(57)【要約】  本明細書では、核酸配列またはタンパク質配列からの個体のＨＬＡタイピングの方法、システム、および媒体が記載される。本明細書で開示される方法は、ＨＬＡタイピングの現行の方法に対する重要な改善を表す。
2019524055.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定する方法であって、
ａ）個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードを、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてマッピングして、少なくとも１つの核酸配列リードを説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するステップと；
ｂ）公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つの核酸配列リードに、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するステップと
を含み、
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことを特徴とする、方法。
【請求項２】
核酸配列リードが、ＤＮＡ配列リードである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも１つの核酸配列リードが、次世代シーケンシング法により得られる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１つの核酸配列リードが、３００ヌクレオチド未満である、請求項１または３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも１つの核酸配列リードが、複数の核酸配列リードである、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
多重配列アライメントが、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む、請求項１から５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
多重配列アライメントが、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む、請求項１から６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含む、請求項１から７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含む、請求項１から８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
解集合および比較集合を生成するステップをさらに含み、解集合が、コアエクソンに基づき、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合が、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好に機能したＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む、請求項１から９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンがエクソン２および３からなる、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンがエクソン２からなる、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１つ以上のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するステップをさらに含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の１つ以上が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する、請求項１から１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
１回を超えて反復される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを評価する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
１回を超えて反復される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
接合性を確認するステップをさらに含み、接合性を確認することで、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１つ以上のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する、請求項１から１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
接合性を確認するステップが、所定のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされる少なくとも１つの核酸配列リードをカウントすることを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
配列リードの量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップをさらに含み、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップが、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つの核酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つの核酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む、請求項１から２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である、請求項１から２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である、請求項１から２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である、請求項１から２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
コンピュータを使用して実施され、ランタイムが、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するコンピュータと比較して少なくとも３倍短縮されている、請求項１から２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
個体が、自己免疫疾患を患う、請求項１から２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
個体が、臓器移植を必要としている、請求項１から２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定する方法であって、
ａ）個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸配列を、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にマッピングして、少なくとも１つのアミノ酸配列を説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するステップと；
ｂ）公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つのアミノ酸配列に、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するステップと
を含み、
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸に対して最も緊密なマッチを有する１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことを特徴とする、方法。
【請求項３０】
核酸配列リードが、ＤＮＡ配列リードである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも１つの核酸配列リードが、次世代シーケンシング法による、請求項２９または３０に記載の方法。
【請求項３２】
少なくとも１つの核酸配列リードが、３００ヌクレオチド未満である、請求項２９または３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
少なくとも１つの核酸配列リードが、複数の核酸配列リードである、請求項２９から３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
多重配列アライメントが、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む、請求項２９から３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
多重配列アライメントが、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む、請求項２９から３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含む、請求項２９から３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含む、請求項２９から３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
解集合および比較集合を生成するステップをさらに含み、解集合が、コアエクソンに基づき、少なくとも１つのアミノ酸配列と最も緊密なマッチを有する１つ以上の追加のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合が、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好に機能したＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む、請求項２９から３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンがエクソン２および３からなる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンがエクソン２からなる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１つ以上のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するステップをさらに含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列のうちの１つ以上が、個体に由来する配列データをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する、請求項２９から４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
１回を超えて反復される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされないアミノ酸配列だけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを評価する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
１回を超えて反復される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復される、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
接合性を確認するステップをさらに含み、接合性を確認することで、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１つ以上のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する、請求項２９から４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
接合性を確認するステップが、所定のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップをさらに含み、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップが、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つのアミノ酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つのアミノ酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む、請求項２９から４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である、請求項２９から５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である、請求項２９から５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である、請求項２９から５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
コンピュータを使用して実施され、ランタイムが、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するコンピュータと比較して少なくとも３倍短縮されている、請求項２９から５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
個体が、自己免疫疾患を患う、請求項２９から５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
個体が、臓器移植を必要としている、請求項２９から５４のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、２０１６年５月２７日に出願された、米国出願第６２／３４２，８１７号の利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
毎年、米国内で推定３０，０００人の患者が、臓器移植を受け、さらに２０，０００人が、骨髄移植を受けている。臓器疾患は、死亡率の主要な原因であり、１０分間ごとに、別の個体が、臓器提供の待機リストに加えられている。臓器移植後における失敗の主な原因は、個体の免疫系による拒絶である。拒絶の可能性を最小化するために、医師は、ドナーおよびレシピエントを、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）として知られていることもある、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子における、彼らのそれぞれのマッチについて、常に調べている。ＨＬＡ遺伝子座によりコードされるタンパク質は、自己抗原および外来抗原の両方に由来するペプチドを提示する、細胞表面膜貫通タンパク質である。異なるＨＬＡ分子は、自己抗原および外来抗原のそれらの提示において異なる。レシピエントのＴ細胞レパートリーおよびＢ細胞レパートリーに命令し、レパートリーが、レシピエント自身の臓器を許容するように定めるのは、これらの自己ペプチドである。ＨＬＡが「マッチ」しないドナーに由来する臓器と遭遇すると、レシピエント自身のＴ細胞およびＢ細胞は、それが、外来の病原体であった場合と同様に臓器を攻撃し、拒絶および転帰不良をもたらすことになる。現在のところ、患者のＨＬＡタイピングの改善された方法が、長年にわたり必要とされている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
本開示の方法、システム、および媒体は、現行の次世代ＤＮＡシーケンシング技術に基づく、現行のＨＬＡタイピング法に対する実質的な改善を表す。ＨＬＡタイピングのための、現行のＤＮＡシーケンシング技術の使用に関する問題は、これらの技術が、ＨＬＡ遺伝子座など、高度に多型的な遺伝子座の配列の決定における困難を大幅に増大させる、短い配列リード（ｒｅａｄ）を作り出すことである。本明細書で詳述される改善は、既存の方法と比較して、精度、効率、および速度の増大により反映される。図１に示す通り、現行の方法と比較して、本明細書で記載される方法は、他の方法と比較した場合に、クラスＩ  ＨＬＡタイピングおよびクラスＩＩ  ＨＬＡタイピングの両方について、より正確な結果をもたらす。現行の、個体のＤＮＡからのＨＬＡタイピング法は、結果に到達するのに実行される方法の不十分性、および得られた前記結果の精度不足のために、有用性が限定されている。図１を参照すると、ＨＬＡ−ＶＢＳｅｑ、ＳＯＡＰ  ＨＬＡ、およびＨＬＡ*ＰＲＧとして公知の方法は、結果のために、膨大なコンピュータ処理リソースと、かなりの待機時間とを要する。Ｏｐｔｉｔｙｐｅは、オペレーティング効率を上昇させる一方で、精度および有用性を犠牲にしている。例えば、Szolek et al. OptiType: precision HLA typing from next-generation sequencing data.Bioinformatic, Vol.30 no.23 2014, pages 3310-3316を参照されたい。Ｏｐｔｉｔｙｐｅは、そのＨＬＡ基準配列についてのデータベースにあらかじめフィルターをかけることから、精度を損ない、したがって、例えば、まれなＨＬＡ対立遺伝子を伴う人々についてのタイピングを誤り、クラスＩＩ  ＨＬＡ基準配列をアライメントしようと試みることさえないことから、臨床状況におけるその有用性は限定される。ＤＮＡ−ベースのＨＬＡタイピングが、臨床処置の進歩に寄与するためには、本明細書で記載される方法など、新たな方法を開発しなければならない。ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法は、ＨＬＡ基準配列にあらかじめフィルターをかけたり、アルゴリズムを使用して、被験ＨＬＡ対立遺伝子の量を低減したりしない。
【０００４】
図１をさらに参照すると、ある特定の場合には、本明細書で記載される方法、システム、および媒体は、現行のＨＬＡタイピング法と比較して、ランタイムの短縮を結果としてもたらす。ある特定の実施形態では、アプリケーションランタイムを、ＨＬＡ−ＶＢＳｅｑ法、ＳＯＡＰ  ＨＬＡ法、およびＨＬＡ*ＰＲＧ法、またはＯｐｔｉｔｙｐｅ法のうちのいずれかと比較して、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０倍、またはこれ以上短縮する。ある特定の場合には、本明細書で記載される方法、システム、および媒体は、現行のＨＬＡタイピング法と比較して、プロセッサ利用の低減を結果としてもたらす。ある特定の実施形態では、アプリケーションは、ＨＬＡ−ＶＢＳｅｑ法、ＳＯＡＰ  ＨＬＡ法、およびＨＬＡ*ＰＲＧ法、またはＯｐｔｉｔｙｐｅ法のうちのいずれかと比較して、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０倍、またはこれ以上低減されたプロセッサ利用を結果としてもたらす。
【０００５】
図２を参照すると、ＨＬＡ遺伝子座は、ヒト第６染色体上に存在する。第６染色体は、常染色体であるので、各個体は、各ＨＬＡ遺伝子の２つずつのコピーを保有する。組織適合性に重要な、ＨＬＡクラスＩ遺伝子座の遺伝子を、Ａ、Ｂ、およびＣと表し、組織適合性に重要な、ＨＬＡクラスＩＩ遺伝子座の遺伝子を、ＤＲ、ＤＱ、およびＤＰと表す。図３を参照すると、これらの遺伝子の１つずつは、遺伝子全体で、数百または数千の対立遺伝子を有する。遺伝子の対立遺伝子は、それらの４桁の型にさらに群分けすることができる。対立遺伝子と、４桁の対立遺伝子との差違は、４桁の対立遺伝子が、タンパク質配列の差違をもたらす、ＤＮＡ配列の差違を捕捉することである。例えば、対立遺伝子は、それらのＤＮＡ配列内の変異体に基づき、識別可能であるが、この変異体が同義変異体である場合は、発現したタンパク質中でアミノ酸の変化をもたらさないことから、機能的かつ免疫学的に識別不能となる。図３をさらに参照すると、各ＨＬＡ遺伝子は、多重エクソンを有し、これらのうちで、クラスＩ遺伝子については、エクソン２および３がコアエクソンであり、クラスＩＩ遺伝子については、エクソン２がコアエクソンである。コアエクソンは、それらが、ＨＬＡ分子のペプチド結合性ポケットまたはペプチド結合性コアを含有するために、そのように名付けられている。ＩＭＧＴ基準データベース内の全てのＨＬＡ遺伝子は、それらのコアエクソンがシーケンシングされている。
【０００６】
図４は、ＨＬＡの命名についての標準的な慣例を例示する。各遺伝子は、文字表記に続き、アステリスクを有する。フィールド１が、対立遺伝子群を表すのに対し、フィールド２は、特異的ＨＬＡタンパク質を表す。まとめると、フィールド１およびフィールド２は、４桁のＨＬＡ対立遺伝子を表す。残りのフィールドである、フィールド３およびフィールド４は、結果として得られるタンパク質のアミノ酸配列中の変化に翻訳されない、ＤＮＡ配列の差違を示すのに使用される。フィールド３が、コード領域内に位置する同義変異体を表すのに対し、フィールド４は、非コード領域内の変異体を表す。
【０００７】
図５は、ＨＬＡ遺伝子座のシーケンシングにおける、主な困難を例示する。とりわけ、短リード技術を採用する場合、主に、遺伝子座に存在する高度の相同性のために、１つの配列リードは、多くの異なる遺伝子にマッピングされうる。さらに悪いことに、基準ゲノムは、任意のＨＬＡ遺伝子のうちの１つの種類だけを表しうるため、ＨＬＡ遺伝子に由来するリードは、ヒト基準ゲノム上の、誤った遺伝子にマッピングされうる。
【０００８】
図６は、アライメント行列を示し、複数のＤＮＡ配列リードが存在する場合に、この問題を強調する。複数のリードの各々は、ＨＬＡの複対立遺伝子にマッピングされ、複数のＤＮＡ配列リードを対立遺伝子に、一義的にマッピングする作業を、さらに交絡させ、遅延させる。
【０００９】
ある特定の実施形態では、本開示は、個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定する方法であって、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードを、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてマッピングして、少なくとも１つの核酸配列リードを説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するステップと；公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つの核酸配列リードに、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するステップとを含み、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む方法を提示する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。多重配列アライメントは、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。多重配列アライメントは、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。場合によって、方法は、解集合および比較集合を生成するステップをさらに含み、ここで、解集合は、コアエクソンに基づき、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。場合によって、方法は、全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するステップをさらに含み、ここで、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列のうちの１または複数が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する。方法は、１回を超えて反復することができる。方法は、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。方法は、１回を超えて反復することができる。方法は、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、方法は、接合性を確認するステップをさらに含み、ここで、接合性を確認するステップは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの、任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認するステップは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされる少なくとも１つの核酸配列リードをカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、配列リードの量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、方法は、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップをさらに含み、ここで、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップは、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つの核酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つの核酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、方法は、コンピュータを使用して実施され、ランタイムを、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するコンピュータと比較して少なくとも３倍短縮する。方法は、自己免疫疾患を患う個体に有用である。方法は、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１０】
別の実施形態では、本開示は、個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定する方法であって、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸配列を、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にマッピングして、少なくとも１つのアミノ酸配列を説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するステップと；公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つのアミノ酸配列に、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するステップとを含み、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸に対して最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む方法を提示する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。多重配列アライメントは、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。多重配列アライメントは、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。場合によって、方法は、解集合および比較集合を生成するステップをさらに含み、ここで、解集合は、コアエクソンに基づき、少なくとも１つのアミノ酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。場合によって、方法は、全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するステップをさらに含み、ここで、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列のうちの１または複数が、個体に由来する配列データをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する。方法は、１回を超えて反復することができる。方法は、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされないアミノ酸配列だけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。方法は、１回を超えて反復することができる。方法は、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。
【００１１】
ある特定の場合には、方法は、接合性を確認するステップをさらに含み、ここで、接合性を確認するステップは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認するステップは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、方法は、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップをさらに含み、ここで、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップは、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つのアミノ酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つのアミノ酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、方法は、コンピュータを使用して実施され、ランタイムを、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するコンピュータと比較して少なくとも３倍短縮する。方法は、自己免疫疾患を患う個体に有用である。方法は、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１２】
本明細書の別の実施形態では、プロセッサにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定するためのアプリケーションであり、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードを、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてマッピングして、少なくとも１つの核酸配列リードを説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するソフトウェアモジュールと；公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つの核酸配列リードに、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するソフトウェアモジュールとを含み、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むアプリケーションを創出するコンピュータプログラムによりコードされる、不揮発性のコンピュータ可読記憶媒体について記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。
【００１３】
多重配列アライメントは、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。多重配列アライメントは、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。アプリケーションは、解集合および比較集合を生成するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、解集合は、コアエクソンに基づき、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列のうちの１または複数が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで、繰り返し実行することができる。場合によって、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで、繰り返し実行することができる。アプリケーションは、接合性を確認するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、接合性を確認することは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認することは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされる少なくとも１つの核酸配列リードをカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、配列リードの量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２または５倍である場合に、個体をホモ接合性であると決定する。アプリケーションは、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、最大分解度のＨＬＡ組成を決定することは、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つの核酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つの核酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される、全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１４】
本明細書の別の実施形態では、プロセッサにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定するためのアプリケーションであり、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸配列を、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にマッピングして、少なくとも１つのアミノ酸配列を説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するソフトウェアモジュールと；公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つのアミノ酸配列に、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するソフトウェアモジュールとを含み、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸に対して最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むアプリケーションを創出するコンピュータプログラムによりコードされる、不揮発性のコンピュータ可読記憶媒体について記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。多重配列アライメントは、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。多重配列アライメントは、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。アプリケーションは、解集合および比較集合を生成するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、解集合は、コアエクソンに基づき、少なくとも１つのアミノ酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するためのソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列のうちの１または複数が、少なくとも１つのアミノ酸配列をより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで、繰り返し実行することができる。場合によって、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで、繰り返し実行することができる。本開示の媒体では、アプリケーションは、接合性を確認するソフトウェアモジュールをさらに含み、接合性を確認することは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認することは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２または５倍である場合に、個体をホモ接合性であると決定する。アプリケーションは、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、最大分解度のＨＬＡ組成を決定することは、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つのアミノ酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つのアミノ酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される、全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１５】
本明細書の別の実施形態では、少なくとも１つのプロセッサ、実行可能な命令を実施するように構成されたオペレーティングシステム、メモリ、およびデジタル処理デバイスにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定するためのアプリケーションであり、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードを、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてマッピングして、少なくとも１つの核酸配列リードを説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するソフトウェアモジュールと；公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つの核酸配列リードに、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するソフトウェアモジュールとを含み、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むアプリケーションを創出するコンピュータプログラムを含む、デジタル処理デバイスを含むコンピュータ実装型システムについて記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。多重配列アライメントは、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。多重配列アライメントは、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。アプリケーションは、解集合および比較集合を生成するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、解集合は、コアエクソンに基づき、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードと最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列のうちの１または複数が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされないアミノ酸配列だけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、アプリケーションは、接合性を確認するステップをさらに含み、接合性を確認するステップは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認するステップは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、アプリケーションは、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップをさらに含み、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するステップは、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つのアミノ酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つのアミノ酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１６】
本明細書の別の実施形態では、少なくとも１つのプロセッサ、実行可能な命令を実施するように構成されたオペレーティングシステム、メモリ、およびデジタル処理デバイスにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の４桁のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）対立遺伝子組成を決定するためのアプリケーションであり、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸配列を、公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にマッピングして、少なくとも１つのアミノ酸配列を説明するＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定するソフトウェアモジュールと；公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の多重配列アライメント（ＭＳＡ）を使用して、少なくとも１つのアミノ酸配列に、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好にマッチする１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を同定するソフトウェアモジュールとを含み、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成が、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードから翻訳される少なくとも１つのアミノ酸に対して最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むアプリケーションを創出するコンピュータプログラムを含む、デジタル処理デバイスを含むコンピュータ実装型システムについて記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法によるものでありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。多重配列アライメントは、全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。多重配列アライメントは、ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから利用可能である全ての公知のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含みうる。ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列は、個体に由来する少なくとも１つの核酸配列リードに対して少なくとも９５％の同一性を有するＨＬＡ対立遺伝子を含みうる。アプリケーションは、解集合および比較集合を生成するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、解集合は、コアエクソンに基づき、少なくとも１つのアミノ酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含み、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、全ての共通エクソンに基づき、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列の各々を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列のうちの１または複数が、少なくとも１つのアミノ酸配列をより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで、繰り返し実行することができる。場合によって、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで、繰り返し実行することができる。本開示の媒体では、アプリケーションは、接合性を確認するソフトウェアモジュールをさらに含み、接合性を確認することは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認することは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。アプリケーションは、最大分解度のＨＬＡ組成を決定するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、最大分解度のＨＬＡ組成を決定することは、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成に一義的にアライメントされる少なくとも１つのアミノ酸配列リードを抽出することと、少なくとも１つのアミノ酸配列リードを、４桁のＨＬＡ対立遺伝子群内に含有される全てのＨＬＡ対立遺伝子の基準配列に照らしてアライメントすることとを含む。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成は、主要組織適合性複合体クラスＩおよび主要組織適合性複合体クラスＩＩの対立遺伝子組成である。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１７】
本明細書の別の実施形態では、個体の核酸配列に由来するＨＬＡ対立遺伝子の集合を精緻化する方法であって、解集合のＨＬＡ基準配列と、比較集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列との間で共有される全てのエクソンに基づき、解集合の各ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するステップを含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する方法について記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。解集合は、コアエクソンおよび比較集合に基づき、個体に由来する核酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことが可能であり、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。方法は、１回を超えて反復することができる。方法は、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。方法は、接合性を確認するステップをさらに含むことが可能であり、ここで、接合性を確認するステップは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認するステップは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされる少なくとも１つの核酸配列リードをカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、配列リードの量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、方法は、コンピュータを使用して実施され、ランタイムを、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するコンピュータと比較して少なくとも３倍短縮する。方法は、自己免疫疾患を患う個体に有用である。方法は、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１８】
本明細書の別の実施形態では、個体の核酸配列から翻訳されたアミノ酸配列に由来するＨＬＡ対立遺伝子の集合を精緻化する方法であって、解集合のＨＬＡ基準配列と、比較集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列との間で共有される全てのエクソンに基づき、解集合の各ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するステップを含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新する方法について記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。解集合は、コアエクソンおよび比較集合に基づき、個体の核酸配列から翻訳されたアミノ酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことが可能であり、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。方法は、１回を超えて反復することができる。方法は、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。方法は、接合性を確認するステップをさらに含みうる。接合性を確認するステップは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、方法は、コンピュータを使用して実施され、ランタイムを、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するコンピュータと比較して少なくとも３倍短縮する。方法は、自己免疫疾患を患う個体に有用である。方法は、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００１９】
本明細書の別の実施形態では、プロセッサにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の核酸配列に由来するＨＬＡ対立遺伝子の集合を精緻化するためのアプリケーションであり、解集合のＨＬＡ基準配列と、比較集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列との間で共有される全てのエクソンに基づき、解集合の各ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するように構成されたソフトウェアモジュールを含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新するアプリケーションを創出するコンピュータプログラムによりコードされる、不揮発性のコンピュータ可読記憶媒体について記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。解集合は、コアエクソンおよび比較集合に基づき、個体に由来する核酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことが可能であり、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、接合性を確認するように構成されたソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、接合性を確認することは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認することは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。
【００２０】
本明細書の別の実施形態では、プロセッサにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の核酸配列から翻訳されたアミノ酸配列に由来するＨＬＡ対立遺伝子の集合を精緻化するためのアプリケーションであり、解集合のＨＬＡ基準配列と、比較集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列との間で共有される全てのエクソンに基づき、解集合の各ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するように構成されたソフトウェアモジュールを含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新するアプリケーションを創出するコンピュータプログラムによりコードされる、不揮発性のコンピュータ可読記憶媒体について記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。解集合は、コアエクソンおよび比較集合に基づき、個体の核酸配列から翻訳されたアミノ酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことが可能であり、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、接合性を確認するように構成されたソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、接合性を確認することは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認することは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００２１】
本明細書の別の実施形態では、少なくとも１つのプロセッサ、実行可能な命令を実施するように構成されたオペレーティングシステム、メモリ、およびデジタル処理デバイスにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の核酸配列に由来するＨＬＡ対立遺伝子の集合を精緻化するためのアプリケーションであり、解集合のＨＬＡ基準配列と、比較集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列との間で共有される全てのエクソンに基づき、解集合の各ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するソフトウェアモジュールを含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新するアプリケーションを創出するコンピュータプログラムを含む、デジタル処理デバイスを含むコンピュータ実装型システムについて記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。解集合は、コアエクソンおよび比較集合に基づき、個体に由来する核酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことが可能であり、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、接合性を確認するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、接合性を確認することは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認することは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００２２】
本明細書の別の実施形態では、少なくとも１つのプロセッサ、実行可能な命令を実施するように構成されたオペレーティングシステム、メモリ、およびデジタル処理デバイスにより実行可能な命令を含むコンピュータプログラムであって、個体の核酸配列から翻訳されたアミノ酸配列に由来するＨＬＡ対立遺伝子の集合を精緻化するためのアプリケーションであり、解集合のＨＬＡ基準配列と、比較集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列との間で共有される全てのエクソンに基づき、解集合の各ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列と比較するソフトウェアモジュールを含み、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列が、個体に由来する核酸配列リードをより良好に説明する場合、解集合を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列で更新するアプリケーションを創出するコンピュータプログラムを含む、デジタル処理デバイスを含むコンピュータ実装型システムについて記載する。ある特定の実施形態では、核酸は、ＤＮＡである。少なくとも１つの核酸配列リードは、次世代シーケンシング法により得ることができる。少なくとも１つの核酸配列リードは、３００ヌクレオチド未満でありうる。少なくとも１つの核酸配列リードは、複数の核酸配列リードでありうる。解集合は、コアエクソンおよび比較集合に基づき、個体の核酸配列から翻訳されたアミノ酸配列と最も緊密なマッチを有する１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含むことが可能であり、比較集合は、解集合のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列とほぼ同様に良好な性能であったＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２および３からなりうる。ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列がクラスＩＩ分子である場合、コアエクソンはエクソン２からなりうる。アプリケーションは、１回を超えて反復することができる。アプリケーションは、解集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を、比較集合に由来するＨＬＡ対立遺伝子で置きかえることができなくなるまで反復することができる。ある特定の場合には、解集合のＨＬＡ基準配列または比較集合のＨＬＡ基準配列にはマッピングされるが、これらの両方にはマッピングされず、解集合内の他のＨＬＡ対立遺伝子の基準配列にもマッピングされない核酸配列リードだけを使用して、推定ＨＬＡ対立遺伝子を、比較対立遺伝子で置きかえるべきであるのかどうかを査定する。アプリケーションは、接合性を確認するソフトウェアモジュールをさらに含むことが可能であり、ここで、接合性を確認することは、個体が、個体の４桁のＨＬＡ対立遺伝子組成のうちの任意の１または複数のＨＬＡ対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定する。接合性を確認することは、所与のＨＬＡ遺伝子の各対立遺伝子にマッピングされるアミノ酸配列をカウントすることを含みうる。ある特定の場合には、アミノ酸配列の量が、２番目に強く相関する対立遺伝子の少なくとも２倍またはこれを超える場合に、個体をホモ接合性であると決定する。ある特定の場合には、アプリケーションは、Ｏｐｔｉｔｙｐｅ法を実行するアプリケーションと比較して少なくとも３倍短縮されたランタイムを結果としてもたらす。アプリケーションは、自己免疫疾患を患う個体に有用である。アプリケーションは、臓器移植を必要とする個体に有用である。
【００２３】
本明細書で記載される対象物の特徴および利点についてのよりよい理解は、例示的な実施形態を明示する、以下の詳細な記載および付属の図面を参照することにより得られるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１】本開示の方法、システム、および媒体を利用して達成するのに必要とされる、速度の増大、精度の増大、および計算力の低減に関する重要な改善を例示する図である。
【図２】ＨＬＡ遺伝子座についての概略図である。
【図３】ＩＭＧＴデータベースおよびエクソンカバレッジにおける、各ＨＬＡ遺伝子に対する対立遺伝子の数を例示する図である。
【図４】ＨＬＡ対立遺伝子の命名法についての標準的な慣例を示す図である。
【図５】ＨＬＡ遺伝子座内の異なるＨＬＡ遺伝子の高度な相同性を例示し、遺伝子座から採取された個別の短いリードを、多くの異なるＨＬＡの対立遺伝子および遺伝子座にマッピングしうることを例示する図である。
【図６】コアエクソンを使用する仮説的アライメント行列を示す図である。
【図７】最大分解度のＨＬＡ型を決定するのに実行されるステップを描示するフローチャートを示す図である。
【図８】本明細書で開示される方法の新規の特徴を例示する、すなわち、エクソンに由来するリードを、どちらの対立遺伝子についても公知の基準配列と比較することにより、推定ＨＬＡ対立遺伝子が、比較対立遺伝子より良好に、シーケンシングデータを説明するのかどうか、シーケンシングデータが、現解集合内の、２つの対立遺伝子のうちの一方だけにより説明可能であり、他の対立遺伝子によっては説明可能ではないのかどうかの査定を例示する図である。
【図９】比較集合による、初期の解集合の反復的更新に関与するステップを描示するフローチャートを示す図である。
【図１０】比較集合による、解集合の反復的更新に関与するステップを描示するフローチャートを示す図である。
【図１１】所与のＨＬＡ遺伝子が、具体的な対立遺伝子について、ヘテロ接合性またはホモ接合性であると、どのようにして指定されるのかについての概略的例示である。
【図１２】最大分解度のＨＬＡ型の決定に関与するステップを描示するフローチャートを示す図である。
【図１３】デジタル処理デバイスの非限定的な例を示し、この場合、１または複数のＣＰＵ、メモリ、通信インターフェース、およびディスプレイを伴うデバイスを示す図である。デバイスおよび接続を使用して、医療ケア従事者によりアクセス可能な報告書を送付することができる。本開示の方法のうちのいずれかにより、報告書を作成することができる。
【発明を実施するための形態】
【００２５】
別段の規定がない限り、本明細書で使用される、全ての技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者が一般に理解する意味と同じ意味を有する。本明細書および付属の特許請求の範囲で使用される、単数形の「ある（ａ）」、「ある（ａｎ）」、および「その」は、文脈によりそうでないことが明らかに指示されない限り、複数の指示対象を含む。そうでないことが言明されない限り、本明細書では、「または」に対するいかなる言及も、「および／または」を包摂することを意図する。
【００２６】
本明細書で使用される「基準ゲノム」とは、任意の標準的な公開基準ゲノム、例えば、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍによるヒトゲノム（ビルド３８）である、ＧＲＣｈ３８を指す。代替的に、基準ゲノムは、複数のゲノムのシーケンシングからデノボで構築されるゲノムでもありうる。ある特定の実施形態では、複数のゲノムは、１０，０００を超える、異なるゲノムである。ある特定の実施形態では、複数のゲノムは、１００，０００を超える、異なるゲノムである。
【００２７】
本開示の方法、システム、および媒体は、現行のＨＬＡタイピング法に対する実質的な改善を表す。本明細書で記載される方法は、個体のゲノムから生成される核酸配列リードを使用する。ある特定の実施形態では、核酸配列は、ＤＮＡである。核酸配列リードは、任意の核酸シーケンシング技術を使用して生成しうるが、方法の全出力は、次世代シーケンシング技術を使用して生成される、短いリードを使用して実現される。技術は、パイロシーケンシング、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、および／またはシーケンシングアレイなど、短いリードを生成する、任意の次世代技術でありうる。方法はまた、サンガーシーケンシングなど、旧式のシーケンシング技術とも適合性である。リードは、ペアドエンドリードでありうる。核酸配列リードの平均長は、５００、４００、３００、２００、１５０、１００、７５、５０、４０、３５、３２、または３０塩基対未満でありうる。任意の数のリードを使用することができ、場合によって、複数のリードを使用する。場合によって、これらにおける増分を含む、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、５００、１，０００、２，０００、またはこれを超えるリードを使用する。
【００２８】
核酸リードは、血液、血漿、血清、生検、唾液、尿、または精液など、生物学的試料から単離されたＤＮＡまたはＲＮＡに由来しうる。核酸リードはまた、生物学的試料から単離された核酸から逆転写されるｃＤＮＡでもありうる。ある特定の態様では、核酸は、循環無細胞ＤＮＡの場合もあり、循環無細胞ＲＮＡの場合もある。ある特定の場合には、解析されるＤＮＡは、核内ゲノムＤＮＡであり、ミトコンドリアＤＮＡではない。個体に由来する核酸配列は、サードバーティーのシーケンシングプロバイダーを介して得ることもでき、個体が機関に送信しうる、既に決定された配列を介して得ることもでき、本明細書の方法を実施する個体を介して得ることもできる。個体は、移植を受けている患者、移植リストに掲載されている患者、または見込みの臓器ドナーである患者でありうる。ある特定の実施形態では、本明細書で使用されるシーケンシング法は、自己免疫疾患を予後診断または診断するために有用でありうる。
【００２９】
図７は、全般的な方法を描示するフローチャートを伴う概略図を示す。第１のステップ７００では、１または複数の独立の核酸配列リードを、ＨＬＡ遺伝子座に照らしてアライメントして、どの配列リードが、どの公知のＨＬＡ対立遺伝子にマッピングされるのか表す、アライメント行列をもたらす。生のシーケンシングデータにフィルターをかける７０３。このフィルターをかけるステップは、末端から低品質の塩基対を除去し（トリミング）、全般的に低品質の配列リードを棄却する。次いで、リードを、公知のＨＬＡ対立遺伝子に照らしてアライメントする。場合によって、最小で１００塩基対を有するリードが好ましい。場合によって、最小で５０塩基対を有するリードを使用することができる。代替的実施形態では、核酸を、アミノ酸配列に翻訳してから７０４、公知のＨＬＡ対立遺伝子のアミノ酸配列に照らしてアライメントする。この新規のステップは、マッチングの全体を、４桁の対立遺伝子、したがって、診療所におけるＨＬＡタイピングに最も重要な遺伝子とのマッチだけに縮約する。あらゆる非同義ＳＮＰは、１０の同義ＳＮＰより大きな影響を及ぼすので、この新規のステップはまた、より迅速なアライメントも可能とする。リードにフィルターをかけた後で、リードを、公知のＨＬＡ対立遺伝子に照らしてアライメントして、配列リードと共通の配列を共有する、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を同定する。各ＨＬＡ遺伝子についての、多数の、類似するが異なる対立遺伝子のために、初期のアライメントは、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合と同等に良好であるか、またはこれに近接して良好な、一部のマッチを逸失することが多いであろう。したがって、次いで、公知のＨＬＡ対立遺伝子の多重配列アライメントを使用して、このＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合を拡大する７０５結果として、配列リードと共通の配列を共有する、１または複数のさらなるＨＬＡ対立遺伝子の同定をもたらす。場合によって、ＭＳＡベースの拡大は、全ての公知のＨＬＡ配列を使用する。このステップの効果は、リードにより説明されうるＨＬＡ対立遺伝子の網羅的リストを創出することである。場合によって、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、任意の配列リードと１００％同一な対立遺伝子を含む。場合によって、ＨＬＡ対立遺伝子の第１の集合は、任意の配列リードと、少なくとも９９％、９８、９７％、９６％、または９５％同一な対立遺伝子を含む。場合によって、ＨＬＡ対立遺伝子の拡大されたリストは、第１の集合内の任意の対立遺伝子と１００％同一な対立遺伝子を含む。場合によって、ＨＬＡ対立遺伝子の拡大されたリストは、第１の集合内の任意の対立遺伝子と、少なくとも９９％、９８、９７％、９６％、または９５％同一な対立遺伝子を含む。
【００３０】
拡大されたＨＬＡ対立遺伝子の集合７０６により説明される各遺伝子について、上位２つの対立遺伝子を決定することにより、ステップ７００により生成されるアライメント行列を解析して、個体の４桁のＨＬＡ組成７０１を見出すことができる。ある特定の実施形態では、上位２つの対立遺伝子は、ランク付け計量または確率計量に基づく。このステップは、コアエクソンおよび整数線形計画法を使用することにより実施することができる。これは、図６に描示されるアライメント行列を使用して行うことができる。コアエクソンは、クラスＩのＨＬＡについてのエクソン２および３、またはクラスＩＩのＨＬＡについてのエクソン２である。加えて、本開示で記載される通り、接合性の確認７０９を実施して、個体が、所与の遺伝子座において指定された対立遺伝子についてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかを決定することができる。
【００３１】
図８は、解析を、コアエクソンから、拡大された対立遺伝子集合に由来する、全ての利用可能な共有エクソンに拡大することにより、ステップ７０１からの結果の精度を、さらに改善しうることを例示する。例えば、個体の核酸配列リードまたは翻訳されたアミノ酸配列リードを最もよく説明する、複数のＨＬＡ対立遺伝子を含有する、初期の解集合８０３内に、２つの対立遺伝子８０１および８０２が、同様またはほぼ同様に含まれることが可能でありうる。この場合、解析を、２つの異なる対立遺伝子の間で共有されるエクソンに拡大することは、解集合の全般的な信頼性を増大させるか、または両義性を分解しうる。対立遺伝子８０２は、解集合内の対立遺伝子８０１で置換することができるが、８０２の組入れが、個体の配列リードをより良好に説明する解集合を創出する場合は、８０２を、集合内に保持し、そうでない場合は、８０１を保持する。解集合は、そのアライメントの信頼性が大きければ、個体の配列リードをより良好に説明する。アライメントの信頼性には、シーケンシングの品質を考慮に入れる場合もあり、エラーの確率を考慮に入れる場合もあり、これらの両方を考慮に入れる場合もある。ある特定の実施形態では、１０％、２０、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはこれ以上を超えるシーケンシング品質は、大きな信頼性を結果としてもたらすであろう。ある特定の実施形態では、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、またはこれ未満のエラー確率は、大きな信頼性を結果としてもたらすであろう。代替的に、より多くの共有リードが、対立遺伝子８０２にマッピングされる場合は、対立遺伝子８０１ではなく、対立遺伝子８０２を、解集合内に組み入れることができる。場合によって、上記の手順では、現解集合内で比較される２つの対立遺伝子のうちの一方だけにより説明可能であり、他の対立遺伝子によっては説明可能ではない配列リードだけを使用する。
【００３２】
リードを最もよく説明する、拡大された対立遺伝子集合に由来する対立遺伝子を反復的に更新すること７０８により、ステップ７０１をさらに改善することができる。一部の実施形態では、反復的更新は、全ての対応のある共有エクソン７０７を考慮する。一部の実施形態では、まず、コアエクソンを使用して、反復的更新を実施する。次いで、所望の場合、コアエクソンに加えて共有エクソンを使用して、反復的工程を反復することもできる。
【００３３】
図９は、コアエクソンにマッピングされる配列リードを使用して、初期の解集合９０３を生成し、個体の配列リードのマッチングに関して、初期の解集合とほぼ同様に良好な性能であった対立遺伝子を使用して、比較集合９０４を生成するスキームを表す。ある特定の場合には、対立遺伝子は、ランク付けに基づき、ほぼ同様に良好な性能である。例えば、上位にランク付けされる対立遺伝子は、初期の集合内に存在することが可能であり、比較集合は、２番目、３番目、４番目、５番目、６番目、７番目、８番目、９番目、１０番目、もしくはこれより上位にランクされる対立遺伝子、またはランク付けされた結果のうちの、上位１％、２％、３％、４％、５％、もしくは１０％内にランクされる対立遺伝子を含む。比較集合内の全ての対立遺伝子との、逐次的で対応のある多重比較を行って、解集合内の各対立遺伝子を反復的に更新する点を除き、図８と同様に、解析を、共有エクソンに拡大する。この反復工程は、リードの正確な数およびカバレッジに依存しうる。ある特定の場合には、反復的工程は、ＨＬＡ対立遺伝子の、より良好なマッチング集合が見出されなくなるまで継続される。ある特定の場合には、この更新は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回、またはこれを超える反復を経る。ある特定の場合には、この更新は、それらにおける増分を含む、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００回、またはこれを超える反復を経る。ある特定の場合には、この更新は、それらにおける増分を含む、少なくとも１，０００、２，０００、３，０００、４，０００、５，０００、６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、１０，０００回、またはこれを超える反復を経る。ある特定の場合には、この更新は、それらにおける増分を含む、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００回、またはこれを超える反復を経る。解集合内の第１の対立遺伝子９０１について、全ての組合せを網羅したら、方法は、解集合内の次の対立遺伝子９０５に移動する。解集合内の全ての対立遺伝子を、比較集合内の全ての対立遺伝子と比較し終わるまで、これを反復する。
【００３４】
図１０は、個体の４桁のＨＬＡ型に到達するのに、単一の最良の比較集合を選び出すことを例示する。これは、全体としての解集合ではなく、個々の対立遺伝子を更新した図９の場合と同様に、全体としての解集合を反復的に更新することにより達成する。
【００３５】
ＨＬＡ遺伝子座は、常染色体上にあるので、個体は、各ＨＬＡ遺伝子の２つのコピーを有する。個体は、所与のＨＬＡ遺伝子において、ホモ接合性の場合もあり、ヘテロ接合性の場合もある。図１１は、接合性の確認の間の概念を例示する。初期の解集合は、各遺伝子について、２つずつの対立遺伝子を有するので、最終的な解集合１１０３も、各遺伝子について、２つずつの対立遺伝子１１０１および１１０２を有することになる。個体が、対立遺伝子１１０１または１１０２のいずれかについてヘテロ接合性であるのか、またはホモ接合性であるのかの決定は、各対立遺伝子にマッピングされるリードをカウントし、１つの対立遺伝子に由来するリードの、別の対立遺伝子に由来するリードに対する比を取ることを伴う。場合によって、解集合内の２つの対立遺伝子のうちの一方だけにより説明することが可能であり、他の対立遺伝子によっては説明することが可能ではない配列リードだけを使用する。対立遺伝子１１０１にマッピングされるリードの数１１０６が、対立遺伝子１１０２にマッピングされるリードの数１１０７より十分に大きい場合、個体が、対立遺伝子１１０１についてホモ接合性である確実性は大きい。ホモ接合性の判定を下すリードの比は、少なくとも２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、またはこれを超える比でありうる。ある特定の場合には、ホモ接合性であると判定される対立遺伝子は、次に近縁である対立遺伝子の、２、３、４、５、６倍、またはこれを超えるリードが、この対立遺伝子にマッピングされる。
【００３６】
個体の４桁のＨＬＡ型の決定に加えて、本開示の方法は、最大分解度のＨＬＡ型の決定を可能とする。最大分解度のＨＬＡ型は、図４に表される通り、４つのフィールドコード全てに同定される各対立遺伝子により表される個体のＨＬＡ組成である。
【００３７】
図１２は、個体の最大分解度のＨＬＡ型を決定するための概略を例示する。最終的な４桁のＨＬＡ組成に到達し、接合性の確認を実施した後、次いで、解集合に一義的に割り当てられた全てのリードを、各４桁の型の中に収まる、全ての対立遺伝子に照らしてアライメントする。例えば、図１２では、その４桁の型であるＡ*０３：０１により指定される対立遺伝子１２０１に一義的にマッピングされるリードを抽出し、この同じ４桁の型の、他の全ての対立遺伝子である、Ａ*０３：０１：０１：０１、Ａ*０３：０１：０１：０２、Ａ*０３：０１：０２：０１、Ａ*０３：０１：０３：０１、Ａ*０３：０１：０３：０２、およびＡ*０３：０１：０３：０３に照らして調べる。単一の最良のマッチを、解集合に追加し、最終的な４桁のＨＬＡ組成集合内の、全ての対立遺伝子について、工程を反復する。
【００３８】
デジタル処理デバイス
本明細書で記載されるシステム、媒体、および方法は、デジタル処理デバイスまたはその使用を含みうる。デジタル処理デバイスは、デバイスの機能を果たす、１または複数のハードウェアである、中央演算装置（ＣＰＵ）またはＧＰＧＰＵ（ｇｅｎｅｒａｌ  ｐｕｒｐｏｓｅ  ｇｒａｐｈｉｃｓ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  ｕｎｉｔ）を含む。デジタル処理デバイスは、実行可能な命令を実施するように構成されたオペレーティングシステムをさらに含む。デジタル処理デバイスは、可逆的に接続されたコンピュータネットワークでありうる。多様な実施形態では、デジタル処理デバイスを、それが、ワールドワイドウェブ、クラウドコンピューティングインフラストラクチャー、イントラネット、および／またはデータ記憶デバイスにアクセスするように、インターネットに接続してもよく、インターネットへの接続は可逆的である。
【００３９】
本明細書の記載に従い、適切なデジタル処理デバイスは、非限定的な例を目的として述べると、サーバコンピュータ、デスクトップコンピュータ、ラップトップコンピュータ、ノートブックコンピュータ、サブノートブックコンピュータ、ネットブックコンピュータ、ネットパッドコンピュータ、携帯型コンピュータ、インターネット家電、モバイルスマートフォン、およびタブレット型コンピュータを含む。当業者は、多くのスマートフォンが、本明細書で記載されるシステムにおける使用に適することを認識するであろう。適切なタブレット型コンピュータは、当業者に公知の、ブックレット、スレート、およびコンバーティブルの構成を伴う、タブレット型コンピュータを含む。
【００４０】
デジタル処理デバイスは、実行可能な命令を実施するように構成されたオペレーティングシステムを含む。オペレーティングシステムは、例えば、デバイスのハードウェアを操作し、アプリケーションを実行するためのサービスをもたらす、プログラムおよびデータを含むソフトウェアである。当業者は、適切なサーバオペレーティングシステムが、非限定的な例を目的として述べると、ＦｒｅｅＢＳＤ、ＯｐｅｎＢＳＤ、ＮｅｔＢＳＤ（登録商標）、Ｌｉｎｕｘ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｍａｃ  ＯＳ  Ｘ  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、Ｏｒａｃｌｅ（登録商標）Ｓｏｌａｒｉｓ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、およびＮｏｖｅｌｌ（登録商標）ＮｅｔＷａｒｅ（登録商標）を含むことを認識するであろう。当業者は、適切なパーソナルコンピュータオペレーティングシステムが、非限定的な例を目的として述べると、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｍａｃ  ＯＳ  Ｘ（登録商標）、ＵＮＩＸ（登録商標）、およびＧＮＵ／Ｌｉｎｕｘ（登録商標）などのＵＮＩＸ様オペレーティングシステムを含むことを認識するであろう。一部の実施形態では、オペレーティングシステムは、クラウドコンピューティングによりもたらされる。当業者はまた、適切なモバイルスマートフォンオペレーティングシステムが、非限定的な例を目的として述べると、Ｎｏｋｉａ（登録商標）Ｓｙｍｂｉａｎ（登録商標）ＯＳ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＯＳ（登録商標）、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎ  Ｍｏｔｉｏｎ（登録商標）ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ  ＯＳ（登録商標）、Ｇｏｏｇｌｅ（登録商標）Ａｎｄｒｏｉｄ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ  Ｐｈｏｎｅ（登録商標）ＯＳ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ  Ｍｏｂｉｌｅ（登録商標）ＯＳ、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、およびＰａｌｍ（登録商標）ＷｅｂＯＳ（登録商標）を含むことも認識するであろう。
【００４１】
デジタル処理デバイスは、記憶デバイスおよび／またはメモリデバイスを含む。記憶デバイスおよび／またはメモリデバイスは、データまたはプログラムを、一時的または恒久的に保存するのに使用される、１または複数の物理的装置である。一部の実施形態では、デバイスは、揮発性メモリであり、保存された情報を維持するのに、電力を必要とする。場合によって、メモリデバイスは、非揮発性メモリであり、デジタル処理デバイスに電力を供給していない場合でも、保存された情報を保持する。多様な実施形態では、非揮発性メモリは、フラッシュメモリ、ダイナミックランダムアクセスメモリ（ＤＲＡＭ）、強誘電体ランダムアクセスメモリ（ＦＲＡＭ）、および／または相変化ランダムアクセスメモリ（ＰＲＡＭ）を含む。他の場合には、メモリデバイスは、非限定的な例を目的として述べると、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリデバイス、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、およびクラウドコンピューティングベースの保存を含む記憶デバイスである。記憶デバイスおよび／またはメモリデバイスは、本明細書で開示されるメモリデバイスなど、メモリデバイスの組合せでありうる。
【００４２】
デジタル処理デバイスは、視覚情報を、ユーザに送るディスプレイを含んでもよい。例を目的として述べると、液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）、薄膜トランジスタ液晶ディスプレイ（ＴＦＴ−ＬＣＤ）、有機発光ダイオード（ＯＬＥＤ）ディスプレイ（受動マトリックスＯＬＥＤ（ＰＭＯＬＥＤ）ディスプレイおよび／または能動マトリックスＯＬＥＤ（ＡＭＯＬＥＤ）ディスプレイを含む）、ならびにプラズマディスプレイを含む、多くの種類のディスプレイが適する。場合によって、ディスプレイは、タッチスクリーンディスプレイまたはマルチタッチスクリーンディスプレイである。他の適切なディスプレイは、ＶＲヘッドセットなどのデジタル処理デバイスと接続された、ビデオプロジェクタおよびヘッドマウントディスプレイを含む。適切なＶＲヘッドセットは、非限定的な例を目的として述べると、ＨＴＣ  Ｖｉｖｅ、Ｏｃｕｌｕｓ  Ｒｉｆｔ、Ｓａｍｓｕｎｇ  Ｇｅａｒ  ＶＲ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＨｏｌｏＬｅｎｓ、Ｒａｚｅｒ  ＯＳＶＲ、ＦＯＶＥ  ＶＲ、Ｚｅｉｓｓ  ＶＲ  Ｏｎｅ、Ａｖｅｇａｎｔ  Ｇｌｙｐｈ、Ｆｒｅｅｆｌｙ  ＶＲヘッドセットなどを含む。ディスプレイは、１または複数のディスプレイであることが可能であり、本明細書で開示されるデバイスなど、デバイスの組合せを含む。
【００４３】
デジタル処理デバイスは、ユーザからの情報を受け取る入力デバイスを含んでもよい。多様な実施形態では、入力デバイスは、キーボード、非限定的な例を目的として述べると、マウス、トラックボール、トラックパッド、ジョイスティック、ゲームコントローラ、またはスタイラスペン、タッチスクリーンもしくはマルチタッチスクリーンを含むポインティングデバイス、声を捕捉するマイクロフォンまたは他の音声入力、および／あるいはビデオカメラまたは動きもしくは視覚入力を捕捉する他のセンサーである。特定の実施形態では、入力デバイスは、Ｋｉｎｅｃｔ、Ｌｅａｐ  Ｍｏｔｉｏｎなどである。入力デバイスは、本明細書で開示されるデバイスなど、デバイスの組合せでありうる。
【００４４】
図１３を参照すると、特定の実施形態では、本明細書で記載されるプログラムを実行するように、例示的なデジタル処理デバイス１３０１をプログラムするか、または他の形で構成する。この実施形態では、デジタル処理デバイス１３０１は、シングルコアプロセッサの場合もあり、マルチコアプロセッサの場合もあり、並列処理のための複数のプロセッサの場合もある、中央演算処理装置（ＣＰＵ；本明細書ではまた、「プロセッサ」および「コンピュータプロセッサ」とも称する）１３０５を含む。デジタル処理デバイス１３０１はまた、メモリまたは記憶場所（ｍｅｍｏｒｙ  ｌｏｃａｔｉｏｎ）１３１０（例えば、ランダムアクセスメモリ、リードオンリーメモリ、フラッシュメモリ）、電子記憶装置（ｓｔｏｒａｇｅ  ｕｎｉｔ）１３１５（例えば、ハードディスク）、１または複数の他のシステムと通信するための通信インターフェース１３２０（例えば、ネットワークアダプタ）、ならびにキャッシュ、他のメモリ、データ記憶アダプタおよび／または電子ディスプレイアダプタなどの周辺デバイス１３２５も含む。メモリ１８１０、記憶装置１３１５、インターフェース１３２０、および周辺デバイス１３２５は、マザーボードなど、通信バス（実線）を介して、ＣＰＵ１３０５と接続される。記憶装置１３１５は、データを保存するためのデータ記憶装置（またはデータリポジトリ）でありうる。デジタル処理デバイス１３０１は、通信インターフェース１３２０を一助として、コンピュータネットワーク（「ネットワーク」）１３３０に作動的にカップリングさせることができる。ネットワーク１３３０は、インターネット、イントラネット、および／またはエクストラネットの場合もあり、インターネットと接続された、イントラネットおよび／またはエクストラネットの場合もある。ネットワーク１３３０は、場合によって、遠隔通信および／またはデータネットワークである。ネットワーク１３３０は、クラウドコンピューティングなどの分散コンピューティングを可能としうる、１または複数のコンピュータサーバを含みうる。ネットワーク１３３０は、場合によって、デバイス１３０１を一助として、デバイス１３０１にカップリングさせたデバイスが、クライアントとして、またはサーバとして挙動することを可能としうる、ピアツーピアネットワークを実装しうる。
【００４５】
図１３の参照を続けると、ＣＰＵ１３０５は、プログラムまたはソフトウェアで具体化されうる、マシン可読命令列を実行しうる。命令は、メモリ１３１０などの記憶場所に保存することができる。命令は、ＣＰＵ１３０５に下すことができ、その後、本開示の方法を実装するように、プログラムまたは他の形で、ＣＰＵ１３０５を設定する。ＣＰＵ１３０５によりなされる操作の例は、フェッチ、復号、実行、およびライトバックを含みうる。ＣＰＵ１３０５は、集積回路など、回路の部分でありうる。デバイス１３０１の、１または複数の他の構成要素も、回路に組み入れることができる。場合によって、回路は、特定用途向けＩＣ（ＡＳＩＣ）またはＦＰＧＡ（ｆｉｅｌｄ  ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ  ｇａｔｅ  ａｒｒａｙ）である。
【００４６】
図１３の参照を続けると、記憶装置１３１５は、ドライバ、ライブラリ、およびセーブされたプログラムなどのファイルを保存しうる。記憶装置１３１５は、例えば、ユーザ選好およびユーザプログラムなどのユーザデータを保存しうる。デジタル処理デバイス１３０１は、場合によって、イントラネットまたはインターネットを介して接続された遠隔サーバ上に配置されているなど、外部の、１または複数のさらなるデータ記憶装置を含みうる。
【００４７】
図１３の参照を続けると、デジタル処理デバイス１３０１は、ネットワーク１３３０を介して、１または複数の遠隔コンピュータシステムと通信しうる。例えば、デバイス１３０１は、ユーザの遠隔コンピュータシステムと通信しうる。遠隔コンピュータシステムの例は、パーソナルコンピュータ（例えば、携帯用ＰＣ）、スレートＰＣまたはタブレットＰＣ（例えば、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＰａｄ、Ｓａｍｓｕｎｇ（登録商標）Ｇａｌａｘｙ  Ｔａｂ）、電話、スマートフォン（例えば、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＰｈｏｎｅ、Ａｎｄｒｏｉｄ対応型デバイス、Ｂｌａｃｋｂｅｒｒｙ（登録商標））を含む。
【００４８】
本明細書で記載される方法は、例えば、メモリ１３１０上または電子記憶装置１３１５上など、デジタル処理デバイス１３０１の電子的記憶場所上に保存された、マシン（例えば、コンピュータプロセッサ）実行コードにより実装することができる。マシン実行コードまたはマシン可読コードは、ソフトウェアの形態で提供することができる。使用時に、コードは、プロセッサ１３０５により実行することができる。場合によって、コードは、記憶装置１３１５から検索し、プロセッサ１３０５によるたやすいアクセスのために、メモリ１３１０上に保存することができる。一部の状況では、電子記憶装置１３１５は、除外することができ、マシン実行命令は、メモリ１３１０上に保存する。
【００４９】
報告書は、例えば、シーケンシングラボから、医療ケアプロバイダーまたは医療ケアコンシューマーに、ネットワーク１３３０を介して送付することもでき、代替的に、郵便またはＦＴＰサイトなど、安全なダウンロードサイトを介して送付することもできる。
【００５０】
短いリードによる配列アライメント法およびソフトウェア
ＢａｒｒａＣＵＤＡ、ＢＢＭａｐ、ＢＦＡＳＴ、ＢｉｇＢＷＡ、ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＴ、Ｂｏｗｔｉｅ、ＨＩＶＥ−ｈｅｘａｇｏｎ、ＢＷＡ、ＢＷＡ−ＰＳＳＭ、ＣＡＳＨＸ、Ｃｌｏｕｄｂｕｒｓｔ、ＣＵＤＡ−ＥＣ、ＣＵＳＨＡＷ、ＣＵＳＨＡＷ２、ＣＵＳＨＡＷ２−ＧＰＵ、ＣＵＳＨＡＷ３、ｄｒＦＡＳＴ、ＥＬＡＮＤ、ＥＲＮＥ、ＧＡＳＳＳＴ、ＧＥＭ、Ｇｅｎａｌｉｃｅ  ＭＡＰ、Ｇｅｎｅｉｏｕｓ  Ａｓｓｅｍｂｌｅｒ、ＧｅｎｓｅａｒｃｈＮＧＳ、ＧＭＡＰ  ａｎｄ  ＧＳＮＡＰ、ＧＮＵＭＡＰ、ｉＳＡＡＣ、ＬＡＳＴ、ＭＡＱ、ｍｒＦＡＳＴ、ｍｒｓＦＡＳＴ、ＭＯＭ、ＭＯＳＡＩＫ、ＭＰｓｃａｎ、Ｎｏｖｏａｌｉｇｎ＆ＮｏｖｏａｌｉｇｎＣＳ、ＮｅｘｔＧＥＮｅ、ＮｅｘｔＧｅｎＭａｐ、Ｏｍｉｘｏｎ  Ｖａｒｉａｎｔ  Ｔｏｏｌｋｉｔ、ＰＡＬＭａｐｐｅｒ、Ｐａｒｔｅｋ  Ｆｌｏｗ、ＰＡＳＳ、ＰｅｒＭ、ＰＲＩＭＥＸ、ＱＰａｌｍａ、ＲａｚｅｒＳ、ＲＥＡＬ、ｃＲＥＡＬ、ＲＭＡＰ、ｒＮＡ、ＲＴＧ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｏｒ、Ｓｅｇｅｍｅｈｌ、ＳｅｑＭａｐ、Ｓｈｒｅｃ、ＳＨＲｉＭＰ、ＳＬＩＤＥＲ、ＳＯＡＰ、ＳＯＡＰ２、ＳＯＡＰ３、ＳＯＡＰ３−ｄｐ、ＳＯＣＳ、ＳｐａｒｋＢＷＡ、ＳＳＡＨＡ、ＳＳＡＨＡ２、Ｓｔａｍｐｙ、ＳＴｏＲＭ、Ｓｕｂｒｅａｄ、Ｓｕｂｊｕｎｃ、Ｔａｉｐａｎ、ＵＧＥＮＥ、ＶｅｌｏｃｉＭａｐｐｅｒ、ＸｐｒｅｓｓＡｌｉｇｎ、またはＺＯＯＭのうちの任意の１または複数を含む、任意の適切なアライメント法またはソフトウェアを使用して、本開示に記載される短いリードをアライメントすることができる。
【００５１】
不揮発性のコンピュータ可読記憶媒体
本明細書で開示されるシステム、媒体、および方法は、ネットワークされていてもよいデジタル処理デバイスのオペレーティングシステムにより実行可能な命令を含むプログラムによりコードされた、１または複数の不揮発性のコンピュータ可読記憶媒体を含んでもよい。コンピュータ可読記憶媒体は、デジタル処理デバイスの有形構成要素であって、デジタル処理デバイスから取り外し可能であってもよい有形構成要素でありうる。多くの種類の媒体が、命令を保存するのに適する。多様な実施形態では、適切なコンピュータ可読記憶媒体は、非限定的な例を目的として述べると、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリデバイス、ソリッドステートメモリ、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、クラウドコンピューティングシステム、およびクラウドコンピューティングサービスなどを含む。場合によって、プログラムおよび命令を、恒久的に、実質的に恒久的に、半恒久的に、または不揮発的に、媒体上にコードする。
【００５２】
コンピュータプログラム
本明細書で開示されるシステム、媒体、および方法は、１もしくは複数のコンピュータプログラム、またはこれらの使用を含みうる。コンピュータプログラムは、指定されたタスクを実施するように書き込まれた、デジタル処理デバイスのＣＰＵにおいて実行可能な命令列を含む。コンピュータ可読命令は、機能、オブジェクト、アプリケーションプログラミングインターフェース（ＡＰＩ）、データ構造などのプログラムモジュールであって、特定のタスクを実施するか、または特定の抽象データ型を実装するプログラムモジュールとして実装することができる。本明細書で提示される本開示に照らし、当業者は、コンピュータプログラムが、多様な言語の多様なバージョンで書かれうることを認識するであろう。
【００５３】
コンピュータ可読命令の機能性は、多様な環境で、所望の通りに、組み合わせることもでき、分配することもできる。場合によって、コンピュータプログラムは、１つの命令列を含む。他の場合には、コンピュータプログラムは、複数の命令列を含む。場合によって、コンピュータプログラムを、１つの場所から提供する。他の場合には、コンピュータプログラムを、複数の場所から提供する。多様な実施形態では、コンピュータプログラムは、部分的に、または全体的に、１もしくは複数のソフトウェアモジュール、１もしくは複数のウェブアプリケーション、１もしくは複数のモバイルアプリケーション、１もしくは複数のスタンドアローンアプリケーション、１もしくは複数のウェブブラウザプラグイン、ウェブブラウザエクステンション、ウェブブラウザアドイン、もしくはウェブブラウザアドオン、またはこれらの組合せを含む。
【００５４】
スタンドアローンアプリケーション
コンピュータプログラムは、既存のプロセスに対するアドオンではなく、例えば、プラグインではなく、独立のコンピュータプロセスとして実行されるプログラムである、スタンドアローンアプリケーションを含みうる。当業者は、スタンドアローンアプリケーションが、コンパイルされることが多いことを認識するであろう。コンパイラとは、プログラミング言語で書かれたソースコードを、アセンブリ言語またはマシンコードなどのバイナリオブジェクトコードに変換するコンピュータプログラムである。コンパイルされた適切なプログラミング言語は、非限定的な例を目的として述べると、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ−Ｃ、ＣＯＢＯＬ、Ｄｅｌｐｈｉ、Ｅｉｆｆｅｌ、Ｊａｖａ（商標）、Ｌｉｓｐ、Ｐｙｔｈｏｎａ（商標）、ＶｉｓｕａｌＢａｓｉｃ、およびＶＢ．ＮＥＴ、またはこれらの組合せを含む。コンピレーションは、少なくとも部分的に、実行可能なプログラムを創出するように実施されることが多い。場合によって、コンピュータプログラムは、１または複数の、コンパイルされた実行可能なアプリケーションを含む。
【００５５】
ソフトウェアモジュール
本明細書で開示されるシステム、媒体、および方法は、１もしくは複数のソフトウェアモジュール、サーバモジュール、および／またはデータベースモジュール、あるいはこれらの使用を含みうる。本明細書で提示される本開示の観点では、当技術分野で公知のマシン、ソフトウェア、および言語を使用して、当業者に公知の技法により、ソフトウェアモジュールを創出する。本明細書で開示されるソフトウェアモジュールは、多数の方式で実装される。多様な実施形態では、ソフトウェアモジュールは、ファイル、コードセクション、プログラミングオブジェクト、プログラミング構造、またはこれらの組合せを含む。さらなる多様な実施形態では、ソフトウェアモジュールは、複数のファイル、複数のコードセクション、複数のプログラミングオブジェクト、複数のプログラミング構造、またはこれらの組合せを含む。多様な実施形態では、１または複数のソフトウェアモジュールは、非限定的な例を目的として述べると、ウェブアプリケーション、モバイルアプリケーション、およびスタンドアローンアプリケーションを含む。一部の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つのコンピュータプログラム内またはアプリケーション内にある。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つを超えるコンピュータプログラム内またはアプリケーション内にある。一部の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つのマシン上にホストされている。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つを超えるマシン上にホストされている。さらなる実施形態では、ソフトウェアモジュールは、クラウドコンピューティングプラットフォーム上にホストされている。一部の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つの場所内の、１または複数のマシン上にホストされている。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つを超える場所内の、１または複数のマシン上にホストされている。
【００５６】
データベース
本明細書で開示されるシステム、媒体、および方法は、１もしくは複数のデータベース、またはこれらの使用を含みうる。本明細書で提示される本開示の観点では、当業者は、多くのデータベースが、ＨＬＡ対立遺伝子の基準配列を含む、核酸配列およびアミノ酸配列の保存および検索に適することを認識するであろう。多様な実施形態では、適切なデータベースは、非限定的な例を目的として述べると、リレーショナルデータベース、非リレーショナルデータベース、オブジェクト指向データベース、オブジェクトデータベース、実体関連モデルデータベース、連想データベース、およびＸＭＬデータベースを含む。さらなる非限定的な例は、ＳＱＬ、ＰｏｓｔｇｒｅＳＱＬ、ＭｙＳＱＬ、Ｏｒａｃｌｅ、ＤＢ２、およびＳｙｂａｓｅを含む。一部の実施形態では、データベースは、インターネットベースのデータベースである。さらなる実施形態では、データベースは、ウェブベースのデータベースである。なおさらなる実施形態では、データベースは、クラウドコンピューティングベースのデータベースである。他の実施形態では、データベースは、１または複数のローカルコンピュータ記憶デバイスに基づく。
【実施例】
【００５７】
以下の例示的な例は、本明細書で記載されるソフトウェアアプリケーション、システム、および方法についての代表的な実施形態であり、いかなる形であれ、限定的であることを意図するものではない。
【００５８】
実施例１−臓器移植見込みのレシピエントについてのＨＬＡタイピング
この例では、末期腎疾患と診断された患者が、見込みのドナーとマッチできるように決定された、４桁のＨＬＡ型を有するようになる。患者は、ＣＬＩＡ準拠施設に送付される血液試料を提供し、そこから、Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．から市販されているＭｉＳｅｑ（商標）またはＨｉＳｅｑ（商標）システムなどの次世代シーケンシング技術を使用して、ＤＮＡを抽出し、シーケンシングする。本開示者の方法を使用して、シーケンシング結果を施設で解析し、４桁のＨＬＡ型を、医療ケア従事者に送信する。同時に、見込みのドナーでありうる個体であって、この場合、患者の同胞種である個体についても、同様にして、彼らの４桁のＨＬＡ型を決定する。代替的に、解析およびＨＬＡの決定のために、生のシーケンシングデータを、医療ケア従事者に送信することもできる。
【００５９】
実施例２−１型糖尿病の危険性を決定するＨＬＡタイピング
この例では、健常個体について調べて、１型糖尿病を発症する危険性を決定する。個体は、ＣＬＩＡ準拠施設に送付される唾液試料を提供し、そこから、Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．から市販されているＭｉＳｅｑ（商標）またはＨｉＳｅｑ（商標）システムなどの次世代シーケンシング技術を使用して、ＤＮＡを抽出し、シーケンシングする。本開示者の方法を使用して、シーケンシング結果を施設で解析し、４桁のＨＬＡ型を、医療ケア従事者に送信する。個体のＨＬＡハプロタイプが、特に、Ｉ型糖尿病の発症についての高度な危険性と関連するハプロタイプである（例えば、ＤＲＢ１*０３：０１−ＤＱＡ１*０５：０１−ＤＱＢ１*０２：０１またはＤＲＢ１*０４：０１／０２／０４／０５／０８−ＤＱＡ１*０３：０１−ＤＱＢ１*０３：０２／０４）場合は、個体を、将来、初期Ｉ型糖尿病について、より緊密にモニタリングすることになる。
【００６０】
本明細書では、本発明の好ましい実施形態を示し、それらについて記載してきたが、当業者には、このような実施形態が、例だけを目的として提示されていることが明らかであろう。今や、本発明から逸脱しない限りにおいて、当業者は、多数の変更、変化、および代用に想到するであろう。本明細書で記載される本発明の実施形態に対する多様な代替法を、本発明の実施に援用しうることを理解されたい。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【国際調査報告】
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