(57)【要約】核酸を配列決定する方法を提供する。それは、（1）核酸の進行性酵素的消化によって単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するステップ；（2）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、少なくとも一の単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（3）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（4）ステップ（3）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を、使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ；（5）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）フルオロフォアを実質検出不可能な状態において伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチド、および随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な第五のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（6）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖のエキソヌクレオチド鎖分解性活性をもつ酵素により消化するステップおよび（7）ステップ（6）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる。本方法は微小液滴において有利に遂行される。プライマリーおよびセカンダリーのプローブから構成される対応する生物学的プローブシステムもまた記載する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
（1）核酸の進行性酵素的消化によって単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するステップ；（2）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、少なくとも一の単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（3）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（4）ステップ（3）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を、使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ：（5）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）フルオロフォアを実質検出不可能な状態において伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチド、および随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な第五のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（6）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖のエキソヌクレオチド鎖分解性活性をもつ酵素により消化するステップおよび（7）ステップ（6）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、核酸を配列決定する方法。
【請求項２】
ステップ（4）において放出される使われたプローブの相補的な鎖を、第一のオリゴヌクレオチドのさらなる分子と反応させ、およびステップ（3）および（4）をこのようにして第一のサイクルにおいて繰り返すことを特徴とする、請求項1に請求する方法。
【請求項３】
ステップ（6）において生成される第六のオリゴヌクレオチドを、第四のオリゴヌクレオチドのさらなる分子と反応させ、およびしかる後ステップ（6）は第二のサイクルを作り出すために反復されることを特徴とする、請求項1または請求項2に請求する方法。
【請求項４】
少なくとも一の第一のオリゴヌクレオチドの成分は、第一のオリゴヌクレオチドが実質非蛍光性であるように配置されるフルオロフォアをさらに含むことを特徴とする、請求項1ないし3のいずれかに請求する方法。
【請求項５】
少なくとも一の第一のオリゴヌクレオチドの成分はクエンチャーをさらに含むことを特徴とする、請求項4を請求する（as claimed claim 4）方法。
【請求項６】
第二のオリゴヌクレオチドおよび第三のオリゴヌクレオチドはリンカー領域によって接続されることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項７】
リンカー領域はオリゴヌクレオチド領域を含むことを特徴とする、請求項6に請求する方法。
【請求項８】
使われたプライマリーのプローブの相補的な鎖は閉ループを含むことを特徴とする、請求項6または7に請求する方法。
【請求項９】
ニッキング部位は捕捉部位を含むオリゴヌクレオチド領域であることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１０】
ニッキング制限エンドヌクレアーゼは慣習的な制限エンドヌクレアーゼであり、および使われたプライマリーのプローブの相補的な鎖はエンドヌクレオリシスに耐性にされることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１１】
第一のオリゴヌクレオチドの成分のいずれかまたは両方、第三のオリゴヌクレオチド、および第五のオリゴヌクレオチドには、エキソヌクレオチド鎖分解性分解に耐性な要素が含まれることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１２】
最大で四つまでの異なるセカンダリーのプローブのタイプが採用され、各々の第四のオリゴヌクレオチドは異なるフルオロフォアおよび異なる第一のオリゴヌクレオチドの成分に相補的な領域をもつことを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１３】
最大で四つまでの異なるプライマリーのプローブのタイプが採用され、各々の第一のオリゴヌクレオチドは自然発生性（naturally-occurring）DNAまたはRNAの特徴的な核酸塩基の一つに対して選択的な捕捉部位および随意に異なるフルオロフォアをもつことを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１４】
ステップ（1）は対応する微小液滴において各単一ヌクレオシド三リン酸が含まれることをさらに含み、およびステップ（2）ないし（7）は各微小液滴において遂行されることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１５】
（1）プライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）フランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むもの、および（2）セカンダリーのプローブで、（c）少なくとも部分的に一本鎖の第四のオリゴヌクレオチドであり、実質検出不可能な状態においてフルオロフォアを伴い、第一のオリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に相補的な一本鎖領域をもつもの、および（d）随意に第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチド、を含むもの、を含むことによって特徴付けられる、多成分生物学的プローブシステム。
【請求項１６】
（1）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（2）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（3）ステップ（2）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を、使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ；（4）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）フルオロフォアを実質検出不可能な状態において伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチド、および随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（6）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖のエキソヌクレオチド鎖分解性活性をもつ酵素により消化するステップおよび（7）ステップ（6）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、単一ヌクレオシド三リン酸を分析する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
この発明は、単一ヌクレオチドの検出および特徴付け用の方法および関連する生物学的プローブシステムに関する。それはDNAまたはRNAのシーケンシングにおいて使用するのに特に適する。
【背景技術】
【０００２】
遺伝物質の次世代シーケンシングは、シーケンシングの単価が、ますます速くなるシーケンシング機の市場投入に合わせて低下するので、全般に生物科学、および特に医学に対してすでに著しい影響を与えている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
我々の以前の出願の国際公開（WO）2014/053853、WO2014/053854、WO2014/167323、WO2014/167324およびWO2014/111723において、我々は新しいシーケンシング法を説明し、それは単一ヌクレオチドの順序付けられたストリーム、好ましくは、単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するために、ポリヌクレオチド分析物の進行性消化に関係し、それらの各々は微小液滴ストリームにおいて対応する液滴中に一つずつ捕捉することができる。しかる後、各液滴を、それが元々含んでいた特定の単一ヌクレオチドを明らかにするために化学的に、および/または酵素的に操作することができる。ある実施形態では、これらの化学的および/または酵素的操作には、一またはそれよりも多くの二成分オリゴヌクレオチドプローブタイプで、それらの各々が、単一ヌクレオチドタイプの一つであって、それから分析物が構成されるものを選択的に捕捉することができるように適応されるものの使用に関係する方法が含まれる。典型的には、そのようなプローブタイプの各々において、二つのオリゴヌクレオチド成分の一方は特徴的なフルオロフォアを含み、およびプローブの未使用状態において、これらのフルオロフォアの蛍光を発する能力は近接して位置するクエンチャーの存在の効力によって、または自己クエンチングによって失われたままである。使用に際して、プローブがその対応する単一ヌクレオチドを捕捉したとき、それはその後のエキソヌクレオリシス（exonucleolysis）を受けやすくされ、それによってフルオロフォアがクエンチャーから遊離され、および/または互いにそれらが自由に蛍光を発することが可能にされる。この方法によって、各液滴において存在する元の単一ヌクレオチドは分光学的方法によって間接的に推論することができる。
【０００４】
この方法の変形はWO201405385およびWO2016012789を含む我々の他の係属中の出願に記載してあり；後者は三成分プローブシステムの使用に関係する。特に、WO2016012789は、（1）核酸の進行性消化によって単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するステップ；（2）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、少なくとも一の単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプローブシステムで、（a）例えば、特徴的なフルオロフォアにより検出不可能な状態において標識される第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドでの相補的な（complementary）領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（3）使われたプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも部分的に第一のオリゴヌクレオチドの配列の補足物（complement）である一本鎖の第四のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖エキソヌクレオチド鎖分解性（double-stranded exonucleolytic、二本鎖外ヌクレオチド鎖分解性とも言う）活性をもつ酵素により消化するステップ；（4）第四のオリゴヌクレオチドを、使われたプローブに対応する実質二本鎖のオリゴヌクレオチドの生産物を生産するために、別の第一のオリゴヌクレオチドにより反応させるステップ；（5）ステップ（3）および（4）を周期的に（in a cycle）反復するステップおよび（6）ステップ（3）の各繰返しにおいて放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、改善された方法を記載する。この方法は、ステップ（3）および（4）を周期的に繰り返すことによって蛍光シグナルを強く増大させることができ、それによってヌクレオチド検出の全体的な感度、および従って信頼性が向上されるという利益を有する。一実施形態において、第二および第三のオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド捕捉の後、それらがエキソヌクレオリシスに対して有利に耐性である閉ループの一本鎖のオリゴヌクレオチドの成分を形成するように連結される。
【０００５】
他の先行技術に関して、Fan（ファン）らは、Nature Reviews Genetics（ネイチャー・レビューズ。ジェネティクス）7(8)632-644（2006）において、遺伝子型決定、コピー数測定、ヘテロ接合性の喪失、対立遺伝子特異的発現およびメチル化のシーケンシングならびに検出のための高度に並行な（highly parallel）ゲノムアッセイを可能にした方法およびプラットフォームの開発の一般的な総説を提供する。この概説の図2aは、3'および5'端を有する環状化可能プローブ（circularizable probe）の使用を概略的に示し、それは分析物での一塩基多型（SNP）の部位の上流および下流にアニールし、それによってギャップが残され、それは続いてヌクレオチドで満たされ、それは、十分な環状プローブを形成するためにSNPの補足物であり、それは次いで放出後に増幅され得る。しかしながら、我々の方法とは異なり、ヌクレオチドは、それが充填プロセス間に捕捉され、分析物それ自体から直接得られない。
【０００６】
WO03080861は、ヌクレオチド特異的反応性標識で、それが放出されるときヌクレオチドに直接付着するものの存在下に、核酸分析物が進行性加ピロリン酸分解を受けるプロセスを開示する。これは我々が採用する方法とはまったく異なるだけでなく、実際に、測定される蛍光シグナルは、標識されたヌクレオチドが続いて調べられるとき、関連するバックグラウンドノイズより高い確かな識別を可能にするにはおそらく弱すぎるであろう。
【０００７】
最後に、WO9418218は、分析物を、単一ヌクレオチド二リン酸（single nucleotide diphosphates）または一リン酸のストリームを生成するために進行性エキソヌクレオリシスに供し、それを次いで検出する前に蛍光増強マトリクス中に組み込むDNAシーケンシング法を教示する。これは、ここで我々が説明したものとはまったく異なるアプローチであるだけでなく、我々は再度、生成される任意のシグナルが信頼できる検出および識別をされるにはおそらく弱すぎるであろうことを観察する。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
我々は今回、我々が先に記載した液滴に基づくシーケンサーと共に使用するのに適するさらにより一層強い蛍光シグナルを生成する改良された方法を発明した。したがって、本発明によれば、（1）核酸の進行性酵素的消化によって単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するステップ；（2）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、少なくとも一の単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域を含む、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチドが含まれるものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（3）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（4）ステップ（3）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ；（5）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）実質検出不可能な状態においてフルオロフォアを伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチドおよび随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（6）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖エキソヌクレオチド鎖分解性活性をもつ酵素により消化するステップおよび（7）ステップ（6）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、核酸を配列決定する方法が提供される。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】反応のdNTP成分の存在および不存在下に、経時的な蛍光強度の増加をモニターし、それらの結果をグラフで示す。
【図２】マイクロ流体配列決定装置を概略的に示す。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
一つの好ましい実施形態では、ステップ（4）において放出される使われたプローブの相補的な鎖を、第一のオリゴヌクレオチドのさらなる分子と反応させ、およびそうしてステップ（3）および（4）を、ステップ（7）において検出用に放出されるフルオロフォアの数を有意に増大させるために、第一のサイクルにおいて（in a first cycle）繰り返す。別の実施形態では、ステップ（6）において生成される第六のオリゴヌクレオチドを、第四のオリゴヌクレオチドのさらなる分子と反応させ、およびしかる後ステップ（6）を、第二のサイクル（a second cycle）を作り出すために反復する。好ましくは本発明の方法は第一および第二のサイクルの両方を用いた繰返しを含む。
【００１１】
本発明の方法のステップ（1）は、単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを核酸分析物から進行性酵素的消化によって生成することを含む。一実施形態では、これは、分析物の進行性エキソヌクレオリシス、次いで取得される単一ヌクレオシド一リン酸でのキナーゼの作用が続くことによって達成することができる（例えば、Bao（バオー）およびRyu（リュー）、Biotechnology and Bioengineering DOI 10.1002/bit(2007年5月）を参照）。別の実施形態において、ステップ（1）は、単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを分析物から直接進行性加ピロリン酸分解（progressive pyrophosphorolysis）によって生成することを含む。このステップにおいて採用される分析物は、適切には二本鎖ポリヌクレオチドであり、その長さは原則として無制限であることができ；例えば、ヒト遺伝子または染色体フラグメントにおいて見出される最大で何百万までのヌクレオチド対が含まれる。しかしながら、典型的には、ポリヌクレオチドは少なくとも50、好ましくは少なくとも150ヌクレオチド対の長さであろうし；適切にはそれは500よりも多く、1000よりも多く、および多くのケースでは数千の長さのヌクレオチド対であろう。分析物それ自体は、自然起源の（例えば、植物、動物、細菌またはウイルスに由来する）好ましくはRNAまたはDNAであるが、本方法はまた、合成的に生産されたRNAまたはDNA、あるいはまた全体的または部分的に、ヌクレオチドで、その核酸塩基が自然では一般的に見られない；すなわち、アデニン（A）、グアニン（G）、シトシン（C）、チミン（T）およびウラシル（U）以外の核酸塩基であるものから作成される他の核酸をシーケンシング（配列決定とも言う）するために使用することもできる。そのような核酸塩基の例には、4-アセチルシチジン、5-(カルボキシヒドロキシルメチル)ウリジン、2-O-メチルシチジン、5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン、5-カルボキシメチルアミノ-メチルウリジン、ジヒドロウリジン、2-O-メチルプソイドウリジン、2-O-メチルグアノシン、イノシン、N6-イソペンチルアデノシン、1-メチルアデノシン、1-メチルプソイドウリジン、1-メチルグアノシン、1-メチルイノシン、2,2-ジメチルグアノシン、2-メチルアデノシン、2-メチルグアノシン、3-メチルシチジン、5-メチルシチジン、N6-メチルアデノシン、7-メチルグアノシン、5-メチルアミノメチルウリジン、5-メトキシアミノメチル-2-チオウリジン、5-メトキシウリジン、5-メトキシカルボニルメチル-2-チオウリジン、5-メトキシカルボニルメチルウリジン、2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデノシン、ウリジン-5-オキシ酢酸-メチルエステル、ウリジン-5-オキシ酢酸、ワイブトキソシン、ワイブトシン、プソイドウリジン、キュェオシン、2-チオシチジン、5-メチル-2-チオウリジン、2-チオウリジン、4-チオウリジン、5-メチルウリジン、2-O-メチル-5-メチルウリジンおよび2-O-メチルウリジンが含まれる。DNAの場合では、生成される単一ヌクレオシド三リン酸はデオキシリボヌクレオシド三リン酸であり、その一方で、RNAの場合、それらはリボヌクレオシド三リン酸である。
【００１２】
本方法の一実施形態では、ステップ（1）は、分析物を基材に付着させる第一のサブステップをさらに含む。典型的には、この基材には、マイクロ流体表面、マイクロビーズまたは透過膜が含まれ；例えば、ガラスまたは非分解性ポリマー製のものである。好ましくは、基材には、分析物を受入れるように特に適合される表面がさらに含まれる。分析物をそのような表面に付着させることができる多くの方法があり、それらのいずれも原則的にこのサブステップにおいて使用することができる。例えば、一つの方法には、官能化シラン、例えば、エポキシシラン、アミノヒドロカルビルシランまたはメルカプトシランなどのようなものによりガラス表面をプライミングすることが包含される。そのようにして生成される反応部位は次いで、末端アミン、スクシニルまたはチオール基を含むように修飾された分析物の誘導体で処理することができる。
【００１３】
ステップ（1）の別の実施形態では、分析物は、単一のヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するために加ピロリン酸分解され、その順序は分析物の配列のものに対応する。そのような加ピロリン酸分解は、20ないし90℃の範囲での温度にて；例えば、適切なポリメラーゼを含む反応媒体の存在下に遂行し得る。好ましくは、それは、単一ヌクレオシド三リン酸が遊離するにつれて反応ゾーンから連続的に取り出されるように、連続流の条件下で遂行される。最も好ましくは、加ピロリン酸分解は、酵素および他の典型的な添加剤を含有する水性緩衝化媒体が、分析物を結合する表面にわたって連続的に流れるようにすることによって遂行される。
【００１４】
さらに別の実施形態では、用いられる酵素は、高忠実度を有し、および妥当な反応率（反応速度）でのヌクレオシド三リン酸のストリームを生じさせるために、分析物の進行性の3'-5'加ピロリン酸分解の分解を引き起こすことができるものである。好ましくは、この分解率（分解速度）は可能な限り速く、および一実施態様では、毎秒1ないし50ヌクレオシド三リン酸の範囲にある。
【００１５】
ポリヌクレオチドの消化に適用される加ピロリン酸分解反応に関するさらなる情報は、例えば、J. Biol. Chem.（ザ・ジャーナル・バイオロジカル・ケミストリー）244（1969）pp. 3019-3028に見出すことができる。適切には、加ピロリン酸分解消化は、ピロリン酸アニオンおよびマグネシウムカチオンを；好ましくはミリモル濃度においてさらに含む媒体の存在下に遂行される。
【００１６】
本発明の方法のステップ（2）では、ストリームにおいて少なくとも一の単一ヌクレオシド三リン酸、好ましくは各単一ヌクレオシド三リン酸を、実質（substantially）二本鎖の使われたプローブを生成するためにポリメラーゼおよびリガーゼの存在下にプライマリー（一次とも言う）のプローブと反応させる。好ましくは、このステップを遂行する前に、ステップ（1）の生産物を、任意の残留ピロリン酸をリン酸アニオンに加水分解するためにピロホスファターゼにより処理する。
【００１７】
有利に使用することができるポリメラーゼの例には、制限されないが、原核生物pol 1酵素または細菌、例えば、Escherichia coli（エシェリキア・コリ、E. coli、大腸菌などとも言う）（例えば、Klenow（クレノー）フラグメント・ポリメラーゼ）、Thermus aquaticus（テルムス・アクウァーティクス）（例えば、Taq Pol）、Bacillus stearothermophilus（バチルス・ステアロサーモフィルス）、Bacillus caldovelox（バチルス・カルドベロックス）およびBacillus caldotenax（バチルス・カルドテナクス）などのようなものから得られる酵素誘導体が含まれる。任意の適切なリガーゼを原則として、このステップにおいて使用することができる。
【００１８】
ステップ（2）において採用される各プライマリーのプローブは、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドを含む第一の一本鎖のオリゴヌクレオチドおよび（b）フランキング領域（隣接領域とも言う）にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチドから適切に構成される。一実施形態では、第二および第三のオリゴヌクレオチドは別々の実体であり、その一方で、別のものでは、それらはリンカー領域（連結領域とも言う）を使って互いに連結される。この後者の場合において、および一実施形態において、リンカー領域は第二および第三のオリゴヌクレオチドの端部を連結する。リンカー領域は原則として、任意の二価の基であることができるが、しかし便利には別のオリゴヌクレオチド領域である。一実施形態において、このオリゴヌクレオチドのリンカー領域は、第一のオリゴヌクレオチドと実質ハイブリダイズすることができない。
【００１９】
第一、第二および第三のオリゴヌクレオチドは、ステップ（2）において、第二および第三のオリゴヌクレオチドが捕捉部位の両側に並置される第一のオリゴヌクレオチドでの3'側および5'側のフランキング領域にそれぞれハイブリダイズするように選ばれる。一実施形態では、第三のオリゴヌクレオチドの3'端および第一のオリゴヌクレオチドの5'端での対応するヌクレオチド間にヌクレオチドミスマッチがある。別の実施形態では、第三のオリゴヌクレオチドの3'端はまた、エキソヌクレオリシスのブロッキング基を含む。捕捉部位は単一ヌクレオチドを含み、その核酸塩基は、検出されるヌクレオシド三リン酸によって伴われる（borne by）ものと相補的である。このことは、三成分のプライマリーのプローブをその特定のヌクレオシド三リン酸について高度に選択的にする。例えば、分析物がDNAから導き出され、および第一、第二および第三のオリゴヌクレオチドがデオキシリボヌクレオチドから構成される場合、捕捉部位はデオキシアデノシン三リン酸について、それが含むヌクレオチドがチミン核酸塩基を伴う場合、高度に選択的であろう。したがって、本発明の有用な一実施形態において、ステップ（2）は、複数のプライマリーのプローブのタイプから構成されるプローブシステム；例えば、一、二、三または四つのプライマリーのプローブタイプの存在において遂行し得、それらのそれぞれは、異なるフランキング領域をもつ第一のオリゴヌクレオチドおよび求められる様々な異なる核酸塩基に特徴的な異なる捕捉部位を含む。
【００２０】
典型的には、第一のオリゴヌクレオチドは最大で150ヌクレオチド長まで、好ましくは10および100ヌクレオチド間である。一実施形態では、第二のオリゴヌクレオチドは、第一のオリゴヌクレオチドの相補的3'側フランキング領域よりも少なくとも一ヌクレオチドだけ短い。別のものでは、第一のオリゴヌクレオチドの3'端および第二のオリゴヌクレオチドでのその反対側のヌクレオチド間に、ヌクレオシド三リン酸がこの時点でポリメラーゼによって捕捉されるのを防ぐために、単一ヌクレオチドミスマッチがある。同様に、一実施形態では、第三のオリゴヌクレオチドは第一のオリゴヌクレオチドの相補的5'側フランキング領域よりも少なくとも一ヌクレオチドだけ長く、その一方、別のものでは、第三のオリゴヌクレオチドの3'端および第一のオリゴヌクレオチドでのその反対側のヌクレオチド間に、単一ヌクレオシド三リン酸がこの時点でポリメラーゼによって捕捉されるのを防ぐために、単一ヌクレオチドミスマッチがある。
【００２１】
好ましい一実施形態では、ニッキング制限エンドヌクレアーゼの認識部位は、それ自体が捕捉部位を含む第一のオリゴヌクレオチドでのオリゴヌクレオチド領域を含む。別の実施形態では、一よりも多くのプライマリーのプローブタイプが採用される場合、それでも、各第一のオリゴヌクレオチドは共通のニッキング制限エンドヌクレアーゼの認識部位を含み、そのため一つのニッキング制限エンドヌクレアーゼだけを採用する必要がある。したがって、これを達成するために、認識部位は、場合によっては、RNAまたはDNAのそれぞれの典型的なヌクレオチドの少なくとも一つを含む配列から構成されることが好ましい。
【００２２】
別の好ましい実施形態において、ここに規定するようにニッキング制限エンドヌクレアーゼは、使われたプライマリーのプローブの両方の鎖を開裂することが別なふうに可能である慣習的な制限エンドヌクレアーゼであり、およびニッキング部位の領域においてプライマリーのプローブの使用中に作り出される鎖はエンドヌクレオシスに対して耐性にされ；例えば、第二および/または第三のオリゴヌクレオチドにおいて一またはそれよりも多く（一以上とも言う）のエンドヌクレオチド鎖分解性のブロッキング部位を含むことによる。一実施形態では、これらのブロッキング基は、ホスホロチオアートリンケージ（ホスホロチオアート連結とも言う）および本技術で普通に使用される他の骨格修飾、C3スペーサー、リン酸基、またはその種の他のものなどから選ばれ得る。
【００２３】
ステップ（2）は、ストリームにおいて各単一ヌクレオシド三リン酸を20ないし80℃の範囲での温度にて上記のような酵素および一以上のプライマリーのプローブのタイプと接触させることによって適切に遂行される。
【００２４】
本発明の方法のステップ（2）の生産物は、上記のように、実質二本鎖の使われたプライマリーのプローブであり、その構成鎖はそれぞれ第一のオリゴヌクレオチド、ならびに第二のオリゴヌクレオチド、単一ヌクレオシド三リン酸から導き出されるヌクレオチド、および最後に第三のオリゴヌクレオチドから構成される相補的なオリゴヌクレオチドである。第二および第三のオリゴヌクレオチドがリンカー領域によって一緒に予め接合されている場合、そのときこの相補的なオリゴヌクレオチドが閉ループ鎖（closed-loop strand）を含むであろうことは容易に分かるであろう。
【００２５】
ステップ（3）において、使われたプライマリーのプローブは20ないし100℃の範囲での温度にてニッキング制限エンドヌクレアーゼにより処理される。このステップにおいて、第一のオリゴヌクレオチドから導き出された使われたプライマリーのプローブの鎖を二つの別々のオリゴヌクレオチドの成分に分け、次いでそれをステップ（4）においてプローブの相補的な鎖から脱ハイブリダイズさせ、それによってそれらが互いから分離される。ステップ（4）は、ニッキングされ、使われたプローブを30ないし100℃の範囲での温度にて加熱することによって達成することができるが、最も好ましくはステップ（3）において使用されるのと同じ温度で達成される。
【００２６】
ステップ（5）において、分離されたオリゴヌクレオチドの成分の少なくとも一を、リガーゼおよび対応するセカンダリーのプローブの存在下に、少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを作り出すために反応させる。一実施形態では、このセカンダリーのプローブは、検出不可能な状態においてフルオロフォアを伴う部分的に（partially）二本鎖の第四のオリゴヌクレオチドから構成され、およびそれは関連する分離されたオリゴヌクレオチドの成分の配列補足物（sequence complement）である一本鎖の領域から少なくとも一部分において（at least in part）構成される。別のものでは、この第四のオリゴヌクレオチドは、さらなる情報についてリーダーが向けられる我々の出願WO2014167323に記載されているようにｊ字形である。さらに別の実施形態では、セカンダリーのプローブは二つの成分を含み；（c）検出不可能な状態においてフルオロフォアを伴う一本鎖の第四のオリゴヌクレオチドであり、およびそれは、一本鎖の領域から少なくとも一部分において構成され、それは分離されたオリゴヌクレオチドの成分の配列であり、および（d）一本鎖の第五のオリゴヌクレオチドであり、それは一本鎖の領域から少なくとも一部分において構成され、それは第四のオリゴヌクレオチドの少なくとも一部分の配列の補足物である。適切には、関連するオリゴヌクレオチドの領域および/または第五のオリゴヌクレオチドは、エキソヌクレオチド鎖分解性の（exonucleolytic）分解に耐性な要素を含む。
【００２７】
第四のオリゴヌクレオチドの特色は、それがそれ自身の独特のタイプのフルオロフォア（発蛍光団とも言う）で複合的に標識される（multiply-labelled）領域を提供され、およびこれらのフルオロフォアが、セカンダリーのプローブが未使用状態にあるとき、実質検出不可能であるように配置されることである。好ましくは、これらのフルオロフォアは、それらの波長にて本質的に非蛍光性（non-fluorescing）であるように配置され、そこでそれらが検出されるように設計される。したがって、フルオロフォアは、電磁スペクトルの広い部分にわたって一般的な、低レベルのバックグラウンド蛍光を見せることがあるが、典型的には、一または少数の特定の波長または波長エンベロープが存在するであろうし、そこでは蛍光の強度が最大である。それは、これらの最大値の一以上であり、そこではフルオロフォアが特徴的に検出され、それは本質的に蛍光が生じるべきでない。この特許の関連で、用語「本質的に非蛍光性（essentially non-fluorescing）」または等価の言い回しによって、関連する特徴的な波長または波長エンベロープにて第四のオリゴヌクレオチドに付着したフルオロフォアの合計数の蛍光の強度が25％未満；好ましくは10％未満；より一層好ましくは1％未満、および最も好ましくは等価な数の遊離フルオロフォアの蛍光の対応する強度の0.1％未満であることを意味する。
【００２８】
原則として、任意の方法を、第四のオリゴヌクレオチドの未使用状態においてフルオロフォアが本質的に非蛍光性であることを確実にするために使用することができる。一実施形態では、これは、フルオロフォアをクエンチャー（消光剤とも言う）に近接近して並べることによって達成される。別のものでは、それは、複数のフルオロフォアを、それらが互いに十分によくクエンチングする傾向があり、クエンチャーが必要とされないように互いに近接近して配置することによって達成される。この特許の関連において、フルオロフォア間またはフルオロフォアおよびクエンチャー間の「近接近」を構成するものは、使用される特定のフルオロフォアおよびクエンチャー、およびおそらく第四のオリゴヌクレオチドの構造的特徴に依存するであろう。結果として、この用語は、これらの様々な要素のいかなる特定の構造的配置よりもむしろ要求される成果を参照して解釈されるべきであることが意図される。しかしながら、および例示だけを提供する目的として、隣接するフルオロフォアまたは隣接するフルオロフォアおよびクエンチャーが特徴的なフェルスター距離（Forster distance）に対応する距離（典型的には5nm未満）だけ離れているとき、大抵は十分なクエンチングが達成されるであろうことが指摘される。
【００２９】
フルオロフォアそれら自体に関して、それらは原則として、本技術において慣習的に使用されるいずれかのものから選ぶことができ、制限されないが、キサンテン部分、例えば、フルオレセイン、ローダミンおよびそれらの誘導体、例えば、フルオレセインイソチオシアナート、ローダミンBおよびその他同種類のものなどのようなもの；クマリン部分（例えば、ヒドロキシ-、メチル-およびアミノクマリン）ならびにシアニン部分、例えば、Cy2、Cy3、Cy5およびCy7などのようなものが含まれる。具体例には、以下の普通に使用される色素（ダイ、染料などとも言う）：アレクサ色素（Alexa dyes）、シアニン色素、アト・テック色素（Atto Tec dyes）、およびローダミン色素から導き出されるフルオロフォアが含まれる。例にはまた：Atto 633（ATTO-TEC GmbH（アト-テック社））、Texas Red（テキサス・レッド）TM（トレードマーク）、Atto 740（ATTO-TEC GmbH）、Rose Bengal（ローズ・ベンガル）、Alexa FluorTM（アレクサ・フルオロ）750 C5-マレイミド（Invitrogen（インビトロゲン））、Alexa FluorTM532 C2-マレイミド（Invitrogen）およびRhodamine Red（ローダミン・レッド）C2-マレイミドおよびRhodamine Green（ローダミン・グリーン）ならびにホスホラマダイト色素（phosphoramadite dyes）、例えば、Quasar（クエーサー）570などのようなものが含まれる。あるいはまた、量子ドットまたは近赤外染料、例えば、LI-COR Biosciences（LI-CORバイオサイエンシーズ）によって供給されるものなどのようなものを採用することができる。フルオロフォアは、典型的には、本技術で既知の化学的方法を用いて核酸塩基を介して第四のオリゴヌクレオチドに付着される。
【００３０】
適切なクエンチャーには、Forster共鳴エネルギー移動（FRET）機構によって作用するものが含まれる。上記のフルオロフォアと関連して使用することができる商業上利用可能なクエンチャーの例には、制限されないが、DDQ-1、Dabcyl（ダブシル）、Eclipse（エクリプス）、Iowa Black（アイオワ・ブラック）FQおよびRQ、IR Dye（IRダイ）-QCl、BHQ-0、BHQ-1、-2および-3ならびにQSY-7および-21が含まれる。
【００３１】
一実施形態では、第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域はまた、第一のオリゴヌクレオチドがその未使用状態において実質比蛍光性であるように配置される上記のようなフルオロフォアをさらに含む。別の実施形態では、フランキング領域の少なくとも一つはクエンチャーをさらに含む。
【００３２】
本発明の方法のステップ（5）の生成物は、第四のオリゴヌクレオチド、関連する第一のオリゴヌクレオチドの成分および随意に第五のオリゴヌクレオチドから構成される実質二本鎖の使われたセカンダリーのプローブである。一実施形態では、適切には、第四のオリゴヌクレオチドの3'端でのヌクレオチドおよび関連する第一のオリゴヌクレオチドの成分での対応するヌクレオチド間にこの部位にてヌクレオチド捕捉を防ぐためにミスマッチがある。別の実施形態では、適切には、第五のオリゴヌクレオチドの3'端でのヌクレオチドおよび第四のオリゴヌクレオチドの対応するヌクレオチド間にこの部位にてヌクレオチド捕捉を防ぐためにミスマッチがある。
【００３３】
しかる後、ステップ（6）において、使われたセカンダリーのプローブは、エキソヌクレオチド鎖分解性活性（exonucleolytic activity）をもつ酵素により30ないし100℃の範囲での温度にて消化される。このステップにおいて、第四のオリゴヌクレオチドから導き出される使われたセカンダリーのプローブの一部分はそのプロセスにおいてその構成ヌクレオチドに消化され；フルオロフォアは互いから分離され、およびそれによってそれらをクエンチングさせず、および従って検出可能にさせる。そのようにして、エキソヌクレオリシスが進行すると、オブザーバーは、単一ヌクレオチドのカスケードが生成されるにつれて蛍光シグナルにおいて急速な増大を見る。この蛍光の特徴は次いで、本来的にプライマリーのプローブによって捕捉される単一のヌクレオシド三リン酸の性質を間接的に反映する。
【００３４】
ステップ（6）で用いることができる酵素には、Q5、Q5 Hot Start（ホット・スタート）、Phusion（フューシオン）、Phusion HS、Phusion II、Phusion II HS、Dnase I（デオキシリボヌクレアーゼI）（RNase（リボヌクレアーゼ）フリー）、Exonuclease I（エキソヌクレアーゼI）またはIII（例、E.coli）、Exonuclease T、Exonuclease V（RecBCD）、Lambda Exonuclease（ラムダ・エキソヌクレアーゼ）、Micrococcal Nuclease（ミクロコッカス・ヌクレアーゼ、小球菌ヌクレアーゼなどとも言う）、Mung Bean Nuclease（マング・ビーン・ヌクレアーゼ）、Nuclease BAL-31、RecJf、T5 ExonucleaseおよびT7 Exonucleaseが含まれる。
【００３５】
ステップ（3）および（4）は、ステップ（4）の後にさらなる第一のオリゴヌクレオチドを使われたプローブの相補的な鎖にアニールさせることによって第一のサイクルにおいて繰り返すことができ、そのようにして、高濃度の関連する分離されたオリゴヌクレオチドの成分のビルドアップを可能にし、それによって対応する高濃度の使われたセカンダリーのプローブを作り出すことが可能になる。また別の実施形態において、ステップ（6）において生成される第六のオリゴヌクレオチドは、第四のオリゴヌクレオチドのさらなる分子と反応させることができ、およびしかる後ステップ（6）を、第二のサイクルを作り出すために反復することができる。したがって、第一および第二のサイクルの両方が同時に繰り返されるとき、ダブルの相乗効果（double multiplier effect）を得ることができる。これにより、蛍光シグナルを非常に迅速に高強度にまで増大させることができ、その検出および識別が容易にされる。
【００３６】
しかる後、およびステップ（7）において、ステップ（6）において遊離されるフルオロフォアを検出し、および単一のヌクレオシド三リン酸に付着する核酸塩基の性質を推論によって決定した。ステップ（1）において生成される順序付けられたストリームでのすべての単一ヌクレオシド三リン酸について本発明の方法を体系的に遂行することによって、元の核酸分析物の配列に特徴的なデータを生成し、および分析することができる。これを行う方法はこの技術においてよく知られ；例えば、反応媒体をレーザーからの光で調べることができ、および発生する蛍光を光検出器または等価な装置を使用して検出し、様々なフルオロフォアの特徴的な蛍光波長（群、「群」は複数もあり得ることを示すのに使用する）または波長エンベロープ（群）に調整することができる。これにより、次に光検出器は、既知のアルゴリズムを使用してコンピュータにおいて処理および分析することができる特徴的な電気信号を発生させる。
【００３７】
特に好ましい一実施形態では、本発明の方法は、微小液滴のストリームにおいて、その少なくとも一部分が単一ヌクレオシド三リン酸を含有し；適切には順序付けられたストリームにおいて全体的に、または部分的に遂行される。そのような方法は、例えば、順序付けを保存するのを助けるために、ステップ（1）において生成されるヌクレオシド三リン酸を、不混和性担体溶媒、例えば、炭化水素またはシリコーンオイルなどのようなものにおいて維持される水性微小液滴の対応するストリーム中に一つずつ挿入することによって開始し得る。あるいはまた、これは、消化（加ピロリン酸分解）ゾーンの下流に微小液滴を直接作り出すことによって；例えば、反応媒体を、適切な寸法の微小液滴ヘッドから溶媒の流動ストリーム中に出現させることによって達成することができる。あるいはまた、ステップ（1）からの反応媒体の小アリコートは、溶媒において懸濁される既存の水性微小液滴のストリーム中に規則的に、および連続的に注入することができる。この後者のアプローチを採用する場合、各微小液滴は、酵素およびステップ（2）ないし（6）を果たすのに必要な任意の他の試薬（例えば、緩衝剤）と一緒にプライマリーおよびセカンダリーのプローブの種々の成分を既に含んでもよい。さらに別のアプローチでは、前の実施形態において作り出される微小液滴を、その後、同様の成果を達成するために、そのような既存の微小液滴のストリームと一体化させることができる。これらの微小液滴法では、次いでステップ（7）は、好ましくは、微小液滴を貯蔵エリアに送ること、および遊離されたフルオロフォアを識別するために各微小液滴を調べることを包含する。しかる後、各微小液滴から得られる結果は、元の核酸分析物の配列に特徴的なデータのストリーム中にまとめられる。
【００３８】
与えられた微小液滴が一よりも多くのヌクレオシド三リン酸を含有する危険性を回避するために、ステップ（1）において各充填された微小液滴が平均して1から20まで、好ましくは2ないし10の空のものによって分離されるような比率（速度）で各ヌクレオシド三リン酸を放出することが好ましい。しかる後、溶媒において充填された、および充填されていない微小液滴のストリームは、それらが不連続状態に維持され、および互いと一体化する機会をもたないような比率にて、およびマナーにおいて、流路、適切にはマイクロ流体流路に沿って流される。適切には、採用される微小液滴は、100ミクロン（100μmとも称される）未満、好ましくは50ミクロン未満、より一層好ましくは20ミクロン未満、およびさらにより一層好ましくは15ミクロン未満の有限直径を有する。最も好ましくは、それらのすべての直径は、2ないし20ミクロンの範囲にある。一実施形態では、システム全体を通る微小液滴流速は、毎秒50ないし3000微小液滴の範囲、好ましくは100ないし2000にある。
【００３９】
本発明の第二の態様において、（1）プライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）フランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチドが含まれるもの、および（2）セカンダリーのプローブで、（c）少なくとも部分的に（at least partially）一本鎖の第四のオリゴヌクレオチドであり、実質検出不可能な状態においてフルオロフォアを伴い、第一のオリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に（to at least part of）相補的な一本鎖領域をもつもの、および（d）随意に第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において（at least in part）相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチド、を含むものを含むことによって特徴付けられる、多成分生物学的プローブシステムが提供される。
【００４０】
一実施態様において、第二および第三のオリゴヌクレオチドはリンカー領域；例えば、オリゴヌクレオチド領域によって接続される。別のものでは、ニッキング部位は捕捉部位を含むオリゴヌクレオチド領域である。さらに別の実施態様において、第四のオリゴヌクレオチドは、（1）部分的に二本鎖の、即ち、j-形状、または（2）一本鎖のいずれかであり、および第五のオリゴヌクレオチドと関連して用いられる。
【００４１】
適切には、プライマリーのプローブは、一から四までの異なる第一のオリゴヌクレオチドのタイプを含み、それらはそれらのフランキング領域の配列において、および捕捉領域に特徴的なヌクレオチドにおいて異なる。別の実施態様では、セカンダリーのプローブは、一から四までの異なる第四のオリゴヌクレオチドのタイプを含み、それらはそれらが伴うフルオロフォアにおいて、およびそれらの配列において異なる。
【００４２】
好ましくは、プローブシステムは、少なくとも一のリガーゼ、ポリメラーゼ、二本鎖エキソヌクレアーゼ活性をもつエキソヌクレアーゼ、およびプライマリーのプローブが用いられさえすればニッキング部位をニッキングすることが可能なニッキング制限エンドヌクレアーゼのうちの少なくとも一つをさらに含む。
【００４３】
本発明の方法、プライマリーのプローブおよびプローブシステムと共に使用することができる適切なニッキング制限エンドヌクレアーゼの詳細は、http：//rebase.neb.comにて関連するデータベースにおいて見出すことができる。
【００４４】
上記の配列決定方法において使用される検出方法はまた、生物学的サンプルまたはそれから導き出される分析物において単一ヌクレオシド三リン酸の分析、特徴付けまたは定量化にも概して適用可能であると考えられる。したがって、本発明の第三の態様において、（1）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチドが含まれるものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（2）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（3）ステップ（2）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を、使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ；（4）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）フルオロフォアを実質検出不可能な状態において伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチドおよび随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチドを含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（6）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖のエキソヌクレオチド鎖分解性活性（exonucleolytic activity）をもつ酵素により消化するステップおよび（7）ステップ（6）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、単一ヌクレオシド三リン酸を分析する方法が提供される。
【００４５】
そのような方法において、採用される様々なステップおよび生物学的プローブの性質は、適切には上記のようなものであろう。一実施形態では、単一ヌクレオシド三リン酸は、加ピロリン酸分解によって前駆体の二本鎖DNA分析物から導き出されるであろう。別のものでは、それは、例えば、キナーゼを使用して前駆体の単一ヌクレオシド一リン酸または単一ヌクレオシド二リン酸から生成されるであろう（例えば、BaoおよびRyuによるBiotechnology and Bioengineering（DOI 10.1002/bit.21498）を参照）。
【実施例】
【００４６】
本発明を次に、以下の例を参照して例示する。
【００４７】
例1-プローブシステムの準備および使用
【００４８】
一本鎖の第一のオリゴヌクレオチド1を調製したが、以下のヌクレオチド配列を有し：
5'-TCCGTGAGTCCCACAAACCAATAACCTCGTCATCATTGCACATACGCTTTGACA/InvdT/-3’
式中、A、C、G、およびTは、DNAの関連する特徴的なヌクレオチド塩基を伴うヌクレオチドを表す。それは、その5'端から34番目の塩基にて、デオキシヌクレオシド三リン酸（dNTPs）の混合物においてデオキシグアノシン三リン酸ヌクレオチド（dGTPs）を捕捉するために選択的な、捕捉領域（Cヌクレオチド）、およびニッキングエンドヌクレアーゼNb.BsrDIについての認識配列、‘NNCATTGC’をさらに含む。
【００４９】
別の一本鎖のオリゴヌクレオチド2は、第一のオリゴヌクレオチドの3'フランキング領域に相補的な配列をもつオリゴヌクレオチド領域を含み、および一本鎖のオリゴヌクレオチド3は、二つの塩基ミスマッチ、5'リン酸基および3'逆位の（3' inverted）デオキシチミジンヌクレオチドを有する第一のオリゴヌクレオチドの5'フランキング領域に相補的な配列をもつオリゴヌクレオチド領域を含み、それらも調製した。それらは以下のヌクレオチド配列を有した：
オリゴヌクレオチド2：5'-CGTATGTGCAAT-3’
オリゴヌクレオチド3：5'-PATGACGAGGTTAAA/InvdT/-3'
式中、Pは5'リン酸基および/InvdT/は逆位のデオキシチミジンヌクレオチドを表す。
【００５０】
一本鎖の第四のオリゴヌクレオチドも調製したが、以下のヌクレオチド配列を有し：
5'-TCGTGCCTCATCGAACATGACGAGGXXQXXGGTTTGTGGT-3’
式中、Xは、慣習的なアミンアタッチメント化学を用いるAtto 655色素により標識されたデオキシチミジンヌクレオチド（T）を表し、およびQはBHQ-2クエンチャーにより標識されたデオキシチミジンヌクレオチドを表す。それは、第一のオリゴヌクレオチドの5'フランキング領域に相補的な3'領域をさらに含む。
【００５１】
一本鎖の第五のオリゴヌクレオチドも調製したが、以下のヌクレオチド配列を有し、それは第四オリゴヌクレオチドの5'領域に実質相補的である：
5'-PGTTCGATGAGGCACCTTAGATGTACG/InvdT/-3’
【００５２】
次いで、プローブシステムを含む反応混合物を準備した。それは以下の調剤物から導き出されたものに対応する組成を有した：
20uL（μL）の5×緩衝剤pH7.6
4uLのオリゴヌクレオチド1、1000nM
5uLのオリゴヌクレオチド2、100nM
6uLのオリゴヌクレオチド3、1000nM
2uLのオリゴヌクレオチド4、1000nM
5uLのオリゴヌクレオチド5、1000nM
10UのNb.BsrDIニッキングエンドヌクレアーゼ（例：New England Biolabs Inc.（ニュー・イングランド・バイオラボ社））
7.1UのTaqリガーゼ
7.1UのE. coli（エシェリキア・コリ）リガーゼ
5.8UのBst Large Fragment（Bstラージ・フラグメント）ポリメラーゼ
1.4UのThermostable Inorganic Pyrophosphatase（サーモステーブル・イノーガニック・ピロホスファターゼ）
0.21 reactions PfuUltra 11 Fusion HS polymerase（0.21リアクションズPfuウルトラ11フュージョンHSポリメラーゼ）
1.25uLのdNTPsの混合物、1nM
100uLまでの水
そこで、5×緩衝剤は以下の混合物を含んだ：
60uLのTris-HCl緩衝剤、1M、pH7.6
25uLの水性Magnesium Chloride（マグネシウム・クロライド）、1M
100uLの水性Potassium Chloride（カリウム・クロライド）、1M
5uLのSpermine（スペルミン）溶液、1M
5uLのSpermidine（スペルミジン）溶液、1M
7.5uLのTetraethylenepentamine（テトラエチレンペンタミン）溶液、10％
50uLのTriton（トリトン）X-100界面活性剤（10％）
2.5uLのDithiothreitol（ジチオスレイトール）溶液、1M
20uLのNicotinamide adenine dinucleotide（ニコチンアミド・アデニン・ジヌクレオチド）溶液、100μM
1mLまでの水。
【００５３】
次いで、使われたプライマリーのプローブを形成するためにdGTPsの捕捉およびオリゴヌクレオチド2のオリゴヌクレオチド3へのライゲーション（連結とも言う）は、混合物を37℃で10分間インキュベーションすることによって遂行し、その後、第一のオリゴヌクレオチドの繰り返されたニッキングおよび得られる第一のオリゴヌクレオチドの成分の第四のオリゴヌクレオチドに対する第五のオリゴヌクレオチドへのライゲーションを可能にし、十分なセカンダリーのプローブを形成するために、温度を50℃にさらに30分間上昇させた。次いで、温度を、PfuUltra II Fusion HSポリメラーゼを活性化するために70℃に上昇させ、十分なセカンダリーのプローブの第四のオリゴヌクレオチドの成分の消化が繰返されたサイクルにおいて起こるようにされる。反応混合物を633nmラインのHelium-Neon（ヘリウム-ネオン）レーザーを用いて照射し、およびAtto 655色素の得られる特徴的な蛍光を、エンドヌクレオリシスおよび生じたエキソヌクレオリシスのサイクルとしてカメラを用いて検出した。
【００５４】
反応のdNTP成分の存在および不存在下に、経時的な蛍光強度の増加をモニターし、および結果を図1にグラフで示した。このことから、プローブシステムがdGTPsを効率的に捕捉し、および本発明のプロセスの周期的性質（cyclic nature）は蛍光シグナルの急速な成長をもたらすことを見ることができる。反対に、比較実験では、反応混合物においてdNTPsが存在しなかったが、オリゴヌクレオチド4でのAtto 655色素は何ら有意な程度には蛍光を示さなかった。
【００５５】
例2-プローブシステムを用いる液滴マイクロ流体方法
【００５６】
図2は、マイクロ流体配列決定装置を概略的に示し、そこでは、微小液滴はそれぞれ単一のヌクレオチド塩基を含み、上述のような上記種類のプローブシステムと反応するように作られる。
【００５７】
ヒトDNAから導き出される100ヌクレオチド塩基ポリヌクレオチド分析物の進行性加ピロリン酸分解によって得られる単一ヌクレオチド三リン酸のストリームを含む水性媒体1を、PDMSポリマーから製造される直径十ミクロンのマイクロ流体チューブを通して流れるようにする。加ピロリン酸分解反応それ自体は、Taq Polおよびピロリン酸ナトリウムおよび塩化マグネシウムの各々の1リットル当たり2ミリモル濃度を有する溶液を含む水性の、緩衝化（pH7.5）反応媒体のストリームを、72℃にてガラスマイクロビーズ上に通すことによって遂行され、その上に分析物がスクシニル架橋を使って予め付着された。1での単一ヌクレオチドの順序は、それがマイクロビーズの下流にあり、分析物の配列に対応する。1は液滴ヘッド2から第一のチャンバ3中に出現し、そこではそれが不混和性の軽質シリコーンオイル4の一以上のストリームと接触する。これらのストリームの速度は、乱流混合を回避し、およびオイルにおいて懸濁する水性球状液滴5を作り出すように選ばれ、それぞれはおよそ八ミクロンの直径を有する。典型的には、隣接する充填液滴間に平均10の空のものが存在するように比率が調整される。次に、5のストリームが、同じ直径の第二のマイクロ流体チューブに沿って第二のチャンバ6へと前進させられ、その中に、五ミクロンの水性球状液滴7の第二のストリームもまた第二の液滴ヘッド8を使って供給される。液滴5および7は、直径でおよそ九ミクロンの拡大された水滴9を形成するために逐次的様式において一体化させられる。7の各々は、5の各々において存在するあらゆる残留ピロリン酸アニオンを破壊するためにイノーガニックピロホスファターゼを含有する。
【００５８】
次に、9のストリームはマイクロ流体チュービングを介して同じ速度で第三のチャンバ10に前進させられ、そこでこれらの液滴を、対応する液滴ヘッド12を通してそこにまた供給される五ミクロンの水性球状液滴11の第三のストリームと接触させる。9の各々についてチャンバ6および10間を移動するのにかかる時間はc.（約とも言う）2分である。
【００５９】
次に、液滴9および11を、液滴13（直径でおよそ十ミクロン）を生産するために10において一体化させる。11の各々には、中温性リガーゼ、好熱性ポリメラーゼ、ニッキング制限エンドヌクレアーゼNb.BsrDI（例は、New England Biolabs Inc.）、および例1に記載のものと同様の四つのセットの一本鎖のオリゴヌクレオチドを含むプライマリーのプローブが含まれ、セカンダリーのプローブには、異なるフルオロフォアにより標識される四つの異なる第四の一本鎖のオリゴヌクレオチドおよび四つの相補的な第五のオリゴヌクレオチドおよびエキソヌクレアーゼが含まれる。あるいはまた、これらの成分は一連の一体化ステップ（示してない）において加えてよく、そこでは異なる液滴タイプ11は、それぞれが一以上のこれらの成分を含み、次には9と一体化し、または液滴が最後に13を産生するために先の一体化から生じる。
【００６０】
そのようにして形成された一体化された微小液滴13のストリームは次に、37℃で10分間、続いて50℃で30分間、続いて70℃で30分間インキュベートに付される。この時間の終わりに13は検出システム、14に移される。
【００６１】
検出システム（示してない）は典型的に、検出ウィンドウを含み、そこでは、各液滴がレーザーからの入射光により調べられる。次いで、この光の作用により、各液滴において放出されたフルオロフォアが、捕捉分子に本来組み込まれていた単一ヌクレオチド塩基の特徴的なやり方において蛍光を発するようにされる（または液滴が元々空であった場合は本質的にまったくそうでない）。次いで、この蛍光の存在または不存在は、上述した四つのオリゴヌクレオチドセットと関連する四つのフルオロフォアの四つの特徴的な波長にて検出される。このようにして、液滴が順番に調べられると、元のポリヌクレオチド分析物においてヌクレオチド塩基の配列を事実上読み取ることができる。
【図１】
2019531069.tif 000002
【図２】
2019531069.tif 000003
【配列表】
2019531069000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和1年7月8日(2019.7.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（1）核酸の進行性酵素的消化によって単一ヌクレオシド三リン酸のストリームを生成するステップ；（2）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、少なくとも一の単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（3）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（4）ステップ（3）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を、使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ：（5）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）フルオロフォアを実質検出不可能な状態において伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチド、および随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な第五のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（6）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖のエキソヌクレオチド鎖分解性活性をもつ酵素により消化するステップおよび（7）ステップ（6）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、核酸を配列決定する方法。
【請求項２】
ステップ（4）において放出される使われたプローブの相補的な鎖を、第一のオリゴヌクレオチドのさらなる分子と反応させ、およびステップ（3）および（4）をこのようにして第一のサイクルにおいて繰り返すことを特徴とする、請求項１に請求する方法。
【請求項３】
ステップ（6）において生成される第六のオリゴヌクレオチドを、第四のオリゴヌクレオチドのさらなる分子と反応させ、およびしかる後ステップ（6）は第二のサイクルを作り出すために反復されることを特徴とする、請求項１または請求項２に請求する方法。
【請求項４】
少なくとも一の第一のオリゴヌクレオチドの成分は、第一のオリゴヌクレオチドが実質非蛍光性であるように配置されるフルオロフォアをさらに含むことを特徴とする、請求項１ないし３のいずれかに請求する方法。
【請求項５】
少なくとも一の第一のオリゴヌクレオチドの成分はクエンチャーをさらに含むことを特徴とする、請求項４を請求する（as claimed claim 4）方法。
【請求項６】
第二のオリゴヌクレオチドおよび第三のオリゴヌクレオチドはリンカー領域によって接続されることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項７】
リンカー領域はオリゴヌクレオチド領域を含むことを特徴とする、請求項６に請求する方法。
【請求項８】
使われたプライマリーのプローブの相補的な鎖は閉ループを含むことを特徴とする、請求項６または７に請求する方法。
【請求項９】
ニッキング部位は捕捉部位を含むオリゴヌクレオチド領域であることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１０】
ニッキング制限エンドヌクレアーゼは慣習的な制限エンドヌクレアーゼであり、および使われたプライマリーのプローブの相補的な鎖はエンドヌクレオリシスに耐性にされることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１１】
第一のオリゴヌクレオチドの成分のいずれかまたは両方、第三のオリゴヌクレオチド、および第五のオリゴヌクレオチドには、エキソヌクレオチド鎖分解性分解に耐性な要素が含まれることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１２】
最大で四つまでの異なるセカンダリーのプローブのタイプが採用され、各々の第四のオリゴヌクレオチドは異なるフルオロフォアおよび異なる第一のオリゴヌクレオチドの成分に相補的な領域をもつことを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１３】
最大で四つまでの異なるプライマリーのプローブのタイプが採用され、各々の第一のオリゴヌクレオチドは自然発生性（naturally-occurring）DNAまたはRNAの特徴的な核酸塩基の一つに対して選択的な捕捉部位および随意に異なるフルオロフォアをもつことを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１４】
ステップ（1）は対応する微小液滴において各単一ヌクレオシド三リン酸が含まれることをさらに含み、およびステップ（2）ないし（7）は各微小液滴において遂行されることを特徴とする、先行する請求項のいずれかに請求する方法。
【請求項１５】
（1）プライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）フランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むもの、および（2）セカンダリーのプローブで、（c）少なくとも部分的に一本鎖の第四のオリゴヌクレオチドであり、実質検出不可能な状態においてフルオロフォアを伴い、第一のオリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に相補的な一本鎖領域をもつもの、および（d）随意に第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチド、を含むもの、を含むことによって特徴付けられる、多成分生物学的プローブシステム。
【請求項１６】
（1）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（2）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（3）ステップ（2）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を、使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ；（4）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）フルオロフォアを実質検出不可能な状態において伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチド、および随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチド、を含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（5）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖のエキソヌクレオチド鎖分解性活性をもつ酵素により消化するステップおよび（6）ステップ（5）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、単一ヌクレオシド三リン酸を分析する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４４】
上記の配列決定方法において使用される検出方法はまた、生物学的サンプルまたはそれから導き出される分析物において単一ヌクレオシド三リン酸の分析、特徴付けまたは定量化にも概して適用可能であると考えられる。したがって、本発明の第三の態様において、（1）ポリメラーゼおよびリガーゼの存在下に、単一ヌクレオシド三リン酸と、対応するプライマリーのプローブで、（a）制限エンドヌクレアーゼのニッキング部位、単一ヌクレオシド三リン酸を捕捉するための単一ヌクレオチドの捕捉部位、および捕捉部位の両側に並置されるオリゴヌクレオチドのフランキング領域が含まれる、第一の一本鎖のオリゴヌクレオチド、および（b）第一のオリゴヌクレオチドのフランキング領域にハイブリダイズすることが可能な第二および第三の一本鎖のオリゴヌクレオチドが含まれるものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のプライマリーのオリゴヌクレオチドの使われたプローブを生産するステップ；（2）使われたプライマリーのプローブの第一のオリゴヌクレオチドの鎖を、別々の第一のオリゴヌクレオチドの成分を作り出すために、ニッキング部位にてニッキング制限エンドヌクレアーゼによりニッキングするステップ；（3）ステップ（2）において生成される第一のオリゴヌクレオチドの成分を、使われたプローブの相補的な鎖から分離するステップ；（4）リガーゼの存在下に、少なくとも一の分離された第一のオリゴヌクレオチドの成分と、対応するセカンダリーのプローブで、（c）フルオロフォアを実質検出不可能な状態において伴う相補的な第四のオリゴヌクレオチドおよび随意に（d）第四のオリゴヌクレオチドに少なくとも一部分において相補的な一本鎖の第五のオリゴヌクレオチドを含むものと、を反応させることによって少なくとも一の実質二本鎖のセカンダリーの使われたプローブを生産するステップ；（5）使われたセカンダリーのプローブを、検出可能な状態においてフルオロフォアおよび少なくとも一部分において第四のオリゴヌクレオチドの配列の補足物である一本鎖の第六のオリゴヌクレオチドを産生するために二本鎖のエキソヌクレオチド鎖分解性活性（exonucleolytic activity）をもつ酵素により消化するステップおよび（6）ステップ（5）において放出されるフルオロフォアを検出するステップによって特徴付けられる、単一ヌクレオシド三リン酸を分析する方法が提供される。
【国際調査報告】
2019531069.tif 000004
2019531069.tif 000005
2019531069.tif 000006