歳超）でより一般的に見いだされる。
【０３１２】
一般的に、軟部組織肉腫のワクチン治療の総合的な目標は、ＩＣＤを最大限にし、癌細胞に対する自然免疫応答および適応免疫応答を増強および維持することである。上記の治療の化合物および組成物と同様に、以下の薬剤および組成物を好ましくは、誘導相および維持相に使用する：
【０３１３】
１．経口で使用するためのシクロホスファミド錠剤；２．静脈内で使用するためのトラベクテジン；３．ＩＶ注入のためのアバスチン（ベバシズマブ）液剤；４．アベルマブ、ヒト抗ＰＤ−Ｌ１  ＩｇＧ１モノクローナル抗体；５．注入可能な懸濁剤用のアブラキサン（登録商標）（ｎａｂ−パクリタキセル）；６．ドキソルビシン（Ｄｏｘｏｒｕｎｉｃｉｎ）；７．ＡＬＴ−８０３、組み換え型のヒトスーパーアゴニスト  インターロイキン−１５（ＩＬ−１５）複合体（ＩＬ１５Ｎ７２Ｄ：ＩＬ−１５ＲαＳｕ／ＩｇＧ１  Ｆｃ複合体としても知られている）；８．ＨａＮＫ（商標）、ＮＫ−９２（注入用の活性化したナチュラルキラー細胞株、ａＮＫ（商標）；９．Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１；１０．Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ；ならびに１１．ＧＩ  ６３０１−Ｙｅａｓｔ  ブラキュリ
【０３１４】
より具体的には、軟部組織肉腫のための例示的な治療プロトコルは通常、以下のステップ、段階、化合物、および組成物を含む：
【０３１５】
腫瘍の生検および腫瘍の分子プロファイリングを、スクリーニング時、および最初の誘導の終了時（８週）、および見込みのある長期間の誘導相の間（応答に依存）に行う。さらに、決められた毎週の採血の間、別々の血液チューブを、循環ＲＮＡの変化に関して血液を解析するために回収する。腫瘍をスクリーニング時に評価し、腫瘍の応答を、固形がんの治療効果判定（ＲＥＣＩＳＴ）バージョン１．１および免疫関連応答の基準（ｉｒＲＣ）にしたがい標的および非標的の病変のコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、またはポジトロン断層撮影（ＰＥＴ）により、誘導相の間８週間ごとに、および維持相の間３ケ月ごとに評価する。
【０３１６】
誘導相：誘導相は、低線量の放射線照射およびメトロノミック化学療法の反復される２週間のサイクルを含む。シクロホスファミド、ドキソルビシン、ｎａｂ−パクリタキセル、ベバシズマブ、トラベクテジン、ＡＬＴ−８０３、ＨａＮＫ、アベルマブ、ワクチン、および放射線療法の治療レジメンを、２週間ごとに反復する。最初の４回の２週間のサイクルの間に、併用して体幹部定位放射線照射（ＳＢＲＴ）を与える。放射線照射を、ＳＢＲＴを使用してすべての可能性のある腫瘍部位に行う。企図される技術は、リニアアクセレータベースの療法（３Ｄ放射線療法および強度変調放射線療法［ＩＭＲＴ］）を含む。
【０３１７】
誘導の治療は、対象がＰＤまたは許容できない毒性（用量の低下により修正可能でない）を経験するまで続行する。誘導相のＣＲを有する対象は、治療の維持相に入る。ＣＴ／ＭＲＩを使用する応答評価を、誘導相の間８週間ごとに行い、ＲＥＣＩＳＴバージョン１．１およびｉｒＲＣにしたがい評価する。
【０３１８】
１〜５日目（毎週）
・シクロホスファミド５０ｍｇ、１日２回（ＢＩＤ）
【０３１９】
１日目（毎週）：
・ドキソルビシン２０ｍｇ／ｍ２  ＩＶ
【０３２０】
１日目（２週間ごと）：
・ベバシズマブ  ５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ
【０３２１】
１日目（毎週）
・トラベクテジン  ０．５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ
・ｎａｂ−パクリタキセル  １００ｍｇ  ＩＶ
【０３２２】
８日目、２２日目、３６日目、５０日目（４回の投与の間、１週間おきに）
・ＳＢＲＴ  ８Ｇｙ
【０３２３】
９日目（２週間ごと）：
・ＡＬＴ−８０３  １０μｇ／ｋｇ  ＳＣ
【０３２４】
９日目および１１日目（２週間ごと）：
・ｈａＮＫ  ２×１０９個の細胞／用量、ＩＶ
【０３２５】
５日目、１９日目、３３日目（３回の投与で２週間ごと、次に８週間ごと）：
・Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１    Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ  ５×１０１１個のＶＰ／用量  ＳＣ
・ＧＩ−６３０１    Ｙｅａｓｔ  ブラキュリ  ４０ＹＵ  ＳＣ
【０３２６】
８日目（２週間ごと）
・アベルマブ  １０ｍｇ／ｋｇ  １時間ごと  ＩＶ
【０３２７】
維持相：維持相の持続期間は、誘導相の最後の治療の完了後１年である。治療は、対象がＰＤまたは許容できない毒性を経験するまで維持相を通じて続行する。ＲＥＣＩＳＴバージョン１．１およびｉｒＲＣにしたがい評価されるＣＴ／ＭＲＩを使用する応答評価を、維持相の間、３ケ月ごとに行う。
【０３２８】
１〜５日目（毎週）：
・シクロホスファミド５０ｍｇ、１日２回（ＢＩＤ）
【０３２９】
１日目（２週間ごと）
・ｎａｂ−パクリタキセル  １００ｍｇ  ＩＶ
・アベルマブ  １０ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ
・ベバシズマブ  ５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ
・トラベクテジン  ０．５ｍｇ／ｋｇ  ＩＶ
【０３３０】
２日目（２週間ごと）
・ＨａＮＫ  ２×１０９個の細胞／用量  ＩＶ
・ＡＬＴ−８０３  １０μｇ／ｋｇ  ＳＣ
【０３３１】
５日目（その後８週間ごと）
・Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ＭＵＣ１    Ａｄ５［Ｅ１−，Ｅ２ｂ−］−ブラキュリ  ５×１０１１個のＶＰ／用量  ＳＣ
・ＧＩ−６３０１    Ｙｅａｓｔ  ブラキュリ  ４０ＹＵ  ＳＣ
【０３３２】
いくつかの実施形態では、本発明の特定の実施形態を説明および請求するために使用される、成分の量、濃度などの特性、反応条件などを表現する数は、いくつかの例では用語「約」により修正されることを理解すべきである。よって、いくつかの実施形態では、記載の説明および添付の特許請求の範囲に記載される数学的なパラメータは、特定の実施形態により得られるように求められた所望の特性に応じて変化し得る近似値である。いくつかの実施形態では、数学的なパラメータは、報告された有意な桁の数の観点から、および通常の丸め技術を使用することにより解釈されるべきである。本発明のいくつかの実施形態の幅広い範囲を説明する数学的な範囲およびパラメータが近似値であるにも関わらず、特定の実施例に記載の数値は、実施可能な限り正確に報告される。本発明のいくつかの実施形態に提示される数値は、これらの各試験測定で見いだされた標準偏差から必然的にもたらされる特定の誤差を含み得る。文脈が矛盾しない限り、本明細書中記載のすべての範囲は、その終点を含むと解釈すべきであり、オープンエンドの範囲は、商業的に実用的な値を含むと解釈すべきである。同様に、すべての値の列挙は、文脈が矛盾しない限り、中間値を含むとみなすべきである。
【０３３３】
本明細書および続く特許請求の範囲全体に使用されるように、「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」の意味は、文脈と明確に矛盾しない限り複数形を含む。同様に、本明細書中の記載に使用されるように、文脈と明確に矛盾しない限り、「ｉｎ」の意味は、「ｉｎ」および「ｏｎ」を含む。さらに、文脈と特段矛盾しない限り、用語「〜に結合される（ｃｏｕｐｌｅｄ  ｔｏ）」は、直接的な結合（互いに結合される２つの要素が互いに接触する）および間接的な結合（２つの要素の間に、少なくとも１つの追加的な要素が置かれる）の両方を含むことが意図される。よって、用語「〜に結合される（ｃｏｕｐｌｅｄ  ｔｏ）」および「〜と結合される（ｃｏｕｐｌｅｄ  ｗｉｔｈ）」は、同意語として使用される。
【０３３４】
本明細書中使用されるように、いずれかの疾患または障害を「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療している（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、またはいずれかの疾患または障害の「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」といった用語は、一実施形態では、当該疾患または障害を寛解する（たとえば当該疾患またはその臨床上の症状のうちの少なくとも１つの発達を遅延または停止または低減する）目的のための、１つまたは複数の化合物または組成物の投与を表す。別の実施形態では、「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療している（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、または「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、患者により識別可能でなくてもよいものを含む少なくとも１つの物理的なパラメータを軽減または寛解する目的のための、１つまたは複数の化合物または組成物の投与を表す。さらなる別の実施形態では、「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療している（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、または「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、症候的（たとえば識別可能な症状の安定化）、生理的に（たとえば癌の免疫編集の逃避相の破壊、癌の免疫編集の排除相の誘導、癌の免疫編集の平衡相の復元）、または症候的かつ生理的に、疾患または障害を調節する目的のための、１つまたは複数の化合物または組成物の投与を表す。さらなる別の実施形態では、「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療している（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、または「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、疾患または障害の発症または発展または進行を予防または遅延させる目的のための、１つまたは複数の化合物または組成物の投与を表す。用語「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療している（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、または「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、たとえば癌の症例においては、疾患の安定化、部分的な応答または完全な応答をもたらし得る。しかしながら、特に癌が治療抵抗性である場合、用語「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療している（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、および「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、治癒またはさらには部分的な治癒を暗示するものではない。また本明細書中使用されるように、用語「患者」は、疾患、特に癌を有すると診断されているまたはその疑いのあるヒト（成年および小児を含む）または他の哺乳類を表す。
【０３３５】
本明細書中の発明の概念から逸脱することなく、すでに記載されているもの以外のより多くの修正が可能であることは当業者に明らかである。よって本発明の主題は、添付の特許請求の範囲を除き限定されるべきではない。さらに本明細書および特許請求の両方を解釈する際に、すべての用語は、この概念と一致する可能な限り最も広い方法で解釈するべきである。特に、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、記載の要素、構成要素、またはステップが存在してよく、もしくは利用でき、または明確に記載されていない他の要素、構成要素、もしくはステップと共に組み合わせることができることを表す、非排他的な方法において要素、構成要素、またはステップを表すと解釈すべきである。本明細書がＡ、Ｂ、Ｃ．．．およびＮからなる群から選択される何等かの少なくとも１つを表す場合、本文は、Ａ＋Ｎ、またはＢ＋Ｎなどではなく、この群由来の１つの要素のみを必要とすると解釈するべきである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【手続補正書】
【提出日】令和1年6月7日(2019.6.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を治療するための協調した治療としての複数の医薬組成物の使用であって、
前記複数の医薬組成物の少なくとも１つの第１の医薬組成物が腫瘍の逃避相を戻すために腫瘍の微小環境中の免疫抑制を低減し、
前記複数の医薬組成物の少なくとも１つの第２の医薬組成物が腫瘍の排除相を誘導するために適応免疫応答および自然免疫応答の少なくとも１つを高め、
前記複数の医薬組成物の少なくとも１つの第３の医薬組成物が腫瘍の平衡相を維持するためにＴＨ１応答に対する適応免疫応答を付勢する
ことを特徴とする、使用。
【請求項２】
前記第１の医薬組成物が、アルブミンに結合される薬物を含み、アルブミンが、任意選択でナノ粒子アルブミンである、請求項１に記載の使用。
【請求項３】
前記アルブミンに結合される抗体またはそのフラグメントをさらに含む請求項２に記載の使用。
【請求項４】
前記薬物が、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンからなる群から選択される、請求項２または３に記載の使用。
【請求項５】
前記抗体またはそのフラグメントが、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、ガザイバ（Ｇａｚｙｖａ）、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンからなる群から選択される、請求項３〜４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６】
前記第１の医薬組成物が、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含む、請求項１に記載の使用。
【請求項７】
前記薬物が、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２からなる群から選択される、請求項６に記載の使用。
【請求項８】
前記第２の医薬組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の使用。
【請求項９】
前記組み換え細菌ワクチン、前記組み換えウイルスワクチン、または前記組み換え酵母ワクチンが、腫瘍関連抗原ならびに患者および腫瘍に特異的な新規エピトープの少なくとも１つを発現するように遺伝的に操作される、請求項８に記載の使用。
【請求項１０】
前記腫瘍関連抗原が、ＭＵＣ１、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ブラキュリ、および発癌性Ｒａｓ変異タンパク質からなる群から選択される、請求項９に記載の使用。
【請求項１１】
前記第２の医薬組成物が、ナチュラルキラー細胞を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の使用。
【請求項１２】
前記第２の医薬組成物が、免疫刺激性サイトカインを含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の使用。
【請求項１３】
前記第３の医薬組成物が、チェックポイント阻害剤、免疫刺激性サイトカイン、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、および組み換え酵母ワクチンの少なくとも１つを含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の使用。
【請求項１４】
腫瘍の免疫編集プロセスを改変するための協調した治療レジメンとしての複数の化学療法の治療レジメンの使用であって、
化学療法の治療レジメンが低用量のメトロノミックなスケジュールで適用され、前記化学療法の治療レジメンが、腫瘍のオーミクス情報および腫瘍の経路解析を使用して決定される、
第２の治療レジメンが腫瘍の微小環境に薬物を選択的に送達する少なくとも１つの薬学的な薬剤を使用して適用され、
第３の治療レジメンがオーミクス情報に基づく少なくとも１つのワクチン組成物を使用して適用され、かつ
チェックポイント阻害剤および免疫刺激性サイトカインの少なくとも１つを含む第４の治療レジメンが適用される
ことを特徴とする、使用。
【請求項１５】
前記オーミクス情報が、全ゲノム配列情報、エキソーム配列情報、トランスクリプトーム配列情報、およびプロテオミクス情報の少なくとも１つを含む、請求項１４に記載の使用。
【請求項１６】
前記少なくとも１つの薬学的な薬剤が、アルブミンに結合される薬物を含み、アルブミンが、任意選択でナノ粒子アルブミンである、請求項１４に記載の使用。
【請求項１７】
前記薬物が、ベンダムスチン、ボルテゾミブ、カバジタキセル、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ダサチニブ、ドセタキセル、ドキソルビシン、エピルビシン、エルロチニブ、エトポシド、エベロリムス、ゲフィチニブ、イダルビシン、ヒドロキシウレア、イマチニブ、ラパチニブ、メルファラン、ミトキサントロン、ニロチニブ、オキサリプラチン（Ｏｘｉｐｌａｔｉｎ）、パクリタキセル、パゾパニブ、ペメトレキセド、ラパマイシン、ロミデプシン、ソラフェニブ、ベムラフェニブ、スニチニブ、テニポシド、ビンブラスチン、ビノレルビン、およびビンクリスチンからなる群から選択される、請求項１６に記載の使用。
【請求項１８】
前記薬剤が、前記アルブミンに結合される抗体またはそのフラグメントをさらに含む、請求項１４に記載の使用。
【請求項１９】
前記抗体またはそのフラグメントが、レオプロ、カドサイラ、キャンパス、シムレクト、アバスチン、ベンリスタ、アドセトリス、シムジア、アービタックス（Ｒｂｉｔｕｘ）、プロリア、ゼヴァリン、タイサブリ、ガザイバ（Ｇａｚｙｖａ）、アーゼラ、ゾレア、ベクティビックス、パージェタ、サイラムザ、ルセンティス、リツキサン、ベキサロテン（ｂｅｘａｒ）、ヨンデリス、およびハーセプチンからなる群から選択される、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
前記少なくとも１つの薬学的な薬剤が、Ｔ−ｒｅｇ細胞、骨髄由来免疫抑制細胞、およびＭ２マクロファージの少なくとも１つを阻害する薬物を含む、請求項１４に記載の使用。
【請求項２１】
前記薬物が、シスプラチン、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、シクロホスファミド、ドキソルビシン、テモゾロミド、ドセタキセル、パクリタキセル、トラベクテジン、およびＲＰ−１８２からなる群から選択される、請求項２０に記載の使用。
【請求項２２】
前記ワクチン組成物が、組み換え細菌ワクチン、組み換えウイルスワクチン、または組み換え酵母ワクチンを含む、請求項１４に記載の使用。
【国際調査報告】
2019524692.tif 000037
2019524692.tif 000038
2019524692.tif 000039