(57)【要約】【課題】全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）患者における合併症リスクを評価する方法の提供。【解決手段】本発明は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスクのｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ評価の方法に関し、該方法は、上記患者から得られた生体サンプルにおいてＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物を検出する工程を含むことを特徴とする。さらに、本発明は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスク、特に死亡リスクを評価するための、上記患者の生体サンプルにおけるＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量のｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ測定の使用に関する。さらに、本発明は、生体サンプルにおいてＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量をｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで測定するためのキットにも関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスクのｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ評価の方法であって、上記患者から得られた生体サンプルにおけるＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物を検出、好ましくは定量化する工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
上記患者が、敗血症状態にある患者、又は全身性炎症反応症候群を引き起こす手術、熱傷、若しくは外傷を受けた患者であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上記合併症リスクが、上記患者の死亡リスクであることを特徴とする、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物が、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１、配列番号３の転写物ＩＬ７Ｒ−００２、配列番号４の転写物ＩＬ７Ｒ−００３、配列番号６の転写物ＩＬ７Ｒ−００５、及び配列番号８の転写物ＩＬ７Ｒ−００７、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列が、上記配列の１つと少なくとも９９％の同一性を有することを特徴とする、請求項１、２、又は３に記載の方法。
【請求項５】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物が、ＣＤ１２７の膜貫通領域の少なくとも一部、又はさらには膜貫通領域全体を含む転写物から選択され、好ましくは、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１又は上記配列と少なくとも９９％の同一性を有する変異体の１つに対応することを特徴とする、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
ｉ）上記患者の生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を決定する工程と、
ｉｉ）上記生体サンプルについて決定された上記少なくとも１つの転写物の量又はこの量から導出された値と、所定の参照値とを比較する工程と、
ｉｉｉ）上記比較の結果から、合併症リスクが存在し得るかどうかについて結論を下す工程とを実施することを特徴とする、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
ｉ）上記患者の生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の複数の転写物の全量を決定する工程と、
ｉｉ）上記生体サンプルについて決定された上記転写物の全量又はこの量から導出された値と、所定の参照値とを比較する工程と、
ｉｉｉ）上記比較の結果から、合併症リスクが存在し得るかどうかについて結論を下す工程とを実施することを特徴とする、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
上記生体試験サンプルが、敗血症、特に重症敗血症を示す患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の６日以内に既に敗血症、特に重症敗血症を示していた患者から得られることを特徴とする、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
上記患者が集中治療室に入院しており、上記生体試験サンプルが、上記患者の上記集中治療室への入院後６日以内若しくは６日目（Ｄ６）、好ましくは５日以内若しくは５日目（Ｄ５）、より好ましくは４日以内若しくは４日目（Ｄ４）、さらに好ましくは３日以内若しくは３日目（Ｄ３）、又はさらには２日以内若しくは２日目（Ｄ２）、又はさらには２４時間以内若しくは２４時間後（Ｄ１）に得られたサンプルに由来することを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
上記生体試験サンプルが、敗血症性ショック状態にある患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の６日以内に既に敗血症性ショック状態にあった患者から得られることを特徴とする、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
上記生体試験サンプルが、敗血症性ショック状態にある患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の６日以内に既に敗血症性ショック状態にあった患者から得られ、上記生体試験サンプルが、敗血症性ショックの発症後６日以内若しくは６日目（Ｄ６）、好ましくは５日以内若しくは５日目（Ｄ５）、より好ましくは４日以内若しくは４日目（Ｄ４）、さらに好ましくは３日以内若しくは３日目（Ｄ３）、又はさらには２日以内若しくは２日目（Ｄ２）、又はさらには２４時間以内若しくは２４時間後（Ｄ１）に得られたサンプルに由来することを特徴とする、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
内部参照と称される上記参照値が、同じ患者から以前のサンプルを採取した際に得られた参照サンプルから得られることを特徴とする、請求項６〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
上記患者が集中治療室に入院しており、上記内部参照サンプルが、上記患者の集中治療への入院後２日以内若しくは１日以内、又はさらには２日目若しくは１日目に得られた以前のサンプルに由来することを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
上記以前のサンプルが、集中治療への入院後２４時間後に採取され、上記試験サンプルが、集中治療室への入院後７２時間後に採取されたことを特徴とする、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
上記生体試験サンプルが、敗血症性ショック状態にある患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の６日以内に敗血症性ショック状態にあった患者から得られ、上記内部参照サンプルが、敗血症性ショックの発症後２日以内若しくは１日以内、又はさらには２日目若しくは１日目に得られた以前のサンプルに由来することを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
上記内部参照サンプルが、敗血症性ショックの発症後２４時間後に得られた以前のサンプルに由来し、上記試験サンプルが、敗血症性ショックの発症後７２時間後に採取されたサンプルに由来することを特徴とする、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
外部参照と称される上記参照値が、参照個体又は参照集団の参照サンプルから得られることを特徴とする、請求項６〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
上記生体試験サンプルが、上記生体試験サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にある患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の６日以内に敗血症性ショック状態にあった患者から得られ、上記外部参照値が、生体参照サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にあるか、又は生体試験サンプルを採取する前の６日以内に敗血症性ショック状態にあった患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、特に生存できたことが分かっている患者から得られた生体参照サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の測定量に対応する又は由来するか、あるいはさらには、生体参照サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にあるか、又は生体参照サンプルを採取する前の６日以内に既に敗血症性ショック状態にあった患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、特に生存できたことが分かっている患者から得られた参照サンプルのプールにおいて測定された上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量の平均値に対応することを特徴とする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
上記生体試験サンプルが、上記生体試験サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にある患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の６日以内に敗血症性ショック状態にあった患者から得られたサンプルに由来するものであり、上記試験サンプル及び適宜、上記外部参照値を得るために用いられた上記生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量の測定が、敗血症性ショックの発症後６日以内、好ましくは３日目、特に７２時間後に行われることを特徴とする、請求項１７又は１８に記載の方法。
【請求項２０】
工程ｉｉ）において、上記比較が、上記試験サンプルの場合及び上記外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショックの発症後３日目、特に７２時間後に得られたサンプルから測定した上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量に直接基づいて行われるか、あるいは、上記試験サンプルの場合及び上記外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショックの発症後３日目、特に７２時間後に得られたサンプルから測定した上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量と、上記試験サンプルの場合及び上記参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショック後２４時間以内、特に２４時間後に得られたサンプルから測定した量との比に直接基づいて行われることを特徴とする、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物がｍＲＮＡであることを特徴とする、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量が、定量ＲＴ−ＰＣＲにより測定されることを特徴とする、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量が、以下のハイブリダイゼーションプローブを伴った又は伴わない以下の増幅プライマー対：
配列番号１２を有するフォワードプライマー及び配列番号１３を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号１４を有するプローブ；
配列番号１５を有するフォワードプライマー及び配列番号１６を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号１７を有するプローブ；
配列番号１８を有するフォワードプライマー及び配列番号１９を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号２０を有するプローブ
のうち少なくとも１つを用いて測定されることを特徴とする、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
上記患者から得られた試験サンプルが、全血又はＰＢＭＣのサンプルであることを特徴とする、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスク、特に死亡リスクを評価するための、上記患者の生体サンプルにおけるＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量のｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ測定の使用。
【請求項２６】
上記患者が、敗血症状態、特に重症敗血症状態であるか、又は全身性炎症反応症候群を引き起こす手術、熱傷、若しくは外傷を受けたことを特徴とする、請求項２５に記載の使用。
【請求項２７】
上記生体試験サンプルが、敗血症性ショック状態にある患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の６日以内に敗血症性ショック状態にあった患者から得られることを特徴とする、請求項２５又は２６に記載の使用。
【請求項２８】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物が、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１、配列番号３の転写物ＩＬ７Ｒ−００２、配列番号４の転写物ＩＬ７Ｒ−００３、配列番号６の転写物ＩＬ７Ｒ−００５、及び配列番号８の転写物ＩＬ７Ｒ−００７、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列が、上記配列の１つと少なくとも９９％の同一性を有することを特徴とする、請求項２５〜２７のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２９】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物が、ＣＤ１２７の膜貫通領域の少なくとも一部、又はさらには膜貫通領域全体を含む転写物から選択され、好ましくは、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１及び／又は上記配列と少なくとも９９％の同一性を有する変異体の１つに対応することを特徴とする、請求項２５〜２８のいずれか一項に記載の使用。
【請求項３０】
上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物がｍＲＮＡであることを特徴とする、請求項２５〜２９のいずれか一項に記載の使用。
【請求項３１】
生体サンプルにおいてＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量をｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで測定するためのキットであって、
上記生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を測定するための特異的な試薬又は手段と、
全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、好ましくは生存できたことが分かっている患者のサンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプル、及び／又は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患ったことが分かっており、好ましくは生存できなかったことが分かっている患者のサンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプルと
を含むキット。
【請求項３２】
上記生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を測定するための特異的な試薬として、以下のプローブを伴った又は伴わない以下の増幅プライマー対：
配列番号１２を有するフォワードプライマー及び配列番号１３を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号１４を有するプローブ；
配列番号１５を有するフォワードプライマー及び配列番号１６を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号１７を有するプローブ；
配列番号１８を有するフォワードプライマー及び配列番号１９を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号２０を有するプローブ
のうち少なくとも１つを含むことを特徴とする、請求項３１に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、医療分野全般、特にリスク予測の分野に関する。より正確には、本発明は、全身性炎症反応症候群すなわちＳＩＲＳを引き起こす手術、熱傷、外傷等の侵襲を受けた患者、又はＳＩＲＳを引き起こす感染を患う患者、特に敗血症状態の患者、すなわち敗血症、特に重症敗血症、別名重篤敗血症を示す患者、好ましくは敗血症性ショックを受けている若しくは既に受けた患者における合併症リスクを評価する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
全身性炎症反応症候群すなわちＳＩＲＳでは、二次感染型の合併症、又は入院の場合には院内感染型の合併症の両方のリスク、さらには死亡リスクが高い。
【０００３】
特に院内感染は、大きな公衆衛生上の問題である。そもそも、入院患者は、免疫適格性に直接ダメージを与える病状の結果として、又は全身状態に起因して、免疫防御が低下したり損なわれていたりすることが多い。このような患者、特に栄養失調又は高年齢層若しくは低年齢層（高齢者、幼児）の患者は、とりわけ感染全般、特に院内感染を発症しやすい。院内感染の発生率は、病院の他の部門と比較して集中治療室において著しく高い。
【０００４】
さらに、全身性炎症反応症候群すなわちＳＩＲＳの中でも、敗血症は、感染に関わる全身性炎症反応症候群の一つである。重症敗血症は、動脈性低血圧及び／若しくは低灌流並びに／又は少なくとも１つの器官の機能不全を伴う敗血症である。敗血症性ショックは、適切な輸液蘇生及び昇圧治療にも関わらず持続する低血圧を伴う重症敗血症である。敗血症、重症敗血症、及び敗血症性ショックの違いは、主に全ての生体機能に対する破壊の大きさにある。
【０００５】
ＳＩＲＳを示す患者、特に敗血性症候群を示す患者、すなわち敗血症から重症敗血症、敗血症性ショックまでにわたる敗血症状態にある患者は、合併症、特に院内感染の高いリスクを有する。さらに、敗血症状態は、集中治療部門における死亡の主因の一つである。
【０００６】
したがって、集中治療室又は他の部門（例えば手術、特に大手術又は移植等）に入院しており、ＳＩＲＳ、特に敗血症、重症敗血症を示すか、又は敗血症性ショック状態にある患者における合併症リスクを見積もることは、個別ケアの提供を可能にして、合併症、特に死亡のリスクを低減しようとするために不可欠である。
【０００７】
集中治療室に入院した患者の状態の重症度は、一般に、様々な臨床的及び生理学的パラメーターにより見積もられる。特に、それらを使用して、生存／死亡について予測するスコアを定義することができる。以下の重症度スコアが特に挙げられる：ＳＯＦＡ（Ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ  Ｏｒｇａｎ  Ｆａｉｌｕｒｅ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ又はＳｅｐｓｉｓ−ｒｅｌａｔｅｄ  Ｏｒｇａｎ  Ｆａｉｌｕｒｅ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ）（非特許文献１）及びＳＡＰＳＩＩ（Ｓｉｍｐｌｉｆｉｅｄ  Ａｃｕｔｅ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ  Ｓｃｏｒｅ  ＩＩ）（フランス語ではＩＧＳ  ＩＩ（Ｉｎｄｉｃｅ  ｄｅ  Ｇｒａｖｉｔｅ  Ｓｉｍｐｌｉｆｉｅ  ＩＩ）［Ｓｉｍｐｌｉｆｉｅｄ  Ｇｒａｖｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘ］）（非特許文献２）。集中治療患者の十分なコホートに基づいて定義されたこれらの複合スコアには、循環血小板数、ビリルビン血症、利尿、年齢、又は体温等の多くの臨床生物学的パラメーターが含まれる。これらのスコアによれば、数値を算出することで、１つ以上の生理的システム（例えば、心血管、腎臓、脳）の機能が攻撃を受けた程度を評価できる。上記スコアは、集中治療への入院の第１日目の間に算出される。ＳＡＰＳＩＩスコアの場合、集中治療における最初の２４時間又は滞在期間の間に測定されたスコアに含まれるパラメーターの最も悪い値だけが考慮される。
【０００８】
しかし、医師が患者病歴の臨床的パラメーターの積極的調査を行う必要があるため、これらのスコアは臨床用途にほとんど実用的でない。
【０００９】
したがって、集中治療室に入院しており、当然ながら急速に生命を脅かし得る重篤な状態にある患者における合併症リスク、特に死亡リスクを容易に且つ迅速に評価するのに使用できる他の手段、特に測定可能なマーカーを提供することが真に求められている。事実、合併症又は死亡のリスクが増加した対象を識別できるということは、該対象のケア及び監視並びに治療法を該対象のニーズにより合わせられることを意味する。
【００１０】
特許文献１は、院内感染に対する患者の易罹患性を判定する方法であって、
上記患者から採取した生体サンプル、すなわち「試験サンプル」におけるタンパク質レベルでのｓＣＤ１２７の発現を測定する工程と、
ｓＣＤ１２７の発現を参照値と比較してから、院内感染に対する易罹患性の増加について結論を下す工程とを含む方法を提案している。
【００１１】
一方、特許文献２には、全身性炎症反応を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者における死亡リスクを評価する方法であって、
上記患者から得た生体サンプル、別名「試験サンプル」におけるタンパク質レベルでのｓＣＤ１２７の発現を測定する工程と、
ｓＣＤ１２７の発現を参照値と比較してから、死亡リスクの増加について結論を下す工程とを含む方法が記載されている。
【００１２】
ｓＣＤ１２７は、ＣＤ１２７の可溶型又は血漿型であり、ＩＬ−７受容体のα鎖又はＩＬ−７Ｒ−ＡＬＰＨＡ又はＩＬ−７ＲＡ又はＣＤｗ１２７（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ  Ｐ１６８７１）としても知られる。ＣＤ１２７は、造血成長因子受容体スーパーファミリーのメンバーである７５キロダルトン（ｋＤａ）の糖タンパク質である。膜において発現され、ＣＤ１３２（共通γｃ鎖）と結合してＩＬ−７受容体を形成する。この受容体は、リンパ球の分化、生存、及び増殖において重要な役割を果たす。ＣＤ１２７は、２１９個のアミノ酸（ａａ）の細胞外部分、２５ａａの膜貫通部分、及び１９５ａａの細胞質内部分によって構成される（非特許文献３）。多くのサイトカイン受容体と同様に、ＣＤ１２７は「ｓＣＤ１２７」と表記される可溶型で血漿又は血清中に存在し得ることが示されている（非特許文献４、非特許文献５）。「ｓＣＤ１２７」という用語は、ＩＬ−７受容体の可溶型又は循環型（血漿又は血清型としても知られる）を意味する。可溶型の遊離の根底にあるメカニズムは詳しく説明されておらず、文献における結果は矛盾している。つまり、非特許文献５による研究では、可溶型が膜型の切断に由来していると結論づけているのとは対照的に、非特許文献６及び非特許文献７では、転写の制御が、ＣＤ１２７をコードするＩＬ７Ｒ遺伝子のＲＮＡの選択的スプライシングを介していると結論づけている。
【００１３】
一方、特許文献３には、様々な病態生理学的症状を検出及び区別するｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法が記載されている。該文献に記載された検出方法は、特に請求項１に規定されており、多くのポリヌクレオチドマーカーの検出を利用している。ＳＩＲＳ、敗血症、及び敗血症性ショックを含む様々な病態生理学的状態が挙げられている。しかし、進行状態のｉｎ  ｖｉｔｒｏ検出、区別、又は観察が問題となっており、リスク、すなわち将来の状態の評価は問題となっていない。６６９個のポリヌクレオチドなかの一つとしてＩＬ７Ｒ遺伝子が挙げられている。実施例（表１０、１１、１３ｂ、１５、１７、１８ａ、及び１８ｂを参照）において、特に実施例３から明らかなように、上記マーカーは、ＳＩＲＳ又は敗血症の患者を識別するためのマーカーとして用いられている。それらの実施例は、侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスクのｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ評価の方法に何ら関するものではなく、ＳＩＲＳ又は敗血症の診断に関するものである。
【００１４】
ＩＬ７Ｒ遺伝子は、８つのエキソンからなり、エキソン６が膜貫通領域をコードする。特に、遺伝子ＩＬ７Ｒの参照核酸配列は配列番号１である（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１６８６８５）。
【００１５】
多くのＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物が存在しており、これらは図１に示し且つ表１に列挙するＥｎｓｅｍｂｌ（ＧＲＣｈ３８．ｐ３）データベースにて照合される。転写物ＩＬ７Ｒ−００１はエキソン６を含んでいるため、ＣＤ１２７の膜タンパク質型に対応する。他の転写物は全て、理論的にはエキソン６を含まないタンパク質の翻訳に至り得るため、ＣＤ１２７の可溶型に対応する可能性がある。
【００１６】
【表１】
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【００１７】
特に非特許文献７による研究では、血漿から精製した可溶性タンパク質型であるｓＣＤ１２７の配列が、転写物ＩＬ７Ｒ−００３の翻訳後に得られる形態に対応することが示された。該研究においては、可溶性タンパク質は、転写物ＩＬ７Ｒ−００２の翻訳又は膜タンパク質型の切断に由来していなかった。
【００１８】
これまで、翻訳され得る転写物ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００４、ＩＬ７Ｒ−００６、ＩＬ７Ｒ−００７、及びＩＬ７Ｒ−０１０に対応する可溶性タンパク質型は、実験では観察されていない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１９】
【特許文献１】国際公開第２０１３／１４０１０３号
【特許文献２】国際公開第２０１５／０４０３２８号
【特許文献３】国際公開第２００９／１１５４７８号
【非特許文献】
【００２０】
【非特許文献１】Ｖｉｎｃｅｎｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６
【非特許文献２】Ｌｅ  Ｇａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３
【非特許文献３】Ｊｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５
【非特許文献４】Ｃａｒｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４
【非特許文献５】Ｖｒａｎｊｋｏｖｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２００７
【非特許文献６】Ｇｏｏｄｗｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０
【非特許文献７】Ｒｏｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００９
【非特許文献８】Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００２１】
本発明の文脈において、本特許出願の発明者らは、侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスクのｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ評価の方法を提案する。該方法は、可溶性タンパク質の検出以外の解決法を採用し、ＩＬ７Ｒ遺伝子の１つ以上の転写物を評価することに基づく。本発明者らは、転写物の場合、ＣＤ１２７の可溶性部分、すなわちｓＣＤ１２７をコードする転写物に限定することが有益でも好ましくもないことを実証した。
【００２２】
この文脈において、さらに、本発明は、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を引き起こす重度の侵襲（手術、熱傷、外傷等）又は感染を患った患者において合併症リスク、特に死亡リスクを予測する新規なバイオマーカーを供給することを提案する。したがって、ＩＬ７Ｒ遺伝子の１つ以上の転写物の量を研究することで、上記患者における合併症リスク、特に死亡リスクを容易に且つ迅速に評価し、可能な予防措置を講じることができる。本発明は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスクのｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ評価の方法であって、上記患者から得られた生体サンプルにおいてＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物を検出、好ましくは定量化する方法に関する。
【００２３】
本発明の文脈において、「全身性炎症反応症候群」又は「ＳＩＲＳ」という用語は、以下の基準のうち少なくとも２つと関連する応答を意味する：温度＞３８℃又は＜３６℃、心拍数＞９０回／分、呼吸数＞２０回／分又はｐａＣＯ２＜３２ｍｍＨｇ、白血球＞１２０００個／ｍｍ３又は＜４０００個／ｍｍ３（Ｂｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２）。ＳＩＲＳは、感染、又は他の種類の侵襲（特に熱傷、手術、若しくは外傷型）によるものであってもよい。敗血症、重症敗血症、及び敗血症性ショックは全て、感染によるＳＩＲＳに対応する。敗血症状態（敗血症、重症敗血症、及び敗血症性ショック）にある患者、したがって感染の結果としてＳＩＲＳを示す患者において、ＳＩＲＳを引き起こした感染は、様々な原因、特に細菌、ウイルス、又は真菌原因に起因し得る。重症敗血症及び敗血症性ショックの場合、ＳＩＲＳは少なくとも１つの他の徴候を伴う。これは、重症敗血症の場合、動脈性低血圧及び／若しくは低灌流並びに／又は少なくとも１つの器官の機能不全であり、敗血症性ショックの場合、適切な輸液蘇生にも関わらず持続する低血圧が加わり、昇圧剤の使用が必要となる場合がある。
【００２４】
一般に、ＳＩＲＳを示す患者は、その状態が、バイタルサインの常時監視及び適宜、代替方法（血液製剤の輸血、血管輸液蘇生、機械的人工呼吸、カテコールアミン、血液透析、体外循環等）の使用を要する場合に集中治療に入院する。集中治療の最終的な目標は、恒常性を回復させることである。
【００２５】
「合併症」という用語は、全身性炎症反応症候群を引き起こした感染以外の感染を意味し、二次感染と称されるか、又は全身性炎症反応症候群が感染以外の侵襲によって引き起こされた場合には一次感染と称される。「合併症」という用語は、患者の死亡も意味し得る。上記一次感染及び二次感染は、院内感染であってもなくてもよい。院内感染は入院の場合にのみ罹患し、入院から少なくとも４８時間後に現れる。
【００２６】
「合併症リスク」という用語は、患者に対して一次又は二次感染を引き起こすリスク、又は患者が死亡し得るリスクを意味する。合併症リスクの存在とは、ＳＩＲＳを受けた患者の集中治療への入院後、又は敗血症性ショック状態にある患者若しくは既に敗血症性ショック状態にあった患者の場合には敗血症性ショックの発症後、例えば６０日以内、特に４０日以内、とりわけ３０日以内に合併症が生じるリスクに対応し、とりわけ又はさらには、集中治療における滞在、ひいては入院の全期間中に合併症が生じるリスクに対応する。
【００２７】
したがって、本発明の方法は、患者に対して感染を引き起こすリスクを評価する方法（上記感染は、感染ではなく侵襲を受け、それにより全身性炎症反応症候群を引き起こされた患者の場合には一次感染であり、全身性炎症反応症候群の原因である一次感染を受けた患者の場合には二次感染である）であってもよい。このような状況においては、本発明の方法を用いて、患者に対してこのような感染を引き起こすリスクの有無について結論を提供することができる。
【００２８】
本発明の方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで行われる方法である。本方法は、例えばＳＯＦＡ及びＳＡＰＳＩＩ重症度スコアとは対照的に、直接測定可能なマーカーを提供することで、特に集中治療室に入院している患者の合併症リスク、特に死亡リスクを容易に評価可能であり、測定を近くの検査室又は患者の病床にて行うことができるという利点を有する。ＩＬ７Ｒ遺伝子の１つ以上の転写物の量の測定は、自動分析機器又は迅速試験を用いた実施に完全に適合している。
【００２９】
好ましくは、上記患者は、敗血症状態にある患者、とりわけ重症敗血症又は敗血症性ショックを受けた患者である。この状態は、試験サンプルが採取された時点の患者の状態、又は試験サンプルが採取される前のごく最近、特に試験サンプルを採取する前の６日以内の患者の状態に対応する。特に敗血症、重症敗血症、又は敗血症性ショックの場合、患者が、特に集中治療室への入院時に、このような状態にある可能性があり、試験サンプルが採取される時までに敗血症、重症敗血症、又は敗血症性ショックがなくなっている可能性がある。本明細書の以下の説明においては、このような状況では、場合に応じて、患者が敗血症、重症敗血症、若しくは敗血症性ショックを受けた、又は敗血症、重症敗血症、若しくは敗血症性ショックの状態にあると言う。特に、本発明の方法においては、生体試験サンプルは、敗血症、特に重症敗血症を示す患者、又は生体試験サンプルを採取する前の６日以内に既に敗血症、特に重症敗血症を示していた患者から得られるか、あるいは生体試験サンプルは、敗血症性ショック状態にある患者、又は生体試験サンプルを採取する前の６日以内に既に敗血症性ショック状態にあった患者から得られる。
【００３０】
本発明の方法は、感染以外の侵襲、とりわけ手術、熱傷、又は外傷によるＳＩＲＳの患者にも完全に適合している。
【００３１】
好ましくは、本発明の文脈において評価される合併症リスクは、患者の死亡リスクである。したがって、本発明の方法は、患者が死亡する可能性を評価する方法であってもよい。このような状況において、本発明の方法を用いて、患者が死亡するリスクの有無について結論を提供することができる。死亡リスクを予測する場合、このリスクは、患者の集中治療室への入院後６０日以内、特に４０日以内、とりわけ３０日以内、特に２８日以内に起こる死亡について、とりわけ、集中治療における滞在、ひいては入院の全期間中に起こり得る死亡について評価される。上記の通り、本発明は、敗血症、特に重症敗血症を示す患者、又は敗血症性ショック状態であるか、若しくは既に敗血症性ショックを受けた患者において好ましい用途を有する。好ましくは、本発明の方法は、このような患者における死亡リスクを評価するのに用いられる。特に好ましくは、本発明の方法は、敗血症性ショック状態にある患者若しくは既に敗血症性ショック状態にあった患者における死亡リスクを評価するのにさらに特に有利である。このような状況において、死亡リスクは、敗血症性ショックの発症後６０日以内、特に４０日以内、とりわけ３０日以内、特に２８日以内に起こる死亡について、とりわけ、集中治療における滞在、ひいては入院の全期間中に起こり得る死亡について評価される。
【００３２】
好ましくは、本発明の文脈において、検出、好ましくは定量化される上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物は、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１、配列番号３の転写物ＩＬ７Ｒ−００２、配列番号４の転写物ＩＬ７Ｒ−００３、配列番号６の転写物ＩＬ７Ｒ−００５、及び配列番号８の転写物ＩＬ７Ｒ−００７、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列は、上記配列の１つと少なくとも９９％の同一性を有する。同一性％は、ＣＬＵＳＴＡＬＷ（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１９９４  Ｎｏｖ  １１；２２（２２）：４６７３  ８０．ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗ：Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ  ｔｈｅ  ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｔｈｒｏｕｇｈ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｗｅｉｇｈｔｉｎｇ，ｐｏｓｉｔｉｏｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｇａｐ  ｐｅｎａｌｔｉｅｓ  ａｎｄ  ｗｅｉｇｈｔ  ｍａｔｒｉｘ  ｃｈｏｉｃｅ）等の配列アライメントソフトウェアを用いて決定される。特に、変異体は、ＩＬ７Ｒ遺伝子の配列の多型に対応する。特に、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物は、ＣＤ１２７の膜貫通領域の少なくとも一部、又はさらには膜貫通領域全体を含む転写物から選択され、好ましくは、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１又は上記配列と少なくとも９９％の同一性を有する変異体の１つに対応する。配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１は、他の転写物と比較して大量に検出されるという利点を有し、このため、少なくともこの転写物を検出する際に本発明の方法の実施が容易になる。
【００３３】
「転写物」という用語はＲＮＡ、特にＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物から得られるメッセンジャーＲＮＡを意味する。より正確には、上記転写物は、上記遺伝子をスプライシングすることによって得られるＲＮＡである。したがって、本発明の文脈において、検出及び／又は定量化されるＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物はｍＲＮＡであることが好ましい。
【００３４】
特に、本発明の方法は、
ｉ）試験サンプルと称される上記患者の生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を決定する工程と、
ｉｉ）上記生体サンプルについて決定された上記少なくとも１つの転写物の量又はこの量から導出された値と、所定の参照値とを比較する工程と、
ｉｉｉ）上記比較の結果から、合併症リスクが存在し得るかどうかについて結論を下す工程とを実施する。
【００３５】
本発明の文脈において、ＩＬ７Ｒ遺伝子のいくつかの転写物を検出及び定量化すること、特に、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１、配列番号３の転写物ＩＬ７Ｒ−００２、配列番号４の転写物ＩＬ７Ｒ−００３、配列番号６の転写物ＩＬ７Ｒ−００５、及び配列番号８の転写物ＩＬ７Ｒ−００７を検出及び定量化することが可能である。
【００３６】
本発明の文脈において、ＩＬ７Ｒ遺伝子の複数の転写物が検出される場合、上記方法は、特に、
ｉ）上記患者の生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の複数の転写物の全量を決定する工程と、
ｉｉ）上記生体サンプルについて決定された上記転写物の全量又はこの量から導出された値と、所定の参照値とを比較する工程と、
ｉｉｉ）上記比較の結果から、合併症リスクが存在し得るかどうかについて結論を下す工程とを実施する。
【００３７】
本発明の文脈において、ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物が、合併症リスクが評価される患者から得られた生体サンプル（試験サンプルと称される）において検出される。この検出から得られた結果が参照値と比較されて、合併症リスクが評価される。
【００３８】
したがって、全ての状況において、試験サンプルにおいて上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物自体の量を測定することに加えて、本発明の方法は、試験サンプルにおいて検出された上記少なくとも１つの転写物の測定量又はこの量から導出された値と比較するための参照値を事前に得て、試験サンプルが得られた患者において合併症リスクが存在するかどうか結論づける工程を含んでいてもよい。また、この参照値を、本発明の方法を行う際に将来利用できるものとすることも可能である。
【００３９】
上記参照値は、生体試験サンプルにおいて検出又は定量化されるものと同じＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物から決定することができる。しかし、同じ患者から得られようと別の患者若しくは患者プールから得られようと、同じ種類の異なる生体サンプルについて決定してもよい。参照患者又は参照患者プールから得られる１つ以上のサンプルを用いて参照値を決定する場合、サンプルは、上記方法が実施される患者と同じ種類のＳＩＲＳ（特に敗血症、重症敗血症、又は敗血症性ショック）のものであることが好ましい。
【００４０】
本発明の方法の文脈における試験サンプルは、合併症リスクが評価される患者に由来する生体サンプルである。特に、このような生体サンプルは、ＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物を含有する疑いがあるものから選択される。一例として、試験サンプルは、ＳＩＲＳの患者の集中治療室への入院後６日以内若しくは６日目（Ｄ６）、好ましくは５日以内若しくは５日目（Ｄ５）、より好ましくは４日以内若しくは４日目（Ｄ４）、さらに好ましくは３日以内若しくは３日目（Ｄ３）、又はさらには２日以内若しくは２日目（Ｄ２）、又はさらには２４時間以内若しくは２４時間後（Ｄ１）に得られるサンプルに由来する。ＳＩＲＳが敗血症性ショックに対応する場合、これらの時間尺度は、実際には、患者へのカテコールアミンの投与の開始によって定義してもよい敗血症性ショックの発症から算出されるべきである。さらに、敗血症性ショック状態にある又は敗血症性ショックを示した患者の場合、試験サンプルは、敗血症性ショックの発症後６日以内若しくは６日目（Ｄ６）、好ましくは５日以内若しくは５日目（Ｄ５）、より好ましくは４日以内若しくは４日目（Ｄ４）、さらに好ましくは３日以内若しくは３日目（Ｄ３）、又はさらには２日以内若しくは２日目（Ｄ２）、又はさらには２４時間以内若しくは２４時間後（Ｄ１）に得られるサンプルに由来することが好ましい。換言すれば、上記試験サンプルは、それぞれ集中治療室への入院又は敗血症性ショックの発症後６日以内、５日以内、４日以内、３日以内、２日以内、又は２４時間以内、とりわけ６日目、５日目、４日目、３日目、２日目、又は２４時間後に合併症リスクが評価される患者から採取されたサンプルから得られることが好ましい。
【００４１】
本発明の方法が、集中治療室に入院した患者でなく、集中治療室以外の部署で監視が行われる手術、とりわけ大手術（例えば心臓若しくは腹部型のもの）、又は移植を受けた患者に適用される場合、上記サンプルの採取に関して本発明の説明の文脈において示された時間は、集中治療室への入院からではなく、手術の開始から算出されるべきである。
【００４２】
本発明の文脈において、工程ｉｉｉ）において行われる比較では、時間ｔ（特に３日以内又は３日目（Ｄ３））に採取されたサンプルに対応する上記患者の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間ｔ’（特に２４時間以内又は２４時間後（Ｄ１））に採取されたサンプルに対応する上記患者の生体サンプルについて決定された転写物の量との比を使用することもできる。
【００４３】
試験サンプルとも称される本発明の方法が実施されるサンプルは、ヒト由来である。
【００４４】
試験サンプルは、生体液であってもよく、例えば血液、全血、特に静脈から採取される全血（すなわち白血球、赤血球、血小板、及び血漿を含む）、又は血清若しくは血漿のサンプル、並びにＰＢＭＣ（末梢血単核細胞）等の上記生体液の成分、又は細胞若しくはアポトーシス小体等の分泌小胞、又は特にエキソソーム及び微小胞を含む分泌小胞から選択されてもよい。好ましい生体サンプルは、生体試験サンプルであろうと参照値を決定するのに用いられるサンプルであろうと、全血又はＰＢＭＣのサンプルであることが好ましい。
【００４５】
参照値が決定され得るサンプル（「参照サンプル」とも称される）は、様々な性質のものであってよく、特に、試験サンプル（生体液）について上述したように、生物学的性質であってもよく、それ以外のものであってもよく、特に、選択した転写物を調整された量だけ含有する合成サンプルであってもよい。有利には、これらの参照サンプルが生体サンプルである場合、生体試験サンプルと同じ性質であるべきであるか、あるいは少なくとも、選択したＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の検出及び／又は定量化に関して参照物質を構成するのに適合する性質であるべきである。特に、上記方法がヒト対象に実施される場合、生体参照サンプルはヒト生体サンプルであるべきである。さらに好ましくは、試験サンプル及び参照サンプルのいずれにも、同じ生体液又は同じ成分に対応する生体サンプル、例えば全血のサンプルが用いられるべきである。
【００４６】
転写物を検出及び／又は定量化するための当業者に周知の任意の方法を用いて本発明を行ってもよい。特に、このような方法は、選択された転写物に対する１つ以上の結合パートナーを用いてもよい。
【００４７】
一般的に、分析物検出試験の結果は、使用する結合パートナーの特徴に大きく依存することが知られている。したがって、ヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションによってＲＮＡを検出する場合、その結果は、特にプローブのサイズ、組成、及び相補性％の特徴に依存し、これらの特徴は、上記プローブにより測定される値に影響を及ぼす。したがって、正確な参照値を提供することはできないが、各場合において、簡単な慣例の実験を行うことで、使用する各結合パートナーに適合した参照値を決定できることが理解されよう。
【００４８】
特に、参照値は、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を決定するのに用いられる方法に応じて選択されるべきであり、リスクが評価される患者の由来する集団を代表するものであるべきである。
【００４９】
実施される比較に応じて、当業者は、上記生体サンプルについて決定された上記少なくとも１つの転写物の量又は比較のために用いられるこの量から導出された値と比較するための参照値を決定することができる。特に、好適な統計的試験を用いて上記参照値を決定することもできる。一例として、１つの集団又は１つの種類のサンプルにおける経時的変化に基づいて、異なる集団又は異なる種類のサンプル間の比較を行うことができる。「参照値」という用語は、本明細書において、離散値、又は不確実性の範囲に相当する数値区間のいずれかを指すのに用いられると理解されるべきである。測定値が不確実性区間に含まれるか、あるいは離散値を用いる場合には参照値に非常に近いならば、決定的な結論を下すことはできず、追加の調査を行うべきであることは明らかである。
【００５０】
本発明の文脈において、参照値は様々な方法で決定できる。特に、参照値は、同じ患者から以前のサンプルを採取した際に得られた参照サンプルから得られるか、あるいは参照個体の参照サンプル又は参照集団の参照サンプルから得られる。
【００５１】
同じ患者から以前のサンプルを採取した際に得られた参照サンプルから得られる参照値を「内部」参照値と称する。参照個体の参照サンプル又は参照集団の参照サンプルから得られる参照値を「外部」参照値と称する。
【００５２】
内部参照値は、同じ患者から以前のサンプルを採取した際に得られた生体サンプル、すなわち、合併症リスクが評価される患者から得られ、且つ試験サンプルより先に得られた生体サンプルにおいて測定される上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量に対応するか又はそれから導出されてもよい。「先に」又は「以前の」という用語は、その時点より前であることを意味する。
【００５３】
好ましくは、内部参照値は、試験サンプルの直前、すなわち、患者から採取される順序において試験サンプルの前の生体サンプルから得られる。
【００５４】
特に有利な実施形態によれば、内部参照サンプルは、患者が集中治療に入院した後２日以内若しくは１日以内、又はさらには２日目若しくは１日目に得られたサンプルから得られ、これは、試験される患者の合併症リスクを非常に早期に決定できることを意味する。患者が敗血症性ショック状態にある又は既に敗血症性ショック状態にあった場合、これらの時間間隔は、敗血症性ショックの発症から算出されるべきである。
【００５５】
例として、以前のサンプルは、患者の集中治療への入院後４８時間以内又は４８時間後、好ましくは試験サンプルを採取する少なくとも２４時間前に採取されてもよい。好ましくは、以前のサンプルは集中治療への入院後２４時間後に採取され、試験サンプルに対応するサンプルは集中治療への入院後７２時間後に採取される。敗血症性ショック状態にある又は既に敗血症性ショック状態にあった患者の場合、以前のサンプルは、敗血症性ショックの発症後４８時間以内又は４８時間後、好ましくは試験サンプルを採取する少なくとも２４時間前に採取されるのが好ましい。好ましくは、以前のサンプルは、敗血症性ショックの発症後２４時間後に採取され、試験サンプルに対応するサンプルは、敗血症性ショックの発症後７２時間後に採取される。
【００５６】
好ましくは、本発明の方法を用いて、上記生体試験サンプルについて決定された上記少なくとも１つの転写物の量又は上記試験サンプルにおいて測定されたこの量から導出された値が、内部参照値と比較して有意に増加していない場合、患者における合併症リスク、特に死亡リスクを結論づけることができる。何パーセントの増加が有意であるか決定することは当業者の知識の範囲内であり、適用する処置又は患者が患っている疾患に依存して、除外試験において特異性を優先すべきか又は包含試験において感度を優先すべきかに応じて、特に試験サンプルの種類（例えば全血、ＰＢＭＣ、細胞亜集団）、分析の種類、又は分析を行う機器に依存することとなる。
【００５７】
具体的には、外部参照値を用いる場合、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患わなかったことが分かっている患者、特に合併症を患わなかったことが分かっている敗血症を示す患者、好ましくは合併症を患わなかったことが分かっている敗血症性ショック患者から得られた生体サンプルにおいて測定された上記少なくとも１つの転写物の量に対応するか又はそれから得られたものであってもよい。
【００５８】
特に、評価される合併症リスクが死亡リスクである場合、外部参照値は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、生存できたことが分かっている患者、特に生存できたことが分かっている敗血症を示す患者、好ましくは生存できたことが分かっている敗血症性ショック患者から得られた生体参照サンプルにおいて測定された上記少なくとも１つの転写物の量に対応するか又はそれから得られてもよい。
【００５９】
このような状況において、生体参照サンプルが試験サンプルを採取する前に採取された場合であっても、外部参照値を決定するのに役立つ上記少なくとも１つの転写物の測定量の測定が、合併症リスクが評価される患者から得られたサンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を測定するのと並行して、すなわち同時に実施されることが好ましい。
【００６０】
また、参照値は、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患わなかったことが分かっている患者、特に合併症を患わなかったことが分かっている敗血症を示す患者、好ましくは合併症を患わなかったことが分かっている敗血症性ショック状態にある患者から得られたサンプルのプールについて測定された上記少なくとも１つの転写物の量の平均値に対応するか又はそれから得られてもよい。
【００６１】
特に、評価される合併症リスクが死亡リスクである場合、参照値は、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、生存できたことが分かっている患者、特に生存できたことが分かっている敗血症を示す患者、好ましくは生存できたことが分かっている敗血症性ショック状態にある患者から得られたサンプルのプールについて測定された上記少なくとも１つの転写物の量の平均値に対応するか又はそれから得られるものであってもよい。
【００６２】
このような状況において、死亡リスクが評価される患者から得られたサンプルにおいて上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を測定する前に外部参照値が決定され、プールすることを目的とした参照サンプルが試験サンプルを採取する前に採取されることが好ましい。
【００６３】
特に、上記患者の生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量が、外部参照値と比較して有意に減少している場合に、上記患者における合併症リスク、特に死亡リスクの増加があると結論づけられる。これは、特に予後が、転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、若しくはＩＬ７Ｒ−００７の量、又は、転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、及びＩＬ７Ｒ−００７から選択される複数の転写物、好ましくは２個、３個、４個、若しくは全ての転写物を含む複数の転写物の全量を考慮することに基づく場合に当てはまる。
【００６４】
当業者は、適用する処置又は患者が患っている疾患に依存して、除外試験において特異性を優先すべきか又は包含試験において感度を優先すべきかに応じて、特に試験されるサンプルの種類（例えば全血若しくはＰＢＭＣ）、（増幅を行って若しくは行わずに）実施される検出の種類、又は使用する分析機器に応じて、減少が有意であると判断される場合に決定することができる。
【００６５】
特に、生体試験サンプルは、生体試験サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にある患者、又は既に敗血症性ショック状態にあった患者から得られ、参照値は、外部とみなされ、生体参照サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にあるか、又は既に敗血症性ショック状態にあった患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、特に生存できたことが分かっている患者から得られた生体参照サンプルにおいて測定された上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量に対応する又は由来するか、あるいはさらには、参照サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にあるか、又は敗血症性ショック状態にあった患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、特に生存できたことが分かっている患者から得られた参照サンプルのプールについて測定された上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量の平均値に対応する。
【００６６】
このような外部参照値を得るために、用いられる参照サンプルは、合併症リスク、特に死亡リスクが評価される対象又は患者と同じ特徴又は多くの共通の特徴、特に同じ性別及び／又は類似若しくは同一の年齢及び／又は同じ民族起源等を有するものから得られることが好ましい。このような状況において、参照サンプルは、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者（特に敗血症を示す患者、好ましくは敗血症性ショック状態にある患者）であって、合併症を患わなかったことが分かっており、好ましくは生存できたことが分かっている患者のサンプルのプールについて測定された平均量に対応する上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を含むようにあらかじめ調整されているか、あるいは、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者（特に敗血症を示す患者、好ましくは敗血症性ショック状態にある患者）であって、合併症を患わなかったことが分かっており、好ましくは生存できたことが分かっている患者のサンプルのプールについて測定された平均量に対応する上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を含むようにあらかじめ調整されている任意の生物学的又は非生物学的サンプルによって構成されていてもよい。
【００６７】
同様に、外部参照値を決定するために、及び試験サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物を検出又は定量化するために、場合に応じて、特に集中治療室への入院又は敗血症性ショックの発症に関して同時に採取したサンプルを用いることが好ましい。
【００６８】
特に、生体試験サンプルは、生体試験サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にある患者又は既に敗血症性ショック状態にあった患者から得られ、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量の測定は、試験サンプル及び適宜、外部参照値を得るために用いられた生体サンプルであって、敗血症性ショックの発症後６日以内、好ましくは３日目、特に７２時間後に採取されたサンプルに対応するこれらのサンプルにおいて行われる。
【００６９】
より典型的には、生体試験サンプルが、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者であって、集中治療室に入院した患者から得られる場合、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量の測定は、試験サンプル及び適宜、外部参照値を得るために用いられた生体サンプルであって、好ましくは患者の集中治療への入院後６日以内、好ましくは３日目、特に７２時間後に採取されたサンプルから得られるこれらのサンプルにおいて行われる。
【００７０】
特に、生体試験サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にある患者又は既に敗血症性ショック状態にあった患者の場合、本発明の方法の工程ｉｉ）において、比較は、試験サンプルの場合及び外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショックの発症後３日目、特に７２時間後に採取された生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の測定量に直接基づいて行われるか、あるいは、試験サンプルの場合及び外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショックの発症後３日目、特に７２時間後に採取された生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の測定量と、試験サンプルの場合及び外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショック後２４時間以内、特に２４時間後に得られた生体サンプルにおける量との比に直接基づいて行われてもよい。このような状況において、比較は、工程ｉｉｉ）において、
・時間ｔ（とりわけ敗血症性ショックの発症後３日以内又は３日目（Ｄ３））に採取されたサンプルに対応する診断される患者の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間ｔ’（とりわけ敗血症性ショックの発症後２４時間以内又は２４時間後（Ｄ１））に採取されたサンプルに対応する上記患者の生体サンプルについて決定された転写物の量との比、及び
・時間ｔ（とりわけ敗血症性ショックの発症後３日以内又は３日目（Ｄ３））に採取されたサンプルに対応する参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間ｔ’（とりわけ敗血症性ショックの発症後２４時間以内又は２４時間後（Ｄ１））に採取されたサンプルに対応する上記参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量との比
の間で行われる。
【００７１】
より典型的には、生体試験サンプルが、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者であって、集中治療室に入院した患者から得られる場合、比較は、試験サンプルの場合及び外部参照値を決定する場合において、患者の集中治療室への入院後３日目（特に７２時間後）に採取された生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の測定量に直接基づいて行われるか、あるいは、試験サンプルの場合及び外部参照値を決定する場合において、入院後３日目（特に７２時間後）に採取された生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の測定量と、試験サンプルの場合及び参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショック後２４時間以内、とりわけ２４時間後に採取された生体サンプルにおける測定量との比に直接基づいて行われることが好ましい。
【００７２】
このような状況において、比較は、工程ｉｉｉ）において、
・時間ｔ（とりわけ集中治療への入院後３日以内又は３日目（Ｄ３））に採取されたサンプルに対応する診断される患者の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間ｔ’（とりわけ集中治療への入院後２４時間以内又は２４時間後（Ｄ１））に採取されたサンプルに対応する上記患者の生体サンプルについて決定された転写物の量との比、及び
・時間ｔ（とりわけ敗血症性ショックの発症後３日以内又は３日目（Ｄ３））に採取されたサンプルに対応する参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間ｔ’（とりわけ敗血症性ショックの発症後２４時間以内又は２４時間後（Ｄ１））に採取されたサンプルに対応する上記参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量との比
の間で行われる。
【００７３】
本発明の文脈において、「転写物を検出する」という用語は、生体サンプルにおける上記転写物自体を、サンプルにおける上記転写物の存在を決定するための当業者に公知の任意の方法を用いて上記転写物の直接的検出によって検出するか、又は上記転写物のＤＮＡへの変換後、若しくは上記転写物の増幅後、若しくは上記転写物のＤＮＡへの変換後に得られるＤＮＡの増幅後に上記転写物の間接的検出によって検出することを意味する。本発明の文脈において、検出は、選択した転写物を定量化することを伴う。すなわち、通常又は個別の場合において、１つの又は複数の転写物の濃度が直接又は間接的に決定される。
【００７４】
生体サンプルにおける転写物は、当業者に公知の任意の手段を用いて直接検出してもよく、例えば、適宜、プローブを使用した若しくは使用しないＰＣＲ法を用いた増幅又はＮＡＳＢＡ後に、検出対象の転写物に特異的であってもなくてもよい結合パートナーとのハイブリダイゼーションによって、あるいは、例えばシーケンシング（Ｃｌｏｏｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｅｍｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｍｏｒｔａｚａｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）によって直接検出してもよい。
【００７５】
「ハイブリダイゼーション」という用語は、適当な条件下で、安定で特異的な水素結合により２つのヌクレオチド断片が結合して二本鎖複合体を形成する過程を意味する。
【００７６】
検出対象の転写物の「結合パートナー」は、上記転写物に結合し得る任意のパートナー、特に特異的な結合パートナーである。特異的な結合パートナーの例としては、ハイブリダイゼーションプローブ及び増幅プライマー、並びに検出対象の転写物に結合可能な任意の他の分子が挙げられる。下記実施例に例示するように、特異的な結合パートナー、すなわち、実質的に、さらには排他的にＩＬ７Ｒ遺伝子の１つの転写物に結合する又は複数の転写物に結合するものを用いることができる。
【００７７】
「ハイブリダイゼーションプローブ」という用語は、５〜１００個の核酸モチーフ、特に１０〜３５個の核酸モチーフを含み、所定の条件下でハイブリダイゼーション特異性を示して、ＩＬ７Ｒ遺伝子の１つ以上の転写物とハイブリダイゼーション複合体を形成するヌクレオチド断片を意味する。ハイブリダイゼーションプローブは、検出を可能とするマーカーを含んでいてもよく、その場合には「検出プローブ」と称される。
【００７８】
本発明の意味の範囲内において、「増幅プライマー」という用語は、５〜１００個の核酸モチーフ、好ましくは１５〜３０個の核酸モチーフを含み、酵素重合（特に酵素増幅反応等）を開始させることができるヌクレオチド断片を意味する。「酵素増幅反応」という用語は、少なくとも１つの酵素の作用によってヌクレオチド断片の複数のコピーを生成する過程を意味する。このような増幅反応は当業者に周知であり、特に以下の方法が挙げられる。
・米国特許第４６８３１９５号、第４６８３２０２号、及び第４，８００，１５９号明細書に記載されるようなＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）
・欧州特許出願公開第０２０１１８４号明細書等に開示されるＬＣＲ（リガーゼ連鎖反応）
・国際公開第９０／０１０６９号に記載されるＲＣＲ（修復連鎖反応）
・国際公開第９０／０６９９５号における３ＳＲ（自家持続配列複製）
・国際公開第９１／０２８１８号におけるＮＡＳＢＡ（核酸配列ベース増幅）
・米国特許第５３９９４９１号明細書におけるＴＭＡ（転写媒介性増幅）
・米国特許第６４１０２７８号明細書におけるＬＡＭＰ（ループ介在等温増幅）
【００７９】
酵素増幅がＰＣＲである場合、１又は２つの工程で行われる逆転写反応後に行われ、ＲＴ−ＰＣＲ（ＲＴは「逆転写」を指す）として従来知られている。ＲＴ−ＰＣＲにおいて、１つ以上の転写物に特異的な試薬は、ワンステップＲＴ−ＰＣＲ（欧州特許第０５６９２７２号明細書）の場合には標的転写物に特異的であるか、又はツーステップＲＴ−ＰＣＲ（Ｇｏｂｌｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）の場合には標的転写物に対応するＤＮＡに特異的である少なくとも２つの増幅プライマーを含む。
【００８０】
「検出」という用語は、物理的方法、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ  Ｉ若しくは臭化エチジウム等の挿入色素による化学的方法、又はマーカーを用いた検出方法を意味する。核酸の検出のための多くの検出方法が存在する（Ｋｅｌｌｅｒ  Ｇ．Ｈ．，１９９３；Ｋｒｉｃｋａ，１９９９）。
【００８１】
「マーカー」という用語は、検出可能な信号を生成できるトレーサーを意味する。これらのトレーサーの例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ等、比色、蛍光、又は発光等によって検出可能な信号を生成する酵素；蛍光化合物、発光化合物、又は色素化合物等の発色団；電子顕微鏡法、電気的性質（導電性等）、電流測定法、ボルタメトリー法、又はインピーダンス測定によって検出可能な高電子密度基；回折、表面プラズモン共鳴、接触角変動等の光学的方法、又は原子間力分光法、トンネル効果等の物理的方法によって検出可能な基；３２Ｐ、３５Ｓ、又は１２５Ｉ等の放射性分子が挙げられるが、これらに限定されない。
【００８２】
本発明の文脈において、ハイブリダイゼーションプローブは、検出プローブと称されるプローブであってもよい。このような状況において、「検出」プローブは、上に定義したようなマーカーで標識される。このマーカーの存在によって、所与の検出プローブと検出対象の転写物とのハイブリダイゼーション反応の存在を検出することができる。
【００８３】
リアルタイム定量ＰＣＲに関して、診断用途の場合、以下に示す特異的ハイブリダイゼーションのための２種類の標識法が通常用いられる。
・まず、２つのプライマー間のプローブを使用する方法を用いることができる。特に、Ｅｓｐｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００６、Ｈｅｉｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６、Ｈｏｌｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１に記載されるもの等のＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ；Ｅｓｐｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００６、Ｍｈｌａｎｇａ及びＭａｌｍｂｅｒｇ，２００１、Ｓｉｇｍａ，２００８に記載されるもの等の分子ビーコンとしても知られる分子タグ；ＨｙｂＰｒｏｂｅｓ（ＦＲＥＴ）として知られる隣接ハイブリダイゼーションプローブ；又はＤｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０に記載されるようなＣＰＴ（「サイクリングプローブ技術」を指す）を用いることができる。
・さらに、標識プライマーを使用する方法を用いることもできる。この種のプライマーとしては、Ｓｉｇｍａ，２００８に記載されるようなスコーピオンプライマー又はＳｃｏｒｐｉｏｎ（登録商標）；Ｂｕｈ  Ｇａｓｐａｒｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０に記載されるようなＰｌｅｘｏｒプライマー；Ｂｉｏ−Ｒａｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，２００６、Ｎａｚａｒｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７に記載されるようなＡｍｐｌｉＦｌｕｏｒ（登録商標）法において用いられるプライマー；Ｂｉｏ−Ｒａｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，２００６、Ｂｕｈ  Ｇａｓｐａｒｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０、Ｎａｚａｒｅｎｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００２に記載されるようなＬＵＸ（ｌｉｇｈｔ  ｕｐｏｎ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）プライマー；又はＢｉｏ−Ｒａｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，２００６、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，２００３に記載されるようなＢＤ  Ｑｚｙｍｅ（商標）プライマーが挙げられる。
【００８４】
ハイブリダイゼーションプローブは、捕捉プローブと称されるプローブであってもよい。このような状況において、捕捉プローブと称されるプローブは、任意の適当な手段を用いて、すなわち共有結合又は吸着等によって直接又は間接的に、固体担体に固定化される又は固定化可能である。使用できる固体担体としては、化学修飾されていてもよい合成材料又は天然材料、特に、セルロース系材料（例えば、紙、酢酸セルロースやニトロセルロース等のセルロース誘導体）又はデキストラン等の多糖類、ポリマー、コポリマー（特にスチレン型モノマーに基づくもの）、綿等の天然繊維及びナイロン等の合成繊維；シリカ、石英、ガラス、又はセラミックス等の鉱物材料；ラテックス；磁性粒子；金属誘導体；ゲル等が挙げられる。固体担体は、マイクロタイトレーションプレート、又は国際公開第９４／１２６７０号に記載されるような膜、又は粒子の形態であってもよい。
【００８５】
各々が標的転写物に特異的な複数の異なる捕捉プローブを担体に固定化することもできる。特に、担体として、多数のプローブが固定化されてもよいバイオチップを用いることができる。「バイオチップ」という用語は、多数の捕捉プローブが所定の位置に固定された小さな寸法の固体担体を意味する。バイオチップ又はＤＮＡチップの概念は、１９９０年代初頭から始まったものである。マイクロエレクトロニクス、核酸化学、画像分析、及びデータ処理を組み合わせた集学的技術に基づいている。作動原理は、分子生物学の基礎であるハイブリダイゼーション現象、すなわち２つのＤＮＡ及び／又はＲＮＡ配列の塩基の相補性による対形成に基づいている。バイオチップ法は、固体担体に固定された捕捉プローブを使用し、これに対して、蛍光色素で直接又は間接的に標識された標的ヌクレオチド断片のサンプルを作用させることに基づいている。捕捉プローブは、担体又はチップ上に特異的に配置されており、各ハイブリダイゼーションによって、標的ヌクレオチド断片に関する特定の情報が得られる。得られた情報は累積し、例えば、これを用いて１つの標的転写物又は複数の標的転写物を定量化することができる。ハイブリダイゼーション後、担体又はチップは洗浄され、転写物／捕捉プローブ複合体が、蛍光色素型マーカー等に結合した高親和性リガンドによって明らかにされる。蛍光は、スキャナー等によって読み取られ、デジタル処理される。参考までに、分子診断法についてはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（「Ａｃｃｅｓｓｉｎｇ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｈｉｇｈ−Ｄｅｎｓｉｔｙ  ＤＮＡ  ａｒｒａｙｓ」）（Ｃｈｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６；Ｐｅａｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４）によって開発されたＤＮＡチップを挙げることができる。この方法では、捕捉プローブは通常、約２５ヌクレオチドと小さい。バイオチップの他の例が、多くの刊行物（Ｃｈｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８，１９９６；Ｇｉｎｏｔ，１９９７；Ｌｉｖａｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４；Ｒａｍｓａｙ，１９９８）又は米国特許第４９８１７８３号、第５７００６３７号、第５４４５９３４号、第５７４４３０５号、及び第５８０７５２２号明細書に示されている。固体担体の主要特性は、検出方法で発生するバックグラウンドノイズを最小限に抑えつつ、標的ヌクレオチド断片に対する捕捉プローブのハイブリダイゼーション特性を保持するものでなければならない。
【００８６】
担体にプローブを固定化するための方法は当業者に周知であり、例として、印刷若しくはマイクロデポジションによって予め合成したプローブを配置すること（国際公開第００／７１７５０号、仏国特許出願公開第００／１４８９６号明細書、仏国特許出願公開第００／１４６９１号明細書）、あるいはｉｎ  ｓｉｔｕ合成（国際公開第８９／１０９７７号及び国際公開第９０／０３３８２号）が挙げられる。
【００８７】
生体サンプルの転写物を検出するために、抽出工程が必要となる場合がある。抽出は、核酸を抽出及び精製するための当業者に周知のプロトコルを用いて行われる。参考までに、核酸は以下の工程によって抽出されてもよい。
●患者の細胞に含まれる核酸を遊離させるための生体サンプルに存在する細胞の溶解工程。例として、以下の特許出願に記載されるような溶解方法を用いることもできる。
・磁気的及び機械的溶解の組合せに関する国際公開第００／０５３３８号
・電気的溶解に関する国際公開第９９／５３３０４号
・機械的溶解に関する国際公開第９９／１５３２１号
【００８８】
当業者は、熱ショック若しくは浸透圧ショック、又はグアニジウム塩等のカオトロピック剤を用いた化学的溶解（米国特許第５２３４８０９号明細書）等の他の周知の溶解方法を用いることもできる。
【００８９】
●溶解工程において沈殿した他の細胞成分から核酸を分離するための精製工程。この工程は、通常、核酸を濃縮するために行ってもよく、ＲＮＡの精製に適合させることもできる。例として、吸着又は共有結合によってオリゴヌクレオチドで被覆されていてもよい磁性粒子を用いることもでき（この点については米国特許第４６７２０４０号及び第５７５０３３８号明細書を参照）、この場合、核酸はこれらの磁性粒子に固定され、洗浄工程により精製される。核酸を精製するためのこの工程は、上記核酸がその後増幅される場合に特に有利である。これらの磁性粒子の特に有利な実施形態の一つは、国際公開第９７／４５２０２号及び国際公開第９９／３５５００号に記載されている。また、カラムの形態、又は不活性粒子（Ｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０）若しくは磁性粒子（メルク社：ＭａｇＰｒｅｐ（登録商標）Ｓｉｌｉｃａ、プロメガ社：ＭａｇｎｅＳｉｌ（登録商標）常磁性粒子）の形態でシリカを用いることもできる。非常に普及している方法として、カラム又は常磁性粒子型のイオン交換樹脂（Ｗｈａｔｍａｎ：ＤＥＡＥ−Ｍａｇａｒｏｓｅ）（Ｌｅｖｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）に基づく方法もある。別の方法としては、金属酸化物担体への吸着法（Ｘｔｒａｎａ社：Ｘｔｒａ−Ｂｉｎｄ（登録商標）マトリックス）が挙げられる。
【００９０】
生体サンプルからＲＮＡを特異的に抽出しようとする場合、特に、フェノール、クロロホルム、及びアルコールを用いて抽出を行ってタンパク質を除去し、１００％エタノールでＲＮＡを沈殿させてもよい。次いで、ＲＮＡを遠心分離によりペレット化し、洗浄し、溶液中に再び取り込むことができる。
【００９１】
この種の検出及び定量化方法を用いて、試験サンプルに存在する１つ以上の転写物の量を決定するか、又は導出値を得てもよい。例として、上記量の導出値は、既知の濃度を有する増幅産物の溶液の段階希釈液から得られた検量線を用いて算出された絶対濃度であってもよい。また、参照サンプル、標準物質、及び１つ以上の参照遺伝子についての値を統合するＣＮＲＱ（Ｃａｌｉｂｒａｔｅｄ  Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ  Ｒｅｌａｔｉｖｅ  Ｑｕａｎｔｉｔｙ（較正正規化相対量）、Ｈｅｌｌｅｍａｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）等の正規化及び較正された量の値に相当するものであってもよい。参照遺伝子の例としては、ＰＰＩＢ、ＰＰＩＡ、ＧＬＹＲ１、ＲＡＮＢＰ３、ＨＰＲＴ１、１８Ｓ、ＧＡＰＤＨ、ＲＰＬＰＯ、及びＡＣＴＢ遺伝子を挙げることができる。
【００９２】
複数の転写物の量は、上に示したように、当業者に慣例の方法を用いて逐次又は同時に決定してもよい。
【００９３】
本発明の文脈において、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量は、定量ＲＴ−ＰＣＲによって測定されることが好ましい。
【００９４】
特に、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量は、以下のプローブを伴った又は伴わない以下の増幅プライマー対：
・転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、及びＩＬ７Ｒ−００７、並びにこれらの変異体を検出するために使用できる配列番号１２を有するフォワードプライマー及び配列番号１３を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号１４を有するプローブ、
・転写物ＩＬ７Ｒ−００１及びその変異体を検出するために使用できる配列番号１５を有するフォワードプライマー及び配列番号１６を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号１７を有するプローブ、
・転写物ＩＬ７Ｒ−００１及びその変異体を検出するために使用できる配列番号１８を有するフォワードプライマー及び配列番号１９を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号２０を有するプローブ
のうち少なくとも１つを用いて測定される。
【００９５】
選択したＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の検出及び定量化に関して上述した指示及び選好の全ては、試験サンプル又は参照サンプルにおける検出又は定量化に同様に当てはまる。
【００９６】
本発明の方法を行うために、本発明は、ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物を検出するために必要な手段及び／又は試薬を含む診断キットにも関する。
【００９７】
ＩＬ７Ｒ遺伝子の１つ以上の転写物を検出するために必要な試薬の例として、ハイブリダイゼーションプローブ又は増幅プライマー等の上記転写物の結合パートナーを挙げることができるが、これらに限定されない。
【００９８】
特に、本発明は、生体サンプルにおけるＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量をｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで測定するためのキットであって、
・上記生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を測定するための特異的な試薬又は手段と、
・全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、好ましくは生存できたことが分かっている患者のサンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプル、及び／又は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患ったことが分かっており、好ましくは生存できなかったことが分かっている患者のサンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプルと
を含むキットに関する。
【００９９】
特に、このようなキットは、上記生体サンプルにおける上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量を測定するための特異的な試薬として、以下のプローブを伴った又は伴わない以下の増幅プライマー対：
・配列番号１２を有するフォワードプライマー及び配列番号１３を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号１４を有するプローブ、
・配列番号１５を有するフォワードプライマー及び配列番号１６を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号１７を有するプローブ、
・配列番号１８を有するフォワードプライマー及び配列番号１９を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号２０を有するプローブ
のうち少なくとも１つを含む。
【０１００】
対照サンプルは、所与の濃度の標的転写物若しくは対応する相補的ＤＮＡを含有するサンプルであってもよく、このサンプルは、調整された濃度の標的転写物若しくは対応する相補的ＤＮＡを含有する合成サンプルであってもよく、又は生体サンプルであってもよい。対照サンプルは、特に、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、とりわけ生存できたことが分かっている患者の少なくとも１名から得られた生体サンプル、あるいは、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患ったことが分かっており、とりわけ生存できなかったことが分かっている患者の少なくとも１名から得られた生体サンプルであってもよい。この種の対照サンプルは、特に、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を引き起こす手術、熱傷、外傷等の侵襲又は感染を受けた１名以上の患者、とりわけ敗血症を示す１名以上の患者、好ましくは敗血症性ショック状態にある１名以上の患者から得られる。
【０１０１】
本発明は、本発明の方法を行うための、特に、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を引き起こす手術、熱傷、外傷等の侵襲又は感染を受けた患者、特に敗血症、とりわけ重症敗血症を示す患者における合併症リスク、特に死亡リスクを評価するための本発明のキットの使用も包含する。好ましくは、本発明のキットの使用によって、敗血症性ショック状態にある患者における死亡リスクを評価できる。
【０１０２】
本発明は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者における合併症リスク、特に死亡リスクを評価するための、上記患者の生体サンプルにおけるＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物、ｍＲＮＡに対応するＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量のｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ測定の使用にも関する。特に、上記患者は、敗血症状態、とりわけ重症敗血症状態にあるか、又は全身性炎症反応症候群を引き起こす手術、熱傷、若しくは外傷を受けた患者である。特定の実施形態によれば、生体試験サンプルは、敗血症性ショック状態にある患者、又は生体試験サンプルを採取する前の６日以内に既に敗血症性ショック状態にあった患者から得られる。好ましくは、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物は、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１、配列番号３の転写物ＩＬ７Ｒ−００２、配列番号４の転写物ＩＬ７Ｒ−００３、配列番号６の転写物ＩＬ７Ｒ−００５、及び配列番号８の転写物ＩＬ７Ｒ−００７、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列は、上記配列の１つと少なくとも９９％の同一性を有する。特に、上記ＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物は、ＣＤ１２７の膜貫通領域の少なくとも一部、又はさらには膜貫通領域全体を含む転写物から選択され、好ましくは、配列番号２の転写物ＩＬ７Ｒ−００１又は上記配列と少なくとも９９％の同一性を有する変異体の１つに対応する。
【０１０３】
より広義には、本方法に関して上述した好ましい実施形態の全て及びそれらの組合せは、使用に関する好ましい実施形態も構成する。さらに、本発明の使用は、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）を引き起こす侵襲又は感染を受けた患者、特に敗血症性ショック状態にある患者における合併症リスクを評価するために、選択したＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の検出及び／又は定量化と組み合わせて、ＳＯＦＡ及び／又はＳＡＰＳＩＩ重症度スコアの少なくとも１つの見積もりを含んでもよい。この実施形態において、ＳＯＦＡスコアは、Ｖｉｎｃｅｎｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６に記載されるように算出されることが好ましく、及び／又は、ＳＡＰＳＩＩスコアは、Ｌｅ  Ｇａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３に記載されるように算出されることが好ましい。
【０１０４】
本方法に関して上述した好ましい実施形態の全て及びそれらの組合せは、本発明のキット及びその使用、並びにＩＬ７Ｒ遺伝子の少なくとも１つの転写物の量のｉｎ  ｖｉｔｒｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏ測定の使用に関する好ましい実施形態も構成する。
【０１０５】
非限定的な例として本発明の主題の実施形態を示す添付の図面を参照する以下の実施例から様々な他の特徴が明らかになる。
【図面の簡単な説明】
【０１０６】
【図１】ＩＬ７Ｒ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡのスプライシングを示す図である。
【図２】健常ボランティア（ｎ＝１９）並びに敗血症性ショックの発症後Ｄ１及びＤ３の敗血症性ショック患者（ｎ＝３０）におけるＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルを示す。ＰＣＲ−Ａ：転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、ＩＬ７Ｒ−００７；ＰＣＲ−Ｂ：転写物ＩＬ７Ｒ−００１；ＰＣＲ−Ｃ：転写物ＩＬ７Ｒ−００７。健常対象とＤ１又はＤ３の敗血症性ショック患者との比較には、Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を用いた。敗血症性ショック患者でのＤ１とＤ３との比較には、対応のあるＷｉｌｃｏｘｏｎ検定を用いた。
【図３】Ｄ１、Ｄ３、又は比Ｄ３／Ｄ１について、敗血症性ショック患者における合併症発症の有無に対してＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルを示す。発現レベルは、ＨＰＲＴ１を参照遺伝子とした「Ｃａｌｉｂｒａｔｅｄ  Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ  Ｒｅｌａｔｉｖｅ  Ｑｕａｎｔｉｔｙ（ＣＮＲＱ））」で表し、Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を用いて比較した。ＰＣＲ−Ａ：転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、ＩＬ７Ｒ−００７；ＰＣＲ−Ｂ：転写物ＩＬ７Ｒ−００１；ＰＣＲ−Ｃ：転写物ＩＬ７Ｒ−００７。
【図４】Ｄ１、Ｄ３、又は比Ｄ３／Ｄ１について、敗血症性ショック患者のＤ２８の死亡発生の有無に対してＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルを示す。発現レベルは、ＨＰＲＴ１を参照遺伝子としたＣＮＲＱで表し、Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を用いて比較した。ＰＣＲ−Ａ：転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、ＩＬ７Ｒ−００７；ＰＣＲ−Ｂ：転写物ＩＬ７Ｒ−００１；ＰＣＲ−Ｃ：転写物ＩＬ７Ｒ−００７。
【発明を実施するための形態】
【実施例】
【０１０７】
方法
患者及び生体サンプル
敗血症性ショックの発症後１日目（Ｄ１）及び３日目（Ｄ３）の敗血症性ショック患者３０名について、全血サンプルをＰＡＸｇｅｎｅ管（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ社）に入れてから保管した（後向きコホート）。
【０１０８】
敗血症性ショックのための集中治療に入院後２８日目において、３０名の患者のうち９名の患者、すなわち３０％が生存できず（「ＮＳ」）、２１名の患者が生存できた（「Ｓ」）。
【０１０９】
集中治療における滞在期間中、３０名の患者のうち４名の患者、すなわち１３％が院内感染に罹患し、２６名の患者が院内感染に罹患しなかった。
【０１１０】
合計で、３０名の患者のうち１１名の患者、すなわち３７％が合併症を患い（Ｄ２８に死亡又は集中治療で院内感染に罹患）、１９名の患者は合併症を発症しなかった。
【０１１１】
また、１９名の健常ボランティア対象からも、敗血症性ショック患者のサンプルと同様に処理した全血サンプルを採取した。
【０１１２】
検出方法
ＲＮＡの抽出及び逆転写
ＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ社）キットを用いてメーカーの推奨に従ってＲＮＡを抽出した。ＲＮＡ６０００ナノチップを使用し、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、カリフォルニア州サンタクララ）によって、抽出したＲＮＡの品質を検査した。ＲＮＡ溶出工程の前に、ＤＮＡｓｅの作用によって残留ゲノムＤＮＡを除去した。次いで、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）を用いてＲＮＡ６０００ナノキットによりＲＮＡの品質を検査した。ＲＩＮ（ＲＮＡ  Ｉｎｔｅｇｒｉｔｙ  Ｎｕｍｂｅｒ）が６より大きいサンプルを良好な品質とみなした。最後に、ＲＮＡの濃度を蛍光定量法（ＱｕｂｉｔのＲＮＡアッセイキット、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社）により決定した。
【０１１３】
次いで、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＶＩＬＯ（商標）ｃＤＮＡ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓキット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、イリノイ州シカゴ）を用いて全ＲＮＡ（２００ナノグラム（ｎｇ））を逆転写に供して相補的ＤＮＡを得た。斯くして得たｃＤＮＡ溶液を１／２０に希釈し、定量ＰＣＲ反応まで−８０℃で保管した。
【０１１４】
定量ＰＣＲ法
ＰＣＲ反応は、０．５モル（Ｍ）のプライマー及び０．１Ｍのプローブを含有する２０マイクロリットル（μＬ）の最終量にてＴａｑｍａｎ  Ｆａｓｔ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  ＰＣＲキット（Ｒｏｃｈｅ社）を用いてＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ社、スイス国バーゼル）により行った。ＰＣＲ反応では、最初の変性工程を９５℃で１０分間行った後、「タッチダウンＰＣＲ」の４５回の増幅サイクル（９５℃で１０秒、１回目のサイクルでは６８℃で２９秒とし、５８℃に到達するまで各サイクル毎に０．５℃ずつ下げる、７２℃で１秒間の伸長）を行った。ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒソフトウェアを用いて２次導関数最大値法によって各サンプルのＣｐ（「交点（ｃｒｏｓｓｉｎｇ  ｐｏｉｎｔ）」）を自動的に決定した。既知の濃度の増幅産物の標準保存液の８段階の１０倍希釈系列を作製して検量線を得た。用いたプライマー対及びプローブを表２に列挙する。
【０１１５】
【表２】
2019503663.tif 000003
【０１１６】
発現レベルは、Ｈｅｌｌｅｍａｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００７に記載されるように、参照遺伝子及び標準物質を用いたＣＮＲＱ（「Ｃａｌｉｂｒａｔｅｄ  Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ  Ｒｅｌａｔｉｖｅ  Ｑｕａｎｔｉｔｙ」）で表した。用いた参照遺伝子は、ＨＰＲＴ１（ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ１、ＮＭ＿０００１９４）であり、ＰＣＲ（センスプライマー：ＣＣＡＡＡＧＡＴＧＧＴＣＡＡＧＧＴＣＧＣ、アンチセンスプライマー：ＧＡＣＡＣＡＡＡＣＡＴＧＡＴＴＣＡＡＡＴＣＣ、プローブ：ＣＡＡＧＴＴＴＧＴＴＧＴＡＧＧＡＴＡＴＧＣＣＣ）で測定した。標準物質は、健常ボランティアのＲＮＡのプールから構成されていた。この標準物質は、逆転写工程から臨床サンプルと同じ過程に供した。
【０１１７】
統計分析
統計分析は、ＲＳｔｕｄｉｏソフトウェア（バージョン０．９８．５０１）を用いて行った。観察された差異は、ｐ値が０．０５未満の場合に有意であるとみなした。
【０１１８】
ＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の発現レベルの記述分析
ＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の発現レベルの比較は、敗血症性ショック患者でのＤ１とＤ３との比較では対応のあるＷｉｌｃｏｘｏｎ検定を用いて行った以外は、Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を用いて行った。
【０１１９】
合併症の発症又はＤ２８の死亡を予測する能力の分析
ＲＯＣ（受信者動作特性曲線）グラフを作製し、曲線下面積及びその信頼区間を算出した。
【０１２０】
結果
健常対象及び敗血症性ショック患者におけるＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の検出
３０名の敗血症性ショック患者及び１９名の健常ボランティア対象の全血サンプルにおいて、上記のようにＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の発現レベルを測定した。結果を図２に示す。
【０１２１】
健常対象、並びに敗血症性ショックの発症後Ｄ１及びＤ３の敗血症性ショック患者において、ＩＬ７Ｒ遺伝子の全ての転写物を一括で検出した。
【０１２２】
健常対象及び敗血症性ショック患者において、ＣＤ１２７の膜型をコードする転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００１）の発現レベルは、可溶型の可能性がある転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００７）と比較して高かった。
【０１２３】
ＰＣＲ−Ａを用いて測定した転写物全体の発現レベルは、健常ボランティアと比較してＤ１及びＤ３の敗血症性ショック患者において低く、これは、ＣＤ１２７の膜型をコードする転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＰＣＲ−Ｂ）及びＣＤ１２７の可溶型の可能性がある転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００７、ＰＣＲ−Ｃ）の場合も同様であった。
【０１２４】
敗血症性ショック患者においては、Ｄ１及びＤ３間で、ＣＤ１２７をコードするＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルの有意な増加が観察された。
【０１２５】
敗血症性ショック患者における合併症発症に対する、ＣＤ１２７をコードするＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の発現レベルの比較
図３に示されるように、膜型をコードする転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００１）及び可溶型の可能性がある転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００７）を含むＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルは、合併症（図３中、「有」に対応する確認された院内感染又は死亡）を患う患者においてＤ３で有意に低い。この所見は、発現レベルの比Ｄ３／Ｄ１についても当てはまる。
【０１２６】
ＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物が敗血症性ショック患者における合併症リスクを予測する能力
研究対象の事象、すなわち合併症の発症に関して、ＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルの測定の予測能を研究した。結果を表３に示す。表３は、ＲＯＣ（受信者動作特性曲線）曲線下面積すなわちＡＵＣ（曲線下面積）及びその９５％信頼区間をまとめて示す。
【０１２７】
【表３】
2019503663.tif 000004
【０１２８】
このように、Ｄ３で測定したＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベル又は発現比Ｄ３／Ｄ１によれば、Ｄ３では曲線下面積が０．８より大きく、発現比Ｄ３／Ｄ１では曲線下面積が０．７５より大きいことから、合併症を患う患者と患わない患者とを判別することができる。
【０１２９】
敗血症性ショック患者における死亡発生に対するＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の発現レベルの比較
図４に示されるように、膜型をコードする転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００１）及び可溶型の可能性がある転写物（転写物ＩＬ７Ｒ−００７）を含むＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルは、２８日より長く生存することになる患者（図４中、「生存者」と表記される）と比較して、敗血症性ショック後２８日以内に死亡することになる患者（図４中、「非生存者」と表記される）においてＤ３で有意に低い。この所見は、発現レベルの比Ｄ３／Ｄ１についても当てはまる。
【０１３０】
転写物が敗血症性ショック患者における死亡リスクを予測する能力
敗血症性ショックの発症後２８日以内の死亡の発生に関して、ＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルの測定の予測能を研究した。結果を表４に示す。表４は、ＲＯＣ曲線下面積及びその９５％信頼区間をまとめて示す。
【０１３１】
【表４】
2019503663.tif 000005
【０１３２】
このように、Ｄ３で測定したＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベル又は発現比Ｄ３／Ｄ１によれば、曲線下面積が０．７５より大きいことから、死亡することになる患者と生存することになる患者とを判別することができる。
【０１３３】
この研究は、ＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルによって、敗血症性ショック後に合併症を患うリスクが最も大きい患者を識別できることを示している。より正確には、Ｄ３において、合併症を発症することになる患者は、合併症を患うことがない患者よりもＩＬ７Ｒ遺伝子の転写物の発現レベルが低い。Ｄ１及びＤ３間のＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物の発現レベルの変化からも情報が得られる。発現レベルは、合併症を患うことになる患者においては安定なままであるが、合併症を患うことがない患者においては増加する。タンパク質レベルでは可溶型だけしか予後不良と関連していなかった（Ｖｅｎｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）が、膜型又は可溶型に対応するＩＬ７Ｒ遺伝子の各種転写物を同時に又は個別にアッセイすることによって、合併症の発症の最大リスクにある患者を識別することができる。
【０１３４】
参考文献
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【０１３５】
配列番号１：ＩＬ７Ｒ遺伝子の配列、GRCh38:5:35856875:35879603
ATCTAAGCTTCTCTGTCTTCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCTTACTCTCATTCATTTCATACACACTGGCTCACACATCTACTCTCTCTCTCTATCTCTCTCAGAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGTGAGTCATTTCTAAGTTTTCTTATGGATTTTGGATTATCTGTAGCATGGTTTCAGGTTATTCAGTTCCCTAACAGACCTGAGTCAGGCACTGGGTTTGAATGCAGTTTGAGAATTTCCCACATATTCAGTCATTTTTTTTAATGTTTAACCACCATGACAGGGGGCAGGGGATCAATACTATGGGTGGTTTATAAGACCTCAGTATTCTCAAGAAGGAATGCATTTCACTCCCAAGTGTAGATCTTAAATGTTGAATGATTACTCTGCTCTTACAAAAAGAATGCTCATGTAGATGCTATGACTGTACTTGTAGGAAAATGTCCAAAGTAATTTTACCTTGTCAGGAGATCAAACTGGATTCATTTTGTTTGACTTTTTAAGAAATCCTGAAAGCATAACTTTCAGGATAAGGTAATGTACAGAAGCAATAGCTTTGTCTTCAGTGACCAGTGCTATATCCTCAGCACCTAAATCAGTGGCTAGAATATAGTAGACATCCAATAACTTTTGAAAGTGTTTTCAAAATACTTTAGTTTTGAGAGATTTATGTGAGATTTTAAGTAAATAACTGACTAGAGAAAGATCTAAATGAGTTTACTCATTGAAATACACTGAATTGCCTCCACACCAACAAATTGGCCATATGTAATAATTCTTTTTGGGATCTAAAAAACTTAGTACCGAGAAGCCAACCCTGCCCATACATAAACACATTGTAATTATAACAAAACTAGGCAGAAGCTTCTAACAGCAGCAGGAGGCATGTGGGAATTTAGACCATCAACTTGCTCCTGCAAATTAAGCCCTTTCTCTTTAAGAGTTAAAAACTATTTGGCTATAGACAATATCAAACACATCAGCCTAATGACTCAGCTTATGCATTTTGAGTCATGTAATTACGAAGGATGGAAATCCCTAGAATTTTCTCATTAAGGGAATTGTCAGAGAGTTTGACATTTTTTACAGTATATGACTCACTTTATGGGGGATGATTATTATTCTATGCTAAACTTTGCCTTGGATTTCCACAAAGACTGATGGGAGGCAGGAAACATAAATCTTACTCTCTTTCATGTCATCTATACTCACTAGTTCACCCTGGTGATCATACTATTTTTAAAATATATAAGAATGCTAGTTGAAAGCTGGGTTTTCACTCCAACTTTTTAAGTTTCAGATTTTTTAGAAGATGTATAATTACCCTATTCACATGATTACGTCAAAATACTTCCCAGTTTGGGGTATAGGAATTCACATTCAGTTGCTGCTTGTTGAAAGTTGTCAATTTTCTGATCATCACAAGGATGATCAAGAGAAGAAAGGGATACTTTTTAAAAATCCAAATCATTTACACTATTAATCAACTAACTCCATTCAGTAGGAAGAAGACTTCTAGATGACACTGGCTTGCCTATGATACATATTCCACACAATTTAAATTTTTATGGATAAATATGTCTAGATACCTATTTAAATATGAATAATATTAATTATTGAGCATTTAAAGAATAATAGATTAACTCATTATTCAAAAGCTCTATGTAATTTCAAAACCATAGTAATTATAACACCGTCAATTGACATAAACTTTTTAAAGAGAAGCTCAAATGTTTCATGTATATTTTCAGAATTAGAATTCTTATTTTACCTTTTCATTACTTATTTCTCAGAAAATATTATACTCATAGCTAATCCCTATTAAATCCTTACTGTGTTCTAAGCTACCTCTTTGTAAATATCCATTCAGTGATTGCTCATAGCACGAGTTTACATATTAGAACACATGTCTTAGAGAAGTTGCCTACCTGACAGAGGACCACAGGTAGAGTATCCAGAATTTAAACGCACATCTGTCCAGCTCTAACACCACAGGTCTTAACCACTGTGTACATTAACTACTCTTAGCCAAGAATTTTTCAGCTCACGTCATGTAGAATATTCTTTTTGTAAAATGCCATCACATTTTATAAGTCATTGAAGGGAATTTTTCTTGGTTACAAAGCAACTCTGCCCCATAATATCTACTGAAAAGCCAGTGAGCTGCTTCCTAAAACACAGCCATTTTAGGTGCAGGAAACAGTGTATAAATGGCTCATTGTATATTGTATGCTTTGCCAGACTGAGTGGCAGTGGGAGTCCTTTGTTATGTGGGTGCTGACATCTGCTAGAGTGTGCTGTCTCTATTGAAGAATCGTGAAGACAAAGCCGACCCACAGGATGTCTGAATCCAAATAATAATACATGTTCTGTGTATAGAATTGGTGGAAGAGAAAATGTCAGGACAGTGTGAGGACTGCCATGTAAGGTCAGAACCACTGCATTTAGAAAGCTACCACTGCACAGGGAAGAAATCTAAGTCTACAAAATTAGTGGGCTGTCTCTCATTATTTCGTGCTGTCATCAGAAGGAGGGCCATACCCTGCTGAAACTACATAAAGAGCTTTTGCTGGTGGCAGAACTGTGAACTGGATGGATTCTGGGAATGGCCAGAAAAACAAATGCCTGTGGTTGTGAGCAGTGCCCACACCCATGGTCTAGCTAGGGCTGTTTGAGATTTGTTGCTTTGACTGAACCAACCTGTCATTCAACTGGTTGGTCCATTCACAGTCAGCTTTATTAACTTTCCCATTTTCCCTACTGAGTTATTTAAGTAAAGAAAGTGCTATTCGGACAGCCCTTGGTCTCTGGGACAATCAACTGGGATTTGATTTTAGTATATTCTGTCTCCAGTGTAAAGCCTTGGAAGCATCTAATTTCTAGTACTGATGAACCAAAAATACATGGAAGCAGTCCTAGGCTCACACTTGAGCACTCTGAGAATGGCTTTGCTTACTCCAGATTTTCTCAGGTCCCAGTGGGTGTATATTTTCTGACATATTTATTCCAGCCTCACTTTCTATCATGTAAAACATACATACAAAATGTAGATTTCATTATAGGGTCTACAAAACAGCTTAAGAAACCAAATACTATGTGTGACAGATCACACTTTCCAAAAGTAATAGCAAAAAAAAAAAAAATCTGGTTCCCCACTTTCTTCCAGCATCCTGCTAGAATCTATCAGATACTGCGTCTATAGAAGAATCTATAAGAACAGAAGCAGTATGTACAACATTCACAGGAAGTTTCACCAAATCGGAGTCCTGCCAGATCTAATTTTTTTTCCCTAATCACGTTTGTCTCAGTCAGTAGCTTAAGACAATGGAAATAATCAGTGCCACTTTTAATTGGGATGCCTTTTTAGGCAAGGGAAAGTGACCTCTTAAAAAAGCAAAATTCTGACTGCAAGATAGCTATCATTGTCCTTCATTTAAGACAAAAAAAATACTAGGGAGGGAATAAATTATGATTTGTAATAAAGTGAAAAGTGAGATTAGGTAGCATGGGGATAATGGAAATAAAGTGTCTCTTCTTTGAAATAATATGAACAATCAATGTAACAAATGTAGCAGAAAAAACTCCAGTTTAAATACAGAAAAGAATGTGTTCAATGCCTCTGGTTCTTTAACTCAGAAATATTTGGAGGTTACTTACTCATTATGATGGATTTTTTTTTTCTATTGGAAAACTCTGTTAGCATTGAGCGTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTGGTTGGTTGGTTTTGAAGCATTTTTCTTGTCTTTGCCCTTGGGCTTTTCTTCCTTGAATACTACATAATCCATTACTATTTCATGTCTGCCACAGAGTCTGCTATTTTATTAAGGTCATGCCATATTTCAAAAGGATGCATTTATTTGTTTCATTAACAGCTGCATGTTTGTTCCTCCCCAGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGAGGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGAATTTGAAATATGGTGAGGGATGGTGGTTTTAATGGTTGCTTAGACATCCTCTGTCTCTCTTTTCATATGCTCTTTTTAATAGCCACAAAAGAAAGAATATGTGGCCTAATTAACAAATGTTAACATCTAAGGAATTCCCAAAGGCCTCCTGAAACTCCTTGTCCTTCACCAAAAACACTCATACAAATCTCCTCTCACGGTTCAGCTTTCAGACCCTGAGACTCAGTCAAATGATGCTCTGGATCTTGGGGATCCCACATCCCTCCCAACTTCATATCAGAATTTAAATCCTGCGTCTCCTACAACACTTCTCACCAAAAATCTGTTTGCCCAACACGAGACAATCCAGTGTCTTCAAGTTGCATCTGAGAGTTAAACTGCCTTGTTTCCAATCCCAATACCAGTGCTTACTAGTTTTTTGACCTAGAGAAAGTTATGTAATGTATCTATGCCTCAGTTTCCTCACCTGTAAAATGAGATAACCTGCCTCACAGGAAGGCTGTGATGGTTAAATAATTTCATCATATAAATCATTCCAAATAGTCGGCCAGTGAATAACGAGTAATGGGGAAGCAACATTAAATTATAATTCTGTGAATATTGACCTAACTTCTACCATCTTGACACAATTTGACTTCAGATGATCCTCTCAATGTAAATTTTCCAAAAATCCACAGGAATAAGTTGGCATTTTGTTTCACAAGGTCTCACAGAAAAGACAAAGGAAAAGAGTCTGGTTTGAAAGTTTACTAAAGGTCTCAGGGAACTTTATCTTCTCCTTCTCCTTCATCCATAAGTCATCTCTTGTTGCCAAGGGTTACTATCTCTGGTGATTTGAGAAACTACTCTAGCTTGAAATTCTGACCTGAGGCTATCTCCAAATTCATATCCGAATG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【０１３６】
配列番号２：転写物ＩＬ７Ｒ−００１
GTGGTTAGATAAGTATAAAGCCCTAGATCTAAGCTTCTCTGTCTTCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCTTACTCTCATTCATTTCATACACACTGGCTCACACATCTACTCTCTCTCTCTATCTCTCTCAGAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGAGGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGAATTTGAAATATGTGGGGCCCTCGTGGAGGTAAAGTGCCTGAATTTCAGGAAACTACAAGAGATATATTTCATCGAGACAAAGAAATTCTTACTGATTGGAAAGAGCAATATATGTGTGAAGGTTGGAGAAAAGAGTCTAACCTGCAAAAAAATAGACCTAACCACTATAGTTAAACCTGAGGCTCCTTTTGACCTGAGTGTCGTCTATCGGGAAGGAGCCAATGACTTTGTGGTGACATTTAATACATCACACTTGCAAAAGAAGTATGTAAAAGTTTTAATGCACGATGTAGCTTACCGCCAGGAAAAGGATGAAAACAAATGGACGCATGTGAATTTATCCAGCACAAAGCTGACACTCCTGCAGAGAAAGCTCCAACCGGCAGCAATGTATGAGATTAAAGTTCGATCCATCCCTGATCACTATTTTAAAGGCTTCTGGAGTGAATGGAGTCCAAGTTATTACTTCAGAACTCCAGAGATCAATAATAGCTCAGGGGAGATGGATCCTATCTTACTAACCATCAGCATTTTGAGTTTTTTCTCTGTCGCTCTGTTGGTCATCTTGGCCTGTGTGTTATGGAAAAAAAGGATTAAGCCTATCGTATGGCCCAGTCTCCCCGATCATAAGAAGACTCTGGAACATCTTTGTAAGAAACCAAGAAAAAATTTAAATGTGAGTTTCAATCCTGAAAGTTTCCTGGACTGCCAGATTCATAGGGTGGATGACATTCAAGCTAGAGATGAAGTGGAAGGTTTTCTGCAAGATACGTTTCCTCAGCAACTAGAAGAATCTGAGAAGCAGAGGCTTGGAGGGGATGTGCAGAGCCCCAACTGCCCATCTGAGGATGTAGTCATCACTCCAGAAAGCTTTGGAAGAGATTCATCCCTCACATGCCTGGCTGGGAATGTCAGTGCATGTGACGCCCCTATTCTCTCCTCTTCCAGGTCCCTAGACTGCAGGGAGAGTGGCAAGAATGGGCCTCATGTGTACCAGGACCTCCTGCTTAGCCTTGGGACTACAAACAGCACGCTGCCCCCTCCATTTTCTCTCCAATCTGGAATCCTGACATTGAACCCAGTTGCTCAGGGTCAGCCCATTCTTACTTCCCTGGGATCAAATCAAGAAGAAGCATATGTCACCATGTCCAGCTTCTACCAAAACCAGTGAAGTGTAAGAAACCCAGACTGAACTTACCGTGAGCGACAAAGATGATTTAAAAGGGAAGTCTAGAGTTCCTAGTCTCCCTCACAGCACAGAGAAGACAAAATTAGCAAAACCCCACTACACAGTCTGCAAGATTCTGAAACATTGCTTTGACCACTCTTCCTGAGTTCAGTGGCACTCAACATGAGTCAAGAGCATCCTGCTTCTACCATGTGGATTTGGTCACAAGGTTTAAGGTGACCCAATGATTCAGCTATTTAAAAAAAAAAGAGGAAAGAATGAAAGAGTAAAGGAAATGATTGAGGAGTGAGGAAGGCAGGAAGAGAGCATGAGAGGAAAGAAAGAAAGGAAAATAAAAAATGATAGTTGCCATTATTAGGATTTAATATATATCCAGTGCTTTGCAAGTGCTCTGCGCACCTTGTCTCACTCCATCCTGACAATAATCCTGGGAGGTGTGTGCAATTACTACGACTACTCTCTTTTTTATAGATCATTAAATTCAGAACTAAGGAGTTAAGTAACTTGTCCAAGTTGTTCACACAGTGAAGGGAGGGGCCAAGATATGATGGCTGGGAGTCTAATTGCAGTTCCCTGAGCCATGTGCCTTTCTCTTCACTGAGGACTGCCCCATTCTTGAGTGCCAAACGTCACTAGTAACAGGGTGTGCCTAGATAATTTATGATCCAAACTGAGTCAGTTTGGAAAGTGAAAGGGAAACTTACATATAATCCCTCCGGGACAATGAGCAAAAACTAGGACTGTCCCCAGACAAATGTGAACATACATATCATCACTTAAATTAAAATGGCTATGAGAAAGAAAGAGGGGGAGAAACAGTCTTGCGGGTGTGAAGTCCCATGACCAGCCATGTCAAAAGAAGGTAAAGAAGTCAAGAAAAAGCCATGAAGCCCATTTGGTTTCATTTTTCTGAAAATAGGCTCAAGAGGGAATAAATTAGAAACTCACAATTTCTCTTGTTTGTTACCAAGACAGTGATTCTCTTGCTGCTACCACCCAACTGCATCCGTCCATGATCTCAGAGGAAACTGTCGCTGACCCTGGACATGGGTACGTTTGACGAGTGAGAGGAGGCATGACCCCTCCCATGTGTATAGACACTACCCCAACCTAAATTCATCCCTAAATTGTCCCAAGTTCTCCAGCAATAGAGGCTGCCACAAACTTCAGGGAGAAAGAGTTACAAGTACATGCAATGAGTGAACTGACTGTGGCTACAATCTTGAAGATATACGGAAGAGACGTATTATTAATGCTTGACATATATCATCTTGCCTTTCTTGGTCTAGACTGACTTCTAATGACTAACTCAAAGTCAAGGCAACTGAGTAATGTCAGCTCAGCAAAGTGCAGCAAACCCATCTCCCACAGGCCTCCAAACCCTGGCTGTTCACAGAACCACAAAGGGCAGATGCTGCACAGAAAACTAGAGAAGGGGTCATAGGTTCATGGTTTTGTTTGAGATTTGTTGCTACTGTTTTTCTGTTTTGAATTTTCTTCTTTGTTCTGTTTTTACTTTATTTAGGGGGACTAGGTGTTTCTGATATTTTAGTTTTCTTGTTTGTTTTGTTTTGTGTTGTCTGTGAATGGGGTTTTAACTGTGGATGAATGGACCTTATCTGTTGGCTTAAAGGACTGGTAAGATCAGACCATCTTATTCTTCAGGTGAATGTTTTACTTTCCAAAGTGCTCTCCTCTGCACCAGCAGTAATAAATACAATGCCATAATCCCTTAGGTTTGCCTAGTGCTTTTGCAATTTTCAAAGCACTTCCATAAGCATTCCTTCCACCTCCTTGATAGGCATTTATGGAAAGCCTGCTACATGTCAATCATACTGTTAGGCACAGGGGACCTAAAGACACATAAAAGGATGGCATTCTGCCTCATAAATTGCAAAACCTAATGAAAGTGACTGCTTGGTAAACAAATTATTATTATATTATAAAATGCTATAAAAGAGCCATATTGAAAGTGCCCTGTTGGAGACAGGGCAAATGCCACAAAAATGATGTAAATTTACATGGAGGAAAAGTAGAATCTGCCTGGTTTGTAGGCAGCAGAAGACATTTTTCATCAGTGGGCAGGTGTTCTTTACCTTTTGTAGAAATGGGAGTCAAGTCTCAAATAGGAGGCTCCACAAAATCTCATGCCAGGTCTCTGATACCTTATTCACAGAAGTTCTTTGAAGTATTTATTGTTATTTTCTTTGACTTATGGGAAAACTGGGACACAGGAAGACAGGTAAATTACCCAACCTCACACGTTAAGTCAGAACTGGGAGCCATAATTTTGTATCCCTGGTATAAATAGACAATCTCTTGAAGAAATGAAGAGATGACCATAGAAAAACATCGAGATATCTCCAGCTCTAAAATCCTTTGTTTCAATGTTGTTTGGCATATGTTATCTTTGGAATTTAGTGTCTGAGCCTCTGTCTGTTACTGTAGTATTTAAAATGCATGTATTATAATCATATAATCATAACTGCTGTTAATTCTTGATTATATACCTAGGGACAATGTGTAATGTAAGATTACTAATTGGTTCTGCCCAATCTCCTTTCAGATTTTATTAGGAAAAAAAAATAAACCTCCTGATCGGAGACAATGTATTAATCAGAAGTGTAAACTGCCAGTTCTATATAGCATGAAATGAAAAGACAGCTAATTTGGTCCAACAAACATGACTGGGTCTAGGGCACCCAGGCTGATTCAGCTGATTTCCTACCAGCCTTTGCCTCTTCCTTCAATGTGGTTTCCATGGGAATTTGCTTCAGAAAAGCCAAGTATGGGCTGTTCAGAGGTGCACACCTGCATTTTCTTAGCTCTTCTAGAGGGGCTAAGAGACTTGGTACGGGCCAGGAAGAATATGTGGCAGAGCTCCTGGAAATGATGCAGATTAGGTGGCATTTTTGTCAGCTCTGTGGTTTATTGTTGGGACTATTCTTTAAAATATCCATTGTTCACTACAGTGAAGATCTCTGATTTAACCGTGTACTATCCACATGCATTACAAACATTTCGCAGAGCTGCTTAGTATATAAGCGTACAATGTATGTAATAACCATCTCATATTTAATTAAATGGTATAGAAGAACA
【０１３７】
配列番号３：転写物ＩＬ７Ｒ−００２
GTCTTCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCTTACTCTCATTCATTTCATACACACTGGCTCACACATCTACTCTCTCTCTCTATCTCTCTCAGAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGAGGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGAATTTGAAATATGTGGGGCCCTCGTGGAGGTAAAGTGCCTGAATTTCAGGAAACTACAAGAGATATATTTCATCGAGACAAAGAAATTCTTACTGATTGGAAAGAGCAATATATGTGTGAAGGTTGGAGAAAAGAGTCTAACCTGCAAAAAAATAGACCTAACCACTATAGTTAAACCTGAGGCTCCTTTTGACCTGAGTGTCGTCTATCGGGAAGGAGCCAATGACTTTGTGGTGACATTTAATACATCACACTTGCAAAAGAAGTATGTAAAAGTTTTAATGCACGATGTAGCTTACCGCCAGGAAAAGGATGAAAACAAATGGACGGATTAAGCCTATCGTATGGCCCAGTCTCCCCGATCATAAGAAGACTCTGGAACATCTTTGTAAGAAACCAAGAAAAAATTTAAATGTGAGTTTCAATCCTGAAAGTTTCCTGGACTGCCAGATTCATAGGGTGGATGACATTCAAGCTAGAGATGAAGTGGAAGGTTTTCTGCAAGATACGTTTCCTCAGCAACTAGAAGAATCTGAGAAGCAGAGGCTTGGAGGGGATGTGCAGAGCCCCAACTGCCCATCTGAGGATGTAGTCATCACTCCAGAAAGCTTTGGAAGAGATTCATCCCTCACATGCCTGGCTGGGAATGTCAGTGCATGTGACGCCCCTATTCTCTCCTCTTCCAGGTCCCTAGACTGCAGGGAGAGTGGCAAGAATGGGCCTCATGTGTACCAGGACCTCCTGCTTAGCCTTGGGACTACAAACAGCACGCTGCCCCCTCCATTTTCTCTCCAATCTGGAATCCTGACATTGAACCCAGTTGCTCAGGGTCAGCCCATTCTTACTTCCCTGGGATCAAATCAAGAAGAAGCATATGTCACCATGTCCAGCTTCTACCAAAACCAGTGAAGTGTAAGAAACCCAGACTGAACTTACCGTGAGCGACAAAGATGATTTAAAAGGGAAGTCTAGAGTTCCTAGTCTCCCTCA
【０１３８】
配列番号４：転写物ＩＬ７Ｒ−００３
CTTCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCTTACTCTCATTCATTTCATACACACTGGCTCACACATCTACTCTCTCTCTCTATCTCTCTCAGAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGAGGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGAATTTGAAATATGTGGGGCCCTCGTGGAGGTAAAGTGCCTGAATTTCAGGAAACTACAAGAGATATATTTCATCGAGACAAAGAAATTCTTACTGATTGGAAAGAGCAATATATGTGTGAAGGTTGGAGAAAAGAGTCTAACCTGCAAAAAAATAGACCTAACCACTATAGTTAAACCTGAGGCTCCTTTTGACCTGAGTGTCGTCTATCGGGAAGGAGCCAATGACTTTGTGGTGACATTTAATACATCACACTTGCAAAAGAAGTATGTAAAAGTTTTAATGCACGATGTAGCTTACCGCCAGGAAAAGGATGAAAACAAATGGACGCATGTGAATTTATCCAGCACAAAGCTGACACTCCTGCAGAGAAAGCTCCAACCGGCAGCAATGTATGAGATTAAAGTTCGATCCATCCCTGATCACTATTTTAAAGGCTTCTGGAGTGAATGGAGTCCAAGTTATTACTTCAGAACTCCAGAGATCAATAATAGCTCAGGATTAAGCCTATCGTATGGCCCAGTCTCCCCGATCATAAGAAGACTCTGGAACATCTTTGTAAGAAACCAAGAAAAGTGAGTGTTTTTGGTGCTTAAAAAGTGTTGTGTTGGCAACATCCCAGTGGCCAAGAATGATATTCCAGGACAAGGAACAGTTGAACCTCACCTTTTGGTATTTGATTCATCCTGTAACTAGGGTCCCTCCTAAGA
【０１３９】
配列番号５：転写物ＩＬ７Ｒ−００４
AAATGCTAGAGACTATTCATTTAGGACCAGAGTGGCATTAGCTTTCCTACAGCCATCCTCACCTGCTTGACACCCTTGGATGTTGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTTTTTTTTTCCACAGCTCTTGTGGTCCCCAGCCTCTCTCTTGAGCAGGGCTGGCTTTTTTTTTTTAATAAGATAGCTGGTGCCCAAGATTGTTTTCCACCTTAAGGATAAAACCTGTTAAGAAAGGTCATAGTTTGCCAGCCCCTGCCCTAAACAAATAATTCTTGAATGCCTACTGTGGTGTGTAAGATATGAGTAAATACCAGGGATACACAGAGAACAAAAGAGAAAAACTGCTATTCTTGTGAAACTTGGAAGTTGGAGAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGA
【０１４０】
配列番号６：転写物ＩＬ７Ｒ−００５
AGAGTGGCATTAGCTTTCCTACAGCCATCCTCACCTGCTTGACACCCTTGGATGTTGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGTTTTTTTTTTCCACAGCTCTTGTGGTCCCCAGCCTCTCTCTTGAGCAGGGCTGGCTTTTTTTTTTTAATAAGATAGCTGGTGCCCAAGATTGTTTTCCACCTTAAGGATAAAACCTGTTAAGAAAGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGAGGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGAATTTGAAATATGTGGGGCCCTCGTGGAGGTAAAGTGCCTGAATTTCAGGAAACTACAAGAGATATATTTCATCGAGACAAAGAAATTCTTACTGATTGGAAAGAGCAATATATGTGTGAAGGTTGGAGAAAAGAGTCTAACCTGCAAAAAAATAGACCTAACCACTATAGGT
【０１４１】
配列番号７：転写物ＩＬ７Ｒ−００６
CTTTTAAAGTGGGCCCTTAGTCAGGAGCGGTGGCTCATGCCTGTAGTCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACAAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCCACTGAAAACACAAAAATTAGGCTGGCATAGTGGCATTTGCCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAAATTGCAGTGAGCCGAGATCATGCTATTGTACTCCAGCCTGGGCAACAAAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAATAAAAATTAAAAAAATAAAGTAGCCTCTAGCCTAAGATAGCTTGAGCCTAGGTGTGAATCTACTGCCTTACTCTGATGTAAGCACAAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGC
【０１４２】
配列番号８：転写物ＩＬ７Ｒ−００７
TTCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCTTACTCTCATTCATTTCATACACACTGGCTCACACATCTACTCTCTCTCTCTATCTCTCTCAGAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGAGGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGAATTTGAAATATGTGGGGCCCTCGTGGAGGTAAAGTGCCTGAATTTCAGGAAACTACAAGAGATATATTTCATCGAGACAAAGAAATTCTTACTGATTGGAAAGAGCAATATATGTGTGAAGGTTGGAGAAAAGAGTCTAACCTGCAAAAAAATAGACCTAACCACTATAGGTAAGAAGTTGTATATAAAAGTATGGTTGTCACTTTTGGGCTACCTGAAAACACTGTGTCTGGACATTCTGTAGGTTAAAAGTAGACAAATAGTGGAAACAACTGGCAATAGATAATAGCTAATTCCCTACTGTAAATTTTTATAAT
【０１４３】
配列番号９：転写物ＩＬ７Ｒ−００８
GTGTGGAAAGGGAGATCCTGGGCAGTGCCTAACTCACCTGAATAAGACCCATCATTTCACTCTCCTCCTTGACCACTCACAACATCCTTTATAAGCTCAGATTCTGTCCCTAATTTTGCTGTTGACTCCTTTACGTATCAGAGCTCCTTATTCTAACAAATACGAGACAACTTCAGAGAATGCTTATGGGACTAAAGGAATCCCAATTGAAATGATTTGGGAGATTTAGGCAACACCTCTTTTCCCATCCTAAGAATGTAACTGCACTCTACTCTCTAGCATGTGAATTTATCCAGCACAAAGCTGACACTCCTGCAGAGAAAGCTCCAACCGGCAGCAATGTATGAGATTAAAGTTCGATCCATCCCTGATCACTATTTTAAAGGCTTCTGGAGTGAATGGAGTCCAAGTTATTACTTCAGAACTCCAGAGATCAATAATAGCTCAGGGGAGATGGATCCTATCTTACTAACCATCAGCATTTTGAGTTTTTTCTCTGTCGCTCTGTTGGTCATCTTGGCCTGTGTGTTATGGAAAAAAAGGATTAAGCCT
【０１４４】
配列番号１０：転写物ＩＬ７Ｒ−００９
ATCTGTTCTTCTGATTCCAAGCTCAGAATAAGTGGGAAGACTCAGTGTGCCTGTGCCCTCTGCCATTCACTTCATCTATCAATGTTCTCTGATTTCAGGATTAAGCCTATCGTATGGCCCAGTCTCCCCGATCATAAGAAGACTCTGGAACATCTTTGTAAGAAACCAAGAAAAAATTTAAATGTGAGTTTCAATCCTGAAAGTTTCCTGGACTGCCAGATTCATAGGGTGGATGACATTCAAGCTAGAGATGAAGTGGAAGGTTTTCTGCAAGATACGTTTCCTCAGCAACTAGAAGAATCTGAGAAGCAGAGGCTTGGAGGGGATGTGCAGAGCCCCAACTGCCCATCTGAGGATGTAGTCATCACTCCAGAAAGCTTTGGAAGAGATTCATCCCTCACATGCCTGGCTGGGAATGTCAGTGCATGTGACGCCCCTATTCTCTCCTCTTCCAGGTCCCTAGACTGCAGGGAGAGTGGCAAGAATGGGCCTCATGTGTACCAGGACCTCCTGCTTAGCCTTGGGACTACAAACAGCACGCTGCCCCCTCCATTTTCTCTCCAATCTGGAATCCTGACATTGAACCCAGTTGCTCAGGGTCAGCCCATTCTTACTTCCCTGGGATC
【０１４５】
配列番号１１：転写物ＩＬ７Ｒ−０１０
GCAGCAATGTATGAGATTAAAGTTCGATCCATCCCTGATCACTATTTTAAAGGCTTCTGGAGTGAATGGAGTCCAAGTTATTACTTCAGAACTCCAGAGATCAATAATAGCTCAGGATTAAGCCTATCGTATGGCCCAGTCTCCCCGATCATAAGAAGACTCTGGAACATCTTTGTAAGAAACCAAGAAAAAATTTAAATGTGAGTTTCAATCCTGAAAGTTTCCTGGACTGCCAGATTCATAGGGTGGATGACATTCAAGCTAGAGATGAAGTGGAAGGTTTTCTGCAAGATACGTTTCCTCAGCAACTAGAAGAATCTGAGAAGCAGAGGCTTGGAGGGGATGTGCAGAGCCCCAACTGCCCATCTGAGGATGTAGTCATCACTCCAGAAAGCTTTGGAAGAGATTCATCCCTCACATGCCTGGCTGGGAATGTCAGTGCATGTGACGCCCCTATTCTCTCCTCTTCCAGGTCCCTAGACTGCAGGGAGAGTGGCAAGAATGGGCCTCATGTGTACCAGGACCTCCTGCTTAGCCTTGGGACTACAAACAGCACGCTGCCCCCTCCATTTTCTCTCCAATCTGGAATCCTGACATTGAACCCAGTTGCTCAGGGTCAGCCCATTCTTACTTCCCTGGGATCAAATCAAGAAGAAGCATATGTCACCATGTCCAGCTTCTACCAAAACCAGTGAAGTGTAAGAAACCCAGACTGAACTTACCGTGAGCGACAAAGATGATTTAAAAGGGAAGTCTAGAGTTCCTAGTCTCCCTCACAGCACAGAGAAGACAAAATTAGCAAAACCCCACTACACAGTCTGCAAGATTCTGAAACATTGCTTTGACCACTCTTCCTGAGTTCAGTGGCACTCAACATGAGTCAAGAGCATCCTGCTTCTACCATGTGGATTTGGTCA
【０１４６】
配列番号１２：フォワードプライマーＰＣＲ−Ａ（転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、及びＩＬ７Ｒ−００７）
GGAAGTGAATGGATCGCAGC
【０１４７】
配列番号１３：リバースプライマーＰＣＲ−Ａ（転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、及びＩＬ７Ｒ−００７）
GGCACTTTACCTCCACGAG
【０１４８】
配列番号１４：プローブＰＣＲ−Ａ（転写物ＩＬ７Ｒ−００１、ＩＬ７Ｒ−００２、ＩＬ７Ｒ−００３、ＩＬ７Ｒ−００５、及びＩＬ７Ｒ−００７）
CTGTGCTTTTGAGGACCCAGAT
【０１４９】
配列番号１５：フォワードプライマーＰＣＲ−Ｂ（転写物ＩＬ７Ｒ−００１）
CTCTGTCGCTCTGTTGGTC
【０１５０】
配列番号１６：リバースプライマーＰＣＲ−Ｂ（転写物ＩＬ７Ｒ−００１）
TCCAGAGTCTTCTTATGATCG
【０１５１】
配列番号１７：プローブＰＣＲ−Ｂ（転写物ＩＬ７Ｒ−００１）
CTATCGTATGGCCCAGTCTCC
【０１５２】
配列番号１８：フォワードプライマーＰＣＲ−Ｃ（転写物ＩＬ７Ｒ−００７）
GGAAGTGAATGGATCGCAGC
【０１５３】
配列番号１９：リバースプライマーＰＣＲ−Ｃ（転写物ＩＬ７Ｒ−００７）
CAGAATGTCCAGACACAGTG
【０１５４】
配列番号２０：プローブＰＣＲ−Ｃ（転写物ＩＬ７Ｒ−００７）
CTGTGCTTTTGAGGACCCAGAT
【図１】
2019503663.tif 000006
【図２】
2019503663.tif 000007
【図３】
2019503663.tif 000008
【図４】
2019503663.tif 000009
【配列表】
2019503663000001.app
【国際調査報告】
2019503663.tif 000010
2019503663.tif 000011
2019503663.tif 000012
2019503663.tif 000013
2019503663.tif 000014
2019503663.tif 000015